TW201929903A - 以法呢基轉移酶(farnesyltransferase)抑制劑治療癌症之方法 - Google Patents

Abstract

本發明係關於癌症療法之領域。特定言之，本發明係提供以法呢基轉移酶抑制劑(farnesyltransferase inhibitor；FTI)治療癌症(例如外周T細胞淋巴瘤(peripheral T-cell lymphoma；PTCL))之方法，該方法包括基於基因表現特徵來確定該個體是否有可能對該FTI治療起反應。

Description

以法呢基轉移酶(FARNESYLTRANSFERASE)抑制劑治療癌症之方法

本發明係關於癌症療法之領域。詳言之，本發明係提供以法呢基轉移酶抑制劑治療癌症之方法。

對病患群體分層以改良治療反應率在癌症病患之臨床管理中愈來愈有價值。法呢基轉移酶抑制劑(FTI)係在諸如外周T細胞淋巴瘤(「PTCL」)之癌症之治療中具有效用的治療劑。然而，病患對FTI治療具有不同反應。因此，對預測患有癌症的個體對FTI治療之反應性之方法、或選擇癌症病患用於FTI治療之方法的需求有待滿足。本文所提供之方法及組合物滿足此等需求且提供其他相關優點。

本文提供治療個體之表現CXCL12之癌症的方法，其包括向該患有表現CXCL12之癌症之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有癌症之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇癌症病患用於FTI治療之方法、對癌症病患分層用於FTI治療之方法、及增加癌症病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有癌症之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之癌症。在一些實施例中，FTI係替吡法尼(tipifarnib)。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係肉瘤。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在特定實施例中，胰臟癌係局部晚期之胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係皮膚T細胞淋巴瘤(CTCL)。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係急性骨髓白血病(AML)。在特定實施例中，白血病係T細胞急性淋巴母細胞白血病(T-ALL)。在特定實施例中，白血病係慢性骨髓性白血病(CML)。
本文提供治療個體之表現CXCL12之淋巴瘤的方法，其包括向該患有表現CXCL12之淋巴瘤之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有淋巴瘤之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇淋巴瘤病患用於FTI治療之方法、對淋巴瘤病患分層用於FTI治療之方法、及增加淋巴瘤病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有淋巴瘤之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之淋巴瘤。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係血管免疫母細胞T細胞淋巴瘤(AITL)。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
本文提供治療個體之表現CXCL12之白血病的方法，其包括向該患有表現CXCL12之白血病之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有白血病之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇白血病病患用於FTI治療之方法、對白血病病患分層用於FTI治療之方法、及增加白血病病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有白血病之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之白血病。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
本文提供治療個體之表現CXCL12之急性骨髓白血病(AML)的方法，其包括向該患有表現CXCL12之AML之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有AML之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇AML病患用於FTI治療之方法、對AML病患分層用於FTI治療之方法、及增加AML病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有AML之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之AML。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。在特定實施例中，AML係新診斷之AML。在特定實施例中，患有AML之個體係具預後較差的AML之老年病患。在特定實施例中，AML係復發性或難治性AML。
本文提供治療個體之AITL之方法，其包括向該患有AITL之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有AITL之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇AITL病患用於FTI治療之方法、對AITL病患分層用於FTI治療之方法、及增加AITL病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有AITL之個體之樣品以確定該個體具有AITL組織學。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。在一些實施例中，AITL組織學之特徵為腫瘤細胞組分。在某些實施例中，腫瘤細胞組分包含衍生自濾泡性輔助T細胞之多形性中等大小的贅生性細胞。在一些實施例中，AITL組織學之特徵為非腫瘤細胞組分。在某些實施例中，非腫瘤細胞組分包含顯著分叉的血管。在某些實施例中，非腫瘤細胞組分包含濾泡性樹突狀細胞之增殖。在某些實施例中，非腫瘤細胞組分包含分散的EBV陽性B細胞母細胞。在某些實施例中，個體已經診斷患有AITL。在某些實施例中，診斷患有AITL包含非腫瘤組分之可視化。在某些實施例中，診斷患有AITL包含內皮微靜脈之增殖之可視化。在某些實施例中，診斷患有AITL包含偵測以下腫瘤標記中之一或多者之存在：CXCL13、CD10、PD1及BCL6。在一些實施例中，本文所提供之方法包括表徵來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的組織學，及若該個體具有AITL組織學，則向該個體投與治療有效量之FTI。
本文提供治療個體之表現CXCL12之PTCL的方法，其包括向該患有表現CXCL12之PTCL之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有PTCL之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇PTCL病患用於FTI治療之方法、對PTCL病患分層用於FTI治療之方法、及增加PTCL病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有PTCL之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之PTCL。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。在一些實施例中，PTCL係血管免疫母細胞T細胞淋巴瘤(AITL)、非特指型PTCL (PTCL-NOS)、退行性大細胞淋巴瘤(ALCL)-退行性淋巴瘤激酶(ALK)陽性、ALCL-ALK陰性、腸病相關之T細胞淋巴瘤、結外自然殺手細胞(NK) T細胞淋巴瘤-鼻型、肝脾T細胞淋巴瘤或皮下脂層炎樣T細胞淋巴瘤。在特定實施例中，PTCL係AITL或PTCL-NOS。在特定實施例中，PTCL係AITL。
本文提供治療個體之表現CXCL12之骨髓發育不良症候群(MDS)的方法，其包括向該患有表現CXCL12之MDS之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有MDS之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇MDS病患用於FTI治療之方法、對MDS病患分層用於FTI治療之方法、及增加MDS病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有MDS之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之MDS。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
本文提供治療個體之表現CXCL12之骨髓纖維化的方法，其包括向該患有表現CXCL12之骨髓纖維化之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有骨髓纖維化之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇骨髓纖維化病患用於FTI治療之方法、對骨髓纖維化病患分層用於FTI治療之方法、及增加骨髓纖維化病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有骨髓纖維化之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之骨髓纖維化。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
本文提供治療個體之表現CXCL12之瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症(Waldenström's macroglobulinemia)的方法，其包括向該患有表現CXCL12之瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症病患用於FTI治療之方法、對瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症病患分層用於FTI治療之方法、及增加瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
本文提供治療個體之表現CXCL12之肉瘤的方法，其包括向該患有表現CXCL12之肉瘤之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有肉瘤之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇肉瘤病患用於FTI治療之方法、對肉瘤病患分層用於FTI治療之方法、及增加肉瘤病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有肉瘤之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之肉瘤。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
在一些實施例中，來自個體之樣品可為腫瘤活檢體或體液樣品。在一些實施例中，樣品可為全血樣品、部分純化之血液樣品、外周血液樣品、血清樣品、細胞樣品或淋巴結樣品。在一些實施例中，樣品可為外周血液單核細胞(PBMC)。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之癌症。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之PTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之MDS。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之骨髓纖維化。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的KIR3DL2蛋白之表現量，及若該樣品中之該KIR3DL2蛋白表現量低於KIR3DL2蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在某些實施例中，KIR3DL2蛋白表現係藉由IHC測定。在某些實施例中，KIR3DL2蛋白表現係藉由FACS測定。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的表現KIR3DL2之細胞之比例，及若該樣品中的表現KIR3DL2之細胞之比例低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的KIR3DL2 mRNA之表現量，及若該樣品中的該KIR3DL2 mRNA表現量低於KIR3DL2 mRNA之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有肉瘤之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的基因之mRNA量。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在特定實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的基因之mRNA量。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的基因之mRNA量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的基因之mRNA量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的基因之mRNA量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的基因之mRNA量。在一些實施例中，基因之mRNA量係藉由聚合酶鏈反應(PCR)、qPCR、qRT-PCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、下一代測序或FISH測定。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在特定實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在一些實施例中，基因之蛋白質量可藉由免疫組織化學(IHC)分析、免疫墨點(IB)分析、免疫螢光(IF)分析、流式細胞量測術(FACS)或酶聯免疫吸附分析(ELISA)測定。IHC分析可為H&E染色。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有癌症之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有白血病之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有MDS之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括藉由RT-PCR、微陣列、細胞學珠粒陣列、ELISA或胞內細胞介素染色(ICS)分析來自個體之樣品中的表現量。在一些實施例中，樣品係血清樣品。
在一些實施例中，本文所提供的用FTI治療個體之表現CXCL12之淋巴瘤的方法、預測患有淋巴瘤之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇淋巴瘤病患用於FTI治療之方法、對淋巴瘤病患分層用於FTI治療之方法、及增加淋巴瘤病患群體對FTI治療之反應性的方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的選自由CXCL13及PD-1組成之群的AITL標記之表現量，其中若該樣品中之該另一基因之表現量高於參考表現量，則預測該個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12之單核苷酸變異體(SNV)狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV(序列變異體命名法(Sequence Variant Nomenclature)-人類基因組變異協會(Human Genome Variation Society)：NC_000010.10:g.44873849A＞G、NC_000010.11:g.44378401A＞G、NG_016861.1:g.11697T＞C、NM_000609.6:c.266+236T＞C、NM_001033886.2:c.266+236T＞C、NM_001178134.1:c.266+236T＞C、NM_001277990.1:c.109+2432T＞C、NM_199168.3:c.*232T＞C、XR_001747171.1:n.331+236T＞C、XR_001747172.1:n.331+236T＞C、XR_001747173.1:n.331+236T＞C、XR_001747174.1:n.331+236T＞C。先前所描述之rs17511729、rs17881270已合併至rs2839695中)，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，若樣品不具有在CXCL12之3' UTR之位置44873186處的SNV (HGVS：NC_000010.10:g. 44873186C＞T)，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品不具有在CXCL12之3' UTR之位置44866733處的SNV (HGVS：NC_000010.10:g. 44866733C＞G)，則預測患有白血病之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
若樣品在CXCL12基因中不具有導致低CXCL12表現或無活性CXCL12蛋白表現之SNV，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV，則預測患有白血病之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有白血病之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有白血病之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有癌症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有癌症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係白血病。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有SIK3基因變異體，則預測患有PTCL之個體有可能對有絲分裂抑制劑起反應或向該個體投與治療有效量之有絲分裂抑制劑。在一些實施例中，有絲分裂抑制劑係Aurora激酶抑制劑。在一些實施例中，有絲分裂抑制劑係阿立塞替(Alisertib)。在一些實施例中，有絲分裂抑制劑係PLK-1抑制劑。在一些實施例中，有絲分裂抑制劑係伏拉塞替(Volasertib)。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有癌症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係白血病。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有PTCL之個體有可能對有絲分裂抑制劑起反應或向該個體投與治療有效量之有絲分裂抑制劑。在一些實施例中，有絲分裂抑制劑係Aurora激酶抑制劑。在一些實施例中，有絲分裂抑制劑係阿立塞替。在一些實施例中，有絲分裂抑制劑係PLK-1抑制劑。在一些實施例中，有絲分裂抑制劑係伏拉塞替。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，FTI係選自由以下組成之群：替吡法尼、洛那法尼(lonafarnib)、CP-609,754、BMS-214662、L778123、L744823、L739749、R208176、AZD3409及FTI-277。在一些實施例中，FTI係以1-1000 mg/kg體重之劑量投與。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。在一些實施例中，FTI係一天兩次(「b.i.d.」)以200-1200 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係一天兩次以600 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係一天兩次以900 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係一天兩次以1200 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係一天兩次以300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900、925、950、975、1000、1025、1050、1075、1100、1125、1150、1175或1200 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係持續一至七天之時間段每天投與。在一些實施例中，FTI係隔週投與。在一些實施例中，FTI係在28天治療週期之第1-7及15-21天投與。在一些實施例中，治療期可持續多達12個月。在一些實施例中，替吡法尼係在28天治療週期之第1-7及15-21天一天兩次以900 mg之劑量經口投與。
在一些實施例中，FTI係在輻照之前、期間或之後投與。在一些實施例中，本文所提供之方法亦包括向個體投與治療有效量之第二活性劑或支持性護理療法。在一些實施例中，第二活性劑係DNA低甲基化劑、特異性結合至癌症抗原之治療性抗體、造血生長因子、細胞介素、抗癌劑、抗生素、cox-2抑制劑、免疫調節劑、抗胸腺細胞球蛋白、免疫抑制劑、皮質類固醇或其藥理學衍生物。在一些實施例中，第二活性劑係DNA低甲基化劑，諸如阿紮胞苷(azacitidine)或地西他濱(decitabine)。
在一些實施例中，用於本文所提供之組合物及方法之FTI係替吡法尼。

