RU2014127178A - Фармакодинамические маркеры, индуцированные интерфероном альфа2009125616 06.12.2006 - Google Patents

Фармакодинамические маркеры, индуцированные интерфероном альфа2009125616 06.12.2006 Download PDF

Info

Publication number
RU2014127178A
RU2014127178A RU2014127178A RU2014127178A RU2014127178A RU 2014127178 A RU2014127178 A RU 2014127178A RU 2014127178 A RU2014127178 A RU 2014127178A RU 2014127178 A RU2014127178 A RU 2014127178A RU 2014127178 A RU2014127178 A RU 2014127178A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
ifnα
expression
expression profile
action
genes
Prior art date
Application number
RU2014127178A
Other languages
English (en)
Inventor
Ихон ЯО
Бахиджа ДЖАЛЛАЛ
Рикардо ЧИБОТТИ
Антони КОЙЛ
Питер КИНЕР
Original Assignee
Медиммун, Ллк
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Медиммун, Ллк filed Critical Медиммун, Ллк
Publication of RU2014127178A publication Critical patent/RU2014127178A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/04—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
    • A61P13/12—Drugs for disorders of the urinary system of the kidneys
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A61P17/06—Antipsoriatics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/08—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
    • A61P3/10—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/24—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against cytokines, lymphokines or interferons
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/24—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against cytokines, lymphokines or interferons
    • C07K16/249—Interferons
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/21—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin from primates, e.g. man
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C07K2317/565—Complementarity determining region [CDR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Dermatology (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Heart & Thoracic Surgery (AREA)
  • Emergency Medicine (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Orthopedic Medicine & Surgery (AREA)
  • Cardiology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Obesity (AREA)
  • Hematology (AREA)

Abstract

1. Способ лечения пациента с заболеванием или расстройством, опосредованным интерфероном I типа (ИФН I типа) или интерфероном альфа (ИФНα), включающий:введение агента, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФНα,причем пациент включает профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα;и указанный агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.2. Способ по п. 1, дополнительно включающий выявление нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.3. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1 IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.4. Способ по п. 1, в котором агент является биологическим агентом.5. Способ по п. 4, в котором агент является антителом.6. Способ по п. 5, в котором антителом является антитело MEDI-545.7. Способ по п. 5, в котором антитело специфично в отношении одного или нескольких ИФН I типа или ИФНα подтипов, но не является антителом MEDI-545.8. Способ по п. 1, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.9. Способ по п. 5, в котором антитело вводят в дозе примерно 0,03-30 мг/кг.10. Способ по п. 9, в котором антитело вводят в дозе примерно 0,3-3 мг/кг.11. Способ по п. 10, в котором антитело вводят в дозе 0,03-1 мг/кг.12. Способ по одному из пп. 9-11, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 10%.13. Способ по п. 12, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФ�

Claims (225)

