WO2002064777A2 - Protein 7b6 und 11b4 und zugrundeliegende dna-sequenzen - Google Patents

Protein 7b6 und 11b4 und zugrundeliegende dna-sequenzen Download PDF

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WO2002064777A2
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Armin Schneider
Achim Fischer
Bettina Klausner
Moritz Rossner
Birgitta Kammandel
Rebecca Widenmeyer
Bernhard Götz
Gisela Eisenhardt
Jomana Naim Stephanie
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Axaron Bioscience Ag
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    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
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    • C07K14/47Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
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    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
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    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides

Definitions

  • the present invention relates to (i) DNA sequences, (ii) expression vectors which contain DNA sequences according to the invention, (iv) host cells which have expression vectors according to the invention, (v) gene products which are encoded by sequences according to the invention, (vi) with regard to Sequences according to the invention modified transgenic animals, (vii) antibodies directed against gene products according to the invention, (viii) methods for the expression or isolation of gene products according to the invention, (ix) the use of DNA sequences or gene products according to the invention as medicaments, (x) pharmaceutically active compounds and processes for their preparation and uses of such compounds according to the invention and (xi) non-therapeutic uses of DNA sequences or gene products according to the invention.
  • Ras / Erk signal transduction pathway has a great influence on NMDA receptor / NOS activation and the neuronal ischemic preconditioning.
  • the proteins of the Ras / Erk cascade represent pharmacological targets because specific inhibitors can be found based on defined biochemical functions.
  • Stroke is the third leading cause of death and the main cause of disabilities in the western industrialized nations. Every year around 250,000 people in Germany suffer a stroke, a third die within the first month and 60% retain disabilities. So far, there is no effective therapy for the majority of these patients. The majority of all strokes in Western countries are due to cerebral blood flow disorders due to thrombosis or embolism. For this reason, many of the previous therapy concepts have been based on thrombolysis (e.g. using streptokinase, rtPA, Ancrod). However, it is now also known from the prior art that spontaneous reperfusion occurs in the majority of strokes. Recent work on rodents also suggests that the reperfusion damage tends to increase over time.
  • the object of the present invention is to identify further proteins and their underlying nucleotide sequences which preferably develop their biological action intracellularly.
  • a further object of the present invention is to provide methods on the basis of identified proteins which make it possible to develop pharmaceuticals which can intervene therapeutically in a pathophysiology which is caused by incorrect control of the expression and / or expression of infunctional variants , The provision of corresponding pharmaceuticals is therefore also an object of the present invention.
  • An object of the present invention relates to nucleic acid sequences, in particular DNA sequences, which contain a sequence region which is suitable for a polypeptide with an amino acid sequence, AS 10 to AS 45 (7B6), more preferably AS 10 to 75, or AS 10 to AS 45 (11B4), more preferably AS 10 to 60 (numbering according to Figures 2 (b) or 3 (c)) encoded, including all functionally homologous derivatives, fragments or alleles.
  • all nucleic acid sequences are included which hybridize with the sequences according to the invention, including the sequences which are complementary in each case in the double strand (claim 1).
  • DNA sequences are disclosed whose gene product codes for a polypeptide, as shown in one of FIGS.
  • sequences 7B6 or 11B4 including all functionally homologous derivatives, alleles or fragments of one such DNA sequence and also infunctional derivatives, alleles, analogs or fragments (for example DN variants) which can inhibit the physiological function, for example apoptotic signal cascade (claim 2).
  • DNA sequences hybridizing with these DNA sequences according to the invention are also disclosed. Derivatives, analogs, fragments or alleles of this type are prepared by standard methods (Sambrook et al. 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Gold Spring Harbor, NY).
  • one or more codon (s) are inserted, deleted or substituted in the DNA sequences according to FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b) in order to obtain a polypeptide after transcription and translation which has a difference in with respect to at least one amino acid compared to the corresponding native sequences or those shown in FIGS. 2 (b) or 3 (c).
  • the subject matter of the present application also includes DNA partial sequences of the sequences shown in FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b). These partial sequences typically contain at least 60, more preferably at least 150 and even more preferably at least 250 nucleotides comprising fragments of the nucleotide sequences shown in FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b).
  • preferred partial sequences code for polypeptides that run from 600 (7B6) or AS 150 (11B4) at least 20 AS in the direction of the N-terminus and can possibly extend to the N-terminus (numbering according to FIGS. 1 to 3, AS 600 or 150 forms the C-terminus).
  • the partial coding for at least 20 AS but also begin at a codon lying further proximally or distally from the aforementioned points. All derivatives, analogs or alleles of the aforementioned partial sequences disclosed are also disclosed.
  • the AS sequences resulting from these partial DNA sequences according to the invention are also disclosed as such or as a constituent in larger recombinant proteins.
  • all conceivable or natively occurring splice variants of the sequences according to the invention are also part of the present disclosure.
  • nucleic acid sequences in particular DNA sequences, which code for a protein which has at least 60% sequence identity, preferably at least 80% and even more preferably at least 95%, with those in FIGS. 2 (b) or 3 (c) sequences shown.
  • allele variants are understood to mean variants which have 60 to 100% homology at the amino acid level, preferably 70 to 100%, very particularly preferably 90 to 100%.
  • Allelic variants include in particular those functional or infunctional variants which can be obtained by deleting, inserting or substituting nucleotides from the sequences shown in FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b), at least one of the essential biological properties preserved.
  • Homologous or sequence-related DNA sequences can be isolated from all mammalian species, including humans, by conventional methods by homology screening by hybridization with a sample of the nucleic acid sequences according to the invention or parts thereof.
  • Functional equivalents also include homologs of those shown in FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b)
  • sequences for example their homologues from other mammals, shortened sequences, single-stranded DNA or RNA of the coding and non-coding DNA sequence.
  • Such functional equivalents can be derived from the DNA sequences shown in FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b) or parts of these sequences, for example using conventional hybridization methods or the PCR technique from other vertebrates such as Mammalia , isolate.
  • all sequences which hybridize with the sequences according to FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b) are also included. These DNA sequences hybridize under standard conditions with the sequences according to the invention. Short oligonucleotides of the conserved regions, which can be determined in a manner known to the person skilled in the art, are advantageously used for the hybridization. However, longer fragments of the nucleic acids according to the invention or the complete sequences can also be used for the hybridization.
  • DNA hybrids are approx. 10 ° C lower than those of DNA.RNA hybrids of the same length.
  • temperatures between 42 and 58 ° C in an aqueous buffer solution with a concentration between 0.1 to 5 x SSC (1 X SSC 0.15 M NaCl, 15 mM sodium citrate, pH 7.2 ) or additionally in the presence of 50% formamide, such as 42 ° C in 5 x SSC, 50% formamide.
  • the hybridization conditions for DNA are advantageously 0.1 ⁇ SSC and temperatures between approximately 20 ° C. to 45 ° C., preferably between approximately 30 ° C. to 45 ° C.
  • DNA RNA hybrids
  • the hybridization conditions are advantageous 0.1 x SSC and temperatures between about 30 ° C to 55 ° C, preferably between about 45 ° C to 55 ° C.
  • These specified temperatures for the hybridization are, for example, calculated melting temperature values for a nucleic acid with a length of approx. 100 nucleotides and a G + C content of 50% in the absence of formamide.
  • the experimental conditions for DNA hybridization are in relevant textbooks of genetics, such as in Sambrook et al.
  • nucleic acid sequences according to the invention also include derivatives of the sequences shown in FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b), such as promoter variants.
  • the promoters which are upstream of the specified nucleotide sequences together or individually can be changed by one or more nucleotide exchanges, by insertion (s) and / or deletion (s), the functionality or effectiveness of the promoters being retained or , can be changed as required.
  • the effectiveness of the promoters can be increased by changing their sequence, or they can be completely replaced by more effective promoters, including organisms of other species.
  • derivatives are also to be understood as variants whose nucleotide sequence in the range -1 to -1000 before the start codon has been changed such that the Gene expression and / or protein expression is changed, preferably increased.
  • Derivatives are also to be understood as variants which have preferably been changed at the 3 'end.
  • tags in the literature, for. B. Hexa-histidine anchor known or epitopes that can be recognized as antigens of various antibodies (Studier et al., Meth. Enzymol., 185, 1990: 60-89 and Ausubel et al. (Eds.) 1998, Current Proto - cols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York). and / or at least one signal sequence for transporting the translated protein, for example into a specific cell organelle or into the extracellular space.
  • nucleic acid construct according to the invention or a nucleic acid according to the invention for example according to FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b) or their derivatives, variants, homologs or, in particular, fragments can also be therapeutically or diagnostically suitable Form are expressed.
  • vector systems or oligonucleotides can be used which extend the nucleic acids or the nucleic acid construct by certain nucleotide sequences and thus code for modified polypeptides, which serve, for example, for easier purification.
  • DNA sequences which contain (c) DNA sequences of genomic DNA sequences according to the invention or correspond to them (claim 4).
  • all DNA sequences which code for a protein which essentially corresponds to the amino acid sequence of the proteins 7B6 or 11B4 according to FIGS. 2 (b) or 3 (c) are preferably also disclosed. These DNA sequences receive only a small number of changes compared to the sequences given in the aforementioned figures, for example it can be isoforms. The number of sequence changes will typically not be greater than 10.
  • Such DNA sequences essentially corresponding to the DNA sequences coding for the proteins 7B6 or 11B4, which also code for a biologically active protein can be obtained by generally known mutagenesis methods and the biological activity of the proteins coded by the mutants can be determined by screening.
  • the corresponding mutagenesis methods include "site-directed" mutagenesis, which provides for the automatically carried out synthesis of a primer with at least one base change.
  • the heteroduplex vector is transferred into a suitable cell system (eg E. coli) and accordingly transformed clones isolated.
  • PCR Innis et al. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications
  • chemical synthesis Appropriate PCR printers can be used, for example, to introduce new functions into a DNA sequence according to the invention, such as Restriction interfaces, termination codons. In this way, sequences according to the invention can be designed accordingly for transfer into cloning vectors.
  • the present invention furthermore relates to expression vectors or a recombinant nucleic acid construct which, as described above, contains a nucleic acid according to the invention.
  • linseic acid sequence typically containing a DNA sequence (claim 5).
  • the nucleic acid sequences according to the invention are functionally linked to at least one genetic regulatory element, such as, for example, transcription and translation signals. Depending on the desired application, this linkage can lead to a native expression rate or also to an increase or decrease in the native gene expression.
  • the native regulatory element (s) will typically be used, i.e. the promoter and / or enhancer region of the gene for the protein 7B6 and / or 11B4, for example from mammals, in particular corresponding human regulatory sequences. Possibly. these native 7B6 or 11B4 regulatory sequences can also be genetically modified in order to produce a changed expression intensity.
  • DNA sequences according to the invention which are native to other genes can be connected upstream and / or downstream (5 'or 3' regulatory sequences) and possibly also have been genetically modified so that the natural regulation is switched off under the control of the 11B4 or 7B6 regulatory sequences and the expression of the genes can be increased or decreased as required.
  • Advantageous regulatory sequences for the method according to the invention are, for example, in promoters such as cos, tac, trp, tet, trp-tet, lpp, lac, lpp-lac, laclq, T7, T5, T3 , gal, trc, ara, SP6, 1-PR or in the 1-PL promoter hold, which are advantageously used in gram-negative bacteria.
  • promoters such as cos, tac, trp, tet, trp-tet, lpp, lac, lpp-lac, laclq, T7, T5, T3 , gal, trc, ara, SP6, 1-PR or in the 1-PL promoter hold, which are advantageously used in gram-negative bacteria.
  • promoters such as amy and SP02
  • yeast promoters such as ADCl, MFa, AC, P-60, CYC1, GAPDH
  • mammalian promoters such as CaM-Kinasell, CMV, Nestin, L7, BDNF, NF , MBP, NSE, beta-globin, GFAP, GAP43, tyrosine hydroxylase, kainate receptor subunit 1, glutamate receptor subunit B included.
  • all natural promoters with their regulatory sequences, such as those mentioned above, can be used for an expression vector according to the invention.
  • synthetic promoters can also be used advantageously.
  • These regulatory sequences are intended to enable the targeted expression of the nucleic acid sequences according to the invention. Depending on the host organism, this can mean, for example, that the gene is only expressed or overexpressed after induction, or that it is expressed and / or overexpressed immediately.
  • the regulatory sequences or factors can preferably have a positive influence on the expression and thereby increase it.
  • the regulatory elements can advantageously be strengthened at the transcription level by using strong transcription signals such as promoters and / or "enhancers".
  • an increase in translation is also possible, for example, by improving the stability of the mRNA.
  • Regulatory sequences are all elements familiar to the person skilled in the art which can influence the expression of the sequences according to the invention at the transcription and / or translation level.
  • so-called “enhancer” sequences are to be emphasized, which can bring about increased expression via an improved interaction between RNA polymerase and DNA.
  • locus control regions so-called “silencers” or respective partial sequences thereof may be mentioned as examples. 'These sequences may advantageously be used for tissue-specific expression.
  • So-called terminator sequences will also advantageously be present in an expression vector according to the invention and, according to the invention, are subsumed under the term “regulatory sequence”.
  • a preferred embodiment of the present invention is the linkage of the nucleic acid sequence according to the invention to a promoter, the promoter typically being located 5 '"upstream" from a DNA sequence according to the invention.
  • Further regulation signals such as, for example, 3'-located terminators, polyadenylation signals or enhancers, can be functionally contained in the expression vector.
  • nucleic acid sequences according to the invention in particular for the sequences according to FIGS. 2 (a), 3 (a) or 3 (b) or for the corresponding proteins, can be contained in one or more copies in a gene construct according to this invention, or if appropriate also be localized on separate gene constructs.
  • expression vector includes both recombinant nucleic acid constructs or gene constructs, as described above, and complete vector constructs, which typically contain further elements in addition to the DNA sequences according to the invention and any regulatory sequences. These vector constructs or vectors are used for expression in a suitable host organism.
  • at least one DNA sequence according to the invention for example the 7B6 (or 11B4) gene or a partial sequence of the (7B6 or or 11B4) gene, is inserted into a host-specific vector which enables optimal expression of the genes in the selected host.
  • Vectors are well known to the person skilled in the art and can be obtained, for example, from “Cloning Vectors" (Eds. Pouwels PH et al.
  • vectors are also understood to mean all other vectors known to the person skilled in the art, such as phages, viruses such as SV40, CMV, baculovirus, adenovirus, Sindbis virus, transposons, IS elements, phasmids, phagemids, cosmids, linear or circular DNA. These vectors. can be replicated autonomously in the host organism or can be replicated chromosomally. Linear DNA is typically used for integration into Mammalia.
  • nucleic acid sequences according to the invention can advantageously be increased by increasing the number of gene copies and / or by strengthening regulatory factors which have a positive effect on gene expression.
  • regulatory elements can preferably be amplified at the transcription level by using stronger transcription signals, such as promoters and enhancers.
  • an increase in translation is also possible, for example, by improving the stability of the mRNA or increasing the reading efficiency of this mRNA on the ribosomes.
  • the nucleic acid sequences or homologous genes can be incorporated, for example, into a nucleic acid fragment or into a vector which preferably contains the regulatory gene sequences assigned to the respective genes or promoter activity acting in an analogous manner. In particular, those regulatory sequences are used which increase gene expression.
  • Nucleic acid sequences according to the invention can be cloned together with the sequences coding for interacting or for potentially interacting proteins into a single vector and then expressed in vitro in a host cell or in vivo in a host organism.
  • each of the potentially interacting nucleic acid sequences can also be used and the sequences coding for 7B6 or 11B4 are each brought into a single vector and these are brought separately into the respective organism using customary methods, such as, for example, transformation, transfection, transduction, electroporation or particle gun.
  • At least one marker gene for example antibiotic resistance genes and / or genes which code for a fluorescent protein, in particular GFP
  • an expression vector according to the invention in particular a complete vector construct.
  • the present invention further relates to host cells which have been transformed with a DNA sequence according to the invention and / or an expression vector according to the invention, in particular a vector construct (claim 6).
  • all cells are suitable as host cells that allow expression of DNA sequences according to the invention alone or in combination with other sequences, in particular regulatory sequences.
  • All cells of a pro- or eukaryotic nature can be considered as host cells, for example bacteria, fungi, yeasts, plant or animal cells.
  • Preferred host cells are bacteria such as Escherichia coli, Streptomyces, Bacillus or Pseudomonas, eukaryotic microorganisms such as Aspergillus or Saccharomyces cerevisiae or the common baker's yeast (Stinchcomb et al., Nature, 282: 39, (1997)).
  • cells from multicellular organisms are selected for the expression of DNA sequences according to the invention. This also takes place against the background of a possibly required glycosylation (N- and / or O-coupled) of the encoded proteins.
  • This function can be found in higher eukaryotic cells - compared to prokaryotic cells be carried out in a suitable manner.
  • any higher eukaryotic cell culture is available as a host cell, although cells from mammals, for example monkeys, rats, hamsters or humans, are very particularly preferred. A large number of established cell lines are known to the person skilled in the art.
  • Human transformed cells according to the invention in particular autologous cells of the patient, are suitable after (above all ex vivo) transformation with DNA sequences according to the invention or expression vectors according to the invention, very particularly as a medicament for, for example, gene therapy purposes, that is to say after cell removal, possibly ex vivo Expansion, transformation, selection and final retransplantation.
  • a host cell and an expression vector according to the invention which matches the host cells, such as plasmids, viruses or phages, such as, for example, plasmids with the RNA polymerase / promoter system, the phages 1, Mu or other tempered phages or transposons, and / or further advantageous ones regulatory sequences form a host cell according to the invention which can serve as an expression system.
  • Preferred expression systems according to the invention based on host cells according to the invention are, for example, the combination of mammalian cells, such as CHO cells, and vectors, such as, for example, pcDNA3neo vector, or, for example, HEK293 cells and CMV vector, which are particularly suitable for mammalian cells.
  • gene products are understood to mean both primary transcripts, that is to say RNA, preferably mRNA, and proteins or polypeptides, in particular in purified form (claim 9). These proteins regulate or transport, in particular, apoptotic or necrotic, possibly also inflammatory signals or signals which concern cell growth or cell plasticity.
  • a purified gene product is preferred if it contains a functionally homologous or function-inhibiting (infunctional) allele, fragment, analog or derivative of this sequence (claim 10) or typically consists of such an amino acid sequence.
  • Functional homology is defined in the sense of the present invention in such a way that at least one of the essential functional properties of the proteins 7B6 or 11B4 shown in FIGS. 2 (b) or 3 (c) is retained.
  • functionally homologous proteins according to the invention will in particular have a characteristic, for example at least 60%, preferably at least 80% sequence identity with the biologically functional sections of the proteins according to the invention, which represent, for example, protein interaction domains.
  • a derivative is understood to mean, in particular, those AS sequences which have been modified by modifications to their side chains. For example. by conjugation of an antibody, enzyme or receptor to an AS sequence according to the invention.
  • Derivatives can also be the coupling of a sugar or fatty (acid) residue or a phosphate group or any modification of a side chain, in particular a free OH group or NH2 group or at the N or C terminus.
  • the term "derivative” also includes fusion proteins in which an amino acid sequence according to the invention is coupled to any oligo- or polypeptides.
  • sequences that are characterized by at least one AS change compared to the native sequence are referred to as "analogs".
  • analogs such conservative substitutions are preferred in which the physicochemical character (space filling, basicity, hydrophobicity, etc.) of the exchanged AS is retained (polar AS, long aliphatic chain, short aliphatic chain, negatively or positively charged ones AS, AS with aromatic group).
  • the substitutions can be biologically functional, tw. Functional or bio-functional sequences result.
  • arginine residues can be exchanged for lysine residues, valine residues for isoleucine residues or aspartic acid residues for glutamic acid residues.
  • the proteins modified in this way with respect to the proteins in FIG. 2 (b) or 3 (c) typically have at least 60%, preferably at least 70% and particularly preferably at least 90% sequence identity to the sequences in the aforementioned figures, calculated according to the algorithm of Altschul et al. (J. Mol. Biol., 215, 403-410, 1990).
  • the isolated protein and its functional variants can advantageously be isolated from the brain of mammals such as Homo sapiens, Rattus norvegicus or Mus musculus. Homologs from other mammals are also to be understood as functional variants.
  • Analogs are preferred according to the invention if the secondary structure as occurs in the native sequence is also retained in them.
  • less conservative AS variations can also be introduced into the native sequence according to the invention. They typically retain their biological function, in particular as a transducer of an apoptotic or necrotic signal or a signal for cell proliferation, cell plasticity or cell growth. The effect of a substitution or deletion can easily be checked by appropriate investigations, binding assays or, for example, cytotoxic tests.
  • sequences are also included which produce a so-called dominant-negative effect, i.e. due to their changed primary sequence they still have binding activity to a sequence located upstream in the cascade, but cannot transmit the signal downstream.
  • Analogs of this type therefore function as inhibitors of biological function, in particular as inhibitors of apoptosis.
  • Such analogs are produced by genetic engineering measures, typically by the so-called "site-directed" mutagenesis of a DNA sequence which codes for a protein according to the invention (typically 7B6 or 11B4). This produces the DNA sequence on which the analog is based, which can finally express the protein in a recombining cell culture (Sambrook et al., 1989, see above). All derivatives of the above-described analogs are also disclosed, as are the DNA sequences on which the above-described AS sequences are based.
  • fragments of a native AS sequence according to the invention also form part of the subject matter of the present invention. Fragments are characterized by deletions (N- or C-terminal or also intrasequential). They can have a dominant-negative or dominant-positive effect.
  • the gene products (proteins) according to the invention also include all those gene products (proteins) which, according to the invention, are derived from DNA derivatives, DNA fragments or DNA alleles of the DNA sequences shown in the figures after transcription and translation.
  • proteins according to the invention can be chemically modified.
  • Glycosyl groups can be added to hydroxyl or amino groups
  • lipids can be covalently linked to the protein according to the invention, as can phosphates or acetyl groups and the like.
  • Any chemical substances, compounds or groups can also be bound to the protein according to the invention by any synthetic route.
  • Additional amino acids e.g. in the form of individual amino acids or in the form of peptides or in the form of protein domains and the like, can with the N- and / or C-terminus of a protein according to the invention.
  • signal or “leader” sequences at the N-terminus of the amino acid sequence of a protein according to the invention are preferred, which lead the peptide cotranslationally or post-translationally into a specific cell organelle or into the extracellular space (or the culture medium).
  • Amino acid sequences can also be present at the N- or at the C-terminus, which allow the binding of the amino acid sequence according to the invention to antibodies as antigen.
  • the flag peptide the sequence of which in the single-letter code of the amino acids is: DYKDDDDK. Or a His tag with at least 3, preferably at least 6, histidine residues. These sequences have strong antigenic properties and thus allow the recombinant protein to be checked and purified quickly.
  • Monoclonal antibodies that bind the flag peptide are from the company Eastman Kodak Co., Scientific Imaging Systems Division, New Havens, Connecticut.
  • the present invention also relates to at least 20, more preferably at least 30 and even more preferably at least 50, amino acid segments of the sequences disclosed in FIGS. 2 (b) or 3 (c).
  • Such partial sequences can, for example, be chemically synthesized by methods familiar to the person skilled in the art and can preferably be used as antigens for the production of antibodies.
  • These subsections are preferably regions of the sequences disclosed in FIGS. 2 (b) or 3 (c) or their derivatives, alleles or fragments, which at least partially make up the protein surface in the spatial model of the proteins.
  • Transgenic animals are a further subject of the present invention (claim 11).
  • the transgenic animals according to the invention are animals which have been genetically modified in such a way that they express or contain an amount of a gene product according to the invention which is modified in comparison to the normal animal in at least one tissue.
  • those animals are also included that either tw. or completely no longer have, or (b) indeed have sequences according to the invention at the genetic level, but cannot transcribe and / or translate them and therefore no longer contain the gene product.
