RU2004105040A - Параллельное или антипараллельное, гомологическое или комплементарное связывание нуклеиновых кислот или их аналогов с образованием двойных, тройных или четверных комплексов - Google Patents

Параллельное или антипараллельное, гомологическое или комплементарное связывание нуклеиновых кислот или их аналогов с образованием двойных, тройных или четверных комплексов Download PDF

Info

Publication number
RU2004105040A
RU2004105040A RU2004105040/13A RU2004105040A RU2004105040A RU 2004105040 A RU2004105040 A RU 2004105040A RU 2004105040/13 A RU2004105040/13 A RU 2004105040/13A RU 2004105040 A RU2004105040 A RU 2004105040A RU 2004105040 A RU2004105040 A RU 2004105040A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
specified
target
probe
sequence
heteropolymer
Prior art date
Application number
RU2004105040/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2304169C2 (ru
Inventor
Глен Х. ЭРИКСОН (BS)
Глен Х. ЭРИКСОН
Джэсмин И. ДЭКСИС (CA)
Джэсмин И. ДЭКСИС
Айвена КЭНДИК (CA)
Айвена КЭНДИК
Пьер ПИКАР (CA)
Пьер ПИКАР
Original Assignee
Инджиниес Корпорейшн (Bb)
Инджиниес Корпорейшн
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Инджиниес Корпорейшн (Bb), Инджиниес Корпорейшн filed Critical Инджиниес Корпорейшн (Bb)
Publication of RU2004105040A publication Critical patent/RU2004105040A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2304169C2 publication Critical patent/RU2304169C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6839—Triple helix formation or other higher order conformations in hybridisation assays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
    • C12Q2527/125—Specific component of sample, medium or buffer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/119—Triple helix formation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/137—Metal/ion, e.g. metal label
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/173—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties staining/intercalating agent, e.g. ethidium bromide

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Claims (60)

