RU2809910C1 - Способ прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности с использованием генетических данных - Google Patents
Способ прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности с использованием генетических данных Download PDFInfo
- Publication number
- RU2809910C1 RU2809910C1 RU2023116479A RU2023116479A RU2809910C1 RU 2809910 C1 RU2809910 C1 RU 2809910C1 RU 2023116479 A RU2023116479 A RU 2023116479A RU 2023116479 A RU2023116479 A RU 2023116479A RU 2809910 C1 RU2809910 C1 RU 2809910C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- endometriosis
- fshb
- women
- chd9
- family history
- Prior art date
Links
- 201000009273 Endometriosis Diseases 0.000 title claims abstract description 64
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 24
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title description 10
- 102100040977 Follitropin subunit beta Human genes 0.000 claims abstract description 26
- 101000893054 Homo sapiens Follitropin subunit beta Proteins 0.000 claims abstract description 24
- 102210029482 rs11031002 Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 101000883548 Homo sapiens Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9 Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 102210029481 rs11031005 Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 101150028685 CHD9 gene Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 101150030274 FSHB gene Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 101100327768 Homo sapiens CHD9 gene Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims abstract description 10
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims abstract description 10
- 102100038164 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9 Human genes 0.000 claims abstract description 9
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 claims abstract description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 2
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 claims 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 abstract description 10
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 210000004392 genitalia Anatomy 0.000 description 13
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 10
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 10
- 238000011161 development Methods 0.000 description 9
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 7
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 6
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 5
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 3
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000012673 Follicle Stimulating Hormone Human genes 0.000 description 2
- 108010079345 Follicle Stimulating Hormone Proteins 0.000 description 2
- RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N Progesterone Chemical compound C1CC2=CC(=O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H](C(=O)C)[C@@]1(C)CC2 RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 101150030763 Vegfa gene Proteins 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 2
- 210000004996 female reproductive system Anatomy 0.000 description 2
- 229940028334 follicle stimulating hormone Drugs 0.000 description 2
- 239000003163 gonadal steroid hormone Substances 0.000 description 2
- 208000000509 infertility Diseases 0.000 description 2
- 230000036512 infertility Effects 0.000 description 2
- 208000021267 infertility disease Diseases 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 2
- 238000001558 permutation test Methods 0.000 description 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 2
- 230000001850 reproductive effect Effects 0.000 description 2
- 101150039612 rpsK gene Proteins 0.000 description 2
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 2
- VOXZDWNPVJITMN-ZBRFXRBCSA-N 17β-estradiol Chemical compound OC1=CC=C2[C@H]3CC[C@](C)([C@H](CC4)O)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 VOXZDWNPVJITMN-ZBRFXRBCSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QQEILXDLZRLTME-UHFFFAOYSA-N 6-sulfatoxymelatonin Chemical compound C1=C(OS(O)(=O)=O)C(OC)=CC2=C1NC=C2CCNC(C)=O QQEILXDLZRLTME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100036572 Coiled-coil domain-containing protein 170 Human genes 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 102100038595 Estrogen receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100037362 Fibronectin Human genes 0.000 description 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 1
- 101000715242 Homo sapiens Coiled-coil domain-containing protein 170 Proteins 0.000 description 1
- 101000882584 Homo sapiens Estrogen receptor Proteins 0.000 description 1
- 101001027128 Homo sapiens Fibronectin Proteins 0.000 description 1
- 101001039035 Homo sapiens Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor Proteins 0.000 description 1
- 101000624947 Homo sapiens Nesprin-1 Proteins 0.000 description 1
- 102100040788 Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100023306 Nesprin-1 Human genes 0.000 description 1
