TWI569014B - 神經退化性疾病個體之抗體可辨識之小分子之鑑定 - Google Patents

神經退化性疾病個體之抗體可辨識之小分子之鑑定 Download PDF

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Description

神經退化性疾病個體之抗體可辨識之小分子之鑑定
概言之，本發明係關於分子生物學、免疫學及神經生物學之領域。更具體而言，其係關於可由神經退化性疾病(ND)特異性抗體辨識之擬肽的鑑定。該等擬肽可用於鑑定患有ND或處於ND之風險的個體。
本申請案主張優先於2009年6月2日申請之美國臨時申請案第61/183,260號及2010年3月29日申請之第61/318,655號，各案件之全文皆以引用方式併入本文中。
本發明係根據National Heart,Lung and Blood Institute之許可號NO1-HV28185及National Institutes of Health之許可號DP10D00066301在政府支持下進行。政府對本發明擁有一定的權利。
阿茲海默氏病(Alzheimer's Disease)(AD)係一種進行性及致命性腦疾病，其影響多達530萬美國人。AD破壞腦細胞，從而造成記憶、思維及行為問題。該等症狀會隨時間惡化，且最終該疾病係致命性的。當今，在美國，其係第六主要死亡原因且係癡呆症之最常見形式，佔所有癡呆症病例之50-70%。令人悲傷的是，儘管存在對症狀之治療，但不可治癒。
診斷阿茲海默氏病係涉及若干類型之評價的經驗過程且其完成可耗時幾天至幾週。評價包括獲取詳細病史及物理檢查。另外，主要設計包括血液、尿及CSF測試之標準實驗室測試以有利於排除其他可能的病況。亦實施使用各種工具評定記憶、解決問題能力、注意力、視覺-動作協調性及抽象思維之神經心理學測試。亦應包括對於抑鬱症之測試。最後，推薦進行腦部造影以排除腦中之腦瘤或血塊為症狀之原因。總之，當前無可精確診斷阿茲海默氏病之單一測試，僅在死亡後藉由檢查腦組織方可明確診斷阿茲海默氏病。
帕金森氏病(Parkinson's Disease)(PD)係腦(中樞神經系統)之另一退化性疾病，其經常會損傷運動技能、言語及其他功能。其會影響運動(運動症狀)，但其他典型症狀包括情緒、行為、思維及感覺障礙(非運動症狀)。患者之個體症狀可極為不同且疾病之進程亦明顯個體化。PD症狀係由黑質(字面意思為「黑色物質」)之緻密區(pars compacta region)中的色素多巴胺分泌型(多巴胺能)細胞喪失(特發性或遺傳的、毒性或創傷性)造成。該等神經元投射到紋狀體且其喪失會導致基底神經節內調節運動之神經迴路的活性改變、本質上抑制直接途徑及激發間接途徑。
雖然有些不同的問題，但PD之診斷呈現類似性。當實施神經學檢查以評價患有任一運動障礙之患者時，醫生應獲取病史並實施身體檢查。另外，實施神經學檢查以徹底評價神經系統，包括觀察患者運動、協調及平衡的方面。對具有帕金森氏病之典型症狀的患者僅進行血液實驗室測試很少揭露任何異常。腦電圖(EEG)記錄腦電活動之一些態樣，但其不能有效識別PD。腦之MRI及CAT掃描產生顯著及精密的解剖照片，但即使在此細查下，患有PD疾病之人的腦看起來亦正常，此乃因與PD相關之改變極微小且該等掃描不能揭示。由於無提供具體答案之明確診斷測試，故醫師必須根據其判斷進行PD診斷。
因而，仍需要用於該兩種疾病及其他神經疾病之如下診斷程序：(i)精確及客觀，(ii)簡單及可複現，及(iii)可用於早期及晚期病例二者。
根據本發明，提供包含結合可指示神經退化性疾病之抗體的擬肽之組合物及檢測含有抗體之試樣中的抗體之方法，該方法包含使含有抗體之試樣與其上附著有擬肽之載體接觸。本發明之擬肽具有下式：
其中R1及R4獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；離胺醯基；羧基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。R2、R3及R5獨立地選自由以下組成之群：C0-6烷基芳基；C0-6烷基雜芳基；C1-6烷基，其經選自OH、SH、鹵素、OR15、COOR15、NR15(其中R15係選自由H或C1-6烷基或C1-6炔基組成之群)或R16(其中R16係選自由H或C1-6炔基組成之群)之基團取代；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；及C2-6炔基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。
或
其中R6獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；離胺醯基；羧基；及羥基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。R7及R8獨立地選自由以下組成之群：C0-6烷基芳基；C0-6烷基雜芳基；C1-6烷基，其經選自OH、SH、鹵素、OR15、COOR15、NR15(其中R15係選自由H或C1-6烷基或C1-6炔基組成之群)或R16(其中R16係選自由H或C1-6炔基組成之群)之基團取代；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；及C2-6炔基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。
或
其中R9、R11及R13獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；離胺醯基；羧基；及羥基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。R10、R12及R14獨立地選自由以下組成之群：C0-6烷基芳基；C0-6烷基雜芳基；C1-6烷基，其經選自OH、SH、鹵素、OR15、COOR15、NR15(其中R15係選自由H或C1-6烷基或C1-6炔基組成之群)或R16(其中R16係選自由H或C1-6炔基組成之群)之基團取代；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；及C2-6炔基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。
或
其中在一個實施例中，式1D之R17-R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；離胺醯基；羧基；及羥基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。R21、R22及R24獨立地選自由以下組成之群：C0-6烷基芳基；C0-6烷基雜芳基；C1-6烷基，其經選自OH、SH、鹵素、OR15、COOR15、NR15(其中R15係選自由H或C1-6烷基或C1-6炔基組成之群)或R16(其中R16係選自由H或C1-6炔基組成之群)之基團取代；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；及C2-6炔基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。
在另一實施例中，式1D之R17-R20、R23及R24獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；離胺醯基；羧基；及羥基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。R21及R22獨立地選自由以下組成之群：C0-6烷基芳基；C0-6烷基雜芳基；C1-6烷基，其經選自OH、SH、鹵素、OR15、COOR15、NR15(其中R15係選自由H或C1-6烷基或C1-6炔基組成之群)或R16(其中R16係選自由H或C1-6炔基組成之群)之基團取代；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；及C2-6炔基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。
在又一實施例中，式1D之R17、R19、R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；離胺醯基；羧基；及羥基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。R18、R21及R24獨立地選自由以下組成之群：C0-6烷基芳基；C0-6烷基雜芳基；C1-6烷基，其經選自OH、SH、鹵素、OR15、COOR15、NR15(其中R15係選自由H或C1-6烷基或C1-6炔基組成之群)或R16(其中R16係選自由H或C1-6炔基組成之群)之基團取代；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；及C2-6炔基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。
在式1A中，R2、R3、R4及R5可另外選自彼等表1及2中針對寡聚體ADP1-3及PDP1-3中之特定擬肽單體位置所提供的相當的字母名稱所示的基團。舉例而言，在式1A中，選自R2、R3及R5之R變量可獨立地選自彼等表1及/或2中對於特異性擬肽ADP-1作為A、B或C所展示之側鏈或單體；依此類推對於ADP2(D、E或F)及ADP3(G、H或I)所展示之側鏈或單體。
在式1B中，R7及R8可另外選自彼等表1及2中針對寡聚體ADP1-3中之特定擬肽單體位置所提供的相當的字母名稱所示的基團。舉例而言，在式1B中，選自R7及R8之R變量可獨立地選自彼等表1及/或2中對於特異性擬肽ADP-1作為如C所展示之側鏈或單體；依此類推對於ADP2(E或F)及ADP3(I)所展示之側鏈或單體。
在式1C中，R10、R11、R12及R14可另外選自彼等表1及2中針對寡聚體ADP1-3中之特定擬肽單體位置所提供的相當的字母名稱所示的基團。舉例而言，在式1C中，選自R7及R8之R變量可獨立地選自彼等表1及/或2中對於特異性擬肽ADP-1作為A、B或C所展示之側鏈或單體；依此類推對於ADP2(D、E或F)及ADP3(G、H或I)所示側鏈或單體。
在式1D中，R21、R22、R23及R24可另外選自彼等表1及2中針對寡聚體ADP1-3中之特定擬肽單體位置所提供的相當的字母名稱所示的基團。舉例而言，在式1D中，選自R7及R8之R變量可獨立地選自彼等表1及/或2中對於特異性擬肽ADP-1作為A、B或C所展示之側鏈或單體；依此類推對於ADP2(D、E或F)及ADP3(G、H或I)所展示之側鏈或單體。
本文所述各式中，Z係可包括一或多種胺基酸或官能團之偶聯基團；L係視需要選用之連接體部分，M係基質或載體或標記物；且m、n、o及/或p係0至6。
