SK15742002A3 - V podstate čistý rekombinantný polypeptid, zmes, farmaceutický prostriedok a kit s jeho obsahom, spôsob jeho produkcie a spôsob modulácie fyziológie alebo vývoja bunky - Google Patents

V podstate čistý rekombinantný polypeptid, zmes, farmaceutický prostriedok a kit s jeho obsahom, spôsob jeho produkcie a spôsob modulácie fyziológie alebo vývoja bunky Download PDF

Info

Publication number
SK15742002A3
SK15742002A3 SK1574-2002A SK15742002A SK15742002A3 SK 15742002 A3 SK15742002 A3 SK 15742002A3 SK 15742002 A SK15742002 A SK 15742002A SK 15742002 A3 SK15742002 A3 SK 15742002A3
Authority
SK
Slovakia
Prior art keywords
polypeptide
seq
dcrs5
cell
antibody
Prior art date
Application number
SK1574-2002A
Other languages
English (en)
Other versions
SK287984B6 (sk
Inventor
Madaline Chirica
Robert A. Kastelein
Kevin W. Moore
Christi L. Parham
Original Assignee
Schering Corporation
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=22753958&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=SK15742002(A3) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Schering Corporation filed Critical Schering Corporation
Publication of SK15742002A3 publication Critical patent/SK15742002A3/sk
Publication of SK287984B6 publication Critical patent/SK287984B6/sk

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/715Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/04Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00Drugs for dermatological disorders
    • A61P17/06Antipsoriatics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P19/00Drugs for skeletal disorders
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P19/00Drugs for skeletal disorders
    • A61P19/02Drugs for skeletal disorders for joint disorders, e.g. arthritis, arthrosis
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00Drugs for disorders of the nervous system
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/08Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
    • A61P3/10Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04Antibacterial agents
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/10Antimycotics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12Antivirals
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00Drugs for immunological or allergic disorders
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02Immunomodulators
    • A61P37/06Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/08Antiallergic agents
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10STECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S435/00Chemistry: molecular biology and microbiology
    • Y10S435/975Kit