如本文所用，冠詞「一(a/an)」及「該(the)」係指該冠詞之一個或超過一個文法對象。舉例而言，一樣品係指一個樣品或兩個或多於兩個樣品。
如本文所用，術語「個體」係指哺乳動物。個體可為人類或非人類哺乳動物，諸如犬、貓、牛科動物、馬科動物、小鼠、大鼠、兔或其轉殖基因物種。個體可為病患、癌症病患或PTCL癌症病患。
如本文所用，術語「樣品」係指含有一或多種所關注組分之材料或材料混合物。來自個體之樣品係指自個體獲得之樣品，包括在活體內或原位獲得、達到或收集的生物組織或流體來源之樣品。樣品可自個體含有癌變前或癌細胞或組織之區域獲得。該等樣品可為(但不限於)自哺乳動物分離之器官、組織、碎片及細胞。例示性樣品包括淋巴結、全血、部分純化之血液、血清、骨髓及外周血液單核細胞(「PBMC」)。樣品亦可為組織活檢體。例示性樣品亦包括細胞溶胞物、細胞培養物、細胞株、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞器、生物體液、血液樣品、尿液樣品、皮膚樣品及其類似物。
如本文所用，術語「分析」樣品係指執行此項技術中公認的分析以關於樣品之特定特性或特徵作出評估。樣品之特性或特徵可為例如樣品中的細胞之類型或樣品中的基因之表現量。
如本文所用，術語「治療(treat/treating/treatment)」當用於癌症病患時，係指降低癌症之嚴重程度，或者延遲或減緩癌症之進展的活動，包括(a)抑制癌症生長，或阻滯癌症發展，及(b)使癌症消退，或者使與癌症之存在有關的一或多種症狀延遲或減至最少。
如本文所用，術語「投與(administer/administering/ administration)」係指藉由本文所述之方法或此項技術中已知之其他方式將化合物或醫藥組合物遞送至個體身體或促使化合物或醫藥組合物遞送至個體身體的動作。投與化合物或醫藥組合物包括出具將化合物或醫藥組合物遞送至病患體內之處方。例示性投藥形式包括口服劑型，諸如錠劑、膠囊、糖漿、懸浮液；可注射劑型，諸如靜脈內(IV)、肌肉內(IM)或腹膜內(IP)；經皮劑型，包括乳膏、凝膠劑、散劑或貼片；經頰劑型；吸入散劑、噴霧劑、懸浮液及直腸栓劑。
如本文所用，術語化合物之「治療有效量」當關於疾病或病症使用時，係指足以在該疾病或病症之治療或管理中提供治療益處，或足以使與該疾病或病症有關之一或多種症狀延遲或減至最少的量。化合物之治療有效量意謂化合物當單獨或與其他療法組合使用時將在疾病或病症之治療或管理中提供治療益處之量。該術語涵蓋改良總體療法、減少或避免症狀、或增強另一治療劑之治療功效的量。該術語亦指化合物足以引起研究人員、獸醫、醫生或臨床醫師所尋求的生物分子(例如，蛋白質、酶、RNA或DNA)、細胞、組織、系統、動物或人類之生物或醫學反應的量。
如本文所用，術語「表現(express/expression)」當關於基因使用時係指使得該基因所攜帶之資訊以表型顯現之過程，包括基因轉錄成信使RNA (mRNA)、mRNA分子隨後轉譯成多肽鏈及其組裝成最終蛋白質。
如本文所用，術語基因之「表現量」係指基因之表現產物之量或積累，諸如基因之RNA產物之量(基因之RNA量)或基因之蛋白質產物之量(基因之蛋白質量)。若基因具有多於一種對偶基因，則除非另外規定，否則基因之表現量係指此基因的所有存在之等位基因之表現產物的積累之總量。
如本文所用，術語「參考」當關於可定量值使用時係指可用以測定樣品中量測之值之顯著性的預定值。
如本文所用，術語「參考表現量」係指基因之預定表現量，其可用以測定細胞或樣品中基因之表現量之顯著性。基因之參考表現量可為由一般熟習此項技術者測定之參考細胞中的基因之表現量。舉例而言，CXCL12基因之參考表現量可為其在原初CD4+ T細胞中之平均表現量。因此，可測定CXCL12基因表現量，若高於基因在原初CD4+ T細胞中之平均表現量，則表明細胞係表現CXCL12之細胞。基因之參考表現量亦可為由一般熟習此項技術者經由對基因在各種樣品細胞群中之表現量進行統計分析而確定之截止值。舉例而言，藉由分析基因在已知有至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%細胞表現該基因的樣品細胞群中之表現量，一般熟習此項技術者可確定截止值為基因之參考表現量，其可用以指示表現基因之細胞在具有未知構成之細胞群中的百分比。
如本文關於兩種基因之表現量所用，術語「參考比率」係指可用以測定該兩種基因在細胞或樣品中之量之比率的顯著性之由一般熟習此項技術者預先確定之比率。兩種基因之表現量之參考比率可為由一般熟習此項技術者測定的該兩種基因在參考細胞中之表現量之比率。參考比率亦可為由一般熟習此項技術者經由對兩種基因在各種樣品細胞群中之表現量之比率進行統計分析而確定的截止值。
如本文所用，術語「反應性」或「反應」當關於治療使用時，係指該治療在減輕或減少所治療之疾病之症狀方面的有效性。舉例而言，若FTI治療有效地抑制癌症生長，或阻滯癌症發展，促使癌症消退，或者使與癌症病患中癌症之存在有關的一或多種症狀延遲或減至最少，則此病患對FTI治療起反應。
癌症病患對特定治療之反應性可以完全或部分反應表徵。「完全反應」或「CR」係指不存在臨床上可偵測之疾病，以及先前異常之放射照相研究、淋巴結及腦脊髓液(CSF)或異常單株蛋白質量測值之正常化。「部分反應」或「PR」係指所有可量測腫瘤負荷(亦即，個體中存在之惡性細胞之數目，或者腫瘤塊之量測體積或異常單株蛋白質之量)有至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%降低，不存在新病變。
一般熟習此項技術者將理解，用以定義CR、PR或病患對治療之反應性之其他量的臨床標準可針對不同癌症亞型而變化。舉例而言，對於造血癌症而言，對特定治療「起反應」之病患可定義為具有完全反應(CR)、部分反應(PR)或血液學改良(HI)之病患(Lancet等人,Blood 2:2 (2006))。HI可定義為任何淋巴結母細胞計數小於5%或淋巴結母細胞減少至少一半。另一方面，對特定治療「無反應」之病患可定義為具有進行性疾病(PD)或穩定疾病(SD)之病患。進行性疾病(PD)可定義為淋巴結或循環母細胞相對於基線之%增加＞50%，或循環母細胞之新外觀(根據至少2個連續情況)。穩定疾病(SD)可定義為不符合CR、PR、HI或PD準則之任何反應。
如本文所用，關於病患(例如，PTCL病患或AML病患)之術語「選擇(selecting/selected)」用以意謂，特定病患尤其基於(歸因於)特定病患具有一預定準則或一組預定準則(例如，病患之CXCL12/CXCL4表現量比率大於參考比率)選自較大病患組。類似地，「選擇性治療病患」係指向尤其基於(歸因於)特定病患具有一預定準則或一組預定準則(例如，病患之CXCL12/CXCL4表現量比率大於參考比率)選自較大病患組之病患(例如，PTCL或AML病患)提供治療。類似地，「選擇性投與」係指向尤其基於(歸因於)特定病患具有一預定準則或一組預定準則(例如，病患之CXCL12/CXCL4表現量比率大於參考比率)選自較大病患組之病患(例如，PTCL或AML病患)投與藥物。選擇、選擇性治療及選擇性投與意謂，基於病患之生物學向病患針對疾病或病症(例如，癌症(諸如PTCL或AML))遞送個人化療法，而非僅僅基於患有疾病或病症(例如，PTCL或AML)遞送標準治療方案。
如本文所用，術語「可能性」係指一事件之概率。當滿足一條件時個體「有可能」對特定治療起反應意謂，個體對特定治療起反應之概率在滿足該條件時高於在不滿足該條件時。滿足特定條件之個體對特定治療起反應之概率可比不滿足該條件之個體高例如5%、10%、25%、50%、100%、200%或大於200%。舉例而言，當患有PTCL之個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率時個體「有可能」對FTI治療起反應意謂，個體對FTI治療起反應之概率在具有高CXCL12/CXCR4表現比率之個體中比在具有低CXCL12/CXCR4表現比率之個體中高5%、10%、25%、50%、100%、200%或大於200%。
CXCL12 (或基質衍生因子1)係淋巴細胞之強趨化劑。在胚胎發生期間，CXCL12引導造血細胞自胎兒肝臟遷移至骨骼，且在成人期，CXCL12經由CXCR4依賴性機制藉由募集內皮祖細胞在血管生成中起重要作用。CXCL12亦表現於脾紅髓及淋巴結髓索內。參見Pitt等人, 2015, Cancer Cell 27:755-768及Zhao等人, 2011, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108:337-342。人類CXCL12之例示性胺基酸序列及相應編碼核酸序列分別見於GENBANK寄存編號：NP_000600.1及NM_000609.6。
CXCR4 (亦稱為融合素或CD184)係對CXCL12具有特異性之受體。人類CXCR4之例示性胺基酸序列及相應編碼核酸序列分別見於GENBANK寄存編號：NP_001008540.1及NM_001008540.1。
KIR (殺手細胞免疫球蛋白樣受體)分子係由自然殺手細胞及某些T細胞亞群表現之跨膜糖蛋白且包括例如KIR2DS2、KIR2DS5、KIR3DL1及KIR3DL2。人類KIR3DL2之例示性胺基酸序列及相應編碼核酸序列分別見於GENBANK寄存編號：NP_001229796.1及NM_001242867.1。
腫瘤抑制因子LKB1經由鹽誘導性激酶2 (SIK2)及SIK3起作用以促進IIa類組蛋白脫乙醯基酶之核質運輸。參見Walkinshaw 等人, 2013, J. Biol. Chem. 288:9345-9362。SIK3對於恰當有絲分裂至關重要且SIK3之下調會導致有絲分裂結束延遲。SIK3抑制會使細胞對有絲分裂激酶(包括Aurora A、Aurora B及polo樣激酶1)之藥理學抑制產生敏感性。參見Chen等人, 2014, Cell Death and Disease 5:e1177。人類SIK3之例示性胺基酸序列及相應編碼核酸序列分別見於GENBANK寄存編號：NP_001268678.1及NM_001281749.1。
CENPF係結合著絲點(kinetochores)之法呢基化蛋白。CENPF定位至G2/M之核被膜及前中期之著絲點視法呢基轉移酶活性而定。法呢基轉移酶活性亦為有絲分裂之後的CENPF蛋白降解所需。參見Hussein等人, 2002, J. Cell Sci. 115:3403-3414。人類CENPF之例示性胺基酸序列及相應編碼核酸序列分別見於GENBANK寄存編號：NP_057427.3及NM_016343.3。
淋巴瘤係最常見之血液癌症。淋巴瘤之兩種主要形式係霍奇金氏淋巴瘤(Hodgkin's lymphoma)或HL、及非霍奇金氏淋巴瘤或NHL。當所謂的淋巴細胞之免疫系統細胞失控性地生長且倍增時，會出現淋巴瘤。癌性淋巴細胞可行進至身體之許多部位(包括淋巴結、脾臟、血液或其他器官)且形成腫瘤。身體具有兩種主要類型之可發展為淋巴瘤的淋巴細胞：B細胞及T細胞。
AML係血細胞之骨髓系的癌症。AML之特徵係積聚於骨髓中且干擾正常血細胞產生的異常白血細胞之快速生長。AML係最常見之影響成年人的急性白血病，且其發病率隨年齡而增加。AML在美國佔癌症死亡之約1.2%，且其發病率通常預期會隨群體年齡而增加。咸信AML症狀與正常骨髓經以白血病細胞替換有關，此可能會導致紅血細胞、血小板及正常白血細胞之下降。AML症狀包括疲勞、呼吸短促、容易瘀傷及出血、及感染風險升高。AML常常進展迅速，且如果置之不理未治療通常在數週或數月內會致命。
PTCL係由自成熟T細胞發展的一組罕有且通常具有侵襲性(快速生長)之NHL組成。在美國，PTCL總共佔所有NHL病例的約5至10%，對應於每年約5,000名病患之年發病率。根據一些估計，PTCL之發病率顯著地增長，且發病率之增加可歸因於老齡化群體。
PTCL亞分類為各種亞型，包括退行性大細胞淋巴瘤(ALCL)，ALK陽性；ALCL，ALK陰性；血管免疫母細胞T細胞淋巴瘤(AITL)；腸病相關之T細胞淋巴瘤；結外自然殺手(NK) T細胞淋巴瘤，鼻型；肝脾T細胞淋巴瘤；非特指型(NOS) PTCL；及皮下脂層炎樣T細胞淋巴瘤。此等亞型中之每一者基於其獨特臨床差異而典型地視為單獨疾病。此等亞型中大多數較罕有；三種最常見之亞型係PTCL NOS、AITL及ALCL，且其總共佔所有PTCL病例的約70%。在本文之一些實施例中，PTCL係復發性或難治性PTCL。在其他實施例中，PTCL係復發性或難治性晚期PTCL。
AITL組織學上特徵為腫瘤細胞組分及非腫瘤細胞組分。腫瘤細胞組分包含衍生自稱為濾泡性輔助T細胞(TFH)的位於淋巴結生發中心中之獨特T細胞亞群之多形性中等大小的贅生性細胞。TFH表現CXCL13、VEGF及angpt1。CXCL13可誘導CXCL12在間葉細胞中之表現。VEGF及血管生成素誘導表現CXCL12之內皮細胞微靜脈之形成。非腫瘤細胞組分包含顯著分叉的血管、濾泡性樹突狀細胞之增殖及分散的EBV+ B細胞母細胞。分叉血管之可視化係AITL診斷之標誌。藉由可視化血管(內皮微靜脈)，可鑑別出表現CXCL12之內皮細胞。CXCL12表現在血管內皮細胞中之靶向喪失轉譯為淋巴結、脾臟及骨髓中T細胞腫瘤之減輕(Pitt等人, 2015, 「CXCL12-Producing Vascular Endothelial Niches Control Acute T Cell Leukemia Maintenance」, Cancer Cell 27:755-768)。其不僅為T-LL而且為AITL之腫瘤位置。
T細胞可基於功能分成三大組：細胞毒性T細胞、輔助T細胞(Th)及調節T細胞(Treg)。標記於細胞表面上之差異表現以及其獨特細胞介素分泌概況向T細胞之多樣性質及功能提供有價值的線索。舉例而言，CD8+細胞毒性T細胞經由釋放穿孔蛋白、顆粒酶及顆粒溶素毀滅感染靶細胞，而CD4+ T輔助細胞具有極小細胞毒性活性且分泌對其他白血球(諸如B細胞、巨噬細胞、嗜伊紅白血球或嗜中性白血球)起作用之細胞介素以清除病原體。Treg藉由若干機制抑制T細胞功能，包括與效應T細胞亞群結合及防止其細胞介素分泌。輔助T細胞可進一步分類為不同類別，包括例如，Th1、Th2、Th9、Th17及Tfh細胞。CD4+ T細胞分化為Th1及Th2效應細胞分別在很大程度上受轉錄因子TBX21 (T-Box蛋白21；T-bet)及GATA3 (GATA3)控制。TBX21及GATA3兩者皆為主控T輔助(Th)細胞中之基因表現概況之調節因子的轉錄因子，分別使Th極化偏移至Th1及Th2分化路徑。因此，Th1細胞之特徵為TBX21及由TBX21活化之靶基因的高表現量，及GATA3及由GATA3活化之基因的低表現量。相反，Th2細胞之特徵為GATA3及由GATA3活化之靶基因的高表現量，及TBX21及由TBX21活化之基因的低表現量。PTCL及其亞型(例如PTCL NOS)可基於Th1或Th2譜系衍生而分類。
A. 方法
本文提供選擇患有癌症(例如淋巴瘤，例如PTCL)之個體用於用FTI治療之方法。在一些實施例中，淋巴瘤係血管免疫母細胞T細胞淋巴瘤(AITL)、非特指型PTCL (PTCL-NOS)、退行性大細胞淋巴瘤(ALCL)-退行性淋巴瘤激酶(ALK)陽性、ALCL-ALK陰性、腸病相關之T細胞淋巴瘤、結外自然殺手細胞(NK) T細胞淋巴瘤-鼻型、肝脾T細胞淋巴瘤或皮下脂層炎樣T細胞淋巴瘤。在某些實施例中，淋巴瘤係AITL。在某些實施例中淋巴瘤係PTCL-NOS。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML(例如，新診斷之AML或者復發性或難治性AML)。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。本文所提供之方法部分基於以下發現，患有具有不同基因表現之癌症的病患對FTI治療不同地起反應，及FTI之臨床益處與某些基因及基因變異體在癌症中之表現量相關。舉例而言，本文所提供之方法基於以下發現，具有較高CXCL12表現與CXCR4表現比率之病患有可能對FTI治療起反應，且選擇患有具有高CXCL12與CXCR4表現比率之癌症的病患群體用於FTI治療可增加FTI治療對該癌症之總體反應率。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
因此，本文提供藉由選擇性治療具有特定基因表現模式之癌症病患來增加用於癌症之FTI治療之反應性的方法。本文亦提供進行癌症病患群體選擇用於FTI治療之方法。本文亦提供基於基因表現模式預測患有癌症之個體對FTI治療之反應性的方法，其中若個體具有該基因表現模式，則預測個體有可能起反應。
在一些實施例中，本文提供治療個體之癌症之方法，其包括向患有具有某一基因表現模式之癌症的個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，該等方法包括分析來自個體之樣品以確定個體患有具有該基因表現模式之癌症。
在一些實施例中，本文所提供之方法亦包括自個體獲得樣品。本文所提供之方法中使用的樣品包括來自個體之體液或來自個體之腫瘤活檢體。
在一些實施例中，本發明方法中使用之樣品包括活檢體(例如，腫瘤活檢體)。活檢體可來自任何器官或組織，例如皮膚、肝臟、肺臟、心臟、結腸、腎臟、骨髓、牙齒、淋巴結、毛髮、脾臟、腦、乳房或其他器官。熟習此項技術者已知之任何活檢技術均可用於自個體分離樣品，例如開放性活檢、閉合性活檢、芯活檢、切口活檢、切除活檢或細針抽吸活檢。在一些實施例中，樣品係淋巴結活檢體。在一些實施例中，樣品可為冷凍組織樣品。在一些實施例中，樣品可為福馬林固定石蠟包埋(「FFPE」)組織樣品。在一些實施例中，樣品可為脫蠟組織切片。
在一些實施例中，樣品係體液樣品。體液之非限制性實例包括血液(例如，外周全血、外周血液)、血漿、骨髓、羊膜液、水狀液、膽汁、淋巴、月經、血清、尿液、包圍大腦及脊髓之腦脊髓液、包圍骨關節之滑液。
在一些實施例中，樣品係血液樣品。血液樣品可為全血樣品、部分純化之血液樣品或外周血液樣品。血液樣品可使用如例如Innis等人編, PCR Protocols (Academic Press, 1990)中所描述之習知技術獲得。可使用習知技術或可商購之套組，例如RosetteSep套組(Stein Cell Technologies, Vancouver, Canada)自血液樣品分離白血細胞。可使用習知技術，例如磁性活化細胞分選(MACS) (Miltenyi Biotec, Auburn, California)或螢光活化細胞分選(FACS) (Becton Dickinson, San Jose, California)進一步分離白血細胞亞群，例如單核細胞、NK細胞、B細胞、T細胞、單核細胞、粒細胞或淋巴細胞。
在一個實施例中，血液樣品為約0.1 mL至約10.0 mL、約0.2 mL至約7 mL、約0.3 mL至約5 mL、約0.4 mL至約3.5 mL、或約0.5 mL至約3 mL。在另一實施例中，血液樣品為約0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、6.0、7.0、8.0、9.0或10.0 mL。
在一個實施例中，樣品係骨髓樣品。獲得骨髓樣品之程序為此項技術中所熟知，包括(但不限於)骨髓活檢及骨髓抽吸。骨髓具有流體部分及偏固體之部分。在骨髓活檢中，取得固體部分之樣品。在骨髓抽吸中，取得流體部分之樣品。骨髓活檢及骨髓抽吸可同時進行且稱為骨髓檢查。
在某些實施例中，本文所提供之方法中使用的樣品包括複數個細胞。該等細胞可包括任何類型之細胞，例如，幹細胞、血細胞(例如，PBMC)、淋巴細胞、NK細胞、B細胞、T細胞、單核細胞、粒細胞、免疫細胞、或腫瘤或癌細胞。特定細胞群可使用可商購抗體之組合(例如，Quest Diagnostic (San Juan Capistrano, Calif.)；Dako (Denmark))獲得。在某些實施例中，本文所提供之方法中使用的樣品包括PBMC。
在某些實施例中，本文所提供之方法中使用的樣品包括來自患病組織之複數個細胞，例如來自個體之PTCL或AML腫瘤樣品。在一些實施例中，細胞可自腫瘤組織(諸如腫瘤活檢體或腫瘤外植體)獲得。在某些實施例中，本文所提供方法中使用的細胞之數目可在單一細胞至約10⁹ 個細胞範圍內。在一些實施例中，本文所提供之方法中使用的細胞之數目為約1×10⁴ 、5×10⁴ 、1×10⁵ 、5×10⁵ 、1×10⁶ 、5×10⁶ 、1×10⁷ 、5×10⁷ 、1×10⁸ 或5×10⁸ 個。
自個體收集之細胞之數目及類型可例如如下監測：使用標準細胞偵測技術，諸如流式細胞量測術、細胞分選、免疫細胞化學(例如，用組織特異性或細胞標記特異性抗體染色)、螢光活化細胞分選(FACS)、磁性活化細胞分選(MACS)量測形態變化及細胞表面標記；使用光學或共焦顯微術來檢查細胞形態；及/或使用此項技術中熟知之技術，諸如PCR及基因表現譜來量測基因表現之變化。此等技術亦可用以鑑別對一或多種特定標記呈陽性之細胞。螢光活化細胞分選(FACS)係一種熟知方法，其基於粒子之螢光特性來分離粒子，包括細胞(Kamarch, 1987, Methods Enzymol, 151:150-165)。個別粒子中螢光部分之雷射激發產生小電荷，使混合物中之陽性粒子與陰性粒子電磁分開。在一個實施例中，細胞表面標記特異性抗體或配位體經不同螢光標記進行標記。細胞經由細胞分選儀處理，從而允許基於其與所用抗體結合之能力分離細胞。經FACS分選之粒子可直接沈積於96孔或384孔盤之個別孔中以促進分離及選殖。
在某些實施例中，本文所提供之方法中使用細胞亞群。分選及分離特定細胞群之方法為此項技術中熟知的且可基於細胞大小、形態或胞內或胞外標記。該等方法包括(但不限於)流式細胞量測術、流式分選、FACS、基於珠粒之分離(諸如磁性細胞分選)、基於大小之分離(例如，篩分、障礙物陣列或過濾器)、在微流體裝置中分選、基於抗體之分離、沈降、親和吸附、親和萃取、密度梯度離心、雷射捕捉顯微切割等。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在一些實施例中，淋巴瘤係AITL、PTCL-NOS、ALCL-ALK陽性、ALCL-ALK陰性、腸病相關之T細胞淋巴瘤、結外自然殺手細胞(NK) T細胞淋巴瘤-鼻型、肝脾T細胞淋巴瘤或皮下脂層炎樣T細胞淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在其他特定實施例中，淋巴瘤係PTCL-NOS。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有AML之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，AML係新診斷的。在一些實施例中，個體係具預後較差的AML之老年病患。在一些實施例中，AML係復發性或難治性AML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的血清循環CXCL12之量，及若該樣品中之該血清循環CXCL12量高於血清循環CXCL12之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法中使用的樣品可為全血樣品、部分純化之血液樣品、外周血液樣品、血清樣品、細胞樣品或淋巴結樣品。樣品可為組織活檢體或腫瘤活檢體。在一些實施例中，樣品係來自患有淋巴瘤(例如PTCL或CTCL)之個體的淋巴結活檢體。在一些實施例中，樣品係來自患有淋巴瘤(例如PTCL)之個體的PBMC。在一些實施例中，樣品係來自患有白血病(例如AML、T-ALL或CML)之個體的淋巴結或骨髓活檢體。在一些實施例中，樣品係來自患有白血病(例如AML、T-ALL或CML)之個體的PBMC。
樣品可為腫瘤活檢體、血液樣品、淋巴結樣品或本文所揭示之任何其他樣品。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
本文提供治療個體之表現CXCL12之癌症的方法，其包括向該患有表現CXCL12之癌症之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有癌症之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇癌症病患用於FTI治療之方法、對癌症病患分層用於FTI治療之方法、及增加癌症病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有癌症之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之癌症。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
