RU2019132020A - Тест-классификатор клинического ответа на лечение Сорафенибом индивидуальных пациентов с раком почки - Google Patents

Тест-классификатор клинического ответа на лечение Сорафенибом индивидуальных пациентов с раком почки Download PDF

Info

Publication number
RU2019132020A
RU2019132020A RU2019132020A RU2019132020A RU2019132020A RU 2019132020 A RU2019132020 A RU 2019132020A RU 2019132020 A RU2019132020 A RU 2019132020A RU 2019132020 A RU2019132020 A RU 2019132020A RU 2019132020 A RU2019132020 A RU 2019132020A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
log
genes
raf1
flt1
fgfr1
Prior art date
Application number
RU2019132020A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2019132020A3 (ru
RU2747746C2 (ru
Inventor
Максим Игоревич Сорокин
Андрей Владимирович Гаража
Валерий Иванович Широкорад
Кирилл Юрьевич Кашинцев
Антон Александрович Буздин
Original Assignee
Общество с ограниченной ответственностью «Онкобокс»
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Общество с ограниченной ответственностью «Онкобокс» filed Critical Общество с ограниченной ответственностью «Онкобокс»
Publication of RU2019132020A3 publication Critical patent/RU2019132020A3/ru
Publication of RU2019132020A publication Critical patent/RU2019132020A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2747746C2 publication Critical patent/RU2747746C2/ru

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/44—Non condensed pyridines; Hydrogenated derivatives thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (18)

