TW201120449A - Diagnostic methods for determining prognosis of non-small-cell lung cancer - Google Patents

Diagnostic methods for determining prognosis of non-small-cell lung cancer Download PDF

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201120449 六、發明說明： 【發明所屬之技術領域】 本發明係關於判斷患者預後之肺癌患者組織樣品之活體 外診斷檢定，且詳言之，係關於判斷早期患者，諸如診斷 患有I期或II期非小細胞肺癌之患者之預後的活體外檢定。 本申請案主張2009年10月26曰申請之美國臨時專利申請 案第61/254,955號之優先權，其揭示内容以全文引用之方 式併入本文中。 【先前技術】 肺癌佔2005年美國癌症死亡率之近三分之一，且大體分 為兩類：非小細胞肺癌與小細胞肺癌。在美國，非小細胞 肺癌（NSCLC)佔肺癌病例之80_85。/(^ NSCLC之類型係針對 癌症中所存在之細胞種類及顯微鏡下所見之細胞外觀來命 名NSCLC包含二大類型：⑴鱗狀細胞癌，其始於鱗狀細 胞，該等細胞為看似魚鱗之薄的扁平細胞，鱗狀細胞癌亦 稱為表皮樣癌；（ii)大細胞癌，其始於若干類型之大肺細 胞；（in)腺癌，其始於作為肺泡内襯且產生諸如黏液之物 質的細胞。其他不太常見之NSCLC類型包括多形態癌 (pleomorphic carcinoma)、類癌（carcinoid tumor)及未分類 癌。 NSCLC之診斷係藉由病理學家檢查諸如活檢樣品之疑罹 病組織來進行。在診斷>^(：1^之後，根據患者之整體健康 狀況及年齡、症狀（諸如咳漱及呼吸困難）之嚴重度、特定 NSCLC類型及癌症分期指定給患者疾病以預後（恢復之可 151762.doc 201120449 能性）。分期將腫瘤大小及腫瘤僅存在於肺中抑或已擴散 至體内他處考慮在内。隨後基於該等考慮因素為nsclc^^ 者選擇特定治療選項，且癌症分期為治療選擇之重要組成 部分》雖然患有早期NSCLC之患者可潛在地藉由外科手術 切除來移除腫瘤而治癒，但目前診斷模態不能預測哪些患 者將在外科手術後復發。癌症為治癒率較低且常常致命之 疾病，其大部分治療旨在改良生命之品質及持續時間。因 為癌細胞為人類細胞，通常區別僅在於相對較小數目之遺 傳畸變或蛋白質突變的累積，故適用於殺死癌細胞之藥物 療法通常亦對許多正常人類細胞有害且在所治療患者中通 常產生顯著毒性。此外，因為癌症常常局部復發或轉移至 發源組織之遠端組織及器官，故知曉哪些早期癌症患者在 外科手術移除其原發性腫瘤之後需要藥物治療為至關重要 的。此對腫瘤在早期偵測到並由外科手術移除之早期 NSCLC患者、尤其〗期及ΠΑ期疾病患者而言為特別關鍵之 問題。杬癌藥物對該等患者之治療不足會使患者形成復發 性或轉移性疾病之比率高至不可接受，最終導致發病率及 死亡率增加。對該群體之治療過度會使不需要藥物療法之 患者遭文給予其之藥物之毒性副作用的比率高至不可接 受。 美國國豕細合癌症網（Nati〇nai Comprehensive Cancer Network)網際網路網站如下描述NSCLC：分期。「最常用於 美國臨床實踐中描述非小細胞肺癌（NSCLC)之生長及擴散 之系統為TNM分期系統’亦稱為美國癌症聯合委員會 151762.doc 201120449 (American Joint Committee 〇n ，ajcc)系統。在 TNM分期中，組合有關腫瘤（丁）、至附近淋巴結中之任 何擴散及任何遠端器官轉移（M)之資訊，且給特定τΝΜ分 組指定某一期。使用數字0及羅馬數字〗至1¥描述經分組之 期。 「Τ類別係基於肺癌大小、其在肺内之擴散及位置以及 其至附近組織之擴散。在Tis類別中，癌症僅存在在作為 氣道内襯之細胞層中。其尚未擴散至其他肺組織中。該類 別亦稱為原位癌。 在τ 1類別中’癌症不大於3公分（略小於1至11/4对），尚 未擴散至内臟肋膜（環繞肺之膜），且不影響支氣管之主分 支。 「在T2類別中，癌症具有一或多個以下特徵：（丨）大於3 cm，（ii)涉及肺之主支氣管’但距氣管（trachea/windpipe) 分支進入左及右主支氣管之點不小於2 cm(約3 1/4至4吋）； 或（iii)已擴散至内臟肋膜。雖然癌症可能部分阻斷氣道， 但此不會引起整個肺遭破壞或形成肺炎。 「在T3類別中’癌症具有一或多個以下特徵：（丨）已擴散 至胸壁、振動膜（隔開胸部與腹部之呼吸肌肉）、縱隔肋膜 (環繞2個肺之間之空間的膜）或心包壁層（環繞心臟之囊的 膜）；（Π)涉及肺之主支氣管，且距氣管分支進入左及右主 支氣管之點小於2 cm(約3 %至4吋），但不涉及該區域；或 (iii)已生長進入氣道中，足以引起一個肺完全遭破壞或引 起整個肺形成肺炎。 151762.doc 201120449 「在T4類別中，癌症具有一或多個以下特徵：已擴散 至縱隔（位於胸骨後面及心臟前面之空間）、心臟、氣管、 食管（連接咽喉與胃之管）、脊骨、或氣管分支進入左及右 主支氣管之點；（11)同一肺葉中存在兩個或兩個以上獨立 腫瘤結知，或（iii)存在惡性肋膜積液，亦即環繞肺之空間 中存在含有癌細胞之流體。 N類別視肺附近可能存在之淋巴結中哪些受癌症影響 而疋。在N0類別中，癌症尚未擴散至任何淋巴結。在N丄 類別中，癌症已擴散至肺内之淋巴結或進入門淋巴結（位 於支氣管進入肺之區域周圍的淋巴結）。在^^丨類別中，受 影響淋巴結僅位於癌性肺同側。在N2類別中，癌症已擴散 至隆凸下淋巴結（氣管分支進入左及右支氣管之點周圍的 淋巴結）或縱隔（位於胸骨後面及心臟前面之空間）中之淋巴 結。在N2類別中，受影響淋巴結位於癌性肺同側。在N3 類別中，癌症已擴散至任一側鎖骨附近之淋巴結，及/或 癌性肺對側之門或縱隔淋巴結。 「Μ類別視癌症是否已轉移並擴散至任何遠端組織及器 Β而定。在Μ0類別中，癌症未擴散至遠端。在Μι類別 中癌症已擴散至一或多個遠端部位。被視為遠端之部位 包括其他肺t、相比用於判斷癌症之N類別之淋巴結較遠 之淋巴結，及諸如肝、骨或腦之其他器官或組織。 一旦已給特定NSCLC指定T、N&M類別，則組合該資訊 (期分組）以將整個期指定為〇、I、Π、III或IV(參見表丨）。 將T與N類別之各個組合組合成各期。各期鑑別具有類似 J51762.doc 201120449 預後且以類似方式治療之腫瘤類型。如表1所說明，具有 遠端擴散之腫瘤（亦即Ml類別癌症）視為IV期，無論涉及淋 巴結之腫瘤大小如何。」來自NCCN網際網路網站之下表 展示NSCLC之組合類別及期數歸類。 表1 整個期 Τ類別 N類別 M類別 0期 Tis N0 MO IA期 T1 NO MO IB期 T2 NO MO IIA期 T1 N1 MO IIB期 T2 N1 MO T3 NO MO IIIA 期 T1 N2 MO T2 N2 MO T3 N1 MO T3 N2 MO ΙΙΙΒ 期 任何T N3 MO T4 任何N MO IV期 任何T 任何N Ml 期數較低之NSCLC患者一般具有較有利之預後及存活前 景，且該等患者一般藉由腫瘤外科手術切除來治療。然 而，即使早期患者，諸如IB期、IIA期或IIB期NSCLC患 者，亦有大百分比之該等患者會在外科手術切除後復發更 具侵襲性之疾病並死亡。目前臨床診斷方法不能足夠準確 地鑑別早期NSCLC預後以使更具侵襲性之療法針對於彼等 更可能復發之患者。因此需要較佳活體外診斷方法來鑑別 較高風險之早期NSCLC患者，其應接受新輔助或輔助化療 或甚至完全摒棄外科手術切除。 已揭示使用經螢光標記之DNA雜交探針鑑別染色體異常 的基於螢光原位雜交（FISH)之分子活體外診斷檢定，其係 151762.doc 201120449 用於為NSCLC患者選擇化療（PCT/US2005/018879， 「Methods for prediction of clinical outcome to epidermal growth factor inhibitors by cancer patients」，M. Garcia等 人）。