WO1999025869A1 - Dna-sequenzen aus fimbriengenen des escherichia coli-stamms dsm 6601 - Google Patents

Dna-sequenzen aus fimbriengenen des escherichia coli-stamms dsm 6601 Download PDF

Info

Publication number
WO1999025869A1
WO1999025869A1 PCT/EP1998/007397 EP9807397W WO9925869A1 WO 1999025869 A1 WO1999025869 A1 WO 1999025869A1 EP 9807397 W EP9807397 W EP 9807397W WO 9925869 A1 WO9925869 A1 WO 9925869A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
dna sequences
dna
escherichia coli
genes
fimbriae
Prior art date
Application number
PCT/EP1998/007397
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
Jürgen Malinka
Jörg Hacker
Gabriele Blum-Oehler
Ulrich Sonnenborn
Jürgen Schulze
Hans Proppert
Original Assignee
Pharma-Zentrale Gmbh
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Pharma-Zentrale Gmbh filed Critical Pharma-Zentrale Gmbh
Priority to EEP200000265A priority Critical patent/EE200000265A/xx
Priority to PL98340329A priority patent/PL340329A1/xx
Priority to JP2000521232A priority patent/JP2001523470A/ja
Priority to EP98962355A priority patent/EP1032711A1/de
Priority to HU0100337A priority patent/HUP0100337A3/hu
Priority to US09/554,834 priority patent/US6376185B1/en
Publication of WO1999025869A1 publication Critical patent/WO1999025869A1/de
Priority to NO20002549A priority patent/NO20002549L/no

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/70Vectors or expression systems specially adapted for E. coli

Definitions

  • the invention relates to DNA sequences from the Fimbrien gene clusters of Escherichia coli strain DSM 6601.
  • Escherichia coli is a gram-negative bacterium that is found in the human and animal intestinal flora, but also extraintestinal. E. coli occurs in numerous variants which differ in terms of capsule antigens, surface antigens and flagella antigens and can therefore be divided into numerous serological types. The classification according to the serotypes, however, does not allow any statement about the different virulence of the germs. Representatives of one and the same serotype can have a different pathogenicity potential in both the human and animal body, which in extreme cases can range from avirulent to highly pathogenic.
  • the E. coli strain DSM 6601 belongs to the serogroup 06: K5 and is rated as non-human or animal pathogenic.
  • This strain has two chromosomally coded fimbrial gene clusters, namely a type I (fim) or F1 C (focj gene cluster. It is known that the fimbriae of this strain carry an adhesin. Adhesins are structures which are involved in the attachment of the bacterial Organism to other cells play an important role.
  • Fimbrial genes are mainly used in analysis and diagnostics. Applications are also available in medicine and nutritional physiology or in biotechnology. Fimbrial genes or their main subunits can thus be used, for example, to characterize a particular strain, so that there is a need for further studies on the sequence of these genes.
  • Steps 2-4 were repeated 30 times.
  • focA1 5 '-CTC ACA TTG CAT TTA TGA AG-3' focA2: 5'-GGT ATA TAT CCG TTA CAC TG-3 '
  • Step 1 denature for 3 min at 95 ° C
  • Step 2 45 sec 95 ° C
  • Step 3 45 sec 51 ° C
  • Step 4 45 sec 72 ° C
  • Step 5 5 min at 72 ° C
  • PCR products obtained in Examples 1 and 2 are based on the method of Sambrook et al. (Sambrook, J., Fritseh, EF, and Maniatis, T., Molecular Cloning: A laboratory manual, Cold Spring Harbor Laboratory, second edition (1989), Cloning, Transformation: 1 .53 - 1 .84; PCR: 14.00 - 14.35) was cloned into the vector pUC 18 and the resulting plasmid DNA was transformed into the E. coli K12 strain DH5.
  • the plasmid DNA is isolated based on the method of Bimboim et al. (Birnboim, A.C. and Doly, J. (1979) Nucl. Acids Res. 7: 1 51 3-1523. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA).
  • 3 ml LB medium are inoculated with a bacterial colony and shaken overnight at 37 ° C.
  • This culture is centrifuged off in an Eppendorf tube, the media residue is removed with a pipette.
  • the cell sediment is resuspended with 100 ⁇ ⁇ solution I (50 mM glucose; 10 mM EDTA, pH 8; 25 mM Tris-HCl, pH 8).
  • 100 ⁇ ⁇ solution I 50 mM glucose; 10 mM EDTA, pH 8; 25 mM Tris-HCl, pH 8
  • 200 ⁇ l of solution II 0.2 N NaOH; 1% SDS
  • the mixture is mixed until clear and the Eppendorf tube is left on ice for a further 5 minutes.
  • the plasmid DNA is precipitated with 2 volumes of ice-cold ethanol and centrifuged for 10 minutes. The pellet is washed with 70% ethanol and dried in the Speedvac. The plasmid DNA is resuspended in 20 ⁇ ⁇ H 2 O bidest and stored at -20 ° C.
  • DNA sequencing was based on the method of Sanger et al. (Sanger, F., Nicklen, S. and Coulson, A.R. (1977) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 5463-5467. DNA sequencing with chain terminating inhibitors).
  • DNA sequencing was carried out using the T7 sequencing kit from Phamacia-LKB.
  • the DNA is double-distilled water and with 3 ⁇ ⁇ 3 M Na-acetate, pH 4.8 and 7 ul H 2 O 60 ⁇ ⁇ ice-cold ethanol abso
  • the precipitated DNA is centrifuged off for 10 min, washed with 70% ethanol and dried.
  • the denatured DNA is suspended in 10 ⁇ ⁇ H 2 O bidest and mixed with 2 ⁇ ⁇ annealing buffer and 2 ⁇ l primer (40 ng) mixes. The mixture is incubated at 37 ° C. for 20 min so that the primer can bind to the template DNA. The reaction mixture is cooled for 10 min at room temperature and then either used immediately for the labeling reaction or frozen at -20 ° C.
  • DNA sequences can also be synthetically produced in a manner known per se and certain sequence sections can be used as primers, which then enables the identification of E. coli strain DSM 6601 without any problems. But there is also the possibility of the corresponding DNA sequences of this strain are to be introduced into other E. coli strains by genetic engineering, in order, for example, to modify the behavior when cells are attached and thus to influence the colonization properties of other strains.