1. Комплекс, включающий зонд, содержащий гетерополимерную последовательность зонда из нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; и мишень, содержащую гетерополимерную последовательность мишени из нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; причем, (а) по меньшей мере, указанный зонд или, по меньшей мере, мишень очищена или является синтетической, и (b) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику или гомологичного взаимодействия оснований при условии, что в случае, когда указанный комплекс представлен дуплексом и указанная гетерополимерная последовательность зонда антипараллельна указанной гетерополимерной последовательности мишени, то указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, а в случае, когда комплекс представлен триплексом, то он свободен от рекомбинационных белков.
2. Комплекс по п.1, в котором комплекс представлен дуплексом, а указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований или комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику, и указанная гетерополимерная последовательность зонда параллельна или антипараллельна указанной гетерополимерной последовательности мишени.
3. Комплекс по п.1, в котором один из указанного зонда и указанной мишени является одноцепочечным, другой из указанного зонда или указанной мишени является двухцепочечным, и указанный комплекс представлен триплексом.
4. Комплекс по п.3, в котором комплекс свободен от ПНК.
5. Комплекс по п.3, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
6. Комплекс по п.3, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
7. Комплекс по п.3, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность, (b) указанная мишень включает первую цепь, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (с) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
8. Комплекс по п.3, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
9. Комплекс по п.3, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
10. Комплекс по п.3, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность, (b) указанная мишень включает первую цепь, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (с) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи со второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
11. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд и указанная мишень являются двухцепочечными и указанный комплекс представлен квадруплексом.
12. Комплекс по п.11, в котором указанный комплекс свободен от ПНК.
13. Комплекс по п.11, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
14. Комплекс по п.11, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
15. Комплекс по п.11, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность, (b) указанный зонд включает первую цепь зонда, содержащую указанную гетерополимерную последовательность зонда, и вторую цепь зонда, содержащую вторую гетерополимерную последовательность зонда, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности зонда, (с) указанная мишень включает первую цепь мишени, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь мишени, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (d) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная гетерополимерная последовательность зонда при необходимости образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
16. Комплекс по п.11, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность, (b) указанный зонд включает первую цепь зонда, содержащую указанную гетерополимерную последовательность зонда, и вторую цепь зонда, содержащую вторую гетерополимерную последовательность зонда, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности зонда, (с) указанная мишень включает первую цепь мишени, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь мишени, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (d) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику, и указанная гетерополимерная последовательность зонда при необходимости образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
17. Комплекс по п.11, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность, (b) указанный зонд включает первую цепь зонда, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь зонда, содержащую вторую гетерополимерную последовательность зонда, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности зонда, (с) указанная мишень включает первую цепь, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь мишени, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (d) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная гетерополимерная последовательность зонда при необходимости образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
