JP2023036881A - 修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド - Google Patents
修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド Download PDFInfo
- Publication number
- JP2023036881A JP2023036881A JP2022209677A JP2022209677A JP2023036881A JP 2023036881 A JP2023036881 A JP 2023036881A JP 2022209677 A JP2022209677 A JP 2022209677A JP 2022209677 A JP2022209677 A JP 2022209677A JP 2023036881 A JP2023036881 A JP 2023036881A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- aptamer
- modified
- linkers
- pyrimidine
- moiety
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title claims abstract description 54
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 31
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 title abstract description 10
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 claims abstract description 568
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 claims abstract description 303
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical class O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 claims abstract description 84
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical class O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 claims abstract description 82
- 125000001624 naphthyl group Chemical group 0.000 claims abstract description 36
- 125000001493 tyrosinyl group Chemical group [H]OC1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 claims abstract description 35
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 claims abstract description 34
- 125000004573 morpholin-4-yl group Chemical group N1(CCOCC1)* 0.000 claims abstract description 30
- 125000001041 indolyl group Chemical group 0.000 claims abstract description 15
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 136
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 123
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 112
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 99
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 77
- 238000009739 binding Methods 0.000 claims description 77
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 73
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 73
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 73
- -1 polydextran Proteins 0.000 claims description 35
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 34
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 33
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 32
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 29
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 20
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 20
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 17
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 17
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 16
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 claims description 14
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 14
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 claims description 13
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 claims description 13
- HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N Heparin Chemical compound OC1C(NC(=O)C)C(O)OC(COS(O)(=O)=O)C1OC1C(OS(O)(=O)=O)C(O)C(OC2C(C(OS(O)(=O)=O)C(OC3C(C(O)C(O)C(O3)C(O)=O)OS(O)(=O)=O)C(CO)O2)NS(O)(=O)=O)C(C(O)=O)O1 HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- CHJJGSNFBQVOTG-UHFFFAOYSA-N N-methyl-guanidine Natural products CNC(N)=N CHJJGSNFBQVOTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N anhydrous guanidine Natural products NC(N)=N ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- SWSQBOPZIKWTGO-UHFFFAOYSA-N dimethylaminoamidine Natural products CN(C)C(N)=N SWSQBOPZIKWTGO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- 229960002897 heparin Drugs 0.000 claims description 12
- 229920000669 heparin Polymers 0.000 claims description 12
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 12
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 claims description 12
- 229960000633 dextran sulfate Drugs 0.000 claims description 11
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 9
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 9
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 claims description 7
- 229940094991 herring sperm dna Drugs 0.000 claims description 7
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 claims description 7
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 claims description 6
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 claims description 6
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 5
- 238000007865 diluting Methods 0.000 claims description 5
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 5
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 claims description 3
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 claims description 3
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 claims description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 3
- 239000000284 extract Substances 0.000 claims description 3
- 239000012530 fluid Substances 0.000 claims description 3
- 230000000762 glandular Effects 0.000 claims description 3
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000002445 nipple Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 claims description 3
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 claims description 3
- 210000001179 synovial fluid Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 3
- 101001098868 Homo sapiens Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 Proteins 0.000 description 89
- 102100038955 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 Human genes 0.000 description 86
- 239000002585 base Substances 0.000 description 79
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 58
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 56
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 44
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 44
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 44
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 38
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 29
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 25
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 21
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 20
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 16
- 230000008569 process Effects 0.000 description 15
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 15
- 241000894007 species Species 0.000 description 13
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 12
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 11
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 10
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 10
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Natural products NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 10
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 10
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 10
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 9
- 102000007330 LDL Lipoproteins Human genes 0.000 description 9
- 108010007622 LDL Lipoproteins Proteins 0.000 description 9
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 9
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 9
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 9
- 102200057382 rs137852912 Human genes 0.000 description 9
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 9
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 9
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 9
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 9
- 102100041003 Glutamate carboxypeptidase 2 Human genes 0.000 description 8
- 101000892862 Homo sapiens Glutamate carboxypeptidase 2 Proteins 0.000 description 8
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 8
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 8
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 8
- 229920001481 poly(stearyl methacrylate) Polymers 0.000 description 8
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 8
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 7
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 7
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 7
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 7
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 7
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 7
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 7
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 6
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 6
- 108091036078 conserved sequence Proteins 0.000 description 6
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 6
- 239000000463 material Substances 0.000 description 6
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 6
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 6
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 5
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 5
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 5
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 5
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 5
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 5
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 5
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 5
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 5
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 5
- 229960002086 dextran Drugs 0.000 description 5
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 5
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 5
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 5
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 5
- SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N D-xylopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N 0.000 description 4
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 4
- 101100135848 Mus musculus Pcsk9 gene Proteins 0.000 description 4
- 101100135853 Rattus norvegicus Pcsk9 gene Proteins 0.000 description 4
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 4
- 206010045261 Type IIa hyperlipidaemia Diseases 0.000 description 4
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 4