  • the native 7B6 or 11B4 sequence (s) can be supplemented by at least one DNA sequence according to the invention or substituted by at least one DNA sequence according to the invention ,
  • the substituted and / or supplemented sequence (s) are sequences according to the invention which are non-native in nature.
  • transgenic and “knock-out” animals in particular mice, rats, pigs, fruit flies or zebrafish, with respect to sequences according to the invention, is carried out in a manner familiar to the person skilled in the art expressed in transgenic mice, eg under an NSE promoter in neurons, under an MBP promoter in oligodendrocytes etc.
  • the genetically modified animals can then be examined in various disease models (eg experimentally induced stroke, MCAO).
  • the production of "knockout” Animals can also provide information on the effects of inhibitors on the whole organism, since a “knock out model” corresponds in this respect to the inhibition of native sequences according to the invention.
  • all multicellular organisms can be transgenic, in particular mammals, for example mice, rats, sheep, cattle or pigs.
  • transgenic plants are also conceivable.
  • the transgenic organisms can also be so-called "knock-out" animals.
  • the transgenic animals can contain a functional or non-functional nucleic acid sequence according to the invention or a functional or non-functional nucleic acid construct alone or in combination with a functional or non-functional sequence which codes for 7B6 or 11B4 proteins.
  • transgenic animals in the germ cell of which len or all or part of the somatic cells or in their germ cells or all or part of the somatic cells the native 7B6 or 11B4 nucleotide sequence (s) have been changed by genetic engineering methods or have been interrupted by inserting DNA elements.
  • a further possibility of using a nucleotide sequence according to the invention or parts thereof is the generation of transgenic or knock-out or conditional or region-specific knock-out animals or specific mutations in genetically modified animals (Ausubel et al. (Eds.) 1998, Cur- rent Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York and Torres et al., (eds.) 1997, Laboratory protocols for conditional gene targeting, Oxford University Press, Oxford).
  • animal models Via transgenic overexpression or genetic mutation (zero mutation or specific deletions, insertions or changes) by homologous recombination in embryonic stem cells, animal models can be generated which provide valuable further information about the (patho-) physiology of the sequences according to the invention. Animal models produced in this way can represent essential test systems for evaluating novel therapeutic agents which influence the biological function of proteins according to FIGS. 2 (b) or 3 (c) for neural, vascular or other processes.
  • Another object of the present invention is an antibody which recognizes an epitope on a gene product according to the invention, in particular a protein according to the invention according to FIGS. 2 (b) or 3 (c) or derivatives, fragments or isoforms or alleles (claim 12), but also can be directed against, for example, mRNA according to the invention.
  • the term “antibody” encompasses both polyclonal antibodies and monoclonal antibodies (claim 13), chimeric antibodies, anti-idiotypic antibodies (directed against antibodies according to the invention), all of which are present in bound or soluble form and can optionally be labeled by “label”, and also fragments of the abovementioned antibodies.
  • antibodies according to the invention can also occur in recombinant form as fusion proteins with other (protein) components. Fragments as such or fragments of antibodies according to the invention as constituents of fusion proteins are typically produced by the methods of enzymatic cleavage, protein synthesis or the recombination methods familiar to the person skilled in the art. According to the present invention, the term antibodies means both polyclonal, monoclonal, human or humanized or recombinant antibodies or fragments thereof, single chain antibodies or synthetic antibodies.
  • the polyclonal antibodies are heterogeneous mixtures of antibody molecules which are produced from sera from animals which have been immunized with an antigen.
  • the subject of the invention also includes polyclonal monospecific antibodies which are obtained after the antibodies have been purified (for example via a column which is loaded with peptides of a specific epitope).
  • a monoclonal antibody contains an essentially homogeneous population of antibodies which are specifically directed against antigens, the antibodies having essentially the same epitope binding sites.
  • Monoclonal antibodies can be obtained by methods known in the art (e.g., Koehler and Milstein, Nature, 256, 495-397, (1975); U.S.
  • Patent 4,376,110 Ausübel et al., Harlow and Lane “Antibodies” : Laboratory Manual, Cold Spring, Harbor Laboratory (1988); Ausubel et al., (Eds), 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York).).
  • the description contained in the abovementioned references is called Part of the present invention included in the disclosure of the present invention.
  • Antibodies according to the invention which have been genetically engineered can also be produced by methods as described in the aforementioned publications.
  • antibody-producing cells are attracted to this, and the mRNA, if the optical density of the cells is sufficient, is cell-lysed with guanidine thiocyanate, acidified with sodium acetate, extracted with phenol, chloroform / isoamyl alcohol, precipitated with isopropanol and washed with ethanol from the cells isolated in a known manner. Then the reverse transcriptase is used to synthesize cDNA from the mRNA.
  • the synthesized cDNA can be inserted directly or after genetic manipulation, for example by "site directed mutagenesis", introduction of insertions, inversions, deletions or base exchanges into suitable animal, fungal, bacterial or viral vectors and expressed in the corresponding host organisms.
  • Bacterial or yeast vectors such as pBR322, pUCl ⁇ / 19, pACYC184, lambda or yeast mu vectors are preferred for cloning the genes and for expression in bacteria such as E. coli or in yeast such as Saccharomyces cerevisiae.
  • Specific antibodies against the proteins according to the invention can be suitable both as diagnostic reagents and as therapeutic agents for diseases in which 7B6 or 11B4 is of pathophysiological importance.
  • Antibodies according to the invention can belong to one of the following immunoglobulin classes: IgG, IgM, IgE, IgA, GILD and possibly a subclass of the abovementioned classes, such as the subclasses of the IgG or mixtures thereof.
  • IgG and its subclasses such as IgGl, IgG2, IgG2a, IgG2b, IgG3 or IgGM are preferred.
  • the IgG subtypes IgGl / k or IgG2b / k are particularly preferred.
  • a hybridoma cell clone that monoclonal antibodies according to the invention can be cultured in vitro, in situ or in vivo. Large titers of monoclonal antibodies are preferably produced in vivo or in situ.
  • the chimeric antibodies according to the invention are molecules which contain different constituents, and these are derived from different animal species (for example antibodies which have a variable region which is derived from a mouse monoclonal antibody and a constant region of one) have human immunoglobulin). Chimeric antibodies are preferably used, on the one hand, to reduce the immunogenicity in use and, on the other hand, to increase the yields in production, for example, murine monoclonal antibodies give higher yields from hybridoma cell lines, but also lead to higher immunogenicity in humans , so that human / murine chimeric antibodies are preferably used. Chimeric antibodies and methods for their preparation are known from the prior art (Cabilly et al., Proc. Natl. Sei.
  • Such an antibody according to the invention against a leucine-rich sequence section on a protein according to FIGS. 2 (b) or 3 (c) is very particularly preferably directed as an epitope (claim 14).
  • An anti-idiotypic antibody according to the invention is an antibody which recognizes a determinant which is generally associated with the antigen binding site of an antibody according to the invention.
  • An anti-idiotypic antibody can be produced by immunizing an animal of the same type and genetic type (e.g. a mouse strain) as the starting point for a monoclonal antibody against which an anti-idiotypic antibody according to the invention is directed. The immunized animal will recognize the idiotypic determinants of the immunizing antibody by producing an antibody directed against the idiotypic determinants (namely, an anti-idiotypic antibody of the invention) (U.S. 4,699,880).
  • An anti-idiotypic antibody according to the invention can also be used as an immunogen to elicit an immune response in another animal and to lead to the production of a so-called anti-anti-idiotypic antibody there.
  • the epitope construction of the anti-anti-idiotypic antibody can, but need not, be identical to the original monoclonal antibody which caused the anti-idiotypic reaction. In this way, by using antibodies directed against idiotypic determinants of a monoclonal antibody, other clones which express antibodies of identical specificity can be identified.
  • Monoclonal antibodies which are directed against proteins, analogs, fragments or derivatives of these proteins according to the invention can be used to bind of anti-idiotypic antibodies in corresponding animals, such as. B. the BALB / c mouse. Spleen cells from such an immunized mouse can be used to produce anti-idiotypic hybridoma cell lines that secrete anti-idiotypic monoclonal antibodies. Furthermore, anti-idiotypic monoclonal antibodies can also be coupled to a carrier (KLH, "keyhole limpet hemocyanin”) and then used to immunize further BALB / c mice.
  • KLH "keyhole limpet hemocyanin
  • mice contain anti-anti-idiotypic antibodies which have the binding properties of the original monoclonal antibodies and are specific for an epitope of the protein according to the invention or of a fragment or derivative thereof.
  • the anti-idiotypic monoclonal antibodies thus have their own idiotypic epitopes or "idiotopes" which are structurally similar to the epitope to be examined.
  • antibody is intended to include both intact molecules and fragments thereof. Fragments include all shortened or modified antibody fragments with one or two binding sites complementary to the antigen, such as antibody parts with a binding site formed by light and heavy chains corresponding to the antibody, such as Fv, Fab or F (ab ') 2 fragments or Single strand fragments, called. Shortened double-strand fragments such as Fv, Fab or F (ab ') 2 are preferred. Fab and F (ab ') 2 fragments lack an Fc fragment, such as present in an intact antibody, so that they can be transported faster in the bloodstream and have comparatively less non-specific tissue binding than intact antibodies.
  • Fab and F (ab ') fragments of antibodies according to the invention can be used in the detection and quantification of proteins according to the invention. Such fragments are typically produced by proteolytic cleavage made by enzymes such.
  • A. papain (for the production of Fab fragments) or pepsin (for the production of F (ab ') 2 , fragments) can be used, or can be obtained by chemical oxidation or by genetic engineering of the antibody genes.
  • the present invention also relates to mixtures of antibodies for the purposes of the present invention.
  • mixtures of antibodies can also be used for all of the methods or uses described according to the present invention.
  • Both purified fractions of monoclonal antibodies, polyclonal antibodies or mixtures of monoclonal antibodies are used as medicaments and are used in the manufacture of medicaments for the treatment of cerebral ischemia (e.g. stroke), degenerative diseases, in particular neurodegenerative diseases, and neurological diseases, such as e.g. Epilepsy.
  • Antibodies according to the invention can be used in a sample for the quantitative or qualitative detection of a gene product according to the invention, in particular proteins according to FIGS. 2 (b) or 3 (c) or their fragments or derivatives for the detection of cells which express and optionally secrete proteins according to the invention.
  • a gene product according to the invention in particular proteins according to FIGS. 2 (b) or 3 (c) or their fragments or derivatives for the detection of cells which express and optionally secrete proteins according to the invention.
  • the use of antibodies according to the invention as diagnostic agents is disclosed.
  • the amount of gene product according to the invention and possibly its activity (eg specific phosphorylation) of the proteins according to FIGS. 2 (b) or 3 (c) can be determined using antibodies according to the invention.
  • the detection can be achieved with the help of immunofluorescence methods, the fluorescence-labeled antibodies in combination with light microscopy. roscopy, flow cytometry or fluorometric detection can be performed.
  • Antibodies according to the invention in the sense of the invention are suitable for histological examinations, such as in the context of immunofluorescence or immunoelectroscopy, for the in situ detection of a protein according to the invention.
  • the in situ detection can be carried out by taking a histological sample from a patient and adding labeled antibodies according to the invention to such a sample.
  • the antibody (or a fragment of this antibody) is applied to the biological sample in labeled form. In this way it is not only possible to determine the presence of protein according to the invention in the sample, but also the distribution of the protein according to the invention in the tissue examined.
  • the biological sample can be a biological fluid, a tissue extract, harvested cells, such as. B.
  • the labeled antibody can be detected by methods known in the art (eg by fluorescence methods).
  • the biological sample can also on a solid phase support, such as. B. nitrocellulose or another carrier material, so that the cells, cell parts or soluble proteins are immobilized.
  • the carrier can then be washed one or more times with a suitable buffer, with subsequent treatment with a detectably labeled antibody according to the present invention.
  • the solid phase support can then be washed with the buffer a second time to remove unbound antibody.
  • the amount of bound label on the Solid phase carriers can then be determined using a conventional method.
  • the carrier can be of either partially soluble or insoluble character to meet the conditions of the present invention.
  • the carrier material can take any shape, e.g. B. in the form of beads, or cylindrical or spherical, with polystyrene beads are preferred as a carrier.
  • Detectable antibody labeling can be done in different ways.
  • the antibody can be bound to an enzyme, the enzyme finally being used in an immunoassay (EIA).
  • EIA immunoassay
  • the enzyme can then react later with a corresponding substrate, so that a chemical compound is formed which can be detected in a manner familiar to the person skilled in the art and, if necessary, quantified, e.g. B. by spectrophotometry, fluorometry or other optical methods.
  • the enzyme can be malate dehydrogenase, staphylococcal nuclease, delta-5 steroid isomerase, yeast alcohol dehydrogenase, alpha-glycerophosphate dehydrogenase, triosephosphate isomerase, horseradish peroxidase, alkaline phosphatase, asparagine, glucose oxydase , beta-galactosidase, ribonuclease, urease, catalase, glucose-6-phosphate dehydrogenase, glucoamylase or acetylcholine esterase.
  • the detection is then made possible via a chromogenic substrate which is specific for the enzyme used for the labeling and can finally be carried out, for example, by comparing the substrate implemented by the enzyme reaction with a comparison with control standards.
  • Detection can also be ensured by other immunoassays, for example by radioactive labeling of the antibodies or antibody fragments (that is to say by a radioimmunoassay (RIA; Laboratory Techniques and Biochemistry in Molecular Biology, Work, T. et al. North Holland Publishing Company, New York (1978)
  • RIA radioimmunoassay
  • the radioactive isotope can be detected and quantified by using scintillation counters or by car radography.
  • Fluorescent compounds can also be used for labeling, for example compounds such as fluorescinisothiocyanate, rhodamine, phyoerythrin, phycocyanin, allophycocyanin, o-phthaldehyde and fluorescamine.
  • fluorescent-emitting metals such as. B. 152 E or other metals from the lanthanide group can be used. These metals are attached to the antibody via chelate groups, such as. B. coupled to diethylenetriaminepentaacetic acid (ETPA) or EDTA.
  • the antibody according to the invention can be coupled via a compound which acts with the aid of chemiluminescence.
  • the presence of the chemiluminescence-labeled antibody is then detected via the luminescence which arises in the course of a chemical reaction.
  • luminol examples of such compounds are luminol, isoluminol, acridinium esters, imidazole, acridinium salt or oxalate esters.
  • bioluminescent compounds can also be used. Bioluminescence is a subspecies of chemiluminescence found in biological systems, where a catalytic protein increases the efficiency of the chemiluminescent reaction. The bioluminescent protein is in turn detected via luminescence, with luciferin, luciferase or aequorin, for example, being suitable as the bioluminescent compound.
  • An antibody according to the invention can be used for use in an immunometric assay, also known as a "two-site” or “sandwich” assay.
  • Typical immunometric assay systems include so-called “forward” assays, which are distinguished by the fact that antibodies according to the invention are bound to a solid phase system and that the antibody is brought into contact with the sample being examined in this way.
  • the antigen is isolated from the sample by the formation of a binary solid phase-antibody-antigen complex from the sample.
  • the solid support is washed to remove the remainder of the liquid sample, including any unbound antigen, and then contacted with a solution containing an unknown amount of the labeled detection antibody.
  • the labeled antibody serves as a so-called reporter molecule.
  • the solid phase support is washed again to remove unreacted labeled antibodies.
  • a so-called “sandwich assay” can also be used.
  • a single incubation step can be sufficient if the antibody bound to the solid phase and the labeled antibody are both applied to the sample to be tested at the same time
  • the solid phase support is washed to remove residues of the liquid sample and the unassociated labeled antibody, and the presence of labeled antibody on the solid phase support is determined in exactly the same way as in the conventional "forward" sandwich assay so-called reverse assay, a solution of the labeled antibody is first gradually added to the liquid sample adds, followed by the addition of unlabeled antibody bound to a solid phase support after a suitable incubation period.
  • the solid phase support is washed in a conventional manner in order to free it from sample residues and from labeled antibody which has not reacted.
  • the determination of the labeled antibody which has reacted with the solid phase support is then carried out as described above.
  • This method for the expression of gene products which are based on a DNA sequence according to the invention does not serve to concentrate and purify the corresponding gene product, but rather to influence the cell metabolism by introducing the DNA sequences according to the invention via the expression of the associated gene product ,
  • the use of the host cells transformed with the aid of expression vectors as a medicament or for the manufacture of a medicament in particular for the purpose of treating diseases, for example tumor diseases, neurological diseases, neurodegenerative diseases (for example multiple sclerosis, Parkinson's disease), is cerebral Ischemia (e.g. stroke).
  • host cells according to the invention are made available in the case of diseases which are based on incorrect regulation of apoptosis, necrosis, cell growth or cell plasticity.
  • a method for isolating gene products with at least one partial sequence homologous with the amino acid sequence of 7B6 or 11B4 according to the invention is at least over a partial sequence of at least 20, preferably at least 30 AS, the host cells being transformed with an expression vector according to the invention and then are cultivated under suitable conditions which promote expression, so that the gene product can finally be purified from the culture (claim 16).
  • the gene product according to the invention of the DNA sequence according to the invention can, depending on the expression system, be isolated from a culture medium or from cell extracts.
  • the respective isolation methods and the method for the purification of the recombinant protein encoded by a DNA according to the invention strongly depend on the type of the host cell or also on the fact whether the protein is secreted into the medium.
  • expression systems can be used which lead to the secretion of the recombinant protein from the host cell.
  • the culture medium must be concentrated using commercially available protein concentration filters, for example Amicon or Millipore Pelicon.
  • a purification step can be carried out, for example a gel filtration step or a purification using column chromatographic methods.
  • an anion exchanger can be used which has a matrix with DEAE.
  • HPLC steps can then be used to further purify a polypeptide encoded by a DNA according to the invention. It can be one or more steps. In particular the "reversed phase” method is used. These steps serve to obtain an essentially homogeneous recombinant protein of a DNA sequence according to the invention.
  • transformed yeast cells can also be used.
  • the translated protein can be secreted, so that protein purification is simplified.
  • Secreted recombinant protein from a yeast host cell can be obtained by methods as described in Urdal et al. (J. Chromato. 296: 171 (1994)) and form part of the disclosure of the present invention.
  • Nucleic acid sequences according to the invention in particular DNA sequences according to the invention, and / or gene products according to the invention can be used as medicaments or for the production of a medicament (claim 17). These can be administered as such (for example buccally, intravenously, orally, parenterally, nasally, subcutaneously) or in combination with other active ingredients, auxiliaries or additives typical of drugs.
  • Nucleic acid according to the invention can be injected as naked nucleic acid, in particular intravenously, or can be administered to the patient using vectors. These vectors can be plasmids as such, but also viral vectors, in particular retroviral or adenoviral vectors, or also liposomes which can have naked DNA according to the invention or a plasmid which contains DNA according to the invention.
  • sequences according to the invention in particular the nucleotide or amino acid sequences of 7B6 or 11B4 or their variants, as well as protein heteromers according to the invention and reagents according to the invention derived therefrom (oligonucleotides, antibodies, peptides) is therefore of advantage for the manufacturers.
  • treatment of a medicament for therapeutic purposes ie for the treatment of diseases.
  • the therapeutic use for the treatment or for the manufacture of a medicament for the treatment of diseases or pathophysiological conditions based on incorrectly controlled homeostasis of cell death and proliferation events is very particularly preferred (claim 18).
  • the use according to the invention can influence cell death processes, for example cascades which lead to apoptosis, or processes which lead to necrosis, in all cell types which express 7B6 and / or 11B4 and or a native variant thereof, in particular in neural cells , for example by modulating cell-cell interactions.
  • the native proteins 7B6 and 11B4 according to the invention are part of intracellular signal transduction pathways, typically as a modulator thereof, the faulty control of which is the cause of a large number of diseases.
  • the above-mentioned proteins according to the invention are found in particular as components in the following cellular processes and have cellular functions in: signal transduction in general, cell differentiation, growth, plasticity, regeneration, proliferation, cell death.
  • a pathophysiological condition can be triggered by the infunctionality of a protein according to the invention, for example 7B6 or 11B4, or by infunctional expression or by overexpression thereof, which condition is associated with a malfunction, for example cell differentiation, cell growth, cell plasticity or cell genesis.
  • the administration of functional protein according to the invention or at least a higher expression of the same or an inhibition of the cellularly overexpressed or the expressed infunctional protein may be desired for therapeutic purposes.
  • All the use of 7B6 and / or 11B4 is particularly preferred in connection with their function in neuronal cell death, excitation and neurogenesis.
  • sequences according to the invention for the production of a medicament for the treatment of tumor diseases and neurological diseases, in particular ischemic conditions (stroke)
  • stroke results multiply Sclerosis, neurodegenerative diseases such as Parkinson's disease, amyotrophic lateral sclerosis, heredodegenerative ataxias, neuropathies, Huntington's disease, epilepsy and Alzheimer's disease (claim 19).
  • neurodegenerative diseases such as Parkinson's disease, amyotrophic lateral sclerosis, heredodegenerative ataxias, neuropathies, Huntington's disease, epilepsy and Alzheimer's disease (claim 19).
  • Another object of the present invention is related to the therapeutic use of sequences according to the invention, namely the use of a nucleic acid sequence or protein sequence according to the invention, in particular the nucleotide sequence or amino acid sequence of protein 7B6 or 11B4 or a variant - as defined above - thereof, in particular a fragment Gene therapy in mammals, for example in humans, or gene therapy processes of this type.
  • Gene therapy encompasses all forms of therapy which either introduce sequences according to the invention according to one of claims 1 to 4 into the body or parts thereof, for example individual tissues, or influence the expression of sequences according to the invention.
  • oligonucleotides for example antisense or hybrid RNA-DNA oligonucleotides, with any modifications which contain sequences according to the invention.
  • Viral constructs containing a sequence according to the invention can also be used (this includes all variants, such as fragments, isoforms, all- le, derivatives a) can be used.
  • Corresponding naked DNA sequences according to the invention are also considered in the context of gene therapy. Nucleic acid pieces with enzymatic activity (eg ribozymes) can also be used for gene therapy purposes.
  • nucleic acids or polypeptides according to the invention protein heteromers according to the invention and reagents according to the invention (oligonucleotides, antibodies, peptides) derived therefrom are also possible, for example for the diagnosis of human diseases or of genetic predispositions, for example also in the context of pregnancy examinations. These diseases or predispositions are, in particular, those mentioned above in connection with therapeutic applications.
  • diagnostic methods can be designed as in vivo, but typically ex vivo methods. Ex vivo will serve a typical application of a diagnostic method according to the invention for the qualitative and / or quantitative detection of a nucleic acid according to the invention in a biological sample.
  • Such a method preferably comprises the following steps: (a) incubation of a biological sample with a known amount of nucleic acid according to the invention or a known amount of oligonucleotides which are suitable as primers for an amplification of the nucleic acid according to the invention, (b) detection of the nucleic acid according to the invention by specific hybridization or PCR amplification, (c) comparison of the amount of hybridizing nucleic acid or of nucleic acid obtained by PCR amplification with a quantity standard.
  • the invention also relates to a method for the qualitative and / or quantitative detection of a protein according to the invention.
  • heteromeric or a protein according to the invention in a biological sample which comprises the following steps: (a) incubation of a biological sample with an antibody which is specifically directed against the protein heteromer or against the protein / polypeptide according to the invention, (b) detection of the antibody / antigen complex, (c) Comparison of the amounts of the antibody / antigen complex with a set standard.
  • a biological sample is usually taken from a healthy organism.
  • the property of the 7B6 and / or 11B4 gene can be used in such a way that, after characteristic pathophysiological stimuli, the amount of mRNA of 7B6 and / or 11B4 in cells changes, for example increases.
  • a course assessment (prognosis) of proteins associated with changes in expression rates can be carried out.
  • diseases such as stroke
  • the assessment of therapeutic success the grading of a disease.
  • the treatment according to the invention can be used to monitor the treatment of the diseases mentioned above.