本文提供治療個體之表現CXCL12之淋巴瘤的方法，其包括向該患有表現CXCL12之淋巴瘤之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有淋巴瘤之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇淋巴瘤病患用於FTI治療之方法、對淋巴瘤病患分層用於FTI治療之方法、及增加淋巴瘤病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有淋巴瘤之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之淋巴瘤。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。在一些實施例中，淋巴瘤係AITL、PTCL-NOS、ALCL-ALK陽性、ALCL-ALK陰性、腸病相關之T細胞淋巴瘤、結外自然殺手細胞(NK) T細胞淋巴瘤-鼻型、肝脾T細胞淋巴瘤或皮下脂層炎樣T細胞淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係PTCL-NOS。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
本文提供治療個體之表現CXCL12之白血病的方法，其包括向該患有表現CXCL12之白血病之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有白血病之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇白血病病患用於FTI治療之方法、對白血病病患分層用於FTI治療之方法、及增加白血病病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有白血病之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之白血病。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。在某些實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，AML係新診斷的。在特定實施例中，個體係具預後較差的AML之老年病患。在一些實施例中，AML係復發性或難治性AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
本文提供治療個體之表現CXCL12之PTCL(例如，AITL或PTCL-NOS)的方法，其包括向該患有表現CXCL12之PTCL之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有PTCL(例如，AITL或PTCL-NOS)之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇PTCL病患用於FTI治療之方法、對PTCL病患分層用於FTI治療之方法、及增加PTCL病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有PTCL之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之PTCL。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
本文提供治療個體之表現CXCL12之骨髓發育不良症候群(MDS)的方法，其包括向該患有表現CXCL12之MDS之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有MDS之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇MDS病患用於FTI治療之方法、對MDS病患分層用於FTI治療之方法、及增加MDS病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有MDS之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之MDS。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
本文提供治療個體之表現CXCL12之骨髓纖維化的方法，其包括向該患有表現CXCL12之骨髓纖維化之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有骨髓纖維化之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇骨髓纖維化病患用於FTI治療之方法、對骨髓纖維化病患分層用於FTI治療之方法、及增加骨髓纖維化病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有骨髓纖維化之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之骨髓纖維化。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
本文提供治療個體之表現CXCL12之瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症的方法，其包括向該患有表現CXCL12之瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體投與治療有效量之FTI。本文亦提供預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症病患用於FTI治療之方法、對瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症病患分層用於FTI治療之方法、及增加瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症病患群體對FTI治療之反應性之方法。在一些實施例中，該等方法包括在向該個體投與該FTI之前分析來自該患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品以確定該個體患有表現CXCL12之瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之癌症。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係白血病(例如，AML)。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之淋巴瘤。在一些實施例中，淋巴瘤係AITL、PTCL-NOS、ALCL-ALK陽性、ALCL-ALK陰性、腸病相關之T細胞淋巴瘤、結外自然殺手細胞(NK) T細胞淋巴瘤-鼻型、肝脾T細胞淋巴瘤或皮下脂層炎樣T細胞淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在一些實施例中，淋巴瘤係PTCL-NOS。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之PTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在一些實施例中，AML係新診斷的。在一些實施例中，個體係具預後較差的AML之老年病患。在一些實施例中，AML係復發性或難治性AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之MDS。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之骨髓纖維化。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12基因之表現量，其中若該樣品中之該表現量高於該CXCL12之參考量，則確定該個體患有表現CXCL12之瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。在一些實施例中，淋巴瘤係AITL、PTCL-NOS、ALCL-ALK陽性、ALCL-ALK陰性、腸病相關之T細胞淋巴瘤、結外自然殺手細胞(NK) T細胞淋巴瘤-鼻型、肝脾T細胞淋巴瘤或皮下脂層炎樣T細胞淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在一些實施例中，淋巴瘤係PTCL-NOS。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。在某些實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，AML係新診斷的。在特定實施例中，個體係具預後較差的AML之老年病患。在特定實施例中，AML係復發性或難治性AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCR4基因之表現量、及CXCL12基因之表現量與CXCR4基因之表現量的比率，其中若該比率高於參考比率，則確定該個體具有高CXCL12/CXCR4表現比率。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。在一些實施例中，淋巴瘤係AITL、PTCL-NOS、ALCL-ALK陽性、ALCL-ALK陰性、腸病相關之T細胞淋巴瘤、結外自然殺手細胞(NK) T細胞淋巴瘤-鼻型、肝脾T細胞淋巴瘤或皮下脂層炎樣T細胞淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係PTCL-NOS。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。在某些實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，AML係新診斷的。在特定實施例中，個體係具預後較差的AML之老年病患。在特定實施例中，AML係復發性或難治性AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括確定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之比率高於參考比率。在一些實施例中，參考比率可為1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或20。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有癌症之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，淋巴瘤係AITL、PTCL-NOS、ALCL-ALK陽性、ALCL-ALK陰性、腸病相關之T細胞淋巴瘤、結外自然殺手細胞(NK) T細胞淋巴瘤-鼻型、肝脾T細胞淋巴瘤或皮下脂層炎樣T細胞淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係PTCL-NOS。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在某些實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，AML係新診斷的。在特定實施例中，個體係具預後較差的AML之老年病患。在特定實施例中，AML係復發性或難治性AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有白血病之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有白血病之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有MDS之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現之量高於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCR4表現之量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCR4表現之量低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率。在一些實施例中，本文所提供之方法包括若來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12表現與CXCR4表現之量之比率高於參考比率，則向該個體投與治療有效量之FTI。
基因之表現量可指基因之蛋白質量或基因之RNA量。在一些實施例中，基因之表現量係指基因之蛋白質量，且本文所提供之方法包括測定基因之蛋白質量。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的KIR3DL2 mRNA之表現量，及若該樣品中的該KIR3DL2 mRNA表現量低於KIR3DL2 mRNA之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的基因之mRNA量。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在特定實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的基因之mRNA量。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的基因之mRNA量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的基因之mRNA量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的基因之mRNA量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的基因之mRNA量。在一些實施例中，基因之mRNA量係藉由聚合酶鏈反應(PCR)、qPCR、qRT-PCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、下一代測序或FISH測定。
在一些實施例中，基因之表現量係指基因之mRNA量，且本文所提供之方法包括測定基因之mRNA量。測定樣品中的基因之mRNA量之方法為此項技術中所熟知。舉例而言，在一些實施例中，mRNA量可藉由聚合酶鏈反應(PCR)、qPCR、qRT-PCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、下一代測序或FISH測定。
偵測或定量mRNA量之例示性方法包括(但不限於)基於PCR之方法、北方墨點法(northern blots)、核糖核酸酶保護分析及其類似方法。mRNA序列可用以製備至少部分互補之探針。隨後可使用該探針，使用任何適合之分析，諸如基於PCR之方法、北方墨點法、試紙分析及其類似方法偵測樣品中之mRNA序列。
此項技術中已知的用於定量樣品中之mRNA表現之常用方法包括北方墨點法及原位雜交(Parker及Barnes, Methods in Molecular Biology 106:247-283 (1999))；核糖核酸酶保護分析(Hod, Biotechniques 13:852-854 (1992))；及聚合酶鏈反應(PCR) (Weis等人, Trends in Genetics 8:263-264 (1992))。或者，可採用能識別特定雙螺旋體，包括DNA雙螺旋體、RNA雙螺旋體及DNA-RNA混合雙螺旋體或DNA-蛋白質雙螺旋體之抗體。用於基於測序之基因表現分析的代表性方法包括基因表現系列分析(SAGE)及藉由大規模並行特徵標誌測序(MPSS)進行之基因表現分析。
靈敏且靈活的定量方法係PCR。PCR方法之實例可見於文獻中。PCR分析之實例可見於美國專利第6,927,024號，其係以全文引用的方式併入本文中。RT-PCR方法之實例可見於美國專利第7,122,799號中，其係以全文引用的方式併入本文中。螢光原位PCR方法描述於美國專利第7,186,507號中，其係以全文引用的方式併入本文中。
然而，應注意，其他核酸擴增方案(亦即，除PCR外)亦可用於本文所描述之核酸分析方法中。舉例而言，適合擴增方法包括連接酶鏈反應(參見例如，Wu及Wallace, Genomics 4:560-569, 1988)；股置換分析(參見例如，Walker等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:392-396, 1992；美國專利第5,455,166號)；及若干基於轉錄之擴增系統，包括美國專利第5,437,990號、第5,409,818號及第5,399,491號中描述之方法；轉錄擴增系統(TAS) (Kwoh等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173-1177, 1989)；及自主序列複製(3SR) (Guatelli等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 1874-1878, 1990；WO 92/08800)。或者，可使用使探針擴增至可偵測量之方法，諸如Q-複製酶擴增(Kramer及Lizardi, Nature 339:401-402, 1989；Lomeli等人, Clin. Chem. 35: 1826-1831, 1989)。已知擴增方法之綜述例如由Abramson及Myers提供於Current Opinion in Biotechnology 4:41-47 (1993)中。
可自樣品分離mRNA。樣品可為組織樣品。組織樣品可為腫瘤活檢體，諸如淋巴結活檢體。通用的mRNA提取方法為此項技術中所熟知且揭示於分子生物學之標準教科書中，包括Ausubel等人, Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons (1997)。詳言之，可使用來自商業製造商(諸如Qiagen)之純化套組、緩衝液組合及蛋白酶，根據製造商之說明書進行RNA分離。舉例而言，可使用Qiagen RNeasy微型管柱自培養物中之細胞分離總RNA。其他可商購的RNA分離套組包括MASTERPURE®完全DNA及RNA純化套組(EPICENTRE®, Madison, Wis.)及石蠟塊RNA分離套組(Ambion, Inc.)。可使用RNA Stat-60 (Tel-Test)自組織樣品分離總RNA。可例如藉由氯化銫密度梯度離心分離由腫瘤製備之RNA。
在一些實施例中，藉由PCR進行基因表現圖譜分析中之第一步驟係RNA模板反轉錄成cDNA，隨後使其在PCR反應中指數擴增。在其他實施例中，例如如美國專利第5,310,652號、第5,322,770號、第5,561,058號、第5,641,864號及第5,693,517號中所描述，可使用組合反轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)反應。兩種常用之反轉錄酶係禽類骨髓母細胞瘤病毒反轉錄酶(AMV-RT)及莫洛尼鼠類白血病病毒反轉錄酶(MLV-RT)。視表現圖譜分析之環境及目標而定，反轉錄步驟典型地使用特異性引子、隨機六聚體或寡聚-dT引子引發。舉例而言，可使用GENEAMP™ RNA PCR套組(Perkin Elmer, Calif, USA)，遵循製造商之說明書使提取之RNA反轉錄。得到之cDNA隨後可用作後續PCR反應之模板。
在一些實施例中，即時反轉錄-PCR (qRT-PCR)可用於偵測與定量RNA標靶(Bustin等人, 2005,Clin . Sci . , 109:365-379)。基於qRT-PCR之方法的實例可見於例如美國專利第7,101,663號中，其係以全文引用的方式併入本文中。用於即時PCR之儀器(諸如Applied Biosystems 7500)以及試劑(諸如TaqMan Sequence Detection chemistry)係可商購的。
舉例而言，可遵循製造商之說明書使用TaqMan^® 基因表現分析。此等套組為用於快速、可靠地偵測及定量人類、小鼠及大鼠mRNA轉錄物之預調配基因表現分析。可使用如美國專利第5,210,015號、第5,487,972號及第5,804,375號，及Holland等人, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7276-7280中所描述之TaqMan®或5'-核酸酶分析。TAQMAN® PCR典型地利用Taq或Tth聚合酶使結合至其標靶擴增子之雜交探針水解的5'-核酸酶活性，但可使用具有等效5'核酸酶活性之任何酶。兩個寡核苷酸引子用以生成PCR反應特有之擴增子。第三寡核苷酸或探針經設計以偵測位於兩個PCR引子之間的核苷酸序列。探針不可藉由Taq DNA聚合酶延伸，且經報導螢光染料及淬滅螢光染料標記。當兩種染料在探針上緊密靠在一起時，來自報導染料的任何雷射誘導之發射經淬滅染料淬滅。在擴增反應期間，Taq DNA聚合酶使探針以模板依賴性方式裂解。所得探針片段在溶液中解離，且來自釋放之報導染料的信號沒有第二螢光團之淬滅作用。一個報導染料分子經釋放用於各合成之新分子，且偵測未淬滅之報導染料提供定量解釋資料之基礎。
適用於偵測降解產物之任何方法可用於5'核酸酶分析。通常，偵測探針經兩種螢光染料標記，其中之一能夠淬滅另一染料之螢光。該等染料連接至探針，較佳一者連接至5'末端且另一者連接至內部位點，以便當探針處於未雜交狀態時發生淬滅且以便在兩種染料之間發生DNA聚合酶之5'至3'外切核酸酶活性對探針之裂解。
擴增引起染料之間的探針發生裂解，且同時自最初淬滅之染料可觀測到淬滅消除及螢光增加。藉由量測反應螢光之增加而監測降解產物之累積。美國專利第5,491,063號及第5,571,673號(兩者皆以引用的方式併入本文中)描述用於偵測與擴增同時發生的探針之降解的替代方法。5'-核酸酶分析資料最初可表示為Ct，或臨限循環。如上文所論述，記錄每個循環期間之螢光值且其表示在擴增反應中擴增至該點之產物量。螢光信號最先記錄為統計學顯著時之點係臨限循環(Ct)。
為了使誤差及樣品間偏差效應最小化，通常使用內標進行PCR。理想內標在不同組織間以恆定量表現，且不受實驗處理影響。最常用以使基因表現模式標準化之RNA係管家基因甘油醛-3-磷酸脫氫酶(GAPDH)及P-肌動蛋白之mRNA。
基於待擴增之基因中存在的內含子序列設計PCR引子及探針。在此實施例中，引子/探針設計中之第一步驟係界定基因內之內含子序列。此可藉由公開可獲得之軟體(諸如Kent, W., Genome Res. 12(4):656-64 (2002)開發之DNA BLAST軟體或包括其變化形式之BLAST軟體)進行。後續步驟遵循沿用已久的PCR引子及探針設計方法。
為了避免非特異性信號，當設計引子及探針時，遮蔽內含子內之重複序列很重要。此可藉由使用經由Baylor College of Medicine在線可得之Repeat Masker程式容易地實現，該程式針對重複元件文庫篩選DNA序列且返回重複元件經遮蔽之查詢序列。隨後，可使用經遮蔽之內含子序列，使用在商業上或以其他方式公開可得之任何引子/探針設計套件，諸如Primer Express (Applied Biosystems)；MGB邊分析邊設計(Applied Biosystems)；Primer3 (Rozen及Skaletsky (2000) Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. 於Krawetz S, Misener S (編) Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, N.J., 第365-386頁)，設計引子及探針序列。
RNA-Seq，亦稱全轉錄組鳥槍測序(Whole Transcriptome Shotgun Sequencing，WTSS)，係指使用高通量測序技術對cDNA測序以便得到關於樣品RNA含量之資訊。描述RNA-Seq之出版物包括：Wang等人, Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63 (2009年1月)；Ryan等人, BioTechniques 45 (1): 81-94 (2008)；及Maher等人, Nature 458 (7234): 97-101 (2009年1月)；該等出版物全文併入本文中。
差異性基因表現亦可使用微陣列技術鑑別或確認。在此方法中，將所關注聚核苷酸序列(包括cDNA及寡核苷酸)塗鋪或陣列化於微晶片基質上。隨後使陣列化之序列與來自所關注細胞或組織之特定DNA探針雜交。
