RU2020136054A - Т-клетки, экспрессирующие рекомбинантный рецептор, соответствующие полинуклеотиды и способы - Google Patents

Т-клетки, экспрессирующие рекомбинантный рецептор, соответствующие полинуклеотиды и способы Download PDF

Info

Publication number
RU2020136054A
RU2020136054A RU2020136054A RU2020136054A RU2020136054A RU 2020136054 A RU2020136054 A RU 2020136054A RU 2020136054 A RU2020136054 A RU 2020136054A RU 2020136054 A RU2020136054 A RU 2020136054A RU 2020136054 A RU2020136054 A RU 2020136054A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
cell
paragraphs
sequence
seq
locus
Prior art date
Application number
RU2020136054A
Other languages
English (en)
Inventor
Стефен Майкл БЕРЛИ
Кристофер БОРДЖЕС
Кристофер Хит НАЙ
Блайт Д. Сейзер
Квини ВОНГ
Гордон Грант ВЕЛСТИД
Original Assignee
Джуно Терапьютикс, Инк.
Эдитас Медисин, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Джуно Терапьютикс, Инк., Эдитас Медисин, Инк. filed Critical Джуно Терапьютикс, Инк.
Publication of RU2020136054A publication Critical patent/RU2020136054A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
    • C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
    • C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
    • C12N15/907—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in mammalian cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/14—Blood; Artificial blood
    • A61K35/17—Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4632—T-cell receptors [TCR]; antibody T-cell receptor constructs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/464838—Viral antigens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C12N5/0637—Immunosuppressive T lymphocytes, e.g. regulatory T cells or Treg
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2506/00—Differentiation of animal cells from one lineage to another; Differentiation of pluripotent cells
    • C12N2506/45—Differentiation of animal cells from one lineage to another; Differentiation of pluripotent cells from artificially induced pluripotent stem cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2510/00—Genetically modified cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (269)

1. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, содержащая модифицированный константный альфа локус Т-клеточного рецептора локус Т-клеточного рецептора (TRAC), где указанный модифицированный локус TRAC включает нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, причем указанный рекомбинантный TCR или часть такового содержит: (i) альфа-цепь TCR (TCRα), содержащую вариабельный альфа (Vα) домен и костантный альфа (Cα) домен, и (ii) бета-цепь TCR (TCRβ), содержащую вариабельный бета (Vβ) домен и костантный бета (Cβ) домен, где последовательность нуклеиновой кислоты включает (а) последовательность трансгена, кодирующую TCRβ и домен Vα, и (b) открытую рамку считывания эндогенного локуса TRAC или частичную последовательность таковой, где открытая рамка считывания кодирует по меньшей мере часть домена Cα рекомбинантного TCR.
2. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, содержащая модифицированный константный альфа локус Т-клеточного рецептора (TRAC), где указанный модифицированный локус TRAC содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, и где указанный рекомбинантный TCR или часть такового содержит: (i) TCR альфа (TCRα) цепь, содержащую вариабельный альфа (Vα) домен и константный альфа (Cα) домен, и (ii) бета-цепь TCR (TCRβ), содержащую вариабельный бета (Vβ) домен и константный бета (Cβ) домен, где последовательность нуклеиновой кислоты включает (а) последовательность трансгена, кодирующую TCRβ и домен Vα, и (b) открытую рамку считывания эндогенного локуса TRAC или частичную последовательность таковой, где открытая рамка считывания кодирует по меньшей мере часть домена Cα рекомбинантного TCR, где:
часть Cα кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, а дополнительная часть Cα кодируется последовательностью трансгена, где указанная длина дополнительной части Cα меньше полной длины нативного Cα; а также
дополнительная часть области Cα и/или Cβ, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (a), содержит одну или более модификаций по сравнению с нативной областью Cα и/или нативной областью Cβ, причем указанная одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью, и/или где Cα и/или Cβ рекомбинантного TCR содержат один или более ненативных цистеинов.
3. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, содержащая модифицированный модифицированный константный альфа локус Т-клеточного рецептора (TRAC), где указанный модифицированный локус TRAC содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, причем указанный рекомбинантный TCR или часть такового содержит: (i) TCR альфа (TCRα) цепь, содержащую вариабельный альфа (Vα) домен и константный альфа (Cα) домен, и (ii) бета-цепь TCR (TCRβ), содержащую вариабельный бета (Vβ) домен и константный бета (Cβ) домен, где последовательность нуклеиновой кислоты включает (а) последовательность трансгена, кодирующую TCRβ и домен Vα, и (b) открытую рамку считывания эндогенного локуса TRAC или его частичную последовательность, где открытая рамка считывания кодирует по меньшей мере часть домена Cα рекомбинантного TCR, и где последовательность трансгена включает один или более гетерологичных или регуляторных контролирующих элементов, содержащих гетерологичный промотор, функционально связанный для контроля экспрессии TCR при экспрессии из клетки, являющейся сконструированной Т-клеткой, в которую введен полинуклеотид.
4. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-3, где последовательность трансгена интегрирована посредством гомологически направленной репарации (HDR).
5. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-4, где модифицированный локус TRAC содержит слияние в рамке считывания (i) трансгенной последовательности и (ii) открытой рамки считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательности таковой, где последовательность трансгена необязательно находится в рамке считывания с одним или несколькими экзонами открытой рамки считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательности таковой.
6. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-5, где последовательность трансгена не содержит последовательность, кодирующую 3’ нетранслируемую область (3’ UTR) или интрон.
7. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1 и 3-6, где часть Cα кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, а дополнительная часть Cα кодируется последовательностью трансгена, где указанная дополнительная часть Cα меньше полноразмерного нативного Cα.
8. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-7, где открытая рамка считывания или частичная последовательность таковой содержит по меньшей мере один интрон и по меньшей мере один экзон эндогенного локуса TRAC.
9. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 2, 7 и 8, в которой дополнительная часть Cα кодируется последовательностью нуклеотидов, включающей менее четырех экзонов, менее трех экзонов, менее двух экзонов, один экзон или менее одного полного экзона открытой рамки считывания локуса TRAC.
10. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 2 и 7-9, где дополнительная часть Cα кодируется последовательностью нуклеотидов, длина которой меньше 400, меньше 300, меньше 250, меньше 200 или меньше 150 пар оснований.
11. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 2 и 7-10, где дополнительная часть Cα кодируется частью экзона 1 локуса TRAC, причем длина части экзона 1 открытой рамки считывания локуса TRAC меньше полной длины экзона 1 открытой рамки считывания локуса TRAC.
12. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-11, где последовательность трансгена интегрирована ниже по течению крайнего 5'-нуклеотида экзона 1 и выше по течению крайнего 3'-нуклеотида экзона 1 открытой рамки считывания эндогенного локуса TRAC.
13. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-2, где по меньшей мере часть Cα кодируется по меньшей мере частью экзона 1 и экзонами 2-4 открытой рамки считывания эндогенного локуса TRAC.
14. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-13, где кодируемая цепь TCRα способна димеризоваться с цепью TCRβ.
15. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-14, где кодируемая Cα содержит любую последовательность, выбранную из списка: SEQ ID NO: 14, 15, 19 и 24, или последовательность, имеющую по меньшей мере 85% 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательностей с любой из списка: SEQ ID NOS: 14, 15, 19 и 24 или с частичной последовательностью таковых.
16. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-14, где кодируемая Cα содержит любую последовательность, выбранную из списка: SEQ ID NO: 19, 24 и 243-252, или последовательность, имеющую, по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности с любой последовательности из списка: SEQ ID NOS: 19, 24 и 243-252 или с частичной последовательностью таковых.
17. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 2 и 7-16, где по меньшей мере часть Cα, начиная с остатка 3 и до остатка 3155, кодируется последовательностью нуклеотидов, указанной в SEQ ID NO. :1 или одним или несколькими экзонами таковой или последовательностью, имеющей по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности, начиная с остатка 3 и до остатка 3155, с последовательностью нуклеотидов, указанной в SEQ ID NO: 1, или с одним или несколькими экзонами таковой, или с частичной последовательностью таковой.
18. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 2 и 7-17, где дополнительная часть Cα содержит последовательность, указанную в SEQ ID NO: 142, или последовательность, имеющую по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с SEQ ID NO: 142 или с частичной последовательностью таковой.
19. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 7-18, где дополнительная часть области Cα и/или Cβ, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (а), содержит одну или более модификаций, необязательно замену, делецию, или инсерцию одной или нескольких аминокислот по сравнению с нативной областью Cα и/или нативной областью Cβ, и где необязательно указанные одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью, и/или где Cα и/или Cβ рекомбинантного TCR содержат один или более ненативных цистеинов.
20. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по п.2 или 19, где введение одного или более остатков цистеина включает замену нецистеинового остатка на цистеиновый остаток.
21. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 2, 19 и 20, где кодируемая область Cα содержит цистеин в позиции, соответствующем позиции 48, с нумерацией, указанной в любой из SEQ ID NO: 24; и/или кодируемая область Cβ содержит цистеин в положении, соответствующем положению 57, с нумерацией, указанной в SEQ ID NO: 20.
22. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 2 и 19-21, в которой кодируемая Cα содержит любую последовательность, выбранную из списка: SEQ ID NO: 248-252, или частичную последовательность таковой.
23. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-22, где сконструированная Т-клетка дополнительно содержит генетическое нарушение в локусе TRBC.
24. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, содержащая модифицированный константный бета локус Т-клеточного рецептора (TRBC), где указанный модифицированный локус TRBC содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, и где указанный рекомбинантный TCR или часть такового содержит: (i) TCR бета-цепь (TCRβ), содержащую вариабельный бета-домен (Vβ) и константный бета-домен (Cβ), и (ii) альфа-цепь TCR (TCRα), содержащую вариабельный альфа-домен (Vα) и константный альфа-домен (Cα), где последовательность нуклеиновой кислоты включает (а) последовательность трансгена, кодирующую TCRα и домен Vβ, и (b) открытую рамку считывания эндогенного локуса TRBC или частичную последовательность таковой, где открытая рамка считывания кодирует по меньшей мере часть домена Cβ рекомбинантного TCR.
25. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, содержащая модифицированный константный бета локус Т-клеточного рецептора (TRBC), где указанный модифицированный локус TRBC содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, и где указанный рекомбинантный TCR или часть такового содержит: (i) TCR бета-цепь (TCRβ), содержащую вариабельный бета-домен (Vβ) и константный бета-домен (Cβ), и (ii) TCR-альфа-цепь (TCRα), содержащую вариабельный альфа-домен (Vα) и константный альфа-домен (Cα), причем последовательность нуклеиновой кислоты включает (а) последовательность трансгена, кодирующую TCRα и домен Vβ, и (b) открытую рамку считывания эндогенного локуса TRBC или частичную последовательность таковой, при этом открытая рамка считывания кодирует по меньшей мере часть Cβ домена рекомбинантного TCR, где:
часть Cβ кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRBC или частичной последовательностью такового, а дополнительная часть Cβ кодируется последовательностью трансгена, где указанная дополнительная часть Cβ меньше полноразмерного нативного Cβ; а также
дополнительная часть области Cβ и/или Cα, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (a), включает одну или более модификаций, необязательно, замену, делецию или инсерцию одной или нескольких аминокислот по сравнению с нативной областью Cβ и/или нативной областью Cα, где необязательно указанная одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью.
26. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по п.24 или 25, в которой последовательность трансгена интегрирована посредством гомологически направленной репарации (HDR).
27. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-26, в которой локус TRBC представляет собой локус TRBC1 и/или локус TRBC2.
28. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-27, где модифицированный локус TRBC содержит слияние в рамке считывания (i) последовательности трансгена и (ii) открытой рамки считывания эндогенного TRBC локуса или частичной последовательности таковой, где последовательность трансгена необязательно находится в рамке считывания с одним или несколькими экзонами открытой рамки считывания эндогенного локуса TRBC или частичной последовательностью таковой.
29. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-28, где последовательность трансгена не включает последовательность, кодирующую 3’-нетранслируемую область (3’ UTR) или интрон.
30. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24 и 26-29, в которой часть Cβ кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRBC или частичной последовательностью таковой, а дополнительная часть Cβ кодируется последовательностью трансгена, где длина указанной дополнительной части Cβ меньше полной длины нативного Cβ.
31. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-30, в которой открытая рамка считывания или частичная последовательность таковой содержит по меньшей мере один интрон и по меньшей мере один экзон эндогенного локуса TRBC.
32. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 25, 30 и 31, где дополнительная часть Cβ кодируется последовательностью нуклеотидов, которая включает менее четырех экзонов, менее трех экзонов, менее двух экзонов, один экзон, или менее одного полного экзона в открытой рамке считывания локуса TRBC.
33. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 25 и 30-32, в которой дополнительная часть Cβ кодируется последовательностью нуклеотидов, которая меньше 400, меньше 300, меньше 250, меньше 200 или меньше 150 пар оснований в длину.
34. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 25 и 30-33, где дополнительная часть Cβ кодируется частью экзона 1 локуса TRBC, причем длина части экзона 1 меньше полной длины экзона 1 открытой рамки считывания локуса TRBC.
35. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-34, где последовательность трансгена интегрирована ниже по течению крайнего 5'-нуклеотида экзона 1 и выше по течению крайнего 3'-нуклеотида экзона 1 открытой рамки считывания эндогенного локуса TRBC.
36. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-35, где по меньшей мере часть Cβ кодируется по меньшей мере частью экзона 1 и экзонов 2-4 открытой рамки считывания эндогенного локуса TRBC.
37. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-36, где кодируемая цепь TCRβ способна димеризоваться с цепью TCRα.
38. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-37, в которой кодируемый Cβ содержит любую последовательность, выбранную из списка: SEQ ID NO: 16, 17, 21 и 25, или последовательность, имеющую по меньшей мере 85% 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с любой одной из SEQ ID NO: 16, 17, 21 и 25 или с частичной последовательностью таковых.
39. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-38, в которой кодируемый Cβ содержит последовательность, выбранную из списка SEQ ID NO: 20, 21, 25 и 253-258, или последовательность, имеющую по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96% 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с любой из SEQ ID NO: 20, 21, 25 и 253-258 или с частичной последовательностью таковых.
40. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 25 и 30-39, где по меньшей мере часть Cβ кодируется:
последовательностью нуклеотидов, начиная с остатка 3 и до остатка 1445, указанной в SEQ ID NO: 2, или одним или несколькими экзонами таковой, или последовательностью, имеющей не менее 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности, начиная с остатка 3 и до остатка 1445, с последовательностью нуклеотидов, указанной в SEQ ID NO: 2, или с одним или несколькими экзонам таковой, или с частичной последовательностью таковой; или
последовательностью нуклеотидов, начиная с остатка 3 и до остатка 1486, указанной в SEQ ID NO: 3, или одним или несколькими экзонами таковой, или последовательностью, имеющей по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности, начиная с остатка 3 и до остатка 1486, с последовательностью нуклеотидов, указанной в SEQ ID NO: 3, или с одним или несколькими экзонами таковой, или с частичной последовательностью таковой.
41. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 25 и 30-39, где дополнительная часть области Cβ и/или Cα, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (а), содержит одну или более модификаций, необязательно замену, делецию или инсерцию одной или нескольких аминокислот по сравнению с нативной областью Cβ и/или нативной областью Cα, где необязательно указанная одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью.
42. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по пп. 25 и 41, где введение одного или более остатков цистеина включает замену нецистеинового остатка на остаток цистеина.
43. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 25, 41 и 42, в которой кодируемая область Cα включает цистеин в позиции, соответствующей позиции 48, в соответствии с нумерацией, указанной в любой из SEQ ID NO: 24; и/или кодируемая область Cβ содержит цистеин в позиции, соответствующей позиции 57, в соответствии с нумерацией, указанной в SEQ ID NO: 20.
44. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 25 и 41-43, в которой кодируемый Cβ содержит любую последовательность, выбранную из списка SEQ ID NO: 253 и 256-258, или частичную последовательность таковой.
45. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 24-44, где сконструированная Т-клетка дополнительно содержит генетическое нарушение в локусе TRAC.
46. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-45, где последовательность трансгена содержит один или более мультицистронных элементов.
47. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по п.46, где мультицистронный(ые) элемент(ы) расположен(ы) между последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей TCRα или часть такового, и последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей TCRβ или часть такового, и/или выше по течению последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей TCR или часть TCR.
48. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по п.46 или 47, где мультицистронный элемент представляет собой или содержит последовательность пропуска рибосомы, необязательно T2A, P2A, E2A или F2A.
49. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-48, где трансгенная последовательность включает один или более гетерологичных или регуляторных контролирующих элементов, функционально связанных для обеспечения контроля экспрессии TCR при экспрессии из клетки, являющейся сконструированной клеткой, в которую введен нуклеотид.
50. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по п.49, где гетерологичный регуляторный или контролирующий элемент содержит гетерологичный промотор.
51. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по п.50, где гетерологичный промотор выбран из конститутивного промотора, индуцибельного промотора, репрессируемого промотора и/или тканеспецифического промотора.
52. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по п.50 или 51, где гетерологичный промотор представляет собой или содержит промотор фактора элонгации 1 альфа (EF1α), или промотор MND, или варианты таковых.
53. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-52, где рекомбинантный TCR способен связываться с антигеном, который ассоциирован, специфичен и/или экспрессируется на клетке или ткани, ассоциированной с заболеванием, нарушением или состоянием.
54. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по п.53, где заболевание, нарушение или состояние представляет собой инфекционное заболевание или нарушение, аутоиммунное заболевание, воспалительное заболевание, опухоль или рак.
55. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-54, где Т-клетка является первичной Т-клеткой, полученной от субъекта, где субъектом необязательно является человек.
56. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп. 1-55, где Т-клетка представляет собой CD8+ Т-клетку или подтипы таковой.
57. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, по любому из пп.1-55, где Т-клетка представляет собой CD4+ Т-клетку или подтипы таковой.
58. Т-клетка, сконструированная методами генной инженерии, из пп. 1-57, где Т-клетка получена из мультипотентной или плюрипотентной клетки, которая необязательно представляет собой iPSC.
59. Композиция, содержащая множество Т-клеток, сконструированных методами генной инженерии, по любому из пп. 1-58.
60. Композиция, содержащая множество Т-клеток, сконструированных методами генной инженерии, содержащих модифицированный константный локус альфа Т-клеточного рецептора (TRAC), где указанный модифицированный локус TRAC содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, причем указанный рекомбинантный TCR или часть такового содержит: (i) цепь TCR альфа (TCRα), содержащую вариабельный альфа (Vα) домен и константный альфа домен(Cα), и (ii) цепь TCR бета (TCRβ), содержащую вариабельный бета домен (Vβ) и константный бета домен (Cβ), и где последовательность нуклеиновой кислоты включает: (a) последовательность трансгена, кодирующую TCRβ и домен Vα, и (b) открытую рамку считывания эндогенного локуса TRAC или частичную последовательность таковой, при этом открытая рамка считывания кодирует по меньшей мере часть Cα-домена рекомбинантного TCR, где указанный рекомбинантный TCR способен связываться с антигеном, который ассоциирован, специфичен и/или экспрессируется на клетке или ткани, которая связана с заболеванием, нарушением, или состоянием; в которой:
по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% сконструированных клеток композиции содержат генетическое нарушение в константной области гена альфа эндогенного Т-клеточного рецептора (TRAC) и/или в константной области гена бета Т-клеточного рецептора (TRBC);
по меньшей мере 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% сконструированных клеток композиции не экспрессируют вообще или не экспрессируют на поддающимся обнаружению уровне продукты эндогенного гена TRAC или TRBC; и/или
по меньшей мере, или более 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80% или 90% клеток в композиции экспрессируют рекомбинантный TCR и/или демонстрируют связывание с антигеном.
61. Композиция, содержащая множество Т-клеток, сконструированных методами генной инженерии, содержащих модифицированный константный локус альфа Т-клеточного рецептора (TRAC), где указанный модифицированный локус TRAC содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, причем указанный рекомбинантный TCR или часть такового содержит: (i) цепь TCR альфа (TCRα), содержащую вариабельный альфа (Vα) домен и константный альфа (Cα) домен, и (ii) цепь TCR beta (TCRβ), содержащую вариабельный бета (Vβ) домен и константный бета (Cβ) домен, где последовательность нуклеиновой кислоты включает (a) последовательность трансгена, кодирующую TCRβ и домен Vα, и (b) открытую рамку считывания эндогенного локуса TRAC или частичную последовательность таковой, при этом открытая рамка считывания кодирует, по крайней мере, часть домена Cα рекомбинантного TCR; где
часть Cα кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, а дополнительная часть Cα кодируется последовательностью трансгена, и где указанная дополнительная часть Cα меньше полноразмерного нативного Cα; а также
дополнительная часть области Cα и/или Cβ, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (a), содержит одну или более модификаций по сравнению с нативной областью Cα и/или нативной областью Cβ, где указанная одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью.
62. Композиция, содержащая множество Т-клеток, сконструированных методами генной инженерии, содержащих модифицированный константный локус бета Т-клеточного рецептора (TRBC), где указанный модифицированный локус TRBC содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, и где указанный рекомбинантный TCR или часть такового содержит: (i) цепь TCR-бета (TCRβ), содержащую вариабельный бета-домен (Vβ) и константный бета-домен (Cβ), и (ii) цепь TCR-альфа (TCRα), содержащую вариабельный альфа-домен (Vα) и константный альфа-домен (Cα), где последовательность нуклеиновой кислоты включает (a) последовательность трансгена, кодирующую TCRα и домен Vβ, и (b) открытую рамку считывания эндогенного локуса TRBC или частичную последовательность таковой, при этом открытая рамка считывания кодирует, по крайней мере, часть домена Cβ рекомбинантного TCR, где указанный рекомбинантный TCR способен связываться с антигеном, который ассоциирован, специфичен и/или экспрессируется на клетке или ткани, которая связана с заболеванием, нарушением, или состоянием; в которой:
по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% сконструированных клеток композиции содержат генетическое нарушение в константной области гена альфа эндогенного Т-клеточного рецептора (TRAC) и/или в константной области гена бета Т-клеточного рецептора (TRBC);
по меньшей мере 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% сконструированных клеток композиции не экспрессируют вообще или не экспрессируют на поддающемся обнаружению уровне продукты эндогенных генов TRAC или TRBC; и/или
по меньшей мере или более 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80% или 90% клеток в композиции экспрессируют рекомбинантный TCR и/или демонстрируют связывание с антигеном.
63. Композиция, содержащая множество Т-клеток, сконструированных методами генной инженерии, содержащих модифицированный константный локус бета Т-клеточного рецептора (TRBC), где указанный модифицированный локус TRBC содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, при этом указанный рекомбинантный TCR или часть такового содержит: (i) цепь TCR-бета (TCRβ), содержащую вариабельный бета-домен (Vβ) и константный бета-домен (Cβ), и (ii) цепь TCR-альфа (TCRα), содержащую вариабельный альфа-домен (Vα) и константный альфа-домен (Cα), где последовательность нуклеиновой кислоты включает (a) последовательность трансгена, кодирующую TCRα и домен Vβ, и (b) открытую рамку считывания эндогенного локуса TRBC или частичную последовательность таковой, при этом открытая рамка считывания кодирует по крайней мере, часть домена Cβ рекомбинантного TCR; в которой:
часть Cβ кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRBC или частичной последовательностью такового, а дополнительная часть Cβ кодируется последовательностью трансгена, где указанная дополнительная часть Cβ меньше полноразмерного нативного Cβ; а также
дополнительная часть области Cβ и/или Cα, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (a), включает одну или более модификаций, необязательно, замену, делецию или инсерцию одной или нескольких аминокислот по сравнению с нативной областью Cβ и/или нативной областью Cα, где необязательно указанная одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью.