  • Sequences according to the invention can be used in methods for determining polymorphisms thereof, for example in humans. These determined polymorphisms of sequences according to the invention are not only subject to the disclosure of the present invention, but can also be used as prognostic markers for the diagnosis or for the diagnosis of a predisposition to diseases which are associated with a sequence by infunctional expression according to the invention, expression of infunctional sequences according to the invention and / or serve their overexpression. In addition, sequences according to the invention permit research into human hereditary diseases, both monogenic and polygenic diseases. In addition to therapeutic and / or diagnostic uses in the field of human and / or veterinary medicine, the use of nucleic acids or polypeptides according to the invention is also suitable for scientific use.
  • sequences according to the invention allow, in a manner known to the person skilled in the art, for example to identify sequences related to single or multi-cell organisms via cDNA libraries or to localize sequences related to the human genome.
  • the nucleotide sequences according to the invention in particular the sequences of 7B6 and / or 11B4, can thus be used to include genes for mRNAs which code for these nucleic acids or their functional equivalents, homologs or derivatives in, for example, murine or other animal genomes and in the human genome isolate common methods by homology screening, map them and correct them with markers for human hereditary diseases. This enables the gene to be identified as the cause of certain hereditary diseases, which considerably simplifies their diagnosis and enables new therapeutic approaches.
  • hereditary diseases can thus be diagnosed, which is why they are used as markers, from which a diagnosis method according to the invention for hereditary diseases arises.
  • test system for scientific use, which is based on amino acid and / or nucleotide sequences according to the invention.
  • the cDNA, the genomic DNA, the regulatory elements of the nucleic acid sequences according to the invention, as well as the polypeptide, and partial fragments thereof can be used in recombinant or non-recombinant form to develop a test system.
  • Such a test system according to the invention is particularly suitable for measuring the activity of the promoter or of the protein in the presence of the test substance. sen.
  • test substances preferably simple measurement methods (colorimetric, luminometric, based on fluorescence or radioactive) which allow the rapid measurement of a large number of test substances (Böhm, Klebe, Kubinyi, 1996, active ingredient design, Spektrum-Verlag, Heidelberg).
  • the test systems described allow chemical libraries to be searched for substances which have inhibitory or activating effects on proteins according to the invention.
  • the identification of such substances represents the first step on the way to the identification of new types of drugs that have a specific effect on, for example, 7B6 or HB4-associated signal transduction.
  • An inhibition of the biological activity of protein according to the invention typically the biological activity in connection with apoptosis, proliferation, regeneration, cell growth, such as, for example, in the case of a stroke, the septic shock, GvHD, degenerative diseases, in particular neurodegenerative diseases, acute hepatitis or other indications disclosed herein, can also be achieved by using oligonucleotides which are known to those skilled in the art and which are suitable for an antisense strand of the native sequences of the 7B6 proteins or code 11B4 to infiltrate the affected cells.
  • the translation of the native mRNA of, for example, 7B6 or 11B4 is blocked in the appropriately transformed cells, which preferably increases the survivability of the transfected cell or has a modulating effect on cell growth, cell plasticity, cell proliferation.
  • the method described above can be used with the aid of recombinant viruses.
  • ribozymes are used which can cut a target mRNA.
  • ribozymes are therefore disclosed and represent an object of the present invention which can cleave native 7B6 (or HB4) mRNA.
  • Ribozymes according to the invention must be able to interact with the target mRNA according to the invention, for example via base pairing, and then cleave the mRNA in order to block the translation of, for example, 7B6 or 11B4.
  • the ribozymes according to the invention are introduced into the target cells via suitable vectors (in particular plasmids, modified animal viruses, in particular retroviruses), the vectors, in addition to possibly other sequences, having a cDNA sequence for a ribozyme according to the invention).
  • suitable vectors in particular plasmids, modified animal viruses, in particular retroviruses
  • the vectors in addition to possibly other sequences, having a cDNA sequence for a ribozyme according to the invention.
  • a chemical compound according to the invention will in particular modulate, typically inhibit (claim 20) the intracellular function of the proteins 7B6 and / or 11B4 or influence the biological function at the level of the underlying DNA sequences according to the invention.
  • Compounds according to the invention will typically bind specifically to a protein with an amino acid sequence according to FIGS.
  • Chemical compounds are therefore disclosed according to the invention, preferably an organic chemical compound with a molecular weight of ⁇ 5000, in particular ⁇ 3000, in particular ⁇ 1500, which is typically well tolerated physiologically and can preferably pass the blood-brain barrier (claim 21) , Possibly. it will be part of a composition with at least one further active ingredient and preferably auxiliaries and / or additives and can be used as a medicament.
  • the organic molecule will be particularly preferred if the binding constant for binding to a protein according to the invention, in particular to the leucine-rich domain of a protein according to the invention, is at least 10 7 mol -1 .
  • the compound according to the invention will preferably be such that it can pass through the cell membrane, be it by diffusion or via (intra) membranous transport proteins (claim 22), if appropriate after appropriate modification, for example with a coupled AS sequence.
  • those compounds which inhibit or enhance the interaction of 7B6 or 11B4 with binding partners in particular for the transduction of an apoptotic or necrotic, proliferative or growth-inducing or regenerative signal.
  • Such compounds in particular occupy positions on the surface of proteins according to the invention or cause a local conformational change in the proteins according to the invention, so that the binding of a native binding partner to a protein according to the invention is prevented.
  • Structural analyzes of the protein according to the invention can be used to specifically find compounds according to the invention which have a specific binding affinity (rational drug design (Böhm, Klebe, Kubinyi, 1996, active ingredient design, Spektrum Verlag, Heidelberg)).
  • a specific binding affinity rational drug design (Böhm, Klebe, Kubinyi, 1996, active ingredient design, Spektrum Verlag, Heidelberg)
  • the compound according to the invention is an antibody, preferably an antibody directed against a protein according to the invention, for example 7B6 or 11B4, or else an antibody directed against the underlying mRNA, which is ex vivo in retransplanted host cells or by gene therapy in vivo
  • the process is introduced into host cells and is not secreted as "intrabody” there, but can exert its effect intracellularly.
  • introduction into host cells is not secreted as "intrabody” there, but can exert its effect intracellularly.
  • the cells can be protected against a misdirected apoptotic reaction, for example by overexpression of a protein according to the invention.
  • Such a procedure will typically be considered for cells of those tissues which show apoptotic behavior that is exaggerated in the patient's pathophysiology, that is to say, for example, cells of the pancreas, keratinocytes, connective tissue cells, immune cells, neurons or muscle cells.
  • cells modified in this way with "intrabodies” according to the invention are also part of the present invention.
  • a compound according to the invention with the function of blocking the biological function of native 7B6 or 11B4 according to FIGS. 2 (b) or 3 (c) or corresponding native alleles or native splice variants, for example the apoptotic function, can be used as a medicament.
  • All the aforementioned variants are included as compounds here, for example, organic chemical compounds, antibodies, anti-sense oligonucleotides, ribozymes.
  • a compound according to the invention for the manufacture of a medicament for the treatment of diseases for which at least tw. a pathological hyperapoptotic or hypernecrotic or inflammatory reaction is causal or symptomatic.
  • An inhibitor according to the invention for example an antibody with an inhibitory effect (in particular an intrabody), a ribozyme, anti-sense RNA, dominant-negative mutants or one of the above-mentioned inhibitory organochemical compounds
  • the apoptotic reaction are used as medicinal products and very particularly in the treatment of the following diseases or for the manufacture of a medicinal product for the treatment of the following diseases: tumor diseases, autoimmune diseases, in particular diabetes, psoriasis, multiple sclerosis, rheumatoid Arthritis or asthma, viral infectious diseases (e.g. HIV), degenerative diseases, in particular neurodegenerative diseases, e.g. Alzheimer's or Parkinson's disease, epilepsy or muscular dystrophy, GvHD (e.g. liver, kidney or heart), ischemic infarction or acute hepat it is.
  • tumor diseases e.g., autoimmune diseases, in particular diabetes, psoriasis, multiple sclerosis, rheumatoid Arthritis or asthma
  • viral infectious diseases e.g. HIV
  • degenerative diseases in particular neurodegenerative diseases, e.g. Alzheimer's or Parkinson's disease, epilepsy or muscular dystrophy, GvHD (e.g. liver, kidney or heart
  • apoptosis-inhibiting substances according to the invention can also be part of a pharmaceutical composition which contain further pharmaceutical excipients and / or additives can, in order to stabilize such compositions for therapeutic administration, for example, to improve the bioavailability and / or the pharmacodynamics.
  • the present invention further relates to methods (“screening methods”) for identifying pharmaceutically active compounds, in particular with inhibitory properties with regard to the triggering or forwarding of signals which are associated with apoptotic reactions triggered by physiologically occurring sequences according to the invention stand (claim 23).
  • Methods according to the invention provide that (a) cells are transfected with an expression vector according to claim 5, in particular an expression vector which codes for the polypeptide 7B6 or 11B4, and optionally at least one expression vector which codes for at least one reporter gene, and (b) a parameter mediated to observe the 7B6 or 11B4, for example the apoptosis, suitable parameters, in particular the activation of the caspase-3, was measured after adding a test compound compared to the control without adding a test compound for the host cell system obtained in (a) becomes.
  • “high-throughput screening assays” for identifying inhibitors of 7B6 or 11B4 are disclosed.
  • MAP cascade is reconstituted in vitro, with the individual components as GST- Fusion proteins (E. coli expressed) or, in the case of cRAFl, produced with the baculovirus system (claim 25).
  • the first element of the cascade (MAP-KKK) must be constantly activated in order to be able to reliably test inhibitors.
  • the binding sites of the identified and pharmacologically active substances to the gene products according to the invention can be determined with the aid of the two-hybrid system or other assays, ie the amino acids responsible for the interaction are limited (claim 24).
  • substances can also be found with which the interaction between the invention according to polypeptides and any native intracellular interaction partners thereof can be influenced, in particular inhibited.
  • a method for finding substances with specific binding affinity for the protein according to the invention is disclosed according to the invention.
  • a target for a pharmaceutically active compound is therefore preferably the regulation of transcription, for example by specific binding of the substances to a regulator region (for example promoter or enhancer sequences) of a gene product according to the invention, binding to one or more transcription factors of a gene product according to the invention (with the result of an activation or inhibition of the transcription factor) or a regulation of the expression (transcription or translation) of such a transcription factor itself.
  • a regulator region for example promoter or enhancer sequences
  • a pharmaceutically active compound according to the invention can also intervene in other control processes of the cell which, for example, can influence the expression rate of a protein according to the invention (for example translation, splicing processes, native derivatization of a gene product according to the invention, for example phosphorylations, or regulation of the degradation of a gene product according to the invention ,
  • the present invention further relates to methods for identifying cellular interaction partners of polypeptides according to the invention, in particular proteins 7B6 or 11B4 or their natively occurring variants (isoforms, alleles, splice forms, fragments) (claim 27).
  • proteins can be identified as interaction partners which have specific binding affinities for the protein according to the invention, or for the identification of nucleic acids which code for proteins which have specific binding affinities for the protein according to the invention.
  • Such a method according to the invention or the use of polypeptides according to the invention, nucleic acid sequences according to the invention and / or nucleic acid constructs according to the invention for carrying out such methods is preferably carried out with the aid of a “yeast two hybrid” screening (y2h “screens”) alone or in combination with other biochemical processes (Fields and Song, 1989, Nature, 340, 245-6).
  • y2h “screens” screening yeast two hybrid” screening
  • Such screens can also be found in Van Aelst et al. (1993, Proc Natl Acad Sei USA, 90, 6213-7) and Vojtek et al. (1993, Cell, 74, 205-14).
  • mammalian systems can also be used to carry out a method according to the invention, for example as in Luo et al. (1997, Biotechniques, 22, 350-2).
  • a y2h screen the open reading frame of 7B6-1, 11B4 or a native variant is cloned, for example, into a so-called bait vector "in-frame" with the GAL4 binding domain (eg pGBTIO, from Clontech) preferably a so-called “prey library” in a yeast strain is searched for interacting proteins according to the usual protocol.
  • Kinase-negative mutants are preferably used for this, since these often interact more stably with any phosphorylation targets.
  • Serin / threonine kinases in a metabolic pathway can be brought into spatial proximity by adapter molecules in order to be able to carry out specific phosphorylations better (Chang et al., 1998, Science, 281, 1860-3), (Yasuda et al., 1999, Mol Cell Biol, 19, 7245-54, (Whitmarsh and Davis, 1998, Trends Biochem Be, 23, 481-5), Whitmarsh et al., 1998, Science, 281, 1671-4). It is therefore also possible according to the invention to encounter phosphorylation targets in two steps in the yeast-two-hybrid system, by first cloning an adapter protein and using this to determine the specific target protein (“target”) as “bait”. So-called mapping experiments can also be carried out with y2h systems in order to identify specific interaction domains.
  • interaction partners can also use co-immunoprecipitations from cells transfected with 7B6 or IIB4 (or their native variants) to purify proteins that bind to them, and protein sequencing methods (eg MALDI-TOF, ESI tandem MALDI) below identify the associated genes.
  • protein sequencing methods eg MALDI-TOF, ESI tandem MALDI
  • Another object of the present invention is therefore the use of the two-hybrid system or other biochemical methods for the identification of interaction domains of 7B6 or 11B4 or natively occurring variants thereof and the use of these interaction domains (fragments of the native sequences) for pharmacotherapeutic intervention.
  • polypeptides according to the invention in particular natively occurring forms or also non-native, artificially produced variants, the biological function of which is to be investigated, can be used according to the invention in an apoptosis assay or in a method for examining the function and / or effectiveness of polypeptides according to the invention in induction , Transduction or inhibition of cell death signals are used.
  • the involvement of 7B6, 11B4 or the aforementioned variants in apoptotic cascades can be investigated by transfecting expression constructs with 11B4 or 7B6 or variants in eukaryotic cells, and then the induction of apoptosis can be examined.
  • apoptosis may be cell type-specific, which is why, according to the invention, preferably several cell lines and primary cells are examined.
  • the induction of apoptosis can also be stimulus-specific. Therefore, in a method according to the invention, preferably several stress situations are used, for example heat shock, hypoxia conditions, cytokine treatments (for example II-1, 11-6, TNF-alpha, H 2 O 2 treatment).
  • Typical cell types for such a method according to the invention are customary cell lines, for example Cos cells, HEK cells, PC12 cells, THP-1 cells, or primary cells such as neurons, astrocytes, as well as other immortalized and primary cells Cell lines as needed.
  • the present invention further relates to the use of nucleic acids according to the invention, nucleic acid constructs or gene products according to the invention for carrying out a proliferation assay.
  • the involvement of 11B4, 7B6 and native or non-native variants thereof in the growth of cells in the course of the cell cycle or in tumorigenic transformation can be investigated by transfecting expression constructs with 7B6 or 11B4 or corresponding variants into eukaryotic cells and then, for example.
  • the induction of tumorigenicity is examined, for example with the aid of a soft agar test (Housey, et al., 1988, Adv Exp Med Biol, 234, 127-40).
  • Common cell lines such as Cos cells, HEK cells, PC12 cells, THP-1 cells, and primary cells such as neurons, astrocytes, as well as other immortalized and primary cell lines as required, are considered as preferred cell types.
  • the function of gene products according to the invention on the ras signal transmission path and the interaction of gene products according to the invention with other components of the ras signal transmission path can be investigated, in particular with regard to proliferative processes.
  • Another object of the present invention is the use of a DNA sequence according to one of claims 1 to 4 or a gene product according to one of claims 8 to 10 as a suicide gene / protein for the in vivo or ex vivo transformation of host cells (claim 29).
  • a DNA sequence according to one of claims 1 to 4 or a gene product according to one of claims 8 to 10 as a suicide gene / protein for the in vivo or ex vivo transformation of host cells (claim 29).
  • cell death can be triggered in a targeted manner in host cells.
  • the use of a DNA sequence according to the invention or a protein according to the invention will be designed so that the suicide gene is operably linked to a promoter, the Transcription is repressed and is only activated when necessary (claim 30).
  • the transfected cell can be specifically switched off after transplantation of patient cells ex vivo or in vivo as part of a gene therapy.
  • Figure 2 (a) shows the nucleotide sequence of human protein 7B6 (Seq ID 4).
  • Figure 2 (b) shows the amino acid sequence of human protein 7B6 (Seq ID 5), progressively from the N- to the C-terminus.
  • Figure 3 (a) shows the nucleotide sequence of human protein 11B4, namely splice variant 1.
  • Figure 3 (b) shows the nucleotide sequence of human protein 11B4, namely splice variant 2.
  • Figure 3 (c) shows the amino acid sequence of protein 11B4 (Seq ID 6), running from the N to the C terminus.
  • a protein not yet defined in full length and correspondingly not yet characterized in its function, including the underlying DNA sequence was cloned due to a differential regulation in the central nervous system.
  • RNA products of genes 11B4, 7B6 were increasingly expressed and could be cloned using a differential cloning system (restriction-mediated differential display, RMDD).
  • the thread model (middle cerebral artery occlusion, MCAO) was used to induce focal cerebral ischemia, a valid model for stroke disease in humans.
  • This experimental system was used according to the invention to identify genes which, in addition to other functions, are also of pathophysiological importance for events after cerebral ischemia.
  • the experimental procedure was as follows, and molecular targets for new drugs in neurodegenerative diseases can be represented.
  • mice were used to induce focal cerebral ischemia in c57 / bl6 mice.
  • a 5-0 prolene thread from Ethicon
  • Ethicon which was coated with 0.1% poly-L-lysine
  • the correct position of the thread is indicated by a drop in the laser Doppler signal (from Perimed) to 10-20% of the output signal.
  • determination of additional physiological parameters awaken the mice from anesthesia.
  • the mice are anesthetized again and the thread is withdrawn. This causes tissue reperfusion. After certain reperfusion times, the mice are killed by a broken neck, and the brain is immediately prepared and frozen on dry ice.

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Abstract

Die vorliegende Erfindung betrifft DNA-Sequenzen, Expressions- vektoren, die die erfindungsgemässen DNA-Sequenzen enthalten, Wirtszellen, die die erfindungsgemässen Expressionsvektoren aufweisen und die Genprodukte 7B6 oder 11B4, die durch die erfindungsgemässen Sequenzen kodiert werden. Zudem betrifft die vorliegende Erfindung gegen erfindungsgemässe Genprodukte gerichtete Antikörper, Verfahren zur Expression bzw. Isolierung von erfindungsgemässen Genprodukten, die Verwendung von erfin-dungsgemässen DNA-Sequenzen bzw. Genprodukten als Arzneimittel, pharmazeutisch wirksame Verbindungen und Verfahren zu deren Herstellung sowie Verwendung derartiger erfindungsgemässer Verbindungen.

Description

Proteine 7B6 und 11B4 und zugrundeliegende DNA-Sequenzen
Die vorliegende Erfindung betrifft (i) DNA-Sequenzen, (ii) Ex pressionsvektoren, die erfindungsgemäße DNA-Sequenzen enthalten, (iv) Wirtszellen, die erfindungsgemäße Expressionsvektoren aufweisen, (v) Genprodukte, die durch erfindungsgemäße Sequenzen codiert werden, (vi) hinsichtlich erfindungsgemäßer Sequenzen veränderte transgene Tiere, (vii) gegen erfindungsgemäße Genprodukte gerichtete Antikörper, (viii) Verfahren zur Expression bzw. Isolierung von erfindungsgemäßen Genprodukten, (ix) die Verwendung von erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen bzw. Genprodukten als Arzneimittel, (x) pharmazeutisch wirksame Verbindungen und Verfahren zu deren Herstellung sowie Verwendungen derartiger erfindungsgemäßer Verbindungen und (xi) nicht-therapeutische Verwendungen erfindungsgemäßer DNA- Sequenzen bzw. Genprodukte.
Es ist aus dem Stand der Technik bekannt, daß die Pathophysio- logie des Schlaganfalls, daß der Ras/Erk Signaltransduktions- weg einen großen Einfluß auf NMDA Rezeptor/NOS Aktivierung und die neuronale ischämische Prekonditionierung hat. Die Proteine der Ras/Erk-Kaskade stellen pharmakologische targets dar, da aufgrund definierter biochemischer Funktionen spezifische Inhibitoren gefunden werden können.
Der Schlaganfall stellt die dritthäufigste Todesursache und die Hauptursache für Behinderungen in den westlichen Industrienationen dar. Jedes Jahr erleiden in Deutschland ungefähr 250 000 Menschen einen Schlaganfall, ein Drittel stirbt innerhalb des ersten Monats daran, 60% behalten Behinderungen zurück. Bislang gibt es keine wirksame Therapie für die Mehrzahl dieser Patienten. Die Mehrzahl aller Schlaganfälle in den westlichen Ländern beruht auf Störungen des cerebralen Blutflusses durch Thrombosen oder Embolien. Aus diesem Grund beruhen viele der bisherigen Therapiekonzepte auf der Thrombolyse (bspw. mittels Streptokinase, rtPA, Ancrod) . Aus dem Stand der Technik ist allerdings nunmehr auch bekannt, daß bei der Mehrzahl der Schlaganfälle eine spontane Reperfusion auftritt. Neuere Arbeiten bei Nagetieren lassen auch vermuten, dass der Schaden durch die Reperfusion in einem gewissen Zeitfenster eher größer wird.
Die klinische Wirksamkeit ist für die Thrombolyse teilweise erbracht, hat jedoch nicht zu einer Therapie geführt, die bei der Mehrzahl der Schlaganfälle eingesetzt werden kann. Neuere Forschungsentwicklungen stellen daher auf die Entwicklung neuer Medikamente ab, die direkt das Zelltodprogramm in Neuronen beeinflussen.
Um neuartige Konzepte für die Behandlung der cerebralen Ischämie, deren ausgeprägteste Form der Schianafall darstellt, zu entwickeln, werden in neueren Modellsystemen der cerebralen Ischämie Veränderungen der Genexpression registriert, die in funktionellem Zusammenhang mit dem Ausmaß der Hirnschädigung stehen. Das beste verfügbare Tiermodell ist das sog. Fadenmodell in Nagetieren ("filament model"), bei dem ein beschichteter Nylonfaden die Abzweigung der A. cerebri media verschließt. Durch Zurückziehen des Fadens wird eine Wiederdurchblutung des Infarktgebietes möglich. Aus der Analyse des Transkriptoms zu unterschiedlichen postischämischen Zeitpunkten können neue therapeutische Targets i- dentifiziert werden, die neue Behandlungswege für die Akuttherapie erschliessen. Einzelne Genprodukte, die einer Regulation während des Präkonditionierens unterliegen, konnten bereits identifiziert werden (z.B. IL-lra, TIMP-1, hsp-72) . Bislang ist jedoch eine protektive Wirkung der identifizierten Proteine nicht eindeutig nachgewiesen worden.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es, weitere Proteine und deren zugrundeliegenden Nukleotidsequenzen zu identifizieren, die ihre biologische Wirkung vorzugsweise intrazellulär entfalten. Eine weitere Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es, auf der Basis identifizierter Proteine Verfahren zur Verfügung zu stellen, die es erlauben, Pharmaka zu entwickeln, die in eine Pathophysiologie, die durch Fehlsteuerung der Expression und/oder Expression infunktioneller Varianten bedingt ist, therapeutisch eingreifen können. Damit ist auch das Bereitstellen von entsprechenden Pharmaka eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung.
Die vorliegende Erfindung löst diese Aufgabe durch die Gegenstände der Ansprüche 1, 5, 6, 8, 11, 12, 15, 16, 17, 20, 23, 26 und 27. Vorteilhafte Ausführungsformen sind in den jeweiligen Unteransprüchen beschrieben.
