RU2012105647A - Способ удаления загрязняющей нуклеиновой кислоты из реакций обратной транскрипции и амплификации - Google Patents

Способ удаления загрязняющей нуклеиновой кислоты из реакций обратной транскрипции и амплификации Download PDF

Info

Publication number
RU2012105647A
RU2012105647A RU2012105647/10A RU2012105647A RU2012105647A RU 2012105647 A RU2012105647 A RU 2012105647A RU 2012105647/10 A RU2012105647/10 A RU 2012105647/10A RU 2012105647 A RU2012105647 A RU 2012105647A RU 2012105647 A RU2012105647 A RU 2012105647A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
dnase
reverse transcription
reaction
nucleic acid
hot start
Prior art date
Application number
RU2012105647/10A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2550277C2 (ru
Inventor
Мортен ЭЛЬДЕ
Олав ЛАНЕС
Даг Руне ГЬЕЛЛЕСВИК
Original Assignee
Биотек Фармакон АСА
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Биотек Фармакон АСА filed Critical Биотек Фармакон АСА
Publication of RU2012105647A publication Critical patent/RU2012105647A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2550277C2 publication Critical patent/RU2550277C2/ru

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6848Nucleic acid amplification reactions characterised by the means for preventing contamination or increasing the specificity or sensitivity of an amplification reaction
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14Hydrolases (3)
    • C12N9/16Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22Ribonucleases RNAses, DNAses

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

1. Способ удаления загрязняющей нуклеиновой кислоты из реакции обратной транскрипции, при котором используют ДНКазу, которая, по существу, необратимо инактивируется путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин, и которая, по существу, специфична в отношении двухцепочечной ДНК.2. Способ удаления загрязняющей нуклеиновой кислоты из полимеразной цепной реакции (ПЦР) с горячим стартом, где указанная реакция представляет собой барьерную комбинацию ПЦР с горячим стартом и/или включает ДНК-полимеразу с горячим стартом, при котором используют ДНКазу, которая, по существу, необратимо инактивируется путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин, и которая, по существу, специфична в отношении двухцепочечной ДНК.3. Способ по любому из пп.1 и 2, где реакционную смесь для обратной транскрипции, комбинацию для ПЦР с горячим стартом, смесь для ПЦР с горячим стартом или любой из их индивидуальных компонентов приводят в контакт с ДНКазой в условиях, которые дают возможность для расщепления любой загрязняющей двухцепочечной ДНК, и затем реакционную смесь нагревают для инактивации ДНКазы.4. Способ обратной транскрипции in vitro нуклеиновой кислоты-мишени, при котором осуществляют стадию обработки реакционной смеси для обратной транскрипции ДНКазой, которая, по существу, необратимо инактивируется путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин и которая, по существу, специфична в отношении двухцепочечной ДНК, перед началом реакции обратной транскрипции.5. Способ по п.3, где реакционная смесь для обратной транскрипции представляет собой полную смесь, и ее нагревают при рабочей температур�

Claims (27)