64. Композиция по п.61 или 63, где рекомбинантный TCR способен связываться с антигеном, который ассоциирован, специфичен и/или экспрессируется на клетке или ткани, ассоциированными с заболеванием, нарушением или состоянием.
65. Композиция по любому из пп. 59-64, где композиция содержит CD4+ и/или CD8+ Т-клетки.
66. Композиция по любому из пп. 59-65, где композиция содержит CD4+ и CD8+ Т-клетки, а соотношение CD4+ к CD8+ Т-клеткам составляет от или приблизительно от 1:3 до 3:1, необязательно 1:1.
67. Композиция по любому из пп. 59, 61 и 63-66, в которой:
по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% сконструированных клеток композиции содержат генетическое нарушение в константной области гена альфа эндогенного Т-клеточного рецептора (TRAC) и/или в константной области гена бета Т-клеточного рецептора (TRBC); и/или
по меньшей мере 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% сконструированных клеток композиции не экспрессируют вообще или не экспрессируют поддающиеся обнаружению уровни продукты эндогенных генов TRAC или TRBC.
68. Композиция по любому из пп. 59, 61 и 63-67, где по меньшей мере или более 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80% или 90% клеток композиции экспрессируют рекомбинантный TCR и/или демонстрируют связывание с антигеном.
69. Полинуклеотид, содержащий:
(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую часть рекомбинантного Т-клеточного рецептора (TCR), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует (i) цепь бета Т-клеточного рецептора (TCRβ), содержащую вариабельный бета-домен (Vβ) и константный бета-домен (Cβ); и (ii) часть цепи альфа Т-клеточного рецептора (TCRα), где длина части цепи TCRα меньше полной длины нативной цепи TCRα, и
(b) одно или более плеч гомологии, связанных с последовательностью нуклеиновой кислоты, где одно или более плеч гомологии содержат последовательность, гомологичную одной или нескольким областям открытой рамки считывания локуса TRAC; и где полинуклеотид содержится в вирусном векторе.
70. Полинуклеотид, содержащий:
(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующей часть рекомбинантного Т-клеточного рецептора (TCR), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует (i) цепь бета Т-клеточного рецептора (TCRβ), содержащую вариабельный бета-домен (Vβ) и константный бета-домен (Cβ); и (ii) часть цепи альфа Т-клеточного рецептора (TCRα), где длина части цепи TCRα меньше полной длины нативной цепи TCRα, и
(b) одно или более плеч гомологии, связанных с последовательностью нуклеиновой кислоты, где одно или более плеч гомологии содержат последовательность, гомологичную одной или нескольким областям открытой рамки считывания локуса TRAC; и где, если TCR или антигенсвязывающий фрагмент такового экспрессируется из клетки, являющейся сконструированной клеткой, в которую введен полинуклеотид:
часть Cα кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, а дополнительная часть Cα кодируется последовательностью трансгена, где указанная дополнительная часть Cα меньше полноразмерного нативного Cα; а также
дополнительная часть области Cα и/или Cβ, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (a), содержит одну или более модификаций по сравнению с нативной областью Cα и/или нативной областью Cβ, при этом указанная одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью и/или где Cα и/или Cβ рекомбинантного TCR содержат один или более ненативных цистеинов.
71. Полинуклеотид, содержащий:
(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую часть рекомбинантного Т-клеточного рецептора (TCR), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует (i) цепь бета Т-клеточного рецептора (TCRβ), содержащую вариабельный бета-домен (Vβ) и константный бета-домен (Cβ); и (ii) часть цепи альфа-Т-клеточного рецептора (TCRα), где длина части цепи TCRα меньше полной длины нативной цепи TCRα, и
(b) одно или более плеч гомологии, связанных с последовательностью нуклеиновой кислоты, где одно или более плеч гомологии содержат последовательность, гомологичную одной или нескольким областям открытой рамки считывания локуса TRAC; где трансгенная последовательность включает один или более гетерологичных или регуляторных контролирующих элементов, содержащих гетерологичный промотор, функционально связанный для контроля экспрессии TCR при экспрессии из клетки, являющейся сконструированной Т-клеткой, в которую введен полинуклеотид.
72. Полинуклеотид по любому из пп. 69-71, где цепь TCRα содержит константный домен альфа (Cα), где по меньшей мере часть указанного Cα кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, если TCR или антигенсвязывающий фрагмент такового экспрессируется из клетки, являющейся сконструированной Т-клеткой, в которую введен полинуклеотид; и/или
последовательность нуклеиновой кислоты (a) и одно из одного или более плеч гомологии вместе содержат последовательность нуклеотидов, кодирующих Cα, длина которого меньше полной длины нативного Cα, где по крайней мере часть Cα кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, если TCR или антигенсвязывающий фрагмент такового экспрессируется из клетки, являющейся сконструированной Т-клеткой, в которую введен полинуклеотид.
73. Полинуклеотид по любому из пп. 69-72, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая цепь TCRβ, расположена выше по течению от последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей часть цепи TCRα.
74. Полинуклеотид по любому из пп. 69-73, где последовательность нуклеиновой кислоты (а) не включает последовательность, кодирующую 3’ нетранслируемую область (3’ UTR) или интрон.
75. Полинуклеотид по любому из пп. 69-74, где последовательность нуклеиновой кислоты (а) находится в рамке считывания с одним или несколькими экзонами открытой рамки считывания локуса TRAC или частичной последовательности таковой, содержащимися в одном или нескольких плечах гомологии.
76. Полинуклеотид по любому из пп. 69 и 71-75, где часть Cα кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, а дополнительная часть Cα кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты (а), где указанная дополнительная часть Cα меньше полноразмерного нативного Cα.
77. Полинуклеотид по любому из пп. 69-76, где открытая рамка считывания или частичная последовательность таковой содержит по меньшей мере один интрон и по меньшей мере один экзон эндогенного локуса TRAC.
78. Полинуклеотид по любому из пп. 70, 76 и 77, где дополнительная часть Cα кодируется последовательностью нуклеотидов, включающей менее четырех экзонов, менее трех экзонов, менее двух экзонов, один экзон или менее одного полного экзона открытой рамки считывания локуса TRAC.
79. Полинуклеотид по любому из пп. 70 и 76-78, где дополнительная часть Cα кодируется последовательностью нуклеотидов, составляющей менее 400, менее 300, менее 250, менее 200 или менее 150 пар оснований в длину.
80. Полинуклеотид по любому из пп. 70 и 76-79, где дополнительная часть Cα кодируется частью экзона 1 локуса TRAC, причем длина части экзона 1 меньше полной длины экзона 1 открытой рамки считывания локуса TRAC.
81. Полинуклеотид по любому из пп. 69-80, где цепь TCRα способна димеризоваться с цепью TCRβ, если продуцируется из клетки, в которую введен полинуклеотид.
82. Полинуклеотид по любому из пп. 69-81, где кодируемый Cα содержит любую последовательность, выбранную из списка: SEQ ID NO: 19, 24 и 243-252, или последовательность, имеющую по меньшей мере 85%, 86%, 87. %, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с любой из списка: SEQ ID NO: 19, 24 и 243-252, или с частичной последовательностью таковых, если он продуцирется из клетки, в которую введен полинуклеотид.
83. Полинуклеотид по любому из пп. 70 и 76-82, где по меньшей мере часть Cα, начиная с остатка 3 и заканчивая остатком 3155, кодируется последовательностью нуклеотидов, указанной в SEQ ID NO: 1 или одним или несколькими экзонами таковой или последовательностью, имеющей по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97% 98%, 99% или более идентичности последовательности, начиная с остатка 3 и до остатка 3155, с последовательностью нуклеотидов, указанной в SEQ ID NO: 1, или с одним или несколькими экзонами таковой, или с частичной последовательностью таковой.
84. Полинуклеотид по любому из пп. 70 и 76-83, где дополнительная часть Cα содержит последовательность, указанную в SEQ ID NO: 142, или последовательность, имеющую по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с SEQ ID NO: 142 или с частичной последовательностью таковой.
85. Полинуклеотид по любому из пп. 76-84, где дополнительная часть области Cα и/или Cβ, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (a), включает одну или более модификаций, необязательно замену, делецию или инсерцию одной или нескольких аминокислот по сравнению с нативной областью Cα и/или нативной областью Cβ, где необязательно указанная одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью.
86. Полинуклеотид по п.70 и п.85, где введение одного или более остатков цистеина включает замену нецистеинового остатка на остаток цистеина.
87. Полинуклеотид по любому из пп. 70, 85 и 86, где кодируемая область Cα содержит цистеин в положении, соответствующем положению 48, с нумерацией, указанной в любой из SEQ ID NO: 24; и/или кодируемая область Cβ содержит цистеин в положении, соответствующем положению 57, с нумерацией, указанной в SEQ ID NO: 20, если он продуцируется из клетки, в которую введен полинуклеотид.
88. Полинуклеотид по любому из пп. 70 и 85-87, где кодируемый Cα содержит любую последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 248-252, или частичную последовательность таковых, если он продуцируется из клетки, в которую введен полинуклеотид.
89. Полинуклеотид по любому из пп. 69-88, где часть цепи TCRα содержит вариабельный альфа-домен (Vα).
90. Полинуклеотид по любому из пп. 69-89, где одно или более плеч гомологии включает 5’-плечо гомологии и/или 3’-плечо гомологии.
91. Полинуклеотид по п.90, где 5’-плечо гомологии и 3’-плечо гомологии включают последовательности нуклеиновой кислоты, гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, окружающим целевой сайт, причем целевой сайт находится в локусе TRAC.
92. Полинуклеотид по п.91, где целевой сайт находится в экзоне 1 локуса TRAC.
93. Полинуклеотид по любому из пп. 90-92, где 5’-плечо -гомологии включает:
a) последовательность, содержащую или по меньшей мере приблизительно содержащую 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550 или 600 смежных нуклеотидов с последовательностью, имеющей по меньшей мере 85%, 86%, 87% , 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с последовательностью, указанной в SEQ ID NO: 124;
b) последовательность, содержащую или по меньшей мере приблизительно содержащую 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550 или 600 смежных нуклеотидов последовательности, указанной в SEQ ID NO: 124; или
c) последовательность, указанную в SEQ ID NO: 124.
94. Полинуклеотид по любому из пп. 90-93, где 3’-плечо -гомологии включает:
a) последовательность, содержащую или по меньшей мере приблизительно содержащую 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550 или 600 смежных нуклеотидов с последовательностью, которая имеет по меньшей мере 85%, 86%, 87% , 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с последовательностью, указанной в SEQ ID NO: 125;
b) последовательность, содержащую или по меньшей мере приблизительно содержащую 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550 или 600 смежных нуклеотидов последовательности, указанной в SEQ ID NO: 125; или
c) последовательность, указанную в SEQ ID NO: 125.
95. Полинуклеотид, содержащий:
(а) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую часть рекомбинантного Т-клеточного рецептора (TCR), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует (i) цепь альфа Т-клеточного рецептора (TCRα), содержащую вариабельный альфа-домен (Vα) и константный альфа-домен (Cα) домен; и (ii) часть цепи бета Т-клеточного рецептора (TCRβ), где часть цепи TCRβ меньше, чем полноразмерная нативная цепь TCRβ, и
(b) одно или более плеч гомологии, связанных с последовательностью нуклеиновой кислоты, где одно или более плеч гомологии содержат последовательность, гомологичную одной или нескольким областям открытой рамки считывания локуса TRBC.