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229920000447 polyanionic polymer Polymers 0.000 description 4
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 4
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 4
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 4
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- 208000035657 Abasia Diseases 0.000 description 3
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100024640 Low-density lipoprotein receptor Human genes 0.000 description 3
- 241000209094 Oryza Species 0.000 description 3
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 3
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 3
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 3
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 3
- 238000012350 deep sequencing Methods 0.000 description 3
- 102000053786 human PCSK9 Human genes 0.000 description 3
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 3
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 3
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 3
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 3
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 3
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 3
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 3
- 125000002264 triphosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- GHOKWGTUZJEAQD-ZETCQYMHSA-N (D)-(+)-Pantothenic acid Chemical compound OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(O)=O GHOKWGTUZJEAQD-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 2
- HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N 2-Aminoethan-1-ol Chemical compound NCCO HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HVBSAKJJOYLTQU-UHFFFAOYSA-N 4-aminobenzenesulfonic acid Chemical compound NC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 HVBSAKJJOYLTQU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020005029 5' Flanking Region Proteins 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010003210 Arteriosclerosis Diseases 0.000 description 2
- CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N Ascorbic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1O CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N 0.000 description 2
- 201000001320 Atherosclerosis Diseases 0.000 description 2
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 2
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000024905 CD99 Human genes 0.000 description 2
- 108060001253 CD99 Proteins 0.000 description 2
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N D-gluconic acid Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N 0.000 description 2
- HAIWUXASLYEWLM-UHFFFAOYSA-N D-manno-Heptulose Natural products OCC1OC(O)(CO)C(O)C(O)C1O HAIWUXASLYEWLM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N Ethylamine Chemical compound CCN QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100027525 Frataxin, mitochondrial Human genes 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N Fumaric acid Chemical compound OC(=O)\C=C\C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N 0.000 description 2
- 101150103820 Fxn gene Proteins 0.000 description 2
- AEMRFAOFKBGASW-UHFFFAOYSA-N Glycolic acid Chemical compound OCC(O)=O AEMRFAOFKBGASW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940121710 HMGCoA reductase inhibitor Drugs 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 101001034652 Homo sapiens Insulin-like growth factor 1 receptor Proteins 0.000 description 2
- 101000613958 Homo sapiens Lysine-specific demethylase 2A Proteins 0.000 description 2
- 101000627861 Homo sapiens Matrix metalloproteinase-28 Proteins 0.000 description 2
- 101000611202 Homo sapiens Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B Proteins 0.000 description 2
- 208000000563 Hyperlipoproteinemia Type II Diseases 0.000 description 2
- SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N Indole Chemical compound C1=CC=C2NC=CC2=C1 SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100039688 Insulin-like growth factor 1 receptor Human genes 0.000 description 2
- HSNZZMHEPUFJNZ-UHFFFAOYSA-N L-galacto-2-Heptulose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C(O)C(=O)CO HSNZZMHEPUFJNZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100040598 Lysine-specific demethylase 2A Human genes 0.000 description 2
- 101100135846 Macaca mulatta PCSK9 gene Proteins 0.000 description 2
- 102100026799 Matrix metalloproteinase-28 Human genes 0.000 description 2
- AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N Methanesulfonic acid Chemical compound CS(O)(=O)=O AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 2
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 2
- 102100040283 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B Human genes 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 2
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-N Pyruvic acid Chemical compound CC(=O)C(O)=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HAIWUXASLYEWLM-AZEWMMITSA-N Sedoheptulose Natural products OC[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@](O)(CO)O1 HAIWUXASLYEWLM-AZEWMMITSA-N 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002015 acyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-STGXQOJASA-N alpha-D-lyxopyranose Chemical compound O[C@@H]1CO[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-STGXQOJASA-N 0.000 description 2
- 125000000129 anionic group Chemical group 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 2
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 125000000499 benzofuranyl group Chemical group O1C(=CC2=C1C=CC=C2)* 0.000 description 2
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WGQKYBSKWIADBV-UHFFFAOYSA-N benzylamine Chemical compound NCC1=CC=CC=C1 WGQKYBSKWIADBV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- HQABUPZFAYXKJW-UHFFFAOYSA-N butan-1-amine Chemical compound CCCCN HQABUPZFAYXKJW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002837 carbocyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 150000001732 carboxylic acid derivatives Chemical class 0.000 description 2
- 150000001733 carboxylic acid esters Chemical class 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 description 2
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 2
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-N dimethylselenoniopropionate Natural products CCC(O)=O XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-N dodecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCC(O)=O POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 2
- 201000001386 familial hypercholesterolemia Diseases 0.000 description 2
- 125000004175 fluorobenzyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 2
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 2
- IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N hexadecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(O)=O IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- SUMDYPCJJOFFON-UHFFFAOYSA-N isethionic acid Chemical compound OCCS(O)(=O)=O SUMDYPCJJOFFON-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N lactic acid Chemical compound CC(O)C(O)=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 125000000896 monocarboxylic acid group Chemical group 0.000 description 2
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 2
- 150000002891 organic anions Chemical class 0.000 description 2
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 2
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 2
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 2
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 2
- ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N psoralen Chemical compound C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OC=C2 ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 2
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 2
- YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-N salicylic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1O YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- HSNZZMHEPUFJNZ-SHUUEZRQSA-N sedoheptulose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C(=O)CO HSNZZMHEPUFJNZ-SHUUEZRQSA-N 0.000 description 2
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 2
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 2
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N trans-butenedioic acid Natural products OC(=O)C=CC(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002753 trypsin inhibitor Substances 0.000 description 2
- NQPDZGIKBAWPEJ-UHFFFAOYSA-N valeric acid Chemical compound CCCCC(O)=O NQPDZGIKBAWPEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WRIDQFICGBMAFQ-UHFFFAOYSA-N (E)-8-Octadecenoic acid Natural products CCCCCCCCCC=CCCCCCCC(O)=O WRIDQFICGBMAFQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MIOPJNTWMNEORI-GMSGAONNSA-N (S)-camphorsulfonic acid Chemical compound C1C[C@@]2(CS(O)(=O)=O)C(=O)C[C@@H]1C2(C)C MIOPJNTWMNEORI-GMSGAONNSA-N 0.000 description 1
- BJEPYKJPYRNKOW-REOHCLBHSA-N (S)-malic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](O)CC(O)=O BJEPYKJPYRNKOW-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- UWYVPFMHMJIBHE-OWOJBTEDSA-N (e)-2-hydroxybut-2-enedioic acid Chemical compound OC(=O)\C=C(\O)C(O)=O UWYVPFMHMJIBHE-OWOJBTEDSA-N 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-VOTSOKGWSA-M .beta-Phenylacrylic acid Natural products [O-]C(=O)\C=C\C1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-VOTSOKGWSA-M 0.000 description 1
- TUSDEZXZIZRFGC-UHFFFAOYSA-N 1-O-galloyl-3,6-(R)-HHDP-beta-D-glucose Natural products OC1C(O2)COC(=O)C3=CC(O)=C(O)C(O)=C3C3=C(O)C(O)=C(O)C=C3C(=O)OC1C(O)C2OC(=O)C1=CC(O)=C(O)C(O)=C1 TUSDEZXZIZRFGC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MXHRCPNRJAMMIM-SHYZEUOFSA-N 2'-deoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 MXHRCPNRJAMMIM-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- LBLYYCQCTBFVLH-UHFFFAOYSA-N 2-Methylbenzenesulfonic acid Chemical compound CC1=CC=CC=C1S(O)(=O)=O LBLYYCQCTBFVLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGNOTKMIMZMNRX-XVFCMESISA-N 2-amino-1-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidin-4-one Chemical compound NC1=NC(=O)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 RGNOTKMIMZMNRX-XVFCMESISA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CVOFKRWYWCSDMA-UHFFFAOYSA-N 2-chloro-n-(2,6-diethylphenyl)-n-(methoxymethyl)acetamide;2,6-dinitro-n,n-dipropyl-4-(trifluoromethyl)aniline Chemical compound CCC1=CC=CC(CC)=C1N(COC)C(=O)CCl.CCCN(CCC)C1=C([N+]([O-])=O)C=C(C(F)(F)F)C=C1[N+]([O-])=O CVOFKRWYWCSDMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UPHOPMSGKZNELG-UHFFFAOYSA-N 2-hydroxynaphthalene-1-carboxylic acid Chemical compound C1=CC=C2C(C(=O)O)=C(O)C=CC2=C1 UPHOPMSGKZNELG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WLJVXDMOQOGPHL-PPJXEINESA-N 2-phenylacetic acid Chemical compound O[14C](=O)CC1=CC=CC=C1 WLJVXDMOQOGPHL-PPJXEINESA-N 0.000 description 1