Ein Gegenstand der vorliegenden Erfindung betrifft Nukleinsäu- re-Sequenzen, insbesondere DNA-Sequenzen, die einen Sequenzbereich enthalten, der für ein Polypeptid mit einer Aminosäuresequenz, AS 10 bis AS 45 (7B6), stärker bevorzugt AS 10 bis 75, oder AS 10 bis AS 45 (11B4), stärker bevorzugt AS 10 bis 60 (Numerierung gemäß Figuren 2(b) oder 3 (c) ) codiert, einschließlich aller funktionshomologen Derivate, Fragmente oder Allele. Insbesondere sind alle Nukleinsäure-Sequenzen mitumfaßt, die mit den erfindungsgemäßen Sequenzen hybridisieren, einschließlich der jeweils im Doppelstrang komplementären Sequenzen (Anspruch 1) . In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform werden DNA- Sequenzen offenbart, deren Genprodukt für ein Polypeptid codiert, wie in einer der Figuren 2 (b) oder 3(c) für die Sequenzen 7B6 bzw. 11B4 wiedergegeben, einschließlich aller funktionshomologen Derivate, Allele oder Fragmente einer solchen DNA-Sequenz und auch infunktioneller Derivate, Allele, Analoga oder Fragmente (bspw. DN-Varianten) , die die physiologische Funktion, bspw. apoptotische Signalkaskade, inhibieren können (Anspruch 2) . Auch mit diesen erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen hybridisierende DNA-Sequenzen (einschließlich der Sequenzen des komplementären DNA-Stranges) sind mitoffenbart. Die Herstellung derartiger Derivate, Analoga, Fragmente oder Allele geschieht durch Standardverfahren (Sambrook et al. 1989, Mole- cular Cloning: A Laboratory Manual, Gold Spring Harbor, NY) . Hierbei werden bei den DNA-Sequenzen gemäß Figuren 2(a), 3(a) oder 3 (b) ein oder mehrere Codon(s) insertiert, deletiert oder substituiert, um nach Transkription und Translation ein Polypeptid zu erhalten, das einen Unterschied in bezug auf mindestens eine Aminosäure gegenüber den dazugehörigen nativen oder in den Figuren 2 (b) oder 3(c) dargestellten Sequenzen aufweist.
Zum Erfindungsgegenstand der vorliegenden Anmeldung gehören auch DNA-Teilsequenzen der in den Figuren 2 (a) , 3 (a) oder 3 (b) dargestellten Sequenzen. Diese Teilsequenzen enthalten typischerweise mindestens 60, stärker bevorzugt mindestens 150 und noch stärker bevorzugt mindestens 250 Nukleotide umfassende Fragmente der in den Figuren 2(a), 3(a) oder 3(b) dargestellten Nukleotidsequenzen. Insbesondere codieren bevorzugte Teilsequenzen für Polypeptide, die von 600 (7B6) bzw. AS 150 (11B4) mindestens 20 AS in Richtung N-Terminus verlaufen und ggf. sich bis zum N-Terminus erstrecken können (Numerierung gemäß Figuren 1 bis 3, AS 600 bzw. 150 bildet den C-Terminus) . Andererseits kann die für mindestens 20 AS codierende Teilse- quenz aber auch an einem von den vorgenannten Punkten weiter proximal oder distal liegenden Codons beginnen. Mitoffenbart sind alle Derivate, Analoga oder Allele der vorgenannten offenbarten Teilsequenzen. Auch die sich aus diesen erfindungsgemäßen DNA-Teilsequenzen ergebenden AS-Sequenzen sind als solche oder als Bestandteil in größeren rekombinanten Proteinen mitoffenbart. Insbesondere sind auch alle denkbaren bzw. nativ auftretenden Spleißvarianten der erfindungsgemäßen Sequenzen Bestandteil der vorliegenden Offenbarung.
Weiterhin bevorzugt sind Nukleinsäure-Sequenzen, insbesondere DNA-Sequenzen, die für ein Protein codieren, das mindestens 60% Sequenzidentität, vorzugsweise mindestens 80% und noch stärker bevorzugt mindestens 95%, mit den in den Figuren 2 (b) oder 3(c) dargestellten Sequenzen hat. Nach Isolierung und Sequenzierung sind die erfindungsgemäßen Nukleotidsequenzen gemäß Figuren 2(a), 3(a) oder 3(b) oder deren funktioneile oder infunktionelle Äquivalente, wie z.B. Allelvariantenn oder Isoformen, erhältlich. Unter Allelvarianten werden im Sinne der vorliegenden Erfindung Varianten verstanden, die 60 bis 100 % Homologie auf Aminosäureebene, bevorzugt 70 bis 100 %, ganz besonders bevorzugt 90 bis 100 % aufweisen. Allelvarianten umfassen insbesondere solche funktionellen oder infunktionellen Varianten, die durch Deletion, Insertion oder Substitution von Nukleotiden aus der in den Figuren 2 (a) , 3(a) oder 3(b) dargestellten Sequenzen erhältlich sind, wobei wenigstens noch eine der wesentlichen biologischen Eigenschaften erhalten bleibt.
Homologe oder sequenzverwandte DNA-Sequenzen können aus allen Säugerspezies, einschließlich Mensch, nach gängigen Verfahren durch Homologie-Screening durch Hybridisierung mit einer Probe der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen oder Teilen davon isoliert werden. Unter funktioneilen Äquivalenten sind auch Homologe der in den Figuren 2 (a) , 3 (a) oder 3 (b) dargestellten Sequenzen, beispielsweise ihre Homologen aus anderen Mammalia, verkürzte Sequenzen, Einzelstrang-DNA oder RNA der codierenden und nicht-codierenden DNA-Sequenz zu verstehen. Solche funktioneilen Äquivalente lassen sich ausgehend von den in den Figuren 2 (a) , 3 (a) oder 3 (b) dargestellten DNA-Sequenzen oder Teilen dieser Sequenzen, beispielsweise mit üblichen Hybridisie- rungsverfahren oder der PCR-Technik aus anderen Vertebraten wie Mammalia, isolieren. Damit sind erfindungsgemäß alle mit den Sequenzen gemäß Figuren 2(a), 3 (a) oder 3(b) hybridisierenden Sequenzen mitumfaßt. Diese DNA-Sequenzen hybridisieren unter Standardbedingungen mit den erfindungsgemäßen Sequenzen. Zur Hybrisierung werden vorteilhaft kurze Oligonukleotide der konservierten Bereiche, die auf dem Fachmann bekannte Weise ermittelt werden können, verwendet. Es können aber auch längere Fragmente der erfindungsgemäßen Nukleinsäuren oder die vollständigen Sequenzen für die Hybridisierung verwendet werden.
Je nach der verwendeten Nukleinsäure-Sequenz (Oligonukleotid, längeres Fragment oder vollständige Sequenz) bzw. je nachdem, welche Nukleinsäureart (DNA oder RNA) für die Hybridisierung verwendet werden, varieren diese Standardbedingungen. So liegen beispielsweise die Schmelztemperaturen für DNA: DNA-Hybride ca. 10 °C niedriger als die von DNA.RNA-Hybriden gleicher Länge. Unter Standardbedingungen sind beispielsweise, je nach Nukleinsäure, Temperaturen zwischen 42 und 58 °C in einer wäßrigen Pufferlösung mit einer Konzentration zwischen 0,1 bis 5 x SSC (1 X SSC = 0,15 M NaCl, 15 mM Natriumeitrat, pH 7,2) o- der zusätzlich in Gegenwart von 50% Formamid, wie beispielsweise 42 °C in 5 x SSC, 50% Formamid, zu verstehen. Vorteilhafterweise liegen die Hybridisierungsbedingungen für DNA: DNA- Hybride bei 0,1 x SSC und Temperaturen zwischen etwa 20 °C bis 45 °C, bevorzugt zwischen etwa 30 °C bis 45 °C. Für DNA:RNA- Hybride liegen die Hybridisierungsbedingungen vorteilhaft bei 0,1 x SSC und Temperaturen zwischen etwa 30 °C bis 55 °C, bevorzugt zwischen etwa 45 °C bis 55 °C. Diese angegebenen Temperaturen für die Hybridisierung sind beispielhaft kalkulierte Schmelztemperaturwerte für eine Nukleinsäure mit einer Länge von ca. 100 Nukleotiden und einem G + C-Gehalt von 50 % in Abwesenheit von Formamid. Die experimentellen Bedingungen für die DNA-Hybridisierung sind in einschlägigen Lehrbüchern der Genetik, wie beispielsweise bei Sambrook et al. ("Molecular Cloning", Cold Spring Harbor Laboratory, 1989) , beschrieben und lassen sich nach dem Fachmann bekannten Formeln, beispielsweise abhängig von der Länge der Nukleinsäuren, der Art der Hybride oder dem G + C-Gehalt berechnen. Weitere Informationen zur Hybridisierung kann der Fachmann folgenden Lehrbüchern entnehmen: Ausübel et al. (eds) , 1985, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York; Harnes and Higgins (eds) , 1985, Nucleic Acids Hybridization: A Practical Approach, IRL Press at Oxford Üniversity Press, Oxford; Brown (ed) , 1991, Essential Molecular Biology: A Practical Approach, IRL Press at Oxford Üniversity Press, Oxford.
Zu Äquivalenten von erfindungsgemäßen Nukleinsäure-Sequenzen gehören auch Derivate der in den Figuren 2 (a) , 3(a) oder 3 (b) dargestellten Sequenzen, wie beispielsweise Promotorvarianten. Die Promotoren, die den angegebenen Nukleotidsequenzen gemeinsam oder einzeln vorgeschaltet sind, können durch ein oder mehrere Nukleotidaustausche, durch Insertion (en) und/oder De- letion(en) verändert sein, wobei die die Funktionalität bzw. Wirksamkeit der Promotoren erhalten bleiben kann oder, je nach Bedarf, verändert werden kann. So können die Promotoren durch Veränderung ihrer Sequenz in ihrer Wirksamkeit erhöht oder komplett durch wirksamere Promotoren auch artfremder Organismen ausgetauscht werden. Unter Derivaten sind erfindungsgemäß auch Varianten zu verstehen, deren Nukleotidsequenz im Bereich -1 bis -1000 vor dem Startkodon so verändert wurden, daß die Genexpression und/oder die Proteinexpression verändert, bevorzugt erhöht, wird.
Weiterhin sind unter Derivaten auch Varianten zu verstehen, die vorzugsweise am 3'-Ende verändert wurden. Als solche "Tags" sind in der Literatur z. B. Hexa-Histidin-Anker bekannt oder Epitope, die als Antigene verschiedener Antikörper erkannt werden können (Studier et al., Meth. Enzymol., 185, 1990: 60 - 89 und Ausubel et al. (eds.) 1998, Current Proto- cols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York) . und/oder mindestens eine Signalsequenz zum Transport des translatierten Proteins, bspw. in eine bestimmte Zellorganelle oder in den extrazellulären Raum.
Darüber hinaus kann ein erfindungsgemäßes Nukleinsäurekon- strukt oder eine erfindungsgemäße Nukleinsäure, bspw. gemäß Figuren 2 (a) , 3 (a) oder 3 (b) bzw. deren Derivate, Varianten, Homologe oder insbesondere Fragmente auch in therapeutisch o- der diagnostisch geeigneter Form exprimiert werden. Zur Generierung des rekombinanten Proteins können Vektorsysteme oder Oligonukleotide verwendet werden, die die Nukleinsäuren oder das Nukleinsäurekonstrukt um bestimmte Nukleotidsequenzen verlängern und damit für veränderte Polypeptide kodieren, die bspw. einer einfacheren Reinigung dienen.
Bevorzugt sind weiterhin DNA-Sequenzen, die (c) DNA-Sequenzen erfindungsgemäßer genomischer DNA-Sequenzen enthalten oder diesen entsprechen (Anspruch 4) .
Weiterhin werden erfindungsgemäß vorzugsweise alle DNA- Sequenzen mitoffenbart, die für ein Protein codieren, das im wesentlichen der Aminosäuresequenz der Proteine 7B6 oder 11B4 gemäß Figuren 2 (b) oder 3 (c) entspricht. Diese DNA-Sequenzen erhalten nur eine geringe Zahl an Veränderungen gegenüber der in den vorgenannten Figuren angegebenen Sequenzen, bspw. kann es sich um Isoformen handeln. Die Zahl der Sequenzveränderungen wird typischerweise nicht größer als 10 sein. Derartige im wesentlichen mit den für die Proteine 7B6 oder 11B4 codierenden DNA-Sequenzen entsprechenden DNA-Sequenzen, die gleichfalls für ein biologisch aktives Protein codieren, können durch allgemein bekannte Mutagenese-Verfahren erhalten und die biologische Aktivität der durch die Mutanten codierten Proteine durch Screening-Verfahren, bspw. Bindungsstudien oder die Fähigkeit zur Ausprägung der biologischen Funktion, bspw. im Zusammenhang mit der Apoptose, identifiziert werden. Zu den entsprechenden Mutagenese-Verfahren gehören die „site- directed"-Mutagenese, die die automatisch durchgeführte Synthese eines Primers mit mindestens einer Basenveränderung vorsieht. Nach der Polymersierungsreaktion wird der Heteroduplex- Vektor in einen geeignetes Zellsystem transferiert (z.B. E.coli) und entsprechend transformierte Klone isoliert.
Darüber hinaus kommen alle dem Fachmann geläufigen Methoden für die Herstellung, Modifikation und/oder Detektion von erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen, die in vivo, in situ oder in vitro ausgeführt werden können in Betracht (PCR (Innis et al. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications) oder chemische Synthese) . Durch entsprechende PCR-Pri er können bspw. neue Funktionen in eine erfindungsgemäße DNA-Sequenz eingeführt werden, wie z.B. Restriktionsschnittstellen, Termi- nationscodons. Hierdurch können erfindungsgemäße Sequenzen für den Transfer in Klonierungsvektoren entsprechend entworfen werden.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung betrifft Expressionsvektoren oder ein rekombinantes Nukleinsäurekon- strukt, das eine, wie oben beschrieben, erfindungsgemäße Nuk- leinsäuresequenz, typischerweise eine DNA-Sequenz enthält (Anspruch 5) . Vorteilhafterweise werden hierbei die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen mit mindestens einem genetischen Regulationselement, wie bspw. Transkriptions- und Translationssignalen, funktionell verknüpft. Diese Verknüpfung kann je nach gewünschter Anwendung zu einer nativen Expressionsrate oder auch zu einer Erhöhung bzw. Erniedrigung der nativen Genexpression führen. Mit den solchermaßen hergestellten Expressionsvektoren können anschließend Wirtsorganismen bzw. Wirtszellen transformiert werden, z.B. Zellkulturen aus Säugetierzellen.
Bei dem erfindungsgemäßen Expressionsvektor wird (werden) typischerweise das (die) native(n) Regulationselement (e) eingesetzt werden, d.h. die bspw. Promotor und/oder Enhancer-Region des Gens für das Protein 7B6 und/oder 11B4, bspw. aus Säugetieren, insbesondere entsprechende humane Regulationssequenzen. Ggf. können diese nativen 7B6 oder 11B4- Regulationssequenzen auch genetisch verändert sein, um eine veränderte Expressionsintensität hervorzurufen. Zusätzlich zu diesen nativen 7B6- und/oder HB4-Regulationssequenzen oder anstelle dieser nativen 11B4 (oder 7B6) -Regulationssequenzen können für andere Gene native Regulationselemente erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen vor- und/oder nachgeschaltet (5'- oder 3 '-Regulationssequenzen) sein und gegebenenfalls auch genetisch verändert worden sein, so daß die natürliche Regulation unter der Kontrolle der 11B4-, oder 7B6- Regulationssequenzen ausgeschaltet ist und die Expression der Gene - je nach Wunsch - hierdurch erhöht oder erniedrigt werden kann.
Vorteilhafte Regulationssequenzen für das erfindungsgemäße Verfahren sind beispielsweise in Promotoren wie cos-, tac-, trp-, tet-, trp-tet-, lpp-, lac-, lpp-lac-, laclq-, T7-, T5-, T3-, gal-, trc-, ara-, SP6-, 1-PR- oder im 1-PL-Promotor ent- halten, die vorteilhafterweise in gram-negativen Bakterien Anwendung finden. Weitere vorteilhafte Regulationssequenzen sind beispielsweise in den gram-positiven Promotoren wie amy und SP02, in den Hefepromotoren wie ADCl, MFa , AC, P-60, CYC1, GAPDH oder in Mammaliapromotoren wie CaM-Kinasell, CMV, Nestin, L7, BDNF, NF, MBP, NSE, beta-Globin, GFAP, GAP43, Ty- rosin Hydroxylase, Kainat-Rezeptor-Untereinheit 1, Glutamat- Rezeptor-Untereinheit B enthalten. Prinzipiell können alle natürlichen Promotoren mit ihren Regulationssequenzen wie die bspw. oben genannten für einen erfindungsgemäße Expressionsvektor verwendet werden.
Darüber hinaus können auch synthetische Promotoren vorteilhaft verwendet werden. Diese regulatorischen Sequenzen sollen die gezielte Expression der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequen- zen ermöglichen. Dies kann beispielsweise je nach Wirtsorganismus bedeuten, daß das Gen erst nach Induktion exprimiert oder überexprimiert wird, oder daß es sofort exprimiert und/oder überexprimiert wird. Die regulatorischen Sequenzen bzw. Faktoren können dabei vorzugsweise die Expression positiv beeinflussen und dadurch erhöhen. So kann eine Verstärkung der regulatorischen Elemente vorteilhafterweise auf der Transkriptionsebene erfolgen, indem starke Transkriptionssignale wie Promotoren und/oder "Enhancer" verwendet werden. Daneben ist aber auch eine Verstärkung der Translation möglich, indem beispielsweise die Stabilität der mRNA verbessert wird.
Als Regulationssequenzen werden alle dem Fachmann geläufigen Elemente bezeichnet, die auf der Transkriptions- und/oder Translationsebene die Expression der erfindungsgemäßen Sequenzen beeinflussen können. Insbesondere sind dabei neben Promotorsequenzen sog. "Enhancer"-Sequenzen hervorzuheben, die über eine verbesserte Wechselwirkung zwischen RNA-Polymerase und DNA eine erhöhte Expression bewirken können. Als weitere Regu- lationssequenzen seien beispielhaft die sog. "Locus Control Regions", "Silencer" oder jeweilige Teilsequenzen davon genannt.' Diese Sequenzen können vorteilhaft für eine gewebespezifische Expression verwendet werden. Auch sog. Terminatorsequenzen werden vorteilhafterweise in einem erfindungsgemäßen Expressionsvektor vorhanden sein und erfindungsgemäß unter den Terminus "Regulationssequenz" subsumiert.
Eine bevorzugte Ausführungsform der vorliegenden Erfindung ist die Verknüpfung der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz mit einem Promotor, wobei der Promotor typisch 5' "upstream" von einer erfindungsgemäßen DNA-Sequenz zu liegen kommt. Weitere Regulationssignale, wie bspw. 3' -gelegene Terminatoren, Polya- denylierungssignale oder Enhancer, können funktionell in dem Expressionsvektor enthalten sein. Darüber hinaus können erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenzen, insbesondere für die Sequenzen gemäß Figuren 2(a), 3(a) oder 3 (b) bzw. für die entsprechenden Proteine, in einer oder mehreren Kopien in einem Genkonstrukt nach dieser Erfindung enthalten sein, oder ggf. auch auf getrennten Genkonstrukten lokalisiert sein.
Unter den Begriff "Expressionsvektor" fallen sowohl rekombi- nante Nukleinsäurekonstrukte bzw. Genkonstrukte, wie zuvor beschrieben, als auch komplette Vektorkonstrukte, die neben erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen und etwaigen Regulationssequenzen typischerweise auch weitere Elemente enthalten. Diese Vektorkonstrukte oder Vektoren werden zur Expression in einem geeigneten Wirtsorganismus verwendet. Vorteilhafterweise wird mindestens eine erfindungsgemäße DNA-Sequenz, bspw. das 7B6 (oder 11B4)-Gen oder eine Teilsequenz des (7B6, oder 11B4)- Gens, in einen wirtsspezifischen Vektor insertiert, der eine optimale Expression der Gene im ausgesuchten Wirt ermöglicht. Vektoren sind dem Fachmann wohl bekannt und können beispielsweise aus "Cloning Vectors" (Eds. Pouwels P. H. et al. Else- vier, Amsterdam-New York-Oxford, 1985, ISBN 0 444 904018) entnommen werden. Unter Vektoren sind außer Plasmiden auch alle anderen dem Fachmann bekannten Vektoren wie beispielsweise Phagen, Viren wie SV40, CMV, Baculovirus, Adenovirus, Sindbisvirus, Transposons, IS-Elemente, Phasmide, Phagemide, Cosmide, lineare oder zirkuläre DNA zu verstehen. Diese Vektoren. können autonom im Wirtsorganismus repliziert oder chromosomal repliziert werden. Für die Integration in Mammalia wird typischerweise lineare DNA verwendet.
Die Expression erfindungsgemäßer Nukleinsäuresequenzen kann vorteilhaft durch Erhöhen der Genkopienzahl und/oder durch Verstärkung regulatorischer Faktoren, die die Genexpression positiv beeinflussen, erhöht werden. So kann eine Verstärkung regulatorischer Elemente vorzugsweise auf der Transkriptionsebene erfolgen, indem stärkere Transkriptionssignale, wie Promotoren und Enhancer, verwendet werden. Daneben ist aber auch eine Verstärkung der Translation möglich, indem beispielsweise die Stabilität der mRNA verbessert oder die Ableseeffizienz dieser mRNA an den Ribosomen erhöht wird. Zur Erhöhung der Genkopienzahl können die Nukleinsäuresequenzen oder homologe Gene, beispielsweise in ein Nukleinsäurefragment bzw. in einen Vektor eingebaut werden, der vorzugsweise, die den jeweiligen Genen zugeordnete, regulatorische Gensequenzen oder analog wirkende Promotoraktivität enthält. Insbesondere werden solche regulatorische Sequenzen verwendet, die die Genexpression verstärken.
Erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenzen können zusammen mit den für interagierende oder für potentiell interagierende Proteine kodierenden Sequenzen in einen einzelnen Vektor kloniert werden und anschließend in vitro in einer Wirtszelle oder in vivo in einem Wirtsorganismus exprimiert werden. Alternativ kann auch jede der potentiell interagierenden Nukleinsäuresequenzen und die für 7B6 oder 11B4 kodierenden Sequenzen in je einen einzelnen Vektor gebracht und diese getrennt in den jeweiligen Organismus über übliche Methoden, wie bspw. Transformation, Transfektion, Transduktion, Elektroporation oder Partikel-Gun verbracht werden.
I i In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform kann mindestens ein Marker-Gen (bspw. Antibiotika-Resistenz-Gene und/oder Gene, die für ein fluoreszierendes Protein kodieren, insbesondere GFP) in einem erfindungsgemäßen Expressionsvektor, insbesondere einem kompletten Vektorkonstrukt, enthalten sein.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung betrifft Wirtszellen, die mit einer erfindungsgemäßen DNA-Sequenz und/oder einem erfindungsgemäßen Expressionsvektor, insbesondere einem Vektorkonstrukt transformiert sind (Anspruch 6) . Als Wirtszellen sind prinzipiell alle Zellen geeignet, die eine Expression erfindungsgemäßer DNA-Sequenzen allein oder im Verbund mit weiteren Sequenzen, insbesondere Regulationssequenzen, gestatten. Als Wirtszellen kommen alle Zellen pro- oder eukaryontischer Natur in Betracht, beispielsweise Bakterien, Pilze, Hefen, pflanzliche oder tierische Zellen. Bevorzugte Wirtszellen sind Bakterien, wie Escherichia coli, Strep- tomyces, Bacillus oder Pseudomonas, eukaryotische Mikroorganismen, wie Aspergillus oder Saccharomyces cerevisiae oderr die gewöhnliche Bäckerhefe (Stinchcomb et al., Nature, 282:39, (1997)) .