方法亦可包括(b)檢測結合至該擬肽之抗體。
在某些態樣中，本文所述擬肽可在羧基或胺基末端包含末端官能團；官能團應能夠偶聯至載體、連接體部分、標記物或其他部分。在某一態樣中，末端半胱胺酸殘基偶聯至擬肽且可提供巰基以使擬肽進一步偶聯至基質。在其他態樣中，羧基末端可包含NH2、OH或可進一步與基質(直接或間接)或連接體或其他部分反應之其他化學基團。
可使用各種各樣連接體。呈其最簡單形式之連接體組份係擬肽與第二部分(例如，基質或其他分子實體)之間之鍵結。更一般而言，連接體可提供共價或非共價連接一或多種擬肽至一或多種基質或分子部分的單-或多-分子骨架。因而，可藉由共價或非共價方式(通常涉及與位於擬肽及/或基質或第二分子實體上之一或多個官能團相互作用)達成本文所述擬肽與期望基質或部分之連接。可出於此目的利用之化學反應官能團的實例包括胺基、羥基、巰基(sulfhydroxyl)、羧基及羰基、以及碳水化合物基團、鄰二醇、硫醚、2-胺基醇、2-胺基硫醇、胍基、咪唑基及酚基。
方法可進一步包含自個體獲得試樣。該方法亦可進一步包含：若自個體獲得之該試樣中結合至該擬肽之抗體多於對照無疾病患者中觀察到者，則作出該個體患有阿茲海默氏病之診斷。在又一態樣中，方法可進一步包含為個體開處方特定藥物或療法。
在某些實施例中，擬肽可選自由AD1(APD1)、AD2(APD2)及AD3(APD3)組成之群，其中Z係如上文所述。可使試樣與式1A-1D之一種以上擬肽(例如，三種結構上不同之擬肽(例如，AD1、AD2及AD3))接觸。
在某些態樣中，載體可為珠粒、板、浸液試片、過濾材料、膜、針或孔。試樣可為血液、血清、唾液或CSF。檢測步驟可包含RIA、FIA、ELISA、西方墨點法(Western blot)、流式細胞術、FRET或表面電漿共振。
在某些態樣中，本發明之擬肽可包含下式中之一者：(i)(X)0-4(甲基苄基)(甲基苄基)(正丁基胺)(正丁基胺)(ii)(X)0-4(烯丙基)(烯丙基)(正丁基胺)(X)、或(iii)(X)(胡椒基)(X)0-2(正丁基胺)(X)0-2(甘胺酸)；其中X可為氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；或羥基。在一較佳實施例中，單體胺或胺基酸係選自甘胺酸、半胱胺酸、烯丙基胺、乙醇胺、異丁基胺、二胺基丁烷、甲基苄基胺、胡椒基胺、4(2-胺基乙基)苯磺醯胺、糠胺、苄基胺、3-甲氧基丙胺(MPOA)、2-甲氧基乙基胺及環己基胺。該等單體可以任一組合使用以形成3-12 mer長度之寡聚體。
實施例包括2、3、4、5、6、7、8或更多個單體單元之擬肽。在某些態樣中，擬肽可包含位置1、2、3、4、5、6至位置8或位置8、7、6、5、4、3、2至位置1之擬肽序列或其間之任一2、3、4、5、6、7單體擬肽。
單體可包含R基團之各種組合，例如，氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C1-C6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-C6炔基；離胺醯基；羧基；或羥基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。
在某些態樣中，ADP1、ADP2、及/或ADP3式之某些單體單元可為所選基團且在如表1至3中提供之特定位置處。最佳實施例係彼等如ADP1、ADP2、ADP3所示特定化合物且進一步包括彼等肌胺酸掃描(sarcosine scan)中鑑定之活性化合物，該肌胺酸掃描鑑定上文針對ADP1-3所示結構上位置A-I處指定的特定單體。下表1及2在左手欄中提供ADP1-3上特定位置的該等字母名稱，該ADP1-3可額外具有表1中所示側鏈(使用具有該等側鏈之胺)或表2中所示替代胺且在該等特定較佳位置處。結構APD1、APD2及APD3中之殘基A至I亦可經獨立地選自由以下組成之群之基團取代：氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；離胺醯基；羧基-包括下表1及2中所述之一或多個化學基團。R2、R3及R5獨立地選自由以下組成之群：C0-6烷基芳基；C0-6烷基雜芳基；C1-6烷基，其經選自OH、SH、鹵素、OR15、COOR15、NR15(其中R15係選自由H或C1-6烷基或C1-6炔基組成之群)或R16(其中R16係選自由H或C1-6炔基組成之群)之基團取代；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；及C2-6炔基。
在另一實施例中，提供結合可指示帕金森氏病之抗體的擬肽及檢測含有抗體之試樣中的抗體之方法，該方法包含(a)使含有抗體之試樣與其上附著有擬肽之載體接觸，該擬肽具有下式：
在一個實施例中，R27係烷基芳基。在某些態樣中，R27係甲基苄基。式2A之R25、R26、R28-R32獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；C0-6烷基芳基；C0-6烷基雜芳基；C1-6烷基，其經選自OH、SH、鹵素、OR15、COOR15、NR15(其中R15係選自由H或C1-6烷基或C1-6炔基組成之群)或R16(其中R16係選自由H或C1-6炔基組成之群)之基團取代；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；及C2-6炔基-包括表1及2中所述之一或多個化學基團。在某些態樣中，R26、R29、R31及/或R32係烷基胺，例如正丁基胺。在又一態樣中，R30係烯基，如：烯丙基。
在另一實施例中，擬肽可具有式2B，其中R34係烷基胺，例如N-丁基胺。在又一實施例中，R35係烯基，例如烯丙基。在某些實施例中。R37係烷氧基，例如乙醇。在某些態樣中，式2B之R33、R36及R38-R40獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；烯丙基；甲基；乙基；正丙基；異丙基；正丁基；異丁基；正丁基胺；第二丁基；第三丁基；戊基；己基；異戊基；芳基；雜芳基；呋喃基；吲哚基；噻吩基；噻唑基；咪唑基；異噁唑基；噁唑基；胡椒基；吡唑基；吡咯基；吡嗪基；吡啶基；嘧啶基(pyrimidyl)；嘧啶基(pyrimidinyl)；嘌呤基；啉基；苯并呋喃基；苯并噻吩基；苯并三唑基；苯并噁唑基；喹啉；異噁唑基；異喹啉；環烷基；烯基；環烯基；苯基；吡啶基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；C0-6烷基芳基；C0-6烷基雜芳基；C1-6烷基，其經選自OH、SH、鹵素、OR15、COOR15、NR15(其中R15係選自由H或C1-6烷基或C1-6炔基組成之群)或R16(其中R16係選自由H或C1-6炔基組成之群)之基團取代；OC1-6烷基；C2-6烯基；C2-6炔基；C2-6烯基；及C2-6炔基-包括表1及2中所述之一或多個化學基團。
本文所述各式中，Z係可包括一或多種胺基酸或官能團之偶聯基團；L係視需要選用之連接體部分，M係基質或載體或標記物；且m、n、o及/或p係0至6。
在某些態樣中，方法亦可包括(b)檢測結合至該擬肽之抗體。
方法可進一步包含自個體獲得該試樣。該方法亦可進一步包含：若自個體獲得之該試樣中結合至該擬肽之抗體多於對照無疾病患者中觀察到者，則作出該個體患有帕金森氏病之診斷。在又一態樣中，方法可包括為個體開處方藥物或療法。
在某些實施例中，擬肽可選自由PD1、PD2及PD3組成之群。可使試樣與式2A-2B之一或多種擬肽(例如，三種結構上不同之擬肽(例如，PD1、PD2及PD3))接觸。
在某些態樣中，載體可為珠粒、板、浸液試片、過濾材料、膜、針或孔。試樣可為血液、血清、唾液或CSF。檢測可包含RIA、FIA、ELISA、西方墨點法、流式細胞術、FRET或表面電漿共振。
在又一實施例中，提供一種治療懷疑患有神經退化性疾病(ND)之個體的方法，其包含(a)使來自該個體之含有抗體的試樣與其上附著有擬肽之一或多種載體接觸，該擬肽包含二擬肽單元且具有式(1A)、式(1B)、式(1C)、式(1D)、式(2A)及/或式(2B)；(b)檢測結合至該擬肽之抗體；及(c)基於步驟(b)之結果作出治療決定。該方法可進一步包含自個體獲得該試樣。該方法亦可進一步包含：若自個體獲得之該試樣中結合至PD擬肽之抗體多於對照無疾病患者中觀察到者，則作出該個體患有帕金森氏病之診斷；或若自個體獲得之該試樣中結合至AD擬肽之抗體多於對照無疾病患者中觀察到者，則作出該個體患有阿茲海默氏病之診斷。該方法亦可進一步包含作出針對該個體之治療決定。可使試樣與式1A-1D及/或2A-2B之一種以上擬肽接觸。可使試樣與三種結構上不同之擬肽接觸，該等擬肽與PD及AD中之每一者的抗體反應。載體可為珠粒、板、浸液試片、過濾材料、膜、針或孔。試樣可為血液、血清、唾液或CSF。檢測可包含RIA、FIA、ELISA、西方墨點法、流式細胞術、FRET或表面電漿共振。
在其他實施例中，神經退化性疾病包括(但不限於)阿茲海默氏病；帕金森氏病；多發性硬化(MS)；肌萎縮性脊髓側索硬化(ALS或盧-格裏格病(Lou Gehrig's disease))；癡呆症；運動神經元疾病；朊病毒病；亨庭頓氏病(Huntington's disease)；Tau病變；染色體17癡呆症；遺傳性神經病變；及涉及小腦退化之疾病。
又一實施例係關於自可指示神經退化性疾病之生物體液分離的抗體組合物。在某些實施例中，藉由使具有該等抗體之試樣與特異性結合可指示神經退化性疾病或與其相關之抗體的擬肽組合物接觸來分離抗體。抗體可自其他非抗體及非-ND特異性組份去除、分離或純化。隨後可洗滌抗體或其可自該(等)擬肽捕獲劑解離。
在某些實施例中，擬肽陣列與已補充有細菌溶胞物(例如大腸桿菌(E. coli)溶胞物)之生物試樣進行雜交。生物試樣包括對照試樣及具有中樞神經系統病症之標記的試樣。舉例而言，將陣列載玻片用雜交盒覆蓋且用1X TBST(50 mM Tris,pH 8.0,150 mM NaCl,0.1% Tween20)平衡約15分鐘。隨後將載玻片用濃度為至少、至多或約0.5、1、1.5、2 mg/ml溶胞物之細菌溶胞物封閉。去除溶胞物並將載玻片與約一毫升生物試樣(具有約5、10、15、20或25 μg/ml之蛋白濃度，包括所有範圍及介於其之間之值)在細菌溶胞物中一起培養，同時輕輕振盪。隨後將微陣列用1X TBST洗滌並與標記之抗-IgG抗體(例如，於1:400稀釋下)進行雜交。隨後用適當緩衝液洗滌載玻片。使用離心機(例如，於1500 rpm下旋轉5 min)乾燥載玻片並使用(例如)635-nm雷射於100%功率及600或650光電倍增管增益下在微陣列掃描儀上進行掃描。因而，本發明亦係關於一種降低診斷分析中之背景抗血清雜訊的方法，其包含用大腸桿菌溶胞物處理對照血漿試樣及有病試樣並使該等試樣與擬肽或配體陣列接觸。據信在比較對照試樣與有病試樣之背景下，此方法可用於支持用於檢測及辨別血清中之抗體之任一陣列的處理。