1. Способ лечения пациента с заболеванием или расстройством, опосредованным интерфероном I типа (ИФН I типа) или интерфероном альфа (ИФНα), включающий:
введение агента, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФНα,
причем пациент включает профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα;
и указанный агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий выявление нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
3. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1 IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
4. Способ по п. 1, в котором агент является биологическим агентом.
5. Способ по п. 4, в котором агент является антителом.
6. Способ по п. 5, в котором антителом является антитело MEDI-545.
7. Способ по п. 5, в котором антитело специфично в отношении одного или нескольких ИФН I типа или ИФНα подтипов, но не является антителом MEDI-545.
8. Способ по п. 1, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.
9. Способ по п. 5, в котором антитело вводят в дозе примерно 0,03-30 мг/кг.
10. Способ по п. 9, в котором антитело вводят в дозе примерно 0,3-3 мг/кг.
11. Способ по п. 10, в котором антитело вводят в дозе 0,03-1 мг/кг.
12. Способ по одному из пп. 9-11, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 10%.
13. Способ по п. 12, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 20%.
14. Способ по п. 13, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 30%.
15. Способ по п. 14, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 40%.
16. Способ по п. 15, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 50%.
17. Способ по п. 1, в котором ИФН I типа или ИФНα-опосредованное заболевание или расстройство является волчанкой, псориазом, васкулитом, саркоидозом, синдромом Шегрена или идиопатическим воспалительным миозитом.
18. Способ по п. 17, в котором ИФН I типа или ИФНα-опосредованное заболевание или расстройство является волчанкой.
19. Способ по п. 17, в котором ИФН I типа или ИФНα-опосредованное заболевание или расстройство является псориазом.
20. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия, меньшей мере, ИФНα подтипов 1, 2, 8 и 14.
21. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает транскрипты генов ФД маркеров.
22. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает полипептиды, экспрессированные с генов ФД маркеров.
23. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
24. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
25. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ИФН I типа или ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
26. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
27. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
28. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
29. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
30. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
31. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
32. Способ по п.1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
33. Способ по п. 32, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1 и IFIT1.
34. Способ по п. 33, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов OAS2 и OAS1.
35. Способ по одному из п.п. 3 или 23-33, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
36. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
37. Способ по п. 22, в котором полипептиды выявляют по повышенным уровням в сыворотке.
38. Способ по п. 37, в котором к полипептидам относятся раковый антиген 125, ферритин, тканевый фактор и ММР-3.
39. Способ по п. 22, в котором полипептиды выявляют по пониженным уровням в сыворотке.
40. Способ по п. 39, в котором полипептиды включают EGF, тромбопоэтин и лиганд CD40.
41. Способ лечения пациента с аутоиммунным заболеванием, содержащего умеренный или сильный профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включающий:
введение агента, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФНα,
в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
42. Способ по п. 41, дополнительно включающий выявление нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
43. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1 IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
44. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
45. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, MX1, MX2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
46. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
47. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
48. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
49. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
50. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
51. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
52. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
53. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44 и IFI27.
54. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1 и IFIT1.
55. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия по меньшей мере подтипов ИФНα 1, 2, 8, и 14.
56. Способ по п. 41, в котором агент является биологическим агентом.
57. Способ по п. 41, в котором агент является антителом.
58. Способ по п. 57, в котором антителом является антитело MEDI-545.
59. Способ по п. 57, в котором антитело является специфичным для одного или нескольких ИФН I типа или ИФНα подтипов, но не является антителом MEDI-545.
60. Способ по п. 41, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.
61. Способ по п. 57, в котором антитело вводят в дозе, примерно от 0,03 до 30 мг/кг.
62. Способ по п. 57, в котором антитело вводят в дозе, примерно от 0,3 до 3 мг/кг.
63. Способ по п. 57, в котором антитело вводят в дозе, примерно от 0,03 до 1 мг/кг.
64. Способ по п. 41, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 10%.
65. Способ по п. 64, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 20%.
66. Способ по п. 65, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 30%.
67. Способ по п. 66, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 40%.
68. Способ по п. 67, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 50%.
69. Способ по п. 41, в котором аутоиммунным заболеванием пациента является волчанка, псориаз, васкулит, саркоидоз, синдром Шегрена или идиопатический воспалительный миозит.
70. Способ по п. 69, в котором пациентом является больной волчанкой.
71. Способ по п. 69, в котором пациентом является больной псориазом.
72. Способ нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента, нуждающегося в этом, включающий:
введение агента, который связывается и модулирует действие ИФН I типа или ИФНα в отношении пациента,
в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα у пациента.
73. Способ по п. 72, дополнительно включающий обнаружение нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
74. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1 IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
75. Способ по п. 72, в котором агентом является биологический агент.
76. Способ по п. 75, в котором агентом является антитело.
77. Способ по п. 76, в котором антителом является MEDI-545.
78. Способ по п. 76, в котором антитело специфично в отношении одного или нескольких ИФН I типа или ИФНα подтипов, но не является антителом MEDI-545.
79. Способ по п. 72, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.
80. Способ по п. 76, в котором антитело вводят в дозе примерно 0,03-30 мг/кг.
81. Способ по п. 80, в котором антитело вводят в дозе 0,3-3 мг/кг.
82. Способ по п. 81, в котором антитело вводят в дозе 0,03-1 мг/кг.
83. Способ по одному из пп. 80-82, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 10%.
84. Способ по п. 83, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере 20%.
85. Способ по п. 84, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα у пациента по меньшей мере на 30%.
86. Способ по п. 85, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 40%.
87. Способ по п. 86, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 50%.
88. Способ по п. 72, в котором пациент болен волчанкой, псориазом, васкулитом, саркоидозом, синдромом Шегрена или идиопатическим воспалительным миозитом.
89. Способ по п. 88, в котором пациент болен волчанкой.
90. Способ по п. 88, в котором пациент болен псориазом.
91. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия по меньшей мере ИФНα подтипов 1, 2, 8 и 14.
92. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает транскрипты генов ФД маркеров.
93. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает полипептиды, экспрессированные с генов ФД маркеров.
94. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIP А, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
95. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
96. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
97. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
98. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
99. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
100. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
101. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
102. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
103. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
104. Способ по п. 103, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1 и IFIT1.
105. Способ по одному из п.п. 74 или 94-104, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
106. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
107. Способ по п. 93, в котором выявляют повышенные уровни полипептидов в сыворотке.
108. Способ по п. 107, в котором полипептиды включают раковый антиген 125, ферритин, таневый фактор и ММР-3.
109. Способ по п. 93, в котором выявляют пониженные уровни полипептидов в сыворотке.
110. Способ по п. 109, в котором полипептиды включают EGF, тромбопоэтин и лиганд CD40.
111. Способ мониторинга или прогнозирования прогрессирования аутоиммунного заболевания у пациента, включающий:
получение первого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в первом образце, взятом у пациента.
112. Способ по п. 111, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, является сильным профилем, а прогноз пациента заключается в прогрессировании заболевания.
113. Способ по п. 112, в котором аутоиммунным заболеванием является СКВ, а прогрессирование СКВ заключается во внезапном обострении болезни.
114. Способ по п. 111, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, является слабым профилем, а прогноз пациента заключается в регрессе заболевания.
115. Способ по п. 111, дополнительно включающий:
получение второго профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, во втором образце, взятом у пациента,
причем повышение числа или уровня ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, во втором профиле экспрессии относительно первого профиля экспрессии прогнозирует прогрессирование заболевания, или
а понижение числа или уровня ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, во втором профиле экспрессии относительно первого профиля экспрессии прогнозирует регресс заболевания.
116. Способ мониторинга прогрессирования заболевания у пациента, подвергаемого лечению терапевтическим агентом, который связывает и модулирует действие ИФНα, включающий:
получение первого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в первом образце, взятом у пациента,
введение терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФНα,
получение второго профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, во втором образце, взятом у пациента, и
сравнение первого и второго профилей экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα,
причем изменение в первом или втором профилях экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, свидетельствует об уровне эффективности терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФНα.
117. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
118. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
119. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
120. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
121. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, MX1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
122. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
123. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
124. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
125. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
126. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
127. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
128. Способ по п. 116, в котором изменение является снижением повышенной регуляции экспрессии уровней активности генов.
129. Способ по п. 116, в котором заболевание является волчанкой, идиопатическим воспалительным миозитом, синдромом Шегрена, васкулитом, саркоидозом и псориазом.
130. Способ по п. 116, в котором заболеванием является волчанка.
131. Способ по п. 116, в котором терапевтическим агентом является низкомолекулярное соединение или биологический агент.
132. Способ по п. 131, в котором биологический агент является антителом.
133. Способ по п. 132, в котором антителом является антитело MEDI-545.
134. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, получают перед введением терапевтического агента.
135. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, получают во время введения терапевтического агента.
136. Способ по п. 116, в котором первым и вторым образцом является цельная кровь или сыворотка.
137. Способ по п. 116, дополнительно включающий получение третьего профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в третьем образце, взятом у пациента.
138. Способ по п. 137, дополнительно включающий получение четвертого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в четвертом образце, взятом у пациента.
139. Способ по п. 138, дополнительно включающий получение пятого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в пятом образце, взятом у пациента.
140. Способ по п. 139, дополнительно включающий получение шестого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в шестом образце, взятом у пациента.
141. Способ по п. 116, в котором второй образец отбирают по меньшей мере через неделю по меньшей мере через 2 недели, по меньшей мере через 3 недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через 2 месяца после введения терапевтического агента.
142. Способ по п. 137, в котором третий образец отбирают по меньшей мере через 2 суток, по меньшей мере через 5 суток, по меньшей мере через неделю, по меньшей мере через 2 недели, по меньшей мере через 3 недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через 2 месяца после отбора второго образца.
143. Способ по п. 138, в котором четвертый образец получают по меньшей мере через 2 суток, по меньшей мере через 5 суток, по меньшей мере через неделю по меньшей мере через две недели, по меньшей мере через три недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через два месяца после получения третьего образца.
144. Способ по п. 139, в котором пятый образец получают по меньшей мере через 2 суток, по меньшей мере через 5 суток, по меньшей мере через неделю, по меньшей мере через две недели, по меньшей мере через три недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через два месяца после получения четвертого образца.
145. Способ по п. 116, в котором изменение заключается в снижении повышенной регуляции экспрессии или действия гена.
146. Способ по п. 145, в котором снижение составляет по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99% или 100%.
147. Способ определения пациента в качестве кандидата для применения терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФНα, включающий:
определение наличия или отсутствия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в образце, взятом от пациента,
причем определение наличия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, выявляет пациента в качестве кандидата для применения терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФНα.
148. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
149. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
150. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
151. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
152. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
153. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
154. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
155. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и MX1.
156. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
157. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
158. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
159. Способ по п. 147, в котором у пациентов было диагностировано расстройство, выбранное из группы, включающей волчанку, идиопатический воспалительный миозит, синдромом Шегрена, васкулит, саркоидоз и псориаз.
160. Способ по п. 159, в котором расстройством является волчанка.
161. Способ по п. 147, в котором терапевтическим агентом является низкомолекулярное соединение или биологический агент.
162. Способ по п. 161, в котором биологическим агентом является антитело.
163. Способ по п. 162, в котором антителом является MEDI-545.
164. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия генов включает по меньшей мере двухкратное увеличение экспрессии одного или нескольких генов.
165. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия генов включает по меньшей мере трехкратное увеличение экспрессии одного или нескольких генов.
166. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение уровней иРНК одного или нескольких генов.
167. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение уровней белков одного или нескольких генов.
168. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение ферментативной активности белка, экспрессированного с одного или нескольких генов.
169. Способ по п. 147, в котором образец является цельной кровью.
170. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает пониженную регуляцию экспрессии или активности генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
171. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов ракового антигена 125, ферритина, тканевого фактора и ММР-3.
172. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, маркеров включает пониженные уровни в сыворотке полипептидов EGF, тромбопоэтина и лиганда CD40.
173. Способ диагностики у пациента расстройства, связанного с повышенными уровнями ИФНα, включающий:
выявление наличия или отсутствия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в образце, взятом от пациента,
причем выявление наличия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, выявляет у пациента расстройство, связанное с повышенными уровнями ИФНα.
174. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
175. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
176. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
177. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
178. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
179. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
180. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
181. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
182. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
183. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
184. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
185. Способ по п. 173, в котором расстройством является волчанка, идиопатический воспалительный миозит, синдром Шегрена, васкулит, саркоидоз или псориаз.
186. Способ по п. 185, в котором расстройством является волчанка.
187. Способ по одному из пп. 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет по меньшей мере двухкратное повышение экспрессии или действия одного или нескольких генов.
188. Способ по п. 187, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает по меньшей мере трехкратное повышение экспрессии или действия одного или нескольких генов.
189. Способ по одному из пп. 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение уровней иРНК одного или нескольких генов.
190. Способ по одному из пп. 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение уровней белков одного или нескольких генов.
191. Способ по одному из пп. 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение ферментативного действия белка, экспрессируемого одним или несколькими генами.
192. Способ по одному из пп. 174-184, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOGSLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
193. Способ по одному из п.п. 174-184, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов ракового антигена 125, ферритина, тканевого фактора и ММР-3.
194. Способ по одному из п.п. 174-184, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженные уровни в сыворотке полипептидов EGF, тромбопоэтина и лиганда CD40.
195. Способ идентификации терапевтического агента-кандидата для лечения ИФНα-опосредованных расстройств, включающий:
контакт клеток, включающих профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, с агентом, и
определение наличия или отсутствия изменения в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, клеток,
причем наличие изменения, представляющего уменьшение пониженной регуляции генов профиля экспрессии маркера, индуцируемого ИФНα, выявляет агента в качестве терапевтического агента-кандидата.
196. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα-индуцируемых, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
197. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5 и OAS1.
198. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
199 Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
200. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
201. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
202. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, MX1, 0AS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
203. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
204. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
205. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
206. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
207. Способ по п. 195, в котором клетки, полученные от пациента, заболевание которого связано с повышенными уровнями ИФНα.
208. Способ по п. 195, в котором клетки являются клетками, обработанными ИФНα для индукции профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
209. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров по меньшей мере в два раза выше относительно экспрессии одного или нескольких генов профиля.
210. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров по меньшей мере в три раза выше относительно экспрессии одного или нескольких генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
211. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышение уровней иРНК одного или нескольких генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
212. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышение уровней белков одного или нескольких генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
213. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышение ферментативной активности белков, экспрессируемого с одного или нескольких генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
214. Способ по одному из пп. 196-206, в котором профиль экспрессии ИФН I типа или ИФНα-индуцируемых ФД маркеров дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOGSLC4A1, PRSS33 и FEZ1, и
в котором наличие изменения, представляющего повышение экспрессии или действия генов с пониженной регуляцией, свидетельствует о том, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.
215. Способ по одному из пп. 196-206, в котором профиль экспрессии ИФН I типа или ИФНα-индуцируемых ФД маркеров дополнительно включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов ракового антигена 125, ферритина, тканевого фактора и ММР-3, и
в котором наличие изменения, представляющего понижение в сыворотке уровней полипептида, означает, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.
216. Способ по одному из пп. 196-206, в котором профиль экспрессии ИФН I типа или ИФНα-индуцируемых ФД маркеров дополнительно включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов EGF, тромбопоэтина и лиганда CD40,
в котором наличие изменения, представляющего повышение в сыворотке уровней полипептида, означает, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.
217. Набор зондов, включающий:
полинуклеотиды, которые специфически выявляют экспрессию какого-либо из наборов генов:
(а) МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, и IFI44, или
(б) IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1, или
(в) IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2, и FCHO2, или
(г) SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1, и EPSTI1, или
(д) RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2, и ISG15, или
(е) LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, MX1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15, и IFI27, или
(ж) DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, MX1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1, и USP18, или
(з) SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1, и MX1, или
(и) SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1, и MX1, или
(к) IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, MX1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18, или
(л) IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27, или
(м) NOGSLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
218. Набор, включающий какой-либо из наборов зондов, перечисленных в п. 217.
219. Способ выявления действия ИФН в образце, включающий:
инкубирование клеток, включающих полинуклеотидную последовательность, представляющую репортерный ген под контролем элемента ответа, простимулированного интерфероном, с образцом, и
выявление экспрессии репортерного гена,
причем экспрессия репортерного гена служит показателем действия ИФН в образце.
220. Способ по п. 219, в котором клетки являются клетками HEK293H.
221. Способ по п. 219, в котором репортерный ген является геном люциферазы, хлорамфениколацетилтрансферазы, β-галактозидазы, зеленого флюоресцирующего белка, β-глюкоронидазы или секретируемой плацентарной щелочной фосфатазы.
222. Способ по п. 221, в котором репортерным геном является ген люциферазы.
223. Способ по п. 222, в котором люциферазой является люцифераза из Gaussia princeps.
224. Способ по п. 219, дополнительно включающий количественное определение уровня экспрессии репортерного гена
225. Способ по п. 224, дополнительно включающий корреляцию уровня экспрессии репортерного гена с уровнем действия ИФН в образце.
RU2014127178A 2006-12-06 2014-07-03 Фармакодинамические маркеры, индуцированные интерфероном альфа2009125616 06.12.2006 RU2014127178A (ru)

