RU2021137915A - Олигонуклеотиды, содержащие модифицированные нуклеозиды - Google Patents

Олигонуклеотиды, содержащие модифицированные нуклеозиды Download PDF

Info

Publication number
RU2021137915A
RU2021137915A RU2021137915A RU2021137915A RU2021137915A RU 2021137915 A RU2021137915 A RU 2021137915A RU 2021137915 A RU2021137915 A RU 2021137915A RU 2021137915 A RU2021137915 A RU 2021137915A RU 2021137915 A RU2021137915 A RU 2021137915A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
linker
aptamer
paragraphs
modified
target
Prior art date
Application number
RU2021137915A
Other languages
English (en)
Inventor
Джефф КАРТЕР
Бхарат ГАВАНДЕ
Небойса ЯНЬИЧ
Дэниэл ШНАЙДЕР
Original Assignee
Сомалоджик, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Сомалоджик, Инк. filed Critical Сомалоджик, Инк.
Publication of RU2021137915A publication Critical patent/RU2021137915A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/06—Antihyperlipidemics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1048—SELEX
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C12N2310/3341—5-Methylcytosine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/335—Modified T or U
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2330/00—Production
    • C12N2330/30—Production chemically synthesised
    • C12N2330/31—Libraries, arrays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/117—Modifications characterised by incorporating modified base
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/205—Aptamer

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Obesity (AREA)
  • Vascular Medicine (AREA)
  • Cardiology (AREA)
  • Heart & Thoracic Surgery (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Pathology (AREA)

Claims (84)

