RU2334235C2 - Способ картирования и устранения эпитопов т-клеток - Google Patents
Способ картирования и устранения эпитопов т-клеток Download PDFInfo
- Publication number
- RU2334235C2 RU2334235C2 RU2005100758/15A RU2005100758A RU2334235C2 RU 2334235 C2 RU2334235 C2 RU 2334235C2 RU 2005100758/15 A RU2005100758/15 A RU 2005100758/15A RU 2005100758 A RU2005100758 A RU 2005100758A RU 2334235 C2 RU2334235 C2 RU 2334235C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- cells
- cell
- amino acid
- peptide
- synthetic
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6878—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids in eptitope analysis
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
- G01N33/5047—Cells of the immune system
- G01N33/505—Cells of the immune system involving T-cells
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Diaphragms For Electromechanical Transducers (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
Abstract
Настоящее изобретение относится к области иммунологии. Предложен способ конструирования карты эпитопов Т-клеток для исследуемого белка или его фрагмента при использовании мононуклеарных клеток периферической крови (РВМС). Изобретение также касается идентификации эпитопов Т-клеток в терапевтических белках. Кроме того, изобретение относится к комбинированному подходу использования картирования эпитопов в соответствии с идентификацией лигандов класса II МНС, которые выявлены с помощью указанного способа картирования, и к конструированию аналогичной последовательности, которая содержит уменьшенное количество таких лигандов. Изобретение обеспечивает способы скрининга для идентификации детерминант и эпитопов молекул белка, которые способны вызвать иммунный ответ. 4 н. и 13 з.п. ф-лы, 3 ил., 3 табл.
Description
Claims (17)
1. Способ конструирования карты эпитопов Т-клеток для исследуемого белка или его фрагмента при использовании мононуклеарных клеток периферической крови (РВМС), который включает следующие этапы:
(i) примирование антигена in vitro при использовании цельного исследуемого белка или синтетических пептидов, которые являются типичными и получены из аминокислотной последовательности исследуемого белка или его фрагментов, путем инкубации и культивирования синтетических пептидов с Т-клетками, полученными из РВМС;
(ii) обработку и культивирование примированных Т-клеток с цитокином;
(iii) прибавление примированных Т-клеток к аутологическим облученным РВМС и проведение нового примирования и культивирования с указанными синтетическими антигенами, и (iv) измерение ответа Т-клеток в анализе пролиферации Т-клеток при использовании предварительно выбранной прописи анализа зависимости от времени.
2. Способ по п.1, в котором РВМС, содержащие Т-клетки, были выделены из множества здоровых особей, которые ранее не были подвергнуты воздействию при использовании исследуемого белка, его фрагмента или пептидного антигена.
3. Способ по п.2, в котором РВМС были получены из пула особей доноров, которые имеют достаточное иммунологическое разнообразие, характеризующееся более чем 90% набором класса II МНС.
4. Способ по п.1, в котором РВМС, содержащие Т-клетки, были получены от пациентов, у которых существует установленный иммунный ответ на исследуемый белок или его фрагмент.
5. Способ по п.2, в котором индивидуальная особь представляет собой человека, а исследуемый белок является белком человека.
6. Способ по п.1, в котором полную длину исследуемого белка подвергают сканированию на синтетические перекрывающиеся пептиды предварительно определенного одинакового размера, который составляет, по крайней мере, три аминокислоты из выбранного участка.
7. Способ по п.6, в котором указанные синтетические перекрывающиеся пептиды содержат 9-15 аминокислотных остатков.
8. Способ по п.7, в котором указанные синтетические пептиды содержат 15 аминокислотных остатков.
9. Способ по п.1 или 2, в котором цитокин представляет собой IL-2.