In einer bevorzugten Ausführungsform werden jedoch zur Expression von erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen Zellen aus multizellulären Organismen gewählt. Dies geschieht auch vor dem Hintergrund einer möglicherweise erforderlichen Glykosylierung (N- und/oder O-gekoppelt) der codierten Proteine. Diese Funktion kann in höheren Eukaryotenzellen - im Vergleich zu Prokaryotenzellen - in geeigneter Weise ausgeführt werden. Im Prinzip ist jede höhere eukaryotische Zellkultur als Wirtszelle verfügbar, wenn auch Zellen von Säugern, beispielsweise Affen, Ratten, Hamstern oder Menschen, ganz besonders bevorzugt sind. Dem Fachmann ist eine Vielzahl von etablierten Zellinien bekannt. In einer keineswegs abschließenden Aufzählung werden die folgenden Zellinien genannt: 293T (Embryonennierenzellinie) , (Graham et al., J. Gen. Virol., 36:59 (1997)), BHK (Babyhamsternierenzellen) , CHO (Zellen aus den Hamsterovarien) , (Urlaub und Chasin, P. N. A. S. (USA) 77:4216, (1980)), HeLa (humane Cervixkarzinomzellen) und weitere - insbesondere für den Laboreinsatz etablierte - Zellinien, wie bspw. HEK293-, Sf9- oder COS-Zellen. Ganz besonders bevorzugt sind humane Zellen, insbesondere Zellen des Immunsystems oder adulte Stammzellen, bspw. Stammzellen des Blut bildenden Systems (aus dem Knochenmark) (Anspruch 7) . Humane erfindungsgemäße transformierte Zellen, insbesondere autologe Zellen des Patienten, eignen sich nach (vor allem ex vivo) Transformation mit erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen oder erfindungsgemäßen Expressionsvektoren, ganz besonders als Arzneimittel für bspw. gentherapeutische Zwecke, also nach Durchführung einer Zellentnahme, ggf. ex vivo Expansion, Transformation, Selektion und abschließender Retransplantation.
Die Kombination aus einer Wirtszelle und einem zu den Wirtszellen passenden erfindungsgemäßen Expressionsvektor, wie Plasmide, Viren oder Phagen, wie beispielsweise Plasmide mit dem RNA-Polymerase/Promoter System, die Phagen 1, Mu oder andere temperänte Phagen oder Transposons, und/oder weiteren vorteilhaften regulatorischen Sequenzen, bilden eine erfindungsgemäße Wirtszelle, die als Expressionssystem dienen kann. Bevorzugte erfindungsgemäße Expressionssysteme auf der Basis erfindungsgemäßer Wirtszellen sind beispielsweise die Kombination aus Säugetierzellen, wie bspw. CHO-Zellen, und Vektoren, wie bspw. pcDNA3neo-Vektor, oder bspw. HEK293-Zellen und CMV- Vektor, die für Säugetierzellen besonders geeignet sind.
Ein weiterer Aspekt der vorliegenden Erfindung sind die Genprodukte der erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen (Anspruch 8) . Unter Genprodukten versteht man im Sinne dieser Erfindung sowohl Primärtranskripte, also RNA, vorzugsweise mRNA, als auch Proteine bzw. Polypeptide, insbesondere in aufgereinigter Form (Anspruch 9) . Diese Proteine regulieren oder transportieren insbesondere apoptotische oder nekrotische, ggf. auch inflammatorische Signale oder Signale, die das Zellwachstum oder die Zellplastizität betreffen. Bevorzugt ist ein aufgereinigtes Genprodukt dann, wenn es ein funktionshomologes oder die Funktion inhibierendes (infunktionelles) Allel, Fragment, Analoges oder Derivat dieser Sequenz enthält (Anspruch 10) oder typischerweise aus einer solchen Aminosäuresequenz besteht. Funktionshomologie wird im Sinne der vorliegenden Erfindung so definiert, daß mindestens noch eine der wesentlichen funktionellen Eigenschaften der gemäß Figuren 2 (b) oder 3(c) dargestellten Proteine 7B6 oder 11B4 erhalten bleibt. Typischerweise werden funktionshomologe erfindungsgemäße Proteine insbesondere eine charakteristische, bspw. mindestens 60%ige, vorzugsweise mindestens 80%ige Sequenzidentität mit den biologisch funktioneilen Abschnitten der erfindungsgemäßen Proteine, die bspw. Protein- Interaktionsdomänen darstellen, aufweisen.
Unter einem Derivat werden dabei insbesondere solche AS- Sequenzen verstanden, die durch Modifikationen ihrer Seitenketten verändert sind. Bspw. durch Konjugation eines Antikörpers, Enzyms oder Rezeptors an eine erfindungsgemäße AS- Sequenz. Derivate können aber auch die Kopplung eines Zuckers oder Fett (säure) -restes oder einer Phosphatgruppe oder jeder beliebigen Modifikation einer Seitenkette, insbesondere einer freien OH-Gruppe oder NH2-Gruppe oder am N- oder C-Terminus . Darüber hinaus schließt der Begriff "Derivat" auch Fusionsproteine ein, bei denen also eine erfindungsgemäße Aminosäuresequenz an beliebige Oligo- oder Polypeptide gekoppelt ist.
Als "Analoge" werden Sequenzen bezeichnet, die sich durch mindestens eine AS-Veränderung gegenüber der nativen Sequenz auszeichnen (Insertion, Substitution) . Im Rahmen der vorliegenden Erfindung sind solche konservativen Substitutionen bevorzugt, bei denen der physikochemische Charakter (Raumerfüllung, Basi- zität, Hydrophobizität etc.) der ausgetauschten AS erhalten bleibt (polare AS, lange aliphatische Kette, kurze aliphati- sche Kette, negativ oder positiv geladene AS, AS mit aromatischer Gruppe) . Die Substitutionen können biologisch funktio- nelle, tw. Funktionelle oder biologisch infunktionelle Sequenzen ergeben. Beispielsweise können Argininreste gegen Lysin- reste, Valinreste gegen Isoleucinreste oder Asparaginsäure- reste gegen Glutaminsäurereste ausgetauscht werden. Es können aber auch ein oder mehrere Aminosäuren in ihrer Reihenfolge vertauscht, hinzugefügt oder entfernt werden, oder es können mehrere dieser Maßnahmen miteinander kombiniert werden. Die solchermaßen gegenüber den in Fig. 2 (b) oder 3(c) veränderten Proteine besitzen typischerweise wenigstens 60%, bevorzugt wenigstens 70% und besonders bevorzugt wenigstens 90% Sequenzidentität zu den Sequenzen in den vorgenannten Figuren, berechnet nach dem Algorithmus von Altschul et al. (J. Mol. Biol., 215, 403-410, 1990). Das isolierte Protein und seine funktionellen Varianten lassen sich vorteilhafterweise aus dem Gehirn von Mammalia wie Homo sapiens, Rattus norvegicus oder Mus musculus isolieren. Auch Homologe aus anderen Mammalia sind unter funktionellen Varianten zu verstehen.
Bevorzugt sind erfindungsgemäß Analoge dann, wenn die Sekundärstruktur, wie sie in der nativen Sequenz auftritt, auch bei ihnen erhalten bleibt. Neben konservative Substitutionen kön- nen auch weniger konservative AS-Variationen erfindungsgemäß in die native Sequenz eingeführt werden. Dabei behalten sie typischerweise ihre biologische Funktion, insbesondere als Transduktor eines apoptotischen oder nekrotischen Signals oder eines Signals für die Zeilproliferation, Zellplastizität oder das Zellwachstum, bei. Der Effekt einer Substitution oder De- letion kann ohne weiteres durch entsprechende Untersuchungen, Bindungsassays oder bspw. zytotoxische Tests, überprüft werden.
Gleichwohl werden erfindungsgemäß aber auch Sequenzen einbezogen, die einen sogenannten dominant-negativen Effekt hervorrufen, d.h. auf Grund ihre veränderten Primärsequenz zwar noch Bindungsaktivität an eine in der Kaskade stromaufwärts gelegene Sequenz aufweisen, das Signal aber nicht stromabwärts weitergeben können. Derartige Analoge fungieren daher als Inhibitoren der biologischen Funktion, insbesondere als Inhibitoren der Apoptose. Derartige Analoge werden durch gentechnische Maßnahmen hergestellt, und zwar typischerweise durch die sog. "site-directed"-Mutagenese einer DNA-Sequenz, die für ein erfindungsgemäßes Protein (typischerweise 7B6 oder 11B4), codiert. Hierdurch wird die dem Analogen zugrundliegende DNA- Sequenz hergestellt, die schließlich das Protein in einer re- kombinanten Zellkultur exprimieren kann (Sambrook et al., 1989, s.o.). Auch alle Derivate der vorbeschriebenen Analoge werden mitoffenbart, genauso wie die den vorbeschriebenen AS- Sequenzen zugrundeliegenden DNA-Sequenzen.
Weiterhin gehören auch Fragmente einer nativen erfindungsgemäßen AS-Sequenz zum Gegenstand der vorliegenden Erfindung. Fragmente zeichnen sich durch Deletionen aus (N- oder C- terminal oder auch intrasequentiell) . Sie können einen dominant-negativen oder dominant-positiven Effekt haben. Zu den erfindungsgemäßen Genprodukten (Proteinen) gehören aber auch all jene Genprodukte (Proteine), die sich erfindungsgemäß von DNA-Derivaten, DNA-Fragmenten oder DNA-Allelen der in den Figuren angegebenen DNA-Sequenzen nach Transkription und Translation ableiten.
Darüber hinaus können die erfindungsgemäßen Proteine chemisch modifiziert sein. So etwa kann eine Schutzgruppe am N-Terminus vorliegen. Es können Glykosylgruppen an Hydroxyl- oder Ami- nogruppen angefügt sein, Lipide können kovalent mit dem erfindungsgemäßen Protein verbunden sein, ebenso Phosphate oder Ace- tylgruppen und ähnliches. Auch beliebige chemische Substanzen, Verbindungen oder Gruppen können auf einem beliebigen Syntheseweg an das erfindungsgemäße Protein gebunden sein. Auch zusätzliche Aminosäuren, z.B. in Form einzelner Aminosäuren oder in Form von Peptiden oder in Form von Proteindomänen und ähnliches, können mit dem N- und/oder C-Terminus eines erfindungsgemäßen Proteins.
Insbesondere sind hier sogenannte Signal- oder "Leader"- Sequenzen am N-Terminus der Aminosäuresequenz eines erfindungsgemäßen Proteins bevorzugt, die das Peptid cotranslational oder posttranslational in eine bestimmte Zellorganelle oder in den extrazellulären Raum (bzw. das Kulturmedium) führen. Am N- oder am C-Terminus können auch Aminosäuresequenzen vorliegen, die als Antigen die Bindung der erfindungsgemäßen Aminosäuresequenz an Antikörper erlauben. Zu nennen ist hier insbesondere das Flag- Peptid, dessen Sequenz im Einbuchstabencode der Aminosäuren lautet: DYKDDDDK. Oder auch ein His-Tag mit mindestens 3, vorzugsweise mindestens 6 Histidin-Resten. Diese Sequenzen haben stark antigene Eigenschaften und erlaubt somit eine schnelle Überprüfung und leichte Reinigung des rekombinanten Proteins. Monoklo- nale Antikörper, die das Flag-Peptid binden, sind von der Firma Eastman Kodak Co., Scientific Imaging Systems Division, New Ha- ven, Connecticut erhältlich.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung sind ferner mindestens 20, stärker bevorzugt mindestens 30 und noch stärker bevorzugt mindestens 50 Aminosäuren umfassende Teilabschnitte der in den Figuren 2(b) oder 3(c) offenbarten Sequenzen. Derartige Teilsequenzen können nach dem Fachmann geläufigen Verfahren bspw. chemisch synthetisiert werden und können vorzugsweise als An- tigene für die Produktion von Antikörpern eingesetzt werden. Vorzugsweise wird es sich bei diesen Teilabschnitten um solche Regionen der in den Figuren 2 (b) oder 3 (c) bzw. deren Derivaten, Allelen oder Fragmenten offenbarten Sequenzen handeln, die im räumlichen Modell der Proteine zumindest teilweise die Proteinoberfläche ausmachen.
Transgene Tiere stellen einen weiteren Gegenstand der vorliegenden Erfindung dar (Anspruch 11) . Bei erfindungsgemäßen transgenen Tieren handelt es sich um Tiere, die genetisch dahingehend verändert sind, daß sie eine im Vergleich zum Normaltier veränderte Menge eines erfindungsgemäßen Genprodukts in mindestens einem Gewebe exprimieren bzw. enthalten. Hierbei sind erfindungsgemäß auch solche Tiere eingeschlossen, die die nativ vorhandene erfindungsgemäße DNA-Sequenz (a) auf der genetischen Ebene entweder tw. oder vollständig nicht mehr aufweisen oder (b) zwar auf der genetischen Ebene erfindungsgemäße Sequenzen aufweisen, diese jedoch nicht transkribieren und/oder translatieren können und daher das Genprodukt nicht mehr enthalten. Darüber hinaus kann (können) bei einem transgenen Tier die native(n) 7B6- oder 11B4-Sequenz (en) (ob vorhanden oder nicht vorhanden) um mindestens eine erfindungsgemäße DNA-Sequenz ergänzt bzw. durch mindestens eine erfindungsgemäße DNA-Sequenz substituiert sein. Insbesondere kann es sich bei der (den) substituierten und/oder ergänzten Sequenz (en) um erfindungsgemäße Sequenzen handeln, die nicht- nativer Natur sind.
Die Herstellung von in bezug auf erfindungsgemäße Sequenzen transgenen und „knock-out" Tieren, insbesondere Mäusen, Ratten Schweinen, Fruchtfliegen oder Zebrafischen, erfolgt auf dem Fachmann geläufige Weise. Hierzu wird z.B. eine 7B6 oder 11B4 cDNA Sequenz oder native oder nicht-native Variante in transgenen Mäusen exprimiert, z.B. unter einem NSE-Promotor in Neuronen, unter einem MBP-Promotor in Oligodendrozyten etc.. Die genetisch veränderten Tiere können danach in unterschiedlichen Krankheitsmodellen untersucht werden (z.B. experimentell herbeigeführtem Schlaganfall, MCAO) . Die Herstellung von „knockout" Tieren kann zudem Hinweise auf die Auswirkungen von Inhibitoren auf den Gesamtorganismen liefern, da ein „knock out Modell" insoweit der Inhibition erfindungsgemäßer nativer Sequenzen entspricht.
Sämtliche multizellulären Organismen können erfindungsgemäß transgen ausgestaltet sein, insbesondere Säugetiere, bspw. Mäuse, Ratten, Schafe, Rinder oder Schweine. Auch transgene Pflanzen sind im Prinzip denkbar. Bei den transgenen Organismen kann es sich auch um sogenannte "Knock-Out"-Tiere handeln. Dabei können die transgenen Tiere eine funktioneile oder nicht funktionelle erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz oder ein funktionelles oder nicht funktionelles Nukleinsäurekonstrukt allein oder in Kombination mit einer funktionellen oder nicht funktionellen Sequenz, die für 7B6- oder 11B4 Proteine kodiert, enthalten.
Eine weitere erfindungsgemäße Ausgestaltung der oben beschriebenen transgenen Tiere sind transgene Tiere, in deren Keimzel- len oder der Gesamtheit oder einem Teil der somatischen Zellen oder in deren Keimzellen oder der Gesamtheit oder einem Teil der somatischen Zellen die native(n) 7B6 oder 11B4- Nukleotidsequenz (en) durch gentechnische Verfahren verändert oder durch Einfügen von DNA-Elementen unterbrochen wurden. Eine weitere Möglichkeit des Einsatzes einer erfindungsgemäßen Nukleotidsequenz oder Teilen davon ist die Erzeugung transge- ner oder knock-out- oder konditioneller oder regionenspezifischer knock-out Tiere oder spezifischer Mutationen bei gentechnisch veränderten Tieren (Ausubel et al. (eds.) 1998, Cur- rent Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York und Torres et al., (eds.) 1997, Laboratory protocols for conditional gene targeting, Oxford Üniversity Press, Oxford) .
Über transgene Überexpression oder genetische Mutation (Nullmutation oder spezifische Deletionen, Insertionen oder Veränderungen) durch homologe Rekombination in embryonalen Stammzellen kann man Tiermodelle erzeugen, die wertvolle weitere Informationen über die (Patho-) Physiologie der erfindungsgemäßen Sequenzen liefern. Solchermaßen hergestellte Tiermodelle können essentielle Testsysteme zur Evaluierung neuartiger The- rapeutika darstellen, die die biologische Funktion von Proteinen gemäß Figuren 2(b) oder 3(c) für neurale, vaskuläre oder andere Prozesse beeinflussen.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist ein Antikörper, der ein Epitop auf einem erfindungsgemäßen Genprodukt, insbesondere einem erfindungsgemäßen Protein gemäß Figuren 2 (b) oder 3(c) oder Derivaten, Fragmenten oder Isoformen oder Allelen, erkennt (Anspruch 12), aber auch gegen z.B. erfindungsgemäße mRNA gerichtet sein kann. Der Begriff "Antikörper" umfaßt i.S. der vorliegenden Erfindung sowohl polyklonale Antikörper als auch monoklonale Antikörper (Anspruch 13), chimärische Antikörper, anti-idiotypische Antikörper (gerichtet gegen erfindungsgemäße Antikörper) , die alle in gebundener o- der löslicher Form vorliegen und ggf. durch "Label" markiert sein können, sowie auch Fragmente der vorgenannten Antikörper. Neben den Fragmenten von erfindungsgemäßen Antikörpern in Alleinstellung können erfindungsgemäße Antikörper auch in rekom- binanter Form als Fusionsproteine mit anderen (Protein) - Bestandteilen auftreten. Fragmente als solche oder Fragmente von erfindungsgemäßen Antikörpern als Bestandteile von Fusionsproteinen werden typischerweise durch die Methoden enzy a- tischer Spaltung, der Protein-Synthese oder die dem Fachmann geläufigen Rekombinationsmethoden hergestellt. Als Antikörper werden nach der vorliegenden Erfindung also sowohl polyklona- le, monoklonale, humane oder humanisierte oder rekombinante Antikörper oder Fragmente davon, Single chain Antikörper oder auch synthetische Antikörper bezeichnet.
Bei den polyklonalen Antikörpern handelt es sich um heterogene Mischungen von Antikörpermolekülen, die aus Seren von Tieren hergestellt werden, die mit einem Antigen immunisiert worden sind. Zum Gegenstand der Erfindung gehören aber auch polyklo- nale monospezifische Antikörper, die nach Aufreinigung der Antikörper (bspw. über eine Säule, die mit Peptiden eines spezifischen Epitops beladen sind) erhalten werden. Ein monoklona- ler Antikörper enthält eine im wesentlichen homogene Population von Antikörpern, die spezifisch gegen Antigene gerichtet sind, wobei die Antikörper im wesentlichen gleiche Epitop- Bindungsstellen aufweisen. Monoklonale Antikörper können durch die im Stand der Technik bekannten Verfahren erhalten werden (z. B. Köhler und Milstein, Nature, 256, 495-397, (1975); US- Patent 4,376,110; Ausübel et al., Harlow und Lane "Antikörper": Laboratory Manual, Cold Spring, Harbor Laboratory (1988); Ausubel et al., (eds), 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York).). Die in den vorgenannten Literaturstellen enthaltene Beschreibung wird als Bestandteil der vorliegenden Erfindung in die Offenbarung der vorliegenden Erfindung einbezogen.
Auch lassen sich gentechnisch manipulierte erfindungsgemäße Antikörper nach Verfahren, wie in den vorgenannten Druckschriften beschrieben herstellen. Kurz gesagt, werden dazu An- tikörper-produzierende Zellen angezogen und die mRNA bei ausreichender optischer Dichte der Zellen über Zellyse mit Guani- diniumthiocyanat, Ansäuern mit Natriumacetat, Extraktion mit Phenol, Chloroform/Isoamylalkohol, Fällungen mit Isopropanol und Waschen mit Ethanol aus den Zellen in bekannter Weise isoliert. Anschließend wird mit Hilfe der Reversen Transcriptase cDNA aus der mRNA synthetisiert. Die synthetisierte cDNA kann direkt oder nach genetischer Manipulation beispielsweise durch "site directed mutagenesis", Einführung von Insertionen, Inversionen, Deletionen oder Basenaustausche in geeignete tierische, pilzliche, bakterielle oder virale Vektoren inseriert und in den entsprechenden Wirtsorganismen exprimiert werden. Bevorzugt werden bakterielle oder Hefe Vektoren wie pBR322, pUClδ/19, pACYC184, Lambda oder Hefe-mu-Vektoren zur Klonie- rung der Gene und die Expression in Bakterien wie E. coli bzw. in der Hefe wie Saccharomyces cerevisiae. Spezifische Antikörper gegen die erfindungsgemäßen Proteine können sich sowohl als diagnostische Reagenzien als auch als Therapeutika bei Erkrankungen eignen, bei denen 7B6 oder 11B4 von pathophysiolo- gischer Bedeutung ist.
Erfindungsgemäße Antikörper können einer der folgenden Im- munglobulinklassen angehören: IgG, IgM, IgE, IgA, GILD und ggf. einer Unterklasse der vorgenannten Klassen, wie die Subklassen des IgG oder deren Mischungen zu verstehen. Bevorzugt sind IgG und seine Subklassen wie beispielsweise IgGl, IgG2, IgG2a, IgG2b, IgG3 oder IgGM. Besonders bevorzugt sind die IgG Subtypen IgGl/k oder IgG2b/k. Ein Hybridom-Zellklon, der er- findungsgemäße monoklonale Antikörper produziert, kann in vitro, in situ oder in vivo kultiviert werden. Die Herstellung von großen Titern an monoklonalen Antikörpern erfolgt vorzugsweise in vivo oder in situ.
Bei den erfindungsgemäßen chimärische Antikörpern handelt es sich um Moleküle, die verschiedene Bestandteile enthalten, wobei diese sich aus verschiedenen Tierarten ableiten (z. B. Antikörper, die eine variable Region, die aus einem Mäuse- monoklonalen Antikörper abgeleitet ist, und eine konstante Region eines humanen Immunglobulins aufweisen) . Chimärische Antikörper werden vorzugsweise eingesetzt, um einerseits die Im- munogenizität bei der Anwendung zu reduzieren und andererseits die Ausbeuten bei der Produktion zu erhöhen, z.B. ergeben mu- rine monoklonale Antikörper höhere Ausbeuten aus Hybridom- Zellinien, führen aber auch zu einer höheren Immunogenizität beim Menschen, so daß human/murine chimärische Antikörper vorzugsweise eingesetzt werden. Chimärische Antikörper und Verfahren zu ihrer Herstellung sind aus dem Stand der Technik bekannt (Cabilly et al., Proc. Natl. Sei. USA 81: 3273-3277 (1984); Morrison et al. Proc. Natl. Acad. Sei USA 81:6851-6855 (1984); Boulianne et al. Nature 312 643-646 (1984); Cabilly et al., EP-A-125023; Neuberger et al., Nature 314: 268-270 (1985); Taniguchi et al., EP-A-171496; Morrion et al., EP-A- 173494; Neuberger et al., WO 86/01533; Kudo et al., EP-A- 184187; Sahagan et al., J. Immunol. 137: 1066-1074 (1986); Robinson et al., WO 87/02671; Liu et al., Proc. Natl. Acad. Sei USA 84:3439-3443 (1987); Sun et al., Proc. Natl. Acad. Sei USA 84:214218 (1987); Better et al., Science 240: 1041-1043 (1988) und Harlow und Lane, Antikörper: A Laboratory Manual, wie oben zitiert. Diese Zitatstellen werden als zur Offenbarung gehörig in die vorliegende Erfindung einbezogen. Ganz besonders bevorzugt wird ein solcher erfindungsgemäßer Antikörper gegen einen Leucin reichen Sequenzabschnitt auf einem Protein gemäß Figuren 2 (b) oder 3(c) als Epitop gerichtet sein (Anspruch 14) .
