RU2018145532A - Композиции и способы диагностирования раковых заболеваний легких с помощью профилей экспрессии генов - Google Patents

Композиции и способы диагностирования раковых заболеваний легких с помощью профилей экспрессии генов Download PDF

Info

Publication number
RU2018145532A
RU2018145532A RU2018145532A RU2018145532A RU2018145532A RU 2018145532 A RU2018145532 A RU 2018145532A RU 2018145532 A RU2018145532 A RU 2018145532A RU 2018145532 A RU2018145532 A RU 2018145532A RU 2018145532 A RU2018145532 A RU 2018145532A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
composition
sample
subject
oligonucleotide
genes
Prior art date
Application number
RU2018145532A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2018145532A3 (ru
Inventor
Майкл ШАУЭ
Луис С. ШАУЭ
Андрей В. КОССЕНКОВ
Original Assignee
Зе Уистар Инститьют Оф Анатоми Энд Байолоджи
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Зе Уистар Инститьют Оф Анатоми Энд Байолоджи filed Critical Зе Уистар Инститьют Оф Анатоми Энд Байолоджи
Publication of RU2018145532A publication Critical patent/RU2018145532A/ru
Publication of RU2018145532A3 publication Critical patent/RU2018145532A3/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57423—Specifically defined cancers of lung
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/60—Complex ways of combining multiple protein biomarkers for diagnosis

Claims (49)