Description

V podstate čistý rekombinantný polypeptid, zmes, farmaceutický prostriedok a kit s jeho obsahom, spôsob jeho produkcie a spôsob modulácie fyziológie alebo vývoja bunky
Oblasť techniky
Predložený vynález sa týka prostriedkov a spôsobov na ovplyvňovanie cicavčej fyziológie, vrátane funkcie imunitného systému. Poskytuje najmä spôsoby na regulovanie vývoja a/alebo imunitného systému. Opísané sú aj diagnostické a terapeutické použitia týchto materiálov.
Doterajší stav techniky
Rekombinantná DNA technológia vo všeobecnosti označuje techniky integrovania genetickej informácie z donorového zdroja do vektorov na následné spracovanie, ako napríklad prostredníctvom zavedenia do hostiteľa, čím sa prenesená genetická informácia kopíruje a/alebo exprimuje v novom prostredí. Obvykle genetická informácia existuje vo forme komplementárnej DNA (cDNA) odvodenej od mediátorovej RNA (mRNA), ktorá kóduje požadovaný proteínový produkt. Nosičom je často plazmid, ktorý má schopnosť inkorporovať cDNA na neskoršiu replikáciu v hostiteľovi, a v niektorých prípadoch vlastne riadi expresiu cDNA, a tým riadi syntézu kódovaného produktu v hostiteľovi. Pozri napr. Sambrook a ďalší., (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, (2. vyd.) zv. 1-3, CSH Press, NY.
Už určitý čas je známe, že cicavčia imunitná odpoveď je založená na sérii komplexných bunkových interakcií, nazývaných imunitná sieť. Súčasný výskum poskytol nové preniknutie do podstaty vnútornej prevádzky tejto siete. Zatiaľ čo ostáva zrejmé, že veľký podiel imunitnej odpovede sa v skutočnosti točí okolo sieťových interakcií lymfocytov, makrofágov, granulocytov a iných buniek, imunológovia sú teraz vo všeobecnosti toho názoru, že rozpustné proteíny, známe ako lymfokiny, cytokíny alebo monokíny, hrajú kritické úlohy pri riadení týchto bunkových interakcií. Takže je značný záujem o izoláciu, charakterizáciu a
-2mechanizmy účinku bunkových modulačných faktorov, ktorých pochopenie bude viesť k významným pokrokom v diagnostike a liečbe rôznych medicínskych abnormalít, napr. porúch imunitného systému.
Zdá sa, že lymfokíny sprostredkúvajú bunkové aktivity rôznymi spôsobmi. Pozri napr. Paul (vyd. 1996) Fundamental Immunology 3. vyd., Raven Press, New York; a Thomson (vyd. 1994) The Cytokine Handbook 2. vyd., Academic Press, San Diego. Dokázali podporiť proliferáciu, rast a/alebo diferenciáciu pluripotentných hematopoetických kmeňových buniek na veľký počet progenitorov zahŕňajúcich rôzne bunkové rodiny, ktoré tvoria komplexný imunitný systém. Správne a vyvážené interakcie medzi bunkovými komponentami sú nevyhnutné pre zdravú imunitnú odpoveď. Rozličné bunkové rodiny často odpovedajú rozličným spôsobom, ked sa podávajú lymfokíny spolu s inými činidlami.
Bunkové rodiny, ktoré sú výnimočne dôležité pre imunitnú odpoveď, zahŕňajú dve triedy lymfocytov: B-bunky, ktoré môžu produkovať a vylučovať imunoglobulíny (proteíny so schopnosťou rozoznávať a viazať sa na cudzí materiál, aby sa dosiahlo jeho odstránenie), a rôzne podtriedy T-buniek, ktoré vylučujú lymfokíny a indukujú alebo suprimujú B-bunky a rôzne iné bunky (vrátane iných T-buniek), čím vytvárajú imunitnú sieť. Tieto lymfocyty interagujú s mnohými inými typmi buniek.
Výskum na lepšie pochopenie a liečbu rôznych imunitných porúch bol brzdený všeobecnou neschopnosťou udržiavať bunky imunitného systému in vitro. Imunológovia objavili, že kultiváciu mnohých týchto buniek je možné dosiahnuť použitím T-bunkového supernatantu a supernatantov iných buniek, ktoré obsahujú rôzne rastové faktory, vrátane mnohých lymfokínov.
Existujú rôzne rastové a regulačné faktory, ktoré modulujú morfogenetický vývoj. Známe sú mnohé receptory pre cytokíny. Často existujú aspoň dve kritické podjednotky vo funkčnom receptore. Pozri napr. Heinrich, a ďalší (1998) Biochem. J. 334: 297-314; Gonda a D'Andrea (1997) Blood 89: 355-369; Presky, a ďalší (1996) Proc. Natl Acad. Sci. USA 93: 14002-14007; Drachman a Kaushansky (1995) Curr. Opin. Hematol. 2: 22-28; Theze (1994) Eur. Cytokine Netw. 5: 353-368; a Lemmon a Schlessinger (1994) Trends Biochem. Sci. 19: 459-463.
Z vyššie uvedeného je zrejmé, že objavenie a vývoj nových rozpustných proteínov a ich receptorov, vrátane proteínov podobných s lymfokínmi, by sa mali
-3podieľať na nových terapiách širokého rozsahu degeneratívnych alebo abnormálnych stavov, ktoré priamo, alebo nepriamo, zahŕňajú vývoj, diferenciáciu alebo funkciu, napr. buniek imunitného systému a/alebo hematopoetických buniek. Veľmi výhodné by bolo najmä objavenie a pochopenie nových receptorov pre lymfokínom podobné molekuly, ktoré zosilňujú alebo zvyšujú potenciál užitočných aktivít iných lymfokínov. Predložený vynález poskytuje nové receptory pre ligandy vykazujúce podobnosť s cytokínovými zmesami a príbuznými zlúčeninami a ich použitie.
Podstata vynálezu .
Predložený vynález sa týka nových receptorov príbuzných s cytokínovými receptormi, napr. primátových molekulových štruktúr podobných s cytokínovým receptorom, označovaných ako DNAX cytokínové receptorové podjednotky (DCRS), a ich biologických aktivít. Poskytuje najmä opis jednej podjednotky, označenej ako DCRS5. Zahŕňa nukleové kyseliny kódujúce samotné polypeptídy a spôsoby ich produkcie a použitie. Nukleové kyseliny podľa vynálezu sa sčasti vyznačujú ich homológiou s tu zahrnutými klonovanými komplementárnymi DNA (cDNA) sekvenciami. Okrem toho vynález poskytuje p40/IL-B30 ligand zodpovedajúci receptorovým podjednotkám DCRS5 a ΙΙ_-12β1, ktorých párovanie poskytuje možnosť preniknutia do indikácií na použitie agonistov a antagonistov na základe reakčných činidiel nasmerovaných proti nim.
Podstatou vynálezu je v podstate čistý alebo rekombinantný polypeptid, ktorý obsahuje aspoň desať po sebe idúcich aminokyselín vnútrobunkovej časti sekv. č. 2. V určitých uskutočneniach polypeptid: obsahuje aspoň 25 za sebou idúcich aminokyselín vnútrobunkovej časti sekv. č. 2; je rekombinantný a obsahuje vnútrobunkovú časť sekv. č. 2; ďalej obsahuje aspoň desať po sebe idúcich aminokyselín z nie vnútrobunkovej časti sekv. č. 2; obsahuje aspoň 25 aminokyselín extracelulárnej časti sekv. č. 2; obsahuje zrelú sekv. č. 2; alebo je v podstate čistým prirodzeným polypeptidom. Inak, rekombinantný polypeptid: pozostáva zo zrelej sekvencie podľa tabuľky 1; je neglykozylovaným polypeptidom; je z človeka; obsahuje aspoň 40 po sebe idúcich aminokyselín sekv. č. 2; obsahuje aspoň tri
-4neprekrývajúce sa segmenty obsahujúce aspoň pätnásť po sebe idúcich aminokyselín zo sekv. č. 2; je prirodzeným polymorfným variantom sekv. č. 2; má dĺžku aspoň približne 30 aminokyselín; má aspoň dva neprekrývajúce sa epitopy, ktoré sú špecifické pre primátovú DCRS5; má molekulovú hmotnosť aspoň 30 kD s prirodzenou glykozyláciou; je syntetickým polypeptidom; je v sterilnej forme; je vo vodnom alebo tlmivom roztoku; je pripojený na tuhý substrát; je konjugovaný s inou chemickou skupinou; alebo je fyzikálne spojený s IL-12Rpi polypeptidom.
Iné uskutočnenia vynálezu poskytujú: v podstate čistý alebo rekombinantný polypeptid obsahujúci aspoň dva rozličné neprekrývajúce sa segmenty s aspoň šiestimi po sebe idúcimi aminokyselinami vnútrobunkovej časti sekv. č. 2; v podstate čistý alebo rekombinantný polypeptid obsahujúci aspoň dvanásť po sebe idúcich aminokyselín vnútrobunkovej časti sekv. č. 2; alebo v podstate čistý prirodzený sekvenčný polypeptid obsahujúci zrelú sekv. č. 2. V konkrétnych formách polypeptid obsahuje aspoň dva rozličné neprekrývajúce sa segmenty najmenej šiestich po sebe idúcich aminokyselín vnútrobunkovej časti sekv. č. 2, kde: rozličné neprekrývajúce sa segmenty: zahŕňajú jeden segment s aspoň dvanástimi aminokyselinami; zahŕňajú jeden segment s aspoň siedmymi aminokyselinami a druhý segment s aspoň deviatimi aminokyselinami; zahŕňajú tretí segment s aspoň šiestimi aminokyselinami; alebo zahŕňajú jeden segment vybraný z R355-L373, P378-L405, V407-D426, K428-D439, P441-V452, I454-G460, I465-T587 alebo N592-606; alebo polypeptid ďalej obsahuje aspoň dva rozličné neprekrývajúce sa segmenty s aspoň šiestimi za sebou idúcimi aminokyselinami extracelulárnej časti sekv. č. 2. Alternatívne bude polypeptidom obsahujúcim aspoň dvanásť za sebou idúcich aminokyselín vnútrobunkovej časti sekv. č. 2 polypeptid, v ktorom: segment obsahujúci aspoň dvanásť za sebou idúcich aminokyselín zahŕňa jeden z R355L373, P378-L405, V407-D426, K428-D439, P441-V452, I454-G460, I465-T587 alebo N592-606; alebo polypeptid ďalej obsahuje aspoň dva rozličné neprekrývajúce sa segmenty s aspoň šiestimi za sebou idúcimi aminokyselinami extracelulárnej časti sekv. č. 2. Alebo, čistý polypeptid s prirodzenou sekvenciou obsahujúcou zrelú sekv. č. 2 môže ďalej zahŕňať purifikáciu alebo detekciu epitopu. Takéto polypeptidy môžu: pozostávať zo zrelej sekvencie podľa tabuľky 1; byť neglykozylovaným polypeptidom; byť z človeka; obsahovať aspoň 40 aminokyselín
-5zo sekv. č. 2; mať aspoň tri neprekrývajúce sa segmenty s aspoň pätnástimi po sebe idúcimi aminokyselinami sekv. č. 2; byť prirodzeným polymorfným variantom sekv. č. 2; mať dĺžku aspoň približne 30 aminokyselín; mať aspoň dva neprekrývajúce sa epitopy, ktoré sú špecifické pre primátovú DCRS5; mať molekulovú hmotnosť aspoň 30 kD s prirodzenou glykozyláciou; byť syntetickým polypeptidom; byť v sterilnej forme; byť vo vodnom alebo tlmivom roztoku; byť pripojené na tuhý substrát; byť konjugované s inou chemickou skupinou; alebo byť fyzikálne spojené s IL-12Ηβ1 polypeptidom.
Poskytnuté sú rôzne iné prostriedky, napr. prostriedky obsahujúce: v podstate čistý polypeptid kombinovaný s IL-12β 1 proteínom; alebo takýto polypeptid v nosiči, pričom nosičom je: vodná zlúčenina vrátane vody, fyziologický roztok a/alebo tlmivý roztok; a/alebo sú formulované na orálne, rektálne, nazálne, topické alebo parenterálne podanie.
Poskytnuté sú kity, ktoré obsahujú takýto polypeptid a: kompartment obsahujúci polypeptid; kompartment obsahujúci IL-12Ρβ1 polypeptid; kompartment obsahujúci p40, IL -B30 alebo p40/IL-B30 polypeptid; alebo inštrukcie na použitie alebo odpadovú nádobu pre reakčné činidlá v kite.
Poskytnuté sú protilátky a iné viažuce zlúčeniny, napr. zlúčeniny obsahujúce antigén viažuce miesto z protilátky, ktoré sa špecificky viaže na vnútrobunkovú časť DCRS5, pričom: viažuca zlúčenina je v nádobe; polypeptid je z človeka; väzobnou zlúčeninou je Fv, Fab alebo Fab2 fragment; viažuca zlúčenina je konjugovaná s inou chemickou skupinou; alebo protilátka: je vyvolaná proti peptidovej sekvencií zrelého polypeptidu podľa tabuľky 1; je vyvolaná proti zrelej DCRS5; je vyvolaná proti purifikovanej ľudskej DCRS5; je imunoselektívna; je polyklonálnou protilátkou; viaže sa na denaturovanú DCRS5; vykazuje Kd voči antigénu s veľkosťou aspoň 30 pm; je pripojená na tuhý substrát, vrátane guľôčky alebo plastickej membrány; je v sterilnom prostriedku; alebo je detegovateľne značená, zahŕňajúc rádioaktívnu alebo fluorescenčnú značku. Poskytnuté sú aj kity, ktoré obsahujú viažucu zlúčeninu a: kompartment obsahujúci viažucu zlúčeninu; kompartment obsahujúci: p40 polypeptid; IL-B30 polypeptid; DCRS5 polypeptid; a/alebo IL-12Ρβ1 polypeptid; kompartment obsahujúci protilátku, ktorá sa selektívne viaže na: p40 polypeptid; IL-6Β30 polypeptid; DCRS5 polypeptid; a/alebo IL-12Rpi polypeptid; alebo inštrukcie na použitie alebo odpadovú nádobu pre reakčné činidlá v kite.
Poskytnuté sú aj spôsoby, napr. spôsob na produkciu antigénu: protilátkový komplex, zahŕňa uvedenie primátového DCRS5 polypeptidu do kontaktu s protilátkou v príslušných podmienkach, čím sa umožní vytvorenie komplexu. Takýto spôsob sa môže použiť ak: komplex je purifikovaný od iných cytokínových receptorov; komplex je purifikovaný od inej protilátky; uvádzanie do kontaktu sa uskutočňuje so vzorkou obsahujúcou interferón; kontaktovanie umožňuje kvantitatívnu detekciu antigénu; kontaktovanie sa uskutočňuje so vzorkou obsahujúcou protilátku; alebo kontaktovanie umožňuje kvantitatívnu detekciu protilátky. Poskytnuté sú aj iné prostriedky, napr. prostriedky, ktoré obsahujú: sterilnú viažucu zlúčeninu alebo viažucu zlúčeninu a nosič, pričom nosičom je: vodná zlúčenina vrátane vody, fyziologický roztok a/alebo tlmivý roztok; a/alebo sú formulované na orálne, rektálne, nazálne, topické alebo parenterálne podanie.
Vynález poskytuje aj izolovanú alebo rekombinantnú nukleovú kyselinu, ktorá kóduje DCRS5 polypeptid, pričom: DCRS5 je z človeka; alebo nukleová kyselina: kóduje antigénovú peptidovú sekvenciu podľa tabuľky 1; kóduje viaceré antigénové peptidové sekvencie podľa tabuľky 1; je zhodná aspoň s trinástimi nukleotidmi prirodzenej cDNA kódujúcej segment; je expresným vektorom; ďalej obsahuje počiatok replikácie; je z prirodzeného zdroja; obsahuje detegovateľnú značku; obsahuje syntetickú oligonukleotidovú sekvenciu; je menšia ako 6 kb, výhodne menšia ako 3 kb; je z primáta; obsahuje prirodzenú celú kódujúcu sekvenciu; je hybridizačnou sondou pre gén kódujúci DCRS5; alebo je PCR primerom, PCR produktom alebo mutagenizačným primerom. Poskytnuté sú bunky obsahujúce rekombinantnú nukleovú kyselinu, vrátane bunky, ktorou je: prokaryotická bunka; eukaryotická bunka; bakteriálna bunka; kvasinková bunka; hmyzia bunka; cicavčia bunka; myšacia bunka; bunka primáta; alebo ľudská bunka.
Kitové uskutočnenia zahŕňajú kity, ktoré obsahujú nukleovú kyselinu a: kompartment obsahujúci nukleovú kyselinu; kompartment obsahujúci nukleovú kyselinu, ktorá kóduje: p40 polypeptid; IL-B30 polypeptid; DCRS5 polypeptid; a/alebo IL-12Rp1 polypeptid; kompartment, ktorý obsahuje: p40 polypeptid; IL-B30 polypeptid; CDRS5 polypeptid; a/alebo IL-12Rpi polypeptid; kompartment, ktorý
-7obsahuje protilátku, ktorá sa selektívne viaže na: p40 polypeptid; IL-B30 polypeptid;
DCRS5 polypeptid; a/alebo ΙΙ_12β1 polypeptid; alebo inštrukcie na použitie alebo odpadovú nádobu pre reakčné činidlá v kite.
Iné nukleokyselinové uskutočnenia zahŕňajú nukleové kyseliny, ktoré: hybridizujú s časťou sekv. č. 1, kódujúcou vnútrobunkovú časť, v premývacích podmienkach zahŕňajúcich 30 minút pri 30 °C a menej ako 2M soľ; alebo sú zhodné v sekvencii najmenej približne 30 nukleotidov s vnútrobunkovou časťou primátovej DCRS5. Výhodne bude takouto nukleovou kyselinou nukleová kyselina: pre ktorú sú premývacími podmienkami 45 °C a/alebo 500 mM soľ; alebo 55 °C a/alebo 150 mM soľ; alebo sekvencia s aspoň 55 alebo 75 nukleotidmi.
Terapeutické použitia zahŕňajú spôsoby modulácie fyziológie alebo vývoja bunky vrátane kontaktovania bunky s: antagonistom p40/IL-B30, ktorý je komplexom obsahujúcim: extracelulárnu časť primátovej DCRS5 a/alebo extracelulárnu časť primátového IL-12Rpi; antagonistom p40/IL-B30, ktorým je protilátka viažuca sa na komplex obsahujúci: primátovú DCRS5 a/alebo primátový IL-12Rpi; antagonistom p40/IL-B30, ktorým je protilátka viažuca sa na DCRS5; antagonistom p40/IL-B30, ktorým je protilátka viažuca sa na IL12-RP1; antagonistom p40/IL-B30, ktorým je antisense nukleová kyselina proti DCRS5 alebo IL-12RP1; alebo antagonistom p40/IL-B30, ktorým je protilátka viažuca sa na komplex, ktorý obsahuje primátovú DCRS5 a/alebo primátový IL-12Rp1. V jednom type spôsobu sa kontaktovanie uskutočňuje s antagonistom a v kombinácii s antagonistom voči IL12, IL-18, TNF a/alebo lFNy; alebo je bunka z hostiteľa, ktorý: vykazuje známky alebo symptómy chronickej, TH1 sprostredkovanej choroby; vykazuje symptómy alebo známky sklerózy multiplex, reumatoidnej artritídy, osteoartritídy, zápalového črevného ochorenia, cukrovky, psoriázy alebo sepsy; alebo dostal alogénny transplantát. Naopak, spôsobom môže byť kontaktovanie s agonistom a: kontaktovanie v kombinácii s IL-12, IL-18, TNF alebo IFNy; alebo je bunka z hostiteľa, ktorý: vykazuje známky alebo symptómy chronickej Th2 reakcie; trpí nádorom, vírusovou alebo plesňovou infekciou; dostal vakcínu; alebo trpí alergickou reakciou.
-8Prehľad
I. Všeobecná časť
II. Aktivity
III. Nukleové kyseliny
A. - kódujúce fragmenty, sekvenciu, sondy
B. - mutácie, chiméry, fúzie
C. - výroba nukleových kyselín
D. - vektory, bunky, ktoré ich obsahujú
IV. Proteíny, peptidy
A. - fragmenty, sekvencia, imunogény, antigény
B. - muteíny
C. - agonisty/antagonisty, funkčné ekvivalenty
D. - výroba proteínov
V. Výroba nukleových kyselín, proteínov
A. - syntetických
B. - rekombinantných
C. - prirodzené zdroje
VI. Protilátky
A. - polyklonálne
B. - monoklonálne
C. - fragmenty; Kd
D. - anti-idiotypové protilátky
E. - hybridómové bunkové línie
VII. Kity, diagnostika a kvantifikácia
A. -ELISA
B. - testovanie kódujúcej mRNA
C. - kvalitatívna/kvantitatívna analýza
D. - kity
VIII. Terapeutické prostriedky, spôsoby
A. - kombinačné prostriedky
B. - jednotková dávka
-9C. - podávanie
IX. Skríning
I. Všeobecná časť
Predložený vynález poskytuje aminokyselinovú sekvenciu a DNA sekvenciu cicavčích, tu primátových, molekúl podobných cytokínovej receptorovej podjednotke, ktoré sú tu označené ako DNAX cytokínová receptorová podjednotka 5 (CDRS5), ktorá má dobre definované vlastnosti, tak štrukturálne, ako aj biologické. Rôzne cDNAs kódujúce tieto molekuly sa získali z primátových, napr. ľudských, cDNA sekvenčných knižníc. Želateľné by boli aj iné primátové alebo iné cicavčie náprotivky.
Okrem toho vynález poskytuje zosúladenie p40/IL-B30 ligandu s receptorovými pojednotkami DCRS5 a IL-12Rp1, ktorých párovanie poskytuje pochopenie indikácií na použitie agonistov a antagonistov založené na reakčných činidlách nasmerovaných proti nim.
Niektoré štandardné aplikovateľné spôsoby sú opísané, alebo sa na nich odvoláva napr. v Maniatis, a ďalší (1982) Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Press; Sambrook, a ďalší (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, (2. vyd.), zv. 13, CSH Press, NY; Ausubel, a ďalší, Biology, Greene Publishing Associates, Brooklyn, NY; alebo Ausubel, a ďalší (1987 a periodické dodatky) Current Protocols in Molecular Biology, Greene/Wiley, New York; pričom každá z uvedených publikácií je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie.
Nukleotidová (sekv. č. 1) a zodpovedajúca aminokyselinová sekvencia (sekv. č. 2) primátového, napr. ľudského, DCRS5 kódujúceho segmentu je uvedená v tabuľke 1. Označená je predpokladaná signálna sekvencia, ale môže byť závislá na type bunky, alebo môže obsahovať niekoľko zvyškov v oboch smeroch. Potenciálnymi N-glykozylačnými miestami sú asparagínové zvyšky v polohách 6, 24, 58, 118, 157, 209 a 250. Disulfidové väzby sa pravdepodobne nachádzajú medzi cysteínovými zvyškami v polohách 29 a 78; a konzervatívny CCXW motív sa nachádza v polohách 110/121/123. Dôležitý je tryptofán v polohe 219; a WxxWS motív v polohe 281-285. Segment od približne 1-101 je Ig doména; od približne 102- ΙΟΙ 95 je cytokín viažuca doména 1; od približne 196-297 je cytokín viažuca doména 2; od približne 298-330 je spojovník; od približne 329-354 je transmembránový segment; a od približne 356-606 je vnútrobunková doména. Vnútrobunkové znaky zhŕňajú pravdepodobné SH2 viažuce miesta v Y374-I377, Y461-Q464 a Y588Q591; a potencionálne dôležité tyrozínové zvyšky v polohách 406, 427,440 a 453. Tieto miesta a ohraničenia sú dôležité.
ORF obsahuje pravdepodobnú signálnu sekvenciu, o ktorej sa predpokladá, že je štiepené v ...CHG/GIT..., ako bolo ukázané vyššie. Predpokladaná extracelulárna doména s 328 aminokyselinami je nasledovaná pravdepodobným transmembránovým segmentom a nakoniec cytoplazmatickou doménou obsahujúcou približne 252 aminokyselín. Predpokladá sa, že za ligand viažuce funkcie je zodpovedná extracelulárna doména.
Reverzná translácia nukleokyselinovej sekvencie je uvedená v tabuľke 2.
Tabuľka 1
Nukleotidová a polypeptidové sekvencia uskutočnení podobných DNAX cytokínovej receptorovej podjednotke (DCRS5). Primátové, napr. ľudské uskutočnenie (pozri sekv. č. 1 a sekv. č. 2). Označená je predpokladaná signálna sekvencia, ale môže sa meniť o niekoľko polôh a závisí na bunkovom type.
gtggtacggg aattccattg tgttgggcag ccaacaaggg tggcagcctg gctctgaagt 60 ggaattatgt gcttcaaaca ggttgaaaga gggaaacagt cttttcctgc ttccagac 118
atg aat c ak gtc act att caa tgg gat gca gta ata gcc ctt tac ata 166
Met Asn Xaa Val Thr íle Gin Trp Asp Ala Val íle Ala Leu Tyr íle
-20 -15 -10
ctc ttc age tgg tgt cat gga gga att aca aat ata aac tgc tct ggc 214
Leu Phe Ser Trp Cys His Gly Gly íle Thr Asn íle Asn Cys Ser Gly
-5 -1 1 5
cac atc tgg gta gaa cca gcc aca att ttt aag atg ggt atg aat atc 262
His íle Trp Val Glu Pro Ala Thr íle Phe Lys Met Gly Met Asn íle
10 15 20 25
tct ata tat tgc caa gca gca att aag aac tgc caa cca agg aaa ctt 310
Ser íle Tyr Cys Gin Ala Ala Íle Lys Asn Cys Gin Pro Arg Lys Leu
30 35 40
cat ttt tat aaa aat ggc atc aaa gaa aga ttt caa atc aca agg att 358
His Phe Tyr Lys Asn Gly Ile Lys Glu Arg Phe Gin Ile Thr Arg Ile
45 50 55
aat aaa aca aca get cgg ctt tgg tat aaa aac ttt ctg gaa cca cat 406
Asn Lys Thr Thr Ala Arg Leu Trp Tyr Lys Asn Phe Leu Glu Pro His
60 65 70
get tet atg tac tgc act get gaa tgt CCC aaa cat ttt caa gag aca 454
Ala Ser Met Tyr Cys Thr Ala Glu Cys Pro Lys His Phe Gin Glu Thr
75 80 85
ctg ata tgt gga aaa gac att tet tet gga tat ccg cca gat att cct 502
Leu Ile Cys Gly Lys Asp Ile Ser Ser Gly Tyr Pro Pro Asp Ile Pro
90 95 100 105
gat gaa gta acc tgt gtc att tat gaa tat tca ggc aac atg act tgc 550
Asp Glu Val Thr Cys Val Ile Tyr Glu Tyr Ser Gly Asn Met Thr Cys
110 115 120
acc tgg aat get rgg aag ctc acc tac ata gac aca aaa tac gtg gta 598
Thr Trp Asn Ala Xaa Lys Leu Thr Tyr Ile Asp Thr Lys Tyr Val Val
125 130 135
cat gtg aag agt tta gag aca gaa gaa gag caa cag tat ctc acc tca 646
His Val Lys Ser Leu Glu Thr Glu Glu Glu Gin Gin Tyr Leu Thr Ser
140 145 150
age tat att aac atc tcc act gat tca tta caa ggt ggc aag aag tac 694
Ser Tyr Ile Asn Ile Ser Thr Asp Ser Leu Gin Gly Gly Lys Lys Tyr
155 160 165
ttg gtt tgg gtc caa gca gca aac gca cta ggc atg gaa gag tca aaa 742
Leu Val Trp Val Gin Ala Ala Asn Ala Leu Gly Met Glu Glu Ser Lys
170 175 180 185
caa ctg caa att cac ctg gat gat ata gtg ata cct tet gca gcc gtc 790
Gin Leu Gin Ile His Leu Asp Asp Ile Val Ile Pro Ser Ala Ala Val
190 195 200
att tcc agg get gag act ata aat get aca gtg CCC aag acc ata att 838
Ile Ser Arg Ala Glu Thr Ile Asn Ala Thr Val Pro Lys Thr Ile Ile
205 210 215
tat tgg gat agt caa aca aca att gaa aag gtt tcc tgt gaa atg aga 886
Tyr Trp Asp Ser Gin Thr Thr Ile Glu Lys Val Ser Cys Glu Met Arg
220 225 230
tac aag get aca aca aac caa act tgg aat gtt aaa gaa ttt gac acc 934
Tyr Lys Ala Thr Thr Asn Gin Thr Trp Asn Val Lys Glu Phe Asp Thr
235 240 245
aat ttt aca tat gtg caa cag tca gaa ttc tac ttg gag cca aac att 982
Asn Phe Thr Tyr Val Gin Gin Ser Glu Phe Tyr Leu Glu Pro Asn íle
250 255 260 265
aag tac gta ttt caa gtg aga tgt caa gaa aca ggc aaa agg tac tgg 1030
Lys Tyr Val Phe Gin Val Arg Cys Gin Glu Thr Gly Lys Arg Tyr !TrP
270 275 280
cag cct tgg agt tca ccg ttt ttt cat aaa aca cct gaa aca gtt CCC 1078
Gin Pro Trp Ser Ser Pro Phe Phe His Lys Thr Pro Glu Thr Val Pro
285 290 295
cag gtc aca tca aaa gca ttc caa cat gac aca tgg aat tet ggg cta 1126
Gin Val Thr Ser Lys Ala Phe Gin His Asp Thr Trp Asn Ser Gly Leu
300 305 310
aca gtt get tcc atc tet aca ggg cac ctt act tet gac aac aga gga 1174
Thr Val Ala Ser íle Ser Thr Gly His Leu Thr Ser Asp Asn Arg Gly
315 320 325
gac att gga ctt tta ttg gga atg atc gtc ttt get gtt atg ttg tca 1222
Asp íle Gly Leu Leu Leu Gly Met íle Val Phe Ala Val Met Leu Ser
330 335 340 345
att ctt tet ttg att ggg ata ttt aac aga tca ttc ega act ggg att 1270
He Leu Ser Leu íle Gly íle Phe Asn Arg Ser Phe Arg Thr Gly íle
350 355 360
aaa aga agg atc tta ttg tta ata cca aag tgg ctt tat gaa gat att 1318
Lys Arg Arg íle Leu Leu Leu íle Pro Lys Trp Leu Tyr Glu Asp íle
365 370 375
cct aat atg aaa aac age aat gtt gtg aaa atg cta cag gaa aat agt 1366
Pro Asn Met Lys Asn Ser Asn Val Val Lys Met Leu Gin Glu Asn Ser
380 385 390
gaa ctt atg aat aat aat tcc agt gag cag gtc cta tat gtt gat ccc 1414
Glu Leu Met Asn Asn Asn Ser Ser Glu Gin Val Leu Tyr Val Asp Pro
395 400 405
atg att aca gag ata aaa gaa atc ttc atc cca gaa cac aag cct aca 1462
Met íle Thr Glu íle Lys Glu íle Phe íle Pro Glu His Lys Pro Thr
410 415 420 425
gac tac aag aag gag aat aca gga ccc ctg gag aca aga gac tac ccg 1510
Asp Tyr Lys Lys Glu Asn Thr Gly Pro Leu Glu Thr Arg Asp Tyr Pro
430 435 440
caa aac tcg cta ttc gac aat act aca gtt gta tat att cct gat ctc 1558
Gin Asn Ser Leu Phe Asp Asn Thr Thr Val Val Tyr íle Pro Asp Leu
445
450
455
aac act gga tat aaa CCC caa att tca aat ttt ctg cct gag gga agc 1606
Asn Thr Gly Tyr Lys Pro Gin íle Ser Asn Phe Leu Pro Glu Gly Ser
460 465 470
cat ctc agc aat aat aat gaa att act tcc tta aca ctt aaa cca cca 1654
His Leu Ser Asn Asn Asn Glu íle Thr Ser Leu Thr Leu Lys Pro Pro
475 480 485
gtt gat tcc tta gac tca gga aat aat CCC agg tta caa aag cat cct 1702
Val Asp Ser Leu Asp Ser Gly Asn Asn Pro Arg Leu Gin Lys His Pro
490 495 500 505
aat ttt get ttt tet gtt tca agt gtg aat tca cta agc aac aca ata 1750
Asn Phe Ala Phe Ser Val Ser Ser Val Asn Ser Leu Ser Asn Thr íle
510 515 520
ttt ctt gga gaa tta agc ctc ata tta aat caa gga gaa tgc agt tet 1798
Phe Leu Gly Glu Leu Ser Leu íle Leu Asn Gin Gly Glu Cys Ser Ser
525 530 535
cct gac ata caa aac tca gta gag gag gaa acc acc atg ctt ttg gaa 1846
Pro Asp íle Gin Asn Ser Val Glu Glu Glu Thr Thr Met Leu Leu Glu
540 545 550
aat gat tca CCC agt gaa act att cca gaa cag acc ctg ctt cct gat 1894
Asn Asp Ser Pro Ser Glu Thr íle Pro Glu Gin Thr Leu Leu Pro Asp
555 560 565
gaa ttt gtc tcc tgt ttg ggg atc gtg aat gag gag ttg cca tet att 1942
Glu Phe Val Ser Cys Leu Gly íle Val Asn Glu Glu Leu Pro Ser íle
570 575 580 585
aat act tat ttt cca caa aat att ttg gaa agc cac ttc aat agg att 1990
Asn Thr Tyr Phe Pro Gin Asn íle Leu Glu Ser His Phe Asn Arg íle
590 595 600 tca ctc ttg gaa aag tagagctgtg tggtcaaaat caatatgaga aagctgcctt 2045
Ser Leu Leu Glu Lys
605 gcaatctgaa cttgggtttt ccctgcaata gaaattgaat tctgcctctt tttgaaaaaa 2105 atgtattcac atacaaatct tcacatggac acatgttttc atttcccttg gataaatacc 2165 taggtagggg attgctgggc catatgataa gcatatgttt cagttctacc aatcttgttt 2225 ccagagtagt gacatttctg tgctcctacc atcaccatgt aagaattccc gggagctcca 2285 tgccttttta attttagcca ttcttctgcc tmatttctta aaattagaga attaaggtcc 2345 cgaaggtgga acatgcttca tggtcacaca tacaggcaca aaaacagcat tatgtggacg 2405 cctcatgtat tttttataga gtcaactatt tcctctttat tttccctcat tgaaagatgc 2465 aaaacagctc tctattgtgt acagaaaggg taaataatgc aaaatacctg gtagtaaaat 2525 aaatgctgaa aattttcctt taaaatagaa tcattaggcc aggcgtggtg gctcatgctt 2585
-14gtaatcccag cactttggta ggctgaggtr ggtggatcac ctgaggtcag gagttcgagt 2645 ccagcctggc caatatgctg aaaccctgtc tctactaaaa ttacaaaaat tagccggcca 2705 tggtggcagg tgcttgtaat cccagctact tgggaggctg aggcaggaga atcacttgaa 2765 ccaggaaggc agaggttgca ctgagctgag attgtgccac tgcactccag cctgggcaac 2825 aagagcaaaa ctctgtctgg aaaaaaaaaa aaaa 2859
MN(O/H)VTIOWDAVIALYILFSWCHGGITNINCSGHIWVEPATIFKMGMNISIYCQAAIKNCQPRKLHF YKNGIKERFQITRINKTTARLWYKNFLEPHASMYCTAECPKHFQETLICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIY EYSGNMTCTWNA(G/R)KLTYIDTKYWHVKSLETEEEQQYLTSSYINISTDSLQGGKKYLVWVQAANAL GMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVISRAETINATVPKTIIYWDSQTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFDT NFTYVQQSEFYLEPNIKYVFQVRCQETGKRYWQPWSSPFFHKTPETVPQVTSKAFQHDTWNSGLTVASIS TGHLTSDNRGDIGLLLGMIVFAVMLSILSr.IGIFNRSFRTGIKRRILLLIPKWLYEDIPNMKNSNWKML QENSELMNNNSSEQVLYVDPMITEIKEIFIPEHKPTDYKKENTGPLETRDYPQNSLFDNTTWYIPDLNT GYKPQISNFLPEGSHLSNNNEITSLTLKPPVDSLDSGNNPRLQKHPNFAFSVSSVNSLSNTIFLGELSLI lnqgecsspdiqnsveeettmllendspsetipeqtllpdefvsclgivneelpsintyfpqnileshfn
RISLLEK
Tabuľka 2
Reverzná translácia primátovej, napr. ľudskej, DCRS5 (sekv. č. 3):
ATGAAYCAYGTNACNATHCARTGGGAYGCNGTNATHGCNYTNTAYATHYTNTTYWSNTGGTGYCAYGGNGGNAT
HACNAAYATHAAYTGYWSNGGNCAYATHTGGGTNGARCCNGCNACNATHTTYAARATGGGNATGAAYATHWSNA
THTAYTGYCARGCNGCNATHAARAAYTGYCARCCNMGNAARYTNCAYTTYTAYAARAAYGGNATHAARGARMGN
TTYCARATHACNMGNATHAAYAARACNACNGCNMGNYTNTGGTAYAARAAYTTYYTNGARCCNCAYGCNWSNAT
GTAYTGYACNGCNGARTGYCCNAARCAYTTYCARGARACNYTNATHTGYGGNAARGAYATHWSNWSNGGNTAYC
CNCCNGAYATHCCNGAYGARGTNACNTGYGTNATHTAYGARTAYWSNGGNAAYATGACNTGYACNTGGAAYGCN
MGNAARYTNACNTAYATHGAYACNAARTAYGTNGTNCAYGTNAARWSNYTNGARACNGARGARGARCARCARTA
YYTNACNWSNWSNTAYATHAAYATHWSNACNGAYWSNYTNCARGGNGGNAARAARTAYYTNGTNTGGGTNCARG
CNGCNAAYGCNYTNGGNATGGARGARWSNAARCARYTNCARATHCAYYTNGAYGAYATHGTNATHCCNWSNGCN
GCNGTNATHWSNMGNGCNGARACNATHAAYGCNACNGTNCCNAARACNATHATHTAYTGGGAYWSNCARACNAC
NATHGARAARGTNWSNTGYGARATGMGNTAYAARGCNACNACNAAYCARACNTGGAAYGTNAARGARTTYGAYA
CNAAYTTYACNTAYGTNCARCARWSNGARTTYTAYYTNGARCCNAAYATHAARTAYGTNTTYCARGTNMGNTGY
CARGARACNGGNAARMGNTAYTGGCARCCNTGGWSNWSNCCNTTYTTYCAYAARACNCCNGARACNGTNCCNCA
RGTNACNWSNAARGCNTTYCARCAYGAYACNTGGAAYWSNGGNYTNACNGTNGCNWSNATHWSNACNGGNCAYY
TNACNWSNGAYAAYMGNGGNGAYATHGGNYTNYTNYTNGGNATGATHGTNTTYGCNGTNATGYTNWSNATHYTN
WSNYTNATHGGNATHTTYAAYMGNWSNTTYMGNACNGGNATHAARMGNMGNATHYTNYTNYTNATHCCNAARTG
GYTNTAYGARGAYATHCCNAAYATGAARAAYWSNAAYGTNGTNAARATGYTNCARGARAAYWSNGARYTNATGA
AYAAYAAYWSNWSNGARCARGTNYTNTAYGTNGAYCCNATGATHACNGARATHAARGARATHTTYATHCCNGAR
-15CAYAARCCNACNGAYTAYAARAARGARAAYACNGGNCCNYTNGARACNMGNGAYTAYCCNCARAAYWSNYTNTT ygayaayacnacngtngtntayathccngayytnaayacnggntayaarccncarathwsnaayttyytnccnG
ARGGNWSNCAYYTNWSNAAYAAYAAYGARATHACNWSNYTNACNYTNAARCCNCCNGTNGAYWSNYTNGAYWSN
GGNAAYAAYCCNMGNYTNCARAARCAYCCNAAYTTYGCNTTYWSNGTNWSNWSNGTNAAYWSNYTNWSNAAYAC
NATHTTYYTNGGNGARYTNWSNYTNATHYTNAAYCARGGNGARTGYWSNWSNCCNGAYATHCARAAYWSNGTNG
ARGARGARACNACNATGYTNYTNGARAAYGAYWSNCCNWSNGARACNATHCCNGARCARACNYTNYTNCCNGAY
GARTTYGTNWSNTGYYTNGGNATHGTNAAYGARGARYTNCCNWSNATHAAYACNTAYTTYCCNCARAAYATHYT
NGARWSNCAYTTYAAYMGNATHWSNYTNYTNGARAAR
Tabuľka 3
Porovnanie rôznych cytokínových receptorových podjednotiek. Ľudský IL-6 receptorový proteín gp130 je sekv. č. 4 (GenBank M57230); ľudská IL-12 receptorová beta2 podjednotka je sekv. č. 5 (GenBank U64198).
huIL-12R 2 1 MAHTFRGCSLAFMFIITWLLIKAKIDACKRGDVTVKPSHVILLGSTVN 48
hugpl30 1 MLTLQTWWQALFIFLTTESTGELLDPCG---YISPESPWQLHSNFT 45
huDCRS5 1MNHVTIQWDAVIALYILFSWCHGGITNINCS-GHIWVEPATIFKMGMNIS * . * «... 49
huIL-12R 2 49 ITCSLKPRQGCFHYSRRNKLILYKFDRRINFHHGHSLNSQVTGLPLG--- 95
hugpl30 46 AVCVLKEKCMDYFHVNANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIA 95
huDCRS5 50 IYCQAAIKN- - CQP---RKLHFYKNGIKER - FQITRINKTTARLWYKNFL 93
huIL-12R 2 96 --TTLFVCKLACINSD-EIQICGAEIFVGVAPEQPQNLSCIQKGEQGTVA 142
hugpl30 96 SLNIQLTCNILTFGQL-EQNVYGITIISGLPPEKPKNLSCIVN-EGKKMR 143
huDCRS5 94 EPHASMYCTAECPKHFQETLICGKDISSGYPPDIPDEVTCVIYEYSGNMT * · *.****.*..*. 143
huIL-12R 2 143 CTWERGRDTHLYTEYTLQLSGPKNLTWQKQCKDIYCDYLDFGINLTPESP 192
hugpl30 144 CEWDGGRETHLETNFTLKS- -EWATHKFADCKAKRDTPTSCTVDYS-TVY 190
huDCRS5 144 CTWNARKLTYIDTKYWHVKSIiETEEEQQYLTSSYINISTDSLQGG---- **.*.*... 189
huIL-12R 2 193 ESNFTAKVTAVNSLGSSSSLPSTFTFLDIVRPLPPWDIRIKFQKASVSRC 242
hugpl30 191 FVNIEVWVEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVINSEELSSIL 240
huDCRS5 190 -KKYLVWVQAANALGMEESKQLQIHLDDIVIPSAAVISRAETINATVPKT * * * 238
huIL-12R 2 243 TLYWRD EGLVLLNRLRYRP SNSRLWNMVN VTKAKGRHDLLDLK 285
hugpl30 241 KLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQDLK 290
huDCRS5 239 IIYWDS--QTTIEKVSCEMRYKATTNQTWNVKEFD-TNFTYVQQSEFYLE . * . . . *. * . * 285
huIL-12R 2 286 PFTEYEFQISSKLHLYKGSWSDWSESLRAQTPEEEPTGMLDVWYMKRHID 335
hugpl30 291 PFTEYVFRIRCMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPSKAPSFWYKIDPSH 340
huDCRS5 286 PNIKYVFQVRCQ-ETGKRYWQPWS SPFFHKTPETVP.............. 320
**
huIL-12R 2 336 YS-RQQISLFWKNLSVSEARGKILHYQVTLQELTGGKAMTQNITGHTS WT 384
hugpl30 341 TQGYRTVQLVWKTLPPFEANGKILDYEVT---LTRWKSHLQNYTVNATKL 387
huDCRS5 321 .....QVTSKAFQHDTWNSGLTVASISTG......HLTSDN--RGDIGLL 357
huIL-12R 2 385 TVIPRTGNWAVAVSAANSKGSSLPTRINIMNLCEAGLLAPRQVSANSEGM 434
hugpl30 388 TVNLTNDRYLATLTVRNLVGKSDAAVLTIP-ACDFQATHPVMDLKAFPKD 436
huDCRS5 358 LGMIVFAVMLSILSLIGIFNRSFRTGIKRR.................... . . . . * · . 387
huIL-12R 2 435 DNILVTWQPPRKDPSAVQEYWEWRELHPG-GDTQVPLNWLRSRPYNVSA 483
hugpl30 437 NMLWVEWTTPRE---SVKKYILEWCVLS---DKAPCITDWQQEDGTVHRT 480
huDCRS5 388 ................ILLLIPKWLYEDIPNMKNSNWKMLQEN----SE • · * 417
huIL-12R 2 484 LISENIKSYICYEIRVYALSGDQ-GGCSSILGNSKHKAPLSGPHINAITE 532
hugpl30 481 YLRGNLAESKCYLITVTPVYADGPGSPESIKAYLKQAPPSKGPTVRTKKV 530
huDCRS5 418 LMNNNSSE........QVLYVDP.....MITEIKEIFIPEHKPTDYKKE- * . * * * * 453
huIL-12R 2 533 EKGSILISWNSIPVQEQMGCLLHYRIYWKERDSNSQPQLCEIPYRVSQNS 582
hugpl30 531 GKNEAVLEWDQLPVDVQNGFIRNYTIFYRT11 GN----ETAVNVDSSHTE 576
huDCRS5 454 - -NTGPLETRDYP---QNSLFDNTTWYIPDLNTG......YKPQISN- - . . * * - . . . * 490
huIL-12R 2 583 HPINSLQPRVTYVLWMTALTAAGES SHGNEREFCLQGKAN-WMAFVAPSI 631
hugpl30 577 YTLSSLTSDTLYMVRMAAYTDEG-GKDGPEFTFTTPKFAQGEIEAIWPV 625
huDCRS5 491 ..................FLPEG........................... * 495
huIL-12R 2 632 CIAIIMVGIFSTHYFQQKVFVLLAALRP...........QWCSREIPDPA 670
hugpl30 626 CLAFLLTTLLGVLFCFNKRDLIKKHIWPNVPDPSKSHIAQWSPHTPPRHN 675
huDCRS5 496 ...........SHLSNNN-EITSLTLKP..............PVDSLDSG . · . * 519
huIL-12R 2 671 NSTCAKKYPIAEEKTQLPLDRLLID-WPTPEDPEPLVIS--EVLHQVTPV 717
hugpl30 676 FNSKDQMYSDGNFTDVSWEIEANDKKPFPEDLKSLDLFKKEKINTEGHS 725
huDCRS5 520 NNPRLQKHPN-FAFSVSSVNSLSNT.............I---FLGELSLI 552
huIL-12R 2 718 FRHPPCSNWPQREKGIQGHQASEKDMMHSASSPPPPRALQAESRQLVDLY 767
hugpl30 726 SGIGGSSCMSSSRPSISSSDENESSQNTSSTVQYSTWHSGYRHQVPSVQ 775
huDCRS5 553 LNQGECS---S--PDIQNSVEEETTMLLENDSP................. . * * * 580
huIL-12R 2 768 KVLESRGSDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSN---IDDLPSHEAP 814
hugpl30 776 VFSRSESTQPLLDSEERPEDLQLVDHVDGGDGILPRQQYFKQNCSQHESS 825