在微陣列技術之一實施例中，將cDNA純系之經PCR擴增之插入序列以緻密陣列施加至基質。較佳將至少10,000個核苷酸序列施加至基質。以各10,000個元件固定於微晶片上的微陣列化之基因適用於在嚴格條件下雜交。可經由併入螢光核苷酸，藉由反轉錄自所關注組織提取之RNA來生成經螢光標記之cDNA探針。施加至晶片上的經標記之cDNA探針與陣列上之各DNA斑點特異性雜交。在嚴格洗滌以移除未特異性結合之探針之後，藉由共焦雷射顯微術或藉由另一偵測方法(諸如CCD相機)掃描晶片。對各陣列化之元件之雜交的定量允許評估相應mRNA豐度。使用雙色螢光，由兩種RNA來源生成之單獨標記的cDNA探針與陣列逐對雜交。因此同時測定來自兩種來源的對應於各規定基因之轉錄物的相對豐度。微型規模之雜交得到對大量基因之表現模式之便利且快速的評價。該等方法已表明具有偵測每個細胞以幾個複本表現的罕有轉錄物所需之靈敏度，且可再現地偵測表現量的至少約兩倍差異(Schena等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2):106-149 (1996))。微陣列分析可藉由可商購之設備，遵循製造商之方案，諸如藉由使用Affymetrix GENCHIP™技術或Incyte之微陣列技術進行。
基因表現系列分析(SAGE)係允許同時定量分析大量基因轉錄物而無需針對各轉錄物提供個別雜交探針之方法。首先，生成短序列標籤(約10-14 bp)，該標籤含有足以獨特地鑑別轉錄物之資訊，其限制條件為該標籤係自各轉錄物內之獨特位置獲得。隨後，將許多轉錄物連接在一起以形成長連續分子，可對其進行測序，從而同時揭露多個標籤之身分。可藉由測定個別標籤之豐度且鑑別對應於各標籤之基因來定量評估任何轉錄物群體之表現模式。關於更多細節，參見例如Velculescu等人, Science 270:484- 487 (1995)；及Velculescu等人, Cell 88:243-51 (1997)。
MassARRAY (Sequenom, San Diego, Calif.)技術係使用質譜法(MS)偵測進行基因表現分析之自動化高通量方法。根據此方法，在分離RNA、反轉錄及PCR擴增之後，對cDNA進行引子延伸。對cDNA衍生之引子延伸產物進行純化，且將其分配於預裝載有MALTI-TOF MS樣品製備所需之組分的晶片陣列上。藉由分析所得質譜中之峰面積來定量反應中存在之各種cDNA。
亦可藉由基於雜交之分析來量測mRNA量。典型mRNA分析方法可含有以下步驟：1)獲得表面結合之目標探針；2)在足以提供特異性結合之條件下，使mRNA群體與表面結合之探針雜交；(3)雜交後洗滌以移除在雜交中未結合之核酸；及(4)偵測雜交之mRNA。此等步驟各自使用之試劑及其使用條件可視特定應用而變化。
可使用任何適合之分析平台測定樣品中之mRNA量。舉例而言，分析可呈試紙、膜、晶片、盤片、測試條、過濾器、微球體、載片、多孔盤或光纖形式。分析系統可具有上面附著有對應於mRNA之核酸的固體載體。固體載體可具有例如塑膠、矽、金屬、樹脂、玻璃、膜、粒子、沈澱物、凝膠、聚合物、薄片、球體、多醣、毛細管、薄膜、盤或載片。分析組分可製備及封裝在一起作為套組用於偵測mRNA。
必要時，核酸可經標記以製備經標記之mRNA群體。一般而言，樣品可使用此項技術中熟知的方法標記(例如，使用DNA連接酶、末端轉移酶，或藉由標記RNA主鏈等；參見例如，Ausubel等人,Short Protocols in Molecular Biology , 第3版, Wiley & Sons 1995及Sambrook等人,Molecular Cloning : A Laboratory Manual , 第三版, 2001 Cold Spring Harbor, N.Y.)。在一些實施例中，樣品經螢光標記進行標記。例示性螢光染料包括(但不限於)二苯并哌喃染料、螢光素染料、若丹明染料、異硫氰酸螢光素(FITC)、6羧基螢光素(FAM)、6羧基-2',4',7',4,7-六氯螢光素(HEX)、6羧基4',5'二氯2',7'二甲氧基螢光素(JOE或J)、N,N,N',N'四甲基6羧基若丹明(TAMRA或T)、6羧基X若丹明(ROX或R)、5羧基若丹明6G (R6G5或G5)、6羧基若丹明6G (R6G6或G6)及若丹明110；花青染料，例如Cy3、Cy5及Cy7染料；Alexa染料，例如Alexa-fluor-555；香豆素、二乙基胺基香豆素、傘酮；苯甲醯亞胺染料，例如Hoechst 33258；啡啶染料，例如德克薩斯紅(Texas Red)；乙錠染料；吖啶染料；咔唑染料；啡噁嗪染料；卟啉染料；聚甲川染料、BODIPY染料、喹啉染料、芘、螢光素氯三嗪、R110、伊紅(Eosin)、JOE、R6G、四甲基若丹明、麗絲胺(Lissamine)、ROX、萘并螢光素及其類似染料。
雜交可在適合雜交條件下進行，必要時，該等雜交條件之嚴格度可變化。典型條件足以在固體表面上於互補結合成員之間，亦即，在表面結合之目標探針與樣品中之互補mRNA之間產生探針/標靶複合物。在某些實施例中，可採用嚴格雜交條件。
雜交典型地在嚴格雜交條件下進行。標準雜交技術(例如在足以提供樣品中之標靶mRNA特異性結合至探針的條件下)描述於Kallioniemi等人,Science 258:818-821 (1992)及WO 93/18186中。通用技術之若干指南可獲得於例如Tijssen,Hybridization with Nucleic Acid Probes , I及II部分(Elsevier, Amsterdam 1993)。關於適用於原位雜交之技術的描述，參見Gall等人Meth . Enzymol ., 21:470-480 (1981)；及Angerer等人Genetic Engineering : Principles and Methods (Setlow及Hollaender編) 第7卷, 第43-65頁 (Plenum Press, New York 1985)。適當條件(包括溫度、鹽濃度、聚核苷酸濃度、雜交時間、洗滌條件之嚴格度及其類似條件)之選擇將視實驗設計而定，包括樣品來源、捕捉劑之身分、預期互補程度等，且可由一般熟習此項技術者按照常規實驗確定。一般技術者將易於認識到，可利用替代性但相當的雜交及洗滌條件提供嚴格度類似之條件。
在mRNA雜交程序之後，典型地洗滌表面結合之聚核苷酸以移除未結合之核酸。洗滌可使用任何便利洗滌方案進行，其中洗滌條件典型地為嚴格條件，如上文所描述。隨後使用標準技術偵測標靶mRNA與探針之雜交。
如本文所描述或此項技術中另外已知的任何方法可用以測定來自本文所描述之個體之樣品中的基因之mRNA量。舉例而言，在一些實施例中，本文提供治療個體之PTCL之方法，其包括藉由使用qRT-PCR測定來自個體之樣品中的CXCL12基因之mRNA量，及若樣品中之CXCL12基因之mRNA量高於CXCL12基因之參考表現量，則向個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供的用FTI治療個體之表現CXCL12之淋巴瘤的方法、預測患有淋巴瘤之個體對FTI治療之反應性的方法、選擇淋巴瘤病患用於FTI治療之方法、對淋巴瘤病患分層用於FTI治療之方法、及增加淋巴瘤病患群體對FTI治療之反應性的方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的選自由CXCL13及PD-1組成之群的AITL標記之表現量，其中若該樣品中之該另一基因之表現量高於參考表現量，則預測該個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有白血病(例如，AML、T-ALL或CML)之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV (CXCL12 3'非轉譯區(UTR)之位置44873849處的A/G)，則預測患有白血病(例如，AML、T-ALL或CML)之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有白血病(例如，AML、T-ALL或CML)之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有白血病(例如，AML、T-ALL或CML)之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤(例如，CTCL)之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV (CXCL12 3'非轉譯區(UTR)之位置44873849處的A/G)，則預測患有淋巴瘤(例如，CTCL)之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有淋巴瘤(例如，CTCL)之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有淋巴瘤(例如，CTCL)之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV (CXCL12 3'非轉譯區(UTR)之位置44873849處的A/G)，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV (CXCL12 3'非轉譯區(UTR)之位置44873849處的A/G)，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV (CXCL12 3'非轉譯區(UTR)之位置44873849處的A/G)，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品不具有CXCL12之rs2839695 SNV (CXCL12 3'非轉譯區(UTR)之位置44873849處的A/G)，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR之位置44873186處不具有SNV，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在一些實施例中，若樣品在CXCL12之3' UTR中不具有SNV，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有癌症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有癌症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的SIK3之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品在SIK3之N末端編碼序列中具有SNV，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S986Y。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1076R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係P1136R。在特定實施例中，N末端編碼序列中之SNV係S1163G。在一些實施例中，若樣品具有SIK3 SNV，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，SIK3 SNV係N559H。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有癌症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有淋巴瘤之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有PTCL之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有MDS之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有骨髓纖維化之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CENPF之SNV狀態。在一些實施例中，若樣品具有R2729Q基因變異體，則預測患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體有可能對FTI治療起反應或向該個體投與治療有效量之FTI。
藉由分析核酸來測定SNV及/或突變狀態之方法為此項技術中所熟知。在一些實施例中，該等方法包括測序、聚合酶鏈反應(PCR)、DNA微陣列、質譜法(MS)、單核苷酸多態性(SNP)分析、變性高效液相層析(DHPLC)或限制性片段長度多態性(RFLP)分析。在一些實施例中，SNV及/或突變狀態係使用標準測序方法，包括例如桑格測序(Sanger sequencing)、下一代測序(NGS)測定。在一些實施例中，SNV及/或突變狀態係使用MS測定。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在一些實施例中，癌症係血液癌。在某些實施例中，癌症係淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在某些實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係AML。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係PTCL-NOS。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的CXCL12蛋白之表現量，及若該樣品中之該CXCL12蛋白表現量高於CXCL12蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的KIR3DL2蛋白之表現量，及若該樣品中之該KIR3DL2蛋白表現量低於KIR3DL2蛋白之參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。在某些實施例中，KIR3DL2蛋白表現係藉由IHC測定。在某些實施例中，KIR3DL2蛋白表現係藉由FACS測定。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有癌症之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在特定實施例中，癌症係鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係EBV相關之鼻咽癌。在特定實施例中，癌症係食道癌。在特定實施例中，癌症係卵巢癌。在特定實施例中，癌症係乳癌。在某些實施例中，癌症係胰臟癌。在特定實施例中，癌症係白血病。在特定實施例中，白血病係T-ALL。在特定實施例中，白血病係CML。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有淋巴瘤之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在特定實施例中，淋巴瘤係EBV相關之淋巴瘤。在特定實施例中，淋巴瘤係AITL。在特定實施例中，淋巴瘤係CTCL。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有MDS之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有骨髓纖維化之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症之個體之樣品中的基因之蛋白質量。在一些實施例中，基因之蛋白質量可藉由免疫組織化學(IHC)分析、免疫墨點(IB)分析、免疫螢光(IF)分析、流式細胞量測術(FACS)或酶聯免疫吸附分析(ELISA)測定。IHC分析可為H&E染色。
測定樣品中的基因之蛋白質量之方法為此項技術中所熟知。舉例而言，在一些實施例中，蛋白質量可藉由免疫組織化學(IHC)分析、免疫墨點(IB)分析、免疫螢光(IF)分析、流式細胞量測術(FACS)或酶聯免疫吸附分析(ELISA)測定。在一些實施例中，蛋白質量可藉由蘇木精(Hematoxylin)及伊紅染色(「H&E染色」)測定。
基因之蛋白質量可藉由多種(IHC)方法或其他免疫分析方法偵測。組織切片之IHC染色已表明為評估或偵測樣品中蛋白質之存在的可靠方法。免疫組織化學技術通常係藉由發色或螢光方法利用抗體以原位探測及觀察細胞抗原。因此，使用對各基因具有特異性之抗體或抗血清(包括例如多株抗血清或單株抗體)偵測表現。如下文更詳細地論述，抗體可藉由用例如放射性標記、螢光標記、半抗原標記(諸如生物素)或酶(諸如辣根過氧化酶或鹼性磷酸酶)直接標記抗體本身來偵測。或者，未標記之初級抗體與對該初級抗體具有特異性的經標記之二級抗體(包含抗血清、多株抗血清或單株抗體)結合使用。免疫組織化學方案及套組為此項技術中所熟知且可商購。用於載片製備及IHC處理之自動化系統係可商購的。Ventana® BenchMark XT系統係該種自動化系統之一實例。
標準免疫學及免疫分析程序可見於Basic and Clinical Immunology (Stites及Terr編, 第7版, 1991)。此外，免疫分析可以若干組態中之任一者進行，該等組態廣泛綜述於Enzyme Immunoassay (Maggio編, 1980)；及Harlow及Lane, 同前文獻。關於通用免疫分析之綜述，亦參見Methods in Cell Biology: Antibodies in Cell Biology , 第37卷 (Asai編 1993)；Basic and Clinical Immunology (Stites及Ten編, 第7版 1991)。
偵測基因之蛋白質量的常用分析包括非競爭性分析，例如夾心分析，及競爭性分析。典型地，可使用諸如ELISA分析之分析。ELISA分析為此項技術中所已知例如用於分析多種多樣的組織及樣品，包括血液、血漿、血清、腫瘤活檢體、淋巴結或骨髓。
使用該種分析形式之多種免疫分析技術係可獲得的，參見例如，美國專利第4,016,043號、第4,424,279號及第4,018,653號，其係以全文引用的方式併入本文中。此等分析包括非競爭型單點及兩點或「夾心」分析，以及傳統競爭性結合分析。此等分析亦包括標記抗體與靶基因之直接結合。夾心分析係常用之分析。夾心分析技術存在多種變化形式。舉例而言，在典型正向分析中，將未經標記之抗體固定於固體基質上，且使待測試之樣品與經結合分子接觸。在培育適合時間段，即足以允許形成抗體-抗原複合物之時間段之後，隨後添加用能夠產生可偵測信號之報導分子標記的對抗原具有特異性之第二抗體且培育，給予足夠的時間以形成抗體-抗原-經標記抗體之另一複合物。洗掉任何未反應之物質，且藉由觀測由報導分子產生之信號來確定抗原之存在。結果可藉由簡單地觀測可見信號進行定性，或可藉由與含有已知量基因之對照樣品相比較進行定量。
正向分析之變化形式包括同時分析，其中將樣品與經標記抗體同時添加至經結合抗體中。此等技術係熟習此項技術者熟知的，包括顯而易見之任何微小變化。在典型正向夾心分析中，使對基因具有特異性之第一抗體共價或被動地結合至固體表面。固體表面可為玻璃或聚合物，最常用之聚合物係纖維素、聚丙烯醯胺、耐綸、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。固體載體可呈管、珠粒、微量培養盤之盤片或適用於進行免疫分析之任何其他表面形式。結合程序為此項技術中所熟知且一般由交聯、共價結合或物理吸附組成，洗滌聚合物-抗體複合物以製備測試樣品。隨後將等分試樣之待測試樣品添加至固相複合物，且在適合條件(例如，室溫至40℃，諸如25℃與32℃之間包括25℃和32℃)下培育充足時間段(例如2-40分鐘或更便利時隔夜)以使抗體中存在之任何次單位結合。在培育期之後，洗滌抗體次單位固相並乾燥，且與對基因之一部分具有特異性之第二抗體一起培育。第二抗體連接至報導分子，該報導分子用以指示第二抗體與分子標記之結合。
在一些實施例中，流式細胞量測術(FACS)可用以偵測表現於細胞表面上之基因的蛋白質量。為表面蛋白質之基因(諸如CXCR3)可使用針對此等基因之抗體偵測。流式細胞儀偵測且報導螢光染料標記之抗體的強度，其指示基因之表現量。亦可藉由對透化細胞染色來觀測非螢光細胞質蛋白質。染色劑可為能夠結合至某些分子之螢光化合物，或結合所選分子的經螢光染料標記之抗體。
替代方法涉及固定樣品中之靶基因且隨後使固定之標靶曝露於可用或可不用報導分子標記之特異性抗體。視標靶之量及報導分子信號之強度而定，經結合標靶可藉由用抗體直接標記進行偵測。或者，使對第一抗體具有特異性之第二標記抗體曝露於標靶-第一抗體複合物以形成標靶-第一抗體-第二抗體三元複合物。藉由經標記報導分子發射之信號偵測複合物。
在酶免疫分析之情況下，一般藉助於戊二醛或高碘酸鹽使酶與第二抗體結合。然而，應容易認識到，存在熟習此項技術者容易使用的多種不同結合技術。常用酶包括辣根過氧化酶、葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶及鹼性磷酸酶，且其他如本文所論述。所選欲用於特定酶之受質一般在經相應酶水解後產生可偵測之顏色變化。適合酶之實例包括鹼性磷酸酶及過氧化酶。亦有可能使用產生螢光產物之螢光受質，而非上文提及之發色受質。在所有情況下，將酶標記之抗體添加至第一抗體-分子標記複合物中，使其結合，且隨後洗掉過量試劑。隨後將含有適當受質之溶液添加至抗體-抗原-抗體複合物中。受質將與連接至第二抗體之酶反應，得到定性之目測信號，該信號通常可進一步以分光光度法定量，得到樣品中存在之基因之量的指示。或者，可使螢光化合物(諸如螢光素及若丹明)與抗體化學偶合，而不改變其結合能力。當在特定波長之光照射下活化時，螢光染料標記之抗體吸附光能，誘導分子之可激發性狀態，隨後發射可用光學顯微鏡目測偵測之特徵性顏色的光。如同EIA，使螢光標記之抗體結合至第一抗體-分子標記複合物。在洗掉未結合之試劑之後，隨後使殘留三元複合物曝露於適當波長之光，所觀測之螢光指示所關注分子標記之存在。免疫螢光及EIA技術均在此項技術中沿用已久且論述於本文中。
如本文所描述或此項技術中另外已知的任何方法可用以測定來自本文所描述之個體之樣品中的基因之蛋白質量。舉例而言，在一些實施例中，本文提供治療個體之PTCL之方法，其包括藉由使用IF分析測定來自個體之樣品中的CXCL12基因之蛋白質量，及若樣品中之CXCL12基因之蛋白質量高於CXCL12基因之參考表現量，則向個體投與治療有效量之FTI。
在一些實施例中，本文所提供之方法包括測定來自患有PTCL之個體之樣品中的表現KIR3DL2之細胞之比例，及若該樣品中的表現KIR3DL2之細胞之比例低於參考量，則向該個體投與治療有效量之FTI。
分析來自個體之樣品之細胞構成的方法為此項技術中所熟知，包括諸如免疫組織化學(IHC)分析、免疫螢光(IF)分析及流式細胞量測術(FACS)。
在一些實施例中，細胞構成係藉由IHC分析測定。本文描述多種IHC分析。舉例而言，在一些實施例中，可用與所關注蛋白質結合之抗體對脫蠟組織切片進行IHC染色，在過氧化酶及蛋白質阻斷之後，在4℃下培育隔夜。於含有1 mM乙二胺四乙酸之10 mM Tris/HCl PH9中的微波抗原決定基修復可用於抗體，且可平行於各組所研究腫瘤對適當陰性對照(無初級抗體)及陽性對照(扁桃體或乳房腫瘤切片)染色。參見例如，Iqbal等人,Blood 123(19): 2915-23 (2014)。
在一些實施例中，細胞構成係藉由流式細胞量測術(FACS)測定。使用FACS對特定T細胞亞群進行鑑別及計數之各種方法為此項技術中所熟知且可商購。細胞表面標記可用以鑑別特定細胞群體。藉由一起使用數種各自與不同螢光染料偶合之抗體評價獨特細胞表面標記庫，可對既定細胞群體進行鑑別及定量。可用技術包括BD Biosciences之多色流式細胞量測術技術、Abcam之流式細胞量測術免疫表型分型技術等。各種閘控及資料分析策略可用以區分細胞群體。
在一些實施例中，本文提供包括使用流式細胞量測術分析來自個體之血液樣品之細胞構成的方法。
如本文所描述或此項技術中另外已知的用於分析表現量(例如，蛋白質量或mRNA量)之任何方法，諸如IHC分析、IB分析、IF分析、FACS、ELISA、蛋白質微陣列分析、qPCR、qRT-PCR、RNA-seq、RNA微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、下一代測序或FISH，可用以測定樣品中的另一基因之量。
B. 醫藥組合物
