RS62084B1 - Korišćenje c-met inhibitora za lečenje vrsta raka koje obuhvataju met mutacije - Google Patents

Korišćenje c-met inhibitora za lečenje vrsta raka koje obuhvataju met mutacije

Info

Publication number
RS62084B1
RS62084B1 RS20210854A RSP20210854A RS62084B1 RS 62084 B1 RS62084 B1 RS 62084B1 RS 20210854 A RS20210854 A RS 20210854A RS P20210854 A RSP20210854 A RS P20210854A RS 62084 B1 RS62084 B1 RS 62084B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
met
cancer
mutation
patient
treatment
Prior art date
Application number
RS20210854A
Other languages
English (en)
Inventor
Melanie Mae Frigault
Original Assignee
Astrazeneca Ab
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Astrazeneca Ab filed Critical Astrazeneca Ab
Publication of RS62084B1 publication Critical patent/RS62084B1/sr

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/495—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
    • A61K31/4985—Pyrazines or piperazines ortho- or peri-condensed with heterocyclic ring systems
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/44—Non condensed pyridines; Hydrogenated derivatives thereof
    • A61K31/445—Non condensed piperidines, e.g. piperocaine
    • A61K31/4523—Non condensed piperidines, e.g. piperocaine containing further heterocyclic ring systems
    • A61K31/4545—Non condensed piperidines, e.g. piperocaine containing further heterocyclic ring systems containing a six-membered ring with nitrogen as a ring hetero atom, e.g. pipamperone, anabasine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/47—Quinolines; Isoquinolines
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/47—Quinolines; Isoquinolines
    • A61K31/4738—Quinolines; Isoquinolines ortho- or peri-condensed with heterocyclic ring systems
    • A61K31/4745—Quinolines; Isoquinolines ortho- or peri-condensed with heterocyclic ring systems condensed with ring systems having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. phenantrolines
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/53—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with three nitrogens as the only ring hetero atoms, e.g. chlorazanil, melamine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/535—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with at least one nitrogen and one oxygen as the ring hetero atoms, e.g. 1,2-oxazines
    • A61K31/5375—1,4-Oxazines, e.g. morpholine
    • A61K31/5377—1,4-Oxazines, e.g. morpholine not condensed and containing further heterocyclic rings, e.g. timolol
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0053—Mouth and digestive tract, i.e. intraoral and peroral administration
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IG], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IG], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IG], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/575—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/5752—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer of the lungs
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/575—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57525—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer of the liver or pancreas
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physiology (AREA)
  • Nutrition Science (AREA)