1. Способ удаления загрязняющей нуклеиновой кислоты из реакции обратной транскрипции, при котором используют ДНКазу, которая, по существу, необратимо инактивируется путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин, и которая, по существу, специфична в отношении двухцепочечной ДНК.
2. Способ удаления загрязняющей нуклеиновой кислоты из полимеразной цепной реакции (ПЦР) с горячим стартом, где указанная реакция представляет собой барьерную комбинацию ПЦР с горячим стартом и/или включает ДНК-полимеразу с горячим стартом, при котором используют ДНКазу, которая, по существу, необратимо инактивируется путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин, и которая, по существу, специфична в отношении двухцепочечной ДНК.
3. Способ по любому из пп.1 и 2, где реакционную смесь для обратной транскрипции, комбинацию для ПЦР с горячим стартом, смесь для ПЦР с горячим стартом или любой из их индивидуальных компонентов приводят в контакт с ДНКазой в условиях, которые дают возможность для расщепления любой загрязняющей двухцепочечной ДНК, и затем реакционную смесь нагревают для инактивации ДНКазы.
4. Способ обратной транскрипции in vitro нуклеиновой кислоты-мишени, при котором осуществляют стадию обработки реакционной смеси для обратной транскрипции ДНКазой, которая, по существу, необратимо инактивируется путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин и которая, по существу, специфична в отношении двухцепочечной ДНК, перед началом реакции обратной транскрипции.
5. Способ по п.3, где реакционная смесь для обратной транскрипции представляет собой полную смесь, и ее нагревают при рабочей температуре фермента для обратной транскрипции для инактивации ДНКазы.
6. Способ по п.4, где реакционная смесь для обратной транскрипции представляет собой полную смесь, и ее нагревают при рабочей температуре фермента для обратной транскрипции для инактивации ДНКазы.
7. Способ по любому из пп.4-6, при котором осуществляют один или более чем один цикл, включающий одну или более чем одну из следующих стадий:
(1) отжиг праймера,
(2) удлинение цепи относительно полинуклеотида с праймером,
(3) плавление полинуклеотидного дуплекса.
8. Способ по любому из пп.1 и 4-6, где за указанной реакцией обратной транскрипции следует реакция амплификации нуклеиновой кислоты.
9. Способ по п.8, где указанная реакция амплификации нуклеиновой кислоты представляет собой ПЦР, лигазную цепную реакцию (ЛЦР), амплификацию с вытеснением цепи (SDA), самоподдерживающуюся репликацию последовательности (3SR) или изотермальную петлевую амплификацию (ИПА), предпочтительно ПЦР.
10. Способ по п.8, где реакцию обратной транскрипции и реакцию амплификации осуществляют в одном реакционном сосуде.
11. Способ ПЦР с горячим стартом, где указанная реакция представляет собой барьерную комбинацию для ПЦР с горячим стартом и/или включает ДНК-полимеразу с горячим стартом, включающий стадию обработки комбинации/смеси для ПЦР с горячим стартом или ДНК-полимеразы с горячим стартом ДНКазой, которая, по существу, необратимо инактивируется путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин и которая, по существу, специфична в отношении двухцепочечной ДНК, перед началом ПЦР с горячим стартом.
12. Способ по любому из пп.9-11, при котором дополнительно осуществляют множество циклов, включающих одну или более чем одну из следующих стадий:
(1) плавление полинуклеотидного дуплекса,
(2) отжиг праймера,
(3) удлинение цепи относительно полинуклеотида с праймером.
13. ДНКаза, которая, по существу, необратимо инактивируется путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин и которая, по существу, специфична в отношении двухцепочечной ДНК.