96. Полинуклеотид по п.95, где цепь TCRβ содержит константный бета (Cβ), причем по меньшей мере часть указанного Cβ кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, если TCR или антиген-связывающий фрагмент такового экспрессируется из клетки, в которую введен полинуклеотид и/или последовательностью нуклеиновой кислоты (а), и одним из одного или более плеч гомологии вместе содержащих последовательность нуклеотидов, кодирующих Cβ, длина которого меньше полной длины нативного Cβ, и где по меньшей мере часть Cβ кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRBC или частичной последовательностью таковой, если TCR или антигенсвязывающий фрагмент такового экспрессируется из клетки, в которую введен полинуклеотид.
97. Полинуклеотид по п.95 или 96, где локус TRBC представляет собой один или более из TRBC1 или TRBC2.
98. Полинуклеотид по любому из пп. 95-97, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующий цепь TCRα, находится выше по течению от последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей часть цепи TCRβ.
99. Полинуклеотид по любому из пп. 95-98, где последовательность нуклеиновой кислоты (а) не включает последовательность, кодирующую 3’ нетранслируемую область (3’ UTR) или интрон.
100. Полинуклеотид по любому из пп. 95-99, где последовательность нуклеиновой кислоты (а) находится в рамке считывания с одним или несколькими экзонами или частичной последовательностью таковых открытой рамки считывания локуса TRAC, содержащимися в одном или нескольких плеч гомологии.
101. Полинуклеотид по любому из пп. 95-100, в котором часть Cβ кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRBC или частичной последовательностью такового, а дополнительная часть Cβ кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты (а), где указанная дополнительная часть Cβ меньше полноразмерного нативного Cβ.
102. Полинуклеотид по любому из пп. 95-101, где открытая рамка считывания или частичная последовательность таковой содержит по меньшей мере один интрон и по меньшей мере один экзон эндогенного локуса TRBC.
103. Полинуклеотид по п.101 или п.102, где дополнительная часть Cβ кодируется последовательностью нуклеотидов, кодирующей менее четырех экзонов, менее трех экзонов, менее двух экзонов, один экзон или менее одного полного экзона открытой рамки считывания локуса TRBC.
104. Полинуклеотид по любому из пп. 101-103, где дополнительная часть Cβ кодируется последовательностью нуклеотидов, составляющей менее 400, менее 300, менее 250, менее 200 или менее 150 пар оснований в длину.
105. Полинуклеотид по любому из пп. 101-104, где дополнительная часть Cβ кодируется частью экзона 1 локуса TRBC, причем длина части экзона 1 меньше полной длины экзона 1 открытой рамки считывания локуса TRBC.
106. Полинуклеотид по любому из пп. 95-105, где цепь TCRβ способна димеризоваться с цепью TCRα, если она продуцируется из клетки, в которую был введен полинуклеотид.
107. Полинуклеотид по любому из пп. 69-106, где кодируемый Cβ включает любую последовательность, выбранную из списка: SEQ ID NO: 20, 21, 25 и 253-258, или последовательность, имеющую по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности с любой из SEQ ID NO: 20, 21, 25 и 253-258 или частичной последовательностью таковых, если они получены из клетки, в которую введен полинуклеотид.
108. Полинуклеотид по любому из пп. 101-107, где по меньшей мере часть Cβ кодируется:
последовательностью нуклеотидов, начиная с остатка 3 и до остатка 1445 последовательности, указанной в SEQ ID NO: 2, или одним или несколькими экзонами таковой, или последовательностью, имеющей по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности, начиная с остатка 3 и до остатка 1445, с последовательностью нуклеотидов, указанной в SEQ ID NO: 2, или с одним или несколькими экзонами таковой, или с частичной последовательностью таковой; или
последовательностью нуклеотидов, начиная с остатка 3 и до остатка 1486, указанной в SEQ ID NO: 3, или одним или несколькими экзонами таковой, или последовательностью, имеющую по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более идентичности последовательности, начиная с остатка 3 и до остатка 1486, с последовательностью нуклеотидов, указанной в SEQ ID NO: 3, или одним или несколькими экзонами таковой, или с частичную последовательностью таковой.
109. Полинуклеотид по любому из пп. 101-108, где дополнительная часть области Cβ и/или Cα, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (а), включает одну или более модификаций, необязательно замену, делецию или инсерцию одной или нескольких аминокислот по сравнению с нативной областью Cβ и/или нативной областью Cα, где необязательно указанная одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью.
110. Полинуклеотид по п.109, где введение одного или более остатков цистеина включает замену нецистеинового остатка на остаток цистеина.
111. Полинуклеотид по п. 109 или 110, где кодируемая область Cα содержит цистеин в положении, соответствующем положению 48, с нумерацией, указанной в любой из SEQ ID NO: 24; и/или кодируемая область Cβ содержит цистеин в положении, соответствующем положению 57, с нумерацией, указанной в SEQ ID NO: 20.
112. Полинуклеотид по любому из пп. 109-111, где кодируемый Cβ содержит любую последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 253 и 256-258, или частичную последовательность таковых.
113. Полинуклеотид по любому из пп. 95-112, где часть цепи TCRβ содержит вариабельный бета-домен (Vβ).
114. Полинуклеотид по любому из пп. 95-113, где одно или более плеч гомологии содержат 5’-плечо гомологии и/или 3’-плечо гомологии.
115. Полинуклеотид по п. 114, где последовательности нуклеиновой кислоты 5’-плеча гомологии и 3’-плеча гомологии гомологичны последовательностям нуклеиновой кислоты, окружающим целевой сайт, и где целевой сайт находится в пределах открытой рамки считывания локуса TRBC.
116. Полинуклеотид по п. 115, где целевой сайт находится в пределах экзона 1 открытой рамки считывания локуса TRBC.
117. Полинуклеотид по любому из пп. 69-116, где последовательность нуклеиновой кислоты (а) представляет собой последовательность, которая является экзогенной или гетерологичной по отношению к открытой рамке считывания эндогенного геномного локуса TRAC Т-клетки, необязательно Т-клетки человека.
118. Полинуклеотид по любому из пп. 90-94 и 114-117, где 5'-плечо гомологии и 3'-плечо независимо друг от друга составляют от или приблизительно от 50 до или приблизительно до 100 нуклеотидов в длину, от или приблизительно от 100 до или приблизительно до 250 нуклеотидов в длину, от или приблизительно от 250 до или приблизительно до 500 нуклеотидов в длину, от или приблизительно от 500 до или приблизительно до 750 нуклеотидов в длину, от или приблизительно от 750 до или приблизительно до 1000 нуклеотидов в длину, или от или приблизительно от 1000 до или приблизительно до 2000 нуклеотидов в длину.
119. Полинуклеотид по любому из пп. 90-94 и 114-118, где 5’-плечо гомологии и 3'-плечо гомологии независимо составляют от или приблизительно от 100 до или приблизительно до 1000 нуклеотидов, от 100 до 750 нуклеотидов, от 100 до 600 нуклеотидов, от 100 до 400 нуклеотидов, от 100 до 300 нуклеотидов, от 100 до 200 нуклеотидов, от 200 до 1000 нуклеотидов, от 200 до 750 нуклеотидов, от 200 до 600 нуклеотидов, от 200 до 400 нуклеотидов, от 200 до 300 нуклеотидов, от 300 до 1000 нуклеотидов, от 300 до 750 нуклеотидов, От 300 до 600 нуклеотидов, от 300 до 400 нуклеотидов, от 400 до 1000 нуклеотидов, от 400 до 750 нуклеотидов, от 400 до 600 нуклеотидов, от 600 до 1000 нуклеотидов, от 600 до 750 нуклеотидов или от 750 до 1000 нуклеотидов в длину.
120. Полинуклеотид по любому из пп. 90-94 и 114-119, где 5’-плечо гомологии и 3'-плечо гомологии независимо составляют приблизительно 200, 300, 400, 500, 600, 700 или 800 нуклеотидов в длину, или любое значение между любыми из вышеперечисленных.
121. Полинуклеотид по любому из пп. 90-94 и 114-120, где 5'-плечо гомологии и 3'-плечо независимо имеют длину более чем или приблизительно более чем 300 нуклеотидов, где, необязательно, 5'-плечо гомологии и 3'-плечо гомологии независимо друг от друга состаавляют в длину приблизительно 400, 500 или 600 нуклеотидов или любое значение между любыми из вышеперечисленных.
122. Полинуклеотид по любому из пп. 90-94 и 114-121, где длина плеча 5’-гомологии и 3’-гомологии независимо составляет, приблизительно составляет или меньше, чем приблизительно 600 нуклеотидов.
123. Полинуклеотид по любому из пп. 90-94 и 114-122, где независимо длина 5’-плеча гомологии и 3’-плеча гомологии больше, чем 300 или приблизительно 300 нуклеотидов.
124. Полинуклеотид по любому из пп. 69-123, где последовательность нуклеиновой кислоты (а) содержит один или более мультицистронных элементов.
125. Полинуклеотид по п. 124, где мультицистронный(ые) элемент(ы) расположены между последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей TCRα или часть такового, и последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей TCRβ или часть такового, и/или расположены выше по течению последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей TCR или часть TCR.
126. Полинуклеотид по п. 124 или 125, где мультицистронный элемент представляет собой или содержит последовательность пропуска рибосомы, необязательно T2A, P2A, E2A или F2A.
127. Полинуклеотид по любому из пп. 69-126, где последовательность нуклеиновой кислоты (а) содержит один или более гетерологичных или регуляторных контролирующих элементов, функционально связанных для контроля экспрессии TCR при экспрессии из клетки, в которую введен полинуклеотид.
128. Полинуклеотид по п. 127, где гетерологичный регуляторный или контролирующий элемент содержит гетерологичный промотор.
129. Полинуклеотид по п. 128, где гетерологичный промотор выбран из конститутивного промотора, индуцибельного промотора, репрессируемого промотора и/или тканеспецифического промотора.
130. Полинуклеотид по п. 128 или 129, где гетерологичный промотор представляет собой или содержит промотор фактора элонгации 1 альфа (EF1α), или промотор MND, или варианты таковых.
131. Полинуклеотид по любому из пп. 69-130, где полинуклеотид содержится в вирусном векторе.
132. Полинуклеотид по п.131, где вирусный вектор представляет собой вектор AAV, необязательно выбранный из векторов AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7 или AAV8.
133. Полинуклеотид по п.132, где вектор AAV представляет собой вектор AAV2 или AAV6.
134. Полинуклеотид по любому из пп. 69-133, где полинуклеотид имеет структуру: [5- плечо гомологии] - [последовательность нуклеиновой кислоты (а)] - [3’-плечо гомологии].
135. Полинуклеотид по любому из пп. 124-134, где полинуклеотид содержит структуру: [5’-плечо гомологии] - [мультицистронный элемент] - [последовательность нуклеиновой кислоты (а)] - [3’- плечо гомологии].
136. Полинуклеотид по любому из пп. 128-134, где полинуклеотид содержит структуру: [5’-плечо гомологии] - [гетерологичный промотор] - [последовательность нуклеиновой кислоты (а)] - [3’-плечо гомологии].
137. Полинуклеотид по любому из пп. 69-136, где кодируемый рекомбинантный TCR способен связываться с антигеном, который ассоциирован, специфичен и/или экспрессируется на клетке или ткани, связанными с заболеванием, нарушением, или состоянием.