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700005075 Regulator Genes Proteins 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 206010046798 Uterine leiomyoma Diseases 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 210000003679 cervix uteri Anatomy 0.000 description 1
- YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N chloroform;phenol Chemical compound ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000008094 contradictory effect Effects 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 1
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 201000006828 endometrial hyperplasia Diseases 0.000 description 1
- 210000004696 endometrium Anatomy 0.000 description 1
- 229960005309 estradiol Drugs 0.000 description 1
- 229930182833 estradiol Natural products 0.000 description 1
- 230000035558 fertility Effects 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 231100000535 infertility Toxicity 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 201000010260 leiomyoma Diseases 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011328 necessary treatment Methods 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000007310 pathophysiology Effects 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 239000000186 progesterone Substances 0.000 description 1
- 229960003387 progesterone Drugs 0.000 description 1
- 230000005180 public health Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 238000005185 salting out Methods 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008467 tissue growth Effects 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 201000007954 uterine fibroid Diseases 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000005186 women's health Effects 0.000 description 1
Abstract
Изобретение относится к медицине, а именно к гинекологии и медицинской генетике, и может быть использовано для прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности, русской национальности, уроженок Центрального Черноземья Российской Федерации. Из периферической венозной крови выделяют ДНК. Проводят анализ полиморфных локусов rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9. В случае выявления комбинации генотипов rs117145500 АА CHD9 × rs11031002 ТТ FSHB × rs11031005 ТТ FSHB прогнозируют высокий риск развития эндометриоза. Способ обеспечивает получение новых критериев оценки риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности, русской национальности, являющихся уроженками Центрального Черноземья РФ и не имеющих родства между собой, на основе данных о комбинации генотипов генов FSHB и CHD9. 4 пр.
Description
Изобретение относится к области медицины, а именно к диагностике и гинекологии, медицинской генетике, и может быть использовано для прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности.
Доброкачественные пролиферативные заболевания женской репродуктивной системы – лейомиома матки, генитальный эндометриоз, гиперплазия эндометрия занимают лидирующие позиции в структуре общей гинекологической заболеваемости.
Эндометриоз является одним из наиболее распространенных заболеваний, связанных с бесплодием, поражающим 5-10% женщин репродуктивного возраста и 35-50% бесплодных женщин в целом (Bulun, S.E.; Yilmaz, B.D.; Sison, C.; Miyazaki, K.; Bernardi, L.; Liu, S.; Kohlmeier, A.; Yin, P.; Milad, M.; Wei, J. Endometriosis. Endocr. Rev. 2019, 40, 1048–1079). Согласно данным литературы, в США общие экономические затраты на лечение женщин с эндометриозом составляют 22 млрд. долларов в год (Soliman A.M., Yang H., Du E.X., Kelley C., Winkel C. The direct and indirect costs associated with endometriosis: a systematic literature review // Human Reproduction. 2016. V. 31. №4. P. 712–722.). Эндометриоз – процесс, при котором за пределами полости матки происходит доброкачественное разрастание ткани, по морфологическим и функциональным свойствам подобной эндометрию (Адамян Л.В., ред. Эндометриоз: диагностика, лечение и реабилитация: федеральные клинические рекомендации по ведению больных. Адамян Л.В., Андреева Е.Н., Аполихина И.А., Беженарь В.Ф., Геворкян М.А., Гус А.И. и др. М.: Изд–во Научного центра). Важное значение для развития эндометриоза имеет наследственная предрасположенность (теория генетической предрасположенности) (Sourial S., Tempest N., Hapangama D.K. Theories on the Pathogenesis of Endometriosis // International Journal of Reproductive Medicine. 2014. V. 2014: 179515). У родственников первой степени родства женщин с эндометриозом риск развития данной патологии в шесть раз выше (Burney R.O., Giudice L.C. Pathogenesis and Pathophysiology of Endometriosis // Fertility and sterility. 2012. V. 98. №3. Р. 511–519). Вклад генетических факторов в развитие эндометриоза составляет 51% (Rahmioglu N., Montgomery G.W., Zondervan K.T. Genetics of endometriosis // Womens Health (Lond). 2015b. V. 11. №5. Р. 577–586).
Эндометриоз – гормонозависимое гинекологическое заболевание, связанное с выработкой половых гормонов (эстрадиол, прогестерон, фолликулостимулирующий гормон (ФСГ) и др.) (Dinsdale, N.; Nepomnaschy, P.; Crespi, B. The evolutionary biology of endometriosis. Evol. Med. Public Health 2021, 9, 74–191). Многочисленные ассоциативные исследования, в том числе GWAS, показали связь между эндометриозом и полиморфизмом генов половых гормонов (FN1, FSHB, ESR1, CCDC170, LHCGR, SYNE1 и др.).