美國專利申請案20060063194, 「Methods and probes for the detection of cancer」，L. Morrison等人，2006年 3 月 23曰公開（下文稱為「Morrison '194」）中已描述FISH檢定 作為NSCLC之初始診斷檢定，該案之揭示内容以全文引用 之方式併入本文中。Morrison '194申請案描述適用於篩選 及診斷NSCLC之多個FISH探針組，且Morrison，194中所述 之一個探針組可以LAVysionTM探針組購自Abbott Molecular, Inc.(Des Plaines, Illinois, U.S.A.)，作為由臨床 實驗室用於產生臨床診斷檢定之ASR(分析物特異性試劑） 標記。根據美國食品與藥物管理局（U.S. Food and Drug Administration)ASR標記要求，ASR標記必須不包括關於 ASR醫學效用之任何聲明。LAVysion ASR探針組包含四個 FISH探針：經SpectrumGreen綠色榮光團標記之染色體 5pl5基因座特異性探針、經SpectrumGold黃色榮光團標記 之染色體8q24基因座特異性探針、經SpectrumAqua藍色螢 光團標記之染色體6計數探針、及經SpectrumRed紅色螢光 團標記之染色體7pl2基因座特異性探針。使用LAVysion探 針組進行之研究已有描述且於例如K. Hailing等人， 「Fluorescence in situ hybridization in diagnostic cytology」， Hum. Path. (2007) 38: 1137-1144中作評論。 先前已將細胞週期素E之過度表現與肺癌不良結果相關 151762.doc 201120449 聯（於 Singhal 等人，Clin. Cancer Res·, 2005, 11,第 3974-3 986頁中作評論）。亦已將細胞週期素e之擴增與卵巢癌相 關聯（M. Marone 等人，Internat'l J. Cancer，1998，75，第 34-39頁）。然而，已確立細胞週期素e基因座處無複本數 變化作為預測標記物。此外，先前尚無關於NSCLC之FISH 檢定之報導揭示使用FISH探針來更精確地鑑別早期 NSCLC、尤其歸為I期或π期之NSCLC的預後。 【發明内容】 在一態樣中，本發明提供一種預測進行肺癌治療之患者 之疾病結果的方法，該方法包含以下步驟：a)提供患者之 測試樣品；b)測定測試樣品中細胞週期素E丨基因之複本 數；c)相對於基線複本數2比較測試樣品中細胞週期素E1 基因之複本數’藉此判斷測試樣品中細胞週期素E丨基因存 在或不存在複本數增加；及d)基於測試樣品中細胞週期素 E1基因存在或不存在複本數增加，當與細胞週期素E1基因 無複本數增加之患者疾病結果的基線測量值相比時，鑑別 具有不良疾病結果風險增加之患者，其中細胞週期素E丨基 因存在複本數增加可預測不良疾病結果。不良疾病結果為 以下至少一者：當與細胞週期素E丨基因無複本數增加之患 者之總存活時間相比時’總存活時間縮短；及當與細胞週 期素E1基因無複本數增加之患者之總存活時間相比時，較 短時間復發。 在另一態樣中，本發明提供一種預測進行肺癌治療之患 者之疾病結果的方法，該方法包含以下步驟：a)提供患者 151762.doc 201120449 之測試樣品；b)判斷細胞週期素£1基因存在或不存在複本 數粍加，及C)基於細胞週期素E〗基因存在或不存在複本數 增加，當與細胞週期素E1基因無複本數增加之患者之總存 活時間相比時，判斷患者是否具有總存活時間縮短或較短 時間復發之較高風險》 在任何方法中，細胞週期素E1基因位於染色體19之347
Mb_35.6 Mb之區域内。在任何方法中，測試樣品可為可能 3有腫瘤細胞之組織樣品，諸如血液樣品、腫瘤組織或疑 腫瘤且織、薄層細胞學樣品、細針抽吸樣品、肺灌洗樣 时、肋膜積液樣品、新鮮冷凍組織樣品、石蠟包埋組織樣 品，或由任何前述所產生之提取物或經加工樣品。在一個 例示性實施例中，組織樣品為肺組織樣品或包含循環腫瘤 細胞之周邊血液樣品。判斷步驟（b)可例如由原位雜交進 行，諸如利用經螢光標記之核酸探針、使用至少兩個核酸 探針或利用肽核酸探針。判斷步驟（b)可由聚合酶鏈反應、 核酸測序檢定或核酸微陣列檢定進行4 —個例示性實施 例中，肺癌為非小細胞肺癌，諸如鱗狀細胞癌、大細胞癌 及腺癌令之任一者。患者可用化療、放射線、外科手術或 其任何組合治療。 在另一態樣中，本發明提供一種為罹患肺癌之患者選擇 治療之方法，該方法包含以下步驟：a)提供來自患者之測 Λ樣。σ其中化療劑治療為該患者之至少一個治療選項； b)測定測試樣品中細胞週期素E1基因之複本數；匀相對於 基線複本數2比較測試樣品中細胞週期素E1基因之複本 151762.doc 201120449 數藉此判斷測試樣品中細胞週期素E1基因是否存在複本 數變化·，及d)基於步驟。）中之比較，確定化療治療療程。 基於步驟e)中之比較確^治療療程之步驟包括例如當癌症 結果標記物存在複本數變化時，選擇化療劑及確定化療治 療頻率。測試樣品為例如可能含有腫瘤細胞之組織樣品， 諸如血液樣品、腫瘤組織或疑罹病腫瘤組織、薄層細胞學 樣品、細針抽吸樣品、肺洗滌樣品、肋膜積液樣品、新= 冷凍組織樣品、石蠟包埋組織樣品、或由任何周邊血液樣 產生之k取物或經加工樣品，且在一例示性實施例中為 肺組織樣品或含循環腫瘤細胞之周邊血液樣品。判斷步驟 (b)可例如藉由原位雜交來進行，諸如利用經螢光標記之核 酸探針、使用至少兩個核酸探針或利用肽核酸探針。判斷 步驟（b)可藉由聚合酶鏈反應、核酸測序檢定或核酸微陣列 檢定來進行。在一例示性實施例中，肺癌為非小細胞肺 癌，諸如鱗狀細胞癌、大細胞癌及腺癌中之任一者。患者 亦可用放射線或外科手術或其組合來治療。 在另一態樣中，本發明提供一種將患者歸為患有抗治療 性肺癌之方法，其包含以下步驟：a)提供來自患者之測試 樣品；b)測定細胞週期素E1基因之複本數；c)相對於細胞 週期素E1基因之基線複本數2比較測試樣品中細胞週期素 E1基因之複本數，以判斷患者之細胞週期素E〗基因是否存 在複本數增加；及d)基於細胞週期素以基因存在複本數增 加’將患者知為患有抗治療性肺癌。測試樣品為例如組織 樣品，諸如血液樣品、腫瘤組織或疑罹病腫瘤組織、薄層 151762.doc • 11 · 201120449 、”“予樣品、細針抽吸樣品、肺洗滌樣品、肋膜 口口、新鮮冷滚組織樣品、石蠛包埋組織樣品、或由周 邊血液樣品產生之提取物或經加工樣品，且在一例示性實 粑例中為肺組織樣品或含循環腫瘤細胞之周邊血液樣。 二=_例如藉由原位雜交來進行，諸如利用經二 f a探針、使用至少兩個核酸探針或利用肽核酸探 針°判斷步驟⑻可藉由聚合酶鏈反應、核酸測序檢定 &微陣列檢定來進行。在一例示性實施例中，肺癌為非小 、.’田肊肺癌，諸如鱗狀細胞癌、大細胞癌及腺癌中之任— 者。患者可用化療、放射線、外科手術或其任何組合來治 療0 在另一態樣中，本發明提供一種套組，其包含：a)判斷 細胞週期素E1基因是否存在複本數增加之試劑；及^進行 測試之說明書。在該套組之一例示性實施例中，判斷是否 存在複本數增加之試劑包括與細胞週期素E1基因之至少— 部分雜父的以可偵測方式作標記之聚核苷酸。 【實施方式】 先則關於癌症不良結果描述的基於表現之標記物不能用 完善的臨床診斷工具FISH量測。迄今為止，尚未鑑別出可 預測疾病結果之基因擴增/缺失。發明者已發現，在染色 體19之約35 Mb處含有編碼細胞週期素£(一種細胞週期之 關鍵調控物）之基因的染色體序列之複本數增加。此外， 發明者已確定’複本數增加與1_11期]^8(：1^(：之較短總存活 時間在統計學上顯著相關。 151762.doc 12 201120449 因此’本發明提供判斷人類之早期非小細胞肺癌 (NSCLC)之預後的方法，其係藉由評估chrl9，34.7 Mb-35.6 Mb(Chr 19之起始位置：34722418 ;終止位置： 35643933，在人類基因組組裝體hg18(NCBI Build 36 ; 「Ml」）中）之染色體DNA之複本數而達成。