1. Композиция для диагностирования наличия или оценки прогрессирования рака легких у млекопитающего, причем указанная композиция содержит по меньшей мере 10 полинуклеотидов, или олигонуклеотидов, или лигандов, при этом каждый полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд гибридизируется в образце с отдельным геном, фрагментом гена, транскриптом или продуктом экспрессии гена, выбранными из генов, представленных в таблице I.
2. Композиция по п. 1, в которой по меньшей мере один полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд присоединен к обнаруживаемой метке.
3. Композиция по п. 2, в которой каждый полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд присоединен к отдельной обнаруживаемой метке.
4. Композиция по п. 1, дополнительно содержащая захватывающий олигонуклеотид, который гибридизируется с по меньшей мере одним полинуклеотидом или олигонуклеотидом.
5. Композиция по п. 4, в которой захватывающий олигонуклеотид способен гибридизироваться с каждым полинуклеотидом или олигонуклеотидом.
6. Композиция по п. 4 или 5, в которой захватывающий олигонуклеотид связывается с субстратом.
7. Композиция по п. 6, дополнительно содержащая субстрат, с которым связывается захватывающий олигонуклеотид.
8. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 15 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
9. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 25 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
10. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 50 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
11. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 75 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
12. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 100 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
13. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 500 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
14. Композиция по п. 1, содержащая полинуклеотиды или олигонуклеотиды, способные гибридизироваться с каждым отдельным геном, фрагментом гена, транскриптом или продуктом экспрессии гена, перечисленными в таблице I.
15. Композиция для диагностирования наличия или оценки прогрессирования рака легких у млекопитающего, причем указанная композиция содержит по меньшей мере 10 полинуклеотидов, или олигонуклеотидов, или лигандов, причем каждый полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд гибридизируется в образце с отдельным геном, фрагментом гена, транскриптом или продуктом экспрессии гена, выбранными из генов, представленных в таблице II.
16. Композиция по п. 15, в которой по меньшей мере один полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд присоединен к обнаруживаемой метке.
17. Композиция по п. 16, в которой каждый полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд присоединен к отдельной обнаруживаемой метке.
18. Композиция по п. 15, дополнительно содержащая субстрат.
19. Композиция по п. 15, содержащая по меньшей мере 15 лигандов.
20. Композиция по п. 15, содержащая по меньшей мере 20 лигандов.
21. Композиция по п. 15, содержащая по меньшей мере 30 лигандов.
22. Композиция по п. 15, содержащая полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд, способные гибридизироваться с каждым отдельным продуктом экспрессии генов, перечисленных в таблице II.
23. Набор, содержащий композицию по любому из пп. 1-22, и аппарат для взятия образцов.
24. Набор по п. 23, в котором указанный аппарат для взятия образцов содержит пробирку для хранения крови, которая содержит реагент, стабилизирующий образец.
25. Набор по п. 24, в котором реагент стабилизирует мРНК в образце.
26. Способ диагностирования наличия или оценки рака легких у млекопитающего, включающий в себя идентификацию изменений экспрессии 10 или более генов в образце указанного субъекта, причем указанные гены выбираются из генов, представленных в таблице I, или генов, представленных в таблице II; а также сравнение уровней экспрессии генов у указанного субъекта с уровнями экспрессии аналогичных генов в эталонном или контрольном образце, при этом изменения экспрессии генов субъект по сравнению с экспрессией генов эталонного образца коррелируют с диагностикой или оценкой рака легких.
27. Способ по п. 26, в котором указанные диагностирование или оценка включают в себя одно или более из диагностирования рака легких, диагностирования доброкачественного узелка, диагностирования стадии рака легких, диагностирования типа или классификации рака легких, диагностирования или выявления рецидива рака легких, диагностирования или выявления регрессии рака легких, прогнозирования рака легких или оценки ответа рака легких на хирургическое или нехирургическое лечение.
28. Способ по п. 26, в котором указанные изменения включают в себя повышение регуляции одного или более выбранных генов по сравнению с указанным эталонным или контрольным образцом или снижение регуляции одного или более выбранных генов по сравнению с указанным эталонным или контрольным образцом.
29. Способ по п. 26, дополнительно включающий в себя идентификацию размера легочного узелка у субъекта.
30. Способ по п. 26, в котором специфичность составляет около 46% при чувствительности около 90%.
31. Способ по п. 26, в котором специфичность составляет около 54% при чувствительности около 90% для узелков <10 мм.
32. Способ по п. 26, в котором точность составляет около 88% для узелков ≤8 мм, около 75% для узелков >8 мм и ≤12 мм, около 68% для узелков >12 мм и ≤16 мм и около 53% для узелков >16 мм.
33. Способ по п. 26, дополнительно включающий в себя применение композиции по любому из пп. 1-21 для указанной диагностики.
34. Способ по п. 26, в котором указанный эталонный или контрольный образец содержит три или более генов из таблицы I в образце по меньшей мере одного эталонного субъекта, причем указанный эталонный субъект выбирается из группы, состоящей из: (а) курильщика с раковым заболеванием, (b) курильщика с нераковым заболеванием, (с) бывшего курильщика с нераковым заболеванием, (d) здорового некурящего субъекта без заболеваний, (е) некурящего с хроническим обструктивным заболеванием легких (ХОЗЛ), (f) бывшего курильщика с ХОЗЛ, (g) субъекта с солидной опухолью легких перед операцией по ее удалению; (h) субъекта с солидной опухолью легких после хирургического удаления указанной опухоли; (i) субъекта с солидной опухолью легких перед проведением ее лечения; а также (j) субъекта с солидной опухолью легких во время или после проведения ее лечения.
35. Способ по п. 34, в котором указанный эталонный или контрольный субъект (a)-(j) является тем же самым исследуемым субъектом в более ранний момент времени.
36. Способ по любому из пп. 26-34, в котором образцом является периферическая кровь.
37. Способ по п. 36, в котором нуклеиновые кислоты в образце были стабилизированы перед проведением идентификации изменений в уровнях экспрессии генов.
38. Способ выявления рака легких у пациента, причем способ включает в себя:
a. получение образца от пациента; и
b. выявление изменения экспрессии по меньшей мере 10 генов, выбранных из таблицы I или таблицы II, в образце пациента по сравнению с контрольным образцом путем приведения образца в контакт с композицией, содержащей олигонуклеотиды, полинуклеотиды или лиганды, специфические для каждого отдельного транскрипта или продукта экспрессии по меньшей мере 10 генов из таблицы I или таблицы II, и выявления связывания между олигонуклеотидом, полинуклеотидом или лигандом и продуктом гена или продуктом экспрессии гена.
39. Способ диагностирования рака легких у субъекта, причем указанный способ включает в себя:
a. получение образца крови от субъекта;
b. выявление изменения экспрессии по меньшей мере 10 генов, выбранных из таблицы I или таблицы II, в образце пациента по сравнению с контрольным образцом путем приведения образца в контакт с композицией, содержащей олигонуклеотиды, полинуклеотиды или лиганды, специфические для каждого отдельного транскрипта или продукта экспрессии по меньшей мере 100 генов из таблицы I или таблицы II, и выявления связывания между олигонуклеотидом, полинуклеотидом или лигандом и продуктом гена или продуктом экспрессии гена; и
с. диагностирование рака у субъекта при выявлении изменений экспрессии генов субъекта по сравнению с экспрессией генов эталонного образца.
40. Способ диагностирования и лечения рака легких у субъекта с неопластическим ростом, причем указанный способ включает в себя:
a. получение образца крови от субъекта;
b. выявление изменения экспрессии по меньшей мере 10 генов, выбранных из таблицы I или таблицы Н, в образце пациента по сравнению с контрольным образцом путем приведения образца в контакт с композицией, содержащей олигонуклеотиды, полинуклеотиды или лиганды, специфические для каждого отдельного транскрипта или продукта экспрессии по меньшей мере 10 генов из таблицы I или таблицы II, и выявления связывания между олигонуклеотидом, полинуклеотидом или лигандом и продуктом гена или продуктом экспрессии гена;
c. диагностирование рака у субъекта при выявлении изменений экспрессии генов субъекта по сравнению с экспрессией генов эталонного образца; и
d. удаление неопластического роста.
RU2018145532A 2016-06-21 2017-06-21 Композиции и способы диагностирования раковых заболеваний легких с помощью профилей экспрессии генов RU2018145532A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662352865P 2016-06-21 2016-06-21
US62/352,865 2016-06-21
PCT/US2017/038571 WO2017223216A1 (en) 2016-06-21 2017-06-21 Compositions and methods for diagnosing lung cancers using gene expression profiles