К настоящему времени в каталоге полногеномных исследований (GWAS) National Human Genome Research Institute (http://www.genome.gov/gwastudies/) представлены материалы 10 работ, посвященных изучению эндометриоза. Установлено более 20 GWAS значимых полиморфных локусов, ассоциированных с эндометриозом. При этом в проведенных репликативных исследованиях лишь для единичных полиморфных локусов подтверждены ассоциации с этим заболеваниям.
Изучению молекулярно-генетических основ эндометриоза на основе анализа ассоциаций однонуклеотидного полиморфизма отдельных генов-кандидатов (или групп генов-кандидатов) с развитием заболевания посвящено значительное количество работ как зарубежных, так и отечественных ученых. При этом следует отметить, что полученные данные неоднозначны, нередко противоречивы и имеют низкую воспроизводимость. Это определяет необходимость продолжения исследований молекулярно-генетических основ доброкачественных пролиферативных заболеваний женской репродуктивной системы с использованием новых подходов, активно развивающихся в настоящее время системной генетики и сетевой медицины.
В Российской Федерации исследования вовлеченности полиморфизмов генов FSHB и CHD9 в формирование предрасположенности к эндометриозу у женщин без отягощенной наследственности единичны и фрагментарны, а данные о роли комбинации генотипов генов FSHB и CHD9 в развитии эндометриоза отсутствуют.
Для оценки сложившейся патентной ситуации был выполнен поиск по охранным документам за период с 1990 по 2023 гг. Анализ документов производился по направлению: способ прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности в зависимости от данных о полиморфизме генов FSHB и CHD9. Источники информации: сайты Федерального института промышленной собственности http://fips.ru.
В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности на основе данных о SNP × SNP взаимодействий и на основе данных о комбинации генотипов генов FSHB и CHD9.
Известен способ ранней генетической диагностики риска развития генитального эндометриоза (патент RU 2676693, опубл. 10.01.2019). Способ прогнозирования риска развития генитального эндометриоза для индивидуумов славянской популяции Северо-Западного федерального округа включает экстракцию ДНК из крови с последующим проведением мультиплексной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени, отличающийся тем, что проводят анализ полиморфных вариантов гена VEGFA: VEGFA_Forw SEQ ID N1, VEGFA_Rev SEQ ID N2, VEGFA_Wt SEQ ID N3, VEGFA_M SEQ ID N4, и прогнозируют повышенный риск развития генитального эндометриоза в случае выявления аллеля С и генотипа СС полиморфизма rs833061 460 С/Т SEQ ID N5 гена VEGFA. Недостатком данного метода является низкая специфичность, так как в качестве предиктора развития генитального эндометриоза исследуется полиморфизм одного гена-регулятора ангиогенеза, носительство которого отмечается и при других пролиферативных заболеваниях.
В патенте РФ № 2592240 (опубл. 20.07.2016) описан «Способ диагностики ранних стадий наружного генитального эндометриоза», сущность которого заключается в определении содержания 6-сульфатоксимелатонина в утренней порции мочи женщин и при его концентрации, равной 41 нг/мл и ниже, диагностируют наружный генитальный эндометриоз I-II стадии. Недостаток метода заключается в том, что он позволяет диагностировать наружный генитальный эндометриоз I-II стадии, но не дает возможности прогноза риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности, а так же, что он не учитывает роль генетических полиморфных локусов.
Известен способ прогноза риска развития наружного генитального эндометриоза (заявка RU 2018 138 457, опубл. 30.04.2020). Способ предполагает расчет вероятности риска развития наружного генитального эндометриоза по формуле, которая включает оценку наличия альгодисменореи, возраста женщины, количества беременностей и возраст начала половой жизни. При вероятности, рассчитанной по формуле, больше 0,63 пациентка попадает в группу риска по развитию наружного генитального эндометриоза. Недостатком метода является отсутствие учета объективных данных, а именно молекулярно-генетических предикторов развития заболевания.