1. Аптамер, который связывает белок-мишень, где аптамер содержит по меньшей мере один первый модифицированный в 5-положении пиримидин и по меньшей мере один второй модифицированный в 5-положении пиримидин, причем первый модифицированный в 5-положении пиримидин и второй модифицированный в 5-положении пиримидин являются различными модифицированными в 5-положении пиримидинами;
при этом первый модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой модифицированный в 5-положении уридин, и причем второй модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой модифицированный в 5-положении цитидин; или
при этом первый модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой модифицированный в 5-положении цитидин, и при этом второй модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой модифицированный в 5-положении уридин;
причем модифицированный в 5-положении уридин содержит тирозильный фрагмент в 5-положении; и где модифицированный в 5-положении цитидин содержит бензильный фрагмент в 5-положении.
2. Аптамер по п. 1, в котором фрагмент модифицированного в 5-положении уридина ковалентно связан посредством линкера, содержащего группу, выбранную из амидного линкера, карбонильного линкера, пропинильного линкера, алкинового линкера, сложноэфирного линкера, мочевинного линкера, карбаматного линкера, гуанидинового линкера, амидинового линкера, сульфоксидного линкера и сульфонового линкера.
3. Аптамер по п. 1 или 2, в котором фрагмент модифицированного в 5-положении цитидина ковалентно связан посредством линкера, содержащего группу, выбранную из амидного линкера, карбонильного линкера, пропинильного линкера, алкинового линкера, сложноэфирного линкера, мочевинного линкера, карбаматного линкера, гуанидинового линкера, амидинового линкера, сульфоксидного линкера и сульфонового линкера.
4. Апатмер по любому из пп. 1-3, в котором модифицированный в 5-положении цитидин представляет собой PPdC.
5. Апатмер по любому из пп. 1-4, в котором модифицированный в 5-положении уридин представляет собой TyrdU.
6. Аптамер по п. 1, в котором по меньшей мере один первый модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой PPdC, и по меньшей мере один второй модифицированный в 5-положении пиримидин представялет собой TyrdU.
7. Апатмер по любому из пп. 1-6, в котором по меньшей мере один второй модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой TyrdU.
8. Апатмер по любому из пп. 1-7, где аптамер содержит участок на 5ʽ-конце аптамера, который составляет по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25 или по меньшей мере 30 нуклеотидов в длину, или 5-30, 10-30, 15-30, 5-20, или 10-20 нуклеотидов в длину, причем участок на 5ʽ-конце аптамера не содержит модифицированных в 5-положении пиримидинов.
9. Апатмер по любому из пп.1-8, где аптамер содержит участок на 3ʽ-конце аптамера, который составляет по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25 или по меньшей мере 30 нуклеотидов в длину, или 5-30, 10-30, 15-30, 5-20, или 10-20 нуклеотидов в длину, причем участок на 3ʽ-конце аптамера не содержит модифицированных в 5-положении пиримидинов.
10. Апатмер по любому из пп.1-9, где аптамер составляет 20-100 или 20-90, или 20-80, или 20-70, или 20-60, или 20-50, или 30-100, или 30-90, или 30-80, или 30-70, или 30-60, или 30-50, или 40-100, или 40-90, или 40-80, или 40-70, или 40-60, или 40-50 нуклеотидов в длину.
11. Композиция для связывания по меньшей мере с одним белком-мишенью, содержащая множество аптомеров по любому из пп. 1-10.
12. Композиция по п. 11, где каждый полинуклеотид содержит фиксированный участок на 5ʽ-конце полинуклеотида.
13. Композиция по п. 12, в которой фиксированный участок на 5ʽ-конце каждого полинуклеотида составляет по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 30 нуклеотидов в длину, или 5-30, 10-30, 15-30, 5-20, или 10-20 нуклеотидов в длину.
14. Композиция по любому из пп. 11-13, в которой каждый полинуклеотид содержит фиксированный участок на 3ʽ-конце полинуклеотида.
15. Композиция по п. 14, в которой фиксированный участок на 3ʽ-конце полинуклеотида составляет по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 30 нуклеотидов в длину, или 5-30, 10-30, 15-30, 5-20, или 10-20 нуклеотидов в длину.
16. Композиция по любому из пп.11-15, в которой фрагмент модифицированного в 5-положении уридина ковалентно связан посредством линкера, содержащего группу, выбранную из амидного линкера, карбонильного линкера, пропинильного линкера, алкинового линкера, сложноэфирного линкера, мочевинного линкера, карбаматного линкера, гуанидинового линкера, амидинового линкера, сульфоксидного линкера и сульфонового линкера.
17. Композиция по любому из пп. 11-16, в которой фрагмент модифицированного в 5-положении цитидина ковалентно связан посредством линкера, содержащего группу, выбранную из амидного линкера, карбонильного линкера, пропинильного линкера, алкинового линкера, сложноэфирного линкера, мочевинного линкера, карбаматного линкера, гуанидинового линкера, амидинового линкера, сульфоксидного линкера и сульфонового линкера.
18. Композиция по любому из пп. 11-17, в которой модифицированный в 5-положении цитидин представляет собой PPdC.
19. Композиция по любому из пп. 11-18, в которой модифицированный в 5-положении уридин представляет собой TyrdU.
20. Композиция по любому из пп. 11-15, в которой по меньшей мере один первый модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой PPdC, и и по меньшей мере один второй модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой TyrdU.