在一些實施例中，本文提供一種用FTI或具有FTI之醫藥組合物治療個體之方法。本文所提供之醫藥組合物含有治療有效量之FTI及醫藥學上可接受之載劑、稀釋劑或賦形劑。在一些實施例中，FTI係替吡法尼；阿格拉賓(arglabin)；紫蘇醇(perrilyl alcohol)；SCH-66336；L778123；L739749；FTI-277；L744832；R208176；BMS 214662；AZD3409；或CP-609,754。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
FTI可調配成適合醫藥製劑(諸如溶液、懸浮液、錠劑、可分散錠劑、丸劑、膠囊、散劑、持續釋放調配物或酏劑)以供經口投與或調配成無菌溶液或懸浮液以供經眼或非經腸投與，以及調配成經皮貼片製劑及乾粉吸入劑。典型地，FTI係使用此項技術中熟知的技術及程序調配成醫藥組合物(參見例如，Ansel Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms, 第七版 1999)。
在組合物中，將有效濃度之FTI及醫藥學上可接受之鹽與適合醫藥載劑或媒劑混合。在某些實施例中，組合物中FTI之濃度有效遞送在投藥後治療、預防或改善癌症(包括血液癌症及實體腫瘤)之一或多種症狀及/或其進展的量。
組合物可經調配用於單次劑量投藥。為調配組合物，將一定重量分率之FTI以使所治療病狀緩解或改善之有效濃度溶解、懸浮、分散或以其他方式混合於所選媒劑中。適用於投與本文所提供之FTI之醫藥載劑或媒劑包括熟習此項技術者已知的任何適用於特定投藥模式之該等載劑。
此外，FTI可經調配作為組合物中之唯一醫藥活性成分或可與其他活性成分組合。脂質體懸浮液(包括靶向組織之脂質體，諸如靶向腫瘤之脂質體)亦可適用作醫藥學上可接受之載劑。此等載劑可根據熟習此項技術者已知之方法來製備。舉例而言，脂質體調配物可如此項技術中已知來製備。簡言之，諸如多層囊泡(MLV)之脂質體可藉由在燒瓶內部乾燥卵磷脂醯膽鹼及腦磷脂醯絲胺酸(7:3，莫耳比)形成。添加本文所提供之FTI於不含二價陽離子之磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBS)中的溶液且振盪燒瓶直至脂質膜分散。洗滌所得囊泡以移除未囊封化合物，藉由離心造粒，且隨後再懸浮於PBS中。
FTI係以足以發揮治療有用作用且對所治療病患無不希望之副作用之量包括於醫藥學上可接受之載劑中。治療有效濃度可憑經驗如下確定：在本文所描述之活體外及活體內系統中測試化合物且隨後由其外推用於人類之劑量。
醫藥組合物中FTI之濃度將視以下因素而定：FTI之吸收、組織分佈、失活及排泄速率；FTI之物理化學特徵；給藥時程；及投與量；以及熟習此項技術者已知之其他因素。舉例而言，遞送之量足以改善癌症(包括造血癌症及實體腫瘤)之一或多種症狀。
在某些實施例中，治療有效劑量應產生約0.1 ng/ml至約50-100 μg/ml之活性成分之血清濃度。在一個實施例中，醫藥組合物提供每天每公斤體重約0.001 mg至約2000 mg化合物之劑量。製備醫藥單位劑型以提供每單位劑型約1 mg至約1000 mg且在某些實施例中約10至約500 mg之必需活性成分或必需成分之組合。
FTI可一次性投與，或可分成多個較小劑量以一定時間間隔投與。應理解，治療之精確劑量及持續時間隨所治療疾病而變，且可使用已知測試方案或藉由自活體內或活體外測試資料外推而憑經驗確定。應注意，濃度及劑量值亦可隨待緩解之病狀的嚴重程度變化。應進一步理解，對於任何特定個體，特定給藥方案應根據個體需要及投與組合物或監督組合物投與之人員的專業判斷而隨時間加以調整，且本文所闡述之濃度範圍僅為例示性的，而不意欲限制所主張之組合物的範疇或實施。
因此，將有效濃度或量的本文所描述之一或多種化合物或其醫藥學上可接受之鹽與適用於全身、表面或局部投與之醫藥載劑或媒劑混合以形成醫藥組合物。包括有效改善一或多種症狀或治療、延緩進展或預防之量的化合物。組合物中活性化合物之濃度將視以下因素而定：活性化合物之吸收、組織分佈、失活、排泄速率；給藥時程；投與量；特定配方；以及熟習此項技術者已知之其他因素。
組合物意欲藉由適合途徑，包括(但不限於)經口、非經腸、經直腸、表面及局部投與。對於經口投與，可調配膠囊及錠劑。組合物呈液體、半液體或固體形式且以適用於各投藥途徑之方式調配。
用於非經腸、皮內、皮下或表面施用之溶液或懸浮液可包括以下組分中之任一者：無菌稀釋劑，諸如注射用水、生理食鹽水溶液、不揮發性油、聚乙二醇、甘油、丙二醇、二甲基乙醯胺或其他合成溶劑；抗微生物劑，諸如苯甲醇及對羥基苯甲酸甲酯；抗氧化劑，諸如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉；螯合劑，諸如乙二胺四乙酸(EDTA)；緩衝劑，諸如乙酸鹽、檸檬酸鹽或磷酸鹽；及張力調節劑，諸如氯化鈉或右旋糖。非經腸製劑可封閉於安瓿、筆、一次性注射器或由玻璃、塑膠或其他適合材料製成之單次或多次劑量小瓶中。
在FTI展現不足溶解度之情況下，可使用使化合物增溶之方法。該等方法為熟悉此項技術者所已知，且包括(但不限於)使用共溶劑，諸如二甲亞碸(DMSO)；使用界面活性劑，諸如TWEEN®；或溶解於碳酸氫鈉水溶液中。
在混合或添加化合物之後，所得混合物可為溶液、懸浮液、乳液或其類似物。所得混合物之形式視多種因素而定，包括預期投藥模式及化合物於所選載劑或媒劑中之溶解度。有效濃度足以改善所治療之疾病、病症或病狀之症狀且可憑經驗確定。
醫藥組合物係提供用於以含有適量化合物或其醫藥學上可接受之鹽之單位劑型，諸如錠劑、膠囊、丸劑、散劑、顆粒劑、無菌非經腸溶液或懸浮液，及經口溶液或懸浮液，及油水乳液向人類及動物投與。醫藥學治療活性化合物及其鹽係以單位劑型或多個劑型調配及投與。如本文所用，單位劑型係指適用於人類及動物個體且如此項技術中已知獨立封裝的物理離散單元。各單位劑量含有足以產生所需治療作用之預定量的治療學上之活性化合物，以及所需醫藥載劑、媒劑或稀釋劑。單位劑型之實例包括安瓿及注射器及獨立封裝之錠劑或膠囊。單位劑型可以其分數份或倍數份投與。多個劑型係待以分離之單位劑型投與的封裝於單一容器內之複數個相同單位劑型。多個劑型之實例包括小瓶、錠劑或膠囊之瓶子或品脫或加侖之瓶子。因此，多個劑型係在封裝中未分離之多個單位劑量。
亦可製備持續釋放製劑。持續釋放製劑之適合實例包括含有本文所提供化合物之固體疏水性聚合物之半滲透基質，該等基質呈成形物品形式，例如薄膜或微膠囊。持續釋放基質之實例包括離子導入貼片、聚酯、水凝膠(例如聚(甲基丙烯酸2-羥乙酯)或聚(乙烯醇))、聚乳酸交酯、L-麩胺酸與L-麩胺酸乙酯之共聚物、不可降解乙烯-乙酸乙烯酯、諸如LUPRON DEPOT^TM (由乳酸-乙醇酸共聚物及亮丙立德乙酸鹽構成之可注射微球體)之可降解乳酸-乙醇酸共聚物及聚-D-(-)-3-羥基丁酸。雖然諸如乙烯-乙酸乙烯酯及乳酸-乙醇酸之聚合物允許持續超過100天釋放分子，但某些水凝膠持續較短時間段釋放蛋白質。當囊封化合物長時間留存於體內時，其可因在37℃下曝露於水分而變性或聚集，引起生物活性損失且其結構可能變化。可視相關作用機制而設計合理穩定化策略。舉例而言，若發現聚集機制係經由硫基-二硫化物互換而形成分子間S--S鍵，則穩定化可藉由修飾巰基殘基、自酸性溶液凍乾、控制水分含量、使用適當添加劑及開發特定聚合基質組合物來達成。
可製備含有在0.005%至100%範圍內之活性成分且其餘部分由無毒載劑構成的劑型或組合物。對於經口投與，藉由併入任何常用賦形劑(諸如醫藥級甘露糖醇、乳糖、澱粉、硬脂酸鎂、滑石、纖維素衍生物、交聯羧甲基纖維素鈉、葡萄糖、蔗糖、碳酸鎂或糖精鈉)來形成醫藥學上可接受之無毒組合物。該等組合物包括溶液、懸浮液、錠劑、膠囊、散劑及持續釋放調配物，諸如(但不限於)植入物及微囊封送系統，及生物可降解、生物相容性聚合物，諸如膠原蛋白、乙烯乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、聚原酸酯、聚乳酸等。熟習此項技術者已知製備此等組合物之方法。所涵蓋之組合物可含有約0.001%-100%、在某些實施例中約0.1-85%或約75-95%活性成分。
FTI或醫藥學上可接受之鹽可用保護化合物免於自體內快速消除之載劑，諸如延時釋放調配物或包衣劑來製備。
組合物可包括其他活性化合物以獲得所需之特性組合。本文所提供之化合物，或如本文所描述之其醫藥學上可接受之鹽亦可與一般技術中已知在治療上文提及的一或多種疾病或醫學病狀(諸如涉及氧化應激之疾病)方面有價值之另一藥理學藥劑一起投與。
本文所提供之無乳糖組合物可含有此項技術中熟知且例如U.S. Pharmocopia (USP) SP (XXI)/NF (XVI)中列舉之賦形劑。一般而言，無乳糖組合物含有醫藥學上相容且醫藥學上可接受之量的活性成份、黏合劑/填充劑及潤滑劑。例示性無乳糖劑型含有活性成分、微晶纖維素、預膠凝澱粉及硬脂酸鎂。
進一步涵蓋含有本文提供之化合物之無水醫藥組合物及劑型。舉例而言，添加水(例如，5%)在醫藥技術中被廣泛接受為模擬長期儲存以便測定調配物隨時間變化之諸如存放期或穩定性之特徵的方式。參見例如，Jens T. Carstensen, Drug Stability: Principles & Practice, 第2版, Marcel Dekker, NY, NY, 1995, 第379-80頁。實際上，水及熱加速一些化合物分解。因此，水對調配物之影響可非常顯著，此係因為在製造、加工、封裝、儲存、裝運及使用調配物期間常碰到水分及/或濕氣。
本文所提供之無水醫藥組合物及劑型可使用無水或含有較低水分之成分及較低水分或較低濕度之條件製備。若預期在製造、封裝及/或儲存期間與水分及/或濕氣實質性接觸，則包含乳糖及至少一種包含一級胺或二級胺之活性成分的醫藥組合物及劑型為無水的。
無水醫藥組合物應以維持其無水性質之方式製備且儲存。因此，使用已知可防止曝露於水之材料封裝無水組合物以使得其可包括於適合處方集套組中。適合封裝之實例包括(但不限於)氣密密封箔、塑膠、單位劑量容器(例如，小瓶)、泡殼包裝及帶材包裝。
口服醫藥劑型係固體、凝膠或液體。固體劑型係錠劑、膠囊、顆粒劑及塊狀散劑。口服錠劑之類型包括經壓縮、可咀嚼之口含錠及可包覆腸溶包衣之錠劑、糖衣錠劑或膜衣錠劑。膠囊可為硬明膠膠囊或軟明膠膠囊，而顆粒劑及散劑可與熟習此項技術者已知之其他成分之組合一起以非起泡或起泡形式提供。
在某些實施例中，調配物係固體劑型，諸如膠囊或錠劑。錠劑、丸劑、膠囊、糖衣錠及其類似物可含有以下成分中之任一者或具有類似性質之化合物：黏合劑；稀釋劑；崩解劑；潤滑劑；滑動劑；甜味劑；及調味劑。
黏合劑之實例包括微晶纖維素、黃蓍膠、葡萄糖溶液、阿拉伯膠漿、明膠溶液、蔗糖及澱粉糊。潤滑劑包括滑石、澱粉、硬脂酸鎂或硬脂酸鈣、石松及硬脂酸。稀釋劑包括例如乳糖、蔗糖、澱粉、高嶺土、鹽、甘露糖醇及磷酸二鈣。滑動劑包括(但不限於)膠態二氧化矽。崩解劑包括交聯羧甲基纖維素鈉、羥基乙酸澱粉鈉、褐藻酸、玉米澱粉、馬鈴薯澱粉、膨潤土、甲基纖維素、瓊脂及羧甲基纖維素。著色劑包括例如核准合格之水溶性FD及C染料中之任一者、其混合物；及懸浮於氧化鋁水合物之不可溶於水之FD及C染料。甜味劑包括蔗糖、乳糖、甘露糖醇及人工甜味劑(諸如糖精)及任何數目之噴霧乾燥調味劑。調味劑包括提取自植物(諸如水果)之天然調味劑，及產生令人愉快感覺之化合物的合成摻合物，諸如(但不限於)胡椒薄荷及水楊酸甲酯。潤濕劑包括丙二醇單硬脂酸酯、脫水山梨糖醇單油酸酯、二乙二醇單月桂酸酯及聚氧乙烯月桂醚。催吐包衣(emetic-coating)包括脂肪酸、脂肪、蠟、蟲膠、氨化蟲膠及鄰苯二甲酸乙酸纖維素。膜包衣包括羥乙基纖維素、羧甲基纖維素鈉、聚乙二醇4000及鄰苯二甲酸乙酸纖維素。
當單位劑型係膠囊時，除以上類型之材料之外，其亦可含有液體載劑，諸如脂肪油。另外，單位劑型可含有改變劑量單位之物理形式之各種其他材料，例如糖衣及其他腸溶劑。化合物亦可作為酏劑、懸浮液、糖漿、粉片、撒佈物、口嚼錠或其類似物之組分投與。除活性化合物之外，糖漿亦可含有蔗糖作為甜味劑，及某些防腐劑、染料及著色劑及調味劑。
錠劑中所包括的醫藥學上可接受之載劑係黏合劑、潤滑劑、稀釋劑、崩解劑、著色劑、調味劑及潤濕劑。包覆腸溶包衣之錠劑由於存在腸溶包衣而抵抗胃酸之作用且在呈中性或鹼性之腸中溶解或崩解。糖衣錠劑係塗覆有不同層醫藥學上可接受之物質的壓縮錠劑。膜衣錠劑係包覆聚合物或其他適合包衣之壓縮錠劑。多重壓縮錠劑係利用先前提及的醫藥學上可接受之物質，藉由超過一個壓縮循環製備的壓縮錠劑。上述劑型中亦可使用著色劑。調味劑及甜味劑用於壓縮錠劑、糖衣錠劑、多重壓縮錠劑及咀嚼錠中。調味劑及甜味劑尤其適用於形成咀嚼錠及口含錠。
液體口服劑型包括由不發泡顆粒復原之水溶液、乳液、懸浮液、溶液及/或懸浮液，及由發泡顆粒復原之發泡製劑。水溶液包括例如酏劑及糖漿。乳液係水包油或油包水乳液。
酏劑係澄清、加糖之水醇性製劑。酏劑中使用的醫藥學上可接受之載劑包括溶劑。糖漿係糖(例如蔗糖)之濃縮水溶液且可含有防腐劑。乳液係兩相系統，其中一種液體以小液珠形式分散於整個另一液體中。乳液中使用的醫藥學上可接受之載劑係非水性液體、乳化劑及防腐劑。懸浮液使用醫藥學上可接受之懸浮劑及防腐劑。欲復原成液體口服劑型之非發泡顆粒中使用的醫藥學上可接受之物質包括稀釋劑、甜味劑及潤濕劑。欲復原成液體口服劑型之發泡顆粒中使用的醫藥學上可接受之物質包括有機酸及二氧化碳源。著色劑及調味劑係用於所有以上劑型中。
溶劑包括甘油、山梨糖醇、乙醇及糖漿。防腐劑之實例包括甘油、對羥基苯甲酸甲酯及對羥基苯甲酸丙酯、苯甲酸、苯甲酸鈉及酒精。乳液中利用的非水性液體之實例包括礦物油及棉籽油。乳化劑之實例包括明膠、阿拉伯膠、黃蓍、膨潤土及界面活性劑，諸如聚氧乙烯脫水山梨糖醇單油酸酯。懸浮劑包括羧甲基纖維素鈉、果膠、黃蓍、維格姆(Veegum)及阿拉伯膠。稀釋劑包括乳糖及蔗糖。甜味劑包括蔗糖、糖漿、甘油，及人造甜味劑，諸如糖精。潤濕劑包括丙二醇單硬脂酸酯、脫水山梨糖醇單油酸酯、二乙二醇單月桂酸酯及聚氧乙烯月桂醚。有機酸包括檸檬酸及酒石酸。二氧化碳源包括碳酸氫鈉及碳酸鈉。著色劑包括核准合格之水溶性FD及C染料中之任一者，及其混合物。調味劑包括提取自植物(諸如水果)之天然調味劑，及產生令人愉快之味覺之化合物的合成摻合物。
對於固體劑型，溶液或懸浮液(例如於碳酸伸丙酯、植物油或三酸甘油酯中之溶液或懸浮液)囊封於明膠膠囊中。該等溶液及其製備及囊封揭示於美國專利第4,328,245號；第4,409,239號；及第4,410,545號中。對於液體劑型，溶液(例如，於聚乙二醇中之溶液)可用充足量的醫藥學上可接受之液體載劑(例如，水)稀釋以容易量測用於投藥。
或者，可藉由將活性化合物或鹽溶解或分散於植物油、二醇、三酸甘油酯、丙二醇酯(例如，碳酸伸丙酯)及其他該等載劑中且將此等溶液或懸浮液囊封於硬或軟明膠膠囊殼中來製備液體或半固體口服調配物。其他有用調配物包括(但不限於)含有以下者：本文所提供之化合物，二烷基化單伸烷基二醇或聚伸烷基二醇，包括(但不限於) 1,2-二甲氧甲烷、二乙二醇二甲醚、三乙二醇二甲醚、四乙二醇二甲醚、聚乙二醇-350-二甲醚、聚乙二醇-550-二甲醚、聚乙二醇-750-二甲醚(其中350、550及750係指聚乙二醇之近似平均分子量)，及一或多種抗氧化劑，諸如丁基化羥基甲苯(BHT)、丁基化羥基苯甲醚(BHA)、沒食子酸丙酯、維生素E、氫醌、羥基香豆素、乙醇胺、卵磷脂、腦磷脂、抗壞血酸、蘋果酸、山梨糖醇、磷酸、硫二丙酸及其酯，及二硫代胺基甲酸酯。
其他調配物包括(但不限於)醇水溶液，包括醫藥學上可接受之縮醛。此等調配物中使用之醇係具有一或多個羥基的任何醫藥學上可接受之水可混溶性溶劑，包括(但不限於)丙二醇及乙醇。縮醛包括(但不限於)低碳數烷基醛之二(低碳數烷基)縮醛，諸如乙醛二乙醇縮乙醛。
在所有實施例中，錠劑及膠囊調配物可如熟習此項技術者所知進行包覆，以便修改或維持活性成分之溶解。因此，舉例而言，其可用習知腸溶可消化包衣(諸如水楊酸苯酯、蠟及鄰苯二甲酸乙酸纖維素)包覆。
本文亦提供非經腸投藥，一般以皮下、肌肉內或靜脈內注射為特徵。可注射劑可以習知形式以液體溶液或懸浮液形式、以適合於在注射之前在液體中形成溶液或懸浮液的固體形式或以乳液形式製備。適合之賦形劑係例如水、生理食鹽水、右旋糖、甘油或乙醇。另外，必要時，欲投與之醫藥組合物亦可含有少量無毒輔助物質，諸如潤濕劑或乳化劑、pH緩衝劑、穩定劑、溶解增強劑及其他此類試劑，諸如乙酸鈉、脫水山梨糖醇單月桂酸酯、三乙醇胺油酸酯及環糊精。本文亦涵蓋植入緩慢釋放或持續釋放系統，以便維持恆定劑量量。簡言之，將本文所提供之化合物分散於固體內部基質(例如聚甲基丙烯酸甲酯、聚甲基丙烯酸丁酯、塑化或非塑化聚氯乙烯、塑化耐綸、塑化聚對苯二甲酸伸乙酯、天然橡膠、聚異戊二烯、聚異丁烯、聚丁二烯、聚乙烯、乙烯-乙酸乙烯酯共聚物、聚矽氧橡膠、聚二甲基矽氧烷、聚矽氧碳酸酯共聚物、親水性聚合物(諸如丙烯酸及甲基丙烯酸之酯之水凝膠)、膠原蛋白、交聯聚乙烯醇及部分水解之交聯聚乙酸乙烯酯)中，該固體內部基質由外部聚合膜(例如聚乙烯、聚丙烯、乙烯/丙烯共聚物、乙烯/丙烯酸乙酯共聚物、乙烯/乙酸乙烯酯共聚物、聚矽氧橡膠、聚二甲基矽氧烷、氯丁橡膠、氯化聚乙烯、聚氯乙烯、氯乙烯與乙酸乙烯酯、偏二氯乙烯、乙烯及丙烯之共聚物、離聚物聚對苯二甲酸伸乙酯、丁基橡膠表氯醇橡膠、乙烯/乙烯醇共聚物、乙烯/乙酸乙烯酯/乙烯醇三元共聚物及乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物)包圍，該外部聚合膜不溶於體液中。在釋放速率控制步驟中，化合物擴散穿過外部聚合膜。該等非經腸組合物中所含之活性化合物的百分比高度視其特定性質以及化合物之活性及個體需求而定。
組合物之非經腸投與包括靜脈內、皮下及肌肉內投與。用於非經腸投藥之製劑包括可立即用於注射之無菌溶液、在臨用之前可立即與溶劑組合的無菌無水可溶產品(諸如凍乾粉末) (包括皮下錠劑)、可立即用於注射之無菌懸浮液、在臨用之前可立即與媒劑組合的無菌無水不可溶產品、以及無菌乳液。溶液可為水溶液或非水溶液。
若靜脈內投與，則適合載劑包括生理食鹽水或磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBS)，及含有增稠劑及增溶劑(諸如葡萄糖、聚乙二醇及聚丙二醇及其混合物)之溶液。
用於非經腸製劑之醫藥學上可接受之載劑包括水性媒劑、非水性媒劑、抗微生物劑、等張劑、緩衝劑、抗氧化劑、局部麻醉劑、懸浮劑及分散劑、乳化劑、鉗合劑或螯合劑及其他醫藥學上可接受之物質。
水性媒劑之實例包括氯化鈉注射液、林格氏注射液(Ringers Injection)、等張右旋糖注射液、無菌水注射液、右旋糖及乳酸林格氏注射液。非水性的非經腸媒劑包括植物來源之不揮發性油、棉籽油、玉米油、芝麻油及花生油。必須將抑制細菌或抑制真菌濃度之抗微生物劑添加至封裝於多劑量容器中之非經腸製劑中，該等抗微生物劑包括苯酚或甲酚、汞劑、苯甲醇、氯丁醇、對羥基苯甲酸甲酯及對羥基苯甲酸丙酯、硫柳汞(thimerosal)、氯苄烷銨(benzalkonium chloride)及苄索氯銨(benzethonium chloride)。等張劑包括氯化鈉及右旋糖。緩衝劑包括磷酸鹽及檸檬酸鹽。抗氧化劑包括硫酸氫鈉。局部麻醉劑包括鹽酸普魯卡因(procaine hydrochloride)。懸浮劑及分散劑包括羧甲基纖維素鈉、羥丙基甲基纖維素及聚乙烯吡咯啶酮。乳化劑包括聚山梨醇酯80 (TWEEN® 80)。金屬離子之鉗合劑或螯合劑包括EDTA。醫藥載劑亦包括乙醇、聚乙二醇及丙二醇作為與水互溶之媒劑，及氫氧化鈉、鹽酸、檸檬酸或乳酸用於調節pH值。
FTI之濃度經調整以使得注射提供有效產生所需藥理學作用之量。如此項技術中已知，準確劑量視病患或動物之年齡、體重及病狀而定。單位劑量非經腸製劑係封裝在安瓿、小瓶或帶針注射器中。如此項技術中已知且實踐，所有用於非經腸投藥之製劑均必須無菌。
例示性地，靜脈內或動脈內輸注含有FTI之無菌水溶液係一種有效投藥模式。另一實施例係含有視需要注射以產生所要藥理學作用之活性材料的無菌水性或油性溶液或懸浮液。
可注射劑經設計用於局部及全身投藥。典型地，治療有效劑量經調配以含有至少約0.1% w/w達至約90% w/w或更多(諸如多於1% w/w)活性化合物之濃度至所治療組織。活性成分可一次性投與，或可分成多個較小劑量以一定時間間隔投與。應理解，治療之精確劑量及持續時間隨所治療組織而變，且可使用已知測試方案或藉由自活體內或活體外測試資料外推而憑經驗確定。應注意，濃度及劑量值亦可隨所治療個體之年齡而變化。應進一步理解，對於任何特定個體，特定給藥方案應根據個體需要及投與調配物或監督調配物投與之人員的專業判斷而隨時間加以調整，且本文所闡述之濃度範圍僅為例示性的，而不意欲限制所主張之調配物的範疇或實施。
FTI可以微粉化或其他適合形式懸浮或可經衍生化以產生更易溶之活性產物或產生前藥。所得混合物之形式視多種因素而定，包括預期投藥模式及化合物於所選載劑或媒劑中之溶解度。有效濃度足以改善病狀之症狀且可憑經驗確定。
本文中亦關注凍乾粉末，其可經復原為溶液、乳液及其他混合物形式供投與。其亦可經復原且調配成固體或凝膠形式。
無菌凍乾粉末係藉由以下方式製備：將本文所提供之FTI或其醫藥學上可接受之鹽溶解於適合溶劑中。溶劑可含有改良粉末或由粉末製備之復原溶液的穩定性或其他藥理學組分之賦形劑。可使用之賦形劑包括(但不限於)右旋糖、山梨糖醇、果糖、玉米糖漿、木糖醇、甘油、葡萄糖、蔗糖或其他適合試劑。溶劑亦可含有緩衝劑，諸如檸檬酸鹽、磷酸鈉或磷酸鉀，或熟習此項技術者已知之其他此類緩衝劑，在一個實施例中，其處於約中性pH值下。隨後無菌過濾溶液，隨後在熟習此項技術者已知之標準條件下凍乾，以提供所希望的調配物。一般而言，所得溶液將分配至用於凍乾之小瓶中。各小瓶將含有單一劑量(包括(但不限於)10-1000 mg或100-500 mg)或多劑量之化合物。凍乾粉末可在適當條件下，諸如在約4℃至室溫下儲存。
用注射用水復原此凍乾粉末得到用於非經腸投與之調配物。在復原中，每毫升無菌水或其他適合載劑添加約1-50 mg、約5-35 mg或約9-30 mg凍乾粉末。精確量視所選化合物而定。該量可憑經驗確定。
表面混合物如關於局部及全身投與所描述來製備。所得混合物可為溶液、懸浮液、乳液或其類似物且調配成乳膏、凝膠、軟膏、乳液、溶液、酏劑、洗劑、懸浮液、酊劑、糊劑、泡沫、氣溶膠、沖洗劑、噴霧、栓劑、繃帶、經皮貼片或適用於局部投與之任何其他調配物。
FTI或具有FTI之醫藥組合物可調配為氣溶膠形式用於諸如藉由吸入表面施用(參見例如，美國專利第4,044,126號、第4,414,209號及第4,364,923號，其描述用氣溶膠遞送適用於治療發炎疾病(特定言之，哮喘)之類固醇)。用於向呼吸道投與之此等調配物可單獨或與諸如乳糖之惰性載劑組合而呈用於噴霧器之氣溶膠或溶液形式，或呈用於吹入之微細粉末形式。在該種情況下，調配物粒子將具有小於50微米或小於10微米之直徑。
FTI或具有FTI之醫藥組合物可調配用於局部或表面施用，諸如用於表面施用至皮膚及黏膜，諸如眼睛中，調配為凝膠、乳膏及洗劑形式；及用於施用至眼睛或用於腦池內或脊椎內施用。涵蓋局部投藥以用於經皮遞送以及向眼睛或黏膜投與，或用於吸入療法。亦可投與單獨或與其他醫藥學上可接受之賦形劑組合的活性化合物之鼻用溶液。此等溶液，特定言之意欲用於眼部使用之溶液，可在適當鹽存在下調配為0.01%-10%等張溶液，pH值為約5-7。
本文中亦涵蓋其他投藥途徑，諸如經皮貼片及經直腸投藥。舉例而言，用於經直腸投與之醫藥劑型係全身作用之直腸栓劑、膠囊及錠劑。直腸栓劑在本文中用於指插入直腸中之固體，其在體溫下熔融或軟化，釋放一或多種藥理學或治療活性成分。用於直腸栓劑中的醫藥學上可接受之物質係基質或媒劑及升高熔點之試劑。基質之實例包括可可脂(可可屬油)、甘油-明膠、卡波蠟(聚氧乙二醇)及脂肪酸之單酸甘油酯、二酸甘油酯及三酸甘油酯之適當混合物。可使用各種基質之組合。升高栓劑熔點之試劑包括鯨蠟及蠟。直腸栓劑可藉由壓縮法或藉由模製來製備。直腸栓劑之例示性重量係約2至3公克。使用與用於經口投與之調配物相同之醫藥學上可接受之物質且藉由相同方法製備用於經直腸投與之錠劑及膠囊。
本文所提供之FTI或具有FTI之醫藥組合物可藉由控制釋放方式或藉由一般熟習此項技術者熟知之遞送裝置投與。實例包括(但不限於)美國專利第3,845,770號、第3,916,899號、第3,536,809號、第3,598,123號、第4,008,719號、第5,674,533號、第5,059,595號、第5,591,767號、第5,120,548號、第5,073,543號、第5,639,476號、第5,354,556號、第5,639,480號、第5,733,566號、第5,739,108號、第5,891,474號、第5,922,356號、第5,972,891號、第5,980,945號、第5,993,855號、第6,045,830號、第6,087,324號、第6,113,943號、第6,197,350號、第6,248,363號、第6,264,970號、第6,267,981號、第6,376,461號、第6,419,961號、第6,589,548號、第6,613,358號、第6,699,500號及第6,740,634號中描述之彼等，該等美國專利中之每一者係以引用的方式併入本文中。可使用該等劑型，使用例如羥丙基甲基纖維素、其他聚合物基質、凝膠、滲透膜、滲透系統、多層包衣、微米粒子、脂質體、微球體或其組合提供FTI之緩慢或控制釋放，從而以可變比例提供所需釋放曲線。一般熟習此項技術者已知之適合控制釋放調配物(包括本文所描述之調配物)可易於選擇以與本文中提供之活性成分一起使用。
