KR102429261B1 - 한국인의 tnf 저해제 약물 반응성 예측을 위한 바이오마커 - Google Patents

한국인의 tnf 저해제 약물 반응성 예측을 위한 바이오마커 Download PDF

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Abstract

본 발명은 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 바이오마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 특정 유전자를 유효성분으로 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물; 상기 유전자의 발현 수준을 측정할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 조성물; 상기 조성물을 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 키트; 및 상기 유전자의 발현 수준 측정하는 단계를 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법에 관한 것이다. 본 발명의 바이오마커는 한국인을 대상으로 한 류마티스 관절염 환자에서 TNF 저해제의 약물 반응성 임상 결과 데이터에 기반하여 도출된 바이오마커에 해당하는바, 국내 류마티스 환자에 맞춤 치료를 위한 약제 선택에 유용하게 사용될 수 있다. 또한, 본 발명의 바이오마커는 혈액 바이오마커로서, 향후 본 발명의 바이오마커를 임상에 적용하는 경우 혈액 등의 체액 검사만으로 한국인의 류마티스 관절염 환자에 있어서 TNF 저해제 약물 반응성 예측이 가능함에 따라, 복잡하지 않고 간단히 측정 가능하며 환자에게 위험성이 최소화되는 방법으로 측정할 수 있는 이점을 가진다.

Description

한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 바이오마커{Biomarkers for Prediction of Treatment Response to TNF Inhibitors in Koreans}
본 발명은 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 바이오마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 특정 유전자를 유효성분으로 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물; 상기 유전자의 발현 수준을 측정할 수 있는 제제를 유효성분으로 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 조성물; 상기 조성물을 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 키트; 및 상기 유전자의 발현 수준 측정하는 단계를 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법에 관한 것이다.
류마티스 관절염은 관절 내 활막 조직의 염증과 주변의 관절 구조의 손상을 초래하는 전신성 염증성 자가면역질환으로, 원인은 아직 완전히 밝혀지지 않은 상태이나 관련된 면역기전과 염증 네트워크가 매우 복잡하다고 알려져 있다.
류마티스 관절염의 치료는 에타너셉트(etanercept)가 첫 생물학적 제제로 개발되어 2003년 12월부터 국내에서 사용되기 시작하였다. 이러한 TNF-저해제(tumor necrosis factor alpha inhibitor, 항 TNF 제제)의 개발로 인해 획기적인 전기가 마련되었지만, 아직도 30% 정도의 환자들에서는 생물학적 제제 치료로 예후가 조절되지 않으며 효과가 있는 환자들도 부분적인 치료 반응을 나타낸다는 문제점이 있다.
생물학적 제제들은 기존의 항류마티스 제제에 비해 임상 증상의 개선 효과가 매우 빠르고 우월하다는 장점이 있지만, 효과 불충분, 오용 문제, 유해 반응 및 높은 약제 비용 때문에, 약물 반응을 예측할 수 있는 연구가 절실하다. 따라서, 새로운 약제에 대한 지속적인 개발 활동과 더불어 기존 약제의 효율적이고 경제적인 선택을 가능케 하는 신개념의 고신뢰성 약물 반응 예측 기술의 개발이 병행되어야 한다.
한편, 류마티스 관절염은 질환 진행의 정도 및 예후가 환자마다 대단히 넓게 분포함에 따라, 생물학적 제제의 효과 또한 환자에 따라 치료반응이 다양하게 나타나지만, 이를 예측할 수 있는 지표가 부족한 실정이다.
다양한 기전에 작용하는 여러 생물학적 제제가 최근 개발되었고 이로 인해 개인별 맞춤치료제 선택에 어려움 역시 가중되고 있다. 따라서, 최근 류마티스 관절염 맞춤 치료의 가장 큰 화두는 생물학적 제제에 대한 치료반응 예측과 이를 이용한 약제의 선택이다.
현재 사용 가능한 생물학적 제제는 환자의 증상 조절에는 도움이 되고 있지만 이를 설명할 수 있는 정확한 분자생물학적 기전은 아직 불분명한 상황이며, 또한, 치료의 목표에 도달한 환자에서 어떠한 분자생물학적 특성이 나타나는지 또한 명확하지 않다.
최근에는 류마티스 관절염 치료 반응에 대한 분자학적 기전 연구가 다양하게 시도되고 있으나, 해당 결과는 대부분 국내 환자가 아닌 백인을 대상으로 한 연구 결과로써 일뿐이며, 국가별, 인종별로 유전학적 특성이 다르며, 생활 습관, 미생물학적 환경, 의료보험 정책이나 사회경제학적 특성도 다르므로, 국내 환자에게 직접적으로 적용하기에는 근거가 부족하다.