10. Способ по п.1 или 2, в котором анализ в зависимости от времени осуществляют следующим образом:
1) размораживали одну пробирку РВМС, полученную от каждого донора,
2) ресуспендировали клетки при концентрации 2-4·106 клеток/мл,
3) вносили 1 мл в 3 ячейки планшета на 24 ячейки, что обеспечивает конечную концентрацию 2-4·106 РВМС/ячейка,
4) готовили маточные растворы антигена с концентрацией 100 мкг/мл для белков и 2-10 мкМ для пептидов, прибавляли 1 мл антигена к каждой ячейке для получения конечной концентрации 10-50 мкг/мл белка или 1-5 мкМ пептида,
5) инкубировали 5 дней,
6) с помощью пипетки ресуспендировали клетки в 2 мл культуры и в каждом случае удаляли 100 мкл клеток и переносили в ячейку планшета на 96 ячеек с круглым дном, повторяли эту процедуру трижды для каждых условий культивирования (удаляли общее количество 300 мкл для каждого из условий культивирования в определенный момент времени),
7) к каждой ячейке планшета на 96 ячеек прибавляли 1 мкКи/ячейка 3Н-[Thy] в 100 мкл AIM V,
8) инкубировали в течение ночи и проводили сбор,
9) повторяли этапы 6-8 на 6,7 и 8 дни (можно включать день 9, если это необходимо),
10) определяли значения S1 и строили диаграммы значений S1 относительно времени для каждого антигена.
11. Способ по п.1 или 2, в котором исследуемый белок представляет собой терапевтический белок.
12. Способ анализа активации Т-клеток, включающий осуществление способа по любому из пп.1-11.
13. Применение анализа активации Т-клеток для определения слабо иммуногенных белков, полипептидов или пептидов.
14. Способ получения иммуногенно модифицированного биологического исследуемого белка из исходной молекулы, обладающего такой же биологической активностью, при этом модифицированная молекула имеет аминокислотную последовательность, отличную от таковой для указанной исходной молекулы, и демонстрирует сниженную иммуногенность по сравнению с исходной молекулой, когда подвергается воздействию иммунной системы данного вида; при этом указанный способ включает (i) определение аминокислотной последовательности исходного белка или его части; (ii) идентификацию одного или более потенциальных эпитопов Т-клеток, (iii) конструирование новых вариантов последовательности путем изменения, по крайней мере, одного аминокислотного остатка в пределах исходно идентифицированных последовательностей эпитопа Т-клетки, при этом указанные варианты являются модифицированными таким образом, что существенно снижают или устраняют активность ряда последовательностей эпитопа Т-клетки и/или ряд аллотипов МНС, способных связывать пептиды, имеющие происхождение от указанной биологической молекулы, как определено путем связывания пептидов с МНС и связывания комплексов пептид-МНС с Т-клетками, соответственно, (iv) конструирование таких вариантов последовательности с помощью техники рекомбинантных ДНК и тестирование указанных вариантов для того, чтобы идентифицировать один или более вариантов с желательными свойствами, и (v) необязательное повторение этапов (ii)-(iv), который отличается тем, что идентификация последовательностей эпитопов Т-клеток в соответствии с этапом (ii) включает способ по любому из пп.1-11.
15. Способ по п.14, в котором этап идентификации (ii) дополнительно включает использование вычислительных способов для подсчета значения связывания молекулы класса II МНС для каждого указанного сегмента синтетического исследуемого пептида путем суммирования заданных значений для каждой гидрофобной боковой цепи аминокислотных остатков, которые присутствуют в указанном исследуемом сегменте аминокислотных остатков, и выбор, по крайней мере, одного из указанных синтетических пептидных сегментов для модификации.
16. Способ по п.15, в котором выбранный синтетический пептид имеет индекс иммуногенной стимуляции ((SI), который составляет более чем 2,0, при этом значение SI получают путем деления значения пролиферации Т-клеток, измеренного для выбранного пептида, на значение, измеренное в клетках, которые не подвергают контакту с пептидом.