已知該段dna 含有特別編碼細胞週期素E1 (CCNE1)之基因序列。相對於 具有包括CCNE1之標記物之正常基線複本數（亦即兩個複 本）之患者評估不良預後。使用總存活時間及多長時間後 復發之量度，發現不良預後與標記物之複本數增加相關 聯。該等方法尤其有利於向早期NSCLC患者提供改良之預 後性資訊且能夠改良彼等處於較高癌症復發風險下之早期 NSCLC患者之療法選擇。 該等方法涵蓋一種判斷使用廣泛使用之TNM分期系統而 歸為早期癌症之NSCLC患者’詳言之，歸為ία期、IB期、 ΠΑ期或IIB期（IIA期及IIB期統稱為π期）之NSCLC患者之預 後的方法。可使用基於其他診斷歸類之替代NSCLC分期系 統來鑑別可由本發明方法檢定組織樣品之患者。如本文所 用之早期NSCLC係指NSCLC腫瘤尚未擴散至一個以上淋巴 結’而且尚未轉移至任何其他器官。雖然早期NSCLC患者 幾乎總是藉由外科手術切除來治療，以求完全移除腫瘤， 但該等早期患者、甚至據信腫瘤完全被切除之患者仍存在 相當高的復發風險《目前診斷模態不能準確預測該等早期 癌症中哪些具有高復發風險，且因此應在切除後用輔助化 療來治療或在切除前使用新輔助化療來治療。該等方法藉 151762.doc •13- 201120449 由測定患者樣品中之染色體複本數而提供彼等處於較高風 險下之早期患者的預後性鑑別。 因此，在一態樣中’該等方法涵蓋一種預測進行肺癌治 療之患者之疾病結果的方法，提供來自患者之生物樣品作 為測試樣品’且測定測試樣品中細胞週期素E1基因之複本 數。相對於基線複本數2比較測試樣品之複本數，藉此判 斷細胞週期素E1基因是否存在複本數增加。基於測試樣品 中細胞週期素E1基因是否存在複本數增加，當與細胞週期 素E1基因無複本數增加之患者之疾病結果的基線量測值相 比時’鑑別不良疾病結果之風險增加之患者。細胞週期素 E1基因存在複本數增加（亦即擴增）預測不良疾病結果。不 良疾病結果為以下至少一者：當與細胞週期素E1基因無複 本數增加之患者之總存活時間相比時，總存活時間縮短； 及當與細胞週期素E1基因無複本數增加之患者多長時間後 復發相比時，較短時間後復發。該等方法亦涵蓋一種預測 進行肺癌治療之患者之疾病結果的方法，在該方法中，基 於細胞週期素E1基因是否存在複本數增加，當與細胞週期 素E1基因無複本數增加之患者之總存活時間相比時，判斷 患者是否具有總存活時間縮短或較短時間後復發之較高風 險。 4等方法亦可應用於為罹患肺癌之患者選擇治療之問 題。舉例而言’該方法可包括提供來自患者之測試樣品， 其中化療劑為該患者之至少—個治療選項；判斷樣品中細 胞週期素E1是否存在複本數增加；且基於是否存在複本數 151762.doc •14. 201120449 〜加’判斷患者是否應進行化療劑治療。或者，該方法可 包括基於步驟e)中之比較m療治療療程。基於步驟 )中之比較確定治療療程之步驟包括例如當Μ1序列内
Chrl9, 34.7 Mb-35.6 Mb 處（特定言之，Chr 19，起始位 置：34722418;終止位置：35643933，在人類基因組組裝 體hgl8(NCBI Build 36)中）iCCNEl存在複本數增加時， 選擇化療劑及確定化療治療頻率。舉例而言，當CCNEi存 在複本數增加時’可選擇更具侵襲性之化療療程，包括更 強化療劑及/或更頻繁之治療。料方法亦可用於將患者 歸為患有抗治療性肺癌。舉例而言，倘若判斷來自患者之 樣品中存在複本數增加，則將患者歸為患有對進一步治療 具抗性之肺癌。患者可能目前正在進行化療、放射線、外 科手術或其任何組合治療，或可能正在考慮化療、放射 線、外科手術治療或其任何組合中之任一者。 舉例而5，使用原位雜交，且更佳使用經螢光標記之核 酉欠探針或經螢光標記且包含核酸類似物之探針的螢光原位 雜交（FISH)來進行判斷步驟沙）。較佳使用至少兩個核酸探 針。可使用肽核酸探針。亦可藉由此項技術中已知之聚合 酶鏈反應、核酸測序檢定或核酸微陣列檢定來進行判斷步 驟（b) 〇 較佳藉由原位雜交對自患者獲得之適當生物樣品進行早 期NSCLC測試。一般而言，原位雜交包括以下步驟：固定 生物樣品，使一或多個染色體探針與經固定樣品内所含之 標靶DNA雜交，洗滌移除非特異性結合之探針，及偵測經 151762.doc 15 201120449 雜交之探針。原位雜交亦可使用於液體懸浮液中之來自生 物樣之樣本細胞進行，接著藉由流動式細胞測量術偵 測。該方法較佳使用利用包含對Chrl9, 34.7 Mb-35.6 Mb 具特異性之探針之雙探針組的FISH檢定來評估來自患者之 生物樣品中之染色體複本數異常。該等方法中使用之較佳 FISH探針包含對可包括編碼C(：NEi之序列之任何部分的
Chrl9, 34.7 Mb-35.6 Mb具特異性之一對探針。 根據所揭示之方法鑑別N s c L c預後亦可與其他預後性活 體外診斷檢定一起使用，諸如評估患者樣品中適合蛋白質 CCNE1及已知在]^1標記物區域中編碼之其他蛋白質的表 現。發現樣品中該等蛋白質之表現與不利結果（不良預後） 相關之異常染色體複本數樣式相結合的患者可能適於更具 侵襲性之外科手術後治療，諸如化療。 肺癌患者之生物樣品通常為組織樣品，諸如含有循環腫 瘤細胞之周邊血液樣品；或肺腫瘤組織活檢樣品或切除樣 。口。其他適合之組織樣品包括例如薄層細胞學樣品、細針 抽吸樣品、肺洗滌樣品、肋膜積液樣品、新鮮冷凍組織樣 品、石蠟包埋組織樣品、或由任何周邊血液樣品產生之提 取物或經加工樣品。較佳地，已使用TNM分期系統將樣品 歸為早期癌症，例如IA期、IB期、ΠΑ期或ΠΒ期中之任一 者。 根據本文所述之癌症結果標記物M1 (Chr丨9，起始位 置·· 34722418 ’·終止位置：35643933 ’在人類基因組^裝 體hgl8(NCBI Build 36)_)之聚核苷酸序列構築之探針可 15I762.doc •16· 201120449 在各種檢定方法中使用以提供各種類型之分析。舉例而 言，該等探針可用於螢光原位雜交（FISH)技術中以進行染 色體分析（包括複本數概況分析），且用於鑑別癌症結果標 記物中之癌症特異性複本數變化。探針亦可用放射性同: 素、可直接或間接偵測之半抗原、或蟹光分子作標記，且 用於原位較研究以評倾織樣本或細胞巾癌症結果標記 物之複本數。 探針選擇性地結合於作為本文所述之M1(亦即在某些個 體中擴增之染色體區域）之至少—部分序列的標乾聚核脊 s曼序列。本文提供之癌症結果標記物之核苷酸序列或其任 何部分可詩產生可在供測試樣品中之複本數概況分析用 之各種檢定中使用的探針。探針可自⑷之保守核苦酸區 域、或自Ml之非保守核苦酸區域、或包括該等區域及其 部分中所含之基因的任何部分來設計。檢定中該等優化用 探針之設計可由-般技術者容易地實現。―般而言，當需 要最大特異性時，自非保守區_或獨特區域開發核酸探 針；且當檢定與例如多基因家族之不同成員密切相關或如 小氣及人類之相關物種中之核㈣區域時，自保守區域開 發核酸探針。 聚合酶鏈反應（PCR)為—種擴增_或其混合物中所含 之所要核酸序列（標乾）的技術。在pCR中，採用過量的— 對引子以與標#核酸之互補股雜交。使用標&核酸作為模 板，經由聚合酶使各引子擴展。擴展產物自身變成標乾序 列，接著自原始標㈣解離1後使新的引子雜交並經由 151762.doc •17· 201120449 聚合酶擴展，且重複該循環以使標靶序列分子之數目呈幾 何增長。PCR揭示於美國專利第4,683，195號及第4,683,202 號中，其以引用之方式併入本文中。 接α %鍵反應（LCR)為一種核酸擴增之替代方法。在 LCR中，使用包括兩個初級（第一及第二）及兩個次級（第三 及第四）探針之探針對，所有探針之使用量相對於標靶皆 為莫耳過量。第一探針與標靶股之第一區段雜交，且第二 探針與標靶股之第二區段雜交，該第一區段及該第二區段 相連以使初級探針呈5，_磷酸_3’羥基關係彼此鄰接，且促使 接合酶可使兩個探針共價融合或接合形成融合產物。另 外’第三（次級）探針可與第一探針之一部分雜交，且第四 (次級）探針可以類似鄰接方式與第二探針之一部分雜交。 當然’若標乾最初為雙股’則次級探針亦將首先與標靶互 補序列雜交。一旦初級探針之接合股與標靶股分離，其即 會與可接合形成互補的次級接合產物之第三及第四探針雜 交。重要的是’認識到接合產物與標靶或其互補序列在功 能上等效。藉由重複雜交與接合循環，達成標靶序列之擴 增。該技術更全面地描述於K Backman於1989年6月16日 公開之EP-A-320 308及K· Backman等人於1991年7月31日 公開之EP-A-439 182中’兩者均以引用之方式併入本文 中。 對於mRNA擴增’本發明之範疇内包括將mRNA反轉錄 至cDNA中’接著進行聚合酶鏈反應（RT_pcR);或兩個步 驟使用單一酶’如美國專利第5,322,77〇號所述，該專利以 151762.doc -18· 201120449 引用之方式併入本文中；或將mRNA反轉錄至cDna中接 著進行不對稱空隙接合酶鏈反應（rt_aglcr)，如R. l