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

Die Erfindung betrifft DNA-Sequenzen mit den in den Abbildungen 1 und 2 dargestellten Nukleotidfolgen und deren Verwendung.

Description

DNA-SEQUENZEN AUS FIMBRIENGENEN DES ESCHERICHIA COLI-STAMMS DSM 6601
Die Erfindung betrifft DNA-Sequenzen aus den Fimbriengenclustern von Escherichia coli Stamm DSM 6601 .
Escherichia coli ist ein gramnegatives Bakterium, das in der menschlichen und tierischen Darmflora, aber auch extraintestinal vorkommt. E. coli tritt in zahlreichen Varianten auf, die sich hinsichtlich der Kapselantigene, Ober- flächenantigene und Flagellenantigene unterscheiden und daher in zahl- reiche serologische Typen unterteilt werden können. Die Einordnung nach den Serotypen läßt allerdings keine Aussage über die unterschiedliche Virulenz der Keime zu. Vertreter ein- und desselben Serotyps können sowohl im menschlichen als auch im tierischen Körper ein unterschiedliches Pathogeni- tätspotential besitzen, das im Extremfall von avirulent bis hochgradig patho- gen reichen kann. Der E.-coli-Stamm DSM 6601 gehört zu der Serogruppe 06:K5 und wird als nicht human- oder tierpathogen bewertet.
Dieser Stamm besitzt zwei chromosomal kodierte Fimbriengencluster, nämlich ein Typ I (fim)- bzw. F1 C (focj-Gencluster. Es ist bekannt, daß die Fim- brien dieses Stammes ein Adhäsin tragen. Adhäsine sind Strukturen, die bei der Anheftung des bakteriellen Organismus an andere Zellen eine wichtige Rolle spielen.
Fimbriengene finden hauptsächlich Anwendung in der Analytik und Diagnostik. Anwendungsmöglichkeiten sind aber auch in der Medizin und Ernährungsphysiologie bzw. in der Biotechnik gegeben. Fimbriengene bzw. deren Hauptuntereinheiten können so z.B. zur Charakterisierung eines bestimmten Stammes herangezogen werden, so daß ein Bedarf nach weiteren Untersuchungen über die Sequenz dieser Gene gegeben ist.
Erfindungsgemäß wurden jetzt Untersuchungen mit dem E.-coli-Stamm DSM 6601 durchgeführt und die enthaltenen DNA-Sequenzen der Fimbrien- hauptuntereinheiten f/mA (Abb. 1 ) und focA (Abb. 2) genauer analysiert. Die von dem Stamm erhaltenen DNA-Sequenzen wurden mit Hilfe von Datenbankprogrammen einer DNA-Sequenzanalyse unterzogen und mit den DNA-Sequenzen bekannter Stämme verglichen. Während bei den Hauptuntereinheiten focA des Stammes DSM 6601 im Vergleich zum Stamm AD 1 10 Abweichungen an einer Stelle der DNA-Sequenz festzustellen waren, sind in der DNA-Sequenz des f/mA-Gens des Stammes DSM 6601 zum Vergleichsstamm HB 101 Abweichungen an mehreren Stellen zu finden, wie Abb. 1 und 2 zeigen:
Zur Analyse der beiden Fimbrienhauptuntereinheiten f/mA und focA des Stammes DSM 6601 - und der Vergleichsstämme AD 1 10 und HB 101 - wurden die entsprechenden DNA-Fragmente zunächst mit Hilfe von PCR- Reaktionen aus dem Chromosom der Stämme angereichert.
Die Erfindung wird nunmehr anhand der Beispiele näher erläutert:
Beispiel 1 :
Anreicherung des f/mA-Gens aus den Stämmen DSM 6601 und HB 101 Folgende Primerpaare wurden für diese PCR-Reaktion verwendet: fimA1 : 5' -CTG TAC AGA ACG ACT GCC-3' fimA2: 5' -GTA ATG ACG TCC CTG AAC-3'
Bedingungen für die PCR: Sehr tt 1 : 3 min bei 95 ° C denaturieren Sehr tt 2: 45 sec 95° C Sehr tt 3: 45 sec 53° C Sehr tt 4: 45 sec 72° C Sehr tt 5: 5 min bei 72° C
Die Schritte 2 - 4 wurden 30mal wiederholt.
Beispiel 2:
Anreicherung des focA-Gens aus den Stämmen DSM 6601 und AD 1 10
Folgende Primerpaare wurden für diese PCR-Reaktion verwendet: focA1 : 5' -CTC ACA TTG CAT TTA TGA AG-3' focA2: 5'-GGT ATA TAT CCG TTA CAC TG-3'
Bedingungen für die PCR: Schrittl : 3 min bei 95° C denaturieren Schritt 2: 45 sec 95° C Schritt 3: 45 sec 51 ° C Schritt 4: 45 sec 72° C Schritt 5: 5 min bei 72° C
Die Schritte 2 - 4 wurden 30mal wiederholt. Beispiel 3:
Klonierung und Plasmidisolierung
Die in Beispiel 1 und 2 erhaltenen PCR-Produkte werden in Anlehnung an das Verfahren von Sambrook et al. (Sambrook, J., Fritseh, E.F., and Maniatis, T., Molecular Cloning: A laboratory manual, Cold Spring Harbor Laboratory, second edition (1989), Cloning, Transformation: 1 .53 - 1 .84; PCR: 14.00 - 14.35) in den Vektor pUC 18 kloniert und die resultierende Plasmid-DNA in den E.-coli-K12-Stamm DH5 transformiert.
Die Isolierung der Plasmid-DNA erfolgt in Anlehnung an das Verfahren von Bimboim et al. (Birnboim, A.C. and Doly, J. (1979) Nucl. Acids Res. 7:1 51 3- 1523. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA).
3 ml LB-Medium werden mit einer Bakterienkolonie beimpft und über Nacht bei 37° C geschüttelt. Diese Kultur wird in einem Eppendorfgefäß abzentri- fugiert, der Medienrückstand wird mit einer Pipette entfernt. Das Zellsediment wird mit 100 μ\ Lösung I (50 mM Glukose; 10 mM EDTA, pH 8; 25 mM Tris-HCl, pH 8) resuspendiert. Nach 5 min Inkubation bei Raumtemperatur gibt man 200 μ\ Lösung II (0,2 N NaOH; 1 % SDS) dazu, mischt bis zum Aufklaren und läßt das Eppendorfgefäß weitere 5 min auf Eis stehen. Dann fügt man 150 /I Lösung III (3 M Na-Acetat, pH 4,8) hinzu, schüttelt kurz bis die chromosomale DNA flockig ausfällt und beläßt den Ansatz nochmals 5 min auf Eis. Die ausgefällte chromosomale DNA und die Zellreste werden 5 min in der Zentrifuge pelletiert und der Überstand mit der Plasmid-DNA wird in ein neues Gefäß überführt. Zur Reinigung der Plasmid- DNA werden 50 μ\ Phenol und 1 50 μ\ Chloroform/Isoamylalkohol (24:1 ) zugegeben und nach kurzem Schütteln 2 min abzentrifugiert. Die wäßrige Phase wird in ein neues Gefäß pipettiert. Die Plasmid-DNA wird mit 2 Volumina eiskaltem Ethanol ausgefällt und 10 min abzentrifugiert. Das Pellet wird mit 70 % Ethanol gewaschen und in der Speedvac getrocknet. Die Plasmid-DNA wird in 20 μ\ H2Obidest resuspendiert und bei -20°C aufbewahrt.
Beispiel 4: DNA-Sequenzierung
