MXPA02001439A

MXPA02001439A - Nuevos metodos para el diagnostico de angiogenesis, composiciones y metodos de exhibicion de moduladores de la angiogenesis.

Info

Publication number: MXPA02001439A
Application number: MXPA02001439A
Authority: MX
Inventors: Richard Murray
Original assignee: Eos Biotechnology Inc
Priority date: 1999-08-11
Filing date: 2000-08-11
Publication date: 2002-08-30
Also published as: CA2381699A1; WO2001011086A2; WO2001011086A3; JP2003517816A; EP1204764A2; WO2001011086A9; AU6902200A

Abstract

Descritos en la presente se encuentran los metodos que pueden utilizarse para el diagnostico de la angiogenesis y fenotipos angiogenicos. Tambien descritos en la presente se ecuentran los metodos que pueden utilizarse para examinar agentes bioactivos candidatos para la capacidad de modular la angiogenesis. Adicionalmente, se encuentran descritos los metodos y objetivos moleculares (genes y sus productos) para la intervencion terapeutica en trastornos asociados con la angiogenesis.

Description

NUEVOS MÉTODOS PARA EL DIAGNOSTICO DE ANGIOGENESIS, COMPOSICIONES Y MÉTODOS DE EXHIBICIÓN DE MODULADORES DE LA ANGIOGENESIS CAMPO DE LA INVENCIÓN La invención se refiere a la identificación de perfiles de expresión y a los ácidos nucleicos involucrados en la angiogénesis y al uso de tales perfiles de expresión y ácidos nucleicos en el diagnóstico de la angiogénesis. La invención se refiere además a los métodos para la identificación de los agentes candidatos y/o objetivos que modulan la angiogénesis. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN El nuevo desarrollo de vasos sanguíneos comprende la formación de venas (vasculogénesis) y arterias (angiogénesis) . La angiogénesis juega un papel normal en el desarrollo embriónico, así como en la menstruación y curación de heridas. La angiogénesis juega también un papel patogénico crucial en una variedad de estados de enfermedad, incluyendo cáncer, retinopatía diabética proliferativa y en el mantenimiento del flujo sanguíneo hacia sitios inflamatorios crónicos. La angiogénesis tiene un número de etapas. Las primeras etapas de la angiogénesis incluyen la producción de :* *. .^JaWW proteasa celular endotelial, la migración de células y la proliferación. Las primeras etapas parecen requerir también de algunos factores de crecimiento, con VEGF, TGF-a, angiostatina y quimiosinas seleccionadas que juegan todos un 5 papel putativo. Las últimas etapas de la angiogénesis incluyen la población de los vasos con células murales (pericitos o células de músculo liso) , la producción de ^ ' membrana de base y la inducción de especializaciones del lecho de los vasos. Las etapas finales de la formación de 10 vasos incluyen lo que se conoce como "remodelación" , en donde una vasculatura de formación se convierte en un lecho de vasos estable maduro. A^ De este modo, sería deseable la comprensión de los genes, proteínas y mecanismos de regulación que se presentan 15 durante la angiogénesis. De acuerdo a ello, es un objetivo de la invención proporcionar métodos que pueden utilizarse para examinar agentes bioactivos candidatos por su capacidad para modular la angiogénesis. Adicionalmente, es un objetivo proporcionar objetivos moleculares para la intervención 20 terapéutica en estados de enfermedad que tienen ya sea un • exceso indeseable o un déficit en la angiogénesis. SUMARIO DE LA INVENCIÓN La presente invención proporciona nuevos métodos para la evaluación diagnóstica y prognóstica para la 25 angiogénesis, así como métodos para el examen de composiciones que modulan la angiogénesis. También se proporcionan aquí métodos de tratamiento de trastornos asociados con la angiogénesis, así como composiciones. En un aspecto, un método para examinar drogas 5 candidato comprende proporcionar una célula que expresa un gen de perfil de expresión o fragmentos del mismo. Las modalidades preferidas del gen de perfil de expresión son flp genes que se expresan diferencialmente en células de angiogénesis, en comparación con otras células. Las 10 modalidades preferidas de genes de perfil de expresión utilizados en los presentes métodos incluyen, pero no se limitan al grupo que consiste de AAA4 , AAA1 , Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz; • se prefieren también los fragmentos de las proteínas de este 15 grupo. Se entiende que las moléculas para uso en la presente invención pueden ser de cualquier figura o de cualquier subconjunto de moléculas listado. En consecuencia, por ejemplo, cualquiera o más de los genes antes listados pueden ucilizarse en los presentes métodos. En otra modalidad, el 20 ácido nucleico se selecciona a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. El método incluye además agregar una droga candidato a la célula y determinar el efecto de la droga candidato sobre la expresión 25 del gen de perfil de expresión. Í¿Alé?? ?s LM A,.Í.A*, !A.j& ?ií¿t. A,A^A,,. . .*,„ ^ ,.a.a En una modalidad, el método de examen de drogas candidato incluye comparar el nivel de expresión en ausencia de la droga candidato con el nivel de expresión en presencia de la droga candidato, en donde la concentración de la droga candidato puede variar al estar presente y en donde la comparación puede presentarse después de la adición o remoción de la droga candidato. En una modalidad preferida, la célula expresa al menos dos genes de perfil de expresión. Los genes de perfil pueden mostrar un aumento o disminución. También se proporciona aquí un método de examen de un agente bioactivo capaz de unirse a una proteína moduladora de la angiogénesis (AMP) , el método comprende combinar la AMP y un agente bioactivo candidato y determinar la unión del agente candidato a la .AMP. Preferentemente la AMP es una proteína o un fragmento de la misma seleccionada a partir del grupo que consiste de AAA4 , AAA1 , Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz. En otra modalidad, las proteínas se codifican mediante un ácido nucleico seleccionado a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. Además se proporciona aquí un método para el examen de un agente bioactivo capaz de modular la actividad de una AMP. En una modalidad el método comprende combinar la AMP y un agente bioactivo candidato y determinar el efecto del i a ii . agente candidato sobre la bioactividad de la AMP. Preferentemente la AMP es una proteína o un fragmento de la misma seleccionada a partir del grupo que consiste de .AAA4 , AAA1, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y 5 metaloproteinasa 10 de matriz. En otra modalidad, las proteínas se codifican mediante un ácido nucleico seleccionado a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ^ ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. 10 También se proporciona un método para evaluar el efecto de una droga de angiogénesis candidato que comprende administrar la droga a un animal transgénico que expresa o sobre-expresa la AMP o a un animal que carece de AMP, por ejemplo como resultado de una eliminación de genes. 15 Adicionalmente, se proporciona aquí un método para evaluar el efecto de una droga de angiogénesis candidato que comprende administrar la droga a un paciente y retirar una muestra celular del paciente. Se determina entonces el perfil de expresión de la célula. Este método puede 20 comprender además comparar el perfil de expresión con un • perfil de expresión de un individuo sano. En una modalidad preferida, el perfil de expresión incluye un gen de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 o Tabla 5. Además, se proporciona aquí un biochip que 25 comprende uno o más segmentos de ácido nucleico que codifican una proteína de angiogénesis, seleccionada preferentemente a partir del grupo que consiste de AAA4 , AAA1, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa de matriz o fragmentos de las mismas, en donde el biochip comprende menos de 1000 sondas de ácido nucleico. Preferentemente se incluyen al menos dos segmentos de ácido nucleico. En otra modalidad, el ácido nucleico se selecciona a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. Adicionalmente, se proporciona un método para diagnosticar un trastorno asociado con la angiogénesis. El método comprende determinar la expresión de un gen que codifica una proteína de angiogénesis seleccionada preferentemente a partir del grupo que consiste de AAA4 , AAA1, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz o fragmentos de los mismos en un primer tipo de tejido de un primer individuo y comparar la distribución con la expresión del gen de un segundo tipo de tejido normal del piimer individuo o de un segundo individuo no afectado. En otra modalidad, las proteínas se codifican mediante un ácido nucleico seleccionado a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. Una diferencia en la expresión indica que el primer individuo tiene un trastorno asociado con la angiogénesis.

En otro aspecto, la presente invención proporciona un anticuerpo que se une específicamente a la angiogénesis preferentemente seleccionada a partir del grupo que consiste de AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz o fragmentos de las mismas. En otra modalidad las proteínas se codifican mediante un ácido nucleico seleccionado a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. En una modalidad preferida el fragmento de AAAl se selecciona a partir de AAAlpl o AAAlp2. Otros fragmentos preferidos para las proteínas de angiogénesis se muestran en las figuras. En una modalidad se proporciona un método para examinar un agente bioactivo capaz de interferir con la unión de una proteína moduladora de angiogénesis (AMP) o de un fragmento de la misma y un anticuerpo que se une a dicha AMP o a su fragmento. En una modalidad preferida el método comprende combinar una AMP o su fragmento, un agente bioactivo candidato y un anticuerpo que se une a dicha AMP o a su fragmento. El método incluye además determinar la unión de dicha AMP o de su fragmento y dicho anticuerpo. En donde existe un cambio en la unión, se identifica a un agente como el agente que interfiere. El agente que interfiere puede ser un agonista o un antagonista. Preferentemente, el agente inhibe la angiogénesis.

En un aspecto adicional, se proporciona un método para inhibir la angiogénesis. En una modalidad, el método comprende administrar a una célula una composición que comprende un anticuerpo para una proteína moduladora de la angiogénesis, seleccionada preferentemente a partir del grupo que consiste de AAA4, AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz o fragmentos de las mismas. En otra modalidad, las proteínas se codifican mediante un ácido nucleico seleccionado a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. El método puede llevarse a cabo in vi tro o in vivo, preferentemente in vivo en un individuo. En una modalidad preferida se proporciona el método para inhibir la angiogénesis a un individuo con un trastorno asociado con la angiogénesis tal como el cáncer. Como aquí se describe, los métodos para inhibir la angiogénesis pueden llevarse a cabo administrando un inhibidor de la actividad de una proteína de angiogénesis, incluyendo una molécula de anti-sensibilidad al gen o a sus productos de gen y preferentemente a pequeñas moléculas . También se proporcionan aquí los métodos para extraer una respuesta inmune en un individuo. En una modalidad el método aquí proporcionado comprende administrar a un individuo una composición que comprende una proteína J moduladora de la angiogénesis, seleccionada preferentemente a partir del grupo que consiste de AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz o fragmentos de las mismas. En otra modalidad, las proteínas se codifican mediante un ácido nucleico seleccionado a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. En otro aspecto, dicha composición comprende un ácido nucleico que comprende una secuencia que codifica una proteína moduladora de la angiogénesis, seleccionada preferentemente a partir del grupo que consiste de AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz o fragmentos de las mismas. En otra modalidad, las proteínas se codifican mediante un ácido nucleico seleccionado a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. Adicionalmente se proporcionan aquí composiciones capaces de producir una respuesta inmune en un individuo. En una modalidad, la composición que aquí se proporciona comprende una proteína moduladora de la angiogénesis, seleccionada preferentemente a partir del grupo que consiste de AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz o fragmentos de las mismas. En otra modalidad, las proteínas se codifican mediante un ácido nucleico seleccionado a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. En otra modalidad, dicha composición comprende un ácido nucleico que comprende una 5 secuencia que codifica una proteína moduladora de la angiogénesis, seleccionada preferentemente a partir del grupo que consiste de AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, ^B> endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz o fragmentos de las mismas y un vehículo farmacéuticamente aceptable. 10 En otra modalidad el ácido nucleico se selecciona a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. • Se proporciona un método para neutralizar el efecto 15 de una proteína de angiogénesis, seleccionada preferentemente a partir del grupo que consiste de AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz o fragmentos de las mismas, que comprende poner en contacto un agente específico para dicha proteína, coa dicha proteína 20 en una cantidad suficiente para efectuar la neutralización. En otra modalidad, las proteínas se codifican mediante un ácido nucleico seleccionado a partir de las Tablas 1, 2, 3, 4 o 5. Los ácidos nucleicos preferidos se encuentran en la Tabla 4 y más preferentemente en la Tabla 5. 25 En otro aspecto de la invención, se proporciona un método para tratar a un individuo por un trastorno asociado con la angiogénesis . En una modalidad, el método comprende administrar a dicho individuo un inhibidor de la Edg-1. En otra modalidad, el método comprende administrar a un paciente que tiene un trastorno con angiogénesis un anticuerpo para la Edg-1 conjugado a un residuo terapéutico. Tal residuo terapéutico puede ser un agente citotóxico o un radioisótopo. Se proporcionan aquí nuevas secuencias. Se proporcionan también compuestos y composiciones. Otros aspectos de la invención se harán aparentes para los técnicos expertos mediante la siguiente descripción de la invención. DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LAS TABLAS Y FIGURAS La Tabla 1 proporciona los números de Acceso para 1774 genes, incluyendo los marcadores de secuencia de expresión, (incorporadas aquí en su totalidad y a través de toda la solicitud donde se proporcionen números de Acceso) , cuyos niveles de expresión cambian como una función de tiempo en el tejido que experimenta la angiogénesis en comparación con el tejido en el que no. La Tabla 2 proporciona los números de Acceso para un sub-conjunto preferido de 559 genes, incluyendo los marcadores de secuencia de expresión (incorporadas aquí en su totalidad y a través de toda la solicitud en donde se proporcionen números de Acceso) , cuyos niveles de expresión cambian como una función de tiempo en el tejido que experimenta la angiogénesis en comparación con el tejido en el que no. Las secuencias se caracterizan como se predijo para codificar las proteínas secretadas (SS) o las proteínas de transmembrana (TM) . La Tabla 3 proporciona los números de Acceso para 1916 genes incluyendo los marcadores de secuencia de expresión (incorporadas aquí en su totalidad y a través de toda la solicitud en donde se proporcionen números de Acceso) , cuyos niveles de expresión cambian como una función de tiempo en el tejido que experimenta la angiogénesis en comparación con el tejido en el que no. La Tabla 4 proporciona un sub-conjunto preferido de 558 números de Acceso identificados en la Figura 4 cuyos niveles de expresión cambian como una función de tiempo en el tejido que experimenta la angiogénesis en comparación con el tejido en el que no. La Tabla 5 proporciona un sub-conjunto preferido de 20 números de Acceso identificados en la Figura 4 cuyos niveles de expresión cambian como una función de tiempo eu el tejido que experimenta la angiogénesis en comparación con el tejido en el que no. La Figura 1 es una gráfica de los niveles de expresión de las secuencias identificadas en la Figura 1. Los perfiles de expresión se encuentran agrupados en 4 grupos. Cl (azul) , C2 (rojo) , C3 (verde) y C4 (mostaza) . ._*S&^^^^¡_ La Figura 2 muestra una modalidad de un ácido nucleico (ARNm) que incluye una secuencia que codifica una proteína de angiogénesis, AAA4. Los codones de inicio y detensión se encuentran subrayados . La Figura 3 muestra la estructura de lectura abierta de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica AAA4. Los codones de inicio y detención se encuentran subrayados . La Figura 4 muestra una modalidad de una secuencia de aminoácidos de AAA4. El péptido de señal se encuentra doblemente subrayado y la secuencia transmembrana se encuentra subrayada. En una modalidad de la misma, la AAA4 es soluble. De este modo, se puede omitir el péptido de señal y suprimir, inactivar o truncar el dominio transmembrana . La Figura 5 muestra los péptidos AAA4pl y AAA4p2. La Figura 6 muestra la expresión de AAA4 en modelos de angiogénesis a través del tiempo y en otros tejidos no-angiogénicos . La Figura 7 muestra una modalidad de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica una proteína de angiogénesis, AAAl . Un codón de detensión putativo se encuentra subrayado. La Figura 8 muestra una modalidad de una secuencia de aminoácidos para .AAAl. Un dominio transmembrana se encuentra subrayado. En una modalidad, la AAAl es soluble. En las modalidades preferidas, el dominio transmembrana se suprime o se inactiva o la AAAl se trunca para suprimir el dominio transmembrana . La Figura 9 muestra el AAAlpl y el AAAlp2. La Figura 10 muestra una gráfica que muestra la expresión relativa de AAAl en varios tejidos en diferentes puntos de tiempo. La "Exp 3" es un modelo de angiogénesis que muestra la formación en tubo a través del tiempo utilizando células endoteliales. La Figura 11 muestra una modalidad de un ácido nucleico, ARNm, que comprende una secuencia que codifica una proteína de angiogénesis, Edg-1. Los codones de inicio y detención se encuentran subrayados. La Figura 12 muestra la estructura de lectura abierta que codifica la Edg-1, en donde los codones de inicio y detención se encuentran subrayados. La Figura 13 muestra una modalidad de una secuencia de aminoácidos para una proteín. de angiogénesis, Edg-1, en donde los dominios de transmembrana se encuentran subrayados . En una modalidad preferida en la presente, se proporciona una forma soluble de la Edg-1. En una modalidad, los dominios de transmembrana se suprimen, se inactivan y/o la proteína se trunca a fin de excluir los dominios (con o sin la re- ligación de las regiones solubles restantes) .

La Figura 14 ilustra cuatro secuencias de péptido aquí proporcionadas y sus solubilidades respectivas. La Figura 15 muestra la expresión de la Edg-1 sobre una variedad de tejidos. 5 La Figura 16 muestra el curso de tiempo de inducción de la Edg-1 en un modelo para angiogénesis (Expt 1, Expt 2, Expt 3) en cuyo pasaje inferior las células endoteliales humanas forman estructuras en tubo a través de un período de unos cuantos días en cultivo. La inducción 10 reproducible de la Edg-1 se presentó en un marco de tiempo consistente con su papel en el proceso de formación en tubo. La Figura 17 muestra una modalidad de una secuencia de ácidos nucleicos que incluyen la secuencia de codificación f para una proteína de remodelación de tejido, alfa 5 beta 1 15 integrina (referida algunas veces como VLA-5) , en donde los codones de inicio y detención se encuentran subrayados. La Figura 18 muestra una modalidad de una secuencia de aminoácidos de una proteína de remodelación de tejido, alfa 5 beta 1 integrina, en donde un deminio transmembrana se 20 encuentra subrayado. f La Figura 19 muestra un gráfico de barra que ilustra los resultados de 5 perfiles de expresión de alfa 5 beta 1 integrina a través de todo el curso de tiempo de la formación en tubo. En particular, los modelos de tubo 1, 2 y 25 3 muestran modelos que forman estructuras en tubo a partir de células endoteliales humanas aisladas únicas; el modelo "EC/PMA" muestra las células endoteliales estimuladas con antígeno mitógeno pokeweed y el perfil del atlas corporal muestra la expresión en varios tipos de células normales y 5 tejidos. Las Figuras 20A y 20B muestran los resultados del antagonismo de la formación en tubo en donde la Figura 20A es fe un control de isotipo y la Figura 20B muestra el antagonismo de anticuerpo específico después de 48 horas. 10 La Figura 21 muestra una modalidad de una secuencia de ácidos nucleicos que incluyen la secuencia de codificación para una proteína de angiogénesis, endomucina, en donde los codones de inicio y detención se encuentran encasillados. • La Figura 22 muestra una modalidad de una secuencia 15 de aminoácidos de una proteína de angiogénesis, endomucina, en donde una secuencia de señal se encuentra en negrillas y el dominio transmembrana se encuentra subrayado. La Figura 23 muestra una modalidad de una secuencia de ácidos nucleicos que incluye la secuencia de codificación 20 para una proteína de angiogénesis, mataloproteinasa 10 de matriz (llamada también estromolisina 2) , en donde los codones de inicio y detención se encuentran encasillados. La Figura 24 muestra la expresión de la metaloproteinasa 10 de matriz a través de una variedad de 25 tejidos.

La Figura 25 muestra la expresión de la metaloproteinasa 10 de matriz a través de una variedad de tejidos. DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN 5 De acuerdo con los objetos antes señalados, la presente invención proporciona nuevos métodos para el diagnóstico de trastornos asociados con la angiogénesis j (algunas veces referidos aquí como trastornos de angiogénesis o AD) , así como métodos para el examen de composiciones que 10 modulan la angiogénesis. Por "trastorno asociado con la angiogénesis" o "enfermedad asociada con la angiogénesis" significa aquí un estado de enfermedad marcado ya sea por un exceso o un déficit en el desarrollo de vasos. Los • trastornos de angiogénesis incluyen, pero no se limitan a, 15 cáncer y retinopatía diabética proliferativa. También se proporcionan métodos para el tratamiento de AD. En un aspecto, los niveles de expresión de los genes se determinan en diferentes muestras de pacientes para los cuales se desea la información de diagnóstico, para 20 proporcionar perfiles de expresión. Un perfil de expresión de una muestra en particular es esencialmente una "huella digital" del estado de la muestra; mientras que dos estados pueden tener cualquier gen particular similarmente expresado, la evaluación de varios genes de manera simultánea permite la 25 generación de un perfil de expresión del gen que es único para el estado de la célula. Esto es, que el tejido normal puede distinguirse del tejido AD. Comparando los perfiles de expresión del tejido en diferentes estados de angiogénesis conocidos, se obtiene información que es importante respecto 5 a que genes (incluyendo tanto la sobre como la sub regulación de los genes) en cada uno de estos estados. La identificación de secuencias que se expresan de manera ^ diferencial en tejido angiogénico contra no-angiogénico permite el uso de esta información en varias formas. Por 10 ejemplo, la evaluación de un régimen de tratamiento en particular puede evaluarse: si una droga quimioterapéutica actúa para subregular la angiogénesis y así el crecimiento del tumor o recurrencia en un paciente en particular. De • manera similar, puede hacerse o confirmarse el diagnóstico 15 comparando las muestras del paciente con los perfiles de expresión conocidos. Además, estos perfiles de expresión del gen (o genes individuales) permiten examinar las drogas candidato con una visión para imitar o alterar un perfil de expresión particular; por ejemplo, puede hacerse el examen 20 para drogas que suprimen el perfil de expresión angiogénico.

• Esto puede hacerse fabricando biochips que comprenden conjuntos de los genes de angiogénesis importantes, que pueden utilizarse entonces en estos exámenes. Estos métodos pueden realizarse también sobre la base de proteínas; es 25 decir, que los niveles de expresión de proteína de las proteínas angiogénicas pueden evaluarse para propósitos de diagnóstico o para examinar agentes candidato. Adicionalmente, las secuencias de ácido nucleico angiogénicas pueden administrarse para propósitos de terapia genética, 5 incluyendo la administración de ácidos nucleicos de anti- sentido o de las proteínas angiogénicas (incluyendo anticuerpos y otros moduladores de los mismos) administrados como drogas terapéuticas. De este modo, la presente invención proporciona 10 secuencias de ácido nucleico y de proteína que se expresan de manera diferencial en la angiogénesis, aquí llamadas "secuencias de angiogénesis" . Como se señala a continuación, las secuencias de angiogénesis incluyen aquellas que se encuentran sobre-reguladas (i.e., expresadas en un nivel más 15 alto) en trastornos asociados con la angiogénesis, así como aquellas que se encuentran sub-reguladas (i.e., expresadas en un nivel más bajo) . En una modalidad preferida, las secuencias de angiogénesis son de humano; sin embargo, como lo apreciarán los expertos en la técnica, las secuencias de 20 angiogénesis de otros organismos pueden ser útiles en modelos fl animales de la enfermedad y en la evaluación de la droga; de este modo, se proporcionan otras secuencias de angiogénesis, de vertebrados, incluyendo mamíferos, incluyendo roedores (ratas, ratones, hamsters, conejillos de indias, etc.), 25 primates, animales de granja (incluyendo ovejas, cabras, cerdos, vacas, caballos, etc.). Las secuencias de angiogénesis de otros organismos pueden obtenerse utilizando las técnicas abajo señaladas. Las secuencias de angiogénesis pueden incluir 5 secuencias de ácido nucleico y de aminoácido. En una modalidad preferida, las secuencias de angiogénesis son ácidos nucleicos recombinantes. Por el término "ácido nucleico recombinante" se entiende un ácido nucleico originalmente formado in vitro, en general, mediante la 10 manipulación del ácido nucleico por medio de polimerasas y endonucleasas, en una forma no encontrada normalmente en la naturaleza. Así, un ácido nucleico aislado, en forma lineal o un vector de expresión formado in vitro ligando moléculas de ADN que normalmente no se encuentran unidas, se consideran 15 ambos recombinantes para los propósitos de esta invención. Se entiende que una vez que el ácido nucleico recombinante se forma y se reintroduce en una célula u organismo huésped, replicará de manera no-recombinante, i.e., utilizando la maquinaria celular in vivo de la célula huésped en vez de las 20 manipulaciones in vitro; sin embargo, tales ácidos nucleicos, wm una vez que se producen de manera recombinante, aunque se replican subsecuentemente de manera no-recombinante, se consideran aún recombinantes para los propósitos de la invención. 25 De manera similar, una "proteína recombinante" es una proteína formada utilizando técnicas recombinantes, i.e., a través de la expresión de un ácido nucleico recombinante como se ilustró anteriormente. Una proteína recombinante se distingue de la proteína que se produce de manera natural por medio de al menos una o más características. Por ejemplo, la proteína puede aislarse o purificarse a partir de algunas o todas las proteínas y compuestos con los cuales se asocia normalmente en su huésped tipo silvestre y así puede ser sustancialmente pura. Por ejemplo, una proteína aislada no se acompaña por al menos algún material con el cual se asocia normalmente en su estado natural, que constituye preferentemente al menos aproximadamente el 0.5%, más preferentemente al menos aproximadamente el 5% por peso de la proteína total en una muestra dada. Una proteína sustancialmente pura comprende al menos aproximadamente el 75% por peso de la proteína total, siendo preferido al menos aproximadamente el 80% y particularmente preferido al menos aproximadamente el 90%. La definición incluye la producción de una proteína de angiogénesis proveniente de un organismo en un organismo diferente o célula huésped. Alternativamente, la proteína puede hacerse en una concentración significativamente mayor de lo que se ve normalmente, a través del uso de un promotor inducible o promotor de alta expresión, de modo que la proteína se forma en niveles incrementados de concentración. Alternativamente, la proteína puede estar en la forma que no se encuentra normalmente en la naturaleza, como en la adición de un marcador de epítope o en sustituciones, inserciones y supresiones de aminoácido, como se trata a continuación. 5 En una modalidad preferida, las secuencias de angiogénesis son ácidos nucleicos. Como lo apreciarán los expertos en la técnica y se señala abajo más completamente, las secuencias de angiogénesis son útiles en una variedad de • aplicaciones, incluyendo aplicaciones diagnósticas que 10 detectarán ácidos nucleicos que se producen de manera natural, así como en aplicaciones de examen; por ejemplo, pueden generarse biochips que comprenden sondas de ácido nucleico para las secuencias de angiogénesis. Entonces, en • el sentido más amplio, por "ácido nucleico" u 15 "oligonucleótido" o equivalentes gramaticales se entiende aquí al menos dos nucleótidos enlazados de manera covalente entre sí . Un ácido nucleico de la presente invención contendrá generalmente enlaces de fosfodiéster, aunque en algunos casos, como se señala a continuación, se incluyen los 20 análogos de ácido nucleico que pueden tener estructuras alternativas, que comprenden, por ejemplo, fosforamidato (Beaucage et al., Tetrahedron 49(10): 1925 (1993) y las referencias en la misma; Letsinger, J. Org. Chem. 35:3800 (1970); Sprinzl et al., Eur. J. Biochem. 81:579 (1977); 25 Letsinger et al., Nucí. Acids Res. 14:3487 (1986); Sawai et .^.¿ J&Á..? j j al., Chem. Lett. 805 (1984); Letsinger et al., J. Am. Chem. Soc. 110:4470 (1988); y Pau els et al., Chemica Scripta 26:141 91986)), fosforotioato (Mag et al., Nucleic Acids Res. 19:1437 (1991); y la Patente de los E.U. No. 5,644,048), fosforoditioato (Briu et al., J. Am.Chem. Soc. 111:2321 (1989) ; enlaces de 0-metilfosforoamidita (ver Eckstein oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach Oxford University Press) y estructuras y enlaces de ácido nucleico péptido (ver Egholm, J. Am. Chem. Soc. 114:1895 (1992); Meier et al., Chem. Int. Ed. Engl. 31:1008 (1992); Nielsen, Nature 365:566 (1993); Carlsson et al., Nature 380:207 (1996), todas las cuales se incorporan mediante la referencia) . Otros ácidos nucleicos análogos incluyen aquellos con estructuras positivas (Denpcy et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 92:6097 (1995); estructuras no-iónicas (Patentes de los E.U. Nos. 5,386,023, 5,637,684, 5,602,240, 5,216,141 y 4,469,863; Kiedrowshi et al., Angew. Chem. Intl. Ed. English 30:423 (1991); Letsinger et al., J. Am. Chem. Soc. 110:4470 (1988); Letsinger et al., Nucleoside & Nucleotide 13:1597 (1994); Capítulos 2 y 3, ASC Symposium Series 580, "Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Ed. Y.S. Sanghui y P.

Dan Cook; Mesmaeker et al., Bioorganic & Medicinal Chem.

Lett. 4:395 (1994); Jeffs et al., J. Biomolecular NMR 34:17 (1994); Tetrahedron Lett. 37:743 (1996)) y estructuras no- ribosas, incluyendo aquellas descritas en las Patentes de los iÁ &¿? ÁI ±m* E.U. Nos. 5,235,033 y 5,034,506 y Capítulos 6 y 7, ASC Symposium Series 580, "Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Ed. Y.S. Sanghui y P. Dan Cook. Los ácidos nucleicos que contienen uno o más azúcares 5 carbocíclicas se incluyen también dentro de una definición de ácidos nucleicos (ver Jenkins et al., Chem. Soc. Rev. (1995) pag. 169-176) . Varios análogos de ácido nucleico se describen en Rawls, C & E News Junio 2, 1997 pag. 35. Todas estas referencias se incorporan aquí mediante la referencia. 10 Estas modificaciones de la estructura ribosa-fosfato pueden hacerse por una variedad de razones, por ejemplo, para incrementar la estabilidad y la vida media de tales moléculas en ambientes fisiológicos o como sondas en un biochip. • Como lo apreciarán los expertos en la técnica, 15 todos estos análogos de ácido nucleico pueden encontrar uso en la presente invención. Además, pueden hacerse mezclas de los ácidos nucleicos y análogos que se producen de manera natural; alternativamente pueden hacerse mezclas de los diferentes análogos ?e ácido nucleico y mezclas de los ácidos 20 nucleicos y análogos que se producen de manera natural . m. Los ácidos nucleicos péptidos (PNA) que son particularmente preferidos incluyen análogos de ácido nucleico péptido. Estas estructuras son sustancialmente no- iónicas bajo condiciones neutrales, en contraste con la 25 estructura de fosfodiéster altamente cargada de los ácidos nucleicos que se producen de manera natural. Esto da como resultado dos ventajas. Primera, la estructura PNA exhibe cinéticos de hibridización mejorados. Los PNAs tienen cambios mayores en la temperatura de fusión (Tm) para pares 5 base desiguales contra los perfectamente iguales. El ADN y el ARN exhiben típicamente una caída de 2-4°C en la Tm para una desigualdad interna. Con la estructura no- iónica del PNA, la caída se acerca a 7-9°C. De manera similar, debido a # su naturaleza no-iónica, la hibridización de las bases unidas 10 a estas estructuras es relativamente insensible a la concentración salina. En adición, los PNAs no se degradan por medio de las enzimas celulares y así pueden ser más estables . # Los ácidos nucleicos pueden ser monocatenarios o 15 bicatenarios, como se especifica o contener porciones de ambas secuencias bicatenaria o monocatenaria. Como lo apreciarán los expertos en la técnica, la ilustración de un monocatenario ("Watson") define también la secuencia de otra hebra ("Crick"); de este modo, las secuencias aquí descritas 20 incluyen también el complemento de la secuencia. El ácido fi nucleico puede ser ADN, tanto genómico como ADNc, ARN o un híbrido, en donde el ácido nucleico contiene cualquier combinación de deoxiribo- y ribo-nucleótidos y cualquier combinación de bases, incluyendo uracilo, adenina, timina, 25 citosina, guanina, inosina, xantina hipoxantina, isocitosina, isoguanina, etc. Como aquí se utiliza, el término "nucleósido" incluye nucleótidos y nucleósidos y análogos de nucleótidos y nucleósidos modificados tales como los nucleósidos amino modificados. Además, "nucleósido" incluye 5 estructuras análogas que no se producen de manera natural . Así, por ejemplo, las unidades individuales de un ácido nucleico péptido, que contienen cada una, una base, se refieren aquí como un nucleósido. • Una secuencia de angiogénesis puede identificarse 10 inicialmente mediante el ácido nucleico sustancial y/o la homología de secuencia de aminoácidos para las secuencias de angiogénesis aquí señaladas . Tal homología puede basarse en la secuencia total de ácido nucleico o de aminoácido y se • determina generalmente como se señala a continuación, 15 utilizando ya sea programas de homología o condiciones de hibridización. El examen de angiogénesis incluye la comparación de genes identificados en un modelo in vitro de la angiogénesis como se describe en Hiraoka, Cell 95:365 (1998), que se 20 incorpora expresamente mediante la referencia, con los genes identificados en los controles. Las muestras de tejido normal y de tejido que experimenta angiogénesis se aplican a los biochips que comprenden sondas de ácido nucleico. Las muestras se micro-disectan primero, si es aplicable y se 25 tratan como se conoce en la técnica para la preparación de tA4.fea l. jij ~ * »-» &*** ***.. a .. A^ . - **, * -*„. * .», . ^.-^ _ ,A* ^A*AAA mt <* ****-*& Jjkt l ARNm. Los biochips adecuados se encuentran comercialmente disponibles, por ejemplo de Affymetrix. Los perfiles de expresión de gen como aquí se describen se generan y se analizan los datos. 5 En una modalidad preferida, los genes que muestran cambios en la expresión como entre el estado normal y de enfermedad se comparan con los genes en otros tejidos normales, incluyendo, pero sin limitarse a, pulmón, corazón, • cerebro, hígado, seno, riñon, músculo, próstata, intestino 10 delgado, intestino grueso, bazo, hueso y placenta. En una modalidad preferida, aquellos genes identificados durante el examen de angiogénesis que se encuentran expresados en cualquier cantidad significativa en otros tejidos se retiran • del perfil, aunque en algunas modalidades, esto no es 15 necesario. Es decir, al examinar drogas, es preferible que el objetivo sea específico de la enfermedad para minimizar los efectos laterales posibles. En una modalidad preferida, las secuencias de apgiogénesis son aquellas que se encuentran sobre-reguladas 20 en trastornos de angiogénesis; es decir, que la expresión de W—? estos genes es mayor en el tejido enfermo comparado al tejido normal. "Sobre-regulación" como aquí se utiliza significa al menos aproximadamente un cambio de dos veces, preferentemente al menos aproximadamente un cambio de tres veces, siendo 25 preferido al menos aproximadamente cinco veces o mayor.