預計本文所述任一方法或組合物均可根據本文所述任一其他方法或組合物實施。
在申請專利範圍及/或說明書中，所用詞語「一(a或an)」在與術語「包含」結合使用時可能意指「一個」，但亦與「一或多個」、「至少一個」及「--個或一個以上」之含義相一致。
預期此說明書中所論述之任一實施例皆可根據本發明之任一方法或組合物實施，且反之亦然。此外，本發明之組合物及套組可用於達成本發明之方法。
在整個該申請案中，術語「約」用於指示值包括用來測量該值之裝置、方法之內在誤差改變或存在於研究個體中之改變。
 I.神經退化性疾病
神經退化性疾病(ND)包括中樞及周圍神經系統之各種衰弱病痛。然而，大多數會影響CNS。該等疾病包括阿茲海默氏病、皮克氏病(Pick's Disease)、老年性癡呆症、帕金森氏病、多發性硬化、多系統萎縮症、路易氏體癡呆(dementia with Lewy bodies)、亨庭頓氏病、進行性核上性麻痹、庫茲德-賈克氏病(Creutzfeldt-Jakob Disease)、肌萎縮性脊髓側索硬化、癡呆症、運動神經元疾病、朊病毒病、亨庭頓氏病、Tau病變、染色體17癡呆症、遺傳性神經病變、及涉及小腦退化之疾病。
由於對該等疾病通常無單一明確測試，且由於許多該等疾病呈現重疊症狀，故醫生出於「排除」目的實施測試會浪費大量時間及數百萬美元，而此最終提供較少或不提供診斷益處。因此，極其需要試樣及精確測試。
本發明者已鑑定出大量小分子「擬肽」，其為患有帕金森氏病或阿茲海默氏病之個體中唯一產生之抗體的特異性配體。擬肽或N-經取代寡-甘胺酸係擬肽物質之特異性亞類。其與其天然肽配對物緊密相關，但化學上不同之處在於其側鏈沿分子主鏈附加至氮原子，而非附加至α-碳(由於其係在胺基酸中)。該等擬肽由於精密選擇性呈現疾病特異性抗體，故現在可使用簡單的基於免疫之分析為至少一些PD及AD個體提供明確診斷，該分析使用起來便宜且簡單。下文詳細闡述本發明之該等及其他態樣。
A.　帕金森氏病
帕金森氏病(PD)係歸類為運動病症之病況群中的一種。其係慢性及進行性疾病。當黑質之細胞開始功能失常且最終死亡時，發生帕金森氏病。此會導致多巴胺產生、將信號傳遞至控制運動刺激及協調之腦之部分的化學信使喪失。主要症狀係震顫、肢體及軀幹強直或硬化、運動緩慢或運動減緩、及姿勢不穩或平衡及協調受損。次要症狀包括言語變化、面部表情喪失、吞嚥困難、多涎、疼痛、癡呆症或意識錯亂、睡眠紊亂、抑鬱症、恐懼或焦慮、記憶困難、泌尿問題、疲勞及酸痛、及能量喪失。然而，症狀有所不同，且疾病進程可較快或不快。
高達100萬美國人患有PD。其中約15%患者在40歲之前診斷出，發病率隨著年齡增大。病因未知，且儘管目前不能治癒，但有許多治療選擇(例如藥物及手術)來管控該等症狀。各治療之成功程度在個體間有所不同，治療選擇保持有效之時間長度亦如此。
左旋多巴(Levodopa)係多巴胺前體，其被視為治療PD之突破。遺憾的是，患者會經歷使人衰弱之副反應，包括嚴重噁心及嘔吐，且隨著劑量增大及長期使用，患者會經歷其他副反應，包括運動障礙。息寧(Sinemet)(左旋多巴+卡比多巴(Carbidopa))代表明顯改良，其中添加卡比多巴會防止左旋多巴在腸、肝及其他組織中代謝，使得其更多地到達腦部。因而，需要較小劑量之左旋多巴，且大大減輕嚴重噁心及嘔吐。
司他左(stalevo)(卡比多巴+左旋多巴+諾康停(entacapone))係用於經歷劑量終末現(end-of-dose)「療效減退」(wearing-off)之跡象及症狀的患者的組合錠劑。該錠劑組合卡比多巴/左旋多巴與諾康停。同時卡比多巴會減輕左旋多巴之副作用，諾康停會延長左旋多巴在腦中具有活性之時間(延長高達10%)。
昔美曲(Symmetrel)(鹽酸金剛烷胺)活化多巴胺自儲存位點之釋放且可能阻斷多巴胺重新攝取至神經末端中。其亦具有麩胺酸鹽受體阻斷活性。其多巴胺能作用使得其可用於減輕由左旋多巴誘發之運動障礙且因而稱作間接作用多巴胺激動劑，且廣泛地用作早期單一療法，且若需要可添加功能更強大之息寧。
抗膽鹼能藥(苯海索(trihexyphenidyl)、甲磺酸苯紮托品(benztropine mesylate)、丙環定(procyclidine)等)並不直接作用於多巴胺能系統。相反，其起作用以降低另一神經遞質乙醯膽鹼之活性。腦中之乙醯膽鹼含量與多巴胺含量之間有複雜的相互作用。許多臨床醫師發現若激動劑或左旋多巴不能緩解震顫，則添加抗膽鹼能藥通常會有效。副作用包括視力模糊、口乾及尿瀦留。該等藥物禁忌用於老年患者，此乃因其可造成意識錯亂及幻覺。
其他藥物包括司來吉蘭(Selegiline)或得普尼林(deprenyl)(咪多吡(Eldepryl))，已顯示其在最早期PD中處方時延遲對息寧之需要。多巴胺激動劑係直接活化多巴胺受體之藥物且可單獨或與息寧組合服用。該等激動劑包括溴隱亭(bromocriptine)(帕樂地爾(Parlodel))、培高利特(pergolide)(伯瑪克斯(Permax))、普拉克索(pramipexole)(森福羅(Mirapex))及羅匹尼羅(ropinirole)(力必平(Requip))。COMT抑制劑(例如托卡朋(tolcapone)(答是美(Tasmar))及諾康停(珂丹(Comtan)))藉由阻斷分解左旋多巴之酶的作用而延長症狀緩解的持續時間。
對於藥物不再令人滿意後之一些患者而言，手術係一選擇。患者在作出任一決定之前應與其神經病學家充分討論手術情況。兩種較老舊之破壞術程序係蒼白球切開術及丘腦切開術。蒼白球切開術可減輕強直及運動緩慢症狀，且丘腦切開術有助於控制震顫。由於二者均會永久破壞腦之部分且具有嚴重副作用，故醫生很少實施任一程序。損害可使得不可實施可在未來變得有用之手術，例如腦組織移植。
深層腦部刺激術(DBS)更安全且更有效，且因而已替代該等方法。由於其具有與蒼白球切開術及丘腦切開術相同(若不更好)之結果，故其係較佳手術選擇。DBS亦保留未來變得有用之其他療法的可能性。與任一手術程序一樣，均有危險及副作用。DBS手術之主要益處係減少症狀波動，即藉由降低息寧之效率造成之起伏。通常在腦之一側上放置電極。腦左側中植入之DBS電極會控制身體右側之症狀，且反之亦然。在一些情形下，患者需要在腦兩側上具有刺激器。
B.　阿茲海默氏病
癡呆症係嚴重影響人實施日常活動之能力的腦病症。阿茲海默氏病(AD)係老年人中癡呆症之最常見形式。科學家相信高達400萬美國人患有AD。該疾病通常在60歲之後開始，且危險隨年齡上升。儘管年輕人亦會患AD，但極其不常見。年齡為65歲至74歲之男性及女性中約3%患有AD，且彼等年齡為85歲及更年長者中近一半可患有該疾病。但深入研究之主體、AD之精確病因仍未知，且不能治癒。
AD侵襲控制思維、記憶及語言之腦的部分。其係以德國醫生Alois Alzheimer醫生命名。1906年，Alzheimer醫生注意到死於不尋常精神病之女性的腦組織有所變化。他發現異常塊(現在稱作澱粉樣斑塊)及纏結纖維束(現在稱作神經原纖維纏結)。當今，腦中之該等斑塊及纏結被視為AD之特點。
科學家亦已在患有AD之人中發現其他腦改變。在對記憶及其他精神能力至關重要之腦區域中神經細胞喪失。在腦中亦存在較低含量的在神經細胞之間來回傳遞複雜信息之化學物質。因而，AD可藉由物理及化學抑制神經細胞之間之信息傳遞而破壞正常思維及記憶。
AD係漸進性疾病，其特徵在於記憶喪失、語言惡化、視覺空間技能受損、缺乏判斷力、態度冷漠，但保存運動功能。如所提及，AD通常在65歲之後開始，但其發作可早在40歲時發生，首先表現為記憶衰弱，且幾年之後會破壞認知、人格及功能能力。亦可發生意識錯亂及多動。精神變化之類型、嚴重程度、順序及進程廣泛變化。AD之早期症狀(包括健忘及集中力喪失)可容易被遺漏，此乃因其與老化之自然跡象相似。類似症狀亦可源於疲勞、悲痛、抑鬱、疾病、視力或聽力喪失、使用酒精或某些藥物、或只是立刻記住過多詳細內容之負擔。
不能治癒AD且沒有減緩該疾病之進程的方式。對於處於該疾病早期或中期之一些人而言，諸如他克林(tacrine)等藥物可減輕一些認知症狀。安理申(Aricept)(杜尼匹次(donepezil))及艾斯能(Exelon)(利凡斯的明(rivastigmine))係指示用於治療阿茲海默氏類型之輕度至中度癡呆症的可逆性乙醯膽鹼酯酶抑制劑。同時，一些藥物可有助於控制行為症狀，例如，失眠、激動、夢話、焦慮及抑鬱。該等治療旨在使患者更舒適。
疾病之過程因人而異。一些人僅在生命之最後5年患有該疾病，而其他人可患有其長達20年。AD患者中死亡之最常見病因係感染。
AD之分子態樣較複雜且仍未完全定義。如上文所述，AD之特徵在於在腦中、尤其在為記憶處理之中心的海馬中形成澱粉樣斑塊及神經原纖維纏結。若干分子構成該等結構：澱粉樣β蛋白(Aβ)、早老素(presenilin)(PS)、膽固醇、載脂蛋白E(ApoE)及Tau蛋白。在該等結構中，Aβ似乎起重要作用。
Aβ含有約40個胺基酸殘基。42及43殘基形式比40殘基形式更具毒性。Aβ係自澱粉樣前體蛋白(APP)藉由依序蛋白酶解產生。酶中之一者無序列特異性且因而可產生不同長度(39-43)之Aβ。Aβ之毒性形式導致異常事件，例如細胞凋亡、自由基形成、聚集及炎症。
早老素編碼負責將APP解離成Aβ之蛋白酶。存在兩種形式-PS1及PS2。導致產生Aβ42之PS1突變係早期發作AD之典型病因。
據稱膽固醇降低劑具有預防AD能力，但無明確證據證明膽固醇升高與AD風險增大相關聯。然而，Aβ含有鞘脂結合結構域之發現進一步為此理論提供憑據。
類似地，現在據信參與膽固醇之再分佈的ApoE促使AD發育。具有ε4等位基因之個體更可能發育AD，該s4等位基因呈現最低程度之膽固醇自神經元流出。
與正常腦中之微管相關聯的Tau蛋白在AD影響之腦中形成雙螺旋絲(PHF)，其係神經原纖維纏結之主要成份。最近證據表明，Aβ蛋白可造成Tau蛋白之高度磷酸化，從而導致自微管離解及聚集成PHF。
對於AD而言，已使用藥物限制疾病進程及減輕或改善某些相關症狀。該等藥物通常符合膽鹼酯酶抑制劑、毒蕈鹼激動劑、抗氧化劑或消炎劑之大類。加蘭他敏(Galantamine)(氫溴酸加蘭他敏(Reminyl))、他克林(鹽酸他克林(Cognex))、司來吉蘭、毒扁豆鹼(physostigmine)、瑞維斯的明(revistigmin)、杜尼匹次、(安理申)、利凡斯的明(艾斯能)、美曲膦酯(metrifonate)、米拉美林(milameline)、呫諾美林(xanomeline)、沙貝魯唑(sabeluzole)、乙醯基-L-肉鹼、艾地苯醌(idebenone)、ENA-713、美莫瑞克(memric)、喹硫平(quetiapine)、神經雌酮(neurestrol)及神經米達(neuromidal)僅係建議作為用於AD之治療劑的藥物中之一些藥物。
II.　神經退化性疾病中之診斷/預後/治療測定
