MX2014014802A - Metodo para el diagnostico, pronostico y tratamiento de metastasis de cancer de pulmon. - Google Patents

Metodo para el diagnostico, pronostico y tratamiento de metastasis de cancer de pulmon.

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Abstract

La presente invención se relaciona con un método para el diagnóstico o el pronóstico de metástasis en cáncer de pulmón el cual comprende determinar si el gen para c-MAF está amplificado en una muestra de tumor primario. De igual manera, la invención también se relaciona con un método para el diagnóstico o el pronóstico de metástasis en cáncer de pulmón, así como con un método para determinar la tendencia a desarrollar metástasis ósea con respecto a metástasis en otros órganos, el cual comprende determinar el nivel de expresión de gen C-MAF. Finalmente, la invención se relaciona con el uso de un inhibidor de c-MAF como objetivo terapéutico para tratar el cáncer de pulmón.

Description

METODO PARA EL DIAGNOSTICO, PRONOSTICO Y TRATAMIENTO DE METASTASIS DE CANCER DE PULMON CAMPO DE LA INVENCION La presente invención se relaciona con el diagnóstico o el pronóstico de metástasis, en particular metástasis ósea, en cáncer de pulmón basada en la determinación de si el gen para c-MAF está amplificado en una muestra de tumor primario. De igual manera, la invención también se relaciona con un método para el diagnóstico o el pronóstico de metástasis en cáncer de pulmón, en particular metástasis ósea, así como un método para diseñar un tratamiento personalizado en un sujeto con cáncer de pulmón, el cual comprende determinar el nivel de expresión del gen para c-MAF. Finalmente, la invención se relaciona con el uso de un inhibidor de c-MAF como objetivo terapéutico para el tratamiento de metástasis de cáncer de pulmón, en particular metástasis ósea.
ANTECEDENTES DE LA INVENCION La metástasis, un proceso complejo causado por interacciones elaboradas entre células tumorales y los tejidos normales circundantes en diferentes órganos vitales, constituye 90% de todas las muertes por cáncer en pacientes con tumores sólidos. Los mecanismos moleculares y celulares que dirigen los tumores primarios para formar metástasis REF : 252909 deben entenderse con el fin de resolver mejor este problema que pone en peligro la vida. La identificación de genes y mecanismos de metástasis es esencial para comprender la biología básica de esta condición mortal y sus implicaciones para la práctica clínica. Las investigaciones previas proporcionaron un sentido de la complejidad del proceso de metástasis, pero no explicaron como y porque se producen las metástasis, que mecanismos vuelven a la metástasis un proceso específico de tejido, que eventos permitan que la metástasis en reposo se vuelva activa y mortal muchos años después de extirpación del tumor primario y que genes que median la metástasis a la postre constituyen marcadores de diagnóstico digno de mención y objetivos terapéuticos.
METÁSTASIS ESPECÍFICA DE PULMÓN-HUESO El cáncer de pulmón es una enfermedad caracterizada por crecimiento de células sin control en tejidos del pulmón. Si se deja sin tratar, este crecimiento puede diseminarse sobrepasando el pulmón en un proceso denominado metástasis a tejido aledaño y, a la postre, a otras partes del cuerpo. La mayor parte de los cánceres que comienzan en pulmón, conocidos como cánceres de pulmón primario, son carcinomas que se derivan de células epiteliales. En todo el mundo, el cáncer de pulmón es la causa más común de muerte relacionada por cáncer en hombres y mujeres, y es responsable de 1.3 millones de muertes anualmente, como en el 2004. Los síntomas más comunes son disnea, tos (que incluye tos con sangre y pérdida de peso).
Los cánceres de pulmón consisten de cuatro tipos principales de cáncer de pulmón y múltiples formas menores o raras. Por motivos clínico-patológicos, con frecuencia se dividen en las categorías amplias de cáncer de pulmón microcítico (SCLC, por sus siglas en inglés), también denominado cáncer de células de avena y cáncer de pulmón amicrocítico (NSCLC, por sus siglas en inglés). NSCLC se divide adicionalmente en tres tipos principales, carcinoma de células escamosas (SCC), adenocarcinoma y carcinomas de células grandes. Debido a que los carcinomas de células grandes pueden representar formar poco o no diferenciadas de los otros tipos de cánceres, es una entidad definida de manera imprecisa y los criterios para su diagnóstico varían ampliamente. La causa más común de cáncer de pulmón es la exposición a largo plazo del humo del tabaco. Los no fumadores constituyen 15% de los casos con cáncer de pulmón y estos casos con frecuencia se atribuyen a una combinación de factores genéticos, gas radón, asbestos y contaminación del aire que incluyen a fumadores pasivos.
Similar a muchos otros cánceres, el cáncer de pulmón se inicia por activación de oncogenes o inactivación de genes supresores de tumor. Los oncogenes son genes que se consideran que vuelven a las personas más susceptibles al cáncer. Los proto-oncogenes se considera que cambian en oncogenes cuando se exponen a carcinógenos particulares. Las mutaciones en el proto-oncogen K-ras son responsables de 10-30% de los adenocarcinomas de pulmón. El receptor de factor de crecimiento epidérmico (EGFR, por sus siglas en inglés) regulan la proliferación celular, apoptosis, angiogénesis e invasión de tumor. Las mutaciones de amplificaciones de EGFR son comunes en cáncer de pulmón amicrocítico y proporcionan la base para el tratamiento con inhibidores de EGFR. Her2/neu es afectado menos frecuentemente. El daño cromosómico puede llevar a pérdida de la condición heterocigota. Esto puede provocar inactivación de genes supresores de tumor. Los daños a los cromosomas 3p, 5q, 13q y 17p son particularmente comunes en carcinoma de pulmón microcítico. El gen supresor de tumor p53, que se localiza en el cromosoma 17p, se encuentra afectado en 60-75% de los casos. Otros genes que mutan con frecuencia o se amplifican son c-MET, NKX2-1, LKB1, PIK3CA y BRAF.
Varios polimorfismos genéticos se asocian con cáncer de pulmón. Estos incluyen polimorfismos en genes que codifican para promotores de interleucina-1, citocroma P450, promotores de apoptosis tales como caspasa-8 y moléculas de reparación de ADN tales como XRCC1. Las personas con estos polimorfismos es más probable que desarrollen cáncer de pulmón después de exposición a carcinógenos.
CLASIFICACIÓN Los cánceres de pulmón se clasifican de acuerdo con el tipo histológico. Esta clasificación tiene implicaciones importantes para la administración clínica y el pronóstico de la enfermedad. La amplia mayoría de cánceres de pulmón son carcinomas - cánceres malignos que surgen de células epiteliales. Los dos tipos histológicos más prevalentes de cáncer de pulmón, clasificados por el tamaño y apariencia de las células malignas observadas por un histopatólogo bajo el microscopio, son carcinoma de pulmón amicrocítico y microcítico. El tipo aminocrocítico es por mucho el más prevalente.
El cáncer encontrado fuera del pulmón se puede determinar que ha surgido dentro del pulmón dado que los cánceres de pulmón que producen metástasis, es decir, diseminación con frecuencia retienen un perfil de marcador celular que permite a un patólogo afirmar, con bastante certidumbre, que el tumor surge del pulmón, es decir, es un cáncer de pulmón primario. Los cánceres de pulmón primario de adenocarcinoma por histología típicamente tienen inmunotinción nuclear con TTF-1.
CARCINOMA DE PULMÓN AMICROCÍTICO Los carcinomas de pulmón amicrocítico (NSCLC, por sus siglas en inglés) se agrupan juntos debido a que su pronóstico y manejo son similares. Existen tres subtipos principales: carcinoma de pulmón de células escamosas, adenocarcinoma y carcinoma de pulmón macrocítico.
Constituyendo 25% de los cánceres de pulmón, el carcinoma de pulmón de células escamosas habitualmente comienza cerca de los bronquios centrales. Una cavidad hueca y necrosis asociada se encuentran comúnmente en el centro del tumor. Los cánceres de pulmón de células escamosas bien diferenciadas con frecuencia crecen más lentamente que otros tipos de cáncer.
El adenocarcinoma constituye 40% de los cánceres de pulmón amicrocíticos. Habitualmente se origina en tejido de pulmón periférico. La mayor parte de los casos de adenocarcinoma se asocian con el hábito de fumar; no obstante, entre personas quienes nunca han fumado ("personas que nunca han fumado") el adenocarcinoma es la forma más común de cáncer de pulmón. Un subtipo de adenocarcinoma, el carcinoma bronquioloalveolar, es más común en mujeres quienes nunca han fumado y pueden tener respuestas diferentes al tratamiento.
CARCINOMA DE PULMÓN MICROCÍTICO El carcinoma de pulmón microcítico (SCLC) es menos común. Anteriormente se denominaba como carcinoma de "células de avena". La mayor parte de los casos surgen en las vías respiratorias más grandes (bronquios primarios y secundarios) y crecen rápidamente, volviéndose muy grandes. Las células pequeñas contienen gránulos neurosecretores densos (vesículas que contienen hormonas neuroendocrinas) lo que proporciona este tumor una asociación de síndrome endocrino/paraneoplásico. Aunque inicialmente son más sensibles a quimioterapia y radiación, con frecuencia son metastásicas en su presentación y a la postre presentan el peor pronóstico. Los cánceres de pulmón microcíticos durante mucho tiempo se han clasificado dicotómicamente en enfermedad de etapa limitada y extensa. Este tipo de cáncer de pulmón se asocia fuertemente con el hábito de fumar.
PRONÓSTICO Los factores de pronóstico en cáncer de pulmón amicrocítico incluyen la presencia o ausencia de síntomas pulmonares, tamaño de tumor, tipo de célula (histología), grado de diseminación (etapa) y metástasis a nodulos linfáticos múltiples e invasión vascular. Para pacientes con enfermedad inoperable, el pronóstico es afectado de manera adversa por un estado de poco desempeño y pérdida de peso de más de 10%. Los factores de pronóstico en cáncer de pulmón microcítico incluyen estado de desempeño, género, etapa de enfermedad e involucramiento del sistema nervioso central o el hígado en el momento del diagnóstico.
Para el carcinoma de pulmón amicrocítico (NSCLC), el pronóstico generalmente es pobre. Posterior a extirpación quirúrgica completa de enfermedad en etapa IA, la supervivencia a cinco años es de 67%. Con enfermedad en etapa IB, la supervivencia a cinco años es 57%. La tasa de supervivencia a cinco años de pacientes con la etapa IV de NSCLC es de aproximadamente 1%.
Para carcinoma de pulmón icrocítico, el pronóstico también generalmente es pobre. La supervivencia general a cinco años para pacientes con SCLC es de aproximadamente 5%. Pacientes con SCLC en etapa extensa tienen un promedio de tasa de supervivencia a cinco años de menos de 1%. La mediana de tiempo de supervivencia para enfermedad en etapa limitada es de 20 meses, con una tasa de supervivencia a cinco años de 20%.
De acuerdo con los datos proporcionados por el National Cáncer Institute, la mediana de edad en el momento de diagnóstico de cáncer de pulmón en los Estados Unidos es de 70 años y la mediana de edad al momento de la muerte es de 72 años. En las personas en Estados Unidos, con seguro médico es más probable que tengan un mejor resultado.
METÁSTASIS Los cánceres de pulmón primario por si mismos producen metástasis más comúnmente hacia las glándulas suprarrenales, hígado, cerebro y hueso.
La metástasis a esqueleto se produce en cáncer de pulmón en etapa avanzada y le confieren un alto nivel de morbilidad. En los primeros diagnósticos de enfermedad de metástasis ósea, la intervención terapéutica habitualmente involucrará quimioterapia sistémica, radioterapia y bisfosfonatos, los cuales son principalmente opciones paliativas con la intención de reducir el dolor.
En hueso esquelético sano, un equilibrio igual de la formación de matriz ósea nueva y la resorción de matriz ósea antigua se obtiene por medio de la actividad coordinada de los osteoclastos degradantes de hueso y los osteoblastos formadores de hueso. Durante la metástasis de la enfermedad en hueso, el equilibrio normal de resorción y formación de hueso se interrumpe por las interacciones célula-célula homotípicas y heterotípicas que se producen entre células tumorales invasoras, osteoblastos y osteoclastos. La mayor parte de los pacientes con tumores óseos secundarios - que incluyen aquellos asociados con cáncer de pulmón presente con lesiones osteolíticas. Por lo tanto, la mayor parte de las estrategias de tratamiento en uso actual o bajo evaluación en enfermedad ósea con metástasis se han diseñado para proteger la matriz del hueso de la actividad degradante ósea aumentada de los osteoclastos. Las lesiones osteolíticas de metástasis ósea de pulmón son un rasgo común con aquellos de mama, en oposición a cáncer de próstata. En este último, una complicación adicional presente en cáncer de próstata resistente a castración y enfermedad ósea de metástasis son las lesiones osteoescleróticas también conocidas como lesiones formadoras de hueso u osteoblásticas o una combinación de ambas, lesiones osteolíticas y osteoescleróticas - también denominadas como lesiones mixtas. Las lesiones osteoescleróticas se tipifican por depósito de hueso con capas múltiples de fibrillas de colágeno tipo I escasamente organizadas que tienen una apariencia tejida y una resistencia mecánica reducida. En base en los rasgos fenotípicos comunes de pulmón y metástasis a hueso de cáncer de mama es probable que el proceso se base en mecanismos moleculares similares.
Las células de cáncer de pulmón preservan, entre cada subtipo, cambios transcripcionales inducidos por aberración de geno a, con alta fidelidad. Los genes dominantes resultantes revelarán eventos moleculares que predicen el resultado metastásico pese a la existencia de heterogeneidad sustancial genómica, transcripcional, traduccional y biológica en el sistema en general. No obstante, no se sabe si los antecedentes de desarrollo de un cáncer puedan resultar en mediadores diferentes o comunes de metástasis específica de sitio. Los factores de predisposición relacionados con la célula de origen pueden generar diferentes barreras limitantes de velocidad durante el progreso metastásico. La presente patente tiene como objetivo establecer la etapa para un factor de pronóstico nuevo detallado para predecir metástasis al hueso y su valor potencial como un objetivo terapéutico.
El hecho de que la mayor parte de los pacientes con cáncer de tumor sólido mueren después de metástasis significa que es crucial entender los mecanismos moleculares y celulares que permiten a un tumor producir metástasis. Publicaciones recientes han demostrado la manera en que la metástasis es causada por medio de mecanismos complejos aunque aún poco conocidos y también la manera en que los diferentes tipos de células metastásicas presentan un tropismo hacia órganos específicos. Estas células metastásicas específicas de te ido tienen una serie de funciones adquiridas que les permite colonizar órganos específicos.
No obstante, no hay marcadores genéticos, en el estado de la téenica, que permitan el diagnóstico y/o pronóstico para determinar si un paciente quien padece de cáncer de pulmón específico tal como un cáncer de pulmón NSCLC, padecerá o no metástasis, y por lo tanto para que se administre un tratamiento adecuado que sea capaz de ser aplicado al sujeto que padece de cáncer. Por lo tanto, existe la necesidad de identificar marcadores nuevos que permitan el diagnóstico de la presencia de metástasis en sujetos que padecen de cáncer de pulmón y/o predecir la probabilidad de que un sujeto que padece de cáncer de pulmón desarrolle metástasis, en particular metástasis ósea. La identificación de factores de pronóstico nuevos servirá como una guía para seleccionar los tratamientos más adecuados.
La identificación de marcadores que predicen la metástasis ósea proporcionará una oportunidad terapéutica preventiva al imponer limitaciones a la diseminación y colonización de tejido metastásico óseo por células de pulmón y retraso o transformación de una condición mortal. Los inventores se han identificado a c-MAF y la ganancia genómica 16q22-24 como un gen para metástasis ósea de cáncer de pulmón asociada bona fide y alteración genómica, en una metástasis ósea de próstata osteolítica en una modalidad preferida.
SUMARIO DE LA INVENCION Los presentes inventores han determinado que la identificación del equilibrio de señales que afectan la metástasis de célula de cáncer de pulmón diseminada, en particular metástasis ósea puede proporcionar información útil para establecer el pronóstico de, y para evitar la intervención terapéutica contra la enfermedad. Los inventores identificaron MAF y la ganancia genómica 16q22-24 los cuales juegan un papel en impulsar lesiones metastásicas de pulmón a hueso, en particular metástasis ósea osteolítica.
Los presentes inventores han identificado a c-MAF como un marcador asociado con una mayor tendencia de cáncer de pulmón a provocar metástasis y, particularmente, metástasis ósea. La sobreexpresión de MAF parece ser debida a una amplificación del locus 16q22q24 en el cual se localiza el gen para c-MAF.