이러한 배경 하에, 본 발명에서는 충북대학교와 아주대학교에서 류마티스 진달을 받은 한국인 환자를 대상으로 하여 TNF 저해제를 일정 기간동안 복용시킨 후, 이들의 임상 결과를 기반으로 하여 TNF 저해제 약물에 대한 반응군과 비반응군을 분류하였으며, 통계를 이용한 비교분석을 통해 두 군 간의 유의미한 차이를 보임으로써 약물 반응을 예측할 수 있는 유전적 인자를 발굴하였다. 따라서, 이러한 혈액 바이오마커를 이용하는 경우 한국인의 류마티스 환자에 있어서 TNF 저해제의 약물에 유리한 반응성을 보이는지 여부를 비침습적으로 쉽고 빠르게 예측할 수 있음을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
한국등록특허 제10-1532797호 한국공개특허 제10-2020-0054857호
따라서 본 발명의 한국인의 류마티스 관절염 환자에서 TNF 저해제 약물 반응성을 효과적으로 예측할 수 있는 바이오마커 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은, 상기 바이오마커를 이용한 한국인의 류마티스 관절염 환자에서 TNF 저해제 약물 반응성을 효과적으로 예측할 수 있는 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은, 상기 바이오마커를 이용한 한국인의 류마티스 관절염 환자에서 TNF 저해제 약물 반응성을 효과적으로 예측할 수 있는 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은, 상기 바이오마커를 이용한 한국인의 류마티스 관절염 환자에서 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법을 제공하는 것이다.
상기와 같은 본 발명의 목적을 달성하기 위해서,
본 발명은 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 유효성분으로 포함하는, 한국인의 TNF 저해제 약물반응성 예측용 바이오마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 조성물은 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 조성물은 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 감소되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 TNF 저해제는 에타너셉트(Etanercept), 아달리무맙(Adalimumab), 인플릭시맵(Infliximab) 또는 골리무맵(Golimumab)일 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자에 대한 mRNA 또는 이의 단백질 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 제제는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브; 또는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 펩타이드, 펩타이드 미메틱스, 앱타머 또는 화합물일 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 a) 피검자로부터 분리된 시료에서 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 및 b) 상기 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 하우스키핑(housekeeping) 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법을 제공한다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 시료는 혈액, 혈청 또는 혈장일 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 a) 단계에서 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 a) 단계에서 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 감소되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 TNF 저해제는 에타너셉트(Etanercept), 아달리무맙(Adalimumab), 인플릭시맵(Infliximab) 또는 골리무맵(Golimumab)일 수 있다.
본 발명의 바이오마커는 한국인을 대상으로 한 류마티스 관절염 환자에서 TNF 저해제의 약물 반응성 임상 결과 데이터에 기반하여 도출된 바이오마커에 해당하는바, 국내 류마티스 환자에 맞춤 치료를 위한 약제 선택에 유용하게 사용될 수 있다. 또한, 본 발명의 바이오마커는 혈액 바이오마커로서, 향후 본 발명의 바이오마커를 임상에 적용하는 경우 혈액 등의 체액 검사만으로 한국인의 류마티스 관절염 환자에 있어서 TNF 저해제 약물 반응성 예측이 가능함에 따라, 복잡하지 않고 간단히 측정 가능하며 환자에게 위험성이 최소화되는 방법으로 측정할 수 있는 이점을 가진다.
도 1은 본 발명의 류마티스 환자를 대상으로 한 임상 데이터를 기반으로 TNF 저해제 반응군 및 비반응군 사이에서 발현량의 차이를 나타내는 유전자(Differentially Expressed Gene; DEG)를 효과적으로 시각화한 그래프이다(volcano plot).
도 2는 본 발명의 발현이 증가되어 있는 유전자들 중 log2FC 값을 기준으로 상위 14개의 유전자들의 히트맵(heatmap)을 나타낸 것이다. 증대된 발현 (빨간색); 감소된 발현 (파란색). RPKM: reads per kilobase of transcript per million mapped reads
도 3은 본 발명의 발현이 감소되어 있는 유전자들 중 log2FC 값을 기준으로 상위 6개의 유전자들의 히트맵(heatmap)을 나타낸 것이다. 증대된 발현 (빨간색); 감소된 발현 (파란색). RPKM: reads per kilobase of transcript per million mapped reads
도 4는 qPCR 분석을 통해 측정된 3개 후보 유전자의 상대적인 mRNA 발현(ΔΔCT/GAPDH) 수준을 나타낸 그래프이다.
본 발명은 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성을 예측할 수 있는 바이오마커에 관한 것이다.