huDCRS5 581 --SETIPEQTLLPDEFVSCLGIVNEELPSINTYFPQN---ILESHFNR-- • . * · · 623
huIL-12R 2 815 LADSLEELEPQHISLS.....VFPSSSLHPLTFSCG.............. 845
hugpl30 826 PDISHFERSKQVSSVNEEDFVRLKQQISDHISQSCGSGQMKMFQEVSAAD 875
huDCRS5 624 --ISLLEK * * 629
huIL-12R 2 846 ----------DKLTLDQLKMRCDSLML 862
hugpl30 huDCRS5 876 630 AFGPGTEGQVERFETVGMEAATDEGMPKSYLPQTVRQGGYMPQ 918 629
- 17Najbližšími príbuznými extracelulárnej domény IL-30R sú IL-6 signálny prenášač gp130 a IL-12Rp2. O niečo menej blízkymi príbuznými sú GCSF receptor, leptínový receptor, receptor leukemického inhibičného faktora a CNTF receptor. IL-30R je členom triedy I cytokínovej receptorovej superrodiny a je blízko príbuzný IL-6R/IL-12R rodiny.
Tabuľka 3 znázorňuje porovnanie dostupných sekvencií primátových receptorových podjednotiek s primátovou, napr. ľudskou DCRS5 (IL-30R). DCRS5 je podobná s IL-6 receptorovou podjednotkou gp130 (napr. IL-6R podjednotkou) a IL-12RP2 podjednotkou. DCRS5 vykazuje štrukturálne znaky beta podjednotky, ale skutočné poradie proteínových interakcií a signalizácia ostávajú nerozriešené.
Tak ako sa používa tu, opisuje výraz DCRS5 protein obsahujúci amino,kyselinovú sekvenciu uvedenú v tabuľke 1. V mnohých prípadoch bude funkčne alebo štrukturálne ekvivalentný jeho podstatný fragment, vrátane napr. ďalších extracelulárnych segmentov. Vynález zahŕňa aj proteínové odchýlky príslušnej DCRS5 alely, ktorej sekvencia je poskytnutá, napr. muteín alebo iný konštrukt. Typicky budú takéto varianty vykazovať menej ako približne 10% sekvenčné rozdiely oproti cieľovej oblasti, a teda budú často mať 1 až 11 substitúcií, napr. 2, 3, 5 a 7 substitúcií a iné. Zahrnuté sú aj alelické a iné varianty, napr. prirodzené polymorfizmy, opísaného proteínu. Typicky sa bude viazať na jeho zodpovedajúci biologický ligand, možno v dimenzovanom stave s alfa receptorovou podjednotkou, s vysokou afinitou, napr. s afinitou aspoň približne 100 nM, zvyčajne s lepšou afinitou ako približne 30 nM, výhodne lepšou ako približne 10 nM, a najvýhodnejšie s lepšou ako približne 3 nM. Tento výraz by tu mal byť používaný aj na označenie príbuzných prirodzene sa vyskytujúcich foriem, napr. aliel, polymorfných variantov a metabolických variantov cicavčieho proteínu. Výhodné formy receptorových komplexov sa budú viazať na príslušný ligand s afinitou a selektivitiou, ktorá postačuje na interakciu ligand-receptor.
Tento vynález zahŕňa aj kombinácie proteínov alebo peptidov, ktoré majú zhodnú aminokyselinovú sekvenciu s aminokyselinovou sekvenciou uvedenou v tabuľke 1. Bude zahŕňať sekvenčné varianty s relatívne malým počtom substitúcií, napr. výhodne menej ako približne 3 až 5 substitúciami.
- 18Podstatný polypeptidový fragment alebo segment je sekvencia aminokyselinových zvyškov obsahujúca aspoň približne 8 aminokyselín, vo všeobecnosti aspoň 10 aminokyselín, všeobecnejšie aspoň 12 aminokyselín, často aspoň 14 aminokyselín, častejšie aspoň 16 aminokyselín, typicky aspoň 18 aminokyselín, typickejšie aspoň 20 aminokyselín, zvyčajne aspoň 22 aminokyselín, obvyklejšie aspoň 24 aminokyselín, výhodne aspoň 26 aminokyselín, výhodnejšie aspoň 28 aminokyselín a vo výnimočne výhodných uskutočneniach aspoň približne 30 alebo viac aminokyselín. Sekvencie segmentov rôznych proteínov sa môžu navzájom porovnávať v príslušnej dĺžke reťazcov. V mnohých situáciách môžu fragmenty vykazovať funkčné vlastnosti intaktných podjednotiek, napr. extracelulárna doména transmembránového receptora si môže zachovať ligand viažuce znaky a môže byť použitá na prípravu komplexu podobného rozpustnému receptoru.
Aminokyselinová sekvenčná homológia alebo sekvenčná zhoda sa stanovujú optimalizáciou zhôd zvyškov. Pri niektorých porovnaniach sa môžu, ak je to potrebné, zaviesť medzery. Pozri napr. Needleham, a ďalší, (1970) J. Mol. Biol. 48: 443-453; Sankoff, a ďalší, (1983) 1. kapitola v Time Warps, String Edits, and Macromolecules: The Theory and Practice of Sequence Comparison, AddisonWesley, Reading, MA; a softwarové balíky od IntelliGenetics, Mountain View, CA; a the University of Wisconsin Genetics Computer Group (GCG), Madison, WI; pričom každá z týchto publikácií je tu zahrnutá jej citáciou. To sa mení, keď sa za zhody považujú konzervatívne substitúcie. Konzervatívne substitúcie typicky zahŕňajú substitúcie v rámci nasledujúcich skupín: glycín, alanín; valín, izoleucín, leucín; kyselina asparágová, kyselina glutámová; asparagín, glutamín; serín, treonín; lyzín, arginín; a fenylalanín, tyrozín. Za homologické aminokyselinové sekvencie sa považujú tie sekvencie, ktoré zahŕňajú prirodzené alelické alebo medzidruhové odchýlky v cytokínovej sekvencií. Typické homologické proteíny alebo peptidy budú na 50 až 100 % homologické (ak môžu byť zavedené medzery), na 60 až 100 % homologické (ak môžu byť zahrnuté konzervatívne substitúcie) s aminokyselinovým sekvenčným segmentom podľa tabuľky 1. Miera homológie bude aspoň približne 70 %, vo všeobecnosti aspoň 76 %, všeobecnejšie aspoň 81 %, často aspoň 85 %, častejšie aspoň 88 %, typicky aspoň 90 %, typickejšie aspoň 92 %, zvyčajne aspoň 94 %, zvyčajnejšie aspoň 95 %, výhodne aspoň 96 % a výhodnejšie aspoň 97 % a
- 19vo výnimočne výhodných uskutočneniach aspoň 98 % alebo viac. Stupeň homológie sa bude meniť s dĺžkou porovnávaných segmentov. Homologické proteíny alebo peptidy, ako napríklad alelické varianty, budú zdieľať väčšinu biologických aktivít s uskutočneniami opísanými v tabuľke 1, najmä s vnútrobunkovou časťou.
Tak ako sa používa tu, výraz biologická aktivita sa používa na opis, bez obmedzenia, vplyvov na signalizáciu, zápalové reakcie, vrodenú imunitu a/alebo morfogenický vývoj prostredníctvom cytokínom podobných ligandov. Tieto receptory môžu napríklad sprostredkovávať fosfatázové alebo fosforylázové aktivity, ktoré je možné jednoducho merať štandardnými postupmi. Pozri napr. Hardie, a ďalší (vyd. 1995) The Protein Kinase FactBook zv. I a II, Academic Press, San Diego, CA; Hanks, a ďalší (1991) Meth. Enzymol. 200: 38-62; Hunter, a ďalší (1992) Celí 70: 375-388; Lewin (1990) Celí 61: 743-752; Pines, a ďalší (1991) Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 56: 449-463; a Parker, a ďalší (1993) Náture 363: 736-738. Receptory alebo ich časti môžu byť užitočné ako fosfátové značiace enzýmy na značenie všeobecných alebo špecifických substrátov. Podjednotky môžu byť aj funkčnými imunogénmi na vyvolanie rozoznávajúcich protilátok alebo antigénmi schopnými viazať protilátky.
Výrazy ligand, agonista, antagonista a analóg, napr. DCRS5, sa týkajú interakcií ligand-receptor, napr. toho či je receptorom prirodzený receptor alebo protilátka. Bunkové odpovede sú pravdepodobne typicky sprostredkované receptorovými tyrozín kinázovými dráhami.
Ligandom je aj molekula, ktorá slúži buď ako prirodzený ligand, na ktorý sa viaže uvedený receptor alebo jeho analóg, alebo ako molekula, ktorá je funkčným analógom prirodzeného ligandu. Funkčným analógom môže byť ligand so štrukturálnymi modifikáciami, alebo to môže byť úplne nepríbuzná molekula, ktorá má molekulový tvar interagujúci s príslušnými ligandovými väzobnými determinantami. Ligandy môžu slúžiť ako agonisty alebo antagonisty, pozri napr. Goodman, a ďalší (vyd. 1990) Goodman & Gilman's: The Pharmacological Bases of Therapeutics, Pergamon Press, New York.
Racionálny dizajn liečiva môže byť založený aj na štrukturálnych štúdiách molekulových tvarov receptora alebo protilátky a iných efektorov alebo ligandov.
-20Pozri napr. Herz, a ďalší (1997) J. Recept. Signál Transduct. Res. 17: 671-776; a Chaiken, a ďalší (1996) Trends Biotechnol. 14: 369-375. Efektormi môžu byť iné proteíny, ktoré sprostredkúvajú iné funkcie ako odpoveď na viazanie ligandu, alebo iné proteíny, ktoré normálne interagujú s receptorom. Jedným prostriedkom na stanovenie toho, ktoré miesta interagujú so špecifickými inými proteínmi, je fyzikálna štrukturálna determinácia, napr. rôntgenová kryštalografia alebo dvojrozmerné NMR techniky. Tieto poskytnú návod na to, ktoré aminokyselinové zvyšky tvoria molekulové kontaktné oblasti. Podrobný opis proteínovej štrukturálnej determinácie pozri napr. Blundell a Johnson (1976) Protein Crystallography, Academic Press, New York, ktorá je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie.
II. Aktivity
Proteíny podobné cytokínovému receptoru budú mať množstvo rozličných biologických aktivít, napr. vnútrobunkovú signalizáciu, napr. prostredníctvom STAT4, modulovanie bunkovej proliferácie alebo vo fosfátovom metabolizme, pričom sa budú pridávať alebo odstraňovať zo špecifických substrátov, typicky proteínov. To bude vo všeobecnosti viesť k modulácii zápalovej funkcie, inej vrodenej imunitnej odpovede, alebo modulácii morfologického účinku. Podjednotka sa pravdepodobne bude viazať na ligand s nízkou špecifickou afinitou.
DCRS5 má charakteristické motívy receptorovej signalizácie prostredníctvom JAK dráhy. Pozri napr. Ihle, a ďalší (1997) Stem Cells 15 (dod. 1): 105-111; Silvennoinen, a ďalší (1997) APMIS 105: 497-509; Levy (1997) Cytokine Growth Factor Review 8: 81-90; Winston a Hunter (1996) Current Biol. 6: 668-671; Barrett (1996) Baillieres Clin. Gastroenterol. 10: 115; a Briscoe, a ďalší (1996) Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 351: 167-171. Zaujímavé sú najmä vyššie opísané SH2 viažuce motívy.
Biologické aktivity cytokínových receptorových podjednotiek sa budú týkať pridávania alebo odstraňovania fosfatázových skupín ku substrátom, typicky špecifickým spôsobom, ale príležitostne nešpecifickým spôsobom. Substráty môžu byť identifikované štandardnými spôsobmi a aj podmienky enzymatickej aktivity môžu byť testované štandardnými spôsobmi, napr. ako je opísané v Hardie, a ďalší (vyd. 1995) The Protein Kinase FactBook zv. I a II, Academic Press, San Diego, CA;
-21 Hanks, a ďalší (1991) Meth. Enzymol. 200: 38-62; Hunter, a ďalší (1992) Celí 70:
375-388; Lewin (1990) Celí 61: 743-752; Pines, a ďalší. (1991) Cold Spring Harbor
Symp. Quant. Biol. 56: 449-463; a Parker, a ďalší (1993) Náture 363: 736-738.
Receptorové podjednotky sa môžu kombinovať, aby sa vytvorili funkčné komplexy, napr. komplexy, ktoré môžu byť užitočné na viazanie ligándu alebo prípravu protilátok. Tieto komplexy budú mať veľké diagnostické využitie vrátane detekcie alebo kvantifikácie. Funkčné spojenie receptora s p40/IL-B30 ligandom poskytuje dôležitý prehľad o klinických indikáciách, na ktoré bude receptor užitočný. Takže antagonisty a agonisty budú mať predpokladateľné funkčné účinky.
III. Nukleové kyseliny
Tento vynález sa týka použitia izolovanej nukleovej kyseliny, alebo fragmentov, ktoré, kódujú napríklad tieto alebo blízko príbuzné proteíny, alebo ich fragmenty, ktoré napr. kódujú zodpovedajúci polypeptid, výhodne polypeptid, ktorý je biologicky aktívny. Okrem toho tento vynález zahŕňa izolované alebo rekombinantné DNAs, ktoré kódujú kombinácie takýchto proteínov alebo polypeptidov majúcich charakteristické sekvencie, napr. DCRS5s samostatne alebo v kombinácii s inými, ako napríklad s IL-12Rpi (pozri Showe, a ďalší (1996)) Ann. N. Y. Acad. Sci. 795: 413-425; Gately, a ďalší (1998) Ann. Rev. Immunol. 16: 495521; GenBankU03187, NM005535) podjednotkou. Typicky je nukleová kyselina schopná hybridizovať, v príslušných podmienkach, s nukleokyselinovým sekvenčným segmentom uvedeným v tabuľke 1, ale výhodne nie so zodpovedajúcim segmentom iných receptorov opísaných v tabuľke 3. Uvedeným biologicky aktívnym proteínom alebo polypeptidom môže byť proteín s úplnou dĺžkou, alebo fragment, a bude typicky obsahovať segment aminokyselinovej sekvencie, ktorá je vysoko homologická, napr. má významný podiel rovnakých sekvencií, so sekvenciou uvedenou v tabuľke 1. Okrem toho tento vynález zahŕňa použitie izolovanej alebo rekombinantnej nukleovej kyseliny, alebo jej fragmentov, ktoré kódujú proteíny obsahujúce fragmenty, ktoré sú ekvivalentné s DCRS5 proteínmi, napr. vnútrobunkovými časťami. Izolované nukleové kyseliny môžu byť príslušné regulačné sekvencie na 5' a 3' ohraničeniach, napr. promótory, zosiľňovače, signály na pridávanie poly-A, a iné regulačné sekvencie z
-22prirodzeného génu. Poskytnuté sú aj kombinácie, ako je uvedené vyššie, napr.
kombinácia DCRS5 s IL-12RP1, alebo s ich extracelulárnymi časťami viažucimi ligand, ako ligandovými antagonistami. Aj diagnostické využitia napr. polymorfných alebo iných variantov sú zrejmým spôsobom dôležité.
Izolovanou nukleovou kyselinou je napr. RNA, DNA alebo zmiešaný polymér, ktorý je v podstate čistý, napr. oddelený od iných komponentov, ktoré prirodzene sprevádzajú natívnu sekvenciu, ako napríklad ribozómov, polymeráz a ohraničujúcich genomických sekvencií z pôvodných druhov. Výraz zahŕňa nukleokyselinovú sekvenciu, ktorá môže byť vyňatá z prirodzene sa vyskytujúceho prostredia a zahŕňa rekombinantné alebo klonované DNA izoláty, ktoré sa tým líšia od prirodzene sa vyskytujúcich kompozícií a chemicky syntetizovaných analógov alebo analógov biologicky syntetizovaných heterológnymi systémami. V podstate čistá molekula zahŕňa izolované formy molekuly, buď úplne, alebo v podstate čisté.
Izolovanou nukleovou kyselinou bude vo všeobecnosti homogénna kompozícia molekúl, ale, v niektorých uskutočneniach, bude obsahovať heterogenitu, výhodne minoritnú. Táto heterogenita sa typicky vyskytuje na koncoch polymérov alebo v častiach, ktoré nie sú kritické pre požadovanú biologickú funkciu alebo aktivitu.
Rekombinantná nukleová kyselina je typicky definovaná buď spôsobom jej výroby, alebo jej štruktúrou. Čo sa týka spôsobu jej výroby, napr. produktu vyrobeného určitým spôsobom, využíva sa proces rekombinantných nukleokyselinových techník, napr. techník zahŕňajúcich zásah človeka do nukleotidovej sekvencie. Typicky tento zásah zahŕňa in vitro manipuláciu, hoci za určitých okolností môže zahŕňať klasickejšie techniky kríženia zvierat. Alternatívne to môže byť nukleová kyselina vyrobená generovaním sekvencie obsahujúcej fúziu dvoch fragmentov, ktoré sa prirodzene nevyskytujú kontinuálne za sebou, ale sú považované za výlučné produkty prírody, napr. prirodzene sa vyskytujúce mutanty ako sa nachádzajú v ich prirodzenom stave. Takže produktami môžu byť napr. bunky transformované s vektorom, ktorý sa prirodzene nevyskytuje, akým sú napríklad nukleové kyseliny obsahujúce sekvenciu odvodenú použitím akéhokoľvek syntetického oligonukleotidového procesu. Takýto proces sa často uskutočňuje za účelom nahradenia, napr. kodónu, iným kodónom kódujúcim rovnakú alebo
-23konzervatívnu aminokyselinu, pričom typicky sa zavádza alebo odstraňuje sekvenčné miesto rozoznávané reštrikčným enzýmom, alebo sa táto náhrada uskutočňuje kvôli štrukturálno-funkčnej analýze. Alternatívne sa proces uskutočňuje na spojenie nukleokyselinových segmentov s požadovanými funkciami, aby sa vygenerovala jediná genetická entita zahŕňajúca požadovanú kombináciu funkcií, ktorá sa nenachádza v bežne dostupných prirodzených formách, napr. kódujúca fúzovaný protein. Miesta rozoznávané reštrikčnými enzýmami sú často cieľom takýchto umelých manipulácií, ale prostredníctvom konštruovania môžu byť zahrnuté aj iné miestne špecifické ciele, napr. promótory, DNA replikačné miesta, regulačné sekvencie, riadiace sekvencie alebo iné užitočné znaky. Podobný koncept je určený pre rekombinantný, tzn. fúzovaný, polypeptid. To bude zahŕňať dimérne opakovania alebo fúziu DCRS5 s IL-12Rpi podjednotkou. Konkrétne sú zahrnuté syntetické nukleové kyseliny, ktoré, v dôsledku degenerácie genetického kódu, kódujú ekvivalentné DCRS5 polypeptidy alebo fragmenty a fúzie sekvencií z rôznych rozličných príbuzných molekúl, napr. iných členov cytokínovej receptorovej rodiny.
V kontexte nukleovej kyseliny je fragmentom kontinuálny segment aspoň približne 17 nukleotidov, vo všeobecnosti aspoň 21 nukleotidov, všeobecnejšie aspoň 25 nukleotidov, obvykle aspoň 30 nukleotidov, obvyklejšie aspoň 35 nukleotidov, často aspoň 39 nukleotidov, častejšie aspoň 45 nukleotidov, typicky aspoň 50 nukleotidov, typickejšie aspoň 55 nukleotidov, zvyčajne aspoň 60 nukleotidov, zvyčajnejšie aspoň 66 nukleotidov, výhodne aspoň 72 nukleotidov, výhodnejšie aspoň 79 nukleotidov a vo výnimočne výhodných uskutočneniach to bude aspoň 85 alebo viac nukleotidov, vrátane 90, 100, 120, 140, 160, 180, 200 atď. Typicky sa môžu navzájom porovnávať fragmenty s rozličnými genetickými sekvenciami s príslušnou dĺžkou reťazcov, najmä definované segmenty, ako napríklad nižšie opísané domény.
Nukleové kyseliny, ktoré kódujú DCRS5, budú výnimočne užitočné na identifikáciu génov, mRNA a cDNA druhov, ktoré kódujú samotné alebo blízko príbuzné proteíny, ako aj DNAs, ktoré kódujú polymorfné, alelické alebo iné genetické varianty, napr. z rôznych jedincov alebo príbuzných druhov. Výhodnými sondami pre takéto skríningy sú tie oblasti receptora, ktoré sú konzervované v rámci
-24rozličných polymorfných variantov, alebo ktoré obsahujú nukleotidy, ktorým chýba špecificita, a výhodne budú mať kompletnú, alebo takmer kompletnú dĺžku. V iných situáciách budú užitočnejšie polymorfné variantové špecifické sekvencie. Diagnostikované môžu byť aj kombinácie polymorfných variantov DCRS5 s variantmi IL-12Rpi.
Tento vynález ďalej zahŕňa rekombinantné nukleokyselinové molekuly a fragmenty s nukleokyselinovou sekvenciou, ktorá je rovnaká alebo vysoko homologická s tu uvedenou izolovanou DNA. Konkrétne, sekvencie budú často operatívne spojené s DNA segmentami, ktoré riadia transkripciu, transláciu a DNA replikáciu. Tieto ďalšie segmenty typicky pomáhajú pri expresii požadovaného nukleokyselinového segmentu.
Homologické alebo vysoko zhodné nukleokyselinové sekvencie, keď sa vzájomne porovnávajú, napr. DCRS5 sekvencie, vykazujú významnú podobnosť. Štandardy pre homológiu pri nukleových kyselinách sú buď mierami homológie všeobecne používanými v oblasti porovnávania sekvencií, alebo sú založené na hybridizačných podmienkach. Komparatívne hybridizačné podmienky sú podrobnejšie opísané nižšie.
Podstatná zhoda v kontexte porovnávania nukleokyselinových sekvencií znamená buď to, že segmenty alebo ich komplementárne vlákna, keď sa porovnávajú, sú identické, ked sa optimálne zoradia, s príslušnými nukletidovými inzerciami alebo deléciami, aspoň na približne 60 % nukleotidov, vo všeobecnosti aspoň na 66 %, obvykle aspoň na 71 %, často aspoň 76 %, častejšie aspoň 80 %, zvyčajne aspoň 84 %, zvyčajnejšie aspoň 88 %, typicky aspoň 91 %, typickejšie aspoň približne 93 %, výhodne aspoň približne 95 %, výhodnejšie aspoň približne 96 až 98 % alebo viac a vo výnimočne výhodných uskutočneniach približne 99 % alebo viac nukleotidov, vrátane, napr. segmentov kódujúcich štrukturálne domény alebo iné opísané segmenty. Alternatívne, podstatná zhoda bude existovať, keď budú segmenty hybridizovať v selektívnych hybridizačných podmienkach ku vláknu alebo jeho komplementu, typicky použitím sekvencie uvedenej v tabuľke 1. Typicky, selektívna hybridizácia nastane, keď je aspoň 55% homológia pri vlákne dlhom aspoň približne 14 nukleotidov, typickejšie aspoň približne 65%, výhodne aspoň približne 75% a výhodnejšie aspoň približne 90%. Pozri Kanehisa (1984) Nucl.
-25Acids Res. 12: 203-213, pričom táto publikácia je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie. Dĺžka homologického porovnávania, ako je opísaná, môže zahŕňať dlhšie reťazce a, v určitých uskutočneniach, sa bude týkať vlákna obsahujúceho aspoň približne 17 nukleotidov, vo všeobecnosti aspoň približne 20 nukleotidov, obvykle aspoň približne 24 nukleotidov, zvyčajne aspoň približne 28 nukleotidov, typicky aspoň približne 32 nukleotidov, typickejšie aspoň približne 40 nukleotidov, výhodne aspoň približne 50 nukleotidov a výhodnejšie aspoň približne 75 až 100 alebo viac nukleotidov. To zahŕňa napr. 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, atď. a iné dĺžky.
Prísnymi podmienkami, vo vzťahu k homológii v hybridizačnom kontexte, budú kombinované podmienky obsahu soli, teploty, organických rozpúšťadiel a iných parametrov, ktoré sa typicky kontrolujú v hybridizačných reakciách. Prísne teplotné podmienky budú zvyčajne zahŕňať teploty nad približne 30 °C, zvyčajnejšie nad približne 37 °C, typicky nad približne 45 °C, typickejšie nad približne 55 °C, výhodne nad približne 65 °C a výhodnejšie nad približne 70 °C. Prísne podmienky obsahu soli budú zvyčajne menej ako približne 500 mM, obvykle menej ako približne 400 mM, obvyklejšie menej ako približne 300 mM, typicky menej ako približne 200 mM, výhodne menej ako približne 100 mM a výhodnejšie menej ako približne 80 mM, aj nižšie ako približne 50 alebo 20 mM. Avšak kombinácia parametrov je oveľa dôležitejšia ako hodnota ktoréhokoľvek jednotlivého parametra. Pozri napr. Wetmur a Davidson (1968) J. Mol. Biol. 31: 349-370, pričom táto publikácia je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie.
Izolovanú DNA je možné jednoducho modifikovať nukleotidovými substitúciami, nukleotidovými deléciami, nukleotidovými inzerciami a inverziami nukleotidových reťazcov. Výsledkom týchto modifikácii sú nové DNA sekvencie, ktoré kódujú tento proteín alebo jeho deriváty. Tieto modifikované sekvencie môžu byť používané na výrobu mutantných proteínov (muteínov) alebo na zosilnenie expresie variantových druhov. Zosilnená expresia môže zahŕňať génovú amplifikáciu, zvýšenú transkripciu, zvýšenú transláciu a iné mechanizmy. Takáto mutantná DCRS5 sa podobá vyššie opísanej DCRS5, ale má aminokyselinovú sekvenciu, ktorá sa líši od sekvencie iných proteínov podobných cytokínovému receptoru, ako sa nachádzajú v prírode, či už deléciou, substitúciou alebo inzerciou.
-26Najmä výraz miestne Špecificky mutantná DCRS5 zahŕňa proteín, ktorý má v podstate rovnakú sekvenciu ako proteín uvedený v tabuľke 1, a typicky zdieľa väčšinu biologických aktivít alebo účinkov tu opísaných foriem. Identifikované budú aj rôzne prirodzené polymorfné variantné sekvencie.
Hoci sú miestne špecifické mutačné miesta predeterminované, mutanty nemusia byť miestne špecifické. Mutagenéza cicavčej DCRS5 sa môže dosiahnuť vytvorením aminokyselinových inzercií alebo delécií v géne, v spojení s expresiou. Aby sa získal konečný konštrukt, môžu sa generovať substitúcie, delécie, inzercie alebo mnohé kombinácie. Inzercie zahŕňajú amino- alebo karboxy- terminálne fúzie. Náhodná mutagenéza sa môže uskutočňovať v cieľovom kodóne a expresné cicavčie DCRS5 mutanty sa potom môžu skrínovať z hľadiska požadovanej aktivity, pričom sa predpokladá určitý aspekt vzťahu medzi štruktúrou a aktivitou. Metódy výroby substitučných mutácií vo vopred určených miestach v DNA so známou sekvenciou sú v oblasti dobre známe, napr. prostredníctvom M13 primerovej mutagenézy. Pozri aj Sambrook, a ďalší (1989) a Ausubel a ďalší (1987 a periodické dodatky). Výnimočne užitočnými konštruktmi budú extracelulárne časti DCRS5 asociované s IL-12Rpi segmentami.
Mutácie v DNA by normálne nemali posunúť kódujúce sekvencie mimo čítacích rámcov a výhodne netvoria komplementárne oblasti, ktoré by mohli hybridizovať a tak vytvárať sekundárnu mRNA štruktúru, ako napríklad slučky alebo vlásenky.
Fosforamidová metóda, opísaná v Beaucage a Carruthers (1981) Tetra. Letts. 22: 1859-1862, bude produkovať vhodné syntetické DNA fragmenty. Dvojvláknový fragment sa často bude získavať buď syntetizovaním komplementárneho vlákna a vzájomným anelovaním vlákien v príslušných podmienkach, alebo pridaním komplementárneho vlákna použitím DNA polymerázy s vhodnou primerovou sekvenciou.
Pri mutagenéze sa často aplikujú techniky polymerázovej reťazovej reakcie (PCR). Alternatívne sa sú obvykle používanými metódami na generovanie definovaných mutácii vo vopred určených miestach mutagenizačné priméry. Pozri napr. Innis, a ďalší (vyd. 1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and
-27Applications Academic Press, San Diego, CA; a Dieffenbach a Dveksler (1995;
eds.) PCR Primer: A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Press, CSH, NY.
Určité uskutočnenia vynálezu sa týkajú kombinácie prostriedkov, ktoré obsahujú opísané receptorové sekvencie. V iných uskutočneniach sa môžu spojiť funkčné časti sekvencií, aby kódovali fúzované proteíny. V iných formách môžu byť substituované varianty opísaných sekvencií.
IV. Proteíny, peptidy
Ako je opísané vyššie, predložený vynález zahŕňa primátovú DCRS5, napr. DCRS5, ktorej sekvencie sú uvedené v tabuľke 1 a opísané vyššie. Zahrnuté sú aj alelické a iné varianty, vrátane napr. fúzovaných proteínov kombinujúcich časti takýchto sekvencií s inými, vrátane napr. IL-12Rpi, epitopových príveskov a funkčných domén.
Predložený vynález poskytuje aj rekómbinantné proteíny, napr. heterológne fúzované proteíny použitím segmentov týchto primátových alebo hlodavčích proteínov. Heterológnym fúzovaným proteínom je fúzia proteínov alebo segmentov, ktoré prirodzene nie sú normálne fúzované rovnakým spôsobom. Takže fúzovaný produkt DCRS5 s iným cytokínovým receptorom je kontinuálnou proteínovou molekulou, ktorá má sekvencie fúzované v typickej peptidovej väzbe, typicky vyrobenou ako jeden translačný produkt a vykazujúcou vlastnosti akými sú napr. sekvencia alebo antigénnosť, odvodené od každého zdrojového peptidu. Podobný koncept sa aplikuje na heterológne nukleokyselinové sekvencie. Poskytnuté sú aj kombinácie rôznych určených proteínov.
Okrem toho môžu byť vyrobené nové konštrukty z kombinácie podobných funkčných alebo štrukturálnych domén z iných príbuzných proteínov, napr. cytokínových receptorov alebo zvončekovitých receptorov, vrátane druhových variantov. Napríklad, ligand viažuce alebo iné segmenty sa môžu vymieňať medzi rôznymi novými fúzovanými polypeptidmi alebo fragmentmi. Pozri napr. Cunningham, a ďalší (1989) Science 243: 1330-1336; a O'Dowd, a ďalší (1988) J. Biol. Chem. 263: 15985-15992, pričom obe publikácie sú tu zahrnuté prostredníctvom ich citácie. Takže výsledkom funkčného spojenia receptorviažucich špecificít budú nové chimérne polypeptidy vykazujúce nové kombinácie
-28špecificít. Napríklad, ligand viažuce domény z iných príbuzných receptorových molekúl sa môžu pridať alebo substituovať inými doménami tohto alebo príbuzných proteínov. Výsledný proteín bude mať často hybridnú funkciu a vlastnosti. Napríklad, fúzovaný proteín môže zahŕňať zameriavaciu doménu, ktorá môže slúžiť na poskytnutie sekvestrovania fúzovaného proteínu na konkrétnu subcelulárnu organelu.
Kandidátski fúzovací partneri a sekvencie sa môžu vybrať z rôznych sekvenčných databáz, napr. GenBank, clo IntelliGenetics, Mountain View, CA; a BCG, University of Wisconsin Biotechnology Computing Group, Madison, Wl, ktoré sú tu zahrnuté prostredníctvom ich citácie. Výnimočne výhodné sú najmä kombinácie polypeptidových sekvencii uvedených v tabuľkách 1 a 3. Variantové formy proteínov sa môžu substituovať v opísaných kombináciách.
Predložený vynález poskytuje najmä muteíny, ktoré viažu cytokínom podobné ligandy a/alebo ktoré sa podieľajú na prenose signálu. Štrukturálne porovnanie ľudskej DCRS5 s inými členmi cytokínovej receptorovej rodiny ukazuje konzervované znaky/zvyšky. Pozri tabuľku 3. Porovnanie ľudskej DCRS5 sekvencie s inými členmi cytokínovej receptorovej rodiny indikuje rôzne spoločne zdieľané štrukturálne a funkčné znaky. Pozri aj Bazan a ďalší (1996) Náture 379: 591; Lodi a ďalší (1994) Science 263: 1762-1766; Sayle a Milner-White (1995) TIBS 20: 374376; a Gronenberg a ďalší (1991) Protein Engineering 4: 263-269.
Výnimočne výhodné sú substitúcie buď s myšacími sekvenciami, alebo s ľudskými sekvenciami. Naopak, konzervatívne substitúcie mimo ligand viažucich interakčných oblastí budú pravdepodobne zachovávať väčšinu signalizačných aktivít; a konzervatívne substitúcie mimo vnútrobunkových domén budú pravdepodobne zachovávať väčšinu ligand viažucich vlastností.
Deriváty primátovej DCRS5 zahŕňajú aminokyselinové sekvenčné mutanty, glykozylačné varianty, metabolické deriváty a kovalentné alebo agregačné konjugáty s inými chemickými skupinami. Kovalentné deriváty sa môžu pripraviť pripojením funkčných skupín na skupiny, ktoré sa nachádzajú v DCRS5 aminokyselinových bočných reťazcoch alebo na N-konci, napr. prostriedkami, ktoré sú v oblasti dobre známe. Tieto deriváty môžu zahŕňať, bez obmedzenia, alifatické estery alebo amidy karboxylového konca alebo zvyškov obsahujúcich karboxylové
-29vedľajšie reťazce, O-acylové deriváty zvyškov obsahujúcich hydroxylovú skupinu a N-acylové deriváty amino-koncovej aminokyseliny alebo zvyškov obsahujúcich amino skupinu, napr. lyzínu alebo arginínu. Acylové skupiny sú vybrané zo skupiny alkylových skupín, vrátane C3 až C18 normálneho alkylu, čím sa vytvárajú alkanol aroylové druhy.
Zahrnuté sú najmä glykozylačné zmeny, napr. vyrobené modifikáciou glykozylačných vzorov polypeptidu v priebehu jeho syntézy a spracovania, alebo v ďalších procesných krokoch. Výnimočne výhodnými prostriedkom na uskutočňovanie týchto glykozylačných zmien je vystavenie polypeptidu glykozylačným enzýmom izolovaným z buniek, ktoré normálne poskytujú takéto spracovávanie, napr. cicavčím glykozylačným enzýmom. Do úvahy prichádzajú aj deglykozylačné enzýmy. Zahrnuté sú aj verzie rovnakej primárnej aminokyselinovej sekvencie, ktorá má iné minoritné modifikácie vrátane fosforylovaných aminokyselinových zvyškov, napr. fosfotyrozínu/fosfoserínu alebo fosfotreonínu.
Hlavnou skupinou derivátov sú kovalentné konjugáty receptorov alebo ich fragmentov s inými proteínmi alebo polypeptidmi. Tieto deriváty je možné syntetizovať v rekombinantnej kultúre, ako N-koncové fúzie alebo použitím činidiel známych v oblasti, ktoré sú užitočné na prepájanie proteínov prostredníctvom reaktívnych bočných skupín. Výhodnými derivatizačnými miestami s prepájacími činidlami sú voľné aminoskupiny, uhľovodíkové skupiny a cysteínové zvyšky.
Poskytnuté sú aj fúzované polypeptidy medzi receptormi a inými homologickými alebo heterologickými proteínmi. Homologickými polypeptidmi môžu byť fúzie medzi rozličnými receptormi, čoho výsledkom je napríklad hybridný protein vykazujúci väzobnú špecificitu pre viaceré rozličné cytokínové ligandy, alebo receptor, ktorý môže mať širšiu alebo slabšiu špecificitu substrátového účinku. Podobne sa môžu skonštruovať heterológne fúzie, ktoré by vykazovali kombináciu vlastností alebo aktivít derivovaných proteínov. Typickými príkladmi sú fúzie reporterového polypeptidu, napr. luciferázy, so segmentom alebo doménou receptora, napr. ligand-viažucim segmentom, takže sa môže jednoducho určiť prítomnosť alebo lokalizácia požadovaného ligandu. Pozri napr. Duli a ďalší US patent č. 4859609, ktorý tu je zahrnutý prostredníctvom jeho citácie. Iný génoví fúzovací partneri zahŕňajú glutatión-S-transferázu (GST), bakteriálnu β-galakto-30zidázu, trpE, proteín A, β-laktamázu, alfa amylázu, alkohol dehydrogenázu a kvasinkový alfa párovací faktor. Pozri napr. Godowski a ďalší (1988) Science 241:
812-816. Značené proteíny budú často substituované v opísaných kombináciách proteinov. Asociácie DCRS5 s IL-12Rpi sú výnimočne významné, ako je opísané.
Fosforamidovým spôsobom, opísaným v Beaucage a Carruthers (1981) Tetra, Letts. 22:1859-1862, sa budú produkovať vhodné syntetické DNA fragmenty. Dvojvláknový fragment sa bude často získavať buď syntetizovaním komplementárneho reťazca a anelovaním reťazcov v príslušných podmienkach, alebo pridaním komplementárneho reťazca použitím DNA polymerázy s príslušnou primerovou sekvenciou.
Takéto polypeptidy môžu mať aj aminokyselinové zvyšky, ktoré boli chemicky modifikované fosforyláciou, sulfonáciou, biotinyláciou alebo pridaním alebo odstránením iných skupín, najmä skupín, ktoré majú tvar podobný s fosfátovými skupinami. V niektorých uskutočneniach budú modifikácie užitočnými značkovacími činidlami alebo budú slúžiť ako purifikačné ciele, napr. afinitné ligandy.
Fúzované proteíny budú typicky vyrábané buď rekombinantnými nukleokyselinovými metódami, alebo syntetickými polypeptidovými metódami. Techniky na manipuláciu nukleových kyselín a expresiu sú vo všeobecnosti opísané napríklad v Sambrook a ďalší (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2. vyd.), zv. 13, Cold Spring Harbor Laboratory, a Ausubel a ďalší (vyd. 1987 a periodické dodatky) Current Protocols in Molecular Biology, Greene/Wiley, New York, ktoré sú tu zahrnuté prostredníctvom ich citácie. Techniky na syntézu polypeptidov sú opísané napríklad v Merrifield (1963) J. Amer. Chem. Soc. 85: 21492156; Merrifield (1986) Science 232: 341-347; a Atherton a ďalší (1989) Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach, IRL Press, Oxford; pričom každá z týchto publikácií je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie. Pozri aj Dawson a ďalší (1994) Science 266: 776-779, kde sú uvedené spôsoby na výrobu väčších polypeptidov.
Tento vynález zahŕňa aj použitie derivátov DCRS5, ktorými nie sú len odchýlky v aminokyselinovej sekvencií alebo glykozylácii. Takéto deriváty môžu zahŕňať kovalentné alebo agregačné spojenie s chemickými skupinami. Tieto deriváty vo všeobecnosti spadajú do troch tried: (1) soli, (2) kovalentné modifikácie bočných reťazcov a terminálnych zvyškov a (3) adsorpčné komplexy, napr. s