17. Способ по п.14 или 15, в котором модифицированный исследуемый белок имеет индекс иммуногенной стимуляции (SI), меньший, чем 1,8.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP02012919.3 | 2002-06-11 | ||
EP02012919 | 2002-06-11 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2005100758A RU2005100758A (ru) | 2006-01-20 |
RU2334235C2 true RU2334235C2 (ru) | 2008-09-20 |
Family
ID=29724386
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2005100758/15A RU2334235C2 (ru) | 2002-06-11 | 2003-06-11 | Способ картирования и устранения эпитопов т-клеток |
Country Status (16)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP1512004B1 (ru) |
JP (1) | JP2005529170A (ru) |
CN (1) | CN100401064C (ru) |
AT (1) | ATE320603T1 (ru) |
AU (1) | AU2003273679A1 (ru) |
BR (1) | BR0311720A (ru) |
CA (1) | CA2489180A1 (ru) |
DE (1) | DE60304040T2 (ru) |
DK (1) | DK1512004T3 (ru) |
ES (1) | ES2257680T3 (ru) |
MX (1) | MXPA04012209A (ru) |
PL (1) | PL371675A1 (ru) |
PT (1) | PT1512004E (ru) |
RU (1) | RU2334235C2 (ru) |
WO (1) | WO2003104803A2 (ru) |
ZA (1) | ZA200500214B (ru) |
Families Citing this family (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2004074486A2 (en) * | 2003-02-18 | 2004-09-02 | Merck Patent Gmbh | Fusion proteins of interferon alpha muteins with improved properties |
PT1737961E (pt) | 2004-03-19 | 2013-08-26 | Merck Patent Gmbh | Proteínas buganina modificadas, citotoxinas e métodos e utilizações das mesmas |
FR2940451B1 (fr) | 2008-12-18 | 2014-09-12 | Proteus | Procede d'evaluation de l'immunogenicite des proteines |
Family Cites Families (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6001349A (en) * | 1995-02-22 | 1999-12-14 | Therion Biologics Corporation | Generation of human cytotoxic T-cells specific for carcinoma self-associated antigens and uses thereof |
US5945401A (en) * | 1995-06-23 | 1999-08-31 | Conlon; Paul J. | Peptide analogues of the 65KD isoform of human glutamic acid decarboxylase and uses thereof |
US6165460A (en) * | 1995-07-10 | 2000-12-26 | Therion Biologics Corporation | Generation of immune responses to prostate-specific antigen (PSA) |
ATE412175T1 (de) * | 1996-03-21 | 2008-11-15 | Circassia Ltd | Verwendung von kryptischen peptiden zur induktion von immunologischer toleranz |
US5750356A (en) * | 1996-05-31 | 1998-05-12 | Anergen, Inc. | Method for monitoring T cell reactivity |
EP0983303B1 (en) * | 1997-05-21 | 2006-03-08 | Biovation Limited | Method for the production of non-immunogenic proteins |
WO2000034317A2 (en) * | 1998-12-08 | 2000-06-15 | Biovation Limited | Method for reducing immunogenicity of proteins |
WO2002040997A2 (en) * | 2000-10-02 | 2002-05-23 | Genencor International, Inc. | Production and use of proteins producing an altered immunogenic response |
-
2003
- 2003-06-11 WO PCT/EP2003/006110 patent/WO2003104803A2/en active IP Right Grant
- 2003-06-11 PT PT03740219T patent/PT1512004E/pt unknown
- 2003-06-11 RU RU2005100758/15A patent/RU2334235C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2003-06-11 AT AT03740219T patent/ATE320603T1/de not_active IP Right Cessation
- 2003-06-11 CA CA002489180A patent/CA2489180A1/en not_active Abandoned
- 2003-06-11 CN CNB038134519A patent/CN100401064C/zh not_active Expired - Fee Related
- 2003-06-11 DK DK03740219T patent/DK1512004T3/da active
- 2003-06-11 AU AU2003273679A patent/AU2003273679A1/en not_active Abandoned
- 2003-06-11 MX MXPA04012209A patent/MXPA04012209A/es unknown
- 2003-06-11 EP EP03740219A patent/EP1512004B1/en not_active Revoked
- 2003-06-11 PL PL03371675A patent/PL371675A1/xx unknown
- 2003-06-11 JP JP2004511824A patent/JP2005529170A/ja active Pending
- 2003-06-11 DE DE60304040T patent/DE60304040T2/de not_active Revoked
- 2003-06-11 ES ES03740219T patent/ES2257680T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2003-06-11 BR BR0311720-0A patent/BR0311720A/pt not_active Application Discontinuation
-
2005
- 2005-01-10 ZA ZA200500214A patent/ZA200500214B/xx unknown
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