1. Способ лечения карциномы почек у пациента, включающий введение сорафениба данному пациенту в том случае, когда данный пациент был определен, как реагирующий на сорафениб при помощи способа, который включает следующие стадии:
(а) измеряют в образце карциномы почечной ткани, полученном от указанного пациента, уровни экспрессии не менее четырех из десяти генов-мишеней сорафениба: BRAF, RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3, FLT4, PDGFRB, KIT, KDR, RET, а также уровни экспрессии по меньшей мере двух нормировочных генов, выбранных из списка (ACTB, RPL13A, RPL9, RPS29, ENO1, ENO2, H6PD, G6PD, KIF1B, KIF1A, NMNAT1, NMNAT2, NMNAT3, UBE4B, UBE4A, ACO1, ACO2, ACO3, KLHL9, KLHL13, PANK1, PANK3, KIF20B, KIF20A, RPL37A, GAPDH, RPL13, HPRT1, B2M, RPL38, UBA52, PSMC1, RPL4, RPL37, SLC25A3, CLTC, TXNL1, PSMA1, RPL8, MMADHC, PPP2CA, MRFAP1, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP), при этом измерение уровней экспрессии производят при помощи одного из следующих приборов: прибор для секвенирования тотальной РНК, микрочип или прибор для обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции;
(б) рассчитывают значение комбинации уровней экспрессии выбранной в (а) группы генов-мишеней сорафениба и нормировочных генов, и сравнивают это значение с пороговым значением, определенным для данного используемого прибора и выбранной комбинации генов;
(в) определяют пациента как реагирующего на сорафениб, когда значение комбинации уровней экспрессии генов превосходит указанное пороговое значение.
2. Способ по п.1, в котором пороговое значение определяют, рассчитывая долю ложноположительных результатов и долю ложноотрицательных результатов определения эффективности сорафениба у пациентов с известным статусом ответа на сорафениб и минимизируя значение следующей суммы: 3 * доля ложноположительных результатов + доля ложноотрицательных результатов.
3. Способ по п.1, в котором измерение уровней экспрессии генов производят при помощи прибора для секвенирования тотальной РНК Illumina HiSeq-3000; в качестве нормировочных генов выбирают ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; а значение комбинации уровней экспрессии генов RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3 и нормировочных генов рассчитывают по формуле 3 * log10(RAF1) + 2 * log10(FGFR1) + log10(FLT1) + log10(FLT3) – log10 (HK), где HK является средним геометрическим уровня экспрессии нормировочных генов ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; и пороговое значение равно 15,15.
4. Способ по п.1, в котором измерение уровней экспрессии генов производят при помощи микрочипа Illumina HumanHT-12 WG-DASL V4.0 R2; в качестве нормировочных генов выбирают ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; а значение комбинации уровней экспрессии генов RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3 и нормировочных генов рассчитывают по формуле 3 * log10(RAF1) + 2 * log10(FGFR1) + log10(FLT1) + log10(FLT3) – log10 (HK), при этом HK является средним геометрическим уровня экспрессии нормировочных генов ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; и пороговое значение равно 12,4.
5. Способ по п.1, в котором измерение уровней экспрессии указанных генов производят при помощи прибора для обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции; в качестве нормировочных генов выбирают ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; а значение комбинации уровней экспрессии генов RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3 и нормировочных генов рассчитывают по формуле 3 * ΔCt RAF1 + 2 * ΔCt FGFR1 + ΔCt FLT1 + ΔCt FLT3 , при этом ΔCt является разницей среднего геометрического значения порогового цикла амплификации кДНК нормировочных генов ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP и значения порогового цикла амплификации кДНК анализируемого гена; и пороговое значение равно -23.05.
6. Способ по п.1, в котором измерение уровней экспрессии генов производят при помощи микрочипа Illumina HumanHT-12 WG-DASL V4.0 R2; в качестве нормировочных генов выбирают KLHL9, NMNAT3, NMNAT1, KIF1A, ACO2; а значение комбинации уровней экспрессии генов RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3, FLT4, BRAF, PDGFRB, KIT, RET, KDR и нормировочных генов рассчитывают по формуле log10(RAF1) + log10(FGFR1) + log10(FLT1) + log10(FLT3) + log10(BRAF) + log10(KIT) + log10(KDR) + log10(PDGFRB) + log10(RET) + log10(FLT4) – log10 (HK), при этом HK является средним геометрическим уровня экспрессии нормировочных генов KLHL9, NMNAT3, NMNAT1, KIF1A, ACO2; и пороговое значение равно 13,14.
7. Способ определения клинической эффективности применения сорафениба для лечения карциномы почек у пациента, включающий следующие стадии:
(а) измеряют в образце карциномы почечной ткани, полученном от указанного пациента, уровни экспрессии не менее четырех генов из списка генов-мишеней сорафениба: RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3, FLT4, BRAF, PDGFRB, KIT, RET, KDR, а также уровни экспрессии по меньшей мере двух нормировочных генов, выбранных из списка (ACTB, RPL13A, RPL9, RPS29, ENO1, ENO2, H6PD, G6PD, KIF1B, KIF1A, NMNAT1, NMNAT2, NMNAT3, UBE4B, UBE4A, ACO1, ACO2, ACO3, KLHL9, KLHL13, PANK1, PANK3, KIF20B, KIF20A, RPL37A, GAPDH, RPL13, HPRT1, B2M, RPL38, UBA52, PSMC1, RPL4, RPL37, SLC25A3, CLTC, TXNL1, PSMA1, RPL8, MMADHC, PPP2CA, MRFAP1, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP), при этом измерение уровней экспрессии производят при помощи одного из следующих приборов: прибор для секвенирования тотальной РНК, микрочип или прибор для обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции;
(б) рассчитывают значение комбинации уровней экспрессии выбранной в (а) группы генов-мишеней сорафениба и нормировочных генов, и сравнивают это значение с пороговым значением, определенным для данного используемого прибора и выбранной комбинации генов;
(в) определяют сорафениб как клинически эффективное средство для лечения карциномы почек у пациента, когда значение комбинации уровней экспрессии генов превосходит указанное пороговое значение.
8. Способ по п.7, в котором пороговое значение определяют, рассчитывая долю ложноположительных результатов и долю ложноотрицательных результатов определения эффективности сорафениба у пациентов с известным статусом ответа на сорафениб и минимизируя значение следующей суммы: 3 * доля ложноположительных результатов + доля ложноотрицательных результатов.
9. Способ по п.7, в котором измерение уровней экспрессии генов производят при помощи прибора для секвенирования тотальной РНК Illumina HiSeq-3000; в качестве нормировочных генов выбирают ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; а значение комбинации уровней экспрессии генов RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3 и нормировочных генов рассчитывают по формуле 3 * log10(RAF1) + 2 * log10(FGFR1) + log10(FLT1) + log10(FLT3) – log10 (HK), где HK является средним геометрическим уровня экспрессии нормировочных генов ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; и пороговое значение равно 15,15.
10. Способ по п.7, в котором измерение уровней экспрессии генов производят при помощи микрочипа Illumina HumanHT-12 WG-DASL V4.0 R2; в качестве нормировочных генов выбирают ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; а значение комбинации уровней экспрессии генов RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3 и нормировочных генов рассчитывают по формуле 3 * log10(RAF1) + 2 * log10(FGFR1) + log10(FLT1) + log10(FLT3) – log10 (HK), при этом HK является средним геометрическим уровня экспрессии нормировочных генов ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; и пороговое значение равно 12,4.
11. Способ по п.7, в котором измерение уровней экспрессии указанных генов производят при помощи прибора для обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции; в качестве нормировочных генов выбирают ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP; а значение комбинации уровней экспрессии генов RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3 и нормировочных генов рассчитывают по формуле 3 * ΔCt RAF1 + 2 * ΔCt FGFR1 + ΔCt FLT1 + ΔCt FLT3 , при этом ΔCt является разницей среднего геометрического значения порогового цикла амплификации кДНК нормировочных генов ACTB, GAPDH, POLR2C, PSMB2, DIABLO, VCP и значения порогового цикла амплификации кДНК анализируемого гена; и пороговое значение равно -23.05.
12. Способ по п.7, в котором измерение уровней экспрессии генов производят при помощи микрочипа Illumina HumanHT-12 WG-DASL V4.0 R2; в качестве нормировочных генов выбирают KLHL9, NMNAT3, NMNAT1, KIF1A, ACO2; а значение комбинации уровней экспрессии генов RAF1, FGFR1, FLT1, FLT3, FLT4, BRAF, PDGFRB, KIT, RET, KDR и нормировочных генов рассчитывают по формуле log10(RAF1) + log10(FGFR1) + log10(FLT1) + log10(FLT3) + log10(BRAF) + log10(KIT) + log10(KDR) + log10(PDGFRB) + log10(RET) + log10(FLT4) – log10 (HK), при этом HK является средним геометрическим уровня экспрессии нормировочных генов KLHL9, NMNAT3, NMNAT1, KIF1A, ACO2; и пороговое значение равно 13,14.
RU2019132020A 2018-10-24 2018-10-24 Тест-классификатор клинического ответа на лечение сорафенибом индивидуальных пациентов с раком почки RU2747746C2 (ru)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PCT/RU2018/000703 WO2020085936A1 (ru) 2018-10-24 2018-10-24 Тест-классификатор клинического ответа на лечение сорафенибом индивидуальных пациентов с раком почки