Задачей настоящего исследования является расширение арсенала методов диагностики, а именно создание способа прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности на основе данных о комбинации генотипов генов FSHB и CHD9.
Технический результат использования изобретения – получение критериев оценки риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности, у женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрального Черноземья РФ и не имеющих родства между собой, на основе данных о комбинации генотипов генов FSHB и CHD9, включающий:
- выделение ДНК из периферической венозной крови;
- анализ полиморфных локусов rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9;
- прогнозирование высокого риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности при выявлении комбинации генотипов rs117145500 АА CHD9× rs11031002 ТТ FSHB × rs11031005 ТТ FSHB.
Новизна и изобретательский уровень заключаются в том, что из уровня техники не известна возможность прогноза развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности на основе данных о комбинации генотипов rs117145500 АА CHD9× rs11031002 ТТ FSHB × rs11031005 ТТ FSHB.
Способ осуществляют следующим образом:
Выделение геномной ДНК из периферической крови осуществляют методом фенольно-хлороформной экстракции [Miller, S. A. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells / S. A. Miller, D. D. Dykes, H. F. Polesky // Nucleic. Acids. Res. – 1988. – Vol. 16, № 3. – P. 1215] в два этапа. На первом этапе к 4 мл крови с ЭДТА добавляют 25 мл лизирующего буфера, содержащего 320мМ сахарозы, 1% тритон Х-100, 5мМ MgCl2, 10мМ трис-HCl (pH=7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4°С, 4000 об./мин. в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10мг/мл) и инкубируют образец при 37°С в течение 16 часов.
На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об/мин. в течение 10 минут. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. После лиофилизации полученную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде и хранят при -20°С.
Анализ полиморфных локусов rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9 осуществлялся методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на термоциклере CFX-96 Real-Time System (Bio-Rad) c использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов.
Генотипирование исследуемых образцов осуществлялось с использованием программного обеспечения «CFX-Manager™» методом дискриминации аллелей по величинам относительных единиц флуоресценции (ОЕФ).
Метод MDR в его модификации MB-MDR [Mbmdr: an R package for exploring gene-gene interactions associated with binary or quantitative traits / M. L. Calle, V. Urrea, N. Malats, K. Van Steen // Bioinformatics. – 2010. – Vol. 26, № 17. – P. 2198-2199] применялся для изучения интерлокусных взаимодействий, ассоциированных с эндометриозом. Рассматривались двух-, трех-, четырех-, пяти- и шестилокусные модели. Расчеты проводили с ковариатами в программе MB-MDR (версия 2.6) в программной среде R. Наиболее значимые модели интерлокусных взаимодействий, связанных с эндометриозом, отбирались на основе поправки Бонферрони (при этом рассматривалось число возможных комбинаций изучаемых SNPs генов FSHB и CHD9 при 2-, 3-, 4- , 5- и 6-локусных моделях). В дальнейший анализ (валидация моделей с помощью пермутационного теста) включались модели межлокусных взаимодействий, соответствующие следующим критериям: 2-х локусные модели – p<1,78*10-3 (<0,05/28), 3-х локусные модели – p<8,92*10-4 (<0,05/56), 4-х локусные модели – p<7,14*10-4 (<0,05/70), 5-ти локусные модели – p<8,92*10-4 (<0,05/56), 6-ти локусные модели – p<1,78*10-3 (<0,05/28). Для отобранных в соответствии с вышеуказанными критериями наиболее значимых моделей SNP×SNP взаимодействий, ассоциированных с эндометриозом у женщин без отягощенной наследственности, выполнялся пермутационный тест (проводилось 1000 пермутаций). Статистически значимым считали рperm≤0,001. Отдельные комбинации генотипов, связанные с риском развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности определялись методом MB-MDR при p<0,05.