Description

Opis
OBLAST
[0001] Ova specifikacija se odnosi na inhibitore tirozin kinaze receptora c-Meta ("c-Met") i njihovu upotrebu u lečenju karcinoma koji su karakterisani određenim MET mutacijama (npr. karcinomi koji sadrže ćelije koje eksprimuju MET protein koji ima MET V1092I, MET H1094L ili MET mutaciju L1195F). Ova specifikacija se dalje odnosi na upotrebu statusa MET mutacije za odabir pacijenata pogodnih za lečenje c-Met inhibitorom, i na postupke lečenja karcinoma koje karakterišu određene mutacije MET sa c-Met inhibitorom.
POZADINA PRONALASKA
[0002] MET protein, poznat i kao tirozin kinaza c-Met receptor, je transmembranski receptor esencijalan za razvoj embriona i zarastanje rana. MET receptor se normalno aktivira interakcijom sa njegovim specifičnim ligandom, faktorom rasta hepatocita (HGF) i jedini je površinski ćelijski receptor sa visokim afinitetom za HGF (Bottaro et al.1991). MET receptor je deregulisan u mnogim vrstama humanih malignih bolesti, uključujući rak bubrega, jetre, želuca, pluća, dojke i mozga. Aberantna aktivacija osovine HGF/c-Met u tumorima pokreće rast tumora, promoviše angiogenezu tumora i indukuje metastaze tumora. Pored toga, abnormalna aktivacija MET povezana je sa rezistencijom na lekove i u korelaciji je sa lošom prognozom. Nedavno je inhibicija signalnog puta c-Met postala područje interesovanja u potrazi za potencijalnim novim terapijama karcinoma vođenim aktivacijom c-Meta.
[0003] Mutacije zametnih linija lokusa gena MET 7q31 otkrivene su kod pacijenata sa naslednim papilarnim karcinomom bubrežnih ćelija (PRCC) i sporadičnim PRCC-om (Salvi et al.2008, Schmidt et al.1997, Schmidt et al.1999). Uobičajeno se veruje da su tumori tipa I uglavnom povezani sa MET mutacijom, bilo sporadičnom ili naslednom. Iako su mutacije MET povezane sa PRCC-om tipa I u kohortnim analizama, MET mutacije su takođe prijavljene u histološkom podtipu PRCC-a koji nije tip I (Albiges et al.2014, Linehan et al.
2016). Prijavljene su somatske mutacije MET u sporadičnom PRCC-u, dok analiza samo slučajeva PRCC-a tipa I pokazuje 21,6% (11/51) učestalosti mutacija domena MET kinaze (Albiges et al. 2014), i izveštaj iz The Cancer Genome Atlas (TCGA) pokazuju da 13/75 (17.3%) PRCC-a tipa I i 1/26 (3.8%) neklasifikovanog PRCC-a imaju somatsku mutaciju u domenu MET kinaze (Linehan et al.2015). Sve prijavljene mutacije MET bile su misens mutacije i nisu pronađene nonsens mutacije ili mutacije gubitka funkcije. Osim toga, TCGA je prijavio MET mutacije kao najčešće mutirani gen u PRCC-u, 17/157 (10,8%).
[0004] Trenutno ne postoji odobrena terapija koja je posebno naznačena za lečenje PRCC-a, pa se stoga pacijenti sa PRCC-om tretiraju na sličan način kao bistroćelijski (poznati i kao konvencionalni) RCC pacijenti (RCC = karcinom bubrežnih ćelija). Primarni tretman pacijenata sa RCC-om u ranoj fazi uključuje radikalnu hiruršku resekciju koja leči više od 40% do 60% pacijenata, iako će mnogi pacijenti sa lokalizovanom bolešću recidivirati (Linehan et al. 2001). Otprilike 25% pacijenata će biti dijagnostikovano sa lokalno uznapredovalom ili metastatskom bolešću. Prognoza za pacijente sa udaljenim metastazama je loša, sa 5-godišnjom stopom preživljavanja od 10% kod pacijenata sa stadijumom IV bolesti. Odobreni agensi za bistroćelijski RCC ciljaju na VEGF putanju i uključuju sunitinib, sorafenib, bevacizumab, pazopanib i aksitinib. Sredstva koja ciljaju mTOR putanju koja su odobrena uključuju temsirolimus i everolimus. Najbolja stopa odziva za PRCC pacijente sa bilo kojim inhibitorima VEGF ili mTOR putanje je 11% ORR.
[0005] Savolitinib je moćan i selektivan c-Met inhibitor kinaze malog molekula (Jia H. et al., J. Med. Chem. 2014; 7577). Utvrđeno je da savolitinib inhibira c-Met kinazu na nivou enzima i ćelija sa IC50s od 4 nM i za enzim i za fosforilaciju Met u ćeliji. U skladu sa svojim snažnim enzimskim i ćelijskim delovanjem, utvrđeno je da savolitinib in vitro inhibira rast ćelija protiv tumora sa amplifikacijom MET gena u odsustvu HGF stimulacije sa IC50s od obično ispod 10 nM. U modelima humanog ksenografta na miševima, savolitinib je pokazao odličnu antitumorsku aktivnost protiv tumora želuca i pluća pojačanih MET-om sa ED50s od ispod 5 mg/kg nakon oralnog tretmana jednom dnevno.
[0006] MET još uvek nije klinički potvrđen cilj. Međutim, neselektivni inhibitori koji slučajno ciljaju MET su odobreni za upotrebu u terapiji. Tu spadaju kabozantinib (RET, FLT3, KIT, MET, VEGFR2), koji je odobren u lečenju medularnog karcinoma štitaste žlezde (kao rezultat njegove RET aktivnosti) i bistroćelijskog RCC-a (kao rezultat njegove aktivnosti VEGFR2); i krizotinib (ALK, MET) koji je odobren za lečenje nesitnoćelijskog karcinoma pluća ALK fuzijama. Iako ovi lekovi imaju inhibitornu aktivnost MET kinaze, pacijenti sa bolešću koja je pospešena MET-om još uvek ne pružaju ciljane terapije. Upotreba savolitiniba, snažnog i selektivnog inhibitora MET, može pružiti kliničku validaciju potrebnu za pružanje antitumorske koristi pacijentima sa amplifikacijama MET gena, mutacijama MET i drugim biomarkerima MET putanje koji treba da budu validirani.
[0007] Ova specifikacija se odnosi na karakterizaciju određenih MET mutacija koje mogu biti korisne kao biomarkeri za terapije c-Metom, uključujući mutacije METL1195F, MET V1092I i MET H1094L. Mutacija MET L1195F je ranije prijavljena kod pacijenata sa papilarnim karcinomom bubrega (Schmidt et al. Nature Genetics 1997, Albiges et al. CCR 2014), ali ranije nije funkcionalno istražen. Podaci navedeni u ovoj specifikaciji po prvi put pokazuju da je ovaj mutant MET L1195F delotvoran. MET L1195F je fosforiliran kada se prekomerno eksprimuje, demonstrirajući svoju sklonost ka aktiviranju MET putanje, uključujući i ERK1/2 aktivaciju. Pokazano je da je mutant MET L1195F osetljiv na inhibiciju savolitinibom i može dati prednost rasta u stabilnim ćelijskim linijama u sličnoj meri kao i mutacija MET koja je pretklinički funkcionalno karakterisana sa M1250T (Bardelli et al. PNAS 1998).
[0008] Ova specifikacija takođe pruža kliničku potvrdu da su mutanti MET L1195F delotvorni, pokazujući da PRCC pacijent koji ima mutaciju MET L1195F u odsustvu bilo kakvih drugih promena u MET-u ima koristi od monoterapije savolitinibom. Uzeto zajedno, pretklinička funkcionalna karakterizacija Met-a L1195F i klinički signal pružaju osnovu za klasifikaciju ove mutacije kinaznog domena kao prve za koju se kaže da je funkcionalno razumljiva u ispitivanju i demonstrira kliničku protivtumorsku validaciju. Treba napomenuti da se mutant MET L1195F može naći u kontekstu tip II histološkog podtipa pacijenata sa PRCC-om, što dalje obezbeđuje slučaj za molekularnu klasifikaciju PRCC-a, a ne klasičnu povezanost tipa I sa mutacijama gena MET.
[0009] Iako se smatra da se inhibitori MET idealno razvijaju u podešavanjima pojačanja broja kopija gena MET (Garber, Nature Reviews Drug Discovery 2014), ova specifikacija obezbeđuje dokaze o dodatnoj upotrebi MET mutanata kao aktivnih biomarkera. Kao što će se videti, sadašnja specifikacija pokazuje da određene mutacije MET, uključujući METL1195F, MET V1092I i MET H1094L, mogu delovati kao biomarkeri za inhibiciju cMet-a. Status mutacije ćelije karcinoma sa MET-om može biti koristan za identifikaciju pacijenata sa karcinomom (na primer pacijenata sa papilarnim karcinomom bubrežnih ćelija) koji imaju veću verovatnoću da reaguju na lečenje c-Met inhibitorom (na primer savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so). Ovo neće biti tačno za sve moguće MET mutacije: nalaz da su MET L1195F, MET V1092I i MET H1094L bioaktivni markeri za c-Met terapiju posebno iznenađuje s obzirom na to da ćelije kada se ispituju u istim in vitro testovima koji su ovde opisani i sadrže mutaciju MET Y1230H (druga mutacija domena c-Met kinaze koja je prethodno prijavljena kod pacijenata sa papilarnim karcinomom bubrega i za koju se predviđa da se aktivira) nisu bile osetljive na lečenje c-Met inhibitorom.
SAŽETAK
[0010] Ovaj pronalazak se odnosi na c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom MET 1195 i pri čemu je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0011] Pronalazak se takođe odnosi na postupak pregleda pacijenata sa karcinomom radi utvrđivanja njihove pogodnosti za lečenje c-Met inhibitorom, koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka pacijentovog karcinoma in-vitro kako bi se utvrdilo da li je rak karakterisan mutacijom MET 1195, pri čemu je ako se utvrdi da je rak pacijenta karakterisan mutacijom MET 1195, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0012] Ova specifikacija takođe delimično opisuje c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0013] Ova specifikacija takođe delimično opisuje metod skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka pacijentovog karcinoma in vitro kako bi se utvrdilo da li karcinom karakteriše MET 1092 , MET 1094 ili MET 1195 mutacija, pri čemu je ako se utvrdi da rak pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom.
[0014] Ova specifikacija takođe delimično opisuje upotrebu c-Met inhibitora u pripremi leka za lečenje karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0015] Ova specifikacija takođe delimično opisuje postupak za lečenje karcinoma koji se sastoji od davanja terapeutski efikasne količine c-Met inhibitora pacijentu kome je potrebno takvo lečenje, pri čemu je navedeni rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0016] Ova specifikacija takođe delimično opisuje postupak za lečenje karcinoma kod pacijenta kome je potrebno takvo lečenje, a sastoji se od koraka: a) zahtevanja testa čiji rezultati mogu utvrditi da li rak pacijenta karakterišu MET 1092, MET 1094 ili mutacija MET 1195; i b) davanje terapeutski efikasne količine c-Met inhibitora pacijentu ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
KRATAK OPIS SLIKA
[0017]
Slika 1: Fosforilacija MET receptora tirozin kinaze i uticaj tačkastih mutacija na osetljivost na inhibiciju c-Met savolitinibom
Slika 2: Reagovanje doze MET-a divljeg tipa (VT) na savolitinib i druge inhibitore c-Met
Slika 3: Reagovanje doze tačkastog mutanta MET M1250T na savolitinib i druge inhibitore c-Met
Slika 4: Reagovanje doze tačkastog mutanta MET V1092I na savolitinib i druge inhibitore c-Met
Slika 5: Reagovanje doze tačkastog mutanta MET H1094L na savolitinib i druge inhibitore c-Met
Slika 6: Reagovanje doze tačkastog mutanta MET L1195F na savolitinib i druge inhibitore c-Met
Slika 7: Reagovanje doze tačkastog mutanta MET Y1230H na savolitinib i druge inhibitore c-Met
Slika 8: Stabilna ekspresija MET mutantnih klonova u mutiranim ćelijskim linijama MET
Slika 9: Kapacitet transformacije roditeljskih Ba/F3 stabilnih ćelijskih linija
Slika 10: Kapacitet transformacije stabilnih ćelijskih linija MET WT
Slika 11: Kapacitet transformacije stabilnih ćelijskih linija tačkasto mutiranog MET Y1230H
Slika 12: Kapacitet transformacije stabilnih ćelijskih linija tačkasto mutiranog MET M1250T
Slika 13: Kapacitet transformacije tačkasto mutiranih stabilnih ćelijskih linija MET V1092I
Slika 14: Kapacitet transformacije tačkasto mutiranih stabilnih ćelijskih linija MET H1 094L
Slika 15: Kapacitet transformacije tačkasto mutiranih stabilnih ćelijskih linija MET L1195F
Slika 16: Reakcija MET L1195F mutantnog tumora pacijenta papilarnog karcinoma bubrežnih ćelija
ILUSTRATIVNI OBLICI IZVOĐENJA
[0018] Mnogi oblici izvođenja su detaljno opisani u ovoj specifikaciji i biće očigledni čitaocu stručnom u ovoj oblasti. Oblike izvođenja ne treba smatrati ograničavajućim.
[0019] U prvom obliku izvođenja obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, pri čemu je rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0020] „c-Met inhibitor“ je molekul koji smanjuje aktivnost tirozin kinaze receptora za c-Met. Inhibitori c-Met uključuju i male molekule (bilo da su selektivni ili neselektivni) i biomolekule (na primer, antitela, kako prirodna, tako i konstruisana), pri čemu inhibitori c-Met mogu direktno inhibirati tirozin kinazu receptora c-Met (na primer direktnim vezivanjem za enzim) ili indirektno (na primer vezivanjem za faktor rasta hepatocita, prirodni ligand tirozin kinaze receptora c-Met).
[0021] Primeri c-Met inhibitora uključuju AMG-208, AMG-337, AMG-458, PHA-665752, SU11274, NPS-1034, SGX-523, BMS-777607, tepotinib, BMS-794833, NVP-BVU972, MK-2461, MGCD-265, golvatinib, JNJ-38877605, BMS-754807, PF-04217903, savolitinib, krizotinib, tivantinib, kabozantinib, foretinib, kapmatinib (INC280), onartuzumab, fiklatuzumab ili rilotumumab.
[0022] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može biti AMG-208 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, AMG-458 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, PHA-665752 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, SU11274 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, NPS-1034 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, SGX-523 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, BMS-777607 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, tepotinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, BMS-794833 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, NVP-BVU972 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, MK-2461 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, MGCD-265 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, golvatinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, JNJ-38877605 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, BMS-754807 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, PF-04217903 ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, krizotinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, tivantinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, kabozantinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, foretinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, kapmatinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, onartuzumab, fiklatuzumab ili rilotumumab.
[0023] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može biti savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, krizotinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, tivantinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, kabozantinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so , foretinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, kapmatinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, onartuzumab, fiklatuzumab ili rilotumumab.
[0024] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može biti savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, krizotinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, tivantinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, kabozantinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so , foretinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, ili kapmatinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0025] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može biti savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, krizotinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, ili kapmatinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0026] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može biti kapmatinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0027] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može biti krizotinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0028] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može biti savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0029] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može biti onartuzumab, fiklatuzumab ili rilotumumab. Prema ovom pronalasku, c-Met inhibitor je savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0030] "Savolitinib" je opisan u WO2011079804 (kao jedinjenje 270 na stranici 106) Savolitinib kao slobodna baza ima sledeću strukturu:
[0031] Izraz "farmaceutski prihvatljiv" koristi se da bi se naznačilo da je neki predmet (na primer so ili pomoćna supstanca) pogodan za upotrebu kod pacijenata. Spisak primera farmaceutski prihvatljivih soli može se naći u priručniku Handbook of Pharmaceutical Salts: Properties, Selection and Use, 2nd Revised Edition; editors P. H. Stahl and C. G. Wermuth; Wiley 2011; ISBN: 978-3-90639-051-2;
[0032] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje farmaceutski prihvatljiva so, farmaceutski prihvatljiva so može biti bilo koja takva so koja se nalazi u Priručniku farmaceutskih soli: Properties, Selection and Use, 2nd Revised Edition; editors P. H. Stahl and C. G. Wermuth; Wiley 2011; ISBN: 978-3-90639-051-2.
[0033] Inhibitori c-Met mogu postojati u optički aktivnim ili racemskim oblicima zahvaljujući asimetričnom atomu ugljenika. Na primer, savolitinib i njegove farmaceutski prihvatljive soli poseduju takav asimetrični atom ugljenika. Sinteza optički aktivnih oblika može da se sprovede standardnim tehnikama organske hemije koje su dobro poznate u struci, na primer, sintezom koristeći optički aktivne supstance, ili rezolucijom racemskog oblika.
[0034] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može obuhvatati farmaceutsku kompoziciju u kojoj je jedan optički izomer prisutan u enantiomernom ili diastereomernom višku (%ee) od ≥ 95%, ≥ 98% ili ≥ 99%.
[0035] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor može obuhvatati farmaceutsku kompoziciju u kojoj je jedan optički izomer prisutan u enantiomernom ili diastereomernom višku (%ee) od ≥ 99%.
[0036] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so mogu biti (S)-optički izomeri koji su u enantiomernom višku (%ee) od ≥ 95%, ≥ 98% ili ≥ 99%. U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje (S)-izomer savolitiniba ili njegova farmaceutski prihvatljiva so,
1
(S)-optički izomer može biti prisutan u enantiomernom višku (%ee) od > 99%.
[0037] Inhibitori c-Met mogu se primenjivati kao farmaceutske smeše, koje sadrže jednu ili više farmaceutski prihvatljivih pomoćnih supstanci. Pomoćna supstanca (i) izabrana za uključivanje u određenu kompoziciju zavisiće od faktora kao što su način primene i oblik obezbeđene smeše. Pogodni farmaceutski prihvatljivi ekscipijenti dobro su poznati stručnjacima i opisani su, na primer, u Handbook of Pharmaceutical Excipients, 6th Edition; editors R. C. Rowe, P.J. Sheskey and M. Quinn; Pharmaceutical Press. Farmaceutski prihvatljivi ekscipijenti mogu da deluju, na primer, kao adjuvansi, diluenti, nosači, stabilizatori, arome, boje, punila, veziva, dezintegranti, lubrikanti, glidansi, agensi za zgušnjavanje i agensi za premazivanje. Određeni farmaceutski prihvatljivi ekscipijenti mogu služiti za više od jedne funkcije i mogu služiti za alternativne funkcije, u zavisnosti od toga koliko je ekscipijenta prisutno u smeši i koji su drugi ekscipijenti prisutni u smeši.