所有控制釋放醫藥產品均具有改良藥物療法優於由其未經控制的對應物所實現之共同目標。在一個實施例中，在醫學治療中使用最佳設計之控制釋放製劑之特徵在於使用最少之原料藥以最少時間量治癒或控制病狀。在某些實施例中，控制釋放調配物之優勢包括延長藥物活性、降低給藥頻率及增加病患順應性。另外，控制釋放調配物可用以影響起始作用時間或其他特徵(諸如藥物之血液含量)，且因此可影響副作用(例如，不良作用)之出現。
大多數控制釋放調配物經設計以便初始釋放迅速產生所需治療效果之量之藥物(活性成分)，且逐漸及持續地釋放其餘量之藥物以維持此量之治療效果一段延長之時間。為了維持體內恆定的藥物含量，藥物必須以置換自身體代謝及分泌之藥物量的速率自劑型中釋放。活性成分之控制釋放可藉由各種條件刺激，包括(但不限於) pH值、溫度、酶、水或其他生理條件或化合物。
在某些實施例中，FTI可使用靜脈內輸注、可植入滲透泵、經皮貼片、脂質體或其他投藥模式投與。在一個實施例中，可使用泵(參見Sefton, CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14:201 (1987)；Buchwald等人, Surgery 88:507 (1980)；Saudek等人, N. Engl. J. Med. 321:574 (1989)。在另一實施例中，可使用聚合材料。在又一實施例中，控制釋放系統可鄰近治療標靶置放，亦即，從而僅需要全身劑量之一部分(參見例如，Goodson, Medical Applications of Controlled Release，第2卷，第115-138頁 (1984))。
在一些實施例中，將控制釋放裝置引入個體中之免疫活化異常位點或腫瘤附近。其他控制釋放系統由Langer (Science 249:1527-1533 (1990))在綜述中論述。可將F分散於固體內部基質(例如聚甲基丙烯酸甲酯、聚甲基丙烯酸丁酯、塑化或非塑化聚氯乙烯、塑化耐綸、塑化聚對苯二甲酸伸乙酯、天然橡膠、聚異戊二烯、聚異丁烯、聚丁二烯、聚乙烯、乙烯-乙酸乙烯酯共聚物、聚矽氧橡膠、聚二甲基矽氧烷、聚矽氧碳酸酯共聚物、親水性聚合物(諸如丙烯酸及甲基丙烯酸之酯之水凝膠)、膠原蛋白、交聯聚乙烯醇及部分水解之交聯聚乙酸乙烯酯)中，該固體內部基質由外部聚合膜(例如聚乙烯、聚丙烯、乙烯/丙烯共聚物、乙烯/丙烯酸乙酯共聚物、乙烯/乙酸乙烯酯共聚物、聚矽氧橡膠、聚二甲基矽氧烷、氯丁橡膠、氯化聚乙烯、聚氯乙烯、氯乙烯與乙酸乙烯酯、偏二氯乙烯、乙烯及丙烯之共聚物、離聚物聚對苯二甲酸伸乙酯、丁基橡膠表氯醇橡膠、乙烯/乙烯醇共聚物、乙烯/乙酸乙烯酯/乙烯醇三元共聚物及乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物)包圍，該外部聚合膜不溶於體液中。隨後在釋放速率控制步驟中，活性成分擴散穿過外部聚合膜。該等非經腸組合物中所含之活性成分的百分比高度視其特定性質以及個體需求而定。
FTI或具有FTI之醫藥組合物可封裝為製品，其含有封裝材料；用於治療、預防或改善包括血液癌症及實體腫瘤在內之癌症之一或多種症狀或進展的本文所提供化合物或其醫藥學上可接受之鹽；及指示該化合物或其醫藥學上可接受之鹽用於治療、預防或改善包括血液癌症及實體腫瘤在內之癌症之一或多種症狀或進展的標籤。
本文所提供之製品含有封裝材料。用於封裝醫藥產品之封裝材料為熟習此項技術者所熟知。參見例如，美國專利第5,323,907號、第5,052,558號及第5,033,252號。醫藥封裝材料之實例包括(但不限於)泡殼包裝、瓶子、管、吸入器、泵、袋、小瓶、容器、注射器、筆、瓶子及適用於所選調配物及預期投與及治療模式之任何封裝材料。涵蓋本文提供之化合物及組合物之大量調配物。
在一些實施例中，治療有效量的具有FTI之醫藥組合物係經口或非經腸投與。在一些實施例中，醫藥組合物具有替吡法尼作為活性成分且以每天1至1500 mg/kg之量，或更特定言之以每天10至1200 mg/kg之量按單次劑量或細分成超過一次劑量經口投與。在一些實施例中，醫藥組合物具有替吡法尼作為活性成分且以每天100 mg/kg、每天200 mg/kg、每天300 mg/kg、每天400 mg/kg、每天500 mg/kg、每天600 mg/kg、每天700 mg/kg、每天800 mg/kg、每天900 mg/kg、每天1000 mg/kg、每天1100 mg/kg或每天1200 mg/kg之量經口投與。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
在一些實施例中，FTI係以每天200-1500 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天200-1200 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天200 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天300 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天400 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天500 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天600 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天700 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天800 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天900 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天1000 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天1100 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天1200 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900、925、950、975、1000、1025、1050、1075、1100、1125、1150、1175或1200 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天1300 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係以每天1400 mg之劑量投與。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
在一些實施例中，FTI係以200-1400 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以300-1200 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以每天300-900 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以600 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以700 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以800 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以900 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以1000 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以1100 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以1200 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，FTI係以300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900、925、950、975、1000、1025、1050、1075、1100、1125、1150、1175或1200 mg之劑量b.i.d.投與。在一些實施例中，用於本文所提供之組合物及方法之FTI係替吡法尼。
一般熟習此項技術者應理解，劑量視所用劑型、病患之病狀及敏感性、投藥途徑及其他因素而變化。確切劑量將由從業者按照與需要治療之個體有關之因素來決定。劑量及投與經調整以提供足量之活性成分或維持所需作用。可考慮之因素包括疾病狀態之嚴重程度、個體之一般健康狀況、個體之年齡、體重及性別、飲食、投藥之時間及頻率、藥物組合、反應敏感性、及對療法之耐受性/反應。在治療週期期間，日劑量可變化。在一些實施例中，起始劑量可在治療週期內向下滴定。在一些實施例中，起始劑量可在治療週期內向上滴定。最終劑量可視劑量限制性毒性之發生及其他因素而定。在一些實施例中，FTI係以每天300 mg之起始劑量投與且遞增至每天400 mg、500 mg、600 mg、700 mg、800 mg、900 mg、1000 mg、1100 mg或1200 mg之最大劑量。在一些實施例中，FTI係以每天400 mg之起始劑量投與且遞增至每天500 mg、600 mg、700 mg、800 mg、900 mg、1000 mg、1100 mg或1200 mg之最大劑量。在一些實施例中，FTI係以每天500 mg之起始劑量投與且遞增至每天600 mg、700 mg、800 mg、900 mg、1000、1100或1200 mg之最大劑量。在一些實施例中，FTI係以每天600 mg之起始劑量投與且遞增至每天700 mg、800 mg、900 mg、1000、1100或1200 mg之最大劑量。在一些實施例中，FTI係以每天700 mg之起始劑量投與且遞增至每天800 mg、900 mg、1000 mg、1100 mg或1200 mg之最大劑量。在一些實施例中，FTI係以每天800 mg之起始劑量投與且遞增至每天900 mg、1000 mg、1100 mg或1200 mg之最大劑量。在一些實施例中，FTI係以每天900 mg之起始劑量投與且遞增至每天1000 mg、1100 mg或1200 mg之最大劑量。劑量遞增可一次或逐步進行。舉例而言，每天600 mg之起始劑量可藉由在4天療程內每天增加100 mg、或藉由在2天療程內每天增加200 mg、或藉由一次性增加400 mg而遞增至每天1000 mg之最終劑量。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。
在一些實施例中，FTI係以相對較高起始劑量投與且視病患反應及其他因素而向下滴定至較低劑量。在一些實施例中，FTI係以每天1200 mg之起始劑量投與且減少至每天1100 mg、1000 mg、900 mg、800 mg、700 mg、600 mg、500 mg、400 mg或300 mg之最終劑量。在一些實施例中，FTI係以每天1100 mg之起始劑量投與且減少至每天1000 mg、900 mg、800 mg、700 mg、600 mg、500 mg、400 mg或300 mg之最終劑量。在一些實施例中，FTI係以每天1000 mg之起始劑量投與且減少至每天900 mg、800 mg、700 mg、600 mg、500 mg、400 mg或300 mg之最終劑量。在一些實施例中，FTI係以每天900 mg之起始劑量投與且減少至每天800 mg、700 mg、600 mg、500 mg、400 mg或300 mg之最終劑量。在一些實施例中，FTI係以每天800 mg之起始劑量投與且減少至每天700 mg、600 mg、500 mg、400 mg或300 mg之最終劑量。在一些實施例中，FTI係以每天600 mg之起始劑量投與且減少至每天500 mg、400 mg或300 mg之最終劑量。劑量減少可一次或逐步進行。在一些實施例中，FTI係替吡法尼。舉例而言，每天900 mg之起始劑量可藉由在3天療程內每天減少100 mg、或藉由一次性減少300 mg而減少至每天600 mg之最終劑量。
治療週期可具有不同長度。在一些實施例中，治療週期可為一週、2週、3週、4週、5週、6週、7週、8週、3個月、4個月、5個月、6個月、7個月、8個月、9個月、10個月、11個月或12個月。在一些實施例中，治療週期係4週。治療週期可具有間歇性時程。在一些實施例中，2週治療週期可具有5天給藥，隨後9天停藥。在一些實施例中，2週治療週期可具有6天給藥，隨後8天停藥。在一些實施例中，2週治療週期可具有7天給藥，隨後7天停藥。在一些實施例中，2週治療週期可具有8天給藥，隨後6天停藥。在一些實施例中，2週治療週期可具有9天給藥，隨後5天停藥。
在一些實施例中，FTI係在重複4週週期中之4週中持續3週每天投與。在一些實施例中，FTI係在重複4週週期中隔週(一週給藥、一週停藥)每天投與。在一些實施例中，FTI係在重複4週週期中之4週中持續3週以300 mg之劑量b.i.d.經口投與。在一些實施例中，FTI係在重複4週週期中之4週中持續3週以600 mg之劑量b.i.d.經口投與。在一些實施例中，FTI係在重複4週週期中隔週(一週給藥、一週停藥)以900 mg之劑量b.i.d.經口投與。在一些實施例中，FTI係隔週(重複28天週期之第1-7及15-21天)以1200 mg之劑量b.i.d.經口投與。在一些實施例中，FTI係在重複28天週期之第1-5及15-19天以1200 mg之劑量b.i.d.經口投與。
在一些實施例中，可採用900 mg bid替吡法尼隔週方案。在該方案下，病患在28天治療週期之第1-7及15-21天接受900 mg，po，bid之起始劑量。在無不可管理之毒性存在下，個體可繼續接受替吡法尼治療持續長達12個月。若個體對治療耐受性良好，則劑量亦可增加至1200 mg bid。亦可包括逐步減少300 mg劑量以控制治療相關、治療引發之毒性。
在一些其他實施例中，在28天治療週期中，替吡法尼係以300 mg bid之劑量每天經口給與21天，隨後停藥1週(21天時程；Cheng DT等人,J Mol Diagn . (2015) 17(3):251-64)。在一些實施例中，採用5天給藥(劑量範圍為25至1300 mg bid)，隨後停藥9天(5天時程；Zujewski J.,J Clin Oncol . , (2000) 2月;18(4):927-41)。在一些實施例中，採用7天bid給藥，隨後停藥7天(7天時程；Lara PN Jr.,Anticancer Drugs . , (2005) 16(3):317-21；Kirschbaum MH,Leukemia ., (2011) 10月;25(10):1543-7)。在7天時程中，病患可接受300 mg bid之起始劑量且以300 mg劑量遞增至1800 mg bid之最大計劃劑量。在7天時程研究中，病患亦可在28天週期之第1-7天及第15-21天以達至1600 mg bid之劑量接受替吡法尼bid。
在先前研究中，FTI據展示當以每天兩次給藥時程形式投與時可抑制哺乳動物腫瘤之生長。已發現，持續一至五天每天以單一劑量投與FTI產生持續至至少21天之顯著腫瘤生長抑制。在一些實施例中，FTI係以50-400 mg/kg之劑量範圍投與。在一些實施例中，FTI係以200 mg/kg投與。特定FTI之給藥方案亦為此項技術中所熟知(例如，美國專利第6838467號，其係以全文引用之方式併入本文中)。舉例而言，化合物阿格拉賓(Arglabin) (WO98/28303)、紫蘇醇(WO 99/45712)、SCH-66336 (美國專利第5,874,442號)、L778123 (WO 00/01691)、2(S)-[2(S)-[2(R)-胺基-3-巰基]丙基胺基-3(S)-甲基]-戊氧基-3-苯基丙醯基-甲硫胺酸碸(WO94/10138)、BMS 214662 (WO 97/30992)、AZD3409；Pfizer化合物A及B (WO 00/12499及WO 00/12498)之適合劑量給出於前述專利說明書(其係以引用的方式併入本文中)中或已為熟習此項技術者所知或可容易由熟習此項技術者確定。
關於紫蘇醇，藥物可每名150 lb人類病患每天投與1-4 g。在一個實施例中，每名150 lb人類病患每天1-2 g。SCH-66336典型地可根據特定應用以約0.1 mg至100 mg、更佳約1 mg至300 mg之單位劑量投與。化合物L778123及1-(3-氯苯基)-4-[1-(4-氰基苯甲基)-5-咪唑基甲基]-2-哌嗪酮可以每天約0.1 mg/kg體重至約20 mg/kg體重之間、較佳每天0.5 mg/kg體重至約10 mg/kg體重之間的量向人類病患投與。
Pfizer化合物A及B可以範圍介於每天約1.0 mg達至約500 mg、較佳每天約1至約100 mg之劑量以單次或分次(亦即多個)劑量投與。治療性化合物通常以每天每公斤體重約0.01至約10 mg範圍內之日劑量以單次劑量或分次劑量投與。BMS 214662可以每天約0.05至200 mg/kg、較佳每天小於100 mg/kg之劑量範圍以單次劑量或分2至4次劑量投與。
在一些實施例中，FTI治療係與輻射療法(radiotherapy)或輻射療法(radiation therapy)組合投與。輻射療法包括使用γ射線、X射線及/或將放射性同位素導向遞送至腫瘤細胞。亦涵蓋其他形式之DNA破壞因素，諸如微波、質子束輻照(美國專利第5,760,395號及第4,870,287號；其皆以全文引用之方式併入本文中)及UV輻照。最可能之情形為，所有此等因素對DNA、DNA之前驅物、DNA之複製及修復、及染色體之組裝及維持造成多種破壞。
在一些實施例中，投與治療有效量的具有FTI之醫藥組合物有效地使宿主中之腫瘤對輻照敏感。(美國專利第6545020號，其係以全文引用的方式併入本文中)。輻照可為電離輻射且特定言之γ輻射。在一些實施例中，γ輻射係由直線加速器或藉由輻射性核素發射。放射性核素對腫瘤之輻照可為外部或內部的。
輻照亦可為X射線輻射。X射線之劑量範圍在50至200倫琴之日劑量持續較長時段(3至4週)至2000至6000倫琴之單次劑量範圍內。放射性同位素之劑量範圍變化極大，且視同位素之半衰期、發射之輻射之強度及類型、及贅生性細胞之攝取情況而定。
在一些實施例中，在輻照腫瘤之前，投與醫藥組合物持續至多一個月，特定言之至多10天或一週。另外，腫瘤之輻照係分離的，在第一與最後一次輻照階段之間的時間間隔中維持醫藥組合物之投與。
FTI之量、輻照劑量及輻照劑量之間歇性將視一系列參數(諸如腫瘤之類型、其位置、病患對化學療法或輻射療法之反應)而定且最後由醫師及放射學家針對各個別情形決定。
C. 組合療法
在一些實施例中，本文所提供之方法進一步包括投與治療有效量之第二活性劑或支持性護理療法。第二活性劑可為化學治療劑。化學治療劑或藥物可藉由其在細胞內之活性模式分類，例如其是否且在哪一階段影響細胞週期。或者，藥劑可基於其直接交聯DNA、嵌入DNA中或藉由影響核酸合成來誘導染色體及有絲分裂失常之能力表徵。
化學治療劑之實例包括烷基化劑，諸如噻替派(thiotepa)及環磷醯胺；磺酸烷基酯，諸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶，諸如苯唑多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、米特多巴(meturedopa)及尤利多巴(uredopa)；伸乙亞胺及甲基三聚氰胺類，包括六甲蜜胺、曲他胺(triethylenemelamine)、三伸乙基磷醯胺、三伸乙基硫代磷醯胺及三甲密胺；乙醯精寧(acetogenin)(尤其布拉他辛(bullatacin)及布拉他辛酮(bullatacinone))；喜樹鹼(包括合成類似物拓朴替康(topotecan))；苔蘚蟲素(bryostatin)；海洋抑素(callystatin)；CC-1065 (包括其阿多來新(adozelesin)、卡折來新(carzelesin)及比折來新(bizelesin)合成類似物)；念珠藻環肽(cryptophycin)(尤其念珠藻環肽1及念珠藻環肽8)；海兔毒素(dolastatin)；倍癌黴素(duocarmycin)(包括合成類似物KW-2189及CB1-TM1)；艾榴素(eleutherobin)；水鬼蕉鹼(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海綿抑素(spongistatin)；氮芥，諸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷醯胺、雌氮芥(estramustine)、異環磷醯胺、氮芥、氮芥氧化物鹽酸鹽、美法侖(melphalan)、新氮芥(novembichin)、芬司特瑞(phenesterine)、潑尼氮芥(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)及尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亞硝基脲，諸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)及雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，諸如烯二炔抗生素(例如，卡奇黴素(calicheamicin)，尤其卡奇黴素γlI及卡奇黴素ωI1)；達米辛(dynemicin)，包括達米辛A；雙膦酸鹽，諸如氯屈膦酸鹽(clodronate)；埃斯培拉黴素(esperamicin)；以及新抑癌蛋白(neocarzinostatin)發色團及相關色蛋白烯二炔抗生素發色團、阿克拉黴素(aclacinomysin)、放射菌素(actinomycin)、胺茴黴素(authrarnycin)、偶氮絲胺酸、博萊黴素(bleomycin)、放線菌素C、卡拉比辛(carabicin)、洋紅黴素(carminomycin)、嗜癌菌素(carzinophilin)、色黴素(chromomycinis)、放線菌素d、道諾黴素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-側氧基-L-正白胺酸、多柔比星(doxorubicin)(包括N-嗎啉基-多柔比星、氰基-N-嗎啉基-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星及去氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、艾達黴素(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素(mitomycins)(諸如絲裂黴素C)、黴酚酸(mycophenolic