138. Полинуклеотид по п. 137, где заболевание, нарушение или состояние представляет собой инфекционное заболевание или нарушение, аутоиммунное заболевание, воспалительное заболевание, опухоль или рак.
139. Полинуклеотид по любому из пп. 69-138, где полинуклеотид составляет или приблизительно составляет 2500, 2750, 3000, 3250, 3500, 3750, 4000, 4250, 4500, 4760, 5000, 5250, 5500, 5750, 6000 7000, 7500, 8000, 9000 или 10000 нуклеотидов в длину или принимает любое значение между любыми из вышеперечисленных.
140. Полинуклеотид по любому из пп. 69-139, где полинуклеотид составляет от или приблизительно от 2500 до или приблизительно до 5000 нуклеотидов, от или приблизительно от 3500 до или приблизительно до 4500 нуклеотидов, или от или приблизительно от 3750 нуклеотидов до или приблизительно до 4250 нуклеотидов в длину.
141. Способ получения Т-клетки, сконструированной методами генной инженерии, содержащей модифицированный локус TRAC, включающий введение полинуклеотида по любому из пп. 69-94 или 117-140 в Т-клетку, содержащую генетическое нарушение в локусе TRAC.
142. Способ получения Т-клетки, сконструированной методами генной инженерии, содержащей модифицированный константный локус альфа Т-клеточного рецептора (TRAC), и включающий:
(а) введение в Т-клетку одного или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение в целевом сайте в эндогенном локусе TRAC Т-клетки; а также
(b) введение в Т-клетку полинуклеотида, содержащего последовательность трансгена, кодирующую цепь бета Т-клеточного рецептора (TCRβ), и часть цепи альфа Т-клеточного рецептора (TCRα), причем эта часть меньше полноразмерного нативного TCRα цепь, при этом:
введение матричного полинуклеотида проводят после введения одного или более агентов, способных вызвать генетическое нарушение; а также
трансген нацелен на интеграцию в эндогенный локус TRAC посредством гомологически направленной репарации (HDR), в результате чего получают Т-клетки, сконструированные методами генной инженерии, содержащие модифицированный локус TRAC.
143. Способ получения Т-клетки, сконструированной методами генной инженерии, содержащей модифицированный константный локус альфа Т-клеточного рецептора (TRAC), где способ включает введение в Т-клетку полинуклеотида, содержащего последовательность трансгена, кодирующую цепь бета (TCRβ) Т-клеточного рецептора и часть цепи альфа (TCRα) Т-клеточного рецептора, где указанная Т-клетка имеет генетическое нарушение в эндогенном локусе TRAC Т-клетки, и где трансген нацелен на интеграцию в эндогенный локус TRAC посредством гомологически направленной репарации (HDR), создавая таким образом клетки, сконструированные методами генной инженерии, содержащие модифицированный локус TRAC.
144. Способ получения Т-клетки, сконструированной методами генной инженерии, содержащей модифицированный константный локус альфа Т-клеточного рецептора (TRAC), включающий:
(а) введение в Т-клетку одного или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение в целевом сайте в эндогенном локусе TRAC Т-клетки; а также
(b) введение в Т-клетку полинуклеотида, содержащего последовательность трансгена, кодирующего цепь бета Т-клеточного рецептора (TCRβ), и часть цепи альфа Т-клеточного рецептора (TCRα), причем эта часть меньше полноразмерной нативной цепи TCRα; где трансген нацелен на интеграцию в эндогенный локус TRAC посредством гомологически направленной репарации (HDR), тем самым продуцируя сконструированную клетку, содержащую модифицированный локус TRAC, при этом при целевой интеграции трансгена:
часть Cα кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, а дополнительная часть Cα кодируется последовательностью трансгена, где указанная дополнительная часть Cα меньше полноразмерного нативного Cα; а также
дополнительная часть области Cα и/или Cβ, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (a), содержит одну или более модификаций по сравнению с нативной областью Cα и/или нативной областью Cβ, где указанная одна или более модификаций вводят один или более остатков цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью, и/или где Cα и/или Cβ рекомбинантного TCR содержат один или более ненативных цистеинов.
145. Способ получения Т-клетки, сконструированной методами генной инженерии, содержащей модифицированный константный локус альфа Т-клеточного рецептора (TRAC), включающий введение в Т-клетку полинуклеотида, содержащего последовательность трансгена, кодирующую цепь бета Т-клеточного рецептора (TCRβ) и часть цепи альфа Т-клеточного рецептора (TCRα), где указанная Т-клетка имеет генетическое нарушение в эндогенном локусе TRAC Т-клетки; и где трансген нацелен на интеграцию в эндогенный локус TRAC посредством гомологически направленной репарации (HDR), создавая таким образом сконструированные клетки, содержащие модифицированный локус TRAC, при этом при целевой интеграции трансгена:
часть Cα кодируется открытой рамкой считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательностью таковой, а дополнительная часть Cα кодируется последовательностью трансгена, где указанная дополнительная часть Cα меньше полноразмерного нативного Cα; а также
дополнительная часть области Cα и/или Cβ, кодируемая последовательностью нуклеиновой кислоты (a), содержит одну или более модификаций по сравнению с нативной областью Cα и/или нативной областью Cβ, где указанная одна или более модификаций вводят одну или более остатки цистеина, способных образовывать один или более ненативных дисульфидных мостиков между альфа-цепью и бета-цепью, и/или где Cα и/или Cβ рекомбинантного TCR содержат один или более ненативных цистеинов.
146. Способ по любому из пп. 141, 143 и 145, в котором генетическое нарушение вызвано одним или несколькими агентами, способными вызывать генетическое нарушение одного или более целевых сайтов в эндогенном локусе TRAC.
147. Способ по любому из пп. 141-146, где полинуклеотид представляет собой полинуклеотид по любому из пп. 69-94 или 117-140.
148. Способ по любому из пп. 141-147, где модифицированный локус TRAC включает последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, причем последовательность нуклеиновой кислоты включает слияние в рамке считывания (i) последовательности трансгена и (ii) открытой рамки считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательности таковой, где, необязательно, последовательность трансгена находится в рамке считывания с одним или несколькими экзонами открытой рамки считывания эндогенного локуса TRAC или частичной последовательности таковой.
149. Способ по любому из пп. 141-148, где сконструированная Т-клетка дополнительно включает индукцию генетического нарушения в локусе TRBC.
150. Способ получения Т-клетки, сконструированной методами генной инженерии, содержащей модифицированный локус TRBC, включающий введение полинуклеотида по любому из пп. 95-140 в Т-клетку, содержащую генетическое нарушение в локусе TRBC.
151. Способ получения Т-клетки, сконструированной методами генной инженерии, содержащей модифицированный константный локус бета Т-клеточного рецептора (TRBC), включающий:
(а) введение в Т-клетку одного или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение в целевом сайте в эндогенном локусе TRBC Т-клетки; а также
(b) введение в Т-клетку полинуклеотида, содержащего последовательность трансгена, кодирующую альфа-цепь Т-клеточного рецептора (TCRα) и часть цепи бета Т-клеточного рецептора (TCRβ), причем эта часть меньше полноразмерной нативной цепи TCRβ, и где трансген нацелен на интеграцию в эндогенный локус TRBC посредством гомологически направленной репарации (HDR), создавая таким образом генно-инженерные сконструированные клетки, содержащие модифицированный локус TRBC.
152. Способ получения Т-клетки, сконструированной методами генной инженерии, содержащей модифицированный константный локус бета Т-клеточного рецептора (TRBC), включающий введение в Т-клетку полинуклеотида, содержащего последовательность трансгена, кодирующую альфа-цепь Т-клеточного рецептора (TCRα) и часть цепи бета Т-клеточного рецептора (TCRβ), где указанная Т-клетка имеет генетическое нарушение в эндогенном локусе TRBC Т-клетки, при этом трансген нацелен на интеграцию в эндогенный локус TRBC посредством гомологически направленной репарации (HDR), создавая таким образом генно-инженерные сконструированные клетки, содержащие модифицированный локус TRBC.
153. Способ по пп. 150 и 152, где генетическое нарушение вызвано одним или несколькими агентами, способными вызывать генетическое нарушение одного или более целевых сайтов в эндогенном локусе TRBC.
154. Способ по любому из пп. 150-153, где локус TRBC представляет собой локус TRBC1 и/или локус TRBC2.
155. Способ по любому из пп. 151-154, где полинуклеотид представляет собой полинуклеотид по любому из пп. 95-140.
156. Способ по любому из пп. 151-155, где модифицированный локус TRBC включает последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный TCR или часть такового, причем данная последовательность нуклеиновой кислоты включает слияние в рамке считывания (i) последовательности трансгена и (ii) открытой рамки считывания эндогенного локуса TRBC или частичной последовательности таковой, где, необязательно, последовательность трансгена находится в рамке считывания с одним или несколькими экзонами открытой рамки считывания эндогенного локуса TRBC или частичной последовательности таковой.
157. Способ по любому из пп. 151-156, где сконструированная Т-клетка дополнительно включает индукцию генетического нарушения в локусе TRAC.
158. Способ по любому из пп. 142 и 144-157, где один или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение, включают ДНК-связывающий белок или ДНК-связывающую нуклеиновую кислоту, которая специфически связывается с целевым сайтом или гибридизуется с ним.
159. Способ по любому из пп. 142 и 144-158, в котором один или более агентов включают белок цинкового пальца (ZFP), белок TAL или нуклеазу (Cas), ассоциированную с кластеризованными регулярными короткими палиндромными повторами нуклеиновой кислоты (CRISPR), специфичную для целевого сайта.
160. Способ по любому из пп. 142 и 144-159, в котором один или более агентов содержат комбинацию CRISPR-Cas9 и комбинацию CRISPR-Cas9 и направляющую РНК (gRNA), имеющую нацеливающий домен, который комплементарен по меньшей мере одному целевому сайту.
161. Способ по п.160, где один или более агентов вводят в виде комплекса рибонуклеопротеина (РНП), содержащего gRNA и белок Cas9.
162. Способ по п.161, в котором концентрация RNP составляет или составляет от приблизительно 1 мкМ до приблизительно 5 мкМ, где, необязательно, концентрация RNP составляет или приблизительно составляет 2 мкМ.
163. Способ по п. 161 или 162, в котором RNP вводят посредством электропорации.
164. Способ по любому из пп. 160-163, где gRNA имеет нацеливающий домен, комплементарный целевому сайту в локусе TRAC и содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из UCUCUCAGCUGGUACACGGC (SEQ ID NO:28), UGGAUUUAGAGUCUCUCAGC (SEQ ID NO:29), ACACGGCAGGGUCAGGGUUC (SEQ ID NO:30), GAGAAUCAAAAUCGGUGAAU (SEQ ID NO:31), GCUGGUACACGGCAGGGUCA (SEQ ID NO:32), CUCAGCUGGUACACGGC (SEQ ID NO:33), UGGUACACGGCAGGGUC (SEQ ID NO:34), GCUAGACAUGAGGUCUA (SEQ ID NO:35), GUCAGAUUUGUUGCUCC (SEQ ID NO:36), UCAGCUGGUACACGGCA (SEQ ID NO:37), GCAGACAGACUUGUCAC (SEQ ID NO:38), GGUACACGGCAGGGUCA (SEQ ID NO:39), CUUCAAGAGCAACAGUGCUG (SEQ ID NO:40), AGAGCAACAGUGCUGUGGCC (SEQ ID NO:41), AAAGUCAGAUUUGUUGCUCC (SEQ ID NO:42), ACAAAACUGUGCUAGACAUG (SEQ ID NO:43), AAACUGUGCUAGACAUG (SEQ ID NO:44), UGUGCUAGACAUGAGGUCUA (SEQ ID NO:45), GGCUGGGGAAGAAGGUGUCUUC (SEQ ID NO:46), GCUGGGGAAGAAGGUGUCUUC (SEQ ID NO:47), GGGGAAGAAGGUGUCUUC (SEQ ID NO:48), GUUUUGUCUGUGAUAUACACAU (SEQ ID NO:49), GGCAGACAGACUUGUCACUGGAUU (SEQ ID NO:50), GCAGACAGACUUGUCACUGGAUU (SEQ ID NO:51), GACAGACUUGUCACUGGAUU (SEQ ID NO:52), GUGAAUAGGCAGACAGACUUGUCA (SEQ ID NO:53), GAAUAGGCAGACAGACUUGUCA (SEQ ID NO:54), GAGUCUCUCAGCUGGUACACGG (SEQ ID NO:55), GUCUCUCAGCUGGUACACGG (SEQ ID NO:56), GGUACACGGCAGGGUCAGGGUU (SEQ ID NO:57) и GUACACGGCAGGGUCAGGGUU (SEQ ID NO:58).