本發明首次為如阿茲海默氏病及帕金森氏病等疾病提供明確診斷。此使得醫生有把握知曉其已正確地鑑定患者症狀之潛伏生理基礎，藉此透露早期措施及疾病管控。
由於對AD之治療主要減緩但不會預防疾病，且對PD之一些治療以相同方式起作用，故為該等疾病提供早期診斷之能力對延遲更嚴重症狀之發作係至關重要的。此亦可保存生活品質並延遲該等患者的存活時間。另外，能夠針對症狀為患者提供正確藥物而不需要有時由不正確診斷導致之「嘗試錯誤法(trial and error)」，，此可顯著降低護理成本並避免患者不適及可能的傷害。
該等分析均依賴於含有抗體之患者試樣的使用。最常用之生物試樣由於其中抗體之患病率應為血液或血清。然而，證明其他試樣(例如，淚、唾液、痰、腦脊髓液、精液或尿)亦可用。
在評定個體中之抗體含量中，應將觀察到之含量與標準進行比較。標準可依賴於疾病及正常個體二者建立之已知值，且因此使用者除了反應對照(即，顯示存在陽性反應所需之試劑及條件的對照)以外不需要提供任何其他情況。或者，可選擇運行實際對照，其包含來自已知健康或患病狀態之實際存在的人的類似試樣。另外，可運行來自同一個體隨時間推移之一系列試樣，以尋找PD或AD抗體含量增大之趨勢作為疾病進程之指示。
III.基於抗體之診斷分析
如上文所論述，此分析之應用係(a)鑑定血清抗體分佈圖使其處於發育或患有ND之風險的患者；(b)鑑定症狀使得其可患有或可不患有ND的患者(即提供ND之明確診斷)；(c)評定ND療法之影響；及(d)監測ND進程。
本發明之檢測方法類似於彼等基於抗體之檢測者，且因而包括如(僅列舉幾個)酶聯免疫吸附分析(ELISA)、放射免疫分析(RIA)、免疫放射量測分析、螢光免疫分析、化學發光分析、生物發光分析、FACS、FRET及西方墨點法等格式。各種有用免疫檢測方法之步驟闡述於諸如Doolittle及Ben-Zeev(1999)、Gulbis及Galand(1993)、De Jager等人(1993)、及Nakamura等人(1987)之科學文獻中。一般而言，免疫結合方法包括獲得含有抗體之試樣、根據本發明在有效形成擬肽-抗體複合物之條件下使試樣與擬肽接觸、及檢測結合至擬肽之抗體。
通常可將擬肽連接至(例如)呈管柱基質、珠粒、過濾材料、膜、棒、板或孔形式之固體載體且可將試樣施用至固定擬肽。自載體洗滌不期望組份，留下與擬肽複合之抗體，隨後使用各種方式(例如，後續添加連接至可檢測部分之抗-Fc抗體)對其進行檢測。
所選生物試樣與擬肽在有效條件下接觸足以形成擬肽-抗體複合物之時間段通常只是使試樣與擬肽簡單接觸並將混合物培養足夠長以使抗體結合擬肽之時間段。此後，通常洗滌試樣-擬肽組合物(例如，ELISA板、斑點印跡或西方墨點)以去除任何非特異性結合抗體物質，使得僅可檢測彼等特異性結合至固定抗體-擬肽複合物之抗體。
一般而言，擬肽-抗體複合物形成之檢測已為業內所熟知且可經由使用各種方法來達成。該等方法通常基於標記物或標記(例如，彼等放射性、螢光、生物及酶標籤中之任一者)之檢測。關於該等標記物之用途的發明包括美國專利第3,817,837號、第3,850,752號、第3,939,350號、第3,996,345號、第4,277,437號、第4,275,149號及第4,366,241號。當然，可經由使用二級結合配體(例如，第二抗體及/或生物素/抗生物素蛋白配體結合佈置)發現額外優勢，如業內已知。
本發明涵蓋各種其他格式且已為彼等熟習此項技術者所熟知。下文論述預計易適用於本發明之三種特定分析。
A.ELISA
免疫分析以其最簡單及直接意義係結合分析。在本發明中發現特定用途之某些免疫分析係業內已知之各種類型的酶聯免疫吸附分析(ELISA)及放射免疫分析(RIA)。
在一種例示性ELISA中，將本發明之擬肽固定於選定表面(例如，聚苯乙烯微量滴定板中之孔)上。隨後，向孔中添加被懷疑含有抗體之測試組合物。在結合並洗滌以去除非特異性結合複合物之後，可檢測結合抗體。可藉由添加連接至可檢測標記物之另一擬肽達成檢測。此類型之分析類似於簡單「夾心式ELISA」，只是標記試劑之結合係直接在結合抗體之Fab部分處。亦可藉由添加結合任一結合抗體(例如，辨識結合抗體之Fc部分)的標記抗體達成檢測。視情況，該抗體不經標記，且之後添加對第一抗體具有結合親和性之第二抗體，其中第二抗體連接至可檢測標記物。
在另一例示性ELISA中，將懷疑含有抗體之試樣固定於孔表面上且隨後與經標記之本發明擬肽接觸。在結合並洗滌以去除非特異性結合免疫複合物之後，檢測結合之標記擬肽。或者，擬肽不經標記且可根據人工抗體(非試樣)進行檢測，該人工抗體選擇用於特異性結合選擇之擬肽，此第二抗體可連接至可檢測標記物，藉此允許檢測。
不管使用何種格式，ELISA均具有某些共同特徵，例如塗佈、培養及結合、洗滌以去除非特異性結合物質、及檢測結合免疫複合物。下文對該等進行闡述。
在用擬肽或抗體塗佈板時，通常應將板之孔與擬肽或抗體之溶液一起培養過夜或培養幾小時之指定時段。在某些態樣中，可使用細菌溶胞物(例如大腸桿菌溶胞物)阻斷板(參見實例1)。隨後洗滌板之孔以去除不完全吸附之材料。隨後用關於測試抗血清係抗原中性的非特異性蛋白「塗佈」孔之任何剩餘可用表面。該等蛋白包括牛血清白蛋白(BSA)、酪蛋白或奶粉之溶液。塗層可阻斷固定表面上之非特異性吸附位點且因而減少由抗血清非特異性結合於表面上造成之背景。或者，由於擬肽之簡單且可預測化學性質，故可借助特異性化學反應將其附著至載體。
在ELISA中，可能更通常使用第二或第三檢測方式而非直接程序。因而，在將擬肽或抗體結合至孔、用非反應性材料塗佈以減少背景、及洗滌以去除未結合材料之後，使固定表面與欲測試生物試樣或擬肽在有效形成免疫複合物之條件下接觸。隨後，免疫複合物之檢測需要經標記二級結合擬肽或抗體、或與經標記三級抗體(對抗體或擬肽之Fc區域具有特異性)結合之二級結合擬肽或抗體。
「在有效形成免疫複合物(抗原/抗體)之條件下」意指該等條件較佳包括用諸如BSA、牛γ球蛋白(BGG)或磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)/Tween等溶液稀釋抗原及/或抗體。該等所添加試劑亦往往有助於減少非特異性背景。
「適宜之」條件亦意指培養係在足以有效結合之溫度下或持續時間段。培養步驟通常係在較佳約25℃至27℃之溫度下持續約1至2至4小時左右，或可在約4℃左右過夜。
在ELISA中之所有培養步驟之後，洗滌接觸表面以便去除未複合材料。較佳洗滌程序包括用諸如PBS/Tween等溶液、或硼酸鹽緩衝液洗滌。在測試試樣與初始結合材料之間形成特異性免疫複合物且隨後洗滌之後，可確定甚至微量免疫複合物之出現。
檢測可利用可在與適當顯色基質一起培養時產生彩色顯影的酶。因而，舉例而言，期望在有利於其他免疫複合物形成之顯影條件使第一及第二免疫複合物與脲酶、葡萄糖氧化酶、鹼性磷酸酶或過氧化氫酶偶聯抗體或擬肽接觸或一起培養一定時間段(例如，於室溫下在含有PBS之溶液(例如PBS-Tween)中培養2小時)。
在與經標記抗體或擬肽一起培養且隨後洗滌以去除未結合材料之後，藉由(例如)在過氧化酶作為酶標記物之情形下用顯色基質(例如，脲、或溴甲酚紫、或2,2'-連氮基-二-(3-乙基-苯并噻唑啉-6-磺酸(ABTS)或H2O2)培養來對標籤之量進行定量。隨後藉由使用(例如)可視光譜分光光度計量測所產生顏色程度達成定量。
B . F rster共振能量轉移(FRET)
FRET係藉由無輻射偶聯將一個分子(稱作供體)中之激發態能量轉移至另一分子的現象。此機制首先由Frster正確闡述，且不同於其他類型之能量轉移，例如電子共享(Dexter)或輕微轉移(自供體發射光子及由受體再吸收)。Dexter機制需要兩個分子物理接觸，而輕微轉移具有極低機率。相反，當兩個分子在Frster半徑內時，Frster機制呈現較高機率，該Frster半徑係針對任一給定對螢光團對定義。
總FRET效率端視Frster半徑而定，且由若干因素決定且與受體分子之吸收譜與供體分子之發射譜之間的重疊量直接相關。FRET之量亦端視供體及受體分子之對準而定，但大多數生物系統並不嚴格對準。FRET效率亦受受體分子吸收光之能力(如由其莫耳消光係數所指示)、及供體分子之激發態的整體穩定性(如由吸收導致螢光的機率(量子產率)及激發態之壽命所指示)影響。
可藉由若干方法分析兩種不同螢光團之間的FRET：查看螢光之顏色變化、量測供體之螢光壽命、在光漂白供體或受體時檢查變化、或如吾人在此新發明中所示：藉由量測受體之螢光偏振。不管使用何種方法，大多數該等分析共享儀錶之共用特徵。
可端視目的適宜地選擇量測FRET所用之顯微鏡的類型。若監測變化之時間過程需要頻繁觀察，則習用入射光螢光顯微鏡較佳。若如在欲監測詳細細胞間定位之情形中增大解析度，則共焦雷射顯微鏡較佳。鑑於保持細胞之生理狀態及防止污染，作為顯微鏡系統之倒置式顯微鏡對於大多數活細胞量測而言較佳。當使用直立顯微鏡時，在使用高功率透鏡之情形下可使用水浸透鏡。
可端視螢光蛋白之螢光波長適宜地選擇濾光器組。為觀察GFP，較佳使用激發光為約470-490 nm且螢光為約500-520 nm之濾光器。為觀察YFP，較佳使用激發光為約490-510 nm且螢光為約520-550 nm之濾光器。為觀察CFP，較佳使用激發光為約425 nm且螢光為約460-500 nm之濾光器。出於本發明之目的，在顯微鏡及濾光器方面無特定要求，只是在光路徑中最小化去偏振元素之使用可為有用的。顯微鏡製造商均銷售用於透射及反射顯微鏡中之偏振光量測的無應變光學器件，且該等光學器件亦可對該等偏振螢光量測有幫助。
此外，當在活細胞中藉由使用螢光顯微鏡實施時序觀察時，應在短期內對細胞進行拍照，且因此使用高敏感之冷卻CCD相機。藉由使用冷卻之CCD相機，可藉由冷卻CCD降低熱雜訊，且可藉由短期暴露清楚地獲得弱螢光圖像。共焦顯微鏡亦可用於活細胞成像，只要小心最小化暴露時間即可。
C. Luminex珠粒
Luminex之xMAP技術依賴於現有技術平臺，包括流式細胞術、微球體、雷射、數位信號處理及傳統化學法。以撓性、開放式構架設計為特徵，xMAP技術可經組態以快速、成本有效且精確地實施多種生物分析。
Luminex將微球體染色編碼成100個不同組。可用本發明之擬肽塗佈各珠粒組，藉此自試樣捕獲並檢測特異性抗體。在Luminex小型分析儀中，雷射激發鑑定各微球體顆粒之內部染料、亦及在分析期間捕獲之任一報告染料。在各珠粒組上多次讀數，進一步驗證結果。以此方式，xMAP技術可使得在單一試樣中快速且精確地多共處理高達100個獨特分析。
xMAP技術已用於跨生命科學之許多部分，包括蛋白表現譜、分子及免疫診斷學、HLA測試及生物防衛/環境。
D. Tentagel珠粒
在某些態樣中，tentagel珠粒或樹脂可用於檢測與特定ND相關之抗體的組合物及方法中。最常見微球體形成中之一者係tentagel，一種苯乙烯-聚乙二醇共聚物。該等微球體在非極性溶劑(例如己烷)中不溶脹且在暴露於較大極性或水性介質中時溶脹之體積為約20-40%。