Los niveles de expresión de c-MAF se estudiaron en dos cohortes de pacientes. La primera cohorte contiene los perfiles de expresión y las notas clínicas de tumores primarios de pacientes con cáncer de pulmón. La segunda cohorte de pacientes está en forma de un microarreglo de tejido constituido de biopsias de tumor primario de pulmón, que incluye 9 tumores que desarrollaron metástasis al hueso, 16 tumores que desarrollaron metástasis a otros sitios excepto el hueso y que presentaron un seguimiento clínico mínimo de hasta 5 años y 49 tumores primarios de pulmón que nunca desarrollaron metástasis con un seguimiento clínico mínimo de 5 años, el gen para c-MAF (ARNm) y la expresión de proteína en células tumorales y biopsias se correlaciona positivamente con diferentes parámetros clínicos que incluyen la recurrencia, metástasis, metástasis ósea y supervivencia general que se observaron. Además, estos estudios mostraron el papel de c-MAF como marcador para el pronóstico y como un gen objetivo en metástasis de cáncer de pulmón, particularmente metástasis ósea. De igual manera, los inventores tienen asociada la amplificación del locus 16q22-q24, que incluye el gen para c-MAF, con la presencia de metástasis, en particular metástasis ósea, en sujetos con cáncer de pulmón.
De este modo, en un primer aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para el diagnóstico de metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón y/o el pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis, en particular metástasis ósea en un sujeto con cáncer de pulmón, el cual comprende: (i) cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF o la ganancia en número de copias de 16q22-24 en una muestra de tumor del sujeto; y (ii) comparar el nivel de expresión o copias obtenidas previamente con el nivel de expresión del gen en una muestra control; en donde, si el nivel de expresión del gen se incrementa o la región genómica amplificada con respecto al nivel de expresión del gen en la muestra control, entonces el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis, en particular metástasis ósea.
En un segundo aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para diseñar un tratamiento individualizado para un sujeto con cáncer de pulmón el cual comprende: (i) cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF o la ganancia en número de copias de 16q22-24 en una muestra de tumor del sujeto; y (ii) comparar el nivel de expresión obtenido previamente con el nivel de expresión del gen en una muestra control; en donde, si el nivel de expresión se incrementa o el número de copias de 16q22-24 aumenta con respecto al nivel de expresión del gen en la muestra control, entonces el sujeto es susceptible de recibir un tratamiento que tenga como objetivo evitar y/o tratar la metástasis. Si el nivel de expresión no se incrementa o si el número de copias de 16q22-24 no aumenta con respecto al mencionado valor de referencia, entonces el sujeto no es susceptible de recibir un tratamiento que tenga como objetivo evitar, inhibir y/o tratar la metástasis ósea. En un aspecto particular de este método, al sujeto entonces no se le administra por lo menos un tratamiento que evite, inhiba y/o trate la metástasis ósea. En algunos aspectos, el valor de referencia es el nivel de expresión del gen para c-MAF en una muestra de cáncer de pulmón de un sujeto quien no ha padecido metástasis. En algunos aspectos, el cáncer de pulmón en SCL. En algunas modalidades, el cáncer de pulmón es NSCLC. En algunos aspectos, el cáncer de pulmón es adenocarcinoma de pulmón.
En un tercer aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para diseñar un tratamiento personalizado para un sujeto con cáncer de pulmón con metástasis ósea, el cual comprende: (i) cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF o la ganancia en el número de copias de 16q22-24 en una muestra de tumor metastásica de hueso del sujeto; y (ii) comparar el nivel de expresión obtenido en la etapa (i) con el nivel de expresión del gen en una muestra control; en donde, si el nivel de expresión del gen para c-MAF o la ganancia en el número de copias de 16q22-24 se incrementa con respecto al nivel de expresión del gen en la muestra control, entonces el sujeto es susceptible de recibir un tratamiento que tenga como objetivo evitar la degradación ósea. En un aspecto particular de este método, al sujeto entonces se le administra por lo menos un tratamiento que evita, inhibe y/o trata la metástasis ósea. Si el nivel de expresión del gen para c-MAF no se incrementa o si el número de copias de 16q22-24 no aumenta con respecto al valor de referencia, entonces el sujeto no es susceptible de recibir un tratamiento. Para evitar la degradación ósea. En un aspecto particular de este método, el sujeto entonces no se le administra por lo menos un tratamiento que evite, inhiba y/o trate la metástasis ósea.
En un cuarto aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para el diagnóstico de metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón y/o para el pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón el cual comprende determinar si el gen para c-MAF es amplificado o translocalizado en una muestra de tejido de tumor del sujeto; en donde, si el gen es amplificado con respecto a una muestra control, entonces el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis. En un aspecto particular de este método, al sujeto se le administra por lo menos un tratamiento que evita o inhibe la metástasis ósea. En un aspecto particular de este método, si el gen para c-MAF no se amplifica o es translocalizado en una muestra de tejido de tumor del sujeto, el sujeto entonces no se le administra por lo menos un tratamiento que prevenga, evite y/o trate la metástasis ósea. En un aspecto particular, un nivel de expresión promedio anterior del c-MAF es indicativo de un riesgo aumentado de metástasis ósea y este riesgo es proporcional a los niveles de expresión de c-MAF. En un aspecto particular, si el nivel de expresión de c-MAF está por encima del promedio más una desviación estándar con respecto al nivel promedio, entonces se puede concluir que el sujeto tiene una mayor tendencia a desarrollar metástasis ósea temprana.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para predecir el resultado clínico de un paciente que padece de cáncer de pulmón, el cual comprende determinar si el gen para c-MAF se amplifica en una muestra del sujeto en relación a un número de copias del gen de referencia, en donde una amplificación del gen para c-MAF con respecto al número de copias del gen de referencia es indicativo de un resultado clínico pobre. En un aspecto particular de este método, el sujeto entonces se le administra por lo menos un tratamiento que previene, evita y/o trata la metástasis ósea. Si esta amplificación no se observa, entonces al sujeto no se le administra por lo menos un tratamiento que prevenga, inhiba y/o trate la metástasis ósea. En otra modalidad del séptimo aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para predecir el resultado clínico de un paciente que padece de cáncer de pulmón, el cual comprende determinar si el gen para c-MAF ha sido translocalizado en una muestra del sujeto en donde la translocación del gen para c-MAF (por ejemplo, t(14,16)) es indicativo de un resultado clínico pobre. En algunas modalidades, la invención se relaciona con diseñar un tratamiento personalizado para pacientes con la amplificación o translocación de c-MAF. En algunas modalidades, el tratamiento personalizado es por lo menos un fármaco terapéutico que previene, inhibe y/o trata la metástasis ósea.
En un quinto aspecto, la invención se relaciona con el uso de un agente inhibidor de c-MAF en la preparación de un producto medicinal para tratar y/o prevenir metástasis de cáncer de pulmón, en particular metástasis ósea. En otro aspecto, la invención se relaciona con un agente inhibidor de c-MAF para uso en la prevención de metástasis ósea a partir de cáncer de pulmón. En algunos aspectos, la invención se relaciona con un agente inhibidor de c-MAF para uso en evitar o prevenir degradación ósea.
En otro aspecto, la invención se relaciona con el uso de un agente capaz de evitar o prevenir degradación ósea en la preparación de un producto medicinal para el tratamiento de metástasis ósea en un sujeto que padece de cáncer de pulmón y que tiene niveles elevados de c-MAF o una ganancia del número de copias de 16q22-24 en una muestra de tejido de tumor metastásico con respecto a una muestra control.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit para predecir metástasis ósea a partir de un cáncer de pulmón en un sujeto que padece de este cáncer, el kit comprende: (a) un medio para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto; y (b) un medio para comparar el nivel cuantificado de expresión de c-MAF en la muestra con un nivel de expresión de c-MAF de referencia. La invención tambien se relaciona con el uso del kit para predecir metástasis ósea de un cáncer de pulmón en un sujeto que padece del cáncer. En una modalidad, al sujeto entonces se le administra o no se le administra por lo menos un tratamiento que previene, inhibe y/o trata la metástasis ósea en base en los resultados del uso del kit.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit para predecir metástasis ósea de un cáncer de pulmón en un sujeto que padece del cáncer, el kit comprende: a) un medio para cuantificar la amplificación del gen para c-MAF, la amplificación del locus 16q23 o 16q22-24 o translocación en una muestra del sujeto; y b) medio para comparar el nivel amplificado del gen para c-MAF, la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 en la muestra con respecto a una referencia. En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit para predecir el resultado clínico de un sujeto que padece de metástasis ósea a partir de cáncer de pulmón, el kit comprende: a) un medio para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF o la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 en una muestra del sujeto; y b) medios para comparar el nivel de expresión cuantificado de c-MAF o la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 en la muestra con respecto a un nivel de expresión de c-MAF de referencia o el locus 16q23 o 16a22-24. La invención también se relaciona con el uso de este kit para predecir el resultado clínico de un sujeto que padece de metástasis ósea a partir de cáncer de pulmón. En una modalidad, al sujeto entonces se le administra o no se le administra por lo menos un tratamiento que previene, inhibe y/o trata la metástasis ósea en base en los resultados del uso del kit.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit para determinar un tratamiento para un sujeto que padece de cáncer de pulmón, el kit comprende: a) un medio para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF o la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 en una muestra del sujeto; b) un medio para comparar el nivel de expresión cuantificado de c-MAF en la muestra con respecto a un nivel de expresión de c-MAF de referencia o el locus 16q23 o 16q22-24; y c) un medio para determinar un tratamiento para prevenir y/o reducir la metástasis ósea en el sujeto, en base en la comparación del nivel de expresión cuantificado con respecto al nivel de expresión de referencia. La invención también se relaciona con el uso del kit para determinar un tratamiento para un sujeto que padece de cáncer de pulmón. En una modalidad, al sujeto entonces se le administra o no se le administra por lo menos un tratamiento que previene, inhibe y/o trata la metástasis ósea en base en los resultados de utilizar el kit.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit que comprende: i) un reactivo para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF o la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16a22-24 en una muestra de un sujeto que padece de cáncer de pulmón, y ii) uno o más del nivel de expresión del gen para c-MAF o los índices de amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 que han sido predeterminados para correlacionarse con el riesgo de metástasis ósea. La invención también se relaciona con el uso del kit para predecir metástasis de hueso de un cáncer de pulmón en un sujeto que padece del cáncer. En una modalidad, al sujeto entonces se le administra o no se le administra por lo menos un tratamiento que previene, inhibe y/o trata la metástasis ósea en base en los resultados de utilizar el kit.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para tipificar una muestra de un sujeto que padece de cáncer de pulmón, el método comprende: a) proporcionar una muestra del sujeto; b) cuantificar el nivel de expresión de c-MAF o la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 en la muestra; c) tipificar la muestra al comparar el nivel de expresión cuantificado de c-MAF o la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 a un nivel de referencia predeterminado de la expresión de c-MAF o el número de copias del locus 16q23 o 16q22-24; en donde la tipificación proporciona información de pronóstico relacionada con el riesgo de metástasis ósea en el sujeto. En una modalidad, al sujeto se le administra o no se le administra por lo menos un agente terapéutico basado en la información de pronóstico proporcionada por la tipificación.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un método para prevenir o reducir el riesgo de metástasis ósea en un sujeto que padece de cáncer de pulmón, el método comprende administrar al sujeto un agente que previene o reduce metástasis ósea, en donde el agente se administra de acuerdo con un régimen de tratamiento determinado a partir de la cuantificación del nivel de expresión de c-MAF o la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 en el sujeto.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un método de clasificación de un sujeto que padece de cáncer de pulmón en una cohorte, el método comprende: a) determinar el nivel de expresión de c-MAF o la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 en una muestra del sujeto; b) comparar el nivel de expresión de c-MAF en la muestra a un nivel de referencia predeterminado de expresión de c-MAF o un genoma normal; y c) clasificar al sujeto en una cohorte en base en el nivel de expresión de c-MAF o la amplificación o translocación del locus 16q23 o 16q22-24 en la muestra. En una modalidad, el método se utiliza para identificar pacientes que se predice que tienen una manifestación más temprana de síntesis de metástasis ósea. En un aspecto particular, la cohorte se utiliza para llevar a cabo un ensayo clínico.
BREVE DESCRIPCION DE LAS FIGURAS La figura 1 muestra la expresión genética de c-MAF en tumores primarios de pulmón que se correlaciona de modo significativo con la metástasis conforme se observa en la gráfica de Kaplan-Meier y se resalta por HR y el valor p obtenido.
La figura 2A muestra una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la probabilidad de supervivencia libre de metástasis en cualquier momento en la población general de pacientes con cáncer de pulmón posterior a extirpación de tumor primario, la figura 2B muestra una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la probabilidad de supervivencia libre de metástasis ósea en cualquier momento en biopsias de tumor primario de cáncer de pulmón de acuerdo con categorías de expresión de proteína alta o baja de c-MAF medidas por inmunohistoquímica (IHC, por sus siglas en inglés). El corte de expresión de c-MAF (20,000 unidades de densidad óptica, O.D., por sus siglas en inglés) se selecciona en base en una curva de operación de recepción (curva ROC, por sus siglas en inglés) en base en métodos estándar (el área bajo la curva AVC es 0.80).
La figura 3A muestra unagráfica de Kaplan-Meier que muestra la probabilidad de supervivencia en la población general de pacientes con cáncer de pulmón desde el momento de extirpación de tumor primario. La figura 3B muestra una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la probabilidad de supervivencia en cáncer de pulmón primario de acuerdo con categorías de expresión de proteína alta o baja de c-MAF. El corte de expresión de c-MAF de (20,000 unidades de densidad óptica, O.D., por sus siglas en inglés) se selecciona en base en una curva de operación de recepción (curva ROC) basada en metástasis ósea en cualquier momento según los métodos estándar.
DESCRIPCION DETALLADA DE LA INVENCION Métodos para el diagnóstico y pronóstico de metástasis de cáncer de pulmón en base en los niveles de expresión de c-MAF Los inventores han identificado que el gen para c-MAF y la proteína se sobreexpresan en metástasis de cáncer de pulmón y que los niveles de expresión de c-MAF en tumores de pulmón primarios se correlacionan con diferentes parámetros clínicos de cáncer de pulmón, particularmente con recurrencia y probabilidad de metástasis. De esta manera, la sobreexpresión de c-MAF se correlaciona con el inicio de metástasis de tumor en pulmón en hueso. Por lo tanto, se puede utilizar c-MAF como un marcador para el diagnóstico y/o pronóstico de metástasis, en particular metástasis ósea, en un sujeto con cáncer de pulmón.
De este modo, en un aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para el diagnóstico de metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón y/o para el pronóstico de la tendencia para desarrollar metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón (a continuación, primer método de la invención), el cual comprende: (i) cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF en una muestra de tumor (por ejemplo, tejido de tumor de pulmón, células tumorales de pulmón circulantes, ADN de tumor de pulmón circulante del sujeto, y (ii) comparar el nivel de expresión obtenido previamente con el nivel de expresión del gen en una muestra control, en donde, si los niveles de expresión del gen se incrementan con respecto a los niveles de expresión del gen en la muestra control, entonces el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis, en una metástasis ósea de sitio preferido.
El gen para c-MAF (homólogo de oncogen de fibrosarcoma musculoaponeurótico v-maf (aviar) también conocido como MAF o MGC71685) es un factor de transcripción que contiene una cremallera de leucina la cual actúa como un homodímero o un heterodímero. En base en el sitio de unión de ADN, la proteína codificada puede ser un activador o represor transcripcional. La secuencia de ADN que codifica para c-MAF se describe en la base de datos NCBI bajo el número de acceso NG_016440 (SEC ID NO: 1). La secuencia codificante de c-MAF se establece en la SEC ID NO: 13. Dos ARN mensajeros se transcriben a partir de la secuencia de ADN, cada uno de los cuales dará lugar a una de las dosis o formas de proteína c-MAF, la isoforma OÍ y la isoforma b. Las secuencias de ADN complementario para cada una de las isoformas se describen, respectivamente, en la base de datos NCBI bajo los números de acceso NM_005360.4 (SEC ID NO: 2) y NM_001031804.2 (SEC ID NO: 3).
En el contexto de la presente invención, el término "metástasis" se entiende como la propagación de un cáncer desde el órgano en donde se inicia a un órgano diferente. Generalmente se produce a través del sistema sanguíneo o linfático. Cuando las células de cáncer se diseminan y forman un tumor nuevo, este último se denomina tumor secundario o metastásico. Las células de cáncer que forman el tumor secundario son similares a las del tumor original. Si, por ejemplo, un cáncer de pulmón disemina (produce metástasis) al hueso, el tumor secundario se forma de células de cáncer de pulmón malignas. La enfermedad en el hueso es cáncer de pulmón metastásico y no cáncer de hueso. En una modalidad particular del método de la invención, la metástasis es cáncer de pulmón la cual ha diseminado (a producido metástasis) al hueso.
