TW201016222A - RNA antagonists targeting GLI2 - Google Patents

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TW201016222A TW098124020A TW98124020A TW201016222A TW 201016222 A TW201016222 A TW 201016222A TW 098124020 A TW098124020 A TW 098124020A TW 98124020 A TW98124020 A TW 98124020A TW 201016222 A TW201016222 A TW 201016222A
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Description

201016222 六、發明說明: 【發明所屬之技術領域】 本發明提供調節GLI2表現之化合物、組合物及方法。詳 言之,本發明係關於寡聚化合物(寡聚物),其以細胞中之 GLI2 mRNA為標的,從而導致GLI2之表現降低。GLI2表 現之降低對諸如癌症之一系列醫學病症有益。 . 本申請案根據35 U.S.C.§119(e)之規定主張2008年7月16 曰申請之美國臨時申請案第US 61/08 1,135號之權利,該申 • 請案之揭示内容以全文引用的方式併入本文中。本申請案 亦主張2008年7月15日申請之EP 08104754之優先權。 【先前技術】 神經膠質瘤相關致癌基因2(GLI2)為GLI含鋅指轉錄因子 之成員,其牵涉於許多細胞類型及大多數器官中之細胞命 運抉擇、增殖及圖案化中。已知人類GLI2 mRNA經歷替代 性拼接以產生替代性拼接變異體。在皮膚角質細胞中過度 表現GLI2之轉殖基因小鼠產生多發性基底細胞癌,從而指 胃示GLI2在此等癌瘤形成中之作用。 US 6,440,739及WO 03/008545揭示一系列以GLI2為標的 ' 之2'-甲氧基乙基修飾之嵌合反義寡核苷酸,且指示此等寡 . 核苷酸可能適用於治療與GLI2表現有關之疾病。Kim等 人,2007,Cancer Res. 67(8) 3583-3593對用以活體外特異 性下調GLI2且降低肝細胞癌細胞增殖之2'-曱氧基乙基修飾 之喪合反義寡核苦酸進行報導。 需要改良之以GLI2為標的之寡聚物。此外,需要以 141747.doc 201016222 GLI1與GLI2為標的之募聚物。 【發明内容】 本發明提供一種具有10-50個單體(諸如1〇_3〇侗 丨口早體)之 寡聚物,其包含10-50個單體(諸如10-30個單體)之連續 列,其中該連續序列(第一區域)與對應於哺乳動%GLl2^^ 或GLI1及/或GLI3基因或mRNA之區域或與編喝哺乳動物 GLI2及/或GLI1及/或GLI3之核酸(諸如哺乳動物GLI2及/或 GLI1及/或GLI3基因或mRNA,諸如具有SEQ id 及/ 或SEQ ID NO·· 2及/或SEQ ID NO·· 134中所示之成糾以 〜汁列的核 酸)或其天然存在之變異體之目標區域的反向互補序歹彳1 少 80%(例如 85%、90%、95%、98%或99%)—致(同源)。因 此,舉例而言,寡聚物與具有SEQ ID NO: 1中所示之序列 的單鏈核酸分子之區域雜交。 本發明提供一種具有10-50個單體(諸如10-30個單體)之 寡聚物,其包含10-50個單體(諸如10-30個單體)之連續序 列,其中該連續序列(第一區域)與對應於哺乳動物GLI2及/ 或GLI1及/或GLI3基因或mRNA之區域或與編碼哺乳動物 GLI2及/或GLI1及/或GLI3之核酸(諸如哺乳動物GLI2及/或 GLI1及/或GLI3基因或mRNA,諸如具有SEQ ID NO: 1及/ 或SEQ ID NO: 2及/或SEQ ID NO: 134中所示之序列的核 酸)或其天然存在之變異體之目標區域的反向互補序列至 少 80%(例如 85%、90%、95%、98%或 99%)—致(同源);且 其中該第一區域中之至少一個單體為核苷類似物,其中該 核苷類似物為鎖核酸(LNA)單體。因此,舉例而言,寡聚 141747.doc 201016222 物與具有SEQ ID NO: 1中所示序列之單鏈核酸分子的區域 雜交。 本發明提供一種包含本發明之寡聚物及至少一個與該寡 聚物共價連接之非核苷酸或非聚核苷酸部分的結合物。 本發明提供一種包含本發明之寡聚物或結合物及醫藥學 上可接受之稀釋劑、載劑、鹽或佐劑之醫藥組合物。 本發明提供用作藥物之本發明之寡聚物或結合物,其諸 如用於治療諸如過度增生性病症(諸如癌症或其他過度增 生性病症)之如本文所揭示之疾病或醫學病症。 本發明提供本發明之寡聚物或結合物之用途,其係用於 製造供治療諸如過度增生性病症(諸如癌症)之如本文所揭 示之疾病或病症的藥物。 本發明提供一種治療諸如過度增生性病症(諸如癌症)之 如本文所揭示之疾病或病症的方法,該方法包含向患有或 易感染該疾病或病症之動物(諸如患有或易感染該疾病或 病症之患者)投與例如有效量之本發明之寡聚物、結合物 或醫藥組合物。 本發明提供一種誘發細胞中細胞凋亡的方法,該方法包 含使該細胞與足以觸發細胞凋亡之量的本發明之寡聚物、 結合物或醫藥組合物接觸,其中該細胞表現gLI2及/或 GLI1及/或GLI3基因或mRNA。 在一實施例中’該疾病或病症或病狀與gli2及/或GLI1 及/或GLI3基因或mRNA之過度表現有關。 本發明提供一種抑制表現GLI2及/或GLI丨及/或GLI3之細 141747.doc 201016222 胞t之GLI2及/或GLI1及/或GLI3的方法,該方法包含使該 細胞與本發明之寡聚物或結合物接觸以便影響該細胞中 GLI2及/或GU1及/或GLI3表現之抑制(例如對GLI2表現產 生抑制作用)。 本發明亦係關於以GLI1與GLI2為標的之寡聚物,且因 此本發明進一步提供一種抑制表現GLI1及GLI2之細胞中 之GLI1與GLI2的方法’該方法包含使該細胞與本發明之 寡聚物或結合物接觸以便影響該細胞中GUI與GLI2表現 之抑制(例如對GLI1與GLI2表現產生抑制作用)。 本發明提供一種具有10-50個單體之寡聚物,其包含ι〇_ 50個連續單體之第一區域,其中該第一區域之序列與對應 於哺乳動物GLI2及/或GLI1及/或GLI3基因之區域或編碼哺 乳動物GLI2及/或GLI1及/或GLI3之核酸之目標區域的反向 互補序列至少80%—致。 本發明進一步提供一種包含本發明之寡聚物的結合物, 其包含至少一個與本發明之募聚物共價連接之非核苷酸或 非聚核苷酸部分(「結合部分」)。 本發明提供包含本發明之募聚物或結合物及醫藥學上可 接受之稀釋劑、載劑、鹽或佐劑之醫藥組合物。 本發明進一步提供一種用於藥物中之本發明之募聚物。 本發明進一步提供本發明之寡聚物的用途,其係用於製 造供治療一或多種本文所提及之疾病的藥物,該等疾病為 諸如選自由過度增生性病症(諸如癌症,諸如前列腺癌、 神經膠質瘤、結腸直腸癌、黑色素瘤、乳癌、肺癌或肝細 141747.doc 201016222 胞癌)組成之群的疾病。 本發明進一步提供一種用於治療一或多種本文所提及之 疾病的本發明之寡聚物,該等疾病為諸如選自由過度增生 性病症(諸如癌症,諸如•前列腺癌、神經膠質瘤、結腸直 腸癌、黑色素瘤、乳癌、肺癌或肝細胞癌)組成之群的疾 病。 本發明亦提供包含本發明之寡聚物之醫藥組合物及其他 組合物。本發明進一步提供下調細胞或組織中之gLI2&/ 或GLI1及/或GLI3之表現的方法,該方法包含在活體外或 活體内使該等細胞或組織與有效量之一或多種本發明之寡 聚物、結合物或組合物接觸。本發明進一步提供下調細胞 或組織中之GLI1及GU2之表現的方法,該方法包含在活 體外或活體内使該等細胞或組織與有效量之一或多種本發 明之寡聚物、結合物或組合物接觸。 本發明亦揭示治療疑似患有或易感染與GLI2及/或GLn 及/或GLI3之表現或過度表現有關之疾病或病狀的動物(非 人類動物或人類)的方法,其係藉由向該非人類動物或人 類投與治療或預防有效量之一或多種本發明之寡聚物、結 合物或醫樂組合物來達成。此外,本發明提供使用寡聚物 來抑制GLI2及/或GLI1及/或GLI3之表現及治療與GLI2及/ 或GLI1及/或GLI3之活性有關之疾病的方法。 本發明提供一種治療選自由過度增生性病症(諸如癌 症’諸如前列腺癌、神經膠質瘤、結腸直腸癌、黑色素 瘤、乳癌、肺癌或肝細胞癌)組成之群的疾病之方法,該 141747.doc 201016222 方法包含向有需要之動物(諸如有需要之患者)投與有效量 之一或多種募聚物、結合物或其醫藥組合物。 本發明提供在細胞或組織中抑制(例如藉由下調)(}]^12及/ 或GLI1及/或GLI3之表現的方法,該方法包含在活體外或 活體内使該細胞或組織與有效量之一或多種募聚物、結合 物或其醫藥組合物接觸以實現下調GLI2及/或GLI丨及/或 GLI3之表現的步驟。 本發明提供在細胞或組織中抑制(例如藉由下調)GLn及 GLI2之表現的方法’該方法包含在活體外或活體内使該細 胞或組織與有效量之一或多種募聚物、結合物或其醫藥組 合物接觸以實現下調GLI1及GLI2之表現的步驟。 【實施方式】 募聚物 本發明使用寡聚化合物(在本文中稱為募聚物),其係用 於調節編碼哺乳動物GLI2及/或GLI1及/或GLI3(諸如以SEQ ID NO: 1所示之GLI2核酸;或以SEQ ID NO:么所示之GLI2 核酸,或諸如以SEQ ID NO: 134所示之GLI2核酸)之核酸 分子及該等核酸分子之天然存在之變異體的功能。在本發 明之上下文中術語「寡聚物」係指由兩個或兩個以上單體 共價鍵聯所形成之分子(亦即寡核苷酸)。在一些實施例 中’券聚物包含以下或由以下組成:1〇_5〇個共價鍵聯之 單體’諸如10-30個共價鍵聯之單體,諸如1〇_24個共價鍵 聯之單體,諸如10-18個共價鍵聯之單體,諸如1〇·16個共 價鍵聯之單體。 141747.doc 201016222 「在一些實施例中,術語「核普」、「核普酸」、「單元」及 單體」可互換使用。將認識到當提及核苷酸或單體之序 列時,所提及者為鹼基(諸如Α、τ、G、(:或11)之序列。 如本文所用之術語「核#酸」係指包含糖部分、驗基部 刀及共彳貝鍵聯之基團(鍵聯基團)(諸如磷酸酯或硫代磷酸酯 核普酸間鍵聯基團)的糖普,且涵蓋天然存在之核苦酸(諸 . 如DNA或RNA)與包含經修飾之糖及/或驗基部分的非天然 存在之核普酸,本文亦將該等非天然存在之核苦酸稱為 「核苷酸類似H文中’亦可將單一核苦酸(單元)稱為 單體或核酸單元。 在生物化學領域中’術語「核苷」通常用於指包含糖部 >及驗基部分之料,且因此#提及在募聚物之㈣酸之 間藉由核苦酸間鍵而共價鍵聯之「核皆酸」單元時可使 用。在生物技術領域中’術語「核苷酸」通常用於指核酸 早體或單元,且因而在寡核苦酸之情形下可能係指驗基, • 冑如「核苦酸序列」通常係指核驗基序列(亦即糖主鏈及 核苦間鍵之存在為隱含的)。同樣地,尤其在核*間鍵聯 . 1團#之-或多者經修飾之募㈣酸的情況下,術語「核 酸」可能係指「核苷」,例如甚至當明確說明核苷之間 * 的鍵之存在或性質時,亦可使用術語「核苷酸」。 —般熟習此項技術者將瞭解,在本發明之上下文中,寡 酸(寡聚物)之5,末端核㈣不包含5,核芽酸間鍵聯基 ,但其可能包含或可能不包含5,末端基團。 術-「早體」包括天然存在於核酸中且不含經修飾之糖 141747.doc 201016222 或經修飾之核驗基的核苷與去氧核苷(統稱為「核苷」)’ 亦即核糖或去氧核糖與天然存在之未經修飾核鹼基(鹼基) 部分(亦即,嘌呤及嘧啶雜環腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶、 胸嘧啶或尿嘧啶)共價鍵結之化合物,及「核苷類似物」, 其為確實天然存在於核酸中或並非天然存在於核酸中之核 苷,其中該糖部分不為核糖或去氧核糖(諸如雙環糖或2,_ 經修飾糖’諸如2·_經取代糖),或該鹼基部分經修飾(例 如,5_甲基胞嘧啶),或兩者皆有。 「RNA單體」為含有核糖及未經修飾之核鹼基的核苷。 「DNA單體」為含有去氧核糖及未經修飾之核鹼基的核 苷。 如下文所進一步描述,「鎖核酸單體」、「鎖單體」或 「LNA單體」為具有雙環糖之核苷類似物。 術語「對應於」係指寡聚物之核苷酸/核苷序列(亦即核 鹼基或鹼基序列)或連續核苷酸/核苷序列(第一區域)與另 一個選自i)核酸目標之反向互補序列之子序列及/或Η)本文 所提供之核苷酸/核苷序列的序列之等效連續核苷酸/核苷 序列之間的比對。使核苷酸/核苷類似物與其等效物或相 應核苷酸/核苷直接比對。對應於另一個屬於丨)或Η)之序列 之第一區域通常與在該第一區域(諸如連續核苷酸/核苷序 列)之長度上的序列一致,或如本文所述,在一些實施例 中可能與相應序列具至少80%同源性,諸如至少85%、至 少90%、至少91%、至少92%、至少93。/。、至少94%、至少 95%、至少96%同源性、至少97%同源性、至少98%同源 141747.doc -10- 201016222 性、至少99%同源性(諸如1 〇〇0/〇同源性(―致))。 術語「相應核苷類似物」及「相應核苷」指該核苷類似 物中之鹼基部分與核苷中之鹼基部分相同。舉例而言,當 「核苷」含有與腺嘌呤鍵聯之2,_去氧核糖時,「相應核苷 類似物」含有例如與腺嘌呤鹼基部分鍵聯之經修飾之糖。 在本發明之上下文中,術語「寡聚物」、「寡聚化合物」 及「募核苷酸」可互換使用,且係指兩個或兩個以上單體 利用(例如)磷酸酯基(在核苷之間形成磷酸二酯鍵)或硫代 磷酸酯基(在核苷之間形成硫代磷酸酯鍵)共價鍵聯而形成 之分子。寡聚物由以下組成或包含以下:1〇_5〇個單體, 諸如10-30個單體’諸如10_24個單體,諸如1〇_18個單體, 諸如10-16個單體。寡聚物由第一區域(連續序列)組成或包 含第一區域(連續序列),該第一區域(連續序列)例如由9_ 30個連續單體、諸如9_24個單體、諸如9_18個單體、諸如 9_ 16個單體組成。 在一些實施例中,術語「連續序列」、「連續單體」及 「區域」可互換。 在一些實施例中,寡聚物包含如本文所提及之核苷或核 苦類似物或其混合物。「LNA寡聚物」或「LNA募核苷 酸」係指含有一或多個LNA單體之寡核苷酸。 視情況包括於寡聚物中之核苷類似物可類似地充當相應 核苦’或可具有特定改良功能。其中一些或所有單體為核 苦類似物之募聚物通常優於天然形式,此係因為該等寡聚 物具有若干所需特性,諸如穿透細胞膜之能力、對細胞外 141747.doc 201016222 及/或細胞内核酸酶之優良抗性及對核酸目標之高親和力 及特異性。舉例而言,對於賦予一或多種以上所提及之特 性而言,LNA單體尤其較佳。 在多個實施例中’募聚物内存在之一或多種核苷類似物 為「沉默的」或在功能上與相應天然核苷「等效」,亦即 對寡聚物用於抑制目標基因表現之方式不具有功能性影 響。然而,例如當此等「等效」核苷類似物更易於製造或 製造成本更低廉,或在儲存或製造條件下更穩定,或可併 有標籤或標記時,其為有用的。然而,通常,類似物將對 募聚物用於抑制表現之方式具有功能性影響;例如,藉由 對目標核酸之目標區域產生增加之結合親和力及/或對核 酸酶(諸如細胞内核酸酶)之抗性增加,及/或更易於輸送^ 細胞中。 因此,在多個實施例中,本發明之募聚物包含核苷單體 及至少一個核苷類似物單體,諸如LNA單體或其他核苷類 似物單體。 術語「至少一個」包含大於或等於1之整數,諸如i、 2、3、4、5、6、7、8、9、1〇、u、12、13、14、15、 16、17、18、19、20等。在多個實施例中,諸如當提及本 發明寡聚物之核酸或蛋白質目標時,術「至少一個」包 括術語「至少兩個」及「至少三個」及「至少四個」。同 樣地’在-些實施例中,術語「至少兩個」包含術語「至 少二個」及「至少四個」。 在-些實施例中,寡聚物在第一區域中包含以下或由以 141747.doc 201016222 、16、17、18、 28、29或30個連 下組成:9、10、11、12、13、14、15 19、20、21、22、23、24、25、26、27、 績單體。 在一些實施例中,寡聚物包含以下或由以下組成:1〇_ 24個連續單體,諸如10_22個連續單體,諸如ι〇_ΐ8個連續 單體,諸如10-16個連續單體,諸如i2_18個連續單體,諸 如13-17個或12-16個連續單體,諸如13、14 ' 15、“或以
個連續單體。應瞭解,當給出寡聚物或連續核苷酸序列長 度之範圍時,其包括該範圍所提供之下限長度及上限長 度’例如10-30(介於1〇與30之間)包括1〇與3〇。 在某些實施例中,寡聚物包含以下或由以下組成:丨〇、 11、12、13或14個連續單體。 在多個實施例中,本發明之寡聚物由至多24個單體、諸 如至多22個單體、諸如至多2〇個單體、諸如至多18個單 體、諸如15、16或17個單體組成。在一些實施例中,本發 明之募聚物包含少於20個單體。 在多個實施例中,本發明之募聚物不包含rNa單體。 在多個實施例中,本發明之寡聚物為線性分子或合成為 線性。在該等實施例中,募聚物為單鏈分子,且通常不包 含例如至少3、4或5個連續單體之短區域,其與同一募聚 物内之另一區域互補以使得該募聚物形成内部雙鏈體。在 些實施例中’寡聚物大體上不為雙鏈,亦即不為 siRNA。 在一些實施例中,本發明之寡聚物由一段連續單體(第 141747.doc -13- 201016222 一區域)組成,其序列係由本文所揭示之SEQ ID NO識別 (例如參見表1-3)。在其他實施例中,募聚物包含一第一區 域,該區域由編碼目標之核酸分子之一段連續單體組成; 及一或多個其他區域,其由至少一個其他單體組成。在一 些實施例中,該第一區域之序列係由本文所揭示之SEQ ID NO識別。 間隙聚合物(gapmer}設計 通常,本發明之寡聚物為間隙聚合物。 「間隙聚合物」為包含能夠募集如下文所進一步描述之 核糖核酸酶(例如核糖核酸酶H)之一段連續單體(諸如至少 6或7個DNA單體之區域,在本文中稱作區域B)的寡聚物。 區域B在其5’端與3'端上由分別稱作區域A及區域C之區域 側接,區域A及區域C各包含以下或由以下組成:核苷類 似物,諸如增強親和力之核苷類似物,諸如1-6個核苷類 似物。核糖核酸酶較佳為核糖核酸酶Η,諸如大腸桿菌(五. co/i)或人類核糖核酸酶Η。當使募聚物與互補RNA分子(諸 如mRNA目標)形成雙鏈體時,測定募聚物募集核糖核酸酶 Η之能力。 在一些實施例中,能夠募集核糖核酸酶之單體係選自由 DNA單體、α-L-LNA單體、C4'烷基化DNA單體(參見 PCT/EP2009/050349 及 Vester 等人,Bioorg. Med. Chem. Lett. 18(2008) 2296-2300,其以弓I用的方式併入本文中)及 UNA(未鎖核酸)核苦酸(參見Fluiter等人,Mol. Biosyst·, 2009, 10, 1039,其以引用的方式併入本文中)組成之群。 141747.doc • 14- 201016222 UNA為未鎖核酸’通常其巾已移除糖之c2,_c3,鍵(亦即C2| 與C3'碳之間的共價碳-碳鍵),從而形式未鎖「糖」殘基。 通常’間隙聚合物自5,至3,包含區域人^丨或視情況存在 之A-B-C-D或D-A-B-C,其中:區域A(A)由以下組成或包 含以下:至少一個核苷類似物,諸如至少一個LNA單體, 諸如1-6個連續核苷類似物,諸如LNA單體;且區域B(B) 由以下組成或包含以下:能夠募集核糖核酸酶之至少五個 連續單體(當與目標RNA分子(諸wmRNA目標)之互補目標 區域形成雙鏈體時),諸如DNA單體;區域c(C)由以下組 成或包含以下:至少一個核苷類似物,諸如至少一個LNa 單體’諸如1-6個連續核苷類似物,諸如lna單體;且區 域D(D)(若存在)由以下組成或包含以下:1、2或3個單 體,諸如DNA單體。 在多個實施例中,區域A由1、2、3、4、5或6個核苷類 似物,諸如LNA單體,諸如2-5個核苷類似物,諸如2-5個 LNA單體’諸如3或4個核苷類似物,諸如3或4個LNA單體 組成;及/或區域C由1、2、3、4、5或6個核苷類似物,諸 如LNA單體’諸如2-5個核苷類似物,諸如2_5個LNA單 體,諸如3或4個核苷類似物,諸如3或4個LNA單體組成。 在某些實施例中,區域B由以下組成或包含以下:能夠 募集核糖核酸酶(諸如核糖核酸酶H)之5、6、7、8、9、 10、11或12個連續單體(例如連續核苷酸),或能夠募集核 糖核酸酶之6-10個或7-9個連續單體,諸如10個或9個或8個 連續單體。在某些實施例中’區域B由以下組成或包含以 141747.doc 15 201016222 下:至少一個DNA單體,諸如1_12個0>1八單體,較佳4_12 個DNA單體,更佳6-10個DNA單體,諸如7_1(Hg|DNA單 體’最佳8、9或1〇個DNA單體。 在夕個實施例中,區域A由3或4個核普類似物(諸如lnA 單體)組成,區域B由7、8、9或1〇個DNA單體組成,且區 域C由3或4個核苷類似物(諸如LNA單體)組成。該等設計 包括(A-B-C)3-l〇-3、3-10-4、4-10-3、3-9-3、3-9-4、4-9- 3、3-8-3、3-8-4、4-8-3、3-7-3、3_7-4、4-73,且可進一 步包括區域D’其可具有1或2個單體(諸如DNA單體)。 其他間隙聚合物設計揭示於WO 2004/046160中,該文獻 以引用的方式併入本文中。 以引用的方式併入本文中之WO 2008/113832(其主張美 國臨時申請案60/977,409之優先權)涉及「短聚物 (shortmer)」間隙聚合物募聚物。在一些實施例中,本文 呈現之寡聚物可為該等短聚物間隙聚合物。 在某些實施例中,寡聚物由1〇、11、12、13、14、15或 16個單體組成’其中該寡聚物之區域具有模式(5,_3,)A_B_ C或視情況存在之a-B-C_D或D-A-B-C,其中:區域A由 1、2或3個核苷類似物單體(諸如LNA單體)組成;區域B由 能約募集核糖核酸酶(諸如核糖核酸酶H)之7、8、9或10個 連續單體組成;且區域C由1、2或3個核苷類似物單體(諸 如LNA單體)組成。若存在,則區域d由單一 DNA單體組 成。 在某些實施例中,區域A由1個LNA單體組成。在某些實 141747.doc •16- 201016222 施例中,區域A由2個LNA單體組成。在某些實施例中,區 域A由3個LNA單體組成。在某些實施例中,區域個 LNA單體組成。在某些實施例中,區域c由2個LNA單體組 成。在某些實施例中,區域C由3個LNA單體組成。在某些 實施例中’區域B由7個核苷單體組成。在某些實施例中, 區域B由8個核苷單體組成。在某些實施例中,區域b由9 個核皆早體組成。在某些實施例中,區域B由1 〇個核苦單 體組成。在某些實施例中,區域B包含1-1〇個DNA單體, 諸如2、3、4、5、6、7、8或9個DNA單體。在某些實施例 中’區域B包含1-9個DNA單體,諸如2、3、4、5、6、7或 8個DNA單體。在某些實施例中,區域b由DNA單體组成。 在某些實施例中’區域B包含至少一個呈α-L構型之LNA單 體,諸如2、3、4、5、6、7、8、9或10個呈α-L構型之 LNA單體。在某些實施例中,區域b包含至少一個a_L氧 基LNA單體。在某些實施例中’區域b中之呈a_L構型之所 有LNA單體皆為a-L-氧基LNA單元。在某些實施例中, A-B-C區域中存在之單體的數目分別選自由以下(核苷類似 物單體-區域B-核苷類似物單體)組成之群:ι_8-1、1-8_2、 2-8-1、2-8-2、3-8-3、2-8-3、3-8-2、4-8-1、4-8-2、1-8-4、 2_8-4 ;或 1_9-1 、 1-9-2 、 2-9-1 、 2-9-2 、 2-9-3 、 3-9-2 、 1- 9-3、3-9-1、3-9-3、4-9-1、1-9-4 ;或 l-10-i、ι·ι〇·2、 2- 10-1、2-10-2、1-10-3、3-10-1、2-10-3、3-10-2 或 3-10-3。 在某些實施例中’本發明寡聚物之A-B-C區域中存在之單 體的數目分別選自由以下組成之群:2-7-1、1-7-2、2-7-2、 141747.doc -17- 201016222 3-7-3、2-7-3、3-7-2、3-7-4 及 4-7-3。在某些實施例中,區 域A及區域C各由三個LNA單體組成,且區域8由8或9或1〇 個核苷單體、較佳DNA單體組成。在某些實施例中,區域 A及區域C各由兩個LNA單體組成,且區域8由8或9個核苷 單體、較佳DNA單體組成。 在多個實施例中,其他間隙聚合物設計包括以下設計: 其中區域A及/或區域C由3、4、5或6個核苷類似物,諸如 含有2 -0-曱氧基乙基-核糖(2,_m〇e)之單體及含有氟去 氧核糖之單體組成,且區域3由8、9、1〇、u*l2個核苷 (諸如DNA單體)組成,其中區域A_BC具有3 9 3、31〇3、 5-10-5或4-12-4個單體。其他間隙聚合物設計揭示於|〇 2007/1465 11A2中,該文獻以引用的方式併入本文中。 核苷間鍵 本文所述之募聚物之單體係經由鍵聯基團偶合於一起。 各單體適當地經由鍵聯基團與3,相鄰單體鍵聯。 一般熟習此項技術者應瞭解,在本發明之上下文中寡 聚物之5'末端單鱧不包含5ι鍵聯基團,但其可能包含或可 能不包含5'末端基團。 術語「鍵聯基團」及「核苷間鍵」意謂能夠將兩個連續 單體共價偶合於一起之基團。特定且較佳實例包括磷酸酯 基(在相鄰核苷單體之間形成磷酸二酯)及硫代磷酸酯基(在 相鄰核苷單體之間形成硫代碟酸醋鍵)。 合適的鍵聯基團包括WO 2007/031091中所列出之彼等鍵 聯基團,例如WO 2007/03 1091(其以引用的方式併入本文 141747.doc •18· 201016222 中)之第34頁之第—段中列出之鍵聯基團。 在多個實施例中,較佳將鍵聯基團自其正常填酸二醋修 飾為更能抵抗核酸酶攻擊去l A ^ ^ &军考(諸如硫代磷酸酯或硼烷磷酸 醋)’此兩者可由核糖核酸醢 裂解’藉此允許核糖核酸酶 介導之對目標基因表現之反義抑制。 在一些實施例中,較佳為如本文所提供之合適的含硫 (s)鍵聯基團。在多個實施例中,尤其對於間隙聚合物之 間隙區域(B)而s,較佳為硫代碌酸酯鍵聯基團。在某些 實施例中,使用硫代磷酸酯鍵使側接區域(A及c)中之單體 鍵聯於一起。在多個實施例中,使用硫代磷酸酯鍵以使區 域A或C與區域D鍵聯,且使區域d内之單體鍵聯於一起。 在多個實施例中’區域A、B及C包含除硫代填酸酯外之 鍵聯基團(諸如磷酸二酯鍵),尤其例如當使用核苷類似物 保護區域A及區域C内之鍵聯基團免於核酸内切酶降解 時,諸如當區域A及區域C包含LNA單體時。 在多個實施例中,募聚物之相鄰單體藉助於硫代填酸酯 基彼此鍵聯。 認識到在具有硫代磷酸酯主鏈、尤其具有在核苷類似物 單體之間或與核苷類似物單體相鄰(通常在區域A及/或區 域C中)的硫代磷酸酯鍵聯基團之寡聚物中包括磷酸二酯鍵 (諸如一或兩個鍵)可修飾寡聚物之生物可用性及/或生物分 布,參見WO 2008/053314 ’其係以引用的方式併入本文 中。 在一些實施例(諸如上文提及之實施例)中’在適當情況 141747.doc -19- 201016222
下且未特定說明時,所有剩輪赫脇* A 另馀鍵聯基團為磷酸二酯基或硫 代碟酸S旨基或其混合物。 在一些實施例中,所有核皆間鍵聯基團為硫代鱗酸_ 基。 當提及特定間隙聚合物寡核普酸序列(諸如本文所提供 之彼等間隙聚合物寡核苷酸序列)時,應瞭解,在多個實 施例中,當鍵為硫代磷酸醋鍵時,可使用替代性鍵(諸如 本文中所揭示之彼等鍵),例如可使用磷酸酯(磷酸二酯) 鍵,尤其對於核苷類似物(諸如LNA單體)之間的鍵而言。 同樣地,在多個實施例中,當提及特定間隙聚合物寡核苷 酸序列(諸如本文所提供之彼等間隙聚合物寡核苷酸序列) 時,當區域A或區域C中之一或多個單體(諸如LNA單體)包 含5-甲基胞嘧啶鹼基時,彼區域中之其他單體可含有未經 修飾之胞嘧啶驗基。 目標核跋 術語「核酸」及「聚核苷酸」在本文中可互換使用,且 經定義為由兩個或兩個以上如上文所述之單體共價鍵聯所 形成之分子。包括2個或2個以上單體時,「核酸」可為任 何長度,且術語統稱為「寡聚物」,其具有本文所述之長 度。術語「核酸」及「聚核苷酸」包括單鏈、雙鏈、部分 雙鏈及環狀分子。 在一些實施例中,如本文所用之術語「目標核酸」係指 編碼哺乳動物GLI2多肽(諸如人類GLI2)之DNA或RNA(例 如’ mRNA或前體mRNA),諸如具有SEQ ID NO: 1中所示 141747.doc -20- 201016222 序列之核酸,及該等核酸之天然存在之對偶基因變異體。 在某些實施例中,哺乳動物GLI2為小鼠GLI2。 在一些實施例中,如本文所用之術語「目標核酸」係指 編碼哺乳動物GLI1多肽(諸如人類GLI1)之DNA或RNA(例 如,mRNA或前體mRNA),諸如具有SEQ ID NO: 2中所示 序列之核酸,及該等核酸之天然存在之對偶基因變異體。 在某些實施例中,哺乳動物GLI1為小鼠GLI1。 在一些實施例中,如本文所用之術語「目標核酸」係指 編碼哺乳動物GLI3多肽(諸如人類GLI3)之DNA或RNA(例 如,mRNA或前體mRNA),諸如具有SEQ ID NO: 134中所 示序列之核酸,及該等核酸之天然存在之對偶基因變異 體。在某些實施例中,哺乳動物GLI3為小鼠GLI3。 在一些實施例中,例如當用於研究或診斷中時,「目標 核酸」為cDNA或衍生自以上DNA或RNA核酸目標之合成 寡核苷酸。本發明之寡聚物通常能夠與目標核酸雜交。 例示性目標核酸包括具有下表中所示GenBank寄存編號 之編碼哺乳動物GLI2之核酸,以及其相應蛋白質序列: 核酸(mRNA/cDNA序列) 之GenBank寄存編號 多肽(經推導) 之GenBank寄存編號 人類 NM_005270 第 4版 (SEQIDNo 1) NP_005261 第 2版 小鼠 NM_001081125 第 1版 NP_001074594第 1版 例示性目標核酸包括具有下表中所示GenBank寄存編號 之編碼哺乳動物GLI1之核酸’以及其相應蛋白質序列: 141747.doc -21 - 201016222 核酸(mRNA/cDNA序列) 之GenBank寄存編號 多肽(經推導) 之GenBank寄存編號 人類 NM_005269第 1版 (SEQ ID No 2) NP_005260第 1 版 小鼠 NM_010296 第 2版 NP_034426 第 2版 恆河猴 XM_001116072第 1版 XP_001116072第 1版 例示性目標核酸包括具有下表中所示GenBank寄存編號 之編碼哺乳動物GLI3之核酸,以及其相應蛋白質序列: 核酸(mRNA/cDNA序列) 之GenBank寄存編號 多肽(經推導) 之GenBank寄存編號 人類 NM_000168 第 4版 (SEQIDNo 134) NP_000159 第 3版 小鼠 NM_008130 第 2版 NP_032156 第 2版 恆河猴 XM_001098108 第 1版 XP_001098108第1版 認識到上文所揭示之核酸之GenBank寄存編號係指cDNA 序列而並非指mRNA序列本身。成熟mRNA之序列可自相 應cDNA序列用尿嘧啶鹼基(U)置換胸嘧啶鹼基(T)而直接衍 生。 術語「其天然存在之變異體」係指天然存在於指定分類 學群組(諸如哺乳動物,諸如小鼠、猴及較佳人類)中之 GLI2及/或GLI1及/或GLI3多肽或核酸序列之變異體;較佳 GLI2之變異體。通常,當提及GLI2聚核苷酸之「天然存 在之變異體」時,該術語亦涵蓋藉由染色體易位或複製得 到之見於人類2號染色體位置2ql4處之編碼GLI2之基因組 DNA及RNA(諸如自RNA衍生之mRNA)之任何對偶基因變 異體。通常,當提及GLI1聚核苷酸之「天然存在之變異 141747.doc -22- 201016222 體」時,該術語亦涵蓋藉由染色體易位或複製得到之見於 人類12號染色體位置12ql3.2-ql3.3處之編碼GLI1之基因組 DNA及RNA(諸如自RNA衍生之mRNA)之任何對偶基因變 異體。通常,當提及GLI3聚核苷酸之「天然存在之變異 體」時’該術語亦涵蓋藉由染色體易位或複製得到之見於 人類7號染色體位置7pl3處之編碼GLI3之基因組DNA及 • RNA(諸如自RNA衍生之mRNA)之任何對偶基因變異體。 「天然存在之變異體」亦可包括由GLi2及/或GLI1及/或 • GLI3 mRNA之替代性拼接衍生之變異體。當提及特定多肽 序列時,例如,該術語亦包括蛋白質之天然存在形式,其 因此可例如藉由共轉譯修飾或轉譯後修飾(諸如信號肽裂 解、蛋白水解裂解、糖基化等)來加工。 在某些實施例中,本文所述之寡聚物藉由寡聚物之單體 與目標核酸之單體之間的沃森-克里克(Wats〇n_Crick)鹼基 配對、霍氏氫鍵結(H00gSteen hydrogen bonding)或反向霍 φ 氏氫鍵結與目標核酸之區域(「目榡區域」)結合。該結合 亦稱為「雜交」。除非另外說明,否則結合係藉由互補鹼 基(亦即腺嘌呤與胸嘧啶(DNA)或尿嘧啶(RNA),及鳥嘌呤 與胞嘧啶)之沃森-克里克配對進行,且由於募聚物之序列 , 肖目標區域之反向互補序列-致或部分一致,故寡聚物與 目標區域結合;就本文中之目的而丄 4* » 人的而$,據稱募聚物與目標 區域「互補J或「部分互補」,且寡聚物序列與目標區域 之序列的「互補性」百分比為與目標區域序列之反向互補 序列的「一致性」(同源性)百分比。 141747.doc -23- 201016222 如本文所用之術語「反向互補序列」、「反向互補」及 「反向互補性」可與術語「互補序列」、「互補」及「互補 性」互換。 除非文中另外明確說明,否則本文中「目標區域」將為 具有使用下文所述之比對程式及參數與指定募聚物(或其 區域)之序列之反向互補序列最佳比對的序列的目標核酸 之區域。 在測疋本發明之募聚物(或其區域)與編碼哺乳動物GLI2 及/或GLI1及/或GLI3之核酸(諸如本文中所揭示之核酸)之 目標區域之間的「互補性」程度時,該「互補性」(亦為 「同源性」或「一致性」)程度係表示為募聚物(或其區域) 之序列與其所最佳比對之目標區域之序列(或目標區域之 反向互補序列)之間的一致性百分比(或同源性百分比^該 百分比係藉由計數在2個序列之間一致的所比對鹼基之數 目,除以养聚物中連續單體之總數且乘以1〇〇來計算。在 該比較中,若存在間隙,則較佳地該等間隙僅為錯配而非 在本發明之募聚物與目標區域之間間隙内之單體數目不同 的區域。 如本文所用之術語「同源」及「同源性」可與術語「一 致性」及「一致」互換。 