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 description 1
- LQJBNNIYVWPHFW-UHFFFAOYSA-N 20:1omega9c fatty acid Natural products CCCCCCCCCCC=CCCCCCCCC(O)=O LQJBNNIYVWPHFW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005065 3' Flanking Region Proteins 0.000 description 1
- UOQHWNPVNXSDDO-UHFFFAOYSA-N 3-bromoimidazo[1,2-a]pyridine-6-carbonitrile Chemical compound C1=CC(C#N)=CN2C(Br)=CN=C21 UOQHWNPVNXSDDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 4',5'-Dihydropsoralen Natural products C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OCC2 VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- ZLOIGESWDJYCTF-UHFFFAOYSA-N 4-Thiouridine Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=S)C=C1 ZLOIGESWDJYCTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZLOIGESWDJYCTF-XVFCMESISA-N 4-thiouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=S)C=C1 ZLOIGESWDJYCTF-XVFCMESISA-N 0.000 description 1
- QSBYPNXLFMSGKH-UHFFFAOYSA-N 9-Heptadecensaeure Natural products CCCCCCCC=CCCCCCCCC(O)=O QSBYPNXLFMSGKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N Aspirin Chemical compound CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(O)=O BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005711 Benzoic acid Substances 0.000 description 1
- ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N Boron Chemical compound [B] ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101100346156 Caenorhabditis elegans moe-3 gene Proteins 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920002134 Carboxymethyl cellulose Polymers 0.000 description 1
- 238000003734 CellTiter-Glo Luminescent Cell Viability Assay Methods 0.000 description 1
- 241000122205 Chamaeleonidae Species 0.000 description 1
- GHOKWGTUZJEAQD-UHFFFAOYSA-N Chick antidermatitis factor Natural products OCC(C)(C)C(O)C(=O)NCCC(O)=O GHOKWGTUZJEAQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-SREVYHEPSA-N Cinnamic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-SREVYHEPSA-N 0.000 description 1
- 206010010144 Completed suicide Diseases 0.000 description 1
- RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N D-gluconic acid Natural products OCC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- CKTSBUTUHBMZGZ-UHFFFAOYSA-N Deoxycytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1OC(CO)C(O)C1 CKTSBUTUHBMZGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N Dextrotartaric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N 0.000 description 1
- XBPCUCUWBYBCDP-UHFFFAOYSA-N Dicyclohexylamine Chemical compound C1CCCCC1NC1CCCCC1 XBPCUCUWBYBCDP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N Ethylenediamine Chemical compound NCCN PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000001263 FEMA 3042 Substances 0.000 description 1
- DSLZVSRJTYRBFB-UHFFFAOYSA-N Galactaric acid Natural products OC(=O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)=O DSLZVSRJTYRBFB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 241001289753 Graphium sarpedon Species 0.000 description 1
- 101001051093 Homo sapiens Low-density lipoprotein receptor Proteins 0.000 description 1
- 101001017332 Homo sapiens Membrane-bound transcription factor site-1 protease Proteins 0.000 description 1
- 101001072081 Homo sapiens Proprotein convertase subtilisin/kexin type 5 Proteins 0.000 description 1
- 101001098833 Homo sapiens Proprotein convertase subtilisin/kexin type 6 Proteins 0.000 description 1
- 108090000144 Human Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000003839 Human Proteins Human genes 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 239000005639 Lauric acid Substances 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 241000282560 Macaca mulatta Species 0.000 description 1
- 102100034028 Membrane-bound transcription factor site-1 protease Human genes 0.000 description 1
- 108010021466 Mutant Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000008300 Mutant Proteins Human genes 0.000 description 1
- MBBZMMPHUWSWHV-BDVNFPICSA-N N-methylglucamine Chemical compound CNC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO MBBZMMPHUWSWHV-BDVNFPICSA-N 0.000 description 1
- 239000005642 Oleic acid Substances 0.000 description 1
- ZQPPMHVWECSIRJ-UHFFFAOYSA-N Oleic acid Natural products CCCCCCCCC=CCCCCCCCC(O)=O ZQPPMHVWECSIRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940127355 PCSK9 Inhibitors Drugs 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Chemical group 0.000 description 1
- 235000021314 Palmitic acid Nutrition 0.000 description 1
- LRBQNJMCXXYXIU-PPKXGCFTSA-N Penta-digallate-beta-D-glucose Natural products OC1=C(O)C(O)=CC(C(=O)OC=2C(=C(O)C=C(C=2)C(=O)OC[C@@H]2[C@H]([C@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)O2)OC(=O)C=2C=C(OC(=O)C=3C=C(O)C(O)=C(O)C=3)C(O)=C(O)C=2)O)=C1 LRBQNJMCXXYXIU-PPKXGCFTSA-N 0.000 description 1
- 108010004729 Phycoerythrin Proteins 0.000 description 1
- 239000004952 Polyamide Substances 0.000 description 1
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N Propanedioic acid Natural products OC(=O)CC(O)=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100036365 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100038946 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 6 Human genes 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 1
- 235000021355 Stearic acid Nutrition 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N Tartaric acid Natural products [H+].[H+].[O-]C(=O)C(O)C(O)C([O-])=O FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 235000010724 Wisteria floribunda Nutrition 0.000 description 1
- 235000011054 acetic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 229910001413 alkali metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 1
- 229940100198 alkylating agent Drugs 0.000 description 1
- BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N alpha-hydroxysuccinic acid Natural products OC(=O)C(O)CC(O)=O BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 229940059260 amidate Drugs 0.000 description 1
- 150000001449 anionic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 235000010323 ascorbic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011668 ascorbic acid Substances 0.000 description 1
- 229960005070 ascorbic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000012131 assay buffer Substances 0.000 description 1
- FQCKMBLVYCEXJB-MNSAWQCASA-L atorvastatin calcium Chemical compound [Ca+2].C=1C=CC=CC=1C1=C(C=2C=CC(F)=CC=2)N(CC[C@@H](O)C[C@@H](O)CC([O-])=O)C(C(C)C)=C1C(=O)NC1=CC=CC=C1.C=1C=CC=CC=1C1=C(C=2C=CC(F)=CC=2)N(CC[C@@H](O)C[C@@H](O)CC([O-])=O)C(C(C)C)=C1C(=O)NC1=CC=CC=C1 FQCKMBLVYCEXJB-MNSAWQCASA-L 0.000 description 1
- SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-N benzenesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)C1=CC=CC=C1 SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000010233 benzoic acid Nutrition 0.000 description 1
- 125000004196 benzothienyl group Chemical group S1C(=CC2=C1C=CC=C2)* 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 1
- 229920001222 biopolymer Polymers 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 238000006664 bond formation reaction Methods 0.000 description 1
- 229910052796 boron Inorganic materials 0.000 description 1
- ZADPBFCGQRWHPN-UHFFFAOYSA-N boronic acid Chemical compound OBO ZADPBFCGQRWHPN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 1
- UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N bromophenol blue Chemical compound C1=C(Br)C(O)=C(Br)C=C1C1(C=2C=C(Br)C(O)=C(Br)C=2)C2=CC=CC=C2S(=O)(=O)O1 UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- 125000000484 butyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 244000309466 calf Species 0.000 description 1
- 150000004657 carbamic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 1
- 125000006297 carbonyl amino group Chemical group [H]N([*:2])C([*:1])=O 0.000 description 1
- 235000010948 carboxy methyl cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 239000001768 carboxy methyl cellulose Substances 0.000 description 1
- 239000008112 carboxymethyl-cellulose Substances 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 150000001767 cationic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 239000012707 chemical precursor Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 1
- OEYIOHPDSNJKLS-UHFFFAOYSA-N choline Chemical compound C[N+](C)(C)CCO OEYIOHPDSNJKLS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960001231 choline Drugs 0.000 description 1
- 229930016911 cinnamic acid Natural products 0.000 description 1
- 235000013985 cinnamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 125000000392 cycloalkenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- MXHRCPNRJAMMIM-UHFFFAOYSA-N desoxyuridine Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 MXHRCPNRJAMMIM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 description 1
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 1
- ZBCBWPMODOFKDW-UHFFFAOYSA-N diethanolamine Chemical compound OCCNCCO ZBCBWPMODOFKDW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HPNMFZURTQLUMO-UHFFFAOYSA-N diethylamine Chemical compound CCNCC HPNMFZURTQLUMO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 239000013024 dilution buffer Substances 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K dioxido-sulfanylidene-sulfido-$l^{5}-phosphane Chemical compound [O-]P([O-])([S-])=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J diphosphate(4-) Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 229960001484 edetic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- AFAXGSQYZLGZPG-UHFFFAOYSA-N ethanedisulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)CCS(O)(=O)=O AFAXGSQYZLGZPG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M ethanesulfonate Chemical compound CCS([O-])(=O)=O CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- NPUKDXXFDDZOKR-LLVKDONJSA-N etomidate Chemical compound CCOC(=O)C1=CN=CN1[C@H](C)C1=CC=CC=C1 NPUKDXXFDDZOKR-LLVKDONJSA-N 0.000 description 1