Ein erfindungsgemäßer anti-idiotypischer Antikörper ist ein Antikörper, der eine Determinante, die im allgemeinen mit der Antigenbindungsstelle eines erfindungsgemäßen Antikörpers assoziiert ist, erkennt. Ein anti-idiotypischer Antikörper kann durch die Immunisierung eines Tieres der gleichen Art und des gleichen genetischen Typs (z.B. eines Mäusestamms) als Ausgangspunkt für einen monoklonalen Antikörper, gegen welchen ein erfindungsgemäßer anti-idiotypischer Antikörper gerichtet ist, hergestellt werden. Das immunisierte Tier wird die idio- typischen Determinanten des immunisierenden Antikörpers durch die Produktion eines Antikörpers, der gegen die idiotypischen Determinanten gerichtet ist (nämlich ein erfindungsgemäßer anti-idiotypischer Antikörper), erkennen (U.S. 4,699,880). Ein erfindungsgemäßer anti-idiotypischer Antikörper kann auch als Immunogen eingesetzt werden, um eine Immunantwort in einem weiteren Tier hervorzurufen und um dort zur Produktion eines sog. anti-anti-idiotypischen Antikörpers zu führen. Der anti- anti-idiotypische Antikörper kann, muß aber nicht, bezüglich seiner Epitop-Konstruktion identisch mit dem originären monoklonalen Antikörper sein, der die anti-idiotypische Reaktion hervorgerufen hat. Auf diese Weise können durch die Verwendung von gegen idiotypische Determinanten eines monoklonalen Antikörpers gerichtete Antikörper andere Klone, die Antikörper von identischer Spezifität exprimieren, identifiziert werden.
Monoklonale Antikörper, die gegen erfindungsgemäße Proteine, Analoge, Fragmente oder Derivate dieser erfindungsgemäßen Proteine gerichtet sind, können eingesetzt werden, um die Bindung von anti-idiotypischen Antikörpern in entsprechenden Tieren, wie z. B. der BALB/c Maus, zu induzieren. Zellen aus der Milz einer solchen immunisierten Maus können verwendet werden, um anti-idiotypische Hybridom-Zellinien, die anti-idiotypische monoklonale Antikörper sekretieren, zu produzieren. Weiterhin können anti-idiotypische monoklonale Antikörper auch an einen Träger gekoppelt werden (KLH, "keyhole limpet hemocyanin") und dann verwendet werden, um weitere BALB/c-Mäuse zu immunisieren. Die Sera dieser Mäuse enthalten dann anti-anti- idiotypische Antikörper, die die Bindungseigenschaften der o- riginären monoklonalen Antikörper haben und spezifisch für ein Epitop des erfindungsgemäßen Proteins oder eines Fragments o- der Derivats von demselben sind. Die anti-idiotypischen monoklonalen Antikörper haben auf diese Weise ihre eigenen idio- typischen Epitope oder "Idiotope", die strukturell mit dem zu untersuchenden Epitop ähnlich sind.
Die Bezeichnung "Antikörper" soll sowohl intakte Moleküle als auch Fragmente derselben einschließen. Als Fragmente seien alle verkürzten oder veränderten Antikörperfragmente mit einer oder zwei dem Antigen-komplementären Bindungsstellen, wie An- tikörperteile mit einer den Antikörper entsprechenden von leichter und schwerer Kette gebildeten Bindungsstelle wie Fv-, Fab- oder F(ab' ) 2-Fragmente oder Einzelstrangfragmente, genannt. Bevorzugt sind verkürzte Doppelstrangfragmente wie Fv-, Fab- oder F(ab')2. Fab und F (ab ') 2-Fragmente entbehren eines Fc-Fragments, wie etwa in einem intakten Antikörper vorhanden, so daß sie im Blutkreislauf schneller transportiert werden können und vergleichsweise weniger nicht-spezifische Gewebs- bindung als intakte Antikörper aufweisen. Hierbei wird hervorgehoben, daß Fab und F(ab') Fragmente von erfindungsgemäßen Antikörpern bei der Detektion und Quantifizierung von erfindungsgemäßen Proteinen eingesetzt werden können. Solche Fragmente werden typischerweise durch proteolytische Spaltung her- gestellt, indem Enzyme, wie z. B. Papain (zur Herstellung von Fab-Fragmenten) oder Pepsin (zur Herstellung von F(ab')2, Fragmenten) verwendet werden, oder durch chemische Oxidation oder durch gentechnische Manipulation der Antikörpergene erhalten werden.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung sind auch Mischungen von Antikörpern im Sinne der vorliegenden Erfindung. Neben den Antikörpern können auch Mischungen von Antikörpern für alle gemäß der vorliegenden Erfindung beschriebenen Verfahren oder Verwendungen eingesetzt werden. Sowohl gereinigte Fraktionen monoklonaler Antikörper, polyklonale Antikörper oder Mischungen monoklonaler Antikörper kommen als Arzneimittel zum Einsatz und finden Verwendung bei der Herstellung von Arzneimitteln zur behandlung von cerebralen Ischämien (z.B. Schlaganfall) , degenerativen Erkrankungen, insbesondere neurodegenera- tiven Erkrankungen, und neurologischen Erkrankungen, wie z.B. Epilepsie.
Erfindungsgemäße Antikörper, einschließlich der Fragmente von diesen Antikörpern, bzw. deren Mischungen können zur quantitativen oder qualitativen Detektion von erfindungsgemäßem Genprodukt, insbesondere Proteinen gemäß Figuren 2(b) oder 3(c) oder deren Fragmente oder Derivate, in einer Probe eingesetzt werden oder auch zur Detektion von Zellen, die erfindungsgemäße Proteine exprimieren und ggf. sekretieren. Insoweit wird die Verwendung erfindungsgemäßer Antikörper als Diagnostika offenbart. So kann etwa über erfindungsgemäße Antikörper die Menge an erfindungsgemäßem Genprodukt und u.U. deren Aktivität (z.B. spezifische Phosphorylierungen) der Proteine gemäß Figuren 2 (b) oder 3 (c) bestimmt werden. Die Detektion kann mit Hilfe von Immunofluoreszenz-Verfahren erreicht werden, die Fluoreszenz-markierte Antikörper in Kombination mit Lichtmik- roskopie, Flußzytometrie oder fluorometrischer Detektion durchgeführt werden.
Erfindungsgemäße Antikörper im Sinne der Erfindung (dies schließt Fragmente dieser Antikörper ein oder auch Mischungen von Antikörpern) eignen sich für histologische Untersuchungen, wie z.B. im Rahmen der Immunofluoreszenz oder Immunoelektro- mikroskopie, für die in situ Detektion eines erfindungsgemäßen Proteins. Die in situ Detektion kann dadurch erfolgen, daß eine histologische Probe von einem Patienten genommen wird und markierte erfindungsgemäße Antikörper zu einer solchen Probe hinzugegeben werden. Der Antikörper (oder ein Fragment dieses Antikörpers) wird in markierter Form auf die biologische Probe aufgetragen. Auf diese Weise ist es nicht nur möglich, die Anwesenheit von erfindungsgemäßem Protein in der Probe zu bestimmen, sondern auch die Verteilung des erfindungsgemäßen Proteins in dem untersuchten Gewebe. Bei der biologischen Probe kann es sich um eine biologische Flüssigkeit, ein Gewebeextrakt, geerntete Zellen, wie z. B. Immunzellen oder Herzmuskel- oder Leberzellen, oder allgemein um Zellen, die in einer Gewebekultur inkubiert worden sind, handeln. Die Detektion des markierten Antikörpers kann je nach Art der Markierung durch im Stand der Technik bekannte Verfahren (z. B. durch Fluoreszenzverfahren) erfolgen. Die biologische Probe kann aber auch auf einem Festphasenträger, wie z. B. Nitrocellulose oder ein anderes Trägermaterial, aufgetragen werden, so daß die Zellen, Zellteile oder löslichen Proteine immobilisiert werden. Der Träger kann dann mit einem geeigneten Puffer ein- oder mehrfach gewaschen werden, wobei nachfolgend mit einem detektier- bar markierten Antikörper nach der vorliegenden Erfindung behandelt wird. Der Festphasenträger kann dann mit dem Puffer ein zweites Mal gewaschen werden, um nicht-gebundenen Antikörper zu beseitigen. Die Menge an gebundener Markierung auf dem Festphasenträger kann dann mit einem herkömmlichen Verfahren bestimmt werden.
Als Träger eignen sich insbesondere Glas, Polystyrol, Polypropylen, Polyethylen, Dextran, Nylon-Amylasen, natürliche oder modifizierte Zellulosen, Polyacrylamide und Magnetit. Der Träger kann entweder bedingt löslichen oder unlöslichen Charakters sein, um die Bedingungen nach Maßgabe der vorliegenden Erfindung zu erfüllen. Das Trägermaterial kann beliebige Formen einnehmen, z. B. in Form von Kügelchen ("beads"), oder zylindrisch oder sphärisch sein, wobei Polystyrol-Kügelchen als Träger bevorzugt sind.
Eine detektierbare Antikörpermarkierung kann auf verschiedene Weise erfolgen. Beispielsweise kann der Antikörper an ein Enzym gebunden werden, wobei das Enzym schließlich in einem Im- munoassay (EIA) eingesetzt werden kann. Das Enzym kann dann später mit einem entsprechenden Substrat reagieren, so daß eine chemische Verbindung entsteht, die auf eine dem Fachmann geläufige Art und Weise detektiert und ggf. quantifiziert werden kann, z. B. durch Spektrophotometrie, Fluorometrie oder andere optische Verfahren. Bei dem Enzym kann es sich um Ma- lat-Dehydrogenase, Staphylokokken-Nuklease, delta-5-Steroid Isomerase, Hefe-Alkohol-Dehydrogenase, alpha-Glycerophosphat- dehydrogenase, Triosephosphatisomerase, Meerrettich- Peroxidase, alkalische Phosphatase, Aspariginase, Glucoseoxi- dase, beta-Galactosidase, Ribonuklease, Urease, Katalase, Glu- cose-6-phosphat-Dehydrogenase, Glucoamylase oder Acetylcholi- nesterase handeln. Die Detektion wird dann über ein chromoge- nes Substrat, das spezifisch für das für die Markierung eingesetzte Enzym ist, ermöglicht und kann schließlich z.B. über Sichtvergleich des durch die Enzymreaktion umgesetzten Substrats im Vergleich zu Kontrollstandards erfolgen. Weiterhin kann die Detektion durch andere Immunoassays sichergestellt werden, z.B. durch radioaktive Markierung der Antikörper oder Antikörperfragmente (also durch einen Radioimmuno- assay (RIA; Laboratory Techniques and Biochemistry in Molecular Biology, Work, T. et al. North Holland Publishing Company, New York (1978) . Das radioaktive Isotop kann dabei durch die Verwendung von Szintillationszählern oder durch Autoradigra- phie detektiert und quantifiziert werden.
Fluoreszierende Verbindungen können gleichfalls zur Markierung eingesetzt werden, beispielsweise Verbindungen wie Fluoresci- nisothiocyanat, Rhodamin, Phyoerythrin, Phycocyanin, Allophy- cocyanin, o-Phthaldehyd und Fluorescamin. Auch fluoreszense- mittierende Metalle, wie z. B. 152E oder andere Metalle aus der Lanthanid-Gruppe, können eingesetzt werden. Diese Metalle werden an den Antikörper über Chelatgruppen, wie z. B. Diethy- lentriaminpentaessigsäure (ETPA) oder EDTA angekoppelt. Weiterhin kann der erfindungsgemäße Antikörper über eine mit Hilfe von Chemilumineszenz wirkende Verbindung angekoppelt werden. Die Gegenwart des Chemilumineszenz-markierten Antikörpers wird dann über die Lumineszenz, die im Verlauf einer chemischen Reaktion entsteht, detektiert. Beispiele für derartige Verbindungen sind Luminol, Isoluminol, Acridiniumester, Imida- zol, Acridiniumsalz oder Oxalatester. Gleichermaßen können auch biolumineszente Verbindungen zum Einsatz kommen. Biolumineszenz ist eine Unterart der Chemilumineszenz, die bei biologischen Systemen vorgefunden wird, wobei ein katalytisches Protein die Effizienz der chemilumineszenten Reaktion verstärkt. Die Detektion des biolumineszenten Proteins erfolgt wiederum über die Lumineszenz, wobei als biolumineszente Verbindung beispielsweise Luciferin, Luciferase oder Aequorin in Betracht kommen. Ein erfindungsgemäßer Antikörper kann für die Verwendung in einem immunometrischen Assay, auch bekannt als "two-site" oder "sandwich" Assay, zur Anwendung gelangen. Typische immuno- metrische Assay-Systeme schließen sog. "Vorwärts"-Assays ein, die sich dadurch auszeichnen, daß erfindungsgemäße Antikörper an ein Festphasensystem gebunden sind und daß der Antikörper mit der Probe, die untersucht wird, auf diese Weise in Kontakt gebracht wird. Derart wird das Antigen aus der Probe durch die Bildung eines binären Festphasen-Antikörper-Antigen-Komplexes aus der Probe isoliert. Nach einer geeigneten Inkubationszeit wird der feste Träger gewaschen, um den verbleibenden Rest der flüssigen Probe zu beseitigen, einschließlich des ggf. nicht gebundenen Antigens, und daraufhin mit einer Lösung in Kontakt gebracht, die eine unbekannte Menge an markiertem Detektion- santikörper enthält. Der markierte Antikörper dient hierbei als sog. Reporter-Molekül. Nach einer zweiten Inkubationszeit, die es den markierten Antikörper erlaubt, mit dem an die Festphase gebundenen Antigen zu assoziieren, wird der Festphasenträger erneut gewaschen, um markierte Antikörper, die nicht reagiert haben, zu beseitigen.
In einer alternativen Assay-Form kann auch ein sog. "sand- wichJ-Assay zum Einsatz kommen. Hierbei kann ein einziger Inkubationsschritt ausreichen, wenn der an die Festphase gebundene Antikörper und der markierte Antikörper beide gleichzeitig auf die zu testende Probe aufgebracht werden. Nach Abschluß der Inkubation wird der Festphasenträger gewaschen, um Rückstände der flüssigen Probe und der nicht-assoziierten markierten Antikörper zu beseitigen. Die Anwesenheit von markiertem Antikörper auf dem Festphasenträger wird genau so bestimmt, wie bei den konventionellen "Vorwärts"-Sandwich-Assay. Bei dem sog. reversen Assay wird schrittweise zunächst eine Lösung des markierten Antikörpers zur Flüssigprobe hinzuge- fügt, gefolgt von der Beimischung von nicht-markiertem Antikörper, gebunden an einen Festphasenträger, nach Ablauf einer geeigneten Inkubationszeit. Nach einem zweiten Inkubationsschritt wird der Festphasenträger in herkömmlicher Weise gewaschen, um ihn von Probenüberresten und von markiertem Antikörper, der nicht reagiert hat, zu befreien. Die Bestimmung des markierten Antikörpers, der mit dem Festphasenträger reagiert hat, wird dann, so wie oben beschrieben, durchgeführt.
Nach der vorliegenden Erfindung werden weiterhin Verfahren zur Expression von erfindungsgemäßen Genprodukten, insbesondere also von Polypeptiden gemäß Figuren 2(b) oder 3(c), einschließlich aller Derivate, Analoge und Fragmente, offenbart, wobei hierfür Wirtszellen mit einem erfindungsgemäßen Expressionsvektor transformiert werden (Anspruch 15) . Dieses Verfahren zur Expression von Genprodukten, die auf einer erfindungsgemäßen DNA-Sequenz beruhen, dient nicht dazu, das entsprechende Genprodukt zu konzentrieren und aufzureinigen, sondern vielmehr dazu, den Zellstoffwechsel durch das Einführen der erfindungsgemäßen DNA- Sequenzen über die Expression des dazugehörigen Genprodukts zu beeinflussen. Hier ist insbesondere an die Verwendung der mit Hilfe von Expressionsvektoren transformierten Wirtszellen als Arzneimittel bzw. zur Herstellung eines Arzneimittels, insbesondere zum Zwecke der Behandlung von Erkrankungen, bspw. von Tumorerkrankungen, neurologischen Erkrankungen, neurodegenerativen Erkrankungen (bspw. Multipler Sklerose, Morbus Parkinson) cerebralen Ischämien (z.B. Schlaganfall) . Allgemein werden erfindungsgemäße Wirtszellen bei Erkrankungen zur Verfügung gestellt, denen eine Fehlregulation der Apoptose, der Nekrose, des Zellwachstums oder der Zellplastizität zugrunde liegt. Die derart erfindungsgemäß ex vivo transformierten autologen oder allogenen Wirtszellen können dann Patienten transplantiert werden. Gemäß einem weiteren Aspekt der vorliegenden Erfindung wird ein Verfahren zur Isolierung von Genprodukten mit mindestens einer mit der erfindungsgemäßen Aminosäuresequenz von 7B6 oder 11B4 zumindest über eine Teilsequenz von mindestens 20, vorzugsweise mindestens 30 AS homologen Teilsequenz, wobei die Wirtszellen mit einem erfindungsgemäßen Expressionsvektor transformiert und dann unter geeigneten, die Expression fördernden Bedingungen kultiviert werden, so daß das Genprodukt schließlich aus der Kultur aufgereinigt werden kann (Anspruch 16) . Das erfindungsgemäße Genprodukt der erfindungsgemäßen DNA-Sequenz kann dabei, abhängig von dem Expressionssystem, aus einem Kulturmedium oder aus Zellextrakten isoliert werden. Der Fachmann kann ohne weiteres erkennen, daß die jeweiligen Isolierungsmethoden und das Verfahren bei der Aufreinigung des von einer erfindungsgemäßen DNA kodierten, rekombinanten Proteins stark vom Typ der Wirtszelle oder auch von dem Umstand, ob das Protein in das Medium sekretiert wird, abhängt. Zum Beispiel können Expressionssysteme eingesetzt werden, die zur Sekretion des rekombinanten Proteins aus der Wirtszelle führen. Das Kulturmedium muß in diesem Fall durch kommerziell erhältliche Proteinkonzentrationsfilter, z.B. Amicon oder Millipore Pelicon, aufkonzentriert werden. Nach dem Konzentrationsschritt kann ein Reinigungsschritt erfolgen, z.B. ein Gelfiltrationsschritt oder eine Reinigung mit Hilfe von säu- lenchromatographische Methoden. Alternativ kann aber auch ein Anionenaustauscher eingesetzt werden, der eine Matrix mit DEAE aufweist .
Als Matrix dienen dabei alle aus der Proteinreinigung bekannten Materialien, z.B. Acrylamid oder Agarose oder Dextran oder ähnliches. Es kann aber auch ein Kationenaustauscher eingesetzt werden, der dann typischerweise Carboxymethyl-Gruppen enthält. Zur weiteren Reinigung eines durch eine erfindungsgemäße DNA codierten Polypeptids können dann HPLC-Schritte dienen. Es kann sich um einen oder mehrere Schritte handeln. Insbesondere wird die "Reversed- Phase"-Methode eingesetzt. Diese Schritte dienen zum Erhalt eines im wesentlichen homogenen rekombinanten Proteins einer erfindungsgemäßen DNA-Sequenz.
Neben bakteriellen Zellkulturen zur Isolierung des Genprodukts können auch transformierte Hefezellen eingesetzt werden. In diesem Fall kann das translatierte Protein sekretiert werden, so daß die Proteinreinigung vereinfacht wird. Sekretiertes rekombi- nantes Protein aus einer Hefewirtszelle kann durch Methoden erhalten werden, wie sie bei Urdal et al. (J. Chromato. 296:171 (1994)) offenbart sind und Bestandteil der Offenbarung der vorliegenden erfindung sind.
Erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenzen, insbesondere erfindungsgemäße DNA-Sequenzen, und/oder erfindungsgemäße Genprodukte können als Arzneimittel bzw. zur Herstellung eines Arzneimittels Verwendung finden (Anspruch 17) . Diese können als solche verabreicht werden (bspw. bukkal, intravenös, oral, pa- renteral, nasal, subkutan) oder in Kombination mit weiteren Wirk-, Hilfs- oder arzneimitteltypischen Zusatzstoffen. Erfindungsgemäße Nukleinsäure kann als nackte Nukleinsäure, insbesondere intravenös, injiziert werden oder aber mit Hilfe von Vektoren dem Patienten verabreicht werden. Bei diesen Vektoren kann es sich um Plasmide als solche handeln, aber auch um vi- rale Vektoren, insbesondere retrovirale oder adenovirale Vektoren, oder auch um Liposomen, die nackte erfindungsgemäße DNA oder ein Plasmid, das erfindungsgemäße DNA enthält, aufweisen können.
Die Verwendung von erfindungsgemäßen Sequenzen, insbesondere der Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen von 7B6 oder 11B4 bzw. deren Varianten, sowie erfindungsgemäßer Proteinheteromere sowie davon abgeleiteter erfindungsgemäßer Reagenzien (Oligonukleotide, Antikörper, Peptide) kommt somit für die Herstel- lung eines Arzneimittels zu therapeutischen Zwecken, d.h. zur Behandlung von Erkrankungen, in Betracht. Ganz besonders bevorzugt ist dabei der therapeutische Einsatz zur Behandlung bzw. zur Herstellung eines Arzneimittels zur Behandlung von Erkrankungen oder pathophysiologischen Zuständen, die auf fehlgesteuerter Regulation der Homöostase von Zelltod- und Proliferationsereignissen beruhen (Anspruch 18) . Durch die erfindungsgemäße Verwendung können Zelltodprozesse, z.B. Kaskaden, die zur Apoptose führen, oder Prozesse, die zur Nekrose führen, in allen Zelltypen, die 7B6 und/oder 11B4 und oder eine native Variante hiervon exprimieren, insbesondere in neura- len Zellen, beeinflusst werden, bspw. durch Modulation von Zell-Zell-Interaktionen.
Die nativen erfindungsgemäßen Proteine 7B6 und 11B4 sind erfindungsgemäß Bestandteil von intrazellulären Signaltransduk- tionswegen, typischerweise als Modulator desselben, dessen Fehlsteuerung für eine Vielzahl von Erkrankungen ursächlich ist. Insofern finden sich die vorgenannten erfindungsgemäßen Proteine insbesondere als Komponenten bei den folgenden zellulären Prozessen wieder und hat zelluläre Funktionen bei: Signaltransduktion im allgemeinen, Zelldifferenzierung, Wachstum, Plastizität, Regeneration, Proliferation, Zelltod. Entsprechend kann durch Infunktionalität eines erfindungsgemäßen Proteins, bspw. 7B6 oder 11B4, oder durch infunktionelle Expression oder durch Überexpression desselben ein pathophysio- logischer Zustand ausgelöst werden, der mit einer Fehlsteuerung bspw. der Zelldifferenzierung, des Zellwachstums, der Zellplastizität oder der Zellgeneation einhergeht. Je nach molekularem Mechanismus der pathophysiologischen Störung kann zu therapeutischen Zwecken die Gabe funktionellen erfindungsgemäßen Proteins oder zumindest eine höhere Expression desselben oder aber eine Inhibition des zellulär überexprimierten oder des exprimierten infunktioneilen Proteins erwünscht sein. Ganz besonders bevorzugt ist die Verwendung von 7B6 und/oder 11B4 im Zusammenhang mit deren Funktion beim neuronalen Zelltod, Excitation und Neurogenese. Aus diesen erfindungsgemäßen Erkenntnissen ergibt sich die Verwendung erfindungsgemäßer Sequenzen (Nukleotid- und Aminosäuresequenzen) sowie entsprechender Derivate (bspw. Peptide, Oligos oder Antikörper) zur Herstellung eines Arzneimittels zur Behandlung von Tumorerkrankungen und neurologischen Erkrankungen, insbesondere i- schämische Zustände (Schlaganfall) , multipler Sklerose, neuro- degenerative Erkrankungen, wie bspw. Morbus Parkinson, Amy- otrophe Lateralsklerose, heredodegenerative Ataxien, Neuropathien, Morbus Huntington, Epilepsien und Morbus Alzheimer (Anspruch 19) .
