RU2004105040A - Параллельное или антипараллельное, гомологическое или комплементарное связывание нуклеиновых кислот или их аналогов с образованием двойных, тройных или четверных комплексов - Google Patents
Параллельное или антипараллельное, гомологическое или комплементарное связывание нуклеиновых кислот или их аналогов с образованием двойных, тройных или четверных комплексов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2004105040A RU2004105040A RU2004105040/13A RU2004105040A RU2004105040A RU 2004105040 A RU2004105040 A RU 2004105040A RU 2004105040/13 A RU2004105040/13 A RU 2004105040/13A RU 2004105040 A RU2004105040 A RU 2004105040A RU 2004105040 A RU2004105040 A RU 2004105040A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- specified
- target
- probe
- sequence
- heteropolymer
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6839—Triple helix formation or other higher order conformations in hybridisation assays
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
- C12Q2527/125—Specific component of sample, medium or buffer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/119—Triple helix formation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/137—Metal/ion, e.g. metal label
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/173—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties staining/intercalating agent, e.g. ethidium bromide
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Claims (60)
1. Комплекс, включающий зонд, содержащий гетерополимерную последовательность зонда из нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; и мишень, содержащую гетерополимерную последовательность мишени из нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; причем, (а) по меньшей мере, указанный зонд или, по меньшей мере, мишень очищена или является синтетической, и (b) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику или гомологичного взаимодействия оснований при условии, что в случае, когда указанный комплекс представлен дуплексом и указанная гетерополимерная последовательность зонда антипараллельна указанной гетерополимерной последовательности мишени, то указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, а в случае, когда комплекс представлен триплексом, то он свободен от рекомбинационных белков.
2. Комплекс по п.1, в котором комплекс представлен дуплексом, а указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований или комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику, и указанная гетерополимерная последовательность зонда параллельна или антипараллельна указанной гетерополимерной последовательности мишени.
3. Комплекс по п.1, в котором один из указанного зонда и указанной мишени является одноцепочечным, другой из указанного зонда или указанной мишени является двухцепочечным, и указанный комплекс представлен триплексом.
4. Комплекс по п.3, в котором комплекс свободен от ПНК.
5. Комплекс по п.3, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
6. Комплекс по п.3, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
7. Комплекс по п.3, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность, (b) указанная мишень включает первую цепь, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (с) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
8. Комплекс по п.3, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
9. Комплекс по п.3, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
10. Комплекс по п.3, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность, (b) указанная мишень включает первую цепь, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (с) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи со второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
11. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд и указанная мишень являются двухцепочечными и указанный комплекс представлен квадруплексом.
12. Комплекс по п.11, в котором указанный комплекс свободен от ПНК.
13. Комплекс по п.11, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
14. Комплекс по п.11, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность и указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
15. Комплекс по п.11, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность, (b) указанный зонд включает первую цепь зонда, содержащую указанную гетерополимерную последовательность зонда, и вторую цепь зонда, содержащую вторую гетерополимерную последовательность зонда, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности зонда, (с) указанная мишень включает первую цепь мишени, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь мишени, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (d) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная гетерополимерная последовательность зонда при необходимости образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
16. Комплекс по п.11, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют параллельную направленность, (b) указанный зонд включает первую цепь зонда, содержащую указанную гетерополимерную последовательность зонда, и вторую цепь зонда, содержащую вторую гетерополимерную последовательность зонда, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности зонда, (с) указанная мишень включает первую цепь мишени, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь мишени, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (d) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику, и указанная гетерополимерная последовательность зонда при необходимости образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
17. Комплекс по п.11, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность, (b) указанный зонд включает первую цепь зонда, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь зонда, содержащую вторую гетерополимерную последовательность зонда, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности зонда, (с) указанная мишень включает первую цепь, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь мишени, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (d) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная гетерополимерная последовательность зонда при необходимости образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику.