21. Композиция по любому из пп. 11-20, в которой по меньшей мере один второй модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой TyrdU.
22. Композиция по любому из пп. 11-21, в которой каждый полинуклеотид содержит произвольный участок.
23. Композиция по п. 22, в которой произвольный участок составляет 20-100, или 20-90, или 20-80, или 20-70, или 20-60, или 20-50, или 20-40, или 30-100, или 30-90, или 30-70, или 30-60, или 30-50, или 30-40 нуклеотидов в длину.
24. Композиция по любому из пп.11-23, в которой каждый полинуклеотид составляет 20-100, или 20-90, или 20-80, или 20-70, или 20-60, или 20-50, или 30-100, или 30-90, или 30-80, или 30-70, или 30-60, или 30-50, или 40-100, или 40-90, или 40-80, или 40-70, или 40-60, или 40-50 нуклеотидов в длину.
25. Композиция для образования комплекса, содержащего аптамер и мишень, где аптамер и мишень способны образовывать комплекс, и где аптамер представляет собой аптамер по любому из пп. 1-10.
26. Композиция для образования тримерного комплекса, содержащего первый аптамер, второй аптомер и мишень,
причем первый аптамер содержит по меньшей мере один первый модифицированный в 5-положении пиримидин и по меньшей мере один второй модифицированный в 5-положении пиримидин;
при этом второй аптамер содержит по меньшей мере один третий модифицированный в 5-положении пиримидин или причем второй аптамер содержит по меньшей мере один третий модифицированный в 5-положении пиримидин и по меньшей мере один четвертый модифицированный в 5-положении пиримидин;
при этом первый аптамер, второй аптамер и мишень способны к образованию тримерного комплекса; и
причем первый модифицированный в 5-положении пиримидин и второй модифицированный в 5-положении пиримидин являются различными модифицированными в 5-положении пиримидинами; и
при этом первый аптамер представляет собой аптамер по любому из пп. 1-10.
27. Композиция по п. 26, в которой мишень выбрана из белка, пептида, углевода, малой молекулы, клетки и ткани.
28. Способ выявления белка-мишени в образце, где способ включает
(a) приведение в контакт аптамера, способного к связыванию с молекулой-мишенью в образце;
(b) инкубирование аптамера с образцом с обеспечением образования комплекса аптамер-мишень;
(c) обогащение в отношении комплекса аптамер-мишень в образце и
(d) выявление наличия аптамера, комплекса аптамер-мишень или молекулы-мишени, причем обнаружение аптамера, комплекса аптамер-мишень или молекулы-мишени указывает на то, что молекула-мишень присутствует в образце, и при этом отсутствие обнаружения аптамера, комплекса аптамер-мишень или молекулы-мишени указывает на то, что молекула-мишень отсутствует в образце;
при этом аптамер представляет собой аптамер по любому из пп.1-10.
29. Способ по п. 28, в котором содержит по меньшей мере одну дополнительную стадию, выбранную из: добавления молекулы конкурента к образцу; захвата комплекса аптамер-мишень на твердую подложку; и добавления молекулы конкурента и разбавления образца; причем по меньшей мере одну дополнительную стадию проводят после стадии (a) или стадии (b).
30. Способ по п. 28, в котором молекула конкурента выбрана из полианионного конкурента.
31. Способ по п. 30, в котором полианионный конкурент выбран из олигонуклеотида, полидекстрана, ДНК, гепарина и дНТФ.
32. Способ по п. 31, в котором полидекстран представляет собой сульфат декстрана; а ДНК представляет собой ДНК молок сельди или ДНК молок лосося.
33. Способ по любому из пп. 28-32, в котором молекула-мишень выбрана из белка, пептида, углевода, малой молекулы, клетки и ткани.
34. Способ по любому из пп. 28-33, в котором образец выбран из цельной крови, лейкоцитов, мононуклеарных клеток периферической крови, плазмы, сыворотки, мокроты, выдыхаемого воздуха, мочи, семенной жидкости, слюны, менингеальной жидкости, околоплодной жидкости, жидкости из желез, лимфатической жидкости, аспирата из сосков, бронхиального аспирата, синовиальной жидкости, суставного аспирата, клеток, клеточной вытяжки, кала, ткани, тканевого биопсийного материала и спинномозговой жидкости.
35. Способ выявления мишени в образце, включающий
a) приведение в контакт образца с первым аптамером с образованием смеси, причем первый аптамер способен к связыванию с мишенью с образованием первого комплекса;
b) инкубирование смеси в условиях, которые обеспечивают образование первого комплекса;
c) приведение в контакт смеси со вторым аптамером, при этом второй аптамер способен к связыванию с первым комплексом с образованием второго комплекса;
d) инкубирование смеси в условиях, которые обеспечивают образование второго комплекса;
e) выявление наличия или отсутствия первого аптамера, второго аптамера, мишени, первого комплекса или второго комплекса в смеси, причем присутствие первого аптамера, второго аптамера, мишени, первого комплекса или второго комплекса указывает на то, что мишень присутствует в образце;
при этом первый аптамер представляет собой аптамер по любому из пп. 1-10;
причем второй аптамер содержит по меньшей мере один третий модифицированный в 5-положении пиримидин или при этом второй аптамер содержит по меньшей мере один третий модифицированный в 5-положении пиримидин и по меньшей мере один четвертый модифицированный в 5-положении пиримидин.
36. Способ по п. 35, в котором молекула-мишень выбрана из белка, пептида, углевода, малой молекулы, клетки и ткани.
37. Способ по п. 35 или 36, в котором первый аптамер, второй аптамер и мишень способны к образованию тримерного комплекса.