본 발명에서 사용되는 용어 "바이오마커"란, 정상 또는 병리적인 상태, 약물에 대한 반응 정도 등을 객관적 견지에서 측정해 줄 수 있는 표지자로 정의된다. 즉, 어떤 특정 질병에 걸렸는지, 걸렸으면 얼마나 심한지를 표현해주는 것이거나, 특정 약물을 복용했는데, 우리 몸이 어느 정도 약효를 받고 있는지, 아니면 이상 반응을 하고 있는지에 대한 척도를 제공하는지 등을 나타내는 것이 바이오마커이다.
바이오마커는 그 용도에 따라 다양한 종류가 있으며, 자세하게는, 스크리닝 바이오마커(건강한 사람과 임상증상이 없더라도 어떤 질병이 시작되는 사람을 구분할 수 있는 바이오마커로 초기 암 진단 마커); 예후 바이오마커(질병의 예후를 알려주는 마커로써 관절염의 진행 정도를 알려주는 바이오마커); 약효 또는 약물 반응성 예측 바이오마커(특정 약물에 대한 반응군과 비반응군을 구분할 수 있는 바이오마커); 독성 바이오마커(특정 약물에 대한 부작용 증상을 나타내는 그룹을 찾아낼 수 있는 바이오마커); 질환 바이오마커(질환 유무 또는 임상 결과를 구분할 수 있는 바이오마커) 등을 예시할 수 있다.
본 발명의 바이오마커는 약물의 치료 효과(약효) 또는 약물의 반응성을 예측할 수 있는 바이오마커에 해당한다.
본 발명에서 바이오마커는 한국인을 대상으로 한 류마티스 관절염 환자에서 TNF 저해제에 대한 반응성 여부를 예측할 수 있는 바이오마커이다.
보다 구체적으로, 본 발명은 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 유효성분으로 포함하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 구체예에 있어서, 상기 IFI27는 서열번호 1의 염기서열로 이루어지고; 상기 IFIT1는 서열번호 2의 염기서열로 이루어지고; 상기 RSAD2는 서열번호 3의 염기서열로 이루어질 수 있다.
상기 서열번호 1 내지 3으로 기재된 염기서열을 갖는 유전자는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성을 예측할 수 있는 바이오마커로 활용될 수 있으며, 상기 서열번호 1 내지 3으로 기재된 염기서열은 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성을 예측하는데 있어서 일정정도 변형이 가능하다. 본 기술분야의 당업자라면 이러한 인위적인 변형에 의해 80% 이상, 바람직하게는 90% 이상, 보다 바람직하게는 95% 이상, 가장 바람직하게는 98% 이상의 상동성이 유지되는 염기서열이 본 발명에서 목적하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성을 예측 바이오마커로서 발현량 차이를 유의있게 비교 가능하는 한, 본 발명의 상기 염기서열과 균등한 것임을 쉽게 이해할 것이다.
구체적으로, 본 발명의 일 실시예에서는 충북대학교와 아주대학교에서 류마티스 진단을 받은 한국인 환자를 대상으로 하여 TNF 저해제를 일정 기간동안 복용시킨 후, 이들의 임상 결과를 기반으로 하여 TNF 저해제 약물에 대한 반응군과 비반응군을 분류하였으며, 통계를 이용한 비교분석을 통해 두 군 간의 유의미한 차이를 보임으로써 약물 반응을 예측할 수 있는 유전적 인자를 발굴하였다. 상기 임상 결과, TNF 저해제 반응군에서 발현이 증가되어 있는 526개의 상위 14개의 유전자를 선별하였으며, 그 중에서도 특히 통계적인 유의성과 히트맵(heatmap)을 고려한 결과 IFI27, IFIT1, RSAD2 유전자가 군 간의 유의적인 차이를 보임을 확인하였다(도 2 및 표 3 참조). 또한, 반응군에서 발현이 감소되어 있는 유전자는 337개의 상위 6개의 유전자를 선별하였다(도 3 및 표 4 참조).
특히, RNA 시퀀싱 분석을 통해 확인한 3개의 유전자(IFI27, IFIT1 및 RSAD2)의 mRNA 발현의 차이를 실제적으로 검증하기 위하여, qPCR을 이용하여 해당 유전자의 발현 차이를 확인하였으며, 그 결과 IFI27은 비반응군 대비 반응군에서 발현이 30배 증대, IFIT1은 비반응군 대비 반응군에서 발현이 11배가 증대, RSAD2는 비반응군 대비 반응군에서 발현이 16배 증대되어 있는 것을 확인하였다(도 4 및 표 5 참조).