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019132020A3 RU2019132020A3 (ru) 2021-04-12
RU2019132020A true RU2019132020A (ru) 2021-04-12
RU2747746C2 RU2747746C2 (ru) 2021-05-13

Family

ID=70331166

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019132020A RU2747746C2 (ru) 2018-10-24 2018-10-24 Тест-классификатор клинического ответа на лечение сорафенибом индивидуальных пациентов с раком почки

Country Status (2)

Country Link
RU (1) RU2747746C2 (ru)
WO (1) WO2020085936A1 (ru)

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
MX341866B (es) * 2010-01-11 2016-09-06 Genomic Health Inc Metodo para usar expresion genica para determinar la probabilidad de un desenlace clinico de cancer renal.
EP3039424B1 (en) * 2013-08-28 2020-07-29 Crown Bioscience, Inc. (Taicang) Gene expression signatures predictive of subject response to a multi-kinase inhibitor and methods of using the same
JP2017532959A (ja) * 2014-10-09 2017-11-09 第一三共株式会社 Ｍｄｍ２阻害剤に対する感受性の遺伝子シグネチャーに基づく予測因子に関するアルゴリズム
EP3034622A1 (en) * 2014-12-19 2016-06-22 Centre Léon Bérard Genomic classifier that predicts response to multi-kinase inhibitor treatment Introduction
US20160224738A1 (en) * 2015-01-29 2016-08-04 Pathway Pharmaceuticals Ltd System, Method and Software for Predicting Drug Efficacy in a Patient

Also Published As

Publication number Publication date
RU2019132020A3 (ru) 2021-04-12
WO2020085936A1 (ru) 2020-04-30
RU2747746C2 (ru) 2021-05-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2020536855A5 (ru)
Gonzalez-Villarreal et al. Colorectal cancer stem cells in the progression to liver metastasis
JP2010504079A5 (ru)
JP2018525994A5 (ru)
JP2016533742A5 (ru)
RU2010123381A (ru) Способ и композиции для диагностического применения у раковых пациентов
Patel Latest developments in the biology and management of uveal melanoma
CN108949985A (zh) circ-WHSC1作为结直肠癌诊断标志物及其应用
CN102146474B (zh) 人猴通用2型糖尿病检测引物组、pcr芯片及检测方法
JP2016197112A5 (ru)
RU2019132020A (ru) Тест-классификатор клинического ответа на лечение Сорафенибом индивидуальных пациентов с раком почки
CN104630339B (zh) 用于急性冠脉综合征早期诊断的循环miRNAs及其应用
CN111321222B (zh) 用于结直肠癌无创诊断的血清piRNA标志物及检测试剂盒
Lin et al. Oxaliplatin-based chemotherapy might provide longer progression-free survival in KRAS mutant metastatic colorectal cancer
Qinghua et al. Long-term survival of personalized surgical treatment of locally advanced non-small cell lung cancer based on molecular staging
WO2021224632A1 (en) Cancer screening test
CN108588229A (zh) Linc01703作为诊断肝癌的分子标志物的应用
CN108118093A (zh) Linc00426在制备骨肉瘤转移诊断产品中的用途
CN108424960A (zh) 一种LncRNA作为深静脉血栓形成诊断标志物的应用
Jin et al. MA02. 07 Evaluation of exosomal miRNAs from plasma as potential biomarker for NSCLC
CN107653319B (zh) 胶质瘤诊断标志物circ8:61680968|61684188及应用
CN111206094B (zh) 用于结肠、直肠癌无创早期诊断的piRNA生物标志物及检测试剂盒
Kelkar et al. MP37-08 THE ASSOCIATION BETWEEN DIABETES AND PROSTATE CANCER-SPECIFIC MORTALITY IS DIFFERENT IN OBESE AND NON-OBESE MEN AFTER RADICAL PROSTATECTOMY: RESULTS FROM THE SEARCH DATABASE
Lam 18P Expression of biomarkers of malignant pleural mesothelioma (MPM) over five years from 2015 to 2019 at Pham Ngoc Thach Hospital
Veerman et al. 27P Influence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in drug transporters ABCB1 and ABCG2 on intracerebral osimertinib efficacy in patients with non-small cell lung cancer