Im Zusammenhang mit der therapeutischen Anwendung erfindungsgemäßer Sequenzen steht ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung, nämlich die Verwendung einer erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz oder Proteinsequenz, insbesondere der Nukleotidsequenz oder Aminosäuresequenz von Protein 7B6 oder 11B4 oder einer Variante - wie oben definiert - hiervon, insbesondere eines Fragments, zur Gentherapie bei Säugetieren, z.B. beim Menschen bzw. auch derartige gentherapeutische Verfahren. Gentherapie umfaßt dabei alle Therapieformen, die entweder erfindungsgemäße Sequenzen nach einem der Anspruch 1 bis 4 in den Körper oder Teile davon, bspw. einzelne Gewebe, einbringen, oder die Expression von erfindungsgemäßer Sequenzen beeinflussen. Dazu können alle dem Fachmann geläufigen Modifikationen im Rahmen der Gentherapie verwendet werden, bspw. O- ligonukleotide, z.B. antisense- oder Hybrid-RNA-DNA Oligonukleotide, mit beliebigen Modifikationen, die erfindungsgemäße Sequenzen enthalten, benutzt werden. Ebenfalls können vira- le Konstrukte, enthaltend eine erfindungsgemäße Sequenzen (dies schließt alle Varianten, wie Fragmente, Isoformen, Alle- le, Derivate ein) benutzt werden. Auch entsprechende erfindungsgemäße nackte DNA-Sequenzen, kommen im Rahmen der Gentherapie in betracht. Ebenso können Nukleinsäurestücke mit enzy- matischer Aktivität (z.B. Ribozyme) für gentherapeutische Zwecke benutzt werden.
Neben den therapeutischen Anwendungen kommen auch diagnostische Verwendungen erfindungsgemäßer Nukleinsäuren oder Polypeptide, erfindungsgemäßer Proteinheteromere sowie davon abgeleiteter erfindungsgemäßer Reagenzien (Oligonukleotide, Antikörper, Peptide) in Betracht, bspw. zur Diagnose von menschlichen Erkrankungen oder von genetischen Prädispositionen, bspw. auch im Rahmen von Schwangerschaftsuntersuchungen. Bei diesen Erkrankungen oder Prädispositionen handelt es sich insbesondere um die oben im Zusammenhang mit therapeutischen Anwendungen genannten. Diese diagnostischen Verfahren können als in vivo, typischerweise jedoch ex vivo Verfahren ausgestaltet sein. Ex vivo wir eine typische Anwendung eines diagnostischen erfindungsgemäßen Verfahrens zum qualitativen und/oder quantitativen Nachweis einer erfindungsgemäßen Nukleinsäure in einer biologischen Probe dienen. Ein solches Verfahren umfasst vorzugsweise die folgenden Schritte: (a) Inkubation einer biologischen Probe mit einer bekannten Menge an erfindungsgemäßer Nukleinsäure oder einer bekannten Menge an Oligonukleotiden, die als Primer für eine Amplifikation der erfindungsgemäßen Nukleinsäure geeignet sind, (b) Nachweis der erfindungsgemäßen Nukleinsäure durch spezifische Hybridisierung oder PCR- Amplifikation, (c) Vergleich der Menge an hybridisierender Nukleinsäure oder an durch PCR Amplifikation gewonnener Nukleinsäure mit einem Mengenstandard.
Außerdem betrifft die Erfindung ein Verfahren zum qualitativen und/oder quantitativen Nachweis eines erfindungsgemäßen Prote- inheteromers oder eines erfindungsgemäßen Proteins in einer biologischen Probe, das folgende Schritte umfaßt: (a) Inkubation einer biologischen Probe mit einem Antikörper, der spezifisch gegen das Proteinheteromer oder gegen das erfindungsgemäße Protein/Polypeptid gerichtet ist, (b) Nachweis des Antikörper / Antigenkomplexes, (c) Vergleich der Mengen des Antikörper/Antigenkomplexes mit einem Mengenstandard. Als Standard wird üblicherweise eine biologische Probe aus einem gesunden Organismus entnommen. Insbesondere zu diagnostischen Zwecken kann hierbei die Eigenschaft des 7B6- und/oder 11B4-Gens benutzt werden, daß nach charakteristischen pathophysiologischen Stimuli die mRNA-Menge von 7B6 und/oder 11B4 in Zellen sich verändert, z.B. sich erhöht. Auf diese Art kann erfindungsgemäß z.B. eine Verlaufsbeurteilung (Prognose) von mit Verände- rungenvon Expressionsraten erfindungsgemäßer Proteine einher- . gehender Krankheiten (wie z.B. des Schlaganfalls), die Beurteilung von Therapieerfolgen, die Graduierung einer Krankheit vorgenommen werden. Schließlich kann mit erfindungsgemäßen Verfahren ein Monitoring der Behandlung oben angegebener Erkrankungen durchgeführt werden.
Erfindungsgemäße Sequenzen können in Verfahren zur Bestimmung von Polymorphismen derselben z.B. bei Menschen verwendet werden. Auf diese ermittelte Polymorphismen erfindungsgemäßer Sequenzen unterfallen nicht nur der Offenbarung der vorliegenden Erfindung, sondern können auch prognostische Marker für die Diagnose bzw. für die Diagnose einer Prädisposition von Erkrankungen, die im Zusammenhang mit einer durch infunktionale Expression erfindungsgemäßer Sequenzen, durch Expression infunktionaler erfindungsgemäßer Sequenzen und/oder oder deren Überexpression dienen. Darüber hinaus ist erlauben erfinduns- gemäße Sequenzen die Erforschung humaner Erbkrankheiten, und zwar sowohl monogener als auch polygener Erkrankungen. Neben therapeutischen und/oder diagnostischen Verwendungszwecken im Bereich der Human- und/oder Tiermedizin kommt auch die Verwendung erfindungsgemäßer Nukleinsäuren oder Polypeptide zum wissenschaftlichen Einsatz in Betracht. Insbesondere erlauben die erfindungsgemäßen Sequenzen auf dem Fachmann bekannte Weise, bspw. über cDNA-Bibliotheken verwandte Sequenzen bei ein- oder mehrzelligen Organismen zu identifizieren oder aber im humanen Genom verwandte Sequenzen zu lokalisieren. Die erfindungsgemäßen Nukleotidsequenzen, insbesondere die Sequenzen von 7B6 und/oder 11B4, können also dazu verwendet werden, Gene für mRNAs, die für diese Nukleinsäuren oder deren funktionellen Äquivalente, Homologe oder Derivate kodieren, im bspw. murinen oder anderen Tiergenomen und im menschlichen Genom mit gängigen Methoden durch Homologiescreening zu isolieren, zu kartieren und mit Markern für humane Erbkrankheiten zu korre- lieren. Dies ermöglicht die Identifizierung des Gens als Ursache für bestimmte Erbkrankheiten, was ihre Diagnose erheblich vereinfacht und neue Therapieansätze ermöglicht.
Mit Hilfe erfindungsgemäßer Nukleinsäuren lassen sich damit Erbkrankheiten diagnostizieren, weswegen sie als Marker Verwendung finden, wobei hieraus ein erfindungsgemäßes Diagnoseverfahren für erbliche Erkrankungen erwächst.
Insbesondere wird erfindungsgemäß für die wissenschaftliche Anwendung ein TestSystem offenbart, das auf erfindungsgemäßen Aminosäure- und/oder Nukleotid-Sequenzen beruht. In diesem Zusammenhang können die cDNA, die genomische DNA, die regulatorischen Elemente der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen, als auch das Polypeptid, sowie Teilfragmente davon in rekombi- nanter oder nicht-rekombinanter Form zur Ausarbeitung eines TestSystems verwendet werden. Ein solches erfindungsgemäßes Testsystem ist insbesondere geeignet, die Aktivität des Promotors oder des Proteins in Anwesenheit der Testsubstanz zu mes- sen. Bevorzugt handelt es sich hierbei um einfache Meßmethoden (kolorimetrische, luminometrische, auf Fluoreszenz beruhende oder radioaktive) , die die schnelle Messung einer Vielzahl von Testsubstanzen erlauben (Böhm, Klebe, Kubinyi, 1996, Wirkstoffdesign, Spektrum-Verlag, Heidelberg) . Die beschriebenen Testsysteme erlauben das Durchsuchen von chemischen Bibliotheken nach Substanzen, die hemmende oder aktivierende Wirkungen auf erfindungsgemäße Proteine haben. Die Identifizierung solcher Substanzen stellt den ersten Schritt auf dem Weg zur I- dentifizierung neuartiger Medikamente dar, die spezifisch auf die bspw. 7B6 oder HB4-assoziierte Signaltransduktion wirken.
Eine Inhibition der biologischen Aktivität von erfindungsgemäßem Protein, insbesondere von Proteinen gemäß Figuren 2 (b) o- der 3(c), typischerweise der biologischen Aktivität im Zusammenhang mit der Apoptose, Proliferation, Regeneration, Zellwachstum, wie sie bspw. beim Schlaganfall, dem septischen Schock, GvHD, degenerativen Erkrankungen, insbesondere neuro- degenerativen Erkrankungen, akuter Hepatitis oder anderen vorliegend offenbarten Indikationen erwünscht ist, kann auch dadurch erreicht werden, daß durch dem Fachmann geläufige Verfahren Oligonukleotide, die für einen Antisense-Strang der nativen Sequenzen der Proteine 7B6 oder 11B4 codieren, in die betroffenen Zellen einzuschleusen. Hierdurch wird die in den entsprechend transformierten Zellen die Translation der nativen mRNA von bspw. 7B6 oder 11B4 blockiert, was im Ergebnis vorzugsweise die Überlebensfähigkeit der transfizierten Zelle steigert oder modulierend auf Zellwachstum, Zellplastizität, Zellproliferation wirkt. Auch in diesem Fall kann das oben beschriebene Verfahren mit Hilfe rekombinater Viren eingesetzt werden.
Die ggf. pathologisch gesteigerte Zellapoptose, Zellproliferation bei Erkrankungen, die auf einer entsprechenden Fehlsteue- rung erfindungsgemäßer Sequenzen beruhen (bspw. bei den vorgenannten Indikationen) , kann auch durch Ribozym-Methoden thera- piert werden. Hierzu werden Ribozyme verwendet, die eine Ziel- mRNA schneiden können. Im vorliegenden Fall werden daher Ribozyme offenbart und stellen einen Gegenstand der vorliegenden Erfindung dar, die native 7B6 (oder HB4)-mRNA spalten können. Erfindungsgemäße Ribozyme müssen dabei mit der erfindungsgemäßen Ziel-mRNA interagieren können, bspw. über Basenpaarung, und anschließend die mRNA spalten, um die Translation von bspw. 7B6 oder 11B4 zu blockieren. Die erfindungsgemäßen Ribozyme werden über geeignete Vektoren in die Zielzellen geschleust (insbesondere Plasmide, modifizierte Tierviren, insbesondere Retroviren) , wobei die Vektoren neben ggf. anderen Sequenzen eine cDNA -Sequenz für ein erfindungsgemäßes Ribozym aufweist) .
Neben den vorgenannten Möglichkeiten zur Modulation der biologischen Funktion erfindungsgemäßer Genprodukte, insbesondere der Genprodukte gemäß Figuren 2 (b) oder 3(c), typischerweise der Modulation der Funktion erfindungsgemäßer Genprodukte bei der apoptotischen oder nekrotischen, proliferativen oder wachstumsindizierenden Signaltransduktion ist dies auch mit Hilfe eines weiteren Gegenstands der vorliegenden Erfindung möglich. Eine erfindungsgemäße chemische Verbindung wird insbesondere die intrazelluläre Funktion der Proteine 7B6 und/oder 11B4 modulieren, typischerweise inhibieren (Anspruch 20) oder auf der Ebene der zugrundeliegenden erfindungsgemäßen DNA-Sequenzen die biologische Funktion beeinflussen. Erfindungsgemäße Verbindungen werden typischerweise spezifisch an ein Protein mit einer Aminosäuresequenz gemäß Figuren 2 (b) o- der 3 (c) bzw. an eine Nukleinsäuresequenz gemäß Figuren 2 (a) , 3(a) oder 3(b) binden und dadurch eine pharmakologische, insbesondere neuroprotektive oder immunmodulierende oder antia- poptotische oder anti-proliferative Wirkung, hervorrufen. Daher werden erfindungsgemäß chemische Verbindungen offenbart, vorzugsweise eine organisch-chemische Verbindung, mit einem Molekulargewicht von <5000, insbesondere <3000, vor allem <1500, die typischerweise physiologisch gut verträglich ist und vorzugsweise die Blut-Hirn-Schranke passieren kann (Anspruch 21) . Ggf. wird sie Bestandteil einer Zusammensetzung mit mindestens einem weiteren Wirkstoff sowie vorzugsweise Hilfs- und/oder Zusatzstoffen sein und als Arzneimittel eingesetzt werden können. Besonders bevorzugt wird das organische Molekül dann sein, wenn die Bindungskonstante für die Bindung an ein erfindungsgemäßes Protein, insbesondere an die Leucin reiche Domäne eines erfindungsgemäßen Proteins, mindestens 107 mol-1 beträgt. Die erfindungsgemäße Verbindung wird vorzugsweise so beschaffen sein, daß sie die Zellmembran passieren kann, sei es durch Diffusion oder über (intra)membranöse Transportproteine (Anspruch 22), ggf. nach entsprechender Modifikation, bspw. mit einer angekoppelten AS-Sequenz. Weiterhin bevorzugt sind jene Verbindungen, die die Interaktion von 7B6 oder 11B4 mit Bindungspartnern, insbesondere für die Transduktion eines apoptotischen oder nekrotischen, proliferativen oder wachstumsinduzierenden oder regenerativen Signals, inhibiert oder verstärkt. Insbesondere besetzen derartige Verbindungen Positionen auf der Oberfläche erfindungsgemäßer Proteine oder rufen bei den erfindungsgemäßen Proteinen einen lokalen Konformationswechsel hervor, so daß die Bindung eines nativen Bindungspartners an ein erfindungsgemäßes Protein verhindert wird.
Über Strukturanalysen des erfindungsgemäßen Proteins lassen sich gezielt erfindungsgemäße Verbindungen finden, die eine spezifische Bindungsaffinität aufweisen (Rationales Drug Design (Böhm, Klebe, Kubinyi, 1996, Wirkstoffdesign, Spektrum- Verlag, Heidelberg) ) . Hier wird die Struktur oder eine Teil- Struktur, Derivat, Allel, Isoform oder ein Teil einer solchen von einem der gemäß Figuren 2 (b) oder 3(c) dargestellten Proteinen über NMR- oder Röntgenkristallographie-Verfahren ermittelt oder, sofern eine solche hochaufgelöste Struktur nicht vorliegt, mit Hilfe von Strukturvorhersage-Algorithmen ein Strukturmodell eines erfindungsgemäßen Proteins erstellt, und diese (s) benutzt, um mit Unterstützung von Molecular Modelling Programmen Verbindungen zu identifizieren, für die sich eine hohe Affinität zum erfindungsgemäßen Protein vorhersagen läßt. Diese Substanzen werden dann synthetisiert und in geeigneten Testverfahren auf ihr Bindungsvermögen und ihre therapeutische Nutzbarkeit getestet.
In einer anderen bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung ist die erfindungsgemäße Verbindung ein Antikörper, vorzugsweise ein gegen ein erfindungsgemäßes Protein, bspw. 7B6 oder 11B4, gerichteter Antikörper oder auch gegen die zugrundeliegenden mRNA gerichteter Antikörper, der ex vivo in retransplantierte Wirtszellen oder durch gentherapeutische in vivo Verfahren in Wirtszellen eingeschleust wird und dort als "intrabody" nicht sekretiert wird, sondern intrazellulär seine Wirkung entfalten kann. Durch derartige erfindungsgemäße "Intrabodies" können die Zellen vor einer fehlgeleiteten apoptotischen Reaktion, bspw. durch Überexpression eines erfindungsgemäßen Proteins, geschützt werden. Eine derartige Vorgehensweise wird typischerweise für Zellen jener Gewebe in Betracht kommen, die beim Patienten ein pathophysiologisch übersteigertes apoptotisches Verhalten zeigen, also bspw. bei Zellen der Bauchspeicheldrüse, Keratinozyten, Bindegewebszellen, Immunzellen, Neuronen oder Muskelzellen. Neben den Antikörper oder Intrabodies sind auch derartig mit erfindungsgemäßen "Intrabodies" gentherapeutisch modifizierte Zellen Bestandteil der vorliegenden Erfindung. Eine erfindungsgemäße Verbindung mit der Funktion der Blockade der biologischen Funktion von nativem 7B6 oder 11B4 gemäß Figuren 2 (b) oder 3 (c) oder entsprechender nativer Allele oder nativer SpleißVarianten, bspw. der apoptotischen Funktion, kann als Arzneimittel Verwendung finden. Hierbei sind als Verbindungen alle vorgenannten Varianten eingeschlossen, also bspw. organisch-chemische Verbindungen, Antikörper, anti-sense Oligonukleotide, Ribozyme. Insbesondere ist eine erfindungsgemäße Verbindung (zur Herstellung eines Arzneimittels) zur Behandlung von Erkrankungen, für die zumindest tw. eine pathologische hyperapoptotische oder hypernekrotische oder inflamma- torische Reaktion kausal oder symptomatisch ist, geeignet. Damit kann ein erfindungsgemäßer Inhibitor (bspw. ein inhibitorisch wirkender Antikörper (insbesondere ein Intrabody) , ein Ribozym, anti-sense RNA, dominant-negative Mutanten oder eine der vorgenannten inhibitorischen organisch-chemischen Verbindungen) der zellulären Funktion eines erfindungsgemäßen nativen Proteins 7B6 oder 11B4 oder seiner nativen Varianten, also bspw. der apoptotischen Reaktion, als Arzneimittel und ganz besonders bei der Behandlung der folgenden Erkrankungen bzw. zur Herstellung eines Arzneimittels zur Behandlung der folgenden Erkrankungen eingesetzt werden: Tumorerkrankungen, Autoimmunerkrankungen, insbesondere Diabetes, Psoriasis, multiple Sklerose, rheumatoide Arthritis oder Asthma, virale Infektionserkrankungen (bspw. HIV) , degenerativen Erkrankungen, insbesondere neurodegenerativen Erkrankungen, bspw. Morbus Alzheimer oder Morbus Parkinson, Epilepsie oder Muskeldystro- phien, GvHD (bspw. Leber, Niere oder Herz) , ischämischer Infarkt oder akuter Hepatitis. Die vorgenannten apoptoseinhibi- torischen erfindungsgemäßen Substanzen können auch Bestandteil einer pharmazeutischen Zusammensetzung sein, die weitere pharmazeutische Träger- Hilfs- und/oder Zusatzstoffe enthalten kann, um derartige Zusammensetzungen für die therapeutische Verabreichung bspw. zu stabilisieren, die biologische Verfügbarkeit und/oder die Pharmakodynamik zu verbessern.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung sind Verfahren ("Screening-Methoden") zur Identifizierung von pharmazeutisch wirksamen Verbindungen, insbesondere mit inhibitorischen Eigenschaften in Hinblick auf die Auslösung oder Weiterleitung von Signalen, die mit durch physiologisch auftretende, erfindungsgemäße Sequenzen ausgelöste apoptotischen Reaktionen, in Zusammenhang stehen (Anspruch 23) . Erfindungsgemäße Verfahren sehen vor, daß (a) Zellen mit einem Expressionsvektor nach Anspruch 5, insbesondere einem Expressionsvektor, der für das Polypeptid 7B6 oder 11B4 codiert, und ggf. mindestens einem Expressionsvektor, der für mindestens ein Reporter-Gen codiert, transfiziert werden, und (b) ein zur Beobachtung der 7B6 oder 11B4 vermittelten Funktion, bspw. der Apoptose, geeigneter Parameter, insbesondere die Aktivierung der Caspase- 3, nach Zugabe einer Testverbindung im Vergleich zur Kontrolle ohne Zugabe einer Testverbindung für das gemäß (a) erhaltene Wirtszellsystem gemessen wird. Hierzu werden nach dem erfindungsgemäßen Verfahren vorzugsweise mehrere parallele Versuche mit ansteigenden Konzentrationen der Testsubstanz angesetzt, um im Falle einer pharmazeutischen Wirksamkeit, bspw. die A- poptose inhibierenden Wirkung, der Testsubstanz deren IDso-Wert bestimmen zu können.
Insbesondere werden in einer bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung „Hochdurchsatz-Suchverfahren" („High- throughput screening assays", HTS) zur Identifikation von Inhibitoren von 7B6 oder 11B4 offenbart. Ganz besonders bevorzugt ist dabei der Einsatz von (allen bekannten) Komponenten des ras-Signaltransduktionswegs im Rahmen des erfindungsgemä- ßen Verfahrens zur Identifikation von Inhibitoren, insbesondere zur Identifikation kleiner organischer Verbindungen an. Vorzugsweise bieten sich Systeme mit dem „Scintillation Proxi- ity Assay" (SPA) an (Fa. A ersham Life Science, MAP kinase SPA (s. McDonald et al., 1999, Anal Biochem, 268, 318-29)). Vorgenannte Druckschrift, die einen Assayaufbau für die Raf/MEK/ERK-Kaskade, die Inhibitoren der ganzen Kaskade identifizieren kann, beschreibt, gehört vollinhaltlich zur Offenbarung der vorliegenden Erfindung. Die MAP-Kaskade wird hierbei in vitro rekonstituiert, mit den einzelnen Bestandteilen als GST-Fusionsproteinen (E. coli exprimiert) oder im Falle von cRAFl mit dem Baculovirussystem hergestellt (Anspruch 25) . Das erste Element der Kaskade (MAP-KKK) muss hierbei ständig gleichmäßig aktiviert sein, um verläßlich Inhibitoren testen zu können. Typischerweise wird dies wird durch Coexpression von src im Baculovirussystem erreicht. Dadurch wird eine rasanaloge Aktivierung von cRaf sichergestellt. Nach Transfektion von 11B4, 7B6 oder anderen erfindungsgemäßen Varianten wird eine Modulierung der Kaskade hervorgerufen, die herangezogen wird, um in einem HTS durch Zugabe von zu testenden Substanzen eine Beeinflussung dieser Modulation messen zu können.
Nach Identifizierung hochaffiner, selektiver Substanzen nach vorgenanntem erfindungsgemäßen Verfahren werden diese auf ihre Verwendung als Medikamente gegen Epilepsie, Schlaganfall und andere neurologische, immunologische oder proliferative Erkrankungen (Tumorerkrankungen) getestet. Darüber hinaus können die Bindungsplätze der identifizierten und pharmakologisch wirksamen Substanzen an die erfindungsgemäßen Genprodukte, insbesondere 11B4 oder 7B6, mit Hilfe des two-hybrid Systems oder anderen Assays ermittelt werden, d.h., dass die für die Interaktion verantwortlichen Aminosäuren eingegrenzt werden (Anspruch 24) . Auf diese Weise können auch Substanzen aufgefunden werden, mit denen die Interaktion zwischen erfindungs- gemäßen Polypeptiden und etwaigen nativen intrazellulären Interaktionspartnern derselben beeinflusst, insbesondere inhibiert, werden können. Hierdurch wird erfindungsgemäß ein Verfahren zum Auffinden von Substanzen mit spezifischer Bindungsaffinität zum erfindungsgemäßen Protein offenbart.
Aufgrund der pharmakologischen Bedeutung von 7B6 und 11B4 bzw. deren nativen Varianten für zahlreiche Erkrankungen, bspw. in neurodegenerativen, proliferativen oder hyperapoptotische Erkrankungen, haben gemäß erfindungsgemäßem Verfahren identifizierte pharmazeutisch wirksame Substanzen ein weites Anwendungsspektrum. Neben der Inhibierung einer Interaktion mit einem oder mehreren anderen Molekülen, z.B. im Signaltransdukti- onsweg downstream befindlichen Proteinkinasen, oder Adaptoren kann insbesondere auch eine Beeinflussung der Transkription oder der Transkriptmenge von erfindungsgemäßen Proteinen in der Zelle Ursache pharmazeutischer Wirksamkeit sein. Beispielhaft wäre die Suppression der schnellen Hochregulation von Transkripten erfindungsgemäßer DNA-Sequenzen nach pathologischen Prozessen durch erfindungsgemäße Verbindungen zu nennen, da 7B6 bzw. 11B4 einer sehr raschen Regulation durch transkriptioneile Aktivierung unterliegen. Vorzugsweise ist ein Angriffsziel für eine pharmazeutisch wirksame Verbindung daher die Regulation der Transkription, bspw. durch spezifische Bindung der Substanzen an eine Regulatorregion (bspw. Promotor- oder Enhancer-Sequenzen) eines erfindungsgemäßen Genprodukts, Bindung an einen oder mehrere Transkriptionsfaktoren eines erfindungsgemäßen Genprodukts (mit dem Resultat einer Aktivierung oder Inhibierung des Transkriptionsfaktors) oder eine Regulation der Expression (Transkription oder Translation) eines solchen Transkriptionsfaktors selbst.