165. Способ по п. 164, где gRNA имеет нацеливающий домен, содержащий последовательность GAGAAUCAAAAUCGGUGAAU (SEQ ID NO: 31).
166. Способ по любому из пп. 160-163, где gRNA имеет нацеливающий домен, комплементарный целевому сайту в одном или обоих генах TRBC1 и TRBC2, и содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из CACCCAGAUCGUCAGCGCCG (SEQ ID NO:59), CAAACACAGCGACCUCGGGU (SEQ ID NO:60), UGACGAGUGGACCCAGGAUA (SEQ ID NO:61), GGCUCUCGGAGAAUGACGAG (SEQ ID NO:62), GGCCUCGGCGCUGACGAUCU (SEQ ID NO:63), GAAAAACGUGUUCCCACCCG (SEQ ID NO:64), AUGACGAGUGGACCCAGGAU (SEQ ID NO:65), AGUCCAGUUCUACGGGCUCU (SEQ ID NO:66), CGCUGUCAAGUCCAGUUCUA (SEQ ID NO:67), AUCGUCAGCGCCGAGGCCUG (SEQ ID NO:68), UCAAACACAGCGACCUCGGG (SEQ ID NO:69), CGUAGAACUGGACUUGACAG (SEQ ID NO:70), AGGCCUCGGCGCUGACGAUC (SEQ ID NO:71), UGACAGCGGAAGUGGUUGCG (SEQ ID NO:72), UUGACAGCGGAAGUGGUUGC (SEQ ID NO:73), UCUCCGAGAGCCCGUAGAAC (SEQ ID NO:74), CGGGUGGGAACACGUUUUUC (SEQ ID NO:75), GACAGGUUUGGCCCUAUCCU (SEQ ID NO:76), GAUCGUCAGCGCCGAGGCCU (SEQ ID NO:77), GGCUCAAACACAGCGACCUC (SEQ ID NO:78), UGAGGGUCUCGGCCACCUUC (SEQ ID NO:79), AGGCUUCUACCCCGACCACG (SEQ ID NO:80), CCGACCACGUGGAGCUGAGC (SEQ ID NO:81), UGACAGGUUUGGCCCUAUCC (SEQ ID NO:82), CUUGACAGCGGAAGUGGUUG (SEQ ID NO:83), AGAUCGUCAGCGCCGAGGCC (SEQ ID NO:84), GCGCUGACGAUCUGGGUGAC (SEQ ID NO:85), UGAGGGCGGGCUGCUCCUUG (SEQ ID NO:86), GUUGCGGGGGUUCUGCCAGA (SEQ ID NO:87), AGCUCAGCUCCACGUGGUCG (SEQ ID NO:88), GCGGCUGCUCAGGCAGUAUC (SEQ ID NO:89), GCGGGGGUUCUGCCAGAAGG (SEQ ID NO:90), UGGCUCAAACACAGCGACCU (SEQ ID NO:91), ACUGGACUUGACAGCGGAAG (SEQ ID NO:92), GACAGCGGAAGUGGUUGCGG (SEQ ID NO:93), GCUGUCAAGUCCAGUUCUAC (SEQ ID NO:94), GUAUCUGGAGUCAUUGAGGG (SEQ ID NO:95), CUCGGCGCUGACGAUCU (SEQ ID NO:96), CCUCGGCGCUGACGAUC (SEQ ID NO:97), CCGAGAGCCCGUAGAAC (SEQ ID NO:98), CCAGAUCGUCAGCGCCG (SEQ ID NO:99), GAAUGACGAGUGGACCC (SEQ ID NO:100), GGGUGACAGGUUUGGCCCUAUC (SEQ ID NO:101), GGUGACAGGUUUGGCCCUAUC (SEQ ID NO:102), GUGACAGGUUUGGCCCUAUC (SEQ ID NO:103), GACAGGUUUGGCCCUAUC (SEQ ID NO:104), GAUACUGCCUGAGCAGCCGCCU (SEQ ID NO:105), GACCACGUGGAGCUGAGCUGGUGG (SEQ ID NO:106), GUGGAGCUGAGCUGGUGG (SEQ ID NO:107), GGGCGGGCUGCUCCUUGAGGGGCU (SEQ ID NO:108), GGCGGGCUGCUCCUUGAGGGGCU (SEQ ID NO:109), GCGGGCUGCUCCUUGAGGGGCU (SEQ ID NO:110), GGGCUGCUCCUUGAGGGGCU (SEQ ID NO:111), GGCUGCUCCUUGAGGGGCU (SEQ ID NO:112), GCUGCUCCUUGAGGGGCU (SEQ ID NO:113), GGUGAAUGGGAAGGAGGUGCACAG (SEQ ID NO:114), GUGAAUGGGAAGGAGGUGCACAG (SEQ ID NO:115) и GAAUGGGAAGGAGGUGCACAG (SEQ ID NO:116).
167. Способ по п. 166, где gRNA имеет нацеливающий домен, содержащий последовательность GGCCUCGGCGCUGACGAUCU (SEQ ID NO: 63).
168. Способ по любому из пп. 141-167, в котором Т-клетка представляет собой первичную Т-клетку, полученную от субъекта.
169. Способ по п. 168, в котором субъект страдает заболеванием или расстройством или таковое подозревается.
170. Способ по п. 168, в котором субъект здоров или предполагается, что он здоров.
171. Способ по любому из пп. 141-170, где Т-клетка представляет собой CD8+ Т-клетку или подтипы таковой.
172. Способ по любому из пп. 141-170, где Т-клетка представляет собой CD4+ Т-клетку или подтипы таковой.
173. Способ по любому из пп. 141-167, где Т-клетка получена из мультипотентной или плюрипотентной клетки, которая необязательно является iPSC.
174. Способ по любому из пп. 168-173, где Т-клетка содержит Т-клетку, которая является аутологичной по отношению к субъекту.
175. Способ по любому из пп. 168-173, где Т-клетка включает Т-клетку, которая является аллогенной по отношению к субъекту.
176. Способ по любому из пп. 141-175, где полинуклеотид содержится в вирусном векторе.
177. Способ по п.176, в котором вектор представляет собой вектор AAV, необязательно выбранный из векторов AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7 или AAV8.
178. Способ по п.177, в котором вектор AAV представляет собой вектор AAV2 или AAV6.
179. Способ по любому из пп. 141-178, где рекомбинантный TCR способен связываться с антигеном, который ассоциирован, специфичен и/или экспрессируется на клетке или ткани, связанными с заболеванием, нарушением или состояние.
180. Способ по любому из пп. 144-179, где введение одного или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение, и введение матричного полинуклеотида осуществляют одновременно или последовательно в любом порядке.
181. Способ по любому из пп. 144-180, где введение матричного полинуклеотида проводят после введения одного или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение.
182. Способ по п.181, где матричный полинуклеотид вводят сразу после введения одного или более агентов, способных вызвать генетическое нарушение, или в течение приблизительно 30 секунд, 1 минуты, 2 минут, 3 минут, 4 минуты, 5 минут, 6 минут, 6 минут, 8 минут, 9. минут, 10 минут, 15 минут, 20 минут, 30 минут, 40 минут, 50 минут, 60 минут, 90 минут, 2 часа, 3 часа или 4 часа, необязательно приблизительно через 2 часа после введения одного или более агентов.
183. Способ по любому из пп. 141-182, в котором способ осуществляют на множестве Т-клеток.
184. Способ по п.183, где множество Т-клеток включает CD4+ Т-клетки, CD8+ Т-клетки или комбинацию CD4+ и CD8+ Т-клеток.
185. Способ по п.183 или 184, в котором множество Т-клеток включает CD4+ и CD8+ Т-клетки, а соотношение CD4+ к CD8+ Т-клеткам составляет от или приблизительно от 1:3 до или приблизительно до 3:1, необязательно от или приблизительно от 1:2 до или приблизительно до 2:1, необязательно 1:1 или около того.
186. Способ по любому из пп. 142 и 144-185, где, перед введением одного или более агентов, способ включает инкубацию клеток in vitro со стимулирующим агентом(ами) в условиях, необходимых для стимуляции или активации одной или более Т-клеток.
187. Способ по п.186, где стимулирующий агент(ы) содержит анти-CD3 и/или анти-CD28 антитела, необязательно в виде анти-CD3 и/или анти-CD28 гранул, где, необязательно, соотношение гранул к клеткам составляет или приблизительно составляет 1:1.
188. Способ по п.186 или 187, включающий удаление стимулирующего(их) агента(ов) из одной или нескольких иммунных клеток перед введением одного или более агентов.
189. Способ по любому из пп. 142 и 144-185, где способ дополнительно включает инкубацию клеток до, во время или после введения одного или более агентов и/или введения матричного полинуклеотида с одним или более рекомбинантным цитокином, где, необязательно, один или более рекомбинантных цитокинов выбраны из группы, состоящей из IL-2, IL-7 и IL-15.
190. Способ по п. 189, где один или более рекомбинантных цитокинов добавляют в концентрации, выбранной из концентрации IL-2 от или приблизительно от 10 Ед/мл до или приблизительно до 200 Ед/мл, необязательно, от или приблизительно от 50 Ед/мл до или приблизительно до 100 Ед/мл; IL-7 в концентрации от 0,5 нг/мл до 50 нг/мл, необязательно, от или приблизительно от 5 нг/мл до или приблизительно до 10 нг/мл и/или IL-15 в концентрации от 0,1 нг/мл до 20 нг/мл, необязательно, от или приблизительно от 0,5 нг/мл до или приблизительно до 5 нг/мл.
191. Способ по п. 189 или 190, где инкубацию проводят после введения одного или более агентов и введения матричного полинуклеотида в течение приблизительно 24 часов, 36 часов, 48 часов, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 или 21 дня, необязательно в течение до или приблизительно до 7 дней.
192. Способ по любому из пп. 141-191, где полинуклеотид составляет по меньшей мере или приблизительно 2500, 2750, 3000, 3250, 3500, 3750, 4000, 4250, 4500, 4760, 5000, 5250, 5500, 5750, 6000, 7000, 7500, 8000, 9000 или 10000 нуклеотидов в длину или любое значение между любыми из вышеперечисленных.
193. Способ по любому из пп. 141-192, где полинуклеотид составляет от или приблизительно от 2500 до или приблизительно до 5000 нуклеотидов, или от или приблизительно от 3500 до или приблизительно до 4500 нуклеотидов, или от или приблизительно от 3750 нуклеотидов и до или приблизительно до 4250 нуклеотидов в длину.
194. Сконструированная Т-клетка или множество сконструированных Т-клеток, полученные с использованием способа по любому из пп. 141-193.
195. Композиция, содержащая сконструированные Т-клетки или множество сконструированных клеток по п.194.
196. Композиция по п.95, содержащая CD4+ и/или CD8+ Т-клетки.
197. Композиция по п.95 или 196, где композиция содержит CD4+ и CD8+ Т-клетки, и где соотношение CD4+ к CD8+ Т-клеткам составляет от или приблизительно от 1:3 до 3:1, необязательно 1:1.
198. Композиция по любому из пп. 195-197, в которой:
по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% сконструированных клеток композиции содержат генетическое нарушение в константной области гена альфа эндогенного Т-клеточного рецептора (TRAC) и/или в константной области гена бета Т-клеточного рецептора (TRBC); и/или
по меньшей мере 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% сконструированных клеток композиции не экспрессируют вообще или не экспрессируют поддающиеся обнаружению уровни продукта эндогенного гена TRAC или TRBC.
199. Композиция по любому из пп. 195-198, где не менее 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80% или 90% клеток композиции экспрессируют рекомбинантный TCR и/или демонстрируют связывание с антигеном.
200. Способ лечения, включающий введение субъекту сконструированной клетки, множества сконструированных клеток или композиции по любому из пп. 194-199.
201. Применение сконструированной клетки, множества сконструированных клеток или композиции по любому из пп. 194-199 для лечения заболевания или нарушения.
202. Применение сконструированной клетки, множества сконструированных клеток или композиции по любому из пп. 194-199 в получении лекарственного средства для лечения заболевания или нарушения.
203. Сконструированная клетка, множество сконструированных клеток или композиция по любому из пп. 194-199 для применения в лечении заболевания или нарушения.
204. Изделие , содержащее:
полинуклеотид по любому из пп. 69-94 или 117-140, и
один или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение в целевом сайте в локусе TRAC.
205. Изделие, содержащее:
полинуклеотид, содержащий (а) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую бета-цепь Т-клеточного рецептора (TCRβ), и часть альфа-цепи Т-клеточного рецептора (TCRα), причем эта часть меньше полноразмерной нативной цепи TCRα и (b) одно или более плеч гомологии, связанных с последовательностью нуклеиновой кислоты, где одно или более плеч гомологии содержат последовательность, гомологичную одной или нескольким областям открытой рамки считывания локуса TRAC, где указанная открытая рамка считывания кодирует цепь TCRα; а также
один или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение в целевом сайте в пределах локуса TRAC.
206. Изделие по п.05, где полинуклеотид содержит полинуклеотид по любому из пп. 69-94 или 117-140.
207. Изделие, содержащее:
полинуклеотид по любому из пп. 95-140, и
один или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение в целевом сайте в пределах локуса TRBC.
208. Изделие, содержащее:
полинуклеотид, содержащий (а) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую альфа-цепь Т-клеточного рецептора (TCRα) и часть цепи бета Т-клеточного рецептора (TCRβ), причем эта часть меньше, чем полноразмерная нативная цепь TCRβ, и (b) одно или более плеч гомологии, связанных с последовательностью нуклеиновой кислоты, причем одно или более плеч гомологии содержат последовательность, гомологичную одной или нескольким областям открытой рамки считывания локуса TRBC, где указанная открытая рамка считывания кодирует цепь TCRβ; а также
один или более агентов, способных вызывать генетическое нарушение в целевом сайте в пределах локуса TRAC.
209. Изделие по п.207 или 208, где полинуклеотид содержит полинуклеотид по любому из пп. 95-140.
210. Набор, содержащий изделие по любому из пп. 204-209 и инструкции по применению.
RU2020136054A 2018-04-05 2019-04-03 Т-клетки, экспрессирующие рекомбинантный рецептор, соответствующие полинуклеотиды и способы RU2020136054A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862653553P 2018-04-05 2018-04-05
US62/653,553 2018-04-05
PCT/US2019/025681 WO2019195491A1 (en) 2018-04-05 2019-04-03 T cells expressing a recombinant receptor, related polynucleotides and methods

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2020136054A true RU2020136054A (ru) 2022-05-06

Family

ID=66290545

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020136054A RU2020136054A (ru) 2018-04-05 2019-04-03 Т-клетки, экспрессирующие рекомбинантный рецептор, соответствующие полинуклеотиды и способы

Country Status (14)

Country Link
US (1) US20210015869A1 (ru)
EP (1) EP3775237A1 (ru)
JP (1) JP2021520211A (ru)
KR (1) KR20210020873A (ru)
CN (1) CN112585277A (ru)
AU (1) AU2019247199A1 (ru)
BR (1) BR112020020073A2 (ru)
CA (1) CA3095084A1 (ru)
IL (1) IL277704A (ru)
MA (1) MA52207A (ru)
MX (1) MX2020010461A (ru)
RU (1) RU2020136054A (ru)
SG (1) SG11202009446TA (ru)
WO (1) WO2019195491A1 (ru)

Families Citing this family (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019070541A1 (en) 2017-10-03 2019-04-11 Juno Therapeutics, Inc. HPV-SPECIFIC BINDING MOLECULES
US11471489B2 (en) 2018-04-05 2022-10-18 Juno Therapeutics, Inc. T cell receptors and engineered cells expressing same
GB202005184D0 (en) * 2020-04-08 2020-05-20 Autolus Ltd Method
WO2022094348A1 (en) * 2020-10-29 2022-05-05 Arsenal Biosciences, Inc. Compositions and methods of genomic modification of cells and uses thereof
EP4294458A1 (en) * 2021-02-17 2023-12-27 The Trustees of Columbia University in the City of New York Probiotic-guided car-t cells for tumor targeting
KR20240004566A (ko) * 2021-04-30 2024-01-11 로직바이오 테라퓨틱스, 인크. 바이러스 벡터 조성물 및 이의 사용 방법
WO2022234519A1 (en) * 2021-05-05 2022-11-10 Crispr Therapeutics Ag Compositions and methods for using sacas9 scaffold sequences
WO2023070126A1 (en) * 2021-10-22 2023-04-27 Regents Of The University Of Minnesota Genetically engineered t cell receptors
WO2023081900A1 (en) 2021-11-08 2023-05-11 Juno Therapeutics, Inc. Engineered t cells expressing a recombinant t cell receptor (tcr) and related systems and methods
WO2023193800A1 (zh) * 2022-04-07 2023-10-12 恺兴生命科技(上海)有限公司 嵌合多肽及其应用
WO2023238125A1 (en) * 2022-06-08 2023-12-14 Sheba Impact Ltd. Virus-specific recombinant t cell receptors and t cells comprising them

Family Cites Families (107)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4452773A (en) 1982-04-05 1984-06-05 Canadian Patents And Development Limited Magnetic iron-dextran microspheres
US4690915A (en) 1985-08-08 1987-09-01 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Adoptive immunotherapy as a treatment modality in humans
US4795698A (en) 1985-10-04 1989-01-03 Immunicon Corporation Magnetic-polymer particles
IN165717B (ru) 1986-08-07 1989-12-23 Battelle Memorial Institute
US5219740A (en) 1987-02-13 1993-06-15 Fred Hutchinson Cancer Research Center Retroviral gene transfer into diploid fibroblasts for gene therapy
US5033252A (en) 1987-12-23 1991-07-23 Entravision, Inc. Method of packaging and sterilizing a pharmaceutical product
US5052558A (en) 1987-12-23 1991-10-01 Entravision, Inc. Packaged pharmaceutical product
ES2067018T3 (es) 1988-12-28 1995-03-16 Stefan Miltenyi Procedimiento y materiales para la separacion en alto gradiente magnetico de materiales biologicos.
US5200084A (en) 1990-09-26 1993-04-06 Immunicon Corporation Apparatus and methods for magnetic separation
DE4123760C2 (de) 1991-07-18 2000-01-20 Dade Behring Marburg Gmbh Seroreaktive Bereiche auf den HPV 16 Proteinen E1 und E2
US5487994A (en) 1992-04-03 1996-01-30 The Johns Hopkins University Insertion and deletion mutants of FokI restriction endonuclease
US5356802A (en) 1992-04-03 1994-10-18 The Johns Hopkins University Functional domains in flavobacterium okeanokoites (FokI) restriction endonuclease
US5436150A (en) 1992-04-03 1995-07-25 The Johns Hopkins University Functional domains in flavobacterium okeanokoities (foki) restriction endonuclease
US5323907A (en) 1992-06-23 1994-06-28 Multi-Comp, Inc. Child resistant package assembly for dispensing pharmaceutical medications
DE4228458A1 (de) 1992-08-27 1994-06-01 Beiersdorf Ag Multicistronische Expressionseinheiten und deren Verwendung
CA2681922C (en) 1994-01-18 2012-05-15 The Scripps Research Institute Zinc finger protein derivatives and methods therefor
US6140466A (en) 1994-01-18 2000-10-31 The Scripps Research Institute Zinc finger protein derivatives and methods therefor
GB9824544D0 (en) 1998-11-09 1999-01-06 Medical Res Council Screening system
JP4118327B2 (ja) 1994-08-20 2008-07-16 ゲンダック・リミテッド Ｄｎａ認識のための結合タンパク質におけるまたはそれに関連する改良
US5827642A (en) 1994-08-31 1998-10-27 Fred Hutchinson Cancer Research Center Rapid expansion method ("REM") for in vitro propagation of T lymphocytes
WO1996013593A2 (en) 1994-10-26 1996-05-09 Procept, Inc. Soluble single chain t cell receptors
US5789538A (en) 1995-02-03 1998-08-04 Massachusetts Institute Of Technology Zinc finger proteins with high affinity new DNA binding specificities
US5840306A (en) 1995-03-22 1998-11-24 Merck & Co., Inc. DNA encoding human papillomavirus type 18
DE19608753C1 (de) 1996-03-06 1997-06-26 Medigene Gmbh Transduktionssystem und seine Verwendung
US5925523A (en) 1996-08-23 1999-07-20 President & Fellows Of Harvard College Intraction trap assay, reagents and uses thereof
GB9710807D0 (en) 1997-05-23 1997-07-23 Medical Res Council Nucleic acid binding proteins
GB9710809D0 (en) 1997-05-23 1997-07-23 Medical Res Council Nucleic acid binding proteins
JP2001519143A (ja) 1997-10-02 2001-10-23 スノル・モレキュラー・コーポレーション 可溶性の一本鎖ｔ細胞レセプタータンパク質
NZ507887A (en) 1998-05-19 2002-12-20 Avidex Ltd Soluble T cell receptor
US6140081A (en) 1998-10-16 2000-10-31 The Scripps Research Institute Zinc finger binding domains for GNN
US6534261B1 (en) 1999-01-12 2003-03-18 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of endogenous gene expression in cells using zinc finger proteins
US6453242B1 (en) 1999-01-12 2002-09-17 Sangamo Biosciences, Inc. Selection of sites for targeting by zinc finger proteins and methods of designing zinc finger proteins to bind to preselected sites
US6599692B1 (en) 1999-09-14 2003-07-29 Sangamo Bioscience, Inc. Functional genomics using zinc finger proteins
US6503717B2 (en) 1999-12-06 2003-01-07 Sangamo Biosciences, Inc. Methods of using randomized libraries of zinc finger proteins for the identification of gene function
US6689558B2 (en) 2000-02-08 2004-02-10 Sangamo Biosciences, Inc. Cells for drug discovery
US20020061512A1 (en) 2000-02-18 2002-05-23 Kim Jin-Soo Zinc finger domains and methods of identifying same
US20030044787A1 (en) 2000-05-16 2003-03-06 Joung J. Keith Methods and compositions for interaction trap assays
JP2002060786A (ja) 2000-08-23 2002-02-26 Kao Corp 硬質表面用殺菌防汚剤
US7067317B2 (en) 2000-12-07 2006-06-27 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of angiogenesis with zinc finger proteins
GB0108491D0 (en) 2001-04-04 2001-05-23 Gendaq Ltd Engineering zinc fingers
US20040224385A1 (en) 2001-08-20 2004-11-11 Barbas Carlos F Zinc finger binding domains for cnn
ATE290020T1 (de) 2001-08-31 2005-03-15 Avidex Ltd Löslicher t zell rezeptor
US7939059B2 (en) 2001-12-10 2011-05-10 California Institute Of Technology Method for the generation of antigen-specific lymphocytes
US7262054B2 (en) 2002-01-22 2007-08-28 Sangamo Biosciences, Inc. Zinc finger proteins for DNA binding and gene regulation in plants
BRPI0307383B1 (pt) 2002-01-23 2019-12-31 The Univ Of Utah Research Foundation método de recombinação genética direcionada em célula de planta hospedeira
US20030170238A1 (en) 2002-03-07 2003-09-11 Gruenberg Micheal L. Re-activated T-cells for adoptive immunotherapy
WO2003080809A2 (en) 2002-03-21 2003-10-02 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for using zinc finger endonucleases to enhance homologous recombination
US7446190B2 (en) 2002-05-28 2008-11-04 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Nucleic acids encoding chimeric T cell receptors
WO2004037977A2 (en) 2002-09-05 2004-05-06 California Institute Of Thechnology Use of chimeric nucleases to stimulate gene targeting
US7569664B2 (en) 2002-10-09 2009-08-04 Immunocore Limited Single chain recombinant T cell receptors
US7888121B2 (en) 2003-08-08 2011-02-15 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for targeted cleavage and recombination
US8409861B2 (en) 2003-08-08 2013-04-02 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted deletion of cellular DNA sequences
US7972854B2 (en) 2004-02-05 2011-07-05 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for targeted cleavage and recombination
DK1791865T3 (da) 2004-06-29 2010-11-01 Immunocore Ltd Celler der udtrykker en modificeret T-cellerecptor
US20080131962A1 (en) 2006-05-25 2008-06-05 Sangamo Biosciences, Inc. Engineered cleavage half-domains
WO2006033859A2 (en) 2004-09-16 2006-03-30 Sangamo Biosciences, Inc. Compositions and methods for protein production
MX2007003910A (es) 2004-10-01 2007-06-07 Avidex Ltd Receptores de celulas t que contienen un enlace entre cadenas bisulfuro no nativo ligado a agentes terapeuticos.