이러한 결과를 통해, 반응군에서 발현이 증가되어 있는 상위 14개의 유전자 및 발현이 감소되어 있는 상위 6개의 유전자는 TNF 저해제 약물 반응을 예측하는 유전자 마커로 유용하게 사용될 수 있으며, 특히, IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자가 한국인에 있어서 TNF 저해제 약물 반응성을 예측하는데 더욱 효과적으로 사용될 수 있음을 알 수 있었다.
따라서 본 발명은 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 유효성분으로 포함하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물을 제공할 수 있으며, 또한, 본 발명의 조성물은 상기 3개의 유전자 이외에 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A, MX1, HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 구체예에 있어서, 상기 HLA-DRB3는 서열번호 4의 염기서열로 이루어지고; 상기 LILRA3은 서열번호 5로 이루어지고; 상기 HLA-DRB4는 서열번호 6으로 이루어지고; 상기 OTOF는 서열번호 7로 이루어지고; 상기 AOC1는 서열번호 8로 이루어지고; 상기 IFI44L는 서열번호 9로 이루어지고; 상기 CFAP161은 서열번호 10으로 이루어지고; 상기 SCGB1C2는 서열번호 11로 이루어지고; 상기 SIGLEC1는 서열번호 12로 이루어지고; 상기 RFPL4A는 서열번호 13으로 이루어지고; 상기 MX1는 서열번호 14로 이루어지고; 상기 HLA-DRB1은 서열번호 15로 이루어지며; 상기 FXYD2는 서열번호 16으로 이루어지고; 상기 C17orf97은 서열번호 17로 이루어지고; 상기 NUGGC는 서열번호 18로 이루어지고; 상기 FN3KRP는 서열번호 19로 이루어지고; 상기 LSM5는 서열번호 20으로 이루어질 수 있다.
상기 서열번호 4 내지 20으로 기재된 염기서열을 갖는 유전자 중 1종 이상의 유전자는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성을 예측할 수 있는 바이오마커로 활용될 수 있으며, 상기 서열번호 4 내지 20으로 기재된 염기서열은 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성을 예측하는데 있어서 일정정도 변형이 가능하다. 본 기술분야의 당업자라면 이러한 인위적인 변형에 의해 80% 이상, 바람직하게는 90% 이상, 보다 바람직하게는 95% 이상, 가장 바람직하게는 98% 이상의 상동성이 유지되는 염기서열이 본 발명에서 목적하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성을 예측 바이오마커로서 발현량 차이를 유의있게 비교 가능하는 한, 본 발명의 상기 염기서열과 균등한 것임을 쉽게 이해할 것이다.
본 발명에서, 상기 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명에서, 상기 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명에서, 상기 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 감소되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명에서, 상기 TNF 저해제는 종래 시판되는 TNF 저해제라면 그 종류를 특별히 한정하지 않으며, 구체적으로는 에타너셉트(Etanercept), 아달리무맙(Adalimumab), 인플릭시맵(Infliximab) 및 골리무맵(Golimumab) 등을 예시할 수 있다.
또 하나의 양태로서, 본 발명은 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자에 대한 mRNA 또는 이의 단백질 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 조성물을 제공한다.
본 발명의 구체예에서, 상기 제제는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브; 또는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 펩타이드, 펩타이드 미메틱스, 앱타머 또는 화합물일 수 있다.
본 발명에서 사용되는 용어 "프라이머"란, 짧은 자유 3말단 수산화기(free 3' hydroxylgroup)를 가지는 핵산서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다.
본 발명에서 사용되는 용어 "프로브"란, 유전자 또는 mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하는데, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있고, 보다 용이하게 검출하기 위하여 라벨링될 수 있다.
본 발명의 프라이머 또는 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체 (예: 메틸 포스포네이트, 포스소트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체 (예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 키트에 관한 것이다.
본 발명의 키트는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측 마커인, 상기 총 3개의 유전자(IFI27, IFIT1 및 RSAD2)의 mRNA 또는 이의 단백질 발현 수준 수준을 측정(확인)함으로써 피험체를 대상으로 하여 TNF 저해제 약물 반응성을 예측하는데 사용될 수 있다. 본 발명의 키트에는 상기 총 3개의 유전자(IFI27, IFIT1 및 RSAD2)의 mRNA 또는 이의 단백질 발현을 확인하기 위한 폴리뉴클레오티드, 프라이머, 프로브 또는 항체뿐만 아니라 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수 있다.
구체적인 일례로서, 본 발명의 총 3개의 유전자(IFI27, IFIT1 및 RSAD2) 또는 이의 단백질 발현 수준을 측정하기 위한 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. RT-PCR 키트는, 상기 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한, 정량 대조구로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.