- 239000012467 final product Substances 0.000 description 1
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 1
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 239000001530 fumaric acid Substances 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- DSLZVSRJTYRBFB-DUHBMQHGSA-N galactaric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C(O)=O DSLZVSRJTYRBFB-DUHBMQHGSA-N 0.000 description 1
- 239000000174 gluconic acid Substances 0.000 description 1
- 235000012208 gluconic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N indole Natural products CC1=CC=CC2=C1C=CN2 PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N indolenine Natural products C1=CC=C2CC=NC2=C1 RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 229910001412 inorganic anion Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910001411 inorganic cation Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 description 1
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 229940045996 isethionic acid Drugs 0.000 description 1
- 125000000959 isobutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- QXJSBBXBKPUZAA-UHFFFAOYSA-N isooleic acid Natural products CCCCCCCC=CCCCCCCCCC(O)=O QXJSBBXBKPUZAA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004310 lactic acid Substances 0.000 description 1
- 235000014655 lactic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229960000448 lactic acid Drugs 0.000 description 1
- 229940099563 lactobionic acid Drugs 0.000 description 1
- 238000010667 large scale reaction Methods 0.000 description 1
- 229940033355 lauric acid Drugs 0.000 description 1
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 1
- 230000029226 lipidation Effects 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 229940002661 lipitor Drugs 0.000 description 1
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 1
- VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N maleic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N 0.000 description 1
- 239000011976 maleic acid Substances 0.000 description 1
- 229940098895 maleic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000001630 malic acid Substances 0.000 description 1
- 235000011090 malic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229940099690 malic acid Drugs 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 229960003194 meglumine Drugs 0.000 description 1
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 1
- 229940098779 methanesulfonic acid Drugs 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-UHFFFAOYSA-N methyl p-hydroxycinnamate Natural products OC(=O)C=CC1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical class CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- WQEPLUUGTLDZJY-UHFFFAOYSA-N n-Pentadecanoic acid Natural products CCCCCCCCCCCCCCC(O)=O WQEPLUUGTLDZJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GTWJETSWSUWSEJ-UHFFFAOYSA-N n-benzylaniline Chemical compound C=1C=CC=CC=1CNC1=CC=CC=C1 GTWJETSWSUWSEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002825 nitriles Chemical class 0.000 description 1
- GQPLMRYTRLFLPF-UHFFFAOYSA-N nitrous oxide Inorganic materials [O-][N+]#N GQPLMRYTRLFLPF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 108091008104 nucleic acid aptamers Proteins 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 229940127073 nucleoside analogue Drugs 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- QIQXTHQIDYTFRH-UHFFFAOYSA-N octadecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC(O)=O QIQXTHQIDYTFRH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OQCDKBAXFALNLD-UHFFFAOYSA-N octadecanoic acid Natural products CCCCCCCC(C)CCCCCCCCC(O)=O OQCDKBAXFALNLD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-N oleic acid Chemical compound CCCCCCCC\C=C/CCCCCCCC(O)=O ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-N 0.000 description 1
- 235000021313 oleic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- HSXUHWZMNJHFRV-QIKYXUGXSA-L orange G Chemical compound [Na+].[Na+].OC1=CC=C2C=C(S([O-])(=O)=O)C=C(S([O-])(=O)=O)C2=C1\N=N\C1=CC=CC=C1 HSXUHWZMNJHFRV-QIKYXUGXSA-L 0.000 description 1
- 150000002892 organic cations Chemical class 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 235000006408 oxalic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 1
- WLJNZVDCPSBLRP-UHFFFAOYSA-N pamoic acid Chemical compound C1=CC=C2C(CC=3C4=CC=CC=C4C=C(C=3O)C(=O)O)=C(O)C(C(O)=O)=CC2=C1 WLJNZVDCPSBLRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940055726 pantothenic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000019161 pantothenic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011713 pantothenic acid Substances 0.000 description 1
- FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N papa-hydroxy-benzoic acid Natural products OC(=O)C1=CC=C(O)C=C1 FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical group [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Chemical group 0.000 description 1
- UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M phosphonate Chemical group [O-]P(=O)=O UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N phosphorous acid Chemical class OP(O)O OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000035790 physiological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000000049 pigment Substances 0.000 description 1
- 230000036470 plasma concentration Effects 0.000 description 1
- 229920002647 polyamide Polymers 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 238000011176 pooling Methods 0.000 description 1
- WSHYKIAQCMIPTB-UHFFFAOYSA-M potassium;2-oxo-3-(3-oxo-1-phenylbutyl)chromen-4-olate Chemical compound [K+].[O-]C=1C2=CC=CC=C2OC(=O)C=1C(CC(=O)C)C1=CC=CC=C1 WSHYKIAQCMIPTB-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 150000003140 primary amides Chemical class 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 235000019260 propionic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229940095574 propionic acid Drugs 0.000 description 1
- 125000001436 propyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- YMXFJTUQQVLJEN-UHFFFAOYSA-N pyrimidine Chemical class C1=CN=CN=C1.C1=CN=CN=C1 YMXFJTUQQVLJEN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940107700 pyruvic acid Drugs 0.000 description 1
- 125000001453 quaternary ammonium group Chemical group 0.000 description 1
- IUVKMZGDUIUOCP-BTNSXGMBSA-N quinbolone Chemical compound O([C@H]1CC[C@H]2[C@H]3[C@@H]([C@]4(C=CC(=O)C=C4CC3)C)CC[C@@]21C)C1=CCCC1 IUVKMZGDUIUOCP-BTNSXGMBSA-N 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 239000011819 refractory material Substances 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 229960004889 salicylic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000012898 sample dilution Substances 0.000 description 1
- 150000003334 secondary amides Chemical class 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 239000008117 stearic acid Substances 0.000 description 1
- 229960004274 stearic acid Drugs 0.000 description 1
- 108010051423 streptavidin-agarose Proteins 0.000 description 1
- 229950000244 sulfanilic acid Drugs 0.000 description 1
- 229940124530 sulfonamide Drugs 0.000 description 1
- 150000003456 sulfonamides Chemical class 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 229920001059 synthetic polymer Polymers 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
- LRBQNJMCXXYXIU-NRMVVENXSA-N tannic acid Chemical compound OC1=C(O)C(O)=CC(C(=O)OC=2C(=C(O)C=C(C=2)C(=O)OC[C@@H]2[C@H]([C@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)O2)OC(=O)C=2C=C(OC(=O)C=3C=C(O)C(O)=C(O)C=3)C(O)=C(O)C=2)O)=C1 LRBQNJMCXXYXIU-NRMVVENXSA-N 0.000 description 1
- 235000015523 tannic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229920002258 tannic acid Polymers 0.000 description 1
- 229940033123 tannic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000011975 tartaric acid Substances 0.000 description 1
- 235000002906 tartaric acid Nutrition 0.000 description 1
- 229960001367 tartaric acid Drugs 0.000 description 1
- 150000003511 tertiary amides Chemical class 0.000 description 1
- UEUXEKPTXMALOB-UHFFFAOYSA-J tetrasodium;2-[2-[bis(carboxylatomethyl)amino]ethyl-(carboxylatomethyl)amino]acetate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CN(CC([O-])=O)CCN(CC([O-])=O)CC([O-])=O UEUXEKPTXMALOB-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 231100000167 toxic agent Toxicity 0.000 description 1
- 239000003440 toxic substance Substances 0.000 description 1
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 1
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 1
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000281 trometamol Drugs 0.000 description 1
- 125000005454 tryptophanyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229940005605 valeric acid Drugs 0.000 description 1
- NLIVDORGVGAOOJ-MAHBNPEESA-M xylene cyanol Chemical compound [Na+].C1=C(C)C(NCC)=CC=C1C(\C=1C(=CC(OS([O-])=O)=CC=1)OS([O-])=O)=C\1C=C(C)\C(=[NH+]/CC)\C=C/1 NLIVDORGVGAOOJ-MAHBNPEESA-M 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
- A61P3/06—Antihyperlipidemics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
- A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1048—SELEX
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/16—Aptamers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/33—Chemical structure of the base
- C12N2310/334—Modified C
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/33—Chemical structure of the base
- C12N2310/334—Modified C
- C12N2310/3341—5-Methylcytosine
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/33—Chemical structure of the base
- C12N2310/335—Modified T or U
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2330/00—Production
- C12N2330/30—Production chemically synthesised
- C12N2330/31—Libraries, arrays