14. ДНКаза или ее ферментативно активный фрагмент, имеющие последовательность в соответствии с SEQ ID NO: 1 или последовательность, которая по меньшей мере на 60% идентична ей, но где пролиновый остаток в положении 237 в SEQ ID NO: 1 или эквивалентный пролин в других последовательностях модифицирован, удален или замещен, где указанная ДНКаза или ее ферментативно активный фрагмент, по существу, необратимо инактивируются путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин, и которые, по существу, специфичны в отношении двухцепочечной ДНК.
15. ДНКаза или ее ферментативно активный фрагмент по п.14, имеющие последовательность SEQ ID NO: 5 или последовательность, которая по меньшей мере на 60% идентична ей, но где пролиновый остаток в положении 214 в SEQ ID NO: 5 или эквивалентный пролин в других последовательностях модифицирован, удален или замещен, где указанная ДНКаза или ее ферментативно активный фрагмент, по существу, необратимо инактивируются путем нагревания при температуре примерно 50°С в течение 5 мин и которые, по существу, специфичны в отношении двухцепочечной ДНК.
16. ДНКаза или ее фрагмент по п.14 или 15, имеющие последовательность ДНКазы, полученной из видов типа Arthropodoa, но где эквивалент пролинового остатка в положении 237 в SEQ ID NO: 1 модифицирован, удален или замещен.
17. ДНКаза или ее фрагмент по п.16, имеющие последовательность ДНКазы, полученной из видов подтипа, выбранного из Crustacea, Hexpoda, Chelicerata или Myriapoda, но где эквивалент пролинового остатка в положении 237 в SEQ ID NO: 1 модифицирован, удален или замещен.
18. ДНКаза или ее фрагмент по п.16, имеющие последовательность ДНКазы, полученной из видов, выбранных из Pandalus borealis, Paralithodes camtschaticus (королевский краб), Marspenus japonicus (креветка kuruma) или Penaeus japonicus, но где эквивалент пролинового остатка в положении 237 в SEQ ID NO: 1 модифицирован, удален или замещен.
19. ДНКаза или ее фрагмент по п.18, имеющие последовательность ДНКазы, полученной из Pandalus borealis, но где эквивалент пролинового остатка в положении 237 в SEQ ID NO: 1 модифицирован, удален или замещен.
20. ДНКаза по любому из пп.13-15, имеющая последовательность в соответствии с SEQ ID NO: 3 или SEQ ID NO: 7.
21. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая ДНКазу по любому из пп.13-20.
22. Молекула нуклеиновой кислоты по п.21, содержащая нуклеотидную последовательность в соответствии с SEQ ID NO: 4 или SEQ ID NO: 8.
23. Применение ДНКазы по любому из пп.13-20 в качестве агента для удаления загрязнения в способе амплификации нуклеиновой кислоты.
24. Применение ДНКазы по любому из пп.13-20 в способе по любому из пп.1-12.
25. Способ выделения и очистки ДНКазы или ее фрагмента по любому из пп.13-20, включающий экспрессию указанной ДНКазы или ее фрагмента в подходящей клетке-хозяине и затем выделение ДНКазы из указанных клеток-хозяев и/или сред, в которых выращивали указанные клетки.
26. Набор для осуществления способа по любому из пп.1-12, содержащий ДНКазу по любому из пп.13-20 и/или нуклеиновую кислоту по п.21 или 22; и возможно один или более чем один из следующих:
(1) нуклеотидтрифосфат;
(2) олигонуклеотидный праймер;
(3) фермент обратной транскрипции;
(4) ДНК-полимераза;
(5) ДНК-лигаза; и
(6) рестрикционный фермент.
27. Композиция для осуществления способа по любому из пп.1-12, содержащая ДНКазу по любому из пп.13-20 и/или нуклеиновую кислоту по п.21 или 22; и возможно один или более чем один из следующих:
(1) нуклеотидтрифосфат;
(2) олигонуклеотидный праймер;
(3) фермент обратной транскрипции;
(4) ДНК-полимераза;
(5) ДНК-лигаза и
(6) рестрикционный фермент.
RU2012105647/10A 2009-07-21 2010-07-21 Способ удаления загрязняющей нуклеиновой кислоты из реакций обратной транскрипции и амплификации RU2550277C2 (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GB0912637A GB2474225A (en) 2009-07-21 2009-07-21 DNase for decontamination of reverse transcription and amplification reactions
GB0912637.6 2009-07-21
US23517709P 2009-08-19 2009-08-19
US61/235,177 2009-08-19
PCT/GB2010/001384 WO2011010094A1 (en) 2009-07-21 2010-07-21 A method of removing nucleic acid contamination in reverse transcription and amplification reactions