Die DNA-Sequenzierung erfolgte in Anlehnung an das Verfahren von Sanger et al. (Sanger, F., Nicklen, S. and Coulson, A.R. (1977) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 74: 5463-5467. DNA sequencing with chain terminating inhibitors).
Die DNA-Sequenzierung erfolgte mit dem T7-Sequenzier-Kit der Firma Phamacia-LKB.
Für den Denaturierungsschritt werden 8 μ\ (1 ,5 bis 2 μg) Plasmid-DNA mit 2 μ\ 2 N NaOH gemischt, kurz abzentrifugiert und 10 min bei
Raumtemperatur inkubiert. Die DNA wird mit 3 μ\ 3 M Na-Acetat, pH 4,8 sowie 7 μl H2Obidest und 60 μ\ eiskaltem Ethanolabso|ut 1 5 min bei -70° C gefällt. Die gefällte DNA wird 10 min abzentrifugiert, mit 70 % Ethanol gewaschen und getrocknet.
Für die Annealing-Reaktion wird die denaturierte DNA in 10 μ\ H2Obidest suspendiert und mit 2 μ\ Annealing-Puffer und 2 μl Primer (40 ng) ge- mischt. Der Ansatz wird 20 min bei 37° C inkubiert, so daß eine Bindung des Primers an die Template-DNA erfolgen kann. Der Reaktionsansatz wird 10 min bei Raumtemperatur abgekühlt und dann entweder sofort für die Label ling-Reaktion verwendet oder bei -20° C eingefroren. Für die Label ling-Reaktion werden 3 μl Labelling-Mix, 1 μl [α-32P]dATP und 2 μl T7-Polymerase (die T7-Polymerase wurde 1 :5 mit Enzymverdünnungspuffer verdünnt) in den Annealing-Reaktionsansatz einpipettiert und nach kurzem Mischen 5 min bei Raumtemperatur inkubiert. Währenddessen werden die für die Terminationsreaktion bereits vorbereite- ten Sequenziermixe (je 1 Gefäß mit 2,5 μl 'G'-, 'A 'T'- und 'C'-Mix
„short") bei 37° C vorgewärmt. Nach Ablauf der Label ling-Reaktion werden jeweils 4 μl davon zu den vier Sequenziermixen zugegeben und kurz mit der Pipette gemischt. Die Terminationsreaktionen werden 5 min bei 37° C inkubiert. Zum Beenden der Terminationsreaktionen werden je 5 μl Stop-Lösung zugegeben. Die Ansätze werden nun in einen Inkubator mit 95° C überführt, 2 min denaturiert und dann auf Eis gestellt. Je 2,5 μl der Reaktionen werden auf ein Sequenziergel [25,2 g Harnstoff, 22 ml H2Obidest, 6 ml 10x TBE, 10 ml Polyacrylamid (40 %), 2 ml Ammoniumpersulfat (16 mg/ml), 60 μl TEMED] in der Reihenfolge 'G', 'A', 'T', 'C aufgetragen. Die Elektrophorese erfolgt bei 40 Watt und
1 500 Volt für 4,5 h.
Diese DNA-Sequenzen können auch in an sich bekannter Weise synthetisch hergestellt und bestimmte Sequenzabschnitte als Primer verwendet werden, womit dann eine Identifizierung von E.-coli-Stamm DSM 6601 einwandfrei ermöglicht wird. Es besteht aber auch die Möglichkeit, die entsprechenden DNA-Sequenzen dieses Stammes gentechnologisch in andere E.-coli-Stämme einzubringen, um damit z.B. das Verhalten bei der Anheftung der Zellen zu modifizieren und damit die Kolonisationseigenschaften anderer Stämme zu beeinflussen.
SEQUENZPROTOKOLL ALLGEMEINE ANGABEN
ANMELDER: PHARMA-ZENTRALE GMBH LOERFELDSTRASSE 20 58313 HERDECKE BUNDESREPUBLIK DEUTSCHLAND
BEZEICHNUNG DER ERFINDUNG: DNA-SEQUENZEN AUS FIMBRIENGENEN VON ESCHERICHIA COLI STAMM DSM 6601