[0038] Farmaceutske smeše koje sadrže inhibitore c-Met mogu biti u obliku pogodnom za oralnu upotrebu (na primer u obliku tableta, pastila, tvrdih ili mekih kapsula, vodenih ili uljnih suspenzija, emulzija, disperzivnih prahova ili granula, sirupa ili eliksira) za topikalnu upotrebu (na primer u obliku kreme, masti, gela ili vodenih ili uljnih rastvora ili suspenzija), za davanje inhalacijom (na primer u obliku fino usitnjenog praha ili tečnog aerosola), za primenu insuflacijom (na primer u obliku fino usitnjenog praha) ili za parenteralnu primenu (na primer u obliku sterilnog vodenog ili uljnog rastvora za intravensko, subkutano, intramuskularno ili intramuskularno doziranje) ili kao supozitorijum za rektalno doziranje. Kompozicije mogu da se dobiju uz pomoć konvencionalnih procedura koje su dobro poznate u struci. Kompozicije koje su namenjene za oralnu upotrebu mogu da sadrže dodatne komponente, na primer, jedan ili više agenasa za bojenje, zaslađivanje, ukus i/ili konzervisanje.
[0039] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor se može primeniti oralno.
[0040] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor, c-Met inhibitor se može primeniti oralno u obliku tablete ili kapsule.
[0041] Inhibitori c-Met mogu se primenjivati u obliku jedinične doze da bi se postigla terapijski efikasna doza. Oblik jedinične doze kao što je tableta ili kapsula obično sadrži, na primer, 0,1-5000 mg c-Met inhibitora. Ukupna doza i raspored doza će nužno varirati u zavisnosti od domaćina koji se leči, određenog načina primene, bilo koje terapije koja se istovremeno primenjuje i težine bolesti koja se leči. Shodno tome, lekar koji leči bilo kog određenog pacijenta može odrediti optimalnu dozu u odnosu na bilo koju regulatornu etiketu povezanu sa c-Met inhibitorom.
[0042] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje c-Met inhibitor ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, c-Met inhibitor ili njegova farmaceutski prihvatljiva so mogu se primeniti u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži između 0,1-1 mg, 1-10 mg, 10-50 mg , 50-100 mg, 100-500 mg ili 500 mg do 5000 mg c-Met inhibitora ili njegove farmaceutski prihvatljive soli.
[0043] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so mogu se primeniti u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži između 0,1-1 mg, 1-10 mg, 10-50 mg, 50-100 mg, 100- 500 mg, ili 500 mg do 5000 mg savolitiniba ili njegove farmaceutski prihvatljive soli. U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so mogu se primeniti u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži između 0,1-1 mg, 1-10 mg, 10-50 mg, 50-100 mg, 100- 500 mg, ili 500 mg do 5000 mg savolitiniba ili njegove farmaceutski prihvatljive soli.
[0044] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so mogu se primeniti u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 100-1000 mg savolitiniba u njegovom slobodnom baznom obliku.
[0045] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so mogu se primeniti u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 500-1000 mg savolitiniba u njegovom slobodnom baznom obliku.
[0046] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so mogu se primeniti u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u njegovom slobodnom baznom obliku.
[0047] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so mogu se primeniti u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u slobodnoj baznoj formi, dozirano jednom dnevno.
[0048] Rak koji „karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195“ sadrži ćelije koje eksprimuju MET protein koji sadrži mutaciju MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0049] "MET protein koji sadrži MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutaciju" je MET protein koji se razlikuje od divljeg tipa MET-a mutacijom ili varijansom (na primer supstitucijom ili delecijom) koja se javlja na jednoj ili više navedenih pozicija aminokiselina.
[0050] Sekvenca divljeg tipa MET proteina je opisana u RefSeq: NCBI Baza podataka referentnih sekvenci (RefSeq Accession NM_00245), koja je ovde data (ID BR. SEK.: 1). Ova sekvenca se koristi kao referentna sekvenca za opisivanje mutacija proteina opisanih u ovoj specifikaciji. Na primer, reference na rak koji je karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 opisuju rak koji sadrži ćelije koje eksprimuju MET protein koji sadrži najmanje jednu mutaciju ili varijansu na jednoj ili više pozicija 1092, 1094 ili 1195 sekvence navedene ovde.
[0051] MET mutacije u dugoj izoformi MET-a sa 18 dodatnih aminokiselina dovele bi do istih bioloških posledica, tj. osetljivosti na inhibitore c-Met.
[0052] Kada se spomene da rak karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, treba shvatiti da rak mogu karakterisati i druge mutacije (uključujući one koje se ne odnose na MET). Slično tome, MET protein koji sadrži mutaciju MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 može imati i druge mutacije na drugim aminokiselinskim pozicijama.
[0053] Takođe treba razumeti da rak koji je karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 može biti karakterisan sa jednom ili više navedenih mutacija, npr. mutacijom MET 1092 i MET 1094, mutacijom MET 1092 i MET 1195, mutacijom MET 1094 i MET
1
1195 ili mutacijom MET 1092, MET 1094 i MET 1195. Slično tome, MET protein koji sadrži mutaciju MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 može obuhvatati jednu ili više navedenih mutacija.
[0054] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje rak koji je karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, rak može biti karakterisan mutacijom MET 1092 i MET 1094.
[0055] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje rak koji je karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, rak može biti karakterisan mutacijom MET 1092 i MET 1195.
[0056] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje rak koji je karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, rak može biti karakterisan mutacijom MET 1094 i MET 1195.
[0057] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje rak koji je karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, rak može biti karakterisan MET 1092, MET 1094 i MET 1195 mutacijom.
[0058] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), mutacija može biti supstitucija aminokiselina.
[0059] „Supstitucija aminokiselina“ može obuhvatati okvirne indele. "Okvirni indel" je umetanje i /ili brisanje aminokiseline koja se nalazi u okviru za čitanje, zbog čega se u datoj poziciji dobija ili dodatna aminokiselina ili izgubljena aminokiselina.
[0060] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), mutacija može biti indel.
[0061] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), mutacija može biti okvirni indel.
[0062] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), mutacija može biti somatska mutacija.
[0063] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), MET mutacija može biti mutacija zametne linije.
[0064] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), MET mutacija može biti MET V1092 mutacija. Mutacija MET V1092 se javlja kada se promeni aminokiselina valina u poziciji 1092 proteina divljeg tipa.
[0065] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), MET mutacija može biti mutacija MET V1092I.
Mutacija MET V1092I se javlja kada je aminokiselina valina u poziciji 1092 proteina divljeg tipa supstituisana aminokiselinom izoleucina.
[0066] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), MET mutacija može biti mutacija MET H1094. Mutacija MET H1094 se javlja kada se promeni aminokiselina histidin u poziciji 1094 divljeg tipa proteina.
[0067] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), MET mutacija može biti mutacija MET H1094L.
Mutacija MET H1094L se javlja kada je aminokiselina histidin u poziciji 1094 divljeg tipa proteina supstituisana aminokiselinom leucin.
[0068] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), MET mutacija može biti mutacija MET L1195. Mutacija MET L1195 se javlja kada se promeni aminokiselina leucin u poziciji 1195 proteina divljeg tipa.
[0069] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), MET mutacija može biti MET L1195F mutacija.
Mutacija MET L1195F se javlja kada je aminokiselina leucin u poziciji 1195 proteina divljeg tipa supstituisana aminokiselinom fenilalanin.
1
[0070] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom MET VI0921, MET H1094L ili MET L1195F.
[0071] U jednom obliku izvođenja 2. objave obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom V1092I.
[0072] U jednom obliku izvođenja otkrića obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom MET H1094L.
[0073] U jednom obliku izvođenja pronalaska obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom MET L1195F.
[0074] Kao što je već pomenuto, ćelije karcinoma koje karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 eksprimuju MET protein koji sadrži najmanje jednu od navedenih varijacija. Kao takve, relevantne ćelije karcinoma nose odgovarajuće mutacije u sekvencama nukleinske kiseline koje kodiraju relevantne mutirane proteine. Takve mutirane nukleinske kiseline mogu se takođe koristiti kao biomarkeri za inhibiciju c-Met i stoga takođe čine oblike izvođenja specifikacije.
[0075] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom MET_c.3583C> T.
[0076] „MET_c.3583C> T mutacija“ se javlja kada je nukleotid citozina u poziciji 3583 sekvence nukleinske kiseline koja kodira divlji tip MET proteina supstituisan nukleotidom timina. Mutacija MET_c.3583C> T kodira za protein MET koji sadrži mutaciju MET L1195F.
[0077] Sekvenca nukleinske kiseline koja kodira divlji tip MET proteina je opisana u RefSeq: NCBI Baza podataka referentnih sekvenci (RefSeq Accession NM_00245), koja je ovde data (SEQ ID NO: 2). Dati RefSeq uključuje nekodirajuće sekvence („neprevedeni regioni“ ili „UTR“), uključujući UTR sekvencu dužine od 202 nukleotida pre početka sekvence kodiranja.
1
[0078] RefSeq: Baza podataka referentnih sekvenci NCBI (RefSeq Accession NM_00245) koristi se kao referentna sekvenca kada se opisuju genetske mutacije o kojima se govori u ovoj specifikaciji. Na primer, reference na nukleinsku kiselinu sa mutacijom MET_c.3583C> T opisuju nukleinsku kiselinu pri čemu je nukleotid citozina u poziciji 3785 ovde pomenute sekvence zamenjen nukleotidom timina.
[0079] „Rak“ se odnosi na nekontrolisani rast ćelija koji rezultira tumorom ili izraslinama u telu pacijenta. „Rak“ i „tumor“ se koriste naizmenično za opisivanje fizičkih izraslina prisutnih u telu pacijenta koji ima rak. "Rak" uključuje i nemetastatski rak i metastatski rak, tako da lečenje raka može obuhvatati lečenje i primarnih tumora i lokalnih ili udaljenih metastaza.
[0080] Po svojoj prirodi tumori raka su heterogeni i svaki tumor u telu pacijenta koji ima rak može obuhvatati zasebne populacije ćelija koje se nekontrolisano šire iz različitih razloga. Na primer, dati tumor može obuhvatati različite populacije ćelija čiji je rast pospešen različitim aberacijama u njihovoj ćelijskoj mašineriji, na primer različitim mutacijama DNK. Kao takve, kada se spomene da je rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, te prema tome sadrži ćelije koje eksprimuju MET protein koji sadrži mutaciju MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, neće sve ćelije karcinoma moći eksprimovati takve mutirane MET proteine.
[0081] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje rak, rak može biti rak pluća (na primer sitnoćelijski rak pluća ili nesitnoćelijski rak pluća), rak želuca, rak mozga (na primer glioblastom), rak debelog creva, rak dojke (na primer trostruki negativni rak dojke) ili rak bubrega (na primer karcinom bubrežnih bistrih ćelija ili papilarni karcinom bubrežnih ćelija).
[0082] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje rak, rak može biti rak bubrega (na primer karcinom bubrežnih bistrih ćelija ili papilarni karcinom bubrežnih ćelija).
[0083] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje rak, rak može biti papilarni karcinom bubrežne ćelije.
[0084] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje papilarni karcinom bubrežnih ćelija, papilarni karcinom bubrežnih ćelija može biti papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa I.
1
[0085] „Papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa I“ je histološki podtip koji se odlikuje oblogom sitnih ćelija sa bistrom do bazofilnom citoplazmom.
[0086] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje papilarni karcinom bubrežnih ćelija, papilarni karcinom bubrežne ćelije može biti papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa II.
[0087] „Papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa II“ je histološki podtip koji se odlikuje oblogom krupnih ćelija sa obilnom eozinofilnom citoplazmom.
[0088] Stručnjak je u stanju da razlikuje histološke podtipove papilarnog karcinoma bubrežnih ćelija koristeći gore navedene i druge histološke kriterijume.
[0089] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom 1195, a c-Met inhibitor je savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, koji se daje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 500 - 1000 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0090] U jednom obliku izvođenja pronalaska obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak okarakterisan mutacijom MET 1195, a c-Met inhibitor je savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, što je primenjuje se u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0091] U jednom obliku izvođenja pronalaska obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak okarakterisan mutacijom MET L1195F, a c-Met inhibitor je savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, koji se primenjuje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0092] U jednom izvođenju obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija koji je karakterisan mutacijom MET V1092I, MET H1094L ili MET L1195F.
1
[0093] U jednom obliku izvođenja pronalaska obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija koji je karakterisan mutacijom MET L1195F, a c-Met inhibitor je savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0094] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija koji je karakterisan mutacijom MET L1195F, a c-Met inhibitor je savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, koji se daje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0095] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa II koji je karakterisan mutacijom MET L1195F, a c-Met inhibitor je savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, koji se daje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0096] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je savolitinib za upotrebu u lečenju papilarnog karcinoma bubrežnih ćelija tipa II koji je karakterisan mutacijom MET L1195F, gde se savolitinib primenjuje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0097] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koja uključuje analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in-vitro kako bi se utvrdilo da li karcinom pacijenta karakteriše MET 1092, mutacija MET 1094 ili MET 1195, pri čemu je ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom.
[0098] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koja uključuje dobijanje reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta, analizu uzorka in vitro da bi se utvrdilo da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, pri čemu je ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094
1
ili MET 1195, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom.
[0099] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je postupak kojim se određuje da li će pacijent sa karcinomom verovatno imati koristi od lečenja c-Met inhibitorom, koja uključuje in vitro testiranje reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta na prisustvo MET 1092, MET 1094 ili mutaciju MET 1195 da bi se utvrdilo da li karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, pri čemu je ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, verovatnije da bi pacijent imao koristi od lečenja c-Met inhibitorom.
[0100] U jednom ostvarenju obezbeđen je postupak za odabir odgovarajućeg režima lečenja za pacijenta koji ima rak, koji obuhvata korake:
a) određivanje prisustva mutacije MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 u ćelijama raka pacijenta analizom u reprezentativnom uzorku karcinoma pacijenta; i
b) odabir režima lečenja koji uključuje primenu c-Met inhibitora ako je mutacija MET L1195F prisutna u ćelijama karcinoma pacijenta.
[0101] U jednom ostvarenju obezbeđen je postupak za odabir odgovarajućeg režima lečenja za pacijenta koji ima rak, koji obuhvata korake:
a) dobijanje reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta;
b) određivanje prisustva mutacije MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 u ćelijama raka pacijenta analizom uzorka; i
b) odabir režima lečenja koji uključuje primenu c-Met inhibitora ako je mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 prisutna u ćelijama raka pacijenta.
[0102] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koja uključuje analizu reprezentativnog uzorka pacijentovog karcinoma in vitro kako bi se utvrdilo da li karcinom pacijenta karakteriše mutacija 1195, pri čemu je ako se
2
utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1195, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, koja se daje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 500-1000 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0103] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koja uključuje analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in-vitro kako bi se utvrdilo da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET 1195, pri čemu je ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1195, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, koji se primenjuje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0104] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koja uključuje analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in-vitro kako bi se utvrdilo da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET L1195F, pri čemu je ako se utvrdi da rak pacijenta karakteriše MET L1195F, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, koji se daje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0105] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je postupak skrininga pacijenata koji ima rak radi utvrđivanja njihove pogodnosti za lečenje c-Met inhibitorom, koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka pacijentovog karcinoma in-vitro kako bi se utvrdilo da li karcinom pacijenta karakteriše MET VI0921, mutacija MET H1094L ili MET L1195F, pri čemu je ako se utvrdi da rak pacijenta karakteriše MET V1092I, MET H1094L ili MET L1195F, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija.
