JP2022520417A - I型インターフェロン媒介性障害 - Google Patents
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Abstract
Description
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、
第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
i)対象の試料中における第1のタンパク質のレベルの増加及び対象の試料中における第2のタンパク質のレベルの増加を検出することであって、
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、
第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである、検出すること;並びに
ii)治療剤を投与することを含む。
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、
第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、
第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、少なくとも1つの他のタンパク質のレベル、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;並びに
ii)対象の更なる試料(例えば、初期試料に対して適時に続けて採取される)における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の更なる試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定することであって;
対象の初期試料に対する、更なる試料における第1のタンパク質の発現レベルの増加及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの増加が疾患進行を予測するか;又は
対象の初期試料に対する、更なる試料における第1のタンパク質の発現レベルの低下及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの低下が疾患後退を予測する、同定することを含み;
第1のタンパク質は、EPHB2であり;
少なくとも1つの他のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す。
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
ii)対象の更なる試料(例えば、初期試料に対して適時に続けて採取される)における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の更なる試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
iii)I型インターフェロン活性を調節する治療剤を対象に投与することであって、治療剤がステップi)の前に、又はステップi)とステップii)との間に投与される、投与すること;並びに
iv)対象の初期試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを、対象の更なる試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルとそれぞれ比較することであって;
第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの差異が、I型インターフェロン活性を調節する治療剤の有効性のレベルを示す、比較することを含み;
第1のタンパク質は、EPHB2であり;
少なくとも1つの他のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す。
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
ii)候補治療剤を対象に投与すること;
iii)対象の更なる試料(例えば、初期試料に対して適時に続けて採取される)における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の更なる試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;並びに
iv)対象の初期試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを、対象の更なる試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルとそれぞれ比較することであって;
第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルのアップレギュレーションの低減をそれぞれ含む、第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの差異が、薬剤が候補治療剤であることを示す、比較することを含み;
第1のタンパク質は、EPHB2であり;
少なくとも1つの他のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す。
第1のタンパク質、及び
第2のタンパク質又は少なくとも1つの他のタンパク質
のうちの少なくとも1つのレベルは、少なくとも10%増加する。
第1のタンパク質のレベル、並びに
第2のタンパク質のレベル及び/又は少なくとも1つの他のタンパク質のレベル
の平均値は、少なくとも10%増加する。
DM=皮膚筋炎
HD=健常ドナー
IBM=封入体筋炎
IFN=インターフェロン
IFNGS=インターフェロン遺伝子シグネチャー
IFNPS=インターフェロンタンパク質シグネチャー
LLOQ=定量下限
PM=多発性筋炎
QC=品質管理
RBM=ルール・ベースド・メディスン(rules based medicine)
RFU=相対蛍光単位
SLE=全身性エリテマトーデス
SLEDAI=SLE全般疾患活動性指数
SOMAmer=遅いオフレートの修飾アプタマー
SSc=全身性硬化症
WBC=白血球
本発明のI型IFNタンパク質シグネチャー(IFNPS)は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す、タンパク質を含む。I型IFNGSは、Yao et al(2009)によって同定されたIFNα/β21-遺伝子シグネチャー(IFNGS)を含み得る。ピアソン相関において使用される循環タンパク質は、実施例1に記載されているように、Somalogic測定によって同定され得る。
本発明は、I型IFN活性(例えば、タンパク質のレベル)を検出又は同定する方法を提供する。本発明のこれらの方法は、SOMAmer(遅いオフレートの修飾アプタマー)を使用して、試料中の目的循環タンパク質(即ち、I型IFNPSに含まれるタンパク質)のレベルを測定することができる。SOMAmerは、アミノ酸側鎖を模倣する官能基で修飾された、個々の分子標的に結合する能力に関してライブラリーからインビトロで選択された短い一本鎖デオキシオリゴヌクレオチドである。これらの修飾体は、主にSOMAmer試薬自体内に形成された新たな二次及び三次構造の結果として、より広い範囲の標的分子上のより多くのエピトープと相互作用することができる。更に、SOMAmerは、それらの標的との解離速度が低い(オフレートが遅い)。SOMAmerは、より多様なタンパク質に対してより高い親和性及び特異性を有し得、ヌクレアーゼ分解を比較的受けにくい。