Applications Claiming Priority (24)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US87300806P 2006-12-06 2006-12-06
US60/873,008 2006-12-06
US90776207P 2007-04-16 2007-04-16
US90776707P 2007-04-16 2007-04-16
US60/907,762 2007-04-16
US60/907,767 2007-04-16
US92421907P 2007-05-03 2007-05-03
US92422007P 2007-05-03 2007-05-03
US60/924,220 2007-05-03
US60/924,219 2007-05-03
US92458407P 2007-05-21 2007-05-21
US60/924,584 2007-05-21
US96018707P 2007-09-19 2007-09-19
US60/960,187 2007-09-19
US99617607P 2007-11-05 2007-11-05
US99617407P 2007-11-05 2007-11-05
US60/996,176 2007-11-05
US60/996,174 2007-11-05
US99621907P 2007-11-06 2007-11-06
US60/996,219 2007-11-06
US99682007P 2007-12-06 2007-12-06
PCT/US2007/024941 WO2008070135A2 (en) 2006-12-06 2007-12-06 Methods of treating systemic lupus erythematosus
US60/996,820 2007-12-06
USPCT/US2007/024941 2007-12-06

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2014127178A true RU2014127178A (ru) 2016-01-27

Family

ID=39492862

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2009125616/10A RU2527068C2 (ru) 2006-12-06 2007-12-06 Фармакодинамические маркеры, индуцированные интерфероном альфа
RU2014127178A RU2014127178A (ru) 2006-12-06 2014-07-03 Фармакодинамические маркеры, индуцированные интерфероном альфа2009125616 06.12.2006

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2009125616/10A RU2527068C2 (ru) 2006-12-06 2007-12-06 Фармакодинамические маркеры, индуцированные интерфероном альфа

Country Status (10)

Country Link
US (5) US20100143373A1 (ru)
EP (3) EP2077858A4 (ru)
JP (4) JP2010512313A (ru)
KR (2) KR101532797B1 (ru)
AU (2) AU2007327995B2 (ru)
BR (2) BRPI0720035A2 (ru)
CA (2) CA2670897A1 (ru)
MX (1) MX2009005787A (ru)
RU (2) RU2527068C2 (ru)
WO (2) WO2008070137A2 (ru)