[0106] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in-vitro kako bi se utvrdilo da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET L1195F, pri čemu je ako se utvrdi da rak pacijenta karakteriše MET L1195F, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija, a c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0107] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in-vitro kako bi se utvrdilo da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET L1195F, pri čemu je ako se utvrdi da rak pacijenta karakteriše MET L1195F, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija, a c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, koji se daje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0108] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in vitro kako bi se utvrdilo da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET L1195F, pri čemu je ako se utvrdi da rak pacijenta karakteriše MET L1195F, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa II, koji se primenjuje u farmaceutskoj kompoziciji koji sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0109] U jednom obliku izvođenja ovog pronalaska obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa papilarnim karcinomom bubrežnih ćelija kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje savolitinibom ili njegovom farmaceutski prihvatljivom solju, koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in-vitro kako bi se utvrdilo da li pacijent ima karcinom koji karakteriše mutacija, pri čemu je ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET L1195F, pacijent pogodan za lečenje savolitinibom ili njegovom farmaceutski prihvatljivom solju.
[0110] U jednom obliku izvođenja obezbeđena je upotreba c-Met inhibitora u pripremi leka za lečenje karcinoma, pri čemu je rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0111] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je postupak za lečenje karcinoma kod pacijenta čiji je rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, koji obuhvata davanje navedenom pacijentu terapeutski efikasne količine c-Met inhibitora.
[0112] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je postupak za lečenje karcinoma kod pacijenta kome je potrebno takvo lečenje, koji obuhvata sledeće korake:
a) određivanje da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195; i
b) davanje pacijentu terapeutski efikasne količine c-Met inhibitora ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0113] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je postupak za lečenje karcinoma kod pacijenta kome je potrebno takvo lečenje, koji obuhvata sledeće korake:
a) zahtevanje testa čiji rezultati mogu utvrditi da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195; i
b) davanje pacijentu terapeutski efikasne količine c-Met inhibitora ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0114] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je postupak za lečenje karcinoma kod pacijenta kome je potrebno takvo lečenje, koji obuhvata sledeće korake:
a) zahtevanje testa čiji rezultati mogu utvrditi da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195; i
b) propisivanje terapeutski efikasne količine c-Met inhibitora pacijentu ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0115] U jednom obliku izvođenja obezbeđen je dijagnostički komplet pogodan za određivanje MET mutacije (na primer mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195), koji sadrži degenerisane prajmere pogodne za pojačavanje ciljne nukleinske kiseline u MET genu i opciona uputstva koja sadrže protokol pojačanja i analizu rezultata.
2
[0116] U bilo kom obliku izvođenja gde se spominje dijagnostički komplet pogodan za određivanje MET mutacije, komplet može obuhvatati uputstva koja sadrže protokol pojačanja i analizu rezultata.
[0117] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje dijagnostički komplet pogodan za određivanje MET mutacije, komplet može obuhvatati pufere, enzime i posude za izvođenje amplifikacije i analize proizvoda amplifikacije.
[0118] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje dijagnostički komplet pogodan za određivanje MET mutacije, komplet može obuhvatati jedan ili više DNK mikronizova.
[0119] U bilo kom obliku izvođenja, gde se spominje dijagnostički komplet pogodan za određivanje MET mutacije, komplet može obuhvatati jedan ili više kontrolnih šablona.
Pogodni kontrolni šabloni uključuju nukleinske kiseline izolovane iz normalnog uzorka tkiva i uzorke koji predstavljaju različite varijanse u referentnim genima.
[0120] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje dijagnostički komplet pogodan za određivanje MET mutacije, komplet može obuhvatati dva ili više parova prajmera, pri čemu je svaki par sposoban da pojača različit region gena MET (svaki region je mesto potencijalne varijanse) obezbeđujući tako komplet za analizu prisustva nekoliko varijansi gena u biološkom uzorku u jednoj reakciji ili nekoliko paralelnih reakcija.
[0121] Pogodni prajmeri mogu biti obeleženi (na primer fluorescentno) da bi se olakšalo otkrivanje proizvoda amplifikacije i posledična analiza varijansi nukleinske kiseline. Komplet može omogućiti otkrivanje više varijansi u jednoj analizi. Kombinovani komplet će stoga sadržati prajmere sposobne da pojačavaju različite segmente referentnog gena. Prajmeri mogu biti različito obeleženi, na primer upotrebom različitih fluorescentnih etiketa, kako bi se napravila razlika između varijansi.
[0122] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje dijagnostički komplet pogodan za određivanje MET mutacije, komplet može omogućiti određivanje mutantnih oblika MET, pri čemu je mutacija prisutna na bilo kojoj poziciji u genu.
[0123] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje dijagnostički komplet pogodan za određivanje MET mutacije, komplet omogućava određivanje mutacije MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0124] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje dijagnostički komplet pogodan za određivanje MET mutacije, komplet omogućava određivanje mutacije MET V1092I, MET H1094L ili MET L1195F.
[0125] Utvrđivanje da li rak karakteriše određena mutacija (na primer da li rak sadrži ćelije koje eksprimuju MET protein koji sadrži mutaciju na pozicijama 1092, 1094 ili 1195 u odnosu na divlji tip MET proteina) može se zasnivati na analizi genomske DNK ćelije, ili analizom DNK transkripata ili proteina kodiranih putem DNK. Može biti poželjno potvrditi prisustvo date mutacije u genomskoj DNK ćelije raka paralelnom analizom transkripata i/ili proteina kako bi se osiguralo da se mutacija zaista eksprimuje u ćelijama raka pacijenta.
[0126] Postoji veliki broj analitičkih postupaka dobro poznatih u struci koji se mogu koristiti za otkrivanje mutacija na jednoj ili više pozicija u genu, koji zatim kodiraju odgovarajuće mutacije u proteinu, kao što je MET protein. Generalno, takve metode detekcije zahtevaju tehniku detekcije mutacija, opciono metodu pojačanja (na primer lančana reakcija polimeraze ili "PCR"), opciono metodu hvatanja ili obogaćivanja (na primer, hibridizaciono hvatanje u postupcima sekvenciranja sledeće generacije) i opciono sistem za generisanje signala. Primeri metoda za detekciju genetskih mutacija razmatrani su u Nollau et al. Clin. Chem.1997, 43, 1114-1120; Anderson, S.M; Expert Rev. Mol. Diagn.2011, 11, 635-642; Meyerson M. et al., Nat. Rev. Genet.2010, 11, 685-696; i u standardnim udžbenicima, na primer Laboratory Protocols for Mutation Detection, 2nd Edition; Edited by U. Landegren; Oxford University Press 1996 i PCR by Newton & Graham, BIOS Scientific Publishers Limited 1997.
[0127] U bilo kom obliku izvođenja gde je neophodno utvrditi da li je rak karakterisan MET mutacijom (na primer mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195), određivanje može obuhvatati tehniku detekcije mutacije.
[0128] U bilo kom obliku izvođenja gde je neophodno odrediti da li je rak karakterisan mutacijom (na primer mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195), određivanje može obuhvatati tehniku detekcije mutacije i postupak pojačavanja.
2
[0129] U bilo kom obliku izvođenja gde je neophodno odrediti da li je rak karakterisan mutacijom (na primer mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195), određivanje može obuhvatati tehniku detekcije mutacije i metodu hvatanja ili obogaćivanja.
[0130] U bilo kom obliku izvođenja gde je neophodno odrediti da li je rak karakterisan mutacijom (na primer mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195), određivanje može obuhvatati tehniku otkrivanja mutacija i sistem generisanja signala.
[0131] U bilo kom obliku izvođenja gde je neophodno utvrditi da li je rak karakterisan mutacijom (na primer mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195), određivanje može obuhvatati tehniku detekcije mutacije, postupak pojačavanja, metodu hvatanja ili obogaćivanja i sistem za generisanje signala.
[0132] „Tehnika detekcije mutacija“ može se izvesti analizom DNK ili RNK prikupljenih iz bioloških uzoraka različitim postupcima, uključujući PCR, hibridizaciju sondama specifičnim za alel, enzimsku detekciju mutacije, hemijsko cepanje neusklađenosti, masenu spektrometriju ili sekvenciranje DNK (uključujući minisekvenciranje). Primeri tehnika detekcije mutacija uključuju sistem amplifikacije refraktorne mutacije (ARMS™), linearni produžetak sistema amplifikacije refraktorne mutacije (ALEX™), kompetitivni sistem prajmiranja oligonukleotida (COPS), Taqman, Molecular Beacons, polimorfizam dužine restrikcionih fragmenata (RFLP), PCR zasnovan na mestu restrikcije i tehnike fluorescentnog rezonantnog prenosa energije (FRET) i ogled ligacije oligonukleotida (OLA).
[0133] Hibridizacija sa sondama specifičnim za alel može se sprovesti koristeći: (1) oligonukleotida specifičnih za alel vezani za čvrstu fazu (npr. staklo, silicijum, najlonske membrane) koja dolazi u kontakt sa obeleženim uzorkom u rastvoru, na primer kao u mnogim primenama DNK čipova; ili, (2) vezanih uzoraka (često klonirana DNK ili DNK pojačana PCR-om) i obeleženih oligonukleotida u rastvoru (alel specifični ili kratki, tako da omogućavaju sekvenciranje hibridizacijom). Dijagnostički testovi mogu da sadrže panel mutacija, često na čvrstom nosaču, koji omogućava istovremeno određivanje više od jedne mutacije. Takve hibridizacijske sonde su dobro poznate u tehnici (videti npr., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4th Edition, Volumes 1-3; editors Green and Sambrook; Cold Spring Harbor, N.Y 2012, ISBN: 9781936113422) i mogu se prostirati na dve ili više lokacija
2
varijanse.
[0134] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje tehnika detekcije mutacija, tehnika detekcije mutacija može obuhvatati dovođenje u kontakt MET nukleinske kiseline koja sadrži navodno mesto mutacije sa najmanje jednom sondom nukleinske kiseline.
[0135] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje tehnika detekcije mutacija, tehnika detekcije mutacije može obuhvatati dovođenje u kontakt MET nukleinske kiseline koja sadrži potencijalno mesto mutacije sa najmanje jednom sondom nukleinske kiseline, pri čemu se sonda hibridizuje sa sekvencom nukleinske kiseline, uključujući mesto mutacije koje sadrži komplementarni nukleotid baze na mestu mutacije pod uslovima selektivne hibridizacije.
[0136] Hibridizacija se može detektovati pomoću oznaka poznatih stručnjaku u ovoj oblasti. Takve oznake uključuju radioaktivne, fluorescentne, bojene i enzimske oznake.
[0137] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje tehnika detekcije mutacije, tehnika detekcije mutacije može obuhvatati dovođenje u kontakt MET nukleinske kiseline koja sadrži potencijalno mesto mutacije sa najmanje jednim prajmerom nukleinske kiseline.
[0138] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje tehnika detekcije mutacije, tehnika detekcije mutacije može obuhvatati dovođenje u kontakt MET nukleinske kiseline koja sadrži potencijalno mesto mutacije sa najmanje jednim prajmerom nukleinske kiseline, pri čemu prajmer poželjno hibridizuje sa sekvencom nukleinske kiseline, uključujući mesto mutacije koje sadrži komplementarne nukleotidne baze na mestu varijanse pod uslovima selektivne hibridizacije.
[0139] Oligonukleotidi koji se koriste kao prajmeri za specifičnu amplifikaciju mogu nositi komplementarnu nukleotidnu bazu do mutacije koja je od interesa u centru molekula, tako da amplifikacija zavisi od diferencijalne hibridizacije (vidi npr. Gibbs, et al. Nucl. Acids Res. 1989, 17, 2437) ili na krajnjem 3'-kraju jednog prajmera gde, pod odgovarajućim uslovima, neusklađenost može sprečiti ili smanjiti produženje polimeraze (vidi, npr. Prossner 1993, Tibtech, 11238).
[0140] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje tehnika detekcije mutacija, tehnika
2
detekcije mutacija može obuhvatati sekvenciranje najmanje jedne sekvence nukleinske kiseline i poređenje dobijene sekvence sa poznatom sekvencom nukleinske kiseline divljeg tipa.
[0141] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje tehnika detekcije mutacije, tehnika detekcije mutacije može obuhvatati spektrometrijsko određivanje mase najmanje jedne sekvence nukleinske kiseline.
[0142] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje tehnika detekcije mutacija, tehnika detekcije mutacija može obuhvatati izvođenje PCR-a.
[0143] Mutacije u genomskoj nukleinskoj kiselini mogu se takođe povoljno detektovati tehnikama zasnovanim na pomaku pokretljivosti u pojačanim fragmentima nukleinske kiseline. Na primer, Chen et al., Anal Biochem. 1996, 239, 61, opisuje detekciju jednobaznih mutacija testom kompetitivnog pomaka pokretljivosti. Štaviše, testovi zasnovani na tehnici iz Marcelino et al., BioTechniques 1999, 26, 1134-1148 komercijalno su dostupni.
[0144] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje tehnika detekcije mutacija, tehnika detekcije mutacija može se sastojati od upotrebe kapilarne heterodupleks analize za detekciju prisustva mutacija na osnovu pomaka pokretljivosti dupleksnih nukleinskih kiselina u kapilarnim sistemima kao rezultat prisustva neusklađenosti.
[0145] „Postupak amplifikacije“ može se koristiti za generisanje dodatnih količina nukleinskih kiselina detektovanih tokom tehnike detekcije mutacije, što olakšava naredne korake analize. Većina postupaka amplifikacije oslanja se na enzimsku lančanu reakciju (kao što je PCR, lančana reakcija ligaze ili samoodrživa replikacija sekvence) ili na replikaciju celokupnog ili dela vektora u koji je kloniran.
[0146] Mnogi postupci amplifikacije ciljeva i signala opisani su u literaturi, na primer, u opštim pregledima ovih postupaka u Landegren, U. et al., Science 1988, 242, 229-237 i Lewis, R., Genetic Engineering News 1990, 10, 54-55. Ovi postupci amplifikacije mogu se koristiti u ovde opisanim postupcima i uključuju PCR, PCR in situ, postupak amplifikacije ligaze (LAR), hibridizaciju ligaze, replikaciju Qβ bakteriofaga, sistem amplifikacije na osnovu transkripcije (TAS), genomsku amplifikaciju sa sekvenciranjem transkripta
2
(GAWTS) ), amplifikaciju zasnovanu na sekvenci nukleinske kiseline (NASBA) i hibridizacija in-situ. Prajmeri pogodni za upotrebu u raznim tehnikama amplifikacije mogu se pripremiti prema postupcima poznatim u struci.
[0147] PCR je postupak amplifikacije nukleinske kiseline opisan između ostalog u američkim patentima br.4,683,195 i 4,683,202. PCR se sastoji od ponovljenih ciklusa reakcija produženja prajmera generisanih DNK polimerazom. Ciljna DNK je denaturisana toplotom, a dva oligonukleotida, koji postavljaju ciljnu sekvencu na suprotne lance DNK koja će se pojačati, su hibridizovana. Ovi oligonukleotidi postaju prajmeri za upotrebu sa DNK polimerazom. DNK se kopira produžavanjem prajmera da bi se napravila druga kopija oba lanca. Ponavljanjem ciklusa toplotne denaturacije, hibridizacije i produženja prajmera, ciljna DNK se može pojačati milion puta ili više za oko dva do četiri sata. PCR je alat za molekularnu biologiju, koji se mora koristiti zajedno sa tehnikom detekcije za određivanje rezultata amplifikacije. Prednost PCR-a je što povećava osetljivost amplifikacijom količine ciljne DNK za 1 milion do 1 milijardu puta za otprilike 4 sata. PCR se može koristiti za amplifikaciju bilo koje poznate nukleinske kiseline u dijagnostičkom kontekstu (Mok et al., Gynaecologic Oncology, 1994, 52: 247-252,).
[0148] Tehnika amplifikacije specifična za alel, kao što je Amplification Refractory Mutation System (ARMS™) (Newton et al., Nucleic Acids Res., 1989, 17, 2503-2516) takođe može da se koristi za detekciju jednobaznih mutacija. Pod odgovarajućim uslovima PCR amplifikacije, jednobazno nepodudaranje smešteno na 3'-kraju prajmera je dovoljno za preferencijalnu amplifikaciju savršeno usklađenog alela (Newton et al., 1989, supra), što omogućava diskriminaciju blisko srodnih vrsta. Osnova sistema amplifikacije koji koristi prethodno opisane prajmere je da oligonukleotidi sa neusklađenim 3'-ostatkom neće funkcionisati kao prajmeri u PCR-u pod odgovarajućim uslovima. Ovaj sistem amplifikacije omogućava genotipizaciju samo pregledom reakcionih smeša nakon elektroforeze u agaroznom gelu.
[0149] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje postupak amplifikacije, postupak amplifikacije može obuhvatati PCR.
[0150] Za analizu proizvoda pojačanja mogu se koristiti različiti „sistemi za generisanje signala“. Sistemi za generisanje signala mogu se izvoditi bilo kojim postupkom koji je
2
sposoban da razdvoji proizvode amplifikacije prema njihovoj veličini, uključujući automatizovanu i ručnu gel elektroforezu, masenu spektrometriju i slično.