다른 일례로서, 본 발명의 키트는 유전자 칩 분석법을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. 유전자 칩 분석용 키트는, 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한, 기판은 정량 대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.
본 발명의 키트는 총 3개의 유전자(IFI27, IFIT1 및 RSAD2) 이외에 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A, MX1, HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자에 대한 mRNA 또는 이의 단백질 발현 수준을 측정하는 제제를 추가로 포함할 수 있다.
또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 마이크로어레이에 관한 것이다.
상기 마이크로어레이는 본 발명의 폴리뉴클레오티드, 프라이머 또는 프로브를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어질 수 있다.
마이크로어레이 상에서의 핵산의 혼성화 및 혼성화 결과의 검출은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 검출은 예를 들면, 핵산 시료를 형광 물질, 예를 들면, Cy3 및 Cy5와 같은 물질을 포함하는 검출 가능한 신호를 발생시킬 수 있는 표지 물질로 표지한 다음, 마이크로어레이 상에 혼성화하고 상기 표지 물질로부터 발생하는 신호를 검출함으로써 혼성화 결과를 검출할 수 있다.
또 하나의 양태로서, 본 발명은 a) 피검자로부터 분리된 시료에서 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자의 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 및 b) 상기 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 하우스키핑(housekeeping) 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법을 제공한다.
본 발명에서, 상기 시료는 혈액, 혈청 또는 혈장과 같은 액체 시료일 수 있다.
본 발명의 바이오마커는 혈액 바이오마커에 해당하는바, 향후 본 발명의 바이오마커를 임상에 적용하는 경우 혈액 등의 체액 검사만으로 한국인의 류마티스 관절염 환자에 있어서 TNF 저해제 약물 반응성을 예측할 수 있다.
액체 생체검사(Liquid Biopsy)는 혈액 등의 체액 검사만으로 혈액 내에 존재하는 표지자를 분석함으로써 판별하고자 하는 사항을 쉽고 빠르게 확인 가능한 비침습적인(Non-Invasive) 검사 방법에 해당하는바, 기존의 조직 샘플 채취와 같은 침습적인 진단 및 검사방법의 대안으로 주목되고 있다.
따라서, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성을 예측하기 위하여 본 발명의 바이오마커를 사용하는 경우 비침습적인 방법으로 측정이 가능함에 따라 환자에게 위험성이 최소화시킬 수 있다. 또한, 의사들은 환자로부터 비교적 간편하게 체액을 추출하고 TNF 저해제 약물 반응성 여부를 신속하게 확인 가능한바, 본 발명의 바이오마커는 임상 지표로 적용하기에 유용한 이점을 갖는다.
구체적으로, 본 발명의 일 실시예에서는 상기 a) 단계에서 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준을 측정한 후, 상기 b) 단계에서 IFI27, IFIT1 및 RSAD2 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 하우스키핑(housekeeping) 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준과 비교하여, 상기 3종의 유전자 또는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
이때, 상기 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계는 역전사효소 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사효소 중합효소반응(competitive RT-PCR), 실시간 역전사효소 중합효소반응(real time quantitative RTPCR), RNase 보호 분석법(RNase protection method), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 유전자 칩에 의하여 측정할 수 있으나, 특별히 그 종류를 한정하는 것은 아니다.
본 발명의 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법은 상기 3종의 유전자(IFI27, IFIT1 및 RSAD2) 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준 측정과 함께, 추가적으로 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A, MX1, HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함할 수 있다.
본 발명에서, 상기 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있으며; 상기 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 감소되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측할 수 있다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 보다 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
<실시예>
1. 재료 및 방법
환자(조사 대상)
충북대학교와 아주대학교에서 류마티스 진단을 받은 환자들 중 TNF 저해제(Etanercept, Adalimumab, Infliximab, Golimumab)를 처음으로 복용하는 환자들을 대상으로 하였다(IRB승인 아주대학교병원: AJIRB-BMR-OBS-17-153, 충북대학교병원: 2017-06-011-004). 환자들은 19세 이상의 한국인으로 류마티스 관절염을 진단을 받은 후 TNF 저해제를 복용하는 사람들로 한정했으며, 암이나 임신, 수유를 하는 환자들은 제외했고, 전자 기록이 온전한 환자들만 대상으로 제한하였다.
TNF 저해제 반응성 및 비반응성 환자 분류
분석에 사용한 임상 수치는 전 세계적으로 류마티스 관절염의 진단 및 치료의 지표로 사용되는 DAS28 (Disease activity score 28)을 이용했으며, EULAR에서 보고한 반응 기준 (response criteria)를 고려하여 good response과 moderate response는 반응군 (responder group)으로, no response는 비반응군 (no-responder group)으로 분류하였다(하기 표 1 참조).