acid)、諾拉黴素(nogalarnycin)、橄欖黴素(olivomycins)、培洛黴素(peplomycin)、潑非黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素(puromycin)、奎那黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑黴素(streptonigrin)、鏈脲菌素(streptozocin)、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、淨司他丁(zinostatin)及左柔比星(zorubicin)；抗代謝物，諸如甲胺喋呤(methotrexate)及5-氟尿嘧啶(5-FU)；葉酸類似物，諸如迪諾特寧(denopterin)、蝶羅呤(pteropterin)及曲美沙特(trimetrexate)；嘌呤類似物，諸如氟達拉賓(fludarabine)、6-巰基嘌呤、硫米嘌呤(thiamiprine)及硫鳥嘌呤；嘧啶類似物，諸如安西他濱(ancitabine)、阿紮胞苷、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、雙去氧尿苷、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依諾他濱(enocitabine)及氟尿苷；雄激素，諸如卡魯睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、環硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)及睾內酯；抗腎上腺素，諸如米托坦(mitotane)及曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，諸如亞葉酸；醋葡醛內酯；醛磷醯胺糖苷；胺基乙醯丙酸；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；貝斯布西(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依達曲沙(edatraxate)；地磷醯胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；艾福米辛(elformithine)；依利醋銨(elliptinium acetate)；埃博黴素(epothilone)；依託格魯(etoglucid)；硝酸鎵；羥基脲；蘑菇多醣(lentinan)；氯尼達明(lonidainine)；類美登素，諸如美登素(maytansine)及安絲菌素(ansamitocins)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌達醇(mopidanmol)；硝拉維林(nitraerine)；噴司他丁(pentostatin)；凡那明(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸；2-乙基醯肼；丙卡巴肼(procarbazine)；PSK多醣複合物；雷佐生(razoxane)；根瘤菌素(rhizoxin)；西索菲蘭(sizofiran)；鍺螺胺(spirogermanium)；細交鏈孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亞胺醌(triaziquone)；2,2',2"-三氯三乙胺；單端孢黴烯(trichothecenes)(尤其T-2毒素、弗納庫林A (verracurin A)、桿孢菌素A (roridin A)及蛇形菌素(anguidine))；烏拉坦(urethan)；長春地辛(vindesine)；達卡巴嗪(dacarbazine)；甘露氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴衛矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；甲托辛(gacytosine)；阿拉伯糖苷(「Ara-C」)；環磷醯胺；類紫杉醇，例如，太平洋紫杉醇及多西他賽吉西他濱(docetaxel gemcitabine)；6-硫代鳥嘌呤；巰基嘌呤；鉑配位錯合物類，諸如順鉑(cisplatin)、奧沙利鉑(oxaliplatin)及卡鉑(carboplatin)；長春鹼(vinblastine)；鉑；依託泊苷(etoposide) (VP-16)；異環磷醯胺；米托蒽醌(mitoxantrone)；長春新鹼(vincristine)；長春瑞濱(vinorelbine)；諾凡特龍(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依達曲沙(edatrexate)；柔紅黴素(daunomycin)；胺基喋呤；希羅達(xeloda)；伊班膦酸鹽(ibandronate)；伊立替康(irinotecan) (例如，CPT-11)；拓樸異構酶抑制劑RFS 2000；二氟甲基鳥胺酸(DMFO)；類視黃素，諸如視黃酸；卡培他濱(capecitabine)；卡鉑(carboplatin)、丙卡巴肼、普卡黴素(plicomycin)、吉西他濱、諾維本(navelbine)、反鉑(transplatinum)，及以上任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。
第二活性劑可為大分子(例如，蛋白質)或小分子(例如，合成無機分子、有機金屬分子或有機分子)。在一些實施例中，第二活性劑係DNA低甲基化劑、特異性結合至癌症抗原之治療性抗體、造血生長因子、細胞介素、抗癌劑、抗生素、cox-2抑制劑、免疫調節劑、抗胸腺細胞球蛋白、免疫抑制劑、皮質類固醇或其藥理學活性突變體或衍生物。
在一些實施例中，第二活性劑係DNA低甲基化劑，諸如胞苷類似物(例如，阿紮胞苷)或5-氮雜脫氧胞苷(例如地西他濱)。在一些實施例中，第二活性劑係細胞減積劑，包括(但不限於)誘導、拓朴替康、羥基脲(Hydrea)、PO依託泊苷、來那度胺(Lenalidomide)、LDAC及硫鳥嘌呤。在一些實施例中，第二活性劑係米托蒽醌、依託泊苷、阿糖胞苷或伐司撲達(Valspodar)。在一些實施例中，第二活性劑係米托蒽醌加伐司撲達、依託泊苷加伐司撲達、或阿糖胞苷加伐司撲達。在一些實施例中，第二活性劑係艾達黴素、氟達拉賓、拓朴替康或ara-C。在一些其他實施例中，第二活性劑係艾達黴素加ara-C、氟達拉賓加ara-C、米托蒽醌加ara-C、或拓朴替康加ara-C。在一些實施例中，第二活性劑係奎寧(quinine)。可使用以上規定之藥劑之其他組合，且劑量可由醫師決定。
對於本文所描述之任何特定癌症類型，如本文所描述或此項技術中之其他可用治療可與FTI治療組合使用。舉例而言，可與FTI組合用於PTCL之藥物包括由Spectrum Pharmaceuticals出售之貝林諾他(belinostat) (Beleodaq^® )及普拉曲沙(pralatrexate) (Folotyn^® )、由Celgene出售之羅米地辛(romidepsin) (Istodax^® )，及由Seattle Genetics出售之貝倫妥單抗維多汀(brentuximab vedotin) (Adcetris^® ) (針對ALCL)；可與FTI組合用於MDS之藥物包括由Celgene出售之氮雜胞苷(Vidaza^® )及來那度胺(Revlimid^® )，及由Otsuka及Johnson & Johnson出售之地西他濱(Dacogen^® )；可與FTI組合用於甲狀腺癌之藥物包括AstraZeneca之凡德他尼(vandetanib) (Caprelsa^® )、Bayer之索拉非尼(sorafenib) (Nexavar^® )、Exelixis之卡博替尼(cabozantinib) (Cometriq^® )及Eisai之樂伐替尼(lenvatinib) (Lenvima^® )。
非細胞毒性療法，諸如普拉曲沙(tpralatrexate) (Folotyn®)、羅米地辛(Istodax®)及貝林諾他(Beleodaq®)亦可與FTI治療組合使用。
在一些實施例中，預期與FTI組合使用之第二活性劑或第二療法可在FTI治療之前、同時或之後投與。在一些實施例中，與FTI組合使用之第二活性劑或第二療法可在FTI治療之前投與。在一些實施例中，與FTI組合使用之第二活性劑或第二療法可與FTI治療同時投與。在一些實施例中，與FTI組合使用之第二活性劑或第二療法可在FTI治療之後投與。
FTI治療亦可與骨髓移植組合投與。在一些實施例中，FTI係在骨髓移植之前投與。在其他實施例中，FTI係在骨髓移植之後投與。
一般熟習此項技術者將理解，本文所描述之方法包括使用特定FTI、調配物、給藥方案、另外療法之任何變換或組合治療本文所描述之個體。
在一些實施例中，經選擇用於替吡法尼治療的患有PTCL之個體在重複4週週期中隔週(一週給藥、一週停藥)b.i.d.經口接受900 mg之劑量。
在一些實施例中，經選擇用於替吡法尼治療的患有PTCL之個體在重複4週週期中隔週(一週給藥、一週停藥)b.i.d.經口接受600 mg之劑量。
應理解，並不實質上影響本發明之各種實施例之效力的修改亦提供於本文所提供之本發明定義內。因此，以下實例意欲說明而並非限制本發明。本文所引用之所有參考文獻均以全文引用的方式併入本文中。
實例 I
PTCL 病患中之替吡法尼臨床研究
可執行替吡法尼II期臨床研究，主要目標係針對客觀反應率(ORR)評估替吡法尼在患有復發性或難治性晚期外周T細胞淋巴瘤(PTCL)之個體中之抗腫瘤活性。客觀腫瘤反應之測定可藉由國際研討會準則(IWC)及/或可量測皮膚疾病根據改良之嚴重程度加權評估工具(mSWAT)進行。次要目標可包括獲取替吡法尼對1年時的無進展存活率(PFS)、反應持續時間(DOR)、總存活(OS)之作用；及替吡法尼之安全性及耐受性。
II期研究針對ORR調查替吡法尼在患有PTCL之個體中之抗腫瘤活性。有多達18名患有晚期PTCL之有資格的個體參加。病患總數可擴展至30。
個體在28天週期中隔週(第1-7及15-21天)持續7天一天兩次(bid)接受以900 mg之起始劑量與進食一起經口投與的替吡法尼。若個體在900 mg劑量量下尚未經歷劑量限制性毒性，則由調查員酌情處理，可將替吡法尼劑量增加至1200 mg bid。出現認為與替吡法尼有關且持續≥14天之嚴重不良事件(SAE)或≥2級治療引發不良事件(TEAE)的個體將不經歷劑量遞增。亦允許逐步減少300 mg劑量以控制治療相關、治療引發之毒性。
在無不可管理之毒性存在下，個體可繼續接受替吡法尼治療，直至疾病進展。若觀測到完全反應，則可在反應起始外維持替吡法尼療法至少6個月。
在篩選時及隨後在第2週期結束時開始直至疾病進展持續6個月至少每隔約8週一次(週期2、4、6)及每隔約12週一次(週期9、12、15等)進行腫瘤評估。若調查員視為必需，則可執行另外的腫瘤評估。因不為疾病進展之原因而中斷替吡法尼治療之個體必須繼續腫瘤評估直至疾病進展，撤回個體對研究之同意。
實例 II
PTCL 病患中的替吡法尼臨床研究中之活性之證據
在參加實例I中描述的研究之一組病患中研究臨床活性之證據。8名PTCL病患中的4名中可見持久反應(11個月中值)。
研究係具有Simon二階段設計之十八病患II期研究(11+7)。為了進行至第二階段前十一名可評估病患之後需要兩個反應。若第一階段中可見五個反應，則將參與擴展至三十名病患。
在隔週給藥中持續七天的900 mg b.i.d.之劑量在第一階段期間修改為在隔週給藥中持續七天的600 mg b.i.d.。
圖1展示在研究期間在第一時間點給藥的十八名病患中之每一者所接受的週期之數目。十八名病患中之每一者及PTCL之類型與結果一起列於表1中。觀測到三個部分反應(PR)。兩名患有AITL之個體皆展示PR。三名病患在進行中，如圖1中之箭頭所指示，且兩名病患已具有多於六個月之穩定疾病。
表1. PTCL病患中的替吡法尼臨床研究之個體結果及表現特徵.
圖5展示在研究期間在稍後第二時間點給藥的十八名病患中之每一者所接受的週期之數目。各病患之PTCL類型及SNV狀態與結果一起指示於圖5中。觀測到三個部分反應(PR)。兩名患有AITL之個體皆展示PR。兩名病患在進行中，如圖5中之箭頭所指示，且四名病患已具有多於六個月之穩定疾病。
自所有個體獲得福馬林固定石蠟包埋(FFPE)樣品，用於使用RNA Seq分析基因表現且使用下一代測序(NGS)分析單核苷酸變異(SNV，包括SNP及突變)。十三個樣品通過表現分析之品質控制(QC)。十六個樣品通過SNV分析之品質控制。
如表1中所示，在十三名個體中量測CXCL12及CXCR4之表現以及CXCL12與CXCR4之表現之比率。CXCL12/CXCR4比率大於0.200之個體具有PR或穩定疾病(SD)。CXCL12/CXCR4比率小於或等於0.200之個體不展示PR或SD，如表1中所示。CXCL12/CXCR4比率＞0.200之病患的中值無進展存活(mPFS)係189天(N=5)，而CXCL12/CXCR4比率≤0.200之病患的mPFS係51天(N=7)，如圖2中所示(HR=0.22；P=0.004)。亦在彼等十三名個體中量測VCAM1及CXCL13之表現。
NGS通過QC的十六名個體中之八名(50%)在CXCL12基因之3' UTR中攜有SNV。七名係rs2839695 (CXCL12 3' UTR中的位置44873849處之A/G)之攜帶者。一名個體攜有rs2839695及位置44866733處之新穎3' UTR SNV兩者。一名另外的個體在位置44873186處攜有新穎3' UTR SNV。攜有rs2839695之腫瘤具有較低CXCL12/CXCR4比率，如圖3中及表1中所見。在位置44873186處具有新穎3' UTR SNV之個體4呈現極低CXCL12/CXCR4比率。3'UTR SNV之頻率(0.5)不尋常。一般群體內rs2839695之預期頻率如下：1000G_AFR=0.2；1000G_AMR=0.097；1000G_EAS=0.001；1000G_EUR=0.2；1000G_SAS=0.045。CXCL12 rs2839695與經替吡法尼治療之PTCL中的不良預後相關，如圖4中所示。在CXCL12之3' UTR中不具有SNV的彼等病患之mPFS係189天(N=8)，而具有CXCL12 rs2839695之彼等病患之mPFS係48天(N=7)。在研究期間在稍後時間點，在CXCL12之3' UTR中不具有SNV的彼等病患之mPFS係134天(N=8)，而具有CXCL12 rs2839695之彼等病患之mPFS係50天(N=7)，如圖6中所示。
圖7及圖8展示T細胞白血病及淋巴瘤細胞株的活體外實驗之結果，其進一步表明，CXCL12表現及CXCL12 3' UTR基因變異可適用作替吡法尼在PTCL中的活性之生物標記。圖7顯示，CXCL20表現於某些替吡法尼敏感T-LL細胞株中且在替吡法尼抗性之其他T-LL細胞株中不可偵測到。圖8顯示，替吡法尼之效力在展示較高CXCL12表現之T-LL細胞的情況下高於(IC50低於)展示較低CXCL12表現之T-LL細胞。
表1亦展示13名個體之KIR3DL2表現量。具有高KIR3DL2表現(例如，超過1000)之個體不展示PR或SD。因此，似乎替吡法尼展示在表現KIR3DL2之PTCL中無活性。
在16名個體中之7名(44%)中觀測到CENPF基因變異體R2729Q(表1)。六名具有PR/SD之最佳反應的個體中之五名及10名具有PD之最佳反應的個體中之2名(未在2名個體中獲得合格樣品)攜有R2729Q。美國群體中R2729Q之總頻率係59%。
在8名個體中觀測到位於SIK3之N末端編碼序列中的SNP (S986Y、P1076R、P1136R (5名個體)、S1163G) (表1)。另一個體患有具有N559H突變(50%總變異)之腫瘤。6名具有PR/SD之最佳反應的個體中之6名及11名具有PD之最佳反應的個體中之3名攜有SIK3 SNV。美國群體中SIK3基因SNV之總頻率係19%。
實例 III
個性化 FTI 治療 決策
可採用以下程序確定病患是否適用於FTI治療，諸如替吡法尼治療。
可在於1 mmol/L濃度EDTA，pH 8.0中微波抗原修復之後，用此項技術中已知的人類CXCL12、CXCR4及/或KIR3DL2單株抗體，使用如此項技術中熟知的標準間接抗生物素蛋白-生物素辣根過氧化酶方法及二胺基聯苯胺顯色，對來自病患之福馬林固定石蠟包埋組織切片進行針對CXCL12、CXCR4及/或KIR3DL2之免疫染色。對於所有研究情況，可將染色與稀釋至相同蛋白質濃度之小鼠IgG同型對照抗體之染色相比較，以證實染色特異性。
亦可測試病患之例如於血清樣品中的循環CXCL12。亦可測試活檢樣品之EBV生物標記，諸如CXCL13及PD-1。
可自由病患血清獲得的外周血液單核細胞(PBMC)分離T細胞。可使用Trizol套組(Qiagen, Santa Clarita, CA)自細胞樣品提取總RNA。可藉由在Agilent生物分析儀(Agilent, Palo Alto, CA)上評估核糖體譜帶之存在來測定RNA品質。可將良好品質樣品用於根據製造商之說明書使用高容量cDNA反轉錄套組(Applied Biosystems, Foster City, CA)之反轉錄(RT)反應。可使用ABI Prism 7900HT序列偵測系統(Applied Biosystems)對CXCL12、CXCR4、SIK3及/或CENPF進行定量RT-PCR (qRT-PCR)，所有樣品均一式三份地運作。不具有cDNA模板之陰性對照可隨每一分析運作。可藉由針對EEF1A1表現標準化來計算每個個體之轉錄物複本數。
若確定癌症病患(例如PTCL病患)具有高CXCL12表現，及/或若確定癌症病患(例如PTCL病患)具有高CXCL12量及低CXCR4量，且若不以其他方式阻止病患接受替吡法尼治療，則開處替吡法尼治療。另一方面，若確定癌症病患(例如PTCL病患)不具有高CXCL12表現，或若確定癌症病患(例如PTCL病患)患有低CXCL12量或高CXCR4量，則不推薦替吡法尼治療。
若確定癌症病患(例如PTCL病患)具有SIK3基因變異體表現或CENPF R2729Q變異體表現，且若不以其他方式阻止病患接受替吡法尼治療，則開處替吡法尼治療。
若確定癌症病患(例如PTCL病患)具有KIR3DL2表現，則不推薦替吡法尼治療。
若確定癌症病患(例如PTCL病患)具有3' UTR CXCL12單核苷酸變異體，則不推薦替吡法尼治療。用於測定3' UTR CXCL12變異體之DNA可自腫瘤活檢體、淋巴結活檢體、骨髓抽出物、血液樣品、由血液樣品獲得之PBMC或頰拭子獲得。
若對癌症病患(例如PTCL病患)開處替吡法尼治療，則癌症病患(例如PTCL病患)可同時接受腫瘤學家視為適合之另一治療(諸如電離輻射)或第二活性劑或支持性護理療法。第二活性劑可為DNA低甲基化劑，諸如阿紮胞苷或地西他濱。
實例 IV
AML 病患中的替吡法尼臨床研究中之活性之證據
在具預後較差的AML之老年病患中的新診斷之AML (CTEP-20，2期)或復發性及難治性AML (INT-17，2期)中進行替吡法尼之先前臨床研究。在此等研究中，病患選擇不基於遺傳標記。報導替吡法尼單一藥劑活性之軼事證據。然而，病患群體之總體臨床活性不支持替吡法尼登記。
對來自CTEP-20及INT-17試驗中的病患之mRNA表現圖譜分析資料之分析顯示，替吡法尼功效在具有相對高CXCL12/CXCR4表現比率之病患中更高。圖9顯示，在相同替吡法尼治療方案下，最高CXCL12表現三分之一(最高CXCL12表現量)中的未經治療老年虛弱AML病患經歷431天之中值無進展存活(mPFS)，第二個三分之一中的病患經歷89天mPFS，且第三個三分之一(最低CXCL12表現量)中的病患經歷33天mPFS。圖10顯示，最高CXCR4表現五分之一中的復發性或難治性AML病患經歷182天之中值存活，其為最低CXCR4表現五分之一中的病患之中值存活的約兩倍。
此等結果表明，可基於患者之CXCL12及CXCR4表現量針對替吡法尼治療鑑別及選擇獲益於替吡法尼之AML病患。
實例 V
PTCL 病患中的替吡法尼臨床研究中之活性之證據
此實例描述經設計以調查替吡法尼於18名患有復發性或難治性PTCL之病患中之抗腫瘤活性的2期研究(ClinicalTrials.gov Identifier：NCT02464228)，及研究之某些結果。
主要結果量度：藉由國際研討會準則(IWC)之客觀反應率(ORR)及/或根據改良之嚴重程度加權評估工具(mSWAT)的可量測皮膚疾病。次要結果量度包括替吡法尼對1年時的無進展存活率(PFS)、反應持續時間(DOR)之作用；及替吡法尼之安全性及耐受性。
研究設計：在28天治療週期之第1-21天每天兩次(bid)口服替吡法尼300 mg。Simon二階段設計用於ORR。
AITL擴展組：基於在階段1及2觀測之抗腫瘤活性，AITL擴展組(N=12)參加。對至少1個先前全身細胞毒性療法復發性或難治性。
病患配置：
安全性及耐受性：毒性與替吡法尼之已知安全概況相一致。≥10%之病患中出現的≥3級藥物相關TEAE係血液病相關的：嗜中性球減少症(74%)、血小板減少症(58%)、白血球減少症(47%)、貧血及發熱性嗜中性球減少症(各32%)及淋巴球減少症(16%)。骨髓抑制可通過治療中斷、劑量減少及/或輸注支持來管理。歸因於在研究之階段1及2中測試的隔週方案所觀測之耐受性概況，將給藥方案修改至在28天治療週期之第1-21天300 mg bid。
八名經研究之個體攜有CXCL12 3' UTR SNV rs2839695；一名個體呈現新穎CXCL12 3' UTR變異體，且8名個體攜有參考3' UTR CXCL12序列。
經研究之個體所經歷的最近先前療法：化學療法(7名個體)、brentixumab (4名個體)、HDACi (2名個體)、來那度胺(2名個體)、盧佐替尼(ruxolitinib) (1名個體)。
具有NGS資料之個體中的替吡法尼之中值總體PFS (第5行)係53天(總體PFS係針對具有NGS資料之所有個體，包括具有參考CXCL12 3' UTR及變異CXCL12 3' UTR之個體)。此等個體對於其最近先前療法之中值總體PFS係82天。
在攜有CXCL12 rs2839695 3' UTR變異體之腫瘤樣品中觀測到低CXCL12表現。
圖11、12A及12B顯示，替吡法尼之臨床益處與CXCL12基因型相關。
圖11展示具有CXCL12參考3' UTR(「參考」)之個體對具有CXCL12變異3' UTR (CXCL12 3' UTR SNV rs2839695或新穎CXCL12 3' UTR變異體)之個體的SPD減小百分比相對於替吡法尼治療週期。SPD係直徑乘積總和，其係腫瘤大小之量度。圖11顯示，替吡法尼減小攜有CXCL12參考3' UTR(亦即，在CXCL12基因之3' UTR中不具有SNV)之個體的腫瘤大小，如具有參考3' UTR之個體中的負SPD減小%所展示。
圖12A展示在用替吡法尼治療之攜有CXCL12參考3' UTR之個體中及用最近先前療法治療之攜有CXCL12參考3' UTR之個體中的無進展存活。用替吡法尼治療之個體之mPFS係133天，而用最近先前療法治療之個體之mPFS係85天。p=0.09。
圖12B展示在用替吡法尼治療之攜有CXCL12變異3' UTR之個體中及用最近先前療法治療之攜有CXCL12變異3' UTR之個體中的無進展存活。用替吡法尼治療之個體之mPFS係34天，而用最近先前療法治療之個體之mPFS係43天。組之間未觀測到顯著差異。
在15名個體中量測CXCL12及CXCR4之表現、以及CXCL12與CXCR4之表現之比率。相對於攜有CXCL12 3' UTR SNV rs2839695之個體，攜有CXCL12參考3' UTR之個體展示更高CXCL12與CXCR4比率，如圖12C中所示。
圖13A及13B顯示，替吡法尼之臨床益處與CXCL12表現相關。
在攜有CXCL12 rs2839695 3' UTR變異體之腫瘤樣品中觀測到低CXCL12表現。具有NGS資料之個體中的替吡法尼之中值總體PFS (第5行)係53天(總體PFS係針對具有NGS資料之所有個體，包括具有參考CXCL12 3' UTR及變異CXCL12 3' UTR之個體)。相同個體對於其最近先前治療之中值PFS係84天。
圖13A展示用替吡法尼治療之具有低CXCL12表現之個體中及用替吡法尼治療之具有高CXCL12表現之個體中的無進展存活。具有低CXCL12表現之個體之mPFS係49天，而具有高CXCL12表現之個體之mPFS係190天。p=0.0015。
圖13B展示用最近先前療法治療之具有低CXCL12表現之個體中及用最近先前療法治療之具有高CXCL12表現之個體中的無進展存活。具有低CXCL12表現之個體與具有高CXCL12表現之個體之間未觀測到顯著差異。
圖13A及13B顯示，替吡法尼而非標準護理療法使具有參考CXCL12 3' UTR之個體中的最近先前療法之PFS加倍。
可獲得12名病患之腫瘤基因表現資料。彼等病患中五名經歷腫瘤大小減小及中值至進展時間延長(＞6 mo)，此與升高之CXCL12表現相關(p＜0.001)。兩名具有AITL組織學之病患表現高CXCL12量且經歷PR。AITL病患之一過度表現CXCL13且適中表現VCAM1，而另一者過度表現VCAM1及其他血管標記(PDGFRA、ANGPT1、TEK)，指示CXCL12上調之兩種已知機制(基質細胞中藉由CXCL13之Mir23A下調及CXCL12之血管內皮細胞產生)。PTCL病患中的替吡法尼臨床研究之個體結果及表現特徵展示於以下表2及3中：
表2：
RNA 測序實驗 1
表3：
RNA 測序實驗 2
研究結果展示替吡法尼於PTCL病患中、尤其於患有具有AITL組織學及高CXCL12表現之腫瘤的彼等病患中之鼓舞人心的活性。替吡法尼通常亦為充分耐受的。最常見的治療相關之AE (≥3級)係血液病相關的，包括嗜中性球減少症、血小板減少症、白血球減少症、貧血及發熱性嗜中性球減少症。