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル、若しくは第2のタンパク質若しくは少なくとも1つの他のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対して0.5超であるSLE対健常ドナー(HD)の曲線下面積(AUC)を有する。
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル、若しくは第2のタンパク質若しくは少なくとも1つの他のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対する健常ドナー平均値から少なくとも1標準偏差である。
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対して測定される。
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれの平均値、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対して少なくともY%増加する。
本発明は、I型インターフェロン活性を調節する(例えば、それに結合する)治療剤によるI型インターフェロン媒介性疾患又は障害の治療に適した対象を同定する方法を提供し、上記方法は、対象の試料中における第1のタンパク質のレベルの増加及び対象の試料中における第2のタンパク質のレベルの増加を検出することを含み、
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、ALCAM、アンギオポエチン-2(ANG-2)、AREG、C1q、AXL受容体チロシンキナーゼ(AXL)、B細胞活性化因子(BAFF)、B7-H1、ベータ-2-ミクログロブリン(B2M)、sCD163、CLM6、BLC、CD5L、ST4S6、SCGF-アルファ、CO8A1、マクロファージコロニー刺激因子1(M-CSF)、M-CSF R、カテプシンS、可溶性CXCL16、DLL1、DERM、EPHB2、単球走化性タンパク質4(MCP-4)、TIMD3、EMR2、細胞間接着分子1(ICAM-1)、IL-13 Ra1、インターロイキン-18(IL-18)、bFGF、IL-18 BPa、MIP-3b、MCP-1、VEGF sR3、TCCR、PHI、IGFBP-4、IL-3 Ra、LAG-3、インターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1Ra)、JAG1、KYNU、マクロファージ炎症性タンパク質3ベータ(MIP-3ベータ)、LG3BP、ILT-4、MCP-3、フラクタルカイン/CX3CL-1、インターフェロンガンマ誘導タンパク質10(IP-10)、MAPK14、単球走化性タンパク質2(MCP-2)、インターフェロン誘導性T細胞アルファ走化性因子(ITAC)、ガンマインターフェロン誘導モノカイン(MIG)、MMP-14、マトリックスメタロプロテイナーゼ-7(MMP-7)、NAGK、Notch-3、LDH-H 1、グルココルチコイド受容体、PDGF-CC、PLPP、NADPH-P450オキシドレダクターゼ、SAA、a1-アンチトリプシン、PARK7、シアロアドヘシン、シグレック-7、SLAF7、オステオポンチン、PD-L2、BGH3、TGF-b R III、TNF-a、CD30、テネイシン、腫瘍壊死因子受容体2(TNFR2)、TS、及びSCGF-ベータから選択され、第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
i)対象の試料中における第1のタンパク質のレベルの増加及び対象の試料中における第2のタンパク質のレベルの増加を検出することであって、第1のタンパク質は、EPHB2であり、第2のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである、検出すること;並びに
ii)治療剤を投与することを含む。
i)対象の試料中における第1のタンパク質のレベルの増加及び対象の試料中における第2のタンパク質のレベルの増加を検出することであって、第1のタンパク質は、EPHB2であり、第2のタンパク質は、ALCAM、アンギオポエチン-2(ANG-2)、AREG、C1q、AXL受容体チロシンキナーゼ(AXL)、B細胞活性化因子(BAFF)、B7-H1、ベータ-2-ミクログロブリン(B2M)、sCD163、CLM6、BLC、CD5L、ST4S6、SCGF-アルファ、CO8A1、マクロファージコロニー刺激因子1(M-CSF)、M-CSF R、カテプシンS、可溶性CXCL16、DLL1、DERM、EPHB2、単球走化性タンパク質4(MCP-4)、TIMD3、EMR2、細胞間接着分子1(ICAM-1)、IL-13 Ra1、インターロイキン-18(IL-18)、bFGF、IL-18 BPa、MIP-3b、MCP-1、VEGF sR3、TCCR、PHI、IGFBP-4、IL-3 Ra、LAG-3、インターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1Ra)、JAG1、KYNU、マクロファージ炎症性タンパク質3ベータ(MIP-3ベータ)、LG3BP、ILT-4、MCP-3、フラクタルカイン/CX3CL-1、インターフェロンガンマ誘導タンパク質10(IP-10)、MAPK14、単球走化性タンパク質2(MCP-2)、インターフェロン誘導性T細胞アルファ走化性因子(ITAC)、ガンマインターフェロン誘導モノカイン(MIG)、MMP-14、マトリックスメタロプロテイナーゼ-7(MMP-7)、NAGK、Notch-3、LDH-H 1、グルココルチコイド受容体、PDGF-CC、PLPP、NADPH-P450オキシドレダクターゼ、SAA、a1-アンチトリプシン、PARK7、シアロアドヘシン、シグレック-7、SLAF7、オステオポンチン、PD-L2、BGH3、TGF-b R III、TNF-a、CD30、テネイシン、腫瘍壊死因子受容体2(TNFR2)、TS、及びSCGF-ベータから選択され、第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである、検出すること;並びに
ii)治療剤を投与することを含む。
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、ALCAM、アンギオポエチン-2(ANG-2)、AREG、C1q、AXL受容体チロシンキナーゼ(AXL)、B細胞活性化因子(BAFF)、B7-H1、ベータ-2-ミクログロブリン(B2M)、sCD163、CLM6、BLC、CD5L、ST4S6、SCGF-アルファ、CO8A1、マクロファージコロニー刺激因子1(M-CSF)、M-CSF R、カテプシンS、可溶性CXCL16、DLL1、DERM、EPHB2、単球走化性タンパク質4(MCP-4)、TIMD3、EMR2、細胞間接着分子1(ICAM-1)、IL-13 Ra1、インターロイキン-18(IL-18)、bFGF、IL-18 BPa、MIP-3b、MCP-1、VEGF sR3、TCCR、PHI、IGFBP-4、IL-3 Ra、LAG-3、インターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1Ra)、JAG1、KYNU、マクロファージ炎症性タンパク質3ベータ(MIP-3ベータ)、LG3BP、ILT-4、MCP-3、フラクタルカイン/CX3CL-1、インターフェロンガンマ誘導タンパク質10(IP-10)、MAPK14、単球走化性タンパク質2(MCP-2)、インターフェロン誘導性T細胞アルファ走化性因子(ITAC)、ガンマインターフェロン誘導モノカイン(MIG)、MMP-14、マトリックスメタロプロテイナーゼ-7(MMP-7)、NAGK、Notch-3、LDH-H 1、グルココルチコイド受容体、PDGF-CC、PLPP、NADPH-P450オキシドレダクターゼ、SAA、a1-アンチトリプシン、PARK7、シアロアドヘシン、シグレック-7、SLAF7、オステオポンチン、PD-L2、BGH3、TGF-b R III、TNF-a、CD30、テネイシン、腫瘍壊死因子受容体2(TNFR2)、TS、及びSCGF-ベータから選択され、第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、