MarShaU 等人 ’ PCR Meth〇ds and Applications 4:80-84 (1994)所述，其亦以引用之方式併入本文中。 袭感艘衆;適於原位雜交技術之探針分為三大類：染 色體計數探針，其與染色體區域雜交且指示是否存在染色 體；染色體臂探針，其與染色體區域雜交且指示是否存在 染色體臂；及基因座特異性探針，其與染色體上之特異性 基因座雜交且偏測是否存在特異性基因座。當染色體探針 及其組合用於方法中時，就敏感性及/或特異性對其進行 選擇。探針組可包括任何數目之探針，例如至少2、3、 7 8 9、1〇、15或20個探針。可根據此項技術 中之常規程序來選擇個別探針及探針組，例如仍 20060063194所述，其以全文引用之方式併^該等選擇 方法利用區別及/或組合分析來選擇適用於癌症結 物之複本數概況分析之探針及探針組。 不° 適於在本發明之原位雜交方法中用約貞測異常複本數樣 式（體細胞染色體異數性（aneus〇my)或多染色體性 =繼30)之探針為可與M1序列之至少—部分雜交之染 色體計數探針與染色體基因座特異性探針之組人，其中各 探針經標記以與彼此相區分。如此項技術中所:知了半色 體計數探針可與位於著絲點附近或自著絲點移 列雜交，或可與位於染色體上任何位床 又獨特序列雜交。 舉例而言’染色體計數探針可與與染色體之著絲點相關聯 151762.doc 19 201120449 之重複DNA雜交。g長類動物$色體之著絲點含有dNA長 串聯重複序列（稱為α_衛星DNA(alpha sateIlite⑽A))之複 雜家族，該等重複序列包含長度約171個鹼基對之單體重 複序列。特異性染色體計數探針之—個非限制性實例為 VySls CEP® 10 SpectrumGreen 探針（編⑽ μ〇1_13γ，⑹, Des Plaines’ nnnois)。舉例而言，染色體19計數探針與基 因座特異性探針-起使用以^貞測Chr>19, 34 7齡_35 6 處之複本數異常，例如判斷其中所含基因座之缺失及/或 多染色體性的狀況。基因座特異性探針與染色體上之特異 ί1生非重複基因座雜交，且因此適合之基因座特異性探針包 括例如Ml所含之任何基因之至少一部分，例如ccnei基 因之任何部分。基因座特異性探針可以例如與Vysis ^^卩⑧ 10 SpectrumGreen探針混合之探針組形式購自Abb〇tt Molecular Inc. 〇 與著絲點DNA雜交之探針可購自Abbott Molecular Inc.(Des Plaines，IL)及 M〇lecular pr〇bes，⑻㈣咖， OR)。或者’可以非商業方式使用熟知技術製得探針。用 於構築DNA探針之DNA來源包括基因組DNA，經選殖之 DNA序列’諸如細菌人工染色體（BAC)、含有一個或一部 分人類染色體以及宿主之正常染色體補體之體細胞雜交 體、及由流動式細胞測量術或顯微解剖法純化之染色體。 可經由選殖或藉由經聚合酶鏈反應（PCR)進行位點特異性 擴增來分離相關區域。參見例如Nath等人，Biotechnic
Histochem，1998，73 (1): 6-22 ; Wheeless等人，Cytometry, 151762.doc -20· 201120449 1994，17:319-327 ;及美國專利第5,491,224號。用於製造 適用之基因座特異性探針之起始人類DNA可由以下方式獲 得：自諸如加州大學聖塔克魯茲分校（University of California Santa Cruz)所維持之人類基因組資料庫獲得基 因座之核酸序列，隨後使用彼序列以電子雜交（in silico)方 式篩選諸如羅茲韋爾公園癌症中心（R0swell park Cancer Center)或Invitrogen所維持之BAC人類DNA文庫，以鑑別 適用之BAC純系。亦可使用合成寡聚DNA探針或由核酸類 似物製成之探針（諸如肽核酸（PNA)探針）。 根據本發明方法所用之探針偵測之染色體區域的大小可 例如自數百個鹼基對之短探針序列至9〇〇,〇〇〇個鹼基之大 區段不等。直接作標記之基因座特異性探針的複雜性較佳 為至少100,000個鹼基，且該等探針使用如美國專利第 5，7 5 6，6 9 6號（以引用之方式併入本文中）戶斤揭示之未經標記 阻斷核酸以避免探針之非特異性結合。亦有可能使用未經 標記之合成寡聚核酸或未經標記之核酸類似物（諸如肽核 酸）作為阻斷核酸。 乐色體彳木針可含有當探針與染色體雜交時有助於須測探 針之任何偵測部分◊有效偵測部分包括本文所述之直接與 間接標記。可偵測標記之實例包括螢光團（亦即吸收光之 後發螢光之有機分子）、放射性同位素（例如32p及3H)及發 色團（例如產生可視覺偵測之標記物的酶標記物）。螢光團 較佳，且可直接作標記，之後藉由使用諸如切口平移（nick translation)、隨機引子反應（rancjom priming)及 pCR標記之 151762.doc •21 · 201120449 標準技術將經標記之核苷酸併入探針中而與該核苷酸共價 連接。或者，可使用連接子轉移探針内去氧胞苷核苷酸之 胺基。隨後可使螢光團與胺基經轉移之去氧胞苷核苷酸共 價連接。參見例如Bittner等人之美國專利第5,491，224號， 其以引用之方式併入本文中。適用之探針標記技術描述於 Molecular Cytogenetics: Protocols and Applications, Y.-S. Fan 編，第2章，「Labeling Fluorescence /«公Hybridization Probes for Genomic Targets」，L. Morrison等人，第21-40頁，Humana
Press, © 2002中，其以引用之方式併入本文中β 可用於本文所述方法中之螢光團的實例為：7·胺基_4_甲 基香丑素-3-乙酉夂（AMCA)、Texas RedTM(Molecular Probes, Inc” Eugene，OR)、5-(及-6)·羧基 _χ_若丹明（rhodamine)、 麗絲胺若丹明B(lissamine rhodamine B)、5-(及-6)-幾基榮 光素、螢光素-5-異硫氰酸酯（FITC)、7_二乙基胺基香豆 素_3·曱酸、四甲基若丹明_5_(及_6)_異硫氰酸酯、5•(及· 6)-羧基四甲基若丹明、7-羥基香豆素_3·甲酸、6·[螢光素_ 5-(及-6)-甲醯胺基]己酸、Ν_(4,4·二氟_5,7_二曱基_4_硼_ 3a，4a-二氮雜-3-二環戊二烯幷苯丙酸、曙紅_5_異硫氰酸 酯、紅螢素-5-異硫氰酸酯、5·(及-6)-缓基若丹明、及 Cascade™ 藍乙酿基疊氮化物（M〇iecuiar pr〇bes，inc， Eugene，OR)。在較佳探針組中，使用不同顏色之螢光團 以便可清楚地觀測該組中之各染色體探針。 雜交之後，可用螢光顯微鏡及各螢光團之適當濾光片， 或使用雙帶通或三帶通濾光片組觀測多個螢光團來觀察探 151762.doc •22· 201120449 針。參見例如Bittner等人之美國專利第5,776,688號，其以 引用之方式併入本文中。任何適合之顯微鏡成像方法皆可 用於觀測雜交之探針，包括自動數位成像系統，諸如可購 自MetaSystems或Applied Imaging者。或者’可使用諸如 流動式細胞測量術之技術來檢查染色體探針之雜交樣式。 亦可例如使用生物素或地高辛（dig〇Xygenin)以此項技術 中熟知之方式間接標記探針。然而，隨後需要次級偵測分 子或進一步加工來觀測經標記之探針。舉例而言，可由抗 生蛋白（例如抗生蛋白鏈菌素）結合於可偵測標記物（例如螢 光團）偵測經生物素標記之探針。另外，抗生蛋白可結合 於酶標記物，諸如驗性構酸酶或辣根過氧化酶。該等酶標 記物可在標準比色反應中使用酶之受質來偵測。鹼性碟酸 酶之受質包括5-溴-4-氯-3-吲哚基磷酸鹽及硝基藍四唾錄 鹽。可使用二胺基聯苯胺作為辣根過氧化酶之受質。 適用於該等方法之探針及探針組可與其他試劑一起封農 於套組中以用於執行本文揭示之方法。 與隹衆寿·愈《•—種例示性探針組合物包含直接標記之 DNA FISH探針之混合物。舉例而言，此探針組包括％仏