可將擬肽附著至固體載體(例如tentagel珠粒)或在其上合成。Tentagel珠粒具有聚苯乙烯核心且複數個聚氧乙烯臂附著至核心，每一臂在其自由端具有一級胺。可藉由使用擬肽合成化學依序偶聯添加至擬肽之各殘基來合成擬肽。裂分合成法產生珠粒，其各自包含單一擬肽序列之多個複本。
由於Tentagel珠粒之聚氧乙烯臂係水溶性，故擬肽之構型主要由熱力學且由其一級序列決定。
E.　免疫檢測套組
在其他實施例中，本發明係關於與上述方法一起使用之檢測套組。本發明之擬肽可包括於套組中。因而，免疫檢測套組包括在適宜容器中包含一或多種會與阿茲海默氏病、帕金森氏病或二者之抗體結合之擬肽，視情況連接至檢測試劑及/或載體。
在擬肽預先結合至固體載體之某些實施例中，提供載體且其包括管柱基質、珠粒、檢驗棒或微量滴定板之孔。套組之免疫檢測試劑可採取多種形式中之任一者，包括彼等與指定擬肽或二級抗體相關聯或連接之可檢測標記物。二級抗體實例係彼等對試樣抗體具有結合親和性者。
容器通常包括至少一個小瓶、測試管、燒瓶、瓶、注射器或其他容器，可於其中放置擬肽或較佳將擬肽適宜地分成等分。本發明套組通常亦包括用於包含擬肽、抗體、及供市售之密封之任何其他試劑容器的構件。該等容器可包括可容納讓所需要之小瓶之注射容器或吹塑塑膠容器。
某些實施例係關於包含本文所述擬肽之套組及利用本文所述擬肽之方法。本文揭示用於檢測、證實及/或分類至少一種疾病狀態之套組及/或方法。所採取步驟包括自個體(例如，人類)獲得試樣，及使用以套組格式供應之試劑或陣列基質，分析試樣之擬肽結合性。結果，自試樣分離或在試樣中鑑定至少一種可指示疾病狀態之抗體。結合此處所述擬肽之抗體與至少一疾病發育風險或特定疾病狀態之存在有關。
另外，本發明涵蓋使用各種套組。一種該套組可確定疾病特異性抗體(包括與阿茲海默氏病及/或帕金森氏病相關之一或多種抗體)之存在性。向套組中納入至少一種能夠與疾病特異性抗體特異性結合的擬肽。在某些態樣中，亦可包括用於確定擬肽與抗體之間結合的試劑。可將本文所述擬肽固定於固體載體或基質上，且其包括至少一種用於確定抗體是否結合至擬肽之檢測試劑。套組中之任一者所用試樣可為經分級分離或未經分級分離之體液或組織試樣。該等液體之非限制實例係血液、血液產品、尿、唾液、腦脊髓液及淋巴液。
本文進一步涵蓋一種用於診斷、確定風險評估、及鑑定與神經退化性疾病狀態相關之治療途徑的套組。此套組包括至少一種能夠特異性結合可指示疾病狀態之抗體的擬肽。亦可包括用於確定擬肽與抗體之間結合的試劑。
根據本發明方法分析之疾病特異性抗體釋放至循環中且可存在於血液或任一血液產品(例如，血漿、或血清、及其稀釋液及製劑)、以及其他體液(例如，腦脊髓液(CSF)、唾液、尿、淋巴液及諸如此類)中。可使用任一適宜之直接或間接分析方法來測定所量測抗體之含量。該等分析可為競爭性分析、夾心式分析，且標記可選自諸如放射免疫分析、螢光或化學發光免疫分析或免疫PCR技術等熟知標記之群。
IV.抗體組合物
某些實施例包括用於表徵可由特徵為特定ND之抗體辨識之抗體及抗原決定簇的方法及組合物。出於本說明書及隨附申請專利範圍之目的，術語「抗原決定部位」及「抗原決定簇」可互換使用且係指B及/或T細胞響應或辨識之抗原上的位點。B-細胞抗原決定部位可自藉由蛋白質之三級摺疊併置的鄰近胺基酸或非鄰近胺基酸形成。自鄰近胺基酸形成之抗原決定部位在暴露於變性溶劑中時通常保留，而藉由三級摺疊形成之抗原決定部位在用變性溶劑處理時通常缺失。抗原決定部位通常包括呈獨特空間構型之至少3個、且更通常至少5個或8-10個胺基酸。確定抗原決定部位之空間構型的方法包括(例如)x射線結晶照相術及二維核磁共振。參見(例如)Epitope Mapping Protocols(1996)。可用顯示一抗體阻斷另一抗體與目標抗原結合之能力的簡單免疫分析鑑定辨識相同抗原決定部位之抗體。
T細胞辨識CD8細胞之約9個胺基酸的連續抗原決定部位或CD4細胞之約13-15個胺基酸的連續抗原決定部位。辨識抗原決定部位之T細胞可由量測抗原依賴性增殖之活體外分析鑑定，如藉由預處理T細胞響應抗原決定部位納入3H-胸苷(Burke等人，1994)、藉由抗原依賴性殺死(細胞毒性T淋巴細胞分析，Tigges等人，1996)或藉由細胞因子分泌所測定。
本文及申請專利範圍中所用術語「抗體」或「免疫球蛋白」可互換使用且係指用作動物或受體之免疫應答之一部分的若干類結構上相關蛋白質中之任一者，其中蛋白質包括IgG、IgD、IgE、IgA、IgM及相關蛋白質。
在正常生理條件下，在血漿及其他體液及某些細胞膜中發現抗體且其係由表示為B細胞或其功能相當之類型的淋巴細胞產生。IgG類抗體係由經二硫鍵連接在一起之四個多肽鏈構成。完好IgG分子之四條鏈係稱作H-鏈之兩條相同重鏈及稱作L-鏈之兩條相同輕鏈。
抗體可結合至固體載體基質或與可檢測部分偶聯或結合及偶聯二者，如業內所熟知。關於螢光或酶部分之偶聯的一般論述，參見Johnstone等人(1982)。抗體與固體載體基質之結合亦已為業內所熟知(Harlow等人，1988;Borrebaeck,1992)。
一旦鑑定出可指示ND之抗原或抗體，則可使用重組技術產生所鑑定抗體(包括單株抗體)之抗原及/或變體二者。舉例而言，單鏈抗體(SCA)係基因工程蛋白質，其經設計以擴展於可利用單株抗體之治療及診斷應用上。SCA具有單株抗體之結合特異性及親和性，且其天然形式係單株抗體大小之約五分之一至六分之一，通常使其半衰期極短。與大多數單株抗體相比，SCA提供一些益處，包括其與可用於檢測之多肽(例如，螢光素酶或螢光蛋白)直接稠合之能力。除該等益處外，亦可自人類SCA庫直接分離完全人類SCA而不需高成本且耗時之「人類化」程序。
單鏈重組抗體(scFv)由經設計撓性肽系鏈連接之抗體VL及VH結構域組成(Atwell等人，1999)。與完好IgG相比，scFv之優勢在於尺寸較小及具有相當抗原結合親和性之結構簡單性，且其比類似2鏈Fab片段更穩定(Colcher等人，1998；Adams and Schier,1999)。重鏈及輕鏈(VH及VL)之可變區均係約110個胺基酸長。其可藉由具有一定序列之15個胺基酸或更長連接體連接，該連接體(例如)具有足夠撓性以使兩個結構域組裝功能抗原結合袋。在具體實施例中，添加各種信號序列可使scFv靶向細胞內之不同細胞器或使其分泌。添加輕鏈恆定區(Ck)可經由二硫鍵進行二聚化，從而增大穩定性及抗體親抗原性。因而，對於單鏈Fv(scFv)SCA而言，儘管Fv片段之兩個結構域係由單獨基因編碼，但已證明可藉由重組方法製備合成連接體，其使得該兩個結構域能夠製為單一蛋白鏈scFv(Bird等人，1988；Huston等人，1988)。此外，由於其易於自噬菌體展示庫分離及其辨識保守抗原之能力故經常使用(關於綜述，參見Adams及Schier,1999)。因而，在本發明之一些態樣中，抗體可為自噬菌體展示庫分離而非藉由上述更傳統抗體生成技術產生之SCA。
「實質上純淨的」在蛋白質上下文中通常意指蛋白質與其他污染蛋白質、核酸、及源自初始來源有機體之其他生物製品分離。純度或「分離」可藉由標準方法進行分析，且普通可為至少約50%純淨的、更普通至少約60%純淨的、通常至少約70%純淨的、更通常至少約80%純淨的、經常至少約85%純淨的、更經常至少約90%純淨的、較佳至少約95%純淨的、更佳至少約98%純淨的、且在最佳實施例中為至少99%純淨的。
產生或分離多株抗體之方法已為彼等熟習此項技術者所知。通常，藉由以下製備多株抗體：取含有目標抗體之來源及分級分離來源以富含具有目標反應性(例如，擬肽結合)之抗體。參見，例如，Harlow及Lane(1988) Antibodies: A Laboratory Manual,CSH press,NY。
簡言之，分離結合特定擬肽之抗體的實例可包括(但不限於)獲得包含該等抗體之試樣；用硫酸銨自試樣沉澱抗體；及藉由使用標準技術及一或多種擬肽作為親和試劑免疫親和純化來分離抗體。所用親和樹脂可為偶聯至具有本文所述結構之該(等)擬肽的活化CH-瓊脂糖凝膠。可將抗體沉澱裝載於管柱上且用PBS或另一適當緩衝液或洗滌溶液洗滌。隨後可洗脫並收集沉澱。可使用總蛋白質比色測定(Bio-Rad)來測定所得抗體之濃度。
並不意欲將本發明限於此特定方案用於產生及純化抗體之用途，此乃因多種方案可用且已為業內所知(參見，例如，Sambrook等人(編輯)，Molecular Cloning,Cold Spring Harbor Laboratory Press；Harlow及Lane(編輯)，Antibodies: A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press；及Ausubel等人(編輯)，Current Protocols in Molecular Biology,Ch. 11,John Wiley ＆ Sons公司，New York)。發現與本發明一起使用之抗體生成方法的唯一準則係產生足夠純化之抗體製劑。
V.化學基團定義
當在化學基團之上下文中使用時，「氫」意指-H；「羥基」意指-OH；「oxo」意指=O；「鹵基」獨立地意指-F、-Cl、-Br或-I；「胺基」意指-NH2；「羥基胺基」意指-NHOH；「硝基」意指-NO2；亞胺基意指=NH；「氰基」意指-CN；「疊氮基」意指-N3；「巰基」意指-SH；「硫基」意指=S；「硫醚」意指-S-；「磺醯胺基」意指-NHS(O)2-；「磺基」意指-S(O)2-；「亞磺醯基」意指-S(O)-；且「甲矽烷基」意指-SiH3。
對於本文提供之結構而言，以下括號內標號進一步定義基團，如下所述：「(Cn)」定義基團中之碳原子的確切數量(n)。舉例而言，「烷基(C2-10)」意指彼等具有2至10個碳原子(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10、或其中推導出之任一範圍(例如，3至10個碳原子))之烷基。
術語「烷基」在無「經取代」修飾語情況下使用時係指具有飽和碳原子作為附著點、具有直鏈或具支鏈、環、環狀或非環狀結構、無碳碳雙鍵或三鍵、且無除碳及氫外之原子的非芳香族單價基團。基團-CH3(Me)、-CH2CH3(Et)、-CH2CH2CH3(n-Pr)、-CH(CH3)2(異-Pr)、-CH(CH2)2(環丙基)、-CH2CH2CH2CH3(n-Bu)、-CH(CH3)CH2CH3(第二丁基)、-CH2CH(CH3)2(異丁基)、-C(CH3)3(第三丁基)、-CH2C(CH3)3(新戊基)、環丁基、環戊基、環己基及環己基甲基係烷基之非限制性實例。術語「經取代烷基」係指具有飽和碳原子作為附著點、具有直鏈或具支鏈、環、環狀或非環狀結構、無碳碳雙鍵或三鍵、及至少一個獨立地選自由N、O、F、Cl、Br、I、Si、P及S組成之群之原子的非芳香族單價基團。以下基團係經取代烷基之非限制性實例：-CH2OH、-CH2Cl、-CH2Br、-CH2SH、-CF3、-CH2CN、-CH2C(O)H、-CH2C(O)OH、-CH2C(O)OCH3、-CH2C(O)NH2、-CH2C(O)NHCH3、-CH2C(O)CH3、-CH2OCH3、-CH2OCH2CF3、-CH2OC(O)CH3、-CH2NH2、-CH2NHCH3、-CH2N(CH3)2、-CH2CH2Cl、-CH2CH2OH、-CH2CF3、-CH2CH2OC(O)CH3、-CH2CH2NHCO2C(CH3)3及-CH2Si(CH3)3。