En la presente invención, el "diagnóstico de metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón" se entiende como identificación de una enfermedad (metástasis) por medio de estudio de sus signos, es decir, en el contexto de la presente invención por medio de niveles de expresión del gen para c-MAF aumentados (es decir, sobreexpresión) en el tejido de tumor de cáncer de pulmón con respecto a una muestra control.
En la presente invención, el "pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón" se entiende que se conoce en base en los signos si el cáncer de pulmón que el sujeto presenta producirá metástasis en el futuro. En el contexto de la presente invención, el signo es sobreexpresión del gen para c-MAF en tejido de tumor.
El método de la invención comprende en una primera etapa cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF en una muestra de tejido de tumor de un sujeto.
En una modalidad preferida, el primer método de la invención comprende cuantificar únicamente el nivel de expresión del gen para c-MAF como un marcador único, es decir, el método no involucra determinar el nivel de expresión de marcador adicional alguno.
Como se utiliza en la presente, los términos "sujeto" o "paciente" se refiere a todos los animales clasificados como mamíferos e incluye pero no se limita a animales domésticos y de granja, primates y humanos, por ejemplo seres humanos, primates no humanos, vacas, caballos, cerdos, borregos, chivos, perros, gatos o roedores. Preferiblemente, el sujeto es un humano del género masculino o femenino de cualquier edad o raza.
Los términos "pobre" o "bueno", como se utilizan en la presente se refieren a un resultado clínico significa que el sujeto mostrará un resultado favorable o desfavorable. Como lo entenderán los expertos en el ámbito, esta determinación de la probabilidad, aunque se prefiere que sea, puede no corregirse para 100% de los sujetos que van a ser diagnosticados. No obstante, el término requiere que una porción estadísticamente significativa de sujetos se puede identificar con una predisposición para un resultado dado. Si una porción es estadísticamente significativa se puede determinar fácilmente por una persona experta en el ámbito utilizando diversas herramientas de evaluación estadísticas bien conocidas, por ejemplo determinación de intervalos de confianza, determinación de valor p, prueba t de Student, prueba de Mann-Whitncy, etc. Los detalles se encuentran en Dowdy y Wearden, Statistics for Research, John Wiley & Sons, New York 1983. Los intervalos de confianza preferidos son por lo menos aproximadamente 50%, por lo menos aproximadamente 60%, por lo menos aproximadamente 70%, por lo menos aproximadamente 80%, por lo menos aproximadamente 90%, por lo menos aproximadamente 95%. Los valores p preferiblemente son 0.05, 0.01, 0.005 o 0.0001 o menos. De manera más preferible, por lo menos aproximadamente 60 por ciento, por lo menos aproximadamente 70 por ciento, por lo menos aproximadamente 80 por ciento o por lo menos aproximadamente 90 por ciento de los sujetos de una población se pueden identificar adecuadamente por el método de la presente invención.
En la presente invención, una "muestra de tumor" se entiende como la muestra (por ejemplo, tejido de tumor, células tumorales circulantes, ADN de tumor circulante) que se originan del tumor de cáncer de pulmón primario. La muestra se puede obtener por métodos convencionales, por ejemplo biopsia, utilizando métodos bien conocidos por las personas expertas en las téenicas médicas relacionadas. Los métodos para obtener una muestra de biopsia incluyen dividir un tumor en piezas grandes o microdisección u otros métodos de separación de células conocidos en el ámbito. Las células tumorales adicionalmente se pueden obtener por medio de citología a través de aspiración con una aguja de calibre pequeño. Para simplificar la conservación de la muestra y el manejo, las muestras se pueden fijar en formalina y se humedecen en parafina o primero se congelan y después se humedecen en un medio de congelamiento de tejido tal como el compuesto OCT por medio de inmersión en un medio altamente criogénico que permite congelamiento rápido.
Como se entiende por las personas expertas en el ámbito, los niveles de expresión de gen se pueden cuantificar al medir los niveles de ARN mensajero del gen o de la proteína codificada por el gen.
Para este propósito, la muestra biológica se puede tratar para descomponer física o mecánicamente el tejido o la estructura celular, liberar los componentes intracelulares en una solución acuosa u orgánica para preparar ácidos nucleicos. Los ácidos nucleicos se extraen por medio de métodos disponibles comercialmente conocidos por las personas expertas en el ámbito (Sambrook, J. et al . , "Molecular cloning: a Laboratory Manual", 3rd ed., Coid Spring Harbor Laboratory Press, N.Y., Vol.1-3).
De esta manera, el nivel de expresión del gen para c-MAF se puede cuantificar a partir del ARN que resulta de la transcripción del gen (ARN mensajero o ARN ), o, de manera alternativa, a partir de ADN complementario (ADNc) del gen. Por lo tanto, en una modalidad particular de la invención, la cuantificación de los niveles de expresión del gen para c-MAF comprende la cuantificación del ARN mensajero del gen para c-MAF o un fragmento del ARNm, ADN complementario del gen para c-MAF o un fragmento del ADNc o mezclas de los mismos.
Se puede utilizar virtualmente cualquier método convencional dentro del ámbito de la invención para detectar y cuantificar los niveles de ARNm codificados por el gen para c-MAF o del ADNc correspondiente del mismo. A manera de ilustración no limitante, los niveles de ARNm codificados por el gen se pueden cuantificar utilizando métodos convencionales, por ejemplo, métodos que comprenden amplificación de ARNm y la cuantificación del producto de amplificación de ARNm, tal como electroforesis y teñido. O de manera alternativa, mediante transferencia Southern y el uso de sondas adecuadas, transferencia Northern y uso de sondas específicas del ARNm del gen de interés (c-MAF) o del ADNc correspondiente del mismo, elaboración de mapas con nucleasa SI, RT-PCR, hibridación, microarreglos, etc., preferiblemente por medio de PCR cuantitativa en tiempo real utilizando un marcador adecuado. De igual manera, los niveles de ADNc correspondientes al ARNm codificado por el gen para c-MAF también se pueden cuantificar por medio de uso de téenicas convencionales; en este caso, el método de la invención incluye una etapa para sintetizar el ADNc correspondiente por medio de transcripción inversa (RT, por sus siglas en inglés) del ARNm correspondiente seguido por la amplificación y cuantificación del producto de amplificación de ADNc. Los métodos convencionales para cuantificar los niveles de expresión se pueden encontrar, por ejemplo, en Sambrook et al., 2001. (mencionado ad supra) .
En una modalidad particular, los niveles de expresión del gen para c-MAF se cuantifican por medio de reacción en cadena de polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés) cuantitativa o un arreglo de ADN o ARN. Además, el nivel de expresión del gen para c-MAF también se puede cuantificar por medio de cuantificación de los niveles de expresión de la proteína codificada por el gen, es decir, la proteína c-MAF (c-MAF) [NCBI, número de acceso 075444] o cualquier variante funcionalmente equivalente de la proteína c-MAF. Existen dos isoformas de proteína c-MAF, la isoforma a (NCBI, NP_005351.2) constituida por 403 aminoácidos (SEC ID NO: 4) y la isoforma b (NP_001026974.1) constituida de 373 aminoácidos (SEC ID NO: 5). El nivel de expresión del gen para c-MAF se puede cuantificar por medio de cuantificación de los niveles de expresión de cualquiera de las isoformas de proteína c-MAF. De esta manera, en una modalidad particular, la cuantificación de los niveles de proteína codificados por el gen para c-MAF comprende la cuantificación de la proteína c-MAF.
En el contexto de la presente invención "variante funcionalmente equivalente de la proteína c-MAF" se entiende como: (i) variantes de la proteína c-MAF (SEC ID NO: 4 o SEC ID NO: 5) en la cual uno o más residuos aminoácidos están sustituidos por un residuo aminoácido conservado o no conservado (preferiblemente un residuo aminoácido conservado), en donde el residuo aminoácido sustituido puede o no ser uno codificado por el código genético, o (ii) variantes que comprenden una inserción o una supresión de uno o más aminoácidos y que tiene la misma función que la proteína c-MAF, es decir, actuar como un factor de transcripción de unión de ADN. Las variantes de la proteína c-MAF se pueden identificar utilizando métodos basados en la capacidad de c-MAF para promover la proliferación de células in vitro como se muestra en la solicitud de patente internacional W02005/046731 (incorporada en la presente como referencia en su totalidad), en base en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la capacidad de transcripción de un gen indicador bajo el control del promotor cielina D2 o de un promotor que contiene la región que responde a c-MAF (MARE o elemento que responde a c-MAF) en células que expresan c-MAF, como se describe en W02008098351 (incorporada en la presente como referencia en su totalidad) o basado en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la expresión del gen indicador bajo el control del promotor IL-4 en respuesta a la estimulación con PMA/ionomicina en células que expresan NFATc2 y c-MAF como se describe en US2009048117A (incorporado como referencia en la presente en su totalidad).
Las variantes de acuerdo con la invención preferiblemente tienen similitudes de secuencias con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de las isoformas de proteína c-MAF (SEC ID NO: 4 o SEC ID NO: 5) de por lo menos 50%, por lo menos 60%, por lo menos 70; por lo menos 80%, por lo menos 90%, por lo menos 91%, por lo menos 92%, por lo menos 93%, por lo menos 94%, por lo menos 95%, por lo menos 96%, por lo menos 97%, por lo menos 98% o por lo menos 99%.
El grado de similitud entre las variantes y las secuencias de proteína c-MAF específicas definidas previamente se determina utilizando algoritmos y procesos de computadora los cuales son conocidos ampliamente por las personas expertas en el ámbito. La similitud entre dos secuencias de aminoácidos preferiblemente se determina utilizando el algoritmo BLASTP [BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBI NLM N1H Bethesda, Md. 20894, Altschul, S., et al., J. Mol. Biol.215:403-410 (1990)].
El nivel de expresión de proteína c-MAF se puede cuantificar por cualquier método convencional que permite la detección y cuantificación de la proteína en una muestra de un sujeto. A modo de ilustración no limitante, los niveles de proteína se pueden cuantificar, por ejemplo, mediante la utilización de anticuerpos con capacidad de unión a c-MAF (o un fragmento del mismo que contiene un determinante antigénico) y la cuantificación subsecuente de los complejos que se forman. Los anticuerpos utilizados en estos análisis pueden o no estar marcados. Los ejemplos ilustrativos de marcadores que se pueden utilizar incluyen isótopos radioactivos, enzimas, fluoróforos, reactivos quimioluminiscentes, sustratos de enzima o cofactores, inhibidores de enzima, partículas, tintes, etc. Existe una amplia gama de análisis conocidos que se pueden utilizar en la presente invención los cuales utilizan anticuerpos sin marcar (anticuerpo primario) y anticuerpos marcados (anticuerpo secundario) ; estas téenicas incluyen transferencia Western, ELISA (análisis inmunosorbente unido a enzima), RIA (radioinmunoanálisis), EIA competitiva (inmunoanálisis de enzima competitivo), DAS-ELISA (ELISA tipo emparedado de anticuerpo doble), técnicas inmunocitoquímicas e inmunohistoquimicas, técnicas basadas en el uso de microarreglos de proteína o biochips que incluyen anticuerpos específicos o análisis basados en precipitación coloidal en formatos tales como tiras para sumergir. Otras maneras para detectar y cuantificar la proteína c-MAF incluyen técnicas de cromatografía de afinidad, análisis de unión a ligando, etc. Cuando se utiliza un método inmunológico, un anticuerpo o reactivo que se sabe que se une a la proteína c-MAF con alta afinidad se puede utilizar para detectar la cantidad del mismo. No obstante, el uso de un anticuerpo, por ejemplo, sueros policlonales , sobrenadantes de hibridomas o anticuerpos monoclonales, fragmentos de anticuerpo, Fv, Fab, Fab1 y F(ab')2, scFv, diacuerpos humanizados, triacuerpos, tetracuerpos, nanocuerpos, alfacuerpos, péptidos recortados, ciclopéptidos y anticuerpos. Existen anticuerpos anti-proteína c-MAF comerciales en el mercado los cuales se pueden utilizar en el contexto de la presente invención tales como por ejemplo, los anticuerpos ab427, ab55502, ab55502, ab72584, ab76817, ab77071 (Abcam pie, 330 Science Park, Cambridge CB4 OFL, Reino Unido), el anticuerpo monoclonal 075444 (Mouse Anti-Human MAF Azide free Monoclonal antibody, Unconjugated, Clone 6b8) de AbD Serotec, etc. Existen muchas compañías comerciales que proporcionan anticuerpos anti-c-MAF tales como Abnova Corporation, Bethyl Laboratories, Santa Cruz Biotechnology, Bioworld Technology, GeneTex, etc.
En una modalidad particular, los niveles de proteína c-MAF son medios cuantificados de transferencia Western, inmunohistoquímica, ELISA o un arreglo de proteínas.
En otra modalidad particular, los niveles de proteína c-MAF se cuantifican a partir de exosomas o ADN circulante. Los exosomas son vesículas de membrana de 40-100 nm secretadas por la mayor parte de tipos de células in vivo e in vitro. Los exosomas se forman en una población particular de endosomas, denominados cuerpos multivesiculares (MVB, por sus siglas en inglés) por gemación interna en el lumen del compartimiento. Ante la fusión de los MVB con la membrana plasmática, estas vesículas internas son secretadas. Los exosomas se pueden aislar de diversas líneas de células o fluidos corporales por diversos métodos bien conocidos en el ámbito (Théry C. et al., Curr Protoc Cell Biol . 2006 Apr;Chapter 3:Unit 3.22) (los contenidos completos de los cuales se incorporan como referencia en la presente). Están disponibles diversos kits comerciales para el aislamiento de exosomas tales como ExoQuickMR o ExoTestMR.
El primer método de la invención comprende en una segunda etapa comparar el nivel de expresión del gen c-MAF obtenido en la muestra de tumor (que incluye pero que no se limita a una biopsia de tumor primario, células de tumor circulantes y ADN de tumor circulante) a partir de un sujeto con el nivel de expresión del gen en una muestra control.
Una vez que el nivel de expresión del gen para c-MAF en una muestra de tejido de tumor, una célula de tumor circulante o un ADN de tumor circulante de un sujeto con cáncer de pulmón se ha medido y comparado con el de una muestra control, si el nivel de expresión del gen está incrementado con respecto a su nivel de expresión en la muestra control, entonces se puede concluir que el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis.
La determinación del nivel de expresión del gen para c-MAF debe correlacionarse con valores de una muestra control o muestra de referencia. En base en el tipo de tumor que se va a analizar, puede variar la naturaleza exacta de la muestra control. De esta manera, en el caso de que se evalúe un diagnóstico, entonces la muestra de referencia es una muestra de tejido de tumor de un sujeto con cáncer de pulmón que no ha producido metástasis o que corresponde a la mediana de valor de los niveles de expresión del gen para c-MAF medidos en una colección de tejido de tumor en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de pulmón la cual no ha producido metástasis.
La muestra de referencia habitualmente se obtiene al combinar cantidades iguales de muestras de una población sujeto. Generalmente, las muestras de referencia típicas se obtendrán de sujetos quienes clínicamente están bien documentados y en quienes la ausencia de metástasis está bien caracterizada. En estas muestras, las concentraciones normales (concentración de referencia) del biomarcador (gen para c-MAF) se puede determinar, por ejemplo, al proporcionar la media de concentración con respecto a la población de referencia. Diversas consideraciones se toman en consideración cuando se determina la concentración de referencia del marcador. Entre estas consideraciones está la edad, peso, sexo, condición física general del paciente y similares. Por ejemplo, cantidades iguales de un grupo de por lo menos 2, por lo menos 10, por lo menos 100 a preferiblemente más de 1000 sujetos, clasificados preferiblemente de acuerdo con las consideraciones precedentes, por ejemplo de acuerdo con diversas categorías de edad, se toman con el grupo de referencia. La colección de muestra a partir de la cual se deriva el nivel de referencia preferiblemente se formará por sujetos que padecen del mismo tipo de cáncer que el paciente objeto del estudio (por ejemplo, cáncer de pulmón). De manera similar, el valor de referencia dentro de una cohorte de pacientes se puede establecer utilizando una curva de operación de recepción (ROC, por sus siglas en inglés) y al medir el área bajo la curva para la totalidad de los pares de sensibilidad y especificidad para determinar cual par proporciona los mejores valores y a cual valor de referencia corresponde.