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/117—Modifications characterised by incorporating modified base
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/205—Aptamer
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Public Health (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Obesity (AREA)
- Vascular Medicine (AREA)
- Cardiology (AREA)
- Heart & Thoracic Surgery (AREA)
- Diabetes (AREA)
- Pathology (AREA)
Abstract
Description
本願は、2016年7月1日に提出された米国仮出願第62/357,623号、及び2016年12月21日に提出された米国仮出願第62/437,592号の優先権の利益を主張するものであり、その各々は、あらゆる目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、ASCII形式で電子的に提出されている配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。2017年6月15日に作成された前記ASCII形式のコピーは、ファイル名01137-0020-00PCT_SL.txt、及びサイズ21,863バイトである。
本開示は、一般に、標的分子結合することができるアプタマーのような修飾ヌクレオシドを含む、オリゴヌクレオチドの分野に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、1種以上の塩基修飾ヌクレオシドを含むアプタマーなどのオリゴヌクレオチド、及びそのようなアプタマーを作製し使用する方法に関する。
、TyrdC、及びPPdCから選択される。いくつかの実施形態では、5位修飾ウリジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはNapdCであり、少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、及びThrdUから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはPPdCであり、少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンはTyrdUである。いくつかの実施形態では、第1の5位修飾ピリミジン及び第2の5位修飾ピリミジンは、ポリメラーゼ酵素によって取り込まれることができる。いくつかの実施形態では、第1の5位修飾ピリミジン及び第2の5位修飾ピリミジンは、KOD DNAポリメラーゼによって取り込まれることができる。
ポリヌクレオチドの3’末端固定領域は、長さが少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25もしくは少なくとも30のヌクレオチド長、または5~30、10~30、15~30、5~20、もしくは10~20のヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、第1の5位修飾ピリミジンは5位修飾ウリジンであり、第2の5位修飾ピリミジンは5位修飾シチジンである。いくつかの実施形態では、第1の5位修飾ピリミジンは5位修飾シチジンであり、第2の5位修飾ピリミジンは5位修飾ウリジンである。いくつかの実施形態では、5位修飾ウリジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分、トリプトファニル部分、インドール部分及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含む。いくつかの実施形態では、5位修飾シチジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含む。ある実施形態では、部分は、アミドリンカー、カルボニルリンカー、プロピニルリンカー、アルキンリンカー、エステルリンカー、尿素リンカー、カルバマートリンカー、グアニジンリンカー、アミジンリンカー、スルホキシドリンカー、及びスルホンリンカーから選択される群に含まれるリンカーを介して塩基の5位に共有結合で連結されている。いくつかの実施形態では、5位修飾シチジンは、NapdC、2NapdC、TyrdC、及びPPdCから選択される。いくつかの実施形態では、5位修飾ウリジンは、NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはNapdCであり、少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはPPdCであり、少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TrydU、TrpdU、及びThrdUから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンはTyrdUである。いくつかの実施形態では、第1の5位修飾ピリミジン及び第2の5位修飾ピリミジンは、ポリメラーゼ酵素によって取り込まれることができる。いくつかの実施形態では、第1の5位修飾ピリミジン及び第2の5位修飾ピリミジンは、KOD DNAポリメラーゼによって取り込まれることができる。
修飾ピリミジンは5位修飾シチジンであり、第2の5位修飾ピリミジンは5位修飾ウリジンである。いくつかの実施形態では、5位修飾ウリジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分、インドール部分及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含む。いくつかの実施形態では、5位修飾シチジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含む。ある実施形態では、部分は、アミドリンカー、カルボニルリンカー、プロピニルリンカー、アルキンリンカー、エステルリンカー、尿素リンカー、カルバマートリンカー、グアニジンリンカー、アミジンリンカー、スルホキシドリンカー、及びスルホンリンカーから選択される群に含まれるリンカーを介して塩基の5位に共有結合で連結されている。いくつかの実施形態では、5位修飾シチジンは、NapdC、2NapdC、TyrdC、及びPPdCから選択される。いくつかの実施形態では、5位修飾ウリジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはNapdCであり、少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはPPdCであり、少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンはTyrdUである。いくつかの実施形態では、第1の5位修飾ピリミジン及び第2の5位修飾ピリミジンは、ポリメラーゼ酵素によって取り込まれることができる。いくつかの実施形態では、第1の5位修飾ピリミジン及び第2の5位修飾ピリミジンは、KOD DNAポリメラーゼによって取り込まれることができる。
(a)標的分子に結合することができるアプタマーと試料とを接触させること、
(b)アプタマーを試料と共にインキュベートしてアプタマー-標的複合体を形成させること、
(c)試料中のアプタマー-標的複合体を濃縮すること、及び
(c)アプタマー、アプタマー-標的複合体または標的分子の存在について検出することを含み、
ここで、アプタマー、アプタマー-標的複合体または標的分子の検出は、試料中に標的分子が存在することを指し、アプタマー、アプタマー-標的複合体または標的分子の検出がないことは、試料中に標的分子が存在しないことを指し、かかるアプタマーは、本明細書で提供する二重修飾アプタマーである方法を提供する。いくつかの実施形態では、方法は、試料への競合分子の添加、アプタマー-標的複合体の固体支持体への捕捉、ならびに競合分子の添加及び試料の希釈から選択される少なくとも1つのさらなるステップを含み、
ここで、少なくとも1つのさらなるステップは、ステップ(a)またはステップ(b)の後で行われる。いくつかの実施形態では、競合分子は、ポリアニオン性競合物質から選択される。いくつかの実施形態では、ポリアニオン性競合物質は、オリゴヌクレオチド、ポリデキストラン、DNA、ヘパリン及びdNTPから選択される。いくつかの実施形態では、ポリデキストランは硫酸デキストランであり、DNAはニシン精子DNAまたはサケ精子DNAである。いくつかの実施形態では、標的分子は、タンパク質、ペプチド、炭水化物、低分子、細胞及び組織から選択される。いくつかの実施形態では、試料は、全血、白血球、末梢血単核球、血漿、血清、痰、呼気、尿、精液、唾液、髄液、羊水、腺液、リンパ液、乳頭吸引物、気管支吸引物、滑液、関節吸引物、細胞、細胞抽出物、便、組織、組織生検、及び脳脊髄液から選択される。
a)試料を、標的に結合して第1の複合体を形成することができる第1のアプタマーと接触させて混合物を形成させること、
b)混合物を、第1の複合体の形成を可能にする条件下でインキュベートすること、
c)混合物を、第1の複合体と結合して第2の複合体を形成することができる第2のアプタマーと接触させること、
d)混合物を、第2の複合体の形成を可能にする条件下でインキュベートすること、
e)混合物中の第1のアプタマー、第2のアプタマー、標的、第1の複合体または第2の複合体の有無について検出し、第1のアプタマー、第2のアプタマー、標的、第1の複合体または第2の複合体の存在は、試料中の標的の存在を指すことを含み、
ここで、第1のアプタマーは、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジン及び少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンを含み、
第2のアプタマーは、少なくとも1つの第3の5位修飾ピリミジンを含むか、または、第2のアプタマーは、少なくとも1つの第3の5位修飾ピリミジンと少なくとも1つの第4の5位修飾ピリミジンとを含み、
第1の5位修飾ピリミジンと第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位修飾ピリミジンである。
ン及び第2の5位修飾ピリミジンは、ポリメラーゼ酵素によって取り込まれることができる。いくつかの実施形態では、第1の5位修飾ピリミジン及び第2の5位修飾ピリミジンは、KOD DNAポリメラーゼによって取り込まれることができる。
(a)アプタマーのライブラリーを標的分子と接触させて混合物を形成させ、アプタマーが標的分子に対して親和性である場合に形成されるアプタマー-標的複合体の形成を可能にすること、
(b)混合物の残部からアプタマー-標的複合体を分配(またはアプタマー-標的複合体を濃縮)すること、
(c)アプタマー-標的複合体を解離させること、及び
(d)標的分子に対する結合能のある1つ以上のアプタマーを同定すること
を含み、ここで、アプタマーのライブラリーは複数のポリヌクレオチドを含み、各ポリヌクレオチドは、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジン及び少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンを含み、第1の5位修飾ピリミジンと第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位修飾ピリミジンである。いくつかの実施形態では、ステップ(a)、(b)及び/または(c)を少なくとも1回、2回、3回、4回、5回、6回、7回、8回、9回または10回繰り返す。
オチドの3’末端固定領域は、長さが少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25もしくは少なくとも30のヌクレオチド長、または5~30、10~30、15~30、5~20、もしくは10~20のヌクレオチド長である。
pppG-3’の5’に位置する。いくつかの実施形態では、Eはyである。
by Blackwell Science Ltd.,1994(ISBN 0-632-02182-9);及びRobert A.Meyers(ed.),Molecular Biology and Biotechnology:a Comprehensive Desk Reference,published by VCH Publishers,Inc.,1995(ISBN 1-56081-569-8)に見出され得る。
(ならびにその分数、ただし、文脈で明確な指示がある場合を除く)も含まれるものと理解される。いかなる濃度範囲、パーセント範囲、比率範囲、または整数範囲も、特に明記しない限り、記述範囲内のあらゆる整数値、及び必要に応じ、その分数値(整数の10分の1及び100分の1など)を含むものと理解されるべきである。また、ポリマーのサブユニット、大きさまたは厚さなど、任意の物理的特徴に関して本明細書で引用される任意の数字範囲には、特に明記しない限り、記述範囲内のあらゆる整数が含まれると理解されるべきである。本明細書で使用する場合、「約」または「で本質的に構成される」とは、特に明記しない限り、示されている範囲、値、または構造の±20%を意味する。本明細書で使用する場合、「含む(include)及び「含む(comprise)」という用語は非限定的であり、これらは同義で使用される。
されるものではない。いくつかの実施形態では、C5修飾シチジンは、例えば、その三リン酸形態にある場合、ポリメラーゼ(例えば、KOD DNAポリメラーゼ)によりオリゴヌクレオチドに取り込まれることができる。
5-(N-ベンジルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(BndU)、
5-(N-フェネチルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(PEdU)、
5-(N-チオフェニルメチルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(ThdU)、
5-(N-イソブチルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(iBudU)、
5-(N-チロシルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(TyrdU)、
5-(N-3,4-メチレンジオキシベンジルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(MBndU)、
5-(N-4-フルオロベンジルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(FBndU)、
5-(N-3-フェニルプロピルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(PPdU)、
5-(N-イミジゾリルエチルカルボキサミド(imidizolylethylcarboxamide))-2’-デオキシウリジン(ImdU)、
5-(N-トリプタミノカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(TrpdU)、
5-(N-R-トレオニニルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(ThrdU)、
5-(N-[1-(3-トリメチルアンモニウム)プロピル]カルボキサミド)-2’-デオキシウリジン塩化物、
5-(N-ナフチルメチルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(NapdU)、5-(N-[1-(2,3-ジヒドロキシプロピル)]カルボキサミド)-2’-デオキシウリジン)、
5-(N-2-ナフチルメチルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(2NapdU)、
5-(N-1-ナフチルエチルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(NEdU)、
5-(N-2-ナフチルエチルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(2NEdU)、
5-(N-3-ベンゾフラニルエチルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(BFdU)、
5-(N-3-ベンゾチオフェニルエチルカルボキサミド)-2’-デオキシウリジン(BTdU)
が含まれる。
O-メチルまたは2’-フルオロ)、環外アミンでの修飾、及び4-チオウリジンの置換等を単独または任意の組み合わせで用いて組み合わせることもできる。
もしくはアラルキルを含有する置換または非置換のアルキル(C1~C20)である。ポリヌクレオチド内のすべての結合が同一である必要はない。糖、プリン、及びピリミジンの類似形態で代用することは、代替的骨格構造、例えば、ポリアミド骨格のような構造が可能になるので、最終生成物を設計する際に有利になり得る。
447号に記載の改良SELEX法を使用して作製可能である。
80%、85%、90%、95%、または100%は5位で修飾されている。
ある実施形態では、本開示は、異なる2種の塩基修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド、例えば、アプタマーを提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、異なる2種の5位修飾ピリミジンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのC5修飾シチジン及び少なくとも1つのC5修飾ウリジンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2つの異なるC5修飾シチジンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、2つの異なるC5修飾ウリジンを含む。C5修飾されたウリジン及びシチジンの非限定的な例は、例えば、下記式I及び図20に示されている。C5修飾ウリジンの非限定的な特定の例は図21に示され、C5修飾シチジンの非限定的な特定の例は図22に示されている。
Rは独立して-(CH2)n-であり、ここで、nは0、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択される整数であり、
RX1は独立して
ここで、
RX4は独立して、分岐または直鎖の低級アルキル(C1~C20)、ヒドロキシル基、ハロゲン(F、Cl、Br、I)、ニトリル(CN)、ボロン酸(BO2H2)、カルボン酸(COOH)、カルボン酸エステル(COORX2)、第一級アミド(CONH2)、第二級アミド(CONHRX2)、第三級アミド(CONRX2RX3)、スルホンアミド(SO2NH2)、N-アルキルスルホンアミド(SONHRX2)からなる群から選択され、
RX2及びRX3は、出現ごとに独立して、分岐または直鎖の低級アルキル(C1~C20)、フェニル(C6H5)、RX4が上記定義によるRX4置換フェニル環(RX4C6H4)、カルボン酸(COOH)、RX5が分岐または直鎖の低級アルキル(C1~C20)であるカルボン酸エステル(COORX5)、ならびに、RX2とRX3が互いに結合して置換または非置換の5員環もしくは6員環を形成するシクロアルキルからなる群から選択され、
Xは独立して、-H、-OH、-OMe、-O-アリル、-F、-OEt、-OPr、-OCH2CH2OCH3、NH2及び-アジドからなる群から選択され、
R’は独立して、-H、-OAc、-OBz、-P(NiPr2)(OCH2CH2CN)、及び-OSiMe2tBuからなる群から選択され、
R’’は独立して、水素、4,4’-ジメトキシトリチル(DMT)及び三リン酸(-P(O)(OH)-O-P(O)(OH)-O-P(O)(OH)2)またはその塩からなる群から選択され、
Zは独立して、-H、置換または非置換Cの(1~4)アルキルからなる群から選択される]
のピリミジンを少なくとも1つ、及びその塩を含む。
オリゴデオキシヌクレオシドの自動合成は多くの研究機関で日常的に実施されている(例えば、その記載内容全体が参照により本明細書に組み込まれるMatteucci,M.D. and Caruthers,M.H.,(1990)J.Am.Chem.Soc.,103:3185-3191を参照のこと)。オリゴリボヌクレオシドの合成も周知である(例えば、その記載内容全体が参照により本明細書に組み込まれるScaringe,S.A.,et al.,(1990)Nucleic Acids Res.18:5433-5441を参照のこと)。本明細書に記載のように、ホスホルアミダイトは、化学合成によりオリゴヌクレオチドに修飾ヌクレオシドを組み込むのに有用であり、三リン酸は、酵素合成によりオリゴヌクレオチドに修飾ヌクレオシドを組み込むのに有用である。(例えば、Vaught,J.D. et al.(2004)J.Am.Chem.Soc.,126:11231-11237;Vaught,J.V.,et al.(2010)J.Am.Chem.Soc.132,4141-4151;Gait,M.J.”Oligonucleotide Synthesis a practical approach”(1984)IRL Press(Oxford,UK);Herdewijn,P.”Oligonucleotide Synthesis”(2005)(Humana Press,Totowa,N.J.(その各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)を参照のこと)。
「SELEX」及び「SELEX工程」という用語は本明細書では同じ意味で使用され、一般に、(1)望ましい様態で標的分子と相互作用する、例えば、タンパク質に高い親和性で結合する核酸の選択と、(2)それらの選択された核酸の増幅との組み合わせを指す。SELEX工程を使用して、特定の標的分子またはバイオマーカーに対する親和性の高いアプタマーを同定することができる。
記載の方法では、標的/アプタマー複合体が形成された「後で」競合物質を添加するため、形成される複合体数に影響することはない。標的とアプタマー間の平衡結合が生じた後に競合物質を添加することにより、非平衡状態が生じ、これが、時間と共に展開して標的/アプタマー複合体の少ない新たな平衡状態になる。新たな平衡に達する前に標的/アプタマー複合体を捕捉すると、解離速度が速い複合体は最初に解離するので、試料は解離速度が遅いアプタマーで濃縮されている。