Todos los números de acceso en la presente son para la base de datos de secuencia del GenBank y las secuencias de los números de acceso se incorporan aquí expresamente para referencia. El GenBank se conoce en la técnica, ver, e.g., 5 Benson, DA. et al., Nucleic Acids Research 26:1-7 (1998) y http://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Además, se encontró que estos genes se encuentran expresados en una cantidad limitada o no del todo en el corazón, cerebro, pulmón, hígado, seno, riñon, próstata, intestino delgado y bazo. 10 En una modalidad preferida, las secuencias de angiogénesis son aquellas que se encuentran sub-reguladas en trastornos de angiogénesis; es decir, que la expresión de estos genes es menor en el tejido angiogénico comparado al • tejido normal. "Sub-regulación" como aquí se utiliza 15 significa al menos aproximadamente un cambio de dos veces, preferentemente al menos un cambio de tres veces, siendo preferido al menos aproximadamente de cinco veces o mayor. Las secuencias de angiogénesis de acuerdo a la invención pueden clasificarse en agrupaciones discretas de 20 secuencias en base a los perfiles comunes de expresión de las fl secuencias. Los niveles de expresión de las secuencias de angiogénesis pueden aumentar o disminuir como una función de tiempo de manera que se correlacionan con la inducción de la angiogénesis. Alternativamente, los niveles de expresión de 25 las secuencias de angiogénesis pueden aumentar y disminuir tiUgaa ^ .imA? .l ~.*tt**tt*.. -. ** * ** ^ a >J fea*a *. aa m„i - A m, M ^ i* ^Aiá ík Í, como una función de tiempo. Por ejemplo, los niveles de expresión de algunas secuencias de angiogénesis se inducen o disminuyen temporalmente durante el cambio al fenotipo de la angiogénesis, seguido por un regreso a los niveles de 5 expresión de la línea base. La Tabla 1 ilustra 1774 genes, cuya expresión varía como una función de tiempo en el tejido de angiogénesis al compararse con el tejido normal. La Figura 1 ilustra 4 perfiles de expresión discretos de los genes de angiogénesis identificados en la Tabla 1. 10 Una modalidad particularmente preferida incluye las secuencias como se describen en la Tabla 2 que ilustra un sub-conjunto preferido de 559 secuencias de angiogénesis, cuya expresión se altera en la angiogénesis al compararla con • el tejido normal. 15 Una modalidad adicional incluye las secuencias como se describen en la Tabla 3, que ilustra 1916 genes incluyendo marcadores de secuencia de expresión (incorporadas en su totalidad aquí y a través de la solicitud en donde se proporcionan números de Acceso) , cuyos niveles de expresión 20 cambian como una función de tiempo en el tejido que flp experimenta la angiogénesis comparado con el tejido en el que no . Una modalidad preferida incluye las secuencias como se describen en la Tabla 4 que ilustra un sub-conjunto 25 preferido de 558 genes identificados en la Tabla 3 cuyos niveles de expresión cambian como una función de tiempo en el tejido que experimenta la angiogénesis comparado con el tejido en el que no. Una modalidad particularmente preferida incluye las secuencias como se describen en la Tabla 5 que proporciona un sub-conjunto preferido de 20 números de Acceso identificados en la Tabla 3 cuyos niveles de expresión cambian como una función de tiempo en el tejido que experimenta la angiogénesis comparado con el tejido en el que no. En una modalidad particularmente preferida, las secuencias de angiogénesis son aquellas que se encuentran inducidas durante un período de tiempo seguido por un regreso a los niveles de la línea base. Las secuencias que se encuentran temporalmente inducidas proporcionan un medio para señalar el tejido de angiogénesis, por ejemplo tumores neovascularizados, mientras evitan el rápido crecimiento del tejido que requiere vascularización perpetua. Tales factores angiogénicos positivos incluyen aFGF, bFGF, VEGF, angiogenina y similares. Las secuencias de angiogénesis inducidas se categorizan también además con respecto al tiempo de inducción. Por ejemplo, algunos genes de angiogénesis pueden inducirse en un período inicial de tiempo, tal como con 10 minutos de la inducción de la angiogénesis. Otros pueden inducirse posteriormente, tal como entre 5 y 60 minutos, mientras que otros aún pueden inducirse durante un período de tiempo de aproximadamente dos horas o más seguidas por el regreso a los niveles de expresión de la línea base. En otra modalidad preferida se encuentran las 5 secuencias de angiogénesis que se inhiben o reducen como una función de tiempo seguido por un regreso a los niveles de expresión "normales" . Los inhibidores de angiogénesis son ejemplos de moléculas que tienen este perfil de expresión. Estas secuencias pueden dividirse también adicionalmente en 10 grupos dependiendo del tiempo de expresión disminuida. Por ejemplo, algunas moléculas pueden mostrar una expresión reducida con 10 minutos de la inducción de la angiogénesis. Otros pueden disminuir posteriormente, tal como entre 5 y 60 minutos, mientras que otros pueden disminuir durante un 15 período de tiempo de aproximadamente dos horas o más seguido por un regreso a la línea base. Los ejemplos de tales factores negativos de la angiogénesis incluyen tromboespondina y endostatina para nombrar algunos. Aún en otra modalidad preferida se encuentran las 20 secuencias de angiogénesis que se inducen durante períodos flp prolongados. Estas secuencias se asocian típicamente con la inducción de la angiogénesis y pueden participar en la inducción y/o el mantenimiento del fenotipo de la angiogénesis . 25 En otra modalidad preferida se encuentran las secuencias de angiogénesis cuya expresión se reduce o disminuye durante períodos prolongados en el tejido angiogénico. Estas secuencias son típicamente inhibidores de la angiogénesis y su disminución se correlaciona con un incremento en la angiogénesis. Las proteínas de angiogénesis de la presente invención pueden clasificarse como proteínas secretadas, proteínas transmembrana o proteínas intracelulares. En una modalidad preferida la proteína de angiogénesis es una proteína intracelular. Las proteínas intracelulares pueden encontrarse en el citoplasma y/o en el núcleo. Las proteínas intracelulares se encuentran involucradas en todos los aspectos de la función y replicación celular (incluyendo, por ejemplo, las trayectorias de señalización) ; la expresión aberrante de tales proteínas da como resultado procesos celulares no-regulados o des-regulados . Por ejemplo, muchas proteínas intracelulares tienen una actividad enzimática tal como la actividad de la proteína cinasa, la actividad de la proteína fosfatasa, la actividad de proteasa, la actividad del nucleótido ciclasa, la actividad de polimerasa y similares. Las proteínas intracelulares sirven también como proteínas de ensamblaje que se encuentran involucradas en la organización de complejos de proteínas o proteínas objetivo para varias localizaciones subcelulares y se encuentran involucradas en mantener la integridad estructural de los organelos . Un concepto incrementadamente apreciado en la caracterización de las proteínas intracelulares es la presencia en las proteínas de uno o más motivos a los cuales se atribuyen funciones definidas. En adición a las secuencias altamente conservadas encontradas en el dominio enzimático de las proteínas, se han identificado secuencias altamente conservadas en las proteínas involucradas en la interacción proteína-proteína. Por ejemplo, los dominios Src-homología-2 (SH2) se unen a objetivos tirosina-fosforilados de una manera dependiente de la secuencia. Los dominios PTB, que son distintos a los dominios SH2 , se unen también a objetivos tirosina- fosforilados . Los dominios SH3 se unen a objetivos ricos en prolina. Adicionalmente, los dominios PH, las repeticiones de tetratricopéptido y los dominios WD para nombrar solo algunos, han mostrado mediar las interacciones proteína-proteína. Algunos de estos pueden estar involucrados también en la unión a fosfolípidos u otros segundos mensajeros. Como lo apreciará alguien de experiencia ordinaria en la materia, estos motivos pueden identificarse en base a la secuencia primaria; de este modo, un análisis de la secuencia de proteínas puede proporcionar la penetración dentro del potencial enzimático de la molécula y/o moléculas con las cuales puede asociarse la proteína. En una modalidad preferida, las secuencias de angiogénesis son proteínas de transmembrana. Las proteínas de transmembrana son moléculas que extienden la doble capa de fosfolípidos de una célula. Estas pueden tener un dominio intracelular, un dominio extracelular o ambos. Los dominios intracelulares de tales proteínas pueden tener varias funciones incluyendo aquellas ya descritas para las proteínas intracelulares. Por ejemplo, el dominio intracelular puede tener actividad enzimática y/o puede servir como un sitio de unión para proteínas adicionales. Frecuentemente, el dominio intracelular de las proteínas de transmembrana sirve para ambos roles. Por ejemplo, ciertas tirosina cinasas receptoras tienen actividad de proteína cinasa y dominios SH2. Además, la autofosforilación de las tirosinas sobre la molécula receptora en sí, crea sitios de unión para las proteínas adicionales que contienen el dominio SH2. Las proteínas de transmembrana pueden contener de uno a muchos dominios de transmembrana. Por ejemplo, las tirosina cinasas receptoras, ciertos receptores de citosina, las guanilil ciclasas receptoras y las proteina cinasas de serina/treonina receptoras contienen un único dominio de transmembrana. Sin embargo otras varias proteínas incluyendo canales y adenil ciclasas contienen numerosos dominios de transmembrana. Muchos importantes receptores de superficie celular se clasifican como proteínas de "siete dominios de transmembrana" , dado que contienen 7 regiones de membrana de ***.*&-&&-*.-*.,***.; extensión. Los receptores importantes de proteína de transmembrana incluyen, pero no se limitan a, receptor de insulina, receptor del factor de crecimiento similar a insulina, receptor humano de hormona de crecimiento, 5 transportadores de glucosa, receptor de transferrina, receptor epidermal del factor de crecimiento, receptor de lipoproteína de baja densidad, receptor epidermal del factor de crecimiento, receptor de leptina, receptores de • interleucina, e.g., receptor IL-1, receptor IL-2, etc. 10 Las características de los dominios de transmembrana incluyen aproximadamente 20 aminoácidos hidrofóbicos consecutivos que pueden seguirse por aminoácidos cargados. En consecuencia, al analizar la secuencia de "^S aminoácidos de una proteína en particular, puede predecirse 15 la localización y el número de dominios de transmembrana dentro de la proteína. Los dominios extracelulares de las proteínas de transmembrana son diversos; sin embargo, los motivos conservados se encuentran repetidamente entre varios dominios 20 extracelulares. La estructura conservada y/o las funciones se han adscrito a diferentes motivos extracelulares. Por ejemplo, los receptores de citosina se caracterizan por una agrupación de cisteínas y un motivo WSXWS (W=triptofano, S=serina, X=cualquier aminoácido) . Los dominios similares a 25 inmunoglobulina son altamente conservados. Los dominios similares a mucina pueden estar involucrados en la adhesión celular y las repeticiones ricas en leucina participan en las interacciones proteína-proteína. Muchos dominios extracelulares se encuentran 5 involucrados en la unión a otras moléculas. En un aspecto, los dominios extracelulares son receptores . Los factores que se unen al dominio receptor incluyen ligandos de circulación, que pueden ser péptidos, proteínas o pequeñas moléculas tal ^ como la adenosina y similares. Por ejemplo, los factores de 10 crecimiento tales como EGF, FGF y PDGF son factores de crecimiento de circulación que se unen a sus receptores cognados para iniciar una variedad de respuestas celulares. Otros factores incluyen citosinas, factores mitogénicos, factores neurotrópicos y similares. Los dominios 15 extracelulares se unen también a moléculas asociadas a la célula. A este respecto, éstas median las interacciones célula-célula. Los ligandos asociados a célula pueden estar unidos a la célula por ejemplo mediante un anclaje de glicosilfosfatidilinositol (GPl) o pueden ser por sí mismos 20 proteínas de transmembrana. Los dominios extracelulares se asocian también con la matriz extracelular y contribuyen al mantenimiento de la estructura celular. Las proteínas putativas de angiogénesis de transmembrana incluyen aquellas codificadas por las 25 secuencias marcadas con "Y" en la columna TM ilustrada en la Íít ? ?.J mi j ,a ataja,!.

Tabla 2. Las proteínas de angiogénesis que son transmembrana se prefieren particularmente en la presente invención dado que son buenos objetivos para los inmunoterapéuticos, como 5 aquí se describen. Además, como se señala a continuación, las proteínas de transmembrana pueden ser útiles también para crear modalidades. Se apreciará también por los expertos en la técnica que una proteína de transmembrana puede hacerse soluble 10 retirando las secuencias de transmembrana, por ejemplo a través de métodos recombinantes. Además, las proteínas de transmembrana que se han hecho solubles pueden elaborarse para secretarlas a través de medios recombinantes agregando F una secuencia de señal apropiada. 15 En una modalidad preferida, las proteínas de angiogénesis son proteínas secretadas; cuya secreción puede ser ya sea constitutiva o regulada. Estas proteínas tienen un péptido de señal o secuencia de señal que dirige la molécula hacia la ruta secretora. Las proteínas secretadas 20 se encuentran involucradas en numerosos eventos fisiológicos; F en virtud de su naturaleza circulante, sirven para transmitir señales a otros varios tipos celulares. La proteína secretada puede funcionar de una manera autócrina (actuando sobre la célula que secreta al factor) , de una manera 25 parácrina (actuando sobre las células en proximidad cercana a la célula que secreta al factor) o de una manera endocrina (actuando sobre las células a distancia) . De este modo, las moléculas secretadas encuentran su uso en la modulación o la alteración de numerosos aspectos de la fisiología. Las 5 proteínas de angiogénesis que son proteínas secretadas se prefieren particularmente en la presente invención debido a que sirven como buenos objetivos para los marcadores de diagnóstico, por ejemplo para análisis de sangre. • Las proteínas putativas de angiogénesis secretadas 10 incluyen aquellas codificadas por las secuencias ilustradas en la Tabla 2 que se encuentran marcadas con "Y" en la columna SS, pero con una "N" en la columna TM. Una secuencia de angiogénesis se identifica inicialmente por medio de la homología de la secuencia 15 sustancial de ácidos nucleicos y/o de aminoácidos para las secuencias de angiogénesis aquí señaladas. Tal homología puede basarse en la secuencia total de ácidos nucleicos o de aminoácidos y se determina generalmente como se señala a continuación, utilizando ya sea programas de homología o 20 condiciones de hibridización. ,^ Como aquí se utiliza, un ácido nucleico es un "ácido nucleico de la angiogénesis" si la homología total de la secuencia de ácidos nucleicos para uno de los ácidos nucleicos de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 o Tabla 5 25 es preferentemente mayor de aproximadamente el 75%, más preferentemente mayor de aproximadamente el 80%, incluso más preferentemente mayor de aproximadamente 85% y más preferentemente mayor de el 90%. En algunas modalidades la homología será tan alta como aproximadamente el 93 a 95 o 5 98%. La homología en este contexto significa la similaridad o identidad de la secuencia, siendo preferida la identidad. Una comparación preferida para propósitos de homología es comparar la secuencia que contiene errores de secuencia con la secuencia correcta. Esta homología se determinará 10 utilizando técnicas estándar conocidas en la técnica, incluyendo, pero sin limitarse al algoritmo de homología local de Smith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981), mediante el algoritmo de alineación de homología de Needleman • & Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970), mediante la 15 investigación del método de similaridad de Pearson & Lipman, PNAS USA 85:2444 (1988), mediante las implementaciones computarizadas de estos algoritmos (GAP, BESTFIT, FASTA y TFASTA en el Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Madison, Wl) , el programa 20 de secuencia Best Fit descrito por Devereux et al., Nucí. ^—? Acid Res. 12:387-395 (1984), utilizando preferentemente los valores prdeterminados o mediante la inspección. En una modalidad preferida, las secuencias que se utilizan para determinar la identidad o similaridad de la 25 secuencia se seleccionan a partir de las secuencias establecidas en las tablas y en las figuras, preferentemente aquellas representadas en la Tabla 4, más preferentemente aquellas representadas en la Tabla 5, aún más preferentemente aquellas de las Figuras 2, 3, 7, 11, 12, 17, 21, 23 y sus fragmentos. En una modalidad las secuencias aquí utilizadas son aquellas establecidas en las tablas y en las figuras. En otra modalidad, las secuencias son variantes alélicas que se producen de manera natural de las secuencias establecidas en las tablas y en las figuras. En otra modalidad, las secuencias son variantes de las secuencias como se describe aquí adicionalmente. Un ejemplo de un algoritmo útil es PILEUP. PILEUP crea un alineamiento de secuencia múltiple a partir de un grupo de secuencias relacionadas utilizando alineamientos progresivos en pares. Puede también graficarse un árbol que muestra las relaciones de agrupación utilizadas para crear el alineamiento. El PILEUP utiliza la simplificación del método de alineamiento progresivo de Feng & Doolittle, J. Mol. Evol . 35:351-360 (1987); el método es similar al descrito por Higgins & Sharp CABIOS 5:151-153 (1989) . Los parámetros útiles de PILEUP incluyen un peso del espacio predeterminado de 3.00, un peso de la longitud del espacio predeterminado de 0.10 y espacios finales ponderados. Otro ejemplo de un algoritmo útil es el algoritmo BLAST, como se describe en Altschul et al., J. Mol. Biol. 215, 403-410 (1990) y en Karlin et al., PNAS USA 90:5873-5787 (1993) . Un programa BLAST particularmente útil es el programa WU-BLAST-2 que se obtuvo de Altschul et al., Methods in Enzymology, 266:460-480 (1996); http://blast.wust!] . El 5 WU-BLAST-2 utiliza varios parámetros de búsqueda, la mayoría de los cuales se establecen para los valores predeterminados. Los parámetros ajustables se establecen con los valores siguientes: extensión de sobreposición = 1, fracción de • sobreposición = 0.125, umbral de palabra (T) = 11. Los 10 parámetros HSP S y HSP S2 son valores dinámicos y se establecen mediante el programa en sí dependiendo de la composición de la secuencia particular y la composición de la base de datos particular contra la cual se busca la secuencia de interés; sin embargo, los valores pueden ajustarse para 15 aumentar la sensibilidad. Se determina un % del valor de identidad de la secuencia de aminoácidos mediante el número de residuos idénticos que se igualan dividido por el número total de los residuos de la secuencia "más larga" en la región alineada. La secuencia "más larga" es la que tiene 20 los residuos más actuales en la región alineada (se ignoran los espacios que se introducen mediante el WU-BLAST-2 para ^^ maximizar el puntuación de alineamiento) . De este modo, la "identidad porcentual (%) de la secuencia de ácidos nucleicos" se define como el porcentaje 25 de los residuos de nucleótido en una secuencia candidato que son idénticos a los residuos de nucleótido de los ácidos nucleicos de las figuras. Un método preferido utiliza el módulo BLASTN del conjunto WU-BLAST-2 para los parámetros predeterminados; estableciendo la extensión de sobreposición y la fracción de sobreposición a 1 y 0.125, respectivamente. El alineamiento puede incluir la introducción de espacios en las secuencias que van a alinearse. Además, para las secuencias que contienen ya sea más o menos nucleótidos que aquellas de los ácidos nucleicos de las figuras, se entiende que el porcentaje de homología se determinará en base al número de nucleósidos homólogos en relación al número total de nucleósidos. De este modo, por ejemplo, la homología de secuencias más cortas que las de las secuencias identificadas aquí y tratadas a continuación, se determinará utilizando el número de nucleósidos en la secuencia más corta . En una modalidad, la homología del ácido nucleico se determina a través de estudios de hibridización. De este modo, por ejemplo, los ácidos nucleicos que se hibridizan bajo alta rigurosidad a los ácidos nucleicos identificados en las figuras o sus complementos, se consideran una secuencia de angiogénesis. Las condiciones de alta rigurosidad se conocen en la técnica; ver por ejemplo Maniatis et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a edición, 1989 y Short Protocols in Molecular Biology, ed. Ausubel et al., ambas incorporadas aquí como referencia. Las condiciones de rigurosidad son secuencia-dependientes y serán diferentes en diferentes circunstancias. Las secuencias más largas se hibridizan específicamente a mayores temperaturas. Una 5 exhaustiva guía para la hibridización de ácidos nucleicos se encuentra en Tijssen, Techniques in Biochemistry and Molecular Biology -- Hibridization with Nucleic Acid Probes, # "Overview of principies of hibridization and the strategy of nucleic acid assays" (Técnicas en Bioquímica y Biología 10 Molecular - Hibridización con Sondas de Ácido Nucleico, "Revisión de los Principios de Hibridización y la Estrategia de los Ensayos de Ácido Nucleico") (1993). En general, las condiciones de rigurosidad se seleccionan para ser de ^ aproximadamente 5-10°C mas bajas que el punto de fusión 15 térmico (Tm) para la secuencia específica a un pH de fuerza iónica definida. La Tm es la temperatura (bajo fuerza iónica definida, pH y concentración de ácido nucleico) a la cual el 50% de las sondas complementarias al objetivo se hibridizan a la secuencia objetivo en equilibrio (dado que las secuencias 20 objetivo se encuentran presentes en exceso, a Tm, el 50% de BL las sondas se encuentran ocupadas en equilibrio) . Las condiciones de rigurosidad son aquellas en las cuales la concentración salina es menor que aproximadamente 1.0 M de ion de sodio, típicamente aproximadamente 0.01 a 1.0 M de 25 concentración de ion de sodio (u otras sales) a un pH de 7.0 a 8.3 y la temperatura es de al menos aproximadamente 30 °C para sondas cortas (e.g., 10 a 50 nucleótidos) y al menos aproximadamente 60°C para sondas largas (e.g., mayores de 50 nucleótidos) . Las condiciones de rigurosidad pueden lograrse 5 también con la adición de agentes desestabilizadores tales como formamida. En otra modalidad, se utilizan condiciones de hibridización menos rigurosas; por ejemplo, pueden utilizarse condiciones de rigurosidad moderada o baja, como se conoce en 10 la técnica; ver Maniatis y Ausubel, supra y Tijssen, supra. Además, las secuencias de angiogénesis de ácido nucleico de la invención son fragmentos de genes mayores, i.e., son segmentos de ácido nucleico. Los "genes" en este ^.^w contexto incluyen regiones de codificación, regiones de no- 15 codificación y mezclas de regiones de codificación y no- codificación. De acuerdo a esto, como lo apreciarán los expertos en la técnica, al utilizar las secuencias aquí proporcionadas, pueden obtenerse secuencias adicionales de los genes de angiogénesis, utilizando técnicas bien conocidas 20 en la materia para clonar ya sea secuencias más largas o las secuencias de longitud total; ver, Maniatis et al. y Ausubel et al., supra, incorporadas aquí expresamente para referencia . Una vez que se identifica el ácido nucleico de la 25 angiogénesis, puede clonarse y, si es necesario, recombinar sus partes constituyentes para formar el ácido nucleico de la angiogénesis completa. Una vez aislado de su fuente natural, e.g., contenido dentro de un plásmido u otro vector o extraído del mismo como un segmento lineal de ácido nucleico, 5 el ácido nucleico de la angiogénesis recombinante puede utilizarse adicionalmente para identificar y aislar otros ácidos nucleicos de angiogénesis, por ejemplo, las regiones de codificación adicionales. También puede utilizarse como un ácido nucleico "precursor" para elaborar ácidos nucleicos 10 y proteínas de angiogénesis modificados o variantes. Los ácidos nucleicos de angiogénesis de la presente invención se utilizan de varias maneras. En una primera modalidad, se elaboran las sondas de ácido nucleico para los ácidos nucleicos de angiogénesis y se unen a biochips para 15 utilizarlos en métodos de examen y diagnóstico, como se señala abajo o para la administración, por ejemplo, para terapia de genes y/o aplicaciones de antisentido. Alternativamente, los ácidos nucleicos de angiogénesis que incluyen las regiones de codificación de las proteínas de 20 angiogénesis pueden ponerse dentro de vectores de expresión para la expresión de las proteínas de angiogénesis, de nuevo ya sea para propósitos de examen o para la administración a un paciente. En una modalidad preferida, se elaboran las sondas 25 de ácido nucleico para los ácidos nucleicos de angiogénesis (ambas, la secuencia de ácidos nucleicos señalada en las figuras y/o sus complementos) . Las sondas de ácido nucleico unidas al biochip se diseñan para ser sustancialmente complementarias a los ácidos nucleicos de angiogénesis, i.e., a la secuencia objetivo (ya sea a la secuencia objetivo de la muestra o a otras secuencias de sonda, por ejemplo en análisis intercalados) , de modo que se presenta la hibridización de la secuencia objetivo y las sondas de la presente invención. Como se señala abajo, esta complementariedad no necesita ser perfecta; puede haber cualquier número de desigualdades de pares de base que interferirán con la hibridización entre la secuencia objetivo y los ácidos nucleicos monocatenarios de la presente invención. Sin embargo, si el número de mutaciones es tan grande que no puede presentarse la hibridización incluso bajo las condiciones menos rigurosas de hibridización, la secuencia no es una secuencia objetivo complementaria. De este modo, "sustancialmente complementaria" significa aquí que las ondas son suficientemente complementarias a las secuencias objetivo para hibridizarse bajo condiciones normales de reacción, particularmente en condiciones de alta rigurosidad, como aquí se señala. Una sonda de ácido nucleico es preferentemente monocatenaria pero puede ser parcialmente monocatenaria y parcialmente bicatenaria. El trenzado de la sonda se dicta por la estructura, composición y propiedades de la secuencia objetivo. En general, las sondas de ácido nucleico fluctúan desde aproximadamente 8 hasta aproximadamente 100 bases de longitud, siendo preferido desde aproximadamente 10 hasta aproximadamente 80 bases y siendo particularmente preferido desde aproximadamente 30 hasta aproximadamente 50 bases. Es decir, que en general no se utilizan todos los genes. En algunas modalidades, pueden utilizarse ácidos nucleicos mucho más largos, de más de cientos de bases. En una modalidad preferida, se utiliza más de una sonda por secuencia ya sea con sondas de sobreposición o sondas para las diferentes secciones del objetivo que se utiliza. Es decir, que se utilizan dos, tres, cuatro o más sondas, siendo preferido tres, para conformarse una redundancia para un objetivo particular. Las sondas pueden ser de sobreposición (i.e., tener alguna secuencia en común) o separadas . Como lo apreciarán los expertos en la técnica, los ácidos nucleicos pueden unirse o inmovilizarse a un soporte sólido en una amplia variedad de formas. Por "inmovilizado" y sus equivalentes gramaticales se entiende aquí que la asociación o unión entre la sonda de ácido nucleico y el soporte sólido es suficiente para ser estable bajo las condiciones de unión, lavado, análisis y remoción como se señala abajo. La unión puede ser covalente o no-covalente . ---? ií "Unión no covalente" y sus equivalentes gramaticales significa aquí una o más interacciones ya sea electrostáticas, hidrofílicas e hidrofóbicas. Incluida en la unión no covalente se encuentra la unión covalente de una 5 molécula, tal como, estreptavidina al soporte y la unión no covalente de la sonda biotinilada a la estreptavidina. "Unión covalente" y sus equivalentes gramaticales significa F aquí que los dos residuos, el soporte sólido y la sonda, se encuentran unidos por medio de al menos un enlace, incluyendo 10 los enlaces sigma; enlaces pi y enlaces de coordinación. Los enlaces covalentes pueden formarse directamente entre la sonda y el soporte sólido o pueden formarse mediante un reticulador o mediante la inclusión de un grupo reactivo F específico ya sea sobre el soporte sólido o sobre la sonda o 15 ambas moléculas. La inmovilización puede implicar también una combinación de interacciones covalentes y no covalentes. En general, las sondas se unen al biochip en una amplia variedad de formas, como lo apreciarán los expertos en la técnica. Como aquí se describe, los ácidos nucleicos 20 pueden ya sea sintetizarse primero, con la unión subsecuente F al biochip o pueden sintetizarse directamente sobre el biochip. El biochip comprende un sustrato sólido adecuado. Por "sustrato" o "soporte sólido" u otros equivalentes 25 gramaticales se entiende aquí cualquier material que puede ?jA. * modificarse para contener sitios individuales discretos apropiados para la unión o asociación de las sondas de ácido nucleico y es adecuable a al menos un método de detección. Como lo apreciarán los expertos en la técnica, el número de 5 sustratos posibles es muy extenso e incluye, pero no se limita a, vidrio y vidrio modificado o funcionalizado, plásticos (incluyendo acrílicos, poliestireno y copolímeros de estireno y otros materiales, polipropileno, polietileno, polibutileno, poliuretanos, TeflonJ, etc.), polisacarido, 10 nilón o nitrocelulosa, resinas, sílice o materiales a base de sílice incluyendo silicona y silicona modificada, carbón, metales, vidrios inorgánicos, plásticos, etc. En general, los sustratos permiten la detección óptica y no • apreciablemente fluorescente. Un sustrato preferido se 15 describe en la solicitud co-pendiente titulada Reusable Low Fluorescent Plástic Biochip, Solicitud de los E.U. Serie No, 09/270,214, presentada en Marzo 15, de 1999, incorporada aquí para referencia en su totalidad. Generalmente, el sustrato es plano, aunque como lo 20 apreciarán los expertos en la técnica, también pueden ?k utilizarse otras configuraciones de sustratos. Por ejemplo, las sondas pueden colocarse sobre las superficies interiores de un tubo, para análisis de muestra a través de flujo a fin de minimizar el volumen de la muestra. De manera similar, el 25 sustrato puede ser flexible, tal como una espuma flexible, incluyendo espumas de poro cerrado hechas de plásticos particulares . En una modalidad preferida, la superficie del biochip y la sonda pueden derivarse con grupos químicos 5 funcionales para la unión subsecuente de las dos. De este modo, por ejemplo, el biochip se deriva con un grupo químico funcional que incluye, pero no se limita a, grupos amino, grupos carboxi, grupos oxo y grupos tiol, siendo particularmente preferidos los grupos amino. Utilizando 10 estos grupos funcionales, las sondas pueden unirse utilizando grupos funcionales sobre las sondas. Por ejemplo, ácidos nucleicos que contienen grupos amino pueden unirse a las superficies que comprenden grupos amino, por ejemplo, • utilizando enlazadores como se conoce en la técnica; por 15 ejemplo, enlazadores homo- o hetero-bifuncionales como bien se conoce (ver el catálogo 1994 de Pierce Chemical Company, sección técnica sobre reticuladores, páginas 155-200, incorporado aquí como referencia) . Además, en algunos casos, pueden utilizarse los enlazadores adicionales, tal como los 20 grupos alquilo (incluyendo grupos sustituidos y -f^ heteroalquilo) . En esta modalidad, los oligonucleótidos se sintetizan como se conoce en la técnica y después se unen a la superficie del soporte sólido. Como apreciarán los 25 expertos en la técnica, puede unirse la terminal 5' o 3' al soporte sólido o la unión puede hacerse vía un nucleósido interno. En una modalidad adicional, la inmovilización al soporte sólido puede ser muy fuerte y aún así no covalente. 5 Por ejemplo, pueden elaborarse oligonucleótidos biotinilados, que se unen a las superficies recubiertas de manera covalente con estreptavidina, dando como resultado la unión. Alternativamente, los oligonucleótidos pueden • sintetizarse sobre la superficie, como se conoce en la 10 técnica. Por ejemplo, se utilizan técnicas de fotoactivación utilizando compuestos y técnicas de fotopolimerización. En una modalidad preferida, los ácidos nucleicos pueden sintetizarse in situ, utilizando técnicas fotolitográficas • bien conocidas, tales como las descritas en la WO 95/25116; 15 WO 95/35505; las Patentes de los E.U. Nos. 5,700,637 y 5,445,934; y las referencias ahí citadas, todas las cuales se incorporan expresamente como referencia; estos métodos de unión forman la base de la tecnología Affimetrix GeneChip™. En una modalidad preferida, los ácidos nucleicos de 20 la angiogénesis que codifican para las proteínas de É—S angiogénesis se utilizan para elaborar una variedad de vectores de expresión para expresar proteínas de angiogénesis que pueden utilizarse entonces en análisis de examen, como se describe a continuación. Los vectores de expresión pueden 25 ser ya sea vectores extracromosomales de auto-replicación o vectores que se integran dentro de un genoma huésped. En general, estos vectores de expresión incluyen ácido nucleico de regulación transcripcional y translacional operablemente enlazado al ácido nucleico que codifica para la proteína de 5 angiogénesis . El término "secuencias de control" se refiere a las secuencias ADN necesarias para la expresión de una secuencia de codificación operablemente enlazada en un organismo huésped particular. Las secuencias de control • adecuadas para procariotos, por ejemplo, incluyen un promotor 10 opcionalmente una secuencia de operación y un sitio de unión de ribosoma. Se sabe que las células eucarióticas utilizan promotores, señales de poliadenilación y mejoradores. El ácido nucleico se encuentra "operablemente • enlazado" cuando se coloca en una relación funcional con otra 15 secuencia de ácido nucleico. Por ejemplo, el .ADN para una presecuencia o guía secretor se encuentra operablemente enlazado al ADN para un polipéptido si se expresa como una preproteína que participa en la secreción del polipéptido; un promotor o mejorador se encuentra operablemente enlazado a 20 una secuencia de codificación si afecta la transcripción de —m la secuencia; o un sitio de unión de ribosoma se encuentra operablemente enlazado a una secuencia de codificación si se encuentra colocado a fin de facilitar la translación. En general, "operablemente enlazado" significa que las 25 secuencias de ADN que se enlazan son contiguas y, en el caso de un guía secretor, contiguo y en fase de lectura. Sin embargo, los mejoradores no tienen que ser contiguos. El enlace se completa mediante la ligación en los sitios de restricción convenientes. Si tales sitios no existen, los 5 adaptadores del oligonucleótido sintético o enlazadores se utilizan de acuerdo con la práctica convencional. El ácido nucleico de regulación transcripcional y translacional generalmente será apropiado para la célula huésped utilizada • para expresar la proteína de angiogénesis; por ejemplo, se 10 utilizan preferentemente las secuencias de ácido nucleico de regulación transcripcionales y translacionales de Bacillus para expresar la proteína de angiogénesis en el Bacillus . Se conocen en la técnica numerosos tipos de vectores de # expresión apropiados y secuencias de regulación adecuadas 15 para una variedad de células huésped. En general, las secuencias de regulación transcripcionales y translacionales pueden incluir, pero no se limitan a, secuencias promotoras, sitios de unión ribosomal, secuencias transcipcionales de inicio y detención, 20 secuencias translacionales de inicio y detención y secuencias F\ mejoradoras o activadoras. En una modalidad preferida, las secuencias de regulación incluyen un promotor y secuencias transcripcionales de inicio y detención. Las secuencias promotoras codifican promotores ya 25 sea constitutivos o inducibles. Los promotores pueden ser ya sea promotores que se producen de manera natural o promotores híbridos. Los promotores híbridos, que combinan elementos de más de un promotor, se conocen también en la técnica y son útiles en la presente invención. 5 Además, el vector de expresión puede comprender elementos adicionales. Por ejemplo, el vector de expresión puede tener dos sistemas de replicación, permitiéndole así mantenerse en dos organismos, por ejemplo en células de • mamífero o de insecto para la expresión y en el huésped 10 procariótico para la clonación y amplificación. Además, para integrar los vectores de expresión, el vector de expresión contiene al menos una secuencia homologa al genoma de la célula huésped y preferentemente dos secuencias homologas que • flanquean a la construcción de expresión. El vector de 15 integración puede dirigirse hacia un sitio específico en la célula huésped seleccionando la secuencia homologa apropiada para la inclusión en el vector. Las construcciones para vectores de integración son bien conocidas en la técnica. Además, en uaa modalidad preferida, el vector a 20 expresión contiene un gen marcador seleccionable para ?? permitir la selección de las células huésped transformadas. Los genes de selección son bien conocidos en la técnica y variarán con la célula huésped utilizada. Las proteínas de angiogénesis de la presente 25 invención se producen cultivando una célula huésped IÁ? .A ? * jj^tá *. -ift^i, A^^ ^a_ ., ,_ „ -**¡*AA^ *,- m~U?e^ &? lí,á transformada con un vector de expresión que contiene el ácido nucleico que codifica una proteína de angiogénesis, bajo las condiciones apropiadas para inducir u ocasionar la expresión de la proteína de angiogénesis. Las condiciones apropiadas 5 para la expresión de la proteína de angiogénesis variarán con la elección del vector de expresión y de la célula huésped y serán fácilmente averiguables por el experto en la técnica a través de experimentación de rutina. Por ejemplo, el uso de promotores constitutivos en el vector de expresión requerirá 10 la optimización del crecimiento y la proliferación de la célula huésped, mientras que el uso de un promotor inducible requiere las condiciones de crecimiento apropiadas para la inducción. Además, en algunas modalidades, la sincronización F del cultivo es importante. Por ejemplo, los sistemas 15 bacilovirales utilizados en la expresión de células de insecto son virus líticos y así la selección del tiempo de cultivo puede ser crucial para el rendimiento del producto. Las células huésped apropiadas incluyen levadura, bacteria, archibacteria, hongo y células de insecto y 20 animales, incluyendo células de mamífero. De interés áF particular son las células Drodophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae y otras levaduras, E. coli , Bacillus subtilis, células Sf9, células C129, células 293, Neurospora, BHK, CHO, COS, células HeLa, HUVEC (células endoteliales 25 humanas de cordón umbilical) , células THP1 (una línea celular macrófaga) y células y líneas humanas. En una modalidad preferida, las proteínas de angiogénesis se expresan en células de mamífero. Los sistemas mamíferos de expresión se conocen también en la técnica e incluyen los sistemas retrovirales. Un sistema preferido de vector de expresión es un sistema de vector retroviral como se describe generalmente en la PCT/US97/01019 y en la PCT/US97/01048 , ambas incorporadas aquí expresamente como referencia. De uso particular como promotores mamíferos son los promotores de genes virales de mamífero, debido a que los genes virales con frecuencia se expresan altamente y tienen un amplio rango de huéspedes. Los ejemplos incluyen el promotor previo SV40, el promotor LTR del virus de tumor mamario de ratón, el promotor posterior principal de adenovirus, el promotor del virus de herpes simplex y el promotor CMV. Típicamente, las secuencias terminadoras y poliadenilación de transcripción reconocidas por las células de mamífero son regiones reguladoras localizadas en 3' del codón de detención de translación y de este modo, junto con los elementos promotores, flanquean la secuencia de codificación. Los ejemplos de señales terminadoras y poliadenilación de transcripción incluyen aquellas derivadas de SV40. Los métodos para introducir el ácido nucleico exógeno dentro de huéspedes mamíferos, así como de otros huéspedes, son bien conocidos en la técnica y variarán con la célula huésped utilizada. Las técnicas incluyen transfección mediada por dextrán, precipitación de fosfato de calcio, transfección mediada por polibreno, fusión de protoplasto, 5 electroporación, infección viral, encapsulación de el (los) polinucleótido (s) en liposomas y microinyección directa del 7?DN dentro del núcleo. En una modalidad preferida, las proteínas de • angiogénesis se expresan en sistemas bacteriales. Los 10 sistemas bacteriales de expresión son bien conocidos en la técnica. Los promotores de bacteriófago pueden utilizarse también y son conocidos en la técnica. Además, los promotores sintéticos y los promotores híbridos son útiles • también; por ejemplo, el promotor tac es un híbrido de las 15 secuencias del promotor trp y lac. Además, un promotor bacterial puede incluir promotores que se producen de manera natural, de origen no bacterial, que tienen la capacidad de unirse a la polimerasa bacterial de ARN e iniciar la transcripción. Además a una secuencia de promotor funcional, 20 es deseable un sitio de unión de ribosoma eficiente. El I?L vector de expresión puede incluir también una secuencia de señal de péptido que proporciona la secreción de la proteína de angiogénesis en la bacteria. La proteína se secreta ya sea dentro del medio de crecimiento (bacteria gram-positiva) 25 o dentro del espacio periplásmico, localizado entre las membranas interna y externa de la célula (bacteria gramnegativa) . El vector de expresión bacterial puede incluir también un gen marcador seleccionable para permitir la selección de las cepas bacteriales que se han transformado. 5 Los genes de selección adecuados incluyen genes que hacen la bacteria resistente a drogas tales como la ampicilina, cloranfenicol, eritromicina, canamicina, neomicina y tetraciclina. Los marcadores seleccionables incluyen también genes biosintéticos, tales como aquellos en las trayectorias 10 biosintéticas de histidina, triptofano y leucina. Estos componentes se ensamblan dentro de los vectores de expresión. Los vectores de expresión para bacterias son bien conocidos en la técnica e incluyen vectores para el Bacillus subtilis, E. coli , Streptococcus cremoris y Streptococcus lividans, 15 entre otros. Los vectores de expresión bacterial se transforman en células bacteriales huésped utilizando técnicas bien conocidas en la materia, tales como el tratamiento de cloruro de calcio, electroporación y otras. En una modalidad, las proteínas de angiogénesis se 20 producen en células de insecto. Los vectores de expresión áF\ para la transformación de células de insecto y en particular, los vectores de expresión a base de baculovirus, son bien conocidos en la técnica. En una modalidad preferida, la proteína de 25 angiogénesis se produce en células de levadura. Los sistemas l-l .í i.? -. de expresión de levadura son bien conocidos en la técnica e incluyen los vectores de expresión para Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans y C. mal tosa, Hansenula polymorpha, Kluyveromyces frágil i s y K. Lactis, Pichia 5 guillerimondii y P. Pastoris, Schizosaccharomyces pombe y Yarrowia lipolytica . La proteína de angiogénesis puede elaborarse también como una proteína de fusión, utilizando técnicas bien • conocidas en la materia. De este modo, por ejemplo, para la 10 creación de anticuerpos monoclonales, si el epítope deseado es pequeño, la proteína de angiogénesis puede fusionarse a una proteína portadora para formar un inmunógeno. Alternativamente, la proteína de angiogénesis puede elaborarse como una proteína de fusión para incrementar la 15 expresión o por otras razones. Por ejemplo, cuando la proteína de angiogénesis es un péptido de angiogénesis, el ácido nucleico que codifica para el péptido puede enlazarse a otro ácido nucleico para propósitos de expresión. En una modalidad, los ácidos nucleicos, proteínas y 20 anticuerpos de angiogénesis de la invención se etiquetan.