SpectrumOrange探針及 Vysis SpectrumGreen探針。適合之 探針組市售可得，其預混於適合之雜交緩衝液中。 褶忑袭餚。生物樣品為含有細胞或細胞物質之樣品，包 括來自患者樣品之含細胞提取物。舉例而言，肺樣品通常 為源自肺結構之細胞或細胞物質，該等肺結構包括（但不 限於）肺實質、細支氣管、支氣管（bronchial)、支氣;f 151762.doc •23· 201120449 (bronchi)及氣管。適用於偵測肺癌之生物樣品之非限制性 實例包括支氣管樣本、切除之肺組織、肺活檢體及瘦樣 品。支氣管樣本之實例包括支氣管分泌物、洗液、灌洗 液、抽吸物及刷洗液。肺活檢體可由包括外科手術、支氣 管鏡檢、細針抽吸（FNA)及經胸廓針活檢之方法獲得。在 一個實例中，可由肺活檢體製得觸摸製品。亦可對源自早 期N S C L C患者j6l液樣品的循環腫瘤細胞樣品進行本發明檢 定。可使用可購自Immunicon之免疫磁性分離技術來製備 循環腫瘤細胞樣品。 可用諸如曱酿之固定劑將組織固定，隨後包埋於石蝶 中。隨後使用切片機切割切片且塗覆於顯微鏡載玻片上。 可由源自FNA、支氣管洗滌液、支氣管灌洗液或痰之細胞 懸浮液、或受浸染之組織細胞製備細胞學樣本。可藉由將 細胞固定於乙醇或甲醇：乙酸中並結合細胞離心、薄層沈 積法（例如ThinPrep，Cytyc Corp.)、塗片、或吸移至顯微 鏡載玻片上來製備細胞學樣本。另外，生物樣品可包括積 液’例如肋膜積液、心包積液或腹膜積液。 癬芡才法《可使用任何合適之原位雜交方法。在原位雜 交之前，使細胞内所含之染色體探針及染色體DNA各自發 生變性。若染色體探針係以單股核酸形式製備，則不需要 使探針變性《•通常藉由在高pH值、熱（例如約7〇。匸至約 95°C之溫度）、諸如甲醯胺及鹵化四烷基銨或其組合之有 機溶劑存在下培育來發生變性。舉例而t，可藉由組合高 於70°C (例如約73乞）之溫度與含有7〇%甲醯胺及& ssc(〇 3 151762.doc •24· 201120449 氯化鈉及G.G3 M；^檬酸納）之變性緩衝液而使染色體〇财 =14 °通吊確立變性條件以使細胞形態得以保持。舉例而 =可厶由&例如藉由將探針加熱至約饥維持約5分 鐘，使染色體探針變性。 移除變性化學劑或條件讀，在衫條件下使探針與染 色體NA黏接*交條件」為有助於探針與標靶染色體 DNA之間黏接的條件。雜交條件視探針之濃度、驗基組 成、複雜性及長度以及鹽濃度、溫度及培育時長而變化。 舉例而言’通常在含有N2x ssc、5〇_55%甲酿胺、雜交加 速劑（例如跳硫酸葡聚糖）及抑止非特異性雜交之未經標 記阻斷DNA的雜交緩衝液中進行原位雜交。一般而言，如 上所述之雜交條件包括約25t至約55t之溫度，及約〇 5 小時至約96小時之培育時長。更特定言之，雜交可在約 32 C至約45°C下進行約2至約16小時。 柒色體探針與標乾區域外之DNA的非特異性結合可藉由 一系列鹽溶液洗滌來移除。各次洗滌之溫度及鹽濃度視所 要嚴格度而定。舉例而言，對於高嚴格度條件，洗滌可在 約65 C至約80。(：下使用〇_2χ至約2x SSC及約〇.1〇/0至約1% 非離子型洗滌劑（諸如Nonidet Ρ-40(ΝΡ40))來進行。可藉由 降低洗滌溫度或增加洗滌用之鹽濃度來降低嚴格度。 探針與組織樣品之雜交可手動進行，或藉助於儀器進 行’諸如ThermoBrite雜交烘箱、VP 2000處理器或 XMatrix™加工儀器（皆購自 Abbott Molecular，inc·)。 •知游贸選》可藉由多種方法及使用多種準則來初步評估 151762.doc -25- 201120449 細胞樣品。本文所述之摈斜 沐一把“ 铋針及方法並不限於與特定篩選方 饵指法」，其中觀測者掃描數 百至數千個細胞以分析細胎_皆从 “生，例如以膽濾光片 觀察。所評估之細胞數目蔣潲媒 一“ 数目將視樣本之細胞性而定，該細胞 性在患者與患者間不同。通常但並非—定與發育不良細胞 及贅生性細胞相關之細胞異常性包括核增大、核不規則及 異常DAH染色（常有雜色絲色較淺卜在掃描步驟中，觀 測者較佳關注於對彼等亦展現細胞異常性之細胞的染色體 異常性（如FISH所展示）之細胞評估。另外，可評估一定比 例的無明顯細胞異常性之細胞’因為在無細胞異常性之情 況下亦會發生染色體異f。該掃描法更詳細地描述於 Hailing等人之美國專利第6 174 681號中其以引用之方式 併入本文中。可選擇肺癌細胞以供使用]^〇1>士〇11等人之美 國專利公開案2003/0087248 A1中所述之方法進行評估， 5亥案以引用之方式併入本文中β 亦可選擇樣本之區域以供使用習知染色劑，諸如含有蘇 木精（hematoxylin)及曙紅之染色劑進行評估。舉例而言， 病理學家可用蘇木精/曙紅染色劑對石壌包埋樣本之切片 進行染色’由組織形態及染色樣式鑑別可能具癌性之區 域’且用氈頭墨水筆或玻璃劃線器描繪彼區域之輪廓。隨 後用玻璃劃線器將作標識之區域轉移至石蠟包埋樣本之連 續切片上之相應位置，且在彼載玻片上進行fish。隨後評 估劃線區域内細胞之fish信號。 袭β邀異#之摩廯揉4·的痛涿**異常細胞之特徵在於存 151762.doc • 26 · 201120449 在一或多個染色體複本數異常樣式。藉由檢查細胞中染色 體探針之雜交樣式（例如各探針之信號數）且記錄信號數來 評估患者樣品之細胞中複本數異常樣式的存在。體細胞染 色體異數性通常欲意謂整個染色體、或染色體上之基因座 的異*複本數。異常複本數包括體染色體之單染色體性 (monosomy)(—個複本）與零染色體性（nuUs〇my)(零複本）， 亦稱為缺失；以及多於2個複本，對於特定染色體基因 座’有時稱之為S因擴增（或者，在基因複本數超過所含 染色體之複本數的情況ητ，專稱為擴增）'然@，石蠟包 埋樣本(通常4-6㈣之切片處理可能會截短細胞核，使得 一些細胞之針對每個細胞之fish信號數目將稍小於完整細 胞核中之實際複本數。測^各探針之特Ο·探針雜交信 號之絕對數，隨後用於各種比率比較。 測試樣品可包含足夠供臨床輯之任何數目之細胞，且 在較佳石躐包埋組織樣品[通常針對約2〇至約綱個細 胞評估雜交樣式。較佳的是，每個樣品針對約40至約120 個細胞評估雜交樣式。 l此，本發㈣料解決公認之料_的新研究結果 =^週期素W物區咖之崎複本數增加）， 此係藉由提供判斷哪此串右 處於疾病復發 次轉移之最间風險下且應確 物㈣治療以使其長期存活之：(或如放射線之替代 繼而 *欲 〇此丨生達到最大的方法。 繼而’本發明描述使得特異性DNA測 細胞週期素b °貞心括編碼 序㈣色體複本數增加的 I51762.doc -27- 201120449 研究結果，該細胞週期素E之基因的表現標籤先前已與不 良癌症患者結果相關聯。因此，當細胞週期素E複本數增 加之測試呈陰性或存在正常複本數時，此鑑別出患者具有 較低或無疾病復發或轉移風險，該等患者在初始切除腫瘤 之後無*追縱療法。該等測試策略可顯著影響患有早期 NSCLC之患者的發病率與死亡率。本文所用之方法亦提 出，應用於其他癌症以類似地偵測與疾病進展時間及/或 總存活時間顯著相關的細胞週期素E之dnA複本數增加。 因而，所揭示之方法有可能解決哪些早期NSCLC患者應在 外科手術後接受藥物療法之問題且可廣泛影響癌症治療決 策及患者結果。 套·组。在另一態樣中，本發明亦提供一種套組，其包 含：a)判斷細胞週期素以基因是否存在複本數增加之試 劑；及b)進行測試之說明書。