ANZAHL DER SEQUENZEN:
COMPUTERLESBARE FASSUNG:
DATENTRÄGER DISKETTE COMPUTER IBM COMPATIBEL BETRIEBSYSTEM WINDOWS 95 SOFTWARE MICROSOFT WORD 6.0
DATEN DER JETZIGEN ANMELDUNG
ANMELDENUMMER ANMELDETAG
ANGABEN ZUM VERTRETER
NAME DRES. HARMSEN & UTESCHER
VERTRETERNUMMER 268569
AKTENZEICHEN PT 19/97
TELEFON 040-249757
TELEFAX 040-2803672
ANGABEN ZU SEQ ID NO: fimadsm
SEQUENZCHARAKTERISTIKA:
LÄNGE 549 BASENPAARE ART DNA
STRANGFORM DOPPELSTRANG TOPOLOGIE LINEAR
URSPRUNGLICHE HERKUNFT:
ORGANISMUS ESCHERICHIA COLI
STAMM DSM 6601
ZELLTYP EINZELLIGER ORGANISMUS
ANGABEN ZU PUBLIKATIONEN:
AUTOREN KLEMM, P. TITEL The fimA gene encoding the type 1 fimbrial subunit of
Escherichia coli
ZEITSCHRIFT EUR. J., BIOCHEM. BAND 143 (2)
SEITEN 395-399
DATUM 1984
SEQUENZBESCHREIBUNG SEQ ID NO: fimadsm
1 ATGAAAATTA AAACTCTGGC AATCGTTGCT CTGTCGGCTC TGTCCCTCAG
51 TTCCGCAGCG GCTCTGGCCG ATACTACGAC GGTAAATGGT GGGGCCGTTC
101 ACTTTAAAGG GGAAGTTGTT AACGCCGCTT GCGCAGTTGA TGCAGGCTCT
151 GTTGATCAAA CCGTTCAGTT AGGCCAGGTT CGTACCGCTA GCCTGAAGCA
201 GGAAGGAGCA ACCAGCTCTG CCGTTGGTTT TAACATTCAG GTGAATGATT 251 GCGATACCAC TGTTGCCACA AAAGCTGCTG TTGCCTTCTT AGGTACGGCA
301 ATTGATGCTA CCGATACTGA TGTACTGGCT CTGCAGAGTT CAGCTGCGGG
351 TAGCGCAACA AACGTTGGTG TGCAGATCCT GGACAGAACG GGTGCTGCGC
401 TGACGCTGGA CGGTGCGACA TTTAGTTCAG AAACAACCCT GAATAACGGA 451 ACCAATACCA TTCCGTTCCA GGCGCGTTAT TTTGCAACCG GTGCCGCAAC 501 CCCGGGTGCT GCTAATGCGG ATGCGACCTT CAAGGTTCAG TATCAATAA
SEQUENZPROTOKOLL ALLGEMEINE ANGABEN
ANMELDER: PHARMA-ZENTRALE GMBH LOERFELDSTRASSE 20 58313 HERDECKE BUNDESREPUBLIK DEUTSCHLAND
BEZEICHNUNG DER ERFINDUNG: DNA-SEQUENZEN AUS FIMBRIENGENEN VON ESCHERICHIA COLI STAMM DSM 6601
ANZAHL DER SEQUENZEN: 2
COMPUTERLESBARE FASSUNG:
DATENTRÄGER DISKETTE COMPUTER IBM COMPATIBEL BETRIEBSYSTEM WINDOWS 95 SOFTWARE MICROSOFT WORD 6.0
DATEN DER JETZIGEN ANMELDUNG
ANMELDENUMMER ANMELDETAG
ANGABEN ZUM VERTRETER
NAME DRES. HARMSEN & UTESCHER
VERTRETERNUMMER 268569
AKTENZEICHEN PT 19/97
TELEFON 040-249757
TELEFAX 040-2803672
ANGABEN ZU SEQ ID NO: focadsm
SEQUENZCHARAKTERISTIKA
LÄNGE 543 BASENPAARE ART DNA
STRANGFORM DOPPELSTRANG TOPOLOGIE LINEAR
URSPRUNGLICHE HERKUNFT:
ORGANISMUS ESCHERICHIA COLI
STAMM DSM 6601
ZELLTYP EINZELLIGER ORGANISMUS
SEQUENZBESCHREIBUNG SEQ ID NO: focadsm atgaagttaa aattcatctc catggctgta ttttcagctc tgaccctggg tgttgcgaca aatgcgtctg ctgtcaccac ggttaggtgt ggtacagttc attttaaggg tgaagtggtt aatgctgcat gtgctgtaaa cactaactca ttcgatcaga cggttaatct tggacaggtt cgttccgaaa gattgaaagt agatggagct aaaagcaatc cagttggatt tacaattgaa ttaaatgatt gtgactcgca ggtgtctgct ggtgcaggaa ttgtcttttc. aggcccagca gttactggta aaacagatgt tcttgcttta caaagttctg cagcgggttc tgcaacaaac ttcggcgttc agattactga ccataggccg aaggttgtac ctttagatgg aactgcaagc tcaacgttta cattaactga cggaaccaac aaaattccat ttcaggcggt ttactacgca actggacagg ccactgctgg tattgccaac gccgacgcca cctttaaagt tcagtaccag taa