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2018145532A true RU2018145532A (ru) 2020-07-23
RU2018145532A3 RU2018145532A3 (ru) 2020-10-16

Family

ID=60783927

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018145532A RU2018145532A (ru) 2016-06-21 2017-06-21 Композиции и способы диагностирования раковых заболеваний легких с помощью профилей экспрессии генов

Country Status (13)

Country Link
US (2) US11661632B2 (ru)
EP (1) EP3472361A4 (ru)
JP (1) JP2019522478A (ru)
KR (1) KR20190026769A (ru)
CN (1) CN109715830A (ru)
AU (1) AU2017281099A1 (ru)
BR (1) BR112018076528A2 (ru)
CA (1) CA3026809A1 (ru)
IL (1) IL263635A (ru)
MX (1) MX2018016051A (ru)
RU (1) RU2018145532A (ru)
SG (1) SG11201810914VA (ru)
WO (1) WO2017223216A1 (ru)

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3998353A1 (en) 2015-10-30 2022-05-18 Exact Sciences Corporation Multiplex amplification detection assay and isolation and detection of dna from plasma
KR102436270B1 (ko) 2016-05-05 2022-08-25 이그젝트 싸이언스 디블롭먼트 컴패니, 엘엘씨 메틸화된 dna 분석에 의한 폐 종양의 검출
CN108624692B (zh) * 2018-06-25 2021-08-03 上海伯豪医学检验所有限公司 用于肺部微小结节良恶性甄别的基因标志物及其用途
CA3049459A1 (en) 2017-01-27 2018-08-02 Exact Sciences Development Company, Llc Detection of colon neoplasia by analysis of methylated dna
US20210079479A1 (en) * 2017-12-19 2021-03-18 The Wistar Institute Of Anatomy And Biology Compostions and methods for diagnosing lung cancers using gene expression profiles
KR20210099044A (ko) * 2018-11-27 2021-08-11 이그젝트 싸이언스 디블롭먼트 컴패니, 엘엘씨 폐 신생물 검출에서 메틸화된 dna, rna, 및 단백질의 특성화
KR102199000B1 (ko) * 2020-09-25 2021-01-06 이화여자대학교 산학협력단 간암 진단을 위한 신규 바이오마커