Una vez que se ha establecido esta mediana de valor de referencia, el nivel de este marcador expresado en tejidos de tumor de pacientes con esta mediana de valor se puede comparar y por lo tanto se puede asignar a un nivel de expresión "aumentado". Debido a la variabilidad entre sujetos (por ejemplo, aspectos que se refieren a edad, raza, etc.) es muy difícil (si no virtualmente imposible) establecer valores de referencia absolutos de expresión de c-MAF. Así, en modalidades particulares los valores de referencia para expresión "aumentada" o "reducida" de la expresión de c-MAF se determinan al calcular los percentiles por medios convencionales los cuales involucran realizar análisis en una o varias muestras aisladas de sujetos cuya enfermedad está bien documentada por cualquiera de los métodos mencionados en lo anterior de los niveles de expresión de c-MAF. Los niveles "reducidos" de c-MAF después preferiblemente se pueden asignar a muestras en donde los niveles de expresión de c-MAF son iguales a o menores de 50 percentil en la población normal que incluye, por ejemplo, niveles de expresión iguales a o menores de 60 percentil en la población normal, iguales o menores a 70 percentil en la población normal, iguales o menores a 80 percentil en la población normal, iguales o menores a 90 percentil en la población normal e iguales o menores a 95 percentil en la población normal. Los niveles de expresión del gen para c-MAF "aumentados" preferiblemente se pueden asignar a muestras en donde los niveles de expresión del gen para c-MAF son iguales a o mayores de 50 percentil en la población normal que incluye, por ejemplo, niveles de expresión iguales a o mayores a 60 percentil en la población normal, iguales a o mayores a 70 percentil en la población normal, iguales a o mayores a 80 percentil en la población normal, iguales a o mayores a 90 percentil en la población normal e iguales a o mayores a 95 percentil en la población normal.
En la presente invención, el término "niveles de expresión aumentados" se entiende como el nivel de expresión cuando se hace referencia a los niveles del gen para c-MAF mayores que aquellos en una muestra de referencia o muestra control. Particularmente, una muestra se puede considerar que tiene niveles de expresión de c-MAF altos cuando los niveles de expresión en la muestra de referencia son por lo menos 1.1 veces, 1.5 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 60 veces, 70 veces, 80 veces, 90 veces, 100 veces, o incluso mayores con respecto a la muestra aislada del paciente.
En el contexto de la presente invención, se entiende que "un sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis" cuando el cáncer de pulmón padecido por el sujeto ha producido metástasis a otros órganos del cuerpo, en una modalidad particular, al hueso.
En otra modalidad preferida adicional, la metástasis al hueso es una metástasis ósea osteolítica. Como se utiliza en la presente, la expresión "metástasis ósea osteolítica" se refiere a un tipo de metástasis en el cual se produce resorción ósea (pérdida progresiva de la densidad ósea) en la proximidad de la metástasis que resulta de la estimulación de la actividad de osteoclastos por las células tumorales y está caracterizada por dolor grave, fracturas patológicas, hipercalcemia, compresión de la médula espinal y otros síndromes que resultan de la compresión de nervios.
Por otra parte, se entiende en la presente invención que "un sujeto tiene una mayor tendencia a desarrollar metástasis" cuando son altas las probabilidades de que el cáncer de pulmón padecido por el sujeto produzca metástasis en el futuro.
La persona experta en el ámbito comprenderá que la predicción de la tendencia para que un tumor de pulmón primario produzca metástasis no pretende que sea correcta para todos los sujetos que van a ser identificados (es decir, para 100% de los sujetos). No obstante, el término requiere habilitar la identificación de una parte estadísticamente significativa de los sujetos (por ejemplo, una cohorte en un estudio de cohorte). Se puede determinar si una parte es estadísticamente significativa de una manera sencilla por una persona experta en el ámbito utilizando diversas herramientas de evaluación estadística bien conocidas, por ejemplo, la determinación de los intervalos de confianza, determinación de los valores p, prueba t de Student, prueba de Mann-Whitncy, etc. Los detalles se proporcionan en Dowdy and Wearden, Statistics for Research, John Wiley and Sons, New York 1983. Los intervalos de confianza preferidos son por lo menos 90%, por lo menos 95%, por lo menos 97%, por lo menos 98% o por lo menos 99%. Los valores p preferiblemente son 0.1, 0.05, 0.01, 0.005 o 0.0001. De manera más preferible, por lo menos 60%, por lo menos 70%, por lo menos 80% o por lo menos 90% de los sujetos de una población se pueden identificar adecuadamente por el método de la presente invención.
Como se utiliza en la presente, un "agente para evitar o prevenir degradación ósea" se refiere a cualquier molécula capaz de prevenir, inhibir, tratar, reducir o detener degradación ósea ya sea por estimulación de proliferación de osteoblastos o inhibición de proliferación de osteoclastos o fijación de la estructura ósea.
Como se utiliza en la presente, un "agente inhibidor de c-MAF" se refiere a cualquier molécula capaz de inhibir completa o parcialmente la expresión del gen c-MAF, tanto al evitar que se produzca el producto de expresión del gen (interrumpiendo la transcripción del gen para c-MAF y/o bloqueando la traducción del ARNm que proviene de la expresión del gen para c-MAF) como por inhibición directa de la actividad de la proteína c-MAF. Los inhibidores de expresión del gen para c-MAF se pueden identificar utilizando métodos basados en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la capacidad de c-MAF para promover la proliferación de células in vitro, tal como se muestra en la solicitud de patente internacional W02005/046731 (el contenido completo de la cual se incorpora en la presente como referencia), en base en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la capacidad de transcripción de un gen indicador bajo el control del promotor cielina D2 o de un promotor que contenga la región de respuesta c-MAF (MARE o elemento que responde a c-MAF) en células las cuales se expresan c-MAF tal como se describe en W02008098351 (el contenido completo de la cual se incorpora en la presente como referencia) o basado en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la expresión de un gen indicador bajo el control del promotor IL-4 en respuesta a la estimulación con PMA/ionomicina en células las cuales expresan NFATc2 y c-MAF tal como se describe en el documento US2009048117A (el contenido completo del cual se incorpora en la presente como referencia).
Como se utiliza en la presente, el objetivo de rapamicina de mamífero (mTOR) o "mTor" se refiere a aquellas proteínas que corresponden a EC 2.7.11.1. Las enzimas mTor son serina/treonina proteína cinasa y regulan la proliferación de las células, motilidad celular, crecimiento de células, supervivencia celular y transcripción.
Como se utiliza en la presente, un "inhibidor de mTor" se refiere a cualquier molécula capaz de inhibir completa o parcialmente la expresión del gen para mTor, tanto al evitar que se genere el producto de expresión del gen (interrumpiendo la transcripción del gen para mTor y/o bloqueando la traducción del ARNm que proviene de la expresión del gen para mTor) como al inhibir directamente la actividad de la proteína mTor. Los inhibidores de mTor incluyen inhibidores que tienen uno o más objetivos además de inhibición de la actividad de mTor.
Como se utiliza en la presente, "Src" se refiere a aquellas proteínas que corresponden a EC 2.7.10.2. Src es una tirosina cinasa sin receptor y un proto-oncogen. Src se puede jugar un papel en el crecimiento de células y el desarrollo embriónico.
Como se utiliza en la presente, un "inhibidor de Src" se refiere a cualquier molécula capaz de inhibir completa o parcialmente la expresión del gen para Src, tanto al evitar que se produzca el producto de expresión del gen (interrumpiendo la transcripción del gen Src y/o bloqueando la traducción del ARNm que proviene de la expresión del gen para Src) y por inhibición directa de la actividad de la proteína Src.
Como se utiliza en la presente, "prostaglandina-endoperóxido sintasa 2", "ciclooxigenasa-2 " o "COX-2" se refiere a aquellas proteínas que corresponden a EC.1.14.99.1. COX-2 es responsable de convertir el ácido araquidónico a prostaglandina endoperóxido H2.
Como se utiliza en la presente, un "inhibidor de COX-2 se refiere a cualquier molécula capaz de inhibir completa o parcialmente en la expresión del gen para COX-2, tanto al evitar que se produzca el producto de expresión del gen (interrumpiendo la transcripción del gen para COX-2 y/o bloqueando la traducción del ARNm que proviene de la expresión del gen para COX-2) como por inhibición directa de la actividad de la proteína COX-2.
Como se utiliza en la presente "resultados" o "resultado clínico" se refiere al curso resultante de enfermedad y/o progreso de enfermedad y se puede caracterizar, por ejemplo por recurrencia, período de tiempo hasta la recurrencia, metástasis, período de tiempo hasta metástasis, número de metástasis, número de sitios de metástasis y/o muerte debida a la enfermedad. Por ejemplo, un buen resultado clínico incluye cura, eliminación de recurrencia, eliminación de metástasis y/o supervivencia dentro de un período de tiempo fijo (sin recurrencia) y un resultado clínico pobre incluye progreso de la enfermedad, metástasis y/o muerte dentro de un período de tiempo fijo.
El término "predecir" como se utiliza en la presente, se refiere a la determinación de la probabilidad de que el sujeto que padece cáncer de pulmón desarrolle metástasis a un órgano distante. Como se utiliza en la presente, un "pronóstico bueno" indica que se espera que el sujeto (por ejemplo, se predice) que sobreviva y/o que no presente o que se encuentre en riesgo bajo de tener recurrencia de metástasis distante dentro de un período de tiempo establecido. El término "bajo" es un término relativo y, en el contexto de esta solicitud, se refiere al riesgo del grupo de expresión "bajo" con respecto a un resultado clínico (recurrencia, metástasis distante, etc.). Un riesgo "bajo" se puede considerar como un riesgo menor que el riesgo promedio para una población de pacientes con cáncer heterogénea. En el estudio de Paik et al. (2004), un riesgo de recurrencia general "bajo" se considera que es menor de 15 por ciento. El riesgo también variará en función del período de tiempo. El período de tiempo puede ser, por ejemplo, cinco años, diez años, quince años o incluso veinte años después del diagnóstico inicial de cáncer o después de que se la realizado el pronóstico.
Como se utiliza en la presente, un "pronóstico pobre" indica que se espera que el sujeto, por ejemplo que se predice no sobreviva y/o que tenga o que se encuentre en riesgo alto de presentar recurrencia o metástasis distante dentro del período de tiempo establecido. El término "alto" es un término relativo y, en el contexto de esta solicitud, se refiere al riesgo de un grupo de expresión "alto" con respecto a un resultado clínico (recurrencia, metástasis distante, etc.). Un riesgo "alto" se puede considerar como un riesgo mayor que el riesgo promedio para una población de pacientes con cáncer heterogénea. En el estudio de Paik et al., (2004), un riesgo general "alto" de recurrencia se considera que es mayor de 15 por ciento. El riesgo también variara en función del período de tiempo. El período de tiempo puede ser, por ejemplo, cinco años, diez años, quince años o incluso veinte años del diagnóstico inicial de cáncer después de que se ha realizado el pronóstico.
El término "valor de referencia", como se utiliza en la presente, se refiere a un valor de laboratorio utilizado como referencia para valores/datos obtenidos por exámenes de laboratorio de pacientes o muestras recolectadas de pacientes. El valor de referencia o nivel de referencia puede ser un valor absoluto; un valor relativo; un valor que tenga un límite superior y/o inferior; un intervalo de valores; un valor promedio, una mediana de valor, una media de valor o un valor que es comparado con un control o valor de línea de base particular. Un valor de referencia se puede basar en un valor de muestra individual, tal como por ejemplo un valor obtenido de una muestra de un sujeto que es probado, pero en un punto de tiempo anterior. El valor de referencia se puede basar en un número grande de muestras tal como a partir de una población de sujetos del grupo pareado en edad cronológica o basado en un acumulado de muestras que incluyen o que excluyen la muestra que se va a probar.
El término "tratamiento", como se utiliza en la presente, se refiere a cualquier tipo de tratamiento, el cual tiene como objetivo finalizar, evitar, disminuir o reducir la susceptibilidad a una condición clínica como se describe en la presente. En una modalidad preferida, el término tratamiento se relaciona con tratamiento profiláctico (es decir, un tratamiento para reducir la susceptibilidad a una condición clínica) de un trastorno o una condición como se define en la presente. De este modo, el "tratamiento", "tratar" o sus términos equivalentes se refieren a obtener un efecto f rmacológico o fisiológico deseado, abarca cualquier tratamiento de una condición o trastorno patológico en un mamífero, incluyendo a un humano. El efecto puede ser profiláctico en términos de evitar completa o parcialmente un trastorno o síntoma del mismo y/o puede ser terapéutico en términos de una cura parcial o completa para un trastorno y/o un efecto adverso atribuible al trastorno. Esto es, el término "tratamiento" incluye: (1) evitar que se produzca el trastorno o que recurra en un sujeto, (2) inhibir el trastorno, por ejemplo al suprimir su desarrollo, (3) detener o finalizar el trastorno o por lo menos los síntomas asociados con el mismo de manera que el hospedador ya no padezca del trastorno o de sus síntomas, tal como provocar regresión del trastorno o sus síntomas, por ejemplo, al restaurar o reparar una función extraviada, perdida o defectuosa o estimular un proceso ineficiente, o (4) liberar, aliviar o disminuir el trastorno o síntomas asociados con el mismo, en donde la disminución se utiliza en un sentido amplio para referirse a por lo menos una reducción en la magnitud de un parámetro, tal como inflamación, dolor o deficiencia inmunitaria.
Como se utiliza en la presente, una "muestra" o "muestra biológica" significa material biológico aislado de un sujeto. La muestra biológica puede contener cualquier material biológico adecuado para determinar el nivel de expresión del gen para c-MAF. La muestra se puede aislar de cualquier tejido o fluido biológico adecuado tal como, por ejemplo, tejido de tumor, sangre, plasma sanguíneo, suero, orina o líquido cefalorraquídeo (CSF, por sus siglas en inglés).
Como se utiliza en la presente, el término "nivel de expresión" de un gen, como se utiliza en la presente, se refiere a la cantidad mensurable de producto de gen producido por el gen en una muestra del sujeto, en donde el producto de gen puede ser un producto transcripcional o un producto traduccional. En consecuencia, el nivel de expresión puede relacionarse con un producto de gen de ácido nucleico tal como ARNm o ADNc o un producto de gen polipeptídico. El nivel de expresión se deriva de la muestra de un sujeto y/o muestra o muestras de referencia y se puede detectar, por ejemplo, de novo o corresponder a una determinación previa. El nivel de expresión se puede determinar o medir, por ejemplo, utilizando métodos de microarreglo, métodos de PCR (tal como qPCR) y/o métodos basados en anticuerpo, como se conoce por una persona experta en el ámbito.
Como se utiliza en la presente, el término "número de copia de genes" se refiere al número de copias de una molécula de ácido nucleico en una célula. El número de copia de genes incluye el número de copia de genes en el ADN genómico (cromosómico) de una célula. En una célula normal (célula no tumoral), el número de copia de genes normalmente son dos copias (una copia en cada miembro del par cromosómico). El número de copia de genes algunas veces incluye la mitad del número de copia de genes tomado de las muestras de una población celular.
Un "nivel de expresión aumentado" se entiende como el nivel de expresión cuando se refiere a los niveles del gen para c-MAF mayores que aquellos en una muestra de referencia o muestra control. Estos niveles aumentados pueden ser causados sin excluir otros mecanismos por un gen o la amplificación o translocación del locus cromosómico 16q23 o 16a22-24. Particularmente, se puede considerar que una muestra tiene un nivel de expresión alto de c-MAF cuando el nivel de expresión en la muestra aislada del paciente es por lo menos 1.1 veces, 1.2 veces, 1.4 veces, 1.5 veces, 2 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 60 veces, 70 veces, 80 veces, 90 veces, 100 veces o incluso más con respecto a la referencia o control.
El término "sonda" como se utiliza en la presente, se refiere a una secuencia oligonucleotídica que es complementaria a una secuencia específica de ácido nucleico de interés. En algunas modalidades, la sondas pueden ser específicas a regiones de cromosomas las cuales se sabe experimentan translocaciones. En algunas modalidades, las sondas tienen una marca o etiqueta específica. En algunas modalidades, la etiqueta es un fluoróforo. En algunas modalidades, la sonda es una sonda de hibridación in situ de ADN cuyo marcado se basa en la unión coordinada estable de platino a ácidos nucleicos y proteínas. En algunas modalidades, la sonda se describe en la solicitud de patente U.S. 12/067532 y en la solicitud de patente U.S.12/181,399, las cuales se incorporan en la presente como referencia en su totalidad o como se describen en Swennenhuis et al. "Construction of repeat-free fluorescence in situ hybridization probes" Nucleic Acids Research 40(3) :e20 (2012).
Una "etiqueta" o "marca", como se utiliza en la presente, se refiere a cualquier molécula física la cual está asociada directa o indirectamente con una sonda, lo que permite que la sonda o la ubicación de la sonda se ha visualizado, marcado o captado de alguna otra manera.