REECE JC et al. Mapping the major human Т helper epitopes of tetanus toxin. The emerging picture., J Immunol. 1993 Dec 1; 151(11):6175-84. PMID: 7504014 [PubMed - indexed for MEDLINE]. WARMERDAM PA et al, Staphylokinase-specific cell-mediated immunity in humans., J Immunol. 2002 Jan 1; 168(1):155-61, PMID: 11751958 [PubMed - indexed for MEDLINE]. РОЙТ А. и др., Иммунология, изд. «Мир», 2000, стр.149-167. STICKLER M.M. et al, CD4+T-cell epitope determination using unexposed human donor peripheral blood mononuclear cells., J Immunother (1997). 2000 Nov-Dec; 23(6):654-60. PMID: 11186153 [PubMed - indexed for MEDLINE]. * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2005529170A (ja) | 2005-09-29 |
WO2003104803A3 (en) | 2004-04-15 |
CA2489180A1 (en) | 2003-12-18 |
ATE320603T1 (de) | 2006-04-15 |
ES2257680T3 (es) | 2006-08-01 |
WO2003104803A2 (en) | 2003-12-18 |
RU2005100758A (ru) | 2006-01-20 |
EP1512004B1 (en) | 2006-03-15 |
DK1512004T3 (da) | 2006-06-06 |
MXPA04012209A (es) | 2005-02-25 |
EP1512004A2 (en) | 2005-03-09 |
CN1659437A (zh) | 2005-08-24 |
AU2003273679A1 (en) | 2003-12-22 |
PT1512004E (pt) | 2006-08-31 |
BR0311720A (pt) | 2005-03-01 |
DE60304040T2 (de) | 2006-09-28 |
PL371675A1 (en) | 2005-06-27 |
CN100401064C (zh) | 2008-07-09 |
DE60304040D1 (de) | 2006-05-11 |
ZA200500214B (en) | 2006-02-22 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
ES2317894T3 (es) | Procedimiento para la estimulacion especifica de antigeno de linfocitos t con bibliotecas de peptidos sinteticas. | |
US20230221328A1 (en) | System and methods for multiplexed analysis of cellular and other immunotherapeutics | |
ES2341723T3 (es) | Procedimiento de evaluacion de la respuesta inmune. | |
US8932806B1 (en) | Method for identifying t-cell stimulating protein fragments | |
Celada et al. | ANTIBODY-MEDIATED ACTIVATION OF A DEFECTIVE ß-d-GALACTOSIDASE: II. Immunological Relationship Between the Normal and the Defective Enzyme | |
US20230098624A1 (en) | Methods and vaccines for inducing immune responses to multiple different mhc molecules | |
US9720000B2 (en) | Targeted identification of immunogenic peptides | |
AU2006269490B2 (en) | Stable quantitation and detection of immune response levels with non-zero background peptides | |
RU2005106841A (ru) | Эпитопы т-клеток в эритропоэтине | |
RU2334235C2 (ru) | Способ картирования и устранения эпитопов т-клеток | |
US7718575B2 (en) | Method of selecting HLA-DP4 ligands and the applications thereof | |
EP2192407A3 (en) | Method of detecting cellular immunity and application thereof to drugs | |
David | Lymphocytic factors in cellular hypersensitivity | |
CN102276697B (zh) | 幽门螺杆菌抗原hla限制性免疫显性表位肽及应用 | |
EP1934608B1 (en) | Targeted identification of immunogenic peptides | |
EA008143B1 (ru) | Иммуногенные композиции из вариабельных пептидных эпитопов и способ их получения | |
Brown et al. | Comparison of antibody responses to the circumsporozoite protein repeat region and to intact sporozoites during acute falciparum malaria | |
US7348153B2 (en) | Method for identifying and designing immunogenic peptides | |
CN106749521A (zh) | 结核分枝杆菌特异性ctl表位多肽及其应用 | |
Cappello et al. | Discovery of Targets for Cancer Immunoprevention | |
CN111848760A (zh) | 一种结核分枝杆菌特异性t细胞表位肽及其应用 | |
Heide et al. | Background: T cells are thought to play a major role in conferring immunity against malaria. This study aimed to comprehensively define the breadth and specificity of the Plasmodium falciparum (P. falciparum)-specific CD4+ T cell response directed against the exported protein 1 (EXP1) in a cohort of patients diagnosed with acute malaria. Methods: Peripheral blood mononuclear cells of 44 patients acutely infected with | |
Landberg | Proliferation associated nuclear antigens: A flow cytometric study with special reference to proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and Ki-67 antigen. | |
Cheever et al. | Immunity to HER-2/neu Protein | |
KR20050020982A (ko) | T-세포 에피토프 매핑 및 제거 방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20130612 |