就本發明而言,可使用Clustalw演算法使用標準設定測 定胺基酸及聚核苷酸比對、序列一致性百分比及互補性程 度:參見httP://www.ebi.ac.uk/emb〇ss/align/indexhtml,方 法:EMBOSS::水(局部):間隙開啟=1〇 〇,間隙延伸 141747.doc -24· 201016222 =0.5,使用Blosum 62(蛋白質)或對於核苷酸/核驗基序列 而言使用DNAfull。 如將暸解,視上下文而定,「錯配」係指序列之非一致 性(例如,寡聚物之核鹼基序列與其所結合之目標區域之 反向互補序列之間;例如,兩個經比對之編碼GLI2之核酸 的鹼基序列之間),或序列之非互補性(例如,寡聚物與其 所結合之目標區域之間)。 在一些實施例中,本發明之募聚物能夠抑制(諸如藉由 下調)表現或能夠表現(亦即藉由減輕細胞中GLI2目標基因 之GLI2壓制)GLI2目標基因之細胞中一或多個GLI2目標基 因之表現。 以GLI2 mRNA為標的之寡聚物可與沿目標mRNA核酸之 任何位點,諸如5'未轉譯前導序列、外顯子、内含子及3’ 未轉譯尾端雜交。然而,較佳使以GLI2 mRNA為標的之寡 聚物與目標核酸之成熟mRNA形式雜交。 以GLI1 mRNA為標的之寡聚物可與沿目標mRNA核酸之 任何位點,諸如5'未轉譯前導序列、外顯子、内含子及3' 未轉譯尾端雜交。然而,較佳使以GLI1 mRNA為標的之寡 聚物與目標核酸之成熟mRNA形式雜交。 以GLI3 mRNA為標的之募聚物可與沿目標mRNA核酸之 任何位點,諸如V未轉譯前導序列、外顯子、内含子及3’ 未轉譯尾端雜交。然而,較佳使以GLI3 mRNA為標的之募 聚物與目標核酸之成熟mRNA形式雜交。 在一些實施例中,本發明之募聚物並非以GLI3 mRNA為 141747.doc •25· 201016222 標的。 適當地,本發明之寡聚物或其結合物能夠下調(例如降 低或移除)GLI2基因之表現。在多個實施例中,通常在哺 乳動物細胞(諸如人類細胞)中,本發明之募聚物(或結合 物)可實現GLI2之抑制。在某些實施例中,本發明之寡聚 物或其結合物與目標核酸結合,且影響GLI2 mRNA表現之 抑制’該抑制量與不存在募聚物或結合物之情況下的表現 量相比為至少10°/。或20°/。’更佳與不存在寡聚物或結合物 之情況下的GLI2表現量相比為至少30% ' 40%、50%、 60%、70%、80%、90%或 95% ° 適當地’本發明之寡聚物或其結合物能夠下調(例如降 低或移除)GLI1基因之表現。在多個實施例中,通常在哺 乳動物細胞(諸如人類細胞)中,本發明之募聚物(或結合 物)可實現GLI1之抑制。在某些實施例中,本發明之寡聚 物或其結合物與目標核酸結合’且影響GLI 1 mRNA表現之 抑制’該抑制量與不存在寡聚物或結合物之情況下的表現 量相比為至少10°Λ或20% ’更佳與不存在募聚物或結合物 之情況下的GLI1表現量相比為至少30%、40%、50%、 60%、70% ' 80% ' 90% 或 95% ° 適當地,本發明之募聚物或其結合物能夠下調(例如降 低或移除)GLI3基因之表現。在多個實施例中,通常在哺 乳動物細胞(諸如人類細胞)中,本發明之寡聚物(或結合 物)可實現GLI3之抑制。在某些實施例中,本發明之募聚 物或其結合物與目標核酸結合,且影響GLI3 mRNA表現之 141747.doc •26· 201016222 抑制,該抑制量與不存在募聚物或結合物之情況下的表現 量相比為至少10%或20%,更佳與不存在寡聚物或結合物 之情況下的GLI3表現量相比為至少30%、40%、50%、 60%、70%、80%、90%或 95% ° 在一些實施例中,當使用約0.04 nM至約25 nM、諸如約 0.8 nM至約20 nM之寡聚物或結合物時,可見該抑制作 用。如本文所說明,在一些實施例中,細胞類型為人類細 胞,諸如癌細胞,諸如人類結腸直腸癌細胞、人類神經膠 質瘤細胞、人類肝細胞癌細胞、人類黑色素瘤細胞、人類 乳癌細胞、人類肺癌細胞或人類前列腺癌細胞(例如活體 外轉染之細胞)。在一些實施例中,所用之寡聚物濃度為5 nM。在一些實施例中,所用之寡聚物濃度為25 nM。在一 些實施例中,所用之寡聚物濃度為1 nM。應注意,在使用 轉染(Lipofecton)之活體外細胞檢定中所執行之各種典型實 施例中,用於處理細胞之寡聚物之濃度係如實例中所說 明。在不存在轉染劑之情況下,獲得目標下調所需之募聚 物濃度通常為1 μΜ至25 μΜ,諸如5 μΜ。 在多個實施例中,mRNA表現之抑制小於100%(亦即, 小於完全表現抑制),諸如小於98%抑制、小於95%抑制、 小於90%抑制、小於80%抑制、諸如小於70%抑制。在多 個實施例中,可例如藉由諸如SDS-PAGE、繼之以西方墨 點法(western blotting)之方法,使用針對目標蛋白產生之 合適抗體,藉由量測蛋白質含量來測定基因表現之調節。 或者,可例如藉由北方墨點法(northern blotting)或定量 141747.doc -27- 201016222 RT-PCR量測mRNA之含量來測定表現量之調節。當經由 mRNΑ含量來量測時,在多個實施例中,當使用諸如約 0.04 nM至約25 nM、諸如約0.8 nM至約20 nM之適當劑量 時,下調量通常為在不存在本發明之募聚物、結合物或組 合物之情況下正常量的10-20%之量。 因此,本發明提供一種下調或抑制GLI2蛋白及/或mRNA 在表現GLI2蛋白及/或mRNA之細胞中之表現的方法,該方 法包含使該細胞與有效量之本發明之寡聚物或結合物接觸 以下調或抑制該細胞中GLI2蛋白及/或mRNA之表現。 本發明提供一種下調或抑制GLI1蛋白及/或mRNA在表現 GLI1蛋白及/或mRNA之細胞中之表現的方法,該方法包含 使該細胞與有效量之本發明之寡聚物或結合物接觸以下調 或抑制該細胞中GLI1蛋白及/或mRNA之表現。 本發明提供一種下調或抑制GLI3蛋白及/或mRNA在表現 GLI3蛋白及/或mRNA之細胞中之表現的方法,該方法包含 使該細胞與有效量之本發明之募聚物或結合物接觸以下調 或抑制該細胞中GLI3蛋白及/或mRNA之表現。 該細胞適當地為哺乳動物細胞,諸如人類細胞。在一些 實施例中,該接觸可能在活體外發生。在一些實施例中, 該接觸可能在活體内發生。 具有 SEQ ID NO 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、15、85、86(所有序列基元)及SEQ ID NO 91、92 及93(設計)及SEQ ID NO 112、11 3及114(化合物)中所示之 核鹼基序列之募聚物以GLI1與GLI2為標的。 141747.doc • 28 - 201016222 本發明提供一種製備用於治療諸如癌症之過度增生性病 症或下調表現GLI1與GLI2(及視情況存在之GLI3)之細胞中 的GLI1及GLI2(及視情況存在之GLI3)之寡聚物的方法,該 方法包含在人類GLI1與GLI2 mRNA序列之間選擇同源性 區域,使寡聚物具有作為該同源性區域之反向互補序列的 核鹼基序列,且製備本發明之寡聚物,其中寡聚物之核鹼 基序列具有至多1或2個與GLI1或GLI2 mRNA目標之相應 區域的錯配。因此,同源性區域可能包含1或2個與GLI1及/ 或GLI2 mRNA序列之相應區域的錯配,較佳1個錯配或甚 至無錯配。該同源性區域可與本發明之寡聚物一般長。在 一些態樣中,該方法可進一步包含選擇同源性區域,其中 該區域具有至少2個、諸如至少3個或至少4個與GLI3 mRNA之相應區域的錯配。或者,該方法可進一步包含選 擇同源性區域,其中該區域具有至多2個、諸如1個與GLI3 mRNA之相應區域的錯配或甚至無錯配。 在某些實施例中,SEQ ID NO: 1之目標區域包括具有在 人類GLI1與人類GLI2或其子序列之間完全匹配之序列的 彼等區域,諸如選自由以下人類GLI2 mRNA轉錄物之區域 組成之群的目標區域,該人類GLI2 mRNA轉錄物之區域的 序列如SEQ ID NO 1中所示:1)核苷酸909-926、2)核苷酸 933-948、3)核苷酸 1542-1555、4)核苷酸 1568-1586、5)核 苷酸 1647-1663、6)核苷酸 1695-1708、7)核苷酸 1789-1809 及8)核苷酸1839-1855。 在一些實施例中,SEQ ID NO: 1之目標區域包括具有在 141747.doc -29- 201016222 人類GLI1與人類GLI2或其子序列之間完全匹配之序列的 彼等區域。 在多個實施例中,SEQ ID NO: 1之目標區域包括具有在 人類GLI1、人類GLI2與人類GLI3或其子序列之間完全匹 配之序列的彼等區域。 較佳地,本發明之寡聚物不以外顯子1-5(亦即SEQ ID NO: 1之核苷酸1-831)為標的,此係歸因於在前5個外顯子 中出現之GLI2之替代性拼接變異體。因此,在一些實施例 中,目標區域見於SEQ ID NO: 1之核苷酸83 2至3’最末端核 苷酸之區域内。通常,募聚物不以mRNA目標之poly A尾端 為標的。 在一些實施例中,本發明之募聚物具有與GLI2 mRNA之 相應區域100%互補之核鹼基序列,且包含至多2個、諸如 1個與GLI 1 mRNA目標之相應區域的錯配或無錯配。 在該等實施例中,在一些態樣中,募聚物之核鹼基序列 當與GLI3 mRNA之最佳比對之目標區域的核鹼基序列相比 時包含0、1或2個錯配,或在其他態樣中,當與GLI3 mRNA之最佳比對之目標區域的核鹼基序列相比時,可能 包含至少2個、諸如3個、4個或5個錯配。 適當地,認為寡聚物具有當與SEQ ID NO: 1(人類GLI2) 及SEQ ID NO: 2(人類GLI1)之最佳比對之目標區域的鹼基 序列相比時具至多2個錯配、諸如至多1個錯配或無錯配之 驗基序列。
在一些實施例中,本發明之募聚物具有當與SEQ ID NO 141747.doc -30- 201016222 1之最佳比對之目標區域的反向互補序列相比時且有〇、〗 或2個錯配、諸如丨個錯配或無錯 〇 之最佳比斜之曰拇r丄 且田與SEQ ID NO 2 標區域的反向互補序列相比時具有至少! 個或至少2個或至少3個錯配之連續核驗基序列。 在一些實施例中,本發明之募聚物具有當與_⑴⑽ 134之最佳比對之Me 1 丁《目標£域的反向互補序列相比時具有0、 1或2個錯g己、諸如!個錯配或無錯配,且當與SEQ則
之最佳比對之目標區域的反向互補序列相比時具有至少夏 個或至少2個或至少3個錯配之連續核鹼基序列。 募聚物序列 在一些實施例中,本發明之寡聚物具有與具有選自由 SEQ ID NO. 3至SEQ ID NO: 90組成之群的序列之寡聚物 一致之序列。 進一步提供含有與本發明之寡聚物中之一或多者(充分 或凡全)互補或部分互補之目標區域的目標核酸(例如編碼 GLI2之DNA或mRNA)。在某些實施例中,募聚物與GLI2 目標區域之變異體結合,諸如對偶基因變異體(諸如存在 於人類2號染色體位置2ql4處之衍生自GU2基因之 mRNA)。在某些實施例中,寡聚物與GU1目標區域之變異 體結合’諸如對偶基因變異體(諸如存在於人類丨2號染色 體位置12ql3.2-ql3.3處之衍生自GLI1基因之mRNA) »在某 些實施例中,寡聚物與GLI3目標區域之變異體結合’諸如 對偶基因變異體(諸如存在於人類17號染色體位置7pl 3處 之衍生自GLI3基因之mRNA)。在一些實施例中,GLI2及/ 141747.doc •31 · 201016222 或GLI1及/或GLI3目標區域之變異體與具有SEQ ID NO: 1 及/或SEQ ID NO: 2及/或SEQ ID NO: 134中所示之序列的 目標區域具有至少60%、更佳至少70%、更佳至少80%、 更佳至少85%、更佳至少90%、更佳至少91%、至少92%、 至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至 少98%、至少99%序列一致性。因此,在其他實施例中, 當與具有選自由SEQ ID NO: 3至SEQ ID NO: 90組成之群 的序列之寡聚物相比時,本發明之募聚物具有有1、2或3 個鹼基不同之序列。通常,與GLI2目標區域之變異體結合 之本發明募聚物能夠抑制(例如藉由下調)GLI2。通常,與 GLI1目標區域之變異體結合之本發明寡聚物能夠抑制(例 如藉由下調)GLI1。通常,與GLI3目標區域之變異體結合 之本發明募聚物能夠抑制(例如藉由下調)GLI3。 在其他實施例中,本發明之寡聚物為LNA募聚物,例如 具有SEQ ID NO: 91至SEQ NO: 132中所示之序列的彼等寡 聚物。在多個實施例中,本發明之寡聚物為GLI2及/或 GLI1及/或GLI3 mRNA及蛋白質表現之有效抑制劑。在一 些實施例中,片語「有效抑制劑」係指具有如藉由實例5 之1丨口(^6(^&1111116轉染檢定所測定的小於5 111^1之1匸5。之寡聚 物。在一些實施例中,1C50小於4 nM,諸如小於2 nM。 在多個實施例中,本發明之寡聚物為具有SEQ ID NO: 118或SEQ ID NO: 132之序列的LNA寡聚物。 在多個實施例中,寡聚物包含以下或由以下組成:具有 與 SEQ ID NO: 1 及/或 SEQ ID NO: 2及/或 SEQ ID NO: 134 141747.doc -32- 201016222 中之目標區域之反向互補序列一致或部分一致的鹼基序列 之第一區域。在多個實施例中,寡聚物包含以下或由以下 組成:具有選自由SEQ ID NO: 3至SEQ ID NO: 90組成之 群的序列之第一區域。 在某些實施例中’募聚物包含以下或由以下組成:具有 與編碼哺乳動物GLI2及/或GLI1及/或GLI3之核酸之目標區 域序列充分互補(完全互補)的鹼基序列之第一區域。 在一些實施例中’寡聚物包括與GLI2及/或GLI1及/或 GLI3目標核酸之最佳比對之目標區域相比的1、2、3或4個 (或4個以上)錯配,且仍與目標區域充分結合以實現GLI2 及/或GUI及/或GLI3 mRNA或蛋白質表現之抑制。錯配對 沃森-克里克氫鍵結雙鏈體之失穩影響可例如由募聚物之 長度增加及/或寡聚物中存在之核苷類似物(諸如LnA單體) 之數目增加來補償。 在多個實施例中,與例如編碼哺乳動物GLI2或GLI1或 GLI3之目標核酸的最佳比對之目標區域的鹼基序列相比, 寡聚物驗基序列包含至多3個、諸如至多2個錯配。 在一些實施例中,與編碼哺乳動物GLI2之核酸的最佳比 對之目標區域的鹼基序列相比,寡聚物鹼基序列僅包含單 一錯配。 在多個實施例中,本發明之募聚物或其第一嘔域之鹼基 序列較佳與具有選自由SEQ ID NO: 3至SEQ ID NO: 90組 成之群的驗基序列之募聚物至少8〇% 一致,諸如至少 85/。、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少 141747.doc •33- 201016222 94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少 99%—致、諸如1〇〇%一致。 在某些實施例中,本發明之募聚物或其第一區域之鹼基 序列與 SEQ ID NO: 1 及/或 SEQ ID NO: 2及 / 或 SEQ ID NO: 134中存在《目標區域《反向互補彳列的⑯基序列至少 80%—致,諸如至少85%、至少9〇%、至少91%、至少 92%、至少93%、至少94%、至少95〇/〇、至少96%一致、至 少97%-致、至少98%—致、至少99%__致諸如議%__ 致。
在多個實施例中,本發明之募聚物或其第一區域之鹼基 序列較佳與SEQ ID NO: 1及/或SEq ID N〇: 2及/或化卩ID NO: 134之目標區域至少8〇%互補,諸如至少85%、至少 90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少 95%、至少96%互補、至少97%互補、至少98%互補、至少 990/。互補、諸如100%互補(完全互補)。 在一些實施例中,寡聚物(或其第一區域)具有選自由 SEQ ID NO: 3、10、19、35、59及75組成之群的鹼基序 列,或係選自由SEQ ID NO: 3、1〇、19、35、59及75之至 少9或10個連續單體組成之群。在其他實施例中當與所 選序列或其區域最佳比對時,本發明之寡聚物或其第一區 域之序列包含與具有SEQ ID NO: 3、1〇、19、35、59及75 之序列之寡聚物或其至少9或10個連續單體之序列中的鹼 基部分不同(例如錯配)之1、2或3個驗基部分。 在一些實施例中,如本文所用之術語「第一區域」係指 141747.doc -34· 201016222 寡聚物之一部分(子序列)。舉例而言,具有SEQ ID NO: 19 中所示序列之16單體為具有SEq ID NO: 87中所示序列之 24單體的子序列’亦即具有SEQ ID NO: 87中所示序列之 募聚物包含SEQ ID NO: 19中所示之序列。 在一些實施例中,募聚物(或其第一區域)具有選自由 • SEQ ID NO: 85至SEQ ID NO: 90或其至少9或10個連續單 . 體之序列組成之群的驗基序列。在其他實施例中,當與所 選序列或其區域最佳比對時,募聚物(或其第一區域)之序 ❹ 列包含與具有SEQ ID NO: 85至SEQ ID NO: 90之序列的募 聚物或其至少9或10個連續單體之序列中之鹼基部分不同 的1、2或3個鹼基部分。 在多個實施例中’寡聚物包含具有選自由SEq m Ν〇 3、10、l9、35、59及75組成之群的序列中一致存在之鹼 基序列的9、10、11、12、13、14、15或16個(諸如 1216 個)連續單體之區域。在其他實施例中,寡聚物包括包含 籲與具有序列SEQ ID NO: 3、10、19、35、59及75之募聚物 中之驗基部分不同的1、2或3個鹼基部分之區域。 在一些實施例中’第一區域由9、1〇、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、 ’ 26、27、28或29個連續單體組成,諸如9-22個 '諸如12-24 個、諸如12-22個、諸如12-18個、諸如12-16個單體。在一 些實施例中’第一區域適當地與本發明寡聚物具有相同長 度。 在一些實施例中,寡聚物在第一區域之5,端或3,端處包 141747.doc • 35- 201016222 含其他單體’諸如,在寡聚物之5,端或3,端處獨立地包含 3、4或5個其他單體,其與目標區域不互補。在多 :實施例中’本發明之寡聚物包含與目標互補之第 :,其:W處由與目標區域互補之其他單體側接: 在-些實施例中’其他5’或31單體為核芽,諸如_Α或 RNA單體。在多個實施例中,5,或3,單體表示如本文中間 隙聚合物寡聚物之情形中所提及之區域d。 在-些實施例中’本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下··具有根據SEQ ID耻85之核驗基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其1〇、丨丨、η、 13、14' 15或16個連續單體,諸如SEQ m n〇 3、4、卜 6、7 或 8 〇 在i實施例中,本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下具有根據SEQ ID NO: 86之核驗基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、丨丨、Η、 13 14 15或16個連續單體,諸如SEQ ID NO 10、11、 12 、 13 、 14或15 。 在-些實施你1巾,本發明《寡聚物由以下組成或包含以 下.具有根據SEQ ID NO: 87之核鹼基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、U、12、 13、14、15或16個連續單體,諸如SEq ID no 19、2〇、 21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32 或 33 〇 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 141747.doc -36- 201016222 下:具有根據SEQ ID NO: 88之核驗基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其10、u、12、 13、14、15或16個連續單體,諸如SEQ ID NO 36、37、 38、39、40、41 ' 42、43、44、45、46、47、48或49 〇 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 89之核鹼基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其10、u、12、 13、14、15或16個連續單體,諸如SEQ ID NO 60、61、 62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72 或 73 ° 在一些實施例中’本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 90之核鹼基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、U、12、 13、14、15或16個連續單體,諸如SEQ ID NO 76、77、 78、79、80、81、82、83或 84 ° 在一些實施例中’本發明之募聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 9之核鹼基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其1〇、u、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 16之核鹼基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其1〇、11、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 17之核鹼基序列之連續單體(第 141747.doc •37· 201016222 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其10、11、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 18之核鹼基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其10、11、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下··具有根據SEQ ID NO: 34之核驗基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其1〇、11、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 35之核驗基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、11、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中’本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 50之核鹼基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、11、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 51之核鹼基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、u、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 52之核鹼基序列之連續單體(第 141747.doc • 38 - 201016222 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其ι〇、u、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 53之核鹼基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其10、u、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中’本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 54之核鹼基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其10、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 下·具有根據SEQ ID NO: 55之核驗基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、u、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 56之核鹼基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、U、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 57之核鹼基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、^、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 58之核鹼基序列之連續單體(第 141747.doc •39· 201016222 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、11% 12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下.具有根據SEQ ID NO: 59之核鹼基序列之連續單體(第 一區域)’或其至少9個連續單體,諸如其1〇、u、12、 13、14、15或16個連續單體。 在一些實施例中,本發明之募聚物由以下組成或包含以 下.具有根據SEQ ID NO: 74之核鹼基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其1〇、12、 13、14、15或16個連續單體。 在-些實施例中’本發明之寡聚物由以下組成或包含以 下:具有根據SEQ ID NO: 75之核鹼基序列之連續單體(第 一區域),或其至少9個連續單體,諸如其1〇、u、12、 13、14、15或16個連續單體。 核苷及核苷類似物 在些實施例中,術語「核苦類似物」&「核普酸類似 物」可互換使用。 在多個實施例中’募聚物中存在之單體中之至少一者為 含有諸如選自5-甲基胞嘯咬、異胞嘯咬、假異胞响咬、5_ 漠尿嘧啶、5·丙炔基尿嘧啶、6•胺基嘌呤、2_胺基嗓呤、 肌苦、二胺基嗓呤、2-氣·6-胺基嗓吟、黃嗓吟及次黃嗓吟 之鹼基的經修飾鹼基之核苷類似物。 在多個實施例中’寡聚物中存在之單體中之至少一者為 包含經修飾糖之核苷類似物。 141747.doc -40. 201016222 在一些實施例中,寡聚物之至少2個連續單體之間的鍵 不為磷酸二酯鍵。 在某些實施例中,寡聚物包括至少一個具有經修飾驗基 之單體、至少一個具有經修飾糖之單體(其可為同一單體) 及至少一個非天然存在之單體間鍵。 核苷類似物之特定實例係描述於(例如)Freier及Altmann; - iYwc/. dcz'c/ 及a.,1997, 25, 4429-4443 &υΐι1ιηαηη;(7Μγγ·
Drwg 2000, 3(2), 293-213及流程 • 1(其中一些核苷類似物以核苷酸展示)中。
硫代鱗酸酯 °\〇J °V〇J Ο 0、 ο 0、 Ο F 〇=ρ-σ ο4-σ 〇=ρ-〇' 2··0·曱基 2'-ΜΟΕ 2’-氟
流程1 141747.doc -41 - 201016222 因此,募聚物可包含以下或由以下組成:天然存在之核 苦(較佳DNA單體’但亦可能為rna單體)之簡單序列或核 苦與一或多種核苷類似物之組合。在一些實施例中,該等 核苦類似物適當地增強募聚物對目標核酸之目標區域的親 和力。 合適且較佳核苷類似物之實例描述於WO 2007/031091中 或於該文獻中提及。 在一些實施例中’核苷類似物包含經修飾以提供2,_取代 基之糖部分,諸如2,-0-烷基-核糖、2,-胺基-去氧核糖及2,_ 氟-去氧核糖。 在一些實施例中,核苷類似物包含增強結合親和力且亦 可提供核酸酶抗性之一定程度增加的雙環糖(LNA)。在多 個實施例中,LNA單體係選自氧基-LNA(諸如β-D-氧基_ LNA及α-L-氧基-LNA)及/或胺基-LNA(諸如β-D-胺基-LNA 及α-L-胺基-LNA)及/或硫基-LNA(諸如β-D-硫基-LNA及α-L-硫基-LNA)及 / 或 ΕΝΑ(諸如 β-D-ENA 及 α-L-ENA)。在某 些實施例中’ LNA單體為β-D-氧基-LNA。LNA單體在下文 中進一步描述。 在多個實施例中,在寡聚物中併入增強親和力之核苷類 似物(諸如LNA單體或含有2,-取代糖之單體)或併入經修飾 鍵聯基團會提供增加之核酸酶抗性。在多個實施例中,併 入增強親和力之核苷類似物使募聚物之大小降低,且亦降 低與目標序列之目標區域特異性結合之寡聚物的大小。 在一些實施例中,寡聚物包含至少1個核苷類似物。在 141747.doc •42· 201016222 一些實施例中,募聚物包含至少2個核苷類似物。在一些 實施例中,寡聚物包含3-8個核苷類似物,例如6或7個核 苷類似物。在多個實施例中,核苷類似物中之至少一者為 鎖核酸(LNA)單體;例如至少3個或至少4個或至少$個或至 少ό個或至少7個或8個核苷類似物為LNA單體。在一些實 施例中,所有核苷類似物均為LNA單體。 將認識到當提及較佳募聚物鹼基序列時,在某些實施例 中,寡聚物包含相應核苷類似物(諸如相應lNA單體)或其 他相應核苷類似物,其提高寡聚物/目標區域雙鏈體之雙 鍵體穩定性(Tm)(亦即增強親和力之核苷類似物)。 在多個實施例中,寡聚物之鹼基序列與目標區域之鹼基 序列之間的任何錯配(亦即非互補性)(若存在)較佳位於除 含有增強親和力之核苷類似物之募聚物的區域(例如區域A 或區域C)之外的區域中’諸如在如本文所提及之區域b 内’及/或在如本文所提及之區域D内,及/或在由dna單 體組成之區域中,及/或在與目標區域互補之寡聚物區域 之5’或3’的區域中。 在一些實施例中,本發明之寡聚物(諸如本文所提及之 區域A及C中)内存在之核苷類似物係獨立地選自(例如): 含有2’-0-烷基-核糖之單體、含有2,_胺基_去氧核糖之單 體、含有2’-氟-去氧核糖之單體、LNA單體、含有阿拉伯 糖之單體(「ANA單體」)、含有2,-氟-阿拉伯糖之單體、含 有d-阿糖-己糖醇糖之單體(rHNA單體」)、如以引用的方 式併入本文中之 Christensen (2002) Nucl. Acids. Res. 30: 141747.doc •43- 201016222 4918·4925中所定義之嵌入單體,及2,_〇_甲氧基乙基核糖 (2’MOE)糖。在一些實施例中,僅存在本發明之募聚物或 其區域中存在之上述類型核苷類似物中之一者。 在某些實施例中’核苷類似物含有2·μ〇Ε糖、2,-氟-去 氧核糖或LNA糖’且因而本發明之募聚物可能包含獨立地 選自此專二種類型之核苷類似物。在含有核苷類似物之某 . 些寡聚物實施例中,該等核芽類似物中之至少一者含有2,_ — ΜΟΕ-核糖,諸如2、3、4、5、6、7、8、9或10個核苷類 似物含有2’-ΜΟΕ-核糖。在—些實施例中,至少一個核苷 磡 類似物含有2'-氟-去氧核糖,諸如2、3、4、5、6、7、8、 9或10個核苷類似物含有2,_氟_〇]^八核苷酸糖。 在多個實施例中,本發明之募聚物包含至少一個鎖核酸 (1^八)單體,諸如1、2、3、4、5、6、7或8個[财單體, 諸如3-7或4-8個LNA單體,或3、4、5、6或7個LNA單體。 在多個實施例中,所有核苷類似物為LNA單體。在某些實 施例中’寡聚物包含氧基_LNA單體與以下lna單體中 之一或多者:硫基-LNA單體、胺基_LNA單體、氧基-LNA ^ 單體及/或呈0-〇或a_L構型之ENA單體或其組合。在某些 實施例中’募聚物中所有LNA單體之胞嘧啶鹼基部分為5- · 曱基胞嘧啶。在本發明之某些實施例中’寡聚物包含LNA 與DNA單體。通常’ LNA及DNA單體之組合總數為10-25,較佳1〇_24,較佳1〇 2〇,較佳1〇18,甚至更佳12_ 16。在本發明之—些實施例中,寡聚物或其區域由至少一 個LNA單體纟且成’且其餘單體為dNA單體。在某些實施例 141747.doc • 44 201016222 中*寡聚物僅包含視情況具有經修飾之鍵聯基團(諸如硫 代秘18曰基)之LNA單體及核苷(諸*RNA或DNA單體,最 佳為DNA單體)。 在夕個實施例中,寡聚物中存在之核苷類似物中之至少 者具有選自由5_曱基胞嘧啶、異胞嘧啶、假異胞嘧啶、 5·溴尿嘧啶、5_丙炔基尿嘧啶、6_胺基嘌呤、孓胺基嘌 7肌苷一胺基嘌呤及2-氣-6-胺基嘌呤組成之群的經修 飾鹼基。 "
LNA 術語「LNA」或「LNA單體」係指稱為「鎖核酸」之雙 環核苷類似物。當在「LNA寡核苷酸」之情況下使用時, LNA係指含有一或多個該等雙環核苷類似物之寡核苷酸。 LNA核苷之特徵為在核糖環之(:21與C4,之間(例如在如下所 述之R4*與R2*基團之間)存在連接基團(諸如橋鍵)以形成雙 環系統。 本發明之寡核苷酸化合物(寡聚物)中所用之LNA較佳具 有通式I之結構:
其中’對於所有對掌性中心而言,不對稱基團可見於R 或S定向中; 141747.doc -45- 201016222 其中 X 係選自-Ο-、-S-、-N(Rn*)_ 及 _c(r6r6*),更佳 為; B係選自氫、視情況經取代之Ci·4烷氧基、視情況經取 代之Cw烷基、視情況經取代之Cl_4醯氧基、核鹼基(包括 天然存在之核驗基及核鹼基類似物)、DNA嵌入劑、光化 學活性基團、熱化學活性基團、螯合基團、報導體基團及 配位體;較佳地,B為核鹼基或核鹼基類似物; P表示與相鄰單體鍵聯之核苷間鍵或5,_末端基團該核 苷間鍵或5'-末端基團視情況包括取代基R5或同樣可用之取 代基R” ; P*表示與相鄰單體鍵聯之核苷間鍵或3,_末端基團; R及R —起形成二價連接基團,諸如由1_4個各獨立地 、-S-、-S02-、-N(Ra)-及>C=Z之基團/原子組成之雙基, 其中Z係選自_〇-、-S-及-N(Ra)-,且Rl Rb各獨立地選自 虱、視情況經取代之Ci^2烧基、視情況經取代之Cn 2稀 基、視情況經取代之C2·!2炔基、經基、視情況經取代之C〗.12 烧氧基、C2·]2烧氧基院基、C2.12烯氧基、羧基、Cl.12烧氧 基羰基、C〗_〗2烷基羰基、甲醯基、芳基、芳氧基-羰基、 芳氧基、芳基羰基、雜芳基、雜芳氧基-羰基、雜芳氧 基、雜芳基羰基、胺基、單(Cw烷基)胺基及二(Cw烷基) 胺基、胺甲醯基、單(Cw烷基)-胺基-幾基及二(Cw烷基)-胺基-羰基、胺基-(^.6烷基-胺基羰基、單((^.6烷基)胺 基-Ci_6烧基-胺基叛基及二((^_6烧基)胺基- Ci_6院基-胺基幾 141747.doc •46· 201016222 基、Cw烷基-羰基胺基、胺曱醯胺基、Cw烷醯基氧基、 碟基、Cl-6炫*基續醯基氧基、硝基、疊氮基、硫基、C!_6烧 硫基、鹵素、DNA嵌入劑、光化學活性基團、熱化學活性 基團、螯合基團、報導體基團及配位體,其中各芳基及雜 芳基可視情況經取代且其中兩個偕位取代基113及Rb—起可 形成視情況經取代之亞甲基(=CH2),其中對於所有對掌性 中心而言’不對稱基團可能見於及或5定向中,且; 取代基R1*、R2、R3、R5、R5*、R6及R6*各獨立地選自 氫、視情況經取代之C^2烷基、視情況經取代之<:2_12烯 基、視情況經取代之C2.12炔基、羥基、CN12烧氧基、c2.12 烧氧基烧基、Cm烯氧基、羧基、Cl_12烷氧基羰基、Ci i2 烧基幾基、曱醯基'芳基、芳氧基-羰基、芳氧基、芳基 羰基、雜芳基、雜芳氧基-羰基、雜芳氧基、雜芳基羰 基、胺基、單(Ck烷基)胺基及二(Cl6烷基)胺基、胺甲醯 基、單(Cm烧基)·胺基-幾基及二(Ci6烷基)_胺基_幾基、胺 基-Cm烷基-胺基羰基、單(Ci 6烷基)胺基6烷基胺基羰 基及二(c]·6烷基)胺基_Cl·6烷基_胺基羰基、Ci 6烷基_羰基 胺基、胺甲醯胺基、C!_6烷醯基氧基、颯基、Cw烷基磺醯 基氧基、硝基、疊氮基、硫基、c16烷硫基、豳素、DNA 嵌入劑、光化學活性基團、熱化學活性基團、螯合基團、 報導體基團及配位體,其中各芳基及雜芳基可視情況經取 代,且其中兩個偕位取代基一起可表示側氧基、硫酮基、 亞胺基或視情況經取代之亞甲基;其中RN係選自,氫及 烷基,且其中兩個相鄰(非偕位)取代基可表示產生雙鍵之 141747.doc •47· 201016222 另一鍵結;及其鹼性鹽及酸加成鹽。對於所有對掌性中心 而言’不對稱基團可見於i?或51定向中。 其中,本文所用之定義係指經取代之CM烷基、經取代 iCw烷基、經取代之Ci·〗2烷基、經取代之烯基、經 取代之C2·6烯基、經取代之炔基、經取代之6炔基、 經取代之C^2烷氧基、經取代之Ci·6烷氧基、經取代之 烷氧基、經取代之C1_4醯氧基、經取代之芳基、經取代2 雜芳基、經取代之亞甲基、經取代之醯基、經取代之Cw 胺基烷基或經取代之醯胺,合適的取代基較佳包括一或多 個Rg基團,其中各!^係獨立地選自齒素、Ci6烷基、經取 代之Cw烷基、C2·6烯基、經取代之C2·6烯基、c26炔基、 經取代之C2.6炔基、CN、OJ,、SJi、、N3、COOL、 C(=X)J, > C(=X)NJ,J2 > CN > 0-C(=〇)NJ1J2 ^ O-CC^X)!,. ’(:(=ΝΗ)Ν·Μ2 及 Ν¥(=Χ)Νυ2,其中X為〇或8;且各 及J2係獨立地選自Η、Cw烷基、經取代之Ci6烷基、C26 烯基、經取代之C2·6烯基、C2_6炔基、經取代之c26炔基、 (^_6胺基烷基、經取代之Ck胺基烷基及保護基。較佳地, 各Rg係獨立地選自鹵素、Cl·6烷基、C2 6烯基、C2 6炔基、 CN ' OJ, ' SJ, ' NJ,J2 X n3 , COOJ! ' C(=X)J!. C(=X)NJ!J2 ' CN ' 〇-C(=〇)NJ,J2 ' 0-C(=X)J! >
NhCpNi^NJiJ2 及 ,其中x為〇或s;且各jj 及J2係獨立地選自H、CK6烷基、C2 6烯基、C2 6炔基、Ci 6 胺基烧基及保護基。合適的保護基描述於The〇d〇ra w
Greene及 Peter G M Wuts,「protectiVe Groups in Organic 141747.doc •48· 201016222
Synthesis」,第 3版(John Wiley & Sons,1999)中。 在一些實施例中,R4*及R2*—起形成選自C(RaRb)_c(RaRb)_ 、(:(RaRb)-〇·、c(RaRb)_NRa-、C(RaRb)-S-及 C(RaRb)-C(RaRb)-0_ 之連接基團,其中Ra及Rb係如上所定義。在一些實施例 中,R及Rb各獨立地選自氫及Ci_6烷基,且更佳各獨立地 ' 選自氫及曱基。 在一些實施例中’ R”、R2、R3、r5、R”各獨立地選自 氯、_素、Cw烷基、經取代之Cl·6烷基、Gw烯基、經取 籲 代之C2_6烯基、eh炔基、經取代之C2_6炔基、Ci 6烷氧 基、經取代之Cl·6烷氧基、醯基、經取代之醯基、CN6胺基 烷基及經取代之Ci-6胺基烷基。對於所有對掌性中心而 言’不對稱基團可見於及或5定向中。 在一些較佳實施例中,R1*、R2、R3、R5、R5·均為氫。 在一些實施例中,R”、R2、R3各獨立地選自氫、齒 素、Cl.6烷基、經取代之Cw烷基、c2.6烯基、經取代之C2 6 • 烯基、C2-6炔基、經取代之C2·6炔基、Cl.6烷氧基、經取代 之Cl·6烧氧基、基、經取代之酿基、Cl6胺基貌基及經取 代之Cw胺基烷基。對於所有對掌性中心而言,不對稱基 團可見於或51定向中。 在一些較佳實施例中,Ri*、R2、R3均為氫。 在一些實施例中,R5及R”各獨立地選自H、_CH3 ' 2 3 及。較佳地,在—些實施 例中R或11為氫,且另一基團(分別為R5或R5*)係選自 Cu烧基(:2.6婦基、C2 6块基、經取代之〔Μ烧基、經取 141747.doc -49- 201016222 代之C2_6烯基、經取代之c2_6炔基及經取代之醯基(_c(=〇)_); 其中每一經取代基團經獨立地選自以下之取代基單取代或 多取代:鹵素、C!-6烷基、經取代之Cl_6烧基、c2-6烯基、 經取代之C2_6烯基、C2.6炔基、經取代之c2_6炔基、、 SJ】、、n3、COOJ,、CN、0-C(=0)NJ】J2、 N(H)C(=NH)NJ山及 N(H)C(=X)N(H)J2,其中 X為 〇或 s ;且 各:^及h係獨立地選自Η、Cw烷基、經取代之Cw烷基、 C2-6烯基、經取代之(:2·6烯基、c2 6炔基、經取代之^以炔 基、C!·6胺基烷基、經取代之Ci_6胺基烷基及保護基。在一 些實施例中,R或R5為經取代之C烧基。在一些實施例 t,R5或RP為經取代之亞甲基,其中較佳取代基包括一 或多個獨立地選自以下之基團:F、NJ山、N3、CN、 〇J, 、SJl 、〇-C(=0)nJiJ2、NTOCPNI^NJ^ 及 N(H)C(0)N(H)J2。在一些實施例中,各;1及;2獨立地為11或 C〗-6烷基。在一些實施例中,R5或R5*為曱基、乙基或曱氧 基甲基。在一些實施例中,R5或R5*為曱基。在一些實施 例中,R5或R5為伸乙基(ethylenyl)。在一些實施例中,R5 或R5為經取代之醯基。在一些實施例中,R5或r”為 <:(=〇)幻山。對於所有對掌性中心而言’不對稱基團可見 於及或5定向中。該等5,修飾雙環核苷酸之實例揭示於貿〇 2007/134181中,該文獻以全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中,B為核鹼基,包括核鹼基類似物及天 然存在之核鹼基,諸如嘌呤或嘧啶,或經取代之嘌呤或經 取代之嘧啶,或選自腺嘌呤、胞嘧啶、胸嘧啶、腺嘌呤、 141747.doc •50· 201016222 尿嘧啶及/或經修飾或經取代之核鹼基(諸如5-噻唑幷·尿嘧 啶、2-硫基-尿嘧啶、5_丙炔基-尿嘧啶、2,硫基·胸嘧啶、 5-甲基胞嘧啶、5-噻唑幷-胞嘧啶、5-丙炔基-胞嘧啶及2,6· 一胺基漂吟)的核驗基。 在一些實施例中,R4*及R2*—起形成選自以下之連接基 團:-C(RaRb)-0-、_c(RaRb)-C(RcRd)-0-、-(XRaRbVCXRCRVCXR6!^)-。· ' -C(RaRb)-〇-C(RcRd). . -C(RaRb)-0-C(RcRd)-0- ' -C(RaRb)-C(RcRd)-、-C(RaRb)-C(RcRd)_c(ReRf)-、C(Ra) = C(Rb)-C(RcRd)-、 -C(RaRb)-N(Rc)-、_c(RaRb)-C(RcRd)-N(Re)-、-C(RaRb)-N(Rc)-0-、-C(RaRb)-S-及-C(RaRb)-C(RcRd)-S-,其中 Ra、Rb、Rc、 Rd、Re及R/各獨立地選自氫、視情況經取代之Ci 12烷基、 視情況經取代之C2-12烯基、視情況經取代之c2.12炔基、羥 基、CN12烷氧基、c2.12烷氧基烷基、(:2_12烯基氧基、羧 基、C^2烷氧基羰基、〇112烷基羰基、曱醯基、芳基、芳 氧基-羰基、芳氧基、芳基羰基、雜芳基、雜芳氧基-羰 基、雜芳氧基、雜芳基羰基、胺基、單(Cl6烷基)胺基及 二(Cw烷基)胺基、胺曱醯基、單(Ci 6烷基胺基·羰基及 二(Cw烷基)-胺基-羰基、胺基_Ci 6烷基_胺基羰基、單(Ci 6 烷基)胺基-Cw烷基-胺基羰基及二(Ci6烷基)胺基/“烷 基-胺基羰基、Cw烧基-羰基胺基、胺甲醯胺基、cN6烷醯 基氧基、砜基、Cw烷基磺醯基氧基、硝基、疊氮基、硫 基、Cw院硫基、鹵素、DNA嵌入劑、光化學活性基團、 熱化學活性基團、螯合基團、報導體基團及配位體,其中 各芳基及雜芳基可視情況經取代且其中兩個偕位取代基Ra 141747.doc •51· 201016222 及Rb 一起可表示視情況經取代之亞曱基(=CH2)。對於所有 對掌性中心而言,不對稱基團可見於及或5定向中。 在一些實施例中,R4·及R2*—起表示選自以下之連接基 團:-ch2-o-、_ch2-s-、_ch2_nh-、-ch2-n(ch3)-、-CH2-CH2-〇-、-ch2-ch(ch3)-、-ch2-ch2-s—ch2-ch2-nh—ch2-ch2-ch2-、-CH2-CH2-CH2-〇_、-CH2-CH2-CH(CH3)-、-CH=CH-CH2- ' -CH2-O-CH2-O- ' -CH2-NH-0- ' -CH2-N(CH3)-0---CH2-〇-CH2- 、-CH(CH3)-0-、-CH(CH2-0-CH3)_〇-、-CH2-CH2-及-CH=CH-。 對於所有對掌性中心而言,不對稱基團可見於及或5定向 中。 在一些實施例中,R4·及R”一起形成連接基團c(RaRb)_ N(Rc)-0· ’其中Ra及Rb各獨立地選自氫、_素、C丨·6燒 基、經取代之C〗.6烷基、C2·6烯基、經取代之c26烯基、 2-6 炔基、經取代之C2_6炔基、Cw烷氧基、經取代之c^6燒氧 基、醯基、經取代之醯基、Cl_6胺基烷基及經取代之6胺 基烷基’ Ra及Rb更佳為氫;且其中Rc係選自氫、鹵素、 1-6 烷基、經取代之C!·6烧基、C2·6烯基、經取代之c2-6稀基、 C2·6炔基、經取代之C2.6炔基、Cb6烷氧基、經取代之c 1-6 烷氧基、醯基、經取代之醯基、C16胺基烷基、經取代之 Ci _6胺基炫基’且Rc更佳為氫。 在一些實施例中,R4*及R”一起形成連接基團C(RaRb)_ 0-C(RcRd)-0-,其中Ra、Rb、…及Rd各獨立地選自氫、鹵 素、Cw烷基、經取代之Cl·6烷基、c26烯基、經取代之c 2-6 烯基、Cw炔基、經取代之C2 6炔基、Ci 0烷氧基、經取代 141747.doc -52- 201016222 之<^·6烧氧基、醯基、經取代之醯基、Cl_6胺基烷基、經取 代之Cw胺基烷基,且Ra、Rb、Re及Rd更佳為氫。 在一些實施例中’ R4及R2形成連接基團_CH(z)-〇-,其 中Z係選自Cu炫基、(:2·6稀基、C2_6炔基、經取代之c1-6烧 基 '纟i取代之C2·6稀基、經取代之C;2·6快基、酿基、經取代 之醯基、經取代之醢胺、硫醇及經取代之硫醇;且其中經 取代之基團各獨立地經視情況經保護之取代基單取代或多 取代,該等經保護之取代基獨立地選自:自素、側氡基、 羥基、OJ!、NJA、SJ!、N3、OCpXA、〇〇(=乂)>^山、 Ν·ί3(:(=Χ)Ν·Μ2及CN,其中各h、】2及13獨立地為H*Ci 6烷 基,且X為O、S或NJ〗。在一些實施例中,2;為Ci6烷基或 經取代之匚!·6烧基。在一些實施例中,z為甲基。在一些實 施例中,Z為經取代之C〗_6烧基。在一些實施例中,該取代 基為Ck烧氧基。在一些實施例中,z為對於 所有對掌性中心而言’不對稱基團可見於及或$定向中。該 等雙環核苷酸之實例揭示於US 7,399,845中,該文獻以全 文引用的方式併入本文中。在一些實施例中,Ri*、R2、 R3、R5、R5*均為氫。在一些實施例中,Rl*、r2、r3*為 氫,且如上文及WO 2007/134181中所提及,r5、R”中之 一或兩者可能不為氫。 在一些實施例中,R4*及R2*一起形成連接基團,該連接 基團包含經取代之胺基,例如R4*及R2· 一起形成由基 團_CH2_N(RC)-組成或包含基ffl -ch2-n(rc)-之連接基團, 其中R為C〗-12燒氧基。在一些實施例中,R4·及R2*—起形 141747.doc -53- 201016222 成連接基團-Cq3q4-N〇R-,其中q3及q4g獨立地選自氫、鹵 素、Cw烷基、經取代之C〗_6烷基、c2.6烯基、經取代之c2_6 烯基、C2_6炔基、經取代之C2-6炔基、Cl_6烷氧基、經取代 之(^-6烷氧基、醯基、經取代之醯基、Cw胺基烷基及經取 代之Ck胺基烷基;其中各經取代基團獨立地經取代基單 取代或多取代,該等取代基獨立地選自:鹵素、OL、 SJi、NJ1J2、COOJj、CN、〇-C(=0)NJ!J2 ' 及N(H)C(=X=N(H)J2,其中 χ為 O或 S;且 各厂及·^獨立地選自Η、Ci-6烷基、c2.6烯基、C2-6炔基、 Cl·6胺基炫基及保護基。對於所有對掌性中心而言,不對 稱基團可見於或*S定向中。該等雙環核苷酸之實例揭示於 WO 2008/150729中,該文獻以全文引用的方式併入本文 中。在一些實施例中,R”、R2、R3、r5、r”各獨立地選 自氫、鹵素、Cw烧基、經取代之c〗_6院基、c2 6烯基、經 取代之C2·6烯基、C2·6炔基、經取代之c2 6炔基、6烷氧 基、經取代之Cw烷氧基、醯基、經取代之醯基、6胺基 烷基及經取代之C,-6胺基烷基。在—些實施例中,Rl*、 R2、R3、R5、R”均為氫。在一些實施例中,r”、r2、r3 均為氫且如上文及W〇 2007/134181中所提及,r5、r5> 之一或兩者可能不為氫。在一些實施例中,尺4*及尺2* 一起 形成連接基團C(RaRY〇_’其中^及…各獨立地選自函 素、CrC12烧基、經取代之Cl-Cl2燒基、C2_Ci2稀基、經取 代之c2-c12烯基、c2_Cu炔基、經取代之C2_C12炔基、 CVCu烷氧基、經取代之Cl_c〗2烷氧基、、sji、、 141747.doc -54- 201016222 so2Ji、见山、N3、CN、C(=〇)〇Ji、c(=〇)NJ山、 CPOA、o-c(=〇)NJ山、N(H)C(=NH)NJ 山、 1^(11)(:(=0)]^山及 N(H)C(=S)NJ〗J2 ;或 Ra 及 Rb 一起為 =C(q3)(q4),qs及q4各獨立地為H、鹵素、Ci Ci2烧基或經 取代之C〗-C〗2烧基;各經取代基團獨立地經取代基單取代 或多取代’該等取代基獨立地選自鹵素、Cl_c6烷基、經 取代之Ci-C6燒基、C2_C6稀基、經取代之c2_c6烯基、 C2-C6炔基、經取代之c2-c6炔基' OJ丨、SJ丨' NJ山、N3、 CN、¢:(=0)(^、(:(=0师山、(:㈣川、〇-(:(=〇阳山、 ν(η)(:(=ο)ν:μ2及n(h)c(=s)nj〗j2 ;各:^及】2獨立地選自 H、CrCe烷基、經取代之CrCe烷基、C2-C6烯基、經取代 之C2-C6烯基、C2-C6炔基、經取代之C2-C6炔基、(^-(^胺 基烷基、經取代之C^C:6胺基烷基及保護基。該等化合物 揭示於WO 2009/006478中,其以全文引用的方式併入本文 中〇 在一些實施例中,114#及11”形成連接基團-Q-,其中Q為 C(qi)(q2)C(q3)(q4) ' C(qi)=C(q3) ' C[=C(q1)(q2)]-C(q3)(q4) 或 CXqOCqd-CI^CCqaqd] ; qi、q2、q3、q4各獨立地選自 Η、鹵素、Cm2烷基、經取代之C!_12烷基、C2_12烯基、經 取代之Cu烷氧基、Oh、Sh、SOh、SOA、犯山、 N3 > CN ' C(=0)0J, ' C(=0)-NJiJ2 ' C(=0)Ji ' -C(=0)NJ,J2 、、;^(11)(:(=0)>^山及NCHWOS^JA ; 各Ji及J2係獨立地選自H、(:丨_6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、 Ci-6胺基烷基及保護基;且視情況,其中若Q為 141747.doc •55- 201016222 C(qi)(q2)(q3)(q4)且 q3 或 q4 中之一者為 CH3,則 q34q4 中之另 一者或qi及q2中之一者中之至少一者不為Η。在一些實施 例中,R”、R2、R3、R5、R”均為氫。對於所有對掌性中 心而言,不對稱基團可見於及或^定向中。該等雙環核普酸 之實例揭示於WO 2008/154401中,該文獻以全文引用的方 式併入本文中。在一些實施例中’ R”、r2、r3、r5、r5* 各獨立地選自氫、_素、Cl·6烷基、經取代之cK6烷基、 CM烯基、經取代之C2_6烯基、CM炔基、經取代之C2 6炔 基、Cm烷氧基、經取代之Ci·6烷氧基、醯基、經取代之醯 基、Cw胺基烷基及經取代之Cl_6胺基烷基。在一些實施例 中,R1 、R2、R3、R5、R5’均為氫。在一些實施例中, R1 、R2、R3均為氫且如上文或W〇 2007/134181或WO 2009/067647中所提及,R5、R”中之一或兩者可能不為氫 (ct_L-雙環核酸類似物)。 在些較佳實施例中,本發明之寡核苦酸化合物中存在 之LNA單體較佳具有通式π之結構:
其中Y係選自-〇- 、-CH20-、-S-、-NH-、N(Re)及-CH2- ; Z及 Ζ*各獨立地選自核苷間鍵、rH、末端基團及保護基;β構 成天然或非天然核苷酸鹼基部分(核鹼基),且rh係選自氫 及C,.4燒基;Ra、Rb、Re、Rd及Re各獨立地選自氫、視情 141747.doc 201016222 況經取代之CN12烷基、視情況經取代之C2_u烯基、視情況 經取代之C2.!2炔基、羥基、C!·!2烷氧基、(:2_12烷氧基烷 基、C2_12烯氧基、羧基 、Cu院 氧基羰基、C丨丨2烷基羰 基、甲酿基、^基、^'氧基-幾基、芳氧基、芳基幾基、 雜芳基、雜芳氧基-羰基、雜芳氧基、雜芳基羰基、胺 基、單(C!.6烷基)胺基及二(C!-6烷基)胺基、胺甲醯基、單 (C〗.6院基)-胺基-幾基及二(q.6烷基)_胺基-幾基、胺基_Ci 6 烧基-胺基幾基、單(C!·6炫基)胺基-C!-6烧基-胺基幾基及二 (C!_6烷基)胺基-Cw烷基-胺基羰基、Cl6烷基_羰基胺基、 胺甲醯胺基、Cl-6炫醯基氧基、硬基、基續醯基氧 基、硝基、疊氮基、硫基、ci_6烧疏基、鹵素、DNA敌入 劑、光化學活性基團、熱化學活性基團、螯合基團、報導 體基團及配位體,其中各芳基及雜芳基可視情況經取代且 其中兩個偕位取代基Ra& Rb 一起可表示視情況經取代之亞 甲基(=CH2);且RH係選自氫及c14烷基。在一些較佳實施
例中,Ra、Rb、R 、Rd&Re各獨立地選自氫及Cl.6烷基, 更佳為甲基。對於所有對掌性中心而言,不對稱基團可見 於Λ或S疋向中,例如兩個例示性立體化學異構體包括卜D 及α-L同功異型物,其可如下所示:
特定例示性LNA單元如下所示(在流程2中): 141747.doc -57· 201016222
α-L-氧基-LNA
β-D-ENA
β-D-胺基-LNA 流程2 術語「硫基-LNA」包含上文通式中之Y係選自S或-CH2-S-之鎖核苷。硫基-LNA可為β-D與α-L構型。 術語「胺基-LNA」包含上文通式中之Y係選自-N(H)-、 N(R)-、CH2-N(H)-及-CH2-N(R)-之鎖核苷,其中R係選自 氫及Cm烷基。胺基-LNA可為β-D與a-L構型。 術語「氧基-LNA」包含上文通式中之Y表示-Ο-之鎖核 苷。氧基-LNA可為β-D與a-L構型。 術語「ΕΝΑ」包含上文通式中之Y為-CH2-0-之鎖核苷 (其中使-CH2-0-之氧原子連接至相對於鹼基B之2’位上)。 Re為氫或甲基。 在一些例示性實施例中,LNA係選自β-D-氧基-LNA、 141747.doc • 58 - 201016222 α-L-氧基-LNA、p_D_胺基·LNA及p_D·硫基·[να,尤其 β-D-氧基-LNA。 核糖核酸酶Η募集 在一些實施例中,募聚物經由非核糖核酸酶介導之目標 mRNA之降解’諸如藉由轉譯之位阻或其他機制來起: 用,然而,在多個實施例中,本發明之募聚物能夠募集— 或多個核糖核酸酶或複合物,諸如内切核糖核酸酶(核糖 核酸酶),諸如核糖核酸酶Η。 通常’养聚物包含至少6個、諸如至少7個連續單體、諸 如至少8個或至少9個連續單體(包括7、8、9、、u、 12、13、14、15或16個連續單體)之區域,當與目標RNa 之目標區域形成雙鏈體時,其能夠募集核糖核酸酶。能夠 募集核糖核酸酶之寡聚物之區域可為在如本文所述之間阳 聚合物之情形中所提及的區域B。在一些實施例中,能夠 募集核糖核酸酶之寡聚物之區域(諸如區域B)由9、1〇、 11、12、13、14、15、16、17、18、19或20個單體組成。 EP 1 222 309提供測定核糖核酸酶η活性之活體外方法, 其可用以測定本發明之寡聚物募集核糖核酸酶Η之能力。 若滿足以下條件則認為寡聚物能夠募集核糖核酸酶Η :當 使用ΕΡ 1 222 309(其係以引用的方式併入本文中)之實例 91-95所提供之方法,使寡聚物與rna目標之互補區域接 觸時,其具有使用具有相同絵:基序列但僅含有DNA單體之 寡核苷酸(該募核苷酸中不具有2'取代,寡核苷酸中之所有 單體之間均具有硫代磷酸酯鍵聯基團)所測定之初始速率 141747.doc •59- 201016222 的至少1 %、諸如至少5%、諸如至少1 〇%或大於20%的初始 速率(如以pmol/1/min所量測)。 在一些實施例中’若滿足以下條件則認為募聚物大體上 不能募集核糖核酸酶Η :當使用EP 1 222 309之實例91-95 所提供之方法,使寡聚物與RNA目標之互補目標區域及核 糖核酸酶Η接觸時,核糖核酸酶η初始速率(如以 pmol/1/min所量測)小於使用具有相同鹼基序列但僅含有 DNA單體之募核苷酸(該寡核苷酸不具有2,取代,募核苷酸 中之所有單體之間均具有硫代碟酸酯鍵聯基團)所測定之 初始速率的1 %、諸如小於5%、諸如小於1 〇%或小於20%。 在其他實施例中’若滿足以下條件則認為寡聚物能夠募 集核糖核酸酶Η ··當使用EP 1 222 309之實例91-95所提供 之方法’使募聚物與RNA目標之互補目標區域及核糖核酸 酶Η接觸時’核糖核酸酶η初始速率(如以pmol/1/min所量 測)為使用具有相同鹼基序列但僅含有DNA單體之寡核苷 酸(該寡核苷酸不具有2,取代’寡核苷酸中之所有單體之間 均具有硫代磷酸酯鍵聯基團)所測定之初始速率的至少 20%、諸如至少40%、諸如至少60%、諸如至少80%。 通常’與目標RNA之互補目標區域形成雙鏈體且能夠募 集核糖核酸酶之寡聚物之區域含有DNA單體及視情況存在 之LNA單體且與目標區域形成dnA/RNA樣雙鏈體。LNA單 體較佳為α-L構型’尤其較佳為a_L_氧基lnA。 在多個實施例中’本發明之募聚物包含核苷與核苷類似 物’且呈間隙聚合物、頭聚合物(headmer)或混合聚合物 141747.doc -60- 201016222 (mixmer)之形式。 員聚β物」定義為包含區域又及其所鄰接之區域γ的 募聚物其中區域丫之5,最末端單體與區域X之最末端單 體鍵聯1域X包含一段不可募集核糖核酸酶之連續核普 類似物且區域γ包含—段(諸如至少7個連續單體)可由核糖 核酸酶識別及裂解之連續DNA單體或核皆類似物單體。 「尾聚合物(tailmer)」定義為包含區域X及其所鄰接之 區域Y的寡聚物,其中區域¥之5,最末端單體與區域又之3, 最末端單體鍵聯。區域乂包含一段(諸如至少7個連續單體) 可由核糖核酸酶識別及裂解之連續DNA單體或核苷類似物 單體,且區域Y包含一段不可募集核糖核酸酶之連續核苷 類似物。 其他「嵌合」寡聚物(稱作「混合聚合物」)由⑴可由核 糖核酸酶識別及裂解之DNA單體或核苷類似物單體及(η) 不可募集核糖核酸酶之核苷類似物單體之交替組合物組 成。 在一些實施例中’除增強寡聚物對目標區域之親和力之 外’ 一些核苷類似物亦介導核糖核酸酶(例如,核糖核酸 酶H)結合及裂解。在一些實施例中,因為α-L-LNA單體在 某種程度上募集核糖核酸酶活性,所以含有α-L-LNA單體 之寡聚物之間隙區域(例如’如本文中所提及之區域B)由 較少可由核糖核酸酶識別及裂解之單體組成,且在混合聚 合物結構中引入更大靈活性。 結合物 141747.doc 61 201016222 在本揭示案之上下文中,術語「結合物」指示由如本文 中所述之寡聚物與-或多個自身不為核酸或單體之部分 (「結合部分」)共價連接(「結合」)所形成的化合物^ 等結合部分之實例包括大分子化合物,諸如蛋白質、脂肪 酸鏈、糖殘基、醣蛋白、聚合物或其組合。通常,蛋白質 可為目標蛋白質之抗體。典型聚合物可為聚乙二醇。 因此,本文中提供結合物,其包含如本文所述之募聚物 及至少一個與該寡聚物共價連接之不為核酸或單體之結合 部分。因此,在本發明之寡聚物係由如本文中所揭示具: 特定驗基序列之連續單體組成的某些實施例巾,結合物亦 可包含至少一個與該寡聚物共價連接之結合部分。0 在本發明之多個實施例中,寡聚物與增加寡聚化合物之 細胞攝取的部分結合。W〇 2〇〇7/〇31〇91提供合適的配位體 及結合物(部分),該文獻以引用的方式併入本文中。 在多個實施例中,(與結合部分)結合可增強本發明之募 聚物的活性、細胞分布或細胞攝取。該等部分包括(但不 限於):抗體;多肽;脂質部分,諸如膽固醇部分、膽 酸;硫醚,例如己基_s_三苯曱基硫醇、硫代膽固醇;脂族 鏈,例如十二烷二醇或十一烷基殘基;磷脂,例如二-十 六烷基-外消旋-甘油或丨^-二-鄰十六烷基_外消旋-甘油 基-3-h-膦酸二乙銨;多元胺或聚乙二醇鏈;金剛烷乙酸; 棕櫚基部分;十八烷基胺或己基胺基-羰基-氧基膽固醇部 分。 在某些實施例中,本發明之募聚物與活性藥物物質(例 141747.doc •62- 201016222 如阿司匹林(aspirin)、布洛芬(ibuprofen)、石黃胺藥物(sulfa drug)、抗糖尿病藥、抗菌劑或抗生素)結合。 在某些實施例中,結合部分為固醇,諸如膽固醇。 在多個實施例中,結合部分包含以下或由以下組成:帶 正電聚合物,諸如長度為例如1-50、諸如2-20、諸如3-10 個胺基酸殘基之帶正電肽,及/或聚烷醚(諸如聚乙二醇 (PEG)或聚丙二醇),參見WO 2008/034123,其以引用的方 式併入本文中。帶正電聚合物(諸如聚烷醚)可適當地經由 _ 連接子(諸如WO 2008/034123中所述之可釋放連接子)與本 發明之寡聚物連接。 舉例而言,以下部分可用於本發明之結合物中:
活化募聚物 如本文所用之術語「活化寡聚物」係指與至少一個允許 寡聚物與一或多個結合部分(亦即,自身不為核酸或單體 之部分)共價鍵聯之官能部分共價鍵聯(亦即官能化)形成本 文中所述之結合物的本發明之募聚物。通常,官能部分將 包含能夠經由(例如)3’-羥基或腺嘌呤鹼基之環外NH2基團 與寡聚物共價鍵結之化學基團、具有親水性之間隔基及能 夠與結合部分(例如,胺基、酼基或羥基)結合之末端基 團。在一些實施例中,此末端基團未經保護,例如為NH2 141747.doc -63- 201016222 基團。在其他實施例中,末端基團例如由任何合適的保護 基(諸如 Theodora W. Greene 及 peter G M 之 「Protective Groups in 0rganic Synthesis」,第 3版(】〇1^
Wiley & Sons,1999)中所述之保護基)保護。合適的羥基保 護基之實例包括酯,諸如乙酸酯;芳烷基,諸如苄基、二 苯基甲基或二苯基甲基及四氫哌喃基。合適的胺基保護基 之實例包括苄基、α·甲基苄基、二苯基甲基、三苯基甲 基、苄氧基羰基、第三丁氧羰基及醯基(諸如三氣乙醯基 或三氟乙醯基)。 在一些實施例中,官能部分自裂解。在其他實施例中, 官能部分可生物降解。例如參見美國專利第7,〇87 229號, 其以全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中,本發明之寡聚物在5,端處活化(亦即官 能化)以允許結合部分與寡聚物之5,端共價連接。在其他實 施例中’本發明之寡聚物可在3,端處經官能化。在其他實 施例中,本發明之寡聚物可沿主鏈或在雜環鹼基部分上官 能化。在其他實施例中’本發明之寡聚物可在一個以上獨 立地選自5’端、3’端、主鍵及驗基之位置上經官能化。 在一些實施例中’本發明之活化募聚物藉由在合成期間 併入一或多個與官能部分共價連接之單體來合成。在其他 實施例中,本發明之活化寡聚物係以未經官能化之單體來 合成,且募聚物係在合成完成後官能化。 在一些實施例中’募聚物係經含有胺基烷基連接子之位 阻酯官能化,其中烷基部分具有式(CH2)W,其中w為在1至 141747.doc -64 - 201016222 ι〇範圍内之整數,較佳為約6,其中烷基胺基之烷基部分 可為直鏈或支鏈,且其中官能基係經由酯基(_〇_c(〇)_ (CH2)WNH)與寡聚物連接。 在其他實施例中,募聚物係經含有(CH2)w_巯基(SH)連接 子之位阻酯官能化,其中w為在丨至丨0範圍内之整數,較佳 為約6,其中烧基胺基之院基部分可為直鏈或支鍵,且其 中S旎基經由酯基(-〇-C(0)-(CH2)wSH)與寡聚物連接。在 二實施例中,疏基活化之寡核苷酸係與諸如聚乙二醇之 聚合物部分或肽(經由雙硫鍵之形成)結合。 含有如上所述位阻酯之經活化寡聚物可藉由此項技術中 已知之任何方法,且尤其藉由PCT公開案第W〇 2008/034122號中所揭示之方法及其中之實例來合成,該 文獻以全文引用的方式併入本文中。 與至少一個官能部分共價鍵聯之活化寡聚物可藉由此項 技術中已知之任何方法,且尤其藉由以全文引用的方式併 • 入本文中之美國專利公開案第20〇4/〇235773號及Zhao等人 (2007) J. Controlled Release 119:143-152 ;及 Zhao 等人 (2005) m〇c〇njugate Chem_ 16:758-766 中所揭示之方法來 合成。 . 在其他實施例中,本發明之寡聚物係藉由藉助於實質上 如美國專利第4,962,029號及第4,914,210號中所述之官能化 試劑(亦即在一端具有經由親水性間隔基鏈與包含經保護 或未經保護之巯基、胺基或羥基之相反端鍵聯之胺基磷酸 δ旨的實質上線性試劑)向寡聚物中引入巯基、胺基或經基 141747.doc • 65- 201016222 來官能化。該等試劑主要與募聚物之羥基反應。在一些實 施例中’該等活化寡聚物具有與募聚物之5,-羥基偶合之官 能化試劑。在其他實施例中,活化寡聚物具有與3,·經基偶 合之官能化試劑。在其他實施例中’本發明之活化寡聚物 具有與募聚物主鏈上之羥基偶合之官能化試劑。在其他實 施例中’本發明之募聚物係由一種以上如美國專利第 4,962,029號及第4,914,210號中所述之官能化試劑來官能 化,該等文獻以全文引用的方式併入本文中。合成該等官 能化試劑及將其併入至單體或寡聚物中之方法揭示於美國 專利第4,962,029號及第4,914,210號中。 在一些實施例中,固相結合之寡聚物之5 ·末端係經二稀 基胺基磷酸酯衍生物官能化,繼之以去保護募聚物經由狄 爾斯-阿爾德(Diels-Alder)環加成反應與例如胺基酸或肽結 合0 在多個實施例中,將含有2·-糖修飾之單體(諸如經2,-胺 基甲酸酯取代之糖或2'-(0-戊基-N-鄰苯二醯亞胺基)_去氧 核糖)併入至寡聚物中有助於結合部分與寡聚物之糖的共 價連接。在其他實施例中,使用諸如5’-二甲氧基三苯甲 基-2'-〇-(e-鄰苯二醯亞胺基胺基戊基)-2'-去氧腺苷_3,·-N,N-二異丙基-氰基乙氧基胺基磷酸酯之試劑來製備在一或 多個單體之2'位置處具有含胺基之連接子的募聚物。例如 參見Manoharan等人,Tetrahedron Letters, 1991,34, 7171。 在其他實施例中,本發明之募聚物在核鹼基上(包括在 N6嘌呤胺基上,在烏嘌呤之環外N2上或在胞嘧啶之N4或5 141747.doc •66· 201016222 位置上)具有含胺之官能部分。在多個實施例中,可藉由 使用已在寡聚物合成中官能化之商業試劑來達成該官能 化。 一些官能部分可購得,例如異雙官能及同雙官能鍵聯部 分係獲自Pierce Co.(Rockford, 111.)。其他市售鍵聯基團為 5'-胺基修飾劑C6及3’-胺基修飾劑試劑,兩者均獲自Glen Research Corporation(S ter ling, Va.)。5'·胺基修飾劑 C6 亦以 Aminolink-2獲自 ABI(Applied Biosystems Inc., Foster City, Calif.),且 3'-胺基修飾劑亦獲自 Clontech Laboratories Inc.(Palo Alto, Calif.)。 組合物 在多個實施例中,本發明之寡聚物用於醫藥調配物及組 合物中。該等組合物適當地包含醫藥學上可接受之稀釋 劑、載劑、鹽或佐劑。WO 2007/03 1091提供合適且較佳的 醫藥學上可接受之稀釋劑、載劑及佐劑,其係以引用的方 式併入本文中。合適的劑量、調配物、投藥途徑、組合 物、劑型、與其他治療劑之組合、前藥調配物亦提供於 WO 2007/031091中,其亦以引用的方式併入本文中。關於 調配物及投藥技術之詳情亦可見於最新版本之 「REMINGTON'S PHARMACEUTICAL SCIENCES」 (Maack Publishing Co,Easton Pa.)中。 在一些實施例中,本發明之寡聚物與結合部分共價鍵聯 以有助於募聚物透過細胞膜傳遞。有助於寡聚物透過細胞 膜傳遞之結合部分之實例為親脂性部分,諸如膽固醇。在 141747.doc •67- 201016222 多個實施例中,將本發明之募聚物與形成脂質體之脂質調 配物(諸如 Lipofectamine 2000 或 Lipofectamine RNAiMAX, 其均可購自Invitrogen)—起調配。在一些實施例中,將本 發明之募聚物與一或多種脂質樣非天然存在之小分子 (「類脂質」)之混合物一起調配。類脂質庫可藉由習知合 成化學方法合成且可檢定類脂質之各種量及組合以研發使 特定大小之寡聚物藉由所選投藥途徑有效傳遞至目標組織 之媒劑。合適的類脂質庫及組合物可見於(例如)獲自 http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/abs/nbtl402.html 之Akinc等人(2008) Nature Biotechnol·中,該文獻以弓j用 的方式併入本文中。 如本文所用之術語「醫藥學上可接受之鹽」係指保持本 文所鑑別之募聚物之所需生物活性且展現可接受程度之不 當毒性效應之鹽。該等鹽之非限制性實例可由有機胺基酸 及由以下各物形成之鹼加成鹽形成:金屬陽離子,諸如 鋅、妈、叙、鋇、鎮、紹、銅、鈷、鎳、錢、納、鉀及其 類似物;或由氨、N,N’-二苄基伸乙基二胺、D-葡糖胺、 四乙銨或乙二胺形成之陽離子形成;或(c)(a)與(b)之組 合,例如,丹寧酸鋅鹽或其類似物。 在某些實施例中,本發明之醫藥組合物除本發明之募聚 物或結合物之外亦包含其他活性成份,包括適用於治療過 度增生性病症(諸如癌症,諸如前列腺癌、神經膠質瘤、 結腸直腸癌、黑色素瘤、乳癌、肺癌或肝細胞癌)的活性 劑。 141747.doc -68 - 201016222 在一些實施例中,其他 (paclitaxel)(Narita等人,ciin. 曰:14 (18): 5769)。 活性劑為太平洋紫杉醇