El término "translocación", como se utiliza en la presente, se refiere al intercambio de material cromosómico en cantidades desiguales o iguales entre cromosomas. En algunos casos, la translocación es sobre el mismo cromosoma. En algunos casos, la translocación es entre cromosomas diferentes. Las translocaciones se producen con una alta frecuencia en muchos tipos de cáncer, que incluye cáncer de mama y leucemia. Las translocaciones pueden ser translocaciones recíprocas primarias o las translocaciones secundarias, más complejas. Existen varias translocaciones primarias que involucran el locus de la cadena pesada de inmunoglobulina (IgH) que se considera que constituyen el evento inicial en muchos cánceres (Eychéne, A., Rocques, N., and Puoponnot, C., A new MAFia in cáncer. 2008. Nature Reviews: Cáncer.8:683-693).
Los términos "poliploide" o "poliploidía", como se utilizan en la presente, indica que la célula contiene más de dos copias de un gen de interés. En algunas instancias, el gen de interés es MAF. En algunas modalidades, la poliploidía se asocia con una acumulación de expresión del gen de interés. En algunas modalidades, la poliploidía se asocia con inestabilidad genómica. En algunas modalidades, la inestabilidad genómica puede llevar a translocaciones cromosómicas. la frase "secuenciado del genoma completo" como se utiliza en la presente es un proceso mediante el cual la totalidad del genoma de un organismo es secuenciado en un momento único. Véase por ejemplo, Ng., P.C. amd Kirkness, E.F., Whole Genome Sequencing. 2010. Methods in Molecular Biology. 628:215-226.
La frase "secuenciado de exorna", como se utiliza en la presente, es un proceso mediante el cual la totalidad de la región codificante del ADN de un organismo es secuenciado. En el secuenciado de exorna, el ARNm es secuenciado. Las regiones no traducidas del genoma no se incluyen en el secuenciado de exorna. Véase, por ejemplo, Choi, M. et al., Genetic diagnosis by whole exorne capture and massively parallel DNA sequencing.2009. PNAS.106(45): 19096-19101.
La frase "muestra de tejido de tumor" se entiende como la muestra de tejido que se origina de tumor de cáncer de pulmón, que incluye pero que no se limita a células de tumor circulantes y ADN de tumor circulante. La muestra se puede obtener por métodos convencionales, por ejemplo biopsia, utilizando métodos bien conocidos por las personas expertas en téenicas médicas relacionadas.
La frase "metástasis ósea osteolítica" se refiere a un tipo de metástasis en la cual se produce resorción ósea (pérdida progresiva de la densidad ósea) en la proximidad de la metástasis que resulta de la estimulación de la actividad de los osteoclastos por las células tumorales y está caracterizada por dolor grave, fracturas patológicas, hipercalcemia, compresión de la médula espinal y otros síntomas que resultan de compresión de nervios.
METODO PARA DISEÑAR TRATAMIENTO PERSONALIZADO DE LA INVENCION EN PACIENTES CON TUMORES DE PULMON Como lo saben los expertos en el ámbito, el tratamiento que se va a administrar a un sujeto que padece de cáncer depende de si este último es un tumor maligno, es decir, si tiene altas probabilidades de generar metástasis o si este último es un tumor benigno. En la primera suposición, el tratamiento de elección es un tratamiento sistémico tal como quimioterapia y en la segunda suposición, el tratamiento de elección es un tratamiento localizado tal como radioterapia.
Por lo tanto, como se describe en la presente invención, dado que la sobreexpresión del gen para c-MAF en células de cáncer de pulmón se relaciona con la presencia de metástasis, los niveles de expresión del gen para c-MAF permiten tomar decisiones en términos del tratamiento más adecuado para el sujeto que padece de cáncer.
Así, en otro aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para diseñar un tratamiento personalizado para un sujeto con cáncer de pulmón, el cual comprende: (i) cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF en una muestra de tumor del sujeto, y (ii) comparar el nivel de expresión obtenido previamente con el nivel de expresión del gen en una muestra control, en donde, si los niveles de expresión se incrementan con respecto a los niveles de expresión del gen en la muestra control, entonces el sujeto es susceptible de recibir un tratamiento que tiene como objetivo evitar y/o tratar la metástasis. En un aspecto particular de la invención, al sujeto se le administra por lo menos un tratamiento que evita, inhibe y/o trata la metástasis ósea. en donde, si el nivel de expresión del gen para c-MAF no se incrementa con respecto al valor de referencia, entonces el sujeto no es susceptible de recibir un tratamiento paras evitar la degradación ósea. En un aspecto particular de este método, al sujeto entonces no se le administra por lo menos un tratamiento que evite, inhiba y/o trate la metástasis ósea.
En una modalidad particular, la metástasis es una metástasis ósea. En una modalidad preferida, la metástasis de hueso es metástasis osteolítica.
Los términos y expresiones "sujeto", "cáncer de pulmón", "muestra de tumor", "metástasis", "determinación de niveles de expresión", "gen para c-MAF", "niveles de expresión aumentados" y "muestra control" se han descrito con detalle en relación al primer método de la invención y son igualmente aplicables al segundo y tercer método de la invención.
El segundo método de la invención comprende en una primera etapa cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF en una muestra de tumor en un sujeto que padece de cáncer de pulmón.
En una modalidad preferida, el segundo método de la invención comprende cuantificar únicamente el nivel de expresión del gen para c-MAF como un marcador único, es decir, el método no involucra determinar el nivel de expresión de marcador adicional alguno.
En el caso del segundo método de la invención, la muestra es una muestra de tejido de tumor primario del sujeto. En una segunda etapa, el nivel de expresión del gen para c-MAF obtenido en la muestra de tumor del sujeto se compara con el nivel de expresión del gen en una muestra control. La determinación de los niveles de expresión del gen para c-MAF deben relacionarse con valores de una muestra control o muestra de referencia. En base en el tipo de tumor que se va a analizar, la naturaleza exacta de la muestra control puede variar. Así, preferiblemente la muestra de referencia es una muestra de tejido de tumor del sujeto con cáncer de pulmón que no ha producido metástasis o que corresponde a la mediana de valor de los niveles de expresión del gen para c-MAF medidos en una colección de tejido de tumor en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de pulmón las cuales no han producido metástasis.
En otra modalidad adicional, un nivel de expresión de c-MAF el cual está por encima del promedio indica riesgo aumentado de metástasis ósea, el riesgo es proporcional a los niveles de expresión de c-MAF. Así, el riesgo de metástasis ósea en un sujeto que padece de cáncer de pulmón depende de la dosis.
Una vez que los niveles de expresión del gen para c-MAF en la muestra se han medido y comparado con la muestra control, si los niveles de expresión del gen se incrementan con respecto a sus niveles de expresión en la muestra control, entonces se puede concluir que el sujeto es susceptible de recibir tratamiento que tiene como objetivo evitar (si el sujeto aún no ha experimentado metástasis) y/o tratar metástasis (si el sujeto ya ha experimentado metástasis). Si la expresión aumentada no se observa, entonces el sujeto no se le administra por lo menos un tratamiento que evite, inhiba y/o trate la metástasis ósea.
Cuando el cáncer ha producido metástasis, se pueden utilizar tratamientos sistémicos que incluyen pero que no se limitan a quimioterapia, tratamiento con hormonas, inmunoterapia o una combinación de los mismos. Adicionalmente se puede utilizar radioterapia y/o cirugía. La elección del tratamiento generalmente depende del tipo de cáncer primario, el tamaño, la ubicación de la metástasis, la edad, la salud general del paciente y los tipos de tratamientos utilizados previamente.
Los tratamientos sistémicos son aquellos que llegan a todo el cuerpo: La quimioterapia es el uso de medicamentos para destruir células cancerosas. Los medicamentos generalmente se administran a través de la vía oral o intravenosa. Algunas veces se utiliza quimioterapia junto con tratamiento por radiación. Los tratamientos quimioterapéuticos adecuados para cáncer de pulmón incluyen, sin limitación, antracielinas (doxorrubicina, epirrubicina, doxorrubicina liposómica pegilada), taxanos (paclitaxel, docetaxel, paclitaxel unido a nanopartículas de albúmina) , 5 -fluorouracilo ( infusión continua de 5 -FU, capecitabina) , alcaloides de Vinca (vinorelbina, vinblastina) , gemcitabina, sales de platino (cisplatino, carboplatino) , ciclofosf amida, etopósido y combinaciones de uno o más de los anteriores tales como regímenes de ciclofosf amida/antraciclina +/- 5-f luorouracilo (tales como doxorrubicina/ciclofosfamida (AC) , epirrubicina/ciclof osf amida, (EC) ciclofosfamida/epirrubicina/5-fluorouracilo (CEF) , ciclofosfamida/doxorrubicina/5-fluorouracilo (CAF) , 5-fluorouracilo/epirrubicina/ciclofosf amida (FEC) ) , ciclofosfamida/metotrexato/5-fluorouracilo (CMF) , antraciclinas/taxanos (tales como doxorrubicina/paclitaxel o doxorrubicina/docetaxel) , docetaxel/capecitabina, gemcitabina/paclitaxel , regímenes de taxano/platino (tales como paclitaxel/carboplatino o docetaxel/carboplatino) .
El tratamiento con hormonas se basa en el hecho de que algunas hormonas promueven el crecimiento de cáncer . Por ej emplo, el estrógeno en las muj eres producidos por los ovarios algunas veces promueve el crecimiento de cáncer de mama . Existen varias maneras de detener la producción de estas hormonas . Una manera es extirpar los órganos que las producen : los ovarios en el caso de muj eres , los testículos en el caso de los hombres . Con mayor frecuencia, los medicamentos para evitar que estos órganos produzcan las hormonas o evitar que las hormonas actúen sobre las celulas cancerosas es lo que se puede utilizar .
La inmunoterapia es un tratamiento que ayuda al sistema inmunitario en si mismo del paciente a combatir el cáncer. Existen varios tipos de inmunoterapia los cuales se utilizan para tratar pacientes con metástasis. Estos incluyen pero no se limitan a citocinas, anticuerpos monoclonales y vacunas antitumorales.
En otro aspecto, el tratamiento es Alpharadin (dicloruro de radio-223). Alpharadin utiliza radiación alfa de la extinción de radio-223 para destruir células cancerosas. El radio-223 se dirige así mismo de modo natural a las metástasis óseas en virtud de sus propiedades como un imitador de calcio. La radiación alfa tiene un alcance muy corto de 2 a 10 células (cuando se compara con el tratamiento de radiación actual el cual se basa en radiación beta o gamma) y por lo tanto provoca menos daño a tejidos sanos circundantes (particularmente médula ósea). Con propiedades similares al calcio, el radio-223 es dirigido a lugares en donde se utiliza calcio para construir hueso en el cuerpo, que incluyen el sitio de crecimiento de hueso anormal, más rápido - tal como se observa en las metástasis esqueléticas de hombres con cáncer de próstata avanzado resistente a la castración. El radio 223, después de inyección, es transportado en la corriente sanguínea a sitios de crecimiento anormal de hueso. Los lugares en donde el cáncer comienza en el cuerpo se conocen como el tumor primario.
Algunas de estas células pueden desprenderse y ser transportadas a la corriente sanguínea a otra parte del cuerpo. Las células cancerosas después pueden sedimentarse en la parte del cuerpo y forman un tumor nuevo. Si sucede esto, se le denomina cáncer secundario o una metástasis. La mayor parte de pacientes con cáncer de próstata en etapa tardía padecen de una carga máxima de enfermedad en sus huesos. El objetivo con el radio-223 es dirigir selectivamente este cáncer secundario. Cualquier radio-223 no captado en los huesos es dirigido rápidamente al intestino y excretado.
En otro aspecto, el tratamiento es un inhibidor de mTor. En algunos aspectos, el inhibidor de mTor es un doble de mTor/PI3cinasa. En algunos aspectos, el inhibidor de mTor se utiliza para evitar o inhibir metástasis. En algunos aspectos, el inhibidor de mTor se selecciona del grupo que consiste de: ABI009 (sirolimus), rapamicina (sirolimus), abraxane (paclitaxel), Absorb (everolimus), Afinitor (everolimus), Afinitor con Gleevec, AS703026 (pimasertib), Axxess (umirolimus), AZD2014, BEZ235, Biofreedom (umirolimus), BioMatrix (umirolimus), BioMatrix flex (umirolimus), CC115, CC223, Combo Bio-engineered Sirolimus eluting Stent ORBUSNEICH (sirolimus), Curaxin CBLC102 (mepacrina), DE109 (sirolimus), DS3078, Endeavor DES (zotarolimus), Endeavor Resolute (zotarolimus), Femara (letrozol), Hocena (antroquinonol), INK128, Inspiron (sirolimus), IPI504 (clorhidrato de retaspimicina), KRN951 (tivozanib), ME344, MGA031 (teplizumab), MiStent SES (sirolimus), MKC1, Nobori (umirolimus), OSI027, OVI123 (cordicepina), Palomid 529, PF04691502, Promus Element (everolimus), PWT33597, Rapamune (sirolimus), Resolute DES (zotarolimus), RG7422, SAR245409, SF1126, SGN75 (vorsetuzumab mafodotina), Synergy (everolimus), Taltorvic (ridaforolimus), Tarceva (erlotinib), Torisel (temsirolius) , Xience Prime (everolimus), Xience V (everolimus), Zomaxx (zotarolimus), Zortress (everolimus), Zotarolimus Eluting Peripheral Stent MEDTRONIC (zotarolimus), AP23841, AP24170, ARmT0R26, BN107, BN108, Canstatin GENZYME (canstatina), CU906, EC0371, EC0565, KI1004, LOR220, NV128, Rapamycin ONCOIMMUNE (sirolimus), SB2602, Sirolimus PNP SAMYANG BIOPHARMACEUTICALS (sirolimus), TOP216, VLI27, VS5584, WYE125132, XL388, Advacan (everolimus), AZD8055, Cypher Select Plus Sirolimus eluting Coronary Stent (sirolimus), Cypher Sirolimus eluting coronary stent (sirolimus), Drug Coated Balloon (sirolimus), E-Magic Plus (sirolimus), Emtor (sirolimus), Esprit (everolimus), Evertor (everolimus), HBF0079, LCP-siro (sirolimus), Limus CLARIS (sirolimus), mTOR Inhibitor CELLZOME, Nevo Sirolimus eluting Coronary Stent (sirolimus), nPT-mTOR, Rapacan (sirolimus), Renacept (sirolimus), ReZolve (sirolimus), Rocas (sirolimus), SF1126, Sirolim (sirolimus), Sirolimus NORTH CHINA (sirolimus), Sirolimus RANBAXY (sirolimus), Sirolimus WATSON (sirolimus), Siropan (sirolimus), Sirova (sirolimus), Supralimus (sirolimus), Supralimus-Core (sirolimus), Tacrolimus WATSON (tacrolimus), TAFA93, Temsirolimus ACCORD (temsirolimus), Temsirolimus SANDOZ (tensirolimus), TOP216, Xience Prime (everolimus), Xience V (everolimus). En un aspecto específico, el inhibidor de mTor es Afinitor (everolimus) (http://www.afinitor.com/Índex.jsp?usertrack. filter_applied=true&Novald=4029462064338207963; última vez en que se tuvo acceso, 11/28/2012). En otro aspecto, el everolimus se combina con un inhibidor de aromatasa. (Véase, por ejemplo, Baselga, J., et al . , Everolimus in Postmenopausal Hormone-Receptor Positive Advanced Breast Cáncer. 2012. N. Engl . J. Med. 366(6):520-529, la cual se incorpora en la presente como referencia. En otro aspecto, se pueden identificar inhibidores de mTor a través de métodos conocidos en el ámbito (véase, por ejemplo Zhou, H et al. Updates of mTor inhibitors. 2010. Anticancer Agents Med.
Chem. 10(7): 571-81, la cual se incorpora en la presente como referencia). En algunos aspectos, el inhibidor de mTor se utiliza para tratar o evitar o inhibir metástasis en un paciente con cáncer de pulmón avanzado. En algunos aspectos, el inhibidor de mTor se utiliza en combinación con un segundo tratamiento. En algunos aspectos, el segundo tratamiento es cualquier tratamiento descrito en la presente.
En otro aspecto, el tratamiento es un inhibidor de Src cinasa. En algunos aspectos, el inhibidor de Src se utiliza para evitar o inhibir metástasis. En algunos aspectos, el inhibidor de Src cinasa se selecciona del grupo: AZD0530 (saracatinib), Bosulif (bosutinib), ENMD981693, KD020, KX01, Sprycel (dasatinib), Yervoy (ipilimumab), AP23464, AP23485, AP23588, AZD0424, inhibidor de c-Src cinasa KISSEI, CU201, KX2361, SKS927, SRN004, SUNK706, TG100435, TG100948, AP23451, Dasatinib HETERO (dasatinib), Dasatinib VALEANT (dasatinib), Fontrax (dasatinib), Src Kinase Inhibitor KINEX, VX680 (lactato de tozasertib), XL228 y SUNK706. En algunas modalidades, el inhibidor de Src cinasa es dasatinib. En otro aspecto, los inhibidores de Src cinasa se pueden identificar a través de métodos conocidos en el ámbito (véase, por ejemplo, Sen, B. and Johnson, F. M. Regulation of Src Family Kinases in Human Cancers.2011. J.