18. Комплекс по п.11, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность, (b) указанный зонд включает первую цепь зонда, содержащую указанную гетерополимерную последовательность зонда, и вторую цепь зонда, содержащую вторую гетерополимерную последовательность зонда, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности зонда, (с) указанная мишень включает первую цепь мишени, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь мишени, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (d) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику, и указанная гетерополимерная последовательность зонда при необходимости образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
19. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд занимает малую бороздку указанной мишени.
20. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд занимает большую бороздку указанной мишени.
21. Комплекс по п.3, в котором основания указанного зонда взаимодействуют с основаниями обеих цепей указанной мишени одновременно.
22. Комплекс по п.11, в котором основания указанного зонда взаимодействуют с основаниями обеих цепей указанной мишени одновременно.
23. Комплекс по п.1, в котором остов указанного зонда включает дезоксирибозофосфат.
24. Комплекс по п.1, в котором остов зонда незаряжен, частично отрицательно заряжен или заряжен положительно.
25. Комплекс по п.1, в котором, по меньшей мере, одно основание указанного зонда является синтетическим аналогом встречающегося в природе основания, имеющего специфическое сродство связывания по принципу комплементарности Уотсона-Крика или гомологичного связывания.
26. Способ анализа мишени, включающий: обеспечение образца, включающего указанную мишень, содержащую гетерополимерную последовательность мишени из нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; обеспечение зонда, содержащего гетерополимерную последовательность зонда из нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; обеспечение гибридизационной смеси, включающей указанную мишень, указанный зонд, воду и буфер; инкубирование указанной гибридизационной смеси в течение времени инкубации, необходимого для связывания указанной гетерополимерной последовательности мишени с указанной гетерополимерной последовательностью зонда для обеспечения комплекса, и детектирование сигнала, коррелирующего со сродством связывания между указанным зондом и указанной мишенью, с целью анализа указанной мишени, причем указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику или гомологичного взаимодействия оснований, при условии, что в случае, когда указанный комплекс представлен дуплексом и указанная гетерополимерная последовательность зонда антипараллельна указанной гетерополимерной последовательности мишени, то указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, а в случае, когда указанный комплекс представлен триплексом, то указанный комплекс свободен от рекомбинационных белков.
27. Способ по п.26, в котором проводится детектирование соответствия или ошибочного спаривания (мисматча) между основаниями указанной гетерополимерной последовательности зонда и основаниями указанной гетерополимерной последовательности мишени.
28. Способ по п.26, в котором указанный зонд и указанная мишень являются одноцепочечными, и указанный комплекс представлен дуплексом, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований или комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику и указанная гетерополимерная последовательность зонда параллельна или антипараллельна указанной гетерополимерной последовательностью мишени.
29. Способ по п.26, в котором один из указанного зонда или указанной мишени является одноцепочечным, другой из указанного зонда или указанной мишени является двухцепочечным и указанный комплекс представлен триплексом.
30. Способ по п.26, в котором указанный зонд и указанная мишень являются двухцепочечными, и указанный комплекс представлен квадруплексом.
31. Способ по п.26, в котором указанная мишень ковалентно связана с подложкой, поверхностью или полупроницаемой мембраной.
32. Способ по п.26, в котором указанный зонд ковалентно связан с подложкой, поверхностью или полупроницаемой мембраной.
33. Способ по п.26, в котором к указанному комплексу прикладывается электрический ток или электромагнитная сила для создания или варьирования указанного
сигнала.
34. Способ по п.26, в котором указанный зонд или указанная мишень ковалентно связана с подложкой, поверхностью или полупроницаемой мембраной и к указанному комплексу прикладывается электрический ток или электромагнитная сила для создания или варьирования указанного сигнала.
35. Способ по п.26, дополнительно включающий повторяющееся варьирование условий указанной гибридизационной смеси для варьирования указанного сигнала, причем анализ указанной мишени проводят как функцию изменчивости сигнала в ответ на указанное варьирование.
36. Способ по п.35, в котором указанное варьирование вызывает диссоциацию указанного зонда от указанной мишени в указанном комплексе.
37. Способ по п.35, в котором указанное варьирование включает приложение первого воздействия и второго воздействия к указанной гибридизационной смеси, причем указанное первое воздействие имеет идентичную величину и противоположную полярность относительно указанного второго воздействия.