Возможность использования предложенного способа для оценки прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности подтверждает анализ результатов наблюдений 1176 пациентов, из которых 295 больные генитальным эндометриозом без отягощенной наследственности (средний возраст – 39,75 лет, варьировал от 18 до 63 лет, SD=9,01) и 863 женщина контрольной группы (генитальный эндометриоз отсутствовал). Средний возраст контрольной группы составил 40,73 лет (варьировал от 18 до 68 лет, SD=8,60) и был сопоставим с возрастными характеристиками исследуемых групп больных. Изучаемые группы включали индивидуумов русской национальности, являющихся уроженками Центрального Черноземья РФ и не имеющих родства между собой. Всем больным и женщинам контрольной группы проводилось комплексное клиническое, инструментальное и лабораторное обследование, включающее общеклинические (сбор жалоб, клинический анализ крови и мочи, биохимическое исследование крови и др.) и специальные методы исследования (гинекологическое обследование, забор мазков на онкоцитологическое исследование с области стыка многослойного плоского эпителия влагалищной части шейки матки и цилиндрического эпителия цервикального канала и исследование флоры цервикального канала и влагалищного содержимого, ультразвуковое сканирование органов малого таза и др.). Все исследования проводились под контролем этического комитета медицинского факультета Белгородского государственного университета с информированного согласия пациенток на использование материалов лечебно-диагностических мероприятий, связанных с заболеванием, для научно-исследовательских целей и протоколировались по стандартам этического комитета Российской Федерации.
При изучении SNP х SNP взаимодействий установлена генетическая модель, включающая наличие значимой трехлокусной модели, вовлеченную в формирование эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности, является rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9 (рperm≤0,001). С развитием заболевания наиболее значимая ассоциация выявлена для комбинации генотипов rs117145500 АА CHD9 × rs11031002 ТТ FSHB х rs11031005 ТТ FSHB (beta =0,38, p=0,002), имеющей рисковую направленность.
В качестве примеров конкретного применения разработанного способа проведено генетическое обследование женщин без отягощенной наследственности русской национальности, являющихся уроженками Центрального Черноземья РФ и не имеющих родства между собой: проведено генетическое исследование по локусам rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9.
У пациентки С. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных локусов rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9 была выявлена комбинации генотипов rs117145500 АА CHD9 × rs11031002 ТТ FSHB × rs11031005 ТТ FSHB, что позволило отнести пациента в группу больных с повышенным риском развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности. Дальнейшее наблюдение подтвердило диагноз эндометриоз у пациентки.
У пациентки И. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных локусов rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9 была выявлена комбинации генотипов rs117145500 CC CHD9 × rs11031002 ТТ FSHB × rs11031005 CC FSHB, что позволило отнести пациентку в группу пациентов с низким риском развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз у пациентки.
У пациентки Л. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных локусов rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9 была выявлена комбинации генотипов rs117145500 CC CHD9 × rs11031002 AA FSHB × rs11031005 CC FSHB, что позволило отнести пациента в группу больных с низким риском развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз эндометриоз у пациентки.
У пациентки П. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных локусов rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9 была выявлена комбинации генотипов rs117145500 АА CHD9 × rs11031002 AA FSHB × rs11031005 ТТ FSHB, что позволило отнести пациентку в группу индувидуумов с низким риском развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности. При дальнейшем наблюдении диагноз эндометриоз у пациентки П. не подтвердился.
Применение данного способа позволит на доклиническом этапе формировать среди женщин группы риска и своевременно реализовывать в этих группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия по предупреждению развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности.
Claims (1)
- Способ прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности, включающий выделение ДНК из периферической венозной крови, анализ полиморфных локусов rs11031002 и rs11031005 гена FSHB и rs117145500 гена CHD9, при этом прогнозируют высокий риск развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности, русской национальности, уроженок Центрального Черноземья Российской Федерации в случае выявления комбинации генотипов rs117145500 АА CHD9 × rs11031002 ТТ FSHB × rs11031005 ТТ FSHB.