第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
第1のタンパク質は、EPHB2であり、
第2のタンパク質は、ALCAM、アンギオポエチン-2(ANG-2)、AREG、C1q、AXL受容体チロシンキナーゼ(AXL)、B細胞活性化因子(BAFF)、B7-H1、ベータ-2-ミクログロブリン(B2M)、sCD163、CLM6、BLC、CD5L、ST4S6、SCGF-アルファ、CO8A1、マクロファージコロニー刺激因子1(M-CSF)、M-CSF R、カテプシンS、可溶性CXCL16、DLL1、DERM、EPHB2、単球走化性タンパク質4(MCP-4)、TIMD3、EMR2、細胞間接着分子1(ICAM-1)、IL-13 Ra1、インターロイキン-18(IL-18)、bFGF、IL-18 BPa、MIP-3b、MCP-1、VEGF sR3、TCCR、PHI、IGFBP-4、IL-3 Ra、LAG-3、インターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1Ra)、JAG1、KYNU、マクロファージ炎症性タンパク質3ベータ(MIP-3ベータ)、LG3BP、ILT-4、MCP-3、フラクタルカイン/CX3CL-1、インターフェロンガンマ誘導タンパク質10(IP-10)、MAPK14、単球走化性タンパク質2(MCP-2)、インターフェロン誘導性T細胞アルファ走化性因子(ITAC)、ガンマインターフェロン誘導モノカイン(MIG)、MMP-14、マトリックスメタロプロテイナーゼ-7(MMP-7)、NAGK、Notch-3、LDH-H 1、グルココルチコイド受容体、PDGF-CC、PLPP、NADPH-P450オキシドレダクターゼ、SAA、a1-アンチトリプシン、PARK7、シアロアドヘシン、シグレック-7、SLAF7、オステオポンチン、PD-L2、BGH3、TGF-b R III、TNF-a、CD30、テネイシン、腫瘍壊死因子受容体2(TNFR2)、TS、及びSCGF-ベータから選択され、
第1のタンパク質のレベルの増加及び第2のタンパク質のレベルの増加は、
a)I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、第1のタンパク質のレベル及び第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである。
対象は、本発明により包含される方法によって、I型IFN媒介性疾患又は障害の進行についてモニタリングされ得る。特に、本発明は、対象におけるI型インターフェロン媒介性疾患又は障害の進行をモニタリング又は予測する方法を提供し、この方法は、
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;並びに
ii)対象の更なる試料(例えば、初期試料に対して適時に続けて採取される)における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の更なる試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定することであって;
対象の初期試料に対する、更なる試料における第1のタンパク質の発現レベルの増加及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの増加が疾患進行を予測するか;又は
対象の初期試料に対する、更なる試料における第1のタンパク質の発現レベルの低下及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの低下が疾患後退を予測する、同定することを含み;
第1のタンパク質は、EPHB2であり;
少なくとも1つの他のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す。
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;並びに
ii)対象の更なる試料(例えば、初期試料に対して適時に続けて採取される)における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の更なる試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定することであって;
対象の初期試料に対する、更なる試料における第1のタンパク質の発現レベルの増加及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの増加が疾患進行を予測するか;又は
対象の初期試料に対する、更なる試料における第1のタンパク質の発現レベルの低下及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの低下が疾患後退を予測する、同定することを含み;
第1のタンパク質は、EPHB2であり;
少なくとも1つの他のタンパク質は、ALCAM、アンギオポエチン-2(ANG-2)、AREG、C1q、AXL受容体チロシンキナーゼ(AXL)、B細胞活性化因子(BAFF)、B7-H1、ベータ-2-ミクログロブリン(B2M)、sCD163、CLM6、BLC、CD5L、ST4S6、SCGF-アルファ、CO8A1、マクロファージコロニー刺激因子1(M-CSF)、M-CSF R、カテプシンS、可溶性CXCL16、DLL1、DERM、EPHB2、単球走化性タンパク質4(MCP-4)、TIMD3、EMR2、細胞間接着分子1(ICAM-1)、IL-13 Ra1、インターロイキン-18(IL-18)、bFGF、IL-18 BPa、MIP-3b、MCP-1、VEGF sR3、TCCR、PHI、IGFBP-4、IL-3 Ra、LAG-3、インターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1Ra)、JAG1、KYNU、マクロファージ炎症性タンパク質3ベータ(MIP-3ベータ)、LG3BP、ILT-4、MCP-3、フラクタルカイン/CX3CL-1、インターフェロンガンマ誘導タンパク質10(IP-10)、MAPK14、単球走化性タンパク質2(MCP-2)、インターフェロン誘導性T細胞アルファ走化性因子(ITAC)、ガンマインターフェロン誘導モノカイン(MIG)、MMP-14、マトリックスメタロプロテイナーゼ-7(MMP-7)、NAGK、Notch-3、LDH-H 1、グルココルチコイド受容体、PDGF-CC、PLPP、NADPH-P450オキシドレダクターゼ、SAA、a1-アンチトリプシン、PARK7、シアロアドヘシン、シグレック-7、SLAF7、オステオポンチン、PD-L2、BGH3、TGF-b R III、TNF-a、CD30、テネイシン、腫瘍壊死因子受容体2(TNFR2)、TS、及びSCGF-ベータから選択される。
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
ii)対象の更なる試料(例えば、初期試料に対して適時に続けて採取される)における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の更なる試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