-31 bunkovými membránami. Takéto kovalentné alebo agregačné deriváty sú užitočné ako imunogény, ako reakčné činidlá v imunologických testoch, alebo pri purifikačných metódach, ako napríklad pri afinitnej purifikácii receptora alebo inej viažucej molekuly, napr. protilátky. Cytokínový ligand môže byť napríklad imobilizovaný kovalentným naviazaním na tuhý podklad, ako napríklad kyanogen bromidom aktivovanú Sepharose, spôsobmi, ktoré sú v oblasti dobre známe, alebo adsorbovaním na polyolefínové povrchy, s alebo bez glutaraldehydovým krížovým naviazaním, na použitie v testoch alebo purifikácii cytokínového receptora, protilátok alebo iných podobných molekúl. Ligand môže byť značený aj s detegovateľnou skupinou, napr. rádioiodinačnou alebo chloramínovou T procedúrou, kovalentne naviazaný na zriedkavé zemské cheláty alebo konjugovaný s inou fluorescenčnou skupinou na použitie v diagnostických testoch.
Kombinácia, napr. obsahujúca DCRS5, podľa tohto vynálezu sa môže používať ako imunogén na produkciu antiséra alebo protilátok špecifických, napr. schopných rozlíšiť medzi inými členmi cytokínovej receptorovej rodiny, pre opísané kombinácie. Komplexy sa môžu použiť na skrínovanie monoklonálnych protilátok alebo antigén-viažucich fragmentov pripravených imunizáciou s rôznymi formami nečistých prípravkov obsahujúcich proteín. Konkrétne, výraz protilátky zahŕňa aj antigén viažuce fragmenty prirodzených protilátok, napr. Fab, Fab2, Fv, atď. Purifikovaná DCRS5 sa môže použiť aj ako reakčné činidlo na detekciu protilátok generovaných pri odpovedi na prítomnosť zvýšených hladín expresie alebo pri imunologických poruchách, ktoré vedú k produkcii protilátok proti endogénnemu receptoru. Okrem toho, DCRS5 fragmenty môžu slúžiť aj ako imunogény na produkciu protilátok podľa predloženého vynálezu, ako je opísané hneď nižšie. Napríklad, tento vynález zahŕňa protilátky, ktoré majú väzobnú afinitu voči, alebo boli vyvolané proti aminokyselinovým sekvenciám uvedeným v tabuľke 1, ich fragmentom alebo rôznym homologickým peptidom. Tento vynález zahŕňa najmä protilátky, ktoré majú väzobnú afinitu voči, alebo boli vyvolané proti špecifickým fragmentom, o ktorých sa predpokladá, alebo ktoré v skutočnosti sú, vystavené na vonkajšom proteínovom povrchu prirodzenej DCSR5. Užitočné budú aj komplexy kombinácií proteínov a môžu sa voči nim vyrobiť protilátkové prípravky.
-32V určitých iných uskutočneniach, rozpustné konštrukty, napr. extracelulárne ligand viažuce segmenty DCRS5 s IL-12Rpi, môžu byť viažucimi kompozíciami pre ligand a môžu byť užitočné buď ako ligandové antagonisty, alebo ako antigény na blokovanie ligandom sprostredkovanej signalizácie. Tak môžu byť užitočné buď na diagnostiku, napr. na histologické značenie ligandu, alebo terapeuticky, napr. ako antagonisty ligandu.
Blokovanie fyziologickej odpovede na receptorové ligandy môže byť výsledkom inhibície viazania ligandu na receptor, pravdepodobne prostredníctvom kompetitívnej inhibície. Takže in vitro testy podľa predloženého vynálezu budú často využívať protilátky alebo antigén viažuce segmenty týchto protilátok, rozpustné receptorové konštrukty alebo fragmenty pripojené na tuhé fázové substráty. Tieto testy umožnia aj diagnostickú determináciu buď účinkov mutácií a modifikácií v ligand viažucej oblasti, alebo iných mutácií a modifikácií, napr. tých, ktoré ovplyvňujú signalizáciu alebo enzymatickú funkciu.
Tento vynález zahŕňa aj použitie kompetitívnych liekových skríningových testov, napr. testov, pri ktorých neutralizačné protilátky proti receptorovým komplexom alebo fragmentom súťažia s testovanou zlúčeninou pri viazaní sa na ligand alebo inú protilátku. Týmto spôsobom sa neutralizačné protilátky alebo fragmenty môžu použiť na detegovanie prítomnosti polypeptidu, ktorý zdieľa jedno alebo viac viažucich miest pre receptor, a môžu byť použité aj na obsadenie väzobných miest na receptore, kde by sa inak mohol viazať ligand. Rozpustné receptorové konštrukty, v ktorých sú skombinované extracelulárne alebo ligand viažuce domény DCRS5 s IL-12RP1, môžu byť užitočnými antagonistami na kompetitívne viazanie p40/IL-B30 ligandu.
V. Vytváranie nukleových kyselín a proteínu
DNA, ktorá kóduje proteín alebo jeho fragmenty, sa môže získať chemickou syntézou, skríningom cDNA knižníc, alebo skríningom genomických knižníc pripravených zo širokého rozsahu bunkových línií alebo tkanivových vzoriek. Prirodzené sekvencie sa môžu izolovať použitím štandardných metód a tu poskytnutých sekvencií, napr. v tabuľke 1. Iné druhy náprotivkov sa môžu
-33identifikovať hybridizačnými technikami alebo rôznymi PCR technikami v kombinácii s alebo prostredníctvom prehľadávania sekvenčných databáz, napr. GenBank.
Táto DNA sa môže exprimovať v širokom rozsahu hostiteľov, aby sa syntetizoval kompletný receptor alebo jeho fragmenty, ktoré naopak, môžu byť použité napríklad na generovanie polyklonálnych alebo monoklonálnych protilátok; na väzobné štúdie; na konštrukciu a expresiu modifikovaných ligand viažucich domén alebo kinázo/fosfatázových domén; a na štrukturálno-funkčné štúdie. Varianty fragmentov sa môžu exprimovať v hostiteľských bunkách, ktoré sú transformované alebo transfekované s príslušnými expresnými vektormi. Tieto molekuly môžu byť v podstate bez proteínových alebo bunkových kontaminantov, pričom to nie sú molekuly získané z rekombinantného hostiteľa, a preto sú výnimočne užitočné pre farmaceutické prostriedky, keď sa kombinujú s farmaceutický prijateľným nosičom a/alebo riedidlom. Proteín alebo jeho časti sa môžu exprimovať ako fúzie s inými proteínmi. Zaujímavé sú najmä kombinácie opísaných proteínov alebo nukleových kyselín, ktoré ich kódujú.
Expresné vektory sú typicky samostatne sa replikujúcimi DNA alebo RNA konštruktami, ktoré obsahujú požadovaný receptorový gén, jeho fragmenty alebo kombinácie génov, zvyčajne operatívne pripojené na vhodné genetické riadiace elementy, ktoré sú rozoznávané vo vhodnej hostiteľskej bunke. Tieto riadiace elementy sú schopné ovplyvňovať expresiu vo vnútri vhodného hostiteľa. Viaceré gény sa môžu exprimovať koordinovane a môžu byť na polycistrónovej mediátorovej RNA. Špecifický typ riadiacich elementov nevyhnutných na uskutočnenie expresie bude závisieť na konkrétnej použitej hostiteľskej bunke. Vo všeobecnosti môžu genetické riadiace elementy zahŕňať prokaryotický promótorový systém alebo eukaryotický promótorový expresný riadiaci systém a typicky zahŕňajú transkripčný promótor, voliteľne operátor na riadenie nástupu transkripcie, transkripčné zosilňovače na zvýšenie úrovne mRNA expresie, sekvenciu, ktorá kódujú vhodné ribozóm viažuce miesto a sekvencie, ktoré ukončujú transkripciu a transláciu. Expresné vektory zvyčajne obsahujú aj počiatok replikácie, ktorý umožňuje, aby sa vektor replikoval nezávisle od hostiteľskej bunky.
Vektory podľa tohto vynálezu zahŕňajú vektory, ktoré obsahujú DNA kódujúcu kombináciu proteínov, ako bola opísaná, alebo biologicky aktívny ekvivalentný
-34polypeptid. DNA môže byť riadená vírusovým promótorom a môže kódovať selekčný marker. Tento vynález ďalej zahŕňa použitie takýchto expresných vektorov, ktoré sú schopné exprimovať eukaryotické cDNAs kódujúce takéto proteíny v prokaryotickom alebo eukaryotickom hostiteľovi, pričom vektor je kompatibilný s hostiteľom a eukaryotické cDNAs sú začlenené do vektora takým spôsobom, aby sa pri pestovaní hostiteľa obsahujúceho vektor exprimovali dané cDNAs. Zvyčajne sú expresné vektory navrhnuté tak, aby sa stabilne replikovali v ich hostiteľských bunkách alebo, aby sa značne amplifikoval celkový počet kópií požadovaného génu (génov) na bunku. Nie je vždy nevyhnutné požadovať, aby sa expresný vektor replikoval v hostiteľskej bunke, napr. je možné uskutočniť prechodnú expresiu proteínu alebo jeho fragmentov v rôznych hostiteľoch použitím vektorov, ktoré neobsahujú počiatok replikácie rozoznávaný hostiteľskou bunkou. Je možné použiť aj vektory, ktoré spôsobujú integráciu protein kódujúcich častí do hostiteľskej DNA prostredníctvom rekombinácie.
Vektory, tak ako sa používajú tu, zahŕňajú plazmidy, vírusy, bakteriofágy, integrovateľné DNA fragmenty a iné vehikulá, ktoré umožňujú integráciu DNA fragmentov do genómu hostiteľa. Expresné vektory sú špecializované vektory, ktoré obsahujú genetické riadiace elementy, ktoré uskutočňujú expresiu operatívne pripojených génov. Plazmidy sú najbežnejšie používanou formou vektora, ale aj iné formy vektorov, ktoré majú ekvivalentnú funkciu, a ktoré sú, alebo sa stanú, známymi v oblasti, sú vhodné na použitie podľa tohto vynálezu. Pozri napr. Pouwels a ďalší (1985 a dodatky) Cloning Vectors: A Laboratory Manual, Elsevier, N. Y., a Rodriguez a ďalší (vyd. 1988) Vectors: A Survey of Molecular Cloning Vectors and Their Uses, Buttersworth, Boston, pričom tieto publikácie sú tu zahrnuté prostredníctvom ich citácie.
Transformované bunky sú bunky, výhodne cicavčie, ktoré boli transformované alebo transfekované vektormi skonštruovanými použitím rekombinantných DNA techník. Transformované hostiteľské bunky zvyčajne exprimujú požadované proteíny, ale na účely klonovania, amplifikácie a manipulácie ich DNA nemusí exprimovať predmetné proteíny. Tento vynález ďalej zahŕňa kultiváciu transformovaných buniek vo vyživovacom médiu, čím sa umožňuje akumulácia
-35proteínov. Tieto proteíny sa môžu izolovať buď z kultúry, alebo v niektorých prípadoch z kultivačného média.
Na účely tohto vynálezu sú nukleové sekvencie operatívne spojené, keď sú navzájom vo funkčnom vzťahu. Napríklad, DNA kódujúca presekvenciu alebo sekrečný vedúci peptid je operatívne spojená s polypeptidom, ak je exprimovaná ako preproteín alebo sa podieľa na smerovaní polypeptidu do bunkovej membrány alebo na vylučovaní polypeptidu. Promótor je operatívne spojený s kódujúcou sekvenciou, ak riadi transkripciu polypeptidu. Ribozóm viažuce miesto je operatívne spojené s kódujúcou sekvenciou, ak je v polohe, ktorá umožňuje transláciu. Zvyčajne znamená operatívne spojený kontinuálny alebo v čítacom rámci, avšak určité genetické elementy, ako napríklad represné gény, nie sú kontinuálne napojené, ale sa viažu na operátorové sekvencie, ktoré na druhej strane riadia expresiu.
Vhodné hostiteľské bunky zahŕňajú prokaryoty, nižšie eukaryoty a vyššie eukaryoty. Prokaryoty zahŕňajú gram negatívne a gram pozitívne organizmy, napr. E. coli a B. subtilis. Nižšie eukaryoty zahŕňajú kvasinky, napr. S. cerevisiae a Pichia a druhy rodu Dictyostelium. Vyššie eukaryoty zahŕňajú zavedené tkanivové bunkové línie zo živočíšnych druhov, tak necicavčieho pôvodu, napr. hmyzie bunky a vtáčie bunky, ako aj cicavčieho pôvodu, napr. ľudské, primátové a hlodavčie bunky.
Prokaryotické hostiteľské vektorové systémy zahŕňajú široký rozsah vektorov z mnohých rozličných druhov. Tak ako sa používa tu, E. coli a jej vektory budú používané genericky, aby boli zahrnuté ekvivalentné vektory používané v iných prokaryotoch. Reprezentatívnym vektorom na amplifikáciu DNA je pBR322 alebo mnohé jeho deriváty. Vektory, ktoré môžu byť používané na expresiu receptora alebo jeho fragmentov, zahŕňajú, ale nie sú obmedzené na vektory obsahujúce lac promótor (pUC série); trp promótor (pBR322 trp); Ipp promótor (pIN série); lambda pP alebo pR promótory (pOTS) alebo hybridné promótory, ako napríklad ptac (pDR540). Pozri Brosius a ďalší (1988) Expression Vectors Employing Lambda, and Ipp derived Promoters, vo Vectors: A Survey of Molecular Cloning Vectors and Their Uses, (vyd. Rodriguez and Denhardt), Buttersworth, Boston, Kapitola 10, str. 205-236, pričom tieto publikácie sú tu zahrnuté prostredníctvom ich citácie.
-36Nižšie eukaryoty, napr. kvasinky a Dictiostelium, môžu byť transformované s vektormi obsahujúcimi DCRS5 sekvenciu. Na účely tohto vynálezu je najbežnejším nižším eukaryotickým hostiteľom pekárenská kvasinka, Saccharomyces cerevisiae. Bude používaná ako všeobecný reprezentant nižších eukaryotov, hoci dostupných je aj množstvo iných kmeňov a druhov. Kvasinkové vektory typicky pozostávajú z počiatku replikácie (ak nejde o integratívny typ), selekčného génu, promótora, DNA kódujúcej receptor alebo jeho fragmenty a sekvencií na ukončenie translácie, polyadenyláciu a ukončenie transkripcie. Vhodné expresné vektory pre kvasinku zahŕňajú také konštitutívne promótory ako promótor 3 fosfoglycerát kinázového génu a promótory rôznych iných glykolytických enzýmových génov, alebo také inducibilné promótory, akými sú napríklad promótor alkohol dehydrogenázy 2 alebo metalotionínový promótor. Vhodné vektory zahŕňajú deriváty nasledujúcich typov: samostatne sa replikujúce s nízkym počtom kópií (ako napríklad YRp série), samostatne sa replikujúce s vysokým počtom kópií (ako napríklad YEp série); integratívne typy (ako napríklad Ylp série) alebo mini chromozómy (ako napríklad YCp série).
Vyššie eukaryotické tkanivové kultivačné bunky sú normálne výhodnými hostiteľskými bunkami na expresiu funkčne aktívnych interleukínových alebo receptorových proteínov. V princípe sú použiteľné mnohé vyššie eukaryotické tkanivové kultúrne bunkové línie, napr. hmyzie bakulovírusové expresné systémy, či už z bezstavovcov alebo zo stavovcov. Výhodné sú však cicavčie bunky. Transformácia alebo transfekcia a šírenie takýchto buniek sa stali rutinným postupom. Príklady užitočných bunkových línií zahŕňajú HeLa bunky, vaječníkové bunkové línie z čínskeho škrečka (CHO), obličkové bunkové línie z mláďat potkanov (BRK), hmyzie bunkové línie, vtáčie bunkové línie, a opičie (COS) bunkové línie. Expresné vektory pre takéto bunkové línie zvyčajne zahŕňajú počiatok replikácie, promótor, translačné iniciačné miesto, RNA zostrihové miesta (ak je použitá genomická DNA), polyadenylačné miesto, a transkripčné terminačné miesto. Tieto vektory zvyčajne obsahujú aj selekčný gén alebo amplifikačný gén. Vhodnými expresnými vektormi môžu byť plazmidy, vírusy alebo retrovírusy nesúce promótory odvodené napr. z takých zdrojov, akými sú adenovírus, SV40, parvovírusy, vakcinia vírus alebo cytomegalovírus. Reprezentatívne príklady vhodných expresných
-37vektorov zahŕňajú pCDNAl; pCD, pozri Okayama a ďalší (1985) Mol. Celí Biol. 5:
1136 1142; pMCIneo PolyA, pozri Thomas a ďalší (1987) Celí 51: 503 512; a bakulovírusový vektor, ako napríklad pAC 373 alebo pAC 610.
Pre vylučované proteíny a niektoré membránové proteíny otvorený čítací rámec zvyčajne kóduje polypeptid, ktorý pozostáva zo zrelého alebo vylučovaného produktu kovalentne pripojeného na svojom N-konci na signálny peptid. Signálny peptid sa odštepuje pred vylúčením zrelého alebo aktívneho polypeptidu. Štiepne miesto je možné predpokladať s vysokým stupňom presnosti na základe empirických pravidiel, napr. von-Heijne (1986) Nucleic Acids Research 14: 46834690 a Nielsen a ďalší (1997) Protein Eng. 10: 1-12, a presné aminokyselinové zloženie signálneho peptidu sa často nejaví ako dôležité pre jeho funkciu, napr. Randall a ďalší (1989) Science 243: 1156-1159; Kaiser a ďalší (1987) Science 235: 312-317. Zrelé proteíny podľa vynálezu sa môžu jednoducho determinovať použitím štandardných metód.
Často bude potrebné exprimovať tieto polypeptídy v systéme, ktorý poskytuje špecifický alebo definovaný glykozylačný vzor. V tom prípade, bude zvyčajným vzorom ten, ktorý je prirodzene poskytovaný expresným systémom. Avšak vzor bude modifikovateľný vystavením polypeptidu, napr. neglykozylovanej formy, príslušným glykozylačným proteínom začleneným do heterologického expresného systému. Napríklad, receptorový gén môže byť ko-transformovaný s jedným alebo viacerými génmi kódujúcimi cicavčie alebo iné glykozylačné enzýmy. Použitím tohto prístupu budú cicavčie glykozylačné vzory dosiahnuteľné v prokaryotoch alebo v iných bunkách. Expresia v prokaryotických bunkách bude typicky viesť k neglykozylovaným formám proteínu.
Zdrojom DCRS5 môže byť eukaryotický alebo prokaryotický hostiteľ exprimujúci rekombinantnú DCRS5, ako je opísané vyššie. Zdrojom môže byť aj bunková línia, ale aj iné cicavčie bunkové línie sú zahrnuté týmto vynálezom, pričom výhodná bunková línia je humánna.
Keď sú už známe sekvencie, primátová DCRS5, jej fragmenty alebo deriváty môžu byť pripravené konvenčnými postupmi na syntézu peptidov. Tieto zahŕňajú procesy, ktoré sú opísané napríklad v Stewart a Young (1984) Solid Phase Peptide Synthesis, Pierce Chemical Co., Rockford, IL; Bodanszky a Bodanszky (1984) The
-38Practice of Peptide Synthesis, Springer Verlag, New York; a Bodanszky (1984) The Principles of Peptide Synthesis, Springer Verlag, New York; pričom všetky tieto publikácie sú tu zahrnuté prostredníctvom ich citácie. Použitý môže byť napríklad azidový proces, proces s kyselinou chlorovodíkovou, proces s anhydridom kyseliny, zmiešaný anhydridový proces, proces s aktívnym esterom (napríklad p-nitrofenyl esterom, /V-hydroxysukcinimidovým esterom alebo kyanometyl esterom), karbodiimidazolový proces, oxidačno-redukčný proces alebo dicyklohexylkarbodiimid (DCCD) aditívny proces. Na vyššie uvedené procesy sú aplikovateľné tak syntéza na tuhej fáze, ako aj syntéza v roztoku. Podobné techniky môžu byť použité s čiastočnými DCRS5 sekvenciami.
DCRS5 proteíny, fragmenty alebo deriváty sa vhodne pripravujú v súlade s vyššie uvedenými procesmi, ktoré sa typicky využívajú na peptidovú syntézu, vo všeobecnosti buď prostredníctvom takzvaného postupného procesu, ktorý zahŕňa kondenzovanie aminokyseliny s koncovou aminokyselinou, jednu po. druhej, ako nasledujú v sekvencií, alebo pripájaním peptidových fragmentov na terminálnu aminokyselinu. Aminokyseliny, ktoré sa nemajú použiť v pripájacej reakcii, musia byť typicky chránené, aby sa zabránilo pripojeniu v nesprávnej lokalite.
Ak sa používa syntéza na tuhej fáze, C-koncová aminokyselina sa naviaže na nerozpustný nosič alebo podklad prostredníctvom svojej karboxylovej skupiny. Nerozpustný nosič nie je nijako zvlášť limitovaný, pokiaľ má väzobnú schopnosť voči reaktívnej karboxylovej skupine. Príklady takýchto nerozpustných nosičov zahŕňajú halogénmetylové živice, fenolové živice, ŕerc-alkyloxykarbonylhydrazínované živice a podobne.
Aminoskupinou chránená aminokyselina sa naväzuje do sekvencie prostredníctvom kondenzácie aktivovanej karboxylovej skupiny a reaktívnej aminoskupiny predtým vytvoreného peptidu alebo reťazca, aby sa syntetizoval peptid krok za krokom. Po syntetizovaní kompletnej sekvencie sa peptid oddelí od nerozpustného nosiča, aby sa vyprodukoval peptid. Tento prístup na tuhej fáze je všeobecne opísaný v Merrifield a ďalší (1963) v J. Am. Chem. Soc. 85: 2149 2156, pričom táto publikácia je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie.
Pripravený protein a jeho fragmenty sa môžu izolovať a purifikovať z reakčnej zmesi prostredníctvom peptidovej separácie, napr. extrakciou, precipitáciou,
-39elektroforézou, rôznymi formami chromatografie, prostredníctvom imunoafinity a podobne. Receptory podľa tohto vynálezu sa môžu získať v rôznych stupňoch čistoty v závislosti na požadovaných použitiach. Purifikácia sa môže uskutočňovať použitím tu opísaných proteínových purifikačných techník, pozri nižšie, alebo použitím tu opísaných protilátok v spôsoboch imunoabsorbčnej afinitnej chromatografie. Táto imunoabsorbčná afinitná chromatografia sa uskutočňuje tak, že sa najprv pripoja protilátky na tuhý podklad, a potom sa pripojené protilátky uvádzajú do kontaktu so solubilizovanými lyzátmi príslušných buniek, lyzátmi iných buniek exprimujúcich receptor alebo lyzátmi alebo supernatantami buniek produkujúcich proteín ako výsledok DNA techník, pozri nižšie.
Vo všeobecnosti bude purifikovaný proteín čistý aspoň na približne 40 %, obvykle bude čistý aspoň na približne 50 %, zvyčajne bude čistý aspoň na približne 60 %, typicky bude čistý aspoň na približne 70 %, typickejšie bude čistý aspoň na približne 80 %, výhodne bude čistý aspoň na približne 90 % a výhodnejšie, bude čistý aspoň na približne 95 % a vo výhodných uskutočneniach bude čistý na 97 % až 99 % alebo viac. Čistota bude zvyčajne vzťahovaná na hmotnosť, ale môže byť vzťahovaná aj na molové množstvo. Aplikované budú rozličné testy, podľa toho, ako to bude vhodné. Purifikované môžu byť individuálne proteíny a potom sa môžu kombinovať.
VI. Protilátky
Protilátky môžu byť vyvolané proti rôznym cicavčím, napr. primátovým DCRS5 proteínom a ich fragmentom, tak v prirodzene sa vyskytujúcich natívnych formách, ako aj v ich rekombinantných formách, pričom rozdielom je, že protilátky proti aktívnemu receptoru s väčšou pravdepodobnosťou rozoznávajú epitopy, ktoré sú prítomné len v natívnych konformáciách. Zahrnuté sú aj protilátky, ktoré rozoznávajú epitopy prezentované kombináciou, napr. funkčnou, DCRS5 s IL12Rpi. Detekcia denaturovaného antigénu môže byť užitočná napr. vo Western analýze. Zahrnuté môžu byť aj anti-idiotypové protilátky, ktoré by boli užitočné ako agonisty alebo antagonisty prirodzeného receptora alebo protilátky.
Protilátky, vrátane viažucich fragmentov a jednoreťazcových verzií, proti vopred určeným fragmentom proteínu sa môžu vyvolať imunizáciou zvierat
-40konjugátmi fragmentov s imunogénnymi proteínmi. Monoklonálne protilátky sa pripravujú z buniek vylučujúcich požadovanú protilátku. Tieto protilátky môžu byť skrínované z hľadiska väzby na normálny alebo defektný proteín, alebo môžu byť skrínované z hľadiska agonistickej alebo antagonistickej aktivity. Tieto monoklonálne protilátky sa zvyčajne budú viazať s hodnotou KD aspoň približne 1 mM, zvyčajnejšie aspoň približne 300 μΜ, typicky aspoň približne 100 μΜ, typickejšie aspoň približne 30 μΜ, výhodne aspoň približne 10 μΜ, a výhodnejšie aspoň približne 3 μΜ alebo lepšou.
Protilátky, vrátane antigén viažucich fragmentov, podľa tohto vynálezu môžu mať významnú diagnostickú alebo terapeutickú hodnotu. Môžu byť účinnými antagonistami, ktorý sa viažu na receptor a inhibujú viazanie ligandu alebo inhibujú schopnosť receptora vyvolať biologickú odpoveď, napr. účinok na jeho substrát. Môžu byť užitočné aj ako nie neutralizačné protilátky a môžu byť spojené s toxínmi alebo rádionuklidmi, aby sa viazali na produkujúce bunky alebo bunky lokalizované v zdroji interleukínu. Okrem toho, tieto protilátky môžu byť konjugované s liekmi alebo inými terapeutickými činidlami, buď priamo, alebo nepriamo, prostredníctvom spojovníka.
Protilátky podľa tohto vynálezu môžu byť užitočné aj na diagnostické aplikácie. Ako zachytávacie alebo nie neutralizačné protilátky by sa mohli viazať na receptor bez inhibovania viazania ligandu alebo substrátu. Ako neutralizačné protilátky môžu byť užitočné v kompetitívnych väzobných testoch. Budú užitočné aj na detegovanie alebo kvantifikáciu ligandu. Môžu byť použité ako reakčné činidlá pre Western blot analýzu alebo na imunoprecipitáciu alebo imunopurifikáciu zodpovedajúceho proteínu. Podobne, nukleové kyseliny a proteíny môžu byť imobilizované na tuhých substrátoch na afinitnú purifikáciu alebo detekčné metódy. Substrátmi môžu byť napr. tuhé živicové guľôčky alebo plastické fólie.
Proteínové fragmenty môžu byť pripojené na iné materiály, najmä polypeptidy, a to ako fúzované alebo ako kovalentne pripojené polypeptidy na použitie ako imunogény. Cicavčie cytokínové receptory a fragmenty môžu byť fúzované alebo kovalentne pripojené na rôzne imunogény, ako napríklad hemocyanín zo svätojánskej mušky, hovädzí sérový albumín, tetanus toxoid, atď. Spôsoby na prípravu polyklonálnych antisér pozri Microbiology, Hoeber Medical
-41 Division, Harper a Row, 1969; Landsteiner (1962) Specificity of Serological Reactions, Dover Publications, New York; a Williams a ďalší (1967) Methods in Immunology and Immunochemistry, zv. 1, Academic Press, New York; pričom každá publikácia je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie. Typický spôsob zahŕňa hyperimunizáciu zvieraťa s antigénom. Krátko po opakovaných imunizáciách sa potom odoberie krv zo zvieraťa a izoluje sa gama globulín.
V niektorých prípadoch je želateľné pripraviť monoklonálne protilátky z rôznych cicavčích hostiteľov, ako napríklad myší, hlodavcov, primátov, ľudí, atď. Opis techník na prípravu takýchto monoklonálnych protilátok je možné nájsť napr. v Stites a ďalší (vyd.) Basic and Clinical Immunology (4. vyd.), Lange Medical Publications, Los Altos, CA, a tam citované referencie; Harlow a Lane (1988) Antibodies: A Laboratory Manual, CSH Press; Goding (1986) Monoclonal Antibodies: Principles and Practice (2. vyd.) Academic Press, New York; a najmä v Kohler a Milstein (1975) v Náture 256: 495 497, kde sa diskutuje jeden spôsob generovania monoklonálnych protilátok. Každá z týchto publikácií je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie. Stručne zhrnuté, tento spôsob zahŕňa injekčné podanie imunogénu zvieraťu. Zviera sa potom usmrtí a odoberú sa bunky zo sleziny, ktoré sa potom fúzujú s myelómovými bunkami. Výsledkom je hybridná bunka alebo hybridom, ktorý je schopný reprodukovať sa in vitro. Populácia hybridómov sa potom skrínuje, aby sa izolovali jednotlivé klony, z ktorých každý vylučuje jediný druh protilátky proti imunogénu. Pri tomto spôsobe sú získané individuálne protilátkové druhy produktami imortalizovaných a klonovaných jedných B buniek z imúnneho zvieraťa, ktoré sú generované ako odpoveď voči špecifickému miestu rozoznávanému na imunogénnej látke.
Iné vhodné techniky zahŕňajú in vitro vystavenie lymfocytov antigénnym polypeptidom alebo alternatívne, selekciu z knižníc protilátok vo fágových alebo podobných vektoroch. Pozri Huse a ďalší (1989) Generation of a Large Combinatorial Library of the Immunoglobulin Repertoire in Phage Lambda, Science 246: 1275-1281; a Ward a ďalší (1989) Náture 341; 544-546, pričom každá z týchto publikácií je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie. Polypeptidy a protilátky podľa predloženého vynálezu môžu byť používané s alebo bez modifikácie, vrátane chimérnych alebo humanizovaných protilátok. Často budú polypeptidy a protilátky
-42značené prostredníctvom ich pripojenia, buď kovalentného, alebo nekovalentného, na látku, ktorá poskytuje detegovateľný signál. Známych je veľké množstvo značiek a konjugačných techník a sú zverejnené tak vo vedeckej, ako aj v patentovej literatúre. Vhodné značky zahŕňajú rádionuklidy, enzýmy, substráty, kofaktory, inhibítory, fluorescenčné skupiny, chemiluminiscentné skupiny, magnetické častice a podobne. Patenty opisujúce použitie takýchto značiek zahŕňajú US patenty č: 3817837; 3850752; 3939350; 3996345; 4277437; 4275149 a 4366241.
Produkované môžu byť aj rekombinantné a chimérne imunoglobulíny, pozri Cabilly, US patent č. 4816567; alebo môžu byť vytvárané v transgénnych myšiach, pozri Mendez a ďalší (1997) Náture Genetics 15; 146-156. Tieto publikácie sú tu zahrnuté prostredníctvom ich citácií.
Protilátky podľa tohto vynálezu môžu byť použité aj na afinitnú chromatografiu na izoláciu DCRS5 proteínov alebo peptidov. Môžu sa pripraviť kolóny, v ktorých budú protilátky pripojené na tuhý podklad, napr. častice, ako agaróza, Sephadex alebo podobne, pričom bunkový lyzát môže prechádzať cez kolónu, ktorá sa potom premyje, nasledujú zvyšujúce sa koncentrácie mierneho denaturačného činidla, čím sa uvoľní purifikovaný proteín. Alternatívne sa proteín môže použiť na purifikáciu protilátky. Aplikovať sa môžb príslušné krížové absorpcie alebo vyčerpania.
Protilátky môžu byť použité na skríning expresných knižníc na konkrétne expresné produkty. Zvyčajne, protilátky používané v takomto postupe budú značené so skupinou umožňujúcou jednoduchú detekciu prítomnosti antigénu prostredníctvom viazania protilátky.
Protilátky vyvolané proti cytokínovému receptoru budú použité aj na
I ' ' ' vyvolanie anti-idiotypových protilátok. Tieto budú užitočné na detegovanie alebo diagnostiku rôznych imunologických stavov súvisiacich s expresiou proteínu alebo buniek, ktoré exprimujú proteín. Budú užitočné aj ako agonisty alebo antagonisty ligandu, ktoré môžu byť kompetitívnymi receptorovými inhibítormi alebo môžu nahradiť prirodzene sa vyskytujúce ligandy. Určité protilátky proti receptorovým podjednotkám alebo kombinácie môžu slúžiť ako aktivačné protilátky, ktoré môžu ovplyvňovať signalizáciu, a tým slúžiť napr. ako agonisty ligandu.
-43Cytokínový receptorový proteín, ktorý sa špecificky viaže na, alebo ktorý špecificky imunologický reaguje s protilátkou generovanou proti definovanému imunogénu, ako napríklad imunogénu pozostávajúcemu z aminokyselinovej sekvencie označenej ako sekv. č. 2, sa typicky determinuje v imunoteste. Imunotest typicky využíva polyklonálne antisérum, ktoré bolo vyvolané napr. proti proteínu so sekv. č. 2. Toto antisérum je vybrané tak, aby malo nízku krížovú reaktivitu voči iným členov cytokínovej receptorovej rodiny, napr. IL-12Rp2 receptorovej podjednotke alebo IL-6 receptorovej podjednotke gp130, výhodne z rovnakých druhov, a akákoľvek takáto krížová reaktivita je odstránená imunoabsorpciou pred použitím imunotestu.
Na to, aby sa produkovalo antisérum na použitie v imunoteste, sa proteín, napr. so sekv. č. 2, izoluje ako je tu opísané. Rekombinantný proteín sa napríklad môže produkovať v cicavčej bunkovej línii. Vhodný hostiteľ, napr. inbredný kmeň myší, ako napr. Balb/c, sa imunizuje s vybraným proteínom, typicky použitím štandardného adjuvans, ako napríklad Freundovho adjuvans, a podľa štandardného imunizačného protokolu pre myši (pozri Harlow a Lane, supra). Alternatívne sa ako imunogén môže použiť syntetický peptid odvodený od tu opísaných sekvencií a konjugovaný s nosičovým proteínom. Polyklonálne séra sa izolujú a titrujú proti imunogénnemu proteínu v imunoteste, napr. imunoteste v tuhom skupenstve s imunogénom imobilizovaným na tuhom podklade. Polyklonálne antiséra s titrom 104 alebo vyšším sa selektujú a testujú z hľadiska ich krížovej reaktivity voči iným členom cytokínovej receptorovej rodiny, napr. gp130 alebo IL-12RP1 použitím kompetitívneho väzobného imunotestu, ako napríklad testu opísaného v Harlow a Lane, supra, na stranách 570-573. Na toto stanovovanie sa výhodne používajú aspoň dvaja členovia cytokínovej receptorovej rodiny. Títo členovia cytokínovej receptorovej rodiny sa môžu produkovať ako rekómbinantné proteíny a môžu sa izolovať použitím štandardných techník molekulovej biológie alebo proteínovej chémie, ktoré sú tu opísané.
Na stanovenie krížovej reaktivity sa môžu použiť imunotesty vo forme kompetitívneho viazania. Napríklad, proteín so sekv. č. 2 sa môže imobilizovať na tuhom podklade. Proteíny pridávané do testu konkurujú viazaniu antisér na imobilizovaný antigén. Schopnosť vyššie uvedených proteínov konkurovať viazaniu
-44antisér na imobilizovaný protein sa porovnáva s proteínmi, napr. gp130 alebo IL12Rpi. Percento krížovej reaktivity pre vyššie uvedené proteíny sa vypočítava použitím štandardných výpočtov. Tie antiséra, ktoré majú menej ako 10% krížovú reaktivitu s každým z vyššie uvedených proteínov, sa vyberú a spoja. Krížovo reagujúce protilátky sa potom odstránia zo spojených antisér imunoabsorpciou s vyššie uvedenými proteínmi.
Imunoabsorbované a spojené antiséra sa potom použijú v kompetičných väzobných imunotestoch, ako je opísané vyššie, aby sa porovnal druhý protein s imunogénnym proteínom (napr. proteínom podobným s DCRS5 so sekv. č. 2). Na uskutočnenie tohto porovnania sa každý z týchto dvoch proteínov testuje v širokom rozsahu koncentrácií a determinuje sa množstvo každého proteínu potrebné na 50% inhibíciu viazania antisér na imobilizovaný protein. Ak je potrebné množstvo druhého proteínu menej ako dvojnásobkom množstva proteínu z vybraného proteínu alebo proteínov, ktoré sú potrebné, potom sa o druhom proteíne hovorí, že sa špecificky viaže na protilátku generovanú voči imunogénu.
Je pochopiteľné, že tieto cytokínové receptorové proteíny sú členmi rodiny homologických proteínov, ktoré obsahujú mnohé identifikované gény. Pre konkrétny génový produkt, ako napríklad DCRS5, výraz označuje nie len tu opísané aminokyselinové sekvencie, ale aj iné proteíny, ktoré sú alelické, nealelické alebo sú druhovými variantami. Je tiež zrejmé, že výrazy zahŕňajú neprirodzené mutácie zavádzané zámerným mutovaním požutím obvyklej rekombinantnej technológie, ako napríklad jednomiestnej mutácie, alebo vystrihnutím krátkych sekcií DNA kódujúcej príslušné proteíny, alebo substitúciou nových aminokyselín, alebo pridaním nových aminokyselín. Pri takýchto minoritných zmenách sa typicky bude v podstate zachovávať imunoidentita pôvodnej molekuly a/alebo jej biologická aktivita. Takže tieto zmeny zahŕňajú proteíny, ktoré špecificky imunologický reagujú s určeným prirodzene sa vyskytujúcim DCRS5 proteínom. Biologické vlastnosti zmenených proteínov je možné determinovať prostredníctvom expresie proteínu vo vhodnej bunkovej línii a meraním príslušného účinku, napr. na transfekované lymfocyty. Konkrétne proteínové modifikácie, ktoré sú považované za minoritné, by zahŕňali konzervatívnu substitúciu aminokyselín s podobnými chemickými vlastnosťami, ako je opísané vyššie pre cytokínovú receptorovú rodinu ako celok.
-45Optimálnym zosúladením proteínu s proteínom z cytokínových receptorov a použitím tu opísaných obvyklých imunotestov na determináciu imunoidentity je možné určiť proteínové zloženie podľa vynálezu.
Okrem toho, protilátky proti receptorovým podjednotkám môžu slúžiť na priestorové blokovanie viazania sa ligandu na funkčný receptor. Takéto protilátky môžu byť vyvolané buď proti samostatnej podjednotke, alebo proti kombinácii DCRS5 s IL-12Rpi. Výsledkom by boli protilátkové antagonisty.
VII. Kity, diagnostika a kvantifikácia