38. Способ идентификации одного или нескольких аптамеров, способных к связыванию с молекулой-мишенью, включающий
(a) приведение в контакт библиотеки аптамеров с молекулой-мишенью с образованием смеси и обеспечение образования комплекса аптамер-мишень, причем комплекс аптамер-мишень образуется, когда аптамер обладает аффинностью по отношению к молекуле-мишени;
(b) отделение комплекса аптамер-мишень от остальной части смеси (или обогащение в отношении комплекса аптамер-мишень);
(c) диссоциацию комплекса аптамер-мишень; и
(d) идентификацию одного или нескольких аптамеров, способных к связыванию с молекулой-мишенью;
при этом библиотека аптамеров представляет собой композицию по любому из пп. 11-27.
39. Способ по п. 38, в котором каждый полинуклеотид содержит фиксированный участок на 5ʽ-конце полинуклеотида.
40. Способ по п. 39, в котором фиксированный участок на 5ʽ-конце каждого полинуклеотида составляет по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 30 нуклеотидов в длину, или 5-30, 10-30, 15-30, 5-20, или 10-20 нуклеотидов в длину.
41. Способ по любому из пп. 38-40, в котором каждый полинуклеотид содержит фиксированный участок на 3ʽ-конце полинуклеотида.
42. Способ по п. 41, в котором фиксированный участок на 3ʽ-конце полинуклеотида составляет по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 30 нуклеотидов в длину, или 5-30, 10-30, 15-30, 5-20, или 10-20 нуклеотидов в длину.
4343. Способ по любому из пп. 38-42, в котором фрагмент модифицированного в 5-положении уридина ковалентно связан посредством линкера, содержащего группу, выбранную из амидного линкера, карбонильного линкера, пропинильного линкера, алкинового линкера, сложноэфирного линкера, мочевинного линкера, карбаматного линкера, гуанидинового линкера, амидинового линкера, сульфоксидного линкера и сульфонового линкера.
44. Способ по любому из пп. 38-43, в котором фрагмент модифицированного в 5-положении цитидина ковалентно связан посредством линкера, содержащего группу, выбранную из амидного линкера, карбонильного линкера, пропинильного линкера, алкинового линкера, сложноэфирного линкера, мочевинного линкера, карбаматного линкера, гуанидинового линкера, амидинового линкера, сульфоксидного линкера и сульфонового линкера.
45. Способ по любому из пп. 38-44, в котором модифицированный в 5-положении цитидин представляет собой PPdC.
46. Способ по любому из пп. 38-45, в котором модифицированный в 5-положении уридин представляет собой TyrdU.
47. Способ по любому из пп. 38-42, в котором по меньшей мере один первый модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой PPdC, и по меньшей мере один второй модифицированный в 5-положении пиримидин представляет собой TrydU.
48. Способ по любому из пп. 38-47, в котором каждый полинуклеотид содержит произвольный участок.
49. Способ по п. 48, в котором произвольный участок составляет 20-100, или 20-90, или 20-80, или 20-70, или 20-60, или 20-50, или 20-40, или 30-100, или 30-90, или 30-70, или 30-60, или 30-50, или 30-40 нуклеотидов в длину.
50. Способ по любому из пп. 38-49, в котором каждый полинуклеотид составляет 20-100, или 20-90, или 20-80, или 20-70, или 20-60, или 20-50, или 30-100, или 30-90, или 30-80, или 30-70, или 30-60, или 30-50, или 40-100, или 40-90, или 40-80, или 40-70, или 40-60, или 40-50 нуклеотидов в длину.
51. Способ по любому из пп. 38-50, в котором каждый полинуклеотид представляет собой аптамер, который связывает мишень, и при этом библиотека содержит по меньшей мере 1000 аптамеров, причем каждый аптамер содержит различные нуклеотидные последовательности.
52. Способ по любому из пп. 38-51, в котором стадии (a), (b) и/или (c) повторяют по меньшей мере один раз, два раза, три раза, четыре раза, пять раз, шесть раз, семь раз, восемь раз, девять раз или десять раз.
53. Способ по любому из пп. 38-52, в котором один или несколько аптамеров, способных к связыванию с молекулой-мишенью, являются амплифицированными.
54. Способ по любому из пп. 38-53, в котором смесь содержит молекулу полианионного конкурента.
55. Способ по п. 54, в котором полианионный конкурент выбран из олигонуклеотида, полидекстрана, ДНК, гепарина и дНТФ.
56. Способ по п. 55, в котором полидекстран представляет собой сульфат декстрана; а ДНК представляет собой ДНК молок сельди или ДНК молок лосося.
57. Способ по любому из пп. 38-56, в котором молекула-мишень выбрана из белка, пептида, углевода, малой молекулы, клетки и ткани.
58. Аптамер по любому из пп. 1-10, или композиция по любому из пп.11-27, или способ по любому из пп. 28-57, в которых первый модифицированный в 5-положении пиримидин и второй модифицированный в 5-положении пиримидин способны к встраиванию посредством фермента полимеразы.
59. Аптамер по любому из пп. 1-10, где аптамер характеризуется улучшенной стабильностью в присутствии нуклеаз и/или более длительным периодом полувыведения из сыворотки человека по сравнению с аптамером такой же длины и с нуклеотидной последовательностью, которая содержит немодифицированный пиримидин вместо каждого из первых модифицированных в 5-положении пиримидинов или немодифицированный пиримидин вместо каждого из второго модифицированного в 5-положении пиримидина.
RU2021137915A 2016-07-01 2017-06-30 Олигонуклеотиды, содержащие модифицированные нуклеозиды RU2021137915A (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662357623P 2016-07-01 2016-07-01
US62/357,623 2016-07-01
US201662437592P 2016-12-21 2016-12-21
US62/437,592 2016-12-21