iii)I型インターフェロン活性を調節する治療剤を対象に投与することであって、治療剤がステップi)の前に、又はステップi)とステップii)との間に投与される、投与すること;並びに
iv)対象の初期試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを、対象の更なる試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルとそれぞれ比較することを含み;
第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの差異は、I型インターフェロン活性を調節する治療剤の有効性のレベルを示し;
第1のタンパク質は、EPHB2であり;
少なくとも1つの他のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す。
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
ii)対象の更なる試料(例えば、初期試料に対して適時に続けて採取される)における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の更なる試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
iii)I型インターフェロン活性を調節する治療剤を対象に投与することであって、治療剤がステップi)の前に、又はステップi)とステップii)との間に投与される、投与すること;並びに
iv)対象の初期試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを、対象の更なる試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルとそれぞれ比較することを含み;
第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの差異は、I型インターフェロン活性を調節する治療剤の有効性のレベルを示し;
第1のタンパク質は、EPHB2であり;
少なくとも1つの他のタンパク質は、ALCAM、アンギオポエチン-2(ANG-2)、AREG、C1q、AXL受容体チロシンキナーゼ(AXL)、B細胞活性化因子(BAFF)、B7-H1、ベータ-2-ミクログロブリン(B2M)、sCD163、CLM6、BLC、CD5L、ST4S6、SCGF-アルファ、CO8A1、マクロファージコロニー刺激因子1(M-CSF)、M-CSF R、カテプシンS、可溶性CXCL16、DLL1、DERM、EPHB2、単球走化性タンパク質4(MCP-4)、TIMD3、EMR2、細胞間接着分子1(ICAM-1)、IL-13 Ra1、インターロイキン-18(IL-18)、bFGF、IL-18 BPa、MIP-3b、MCP-1、VEGF sR3、TCCR、PHI、IGFBP-4、IL-3 Ra、LAG-3、インターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1Ra)、JAG1、KYNU、マクロファージ炎症性タンパク質3ベータ(MIP-3ベータ)、LG3BP、ILT-4、MCP-3、フラクタルカイン/CX3CL-1、インターフェロンガンマ誘導タンパク質10(IP-10)、MAPK14、単球走化性タンパク質2(MCP-2)、インターフェロン誘導性T細胞アルファ走化性因子(ITAC)、ガンマインターフェロン誘導モノカイン(MIG)、MMP-14、マトリックスメタロプロテイナーゼ-7(MMP-7)、NAGK、Notch-3、LDH-H 1、グルココルチコイド受容体、PDGF-CC、PLPP、NADPH-P450オキシドレダクターゼ、SAA、a1-アンチトリプシン、PARK7、シアロアドヘシン、シグレック-7、SLAF7、オステオポンチン、PD-L2、BGH3、TGF-b R III、TNF-a、CD30、テネイシン、腫瘍壊死因子受容体2(TNFR2)、TS、及びSCGF-ベータから選択される。
I型IFN媒介性疾患、障害、又は状態は、I型IFNPSを示すあらゆるものである。これらの疾患、障害、又は状態には、全身性エリテマトーデス(SLE)、円板状エリテマトーデス、インスリン依存性糖尿病、炎症性腸疾患(クローン病、潰瘍性大腸炎、及びセリアック病を含む)、多発性硬化症、乾癬、自己免疫性甲状腺炎、強皮症(schleroderma)、関節リウマチ、糸球体腎炎、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、封入体筋炎(IBM)、皮膚筋炎(DM)、多発性筋炎(PM)、サルコイドーシス、強皮症、並びにループス腎炎などの自己免疫成分を有するものが含まれる。他の疾患、障害、又は状態には、移植片対宿主病及び移植拒絶反応が含まれる。
治療剤は対象に投与され得るか、又は対象は、薬剤若しくは治療剤の投与の候補として同定され得る。治療剤は、I型インターフェロン活性を調節し得る。適切な治療剤には、I型IFN活性に結合し、それを調節する分子が含まれる。適切な治療剤には、I型インターフェロンの受容体に結合し、その活性を調節する分子が含まれる。治療剤は、小分子又は生物学的薬剤であり得る。実施形態では、治療剤は、小分子である。小分子は、合成され得るか、又は天然供給源から同定され単離され得る。他の実施形態では、治療剤は、生物学的薬剤である。好ましくは、生物学的薬剤は、抗体である。抗体は、抗I型インターフェロン抗体又は抗I型インターフェロン受容体抗体であり得る。
I型IFN媒介性疾患又は障害を治療するための候補治療薬は、本発明により包含される方法によって同定され得る。特に、本発明は、I型インターフェロン媒介性疾患又は障害を治療するための候補治療剤を同定する方法を提供し、この方法は、
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
ii)候補治療剤を対象に投与すること;
iii)対象の更なる試料(例えば、初期試料に対して適時に続けて採取される)における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の更なる試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;並びに
iv)対象の初期試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを、対象の更なる試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルとそれぞれ比較することを含み;
第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルのアップレギュレーションの低減をそれぞれ含む、第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの差異は、薬剤が候補治療剤であることを示し;
第1のタンパク質は、EPHB2であり;
少なくとも1つの他のタンパク質は、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す。
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
ii)候補治療剤を対象に投与すること;
iii)対象の更なる試料(例えば、初期試料に対して適時に続けて採取される)における第1のタンパク質の発現レベル及び対象の更なる試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;並びに
iv)対象の初期試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを、対象の更なる試料における第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルとそれぞれ比較することを含み;