Pre kity a testovacie metódy sú užitočné tak prirodzene sa vyskytujúce, ako aj rekombinantné formy molekúl podobných cytokínovým receptorom podľa vynálezu. Napríklad, tieto spôsoby by sa mohli aplikovať na skríning väzobnej aktivity napr. ligandov voči týmto proteínom. V súčasnosti bolo vyvinutých niekoľko automatizovaných testov, ktoré umožňujú skríning desiatok tisíc zlúčenín ročne. Pozri napr. BIOMEK automated workstation, Beckman Instruments, Palo Alto, California, a Fodor a ďalší (1991) Science 251: 767-773, pričom tieto publikácie sú tu zahrnuté prostredníctvom ich citácie. Druhá publikácia opisuje prostriedok na testovania viazania sa rôznych definovaných polymérov syntetizovaných na tuhom substráte. Vývoj vhodných testov na skríning ligandových alebo agonistových/antagonistových homologických proteínov môže byť značne uľahčený dostupnosťou veľkých množstiev purifikovaných, rozpustných cytokínových receptorov v aktívnom stave, ako napríklad takých, ktoré sú poskytnuté týmto vynálezom.
Purifikovaná DCRS5 sa môže naniesť priamo na platne na použitie vo vyššie uvedených ligandových skríningových technikách. Avšak, nie neutralizačné protilátky voči týmto proteínom môžu byť použité ako zachytávacié protilátky na imobilizáciu príslušného receptora na tuhej fáze, čo je užitočné napr. pri diagnostických použitiach.
Tento vynález zahŕňa použitie DCRS5, jej fragmentov, peptidov a ich fúzovaných produktov v rôznych diagnostických kitoch a spôsoboch na detekciu prítomnosti proteínu alebo jeho ligandu. Alternatívne, alebo okrem toho, môžu byť v kitoch a spôsoboch zahrnuté protilátky proti molekulám. Typicky bude mať kit kompartment obsahujúci buď DCRS5 peptid alebo génový segment, alebo reakčné
-46činidlo, ktoré rozoznáva jedno alebo druhé. Typicky, rozoznávacími reakčnými činidlami by boli v prípade peptidu receptor alebo protilátka, alebo v prípade génového segmentu, by to zvyčajne bola hybridizačná sonda. Iné komponenty kitu môžu zahŕňať iné proteíny alebo reakčné činidlá príbuzné s p40, IL-B30 alebo IL12Rpi polypeptidmi ligand/receptorového párovania.
Výhodný kit na determináciu koncentrácie DCRS5 vo vzorke by typicky obsahoval značenú zlúčeninu, napr. ligand alebo protilátku, so známou väzobnou afinitou voči DCRS5, zdroj DCRS5 (prirodzene sa vyskytujúci alebo rekombinantný), ako pozitívnu kontrolu, a prostriedok na separáciu naviazanej od voľnej značenej zlúčeniny, napríklad tuhú fázu na imobilizáciu DCRS5 v testovanej vzorke. Normálne budú poskytnuté kompartmenty obsahujúce reakčné činidlá a inštrukcie. Poskytnuté sú aj kity obsahujúce príslušnú nukleovú kyselinu alebo protein.
Protilátky, vrátane antigén viažucich fragmentov, špecifické pre cicavčiu DCRS5 alebo peptidový fragment, alebo receptorové fragmenty sú užitočné na diagnostické aplikácie na detegovanie prítomnosti zvýšených hladín ligandu a/alebo jeho fragmentov. Diagnostické testy môžu byť homogénne (bez separačného kroku medzi voľným reakčným činidlom a komplexom protilátka-antigén) alebo heterogénne (so separačným krokom). Existujú rôzne komerčné testy, ako napríklad rádioimunotest (RIA), s enzýmom spojený imunoabsorbčný test (ELISA), enzýmový imunotest (EIA), enzýmová multiplicitná imunotestovacia technika (EMIT), substrátový značený fluorescenčný imunotest (SLFIA) a podobne. Využiť sa môžu napríklad neznačené protilátky použitím sekundárnej protilátky, ktorá je značená a ktorá rozoznáva protilátku proti cytokínovému receptoru alebo proti konkrétnemu fragmentu. Tieto testy boli tiež do veľkej miery diskutované v literatúre. Pozri napr. Harlow a Lane (1988) Antibodies: A Laboratory Manual, CSH., a Coligán (vyd. 1991 a periodické dodatky) Current Protocols In Immunology Greene/Wiley, New York.
Anti-idiotypové protilátky môžu mať podobné požitie a môžu slúžiť ako agonisty alebo antagonisty cytokínových receptorov. Mali by byť užitočné ako terapeutické reakčné činidlá za vhodných okolností.
Často sa reakčné činidlá pre diagnostické testy dodávajú v kitoch, aby bola optimalizovaná citlivosť testu. Na účely tohto vynálezu je poskytnutá značená alebo
-47neznačená protilátka alebo značený ligand, v závislosti na povahe testu, protokole a značke. To je zvyčajne v spojení s inými aditívami, ako napríklad tlmivými roztokmi, stabilizátormi, materiálmi nevyhnutnými na produkciu signálu, ako napríklad substrátmi pre enzýmy, a podobne. Výhodne, kit bude obsahovať aj inštrukcie na správne použitie a odpadovú nádobu na použité obsahy. Typicky má kit kompartmenty pre každé užitočné reakčné činidlo a bude obsahovať inštrukcie na správne použitie a odpadovú nádobu pre reakčné činidlá. Želateľné je, aby reakčné činidlá boli poskytnuté vo forme suchého lyofilizovaného prášku, pričom reakčné činidlá môžu byť rekonštituované vo vodnom médiu, pričom majú príslušné koncentrácie na uskutočňovanie testu.
Vyššie uvedené zložky diagnostických testov môžu byť použité bez modifikácie alebo môžu byť modifikované rôznymi spôsobmi. Napríklad, značenie sa môže dosiahnuť kovalentným alebo nekovalentným pripojením skupiny, ktorá priamo alebo nepriamo poskytuje detegovateľný signál. V mnohých týchto testoch môže byť priamo alebo nepriamo značená testovaná zlúčenina, cytokínový receptor alebo protilátka proti nim. Možnosti na priame značenie zahŕňajú značkovacie skupiny: rádioaktívne značky, ako napríklad 125l, enzýmy (US patent č. 3645090), ako napríklad peroxidázu a alkalickú fosfatázu, a fluorescenčné značky (US patent č. 3940475), ktoré sú schopné monitorovať zmenu v intenzite fluorescencie, posun vlnovej dĺžky alebo fluorescenčnú polarizáciu. Oba tieto patenty sú tu zahrnuté prostredníctvom ich citácie. Možnosti nepriameho značenia zahŕňajú biotinyláciu jednej zložky, po ktorej nasleduje viazanie na avidín pripojený na jednu z vyššie uvedených značkovacích skupín.
Existuje množstvo spôsobov na oddelenie naviazaného od voľného ligandu, ( J alebo alternatívne, naviazanej od voľnej testovanej zlúčeniny. Cytokínový receptor sa môže imobilizovať na rôznych matriciach a potom nasleduje premývanie. Vhodné matrice zahŕňajú plastické matrice, ako napríklad ELISA platne, filtre a guľôčky. Spôsoby imobilizácie receptora na matrici zahŕňajú, bez obmedzenia, priamu adhéziu na plast, použitie zachytávacej protilátky, chemické párovanie a biotín avidín. Posledný krok v tomto postupe zahŕňa precipitáciu komplexu protilátka/antigén ktoroukoľvek z niekoľkých metód vrátené spôsobov zahŕňajúcich napr. organické rozpúšťadlo, ako napríklad polyetylénglykol alebo soľ, ako napríklad síran
-48amónny. Iné vhodné separačné techniky zahŕňajú, bez obmedzenia, spôsob fluoresceínových protilátkových magnetizovateľných častíc opísaný v Rattle a ďalší (1984) Clin. Chem. 30(9): 1457 1461, a dvojitú protilátkovú magnetickú časticovú separáciu, ako je opísaná v US patente č. 4659678, pričom každá z týchto
I publikácií je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie.
Spôsoby pripájania rôznych značiek na proteín alebo fragmenty boli do veľkej miery zverejnené v literatúre a nie je potrebné podrobnejšie ich tu diskutovať. Mnohé techniky zahŕňajú použitie karbodiimidu alebo aktívnych esterov na vytvorenie peptidových väzieb, formovanie tioéterov prostredníctvom reakcie merkaptoskupiny s aktivovaným halogénom, ako napríklad chlóracetylom, alebo aktivovaným olefínom, ako napríklad maleimidom, na vytvorenie spojenia, alebo podobne. V týchto aplikáciách nájdu použitie aj fúzované proteíny.
Iný diagnostický aspekt tohto vynálezu zahŕňa použitie oligonukleotidovej alebo polynukleotidovej sekvencie vybranej zo sekvencie cytokínového receptora. Tieto sekvencie môžu byť použité ako sondy na detekciu hladín príslušného cytokínového receptora u pacientov, u ktorých je podozrenie, že majú imunologickú poruchu. Príprava tak RNA, ako aj DNA nukleotidových sekvencií, značenie sekvencií a výhodná veľkosť sekvencií sú dostatočne opísané a diskutované v literatúre. Normálne by mala mať oligonukleotidová sonda aspoň približne 14 nukleotidov, zvyčajne aspoň približne 18 nukleotidov a polynukleotidové sondy môžu mať až niekoľko kilobáz. Využité môžu byť rôzne značky, najobvyklejšie rádionuklidy, najmä 32P. Avšak využité môžu byť aj iné techniky, ako napríklad biotínom modifikované nukleotidy na začlenenie do polynukleotidu. Biotín potom slúži ako miesto na viazanie avidínu alebo protilátok, ktoré môžu byť značené širokou škálou značiek, ako napríklad rádionuklidmi, fluorescenčnými činidlami, enzýmami alebo podobne. Alternatívne, môžu byť využité protilátky, ktoré môžu rozoznávať špecifické duplexy, vrátane DNA duplexov, RAN duplexov, DNA RNA hybridných duplexov alebo DNA proteínových duplexov. Na druhej strane môžu byť protilátky značené, a môžu sa uskutočňovať testy, pri ktorom sa duplex naviaže na povrch, tak, aby sa pri vytvorení duplexu na povrchu mohla detegovať prítomnosť protilátky naviazanej na duplex. Použitie sond pre nové antisense RNA sa môže uskutočňovať obvyklými technikami, ako napríklad nukleokyselinovou hybridizáciou,
-49plus a mínus skríningom, rekombinančným sondovaním, hybridnou uvoľňovacou transláciou (HRT) a hybridnou zastavenou transláciou (HART). To zahŕňa aj amplifikačné techniky, ako napríklad polymerázovú reťazovú reakciu (PCR).
Zahrnuté sú aj diagnostické kity, ktoré testujú kvalitatívnu alebo kvantitatívnu prítomnosť iných markerov. Diagnostika alebo prognostika môžu závisieť na kombinácií viacerých indikácií použitých ako markerov. Takže, kity môžu testovať kombinácie markerov. Pozri napr. Viallet a ďalší (1989) Progress v Growth Factor Res. 1: 89-97. Detekcia polymorfných odchýlok, ktoré môžu reflektovať funkčné receptorové signalizačné rozdiely, môže byť užitočná pri určovaní terapeutickej stratégie. Odchýlky, ktoré odrážajú silnejšiu alebo slabšiu reakciu na ligand, môžu umožniť roztriedenie skupín pacientov na responzívne a neresponzívne podskupiny.
VIII. Terapeutická využiteľnosť
Tento vynález poskytuje reakčné činidlá s významnou terapeutickou hodnotou. Pozri napr. Levitzki (1996) Curr. Opin. Celí Biol. 8: 239-244. Cytokínové receptory (prirodzene sa vyskytujúce alebo rekombinantné), ich fragmenty, muteínové receptory a protilátky, spolu so zlúčeninami identifikovanými ako takými, ktoré majú väzobnú afinitu voči receptorom alebo protilátkam, by mali byť užitočné na liečbu stavov vykazujúci abnormálnu expresiu receptorov alebo ich ligandov. Takéto abnormality sa typicky budú manifestovať prostredníctvom imunologických porúch. Pozri WO 01/18051, ktorý je tu zahrnutý prostredníctvom jeho citácie. Okrem toho, tento vynález by mal poskytnúť terapeutickú hodnotu pri rôznych ochoreniach alebo poruchách spojených s abnormálnou expresiou alebo abnormálnym spúšťaním reakcie na ligand. Napríklad, o p40/IL-B30 ligande sa predpokladá, že sa zúčastňuje na vývoji bunkami sprostredkovanej imunity, napr. protinádorovej aktivite, na zosúlaďovaní humorálnej a bunkovej imunity a na protivírusových účinkoch. Konkrétne sa zdá, že ligand aktivuje NK a T bunky. Terapia sa môže kombinovať s IL-18, IL-12, TNF, IFNy, rádio/chemoterapiou, adjuvans alebo protinádorovými, protivírusovými alebo protiplesňovými zlúčeninami.
Naopak, antagonisty, ktoré môžu byť kombinované s antagonistami TNF, IFNy, IL-18 alebo IL-12, alebo s IL-10 alebo steroidmi, môžu byť indikované pri chronických Thl sprostredkovaných ochoreniach, autoimunitných ochoreniach,
-50a/alebo v situáciách odmietnutia transplatátu, pri skleróze multiplex, psoriáze, pri chronických zápalových stavoch, reumatoidnej artritíde, osteoartritíde alebo pri zápalových ochoreniach čriev. Antagonisty môžu byť vo forme protilátok proti receptorovým podjednotkám, vo forme rozpustných receptorových konštruktov alebo antisense nukleových kyselín voči jednej alebo viacerým receptorovým podjednotkám. Spojenie p40/IL-B30 ligandu s receptorovými podjednotkami DCRS5 a IL-12Rpi poskytuje pochopenie indikácií na použitie agonistu a antagonistu.
Teoreticky, na základe p40/IL-B30 opísaných aktivít, môžu byť antagonisty cytokínu ovplyvňované napr. rozpustnou DCRS5, s alebo bez rozpustnej IL-12RP1, alebo protilátkami proti každej z receptorových podjednotiek. Antagonisty môžu byť užitočné ako inhibítory nežiadúcich imunitných alebo zápalových reakcií, na zameranie pamäťových T buniek, alebo v kombinácii s IL-12/IL-12R antagonistami alebo inými protizápalovými látkami alebo imunosupresívnymi látkami. Klinickými indikáciami môžu byť chronický zápal alebo situácie pri transplantáciách. Rôzne polymorfizmy môžu zosilňovať alebo zoslabovať receptorovú funkciu, a ak je dominantná, mohli by byť užitočné ako terapeutické látky. Identifikácia takýchto odchýlok môže umožniť roztriedenie skupín pacientov na responzívnych alebo neresponzívnych. Reakčné činidlá môžu byť užitočné ako detekčné alebo značkovacie reakčné činidlá alebo ablatívne reakčné činidlá pre pamäťové T bunky a/alebo NK bunky.
Génová terapia môže spôsobiť, že požadované bunkové populácie reagujú na p40/IL-B30 ligand, napr. ako adjuvans pre nádorovú imunoterapiu na uľahčenie aktivácie lymfocytov infiltrujúcich do nádoru, T buniek alebo NK buniek. Antisense stratégie sa môžu aplikovať napr. na zabránenie receptorovej responzívnosti.
Rôzne abnormálne stavy sú známe u tých typov buniek, pri ktorých sa Northern blot analýzou ukázalo, že produkujú IL-12 p40 a/alebo IL-B30 mRNA. Pozri Berkow (vyd.) The Merck Manual of Diagnosis and Therapy, Merck & Co., Rahway, N. J.; Thorn, a ďalší Harrison's Principles of Internal Medicíne, McGrawHill, N. Y.; a Weatherall a ďalší (vyd.) Oxford Textbook of Medicíne, Oxford University Press, Oxford. Mnohé iné medicínske stavy a ochorenia budú reagovať na liečbu tu poskytnutým agonistom alebo antagonistom. Pozri napr. Stites a Terr (vyd.; 1991) Basic and Clinical Immunology Appleton and Lange, Norwalk,
-51 Connecticut; a Samter a ďalší (vyd.) Immunological Diseases Little, Brown and Co. Iné pravdepodobné indikácie na liečbu zahŕňajú remodeling kostí, sexuálnu dysfunkciu, prevenciu neurodegeneratívnych ochorení, demenciu, stres a iné. Tieto problémy by mali reagovať na prevenciu alebo liečbu použitím tu poskytnutých prostriedkov.
Rekombinantné cytokínové receptory, muteíny, agonistické alebo antagonistické protilátky proti nim alebo protilátky sa môžu purifikovať a potom podávať pacientovi. Tieto reakčné činidlá sa môžu kombinovať na terapeutické použitie s ďalšími aktívnymi zložkami, napr. v bežných farmaceutický prijateľných nosičoch alebo riedidlách, spolu s fyziologicky neškodnými stabilizátormi a excipientami. Tieto kombinácie môžu byť sterilné, napr. prefiltrované, a umiestnené v dávkových formách, napríklad prostredníctvom lyofilizácie v dávkových liekovkách, alebo uskladnené v stabilizovaných vodných prípravkoch. Tento vynález zahŕňa aj použitie protilátok alebo ich väzobných fragmentov, ktoré nepredstavujú komplementárne viazanie.
Ligandový skríning použitím cytokínového receptora alebo jeho fragmentov sa môže uskutočňovať na identifikáciu molekúl, ktoré majú väzobnú afinitu voči receptorom. Následné biologické testy sa potom môžu využiť na stanovenie toho, či pravdepodobný ligand môže poskytnúť kompetitívne viazanie, ktoré môže blokovať vlastnú stimulačnú aktivitu. Receptorové fragmenty sa môžu použiť ako blokátor alebo antagonista na blokovanie aktivity ligandu. Podobne, zlúčenina, majúca vlastnú stimulačnú aktivitu, môže aktivovať receptor a je teda agonistom, pretože stimuluje aktivitu ligandu, napr. indukuje signalizáciu. Tento vynález ďalej zahŕňa terapeutické použitie protilátok proti cytokínovým receptorom ako antagonistov.
Množstvá reakčných činidiel budú závisieť na mnohých rozličných faktoroch vrátane spôsobu podávania, cieľového miesta, fyziologickej životnosti reakčného činidla, farmakologickej životnosti, fyziologického stavu pacienta a iných podávaných liekov. Takže liečebné dávky by mali byť titrované tak, aby bola optimalizovaná bezpečnosť a účinnosť. Typicky, dávky používané in vitro môžu poskytnúť užitočný návod pri množstvách užitočných na in situ podávanie týchto reakčných činidiel. Testovanie účinných dávok na liečbu konkrétnych porúch na zvieratách poskytne ďalšiu predbežnú indikáciu humánnej dávky. Rôzne prístupy sú
-52opísané napr. v Gilman a ďalší (vyd. 1990) Goodman a Gilman's: The Pharmacological Bases of Therapeutics, 8. vyd., Pergamon Press; a Remington's Pharmaceutical Sciences, 17. vyd. (1990), Mack Publishing Co., Easton, Penn.; pričom každá z týchto publikácií je tu zahrnutá prostredníctvom jej citácie. Spôsoby podávania sú diskutované tu a nižšie, napr. orálne, intravenózne, intraperitoneálne alebo intramuskulárne podanie, transdermálna difúzia a iné. Farmaceutický prijateľné nosiče budú zahŕňať vodu, fyziologický roztok, tlmivé roztoky a iné opísané zlúčeniny, napr. zlúčeniny uvedené v Merck Index, Merck & Co., Rahway, New Jersey. Kvôli pravdepodobnosti vysoko afinitného viazania alebo obratovým množstvám, medzi pravdepodobným ligandom a jeho receptormi, na začiatku by sa mala očakávať účinnosť nízkych dávok týchto reakčných činidiel. Takže obvykle by sa malo očakávať, že dávkové rozsahy budú v množstvách nižších ako ImM koncentrácie, typicky nižších ako približne 10μΜ koncentrácie, zvyčajne nižších ako približne 100 nM, výhodne nižších ako približne 10 pM (pikomolov) a najvýhodnejšie nižších ako približne 1 fM (femtomol), s príslušným nosičom. Na kontinuálne podávanie sa často budú využívať formulácie s pomalým uvoľňovaním alebo zariadenia s pomalým uvoľňovaním.
Cytokínové receptory, ich fragmenty, a protilátky alebo ich fragmenty, antagonisty a agonisty, môžu byť podávané priamo hostiteľovi, ktorý sa má liečiť alebo, v závislosti na veľkosti zlúčenín, môže byť želateľné konjugovať ich s nosičovými proteínmi, ako napríklad ovalbumínom alebo sérovým albumínom, pred ich podaním. Terapeutické formulácie sa môžu podávať v mnohých bežných dávkových formuláciách. Hoci je možné, aby sa aktívna zložka podávala samostatne, výhodné je, ak je vo forme farmaceutickej formulácie. Formulácie zahŕňajú aspoň jednu aktívnu zložku, ako je definovaná vyššie, spolu s jedným alebo viacerými prijateľnými nosičmi. Každý nosič musí byť tak farmaceutický, ako aj fyziologicky prijateľný v tom zmysle, že musí byť kompatibilný s inými zložkami a nesmie poškodzovať pacienta. Formulácie zahŕňajú tie, ktoré sú vhodné na orálne, rektálne, nazálne alebo parenterálne (vrátane subkutánneho, intramuskulárneho, intravenózneho a intradermálneho) podanie. Je vhodné, ak sú formulácie prezentované v jednotkovej dávkovej forme a môžu byť pripravené spôsobmi dobre známymi v oblasti farmácie. Pozri napr. Gilman a ďalší (vyd. 1990) Goodman and
-53Gilman's: The Pharmacological Bases of Therapeutics, 8. vyd., Pergamon Press; and Remington's Pharmaceutical Sciences, 17. vyd. (1990), Mack Publishing Co., Easton, Penn.; Avis a ďalší (vyd. 1993) Pharmaceutical Dosage Forms ; Parenteral Medications Dekker, NY; Lieberman a ďalší (vyd. 1990) Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets Dekker, NY; a Lieberman a ďalší (vyd. 1990) Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems Dekker, N Y. Terapia podľa tohto vynálezu môže byť kombinovaná s alebo použitá v spojení s inými terapeutickými činidlami, najmä agonistami alebo antagonistami iných členov cytokínovej receptorovej rodiny.
IX. Skríning
Skríning liečiv použitím DCRS5 alebo jej fragmentov sa môže uskutočňovať na identifikáciu zlúčenín, ktoré majú väzobnú afinitu voči receptorovej podjednotke, vrátane izolácie asociovaných zlúčenín. Následné biologické testy potom môžu byť využité na stanovenie toho, či má zlúčenina vlastnú stimulačnú aktivitu a či je teda blokátorom alebo antagonistom tým, že blokuje aktivitu ligandu. Okrem toho súlad medzi p40/IL-B30 ligandom a funkčným receptorom DCRS3 s IL-12Rpi, umožňuje skríning antagonistov a agonistov s pozitívnou kontrolou signálu. Môže sa uskutočňovať skríning malých molekúl alebo protilátok.
Jeden spôsob na skríning liečiv využíva eukaryotické alebo prokaryotické hostiteľské bunky, ktoré sú stabilne transformované rekombinantnými DNA molekulami exprimujúcimi DCRS5 v kombinácii s inou cytokínovou receptorovou podjednotkou, napr. IL-12Rp1. Verí sa, že signalizácia využíva STAT4. Môžu sa izolovať bunky, ktoré exprimujú receptor izolovane od iných funkčných receptorov. Takéto bunky, buď živé, alebo vo fixovanej forme, sa môžu použiť na štandardné protilátka/antigén alebo ligand/receptor väzobné testy. Pozri aj Parce a ďalší (1989) Science 246: 243-247; a Owicki a ďalší, (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 4007-4011, ktoré opisujú citlivé metódy na detekciu bunkových odpovedí. Výnimočne užitočné sú kompetitívne testy, pri ktorých sa bunky kontaktujú a inkubujú so značeným receptorom alebo protilátkou, ktoré majú známu väzobnú afinitu voči ligandu, ako napríklad 125l-protilátkou, a s testovanou vzorkou, ktorej väzobná afinita voči viažucej zlúčenine sa meria. Naviazané a voľné označené väzobné kompozície sa potom oddelia, aby sa zhodnotil stupeň viazania. Množstvo
-54naviazanej testovanej zlúčeniny je nepriamo úmerné hodnote viazania značeného receptora na známy zdroj. Je možné použiť mnohé techniky na oddelenie naviazaného od voľného ligandu, aby sa určil stupeň viazania ligandu. Tento separačný krok by mohol typicky zahŕňať postup, ako napríklad adherovanie na filtre, po ktorom nasleduje premývanie, adherovanie na plast, po ktorom nasleduje premývanie, alebo centrifugácia bunkových membrán. Živé bunky by mohli byť použité aj na skríning účinkov liečiv na cytokínom sprostredkované funkcie, napr. STAT4 signalizáciu a iné. Niektoré detekčné metódy umožňujú elimináciu separačného kroku, napr. proximálny senzitívny detekčný systém.
Široký rozsah tohto vynálezu je najlepšie pochopiteľný prostredníctvom odvolania sa na nasledujúce príklady, ktoré nie sú mienené ako obmedzenie vynálezu na konkrétne uskutočnenia.
Príklady uskutočnenia vynálezu
I. Všeobecné metódy
Niektoré štandardné metódy sú opísané alebo spomenuté napr. v Maniatis, a ďalší (1982) Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Press; Sambrook a ďalší (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, (2. vyd.), zv. 1-3, CSH Press, NY; alebo Ausubel, a ďalší (1987 a dodatky) Current Protocols in Molecular Biology, Greene/Wiley, New York. Metódy na purifikáciu proteínu zahŕňajú také metódy ako precipitácia na sírane amónnom, kolónová chromatografia, elektroforéza, centrifugácia, kryštalizácia a iné. Pozri napr. Ausubel a ďalší (1987 a periodické dodatky); Coligan a ďalší (vyd. 1996) a periodické dodatky, Current Protocols In Protein Science Greene/Wiley, New York; Deutscher (1990) Guide to Protein Purification v Methods in Enzymology, zv. 182, a iné zväzky v tejto sérií; a literatúra výrobcov o použití produktov na purifikáciu proteínov, napr. Pharmacia, Piscataway, N. J., alebo Bio-Rad, Richmond, CA. Kombinácia s rekombinantnými technikami umožňuje fúziu s príslušnými segmentami, napr. s FLAG sekvenciou alebo ekvivalentnou sekvenciu, ktoré môžu byť fúzované prostredníctvom sekvencie odstrániteľnej proteázou. Pozri napr. Hochuli (1990) Purification of Recombinant Proteins with Metal Chelate Absorbent
-55v Setlow (vyd.) Genetic Engineering, Principle and Methods 12: 87- 98, Plénum
Press, N. Y.; a Crowe a ďalší (1992) QIAexpress: The High Level Expression &
Protein Purification System QUIAGEN, Inc., Chatsworth, CA.
Počítačová sekvenčná analýza sa uskutočňuje napr. použitím dostupných softwarových programov, vrátene programom od GCG (U. Wisconsin) a GenBank zdrojov. Taktiež sa používali zverejnené sekvenčné databázy, napr. od GenBank a iných.
Mnohé techniky aplikovateľné na IL-10 receptory sa môžu aplikovať na DCRS5, ako je opísané napr. v US patente č. 5789192 (IL-10 receptor), ktorý je tu zahrnutý prostredníctvom jeho citácie.
II. Funkčné klonovanie
Pozorovalo sa, že anti-hlL-12Rp1 protilátka blokuje odpovede ľudských T buniek na p40/IL-B30, a že p40/IL-B30 sa viaže na IL-12RP1. Z toho vyplývalo, že IL-12Rp1 je jednou podjednotkou receptorového komplexu pre p40/IL-B30.
Identifikovala sa populácia myšacích T buniek, ktorá odpovedala na p40/ILB30, ale neodpovedala na IL-12, a iná populácia, ktorá odpovedala na IL-12, ale neodpovedala na p40/IL-B30. Okrem toho sa pozorovalo, že Ba/F3 bunky exprimujúce rekombinantnú mlL-12Rp1 a mlL-12Rp2 odpovedajú na IL-12, ale nie na p40/IL-B30. Z týchto výsledkov spoločne vyplývalo, že receptorový komplex pre p40/IL-B30 obsahuje IL-12RP1 a aspoň jednu inú podjednotku, ktorou nie je IL12β2. V súlade s tým sa navrhla expresná klonovacia stratégia na izoláciu tohto druhého receptorového komonentu.
cDNA knižnica sa pripravila z mRNA izolovanej z Kit225 buniek, IL-2 dependentnej ľudskej T bunkovej línie, ktorá reaguje tak na IL-12, ako aj na p40/ILB30. cDNA knižnica sa vyrobila použitím retrovírusového expresného vektora pMX. Ba/F3 bunky exprimujúce rekombinantnú hlL-12Rp1 sa infikovali s touto cDNA knižnicou, nechali sa zotavovať 3 až 4 dní v IL-3, potom sa premyli a naniesli sa na 96-jamkové platne v množstve 15000 buniek na jamku v médiu obsahujúcom 50 ng/ml hyper-hp40/hlL-B30. Pozri WO 01/18051. Do kultúr sa každých 5 dní pridával ďalší hyper-hp40/hlL-B30. Po približne dvoch týždňoch vykazovalo bunkový rast 5
-56až 10 % jamiek. Bunky sa izolovali z každej jamky, jednotlivo sa expandovali na väčšie kultúry v hyper-hp40/hlL-B30 a testovali sa z hľadiska závislosti rastu na hyper-hp40/hlL-B30.
Bunky, ktorých rast bol závislý na p40/IL-B30, sa analyzovali prostredníctvom PCR na retrovírusové cDNA inzerty. Z viac ako 40 analyzovaných izolátov všetky, okrem jedného, obsahovali cDNA kódujúce novú receptorovú DCRS5. Táto kandidátska humánna cDNA sa klonovala v expresnom vektore a transfekovala sa do Ba/F3 buniek exprimujúcich hlL-12Rpi. Tieto bunky sa stali responzívnymi na p40/IL-B30, na základe čoho sme urobili záver, že nová cDNA kóduje požadovanú DCRS5, funkčnú IL-B30 receptorovú podjednotku.
III. Znaky kompletnej DCRS5; chromozomálna lokalizácia
Cytoplazmatická doména DCRS5 nie je celkovo blízko príbuzná s inými cytoplazmatickými doménami cytokínových receptorov, spoločným znakom v tejto rodine molekúl. Cytoplazmatická doména obsahuje sedem tyr zvyškov, z ktorých aspoň tri sú časťou rozoznávaných SH2-väzobných motívov: YEDI, YKPQ a YFPQ. YEDI motív je podobný s identifikovanými väzobnými miestami pre tyrozín fosfatázu shp2. Druhé dva motívy sú veľmi podobné so sekvenciami, o ktorých je známe, že viažu Statl/Stat3, respektíve Stat3. YKPQ motív sa spolu s ohraničujúcimi sekvenciami podobá do určitého stupňa motívom v Stat4 a v IL-12Rpi, o ktorých je známe, že viažu Statl-3. To je v súlade z predchádzajúcimi údajmi naznačujúcimi, že p40/IL-B30, podobne ako IL-12, aktivuje Stat4.
PCR primery odvodené od DCRS5 sekvencie sa používajú na sondovanie ľudskej cDNA knižnice. Sekvencie môžu byť odvodené napr. z tabuľky 1, výhodne sú to sekvencie v blízkosti konca sekvencií. Kompletné cDNA pre primátovú, hlodavčiu a iné druhy DCRS5 sa klonujú napr. prostredníctvom DNA hybridizačného skríningu Xgt10 fága. PCR reakcie sa uskutočňujú použitím T. aquaticus Tagplus DNA polymerázy (Stratagene) v príslušných podmienkach.
Pripravia sa chromozómové stery. Uskutoční sa in situ hybridizácia na chromozómových prípravkoch získaných z fytohemaglutinínom stimulovaných ľudských lymfocytov kultivovaných 72 hodín. Na posledných sedem hodín kultivácie
-57sa pridá 5-brómdeoxyuridín (60 pg/ml média), aby sa zaistila posthybridizácia chromozomálnych pásov v dobrej kvalite.
PCR fragment, amplifikovaný pomocou primérov, sa klonuje do príslušného vektora. Vektor sa označí nick-transláciou s 3H. Rádioaktívne značená sonda sa hybridizuje s metafázovými stermi v konečnej koncentrácii 200 ng/ml hybridizačného roztoku, ako je opísané v Mattei a ďalší (1985) Hum. Genet. 69: 327-331.
Po porytí s nukleárnou track emulziou (KODAK NTB2) sa rezy exponujú. Aby sa zabránilo skízavaniu strieborných zrniek v priebehu páskovania, chromozómové stery sa najprv farbia tlmeným Giemsovým roztokom a fotografujú sa v metafáze. R-páskovanie sa potom uskutočňuje metódou fluórchrómfotolýzy-Giemsa (FPG) a metafázy sa opäť fotografujú pred analýzou.
Podobné vhodné metódy sa používajú pre iné druhy.
IV. Lokalizácia DCRS5 mRNA
Ľudské multiplicitné tkanivo (kat. č. 1,2) a bloty rakovinovej bunkovej línie (kat. č. 7757-1), obsahujúce približne 2 pg poly(A)+RNA na dráhu, sa nakúpili od Clontech (Palo Alto, CA). Sondy sa rádioaktívne označili s [a-32P] dATP napr. použitím Amersham Rediprime random primerového značkovacieho kitu (RPN1633). Uskutočnila sa predhybridizácia a hybridizácie napr. pri 65 °C v 0,5M Na2HPC>4, 7% SDS, 0,5M EDTA (pH 8,0). Uskutočňovali sa premývania za veľmi prísnych podmienok, napr. pri 65 °C s dvoma počiatočnými premývaniami v 2x SSC, 0,1% SDS 40 minút, po ktorých nasledovalo premývanie v 0,1xSSC, 0,1% SDS 20 min. Membrány sa potom exponovali pri -70 °C na róntgenový film (Kodak) v prítomnosti intenzifikovaných tienidiel. Podrobnejšie štúdie prostredníctvom cDNA knižnicových Southern blotov sa uskutočnili s vybranými vhodnými humánnymi DCRS5 klonmi, aby sa skúmala ich expresia v hemopoetických alebo iných podtriedach buniek.
Alternatívne sa z tabuľky 1 vybrali dva vhodné priméry. RT-PCR sa použila na vhodnú mRNA vzorku selektovanú na prítomnosť kódu na produkciu cDNA, napr. vzorku, ktorá exprimuje gén.
-58Kompletné klony sa môžu izolovať hybridizáciou cDNA knižníc z príslušných tkanív vopred selektovaných prostredníctvom PCR signálu. Môžu sa uskutočniť
Northern bloty.
Správa pre gény kódujúce DCRS5 sa bude testovať prostredníctvom vhodnej technológie, napr. prostredníctvom PCR, imunotestom, hybridizáciou alebo inak. Tkanivové a orgánové cDNA prípravy sú dostupné napr. od Clontech, Mountain View, CA. Ako bolo opísané, je užitočná identifikácia zdrojov prirodzenej expresie. A identifikácia funkčného receptorového podjednotkového párovania umožňuje predpovedať, aké bunky exprimujú kombináciu receptorových podjednotiek, ktorej výsledkom bude fyziologická responzívnosť na každý z cytokínových ligandov.
Na určenie myšacej distribúcie sa môže uskutočňovať napr. Southern analýza: DNA (5 pg) z primárne amplifikovanej cDNA knižnice sa poštiepila s príslušnými reštrikčnými enzýmami, aby sa uvoľnili inzerty, nechali sa zbehnúť na 1% agarózovom géli a preniesli sa na nylonovú membránu (Schleicher and Schuell, Keene, NY).
Vzorky na izoláciu myšacej mRNA môžu zahŕňať: myšaciu fibroblastovú L bunkovú líniu v pokojovom štádiu (C200); Braf:ER (Braf fúziu s estrogénovým receptorom) transfekované bunky, kontrolu (C201); T bunky, TH1 polarizované (Mell4 jasný, CD4+ bunky zo sleziny, polarizované 7 dní s IFN-γ a anti-IL-4; T200); T bunky, TH2 polarizované (Mell4 jasný, CD4+ bunky zo sleziny, polarizované 7 dní s IL-4 a anti-IFN-γ; T201); T bunky, vysoko TH1 polarizované (pozri Openshaw a ďalší (1995) J. Exp. Med. 182: 1357-1367); aktivované s anti-CD3 2, 6, 16 h, spojené; T202); T bunky, vysoko TH2 polarizované (pozri Openshaw a ďalší (1995) J. Exp. Med. 182: 1357-1367; aktivované s anti-CD3 2, 6,16 hodín, spojené; T203); CD44-CD25+ pre T bunky, prebrané z týmusu (T204); TH1 T bunkový kloň D1.1, odpočívajúci 3 týždne po poslednej stimulácii s antigénom (T205); TH1 T bunkový kion D 1.1, 10 μg/ml ConA stimulovaný 15 hodín (T206); TH2 T bunkový kloň CDC35, odpočívajúci 3 týždne po poslednej stimulácii s antigénom (T207); TH2 T bunkový kloň CDC35, 10 pg/ml ConA stimulovaný 15 hodín (T208); Mell4+ naivné T bunky zo sleziny, v pokojovom štádiu (T209); Mell4+ T bunky, polarizované na TH1 s IFN-y/IL-12/anti-IL-4 6, 12, 24 hodín, spojené (T210); Mell4+ T bunky polarizované na Th2 s IL-4/anti-IFN-y 6, 13, 24 hodín, spojené (T211); nestimulované zrelé B
-59bunky leukemickej bunkovej línie A20 (B200); nestimulovaná B bunková línia CH 12 (B201); nestimulovaná veľké B bunky zo sleziny (B202); B bunky z celkovej sleziny, LPS aktivované (B203); metrizamidom obohatené dentritické bunky zo sleziny, v pokojovom štádiu (D200); dentritické bunky z kostnej drene, v pokojovom štádiu (D201); monocytová bunková línia RAW 264.7 aktivovaná s LPS 4 hodiny (M200); makrofágy kostnej drene derivované s GM a M-CSF (M201); makrofágová bunková línia J774, v pokojovom štádiu (M202); makrofágová bunková línia J774 + LPS + anti-IL-10 izolovaná po 0,5, 1, 3, 6, 12 hodinách, spojená (M203); makrofágová bunková línia J774 + LPS + IL-10 izolovaná po 0,5, 1, 3, 5, 12 hodinách (M204); aerosólom iniciované myšacie pľúcne tkanivo, Th2 primery, aerosól OVA iniciácia, spojené po 7, 14, 23 hodinách (pozri Garlis a ďalší (1995) Clinical Immunology and Immunopathology 75: 75-83; X206); pľúcne tkanivo infikované s Nippostrongulus (pozri Coffman a ďalší (1989) Science 245: 308-310; X200); celkové dospelé pľúca, normálne (0200); celkové pľúca, rag-1 (pozri Schwarz a ďalší (1993) Immunodeficiency 4: 249-252; 0205); IL-10 ΚΌ. slezina (pozri Kuhn a ďalší (1991) Celí 75: 263-274; X201); celková dospelá slezina, normálna (0201); celková slezina, rag-1 (0207); IL-10 K.O. Peyerové plaky (0202); celkové Peyerové plaky, normálne (0210); IL-10 K.O. mezentrické lymfatické uzliny (X203); celkové mezentrické lymfatické uzliny, normálne (0211); IL-10 K.O. hrubé črevo (X203); celkové hrubé črevo, normálne (0212); NOD myšací pankreas (pozri Makino a ďalší (1980) Jikken Dobutsu 29: 1-13; X205); celkový týmus rag-1 (0208); celková oblička, rag-1 (0209); celkové srdce, rag-1 (0202); celkový mozog, rag-1 (0203); celkové semenníky, rag-1 (0204); celková pečeň, rag-1 (0206); normálne potkanie spojivové tkanivo, 0300); a potkanie artritické spojivové tkanivo (X300).