Claims

Patentansprüche
1 . DNA-Sequenzen mit oder aus der in Abbildung 1 dargestellten Nukleotidfolge.
2. DNA-Sequenzen mit oder aus der in Abbildung 2 dargestellten Nukleotidfolge.
3. Verwendung der DNA-Sequenzen nach Anspruch 1 oder 2 in der mikrobiologischen Analytik und/oder Diagnostik.
4. Verwendung der DNA-Sequenzen nach Anspruch 1 oder 2 zu medizinischen und/oder ernährungsphysiologischen bzw. probiotischen Zwecken.
5. Verwendung der DNA-Sequenzen nach Anspruch 1 oder 2 in der Biotechnik, insbesondere als Expressionsvektoren.
PCT/EP1998/007397 1997-11-19 1998-11-18 Dna-sequenzen aus fimbriengenen des escherichia coli-stamms dsm 6601 WO1999025869A1 (de)

Priority Applications (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EEP200000265A EE200000265A (et) 1997-11-19 1998-11-18 Escherichia coli tüve DSM 6601 fimbriageenidest pärinevad DNA järjestused ja nende kasutamine
PL98340329A PL340329A1 (en) 1997-11-19 1998-11-18 Dna sequence of genes encoding fimbriae of escherichia coli dsm 6601 strain
JP2000521232A JP2001523470A (ja) 1997-11-19 1998-11-18 エシェリキア・コリ菌株dsm6601のフィムブリエ遺伝子からのdna配列
EP98962355A EP1032711A1 (de) 1997-11-19 1998-11-18 Dna-sequenzen aus fimbriengenen des escherichia coli-stamms dsm 6601
HU0100337A HUP0100337A3 (en) 1997-11-19 1998-11-18 Dna sequences of genes from fimbriae d'escherichia coli strain dsm 6601
US09/554,834 US6376185B1 (en) 1997-11-19 1998-11-18 DNA sequences of genes from fimbriae d'escherichia coli strain DSM 6601
NO20002549A NO20002549L (no) 1997-11-19 2000-05-18 DNA-sekvenser av fimbriagener av Escherichia coli stamme DSM 6601