術語「烯基」在無「經取代」修飾語情況下使用時係指具有非芳香族碳原子作為附著點、具有直鏈或具支鏈、環、環狀或非環狀結構、至少一個非芳香族碳碳雙鍵、無碳碳三鍵、且無除碳及氫外之原子的單價基團。烯基之非限制性實例包括：-CH=CH2(乙烯基)、-CH=CHCH3、-CH=CHCH2CH3、-CH2CH=CH2(烯丙基)、-CH2CH=CHCH3及-CH=CH-C6H5。術語「經取代烯基」係指具有非芳香族碳原子作為附著點、至少一個非芳香族碳碳雙鍵、無碳碳三鍵、具有直鏈或具支鏈、環、環狀或非環狀結構、及至少一個獨立地選自由N、O、F、Cl、Br、I、Si、P及S組成之群之原子的單價基團。基團-CH=CHF、-CH=CHCl及-CH=CHBr係經取代烯基之非限制性實例。
術語「炔基」在無「經取代」修飾語情況下使用時係指具有非芳香族碳原子作為附著點、具有直鏈或具支鏈、環、環狀或非環狀結構、至少一個族碳碳三鍵、且無除碳及氫外之原子的單價基團。基團-C≡CH、-C≡CCH3、-C≡CC6H5及-CH2C≡CCH3係炔基之非限制性實例。術語「經取代炔基」係指具有非芳香族碳原子作為附著點及至少一個碳碳三鍵、具有直鏈或具支鏈、環、環狀或非環狀結構、及至少一個獨立地選自由N、O、F、Cl、Br、I、Si、P及S組成之群之原子的單價基團。基團-C≡CSi(CH3)3係經取代炔基之非限制性實例。
術語「芳基」在無「經取代」修飾語情況下使用時係指具有芳香族碳原子作為附著點之單價基團，該碳原子形成一或多個6員芳香族環結構之部分，其中環原子均係碳，且其中單價基團僅由碳及氫組成。芳基之非限制性實例包括苯基(Ph)、甲基苯基、(二甲基)苯基、-C6H4CH2CH3(乙基苯基)、-C6H4CH2CH2CH3(丙基苯基)、-C6H4CH(CH3)2、-C6H4CH(CH2)2、-C6H3(CH3)CH2CH3(甲基乙基苯基)、-C6H4CH=CH2(乙烯基苯基)、-C6H4CH=CHCH3、-C6H4C≡CH、-C6H4C≡CCH3、萘基、及衍生自聯苯基之單價基團。術語「經取代芳基」係指具有芳香族碳原子作為附著點之單價基團，該碳原子形成一或多個6員芳香族環結構之部分，其中環原子均係碳，且其中單價基團另外具有至少一個獨立地選自由N、O、F、Cl、Br、I、Si、P及S組成之群的原子。經取代芳基之非限制性實例包括基團：-C6H4F、-C6H4Cl、-C6H4Br、-C6H4I、-C6H4OH、-C6H4OCH3、-C6H4OCH2CH3、-C6H4OC(O)CH3、-C6H4NH2、-C6H4NHCH3、-C6H4N(CH3)2、-C6H4CH2OH、-C6H4CH2OC(O)CH3、-C6H4CH2NH2、-C6H4CF3、-C6H4CN、-C6H4CHO、-C6H4CHO、-C6H4C(O)CH3、-C6H4C(O)C6H5、-C6H4CO2H、-C6H4CO2CH3、-C6H4CONH2、-C6H4CONHCH3及-C6H4CON(CH3)2。
術語「雜芳基」在無「經取代」修飾語情況下使用時係指具有芳香族碳原子或氮原子作為附著點之單價基團，該碳原子或氮原子形成芳香族環結構之部分，其中至少一個環原子係氮、氧或硫，且其中單價基團僅由碳、氫、芳香族氮、芳香族氧及芳香族硫組成。芳基之非限制性實例包括吖啶基、呋喃基、咪唑并咪唑基、咪唑并吡唑基、咪唑并吡啶基、咪唑并嘧啶基、吲哚基、吲唑啉基、甲基吡啶基、噁唑基、苯基咪唑基、吡啶基、吡咯基、嘧啶基、吡嗪基、喹啉基、喹唑基、喹喏啉基、四氫喹啉基、噻吩基、三嗪基、吡咯并吡啶基、吡咯并嘧啶基、吡咯并吡嗪基、吡咯并三嗪基、吡咯并咪唑基、烯基(其中附著點係芳香族原子中之一者)及基(其中附著點係芳香族原子中之一者)。術語「經取代雜芳基」係指具有芳香族碳原子或氮原子作為附著點之單價基團，該碳原子或氮原子形成芳香族環結構之部分，其中至少一個環原子係氮、氧或硫，且其中單價基團另外具有至少一個獨立地選自由非芳香族氮、非芳香族氧、非芳香族硫、F、Cl、Br、I、Si及P組成之群的原子。
術語「醯基」在無「經取代」修飾語情況下使用時係指具有羰基之碳原子作為附著點之單價基團，其另外具有直鏈或具支鏈、環、環狀或非環狀結構、除碳基之氧原子外，除碳或氫外無額外原子。基團-CHO、-C(O)CH3(乙醯基，Ac)、-C(O)CH2CH3、-C(O)CH2CH2CH3、-C(O)CH(CH3)2、-C(O)CH(CH2)2、-C(O)C6H5、-C(O)C6H4CH3、-C(O)C6H4CH2CH3、-COC6H3(CH3)2及-C(O)CH2C6H5係醯基之非限制性實例。因此，術語「醯基」涵蓋(但不限於)有時稱作「烷基羰基」及「芳基羰基」之基團。術語「經取代醯基」係指具有羰基之碳原子作為附著點之單價基團，其另外具有直鏈或具支鏈、環、環狀或非環狀結構，除羰基之氧外亦另外具有至少一個獨立地選自由N、O、F、Cl、Br、I、Si、P及S組成之群之原子。基團-C(O)CH2CF3、-CO2H(羧基)、-CO2CH3(甲基羧基)、-CO2CH2CH3、-CO2CH2CH2CH3、-CO2C6H5、-CO2CH(CH3)2、-CO2CH(CH2)2、-C(O)NH2(胺基甲醯基)、-C(O)NHCH3、-C(O)NHCH2CH3、-CONHCH(CH3)2、-CONHCH(CH2)2、-CON(CH3)2、-CONHCH2CF3、-CO-吡啶基、-CO-咪唑基及-C(O)N3係經取代醯基之非限制性實例。術語「經取代醯基」涵蓋(但不限於)「雜芳基羰基」。
術語「烷氧基」在無「經取代」修飾語情況下使用時係指基團-OR，其中R係烷基，如上文定義該術語。烷氧基之非限制性實例包括：-OCH3、-OCH2CH3、-OCH2CH2CH3、-OCH(CH3)2、-OCH(CH2)2、-O-環戊基及-O-環己基。術語「經取代烷氧基」係指基團-OR，其中R係經取代烷基，如上文定義該術語。舉例而言，-OCH2CF3係經取代烷氧基。
類似地，「烯基氧基」、「炔基氧基」、「芳基氧基」、「芳烷氧基」、「雜芳基氧基」、「雜芳烷氧基」及「醯基氧基」在無「經取代」修飾語情況下使用時係指定義為-OR之基團，其中R分別係烯基、炔基、芳基、芳烷基、雜芳基、雜芳烷基及醯基，如上文定義彼等術語。當術語烯基氧基、炔基氧基、芳基氧基、芳烷基氧基及醯基氧基中之任一者經「經取代」修飾時，其係指基團-OR，其中R分別係經取代烯基、炔基、芳基、芳烷基、雜芳基、雜芳烷基及醯基。
術語「烷基胺基」在無「經取代」修飾語情況下使用時係指基團-NHR，其中R係烷基，如上文定義該術語。烷基胺基之非限制性實例包括：-NHCH3、-NHCH2CH3、-NHCH2CH2CH3、-NHCH(CH3)2、-NHCH(CH2)2、-NHCH2CH2CH2CH3、-NHCH(CH3)CH2CH3、-NHCH2CH(CH3)2、-NHC(CH3)3、-NH-環戊基及-NH-環己基。術語「經取代烷基胺基」係指基團-NHR，其中R係經取代烷基，如上文定義該術語。舉例而言，-NHCH2CF3係經取代烷基胺基。
術語「醯胺基」(醯基胺基)在無「經取代」修飾語情況下使用時係指基團-NHR，其中R係醯基，如上文定義該術語。醯基胺基之非限制性實例係-NHC(O)CH3。當在「經取代」修飾話下使用術語醯胺基時，其係指定義為-NHR之基團，其中R係經取代醯基，如上文定義該術語。基團-NHC(O)OCH3及-NHC(O)NHCH3係經取代醯胺基之非限制性實例。
術語「飽和」在提及原子時意指原子僅借助單鍵連接至其他原子。
V I.實例
本發明包括以下實例以闡述本發明之較佳實施例。熟習此項技術者應瞭解，下列實例中揭示之技術代表本發明者發現可良好用於本發明實踐之技術，且因而可認為該等技術構成本發明實踐之較佳模式。然而，熟習該項技術者依據本揭示內容應瞭解，可對所揭示具體實施例實施多種改變且仍獲得相同或相似結果，而不背離本發明之精神及範疇。
實例1 作為阿茲海默氏病及帕金森氏病之選擇性 標記的擬肽之驗證
本發明者利用包含兩份4680八聚體擬肽之陣列的複本以及各種標記及對照斑點的微陣列。使自6例阿茲海默氏患者及6例正常對照者採集之血清(血液)與微陣列雜交。大幅稀釋血清試樣，以提供20 μg/ml之最終總血清蛋白濃度且使此溶液與擬肽微陣列雜交。在培養並洗滌後，藉由與標記Alexa-647之二級抗體一起後續培養，以便目視觀察IgG結合圖案。作為對照，僅將二級抗體暴露於陣列且在後續分析中忽略結合大量經標記二級抗體之任何特徵。
陣列上所有特徵之GenePix分析顯示，若干可重現之擬肽(圖1A)在暴露於AD血清時比暴露於正常血清更清晰(於此特定蛋白濃度下之強度為>30,000對<10,000)(圖2A)。三種目標擬肽以此方式表現。為測試擬肽之特異性，使自帕金森氏患者採集之血清與該等擬肽雜交。然而，來自該等血清試樣之擬肽僅捕捉IgG抗體之背景含量，證明該等擬肽係阿茲海默氏病中產生之抗體的特異性捕捉劑(圖2A)。
在完成此訓練組(training set)之後，本發明者隨後分析自不包括於訓練組中之患者採集的血清試樣，測試該三種擬肽辨別AD之能力(圖4-13)。擬肽亦在微陣列分析及Luminex珠粒分析中進行驗證(圖7)。訓練中鑑定之所有三種擬肽均最好在盲目實驗中進行。藉由質譜法對該三種擬肽進行定序、重新合成並藉由HPLC純化。
總之，本發明者已證實可藉由擬肽組合庫篩分分離能夠捕獲具有特異性之阿茲海默氏病之特定IgG的合成分子。
所測試總試樣=110
藉由使用APD1擬肽檢查已經過剔除處理之血清的結合特性後，在包含ADP1-3之擬肽陣列上分析，進行進一步研究(圖3)。抗體剔除實驗顯示ADP1及ADP3結合類似抗體群體。而ADP2似乎結合第二抗體群體。
庫合成及印記方案：使用習用混合裂分(split-and-pool)法在500μm聚苯乙烯大珠粒上合成具有一恆定殘基(C末端上之半胱胺酸)的8mer擬肽庫。隨後將珠粒放置於96孔板中，每一孔中具有一個珠粒。隨後使用95%三氟乙酸、2.5%水及2.5%三異丙基矽烷之解離混合劑自珠粒解離擬肽。向各孔中放入五十(50μl)此混合劑且將珠粒留在此混合劑中達2小時。使混合劑溶液蒸發。在混合劑蒸發後，向各孔中添加40μl 50%乙腈及50%水。
隨後使用Tecan Genesis Workstation 200將4個96孔板之液體內容物(40μl/孔)轉移至384孔板。將各板之三十四(34μl)內容物轉移至新的384孔板。將各孔中含有6μl之板標記為「殘餘」板且擱置以使乙腈/水混合物可蒸發。隨後將該等板用黏合片密封且儲存於-80℃冷凍機中直至測序目的需要為止。將具有34μl液體之板標記為「主體」且亦擱置供乙腈/水混合物蒸發。