Family Cites Families (16)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6582908B2 (en) * 1990-12-06 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Oligonucleotides
EP2258872B1 (en) 2002-03-13 2013-08-14 Genomic Health, Inc. Gene expression profiling in biopsied tumor tissues
EP2311985A1 (en) * 2005-07-27 2011-04-20 Oncotherapy Science, Inc. Sirna for treating esophageal cancer
EP2298895A1 (en) * 2005-07-27 2011-03-23 Oncotherapy Science, Inc. Method of diagnosing small cell lung cancer
WO2007141004A1 (en) 2006-06-09 2007-12-13 Bayer Healthcare Ag Use of adipsin (adn) as a therapeutic or diagnostic target
US20090047689A1 (en) 2007-06-20 2009-02-19 John Kolman Autoantigen biomarkers for early diagnosis of lung adenocarcinoma
ES2397672T3 (es) 2007-12-05 2013-03-08 The Wistar Institute Of Anatomy And Biology Método de diagnóstico de cánceres de pulmón utilizando perfiles de expresión genética en células mononucleares de sangre periférica
ES2559758T3 (es) * 2008-09-09 2016-02-15 Somalogic, Inc. Biomarcadores de cáncer de pulmón y usos de los mismos
GB201000688D0 (en) * 2010-01-15 2010-03-03 Diagenic Asa Product and method
CN104777313B (zh) 2010-07-09 2017-09-26 私募蛋白质体公司 肺癌生物标记及其用途
EP2527459A1 (en) 2011-05-02 2012-11-28 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Blood-based gene detection of non-small cell lung cancer
JP6578205B2 (ja) 2012-04-10 2019-09-18 ブイアイビー ブイゼットダブリュＶｉｂ Ｖｚｗ 癌におけるマイクロサテライト不安定性を検出しｄｎａ塩基除去修復経路の阻害による合成致死性を決定するための新規なマーカー
EP2841603A4 (en) * 2012-04-26 2016-05-25 Allegro Diagnostics Corp METHODS OF ASSESSING THE STATUS OF LUNG CANCER
CA2895133A1 (en) * 2012-12-13 2014-06-19 Baylor Research Institute Blood transcriptional signatures of active pulmonary tuberculosis and sarcoidosis
CA2954169A1 (en) * 2014-07-14 2016-01-21 Allegro Diagnostics Corp. Methods for evaluating lung cancer status
US20210079479A1 (en) 2017-12-19 2021-03-18 The Wistar Institute Of Anatomy And Biology Compostions and methods for diagnosing lung cancers using gene expression profiles

Also Published As

Publication number Publication date
BR112018076528A2 (pt) 2019-04-02
KR20190026769A (ko) 2019-03-13
RU2018145532A3 (ru) 2020-10-16
US20230366034A1 (en) 2023-11-16
JP2019522478A (ja) 2019-08-15
CA3026809A1 (en) 2017-12-28
EP3472361A4 (en) 2020-02-19
AU2017281099A1 (en) 2019-01-03
US11661632B2 (en) 2023-05-30
US20200123613A1 (en) 2020-04-23
CN109715830A (zh) 2019-05-03
WO2017223216A1 (en) 2017-12-28
IL263635A (en) 2019-02-03
MX2018016051A (es) 2019-08-29
EP3472361A1 (en) 2019-04-24
SG11201810914VA (en) 2019-01-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2018145532A (ru) Композиции и способы диагностирования раковых заболеваний легких с помощью профилей экспрессии генов
Peppercorn et al. Molecular subtypes in breast cancer evaluation and management: divide and conquer
KR101437718B1 (ko) 위암의 예후 예측용 마커 및 이를 이용하는 위암의 예후 예측 방법
JP5940517B2 (ja) 内分泌治療下における乳癌再発を予測するための方法
RU2017143008A (ru) Способы и композиции для диагностики или выявления раковых заболеваний легкого
JP2017512491A5 (ru)
JP2012517241A5 (ru)
JP7411055B2 (ja) 抗ｅｒｂｂ３抗体治療に対する食道癌の応答を予測する方法およびキット
JP2011500071A (ja) 遺伝子に基づくアルゴリズム的ガン予後及び患者の臨床結果
JP2018525994A5 (ru)
JP2015523569A5 (ru)
JP2013508679A (ja) チボザニブ応答の予測
CN108728534B (zh) 4-LncRNA分子标签用于肝癌预后评估的试剂盒
US20180066323A1 (en) Biomarkers in Cancer, Methods, and Systems Related Thereto
CN108913772B (zh) 基于捕获测序的bMSI检测技术
WO2013130465A2 (en) Gene expression markers for prediction of efficacy of platinum-based chemotherapy drugs
Brahma et al. Surgical perspective of T1799A BRAF mutation diagnostic value in papillary thyroid carcinoma
RU2609199C2 (ru) Способ определения вероятности рецидивирования рака молочной железы
JP6860148B2 (ja) 治療法の有利性を予見する予見方法
US11643692B2 (en) Method of distinguishing lung squamous cell carcinoma from head and neck squamous cell carcinoma
KR101504818B1 (ko) 위암에 대한 예후 예측 시스템
JP7024957B2 (ja) 大腸癌の異時性転移の有無を予測する方法およびそれに用いるキット
JP2006094726A (ja) 肝細胞癌の悪性度評価方法
WO2023177901A1 (en) Method of monitoring cancer using fragmentation profiles
JP2021107767A (ja) 乳腺腫瘍の予後予測マーカー

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20210211