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE19751242A DE19751242C2 (de) 1997-11-19 1997-11-19 DNA-Sequenzen aus Fimbriengenen von Escherichia coli Stamm DSM 6601
DE19751242.9 1997-11-19

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO1999025869A1 true WO1999025869A1 (de) 1999-05-27

Family

ID=7849196

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/EP1998/007397 WO1999025869A1 (de) 1997-11-19 1998-11-18 Dna-sequenzen aus fimbriengenen des escherichia coli-stamms dsm 6601

Country Status (9)

Country Link
US (1) US6376185B1 (de)
EP (1) EP1032711A1 (de)
JP (1) JP2001523470A (de)
DE (1) DE19751242C2 (de)
EE (1) EE200000265A (de)
HU (1) HUP0100337A3 (de)
NO (1) NO20002549L (de)
PL (1) PL340329A1 (de)
WO (1) WO1999025869A1 (de)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE19915772C2 (de) * 1998-11-18 2001-08-30 Pharma Zentrale Gmbh Verfahren zur Identifizierung von Escherichia coli Stamm DSM 6601
US6376185B1 (en) 1997-11-19 2002-04-23 Pharma-Zentrale Gmbh DNA sequences of genes from fimbriae d'escherichia coli strain DSM 6601
US6489107B1 (en) 1997-11-19 2002-12-03 Pharma-Zentrale Gmbh Method for identifying Escherichia coli strain DSM 6601
US7611711B2 (en) 2001-01-17 2009-11-03 Vegenics Limited VEGFR-3 inhibitor materials and methods

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1998044134A2 (de) * 1997-04-02 1998-10-08 Pharma-Zentrale Gmbh Bakterielle plasmide

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE19751242C2 (de) 1997-11-19 2001-02-08 Pharma Zentrale Gmbh DNA-Sequenzen aus Fimbriengenen von Escherichia coli Stamm DSM 6601

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1998044134A2 (de) * 1997-04-02 1998-10-08 Pharma-Zentrale Gmbh Bakterielle plasmide

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BLUM ET AL: "Properties of Escherichia coli strains of serotype O6", PLASMID, vol. 23, no. 4, July 1995 (1995-07-01), pages 234 - 236, XP002085750 *
GEORG K J AND SCHLORER E: "Probiotische Therapie einer pseudomembranosen Klitis. Kombination aus intestinaler Lavage und oraler Gabe von Escherichia coli", DEUTSCHE MEDIZINISCHE WOCHENSCHRIFT, vol. 123, no. 43, 1998, pages 1274 - 1278, XP002097259 *
KRUIS W ET AL.: "Use of probiotic substances in human medicine - current clinical studies with the apathogenic Escherichia coli strain Nissle 1917", MEDIZINISCHE WELT, vol. 47, no. 6, 1996, pages A53 - A57, XP002097258 *
SEKIZAKI T ET AL.: "DNA sequence of type 1 fimbrin, fpul1, gene from a chicken pathogenic Escherichia coli serotype O78", JOURNAL OF VETERINARY MEDICAL SCIENCE, vol. 55, 1993, pages 395 - 400, XP002097257 *
VAN DIE I ET AL.: "Type 1C fimbriae of a uropathogenic Escherichia coli strain: cloning and characterization of the genes involved in the expression of the 1C antigen and nucleotide sequence of the subunit gene", GENE, vol. 34, 1984, pages 187 - 196, XP002097256 *

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6376185B1 (en) 1997-11-19 2002-04-23 Pharma-Zentrale Gmbh DNA sequences of genes from fimbriae d'escherichia coli strain DSM 6601
US6489107B1 (en) 1997-11-19 2002-12-03 Pharma-Zentrale Gmbh Method for identifying Escherichia coli strain DSM 6601
DE19915772C2 (de) * 1998-11-18 2001-08-30 Pharma Zentrale Gmbh Verfahren zur Identifizierung von Escherichia coli Stamm DSM 6601
US7611711B2 (en) 2001-01-17 2009-11-03 Vegenics Limited VEGFR-3 inhibitor materials and methods