Cancer· Res. 2008 年 9 月 15 在-實施例中,本發明提供_種組合療法,其特徵在於 該療法包含投與本發明之醫藥組合物及另—活性劑(例如 太平洋紫杉醇),在某些實施例中該另—活性劑係在投與 本發明之醫藥組合物之前、期間或之後投與。
本發明亦提供-種組份套組(kh 〇f parts),其中第—組 伤包含至> 帛本發明之寡聚物、結合物及/或醫藥組合 物且另-組份包含-或多種適用力治療過度$生性病症 (諸如癌症,諸如前列腺癌、神經膠質瘤、結腸直腸癌、 黑色素瘤、乳癌、肺癌或肝細胞癌)之活性劑(例如太平洋 紫杉醇)。因此,預計如本文所提及之組份套組可用於治 療方法中,其中該方法同時或相繼包含投與第一組份與另 一組份。 應用 如本文所用之術語「治療」係指現有疾病(例如如下文 所提及之疾病或病症)之治療或疾病之預防(亦即預防卜因 此,將認識到,在某些實施例中,「治療」包括預防。 在多個實施例中,本發明之募聚物可用作供(例如)診 斷、治療及預防用之研究試劑。
在一些實施例中’該等寡聚物可用於研究目的以特定抑 制GLI2及/或GLI1及/或GU3蛋白在細胞及實驗動物中之表 現(通常藉由降解或抑制GLI2及/或GLI1及/或GLI3 mRNA 141747.doc .69· 201016222 且藉此阻止蛋白質形成),藉此有助於目標之功能分析或 其作為用於治療性干預之目標之有用性的評估。 在某些實施例中,寡聚物可用於診斷以藉由北方墨點 法、原位雜交或類似技術偵測及/或定量(}1^2及/或(}1^1及/ 或GLI3在細胞及組織中之表現。 在夕個療性實施例中,藉由投與有效量之本發明之寡 . 5'•物來療疑似患有可藉由調節GLI2及/或GLI1及/或GLI3 之表現來治療之疾病或病症的非人動物或人類。本發明進 一步提供一種藉由投與治療或預防有效量之一或多種本發 春 明之寡聚物、結合物或組合物來治療疑似患有或易於罹患 與GLI2及/或GLI1及/或GLI3表現相關之疾病或病狀之哺乳 動物(諸如治療人類)的方法。 在某些實施例中,本發明亦提供如所述之本發明之寡聚 物或結合物的用途,其係用於製造供治療如本文所提及之 病症的藥物,或用於治療如本文所提及之病症的方法中。 在夕個實施例中,本發明亦提供一種治療如本文所提及 之病症的方法’該方法包括向有此需要之動物(諸如有此 Θ 需要之患者)投與如本文所述之本發明之募聚物及/或本發 明之結合物及/或本發明之醫藥組合物。 如實例中所不’本發明之募聚物可用於誘發表現目標核 酸之細胞(諸如哺乳動物細胞,諸如人類細胞)中的細胞凋 就此而5,本發明進一步提供一種誘發細胞中細胞凋 亡的方法,該方法包括使表現GLI2及/4GU1及/或〇113之 細胞與足以誘發細胞调亡之量的本發明之寡聚物或結合物 141747.doc -70· 201016222 或醫藥組合物接觸之步驟。細胞凋亡可在活體内或活體外 觸發。適當地,寡聚物之添加量為有效觸發該細胞之細胞 凋亡的量。在一些實施例中,該細胞為癌細胞。 醫學適應症 在某些治療性實施例中,待治療之病症為過度增生性病 症(例如癌症),諸如前列腺癌、神經膠質瘤、結腸直腸 癌,乳癌、肺癌、黑色素瘤或肝細胞癌。在多個實施例 中,本發明之該疾病或病狀之治療可與一或多種其他抗癌 冶療(諸如放射線療法、化學療法或免疫療法)組合。 在多個實施例中’該疾病或病症與GLI2及/或GU1及/或 GLI3基因或與GU2及/或(51^1及/或GU3相關或相互作用之 蛋白質產物之基因的突變相關。因此,在多個實施例中, 目標mRNA為GLI2及/或GLI1及/或GLI3序列之突變形式, 例如其包含一或多個單點突變或三聯體重複。 在多個實施例中,疾病或病症與GLI2及/或GLI1及/或 GLI3之異常含量相關。 如本文所用之術語「異常」係指與不具有本文所提及之 疾病、病症或病狀之動物細胞中的表現量相比,GLI2及/ 或GLI1及/或GLI3基因在細胞中之過度表現(例如上調)。 在一些實施例中,本發明之募聚物、結合物或組合物可 用於治療與GLI2及/或GLI1及/或GLI3基因之過度表現(例 如上調)有關之病狀。 在其他實施例中,疾病或病症與GLI2及/或GLI 1及/或 GLI3之突變形式之異常含量相關。 141747.doc -71· 201016222 如本文所用之術語「突變」及「突變形式」係指SEQ ID NO: 1中所示之GLI2核酸之變異體;及/或SEQ ID NO: 2中 所示之GLI1核酸之變異體;及/或SEQ ID NO: 134中所示 之GLI3核酸之變異體。該變異體可能與本文所提及之疾 病、病症或病狀相關。在一些實施例中,如本文所用之術 語「變異體」係指具有藉由一或多個核苷酸添加及/或取 代及/或缺失而不同於SEQ ID NO: 1及/或SEQ ID NO: 2及/ 或SEQ ID NO: 134之鹼基序列之核苷酸序列。在一些實施 例中,該變異體與SEQ ID NO: 1及/或SEQ ID NO·· 2及/或 SEQ ID NO: 134具有至少80°/。、85%、90%或95%序列同源 性(一致性)。在相同或不同實施例中,變異體在整個SEQ ID NO: 1 及/或 SEQ ID NO: 2及/或 SEQ ID NO: 134 上具有 至多60個其他核苷酸及/或經取代之核苷酸及/或缺失之核 苷酸;諸如具有至多30個其他核苷酸及/或經取代之核苷 酸及/或缺失之核苷酸;諸如在整個SEQ ID NO: 1及/或 SEQ ID NO: 2及/或SEQ ID NO: 134上具有至多15個其他核 苷酸及/或經取代之核苷酸及/或缺失之核苷酸。 在多個實施例中,本發明係關於調節GLI2目標基因(亦 即藉由GLI2調節之基因)之基因產物之表現的方法。GLI2 目標基因之實例包括GLI1及PTCH1。在一些實施例中, GLI2目標基因之調節導致目標基因之表現或活性增加。在 其他實施例中,GLI2目標基因之調節導致目標基因之表現 或活性降低。 本發明進一步提供本發明之募聚物的用途,其係用於製 141747.doc •72· 201016222 造供治療本文所揭示妹何及所有病狀用之藥物。 與GLI2及巾’本發明係針對—種治療患有或易感染 、 5 Ul及/*GLI3 mRNA或蛋白質之異常含量 關的病狀之哺乳動铷沾七 重有 法,該方法包含向哺乳動物投盥 治療有效量之包含_弋文加τ • 結合物。 &多個LNA單體之本發明寡聚物或其 • 1關:之本發明之態樣係針對如本文所定義之寡聚物 • 瘓)或如本文所定義之結合物之用途’其係用於製備 供>0療上文所揭示之病狀用之藥物。 法在例中,本發明涵蓋-種預防或治療疾病之方 含向需要此療法之非人類動物或人類投與治 療有量之本發明之寡聚物或其結合物。 在實施例中’歷時短時期*非連續 LNA寡聚物或其結合物。 不贫月之 在本發明之某些實施例中,將宸$^ 麄分鍵聯,例如以增加募聚物之ΓΓ 部 結合部分為固醇,諸如膽固醇。 貫 在多個實施例中,太级β . ΓΤΤ1 « 7 , ^ 發月係針對一種治療GLI2及/或 GLI1及/或GLI3之異常含蚩 ά ^ ^ , 之方法,該方法包含向需要此 ' 治療之動物(諸如患者)投與太路日日* # 醫藥組合物,且視情募聚物或其結合物或 ^包含投與另一化學治療劑。
在一些貫施例中,佶仆粵、A “ 使學❻療劑舆寡聚物結合,化學治療 麻:^樂組合物中,或以單獨調配物形式投與化學治 療劑。 141747.doc • 73 - 201016222 本發明亦係關於一種如本文所定義之寡聚物、組合物或 結合物,其係用作藥物。 本發明進一步係關於如本文所定義之寡聚物、組合物或 結合物之用途,其係用於製造供治療GU2及/或GLI1及/或 GLI3之異常含量或GLI2及/或GLI1及/或glI3之突變體形式 (諸如對偶基因變異體,諸如與本文所提及之疾病中之一 - 者有關的對偶基因變異體)之表現用的藥物。 此外,在多個實施例中’本發明係關於一種治療患有選 自由過度增生性病症(諸如癌症,諸如前列腺癌、神經膠 瘳 質瘤、結腸直腸癌、黑色素瘤、乳癌、肺癌或肝細胞癌) 組成之群的疾病或病狀之動物(諸如患者)的方法,該方法 包含向有需要之動物(諸如患者)投與如本文所定義之醫藥 組合物之步驟。 在某些實施例中’本發明之方法係用於治療或預防由 GLI2及/或GLI1及/或GLI3異常含量所引起之疾病。 在些實施例中’本發明係針對一種治療GLI2及/或 GLI1及/或GLI3之異常含量的方法,該方法包含向有需要❿ 之動物(諸如患者)投與本發明之募聚物或本發明之結合物 或本發明之醫藥組合物。 此外’本發明係關於一種治療患有疾病或病狀(諸如本 文所提及之疾病或病狀)之動物(諸如人類)的方法。 需要治療之動物(諸如患者)為患有或可能患有疾病或病 症之動物(諸如患者)。 &適的動物包括人類及非人類動物。 141747.doc •74- 201016222 在一些實施例中,該動物為哺乳動物。實例包括人類、 齧齒動物(諸如大鼠及小鼠)、兔、靈長類動物、非人類靈 長類動物(諸如黑猩猩及猴)、馬、牛、羊、豬、犬及雜。 合適的劑量、調配物、給藥途徑、組合物、劑型、與其 他治療劑之組合、前藥調配物亦提供於W〇 2007/03 1091 中,該文獻亦以引用的方式併入本文中。 本發明亦&供一種醫樂組合物,其包含如本文中所述之 募聚物或結合物及醫藥學上可接受之稀釋劑、載劑或佐 劑。WO 2007/031091提供合適且較佳之醫藥學上可接受之 稀釋劑、載劑及佐劑,該文獻以引用的方式併入本文中。 實施例 本發明之以下實施例可與本文所述之其他實施例組合使 用。 1. 一種長度介於10至30個核苷酸之間的募聚物,其包含 總計10至3 0個核苷酸之連續核苷酸序列,其中該連續 核苷酸序列與對應於哺乳動物GLI2基因之區域或與 mRNA(諸如SEQ ID NO: 1)或其天然存在之變異體之反 向互補序列至少80%同源。 2 ·根據實施例1之寡聚物,其中該連續核苷酸序列與對應 於SEQ ID NO: 3-90中之任一者的區域至少80〇/〇同源。 3. 根據實施例1或2之寡聚物’其中該連續核苷酸序列不 包含錯配或包含至多1或2個與SEQ ID NO 1之相應區域 之反向互補序列的錯配。 4. 根據實施例1至3中任一者之寡聚物,其中該連續核苷 141747.doc -75- 201016222 酸序列不包含錯配或包含1或2個與人類GLI1(SEQ ID NO 1)與GLI2(SEQ ID NO 2)mRNA序列之反向互補序 列之相應區域的錯配。 5. 根據實施例1至4中任一者之寡聚物,其中該寡聚物之 核苷酸序列由連續核苷酸序列組成。 6. 根據實施例1至5中任一者之寡聚物,其中該連續核苷 酸序列之長度介於10至18個核苷酸之間。 7. 根據實施例1至6中任一者之寡聚物,其中該連續核苷 酸序列包含核苷酸類似物。 8. 根據實施例7之寡聚物,其中該核苷酸類似物為糖修飾 之核苦酸’諸如選自由以下組成之群的糖修飾之核苷 酸:鎖核酸(LNA)單元;2,-0-烷基-RNA單元、2,-〇Me-RNA單元、2’-胺基-DNA單元及2,-氟-DNA單元。 9. 根據實施例8之寡聚物,其中該核苷酸類似物為lna。 1 〇.根據實施例7至9中任一者之募聚物,其為間隙聚合 物。 11. 根據實施例1至10中任一者之寡聚物,其抑制GLI2基 因或mRNA在表現GLI2基因或mRNA之細胞中的表現。 12. —種結合物’其包含根據實施例1至丨丨中任一者之寡聚 物及至少一種與該募聚物共價連接之非核苷酸或非聚 核苷酸部分。 13. —種醫藥組合物’其包含根據實施例丨至^中任一者之 募聚物或根據實施例12之結合物及醫藥學上可接受之 稀釋劑、載劑、鹽或佐劑。 141747.doc •76, 201016222 14·根據實施例1至11中任—去夕言取& t τ仕者之寡聚物或根據實施例12之 結σ物,其係用作諸如供治療諸如癌症之過度增生性 病症用之藥物。 15. —種根據實施例丨至丨丨中任一者之寡聚物或根據實施例 I2中所定義之結合物的用途,其係用於製造供治療諸 如癌症之過度增生性病症用之藥物。 16. —種治療諸如癌症之過度增生性病症之方法,該方法 包含向患有或可能患有諸如癌症之過度增生性病症之 ® 患者投與根據實施例1至11中任一者之募聚物或根據實 施例12之結合物或根據實施例13之醫藥組合物。 17· —種抑制表現GLI2之細胞中之GLI2的方法,該方法包 含向該細胞投與根據實施例1至11中任一者之寡聚物或 根據實施例12之結合物以便抑制該細胞中之glI2。 1 8· —種誘發表現GLI2之細胞中細胞凋亡的方法,該方法 包含向該細胞投與足以觸發細胞凋亡之量的根據實施 $ 例1至11中任一者之寡聚物或根據實施例12之結合物或 根據實施例13之醫藥組合物之步驟。 實例 實例1 :單艎合成 根據公開程序及其中引用之參考文獻來製備LNA單體構 築嵌段及衍生物,參見WO 07/031081及其中引用之參考文 獻。 實例2 :募核苷酸合成 根據WO 07/031081中所述之方法合成寡核苷酸(寡聚 141747.doc • 77· 201016222 物)。表1展示反義寡核苷酸基元及本發明之實例。 實例3 :寡核苷酸之設計 根據本發明,使用公開序列(GenBank寄存編號 NM_005 270,在本文中呈現為SEQ ID NO: 1) ’設計一系 列寡核苷酸(寡聚物)以靶向人類GLI2 mRNA之不同區域。 在一些實施例中,亦使用公開序列(GenBank寄存編號 NM 005 269,在本文中呈現為SEQ ID NO: 2)設計寡核苷 酸以靶向GLI1 mRNA及/或使用公開序列(GenBank寄存編 號NM_000168,在本文中呈現為SEQ ID NO: 134)設計寡 核苷酸以靶向GLI3 mRNA。 表1:本發明之反義寡核苷酸序列。SEQ ID NO: 3-84及 SEQ ID NO: 85-90(表2中所示)為經設計靶向人類GLI2 mRNA及視情況人類GLI1 mRNA及視情況人類GLI3 mRNA 之寡聚物基元序列(寡聚物)。(指示與GLI1 mRNA之100% 序列同源性,參見「Compl Glil」)。 SEQ ID NO 序列(5’-3〇 、 長度 (鹼基) 目標位點 GLI2 (Compl Glil) SEQ ID NO: 3 ACCAGCATGTACTG 14 1647-1660 100(%) SEQ ID NO: 4 ACCAGCATGTACT 13 100(%) SEQ ID NO: 5 CCAGCATGTACTG 13 100(%) SEQ ID NO: 6 ACCAGCATGTAC 12 100(%) SEQ ID NO: 7 CCAGCATGTACT 12 100(%) SEQ ID NO: 8 CAGCATGTACTG 12 100(%) SEQ ID NO: 9 AACGTGCACTTGTG 14 1695-1708 100(%) SEQ ID NO: 10 TTCTGGTGCTTGGC 14 1839-1852 100(%) SEQ ID NO: 11 TTCTGGTGCTTGG 13 100(%) SEQ ID NO: 12 TCTGGTGCTTGGC 13 100(%) 141747.doc -78- 201016222 SEQIDISO 序列(5,-3,) 變爵is 靈i議 長度 (驗基) 目標位點 (1LI2 (Conipl (vlil) SEQ ID NO: 13 TTCTGGTGCTTG 12 100(%) SEQIDNO: 14 TCTGGTGCTTGG 12 100(%) SEQ ID NO: 15 CTGGTGCTTGGC 12 100(%) SEQ ID NO: 16 GTGAAGGCTGGGCTGA 16 1030-1045 SEQ ID NO: 17 TCTGCTTGTTCTGGTT 16 1242-1257 SEQ ID NO: 18 CCTGCTTACAGTCATC 16 1458-1473 SEQ ID NO: 19 CTCCTTGGTGCAGTCT 16 1514-1529 SEQ ID NO: 20 CTCCTTGGTGCAGTC 15 SEQ ID NO: 21 TCCTTGGTGCAGTCT 15 SEQ ID NO: 22 CTCCTTGGTGCAGT 14 SEQ ID NO: 23 TCCTTGGTGCAGTC 14 SEQ ID NO: 24 CCTTGGTGCAGTCT 14 SEQ ID NO: 25 CTCCTTGGTGCAG 13 SEQ ID NO: 26 TCCTTGGTGCAGT 13 SEQ ID NO: 27 CCTTGGTGCAGTC 13 SEQ ID NO: 28 CTTGGTGCAGTCT 13 SEQ ID NO: 29 CTCCTTGGTGCA 12 SEQ ID NO: 30 TCCTTGGTGCAG 12 SEQ ID NO: 31 CCTTGGTGCAGT 12 SEQ ID NO: 32 CTTGGTGCAGTC 12 SEQ ID NO: 33 TTGGTGCAGTCT 12 SEQ ID NO: 34 GTGTGTCTTCAGGTTC 16 1742-1757 SEQ ID NO: 35 CGCAGGTGTGTCTTCA 16 1747-1762 SEQ ID NO: 36 CGCAGGTGTGTCTTC 15 SEQ ID NO: 37 GCAGGTGTGTCTTCA 15 SEQ ID NO: 38 CGCAGGTGTGTCTT 14 SEQ ID NO: 39 GCAGGTGTGTCTTC 14 SEQ ID NO: 40 CAGGTGTGTCTTCA 14 SEQ ID NO: 41 CGCAGGTGTGTCT 13 SEQ ID NO: 42 GCAGGTGTGTCTT 13 SEQ ID NO: 43 CAGGTGTGTCTTC 13 SEQ ID NO: 44 AGGTGTGTCTTCA 13 SEQ ID NO: 45 CGCAGGTGTGTC 12 141747.doc -79- 201016222 SEQ ID NO 序列(5’-3’) 長度 (鹼基) 目標位點 GLI2 (Compl Glil) SEQ ID NO: 46 GCAGGTGTGTCT 12 SEQ ID NO: 47 CAGGTGTGTCTT 12 SEQ ID NO: 48 AGGTGTGTCTTC 12 SEQ ID NO: 49 GGTGTGTCTTCA 12 SEQ ID NO: 50 GCAGATGTAGGGTTTC 16 1871-1886 SEQ ID NO: 51 GCCACTGTCATTGTTG 16 2213-2228 SEQ ID NO: 52 CCAGGGCTGAGGTGTC 16 2301-2316 SEQ ID NO: 53 GAGGCAGCTTGGTGTT 16 2451-2466 SEQ ID NO: 54 TGCTGGTGGAGCTGTC 16 2607-2622 SEQ ID NO: 55 GTGAGGTTGAGCAGCC 16 2818-2833 SEQ ID NO: 56 GCCGCACAGGGTCGCT 16 3096-3111 SEQ ID NO: 57 ATGTAGTTTACCCTGG 16 3838-3853 SEQ ID NO: 58 CCATGAAGCCAGGCTG 16 4230-4245 SEQ ID NO: 59 TACATGTGGATCTGGC 16 4534-4549 SEQ ID NO: 60 TACATGTGGATCTGG 15 SEQ ID NO: 61 ACATGTGGATCTGGC 15 SEQ ID NO: 62 TACATGTGGATCTG 14 SEQ ID NO: 63 ACATGTGGATCTGG 14 SEQ ID NO: 64 CATGTGGATCTGGC 14 SEQ ID NO: 65 TACATGTGGATCT 13 SEQ ID NO: 66 ACATGTGGATCTG 13 SEQ ID NO: 67 CATGTGGATCTGG 13 SEQ ID NO: 68 ATGTGGATCTGGC 13 SEQ ID NO: 69 TACATGTGGATC 12 SEQ ID NO: 70 ACATGTGGATCT 12 SEQ ID NO: 71 CATGTGGATCTG 12 SEQ ID NO: 72 ATGTGGATCTGG 12 SEQ ID NO: 73 TGTGGATCTGGC 12 SEQ ID NO: 74 GCCATGTTGCTGATGC 16 4864-4879 SEQ ID NO: 75 TCAGATTCAAACCCA 15 5330-5344 SEQ ID NO: 76 TCAGATTCAAACCC 14 SEQ ID NO: 77 CAGATTCAAACCCA 14 SEQ ID NO: 78 TCAGATTCAAACC 13 141747.doc -80- 201016222 SI:Q ID NO 序列(sw) 長度:V (驗基) 目標位點 GLI2 (Compl Glil) SEQ ID NO: 79 CAGATTCAAACCC 13 SEQ ID NO: 80 AGATTCAAACCCA 13 SEQ ID NO: 81 TCAGATTCAAAC 12 SEQ ID NO: 82 CAGATTCAAACC 12 SEQ ID NO: 83 AGATTCAAACCC 12 SEQ ID NO: 84 GATTCAAACCCA 12 表2展示24聚體序列基元,可由該等24聚體序列基元設 計本發明之寡聚物,粗體字表示如表1中所示之寡聚物序 列基元。 抻應?4鲛體序列 24 聚體SEQ ID 16聚體SEQ ID GCACCACCAGCATGTACTGCGCCT SEQ ID NO: 85 SEQ ID NO: 3 TGCGATTCTGGTGCTTGGCGCGGT SEQ ID NO: 86 SEQ ID NO: 10 CGTACTCCTTGGTGCAGTrTTCCC SEQ ID NO: 87 SEQ ID NO: 19 GGACCGCAGGTGTGTCTTCAGGTT SEQ ID NO: 88 SEQ ID NO: 35 TTCGTACATGTGGATCTQnrCGTA SEQ ID NO: 89 SEQ ID NO: 59 AGC ATTC AGATTCAA ΑΓΓΓ A AATG SEQ ID NO: 90 SEQ ID NO: 75 表3:本發明之募核苷酸設計。在SEQ ID NO: 91-111 中’大寫字母指示核苷酸(核苷)類似物單元(單體),諸如 本文所揭示之彼等核苷酸(核苷)類似物單元(單體),諸如 LNA單元。小寫字母表示核苷酸(Dna)單體。在一些實施 例中,核苷酸之間的核苷間鍵均為硫代磷酸酯基。在一些 實施例中’ LNA單體中之所有胞嘧啶鹼基(殘基)均為5_曱 基胞,σ定。 ;序列(5’-3’> ACCagcatgtaC'Ti; SEQ ID NO: 91 AACgtgcacttGTG SEQ ID NO: 92 TTCtggtgcttGGC SEQ ID NO: 93 141747.doc -81 - 201016222 序列(5’-3’) GTGaaggctgggcTGA SEQ ID NO: 94 TCTgcttgttctgGTT SEQ ID NO: 95 CCT gcttacagtc AT C SEQ ID NO: 96 CT CcttggtgcagT CT SEQ ID NO: 97 GT Gt gtcttcaggTTC SEQ ID NO: 98 CGCaggtgtgtctTCA SEQ ID NO: 99 GCAgatgtagggtTTC SEQ ID NO: 100 G C C actgtcattgTT G SEQ ID NO: 101 CCAgggctgaggtGTC SEQ ID NO: 102 GAGgcagcttggtGTT SEQ ID NO: 103 TGCtggtggagctGTC SEQ ID NO: 104 GTGaggttgagcaGCC SEQ ID NO: 105 GCCgcacagggtcGCT SEQ ID NO: 106 AT GtagtttacccT G G SEQ ID NO: 107 CCAtgaagccaggCTG SEQ ID NO: 108 TACatgtggatctGGC SEQ ID NO: 109 GCCatgttgctgaTGC SEQ ID NO: 110 TCAgattcaaacCCA SEQ ID NO: 111 實例4 :活體外模型:細胞培養物 可在多種細胞類型中之任一者中測試反義寡核苷酸對目 標核酸表現之影響,其限制條件為目標核酸以可量測含量 存在。目標可内源地表現或藉由編碼該目標核酸之核酸的 瞬時或穩定轉染來表現。按常規可使用例如北方墨點分 析、即時PCR、核糖核酸酶保護檢定來測定目標核酸之表 現量。以下細胞類型係為說明性目的而提供,但按常規可 使用其他細胞類型,其限制條件為目標在所選細胞類型中 表現。將細胞在如下所述之適當培養基中培養且維持於 37°C、95%-98%濕度及5% C02下。按常規每週使細胞繼代 2-3 次。 141747.doc -82- 201016222 DU-145 :將人類前列腺癌細胞株DU-145在含有10%胎牛 企清(Biochrom 19357-5010)及 25 gg/ml 慶大黴素 (Gentamicin)(25 pg/ml)(Sigma # G1397)之有 glutamax I(Gibco # 61870-010)之RPMI 1640培養基中培養。 518A2 :將人類黑色素瘤癌細胞株518A2在含有10%胎牛 血清(Biochrom 19357-5010)、2 mM Glutamax I(Gibco # 35050-038)及 25 pg/ml 慶大黴素(Sigma # G1397)之杜爾貝 可氏MEM(Dulbecco's MEM)(Sigma # D5671)中培養。 實例5:活體外模型:用反義募核苷酸處理 使用陽離子脂質體調配物LipofectAMINE 2000(Gibco)作 為轉染媒劑,用募聚物(寡核苷酸)來處理細胞。將細胞接 種於6孔細胞培養板(NUNC)中且在75%-90%匯合時進行處 理。所用寡核苷酸濃度在0.8 nM至20 nM最終濃度之範圍 内。使用無血清之OptiMEM(Gibco)及最終脂質濃度為5 pg/mL之LipofectAMINE 2000,大體上如製造商所述進行 寡核苷酸-脂質複合物之調配。將細胞在37。(:下培育4小時 且藉由移除含有募核苷酸之培養基來終止處理。洗滌細胞 且添加含血清之培養基。在寡核苷酸處理之後,使細胞恢 復20小時’之後將其收集以進行rna分析。 實例6 ·活艘外楔型:RNA之萃取及cDNA合成 對於自細胞株分離RNA而言,根據由製造商提供之方案 來使用RNeasy微型套組(Qiagen目錄號741〇4)。使用來自
Ambion t 錚、酶試劑根據製造商說明書來執行第一鏈合 成0 141747.doc -83- 201016222 對於各樣品而言,將0.5 gg總RNA用不含核糖核酸酶之 H20調節至10.8 μΐ且與2 μΐ無規十聚體(50 μΜ)及4 μΐ dNTP 混合物(2.5 mM各dNTP)混合且加熱至70°C歷時3分鐘’隨 後將該等樣品於冰上快速冷卻。在於冰上冷卻樣品之後’ 將2 μΐ 10倍缓衝液RT、1 μΐ MMLV逆轉錄酶(100 U/μΙ)及 0.25 μΐ核糖核酸酶抑制劑(10 U/μΙ)添加至各樣品中,接著 在42°C下培育60分鐘,在95°C下使酶熱失活1〇分鐘,且接 著將樣品冷卻至4°C。 實例7:活體外模型:藉由即時PCR對GLI2表現之寡核苷 酸抑制作用的分析 可以此項技術中已知之多種方法檢定GLI2 mRNA表現之 反義調節。舉例而言,可藉由例如北方墨點分析、競爭性 聚合酶鏈反應(PCR)或即時PCR來定量GLI2 mRNA含量。 目前較佳為即時定量PCR。可對全細胞RNA或mRNA執行 RNA分析。RNA分離及RNA分析(諸如北方墨點分析)之方 法為此項技術中之常規方法且教示於例如Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons 中 ° 可使用獲自Applied Biosystem之市售多色即時PCR偵測系 統(Multi-Color Real Time PCR Detection System)來便利地 實現即時定量(PCR)。 GLI2 mRNA含量之即時定量pcr分析 使用人類GLI2 ABI Prism Pre-Developed TaqMan檢定試 劑(Applied Biosystems 目錄號Hs00257977_ml)根據製造商 說明書來定量樣品中人類GLI2 mRNA之含量。 141747.doc -84- 201016222 使用人類Glil ABI Prism Pre-Developed TaqMan檢定試 劑(Applied Biosystems 目錄號Hs00171790_ml)根據製造商 說明書來定量樣品中人類GLI1(本文亦稱為Glil)mRNA之 含量。使用甘油醛-3-磷酸酯脫氫酶(GAPDH)mRNA量作為 内源性對照物以校正樣品製備中之任何偏差。 使用人類GAPDH ABI Prism Pre-Developed TaqMan檢定 試劑(Applied Biosystems目錄號4310884E)根據製造商說明 書來定量樣品中人類GAPDH mRNA之含量。 即時定量PCR為此項技術中熟知之技術且教示於(例 如)Heid 等人,Real time quantitative PCR, Genome Research (1996),6: 986-994 中。