^F Por "etiquetado" se entiende aquí que un compuesto tiene al menos un elemento, isótopo o compuesto químico unido para permitir la detección del compuesto. En general, las etiquetas caen en tres clases a) etiquetas isotópicas, que 25 pueden ser radiactivas o isótopos pesados; b) etiquetas inmunes, que pueden ser anticuerpos o antígenos; y c) tintes de color o fluorescentes. Las etiquetas pueden incorporarse dentro de los ácidos nucleicos, proteínas y anticuerpos de angiogénesis en cualquier posición. Por ejemplo, la etiqueta debe ser capaz de producir ya sea directa o indirectamente, una señal detectable. El residuo detectable puede ser un radioisótopo, tal como 3H, 14C, 32P, 35S o 125I, un compuesto fluorescente o quimioluminiscente, tal como isotiocianato fluorescente, rodamina o luciferina o una enzima, tal como una fosfatasa alcalina, beta-galactosidasa o peroxidasa de rábano. Puede emplearse cualquier método conocido en la técnica para conjugar el anticuerpo a la etiqueta, incluyendo aquellos métodos descritos por Hunter et al., Nature, 144 : 945 (1962); David et al., Biochemistry, 13:1014 (1974); Pain et al., J . Immunol . Meth . 4_0:219 (1981); y Nygren, J. Histochem. And Cytochem. 2K).407 (1982) . De acuerdo a esto, la presente invención proporciona también secuencias de proteína de angiogénesis. Una proteína de angiogénesis de la presente invención puede identificarse de varias formas. "Proteína" en este sentido incluye proteínas, polipéptidos y péptidos. Como lo apreciarán los expertos en la técnica, las secuencias de ácido nucleico de la invención pueden utilizarse para generar secuencias de proteína. Existe una variedad de formas para hacerlo que incluyen clonar el gen completo y verificar su estructura y secuencia de aminoácidos o compararlo con secuencias conocidas para buscar la homología a fin de proporcionar una estructura, asumiendo que la proteína de angiogénesis tiene homología con alguna proteína en la base de datos utilizada. En general, las secuencias de ácido nucleico se introducen en un programa que buscará las tres estructuras para la homología. Esto se hace en una modalidad preferida utilizando los siguientes parámetros NCBI Advanced BLAST. El programa es blastx o blastn. La base de datos es nr. Los datos de entrada son "Secuencia en formato FASTA". La lista de organismos es "ninguno". La "expectativa" es 10; el filtro es predeterminado. Las "descripciones" son 500, las "alineaciones" son 500 y la "vista de alineación" es en pares. El "Código Genético de Consulta" es estándar (1). La matriz es BLOSUM62 ; el costo de existencia de espacio es 11, el costo por espacio de residuo es 1; y la proporción lambda es de .85 predeterminado. Esto da como resultado la generación de una secuencia de proteína putativa. Incluidas también dentro de una modalidad de proteínas de angiogénesis se encuentran las variantes de aminoácido de las secuencias que se producen de manera natural, como aquí se determina. Preferentemente, las variantes son de preferencia mayores de aproximadamente 75% homologas a la secuencia de tipo silvestre, más preferentemente mayores de aproximadamente 80%, incluso más j j jAjt ^m» iá -fe»^.. . jtotta'- - ^fafa^^... . a-fe rm^Mm^A^AA. _^, ^.,, jjfei, ..» j k preferentemente mayores de aproximadamente 85% y más preferentemente mayores de 90%. En algunas modalidades la homología será tan alta como aproximadamente 93 a 95 o 98%. En cuanto a los ácidos nucleicos, la homología en este contexto significa similaridad o identidad de secuencia, siendo preferida la identidad. Esta homología se determinará utilizando técnicas estándar conocidas en la materia como se señaló anteriormente para las homologías de ácido nucleico. Las proteínas de angiogénesis de la presente invención pueden ser más cortas o más largas que las secuencias de aminoácidos de tipo silvestre. De este modo, en una modalidad preferida, aquí se encuentran incluidas dentro de la definición de proteínas de angiogénesis las porciones o fragmentos de las secuencias de tipo silvestre. Además, como se señaló anteriormente, los ácidos nucleicos de angiogénesis de la invención pueden utilizarse para obtener regiones de codificación adicionales y así una secuencia de proteína adicional, utilizando técnicas conocidas en la materia. En una modalidad preferida, las proteínas de angiogénesis son proteínas de angiogénesis derivadas o variantes comparadas con la secuencia de tipo silvestre. Es decir, como se señala a continuación más completamente, los péptidos de angiogénesis derivados contienen al menos una sustitución, supresión o inserción de aminoácido, siendo particularmente preferidas las sustituciones de aminoácido. La sustitución, inserción o supresión de aminoácido puede presentarse en cualquier residuo dentro del péptido de angiogénesis . 5 Se encuentran también incluidas dentro de la modalidad de proteínas de angiogénesis de la presente invención las variantes de secuencias de aminoácidos. Estas variantes caen dentro de una o más de tres clases : variantes de sustitución, de inserción o de supresión. Estas variantes 10 se preparan comúnmente mediante la mutagénesis de sitio específico de los nucleótidos en el ADN que codifica para la proteína de angiogénesis, utilizando la mutagénesis de cásete o de PCR u otras técnicas bien conocidas en la materia para • producir el ADN que codifica para la variante y que expresa 15 después de esto el ADN en un cultivo celular recombinante como se señaló anteriormente. Sin embargo, los fragmentos variantes de la proteína de angiogénesis que tienen hasta 100-150 residuos pueden prepararse mediante síntesis in vitro utilizando las técnicas establecidas. Las variantes de 20 secuencias de aminoácidos se caracterizan por la naturaleza • predeterminada de la variación, una característica que las coloca aparte de la variación alélica que se produce de manera natural o ínter-especies de la secuencia de aminoácidos de la proteína de angiogénesis. Las variantes 25 exhiben típicamente la misma actividad biológica cualitativa M t ?,.- , * . -^,1 *. *** **. -f~ *. *. ^t?ülA *,**... . . ^ *** * * * A ^í. *,.^ , m*?r.„.?* * Jfoé*. X que el análogo que se produce de manera natural , aunque pueden seleccionarse también las variantes que tienen características modificadas como se señalará más completamente a continuación. 5 Mientras que el sitio o región para la introducción de una variación de secuencia de aminoácidos se predetermina, la mutación per se no necesita predeterminarse. Por ejemplo, a fin de optimizar el desempeño de una mutación en un sitio • dado, puede conducirse la mutación aleatoria en el codón o 10 región objetivo y examinar las variantes de angiogénesis expresadas para la combinación óptima de la actividad deseada. Se conocen bien las técnicas para hacer mutaciones por sustitución en sitios predeterminados en el ADN que tiene • una secuencia conocida, por ejemplo, la mutagénesis primaria 15 M13 y la mutagénesis de PCR. El examen de los mutantes se hace utilizando el análisis de las actividades de la proteína de angiogénesis. Las sustituciones de aminoácido son típicamente de residuos únicos; las inserciones comúnmente estarán en el 20 orden de aproximadamente 1 a 20 aminoácidos, aunque pueden tolerarse inserciones considerablemente mayores. Las supresiones varían desde aproximadamente 1 hasta aproximadamente 20 residuos, aunque en algunos casos las supresiones pueden ser mucho mayores. 25 Las sustituciones, supresiones, inserciones o cualquier combinación de las mismas pueden utilizarse para llegar a un derivado final. En general, estos cambios se hacen sobre unos pocos aminoácidos para minimizar la alteración de la molécula. Sin embargo, pueden tolerarse cambios mayores en ciertas circunstancias. Cuando se desean alteraciones pequeñas en las características de la proteína de angiogénesis, las sustituciones se hacen generalmente de acuerdo con el siguiente diagrama: Diagrama 1 Residuo Original Sustituciones Ejemplificativas Ala Ser Arg Lys Asn Gln, His Asp Glu Cys Ser Gln Asn Glu Asp Gly Pro His Asn, Gln He Leu, Val Leu He, Val Lys Arg, Gln, Glu Met Leu, He Phe Met, Leu, Tyr Ser Thr Thr Ser Trp Tyr Tyr Trp, Phe Val He, Leu 5 Se hacen cambios sustanciales en la función o identidad inmunológica seleccionando las sustituciones que son menos conservadoras que las mostradas en el Diagrama 1. Por ejemplo, pueden hacerse las sustituciones que afectan más significativamente: la estructura de la columna vertebral de 10 polipéptido en el área de alteración, por ejemplo, la estructura alfa-helicoidal o beta-laminar; la carga de hidrofobicidad de la molécula en el sitio objetivo; o el volumen de la cadena lateral . Las sustituciones que en w general se espera que produzcan los cambios mayores en las 15 propiedades del polipéptido son aquellas en las cuales (a) un residuo hidrofílico, e.g., serilo o treonilo, se sustituye por (o mediante) un residuo hidrofóbico, e.g., leucilo, isoleucilo, fenilalanilo, valilo o alanilo; (b) una cisteína o proteína se sustituye por (o mediante) cualquier otro 20 residuo; (c) un residuo que tiene una cadena lateral electropositiva, e.g., lisilo, arginilo o histidilo, se sustituye por (o mediante) un residuo electronegativo, e.g., glutamilo o aspartilo; o (d) un residuo que tiene una cadena lateral voluminosa, e.g., fenilalanina, se sustituye por (o 25 mediante) uno que no tiene una cadena lateral, e.g., glicina.

Las variantes típicamente exhiben la misma actividad biológica cualitativa y producirán la misma respuesta inmune que el análogo que se produce de manera natural, aunque las variantes se seleccionan también para modificar las características de las proteínas de angiogénesis según sea necesario. Alternativamente, la variante puede diseñarse de tal modo que se altere la actividad biológica de la proteína de angiogénesis. Por ejemplo, pueden alterarse o retirarse los sitios de glicosilación. Las modificaciones covalentes de los polipéptidos de angiogénesis se incluyen dentro del alcance de esta invención. Un tipo de modificación covalente incluye la reactivación de los residuos de aminoácido objetivo de un polipéptido de angiogénesis con un agente orgánico de derivación que es capaz de reaccionar con cadenas laterales seleccionadas o con los residuos N- o C-terminal de un polipéptido de angiogénesis. La derivación con agentes bifuncionales es útil, por ejemplo, para reticular los polipéptidos de angiogénesis a una matriz o superficie de soporte insoluble en agua para su uso en el método para purificar anticuerpos de polipéptido de anti-angiogénesis o en análisis de examen, como se describe más completamente a continuación. Los agentes de reticulación comúnmente utilizados incluyen, e.g., 1 , 1-bis (diazoacetil) -2-feniletano, glutaraldehído, esteres N-hidroxisuccinimida, por ejemplo, esteres con ácido 4-azidosalicílico, imidoésteres homobifuncionales, incluyendo esteres de disuccinimidilo tales como 3 , 3 ' -ditiobis (succinimidilpropionato) , maleimidas bifuncionales, tales como bis-N-male?mido-1, 8-octano y agentes tales como metil-3-[(p-azidofenil) ditio] propioimidato . Otras modificaciones incluyen la desamidación de los residuos de glutaminilo y asparaginilo a los residuos de glutamilo y aspartilo correspondientes, respectivamente, la hidroxilación de prolina y lisina, la fosforilación de los grupos hidroxilo de residuos de serilo, treonilo o tirosilo, la metilación de los grupos a-amino de las cadenas laterales de lisina, arginina e histidina [T.E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, pag. 79-86 (1983)], la acetilación de la amina N-terminal y la amidación de cualquier grupo carboxilo C-terminal . Otro tipo de modificación covalente del polipéptido de angiogénesis incluido dentro del alcance de esta invención comprende la alteración del patrón natural de glicosilación del polipéptido. "Alteración del patrón natural de glicosilación" pretende significar para los propósitos presentes, suprimir uno o más fragmentos de carbohidrato encontrados en el polipéptido de angiogénesis de secuencia - r.x * *&&8M *Ai*á natural y/o agregar uno o más sitios de glicosilación que no se encuentran presentes en el polipéptido de angiogénesis de secuencia natural. La adición de sitios de glicosilación a los 5 polipéptidos de angiogénesis puede llevarse a cabo alterando su secuencia de aminoácidos. La alteración puede hacerse, por ejemplo, mediante la adición o sustitución, de uno o más residuos de serina o treonina al polipéptido de angiogénesis • de secuencia natural (para sitios de glicosilación 0- 10 enlazados) . La secuencia de aminoácidos de angiogénesis puede alterarse opcionalmente a través de cambios en el nivel de ADN, particularmente mutando el ADN que codifica el polipéptido de angiogénesis en bases preseleccionadas de modo f que se generan los codones que se traducirán en los 15 aminoácidos deseados. Otro medio para incrementar el número de residuos de carbohidrato en el polipéptido de angiogénesis es mediante el acoplamiento químico o enzimático de glicósidos al polipéptido. Tales métodos se describen en la técnica, e.g., 20 en la WO 87/05330 publicada el 11 de Septiembre de 1987 y en Aplin y Wriston, CRC Crit. Rev. Biochem. Pag. 259-306 (1981). El retiro de los residuos de carbohidrato presentes en el polipéptido de angiogénesis puede llevarse a cabo químicamente o enzimáticamente o mediante la sustitución 25 mutacional de los codones que codifican para los residuos de fca a-aat ?,Ü.?tÍ.tAAAÍ?én.l„a- r: .«a, „ 4 3 1 aminoácido que sirven como objetivos para la glicosilación. Las técnicas de desglicosilación química son conocidas en la técnica y se describen por ejemplo, por Hakimuddin et al., Arch. Biochem. Biophys., 259:52 (1987) y por Edge et al., 5 Anal. Biochem., 118:131 (1981). El desdoblamiento enzimático de los residuos de carbohidrato en los polipéptidos puede lograrse mediante el uso de una variedad de endo- y exo- glicosidasas como se describe por Thotakura et al., Meth.

