MXPA04008867A

MXPA04008867A - Productos geneticos expresados de manera diferencial en tumores y usos de los mismos.

Info

Publication number: MXPA04008867A
Application number: MXPA04008867A
Authority: MX
Inventors: Koslowski Michael
Original assignee: Ganymed Pharmaceuticals Ag
Priority date: 2002-03-13
Filing date: 2003-03-12
Publication date: 2005-06-17
Also published as: CN105396144A; EP2287181A3; JP2013172716A; EP2277901A3; EP2277903A2; EP2287182A2; US8716455B2; EP2332973A2; JP5756073B2; AU2003219045B2; KR20120127536A; PL373384A1; EP2277902A2; ES2688186T3; WO2003076631A3; JP5711711B2; EP2287181A2; US20090081215A1; JP5793158B2; EP2287182A3

Abstract

La presente invencion se relaciona con la identificacion de productos geneticos que son expresados en asociacion con un tumor y el acido nucleico que codifica para los mismos. La invencion se relaciona con la terapia y diagnostico de enfermedades en las cuales los productos geneticos que son expresados en asociacion con un tumor son expresados de manera aberrante. La invencion tambien se relaciona con proteina, polipeptidos, y peptidos los cuales son expresados en asociacion con un tumor y los acidos nucleicos que codifican para los mismos.

Description

PRODUCTOS GENETICOS EXPRESADOS DE MANERA DIFERENCIAL EN TUMORES Y USOS DE LOS MISMOS DESCRIPCION DE LA INVENCION A pesar de los métodos interdisciplinarios y el uso exhaustivo de procedimientos terapéuticos clásicos, los cánceres se encuentran aún entre las causas principales de muerte. En conceptos terapéuticos más recientes tienen como propósito incorporar el sistema inmune del paciente al concepto terapéutico total usando vacunas tumorales recombinantes y otras medidas específicas como la terapia con anticuerpos. Un prerrequisito para el éxito de esa estrategia es el reconocimiento de antígenos o epítopes específicos para el tumor o asociados con el tumor por el sistema inmune del paciente cuyas funciones efectoras son aumentadas por algún tipo de intervención. Las células tumorales difieren desde el punto de vista biológico sustancialmente de sus células no malignas de origen. Esas diferencias se deben a alteraciones genéticas adquiridas durante el desarrollo del tumor y que dan como resultado, Ínter alia, también la formación de estructuras moleculares cualitativa o cuantitativamente alteradas en las células cancerosas. Las estructuras asociadas con tumores de este tipo que son reconocidas por el sistema inmune específico del anfitrión que aloja el tumor son referidas como antígenos asociados con el tumor. El reconocimiento específico de antígenos asociados con el tumor implica mecanismos celulares y humorales los cuales son dos unidades interconectadas funcionalmente : los linfocitos T CD4+ y CD8+ reconocen los antígenos procesados presentados sobre las moléculas del MHC (complejo de histocompatibilidad mayor) clases II y I, respectivamente, mientras que los linfocitos B producen moléculas de anticuerpos circulantes las cuales se unen directamente a antígenos no procesados. La importancia clínica-terapéutica potencial de los antígenos asociados con el tumor resulta del hecho de que el reconocimiento de los antígenos sobre células neoplásicas por el sistema inmune conduce al inicio de los mecanismos efectores citotóxicos y en presencia de células T auxiliares, puede provocar la eliminación de las células cancerosas (Pardoll, Nat. Med. 4:525-31, 1998) . En consecuencia, un propósito principal de la inmunología tumoral es definir molecularmente esas estructuras. La naturaleza molecular de esos antígenos ha sido enigmática durante mucho tiempo. Únicamente después del desarrollo de técnicas de clonación apropiadas ha sido posible separar bibliotecas de expresión de ADNc de tumores sistémicamente de antígenos asociados con tumores analizando las estructuras objetivo de linfocitos T citotóxicos (CTL) (van der Bruggen et al., Science 254:1643-7, 1991) o usando anticuerpos circulantes (Sahin et al., Curr. Opin. Inmuno1. 9:709-16, 1997) como sondas. Hasta este punto, las bibliotecas de expresión de ADNc fueron preparadas de tejido tumoral fresco y expresadas de manera recombinante como proteínas en sistemas adecuados. Los inmunoefectores aislados de pacientes, a saber, las clonas de CTL con patrones de lisis específicos del tumor, o autoanticuerpos circulantes fueron utilizados para clonar los antígenos respectivos. Eñ años recientes, ha , sido definida una multiplicidad de antígenos en varias neoplasias por esos métodos. La clase de antígenos de cáncer/estigma (CTA) es de gran interés aquí. Los CTA y genes que los codifican (genes de cáncer/testículo o CTG) son definidos por su patrón de expresión característico [Tureci et al, Mol Med Today. 3:342-9, 1997]. Ellos no se encuentran en tejidos normales, excepto células de testículo y germinales, pero son expresados en un número de malignomas humanos, no específicamente del tipo tumor, pero con diferente frecuencia de entidades tumorales de orígenes muy diferentes (Chen & Oíd, Cáncer J. Sci. Am. 5:16-7, 1999). Las reactividades del suero contra los CTA tampoco se encuentran en controles sanos sino únicamente en pacientes con tumores. Esta clase de antígenos, en particular debido a su distribución tisular, es particularmente valiosa para proyectos inmunoterapéuticos y es probada en estudios clínicos con pacientes actualmente (Marchand et al., Int. J. Cáncer 80:219-30, 1999; Knuth et al., Cáncer Che other.

Pharmacol. 46:p46-51, 2000). Sin embargo, las sondas utilizadas para la identificación de antígenos en los métodos clásicos ilustrados anteriormente son inmunoefectores (autoanticuerpos circulantes o clonas de CTL) de pacientes que usualmente ya tienen cáncer avanzado. Numerosos datos indican que los tumores pueden conducir, por ejemplo, a tolerancia y a energización de las células T y que, durante el curso de la enfermedad, especialmente aquellas especificidades que podrían producir un reconocimiento inmune efectivo se pierden del repertorio inmunoefector . Estudios con pacientes actuales no han producido aún alguna evidencia sólida de alguna acción real de los antígenos asociados con tumores previamente encontrados y utilizados. En consecuencia, no puede establecerse que proteínas que evocan respuestas inmunes espontáneas sean las estructuras objetivo erróneas. El objetivo de la presente invención es proporcionar estructuras objetivo para el diagnóstico y terapia de cánceres. De acuerdo a la invención, este objetivo es logrado por la materia objeto de las reivindicaciones. De acuerdo a la invención, se persiguió una estrategia para identificar y proporcionar antígenos expresados en asociación con un tumor y los ácidos nucleicos que codifican para los mismos. Esta estrategia se basó en el hecho de que genes específicos de testículo y de este modo de células germinales, los cuales usualmente son silenciosos en tejidos adultos, son reactivados en células tumorales en una forma ectópica y prohibida. En primer lugar, minar datos produce una lista tan completa como es posible de todos los genes específicos de testículo conocidos, los cuales son evaluados entonces por su aberrante activación en tumores mediante análisis de expresión por medio de RT-PCR específica. El búsqueda de datos es un método conocido para identificar genes asociados con tumores. En las estrategias convencionales, sin embargo, los transcriptomas de bibliotecas tisulares normales usualmente son sustraídos electrónicamente de bibliotecas de tejido tumoral , con la suposición de que los genes restantes son específicos del tumor (Schmitt et al., Nucleic Acids Res. 27:4251-60, 1999; Vasmatzis et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA. 95:300-4, 1998. Scheurle et al., Cáncer Res . 60:4037-43, 2000). El concepto de la invención, el cual ha probado ser mucho más exitoso, se basa sin embargo, en la utilización del búsqueda de datos para extraer electrónicamente todos los genes específicos de testículo y entonces evaluar los genes para la expresión ectópica en tumores. La invención de este modo se relaciona en un aspecto con una estrategia para identificar genes expresados de manera diferencial en tumores. La estrategia combina el búsqueda de datos de bibliotecas de secuencias públicas ("in silico") con la evaluación posterior de estudios de laboratorio-experimentales ("pruebas de laboratorio" ) - De acuerdo a la invención, una estrategia combinada basada en dos guiones bioinformáticos diferentes permitió que sean identificada numerosas clases novedosas de genes de cáncer/testículo (CT) . Esas ya habían sido clasificadas anteriormente simplemente como células germinales de testículo o específicas del esperma. El descubrimiento de que esos genes son activados de manera aberrante en células tumorales les permite que se les asigne una cualidad sustancialmente nueva con implicaciones funcionales. De acuerdo a la invención, esos genes asociados con tumores y los productos genéticos codificados por estos fueron identificados y proporcionados independientemente de una acción inmunogénica . Los antígenos asociados con tumores identificados de acuerdo a la invención tienen una secuencia de aminoácidos codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOS: 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) , o (c) . En una modalidad preferida, un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención tiene una secuencia de aminoácidos codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de las SEQ ID NOS: 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88. En una modalidad preferida más, un antigeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOS: 6-13, 14-18, 22-24, 30, 34-36, 38, 41, 58-61, 64, 65, 71, 75, 80-84, 89-100, una parte o derivado de las mismas. La presente invención se relaciona, de manera general, con el uso de antígenos asociados con tumores identificados de acuerdo a la invención o partes de los mismos, de ácidos nucleicos que codifican para los mismos o de ácidos nucleicos dirigidos contra los ácidos nucleicos codificadores o de anticuerpos dirigidos contra los antígenos asociados con tumores identificados de acuerdo a la invención o partes de los mismos para terapia y diagnóstico. Esta utilización puede relacionarse con antígenos individuales pero también con combinaciones de dos o más de esos antígenos, fragmentos funcionales, ácidos nucleicos, anticuerpos, etc., en una modalidad también en combinación con otros genes y antígenos asociados con tumores para diagnóstico, terapia y control del progreso. Las enfermedades preferidas para una terapia y/o diagnóstico son aquellas en las cuales uno o más de los antígenos asociados con tumores identificados de acuerdo a la invención son expresados selectivamente o expresados de manera anormal . La invención también se relaciona con ácidos nucleicos y productos genéticos los cuales son expresados en asociación con una célula tumoral y que son producidos alterando el empalme (variantes de empalme) de genes conocidos o por traducción alterada con la utilización de marcos de lectura abierta alternativos. Esos ácidos nucleicos comprenden secuencias de acuerdo a (SEQ ID NO: 2-5, 20, 21, 31-33, 54-57, 85-88) del listado de secuencias. Además, los productos genéticos comprenden secuencias de acuerdo a (SEQ ID NO: 7-13, 23, 24, 34-36, 58-61, 89-100) del listado de secuencias. Las variantes de empalme de la invención pueden ser usadas de acuerdo a la invención como objetivos para diagnóstico y terapia de enfermedades neoplásicas. Mecanismos muy diferentes pueden hacer que se produzcan variantes de empalme, por ejemplo - utilización de sitios de inicio de transcripción variables - utilización de exones adicionales - empalme completo o incompleto de uno o dos o más exones, - secuencias reguladores de empalmes alteradas vía mutación (supresión o generación de nuevas secuencias donadoras/aceptoras) , - eliminación incompleta de secuencias intrónicas. El empalme alterado de un gen da como resultado una secuencia transcrita alterada (variante de empalme) . La traducción de una variante de empalme en la región de su secuencia alterada da como resultado una proteína alterada, la cual puede ser distintivamente diferente en estructura y función de la proteína original. Las variantes de empalme asociadas con tumores pueden producir transcriptos asociados con tumores y proteínas/antígenos asociados con tumores. Esos pueden ser utilizados como marcadores moleculares para detectar células tumorales y para la dirección terapéutica de tumores. La detección de células tumorales, por ejemplo en la sangre, suero, médula ósea, esputo, lavado bronquial, secreciones corporales y biopsias de tejido, puede ser llevado a cabo de acuerdo a la invención, por ejemplo, después de la extracción de ácido nucleico por amplificación por PCR con oligonucleótidos específicos de la variante de empalme. De acuerdo a la invención, todos los sistemas de detección dependientes de la secuencia son adecuados para la detección. Esos son, además de la PCR por ejemplo, sistemas de microcircuitos integrados/microarreglos genéticos, electroinmunotransferencia Northern, ensayos de protección de RNAsa (RDA) y otros. Todos los sistemas de detección tienen en común que la detección se basa en una hibridación específica con al menos una secuencia de ácido nucleico específica de la variante de empalme. Sin embargo, las células tumorales también pueden ser detectadas de acuerdo a la invención por anticuerpos que reconozcan un epítope específico codificado por la variante de empalme. Los anticuerpos pueden ser preparados usando péptidos de inmunización los cuales son específicos para la variante de empalme. Adecuados para la inmunización son particularmente los aminoácidos cuyos epítopes son distintivamente diferentes de las variantes del producto genético, las cuales son producidas preferiblemente en células sanas. La detección de células tumorales con anticuerpos puede ser llevada a cabo aquí sobre una muestra aislada del paciente o a través de imágenes con anticuerpos administrados intravenosamente. Además de la utilidad en diagnóstico, las variantes de empalme que tienen epítopes nuevos o alterados son objetivos atractivos para inmunoterapia . Los epítopes de la invención pueden ser utilizados para dirigir anticuerpos monoclonales terapéuticamente activos por linfocitos T. En la inmunoterapia pasiva, los anticuerpos o linfocitos T que reconocen los epítopes específicos de la variante de empalme son transferidos por adopción aquí . Como en el caso de otros antígenos, los anticuerpos pueden ser generados también, usando tecnologías estándar (inmunización de animales, estrategias de separación para el aislamiento de anticuerpos recombinantes) con utilización de polipéptidos los cuales incluyen esos epítopes. De manera alternativa, es posible utilizar ácidos nucleicos de inmunización que codifican para oligo- o polipéptidos que contienen los epítopes. Son conocidas y han sido descritas con detalle varias técnicas para la generación in vitro o in vivo de linfocitos · T específicos para el epítope, por ejemplo (Kessler JH, et al. 2001, Sahin et al., 1997) y probablemente se basen en la utilización de oligo- o polipéptidos que contienen los epítopes específicos de la variante de empalme o ácidos nucleicos que codifican para los oligo- o polipéptidos. Los oligo- o polipéptidos que contiene los epítopes específicos de la variante de empalme o ácidos nucleicos que codifican para los polipéptidos también pueden ser usados para su uso como sustancias farmacéuticamente activas en inmunoterapia activa (vacunación, terapia con vacunas) . En un aspecto, la invención se relaciona con una composición farmacéutica que comprende un agente el cual reconoce el antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención y que es preferiblemente selectivo por células que tienen expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención. En modalidades particulares, el agente puede causar la inducción de muerte celular, reducción en el crecimiento celular, daño a la membrana celular o secreción de citocinas y preferiblemente tiene una actividad inhibidora del tumor. En una modalidad, el agente es un ácido nucleico antisentido el cual se híbrida selectivamente con el ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor. En una modalidad más, el agente es un anticuerpo el cual se une selectivamente al antígeno asociado con un tumor, en particular un anticuerpo activado por complemento el cual se une selectivamente al antígeno asociado con un tumor. En una modalidad preferida, el agente comprende dos o más agentes cada uno de los cuales reconoce selectivamente diferentes antígenos asociados con el tumor, al menos uno de los cuales es un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención. El reconocimiento no necesita ser acompañado directamente con la inhibición de la actividad o expresión del antígeno. En este aspecto de la invención, el antígeno limitado selectivamente a tumores sirve preferiblemente como una marca para reclutar mecanismos efectores en este lugar específico. En una modalidad preferida el agente es un linfocito T citotóxico que reconoce al antígeno sobre una molécula HLA y lisa la célula marcada de esta manera. En una modalidad más, el agente es un anticuerpo el cual se une selectivamente al antígeno asociado con un tumor y de este modo recluta mecanismos efectores naturales o artificiales en la célula. En una modalidad más, el agente es un linfocito T auxiliar el cual aumenta las funciones efectoras de otras células que reconocen específicamente al antígeno. En un aspecto, la invención se relaciona con una composición farmacéutica que comprende un agente el cual inhibe la expresión o actividad de un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención. En una modalidad preferida, el agente es un ácido nucleico antisentido el cual se híbrida selectivamente con el ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor. En una modalidad adicional, el agente es un anticuerpo el cual se une selectivamente al antígeno asociado con un tumor. En una modalidad más, el agente comprende dos o más agentes los cuales inhiben cada uno selectivamente la expresión o actividad de diferentes antígenos asociados con tumores, al menos uno de los cuales es un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención. La invención se relaciona además con una composición farmacéutica la cual comprende un agente el cual, cuando es administrado, incrementa selectivamente la cantidad de complejos entre una molécula de HLA y un epí ope peptídico del antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención. En una modalidad, el agente comprende uno o más componentes seleccionados del grupo que consiste de (i) el antígeno o parte del mismo asociado con un tumor, (ii) un ácido nucleico el cual codifica para el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, (iii) una célula anfitriona la cual expresa el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, y (iv) complejos aislados entre los epítopes peptídicos del antígeno asociado con un tumor y una molécula de MHC. En una modalidad, el agente comprende dos o más agentes cada uno de los cuales incrementa selectivamente la cantidad de complejos entre las moléculas de MHC y los epítopes peptídicos de diferentes antígenos asociados con tumores, al menos uno de los cuales es un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención. La invención se relaciona además con una composición farmacéutica la cual comprende uno o más componentes seleccionados del grupo que consiste de (i) un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo con la invención o una parte del mismo, (ii) un ácido nucleico el cual codifica para un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención o para una parte del mismo, (iii) un anticuerpo el cual se une a un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención o con una parte del mismo, (iv) un ácido nucleico antisentido el cual se híbrida específicamente con un ácido nucleico que codifica para un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención, (v) una célula anfitriona la cual expresa un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención o una parte del mismo, y (vi) complejos aislados entre un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención o una parte del mismo y una molécula de HLA. Un ácido nucleico que codifica para un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención o para una parte del mismo puede estar presente en la composición farmacéutica en un vector de expresión y ligado funcionalmente a un promotor. Una célula anfitriona presente en una composición farmacéutica de la invención puede secretar el antígeno asociado con un tumor o la parte del mismo, expresar este en la superficie o puede expresar adicionalmente una molécula de HLA que se una al antígeno asociado con un tumor o parte del mismo. En una modalidad, la célula anfitriona expresa la molécula de HLA de manera endógena. En una modalidad más, la célula anfitriona expresa la molécula de HLA y/o el antígeno asociado con un tumor o la parte del mismo en una forma recombinante . La célula anfitriona es preferiblemente no proliferativa . En una modalidad preferida, la célula anfitriona es una célula presentadora de antígenos, y en particular una célula dendrítica, un monocito o un macrófago. Un anticuerpo presente en una composición farmacéutica de la invención puede ser un anticuerpo monoclonal . En modalidades adicionales, el anticuerpo es un anticuerpo quimérico o humanizado, un fragmento de un anticuerpo natural o un anticuerpo sintético, todos los cuales pueden ser producidos por técnicas combinadas. El anticuerpo puede ser acoplado a un agente útil para propósitos terapéuticos y de diagnóstico. Un ácido nucleico antisentido presente en una composición farmacéutica de la invención puede comprender una secuencia de 6-50, en particular 10-30, 15-20 y 20-30, nucleótidos contiguos del ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención. En una modalidad más, un antígeno asociado con un tumor, proporcionado por una composición farmacéutica de la invención ya sea directamente o vía la expresión de un ácido nucleico, o una parte del mismo se une a moléculas de HC sobre la . superficie de las células, la unión preferiblemente produce una respuesta citolítica y/o inducción de liberación de citocina. Una composición farmacéutica de la invención puede comprender un vehículo y/o adyuvante farmacéuticamente compatible. El adyuvante puede ser seleccionado de saponina, GM-CSF, nucleótidos de CpG, ARN, una citocina o una quimiocina. Una composición farmacéutica de la invención es usada preferiblemente para el tratamiento de una enfermedad caracterizada por la expresión selectiva o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor. En una modalidad preferida, la enfermedad es el cáncer. La invención se relaciona además con métodos para tratar o diagnosticar una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de uno o más antígenos asociados con un tumor. En una modalidad, el tratamiento comprende administrar una composición farmacéutica de la invención . En un aspecto, la invención se relaciona con un método para diagnosticar una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención. El método comprende la detección de (i) un ácido nucleico el cual codifica para el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo y/o (ii) detección del antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, y/o (iii) detección de un anticuerpo para el antígeno asociado con un tumor para una parte del mismo y/o (iv) detección de linfocitos citotóxicos o T auxiliares los cuales son específicos para el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo en una muestra biológica aislada de un paciente. En modalidades particulares, la detección comprende (i) poner en contacto la muestra biológica con un agente el cual se une específicamente al ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor o parte del mismo, el antígeno asociado con un tumor o parte del mismo, el anticuerpo o linfocitos citotóxicos o T auxiliares específicos para el antígeno asociado con un tumor o partes del mismo, y (ii) detectar la formación de un complejo entre el agente y el ácido nucleico o parte del mismo, o el antígeno asociado con un tumor o parte del mismo, el anticuerpo o los linfocitos citotóxicos o T auxiliares. En una modalidad, la enfermedad se caracteriza por la expresión o expresión anormal de dos o más antígenos asociados con- un tumor diferentes y la detección comprende la detección de dos o más ácidos nucleicos que codifican para los dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o de partes de los mismos, detección de dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o de partes de los mismos, detección de dos o más anticuerpos que se unen a los dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o con partes de los mismos o la detección de dos o más linfocitos citotóxicos o T auxiliares específicos para dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes. En una modalidad más, la muestra biológica aislada del paciente es comparada con una muestra biológica normal comparable. En un aspecto más, la invención se relaciona con un método para determinar la regresión, curso o aparición de una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención, método el cual comprende verificar la muestra de un paciente que tiene la enfermedad o se sospecha que caerá enfermo con la enfermedad, con respecto a uno o más parámetros seleccionados del grupo que consiste de (i) la cantidad de ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor o de una parte del mismo, (ii) la cantidad del antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, (iii) la cantidad de anticuerpos que se unen al antígeno asociado con un tumor o a una parte del mismo, y (iv) la cantidad de células T citolíticas o células T auxiliares que son específicas para un complejo entre el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo y una molécula de MHC . El método comprende preferiblemente determinar los parámetros en una primera muestra en un primer punto en el tiempo y en una muestra más en un segundo punto en el tiempo y en el cual el curso de la enfermedad es determinado comparando las dos muestras. En modalidades particulares, la enfermedad se caracteriza por la expresión o expresión anormal de dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes y la verificación comprende verificar (i) la cantidad de dos o más ácidos nucleicos que codifican para dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos, y/o (ii) la cantidad de dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos, y/o (iii) la cantidad de dos o más anticuerpos los cuales se unen a dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o con partes de los mismos, y/o (iv) la cantidad de dos o más células T citolíticas o de células T auxiliares que son específicas para complejos entre dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos y moléculas de MHC . De acuerdo a la invención, la detección de un ácido nucleico o de una parte del mismo o verificación de la cantidad de un ácido nucleico o de parte del mismo puede ser llevada a cabo usando una sonda polinucleotídica la cual se híbrida específicamente al ácido nucleico o a parte del mismo o puede llevarse a cabo mediante la amplificación selectiva del ácido nucleico o la parte del mismo. En una modalidad, la sonda polinucleotídica comprende una secuencia de 6-50, en particular 10-30, 15-30 y 20-30, nucleótidos contiguos del ácido nucleico. En modalidades particulares, el antígeno asociado con un tumor a ser detectado o la parte del mismo está presente intracelularmente o en la superficie celular. De acuerdo a la invención, la detección de un antígeno asociado con un tumor o de parte del mismo o la verificación de la cantidad de antígeno asociado con un tumor o de parte del mismo puede ser llevada a cabo usando un anticuerpo que se une específicamente al antígeno asociado con un tumor o parte del mismo. En una modalidad más, el antígeno asociado con un tumor a ser detectado o parte del mismo está presente en un complejo con una molécula de MHC, en particular una molécula de HLA. De acuerdo a la invención, la detección de un anticuerpo o la verificación de la cantidad de anticuerpos puede ser llevada a cabo usando una proteína o péptido que se una específicamente al anticuerpo. De acuerdo a la invención, la detección de células T citolíticas o de células T auxiliares o la verificación de una cantidad de células T citolíticas o de células T auxiliares que son específicas para complejos entre un antígeno o una parte del mismo o moléculas de MHC puede ser llevada a cabo usando una célula que represente el complejo entre el antígeno o parte del mismo de una molécula de MHC. La sonda polinucleotídica, el anticuerpo, la proteína o el péptido o la célula, que es usada para la detección o verificación, es marcada preferiblemente de manera detectable . En modalidades particulares, el marcador detectable es un marcador radioactivo o un marcador enzimático. Los linfocitos T pueden ser detectados adicionalmente detectando su proliferación, su producción de citocina, y su actividad citotóxica dirigida por estimulación específica con el complejo de MHC y antígeno asociado con un tumor o partes del mismo. Los linfocitos T también pueden ser detectados vía una molécula de MHC recombinante o también un complejo de dos o más moléculas de MHC las cuales son cargadas con. el fragmento inmunogénico particular de uno o más de los antígenos asociados con un tumor que pueden identificar linfocitos T específicos por contacto con el receptor de células T específicas. En un aspecto más, la invención se relaciona con un método para tratar, diagnosticar o verificar una enfermedad caracterizada por la expresión o la expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención, método el cual comprende administrar un anticuerpo que se une al antígeno asociado con un tumor o a una parte del mismo y que se acopla a un agente terapéutico o de diagnóstico. El anticuerpo puede ser un anticuerpo monoclonal . En modalidades adicionales, el anticuerpo es un anticuerpo quimérico o humanizado o un fragmento de un anticuerpo natural. La invención también se relaciona con un método para tratar un paciente que tiene una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención, método el cual comprende (i) remover una mezcla que contiene células inmunorreactivas del paciente, (ii) poner en contacto la muestra con una célula anfitriona que exprese el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, bajo condiciones las cuales favorecen la producción de células T citolíticas contra el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, y (iii) introducir las células T citolíticas en el paciente en una cantidad adecuada para lisar células que expresen el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo. La invención de igual modo se relaciona con la clonación del receptor de células T de células T citolíticas contra el antígeno asociado con un tumor. El receptor puede ser transferido a las otras células T, las cuales a su vez reciben la especificidad deseada y, bajo (iii) puede ser introducida en el paciente. En una modalidad, la célula anfitriona expresa endógenamente una molécula de HLA. En una modalidad más, la célula anfitriona expresa recombinantemente una molécula de HLA y/o el antígeno asociado con un tumor o la parte del mismo. La célula anfitriona es preferiblemente no proliferativa . En una modalidad preferida, la célula anfitriona es una célula presentadora de antígenos, en particular una célula dendrítica, un monocito o un macrófago. En un aspecto más, la invención se relaciona con un método para tratar un . paciente que tenga una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor, método el cual comprende (i) identificar un ácido nucleico que codifica para un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención y que es expresado por células asociadas con la enfermedad, (ii) transfectar una célula ánfitriona con el ácido nucleico o una parte del mismo, (iii) cultivar la célula ánfitriona transfectada para la expresión del ácido nucleico (esto no es obligatorio cuando se obtiene una alta tasa de transíección) , y (iv) introducir las células anfitrionas o un extracto de las mismas en el paciente en una cantidad adecuada para incrementar la respuesta inmune a las células del paciente asociadas con la enfermedad. El método puede comprender además identificar una molécula HC que presenta el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, con la célula ánfitriona que expresa la molécula de MHC identificada y que presente el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo. La respuesta inmune puede comprender una respuesta de célula B o una respuesta de célula T. Además, una respuesta de célula T puede comprender producir células T citolíticas y/o células T auxiliares las cuales son específicas para las células anfitrionas que presentan el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo o específicas para células del paciente las cuales expresan el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo.' La invención también se relaciona con un método para tratar una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención, método el cual comprende (i) identificar células del paciente que expresan cantidades anormales del antígeno asociado con un tumor, (ii) aislar una muestra de las células, (iii) cultivar las células, y (iv) introducir las células en el paciente en una cantidad adecuada para activar una respuesta inmune a las células . Preferiblemente, las células anfitrionas utilizadas de acuerdo a la invención son no proliferativas o son convertidas en no proliferativas . Una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor es un cáncer particular. La presente invención se relaciona además con un ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de (a) un ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOS: 2-5, 20-21, 31-33, 39, 54-57, 62, 63, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico que se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) . La invención se relaciona además con un ácido nucleico el cual codifica para una proteína o un polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOS: 7-13, 14-18, 23-24, 34-36, 58-61, 64, 65, 89-100, una parte o derivado de las mismas. En un aspecto más, la invención se relaciona con secuencias promotoras de ácidos nucleicos de la invención. Esas secuencias pueden ser ligadas funcionalmente a otro gen, preferiblemente en un vector de expresión, y de este modo asegura la expresión selectiva del gen en células apropiadas. . En un aspecto más, la invención se relaciona con una molécula de ácido nucleico recombinante , en particular una molécula de ADN o AN, el cual comprende un ácido nucleico de la invención. La invención también se relaciona con células anfitrionas las cuales contienen el ácido nucleico de la invención o una molécula de ácido nucleico recombinante que comprende un ácido nucleico de la invención. La célula anfitriona también puede comprender un ácido nucleico que codifique para una molécula de HLA. En una modalidad, la célula anfitriona expresa endógenamente la molécula de HLA. En una modalidad más, la célula anfitriona expresa recombinantemente la molécula de HLA y/o el ácido nucleico de la invención o una parte del mismo. Preferiblemente, la célula anfitriona es no proliferativa . En una modalidad preferida, la célula anfitriona es una célula presentadora de antígenos, en particular una célula dendrítica, un monocito o un macrófago. En una modalidad más, la invención se relaciona con oligonucleotidos los cuales se hibridan con un ácido nucleico identificado de acuerdo a la invención y que pueden usarse como sondas genéticas o como moléculas "antisentido" . Pueden ser usadas moléculas de ácido nucleico en forma de cebadores oligonucleotídicos o muestras competentes, que se hibriden con un ácido nucleico identificado de acuerdo a la invención o partes del mismo, para encontrar ácidos nucleicos que sean homólogos al ácido nucleico identificado de acuerdo a la invención. Puede ser empleada la amplificación por PCR, hibridación Southern y Northern para encontrar ácidos nucleicos homólogos. La hibridación puede llevarse a cabo bajo rigurosidad baja, de manera más preferible bajo rigurosidad media y de manera más preferible bajo condiciones altamente rigurosas. El término "condiciones rigurosas" de acuerdo a la invención se refiere a condiciones las cuales permiten la hibridación específica entre polinucleotidos. En un aspecto más, la invención se relaciona con una proteína o polipéptido el cual es codificado por un ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de las SEQ ID NOS: 2-5, 20-21, 31-33, 39, 54-57, 62, 63, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual está degenerado con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) , o (c) . En una modalidad preferida, la invención se relaciona con una proteína o polipéptido que comprende una secuencia de aminoácidos que es seleccionado del grupo que consiste de la SEQ ID NOS: 7-13, 14-18, 23-24, 34-36, 58-61, 64, 65, 89-100, una parte o derivado de las mismas. En un aspecto más, la invención se relaciona con un fragmento inmunogénico de un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención. El fragmento preferiblemente se une a un receptor de HLA humana o a un anticuerpo humano. Un fragmento de la invención comprende preferiblemente una secuencia de al menos 6, en particular al menos 8, al menos 10, al menos 12, al menos 15, al menos 20, al menos 30 o al menos 50 aminoácidos. En un aspecto más, la invención se relaciona con un agente que se une a un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo con la invención o con una parte del mismo. En una modalidad preferida, el agente es un anticuerpo. En modalidades adicionales, el anticuerpo es un anticuerpo quimérico, humanizado o un anticuerpo producido por técnicas de combinación o es un fragmento de un anticuerpo. Además, la invención se relaciona con un anticuerpo el cual se une selectivamente a un complejo de (i) un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención o una parte del mismo y (ii) una molécula de MHC a la cual se une el antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención o parte del mismo, con el anticuerpo que no se une a (i) o (ii) solo. Un anticuerpo de la invención puede ser un anticuerpo monoclonal . En modalidades adicionales, el anticuerpo es un anticuerpo quimérico o humanizado o un fragmento de un anticuerpo natural. La invención se relaciona además con un conjugado entre un agente de la invención el cual se une a un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención o a una parte del mismo o a un anticuerpo de la invención y un agente terapéutico o de diagnóstico. En una modalidad, el agente terapéutico o de diagnóstico es una toxina. En un aspecto más, la invención se relaciona con un equipo para detectar la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención, equipo el cual comprende agentes para la detección (i) del ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor o de una parte del mismo, (ii) del antígeno asociado con el tumor o de una parte del mismos, (iii) de anticuerpos los cuales se unen al antígeno asociado con el tumor o a una parte del mismo, y/o (iv) de células T las cuales son específicas para un complejo entre el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo y una molécula de MHC. En una modalidad, los agentes para la detección del ácido nucleico o parte del mismo son moléculas de ácido nucleico para la amplificación selectiva del ácido nucleico, que comprende, en particular una secuencia de 6-50, en particular 10-30, 15-30 y 20-30, nucleótidos contiguos del ácido nucleico.

Descripción Detallada de la Invención De acuerdo a la invención, se describen genes los cuales son expresados en células tumorales selectiva o aberrantemente y que son antígenos asociados con un tumor. De acuerdo a la invención, esos genes o sus derivados son estructuras objetivo preferidas para métodos terapéuticos. Conceptualmente, los métodos terapéuticos pueden tener como propósito inhibir la actividad del producto genético asociado con un tumor expresado selectivamente. Esto es útil, si la expresión selectiva aberrante respectiva es funcionalmente importante en la patogenicidad del tumor y si su ligación está acompañada por daño selectivo de las células correspondientes. Otros conceptos terapéuticos contemplan antígenos asociados con tumores como marcas que reclutan mecanismos efectores que tienen potencial de dañar células selectivamente a células tumorales. Aquí, la función de la molécula objetivo en sí y su papel en el desarrollo del tumor son totalmente irrelevantes. "Derivado" de un ácido nucleico significa de acuerdo a la invención que están presentes sustituciones, supresiones y/o adiciones de nucleotidos simples o múltiples en el ácido nucleico. Además, el término "derivado" también comprende la derivación química de un ácido nucleico o una base nucleotídica, sobre el azúcar o sobre el fosfato. El término "derivado" también comprende ácidos nucleicos los cuales comprenden nucleotidos y análogos nucleotídicos que no se encuentran en la naturaleza. De acuerdo a la invención, un ácido nucleico es preferiblemente ácido desoxirribonucleico (ADN) o ácido ribonucleico (ARN) . Los ácidos nucleicos comprenden de acuerdo a la invención ADN genómico, ADNc, ARNm, moléculas producidas de manera recombinante y sintetizadas químicamente. De acuerdo a la invención, un ácido nucleico puede estar presente como una molécula de una sola hebra o de dos hebras lineal o cerrada de manera covalentemente circular. Los ácidos nucleicos descritos de acuerdo a la invención han sido aislados preferiblemente. El término "ácido nucleico aislado" significa de acuerdo a la invención que el ácido nucleico fue (i) amplificado in vi tro, por ejemplo por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) , (ii) producido de manera recombinante por clonación, (iii) purificado, por ejemplo por escisión y fraccionamiento electroforético en gel, o (iv) sintetizado, por ejemplo, por síntesis química. Un ácido nucleico aislado es un ácido nucleico el cual está disponible para la manipulación por técnicas de ADN recombinante. Un ácido nucleico es "complementario" a otro ácido nucleico si las dos secuencias son capaces de hibridarse y formar un dúplex estable entre sí, con la hibridación siendo llevada a cabo preferiblemente bajo condiciones que permitan la hibridación específica entre los polinucleótidos (condiciones rigurosas) . Las condiciones rigurosas son descritas, por ejemplo, en Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook et al., Editors, 2da Edición, Cold Spring Harbor Laboratory press, Cold Spring Harbor, New York, 1989 o Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel et al., Editors, John Wiley & Sons, Inc., New York y se refiere, por ejemplo, a la hibridación a 65 °C en amortiguador de hibridación (3.5 x SSC, Ficoll al 0.02%, polivinilpirrolidona, seroalbúmina bovina al 0.02%, NaH2P04 2.5 mM (pH 7), SDS al 0.5%, EDTA 2 mM) . SSC es cloruro de sodio 0.15 M/citrato de sodio 0.15 M, pH 7. Después de la hibridación, la membrana a la cual ha sido transferido el ADN es lavada, por ejemplo, en 2 x SSC a temperatura ambiente y entonces en 0.1-0.5 x SSC/0.1 x SDS a temperaturas de hasta 68°C. De acuerdo a la invención, los ácidos nucleicos complementarios tienen al menos 40%, en particular al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 80%, al menos 90% y de manera preferible al menos 95%, al menos 98 o al menos 99%, nucleótidos idénticos. Los ácidos nucleicos que codifican para antígenos asociados con tumores pueden, de acuerdo a la invención, estar presentes solos o en combinación con otros ácidos nucleicos, en particular ácidos nucleicos heterólogos. En modalidades preferidas, un ácido nucleico está ligado funcionalmente a la expresión de secuencias de control o secuencias reguladoras las cuales pueden ser homologas o heterólogas con respecto al ácido nucleico. Una secuencia codificadora y una secuencia reguladora están ligadas "funcionalmente entre sí" , si están ligadas covalentemente entre sí de tal manera que la expresión o transcripción de la secuencia codificadora sea bajo el control o bajo la influencia de la secuencia reguladora. Si la secuencia codificadora va a ser traducida en una proteína funcional, entonces, con una secuencia reguladora ligada funcionalmente a la secuencia codificadora, la inducción de la secuencia reguladora da como resultado la transcripción de la secuencia codificadora, sin producir una desviación de marco en la secuencia codificadora o la secuencia codificadora no sea capaz de ser traducida en la proteína o péptido deseado. El término "secuencia de control de expresión" o "secuencia reguladora" comprende de acuerdo a la invención promotores, mejoradores y otros elementos de control que regulan la expresión de un gen. En modalidades particulares de la invención, las secuencias de control de expresión pueden ser reguladas. La estructura exacta de las secuencias reguladoras puede variar como una función de las especies o tipo de célula, pero generalmente comprende secuencias no transcritas 5' y no traducidas 5' las cuales están implicadas en el inicio de la transcripción y traducción, respectivamente, como la casilla TATA, secuencia de coronación, secuencia de CAAT, y similares. De manera más específica, las secuencias reguladoras no transcritas 5' comprenden una región promotora la cual incluye una secuencia promotora para el control transcripcional del gen ligado funcionalmente . Las secuencias reguladoras también pueden comprender secuencias mej oradoras o secuencias activadoras corriente arriba. De este modo, por otro lado, los antígenos asociados con un tumor ilustrados aquí pueden ser combinados con cualesquier secuencias de control de expresión y promotores. Por otro lado, sin embargo, los promotores de productores genéticos asociados con tumores ilustrados aquí, pueden, ser de acuerdo a la invención, ser combinados con cualesquier otros genes. Esto permite que sea utilizada la actividad selectiva de esos promotores. De acuerdo a la invención, un ácido nucleico puede además estar presente en combinación con otro ácido nucleico que codifique para un polipeptido que controle la secreción de proteína o polipeptido codificado por el ácido nucleico de una célula anfitriona. De acuerdo a la invención, un ácido nucleico también puede estar presente en combinación con otro ácido nucleico que codifique para un polipéptido que haga que la proteína o polipéptido codificado sea anclado sobre la membrana celular de la célula anfitriona o dividido en organelos particulares de la célula. En una modalidad preferida, una molécula de ADN recombinante es, de acuerdo a la invención, un vector, donde sea apropiado con un promotor, que controle la expresión de un ácido nucleico, por ejemplo un ácido nucleico que codifique para un antígeno asociado con un tumor de la invención. El término "vector" se usa aquí en su sentido más general y comprende cualquier vehículo intermediario para un ácido nucleico que permita que el ácido nucleico, por . ejemplo, sea introducido en células procarióticas y/o eucarióticas y, donde sea apropiado, sea integrado en un genoma. Los vectores de este tipo son replicados y/o expresados preferiblemente en las células. Un vehículo intermediario puede ser adaptado, por ejemplo, al uso en electroporación, en el bombardeo con microproyectiles , en la administración liposomal, en la transferencia con ayuda de agrobacterias o en la inserción vía ADN o ARN virus. Los vectores comprenden plásmidos, fagémidos o genomas virales. Los ácidos nucleicos que codifican para un antígeno asociado con un tumor identificado de acuerdo a la invención pueden ser usados para la transfección de células anfitrionas. Los ácidos nucleicos significan aquí ADN y ARN recombinantes . El ARN recombinante puede ser preparado por transcripción in vi tro de un molde o patrón de ADN. Además, puede ser modificado por secuencias estabilizadoras, coronación y poliadenilación antes de la aplicación. De acuerdo a la invención, el término "célula anfitriona" se relaciona con cualquier célula que pueda ser transformada o transfectada con un ácido nucleico exógeno . El término "células anfitrionas" comprende, de acuerdo a la invención, células procarióticas (por ejemplo E.coli) o células eucarióticas (por ejemplo células dendríticas, células B, células CHO, células COS, células K562, células de levadura y células de insectos) . Se da preferencia particular a células de mamífero como células de humanos, ratones, hámster, cerdos, cabras, primates. Las células pueden ser derivadas de una multiplicidad de tipos de tejidos y comprender células primarias y líneas celulares. Los ejemplos específicos comprenden queratinocitos, leucocitos de sangre periférica, 3S células no diferenciadas de la medula ósea y células no diferenciadas em riónicas . En modalidades adicionales, la célula anfitriona es una célula presentadora de antígenos, en particular una célula dendrítica, un monocito o un macrófago. Un ácido nucleico puede estar presente en la célula anfitriona en forma de una sola copia o de dos o más copias y, en una modalidad, es expresado en la célula anfitriona. De acuerdo a la invención, el término "expresión" se usa en su sentido más general y comprende la producción de ARN o de ADN y de proteína. También comprende la expresión parcial de ácidos nucleicos. Además, la expresión puede ser llevada a cabo de manera transitoria o estable. Los sistemas de expresión preferidos en células de mamífero comprenden pcDNA3.1 y pRc/CMV (Invitrogen, Carlsbad, CA) , los cuales contienen un marcador selectivo como un gen que imparte resistencia a G418 (y de este modo permite que sean seleccionadas líneas celulares transíectadas de manera estable) y las secuencias mej oradoras -promotoras de citomegalovirus (CMV) . En aquellos casos de la invención en los cuales una molécula de HLA presenta un antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, un vector de expresión también puede comprender una secuencia de ácido nucleico que codifique para la molécula de HLA. La secuencia de ácido nucleico que codifique para la molécula de HLA puede estar presente en el mismo vector de expresión que el ácido nucleico que codifique para el antígeno asociado con un tumor o parte del mismo, o ambos ácidos nucleicos pueden estar presentes en vectores de expresión diferentes. En el último caso, los dos vectores de expresión pueden ser cotransfectados en una célula. Si una célula anfitriona no expresa el antígeno asociado con un tumor o parte del mismo ni la molécula de HLA, ambos ácidos nucleicos que codifican para los mismos son transfectados en la célula ya sea en el mismo vector de expresión o en vectores de expresión diferentes. Si la célula ya expresa la molécula de HLA, únicamente puede ser transfectada la secuencia de ácido nucleico que codifique para el antígeno asociado con un tumor o parte del mismo a la célula. La invención también comprende equipos para la amplificación de un ácido nucleico que codifique para un antígeno asociado con un tumor. Esos equipos comprenden, por ejemplo, un par de cebadores de amplificación los cuales se hibridan al ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor. Los cebadores preferiblemente comprenden una secuencia de 6-50, en particular 10-30, 15-30 y 20-30 nucleótidos contiguos del ácido nucleico y no están superpuestos, para evitar la formación de dímeros de cebador. Uno de los cebadores se hibridará a un ácido nucleico de una hebra que codifica para un antígeno asociado con un tumor, y el otro cebador se hibridará a la hebra complementaria en un arreglo el cual permite la amplificación del ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor. Pueden ser usadas moléculas "antisentido" o ácidos nucleicos "antisentido" para la regulación, en particular la reducción, de la expresión de un ácido nucleico. El término "molécula antisentido" o "ácido nucleico antisentido" se refiere, de acuerdo a la invención, a un oligonucleótido el cual es un oligorribonucleótido, oligodesoxirribonucleotido, oligorribonucleótido modificado u oligodesoxirribonucleotido modificado y que se híbrida bajo condiciones fisiológicas a ADN que comprende un gen particular o a AR m del gen, inhibiendo por lo tanto la transcripción del gen y/o traducción del ARNm. De acuerdo a la invención, la "molécula antisentido" también comprende un constructo o plásmido recombinante el cual contiene un ácido nucleico o una parte del mismo en orientación contraria con respecto a su promotor natural. Un transcripto antisentido de un ácido nucleico o parte del mismo puede formar un dúplex con el ARNm natural que específica la enzima y de este modo previene la acumulación o traducción del ARNm en la enzima activa. Otra posibilidad es el uso de ribozimas para inactivar un ácido nucleico. Las oligonucleótidos antisentido preferidos de acuerdo a la invención tienen una secuencia de 6-50, en particular 10-30, 15-30 y 20-30, nucleótidos contiguos del ácido nucleico objetivo y preferiblemente son completamente complementarios al ácido nucleico objetivo a una parte del mismo . En modalidades preferidas, el oligonucleótido antisentido se híbrida con un sitio N-terminal o 5' corriente arriba como un sitio de inicio de la traducción, sitio de inicio de la transcripción o sitio promotor. En modalidades adicionales, el oligonucleótido antisentido se híbrida con una región no traducida 3' o un sitio de empalme de ARNm. En una modalidad, un oligonucleótido de la invención consiste de ribonucleótidos , desoxirribonucleótidos o una combinación de los mismos, con el extremo 5' de un nucleótido y el extremo 3' de otro nucleótido estando enlazados entre sí por un enlace fosfodiéster . Esos oligonucleótidos pueden ser sintetizados de manera convencional o producidos de manera recombinante . En modalidades preferidas, un oligonucleótido de la invención es un oligonucleótido "modificado". Aquí, el oligonucleótido puede ser modificado en formas muy diferentes, sin dañar su capacidad para unirse a su objetivo, para incrementar, por ejemplo, su estabilidad o eficacia terapéutica. De acuerdo a la invención, el término "oligonucleótido modificado" significa un oligonucleótido en el cual (i) al menos dos de sus nucleótidos están enlazados entre sí por medio de un enlace internucleosídico sintético (es decir un enlace internucleosídico el cual no es un enlace fosfodiéster) y/o (ii) un grupo químico el cual usualmente no se encuentra en ácidos nucleicos enlazado covalentemente al oligonucleótido . Los enlaces internucleosídicos sintéticos preferidos son fosforotioatos , fosfonatos de alquilo, fosforoditioatos , ésteres de fostato, fosfonotioatos de alquilo, fosforamidatos , carbamatos, carbonatos, triésteres de fosfato, acetamidatos , carboximetil ésteres y péptidos. El término "oligonucleótido modificado" también comprende oligonucleótidos que tienen una base modificada covalentemente y/o azúcar. Los "oligonucleótidos modificados" comprende, por ejemplo, oligonucleótidos con residuos de azúcar los cuales están enlazados covalentemente a grupos orgánicos de bajo peso molecular diferentes a un grupo hidroxilo en la posición 3' y un grupo fosfato en la posición 5'. Los oligonucleótidos modificados pueden comprender por ejemplo, un residuo de ribosa alquilado en 2 ' -O- u otro azúcar en lugar de la ribosa, como la arabinosa. Preferiblemente, las proteínas y polipéptidos descritos de acuerdo a la invención han sido aislados. El término "proteína aislada" o "polipeptido aislado" significa que la proteína o polipéptido ha sido separado de su ambiente natural. Una proteína o polipéptido aislado puede estar en un estado esencialmente purificado. El término "esencialmente purificado" significa que la proteína o polipéptido está esencialmente libre de otras sustancias con las cuales está asociado en la naturaleza o in vivo. Esas proteínas y polipéptidos pueden ser usados, por ejemplo, para producir anticuerpos y en un ensayo inmunológico o de diagnóstico como agentes terapéuticos. Las proteínas y polipéptidos descritos de acuerdo a la invención pueden ser aislados de muestras biológicas como homogeneizados de tejidos o células y también pueden ser expresados de manera recombinante en una multiplicidad de sistemas de expresión pro o eucarioticos. Para los propósitos de la presente invención, "derivados" de una proteína o polipéptido o de una secuencia de aminoácidos comprenden variantes de inserción de aminoácidos, variantes de supresión de aminoácidos y/o variantes de sustitución de aminoácidos. Las variantes de inserción de aminoácidos comprenden fusiones amino- y/o carboxi-terminales y también inserciones de uno o dos o más aminoácidos en una secuencia de aminoácidos particular. En el caso de variantes de secuencias de aminoácidos que tienen una inserción, se insertan uno o más aminoácidos residuales en un sitio particular en una secuencia de aminoácidos, aunque también es posible la inserción aleatoria con la selección apropiada del producto resultante. Las variantes de supresión de aminoácidos se caracterizan por la remoción de uno o más aminoácidos de la secuencia. Las variantes de sustitución de aminoácidos se caracterizan por al menos un residuo de la secuencia que es removido y otro residuo que es insertado en su lugar. Se da preferencia a las modificaciones en las posiciones en la secuencia de aminoácidos que no están conservadas entre proteínas o polipéptidos homólogos. Se da preferencia al reemplazo de aminoácidos con otros que tengan propiedades similares como la hidrofobicidad, hidrofilicidad, electronegatividad, volumen de la cadena lateral y similares (sustitución conservativa). Las sustituciones conservativas, por ejemplo, se relacionan con el intercambio de un aminoácido con otro aminoácido listado a continuación en el mismo grupo que el aminoácido a ser sustituido: 1. residuos alifáticos, no polares o ligeramente polares pequeños: Ala, Ser, Thr (Pro, Gly) 2. residuos cargados negativamente y sus amidas: Asn, Asp, Glu, Gln 3. residuos cargados positivamente; His, Arg, Lys 4. residuos alifáticos, no polares grandes: Met , Leu, lie, Val (Cys) 5. residuos aromáticos grandes: Phe, Tyr, Trp. Debido a su parte particular en la arquitectura de una proteína tres residuos se muestran entre corchetes. Gly es el único residuo sin una cadena lateral y de este modo imparte flexibilidad a la cadena. Pro tiene una geometría inusual la cual restringe en gran medida la cadena. Cys puede formar un puente disulfuro. Las variantes de aminoácido descritas anteriormente pueden ser fácilmente preparadas con la ayuda de las técnicas de síntesis de péptidos conocidas como, por ejemplo, por síntesis en fase sólida (Merrifield, 1964) y métodos similares o por la manipulación de ADN recombinante . Las técnicas para introducir mutaciones por sustitución en sitios predeterminados en el ADN que tiene una secuencia conocida o parcialmente conocida son bien conocidas y comprenden la mutagénesis M13, por ejemplo. La manipulación de las secuencias de ADN para preparar proteínas que tienen sustituciones, inserciones o supresiones, se describen con detalle en Sambrook et al. (1998), por ejemplo. De acuerdo a la invención, los "derivados" de proteínas o polipéptidos también comprenden sustituciones, supresiones y/o adiciones simples o múltiples de cualesquier moléculas asociadas con la enzima, como carbohidratos, lípidos y/o proteínas o polipéptidos. El término "derivado" también se extiende a todos los equivalentes químicos funcionales de las proteínas o polipéptidos. De acuerdo a la invención, una parte o fragmento de un antígeno asociado con un tumor tiene una propiedad funcional del polipéptido del cual sea derivado. Esas propiedades funcionales comprenden la interacción con anticuerpos, la interacción con otros polipéptidos o proteínas, la unión selectiva de ácidos nucleicos y una actividad enzimática. Una propiedad particular es la capacidad de formar un complejo con HLA y, donde sea apropiado, generar una respuesta inmune. Esta respuesta inmune puede basarse en estimulación de células citotóxicas o T auxiliares. Una parte o fragmento de un antígeno asociado con un tumor de la invención preferiblemente comprende una secuencia de al menos 6, en particular, al menos 8, al menos 10, al menos 12, al menos 15, al menos 20, al menos 30 o al menos 50, aminoácidos consecutivos de un antígeno asociado con un tumor. Una parte o fragmento de un ácido nucleico que codifica para un antígeno asociado con un tumor se relaciona, de acuerdo a la invención, con la parte dél ácido nucleico, que codifica para al menos el antígeno asociado con un tumor y/o con una parte o fragmento de un antígeno asociado con un tumor, como se definió anteriormente. El aislamiento e identificación de los genes que codifican para antígenos asociados con tumores también hace posible el diagnóstico de una enfermedad caracterizada por la expresión de uno o más antígenos asociados con tumores. Esos métodos comprenden determinar uno o más ácidos nucleicos que codifican para un antígeno asociado con un tumor y/o determinar los antígenos asociados con un tumor codificados y/o péptidos derivados de los mismos. Los ácidos nucleicos pueden ser determinados de manera convencional, incluyendo la reacción en cadena de la polimerasa o hibridación con una sonda marcada. Los antígenos asociados con un tumor o péptidos derivados de los mismos pueden ser determinados por selección de antisuero de paciente con respecto al reconocimiento del antígeno y/o los péptidos. También pueden ser determinados seleccionando células T del paciente por su especificidad por el antígeno asociado con un tumor correspondiente . La presente invención también permite que las proteínas unidas a los antígenos asociados con un tumor descritos aquí sean aisladas, incluyendo anticuerpos y parejas de unión celular de los antígenos asociados con tumores . De acuerdo a la invención, las modalidades particulares deben implicar proporcionar polipéptidos "negativos dominantes" derivados de antígenos asociados con tumores. Un polipéptido negativo dominante es una variante de proteína inactiva, la cual, por medio de la interacción con la maquinaria celular, desplaza una proteína activa de su interacción con la maquinaria celular o que compite con la proteína activa, reduciendo por lo tanto el efecto de la proteína activa. Por ejemplo, un receptor negativo dominante que se une a un ligando pero no genera ninguna señal como respuesta a la unión al ligando puede reducir el efecto biológico del ligando. De manera similar, una cinasa catalíticamente inactiva negativa dominante la cual usualmente interactúa con proteínas objetivo pero no fosforila las proteínas objetivo puede reducir la fosforilación de las proteínas objetivo como respuesta a una señal celular. De manera similar, un factor de transcripción negativo dominante que se une a un sitio promotor en la región de control de un gen pero no incrementa la transcripción del gen puede reducir el efecto de un factor de transcripción normal ocupando los sitios de unión del promotor, sin incrementar la transcripción. El resultado de la expresión de un polipeptido negativo dominante en una célula es una reducción en la función de las proteínas activas. El experto puede preparar variantes negativas dominantes de una proteína, por ejemplo, por métodos de mutagénesis convencionales y evaluando el efecto dominante negativo del polipeptido variante. La invención también comprende sustancias como polipéptidos los cuales se unen a antígenos asociados con el tumor. Esas sustancias de unión pueden ser usadas, por ejemplo, en ensayos de selección para detectar antígenos asociados con un tumor y complejos de antígenos asociados con tumores con sus parejas de unión y en una purificación de los antígenos asociados con tumores y de complejos de los mismos con sus parejas de unión. Esas sustancias también pueden ser usadas para inhibir la actividad de antígenos asociados con tumores, por ejemplo por la unión de esos antígenos. La invención por lo tanto comprende sustancias de unión como, por ejemplo, anticuerpos o fragmentos de anticuerpo, los cuales son capaces de unirse selectivamente a antígenos asociados con tumores. Los anticuerpos comprenden anticuerpos policlonales y monoclonales, los cuales son producidos de manera convencional . Se sabe que únicamente una parte pequeña de una molécula de anticuerpo, el paratopo, está implicada en la unión del anticuerpo a su epítope (véase Clark, W.R. (1986) , The Experimental Foundations of Modern Immunology, Wil'ey & Sons, Inc., New York; Roitt, I. (1991), Essential Immunology, 7ma Edición, Blackwell Scientific Publications , Oxford) . Las regiones pFc' y Fe son, por ejemplo, efectores de la cascada del complemento pero no están implicados en la unión del antígeno. Un anticuerpo del cual la región pFc' ha sido removida enzimáticamente o que han sido producidos en la región pFc' , referido como el fragmento F(ab' )2/ contiene ambos sitios de unión de antígeno de un anticuerpo completo. De manera similar, un anticuerpo del cual la región Fe ha sido removida enzimáticamente o que ha sido producido sin la región Fe, referido como fragmento Fab, contiene un sitio de unión de antígeno de una molécula de anticuerpo intacta. Además, los fragmentos Fab consisten de una cadena ligera unida covalentemente de anticuerpo y parte de la cadena pesada del anticuerpo, referidos como Fd. Los fragmentos Fd son los determinantes principales de la especificidad del anticuerpo (un solo fragmento Fd puede ser asociado con hasta 10 cadenas ligeras diferentes, sin alterar la especificidad del anticuerpo) y los fragmentos Fd, cuando son aislados, retienen la capacidad de unirse a un epítope. Localizadas dentro de la parte de unión del antígeno de un anticuerpo se encuentran regiones que determinan la complementariedad (CDR) las cuales interactúan directamente con el epítope del antígeno y las regiones estructurales (FR) que contienen la estructura terciaria del paratopo. Ambos fragmentos Fd de la cadena pesada y la cadena ligera de las inmunoglobulinas IgG contienen 4 regiones estructurales (FR1 a FR4) las cuales están separadas en cada caso por 3 regiones que determinan la complementariedad (CDR1 a CDR3) . Las CDR y, en particular, las regiones CDR3 , y de manera aún más particular, las regiones CDR3 de la cadena pesada son responsables en gran medida de la especificidad del anticuerpo. Se sabe que las regiones no CDR de un anticuerpo de mamífero pueden ser reemplazadas por regiones similares de anticuerpos con la misma o diferentes especificidad, con la especificidad por el epítope del anticuerpo original siendo retenida. Esto hizo posible el desarrollo de anticuerpos "humanizados" en los cuales son ligadas covalentemente CDR no humanas a las regiones FR y/o Fc/pFc' humanas para producir un anticuerpo funcional. La WO 92/04381 por ejemplo, describe la producción y uso de anticuerpos RSV murinos humanizados en los cuales al menos parte de las regiones FR murinas han sido reemplazadas con las regiones FR de origen humano. Los anticuerpos de este tipo, incluyendo los fragmentos de anticuerpos intactos con capacidad de unión de antígeno, son con frecuencia referidos como anticuerpos "quiméricos" . La invención también proporciona los fragmentos de anticuerpos F(ab' )2# Fab, Fv, y Fd, anticuerpos quiméricos, en los cuales las regiones Fe y/o FR y/o CDR1 y/o CDR2 y/o CDR3 de cadena ligera han sido reemplazadas con secuencias humanas o no humanas homologas, anticuerpos de fragmento F(ab')2 quiméricos en los cuales las regiones FR y/o CDR1 y/o CDR2 y/o CDR3 de cadena ligera han sido reemplazadas con secuencias humanas o no humanas homologas, los anticuerpos de fragmentos Fab quiméricos en los cuales las regiones FR y/o CDR1 y/o CDR2 y/o CDR3 de cadena ligera han sido reemplazados con secuencias humanas o no humanas homologas, y los anticuerpos de fragmentos Fd quiméricos en los cuales las regiones FR y/o CDR1 y/o CDR2 han sido reemplazadas con secuencias humanas o no humanas homologas . La invención también comprende anticuerpos de "una sola cadena" .

La invención también comprende polipéptidos los cuales se unen específicamente a antígenos asociados con tumores. Las sustancias de unión de polipéptido de este tipo pueden ser proporcionadas, por ejemplo por bibliotecas peptídicas degeneradas las cuales pueden ser preparadas simplemente en solución en forma inmovilizada o bibliotecas presentadoras de fagos. De igual modo es posible preparar bibliotecas combinadas de péptidos con uno o más aminoácidos. También pueden ser preparadas bibliotecas de peptoides y residuos sintéticos no peptídicos. La presentación de fagos puede ser particularmente efectiva para identificar los péptidos de unión de la invención. En relación con esto, por ejemplo, se prepara una biblioteca de fagos (usando, por ejemplo, los fagos M13, fd o lambda) la cual presente insertos de 4 hasta aproximadamente 80 aminoácidos residuales de longitud. Son seleccionados los fagos que contienen insertos que se unen al antígeno asociado con un tumor. Este proceso puede ser repetido vía dos o más ciclos de una reselección de fagos que se unen al antígeno asociado con un tumor. Las rondas repetidas dan como resultado una concentración de fagos que contienen secuencias particulares. Pueden llevarse a cabo un análisis de las secuencias de ADN para identificar las secuencias de los polipéptidos expresados. La porción lineal más pequeña de la secuencia que se une al antígeno asociado con un tumor puede ser determinada. También puede ser usado el "sistema doblemente híbrido" de levadura para identificar polipéptidos que se unan al antígeno asociado con un tumor. Los antígenos asociados con tumores descritos de acuerdo a la invención o fragmentos de los mismos pueden ser usados para seleccionar o separar bibliotecas peptídicas incluyendo bibliotecas presentadoras de fagos, para identificar y seleccionar parejas de unión de péptidos de los antígenos asociados con un tumor. Esas moléculas pueden ser usadas, por ejemplo, para ensayos de selección, protocolos de purificación, por interferencia con la función del antígeno asociado con un tumor y para otros propósitos conocidos por aquellos expertos en la técnica. Los anticuerpos descritos anteriormente y otras moléculas de unión pueden ser usados, por ejemplo, para identificar tejido que exprese un antígeno asociado con un tumor. Los anticuerpos también pueden ser acoplados a sustancias de diagnóstico específicas para ser las presentadoras y tejidos que expresan antígenos asociádos con tumores. Ellos también pueden ser acoplados a sustancias terapéuticamente útiles. Las sustancias de diagnóstico comprenden, en una forma no limitante, sulfato de bario, ácido iocetámico, ácido iopanoico, ipodato de calcio, diatrizoato de sodio, diatrizoato de meglumina, metrizamida, tiopanoato de sodio y diagnósticos de radio, incluyendo emisores de positrones como el flúor- 18 y el carbono-11, emisores gamma como el yodo-123, tecnecio-99m, yodo-131 e indio-111, núclidos para resonancia magnética nuclear, como el flúor y gandolinio. De acuerdo a la invención, el término "sustancia terapéuticamente útil" significa cualquier molécula terapéutica la cual, cuando se desee, sea guiada selectivamente a una célula que exprese uno o más antígenos asociados con tumores, incluyendo agentes anticáncer, compuestos marcados con yodo radioactivo, toxinas, fármacos citostáticos y citolíticos, etc, los agentes anticáncer comprenden, por ejemplo, aminoglutetimida, azatioprina, sulfato de bleomicina, busulfan, carmustina, clorambucil, cisplatina, ciclofosfoamida, ciclosporina, citarabidina, dicarbazina, dactinomicina, daunorrubina, doxorrubicina, taxol, etoposido, fluorouracilo, interferón , lomustina, mercaptopurina, metotrexato, mitotano, procarbacina HCl, tioguanina, sulfato de vinblastina y sulfato de vincristina. Otros agentes anticáncer son descritos, por ejemplo, en Goodman and Gilman, "The Pharmacological Basis of Therapeutics" , 8ava Edición, 1990, McGraw-Hill , Inc., en particular Capítulo 52 (Agentes Antineoplásicos (Paul Calabresi y Bruce A. Chabner) . Las toxinas pueden ser proteínas como proteína antiviral de fitolaca, toxina del cólera, toxina pertussis, ricina, gelonina, abrina, exotoxina de la difteria o exotoxina de Pseudomonas. Los residuos de toxina también pueden ser radionúclidos emisores de energía como el cobalto 60. El término "paciente" significa de acuerdo a la invención un ser humano, primate no humano u otro animal, en particular un mamífero como una vaca, caballo, cerdo, oveja, cabra, perro, gato o un roedor como un ratón y rata. En una modalidad particularmente preferida, el paciente es un ser humano . De acuerdo a la invención, el término "enfermedad" se refiere a cualquier estado patológico en el cual sean expresados o expresados de manera anormal antígenos asociados con un tumor. "Expresión anormal" significa de acuerdo a la invención que la expresión está alterada, preferiblemente incrementada en comparación con el estado en un individuo sano. Un incremento en la expresión se refiere a un incremento en al menos 10%, en particular en al menos el 20%, al menos 50% o al menos 100%. En una modalidad, el antígeno asociado con el tumor es expresado únicamente en el tejido de un individuo enfermo, mientras que la expresión en un individuo sano es reprimida. Un ejemplo de esa enfermedad es el cáncer, en particular seminomas, melanomas, teratomas, gliomas, cáncer colorrectal, cáncer de mama, cáncer de próstata, cáncer del útero, cáncer de ovario y cáncer de pulmón . De acuerdo a la invención, una muestra biológica · puede ser una muestra de tejido y/o una muestra celular y puede ser obtenida de manera convencional, como por biopsia de tejido, incluyendo biopsia de punción, y tomando sangre, aspirado bronquial, orina, heces u otros fluidos corporales, para usarse en los diferentes métodos descritos aquí. De acuerdo a la invención, el término "célula inmunorreac iva" significa una célula la cual puede madurar en una célula inmune (como una célula B, célula T auxiliar, o célula T citolítica) con estimulación adecuada. Las células inmunorreactivas comprenden células no diferenciales hematopoyéticas CD34+, células T inmaduras y maduras y células B inmaduras y maduras. Si se desea la producción de células citolíticas o T auxiliares que reconozcan un antígeno asociado con un tumor, la célula inmunorreactiva es puesta en contacto con una célula que exprese un antígeno asociado con un tumor bajo condiciones que favorezcan la producción, diferenciación y/o selección de las células T citolíticas y las células T auxiliares. Las diferenciación de precursores de células T en una célula T citolítica, cuando se expone a un antígeno, es similar a una selección clonal del sistema inmune . Algunos métodos terapéuticos se basan en una reacción del sistema inmune de un paciente, lo cual da como resultado una lisis de las células presentadoras de antígeno como células cancerosas las cuales presentan uno o más antígenos asociados con tumores. En relación con esto, por ejemplo son administrados linfocitos T citotóxicos autólogos específicos para un complejo de un antígeno asociado con un tumor y una molécula de MHC a un paciente que tenga una anormalidad celular. La producción de esos linfocitos T citotóxicos in vitro es conocida. Un ejemplo de un método para diferenciar células T puede encontrarse en la WO-A-9633265. De manera general, se toma una muestra que contenga células como células sanguíneas del paciente y las células son puestas en contacto con una célula que presente el complejo y que pueda causar la propagación de los linfocitos T citotóxicos (por ejemplo células dendríticas) . La célula objetivo puede ser una célula transfectada como una célula COS. Esas células transíectadas presentan el complejo deseado sobre su superficie, y cuando son puestas en contacto con linfocitos T citotóxicos, estimulan la propagación de los últimos. Los linfocitos T citotóxicos autólogos expandidos de manera clonal son entonces administrados al paciente. En otro método de selección de linfocitos T citotóxicos específicos de un antígeno, son usados tetrámeros fluorogénicos de complejos de molécula de MHC de la clase I/péptido para detectar clonas específicas de linfocitos T citotóxicos (Altman et al., Science 274:94-96, 1996; Dunbar et al., Curr. Biol . 8:413-416, 1998). Las moléculas MHC de la clase I solubles se encuentran plegadas in vitro en presencia de ß2 microglobulina y un antígeno peptídico que se une a la molécula de la clase I. Los complejos de MHC/péptidos son purificados y entonces marcados con biotina. Los tetrámeros son formados mezclando los complejos de péptido-MHC biotinilados con avidina marcada (por ejemplo ficoeritrina) en una relación molar de 4:1. Los tetrámeros son entonces puestos en contacto con linfocitos T citotóxicos como sangre periférica o nodos linfáticos. Los tetrámeros se unen a los linfocitos T citotóxicos los cuales reconocen el complejo de antígeno peptídico/MHC de la clase I. Las células que se unen a los tetrámeros pueden ser clasificadas por clasificación celular controlada por fluorescencia para aislar los linfocitos T citotóxicos reactivos. Los linfocitos T citotóxicos aislados pueden entonces ser propagados in vi tro. En un método terapéutico referido como transferencia adoptiva (Greenberg, J". Inmuno1. 136(5) :1917, 1986; Riddel et al., Science 257:238, 1992; Lynch et al., Eur. J. Immunol. 21:1403-1410, 1991; Kast et al., Cell 59:603-614, 1989), las células que presentan el complejo deseado (por ejemplo células dendríticas) son combinadas con linfocitos T citotóxicos del paciente a ser tratado, dando como resultado la propagación de linfocitos T citotóxicos específicos. Los linfocitos T citotóxicos propagados son entonces administrados a un paciente que tiene una anomalía celular caracterizada por células anormales particulares que presentan el complejo específico. Los linfocitos T citotóxicos lisan entonces las células anormales, logrando por lo tanto un efecto terapéutico deseado. Con frecuencia, el repertorio de células T del paciente, solo las células T con baja afinidad de un complejo específico de este tipo pueden ser propagadas, puesto que aquellas con alta afinidad se han extinguido debido al desarrollo de tolerancia. Una alternativa aquí puede ser una transferencia del receptor de la célula T en sí. Para esto también, las células que presentan el complejo deseado (por ejemplo células dendríticas) son combinadas con linfocitos T citotóxicos de individuos sanos. Esto da como resultado la propagación de linfocitos T citotóxicos específicos de alta afinidad si el donador no ha tenido contacto previo con el complejo específico. El receptor de célula T de alta afinidad de esos linfocitos T específicos propagados es clonado y puede ser transducido vía transferencia genética, por ejemplo usando vectores retrovirales , en células T de otros pacientes, según se desee. La transferencia adoptiva se lleva a cabo entonces usando esos linfocitos T alterados genéticamente (Stanislawski et al., Nat Immunol . 2:962-70, 2001; Kessels et al., Nat Immunol. 2:957-61, 2001). Los aspectos terapéuticos anteriores parten del hecho de que al menos algunas de las células anormales del paciente presentan un complejo de un antígeno asociado con un tumor y una molécula de HLA. Esas células pueden ser identificadas en una forma conocida per se. Tan pronto como las células que presenten el complejo hayan sido identificadas, ellas pueden ser combinadas con una muestra del paciente, que contenga linfocitos T citotóxicos. Los linfocitos T citotóxicos lisan las células que presentan el complejo, puede asumirse que está presente un antígeno asociado con un tumor. La transferencia adoptiva no es la única forma de terapia que puede ser aplicada de acuerdo a la invención. Los linfocitos T citotóxicos también pueden ser generados in vivo en una forma conocida per se. Un método usa células no proliferativas que expresan el complejo. Las células usadas aquí serán aquellas que usualmente expresan el complejo, como células tumorales irradiadas o células transíectadas con uno o ambos genes necesarios para la presentación del complejo (es decir, el péptido antigénico y la presentación de la molécula de HLA) . Pueden ser usados varios tipos de células. Además, es posible usar vectores que contengan uno o ambos de los genes de interés. Se da preferencia particular a vectores virales o bacterianos. Por ejemplo, los ácidos nucleicos que codifican para un antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo pueden ser ligados funcionalmente a secuencias promotoras o me oradoras que controlan la expresión del antígeno asociado con un tumor o un fragmento del mismo en tejidos o tipos de células particulares. El ácido nucleico puede ser incorporado en un vector de expresión. Los vectores de expresión pueden ser ácidos nucleicos extracromosomales no modificados, plásmidos o genomas virales en los cuales pueden ser insertados ácidos nucleicos exógenos . Los ácidos nucleicos que codifican para un antígeno asociado con un tumor también pueden ser insertados en un genoma retroviral, permitiendo por lo tanto que el ácido nucleico sea integrado en el genoma del tejido objetivo con célula objetivo. En esos sistemas, un microorganismo como un vaccinia virus, virus de la viruela, virus del Herpes simple, retrovirus o adenovirus contiene el gen de interés y de facto "infecta" a las células anfitrionas. Otra forma preferida es la introducción del antígeno asociado con un tumor en forma de ARN recombinante el cual puede ser introducido en las células por transferencia liposomal o por electroporación, por ejemplo. Las células resultantes presentan el complejo de interés y son reconocidas por linfocitos T citotóxicos autólogos los cuales entonces se propagan. Un efecto similar puede ser logrado combinando el antígeno asociado con un tumor o un fragmento del mismo con un adyuvante para hacer posible la incorporación en células presentadoras de antígenos in vivo. El antígeno asociado con un tumor o fragmento del mismo puede ser representado como proteína, como ADN (por ejemplo dentro de un vector) o como ARN. El antígeno asociado con un tumor es procesado para producir una pareja peptídica para la molécula de HLA, mientras que un fragmento del mismo puede ser presentado sin la necesidad de procesamiento adicional. El último es el caso en particular, si esos pueden unirse a moléculas de HLA. Se da preferencia a la administración de formas en las cuales el antígeno completo es procesado in vivo por una célula dendrítica, puesto que esto también puede producir respuestas de células T auxiliares, las cuales son necesarias para una respuesta inmune efectiva (Ossendorp et al., Immunol Lett. 74:75-9, 2000; Ossendorp et al., J. Exp. Med. 187:693-702, 1998). En general, es posible administrar una cantidad efectiva del antígeno asociado con un tumor a un paciente por inyección intradérmica, por ejemplo. Sin embargo, la inyección también puede ser llevada a cabo intranodalmente en un nodo linfático (Maloy et al., Proc Nati Acad Sci USA 98:3299-303, 2001). Esto también puede llevarse a cabo en combinación con reactivos que faciliten la absorción hacia las células dendríticas. Los antígenos asociados con un tumor preferidos in vivo comprenden aquellos que reaccionan con antisuero de cáncer alogénico o con células T de muchos pacientes con cáncer. De interés particular, sin embargo, son aquellos contra los cuales no preexisten respuestas inmunes espontáneas. Evidentemente, es posible inducir respuestas inmunes contra esos que puedan lisar tumores (Keogh et al., J. I munol. 167:787-96, 2001; Appella et al . , Bio ed Pept Proteins Nucleic Acids 1:177-84, 1995; Wentworth et al . , Mol Immunol. 32:603-12, 1995). Las composiciones farmacéuticas descritas de acuerdo a la invención también pueden ser usadas como vacunas para inmunización. De acuerdo a la invención, los términos "inmunización" y "vacunación" significan un incremento en o activación de una respuesta inmune a un antígeno. Es posible usar modelos animales para probar un efecto inmunizante sobre el cáncer usando un antígeno asociado con un tumor o un ácido nucleico que codifique para el mismo. Por ejemplo, pueden ser introducidas células de cáncer humano en un ratón para generar un tumor, y pueden ser administrados uno o más ácidos nucleicos que codifiquen para antígenos asociados con tumores. El efecto sobre las células cancerosas (por ejemplo reducción en el tamaño del tumor) puede ser medido como una medida de la efectividad de la inmunización por el ácido nucleico. Además de la composición para una inmunización, se administran uno o más antígenos asociados con tumores o fragmentos estimulantes de los mismos junto con uno o más adyuvantes para inducir una respuesta inmune o para incrementar una respuesta inmune . Un adyuvante es una sustancia la cual es incorporada en el antígeno o administrada junto con este último y que mejora la respuesta inmune. Los adyuvantes pueden mejorar la respuesta inmune proporcionando el reservorio de antígenos (extracelularmente o en macrófagos) , activando los macrófagos y estimulando los linfocitos particulares. Los adyuvantes son conocidos y comprenden, en una forma no limitante, monofosforil lípido A (MPL, SmithKline Beecham) , saponinas como la QS21 (SmithKline Beecham) , DQS21 (SmithKline Beecham; WO 96/33739), QS7, QS17, QS18, y QS-L1 (So et al., Mol. Cells 7:178-186, 1997), adyuvante de Freund incompleto, adyuvante de Freund completo, vitamina E, montanida, alumbre, oligonucleótidos de CpG (véase Kreig et al., Nature 374:546-9, 1995) y varias emulsiones agua en aceite preparadas a partir de aceites degradables biológicamente como el escualeno y/o tocoferol . Preferiblemente, los péptidos son administrados en una mezcla con DQS21/MPL. La relación de DQS21 a MPL es de manera típica, de aproximadamente 1:10 a 10:1, de manera preferible, de aproximadamente 1:5 a 5:1 y en particular de aproximadamente 1:1. Para la administración a humanos, una formulación de vacuna típicamente contiene DQS21 y MPL en un intervalo de aproximadamente 1 µg hasta aproximadamente 100 También pueden ser administradas otras sustancias que estimulen una respuesta inmune del paciente. Es posible, por ejemplo, usar citocinas en una vacunación, debido a sus propiedades reguladoras sobre los linfocitos. Esas citocinas comprenden, por ejemplo, interleucina 12 (IL-12) la cual demostró incrementar las acciones protectoras de las vacunas (véase Science 268:1432-1434, 1995), G -CSF e IL-18. Existen numerosos compuestos los cuales mejoran una respuesta inmune y que por lo tanto pueden ser usados en una vacunación. Los compuestos comprenden moléculas coestimulantes proporcionados en forma de proteínas o ácidos nucleicos. Los ejemplos de esas moléculas coestimulantes son B7-1 y B7-2 (CD80 y CD86, respectivamente) las cuales son expresadas sobre células dendríticas (DC) e interactúan con la molécula CD28 expresada sobre las células T. esta interacción proporciona una coestimulación (señal 2) para una célula T estimulada por antígeno/MHC/TCR (señal 1) , mejorando por lo tanto la propagación de la célula T y la función efectora. B7 también interactúa con CTLA4 (CD152) sobre las células T, y estudios que implican a los ligandos CTLA4 B7 demuestran que la interacción B7-CTLA4 puede mejorar la inmunidad antitumoral y propagación de CTL (Zheng, P. et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 95 (11) : 6284-6289 (1998)). B7 típicamente no se expresa sobre células tumorales, de modo que esas no son células presentadoras de antígenos efectivas (APC) para las células T. La inducción de la expresión de B7 permitiría que las células tumorales estimulen más efectivamente la propagación de linfocitos T citotóxicos y una función efectora. La coestimulación por una combinación de B7/IL-6/IL-12 reveló la inducción del perfil de IFN-gamma y Thl-citocina en una población de células T, dando como resultado una actividad de célula T aún mejor (Gajewski et al., J. Immunol . 154:5637-5648 (1995)) . Una activación completa de los linfocitos T citotóxicos y una función efectora completa requiere la implicación de las células T auxiliares vía la interacción entre el ligando CD40 sobre las células T auxiliares y la molécula CD40 expresada por células dendríticas (Ridge et al., Nature 393:474 (1998), Bennett et al., Nature 393:478 (1998), Schónberger et al., Nature 393:480 (1998)) . El mecanismo de esta señal de coestimulación probablemente se relaciona con el incremento en la producción de B7 y la producción de IL-6/IL-12 asociada por las células dendríticas (células presentadoras de antígeno) . La interacción CD40-CD40L complementa de este modo la interacción de la señal 1 (antígeno/MHC-TCR) y la señal 2 (B7-CD28) . Se esperaría que el uso de anticuerpos anti-CD40 para estimular células dendríticas mejore directamente una respuesta a antígenos tumorales que usualmente están fuera del alcance de una respuesta inflamatoria o que son presentados por células presentadoras de antígenos no profesionales (células tumorales) . En esas situaciones, no son proporcionadas señales coestimulantes de T auxiliares y B7. Este mecanismo podría ser usado en relación con terapias basadas en células dendríticas impulsadas con antígeno o en situaciones en las cuales no han sido definidos epítopes de T auxiliares en precursores de TRA conocidos. La invención también proporciona la administración de ácidos nucleicos, polipéptidos o péptidos. Los polipéptidos y péptidos pueden ser administrados en una forma conocida per se. En una modalidad, los ácidos nucleicos son administrados por métodos ex vivo, es decir removiendo células de un paciente, modificación genética de las células para incorporar un antígeno asociado con un tumor y reintroducción de las células alteradas en el paciente. Esto generalmente comprende introducir una copia funcional de un gen en las células de un paciente in vitro y reintroducir las células alteradas genéticamente en el paciente. La copia funcional del gen está bajo el control funcional de los elementos reguladores los cuales permiten al gen ser expresado en las células alteradas genéticamente. Los métodos de transfección y transducción son conocidos por los expertos . La invención también proporciona la administración de ácidos nucleicos in vivo usando vectores como virus y liposomas controlados por el objetivo. En una modalidad preferida, se selecciona un vector viral para administrar un ácido nucleico que codifique para un antígeno asociado con un tumor del grupo que consiste de adenovirus, virus adenoasociados , virus de la viruela, incluyendo vaccinia virus y virus de la viruela atenuados, virus Semliki Forest, retrovirus, virus de Sindbis y partículas similares al virus de Ty. Se da preferencia particular a los adenovirus y retrovirus. Los retrovirus son típicamente deficientes en la replicación (es decir que son incapaces de generar partículas infecciosas) . Pueden ser usados varios métodos para introducir, de acuerdo a la invención, ácidos nucleicos en células in vitro o in vivo. Los métodos de este tipo comprenden la transfección de precipitados de CaP0 de ácidos nucleicos, transfección de ácidos nucleicos asociados con DEAE, transfección o infección con los virus anteriores que contienen los ácidos nucleicos de interés, transfección mediada por liposomas, y similares. En modalidades particulares, se da preferencia a dirigir el ácido nucleico a células particulares. En esas modalidades, un vehículo usado para administrar un ácido nucleico a una célula (por ejemplo un retrovirus o un liposoma) puede tener una molécula de control objetivo unida. Por ejemplo, una molécula como un anticuerpo específico para una proteína de la membrana superficial sobre la célula objetivo o un ligando para un receptor sobre la célula . objetivo puede ser incorporado o unido al portador de ácido nucleico. Los anticuerpos preferidos comprenden anticuerpos los cuales se unen selectivamente a un antígeno asociado con un tumor. Si se desea la administración de un ácido nucleico vía liposomas, pueden ser incorporadas proteínas que se unan a una proteína de membrana superficial asociada con la endocitosis en la formulación liposómica para producir un control objetivo y/o posible absorción. Esas proteínas comprenden proteínas de la cápsula o fragmentos de las mismas las cuales son específicas para un tipo de célula particular, anticuerpos para proteínas que sean internalizados, proteínas que dirijan un sitio intracelular, y similares. Las composiciones terapéuticas de la invención pueden ser administradas en preparaciones farmacéuticamente compatibles. Esas preparaciones pueden contener usualmente concentraciones farmacéuticamente compatibles de sales, sustancias amortiguadoras, preservati os, vehículos, sustancias que mejoren la inmunidad suplementaria como adyuvantes, CpG y citocinas y, donde sea apropiado, otros compuestos terapéuticamente activos. Los compuestos terapéuticamente activos de la invención pueden ser administrados vía cualquier ruta convencional, incluyendo por inyección o infusión. La administración puede ser llevada a cabo, por ejemplo, oralmente, intravenosamente, intraperitonealmente, intramuscularmente , subcutáneamente o transdérmicamente . Preferiblemente, los anticuerpos son administrados terapéuticamente por medio de un aerosol pulmonar. Los ácidos nucleicos antisentido son administrados preferiblemente por administración intravenosa lenta. Las composiciones de la invención son administradas en cantidades efectivas. Una "cantidad efectiva" se refiere a la cantidad que alcanza una reacción deseada o un efecto deseado sola o junto con dosis adicionales. En el caso del tratamiento de una enfermedad particular o de una condición particular caracterizada por la expresión de uno o más antígenos asociados con un tumor, la reacción deseada se relaciona con la inhibición del curso de la enfermedad. Esto comprende desacelerar el progreso de la enfermedad y, en particular, interrumpir el progreso de la enfermedad. la reacción deseada en un tratamiento de una enfermedad o de una condición también puede ser el retraso de la aparición o prevención de la aparición de la enfermedad o la condición. Una cantidad efectiva de una composición de la invención dependerá de la condición a ser tratada, la severidad de la enfermedad, los parámetros individuales del paciente, incluyendo la edad, condición fisiológica, talla y peso, la duración del tratamiento, el tipo de terapia acompañante (si está presente) , la ruta específica de administración y factores similares. Las composiciones farmacéuticas de la invención son preferiblemente estériles y contienen una cantidad efectiva de la sustancia terapéuticamente activa para generar la reacción deseada o el efecto deseado. La dosis administrada de las composiciones de la invención pueden depender de varios parámetros como tipo de administración, la condición del paciente, el periodo de administración deseado, etc. En el caso de que una reacción en el paciente sea insuficiente con una dosis inicial, pueden ser usadas dosis más altas (o dosis efectivamente mayores logradas por una ruta de administración más localizada, diferente) . Generalmente, son formuladas y administradas dosis del antígeno asociado con un -tumor de 1 ng a 1 mg, preferiblemente de .10 ng a 100 µg, para un tratamiento o para generar o incrementar una respuesta inmune. Si se desea la administración de ácidos nucleicos (ADN y ARN) que codifican para antígenos asociados con tumores, se formulan y administran dosis de 1 ng a 0.1 mg. Las composiciones farmacéuticas de la invención son administradas generalmente en cantidades farmacéuticamente compatibles y en composiciones farmacéuticamente compatibles. El término "farmacéuticamente compatible" se refiere a un material no tóxico el cual no interactúa con la acción del componente activo de la composición farmacéutica. Las preparaciones de este tipo pueden contener usualmente sales, sustancias amortiguadoras, preservativos, portadores y, donde sea apropiado, otros compuestos terapéuticamente activos.

Cuando se usa en medicina, las sales deben ser farmacéuticamente compatibles. Sin embargo, pueden ser usadas sales que no sean farmacéuticamente compatibles para preparar sales farmacéuticamente compatibles y están incluidas en la invención. Las sales farmacológica y farmacéuticamente compatibles de este tipo comprenden un sentido no limitante -a aquellas preparadas a partir de los siguientes ácidos: ácido clorhídrico, bromhídrico, sulfúrico, nítrico, fosfórico, maleico, acético, salicílico, cítrico, fórmico, malónico, succínico, y similares. Las sales farmacéuticamente compatibles también pueden ser preparadas como sales de metal alcalino o sales de metal alcalinotérreo, como sales de sodio, sales de potasio o sales de calcio. Una composición farmacéutica de la invención puede comprender un vehículo farmacéuticamente compatible. De acuerdo a la invención, el término "vehículo farmacéuticamente compatible" se refiere a una o más cargas, diluentes o sustancias encapsulantes sólidas o líquidas compatibles, que sean adecuadas para la administración a humanos. El término "vehículo" se refiere a un componente orgánico o inorgánico, de naturaleza natural o sintética, en el cual el componente activo se combina para facilitar la aplicación. Los componentes de la composición farmacéutica de la invención son usualmente tales que no ocurre interacción que dañe sustancialmente la eficacia farmacéutica deseada.

Las composiciones farmacéuticas de la invención pueden contener sustancias amortiguadoras adecuadas como ácido acético en una sal, ácido cítrico en una sal, ácido bórico en una sal y ácido fosfórico en una sal. Las composiciones farmacéuticas pueden, donde sea apropiado, también contener preservativos adecuados como cloruro de benzalconio, clorobutanol , parabeno y timerosal. Las composiciones farmacéuticas usualmente son proporcionadas en una forma de dosificación uniforme y pueden ser preparadas en una forma conocida per se. Las composiciones farmacéuticas de la invención pueden estar en forma de cápsulas, tabletas, grageas, suspensiones, jarabes, líquidos o en forma de una emulsión, por ejemplo. Las composiciones adecuadas para una administración parenteral usualmente comprenden una preparación acuosa o no acuosa estéril del compuesto activo, la cual es preferiblemente isotónica para la sangre del receptor. Los ejemplos de vehículos y solventes compatibles son la solución de Ringer y soluciones de cloruro de sodio isotónica. Además, usualmente son usados aceites fijos, estériles como medios de solución o suspensión. La presente invención es descrita en detalle por las figuras y ejemplos siguientes, los cuales son usados únicamente para propósitos de ilustración y no significa que sean limitantes. Debido a la descripción de los ejemplos, las modalidades adicionales que están incluidas de igual modo en la invención están accesibles a los expertos.

Figuras : Figura 1: Representación esquemática de la clonación de eCT. La estrategia comprende identificar genes candidatos (GOI= "Genes de interés") en bases de datos y probar esos genes por medio de RT-PCR. Figura 2: Empalme de LDH C. Los eventos de empalme alternativos dan como resultado la ausencia del exón 3 (SEQ ID NO: 2), de los dos exones 3 y 4 (SEQ ID NO: 3), de los exones 3, 6 y 7 (SEQ ID NO: 4) y del exón 7 (SEQ ID NO: 5) . ORF = marco de lectura abierta, aa = aminoácido. Figura 3: Alineación de proteínas LDH-C posibles. Las SEQ ID NO: 8 y SEQ ID NO: 10 son porciones truncadas de la proteína prototipo (SEQ ID NO: 6) . Las secuencias de proteína de las SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12 y SEQ ID NO: 13 son alteradas adicionalmente y contienen únicamente epítopes específicos de tumor (impresos en negritas). El centro catalítico está enmarcado. Figura 4: Cuantificación de LDH C en varios tejidos por medio de PCR en tiempo real. Los transcriptos no fueron detectados en tejidos normales diferentes a los de testículo, pero se detectaron niveles de expresión significativos en tumores.

Figura 5: Composición de ??d? de las variantes de TPTE. De acuerdo a la invención, se identificaron las variantes de empalme (SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57) las cuales son expresadas en tejidos testiculares y en tumores y las cuales tienen marcos desviados y de este modo regiones de la secuencia alteradas. Figura 6: Alineación de posibles proteínas TPTE. Los eventos de empalme alternativo dan como resultado alteraciones de las proteínas codificadas, con el marco de lectura siendo retenido en principio. Los dominios transmembranales putativos están impresos en negritas, el dominio catalítico está enmarcado. Figura 7 : Alineación de variantes de TSBP a nivel nucleotídico . Las diferencias de las secuencias nucleotídicas de las variantes de TSBP encontradas de acuerdo a la invención (SEQ ID NO : 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33) en relación a la secuencia conocida (NM_006781, SEQ ID NO: 29) están impresas en negritas. Figura 8: Alineación de variantes de TSBP a nivel de proteína. Las proteínas codificadas por las variantes de TSBP encontradas de acuerdo a la invención (SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36), las desviaciones del cuadro causan diferencias sustanciales con relación a la proteína anteriormente descrita (SEQ ID NO: 30, NM_006781) y están indicadas en negritas. Figura 9: RT_PCR para MS4A12. La expresión fue detectada en los tejidos probados únicamente en carcinomas de testículo, colon y colorrectal (ca de colon) . En una de seis muestras de tejido hepático mostradas se llevó a cabo una detección positiva por MS4A12, puesto que esta muestra había sido infiltrada por una metástasis de carcinoma de colon. Estudios posteriores también demostraron una expresión distinta en la metástasis de carcinoma de colon. Figura 10: RT-PCR para BRCOl. BRCOl se expresó de manera distinta en tumores de mama en comparación con la expresión en tejido glandular mamario normal. Figura 11: RT-PCR para MORC, TPX1, LDHC, SGY-1. Un estudio de varios tejidos normales revela únicamente la expresión en testículo (1 piel, 2 intestino delgado, 3 colon, 4 hígado, 5 pulmón, 6 estómago, 7 mama, 8 riñon, 9 ovario, 10 próstata, 11 tiroide, 12 leucocitos, 13 timo, 14 control negativo, 15 testículos). El examen de los tumores (1-17 tumores de pulmón, 18-29 melanomas, 30 controles negativos, 31 testículos) reveló la expresión ectópica en los tumores con diferentes frecuencias para el eCT individual. Figura 12: Localización mitocondrial de LDHC en la línea celular de cáncer de mama CF-7. Las células MCF-7 fueron transíectadas transitoriamente con un plásmido de expresión de LDHC. El antígeno fue detectado con anticuerpos específicos de LDHC y mostró una colocalización distinta con la enzima citocromo C-oxidasa de la cadena respiratoria mitocondrial . Figura 13 : Topología predicha de TPTE y localización subcelular sobre la superficie celular de células MCF-7. El diagrama del lado izquierdo describe los 4 dominios transmembranales de TPTE putativos (flechas) . Las células MCF-7 fueron transíectadas transitoriamente con un plásmido de expresión de TPTE. El antígeno fue detectado usando anticuerpos específicos de TPTE y mostró una colocalización distinta con moléculas de MHC I localizadas sobre la superficie celular. Figura 14: Localización de S4A12 sobre la membrana celular. Las células tumorales fueron transíectadas transitoriamente con un plásmido recombinante de MS4A12 marcado con GFP y mostraron una colocalización completa con marcadores de la membrana plasmática en microscopía de inmunofluorescencia confocal.

Ejemplos: Materiales y métodos Los términos "in silico" , "electrónico" y "clonación virtual" se refieren únicamente a la utilización de los métodos basados en bases de datos, los cuales también pueden ser usados para simular procesos experimentales de laboratorio. A menos que se defina expresamente otra cosa, todos los términos y expresiones son usados como son comprendidos por los expertos. Las técnicas y métodos mencionados son llevados a cabo en una forma conocida per se y son descritos, por ejemplo en Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Press, 2da Edición (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. Todos los métodos incluyendo el uso de equipos y reactivos son llevados a cabo de acuerdo a la información de los fabricantes.

Estrategia basada en la búsqueda de datos para determinar eCT (genes de cáncer clonado electrónicamente/testículos) Se combinaron dos estrategias in silico, es decir la búsqueda de palabras clave en GenBank y en el cDNAxProfiler, (Figura 1) . Usando el Sistema de Búsqueda y Recuperación NCBI ENTREZ (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez), se llevó a cabo una búsqueda en GenBank de genes candidatos anotados como son específicamente expresados en tejido testicular ( heeler et al., Nucleic Acids Research 28:10-14, 2000). Llevando a cabo . preguntas con las palabras clave "gen específico de testículo", "gen específico de esperma", "gen específico de espermatogonia" , se extrajeron los genes candidatos (GOI, genes de interés) de la base de datos. La búsqueda se restringió a parte de la información total de esas bases de datos usando los límites "homo sapiens" , para el organismo, y "ARNm" para el tipo de molécula. La lista de los GOI encontrada fue curada para determinar los diferentes nombres para la misma secuencia y eliminando esas redundancias. Todos los genes candidatos obtenidos por la búsqueda de palabras clave fueron a su vez estudiados con respecto a su distribución tisular por el método "Northern electrónico" (eNorthen) . El eNorthern se basa en la alineación de la secuencia de un GOI con una base de datos de EST (marca de secuencia expresada) (Adams et al., Science 252:1651, 1991), (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST). El origen tisular de cada EST que se encuentre sea homólogo al GOI puede ser determinado y de esta manera la suma de todas las EST produce una evaluación preliminar de la distribución tisular de GOI. Se llevaron a cabo estudios adicionales únicamente con aquellos GOI que no tuvieron homologías con EST de tejidos normales no testiculares con la excepción del tejido placentario y fetal. Esta evaluación también tomo en cuenta que el dominio público contiene bibliotecas de ADNc anotadas erróneamente (Scheurle et al., Cáncer J?es . 60:4037-4043, 2000) (www.fau.edu/cmbb/publications/cancergenes6.htm). El segundo método de búsqueda de datos utilizado fue el cDNA xProfiler del Proyecto de Anatomía del Genoma del Cáncer NCBI (http://cgap.nci.nih.gov/Tissues/xProfiler) (Hillier et al., Genome Research 6:807-828, 1996; Pennisi, Science 276:1023-1024, 1997) . Esto permite agrupar los transcriptomas depositados en bases de datos relacionados entre sí por operadores lógicos. Nosotros hemos definido un grupo A al cual todas las bibliotecas de expresión preparadas de testículos fueron asignadas, excluyendo bibliotecas mezcladas. Todas las bibliotecas de ADNc preparadas de tejidos normales diferentes a los tejidos de testículo, ovario o fetal fueron asignadas al grupo B. De manera general, todas las bibliotecas de ADNc fueron utilizadas independientemente de los métodos de preparación subyacentes, pero únicamente aquellos con un tamaño de > 1000 fueron admitidas. El grupo B fue sustraído digitalmente del grupo A por medio del operador BUT NOT. El conjunto de GOI encontrado de esta manera también fue sometido a estudios eNorthern y validado por una investigación en la literatura. Esta búsqueda de datos combinada incluye todos los aproximadamente 13 000 genes de longitud completa en el dominio público y predice de esos genes un total de 140 genes que tienen potencial de expresión específica en testículos. Entre los últimos hubo 25 genes previamente conocidos de la clase del gen CT, subrayando la eficiencia de nuestra estrategia.

Todos los otros genes fueron evaluados primero en tejidos normales por medio de una RT-PCR específica. Todo el GOI que se había probado es expresado en tejidos normales no testiculares y no fue considerado como falsos positivos y fueron excluidos de estudios adicionales. Los restantes fueron estudiados en un panel grande de una amplia variedad de tejidos tumorales. Los antígenos descritos más adelante probaron aquí ser activados ectópicamente en células tumorales .

Extracción de ARN, preparación de ADNc cebado con poli-d(T) y análisis por RT-PCR Se extrajo el ARN total de material tisular nativo usando isotiocianato de guanidinio como agente caotrópico (Chomczynski & Sacchi, Anal. Biochem. 162:156-9, 1987). Después de la extracción con fenol ácido y la precipitación con isopropanol, el ARN fue disuelto en agua tratada con DEPC. La síntesis de la primera hebra de ADNc de 2-4 g de ARN total se llevó a cabo en una mezcla de reacción de 20. µ? por medio de Superscript II (Invitrogen) , de acuerdo a la información del fabricante. El cebador usado fue un oligonucleótido dT(18). La integridad y calidad del ADNc fueron verificadas por la amplificación de p53 en una PCR de 30 ciclos (CGTGAGCGCTTCGAGATGTTCCG sentido, CCTAACCAGCTGCCCAACTGTAG antisentido, temperatura de hibridación de 67°C) . Se preparó un archivo de la primera hebra de ADNc a partir de un número de tejidos normales y entidades tumorales. Para estudios de expresión, se amplificaron 0.5 µ? de esos ADNc en una mezcla de reacción de 30 µ? , usando cebadores específicos de GOI (véase más adelante) y 1 U de ADN polimerasa HotStarTaq (Qiagen) . Cada mezcla de reacción contenía dNTP 0.3 m , 0.3- µ? de cada cebador y 3 µ? de 10 x amortiguador de reacción. Los cebadores fueron seleccionados de modo que se localizaran en los exones diferentes, y la eliminación de la interferencia por ADN genómico contaminante como razón de resultados falsos positivos fue confirmada probando el ADN transcrito de manera no inversa como patrón. Después de 15 minutos a 95°C para activar la ADN polimerasa HotStarTaq, se llevaron a cabo 35 ciclos de PCR (1 min a 94°C, 1 min a la temperatura de hibridación particular, 2 min a 72 °C y alargamiento final a 72°C durante 6 min) . Se fraccionaron y analizaron 20 µ? de esta reacción sobre un gel de agarosa teñido con bromuro de etidio. Se usaron los siguientes cebadores para el análisis de expresión de los antígenos correspondientes a la temperatura de hibridación indicada. LDH-C (67°C) TGCCGTAGGCATGGCTTGTGC sentido, CAACATCTGAGACACCATTCC antisentido PTE (64°C) TGGATGTCACTCTCATCCTTG sentido, CCATAGTTCCTGTTCTATCTG antisentido TSBP (63°C) TCTAGCACTGTCTCGATCAAG sentido, TGTCCTCTTGGTACATCTGAC antisen ido MS4A12 (66°C) CTGTGTCAGCATCCAAGGAGC sentido, TTCACCTTTGCCAGCATGTAG antisentido BRC01 (60°C) CTTGCTCTGAGTCATCAGATG sentido, CACAGAATATGAGCCATACAG antisentido TPX1 (65°C) TTTTGTCTATGGTGTAGGACC sentido, GGAATGGCAATGATGTTACAG antisentido Preparación de ADNc cebado con hexámero de manera aleatoria y PCR en tiempo real cuantitativa La expresión de LDHC fue cuantificada por medio de PCR en tiempo real. El principio de la PCR en tiempo real cuantitativa usando el Sistema de Detección de Secuencia ABI PRISM (PE Biosystems, USA) utiliza la actividad de la exonucleasa 5' -3' de la ADN polimerasa Taq para la detección directa y específica de los productos de PCR vía la liberación de tintes indicadores de fluorescencia. Además de los cebadores sentido y antisentido, la PCR emplea una sonda marcada fluorescentemente de manera doble (sonda TaqMan) la cual se híbrida a una secuencia del producto de la PCR. La sonda es marcada 5' con el tinte indicador (por ejemplo FAM) y 3' con un tinte amortiguador (por ejemplo TAMRA) . Si la sonda está intacta, la proximidad espacial del indicador al amortiguador suprime la emisión de la fluorescencia del indicador. Si la sonda se híbrida al producto de la PCR durante la PCR, la sonda es escindida por la actividad de la exonucleasa 5' -3' de la ADN polimerasa Taq y la supresión de la fluorescencia del indicador es removida. El incremento en la fluorescencia del indicador como consecuencia de la amplificación del objetivo, es medido después de cada ciclo de PCR y utilizado para la cuantificación. La expresión del gen objetivo es cuantificada de manera absoluta en relación a la expresión de un gen control con expresión constante de los tejidos a ser estudiados. La expresión de LDHC fue calculada por medio del método ??-Ct (PE Biosystems, EUA) , después de normalizar las muestras a AR 18s como gen "preparatorio". Las reacciones fueron llevadas a cabo en mezclas dúplex y determinadas por duplicado. El ADNc fue sintetizado usando el Equipo de Archivo de ADNc Alta Capacidad (PE Biosystems, EUA) y cebadores hexaméricos de acuerdo a la información del fabricante. En cada caso se usaron 5 µ? de ADNc diluido para la PCR en un volumen total de 25 µ? : cebador sentido (GGTGTCACTTCTGTGCCTTCCT) 300 nM; cebador antisentido (CGGCACCAGTTCCAACAATAG) 300 nM; sonda de TaqMan (CAAAGGTTCTCCAAATGT) 250 nM; cebador sentido de ARN 18s 50 nM; cebador antisentido de ARN 18s 50 nM; muestra de ARN 18s 250 nM; 12.5 µ? de Mezcla Maestra de PCR Universal TaqMan; desnaturalización inicial 95°C (10 min) ; 95°C (15 seg) ; 60°C (1 min) y 40 ciclos. Debido a la amplificación del producto de 128 pb más allá del límite del exón 1 y el exón 2, todas las variantes de empalme de LDHC descritas fueron incluidas en la cuantificación.

Clonación y análisis de secuencia Los genes de longitud completa y los fragmentos de gen fueron clonados por métodos comunes. La secuencia fue determinada amplificando los antígenos correspondientes por medio de polimerasa de complejo de ufp (Stratagene) . Después de completada la PCR, se ligó la adenosina por medio, de ADN polimerasa HotStarTaq a los extremos del amplicón para clonar los fragmentos en el vector TOPO-TA de acuerdo a la información del fabricante. Un servicio comercial llevó a cabo el secuenciamiento . Las secuencias fueron analizadas por medio de algoritmos y programas de predicción comunes.

Ejemplo 1: Identificación de LDH C como un nuevo antígeno tumoral El LDH C (SEQ ID NO: 1) y su producto de traducción (SEQ ID NO: 6) han sido descritos como isoenzima específica de testículo de la familia de la lactato deshidrogenasa . La secuencia ha sido publicada en el GenBank bajo el número de acceso NM_017448. La enzima forma un homotetrámero que tiene un peso molecular de 140 kDa (Goldberg, E. et al., Contraception 64(2):93-8, 2001; Cooker et al., Biol . Reprod. 48 (6) : 1309-19, 1993 ; Gupta, G.S., Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 34 (6) .361-85, 1999). Estudios de RT-PCR para el análisis de expresión usando un par de cebadores ( 5 ' -TGCCGTAGGCATGGCTTGTGC- 3 ' , 5'-CAACATCTGAGACACCATTCC-3 ' ) que no amplifica de manera cruzada las isoenzimas relacionadas y expresadas ubicuamente LDH A y LDH B y que se basa en la secuencia prototipo de LDH C NM_017448 que ha sido previamente descrita como específica de testículo, y confirmó,- de acuerdo a la invención, la ausencia de expresión de todos los tejidos normales probados, pero demostró que la represión transcripcional estricta de este antígeno en células somáticas ha sido removida en el caso de tumores; véase la tabla 1. Como ha sido descrito de manera clásica para genes CT, el LDH C es expresado en un número de entidades tumorales.

Tabla 1. Expresión de LDHC en tumores El tamaño esperado del producto de la amplificación es de 824 pb, usando los cebadores de PCR mencionados anteriormente. De acuerdo a la invención, sin embargo, se observó la amplificación de bandas adicionales múltiples en los tumores, pero no en testículos. Puesto que esto es indicativo de la presencia de variantes de empalme alternativas, se amplificó el marco de lectura abierta completo usando cebadores específicos para LDH-C (5'-TAGCGCCTCAACTGTCGTTGG-3 ' , 5 ' -CAACATCTGAGACACCATTCC-3 ' ) y se secuenciaron clonas de longitud completa independientes. Las alineaciones con el ORF prototipo de la secuencia de LDH C descrita (SEQ ID NO: 1) y la secuencia genómica del cromosoma 11 confirman las variantes de empalme adicionales (SEQ ID NO: 2-5) . Los eventos de empalme alternativo dan como resultado la ausencia del exón 3 (SEQ ID NO: 2) , de los dos exones 3 y 4 (SEQ ID NO: 3), de los exones 3, 6 y 7 (SEQ ID NO: 4) o del exón 7 (SEQ ID NO: 5) (véase la Figura 2) . Esas nuevas variantes de empalme son generadas exclusivamente en tumores, pero no en testículos. El empalme alternativo produce alteraciones en el marco de lectura y da como resultado nuevos ORF posibles que codifican para las secuencias de aminoácidos descritas en las SEQ ID NO: 7-13 (ORF para la SEQ ID NO : 7: posición de los nucleotidos 59-214 de la SEQ ID NO: 2 y, respectivamente, la SEQ ID NO: 4; ORF para la SEQ ID NO: 8: posición de los nucleotidos 289-939 de la SEQ ID NO: 2; ORF para la SEQ ID NO: 9: posición de los nucleotidos 59-196 de la SEQ ID NO: 3; ORF para la SEQ ID NO: 10: posición de los nucleotidos 535-765 de la SEQ ID NO: 3; ORF para la SEQ ID NO: 11: posición de los nucleotidos 289-618 de la SEQ ID NO: 4; ORF para la SEQ ID NO: 12: posición de los nucleotidos 497-697 de la SEQ ID NO: 4; ORF para la SEQ ID NO: 13; posición de los nucleotidos 59-784 de la SEQ ID NO: 5) (Figura 2, 3) . Además de la terminación prematura, también es posible la utilización de codones de inicio alternativos, de modo que las proteínas codificadas puedan ser truncadas tanto N-terminalmente como C-terminalmente . Mientras que la SEQ ID NO: 8 y la SEQ ID NO: 10 representan porciones truncadas de la proteína prototipo, la secuencia de proteína de la SEQ ID NO : 7, SEQ ID NO : 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12 y la SEQ ID NO: 13 están adicionalmente alteradas y contienen solo epítopes específicos del tumor (impresos en negritas en la Figura 3) . Las regiones peptídicas que resultarían en epítopes específicos de un tumor son como sigue (la porción específica del tumor estrictamente producida por desviaciones de cuadros está subrayada) : SEQ ID NO: 14: GAVGMACAISILLKITVYLQTPE (de la SEQ ID NO: 7) SEQ ID NO: 15: GAVGMACAISILLKWIF (de la SEQ ID NO: 9) SEQ ID NO: 16: GWIIGEHGDSSGIIWNK RTLSQYPLCLGAEWCLRCCEN (de la SEQ ID NO: 11) SEQ ID NO: 17: VGLLENMVILVGLYGIKEELFL (de la SEQ ID NO: 12) SEQ ID NO: 18: EHWKNIHKQVIQRDYME (de la SEQ ID NO: 13) Esas regiones pueden contener potencialmente epítopes que pueden ser reconocidos sobre moléculas de MHC I o MHC II por linfoci os T y que den como resultado una respuesta específica de un tumor estrictamente. No todas las proteínas descritas tienen el dominio de lactato deshidrogenasa catalítico para la metabolización dependiente de NADH de piruvato a lactato, el cual representa el último paso de la glicolisis anaerobia. Este dominio sería requerido para la función enzimática como lactato deshidrogenasa (marcado en la Figura 3) . Los análisis adicionales, por ejemplo usando algoritmos como el TMpred y el pSORT (Nakai & Kanehisa, 1992) , predicen diferentes localizaciones subcelulares para las proteínas putativas. De acuerdo a la invención, el nivel de expresión fue cuantificado por PCR en tiempo real usando un conjunto de muestras de cebadores específicos. El amplicón está presente en la unión entre el exón 1 y el exón 2 y de este modo detecta todas las variantes (SEQ ID NO: 1-5). Esos estudios tampoco detectan ningún transcripto en tejidos normales excepto testículos. Ellos confirman los niveles significativos de expresión en tumores (Figura 4) . Los anticuerpos policlonales específicos de LDHC fueron producidos de acuerdo a la invención seleccionando un péptido de la región N-terminal extrema MSTVKEQLIEKLIEDDENSQ (SEQ ID NO: 80). Los anticuerpos específicos de LDHC fueron producidos en conejos con la ayuda de este péptido. Los estudios posteriores sobre la expresión de proteína confirmaron la expresión LDHC selectiva en testículos y en varios tumores. Además, estudios inmunohistológicos de acuerdo con la invención revelaron una colocalización distinta de LDHC con citocromo C oxidasa en mitocondria. Esto indica que el LDHC juega una parte importante en la cadena respiratoria de los tumores.

Ejemplo 2: Identificación de TPTE como un nuevo antígeno tumoral Las secuencias del transcripto de TPTE (SEQ ID NO: 19) y de su producto de traducción (SEQ ID NO: 22) han sido publicadas en el GenBank bajo el número de acceso NM_013315 (Walker, S.M. et al . , Biochem. J. 360 (Pt 2): 277-83, 2001; Guipponi M. et al., Hum. Genet. 107 (2) : 127-31 , 2000; Chen H. et al., Hum. Genet. 105 (5) : 399-409 , 1999). TPTE ha sido descrito como un gen que codifica para una posible tirosinfosfatasa transmembranal , con expresión específica de un testículo localizada en la región pericentromérica de los cromosomas 21, 13, 15, 22 y Y (Chen, H. et al., Hum. Genet. 105:399-409, 1999). Estudios de alineación de acuerdo con la invención revelan adicionalmente secuencias genómicas homologas sobre los cromosomas 3 y 7. De acuerdo a la invención, se generaron los cebadores de PCR (5 ' -TGGATGTCACTCTCATCCTTG-3 ' y 5'-CCATAGTTCCTGTTCTATCTG-3 ' ) sobre la base de la secuencia de TPTE (SEQ ID NO: 19) y usaron para análisis de RT-PCR (95° 15 min; 94° 1 min; 63° 1 min; 72° 1 min; 35 ciclos) en un número de tejidos humanos. La expresión en tejidos normales mostró limitarse a testículos. De acuerdo a lo descrito para otro eCT, mostró que las variantes de TPTE, de acuerdo a la invención, son activadas ectópicamente en un número de tejidos tumorales; véase la Tabla 2. De acuerdo a la invención, fueron identificadas variantes de empalme de TPTE adicionales (SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57) las cuales son expresadas en tejido testicular y en tumores y que tienen marcos desviados y de este modo regiones de la secuencia alteradas (Figura 5) .

Tabla 2. Expresión de TPTE en tumores Tejido Probado en Positivo % total Melanoma 18 9 50 Carcinomas mamarios 20 4 20 Tumores colorrectales 20 0 0 Carcinomas de próstata 8 3 38 Carcinomas bronquiales 23 9 39 Carcinomas celulares renales 7 0 0 Carcinomas de ovario 7 2 29 Carcinomas tiroideos 4 0 0 Carcinomas cervicales 6 1 17 Líneas de células de melanoma 8 4 50 Tabla 2. (continuación) La secuencia genómica de TPTE consiste de 24 exones (número de acceso NT_029430) . El transcripto es descrito en la SEQ ID NO: 19 contiene todos esos exones. La variante de empalme descrita en la SEQ ID NO: 20 es producida empalmando el exón 7. La variante de empalme descrita en la SEQ ID NO: 21 muestra la incorporación parcial de un intrón corriente abajo del exón 15. Como lo indican las variantes de las SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57 también es posible, alternativamente, empalmar los exones 18, 19, 20 y 21. Esos eventos de empalme alternativo dan como resultado alteraciones de la proteína codificada, con el marco de lectura siendo retenido en principio (Figura 6) . Por ejemplo, el producto de traducción codificado por la secuencia descrita en la SEQ ID NO: 20 (SEQ ID NO: 23) tiene una supresión de 13 aminoácidos en comparación con la secuencia descrita en la SEQ ID NO: 22. El producto de traducción codificado por la secuencia descrita en la SEQ ID NO: 21 (SEQ ID NO: 24) contiene una inserción adicional en la región central de la molécula y por lo tanto difiere de las otras variantes en 14 aminoácidos. Los productos de traducción de las variantes de la SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, especialmente las proteínas SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, están igualmente alterados. Los análisis para predecir los dominios funcionales revelan la presencia de un dominio de tirosinfosfatasa para las SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 60 pero no para las SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 61. Para todas las variantes, se predijeron 3-4 dominios transmembranales (Figura 6) . El análisis de la expresión del antígeno de TPTE, usando anticuerpos específicos, confirmó la expresión selectiva en testículos y un número de diferentes tumores. Estudios de colocalización revelaron además que de acuerdo a la invención el TPTE se localiza junto con inmunoglobulinas de la clase I sobre la superficie celular de células tumorales. Anteriormente, el TPTE había sido descrito únicamente como una proteína asociada con el Golgi . Debido a la expresión de TPTE sobre la superficie célular de células tumorales, este antígeno tumoral es adecuado, de acuerdo a la invención, como un objetivo importante para desarrollar anticuerpos monoclonales de diagnóstico y terapéuticos. Debido a la topología de la membrana predicha del TPTE, las regiones expuestas extracelularmente son particularmente adecuadas para este propósito de acuerdo a la invención. De acuerdo a la invención, esta comprende los péptidos FTDSKLYIPLEYRS (SEQ ID NO: 81) y FDIKLLRNIPR T (SEQ ID NO: 82) . Además, se demostró que el TPTE promueve la migración de células tumorales. Hasta este punto, las células tumorales que habían sido transfectadas con TPTE bajo el control de un promotor eucariótico y células de control fueron estudiadas en experimentos de migración de "cámara de Boyden" , para ver si exhibían migración dirigida. Las células transfectadas con TPTE aquí tuvieron, de acuerdo, a la invención, una migración notablemente incrementada (3 veces) en 4 experimentos independientes. Esos datos funcionales indican que el TPTE juega una parte importante en la metástasis de tumores. De este modo, los procesos que inhiben, de acuerdo a la invención la actividad endógena de TPTE en células tumorales, por ejemplo, usando ARN antisentido, diferentes métodos de interferencia de ARN (iARN) por medio de vectores de expresión o retrovirus, y mediante el uso de moléculas pequeñas, podrían dar como resultado una reducción en la metástasis y de este modo ser muy importantes desde el punto de vista terapéutico. Recientemente se estableció una conexión causal entre la actividad de una fosfatasa en tumores y el incremento de la migración y el incremento de metástasis para la tirosinfosfatasa PTEN (Iijima y Devreotes Cell 109:599-610, 2002).

Ejemplo 3: Identificación de TSBP como un nuevo antígeno tumoral . El método de clonación electrónica empleada de acuerdo a la invención produjo TSBP (SEQ ID NO: 29) y la proteína derivada del mismo (SEQ ID NO: 30) . El gen había sido descrito anteriormente como regulado específicamente por testículo (número de acceso NM_006781) . Se predijo que el gen codificaba para una proteína básica y se localizaron en el cromosoma 6 cerca . de una secuencia que codifica para un complejo de MHC (C6orfl0) (Stammers M. et al., Immunogenetics 51 (4-5) :373-82 , 2000). De acuerdo a la invención, la secuencia descrita anteriormente mostró ser incorrecta. La secuencia de la invención difiere sustancialmente de la secuencia conocida. De acuerdo a la invención, fueron clonadas tres variantes de empalme diferentes. Las diferencias en las secuencias nucleotídicas de las variantes de TSBP encontradas de acuerdo a la invención (SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33) en relación a la secuencia conocida (NM_006781, SEQ ID NO: 29) son descritas en la Figura 7 (diferencias descritas en negritas) . Ellas dan como resultado desviaciones de cuadro, de modo que las proteínas codificadas por las variantes de TSBP encontradas de acuerdo a la invención (SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36) difieren sustancialmente de la proteína descrita anteriormente (SEQ ID NO: 30) (Figura 8) . Se confirmó de acuerdo a la invención que este antígeno es reprimido transcripcionalmente de manera estricta en tejidos normales (cebadores de PCR 5'-TCTAGCACTGTCTCGATCAAG-3 ' y 5 ' -TGTCCTCTTGGTACATCTGAC- 3 ') . Sin embargo, en 25 tejidos normales estudiados, fue expresado el TSBP, además de en testículos, también en tejido de nodo linfoide normal. De acuerdo a la invención, también se detectó activación ectópica del TSBP en tumores, y por lo tanto se calificó como un marcador tumoral o antígeno asociado con un tumor (Tabla 3) . Aunque la expresión de TSBP es encontrada en tejido tumoral primario, no es encontrada en líneas celulares permanentes de entidades tumorales correspondientes. Además, el gen está directamente próximo a la Hendidura 4 la cual es expresada específicamente en arterias y está implicada en la morfogénesis vascular. Existen indicaciones significativas de que éste es un marcador de células endoteliales específicas. El TSBP puede por lo tanto servir como un marcador potencial para endotelio tumoral y para objetivos neovasculares . En consecuencia, el promotor de TSBP puede ser clonado a otro producto genético cuya expresión selectiva en nodos linfáticos sea deseada. El análisis de la expresión del antígeno de TSBP, usando anticuerpos específicos confirmó la localización selectiva de la proteína en testículos y en nodos linfáticos y también en melanomas y carcinomas bronquiales. Además, estudios inmunohistológicos usando TSBP marcado con GFP revelaron una acumulación perinucleica distinta.

Tabla 3. Expresión de TSBP en tumores Tej ido Probado en total Positivo % Melanoma 12 2 16 Carcinomas mamarios 15 0 - Tumores colorrectales 15 0 - Carcinomas de próstata 8 0 - Carcinomas bronquiales 7 17 41 Carcinomas de células renales 7 0 - Carcinomas de ovario 7 0 - Carcinomas tiroideos 4 0 - Carcinomas cervicales 6 0 - Líneas de células de melanoma 8 0 - Líneas de células de 6 0 carcinoma bronquial Ejemplo 4: Identificación de MS4A12 como un nuevo antígeno tumoral MS4A12 (SEQ ID NO: 37, número de acceso NM_017716) y su producto de traducción (SEQ ID NO: 38) han sido descritos anteriormente como miembros de una familia de genes múltiples relacionada con el antígeno específico de la célula B CD20, la proteína específica de células hematopoyéticas HTm4 y la cadena ß del receptor de IgE de alta afinidad. Todos los miembros de la familia se caracterizan por al menos cuatro dominios transmembranales potenciales y ambos del C y N terminales son citoplásmicos (Liang Y. et al., Immunogenetics 53 (5) :357-68, 2001; Liang Y & Tedder, Genomics 72 (2) : 119-27 , 2001). De acuerdo a la invención, se llevaron a cabo estudios de RT-PCR sobre MS4A12. Los cebadores fueron seleccionados sobre la base de la secuencia de MS4A12 publicada (NM_017716) (sentido: CTGTGTCAGCATCCAAGGAGC , antisentido: TTCACCTTTGCCAGCATGTAG) . En los te idos probados, la expresión fue detectada únicamente en carcinomas de testículo, colon (6/8) y colorrectal (Ca de colon) (16/20) y en metástasis colónicas (12/15) (Figura 9) . La alta incidencia en metástasis colónicas hace al TSBP un objetivo de diagnóstico y terapéutico atractivo. De acuerdo a la invención, la región extracelular predicha que comprende la secuencia de la proteína GVAGQDYWAVLSGKG (SEQ ID NO: 83) es particularmente adecuada para producir anticuerpos monoclonales e inhibidores químicos pequeños. De acuerdo a la invención, la localización intracelular de la proteína MS4A12 sobre la membrana celular también fue confirmada por superposición de fluorescencia usando marcadores de la membrana plasmática en inmunofluorescencia confocal .

Tabla 4. Expresión de MS4A12 en tejidos normales y carcinomas y metástasis colorrectales Ileon + Colon + Hígado - Pulmón - Nodos linfáticos - Es ómago - Bazo - Glándula adrenal - Riñon - Esófago - Ovario - Recto + Testículo + Timo - Piel — Mama — Páncreas - PBMC - PBMC act . - Próstata - Tiroides - Trompa - Utero - Cerebro - Cerebelo - Tumores colorrectales 16/20 Metástasis de tumores 12/15 colorrectales De este modo, el MS4A12 es un antígeno de diferenciación localizado en la membrana celular para epitelio de colon normal, el cual también es expresado en tumores y metástasis colorrectales.

Ejemplo 5: Identificación de BRCOl como un nuevo antígeno tumoral El BRCOl y su producto de traducción no han sido descritos previamente. El método de búsqueda de datos de la invención produjo la EST (marca de la secuencia expresada) AI668620. Se llevaron a cabo estudios de. RT-PCR usando cebadores específicos (sentido: CTTGCTCTGAGTCATCAGATG, antisentido: CACAGAATATGAGCCATACAG) para el análisis de expresión. De acuerdo a la invención, se encontró una expresión específica en tejido testicular y adicionalmente en glándula mamaria normal (Tabla 5) . En todos los otros tejidos, este antígeno es reprimido transcripcionalmente . Este es probablemente detectado en tumores de glándula mamaria (20 de 20) . El BRC01 es sobreexpresado de manera distinta a tumores de mama en comparación con la expresión en tejidos de glándula mamaria normal (Figura 10) . Utilizando contigs de EST (se incorporaron las siguientes EST: A 137203, BF327792, BF327797, BE069044, BF330665) , se clonaron más de 1500 pb de este transcripto de acuerdo a la invención por clonación electrónica de longitud completa (SEQ ID NO: 39) . La secuencia se trazó al cromosoma 10pll-12. En la misma región, ha sido descrito previamente, en la misma región próxima inmediata, el gen para un antígeno de diferenciación mamario NY-BR-1, (NM_052997; Jager, D. et al., Cáncer Res. 61 (5) :2055-61, 2001).

Tabla 5. Expresión de BRCOl en tejidos normales y tumores de mama Ileon - Colon - Hígado — Tabla 5 (continuación) Pulmón - Nodos linfáticos - Estómago - Bazo - Glándula adrenal - Riñon ·- Esófago - Ovario - Recto - Testículo + Timo - Piel - Mama + Páncreas — PBMC - PBMC act. - Próstata - Tiroides — Trompa - Utero — Cerebro - Cerebelo Tabla 5 (continuación) Estudios de pares apareados (tejido de carcinoma mamario normal y adyacente) revelaron sobreexpresion de BRCOl en 70% de los carcinomas mamarios en comparación con el tejido normal. De este modo, el BRCOl es un nuevo antígeno de diferenciación para epitelio de glándula mamaria normal, el cual es sobreexpresado en tumores de mama.

Ejemplo 6: Identificación de TPX1 como un nuevo antígeno tumoral La secuencia de TPX1 (Acc . No. NM_003296; SEQ ID NO: 40) y de su producto de traducción (SEQ ID NO : 41) son conocidas. El antígeno ha sido descrito anteriormente solo como específico del testículo, es decir como un elemento de las fibras externas del acrosoma de espermas. Previamente, una implicación como molécula de adhesión en la unión de espermas a las células de Sertoli ha sido- atribuida a este antígeno (O'Bryan, M.K. et al., Mol. Reprod. Dev. 58(1) :116-25, 2001; Maeda, T. el al., Dev. Growth Differ. 41 (6) : 715-22 , 1999) . La invención revela, por primera vez la expresión aberrante de TPXl en tumores sólidos (Tabla 6) . Debido a la marcada homología de aminoácidos entre TPXl y la glicoproteína de la matriz específica de los neutrofilos SGP 28 (Kjeldsen et al., FEBS Lett 380:246-259, 1996), las secuencias de proteína específicas de TPXl que comprenden el péptido SREVTTNAQR (SEQ ID NO: 84) son adecuadas de acuerdo a la invención para preparar moléculas de diagnóstico y terapéuticas.

Tabla 6 : Expresión de TPXl en tumores Tejido Probado en total Positivo % Melanoma 16 1 6 Carcinomas mamarios 20 3 15 Tumores colorrectales 20 0 0 Carcinomas de próstata 8 3 37 Carcinomas bronquiales 17 2 11 Carcinomas de células renales 7 1 14 Carcinomas de ovario 7 1 14 Carcinomas tiroideos 4 0 0 Carcinomas cervicales 6 1 16 Líneas de células de melanoma 8 2 25 Líneas de células de carcinoma 6 1 16 bronquial Ejemplo 7: Identificación de BRC02 como un nuevo producto genético tumoral El BROC2 y su producto de traducción no han sido descritos anteriormente. El método de la invención produjo las EST (marcas de secuencia expresada) BE069341, BF330573 y AA601511. Se llevaron a cabo estudios de RT-PCR usando cebadores específicos (sentido: AGACATGGCTCAGATGTGCAG, antisentido: GGAAATTAGCAAGGCTCTCGC) para el análisis de expresión. De acuerdo a la invención, se encontró expresión específica en tejido testicular y adicionalmente en glándula mamaria normal (Tabla 7) . En todos los otros tejidos, este producto genético es reprimido transcripcionalmente . Este es de igual modo detectado en tumores de glándula mamaria. Utilizando contigs de EST (se incorporaron las siguientes EST: BF330573, AL044891 y AA601511), 1300 pb de este transcripto fueron clonadas de acuerdo a la invención por clonación electrónica de longitud completa (SEQ ID NO: 62) . La secuencia se trazó al cromosoma 10pll-12. En la misma región, en proximidad inmediata, el gen para un producto genético de diferenciación mamario, NY-BR-1, ha sido descrito previamente (NM_052997; Jager, D. et al., Cáncer Res. 61 (5) :2055-61, 2001), y ahí se localiza el BRCOl descrito anteriormente bajo el ejemplo 6. Análisis genéticos adicionales revelaron, de acuerdo a la invención, que la secuencia listada bajo la SEQ ID NO: 62 representa la región no traducida 3' del gen NY-BR-1, el cual no ha sido descrito anteriormente .

Tabla 7. Expresión de BRC02 en tejidos normales y tumores de mama Tej ido Expresión Testículo + Mama + Piel - Hígado - Próstata - Timo - Cerebro - Pulmón - Nodos linfáticos - Bazo - Glándula adrenal Ovario Leucocitos - Colon Esófago - Utero — Músculo esquelético — Epidídimo -Tabla 7. (continuación) El BRC02 es un nuevo producto genético de diferenciación para epitelio de glándula mamaria normal, el cual también es expresado en tumores de mama.

Ejemplo 8: Identificación de PCSC como un nuevo producto genético tumoral El PCSC (SEQ ID NO: 63) y su producto de traducción no han sido descritos anteriormente. El método de búsqueda de datos de la invención produjo la EST (marca de secuencia expresada) BF064073. Se llevaron a cabo estudios de RT-PCR usando cebadores específicos (sentido: TCAGGTATTCCCTGCTCTTAC, antisentido: TGGGCAATTCTCTCAGGCTTG) para análisis de expresión. De acuerdo a la invención, se encontró expresión específica en colon normal, y adicionalmente en carcinomas de colon (Tabla 5). En todos los otros tejidos, este producto genético es reprimido transcripcionalmente . El PCSC codifica para dos ORF putativos (SEQ ID NO: 64 y SEQ ID NO: 65) . El análisis de secuencia de la SEQ ID NO: 64 reveló una homología estructural con las citocinas CXC . Además, se clonaron 4 fragmentos de ADNc de PCSC alternativos (SEQ ID NO: 85-88) . En cada caso, de acuerdo a la invención, cada ADNc contiene 3 ORF putativos los cuales codifican para los polipéptidos descritos en la SEQ ID NO: 89-100.

Tabla 8: Expresión de PCSC en tejidos normales y carcinomas colorrectales Ileon + Colon + Hígado - Pulmón - Nodos linfáticos - Estómago - Bazo - Glándula adrenal - Riñon - Esófago - Ovario — Recto + Testículo - Timo - Piel - Tabla 8: (continuación) De este modo, el PCSC es un antígeno de diferenciación para epitelio de colon normal el cual también es expresado en tumores colorrectales y en todos los estudios de metástasis de colon. La expresión de PCSC detectada en todas las metástasis colorrectales de acuerdo a la invención, vuelve este antígeno tumoral un objetivo muy interesante para la profilaxis y tratamiento de metástasis de tumores de colon .

Ejemplo 9: Identificación de SGY-1 como un nuevo antígeno tumoral Las secuencias del transcripto de SGY-1 (SEQ ID NO: 70) y de su producto de traducción (SEQ ID NO: 71) han sido publicadas en el GenBank bajo el número de acceso AF177398 ( rupnik et al., Gene 238, 301-313, 1999). El Soggy-1 ha sido descrito anteriormente como un miembro de la familia de la proteína de Dickkopf que actúan como inhibidores y antagonistas de la familia de proteínas nt . Las proteínas Wnt a su vez tienen funciones importantes en el desarrollo embriónico. Sobre la base de la secuencia de SGY-1 (SEQ ID NO: 70), se generaron cebadores de PCR (5'-CTCCTATCCATGATGCTGACG-3 ' y 5 ' -CCTGAGGATGTACAGTAAGTG-3 ' ) de acuerdo a la invención y se usaron para análisis de RT-PCR (95° 15 min; 94° 1 min; 63° 1 min; 72° 1 min,- 35 ciclos) en un número de tejidos humanos. Se demostró que la expresión en tejidos normales se limitó a testículos. De acuerdo a lo descrito para otros eCT, se demostró de acuerdo a la invención, que el SGY-1 es activado ectópicamente en un número de tejidos tumorales; véase la Tabla 9.

Tabla 9. Expresión de SGY-1 en tumores Ejemplo 10: Identificación de O C como un nuevo antígeno tumoral Las secuencias de transcripto de MÓRC (SEQ ID NO: 74) y de su producto de traducción (SEQ ID NO: 75) han sido publicadas en el GenBank bajo el número de acceso XM_037008 (Inoue et al., Hu Mol Genet. Jul : 8 (7) : 1201-7, 1999). El MORC ha sido descrito originalmente como implicado en la espermatogénesis. La mutación de esta proteína en el sistema del ratón da como resultado el desarrollo insuficiente de las gónadas. Sobre la base de la secuencia de MORC (SEQ ID NO: 74), se generan cebadores de PCR (5 ' -CTGAGTATCAGCTACCATCAG-3 ' y 5 ' -TCTGTAGTCCTTCACATATCG-3 ' ) de acuerdo a la invención y se usaron para análisis de RT-PCR (95° 15 min; 94° 1 min; 63° 1 min; 72° 1 min; 35 ciclos) en un número de tejidos humanos. La expresión en tejidos normales mostró limitarse a los testículos. De acuerdo a lo descrito para otros eCT, el MORC mostró, de acuerdo a la invención ser activado ectópicamente en un número de tejidos tumorales: véase la Tabla 10.

Tabla 10. Expresión de MORC en tumores Tej idos Probado Posi ivo % en total Melanoma 16 3 18 Carcinomas mamarios 20 0 0 Tumores colorrectales 20 0 0 Carcinomas de próstata 8 0 0 Tabla 10 (continuación) Tej idos Probado Positivo % en total Carcinomas bronquiales 17 3 18 Carcinomas de células renales 7 0 0 Carcinomas de ovario 7 1 14 Carcinomas tiroideos 4 0 0 Carcinomas cervicales 6 0 0 Líneas celulares de melanoma 8 1 12 Línea celulares de carcinoma 6 1 17 bronquial