[0151] Postupci izolacije, amplifikacije i analize nukleinske kiseline su uobičajeni za stručnjake i primeri protokola se mogu naći, na primer, u Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4th Edition, Volumes 1-3; editors Green and Sambrook; Cold Spring Harbor, N.Y 2012, ISBN: 9781936113422). Naročito koristan izvor protokola za postupke koji se koriste u PCR amplifikaciji je PCR (Basics: From Background to Bench) by M. J. McPherson, S. G. Mailer, R. Beynon, C. Howe, Springer Verlag; 1st edition (October 15, 2000), ISBN:
0387916008,
[0152] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), detekcija MET mutacije može obuhvatati sistem za generisanje signala koji je gel elektroforeza.
[0153] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje MET mutacija (na primer MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 mutacija), detekcija MET mutacije može obuhvatati sistem za generisanje signala koji je masena spektrometrija.
[0154] Postupci koji se mogu koristiti za detekciju ovde opisanih mutacija proteina uključuju masenu spektrometriju ili pristupe zasnovane na antitelima koji su razrađeni da detektuju supstituciju aminokiselina u naznačenim pozicijama.
[0155] „Reprezentativni uzorak karcinoma pacijenta“ može biti bilo koje tkivo tumora ili uzorak koji sadrži tumorske ćelije, dobijen ili dostupan od pacijenta sa rakom, uključujući bilo koji uzorak koji sadrži tumorsku nukleinsku kiselinu, kao što je cirkulišuća slobodna DNK (ctDNA). Uzorci karcinoma pacijenta mogu uključivati krv, bris usta, biopsiju ili drugu telesnu tečnost ili tkivo dobijeno od pacijenta. Posebni primeri uključuju cirkulišuće tumorske ćelije ili cirkulišuću tumorsku DNK prisutnu u plazmi ili serumu pacijenta, ćelije izolovane iz ascites tečnosti pacijenata sa rakom jajnika, plućni sputum dobijen od pacijenata sa tumorima u plućima, aspirat iz tanke igle dobijen od pacijenta sa rakom dojke, urin, periferna krv, ćelije prikupljene struganjem, folikulu dlake, izrez kože ili bukalni uzorak.
[0156] Reprezentativni uzorci karcinoma pacijenta za testiranje statusa mutacije mogu u jednakoj meri biti sekvence nukleinske kiseline koje odgovaraju sekvenci dobijenoj u reprezentativnom uzorku karcinoma pacijenta, odnosno da ceo ili deo regiona u uzorku nukleinske kiseline može prvo biti pojačan bilo kojom pogodnom tehnikom, npr. lančanom reakcijom polimeraze (PCR), pre analize. Nukleinska kiselina može biti genomska DNK ili frakcionisana ili celoćelijska RNK. U nekim oblicima izvođenja RNK je celoćelijska RNK i koristi se direktno kao obrazac za obeležavanje cDNK prvog lanca korišćenjem slučajnih prajmera ili poli A prajmera. Nukleinska kiselina ili protein u uzorku karcinoma pacijenta mogu se ekstrahovati iz uzorka prema standardnim metodologijama, npr. onima na koje se poziva Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4th Edition, Volumes 1-3; editors Green and Sambrook; Cold Spring Harbor, N.Y 2012, ISBN: 9781936113422,
[0157] Reprezentativni uzorak pacijentovog karcinoma možda je prethodno uzet od pacijenta. Takvi uzorci se mogu sačuvati zamrzavanjem ili fiksirati i staviti u formalin-parafin ili druge medijume. Alternativno se može dobiti i koristiti svež uzorak.
[0158] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje reprezentativni uzorak karcinoma pacijenta, reprezentativni uzorak karcinoma pacijenta može obuhvatati uzorak tumorskih ćelija.
[0159] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje reprezentativni uzorak karcinoma pacijenta, reprezentativni uzorak karcinoma pacijenta može obuhvatati uzorak koji sadrži nukleinsku kiselinu tumora.
[0160] U bilo kom obliku izvođenja gde se pominje reprezentativni uzorak karcinoma pacijenta, reprezentativni uzorak karcinoma pacijenta može obuhvatati uzorak koji sadrži DNK tumora.
[0161] U bilo kom obliku izvođenja, gde se pominje reprezentativni uzorak karcinoma pacijenta, reprezentativni uzorak karcinoma pacijenta može obuhvatati uzorak koji sadrži slobodnu cirkulišuću DNK tumora.
[0162] U obliku izvođenja [A] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, pri čemu je rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
1
[0163] U obliku izvođenja [B] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kako je opisano u obliku izvođenja [A], pri čemu je mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195 supstitucija aminokiselina.
[0164] U obliku izvođenja [C] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kao što je opisano u obliku izvođenja [A] ili obliku izvođenja [B], pri čemu je rak karakterisan mutacijom MET V1092I, MET H1094L ili MET L1195F.
[0165] U obliku izvođenja [D] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kao što je opisano u obliku izvođenja [C], pri čemu je rak karakterisan mutacijom MET V1092I.
[0166] U obliku izvođenja [E] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kako je opisano u obliku izvođenja [C], pri čemu je rak karakterisan mutacijom MET H1094L.
[0167] U obliku izvođenja [F] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kako je opisano u obliku izvođenja [A], pri čemu je rak karakterisan mutacijom MET L1195F.
[0168] U obliku izvođenja [G] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kao što je opisano u bilo kom od oblika izvođenja [A] do [F], pri čemu je rak rak pluća, rak želuca ili papilarni karcinom bubrežnih ćelija.
[0169] U obliku izvođenja [H] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kao što je opisano u obliku izvođenja [G], pri čemu je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija.
[0170] U obliku izvođenja [I] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kao što je opisano u obliku izvođenja [H], pri čemu je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa II.
[0171] U obliku izvođenja [J] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kao što je opisano u bilo kom obliku izvođenja [A] do [I], pri čemu je c-Met inhibitor
2
savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, krizotinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, tivantinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, kabozantinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, foretinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, kapmatinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, onartuzumab, fiklatuzumab ili rilotumumab.
[0172] U obliku izvođenja [K] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kao što je opisano u obliku izvođenja [J], pri čemu je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0173] U obliku izvođenja [L] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kao što je opisano u bilo kom obliku izvođenja [A] do [K], pri čemu lečenje raka obuhvata analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in-vitro da bi se utvrdilo da li je rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, pri čemu je ako se utvrdi da je karcinom pacijenta karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom.
[0174] U obliku izvođenja [M] obezbeđen je c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma kao što je opisano u obliku izvođenja [A], gde je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa II koji karakteriše MET V1092I, MET H1094L ili MET L1195F mutacija, a c-Met inhibitor je savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, koji se primenjuje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
[0175] U obliku izvođenja [N] obezbeđen je postupak skrininga pacijenata sa karcinomom kako bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka pacijentovog karcinoma in-vitro kako bi se utvrdilo da li je rak karakterisan MET 1092 , MET 1094 ili MET 1195 mutacijom, pri čemu je ako se utvrdi da rak pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom.
[0176] U obliku izvođenja [O] obezbeđen je postupak oblika izvođenja [N], koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in-vitro da bi se utvrdilo da li je rak karakterisan mutacijom MET V1092I, pri čemu je ako se utvrdi da je karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET V1092I, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom.
[0177] U obliku izvođenja [P] obezbeđen je postupak oblika izvođenja [N], koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka pacijentovog karcinoma in-vitro kako bi se utvrdilo da li je rak karakterisan mutacijom MET H1094L, pri čemu je ako se utvrdi da rak pacijenta karakterisan mutacijom MET H1094L, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom.
[0178] U obliku izvođenja [Q] obezbeđen je postupak oblika izvođenja [N], koja uključuje analizu reprezentativnog uzorka pacijentovog karcinoma in-vitro kako bi se utvrdilo da li je karcinom karakterisan sa mutacijom MET L1195F, pri čemu je ako se utvrdi da je karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET L1195F, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom.
[0179] U obliku izvođenja [R] obezbeđen je postupak u bilo kom od oblika izvođenja [N] do [Q], gde je rak papilarni karcinom bubrežne ćelije.
[0180] U obliku izvođenja [S] obezbeđen je postupak u bilo kom od oblika izvođenja [N] do [R], gde je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
[0181] U obliku izvođenja [T] obezbeđena je upotreba c-Met inhibitora u pripremi leka za lečenje karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0182] U obliku izvođenja [U] obezbeđen je postupak za lečenje karcinoma kod pacijenta kome je takav tretman potreban, koji obuhvata korake:
a) zahtevanje testa čiji rezultati mogu utvrditi da li rak pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195; i
b) davanje pacijentu terapeutski efikasne količine c-Met inhibitora ako se utvrdi da karcinom pacijenta karakteriše mutacija MET 1092, MET 1094 ili MET 1195.
[0183] U obliku izvođenja [V] obezbeđen je postupak oblika izvođenja [U], gde je rak papilarni karcinom bubrežne ćelije.
[0184] U obliku izvođenja [W] obezbeđen je postupak oblika izvođenja [U] ili oblika izvođenja [V], pri čemu je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
4
[0185] Prema ovom pronalasku, c-Met inhibitor je savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so, a rak karakteriše mutacija MET 1195.
PRIMERI
[0186] Sledeći testovi podržavaju ovde navedene oblike izvođenja: a) fosforilacija tirozin kinaze MET receptora i efekat tačkastih mutacija na osetljivost na inhibiciju MET savolitinibom; b) određivanje reakcije na dozu MET WT i tačkastih mutanata MET na savolitinib i druge inhibitore MET; c) kapacitet transformacije MET WT, MET mutantnih ili roditeljskih Ba/F3 stabilnih ćelijskih linija; d) MET L1195F mutantna reakcija tumora PRCC pacijenta. Tokom opisa ovih ispitivanja, generalno važi:
i. Vrednost IC50je koncentracija test jedinjenja koja inhibira 50% biološke aktivnosti.
ii. Korišćene skraćenice su objašnjene u glavnom tekstu ili u sledećem pasusu ili bi inače bile poznate veštom čitaocu. aPTT = aktivirano delimično vreme tromboplastina; BCA = bicinhoninska kiselina; EDTA = etilendiamintetrasirćetna kiselina; CTCAE = uobičajeni terminološki kriterijumi za neželjene događaje; DBP = dijastolni krvni pritisak; DoR = trajanje odgovora; DVT = tromboza dubokih vena; ECOG = Istočna zadružna onkološka grupa; EKG = elektrokardiogram; FBS = fetalni goveđi serum; h = sat (i); GFR = brzina glomerularne filtracije; HEK = ćelijska linija humanog embrionskog bubrega; IL-3 = interleukin-3; LDS = punjenje rastvora boje; LMWH = heparin male molekulske težine; NGS = sekvenciranje sledeće generacije; NYHA = Njujorško udruženje za srce; ORR = ukupna stopa odgovora; OS = ukupni opstanak; PD = progresivna bolest; PBS = fiziološki rastvor puferisan u fosfat; PFS = preživljavanje bez progresije; PK = farmakokinetički; PO = putem usta; QD = jednom dnevno; RFP = crveni fluorescentni protein; SC = potkožno; SBP = sistolni krvni pritisak; TBST = fiziološki rastvor puferisan trisom - između 20; ULN = gornja granica normale; WB = Western Blot.
Ispitivanje a): Fosforilacija MET tirozin kinaze receptora i uticaj tačkastih mutacija na osetljivost na inhibiciju MET savolitinibom
[0187] Privremene transfekcije u ćelijama HEK293T MET WT i specifični mutanti sa supstitucijama aminokiselina ispitivani su zbog njihove sposobnosti da aktiviraju MET kinazu korišćenjem fosforilirane MET WB analize i aktivacije nizvodno putem pERK1/2 WB analize. MET WT i svi MET mutanti se aktiviraju kada se privremeno prekomerno eksprimuju, kao što je pokazano stanjem tretiranim sa DMSO i detekcijom fosforiliranog MET (Y1234 / Y1235). Novi MET mutant L1195F može da aktivira MET i ERK1/2 i osetljiv je na inhibiciju savolitinibom u sličnoj meri kao MET WT. Novi MET mutanti V1092I i H1094L takođe se aktiviraju prekomernom ekspresijom i dovode do aktivacije ERK putanje nizvodno. Suprotno tome, M1250T, poznati robusni aktivirajući MET mutant, samo je delimično inhibiran na 100 nM i Y1230H je potpuno otporan na savolitinib. Rezultati ovog testa prikazani su na slici 1 i pokazuju da MET L1195F, V1092I i H1094L aktiviraju mutante MET i da nizvodno ERK1/2 signaliziranje može biti inhibirano tretmanom putem savolitiniba.
Ispitivanje b): Određivanje dozne reakcije MET WT i MET tačaka mutanata na savolitinib i druge inhibitore MET
[0188] Privremeno transfektovane HEK293T ćelije sa MET WT i MET mutantnim konstruktima, kako je naznačeno, tretirane su savolitinibom, INC280 ili krizotinibom u naznačenim dozama (opseg od 2,7 nM do 6,0 µM) tokom 2,5 sata da bi se detektovao stepen inhibicije fosfo-MET. Rezultati su prikazani na slikama 2 - 7 i tabeli 1 ispod.
[0189] U tabeli 1 IC50ukazuje na osetljivost svakog MET WT i mutiranog proteina na inhibiciju sa relevantnim c-Met inhibitorom. Savolitinib ima IC50od 13nM protiv WT MET proteina i 6nM protiv poznatog aktivirajućeg MET mutanta M1250T IC50. Kao takav savolitinib ima uporedive vrednosti IC50u odnosu na oba proteina. Slično tome, ćelije koje privremeno eksprimuju MET L1195F imaju savolitinib IC50od 35 nM, što takođe ukazuje da ovaj MET mutant može biti inhibiran savolitinibom u sličnoj meri kao za MET WT i poznati aktivirajući mutant M1250T. Privremena ekspresija MET V1092I i H1094L pokazuju da su ovi mutirani proteini fosforilirani i da se ta fosforilacija može inhibirati pomoću MET inhibitora, tako da IC50savolitiniba iznosi 12nM, odnosno 4nM. Suprotno tome, mutant MET Y1230H nije osetljiv na inhibiciju savolitiniba, jer IC50nije mogao da se odredi zbog nemogućnosti da inhibira najmanje 50% fosfo-MET MSD signala. MSD signal fosfo-MET normalizovan je na ukupan MET signal.
Ispitivanje c): Kapacitet transformacije MET WT, MET mutanta ili roditeljskih Ba/F3 stabilnih ćelijskih linija
[0190] Stabilne populacije ćelijskih linija čiji rast zavisi od IL-3 ispitane su na njihovu relativnu održivost u prisustvu IL-3 da bi se utvrdila sklonost ka rastu ćelija. IL-3 je uklonjen da bi se utvrdila sposobnost transformacije svakog MET konstrukta. Dalje, uslovi lečenja HGF pokazuju puni doprinos rastu ćelija zavisnog od MET. Rezultati ovog testa prikazani su na slici 8.
[0191] Tamo gde roditeljske Ba/F3 ćelije koje u pogledu rasta zavise od IL-3 nisu reagovale na tretman putem vektora ili HGF, prekomerna ekspresija MET WT takođe nije donela prednost u pogledu rasta na način nezavisan od IL-3. Suprotno tome, ćelije MET M1250T rastu u odsustvu IL-3, kao što se očekivalo, a novi MET mutant L1195F je pokazao da ima kapacitet da omogući rast u sličnoj meri kao MET M1250T. Ostali novi MET mutanti (MET V1092I i MET H1094L, ali ne i MET Y1230H) takođe imaju relativno veći kapacitet da proizvedu rast ćelija nezavisan od IL-3.
Ispitivanje d): MET L1195F mutantna PRCC reakcija tumora pacijenta
[0192] 56-godišnja žena uključena je u fazu II ispitivanja radi procene efikasnosti savolitiniba (AZD6094/HMPL-504) kod pacijenata sa PRCC (NCT02127710) u septembru 2014.
Dijagnostički uzorak je prikupljen od pacijenta decembra 2012. godine tokom resekcija nekoliko metastatskih lezija na trbušnim limfnim čvorovima. Ovaj arhivski uzorak tumora analiziran je centralnom patologijom koja pokazuje visoko kvalitetni, slabo diferencirani PRCC tipa II. Pacijent je započeo lečenje savolitinibom 9.2.2014. Prethodne sistemske terapije su uključivale suntinib i citokine, a najbolja reakcija je progresivna bolest (PD) za obe prethodne linije terapije. Korišćeni ciklusi savolitiniba bili su 3 sedmice.
[0193] Sekvenciranje (NGS) dijagnostičkog uzorka tumora (Foundation Medicine Inc, FMI) sa srednjim pokrivanjem egzona od 500x pokazalo je postojanje MET mutacije MET_c.3583C> T sa udelom alela od 24%. Supstitucija aminokiselina kod L1195F nalazi se u egzonu 18 unutar kinaznog domena tirozin kinaza MET receptora. FMI je ovo prijavio kao varijantu nepoznatog značaja. Ovaj uzorak tumora nije sadržavao varijaciju broja kopija MET gena, nijednu drugu mutaciju MET, a takođe se nije ko-pojavio u pozadini pojačanja hromozoma 7, što je obeležje PRCC-a i mesto gde borave i MET gen i njegovi ligandni lokusi HGF gena. Broj kopija hromozoma 7 detektovan je korišćenjem integrisane analize broja kopija 400 gena i 4200 SNP-a izmerenih u testu FMI sekvenciranja.
[0194] Subjekt 9203-002 imao je stabilnu bolest prema kriterijumima RECIST 1.1. Međutim, najbolja tumorska reakcija ovog subjekta koja se dogodila posle 36 sedmica lečenja savolitinibom bilo je zbirno smanjenje od 29,7% najdužeg prečnika 4 ciljane lezije (slika 9). Zbir ciljnih lezija označen je oznakama sa podacima u mm na dijagramu oblika paukove mreže.
[0195] Tokom gore navedenih testova korišćene su sledeće opšte eksperimentalne tehnike:
MET WT i mutantni klonovi
[0196] Sintetički gen pLVXIP_MET_FLAG sastavljen je od sintetičkih oligonukleotida i/ili PCR proizvoda. Fragment je ubačen u vektorsku okosnicu pLVXIRES-Puro_P839 mesta kloniranja BamHI/EcoRI. DNK plazmida je prečišćena od transformisanih bakterija i koncentracija je određena UV spektroskopijom. Konačni konstrukt je verifikovan sekvenciranjem. Podudarnost sekvence (ABI) unutar mesta umetanja bila je 100%. Tačkaste mutacije na naznačenoj poziciji aminokiseline (NM_000245) M1250T, Y1230H, L1195F, H1094L i V1092I generisane su na isti način kao i MET WT (Invitrogen firme Thermo Fischer Scientific).
Tranzijentne transfekcije i tretmani inhibitorima