• Enzymol., 138:350 (1987). 10 Otro tipo de modificación covalente de angiogénesis comprende enlazar el polipéptido de angiogénesis a uno de una variedad de polímeros no-proteináceos, e.g., polietilen glicol, polipropilen glicol o polioxialquilenos, en la manera • establecida en las Patentes de E.U. Nos. 4,640,835; 15 4,496,689; 4,301,144; 4,670,417; 4,791,192 o 4,179,337. Los polipéptidos de angiogénesis de la presente invención pueden modificarse también a modo de formar moléculas quiméricas que comprenden un polipéptido de angiogénesJ fusionado a otro polipéptido heterólogo o 20 secuencia de aminoácidos. En una modalidad tal molécula quimérica comprende una fusión de un polipéptido de angiogénesis con un polipéptido marcador que proporciona un epítope al cual puede unirse selectivamente un anticuerpo de anti-marcador . El marcador de epítope se coloca generalmente 25 en la terminal amino o carboxilo del polipéptido de Ítt laajjt ,í ?tJ, angiogénesis. La presencia de tales formas marcadas con epítope de un polipéptido de angiogénesis puede detectarse utilizando un anticuerpo contra el polipéptido marcador. También, la provisión del marcador de epítope permite que el 5 polipéptido de angiogénesis se purifique fácilmente mediante purificación de afinidad utilizando un anticuerpo de antimarcador u otro tipo de matriz de afinidad que se una al marcador de epítope. En una modalidad alternativa, la • molécula quimérica puede comprender una fusión de un 10 polipéptido de angiogénesis con una inmunoglobulina o una región particular de una inmunoglobulina. Para una forma bivalente de la molécula quimérica, tal fusión puede hacerse a la región Fc de una molécula de IgG. # Se conocen bien en la técnica varios polipéptidos 15 marcadores y sus respectivos anticuerpos. Los ejemplos incluyen marcadores de poli-histidina (poli-His) o poli- histidina-glicina (poli-his-gly) ; el polipéptido marcador de flu HA y su anticuerpo 12CA5 [Field et al., Mol. Cell Biol., 8:2159-2165 (1988)]; el marcador c-myc y los anticuerpos 8F9, 20 3C7, 6E10, G4 , B7 y 9E10 para la misma [Evan et al., ^— Molecular and Cellular Biology, 5:3610:3616 (1985)] y el marcador de glicoproteína D del virus de Herpes Simplex (gD) y su anticuerpo [Paborsky et al., Protein Engineering, 3(6) : 547-553 (1990)]. Otros polipéptidos marcadores incluyen el 25 péptido Señalizador [Hopp et al., BioTechnology, 6:1204-1210 (1988)] ; el péptido de epítope KT3 [Martin et al., Science, 255:192-194 (1992)] ; el péptido de epítope de tubulina [Skinner et al., J. Biol. Chem. 266:15163-15166 (1991)] ; y el marcador del péptido de la proteína 10 del gen T7 [Lutz- 5 Freyermuth et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA, 87:6393-6397 (1990) ] . También se encuentran incluidas con una modalidad de la proteína de angiogénesis otras proteínas de • angiogénesis de la familia de angiogénesis y las proteínas de 10 angiogénesis de otros organismos, que se clonan y se expresan como se señala a continuación. De este modo, puede utilizarse la sonda o las secuencias iniciadoras de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) degenerada para • encontrar otras proteínas de angiogénesis relacionadas de 15 humanos y otros organismos. Como lo apreciarán los expertos en la técnica, las secuencias iniciadoras de sonda y/o PCR particularmente útiles incluyen las áreas únicas de la secuencia de angiogénesis de ácido nucleico. Como se sabe generalmente en la técnica, las iniciadoras de PCR preferida.< 20 son de aproximadamente 15 hasta aproximadamente 35 nucleótidos de longitud, siendo preferidas de aproximadamente • 20 hasta aproximadamente 30 y pueden contener inosina según sea necesario. Las condiciones para la reacción de PCR se conocen bien en la técnica. 25 Además, como aquí se señala, pueden elaborarse proteínas de angiogénesis que son más largas que aquellas codificadas por los ácidos nucleicos de las figuras, por ejemplo, mediante la elucidación de secuencias adicionales, la adición de marcadores de epítope o de purificación, la 5 adición de otras secuencias de fusión, etc. Las proteínas de angiogénesis pueden identificarse también como codificadas por medio de ácidos nucleicos de angiogénesis. De este modo, las proteínas de angiogénesis se • codifican por medio de ácidos nucleicos que se hibridizarán a 10 las secuencias de los listados de secuencia o a sus complementos, como aquí se señala. En una modalidad preferida, cuando va a utilizarse la proteína de angiogénesis para generar anticuerpos, por • ejemplo para inmunoterapia, la proteína de angiogénesis debe 15 compartir al menos un epítope o determinante con la proteína de longitud total . Por "epítope" o "determinante" se entiende aquí una porción de una proteína que generará y/o se unirá a un anticuerpo o al receptor de célula T en el contexto del MHC. De este modo, en la mayoría de los casos, 20 los anticuerpos elaborados para una proteína de angiogénesis ^ más pequeña son capaces de unirse a la proteína de longitud total. En una modalidad preferida, el epítope es único; es decir, que los anticuerpos generados para un epítope único muestran poca o ninguna reactividad cruzada. En una 25 modalidad preferida, el epítope se selecciona a partir de AAA4pl y AAA4p2. En otra modalidad preferida el epítope se selecciona a partir de AAAlpl y AAAlp2. En otra modalidad preferida el epítope se selecciona a partir de AAA7pl, AAA7p2, AAA7p3 y AAA7plm. 5 En una modalidad, el término "anticuerpo" incluye fragmentos de anticuerpo, como se conocen en la técnica, incluyendo Fab, Fab2, anticuerpos de cadena única (por ejemplo Fv) , anticuerpos quiméricos, etc., producidos ya sea mediante la modificación de anticuerpos completos o aquellos 10 sintetizados de novo utilizando tecnologías de .ADN recombinante . Los métodos para preparar anticuerpos policlonales son conocidos por el técnico experto. Los anticuerpos • policlonales pueden cultivarse en un mamífero, por ejemplo, 15 mediante una o más inyecciones de un agente inmunizador y, si se desea, un adyuvante. Típicamente, el agente inmunizador y/o adyuvante se inyectará en el mamífero mediante múltiples inyecciones subcutáneas o intraperitoneales. El agente inmunizador puede incluir una proteína codificada por un 20 ácido nucleico de las figuras o sus fragmentos o una proteína de fusión de los mismos. Puede ser útil conjugar el agente • inmunizador a una proteína conocida por ser inmunogénica en el mamífero que va a inmunizarse. Los ejemplos de tales proteínas inmunogénicas incluyen pero no se limitan a 25 hemocianina de lapa keyhole, albúmina de suero, tiroglobulina bovina e inhibidor de tripsina de soya. Los ejemplos de adyuvantes que pueden emplearse incluyen el adyuvante completo de Freund y el adyuvante MPL-TDM (Lípido A monofosforilo, dicorinomicolato de trehalosa sintética) . El protocolo de inmunización puede seleccionarse por el experto en la técnica sin experimentación indebida. Los anticuerpos pueden ser, alternativamente, anticuerpos monoclonales. Los anticuerpos monoclonales pueden prepararse utilizando métodos de hibridoma, tales como los descritos por Kohier y Milstein, Nature, 256:495 (1975) . En un método de hibridoma, un ratón, hámster, u otro animal huésped apropiado, se inmuniza típicamente con un agente inmunizador para producir linfocitos que producen o son capaces de producir anticuerpos que se unirán específicamente al agente inmunizador. Alternativamente, los linfocitos pueden inmunizarse in vi tro . El agente inmunizador incluirá típicamente un polipéptido codificado por un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 o Tabla 5 o un fragmento del mismo o una proteína de fusión del mismo. En general, se utiliza cualquier linfocito de sangre periférica ("PBLs") si se desean células de origen humano o se utilizan células del bazo o células de nodo linfático si se desean de fuentes mamíferas no humanas. Los linfocitos se fusionan entonces con una línea celular inmortalizada utilizando un agente de fusión adecuado, tal como polietilen glicol, para formar una célula de hibridoma [Goding, Monoclonal Antibodies: Principies and Practice, Academic Press, (1986) pag. 59-103]. Las líneas celulares inmortalizadas son comúnmente células de mamífero transformadas, particularmente 5 células de mieloma de origen de roedor, bovino y humano. Comúnmente, se emplean líneas celulares de mieloma de rata o ratón. Las células de hibridoma pueden cultivarse en un medio de cultivo adecuado que contiene preferentemente una o w más sustancias que inhiben el crecimiento o la sobrevivencia 10 de las células no fusionadas inmortalizadas. Por ejemplo, si las células madre carecen de la enzima hipoxantina guanina fosforibosil transferasa (HGPRT o HPRT) , el medio de cultivo para los hibridomas incluirá típicamente hipoxantina, • aminopterina y timidina ("medio HAT"), cuyas sustancias 15 evitan el crecimiento de las células HGPRT-deficientes . En una modalidad, los anticuerpos son anticuerpos biespecíficos . Los anticuerpos biespecíficos son anticuerpos monoclonales, preferentemente humanos o humanizados, que tienen especificidades de unión para al menos dos antígenos 20 diferentes. En el presente caso, una de las especificidades de unión es para una proteína codificada por un ácido • nucleico de la figura 1 o 3-6 o un fragmento del mismo, la otra es para cualquier otro antígeno y preferentemente para una proteína de superficie celular o receptor o subunidad de 25 receptor, preferentemente uno que sea específico de tumor. ttt-a«.at A ? A*t*tí íA . t fc,. 0 . , _ __ ., _. ._ , ***£.-, ? j ¿ En una modalidad preferida, los anticuerpos para la proteína de angiogénesis son capaces de reducir o eliminar la función biológica de la proteína de angiogénesis, como se describe a continuación. Es decir, que la adición de anticuerpos de proteína de anti-ángiogénesis (ya sea policlonales o preferentemente monoclonales) al tejido angiogénico (o a las células que contienen angiogénesis) puede reducir o eliminar la actividad de angiogénesis. En general, se prefiere al menos un 25% de reducción en la actividad, siendo particularmente preferido al menos aproximadamente el 50% y especialmente preferida una disminución de aproximadamente 95-100%. En una modalidad preferida los anticuerpos para las proteínas de angiogénesis son anticuerpos humanizados. Las formas humanizadas de anticuerpos no humanos (e.g., murina) son moléculas quiméricas de inmunoglobulinas, cadenas de inmunoglobulina o sus fragmentos (tales como Fv, Fab, Fab' , F(ab')2 u otras subsecuencias de anticuerpos de unión a antígenos) que contienen una secuencia mínima derivada de la inmunoglobulina no humana. Los anticuerpos humanizados incluyen inmunoglobulinas humanas (anticuerpo receptor) en las cuales los residuos que forman una región determinante complementaria (CDR) del receptor se colocan mediante los residuos de un CDR de una especie no humana (anticuerpo donante) tal como un ratón, rata o conejo que tiene la i*í.hla l}«&j?*r-»íÁ?~i... -,...&*. -.., especificidad, afinidad y capacidad deseadas. En algunos casos, los residuos de la estructura Fv de la inmunoglobulina humana se reemplazan por los residuos no humanos correspondientes. Los anticuerpos humanizados pueden comprender también residuos que no se encuentran ni en el anticuerpo receptor ni en la CDR importada o secuencias de estructura. En general, el anticuerpo humanizado comprenderá sustancialmente todos de al menos uno y típicamente dos, dominios variables, en los cuales todas o sustancialmente todas las regiones CDR corresponden a aquellas de una inmunoglobulina no humana y todas o sustancialmente todas las regiones FR son aquellas de una secuencia de consenso de inmunoglobulina humana. El anticuerpo humanizado comprenderá también de manera óptima al menos una porción de una región constante de inmunoglobulina (Fc) , típicamente la de una inmunoglobulina humana [Jones et al., Nature, 321 : 522-525 (1986), Riechmann et al., Nature, 3_3_2: 323-329 (1988); y Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)]. Los métodos para humanizar anticuerpos no humanos se conocen bien en la técnica. Generalmente, un anticuerpo humanizado tiene uno o más residuos de aminoácido introducidos en el mismo, de una fuente que es no humana. Estos residuos de aminoácido no humanos se refieren con frecuencia como residuos de importación, que se toman típicamente de un dominio variable de importación. La humanización puede llevarse a cabo esencialmente siguiendo el método de Winter y colaboradores [Jones et al . , Nature, 321:522-525 (1986), Riechmann et al., Nature, 332 :323-327 (1988); Verhoeyen et al., Science, 239:1534-1536 (1988)], sustituyendo las CDRs de roedor o las secuencias de CDR por las secuencias correspondientes de un anticuerpo humano. De acuerdo a esto, tales anticuerpos humanizados son anticuerpos quiméricos (Patente de E.U. No. 4,816,567), en donde sustancialmente se ha sustituido menos de un dominio variable intacto humano por la secuencia correspondiente de una especie no humana. En la práctica, los anticuerpos humanizados son típicamente anticuerpos humanos en los cuales se sustituyen algunos residuos de CDR y posiblemente algunos residuos de FR por los residuos de sitios análogos en anticuerpos de roedor. Los anticuerpos humanos pueden producirse también utilizando varias técnicas conocidas en la materia, incluyendo archivos de despliegue de fago [Hoogenboom y Winter, J. Mol. Biol. 227:381 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222 :581 (1991)]. Las técnicas de Colé et al. y Boerner et al., también se encuentran disponibles para la preparación de anticuerpos monoclonales humanos (Colé et al., Monoclonal Antibodies and Cáncer Therapy, Alan R. Liss, pag. 77 (1985) y Boerner et al., J. Immunol , 147 (1) :86-95 (1991)]. De manera similar, los anticuerpos humanos pueden elaborarse introduciendo sitios de inmunoglobulina humana dentro de animales transgénicos, e.g., ratones en los cuales se han inactivado parcial o completamente los genes de inmunoglobulina endógenos. A este reto, se observa la producción del anticuerpo humano que se asemeja cercanamente al observado en humanos en todos los aspectos, incluyendo la redistribución de genes, el montaje y el repertorio de anticuerpos. Esta procedimiento se describe, por ejemplo, en las Patentes de E.U. Nos. 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 5,661,016 y en las siguientes publicaciones científicas: Marks et al., Bio/Technology, 10 : 779-783 (1992); Lonberg et al., Nature, 368:856-859 (1994); Morrison, Nature, 368:812-13 (1994) M Fishwild et al., Nature Biotechnology, 14 : 845-51 (1996) ; Neuberger, Nature Biotechnology, 14 : 826 (1996) ; Lonberg y Huszar, Intern. Rev. Immunol . , 13:65-93 (1995). Inmunoterapia significa el tratamiento de la angiogénesis con un anticuerpo cultivado contra las proteínas de angiogénesis. Como aquí se utiliza, la inmunoterapia puede ser pasiva o activa. La inmunoterapia pasiva como aquí se define es la transferencia pasiva de un anticuerpo a un receptor (paciente) . La inmunización activa es la introducción de un anticuerpo y/o respuestas de célula T en un receptor (paciente) . La introducción de una respuesta inmune es el resultado de proporcionar al receptor un í lmÍ.¿.li.A. ..i AAA?iÁ ... ..*. **., antígeno en el cual se cultivan anticuerpos. Como se aprecia por alguien de experiencia ordinaria en la técnica, el antígeno puede proporcionarse inyectando un polipéptido contra el cual se desea que los anticuerpos se cultiven dentro de un receptor o poner en contacto al receptor con un ácido nucleico capaz de expresar el antígeno y bajo condiciones para la expresión del antígeno. En una modalidad preferida, las proteínas de angiogénesis contra las cuales se cultivan los anticuerpos son proteínas secretadas como se describió en lo anterior. Sin estar unido por la teoría, los anticuerpos utilizados para el tratamiento, se unen y previenen que la proteína secretada se fije a su receptor, con lo cual se inactiva la proteína de angiogénesis secretada. En otra modalidad preferida, la proteína de angiogénesis para la cual se cultivan los anticuerpos es una proteína de transmembrana. Sin estar unido a la teoría, los anticuerpos utilizados para el tratamiento, se unen al dominio extracelular de la proteína de angiogénesis y previenen que se unan a otras proteínas, tales como ligandos circulantes o moléculas asociadas a la célula. El anticuerpo puede ocasionar la sub-regulación de la proteína de angiogénesis de transmembrana. Como se apreciará por alguien de experiencia ordinaria en la materia, el anticuerpo puede ser un inhibidor competitivo, no-competítivo o incompetitivo de la proteína que se une al dominio extracelular de la proteína de angiogénesis. El anticuerpo es también un antagonista de la proteína de angiogénesis. Además, el anticuerpo previene la activación de las proteínas de 5 angiogénesis de transmembrana. En un aspecto, cuando el anticuerpo previene la unión de otras moléculas a la proteína de angiogénesis, el anticuerpo previene el crecimiento de la célula. El anticuerpo sensibiliza también a la célula a los • agentes citotóxicos, incluyendo, pero sin limitarse a TNF-a, 10 TNF-ß, IL-1, INF-? y IL-2 o agentes quimioterapéuticos incluyendo, 5FU, vinblastina, actinomicina D, cisplastina, metotrexato y similares. En algunos casos el anticuerpo pertenece a un sub-tipo que activa el complemento de suero • cuando se combina con la proteína de transmembrana con lo 15 cual media la citotoxicidad. De este modo, la angiogénesis se trata administrando a un paciente anticuerpos dirigidos contra la proteína de angiogénesis de transmembrana. En otra modalidad preferida, el anticuerpo se conjuga a un residuo terapéutico. En un aspecto el residuo 20 terapéutico es una molécula pequeña que modula la actividad de la proteína de angiogénesis. En otro aspecto, el residuo terapéutico modula la actividad de las moléculas asociadas con o en proximidad cercana a la proteína de angiogénesis. El residuo terapéutico puede inhibir la actividad enzimática 25 tal como la actividad de la proteasa o la colagenasa tak.**?i-&**l*rt¡??t> , j, tüataaaifcc . asociada con la angiogénesis. En una modalidad preferida, el residuo terapéutico puede ser también un agente citotóxico. En este método, dirigir el agente citotóxico al tejido o células de 5 angiogénesis, da como resultado una reducción en el número de células afectadas, con lo cual se reducen los síntomas asociados con la angiogénesis. Los agentes citotóxicos son numerosos y variados e incluyen, pero no se limitan a, drogas citotóxicas o toxinas o fragmentos activos de tales toxinas. 10 Las toxinas adecuadas y sus fragmentos correspondientes incluyen cadena A de difteria, cadena A de exotoxina, cadena A de ricina, cadena A de abrina, curcina, crotina, fenomicina, enomicina y similares. Los agentes citotóxicos incluyen también radioquímicos elaborados mediante la 15 conjugación de radioisótopos a anticuerpos cultivados contra las proteínas de angiogénesis o la unión de un radionuclido a un agente quelante que se ha unido de manera covalente al anticuerpo. Dirigir el residuo terapéutico a las proteínas de angiogénesis de transmembrana no solo sirve para 20 incrementar la concentración local del residuo terapéutico en F el área afectada con angiogénesis, sino que sirve también para reducir los efectos laterales nocivos que pueden estar asociados con el residuo terapéutico. En otra modalidad preferida, la proteína de 25 angiogénesis contra la cual se cultivan los anticuerpos es una proteína intracelular. En este caso, el anticuerpo puede conjugarse a una proteína que facilita la entrada dentro de la célula. En un caso, el anticuerpo entra a la célula mediante endocitosis. En otra modalidad, un ácido nucleico que codifica al anticuerpo se administra al individuo o célula. Además, cuando puede dirigirse una proteína de angiogénesis dentro de una célula, i.e., el núcleo, un anticuerpo para la misma contiene una señal para una localización dirigida, i.e., una señal de localización nuclear. Los anticuerpos de angiogénesis de la invención se unen específicamente a las proteínas de angiogénesis. "Se unen específicamente" significa aquí que los anticuerpos se unen a la proteína con una constante de unión en el rango de al menos 10"4 - 10"6 M"1, siendo preferido un rango de 10"7 -10~9, M"1. En una modalidad preferida, la proteína de angiogénesis se purifica o se aisla después de la expresión. Las proteínas de angiogénesis pueden aislarse o purificarse en una variedad de formas conocidas para los expertos en la técnica dependiendo de qué otros componentes se encuentran presentes en la muestra. Los métodos estándar de purificación incluyen técnicas electroforéticas, moleculares, inmunológicas y cromatográficas, incluyendo intercambio de iones, afinidad hidrofóbica y cromatografía HPLC de fase inversa y cromatoenfoque . Por ejemplo, la proteína de angiogénesis puede purificarse utilizando una columna v estándar de anticuerpo de proteína anti-angiogénesis. Las técnicas de ultrafiltración y diafiltración, en conjunto con 5 la concentración de proteínas, son útiles también. Para una guía general en técnicas de purificación adecuadas, ver Scopes, R., Protein Purification, Springer-Verlag, NY (1982). El grado de purificación necesario variará dependiendo del • uso de la proteína de angiogénesis. En algunos casos no es 10 necesaria la purificación. Una vez que se expresan y se puifican si es necesario, las proteínas de angiogénesis y los ácidos nucleicos son útiles en varias aplicaciones. En un aspecto, se determinan los niveles de 15 expresión de los genes para diferentes estados celulares en el fenotipo de angiogénesis; es decir, que los niveles de expresión de los genes en el tejido normal (i.e., que no experimentan la angiogénesis) y en el tejido de angiogénesis (y en algunos casos, para severidades variables de 20 angiogénesis que se relacionan a la prognosis, como se señala a continuación) se evalúan para proporcionar perfiles de • expresión. Un perfil de expresión de un estado celular particular o punto de desarrollo es especialmente una "huella digital" del estado; mientras que dos estados pueden tener 25 cualquier gen particular expresado de manera similar, la evaluación de varios genes de manera simultánea permite la generación de un perfil de expresión del gen que es único para el estado de la célula. Comparando los perfiles de expresión de células en diferentes estados, se obtiene la información referente a cuáles genes son importantes (incluyendo la sobre- y sub-regulación de genes) en cada uno de estos estados. Entonces, puede hacerse o confirmarse el diagnóstico: si el tejido de un paciente en particular tiene el perfil de expresión del gen de tejido normal o de angiogénesis. La "expresión diferencial" o equivalentes gramaticales como aquí se utilizan, se refiere a diferencias tanto cualitativas como cuantitativas en los patrones de expresión temporal y/o celular de los genes dentro y entre las células. De este modo, un gen expresado diferencialmente puede tener cualitativamente alterada su expresión, incluyendo una activación o inactivación, en, por ejemplo, el tejido normal contra el angiogénico. Es decir, que los genes pueden activarse o desactivarse en un estado particular. Como es aparente para el técnico experto, puede hacerse cualquier comparación de dos o más estados. Tal gen cualitativamente regulado exhibe un patrón de expresión dentro de un estado o tipo celular detectable mediante técnicas estándar en un estado o tipo celular tal, pero no se detecta en ambos. Alternativamente, la determinación es cuantitativa en que la expresión aumenta o disminuye; es decir, que la expresión del gen se encuentra ya sea sobre- regulada, dando como resultado una cantidad aumentada de transcripción o sub-regulada, dando como resultado una 5 cantidad disminuida de transcripción. El grado al cual difiere la expresión necesita ser solo lo suficientemente grande para cuantificarse mediante técnicas de caracterización estándar como se señala a continuación, tal • como con el uso de las disposiciones de expresión Affymetrix 10 GeneChip™, Lockhart, Nature Biotechnology, 14:1675-1680 (1998) , expresamente incorporadas aquí como referencia. Otras técnicas incluyen, pero no se limitan a, transcriptasa PCR cuantitativa inversa, análisis Northern y protección • RNasa. Como se señaló anteriormente, preferentemente el 15 cambio en la expresión (i.e., sobre-regulación o subregulación) es de al menos aproximadamente el 50%, más preferentemente de al menos aproximadamente el 100%, más preferentemente de al menos aproximadamente el 150%, más preferentemente de al menos aproximadamente el 200%, siendo 20 especialmente preferido desde 300 hasta al menos 1000%. Como lo apreciarán los expertos en la técnica, esto • se hará al evaluar la transcripción del gen o en el nivel de proteína; es decir, la cantidad de la expresión del gen puede monitorearse utilizando sondas de ácido nucleico para el ADN 25 o ARN equivalente de la transcripción del gen y la cuantificación de los niveles de expresión del gen o alternativamente, el producto final del gen en sí (proteína) puede monitorearse, por ejemplo a través del uso de anticuerpos para la proteína de angiogénesis y de inmunoanálisis estándar (de ELISA, etc.) u otras técnicas, incluyendo análisis de espectroscopia de masas, análisis de electroforésis de gel 2D, etc. De este modo, las proteínas correspondientes a los genes de angiogénesis, i.e., aquellas identificadas como importantes en un fenotipo de angiogénesis, pueden evaluarse en una prueba diagnóstica de angiogénesis . En una modalidad preferida, se realiza el monitoreo de expresión del gen y se monitorean simultáneamente varios genes, i.e., un perfil de expresión, aunque puede hacerse también un monitoreo múltiple de expresión de proteína. De manera similar, estos análisis pueden hacerse también sobre una base individual . En esta modalidad, las sondas de ácido nucleico de la angiogéresis se unen a biochips como aquí se señala para la detección y cuantificación de las secuencias de angiogénesis en una célula en particular. Los análisis se describen adicionalmente a continuación en el ejemplo. En una modalidad preferida, se detectan los ácidos nucleicos que codifican la proteína de angiogénesis. Aunque puede detectarse el ADN o ARN que codifica la proteína de . Jdki * a-. angiogénesis, son de particular interés los métodos en donde se detecta el ARNm que codifica una proteína de angiogénesis. La presencia del ARNm en una muestra es una indicación de que el gen de angiogénesis se transcribe para formar el ARNm y sugiere que la proteína se encuentra expresada. Las sondas para detectar el ARNm pueden ser cualquier sonda nucleótido/desoxinucleótido que sea complementaria y en pares de bases con el ARNm e incluyen, pero no se limitan a oligonucleótidos, ADNc o ARN. Las sondas deben contener también un marcador detectable, como aquí se define. En un método el ARNm se detecta después de inmovilizar el ácido nucleico que va a examinarse sobre un soporte sólido tal como membranas de nilón e hibridizar la sonda con la muestra. Seguido del lavado para retirar la sonda enlazada no- específicamente, se detecta el marcador. En otro método la detección del ARNm se lleva a cabo in situ. En este método se contactan células permeabilizadas o muestras de tejido con una sonda de ácido nucleico marcada de manera detectable durante el tiempc suficiente para permitir que la sonda se hibridice con el ARNm objetivo. Después del lavado para retirar la sonda enlazada no-específicamente, se detecta el marcador. Por ejemplo, una ribosonda digoxigenina marcada (sonda ARN) que es complementaria para el ARNm que codifica una proteína de angiogénesis se detecta uniendo la digoxigenina con un anticuerpo secundario anti-digoxigenina y tl=nAÁá se desarrolla con tetrazolio azul nitro y 5-bromo-4-cloro-3- indoil fosfato. En una modalidad preferida, cualquiera de las tres clases de proteínas como aquí se describe (proteínas secretadas, transmembrana o intracelulares) se utiliza en análisis de diagnóstico. Las proteínas de angiogénesis, anticuerpos, ácidos nucleicos, proteínas modificadas y células que contienen secuencias de angiogénesis se utilizan en análisis de diagnóstico. Esto puede hacerse sobre un gen individual o en el nivel polipéptido correspondiente. En una modalidad preferida, se utilizan los perfiles de expresión, preferentemente en conjunto con técnicas de examen de alto rendimiento para permitir el monitoreo de los genes de perfil de expresión y/o los polipéptidos correspondientes. Como aquí se describe y define, las proteínas de angiogénesis, incluyendo proteínas intracelulares, transmembrana o secretadas, encuentran su uso como marcadores de angiogénesis. La detección de estas proteínas en el tejido putativo de angiogénesis o en pacientes permite determinar o diagnosticar la angiogénesis. Numerosos métodos conocidos por los expertos en la técnica encuentran su uso en la detección de angiogénesis. En una modalidad, se utilizan anticuerpos para detectar proteínas de angiogénesis. Un método preferido separa las proteínas de una muestra o paciente mediante electroforesis sobre un gel (típicamente un Il ?? -i . :m.*i.r,Í*n,.,Á . gel de proteína desnaturalizada y de reducción, pero puede ser cualquier otro tipo de gel incluyendo geles de enfoque isoeléctrico y similares) . Después de la separación de proteínas, se detecta la proteína de angiogénesis mediante 5 inmunoglobulina con anticuerpos cultivados contra la proteína de angiogénesis. Los métodos de inmunoglobulina son bien conocidos por aquellos de experiencia ordinaria en la materia. f En otro método preferido, los anticuerpos para la 10 proteína de angiogénesis encuentran su uso en técnicas de imagen in situ. En este método las células se contactan con de uno a muchos anticuerpos para la(s) proteína (s) de angiogénesis. Después del lavado para retirar la unión de ^ anticuerpo no-específica, se detecta la presencia del 15 anticuerpo o anticuerpos. En una modalidad el anticuerpo se detecta incubando un anticuerpo secundario que contiene un marcador detectable. En otro método el anticuerpo primario para la(s) proteína (s) de angiogénesis contiene un marcador detectable. En otra modalidad preferida cada uno de los 20 múltiples anticuerpos primarios contienen un marcador distinto y detectable. Este método encuentra su uso wj^ particular en el examen simultáneo de una pluralidad de proteínas de angiogénesis. Como lo apreciará alguien de experiencia ordinaria en la materia otras numerosas técnicas 25 histológicas de imagen son útiles en la invención. t»MÍlj aH -J>fcJÍajima>.a . , . „ , , .. . „.»- En una modalidad preferida el marcador se detecta en un fluorómetro que tiene la capacidad de detectar y distinguir las emisiones de diferentes longitudes de onda. Además, puede utilizarse un seleccionador celular activado 5 por fluorescencia (FACS) en el método. En otra modalidad preferida, los anticuerpos encuentran su uso en el diagnóstico de angiogénesis a partir de muestras de sangre. Como se describió previamente, • ciertas proteínas de angiogénesis son moléculas 10 secretadas/circulantes. Las muestras de sangre, en consecuencia, son útiles como muestras para ser sondeadas o analizadas para la presencia de proteínas de angiogénesis secretadas. Los anticuerpos pueden utilizarse para detectar w la angiogénesis mediante cualquiera de las técnicas de 15 inmunoanálisis previamente descritas incluyendo ELISA, inmuno transferencia (Western blotting) , inmunoprecipitación, tecnología BIACORE y similares, como lo apreciará alguien de experiencia ordinaria en la materia. En una modalidad preferida, se lleva a cabo la 20 hibridización in situ de sondas de ácido nucleico de la angiogénesis marcadas en disposiciones de tejido. Por • ejemplo, se llevan a cabo las disposiciones de muestras de tejido, incluyendo el tejido de angiogénesis y/o el tejido normal. Puede llevarse a cabo la hibridización in situ como 25 se conoce en la técnica. |^gH^^ ^^^ Se entiende que al comparar las huellas entre un individuo y un estándar, el técnico experto puede efectuar un diagnóstico así como un pronóstico. Se entiende además que los genes que indican el diagnóstico pueden diferir de aquellos que indican el pronóstico. En una modalidad preferida, las proteínas de angiogénesis, los anticuerpos, los ácidos nucleicos, las proteínas modificadas y las células contienen secuencias de angiogénesis que se utilizan en análisis de prognosis. Como en lo anterior, pueden generarse los perfiles de expresión del gen que se correlacionan a la severidad de la angiogénesis, en términos de prognosis a largo plazo. De nuevo, esto puede hacerse ya sea sobre un nivel de proteína o de gen, con el uso de los genes que se prefieran. Como en lo anterior, las sondas de angiogénesis se unen a los biochips para la detección y cuantificación de las secuencias de angiogénesis en un tejido o paciente. Los análisis proceden como se señaló anteriormente para el diagnóstico. En una modalidad preferida se utiliza cualquiera de las tres clases de proteína como aquí se describe en análisis de examen de droga. Las proteínas de angiogénesis, los anticuerpos, los ácidos nucleicos, las proteínas modificadas y las células que contienen secuencias de angiogénesis se utilizan en análisis de examen de droga o mediante la evaluación del efecto de las drogas candidato sobre un ?.?, x- nptfttai -í, AAA "perfil de expresión del gen" o perfil de expresión para los polipéptidos . En una modalidad preferida, se utilizan los perfiles de expresión, preferentemente en conjunto con técnicas de examen de alto rendimiento para permitir el monitoreo de genes de perfil de expresión después del tratamiento con un agente candidato, Zlokarnik et al., Science 279, 84-8 (1998), Heid, 1996 #69. En una modalidad preferida, las proteínas de angiogénesis, los anticuerpos, los ácidos nucleicos, las proteínas modificadas y las células que contienen proteínas de angiogénesis nativas o modificadas se utilizan en análisis de examen. Es decir, que la presente invención proporciona nuevos métodos para el examen de composiciones que modulan el fenotipo de angiogénesis. Como en lo anterior, esto puede hacerse sobre un nivel individual del gen o mediante la evaluación del efecto de las drogas candidato sobre un "perfil de expresión del gen". En una modalidad preferida, se utilizan los perfiles de expresión, preferentemente en conjunto ccn. técnicas de examen de alto rendimiento para permitir el monitoreo de los genes de perfil de expresión después del tratamiento con un agente candidato, ver Zlokarnik, supra. Habiendo identificado aquí los genes que se expresan diferencialmente, puede ejecutarse una variedad de análisis. En una modalidad preferida, pueden llevarse a cabo los análisis sobre un nivel de gen individual o de proteína. Es decir, que habiendo identificado a un gen particular como sobre -regulado en la angiogénesis, pueden examinarse los agentes bioactivos candidato para modular esta respuesta del gen; preferentemente para sub-regular el gen, aunque en algunas circunstancias es para sobre-regular el gen. La "modulación" en consecuencia incluye un incremento y una disminución en la expresión del gen. La cantidad preferida de modulación dependerá del cambio original de la expresión del gen en tejido normal contra el que experimenta la angiogénesis, con cambios de al menos 10%, de preferencia del 50%, más preferentemente de 100-300% y en algunas modalidades de 300-1000% o mayor. De este modo, si un gen exhibe un incremento de 4 veces en el tejido de angiogénesis comparado con el tejido normal, es deseable una disminución de aproximadamente cuatro veces; una disminución de 10 veces en el tejido angiogénico comparado con el tejido normal da un incremento de 10 veces en la expresión para un agente candidato deseado . Como lo apreciarán los expertos en la técnica, esto puede hacerse mediante la evaluación ya sea a nivel de gen o de proteína; es decir, que la cantidad de expresión del gen puede monitorearse utilizando sondas de ácido nucleico y la cuantificación de los niveles de expresión del gen o, alternativamente, el producto del gen en sí puede monitorearse, por ejemplo mediante el uso de anticuerpos para la proteína de angiogénesis e inmunoanálisis estándar. En una modalidad preferida, se lleva a cabo el monitoreo de expresión del gen y se monitorean simultáneamente varios genes, i.e., un perfil de expresión, aunque puede efectuarse también el monitoreo múltiple de expresión de proteína. En esta modalidad, las sondas de ácido nucleico de la angiogénesis se unen a los biochips como aquí se señala para la detección y cuantificación de las secuencias de angiogénesis en una célula particular. Los análisis se describen adicionalmente a continuación. En general, en una modalidad preferida, se agrega un agente bioactivo candidato a las células previo al análisis. Además se proporcionan exámenes para identificar un agente bioactivo candidato que module la angiogénesis, , module las proteínas de angiogénesis, se una a la proteína de angiogénesis o interfiera entre la unión de una proteína de angiogénesis y un anticuerpo. El término "agente bioactivo candidato" o "droga candidato" o sus equivalentes gramaticales como aquí se utiliza describe cualquier molécula, e.g., proteína oligopéptido, molécula orgánica pequeña, polisacarido, polinucleótido, etc., que va a analizarse para los agentes bioactivos capaces de alterar directa o indirectamente ya sea ? *í . ?.A.i*á. ¡h?JMÍ-ri m* ».«. el fenotipo de angiogénesis o la expresión de una secuencia de angiogénesis, incluyendo las secuencias de ácido nucleico y las secuencias de proteína. En modalidades preferidas, los agentes bioactivos modulan los perfiles de expresión o los ácidos nucleicos o proteínas de perfiles de expresión aquí proporcionados. En una modalidad particularmente preferida, el agente candidato suprime un fenotipo de angiogénesis, por ejemplo para una huella de tejido normal. De manera similar, el agente candidato suprime preferentemente un severo fenotipo de angiogénesis. En general se lleva a cabo una pluralidad de mezclas de análisis en paralelo con concentraciones diferentes del agente para obtener una respuesta diferencial a las diversas concentraciones. Típicamente, una de estas concentraciones sirve como control negativo, i.e., a cero concentración o por debajo del nivel de detección. En un aspecto, un agente candidato neutraliza el efecto de la proteína de angiogénesis. Por "neutralizar" se entiende que la actividad de una proteína ya sea se inhibe o neutraliza a fin de no tener sustancialmente ningún efecto en una célula. Los agentes candidato abarcan numerosas clases químicas, aunque típicamente son moléculas orgánicas, preferentemente compuestos orgánicos pequeños que tienen un peso molecular de más de 100 y menos de aproximadamente 2,500 & i^^__ *m . «.jfctt „ «. A?A**¡^^.?*. ^Í.? daltones. Las moléculas pequeñas preferidas son menores de 2000 o menores que 1500 o menores que 1000 o menores que 500 D. Los agentes candidato comprenden grupos funcionales necesarios para la interacción estructural con las proteínas, 5 particularmente de enlace de hidrógeno y típicamente incluyen al menos un grupo amino, carbonilo, hidroxilo o carboxilo, preferentemente al menos dos de los grupos químicos funcionales. Los agentes candidato comprenden con frecuencia carbono cíclico o estructuras heterocíclicas y/o estructuras 10 aromáticas o poliaromáticas sustituidas con uno o más de los grupos funcionales anteriores. Los agentes candidato se encuentran también entre las biomoléculas incluyendo péptidos, sacaridas, ácidos grasos, esteroides, purinas, flft pirimidinas, derivados, análogos estructurales o 15 combinaciones de los mismos. Son particularmente preferidos los péptidos. Los agentes candidato se obtienen a partir de una variedad de fuentes incluyendo archivos de compuestos naturales o sintéticos. Por ejemplo, se encuentran 20 disponibles numerosos medios para la síntesis aleatoria y dirigida de una amplia variedad de compuestos orgánicos y • biomoléculas, incluyendo la expresión de oligonucleótidos aleatorizados. Alternativamente, se encuentran disponibles o se producen fácilmente las archivos de compuestos naturales 25 en forma de extractos bacteriales, de hongos, de plantas y de liiaÁ. Jjaii j^ Ja *,¿¿¿. Í Í.*?... animales. Adicionalmente, las archivos y compuestos producidos natural o sintéticamente se modifican fácilmente a través de medios químicos, físicos y bioquímicos convencionales. Los agentes farmacológicos conocidos pueden someterse a modificaciones químicas dirigidas o aleatorias, tal como la acilación, alquilación, esterificación, amidificación para producir análogos estructurales. En una modalidad preferida, los agentes bioactivos candidato son proteínas. Por "proteína" se entiende aquí al menos dos aminoácidos unidos de manera covalente, que incluyen proteínas, polipéptidos oligopéptidos y péptidos. La proteína puede elaborarse a partir de aminoácidos que se producen de manera natural y enlaces de péptido o estructuras peptidomiméticas sintéticas. De este modo, "aminoácido" o "residuo péptido" , como aquí se utiliza significa aminoácidos que se producen de manera natural y sintéticos. Por ejemplo, la homo-fenilalanina, la citrulina y la noreleucina se consideran aminoácidos para los propósitos de la invención. "Aminoácido" incluye también residuos de aminoácidos tales como la prolina y la hidroxiprolina. Las cadenas laterales pueden encontrarse ya sea en la configuración (R) o (S) . En la modalidad preferida, los aminoácidos se encuentran en la configuración (S) o L. Si se utilizan cadenas laterales que no se producen de manera natural, pueden utilizarse sustituyentes no-aminoácidos, por ejemplo para prevenir o y retardar las degradaciones in vivo. En una modalidad preferida, los agentes bioactivos candidato son proteínas que se producen de manera natural o fragmentos de proteínas que se producen de manera natural . Así, por ejemplo, pueden utilizarse las proteínas que contienen extractos celulares o recopilaciones aleatorias o dirigidas de extractos celulares proteináceos. De este modo pueden elaborarse archivos de proteínas procarióticas y eucarióticas para el examen en los métodos de la invención. Son particularmente preferidos en esta modalidad los archivos de proteínas bacteriales, de hongos, virales y de mamífero, siendo preferido este último y especialmente preferidas las proteínas humanas. En una modalidad preferida, los agentes bioactivos candidato son péptidos de desde aproximadamente 5 hasta aproximadamente 30 aminoácidos, siendo preferidos desde aproximadamente 5 hasta aproximadamente 20 aminoácidos y particularmente preferidos desde aproximadamente 7 hasta aproximadamente 15. Los péptidos pueden ser recopilaciones de proteínas que se producen de manera natural como se señaló en lo anterior, péptidos aleatorios o péptidos aleatorios "predispuestos" . Por "aleatorizado" o sus equivalentes gramaticales se entiende aquí que cada ácido nucleico y péptido consiste esencialmente de nucleótidos y aminoácidos aleatorios, respectivamente. Debido a que en general estos péptidos (o ácidos nucleicos, tratados a continuación) aleatorios se encuentran químicamente sintetizados, pueden incorporar cualquier nucleótido o aminoácido en cualquier posición. El proceso sintético puede diseñarse para generar proteínas o ácidos nucleicos aleatorizados, para permitir la formación de todas o la mayoría de las combinaciones posibles sobre la longitud de la secuencia, formando así un archivo de agentes bioactivos proteináceos candidato aleatorizados. En una modalidad, el archivo se aleatoriza totalmente, sin preferencias o constantes de secuencia en cualquier posición. En una modalidad preferida, el archivo se predispone. Es decir, que algunas posiciones dentro de la secuencia se mantienen constantes o se seleccionan de un número limitado de posibilidades. Por ejemplo, en una modalidad preferida, los residuos de nucleótidos o aminoácidos se aleatorizan dentro de una clase definida, por ejemplo, de amoniácidos hidrofóbicos, residuos hidrofílicos, residuos esféricamente predispuestos (ya sea pequeños o grandes) , hacia lz- creación de dominios de unión de ácido nucleico, la creación de cisteínas, para la reticulación, prolinas para dominios SH-3, serinas, treoninas, tirosmas o histidinas para los sitios de fosforilación, etc. o para pupnas, etc. En una modalidad preferida, los agentes bioactivos candidatos son ácidos nucleicos, como se definió en lo til'-? ? i t . i. Alt ja,* «É aJfr. anterior . Como se describió anteriormente, en general para las proteínas, los agentes bioactivos candidatos de ácido nucleico pueden ser ácidos nucleicos que se producen de manera natural, ácidos nucleicos aleatorios o ácidos nucleicos aleatorios "predispuestos". Por ejemplo, las recopilaciones de genomas procarióticos o eucarióticos pueden utilizarse como se señaló en lo anterior para las proteínas. En una modalidad preferida, los agentes bioactivos candidatos son residuos químicos orgánicos, de los cuales se encuentra disponible una amplia variedad en la literatura. Después de haber agregado el agente candidato y de permitir la incubación de las células durante algún período de tiempo, la muestra que contiene las secuencias objetivo que van a analizarse se agrega al biochip. Si se requiere, la secuencia objetivo se prepara utilizando técnicas conocidas. Por ejemplo, la muestra puede tratarse para lisar las células, utilizando amortiguadores de lisis conocidos, electroporación, etc. con purificación y/o amplificación tal como la que se presenta en la PCR según sea necesario, como lo apreciarán los expertos en la técnica. Por ejemplo, se lleva a cabo una transcripción in vitro con marcadores unidos de manera covalente a los nucleósidos. En general, los ácidos nucleicos se marcan con biotina-FITC o PE o con cy3 o cy5.

En una modalidad preferida, la secuencia objetivo se marca, con, por ejemplo, una señal fluorescente, una quimioluminiscente, una química o una radiactiva, para proporcionar los medios para la detección de la unión específica de las secuencias objetivo a una sonda. El marcador puede ser también una enzima, tal como, fosfatasa alcalina o peroxidasa de rábano, que cuando se provee de un sustrato apropiado produce un producto que puede detectarse. Alternativamente, el marcador puede ser un compuesto o molécula pequeña marcada tal como un inhibidor de enzima, que se une pero no se cataliza ni se altera mediante la enzima. El marcador puede ser también un residuo o compuesto, tal como, un marcador de epítope o biotina que se une específicamente a la estreptavidina. Para el ejemplo de biotina, la estreptavidina se marca como se describió en lo anterior, con lo cual se proporciona una señal detectable para la secuencia objetivo unida. Como se conoce en la técnica, la estreptavidina marcada no unida se retira previo al análisis. Como lo apreciarán los expertos en la técnica, estos análisis pueden dirigirse a análisis de hibridización o pueden comprender "análisis intercalados" , que incluyen el uso de sondas múltiples, como se señala en general en las Patentes de los E.U. Nos. 5,681,702, 5,597,909, 5,545,730, 5 , 594 , 117 , 5 , 591 , 584 , 5 , 571 , 670 , 5 , 580 , 731 , 5 , 571 , 670 , -«* -a tJA =i 5,591,584, 5,624,802, 5,635,352, 5,594,118, 5,359,100, 5,124,246 y 5,681,697, todas las cuales se incorporan aquí para referencia. En esta modalidad, en general, el ácido nucleico objetivo se prepara como se señaló anteriormente y se agrega entonces al biochip que comprende una pluralidad de sondas de ácido nucleico, bajo condiciones que permiten la formación de un complejo de hibridización. Puede utilizarse una variedad de condiciones de hibridización en la presente invención, incluyendo condiciones de alta, moderada y baja rigurosidad como se señaló anteriormente. Los análisis se llevan a cabo generalmente bajo condiciones de rigurosidad que permiten la formación del complejo de hibridización de sonda marcadora solamente en presencia del objetivo. La rigurosidad puede controlarse alterando un parámetro de etapas que es una variable termodinámica, incluyendo, pero sin limitarse a, temperatura, concentración de formamida, concentración salina, concentración pH salina caotrópica, concentración de solvente orgánico, etc. Estos parámetros pueden utilizarse también para controlar la unión no-específica, como se señala en general en la Patente de E.U. No. 5,681,697. De este modo puede ser deseable llevar a cabo ciertas etapas en condiciones de mayor rigurosidad para reducir la unión no-específica. Las reacciones aquí señaladas pueden lograrse en írÍ ,-Í,*t.-i* -~.-i**,l ,í.rí. j£íi *,A,¿ - -. , una variedad de formas, como lo apreciarán los expertos en la técnica. Los componentes de la reacción pueden agregarse simultáneamente o secuencialmente, en cualquier orden, con las modalidades preferidas abajo señaladas. Además, la reacción puede incluir una variedad de otros reactivos que pueden incluirse en los análisis. Estos incluyen reactivos como sales, amortiguadores, proteínas neutras, e.g., albúmina, detergentes, etc., que pueden utilizarse para facilitar la óptima hibridización y detección y/o reducir las interacciones no-específicas o de fondo. También pueden utilizarse reactivos que mejoran de otra manera la eficiencia del análisis, tales como inhibidores de proteasa, inhibidores de nucleasa, agentes anti-microbiales, etc., dependiendo de los métodos de preparación de la muestra y la pureza del objetivo. Una vez llevado a cabo el análisis, se analizan los datos para determinar los niveles de expresión y cambios en los niveles de expresión así como entre estados de genes individuales, formando un perfil de expresión del gen. Se efectúan los exámenes para identificar drogas o agentes bioactivos que modulan el fenotipo de angiogénesis. Específicamente, existen muchos tipos de exámenes que pueden efectuarse. Una modalidad preferida se encuentra en el examen de agentes candidato que pueden inducir o suprimir un perfil de expresión en particular, generando así S-lm? ?t^? **&*.*. A *S fcgaa. *^* .. . „ ^^,, . „ , * _^ . « **. mA t?,. .1 U preferentemente el fenotipo asociado. Es decir, se espera que los agentes candidato que pueden imitar o producir un perfil de expresión en la angiogénesis similar al perfil de expresión del tejido normal resulten en una supresión del 5 fenotipo de angiogénesis. De este modo, en esta modalidad, la meta es imitar un perfil de expresión o cambiar el perfil a otro. En una modalidad preferida, en cuanto a las • aplicaciones diagnósticas, habiendo identificado los genes 10 expresados de manera diferencial, importantes en cualquier estado, pueden llevarse a cabo los exámenes para alterar la expresión de los genes de manera individual. Es decir, que puede hacerse el examen para la modulación de regulación de la expresión de un solo gen; es decir, que en vez de tratar 15 de imitar todo o parte de un perfil de expresión, puede hacerse el examen para la regulación de genes individuales. De este modo, por ejemplo, particularmente en el caso de genes objetivo cuya presencia o ausencia es única entre dos estados, se efectúa el examen de moduladores de la expresión 20 del gen objetivo. En una modalidad preferida, se lleva a cabo el • examen para alterar la función biológica del producto de expresión del gen diferencialmente expresado. De nuevo, habiendo identificado la importancia de un gen en un estado 25 particular, puede llevarse a cabo el examen de agentes que se unen y/o modulan la actividad biológica del producto del gen como se señala abajo más completamente. De este modo, el examen de agentes candidato que modulan el fenotipo de angiogénesis ya sea a nivel de expresión del gen o a nivel de proteína puede llevarse a cabo. Además pueden hacerse exámenes para nuevos genes que son inducidos en respuesta a un agente candidato. Después de identificar a un agente candidato en base a su capacidad para suprimir un patrón de expresión de angiogénesis llevándolo a un patrón de expresión normal o modular un solo perfil de expresión del gen de angiogénesis a fin de imitar la expresión del gen a partir del tejido normal, puede llevarse a cabo como se describió anteriormente una examen para identificar a los genes que se modulan específicamente en respuesta al agente. Al comparar los perfiles de expresión entre el tejido normal y un tejido de angiogénesis tratado con un agente se revelan los genes que no se encuentran expresados en el tejido normal o en tejido de angiogénesis, pero se encuentran expresados en tejido tratado con el agente. Estas secuencias específicas del agente pueden identificarse y utilizarse mediante cualquiera de los métodos aquí descritos para los genes o proteínas de angiogénesis. En particular estas secuencias y las proteínas que codifican encuentran su uso en la fabricación o JiAa * J jlj. identificación de células tratadas con el agente. Además, pueden cultivarse anticuerpos contra las proteínas inducidas por el agente y utilizarse para dirigir nuevos terapéuticos hacia la muestra del tejido de angiogénesis tratado. De este modo, en una modalidad, se administra un agente candidato a una población de células angiogénicas, que así tiene un perfil de expresión de angiogénesis asociado. Por "administración" o "contacto" se entiende aquí que el agente candidato se agrega a las células de tal manera que permite que el agente actúe sobre la célula ya sea mediante absorción y acción intracelular o mediante la acción en la superficie celular. En algunas modalidades, el ácido nucleico que codifica para un agente candidato proteináceo (i.e., un péptido) puede introducirse en una construcción viral tal como una construcción retroviral y agregarse a la célula, de modo que se logra la expresión del agente péptido; ver, PCT US97/01019, incorporada aquí expresamente como referencia . Una vez que el agente candidato se ha administrado a las células, las células pueden lavarse si se desea y se dejan incubar preferentemente bajo condiciones fisiológicas durante algún período de tiempo. Las células se cultivan entonces y se genera un nuevo perfil de expresión del gen, como aquí se señala. De este modo, por ejemplo, puede examinarse el tejido de angiogénesis para agentes que reducen o suprimen el fenotipo de angiogénesis. Un cambio en al menos un gen del perfil de expresión indica que el agente tiene un efecto sobre la actividad de angiogénesis. Definiendo tal asignatura para el fenotipo de angiogénesis, pueden diseñarse exámenes para nuevas drogas que alteren el fenotipo. Con este procedimiento, no necesita conocerse el objetivo de la droga y no necesita representarse en la plataforma de examen de expresión original, ni tiene que cambiar el nivel de transcripción para la proteína objetivo. En una modalidad preferida, como se señaló en lo anterior, pueden efectuarse los exámenes sobre genes individuales y productos del gen (proteínas) . Es decir, que habiendo identificado un gen particular expresado diferencialmente como importante en un estado particular, puede llevarse a cabo el examen de moduladores ya sea de la expresión del gen o del producto del gen en sí . Los productos del gen de genes diferencialmente expresados se refieren aquí algunas veces como "proteínas de angiogénesis" . En modalidades preferidas la proteína de angiogénesis es como se ilustra en las Figuras 4, 8, 13, 18 y 22 o codificada mediante las secuencias mostradas en las figuras 2, 3, 7, 12, 17, 21 y 23. La proteína de angiogénesis puede ser un fragmento o alternativamente, ser la proteína de longitud total para un fragmento aquí mostrado.

Preferentemente, la proteína de angiogénesis es un fragmento de aproximadamente 14 a 24 aminoácidos de longitud. Más preferentemente el fragmento es un fragmento soluble. En una modalidad preferida, el fragmento es de AAAl. Preferentemente, el fragmento incluye una región de no-transmembrana. En una modalidad preferida, el fragmento AAAl tiene un Cys N-terminal para ayudar en su solubilidad. Preferentemente, el fragmento se selecciona a partir de AAAlpl y AAAlp2. En una modalidad preferida, el fragmento se carga y proviene de la C-terminal de AAA4. En una modalidad, la C-terminal del fragmento se conserva como un ácido libre y la N-terminal es una amina libre para ayudar en el acoplamiento, i.e., a la cisteína. En una modalidad el fragmento es un péptido interno que se sobrepone a la extensión hidrofílica de AAA4. En una modalidad preferida, las terminales se bloquean. Preferentemente, el fragmento de AAA4 se selecciona a partir de AAA4pl o AAA4p2. En otra modalidad preferida, el fragmento es un fragmento nuevo a partir de la N-terminal. En una modalidad, el fragmento excluye la secuencia fuera de la N-terminal, en otra modalidad, el fragmento incluye al menos una porción de la N-terminal. "N-termmal" se utiliza aquí de manera intercambiable con "N-terminal" la cual se describió anteriormente. En una modalidad las proteínas de angiogénesis se conjugan a un agente inmunogénico como se trata aquí. En una modalidad la proteína de angiogénesis se conjuga a BSA. De este modo, en una modalidad preferida, el examen para moduladores de expresión de genes específicos puede llevarse a cabo. Esto se hará como se señaló anteriormente, pero en general se evalúa la expresión de solo uno o de unos pocos genes . En una modalidad preferida, se diseñan los exámenes para encontrar primero los agentes candidato que pueden unirse a proteínas diferencialmente expresadas y después estos agentes pueden utilizarse en análisis que evalúan la capacidad del agente candidato para modular la actividad diferencialmente expresada. De este modo, como lo apreciarán los expertos en la técnica, existen varios diferentes análisis que pueden llevarse a cabo; análisis de unión y análisis de actividad. En una modalidad preferida se llevan a cabo análisis de unión. En general, se utiliza el producto del gen purificado o aislado; es decir, que se fabrican los productos del gen de uno o más ácidos nucleicos diferencialmente expresados. En general, esto se hace como se conoce en la técnica. Por ejemplo, se generan los anticuerpos para los productos del gen de proteína y se llevan a cabo inmunoanálisis estándar para determinar la cantidad de proteína presente. Alternativamente, las células que comprenden las proteínas de angiogénesis pueden utilizarse en los análisis. De este modo, en una modalidad preferida, los métodos comprenden combinar una proteína de angiogénesis y un agente bioactivo candidato y determinar la unión del agente candidato a la proteína de angiogénesis. Las modalidades preferidas utilizan la proteína de angiogénesis humana, aunque pueden utilizarse otras proteínas de mamífero, por ejemplo para el desarrollo de modelos animales de la enfermedad humana. En algunas modalidades, como aquí se señala, pueden utilizarse proteínas de angiogénesis variantes o derivadas . En general, en una modalidad preferida de los métodos presentes, la proteína de angiogénesis o el agente candidato se une de manera no-difundible a un soporte insoluble que tiene áreas aisladas receptoras de muestra (e.g., una placa de microvaloración, una disposición, etc.).

Los soportes insolubles pueden hacerse de cualquier composición a la cual puedan unirse las composiciones, fácilmente separable del material soluble y de otro modo compatible con el método general de examen. La superficie de tales soportes puede ser sólida o porosa y de cualquier configuración conveniente. Los ejemplos de soportes insolubles adecuados incluyen placas de micro valoración, disposiciones, membranas y perlas. Estos se encuentran hechos típicamente de vidrio, plástico (e.g., poliestireno), polisacaridas, nilón o nitrocelulosa, teflón™, etc. Las placas de micro valoración y las disposiciones son especialmente convenientes debido a que puede llevarse a cabo 5 un gran número de análisis simultáneamente, utilizando pequeñas cantidades de reactivos y muestras. La manera particular de unir la composición no es crucial mientras que sea compatible con los reactivos y métodos generales de la • invención, mantenga la actividad de la composición y sea no- 10 difundible. Los métodos preferidos de unión incluyen el uso de anticuerpos (que no bloqueen esféricamente ya sea el sitio de unión del ligando o la secuencia de activación cuando la proteína se une al soporte) , la unión directa a soportes H "pegajosos" o iónicos, reticulación química, la síntesis de 15 la proteína o agente sobre la superficie, etc. Después de la unión de la proteína o agente, se retira el exceso de material no unido mediante el lavado. Las áreas receptoras de muestra pueden bloquearse entonces a través de la incubación con albíi.nina de suero bovino (BSA) , caseína v otra 20 proteína inocua u otro residuo. En una modalidad preferida, la proteína de angiogénesis se une al soporte y se agrega un agente bioactivo candidato al análisis. Alternativamente, el agente candidato se une al soporte y se agrega la proteína de 25 angiogénesis. Los nuevos agentes de unión incluyen 1 anticuerpos específicos, agentes de unión no naturales identificados en los exámenes de archivos químicas, análogos de péptido, etc. De interés particular son los análisis de examen para agentes que tienen una baja toxicidad para las 5 células humanas. Puede utilizarse una amplia variedad de análisis para este propósito, incluyendo análisis de unión proteína-proteína marcados in vitro, análisis electroforéticos de cambio de movilidad, inmunoanálisis para unión de proteína, análisis funcionales (análisis de 10 fosforilación, etc.) y similares. La determinación de la unión del agente bioactivo candidato a la proteína de angiogénesis puede hacerse en varias formas. En una modalidad preferida, el agente fl bioactivo candidato se marca y se determina directamente la 15 unión. Por ejemplo, esto puede hacerse uniendo toda o una porción de la proteína de angiogénesis a un soporte sólido, agregando un agente candidato marcado (por ejemplo una marca fluorescente) , lavando el exceso del reactivo y determinando si el marcador se encuentra presente sobre el soporte sólido. 20 Pueden utilizarse varias etapas de bloqueo y lavado como se conoce en la técnica. Por "marcado" se entiende aquí que el compuesto se encuentra marcado ya sea directa o indirectamente con una marca que proporciona una señal detectable, e.g., 25 radioisótopo, fluorescentes, enzima, anticuerpos, partículas tales como partículas magnéticas, quimioluminiscentes o moléculas de unión específica, etc. Las moléculas de unión específica incluyen pares, tales como biotina y estreptavidina, digoxina y antidigoxina etc. Para los 5 miembros de unión específica, el miembro complementario se marcaría normalmente con una molécula que proporcione la detección, de acuerdo con procedimientos conocidos, como se señaló anteriormente. El marcador puede proporcionar directa o indirectamente una señal detectable. 10 En algunas modalidades, solo uno de los componentes se encuentra marcado. Por ejemplo, las proteínas (o agentes candidatos proteináceos) pueden marcarse en posiciones de tirosina utilizando 125I o con fluoróforos. Alternativamente, más de un componente puede estar marcado con diferentes 15 marcas; utilizando 125I para las proteínas, por ejemplo y un floróforo para los agentes candidato. En una modalidad preferida, la unión del agente bioactivo candidato se determina a través del uso de análisis de unión competitivos. En esta modalidad, el competidor es 20 un reactivo de unión conocida por su unión a la molécula objetivo (i.e., de angiogénesis), tal como un anticuerpo, • péptido, socio de unión, ligando, etc. Bajo ciertas circunstancias, puede haber unión competitiva como entre el agente bioactivo y el residuo de unión, desplazando el 25 residuo de unión al agente bioactivo. 1#WW Í ri?f[ffÍf i - En una modalidad, el agente bioactivo candidato se encuentra marcado. Ya sea el agente bioactivo candidato o el competidor o ambos, se agregan primero a la proteína durante un tiempo suficiente para permitir la unión, si se presenta. Las incubaciones pueden llevarse a cabo a cualquier temperatura lo cual facilite la actividad óptima, típicamente entre 4 y 40 °C. Los períodos de incubación se seleccionan para la actividad óptima, pero pueden también optimizarse para facilitar el rápido examen de alto rendimiento. Típicamente será suficiente entre 0.1 y 1 hora. El exceso de reactivo se retira generalmente o se lava. El segundo componente se agrega entonces y se da seguimiento a la presencia o ausencia del componente marcado, para indicar la unión. En una modalidad preferida, el competidor se agrega primero, seguido por el agente bioactivo candidato. El desplazamiento del competidor es una indicación de que el agente bioactivo candidato se une a la proteína de ^ngiogénesis y así es capaz de unirse a y modular potencialmente, la actividad de la proteína de angiogénesis. En esta modalidad, cualquiera de los componentes puede marcarse. De este modo, por ejemplo, si se marca el competidor, la presencia del marcador en la solución de lavado indica el desplazamiento por medio del agente. Alternativamente, si se marca el agente bioactivo candidato, |j3^á,áA*AtJ(í, >•*»-. . - a . . .m^m mm. mm*,.... -. ^A*******. a. ^ AA *^^.. i UL la presencia del marcador sobre el soporte indica desplazamiento . En una modalidad alternativa, el agente bioactivo candidato se agrega primero, con incubación y lavado, seguido del competidor. La ausencia de unión por parte del competidor puede indicar que el agente bioactivo se une a la proteína de angiogénesis con una mayor afinidad. De este modo, si el agente bioactivo candidato se encuentra marcado, la presencia del marcador sobre el soporte, aunada a una carencia de unión del competidor, puede indicar que el agente candidato es capaz de unirse a la proteína de angiogénesis. En una modalidad preferida, el método comprende el examen diferencial para identificar a los agentes bioactivos capaces de modular la actividad de las proteínas de angiogénesis. En esta modalidad, los métodos comprenden combinar una proteína de angiogénesis y un competidor en una primera muestra. Una segunda muestra comprende un agente bioactivo candidato, una proteína de angiogénesis y un competidor. La unión al competidor se determina para ambas muestras y un cambio o diferencia de unión entre las dos muestras indica la presencia de un agente capaz de unirse a la proteína de angiogénesis y potencialmente modular su actividad. Es decir, si la unión del competidor es diferente en la segunda muestra en relación a la primera muestra, el agente es capaz de unirse a la proteína de angiogénesis. írJt j .J. ... ...

Alternativamente, una modalidad preferida utiliza el examen diferencial para identificar a las drogas candidato que se unen a la proteína de angiogénesis nativa, pero que no pueden unirse a las proteínas de angiogénesis modificadas. La estructura de la proteína de angiogénesis puede modelarse y utilizarse en el diseño de una droga racional para sintetizar agentes que interactúen con ese sitio. Las drogas candidato que afectan la bioactividad de la angiogénesis se identifican también analizando las drogas por su capacidad ya sea para aumentar o reducir la actividad de la proteína. Pueden utilizarse controles positivos y controles negativos en los análisis. Preferentemente todos los controles y muestras de prueba se llevan a cabo al menos por triplicado para obtener resultados estadísticamente significativos. La incubación de todas las muestras se hace durante un tiempo suficiente para la unión del agente a la proteína. Después de la incubación, todas las muestras se lavan libres de material no-específicamente unido y se determina la cantidad de unión, generalmente del agente marcado. Por ejemplo, cuando se emplea una radio-marca, las muestras pueden contarse en un contador de centelleo para determinar la cantidad de compuesto unido. Puede incluirse una variedad de otros reactivos en los análisis de examen. Estos incluyen reactivos como sales, proteínas neutras, e.g., albúmina, detergentes, etc., que % - A ií*ar, i .t pueden utilizarse para facilitar la óptima unión proteína- proteína y/o reducir las interacciones no-específicas o de fondo. También pueden utilizarse reactivos que de otro modo mejoran la eficiencia del análisis, tales como inhibidores de 5 proteasa, inhibidores de nucleasa, agentes anti-microbiales etc. La mezcla de los componentes puede agregarse en cualquier orden que proporcione la unión requerida . El examen de agentes que modulan la actividad de • las proteínas de angiogénesis puede también llevarse a cabo. 10 En una modalidad preferida, los métodos para examinar un agente bioactivo capaz de modular la actividad de las proteínas de angiogénesis comprenden las etapas de agregar un agente bioactivo candidato a una muestra de proteínas de A angiogénesis, como en lo anterior y determinar una alteración 15 en la actividad biológica de las proteínas de angiogénesis. "Modular la actividad de las proteínas de angiogénesis" incluye un aumento en la actividad, una disminución en la actividad o un cambio en el tipo o clase de actividad presente. De este modo, en esta modalidad, el agente 20 candidato debe unirse a las proteínas de angiogénesis (aunque esto puede no ser necesario) y alterar su actividad biológica F o bioquímica como aquí se define. Los métodos incluyen métodos de examen in vitro, como se señaló anteriormente en general y el examen in vivo de células para alteraciones en 25 la presencia, distribución, actividad o cantidad de las proteínas de angiogénesis. De este modo, en esta modalidad, los métodos comprenden combinar una muestra de angiogénesis y un agente bioactivo candidato y evaluar el efecto sobre la 5 angiogénesis. Por "actividad de angiogénesis" o equivalentes gramaticales, se entiende aquí una de las actividades biológicas de angiogénesis, incluyendo pero no limitándose a su papel en la angiogénesis. En una modalidad, la actividad • de angiogénesis incluye la activación de AAA4, AAAl, Edg-1, 10 alfa 5 beta 1 integrina, endomucina y metaloproteinasa 10 de matriz. Un inhibidor de la actividad de angiogénesis es la inhibición de cualquiera o más de las actividades de angiogénesis . En una modalidad preferida, la actividad de la • 15 proteína de angiogénesis aumenta; en otra modalidad preferida, la actividad de la proteína de angiogénesis disminuye. Así, se prefieren los agentes bioactivos antagonistas en algunas modalidades y los agentes bioactivos agonistas pueden preferirse en otras modalidades. 20 En una modalidad preferida, la invención proporciona métodos para examinar los agentes bioactivos capaces de modular la actividad de una proteína de angiogénesis. Los métodos comprenden agregar un agente bioactivo candidato, como se definió en lo anterior, a una 25 célula que comprende proteínas de angiogénesis. Los tipos de célula preferidos incluyen casi cualquier célula. Las células contienen un ácido nucleico recombinante que codifica una proteína de angiogénesis. En una modalidad preferida, se analiza un archivo de agentes candidato sobre una pluralidad de células . En un aspecto, se evalúan los análisis en presencia o ausencia o a la exposición previa o subsecuente de señales fisiológicas, por ejemplo hormonas, anticuerpos, péptidos, antígenos, citosinas, factores de crecimiento, potenciales de acción, agentes farmacológicos incluyendo quimioterapéuticos, de radiación, carcinogénicos, u otras células (i.e., contactos célula-célula) . En otro ejemplo, se determinan las determinaciones en diferentes etapas del proceso cíclico de la célula. De esta manera, se identifican los agentes bioactivos. Los compuestos con actividad farmacológica son capaces de aumentar o interferir con la actividad de la proteína de angiogénesis. En una modalidad, "la actividad de la proteína de angiogénesis" corao aquí se utiliza incluye al menos una de las siguientes: la actividad de la proteína de angiogénesis como aquí se define, la unión a Edg-1, la activación de Edg-1 o la activación de sustratos de Edg-1. En una modalidad, la actividad de angiogénesis se define como la proliferación no-regulada del tejido de angiogénesis o el crecimiento de arterias en el tejido. En un aspecto, la actividad de angiogénesis como aquí se define se relaciona a la actividad de Edg-1 en la sobre-regulación de Edg-1 en tejido angiogénico. En otra modalidad, la actividad de la proteína de angiogénesis incluye al menos una de las siguientes: actividad y angiogénesis, la unión a una de AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina, metaloproteinasa 10 de matriz o la activación de sustratos de AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina, metaloproteinasa 10 de matriz, respectivamente. En una modalidad preferida, AAAl comprende su extremo N-terminal. En un aspecto, la actividad de angiogénesis como aquí se define se relaciona a la actividad de AAA4, AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina, metaloproteinasa 10 de matriz, en la sobre-regulación de AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina, metaloproteinasa 10 de matriz respectivamente en el tejido de angiogénesis. En una modalidad, se proporciona un método para inhibir la división celular angiogénica. El método comprende la administración de un inhibidor de angiogénesis. En otra modalidad, se proporciona un método para inhibir la angiogénesis . El método comprende la administración de un inhibidor de angiogénesis. En una modalidad adicional, se proporcionan métodos para tratar células o individuos con angiogénesis . El método comprende la administración de un inhibidor de angiogénesis. En una modalidad, un inhibidor de angiogénesis es un anticuerpo como se trató en lo anterior. En otra modalidad, el inhibidor de angiogénesis es una molécula de antisentido. Las moléculas de antisentido como aquí se utiliza incluyen oligonucleótidos de antisentido o de sentido que comprenden una secuencia de ácidos nucleicos monocatenario (ya sea ARN o ADN) capaz de unirse a secuencias objetivo de ARNm (sentido) o ADN (antisentido) para las moléculas de angiogénesis. Una molécula de antisentido preferida es para AAA4 , AAAl, Edg-1, alfa 5 beta 1 integrina, endomucina, metaloproteinasa 10 de matriz, más preferentemente para las secuencias de angiogénesis en la Tabla 5 o para un ligando o activador de las mismas. Una molécula de antisentido más preferida es para Edg-1 o para un ligando o activador de la misma. Los oligonucleótidos de antisentido o sentido, de acuerdo a la presente invención, comprenden un fragmento generalmente de al menos aproximadamente 14 nucleótidos, preferentemente de aproximadamente 14 a 30 nucleótidos. La capacidad para derivar un oligonucleótido de antisentido o sentido, en base a la secuencia de ADNc que codifica para una proteína dada se describe, por ejemplo, en Stein y Cohén (Cáncer Res. 48:2659, 1988) y van der Krol et al., (BioTechniques 6:958, 1988) . Las moléculas de antisentido pueden introducirse en Í.Í.Á .?. A .' -. ± ...»«a...haj-, una célula que contiene la secuencia de nucleótidos objetivo por medio de la formación de un conjugado con una molécula de unión de ligando, como se describe en la WO 91/04753. Las moléculas de unión de ligando adecuadas incluyen, pero no se limitan a, receptores de superficie celular, factores de crecimiento otras citosinas, u otros ligandos que se unen a los receptores de superficie celular. Preferentemente, la conjugación de la molécula de unión de ligando no interfiere sustancialmente con la capacidad de la molécula de unión de ligando para .unirse a su molécula o receptor correspondiente o para bloquear la entrada del oligonucleótido de sentido o antisentido o su versión conjugada dentro de la célula. Alternativamente, un oligonucleótido de sentido o antisentido puede introducirse en una célula que contiene la secuencia de ácidos nucleicos objetivo mediante la formación de un complejo oligonucleótido-lípido, como se describe en la WO 90/10448. Se entenderá que el uso de moléculas de antisentido o de eliminación y terminación en modelos, pueden también utilizarse en análisis de examen como se trató en lo anterior, Además a los métodos de tratamiento. Los compuestos que tienen la actividad farmacológica deseada pueden administrarse en un vehículo fisiológicamente aceptable a una huésped, como se describió previamente. Los agentes pueden administrarse en una variedad de formas oralmente, parenteralmente, e.g., de manera subcutánea, intraperitonealmente, intravascular ente, etc. Dependiendo de la manera de introducción, los compuestos pueden formularse en una variedad de formas. La concentración del compuesto terapéuticamente activo en la formulación puede variar desde aproximadamente 0.1-100 % por peso. Los agentes pueden administrarse solos o en combinación con otros tratamientos, i.e., radiación. Las composiciones farmacéuticas pueden prepararse en varias formas, tales como granulos, tabletas, pildoras, supositorios, cápsulas, suspensiones, ungüentos, lociones y similares. Los vehículos y/o diluyentes de grado farmacéutico orgánicos o inorgánicos adecuados para el uso oral y tópico pueden utilizarse para elaborar composiciones que contienen los compuestos terapéuticamente activos. Los diluyentes conocidos en la técnica incluyen el medio acuoso, aceites y grasas vegetales o animales. Pueden utilizarse agentes estabilizadores, agentes humectantes y emulsificantes, sales para variar la presión osmótica o amortiguadores para asegurar un valor pH adecuado y mejoradores de penetración cutánea como agentes auxiliares. Sin unirse por la teoría, parece que las diversas secuencias de angiogénesis son importantes en la angiogénesis. De acuerdo a esto, pueden determinarse los trastornos en base a genes mutantes o variantes de angiogénesis . En una modalidad, la invención proporciona li¿<Ís¿«j*i métodos para identificar células que contienen genes variantes de angiogénesis que comprende determinar toda o parte de la secuencia de al menos uno de los genes endógenos de angiogénesis en la célula. Como lo apreciarán los 5 expertos en la técnica, esto puede hacerse utilizando cualquier número de técnicas de secuenciado. En una modalidad preferida, la invención proporciona métodos para identificar el genotipo de angiogénesis de un individuo que • comprenden determinar toda o parte de la secuencia de al 10 menos un gen de angiogénesis del individuo. Esto se hace generalmente en al menos un tejido del individuo y puede incluir la evaluación de varios tejidos o de muestras diferentes del mismo tejido. El método puede incluir {^ comparar la secuencia del gen de angiogénesis secuenciado con 15 un gen de angiogénesis conocido, i.e., un gen de tipo silvestre . La secuencia de todo o parte del gen de angiogénesis puede compararse entonces con la secuencia de un gen de angiogénesis conocido para determinar si existe alguna 20 diferencia. Esto puede hacerse utilizando cualquier número de programas de homología conocidos, tales como Bestfit, etc. En una modalidad preferida, la presencia de una diferencia en la secuencia entre el gen de angiogénesis del paciente y el gen de angiogénesis conocido es indicativa de un estado de 25 enfermedad o una propensión a un estado de enfermedad, como -•'•* fHH-t- -É aquí se señala. En una modalidad preferida, los genes de angiogénesis se utilizan como sondas para determinar el número de copias del gen de angiogénesis en el genoma. 5 En otra modalidad preferida, los genes de angiogénesis se utilizan como sondas para determinar la localización cromosomal de los genes de angiogénesis. Tal información de localización cromosomal encuentra su uso en • proporcionar un diagnóstico o pronóstico en particular cuando 10 las anormalidades cromosomales tales como translocaciones y similares se identifican en el sitio del gen de angiogénesis. De este modo, en una modalidad, se proporcionan los métodos para modular la angiogénesis en células u organismos.

^V En una modalidad, los métodos comprenden administrar a una 15 célula un anticuerpo anti-angiogénesis que reduce o elimina la actividad biológica de una proteína endógena de angiogénesis. Alternativamente, los métodos comprenden administrar a una célula u organismo un ácido nucleico recombinante que codifica para una proteína de angiogénesis. 20 Como lo apreciarán los expertos en la técnica, esto puede lograrse en cualquier número de formas. En una modalidad preferida, por ejemplo, cuando la secuencia de angiogénesis se encuentra sub-regulada en la angiogénesis, la actividad del gen de angiogénesis se incrementa al aumentar la cantidad 25 de angiogénesis en la célula, por ejemplo al sobre-expresar - la angiogénesis endógena o al administrar un gen que codifica la secuencia de angiogénesis, utilizando por ejemplo técnicas conocidas de terapia de gen. En una modalidad preferida, las técnicas de terapia de gen incluyen la incorporación del gen 5 exógeno utilizando la recombinación homologa mejorada (EHR) , por ejemplo como se describe en la PCT/US93/03868 incorporada aquí para referencia en su totalidad. Alternativamente, por ejemplo cuando la secuencia de angiogénesis se encuentra sobre-regulada en la angiogénesis, la actividad del gen 10 endógeno de angiogénesis se reduce, por ejemplo mediante la administración de un ácido nucleico de antisentido de angiogénesis . En una modalidad, las proteínas de angiogénesis de ^ t la presente invención pueden utilizarse para generar 15 anticuerpos policlonales y monoclonales para las proteínas de angiogénesis, que son útiles como aquí se describe. De manera similar, las proteínas de angiogénesis pueden acoplarse, utilizando tecnología estándar, para columnas de cromatografía de afinidad. Estas columnas pueden utilizarse 20 entonces para purificar los anticuerpos de angiogénesis. En una modalidad preferida, los anticuerpos se generan para epítopes únicos para una proteína de angiogénesis; es decir, los anticuerpos muestran poca o ninguna reactividad cruzada a otras proteínas. Estos anticuerpos encuentran su uso en 25 varias aplicaciones. Por ejemplo, los anticuerpos de ,k .Á¿ á A?j-**-, *l*~.. * *.-.,i «***,m¿. > , . . A* ,. *t .. ,***,*.- ja J^ JJj~jMj«nji.jjaj»-agj»jfc Jt jkt-Aj.» angiogénesis pueden acoplarse a columnas de cromatografía de afinidad estándar y utilizarse para purificar proteínas de angiogénesis. Los anticuerpos pueden utilizarse también como polipéptidos de bloqueo, como se señaló en lo anterior, 5 debido a que se unen específicamente a la proteína de angiogénesis . En una modalidad, se administra a un paciente una dosis terapéuticamente efectiva de una proteína de • angiogénesis y su modulador. Por "dosis terapéuticamente 10 efectiva" se entiende aquí una dosis que produce los efectos para los cuales se administra. La dosis exacta dependerá del propósito del tratamiento y se determinará por el experto en la técnica utilizando técnicas conocidas. Como se conoce en ^Ft la técnica, pueden ser necesarios ajustes para la degradación 15 de la angiogénesis, el suministro sistémico contra el localizado y la proporción de nuevas síntesis de proteasa, así como la edad, peso corporal, salud general, sexo, dieta, tiempo de administración, interacción de drogas y la severidad de la condición y será detertminable por los 20 expertos en la técnica con experimentación de rutina. Un "paciente" para los propósitos de la presente invención incluye tanto humanos como otros animales, particularmente mamíferos y organismos. De este modo, los métodos son aplicables a la terapia humana y en aplicaciones 25 veterinarias. En la modalidad preferida, el paciente es un mamífero y en la modalidad más preferida el paciente es humano . La administración de las proteínas de angiogénesis y sus moduladores de la presente invención puede llevarse a 5 cabo en una variedad de formas antes tratadas, incluyendo, pero sin limitarse a oralmente, subcutáneamente, intravenosamente, itranasalmente, transdérmalmente, intraperitonealmente, intramuscularmente, itrapulmonarmente, • vaginalmente, rectalmente o intraocularmente. En algunos 10 casos, por ejemplo, en el tratamiento de heridas e inflamación, las proteínas de angiogénesis y moduladores pueden aplicarse directamente como una solución o rocío. Las composiciones farmacéuticas de la presente invención comprenden una proteína de angiogénesis en una 15 forma adecuada para la administración a un paciente. En la modalidad preferida, las composiciones farmacéuticas se encuentran en una forma soluble en agua, tales estando presentes como sales farmacéuticamente aceptables, lo que significa que incluyen sales de adición acida ^ de base. 20 "Sal de adición acida farmacéuticamente aceptable" se refiere a aquellas sales que retienen la efectividad biológica de las w bases libres y que de otra manera no son biológicamente indeseables, formadas con ácidos orgánicos tales como el ácido hidroclórico, ácido hidrobrómico, ácido sulfúrico, 25 ácido nítrico, ácido fosfórico y similares y ácidos orgánicos tales como el ácido acético, ácido propiónico, ácido glicólico, ácido pirúvico, ácido oxálico, ácido maleico, ácido malónico, ácido succínico, ácido fumárico, ácido tartárico, ácido cítrico, ácido benzoico, ácido cinámico, 5 ácido mandélico, ácido metanosulfónico, ácido etanosulfónico, ácido p-toluenosulfónico, ácido salicílico y similares. "Sales de adición de base farmacéuticamente aceptables" incluyen aquellas derivadas de bases inorgánicas tales como • sodio, potasio, litio, amonio, calcio, magnesio, hierro, 10 zinc, cobre, manganeso, sales de aluminio y similares. Son particularmente preferidas las sales de amonio, potasio, sodio, calcio y magnesio. Las sales derivadas de bases orgánicas no-tóxicas farmacéuticamente aceptables incluyen (?t sales de aminas primaria, secundaria y terciaria, aminas 15 sustituidas incluyendo aminas sustituidas que se producen de manera natural, aminas cíclicas y resinas básicas de intercambio iónico, tales como isopropilamina, trimetilamina, dietilamina, trietilamina, tripropilamina y etanolamina. Las composiciones farmacéuticas pueden incluir 20 también uno o más de los siguientes: proteínas portadoras tales como albúmina de suero; amortiguadores; rellenadores tales como celulosa microcristalina, lactosa, almidón de maíz y otros almidones; agentes de unión; edulcorantes y otros agentes saborizantes; agentes colorantes; y 25 polietilenoglicol . Los aditivos se conocen bien en la técnica y se utilizan en una variedad de formulaciones. En una modalidad preferida, las proteínas de angiogénesis y moduladores se administran como agentes terapéuticos y pueden formularse como se señaló en lo 5 anterior. De manera similar, los genes de angiogénesis (incluyendo la secuencia de longitud total, las secuencias parciales o las secuencias de regulación de las regiones que codifican la angiogénesis) pueden administrarse en • aplicaciones de terapia de gen, como se conoce en la técnica. 10 Estos genes de angiogénesis pueden incluir aplicaciones de antisentido ya sea como terapia de gen (i.e., para su incorporación dentro del genoma) o como composiciones de antisentido, como lo apreciarán los expertos en la técnica.

A En una modalidad preferida, los genes de 15 angiogénesis se administren como vacunas de ADN ya sea en genes únicos o combinaciones de genes de angiogénesis. Las vacunas de ADN puras se conocen generalmente en la técnica. Brower, Nature Biotechnology, 16:1304-1305 (1998). En una modalidad, los genes de angiogénesis de la 20 presente invención se utilizan como vacunas de ADN. Los métodos para el uso de genes como vacunas de ADN son bien conocidos por alguien de experiencia ordinaria en la materia e incluyen colocar un gen de angiogénesis o una porción de un gen de angiogénesis bajo el control de un promotor para la 25 expresión en un paciente de angiogénesis. El gen de £***&**.*- **-!.***, r **¿*. * ám-* angiogénesis utilizado para vacunas de ADN puede codificar proteínas de angiogénesis de longitud total, pero más preferentemente codifica porciones de las proteínas de angiogénesis incluyendo los péptidos derivados de la proteína de angiogénesis. En una modalidad preferida, se inmuniza a un paciente con una vacuna de ADN que comprende una pluralidad de secuencias de nucleótidos derivadas de un gen de angiogénesis. De manera similar, es posible inmunizar a un paciente con una pluralidad de genes de angiogénesis o porciones de los mismos como aquí se define. Sin unirse por la teoría, se induce la expresión del polipéptido codificado por la vacuna de ADN, células T citotóxicas, células T auxiliares y anticuerpos que reconocen y destruyen o eliminan las células que expresan proteínas de angiogénesis. En una modalidad preferida, las vacunas de ADN incluyen un gen que codifica una molécula adyuvante con la vacuna de ADN. Tales moléculas adyuvantes incluyen citosinas que incrementan la respuesta inmunogénica al polipéptido de angiogénesis codificado por la vacuna de ADN. Los adyuvantes adicionales o alternativos son conocidos por alguien de experiencia ordinaria en la técnica y encuentran su uso en la invención. En otra modalidad preferida los genes de angiogénesis encuentran su uso en la generación de modelos animales de angiogénesis. Como lo apreciará el experto en la '* '*-*•* ' - ' *^ — - «*--- "~ - ~ «-*- ' . A&rírJ,*. - 1 - técnica, cuando el gen de angiogénesis identificado se reprime o disminuye en el tejido de angiogénesis, la tecnología de terapia de gen en donde el ARN de antisentido se dirige al gen de angiogénesis también disminuirá o reprimirá la expresión del gen. Un animal así generado sirve como un modelo animal de angiogénesis que encuentra su uso en el examen de drogas candidato bioactivas. De manera similar, la tecnología de eliminación de gen, por ejemplo como resultado de la recombinación homologa con un vector de gen objetivo apropiado, da como resultado la ausencia de la proteína de angiogénesis. Si se desea, puede ser necesaria la expresión de tejido-específico o la eliminación de la proteína de angiogénesis. También es posible que la proteína de angiogénesis se encuentre sobre-expresada en la angiogénesis. Como tales, pueden generarse animales transgénicos que sobre-expresan la proteína de angiogénesis. Dependiendo del nivel de expresión deseado, pueden emplearse promotores de fuerzas varias para expresar el transgen. También, el número de copias del transgen integrado puede determinarse y compararse para la determinación del nivel de expresión del transgen. Los animales generados mediante tales métodos encuentran su uso como modelos animales de angiogénesis y son adicionalmente útiles en el examen de moléculas bioactivas para tratar la angiogénesis.

Se entiende que los ejemplos antes descritos de ninguna manera sirven para limitar el alcance real de esta invención, sino que se presentan para propósitos ilustrativos. Todas las referencias y secuencias de números 5 de acceso aquí citados se incorporan como referencia en su totalidad. EJEMPLOS Ejemplo 1 * Preparación del Tejido, Chips de Marcación y 10 Huellas Digitales Purificación del ARN total a partir del tejido utilizando Reactivo TRlzol Estimar el peso del tejido. Homogeneizar muestras ^ de tejido en lml de TRIzol por 50mg de tejido utilizando un 15 homogenizador Polytron 3100. El generador/sonda utilizado depende de la dimensión del tejido. Un generador demasiado grande para la cantidad de tejido que va a homogenizarse ocasionará una pérdida de muestra y menor producción de ARN. Utilizar un generador de 20mm para un tejido que pesa más de 20 0.6g. Si el volumen de trabajo es mayor de 2ml , entonces se homogeneiza el tejido en un tubo de polipropileno de 15ml (Falcon 2059) . Llenar el tubo no más de lOml. HOMOGE IZACIÓN Antes de utilizar el generador, debe limpiarse 25 después del último uso pasándolo por H20 jabonoso y enjuagando completamente. Pasar a través de EtOH para esterilizar. Conservar el tejido congelado hasta estar listo. Agregar TRIzol directamente para congelar el tejido y homogeneizar después. 5 Después de la homogeneización, retirar el material insoluble del homogenado mediante centrifugación a 7500 x g durante 15 min. en un Sorvall de super velocidad o a 12,000 x g durante 10 min. en una centrífuga Eppendorf a 4°C.

• Transferir el homogenado limpio a un nuevo (s) tubo(s) . Las 10 muestras pueden congelarse ahora a -60 hasta -70 °C (y conservarse durante al menos un mes) o puede continuarse la purificación. SEPARACIÓN DE FASE «P Incubar las muestras homogeneizadas durante 5 15 minutos a temperatura ambiente. Agregar 0.2ml de cloroformo por lml del reactivo TRIzol utilizado en la homogeneización original . Tapar los tubos de manera segura y agitar los tubos vigorosamente a mano (sin vórtice) durante 15 segundos. Incubar las muestras a temperatura ambiente durante 2-3 20 minutos. Centrifugar las muestras a 6500rpm en un Sorvall de super velocidad durante 30 min. a 4°C. (Se puede girar a más de 12,000 x g durante 10 min. pero arriesgando que se rompan los tubos en la centrífuga) . PRECIPITACIÓN DEL ARN 25 Transferir la fase acuosa a un tubo fresco.

Guardar la fase orgánica si se desea aislar el ADN o la proteína. Agregar 0.5ml de alcohol isopropilo por lml del reactivo TRIzol utilizado en la homogeneización original. Tapar los tubos de manera segura e invertirlos para mezclar. 5 Incubar las muestras a temperatura ambiente durante 10 minutos. Centrifugar las muestras a 6500rpm en un Sorvall durante 20min. a 4°C. LAVADO DEL ARN Vaciar el sobrenadante. Lavar el pellet con etanol 10 frío al 75%. Utilizar lml del etanol al 75% por lml del reactivo TRIzol utilizado en la homogeneización inicial. Tapar los tubos de manera segura e invertirlos varias veces para deshacer el pellet. (Sin vórtice). Centrifugar a ^F <8000rpm (<7500 x g) durante 5 minutos a 4°C. Vaciar el 15 lavado. Transferir el pellet cuidadosamente a un tubo Eppendorf (dejar que se deslice el tubo en el nuevo tubo y utilizar una punta de pipeta para ayudar a guiarlo si es necesario) . Dependiendo de los volúmenes que se trabajan, puede decidirse el tamaño de el (los) tubo(s) en que se desea 20 precipitar el ARN . Al tratar de dejar el AR? en el tubo • grande de 15ml, tardó tanto tiempo en secar (i.e., no se secó) que eventualmente tuvo que transferirse a un tubo más pequeño. Dejar secar el pellet en la tapa. Resuspender el AR? en un volumen apropiado de DEPC H20. Tratar para 2- 25 5ug/ul . Tomar lecturas de absorbancia. 3 Purificación del poli A+ ARNm a partir de ARN total o limpieza del ARN total con un equipo RNeasy de Qiagen Purificación del poli A+ ARNm a partir de ARN total. Calentar la suspensión oligotex a 37 °C y mezclar 5 inmediatamente antes de agregarla al AR?. Incubar el Amortiguador de Elución a 70 °C. Calentar hasta 2 x Amortiguador de Unión a 65 °C si existe precipitado en el amortiguador. Mezclar el AR? total con agua tratada con • DEPC, 2 x Amortiguador de Unión y Oligotex de acuerdo a la 10 Tabla 2 en la página 16 del Manual de Oligotex. Incubar durante 3 minutos a 65 °C. Incubar durante 10 minutos a temperatura ambiente. Centrifugar durante 2 minutos de 14,000 a 18,000 g. ß Si la centrífuga tiene "ajuste suave", entonces utilícese. 15 Retirar el sobrenadante sin deteriorar el pellet de Oligotex. Puede dejarse un poco de solución para reducir la pérdida de Oligotex. Guardar el sobrenadante hasta asegurarse que ha ocurrido la unión y elución satisfactoria de poli A+ AR?m. Resuspender suavemente en Amortiguador de Lavado 20 OW2 y pipetear sobre la columna giratoria. Centrifugar la columna giratoria a velocidad total (ajustar suave si es • posible) durante 1 minuto. Transferir la columna giratoria a un nuevo tubo de recolección y resuspender suavemente en Amortiguador de 25 Lavado 0W2 y centrifugar como aquí se describe. £?á££fe!-:.

Transferir la columna giratoria a un tubo nuevo y eluir con 20 a 100 ul de un Amortiguador de Elución precalentado (70 °C) . Resuspender suavemente la resina de Oligotex al pipetear hacia arriba y hacia abajo. Centrifugar 5 como en lo anterior. Repetir la elución con amortiguador de elución fresco o utilizar primero eluato para conservar bajo el volumen de la elución. Leer la absorbencia, utilizando como blanco el • Amortiguador de Elución diluido. 10 Antes de proceder con la síntesis de ADNc, el ARNm debe precipitarse. Algún remanente del componente o en el Amortiguador de Elución del procedimiento de purificación de Oligotex inhibirá las reacciones enzimáticas corriente abajo • del ARNm. 15 Precipitación del Etanol Agregar 0.4 vol . de 7.5 M NH4OAc + 2.5 vol . de etanol frío al 100%. Precipitar a -20 °C desde 1 hora hasta durante toda la noche (o de 20-30 min. a -70°C) . Centrifugar a 14,000-16,000 x g durante 30 minutos a 4°C. Lavar el 20 pellet con 0.5ml de etanol al 80% (-20°C) después centrifugar a 14,000-16,000 x g durante 5 minutos a temperatura ambiente. Repetir el lavado con etanol al 80%. Secar el último rastro de etanol del pellet en la tapa. (No acelerar al vacío) . Suspender el pellet en DEPC H20 a una concentración de 25 lug/ul .

Lavado del ARN total utilizando el equipo R?easy de Qiagen Agregar no más de lOOug a una columna R?easy. Ajustar la muestra a un volumen de lOOul con agua libre de R?asa. Agregar 350ul de Amortiguador RLT después 250ul de 5 etanol (al 100%) a la muestra. Mezclar por medio de pipeta (no centrifugar) aplicar entonces la muestra a una mini columna giratoria R?easy. Centrifugar durante 15 seg. A >10,000rpm. Si interesa la producción, re-aplicar a través • del flujo a la columna y centrifugar de nuevo. Transferir la 10 columna a un nuevo tubo de recolección de 2-ml. Agregar 500ul de Amortiguador RPE y centrifugar durante 15 seg. a >10,000rpm. Descartar a través del flujo. Agregar 500ul de Amortiguador RPE y centrifugar durante 15 seg. a >10,000rpm. fl Descartar a través del flujo y centrifugar entonces durante 2 15 min. a velocidad máxima para secar la membrana de la columna. Transferir la columna a un nuevo tubo de recolección de 1.5- ml y aplicar 30-50ul de agua libre de R?asa directamente sobre la membrana de la columna. Centrifugar 1 min. a >10,000rpm. Repetir la elución. Tomar la lectura de 20 absorbancia. Si es necesario, precipitar etanol con acetato de amonio y 2.5X de volumen de etanol al 100%. F Elaboración de .AD?c utilizando el equipo de "Sistema de Selección SuperScript para la Síntesis de AD?c" de Gibco Síntesis de AD?c de Primer Trenzado 25 Utilizar 5ug de AR? total o lug de poli A+ AR?m como material de inicio. Para el ARN total utilizar 2ul de SuperScript RT. Para el poli A+ ARNm, utilizar luí de SuperScript RT. El volumen final de la mezcla de síntesis de primer trenzado es de 20ul. El ARN debe encontrarse en un 5 volumen no mayor de lOul. Incubar el ARN con luí de lOOpmol T7-T24 oligo durante 10 min. a 70 °C. Sobre hielo, agregar 7ul de: 4ul 5X del Amortiguador de 1er Trenzado, 2ul de 0. ÍM DTT y 1 ul de lOmM de mezcla dNTP. Incubar a 37 °C durante 2 f min. después agregar SuperScript RT. Incubar a 37 °C durante 10 1 hora. Síntesis de Segundo Trenzado Colocar las reacciones de 1er trenzado sobre hielo. Agregar: 9luí DEPC H20 ^ 30ul 5X de Amortiguador de 2o Trenzado 15 3ul de lOmM de mezcla dNTP luí de lOU/ul de ligasa de .ADN de E. coli 4ul de lOU/ul de polimerasa de ADN de E. coli luí de 2U/ul de RNasa H Hacer lo anterior en una mezcla si existen más de 2 20 muestras. Mezclar e incubar 2 horas a 16 °C. Agregar 2ul de Polimerasa ADN T4. Incubar 5 min. a 16 °C. Agregar lOul de 0.5M de EDTA. Limpieza del ADNc Purificación de Fenol : Cloroformo : Isoamil Alcohol 25 (25:24:1) utilizando tubos de gel de Aseguramiento de Fase: . ** U..--t-M Centrifugar tubos PLG durante 30 seg. a velocidad máxima. Transferir la mezcla de .ADNc al tubo PLG. Agregar igual volumen de fenol : cloroformo : isamil alcohol y agitar vigorosamente (sin vórtice) . Centrifugar 5 minutos a 5 velocidad máxima. Transferir la solución acuosa superior a un nuevo tubo. Precipitado de etanol: agregar 7.5X 5M de NH40ac y 2.5X de volumen de etanol al 100%. Centrifugar inmediatamente a temperatura ambiente durante 20 min. a velocidad máxima. Retirar el sobrenadante y lavar entonces 10 el pellet 2X con etanol frío al 80%. Retirar tanto lavado de etanol como sea posible, después dejar el pellet secar al aire. Resuspender el pellet en 3ul de agua libre de RNasa. Transcripción in vitro (IVT) y marcación con biotina ^ Pipeta de 1.5ul de ADNc dentro de un tubo PCR de 15 pared delgada. Elaboración de mezcla de marcación de NTP : Combinar a temperatura ambiente : 2ul T7 lOxATP (75mM) (Ambion) 2ul T7 lOxGTP (75mM) (Ambion^ 20 1 . 5ul T7 lOxCTP ( 75mM) (Ambion) 1.5ul T7 lOxUTP (75mM) (Ambion) t| 3.75ul lOmM Bio-11-UTP (Boehringer-Mannheim/Roche o Enzo) 3.75ul lOmM Bio-16-CTP (Enzo) 25 2ul lOx T7 amortiguador de "^ - - ' l j Íi l*.*.. . -r^t-S?.-. .a „„. , . -a , .. , mt* ^ ... «. . , .J , a tfJJS jal fcj».| transcripción (Ambion) 2ul lOx T7 mezcla de enzima (Ambion) El volumen final de la reacción total es de 20ul. Incubar 6 horas a 37 °C en una máquina de PCR. 5 Limpieza con RNeasy del producto IVT Seguir las instrucciones previas para las columnas R?easy o referirse al manual del protocolo R?easy de Qiagen. El AR?c más probablemente necesitará precipitarse • en etanol. Resuspender en un volumen compatible con la etapa 10 de fragmentación. Fragmentación Se fragmentan comúnmente 15 ug de AR? marcado. Tratar de minimizar el volumen de reacción de la fragmentación; se recomienda un volumen de 10 ul pero 20 ul 15 es correcto. ?o ir más allá de 20 ul porque el magnesio en el amortiguador de fragmentación contribuye a la precipitación en el amortiguador de hibridización. Fragmentar el AR? mediante incubación a 94 °C durante 35 minutos en 1 x amortiguador de Fragmentación. 20 5 x amortiguador de Fragmentación 200 mM de Tris-acetato, pH 8.1 500 mM de KOAc 150 mM de MgOAc La transcripción del AR? marcado puede analizarse 25 antes y después de la fragmentación. Las muestras pueden .-A JA? AA **-. * j^A,U„ ,*** ,, - . . ***** « ** *, , ,, ..« * . .* „ 8-Á**^*,* -J,,*.,„.,a. ^ «^.a^» ?? ÍA^ - calentarse a 65 °C durante 15 minutos y electroforizarse sobre geles de agarosa/TBE al 1% para obtener una idea aproximada del rango de dimensión de la transcripción. Hibridización 5 200 ul (lOug ARNc) de una mezcla de hibridización se colocan sobre el chip. Si se van a efectuar hibridizaciones múltiples (tal como cliclar a través de un conjunto de 5 chips) , entonces se recomienda que se lleve a • cabo una mezcla inicial de hibridización de 300 ul o más. 10 Mezcla de hibridización: Fragmento de ARN marcado (50ng/ul de concentración final) 50 pM 948-b control oligo 15 5 pM de BioC 25 pM de BioD 100 pM de CRE 0. lmg/ml de ADN de esperma de arenque 0.5mg/ml de BSA acetilado 20 hasta 300 ul con lxMES de amortiguador de hibridización Los manuales de instrucción para los productos aquí utilizados se incorporan aquí en su totalidad. Protocolo de Marcación Proporcionado en la Presente 25 Reacción de hibridización: Inicia con IVT no-biotinilado (purificado mediante columnas Rneasy) (ver ejemplo 1 para las etapas de tejido en IVT) ARN de antisentido de IVT; 4 µg: µl Hexámeros Aleatorios (1 µg/µl) : 4 µl H20 : µl 14 µl -Incubar a 70 °C, 10 min. Poner sobre hielo. 10 Transcripción inversa: 5X amortiguador de Primer Trenzado (BRL) : 6 µl 0.1 M DTT: 3 µl 50X mezcla dNTP: 0.6 µl H20: 2.4 µl * 15 Cy3 oCy5 dUTP (lmM) : 3 µl SS RT II (BRL) : 1 µl 16 µl -Agregar a la reacción de hibridi zación. 20 -Incubar 30 min. 42 °C. -Agregar 1 µl de SSII y liberar durante otra hora. Tw Poner sobre hielo. -mezcla de 50X dNTP (25mM de dATP, dCTP y dGTP frío, lOmM de dTTP: 25 µl por cada lOOmM de dATP, dCTP y dGTP; 10 µl de 25 lOOmM de dTTP para 15 µl de H20. Los dNTPs de Pharmacia) . *—a^""-' - • • - Degradación de ARN: 86 µl de H20 -Agregar 1.5 µl de ÍM NaOH/2mM de EDTA, incubar a 65°C, 10 min. 10 µl ION NaOH 5 4 µl 50mM de EDTA U-Con 30 500 µl de muestra/TE girando a 7000g durante 10 min. guardar el flujo para purificación F Purificación Qiagen: 10 -suspender material recuperado de u-con en 500µl de amortiguador PB -proceder con el protocolo Qiagen w/normal Recopilación de ADNasa: -Agregar 1 µl de 1/100 dil de ADNasa/30µl Rx e incubar a 37 °C « 15 durante 15 min. -5 min. 95°C para desnaturalizar la enzima Preparación de muestra: -Agregar: Cot-1 ADN: 10 µl 20 50X dNTPs: 1 µl 20X SSC: 2.3 µl Na piro fosfato: 7.5 µl lOmg/ml de ADN de esperma de arenque luí de 1/10 de dilución 21.8 de volumen final 25 -Secar en velocidad al vacío.

- -Resuspender en 15 µl de H20. -Agregar 0.38 µl de SDS al 10% -Calentar a 95°C, 2 min. -Enfriar lentamente a temperatura ambiente durante 20 min. 5 Colocar en la placa e hibridizar durante toda la noche a 64°C. Lavado después de la hibridización: 3X SSC/0.03% SDS: 2 min. 37.5 mis 20X SSC+0.75mls 10% SDS • en 250mls de H20 10 IX SSC: 5 min. 12.5 mis 20X SSC en 250mls de H20 0.2X SSC: 5 min. 2.5 mis 20X SSC en 250mls de H20 Secar las placas en centrífuga, 1000 RPM, 1 min. Explorar en los PMTs y canales apropiados. Los resultados se muestran en las tablas y en las 15 figuras. Las listas de genes vienen de células cultivadas en un modelo de angiogénesis in vitro. Como se indicó, algunos números de Acceso incluyen marcadores de secuencia de expresión (ESTs) . De este modo, en una modalidad en la presente, los genes dentro de un perfil de expresión, 20 llamados también genes de perfil de expresión, incluyen ESTs y no son necesariamente de longitud total .

Tabla 1 10 X 15 20 •> 25 14 10 ?. 15 20 fc 25 &j¿^k - fc 10 15 20 f 25 '•'--'-' '-•* l -"- - i- « j L -'Íi' "te. - > 10 x- 15 20 25 - ,^^ ^^ 10 15 20 25 10 "X 15 '"S 20 % 25 *-**** *"'•* ""*-* - - jt?.?*. í?f?.t^^i......* *****A.¿e. * M *.^Í.L* -¥""»*« 'i *A.--A£* • 10 15 20 • 25 ^^^t / Am^UA álM 10 15 20 25 • 10 • 15 20 • 25 Aí? ^-? .ár?mmttmt . *******-*..-. 1 1 10 • 15 20 25 iA*iA*?*í.*tÍ*á>*. A-^m.,.^... *»r ?. # 10 • 15 20 • 25 t^müimám^ ^?á • 10 • 15 20 25 il éa^J^.. A.*.*.*..... ... *r*i..,rl.:L • 10 15 20 • 25 *.*.» **.A. .?i,**á^ - - ^iiU-?-»-.taitojte - - - - • 10 • 15 20 25 l**.?.? A*Ít?.? -.*t..A *i-.-*,. ».Ü,i 17 — -¿- -•AJ-ÍAA.?-J - RC AA424148 ESTs RC AA424558 ESTs; Débilmente similares a la proteína de fototransducción de 33 -kDa [H . sapiens] RC AA424961 s ARNm de proteína TEB4 de Homo sapiens; cds completos RC .AA425367 ESTs RC AA425921 ARNm de la proteína del receptor candidato 1-1 de Homo sapiens; cds completos RC AA426220 ARNm de Homo sapiens para la proteína KIAA523; cds parciales RC AA427735 ESTs RC AA430673 ESTs RC AA432248 ESTs RC AA435896 Ests RC AA436705 ARNm de Homo sapiens para la proteína KIAA766; cds completos RC AA446561 ARNm de Homo sapiens para la proteína KIAA47; cds completos RC AA448238 ARNm de Homo sapiens para la proteína KIAA915; cds completos RC AA448688 ESTs; Débilmente similares para la proteína KIAA638 [H. sapiens] RC AA449756 ESTs; Débilmente similares a rA8 *^-t A *A*A^*,*.*.. ,*t Í ?.?.*. .i,?*A.AÍ. *.***.'.*-. ??. • 10 • 15 20 25 - íAiMa ^mt. - - - - 10 15 20 25 • 10 15 20 • 25 .S Á?AL?AÍ A, .:,..=. Í.?tá. .A .t t ,-?-Í.k. , .. ,*,**..*' ,.,.Í fe^¿^j,si„&.a.. i. * lAAife * .a..afcafaá ÍJ jt.jjal. iri^ajai.. • 10 • 15 20 25 í**„.M.¿?*i~m&x?*& . * 10 15 20 25 lat-al. 10 15 20 • 25 - &x ?& . £ *k-.áx i t-.Í.AA.??.AmHAi±*.. . .rfftj aa ?? III tUiiliiif • n - Irtiil iiiíii liiiii- 5-? Jajá -i-?,tl -i*.Í. - 'i A.aj.-a tJ ^ ., , j^,.,, , *t? t A. . í ¿. ? k - - ÜÉiif r i" tAmA,^.** -fcsafc*— -'1 lí i íí I IIMBÉI li á-ft diíA i?ißt. ^¡?^?Hm??AM rt f I niiif lt*.??.láM~i.i hA.. *•••** ' r"-f-..*. *á.*á l?m*.?.*?* á~i.. '• - "-"'"' .A.,*.,.. a.., .,.., ., *J,-Z.£.*Í*Í..J • 10 • 15 20 • 25 * "i-*- • •-»-"• -«—*"*-* -" JL.L # 10 • 15 20 25 l4*á?.?*A* t*já*á*? . J^^.. :*,*.*. ^j^^^¡^^ i.*A- ?t. ??mt..ta?¡?.~*\ A,l?~r^, .. ..r** .. • 10 15 20 • 25 • 10 15 20 25 ^^^ ^Hjl íl i fifi ^.*~*.~*-..* 10 • 15 20 • 25 klJLi. 10 • 15 20 • 25 ,*, .? ? A íMÁ ÍAttAArH.*:. ,***.**. -*" •- ' " * ? ? - - • 10 15 20 • 25 -?..i..t.*AmA..Í*l*At ? • 10 15 20 F 25 ^^^^^j^g^ fc,„ fcSá..*^A.^^t|í. ^M^..., *"" <-.*&» 10 • 15 20 • 25 - 10 • 15 20 • 25 "**' - -' — - • 10 15 20 • 25 J^^J -•- ¿>?*H?.?~. 10 • 15 20 • 25 liUtJJ.aU.Mi.,.. A ***-. 2 # 10 • 15 20 F 25 • 10 • 15 20 25 tai ^ l - a AÍr -AmA...

Uk?u?Mnii •J-*-^t á F 10 F 15 20 F 25 ttÉBmitvfftii ' .?*^..^+At ** ^MMdi?ití&hi 10 • 15 20 • 25 t.¿. fc— .k ?» > S- ? ?-?****..