Signal Transduction. 2011: 14 páginas, la cual se incorpora en la presente como referencia). En algunos aspectos, el inhibidor de Src cinasa se utiliza para tratar o evitar o inhibir metástasis en un paciente que es positivo para la firma que responde a SRC (SRS, por sus siglas en inglés). En algunos aspectos, el paciente es SRS+ y ER- (véase, por ejemplo, Zhang, CH. - F, et al. Latent Bone Metástasis in Breast Cáncer Tied to Src-Dependent survival signáis, 2009. C ncer Cell . 16.67-78, la cual se incorpora en la presente como referencia). En algunos aspectos, el inhibidor de Src cinasa se utiliza para tratar o prevenir o inhibir metástasis en un paciente con cáncer de pulmón avanzado. En algunos aspectos, el inhibidor de Src cinasa se utiliza en combinación con un segundo tratamiento. En algunos aspectos, el segundo tratamiento es cualquier tratamiento descrito en la presente.
En otro aspecto, el tratamiento es un inhibidor de COX-2. En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se utiliza para prevenir o inhibir metástasis. En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se selecciona del grupo: ABT963, Acetominophen ER JOHNSON (acetaminofeno), Acular X (ketorolaco trometamina), BAY1019036 (aspirina), BAY987111 (difenhidramina, naproxeno sódico), BAY11902 (piroxicam), BCIBUCH001 (ibuprofeno), Capoxigem (apricoxib), CS502, CS670 (pelubiprofeno), Diclofenac HPBCD (diclofenaco), Diractin (ketoprofeno), GW406381, HCT1026 (nitroflurbiprofeno), Hyanalgese-D (diclofenaco), HydrocoDex (acetaminofeno, dextrometorfano, hidrocodona), Ibuprofen Sodium PFIZER (ibuprofeno de sodio), Ibuprofen with Acetaminophen PFIZER (acetaminofeno, ibuprofeno), Impracor (ketoprofeno), IP880 (diclofenaco), IP940 (indometacina), ISV205 (diclofenaco sódico), JNS013 (acetaminofeno, clorhidrato de tramadol), Ketoprofen TDS (ketoprofeno), LTNS001 (naproxeno etemesil), Mesalamine SALIX (mesalamina), Mesalamine SOFAR (mesalamina), Mesalazine (mesalamina), ML3000 (licofelona), MRX7EAT (etodolaco), Naproxen IROKO (naproxeno), NCX4016 (nitroaspirina), NCX701 (nitroacetaminofeno), Nuprin SCOLR (ibuprofeno), OMS103HP (clorhidrato de amitriptilina, ketoprofeno, clorhidrato de oximetazolina), Oralease (diclofenaco), OxycoDex (dextrometorfano, oxicodona), P54, PercoDex (acetaminofeno, dextrometorfano, oxicodona), PL3100 (naproxeno, fosfatidil colina), PSD508, R-Ketoprofen (ketoprofeno), remura (bromfenaco sódico), ROX828 (ketorolaco trometamina), RP19583 (ketoprofeno lisina), RQ00317076, DSX101 (R-etodolaco), TDS943 (diclofenaco sódico), TDT070 (ketoprofeno), TPR100, TQ1011 (ketoprofeno), TT063 (S-flurbiprofeno), UR8880 (cimicoxib), V0498TA01A (ibuprofeno), VT122 (etodolaco, propranolol), XP20B (acetaminofeno, dextropropoxifeno), XP21B (diclofenaco de potasio), XP21L (diclofenaco de potasio), Zoenasa (acetilcisteína, mesalamina), Acephen, Actifed Plus, Actifed-P, Acular, Acular LS, Acular PF, Acular X, Acuvail, Advil, Advil Allergy Sinus, Advil Col and Sinus, Advil Congestión Relief, Advil PM, Advil PM Capsule, Air Salonpas, Airtal, Alcohol-Free NyQuil Coid & Flu Relief, Aleve, Aleve ABDI IBRAHIM, aleve-D, Alka-Seltzer, Alka-Seltzer BAYER, Alka-Seltzer Extra Strength, Alka-Seltzer Lemon-Lime, Alka-Seltzer Original, Alka-Seltzer Plus, Alka-Seltzer plus Coid and Cough, Alka-Seltzer plus Col and Cough Formula, Alka-Seltzer Plus Day and Night Coid Formula, Alka-Seltzer Plus Day Non-Drowsy Coid Formula, Alka-Seltzer Plus Flu Formula, Alka-Seltzer Plus Night Coid Formula, Alka-Seltzer Plus Sinus Formula, Alka-Seltzer Plus Sparkling Original Coid Formula, Alka-Seltzer PM, Alka-Seltzer Wake-Up Cali, Anacin, Anaprox, Anaprox MINERVA, Ansaid, Apitoxin, Apranax, Apranax Abdi, Arcoxia, Arthritis Formula Bengay. Arthrotec, Asacol, Asacol HD, Asacol MEDUNA ARZNEIMITTEL, Asacol ORIFARM, Aspirin BAYER, Aspirin Complex, Aspirin Migran, AZD3582, Azulfidine, Baralgan M, BAY1019036, BAY987111, BAY11902, BCIBUCH001, Benadryl Allergy, Benadryl Day and Night, Benylin 4 Flu, Benylin Coid and Flu, Benylin Coid and Flu Day and Night, Benylin Coid and Sinus Day and Night, Benylin Coid and Sinus Plus, Benylin Day and Night Coid and Flu Relief, Benylinl All-In-One, Brexin, Brexin ANGELINI, Bromday, Bufferin, Buscopan Plus, Caldolor, Calmatel, Cambia, Canasa, Capoxigem, Cataflam, Celebrex, Celebrex ORIFARM, Children's Advil Allergy Sinus, Children's Tylenol, Children's Tylenol Cough and Runny Nose, Children's Tylenol plus coid, Children's Tylenol plus Coid and Cough, Children's Tylenol plus coid and stuffy nose, Children's Tylenol plus Flu, Children's Tylenol plus coid & allergy, Children's Tylenol plus Cough & Runny Nose, Children's Tylenol plus Cough & Sore Throat, Children's Tylenol plus multi symptom coid, Clinoril, Codral Coid and Flu, Codral Day and Night Day Tablets, Codral Day and Night Night Tablets, Codral Nightime, Colazal, Combunox, Contac Coid plus Flu, Contac Coid plus Flu Non-Drowsy, Coricidin D, Coricidin HBP Coid and Flu, Coricidin HBP Day and Night Multi-Symptom Coid, Coricidin HBP Máximum Strength Flu, Coricidin HBP Nighttime Multi-Symptom Coid, Coricidin II Extra Strength Coid and Flu, CS502, CS670, Daypro, Daypro Alta, DDS06C, Demazin Coid and Flu, Demazin Cough, Coid and Flu, Demazin day/night Coid and Flu, Demazin PE Coid and Flu, Demazin PE day/night Coid and Flu, Diclofenac HPBCD, Dimetapp Day Relief, Dimetapp Multi-Symptom Coid and Flu, Dimetapp Night Relief, Dimetapp Pain, and Fever Relief, Dimetapp PE Sinus Pain, Dimetapp PE Sinus Pain plus Allergy, Dipentum, Diractin, Disprin Coid 'n' Fever, Disprin Extra, Disprin Forte, Disprin Plus, Dristan Coid, Dristan Júnior, Drixoral Plus, Duexis, Dynastat, Efferalgan, Efferalgan Plus Vitamin C, Efferalgan Vitamin C, Elixsure IB, Excedrin Back and Body, Excedrin Migraine, Excedrin PM, Excedrin Sinus Headache, Excedrin Tensión Headache, Falcol, Fansamac, Feldene, FeverAll, Fiorinal, Fiorinal with Codeine, Flanax, Flector Patch, Flucam, Fortagesic, Gerbin, Giazo, Gladio, Goody's Back and Body Pain, Goody's Cool Orange, Goody's Extra Strength, Goody's PM, Greaseless Bengay, GW406381, HCT1026, He Xing Yi, Hyanalgese-D, HydrocoDex, Ibuprofen Sodium PFIZER, Ibuprofen with, Acetaminophen PFIZER, lcy Hot SANOFI AVENTIS, Impracor, Indocin, Indomethacin APP PHARMA, Indomethacin MYLAN, Infants' Tylenol, IP880, IP940, Iremod, ISV205, JNS013, Jr. Tylenol, Junifen, Júnior Strength Advil, Júnior Strength Motrin, Ketoprofen TDS, Lemsip Max, Lemsip Max All in One, Lemsip Max All Night, Lemsip Max Coid and Flu, Lialda, Listerine Mouth Wash, Lloyds Cream, Lodine, Lorfit P, Loxonin, LTNS001, Mersyndol, Mesalamine SALIX, Mesalamine SOFAR, Mesalazine, Mesasal GLAXO, Mesasal SANOFI, Mesulid, Metsal Heat Rub, Midol Complete, Midol Extended Relief, Midol Liquid Gels, Midol PM, Midol Teen Formula, Migranin COATED TABLETS, ML3000, Mobic, Mohrus, Motrin, Motrin Coid and Sinus Pain, Motrin PM, Movalis ASPEN, MRX7EAT, Nalfon, Nalfon PEDINOL, Naprelan, Naprosyn, Naprosyn RPG LIFE SCIENCE, Naproxen IROKO, NCX4016, NCX701, NeoProfen LUNDBECK, Nevanac, Nexcede, Niflan, Norgesic MEDICIS, Novalgin, Nuprin SCOLR, Nurofen, Nurofen Coid and Flu, Nurofen Max Strength Migraine, Nurofen Plus, Nuromol, NyQuil with Vitamin C, Ocufen, OMS103HP, Oralease, Orudis ABBOTT JAPAN, Oruvail, Osteluc, OxycoDex, P54, Panadol, Panadol Actifast, Paradine, Paramax, Parfenac, Pedea, Pennsaid, Pentasa, Pentasa ORIFARM, Peón, Percodan, Percodan-Demi, PercoDex, Percogesic, Perfalgan, PL2200, PL3100, Ponstel, Prexige, Prolensa, PSD508, R-Ketoprofen, Rantudil, Relafen, Remura, Robaxisal, Rotee, Rowasa, ROX828, PP19583, RQ00317076, Rubor, Salofalk, Salonpas, Saridon, SDX101, Seltouch, sfRowasa, Shinbaro, Sinumax, Sinutab, Sinutab, sinus, Spalt, Sprix, Strefen, Sudafed Coid and Cough, Sudafed Head Coid and Sinus, Sudafed PE Coid plus Cough, Sudafed PE Pressure plus Pain, Sudafed PE, Severe Coid, Sudafed PE Sinus Day plus Night Relief Day Tablets, Sudafed PE Sinus Day plus Night Relief Night Tablets, Sudafed PE Sinus plus Anti-inflammatory Pain Relief, Sudafed Sinus Advance, Surgam, Synalgos-DC, Synflex, Tavist allergy/sinus/headache, TDS943, TDT070, Theraflu Coid and Sore Throat, Theraflu Daytime Severe Coid and Cough, Theraflu Daytime Warming Relief, Theraflu Warming Relief Caplets Daytime Multi-Symptom Coid, Theraflu Warming Relief Coid and Chest Congestión, Thomapyrin, Thomapyrin C, Thomapyrin Effervescent, Thomapyrin Medium, Tilcotil, Tispol, Tolectin, Toradol, TPR100, TQ1011, Trauma-Salbe, Trauma-Salbe Kwizda, Treo, Treximet, Trovex, TT063, Tylenol, Tylenol Allergy Multi-Symptom, Tylenol Back Pain, Tylenol Coid & Cough Daytime, Tylenol Coid & Cough Nighttime, Tylenol Coid and Sinus Daytime, Tylenol Coid and Sinus Nighttime, Tylenol Coid Head Congestión Severe, Tylenol Coid Multi Symptom Daytime, Tylenol Coid Multi Symptom Nighttime Liquid, Tylenol Coid Multi Symptom Severe, Tylenol Coid Non-Drowsiness Formula, Tylenol Coid Severe Congestión Daytime, Tylenol Complete Coid, Cough and Flu Night time, Tylenol Flu Nighttime, Tylenol Menstrual, Tylenol PM, Tylenol Sinus Congestión & Pain Daytime, Tylenol Sinus Congestión & Pain Nighttime, Tylenol Sinus Congestión & Pain Severe, Tylenol Sinus Severe Congestión Daytime, Tylenol Ultra Relief, Tylenol with Caffeine and Codeine phosphate, Tylenol with Codeine phosphate, Ultra Strength Bengay Cream, Ultracet, UR8880, V0498TA01A, Vicks NyQuil Coid and Flu Relief, Vicoprofen, Vimovo, Voltaren Emulgel, Voltaren GEL, Voltaren NOVARTIS CONSUMER HEALTH GMBH, Voltaren XR, VT122, Xefo, Xefo Rapid, Xefocam, Xibrom, XL3, Xodol, XP20B, XP21B, XP21L, Zipsor y Zoenasa. En otro aspecto, los inhibidores de COX-2 se pueden identificar a través de métodos conocidos en el ámbito (véase, por ejemplo, Dannhardt, G. y Kiefer, W. Cyclooxygenase inhibitors- current status and future prospecte.2001. Eur. J. Med. Chem. 36: 109-126, la cual se incorpora en la presente como referencia). En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se utiliza para tratar o prevenir o inhibir metástasis en un paciente con cáncer de pulmón avanzado. En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se utiliza en combinación con un segundo tratamiento. En algunos aspectos, el segundo tratamiento es cualquier tratamiento descrito en la presente. En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se utiliza en combinación con un segundo tratamiento que se selecciona del grupo que consiste de: Denosumab, Zometa (http://www.us.zometa.com/index.jsp?usertrack.filter_applied= true&Novald=2935376934467633633; última vez que se tuvo acceso 12/2/2012), Carbozantinib o Cabozantinib, anticuerpo o péptido bloqueador PTHLH (hormona similar a hormona paratiroidea) o PTHrP (proteína relacionada con hormona paratiroidea).
En otro aspecto, los agentes de tratamiento utilizados para evitar y/o prevenir degradación ósea incluyen, pero no se limitan a: hormona paratiroidea (PTH, por sus siglas en inglés) e inhibidores de hormona similar a paratiroidea (PTHLH, por sus siglas en inglés) (que incluye anticuerpos bloqueadores) o formas recombinantes de la misma (teriparatida que corresponde a los aminoácidos 7 a 34 de PTH). Esta hormona actúa al estimular los osteoclastos e incrementar su actividad. ranelato de estroncio: es un tratamiento oral alternativo y forma parte del grupo de medicamentos denominados "agentes óseos de acción doble" (DABA, por sus siglas en inglés) debido a que estimulan la proliferación de osteoblastos e inhibe la proliferación de osteoclastos. el término "moduladores de receptor de estrógeno" (SERM, por sus siglas en inglés) se refiere a compuestos los cuales interfieren o inhiben la unión de estrógenos al receptor, sin importar el mecanismo. Los ejemplos de moduladores de receptor de estrógeno incluyen, entre otros, estrógenos progestageno, estradiol, droloxifeno, raloxifeno, lasofoxifeno, TSE-424, tamoxifeno, idoxifeno, L Y353381, LY117081, toremifeno, fluvestrant, 4-(7-(2,2-dimetil-l-oxopropoxi-4-metil-2-[4- [2-(1-piperidinil)-etoxi}fenil]-2H-benzopiran-3-il]-fenil-2,2-dimetilpropanoato de 4,4'-dihidroxibenzofenona-2,4-dinitrofenil-hidrazona y SH646.
Calcitonina: inhibe directamente la actividad de osteoclastos a través del receptor de calcitonina. Los receptores de calcitonina se han identificado sobre la superficie de los osteoclastos.
Bisfosfonatos: son un grupo de productos medicinales utilizados para la prevención y tratamiento de enfermedades con resorción ósea y reabsorción tales como osteoporosis y cáncer con metástasis ósea, esto último está con o sin hipercalcemia, asociado a cáncer de mama y cáncer de próstata. Los ejemplos de bisfofonatos los cuales se pueden utilizar en terapia diseñados por medio del quinto método de la invención incluyen, aunque no se limitan a bisfosfonatos nitrogenosos (tales como pamidronato, neridronato, olpadronato, alendronato, ibandronato, risedronato, incadronato, zoledronato o ácido zoledrónico, etc.), y bisfosfonatos no nitrogenosos (tales como etidronato, clodronato, tiludronato, etc.). "inhibidores de captesina K" se refiere a compuestos los cuales interfieren en la actividad de cisterna proteasa captesina K. Los ejemplos no limitantes de inhibidores de captesina K incluyen derivados de 4-amino-pirimidina-2-carbonitrilo (descritos en la solicitud de patente internacional WO 03/020278 bajo el nombre de Novartis Pharma GMBH), pirrolo-pirimidinas descritas en la publicación WO 03/020721 (Novartis Pharma GMBH) y la publicación WO 04/000843 (ASTRAZENECA AB) así como los inhibidores descritos en las publicaciones PCT WO 00/55126 de Axys Pharmaceuticals, WO 01/49288 de Merck Frosst Canadá & Co. y Axys Pharmaceuticals. "inhibidor de DKK-1 (Dickkopf-1) ", como se utiliza en la presente se refiere a cualquier compuesto el cual es capaz de reducir la actividad de DKK-1. DKK-1 es un antagonista de la vía Wnt soluble que se expresa de modo predominante en hueso de adultos y es regulado por aumento en pacientes con mieloma, con lesiones osteolíticas. Los agentes dirigidos a DKK-1 pueden jugar un papel en prevenir la enfermedad ósea osteolítica en pacientes con mieloma múltiple. BHQ880 de Novartis es un anticuerpo neutralizante anti-DKK-1 completamente humano, primero en su clase. Los estudios preclínicos soportan la hipótesis de que BHQ880 promueve la formación de hueso y por lo tanto inhibe la enfermedad osteolítica inducida por tumor (Ettenberg S. et al., American Association for Cáncer Research Annual Meeting. Abril 12-16, 2008; San Diego, Calif. extracto). "inhibidor doble MET y VEGFR2", como se utiliza en la presente se refiere a cualquier compuesto el cual es un potente inhibidor doble de las vías MET y VEGF diseñado para bloquear el escape de tumor activado por MET. MET se expresa no solo en células tumorales y células endoteliales sino también en osteoblastos (células formadoras de hueso) y osteoclastos (células removedoras de hueso). HGF se une a MET en la totalidad de estos tipos de células, proporcionando la vía MET un papel importante en los bucles autocrino y paracrino múltiples. La activación de MET en células de tumor parece ser importante en el establecimiento de lesiones óseas metastásicas . Al mismo tiempo, la activación de la vía MET en osteoblastos y osteoclastos puede llevar a rasgos patológicos de metástasis ósea, que incluyen crecimiento normal de hueso (es decir, lesiones blásticas) o destrucción (es decir, lesiones líticas). Por lo tanto, el direccionamiento de la vía MET puede ser una estrategia viable para prevenir el establecimiento y progreso de lesiones óseas metastásicas. Cabozantinib (Exelixis, Inc) anteriormente conocido como XL184 (CAS 849217-68-1) es un potente inhibidor doble de las vías MET y VEGF diseñado para bloquear el escape de tumor impulsado por MET. En estudios preclínicos múltiples se ha demostrado que cabozantinib destruye células tumorales, reduce metástasis e inhibe angiogénesis (la formación de vasos sanguíneos nuevos necesarios para soportar el crecimiento de tumor). Otros inhibidores dobles adecuados son E7050 ((2R,3R)-tartrato de N-[2-fluoro-4-({2-[4-(4-metilpiperazin-1-il)piperidin-l-il]carbonilaminopiridin-4-il}oxy)fenil}.N'-(4-fluorofenil)ciclopropan-1,1-dicarboxamida) (CAS 928037-13-2) o foretinib (también conocido como GSK1363089,XL880, CAS 849217-64-7). los "inhibidores de "RANKL", como se utilizan en la presente se refieren a cualquier compuesto el cual es capaz de reducir la actividad de RANK. RANKL se encuentra en la superficie de la membrana de osteoblastos del estroma y células de linfocitos T y estás células de linfocitos T son las únicas las cuales se ha demostrado que tienen la capacidad para secretarlas. Su función principal es la activación de los osteoclastos, células involucradas en la resorción ósea. Los inhibidores de RANKL pueden actuar al bloquear la unión de RANKL a su receptor (RANK), bloquear la señalización mediada por RANK o reducir la expresión de RANKL al bloquear la transcripción o la traducción de RANKL. Los antagonistas o inhibidores de RANKL adecuados para uso en la presente invención incluyen, sin limitación: o una proteína RANK adecuada la cual es capaz de unir RANKL y la cual comprende la totalidad o un fragmento del dominio extracelular de una proteína RANK. RANK soluble puede comprender el péptido señal y el dominio extracelular de los polipéptidos RANK murinos o humanos, o de manera alternativa, la forma madura de la proteína con el péptido señal removido se puede utilizar. o osteoprotegerina o una variante de la misma con capacidad para unión a RANKL. o moléculas antisentido específicas para RANKL. o ribozimas capaces de procesar los productos transcritos de RANKL. o anticuerpos específicos anti-RANKL. La frase "anticuerpo anti-RANKL o anticuerpo dirigido contra RANKL" se entiende en la presente como la totalidad de los anticuerpos los cuales son capaces de unirse específicamente al ligando del receptor activante para el factor nuclear KB (RANKL) que inhibe una o más funciones de RANKL. Los anticuerpos se pueden preparar utilizando cualquiera de los métodos los cuales se conocen por las personas expertas en el ámbito. De esta manera, los anticuerpos policlonales se preparan por medio de inmunización de un animal con la proteína que se va a inhibir. Los anticuerpos monoclonales se preparan utilizando el método descrito por Kohler, Milstein et al. (Nature, 1975, 256: 495). Los anticuerpos adecuados en este contexto de la presente invención incluyen anticuerpos intactos los cuales comprenden una región de unión a antígeno variable y una región constante, fragmentos "Fab", "F(ab')2" y "Fab'", Fv, scFv, diacuerpos y anticuerpos biespecíficos. o nanocuerpos anti-RANKL específicos. Los nanocuerpos son proteínas terapéuticas derivadas de anticuerpo que contienen propiedades estructurales y funcionales únicas de anticuerpos de cadena pesada que se encuentran de modo natural. La teenología de nanocuerpo originalmente se desarrolló siguiendo el descubrimiento de que los camélidos (camellos y llamas) poseen anticuerpos completamente funcionales que carecen de cadenas ligeras. La estructura general de los nanocuerpos es FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4 en donde FR1 a FR4 son las regiones 1 a 4 de infraestructura, CDR1 a CDR3 son las regiones determinadoras de complementariedad 1 a 3. Estos anticuerpos de cadena pesada contienen un dominio variable único (VHH) y dos dominios constantes (CH2 y CH3). De manera importante, el dominio VHH clonado y aislado es un polipéptido perfectamente estable que alberga la capacidad de unión a antígeno completo del anticuerpo de cadena pesada original. Estos dominios VHH recién descubiertos con sus propiedades estructurales y funcionales únicas forman la base de una generación nueva de anticuerpos terapéuticos los cuales Ablynx ha denominado nanocuerpos.
En una modalidad, el inhibidor de RANKL se selecciona del grupo que consiste de un anticuerpo específico para RANKL, un nanocuerpo específico para RANKL y osteoprotegerina. En una modalidad específica, el anticuerpo anti-RANKL es un anticuerpo monoclonal. En otra modalidad específica adicional, el anticuerpo anti-RANKL es denosumab (Pageau, Steven C. (1009). mAbs 1 (3): 210-215, CAS número 615258-40-7)(el contenido completo de la cual se incorpora en la presente como referencia). Denosumab es un anticuerpo monoclonal completamente humano el cual se une a RANKL y evita su activación (no se une al receptor RANK). Diversos aspectos de denosumab están cubiertos por las patentes U.S. Nos. 6,740,522; 7,411,050; 7,097,834 y 7,364,736 (cuyos contenidos completos de cada una de las cuales se incorporan en la presente como referencia en su totalidad). En otra modalidad, el inhibidor de RANKL, un anticuerpo, fragmento de anticuerpo o construcción de fusión que une el mismo epítopo que denosumab.
En una modalidad preferida, el nanocuerpo anti-RANKL es cualquiera de los nanocuerpos como se describen en WO2008142164 (el contenido de la cual se incorpora en la presente solicitud como referencia). En una modalidad más preferida, el anticuerpo anti-RANKL es ALX-0141 (Ablynx). ALX-0141 se ha diseñado para inhibir la pérdida ósea asociada con osteoporosis postmenopausica, artritis reumatoide, cáncer y ciertas medicaciones y para restaurar el equilibrio del metabolismo de hueso sano.
En una modalidad preferida, el agente que evita la degradación ósea se selecciona del grupo que consiste de un bisfosfonato, un inhibidor de RANKL, un inhibidor de PTH y PTHLH o un análogo de PRG, ranelato de estroncio, un inhibidor de DKK-1, un inhibidor doble de MET y VEGFR2, calcitonina de radio-223 y un inhibidor de capepsina K. En una modalidad más preferida, el agente que evita la degradación ósea es un bisfosfonato. En una modalidad preferida adicional el bisfosfonato es ácido zoledrónico.
En una modalidad, un antagonista de CCR5 se administra para evitar o inhibir metástasis del tumor de cáncer de pulmón primario a hueso. En una modalidad, el antagonista de CCR5 es una molécula grande. En otra modalidad, el antagonista de CCR5 es una molécula pequeña- En algunas modalidades, el antagonista de CCR5 es Maraviroc (Velasco-Veláquez, M. et al. 2012. CCR5 Antagonist Blocks Metástasis of Basal Breast Cáncer Cells. Cáncer Research, 72: 3839-3850). En algunas modalidades, el antagonista de CCR5 es Vicriviroc. Velasco-Veláquez, M. et al .2012. CCR5 Antagonist Blocks Metástasis of Basal Breast Cáncer Cells. C ncer Research, 72: 3839-3850). En algunos aspectos, el antagonista de CCR5 es Aplaviroc (Demarest j. F. et al.2005. Update on Aplaviroc: An HIV Entry Inhibitor Targeting CCR5. Retrovirology 2(Suppl. 1): S13). En algunos aspectos, el antagonista de CCR5 es un antagonista de CCR5 espiropiperidina (Rotstein D. M. et al.2009. Spiropiperidine CCR5 antagonits. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 19 (18): 5401-5406). En algunas modalidades, el antagonista de CCR5 es INCB009471 (Kuritzkes, D. R. 2009. HIV-1 entry inhibitors: an overview. Curr. Opin- HIV AIDS. 4(2): 82-7).
En una modalidad preferida el inhibidor doble de MET y VEGFR2 se selecciona del grupo que consiste de Cabozantinib, Foretinib y E7050.
En una modalidad preferida, el tratamiento con radio 223 es alfaradina.
De manera alternativa, un tratamiento combinado se puede llevar a cabo en el cual más de un agente de los mencionados en lo anterior se combina para tratar y/o evitar las metástasis o uno o varios de los agentes se pueden combinar con otros suplementos tal como calcio o vitamina D o con un tratamiento con hormonas.
Metodo para diseñar tratamiento personalizado de la invención en pacientes con cáncer de pulmón, con metástasis ósea Los pacientes que padecen de cáncer de pulmón los cuales ya han presentado metástasis a hueso y en los cuales existen niveles elevados de c-MAF se pueden beneficiar particularmente de los tratamientos que tienen como objetivo evitar la degradación ósea causada por la actividad osteoclástica aumentada.
De este modo, en otro aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para diseñar un tratamiento personalizado para un sujeto con cáncer de pulmón con metástasis ósea (a continuación tercer método de la invención) el cual comprende: (i) cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF en una muestra de tumor metastásica de hueso del sujeto, y (ii) comparar el nivel de expresión obtenido previamente con el nivel de expresión del gen en una muestra control, en donde si los niveles de expresión se incrementan con respecto a los niveles de expresión del gen en la muestra control, entonces el sujeto es susceptible de recibir un tratamiento que tiene como objetivo evitar la degradación ósea. en donde, si el nivel de expresión no se incrementa con respecto al valor de referencia, entonces el sujeto no es susceptible de recibir tratamiento que tiene como objetivo evitar y/o tratar la metástasis ósea.
Los términos y expresiones "sujeto", "cáncer de pulmón", "muestra de tumor", "metástasis", "determinación de niveles de expresión", "gen para c-MAF", "niveles de expresión aumentados" y "muestra control" se han descrito detalladamente en relación al primer método de la invención y son igualmente aplicables al segundo y tercer métodos de la invención.
En una modalidad preferida, la metástasis de hueso es metástasis osteolítica.
El tercer método de la invención comprende en una primera etapa cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF en una muestra de tumor en un sujeto que padece de cáncer de pulmón. En el caso del tercer método de la invención la muestra es una muestra de tejido de metástasis ósea.
En una modalidad preferida, el tercer método de la invención comprende cuantificar únicamente el nivel de expresión del gen para c-MAF como un marcador único, es decir, el método no involucra determinar el nivel de expresión de marcador adicional alguno.
En una segunda etapa, el nivel de expresión del gen para c-MAF obtenido en la muestra de tumor del sujeto se compara con el nivel de expresión del gen en una muestra control. La determinación de los niveles de expresión del gen c-MAF debe correlacionarse con valores de una muestra control o muestra de referencia. En base en el tipo de tumor que se va a analizar, la naturaleza exacta de la muestra control puede variar. Por lo tanto, en el caso de involucrar el tercer método de la invención, entonces la muestra de referencia es una muestra de tejido de tumor del sujeto con cáncer de pulmón quien no ha sufrido de metástasis o que corresponde a la mediana del valor de los niveles de expresión del gen para c-MAF medidos en una colección de tejido de tumor en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de pulmón quienes no han padecido metástasis.
Una vez que el nivel de expresión del gen para c-MAF en la muestra se mide y compara con la muestra control, si el nivel de expresión del gen se incrementa con respecto a sus niveles de expresión en la muestra control, entonces se puede concluir que el sujeto es susceptible de recibir un tratamiento que tiene como objetivo evitar o prevenir degradación ósea.
Como se utiliza en la presente, un "agente para evitar o prevenir degradación ósea" se refiere a cualquier molécula capaz de tratar o detener degradación ósea ya sea por estimulación de la proliferación de osteoblastos o inhibición de la proliferación de osteoclastos.
Los ejemplos ilustrativos de agentes utilizados para evitar y/o prevenir degradación ósea y/o metástasis ósea incluyen, aunque no se limitan a: hormona paratiroidea (PTH, por sus siglas en inglés) o formas recombinantes de la misma (teriparatida que corresponde a los aminoácidos 1 a 34 de PTH). Esta hormona actúa al estimular los osteoblastos e incrementar su actividad. ranelato de estroncio: es un tratamiento oral alternativo y forma parte del grupo de los medicamentos denominados "agentes óseos de acción doble" (DABA, por sus siglas en inglés) debido a que estimulan la proliferación de osteoblastos e inhibe la proliferación de osteoclastos. "moduladores de receptor de estrógeno" (SERM, por sus siglas en inglés) se refiere a compuestos los cuales interfieren o inhiben la unión de estrógenos al receptor, sin importar el mecanismo. Los ejemplos de moduladores de receptor de estrógeno incluyen, entre otros, estrógenos progestageno, estradiol, droloxifeno, raloxifeno, lasofoxifeno, TSE-424, tamoxifeno, idoxifeno, L Y353381, LY117081, toremifeno, fluvestrant, 4- [7-(2,2-dimetil-1-oxopropoxi-4-metil-2-[4-[2-(1-piperidinil)etoxijfenil]-2H-benzopiran-3-il]-fenil-2,2-dimetilpropanoato 4,4'-dihidroxibenzofenona-2,4-dinitrofenil-hidrazona y SH646.
Calcitonina: inhibe directamente la actividad de osteoclastos a través del receptor de calcitonina. Los receptores de calcitonina se han identificado sobre la superficie de los osteoclastos.