38. Способ по п.35, в котором указанное варьирование включает приложение серии воздействий, причем все указанные воздействия идентичны.
39. Способ по п.26, в котором указанный сигнал испускается, по меньшей мере, одной меткой, ковалентно связанной с указанным зондом.
40. Способ по п.26, в котором указанный сигнал испускается, по меньшей мере, одной меткой, ковалентно связанной с указанной мишенью.
41. Способ по п.26, в котором указанный сигнал испускается, по меньшей мере, одной меткой, нековалентно связанной с указанным комплексом.
42. Способ по п.26, в котором указанный зонд вторгается в указанную мишень, вытесняя последовательность оснований, связанную с указанной гетерополимерной последовательностью мишени таким образом, что основания гетерополимерной последовательности зонда связываются с основаниями гетерополимерной последовательности мишени по принципу распознавания оснований по Уотсону-Крику или распознавания гомологичных оснований.
43. Способ по п.26, в котором, по меньшей мере, один из указанного зонда или указанной мишени вводятся в гибридизационную смесь в обезвоженном виде.
44. Способ по п.26, в котором способ выполняется без денатурации указанного зонда или указанной мишени.
45. Способ по п.26, в котором указанная гибридизационная смесь дополнительно включает, по меньшей мере, один промотор связывания.
46. Способ по п.45, в котором указанный, по меньшей мере, один промотор связывания является конденсирующим агентом или деконденсирующим агентом.
47. Способ по п.45, в котором указанный промотор является членом, выбранным из группы, состоящей из YOYO-1, ТОТО-1, YOYO-3, ТОТО-3, РОРО-1, ВОВО-1, РОРО-3, ВОВО-3, LOLO-1, JOJO-1, димеров цианина, YO-PRO-1, TO-PRO-1, YO-PRO-3, TO-PRO-3, TO-PRO-5, PO-PRO-1, BO-PRO-1, PO-PRO-3, BO-PRO-3, LO-PRO-1, JO-PRO-1, мономеров цианина, бромида этидия, гомодимера-1 этидия, гомодимера-2 этидия, производных этидия, акридина, акридиноранжа, производных акридина, гетеродимера этидия-акридина, моноазида этидия, иодида пропидия, красителей SYTO, SYBR Green 1, красителей SYBR, Pico Green, красителей SYTOX и 7-аминоактиномицина D.
48. Способ по п.45, в котором концентрация указанного, по меньшей мере, одного промотора такова, что она благоприятствует одной связывающей структуре указанного комплекса в ущерб другим возможным связывающим структурам указанного комплекса.
49. Способ по п.26, дополнительно включающий оптическое картирование или оптическое секвенирование указанной мишени.
50. Способ по п.26, в котором указанный сигнал включает серию сигналов, детектируемых при серийно варьируемых условиях.
51. Способ по п.36, в котором указанное свойство указанного диссоциирования коррелирует со сродством связывания между указанным зондом и указанной мишенью.
52. Способ по п.26, в котором: (а) обеспечиваются условия гомологичного связывания, и неполностью гомологичный зонд не связывается с указанной мишенью либо связывается с указанной мишенью с меньшей эффективностью, или (b) обеспечиваются условия комплементарного связывания по Уотсону-Крику, и неполностью комплементарный зонд не связывается с указанной мишенью либо связывается с указанной мишенью с меньшей эффективностью.
53. Комплекс по п.1, дополнительно включающий, по меньшей мере, одно свободное основание - нуклеотид или нуклеозид, связанный, по меньшей мере, с одним из указанного зонда и указанной мишени.
54. Комплекс по п.1, дополнительно включающий, по меньшей мере, один белок или фермент, связанный, по меньшей мере, с одним из указанного зонда или указанной мишенью.
55. Комплекс по п.1, в котором указанный комплекс находится в растворе, на твердой подложке, in vitro, in vivo или in silico.
56. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд представляет собой гетерополимерную ПНК, связанную с указанной гетерополимерной последовательностью
мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная мишень представляет собой дуплекс.
57. Комплекс по п.56, в котором указанный зонд вторгается в указанную дуплексную мишень для связывания с указанной гетерополимерной последовательностью мишени.
58. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд представляет собой дуплекс и, по меньшей мере, одна цепь зонда незаряжена, частично отрицательно заряжена или заряжена положительно, и указанная мишень является одноцепочечной или двухцепочечной.
59. Комплекс по п.1, приспособленный для аналитического, диагностического, терапевтического или генноинженерного применения.
60. Комплекс по п.1, дополнительно включающий, по меньшей мере, один промотор связывания из образующей комплекс смеси.
RU2004105040/13A 2001-07-20 2002-07-15 Способ анализа мишени, содержащей гетерополимерную последовательность нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты, и комплекс, содержащий мишень RU2304169C2 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US09/909,496 US6656692B2 (en) 1999-12-21 2001-07-20 Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
US09/909,496 2001-07-20

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2004105040A true RU2004105040A (ru) 2005-05-27
RU2304169C2 RU2304169C2 (ru) 2007-08-10

Family

ID=25427322

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2004105040/13A RU2304169C2 (ru) 2001-07-20 2002-07-15 Способ анализа мишени, содержащей гетерополимерную последовательность нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты, и комплекс, содержащий мишень

Country Status (15)

Country Link
US (1) US6656692B2 (ru)
EP (1) EP1463831A4 (ru)
JP (1) JP2005527181A (ru)
KR (1) KR100699367B1 (ru)
CN (1) CN100560733C (ru)
AU (1) AU2002345301B2 (ru)
BR (1) BR0211264A (ru)
CA (1) CA2454300C (ru)
CO (1) CO5560626A2 (ru)
IL (1) IL159927A0 (ru)
MX (1) MXPA04000626A (ru)
NZ (1) NZ531258A (ru)
RU (1) RU2304169C2 (ru)
WO (1) WO2003010326A2 (ru)
ZA (1) ZA200401362B (ru)

Families Citing this family (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6927027B2 (en) * 1999-12-21 2005-08-09 Ingeneus Corporation Nucleic acid multiplex formation
US7052844B2 (en) * 1999-12-21 2006-05-30 Ingeneus, Inc. Purification of DS-DNA using heteropolymeric capture probes and a triplex, quadruplex or homologous duplex binding mechanism
US7220541B2 (en) * 2000-01-24 2007-05-22 Ingeneus, Inc. Homogeneous assay of biopolymer binding by means of multiple measurements under varied conditions
CA2496411A1 (en) * 2002-08-20 2004-03-04 Protemix Corporation Limited Dosage forms and related therapies
US20040142329A1 (en) * 2003-01-17 2004-07-22 Ingeneus Corporation Probe conjugation to increase multiplex binding motif preference
US20040180345A1 (en) * 2003-03-14 2004-09-16 Ingeneus Corporation Pre-incubation method to improve signal/noise ratio of nucleic acid assays
GB0310270D0 (en) * 2003-05-03 2003-06-11 Univ Edinburgh Biomolecular devices
EP1730158A2 (en) * 2003-08-06 2006-12-13 Cygene, Inc. Methods and compositions for in vitro and in vivo use of parallel stranded hairpins and triplex structures as nucleic acid ligands
AU2005286084C1 (en) * 2004-09-24 2011-11-24 Ingeneus Inc. Genomic assay
EP1880019A1 (en) * 2005-05-12 2008-01-23 Arizona Board Regents, a body corporate of the State of Arizona, acting for and on behalf of Arizona State University Self-assembled nucleic acid nanoarrays and uses therefor
KR100833492B1 (ko) * 2005-12-08 2008-05-29 한국전자통신연구원 핵산 나노구조체 및 그의 제조 방법
ES2574137T3 (es) * 2008-09-03 2016-06-15 Quantumdx Group Limited Estrategias y métodos de detección de ácidos nucleicos mediante biosensores
MX340258B (es) * 2011-01-11 2016-07-01 Seegene Inc Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo mediante ensayo de escisión y extensión del pto.
WO2013119956A1 (en) * 2012-02-09 2013-08-15 Life Technologies Corporation Conjugated polymeric particle and method of making same
WO2016057597A1 (en) * 2014-10-09 2016-04-14 Albert Einstein College Of Medicine, Inc. Programmed cargo release using nucleic acid-stabilized micelles
CN108047135B (zh) * 2017-12-29 2019-12-17 苏州宇恒生物科技有限公司 一种荧光染料及其制备方法与在细菌检测中的应用
CN113971015B (zh) * 2021-11-10 2023-09-08 哲库科技(北京)有限公司 Uia2计算电路及其数据处理方法、芯片、电子设备及存储介质