在該套組之一個例示性實施 例中，判斷是否存在複本數增加之試劑包括與Μι之至少 一部分（Chr 19，起始位置：34722418 ;終止位置： 35643933 ’在人類基因組組裝體hgl8(NCBI BuUd 36)中） 雜交的以可偵測方式作標記之聚核苷酸，其可能包括或可 能不包括編碼CCNE1之彼區域部分的任何部分❶舉例而 言，適合之套組含有能夠與]^1雜交之任何上述探針。 本發明之細節在以下實例巾進一步闡述，該實例不欲限 制所主張之本發明範疇。熟習此項技術者應瞭解該等方 法之變化及修改可在回顧本說明書之後顯而易知。因此， 在不脫離本發明之範疇或精神的情況下，可對本文所述之 151762.doc -28· 201120449 實施例提供該等修改及變化。 實例 實驗方法.祿I。使用高密度SNP基因 ,A ^ 〜土做陣列 ymetnx ΐοοκ陣列組）對總計178個nsclc臨床註 品之基因複本數變化進行概況分析。小心解剖所有樣品以 使腫瘤/正常組織比率達到最大且驗證組織病理學類型及 期數。僅分析患有1期及Η期疾病之患者的樣品。所有該等 樣品皆來自經外科手術切除治療而未進行任何新輔助化療 之患者。針對各患者所收集之臨床資訊包括種族、年齡、 出生日期、性別、臨床期、病理期、位置、外科手術程序 (SP)日期 '組織學、分化、診斷曰期、結點陽性（node positivity)、吸煙狀況、化療狀況、放射狀況、復發狀 况、復發日期、復發位置、多長時間後復發、最後一次追 蹤之曰期、最後一次追蹤之狀況、活著/死亡、總存活時 間及死因。選擇多長時間後復發（ttr)及總存活時間（〇s) 作為結果參數。其他臨床參數（結點狀況、期數等）視為混 同變數。肺癌多長時間後復發自患者病歷（chart)中獲得。 表2及表3分別提供所研究患者群組之總存活時間及總計 多長時間後復發的數字。 表2 :
OS 期 死亡 活著(經核實） 總計 la a 25 31 lb - u 6 40 46 2a 0 1 1 _2b --L_ 19 17 24 —-----—— 83 102 151762.doc -29· 201120449 表3 :
TTR 期 復發 無復發(經核實） 總計 la 10 21 31 lb 9 34 43 2a 1 0 1 2b 9 13 22 總計 29 68 97 複名教痛沉分#。遵循製造商之說明書，使用Qiagen DNAeasy套組（Qiagen，Valencia, CA)，將約 30 mg來自各腫 瘤之組織用於提取高分子量基因組DNA。藉由瓊脂糖凝膠 電泳檢查DNA之品質。加工250奈克DNA使之與包含 Genechip Human Mapping 100K組（Matsuzaki H, Dong S, Loi H等人，Genotyping over 100,000 SNPs on a pair of oligonucleotide arrays. Nat Methods 2004; 1:109-11)陣列 (Affymetrix，Inc·, Santa Clara，CA)之兩個微陣列中之每一 者雜交，各微陣列覆蓋平均標記物間距離為23.6 kb之人類 基因組中之116,204個單核苷酸多形性（SNP)基因座。根據 製造商之推薦（www.affymetrix.com)加工微陣列。藉由比 較晶片信號與48個正常女性樣品之平均值來計算複本數。 由QC移除受正常組織污染之樣品。 旄診才法。使用單變數分析來檢驗以下參數作為可能存 在之混同因素：病理期、臨床期、吸菸狀況、年齡、性 別、結點狀況、組織學（腺癌相對鱗狀細胞癌）。未偵測到 顯著影響。在存活分析中，檢驗臨床期與標記物區域之相 互作用。複本數異常與期數無顯著相互作用（FDR<0.05)。 151762.doc •30· 201120449 結果：圖1為78個樣品之卡本-麥爾曲線圖（Kaplan-Meier plot)，其展示人類基因組組裝體hgl8(NCBIBuild3 6)中之
Ml(Chr 19，起始位置：34722418 ;終止位置：35643933) 有無擴增（亦即，至少為1之複本數增加）之患者之間的〇S 差異。在卡本-麥爾曲線圖中，X軸表示（存活）時間（天）， 且y軸表示患者存活機率。只要發生死亡，曲線即跌降。 有擴增（亦即，標記物之複本數增加）之患者之數據由曲線 圖中下方（較暗）之線展示。正常基線補體為2之患者之數據 由曲線圖中上方（較淺）之線展示（經FDR調整之p值= 0.0299)。在78個樣品中，總計27個樣品顯示標記物擴增之 跡象：17個樣品具有3個複本，3個樣品具有4個複本，且7 個樣品具有5個或5個以上複本。擴增區段長約〇.9 Mb且包 括含有細胞週期素E1基因（CCNE1)之核苷酸序列，以及： C 19orf 12染色體19開放閱讀框架12、C 19orf2染色體1 9開放 閱讀框架2、PLEKHF1 (含普列克受質蛋白（pieckstrin)同源 域之家族F(含FYVE域）成員1)、p〇P4加工前驅體4、核糖 核酸酶P/MRP次單元（釀酒酵母）、及ZNF536鋅指蛋白 536 °由圖1之卡本-麥爾曲線圖可見，在nsclC患者 中’包括CCNE1之標記物之擴增（亦即複本數增加）與較短 OS相關聯。表4列出Chrl9上包括Ml之若干標記物的總存 活時間數據（不同臨床期之間共有chr6上之標記物，其數 據展示於表4之最後兩列中）。 151762.doc -31· 201120449 表4 :針對包括Chrl9,34.7Mb-35.6Mb之標記物之總存活時間 期 染色體 起始位置 區段長度 FDR 擴增數 平均擴增 SNP數 2 147604021 3513659 0.0233 7 2.8516132 166 2 159911944 1511940 0.0001 5 3.2498274 67 2 200924525 3320890 0.0398 6 3.006085 79 2 205893481 2160144 0.0075 5 2.9990652 101 3 88399682 386599 0.0140 5 3.5534647 12 6 36255222 423122 0.0347 6 2.9201916 8 6 39088059 762306 0.0356 15 3.1071308 30 6 123724457 11850520 0.0377 7 2.9452862 667 8 4115551 55428 0.0126 7 2.8073117 19 8 6895465 1889190 0.0166 7 3.0262839 36 la-2a 11 61374252 2935902 0.0004 9 3.2120357 46 11 64310154 493823 0.0040 12 3.5343537 6 11 64803977 880941 0.0004 7 3.6506583 9 12 93683 1774306 0.0493 11 3.604318 50 17 43477124 1455714 0.0219 7 3.1622542 24 17 51532820 1678229 0.0054 10 3.1730034 54 17 69173224 2131396 0.0304 23 3.1612824 32 19 32693527 387442 0.0183 18 4.0913848 8 19 33195577 113123 0.0459 22 3.841479 6 19 34722418 921516 0.0299 27 4.1530261 20 19 38853838 1895624 0.0085 24 3.895232 34 19 57033283 5156456 0.0091 14 3.1469281 83 lb-2b 1 109538586 1580066 0.0224 5 2.9805551 58 6 70761833 382704 0.0116 17 3.2107404 28 la-2b 6 70761833 382704 0.0110 24 3.0754468 28 不同於先前鑑別之預測因子（表現標藏），此處描述之生 物標記物Ml表示DNA增加（可由FISH量測之穩定事件）。