Also Published As

Publication number Publication date
HUP0100337A3 (en) 2005-08-29
DE19751242A1 (de) 1999-05-27
US6376185B1 (en) 2002-04-23
HUP0100337A2 (hu) 2001-06-28
NO20002549L (no) 2000-07-18
NO20002549D0 (no) 2000-05-18
EE200000265A (et) 2001-06-15
DE19751242C2 (de) 2001-02-08
EP1032711A1 (de) 2000-09-06
PL340329A1 (en) 2001-01-29
JP2001523470A (ja) 2001-11-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DE3486467T3 (de) Verfahren zum Nachweis, Identifizieren und Quantifizieren von Organismen und Viren
DE19856064C2 (de) Universelles Verfahren zur Isolierung von DNA aus beliebigen Ausgangsmaterialien
DE60129028T2 (de) Zelluläre arrays zur identifizierung von veränderter genexpression
WO2000012140A1 (de) Verfahren zur markierung von biopolymeren mit isotopen
DE69425450T2 (de) Detektion und Identifikation von Mycobakterien
EP2931918A2 (de) Verfahren zur identifizierung einer zelle mit gegenüber ihrem wildtyp erhöhten intrazellulären konzentration eines bestimmten metaboliten, wobei die veränderung der zelle durch rekombineering erreicht wird, sowie ein verfahren zur herstellung einer gegenüber ihrem wildtyp genetisch veränderten produktionszelle mit optimierter produktion eines bestimmten metaboliten, ein verfahren zur herstellung dieses metaboliten, sowie dafür geeignete nukleinsäuren.
WO1999025869A1 (de) Dna-sequenzen aus fimbriengenen des escherichia coli-stamms dsm 6601
EP2205767B1 (de) Verfahren zur feststellung von frameshift-mutationen in kodierenden nukleinsäuren
AT410444B (de) Verfahren zur detektion von nukleinsäuremolekülen
EP0975774B1 (de) Bakterielle plasmide
DE4428651C1 (de) Verfahren zur Herstellung und Amplifikation von Nukleinsäuren
DE69829240T2 (de) Für temperaturstabile Diaphorase kodierendes Gen
WO1999022023A2 (de) Verfahren zum nachweis von mikroorganismen
EP1074628B1 (de) N-Acetylaminosäureracemase
Ludwig et al. A phylogenetic analysis of Legionella
EP1326964B1 (de) THERMOSTABILE POLYMERASE AUS i THERMOCOCCUS PACIFICUS /i
EP0935664B1 (de) Neue systeme zur regulation der genexpression
WO2002024904A2 (de) Verfahren zur herstellung von ribonukleinsäure (rns)
WO2005017166A1 (de) Verfahren zur herstellung eines lysates zur zellfreien proteinbiosynthese
EP0658630A2 (de) Oligonukleotide für den Nachweis von Enterobacteriaceae
DE60207036T2 (de) Detektionsverfahren für Escherichia coli
EP1797198B1 (de) Verbessertes elektrophoretisches trennverfahren für die analyse der genexpression
WO2001016363A2 (de) Schneller, hochspezifischer nachweis von pseudomonas aeruginosa durch mehrfachsondendetektion
WO2003010334A1 (de) Verfahren zur identifizierung von leserastermutationen
AT390267B (de) Verfahren zum markieren und identifizieren von industriell eingesetzten mikroorganismen, vorzugsweise hefestaemmen

Legal Events

Date Code Title Description
AK Designated states

Kind code of ref document: A1

Designated state(s): CZ EE HU JP LT LV NO PL US

AL Designated countries for regional patents

Kind code of ref document: A1

Designated state(s): AT BE CH CY DE DK ES FI FR GB GR IE IT LU MC NL PT SE

121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application
DFPE Request for preliminary examination filed prior to expiration of 19th month from priority date (pct application filed before 20040101)
WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: PV2000-1874

Country of ref document: CZ

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 1998962355

Country of ref document: EP

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 09554834

Country of ref document: US

WWP Wipo information: published in national office

Ref document number: 1998962355

Country of ref document: EP

WWP Wipo information: published in national office

Ref document number: PV2000-1874

Country of ref document: CZ

WWW Wipo information: withdrawn in national office

Ref document number: 1998962355

Country of ref document: EP

WWR Wipo information: refused in national office

Ref document number: PV2000-1874

Country of ref document: CZ