即時PCR 將來自如實例6中所述執行之第一鏈合成之cDNA稀釋2-20 次,且使用來自 Applied Biosystems 之 Taqman 7500 FAST藉由即時定量PCR來分析。將引子及探針與 2xTaqman Fast Universal PCR 母混合液(Applied Bio systems目錄號4364103)混合兩次且添加至4 μΐ cDNA中 至最終體積為10 μΐ。一式三份分析每一樣品。藉由檢定已 經自表現所關注之RNA的細胞株所純化之物質而製備的 cDNA之2倍稀釋液來產生標準曲線。使用無菌Η20替代 cDNA作為無模板對照物。PCR程式:95°C下30秒,繼之 以40個以下循環:95°C下3秒,60°C下30秒。使用Applied Biosystems Fast System SDS軟體 1.3.1.21 版,根據所計算 之臨限週期來測定目標mRNA序列之相對量。 141747.doc • 85· 201016222 實例8:活體外分析··寡核苷酸對人類GLI2表現之反義抑 制作用 評估寡核苷酸在0_8 nM、4 nM及20 nM之濃度下在DU-145細胞及 518A2細胞 中降低GLI2 mRNA表現 之潛能 (參見 圖4、圖5及圖6)。數據以在4 nM下相對於空載體轉染之細 胞之GLI2 mRNA下調百分比形式呈示於表4中。空載體轉 染之細胞係用混雜對照物(陰性對照物)轉染。該混雜對照 物為寡聚物,諸如具有如SEQ ID No: 133所示序列之寡聚 物,其與目標序列不具有互補性。小寫字母表示DNA單 元,粗體大寫字母表示LNA,諸如β-D-氧基-LNA單元。 LN A單體中之所有胞嘧啶鹼基均為5 -曱基胞嘧啶。下標 「s」表示硫代鱗酸S旨鍵。 表4 測試物質 序列(5’-3'> GLI2 mRNA (抑制%) SEQIDNO: 112 AsCsCsasgscsastsgstsasCsTsG 72.8 SEQIDNO: 113 AsAsCsgstsgscsascststsGsTsG 55.2 SEQIDNO: 114 TsTsCstsgsgstsgscststsGsGsC 79.6 SEQIDNO: 115 GsTsGsasa.sgsgscstsgsgsgscsTsGsA 82.3 SEQIDNO: 116 TsCsTsgscststsgststscstsgsGsTsT 71.9 SEQIDNO: 117 CsCsTsgscststsascsasgstscsAsTsC 62.2 SEQIDNO: 118 CsTsCscststsgsgstsgscsasgsTsCsT 79.9 SEQIDNO: 119 GsTsGstsgstscststscsasgsgsTsTsC 68.4 SEQIDNO: 120 CsGsCsa.sgsgstsgstsgstscstsTsCsA 71.4 SEQIDNO: 121 GsCsAsgsastsgstsasgsgsgstsT ST SC 74.9 SEQIDNO: 122 GsCsCsascstsgstscsaststsgsTsTsG 63.7 SEQIDNO: 123 CsCsAsgsgsgscstsgsasgsgstsGsTsC 66.8 SEQIDNO: 124 GsAsGsgscsa.sgscststsgsgstsGsTsT 37.6 141747.doc -86- 201016222 測試物質 序列(5’-3’) CLU mRNA (抑制%) SEQIDNO: 125 TsGsCstsgsgstsgsgsasgscstsGsTsC 31.6 SEQIDNO: 126 GsTsGsasgsgststsgsasgscsasGsCsC 70.3 SEQIDNO: 127 GsCsCsgscsascsasgsgsgstsCsGsCsT 42.8 SEQIDNO: 128 AsTsGstsasgstststsasCsCsCsTsGsG 71.4 SEQIDNO: 129 CsCsAstsgsasasgscscsasgsgsCsTsG 73.7 SEQIDNO: 130 TsAsCsastsgstsgsgsastscstsGsGsC 69.2 SEQIDNO: 131 GsCsCsastsgststsgscstsgsa^TsGsC 62.4 SEQIDNO: 132 T sCsAsgsa-ststsCsasasasCgCsCsA 79.7 對照寡聚物 SEQIDNO: 133 CsGsTsCsasgstsastsgscsgs A§ AsTsc 如表4中所示’在4 nM之低劑量下所有以GLI2 mRNA表 現為標的之所測試寡核苷酸均提供至少30%之抑制作用。 在 4 nM之低劑量下 SEQ ID NO 113、117、119、122、 123、130及131均得到至少50%之抑制作用,且在4 nM劑 量下 SEQ ID NO 112、114、115、116、118、120、121、 1 2 6、1 2 8、1 2 9及13 2均得到至少7 0 %之抑制作用。 在 4 nM劑量下具有如 SEQ ID NO 117 ' 119、122、123、 130 、 131 、 112 、 114 、 115 、 116 、 118 、 120 、 121 、 126 、 1 28、129及1 32所示序列之募聚物(本文亦稱為寡聚物 (oligo))以及基於所示反義寡聚物序列之寡核苷酸(例如改 ’堯長度(較短或較長)及/或核驗基含量(例如類似物單元之 類型及/或比例))均得到至少60%之抑制作用,且因此在一 些實施例中較佳,其亦提供GLI2 mRNA表現之良好抑制。 實例9:活體外分析:寡核苷酸對人類GLI1表現及人類 GLI3表現之反義抑制 s平估券核苦酸在0.8 nM、4 nM及20 nM之濃度下在;DU-141747.doc •87· 201016222 145細胞及518A2細胞中降低GLIl mRNA表現之潛能(參見 圖7及圖8 )。 評估募核苷酸在0.8 nM、4 nM及20 nM之濃度下在 518A2細胞中降低GLI3 mRNA之潛能(參見圖9)。 實例10 : LNA募核苷酸對細胞凋亡之誘發 在轉染之前一日將51 8 A2細胞以每孔1 ·5 X 105個細胞之密 度接種於6孔培養板(NUNC)中,且將DU-145細胞以每孔 2.8 χΙΟ5個細胞之密度接種。當75-90%匯合時,使用陽離 子脂質體調配物LipofectAMINE 2000(Gibco)作為轉染媒 劑,用寡核苷酸來處理細胞。所用之寡聚物濃度為4 nM及 20 nM(於孔中之最終濃度)。使用無血清之OptiMEM (Gibco)及最終脂質濃度為5 pg/mL之LipofectAMINE 2000,大體上如製造商所述進行寡聚物-脂質複合物之調 配。將細胞在37°C下培育4小時且藉由移除含有寡聚物之 培養基終止處理。用Optimem洗務之後,將300 μΐ胰蛋白 酶添加至每一孔中直至細胞自各孔脫離。藉由向孔中添加 3 ml HUH7培養基使胰蛋白酶失活且藉由將細胞懸浮液輕 輕上下吸取來製備單細胞懸浮液。使用混雜寡聚物SEQ ID NO: 133作為對照物。 此後,將1〇〇 μΐ細胞懸浮液添加至購自Nunc(目錄號 1361 01)之白色96孔板之每一孔中(準備4塊板,以在不同時 間點進行量測)。接著將板在37°C、95%濕度及5% C02下 培育直至執行檢定。 卡斯蛋白酶檢定(Caspase assay):使用發螢光之 141747.doc • 88 - 201016222 匸38卩&3 6-〇1〇3/7受質檢定(目錄號〇8091,購自?1*〇1116§&)量 測細胞凋亡特異性卡斯蛋白酶3及7之活性。使待分析之板 平衡至室溫歷時15分鐘。將Caspase-Glo® 3/7緩衝液與 Caspase-Glo® 3/7受質混合成Caspase-Glo®工作溶液,使 其平衡至室溫。接著,將100 μΐ Caspase-Glo®工作溶液小 心地添加至96孔板之每一孔中之培養基中(重要的是避免 氣泡及各孔之間的污染)。將板小心地震盪1分鐘,之後將 其在室溫下培育1小時,避光保存。用Luminoscan Ascent 儀器(Thermo Labsystems)以每秒相對光單位(RLU/s)量測 卡斯蛋白酶活性。使數據相關且相對於設定為1之空載體 樣品之平均值繪圖。參見圖13及圖14。 實例11 :使用LNA寡核苷酸對增殖之活體外抑制 如實例10中所述(細胞凋亡誘發)將51 8A2細胞轉染且收 集至單細胞懸浮液中。SEQ ID NO: 133充當混雜對照物。 此後,將100 μΐ細胞懸浮液添加至96孔板(「Orange ScientiHc」)之每一孔中以進行MTS檢定(準備4塊板,以在 不同時間點下量測)。接著將板在37°C、95%濕度及5% 〇02下培育直至執行檢定。 增殖活細胞之量測(MTS檢定) 對於增瘦檢定而言,將10plCellTiter96® AQueous One Solution Cell Proliferation Assay(Promega, G3582)添加至 96孔板之每一孔之培養基中,小心地震盪板,且在37°C、 95%濕度及5% C02下培育1小時,隨後進行量測。用分光 光度計在490 nm下量測吸光度且自僅含有培養基之孔減去 141747.doc -89- 201016222 檢定本底。對於空載體轉染之細胞及用寡聚物轉染之細胞 而言,490 nm下之吸光度與活細胞數目成比例且繪製該吸 光度隨時間之圖。參見圖Π。 實例 12 : SEQ ID NO: 112、114、118、120、130及 132之 結合物及聚乙二醇之製備 藉由以下步驟在5'末端處對寡聚物官能化:使用常規胺 基磷酸酯化學法使由封端基(諸如Fmoc)封端之胺基烷基 (諸如己-1-胺)與募聚物之5'磷酸酯基連接,氧化所得化合 物,將其去保護且將其純化以獲得具有式(I)之官能化寡聚 物(活化寡聚物): Ο
卜°- 5,-〇UGOMER-3, -OH 〇· (I) 在式(I)或(III)中術語寡聚物係指本發明之寡聚物,諸如 選自由 SEQ ID NO: 112、114、118、120、130及 132組成 之群的寡聚物。 活化PEG之溶液,諸如式(II)中所示者:
(II) 其中PEG部分具有12,000之平均分子量,且將PBS緩衝液 中之式(I)化合物在室溫下攪拌12小時。用二氯甲烷萃取反 141747.doc •90· 201016222 應溶液三次,且經硫酸鎂乾燥經合併之有機層且過濾,且 減壓蒸發溶劑。將殘餘物溶解於再蒸餾水中且裝載於陰離 子交換管柱上。用水溶離未反應之PEG連接子且用 NH4HC03溶液溶離產物。將含有純產物之溶離份彙集且凍 乾以得到式(III)之結合物: Ο Μβν 〇 0 . 人 卜〇- 5,-〇UG〇MER·3, —〇Η \—/ Η 〇
Me’ • (III) 其中寡聚物(例如,SEQ ID NO: 112、114、118、120、130 及132)與具有12,000之平均分子量的PEG聚合物經由可釋 放連接子連接。 實例13 : DU-145及518A2細胞中關於Glil、Gli2及Gli3 mRNA表現之IC50測定 實驗詳情參見實例4-9。 秦 在DU-145細胞及518A2細胞中測定不同GLI2募聚物關於 GLI2 mRNA表現之IC50值。用0.04 nM至20 nM最終濃度範 圍内之濃度的募聚物轉染細胞。在藉由qPCR(定量PCR)轉 染之後24小時測定GLI2(本文中亦稱為Gli2)mRNA表現。 • 結果展示於圖4、圖5及圖6中。在轉染之後24小時所有寡 聚物均顯示GLI2 mRNA之有效下調,其中在兩種細胞株中 IC5〇皆低於4 nM。 在DU-145細胞及51 8A2細胞中測定不同GLI2寡聚物關於 GLI1 mRNA表現之IC50值。用0·04 nM至20 nM最終濃度範 141747.doc -91 - 201016222 圍内之濃度的寡聚物轉染細胞。在藉由qPCR轉染之後24 小時測定GLI1 mRNA表現。結果展示於圖7及圖8中。雙特 異性Gli2寡聚物(SEQ ID NO 112及114)展示GLI1之有效下 調,其中當在轉染之後24小時分析時在DU-145與518A2細 胞中IC50皆低於4 nM。此外,在兩種細胞株中SEQ ID NO 120皆顯示GLI1之降低(Glil mRNA之表現降低)’最有效降 低見於DU-145細胞中。SEQ ID NO 120與GLI1僅具有1個 錯配,其可能為由此寡聚物所觀測到之GLI1降低之原因。 相反,在DU-145與518A2細胞中濃度為10 nM及20 nM之 SEQ ID NO 130似乎誘發GLI1表現。 用GLI2募聚物轉染之後,在518A2細胞中研究GLI3(本 文中亦稱為Gli3)之表現。在DU-145細胞中未分析表現, 此係因為此等細胞表現極低含量之GLI3 mRNA(低於qPCR 之偵測限度)。所有募聚物均經設計與GLI3有至少兩個錯 配,此係因為希望避免該等寡聚物以GLI3為標的。結果展 示於圖9中。結果展示SEQ ID NO 114顯示GLI3 mRNA表現 之有效降低,其中IC50低於4 nM。SEQ ID NO 11 8及SEQ ID NO 120顯示GLI3之下調,其中IC50高於20 nM(118)或介 於10-20 nM之間(120),而其餘寡聚物在最高濃度下對 GLI3 mRNA表現無影響或僅具有微小影響。 實例14: GLI2寡聚物之血漿穩定性 將小鼠血漿(來自BomTac:NMRI小鼠之肝素鋰血漿, 2005年9月14曰採集,Taconic Europe)解;東且以每管45 μΐ 血漿等分至各管中。之後將5 μΐ寡聚物(200 μΜ)添加至45 141747.doc -92- 201016222 μ1血衆中至最終濃度為20 μΜ。充分混合之後,將樣品在 37 C下培月0-12〇小時。在不同時間點(〇小時、24小時、48 小時及120小時)收集樣品且藉由在液氮中瞬間冷凍樣品來 中^應°關於分析,將樣品添加至所裝載緩衝液中且在 變性條件下藉由page測序凝膠電泳來分析。 血聚穩定性檢定之結果證實募聚物極穩定。所有募聚物 均顯不活體外穩定性,藉此在37。(:下與小鼠血漿一起培育 24小時之後’仍存在90%以上之活性化合物。對於在3'端 處具有A殘基之具有如SEQ ID NO: 120及SEQ ID NO: 132 所不序列之寡聚物而言,培育24小時之後可開始偵測到弱 N_1 ’而任何其他募聚物均不能偵測到降解。先前觀 測到在血衆中格育之後在3,端處具有A殘基之寡聚物顯示 弱N-1頻帶’由於去嘌呤作用故此係可能的。結果展示於 圖10中。 實例15 . GL12寒聚物測定 使用UV光譜分析系統及相應軟體(Perkin Elmer, Fremont,USA)測定Lna募聚物/RNA雙鏈體之熔融溫度。 將1.5 μΜ最終濃度之LNA募聚物及其互補rnA添加至^緩 衝液(200 nM NaCl、0.2 nM EDTA、20 mM NaP、pH 7.0) 中。藉由將樣品加熱至95 °C歷時3分鐘,繼之以在室溫下 冷卻30分鐘來製備雙鏈體形式。 用Lambda 25 UV/VIS光譜儀(Perkin Elmer)量測熔融溫 度(Tm)值且收集數據且使用TempLab軟體(perkin Elmer)分 析。將儀器程式化以將寡聚物雙鏈體樣品自20。(:加熱至 141747.doc -93· 201016222 95°C且之後將樣品冷卻至25°C。在此過程中,記錄260 nm 下之吸光度。使用熔融曲線計算Tm值(表5)。
表5.如由UV分光光度法測定之LNA寡聚物相對於互補RNA 之Tm。
SEQ ID NO Tm 112 63.8〇C 114 72.2〇C 118 72.9〇C 120 70.5〇C 130 65.0〇C 132 60.7〇C 所有GLI2募聚物均具有大於60°C之相對於其互補RNA之
Tm。 實例16 : DU 145及518A2細胞中之增殖檢定 MTS檢定:關於增殖檢定,將10 μΐ CellTiter 96® AQueous單溶液細胞增殖檢定(One Solution Cell Proliferation Assay)(Promega, G3582)添加至 96 孔板之每一 孔之培養基中,小心地震盪板,且在37°C、95%濕度及5% C02下培育1小時,隨後進行量測。用分光光度計在490 nm 下量測吸光度且自僅含有培養基之孔減去檢定本底。 使用MTS檢定在DU-145及518A2細胞中研究用GLI2募聚 物轉染之後的增殖。在轉染之後5小時、24小時、48小時 及72小時分析增殖。結果顯示除具有如SEQ ID NO: 130所 示序列之募聚物外之所有GLI2募聚物均展示DU-145與 141747.doc -94- 201016222 5 1 8A2細胞中增殖之有效且劑量依賴性抑制,而陰性對照 物對細胞增殖無影響。抑制增殖之最有效寡聚物為具有如 SEQ ID NO: 114、118及120所示序列之寡聚物。執行4個 獨立篩檢,且呈示篩檢數據作為不同寡聚物之平均活性之 最佳表示(圖11)。 實例17:活體内分析:在活體内(靜脈内)投與Gli寡核苷酸 之後小鼠肝臟中之ALT及AST測定。
在第0曰、第3曰、第6曰及第9曰,使雌性NMRI小鼠接 受 10 mg/kg之劑量的具有如 SEQ ID NO: 112、114、118、 120及132所示序列之募核苷酸之靜脈内注射。在最後給藥 之後24小時處死動物。測定在處死時獲自小鼠之無紅血球 血清中的ALT及AST含量。使用酶促ALT檢定(ABX Pentra A11A01627(ALT)或 A11A01629(AST) , Horiba ABX
Diagnostics, France)根據製造商說明書但調節至96孔格式 來測定小鼠血清中丙胺酸-胺基轉移酶(ALT)及天冬胺酸-胺 基轉移酶(AST)之活性。簡言之,用H20將血清樣品稀釋 2.5倍且一式兩份進行檢定。向每一孔中添加50 μΐ稀釋樣 品或標準物(來自 ABX Pentra 之 multical,Α11Α01652)之 後,將200 μΐ 37°C ALT試劑混合物添加至每一孔中。在 340 nm及37°C下執行動力學量測歷時5分鐘,時間間隔為 30秒。使數據與2倍稀釋之標準曲線相關且結果呈現為以 U/L計之ALT活性。 結果展示於圖12A及圖12B中。 實例18:動物模型中抗GLI寡核苷酸之抗腫瘤作用 141747.doc -95- 201016222 對於所有異種移植研究而言’將腫瘤經皮下植入小鼠 中。當腫瘤達到約100-200 mm3(或指示尺寸)時,以所示劑 量及時程對小鼠注射LNA-寡核苷酸。 用 3 mg/kg、30 mg/kg及 100 mg/kg具有 SEq m N〇: 3、 SEQ ID NO: 19或SEQ ID NO: 75中所示序列之LNa寡聚物 處理具有PC3腫瘤之小鼠(前列腺癌模型)(靜脈内(IV);每 三曰給藥一次’共給藥4次(q3d><4))。在研究結束時,收集 腫瘤,且使用特異性針對人類或小鼠mRNA之探針檢定人 類及小鼠GLI mRNA及PTCH1 mRNA含量。該研究中包括 陽性對照物(來自用GLI2反義寡核苷酸-SEQ ID NO: 10轉 染之細胞),其產生如所預期之下調結果。用具有SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 75 或 SEQ ID NO: 3 中所示序列之募 聚物處理不會導致人類GLI1 mRNA、GLI3 mRNA或Ptchl mRNA降低(數據未圖示)。然而,如圖15a所示,當用具有 SEQ ID NO: 19或SEQ ID NO: 75之募聚物處理後觀測到腫 瘤上皮細胞中GLI2 mRNA之下調程度,但不能建立劑量_ 反應關係。 有趣的是,小鼠 GLI1 mRNA、GLI2 mRNA 及 Ptchl mRNA因所有3種寡聚物而顯著下調,但不能建立劑量-反 應關係(參見圖15b-PC3腫瘤基質)。因為GLI1 (在GLI2控制 下)為與刺蜎蛋白路徑(hedgehog pathway)直接相關之轉錄 因子,所以結果表明基質細胞可能受以GLI mRNA為標的 之反義寡核苷酸之處理影響。GLI2控制GLI1及Ptchl之含 量。因此,GLI2之抑制將導致GLI1及Ptchl之下調。 141747.doc •96· 201016222 在圖15中:G1係指生理食鹽水;G2係指3 mg/kg之SEQ ID No 3 ; G3 係指 30 mg/kg 之 SEQ ID No 3 ; G4 係指 3 mg/kg之 SEQ ID No 19 ; G5 係指 30 mg/kg之 SEQ ID No 19 ; G6係指 100 mg/kg之 SEQ ID No 19 ; G7係指 3 mg/kg之 SEQ ID No 75 ; G8係指 30 mg/kg之 SEQ ID No 75 ; G9係指 100 mg/kg之SEQ ID No 75 ; C係指活體外對照物51 8A,黑 色素瘤細胞株;T係指活體外對照物10 nM 4478(Gli2反義 物(SEQ ID NO 10))。術語RQ%係指相對量百分比;術語 KD係指降低;術語AN0901 7係指實驗者所用之研究編號; 術語「mpk」係指mg/kg。 先前小毒理學(minitox)研究表明膜瘤生長抑制(TGI)跡 象(圖16)。在此研究中,在DU-145前列腺癌模型中’在多 次劑量(0.3-30 mg/kg ;每三日給藥一次,共給藥1〇次 (q3dxl0))下測試具有SEQ ID NO: 3(數據未圖示)、SEQ ID NO: 19(參見圖16)或SEQ ID NO: 75(參見圖16)中所示序列 之募聚物的功效。如小毒理學實驗所表明,該等化合物未 展示穩定的TGI。至少對於具有SEQ ID NO: 19及SEQ ID NO·. 75中所示序列之募聚物而言’與其他劑量水準相比’ 3 mg/kg劑量存在較佳執行趨勢。 進行PC3異種移植前列腺癌模型中之功效研究。以3-30 mg/kg之劍量q3dx 1〇(每三日給藥一次’共給藥10次)提供 具有如 SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 19 或 SEQ ID NO: 75 中 所示序列之寡核苷酸。在第28日(在大多組中之存活率接 近100%之最後一曰)時,對於用具有SEQ ID NO: I9中所示 141747.doc •97- 201016222 序列之募聚物(54%)及用具有SEQ ID NO: 3中所示序列之 募聚物(34%)處理(兩者皆為3 mg/kg),均觀察到任一處理 之最大TGI(參見圖17)。在任何特定組中均觀測到反應之 較大改變。有趣的是,用3 mg/kg之具有SEQ ID NO: 19中 所示序列之寡聚物處理產生最佳TGI。 在此研究中,在針對PC3異種移植物(前列腺癌模型)之 整個功效研究中,投與具有SEQ ID NO: 19中所示序列之 寡聚物(3 mg/kg,IV)。該研究亦比較ip(腹膜内)與iv(靜脈 内)給藥途徑。觀測到ql d(每日給藥)時程之最佳反應下之 中等TGI(29% TGI)(參見圖18)。經由靜脈内或腹膜内途徑 (以q3d時程,每三日給藥一次)投與募聚物產生類似功效。 此研究指示GLI反義募聚物可有效治療前列腺癌。圖18上 之術語「mpk」意謂「mg/kg」。 DLD-1結腸直腸癌模型為抗環巴胺(cyclopamine)結腸癌 模型(Yauch等人,Nature 2008,455: 406-410)。Smo基因之 外顯子11中之突變存在於此癌細胞株中。然而,仍活化刺 蜎蛋白路徑。該模型在活體外或活體内對Smo抑制劑(例如 環巴胺)不敏感。此外,已顯示DLD-1並不分泌刺螺蛋白配 位體。由於缺乏配位體及/或Smo突變,該模型不可能對環 巴胺或其類似物起反應,且因此為測試替代療法(諸如 GLI2反義療法)之優良模型。先前在含MOE糖之募核苷酸 的情況下已證實生長抑制(Kim等人,2007 CANCER RES. 67(8) 3583-3593)。 在DLD-1結腸直腸癌模型中,測試兩種劑量水準(3 141747.doc -98 · 201016222 mg/kg及30 mg/kg,每三日靜脈内給藥一次,共給藥6次 (q3dx6(iv)))之具有SEQ ID NO: 19中所示序列之寡聚物的 作用。結果(圖19之上圖)表示用每兩週一次注射3 mg/kg處 理動物產生23%之TGI。在30 mg/kg劑量水準下未獲得任何 作用。重複該研究以證實TGI結果。藉由此等初步結果鼓 勵,在3 mg/kg之投與劑量,每三日靜脈内給藥一次,共 給藥10次(q3dx 10)下,在同一模型中執行功效研究。在第 4次給藥之後,處死一組且收集腫瘤及肝臟樣品以進行 GLI1/GLI2 mRNA降低分析。監測剩餘動物之TGI。在此研 究中,未觀測到TGI(圖19之下圖)。需要進行其他功效研 究。 將DU-145腫瘤異種移植物(前列腺癌模型)用如所示之各 種劑量之具有 SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 75 或 SEQ ID NO: 3中所示序列的寡聚物處理。對於所有三種化合物而 言,觀測到優良抗癌生長抑制(DU145模型)(圖20a-圖 20c)。然而,缺乏劑量反應。SEQ ID NO·· 19及SEQ ID NO: 75之最有效劑量為3 mg/kg(每三日給藥一次,共給藥3 次(q3dx3))。圖20係指q3dx4(每三日給藥一次,共給藥4 次)。 在PC3前列腺癌模型中,由具有SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 19及SEQ ID NO: 75之寡聚物執行腫瘤生長抑制研究 (每三曰給藥一次,共給藥10次(q3dxl0))(n.b. n=3)。由於 化合物之量有限,故每一組含有3隻小鼠。在所有三種化 合物下均觀測到良好至極佳抗癌作用(參見圖21),但在具 141747.doc -99- 201016222 有SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 75中所示序列之化合物下 债測到腫瘤穿透(tumor breakthrough)。因為在第一次實驗 中高劑量之一些此等化合物似乎未對腫瘤生長起到抑制作 用,所以在第41日用30 mg/kg具有SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 3或SEQ ID NO: 75中所示序列之反義募聚物再處 理具有腫瘤之動物以測定該作用是否可再現。SEQ ID NO: 19及SEQ ID NO: 75展示腫瘤停滯。 以上說明書中所提及之所有公開案均以引用的方式併入 本文中。熟習此項技術者將容易認識到在不悖離本發明之 範疇及精神的情況下對本發明所述之方法及系統所作的各 種修改及變更。儘管已結合特定較佳實施例描述本發明, 但應瞭解所主張之本發明不應受此等特定實施例之過度限 制。實際上,對於熟習生物化學及分子生物學或相關領域 者而言顯而易見的用於實施本發明之所述模式的各種修改 意欲處於以下申請專利範圍之範疇内。 【圖式簡單說明】 圖 1 :人類 GLI2 mRNA(cDNA)序列(SEQ ID NO 1)。 GenBank寄存編號NM_005270。 圖 2:人類 GLI1 mRNA(cDNA)序列(SEQ ID NO 2)。 GenBank寄存編號NM_005269。 圖3:人類 GLI3 mRNA(cDNA)序列(SEQ ID NO 134)。 GenBank寄存編號NM_000168。 圖4 :用GLI2募聚物轉染後DU-145細胞中之GLI2 mRNA表現。數據已用GAPDH mRNA表現校正且與空載體 141747.doc -100- 201016222 中之目標表現(100%)進行比較。空載體轉染之細胞僅用轉 染劑轉染(陰性對照物)。 圖5 :用GLI2募聚物轉染後24小時DU-145細胞中之 GLI2 mRNA表現。用Gli2寡聚物(可將其稱為寡聚物)轉染 後24小時來自DU-145細胞之Q-PCR(定量PCR)數據。數據 已用GAPDH mRNA表現校正且與空載體中之目標表現 (100%)進行比較。空載體轉染之細胞僅用轉染劑轉染(陰 性對照物)。 _ 圓6 :用GLI2募聚物轉染後24小時518A2細胞中之GLI2 mRNA表現。用Gli2募聚物轉染後24小時來自518A2細胞 之Q-PCR數據。數據已用GAPDH mRNA表現校正且與空載 體中之目標表現(100%)進行比較。空載體轉染之細胞僅用 轉染劑轉染(陰性對照物)。 圓7 :用GLI2募聚物轉染後24小時DU-145細胞中之 GLI1 mRNA表現。用GLI2寡聚物轉染後24小時來自DU-赢 145細胞之Q-PCR數據。數據已用GAPDH mRNA表現校正 9 且與空載體中之目標表現(100%)進行比較。空载體轉染之 細胞僅用轉染劑轉染(陰性對照物)。 圖8:用GLI2募聚物轉染後24小時518A2細胞中之Glil mRNA表現。在用GLI2寡聚物轉染後24小時來自518A2細 胞之Q-PCR數據。數據已用GAPDH mRNA表現校正且與空 載體中之目標表現(100%)進行比較。空載體轉染之細胞僅 用轉染劑轉染(陰性對照物)。 圖9 :用GLI2募聚物轉染後24小時518A2細胞中之GLI3 141747.doc -101 - 201016222 mRNA表現。在用Gli2募聚物轉染後24小時來自518A2細 胞之Q-PCR數據。數據已用GAPDH mRNA表現校正且與空 載體中之目標表現(100%)進行比較。空載體轉染之細胞僅 用轉染劑轉染(陰性對照物)。 圖10 :小鼠血漿中LNA募聚物之穩定性測定。將LNA募 聚物與小鼠血漿在37°C下培育,且在〇小時、24小時、48 小時及120小時獲取等分試樣。使用SDS-PAGE凝膠藉由凝 膠電泳觀察結果。將DNA硫代磷酸酯用作展示募聚物之降 解作用的陽性對照寡聚物。在每一凝膠下指示所用寡聚物 之 SEQ ID No。 圖11 : DU-145細胞中之增殖檢定。使用4 nM及20 nM最 終寡聚物濃度在DU-145細胞中執行MTS檢定。具有SEQ ID NO: 133中所示序列之寡聚物為用作陰性對照物(-ve)之 混雜對照物。陽性對照物(+ve)為在活體外與活體内均有毒 之寡聚物,因此將其用作毒性檢定中之陽性對照物。在每 一圖表之標題處指示所用寡聚物之SEQ ID No。 圖12A及圖12B-血清中之ALT/AST活性。在第6日發現 投與以GLI2為標的之具有SEQ ID NO: 120中所示序列的募 聚物之組中的一隻小鼠死亡,且此組中之剩餘動物處於不 良狀況且在第6日將其處死。用具有SEQ ID NO·· 120中所 示序列之寡聚物處理之組中的ALT活性過高以致於不能量 測。在圖表之每一條下指示所用寡聚物之SEQ ID No。 圖13 : DU-145細胞中之卡斯蛋白酶3/7檢定。使用4 nM 及20 nM最終寡聚物濃度在DU-145細胞中執行卡斯蛋白酶 141747.doc -102- 201016222 3/7檢定。使用混雜對照物作為陰性對照物。空載體係指 無寡聚物對照物,亦即空載體轉染之細胞係僅由轉染劑 (陰性對照物)轉染。在圖表之各條下指示所用寡聚物之 SEQ ID No。 圖14 : 518A2細胞中之卡斯蛋白酶3/7檢定。使用4 nM及 ' 20 nM最終寡聚物濃度在518A2細胞中執行卡斯蛋白酶3/7 -檢定。使用混雜對照物作為陰性對照物。空載體係指無寡 聚物對照物。有毒募聚物(TC)為展示在活體外與活體内均 ® 具有毒性且用作陽性對照物之募聚物。在圖表之各條下指 示所用募聚物之SEQ ID No。 圖15a及15b : PC3前列腺癌模型中具有SEQ ID NO: 3、 SEQ ID NO: 19或SEQ ID NO: 75中所示序列之募聚物之抗 腫瘤作用。在圖表之各條上方指示所用募聚物之SEQ ID No。在圖式說明中,相關SEQ ID NO :在各別量之前(但 藉由逗號隔開)。因此,且舉例而言,G2之「3,3 mg/kg」 表示 3 mg/kg之 SEQ ID NO: 3。 m 圖16 : DU-145前列腺癌模型中具有SEQ ID NO: 19或 SEQ ID NO: 75中所示序列之募聚物之腫瘤生長抑制 ‘ (TGI)。在圖表之圖解中,「混雜對照物」係指存活素 (survivin)之混雜對照寡聚物;且「19」係指SEQ ID No 19(例如「19 30 mg/kg」係指 30 mg/kg 之 SEQ ID No 19) ° 圖17 : PC3前列腺癌模型中具有SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 19或SEQ ID NO: 75中所示序列之寡聚物的功效研究 (腫瘤生長抑制)。在圖表之圖解中,「3」係指SEQ ID No 141747.doc -103- 201016222 3(例如(3 30 mg/kg)係指 30 mg/kg 之 SEQ ID No 3) ;「混雜 對照物」係指存活素之混雜對照寡聚物;「19」係指SEQ IDNo 19(例如「19 3〇mg/kg」係指 30mg/kRSEQIDN〇 19);且「75」係指 SEq ID No 75(例如「75 1〇 mg/kg」係 指 10 mg/kg之 SEQ ID No 75)。 圖18 : PC3前列腺癌模型中具有SEq ID N〇: 19中所示序 列之寡聚物的功效研究(腫瘤生長抑制)。在圖表之圖解 中,「19」係指 SEQ ID No 19,「mpk」係指 mg/kg,「ip」 係指腹膜内投藥;「iv」係指靜脈内投藥;「qlxl〇」係指 每曰給藥一次,共給藥10次;rq2xl0」係指每隔一曰給藥 一次,共給藥10次;且「q3x10」係指每三日給藥一次, 共給藥10次;例如「19 3mpk; IP; qlxl〇」係指藉由腹膜内 投藥每曰一次投與3 mg/kg SEQ ID No 19,共給藥1〇次。 圖19 : DLD-1結腸直腸癌模型中具有SEQ⑴n〇: 19中 所示序列之券聚物的功效研究(腫瘤生長抑制)。在圖表之 圖解中,「19」係指SEQ ID No 19;「邮」係指呵⑽; 「Q3X10」係指每三曰給藥一次,共給藥1〇次;例如「19; 3mPk; Q3X4」係指每三日一次投與3 mg/kg ι〇⑽ 19,共給藥4次。 圖2〇a、圈20b及圖20c : DLD-145前列腺癌模型中具有 SEQ ID NO: 19中所示序列之募聚物的功效研究(腫瘤生長 抑制)。在圖表之圖解中,「3」係指SEQ m N〇 3;「19」 係指 SEQ ID No 19 ;「75」係指 SEq ID N〇 75 ;「ιν」係指 靜脈内投藥;「q3x4」係指每三曰給藥一次,共給藥斗次; 141747.doc -104. 201016222 例如「3 3 mg/kg; IV; q3 χ4」係指藉由靜脈内投藥每三曰 一次投與3 mg/kg SEQ ID No 3,共給藥4次。 圖21 : PC3前列腺癌模型中具有SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 19或SEQ ID NO: 75中所示序列之寡聚物之腫瘤生長 _制(TGI)。在圖表之圖解中,「3」係指SEQ ID No 3 ; 「19」係指 SEQ ID No 19 ;「75」係指 SEQ ID No 75 ; 「iv」係指靜脈内投藥;例如「3, 3 mg/kg, iv」係指藉由 靜脈内投藥投與3 mg/kg SEQ ID No 3。
141747.doc -105- 201016222 序列表 <110> 丹麥商聖塔莉斯製藥公司 <120> 以GLI2為標的之RNA拮抗劑 <130> 1064 W0 <140> 098124020 <141> 2009-07-15 <150> EP08104754 ; US61/081135 <151> 2008-07-15 ; 2008-07-16 <160> 134 <170> Patentln version 3.5 <210> 1 <211> 6780 <212> DNA <213> 智人 <400> 1