第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルのアップレギュレーションの低減をそれぞれ含む、第1のタンパク質及び少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの差異は、薬剤が候補治療剤であることを示し;
第1のタンパク質は、EPHB2であり;
少なくとも1つの他のタンパク質は、ALCAM、アンギオポエチン-2(ANG-2)、AREG、C1q、AXL受容体チロシンキナーゼ(AXL)、B細胞活性化因子(BAFF)、B7-H1、ベータ-2-ミクログロブリン(B2M)、sCD163、CLM6、BLC、CD5L、ST4S6、SCGF-アルファ、CO8A1、マクロファージコロニー刺激因子1(M-CSF)、M-CSF R、カテプシンS、可溶性CXCL16、DLL1、DERM、EPHB2、単球走化性タンパク質4(MCP-4)、TIMD3、EMR2、細胞間接着分子1(ICAM-1)、IL-13 Ra1、インターロイキン-18(IL-18)、bFGF、IL-18 BPa、MIP-3b、MCP-1、VEGF sR3、TCCR、PHI、IGFBP-4、IL-3 Ra、LAG-3、インターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1Ra)、JAG1、KYNU、マクロファージ炎症性タンパク質3ベータ(MIP-3ベータ)、LG3BP、ILT-4、MCP-3、フラクタルカイン/CX3CL-1、インターフェロンガンマ誘導タンパク質10(IP-10)、MAPK14、単球走化性タンパク質2(MCP-2)、インターフェロン誘導性T細胞アルファ走化性因子(ITAC)、ガンマインターフェロン誘導モノカイン(MIG)、MMP-14、マトリックスメタロプロテイナーゼ-7(MMP-7)、NAGK、Notch-3、LDH-H 1、グルココルチコイド受容体、PDGF-CC、PLPP、NADPH-P450オキシドレダクターゼ、SAA、a1-アンチトリプシン、PARK7、シアロアドヘシン、シグレック-7、SLAF7、オステオポンチン、PD-L2、BGH3、TGF-b R III、TNF-a、CD30、テネイシン、腫瘍壊死因子受容体2(TNFR2)、TS、及びSCGF-ベータから選択される。
SOMAscanマルチプレックスアッセイは、SOMAmer(登録商標)(遅いオフレートの修飾DNAアプタマー)試薬と呼ばれる1.3kの個々の親和性分子からなり、それぞれがそのタンパク質標的と非常に高い親和性を有する(Rohloff JC et al.,Nucleic Acid Ligands With Protein-like Side Chains:Modified Aptamers and Their Use as Diagnositc and Therapeutic Agents.Mol Ther Nucleic Acids 2014;3:e201、Gold L et al.,Aptamer-based multiplexed proteomic technology for biomarker discovery.PLoS One.2010;5:e15004)。SOMAscanアッセイの前に、生体試料を、緩衝液、塩、界面活性剤及び競合剤を含有する試料希釈剤で希釈した。SLE試料の場合、競合剤は、SomaLogic Polyanionic Competitorと一本鎖及び二本鎖ニシン精子DNAとの混合物であった。希釈した生体試料を30分間インキュベートした後、1.3kのSOMAmer試薬の混合物を含有する96ウェルプレートの各ウェルに添加した。添加後、試料-SOMAmer試薬混合物を、親和性複合体の形成のためにインキュベートした。
データの整合性を確実なものにするために、データ標準化手順を展開した。最も単純な形態では、正規化手順によりアレイ間の変動を制御し、これを、2つのステップで実施した。1つ目は、ハイブリダイゼーションの前にアッセイ溶出液に導入され各試料アレイについて独立して測定される、ハイブリダイゼーション制御配列のセットを使用して、アッセイの読み出し段階の際に導入されるデータに対するあらゆる系統的影響を補正した。第2の正規化スキームは、所与のアレイ上の全てのSOMAmerシグナルを使用することにより、プレート全体、又は類似の群内の試料の比較を可能にした。これは、SOMAscanアッセイの過程で導入され得る変動、及び生じ得る初期試料濃度の自然変動を補正した。正規化方法により各試料に関するスケール因子を算出し、続いて、それをアレイ内の適切な特徴上のシグナルに適用した。反復対照試料からの内因性シグナルを使用したプレートのスケール及び較正を各プレート上で実行し、それらを各プレートに関する、及びプレート内の各配列に関するスケール因子を算出するために使用して、複数のアッセイの実行にわたって生じた可能性のあるプレートの変動を制御した。
血中タンパク質I型IFN活性の相関物を同定するために、一連のタンパク質測定値を、血液マイクロアレイ及びタンパク質測定においてI型IFNの生物学的現象と相関するルール・ベースド・メディスン(Rules Based Medicine)(RBM)及びSOMAscanプラットフォームから同定した。I型IFN依存性遺伝子発現のタンパク質相関物を同定するために、103個のタンパク質を同定し、これらは、I型IFN21遺伝子シグネチャーと相関し、スピアマン相関は>0.3であった。IFN依存性タンパク質保有率に関連するタンパク質を同定するために、ブラインド信号源分離アルゴリズムを使用し、主成分分析、次いでプロマックス回転により、I型IFN21遺伝子シグネチャー及び複数のIFN誘導性ケモカインタンパク質測定値と強く相関するスコアを同定した。155個のタンパク質がこのスコアと相関し、スピアマンはR>0.3であった。タンパク質の両リストを統合したものを調査したところ、合計170個のタンパク質測定値がI型IFNの生物学的現象と関連があることが判明した。
これら170個のタンパク質の有用性の例として、次いで、血中I型IFN活性の要約スコアを生成するために使用され得る小サブセットの同定に着手した。最初に、170個のタンパク質を、75個のユニークなタンパク質からの87個のタンパク質測定値のリストへとフィルタリングし、このうち、20個はルール・ベースド・メディスン(Rules Based Medicine)に由来し、67個はSOMAscanプラットフォームに由来しており、これらのプラットフォームは、Interferomeデータベース内に公開されているインターフェロン誘導性転写物を有することが知られている。次いで、ラッソ回帰を使用して、要約スコアとして使用するためのSOMAscan測定値の小サブセットを選択した。NIH-SLEコホートから2013年及び2014年に生成されたタンパク質測定値をトレーニングデータとして使用し、線形モデルに適合させた。2015年に生成されたタンパク質測定値を使用して、モデルを検証した。ラッソモデルに含めるための縮小パラメータλ、及びIFN21GSの上位のピアソン相関の数kを、5倍交差検証の10回の反復後に、I型IFN21遺伝子シグネチャーとの平均二乗誤差(MSE)を最小化する値に基づいて選択した。IFN21GSの上位4つのタンパク質相関物の線形結合は、トレーニングセットにおいてIFN21GSを最適に予測した。通常最小二乗(OLS)回帰を使用して、4つのタンパク質から構成されるモデルを再適合し、最終的な係数推定値を導出した。全てのタンパク質測定値をlog2変換し、次いで線形モデルに適合させる前に、トレーニング及び試験セット中のそれぞれのHD分布の平均値及び標準偏差に対してスケーリングした。