Families Citing this family (38)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2007327995B2 (en) * 2006-12-06 2013-10-10 Medimmune, Llc Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers
JP5411129B2 (ja) * 2007-05-03 2014-02-12 メディミューン，エルエルシー インターフェロンα誘導性薬力学的マーカー
EP2666873B1 (en) * 2007-07-12 2016-03-09 The Brigham and Women's Hospital, Inc. Compositions and methods for diagnosing and assessing inflammatory myopathies
CA2703705A1 (en) 2007-11-05 2009-05-14 Medimmune, Llc Methods of treating scleroderma
KR20110005783A (ko) * 2008-02-08 2011-01-19 메디뮨 엘엘씨 질환 마커 및 그의 용도
WO2011109440A1 (en) 2010-03-01 2011-09-09 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings Biomarkers for theranostics
BR112012004781A2 (pt) * 2009-09-03 2017-02-14 Medimmune Llc diagnóstico de interferon tipo 1
WO2011127219A1 (en) 2010-04-06 2011-10-13 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings Circulating biomarkers for disease
CA2796666C (en) 2010-04-21 2020-04-14 MeMed Diagnostics, Ltd. Signatures and determinants for distinguishing between a bacterial and viral infection and methods of use thereof
CN103347539A (zh) * 2010-12-22 2013-10-09 范斯坦医药研究院 使用hiv蛋白酶抑制剂治疗系统性红斑狼疮的方法
WO2012149228A1 (en) * 2011-04-26 2012-11-01 Genentech, Inc. Compositions and method for treating autoimmune diseases
AU2013204776A1 (en) * 2011-04-26 2013-05-09 Genentech, Inc. Compositions and method for treating autoimmune diseases
GB201115665D0 (en) 2011-09-09 2011-10-26 Univ Leuven Kath Autoimmune and inflammatory disorder therapy
MX339762B (es) 2011-09-28 2016-05-27 Univ Autonoma Del Estado De Morelos Metalopeptidos inmunomoduladores (immp) y composiciones que los contienen.
WO2013101771A2 (en) 2011-12-30 2013-07-04 Genentech, Inc. Compositions and method for treating autoimmune diseases
ES2679107T3 (es) 2012-02-09 2018-08-22 Memed Diagnostics Ltd. Distintivos y determinantes para diagnosticar infecciones y métodos para usarlos
EP2850437A4 (en) 2012-05-17 2016-01-13 Univ Johns Hopkins METHODS OF IDENTIFYING IFN INDUCED EXPRESSION PATTERNS AND USE IN DIAGNOSIS, MONITORING AND THERAPY
US9493570B2 (en) * 2012-06-13 2016-11-15 Medimmune, Llc Fixed dosage regimens for anti-type I interferon receptor (IFNAR) antibodies
US20140039907A1 (en) * 2012-08-03 2014-02-06 AxelaCare Health Solutions, Inc. Computer program, method, and system for collecting patient data with a portable electronic device
US20140156297A1 (en) * 2012-08-03 2014-06-05 Axelacare Holdings, Inc. Computer program, method, and system for pharmacist-assisted treatment of patients
US20140275257A1 (en) * 2013-03-14 2014-09-18 Foundation for the State University of New York N-acetyl cysteine compositions in the treatment of systemic lupus erythematosus
US10303846B2 (en) 2014-08-14 2019-05-28 Memed Diagnostics Ltd. Computational analysis of biological data using manifold and a hyperplane
CN105420347A (zh) * 2014-08-21 2016-03-23 南京大学医学院附属鼓楼医院 一种用于系统性红斑狼疮的基因诊断试剂盒
US20170234873A1 (en) 2014-10-14 2017-08-17 Memed Diagnostics Ltd. Signatures and determinants for diagnosing infections in non-human subjects and methods of use thereof
CN108699583B (zh) 2016-03-03 2022-11-01 米密德诊断学有限公司 用于区分细菌和病毒感染的rna决定子
EP4184167A1 (en) 2016-07-10 2023-05-24 MeMed Diagnostics Ltd. Early diagnosis of infections
EP3482200B1 (en) 2016-07-10 2022-05-04 Memed Diagnostics Ltd. Protein signatures for distinguishing between bacterial and viral infections
US11353456B2 (en) 2016-09-29 2022-06-07 Memed Diagnostics Ltd. Methods of risk assessment and disease classification for appendicitis
EP3519833A4 (en) 2016-09-29 2020-06-03 MeMed Diagnostics Ltd. PROGNOSTIC AND TREATMENT METHODS
US20200008916A1 (en) * 2016-12-16 2020-01-09 The Penn State Research Foundation Methods for improved reproductive management of ruminant ungulates
WO2018136625A2 (en) * 2017-01-20 2018-07-26 Children's Medical Center Corporation Compositions and methods for treating diseases characterized by reactive microglia mediated synapse loss
US10209260B2 (en) 2017-07-05 2019-02-19 Memed Diagnostics Ltd. Signatures and determinants for diagnosing infections and methods of use thereof
EP3658173A1 (en) * 2017-07-25 2020-06-03 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods and pharmaceutical compositions for modulating monocytopoiesis
MA54085A (fr) 2018-10-26 2021-09-15 Janssen Biotech Inc Signatures d'interféron de type i et méthodes d'utilisation
JP2022520417A (ja) 2019-02-15 2022-03-30 アストラゼネカ・アクチエボラーグ Ｉ型インターフェロン媒介性障害
KR102429261B1 (ko) 2020-08-25 2022-08-03 충북대학교 산학협력단 한국인의 tnf 저해제 약물 반응성 예측을 위한 바이오마커
TW202317765A (zh) 2021-06-18 2023-05-01 美商Ionis製藥公司 用於降低ｉｆｎａｒ１表現的化合物及方法
FR3138815A1 (fr) * 2022-08-12 2024-02-16 bioMérieux Détermination de la nature virale ou bactérienne d’une infection