18. Комплекс по п.11, в котором: (а) указанная гетерополимерная последовательность зонда и указанная гетерополимерная последовательность мишени имеют антипараллельную направленность, (b) указанный зонд включает первую цепь зонда, содержащую указанную гетерополимерную последовательность зонда, и вторую цепь зонда, содержащую вторую гетерополимерную последовательность зонда, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности зонда, (с) указанная мишень включает первую цепь мишени, содержащую указанную гетерополимерную последовательность мишени, и вторую цепь мишени, содержащую вторую гетерополимерную последовательность мишени, которая комплементарна и антипараллельна указанной первой гетерополимерной последовательности мишени, и (d) указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику, и указанная гетерополимерная последовательность зонда при необходимости образует связи с указанной второй гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований.
19. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд занимает малую бороздку указанной мишени.
20. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд занимает большую бороздку указанной мишени.
21. Комплекс по п.3, в котором основания указанного зонда взаимодействуют с основаниями обеих цепей указанной мишени одновременно.
22. Комплекс по п.11, в котором основания указанного зонда взаимодействуют с основаниями обеих цепей указанной мишени одновременно.
23. Комплекс по п.1, в котором остов указанного зонда включает дезоксирибозофосфат.
24. Комплекс по п.1, в котором остов зонда незаряжен, частично отрицательно заряжен или заряжен положительно.
25. Комплекс по п.1, в котором, по меньшей мере, одно основание указанного зонда является синтетическим аналогом встречающегося в природе основания, имеющего специфическое сродство связывания по принципу комплементарности Уотсона-Крика или гомологичного связывания.
26. Способ анализа мишени, включающий: обеспечение образца, включающего указанную мишень, содержащую гетерополимерную последовательность мишени из нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; обеспечение зонда, содержащего гетерополимерную последовательность зонда из нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты; обеспечение гибридизационной смеси, включающей указанную мишень, указанный зонд, воду и буфер; инкубирование указанной гибридизационной смеси в течение времени инкубации, необходимого для связывания указанной гетерополимерной последовательности мишени с указанной гетерополимерной последовательностью зонда для обеспечения комплекса, и детектирование сигнала, коррелирующего со сродством связывания между указанным зондом и указанной мишенью, с целью анализа указанной мишени, причем указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику или гомологичного взаимодействия оснований, при условии, что в случае, когда указанный комплекс представлен дуплексом и указанная гетерополимерная последовательность зонда антипараллельна указанной гетерополимерной последовательности мишени, то указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, а в случае, когда указанный комплекс представлен триплексом, то указанный комплекс свободен от рекомбинационных белков.
27. Способ по п.26, в котором проводится детектирование соответствия или ошибочного спаривания (мисматча) между основаниями указанной гетерополимерной последовательности зонда и основаниями указанной гетерополимерной последовательности мишени.
28. Способ по п.26, в котором указанный зонд и указанная мишень являются одноцепочечными, и указанный комплекс представлен дуплексом, в котором указанная гетерополимерная последовательность зонда образует связи с указанной гетерополимерной последовательностью мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований или комплементарного взаимодействия оснований по Уотсону-Крику и указанная гетерополимерная последовательность зонда параллельна или антипараллельна указанной гетерополимерной последовательностью мишени.
29. Способ по п.26, в котором один из указанного зонда или указанной мишени является одноцепочечным, другой из указанного зонда или указанной мишени является двухцепочечным и указанный комплекс представлен триплексом.
30. Способ по п.26, в котором указанный зонд и указанная мишень являются двухцепочечными, и указанный комплекс представлен квадруплексом.
31. Способ по п.26, в котором указанная мишень ковалентно связана с подложкой, поверхностью или полупроницаемой мембраной.
32. Способ по п.26, в котором указанный зонд ковалентно связан с подложкой, поверхностью или полупроницаемой мембраной.
33. Способ по п.26, в котором к указанному комплексу прикладывается электрический ток или электромагнитная сила для создания или варьирования указанного
сигнала.
34. Способ по п.26, в котором указанный зонд или указанная мишень ковалентно связана с подложкой, поверхностью или полупроницаемой мембраной и к указанному комплексу прикладывается электрический ток или электромагнитная сила для создания или варьирования указанного сигнала.
35. Способ по п.26, дополнительно включающий повторяющееся варьирование условий указанной гибридизационной смеси для варьирования указанного сигнала, причем анализ указанной мишени проводят как функцию изменчивости сигнала в ответ на указанное варьирование.
36. Способ по п.35, в котором указанное варьирование вызывает диссоциацию указанного зонда от указанной мишени в указанном комплексе.
37. Способ по п.35, в котором указанное варьирование включает приложение первого воздействия и второго воздействия к указанной гибридизационной смеси, причем указанное первое воздействие имеет идентичную величину и противоположную полярность относительно указанного второго воздействия.
38. Способ по п.35, в котором указанное варьирование включает приложение серии воздействий, причем все указанные воздействия идентичны.
39. Способ по п.26, в котором указанный сигнал испускается, по меньшей мере, одной меткой, ковалентно связанной с указанным зондом.
40. Способ по п.26, в котором указанный сигнал испускается, по меньшей мере, одной меткой, ковалентно связанной с указанной мишенью.
41. Способ по п.26, в котором указанный сигнал испускается, по меньшей мере, одной меткой, нековалентно связанной с указанным комплексом.
42. Способ по п.26, в котором указанный зонд вторгается в указанную мишень, вытесняя последовательность оснований, связанную с указанной гетерополимерной последовательностью мишени таким образом, что основания гетерополимерной последовательности зонда связываются с основаниями гетерополимерной последовательности мишени по принципу распознавания оснований по Уотсону-Крику или распознавания гомологичных оснований.
43. Способ по п.26, в котором, по меньшей мере, один из указанного зонда или указанной мишени вводятся в гибридизационную смесь в обезвоженном виде.
44. Способ по п.26, в котором способ выполняется без денатурации указанного зонда или указанной мишени.
45. Способ по п.26, в котором указанная гибридизационная смесь дополнительно включает, по меньшей мере, один промотор связывания.
46. Способ по п.45, в котором указанный, по меньшей мере, один промотор связывания является конденсирующим агентом или деконденсирующим агентом.
47. Способ по п.45, в котором указанный промотор является членом, выбранным из группы, состоящей из YOYO-1, ТОТО-1, YOYO-3, ТОТО-3, РОРО-1, ВОВО-1, РОРО-3, ВОВО-3, LOLO-1, JOJO-1, димеров цианина, YO-PRO-1, TO-PRO-1, YO-PRO-3, TO-PRO-3, TO-PRO-5, PO-PRO-1, BO-PRO-1, PO-PRO-3, BO-PRO-3, LO-PRO-1, JO-PRO-1, мономеров цианина, бромида этидия, гомодимера-1 этидия, гомодимера-2 этидия, производных этидия, акридина, акридиноранжа, производных акридина, гетеродимера этидия-акридина, моноазида этидия, иодида пропидия, красителей SYTO, SYBR Green 1, красителей SYBR, Pico Green, красителей SYTOX и 7-аминоактиномицина D.
48. Способ по п.45, в котором концентрация указанного, по меньшей мере, одного промотора такова, что она благоприятствует одной связывающей структуре указанного комплекса в ущерб другим возможным связывающим структурам указанного комплекса.
49. Способ по п.26, дополнительно включающий оптическое картирование или оптическое секвенирование указанной мишени.
50. Способ по п.26, в котором указанный сигнал включает серию сигналов, детектируемых при серийно варьируемых условиях.
51. Способ по п.36, в котором указанное свойство указанного диссоциирования коррелирует со сродством связывания между указанным зондом и указанной мишенью.
52. Способ по п.26, в котором: (а) обеспечиваются условия гомологичного связывания, и неполностью гомологичный зонд не связывается с указанной мишенью либо связывается с указанной мишенью с меньшей эффективностью, или (b) обеспечиваются условия комплементарного связывания по Уотсону-Крику, и неполностью комплементарный зонд не связывается с указанной мишенью либо связывается с указанной мишенью с меньшей эффективностью.
53. Комплекс по п.1, дополнительно включающий, по меньшей мере, одно свободное основание - нуклеотид или нуклеозид, связанный, по меньшей мере, с одним из указанного зонда и указанной мишени.
54. Комплекс по п.1, дополнительно включающий, по меньшей мере, один белок или фермент, связанный, по меньшей мере, с одним из указанного зонда или указанной мишенью.
55. Комплекс по п.1, в котором указанный комплекс находится в растворе, на твердой подложке, in vitro, in vivo или in silico.
56. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд представляет собой гетерополимерную ПНК, связанную с указанной гетерополимерной последовательностью
мишени посредством гомологичного взаимодействия оснований, и указанная мишень представляет собой дуплекс.
57. Комплекс по п.56, в котором указанный зонд вторгается в указанную дуплексную мишень для связывания с указанной гетерополимерной последовательностью мишени.
58. Комплекс по п.1, в котором указанный зонд представляет собой дуплекс и, по меньшей мере, одна цепь зонда незаряжена, частично отрицательно заряжена или заряжена положительно, и указанная мишень является одноцепочечной или двухцепочечной.
59. Комплекс по п.1, приспособленный для аналитического, диагностического, терапевтического или генноинженерного применения.
60. Комплекс по п.1, дополнительно включающий, по меньшей мере, один промотор связывания из образующей комплекс смеси.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US09/909,496 US6656692B2 (en) | 1999-12-21 | 2001-07-20 | Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes |
US09/909,496 | 2001-07-20 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2004105040A true RU2004105040A (ru) | 2005-05-27 |
RU2304169C2 RU2304169C2 (ru) | 2007-08-10 |
Family
ID=25427322
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2004105040/13A RU2304169C2 (ru) | 2001-07-20 | 2002-07-15 | Способ анализа мишени, содержащей гетерополимерную последовательность нуклеиновой кислоты или аналога нуклеиновой кислоты, и комплекс, содержащий мишень |
Country Status (15)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US6656692B2 (ru) |
EP (1) | EP1463831A4 (ru) |
JP (1) | JP2005527181A (ru) |
KR (1) | KR100699367B1 (ru) |
CN (1) | CN100560733C (ru) |
AU (1) | AU2002345301B2 (ru) |
BR (1) | BR0211264A (ru) |
CA (1) | CA2454300C (ru) |
CO (1) | CO5560626A2 (ru) |
IL (1) | IL159927A0 (ru) |
MX (1) | MXPA04000626A (ru) |
NZ (1) | NZ531258A (ru) |
RU (1) | RU2304169C2 (ru) |
WO (1) | WO2003010326A2 (ru) |
ZA (1) | ZA200401362B (ru) |
Families Citing this family (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7052844B2 (en) * | 1999-12-21 | 2006-05-30 | Ingeneus, Inc. | Purification of DS-DNA using heteropolymeric capture probes and a triplex, quadruplex or homologous duplex binding mechanism |
US6927027B2 (en) * | 1999-12-21 | 2005-08-09 | Ingeneus Corporation | Nucleic acid multiplex formation |
US7220541B2 (en) * | 2000-01-24 | 2007-05-22 | Ingeneus, Inc. | Homogeneous assay of biopolymer binding by means of multiple measurements under varied conditions |
US20060100278A1 (en) * | 2002-08-20 | 2006-05-11 | Cooper Garth J S | Dosage forms and related therapies |
US20040142329A1 (en) * | 2003-01-17 | 2004-07-22 | Ingeneus Corporation | Probe conjugation to increase multiplex binding motif preference |
US20040180345A1 (en) * | 2003-03-14 | 2004-09-16 | Ingeneus Corporation | Pre-incubation method to improve signal/noise ratio of nucleic acid assays |
GB0310270D0 (en) * | 2003-05-03 | 2003-06-11 | Univ Edinburgh | Biomolecular devices |
EP1730158A2 (en) * | 2003-08-06 | 2006-12-13 | Cygene, Inc. | Methods and compositions for in vitro and in vivo use of parallel stranded hairpins and triplex structures as nucleic acid ligands |
RU2464320C2 (ru) * | 2004-09-24 | 2012-10-20 | Инджиниес Инк. | Геномный анализ |
US20090018028A1 (en) * | 2005-05-12 | 2009-01-15 | Stuart Lindsay | Self-Assembled Nucleic Acid Nanoarrays and Uses Therefor |
KR100833492B1 (ko) * | 2005-12-08 | 2008-05-29 | 한국전자통신연구원 | 핵산 나노구조체 및 그의 제조 방법 |
EP3075867B1 (en) * | 2008-09-03 | 2019-03-13 | Quantumdx Group Limited | Sensing strategies and methods for nucleic acid detection using biosensors |
MX340258B (es) * | 2011-01-11 | 2016-07-01 | Seegene Inc | Detección de secuencias de ácido nucleico objetivo mediante ensayo de escisión y extensión del pto. |
EP3626831B1 (en) * | 2012-02-09 | 2022-03-02 | Life Technologies Corporation | Conjugated polymeric particle and method of making same |
US10780051B2 (en) | 2014-10-09 | 2020-09-22 | Albert Einstein College Of Medicine | Programmed cargo release using nucleic acid-stabilized micelles |
CN108047135B (zh) * | 2017-12-29 | 2019-12-17 | 苏州宇恒生物科技有限公司 | 一种荧光染料及其制备方法与在细菌检测中的应用 |
CN113971015B (zh) * | 2021-11-10 | 2023-09-08 | 哲库科技(北京)有限公司 | Uia2计算电路及其数据处理方法、芯片、电子设备及存储介质 |
Family Cites Families (56)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4220450A (en) | 1978-04-05 | 1980-09-02 | Syva Company | Chemically induced fluorescence immunoassay |
FR2558172B1 (fr) | 1984-01-16 | 1986-06-13 | Inst Nat Sante Rech Med | Sonde contenant un acide nucleique modifie et reconnaissance par des anticorps specifiques et utilisation de cette sonde et de ces anticorps specifiques pour detecter et caracteriser une sequence d'adn homologue |
US5011769A (en) | 1985-12-05 | 1991-04-30 | Meiogenics U.S. Limited Partnership | Methods for detecting nucleic acid sequences |
US4876187A (en) | 1985-12-05 | 1989-10-24 | Meiogenics, Inc. | Nucleic acid compositions with scissile linkage useful for detecting nucleic acid sequences |
US5422251A (en) * | 1986-11-26 | 1995-06-06 | Princeton University | Triple-stranded nucleic acids |
US5928863A (en) | 1986-11-26 | 1999-07-27 | Princeton University | Triple-stranded nucleic acids |
US5874555A (en) * | 1987-10-30 | 1999-02-23 | California Institute Of Technology | Triple helices and processes for making same |
US5403711A (en) | 1987-11-30 | 1995-04-04 | University Of Iowa Research Foundation | Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved |
EP0440749B1 (en) | 1988-08-31 | 1997-05-28 | Aprogenex, Inc. | Manual in situ hybridization assay |
US5720928A (en) | 1988-09-15 | 1998-02-24 | New York University | Image processing and analysis of individual nucleic acid molecules |
US6147198A (en) | 1988-09-15 | 2000-11-14 | New York University | Methods and compositions for the manipulation and characterization of individual nucleic acid molecules |
US5176996A (en) | 1988-12-20 | 1993-01-05 | Baylor College Of Medicine | Method for making synthetic oligonucleotides which bind specifically to target sites on duplex DNA molecules, by forming a colinear triplex, the synthetic oligonucleotides and methods of use |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US5824477A (en) | 1990-09-12 | 1998-10-20 | Scientific Generics Limited | Electrochemical denaturation of double-stranded nucleic acid |
EP0566670A4 (en) * | 1990-12-17 | 1993-12-08 | Idexx Laboratories, Inc. | Nucleic acid sequence detection by triple helix formation |
US5539082A (en) | 1993-04-26 | 1996-07-23 | Nielsen; Peter E. | Peptide nucleic acids |
US6048690A (en) | 1991-11-07 | 2000-04-11 | Nanogen, Inc. | Methods for electronic fluorescent perturbation for analysis and electronic perturbation catalysis for synthesis |
US5558998A (en) | 1992-02-25 | 1996-09-24 | The Regents Of The Univ. Of California | DNA fragment sizing and sorting by laser-induced fluorescence |
WO1993018187A1 (en) * | 1992-03-13 | 1993-09-16 | California Institute Of Technology | Triple helix recognition of dna |
US5332659A (en) | 1992-04-09 | 1994-07-26 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Light emission-or absorbance-based binding assays for polynucleic acids |
JPH06153997A (ja) | 1992-11-27 | 1994-06-03 | Canon Inc | 検出信号増幅による標的核酸の検出方法 |
US6027880A (en) | 1995-08-02 | 2000-02-22 | Affymetrix, Inc. | Arrays of nucleic acid probes and methods of using the same for detecting cystic fibrosis |
US5861124A (en) | 1993-07-15 | 1999-01-19 | Hamamatsu Photonics Kk | Method and apparatus for detecting denaturation of nucleic acid |
WO1995005480A2 (en) | 1993-08-18 | 1995-02-23 | Id Biomedical Corporation | Compositions and methods for detecting target nucleic acid sequences utilizing flanking sequence enzyme molecules |
EP0748382B1 (en) | 1993-09-02 | 2002-11-06 | Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. | Non-nucleotide containing enzymatic nucleic acid |
US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
WO1995014106A2 (en) | 1993-11-17 | 1995-05-26 | Id Biomedical Corporation | Cycling probe cleavage detection of nucleic acid sequences |
US5998193A (en) | 1994-06-24 | 1999-12-07 | Gene Shears Pty., Ltd. | Ribozymes with optimized hybridizing arms, stems, and loops, tRNA embedded ribozymes and compositions thereof |
JP3189000B2 (ja) * | 1994-12-01 | 2001-07-16 | 東ソー株式会社 | 特定核酸配列の検出方法 |
US5814516A (en) | 1995-10-13 | 1998-09-29 | Lockheed Martin Energy Systems, Inc. | Surface enhanced Raman gene probe and methods thereof |
US5824557A (en) | 1996-04-02 | 1998-10-20 | Panvera Corporation | Method for detecting and quantitating nucleic acid impurities in biochemical preparations |
SE506700C2 (sv) | 1996-05-31 | 1998-02-02 | Mikael Kubista | Sond och förfaranden för analys av nukleinsyra |
US5948897A (en) | 1996-06-14 | 1999-09-07 | Simon Fraser University | Method of binding two or more DNA double helices and products formed |
US5912332A (en) | 1996-07-26 | 1999-06-15 | Hybridon, Inc. | Affinity-based purification of oligonucleotides using soluble multimeric oligonucleotides |
US5691145A (en) | 1996-08-27 | 1997-11-25 | Becton, Dickinson And Company | Detection of nucleic acids using G-quartets |
US6030861A (en) | 1997-01-02 | 2000-02-29 | Texas Instruments Incorporated | Method for forming dual-gate CMOS for dynamic random access memory |
US6046004A (en) | 1997-02-27 | 2000-04-04 | Lorne Park Research, Inc. | Solution hybridization of nucleic acids with antisense probes having modified backbones |
US6251591B1 (en) | 1997-02-27 | 2001-06-26 | Lorne Park Research, Inc. | Quantitative method for detecting nucleotide concentration |
DE69814848T2 (de) * | 1997-02-27 | 2004-05-06 | Ingeneus Corp. | Untersuchung von nukleotiden in loesung mit hilfe von pna-sonden |
US6060242A (en) | 1997-02-27 | 2000-05-09 | Lorne Park Research, Inc. | PNA diagnostic methods |
US5846729A (en) * | 1997-02-27 | 1998-12-08 | Lorne Park Research, Inc. | Assaying nucleotides in solution using a fluorescent intensity quenching effect |
US6312925B1 (en) | 1997-05-08 | 2001-11-06 | Epoch Pharmaceuticals, Inc. | Methods and compositions to facilitate D-loop formation by oligonucleotides |
US6013442A (en) | 1997-08-05 | 2000-01-11 | Wisconsin Alumni Res Found | Direct quantitation of low copy number RNA |
GB9725197D0 (en) | 1997-11-29 | 1998-01-28 | Secr Defence | Detection system |
US6287772B1 (en) * | 1998-04-29 | 2001-09-11 | Boston Probes, Inc. | Methods, kits and compositions for detecting and quantitating target sequences |
US6017709A (en) | 1998-04-29 | 2000-01-25 | University Of Houston | DNA replication templates stabilized by guanine quartets |
US6255469B1 (en) * | 1998-05-06 | 2001-07-03 | New York University | Periodic two and three dimensional nucleic acid structures |
US6255050B1 (en) | 1998-05-22 | 2001-07-03 | Lorne Park Research, Inc. | Dynamic hybridization system |
GB9812768D0 (en) | 1998-06-13 | 1998-08-12 | Zeneca Ltd | Methods |
GB9821989D0 (en) | 1998-10-08 | 1998-12-02 | Hybaid Ltd | Detection of nucleic acid polymorphism |
US6403313B1 (en) * | 1999-12-21 | 2002-06-11 | Ingeneus Corporation | Fluorescent intensity assay for duplex and triplex nucleic acid hybridization solution utilizing fluorescent intercalators |
US6900300B1 (en) * | 2000-09-19 | 2005-05-31 | Ingeneus Corporation | Quadruplex DNA and duplex probe systems |
US6420115B1 (en) * | 1999-12-21 | 2002-07-16 | Ingeneus Corporation | Cation mediated triplex hybridization assay |
WO2000043543A1 (en) | 1999-01-19 | 2000-07-27 | Dade Behring Inc. | Detection of differences between polynucleotides |
US6927027B2 (en) * | 1999-12-21 | 2005-08-09 | Ingeneus Corporation | Nucleic acid multiplex formation |
US6265170B1 (en) * | 2000-01-24 | 2001-07-24 | Ingeneus Corporation | Homogenous assay of duplex of triplex hybridization by means of multiple measurements under varied conditions |
-
2001
- 2001-07-20 US US09/909,496 patent/US6656692B2/en not_active Expired - Lifetime
-
2002
- 2002-07-15 RU RU2004105040/13A patent/RU2304169C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2002-07-15 EP EP02743548A patent/EP1463831A4/en not_active Withdrawn
- 2002-07-15 BR BR0211264-7A patent/BR0211264A/pt not_active IP Right Cessation
- 2002-07-15 AU AU2002345301A patent/AU2002345301B2/en not_active Ceased
- 2002-07-15 WO PCT/IB2002/002791 patent/WO2003010326A2/en active Application Filing
- 2002-07-15 CN CNB028146891A patent/CN100560733C/zh not_active Expired - Fee Related
- 2002-07-15 IL IL15992702A patent/IL159927A0/xx unknown
- 2002-07-15 KR KR1020047001025A patent/KR100699367B1/ko not_active IP Right Cessation
- 2002-07-15 JP JP2003515676A patent/JP2005527181A/ja active Pending
- 2002-07-15 MX MXPA04000626A patent/MXPA04000626A/es active IP Right Grant
- 2002-07-15 NZ NZ531258A patent/NZ531258A/en unknown
- 2002-07-15 CA CA2454300A patent/CA2454300C/en not_active Expired - Fee Related
-
2004
- 2004-02-19 ZA ZA200401362A patent/ZA200401362B/en unknown
- 2004-02-20 CO CO04015135A patent/CO5560626A2/es unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR100699367B1 (ko) | 2007-03-27 |
CN100560733C (zh) | 2009-11-18 |
KR20040023671A (ko) | 2004-03-18 |
EP1463831A4 (en) | 2005-03-23 |
EP1463831A2 (en) | 2004-10-06 |
NZ531258A (en) | 2008-04-30 |
BR0211264A (pt) | 2005-03-29 |
WO2003010326A3 (en) | 2004-07-22 |
AU2002345301B2 (en) | 2006-08-24 |
CA2454300C (en) | 2013-11-19 |
CA2454300A1 (en) | 2003-02-06 |
US6656692B2 (en) | 2003-12-02 |
WO2003010326A2 (en) | 2003-02-06 |
CN1650026A (zh) | 2005-08-03 |
CO5560626A2 (es) | 2005-09-30 |
IL159927A0 (en) | 2004-06-20 |
MXPA04000626A (es) | 2004-07-08 |
JP2005527181A (ja) | 2005-09-15 |
ZA200401362B (en) | 2005-05-27 |
RU2304169C2 (ru) | 2007-08-10 |
US20020031775A1 (en) | 2002-03-14 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2004105040A (ru) | Параллельное или антипараллельное, гомологическое или комплементарное связывание нуклеиновых кислот или их аналогов с образованием двойных, тройных или четверных комплексов | |
US9988667B2 (en) | Device and methods for epigenetic analysis | |
Levy-Sakin et al. | Beyond sequencing: optical mapping of DNA in the age of nanotechnology and nanoscopy | |
EP1586068B1 (en) | Methods for analyzing polymer populations | |
Nolan et al. | Flow cytometry: a versatile tool for all phases of drug discovery | |
US20030235854A1 (en) | Methods for analyzing a nucleic acid | |
CN114250283B (zh) | 基于环境敏感染料的单色荧光mrt基因测序试剂及方法 | |
WO2002022883A1 (en) | Combinatorial fluorescence energy transfer tags and uses thereof | |
WO2000077260A8 (en) | Genomic profiling: a rapid method for testing a complex biological sample for the presence of many types of organisms | |
RU2004101294A (ru) | Образование мультиплексов нуклеиновых кислот | |
CA2591652A1 (en) | Id-tag complexes, arrays, and methods of use thereof | |
De Angelis | Why FRET over genomics? | |
JP2004534541A5 (ru) | ||
WO2020126593A1 (en) | Compositions for use in polyunucleotide sequencing | |
CN102634587A (zh) | Dna芯片组合延伸检测碱基连续突变的方法 | |
EP3427171A1 (en) | Method for analyzing a sequence of target regions and detect anomalies | |
WO2016178953A1 (en) | Multiplex analysis of gene expression in individual living cells | |
CN107557459A (zh) | 一种联合使用DNA水凝胶和DNAzyme检测SNP的方法 | |
US20080044821A1 (en) | Nucleic acid array having fixed nucleic acid anti-probes and complementary free nucleic acid probes | |
US20060084101A1 (en) | Two-color chemiluminescent microarray system | |
US20040101843A1 (en) | Detection of methylated DNA sites | |
CN1435492A (zh) | 一种非标记检测dna结合蛋白的芯片及其制备、应用方法 | |
US20100056388A1 (en) | Nucleic acid array having fixed nucleic acid anti-probes and complementary free nucleic acid probes | |
US20210310081A1 (en) | Oligonucleotide probe for the specific detection of microorganisms, corresponding method and use | |
Murakami et al. | Separation of single-stranded DNAs using DNA conjugates having different migration properties in capillary electrophoresis |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20080716 |