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2012105647A true RU2012105647A (ru) 2013-08-27
RU2550277C2 RU2550277C2 (ru) 2015-05-10

Family

ID=41058269

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2012105647/10A RU2550277C2 (ru) 2009-07-21 2010-07-21 Способ удаления загрязняющей нуклеиновой кислоты из реакций обратной транскрипции и амплификации

Country Status (14)

Country Link
US (2) US8551753B2 (ru)
EP (1) EP2456886B1 (ru)
JP (1) JP5813637B2 (ru)
KR (1) KR101536039B1 (ru)
CN (1) CN102510904B (ru)
AU (1) AU2010274809B2 (ru)
BR (1) BR112012001515A2 (ru)
CA (1) CA2768593C (ru)
DK (1) DK2456886T3 (ru)
ES (1) ES2562155T3 (ru)
GB (1) GB2474225A (ru)
RU (1) RU2550277C2 (ru)
SG (1) SG178040A1 (ru)
WO (1) WO2011010094A1 (ru)

Families Citing this family (16)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102884186B (zh) * 2010-05-14 2015-01-28 宝生物工程株式会社 合成cDNA的方法
WO2013052124A2 (en) * 2011-10-03 2013-04-11 University Of Florida Research Foundation, Inc. Rapid and reliable detection of infectious agents
EP2602331A1 (en) * 2011-12-09 2013-06-12 Qiagen GmbH Diagnostic reagent embedded in wax as an internal standard for nucleic acid preparation or nucleic acid detection
AU2013220102A1 (en) 2012-02-17 2014-08-21 Biotec Pharmacon Asa Endonucleases
CN103382502B (zh) * 2013-05-28 2015-08-19 浙江今复康生物科技有限公司 一种整合限制性内切去除dna污染的rt-pcr方法
GB201414745D0 (en) 2014-08-19 2014-10-01 Articzymes As Exonucleases
WO2016052619A1 (ja) 2014-09-30 2016-04-07 国立研究開発法人理化学研究所 核酸の増幅方法
CN106337045A (zh) * 2016-05-24 2017-01-18 微基生物科技(上海)有限公司 一种防止pcr污染的方法及其应用
CA3031231A1 (en) * 2016-08-08 2018-02-15 Karius, Inc. Reduction of signal from contaminant nucleic acids
WO2019014359A2 (en) * 2017-07-12 2019-01-17 The Scripps Research Institute POLYMERASE CHAIN TRANSCRIPTION (PCT): EXPONENTIAL SYNTHESIS OF RNA AND MODIFIED RNA
CN108280326B (zh) * 2018-01-22 2021-06-11 哈尔滨工程大学 一种基于深度递归神经网络的DNase高通量测序数据中DNA碱基倾向性偏差消除方法
CN110592194A (zh) * 2019-10-17 2019-12-20 北京新羿生物科技有限公司 一种巢式pcr试剂盒
GB2622964A (en) * 2020-10-19 2024-04-03 Quantumdx Group Ltd Integrated thermal conditioning and PCR in a molecular POC diagnostic device and system
US11993792B2 (en) 2021-05-27 2024-05-28 New England Biolabs, Inc. DNase I variants, compositions, methods, and kits
CN113604455B (zh) * 2021-08-11 2022-04-01 北京擎科生物科技有限公司 双链特异性核酸酶变体及其应用
CN117881772A (zh) 2021-08-20 2024-04-12 丹尼斯科美国公司 编码新型核酸酶的多核苷酸、其组合物及其从蛋白质制剂中消除dna的方法

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5683896A (en) * 1989-06-01 1997-11-04 Life Technologies, Inc. Process for controlling contamination of nucleic acid amplification reactions
ATE176002T1 (de) * 1990-07-24 1999-02-15 Hoffmann La Roche Verringerung von nicht spezifischer amplifikation während einer (in vitro) nukleinsäure amplifikation unter verwendung von modifizierten nukleinsäure basen
US5279823A (en) * 1992-06-08 1994-01-18 Genentech, Inc. Purified forms of DNASE
US5700672A (en) * 1992-07-23 1997-12-23 Stratagene Purified thermostable pyrococcus furiousus DNA ligase
GB9716664D0 (en) * 1997-08-06 1997-10-15 Norwegian Inst Of Fisheries & A method of removing nucleic acid contamination reactions
WO2001018230A1 (en) * 1999-09-08 2001-03-15 University Of Victoria Innovation & Development Corporation Use of psychrotrophic bacterium in biotechnology applications
EP1431387B1 (en) * 2002-12-20 2008-02-27 Roche Diagnostics GmbH Heat-labile desoxyribonculease I variants
JP4857260B2 (ja) 2005-03-08 2012-01-18 タカラバイオ株式会社 低温性微生物由来エンドヌクレアーゼ
CA2623405C (en) * 2005-09-20 2014-11-25 Immunivest Corporation Methods and composition to generate unique sequence dna probes labeling of dna probes and the use of these probes
JP5517284B2 (ja) 2008-09-03 2014-06-11 西川ゴム工業株式会社 耐熱性2本鎖特異的核酸分解酵素