Vzorky na izoláciu humánnej mRNA môžu zahŕňať: periférne krvné mononukleárne bunky (monocyty, T bunky, NK bunky, granulocyty, B bunky), v pokojovom štádiu (T100); periférne krvné mononukleárne bunky, aktivované s antiCD3 a spojené po 2, 6, 12 hodinách (T101); T bunky, THO kloň Mot 72, v pokojovom štádiu (T102); T bunky, THO kloň Mot 72, aktivované s anti-CD28 a antiCD3 3, 6, 12 hodín, spojené (T103); T bunky, THO kloň Mot 72, anergicky ošetrované so špecifickým peptidom 2, 7, 12 hodín, spojené (T104); T bunky, TH1 kloň HY06, v pokojovom štádiu (T107); T bunky, TH1 kloň HY06, aktivované s anti-60CD28 a anti-CD3 3, 6, 12 hodín, spojené (T108); T bunky, TH1 kloň HY06, anergicky ošetrované so špecifickým peptidom 2, 6, 12 hodín, spojené (T109); T bunky, TH2 kloň HY935, v pokojovom štádiu (T110); T bunky, TH2 kloň HY395, aktivované s anti-CD28 a anti-CD3 2, 7, 12 hodín, spojené (Till); T bunky CD4+CD45RO-T bunky polarizované 27 dní s anti-CD28, IL-4 a anti-IFN-γ, TH2 polarizované, aktivované s anti-CD3 a anti-CD28 4 hodiny (T116); T bunkové nádorové línie Jurkat a Hut78, v pokojovom štádiu (T 117); T bunkové klony, spojené AD130.2, Tc783.12, Tc783.13, Tc783.58, Tc782.69, v pokojovom štádiu (T118); T bunkové náhodné γδ T bunkové klony, v pokojovom štádiu (T119); splenocyty, v pokojovom štádiu (B100); splenocyty, aktivované s anti-CD40 a IL-4 (B101); B bunkové EBV línie, spojené WT49, RSB, JY, CVIR, 721.221, RM3, HSY, v pokojovom štádiu (B102); B bunková línia JY, aktivovaná s PMA a ionomycínom 1, 6 hodín, spojené (B 103); NK 20 klony, spojené, v pokojovom štádiu (K100); NK 20 klony, spojené, aktivované s PMA a ionomycínom 6 hodín (K101); NKL kloň, získaný od pacientov s periférnou leukémiou LGL, ošetrené s IL-2 (K106); NK cytotoxický kloň 640-A30-1, v pokojovom štádiu (K107); hematopoetická prekurzorová línia TF1, aktivovaná s PMA a ionomycínom 1, 6 hodín, spojená (C100); U937 premonocytová línia, v pokojovom štádiu (M100); U937 premonocytová línia, aktivovaná s PMA ionomycínom 1, 6 hodín, spojená (M101); preprané monocyty, aktivované s LPS, IFN-γ, anti-IL-10 1, 2, 6, 12, 24 hodín, spojené (M102); preprané monocyty, aktivované s LPS, IFN-γ, IL-10 1, 2, 6, 12, 24 hodín, spojené (M103); preprané monocyty, aktivované s LPS, IFN-γ, anti-IL-10 4, 16 hodín, spojené (M106); preprané monocyty, aktivované s LPS, IFN-γ, IL-10 4, 16 hodín, spojené (M107); preprané monocyty, aktivované s LPS 1 hodinu (M108); preprané monocyty, aktivované s LPS 6 hodín (M109); DC 70% CD1a+, z CD34+ GM-CSF, TNFa 12 dní, v pokojovom štádiu (D101); DC 70% CD1a+, z CD34+ GMCSF, TNFa 12 dní, aktivované s PMA a ionomycínom 1 hodinu (D102); DC 70% CD1a+, z CD34+ GM-CSF, TNFa 12 dní, aktivované s PMA a ionomycínom 6 hodín (D103); DC 95% CD1a+, z CD34+ GM-CSF, TNFa 12 dní FACS roztriedené, aktivované s PMA a ionomycínom 1, 6 hodín, spojené (D104); DC 95% CD1a+, z CD34+ GM-CSF, TNFa 12 dní FACS roztriedené, aktivované s PMA a
-61 ionomycínom 1, 6 hodín, spojené (D105); DC CD1a+ CD86+, z CD34+ GM-CSF, TNFa 12 dní FAC roztriedené, aktivované s PMA a ionomycínom 1, 6 hodín, spojené (K106); DC z monocytov GM-CSF, IL-4 5 dní, v pokojovom štádiu (D107); DC z monocytov GM-CSF, IL-4 5 dní, v pokojovom štádiu (D108); DC z monocytov GM CSF, IL-4 5 dní aktivované s LPS 4, 16 hodín, spojené (D109); DC z monocytov GM-CSF, IL-4 5 dní, aktivované s TNFa, monocytový šupe 4, 16 hodín, spojené (D110); leiomyómový Ll 1 benígny nádor (X101); normálne myometrium M5 (0115); malígny leiomyosarkóm GS1 (X103); pľúcna fibroblastová sarkómová línia MRC5, aktivovaná s PMA a ionomycínom 1, 6 hodín, spojená (C101); obličková epiteliálna karcinómová bunková línia CHA, aktivovaná s PMA a ionomycínom 1, 6 hodín, spojená (C102); obličky 28 týždňového plodu (0100); pľúca 28 týždňového plodu (0101); pečeň 28 týždňového plodu (0102); srdce 28 týždňového plodu (0103); mozog 28 týždňového plodu (0104); žlčník 28 týždňového plodu (0106); tenké črevo 28 týždňového plodu (0107); tukové tkanivo 28 týždňového plodu (0108); vaječník 25 týždňového plodu (0109); maternica 25 týždňového plodu (0110); semenník28 týždňového plodu (0111); slezina 28 týždňového plodu (0112); dospelá placenta (0113); zapálená mandľa od 12 ročného dieťaťa (X100).
Podobné vzorky môžu byť na hodnotenie izolované z iných druhov.
V. Klonovanie druhových náprotivkov DCRS5
Rôzne stratégie sa používajú na získanie druhových náprotivkov DCRS5, výhodne z primátov a hlodavcov. Jedným spôsobom je krížová hybridizácia použitím blízko príbuzných druhových DNA sond. Môže byť užitočný na prechod na evolučné podobné druhy, ako prechodný krok. Iný spôsob sa uskutočňuje prostredníctvom použitia špecifických PCR primérov a je založený na identifikácii blokov podobnosti alebo rozdielnosti medzi génmi, napr. oblastí vysoko konzervatívnej alebo nekonzervatívnej polypeptidovej alebo nukieotidovej sekvencie.
Prieskumy databáz môžu identifikovať podobné sekvencie a umožniť produkciu vhodných sond.
-62VI. Produkcia cicavčieho DCRS5 proteínu
Skonštruuje sa vhodný, napr. GST, fúzovaný konštrukt na expresiu napr. v E. coli. Napríklad sa skonštruuje myšací IGIF pGex plazmid a transformuje sa do E. coli. Čerstvo transformované bunky rastú napr. v LB médiu obsahujúcom 50 pg/ml ampicilínu a indukujú sa s IPTG (Sigma, St. Louis, MO). Po inkubovaní cez noc sa baktérie zozbierajú a pelety obsahujúce DCRS5 proteín sa izolujú. Pelety sa homogenizujú napr. v TE tlmivom roztoku (50 mM Tris-bázy pH 8,0, 10 mM EDTA and 2 mM pefabloc) v 2 litroch. Tento materiál sa trikrát pasážuje cez mikrofluidizér (Microfluidics, Newton, MA). Skvapalnený supernatant sa centrifuguje na Sorvall GS-3 rotor 1 hodinu pri 13000 ot./min. Výsledný supernatant obsahujúci cytokínový receptorový proteín sa prefiltruje a pasážuje sa na glutatión-SEPHAROSE kolóne ekvilibrovanej v 50 mM Tris-bázy pH 8,0. Frakcie obsahujúce DCRS5-GST fúzovaný proteín sa spoja a poštiepia napr. s trombínom (Enzýme Research Laboratories, Inc., South Bend, IN). Poštiepené spojené frakcie sa potom prepasážujú na Q-SEPHAROSE kolóne ekvilibrovanej v 50 mM Tris-bazy. Frakcie obsahujúce DCRS5 sa spoja a nariedia v studenej destilovanej H2O, aby sa znížila vodivosť, a znova sa prepasážujú cez čerstvú Q-Sepharose kolónu, samostatne alebo aj cez imunoafinitnú protilátkovú kolónu. Frakcie obsahujúce DCRS5 proteín sa spoja, rozdelia sa na alikvóty a uskladnia sa pri -70 °C.
Porovnanie CD spektra s cytokínovým receptorovým proteínom môže naznačiť, že proteín je správne poskladaný. Pozri Hazuda a ďalší (1969) J. Biol. Chem. 264:1689-1693.
VII. Príprava DCRS5 špecifických protilátok
Inbredné Balb/c myši sa imunizujú intraperitoneálne s rekombinantnými formami proteínu, napr. purifikovaným DCRS5 alebo stabilne transfekovanými NIH3T3 bunkami. Zvieratá sa stimulujú v príslušných časových bodoch s proteínom, s alebo bez ďalšieho adjuvans, aby sa lepšie stimulovala produkcia protilátok. Izoluje sa sérum, alebo sa vyprodukujú hybridómy z izolovaných slezín.
Alternatívne, Balb/c myši sa imunizujú s bunkami transformovanými génom alebo jeho fragmentárni, buď endogénnymi, alebo exogénnymi bunkami, alebo s izolovanými membránami obohatenými z hľadiska expresie antigénu. V príslušnom
-63čase sa izoluje sérum, typicky po mnohých ďalších podaniach. Užitočné môžu byť rôzne génové terapeutické techniky, napr. pri produkcií proteínu in situ na generovanie imunologickej odpovede. Sérové alebo protilátkové prípravky sa môžu krížovo absorbovať alebo imunoselektovať, aby sa pripravili v podstate purifikované protilátky s definovanou špecificitou a vysokou afinitou.
Môžu sa vyrobiť monoklonálne protilátky. Napríklad, splenocyty sa fúzujú s vhodným fúzovacím partnerom a hybridómy sa selektujú v rastovom médiu štandardnými postupmi. Hybridómové supernatanty sa skrínujú na prítomnosť protilátok, ktoré sa viažu na DCRS5, napr. prostredníctvom ELISA alebo iným testom. Môžu sa selektovať alebo pripraviť protilátky, ktoré špecificky rozoznávajú DCRS5 uskutočnenia.
Pri inom spôsobe sa syntetické peptidy alebo purifikovaný proteín prezentujú imunitnému systému, aby sa generovali monoklonálne alebo polyklonálne protilátky. Pozri napr. Coligan (vyd. 1991) Current Protocols in Immunology Wiley/Greene; a Harlow and Lane (1989) Antibodies: A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Press. Vo vhodných situáciách sa väzobné reakčné činidlo buď označí, ako je opísané vyššie, napr. fluorescenčné alebo iným spôsobom, alebo sa imobilizuje na substrát, aby sa mohli uskutočňovať panning spôsoby. Nukleové kyseliny sa môžu začleniť do buniek vo zvierati, aby sa produkoval antigén, ktorý slúži na vyvolanie imunitnej odpovede. Pozri napr. Wang a ďalší (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. 90: 4156-4160; Barry a ďalší (1994) BioTechniques 16: 616-619; a Xiang a ďalší (1995) Immunity 2: 129-135.
VIII. Produkcia fúzovaných proteínov s DCRS5
Rôzne fúzované konštrukty sa vyrábajú s DCRS5, vrátane uskutočnení, v ktorých sa kombinuje s IL-12Rpi sekvenciou. Časť príslušného génu sa fúzuje s epitopovým príveskom, napr. FLAG príveskom, alebo s dvojhybridným systémovým konštruktom. Pozri napr. Fields a Song (1989) Náture 340: 245-246.
Epitopový prívesok sa môže použiť na expresný klonovací postup s detekciu prostredníctvom anti-FLAG protilátok, aby sa detegoval väzobný partner, napr. ligand pre príslušný cytokínový receptor. Dvojhybridný systém môže byť použitý aj na izoláciu proteínov, ktoré sa špecificky viažu na DCRS5.
-64IX. Vzťah štruktúry a aktivity
Informácia o nevyhnutnosti konkrétnych zvyškov sa determinuje použitím štandardných postupov a analýz. Uskutočňuje sa štandardná mutagenézová analýza, napr. prostredníctvom generovania mnohých rozličných variantov v daných polohách, napr. vo vyššie uvedených polohách, a hodnotia sa biologické aktivity variantov. To sa môže uskutočňovať v rozsahu determinovania polôh, ktoré modifikujú aktivitu, alebo je možné zameranie na špecifické polohy, aby sa determinovali zvyšky, ktoré môžu byť substituované buď na účely zachovania, alebo blokovania, alebo modulácie biologickej aktivity.
Alternatívne môže z analýzy prirodzených variantov vyplynúť, ktoré polohy tolerujú prirodzené mutácie. To môže byť výsledkom populačnej analýzy odchýlok medzi jedincami alebo kmeňmi alebo druhmi. Vzorky od vybraných jedincov sa analyzujú, napr. PCR analýzou, a sekvenujú. To umožňuje hodnotenie populačných polymorfizmov.
X. Koexpresia DCRS5 a IL-12Rpi
Vektor alebo vektory, kódujúce príslušné gény, sa môžu transfekovať do bunky. Výhodne bude mať takýto vektor selekčné markery na identifikáciu buniek, ktoré boli úspešne transformované. Koexpresia dvoch génov umožní génovým produktom správne sa asociovať a vytvoriť aktívne receptorové komplexy.
Alternatívne je dostupné použitie metód spôsobujúcich asociáciu funkčných dimérov. Pozri napr. O'Shea a ďalší (1989) Science 245: 646-648; Kostelny a ďalší (1992) J. Immunol. 148: 1547-1553; a Patel a ďalší (1996) J. Biol. Chem. 271: 30386-30391. Expresia extracelulárnych domén a fyzikálna asociácia, napr. sprostredkovaná afinitou Fos/Jun leucínového zipsu, bude viesť k ligandovým väzobným konštruktom, ktoré by mohli slúžiť ako väzobné zlúčeniny na diagnostické alebo terapeutické použitia.
Všetky tu uvedené citácie sú tu zahrnuté prostredníctvom ich referencie v rovnakom rozsahu ako keby bola každá publikácia alebo prihláška vynálezu konkrétne a jednotlivo uvedená.
Je možné urobiť mnohé modifikácie a variácie tohto vynálezu bez toho, aby sa vybočilo z ducha a rozsahu vynálezu, ako bude zrejmé priemernému odborníkovi
-65v oblasti. Tu opísané konkrétne uskutočnenia sú poskytnuté len ako príklad a vynález je obmedzený len pripojenými nárokmi spolu s celým rozsahom ekvivalentov, ktoré vyplývajú z nárokov. Vynález nie je obmedzený konkrétnymi uskutočneniami, ktoré sú tu prezentované len ako príklady.
-66Zoznam sekvencií <110> Schering Corporation <120> Cicavčie receptorové proteíny, príbuzné reakčné činidlá a spôsoby <130> DX01074 <140> PCT/US01/15057 <150> US 60/203426 <151 >2000-05-10 <160> 5 <170> Patentln Ver. 2.0 <210> 1 <211 >2859 <212> DNA <213> neznámy <220>
<223> Opis neznámeho organizmu: primát; predpokladá sa, že Homo sapiens <220>
<221>CDS <222> (119)..(2005) <220>
<221 > mat peptid <222> (188)..(2005) <220>
<221> rôzne znaky <222> (1)..(2859) <223> Xaa translácie závisia na genetickom kóde <400> 1 gtggtacggg aattccattg tgttgggcag ccaacaaggg tggcagcctg gctctgaagt 60 ggaattatgt gcttcaaaca ggttgaaaga gggaaacagt cttttcctgc ttccagac 118
atg aat c ak gtc act att caa tgg gat gca gta ata gcc ctt tac ata
Met Asn Xaa Val Thr íle Gin Trp Asp Ala Val íle Ala Leu Tyr íle
-20 -15 -10
ctc ttc agc tgg tgt cat gga gga att aca aat ata aac tgc tct ggc
Leu Phe Ser Trp Cys His Gly Gly íle Thr Asn íle Asn Cys Ser Gly
-5 -1 1 5
cac atc tgg gta gaa cca gcc aca att ttt aag atg ggt atg aat atc
His Ile Trp Val Glu Pro Ala Thr Ile Phe Lys Met Gly Met Asn Ile
10 15 20 25
tet ata tat tgc caa gca gca att aag aac tgc caa cca agg aaa ctt
Ser Ile Tyr Cys Gin Ala Ala Ilô Lys Asn Cys Gin Pro Arg Lys Leu
30 35 40
cat ttt tat aaa aat ggc atc aaa gaa aga ttt caa atc aca agg att
His Phe Tyr Lys Asn Gly Ile Lys Glu Arg Phe Gin Ile Thr Arg Ile
45 50 55
aat aaa aca aca get cgg ctt tgg tat aaa aac ttt ctg gaa cca cat
Asn Lys Thr Thr Ala Arg Leu Trp Tyr Lys Asn Phe Leu Glu Pro His
60 65 70
get tet atg tac tgc act get gaa tgt CCC aaa cat ttt caa gag aca
Ala Ser Met Tyr Cys Thr Ala Glu Cys Pro Lys His Phe Gin Glu Thr
75 80 85
ctg ata tgt gga aaa gac att tet tet gga tat ccg cca gat att cct
Leu íle Cys Gly Lys Asp Ile Ser Ser Gly Tyr Pro Pro Asp Ile Pro
90 95 100 105
gat gaa gta acc tgt gtc att tat gaa tat tca ggc aac atg act tgc
Asp Glu Val Thr Cys Val Ile Tyr Glu Tyr Ser Gly Asn Met Thr Cys
110 115 120
acc tgg aat get rgg aag ctc acc tac ata gac aca aaa tac gtg gta
Thr Trp Asn Ala Xaa Lys Leu Thr Tyr Ile Asp Thr Lys Tyr Val Val
125 130 135
cat gtg aag agt tta gag aca gaa gaa gag caa cag tat ctc acc tca
His Val Lys Ser Leu Glu Thr Glu Glu Glu Gin Gin Tyr Leu Thr Ser
140 145 150
age tat att aac atc tcc act gat tca tta caa ggt ggc aag aag tac
Ser Tyr Ile Asn Ile Ser Thr Asp Ser Leu Gin Gly Gly Lys Lys Tyr
155 160 165
ttg gtt tgg gtc caa gca gca aac gca cta ggc atg gaa gag tca aaa
Leu Val Trp Val Gin Ala Ala Asn Ala Leu Gly Met Glu Glu Ser Lys
170 175 180 185
caa ctg caa att cac ctg gat gat ata gtg ata cct tet gca gcc gtc
Gin Leu Gin Ile His Leu Asp Asp Ile Val Ile Pro Ser Ala Ala Val
190 195 200
att tcc agg get gag act ata aat get aca gtg CCC aag acc ata att
Ile Ser Arg Ala Glu Thr Ile Asn Ala Thr Val Pro Lys Thr Ile Ile
205 210 215
tat tgg gat agt caa aca aca att gaa aag gtt tcc tgt gaa atg aga
Tyr Trp Asp Ser Gin Thr Thr Ile Glu Lys Val Ser Cys Glu Met Arg
220 225 230
tac aag get aca aca aac caa act tgg aat gtt aaa gaa ttt gac acc
Tyr Lys Ala Thr Thr Asn Gin Thr Trp Asn Val Lys Glu Phe Asp Thr
235 240 245
aat ttt aca tat gtg caa cag tca gaa ttc tac ttg gag cca aac att
Asn Phe Thr Tyr Val Gin Gin Ser Glu Phe Tyr Leu Glu Pro Asn Ile
250 255 260 265
aag tac gta ttt caa gtg aga tgt caa gaa aca ggc aaa agg tac tgg
Lys Tyr Val Phe Gin Val Arg Cys Gin Glu Thr Gly Lys Arg Tyr Trp
270 275 280
cag cct tgg agt tca ccg ttt ttt cat aaa aca cct gaa aca gtt CCC
Gin Pro Trp Ser Ser Pro Phe Phe His Lys Thr Pro Glu Thr Val Pro
285 290 295
cag gtc aca tca aaa gca ttc caa cat gac aca tgg aat tet ggg cta
Gin Val Thr Ser Lys Ala Phe Gin His Asp Thr Trp Asn Ser Gly Leu
300 305 310
262
310
358
406
454
502
550
598
646
694
742
790
838
886
934
982
1030
1078
1126
aca gtt get tcc atc tet aca ggg cac ctt act tet gac aac aga gga
Thr Val Ala Ser íle Ser Thr Gly His Leu Thr Ser Asp Asn Arg Gly
315 320 325
gac att 99a ctt tta ttg gga atg atc gtc ttt get gtt atg ttg tca
Asp íle Gly Leu Leu Leu Gly Met íle Val Phe Ala Val Met Leu Ser
330 335 340 345
atti ctt tet ttg att ggg ata ttt aac aga tca ttc ega act ggg att
íle Leu Ser Leu íle Gly íle Phe Asn Arg Ser Phe Arg Thr Gly íle
350 355 360
aaa aga agg atc tta ttg tta ata cca aag tgg ctt tat gaa gat att
Lys Arg Arg íle Leu Leu Leu íle Pro Lys Trp Leu Tyr Glu Asp íle
365 370 375
cct aat atg aaa aac age aat gtt gtg aaa atg cta cag gaa aat agt
Pro Asn Met Lys Asn Ser Asn Val Val Lys Met Leu Gin Glu Asn Ser
380 385 390
gaa ctt atg aat aat aat tcc agt gag cag gtc cta tat gtt gat CCC
Glu Leu Met Asn Asn Asn Ser Ser Glu Gin Val Leu Tyr Val Asp Pro
395 400 405
atg att aca gag ata aaa gaa atc ttc atc cca gaa cac aag cct aca
Met íle Thr Glu íle Lys Glu íle Phe íle Pro Glu His Lys Pro Thr
410 415 420 425
gac tac aag aag gag aat aca gga CCC ctg gag aca aga gac tac ccg
Asp Tyr Lys Lys Glu Asn Thr Gly Pro Leu Glu Thr Arg Asp Tyr Pro
430 435 440
caa aac tcg cta ttc gac aat act aca gtt gta tat att cct gat ctc
Gin Asn Ser Leu Phe Asp Asn Thr Thr Val Val Tyr íle Pro Asp Leu
445 450 455
aac act gga tat aaa CCC caa att tca aat ttt ctg cct gag gga age
Asn Thr Gly Tyr Lys Pro Gin íle Ser Asn Phe Leu Pro Glu Gly Ser
460 465 470
cat ctc age aat aat aat gaa att act tcc tta aca ctt aaa cca cca
His Leu Ser Asn Asn Asn Glu íle Thr Ser Leu Thr Leu Lys Pro Pro
475 480 485
gtt gat tcc tta gac tca gga aat aat CCC agg tta caa aag cat cct
Val Asp Ser Leu Asp Ser Gly Asn Asn Pro Arg Leu Gin Lys His Pro
490 495 500 505
aat ttt get ttt tet gtt tca agt gtg aat tca cta age aac aca ata
Asn Phe Ala Phe Ser Val Ser Ser Val Asn Ser Leu Ser Asn Thr íle
510 515 520
ttt ctt gga gaa tta age ctc ata tta aat caa gga gaa tgc agt tet
Phe Leu Gly Glu Leu Ser Leu íle Leu Asn Gin Gly Glu Cys Ser Ser
525 530 535
cct gac ata caa aac tca gta gag gag gaa acc acc atg ctt ttg gaa
Pro Asp íle Gin Asn Ser Val Glu Glu Glu Thr Thr Met Leu Leu Glu
540 545 550
aat gat tca CCC agt gaa act att cca gaa cag acc ctg ctt cct gat
Asn Asp Ser Pro Ser Glu Thr íle Pro Glu Gin Thr Leu Leu Pro Asp
555 560 565
gaa ttt gtc tcc tgt ttg ggg atc gtg aat gag gag ttg cca tet att
Glu Phe Val Ser Cys Leu Gly íle Val Asn Glu Glu Leu Pro Ser íle
570 575 580 585
aat act tat ttt cca caa aat att ttg gaa age cac ttc aat agg att
Asn Thr Tyr Phe Pro Gin Asn íle Leu Glu Ser His Phe Asn Arg íle
590 595 600
tca ctc ttg gaa aag tagagctgtg tggtcaaaat caatatgaga aagctgcctt Ser Leu Leu Glu Lys
605
1174
1222
1270
1318
1366
1414
1462
1510
1558
1606
1654
1702
1750
1798
1846
1894
1942
1990
2045
-69gcaatctgaa cttgggtttt ccctgcaata gaaattgaat tctgcctctt tttgaaaaaa 2105 atgtattcac atacaaatct tcacatggac acatgttttc atttcccttg gataaatacc 2165 taggtagggg attgctgggc catatgataa gcatatgttt cagttctacc aatcttgttt 2225 ccagagtagt gacatttctg tgctcctacc atcaccatgt aagaattccc gggagctcca 2285 tgccttttta attttagcca ttcttctgcc tmatttctta aaattagaga attaaggtcc 2345 cgaaggtgga acatgcttca tggtcacaca tacaggcaca aaaacagcat tatgtggacg 2405 cctcatgtat tttttataga gtcaactatt tcctctttat tttccctcat tgaaagatgc 2465 aaaacagctc tctattgtgt acagaaaggg taaataatgc aaaatacctg gtagtaaaat 2525 aaatgctgaa aattttcctt taaaatagaa tcattaggcc aggcgtggtg gctcatgctt 2585 gtaatcccag cactttggta ggctgaggtr ggtggatcac ctgaggtcag gagttcgagt 2645 ccagcctggc caatatgctg aaaccctgtc tctactaaaa ttacaaaaat tagccggcca 2705 tggtggcagg tgcttgtaat cccagctact tgggaggctg aggcaggaga atcacttgaa 2765 ccaggaaggc agaggttgca ctgagctgag attgtgccac tgcactccag cctgggcaac 2825 aagagcaaaa ctctgtctgg aaaaaaaaaa aaaa 2859 <210>2 <211 >629 <212> PRT <213> neznámy <400> 2
Met Asn Xaa Val -20 Thr íle Gin Trp Asp -15 Ala Val Íle Ala Leu -10 Tyr íle
Leu Phe Ser -5 Trp Cys His Gly -1 Gly 1 Íle Thr Asn íle 5 Asn Cys Ser Gly
His 10 íle Trp Val Glu Pro 15 Ala Thr Íle Phe Lys 20 Met Gly Met Asn íle 25
Ser íle Tyr Cys Gin 30 Ala Ala Íle Lys Asn 35 Cys Gin Pro Arg Lys 40 Leu
His Phe Tyr Lys 45 Asn Gly íle Lys Glu 50 Arg Phe Gin íle Thr 55 Arg íle
Asn Lys Thr 60 Thr Ala Arg Leu Trp 65 Tyr Lys Asn Phe Leu 70 Glu Pro His
Ala Ser 75 Met Tyr Cys Thr Ala 80 Glu Cys Pro Lys His 85 Phe Gin Glu Thr
Leu 90 íle Cys Gly Lys Asp 95 íle Ser Ser Gly Tyr 100 Pro Pro Asp Íle Pro 105
Asp Glu Val Thr Cys 110 Val Zle Tyr Glu Tyr 115 Ser Gly Asn Met Thr 120 Cys
Thr Trp Asn Ala 125 Xaa Lys Leu Thr Tyr 130 íle Asp Thr Lys Tyr 135 Val Val
His Val Lys 140 Ser Leu Glu Thr Glu 145 Glu Glu Gin Gin Tyr 150 Leu Thr Ser
Ser Tyr 155 íle Asn íle Ser Thr 160 Asp Ser Leu Gin Gly 165 Gly Lys Lys Tyr
Leu 170 Val Trp Val Gin Ala 175 Ala Asn Ala Leu Gly 180 Met Glu Glu Ser Lys 185
Gin Leu Gin íle His 190 Leu Asp Asp íle Val 195 íle Pro Ser Ala Ala 200 Val
íle Ser Arg Ala 205 Glu Thr íle Asn Ala 210 Thr Val Pro Lys Thr 215 Íle íle
Tyr Trp Asp 220 Ser Gin Thr Thr íle 225 Glu Lys Val Ser Cys 230 Glu Met Arg
Tyr Lys 235 Ala Thr Thr Asn Gin 240 Thr Trp Asn Val Lys 245 Glu Phe Asp Thr
Asn Phe Thr Tyr Val Gin Gin Ser Glu Phe Tyr Leu Glu Pro Asn Ile
250 255 260 265
Lys Tyr Val Phe Gin Val Arg Cys Gin Glu Thr Gly Lys Arg Tyr Trp
270 275 280
Gin Pro Trp Ser Ser Pro Phe Phe His Lys Thr Pro Glu Thr Val Pro
285 290 295
Gin Val Thr Ser Lys Ala Phe Gin His Asp Thr Trp Asn Ser Gly Leu
300 305 310
Thr Val Ala Ser Ile Ser Thr Gly His Leu Thr Ser Asp Asn Arg Gly
315 320 325
Asp Ile Gly Leu Leu Leu Gly Met íle Val Phe Ala Val Met Leu Ser
330 335 340 345
Ile Leu Ser Leu Ile Gly Ile Phe Asn Arg Ser Phe Arg Thr Gly Ile
350 355 360
Lys Arg Arg íle Leu Leu Leu Ile Pro Lys Trp Leu Tyr Glu Asp Ile
365 370 375
Pro Asn Met Lys Asn Ser Asn Val Val Lys Met Leu Gin Glu Asn Ser
380 385 390
Glu Leu Met Asn Asn Asn Ser Ser Glu Gin Val Leu Tyr Val Asp Pro
395 400 405
Met íle Thr Glu íle Lys Glu Ile Phe Ile Pro Glu His Lys Pro Thr
410 415 420 425
Asp Tyr Lys Lys Glu Asn Thr Gly Pro Leu Glu Thr Arg Asp Tyr Pro
430 435 440
Gin Asn Ser Leu Phe Asp Asn Thr Thr Val Val Tyr Íle Pro Asp Leu
445 450 455
Asn Thr Gly Tyr Lys Pro Gin íle Ser Asn Phe Leu Pro Glu Gly Ser
460 465 470
His Leu Ser Asn Asn Asn Glu íle Thr Ser Leu Thr Leu Lys Pro Pro
475 480 485
Val Asp Ser Leu Asp Ser Gly Asn Asn Pro Arg Leu Gin Lys His Pro
490 495 500 505
Asn Phe Ala Phe Ser Val Ser Ser Val Asn Ser Leu Ser Asn Thr Ile
510 515 520
Phe Leu Gly Glu Leu Ser Leu Ile Leu Asn Gin Gly Glu Cys Ser Ser
525 530 535
Pro Asp Ile Gin Asn Ser Val Glu Glu Glu Thr Thr Met Leu Leu Glu
540 545 550
Asn Asp Ser Pro Ser Glu Thr Ile Pro Glu Gin Thr Leu Leu Pro Asp
555 560 565
Glu Phe Val Ser Cys Leu Gly Ile Val Asn Glu Glu Leu Pro Ser Ile
570 575 580 585
Asn Thr Tyr Phe Pro Gin Asn Ile Leu Glu Ser His Phe Asn Arg Ile
590 595 600
Ser Leu Leu Glu Lys
605
<210>3 <211> 1887 <212> DNA <213> reverzná translácia <220>
<221 > rôzne znaky <222> (1)..(1887) <223> η môže byť a, c, g alebo t
-71 <400> 3 atgaaycayg tnacnathca rtgggaygcn gtnathgcny tntayathyt nttywsntgg 60 tgycayggng gnathacnaa yathaaytgy wsnggncaya thtgggtnga rccngcnacn 120 athttyaara tgggnatgaa yathwsnath taytgycarg cngcnathaa raaytgycar 180 ccnmgnaary tncayttyta yaaraayggn athaargarm gnttycarat hacnmgnath 240 aayaaracna cngcnmgnyt ntggtayaar aayttyytng arccncaygc nwsnatgtay 300 tgyacngcng artgyccnaa rcayttycar garacnytna thtgyggnaa rgayathwan 360 wsnggntayc cnccngayat hccngaygar gtnacntgyg tnathtayga rtaywsnggn 420 aayatgacnt gyacntggaa ygcnmgnaar ytnacntaya thgayacnaa rtaygtngtn 480 caygtnaarw snytngarac ngargargar carcartayy tnacnwsnws ntayathaay 540 athwsnacng aywsnytnca rggnggnaar aartayytng tntgggtnca rgcngcnaay 600 gcnytnggna tggargarws naarcarytn carathcayy tngaygayat hgtnathccn 660 wsngcngcng tnathwsnmg ngcngaracn athaaygcna cngtnccnaa racnathath 720 taytgggayw sncaracnac nathgaraar gtnwsntgyg aratgmgnta yaargcnacn 780 acnaaycara cntggaaygt naargartty gayacnaayt tyacntaygt ncarcarwsn 840 garttytayy tngarccnaa yathaartay gtnttycarg tnmgntgyca rgaracnggn 900 aarmgntayt ggcarccntg gwsnwsnccn ttyttycaya aracnccnga racngtnccn 960 cargtnacnw snaargcntt ycarcaygay acntggaayw snggnytnac ngtngcnwsn 1020 athwsnacng gncayytnac nwsngayaay mgnggngaya thggnytnyt nytnggnatg 1080 athgtnttyg cngtnatgyt nwsnathytn wsnytnathg gnathttyaa ymgnwsntty 1140 mgnacnggna thaarmgnmg nathytnytn ytnathccna artggytnta ygargayath 1200 ccnaayatga araaywsnaa ygtngtnaar atgytncarg araaywsnga rytnatgaay 1260 aayaaywsnw sngarcargt nytntaygtn gayccnatga thacngarat haargarath 1320 ttyathccng arcayaarcc nacngaytay aaraargara ayacnggncc nytngaracn 1380 mgngaytayc cncaraayws nytnttygay aayacnacng tngtntayat hccngayytn 1440 aayacnggnt ayaarccnca rathwsnaay ttyytnccng arggnwsnca yytnwsnaay 1500 aayaaygara thacnwsnyt nacnytnaar ccnccngtng aywsnytnga ywsnggnaay 1560 aayccnmgny tncaraarca yccnaaytty gcnttywsng tnwsnwsngt naaywsnytn 1620 wsnaayacna thttyytngg ngarytnwsn ytnathytna aycarggnga rtgywsnwsn 1680 ccngayathc araaywsngt ngargargar acnacnatgy tnytngaraa ygaywsnccn 1740 wsngaracna thccngarca racnytnytn ccngaygart tygtnwsntg yytnggnath 1800 gtnaaygarg arytnccnws nathaayacn tayttyccnc araayathyt ngarwsncay 1860 ttyaaymgna thwsnytnyt ngaraar 1887 <210>4 <211> 918 <212> PRT <213> neznámy <220>
<223> Opis neznámeho organizmu: primát; pravdepodobne Homo sapiens <400> 4
Met 1 Leu Thr Leu Gin 5 Thr Trp Val Val Gin 10 Ala Leu Phe íle Phe 15 Leu
Thr Thr Glu Ser Thr Gly Glu Leu Leu Asp Pro Cys Gly Tyr íle Ser
20 25 30
Pro Glu Ser Pro Val Val Gin Leu His Ser Asn Phe Thr Ala Val Cys
35 40 45
Val Leu Lys Glu Lys Cys Met Asp Tyr Phe His Val Asn Ala Asn Tyr
50 55 60
íle Val Trp Lys Thr Asn His Phe Thr íle Pro Lys Glu Gin Tyr Thr
65 70 75 80
íle íle Asn Arg Thr Ala 85 Ser Ser Val Thr 90 Phe Thr Asp íle Ala 95 Ser
Leu Asn íle Gin Leu Thr Cys Asn íle Leu Thr Phe Gly Gin Leu Glu
100 105 110
Gin Asn Val Tyr Gly íle Thr íle íle Ser Gly Leu Pro Pro Glu Lys
115 120 125
Pro Lys Asn Leu Ser Cys íle Val Asn Glu Gly Lys Lys Met Arg Cys
130 135 140
Glu Trp Asp Gly Gly Arg Glu Thr His Leu Glu Thr Asn Phe Thr Leu
145 150 155 160
Lys Ser Glu Trp Ala Thr His Lys Phe Ala Asp Cys Lys Ala Lys Arg
165 170 17 5
Asp Thr Pro Thr Ser Cys Thr Val Asp Tyr Ser Thr Val Tyr Phe Val
180 185 190
Asn íle Glu Val Trp Val Glu Ala Glu Asn Ala Leu Gly Lys Val Thr
195 200 205
Ser Asp His íle Asn Phe Asp Pro Val Tyr Lys Val Lys Pro Asn Pro
210 215 220
Pro His Asn Leu Ser Val íle Asn Ser Glu Glu Leu Ser Ser íle Leu
225 230 235 240
Lys Leu Thr Trp Thr Asn Pro Ser íle Lys Ser Val íle íle Leu Lys
245 250 255
Tyr Asn íle Gin Tyr Arg Thr Lys Asp Ala Ser Thr Trp Ser Gin íle
260 265 270
Pro Pro Glu Asp Thr Ala Ser Thr Arg Ser Ser Phe Thr Val Gin Asp
275 280 285
Leu Lys Pro Phe Thr Glu Tyr Val Phe Arg íle Arg Cys Met Lys Glu
290 295 300
Asp Gly Lys Gly Tyr Trp Ser Asp Trp Ser Glu Glu Ala Ser Gly íle
305 310 315 320
Thr Tyr Glu Asp Arg Pro Ser Lys Ala Pro Ser Phe Trp Tyr Lys íle
325 330 335
Asp Pro Ser His Thr Gin Gly Tyr Arg Thr Val Gin Leu Val Trp Lys
340 345 350
Thr Leu Pro Pro Phe Glu Ala Asn Gly Lys íle Leu Asp Tyr Glu Val
355 360 365
Thr Leu Thr Arg Trp Lys Ser His Leu Gin Asn Tyr Thr Val Asn Ala
370 375 380
Thr Lys Leu Thr Val Asn Leu Thr Asn Asp Arg Tyr Leu Ala Thr Leu
385 390 395 400
Thr Val Arg Asn Leu Val Gly Lys Ser Asp Ala Ala Val Leu Thr íle
405 410 415
Pro Ala Cys Asp Phe Gin Ala Thr His Pro Val Met Asp Leu Lys Ala
420 425 430
Phe Pro Lys Asp Asn Met Leu Trp Val Glu Trp Thr Thr Pro Arg Glu
435 440 445
Ser Val Lys Lys Tyr íle Leu Glu Trp Cys Val Leu Ser Asp Lys Ala
450 455 460
Pro Cys íle Thr Asp Trp Gin Gin Glu Asp Gly Thr Val His Arg Thr
465 470 475 480
Tyr Leu Arg Gly Asn Leu Ala Glu Ser Lys Cys Tyr Leu íle Thr Val
485 490 495
Thr Pro Val Tyr Ala Asp Gly Pro Gly Ser Pro Glu Ser íle Lys Ala
500 505 510
Tyr Leu Lys Gin Ala Pro Pro Ser Lys Gly Pro Thr Val Arg Thr Lys
515 520 525
Lys Val Gly Lys Asn Glu Ala Val Leu Glu Trp Asp Gin Leu Pro Val
530 535 540
Asp Val Gin Asn Gly Phe Zle Arg Asn Tyr Thr íle Phe Tyr Arg Thr
545 550 555 560
íle íle Gly Asn Glu Thr Ala Val Asn Val Asp Ser Ser His Thr Glu
565 570 575
Tyr Thr Leu Ser Ser Leu Thr Ser Asp Thr Leu Tyr Met Val Arg Met
580 585 590
Ala Ala Tyr Thr Asp Glu Gly Gly Lys Asp Gly Pro Glu Phe Thr Phe
595 600 605
Thr Thr Pro Lys Phe Ala Gin Gly Glu Zle Glu Ala íle Val Val Pro
610 615 620
Val Cys Leu Ala Phe Leu Leu Thr Thr Leu Leu Gly Val Leu Phe Cys
625 630 635 640
Phe Asn Lys Arg Asp Leu Zle Lys Lys His Zle Trp Pro Asn Val Pro
645 650 655
Asp Pro Ser Lys Ser His Zle Ala Gin Trp Ser Pro His Thr Pro Pro
660 665 670
Arg His Asn Phe Asn Ser Lys Asp Gin Met Tyr Ser Asp Gly Asn Phe
675 680 685
Thr Asp Val Ser Val Val Glu íle Glu Ala Asn Asp Lys Lys Pro Phe
690 695 700
Pro Glu Asp Leu Lys Ser Leu Asp Leu Phe Lys Lys Glu Lys Zle Asn
705 710 715 720
Thr Glu Gly His Ser Ser Gly Zle Gly Gly Ser Ser Cys Met Ser Ser
725 730 735
Ser Arg Pro Ser Zle Ser Ser Ser Asp Glu Asn Glu Ser Ser Gin Asn
740 745 750
Thr Ser Ser Thr Val Gin Tyr Ser Thr Val Val His Ser Gly Tyr Arg
755 760 765
His Gin Val Pro Ser Val Gin Val Phe Ser Arg Ser Glu Ser Thr Gin
770 775 780
Pro Leu Leu Asp Ser Glu Glu Arg Pro Glu Asp Leu Gin Leu Val Asp
785 790 795 800
His Val Asp Gly Gly Asp Gly íle Leu Pro Arg Gin Gin Tyr Phe Lys
805 810 815
Gin Asn Cys Ser Gin His Glu Ser Ser Pro Asp Zle Ser His Phe Glu
820 825 830
Arg Ser Lys Gin Val Šer Ser Val Asn Glu Glu Asp Phe Val Arg Leu
835 840 845
Lys Gin Gin íle Ser Asp His Zle Ser Gin Ser Cys Gly Ser Gly Gin
850 855 860
Met Lys Met Phe Gin Glu Val Ser Ala Ala Asp Ala Phe Gly Pro Gly
865 870 875 880
Thr Glu Gly Gin Val Glu Arg Phe Glu Thr Val Gly Met Glu Ala Ala
885 890 895
Thr Asp Glu Gly Met Pro Lys Ser Tyr Leu Pro Gin Thr Val Arg Gin
900 905 910
Gly Gly Tyr Met Pro Gin
915
<210> 5 <211 >862 <212> PRT <213> neznámy <220>
<223> Opis neznámeho organizmu: primát; pravdepodobne Homo sapiens
-74<400> 5
Met Ala His 1 Thr Phe Arg 5 Gly Cys Ser Leu Ala Phe Met Phe íle íle
10 15
Thr Trp Leu Leu íle Lys Ala Lys íle Asp Ala Cys Lys Arg Gly Asp
20 25 30
Val Thr Val Lys Pro Ser His Val íle Leu Leu Gly Ser Thr Val Asn
35 40 45
íle Thr Cys Ser Leu Lys Pro Arg Gin Gly Cys Phe His Tyr Ser Arg
50 55 60
Arg Asn Lys Leu íle Leu Tyr Lys Phe Asp Arg Arg íle Asn Phe His
65 70 75 80
His Gly His Ser Leu Asn Ser Gin Val Thr Gly Leu Pro Leu Gly Thr
85 90 95
Thr Leu Phe Val Cys Lys Leu Ala Cys íle Asn Ser Asp Glu íle Gin
100 105 110
íle Cys Gly Ala Glu íle Phe Val Gly Val Ala Pro Glu Gin Pro Gin
115 120 12 5
Asn Leu Ser Cys íle Gin Lys Gly Glu Gin Gly Thr Val Ala Cys Thr
130 135 140
Trp Glu Arg Gly Arg Asp Thr His Leu Tyr Thr Glu Tyr Thr Leu Gin
145 150 155 160
Leu Ser Gly Pro Lys Asn Leu Thr Trp Gin Lys Gin Cys Lys Asp íle
165 170 175
Tyr Cys Asp Tyr Leu Asp Phe Gly íle Asn Leu Thr Pro Glu Ser Pro
180 185 190
Glu Ser Asn Phe Thr Ala Lys Val Thr Ala Val Asn Ser Leu Gly Ser
195 200 205
Ser Ser Ser Leu Pro Ser Thr Phe Thr Phe Leu Asp íle Val Arg Pro
210 215 220
Leu Pro Pro Trp Asp íle Arg íle Lys Phe Gin Lys Ala Ser Val Ser
225 230 235 240
Arg Cys Thr Leu Tyr Trp Arg Asp Glu Gly Leu Val Leu Leu Asn Arg
245 250 255
Leu Arg Tyr Arg Pro Ser Asn Ser Arg Leu Trp Asn Met Val Asn Val
260 265 270
Thr Lys Ala Lys Gly Arg His Asp Leu Leu Asp Leu Lys Pro Phe Thr
275 280 285
Glu Tyr Glu Phe Gin íle Ser Ser Lys Leu His Leu Tyr Lys Gly Ser
290 295 300
Trp Ser Asp Trp Ser Glu Ser Leu Arg Ala Gin Thr Pro Glu Glu Glu
305 310 315 320
Pro Thr Gly Met Leu Asp Val Trp Tyr Met Lys Arg His íle Asp Tyr
325 330 335
Ser Arg Gin Gin íle Ser Leu Phe Trp Lys Asn Leu Ser Val Ser Glu
340 345 350
Ala Arg Gly Lys íle Leu His Tyr Gin Val Thr Leu Gin Glu Leu Thr
355 360 365
Gly Gly Lys Ala Met Thr Gin Asn íle Thr Gly His Thr Ser Trp Thr
370 375 380
Thr Val íle Pro Arg Thr Gly Asn Trp Ala Val Ala Val Ser Ala Ala
385 390 395 400
Asn Ser Lys Gly Ser Ser Leu Pro Thr Arg íle Asn íle Met Asn Leu
405 410 415
Cys Glu Ala Gly Leu Leu Ala Pro Arg Gin Val Ser Ala Asn Ser Glu
420 425 430
Gly Met Asp Asn íle Leu Val Thr Trp Gin Pro Pro Arg Lys Asp Pro
435 440 445
Ser Ala Val Gin Glu Tyr Val Val Glu Trp Arg Glu Leu His Pro Gly
450 455 460
Gly Asp Thr Gin Val Pro Leu Asn Trp Leu Arg Ser Arg Pro Tyr Asn
465 470 475 480
Val Ser Ala Leu íle Ser Glu Asn íle Lys Ser Tyr íle Cys Tyr Glu
485 490 495
íle Arg Val Tyr Ala Leu Ser Gly Asp Gin Gly Gly Cys Ser Ser íle
500 505 510
Leu Gly Asn Ser Lys His Lys Ala Pro Leu Ser Gly Pro His íle Asn
515 520 525
Ala íle Thr Glu Glu Lys Gly Ser íle Leu íle Ser Trp Asn Ser íle
530 535 540
Pro Val Gin Glu Gin Met Gly Cys Leu Leu His Tyr Arg íle Tyr Trp
545 550 555 560
Lys Glu Arg Asp Ser Asn Ser Gin Pro Gin Leu Cys Glu íle Pro Tyr
565 570 575
Arg Val Ser Gin Asn Ser His Pro íle Asn Ser Leu Gin Pro Arg Val
580 585 590
Thr Tyr Val Leu Trp Met Thr Ala Leu Thr Ala Ala Gly Glu Ser Ser
595 600 605
His Gly Asn Glu Arg Glu Phe Cys Leu Gin Gly Lys Ala Asn Trp Met
610 615 620
Ala Phe Val Ala Pro Ser íle Cys íle Ala íle íle Met Val Gly íle
625 630 635 640
Phe Ser Thr His Tyr Phe Gin Gin Lys Val Phe Val Leu Leu Ala Ala
645 650 655
Leu Arg Pro Gin Trp Cys Ser Arg Glu íle Pro Asp Pro Ala Asn Ser
660 665 670
Thr Cys Ala Lys Lys Tyr Pro íle Ala Glu Glu Lys Thr Gin Leu Pro
675 680 685
Leu Asp Arg Leu Leu íle Asp Trp Pro Thr Pro Glu Asp Pro Glu Pro
690 695 700
Leu Val íle Ser Glu Val Leu His Gin Val Thr Pro Val Phe Arg His
705 710 715 720
Pro Pro Cys Ser Asn Trp Pro Gin Arg Glu Lys Gly íle Gin Gly His
725 730 735
Gin Ala Ser Glu Lys Asp Met Met His Ser Ala Ser Ser Pro Pro Pro
740 745 750
Pro Arg Ala Leu Gin Ala Glu Ser Arg Gin Leu Val Asp Leu Tyr Lys
755 760 765
Val Leu Glu Ser Arg Gly Ser Asp Pro Lys Pro Glu Asn Pro Ala Cys
770 775 780
Pro Trp Thr Val Leu Pro Ala Gly Asp Leu Pro Thr His Asp Gly Tyr
785 790 795 800
Leu Pro Ser Asn íle Asp Asp Leu Pro Ser His Glu Ala Pro Leu Ala
805 810 815
Asp Ser Leu Glu Glu Leu Glu Pro. Gin His íle Ser Leu Ser Val Phe
820 825 830
Pro Ser Ser Ser Leu His Pro Leu Thr Phe Ser Cys Gly Asp Lys Leu
835 840 845
Thr Leu Asp Gin Leu Lys Met Arg Cys Asp Ser Leu Met Leu
850 855 860

Claims (2)

1. V podstate čistý rekombinantný polypeptid, ktorý obsahuje aspoň desať po sebe idúcich aminokyselín vnútrobunkovej časti sekv. č. 2.
2. Polypeptid podľa nároku 1, ktorý
a) obsahuje aspoň 25 po sebe idúcich aminokyselín vnútrobunkovej časti sekv. č. 2;
b) je rekombinantný, obsahuje vnútrobunkovú časť sekv. č. 2;
c) ďalej obsahuje aspoň desať po sebe idúcich aminokyselín inej ako vnútrobunkovej časti sekv. č. 2;
d) obsahuje aspoň 25 aminokyselín extracelulárnej časti sekv. č. 2;
e) obsahuje zrelú sekv. č. 2; alebo
f) je v podstate čistým prirodzeným proteínom.
3. Rekombinantný polypeptid podľa nároku 1, ktorý
a) pozostáva zo zrelej sekvencie podľa tabuľky 1;
b) je neglykozylovaným polypeptidom;
c) je z človeka;
d) obsahuje aspoň 40 po sebe idúcich aminokyselín sekv. č. 2;
e) obsahuje aspoň tri neprekrývajúce sa segmenty s aspoň pätnástimi po sebe idúcimi aminokyselinami sekv. č. 2;
f) je prirodzeným polymorfným variantom sekv. č. 2;
g) má dĺžku aspoň 30 aminokyselín;
h) obsahuje aspoň dva neprekrývajúce sa epitopy, ktoré sú špecifické pre primátovú DCRS5;
i) má molekulovú hmotnosť aspoň 30 kD s prirodzenou glykozyláciou;
j) je syntetickým polypeptidom;
k) je v sterilnej forme;
l) je vo vodnom alebo tlmivom roztoku;
m) je pripojený na tuhý substrát;
n) je konjugovaný s inou chemickou skupinou; alebo
-77o) je fyzikálne spojený s IL-12RP1 polypeptidom.
4. Zmes, vyznačujúca sa tým, že obsahuje látky vybrané zo skupiny:
a) v podstate čistý alebo rekombinantný polypeptid obsahujúci aspoň dva odlišné neprekrývajúce sa segmenty s aspoň šiestimi po sebe idúcimi aminokyselinami vnútrobunkovej časti sekv. č. 2;
b) v podstate čistý alebo rekombinantný polypeptid obsahujúci 12 po sebe idúcich aminokyselín vnútrobunkovej časti sekv. č. 2; alebo
c) v podstate čistý polypeptid s prirodzenou sekvenciou obsahujúci zrelú sekv. č. 2.
5. Polypeptid:
1) podľa nároku 4a), v ktorom:
a) odlišné neprekrývajúce sa segmenty:
i) zahŕňajú jeden segment s aspoň dvanástimi aminokyselinami;
ii) zahŕňajú jeden segment s aspoň siedmimi aminokyselinami a druhý segment s aspoň deviatimi aminokyselinami;
iii) zahŕňajú tretí odlišný segment s aspoň šiestimi aminokyselinami; alebo iv) obsahujú segment vybraný z R355-L373, P378-L405, V407D426, K428-D439, P441-V452, I454-G460, I465-T587 alebo N592-606; alebo
b) polypeptid ďalej obsahuje aspoň dva rozličné neprekrývajúce sa segmenty s aspoň šiestimi po sebe idúcimi aminokyselinami extracelulárnej časti sekv. Č. 2;
2) podľa nároku 4b), v ktorom:
a) segment s aspoň dvanástimi po sebe idúcimi aminokyselinami zahŕňa segment vybraný z R355-L373, P378-L405, V407-D426, K428-D439, P441-V452, I454-G460,1465-T587 alebo N592-606; alebo
b) polypeptid ďalej zahŕňa aspoň dva rozličné neprekrývajúce sa segmenty s aspoň šiestimi po sebe idúcimi aminokyselinami extracelulárnej časti sekv. č. 2; alebo
-783) podľa nároku 4c), ktorý ďalej obsahuje purifikačný alebo detekčný epitop.
6. Polypeptid podľa nároku 4, ktorý:
a) pozostáva zo zrelej sekvencie podľa tabuľky 1;
I
b) je neglykozylovaným polypeptidom;
c) je z človeka;
d) obsahuje aspoň 40 po sebe idúcich aminokyselín sekv. č. 2;
e) obsahuje aspoň tri neprekrývajúce sa segmenty s aspoň pätnástimi po sebe idúcimi aminokyselinami sekv. č. 2;
f) je prirodzeným polymorfným variantom sekv. č. 2;
g) má dĺžku aspoň 30 aminokyselín;
h) obsahuje aspoň dva neprekrývajúce sa epitopy, ktoré sú špecifické pre primátovú DCRS5;
i) má molekulovú hmotnosť aspoň 30 kD s prirodzenou glykozyláciou;
j) je syntetickým polypeptidom;
k) je v sterilnej forme;
l) je vo vodnom alebo tlmivom roztoku;
m) je pripojený na tuhý substrát;
n) je konjugovaný s inou chemickou skupinou; alebo
o) je fyzikálne spojený s IL-12Rpi polypeptidom.
7. Prostriedok, vyznačujúci sa tým, že obsahuje:
a) v podstate čistý polypeptid podľa nároku 4 v kombinácii s IL-12Rp1 proteínom; alebo
b) polypeptid podľa nároku 4 a nosič, kde nosičom je:
i) vodná zlúčenina vrátane vody, fyziologického roztoku a/alebo tlmivého roztoku; a/alebo ii) je formulovaný na orálne, rektálne, nazálne, topické alebo parenterálne podanie.
8. Kit, vy z n a č u j ú c i sa t ý m , že obsahuje polypeptid podľa nároku 4, a:
-79a) kompartment obsahujúci uvedený polypeptid;
b) kompartment obsahujúci IL-12Rpi polypeptid;
c) kompartment obsahujúci p40, IL-B30 alebo p40/IL-B30 polypeptid; alebo
d) inštrukcie na použitie alebo odpadovú nádobu pre reakčné činidlá.
9. Väzobná zlúčenina obsahujúca antigénové viažuce miesto z protilátky, ktorá sa špecificky viaže na vnútrobunkovú časť polypeptidu podľa nároku 1, pričom:
a) väzobná zlúčenina je v nádobe;
b) polypeptid je z človeka;
c) väzobnou zlúčeninou je Fv, Fab alebo Fab2 fragment;
d) väzobná zlúčenina je konjugovaná s inou chemickou skupinou; alebo
e) protilátka:
i) je vyvolaná proti peptidovej sekvencii zrelého polypeptidu podľa tabuľky 1;
ii) je vyvolaná proti zrelej DCRS5;
iii) je vyvolaná proti purifikovanej ľudskej DCRS5;
iv) je imunoselektovaná;
v) je polyklonálnou protilátkou; fluorescenčné značenou;
vi) viaže sa na denaturovanú DCRS5;
vii) má Kd voči antigénu aspoň 30 μΜ;
viii) je pripojená na tuhý substrát vrátane guľôčky alebo plastickej membrány;
ix) je v sterilnom prostriedku; alebo
x) je detegovateľne značená, vrátane rádioaktívnej alebo fluorescenčnej značky.
10. Kit, v y z n a č u j ú c i sa t ý m , že obsahuje väzobnú zlúčeninu podľa nároku 9 a:
a) kompartment obsahujúci väzobnú zlúčeninu;
b) kompartment obsahujúci:
i) p40 polypeptid;
ii) IL-B30 polypeptid;
-80iii) DCRS5 polypeptid; a/alebo iv) IL-12Rpi polypeptid;
c) kompartment obsahujúci protilátku, ktorá sa selektívne viaže na:
i) p40 polypeptid;
ii) IL-B30 polypeptid;
iii) DCRS5 polypeptid; a/alebo
v) IL-12Rpi polypeptid; alebo
d) inštrukcie na použitie alebo odpadovú nádobu na reakčné činidlá.
11. Spôsob výroby komplexu antigén/protilátka, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa uvedenie primátového DCRS5 polypeptidu do kontaktu s protilátkou podľa nároku 9, v príslušných podmienkach na umožnenie vytvorenia komplexu.
12. Spôsob podľa nároku 11,vyznačujúci sa tým, že:
a) komplex je očistený od iných cytokínových receptorov;
b) komplex je očistený od inej protilátky;
c) uvádzanie do kontaktu sa uskutočňuje so vzorkou obsahujúcou interferón;
d) uvádzanie do kontaktu umožňuje kvantitatívnu detekciu antigénu;
e) uvádzanie do kontaktu sa uskutočňuje so vzorkou obsahujúcou protilátku; alebo
f) uvádzanie do kontaktu umožňuje kvantitatívnu detekciu protilátky.
13. Prostriedok, vy z n a č u j ú c i sa t ý m , že obsahuje:
a) sterilnú väzobnú zlúčeninu podľa nároku 9, alebo
b) väzobnú zlúčeninu podľa nároku 9 a nosič, ktorým je:
i) vodná zlúčenina vrátane vody, fyziologického roztoku a/alebo tlmivého roztoku; a/alebo ii) je formulovaný na orálne, rektálne, nazálne, topické alebo parenterálne podanie.
14. Izolovaná alebo rekombinantná nukleová kyselina, ktorá kóduje polypeptid obsahujúci aminokyseliny 1 až 606 zo sekv. č. 2.
-81 15. Bunka alebo tkanivo obsahujúce rekombinantnú nukleovú kyselinu podľa nároku 14.
16. Bunka podľa nároku 15, ktorá je:
a) prokaryotickou bunkou;
b) eukaryotickou bunkou;
c) bakteriálnou bunkou;
d) kvasinkovou bunkou;
e) hmyzou bunkou;
f) cicavčou bunkou;
g) myšacou bunkou;
h) primátovou bunkou; alebo
í) ľudskou bunkou.
17. Kit, vy z n a č u j ú c i sa t ý m , že obsahuje nukleovú kyselinu podľa nároku 14 a:
a) kompartment obsahujúci nukleovú kyselinu;
b) kompartment obsahujúci nukleovú kyselinu, ktorá kóduje:
i) p40 polypeptid;
ii) IL-B30 polypeptid;
iii) DCRS5 polypeptid; a/alebo iv) IL-12Rp1 polypeptid;
c) kompartment obsahujúci:
i) p40 polypeptid;
ii) IL-B30 polypeptid;
iii) DCRS5 polypeptid; a/alebo iv) IL-12R31 polypeptid;
d) kompartment obsahujúci protilátku, ktorá sa selektívne viaže na:
i) p40 polypeptid;
ii) IL-B30 polypeptid;
iii) DCRS5 polypeptid; a/alebo iv) IL-12Rpi polypeptid; alebo
-82e) inštrukcie na použitie alebo odpadovú nádobu na reakčné činidlá.
18. Spôsob modulácie fyziológie alebo vývoja bunky, vyznačujúci sa t ý m , že zahŕňa uvedenie bunky do kontaktu s:
a) p40/IL-B30 antagonistom, ktorý je komplexom obsahujúcim:
i) extracelulárnu časť primátovej DCRS5; a/alebo ii) extracelulárnu časť primátovej IL-12Rpi;
b) p40/IL-B30 antagonistom, ktorým je protilátka viažuca sa na komplex obsahujúci:
i) primátovú DCRS5; a/alebo ii) primátovú IL-12Rpi;
c) p40/IL-B30 antagonistom, ktorým je protilátka, ktorá sa viaže na DCRS5;
d) p40/IL-B30 antagonistom, ktorým je protilátka proti IL-12Rpi;
e) p40/IL-B30 antagonistom, ktorým je antisense nukleová kyselina proti DCRS5 alebo IL-12Rpi; alebo
f) p40/IL-B30 agonistom, ktorým je protilátka, ktorá sa viaže na komplex obsahujúci:
i) primátovú DCRS5; a/alebo ii) primátovú IL-12Rpi.
19. Spôsob podľa nároku 18, vy z n a č u j ú c i sa t ý m , že uvádzanie do kontaktu sa uskutočňuje s antagonistom a:
a) uvádzanie do kontaktu sa uskutočňuje v kombinácii s antagonistom proti:
i) IL-12;
ii) IL-18;
iii) TNF; alebo iv) IFNy; alebo
b) bunka je z hostiteľa, ktorý:
i) vykazuje známky alebo symptómy chronického Th1 sprostredkovaného ochorenia;
-83ii) vykazuje symptómy alebo známky sklerózy multiplex, reumatoidnej artritídy, osteoartritídy, zápalového ochorenia čriev, cukrovky, psoriázy alebo sepsy; alebo iii) dostáva alogénny transplantát.
20. Spôsob podľa nároku 18, vy z n a č u j ú c i sa t ý m , že uvádzanie do kontaktu sa uskutočňuje s agonistom, a;
a) uvádzanie do kontaktu sa uskutočňuje v kombinácii s:
i) IL-12;
ii) IL-18;
iii) TNF; alebo iv) IFNy; alebo
b) bunka je z hostiteľa, ktorý:
i) vykazuje známky alebo symptómy chronickej TH2 odpovede;
ii) trpí nádorom, vírusovou infekciou alebo rastom plesní;
iii) dostáva vakcínu; alebo iv) trpí alergickou reakciou.
21. Nukleová kyselina podľa nároku 14, ktorá obsahuje nukleotidy 188 až 2005 zo sekv. č. 1.
22. V podstate čistý alebo rekombinantný antigénny polypeptid so sekv. č. 2.
23. Polypeptid podľa nároku 22, ktorý obsahuje:
a) zvyšky 1 až 101 sekv. č. 2;
b) zvyšky 102 až 195 sekv. č. 2;
c) zvyšky 196 až 297 sekv. č. 2;
d) zvyšky 1 až 328 sekv. č. 2; alebo
e) zvyšky 1 až 606 sekv. č. 2.
24. Heterodimérna zmes, vyznačujúca sa tým, že obsahuje polypeptid podľa nároku 22 a IL-12Rpi.
-8425. Zmes podľa nároku 24, vyznačujúca sa tým, že je schopná viazať IL-B30/p40.
26. Kit, vyznačujúci sa tým, že obsahuje polypeptid podľa nároku 22 a inštrukcie na použitie.
27. Kit, vy z n a č u j ú c i sa t ý m , že obsahuje aj:
a) IL-12β1 polypeptid; a
b) p40, IL-B30 alebo IL-B30/p40 polypeptidy.
28. Väzobný prostriedok, vyznačujúci sa tým, že sa špecificky viaže na polypeptid podľa nároku 22.
29. Väzobný prostriedok podľa nároku 28, vyznačujúci sa tým, že
a) je polyklonálnou protilátkou;
b) monoklonálnou protilátkou; alebo
c) Fab, Fab2 alebo Fv fragmentom.
30. Väzobný prostriedok podľa nároku 28, vyz n a č u j ú c i sa tým, že sa špecificky viaže na polypeptid podľa nároku 23.
31. Väzobný prostriedok podľa nároku 30, v y z n a č u j ú c i sa tým, že ním je:
a) polyklonálna protilátka;
b) mónoklonálna protilátka; alebo
c) Fab, Fab2 alebo Fv fragment.
32. Kit, vyznačujúci sa tým, že obsahuje väzobný prostriedok podľa nároku 28 a inštrukcie na použitie.
-8533. Spôsob produkcie komplexu antigén/protilátka, vyznačujúci sa t ý m , že zahŕňa kontaktovanie protilátky podľa nároku 29 v podmienkach vhodných na vytvorenie komplexu.
34. Izolovaný alebo rekombinantný polynukleotid, ktorý kóduje polypeptid podľa nároku 22.
35. Polynukleotid podľa nároku 34, ktorý kóduje polypeptid podľa nároku 23.
36. Polynukleotid podľa nároku 34, ktorý obsahuje sekv. č. 1.
37. Expresný vektor, ktorý obsahuje polynukleotid podľa nároku 34.
38. Hostiteľská bunka, ktorá obsahuje expresný vektor podľa nároku 37.
39. Hostiteľská bunka podľa nároku 38, ktorou je:
a) cicavčia bunka;
b) hmyzia bunka;
c) bakteriálna bunka; alebo
d) kvasinková bunka.
40. Spôsob produkcie antigénneho polypeptidu so sekv. č. 2, vyznačujúci sa t ý m , že zahŕňa:
a) kultiváciu hostiteľskej bunky podľa nároku 38 v podmienkach vhodných na expresiu polypeptidu; a
b) izoláciu alebo purifikáciu polypeptidu.
41. Spôsob modulácie fyziológie alebo vývoja bunky, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa uvedenie bunky do kontaktu s agonistom alebo antagonistom so sekv. č. 2.
SK1574-2002A 2000-05-10 2001-05-10 Substantially pure or recombinant polypeptide, nucleic acid, host cell, method for the preparation of polypeptide, binding compound, kit, composition comprising an antibody and use thereof SK287984B6 (sk)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US20342600P 2000-05-10 2000-05-10
PCT/US2001/015057 WO2001085790A2 (en) 2000-05-10 2001-05-10 Mammalian cytokine receptor subunit proteins, related reagents and methods