いくつかの実施形態では、ランダム配列を含むオリゴヌクレオチドのライブラリーを提供する。そのようなライブラリーは、いくつかの実施形態では、SELEX実施に有用であり得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのライブラリーの各オリゴヌクレオチドは、多数のランダム化された位置、例えば、少なくとも20、25、30、35、40、45、または50、または20~100、20~80、20~70、20~60、20~50、20~40、もしくは30~40のランダム化された位置を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのライブラリーの各オリゴヌクレオチドは、ランダム化された位置に隣接する固定配列を含む。そのような隣接固定配列は、互いに同一であっても異なっていてもよく(すなわち、5’隣接配列と3’隣接配列は同一であっても異なっていてもよい)、また、いくつかの実施形態では、ライブラリーのすべてのメンバーは同一であってよい(すなわち、ライブラリーのすべてのメンバーが同一の5’隣接配列を有し得る、及び/またはライブラリーのすべてのメンバーが同一の3’隣接配列を有し得る)。
いくつかの実施形態では、標的分子と結合するアプタマーを提供する。いくつかの実施形態では、標的分子は標的タンパク質である。いくつかの実施形態では、PCSK9と結合するアプタマーを提供する。いくつかの実施形態では、PCSK9と結合するアプタマーは、PCSK9のLDL-Rへの結合を阻害する。そのようないくつかの実施形態では、アプタマーは配列5’-yGpppG-3’を含み、ここで、各yはTyrdUであり、各pはNapdCである。いくつかの実施形態では、アプタマーは配列5’-yEAyGAnpAp-3’をさらに含み、ここで、Eはy、A、及びGから選択され、nは0または1である。いくつかの実施形態では、nは0である。いくつかの実施形態では、配列5’-yEAyGAnpAp-3’は、配列5’-yGpppG-3’の5’に位置する。いくつかの実施形態では、Eはyである。
くつかの実施形態では、PCSK9と結合するアプタマーは、本明細書で提供するアプタマーである。いくつかの実施形態では、コレステロールは低比重リポタンパク質(LDL)コレステロール(LDL-C)である。いくつかの実施形態では、対象は、ヘテロ接合型家族性高コレステロール血症または臨床的動脈硬化性心血管疾患(CVD)を有する。
化合物の対応する塩、例えば、薬理学的に許容される塩の調製、精製、及び/または取り扱いが好都合または望ましい場合がある。薬理学的に許容される塩の例は、Berge
et al.(1977)“Pharmaceutically Acceptable Salts”J.Pharm.Sci.66:1-19で考察されている。
実施形態1.少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジン及び少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンを含むアプタマーであって、前記第1の5位修飾ピリミジンと前記第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位修飾ピリミジンである、前記アプタマー。
いずれか1形態に記載の組成物。
前記第2のアプタマーは、少なくとも1つの第3の5位修飾ピリミジンを含み、
前記第1のアプタマー、第2のアプタマー及び前記標的は、三量体複合体を形成することができ、
前記第1の5位修飾ピリミジンと前記第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位修飾ピリミジンである、前記組成物。
(b)前記アプタマーを前記試料と共にインキュベートしてアプタマー-標的複合体を形成させること、
(c)前記試料中の前記アプタマー-標的複合体を濃縮すること、及び
(c)前記アプタマー、アプタマー-標的複合体または標的分子の存在について検出し、前記アプタマー、アプタマー-標的複合体または標的分子の検出は、前記試料中に前記標的分子が存在することを指し、前記アプタマー、アプタマー-標的複合体または標的分子の検出がないことは、前記試料中に前記標的分子が存在しないことを指すことを含む方法であって、
前記アプタマーは実施形態1~14のいずれか1形態に記載のアプタマーである、前記方法。
の固体支持体への捕捉、ならびに競合分子の添加及び前記試料の希釈から選択される少なくとも1つのさらなるステップを含み、ここで、前記少なくとも1つのさらなるステップは、ステップ(a)またはステップ(b)の後で行われる、実施形態45に記載の方法。
b)前記混合物を、前記第1の複合体の形成を可能にする条件下でインキュベートすること、
c)前記混合物を、前記第1の複合体と結合して第2の複合体を形成することができる第2のアプタマーと接触させること、
d)前記混合物を、前記第2の複合体の形成を可能にする条件下でインキュベートすること、
e)前記混合物中の前記第1のアプタマー、前記第2のアプタマー、前記標的、前記第1の複合体または前記第2の複合体の有無について検出し、前記第1のアプタマー、前記第2のアプタマー、前記標的、前記第1の複合体または前記第2の複合体の存在は、前記試料中の前記標的の存在を指すこと
を含む、試料中の標的を検出する方法であって、
前記第1のアプタマーは、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジン及び少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンを含み、
前記第2のアプタマーは、少なくとも1つの第3の5位修飾ピリミジンを含み、
前記第1の5位修飾ピリミジンと前記第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位修飾ピリミジンである、前記方法。
(b)前記混合物の残部から前記アプタマー-標的複合体を分配すること(または前記アプタマー-標的複合体を濃縮すること)、
(c)前記アプタマー-標的複合体を解離させること、及び
(d)前記標的分子に対する結合能のある前記1つ以上のアプタマーを同定すること
を含む、標的分子に対する結合能がある1つ以上のアプタマーを同定する方法であって、アプタマーのライブラリーは複数のポリヌクレオチドを含み、各ポリヌクレオチドは、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジン及び少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンを含み、前記第1の5位修飾ピリミジンと前記第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位
修飾ピリミジンである、前記方法。
2つの修飾塩基を用いるSELEXの相対的有効性を比較するため、非修飾dTを対照とする5つのdU単一修飾(Nap-dU、PP-dU、MOE-dU、Tyr-dU及びThr-dU)、及び非修飾dCを対照とするdC修飾(Nap-dC及びPP-dC)との組み合わせの、合計18の出発ライブラリーを分析した(図1)。被験修飾の種類には、アミノ酸の疎水性側鎖に類似した疎水性芳香族側鎖が含まれる。dUの親水性側鎖(MOE-dU及びThr-dU)もまた試験した。18のライブラリーは各々30のランダム化されたヌクレオチドを含有し、≧1015の異なる配列が得られる。天然ヌクレオチド三リン酸及び/またはKOD DNAポリメラーゼExo-使用修飾ヌクレオチド三リン酸を使用して、ライブラリーを酵素合成した(データ図示せず)。
moleの5’coldプライマー(2X)及び微量の32P標識5’プライマー、0.5mMの天然dNTPもしくは修飾dNTP含有1×SQ20緩衝液(120mM Tris-HCl、pH7.8;10mM KCl;6mM(NH4)2SO4;7mM MgSO4、0.1%Triton X-100及び0.1mg/mL BSA)ならびに0.25U/mL KODポリメラーゼ(Exo-)と混合した。混合物の熱を冷ましてからDNAポリメラーゼを加え、68℃で2時間反応させた後、10℃で冷却した。ライブラリーの反応各々から得た画分を無標識プライマーと共に10% TBU尿素ゲル上で反応させた。少量の分注を変性ゲル上で反応させ、それを蛍光スクリーンに曝露させてホスフォイメージャー(Fuji製)で画像を解析した後、ImageGauge4.0ソフトウェアを使用してバンドを定量化して結果をGraph pad Prismソフトウェア6.05にプロットした。初期ライブラリー作製のため、Pierce(商標)High Capacity Streptavidin Agaroseビーズ(Life Technologies)に捕捉したマスタービオチン化アンチセンスランダムライブラリーを使用して大規模プライマー伸長反応を行った。2つの修飾ヌクレオシドの特定の組み合わせではライブラリーが低収率で得られ、例えば、対照の非修飾DNA(dC/dT)ライブラリーの100%と比較して、Nap-dC/Nap-dUは28±1.3%、Nap-dC/MOE-dUは40±5.2%、及びPP-dC/Nap-dUは43±2.7%であった。初期ライブラリー、ならびに単一塩基修飾ライブラリー及び2塩基修飾ライブラリーの各々の作製に使用したマスターアンチセンスランダムテンプレートから得られたシークエンシング結果から、各ヌクレオチドの頻度を計算した。マスターランダムアンチセンステンプレート(30N)の化学合成を、dA:dG:dC:dT比1:1:1:1(TriLink Biotechnologies)で1μMスケールにて行った。単一塩基修飾及び2塩基修飾の初期ランダムライブラリーを大規模反応で酵素合成し、選択実験に使用した。濃縮プールと共にこれらのライブラリーの配列決定を行い、30Nランダム領域の全4塩基で合計100%としてヌクレオチド頻度をプロットした。ディープシークエンシングを使用してライブラリーの塩基組成を決定した場合、合成の天然DNAテンプレート出発ライブラリー及び酵素合成した非修飾DNA対照初期ライブラリーと比較して、ヌクレオチド頻度における有意な偏りは観察されなかった(データ図示せず)。
プールすべてのシークエンス解析から得られたデータから、修飾ライブラリー2つの組み合わせは、単一修飾ライブラリーと比較して、濃縮された配列の多様性が高いことが実証された(データ図示せず)。アプタマーの結合親和性を試験するため、異なるファミリー由来の固有の高コピー配列だけではなく低コピー配列も表す一連の広範囲の配列(データ図示せず)を選択した。修飾/非修飾ホスホルアミダイト試薬を用いる標準的な固相ホスホルアミダイト化学によって全アプタマーを化学合成した。放射性標識フィルター結合アッセイを用いた溶液中で全アプタマーのスクリーニングを初めに行い、30ヌクレオチドのランダム領域、及びPCSK9結合親和性用に5’末端と3’末端の各固定プライマー領域の5ヌクレオチドずつをさらに含有する、切断型40merとした。切断型アプタマー(40mer)は、固定領域の10ヌクレオチドを含んだ。対照の非修飾DNAライブラリー(dC/dT)からは活性な配列(Kd<32nM)は何ら得られず、これは、このライブラリーのプール親和性が無変化であるためと予測され(データ図示せず)、またディープシークエンシングのデータからも濃縮された多コピー配列は得られなかった(データ図示せず)。dCまたはdUいずれかにNap(ナフチル)修飾を有する単一修飾ライブラリーは、標的に対し親和性のあるアプタマーをもたらしたが、標的に対する親和性が最も大きいアプタマーは、Nap(ナフチル部分)またはPP(ベンジル部分)で修飾されたdCがTyr(チロシル部分)修飾dUを有する場合に得られた(図2)。Tyr-dUをdTに置き換えたところ標的への結合が消失し、これは、標的であるPCSK9表面への結合相互作用にとってチロシル部分が重要であることを示している(データ図示せず)。親和性データから、2修飾ヌクレオチドのアプタマーは一般に単一修飾ヌクレオチドのアプタマーより親和性が高く、また、単一修飾ヌクレオチドのアプタマーと比較すると、PCSK9に結合したアプタマーを多数得られることが実証された(図3)。さらに、単一修飾ヌクレオチドの高コピーのアプタマーは平均親和性が0.1~100nMであるのに対し、2修飾ヌクレオチドの高コピーのアプタマーは平均親和性が≦0.1nMである。
さらなる切断が高親和性(Kd<1nM)アプタマーの結合に及ぼす影響を検討した。アプタマーを切断し、長さが25%短縮された30merとした。30merに切断可能で、なおも結合親和性を保持するアプタマー数は、PP-dC/Tyr-dUの組み合わせが最も多かった(図4A)。単一塩基修飾アプタマーは21.5%(青の棒、3/14)の切断性を示し、修飾dUを有する2塩基修飾Nap-dCアプタマーは約23%(赤の棒、11/48)の切断性を示した一方、他の修飾dUを有する2塩基修飾PP-dC
は60%(緑の棒、27/45)の高い切断性を示した。30merに切断可能な40merの割合及び数もまた、PP-dCにPP-dU、Nap-dU、またはTyr-dUを組み合わせた2塩基修飾が他のライブラリーよりも高かった(図4B)。親和性≦1nMのアプタマーは3ライブラリーからの14アプタマーしかなかったため、単一塩基修飾ライブラリーの少数アプタマーを試験した(40mer、図4Bの灰色領域の単一修飾)。対照的に、親和性の高い2塩基修飾ライブラリーのアプタマー数は93(40mer、図4Bの灰色領域の2修飾)で、修飾dUを有するNap-dCが48、修飾dUを有するPP-dCが45であった。ライブラリー各々の黒の水平線は、そのライブラリー内の全アプタマーの中央値を指す。いかなる特定の理論にも拘束されるわけではないが、PP修飾塩基の伸長した炭素鎖(他の修飾との比較)が、到達しにくい標的表面エピトープへの到達を助け、構造の折り畳み及び効果的なタンパク質結合相互作用に固定プライマー領域を必要としないということが考えられる。
SELEX法では、時として、標的表面の「アプタ原性(aptagenic)」優性エピトープに選択的に結合するアプタマーが得られることがある。そのため、アプタマーのサンドイッチペアに関する報告は文献では限られている。標的タンパク質上の異なるエピトープに結合することができるアプタマーを探索するため、選択方法の改変が可能であり、例えば、多価アプタマー単離法(MAI-SELEX)、アレイを用いる多価アプタマー探索プラットフォーム(AD-MAP)サンドイッチ選択法などでは、一次アプタマーを過剰に使用して第1のエピトープのブロッキングを行い、非競合シグナル伝達エピトープに結合する第2のアプタマーの発見を目指す。化学的多様性を拡張させた場合に、dCとdUとに共に行う修飾の多重性によって、アプタマー選択に際し、異なる標的表面のエピトープに結合することができるアプタマーが生じること示すため、Luminex(登録商標)MagPlex(登録商標)アビジン結合磁性ビーズを使用してビオチン化一次アプタマーを捕捉するビーズ系サンドイッチペアスクリーニング法を開発した(図7A)。捕捉ビーズを個々のアプタマーと共に混合し、ペアワイズな多重組み合わせで第2の結合パートナーを探索した(図7A)。この実験では、単一塩基修飾ライブラリー及び2塩基修飾ライブラリーから親和性がKd≦1nMである40merアプタマー(n=96、9216対)を使用した。簡単に言えば、個々のアプタマー(試料あたり0.05pmole)を単一MagPlexアビジンビーズタイプに捕捉して併せて混合し(実験1回あたりビーズ24個、試料あたりビーズ1000個)、20分間室温にて1850rpmで振盪させて捕捉した。ビーズを1×SBTで2分洗浄し、続いて、0.5mM遊離ビオチン洗浄を1×SBTで5分間行い、その後、1×SBTでの洗浄を2分間ずつ3回行った。ビーズを遊離のストレプトアビジンで5分間ブロッキングし、再度、1×SBTで2分間洗浄した。捕捉アプタマー各々に対するサンドイッチパートナーをスクリーニングするために、個々のアプタマーを有する24の異なるビーズ種を併せて混合した。検出すなわち二次アプタマーを1×SBT中500nMに希釈し、熱-冷却してPCSK9(最終10nM)と混合し、25℃で1時間インキュベートした。1000個の捕捉ビーズを加え、さらに1時間、振盪しながらインキュベートした。その後、ビーズを磁石に捕捉し、1×SBTで2分間ずつ3回洗浄し、0.1%BSA及び100uM DxSO4を添加した75μL 1×SBTに再懸濁させた。この75μLのストレプトアビジンにフィコエリスリン(最終5μg/mL)を加え、25℃で20分間振盪させながらインキュベートした。最後に、ビーズを再度1×SBTで2分間洗浄し、Luminex 3D xMAP機で読み取った。
けている別の試験群(n=42、自己報告による)の2群の個人から血漿試料セットを取得し、アッセイによりこれら2群間を統計的に差別化できるか否かを決定するための評価を行った。捕捉すなわち一次SOMAmer(11723-5)を単一塩基修飾アプタマー(PP-dU/dC)として、また二次すなわち検出アプタマー(11727-20)を2塩基修飾アプタマー(Nap-dC/Nap-dU)として使用してサンドイッチアッセイを開発した。
LDL-RへのPCSK9の結合を遮断するPCSK9阻害物質を見出すため、プレートがLDL-Rでコートされたプレートを用いるアッセイで、Kd≦1nMの41の切断型30merアプタマーのスクリーニングを行い、ストレプトアビジン-HRP複合体を使用して化学発光試薬によりビオチン化PCSK9の結合を検出した(図13)。組換え型LDL-R(Acro Biosystems)でELISAプレート(2.5μg/mL)を4℃で一晩コートし、その後、ウェルを洗浄し、Super Block(Invitrogen)を用いて室温で1時間ブロッキングした。ビオチン化PCSK9(Acro Biosystems、Aviタグ付き)とアプタマーを併せて混合し、室温で1時間インキュベートした後、ELISAプレートに加え、振盪しながら室温で2時間さらにインキュベートした。PCSK9の最高濃度は0.5nM、またアプタマーの最高濃度は100nMであり、その後、これらを阻害曲線に対し1/2logで段階希釈した。ストレプトアビジン結合HRP(Invitrogen、1μg/ml)をウェルに加え、振盪しながら室温で30分インキュベートし、Pico感度化学発光基質(Invitrogen)を加え、ルミノメーター(Hidex Plate Chameleon)で発光を測定し、Graph Pad Prism6.0ソフトウェアでデータをプロットしてEC50値を計算した。PCSK9中和抗体(BPS Bioscience)を対照として使用した。
SK9アプタマー(30mer、配列番号11733-91_5(11733-198))を、さまざまな種のPCSK9に対する標的親和性測定用に選択した。このアプタマーは、ヒト(野生型)、アカゲザル、ヒト(GOF変異体D374Y)、マウス、及びラットのPCSK9に対する親和性がそれぞれ14.7pM、11.3pM、5.2pM、77pM及び165pMであった(図15A)。また、このアプタマーは、ヒト野生型PCSK9とLDL-Rとの相互作用をEC50値2.1nMで遮断し、GOF変異PCSK9 D374YとLDL-Rとの相互作用をEC50値3.6nMで遮断した(図15B)。PCSK9に対するこのアプタマーの特異性を他のPCに対する場合と比較して評価したところ、結果から、このアプタマーはPCSK9にのみ結合し、他のPCには結合しなかったことが示された(データ図示せず)。
ヒト血清中での二重修飾アプタマーの血清安定性を決定するため、1μMゲル精製アプタマーを、90%ヒト血清プール含有PBS緩衝液(総容量200μL)中で37℃にてインキュベートした。さまざまな測定ポイントにおいて20μLずつ分注を採取し、等容量のEDTA/ホルムアミド/色素ミックス(ホルムアミド87.7%、SDS、0.03%、EDTAナトリウム、20mM、キシレンシアノール、0.05%、ブロモフェノールブルー、0.05%、オレンジG、0.1%)を加えた。その後、分注ミックスを-20℃で保存した。分析に先立ち、40μLの分注ミックスを100μL H2Oで希釈し、150μLのフェノール:クロロホルム:イソアミルアルコール(25:24:1)で抽出した。試料を16,100xg、15分の遠心分離にかけてアプタマーを含有する水相を除去し、ゲル分析まで-20℃で保存した。
実施例1に記載のライブラリーを使用してErbB2、ErbB3、及びPSMAと結合するアプタマーを選択した。各標的について実質的に実施例1に記載のように選択を行った。ErbB2及びErbB3には、Nap-dC/dT、PP-dC/dT、及びdC/Tyr-dUの各単一修飾ライブラリー、ならびにNap-dC/Tyr-dU及びPP-dC/Tyr-dUの各二重修飾ライブラリーを使用した。PSMAには、非修飾dC/dTライブラリー、Nap-dC/dT、PP-dC/dT、dC/Nap-dU、dC-PP-dU、dC-MOE-dU、及びdC/Tyr-dUの各単一修飾ライブラリー、ならびにNap-dC/Nap-dU、Nap-dC/PP-dU、Nap-dC/MOE-dU、Nap-dC/Tyr-dU、PP-dC/PP-dU、PP-dC/Nap-dU、及びPP-dC/Tyr-dUの各二重修飾ライブラリーを使用した。
表14に示す修飾対の各々を含むライブラリーを以下のとおり作製する。いくつかの実施形態では、各ライブラリーは40以上のランダム化されたヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、各ライブラリーは30のランダム化されたヌクレオチドを含有し、1015以上の異なる配列を可能にする。ライブラリーは、天然ヌクレオチド三リン酸及び/またはKOD DNAポリメラーゼExo-使用修飾ヌクレオチド三リン酸を使用
して酵素合成してよい。いくつかの実施形態では、ランダム領域はPCR増幅プライマーをハイブリダイズする固定配列に隣接させ、5’末端及び3’末端にさらなるスペーサーを設けるか、または設けない。ある場合には、合成用マスターテンプレートを使用して、置換プライマー伸長反応でdU位置及び/またはdC位置のすべてが均一に修飾されている修飾ライブラリーを作製する。ライブラリー合成は、実質的に実施例1に記載のように実施してよい。
プタマーを選択してよい。2つの修飾塩基を含むライブラリーからは典型的に、標的に対する特異性及び/または親和性の高いアプタマーが得られる。
プール11720(Nap-dC/dT)からの保存された配列ファミリーのPCSK9結合アプタマーを表15に示す。各配列のランダム領域のみを示す。計11,380配列中の各配列のコピー数(同一であるかまたは最高5のミスマッチを含む同等なもの)が示されている。このファミリーの全アプタマーは保存された配列要素TTppGGppを共有しており、ここでp=Nap-dCである。代謝安定性アッセイ用にこのプールの代表としてアプタマー11730-6(配列番号4、Kd=0.1nM)を選んだ。
保存された配列要素yyAyGpApも含有していた。代謝安定性アッセイ用にこのプールの代表としてアプタマー11730-19(配列番号27、Kd=0.2nM)を選んだ。
Claims (62)