可 使用FISH探針以使標記物能夠得到驗證/使用，且該標記 物為用作臨床試驗中之分層生物標記物之強有力的候選 物。該標記物可用於例如確定具有不同結果之疾病之分子 子群。因而，該標記物很可能與藥物反應相關聯。 該等數據指示使用包括由FISH量測之細胞週期素E 1基 因座之Ml的基因組複本數評估及使用適當分類因子在早 期NSCLC中具有預後重要性。分類因子能夠將已用外科手 151762.doc -32- 201120449 術治療但未進行新輔助或追蹤化療之患者以統計顯著性方 式歸為有利及不利復發之類別。目前尚無臨床活體外診斷 檢定能夠如此。因此’對早期NSCLC活檢樣本或切除之腫 瘤進行的包括細胞週期素E1之基因組序列之Chr 19，34.7 Mb-3 5.6 Mb的FISH檢定在與外科手術及辅助療法相關之決 策方面顯現價值。 應瞭解’以上描述欲說明而非限制本發明之範嗨。本發 明之其他態樣、優點及修改在以下闡述之申請專利範圍之 預定範疇内。 【圖式簡單說明】 圖1為展示患有早期NSCLC之78位患者群組之總存活時 間（OS)(天）的卡本-麥爾曲線圖’按chr 19，34.7 Mb-3 5.6 Mb是否存在複本數增加來歸類。 151762.doc •33-

Claims (1)

  1. 201120449 七、申請專利範圍： 1 · 一種預測進行肺癌治療之患者之疾病結果的方法，該方 法包含以下步驟： a) 提供患者之測試樣品； b) 測定該測試樣品中細胞週期素E1基因之複本數； c) 相對於基線複本數2比較該測試樣品中該細胞週期 素E1基因之複本數，藉此判斷該測試樣品中該細胞週期 素E1基因存在或不存在複本數增加；及 d) 基於該測試樣品中該細胞週期素£1基因存在或不存 在複本數增加，當與該細胞週期素E1基因無複本數增加 之患者之疾病結果的基線測量值相比時，鑑別具有不良 疾病結果風險增加之患者，其中該細胞週期素E丨基因存 在複本數增加可預測不良疾病結果。 2.如請求項1之方法，其中該不良疾病結果為以下至少一 者·當與該細胞週期素E1基因無複本數增加之患者之總 存活時間相比時，總存活時間縮短；及當與該細胞週期 素E 1基因無複本數增加之患者之總存活時間相比時，較 短時間復發。 3· 一種預測進行肺癌治療之患者之疾病結果的方法，該方 法包含以下步驟： a) 提供患者之測試樣品； b) 判斷細胞週期素以基因存在或不存在複本數增加；及 c) 基於該細胞週期素E1基因存在或不存在複本數增 加’當與該細胞週期素以基因無複本數增加之患者之總 151762.doc 201120449 存活時間相比時，判斷該患者是否具有總存活時間縮短 或較短時間復發之較高風險。 4. 如明求項1至3中任一項之方法，其中該細胞週期素E j基 因位於染色體19之34.7Mb-35.6Mb。 5. 如凊求項1至3中任-項之方法，其中該測試樣品包含組 織樣品。 6. 如明求項5之方法，其中該組織樣品包含血液樣品、腫 瘤組織或疑腫瘤組織、薄層細胞學樣品、細針抽吸樣 肺瞿洗樣〇口、肋膜積液（p】eura】 effusi〇n)樣品、新鮮 ^東組織樣品、石壌包埋組織樣品，或由任何周邊血液 樣品所產生之提取物或經加工樣品。 月长項5之方法，其中該組織樣品包含肺組織樣品或 包含循環腫瘤細胞之周邊血液樣品。 月東項1至3中任一項之方法，其中該判斷步驟（b)係由 原位雜交進行。 9. 如請求項8^ , 惑万法，其中該原位雜交係用經螢光標記之 核酸探針進行。 1 0 *如δ青求項8t d . ’，、中S亥原位雜交係用至少兩個核酸 探針進行。 11.如請求項8夕-^、+ ^ . — 、，其中§亥原位雜交係用狀核酸探針進 12. 如請求項1至3中任-項之方法 聚合酶鏈反應進行。 13.如請求項1至3中任一項」 其t該判斷步驟係由 其中該判斷步驟（b)係由 I51762.doc 201120449 核酸測序檢定進行β 其中該判斷步驟係由 其中該肺癌為非小細胞 14. 如請求項1至3中任一項之方法 核酸微陣列檢定進行。 15. 如請求項1至3中任—項之方法 肺癌。 如請求項1至3中任—項 法’其中該癌症係選自由鱗 狀細胞癌、大細胞癌及腺癌組成之群。 17_如請求項丨至3中任一項之 巾再中该患者係用化療、 放射線、外科手術或其任何組合治療。 18, —種為罹患肺癌之患者選 疋伴/σ縻之方法，該方法包含以 下步驟： a) 提供該患者之㈣樣品，其巾化療㈣療為該患者 之至少一個治療選項； b) 測定該測試樣品中細胞週期素E1基因之複本數； 0相對於基線複本數2比較該測試樣品+該細胞週期 素E1基因之複本數’藉此判斷該測試樣品中細胞週期素 E1存在或不存在複本數增加；及 d)基於步驟c)中之比較，確定化療治療療程。 19.如印求項68之方法，其中基於步驟匀中之比較確定治療 療程包含當癌症結果標記物存在複本數變化時，選擇化 療劑及確定化療治療頻率。 20·如請求項18之方法，其中該測試樣品包含組織樣品。 21.如請求項20之方法，其中該組織樣品包含血液樣品、腫 瘤組織或疑腫瘤組織、薄層細胞學樣品、細針抽吸樣 151762.doc 201120449 品 '肺灌洗樣品、肋膜積液樣品、新鮮冷;東組織樣品、 石蠟包埋組織樣品，或由任何周邊血液樣品所產生之提 取物或經加工樣品。 22.如請求項2〇之方法，其中該組織樣品包含肺組織樣品或 包含循環腫瘤細胞之周邊血液樣品。 23·如請求項18之方法，其中該判斷步驟（b)係由原位雜交進 行。 24. 如請求項23之方法，其中該原位雜交係用經螢光標記之 核酸探針進行。 25. 如凊求項23之方法，其中該原位雜交係用至少兩個核酸 探針進行。 26. 如请求項23之方法，其中該原位雜交係用肽核酸探針進 行。 27. 如请求項18之方法，其中該判斷步驟（b)係由聚合酶鏈反 應進行。 28. 如请求項18之方法，其中該判斷步驟沙）係由核酸測序檢 定進行。 29. 如请求項18之方法，其中該判斷步驟斤）係由核酸微陣列 檢定進行。 30. 如明求項18之方法，其中該肺癌為非小細胞肺癌。 31·如印求項18之方法，其中該癌症係選自由鱗狀細胞癌、 大細胞癌及腺癌組成之群。 32.如明求項丨8之方法，其中該患者亦用放射線或外科手術 或其組合治療。 151762.doc 201120449 3 3. —種將患者分類為患有抗治療性肺癌之方法，其包含以 下步驟： a) 提供患者之測試樣品； b) 測定細胞週期素E1基因之複本數； c) 相對於該細胞週期素E1基因之基線複本數2比較該 剥試樣品中該細胞週期素E1基因之複本數，以判斷該患 者之該細胞週期素E1基因存在或不存在複本數增加；及 d) 基於該細胞週期素E1基因存在複本數增加，將該患 者分類為患有抗治療性肺癌。 34.如請求項33之方法，其中該測試樣品包含組織樣品。 3 5.如請求項34之方法，其中該組織樣品包含血液樣品、腫 瘤組織或疑腫瘤組織、薄層細胞學樣品、細針抽吸樣 品、肺灌洗樣品、肋膜積液樣品、新鮮冷凍組織樣品、 石蠟包埋組織樣品，或由任何周邊血液樣品所產生之提 取物或經加工樣品。 36. 如請求項34之方法，其中該組織樣品包含肺組織樣品或 包含循環腫瘤細胞之周邊血液樣品。 37. 如請求項33之方法，其中該判斷步驟(b)係由原位雜交進 行。 38. 如請求項37之方法，其中該原位雜交係用經營光標記之 核酸探針進行。 39. 如吻求項37之方法，其中該原位雜交係用至少兩個核酸 探針進行。 40. 如請求項^ _ <方法，其中該原位雜交係用肽核酸探針進 151762.doc 201120449 行。 41. 如明求項33之方法，其中該判斷步驟沙)係由聚合酶鏈反 應進行。 42. 如凊求項33之方法，其中該判斷步驟（b)係由核酸測序檢 定進行。 43 ·如吻求項3 3之方法，其中該判斷步驟沙）係由核酸微陣列 檢定進行。 44.如靖求項33之方法，其中該肺癌為非小細胞肺癌。 45·如吻求項34之方法，其中該癌症係選自由鱗狀細胞癌、 大細胞癌及腺癌組成之群。 46·如相求項33之方法，其中該患者係用化療放射線外 科手術或其任何組合治療。 47. —種套組，其包含： a) 判斷細胞週期素Ε1基因存在或不存在複本數增加之 試劑；及 b) 進行測試之說明書。 48. 如請求項47之套組’其中該等判斷存在或不存在複本數 增加之試劑包含可债測標記之聚核Μ，其肖該細胞週 期素El基因之至少一部分雜交。 151762.doc
