RU2004101294A - Образование мультиплексов нуклеиновых кислот - Google Patents

Образование мультиплексов нуклеиновых кислот Download PDF

Info

Publication number
RU2004101294A
RU2004101294A RU2004101294/13A RU2004101294A RU2004101294A RU 2004101294 A RU2004101294 A RU 2004101294A RU 2004101294/13 A RU2004101294/13 A RU 2004101294/13A RU 2004101294 A RU2004101294 A RU 2004101294A RU 2004101294 A RU2004101294 A RU 2004101294A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
chains
specified
watson
pairing
crick
Prior art date
Application number
RU2004101294/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2304168C2 (ru
Inventor
Глен Х. ЭРИКСОН (BS)
Глен Х. ЭРИКСОН
Джэсмин И. ДЭКСИС (CA)
Джэсмин И. ДЭКСИС
Айвена КЭНДИК (CA)
Айвена КЭНДИК
Пьер ПИКАР (CA)
Пьер ПИКАР
Original Assignee
Инджиниес Корпорейшн (Bb)
Инджиниес Корпорейшн
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Инджиниес Корпорейшн (Bb), Инджиниес Корпорейшн filed Critical Инджиниес Корпорейшн (Bb)
Publication of RU2004101294A publication Critical patent/RU2004101294A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2304168C2 publication Critical patent/RU2304168C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6839—Triple helix formation or other higher order conformations in hybridisation assays

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Claims (55)

1. Способ создания мультиплекса нуклеиновых кислот, включающий стадии:
1) создания смеси, содержащей воду, дуплекс Уотсона-Крика, достаточное число одноцепочечных молекул с последовательностью смешанных оснований для образования мультиплекса, который включает в себя дуплекс Уотсона-Крика, и акселераторный (катализирующий) агент, который увеличивает скорость или количество образования мультиплекса, причем указанный мультиплекс является триплексом или квадруплексом, где указанные одноцепочечные молекула или молекулы выбраны таким образом, что при нахождении в мультиплексе каждая из них является связанной со всеми другими цепями этого мультиплекса прикреплением по правилам спаривания оснований, причем эти правила являются либо правилами спаривания оснований Уотсона-Крика, либо правилами спаривания оснований гомологичного связывания; и
2) инкубирования указанной смеси для образования этого мультиплекса, причем каждая цепь указанного мультиплекса связана со всеми другими цепями этого мультиплекса прикреплением в соответствии с правилами спаривания оснований;
при условии, что в этом мультиплексе дуплекс Уотсона-Крика, добавляемый на стадии (1), является гетерополимерным с содержанием G-C от 10 до 90%.
2. Способ по п.1, где созданный мультиплекс является триплексом, на стадии (1) достаточным числом одноцепочечных молекул является 1, а на стадии (2) образуется этот триплекс.
3. Способ по п.1, где указанный дуплекс, по существу, сохраняет его двухспиральную структуру, и одноцепочечная молекула находится в бороздке этой двухспиральной структуры.
4. Способ по п.3, где указанная одноцепочечная молекула связана с одной цепью этого дуплекса по правилам спаривания оснований Уотсона-Крика, а со второй цепью этого дуплекса по правилам спаривания оснований гомологичного связывания.
5. Способ по п.4, где указанный дуплекс, по существу, сохраняет его двухспиральную структуру, а одноцепочечная молекула находится в бороздке этой двухспиральной структуры.
6. Способ по п.1, где в указанном мультиплексе дуплекс Уотсона-Крика, добавляемый на стадии (1), является гетерополимерным с содержанием G-C от 10 до 90%, и, кроме того, объединенные частоты встречаемости в нем димеров пурин-пиримидин и димеров пиримидин-пурин превышают 25%.
7. Способ по п.1, где стадии (1) и (2) выполняют с цепями и/или дуплексами нуклеиновых кислот не в клетке.
8. Способ по п.1, где стадию (2) выполняют без помощи белка.
9. Способ по п.1, где в стадии (1) воду добавляют таким образом, что она составляет, в расчете на объем, по меньшей мере, 50% конечного объема этой смеси.
10. Способ по п.1, где в стадии (1) воду добавляют таким образом, что она составляет, в расчете на объем, по меньшей мере, 80% конечного объема этой смеси.
11. Способ по п.1, где в стадии (1) воду добавляют таким образом, что она составляет, в расчете на объем, всю жидкость, добавленную к этой смеси.
12. Способ по п.1, где стадию (2) выполняют при температуре или при температурах, превышающих температуру замерзания этого водного раствора и не превышающих 85°С.
13. Способ по п.12, где стадию (2) выполняют при температуре или при температурах от 5 до 30°С.
14. Способ по п.13, где стадию (2) выполняют при температуре или при температурах от 15 до 25°С.
15. Способ по п.1, где в стадии (1) в качестве акселераторного агента (катализатора) добавляют катион.
16. Способ по п.15, где указанный катион является Na+, обеспечиваемым в концентрации 50 - 125 мМ.
17. Способ по п.15, где указанный катион выбран из группы, состоящей из Mn+2, обеспечиваемого в концентрации 10 - 45 мМ, Mg+2, обеспечиваемого в концентрации 10 - 45 мМ и Ni+2, обеспечиваемого в концентрации 20 мМ.
18. Способ по п.1, где в стадии (1) в качестве акселераторного агента добавляют интеркалятор.
19. Способ по п.18, где интеркалятор является флуоресцентным интеркалятором.
20. Способ по п.19, где флуоресцентный интеркалятор выбран из группы, состоящей из YOYO-1, ТОТО-1, YOYO-3, ТОТО-3, РОРО-1, ВОВО-1, РОРО-3, ВОВО-3, LOLO-1, JOJO-1, димеров цианина, YO-PRO-1, TO-PRO-1, YO-PRO-3, TO-PRO-3, ТО-PRO-5, PO-PRO-1, BO-PRO-1, PO-PRO-3, BO-PRO-3, LO-PRO-1, JO-PRO-1, мономеров цианина, бромида этидия, гомодимера-1 этидия, гомодимера-2 этидия, производных этидия, акридина, акридинового оранжевого, производных акридина, гетродимера этидий-акридин, моноазида этидия, иодида пропидия, красителей SYTO, SYBR Зеленого 1, красителей SYBR, Pico Зеленого, красителей SYTOX и 7-аминоактиномицина D.
21. Способ по п.1, где указанный акселераторный агент является неинтеркалирующимся флуорофором.
22. Способ по п.21, где указанный неинтеркалирующийся флуорофор выбран из группы, состоящей из биотина, родамина, красителей Alexa, красителей BODIPY, конъюгатов биотина, тиол-реактивных зондов, флуоресцеина и производных, в том числе, но не ограничивающихся ими, "заключенных" зондов, Орегонового Зеленого, Родаминового Зеленого, красителей QSY.
23. Способ по п.1, где в стадии (1) указанный акселераторный агент является интеркалятором, который связывается с малой и/или большой бороздкой дуплекса Уотсона-Крика.
24. Способ по п.1, где в стадии (1) указанный акселераторный агент при 25°С является жидкостью.
25. Способ по п.24, где в стадии (1) указанный акселераторный агент является органической жидкостью, растворимой в воде.
26. Способ по п.1, где в стадии (1) добавляют акселераторный агент, который является агентом конденсации в отношении дуплекса Уотсона-Крика.
27. Способ по п.1, где в стадии (1) добавляют акселераторный агент, который является агентом деконденсации в отношении дуплекса Уотсона-Крика.
28. Способ обнаружения триплекса, причем указанный способ включает способ по п.2 и дополнительно включает дополнительную стадию (3), в которой этот триплекс детектируют.
29. Способ по п.1, где созданный мультиплекс является квадруплексом, на стадии (1) дуплекс Уотсона-Крика является первым дуплексом Уотсона-Крика и на стадии (1) достаточным числом одноцепочечных молекул является 2, указанные одноцепочечные молекулы находятся во втором дуплексе Уотсона-Крика и на стадии (2) этот квадруплекс образуется из указанного первого и второго дуплексов, предпочтительно стадию (1) выполняют с двумя одноцепочечными молекулами, уже находящимися во втором дуплексе Уотсона-Крика.
30. Способ детектирования квадруплекса, причем указанный способ включает способ по п.29 и дополнительно включает дополнительную стадию (3), в которой этот квадруплекс детектируют.
31. Триплекс, содержащий одноцепочечный зонд, связанный с двухцепочечной нуклеиновой кислотой-мишенью, где этот зонд содержит гетерополимерную нуклеиновую кислоту или аналог гетерополимерной нуклеиновой кислоты, и все триплеты оснований этого комплекса являются членами, выбранными из группы, состоящей из А-Т-А, Т-А-Т, U-A-T, T-A-U, A-U-A, U-A-U, G-C-G и C-G-C.
32. Триплекс по п.31, где указанная двухцепочечная нуклеиновая кислота-мишень, по существу, сохраняет ее двухспиральную структуру, а гетерополимерные нуклеиновая кислота или аналог находятся в бороздке этой двухспиральной структуры.
33. Триплекс по п.31, где гетерополимерные нуклеиновая кислота и аналог по отдельности имеют содержание G-C от 10 до 90%.
34. Триплекс по п.33, где двухцепочечная нуклеиновая кислота-мишень, по существу, сохраняет ее двухспиральную структуру, а гетерополимерные нуклеиновая кислота или аналог находятся в бороздке этой двухспиральной структуры.
35. Квадруплекс, содержащий:
первую цепь, содержащую первую последовательность нуклеооснований;
вторую цепь, содержащую вторую последовательность нуклеооснований, где указанная вторая цепь связана с указанной первой цепью образованием связи Уотсона-Крика;
третью цепь, содержащую третью последовательность нуклеооснований; и четвертую цепь, содержащую четвертую последовательность нуклеооснований,
причем указанная четвертая цепь связана с указанной третьей цепью с образованием связи Уотсона-Крика.
36. Квадруплекс по п.35, где каждая из указанных четырех цепей является гетерополимерной с содержанием G-C между 10 и 90%.
37. Квадруплекс по п.35, где либо (1) вторая и четвертая цепи выстроены в параллельном 3'→5'-направлении и связывание между этими 2 цепями соответствует правилам спаривания гомологичных оснований; либо (2) первая и третья цепи выстроены в параллельном 5'→3'-направлении и связывание между этими 2 цепями соответствует правилам спаривания гомологичных оснований; либо (3) вторая и четвертая цепи выстроены в параллельном 3'→5'-направлении и связывание между указанными второй и четвертой цепями соответствует правилам спаривания гомологичных оснований и, кроме того, первая и третья цепи выстроены в параллельном 5'→3'-направлении и связывание между указанными первой и третьей цепями соответствует правилам спаривания гомологичных оснований.
38. Квадруплекс по п.37, где каждая из указанных четырех цепей является гетерополимерной с содержанием G-C от 10 до 90%.
39. Квадруплекс по п.35, где либо (1) вторая и четвертая цепи выстроены в параллельном 3'→5'-направлении и связывание между этими 2 цепями соответствует правилам спаривания Уотсона-Крика; либо (2) первая и третья цепи выстроены в параллельном 5'→3'-направлении и связывание между этими 2 цепями соответствует правилам спаривания Уотсона-Крика; либо (3) вторая и четвертая цепи выстроены в параллельном 3'→5'-направлении и связывание между указанными второй и четвертой цепями соответствует правилам спаривания Уотсона-Крика и, кроме того, первая и третья цепи выстроены в параллельном 5'→3'-направлении и связывание между указанными первой и третьей цепями соответствует правилам спаривания Уотсона-Крика.
40. Квадруплекс по п.39, где каждая из указанных четырех цепей является гетерополимерной с содержанием G-C от 10 до 90%.
41. Квадруплекс по п.35, где либо (1) первая и четвертая цепи выстроены в антипараллельных 5'→3' и 3'→5'-направлениях, соответственно, и связывание между этими 2 цепями соответствует правилам спаривания оснований Уотсона-Крика; либо (2) вторая и третья цепи выстроены в антипараллельных 3'→5' и 5'→3'-направлениях, соответственно, и связывание между этими 2 цепями соответствует правилам спаривания оснований Уотсона-Крика; либо (3) первая и четвертая цепи выстроены в антипараллельных 5'→3' и 3'→5'-направлениях, соответственно, и связывание между указанными первой и четвертой цепями соответствует правилам спаривания оснований Уотсона-Крика и, кроме того, вторая и третья цепи выстроены в антипараллельных 3'→5' и 5'→3'-направлениях, соответственно, и связывание между указанными второй и третьей цепями соответствует правилам спаривания оснований Уотсона-Крика.
42. Квадруплекс по п.41, где каждая из указанных четырех цепей является гетерополимерной с содержанием G-C от 10 до 90%.
43. Квадруплекс по п.35, где либо (1) первая и четвертая цепи выстроены в антипараллельных 5'→3' и 3'→5'-направлениях, соответственно, и связывание между этими 2 цепями соответствует правилам спаривания гомологичных оснований; либо (2) вторая и третья цепи выстроены в антипараллельных 3'→5' и 5'→3'-направлениях, соответственно, и связывание между этими 2 цепями соответствует правилам спаривания гомологичных оснований; либо (3) первая и четвертая цепи выстроены в антипараллельных 5'→3' и 3'→5'-направлениях, соответственно, и связывание между указанными первой и четвертой цепями соответствует правилам спаривания гомологичных оснований и, кроме того, вторая и третья цепи выстроены в антипараллельных 3'→5' и 5'→3'-направлениях, соответственно, и связывание между указанными второй и третьей цепями соответствует правилам спаривания гомологичных оснований.
44. Квадруплекс по п.43, где каждая из указанных четырех цепей является гетерополимерной с содержанием G-C от 10 до 90%.
45. Квадруплекс по п.35, где каждое взаимодействующее основание указанной первой цепи взаимодействует специфически как с соседним основанием на указанной третьей цепи, так и с основанием на указанной четвертой цепи, основанием, с которым связано основание указанной третьей цепи.
46. Квадруплекс по п.45, где каждая из указанных четырех цепей является гетерополимерной с содержанием G-C от 10 до 90%.
47. Квадруплекс по п.35, где каждое взаимодействующее основание указанной второй цепи взаимодействует специфически как с соседним основанием на указанной четвертой цепи, так и с основанием на указанной третьей цепи, основанием, с которым связано основание указанной четвертой цепи.
48. Квадруплекс по п.47, где каждая из указанных четырех цепей является гетерополимерной с содержанием G-C от 10 до 90%.
49. Способ по п.2, причем указанный способ дополнительно включает в себя стадию (3), в которой указанный триплекс детектируют.
50. Способ по п.29, причем указанный способ дополнительно включает в себя стадию (3), в которой указанный квадруплекс детектируют.
51. Способ по п.49, где указанный способ различает точное спаривание по правилам спаривания оснований, ошибочное спаривание или делению одного основания и ошибочное спаривание или делецию 2 оснований, между дуплексом и одноцепочечной молекулой в этом триплексе.
52. Способ по п.50, где указанный способ различает точное спаривание по правилам спаривания оснований, ошибочное спаривание или делецию одного основания и ошибочное спаривание или делецию 2 оснований, между первым и вторым дуплексами Уотсона-Крика.
53. Способ обнаружения триплекса, предусматривающий:
обеспечение двухцепочечной нуклеиновой кислоты-мишени или аналога нуклеиновой кислоты, содержащего последовательность-мишень, где указанная последовательность-мишень содержит, по меньшей мере, одно пуриновое основание и, по меньшей мере, одно пиримидиновое основание;
обеспечение зонда, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты или последовательность аналога нуклеиновой кислоты;
обеспечение акселераторного агента;
добавление указанного зонда, указанной последовательности-мишени и указанного акселераторного агента к среде для обеспечения тест-пробы, содержащей триплексный комплекс, содержащий указанный зонд, связанный с указанной последовательностью-мишенью, где все триплеты оснований указанного комплекса являются членами, выбранными из группы, состоящей из А-Т-А, Т-А-Т, U-A-T, T-A-U, A-U-A, U-A-U, G-C-G и C-G-C;
облучение указанной тест-пробы возбуждающим излучением для индуцирования испускания флуоресцентного излучения этой тест-пробой;
детектирование интенсивности указанного флуоресцентного излучения, где указанная интенсивность коррелирует с аффинностью связывания между указанным зондом и указанной последовательностью-мишенью; и
определение из указанной интенсивности степени спаривания между указанным зондом и указанной последовательностью-мишенью,
причем указанный способ является гомогенным анализом, проводимым без обеспечения гасящего сигнал агента на указанной последовательности-мишени или на указанном зонде.
54. Способ обнаружения триплекса, предусматривающий:
обеспечение нуклеиновой кислоты-мишени или аналога нуклеиновой кислоты, имеющего последовательность-мишень, где указанная последовательность-мишень содержит, по меньшей мере, одно пуриновое основание и, по меньшей мере, одно пиримидиновое основание;
обеспечение двухцепочечного зонда, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты или последовательность аналога нуклеиновой кислоты;
обеспечение акселераторного агента гибридизации;
добавление указанного зонда, указанной мишени и указанного акселераторного агента гибридизации к среде для обеспечения тест-пробы, содержащей триплекс Уотсона-Крика, содержащий указанный зонд, связанный с указанной последовательностью-мишенью;
облучение указанной тест-пробы возбуждающим излучением для индуцирования испускания флуоресцентного излучения этой тест-пробой;
детектирование интенсивности указанного флуоресцентного излучения, где
указанная интенсивность коррелирует с аффинностью связывания между указанным зондом и указанной последовательностью-мишенью; и
определение из указанной интенсивности степени спаривания между указанным зондом и указанной последовательностью-мишенью,
причем указанный способ является гомогенным анализом, проводимым без обеспечения гасящего сигнал агента на указанной последовательности-мишени или на указанном зонде.
55. Способ обнаружения квадруплекса, предусматривающий:
обеспечение нуклеиновой кислоты-мишени или аналога нуклеиновой кислоты, имеющего последовательность-мишень, где указанная последовательность-мишень содержит, по меньшей мере, одно пуриновое основание и, по меньшей мере, одно пиримидиновое основание;
обеспечение двухцепочечного зонда, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты или последовательность аналога нуклеиновой кислоты;
обеспечение акселераторного агента гибридизации;
добавление указанного зонда, указанной мишени и указанного акселераторного агента гибридизации к среде для обеспечения тест-пробы, содержащей квадруплекс Уотсона-Крика, содержащий указанный зонд, связанный с указанной последовательностью-мишенью;
облучение указанной тест-пробы возбуждающим излучением для индуцирования испускания флуоресцентного излучения этой тест-пробой;
детектирование интенсивности указанного флуоресцентного излучения, где указанная интенсивность коррелирует с аффинностью связывания между указанным зондом и указанной последовательностью-мишенью; и
определение из указанной интенсивности степени спаривания между указанным зондом и указанной последовательностью-мишенью,
причем указанный способ является гомогенным анализом, проводимым без обеспечения гасящего сигнал агента на указанной последовательности-мишени или на указанном зонде.
RU2004101294/13A 2001-06-20 2002-05-31 Способ создания квадруплекса и способ обнаружения нуклеиновой кислоты RU2304168C2 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US09/885,731 2001-06-20
US09/885,731 US6927027B2 (en) 1999-12-21 2001-06-20 Nucleic acid multiplex formation

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2004101294A true RU2004101294A (ru) 2005-02-27
RU2304168C2 RU2304168C2 (ru) 2007-08-10

Family

ID=25387577

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2004101294/13A RU2304168C2 (ru) 2001-06-20 2002-05-31 Способ создания квадруплекса и способ обнаружения нуклеиновой кислоты

Country Status (16)

Country Link
US (1) US6927027B2 (ru)
EP (1) EP1436415B1 (ru)
JP (1) JP2004534541A (ru)
KR (1) KR100699960B1 (ru)
CN (1) CN1533441A (ru)
AU (1) AU2002304318B2 (ru)
BR (1) BR0210544A (ru)
CA (1) CA2450831A1 (ru)
CO (1) CO5550493A2 (ru)
HK (1) HK1067666A1 (ru)
IL (1) IL159309A0 (ru)
MX (1) MXPA03012071A (ru)
NZ (1) NZ530647A (ru)
RU (1) RU2304168C2 (ru)
WO (1) WO2002103051A2 (ru)
ZA (1) ZA200400372B (ru)

Families Citing this family (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6656692B2 (en) * 1999-12-21 2003-12-02 Ingeneus Corporation Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
US7052844B2 (en) * 1999-12-21 2006-05-30 Ingeneus, Inc. Purification of DS-DNA using heteropolymeric capture probes and a triplex, quadruplex or homologous duplex binding mechanism
JP4616988B2 (ja) * 2000-12-20 2011-01-19 株式会社アイシン・コスモス研究所 三本鎖ｄｎａ形成技術を応用したｄｎａ多型検出方法
ES2438967T3 (es) 2002-10-23 2014-01-21 University Of Utah Research Foundation Análisis de fusión de amplicones con colorantes de saturación
US20040142329A1 (en) * 2003-01-17 2004-07-22 Ingeneus Corporation Probe conjugation to increase multiplex binding motif preference
GB0310270D0 (en) * 2003-05-03 2003-06-11 Univ Edinburgh Biomolecular devices
US20050249669A1 (en) * 2003-10-22 2005-11-10 Academia Sinica Quadruplex stabilizer
CN1965090A (zh) * 2004-02-28 2007-05-16 王长宁 核酸复合体
US9657347B2 (en) 2004-04-20 2017-05-23 University of Utah Research Foundation and BioFire Defense, LLC Nucleic acid melting analysis with saturation dyes
US8486622B2 (en) * 2004-09-24 2013-07-16 Ingeneus Inc. Genomic assay
US20090018028A1 (en) * 2005-05-12 2009-01-15 Stuart Lindsay Self-Assembled Nucleic Acid Nanoarrays and Uses Therefor
US7786298B2 (en) * 2006-01-13 2010-08-31 California Institute Of Technology Compounds and methods for nucleic acid mismatch detection
ES2619314T3 (es) 2007-05-11 2017-06-26 Adynxx, Inc. Expresión génica y dolor
CN101587066B (zh) * 2008-05-23 2011-03-30 中国科学院化学研究所 菁染料在检测g-四链体结构dna中的新用途
RU2429293C1 (ru) * 2009-12-15 2011-09-20 Общество С Ограниченной Ответственностью "Апто-Фарм" Днк-аптамеры, ингибирующие тромбин, и способ стабилизации их структуры
WO2013170086A2 (en) 2012-05-10 2013-11-14 Adynxx, Inc. Formulations for the delivery of active ingredients
PT3180434T (pt) 2014-08-15 2019-10-29 Adynxx Inc Chamarizes oligonucleotídicos para o tratamento da dor
US10780051B2 (en) 2014-10-09 2020-09-22 Albert Einstein College Of Medicine Programmed cargo release using nucleic acid-stabilized micelles
CN105861682B (zh) * 2016-05-05 2020-06-26 厦门多维生物医药科技有限公司 鸟嘌呤检测探针
CN110951836B (zh) * 2019-12-03 2023-05-23 华东师范大学 一种基于光化学调控核酸分子链置换动力学的方法
CN114539422B (zh) * 2020-11-25 2024-03-29 安升（上海）医药科技有限公司 核酸多聚化介导的多价蛋白药物和疫苗的构建方法及应用
CN113862337B (zh) * 2021-10-15 2023-09-19 华东师范大学 一种基于冻融循环提高dna链置换反应速率的调控方法

Family Cites Families (53)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4220450A (en) 1978-04-05 1980-09-02 Syva Company Chemically induced fluorescence immunoassay
FR2558172B1 (fr) 1984-01-16 1986-06-13 Inst Nat Sante Rech Med Sonde contenant un acide nucleique modifie et reconnaissance par des anticorps specifiques et utilisation de cette sonde et de ces anticorps specifiques pour detecter et caracteriser une sequence d'adn homologue
US5011769A (en) 1985-12-05 1991-04-30 Meiogenics U.S. Limited Partnership Methods for detecting nucleic acid sequences
US4876187A (en) 1985-12-05 1989-10-24 Meiogenics, Inc. Nucleic acid compositions with scissile linkage useful for detecting nucleic acid sequences
US5928863A (en) 1986-11-26 1999-07-27 Princeton University Triple-stranded nucleic acids
US5874555A (en) 1987-10-30 1999-02-23 California Institute Of Technology Triple helices and processes for making same
US5403711A (en) 1987-11-30 1995-04-04 University Of Iowa Research Foundation Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved
WO1990002204A1 (en) 1988-08-31 1990-03-08 Research Development Foundation Manual in situ hybridization assay
US5176996A (en) 1988-12-20 1993-01-05 Baylor College Of Medicine Method for making synthetic oligonucleotides which bind specifically to target sites on duplex DNA molecules, by forming a colinear triplex, the synthetic oligonucleotides and methods of use
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5451502A (en) * 1990-05-04 1995-09-19 Oncor, Inc. Restriction amplification assay
US5824477A (en) 1990-09-12 1998-10-20 Scientific Generics Limited Electrochemical denaturation of double-stranded nucleic acid
WO1992011390A1 (en) 1990-12-17 1992-07-09 Idexx Laboratories, Inc. Nucleic acid sequence detection by triple helix formation
US5539082A (en) 1993-04-26 1996-07-23 Nielsen; Peter E. Peptide nucleic acids
US6048690A (en) 1991-11-07 2000-04-11 Nanogen, Inc. Methods for electronic fluorescent perturbation for analysis and electronic perturbation catalysis for synthesis
US5558998A (en) 1992-02-25 1996-09-24 The Regents Of The Univ. Of California DNA fragment sizing and sorting by laser-induced fluorescence
US5332659A (en) 1992-04-09 1994-07-26 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Light emission-or absorbance-based binding assays for polynucleic acids
JPH06153997A (ja) 1992-11-27 1994-06-03 Canon Inc 検出信号増幅による標的核酸の検出方法
US6027880A (en) 1995-08-02 2000-02-22 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes and methods of using the same for detecting cystic fibrosis
US5861124A (en) 1993-07-15 1999-01-19 Hamamatsu Photonics Kk Method and apparatus for detecting denaturation of nucleic acid
JPH09506762A (ja) 1993-08-18 1997-07-08 アイディー バイオメディカル コーポレイション 近接配列−酵素分子を利用して標的核酸配列を検出するための組成物および方法
EP1253199A1 (en) 1993-09-02 2002-10-30 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Abasic moieties containing enzymatic nucleic acids
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
WO1995014106A2 (en) 1993-11-17 1995-05-26 Id Biomedical Corporation Cycling probe cleavage detection of nucleic acid sequences
US5998193A (en) 1994-06-24 1999-12-07 Gene Shears Pty., Ltd. Ribozymes with optimized hybridizing arms, stems, and loops, tRNA embedded ribozymes and compositions thereof
JP3189000B2 (ja) 1994-12-01 2001-07-16 東ソー株式会社 特定核酸配列の検出方法
US5814516A (en) 1995-10-13 1998-09-29 Lockheed Martin Energy Systems, Inc. Surface enhanced Raman gene probe and methods thereof
US5824557A (en) 1996-04-02 1998-10-20 Panvera Corporation Method for detecting and quantitating nucleic acid impurities in biochemical preparations
SE506700C2 (sv) 1996-05-31 1998-02-02 Mikael Kubista Sond och förfaranden för analys av nukleinsyra
US5948897A (en) 1996-06-14 1999-09-07 Simon Fraser University Method of binding two or more DNA double helices and products formed
US5912332A (en) 1996-07-26 1999-06-15 Hybridon, Inc. Affinity-based purification of oligonucleotides using soluble multimeric oligonucleotides
US5691145A (en) 1996-08-27 1997-11-25 Becton, Dickinson And Company Detection of nucleic acids using G-quartets
US6030861A (en) 1997-01-02 2000-02-29 Texas Instruments Incorporated Method for forming dual-gate CMOS for dynamic random access memory
US5846729A (en) 1997-02-27 1998-12-08 Lorne Park Research, Inc. Assaying nucleotides in solution using a fluorescent intensity quenching effect
US6046004A (en) 1997-02-27 2000-04-04 Lorne Park Research, Inc. Solution hybridization of nucleic acids with antisense probes having modified backbones
US6251591B1 (en) 1997-02-27 2001-06-26 Lorne Park Research, Inc. Quantitative method for detecting nucleotide concentration
US6060242A (en) 1997-02-27 2000-05-09 Lorne Park Research, Inc. PNA diagnostic methods
US6312925B1 (en) * 1997-05-08 2001-11-06 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions to facilitate D-loop formation by oligonucleotides
US6013442A (en) 1997-08-05 2000-01-11 Wisconsin Alumni Res Found Direct quantitation of low copy number RNA
AU1388199A (en) * 1997-11-10 1999-05-31 Princeton University Triplex in-situ hybridization
GB9725197D0 (en) 1997-11-29 1998-01-28 Secr Defence Detection system
US6287772B1 (en) 1998-04-29 2001-09-11 Boston Probes, Inc. Methods, kits and compositions for detecting and quantitating target sequences
US6017709A (en) 1998-04-29 2000-01-25 University Of Houston DNA replication templates stabilized by guanine quartets
US6255469B1 (en) 1998-05-06 2001-07-03 New York University Periodic two and three dimensional nucleic acid structures
US6255050B1 (en) 1998-05-22 2001-07-03 Lorne Park Research, Inc. Dynamic hybridization system
GB9812768D0 (en) 1998-06-13 1998-08-12 Zeneca Ltd Methods
GB9821989D0 (en) 1998-10-08 1998-12-02 Hybaid Ltd Detection of nucleic acid polymorphism
US6900300B1 (en) * 2000-09-19 2005-05-31 Ingeneus Corporation Quadruplex DNA and duplex probe systems
US6420115B1 (en) * 1999-12-21 2002-07-16 Ingeneus Corporation Cation mediated triplex hybridization assay
US6656692B2 (en) * 1999-12-21 2003-12-02 Ingeneus Corporation Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
WO2000043543A1 (en) 1999-01-19 2000-07-27 Dade Behring Inc. Detection of differences between polynucleotides
AU6973900A (en) * 1999-09-29 2001-04-30 Xml-Global Technologies, Inc. Authoring, altering, indexing, storing and retrieving electronic documents embedded with contextual markup
US6265170B1 (en) * 2000-01-24 2001-07-24 Ingeneus Corporation Homogenous assay of duplex of triplex hybridization by means of multiple measurements under varied conditions

Also Published As

Publication number Publication date
EP1436415A2 (en) 2004-07-14
KR100699960B1 (ko) 2007-03-27
HK1067666A1 (en) 2005-04-15
JP2004534541A (ja) 2004-11-18
MXPA03012071A (es) 2004-06-03
IL159309A0 (en) 2004-06-01
KR20040019312A (ko) 2004-03-05
US6927027B2 (en) 2005-08-09
ZA200400372B (en) 2004-08-23
US20030113716A1 (en) 2003-06-19
AU2002304318B2 (en) 2007-07-26
NZ530647A (ru) 2005-12-23
EP1436415B1 (en) 2012-08-22
BR0210544A (pt) 2005-05-31
CO5550493A2 (es) 2005-08-31
CN1533441A (zh) 2004-09-29
WO2002103051A3 (en) 2004-04-29
WO2002103051A2 (en) 2002-12-27
CA2450831A1 (en) 2002-12-27
RU2304168C2 (ru) 2007-08-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2004101294A (ru) Образование мультиплексов нуклеиновых кислот
JP2004534541A5 (ru)
Trachman III et al. Structure and functional reselection of the Mango-III fluorogenic RNA aptamer
US8524503B2 (en) Detection using a dye and a dye modifier
Fang et al. Synthetic DNA aptamers to detect protein molecular variants in a high‐throughput fluorescence quenching assay
ES2202333T3 (es) Metodos de extincion de la fluorescencia de sondas de oligonucleotidos en solucion.
AU2002362013B2 (en) Digital assay
CN107326085B (zh) 多路生化测定中信号的编码和解码
US20070219364A1 (en) Methods and Compositions for Detecting Targets
CN107435067B (zh) 用于在核酸测定中改善熔链分辨和多重性的探针
CA2394752A1 (en) Fluorescent intensity assay for duplex and triplex nucleic acid hybridization in solution utilizing fluorescent intercalators
CA2591652A1 (en) Id-tag complexes, arrays, and methods of use thereof
US11359232B2 (en) Reagents and methods for autoligation chain reaction
US20040142329A1 (en) Probe conjugation to increase multiplex binding motif preference
RU2004105040A (ru) Параллельное или антипараллельное, гомологическое или комплементарное связывание нуклеиновых кислот или их аналогов с образованием двойных, тройных или четверных комплексов
CN106980022A (zh) 基于靶标蛋白诱导dna酶循环生成的均相免疫分析方法
US6495692B1 (en) Helium-neon excitable reticulocyte dyes derivable from halolepidines
Wang et al. Progress of spectral probes for nucleic acids
CN101128477A (zh) 用于检测核酸的探针
Schöllkopf et al. Double FIT hybridization probes–towards enhancing brightness, turn-on and specificity of RNA detection
Zheng et al. Near-infrared fluorimetric determination of nucleic acids by shifting the ion-association equilibrium between heptamethylene cyanine and Alcian blue 8GX
US20030022853A1 (en) Aptamers containing sequences of nucleic acid or nucleic acid analogues bound homologously, or in novel complexes
WO2018073872A1 (ja) 標的核酸分子の検出方法
US7309569B2 (en) Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
Talavera et al. Fluorescence energy transfer between fluorescein label and DNA intercalators to detect nucleic acids hybridization in homogeneous media

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20160601