- 少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジン及び少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンを含み、前記第1の5位修飾ピリミジンと前記第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位修飾ピリミジンであるアプタマーであって、
前記第1の5位修飾ピリミジンは5位修飾ウリジンであり、前記第2の5位修飾ピリミジンは5位修飾シチジンであるか、または
前記第1の5位修飾ピリミジンは5位修飾シチジンであり、前記第2の5位修飾ピリミジンは5位修飾ウリジンであり、
前記5位修飾ウリジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分、インドール部分及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含み、前記5位修飾シチジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分、及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含む、前記アプタマー。 - 前記5位修飾ウリジンの前記部分は、アミドリンカー、カルボニルリンカー、プロピニルリンカー、アルキンリンカー、エステルリンカー、尿素リンカー、カルバマートリンカー、グアニジンリンカー、アミジンリンカー、スルホキシドリンカー、及びスルホンリンカーから選択される群に含まれるリンカーを介して共有結合で連結されている、請求項1に記載のアプタマー。
- 前記5位修飾シチジンの前記部分は、アミドリンカー、カルボニルリンカー、プロピニルリンカー、アルキンリンカー、エステルリンカー、尿素リンカー、カルバマートリンカー、グアニジンリンカー、アミジンリンカー、スルホキシドリンカー、及びスルホンリンカーから選択される群に含まれるリンカーを介して共有結合で連結されている、請求項1または請求項2に記載のアプタマー。
- 前記5位修飾シチジンは、NapdC、2NapdC、TyrdC、及びPPdCから選択される、請求項1~3のいずれか1項に記載のアプタマー。
- 前記5位修飾ウリジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される、請求項1~4のいずれか1項に記載のアプタマー。
- 前記少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはNapdCであり、前記少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、及びThrdUから選択される、請求項1に記載のアプタマー。
- 前記少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはPPdCであり、前記少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、及びThrdUから選択される、請求項1に記載のアプタマー。
- 前記少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンはTyrdUである、請求項6または請求項7に記載のアプタマー。
- 前記アプタマーは、前記アプタマーの5’末端に、長さが少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25もしくは少なくとも30のヌクレオチド長、または5~30、10~30、15~30、5~20、もしくは10~20のヌクレオチド長の領域を含み、ここで、前記アプタマーの前記5’末端領域は5位修飾ピリミジンを欠く、請求項1~8のいずれか1項に記載のアプタマー。
- 前記アプタマーは、前記アプタマーの3’末端に、長さが少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25もしくは少なくとも30のヌクレオチド長、または5~30、10~30、15~30、5~20、もしくは10~20のヌクレオチド長の領域を含み、ここで、前記アプタマーの前記3’末端領域は5位修飾ピリミジンを欠く、請求項1~9のいずれか1項に記載のアプタマー。
- 前記アプタマーは、長さが20~100、または20~90、または20~80、または20~70、または20~60、または20~50、または30~100、または30~90、または30~80、または30~70、または30~60、または30~50、または40~100、または40~90、または40~80、または40~70、または40~60、または40~50のヌクレオチド長である、請求項1~10のいずれか1項に記載のアプタマー。
- 複数のポリヌクレオチドを含み、各ポリヌクレオチドは少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジン及び少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンを含み、前記第1の5位修飾ピリミジンと前記第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位修飾ピリミジンである組成物であって、
前記第1の5位修飾ピリミジンは5位修飾ウリジンであり、前記第2の5位修飾ピリミジンは5位修飾シチジンであるか、または
前記第1の5位修飾ピリミジンは5位修飾シチジンであり、前記第2の5位修飾ピリミジンは5位修飾ウリジンであり、
前記5位修飾ウリジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分、インドール部分及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含み、前記5位修飾シチジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分、及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含む、前記組成物。 - 各ポリヌクレオチドは、前記ポリヌクレオチドの5’末端に固定領域を含む、請求項12に記載の組成物。
- 各ポリヌクレオチドの前記5’末端固定領域は、長さが少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25もしくは少なくとも30のヌクレオチド長、または5~30、10~30、15~30、5~20、もしくは10~20のヌクレオチド長である、請求項13に記載の組成物。
- 各ポリヌクレオチドは、前記ポリヌクレオチドの3’末端に固定領域を含む、請求項12~14のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記ポリヌクレオチドの前記3’末端固定領域は、長さが少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25もしくは少なくとも30のヌクレオチド長、または5~30、10~30、15~30、5~20、もしくは10~20のヌクレオチド長である、請求項15に記載の組成物。
- 前記5位修飾ウリジンの前記部分は、アミドリンカー、カルボニルリンカー、プロピニルリンカー、アルキンリンカー、エステルリンカー、尿素リンカー、カルバマートリンカー、グアニジンリンカー、アミジンリンカー、スルホキシドリンカー、及びスルホンリンカーから選択される群に含まれるリンカーを介して共有結合で連結されている、請求項12~16のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記5位修飾シチジンの前記部分は、アミドリンカー、カルボニルリンカー、プロピニルリンカー、アルキンリンカー、エステルリンカー、尿素リンカー、カルバマートリンカ
ー、グアニジンリンカー、アミジンリンカー、スルホキシドリンカー、及びスルホンリンカーから選択される群に含まれるリンカーを介して共有結合で連結されている、請求項12~17のいずれか1項に記載の組成物。 - 前記5位修飾シチジンは、NapdC、2NapdC、TyrdC、及びPPdCから選択される、請求項12~18のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記5位修飾ウリジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される、請求項12~19のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはNapdCであり、前記少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される、請求項12~16のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはPPdCであり、前記少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TrydU、TrpdU、及びThrdUから選択される、請求項12~16のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンはTyrdUである、請求項21または請求項22に記載の組成物。
- 各ポリヌクレオチドはランダム領域を含む、請求項12~23のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記ランダム領域は、長さが20~100、または20~90、または20~80、または20~70、または20~60、または20~50、または20~40、または30~100、または30~90、または30~70、または30~60、または30~50、または30~40のヌクレオチド長である、請求項24に記載の組成物。
- 各ポリヌクレオチドは、長さが20~100、または20~90、または20~80、または20~70、または20~60、または20~50、または30~100、または30~90、または30~80、または30~70、または30~60、または30~50、または40~100、または40~90、または40~80、または40~70、または40~60、または40~50のヌクレオチド長である、請求項12~25のいずれか1項に記載の組成物。
- アプタマー及び標的を含む組成物であって、前記アプタマー及び前記標的は複合体を形成することができ、前記アプタマーは請求項1~11のいずれか1項に記載のアプタマーである、前記組成物。
- 第1のアプタマー、第2のアプタマー、及び標的を含む組成物であって、
前記第1のアプタマーは、少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジン及び少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンを含み、
前記第2のアプタマーは、少なくとも1つの第3の5位修飾ピリミジンを含むか、または前記第2のアプタマーは、少なくとも1つの第3の5位修飾ピリミジンと少なくとも1つの第4の5位修飾ピリミジンとを含み、
前記第1のアプタマー、第2のアプタマー及び前記標的は、三量体複合体を形成すること
ができ、
前記第1の5位修飾ピリミジンと前記第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位修飾ピリミジンであり、かつ
前記第1のアプタマーは請求項1~11のいずれか1項に記載のアプタマーである、前記組成物。 - 前記標的は、タンパク質、ペプチド、炭水化物、低分子、細胞及び組織から選択される、請求項28に記載の組成物。
- (a)標的分子に結合することができるアプタマーと試料とを接触させること、
(b)前記アプタマーを前記試料と共にインキュベートしてアプタマー-標的複合体を形成させること、
(c)前記試料中の前記アプタマー-標的複合体を濃縮すること、及び
(c)前記アプタマー、アプタマー-標的複合体または標的分子の存在について検出し、前記アプタマー、アプタマー-標的複合体または標的分子の検出は、前記試料中に前記標的分子が存在することを指し、前記アプタマー、アプタマー-標的複合体または標的分子の検出がないことは、前記試料中に前記標的分子が存在しないことを指すこと
を含む方法であって、
前記アプタマーは請求項1~11のいずれか1項に記載のアプタマーである、前記方法。 - 前記方法は、前記試料への競合分子の添加、前記アプタマー-標的複合体の固体支持体への捕捉、ならびに競合分子の添加及び前記試料の希釈から選択される少なくとも1つのさらなるステップを含み、ここで、前記少なくとも1つのさらなるステップは、ステップ(a)またはステップ(b)の後で行われる、請求項30に記載の方法。
- 前記競合分子は、ポリアニオン性競合物質から選択される、請求項33に記載の方法。
- 前記ポリアニオン性競合物質は、オリゴヌクレオチド、ポリデキストラン、DNA、ヘパリン及びdNTPから選択される、請求項32に記載の方法。
- ポリデキストランは硫酸デキストランであり、DNAはニシン精子DNAまたはサケ精子DNAである、請求項33に記載の方法。
- 前記標的分子は、タンパク質、ペプチド、炭水化物、低分子、細胞及び組織から選択される、請求項30~34のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試料は、全血、白血球、末梢血単核球、血漿、血清、痰、呼気、尿、精液、唾液、髄液、羊水、腺液、リンパ液、乳頭吸引物、気管支吸引物、滑液、関節吸引物、細胞、細胞抽出物、便、組織、組織生検、及び脳脊髄液から選択される、請求項30~35のいずれか1項に記載の方法。
- a)前記試料を、前記標的に結合して第1の複合体を形成することができる前記第1のアプタマーと接触させ、混合物を形成させること、
b)前記混合物を、前記第1の複合体の形成を可能にする条件下でインキュベートすること、
c)前記混合物を、前記第1の複合体と結合して第2の複合体を形成することができる第2のアプタマーと接触させること、
d)前記混合物を、前記第2の複合体の形成を可能にする条件下でインキュベートすること、
e)前記混合物中の前記第1のアプタマー、前記第2のアプタマー、前記標的、前記第1
の複合体または前記第2の複合体の有無について検出し、前記第1のアプタマー、前記第2のアプタマー、前記標的、前記第1の複合体または前記第2の複合体の存在は、前記試料中の前記標的の存在を指すことを含む、試料中の標的を検出する方法であって、
前記第1のアプタマーは請求項1~11のいずれか1項に記載のアプタマーであり、
前記第2のアプタマーは、少なくとも1つの第3の5位修飾ピリミジンを含むか、または前記第2のアプタマーは、少なくとも1つの第3の5位修飾ピリミジンと少なくとも1つの第4の5位修飾ピリミジンとを含む、前記方法。 - 前記標的分子は、タンパク質、ペプチド、炭水化物、低分子、細胞及び組織から選択される、請求項37に記載の方法。
- 前記第1のアプタマー、第2のアプタマー及び前記標的は、三量体複合体を形成することができる、請求項37または請求項38に記載の方法。
- (a)アプタマーのライブラリーを前記標的分子と接触させて混合物を形成させ、アプタマーが前記標的分子に対して親和性である場合に形成されるアプタマー-標的複合体の形成を可能にすること、
(b)前記混合物の残部から前記アプタマー-標的複合体を分配すること(または前記アプタマー-標的複合体を濃縮すること)、
(c)前記アプタマー-標的複合体を解離させること、及び
(d)前記標的分子に対する結合能のある前記1つ以上のアプタマーを同定すること
を含む、標的分子に対する結合能がある1つ以上のアプタマーを同定する方法であって、前記アプタマーのライブラリーは、複数のポリヌクレオチドを含み、各ポリヌクレオチドは少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジン及び少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンを含み、前記第1の5位修飾ピリミジンと前記第2の5位修飾ピリミジンは異なる5位修飾ピリミジンであり、
前記第1の5位修飾ピリミジンは5位修飾ウリジンであり、前記第2の5位修飾ピリミジンは5位修飾シチジンであるか、または
前記第1の5位修飾ピリミジンは5位修飾シチジンであり、前記第2の5位修飾ピリミジンは5位修飾ウリジンであり、
前記5位修飾ウリジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分、インドール部分及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含み、前記5位修飾シチジンは、ナフチル部分、ベンジル部分、チロシル部分、及びモルホリノ部分から選択される部分を5位に含む、前記方法。 - 各ポリヌクレオチドは、前記ポリヌクレオチドの5’末端に固定領域を含む、請求項40に記載の方法。
- 各ポリヌクレオチドの前記5’末端固定領域は、長さが少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25もしくは少なくとも30のヌクレオチド長、または5~30、10~30、15~30、5~20、もしくは10~20のヌクレオチド長である、請求項41に記載の方法。
- 各ポリヌクレオチドは、前記ポリヌクレオチドの3’末端に固定領域を含む、請求項40~42のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドの前記3’末端固定領域は、長さが少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25もしくは少なくとも30のヌクレオチド長、または5~30、10~30、15~30、5~20、もしくは10~20のヌクレオチド長である、請求項43に記載の方法。
- 前記5位修飾ウリジンの前記部分は、アミドリンカー、カルボニルリンカー、プロピニルリンカー、アルキンリンカー、エステルリンカー、尿素リンカー、カルバマートリンカー、グアニジンリンカー、アミジンリンカー、スルホキシドリンカー、及びスルホンリンカーから選択される群に含まれるリンカーを介して共有結合で連結されている、請求項40~44のいずれか1項に記載の方法。
- 前記5位修飾シチジンの前記部分は、アミドリンカー、カルボニルリンカー、プロピニルリンカー、アルキンリンカー、エステルリンカー、尿素リンカー、カルバマートリンカー、グアニジンリンカー、アミジンリンカー、スルホキシドリンカー、及びスルホンリンカーから選択される群に含まれるリンカーを介して共有結合で連結されている、請求項40~45のいずれか1項に記載の方法。
- 前記5位修飾シチジンは、NapdC、2NapdC、TyrdC、及びPPdCから選択される、請求項40~46のいずれか1項に記載の方法。
- 前記5位修飾ウリジンは、NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される、請求項40~47のいずれか1項に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはNapdCであり、前記少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TrydU、TrpdU及びThrdUから選択される、請求項40~44のいずれか1項に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの第1の5位修飾ピリミジンはPPdCであり、前記少なくとも1つの第2の5位修飾ピリミジンは、NapdU、2NapdU、PPdU、MOEdU、TyrdU、TrpdU、及びThrdUから選択される、請求項40~44のいずれか1項に記載の方法。
- 各ポリヌクレオチドはランダム領域を含む、請求項40~50のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ランダム領域は、長さが20~100、または20~90、または20~80、または20~70、または20~60、または20~50、または20~40、または30~100、または30~90、または30~70、または30~60、または30~50、または30~40のヌクレオチド長である、請求項51に記載の方法。
- 各ポリヌクレオチドは、長さが20~100、または20~90、または20~80、または20~70、または20~60、または20~50、または30~100、または30~90、または30~80、または30~70、または30~60、または30~50、または40~100、または40~90、または40~80、または40~70、または40~60、または40~50のヌクレオチド長である、請求項40~52のいずれか1項に記載の方法。
- 各ポリヌクレオチドは標的と結合するアプタマーであり、前記ライブラリーは少なくとも1000アプタマーを含み、各アプタマーは別々のヌクレオチド配列を含む、請求項40~53のいずれか1項に記載の方法。
- ステップ(a)、(b)及び/または(c)を少なくとも1回、2回、3回、4回、5回、6回、7回、8回、9回または10回繰り返す、請求項40~54のいずれか1項に
記載の方法。 - 前記標的分子に対する結合能のある前記1つ以上のアプタマーを増幅させる、請求項40~55のいずれか1項に記載の方法。
- 前記混合物はポリアニオン性競合分子を含む、請求項40~56のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ポリアニオン性競合物質は、オリゴヌクレオチド、ポリデキストラン、DNA、ヘパリン及びdNTPから選択される、請求項57に記載の方法。
- ポリデキストランは硫酸デキストランであり、DNAはニシン精子DNAまたはサケ精子DNAである、請求項58に記載の方法。
- 前記標的分子は、タンパク質、ペプチド、炭水化物、低分子、細胞及び組織から選択される、請求項40~59のいずれか1項に記載の方法。
- 前記第1の5位修飾ピリミジン及び前記第2の5位修飾ピリミジンは、ポリメラーゼ酵素によって取り込まれることができる、請求項1~11のいずれか1項に記載のアプタマー、または請求項12~29のいずれか1項に記載の組成物、または請求項30~60のいずれか1項に記載の方法。
- 前記アプタマーは、前記第1の5位修飾ピリミジンの各々の代わりに非修飾ピリミジンを含むかまたは前記第2の5位修飾ピリミジンの各々の代わりに非修飾ピリミジンを含む長さ及び核酸塩基配列が同一のアプタマーと比べて、改善されたヌクレアーゼ安定性及び/またはヒト血清中での長い半減期を有する、請求項1~11のいずれか1項に記載のアプタマー。
Applications Claiming Priority (6)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201662357623P | 2016-07-01 | 2016-07-01 | |
US62/357,623 | 2016-07-01 | ||
US201662437592P | 2016-12-21 | 2016-12-21 | |
US62/437,592 | 2016-12-21 | ||