환자들의 나이, 류마티스 관절염 진단 당시 나이, 몸무게, 키, 0개월과 6개월 때의 DAS28과 DAS28을 구하는데 필요한 TJC(28 tender joint count), SJC(28 swollen joint count), ESR(erythrocyte sedimentation rate), CRP(C-reactive protein), GH(general health) 값을 기록하였다.
Figure 112020089286616-pat00001
RNA 채집 및 추출
RNA(Ribonucleic acid)는 DNA에서 복제되는 불안전한 유전자로, RNA를 보관할 수 있는 PAXgene® Blood RNA Tube (PreAnalytix GmbH, Germany)에 채집 후 -70℃에서 보관하였다. 그 후 PAXgene RNA isolation kit를 이용하여 RNA를 추출하였으며, 추출 방법은 회사에서 제공한 프로토콜을 따라 진행하였다.
RNA 시퀀싱
추출한 total RNA를 NEXTflex™ Rapid Directional mRNA-Seq kit (BIOO)의 방법에 따라 10 - 100ng으로 RNA sequencing을 위한 라이브러리화를 진행하였다. 라이브러리화 된 RNA 정보는 STAR software를 이용하여 서열을 읽었으며, 생성된 결과는 SAMtool을 이용하여 BAM file로 변환하였다. 그 결과를 R 프로그램으로 분석을 진행하였으며, Differentially expressed genes (DEGs)와 volcano plot, gene ontology (GO)분석을 진행하였다.
qPCR 분석
혈액에서 추출한 RNA 샘플에서 High-Capacity RNA-to-cDNA™ Kit 의 방법을 토대로 cDNA를 생성하였다. 37℃에서 60분, 그 다음 95℃에서 5분간 stop reaction 을 진행한 후 4℃에서 샘플을 보관하였다. 생성된 cDNA는 1~100ng이 되도록 희석한 다음 2ul와 RNase free water 7ul와 20X TaqMan Gene Expression assay(1ul), 2x TaqMan Gene expression master mix (10ul) 를 넣어 총 20ul의 sample을 만든 뒤 rt-qPCR을 통해 용량을 측정하였다. PCR 방법은 95℃ 10분(1사이클), 95℃에서 15초간 40 사이클 후 60℃에서 1분을 진행하였다.
qPCR 분석에 사용된 프라이머
Gene Name ThermoFisher SCIENTIFIC Assay ID
IFI27 Hs00271467_m1
IFIT1 Hs00369813_m1
RSAD2 Hs03027069_s1
GAPDH Hs02758991_g1
2. 결과
비반응군 대비 반응군에서 발현이 증대되거나 감소되는 유전자 선정
충북대학교와 아주대학교에서 류마티스 진단을 받은 한국인 환자들 중 TNF 저해제를 처음으로 복용하는 환자들을 대상으로 0개월 혈액 샘플을 6개월때의 임상 결과를 기반으로 환자들의 반응군과 비반응군으로 분류 후 통계를 이용한 비교분석을 통해 두 군 간의 차이를 보이며, 약물 반응을 예측할 수 있는 유전적 인자를 도출하였다.
비반응군 (0 month_Group1_v4) 대비 반응군(0 month_Group1_v3)의 차이를 분석한 결과, 발현이 감소되어 있는 유전자는 337개, 발현이 증가되어 있는 유전자는 526개였다. 해당 유전자들에 대한 DEGs(Differentially expressed genes) 분석을 진행하여 유전자들의 발현량을 비교하였다(도 1 참조).
그 결과, 반응군에서 발현이 증가되어 있는 526개의 상위 14개의 유전자를 선별하였으며, 그 중에서도 특히 통계적인 유의성과 heatmap을 고려한 결과 IFI27, IFIT1, RSAD2 유전자가 군 간의 유의적인 차이를 보임을 확인하였다(도 2 및 표 3 참조). 또한, 반응군에서 발현이 감소되어 있는 유전자는 337개의 상위 6개의 유전자를 선별하였다(도 3 및 표 4 참조).
따라서, 반응군에서 발현이 증가되어 있는 상위 14개의 유전자(특히, IFI27, IFIT1, RSAD2 유전자) 및 발현이 감소되어 있는 상위 6개의 유전자는 TNF 저해제 약물반응을 예측하는 유전자 마커로 유용하게 사용될 수 있다.