Family Cites Families (36)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB8303165D0 (en) 1983-02-04 1983-03-09 Secher D S Monoclonal antibody
JPS60500864A (ja) 1983-02-04 1985-06-06 ワドリ、テクナラジズ、インコーパレイティド 近縁関係にあるが別個のタンパク質間に存在する共通決定基に対して特異的なハイブリド−マ抗体の製造および特性づけ
DE3306060A1 (de) 1983-02-22 1984-08-23 Boehringer Ingelheim International GmbH, 6507 Ingelheim Neue immunglobulin-produzierende hybridzellinien, deren verwendung und verfahren zu deren herstellung
DE3685996T2 (de) 1985-06-11 1993-01-14 Ciba Geigy Ag Hybrid-interferone.
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
FR2692168B1 (fr) 1992-06-16 1995-03-24 Centre Nat Rech Scient Préparation et utilisation de nouveaux systèmes colloïdaux dispersibles à base de cyclodextrine, sous forme de nanosphères.
US5888511A (en) * 1993-02-26 1999-03-30 Advanced Biotherapy Concepts, Inc. Treatment of autoimmune diseases, including AIDS
US5972901A (en) 1994-03-23 1999-10-26 Case Western Reserve University Serpin enzyme complex receptor--mediated gene transfer
DE69535853D1 (de) 1994-03-23 2008-11-20 Univ Case Western Reserve Kompaktnukleinsäure und ihre verabreichung in zellen
US6077835A (en) 1994-03-23 2000-06-20 Case Western Reserve University Delivery of compacted nucleic acid to cells
US6905587B2 (en) * 1996-03-22 2005-06-14 Ronald Redline Method for enhancing the solderability of a surface
WO1998056370A2 (en) 1997-06-13 1998-12-17 Johns Hopkins University School Of Medicine Therapeutic nanospheres
AU757961B2 (en) * 1998-09-30 2003-03-13 Sankyo Company Limited Anti-Fas antibodies
US20050008683A1 (en) * 2000-06-29 2005-01-13 Becton Dickinson And Company Method for delivering interferons to the intradermal compartment
US7087726B2 (en) * 2001-02-22 2006-08-08 Genentech, Inc. Anti-interferon-α antibodies
US6905827B2 (en) * 2001-06-08 2005-06-14 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases
EP1463761A1 (en) * 2001-11-30 2004-10-06 Innogenetics N.V. Therapeutic use of antibodies and fragments thereof binding primate ifn-gamma
CN100546657C (zh) * 2002-11-21 2009-10-07 贝希尔治疗学股份有限公司 预防和治疗疾病的方法及免疫调节核酸组合物
EP1670931A2 (en) * 2003-09-05 2006-06-21 GTC Biotherapeutics, Inc. Method for the production of fusion proteins in transgenic mammal milk
WO2005059106A2 (en) * 2003-12-10 2005-06-30 Medarex, Inc. Interferon alpha antibodies and their uses
PL2662390T3 (pl) * 2004-06-21 2017-12-29 E. R. Squibb & Sons, L.L.C. Antyciała receptora interferonu alfa I oraz ich zastosowania
WO2006020899A2 (en) * 2004-08-13 2006-02-23 Metrigenix Corporation Markers for autoimmune disease detection
US20070166281A1 (en) * 2004-08-21 2007-07-19 Kosak Kenneth M Chloroquine coupled antibodies and other proteins with methods for their synthesis
WO2006023966A2 (en) * 2004-08-24 2006-03-02 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Center For Technology Transfer Assessment of cardiovascular risk
US7571055B2 (en) * 2004-10-13 2009-08-04 Regents Of The University Of Minnesota Systemic lupus erythematosus
WO2006086586A2 (en) * 2005-02-10 2006-08-17 Baylor Research Institute Anti-interferon alpha monoclonal antibodies and methods for use
US20070117105A1 (en) * 2005-05-12 2007-05-24 Crow Mary K Interferon assay
US20070065844A1 (en) * 2005-06-08 2007-03-22 Massachusetts Institute Of Technology Solution-based methods for RNA expression profiling
CA2614455A1 (en) * 2005-08-05 2007-02-15 Genentech, Inc. Methods and compositions for detecting autoimmune disorders
US7608395B2 (en) * 2005-09-15 2009-10-27 Baylor Research Institute Systemic lupus erythematosus diagnostic assay
WO2007142667A2 (en) * 2005-10-13 2007-12-13 Human Genome Sciences, Inc. Treatment of patients with autoantibody positive disease
EP2057190A4 (en) * 2006-08-09 2010-07-28 Baylor Res Inst ANTI-INTERFERON ALPHA MONOCLONAL ANTIBODIES AND METHODS OF USE
AU2007327995B2 (en) * 2006-12-06 2013-10-10 Medimmune, Llc Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers
KR101540823B1 (ko) * 2007-03-30 2015-07-30 메디뮨 엘엘씨 항체 제제
BR112012004781A2 (pt) * 2009-09-03 2017-02-14 Medimmune Llc diagnóstico de interferon tipo 1