PCT/US2017/040299 WO2018005974A1 (en) | 2016-07-01 | 2017-06-30 | Oligonucleotides comprising modified nucleosides |
JP2018566956A JP7203613B2 (ja) | 2016-07-01 | 2017-06-30 | 修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018566956A Division JP7203613B2 (ja) | 2016-07-01 | 2017-06-30 | 修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2023036881A true JP2023036881A (ja) | 2023-03-14 |
JP7531574B2 JP7531574B2 (ja) | 2024-08-09 |
Family
ID=59351104
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018566956A Active JP7203613B2 (ja) | 2016-07-01 | 2017-06-30 | 修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド |
JP2022209677A Active JP7531574B2 (ja) | 2016-07-01 | 2022-12-27 | 修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018566956A Active JP7203613B2 (ja) | 2016-07-01 | 2017-06-30 | 修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド |
Country Status (17)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US10927380B2 (ja) |
EP (2) | EP3478843B1 (ja) |
JP (2) | JP7203613B2 (ja) |
KR (2) | KR102501963B1 (ja) |
CN (1) | CN109312346B (ja) |
AU (1) | AU2017290804B2 (ja) |
BR (1) | BR112018075869A8 (ja) |
CA (1) | CA3027626A1 (ja) |
DK (1) | DK3478843T3 (ja) |
ES (1) | ES2886639T3 (ja) |
IL (3) | IL291931B2 (ja) |
MX (1) | MX2018014771A (ja) |
PL (1) | PL3478843T3 (ja) |
RU (2) | RU2021137915A (ja) |
SG (2) | SG10201911369PA (ja) |
TW (1) | TWI770036B (ja) |
WO (1) | WO2018005974A1 (ja) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2021202376A1 (en) | 2020-03-30 | 2021-10-07 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Method for blocking uptake of prostate-specific membrane antigen (psma)-targeted radionuclides by exocrine organs |
US11866711B2 (en) | 2020-08-28 | 2024-01-09 | Galderma Holding SA | X-aptamers for the use in detection of SNAP25 |
Citations (10)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5719273A (en) * | 1993-06-14 | 1998-02-17 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Palladium catalyzed nucleoside modifications methods using nucleophiles and carbon monoxide |
US5945527A (en) * | 1996-05-30 | 1999-08-31 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Palladium catalyzed nucleoside modification methods using nucleophiles and carbon monoxide |
JP2014513929A (ja) * | 2011-03-10 | 2014-06-19 | ソマロジック・インコーポレーテッド | クロストリジウム・ディフィシレ診断法のためのアプタマー |
WO2014159669A2 (en) * | 2013-03-14 | 2014-10-02 | Somalogic, Inc. | Aptamers that bind to il-6 and their use in treating or diagnosing il-6 mediated conditions |
WO2015054561A1 (en) * | 2013-10-11 | 2015-04-16 | Dow Agrosciences Llc | Aqueous herbicidal concentrates |
WO2015077292A1 (en) * | 2013-11-21 | 2015-05-28 | Somalogic, Inc. | Cytidine-5-carboxamide modified nucleotide compositions and methods related thereto |
JP2015517806A (ja) * | 2012-03-28 | 2015-06-25 | ソマロジック・インコーポレーテッド | Pdgfおよびvegf結合アプタマー、および、pdgfおよびvegfが介在する病気の治療へのそれらの使用 |
WO2015126769A1 (en) * | 2014-02-18 | 2015-08-27 | Somalogic, Inc. | Compositions and methods for detecting microorganisms |
WO2015184372A1 (en) * | 2014-05-30 | 2015-12-03 | Somalogic, Inc. | Nucleic acid compounds for binding to complement component 3 protein |
WO2016085860A1 (en) * | 2014-11-24 | 2016-06-02 | Somalogic, Inc. | Nucleic acid compounds for binding growth differentiation factor 11 |
Family Cites Families (21)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5580737A (en) | 1990-06-11 | 1996-12-03 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | High-affinity nucleic acid ligands that discriminate between theophylline and caffeine |
US5270163A (en) | 1990-06-11 | 1993-12-14 | University Research Corporation | Methods for identifying nucleic acid ligands |
US5660985A (en) | 1990-06-11 | 1997-08-26 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | High affinity nucleic acid ligands containing modified nucleotides |
US5475096A (en) | 1990-06-11 | 1995-12-12 | University Research Corporation | Nucleic acid ligands |
US5705337A (en) | 1990-06-11 | 1998-01-06 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: chemi-SELEX |
US6376190B1 (en) | 2000-09-22 | 2002-04-23 | Somalogic, Inc. | Modified SELEX processes without purified protein |
WO2003078623A1 (fr) | 2002-03-19 | 2003-09-25 | Fujitsu Limited | Molecule fonctionnelle et son procede de production |
EP2952894B1 (en) | 2006-01-17 | 2017-08-30 | Somalogic, Inc. | Kits comprising aptamers |
ZA200903562B (en) | 2006-11-14 | 2010-07-28 | Ribomic Inc | Aptamer against midkine and use thereof |
US7947447B2 (en) | 2007-01-16 | 2011-05-24 | Somalogic, Inc. | Method for generating aptamers with improved off-rates |
US7855054B2 (en) | 2007-01-16 | 2010-12-21 | Somalogic, Inc. | Multiplexed analyses of test samples |
JP5750209B2 (ja) | 2007-03-16 | 2015-07-15 | アプタ バイオサイエンス リミテッド | 機能性分子、機能性分子合成用アミダイド、及び標的物質解析方法 |
EP2069496A4 (en) | 2007-07-17 | 2010-01-27 | Somalogic Inc | SELEX AND PHOTOSELEX ENHANCED |
JP5195757B2 (ja) | 2007-08-31 | 2013-05-15 | 富士通株式会社 | 核酸合成用ダイマーアミダイド及び核酸合成方法 |
JP4499141B2 (ja) | 2007-09-05 | 2010-07-07 | 富士通株式会社 | 修飾核酸合成用アミダイド及び修飾核酸合成方法 |
RU2401306C2 (ru) | 2008-12-17 | 2010-10-10 | Научно-исследовательский институт Физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского Московского Государственного Университета имени М.В. Ломоносова | Аптамерный олигонуклеотид - прямой ингибитор тромбина |
US8569252B2 (en) * | 2009-04-15 | 2013-10-29 | Postech Academy-Industry Foundation | Nucleolin specific aptamer and use thereof |
AU2011223527B2 (en) | 2010-03-03 | 2014-11-13 | Somalogic Operating Co., Inc. | Aptamers to 4-1BB and their use in treating diseases and disorders |
KR102348283B1 (ko) | 2013-09-24 | 2022-01-10 | 소마로직, 인크. | 멀티앱타머 표적 검출 |
WO2015153860A1 (en) * | 2014-04-04 | 2015-10-08 | Somalogic, Inc. | Glomerular filtration rate biomarkers and uses thereof |
US20170335395A1 (en) | 2014-10-27 | 2017-11-23 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | A parkinson's disease diagnostic biomarker panel |
-
2017
- 2017-06-30 RU RU2021137915A patent/RU2021137915A/ru unknown
- 2017-06-30 RU RU2019102588A patent/RU2763470C2/ru active
- 2017-06-30 ES ES17740201T patent/ES2886639T3/es active Active
- 2017-06-30 EP EP17740201.3A patent/EP3478843B1/en active Active
- 2017-06-30 WO PCT/US2017/040299 patent/WO2018005974A1/en unknown
- 2017-06-30 BR BR112018075869A patent/BR112018075869A8/pt unknown
- 2017-06-30 AU AU2017290804A patent/AU2017290804B2/en active Active
- 2017-06-30 SG SG10201911369PA patent/SG10201911369PA/en unknown
- 2017-06-30 EP EP21174810.8A patent/EP3913058A1/en active Pending
- 2017-06-30 DK DK17740201.3T patent/DK3478843T3/da active
- 2017-06-30 IL IL291931A patent/IL291931B2/en unknown
- 2017-06-30 SG SG11201811199QA patent/SG11201811199QA/en unknown
- 2017-06-30 CN CN201780036021.0A patent/CN109312346B/zh active Active
- 2017-06-30 CA CA3027626A patent/CA3027626A1/en active Pending
- 2017-06-30 IL IL311294A patent/IL311294A/en unknown
- 2017-06-30 PL PL17740201T patent/PL3478843T3/pl unknown
- 2017-06-30 US US16/307,520 patent/US10927380B2/en active Active
- 2017-06-30 TW TW106121878A patent/TWI770036B/zh active
- 2017-06-30 JP JP2018566956A patent/JP7203613B2/ja active Active
- 2017-06-30 KR KR1020187036330A patent/KR102501963B1/ko active IP Right Grant
- 2017-06-30 KR KR1020237005478A patent/KR20230031972A/ko not_active Application Discontinuation
- 2017-06-30 MX MX2018014771A patent/MX2018014771A/es unknown
-
2018
- 2018-12-20 IL IL263852A patent/IL263852B/en unknown
-
2020
- 2020-12-18 US US17/126,330 patent/US11578330B2/en active Active
-
2022
- 2022-12-27 JP JP2022209677A patent/JP7531574B2/ja active Active
-
2023
- 2023-01-12 US US18/153,428 patent/US20230313202A1/en active Pending
Patent Citations (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5719273A (en) * | 1993-06-14 | 1998-02-17 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Palladium catalyzed nucleoside modifications methods using nucleophiles and carbon monoxide |
US5945527A (en) * | 1996-05-30 | 1999-08-31 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Palladium catalyzed nucleoside modification methods using nucleophiles and carbon monoxide |
JP2014513929A (ja) * | 2011-03-10 | 2014-06-19 | ソマロジック・インコーポレーテッド | クロストリジウム・ディフィシレ診断法のためのアプタマー |
JP2015517806A (ja) * | 2012-03-28 | 2015-06-25 | ソマロジック・インコーポレーテッド | Pdgfおよびvegf結合アプタマー、および、pdgfおよびvegfが介在する病気の治療へのそれらの使用 |
WO2014159669A2 (en) * | 2013-03-14 | 2014-10-02 | Somalogic, Inc. | Aptamers that bind to il-6 and their use in treating or diagnosing il-6 mediated conditions |
JP2016517273A (ja) * | 2013-03-14 | 2016-06-16 | ソマロジック, インコーポレイテッドSomaLogic, Inc. | Il−6に結合するアプタマー及びil−6介在性状態の治療または診断におけるそれらの使用 |
WO2015054561A1 (en) * | 2013-10-11 | 2015-04-16 | Dow Agrosciences Llc | Aqueous herbicidal concentrates |
WO2015077292A1 (en) * | 2013-11-21 | 2015-05-28 | Somalogic, Inc. | Cytidine-5-carboxamide modified nucleotide compositions and methods related thereto |
WO2015126769A1 (en) * | 2014-02-18 | 2015-08-27 | Somalogic, Inc. | Compositions and methods for detecting microorganisms |
WO2015184372A1 (en) * | 2014-05-30 | 2015-12-03 | Somalogic, Inc. | Nucleic acid compounds for binding to complement component 3 protein |
WO2016085860A1 (en) * | 2014-11-24 | 2016-06-02 | Somalogic, Inc. | Nucleic acid compounds for binding growth differentiation factor 11 |
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7531574B2 (ja) | 修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチド | |
KR102348283B1 (ko) | 멀티앱타머 표적 검출 | |
DK2489743T3 (en) | Aptamers with 5- (N-naphthyl) substituted uridines | |
JP7526102B2 (ja) | 改良されたプロテオミクスマルチプレックスアッセイ | |
NZ749251A (en) | Oligonucleotides comprising modified nucleosides | |
AU2015249082B2 (en) | Method for generating aptamers with improved off-rates | |
RU2792385C2 (ru) | Усовершенствованные протеомные мультиплексные анализы |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230120 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20230120 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20231205 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240304 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20240702 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20240730 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7531574 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |