RU2013135397A - Способы определения зиготности в объемной пробе - Google Patents
Способы определения зиготности в объемной пробе Download PDFInfo
- Publication number
- RU2013135397A RU2013135397A RU2013135397/10A RU2013135397A RU2013135397A RU 2013135397 A RU2013135397 A RU 2013135397A RU 2013135397/10 A RU2013135397/10 A RU 2013135397/10A RU 2013135397 A RU2013135397 A RU 2013135397A RU 2013135397 A RU2013135397 A RU 2013135397A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleic acid
- nucleotide sequence
- inserted nucleotide
- replication
- absence
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ определения наличия или отсутствия вставленной нуклеотидной последовательности в определенном сайте вставки в нуклеиновой кислоте, причем способ содержит:выделение нуклеиновой кислоты из образца;приведение нуклеиновой кислоты в контакт с:прямым праймером, способным связываться с нуклеиновой кислотой выше сайта вставки; иобратным праймером, способным связываться с нуклеиновой кислотой ниже сайта вставки;применение праймеров для репликации нуклеиновых кислот между праймерами; ианализ реплицированных нуклеиновых кислот для определения, присутствует ли в образце вставленная нуклеотидная последовательность.2. Способ по п. 1, дополнительно содержащий приведение нуклеиновой кислоты в контакт во время или после репликации с зондом, специфичным для фрагмента, амплифицированного при наличии вставленной нуклеотидной последовательности.3. Способ по п. 1, дополнительно содержащий приведение нуклеиновой кислоты в контакт во время или после репликации с зондом, специфичным для фрагмента, амплифицированного в отсутствие вставленной нуклеотидной последовательности.4. Способ по п. 2, дополнительно содержащий приведение нуклеиновой кислоты в контакт во время или после репликации с зондом, специфичным для фрагмента, амплифицированного в отсутствие вставленной нуклеотидной последовательности.5. Способ по п. 1, в котором образец содержит больше чем один повтор определенного сайта вставки.6. Способ по п. 1, в котором образец содержит нуклеиновую кислоту из большого числа организмов.7. Способ по п. 5, в котором вставленная нуклеотидная последовательность присутствует меньше чем в 1% конкретных сайтов вставки в н�
Claims (20)
1. Способ определения наличия или отсутствия вставленной нуклеотидной последовательности в определенном сайте вставки в нуклеиновой кислоте, причем способ содержит:
выделение нуклеиновой кислоты из образца;
приведение нуклеиновой кислоты в контакт с:
прямым праймером, способным связываться с нуклеиновой кислотой выше сайта вставки; и
обратным праймером, способным связываться с нуклеиновой кислотой ниже сайта вставки;
применение праймеров для репликации нуклеиновых кислот между праймерами; и
анализ реплицированных нуклеиновых кислот для определения, присутствует ли в образце вставленная нуклеотидная последовательность.
2. Способ по п. 1, дополнительно содержащий приведение нуклеиновой кислоты в контакт во время или после репликации с зондом, специфичным для фрагмента, амплифицированного при наличии вставленной нуклеотидной последовательности.
3. Способ по п. 1, дополнительно содержащий приведение нуклеиновой кислоты в контакт во время или после репликации с зондом, специфичным для фрагмента, амплифицированного в отсутствие вставленной нуклеотидной последовательности.
4. Способ по п. 2, дополнительно содержащий приведение нуклеиновой кислоты в контакт во время или после репликации с зондом, специфичным для фрагмента, амплифицированного в отсутствие вставленной нуклеотидной последовательности.
5. Способ по п. 1, в котором образец содержит больше чем один повтор определенного сайта вставки.
6. Способ по п. 1, в котором образец содержит нуклеиновую кислоту из большого числа организмов.
7. Способ по п. 5, в котором вставленная нуклеотидная последовательность присутствует меньше чем в 1% конкретных сайтов вставки в нуклеиновой кислоте.
8. Способ по п. 5, в котором вставленная нуклеотидная последовательность присутствует больше чем в 99% конкретных сайтов вставки в нуклеиновой кислоте.
9. Способ определения наличия или отсутствия вставленной нуклеотидной последовательности в определенном сайте вставки, причем способ содержит:
выделение нуклеиновой кислоты из образца;
приведение нуклеиновой кислоты в контакт с прямым праймером, способным связываться с нуклеиновой кислотой выше сайта вставки; и обратным праймером, способным связываться с нуклеиновой кислотой ниже сайта вставки;
применение праймеров для репликации нуклеиновых кислот между праймерами в первой порции и второй порции нуклеиновой кислоты; и
анализ результатов репликации для определения наличия или отсутствия в образце вставленной нуклеотидной последовательности.
10. Способ по п. 9, дополнительно содержащий приведение нуклеиновой кислоты в контакт во время или после репликации с зондом, специфичным для фрагмента, амплифицированного при
наличии вставленной нуклеотидной последовательности.
11. Способ по п. 9, дополнительно содержащий приведение нуклеиновой кислоты в контакт во время или после репликации с зондом, специфичным для фрагмента, амплифицированного в отсутствие вставленной нуклеотидной последовательности.
12. Способ по п. 10, дополнительно содержащий приведение нуклеиновой кислоты в контакт во время или после репликации с зондом, специфичным для фрагмента, амплифицированного в отсутствие вставленной нуклеотидной последовательности.
13. Способ по п. 9, в котором образец содержит больше чем один повтор определенного сайта вставки.
14. Способ по п. 9, в котором образец содержит нуклеиновую кислоту из большого числа различных организмов.
15. Способ по п. 13, в котором вставленная нуклеотидная последовательность присутствует меньше чем в 1% конкретных сайтов вставки в нуклеиновой кислоте.
16. Способ по п. 13, в котором вставленная нуклеотидная последовательность присутствует больше чем в 99% конкретных сайтов вставки в нуклеиновой кислоте.
17. Способ по п. 13, в котором способ используют для определения зиготности, используя объемную пробу ткани.
18. Способ по п. 13, в котором способ используют для определения примеси любых непредусмотренных трансгенов.
19. Способ по п. 13, в котором способ используют как индикатор наличия/отсутствия в объемной пробе дополнительного трансформанта.
20. Способ по п. 13, в котором способ используют для определения примеси каких-либо нетрансгенных линий.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201061428142P | 2010-12-29 | 2010-12-29 | |
| US61/428,142 | 2010-12-29 | ||
| PCT/US2011/067503 WO2012092327A2 (en) | 2010-12-29 | 2011-12-28 | Methods to determine zygosity in a bulked sample |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2016144372A Division RU2016144372A (ru) | 2010-12-29 | 2011-12-28 | Способы определения зиготности в объемной пробе |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2013135397A true RU2013135397A (ru) | 2015-02-10 |
| RU2605324C2 RU2605324C2 (ru) | 2016-12-20 |
Family
ID=46383837
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2013135397/10A RU2605324C2 (ru) | 2010-12-29 | 2011-12-28 | Способы определения зиготности в объемной пробе |
| RU2016144372A RU2016144372A (ru) | 2010-12-29 | 2011-12-28 | Способы определения зиготности в объемной пробе |
Family Applications After (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2016144372A RU2016144372A (ru) | 2010-12-29 | 2011-12-28 | Способы определения зиготности в объемной пробе |
Country Status (16)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20140017684A1 (ru) |
| EP (1) | EP2659006A4 (ru) |
| CN (1) | CN103403185A (ru) |
| AR (1) | AR084630A1 (ru) |
| AU (2) | AU2011352159A1 (ru) |
| BR (1) | BRPI1105703A2 (ru) |
| CA (1) | CA2822967A1 (ru) |
| CL (1) | CL2013001893A1 (ru) |
| CO (1) | CO6731137A2 (ru) |
| MX (1) | MX2013007573A (ru) |
| NZ (1) | NZ611916A (ru) |
| RU (2) | RU2605324C2 (ru) |
| UA (1) | UA112977C2 (ru) |
| UY (1) | UY33843A (ru) |
| WO (1) | WO2012092327A2 (ru) |
| ZA (1) | ZA201304475B (ru) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2018100466A1 (en) * | 2016-11-30 | 2018-06-07 | Semiconductor Energy Laboratory Co., Ltd. | Display device, display module, and electronic device |
| WO2020197558A1 (en) * | 2019-03-28 | 2020-10-01 | Bioceres Llc | Soybean transgenic event ind-øø41ø-5 |
Family Cites Families (16)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5428147A (en) * | 1983-04-15 | 1995-06-27 | Mycogen Plant Science, Inc. | Octopine T-DNA promoters |
| US6346655B1 (en) * | 1999-03-31 | 2002-02-12 | Syngenta Participations Ag | Trichothecne-Resistant transgenic plants |
| FR2796963B1 (fr) * | 1999-07-28 | 2001-09-28 | Rhobio | Procede d'obtention de lignees isotransgeniques |
| EP1620571B1 (en) * | 2003-05-02 | 2015-07-01 | Dow AgroSciences LLC | Corn event tc1507 and methods for detection thereof |
| WO2005059103A2 (en) * | 2003-12-15 | 2005-06-30 | Monsanto Technology Llc | Corn plant mon88017 and compositions and methods for detection thereof |
| AU2005292090B2 (en) * | 2004-09-29 | 2011-02-03 | Corteva Agriscience Llc | Corn event DAS-59122-7 and methods for detection thereof |
| AP2693A (en) * | 2005-05-27 | 2013-07-16 | Monsanto Technology Llc | Soybean event MON89788 and methods for detection thereof |
| WO2007015945A2 (en) * | 2005-07-29 | 2007-02-08 | Monsanto Technology Llc | Development of novel germplasm using segregates from transgenic crosses |
| EP1922409B1 (en) * | 2005-08-08 | 2017-11-08 | Bayer CropScience NV | Herbicide tolerant cotton plants and methods for identifying same |
| JP2009529875A (ja) * | 2006-03-17 | 2009-08-27 | メルク エンド カムパニー インコーポレーテッド | プラスミド高生産性大腸菌クローンの遺伝子選択方法。 |
| CN1873010B (zh) * | 2006-04-14 | 2010-04-07 | 中国科学院武汉植物园 | 利用花生Ara h3启动子转基因载体的制备方法及应用 |
| US7928295B2 (en) * | 2006-08-24 | 2011-04-19 | Bayer Bioscience N.V. | Herbicide tolerant rice plants and methods for identifying same |
| CN103773863A (zh) * | 2007-04-05 | 2014-05-07 | 拜尔作物科学公司 | 抗虫棉花植物及其鉴定方法 |
| US8999634B2 (en) * | 2007-04-27 | 2015-04-07 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Nucleic acid detection combining amplification with fragmentation |
| EP2615173B1 (en) * | 2007-06-11 | 2020-09-16 | Basf Agricultural Solutions Seed Us Llc | Insect resistant cotton plants and methods for identifying same |
| US8097412B2 (en) * | 2008-07-12 | 2012-01-17 | Biodiagnostics, Inc. | DNA-based test for detection of annual and intermediate ryegrass |
-
2011
- 2011-12-28 UY UY0001033843A patent/UY33843A/es not_active Application Discontinuation
- 2011-12-28 WO PCT/US2011/067503 patent/WO2012092327A2/en active Application Filing
- 2011-12-28 RU RU2013135397/10A patent/RU2605324C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2011-12-28 AU AU2011352159A patent/AU2011352159A1/en not_active Abandoned
- 2011-12-28 CA CA2822967A patent/CA2822967A1/en not_active Abandoned
- 2011-12-28 EP EP11854026.9A patent/EP2659006A4/en not_active Ceased
- 2011-12-28 UA UAA201309391A patent/UA112977C2/uk unknown
- 2011-12-28 US US13/977,432 patent/US20140017684A1/en not_active Abandoned
- 2011-12-28 MX MX2013007573A patent/MX2013007573A/es unknown
- 2011-12-28 NZ NZ611916A patent/NZ611916A/en not_active IP Right Cessation
- 2011-12-28 CN CN2011800687297A patent/CN103403185A/zh active Pending