SLE患者のIFNGSとSLEDAIの間、及び4つのタンパク質のI型IFNシグネチャーとSLEDAIの間の相関を示す散布図を図6に示す。IFNGS及びIFNPSのAUCは、特定のSLE症状を有するSLE患者及び有さないSLE患者を識別した(図6B)。非リンパ球減少症SLE患者及びリンパ球減少症SLE患者における、IFNGSと4つのタンパク質のI型IFNシグネチャーとの関係を示す散布図を図6Cに示す。
図6Cに示すように、非リンパ球減少症SLE患者及びリンパ球減少症SLE患者における、IFNGSとSLEDAIの間、及び4つのタンパク質のI型IFNシグネチャーとSLEDAIの間の相関が得られた。
SLE患者において、IFNGSは二峰性分布を示し、患者を高IFNGS(IFNGS-高値)の患者と低レベル(IFNGS-低値)の患者の2つのサブグループに分けるために使用することができる。IFNGS-高値及びIFNGS-低値のSLE患者の両方のHDにおけるIFNPSの保有率を比較した。全てのSLE患者でIFNPSが強力に上昇していることが判明した。SLE患者のうち、68%がHD平均値から2標準偏差を超えるIFNPSを示した(AUC=0.93、p<0.001)。意外にも、IFNPSは、IFNGS低値のSLE患者においても有意に上昇し(AUC=0.86、p<0.001)、HD平均値から2標準偏差を超えるIFNPSを同様に示したIFNGS低値のSLE患者の26%のサブセットを同定した(図3)。したがって、IFNPSは、血中のI型IFN活性が高くIFN誘導性遺伝子のレベルが低い可能性のある患者のユニークなサブセットを同定するために使用することができる。
IFNPSが全体的な疾患活動性と相関するか否かを判定するため、トレーニングセットにおけるIFNPSと複合疾患活動性の関連性を特徴付けた。多器官系にわたるSLE疾患活動性の評価である、SLE疾患活動性指数(SLEDAI)とのIFNPS及びIFNGSのスピアマン相関を算出した。驚くべきことに、IFNPSはSLEDAIと0.45(p<0.001)のスピアマン相関を共有したのに対し、IFNGSはSLEDAIと0.19(p=0.029)のスピアマン相関を示したことが明らかとなり、これは、IFNPSがSLEの複合疾患の有用なバイオマーカーとして機能し得ることを示唆している(図6A)。
I型及びII型IFNは免疫応答の増幅において異なる役割を有するが、細胞中で大部分が重複する転写変化を誘導する。更に、II型IFNは、I型IFNによって直接誘導可能である。これらの理由により、ヒトの疾患をモニタリングする際に両タイプの応答を区別することは困難である。同定したIFNPSがI型IFNに関連する生物学的現象を反映しており、II型IFNに関連する生物学的現象を反映していないことを検証するために、IFNPSとIFN-γ誘導性遺伝子シグネチャーのいくつかの成分であるIRF1、CXCL9、及びSLAMF8、39、41の転写との間の相関を測定し、これにより、SLE又は筋炎のいずれかを有する患者の試料におけるIFNPSとこれらの遺伝子との間の相関はないことが判明した。対照的に、IFNPSは、I型IFN誘導性遺伝子シグネチャーの全4成分であるIFI44L、IFI27、RSAD2、及びIFI44と相関しており、IFNPSはI型IFNによって直接誘導され、II型IFNでは誘導されないことが実証された。
Claims (43)
- 対象におけるI型IFN媒介性疾患を治療する方法であって、治療有効量の抗IFNAR抗体を前記対象に投与することを含み、患者が、前記I型IFN媒介性疾患を有さない対象と比較して、血清中のEPHB2、BLC、LAG-3及びIP-10のタンパク質発現の上昇を特徴とするインターフェロンタンパク質シグネチャー(IFNPS)の上昇を有すると同定される、方法。
- 前記抗IFNAR抗体が、アニフロルマブ及びその機能的誘導体である、請求項1に記載の方法。
- 300mgのアニフロルマブを投与することを含み、任意選択で、4週間毎に300mgのアニフロルマブを静脈内投与することを含む、請求項2に記載の方法。
- 治療が、前記IFNPSを抑制する、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記I型IFN媒介性疾患が、SLEである、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記治療が、前記対象のSLE疾患活動性指数(SLEDAI)を改善する、請求項5に記載の方法。
- 前記治療が、前記対象の皮膚エリテマトーデス疾患領域及び重症度指数(Cutaneous Lupus Erthematosus Disease Area and Severity Index)(CLASI)活動性スコアを改善する、請求項5又は6に記載の方法。
- 前記IFN媒介性疾患が、筋炎である、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象が、型IFN媒介性疾患を有さない対象と比較して、IFNGSシグネチャーの上昇を有さないと同定される、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
- 治療が、前記IFNPSシグネチャーの上昇を低下させる、請求項1~9のいずれか一項に記載の方法。
- 対象におけるI型インターフェロン媒介性疾患の治療に使用するための医薬組成物であって、治療有効量の抗IFNAR抗体を含み、前記対象が、EPHB2、BLC、LAG-3及びIP-10タンパク質の発現の上昇を特徴とするIFNタンパク質シグネチャーの上昇を有すると同定される、医薬組成物。
- 前記抗IFNAR抗体が、アニフロルマブである、請求項10に記載の使用のための医薬組成物。
- 前記医薬組成物が、300mgのアニフロルマブを含む、請求項11に記載の使用の医薬組成物。
- 前記使用が、4週毎の300mgのアニフロルマブの投与を含む、請求項13に記載の使用のための医薬組成物。
- 治療が、前記IFNPSを抑制する、請求項10~13のいずれか一項に記載の使用のための医薬組成物。
- 前記I型IFN媒介性疾患が、SLEである、請求項10~14のいずれか一項に記載の方法。
- 前記治療が、前記対象のSLE疾患活動性指数(SLEDAI)を改善する、請求項15に記載の使用のための医薬組成物。
- 前記治療が、前記対象の皮膚エリテマトーデス疾患領域及び重症度指数(CLASI)活動性スコアを改善する、請求項16又は17に記載の使用の医薬組成物。
- 前記IFN媒介性疾患が、筋炎である、請求項10に記載の使用のための医薬組成物。
- 前記対象が、型IFN媒介性疾患を有さない対象と比較して、IFNGSシグネチャーの上昇を有さないと同定される、請求項10~19のいずれか一項に記載の使用のための医薬組成物。
- 対象から単離された試料中の上昇したIFN活性を検出するためのインビトロ法であって、前記試料中のEPHB2、BLC、LAG-3及びIP-10タンパク質の発現を定量化すること、並びに前記試料中の前記タンパク質の発現を、健常ドナー由来の試料中のEPHB2、BLC、LAG-3及びIP-10タンパク質の発現と比較することを含む、インビトロ法。
- I型インターフェロン活性を調節する治療剤によるI型インターフェロン媒介性疾患又は障害の治療に適した対象を同定する方法であって、前記対象の試料中における第1のタンパク質のレベルの増加及び前記対象の試料中における第2のタンパク質のレベルの増加を検出することを含み、
前記第1のタンパク質が、EPHB2であり、
前記第2のタンパク質が、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、
前記第1のタンパク質のレベルの増加及び前記第2のタンパク質のレベルの増加が、
a)前記I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、前記第1のタンパク質のレベル及び前記第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)前記対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである、方法。 - I型インターフェロン活性を調節する治療剤によるI型インターフェロン媒介性疾患又は障害の治療に適した対象を同定する方法であって、
i)前記対象の試料中における第1のタンパク質のレベルの増加及び前記対象の試料中における第2のタンパク質のレベルの増加を検出することであって、
前記第1のタンパク質が、EPHB2であり、
前記第2のタンパク質が、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、
前記第1のタンパク質のレベルの増加及び前記第2のタンパク質のレベルの増加が、
a)前記I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、前記第1のタンパク質のレベル及び前記第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)前記対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである、検出すること;並びに
ii)前記治療剤を投与することを含む、方法。 - 対象におけるI型インターフェロン媒介性疾患又は障害の治療における使用のためのI型インターフェロン活性を調節する抗I型インターフェロン抗体又は抗I型インターフェロン受容体抗体であって、前記対象が、前記対象の試料中における第1のタンパク質のレベルの増加及び前記対象の試料中における第2のタンパク質のレベルの増加を検出することによって同定されており、
前記第1のタンパク質が、EPHB2であり、
前記第2のタンパク質が、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、
前記第1のタンパク質のレベルの増加及び前記第2のタンパク質のレベルの増加が、
a)前記I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、前記第1のタンパク質のレベル及び前記第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)前記対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである、抗I型インターフェロン抗体又は抗I型インターフェロン受容体抗体。 - 対象におけるI型インターフェロン媒介性疾患又は障害を治療する方法であって、I型インターフェロン活性を調節する抗I型インターフェロン抗体又は抗I型インターフェロン受容体抗体を投与することを含み、前記対象が、前記対象の試料中における第1のタンパク質のレベルの増加及び前記対象の試料中における第2のタンパク質のレベルの増加を検出することによって同定されており、
前記第1のタンパク質が、EPHB2であり、
前記第2のタンパク質が、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し、
前記第1のタンパク質のレベルの増加及び前記第2のタンパク質のレベルの増加が、
a)前記I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、前記第1のタンパク質のレベル及び前記第2のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b)前記対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである、方法。 - 前記対象の試料中における少なくとも1つの他のタンパク質のレベルの増加を検出することを更に含み、前記少なくとも1つの他のタンパク質が、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示し;前記少なくとも1つの他のタンパク質のレベルの増加が、
a)前記I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、前記少なくとも1つの他のタンパク質のレベル、又は
b)前記対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対するものである、請求項22、23、若しくは25のいずれか一項に記載の方法、又は請求項3に記載の使用のための抗体。 - 対象におけるI型インターフェロン媒介性疾患又は障害の進行をモニタリング又は予測する方法であって、
i)前記対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び前記対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;並びに
ii)前記対象の更なる試料における前記第1のタンパク質の発現レベル及び前記対象の更なる試料における前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定することであって;
前記対象の前記初期試料に対する、前記更なる試料における前記第1のタンパク質の発現レベルの増加及び前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの増加が疾患進行を予測するか;又は
前記対象の前記初期試料に対する、前記更なる試料における前記第1のタンパク質の発現レベルの低下及び前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの低下が疾患後退を予測する、同定することを含み;
前記第1のタンパク質が、EPHB2であり;
前記少なくとも1つの他のタンパク質が、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す、方法。 - I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療を受けている対象のI型インターフェロン媒介性疾患又は障害の進行をモニタリングする方法であって、
i)前記対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び前記対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
ii)前記対象の更なる試料における前記第1のタンパク質の発現レベル及び前記対象の更なる試料における前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
iii)I型インターフェロン活性を調節する治療剤を前記対象に投与することであって、前記治療剤がステップi)の前に、又はステップi)とステップii)との間に投与される、投与すること;並びに
iv)前記対象の前記初期試料における前記第1のタンパク質及び前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを、前記対象の前記更なる試料における前記第1のタンパク質及び前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルとそれぞれ比較することであって;
前記第1のタンパク質及び前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの差異が、前記I型インターフェロン活性を調節する治療剤の有効性のレベルを示す、比較することを含み;
前記第1のタンパク質が、EPHB2であり;
前記少なくとも1つの他のタンパク質が、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す、方法。 - I型インターフェロン媒介性疾患又は障害を治療するための候補治療剤を同定する方法であって、