gattgccacc gagaagcaag aaggcctctc ccgcagcatc ggaaggtacc ggcagccctg ggggagtccc cgttctgtgc gctgatgtgg accaccccct ggggacctgc aaccccgtgg cgggcgctgt acctcaccca ggttcctacg atcaaccccg ggacacacac ctcacctcca accaaccaga attcacaagc gcgctgacgc caggagcagc gaggtggtca caggagcagc gtgtgccgct gtggtgcaca tcgaaggcct aagccatatg gccaagcacc tgcaccaaga ccagatgccc aaagagaatg agcagcacca tccgggctgt ctgggcagtg ctgggagacc gccccctccg cagctcaaga ccacacacgc ttcagtggca ctgtccgcga agcacggtca tccagccgcc tccgctgact cagtgcagcg gccaagtacg atgagcctgc tgcccacgcc gcgggggctg gaccctgtgc cacaacgtga agccacccga caggacgatg aagccaaaag ctttggtggt tcttgccacc attacgagcc tcatctctga ccttcaacgc acagcagccc cccaggagca cagactatta tgatgcagag acgtgtcccg ccatctcccc actcgctagt ggcatctgtc tggcctacca cacccctgat tcaatgccac acaagcagag gcagcaaggt agggccaggt tggctgacct tctatgagac tggtgcatca ggcaggcctg tgcggcgaca actcccgcct tgtgtgagca agaatcgcac gatacacaga acgtcaccaa gggacagtga gccaggccgt gtcagtccag cccccaacaa tgacggcact ctggtggcct aggagaagct ggaacaccaa 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aagacacacc aacaaagcct gagaaaccct ctccggaagc aatgacgtgc gagcctggcg ctgcacgtca cagtcgtcct gtggagatgc cccccagggg aaacacatga aaggattcct ctcccgggaa gggctgctgc cagctgcagg cgccgctcct ctgggcgccg gacgcgtcgc ctcacgccgg ccgcccactc gacgcgcccg agcgacgggc gctccaggcg ctgccgcggg tgtgccgaca cgcggcgcct ctgcctcagc gcttccccga cggtagctgc ttgacatgcg acgggccccc ccccgcaccc cccacatgga cagccagggg ttggccttcc caggccaccc cccatctcca cgccccgcct acctgcagcg gaagcagctc ccttcacctt ggggtctggg tggcccagca gcagcaactg gcaccgtcaa tgcggccggc ggtgtgccct atgactgtaa gcaccaagga acggggagaa tcaaggcgca agtgcacgtt tgcggtccca tctccaacgc acatctgcaa atgtgaaaac acctccgcac gcccagagag gagccatcaa gcagcagcga cggggacggg ccgacacctc ccaccatgca gctcatgggc gtggctccat cgaacccgcg agcgccgcga ccggcatctc gccgcccgca ggcgctcgag cgcagcagta cgctgccggg agcgcacgct cgacctatgg gcggagccag tgcagcgctt ggcgaggcct actcgccccg cactgcctcc cccgggtaaa ccaaggagtg acaccaggaa tgccctcagc ggctggccct gcactacctc cctcagcccc tgctccaggc cgcgccctac cgactacctc gagccgcaag gatgatccgc ggcggccagc cccccacccc gtcagccttt gcccatggcc tctgagtgac ccctgtcgcc ctcccctctg tcccctctcc gcaggaggct gtacgacacc gaaggagttt gtacatgctg cgagggctgc caccggggag ctcggaccgc gatcccaggc ggtccacggc accgctgctc caccgaggcc gaccgagagc gccctctcct gcccgggagc agccctggct ccggttcgag cgggccgact cctggaaaac gctgtcggag cagctccacc cccctacttc caacgcgagc cgaggccagc cagcctgcgg cctggagcgc gcccgccggc ccacggccac gcgggccagc ccacagcacc ccgcctgcag gccgcctagc 60 120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 1440 1500 1560 1620 1680 1740 1800 1860 1920 1980 2040 2100 2160 2220 2280 2340 2400 2460 2520 2580 2640 2700 2760 2820 2880 2940 3000 3060 3120 141747-序列表.doc 201016222 atcagcgaga acgtggcgat ggaggccgtg gcggcaggag tggacggcgc ggggcccgag 3180 gccgacctgg ggctgccgga ggacgacctg gtgcttccag acgacgtggt gcagtacatc 3240 aaggcgcacg ccagtggcgc tctggacgag ggcaccgggc aggtgtatcc cacggaaagc 3300 actggcttct ctgacaaccc cagactaccc agcccggggc tgcacggcca gcgcaggatg 3360 gtggctgcgg actccaacgt gggcccctcc gcccctatgc tgggaggatg ccagttaggc 3420 tttggggcgc cctccagcct gaacaaaaat aacatgcctg tgcagtggaa tgaggtgagc 3480 tccggcaccg tagacgccct ggccagccag gtgaagcctc caccctttcc tcagggcaac 3540 ctggcggtgg tgcagcagaa gcctgccttt ggccagtacc cgggctacag tccgcaaggc 3600 ctacaggcta gccctggggg cctggacagc acgcagccac acctgcagcc ccgcagcgga 3660 gccccctccc agggcatccc cagggtaaac tacatgcagc agctgcgaca gccagtggca 3720 ggcagccagt gtcctggcat gactaccact atgagccccc atgcctgcta tggccaagtc 3780 cacccccagc tgagccccag caccatcagt ggggccctca accagttccc ccaatcctgc 3840 agcaacatgc cagccaagcc agggcatctg gggcaccctc agcagacaga agtggcacct 3900 gaccccacca cgatgggcaa tcgccacagg gaacttgggg tccccgattc agccctggct 3960 ggagtgccac cacctcaccc agtccagagc tacccacagc agagccatca cctggcagcc 4020 tccatgagcc aggagggcta ccaccaggtc cccagccttc tgcctgcccg ccagcctggc 4080 ttcatggagc cccaaacagg cccgatgggg gtggctacag caggctttgg cctagtgcag 4140 ccccggcctc ccctcgagcc cagccccact ggccgccacc gtggggtacg tgctgtgcag 4200 cagcagctgg cctacgccag ggccacaggc catgccatgg ctgccatgcc gtccagtcag 4260 gaaacagcag aggctgtgcc caagggagcg atgggcaaca tggggtcggt gcctccccag 4320 ccgcctccgc aggacgcagg tggggccccg gaccacagca tgctctacta ctacggccag 4380 atccacatgt acgaacagga tggaggcctg gagaacctcg ggagctgcca ggtcatgcgg 4440 tcccagccac cacagccaca ggcctgtcag gacagcatcc agccccagcc cttgccctca 4500 ccaggggtca accaggtgtc cagcactgtg gactcccagc tcctggaggc cccccagatt 4560 gacttcgatg ccatcatgga tgatggcgat cactcgagtt tgttctcggg tgctctgagc 4620 cccagcctcc tccacagcct ctcccagaac tcctcccgcc tcaccacccc ccgaaactcc 4680 ttgaccctgc cctccatccc cgcaggcatc agcaacatgg ctgtcgggga catgagctcc 4740 atgctcacca gcctcgccga ggagagcaag ttcctgaaca tgatgaccta gaggcccgag 4800 cgcctggtgc tgagtgcacc cggaggggtc atcgctgccc agagcctggg gattccagct 4860 gtcttgtctt tttccaaaaa agtgttaaat aggcttgagg ggttgttgcg caatggccgc 4920 ttcagatgac agatgttgta agagaaggtt tatgggcatc ctctctggtc ttttggatta 4980 ttcctcagaa caatgaaaaa agtctccata ggacaggaag gaatgcaaaa ctcatttaca 5040 cagtgctttc cagcctttgg tgcttacagg accgcgctgt tccggcttct tcacggctga 5100 cattcggcta acgagggatt actttggcca aaacctttca aaggatatgc agaaagatgg 5160 tagggagcat ttgggtttga atctgaatgc tatactggat actctgctcc ggaaagatga 5220 gctttttatt ctactacttg gaaggaaaag gaattcctgg tccacctgaa ttcctctatg 5280 aagcctaact cttgaggtct ctaacatacc ttgtcataga ggaaaagcac agattatacc 5340 tggatgattc aggagcacat tctgattcca ggtttggtag agctggctct tctactccgt 5400 aaagccgagt ctgggactgg cagcccatcc aagtgtatat gaatgaataa agcatccaag 5460 tatatatgaa tgaataaagt atgtaagtat caccagaaaa aggaaagaaa aaatgtactc 5520 cttggggcaa gcccagaagc tgccctggcc tctccagacc gtgtttacag tgtttgcatg 5580 tagaatgtag cccttcctga aaagaagact tgtttctaaa tacctcgggg ctgctggagc 5640 cgctgtgggt tagggatgga ctgaggcctc gaggagtgag ggtgcacccg gggcccagcc 5700 tcaggctgcc ctagggatct ctcagtagga agaggaagtt gcgtgtttac ccaatcctgt 5760 ttctccaatg caacgtccac ccactttacc accaaaaact ccagggcctg acggcagccc 5820 ggtcccccag cactcaccag cagcccagtg ttctccacca agccacagtg tgcatgcctg 5880 gtatcctccg gattcccttc cttctgcccg ctgagtcact gggcagagaa tgatgacatg 5940 tgtaggtggt gtggttgggg gtggaaaggg gaaggggttg atcctcagga ctctgaggga 6000 gcatcgttga attttcctgt tcagtgtgac caagacccac ctggaaatgg aatttggaac 6060 tggcttcagg agacatcatt cctgaacaca ctgtagggtg aattggtgca tcttccccac 6120 catacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacccc aaaccttttc 6180 atggggaatg tgtggcaacc ttgccaaaca gcaccactca gagtgtgact ctgactgtga 6240 ccttggcctt aatgaggaac ttcttaggag agtttgagga caaggccaac atcgtcatct 6300 gggctcgctg cgtcccagca catcaaactc tgtccagaga caaggccaac tgcaaatgaa 6360 agccagggaa cattgctaag ggtctgtggc tctgtggtgg tgttcatcgc cttcctgaga 6420 taggatttcc cttgccagtc ccaacctgta tatattctgt acagaagaca tccctgaata 6480 tactgtaggt gagtcgtcca gccaaattta tatctccaaa acatttttag ctttttctac 6540 atgctatgaa ttgagatgac atgctcaact tgtaaataag tctttttgta cattaaaaaa 6600 gtaatttttt cataatttat cttgtctatc tgcttccccc ttgacagtag ttaatgagaa 6660 cctgggcagt aaatttggtg cattcgagca gaaattaggc tgtatttttt cttaacagtg 6720 tcaaaattga ctatcccgcc tttgccaaga aatgtttaat gctgaggcaa aaaaaaaaaa 6780 <210> 2 <211> 3600 <212> DNA <213> 智人 <4〇0> 2 cccagactcc agccctggac cgcgcatccc gagcccagcg cccagacaga gtgtccccac 60 accctcctct gagacgccat gttcaactcg atgaccccac caccaatcag tagctatggc 120 gagccctgct gtctccggcc cctccccagt cagggggccc ccagtgtggg gacagaagga 180 ctgtctggcc cgcccttctg ccaccaagct aacctcatgt ccggccccca cagttatggg 240 ccagccagag agaccaacag ctgcaccgag ggcccactct tttcttctcc ccggagtgca 300 gtcaagttga ccaagaagcg ggcactgtcc atctcacctc tgtcggatgc cagcctggac 360 ctgcagacgg ttatccgcac ctcacccagc tccctcgtag ctttcatcaa ctcgcgatgc 420 acatctccag gaggctccta cggtcatctc tccattggca ccatgagccc atctctggga 480 -2 - 141747-序列表.doc 201016222 ttcccagccc ggtccccatg ccaacttgcc ttggaaggtg ctggatgggc actgactgcc cacatcaaca tgctccaggg cacactggcg ctcgaaaacc cacgagggct acccattcca gatcctagct aaacggcacc aagagggagc gccatgaagc gcagggagtg actgaagacc cttcgccgcc cggggtctca cccccagtct gtcagccgcc gcatcctccc tcagccagag cttcccatgc gtcacccgga cagaggttca aactttgatc aatgctgcca ggcagtggtc cctgaagggg cctggtccac cccacccaag gctctaggtg aagccagaac gcccacccca tctcctcccc tcagaaccca gctcagcttg agggaagatg caggttagcc aacttgccca gtagtggggg ttgcccactt gaggtgggca aaccccctgg gagccccagg ccacctccct ctacctgggg cacagatcgc ccctgcacaa acgttttgag agatgaatca actctgcccg agctgaagtc atatgtccag gggaggacct gttgggatgg gcgagcacat agctgaggcc agaagccaca tgaagacgca gcagtaaagc atgagaagcc cgctgcgaaa gtggggatgg gggaaggagg cacagccaag cagccaatac tctccagctt ttgagaacct aactgcccag ctcttgaacg gctcctccct tgcctggcct ggggtggtac ctccttggag gggccagtga agagcctggg cttacctccc tggatgctag tgaaccccta cagcagctga ccaccaacta aaacatgggg gaacctacag aggggtgccc gtgaggggcc aatatctcca ggccttgcct tgtgtaatta cccccgccca caagccgtgc atcacaagtc caaatagggc gctatgggcc ggctaggagg actctcttga ggctgagtcc ctgggccccc aaacagaatt atttcctaag gatgccccag gagaaatttg ccaaaaaggg gggtgggatg tgagctggac ccccaactcc cgagagagag ctgcagccag ccacggggag cttcaaagcc caagtgcacg cctgcggtca cttcagcaat gtatgtatgt acatgtcaag ccccctgcct tcccatcagg ccctggggcc agacagtggt ggacgaggga caggctggac cttgtcccac ccgcagcagc ggcctctcct tatgcctgcc ttcgcccact aagccgagcc cccagcccag ctgtgtccat aacctctgtc agggctacag tatggacttc gccttatgga tggccccaac tgagttccct ccagtgtcct agtggggtct cccacatcca gtcaggcccc ggactttgat tgttcaatct ggaaccttcc ts^agctcca aggttcctat ttcacatagg tctcaaagtg gggtcctgcc tcttgacaac tcctccttcc caacatggct cctcaactct gggtttctat ggatgggagg ataatgacac ccctcgcctt atcccacatc atgctggttg acaggcatac gagaagcgtg gaatttgact cggaaggagt cagtacatgc tttgaagggt cacacgggtg gccagtgacc aagctccctg acagtgcatg cgggcaccat gaggaaagca cagtcatcct gtggaaatga ccttgcattg cagctacatc accggtacca agctccagca ttcccccctg cagcactacc gcagcatcca gagtatccag gctgctgacc accccaccca tactcaccac gaagagccag ccacctactg gcgaggggtc ccctgtcccc tcccactctg cgacttgaac gactccacag cagcctctct tatacccagc tcccccaccc caacaggagc taccagagtc gtgaacacat cccacccctt gcagcagcac ggaggcacaa ttgtaccctc actcagctgg catgatcagc gtgggcaaca agtgcctaaa ccttccagaa tatgggctgg tgtttcctga cctttggggt ccagccttgt 540 ctcagtcccg gggacccttc 600 gcaagtgccg ggaggaaccc 660 aggatcccct gttggggatg 720 agcctgaatc tgtgtatgaa 780 cccaagagca gctggtgcac 840 tcgtgtgcca ctgggggggc 900 tggtggttca catgcgcaga 960 gccggaagtc atactcacgc 1020 agaagccata catgtgtgag 1080 gagccaagca ccagaatcgg 1140 gctgcaccaa acgctataca 1200 gtcctgacgc ccatgtgacc 1260 ccatttctac agtggagccc 1320 gactgactgt gccagagggt 1380 gcagcagtga ccactccccg 1440 ctggcaatgc agggggcagc 1500 ctggcactgg tctgtccact 1560 aactccggcc aatagggacc 1620 ctgtgtcccg ccgcgtgggc 1680 gcatcagctc tgcctatact 1740 gctccccacc agagaatgga 1800 tgcttcgggc aagatatgct 1860 gcctggatcg gataggtggt 1920 gatacaaccc caatgcaggg 1980 gtcctgctcc agctagagtc 2040 ctgtggcagg gggaggacag 2100 agccccccag catcactgag 2160 aagttgggac ctccatggtg 2220 atactctggg atatggggga 2280 caggctctct gcctcttggg 2340 agcaggcctc atatcctgac 2400 ggctgtaccc aggccccaag 2460 attatggaca agtgcaagtc 2520 gactggcacc ctgcctcaat 2580 tttcccatta cccccagccc 2640 caccccctga ttatcttcct 2700 attccacagg gcagctcaag 2760 tactgtggga gggtgggggc 2820 ccaagtttct ggggggttcc 28B0 atggacctgg ctttggaccc 2940 caccatgcca tgaaaatttt 3000 cacctcgact tctgccccca 3060 accccagctg tggtcatcct 3120 ctcccgaagg acaggtatgt 3180 actttgtggc tattctggat 3240 ggggcagctc tggacatacc 3300 tgagtgtctt actgagatcc 3360 gagtagggaa tctcatccat 3420 aaattggggg agctgcagtc 3480 gggctatgta tagtctgtat 3540 taataaagga actgcatcag 3600 <210> <211> <212> <213>
<220> <223> 募聚物序列基元-單醴(核苷酸)之序列 <400> 3 accagcatgt actg 14 <210> 4 <211> 13 <212> DMA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元·單體(核苷酸)之序列 <400> 4 accagcatgt act 13 141747-序列表.doc 201016222 <210> 5 <211> <212> <213> 13 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 5 ccagcatgta ctg <210> 6 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 6 accagcatgt ac <210> <211> <212> <213> 7 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> Ί ccagcatgta ct <210> 8 <211> <212〉 <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 8 cagcatgtac tg <210> 9 <211> <212> <213> 14 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 9 aacgtgcact tgtg <210> 10 <211> <212> <213> 14 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 10 ttctggtgct tggc <210> 11 <211> 13 141747-序列表.doc 201016222 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 11 ttctggtgct tgg <210> 12 <211> <212> <213> 13 DNA 人工 <220> , <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 12 tctggtgctt ggc <210> 13 <211> <212> <213> w <220> 12 DNA 人工 <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 13 ttctggtgct tg <210> 14 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 14 tctggtgctt gg <210> 15 <211> <212> <213> <220〉 12 DNA 人工 <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 15 ctggtgcttg gc k <210> 16 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 16 gtgaaggctg ggctga <210> 17 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> 141747·序列表.doc 201016222 <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 17 tctgcttgtt ctggtt <210> 18 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 18 cctgcttaca gtcatc <210> 19 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 19 ctccttggtg cagtct <210> 20 <211> <212> <213> 15 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 20 ctccttggtg cagtc <210> 21 <211> <212> <213> 15 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 21 tccttggtgc agtct <210> 22 <211> <212> <213> 14 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 22 ctccttggtg cagt <210> 23 <211> <212> <213> 14 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 23 tccttggtgc agtc 141747-序列表.doc 14 201016222 <210> 24 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 24 ccttggtgca gtct <210> 25 <211> 13 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 25 13 ctccttggtg cag <210> 26 <211> 13 <212> DNA <213〉 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 26 13 tccttggtgc agt A工 7 3N_> 2 1 D人 > > > > 0 12 3 1111 2 2 2 2 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 27 13 ccttggtgca gtc <210> 28 <211> 13 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 28 13 cttggtgcag tct <210> 29 <211> 12 <212> DNA <213〉 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 29 ctccttggtg ca <210> 30 <211> 12 141747-序列表.doc 12 201016222 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 30 tccttggtgc ag <210> 31 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 31 ccttggtgca gt <210> 32 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 32 cttggtgcag tc <210> 33 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 33 ttggtgcagt ct <210> 34 <211> <212> <213> 16 D1NA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 34 gtgtgtcttc aggttc <210> 35 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 35 cgcaggtgtg tcttca <210> 36 <211> 15 <212> DNA <213> 人工 <220> 141747-序列表.doc 201016222 <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 36 cgcaggtgtg tcttc 15 <210> 37 <211> 15 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 寒聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 37 gcaggtgtgt cttca 15
<210> 38 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 38 cgcaggtgtg tctt 14 <210> 39 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 39 gcaggtgtgt cttc 14