Also Published As

Publication number Publication date
US20170121771A1 (en) 2017-05-04
CA2670594A1 (en) 2008-06-12
BRPI0720035A2 (pt) 2019-05-07
JP2014014370A (ja) 2014-01-30
US20150044222A1 (en) 2015-02-12
KR20090088931A (ko) 2009-08-20
WO2008070137A2 (en) 2008-06-12
WO2008070135A2 (en) 2008-06-12
US20100143373A1 (en) 2010-06-10
JP2010512313A (ja) 2010-04-22
AU2007327995A1 (en) 2008-06-12
JP2014040430A (ja) 2014-03-06
RU2527068C2 (ru) 2014-08-27
EP2077858A2 (en) 2009-07-15
US20100143372A1 (en) 2010-06-10
CA2670897A1 (en) 2008-06-12
BRPI0719912A2 (pt) 2014-03-04
AU2007327993A1 (en) 2008-06-12
AU2007327995B2 (en) 2013-10-10
WO2008070135A3 (en) 2008-11-27
WO2008070135A8 (en) 2009-12-17
KR20090088932A (ko) 2009-08-20
MX2009005787A (es) 2009-06-08
US20150147336A1 (en) 2015-05-28
WO2008070137A3 (en) 2008-11-20
JP2010512315A (ja) 2010-04-22
EP2073844A4 (en) 2011-06-01
EP2712930A2 (en) 2014-04-02
EP2077858A4 (en) 2011-07-20
AU2007327993B2 (en) 2013-06-20
EP2712930A3 (en) 2014-04-23
EP2073844A2 (en) 2009-07-01
KR101532797B1 (ko) 2015-07-01
RU2009125616A (ru) 2011-07-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2014127178A (ru) Фармакодинамические маркеры, индуцированные интерфероном альфа2009125616 06.12.2006
JP5411129B2 (ja) インターフェロンα誘導性薬力学的マーカー
US11585810B2 (en) Biomarkers for systemic lupus erythematosus disease activity, and intensity and flare
CN101999001B (zh) 疾病标志物及其用途
JP2018008951A (ja) インターフェロンγに対する抗体を使用した治療方法
EP2473636A1 (en) Type 1 interferon diagnostic
US12009079B2 (en) Type I interferon signatures and methods of use
JP2011519551A (ja) 抗ウイルス治療
AU2014329535A1 (en) Biomarkers for systemic lupus erythematosus disease activity, and intensity and flare
CN101594882A (zh) 干扰素α诱导的药代动力学标记物
US20110287022A1 (en) Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers
AU2015203772A1 (en) Disease markers and uses thereof
AU2014200127A1 (en) Interferon alpha-induced pharmacodynamic markers

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20160426