i)対象の初期試料における第1のタンパク質の発現レベル及び前記対象の初期試料における少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;
ii)前記候補治療剤を前記対象に投与すること;
iii)前記対象の更なる試料における前記第1のタンパク質の発現レベル及び前記対象の更なる試料における前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを同定すること;並びに
iv)前記対象の前記初期試料における前記第1のタンパク質及び前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルを、前記対象の前記更なる試料における前記第1のタンパク質及び前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルとそれぞれ比較することであって;
前記第1のタンパク質及び前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルのアップレギュレーションの低減をそれぞれ含む、前記第1のタンパク質及び前記少なくとも1つの他のタンパク質の発現レベルの差異が、前記剤が候補治療剤であることを示す、比較することを含み;
前記第1のタンパク質が、EPHB2であり;
前記少なくとも1つの他のタンパク質が、I型インターフェロンによって誘導可能な遺伝子発現を有し、且つI型インターフェロン遺伝子シグネチャーに対して0.3超のピアソン相関係数を示す、方法。 - 前記第2のタンパク質及び/又は前記少なくとも1つの他のタンパク質が、それぞれ独立してALCAM、アンギオポエチン-2、AREG、AXL受容体チロシンキナーゼ(AXL)、b2-ミクログロブリン、ベータ-2-ミクログロブリン(B2M)、C1q、単球走化性タンパク質4(MCP-4)、MIP-3b、MCP-1、MCP-3、単球走化性タンパク質2(MCP-2)、sCD163、B7-H1、CLM6、CD5L、ST4S6、SCGF-アルファ、SCGF-ベータ、CO8A1、CSF-1、M-CSF R、カテプシンS、フラクタルカイン/CX3CL-1、IP-10、I-TAC、BLC、可溶性CXCL16、ガンマインターフェロン誘導モノカイン(MIG)、DLL1、DERM、EMR2、EPHB2、bFGF、VEGF、sR3、PHI、TIMD3、細胞間接着分子1(ICAM-1)、IGFBP-4、IL-13、Ra1、インターロイキン-18(IL-18)、IL-18 BPa、インターロイキン-1受容体アンタゴニスト(IL-1ra)、TCCR、IL-3 Ra、JAG1、KYNU、LAG-3、LDH-H 1、LG3BP、ILT-4、MAPK14、MMP-14、MMP-7、NAGK、Notch-3、グルココルチコイド受容体、PARK7、PD-L2、PDGF-CC、PLPP、NADPH-P450オキシドレダクターゼ、SAA、a1-アンチトリプシン、シアロアドヘシン、シグレック-7、SLAF7、オステオポンチン、BGH3、TGF-b R III、テネイシン、TNF-a、TNFs R-II、CD30、BAFF、及びTSから選択される、請求項22、23、若しくは25~29のいずれか一項に記載の方法、又は請求項3若しくは請求項5に記載の使用のための抗体。
- (i)前記第1のタンパク質、及び(ii)前記第2のタンパク質又は前記少なくとも1つの他のタンパク質のうちの少なくとも1つのレベルが、
a.前記I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、前記第1のタンパク質のレベル、若しくは前記第2のタンパク質若しくは前記少なくとも1つの他のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b.前記対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対して0.5超であるSLE対健常ドナー(HD)の曲線下面積(AUC)を有する、請求項30に記載の方法、又は請求項30に記載の使用のための抗体。 - (i)前記第1のタンパク質、及び(ii)前記第2のタンパク質又は前記少なくとも1つの他のタンパク質のうちの少なくとも1つのレベルが、
a.前記I型インターフェロン媒介性疾患若しくは障害を有さない組織若しくはヒト由来の試料中の、前記第1のタンパク質のレベル、若しくは前記第2のタンパク質若しくは前記少なくとも1つの他のタンパク質のレベルのそれぞれ、又は
b.前記対象の試料中の1つ以上の対照タンパク質のレベル
に対する健常ドナー平均値から少なくとも1標準偏差である、請求項22、23、若しくは25~31のいずれか一項に記載の方法、又は請求項24、26、若しくは30~31のいずれか一項に記載の使用のための抗体。 - 前記第2のタンパク質及び/又は前記少なくとも1つの他のタンパク質が、それぞれ独立して、BLC、LAG-3及びIP-10から選択される、請求項30~32のいずれか一項に記載の方法、又は請求項30~32のいずれか一項に記載の使用のための抗体。
- 前記第2のタンパク質及び/又は前記少なくとも1つの他のタンパク質が、前記第1のタンパク質の生物学的経路から独立した生物学的経路の一部を形成する、請求項22、23、若しくは25~33のいずれか一項に記載の方法、又は請求項24、26若しくは30~33のいずれか一項に記載の使用のための抗体。
- 前記第1のタンパク質、及び
前記第2のタンパク質又は前記少なくとも1つの他のタンパク質
のうちの少なくとも1つのレベルが少なくとも10%増加する、請求項22、23、25~28、若しくは30~34のいずれか一項に記載の方法、又は請求項24、26、若しくは30~34のいずれか一項に記載の使用のための抗体。 - 前記第1のタンパク質のレベル、並びに
前記第2のタンパク質のレベル及び/又は前記少なくとも1つの他のタンパク質のレベル
の平均値が少なくとも10%増加する、請求項22、23、25~28、若しくは30~34のいずれか一項に記載の方法、又は請求項24、26、若しくは30~34のいずれか一項に記載の使用のための抗体。 - 前記治療剤が、抗I型インターフェロン抗体又は抗I型インターフェロン受容体抗体である、請求項22、23、25、又は28~36のいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗I型インターフェロン受容体抗体が、アニフロルマブである、請求項37に記載の方法。
- 前記抗I型インターフェロン抗体が、シファルミマブ(sifalumimab)である、請求項37に記載の方法、又は請求項24~5、若しくは9~15のいずれか一項に記載の使用のための抗体。
- 前記対象が、全身性エリテマトーデス、円板状ループス、ループス腎炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、乾癬、SSc、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、及び特発性炎症性筋炎から選択されるI型インターフェロン媒介性疾患又は障害の治療を必要とする、請求項22、23、若しくは25~39に記載の方法、又は請求項24、26、30~37、若しくは39のいずれか一項に記載の使用のための抗体。
- 前記対象が、全身性エリテマトーデスの治療を必要とする、請求項40に記載の方法、又は請求項40に記載の使用のための抗体。
- 請求項22、23、若しくは25~41に記載の方法の出力を、可読媒体に記録する方法。
- 患者におけるI型IFN媒介性疾患を治療する方法であって、前記患者を選択すること、前記患者を治療することを含む、方法。
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