발현이 증가되어 있는 유전자 상위 14개
Gene Log2FC p-value Adjusted p-value*
HLA-DRB3 9.22 2.67E-07 0.0005083
LILRA3 7.50 1.19E-05 0.01065085
HLA-DRB4 5.64 3.39E-07 0.00062163
IFI27 4.14 5.63E-13 2.44E-09
OTOF 3.77 0.00618386 0.75486596
AOC1 3.60 0.00056346 0.20798828
RSAD2 3.39 2.38E-07 0.00047313
IFI44L 3.27 8.87E-06 0.01065085
CFAP161 3.27 0.00330546 0.5229104
SCGB1C2 3.27 0.01520213 0.99991858
SIGLEC1 3.23 2.34E-05 0.01528586
RFPL4A 3.16 0.08586985 0.99991858
IFIT1 3.06 3.34E-08 7.22E-05
MX1 3.05 8.48E-07 0.00144289
발현이 감소되어 있는 유전자 상위 6개
Gene Log2FC
HLA-DRB1 -2.97
FXYD2 -2.45
C17orf97 -2.08
NUGGC -1.23
FN3KRP -1.12
LSM5 -1.11
유전자 IFI27, IFIT1, RSAD2 의 발현 수준 분석
RNA 시퀀싱 분석을 통해 확인한 3개의 유전자의 mRNA 발현의 차이가 있는바, qPCR을 이용하여 해당 유전자의 발현 차이를 확인하였다.
그 결과 도 4 및 표 5에서 나타낸 바와 같이, IFI27은 비반응군 대비 반응군에서 30배 증가되어 있었으며, IFIT1은 반응군의 mRNA발현이 11배가 높은 것으로 나타났다. 한편, RSAD2의 반응군의 발현은 16배 증가되어 있었다. 이러한 결과는 RNA 시퀀싱과 동일한 결과를 보여주었다. 계산방법은 2-ΔΔCT을 이용하였다.
qPCR 분석을 통해 측정된 3개 후보 유전자의 상대적인 mRNA 발현 수준
반응군 (n=5) 비반응군 (n=3) p-value
IFI27 4.60±3.32 0.17±0.14 0.035
IFIT1 2.95±1.99 0.37±0.44 0.035
RSAD2 3.57±2.63 0.31±0.40 0.035
이제까지 본 발명에 대하여 그 바람직한 실시예들을 중심으로 살펴보았다. 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자는 본 발명이 본 발명의 본질적인 특성에서 벗어나지 않는 범위에서 변형된 형태로 구현될 수 있음을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 개시된 실시예들은 한정적인 관점이 아니라 설명적인 관점에서 고려되어야 한다. 본 발명의 범위는 전술한 설명이 아니라 특허청구범위에 나타나 있으며, 그와 동등한 범위 내에 있는 모든 차이점은 본 발명에 포함된 것으로 해석되어야 할 것이다.
<110> Chungbuk National University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> Biomarkers for Prediction of Treatment Response to TNF Inhibitors in Koreans <130> NPDC-88443 <160> 20 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 729 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> IFI27 polynucleotide sequence <400> 1 ggcaggagct acccttcccg tggccccgga ccttgggtgg gctgtgggct cagggagcgg 60 aggggaggcc ttaagcatcc actctctgcc cggtgttttt gttctcatca gggagcctca 120 gatgggaagg gactcgagcc ccacctgtcc ctggactctg gaatgccacg gaattaaccc 180 gagcaggcat ggaggcctct gctctcacct catcagcagt gaccagtgtg gccaaagtgg 240 tcagggtggc ctctggctct gccgtagttt tgcccctggc caggattgct acagttgtga 300 ttggaggagt tgtggctgtg cccatggtgc tcagtgccat gggcttcact gcggcgggaa 360 tcgcctcgtc ctccatagca gccaagatga tgtccgcggc ggccattgcc aatgggggtg 420 gagttgcctc gggcagcctt gtggctactc tgcagtcact gggagcaact ggactctccg 480 gattgaccaa gttcatcctg ggctccattg ggtctgccat tgcggctgtc attgcgaggt 540 tctactagct ccctgcccct cgccctgcag agaagagaac catgccaggg 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gagcttaaaa gaagctgaaa acttaatgca ggaagaacat 660 gacaaccaag caaatgtgag gagtctggtg acctggggca actttgcctg gatgtattac 720 cacatgggca gactggcaga agcccagact tacctggaca aggtggagaa catttgcaag 780 aagctttcaa atcccttccg ctatagaatg gagtgtccag aaatagactg tgaggaagga 840 tgggccttgc tgaagtgtgg aggaaaaaat tatgaacggg ccaaggcctg ctttgaaaag 900 gtgcttgaag tggaccctga aaaccctgaa tccagcgctg ggtatgcgat ctctgcctat 960 cgcctggatg gctttaaatt agccacaaaa aatcacaagc cattttcttt gcttccccta 1020 aggcaggctg tccgcttaaa tccagacaat ggatatatta aggttctcct tgccctgaag 1080 cttcaggatg aaggacagga agctgaagga gaaaagtaca ttgaagaagc tctagccaac 1140 atgtcctcac agacctatgt ctttcgatat gcagccaagt tttaccgaag aaaaggctct 1200 gtggataaag ctcttgagtt attaaaaaag gccttgcagg aaacacccac ttctgtctta 1260 ctgcatcacc agatagggct ttgctacaag gcacaaatga tccaaatcaa ggaggctaca 1320 aaagggcagc ctagagggca gaacagagaa aagctagaca aaatgataag atcagccata 1380 tttcattttg aatctgcagt ggaaaaaaag cccacatttg aggtggctca tctagacctg 1440 gcaagaatgt atatagaagc aggcaatcac 