Claims

REIVINDICACIONES 1. Una composición farmacéutica, caracterizada porque comprende un agente el cual inhibe la expresión o actividad de un antígeno asociado con un tumor, el antígeno asociado con el tumor tiene una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c;) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
2. Una composición farmacéutica, caracterizada porque comprende un agente con una actividad inhibidora de un tumor, el cual es selectivo para células que expresan o expresan de manera anormal un antígeno asociado con un tumor, el antígeno asociado con el tumor tiene una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
3. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 2, caracterizada porque el agente produce la inducción de muerte celular, reducción en el crecimiento celular, daño a la membrana celular o secreción de citocinas.
4. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 1 ó 2, caracterizada porque el agente es un ácido nucleico antisentido el cual se híbrida selectivamente con el ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor.
5. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 1 ó 2, caracterizada porque el agente es un anticuerpo el cual se une selectivamente al antígeno asociado con un tumor.
6. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 2, caracterizada porque el agente es un anticuerpo activador del complemento el cual se une selectivamente al antígeno asociado con un tumor.
7. Una composición farmacéutica, caracterizada porque comprende un agente el cual, cuando se administra, incrementa selectivamente la cantidad de complejos entre una molécula de HLA y un antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, el antígeno asociado con un tumor tiene una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
8. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 7, caracterizada porque el agente comprende uno o más componentes seleccionados del grupo que consiste de : (i) el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, (ii) un ácido nucleico el cual codifica para el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, (iii) una célula anfitriona la cual expresa el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, y (iv) complejos aislados entre el antígeno asociado con un tumor y una parte del mismo y una molécula de HLA.
9. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 1, 2 ó 7, caracterizada porque el agente comprende dos o más agentes los cuales en cada caso inhiben selectivamente la expresión o actividad de diferentes antígenos asociados con tumores, los cuales son en cada caso selectivos para células que expresan diferentes antígenos asociados con tumores o que incrementan la cantidad de complejos entre moléculas de HLA y diferentes antígenos asociados con "tumores o partes de los mismos, con al menos uno de los antígenos asociados con tumores teniendo una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs: 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
10. Una composición farmacéutica, caracterizada porque comprende uno o más componentes seleccionados del grupo que consiste de: (i) el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, (ii) un ácido nucleico el cual codifica para el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, (iii) un anticuerpo el cual se une a un antígeno asociado con el tumor o una parte del mismo, (iv) un ácido nucleico antisentido el cual se híbrida específicamente con un ácido nucleico que codifica para un antígeno asociado con un tumor, (v) una célula anfitriona la cual expresa un antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, y (vi) complejos aislados entre un antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo y una molécula de HLA, el antígeno asociado con un tumor tiene una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs: 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
11. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 8 ó 10, caracterizada porque el ácido nucleico de (ii) está presente en un vector de expresión.
12. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 8 ó 10, caracterizada porque el ácido nucleico de (ii) está ligado funcionalmente al promotor.
13. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 8 ó 10, en la cual la célula anfitribna secreta el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo.
14. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 8 ó 10, caracterizada porque la célula anfitriona expresa adicionalmente una molécula de HLA que se une al antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo.
15. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 14, caracterizada porque la célula anfitriona expresa la molécula de HLA y/o el antígeno asociado con el tumor o una parte del mismo en una forma recombinante .
16. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 14, caracterizada porque la célula anfitriona expresa la molécula de HLA de manera endógena.
17. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 8, 10, 14 ó 16, caracterizada porque la célula anfitriona es una célula presentadora de antígenos.
18. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 17, caracterizada porque la célula presentadora de antígenos es una célula dendrítica o un macrófago.
19. La composición farmacéutica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 8, 10 y 13-18, caracterizada porque la célula anfitriona es no proliferativa .
20. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 5 ó 10, caracterizada porque el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal.
21. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 5 ó 10, caracterizada porque el anticuerpo es un anticuerpo quimérico o humanizado.
22. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 5 ó 10, caracterizada porque el anticuerpo es un fragmento de un anticuerpo natural .
23. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 5 ó 10, caracterizada porque el anticuerpo está acoplado a un agente terapéutico o de diagnóstico.
24. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 4 ó 10, caracterizada porque el ácido nucleico antisentido comprende una secuencia de 6-50 nucleótidos contiguos del ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor.
25. La composición farmacéutica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 8 y 10-13, caracterizada porque el antígeno asociado con un tumor o parte del mismo, proporcionado por la composición farmacéutica, se une a moléculas de HC sobre la superficie de células que expresan una cantidad anormal del antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo.
26. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 25, caracterizada porque la unión produce una reacción citolítica y/o induce la liberación de citocina.
27. La composición farmacéutica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1-26, caracterizada porque comprende además un vehículo y/o un adyuvante farmacéuticamente aceptable.
28. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 27, caracterizada porque el adyuvante es saponina, GM-CSF, CpG, citocina o una quimiocina.
29. La composición farmacéutica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1-28, caracterizada porque puede ser usada para el tratamiento de una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor.
30. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 29, caracterizada porque la enfermedad es cáncer .
31. La composición farmacéutica de conformidad con la reivindicación 29, caracterizada porque la enfermedad es un tumor de pulmón, un tumor de mama, un tumor de próstata, un melanoma, un tumor de colon, una metástasis de un tumor de colon, una célula de carcinoma renal o un carcinoma cervical, un carcinoma de colon o un carcinoma mamario.
32. La composición farmacéutica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1-31, caracterizada porque el antígeno asociado con un tumor comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs: 6-13, 14-18, 22-24, 30, 34-36, 38, 41, 58-61, 64, 65, 71, 75, 80-84, 89-100, una parte o derivado de las mismas.
33. Un método para diagnosticar una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor, método el cual se caracteriza porque comprende : (i) detección de un ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, y/o (ii) detección del antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, y/o (iii) detección de un anticuerpo para el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, y/o (iv) detección de linfocitos citotóxicos o T auxiliares los cuales son específicos para el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo en un muestra biológica aislada de un paciente, con el antígeno asociado con un tumor teniendo una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
34. El método de conformidad con la reivindicación 33, caracterizado porque la detección comprende: (i) poner en contacto la muestra biológica con un agente el cual se une específicamente al ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor o con una parte del mismo, con el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, para el anticuerpo o con los linfocitos citotóxicos o T auxiliares, y (ii) detectar la formación de un complejo entre el agente y el ácido nucleico o una parte del mismo, el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, el anticuerpo con los linfocitos citotóxicos o T auxiliares.
35. El método de conformidad con la reivindicación 33 ó 34, caracterizado porque la detección es comparada con la detección en una muestra biológica normal comparable.
36. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 33-35, en el cual la enfermedad se caracteriza por la expresión o expresión anormal de dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes y en el cual la detección comprende una detección de dos o más ácidos nucleicos que codifican para dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos, la detección de dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos, detección de dos o más anticuerpos que se unen a dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos o detección de dos o más linfocitos c totóxicos o T auxiliares específicos para dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes.
37. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 33-36, caracterizado porque el ácido nucleico o parte del mismo es detectado usando una sonda polinucleotídica la cual se híbrida específicamente al ácido nucleico o una parte del mismo.
38. El método de conformidad con la reivindicación 37, caracterizado porque la sonda polinucleotídica comprende una secuencia de 6-50 nucleótidos contiguos del ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado para un tumor .
39. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 33-36, caracterizado porque el ácido nucleico o parte del mismo es detectado amplificando selectivamente el ácido nucleico o parte del mismo.
40. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 33-36, caracterizado porque el antígeno asociado con un tumor a ser detectado o parte del mismo están en un complejo con una molécula de MHC.
41. El método de conformidad con la reivindicación 40, caracterizado porque la molécula de MHC es una molécula de HLA.
42. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 33-36 y 40-41, caracterizado porque el antígeno asociado con un tumor o parte del mismo es detectado usando un anticuerpo que se une específicamente al antígeno asociado con un tumor o a parte del mismo.
43. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 33-36, caracterizado porque el anticuerpo es detectado usando una proteína o péptido que se une específicamente al anticuerpo.
44. Un método para determinar la regresión, curso o aparición de una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor, método el cual comprende verificar una muestra de un paciente que se dice tiene la enfermedad o se sospecha caiga enfermo con la enfermedad, con respecto a uno o más parámetros seleccionados del grupo que consiste de: (i) la cantidad de ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor o de una parte del mismo, (ii) la cantidad del antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, (iii) la cantidad de anticuerpos que se unen al antígeno asociado con un tumor o a una parte del mismo, y (iv) la cantidad de células T citolíticas o liberadoras de citocina que son específicas para un complejo entre el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo y una molécula de MHC, teniendo el antígeno asociado con un tumor una secuencia codificada por un ácido nucleico que es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de los mismos ; (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual está degenerado con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
45. Un método de conformidad con la reivindicación 44, caracterizado porque comprende determinar los parámetros en una primera muestra en un primer punto en el tiempo y en una muestra más en un segundo punto en el tiempo en el cual el curso de la enfermedad es determinado comparando las dos muestras.
46. El método de conformidad con la reivindicación 44 ó 45, caracterizado porque la enfermedad se caracteriza por la expresión o, expresión anormal de dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes y en el cual la verificación comprende verificar (i) Ta cantidad de dos o más ácidos nucleicos que codifican para dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos, (ii) la cantidad de dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos, (iii) la cantidad de dos o más anticuerpos que se unen a dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos, y/o (iv) la cantidad de dos o más células T citolíticas o liberadoras de citocinas que son específicas para complejos entre dos o más antígenos asociados con un tumor diferentes o partes de los mismos y moléculas de MHC.
47. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 44-46, caracterizado porque la cantidad de ácido nucleico o parte del mismo es verificada usando una sonda polinucleotídica que se híbrida específicamente al ácido nucleico o parte del mismo.
48. El método de conformidad con la reivindicación 47, caracterizado porque la sonda polinucleotídica comprende una secuencia de 6-50 nucleótidos contiguos del ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado a un tumor.
49. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 44-46, caracterizado porque la cantidad de ácido nucleico o parte del mismo es verificada amplificando selectivamente el ácido nucleico o parte del mismo.
50. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 44-46, caracterizado porque la cantidad del antígeno asociado con el tumor o de la parte del mismo es verificada usando un anticuerpo que se une específicamente al antígeno asociado con un tumor o parte del mismo.
51. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 44-46, caracterizado porque la cantidad de anticuerpos es verificada usando una proteína o péptido que se une específicamente al anticuerpo.
52. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 44-46, caracterizado porque la cantidad de células T citolíticas o liberadoras de citocina es verificada usando una célula que presenta el complejo entre el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo y una molécula de MHC.
53. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 37-38, 42-43, 47-48 y 50-52, caracterizado porque la sonda polinucleotídica, el anticuerpo, la proteína o el péptido o la célula son marcados en una forma detectable.
54. El método de conformidad con la reivindicación 53, caracterizado porque el marcador detectable es un marcador radioactivo o un marcador enzimático.
55. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 35-54, caracterizado porque la muestra comprende luido corporal y/o tej ido corporal .
56. Un método para tratar una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor, método el cual se caracteriza porque comprende la administración de una composición farmacéutica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1-32, teniendo el antígeno asociado con un tumor una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado de un grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOS: 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de los mismos; (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual está degenerado con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
57. Un método para tratar, diagnosticar o verificar una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor, método el cual se caracteriza porque comprende administrar un anticuerpo que se une al antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo y está acoplado a un agente terapéutico o de diagnóstico, teniendo el antígeno asociado con un tumor una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de los mismos ; (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual está degenerado con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
58. El método de conformidad con la reivindicación 42, 50 ó 57, caracterizado porque el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal .
59. El método de conformidad con la reivindicación 42, 50 ó 57, caracterizado porque el anticuerpo es un anticuerpo quimérico o humanizado.
60. El método de conformidad con la reivindicación 42, 50 ó 57, caracterizado porque el anticuerpo es un fragmento de un anticuerpo natural.
61. Un método para tratar un paciente que tiene una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor, método el cual se caracteriza porque comprende: (i) remover una muestra que contenga células inmunorreactivas del paciente, (ii) poner en contacto la muestra con una célula anfitriona que exprese el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, bajo condiciones que favorezcan la producción de células T citolíticas o liberadoras de citocina contra el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo , y (iii) introducir las células T citolíticas o liberadoras de citocina en el paciente en una cantidad adecuada para lisar las células que expresan un antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, el antígeno asociado con un tumor tiene una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOS : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de los mismos ; (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual está degenerado con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
62. El método de conformidad con la reivindicación 61, caracterizado porque la célula anfitriona expresa de manera recombinante una molécula de HLA que se une al antígeno asociado con un tumor o a una parte del mismo.
63. El método de conformidad con la reivindicación 62, caracterizado porque la célula anfitriona expresa endógenamente, una molécula de HLA que se une a un antígeno asociado con un tumor o a una parte del mismo.
64. Un método para tratar a un paciente que tiene una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor, método el cual se caracteriza porque comprende: (i) identificar un ácido nucleico que sea expresado por células asociadas con la enfermedad, siendo el ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de los mismos; (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual está degenerado con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) , (ii) transfectar una célula anfitriona con el ácido nucleico o una parte del mismo, (iii) cultivar las células anfitrionas transfectadas para la expresión del ácido nucleico, y (iv) introducir las células anfitrionas o un extracto de las mismas en el paciente en una cantidad adecuada para incrementar la respuesta inmune a las células del paciente asociadas con la enfermedad.
65. El método de conformidad con la reivindicación 64, caracterizado porque comprende además identificar una molécula de MHC que presenta el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo, con la célula anfitriona que expresa la molécula de MHC identificada y que presenta el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo.
66. El método de conformidad con la reivindicación 64 ó 65, caracterizado porque la respuesta inmune comprende una respuesta de célula B o una respuesta de célula T.
67. El método de conformidad con la reivindicación 66, caracterizado porque la respuesta inmune es una respuesta de célula T que comprende la producción de células T citolíticas o liberadoras de citocinas las cuales son específicas para las células anfitrionas que presentan el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo o específicas para células del paciente que expresan el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo.
68. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 61-67, caracterizado porque las células anfitrionas son no proliferativas .
69. Un método para tratar una enfermedad caracterizada por la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor, método el cual se caracteriza porque comprende : (i) identificar células de un paciente que expresan cantidades anormales del antígeno asociado con un tumor, (ii) aislar una muestra de las células, (iii) cultivar las células, y (iv) introducir las células a un paciente en una cantidad adecuada para dirigir una respuesta inmune a las células, teniendo el antígeno asociado con un tumor una secuencia codificada por un ácido nucleico el cual es seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende un ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de las SEQ ID NOs: 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de los mismos; (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual está degenerado con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
70. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 33-69, caracterizado porque la enfermedad es cáncer.
71. Un método para inhibir el desarrollo de cáncer en un paciente, método el cual se caracteriza porque comprende administrar una cantidad efectiva de una composición farmacéutica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1-32.
72. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 33-71, caracterizado porque el antígeno asociado con un tumor comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 6-13, 14-18, 22-24, 30, '34-36, 38, 41, 58-61, 64, 65, 71, 75, 80-84, 89-100, una parte o derivado de las mismas.
73. Un ácido nucleico, caracterizado porque se selecciona del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 2-5, 20-21, 31-33, 37, 39, 54-57, 62, 63, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
74. Un ácido nucleico, el cual codifica para una proteína o polipéptido caracterizado porque comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 7-13, 14-18, 23-24, 34-36, 58-61, 64, 65, 89-100, una parte o derivado de las mismas.
75. Una molécula de ADN o ARN recombinante, caracterizada porque comprende un ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 73 ó 7 .
76. La molécula de AD recombinante de conformidad con la reivindicación 75, caracterizada porque es un vector.
77. La molécula de ADN recombinante de conformidad con la reivindicación 76, caracterizada porque el vector es un vector viral o un bacteriófago.
78. La molécula de ADN recombinante de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 75-77, caracterizada porque comprende además secuencias de control de expresión que controlan la expresión del ácido nucleico.
79. La molécula de ADN recombinante de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque las secuencias de control de expresión son homologas o heterólogas al ácido nucleico .
80. Una célula anfitriona, caracterizada porque comprende un ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 73 ó 74 o una molécula de ADN recombinante de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 75-79.
81. La célula anfitriona de conformidad con la reivindicación 80, caracterizada porque comprende además un ácido nucleico que codifica para una molécula de HLA.
82. Una proteína o polipéptido, caracterizado porque es codificado por un ácido nucleico de conformidad con la reivindicación 73.
83. Una proteína o polipéptido, caracterizado porque comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 7-13, 14-18, 23-24, 34-36, 58-61, 64, 65, 89-100, una parte o derivado de las mismas .
84. Un fragmento inmunogénico de la proteína o polipéptido de conformidad con la reivindicación 82 u 83.
85. Un fragmento de la proteína o polipéptido de conformidad con la reivindicación 82 u 83, caracterizado porque se une al receptor de HLA humana o anticuerpo humano.
86. Un agente, el cual se une específicamente a una proteína o polipéptido o parte del mismo, siendo la proteína o polipéptido codificado por un ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
87. El agente de conformidad con la reivindicación 86, caracterizado porque la proteína o polipéptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 6-13, 14-18, 22-24, 30, 34-36, 38, 41, 58-61, 64, 65, 71, 75, 80-84, 89-100, una parte o derivado de las mismas.
88. El agente de conformidad con la reivindicación 86 u 87, caracterizado porque es un anticuerpo.
89. El agente de conformidad con la reivindicación 88, caracterizado porque el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal, quimérico o humanizado o un fragmento de un anticuerpo.
90. Un anticuerpo, caracterizado porque se une selectivamente a un complejo de: (i) una proteína o polipéptido o una parte del mismo, y (ii) una molécula de MHC a la cual se une la proteína o polipéptido o parte del mismo, con el anticuerpo no uniéndose a (i) o (ii) solo y la proteína o polipéptido siendo codificado por un ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs: 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
91. El anticuerpo de conformidad con la reivindicación 90, caracterizado porque la proteína o polipéptido comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 6-13, 14-18, 22-24, 30, 34-36, 38, 41, 58-61, 64, 65, 71, 75, 80-84, 89-100, una parte o derivado de las mismas.
92. El anticuerpo de conformidad con la reivindicación 90 ó 91, caracterizado porque es un anticuerpo monoclonal, quimérico o humanizado o un fragmento de un anticuerpo .
93. Un conjugado entre un agente de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 86-89 o un anticuerpo de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 90-92 y un agente terapéutico o de diagnóstico.
94. El conjugado de conformidad con la reivindicación 93, caracterizado porque el agente terapéutico o de diagnóstico es una toxina.
95. Un equipo para detectar la expresión o expresión anormal de un antígeno asociado con un tumor, equipo el cual se caracteriza porque comprende los agentes para la detección (i) del ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor o de una parte del mismo, (ii) del antígeno asociado con un tumor o de una parte del mismo, (iii) de los anticuerpos que se unen al antígeno asociado con un tumor o a una parte del mismo, y/o (iv) de las células T que son específicas para un complejo entre el antígeno asociado con un tumor o una parte del mismo y una molécula de MHC, teniendo el antígeno asociado con el tumor una secuencia codificada por un ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
96. El equipo de conformidad con la reivindicación 95, caracterizado porque los agentes para la detección del ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado con un tumor o de una parte del mismo son las moléculas de ácido nucleico para la amplificación selectiva del ácido nucleico.
97. El equipo de conformidad con la reivindicación 96, caracterizado porque las moléculas de ácido nucleico para la amplificación selectiva del ácido nucleico comprenden una secuencia de 6-50 nucleótidos contiguos del ácido nucleico que codifican para el antígeno asociado con un tumor.
98. Una molécula de ADN recombinante, caracterizada porque comprende una región promotora la cual es derivada de una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs : 1-5, 19-21, 29, 31-33, 37, 39, 40, 54-57, 62, 63, 70, 74, 85-88.
99. Una composición farmacéutica, caracterizada porque comprende un agente el cual inhibe la expresión o actividad del antígeno tumoral TPTE, SEQ ID NOs : 19, 22.
100. Una composición farmacéutica, caracterizada porque comprende un agente el cual inhibe la actividad de migración y actividad metastática del TPTE.
101. El agente de conformidad con la reivindicación 99 ó 100, caracterizado porque es un anticuerpo.
102. El agente de conformidad con la reivindicación 101, caracterizado porque el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal, quimérico o humanizado o un fragmento de un anticuerpo .
103. Un anticuerpo, el cual se une a las regiones de proteína extracelular que contiene las secuencias SEQ ID NOs : 81-82.
104. El agente de conformidad con la reivindicación 99 ó 100, caracterizado porque es un ácido nucleico antisentido que se híbrida selectivamente con el ácido nucleico que codifica para TPTE.
105. El agente de conformidad con la reivindicación 104, caracterizado porque el ácido nucleico antisentido comprende una secuencia de 6-50 nucleótidos contiguos del ácido nucleico que codifica para TPTE.
106. El agente de conformidad con la reivindicación 99 ó 100, caracterizado porque es ARN de interferencia (AR i) .
107. El agente de conformidad con la reivindicación 106, caracterizado porque el ARNi comprende una estructura de "horquilla corta" (ARNsh) .
108. El agente de conformidad con la reivindicación 107, caracterizado porque los ARNsh son producidos por transcripción después de la transfección con vectores de expresión .
109. El agente de conformidad con la reivindicación 107, caracterizado porque el ARNsh es producido por transcripción de retrovirus.
110. El agente de conformidad con la reivindicación 107, caracterizado porque el ARNsh es mediado por el sistema lentiviral.
111. El agente de conformidad con la reivindicación 99 ó 100, caracterizado porque es una molécula química pequeña.
112. El agente de conformidad con la reivindicación 111, caracterizado porque las moléculas químicas pequeñas se unen a TPTE .
113. El agente de conformidad con la reivindicación 112, caracterizado porque las moléculas químicas pequeñas se unen a las regiones extracelulares que comprenden la SEQ ID NO: 81-82.
114. Un método para tratar, diagnosticar o verificar un tumor metastasizado caracterizado por la expresión o expresión anormal de TPTE, método el cual se caracteriza porque comprende administrar un anticuerpo el cual se une a TPTE o a una parte del mismo y que está acoplado a un agente terapéutico o de diagnóstico, teniendo el TPTE una secuencia codificada por un ácido nucleico que consiste de: (a) un ácido nucleico el cual es seleccionado de una secuencia de ácido nucleico que comprende la SEQ ID NO: 19, una parte o derivado de las mismas, (b) un ácido nucleico el cual se híbrida con el ácido nucleico de (a) bajo condiciones rigurosas, (c) un ácido nucleico el cual se degenera con respecto al ácido nucleico de (a) o (b) , y (d) un ácido nucleico el cual es complementario al ácido nucleico de (a) , (b) o (c) .
115. El método de conformidad con la reivindicación 114, caracterizado porque el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal .
116. El método de conformidad con la reivindicación 114, caracterizado porque el anticuerpo es un anticuerpo quimérico o humanizado.
117. El método de conformidad con la reivindicación 114, caracterizado porque el anticuerpo es un fragmento de un anticuerpo natural.