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Families Citing this family (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11149299B2 (en) * 2015-06-25 2021-10-19 Ramesh Vallabhaneni Method and system for multiplex profiling of chromosomes in biological samples using target-specific DNA probes
CN109609636B (zh) * 2018-12-29 2021-11-30 上海交通大学医学院附属瑞金医院 一种肺腺癌差异性表达circRNA的检测试剂盒及其应用
WO2021222816A1 (en) * 2020-05-01 2021-11-04 Cedars-Sinai Medical Center Isolation and functional analysis of epithelial progenitor cells from the human lung
KR20220060198A (ko) * 2020-11-04 2022-05-11 국립암센터 유전자 복제수 변이 정보를 이용하여 췌장암 환자의 생존 예후를 예측하는 방법
KR102565761B1 (ko) 2022-12-08 2023-08-10 한화시스템(주) 주반사경의 플렉셔 마운트 본딩장치
KR102610066B1 (ko) 2023-08-22 2023-12-05 한화시스템(주) 주반사경의 플렉셔 마운트 본딩장치 및 본딩 방법

Family Cites Families (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US5756696A (en) 1986-01-16 1998-05-26 Regents Of The University Of California Compositions for chromosome-specific staining
US5322770A (en) 1989-12-22 1994-06-21 Hoffman-Laroche Inc. Reverse transcription with thermostable DNA polymerases - high temperature reverse transcription
AU622426B2 (en) 1987-12-11 1992-04-09 Abbott Laboratories Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization
KR950013953B1 (ko) 1990-01-26 1995-11-18 애보트 래보라토리즈 리가제 연쇄 반응에 적용가능한 표적 핵산의 증폭 방법
US5491224A (en) 1990-09-20 1996-02-13 Bittner; Michael L. Direct label transaminated DNA probe compositions for chromosome identification and methods for their manufacture
US6174681B1 (en) 1999-03-05 2001-01-16 Mayo Foundation For Medical Education And Research Method and probe set for detecting cancer
EP1362124B1 (en) 2001-02-20 2011-07-06 Vysis, Inc. Methods and probes for the detection of cancer
CN1252283C (zh) 2001-04-30 2006-04-19 关新元 卵巢癌的检测方法和试剂盒
US20060024692A1 (en) 2002-09-30 2006-02-02 Oncotherapy Science, Inc. Method for diagnosing non-small cell lung cancers
GB2411229B (en) 2003-07-22 2006-04-12 Hitachi Int Electric Inc Object tracking method and object tracing apparatus
JP2005304497A (ja) * 2004-03-25 2005-11-04 Joji Inasawa 特定の癌関連遺伝子を用いる癌の検出方法及び癌の抑制方法
EP2527460B1 (en) 2004-05-27 2014-12-24 The Regents of The University of Colorado Methods for prediction of clinical outcome to epidermal growth factor receptor inhibitors by cancer patients
EP2163624A1 (en) 2004-09-24 2010-03-17 Oncotherapy Science, Inc. Method for diagnosing non-small cell lung cancers by tRNA-dihydrouridine synthase activity of URLC8
WO2006128195A2 (en) 2005-05-27 2006-11-30 Dana-Farber Cancer Institute Methods of diagnosing and treating cancer by detection of chromosomal abnormalities
KR100759288B1 (ko) 2005-11-14 2007-09-17 가톨릭대학교 산학협력단 비교유전자보합법을 이용한 폐암 및 폐암의 하부유형 진단방법
US20100292090A1 (en) * 2006-08-25 2010-11-18 Oncotherapy Science, Inc. Prognostic markers and therapeutic targets for lung cancer
WO2008050356A1 (en) 2006-10-27 2008-05-02 Decode Genetics Cancer susceptibility variants on chr8q24.21
BRPI0908173A2 (pt) 2008-02-21 2016-12-06 Basf Se composição para cuidado pessoal, e, método para fabricar uma composição ou uma formulação antimicrobiana para cuidado pessoal
US8951725B2 (en) 2008-04-14 2015-02-10 Abbott Laboratories Diagnostic methods for determining prognosis of non-small cell lung cancer

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Publication number Publication date
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