當自主體板蒸發液體時，使用Tecan Genisis Workstation向各孔中添加20 μl DMSO(二甲亞碸)。隨後自各孔移出五(5 μl)且放置於另一384孔板中。此板具有添加至各孔中之5 μl DMSO且變為「複本」板。隨後將主體板用黏合片密封並儲存在-80℃冷凍機中。將複本板儲存於4℃冰箱中且視需要用於印記微陣列。
隨後使用具有MP946微染色針之NanoPrint將複本板之內容物印記於經馬來醯亞胺塗佈之玻璃載玻片上。在印記之前及在各染色循環之間使用10%乙醇及水混合物洗滌針。在各試樣拾取及印記循環之間使用多次洗滌/超音波處理/乾燥循環。用48針之全頭且在10 x 10格柵中使用410 μm之染色間隔印記複雜陣列。用呈Whatman Fast Frame格式之單一MP946針、呈2 x 8格式之載玻片上的16陣列及10 x 10格柵中之480 μm染色間隔印記子陣列。在印記之前將載玻片放置於50%濕度中達12小時。在印記之後，關閉增濕器且在使用GenePix Autoloader 4200AL掃描儀掃描之前將載玻片放置12小時。用500之PMT掃描載玻片以驗證斑點佈置及形態。
準備玻璃載玻片之方案：使用鑽石刀在載玻片之一個角上做標記。隨後將載玻片放置於玻璃載玻片架中且將該等架放置於著色玻璃瓶中。
將玻璃燒杯(2L)放置於冰桶中並在其周圍放置冰。在此燒杯中製備70/30濃H2SO4及H2O2溶液(Piranha)且使其冷卻至室溫。將Piranha溶液傾析於著色玻璃瓶中以使液體覆蓋載玻片。將其覆蓋並於室溫下放置12小時。隨後將其移出並用去離子水充分淋洗。將載玻片放置於離心機中乾燥。
將水浴加熱至80℃。將玻璃載玻片浸沒於3-縮水甘油醚丙基三甲氧基矽烷中並放置於水浴中達5-6小時，同時輕輕振盪。使載玻片冷卻且隨後用DMF淋洗兩次。再次將載玻片放置於離心機中乾燥並儲存於氬中直至下一步驟需要為止。
將水浴溫度維持於80℃下。將載玻片浸沒於2L聚(乙二醇)與8 mL H2SO4混合物中且放置於水浴中。將水浴於中等至低速下攪拌6小時。使載玻片冷卻並用DI水淋洗，同時攪拌約1小時。再次將載玻片放置於離心機中乾燥並儲存於氬中直至下一步驟需要為止。
量測PMPI並將其溶解於無水DMSO中以製備50 mM溶液。隨後將載玻片劃痕側向上放置且放置於PMPI反應容器之頂部。在載玻片下注射PMPI以使其完全充滿容器且在儲存器中一些過量。自載玻片之下側去除所有氣泡。在氬下將反應容器在振盪器上攪拌過夜。自反應容器移出載玻片並在DMSO中洗滌1小時。將此步驟重複一次。用DMF再洗滌1小時。再次將載玻片放置於離心機中乾燥並儲存於氬中直至需要為止。
雜交方案：將微陣列載玻片用雜交室覆蓋並用1X TBST(50 mM Tris,pH 8.0,150 mM NaCl,0.1% Tween20)平衡15分鐘。隨後於4℃用1 ml阻斷緩衝液阻斷載玻片達1小時。去除阻斷緩衝液且於4℃下將載玻片與1 ml血清(20 μg/ml)一起培養16小時，同時輕輕振盪。在替代方法中，於4℃下將載玻片用1 ml大腸桿菌溶胞物(1.5 mg/ml)阻斷1小時。移出大腸桿菌溶胞物且於4℃下將載玻片與大腸桿菌溶胞物(1.5 mg/ml)中之1 ml血清(15 μg/ml)一起培養18小時，同時輕輕振盪。隨後將微陣列用1X TBST洗滌3次並於4℃下在回轉式振盪器上與Alexa-647標記之抗IgG抗體(5 μg/ml)一起雜交2小時。自微陣列載玻片移出室盒子並先後用1X TBST(3x15 min)及0.1X TBST(1x10)洗滌。隨後將載玻片在離心機(5 min，於1500 RPM下)上乾燥並藉由使用635-nm雷射在100%功率及600或650光電倍增管增益下在微陣列掃描儀(Gene Pix Autoloader 4200)上進行掃描。藉由Gene Pix Pro 6.0軟體及Gerespring軟體分析所有掃描圖像。
實例2 A DP1-3之肌胺酸掃描
肌胺酸掃描得知甲基而非氫依次替代側鏈中之每一者、保留三級醯胺鍵、但去除大部分側鏈的效應。擬肽ADP1-3各自含有在初始庫合成中不同之8個位置(圖14)。為確定該8個位置處之哪條側鏈對結合AD-特異性抗體重要，合成24種衍生物，其中側鏈中之每一者進而經甲基取代。藉由固相「子單體」化學製備各化合物，其中使用甲胺置換期望取代位置處之溴。為測試各含有甲基側鏈之衍生物的抗體結合特性，將所有24種化合物以及ADP1-3擬肽印記於微陣列上。使驗屍證實之AD患者的血清與該等陣列雜交。在洗滌後，將螢光標記之二級抗體施加至陣列。在進一步洗滌之後，使用螢光掃描儀測定各位置處之螢光強度。強度示於圖14中。當在相對於母體化合物之給定斑點處觀察到螢光明顯減小時(指示捕獲較少抗體)，此應解釋為指示母體化合物中此位置處存在之側鏈對於結合AD-特異性抗體甚為重要。
實例3 材料及方法
該等研究中所用材料及方法的實例包括以下：
擬肽之合成及純化。可藉由使用ABI 433A擬肽合成器或平行合成自動機在Rink醯胺樹脂上根據子單體方法合成擬肽。(參見，例如，Zuckermann,R. N.,Kerr,J. M.,Kent,S. B. H.,＆ Moos,W. H.(1992) J. Am. Chem. Soc.,114,10646-10647)。簡言之，溴乙醯化新生鏈上之醯胺，之後由一級胺SN2置換溴以形成側鏈。在合成之後，使擬肽在三氟乙酸(TFA)：三異丙基矽烷：水(95:2.5:2.5，以體積計)中解離並去保護。可在C18管柱上利用線性乙腈/水梯度藉由RP-HPLC純化化合物。可使用質譜確認純化產物之分子量。
可以兩個步驟使用兩個容易獲得之子單體單元組裝正生長擬肽聚合物之單體。使用二異丙基碳化二亞胺活化之溴乙酸溴乙醯化Rink醯胺樹脂。其後，該溴乙醯化樹脂經受由一級胺SN2置換溴，此引入期望側鏈。數百種潛在胺子單體及相對應側鏈可自市場或合成獲得。藉由子單體方案合成擬肽提供便捷途徑來獲得比容易地經由單體方法獲得者具有更大化學多樣性之序列，且僅受限於足以提供期望活性之序列順序、長度及/或N-懸垂側鏈結構。
更具體而言，可初始將Rink醯胺樹脂(4-(2',4'-二甲氧基苯基-(9-茀基甲基氧基羰基)-胺基甲基)-苯氧基樹脂，0.25 mmol；Novabiochem)在CH2Cl2中溶脹30 min。在樹脂溶脹之後，藉由用存於1-甲基-2-吡咯啶酮(NMP)中之20%六氫吡啶溶液處理而去除9-茀基甲基氧基羰基(Fmoc)保護基團。隨後藉由在持續混合下於室溫下與4.2 ml存於N,N-二甲基甲醯胺(DMF)中之1.2 M溴乙酸(50 mmol)及1.0 ml(11 mmol)淨N,N'-二異丙基碳化二亞胺(DIC)反應60分鐘來溴乙醯化結合樹脂之去保護胺。其後，用DMF(3 x 10 ml)淋洗樹脂，之後NMP淋洗(3 x 10 ml)。使6 ml存於NMP或CH2Cl2中之一級胺「子單體」的1 M溶液(6 mmol)與結合樹脂之溴乙醯基部分反應，置換溴。合成受保護子單體以產生N-(4-胺基丁基)甘胺酸殘基(Nlys)。隨後再次先後用NMP(3 x 10 ml)及DMF(3次，10 ml)淋洗樹脂。該兩個反應之產物產生擬肽「殘基」，其之鑑定端視所用子單體胺而定。藉由此子單體方法伸長擬肽直至獲得期望鏈長度為止。
在合成之後，可藉由用2,2,2-三氟乙酸(TFA)/三異丙基矽烷/H2O(95:2.5:2.5，以體積計)處理自樹脂解離擬肽寡聚體，同時自Nlys殘基去除第三丁氧基羰基(Boc)保護基團。在解離之後，可藉由製備型規模反相HPLC將擬肽純化至>97%均一性。用於HPLC之精確梯度端視擬肽之強度及疏水性而定。
該等合成及表徵亦闡述於美國專利第6,887,845號中，其全文以引用方式併入本文中。如其中所闡釋且如知曉本發明之彼等熟習此項技術者應瞭解，存在之N-經取代甘胺酸殘基及所得擬肽化合物僅受相對應胺試劑之合成或商業可得性限制。
印記微陣列。使用習用混合裂分法在500 μm聚苯乙烯大珠粒上合成具有一恆定殘基(C末端上之半胱胺酸)的8-mer擬肽庫。利用習用混合裂分法及微波輔助方案使用7種不同胺。隨後將珠粒放置於96孔板中，每一孔中具有一個珠粒。隨後使用95% TFA、2.5%水及2.5%三異丙基矽烷之解離混合劑自珠粒解離擬肽。隨後使用Tecan Genesis Workstation將4個96孔板之液體內容物轉移至384孔板。當已自主體板蒸發液體時，使用Tecan Genisis Workstation向各孔中添加DMSO(二甲亞碸)。將板儲存於4℃冰箱中且視需要用於印記微陣列。隨後使用NanoPrint LM 360將384孔板之內容物印記於經馬來醯亞胺塗佈之玻璃載玻片上。用48針之全頭且在10 x 10格柵中使用410 μm之染色間隔印記複雜陣列。在印記之後，在使用GenePix Autoloader 4200AL掃描儀掃描之前將載玻片放置12小時。用500之PMT掃描載玻片以驗證斑點佈置及形態。
雜交方案。將微陣列載玻片用雜交室覆蓋並用1X TBST (50 mM Tris,pH 8.0,150 mM NaCl,0.1% Tween20)平衡15分鐘。隨後於4℃用1 ml阻斷緩衝液阻斷載玻片達1小時。去除阻斷緩衝液且於4℃下將載玻片與1 ml血清一起培養16小時，同時輕輕振盪。隨後將微陣列用1X TBST洗滌3次並於4℃下在回轉式振盪器上與Alexa-647標記之山羊抗小鼠抗體一起雜交2小時。自微陣列載玻片移出室盒子並用1X TBST洗滌。隨後將載玻片在離心機上乾燥並藉由使用635-nm雷射在100%功率及600光電倍增管增益下在微陣列掃描儀上進行掃描。藉由Gene Pix Pro 6.0軟體及Genespring軟體分析所有掃描圖像。
設計擬肽變體。肌胺酸掃描得知甲基而非氫依次替代肽之側鏈中之每一者、保留三級醯胺鍵、但去除大部分側鏈的效應。目標擬肽可在擬肽內之一或多個位置處不同以確定哪個側鏈位置會影響擬肽結合。藉由固相「子單體」化學(參見上文)製備各擬肽，其中使用甲胺置換期望取代位置處之溴。為測試該等擬肽變體，可將每一變體擬肽與適當對照之結合特徵印記於微陣列或一些其他篩分平臺上。使含有擬肽靶標之試樣與該等陣列雜交。在洗滌之後，對陣列施加二級抗體或其他檢測方法且測定各位置處之螢光強度。當在相對於母體化合物之給定斑點處觀察到螢光明顯減小時(指示較小結合親和性)，此應解釋為指示母體化合物中此位置處存在之側鏈影響結合。
隨後將納入本文所述一或多個胺或R基團之變體擬肽併入且使用類似合成及篩分程序鑑定變體。
***************
根據本揭示內容無需過多實驗即可獲得並實施本文所揭示及主張之所有組合物及方法。儘管本發明之組合物及方法已根據較佳實施例予以闡述，但熟習此項技術者將明瞭，可改變該等組合物及方法及本文所述方法之步驟或步驟之順序，此並不背離本發明之概念、精神及範疇。更具體而言，應明瞭，某些在化學及生理上皆相關之試劑可代替本文所述試劑並同時可達成相同或相似結果。對熟習此項技術者顯而易見的所有該等類似替代物及修改皆視為在隨附申請專利範圍所界定的本發明之精神、範疇及概念內。