Family Cites Families (56)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4220450A (en) 1978-04-05 1980-09-02 Syva Company Chemically induced fluorescence immunoassay
FR2558172B1 (fr) 1984-01-16 1986-06-13 Inst Nat Sante Rech Med Sonde contenant un acide nucleique modifie et reconnaissance par des anticorps specifiques et utilisation de cette sonde et de ces anticorps specifiques pour detecter et caracteriser une sequence d'adn homologue
US5011769A (en) 1985-12-05 1991-04-30 Meiogenics U.S. Limited Partnership Methods for detecting nucleic acid sequences
US4876187A (en) 1985-12-05 1989-10-24 Meiogenics, Inc. Nucleic acid compositions with scissile linkage useful for detecting nucleic acid sequences
US5928863A (en) 1986-11-26 1999-07-27 Princeton University Triple-stranded nucleic acids
US5422251A (en) * 1986-11-26 1995-06-06 Princeton University Triple-stranded nucleic acids
US5874555A (en) * 1987-10-30 1999-02-23 California Institute Of Technology Triple helices and processes for making same
US5403711A (en) 1987-11-30 1995-04-04 University Of Iowa Research Foundation Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved
WO1990002204A1 (en) 1988-08-31 1990-03-08 Research Development Foundation Manual in situ hybridization assay
US5720928A (en) 1988-09-15 1998-02-24 New York University Image processing and analysis of individual nucleic acid molecules
US6147198A (en) 1988-09-15 2000-11-14 New York University Methods and compositions for the manipulation and characterization of individual nucleic acid molecules
US5176996A (en) 1988-12-20 1993-01-05 Baylor College Of Medicine Method for making synthetic oligonucleotides which bind specifically to target sites on duplex DNA molecules, by forming a colinear triplex, the synthetic oligonucleotides and methods of use
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5824477A (en) 1990-09-12 1998-10-20 Scientific Generics Limited Electrochemical denaturation of double-stranded nucleic acid
WO1992011390A1 (en) * 1990-12-17 1992-07-09 Idexx Laboratories, Inc. Nucleic acid sequence detection by triple helix formation
US5539082A (en) 1993-04-26 1996-07-23 Nielsen; Peter E. Peptide nucleic acids
US6048690A (en) 1991-11-07 2000-04-11 Nanogen, Inc. Methods for electronic fluorescent perturbation for analysis and electronic perturbation catalysis for synthesis
US5558998A (en) 1992-02-25 1996-09-24 The Regents Of The Univ. Of California DNA fragment sizing and sorting by laser-induced fluorescence
WO1993018187A1 (en) * 1992-03-13 1993-09-16 California Institute Of Technology Triple helix recognition of dna
US5332659A (en) 1992-04-09 1994-07-26 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Light emission-or absorbance-based binding assays for polynucleic acids
JPH06153997A (ja) 1992-11-27 1994-06-03 Canon Inc 検出信号増幅による標的核酸の検出方法
US6027880A (en) 1995-08-02 2000-02-22 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes and methods of using the same for detecting cystic fibrosis
US5861124A (en) 1993-07-15 1999-01-19 Hamamatsu Photonics Kk Method and apparatus for detecting denaturation of nucleic acid
EP0716713A1 (en) 1993-08-18 1996-06-19 Id Biomedical Corporation Compositions and methods for detecting target nucleic acid sequences utilizing adjacent sequence-enzyme molecules
ATE227342T1 (de) 1993-09-02 2002-11-15 Ribozyme Pharm Inc Enzymatische nukleiksaüre die nicht-nukleotide enthaltet
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
AU8102694A (en) 1993-11-17 1995-06-06 Id Biomedical Corporation Cycling probe cleavage detection of nucleic acid sequences
US5998193A (en) 1994-06-24 1999-12-07 Gene Shears Pty., Ltd. Ribozymes with optimized hybridizing arms, stems, and loops, tRNA embedded ribozymes and compositions thereof
JP3189000B2 (ja) * 1994-12-01 2001-07-16 東ソー株式会社 特定核酸配列の検出方法
US5814516A (en) 1995-10-13 1998-09-29 Lockheed Martin Energy Systems, Inc. Surface enhanced Raman gene probe and methods thereof
US5824557A (en) 1996-04-02 1998-10-20 Panvera Corporation Method for detecting and quantitating nucleic acid impurities in biochemical preparations
SE506700C2 (sv) 1996-05-31 1998-02-02 Mikael Kubista Sond och förfaranden för analys av nukleinsyra
US5948897A (en) 1996-06-14 1999-09-07 Simon Fraser University Method of binding two or more DNA double helices and products formed
US5912332A (en) 1996-07-26 1999-06-15 Hybridon, Inc. Affinity-based purification of oligonucleotides using soluble multimeric oligonucleotides
US5691145A (en) 1996-08-27 1997-11-25 Becton, Dickinson And Company Detection of nucleic acids using G-quartets
US6030861A (en) 1997-01-02 2000-02-29 Texas Instruments Incorporated Method for forming dual-gate CMOS for dynamic random access memory
US6046004A (en) 1997-02-27 2000-04-04 Lorne Park Research, Inc. Solution hybridization of nucleic acids with antisense probes having modified backbones
US5846729A (en) * 1997-02-27 1998-12-08 Lorne Park Research, Inc. Assaying nucleotides in solution using a fluorescent intensity quenching effect
DE69814848T2 (de) * 1997-02-27 2004-05-06 Ingeneus Corp. Untersuchung von nukleotiden in loesung mit hilfe von pna-sonden
US6060242A (en) 1997-02-27 2000-05-09 Lorne Park Research, Inc. PNA diagnostic methods
US6251591B1 (en) 1997-02-27 2001-06-26 Lorne Park Research, Inc. Quantitative method for detecting nucleotide concentration
US6312925B1 (en) 1997-05-08 2001-11-06 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions to facilitate D-loop formation by oligonucleotides
US6013442A (en) 1997-08-05 2000-01-11 Wisconsin Alumni Res Found Direct quantitation of low copy number RNA
GB9725197D0 (en) 1997-11-29 1998-01-28 Secr Defence Detection system
US6287772B1 (en) * 1998-04-29 2001-09-11 Boston Probes, Inc. Methods, kits and compositions for detecting and quantitating target sequences
US6017709A (en) 1998-04-29 2000-01-25 University Of Houston DNA replication templates stabilized by guanine quartets
US6255469B1 (en) * 1998-05-06 2001-07-03 New York University Periodic two and three dimensional nucleic acid structures
US6255050B1 (en) 1998-05-22 2001-07-03 Lorne Park Research, Inc. Dynamic hybridization system
GB9812768D0 (en) 1998-06-13 1998-08-12 Zeneca Ltd Methods
GB9821989D0 (en) 1998-10-08 1998-12-02 Hybaid Ltd Detection of nucleic acid polymorphism
US6420115B1 (en) * 1999-12-21 2002-07-16 Ingeneus Corporation Cation mediated triplex hybridization assay
US6403313B1 (en) * 1999-12-21 2002-06-11 Ingeneus Corporation Fluorescent intensity assay for duplex and triplex nucleic acid hybridization solution utilizing fluorescent intercalators
US6900300B1 (en) * 2000-09-19 2005-05-31 Ingeneus Corporation Quadruplex DNA and duplex probe systems
WO2000043543A1 (en) 1999-01-19 2000-07-27 Dade Behring Inc. Detection of differences between polynucleotides
US6927027B2 (en) * 1999-12-21 2005-08-09 Ingeneus Corporation Nucleic acid multiplex formation
US6265170B1 (en) 2000-01-24 2001-07-24 Ingeneus Corporation Homogenous assay of duplex of triplex hybridization by means of multiple measurements under varied conditions