Related Parent Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019102588A Division RU2763470C2 (ru) 2016-07-01 2017-06-30 Олигонуклеотиды, содержащие модифицированные нуклеозиды

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2021137915A true RU2021137915A (ru) 2022-02-04

Family

ID=59351104

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019102588A RU2763470C2 (ru) 2016-07-01 2017-06-30 Олигонуклеотиды, содержащие модифицированные нуклеозиды
RU2021137915A RU2021137915A (ru) 2016-07-01 2017-06-30 Олигонуклеотиды, содержащие модифицированные нуклеозиды

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019102588A RU2763470C2 (ru) 2016-07-01 2017-06-30 Олигонуклеотиды, содержащие модифицированные нуклеозиды

Country Status (17)

Country Link
US (3) US10927380B2 (ru)
EP (2) EP3913058A1 (ru)
JP (2) JP7203613B2 (ru)
KR (2) KR102501963B1 (ru)
CN (1) CN109312346A (ru)
AU (1) AU2017290804B2 (ru)
BR (1) BR112018075869A8 (ru)
CA (1) CA3027626A1 (ru)
DK (1) DK3478843T3 (ru)
ES (1) ES2886639T3 (ru)
IL (3) IL291931B1 (ru)
MX (1) MX2018014771A (ru)
PL (1) PL3478843T3 (ru)
RU (2) RU2763470C2 (ru)
SG (2) SG10201911369PA (ru)
TW (1) TWI770036B (ru)
WO (1) WO2018005974A1 (ru)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2021202376A1 (en) 2020-03-30 2021-10-07 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Method for blocking uptake of prostate-specific membrane antigen (psma)-targeted radionuclides by exocrine organs
EP4204566A1 (en) 2020-08-28 2023-07-05 Galderma Holding SA Novel x-aptamers for the use in detection of snap25