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tgcaacctcc agtcaggctg gtgtgccttg 1680 tcgcgatatc aacgcgacct ccgcctccca ggttcaagtg attgtcctgc ctcaccctcc 1740 tgagtagctg ggattacagg tgggcgccac cactcccatc taatttttat atttttagag 1800 agatggggtt ttaccttgtt ggccaggctg gtcttgaact cctgacctct agtgatccac 1860 ctgcctcagc ctcccaaagt gccggtatta aaggcatgag ccaccaggcc tggcctaaaa 1920 ttttcttgat taattttgat ctcatttgta ttttgtaaat gacttatctg ttgaggcttt 1980 tgccattgag atgtttgtct ttttcttact aatttgtaag aattcttgat gggtttctgt 2040 tagtcatgta ttttgctaat aatttcccta gtttgtagtt tgccacttag tgctattttt 2100 gacataaatg atgtatttta atgtagttgc atgttgacct agtccattat ggtttttgta 2160 tttggtccac gtggattgga aaacctttgc tttgattata cttttctttg ggca 2214

Claims (18)

  1. 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물로서,
    상기 조성물은 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질; 및 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 유효성분으로 포함하고,
    상기 TNF 저해제는 에타너셉트(Etanercept), 아달리무맙(Adalimumab), 인플릭시맵(Infliximab) 또는 골리무맵(Golimumab)인 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물.
  2. 제1항에 있어서,
    HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물.
  3. 삭제
  4. 제1항에 있어서,
    상기 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물.
  5. 제2항에 있어서,
    상기 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물.
  6. 제1항에 있어서,
    상기 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 감소되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 바이오마커 조성물.
  7. 삭제
  8. 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 조성물로서,
    상기 조성물은 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자에 대한 mRNA 또는 이의 단백질 발현 수준을 측정하는 제제; 및 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자에 대한 mRNA 또는 이의 단백질 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하고,
    상기 TNF 저해제는 에타너셉트(Etanercept), 아달리무맙(Adalimumab), 인플릭시맵(Infliximab) 또는 골리무맵(Golimumab)인 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 조성물.
  9. 제8항에 있어서,
    상기 제제는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브; 또는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 펩타이드, 펩타이드 미메틱스, 앱타머 또는 화합물인 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 조성물.
  10. 제8항 또는 제9항의 조성물을 포함하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측용 키트.
  11. 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법으로서,
    상기 방법은 a) 피검자로부터 분리된 시료에서 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준; 및 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    b) 상기 유전자 또는 단백질의 발현 수준을 하우스키핑 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하고,
    상기 TNF 저해제는 에타너셉트(Etanercept), 아달리무맙(Adalimumab), 인플릭시맵(Infliximab) 또는 골리무맵(Golimumab)인 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법.
  12. 제11항에 있어서,
    상기 시료는 혈액, 혈청 또는 혈장인 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법.
  13. 제11항에 있어서,
    상기 a) 단계에서 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법.
  14. 삭제
  15. 제11항에 있어서,
    상기 IFI27, IFIT1 및 RSAD2로 이루어진 3종의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법.
  16. 제13항에 있어서,
    상기 HLA-DRB3, LILRA3, HLA-DRB4, OTOF, AOC1, IFI44L, CFAP161, SCGB1C2, SIGLEC1, RFPL4A 및 MX1로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 증대되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법.
  17. 제11항에 있어서,
    상기 HLA-DRB1, FXYD2, C17orf97, NUGGC, FN3KRP 및 LSM5로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현이 감소되는 경우 TNF 저해제에 대한 약물 반응성이 있는 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는, 한국인의 TNF 저해제 약물 반응성 예측을 위한 정보제공방법.
  18. 삭제
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