AU2007267874B2 (en) 2006-05-25 2012-03-15 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for gene inactivation
US8361473B2 (en) 2007-03-29 2013-01-29 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibodies and their uses for diagnosis and treatment of cytomegalovirus infection and associated diseases
ATE489465T1 (de) 2007-04-26 2010-12-15 Sangamo Biosciences Inc Gezielte integration in die ppp1r12c-position
NO2227271T3 (ru) 2007-12-07 2018-06-23
WO2009131632A1 (en) 2008-04-14 2009-10-29 Sangamo Biosciences, Inc. Linear donor constructs for targeted integration
US20120164718A1 (en) 2008-05-06 2012-06-28 Innovative Micro Technology Removable/disposable apparatus for MEMS particle sorting device
CN102159722B (zh) 2008-08-22 2014-09-03 桑格摩生物科学股份有限公司 用于靶向单链切割和靶向整合的方法和组合物
ES2627552T3 (es) 2008-12-04 2017-07-28 Sigma Aldrich Company Edición de genoma en ratas usando nucleasas con dedos de cinc
US8586526B2 (en) 2010-05-17 2013-11-19 Sangamo Biosciences, Inc. DNA-binding proteins and uses thereof
CA2779526C (en) 2009-11-03 2022-12-06 City Of Hope Truncated epiderimal growth factor receptor (egfrt) for transduced t cell selection
US8956828B2 (en) 2009-11-10 2015-02-17 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted disruption of T cell receptor genes using engineered zinc finger protein nucleases
SG177025A1 (en) 2010-06-21 2012-01-30 Agency Science Tech & Res Hepatitis b virus specific antibody and uses thereof
WO2011100058A1 (en) 2010-02-09 2011-08-18 Sangamo Biosciences, Inc. Targeted genomic modification with partially single-stranded donor molecules
CA2796600C (en) 2010-04-26 2019-08-13 Sangamo Biosciences, Inc. Genome editing of a rosa locus using zinc-finger nucleases
EP2596011B1 (en) 2010-07-21 2018-10-03 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for modification of a hla locus
KR101982360B1 (ko) 2011-04-05 2019-05-24 셀렉티스 콤팩트 tale-뉴클레아제의 발생 방법 및 이의 용도
CA2848417C (en) 2011-09-21 2023-05-02 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for regulation of transgene expression
AU2012328682B2 (en) 2011-10-27 2017-09-21 Sangamo Therapeutics, Inc. Methods and compositions for modification of the HPRT locus
WO2013074999A1 (en) 2011-11-16 2013-05-23 Sangamo Biosciences, Inc. Modified dna-binding proteins and uses thereof
AU2013259647B2 (en) 2012-05-07 2018-11-08 Corteva Agriscience Llc Methods and compositions for nuclease-mediated targeted integration of transgenes
WO2013176916A1 (en) 2012-05-25 2013-11-28 Roman Galetto Use of pre t alpha or functional variant thereof for expanding tcr alpha deficient t cells
RS61345B1 (sr) 2012-08-20 2021-02-26 Hutchinson Fred Cancer Res Postupak i kompozicije za ćelijsku imunoterapiju
ES2743738T3 (es) 2012-10-02 2020-02-20 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Composiciones y métodos para inmunoterapia
EP3763810A3 (en) 2012-10-10 2021-07-14 Sangamo Therapeutics, Inc. T cell modifying compounds and uses thereof
WO2014089212A1 (en) 2012-12-05 2014-06-12 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for regulation of metabolic disorders
JP5372297B1 (ja) 2012-12-20 2013-12-18 三菱電機株式会社 車載装置及びプログラム
US9937207B2 (en) 2013-03-21 2018-04-10 Sangamo Therapeutics, Inc. Targeted disruption of T cell receptor genes using talens
CN116083487A (zh) 2013-05-15 2023-05-09 桑格摩生物治疗股份有限公司 用于治疗遗传病状的方法和组合物
WO2014191128A1 (en) 2013-05-29 2014-12-04 Cellectis Methods for engineering t cells for immunotherapy by using rna-guided cas nuclease system
EP4137564A1 (en) 2013-07-15 2023-02-22 The United States of America, as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services Methods of preparing anti-human papillomavirus antigen t cells
US9822162B2 (en) 2013-07-15 2017-11-21 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Anti-human papillomavirus 16 E6 T cell receptors
US9108442B2 (en) 2013-08-20 2015-08-18 Ricoh Company, Ltd. Image forming apparatus
US20150098954A1 (en) 2013-10-08 2015-04-09 Elwha Llc Compositions and Methods Related to CRISPR Targeting
DK3105317T3 (en) * 2014-02-14 2019-01-14 Cellectis Immunotherapy cells that are genetically engineered to target antigen on both immune cells and pathological cells
KR102228828B1 (ko) 2014-03-11 2021-03-16 셀렉티스 동종이형 이식에 양립성인 t-세포들을 만들어내는 방법
US20170175128A1 (en) 2014-04-18 2017-06-22 Editas Medicine, Inc. Crispr-cas-related methods, compositions and components for cancer immunotherapy
RU2691102C2 (ru) 2014-05-08 2019-06-11 Сангамо Байосайенсиз, Инк. Способы и композиции для лечения болезни хантингтона
MX2016015383A (es) 2014-05-29 2017-02-28 Us Health Receptores de celulas t anti - papilomavirus 16 e7 humano.
WO2016014794A1 (en) 2014-07-25 2016-01-28 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for modulating nuclease-mediated genome engineering in hematopoietic stem cells
CA2956307A1 (en) 2014-07-29 2016-02-04 Pfizer Inc. Egfrviii specific chimeric antigen receptors for cancer immunotherapy
US9616090B2 (en) 2014-07-30 2017-04-11 Sangamo Biosciences, Inc. Gene correction of SCID-related genes in hematopoietic stem and progenitor cells
AU2015339744B2 (en) 2014-10-31 2021-03-25 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Altering gene expression in CART cells and uses thereof
BR112017020750A2 (pt) * 2015-03-27 2018-06-26 Harvard College células t modificadas e métodos de produção e utilização das mesmas
US9790490B2 (en) 2015-06-18 2017-10-17 The Broad Institute Inc. CRISPR enzymes and systems
CA2991301A1 (en) 2015-07-13 2017-01-19 Sangamo Therapeutics, Inc. Delivery methods and compositions for nuclease-mediated genome engineering
WO2017070429A1 (en) 2015-10-22 2017-04-27 Regents Of The University Of Minnesota Methods involving editing polynucleotides that encode t cell receptor
MX2018006767A (es) 2015-12-04 2019-03-14 Novartis Ag Composiciones y metodos para oncologia inmunologica.
JP7128741B2 (ja) 2015-12-18 2022-08-31 サンガモ セラピューティクス， インコーポレイテッド Ｔ細胞受容体の標的化破壊
GB201604953D0 (en) * 2016-03-23 2016-05-04 Immunocore Ltd T cell receptors
AU2017261380A1 (en) 2016-05-06 2018-11-22 Editas Medicine, Inc. Genetically engineered cells and methods of making the same

Also Published As

Publication number Publication date
JP2021520211A (ja) 2021-08-19
EP3775237A1 (en) 2021-02-17
IL277704A (en) 2020-11-30
CA3095084A1 (en) 2019-10-10
CN112585277A (zh) 2021-03-30
KR20210020873A (ko) 2021-02-24
BR112020020073A2 (pt) 2021-01-05
WO2019195491A1 (en) 2019-10-10
US20210015869A1 (en) 2021-01-21
AU2019247199A1 (en) 2020-10-15
SG11202009446TA (en) 2020-10-29
MA52207A (fr) 2021-02-17
MX2020010461A (es) 2021-01-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2020136054A (ru) Т-клетки, экспрессирующие рекомбинантный рецептор, соответствующие полинуклеотиды и способы
RU2020135966A (ru) Способы получения клеток, экспрессирующих рекомбинантный рецептор, и родственные композиции
Lee et al. Cloning of the GATA-binding protein that regulates endothelin-1 gene expression in endothelial cells
KR102063483B1 (ko) Ａａｖ 캡시드 변이체를 이용한 고효율 유전자 전달을 위한 조성물 및 방법
JP2020537515A5 (ru)
WO2017040528A1 (en) Chimeric aav-anti-vegf for treating cancer in canines
JP7430898B2 (ja) 多発性硬化症のためのａａｖ系遺伝子療法
JP2022115941A (ja) 遺伝子組換えにより内在性ｆｏｘｐ３遺伝子の発現が安定化されたｃｄ４ ｔ細胞を使用した自己免疫疾患の治療方法
PT2480676E (pt) Ratinhos expressando uma cadeia leve híbrida de imunoglobulina
US20130296249A1 (en) Methods of blocking tissue destruction by autoreactive t cells
JPWO2019195492A5 (ru)
JP2021500070A5 (ru)
JPWO2019195491A5 (ru)
RU2020115148A (ru) Hpv-специфические связывающие молекулы
JPWO2021226151A5 (ru)
JPWO2019236577A5 (ru)
JPWO2020243651A5 (ru)
JP3802677B2 (ja) 悪性ｂ−細胞における免疫グロブリン−サイトカイン融合蛋白質の発現のためのベクター、その利用、発現方法
WO2024118381A1 (en) Methods and composition to target microglia and macrophages
US20050214290A1 (en) Methods of blocking tissue destruction by autoreactive T cells
CA3160986A1 (en) Lentiviral vectors in hematopoietic stem cells to treat wiskott-aldrich syndrome (was)