Also Published As

Publication number Publication date
NZ531258A (en) 2008-04-30
EP1463831A4 (en) 2005-03-23
CN100560733C (zh) 2009-11-18
BR0211264A (pt) 2005-03-29
MXPA04000626A (es) 2004-07-08
CA2454300A1 (en) 2003-02-06
KR20040023671A (ko) 2004-03-18
JP2005527181A (ja) 2005-09-15
RU2304169C2 (ru) 2007-08-10
US20020031775A1 (en) 2002-03-14
WO2003010326A3 (en) 2004-07-22
CN1650026A (zh) 2005-08-03
EP1463831A2 (en) 2004-10-06
IL159927A0 (en) 2004-06-20
CO5560626A2 (es) 2005-09-30
AU2002345301B2 (en) 2006-08-24
CA2454300C (en) 2013-11-19
ZA200401362B (en) 2005-05-27
US6656692B2 (en) 2003-12-02
KR100699367B1 (ko) 2007-03-27
WO2003010326A2 (en) 2003-02-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2004105040A (ru) Параллельное или антипараллельное, гомологическое или комплементарное связывание нуклеиновых кислот или их аналогов с образованием двойных, тройных или четверных комплексов
US9988667B2 (en) Device and methods for epigenetic analysis
Levy-Sakin et al. Beyond sequencing: optical mapping of DNA in the age of nanotechnology and nanoscopy
EP1586068B1 (en) Methods for analyzing polymer populations
Nolan et al. Flow cytometry: a versatile tool for all phases of drug discovery
US20030235854A1 (en) Methods for analyzing a nucleic acid
CN114250283B (zh) 基于环境敏感染料的单色荧光mrt基因测序试剂及方法
EP1322785A1 (en) Combinatorial fluorescence energy transfer tags and uses thereof
WO2000077260A8 (en) Genomic profiling: a rapid method for testing a complex biological sample for the presence of many types of organisms
AU2010310638A1 (en) Methods and related devices for single molecule whole genome analysis
CN102634587B (zh) Dna芯片组合延伸检测碱基连续突变的方法
De Angelis Why FRET over genomics?
RU2004101294A (ru) Образование мультиплексов нуклеиновых кислот
JP2004534541A5 (ru)
WO2020126593A1 (en) Compositions for use in polyunucleotide sequencing
EP3427171A1 (en) Method for analyzing a sequence of target regions and detect anomalies
WO2016178953A1 (en) Multiplex analysis of gene expression in individual living cells
CN107557459A (zh) 一种联合使用DNA水凝胶和DNAzyme检测SNP的方法
US20080044821A1 (en) Nucleic acid array having fixed nucleic acid anti-probes and complementary free nucleic acid probes
US20060084101A1 (en) Two-color chemiluminescent microarray system
US20040101843A1 (en) Detection of methylated DNA sites
US20100056388A1 (en) Nucleic acid array having fixed nucleic acid anti-probes and complementary free nucleic acid probes
US20210310081A1 (en) Oligonucleotide probe for the specific detection of microorganisms, corresponding method and use
Murakami et al. Separation of single-stranded DNAs using DNA conjugates having different migration properties in capillary electrophoresis
KR20070083924A (ko) 핵산 검출용 핵산 단편 및 핵산 검출방법

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20080716