[0197] Linija ćelija humanog embrionskog bubrega (HEK293T) je tranzijentno transfektovana plazmidima kako je navedeno u MET WT i odeljku mutiranih klonova M&M gore. HEK293T ćelije su postavljene tako da se 95% stopi na dan transfekcije (1 pločica za svaki virusni konstrukt). MET konstrukt (24 µg) i Optimem (1,5 ml) kombinovani su sa lipofektaminom 2000 (60 µL po reakciji, Invitrogen) u Optimem-u (1,5 ml po reakciji) za MasterMix i inkubirani su 5 minuta na sobnoj temperaturi. Ad1.5 mL Master Mix-a je dodato u svaku epruvetu koja sadrži konstrukt za konačnu zapreminu od ~3 mL. Svaka smeša je pipetirana gore-dole da bi se pomešala i ostavljena je da odstoji 20 minuta na sobnoj temperaturi. Smeša plazmida (3 ml) je oprezno dodata u svaku pločicu od 10 cm koja sadrži 12 ml medijuma i pločica je inkubirana preko noći. Posle 24 sata, medijum je uklonjen i preduzeti su koraci da se oprezno pipetiraju 293T ćelije koristeći sile smicanja da se ponovo postave na pločicu u odnosu 1:10 na željenu pločicu za doziranje (6 jamica ili 96 jamica), koje su ostavljene da se zalepe preko noći. Savolitinib (AZD6094) je razblažen u DMSO u naznačenim koncentracijama i zatim razblažen u uslovima ćelijske kulture tokom 2,5 h tretmana. Medijum je aspiriran iz ćelija i zamenjen medijumom za doziranje. Dobijene pločice su inkubirane 2,5 sata i odmah lizovane u ledeno hladnom puferu za lizu pre nego što su uskladištene na -20 ° C.
Priprema lizata ćelije
[0198] Pufer za lizu (TBS 1% NP40) dopunjen je inhibitorom fosfataze PhosSTOP i kompletnim koktelima inhibitora proteaze (Roche), po 1 tableta za svakih 10 ml pufera za lizu. Smeša je održavana hladnom. Ćelije su uklonjene iz jamica pipetiranjem medijuma pufera za lizu (posuda sa 6 jamica) sve dok polu-zalepljene ćelije 293T nisu suspendovane. Zatim su okretani 5 min pri 1500 o/min. Medijum je aspiriran i ćelijski pelet je resuspendovan u 100 µL pufera za lizu na ledu. Suspenzija je odmah dva puta smrznuta/odmrznuta u suvom ledu. Uzorci su zatim centrifugirani na -14000 o/min tokom 10 minuta. Supernatant je prenet u novu epruvetu (∼85µL) i čuvan na ledu ili zamrznut na -20 °C dok ne bude spreman za upotrebu. Izvršen je BCA test za određivanje koncentracije proteina. Uzorci su normalizovani na 3.0 mg/ml u 90 µL upotrebom pufera za lizu i dodato je 30 µL pufera LDS uzorka i rastvora redukcionog sredstva. Dobijena suspenzija je centrifugirana na 1500 o/min tokom 10 sekundi, uzorci su zagrejani do ključanja (Thermo Cycler-200), ponovo centrifugirani i ostavljeni da se ohlade.
Western blots
[0199] 40 mg proteina iz lizata celih ćelija je razdvojeno gel elektroforezom koristeći SDS-PAGE 10% Bis-Tris MidiGel (LifeTech). Posle elektroforeze, razdvojeni proteini su prebačeni na nitroceluloznu membranu (LifeTech) Membrane su blokirane kako bi se sprečilo nespecifično vezivanje antitela sa 5% nemasnog suvog mleka u TBST. Membrana je zatim inkubirana sa primarnim antitelom primenjenim protiv proteina od interesa, a zatim sa naknadnim sekundarnim antitelom konjugovanim sa HRP-om primenjenim protiv primarnog antitela. Na kraju, membrana je inkubirana sa supstratom koji se može detektovati putem pojačane hemiluminescencije (ECL, Thermo Fisher Scientific) u inkubaciji od 3 min na
4
sobnoj temperaturi i razvijena sistemom za snimanje (Fuji, ImageQuant LAS-4000).
[0200] Korišćena antitela su obuhvatala: MET (CST, 8198S, zečja), pMET (CST, 3077S, zečja), ERK 1/2 (CST, 4695S, zečja), pERK (CST, 4370S, zečja), sekundarni konjugovani anti-zečji HRP (CST, 7074P2).
MSD ogledi sa fosfoproteinom
[0201] Celoćelijski lizati su pripremljeni kao gore za upotrebu sa MULTI-SPOT Phospho(Tyr1349)/Total Met Assay (MesoScale Discovery, MSD). MSD obezbeđuje pločicu koja je prethodno presvučena antitelima za hvatanje za fosforilirani Met (Tyr1349) i ukupni Met na prostorno različitim mestima. Dodato je 150 µL rastvora za blokiranje u svaku jamicu. Ploča je zatvorena lepljivom zaptivkom i inkubirana 1 h uz snažno mućkanje (300-1000 o/min) na sobnoj temperaturi. Isprana je ploča 3 puta sa 300 µL/jamici Tris Wash pufera. Dodato je 25 µL uzoraka po jamici. Ploča je zatvorena lepljivom zaptivkom i inkubirana 1 h uz snažno mućkanje (300-1000 o/min) na sobnoj temperaturi. Isprana je ploča 3 puta sa 300 µL/jamici Tris Wash pufera. U svaku jamicu MSD pločice dodato je 25 µL rastvora antitela za detekciju - anti-ukupni Met konjugovan sa elektrohemiluminescentnim jedinjenjem, sa oznakom MSD SULFO-TAG. Ploča je zatvorena lepljivom zaptivkom i inkubirana 1 h uz snažno mućkanje (300-1000 o/min) na sobnoj temperaturi. Isprana je ploča 3 puta sa 300 µL/jamici Tris Wash pufera. U svaku jamicu MSD pločice doda se 150 µL IX pufera za čitanje T. Stavljena je pločica u MSD SECTOR® Imager u svrhu analize.
SECTOR® Imager dovodi napon na pločaste elektrode i uzrokuje da oznake vezane za površinu elektrode emituju svetlost. Instrument meri intenzitet emitovane svetlosti kako bi se obezbedila kvantitativna mera fosforiliranog Met (Tir1349) i ukupnog Met prisutnog u uzorku. Procenat fosfo-Met se može izračunati korišćenjem nezavisnih MSD fosfo-Met i ukupnog Met proteina pomoću MSD ogleda fosfo-/ukupnog multipleksa fosfoproteina.
Generisanje stabilne ćelijske linije
[0202] Mišja ćelijska linija zavisna od IL-3 pro B, Ba/F3 postavljena je pri 5.2 x 105 ćelija/mL gustine u ploču sa 6 jamica sa mutantnim virusnim konstruktima, polibrenom u konačnoj koncentraciji od 8 µg/mL i napunjene do zapremine od 2 mL sa kompletnim medijima (RPMI-1640 (Gibco), 10% FBS, 1% L-glut, IL-31 ng/mL). Kultura suspenzije je zapečaćena parafolijom i centrifugirana 45 minuta na 1500-2000 o/min na 20 °C, zatim inkubirana preko noći i zamenjena kompletnim medijem. Pri konfluenciji (2,0 x 106 ćelija/ml, 2-4 dana kasnije, medijum je zamenjen dodavanjem selektivnog pritiska gde medijum sadrži konačnu koncentraciju od 0,5 µg/ml puromicina. Održavane su ćelije pod selektinom pomoću puromicina tokom 3 sedmice. Populacije ćelija su podeljene i dobro obrađene kako bi se verifikovao zaraženi klon u stabilnoj ćelijskoj liniji. DNK je ekstrahovana upotrebom Qiagen kompleta za krv i tkivo i koncentracija DNK potvrđena je pomoću NanoDrop. DNK je amplifikovana putem PCR-a koristeći Q5 Hot Start High Fidelity 2X Master Mix (New England BioLabs). PCR proizvodi su prečišćeni elektroforezom na 1% agaroznom gelu sa etidijum-bromidom. Traka tačne molekulske težine je isečena iz gela i prečišćena upotrebom Wizard SV Gel Purification Kit-a (Promega).
Koncentracija DNK je potvrđena sa NanoDrop i 10nM prečišćene DNK i 10µM prajmera je sekvencirano da bi se potvrdila stabilna ćelijska linija MET mutantnih klonova (Eton Bioscience). Sekvence su potvrđene pomoću Sequencer 5.4. Negativna kontrolna grupa ćelija zaraženih polibrenom i virusnim paketima bez konstrukta, i pozitivna kontrolna grupa ćelija zaraženih polibrenom i virusom crvenog fluorescentnog proteina (RFP).
[0203] PCR prajmeri koji se koriste uključuju MET sense 143090519 i antisense 143090520. Korišćeni prajmeri za sekvenciranje uključuju F1143090521, F2143090522, F3143090523, R1 143090524, R2143090525, R3143090526. Sekvence za prajmere korišćene za potvrđivanje mutantnih konstrukata na poziciji 1195, 1092 i 1094 prikazane su u nastavku i u spiskovima sekvenci ovde.
[0204] Prajmeri za sekvenciranje Met:
[0205] Prajmeri sa nekodirajućim lancem:
[0206] Za 1195 mutantne konstrukte korišćeni su prajmeri F2 i R3. Za 1092 mutantne konstrukte korišćeni su prajmeri F1 i R2. Za 1094 mutantne konstrukte korišćeni su prajmeri F1 i R2.
Ogledi ćelijske transformacije
[0207] Ćelije su tretirane kompletnim medijumom (+IL-3, faktor rasta zavisan od Ba/F3), medijumom bez IL-3 (-IL-3) i medijumom bez IL-3, ali koji sadrži ligand za MET, HGF (-IL-3 / HGF). Stopa preživljavanja izmerena je pomoću CellTiter-Glo® ogleda stope preživljanja ćelija (Promega) i 21 dan je broj živih ćelija meren pomoću uređaja Cellometer (Nexcelom). Roditeljska Ba/F3 ćelijska linija je ispitivana kao negativna kontrola. Sve stabilne linije MET ispitivane su u duplikatu u formatu sa 6 jamica. Ukratko, ćelije su postavljene na 1,0 x 106 ćelija/ml, kultura pod naznačenim uslovima gde je bilo koji od 3 uslova: IL-3 (10 ng/mL), - IL-3, -IL-3/+HGF(100 ng/mL). CellTiter-Glo® reagens direktno na ćelije kultivisane u medijumu sa dodatkom seruma 0. i 3. dana sa 1:1 zapreminom CellTiter-Glo® reagensa na ćelije, promućkati 20 minuta na sobnoj temperaturi, prenesite 100 µl na belu neprozirnu donju pločicu, snimite iluminometrom (Tcan). Dvostruka očitavanja su uprosečena u svakom eksperimentu (n=3).
Centralna histologija tumora
[0208] Jedan deo uzorka arhivskog tumora debljine 5 µM korišćen je za bojenje H&E i pregled centralne patologije (Labcorp). Dvojici patologa je pročitan obojeni odeljak kako bi se potvrdila PRCC dijagnoza i dodelio histološki podtip (tip I ili tip 2). Ukoliko patolozi nisu sigurni u svoju analizu, slučaj će pročitati eksterni treći patolog koji je stručan za PRCC patologiju (Brigham and Woman's Hospital).
Sekvenciranje tumora
[0209] Postupci i materijali su opisani na drugom mestu (Frampton et al, Nature Biotechnology 2013) Ukratko, ciljani NGS 400 genskog panela (verzija T7) sproveden je nakon pripreme DNK i izgradnje biblioteke u Foundation Medicine Inc. CLIA laboratory.
4
Vlasnička analitika koristi se za učitavanje varijanti koje proističu iz FMI cevovoda. BAM datoteke sirovog sekvenciranja ponovo su analizirane AZ bioinformatičkim cevovodima i potvrđuju nalaze o kojima je izvestio FMI.
Kliničko ispitivanje savolitiniba
[0210] Odziv tumora pacijenta sa mutiranim PRCC-om MET L1195F utvrđen je tokom otvorenog, jednokrakog, multicentričnog, globalnog ispitivanja faze II u svrhu procene efikasnosti savolitiniba (AZD6094 / HMPL-504) kod pacijenata sa papilarnim karcinomom bubrežnih ćelija (PRCC) koji nisu prethodno lečeni ili jesu prethodno lečeni (ClinicalTrials.gov identifikator: NCT02127710; internet adresa: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02127710). Ključni detalji ispitivanja i doziranja koji bi kvalifikovanom kliničkom timu omogućili da repliciraju rezultate jesu sledeći:
Primarne mere ishoda: Procenite antitumorsku aktivnost AZD6094 kod pacijenata sa PRCC-om i u podgrupi MET pozitivnih pacijenata, mereno istraživačkom procenom ukupne stope reakcije. Stopa reakcije je definisana kao broj (%) subjekata sa najmanje jednom reakcijom na posetu sa potpunom ili delimičnom reakcijom koja je potvrđena najmanje 4 sedmice kasnije.
Sekundarne mere ishoda: PFS, promena veličine tumora ciljne lezije u odnosu na početno stanje, DoR i OS kod pacijenata sa PRCC-om i u podgrupi MET pozitivnih pacijenata. Preživljavanje bez progresije bolesti definisano je kao vreme od randomizacije do datuma objektivne progresije bolesti ili smrti (zbog bilo kog uzroka u odsustvu progresije), bez obzira na to da li se subjekat povlači iz randomizovane terapije ili prima drugu terapiju protiv raka pre progresije.
[0211] Procenite bezbednost i podnošljivost AZD 6094. Bezbednosni profili će se procenjivati u smislu AE-ova i laboratorijskih podataka, vitalnih znakova i EKG-a koji će se prikupljati za sve pacijente.
[0212] PK AZD6094 i glavni metaboliti M2 i M3 za AUC, AUC (0-24), AUC (0-t), AUCss, Cmax, Css max i Css min (vremenski okvir: 1. ciklus, dan 8 i 15, 2. ciklus, dan 1, 3. ciklus, dan 1 i 4. ciklus, dan 1). PK AZD6094 i glavne metabolite M2 i M3 nakon davanja okarakterisati u stabilno stanje nakon višestrukog doziranja kada se daje oralno.
[0213] Proceniti promenu veličine tumora ciljne lezije u odnosu na početno stanje. Promena ciljne lezije je procentualna promena veličine tumora u odnosu na početno stanje u 12. sedmice. Ovo se zasniva na merenjima RECIST ciljne lezije napravljenim na početku i 12. sedmice. Ciljne lezije su merljive tumorske lezije.
[0214] Procenite trajanje reakcije u skladu sa RECIST v1.1. Trajanje reakcije je definisano kao vreme od datuma prve dokumentovane reakcije do datuma dokumentovane progresije ili bilo kog uzroka smrti. U slučaju da subjekt ne napreduje nakon reakcije, trajanje reakcije biće isto kao i vreme cenzure PFS-a.
[0215] Procenite trajanje ukupnog preživljavanja u skladu sa RECIST v1.1. Ukupno preživljavanje (OS) - ukupno preživljavanje se definiše kao vreme od datuma randomizacije do smrti zbog bilo kog uzroka.
[0216] Eksperimentalno: AZD6094600 mg svakog dana neprekidno. Svi pacijenti koji uđu u studiju će uzeti AZD6094600 mg PO QD. Lečenje će se vršiti kontinuirano. Lek: AZD6094. AZD6094 je moćan i selektivan c-Met inhibitor kinaze malih molekula. Drugi naziv: HMPL-504.
[0217] Detaljan opis: Ovo je otvorena, jednokraka, multicentrična, globalna, faza II, studija napravljena za procenu efikasnosti i bezbednosti AZD6094 kod pacijenata sa PRCC-om koji se leče prvi put ili su prethodno lečeni.
[0218] Nezavisni centralni pregled patologije uzoraka tumora koristiće se za potvrđivanje dijagnoze PRCC-a kod svih pacijenata koji se prijavljuju. Međutim, biće dozvoljeni lokalno dostupni rezultati patologije koji potvrđuju PRCC u svrhu blagovremenom pridruživanja studiji.
[0219] Svi pacijenti koji uđu u studiju će uzeti AZD6094600 mg PO QD. Lečenje će se vršiti kontinuirano.
[0220] Podobnost: Uzrast podoban za studiju: 18 godina do 99 godina (odrasli, stariji);
4
polovi podobni za studiju: Oba; prihvataju se zdravi volonteri: Ne.
[0221] Kriterijumi za uključivanje: Davanje informisane saglasnosti pre bilo kakvih postupaka specifičnih za studiju, uzorkovanja i analiza.
[0222] Histološki potvrđen papilarni karcinom bubrežnih ćelija, koji je lokalno uznapredovao ili metastazira.
[0223] Dostupnost arhivskog uzorka tumora ili uzoraka svežeg tumora pre lečenja u svrhu potvrđivanja PRCC-a od strane centralne laboratorije i drugog biomarkera.
[0224] Koji se nisu lečili prethodno ili se prethodno nisu uspešno lečili od PRCC-a. Prethodni tretmani mogu da uključuju: ciljanu terapiju (tj. sunitinib, sorafenib, bevacizumab, pazopanib, temsirolimus i everolimus), tradicionalnu imunoterapiju (tj. interferon-a, interleukin-2), hemoterapiju ili kombinaciju hemoimunoterapije.
[0225] ECOG status performanse od 0 ili 1.
[0226] Najmanje jedna lezija, koja prethodno nije bila ozračena i nije izabrana za biopsiju ako je ista rađena tokom perioda skrininga, a koja se može tačno izmeriti na početku i koja je pogodna za tačna ponovljena merenja.
[0227] Adekvatna hematološka funkcija definisana kao:
(ANC) ≥1500µL.
(Hgb) ≥9 g/dL.
Trombociti ≥ 100,000/µL.
[0228] Adekvatna funkcija jetre definisana kao:
ALT i AST ≤2.5 x ULN.
4
Ukupni bilirubin ≤1.5 x ULN.
[0229] Adekvatna bubrežna funkcija definisana kao GFR ≥ 40 ml/min,
[0230] Adekvatni parametri koagulacije, definisani kao Međunarodni odnos normalizacije (INR) <1.5 x ULN ili aPTT <1.5 x ULN.
[0231] Pacijenti sa poznatim tumorskim trombom ili DVT-om ispunjavaju uslove ako su stabilni na LMWH ≥ 4 sedmice.
[0232] Žene bi trebalo da koriste odgovarajuće mere kontracepcije, ne smeju da doje i moraju da imaju negativan test trudnoće pre početka doziranja ako su u dobi za rađanje ili moraju da imaju dokaze o neplodnosti.
[0233] Muški pacijenti treba da budu spremni da koriste barijernu kontracepciju, tj. kondome.
[0234] Sposobnost gutanja i zadržavanja oralnih lekova.
[0235] Predviđeni životni vek ≥ 12 sedmica.
[0236] Starost od najmanje 18 godina.
[0237] Spremnost i sposobnost da se pridržavaju procedura studije i praćenja.
[0238] Sposobnost razumevanja prirode ove studije i davanja pismene informisane saglasnosti.
[0239] Kriterijumi za isključenje: Najskorija hemoterapija, imunoterapija, hemoimunoterapija ili ispitivani agensi < 21 dan od prve doze lečenja tokom studije. Najskorija ciljana terapija < 14 dana od prve doze lečenja tokom studije.
[0240] Nerešene toksičnosti bilo koje prethodne terapije veće od stepena 1 CTCAE u vreme započinjanja lečenja tokom studije, sa izuzetkom alopecije.
4
[0241] Prethodno ili tekuće lečenje c-Met inhibitorom.
[0242] Jaki induktori ili inhibitori CYP3A4, jaki inhibitori CYP1A2 ili CYP3A4 supstrati sa uskim terapijskim opsegom u roku od 2 sedmice pre prve doze lečenja tokom studije (3 sedmice za kantarion).
[0243] Radioterapija širokog polja (uključujući terapijske radioizotope kao što je stroncijum-89) primenjena ≤ 28 dana ili zračenje ograničenog polja radi palijacije ≤ 7 dana pre početka uzimanja leka iz studije ili se nije oporavio od neželjenih efekata takve terapije.
[0244] Veći hirurški zahvati ≤ 28 dana od početka uzimanja leka iz studije ili manji hirurški zahvati ≤ 7 dana. Nije potrebno čekanje nakon postavljanja potkožnog priključka za kateter.
[0245] Ranije nelečene metastaze u mozgu.
[0246] Trenutne leptomeningealne metastaze ili kompresija kičmene moždine usled bolesti.
[0247] Akutna ili hronična bolest jetre ili pankreasa.
[0248] Nekontrolisani dijabetes melitus.
[0249] Gastrointestinalna bolest ili neko drugo stanje koje će značajno ometati apsorpciju, distribuciju, metabolizam ili izlučivanje oralne terapije.
[0250] Bilo koja od sledećih srčanih bolesti trenutno ili u poslednjih 6 meseci:
Nestabilna angina pektoris.
Kongestivna srčana insuficijencija (NYHA ≥ 2. stepena.
Akutni infarkt miokarda.
Moždani udar ili prolazni ishemijski napad.
4
[0251] Neadekvatno kontrolisana hipertenzija (tj. sistolni krvni prit. > 160 mmHg ili dijastolni krvni prit. > 100 mmHg) (pacijentima sa vrednostima iznad ovih nivoa krvni pritisak se mora kontrolisati lekovima pre početka lečenja).
[0252] Srednji tačni QT interval odmora (QTc) > 470 ms dobijen iz trostrukih EKG-ova.
[0253] Sve klinički važne abnormalnosti u ritmu, provodljivosti ili morfologiji EKG-a u stanju mirovanja, npr. kompletan blok levog snopa, srčani blok trećeg stepena, srčani blok drugog stepena, PR interval > 250 ms.
[0254] Bilo koji faktori koji povećavaju rizik od produženja QTc-a ili rizik od aritmijskih događaja kao što su srčana insuficijencija, hipokalemija, urođeni ili porodični sindrom dugog QT-a ili porodična istorija neobjašnjive iznenadne smrti osobe mlađe od 40 godina ili bilo koji prateći lekovi za koje se zna da produžavaju QT-interval.
[0255] Trenutno se leči terapijskim dozama natrijuma varfarina. LMWH je dozvoljen.
[0256] Ozbiljna aktivna infekcija u vreme lečenja ili neko drugo ozbiljno osnovno zdravstveno stanje koje bi umanjilo sposobnost pacijenta da prima protokolarni tretman.
[0257] Poznata dijagnoza virusa humane imunodeficijencije (HIV), hepatitisa B ili hepatitisa C.
[0258] Prisustvo drugih aktivnih karcinoma ili istorija lečenja invazivnog karcinoma ≤ 5 godina. Prihvatljivi su pacijenti sa karcinomom stadijuma I koji su primili definitivni lokalni tretman najmanje 3 godine ranije i za koje se smatra da se verovatno neće ponoviti. Svi pacijenti sa prethodno lečenim in-situ karcinomom (tj. neinvazivni) imaju pravo, kao i pacijenti sa istorijom nemelanomskog karcinoma kože.
[0259] Psihološki, porodični, sociološki ili geografski uslovi koji ne dozvoljavaju poštovanje protokola.
4
�
�
�

Claims (10)

Patentni zahtevi
1. c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma, gde je rak karakterisan mutacijom MET 1195 i gde je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
2. c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma prema zahtevu 1, gde je mutacija MET 1195 supstitucija aminokiselina.
3. c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma prema zahtevu 2, gde je rak karakterisan mutacijom MET L1195F.
4. c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma prema bilo kom od zahteva 1 do 3, gde je rak rak pluća, rak želuca ili papilarni karcinom bubrežnih ćelija.
5. c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma prema zahtevu 4, gde je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija.
6. c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma prema zahtevu 5, gde je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa II.
7. c-Met inhibitor za upotrebu u lečenju karcinoma prema zahtevu 1, gde je rak papilarni karcinom bubrežnih ćelija tipa II koji je karakterisan mutacijom MET L1195F, a savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so se daje u farmaceutskoj kompoziciji koja sadrži 600 mg savolitiniba u obliku slobodne baze, dozirano jednom dnevno.
8. Postupak skrininga pacijenata sa karcinomom da bi se utvrdila njihova pogodnost za lečenje c-Met inhibitorom, koji uključuje analizu reprezentativnog uzorka karcinoma pacijenta in-vitro kako bi se utvrdilo da li je rak karakterisan mutacijom MET 1195, pri čemu je ako se utvrdi da je karcinom pacijenta karakterisan mutacijom MET 1195, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
9. Postupak prema zahtevu 8, naznačen time što obuhvata analizu reprezentativnog uzorka pacijentovog karcinoma in vitro da bi se utvrdilo da li je rak karakterisan mutacijom MET L1195F, pri čemu je ako se utvrdi da je karcinom pacijenta karakterisan mutacijom MET L1195F, pacijent pogodan za lečenje c-Met inhibitorom, pri čemu je c-Met inhibitor savolitinib ili njegova farmaceutski prihvatljiva so.
10. Postupak prema bilo kom od zahteva 8 ili 9, gde je rak papilarni karcinom bubrežne ćelije.
RS20210854A 2016-09-22 2017-09-21 Korišćenje c-met inhibitora za lečenje vrsta raka koje obuhvataju met mutacije RS62084B1 (sr)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GBGB1616116.8A GB201616116D0 (en) 2016-09-22 2016-09-22 Use of c-Met inhibitors to treat cancers harbouring MET mutations
EP17777211.8A EP3515418B1 (en) 2016-09-22 2017-09-21 Use of c-met inhibitors to treat cancers harbouring met mutations
PCT/EP2017/073894 WO2018055029A1 (en) 2016-09-22 2017-09-21 Use of c-met inhibitors to treat cancers harbouring met mutations