Family Cites Families (30)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5580737A (en) 1990-06-11 1996-12-03 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. High-affinity nucleic acid ligands that discriminate between theophylline and caffeine
US5705337A (en) 1990-06-11 1998-01-06 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: chemi-SELEX
ES2110444T3 (es) 1990-06-11 1998-02-16 Nexstar Pharmaceuticals Inc Ligandos de acidos nucleicos.
US5270163A (en) 1990-06-11 1993-12-14 University Research Corporation Methods for identifying nucleic acid ligands
US5660985A (en) 1990-06-11 1997-08-26 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. High affinity nucleic acid ligands containing modified nucleotides
US5719273A (en) * 1993-06-14 1998-02-17 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Palladium catalyzed nucleoside modifications methods using nucleophiles and carbon monoxide
US5945527A (en) * 1996-05-30 1999-08-31 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Palladium catalyzed nucleoside modification methods using nucleophiles and carbon monoxide
US6376190B1 (en) 2000-09-22 2002-04-23 Somalogic, Inc. Modified SELEX processes without purified protein
JP3978187B2 (ja) 2002-03-19 2007-09-19 富士通株式会社 機能性分子及びその製造方法
HUE025489T2 (en) 2006-01-17 2016-04-28 Somalogic Inc Multiplexed analysis of test samples
NZ577396A (en) 2006-11-14 2011-12-22 Ribomic Inc Aptamer against midkine and use thereof
US7855054B2 (en) 2007-01-16 2010-12-21 Somalogic, Inc. Multiplexed analyses of test samples
US7947447B2 (en) 2007-01-16 2011-05-24 Somalogic, Inc. Method for generating aptamers with improved off-rates
JP5750209B2 (ja) 2007-03-16 2015-07-15 アプタ バイオサイエンス リミテッド 機能性分子、機能性分子合成用アミダイド、及び標的物質解析方法
KR101747665B1 (ko) * 2007-07-17 2017-06-15 소마로직, 인크. 시료의 다중분석
WO2009028345A1 (ja) 2007-08-31 2009-03-05 Fujitsu Limited 核酸合成用ダイマーアミダイド及び核酸合成方法
JP4499141B2 (ja) 2007-09-05 2010-07-07 富士通株式会社 修飾核酸合成用アミダイド及び修飾核酸合成方法
RU2401306C2 (ru) * 2008-12-17 2010-10-10 Научно-исследовательский институт Физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского Московского Государственного Университета имени М.В. Ломоносова Аптамерный олигонуклеотид - прямой ингибитор тромбина
US8569252B2 (en) * 2009-04-15 2013-10-29 Postech Academy-Industry Foundation Nucleolin specific aptamer and use thereof
EP2542266A4 (en) * 2010-03-03 2013-10-23 Somalogic Inc 4-1BB-BINDING APTAMERS AND USE THEREOF IN THE TREATMENT OF DISEASES AND DISORDERS
KR20140015455A (ko) * 2011-03-10 2014-02-06 소마로직, 인크. 클로스트리디움 디피실 진단을 위한 압타머
WO2013149086A1 (en) 2012-03-28 2013-10-03 Somalogic, Inc. Aptamers to pdgf and vegf and their use in treating pdgf and vegf mediated conditions
CN105051193A (zh) 2013-03-14 2015-11-11 私募蛋白质体公司 结合il-6的适体及其在治疗或诊断il-6介导的疾患中的用途
CA2924987C (en) * 2013-09-24 2022-08-16 Somalogic, Inc. Multiaptamer target detection
US20150105254A1 (en) * 2013-10-11 2015-04-16 Dow Agrosciences Llc Aqueous herbicidal concentrates
SG10202006426QA (en) * 2013-11-21 2020-08-28 Somalogic Inc Cytidine-5-carboxamide modified nucleotide compositions and methods related thereto
JP6689758B2 (ja) * 2014-02-18 2020-04-28 ソマロジック・インコーポレーテッド 微生物検出のための組成物及び方法
WO2015153860A1 (en) * 2014-04-04 2015-10-08 Somalogic, Inc. Glomerular filtration rate biomarkers and uses thereof
NO2718257T3 (ru) * 2014-05-30 2018-04-14
WO2016069461A1 (en) * 2014-10-27 2016-05-06 The Trustees Of The University Of Pennsylvania A parkinson's disease diagnostic biomarker panel