<210> 40 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 募聚物序列基元-單艎(核苷酸)之序列 <400> 40 caggtgtgtc ttca 14 <210> 41 <211> 13 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 41 cgcaggtgtg tct 13 <210> 42 <211> 13 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 42 gcaggtgtgt ctt 141747·序列表.doc -9- 13 201016222 <210> <211> <212> <213> 43 13 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 43 caggtgtgtc ttc <210> <211> <212> <213> 44 13 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 44 aggtgtgtct tea <210> <211> <212> <213> 45 12 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核普暖)之序列 <400> 45 cgcaggtgtg tc <210> <211> <212> <213> 46 12 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 46 gcaggtgtgt ct <210> <211> <212> <213> 47 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體ί核苷酸)之序列 <400> 47 caggtgtgtc tt <210> <211> <212> <213> 48 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 48 aggtgtgtct tc <210> 49 <211> 12 141747-序列表.doc 201016222 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 49 ggtgtgtctt ca <210> 50 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> . <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 50 gcagatgtag ggtttc <210> 51 <211> <212> <213> 9 <220> <223> 16 DNA 人工 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 51 gccactgtca ttgttg <210> 52 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 52 ccagggctga ggtgtc <210> 53 <211> <212> 一 <213> <220> <223> 16 DNA 人工 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 53 gaggcagctt ggtgtt * <210> <211> <212> <213> 54 16 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 54 tgctggtgga gctgtc <210> 55 <211> <212> <213> 16 DNA 人工 <220> 141747·序列表.doc 201016222 <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 55 gtgaggttga gcagcc <210> <211> <212> <213> 56 16 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 56 gccgcacagg gtcgct <210> <211> <212> <213> 57 16 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 57 atgtagttta ccctgg <210> <211> <212> <213> 58 16 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 58 ccatgaagcc aggctg <210> <211> <212> <213> 59 16 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 59 tacatgtgga tctggc <210> <211> <212> <213> 60 15 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 60 tacatgtgga tctgg <210> <211> <212> <213> 61 15 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單艘(核苷酸)之序列 <400> 61 acatgtggat ctggc 141747·序列表.doc 201016222 <210> 62 <211> <212> <213> 14 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 62 tacatgtgga tctg <210> 63 <211> <212> . <213> 14 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 63 acatgtggat ctgg <210> <211〉 <212> <213> 64 14 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 64 catgtggatc tggc <210> 65 <211> <212> <213> 13 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 65 tacatgtgga tct <210> 66 <211> <212> <213> 13 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單艘(核苷酿)之序列 <400> 66 acatgtggat ctg <210> 67 ' <211> <212> <213> 13 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 67 catgtggatc tgg <210> 68 <211> 13 141747-序列表.doc 201016222 <212> <213> DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單髏(核苷酸)之序列 <400> 68 atgtggatct ggc <210> <211> <212> <213> 69 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 69 tacatgtgga tc <210> <211> <212> <213> 70 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 70 acatgtggat ct <210> <211> <212> <213> 71 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 71 catgtggatc tg <210> <211> <212> <213> 72 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 72 atgtggatct gg <210> <211> <212> <213> 73 12 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 73 tgtggatctg gc <210> <211> <212> <213> 74 16 DNA 人工 <220> 141747-序列表.doc 201016222 <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 74 gccatgttgc tgatgc 16 <210> 75 <211> 15 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 75 tcagattcaa accca 15
<210> 76 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 76 tcagattcaa accc 14 <210> 77 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苦酸)之序列 <400> 11 cagattcaaa ccca 14
<210> 78 <211> 13 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 78 tcagattcaa acc 13 <210> 79 <211> 13 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 79 cagattcaaa ccc 13 <210> 80 <211> 13 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 80 agattcaaac cca 141747-序列表.doc -15- 13 201016222 <210> 81 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 81 tcagattcaa ac <210> 82 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 82 cagattcaaa cc <210> 83 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸Ϊ之序列 <400> 83 agattcaaac cc <210> 84 <211> <212> <213> 12 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 84 gattcaaacc ca <210> 85 <211> <212> <213> 24 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 85 gcaccaccag catgtactgc gcct <210> 86 <211> <212> <213> 24 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 86 tgcgattctg gtgcttggcg cggt <210> 87 <211> 24 141747-序列表.doc 201016222 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 寡聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 87 cgtactcctt ggtgcagtct tccc <210> 88 <211> <212> <213> 24 DNA 人工 <220> . <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 88 ggaccgcagg tgtgtcttca ggtt <210> 89 <211> <212> <213> <220> 24 DNA 人工 <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 89 ttcgtacatg tggatctggc cgta <210> 90 <211> <212> <213> 24 DNA 人工 <220> <223> 募聚物序列基元-單體(核苷酸)之序列 <400> 90 agcattcaga ttcaaaccca aatg <210> 91 <211> <212> <213> • <220> 14 DNA 人工 <223> 募聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> <222> - <223> misc feature (1).7(14) 核苷間鍵,較佳硫代磷酸酯鍵 <220> <221> ' <222〉 <223> misc feature (1).:(3) 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> <222> <223> misc feature (12)7.(14) 核苷睃類似物,諸如LNA,諸如Ρ-D-氧基LNA <400> 91 accagcatgt actg <210> 92 <211> 14 141747-序列表.doc 201016222 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物設計或LNA寡聚物化合物 <220> <221> raisc_feature <222> (1).7(14) <223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc一feature <222〉 (1).:(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc_feature <222> (12)7.(14) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 92 aacgtgcact tgtg 14 <210> 93 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> ¢1).7(14) <223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如P-D-氧基LNA <220> <221> misc—feature <222> (12)7.(14) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 93 ttctggtgct tggc 14 <210> 94 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物設計或LNA寡聚物化合物
<220> <221> misc__feature <222> (1).7(16) <223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸61鍵 <220> <221> raise—feature <222〉 (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc一feature <222> (14)7.(16) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA 141747-序列表.doc -18· 201016222 <400> 94 gtgaaggctg ggctga 16 <210> 95 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 募聚物設計或LNA募聚物化合物
<220> <221> misc_feature <222> (1) .7(16)<223〉核苷間鍵,較佳硫代磷酸脂鍵 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 95 tctgcttgtt ctggtt 16 <210> 96 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 募聚物設計或LNA募聚物化合物
<220> <221> misc_feature <222> (1).7(16)<223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸睹鍵 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(3) <223〉核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc一feature <222> (14)7. (16) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 96 cctgcttaca gtcatc 16 <210> 97 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 募聚物設計或LNA寡聚物化合物 <220> <221> misc—feature <222> (1).:(16}<223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸酷鍵 <220> <221> misc feature 141747-序列表.doc 19- 16. 201016222 <222> (1) .. (3)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc一feature <222> (14):.(16)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 97 ctccttggtg cagtct <210> 98 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220〉 <223> 寡聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> raise一feature <222> (1).7(16) <223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸酷鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).:(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 98 16 gtgtgtcttc aggttc <210> 99 <211> 16 <212> DNA <213〉 人工 <220> <223> 寡聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 核苷間鍵*較佳硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如p-D-氧基LNA <400> 99 cgcaggtgtg tettea <210> 100 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物設計或LNA募聚物化合物 •20· 141747-序列表.doc 16 201016222
<220> <221> misc一feature <222> (1).7(16)<223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸醋鍵 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 100 gcagatgtag ggtttc <210> 101 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 寡聚物設計或LNA募聚物化合物 <400> 101 gccactgtca ttgttg <210> 102 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(16)<223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸薛鍵 <220〉 <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc_feature <222> (14):-(16) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 102 ccagggctga ggtgtc <210> 103 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220><223> 募聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(16)<223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸睦鍵 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc feature 16 16 16 141747·序列表.doc •21 · 201016222 <222> (14)..¢16) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 103 gaggcagctt ggtgtt 16 <210> 104 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物設計或LNA寡聚物化合物 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16) <223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(3) <223〉核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 104 tgctggtgga gctgtc <210> 105 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 寡聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸睦鍵 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氡基LNA <220> <221> misc一feature <222> (14)7.(16) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 105 gtgaggttga gcagcc 16 16 <210> 106 <211> 16 <212> DNA <213〉 人工 <220> <223> 寡聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 核苷間鍵,較佳硫代碟酸睹鍵 <220> 141747·序列表.doc -22· 201016222 <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc—feature <222> (14)7. (16) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 106 gccgcacagg gtcgct 16 <210> 107 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 寡聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16)
<223> 核苷間鍵,較佳硫代磷醭酯鍵 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(3)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如(3-D-氧基LNA <220> <221> misc_feature <222> (14)7. (16)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如P-D-氧基LNA <400> 107 16 -23- atgtagttta ccctgg <210> 108 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物設計或LNA寡聚物化合物 <220> <221> misc一feature <222> (1).:(16) <223> 核苷間鍵*較佳硫代磷酸酷鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223〉核苷酸類似物,諸如LNA,諸如(3-D-氧基LNA <220> <221> misc一feature <222> (14)7.(16)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氡基LNA <400> 108 ccatgaagcc aggctg <210> 109 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 募聚物設計或LNA寡聚物化合物 <220> 141747·序列表.doc 16 201016222 <221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸酿鍵 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(3) <223〉核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc 一 feature <222> (14)7. (16)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 109 tacatgtgga tctggc <210> 110 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 寡聚物設計或LNA募聚物化合物 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(16) <223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸醋鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1):(3)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc一feature <222> (14)7.(16)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 110 gccatgttgc tgatgc <210> 111 <211> 15 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> 寡聚物設計或LNA寡聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 核苷間鍵,較佳硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16)
<223> 核苷酸類似物,諸如LNA,諸如β-D-氧基LNA <400> 111 tcagattcaa accca <210> 112 <211> 14 141747-序列表.doc 201016222 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc一feature <222> ¢1).7(14) <223> 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc一feature <222> (1).:(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc—feature <222> (12)7.(14) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 112 accagcatgt actg
<210> 113 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(14) <223> 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc一 feat ure <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc_feature <222> (12)7. (14) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 113 aacgtgcact tgtg <210> 114 <211> 14 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(14) <223> 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc一feature <222> (12)7. (14) 25 141747·序列表.doc 201016222 <223> β-D-氡基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 114 ttctggtgct tggc <210> 115 <211〉 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16) <223> 硫代磷酸61鍵 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc—feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 115 gtgaaggctg ggctga <210> 116 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(16) <223> 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 116 tctgcttgtt ctggtt <210> 117 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc feature <222> (1) "(16) <223> 硫代磷酸酯鍵 26 141747-序列表.doc 201016222 <220> <221> misc_feature <222> (1).:(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc一feature <222> (14)7.(16) <223〉 β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 117 cctgcttaca gtcatc <210> 118 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220〉 <223〉LNA寡聚物化合物 <220>