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS62084B1 true RS62084B1 (sr) 2021-08-31

Family

ID=57539720

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20210854A RS62084B1 (sr) 2016-09-22 2017-09-21 Korišćenje c-met inhibitora za lečenje vrsta raka koje obuhvataju met mutacije

Country Status (18)

Country Link
US (1) US20190282570A1 (sr)
EP (1) EP3515418B1 (sr)
JP (1) JP7065858B2 (sr)
CN (1) CN109789108A (sr)
CY (1) CY1124668T1 (sr)
DK (1) DK3515418T3 (sr)
ES (1) ES2880085T3 (sr)
GB (1) GB201616116D0 (sr)
HR (1) HRP20210998T1 (sr)
HU (1) HUE054765T2 (sr)
LT (1) LT3515418T (sr)
PL (1) PL3515418T3 (sr)
PT (1) PT3515418T (sr)
RS (1) RS62084B1 (sr)
SI (1) SI3515418T1 (sr)
SM (1) SMT202100405T1 (sr)
TW (1) TWI784969B (sr)
WO (1) WO2018055029A1 (sr)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20220008419A1 (en) * 2018-11-14 2022-01-13 Kanazawa Medical University Pharmaceutical composition for treating diffuse-type gastric cancer

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
DK1959955T3 (da) * 2005-12-05 2011-02-07 Pfizer Prod Inc Fremgangsmåde til behandling af abnorm cellevækst
CN101415730B (zh) * 2006-03-30 2013-04-10 诺瓦提斯公司 c-Met抗体的组合物和使用方法
HUE025504T2 (en) 2009-12-31 2016-02-29 Hutchison Medipharma Ltd Certain triazolopyrazines, compositions thereof and methods of use therefor

Also Published As

Publication number Publication date
WO2018055029A1 (en) 2018-03-29
ES2880085T3 (es) 2021-11-23
CN109789108A (zh) 2019-05-21
TW201909916A (zh) 2019-03-16
JP2019529554A (ja) 2019-10-17
SI3515418T1 (sl) 2021-08-31
HRP20210998T1 (hr) 2021-09-17
GB201616116D0 (en) 2016-11-09
DK3515418T3 (da) 2021-07-12
CY1124668T1 (el) 2022-07-22
TWI784969B (zh) 2022-12-01
HUE054765T2 (hu) 2021-09-28
PT3515418T (pt) 2021-07-13
EP3515418B1 (en) 2021-04-14
PL3515418T3 (pl) 2021-12-13
US20190282570A1 (en) 2019-09-19
LT3515418T (lt) 2021-07-26
EP3515418A1 (en) 2019-07-31
JP7065858B2 (ja) 2022-05-12
SMT202100405T1 (it) 2021-09-14

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Sen et al. Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer
Jin et al. 5-Hydroxymethylcytosine is strongly depleted in human cancers but its levels do not correlate with IDH1 mutations
JP5926487B2 (ja) ＥｒｂＢ療法に耐性である癌を治療するための方法
EP2740742B1 (en) Fusion gene of kif5b gene and ret gene, and method for determining effectiveness of cancer treatment targeting fusion gene
JP2021156893A (ja) Ｒｔｋ突然変異細胞を有する患者を処置するための組成物及び方法
ES2622401T3 (es) Método de predicción de la eficacia de un inhibidor de la angiogénesis
EP2681330B1 (en) Use of the olfactomedin-4 protein (olfm4) in colorectal cancer diagnosis
JP2018531223A6 (ja) 癌を治療するための新規のバイオマーカーおよび方法
JP2018531223A (ja) 癌を治療するための新規のバイオマーカーおよび方法
Tetsu et al. Mutations in the c-Kit gene disrupt mitogen-activated protein kinase signaling during tumor development in adenoid cystic carcinoma of the salivary glands
Rasool et al. Loss of LCMT1 and biased protein phosphatase 2A heterotrimerization drive prostate cancer progression and therapy resistance
EP3908282B1 (en) Treatment of cancer having gnaq or gna11 genetic mutations with protein kinase c inhibitors
Wang et al. Cezanne promoted autophagy through PIK3C3 stabilization and PIK3C2A transcription in lung adenocarcinoma
EP3515418B1 (en) Use of c-met inhibitors to treat cancers harbouring met mutations
WO2016104794A1 (ja) Ｂｒａｆ変異検出によるｅｇｆｒ阻害剤の効果予測
WO2021108927A1 (en) Methods and compositions for treating cancers having f-box and wd-repeat protein 7 (fbxw7) alterations and/or cyclin l1 (ccnl1) gain or amplification
HK40009189B (en) Use of c-met inhibitors to treat cancers harbouring met mutations
US10213449B2 (en) Compositions and methods for treating medulloblastoma
Kondo et al. Discovery of a Novel Aminocyclopropenone Compound That Inhibits BRD4-Driven Nucleoporin NUP210 Expression and Attenuates Colorectal Cancer Growth. Cells 2022, 11, 317
JP7254020B2 (ja) 融合遺伝子を含有するがんを治療する方法
Kindt Molecular markers associated with resistance to combined CDK4/6 inhibitor and endocrine therapy in advanced ER+ breast cancer
Aljohani Targeting Tyrosine Kinase Drug Resistance Mechanisms and Metastatic Pathways in Brain Tumors
WO2022109374A1 (en) Methods and compositions relating to a novel epidermal growth factor receptor (egfr) splice variant
Rotunno Study of mutation complexity in Chronic Myeloproliferative Neoplasms: pathogenetic insights and translational relevance
KR20160003646A (ko) 항-egfr 제제에 의해 위암을 치료하기 위한 egfr 바이오마커의 용도