Also Published As

Publication number Publication date
IL311294A (en) 2024-05-01
JP7203613B2 (ja) 2023-01-13
TWI770036B (zh) 2022-07-11
AU2017290804B2 (en) 2024-02-15
US20190177730A1 (en) 2019-06-13
CA3027626A1 (en) 2018-01-04
DK3478843T3 (da) 2021-08-30
KR20190024894A (ko) 2019-03-08
IL291931A (en) 2022-06-01
BR112018075869A2 (pt) 2019-04-02
US20230313202A1 (en) 2023-10-05
SG10201911369PA (en) 2020-01-30
CN109312346A (zh) 2019-02-05
JP2023036881A (ja) 2023-03-14
SG11201811199QA (en) 2019-01-30
JP2019527043A (ja) 2019-09-26
BR112018075869A8 (pt) 2022-10-18
EP3478843B1 (en) 2021-08-04
RU2019102588A (ru) 2020-08-04
IL263852B (en) 2022-06-01
RU2763470C2 (ru) 2021-12-29
US10927380B2 (en) 2021-02-23
EP3478843A1 (en) 2019-05-08
AU2017290804A1 (en) 2018-12-20
WO2018005974A4 (en) 2018-03-22
PL3478843T3 (pl) 2022-01-31
RU2019102588A3 (ru) 2020-11-30
TW201803992A (zh) 2018-02-01
US11578330B2 (en) 2023-02-14
WO2018005974A1 (en) 2018-01-04
IL291931B1 (en) 2024-04-01
EP3913058A1 (en) 2021-11-24
KR20230031972A (ko) 2023-03-07
ES2886639T3 (es) 2021-12-20
IL263852A (en) 2019-01-31
KR102501963B1 (ko) 2023-02-21
MX2018014771A (es) 2019-04-25
US20210171951A1 (en) 2021-06-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
IL291927A (en) Oligonucleotides containing modified nucleosides
US11111495B2 (en) Method for generating aptamers with improved off-rates
US10870845B2 (en) Methods for capturing nucleic acids
EP2859121B1 (en) Aptamer-based multiplexed assays
DK2489743T3 (en) Aptamers with 5- (N-naphthyl) substituted uridines
JP2022513561A (ja) 単一アッセイを使用した複数の分析物の分析
US8404830B2 (en) Method for generating aptamers with improved off-rates
KR102356073B1 (ko) 차세대서열결정법을 이용한 표적 단백질의 집단적 정량 방법과 그 용도
RU2021137915A (ru) Олигонуклеотиды, содержащие модифицированные нуклеозиды
ES2776202T3 (es) Captura de conformación cromosómica dirigida
CN107002147B (zh) 用于俘获核酸的方法
CN113151398A (zh) 外泌体中核酸分子的检测方法
US20110091939A1 (en) Methods and Compositions for Removing Specific Target Nucleic Acids
WO2023205674A2 (en) Methods for spatially detecting rna molecules
KR20210034597A (ko) 개선된 프로테오믹 멀티플렉스 검정
WO2012174496A2 (en) Method for purification and identification of sperm cells
AU2015249082B2 (en) Method for generating aptamers with improved off-rates
RU2792385C2 (ru) Усовершенствованные протеомные мультиплексные анализы
WO2023025784A1 (en) Optimised set of oligonucleotides for bulk rna barcoding and sequencing