Neben der transkriptionellen Regulation, d.h. Regulation der mRNA-Menge eines erfindungsgemäßen Gens in der Zelle, kann ei- ne erfindungsgemäße pharmazeutisch wirksame Verbindung auch in andere Kontrollprozesse der Zelle eingreifen, die bspw. die Expressionsrate eines erfindungsgemäßem Proteins beeinflussen können (z.B. Translation, Spleißvorgänge, native Derivatisie- rung von erfindungsgemäßem Genprodukt, bspw. Phosphorylierun- gen, oder Regulation der Degradation von erfindungsgemäßem Genprodukt.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung betrifft Verfahren zur Identifizierung von zellulären Interaktionspartnern von erfindungsgemäßen Polypeptiden, insbesondere der Proteine 7B6 oder 11B4 bzw. deren nativ auftretenden Varianten (Isoformen, Allele, Spleißformen, Fragmente) (Anspruch 27) . Auf diese Weise können als Interaktionspartner Proteine identifiziert werden, die zum erfindungsgemäßen Protein spezifische Bindungsaffinitäten aufweisen, oder zur Identifizierung von Nukleinsäuren, die für Proteine kodieren, die zum erfindungsgemäßen Protein spezifische Bindungsaffinitäten aufweisen. Ein derartiges erfindungsgemäßes Verfahren bzw. die Verwendung erfindungsgemäßer Polypeptide, erfindungsgemäßer Nukleinsäuresequenzen und/oder erfindungsgemäßer Nukleinsäurekon- strukte zur Durchführung derartiger Verfahren wird vorzugsweise mit Hilfe einer „Yeast-two-hybrid"-Durchmusterung (y2h- „Screens") allein oder in Kombination mit anderen biochemischen Verfahren durchgeführt (Fields and Song, 1989, Nature, 340, 245-6) . Derartige Screens finden sich auch bei Van Aelst et al. (1993, Proc Natl Acad Sei U S A, 90, 6213-7) und Vojtek et al. (1993, Cell, 74, 205-14) beschrieben. Typischerweise können anstelle von Hefesystemen auch Säugetiersysteme zur Durchführung eines erfindungsgemäßen Verfahrens verwendet werden, bspw. wie bei Luo et al. (1997, Biotechniques, 22, 350-2) beschrieben. Für einen y2h-Screen wird das offene Leseraster von 7B6-1, 11B4 oder einer nativen Variante bspw. in einen sog. bait- Vektor „in-frame" mit der GAL4-Bindungsdomäne kloniert (z.B. pGBTIO, Fa. Clontech) . Damit kann vorzugsweise eine sog. „prey-library" in einem Hefestamm nach gängigem Protokoll auf interagierende Proteine durchsucht werden. Vorzugsweise werden hierfür Kinase-negative Mutanten eingesetzt, da diese oft stabiler mit etwaigen Phosphorylierungstargets interagieren. Se- rin-/Threoninkinasen in einem Stoffwechselweg können durch A- daptermoleküle in räumliche Nähe gebracht werden, um spezifische Phosphorylierungen besser durchführen zu können (Chang et al., 1998, Science, 281 , 1860-3), (Yasuda et al., 1999, Mol Cell Biol, 19, 7245-54, (Whitmarsh and Davis, 1998, Trends Bi- ochem Sei, 23, 481-5), Whitmarsh et al., 1998, Science, 281, 1671-4) . Es ist deshalb erfindungsgemäß auch möglich, über zwei Schritte im yeast-two-hybrid System auf Phosphorylierungstargets zu stoßen, indem zunächst ein Adapterprotein kloniert wird und mit diesem als „bait" das spezifische Zielprotein („target") ermittelt wird. Darüber hinaus können mit y2h- Systemen auch sog. Mapping-Experimente durchgeführt werden, um spezifische Interaktionsdomänen zu identifizieren.
Erfindungsgemäß können Interaktionspartner auch über Co- Immunpräzipitationen aus mit 7B6- oder llB4-(bzw. deren native Varianten) Expressionsvektoren transfizierten Zellen zu benutzen, um daran bindende Proteine aufzureinigen, und über Proteinsequenzierungsmethoden (z.B. MALDI-TOF, ESI-tandem-MALDI) nachfolgend die dazugehörigen Gene zu identifizieren.
Daher ist ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung die Verwendung des two-hybrid Systems oder anderer biochemischer Verfahren zur Identifizierung von Interaktionsdomänen von 7B6 oder 11B4 bzw. nativ auftretender Varianten derselben und die Verwendung dieser Interaktionsdomänen (Fragmente der nativen Sequenzen) zur pharmakotherapeutischen Intervention.
Die erfindungsgemäßen Polypeptide, insbesondere nativ auftretende Formen oder aber auch nicht-native, artifiziell erzeugte Varianten, deren biologische Funktion untersucht werden soll, können erfindungsgemäß in einem Apoptoseassay verwendet werden bzw. in einem Verfahren zur Untersuchung der Funktion und/oder Wirksamkeit erfindungsgemäßer Polypeptide bei Induktion, Transduktion oder Inhibition von Zelltodsignalen zum Einsatz kommen. Die Beteiligung von 7B6, 11B4 oder vorgenannten Varianten an apoptotischen Kaskaden kann untersucht werden, indem Expressionskonstrukte mit 11B4 oder 7B6 oder Varianten in eukaryontische Zellen transfiziert werden, und danach die Induktion von Apoptose untersucht werden kann. Dies kann z.B. durch Änfärbung mit Annexin geschehen (Fa. Röche Di- agnostics), durch Antikörper, die die aktive Form von Caspase- 3 erkennen (Fa. New England Biolabs) , oder durch ELISAs, die DNA-Histon-Bruchstücke erkennen (cell-death elisa, Röche Di- agnostics) . Diese Induktion von Apoptose ist ggf. zeiltyp- spezifisch, weswegen erfindungsgemäß vorzugsweise mehrere Zelllinien und primäre Zellen untersucht werden. Die Induktion von Apoptose kann ggf. auch Stimulus-spezifisch sein. Daher werden in einem erfindungsgemäßen Verfahren vorzugsweise mehrere Streß-Situationen zugrundegelegt, z.B. Hitzeschock, Hypoxiebedingungen, Cytokinbehandlungen (z.B. Il-l, 11-6, TNF- alpha, H202-Behandlung) . Als typische Zelltypen für ein derartiges erfindungsgemäßes Verfahren kommen gebräuchliche Zellinien, z.B. Cos-Zellen, HEK-Zellen, PC12-Zellen, THP-1-Zellen, oder primäre Zellen, wie z.B. Neurone, Astrozyten, in Betracht, ebenso wie andere immortalisierte und primäre Zellinien nach Bedarf. Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung betrifft die Verwendung erfindungsgemäßer Nukleinsäuren, Nukleinsäure- konstrukte oder erfindungsgemäßer Genprodukte zur Durchführung eines Proliferationsassays. Bspw. kann die Beteiligung von 11B4, 7B6 sowie nativer oder nicht nativer Varianten derselben beim Wachstum von Zellen, beim Durchlauf des Zellzyklus oder bei tumorigener Transformation untersucht werden, indem Ex- pressionskonstrukte mit 7B6 oder 11B4 oder entsprechender Varianten in eukaryontische Zellen transfiziert werden und danach bspw. die Induktion von Tumorigenizität untersucht wird, z.B. mit Hilfe eines Soft-Agar-Tests (Housey, et al., 1988, Adv Exp Med Biol, 234, 127-40) . Als bevorzugte Zelltypen kommen gebräuchliche Linien, z.B. Cos-Zellen, HEK-Zellen, PC12- Zellen, THP-1-Zellen, und primäre Zellen, wie z.B. Neurone, Astrozyten, in Betracht, ebenso wie andere immortalisierte und primäre Zellinien nach Bedarf. Insbesondere kann mit Hilfe eines solchen erfindungsgemäßen Verfahrens die Funktion erfindungsgemäßer Genprodukte am ras-Signalübertragungsweg und die Wechselwirkung erfindungsgemäßer Genprodukte mit anderen Komponenten des ras-Signalübertragungswegs, insbesondere in Hinblick auf proliferative Prozesse, untersucht werden.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist die Verwendung einer DNA-Sequenz nach einem der Ansprüche 1 bis 4 oder eines Genprodukts nach einem der Ansprüche 8 bis 10 als Suizidgen/-protein für die in vivo oder ex vivo Transformation von Wirtszellen (Anspruch 29) . Insbesondere in Hinblick auf die biologische Funktion von erfindungsgemäßem Protein bei der Signaltransduktion von apoptotischen und/oder nekrotischen Signalen kann auf diese Weise in Wirtszellen der Zelltod gezielt ausgelöst werden. Vorzugsweise wird hierbei die Verwendung einer erfindungsgemäßen DNA-Sequenz bzw. eines erfindungsgemäßen Proteins so ausgestaltet sein, daß das Suizidgen operabel mit einem Promotor verbunden ist, wobei die Transkription reprimiert ist und nur im Bedarfsfall aktiviert wird (Anspruch 30) . Insbesondere kann nach Transplantation von Patienten-Zellen ex vivo oder in vivo im Rahmen einer Gentherapie gezielt die transfizierte Zelle ausgeschaltet werden.
Die vorliegende Erfindung wird durch die nachfolgenden Figuren näher erläutert.
Fig. 1 zeigt ein RMDD-Schema (restriction-mediated differenti- al display) . Eine Beschreibung ist in Ausführungsbeispiel 1 dargelegt.
Fig. 2(a) stellt die Nukleotidsequenz vom humanen Protein 7B6 dar (Seq ID 4) .
Fig. 2(b) stellt die Aminosäuresequenz von humanem Protein 7B6 dar (Seq ID 5), und zwar fortlaufend vom N- zum C-Terminus.
Fig. 3(a) stellt die Nukleotidsequenz von humanem Protein 11B4, und zwar die Spleißvariante 1, dar.
Fig. 3 (b) stellt die Nukleotidsequenz von humanem Protein 11B4, und zwar die Spleißvariante 2, dar.
Fig. 3(c) stellt die Aminosäuresequenz von Protein 11B4 dar (Seq ID 6) , und zwar durchlaufend vom N- zum C-Terminus.
Die vorliegende Erfindung wird durch das nachfolgende Ausfüh- rungsbeispiel näher erläutert: Ausführungsbeispiel
Der Gegenstand der vorliegenden Erfindung, ein bislang nicht in der Vollänge definiertes und entsprechend bislang in seiner Funktion nicht charakterisiertes Protein, einschließlich der zugrundeliegenden DNA-Sequenz, wurde aufgrund einer differen- tiellen Regulation im zentralen Nervensystem kloniert. Die RNA-Produkte der Gene 11B4, 7B6 wurden nach fokaler cerebraler Ischämie im Gehirn von Mäusen in der ischämischen Hemisphäre verstärkt exprimiert, und konnten durch ein differentielles Klonierungssystem (restriction-mediated differential display, RMDD) kloniert werden. Zur Herbeiführung von fokalen cerebralen Ischämien wurde hierbei das Fadenmodell benutzt (middle cerebral artery occlusion, MCAO) , ein valides Modell für die Schlaganfallerkrankung beim Menschen. Dieses experimentelle System wurde erfindungsgemäß eingesetzt, um Gene zu identifizieren, die neben anderen Funktionen auch von pathophysiologi- scher Bedeutung für das Ereignisse nach einer cerebralen I- schämie sind. Im einzelnen wurde wie folgt experimentell verfahren, und molekulare targets für neue Medikamente bei neuro- degenerativen Erkrankungen darstellen können.
(a) Herbeiführen des Fadenmodells in Mäusen
Zum Herbeiführen einer fokalen cerebralen Ischämie in c57/bl6 Mäusen wurden 3 Monate alte Mäuse benutzt. Nach Herbeiführen einer Inhalationsnarkose (70% N20, 30% 02, 0,8 - 1 % Halothan) wurde ein 5-0 Prolenefaden (Fa. Ethicon) , der mit 0.1% Poly-L- Lysin beschichtet war, über die A. carotis externa in die A. carotis interna bis zum Abgang der A. cerebri media vorgeschoben. Die richtige Position des Fadens wird durch einen Abfall des Laser-Doppler-Signals (Fa. Perimed) auf 10 - 20% des Ausgangssignals angezeigt. Nach Durchführung dieser Operation und gegebenenfalls Bestimmung zusätzlicher physiologischer Parameter (Blutdruck, Puls, Blutgase, Blutglukose) erwachen die Mäuse aus der Narkose. Nach bestimmten Okklusionszeiten werden die Mäuse wieder einer Narkose unterzogen, und der Faden zurückgezogen. Dadurch findet eine Reperfusion des Gewebes statt. Nach bestimmten Reperfusionszeiten werden die Mäuse durch Genickbruch getötet, und das Gehirn sofort präpariert und auf Trockeneis weggefroren.
Im vorliegenden Fall wurden keine Reperfusionen durchgeführt, sondern nur eine Okklusion von 90 min bzw. 24 h.
(b) Präparation von mRNA aus den Hirnen
Dazu wurde das mRNA-Präparationskit von der Fa. Invitrogen (Fasttrack) verwendet. Es wird auf die beschriebene Standard- präparationsmethode verwiesen, die Bestandteil der Offenbarung der vorliegenden Patentanmeldung ist.
(c) Durchführung des RMDD-Protokolls (siehe auch Abb. 1)
Die Durchführung erfolgte nach den in den Druckschriften EP 0 743 367 A2 und US 5,876,932 beschriebenen Verfahren, wobei abweichend hiervon 2 ug polyA-RNA für die Erststrangsynthese eingesetzt wurden. Nach Durchführung von Erststrang-, Zweitstrangsynthese, Mbol-Restriktion wurde eine Ligation mit Adaptoren durchgeführt. Zwei aufeinanderfolgende PCR-Reaktionen mit Subsets von Primerkombinationen schlössen sich an. Die PCR-Reaktionen wurden danach auf ein denaturierendes Gel geladen und auf eine Nylonmembran geblottet (Fa. GATC) . Die bio- tin-markierten Banden wurden mit Hilfe einer gebräuchlichen Streptavidin-Peroxidase-Reaktion visualisiert . Auf das Gel wurden jeweils PCR-Proben von der ischämischen und kontralateralen Hemisphäre zusammen aufgetragen (24 h MCAO rechts und links und 90 min MCAO rechts und links) . Banden unterschiedlicher Intensität in der rechten oder linken Hemisphäre wurden ausgeschnitten, und eine Reamplifikation des entsprechenden PCR-Produktes durchgeführt. Erhaltene amplifizierte Produkte wurden in den TOPO TA Vektor pcDNA 2.1 (Fa. Invitrogen) kloniert und mit T7 und Ml3rev-Primern sequenziert (ABI 3700 Ka- pillarelektrophoresesequencer) . Erhaltene Sequenzen werden mit der EMBL-Datenbank verglichen.

Claims

Patentansprüche
1. DNA-Sequenz, dadurch gekennzeichnet, daß sie einen Sequenzbereich enthält, der für ein Polypeptid mit einer A- minosäuresequenz von AS 10 bis AS 45 (7B6) oder AS 10 bis AS 45 (11B4) (Numerierung gemäß Figuren 2 (b) oder 3(c)) codiert, einschließlich aller funktionshomologen Derivate, Fragmente oder Allele, oder hiermit hybridisierenden DNA- Sequenzen.
2. DNA-Sequenz nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß sie einen Sequenzbereich enthält, der für ein Polypeptid mit einer Aminosäuresequenz gemäß Figur 2 (b) oder 3 (c) codiert, einschließlich aller funktionshomologen Derivate, Fragmente oder Allele, oder hiermit hybridisierenden DNA- Sequenzen.
3. DNA-Sequenz nach Anspruch 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, daß sie für ein Polypeptid gemäß Figur 2 (b) oder 3(c) codiert, einschließlich aller funktionshomologen Derivate, Fragmente oder Allele, oder hiermit hybridisierenden DNA- Sequenzen.
4. DNA-Sequenz nach einem der vorgenannten Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß sie die in Figur 2(a), 3(a) oder 3 (b) angegebene (c) DNA-Sequenz enthält.
5. Expressionsvektor, dadurch gekennzeichnet, daß er eine DNA-Sequenz nach einem der Ansprüche 1 bis 4 enthält.
6. Wirtszelle, dadurch gekennzeichnet, daß sie mit einem Expressionsvektor nach Anspruch 5 transformiert ist.
7. Wirtszelle nach Anspruch 6, dadurch gekennzeichnet, daß sie eine Säugetierzelle, insbesondere eine humane Zelle, ist.
8. Aufgereinigtes Genprodukt, dadurch gekennzeichnet, daß es durch eine DNA-Sequenz nach einem der Ansprüche 1 bis 4 codiert wird.
9. Aufgereinigtes Genprodukt nach Anspruch 8, dadurch gekennzeichnet, daß es ein Polypeptid ist.
10. Aufgereinigtes Genprodukt nach Anspruch 8 oder 9, dadurch gekennzeichnet, daß es die in Figur 2 (b) oder 3 (c) angegebene Aminosäuresequenz enthält, einschließlich aller funktionshomologen Allele, Fragmente oder Derivate.
11. Transgene Tiere, dadurch gekennzeichnet, daß sie genetisch dahingehend verändert, daß sie eine im Vergleich zum Normaltier (spezifisch) veränderte Menge mindestens einer A- minosäuresequenz nach Anspruch 9 oder 10 oder eine spezifisch gegenüber einer nativen Sequenz (gemäß Figuren 2 (b) oder 3(c)) veränderte Aminosäuresequenz gemäß Anspruch 9 oder 10 enthalten oder daß ihnen mindestens eine Aminosäuresequenz gemäß Anspruch 9 oder Teile davon fehlt oder verändert vorliegt.
12. Antikörper, dadurch gekennzeichnet, daß er ein Epitop auf einem Genprodukt nach einem der Ansprüche 8 bis 10 erkennt.
13. Antikörper nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, daß er monoklonal ist.
14. Antikörper nach einem der Ansprüche 12 oder 13, dadurch gekennzeichnet, daß er gegen einen Sequenzabschnitt auf der cytoplasmatischen Domäne als Epitop gerichtet ist.
15. Verfahren zur Expression von Genprodukten nach einem der Ansprüche 8 bis 10, dadurch gekennzeichnet, daß WirtsZellen mit einem Expressionsvektor nach Anspruch 5 transformiert werden.
16. Verfahren zur Isolierung von Genprodukten nach einem der Ansprüche 8 bis 10, dadurch gekennzeichnet, daß WirtsZellen nach Anspruch 6 oder 7 unter geeigneten, die Expression fördernden Bedingungen kultiviert werden und das Genprodukt anschließend aus der Kultur aufgereinigt wird.
17. DNA-Sequenz nach einem der Ansprüche 1 bis 4 oder eines Genprodukts nach einem der Ansprüche 8 bis 10 als Arzneimittel.
18. Verwendung einer DNA-Sequenz nach einem der Ansprüche 1 bis 4 oder eines Genprodukts nach einem der Ansprüche 8 bis 10 zur Behandlung (bzw. zur Herstellung eines Arzneimittels zur Behandlung) von Erkrankungen, die auf fehlgesteuerter Regulation von Zelltod- und/oder Zellprolifera- tionsereignissen beruhen.
19. Verwendung einer DNA-Sequenz nach einem der Ansprüche 1 bis 4 oder eines Genprodukts nach einem der Ansprüche 8 bis 10 zur Behandlung (bzw. zur Herstellung eines Arzneimittels zur Behandlung) von Tumorerkrankungen und neurologischen Erkrankungen, insbesondere Schlaganfall, Multipler Sklerose, Morbus Parkinson, Amyotrophe Lateralsklerose, Heredodegenerative Ataxien, Morbus Huntington, Neuropathien und Epilepsien.
20. Verbindung, dadurch gekennzeichnet, daß sie die intrazelluläre Funktion des Proteins 7B6 und/oder 11B4 moduliert, insbesondere inhibiert.
21. Verbindung nach Anspruch 20 oder 21, dadurch gekennzeichnet, daß sie eine organisch-chemische Verbindung mit einem Molekulargewicht von vorzugsweise < 3000 ist.
22. Verbindung nach einem der Ansprüche 19 bis 21, dadurch gekennzeichnet, daß sie die Zellmembran durch Diffusion oder über membranöse Transportproteine passiert.
23. Verfahren zur Identifizierung von pharmazeutisch wirksamen Verbindungen nach einem der Ansprüche 19 bis 22, dadurch gekennzeichnet, daß
(a) ein geeignetes Wirtszellsystem mit einem Expressionsvektor nach Anspruch 5, insbesondere einem Expressionsvektor, der für das Protein 7B6 oder 11B4 codiert, und ggf. mindestens einem Expressionsvektor, der für mindestens ein Reporter-Gen codiert, transfiziert wird, und
(b) ein zur Beobachtung der 7B6 und/oder 11B4 vermittelten Funktion, insbesondere ein zur Beobachtung der Apoptose, des Zellwachstums, der Zeilproliferation und/oder der Zellplastizität geeigneter Parameter nach Zugabe einer Testverbindung im Vergleich zur Kontrolle ohne Zugabe einer Testverbindung für das gemäß (a) erhaltene Wirtszellsystem in einem geeigneten Testsystem gemessen wird.
24. Verfahren nach Anspruch 23, dadurch gekennzeichnet, daß (c) der Bindungsplatz der pharmazeutisch wirksamen Verbindung auf einem erfindungsgemäßen Protein durch ein geeignetes biochemisches oder strukturbiologisches Verfahren ermittelt wird.
25. Verfahren nach Anspruch 23 oder 24, dadurch gekennzeichnet, daß ein Parameter gemäß (b) innerhalb eines Assayauf- baus für die Raf/MEK/ERK-Kaskade gemessen wird.
26. Verwendung einer Verbindung nach Anspruch 19 bis 22 zur Behandlung von (bzw. zur Herstellung eines Arzneimittels zur Behandlung von) neurodegenerativen Erkrankungen, insbesondere Alzheimer-Demenz und Morbus Parkinson, Muskel- dystrophie, viralen Infektionserkrankungen, Tumorerkrankungen und Autoimmunerkrankungen oder cerebralen Ischämien.
27. Verfahren zur Identifizierung eines zellulären Interaktionspartner des Proteins 7B6 und/oder 11B4 oder eines nativen Allels, Fragments oder Derivats, wobei ein sog. "yeast-two-hybrid"-System eingesetzt wird.
28. Verwendung einer DNA-Sequenz nach einem der Ansprüche 1 bis 4 oder eines Genprodukts nach einem der Ansprüche 8 bis 10 zur Identifizierung von weiteren an der durch das Protein 11B4 und/oder 7B6 vermittelten Signaltransduktion beteiligten Proteinen.
29. Verwendung einer DNA-Sequenz nach einem der Ansprüche 1 bis 4 oder eines Genprodukts nach einem der Ansprüche 8 bis 10 als Suizidgen/-protein für die in vivo oder ex vivo Transformation von Wirtszellen.
0. Verwendung einer DNA-Sequenz nach Anspruch 29, wobei das Suizidgen operabel mit einem Promotor verbunden ist, wobei die Transkription reprimiert ist und nur im Bedarfsfall aktiviert wird.
PCT/EP2002/001564 2001-02-14 2002-02-14 Protein 7b6 und 11b4 und zugrundeliegende dna-sequenzen WO2002064777A2 (de)

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