• Tabla 2 SS? TM? Tipo de CONJUNTO DE Acceso al Título Completo (clase (clase Mem. (clase TM y tipo (clase PRUEBA Ej emplar P) P) P, P) EOS33789 1 U86782 homologo de pad 1 asociado a N N N proteasoma 26S EOS30212 1_X55740 nucleotidasa 5' (CD73) Y Tipo la YTipo la EOS19489 C_RC_W38197 Acceso no listado en el Genbank EOS33608 1_K02574 Acceso no listado en el Genbank 10 EOS01114 1 119871 factor 3 de transcripción de N N N NJ activación EOS33514 1 D90209 factor 4 de transcripción de N N N activación (mej . que responde a tax 15 EOS00098 1_D14874 adrenomedulina Y N N EOS33456 1_M11313 alfa-2 -macroglobulina Y N N EOS33029 1 109209 proteína 2 similar al precursor N N N amiloide beta (A4) EOS01435 1 M273 96 asparagina sintetasa N N N 20 EOS02429 1_U51478 ATPasa; que transporta Na+/K+; N Y Tipo I I YTipo I I (Ncyt polipéptido beta 3 (Ncyt Cexo) EOS06564 A_RC_AA459916 receptor B2 de bradicinina N N N EOS02490 1J 59289 caderina 13; H-caderina Y Y Tipo la YTipo la (corazón) EOS01275 1_176380 similar al receptor de Y Tipo nía YTipo I l la ( clv calcitonina ( clv) EOS00459 1_HG1862-HT1897 Calmodulina Tipo 1 EOS30361 1_110284 calnexina Y Y Tipo la YTipo la 10 EOS01405 1_M23254 calpaina; polipéptido grande L2 N N N EOS24693 D_RC_R39610_s calpaina; polipéptido grande L2 N N N EOS34311 1_U56637 proteína de recubrimiento (vía N N N si de actina) músculo línea Z; alfa EOS24656 D RC R15740 carbohidrato (condroitina N N 15 6/keratan) sulfotransferasas EOS25539 N 134 2 carbohidrato (condroitina N Y Tipo II YTipo I I (Ncyt 6/keratan) sulfotransferasas (Ncyt Cexo EOS32646 B RC T35289 caseína cinasal; alfa 1 N N N EOS01943 1 U03100 catenina (proteína asociada a N N N 20 caderina) ; alfa 1 (102K EOS03277 1_X87838 catenina (proteína asociada a N N N caderina) ; beta 1 (88KD) EOS00780 1_HG417-HT417 Catepsina B EOS34488 1_S53911 Cd34 Y Y Tipo la YTipo la 5 EOS01723 1_M84349 antígeno CD59 pl8-20 (antígeno Y N N identificado por monoclo EOS34423 1_X15183 antígeno CDW52 (antígeno N N N CAMPATH-1) EOS01027 1_106797 quimiocina (motivo C-X-C) ; N Y Tipo illb YTipo IHb 10 receptor 4 (fusina) (. W c (Nexo Ccyt ) 1 EOS00548 1_HG2614-HT2710 Colágeno, Tipo Viii, Alfa 1 00 EOS01426 l_M26576_cds2 colágeno; tipo IV; alfa 1 Y N N s. 1 EOS01768 1_M92934 factor de crecimiento del tej ido N Y Tipo Ib YTipo Ib conectivo (Nex (Nexo Ccyt ) 15 EOS29428 D_RC_AA449789_f factor de crecimiento del tejido conectivo EOS03010 1_X59798 ciclina DI (PRAD1: adenomatosis N N N paratiroidea 1) EOS33328 1_X02612 citocromo P450; subfamilia I Y Y Tipo ib YTipo Ib 20 (compuesto aromático-i (Nexo Ccyt] • f EOS24269 D_RC_H99093 polipéptido de cuadro de DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) (72kD) EOS02890 1_X15729 polipéptido de cuadro N N N 5 DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) 5 ( EOS01896 1_S81914 GEN 2 DEPENDIENTE DE . N Y Tipo II YTipo II DIFERENCIACIÓN (Nc?t (Ncyt Cexo) EOS33581 1_U97105 dihidropirimidinasa- similar a 2 N N N EOS34133 1_M60278 receptor de la toxina de Y Y Tipo la YTipo la 10 difteria (epidermal que se une a I heparina J EOS34269 A_RC_AA478971_s homologo 2 inhabilitado N N N ^ I (Drosofila) (mitógeno responsab EOS29195 1_X68277 fosfatasa 1 de especificidad N N N 15 dual EOS32233 C_RC_AA620962 dineina; citoplásmico; Y N N polipéptido 2 intermediario ligero EOS02230 1 J32944 dineina ; citoplásmico ; N N N 20 polipéptido ligero EOS02941 1_X52541 respuesta 1 temprana del N N N crecimiento EOS01954 1JJ03877 proteína de matriz extracelular N Y Tipo n YTipo II similar a fibulina que contiene cy (Ncyt Cexo) 5 EGF- EOS31010 1_J05008 endotelina 1 Y N N EOS28572 1_135240 enigma (proteína de dominio LIM) N N N A_13524 EOS01563 1_M57730 efrin-Al Y Y Tipo Ib YTipo Ib 10 (Nex (Nexo Ccyt ) EOS03897 A_AA303711 efrin-Bl Y Y Tipo la YTipo l a 00 EOS21265 D_RC_AA404418 EST 1 EOS04377 A_144538 ESTs N N N EOS04694 A_RC_AA025351 ESTs N N N 15 EOS04713 A_R_AA027050 ESTs Y Y Tipo Ib YTipo Ib (Nex (Nexo Ccyt ) EOS04728 A_RC_AA029462 ESTs N N N EOS04795 A_RC_AA045136 ESTs N N N EOS04807 A_RC_AA047437 ESTs N N N 20 EOS05108 A RC AA187490 ESTs N N N • EOS05I45 A_RC_AA205724 ESTs N N N EOS05I93 A_RC_AA227926 ESTs N N N EOS05201 A_R_227986 ESTs N N N EOS05260 A_RC_234743 ESTs N N N 5 EOS05391 A_R_253216 ESTs N N N EOS05423 A_RC_AA256268 ESTs N N N EOS05697 A RC AA346551 ESTs N N N EOS05812 A_R_AA400292 ESTs N N N EOS05866 A_RC_AA404338 ESTs N N N 10 EOS06054 A_RC_AA423987 ESTs N N N EOS06152 A_RC_AA428594 ESTs N N N EOS06171 A_RC_AA430108 ESTs N N N EOS06193 A_RC_AA431462 ESTs N N N EOS06654 A_RC_AA465226 ESTs N N N 15 EOS06723 A_RC_AA478778 ESTs N N N EOS06729 A_RC_AA479037 ESTs Y N N EOS06891 A_RC_AA504110 ESTs N N N EOS06960 RC AA599434 ESTs N Y Tipo II YTipo I I (Ncyt (Ncyt Cexo) 20 EOS07016 A RC AA609519 ESTs N N N • • f EOS08437 B RC AA083514 ESTs N Y Tipo I YTipo II (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS08625 B_ _RC_ _AA121315 ESTs N N EOS08861 B_ _RC_ AA147186 ESTs 5 EOS08931 B_ _RC_ _AA156125 ESTs N N N EOS09125 B_ _RC_ AA188932 ESTs N N N EOS09320 B_ _RC_ _AA219653 ESTs N N N EOS09386 B_ _RC_ _AA232645 ESTs N N N EOS09667 B_ _RC_ _F10078 ESTs N N N 10 EOS10341 B_ _RC_ _H48032 ESTs N N N EOS10590 B_ _RC_ _H82117 ESTs N N N t\j o EOS10836 B_ _RC_ _N39584 ESTs N N N EOS11021 B_ _RC_ _N59858 ESTs N N N POS11286 B_ _RC_ _N90933 ESTs Y N N 15 EOS11671 B_ _RC_ _R26124 ESTs N N N EOS11699 B_ _RC_ _R27957 ESTs N N N EOS13420 B_ _RC_ _T88700 ESTs N N N EOS13472 B_ _RC_ _T90527 ESTs N N N EOS13733 B_ _RC_ _W42789 ESTs N N N 20 EOS13840 B RC W78175 ESTs N N N EOS13877 B_RC_W84768 ESTs EOS14991 C_RC_AA253217 ESTs N N N EOS15749 C_RC_AA426573 ESTs N Y Tipo I I YTipo I I (Ncyt (Ncyt Cexo ) EOS15800 C_RC_AA432374 ESTs N N N EOS15894 C_RC_AA446622 ESTs N N N EOS16158 C_RC_AA478771 ESTs N N N EOS16194 C_RC_AA482594 ESTs N N N EOS16244 C_RC_AA490588 ESTs N N N 10 EOS16519 C_RC_D59570_f ESTs Y Y Tipo II YTipo I I (Ncyt (Ncyt Cexo ) EOS16953 C_RC_H88157 ESTs N Y Tipo II YTipo I I (Ncyt (Ncyt Cexo ) EOS17042 C_RC_H94648 ESTs N N N 15 EOS17086 C_RC_H97538 ESTs N N N EOS20585 D_RC_AA287347 ESTs N N N EOS21244 D_RC_AA402799 ESTs N N N EOS21752 D_RC_AA425107 ESTs N N N EOS22261 D_RC_AA442872 ESTs Y N N 20 EOS23989 D RC F13673 ESTs N N N EOS25097 D_RC_W45560 ESTs N N N EOS25237 D_RC_Z40583_f ESTs N N N EOS25259 N 101234 4 ESTs N Y Tipo II YTipo I I (Ncyt (Ncyt Cexo) 5 EOS27365 N_62063_2 ESTs N N N EOS27496 N 665011 1 ESTs N Y Tipo Ib YTipo Ib (Next (Nexo Ccyt ) ) EOS27549 N_682558_l ESTs N N N EOS28833 A_R69417 ESTs N N N 10 EOS29017 B_RC_N72695_s ESTs N N N EOS29418 A_AA228107 ESTs N N N EOS29487 A_W01367_s B_RC ESTs 1 EOS30568 C_RC_H16402 ESTs N N N EOS30569 C_R_D59711_f ESTs Y Y Tipo I I YTipo I I 15 (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS30616 A_RC_AA431571 ESTs N N N EOS30748 A_RC_AA280375 C ESTs N N N EOS30829 B_RC_Z41740_S ESTs N N N EOS31014 A_RC_AA101878 ESTs Y N N 20 EOS31037 A N87590 ESTs N N N • EOS31112 A_RC_AA256153_? ESTs N N N EOS31494 A_RC_AA491465 ESTs N N N EOS31503 A_AA046593 A_RC ESTs N N N EOS31686 A_D45304 D_RC_N ESTs N N N EOS31976 A_AA384503_s ESTs N N N EOS31980 A_AA136353 ESTs N N N EOS32328 A_R31641 ESTs N N N EOS32351 C_RC_AA489190 ESTs Y Y Tipo Ib YTipo Ib (Nex (Nexo Ccyt ) 10 EOS32813 A_AA047151 A_RC ESTs N N N EOS32919 A_AA480074 ESTs N N N . 00 EOS33001 B_RC_T99789 ESTs N N N 1 EOS33079 B_RC_T16484_S ESTs N N N EOS33091 A_RC_AA253193 ESTs Y N N 15 EOS33130 A_RC_AA432248 D ESTs N N N EOS33279 A_N75791_s A_RC ESTs N N N EOS33440 B_RC_AA227913 C ESTs N N N EOS33819 A_AA099391_s B_ ESTs N N N EOS34229 A_RC_AA487558 A ESTs N N N 20 EOS34992 A AA174183 s ESTs N N N • f EOS35003 A_AA452000 C_RC ESTs N N N EOS35100 A_RC_AA282140 A ESTs N N N EOS31845 A_AA316186A_RC ESTs ; Altamente similares a N N N (línea def no disponible 426213 5 EOS29549 A_RC_AA610116_i ESTs ; Altamente similares a N Y Tipo nía YTipo Illa (línea def no disponible 432518 (Nc (Ncyt Cexo) EOS31021 A__T35341_s ESTs ; Altamente similares a N N N (línea def no disponible 451988 EOS06772 A_RC_AA482597 ESTs ; Altamente similares a N N N 10 (línea def no disponible 470473 EOS06384 A_RC_AA449479 ESTs ; Altamente similares a Y N N (línea def no disponible 510678 EOS06798 A_RC_AA487561 ESTs; Altamente similares a la N N N PROTEINA R RELACIONADA A RAS 15 EOS06904 A_RC_AA520989 ESTs; Altamente similares a N N N SERINA/TREONINA PRO EOS28445 A_RC_AA149044 ESTs; Altamente similares al gen Y N N KIAA0195 que se expre EOS12881 B_RC_T16550 ESTs ; Altamente similares a la N N N 20 proteína vacuolar que clasifica • hom EOS11308 B_RC_N93764 ESTs ; Moderadamente similares a Y Y Tipo ib YTipo Ib ÜÜALU CLASE C DE ADVERTENCIA NßXt (Nexo Ccyt) EOS21765 D_RC_AA425435 ESTs ; Moderadamente similares a N N N üü J SUBFAMILIA ALU EOS19796 C_RC_W80814 ESTs; Moderadamente similares a N N N !!!! S SUBFAMILIA ALU EOS04882 A_RC_AA071089 ESTs ; Moderadamente similares a Y N N !!!! S SUBFAMILIA ALU 10 EOS17210 C_RC_N22107 ESTs ; Moderadamente similares a N N N i !!!! S SUBFAMILIA ALU ¡ EOS22507 D_RC_AA452860 ESTs; Moderadamente similares a N N N !!!! S SUBFAMILIA ALU 15 EOS05657 A_RC_AA292379 ESTs ; Moderadamente similares a N N N üü S SUBFAMILIA ALU EOS23090 D_RC_AA488687 ESTs ; Moderadamente similares a Y N N üü S SUBFAMILIA ALU EOS06296 A_RC_AA443756 ESTs ; Moderadamente similares a N N N 20 (línea def no disponible 41 • • EOS28553 A_D78676 D_RC_A ESTs; Moderadamente similares a N N N (línea def no disponible 45 EOS05524 A_RC_AA279397 ESTs ; Moderadamente similares a N N N fibronectina [H. sapiens] 5 E0S12248 B_RC_R55470 ESTs ; Moderadamente similares a N N N K02E10.2 [C.elegans] EOS05126 A_RC_AA195031 ESTs; Moderadamente similares a N N N PROTEINA G PROBABLE EOS34919 A_AA236324 B_RC ESTs ; Débilmente similares a üü Y N N 10 ADVERTENCIA A CLASE ALU EOS34999 C —RC—AA456311—s ESTs ;' Débilmente similares a !!!! Y N N ADVERTENCIA A CLASE ALU , EOS32081 A_AA044755_s D_ ESTs ; Débilmente similares a üü N N N ADVERTENCIA SX SUBFAMILIA ALU 15 EOS17106 C_RC_H98670 ESTs ; Débilmente similares a N N N LÍNEA DEF NO DISPONIBLE 48840 EOS06194 A_RC_AA431470 ESTs; Débilmente similares a PRO N N N DEPENDIENTE DE CAMP EOS28844 A_AA232837 ESTs; Débilmente similares a Y Y Tipo II YTipo II 20 división de pre-ARNm Humano cy (Ncyt Cexo) • f EOS05662 A_RC_AA292717 ESTs; Débilmente similares a JM2 N N N [H. sapiens] EOS32117 A_RC_AA058911 ESTs ; Débilmente similares a N Y Tipo n YTipo II glicoproteína de membrana [M. y (Ncyt Cexo) 5 EOS13977 B_RC_W94427 ESTs; Débilmente similares a Na; Y Y Tipo la YTipo la subunidad gamma K-ATPasa EOS12987 B_RC_T26674 ESTs; Débilmente similares a la N N N proteína de vía neuronal AD EOS23416 D_RC_AA599674 ESTs; Débilmente similares a ORF N N N 10 [D. melanogaster] EOS32540 A_RC_AA443114 ESTs ; Débilmente similares a N N N DO PIM-1 PROTO-ONCÓGENO EOS05043 A_RC_AA156450 ESTs; Débilmente similares a N N N prod. de gen trg de Rata 15 EOS06820 A_RC_AA489245 ESTs; Débilmente similares a proteína específica de esperma [H. sapiens] EOS31839 D_RC_W69127_s ESTs; Débilmente similares a N N N proteína indicadora de zinc 20 ZNF191 • EOS03125 1_X70940 factor 1 alfa 2 de agrandamiento N N de la translación eucariótica EOS02623 1 73824 factor 4 gamma 2 de inicio de la N N N translación eucariótica 5 EOS0I787 1_M94856 proteína 5 de unión a ácido N N N graso (asociada a psoriasis) EOS28383 1_X02761 fibronectina 1 N N N EOS00606 1_HG3044-HT3742 Fibronectina, Alt. Empalme 1 EOS02950 1_X53416 filamina A; alfa (proteína-280 N Y Tipo II YTipo I I 1 de unión a actina) (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS01612 1_M62994 filamina B; beta (proteína-278 N N N de unión a actina) EOS01247 1_L42176 cuatro y un medio dominios 2 de N N N LIM 15 EOS33732 1_L16862 A_RC_A cinasa 6 del receptor acoplado aN N N la proteína G EOS33447 1_X52947 proteína de unión de espacio; N Y Tipo Illa YTipo I l la alfa 1; 43kD (conexina 43) (Nc (Ncyt Cexo) EOS02812 1_X04412 gelsolina (amiloidosis; tipo N N N 20 Finnish) EOS02959 1 X54489 rnal oncógeno GR01 (actina que N Y Tipo n YTipo II (Ncyt estimula el crecimiento de (Ncyt Cexo) melanoma) EOS0I564 1 M57731 oncógeno GR02 N Y Tipo n YTipo II (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS02213 1_U31384 proteína 11 de unión al N N N nucleótido de guanina EOS33321 1_X57579 C_RC_N subunidad beta-A de activina de Y N N H. sapiens (exón 2) 10 EOS33408 A X83703 D_RC_A ARNm de H. sapiens para la N N N proteína nuclear inducible de f. VD citocina EOS25234 D_RC^Z39833 ARNm de H. sapiens para la N N N proteína Rho6 15 EOS33601 D_RC_T25747_s ARNm de OZF de H. sapiens EOS03362 1_X97748 región promotora del gen PTX3 de H. sapiens EOS03068 1_X65965 gen soD-2 de H. sapiens para manganeso superóxido dismutasa 20 EOS32288 1 X604Í familia de histona H4 ; miembro GN N N EOS00588 1_HG2855-HT2995 Proteína de choque térmico, 70kda (Gb:Y00371) EOS35001 1_L08069 proteína de choque térmico; N N N DNAJ-similar a 2 5 EOS02837 1_X06985 hemo oxigenasa (desciclado) 1 N Y Tipo n YTipo I I (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS01674 1_M75126 hexocinasal N N N EOS01487 1_M31994 gen de aldehido deshidrogenasa de Homo sapiens (ALDHl) , exon 13 10 y cds completos EOS32770 A_N23817 A_RC_A secuencia de ARNm 23675 del clonN Y Tipo Ib YTipo Ib t\ op (Nex de Homo sapiens (Nexo Ccyt ) o EOS33421 1_L40395 ARNm 23689 del clon de Homo N N N A_L4039 sapiens; cds completos 15 EOS06991 A_RC_AA608649 ARNm 23742 del clon de Homo Y Y Tipo la YTipo la sapiens; cds parciales EOS02519 1 U62015 ARNm de Cyr61 de Homo sapiens; Y N N cds completos EOS00044 1 D00596 gen de Homo sapiens para N N N 20 timidilato sintasa; exons • EOS33755 1_U44975 proteína Z19 m indicadora de N N N zinc similar a Kruppel de Homo sapiens EOS34982 B_RC_AA148923 ARNm de Homo sapiens para DEPP N N N 5 (proteína decidual in EOS29692 A_RC_AA460273 A ARNm de Homo sapiens para la N N N proteína KIAA0517; c. parciales EOS30706 A_R79356 ARNm de Homo sapiens para la N N N proteína KIAA0544; c. parciales 10 EOS30932 A_RC_AA121543 D ARNm de Homo sapiens para la Y N N proteína KIAA0758; c. parciales op EOS31137 B_RC_W74533 D_ ARNm de Homo sapiens para la Y N N proteína KIAA0786; c. parciales EOS32898 A_N77151 C_RC_A ARNm de Homo sapiens para la N N N 15 proteína KIAA0799; c. parciales EOS00335 1_D86425 ARNm de Homo sapiens para Y N N nidogen-2 EOS10948 B_RC_N54067 ARNm de Homo sapiens para NIK; cds parciales 20 EOS07915 B_RC_AA035638 ARNm de Homo sapiens; Y N N DKFZp564F053 de ADNc (desde EOS25528 N_132515_l ARNm de Homo sapiens; Y N N DKFZp564F053 de ADNc (desde EOS29557 A_RC_AA258308 ARNm de Homo sapiens; Y N N 5 DKFZp564F053 de ADNc (desde EOS02390 1_U48959 cinasa de cadena ligera de N N N miosina de Homo sapiens (MLCK)m EOS34333 1_M61199 ARNm para proteína 1 de señal de N N N división humana; c completos 10 EOS02617 1 J73379 ARNm para proteína portadora de N N N ubiquitma selectiva de ciclina to L? humana tNJ EOS34005 1JJ28811 receptor del factor de N N N crecimiento de fibroblasto rico 15 en cisteína humana EOS01098 1_L15388 cinasa del receptor acoplado a N N N la proteína G humana (GRK5) EOS01266 1_L49169 ARNm de G0S3 humano; cds N N N completos 20 EOS02530 1 J63825 proteína A que interactúa con el N N N • antígeno delta de hepatitis humana EOS33492 1_M60721 Gen homecuadro humano, cds Y N N completos EOS07146 A_RC_D51069_f ARNm de glicoprote?na JuSo MUC18 aislada de humano (variante 3 ' ) ; cds completos EOS01122 1_L20859 ARNm del receptor 1 del virus de N Tipo Illa YTipo I l la leucemia humana (GLVR1) ; c (Nc (Ncyt Cexo ) 10 EOS02575 1 U67963 ARNm del homologo de N N N lisofosfolipasa humana; (HU-K5) ; L? EOS02325 1_U41767 ARNm del precursor de Tipo la YTipo la oo metargidina humana, cds completos 15 EOS33547 A_RC_AA148318_s ARNm humano para el gen Tipo nía YTipo I l la KIAA0069; cds parciales (Ncyt (Ncyt Cexo ) EOS31622 1_D50914 ARNm humano para el gen N Y Tipo II YTipo I I KIAA0124; cds parciales (Ncyt (Ncyt Cexo ) EOS00350 1_D86983 ARNm humano para el gen N N 20 KIAA0230; cds parciales EOS34346 1_M28882 ARNm de glicoprote?na MUC18 Y N Tipo la YTipo la 1_X6826 humana, cds completos EOS02421 1_U51010 Gen de nicotinamida N- Y Y metiltransferasa humano, región exón 1 y de flanqueo 5' EOS02453 1 U53445 Miosina subregulada de cáncer de N ovario humano, pesada EOS0I644 1 M68874 Fosfatidilcolina 2-acilhidrolasa N N N humana (Cpla2 10 EOS02308 1 U40369 rnal Espermidina/espermina NI- N N N acetiltransferasa humana ( NJ L? EOS34747 1JJ20734 Gen junB del factor de N N N 1_X5134 transcripción hunano (junB) ; región 5' 15 EOS00648 1_HG3342-HT3519 ldl EOS33366 D_RC_H44631_s Proteína temprana inmediata N N N EOS29156 1_M96843 A_M968 Inhibidor de unión 2 a ADN; N N N helix-I negativo dominante EOS33768 1_M97796 Inhibidor de unión 2 a ADN; N N N helix-I negativo dominante • EOS03106 1_X69111 Inhibidor de unión 3 a ADN; N N N helix-I negativo dominante EOS02986 1_X57206 Inositol 1 ; 4 , 5-trisfosfato 3- N N N cinasa B 5 EOS00682 1_HG3543 -HT3739 Factor 2 de crecimiento similar a insulina EOS01517 1_M35878 Proteína 3 que se une al factor Y N N de crecimiento similar a insulina 10 EOS30108 1_M62403 Proteína 4 que se une al factor Y N N de crecimiento similar a L? insulina L? EOS32476 1_M24283 B_RC_A Molécula 1 de adhesión Y Y Tipo la YTipo la intercelular (CD54); humano rhi 15 EOS0I490 1_M32334 Molécula 2 de adhesión Y Y Tipo la YTipo la intercelular EOS31485 A_RC_AA161292_s Interferon; proteína 27 alfa- N Y Tipo nía ?tipo Illa inducible c (Ncyt Cexo) EOS33077 1_D12763 Receptor 1 de interleucina Y N N 20 similar a 1 f f EOS32929 1_Y00787 Interleucina 8 Y N N EOS32450 C_RC_AA257993 Janus cinasal (una proteína N N N tirosina quinasa) EOS31439 1_X56681 jun D proto-oncógeno N N N 5 EOS02857 1_X12876 Queratina 18 N N N EOS34262 1_D86962 Producto del gen KIAA0207 N N N EOS02689 1_U81607 Gravina de proteína andamio N N N quinasa EOS28599 D_RC_AA598737_s Lactato deshidrogenasa B Y Y N N N 10 EOS33969 1 S78569 Laminina; alfa 4 Y Y N N N EOS32420 B_RC_F13782_s C Dominio 2 que se une a LIM N N N N N op EOS33225 1_L00352 Receptor de lipoproteína de baja Y Y Y Y Tipo la YTipo la ^ I densidad (hipercolesterolemia familiar 15 EOS29814 A_RC_AA286710 Proteína adaptadora de linfocito N N N EOS02734 1_U89942 Lisil oxidasa similar a 2 Y N N EOS02494 1JJ59423 MAD (madres contra N N N decapentaplégico; Drosofila) EOS28425 A_AF010193 MAD (madres contra N N N 20 decapentaplégico; Drosofila) EOS00073 1_D13640 Complejo de histocompatibilidad N N N principal; clase I; C EOS33652 1_X53331 Proteína Gla de matriz Y N N EOS02966 1_X54925 Metaloproteinasa 1 de matriz Y N N 5 (colagenaza intersticial) EOS02845 1_X07820 Metaloproteinasa 10 de matriz Y N N (estromelisina 2) EOS29948 B_RC_T68873_f Metalotioneina ÍL N N N EOS02639 1_U77604 Glutationa S-transferasa 2 Y Y Tipo la YTipo la 10 microsomal EOS00758 1JHG4069-HT4339 Proteína 1 quimiotáctica de L? monocito -J 1 EOS0I040 1_L08246 Secuencia 1 de leucemia de Y Y Tipo Ib YTipo Ib célula mieloide (relacionada a (Nex (Nexo Ccyt ) 15 BCL2) EOS29275 A_AA292440_s D_ Respuesta primaria de N N N diferenciación mieloide EOS02051 1 J14391 Miosina IC N N N EOS35126 1_J02854 Cadena 2 ligera reguladora de N N N 20 miosina; isoforma. de músculo • • • liso EOS24294 D_RC_N23031 Miosina; polipéptido 7 pesado; N N N músculo cardiaco; beta EOS34094 D_RC_C14407_f Proteína acídica enriquecida con N N N 5 D_ tejido neuronal EOS01989 1_U08021 Nicotinamida N-metiltransferasa N N N EOS00385 1_D87953 N-myc regulada corriente abajo N N N EOS01650 1_M69043 Factor nuclear del gen de N N N polipéptido ligero cappa 10 mejorado EOS01597 l_M60858_rnal Nucleolina N N N L? EOS05422 A_RC_AA256210 Onco odulina N N N EOS30077 1_D63476 Factor beta de intercambio que N N N interactúa con pak 15 EOS01473 1_M31166 Gen relacionado a pentaxina; Y N N rápidamente inducido por IL-1 beta EOS00060 1_D11428 Proteína 22 de miel ina Y Y Tipo nía YTipo I l la peri • Cfé -ri•ca (CIV (,cl-,va) 20 EOS04824 A_RC_AA054087 Fosfolipasa A2 ; grupo IVC N Y Tipo Ib YTipo Ib (citosólico; calcio-ind) (Nex (Nexo Ccyt) EOS35278 A_AA442054_s Fosfolipasa C; gamma 1 (subtipo Y N N anterior 148) EOS33907 1_L19314 Fosforilasa quinasa; beta N N N EOS30483 A_RC_AA430032 Transformación 1 de tumor de N N N pituitaria EOS00921 1 J03764 Inhibidor del activador N N N plasminógeno; tipo 1 EOS13777 B_RC_W60002_s Plastina 3 (isoforma T) N N N 10 EOS07315 A U97519 Similar a podocalixina N Y Tipo Illa YTipo I l la (Nc (Ncyt Cexo L? EOS05961 A_RC_AA412284_s Receptor del poliovirus VO Y N N EOS01522 1 M36429 Segregación postmeiotica N N N incrementada 2 similar a 12 15 EOS32094 1 U84573 Procolágeno-lisina; 2- N N N oxoglutarato 5-dioxigenasa (ly EOS07374 A W28391 2G4 asociada a la proliferación; N N N 38kD EOS01086 1 L13977 Prolicarboxipeptidasa Y N N 20 (angiotensinasa C) • EOS34913 1_D28235 Prostaglandina-endoperóxido Y N N 1_U0463 sintasa 2 (prostagland EOS01770 1_M93056 Inhibidor 2 de proteasa (anti- N Y Tipo ib YTipo Ib elastasa) ; monocito/neutro (Nexo Ccyt) 5 EOS00073 1_D13640 Complejo de histocompatibilidad N N N principal; clase I; C EOS33652 1_X53331 Proteína Gla de matriz Y N N EOS02966 1_X54925 Metaloproteinasa 1 de matriz Y N N (colagenaza intersticial) 1° EOS02845 1_X07820 Metaloproteinasa 10 de matriz Y N N (estromelisina 2) t (Ti o EOS29948 B_RC_T68873_f Metalotioneina ÍL N N N EOS02639 1_U77604 Glutationa S-transferasa 2 Y Y Tipo la YTipo la microsomal 15 EOS00758 1_HG4069-HT4339 Proteína 1 quimiotáctica de monocito EOS01040 1_L08246 Secuencia 1 de leucemia de Y Y Tipo ib YTipo Ib cé -lula mieloide (relacionada a (Nex (Nexo Ccyt] BCL2) 20 EOS29275 A_AA292440_s D_ Respuesta primaria de N N N diferenciación mieloide EOS02051 1JJ14391 Miosina IC N N N EOS35126 1_J02854 Cadena 2 ligera reguladora de N N N miosina; isoforma. de músculo 5 liso E0S24294 D_RC_N23031 Miosina; polipéptido 7 pesado; N N N músculo cardiaco; beta EOS34094 D_RC_C14407_f Proteína acídica enriquecida con N N N D_ tejido neuronal 1° EOS01989 1_U08021 Nicotinamida N-metiltransferasa N N N I EOS00385 1_D87953 N-myc regulada corriente abajo N N N M s. EOS01650 1_M69043 Factor nuclear del gen de N N N I polipéptido ligero cappa mejorado I5 EOS01597 l_M60858_rnal Nucleolina N N N EOS05422 A_RC_AA256210 Oncomodulina N N N EOS30077 1_D63476 Factor beta de intercambio que N N N interactúa con pak EOS01473 1_M31166 Gen relacionado a pentaxina; Y N N 20 rápidamente inducido por IL-1 • beta EOS00060 1_D11428 Proteína 22 de mielina Y Y Tipo nía YTipo I l la ( clv periférica ( clv) EOS04824 A_RC_AA054087 Fosfolipasa A2 ; grupo IVC N Y Tipo ib YTipo Ib (citosólico; calcio-ind) (Nex (Nexo Ccyt : EOS35278 A_AA442054_S Fosfolipasa C; gamma 1 (subtipo Y N N anterior 148) EOS33907 1_L19314 Fosforilasa quinasa; beta N N N EOS30483 A_RC_AA430032 Transformación 1 de tumor de N N N 10 pituitaria EOS00921 1 J03764 Inhibidor del activador N N N en t plasminógeno; tipo 1 EOS13777 B_RC_W60002_s Plastina 3 (isoforma T) N N N EOS07315 A U97519 Similar a podocalixina N Y Tipo Illa YTipo Illa 15 (Nc (Ncyt Cexo EOS05961 A_RC_AA412284_s Receptor del poliovirus Y N N EOS01522 1_M36429 Segregación postmeiótica N N N incrementada 2 similar a 12 EOS32094 1_U84573 Procolágeno-lisina; 2- N N N 20 oxoglutarato 5-dioxigenasa (ly EOS07374 A_W28391 2G4 asociada a la proliferación; N N N 38kD EOS01086 1_L13977 Prolilcarboxipeptidasa Y N N (angiotensinasa C) 5 EOS34913 1_D28235 Prostaglandina-endoperóxido Y N N 1_U0463 sintasa 2 (prostagland EOS01770 1_M93056 Inhibidor 2 de proteasa (anti- N Y Tipo Ib YTipo Ib elastasa) ; monocito/neutro (Nex (Nexo Ccyt EOS01861 1_S76965 Inhibidor de proteína cinasa N N N 1° [célula I de neuroblastoma I humano] ^ OJ EOS03401 1_Y00815 Proteína tirosina fosfatasa; Y N N receptor tipo F EOS34011 1_L77886 Proteína tirosina fosfatasa; N Y Tipo Ib YTipo Ib 15 receptor tipo K (Nex (Nexo Ccyt ) EOS00138 1_D26129 Ribonucleasa; familia de RNasa Y Y Tipo Ib YTipo Ib A; 1 (pancreático) (Nex (Nexo Ccyt ) EOS30425 D_RC_AA243278_i Proteína ribosomal; N N N mitocondrial; L12 20 EOS29398 1 J03040 Proteína secretada; acídica; Y N N f rica en cisteína (osteonectina) EOS01415 1_M24736 Selectina E (molécula 1 de Y Y Tipo la YTipo la adhesión endotelial) EOS01942 1JJ03057 Similar- (Drosophila) enlazada N N N 5 (homólogo 1 de erizo de mar) EOS00549 1_HG2639-HT2735 ADN de Trenzado Sencillo- Proteína de Unión Mssp-1 E0S32244 A_AA285290 Factor 2 rico en EDRK pequeño N N N EOS30770 1_Z49269 Subfamilia A de citocina Y N N inducible pequeña (Cys-Cys) ; me EOS28510 1_U82108 Famila 9 portadora de soluto N N N s. (intercambiador de sodio/hidrógeno) EOS34168 C_RC_R81509_s factor de empalme; rico en N N N I5 arginia/serina 11 EOS31249 1_U25997 estanniocalcina N N N EOS33150 1_X82200 factor trans-activador N Y Tipo ib YTipo Ib estimulado (50 kDa) (Nex (Nexo Ccyt: EOS33384 A_AA090257D_RC superóxido dismutasa 2; 20 mitocondrial f f EOS03301 1_X91247 tioredoxina reductasa I N N EOS00154 1_D28476 interactor 12 del receptor de la N N N hormona tiroidea EOS33468 1_L14837 proteína 1 de unión cerrada N N N 5 (zona de oclusión 1) EOS33905 1_D29992 inhibidor 2 de trayectoria del Y N N 1_L2762 factor de tejido EOS33006 B_RC_W84341 inhibidor de tejido de N N N metaloproteinasa 2 1° EOS01671 1_M74719 factor de transcripción 4 N N N EOS34273 1_D50683 factor de crecimiento de N Y Tipo ib YTipo Ib NJ en transformación; receptor beta II ex (Nexo Ccyt) I (70-80kD EOS01794 1_M95787 transgelina N N N 15 EOS01072 1_L12711 transcetolasa (síndrome N N N Wernicke-Korsakoff) EOS31789 1_M90657 miembro 1 de la superfamilia de Y Y tip° ía YTipo Illa transmembrana 4 v (elv) EOS33890 1_M19267 tropomiosina 1 (alfa) N N N 20 1 Z2472 f f EOS33611 1_D78577 tirosina 3- N N N monooxigenasa/triptofano 5- monooxig EOS03025 1_X60957 tirosina cinasa con Y N N in onoglobulina y epidermal EOS33660 1_S73591 D_RC_N superregulado por 1;25- N N N dihidroxivitamma D-3 EOS29118 1 30257 A_M732 molécula 1 de adhesión celular Y Y Tipo Illa YTipo Illa vascular (Nc (Ncyt Cexo) 10 EOS31258 l_V01512_mal hom. de oncogen viral de N N N osteosarcoma murinno v-fos FBJ [NJ EOS33190 A_AA083572 A_RC homólogo A del oncogen viral de N N N leucemia de simio v-ral EOS01330 1_M15990 homologo del oncogen viral de N N N 15 sarcoma de Yamaguchi v-yes-1 EOS13125 B_RC_T57112 yc20gll.sl Homo sapiens N N N (#937210) de pulmón Stratagene EOS33520 D_RC_T67986_s similar a IMAGE: 82030 3' del clon yc28el2.sl de ADNc de Homo 20 sapiens (#937224) de hígado Stratagene EOS30587 B RC T94452 ye36g7.sl Homo sapiens (#93721) N N N de pulmón Stratagene EOS24288 D RC N22495 yw35gll.sl Homo sapiens Cóclea N N N fetal Morton EOS01767 1 M92843 homólogo de proteína indicadora N N N de zinc a Zfp-36 en ratón EOS26329 N 312729 1 zll6d08.rl N N N Soares embarazo útero NbHPU Homo 10 EOS33680 1 X95735 D RC H zixina Y N N EOS29695 M86933 amelogenina (cromosoma Y) Y N N NJ EOS27689 A1369384 arilsulfatasa D N N N EOS31416 X83107 tirosina cinasa sin receptor N N N para BMX 15 EOS32863 AA598702 proteína 6 morfogenética de N Y Tipo II YTipo I I hueso (Ncyt (Ncyt Cexo ) EOS03210 X79981 caderina 5; VE-caderina Y Tipo nib YTipo 11 Ib (epitelio vascular) (Ne (Nexo Ccyt ) EOS01275 L76380 similar al receptor de Y Tipo Illa YTipo I l la 20 ( C IV , -, a calcitonina ( clv) • EOS33843 W84712 calumenina Y N Tipo II YTipo II (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS03484 Z18951 caveolina 1; proteína caveolae; N Y Tipo Illb YTipo IHb 22kD (Ne (Nexo Ccyt) EOS01027 L06797 quemocina ( otif C-X-C) ; N Y Tipo la YTipo la receptor 4 (fusina) EOS35279 D83174 proteína 2 unida al colágeno Y Y Tipo ib YTipo Ib (Nex (colágeno 2) (Nexo Ccyt: EOS01768 M92934 factor de crecimiento de tejido N Y 10 conectivo EOS00411 HG1098-HT109É Cistaina D N NJ (Ti EOS02094 U18300 proteína 2 unida al ADN N N Tipo II CD YTipo II (Ncyt específico de daño (48 kD) (Ncyt Cexo) EOS01954 U03877 proteína de matriz extracelular N Y Tipo II YTipo II 15 (Ncyt similar a la fibulina que (Ncyt Cexo) contiene EGF EOS01191 L35545 receptor de la proteína C N Y N celular endotelial/proteína C activada 20 EOS31010 J0500Í endotelina 1 Y N EOS17927 N52090 EST EOS21265 AA404418 EST EOS23893 C13961 ESTs N EOS04395 N24990 ESTs N N N EOS04694 AA025351 ESTs N N Tipo II YTipo II (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS04716 AA027168 ESTs N Y N EOS04780 AA040465 ESTs N N N EOS04795 AA045136 ESTs N N N 10 EOS05108 AA187490 ESTs N N N 1 EOS05193 AA227926 ESTs N N N NJ <T? EOS05260 AA234743 ESTs N N Tipo Ib VD YTipo Ib 1 (Nex (Nexo Ccyt) EOS05659 AA292694 ESTs N Y N 15 EOS05907 AA406363 ESTs N N N EOS05938 AA411465 ESTs N N N EOS06054 AA423987 ESTs N N N EOS06085 AA425309 ESTs N N N EOS06232 AA435896 ESTs Y N N 20 EOS06723 AA478778 ESTs N N N f f EOS07104 AA621714 ESTs N N N EOS08686 AA127221 ESTs N N N EOS08931 AA156125 ESTs N N N EOS09386 AA232645 ESTs N N N EOS09698 F10399 ESTs N Y Tipo II YTipo II (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS10037 H16772 ESTs N N N EOS10836 N39584 ESTs N N N EOS11063 N64436 ESTs Y N N 10 EOS11690 R26892 ESTs N N N 1 EOS13003 T33637 ESTs N N N NJ EOS14991 AA253217 ESTs N N N O EOS15026 AA255991 ESTs EOS15075 AA258138 ESTs N N N 15 EOS15749 AA426573 ESTs N Y Tipo II YTipo II (Ncyt (Ncyt Cexo EOS15877 AA443793 ESTs N N N EOS16244 AA490588 ESTs N N N EOS16519 D59570 ESTs Y Y Tipo II YTipo II 20 (Ncyt (Ncyt Cexo • EOS16663 F13787 ESTs N N N EOS16953 H88157 ESTs N Y Tipo II YTipo II (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS17116 H98988 ESTs N N N EOS19003 R32894 ESTs N N N EOS19085 R61715 ESTs EOS23453 AA608588 ESTs EOS23936 D60302 ESTs N N N EOS24599 N95477 ESTs N N N 10 EOS26579 AA856990 ESTs N N N EOS26802 AA136653 ESTs N N EOS27581 A1123976 ESTs N N N I EOS27992 AA379500 ESTs N N N EOS28922 R49693 ESTs N N N 15 EOS29244 AA028131 ESTs N N N EOS30569 D59711 ESTs Y Y Tipo II YTipo II (Ncyt (Ncyt Cexo) EOS30758 AA053400 ESTs N N N EOS31112 AA256153 ESTs N N N 20 EOS31503 AA046593 ESTs N N N • EOS31577 AA410480 ESTs N Y Tipo Ib YTipo Ib (Nex (Nexo Ccyt) EOS31686 D45304 ESTs N N N EOS31980 AA136353 ESTs N N N 5 EOS32924 AA505133 ESTs N N N EOS33091 AA253193 ESTs Y N N EOS33130 AA432248 ESTs N N N EOS33293 AA479713 ESTs N N N EOS34229 AA487558 ESTs N N N 10 EOS34981 C15324 ESTs EOS35003 AA452000 ESTs N N N NJ EOS14451 AA046808 ESTs; Altamente similares a la N N N NJ PROTEINA RIBOSOMAL 4 OS EOS25285 R45630 ESTs ; Altamente similares a N N N 15 KIAA0372 [H. sapiens] EOS27332 AA358869 ESTs; Altamente similares a la N N N PROTEINA RELACIONADA CON LA SEC13 EOS19796 W80814 ESTs; Moderadamente similar a N N N 20 ÜÜS DE LA SUBFAMILIA ALU EOS04882 AA071089 ESTs; Moderadamente similar a Y N N ÜÜS DE LA SUBFAMILIA ALU EOS23463 AA608751 ESTs; Moderadamente similar a ÜÜENTRADA DE ADVERTENCIA SC DE LA SUBFAMILIA ALUÜÜ [H. sapiens] EOS23090 AA488687 ESTs; Moderadamente similar a Y N N ÜÜS DE LA SUBFAMILIA ALU EOS23403 AA599143 ESTs; Moderadamente similar a ÜÜENTRADA DE ADVERTENCIA SQ DE 10 LA SUBFAMILIA ALUÜÜ [H. sapiens] NJ -O EOS05756 AA398243 ESTs; Moderadamente similar a N N N 00 (línea de definición no disponible 36 EOS08776 AA132983 ESTs; Moderadamente similar a C- N N N 15 1-TETRAHIDROFOL EOS25520 R23858 ESTs; Moderadamente similar a la Y N N proteína envolvente [H. sapiens] EOS13853 W80763 ESTs; Moderadamente similar a la proteína que se une a FK506 65kD 20 f [M. musculus] EOS21311 AA405747 ESTs; Moderadamente similar a la N N N transcripción f del cuadro HMG EOS32690 H99198 ESTs; Moderadamente similar a N N N TIMOSINA BETA-4 [H. sapiens] EOS24805 R70506 ESTs; Moderadamente similar a la N N N relacionada a la transformación EOS34919 AA2336324 ESTs; Débilmente similar para Y N N üü ENTRADA DE ADVERTENCIA A DE 10 CLASE ALUÜÜ [H. sapiens] EOS18405 N66845 ESTs; Débilmente similar para NJ -O üü ENTRADA DE ADVERTENCIA B DE CLASE ALUÜÜ [H. sapiens] EOS24777 R60044 ESTs; Débilmente similar para N N N 15 !!!! ENTRADA DE ADVERTENCIA J DE LA SUBFAMILIA ALUÜÜ EOS32606 AA283035 ESTs; Débilmente similar para Y N N ü ENTRADA DE ADVERTENCIA J DE 20 LA SUBFAMILIA ALUÜÜ • • EOS08818 AA135606 ESTs; Débilmente similar para üü ENTRADA DE ADVERTENCIA SB DE LA SUBFAMILIA ALUÜÜ [H. sapiens] EOS16269 AA496257 ESTs; Débilmente similar para N N N (línea de definición no disponible 35133 EOS26441 A1024874 ESTs; Débilmente similar para N N N (línea de definición no disponible 38822 10 EOS16360 AA609717 ESTs ; Débilmente similar para N N N ASOCIADO AL MICROTUBULO NJ L? EOS05306 AA236559 ESTs; Débilmente similar para la Y N N proteína de vía neuronal AD EOS25033 T95333 ESTs; Débilmente similar para N Y Tipo II YTipo I I 15 Estrabismo [D. melanogaster] (Ncyt (Ncyt Cexo EOS01787 M94856 proteína 5 unida al ácido graso N N N (asociado a la psoriasis) EOS33537 M34539 proteína ÍA unida a FK506 (12kD) N N N EOS33447 X52947 proteína de unión gap; alfa 1; N Y Tipo Illa YTipo I l la 20 43 kD (conexina 43) (Nc (Ncyt Cexo) • • • EOS33557 U09587 glicil ARNt sintasa Y N N EOS02213 U31384 proteína 11 unida al nucleótido N N N de guanina EOS00414 HG1103-HT1103 Proteína Ral unida al Nucleótido 5 de Guanina, Relacionada con el Oncogen Ras EOS04904 AA085918 ARNm HUNKI de H. sapiens N N N EOS03115 X69910 ARNm p63 de H. sapiens para la N N N proteína de transmembrana 10 EOS32288 X60486 familia de histona H4 ; miembro GN N N EOS03088 X67235 homeocuadro expresado Y N N NJ hematopoiéticamente EOS10936 N53375 Homero; gen neuronal N N N inmediatamente anterior; 3 15 EOS33421 L40395 ARNm del clon 23689 de Homo N N N sapiens; cds completos EOS28976 AA195678 ARNm de Homo sapiens para la N N N proteína KIAA0465; parciales EOS32898 N77151 ARNm de Homo sapiens para la N N N 20 proteína KIAA0799; parciales EOS06353 AA448238 ARNm de Homo sapiens para la N N N proteína KIAA0915; completos EOS00335 D86425 ARNm de Homo sapiens para Y N N nidogen-2 EOS10948 N54067 ARNm de Homo sapiens para NIK; cds parciales EOS30902 AA370302 ARNm de Homo sapiens; Y N N DKFZp586I1518 (de EOS04522 R81003 ARNm de serina proteasa de Homo Y N N 10 sapiens; cds completos EOS01377 M21305 secuencia de ADN de unión al NJ alfa satélite y satélite 3 humana EOS01098 L15388 receptor cinasa acoplado a la N N N 15 proteína G humana (GRK5) EOS33621 M85289 ARNm de heparan sulfato Y N N proteoglicano humano (HSPG2) EOS07146 D51069 ARNm de glicoproteína aislada JuSo MUC18 humana (variante 3 ' ) ; 20 cds completos EOS34018 D43636 ARNm humano para el gen N N N KIAA0096; cds parciales EOS00350 D86983 ARNm humano para el gen Y N N KIAA0230; cds parciales EOS32617 AB002301 ARNm humano para el gen N N N KIAA0303; cds parciales EOS02817 X04729 ARNm humano para el tipo N N N inhibidor del activador de plasminógeno 10 EOS34346 M28882 ARNm de glicoproteína MUC18 Y Y Tipo la YTipo la humano, cds completos NJ CD EOS01644 M68874 fosfatidilcolina 2 -acilhidrolasa N N N humana (cPLA2 ECS02171 U27109 ARNm de prepromultimerina Y N N 15 humano; cds completos EOS29301 M10321 ARNm del factor von Willebrand Y N N humano, extremo 3' EOS00648 HG3342-HT3519 Idl EOS34091 U97188 proteína 3 que se une al ARNm N N N 20 IGF - I I EOS02828 X06256 integrina; alfa 5 (receptor de N N N fibronectina; polipetido alfa) EOS01490 M32334 molécula 2 de adhesión Y Y Tipo la YTipo l a intracelular EOS33077 D12763 similar 1 del receptor de Y N N interleucina 1 EOS02593 U70322 carioferina (importina) beta 2 N N N EOS32386 7AA114250 producto del gen KIAA0512 Y N N EOS02689 U81607 proteína gravina de base cinasa N N N N 10 EOS33969 S78569 laminina; alfa 4 Y N N EOS01604 M61916 laminina; beta 1 Y N N NJ EOS32420 F13782 dominio 2 que se une a LIM N N N VD EOS29814 AA286710 proteína adaptadora de linfocito N N N N EOS02734 U89942 similar 2 de lisila oxidasa Y N N 15 EOS02494 U59423 MAD (madres contra N N N decapentaplégico; Drosophila) EOS32666 U68019 MAD (madres contra N N N decapentaplégico; Drosophila) EOS02966 X54925 metoloproteínasa 1 de matriz Y N N 20 (colagenasa intersticial) EOS02845 X07820 metaloprotemasa 10 de matriz N N (estromelisma 2) EOS32343 7AA132969 metaloproteasa 1 (familia N N N pitplisma) 5 EOS33626 D10522 substrato de proteina cinasa C N N N rica en alanina mipstoilatada EOS31067 U85193 factor nuclear I/B N N N EOS01473 M31166 gen relacionado a la pentaxina,- Y N N inducido rápidamente por IL-1 10 beta EOS01124 L20971 fosfodiesterasa 4B; específico N Y Tipo Ib YTipo Ib NJ 8 de AMPc (burro (Dros (Nex (Nexo Ccyt ) O | EOS04824 AA054087 fosfolipasa A2 ; grupo IVC N Y Tipo Ib YTipo Ib (citosólico; calcio-in (Nex (Nexo Ccyt ) 15 EOS32013 Y07867 pinna N N N EOS02967 X54936 factor de crecimiento placental; Y N N f de crecimiento endotelial vascular EOS00921 J03764 inhibidor del activador de N N N 20 plasminógeno; tipo I EOS01480 M31551 inhibidor del activador de N N N plasminógeno; tipo II (arginina- serp EOS33915 L34657 molécula de adhesión celular Y Y Tipo la YTipo la plaqueta/endotelial (CD31 EOS07315 U97519 similar a podocalixina N Y Tipo Illa YTipo I l la (Nc (Necyt Cexo EOS05961 AA412284 receptor de poliovirus Y N N EOS32094 U84573 procolágeno-lisina; 2- N N N 10 oxoglutarato 5-dioxigenasa (li EOS03096 X67951 gen A asociado a la N N N NJ CD proliferación (mejorador del destructor natural) EOS32991 AB000584 factor de diferenciación Y N N 15 prostática EOS02233 U33053 similar 1 a la proteína cinasa C N N N EOS09096 AA179845 RAB6 que interactúa; similar a N N N cinesina (rabcinesinad) EOS30425 AA24327Í proteína ribosomal; N N N 20 mitocondrial; L12 # EOS33544 D67029 similar a SEC14 (S . cerevisiae) N N N EOS29398 J03040 proteína secretada; acídico; Y N N rica en cisteína (osteonectina) EOS01415 M24736 selectina E (molécula 1 de Y Tipo la YTipo la 5 adhesión endotelial) EOS01942 U03057 similar a gaseado (Drosophila) N N N (homólogo de erizo de mar) EOS32648 7AA056731 antígeno A2 del síndrome Sjogren N N N (60kD; ribonucleoprot 10 EOS18509 N68905 citocina A5 inducible pequeña (RANTES) NJ 00 NJ EOS19346 T97186 citocina A5 inducible pequeña (RANTES) EOS34383 X70683 cuadro 4 RY (región Y de N N N 15 determinación de sexo) EOS02708 U83463 proteína unida al sindecan N N N (sintetina) EOS34586 X14787 trombospondina 1 Y N N EOS33905 D29992 inhibidor 2 de la trayectoria Y N N 20 del factor de tejido • EOS01671 M74719 factor 4 de transcripción N N N EOS24589 N93521 factor 4 de transcripción N N N EOS31789 M90657 miembro 1 de la superfamilia de Y Y Tipo nía YTipo I l la transmembrana 4 ( c lv / ( c -li v \) 5 EOS29735 7?A012933 caperona d específica de N N N tubulina EOS03025 X60957 tirosina cinasa con Y N N inmunoglobulina y epidermal EOS26493 W26247 proteína específica de U5 snRNP N N N 10 (220kD) ; ortólogo de S. c EOS07225 T34527 UDP-N-acetil-alfa-D- Y N N NJ CD 00 galactosamina : polipéptido EOS10914 N52006 UDP-N-acetil-alfa-D- N N N galactosamina: polipéptido 15 EOS17493 N34287 unc5 C (homólogo de C.elegans) Y Y Tipo la YTipo la EOS31811 AA010163 proteína 1 unida al elemento N N N regulador corriente arriba EOS29118 M30257 molécula 1 de adhesión celular Y Y Tipo Illa YTipo I l l a vascular (Nc (Ncyt Cexo) 0 EOS33480 W80846 proteína 5 de la membrana N Tipo II YTipo I I f asociada a la vesícula (Ncyt (Ncyt Cexo) (miiobrevina) EOS24245 H94892 homólogo A del oncogen viral de N N N leucemia de simio v-ral EOS33190 AA083572 homólogo A del oncogen viral de N N N leucemia de simio v-ral EOS13125 T57112 yc20gll.sl Homo sapiens N N N (#937210) de pulmón Stratagene EOS25020 T91518 similar a IMAGE : 118305 3' del 10 clon ye20f05.sl de ADNc de Homo sapiens (#937210) de pulmón NJ CX) Stratagene EOS30587 T94452 ye36g7.sl Homo sapiens (#93721 N N N de pulmón Stratagene 15 EOS25495 R20839 yg05c07.rl Homo sapiens de N N N cerebro de infante 1NIB Soares EOS19104 R71234 similar a IMAGE =143054 3' del clon yi54c08.sl de ADNc de Homo sapiens de placenta Nb2HP Soares 20 EOS19151 R98105 yr30gll.rl Homo sapiens de bazo N N N f f de hígado fetal 1NFLS Soares EOS03780 AA187101 zp61b6.rl Homo sapiens de célula N N N endotelial 937223 Stratagene 10 NJ CD L? 15 20 Tabla 3 F 10 15 20 • 10 • 15 20 10 f 15 20 # 10 15 20 F 10 F 15 20 T57112 secuencia de ARNm IMAGE: 81284 3' del F 10 F 15 20 • 10 F 15 20 • 10 15 20 10 15 20 • 10 15 20 10 15 20 - - F 10 F 15 20 25 F 10 15 20 F 25 «¿aá^i. L . • 10 • 15 20 • i at. - , 10 15 20 25 -^¿g^^ má i ^*???** ^? ?**aÉál^^* iÍÍ ÍÉ ^*^^^ ?tíJ^ ¿&j L ^¿^^ 10 15 20 25 iaii J A ?X. & t. —•* *tmt-**- -->*>. * -»- -já ^d^^jL • 10 • 15 20 25 * * i ?tiij • n»-,* ... -> ^ .-..» «*íaÉ*¿,-J - .m? ••<*&* ' i.