VII.　參考文獻
以下參考文獻以引用方式明確併入本文中至其提供例示性程序或其他補充彼等本文所闡述者之細節的程度。
美國專利第3,817,837號
美國專利第3,850,752號
美國專利第3,939,350號
美國專利第3,996,345號
美國專利第4,275,149號
美國專利第4,277,437號
美國專利第4,366,241號
De Jager等人，Semin. Nucl. Med.,23(2):165-179,1993。
Doolittle及Ben-Zeev,Methods Mol Biol,109:215-237,1999。
Gulbis及Galand,Hum. Pathol.,24(12):1271-1285,1993。
Nakamura等人，於以下中：Handbook of Experimental Immunology(第4版)，Weir等人(編輯)1:27,Blackwell Scientific Publ.,Oxford,1987。
以下附圖構成本說明書之一部分且包括於其中以進一步證實本發明之某些態樣。可藉由參照該等附圖中之一或多者與本文所提供具體實施例之詳細說明的組合更好地理解本發明。
圖1A-B-發現擬肽之結構可捕獲疾病特異性抗體。(圖1A)擬肽AD1-AD3鑑定阿茲海默氏病抗體。(圖1B)擬肽PD1-PD3鑑定帕金森氏病抗體。Z代表可進一步偶聯至基質、連接體或第二分子實體之官能團。
圖2A-C-辨別阿茲海默氏病及帕金森氏病個體與對照的抗體分佈圖。(圖2A)擬肽AD1-AD3之血清抗體結合分佈圖。(圖2B)擬肽PD1-PD3之血清抗體結合分佈圖。(圖2C)ADPD1-ADPD3之血清抗體結合分佈圖。
圖3：AD(驗屍證實)血清試樣之剔除試驗。讓血清試樣通過具有過量固定化ADP1之管柱，剔除會與ADP1結合之抗體。隨後分析已經過剔除處理之血清與ADP1-3之結合性。圖示顯示擬肽ADP1及ADP3與相同抗體結合，而擬肽ADP2結合不同抗體。
圖4：ADP1擬肽作為阿茲海默氏病之選擇性標記在微陣列上的驗證。
圖5：ADP2擬肽作為阿茲海默氏病之選擇性標記在微陣列上的驗證。
圖6：ADP3擬肽作為阿茲海默氏病之選擇性標記在微陣列上的驗證。
圖7：5年後中間個體AD12之驗證。
圖8：阿茲海默氏病與正常對照之Luminex滴定。(圖8A)驗屍證實之AD試樣與正常對照。(圖8B)AD5與NC9。(圖8C)AD8與NC11。(圖8D)驗屍證實之AD試樣與正常對照池。
圖9：不同正常對照試樣之Luminex滴定。(圖9A)兩種不同正常對照與正常對照池。(圖9B)AD8與NC11。(圖9C)驗屍證實之AD試樣與正常對照池。
圖10：ADP1擬肽作為阿茲海默氏病之選擇性標記在Luminex珠粒上的驗證。
圖11：ADP2擬肽作為阿茲海默氏病之選擇性標記在Luminex珠粒上的驗證。
圖12：ADP3擬肽作為阿茲海默氏病之選擇性標記在Luminex珠粒上的驗證。
圖13：中間試樣之Luminex滴定。
圖14：ADP1-3之肌胺酸掃描結果。
圖15：在有或沒有細菌溶胞物阻斷劑之情況下所培養之擬肽陣列的比較。
(無元件符號說明)

Claims (26)

  1. 一種檢測含有抗體之試樣中的抗體之方法，其包括：(a)使含有抗體之試樣與其上附著有擬肽之一或多種載體接觸，該擬肽具有：(i)式(1D)： 其中R17-R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且其中R21、R22及R24獨立地選自甲基苄基及丁基胺；(ii)式(1D)：其中R17-R20、R23及R24獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且其中R21及R22係烯丙基；或(iii)式(1D)：其中R17、R19、R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲 氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且R18、R21及R24獨立地選自胡椒基、-CH2CO2H及丁基胺；且其中Z係偶聯基團；L係連接體部分，M係基質或載體；且m或n係0至6；及(b)檢測結合至該擬肽之抗體。
  2. 如請求項1之方法，其中一或多種擬肽係選自由以下組成之群： 及 其中Z係能夠偶聯連接體、基質或標記物之官能團。
  3. 如請求項1之方法，其中使該試樣與如請求項1之一種以上擬肽接觸。
  4. 如請求項3之方法，其中使該試樣與三種結構上不同之擬肽接觸。
  5. 如請求項4之方法，其中該等擬肽係AD1、AD2及AD3。
  6. 如請求項1之方法，其中該載體係珠粒、板、浸液試片、過濾材料、膜、針或孔。
  7. 如請求項1之方法，其中該試樣係血液、血清、唾液或CSF。
  8. 如請求項1之方法，其中檢測法包括RIA、FIA、ELISA、西方墨點法(Western blot)、流式細胞術、FRET或表面電漿共振。
  9. 一種用於檢測可指示神經退化性疾病之抗體的套組，該套組包含一或多種擬肽，該等擬肽包含：(i)式(1D)： 其中R17-R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且其中R21、R22及R24獨立地選自甲基苄基及丁基胺；(ii)式(1D)：其中R17-R20、R23及R24獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且其中R21及R22係烯丙基；或(iii)式(1D)：其中R17、R19、R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且R18、R21及R24獨立地選自胡椒基、-CH2CO2H及丁基胺；其中Z係偶聯基團；L係連接體部分，M係基質或載體； 且m或n係0至6。
  10. 如請求項9之套組，其中該擬肽偶聯至基質。
  11. 如請求項9之套組，其中一或多種擬肽係選自由以下組成之群： 及 其中Z係能夠偶聯連接體、基質或標記物之官能團。
  12. 一種診斷懷疑患有阿茲海默氏病之個體的AD之方法，其包括：(a)將來自該患者之血清試樣暴露於包含複數個高親和性擬肽之微陣列，該等擬肽具有：(i)式(1D)： 其中R17-R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且其中R21、R22及R24獨立地選自甲基苄基及丁基胺；(ii)式(1D)：其中R17-R20、R23及R24獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且其中R21及R22係烯丙基；或(iii)式(1D)：其中R17、R19、R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲 氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且R18、R21及R24獨立地選自胡椒基、-CH2CO2H及丁基胺；其中Z係偶聯基團；L係連接體部分，M係基質或載體；且m或n係0至6；及(b)檢測與第一擬肽結合之第一AD相關抗體。
  13. 一種經分離抗體組合物，其包含自患有神經退化性疾病之個體的血清分離之抗體，其中該抗體特異性結合包含以下結構之擬肽： 及 其中Z係能夠偶聯連接體、基質或標記物之官能團。
  14. 一種用於檢測與阿茲海默氏病相關之抗原的套組，其包含如請求項13之經分離抗體。
  15. 一種抗體，其係藉由包括以下之步驟分離：(a)使含有可指示神經退化性疾病之抗體的試樣與免疫親和性基質接觸，該基質包含會與可指示神經退化性疾病之抗體結合的如請求項1之擬肽；(b)自該免疫親和性基質洗脫該等結合抗體。
  16. 一種組合物，其包含具有下式之擬肽：(a)式(1D)： 其中R17-R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且 其中R21、R22及R24獨立地選自甲基苄基及丁基胺；(b)式(1D)：其中R17-R20、R23及R24獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且其中R21及R22係烯丙基；或(c)式(1D)：其中R17、R19、R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且R18、R21及R24獨立地選自胡椒基、-CH2CO2H及丁基胺；且其中Z係偶聯基團；L係連接體部分，M係基質或載體；且m或n係0至6。
  17. 如請求項16之組合物，其進一步包含可指示神經退化性疾病之抗體。
  18. 一種擬肽組合物，其包含下式： 或 其中Z係能夠偶聯連接體、基質或標記物之官能團。
  19. 如請求項18之組合物，其進一步包含可指示神經退化性疾病之抗體。
  20. 一種經分離擬肽，其具有下式：(a)式(1D)： 其中R17-R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且其中R21、R22及R24獨立地選自甲基苄基及丁基胺；(b)式(1D)：其中R17-R20、R23及R24獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且其中R21及R22係烯丙基；或(c)式(1D)：其中R17、R19、R20及R23獨立地選自由以下組成之群：氫；烷基；芳基；雜芳基；環烷基；烯基；環烯基；甲氧基乙基；(R)-甲基苄基；經NH2、OH或SH取代之C1-6烷基；未經取代或經NH2、OH或SH取代之C2-6炔基；羧基；及羥基；且R18、R21及R24獨立地選自胡椒基、-CH2CO2H及丁基胺； 且其中Z係偶聯基團；L係連接體部分，M係基質或載體；且m或n係0至6。
  21. 如請求項20之經分離擬肽，其中該擬肽具有以下結構：
  22. 如請求項20之經分離擬肽，其中該擬肽具有以下結構：
  23. 如請求項20之經分離擬肽，其中該擬肽具有以下結構：
  24. 一種檢測生物體液中之抗體的方法，其包括：(a)將包含如請求項20-23中任一項之擬肽的擬肽陣列與包含濃度為0.5mg/ml至2mg/ml之細菌溶胞物的阻斷緩衝液一起培養；(b)去除該阻斷緩衝液；(c)將該擬肽陣列與包含細菌溶胞物之試樣溶液一起培養；及(d)檢測與該擬肽陣列結合之抗體。
  25. 如請求項1之方法，其中該方法進一步包括：(c)若自個體獲得之該試樣中與該擬肽結合之抗體多於對照無疾病患者中觀察到者時，則作出該個體患有阿茲海默氏病之診斷。
  26. 如請求項12之方法，其中該方法進一步包括：(c)檢測與式1D之第二擬肽結合之第二AD相關抗體。
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