RU2010115274A

RU2010115274A - Способ анализа онкологических заболеваний молочной железы

Info

Publication number: RU2010115274A
Application number: RU2010115274/10A
Authority: RU
Inventors: Ситхартхан КАМАЛАКАРАН (NL); Ситхартхан КАМАЛАКАРАН; Роберт ЛУСИТО (NL); Роберт ЛУСИТО; Джеймс Брюс ХИКС (NL); Джеймс Брюс ХИКС; Сяоюэ ЧЖАО (NL); Сяоюэ ЧЖАО; Джуд КЕНДАЛЛ (NL); Джуд КЕНДАЛЛ
Original assignee: Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. (Nl); Конинклейке Филипс Электроникс Н.В.; Колд Спринг Харбор Лэборетери (Us); Колд Спринг Харбор Лэборетери
Priority date: 2007-09-17
Filing date: 2008-09-16
Publication date: 2011-10-27
Also published as: EP2193209B1; CN101861398A; RU2492243C2; EP2193209A2; US20100279879A1; WO2009037635A3; WO2009037635A2; JP5604300B2; JP2010538638A

Abstract

1. Способ анализа онкологических заболеваний молочной железы, включающий определение статуса геномного метилирования одного или нескольких динуклеотидов CpG в последовательности, выбранной из группы последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 1-10 и/или SEQ ID NO. 50-SEQ ID NO. 60. ! 2. Способ по п.1, в котором анализ представляет собой идентификацию рака молочной железы у индивидуума и в котором осуществляют следующие стадии: ! а. получение образца от анализируемого индивидуума, ! b. определение статуса метилирования одного или нескольких динуклеотидов CpG в последовательности, выбранной из группы последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 1-10 и/или SEQ ID NO. 50 - SEQ ID NO. 60. ! 3. Способ по пп.1 или 2, в котором дополнительно осуществляют следующие стадии: ! а. один или несколько результатов теста на определение статуса метилирования вводят в классификатор, который получают, исходя из диагностической поливариативной модели, ! b. расчет вероятности того, получен ли образец из нормальной ткани или ткани рака молочной железы, и/или ! с. расчет ассоциированной величины р для достоверности в прогнозе. ! 4. Способ по п.1 или 2, в.котором статус метилирования определяют по меньшей мере для, четырех последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 1-10 и/или SEQ ID NO. 50 - SEQ ID NO. 60. ! 5. Способ по п.1 или 2, в котором дополнительно определяют статус метилирования для одной или нескольких последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 11-49 и/или 61-100. ! 6. Способ по п.1 или 2, в котором статус метилирования определяют по меньшей мере для двадцати последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 1-100. ! 7. Способ по п.1 или 2, в котором статус метилирования определяют для последовательн�

Claims

1. Способ анализа онкологических заболеваний молочной железы, включающий определение статуса геномного метилирования одного или нескольких динуклеотидов CpG в последовательности, выбранной из группы последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 1-10 и/или SEQ ID NO. 50-SEQ ID NO. 60.

2. Способ по п.1, в котором анализ представляет собой идентификацию рака молочной железы у индивидуума и в котором осуществляют следующие стадии:

а. получение образца от анализируемого индивидуума,

b. определение статуса метилирования одного или нескольких динуклеотидов CpG в последовательности, выбранной из группы последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 1-10 и/или SEQ ID NO. 50 - SEQ ID NO. 60.

3. Способ по пп.1 или 2, в котором дополнительно осуществляют следующие стадии:

а. один или несколько результатов теста на определение статуса метилирования вводят в классификатор, который получают, исходя из диагностической поливариативной модели,

b. расчет вероятности того, получен ли образец из нормальной ткани или ткани рака молочной железы, и/или

с. расчет ассоциированной величины р для достоверности в прогнозе.

4. Способ по п.1 или 2, в.котором статус метилирования определяют по меньшей мере для, четырех последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 1-10 и/или SEQ ID NO. 50 - SEQ ID NO. 60.

5. Способ по п.1 или 2, в котором дополнительно определяют статус метилирования для одной или нескольких последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 11-49 и/или 61-100.

6. Способ по п.1 или 2, в котором статус метилирования определяют по меньшей мере для двадцати последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 1-100.

7. Способ по п.1 или 2, в котором статус метилирования определяют для последовательностей, соответствующих SEQ ID NO. 1 - SEQ ID NO. 10 и SEQ ID NO. 50 - SEQ ID NO. 60.

8. Способ по п.1 или 2, в котором статус метилирования определяют посредством одного или нескольких способов, выбранных из следующей группы:

а. бисульфитное секвенирование

b. пиросеквенирование

с. одноцепочечный конформационный анализ, чувствительный к метилированию (MS-SSCA)

d. анализ кривых плавления высокого разрешения (HRM)

е. однонуклеотидное удлинение праймеров, чувствительное к метилированию (MS-SnuPE)

f. нуклеотид-специфическое расщепление/MALDI-TOF

g. ПЦР, специфичная к метилированию (MSP)

h. способы на основе микроматриц и

i. расщепление рестриктазой msp I.

9. Способ по п.1 или 2, в котором анализируемый образец получают из типа ткани, выбранного из группы тканей, такого как тканевая биопсия из анализируемой ткани, вагинальной ткани, языка, поджелудочной железы, печени, селезенки, яичника, мышцы, соединительной ткани, нервной ткани, ткани желудочно-кишечного тракта, ткани опухоли, жидкостей организма, крови, сыворотки, слюны и мочи.

10. Способ по п.1 или 2, в котором определяют первичный рак.

11. Способ по п.1 или 2, в котором полученный паттерн метилирования используют для прогнозирования терапевтического ответа на лечение рака молочной железы.

12. Композиция или матрица, содержащая нуклеиновые кислоты с последовательностями, которые идентичны по меньшей мере 10 последовательностям, соответствующим SEQ ID NO. 1-100, где композиция или матрица содержит не более 100 различных молекул нуклеиновой кислоты.

13. Композиция или матрица по п.12, содержащая по меньшей мере 5 последовательностей с суммарной величиной р менее 0,001, предпочтительно менее 0,0001.