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F 10 F 15 20 F 25 • 10 • 15 20 25 • 10 • 15 20 25 _ - a,t-A k aia.J F 10 15 20 25 ^^^^s^ ¿?**í^^Ai^A^j^AAiA*i-. '-* — *" t krn» F 10 F 15 20 25 ^h^^a|d flM^Hte tal ¡U J J , . Atmi . • 10 • 15 20 • 25 6 • 10 15 20 25 | tai t • 10 • 15 20 25 F 10 F 15 20 25 ? í? ? i i í.^ m F 10 F 15 20 F 25 • 10 • 15 20 25 tf. ^>^ ^B& 10 F 15 20 F 25 ¡3^^^^^^^^^5^^¿M^^a^j^^t^ ^afe^ .-**. «. *, « » jt aarfs* & 10 15 0 5 ^s ¿tn ,¿,j¿ Í.AÁ*A~?.A — • <- '-• Iti.ÍAA ,tJí..i 't- Sat tí A*Á. tette? * ?? **?í,í¿?*kt .t.M .ai-I... .l¿i±l • 10 • 15 20 25 F 10 F 15 20 25 lit:¿A,.í, .,*.', A. i.-t..i..i j A. * alai • 10 • 15 20 25 # 10 F 15 20 25 • 10 • 15 20 25 &s *&? * *^ -LÍ?*??.^i.?.t .. — AJa.»,,ía.Í.J. # 10 • 15 20 25 • 10 • 15 20 F 25 F 10 15 20 F 25 P 10 9 15 20 25 ¡tajalia-j .» a»- i . X.?.. , • 10 • 15 20 25 • 10 • 15 20 • 25 5 • 10 • 15 20 25 .Í. .Í - • 10 • 15 20 25 - F 10 F 15 20 25 t->Í Í¿.?¿,** ^..1 . 8 • 10 F 15 20 25 t.-j í?tí i • 10 • 15 20 # 25 *sA s kAlA • • 10 15 20 • 25 Tabla 4 - i • -' ' 11iM.arih¿^MÉiÉÍ 10 15 20 25 l*i .Í.--Í, rlmi. 10 15 20 25 -jjp?ii niíiS?i &A¡..i « ¿MA . ... ttt-frit- - AA040465 ESTS Hs.8728 AA045136 ESTs Hs.22575 AA054087 fosfolipasa A2 ; grupo IVC Hs.18858 (citosólico; calcio- independiente) AA071089 ESTs; Moderadamente similares a !!!! Hs.187932 ENTRADA DE ADVERTENCIA SC DE SUBFAMILIA ALU üü [H. saopiens] AA085918 ARNm de HUNKI de Homo sapiens Hs.247482 AA187490 ESTs Hs.21941 AA227926 ESTs Hs.6682 AA234743 ESTs Hs.22120 AA236559 ESTs; Débilmente similares a Hs.8768 proteína de vía neuronal AD7c-NTP [H . sapiens] AA292694 ESTs Hs.3807 AA398243 ESTs; MOderadamnete similar a Hs.21806 (línea def no disponible 3694664) [H. sapiens] AA406363 ESTs Hs.30822 AA411465 ESTs Hs.8619 AA412284 receptor del polivirus Hs.171844 AA423987 ESTs Hs.7567 AA425309 ESTs Hs.33287 AA435896 ESTs Hs.18397 AA448238 ARNm de Homo sapiens para la Hs.16714 & -^ *•»•** •*"** • *-** • 10 15 20 F 25 10 15 20 25 - - • 10 15 20 • 25 - - D60302 ESTs Hs.108977 H94892 homólogo A del oncogen viral de Hs.6906 leucemia v-ral de simio (ras relacionado) N93521 factor de transcripción 4 Hs.241362 N95477 ESTs Hs.102943 R60044 ESTs; Débilmente similares a üü Hs.106706 ENTRADA DE ADVERTENCIA J DE • SUBFAMILIA ALU üü [H. sapiens] 10 R70506 ESTs; Moderadamente similares a la Hs.107159 proteína relacionada a la transformación [H. sapiens] T91518 IMAGE: 118305 3' del clon # "ye20f05.sl de ADNc de Homo sapiens 15 (#937210) de pulmón Stratagene, similar para contener el elemento repetitivo Alu; contiene el elemento repetitivo MER12 T95333 ESTs; Débilmente similares a Hs . 122730 20 Estrabismo [D. melanogaster] R45630 ESTs; Altamente similares a Hs . 170098 KIAA0372 [H. sapiens] R20839 secuencia de ARNm IMAGE: 31444 5' del clon "yg05c07.rl de ADNc de 25 Homo sapiens 1NIB de cerebro de 10 F 15 20 F 25 - a -i-*i.-á te,-l -¿- la.1 r^-su IÉ'1ffr3hHÍH-— *** ' ^a»J»«- • 10 # 15 20 25 Id-tA.Aa** .ütif*.- - i aJ J,»i .,¿: a ¿¡a é j iáiAáa iáíte^É^fa^^Éütfii • 10 • 15 20 25 - Jíj-ÍB ? & ¿. .-. -a „ -*?m.A*l*i X06985 hemo oxigenasa (decicling) 1 Hs.75967 X07820 metaloproteinasa 10 de matriz Hs.2258 (estromelsina 2) X12876 queratina lí Hs.65114 X15729 polipéptido 5 del cuadro DEAD/H Hs.76053 (Asp-Glu-Ala-Asp/His) helicasa ARN; 68kD) X52541 respuesta 1 de crecimiento temprano Hs.738 X53416 filamina A; alfa (proteína 280 Hs.76279 unida a la actina) X54489 oncogen GROl (actividad que Hs.789 estimula el crecimiento de melanoma; alfa) X54925 metaloproteinasa 1 de matriz Hs.83169 (colagenasa intersticial) X57206 inositol 1 ; 4 ; 5-trifosfato 3 -quinasa Hs.78877 B X59798 ciclina DI (PRAD 1: adenomatosis 1 Hs.82932 paratiroide) X60957 tirosina quinasa con dominios de Hs.78824 homología del factor de crecimiento epidermal e inmunoglobulina X65965 gen SOD-2 de H. sapiens para dismutasa superóxida de manganeso X69111 inhibidor de unión 3 a ADN; hélice- Hs.76884 ^d^ß - • 10 • 15 20 25 £ - 10 • 15 20 • 25 - - F 10 W& 15 20 25 IriMAÉriH iÍHÉablkUÉIÉl 9 10 15 20 25 s^ ^^^jaj .^^ ?uth .,?^*^.,, .. ^.^ ,„.,*. « ^t*»**** !*^* ....*.. „,, . # 10 • 15 20 F 25 . , fe^ ^aÉÉ - 4 - • 10 F 15 20 25 # 10 • 15 20 25 # 10 # 15 20 25 10 • 15 20 F 25 • 10 • 15 20 9 25 • 10 W 15 20 25 a¿& t j .jal.;! i • 10 FP 15 20 F 25 Attt * - l.tkÉbá?!!*.-.t.... .*.».. I ai Í? • 10 9 15 20 25 . i .: crecimiento de fibroblasto (CFR-1) rico en cisteína humana; cds completos L77886 proteina de tirosina fosfatasa; Hs.79005 tiipo receptor; K C14407 proteína acídica enriquecida con Hs.79516 tejido neuronal M60278 receptor de la toxina de difteria Hs.799 • (factor de crecimiento similar al 10 factor de crecimiento epidermal unido a la heparina) R81509 factor de empalme; 11 rico en Hs.184571 arginina/serma • AA487558 ESTs Hs.8135 15 D86962 producto del gen KIAA0207 Hs.81875 AA478971 homólogo 2 deshabilitado Hs.81988 (Drosophila) (fosfoproteína responsable del mitógeno) D50683 factor de crecimiento de Hs.82028 20 transformación; receptor II beta 9 (70-80 kD) U56637 línea Z del músculo de la proteína Hs.184270 capsular (filamento de actina); alfa 1 25 M61199 ARNm de la proteína de Hs.82767 ^^^fr^^ ^A^AlAíH^á^t-- 9 10 15 20 ^p 25 afiasiifiífc - - Tabla 5 9 10 15 20 «B 25 U— aa^Háatej^aif i jj . ^¿X. j. j - • 10 # 15 20 25 iíiMi n miaiMMüir — m J.A ¿ . *,* »»> ir

Claims

REIVINDICACIONES Un método para examinar drogas candidato que comprende a) proporcionar una célula que expresa un gen de 5 perfil de expresión que codifica par una proteína seleccionada a partir del grupo que consiste de un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 y Tabla 5 o un fragmento de la misma; b) agregar una droga candidato a dicha célula; y 10 c) determinar el efecto de dicha droga candidato sobre la expresión de dicho gen de perfil de expresión. 2. Un método de acuerdo a la reivindicación 1 en donde dicha determinación comprende comparar el nivel de expresión en ausencia de dicha droga candidato con el nivel 15 de expresión en presencia de dicha droga candidato, en donde la concentración de dicha droga candidato puede variar cuando se encuentra presente y en donde dicha comparación puede presentarse después de la adición o retiro de la droga candidato . 20 3. Un método de acuerdo a la reivindicación 1 en donde la expresión de dicho gen de perfil disminuye como resultado de la introducción de la droga candidato. 4. Un método para examinar un agente bioactivo capaz de unirse a una proteína moduladora de angiogénesis 25 (AMP) , en donde dicha AMP se encuentra codificada por un - ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 y Tabla 5 o un fragmento del mismo, dicho método comprende combinar dicha AMP y un agente bioactivo candidato y 5 determinar la unión de dicho agente candidato a dicha AMP. 5. Un método para examinar un agente bioactivo capaz de modular la actividad de una proteína moduladora de angiogénesis (AMP) , en donde dicha AMP se encuentra # codificada por un ácido nucleico seleccionado del grupo que 10 consiste de un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 y Tabla 5 o un fragmento del mismo, dicho método comprende : a) combinar dicha AMP y un agente bioactivo • candidato; y 15 b) determinar el efecto de dicho agente candidato sobre la bioactividad de dicha AMP. 6. Un método para evaluar el efecto de una droga de angiogénesis candidato que comprende: a) administrar dicha droga a un paciente; 20 b) retirar una muestra de célula de dicho paciente; y c) determinar el perfil de expresión de dicha célula . 7. Un método de acuerdo a la reivindicación 6 que 25 comprende además comparar dicho perfil de expresión con un

1 .1 í . - perfil de expresión de un individuo sano. 8. Un método para el diagnóstico de angiogénesis que comprende : a) determinar la expresión de uno o más genes 5 seleccionados del grupo que consiste de un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 y Tabla 5 o un fragmento del mismo en un primer tipo de un primer individuo; y # b) comparar dicha expresión de dicho (s) gen (es) a 10 partir de un segundo tipo de tejido normal de dicho primer individuo o de un segundo individuo no afectado, en donde una diferencia en dicha expresión indica que el primer individuo tiene tejido que experimenta angiogénesis. • 9. Un biochip que comprende un segmento de ácido 15 nucleico seleccionado del grupo que consiste de las secuencias establecidas en la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 y Tabla 5, en donde dicho biochip comprende menos de 1000 sondas de ácido nucleico. 10. Un biochip de acuerdo a la reivindicación 9 20 que comprende al menos dos segmentos de ácido nucleico. ÉFL 11. Un método para examinar un agente bioactivo capaz de interferir con la unión de una proteína moduladora de angiogénesis (.AMP) o un fragmento de la misma y un anticuerpo que se une a dicha AMP o su fragmento, dicho 25 método comprende: a) combinar una AMP o un fragmento de la misma, un agente bioactivo candidato y un anticuerpo que se une a dicha AMP o a su fragmento; y b) determinar la unión de dicha AMP o su 5 fragmento y dicho anticuerpo. 1

2. Un método para inhibir la actividad de una proteína moduladora de angiogénesis (AMP) , en donde dicha AMP se encuentra codificada por un ácido nucleico seleccionado • del grupo que consiste de un ácido nucleico de la Tabla 1, 10 Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 y Tabla 5 o un fragmento del mismo, dicho método comprende la unión de un inhibidor a dicha AMP. 1

3. Un método de acuerdo a la reivindicación 12 en donde dicho inhibidor es un anticuerpo. • 1

4. Un método para tratar un trastorno asociado 15 con la angiogénesis que comprende administrar a un paciente un inhibidor de una proteína moduladora de angiogénesis (AMP) , en donde dicha AMP se encuentra codificada por un ácido nucleico seleccionado del grupo que consiste de un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 y 20 Tabla 5 o un fragmento del mismo. ^' 1

5. Un método de acuerdo a la reivindicación 14 en donde dicho inhibidor es un anticuerpo. 1

6. Un método para neutralizar el efecto de una AMP o un fragmento de la misma, que comprende poner en 25 contacto un agente específico para dicha proteína con dicha **^^^^^^^^^*^^^^^¿^ proteína en una cantidad suficiente para efectuar la neutralización. 1

7. Un método para localizar un residuo terapéutico para el tejido de angiogénesis que comprende 5 exponer dicho tejido a un anticuerpo para una AMP o un fragmento de la misma conjugado a dicho residuo terapéutico. 1

8. El método de la reivindicación 17, en donde el residuo terapéutico es un agente citotóxico. F 1

9. El método de la reivindicación 17, en donde 10 dicha residuo terapéutico es un radioisótopo. 20. Un método para inhibir la angiogénesis en una célula, en donde dicho método comprende administrar a una célula una composición que comprende moléculas de antisentido para un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 15 4 o Tabla 5. 21. Un anticuerpo que se une específicamente a una proteína codificada por un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 o Tabla 5 o un fragmento del mismo. 22. El anticuerpo de la reivindicación 21, en 20 donde dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal. 23. El anticuerpo de la reivindicación 21, en »S^^ donde dicho anticuerpo es un anticuerpo humanizado. 24. El anticuerpo de la reivindicación 21, en donde dicho anticuerpo es un fragmento de anticuerpo. 25 25. Un ácido nucleico que tiene una secuencia al *^^ "» *-*'ÍÁ¿ A... . . menos 95% homologa a una secuencia de un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 o Tabla 5 o su complemento . 26. Un ácido nucleico que se hibridiza bajo alta rigurosidad a un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 o Tabla 5 o su complemento. 27. Un polipéptido codificado por el ácido nucleico de las Reivindicaciones 25 o 26. 28. Un método para producir una respuesta inmune en un individuo, dicho método comprende administrar a dicho individuo una composición que comprende el polipéptido de la Reivindicación 27 o un fragmento del mismo. 29. Un método para producir una respuesta inmune a un individuo, dicho método comprende administrar a dicho individuo una composición que comprende un ácido nucleico que comprende una secuencia de un ácido nucleico de la Tabla 1, Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 o Tabla 5 o un fragmento del mismo. 30. Un método para determinar la prognosis de un individuo con un trastorno asociado con angiogénesis que comprende determinar el nivel de una AMP en una muestra, en donde el alto nivel de AMP indica una prognosis pobre. 31. Un método para tratar un trastorno asociado con angiogénesis que comprende administrar a un individuo que tiene un trastorno asociado con angiogénesis un anticuerpo para una AMP o un fragmento de la misma conjugado a un residuo terapéutico. 32. El método de la Reivindicación 31, en donde dicho residuo terapéutico es un agente citotóxico. 33. El método de la Reivindicación 31, en donde dicho residuo terapéutico es un radioisótopo. •--»*•-"'- A,» ,í . .