Publications (2)

Publication Number Publication Date
SK15742002A3 true SK15742002A3 (sk) 2003-03-04
SK287984B6 SK287984B6 (sk) 2012-08-06

Family

ID=22753958

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
SK1574-2002A SK287984B6 (sk) 2000-05-10 2001-05-10 Substantially pure or recombinant polypeptide, nucleic acid, host cell, method for the preparation of polypeptide, binding compound, kit, composition comprising an antibody and use thereof

Country Status (25)

Country Link
US (7) US6756481B2 (sk)
EP (3) EP1918377B1 (sk)
JP (6) JP5073909B2 (sk)
KR (1) KR100869621B1 (sk)
CN (2) CN101654479A (sk)
AT (1) ATE396264T1 (sk)
AU (2) AU6135101A (sk)
CA (1) CA2408571C (sk)
CY (1) CY1108545T1 (sk)
CZ (1) CZ304022B6 (sk)
DE (1) DE60134136D1 (sk)
DK (1) DK1287130T3 (sk)
ES (1) ES2307618T3 (sk)
HK (1) HK1049862B (sk)
HU (1) HUP0302339A3 (sk)
IL (2) IL152414A0 (sk)
MX (1) MXPA02011081A (sk)
NO (2) NO331408B1 (sk)
NZ (1) NZ522146A (sk)
PL (1) PL209128B1 (sk)
PT (1) PT1287130E (sk)
SI (1) SI1287130T1 (sk)
SK (1) SK287984B6 (sk)
WO (1) WO2001085790A2 (sk)
ZA (1) ZA200208795B (sk)

Families Citing this family (32)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20030082734A1 (en) * 1999-06-01 2003-05-01 Dowling Lynette M. Mammalian receptor proteins; related reagents and methods
PT1188830E (pt) 1999-06-02 2010-04-09 Chugai Pharmaceutical Co Ltd Nova proteína nr10 receptora da hemopoietina
WO2001023556A1 (fr) * 1999-09-27 2001-04-05 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Nouvelle proteine receptrice d'hemopoietine (nr12)
US7422743B2 (en) 2000-05-10 2008-09-09 Schering Corporation Mammalian receptor protein DCRS5;methods of treatment
NZ522146A (en) * 2000-05-10 2004-10-29 Schering Corp Mammalian receptor-like proteins, designated DNAX cytokine receptor subunits (DCRS), in particular DCRS5
NZ539271A (en) 2002-10-30 2008-12-24 Genentech Inc Inhibition of the production of proinflammatory cytokine interleukin-17 (IL-17) by T cells, using an antagonist of interleukin-23 (IL-23)
EP1587834B1 (en) 2002-12-23 2011-07-06 Schering Corporation Uses of il-23 mammalian cytokine; related reagents
US20040219150A1 (en) * 2003-02-06 2004-11-04 Cua Daniel J. Uses of mammalian cytokine; related reagents
WO2004081190A2 (en) * 2003-03-10 2004-09-23 Schering Corporation Uses of il-23 agonists and antagonists; related reagents
CN101052726A (zh) 2003-05-09 2007-10-10 森托科尔公司 IL-23p40特异性免疫球蛋白衍生蛋白、组合物、方法和用途
BRPI0507794A (pt) * 2004-02-17 2007-07-17 Schering Corp métodos de modular a atividade de il-23, reagentes relacionados
US20050287593A1 (en) 2004-05-03 2005-12-29 Schering Corporation Use of cytokine expression to predict skin inflammation; methods of treatment
MXPA06012754A (es) * 2004-05-03 2007-02-19 Schering Corp El uso de la expresion de il-17 para predecir la inflamacion de la piel: metodos de tratamiento.
AR051444A1 (es) * 2004-09-24 2007-01-17 Centocor Inc Proteinas derivadas de inmunoglobulina especifica de il-23p40, composiciones, epitopos, metodos y usos
EP2292758A3 (en) * 2004-12-20 2013-12-25 Merck Sharp & Dohme Corp. Uses of mammalian cytokine; related reagents
JP2009501006A (ja) 2005-06-30 2009-01-15 セントカー・インコーポレーテツド 抗il−23抗体、組成物、方法および用途
PL1971366T3 (pl) * 2005-12-29 2015-01-30 Janssen Biotech Inc Ludzkie przeciwciała skierowane przeciw IL-23, kompozycje, sposoby i zastosowanie
BRPI0712426B1 (pt) 2006-06-08 2021-10-26 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Usos de um anticorpo anti-nr10/il-31ra com atividade neutralizante de nr10/il-31ra, de um fragmento e/ou um fragmento quimicamente modificado do anticorpo e de um agente
TWI426918B (zh) 2007-02-12 2014-02-21 Merck Sharp & Dohme Il-23拮抗劑於治療感染之用途
NZ579297A (en) * 2007-02-28 2012-03-30 Schering Corp Combination therapy comprising an il-23 antagonist and a cytokine antagonist for treatment of immune disorders
BRPI0807991A2 (pt) * 2007-02-28 2014-06-17 Schering Corp Anticorpos anti-il-23r elaborados.
EP2241332A4 (en) 2007-12-05 2011-01-26 Chugai Pharmaceutical Co Ltd THERAPEUTIC AGENT AGAINST PRITURE
KR20110025649A (ko) 2008-05-05 2011-03-10 노비뮨 에스 에이 항-il-17a/il-17f 교차-반응성 항체 및 그의 사용 방법
WO2010027767A1 (en) * 2008-08-27 2010-03-11 Schering Corporation Engineered anti-il-23r antibodies
WO2010112458A1 (en) * 2009-03-31 2010-10-07 Novartis Ag Composition and methods of use for therapeutic antibodies specific for the il-12 receptore betal subunit
CN102458437B (zh) 2009-05-05 2015-06-10 诺维莫尼公司 抗il-17f抗体及其使用方法
RS55161B1 (sr) 2010-11-04 2017-01-31 Boehringer Ingelheim Int Anti-il-23 antitela
NZ700802A (en) 2012-05-03 2017-06-30 Boehringer Ingelheim Int Anti-il-23p19 antibodies
EP3708679A1 (en) 2014-07-24 2020-09-16 Boehringer Ingelheim International GmbH Biomarkers useful in the treatment of il-23a related diseases
TWI711629B (zh) 2014-09-03 2020-12-01 德商包林格因蓋爾漢國際股份有限公司 靶向IL-23A與TNF-α之化合物及其用途
MX2021005905A (es) 2018-11-20 2021-06-23 Janssen Biotech Inc Metodo seguro y eficaz para tratar la psoriasis con el anticuerpo especifico anti-il-23.
AU2020279987A1 (en) 2019-05-23 2021-11-18 Janssen Biotech, Inc. Method of treating inflammatory bowel disease with a combination therapy of antibodies to IL-23 and TNF alpha

Family Cites Families (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB1319315A (en) 1969-06-19 1973-06-06 Citizen Watch Co Ltd Calendar timepiece
US3940475A (en) 1970-06-11 1976-02-24 Biological Developments, Inc. Radioimmune method of assaying quantitatively for a hapten
NL154598B (nl) 1970-11-10 1977-09-15 Organon Nv Werkwijze voor het aantonen en bepalen van laagmoleculire verbindingen en van eiwitten die deze verbindingen specifiek kunnen binden, alsmede testverpakking.
US3817837A (en) 1971-05-14 1974-06-18 Syva Corp Enzyme amplification assay
US3939350A (en) 1974-04-29 1976-02-17 Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Fluorescent immunoassay employing total reflection for activation
US3996345A (en) 1974-08-12 1976-12-07 Syva Company Fluorescence quenching with immunological pairs in immunoassays
US4275149A (en) 1978-11-24 1981-06-23 Syva Company Macromolecular environment control in specific receptor assays
US4277437A (en) 1978-04-05 1981-07-07 Syva Company Kit for carrying out chemically induced fluorescence immunoassay
US4366241A (en) 1980-08-07 1982-12-28 Syva Company Concentrating zone method in heterogeneous immunoassays
US4659678A (en) 1982-09-29 1987-04-21 Serono Diagnostics Limited Immunoassay of antigens
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4859609A (en) 1986-04-30 1989-08-22 Genentech, Inc. Novel receptors for efficient determination of ligands and their antagonists or agonists
US5789192A (en) 1992-12-10 1998-08-04 Schering Corporation Mammalian receptors for interleukin-10 (IL-10)
US5888774A (en) 1994-12-19 1999-03-30 Cangene Corporation Recombinant DNA molecules and expression vectors for erythropoietin
US6060284A (en) 1997-07-25 2000-05-09 Schering Corporation DNA encoding interleukin-B30
JPH11273358A (ja) 1998-03-26 1999-10-08 Kawasaki Steel Corp 半導体記憶装置
US20030082734A1 (en) 1999-06-01 2003-05-01 Dowling Lynette M. Mammalian receptor proteins; related reagents and methods
SI1181366T2 (sl) * 1999-06-01 2013-10-30 Merck Sharp & Dohme Corp. Sesalski receptorski proteini; sorodni reagenti in postopki
WO2001018051A2 (en) * 1999-09-09 2001-03-15 Schering Corporation Mammalian interleukin-12 p40 and interleukin b30, combinations thereof, antibodies, uses in pharmaceutical compositions
WO2001023556A1 (fr) 1999-09-27 2001-04-05 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Nouvelle proteine receptrice d'hemopoietine (nr12)
JP2008099690A (ja) 1999-09-27 2008-05-01 Chugai Pharmaceut Co Ltd 新規ヘモポエチン受容体蛋白質、nr12
NZ522146A (en) * 2000-05-10 2004-10-29 Schering Corp Mammalian receptor-like proteins, designated DNAX cytokine receptor subunits (DCRS), in particular DCRS5

Also Published As

Publication number Publication date
WO2001085790A3 (en) 2002-07-18
JP2012187111A (ja) 2012-10-04
CA2408571A1 (en) 2001-11-15
ES2307618T3 (es) 2008-12-01
JP2015110576A (ja) 2015-06-18
EP1918377B1 (en) 2013-12-04
US7964703B2 (en) 2011-06-21
US20090060865A1 (en) 2009-03-05
EP2275548A1 (en) 2011-01-19
SK287984B6 (sk) 2012-08-06
WO2001085790A2 (en) 2001-11-15
MXPA02011081A (es) 2003-03-10
HUP0302339A3 (en) 2011-01-28
CN1575337A (zh) 2005-02-02
DK1287130T3 (da) 2008-09-01
EP1287130B1 (en) 2008-05-21
JP5073909B2 (ja) 2012-11-14
CZ304022B6 (cs) 2013-08-28
NO20025354D0 (no) 2002-11-08
NZ522146A (en) 2004-10-29
PT1287130E (pt) 2008-09-01
US20050100917A1 (en) 2005-05-12
EP1287130B2 (en) 2017-07-26
EP1287130A2 (en) 2003-03-05
US20100261273A1 (en) 2010-10-14
US7510853B2 (en) 2009-03-31
JP2008273961A (ja) 2008-11-13
EP1918377A1 (en) 2008-05-07
NO20111147L (no) 2003-01-10
JP2015057396A (ja) 2015-03-26
US7749718B2 (en) 2010-07-06
DE60134136D1 (de) 2008-07-03
US20030017617A1 (en) 2003-01-23
US20110243842A1 (en) 2011-10-06
ATE396264T1 (de) 2008-06-15
KR100869621B1 (ko) 2008-11-21
PL365177A1 (en) 2004-12-27
US6756481B2 (en) 2004-06-29
HK1049862B (zh) 2008-08-01
IL152414A (en) 2010-05-31
HK1049862A1 (en) 2003-05-30
PL209128B1 (pl) 2011-07-29
SI1287130T1 (sl) 2008-08-31
CY1108545T1 (el) 2014-04-09
CZ20023698A3 (cs) 2003-04-16
CN101654479A (zh) 2010-02-24
CA2408571C (en) 2014-04-29
JP2003532408A (ja) 2003-11-05
JP2012070740A (ja) 2012-04-12
AU6135101A (en) 2001-11-20
AU2001261351B2 (en) 2007-03-01
US20120121601A1 (en) 2012-05-17
NO331408B1 (no) 2011-12-19
IL152414A0 (en) 2003-05-29
US20050100918A1 (en) 2005-05-12
US7411041B2 (en) 2008-08-12
KR20020092472A (ko) 2002-12-11
US8110378B2 (en) 2012-02-07
NO20025354L (no) 2003-01-10
HUP0302339A2 (hu) 2003-10-28
ZA200208795B (en) 2004-02-09

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US8110378B2 (en) Nucleic acids encoding DCRS5
AU2001261351A1 (en) Mammalian receptor proteins; related reagents and methods
EP1303604A2 (en) Mammalian receptor proteins; related reagents and methods
WO1999040195A1 (en) Mammalian receptor proteins; related reagents and methods
CA2392109A1 (en) Mammalian receptor proteins; related reagents and methods
CA2374391C (en) Mammalian receptor proteins; related reagents and methods
US20030082734A1 (en) Mammalian receptor proteins; related reagents and methods
AU2007202362B2 (en) Mammalian receptor proteins; related reagents and methods
MXPA00008848A (en) Human receptor proteins;related reagents and methods

Legal Events

Date Code Title Description
TC4A Change of owner's name

Owner name: MERCK SHARP & DOHME CORP., RAHWAY, NJ, US

Effective date: 20121108

MM4A Patent lapsed due to non-payment of maintenance fees

Effective date: 20160510