圖1. PTCL替吡法尼臨床研究中個體所接受之治療週期之數目。箭頭指示進行中之治療。

圖2. 小於或等於0.200 (51天之中值PFS(mPFS))及大於0.200 (189天之mPFS)之CXCL12/CXCR4比率的隨時間(天數)推移之無進展存活(PFS)概率。

圖3. 具有CXCL12 3' UTR SNV rs2839695之個體(空心圓)對具有參考CXCL12 3' UTR之個體(實心圓)的CXCL12/CXCR4表現比率。

圖4. 具有CXCL12 3' UTR SNV rs2839695之個體(48天之mPFS)對具有參考CXCL12 3' UTR之個體(189天之mPFS)的隨時間(天數)推移之無進展存活(PFS)概率。

圖5. PTCL替吡法尼臨床研究中PTCL-NOS、PTCL-AITL或ALCL-ALK個體所接受之治療週期之數目。箭頭指示進行中之治療。PR：部分反應；SD：穩定疾病；PD：進行性疾病。

圖6. 具有CXCL12 3' UTR SNV rs2839695之個體(50天之mPFS)對具有參考CXCL12 3' UTR之個體(134天之mPFS)的隨時間(天數)推移之無進展存活(PFS)概率。

圖7. 替吡法尼抗性及替吡法尼敏感T細胞白血病及淋巴瘤(T-LL)細胞株中之CXCL12表現。

圖8. T-LL細胞株中視CXCL12表現量而定之替吡法尼效力(IC₅₀ )。

圖9. 在CXCL12表現之不同三分之一中新診斷之老年虛弱AML病患的隨時間(天數)推移之無進展存活(PFS)概率(CTEP-20試驗，2期)。

圖10. 在CXCR4表現之不同五分之一中復發性/難治性AML病患的隨時間(天數)推移之無進展存活(PFS)概率(INT17試驗，2期)。

圖11. 具有CXCL12參考3' UTR(「參考」)(8名個體)之個體對具有CXCL12變異3' UTR之個體(8名具有CXCL12 3' UTR SNV rs2839695之個體及一名具有新穎CXCL12 3' UTR變異體之個體)的SPD減小百分比相對於替吡法尼治療週期。SPD係直徑乘積總和，其係腫瘤大小之量度。2名病患之SPD資料不可獲得。

圖12A. 在具有CXCL12參考3' UTR之病患(8名病患)中，用替吡法尼治療之組(133天之mPFS)對用最近先前療法治療之組(85天之mPFS)中的隨時間(天數)推移之無進展病患(%)。p=0.09。

圖12B. 在具有CXCL12變異3' UTR之病患(8名具有CXCL12 3' UTR SNV rs2839695之病患及1名具有新穎CXCL12 3' UTR變異體之病患)中，用替吡法尼治療之組(34天之mPFS)對用最近先前療法治療之組(43天之mPFS)中的隨時間(天數)推移之無進展病患(%)。未觀測到顯著差異。

圖12C. 具有CXCL12參考3' UTR之個體(「參考」)及具有CXCL12 3' UTR SNV rs2839695之個體(「rs2839695」)中的對數CXCL12/CXCR4表現比率。N=15。p=0.038。在攜有CXCL12 rs2839695 3' UTR變異體之腫瘤樣品中觀測到低CXCL12表現。

圖13A. 具有低CXCL12表現之組(49天之mPFS)對具有高CXCL12表現之組(190天之mPFS)中的用替吡法尼治療之個體的隨時間(天數)推移之無進展存活率(%)。HR=0.22。p=0.0015。先前治療之中值數目係4。在攜有CXCL12 rs2839695 3' UTR變異體之腫瘤樣品中觀測到低CXCL12表現。

圖13B. 具有低CXCL12表現之組對具有高CXCL12表現之組中的個體在最近先前療法期間隨時間(天數)推移之無進展存活率(%)。未觀測到顯著差異。

Claims (60)

1. 一種治療個體中表現CXCL12之癌症的方法，其包含向該個體投與治療有效量之法呢基轉移酶抑制劑(farnesyltransferase inhibitor；FTI)、視情況替吡法尼(tipifarnib)，其中該癌症係外周T細胞淋巴瘤(peripheral T-cell lymphoma；PTCL)或急性骨髓白血病(acute myeloid leukemia；AML)。
2. 如請求項1之方法，其中該PTCL係復發性或難治性PTCL。
3. 如請求項1之方法，其中該PTCL係AITL。
4. 如請求項3之方法，其中該AITL係復發性或難治性AITL。
5. 如請求項1之方法，其中該AML係新診斷之AML。
6. 如請求項1或5之方法，其中該患有AML之個體係不適合化學療法的老年病患或具預後較差的AML。
7. 5或6之方法，其中該AML係復發性或難治性AML。
8. 如請求項1至7中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係選擇性地向個體投與，該個體具有CXCL12表現量比CXCR4表現量之比率係高於參考比率。
9. 如請求項8之方法，其中該參考比率係1/10、1/9、1/8、1/7、1/6、1/5、1/4、1/3、1/2、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。
10. 如請求項1至9中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係選擇性地向個體投與，該個體具有另一基因之表現量係高於該另一基因之參考表現量。
11. 如請求項10之方法，其中該另一基因係CXCL13及/或PD-1。
12. 如請求項1至11中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係選擇性地向個體投與，該個體在CXCL12之3' UTR中不具有單核苷酸變異體(single nucleotide variant；SNV)。
13. 如請求項12之方法，其中CXCL12之該3' UTR中的該SNV係rs2839695。
14. 如請求項1至13中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係選擇性地向個體投與，該個體在SIK3中具有單核苷酸變異體。
15. 如請求項1至14中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係選擇性地向個體投與，該個體在CENPF中具有R2729Q變異體。
16. 如請求項1至15中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係以0.05-500 mg/kg體重之劑量投與。
17. 如請求項1至16中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次投與。
18. 如請求項17之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以200-1200 mg之劑量投與。
19. 如請求項18之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以100 mg、200 mg、300 mg、400 mg、600 mg、900 mg或1200 mg之劑量投與。
20. 如請求項1至15中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係在28天治療週期之第1-7及15-21天投與。
21. 如請求項1至15中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係在28天治療週期之第1-21天投與。
22. 如請求項1至15中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係在28天治療週期之第1-7天投與。
23. 如請求項22之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係投與至少1個週期。
24. 如請求項21至23中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以900 mg之劑量投與。
25. 如請求項21至23中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以600 mg之劑量投與。
26. 如請求項21至23中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以400 mg之劑量投與。
27. 如請求項21至23中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以300 mg之劑量投與。
28. 如請求項21至23中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以200 mg之劑量投與。
29. 如請求項1至28中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係在輻射之前、期間或之後投與。
30. 如請求項1至29中任一項之方法，其進一步包含投與治療有效量之第二活性劑或支持性護理療法。
31. 一種治療個體中血管免疫母細胞T細胞淋巴瘤(angioimmunoblastic T-cell lymphoma ；AITL)之方法，其包含向該個體投與治療有效量之法呢基轉移酶抑制劑(FTI)，視情況替吡法尼。
32. 如請求項31之方法，其中該AITL係復發性或難治性AITL。
33. 如請求項31或32之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係以該個體患有AITL組織學之腫瘤的基礎上選擇性地向該個體投與。
34. 如請求項33之方法，其中該AITL組織學之特徵為腫瘤細胞組分。
35. 如請求項34之方法，其中該腫瘤細胞組分包含衍生自濾泡性輔助T細胞之多形性中等大小的贅生性細胞。
36. 如請求項33之方法，其中該AITL組織學之特徵為非腫瘤細胞組分。
37. 如請求項36之方法，其中該非腫瘤細胞組分包含顯著分叉的血管。
38. 如請求項36或37之方法，其中該非腫瘤細胞組分包含濾泡性樹突狀細胞之增殖。
39. 如請求項36至38中任一項之方法，其中該非腫瘤細胞組分包含分散性EBV陽性B細胞母細胞。
40. 如請求項31至39中任一項之方法，其中該患有AITL之個體已經診斷患有AITL。
41. 如請求項40之方法，其中診斷患有AITL包含非腫瘤組分之可視化。
42. 如請求項40之方法，其中診斷患有AITL包含內皮微靜脈之增殖之可視化。
43. 如請求項40之方法，其中診斷患有AITL包含偵測以下腫瘤標記中之一或多者之存在：CXCL13、CD10、PD1及BCL6。
44. 如請求項31至43中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係經口、非經腸、經直腸或局部投與。
45. 如請求項31至44中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係以0.05-500 mg/kg體重之劑量投與。
46. 如請求項31至45中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次投與。
47. 如請求項31至46中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以200-1200 mg之劑量投與。
48. 如請求項47之方法，其中該FTI、視情況替吡法尼係一天兩次以100 mg、200 mg、300 mg、400 mg、600 mg、900 mg或1200 mg之劑量投與。
49. 如請求項31至44中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係在28天治療週期之第1-7及15-21天投與。
50. 如請求項31至44中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係在28天治療週期之第1-21天投與。
51. 如請求項31至44中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係在28天治療週期之第1-7天投與。
52. 如請求項49至51中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係投與至少1個週期。
53. 如請求項49至51中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以900 mg之劑量投與。
54. 如請求項49至51中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以600 mg之劑量投與。
55. 如請求項49至51中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以400 mg之劑量投與。
56. 如請求項49至51中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以300 mg之劑量投與。
57. 如請求項49至51中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係一天兩次以200 mg之劑量投與。
58. 如請求項31至57中任一項之方法，其中該FTI(視情況替吡法尼)係在輻射之前、期間或之後投與。
59. 如請求項31至58中任一項之方法，其進一步包含投與治療有效量之第二活性劑或支持性護理療法。
60. 如請求項59之方法，其中該第二活性劑係組蛋白脫乙醯基酶、抗葉酸劑或化學療法。