Also Published As

Publication number Publication date
KR101536039B1 (ko) 2015-07-10
CA2768593C (en) 2016-09-06
GB0912637D0 (en) 2009-08-26
US20110020878A1 (en) 2011-01-27
BR112012001515A2 (pt) 2016-11-08
EP2456886B1 (en) 2015-12-23
GB2474225A (en) 2011-04-13
CA2768593A1 (en) 2011-01-27
EP2456886A1 (en) 2012-05-30
US9133447B2 (en) 2015-09-15
JP2012533316A (ja) 2012-12-27
RU2550277C2 (ru) 2015-05-10
SG178040A1 (en) 2012-03-29
KR20120058520A (ko) 2012-06-07
CN102510904B (zh) 2015-08-05
US20140093938A1 (en) 2014-04-03
AU2010274809B2 (en) 2015-05-14
WO2011010094A1 (en) 2011-01-27
AU2010274809A1 (en) 2012-02-02
CN102510904A (zh) 2012-06-20
DK2456886T3 (en) 2016-02-15
ES2562155T3 (es) 2016-03-02
JP5813637B2 (ja) 2015-11-17
US8551753B2 (en) 2013-10-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2012105647A (ru) Способ удаления загрязняющей нуклеиновой кислоты из реакций обратной транскрипции и амплификации
CN104114702B (zh) 模板转换用于dna合成的用途
CN103255227B (zh) 引物介导环化的恒温核酸滚环扩增方法及试剂盒
AU2011253427B2 (en) Isothermal amplification of nucleic acid using a mixture of randomized primers and specific primers
MX2011007693A (es) Metodos para amplificar acidos nucleicos del virus de hepatitis c.
JPWO2007060949A1 (ja) 核酸検出及び増幅方法
WO2009079703A1 (en) Elimination of contaminants associated with nucleic acid amplification
AU2013203624A1 (en) Isothermal amplification of nucleic acid using a mixture of randomized primers and specific primers
CN102757960B (zh) 一种扩增未知序列的半随机pcr技术及其引物和试剂盒
JP2017501737A (ja) 核酸と信号プローブの非対称等温増幅を用いた核酸の検出方法
JP6583796B2 (ja) 核酸の増幅方法
CN104350159B (zh) 制备在利用核酸聚合酶来检测核酸时使用的高精度核酸的方法
CA2987414A1 (en) Molecular detection of rna
SenGupta et al. SeqSharp: A general approach for improving cycle-sequencing that facilitates a robust one-step combined amplification and sequencing method
WO2021147910A1 (en) Methods and kits for amplification and detection of nucleic acids
US9695417B2 (en) Method for large-scale synthesis of long-chain nucleic acid molecule
EP2347013B1 (en) Method for the specific detection of low abundance rna species in a biological sample
JP7333171B2 (ja) Rna検出方法、rna検出用核酸及びrna検出用キット
CN1276089C (zh) 体外扩增环形或串联核酸的方法
Efimov et al. Using chimeric DNA/RNA molecular beacons for target-specific signal amplification
WO2016156071A1 (en) Methods to amplify highly uniform and less error prone nucleic acid libraries
JP5532925B2 (ja) 一本鎖又は二本鎖dnaの合成方法並びに合成用キット
JP7127023B2 (ja) 核酸検出方法、核酸検出用プライマー及び核酸検出用キット
US20110065151A1 (en) Nucleic acid amplification with single strand dna binding protein
JP2008178338A (ja) 断片化核酸が混入する核酸試料中の標的核酸を増幅する核酸増幅方法、及びそのキット