<221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 硫代磷酸酷鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc一feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 118 ctccttggtg cagtct <210> 119 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc_feat\ire <222> (1).7(16) <223> .硫代磷酸薛鍵 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220〉 <221> misc_feature <222> (14):.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 119 gtgtgtcttc aggttc <210> 120 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> -27· 141747·序列表.doc 201016222 <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16) <223> 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 120 cgcaggtgtg tcttca <210> 121 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220〉 <221> misc_feature <222〉 (1).:(16) <223> 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> raise一feature <222>· ¢1) .7(3) <223> β-D-氧基LMA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 121 gcagatgtag ggtttc <210〉 122 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> raise 一 feature <222> (1).7(16) <223〉 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc一feature <222> (1).:(3) <223> P-D-氧基LNA '所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc一feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 122 gccactgtca ttgttg -28 - 141747-序列表.doc 201016222 <210> <211> <212> <213> 123 16 DNA 人工 <220> <223> 寡聚物化合物 <220〉 <221> <222> <223> misc_feature (1) .7(16) 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> <222〉 <223〉 misc_feature (1) .7(3) β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> <222> <223〉 misc_feature (14)7.(16) β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 123 ccagggctga ggtgtc 16 <210> <211> <212> <213> 124 16 DNA 人工 <220> <223〉 LNA寡聚物化合物 <220> <221> <222> <223> irdsc 一 feature (1).:(16) 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> <222> <223> misc_feature (1).7(3) β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> <222> <223> misc一feature {14)7. (16) β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 124 gaggcagctt ggtgtt 16 <210> <211> <212> <213> 125 16 DNA 人工 <220> <223> LNA寡聚物化合物 > > > > 0 12 3 2 2 2 2 2 2 2 2 < < < < misc一feature ¢1) .7(16) 硫代磷酸酯鍵 <220〉 <221> misc_feature <222> (X).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧咬 141747-序列表.doc -29- 201016222 <220> <221> misc—feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 125 tgctggtgga gctgtc <210> 126 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> ¢1).7(16) <223> 硫代磷酸酷鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc一feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 126 gtgaggttga gcagcc <210> 127 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5曱基胞嘧啶 <220> <221> misc_feature <222> (14):.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 127 gccgcacagg gtcgct <210> 128 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物化合物 <220> -30- 141747-序列表.doc 201016222 <221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 硫代磷酸醋鍵 <220> <221> mi sc一feature <222> (1).:(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc一feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 128 atgtagttta ccctgg <210> 129 <211> 16 <212> DNA <213〉 人工 <220> <223> LUA寡聚物化合物
<220> <221> misc_feature <222> (1).7(16) <223> 硫代磷睃醋鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).:(3) <223〉 β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 129 ccatgaagcc aggctg 130 16 DNA 人工 <210> <211> <212> <213> <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> <222> <223> <220> <221> <222> <223> <220> <221> <222> <223> misc_feature (1).7(16) 硫代磷睃酯鍵 misc_feature⑴.:(3) β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 misc_feature (14)7.(16) β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 130 tacatgtgga tctggc <400> <210> 131 <211> 16 141747-序列表.doc 31 201016222 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc一feature <222〉 (1):(16) <223> 硫代磷酸薛鍵 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <22〇> <221> misc—feature <222> (14)7. (16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 131 gccatgttgc tgatgc <210> 132 <211> 15 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA募聚物化合物 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(16) <223> 硫代磷酸酿鍵 <220> <221> misc_feature <222> (1).7(3) <223〉 β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc_feature <222> (14)7.(16) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 132 tcagattcaa accca <210> 133 <211> 16 <212> DNA <213> 人工 <220> <223> LNA寡聚物化合物 <220> <221> misc一feature <222> (1).7(16) <223> 硫代磷酸酯鍵 <220> <221> misc—feature <222> (1).7(3) <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <220> <221> misc_feature <222〉 (14)7.(16) •32 141747-序列表.doc 201016222 <223> β-D-氧基LNA、所有LNA胞嘧啶均為5甲基胞嘧啶 <400> 133 cgtcagtatg cgaatc 16 <210> 134 <211> 8281 <212> DNA <213> 智人
<400> 134 gcgcacaccc ggccgcccgc ttttggtcga cacgaccact tgtgagcgag gacttatcac cagcaaagtc agagatccat gtttgccatg ccctgccttc cgatccatct tccggacctg tcccttcagc cagcagccca ccatgcagga cagcccctat ggaatatctt gagccgaaaa catgataagg ttcagcaagt cacctactct gagcttaggt aacacagagg cccttctgag cccgatgcac tcgggggcag tgaaagcaaa gagggagttc agagaagaag agcccagtat cacttttgaa atctcacact aaatgcctct gtgcaaaatc gaagacagtg tcggccgcca gactcaggga atgcctccag tggtcagtct cgagcttcct aatcatggac cccggcaggg aatgtttccg aggaaatggc gggcagaagc cagcagcgcc gccctgcttc cgtgagcgtg agccagccag cctcaaggcc ggagaggatg ggccctgcct gcggcgccac ggtgcggaca cagctgcaac ttacacgcgg catcaccgag tgaggatttc cgagcagcac ctttgacgcg gccctgcccc aagcgccgac tcgcgccttt gcctgctggg gccgctccca gggtctatgg agagagctga gaaaagaaaa aaagccgttg agagagagaa agtgaggaac gggtccctgc gaccccagga catcctcctg ccgattcctc cccttcatta cctccacatc tcgctctcca gtcagcccag gcagacatta catgctatgg cgtacactgt acgtctccca ggctcctatg tccgcgcccg tcagcctttg cctattccag tcctcacaga aacaagaggt caggaacagc caggagcctg gacacccaag gagttcgtgt atgttggtag ggttgcacaa ggagagaaac gatcgcgcca ccaggctgca catggcccag cccccgagag gcccttggtg gtgaaaaccg tcatgcagca ctgaccgatg tcaaccattt accaaatgga cgactgaacc acacagtcca gacctctctg agcaccatca tccagccgcc gccgactcct agcgacggcc aagtacgcgg agcctgaaga ccagttcatg ctgcagccgc ggctccgagg cccccggcga cccgagggcg aacgtcaccc ctgccggacg ttccccagcg cccgggctgc gagggcagca ctgtcctcct gggttctgca ggctatcaga ctcacccgcg gaagttcggg agtaatgaga aagttgagaa cctccagcac gaaacgcaat cttcaacatc cacacgtggc atggttacat taccaattga cattgcatat ggatctcccc cctacattaa tgatctcagc cagaatacta ttccctcagc atagcaccag ccatatcacc actccttggt gtcacttatc tctctctcca gacacagccc ggatccctac acaagcccac ccaagatcaa ccgaaggaac aagtcatcta agcagcttgt gcaggtggct tgcatatgag aggcctactc catacgtctg aacaccaaaa ctaagcgtta aggctcatgt attccggcag agcagcagga tcaaggcaga gccaacagtc gaggtagtat ccactgcaac tggagcacgt ccattctacc acaacacctg gggtggacgt gctcggccta gctccagcga acgaccccat tgcccagcct ctgccacagg cgcgcctggc ccccgaggag acgatgcgcc gcctggccct tggccacgtc gccagtcccg tggagtccct acgtggtgca ccctcccgga cagacagcca aaaccgacct ccaagctcaa acggcatggt ccctcgggga ccgctctccc gacttgacag agacatcatg ttccatagtg cacttctaat cactatgcag gagtgacgag ggagccctct ggagccccac tgccagacat gacttccgcc acaccggaac tccctacatg aacccgtggg tcatcagatg tgccaccgcc attctccagc actctccgat cacgattctc tgcaagtgca catgcatcag tccactcatc ggttctgaac gagtgagtct acccgatgaa aacccttgtc tgagacaaac gcaccatata ggactgctca aagacacacg gagactagaa tgagcacgaa cagaacgcat cacagaccca caccaagaag ccattcacag cctcagcaac gaagccaatg ccccatcagc aggagacctc cacagccctt aaaactagaa ccctaaagcc cagcttgggt cactatgctg cctgagcagc ggcgtcacag ctccaccgac gctcagcctc agggccgccg gctgctcggg gtgcagcgac gggccacggc gcctcgtgtg cgcggagaag aaacttccac gaccatggac gtatttaaat cgacagcaaa cgctggccag gcccattcag gtgtgggccg cgtccacccg gaacagcaac gccttccccg ccgctgccgc gaggcccagt aagtgctcca gaggatgaaa ccacagaatg agggcctcat gtgccgtacc taccaccctc catgagggcc ttatctagta cccactgctg gactatatcc ctgagcccta gccctgctaa ggcacggggg cccaggctgt catagctttg aataattccc atcagccctg cagatcctaa caccctgccc cccgtccagg gcagtgagca gacctcccca aaggaggaag tgccactggg aataacgacc agagagcaga ggcgagaagc aacttgaaaa ggttgcaaca tccaatgaga agctccctcc cagcgagggg tccaggtcgc actacctcaa acatctcagc aactattcca agtgccatcg gctttgcaag aggctaaaac cctgcggtct gggcccatga aacatgctca cgccgctcct gccgagggcc gcctcgcgcc acgcccgccc ccgacgcccc gatgccctcg gggggagccc gtgaggaggg ccgcgcttca cgcagtctcg tcgtccccct gctgatgcca tcccagaacc gtgccccacg cagttccatg tggaacgaag cggcccgctg cagaacccct ccctacggtg cgcgccccgc cgcagggcat cccacagctc ctcgaacaga gtcctggaca tccaggggct tgatcaagaa gcgggacggt ctcatctttt gttaccatta gccctacgta cttccgagtc gctccttgca cagatgcgcc ctggccagcg ccatccacat cagccaggcc accttcagac gtagcagctc ccttgagctt gccgacaaca caacttttcc tcagctccgg gcactggtga gcccaggggc gggacaaaga aaggctgcgc atattcatgg aacccttcaa ctcacaaatg cacacttgag aggctttctc aaccatatgt ggaaacatgt acatccatcc ctggccgacc agcgggaaga caagccctgg acagtgggct atgaaacccc ccaggagaaa aagtgaatgg ctcctctcat cgcttctccc acagaaggga cagggatctc ggccgcagaa gctccagcga agcagtaccg tgcccaacat agcctggcgt acggctacgg ccagcgaccc gcagcctcag tgcttcagaa gtcctcccag acctgaacga aagcagggta ggcccggtga ccctcgagca tcagctccgg tgccgcagac tgaggagcgg gcccagagca 60 120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 1440 1500 1560 1620 1680 1740 1800 1860 1920 1980 2040 2100 2160 2220 2280 2340 2400 2460 2520 2580 2640 2700 2760 2820 2880 2940 3000 3060 3120 3180 3240 3300 3360 3420 3480 3540 3600 3660 3720 3780 3840 -33- 141747·序列表.doc cttgatgctc cacaacagcc ccggaagtgg caccagtgga aacgccttcc atgaacagcc caacaggcag ccagtggccc ctggtgcact ctcaaagctg aagagcaccc ccatgcaagg ggtagcgcca aatgagtcag ctggcagcat gggacagggg tacctggctc accagctcct ccgccccggt cagcagatgc ttgggcagat agggccagag agctgcctgc caggggctca agttgtcagg ggctaccagc catgtgccag gagggacagc cttgctctgc agtcaggaca gaatggtatc aagatggaga tgaaagggca ttactctggt cagttctatg accaaaccgt ttcattctct atttcagacg ccagctgcct gttactttcc ccaggtgcta atcaggtgac cctggaaggg gtacagattg acttcgatgc gatgtcgggg gccctgagcc caagtatcat caccacgcct cgggcgtccc tcccattccc tatcggggac atgagttctt tgctgacctc tatgcaatag gctttaggaa aaaaagactg gattaaactg actttgtttt ggctgttttt ctcacctaac tgagatgtgt ttcaattata cctaaagtat tctagggaga aactgtcttc tcaaaccacc ctctttttaa aaaaaaaaaa aaaccgatgt aaatttgtga tgtgcatatt aaggatttga catgttttgc tgttgctcaa aggggttaca cttccagctt ttaaaattct gttttggttt ctgtttttta ttttaattcc agctagttta agaaactttt gtgggtgcac cccccatctc caattcagtt cagggcattc tcttataaat gaaatgggcg ctcacagttt gctttggggg aggctatgtc tgtatggtcg cactaccttc atgaacattc agtgctgttt gttggtgaca ctcagccaca ttgctacttt gtagattgaa gcaattgggt agaattagtt tgattagttc catctctttc ccattttaac ataggtattt aaacaacccc acaagcggct gtgagggagg atttccattc taaatacctt aaagagaaag cccacatagt gggaataaat ctagggaaga tgtttagtag ctgtgtggat tgcatccatt cacgaagtta aatgttacat tacttttgtt ttggattaaa acatttaaag atttgataca cataaaagtc atactgtgtg attgctttaa aaaattatat aaactgttaa tctgtcccat tgacccctgg aattggattt gcttttcccc tttaatcttg ccatttaaat aagtgttaga taatagaaag agtgttaaga tcatttggac caagaatctc cgcatggagg ctattaggtt tgctttcaac tagatgttcc cttccatgcc tgctgttctc ccccatgtaa tttggaacag ccccataaca aaagagaact taccactttt cagttgaaaa agcaagactt tgtcacagaa tcagagatcc agtctcactt cttgtgtgct ctaatggttt ggttcaatcc cctgagtgtt ctccactcct cctaagaaag cctccatcag agggctcttc cagtagtatt attatttcct gtatcagctt tgtccttcct tgttgttgtc ttgtgcttct gctctttcct tattcttctt ttatttcttt ttttttttat tgcaggagat gcaagtttca gctcaatgtt gacagaggag aggagggagg aagaagaaag gtggcagtcc agtggaagga aggtcttttg ccttttggga tctctgtagg ctaggcatct gcctctctcc atttctctaa cctatgcatt accatcctgc cttttctaaa acatgcaggc gttaaacgtt ttctaaccat ttttgtttta cctcacacat tggctcttcc tcttgagcca ttattttatg ttaatcttgt caatgagagg aaggctgtgt gtgcaccagc cagagagcgc atcctggttt catgtgttgt tttgaactga cttgtgtatc ctgcagacat gtaaaataaa atttttttaa aaaataaaat gtgtaatcct taagtattgt aggcatagcg ttcagatgtg cattccccgt gatcacgccc acctcaagcc ctacctttgc tttcagaacc acttagtcct caatgtcaat aaaaaattct ttgtatggaa 201016222 ctgtaaggcc ccgcagtatg ggaactgtct cgacggtgcc tgtggtgccg ggattcaagc gagcgggggc cagctgaatt tcggcctgcc ggtgaatggc atgcagaacc aggacccagt cggcgacagc atgcagcacc cgggggcagg tagtgctacc tcacacatca acatctacca cggcatgggc agccagccgt caagcttggc ctttgggggc agcaggcgcc aggctatgcc gctcagtgac acaagtcaga cctgcagggt gccccatccg ctgtgctcta atctgcagaa gggcttcagt cagcaagaca cgaaagctgg gctacagggg accagcgcca aaaactctga aagcacagtg gacagcctcg acagccatga catcatagac gatggggacc actccagcct tcagaacctt tcccatagct cctcccgcct agcgctgtcc atgagcacca ccaacatggc cctagcggaa gaaagcaaat tccttgcagt caaccaacgg aaatcaatag gagttgaaga ttagttctgt atgtatttta gcaatctcat ttccttttat ggaaaaggac tctgaaaaac catttcagtt ttgaatcagt attgttacac aaaaactgta agccccgccc cctttttagt cttctttctt ttagaagagc agtcaaatta aggaaatagg agttggtgtg cttgtgacca cctttacatg tgctcagtgt tttgttttgt cacattgggc acaagaatca gaatatggat tgtagcatag atgacagaat attgatgttc cacagttaaa cagaaatggg aacgtggggc tggttttcag ctcttcatgt ctgtaagtgt attctcagtt atcacatttg cctctcctcc cgcactgcag ttagagagaa gggacggaca tatctgttct ggtaagaagt tagatagatg gggggaatat ttatgagttg ctgtgtttgt tgagaattga ttatatatag ctctaagtat gtatcagtaa catttattaa ttccactata attttgaggg atttataaaa cttagttgta tgcttcagcc atttttagta tttgagagca gccttttttc acaccctgtc tattgaatgc gcagttagtc cttaatgtgg actggatctg atttttgaag tgcagctact ccccacgtgc tgcacaaaga gtacatggat tttccagcat aatattaaca cctcaggcta cctgctgtat actgcaagtg attgataatt caattatgtg tacagtagaa agacaaaatc aagtaaaata ccagcccact tttctcatgt ttatgttctt ttgatttgcc actggggact ttggctaaga tgagacaagc agagggacac tgcaattccc gtcttctttg aaattaacgg atgtgtctcc actgatctga gcataggaaa gtagaggctc tctctgtgtt tctgaaacaa ggcataatgt ttccacaaat ctccaaatct ccagtcttat ctttccaact cttgttttca aagcatgggg gagcttgggt ggaagggacc atgctgacct ctcggatgca acctccattt ctcagttacc ggagggatgc acagtgatcc ggcccaccac atggtttcag gttattttct gggtttcccc atttgctttc ctttctactg cttttagatt tggcttctct caatatggaa atttcagaag tatactcctc cagaatttca gtgatctgtt aggtcactta gaagcatctt tttgggacat catatcttga gactcacccc cagcctccaa ttagagcgag aggaccgcct cactagtgtc tcacacattc tactcctgct taatgtctgt tttttctgaa aaagttaacc cctcccaact caaagttttg attcttgcga tgtatgtgcc gaccagttgg tgttgcccaa tcagcactcc acggtggtag cagagtcgag gctgtcttgt taggaggatg ttctcttctg acaagttacc atacaagttc atttttttca ccttttttag ttttttaaaa gaaacacatg taaatacatt actggcccag gcgttcctcg gacaagcctg caggggctgc agcccagcca cagatgaact tttgtaacaa agaaaaaaaa atgtttctta a 141747·序列表.doc 3900 3960 4020 4080 4140 4200 4260 4320 4380 4440 4500 4560 4620 4680 4740 4800 4860 4920 4980 5040 5100 5160 5220 5280 5340 5400 5460 5520 5580 5640 5700 5760 5820 5880 5940 6000 6060 6120 6180 6240 6300 6360 6420 6480 6540 6600 6660 6720 6780 6840 6900 6960 7020 7080 7140 7200 7260 7320 7380 7440 7500 7560 7620 7680 7740 7800 7860 7920 7980 8040 8100 8160 8220 8280 8281 -34·

Claims (1)

  1. 201016222 七、申請專利範圍: 1. 一種長度介於10-30個單體之間的寡聚物,其包含總計 10-30個單體之連續序列之第一區域,其中該連續序列與 對應於哺乳動物GLI2基因之區域或與編碼哺乳動物〇LI2 之核酸之目標區域的反向互補序列至少% 一致,其中 該編碼哺乳動物GLI2之核酸諸如為哺乳動物GLI2基因或 mRNA ’ 諸如具有 SEQ ID NO: 1 及/或 SEQ ID NO: 2及/或 SEQ ID NO: 134中所示序列之核酸,或其天然存在之變 異體。 2. 如請求項1之寡聚物,其中該連續序列與對應於SEq ID NO: 19、3-18及20-90中之任一者之區域具至少8 〇%、較 佳至少90%同源性。 3. 如請求項1或2之募聚物,其中該連續序列不包含錯配或 包含不超過一或兩個與SEQ ID NO 1、SEQ ID NO 2或 SEQ ID NO 134之相應區域之反向互補序列的錯配。 4. 如請求項1或2之寡聚物,其中該連續序列之長度介於9_ 18個核苷酸之間。 5. 如请求項1或2之募聚物,其中該連續序列包含核苦類似 物。 6. 如請求項5之寡聚物,其中該等核苷類似物為糖修飾之 核苷,諸如選自由以下組成之群的糖修飾之核苦:鎖核 酸(Locked Nucleic Acid,LNA)單元;2’·〇-烧基 _rnA 單 元、2’-〇Me-RNA單元、2,-胺基-DNA單元及2,-氟-DNA單 元;該等核苷類似物較佳為LNA。 141747.doc 201016222 7. 如凊求項1或2之寡聚物,其為間隙聚合物(gapmer)。 8. 如請求項1或2之募聚物,其抑制GLI2基因或mRNA在表 現GLI2基因或mRNA之細胞中的表現;該募聚物較佳係 選自由 SEQ ID NO: 112、114、118、120、130及 132組成 之群;該寡聚物更佳為SEQ ID No 118或SEQ ID No 132 ° 9. 一種結合物’其包含如請求項1至8中任一項之募聚物及 至少一個與該寡聚物共價連接之非核苷酸或非聚核苷酸 部分。 10. —種醫藥組合物’其包含如請求項1至8中任—項之寡聚 物或如請求項9之結合物,及醫藥學上可接受之稀釋 劑、載劑、鹽或佐劑。 11. 如請求項1或2之募聚物或如請求項9之結合物,其係用 作諸如供治療諸如癌症之過度增生性病症用之藥物。 12· —種如請求項丨至8中任一項之寡聚物或如請求項9之妗 合物的用途,其係用於製造供治療諸如癌症之過度增 性病症用之藥物。 一裡仰制表現GLI2之細胞中之GLI2的方法,# + ^ 邊方法包相 向該細胞投與如請求項⑴中任一項之募聚物或 項9之結合物,以便抑制該細胞中之gU2。 °月 14. 一種誘發表現GLI2之細胞中之細胞凋亡的方法,节 包括向該細胞投與足以觸發細胞凋亡之量的如<\方d 至8中任一項之募聚物或如請求項9之結合物 /項 10之醫藥組合物的步驟。 β求:ς 141747.doc
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