- 2011-12-28 RU RU2016144372A patent/RU2016144372A/ru not_active Application Discontinuation
- 2011-12-28 AR ARP110104981A patent/AR084630A1/es unknown
- 2011-12-29 BR BRPI1105703-3A patent/BRPI1105703A2/pt not_active Application Discontinuation
-
2013
- 2013-06-18 ZA ZA2013/04475A patent/ZA201304475B/en unknown
- 2013-06-26 CL CL2013001893A patent/CL2013001893A1/es unknown
- 2013-07-29 CO CO13179010A patent/CO6731137A2/es unknown
-
2016
- 2016-11-21 AU AU2016262648A patent/AU2016262648A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| RU2605324C2 (ru) | 2016-12-20 |
| WO2012092327A2 (en) | 2012-07-05 |
| WO2012092327A3 (en) | 2013-01-10 |
| AU2011352159A1 (en) | 2013-07-04 |
| AU2016262648A1 (en) | 2016-12-08 |
| NZ611916A (en) | 2015-12-24 |
| CN103403185A (zh) | 2013-11-20 |
| BRPI1105703A2 (pt) | 2015-08-04 |
| CL2013001893A1 (es) | 2013-12-06 |
| US20140017684A1 (en) | 2014-01-16 |
| UY33843A (es) | 2012-07-31 |
| AR084630A1 (es) | 2013-05-29 |
| CA2822967A1 (en) | 2012-07-05 |
| CO6731137A2 (es) | 2013-08-15 |
| ZA201304475B (en) | 2014-09-25 |
| EP2659006A4 (en) | 2014-10-29 |
| UA112977C2 (uk) | 2016-11-25 |
| MX2013007573A (es) | 2013-07-22 |
| EP2659006A2 (en) | 2013-11-06 |
| RU2016144372A (ru) | 2018-12-18 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| SG11202000336RA (en) | Application of cas protein, method for detecting target nucleic acid molecule and kit | |
| IS8314A (is) | Ákvörðun fjölkirnisraðar | |
| EP2370599A1 (en) | Method for determining copy number variations | |
| WO2012004790A3 (en) | Nucleic acid aptamer-based detection methods characterized by signal enhancement | |
| WO2009155443A3 (en) | Method and apparatus for sequencing data samples | |
| CN103409558B (zh) | 用于同时检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒以及猪轮状病毒的多重pcr引物组 | |
| MX2007009547A (es) | Metodo de deteccion de fiebre porcina clasica. | |
| RU2017102991A (ru) | Композиции и способы обнаружения и анализа микробактерии туберкулеза (mycobacterium tuderculosis) | |
| WO2009034842A1 (ja) | 核酸検出方法、および核酸検出キット | |
| ATE545033T1 (de) | Diagnostische verfahren für hiv-infektion | |
| MX2022000628A (es) | Deteccion de secuencias genomicas utilizando combinaciones de sondas, moleculas de sonda y arrays que comprenden las sondas para la deteccion especifica de organismos. | |
| RU2013135397A (ru) | Способы определения зиготности в объемной пробе | |
| EP4296373A3 (en) | Normalization controls for managing low sample inputs in next generation sequencing | |
| NZ613671A (en) | Improved methods for determining cell viability using molecular nucleic acid-based techniques | |
| DE602006014505D1 (de) | Verfahren zum nachweis lebensfähiger zellen in ein | |
| WO2012135620A8 (en) | Molecular gram stain | |
| WO2007036258A3 (de) | Verfahren zur quantitativen bestimmung der kopienzahl einer vorbestimmten sequenz in einer zelle | |
| WO2007107370A8 (en) | Cytokine-based pyrogen test | |
| IN2014DN07968A (ru) | ||
| CN101538618B (zh) | 人类偏肺病毒的荧光定量检测试剂盒 | |
| KR101575811B1 (ko) | 정량 리얼타임 PCR〔qRT-PCR〕방법을 이용한 생물의약품에서 숙주세포 DNA의 검출 및 정량방법 | |
| AR080913A1 (es) | Cebadores, sondas, metodos y conjuntos de elementos para la deteccion de variantes de eml4- alk | |
| EA201401195A1 (ru) | Набор реагентов для выявления днк chlamydia trachomatis и его применение | |
| WO2012033808A3 (en) | Methods for determining the presence or zygosity of aad-12 soybean event 1606 | |
| Meena et al. | Isolation of plant RNA for early detection of RNA Viruses |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20181229 |