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2809910C1 true RU2809910C1 (ru) | 2023-12-19 |
Family
ID=
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2558854C1 (ru) * | 2014-06-23 | 2015-08-10 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" | Способ прогнозирования риска развития эндометриоза |
| RU2650994C1 (ru) * | 2017-06-29 | 2018-04-18 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования риска развития генитального эндометриоза |
| RU2676693C1 (ru) * | 2017-10-25 | 2019-01-10 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Балтийский федеральный университет имени Иммануила Канта" (БФУ им. И. Канта) | Способ ранней генетической диагностики риска развития генитального эндометриоза |
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2558854C1 (ru) * | 2014-06-23 | 2015-08-10 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" | Способ прогнозирования риска развития эндометриоза |
| RU2650994C1 (ru) * | 2017-06-29 | 2018-04-18 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") | Способ прогнозирования риска развития генитального эндометриоза |
| RU2676693C1 (ru) * | 2017-10-25 | 2019-01-10 | Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Балтийский федеральный университет имени Иммануила Канта" (БФУ им. И. Канта) | Способ ранней генетической диагностики риска развития генитального эндометриоза |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| GOLOVCHENKO I. et al. Sex Hormone Candidate Gene Polymorphisms Are Associated with Endometriosis. Int J Mol Sci. 2022 Nov 8; 23(22): 13691. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Barbaro et al. | Characterization of deletions at 9p affecting the candidate regions for sex reversal and deletion 9p syndrome by MLPA | |
| JP7072385B2 (ja) | ニューモシスチス肺炎を診断、予測又はモニタリングするための手段 | |
| CN109207592A (zh) | 用于结直肠癌检测的试剂盒及其应用 | |
| Li et al. | Quick recovery and characterization of cell-free DNA in seminal plasma of normozoospermia and azoospermia: implications for non-invasive genetic utilities | |
| Sobalska-Kwapis et al. | New variants near RHOJ and C2, HLA-DRA region and susceptibility to endometriosis in the Polish population—the genome-wide association study | |
| KR20210107719A (ko) | 자궁내막증과 연관된 미토콘드리아 dna 결실 | |
| Wu et al. | Alterations of testis-specific promoter methylation in cell-free seminal deoxyribonucleic acid of idiopathic nonobstructive azoospermic men with different testicular phenotypes | |
| CN116814781A (zh) | 用于检测尿路上皮癌的标志物、试剂盒和装置 | |
| CN110272986B (zh) | 针对xy性发育异常疾病的靶向检测 | |
| RU2809910C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития эндометриоза у женщин без отягощенной наследственности с использованием генетических данных | |
| RU2558854C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития эндометриоза | |
| RU2557954C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития сочетанных пролиферативных заболеваний репродуктивной системы у женщин | |
| Kupiec et al. | Genetic examination of the putative skull of Jan Kochanowski reveals its female sex | |
| John et al. | Linkage of a marker in intron D of the estrogen synthase locus to rheumatoid arthritis | |
| RU2453850C2 (ru) | Способ прогнозирования характера поражения матки миоматозными узлами | |
| JPH11507222A (ja) | マルチプレックスプライマー結合による男性不妊ｙ染色体欠失検出 | |
| TWI351436B (en) | Method for detecting a risk of the development of | |
| CN109321658B (zh) | 一种检测宫颈癌易感性的试剂盒 | |
| RU2828525C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития рака молочной железы у женщин без ожирения по результатам генетического тестирования | |
| RU2809798C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития артериальной гипертензии у женщин с использованием молекулярно-генетических данных | |
| RU2828523C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития люминального подтипа рака молочной железы у женщин | |
| RU2809911C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития гипертонической болезни на основе данных о межгенных взаимодействиях | |
| CN104293958B (zh) | 一种预测强直性脊柱炎易感性的试剂盒和方法 | |
| RU2819282C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у мужчин на основе молекулярно-генетического тестирования | |
| TWI388668B (zh) | 評估一個體患有異位性皮膚炎之風險的方法、評估患有異位性皮膚炎之個體之異位性皮膚炎嚴重程度的方法、單核苷酸多型性ｒｓ１２３１３２７３（Ｃ／Ｔ）作為異位性皮膚炎發生之一生物指標的用途與單核苷酸多型性ｒｓ１２３１３２７３（Ｃ／Ｔ）作為異位性皮膚炎嚴重程度之一生物指標的用途 |