Bisfosfonatos: son un grupo de productos medicinales utilizados para la prevención y tratamiento de enfermedades con resorción ósea y reasorción tal como osteoporosis y cáncer con metástasis en huesos, esto último se presenta con o sin hipercalcemia, asociado a cáncer de mama y cáncer de próstata. Los ejemplos de bisfofonatos los cuales se pueden utilizar en el tratamiento diseñado por medio del tercer método de la invención incluye, aunque no se limita a bisfosfonatos nitrogenosos (tales como pamidronato, neridronato, olpadronato, alendronato, ibandronato, risedronato, incadronato, zoledronato o ácido zoledrónico, etc.) y bisfosfonatos no nitrogenosos (tales como etidronato, clodronato, tiludronato, etc.). "inhibidores de captesina K" se refiere a compuestos los cuales interfieren con la actividad de captesina K cisterna proteasa. Los ejemplos no limitantes de inhibidores de captesina K incluyen derivados de 4-amino-pirimidina-2-carbonitrilo (descrito en la solicitud de patente internacional WO 03/020278 bajo el nombre de Novartis Pharma GMBH), pirrolo-pirimidinas descritas en la publicación WO 03/020721 (Novartis Pharma GMBH) y la publicación WO 04/000843 (ASTRAZENECA AB) así como los inhibidores descritos en las publicaciones PCT WO 00/55126 de Axys Pharmaceuticals, WO 01/49288 de Merck Frosst Canadá & Co. y Axys Pharmaceuticals. "inhibidor DKK-1 (Dickkopf-1) ", como se utiliza en la presente se refiere a cualquier compuesto el cual es capaz de reducir la actividad de DKK-1. DKK-1 es un antagonista de la vía Wnt soluble expresado predominantemente en hueso de adultos y regulado por aumento en pacientes con mieloma, con lesiones osteolíticas. Los agentes que tienen como objetivo a DKK-1 pueden jugar un papel en prevenir enfermedad ósea osteolítica en pacientes con mieloma múltiple. BHQ880 de Novartis es un anticuerpo neutralizante anti-DKK-1 completamente humano, primero en su clase. Los estudios preclínicos soportan la hipótesis de que BHQ880 promueve la formación de hueso y por lo tanto inhibe la enfermedad osteolítica inducida por tumor (Ettenberg S. et al., American Association for Cáncer Research Annual Meeting. Abril 12-16, 2008; San Diego, Calif. extracto). el "inhibidor doble MET y VEGFR2", como se utiliza en la presente se refiere a cualquier compuesto el cual es un inhibidor doble potente de las vías MET y VEGF diseñado para bloquear el escape de tumor activado por MET. MET se expresa no solo en células tumorales y células endoteliales sino también en osteoblastos (células formadoras de hueso) y osteoclastos (células removedoras de hueso). HGF se une a MET en la totalidad de estos tipos de células, lo que proporciona la vía de MET un papel importante en los bucles múltiples autocrino y paracrino. La activación de MET en células de tumor parece ser importante en el establecimiento de lesiones óseas metastásicas. Al mismo tiempo, la activación de la vía MET en osteoblastos y osteoclastos puede llevar a rasgos patológicos de metástasis ósea que incluyen crecimiento normal de hueso (es decir, lesiones blásticas) o destrucción (es decir, lesiones líticas). Por lo tanto, el objetivo en la vía MET puede ser una estrategia viable para evitar el establecimiento y progreso de lesiones óseas metastásicas. Cabozantinib (Exelixis, Inc) anteriormente conocido como XL184 (CAS 849217-68-1) es un potente inhibidor doble de las vías MET y VEGF diseñado para bloquear el escape de tumor activado por MET. En estudios preclínicos múltiples se ha demostrado que cabozantinib destruye células tumorales, reduce la metástasis e inhibe la angiogénesis (la formación de vasos sanguíneos nuevos para sostener el crecimiento de tumor). Otros inhibidores dobles adecuados son E7050 (N-[2-fluoro-4-({2-[4-(4-metilpiperazin-1-il)piperidin-l-il]carbonilaminopiridin-4-iljoxy)fenil}.N'-(4-fluorofenil)ciclopropano-1,1-dicarboxamida (2R,3R)-tartrato) (CAS 928037-13-2) o foretinib (también conocido como GSK1363089, XL880, CAS 849217-64-7). los "inhibidores de "RANKL", como se utilizan en la presente se refiere a cualquier compuesto el cual es capaz de reducir la actividad de RANK. RANKL se encuentra en la superficie de la membrana de osteoblastos del estroma y células de linfocitos T y estás células de linfocitos T son las únicas las cuales han demostrado la capacidad para secretarla. Su función principal es la activación de los osteoclastos, células involucradas en la resorción ósea. Los inhibidores de RANKL pueden actuar mediante bloqueo de la unión de RANKL a su receptor (RANK), bloqueo de la señalización mediada por RANK o reducción de la expresión de RANKL por bloqueo de la transcripción o la traducción de RANKL. Los antagonistas o inhibidores de RANKL adecuados para uso en la presente invención incluyen, sin limitación: o una proteína RANK adecuada la cual es capaz de unir RANKL y la cual comprende la totalidad o un fragmento del dominio extracelular de una proteína RANK. RANK soluble puede comprender el péptido señal y el dominio extracelular de los polipéptidos RANK murinos o humanos, o de manera alternativa la forma madura de la proteína con el péptido señal removido se puede utilizar. o osteoprotegerina o una variante de la misma con capacidad para unión a RANKL. o moléculas antisentido específicas para RANKL. o ribozimas capaces de procesar los productos transcritos de RANKL. o anticuerpos anti-RANKL específicos "anticuerpo anti-RANKL o anticuerpo dirigido contra RANKL" se entiende en la presente como todo anticuerpo el cual es capaz de unirse específicamente al ligando del receptor activante para el factor nuclear KB (RANKL) que inhibe una o más de las funciones de RANKL. Los anticuerpos se pueden preparar utilizando cualquiera de los métodos los cuales se conocen por las personas expertas en el ámbito. De esta manera, los anticuerpos policlonales se preparan por medio de inmunización de un animal con la proteína que se va a inhibir. Los anticuerpos monoclonales se preparan utilizando el método descrito por Kohler, Milstein et al. (Nature, 1975, 256: 495). Los anticuerpos adecuados en este contexto de la presente invención incluyen anticuerpos intactos los cuales comprenden una región de unión a antígeno variable y una región constante, fragmentos "Fab", "F(ab')2" y "Fab"', Fv, scFv, diacuerpos y anticuerpos biespecíficos. o Los nanocuerpos anti-RANKL específicos. Los nanocuerpos son proteínas terapéuticas derivada de anticuerpos que contienen propiedades estructurales y funcionales únicas de anticuerpos de cadena pesada como se encuentran de modo natural. La teenología de nanocuerpos originalmente se desarrolló posterior al descubrimiento de que los camélidos (camellos y llamas) poseen anticuerpos completamente funcionales que carecen de cadenas ligeras. La estructura general de los nanocuerpos es FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4, en donde FR1 a FR4 son regiones de infraestructura 1 a 4, CDR1 a CDR3 son las regiones determinadoras de complementariedad 1 a 3. Estos anticuerpos de cadena pesada contienen un dominio variable único (VHH) y dos dominios constantes (CH2 y CH3). De manera importante, el dominio VHH clonado y aislado es un polipéptido perfectamente estable que alberga la capacidad de unión a antígeno completa del anticuerpo de cadena pesada original. Estos dominios VHH recién descubiertos con sus propiedades estructurales y funcionales únicas forman la base de una generación nueva de anticuerpos terapéuticos los cuales Ablynx ha denominado nanocuerpos.
En una modalidad, el inhibidor de RANKL se selecciona del grupo que consiste de un anticuerpo específico para RANKL, un nanocuerpo específicos para RANKL y osteoprotegerina. En una modalidad preferida, el anticuerpo anti-RANKL es un anticuerpo monoclonal. En una modalidad más preferida adicional, el anticuerpo anti-RANKL es denosumab (Pageau, Steven C. (2009). mAbs 1 (3): 210-215, número CAS 615258-40-7). En el contexto de la presente invención, denosumab es un anticuerpo monoclonal el cual se une a RANKL y evita su activación (no se une al receptor de RANK). Diversos aspectos de denosumab están cubiertos por las patentes U.S. Nos. 6,740,522; 7,411,050; 7,097,834 y 7,364,736 (los contenidos completos de cada una de las cuales se incorporan en la presente como referencia en su totalidad). En otra modalidad, el inhibidor de RANKL es un anticuerpo, fragmento de anticuerpo o construcción de fusión que une el mismo epítopo que denosumab.
En una modalidad preferida, el anticuerpo anti-RANKL es cualquiera de los nanocuerpos como se describen en W02008142164 (los contenidos de los cuales se incorporan en la presente solicitud como referencia). En una modalidad más preferida, el anticuerpo anti-RANKL es ALX-0141 (Ablynx). ALX-0141 se ha diseñado para inhibir la pérdida ósea asociada con osteoporosis postmenopáusica, artritis reumatoide, cáncer y ciertas medicaciones y para restaurar el equilibrio del metabolismo de hueso sano.
En una modalidad preferida, el agente que evita la degradación ósea se selecciona del grupo que consiste de un bisfosfonato, un inhibidor de RANKL, un inhibidor de PTH y PTHLH o un análogo de PRG, ranelato de estroncio, un inhibidor de DKK-1, un inhibidor doble de MET y VEGFR2, un modulador de receptor de estrógeno, calcitonina con radio-223 y un inhibidor de catepsina K. En una modalidad más preferida, el agente que evita la degradación ósea es un bisfosfonato. En una modalidad aún más preferida, el bisfosfonato es el ácido zoledrónico.
En una modalidad, un antagonista de CCR5 se administra para evitar o inhibir metástasis de tumor de cáncer de tumor primario a hueso. En una modalidad, el antagonista de CCDR5 es una molécula grande. En otra modalidad, el antagonista de CCDR5 es una molécula pequeña. En algunas modalidades, el antagonista de CCDR5 es Maraviroc (Velasco-Veláquez, M. et al . 2012. CCR5 Antagonist Blocks Metástasis of Basal Breast Cáncer Cells. C ncer Research, 72: 3839-3850). En algunas modalidades, el antagonista de CCR5 es Vicriviroc (Velasco-Veláquez, M. et al . 2012. CCR5 Antagonist Blocks Metástasis of Basal Breast Cáncer Cells. Cáncer Research, 72: 3839-3850). En algunos aspectos, el antagonista de CCR5 es Aplaviroc (Demarest j. F. et al.2005. Update on Aplaviroc: An HIV Entry Inhibitor Targeting CCR5.
Retrovirology 2(Suppl. 1): S13). En algunos aspectos, el antagonista de CCR5 es un antagonista de CCR5 espiropiperidina (Rotstein D. M. et al.2009. Spiropiperidine CCR5 antagonits. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 19 (18): 5401-5406). En algunas modalidades, el antagonista de CCR5 es INCB009471 (Kuritzkes, D. R. 2009. HIV-1 entry inhibitors: an OverView. Curr. Opin- HIV AIDS. 4(2): 82-7).
En una modalidad preferida, el inhibidor doble de MET y VEGFR2 se selecciona del grupo que consiste de Cabozantinib, Foretinib y E7050.
En otro aspecto, el tratamiento es un inhibidor de mTor. En algunos aspectos, el inhibidor de mTor es un inhibidor doble de mTor/P13cinasa. En algunos aspectos, el inhibidor de mTor se utiliza para evitar o inhibir metástasis. En algunos aspectos, el inhibidor de mTor se selecciona del grupo que consiste de: ABI009 (sirolimus), rapamicina (silrolimus), abraxane (paclitaxel), Absorb (everolimus), Afinitor (everolimus), Afinitor con Gleevec, AS703026 (pimasertib), Axxess (umirolimus), AZD2014, BEZ235, Biofreedom (umirolimus), BioMatrix (umirolimus), BioMatrix flex (umirolimus), CC115, CC223, Combo Bio-engineered Sirolimus eluting Stent ORBUSNEICH (sirolimus), Curaxin CBLC102 (mepacrina), DE109 (sirolimus), DS3078, Endeavor DES (zotarolimus), Endeavor Resolute (zotarolimus), Femara (letrozol), Hocena (antroquinonol), INK128, Inspiron (sirolimus), IPI504 (clorhidrato de retaspimicina), KR 951 (tivozanib), ME344, MGA031 (teplizumab), MiStent SES (sirolimus), MKC1, Nobori (umirolimus), OSI027, OVI123 (cordicepina), Palomid 529, PF04691502, Promus Element (everolimus), PWT33597, Rapamune (sirolimus), Resolute DES (zotarolimus), RG7422, SAR245409, SF1126, SGN75 (vorsetuzumab mafodotin), Synergy (everolimus), Taltorvic (ridaforolimus), Tarceva (erlotinib), Torisel (temsirolimus), Xience Prime (everolimus), Xience V (everolimus), Zomaxx (zotarolimus), Zortress (everolimus), Zotarolimus Eluting Peripheral Stent MEDTRONIC (zotarolimus), AP23841, AP24170, ARmTOR26, BN107, BN108, Canstatin GENZYME (canstatina), CU906, EC0371, EC0565, KI1004, LOR220, NV128, Rapamycin ONCOIMMUNE (sirolimus), SB2602, Sirolimus PNP SAMYANG BIOPHARMACEUTICALS (sirolimus), TOP216, VL127, VS5584, WYE125132, XL388, Advacan (everolimus), AZD8055, Cypher Select Plus Sirolimus eluting Coronary Stent (sirolimus), Cypher Sirolimus eluting coronary stent (sirolimus), Drug Coated Balloon (sirolimus), E-Magic Plus (sirolimus), Emtor (sirolimus), Esprit (everolimus), Evertor (everolimus), HBF0079, LCP-siro (sirolimus), Limus CLARIS (sirolimus), mTOR Inhibitor CELIZOME, Nevo Sirolimus eluting Coronary Stent (sirolimus), nPT-mTOR, rapacan (sirolimus), Renacept (sirolimus), ReZolve (sirolimus), Rocas (sirolimus), SF1126, Sirolim (sirolimus), Sirolimus NORTH CHINA (sirolimus), Sirolimus RANBAXY (sirolimus), Sirolimus WATSON (sirolimus), Siropan (sirolimus), Sirova (sirolimus), Supralimus (sirolimus), Supralimus-Core (sirolimus), Tacrolimus WATSON (tacrolimus), TAFA93, temsirolimus ACCORD (temsirolimus), Temsirolimus SANDOZ (tensirolimus), TOP216, Xience Prime (everolimus), Xience V (everolimus). En un aspecto específico, el inhibidor de mTor es Afinitor (everolimus) (http://www.afinitor.com/Índex.jsp?-usertrack.filter_applied=tru&Novald=4029462064338207963; última vez en que se tuvo acceso, 11/28/2012). En otro aspecto, los inhibidores de mTor se pueden identificar a través de métodos conocidos en el ámbito (véase, por ejemplo Zhou, H et al. Updates of mTor inhibitors.2010. Anticancer Agents Med. Chem.10(7): 571-81, la cual se incorpora en la presente como referencia). En algunos aspectos, el inhibidor de mTor se utiliza para tratar o evitar o inhibir metástasis en un paciente con cáncer de pulmón avanzado. En algunos aspectos, el inhibidor de mTor se utiliza en combinación con un segundo tratamiento. En algunos aspectos, el segundo tratamiento es cualquier tratamiento descrito en la presente.
En otro aspecto, el tratamiento es un inhibidor de Src cinasa. En algunos aspectos, el inhibidor de Src se utiliza para evitar o inhibir metástasis. En algunos aspectos, el inhibidor de Src cinasa se selecciona del grupo: AZD0530 (saracatinib), Bosulif (bosutinib), ENMD981693, KD020, KX01, Sprycel (dasatinib), Yervoy (ipilimumab), AP23464, AP23485, AP23588, AZD0424, inhibidor de c-Src cinasa KISSEI, CU201, KX2361, SKS927, SRN004, SUNK706, TG100435, TG100948, AP23451, Dasatinib HETERO (dasatinib), Dasatinib VALEANT (dasatinib), Fontrax (dasatinib), Src Kinase Inhibitor KINEX, VX680 (lactoato de tozasertib), XL228 y SUNK706. En algunas modalidades, el inhibidor de Src cinasa es dasatinib. En otro aspecto, los inhibidores de Src cinasa se pueden identificar a través de métodos conocidos en el ámbito (véase, por ejemplo, Sen, B. and Johnson, F. M. Regulation of Src Family Kinases in Human Cancers.2011. J. Signal Transduction. 2011: 14 páginas, la cual se incorpora en la presente como referencia). En algunos aspectos, el inhibidor de Src cinasa se utiliza para tratar o evitar o inhibir metástasis en un paciente que es positivo para la firma de respuesta a SRC (SRS, por sus siglas en inglés). En algunos aspectos, el paciente es SRS+ (véase, por ejemplo, Zhang, CH. - F, et al. Latent Bone Metástasis in Breast Cáncer Tied to Src-Dependent survival signáis, 2009. Cáncer Cell . 16. 67-78, la cual se incorpora en la presente como referencia). En algunos aspectos, el inhibidor de Src cinasa se utiliza para tratar o prevenir o inhibir metástasis en un paciente con cáncer de pulmón avanzado. En algunos aspectos, el inhibidor de Src cinasa se utiliza en combinación con un segundo tratamiento. En algunos aspectos, el segundo tratamiento es cualquier tratamiento descrito en la presente.
En otro aspecto, el tratamiento es un inhibidor de COX-2. En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se utiliza para prevenir o inhibir metástasis. En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se selecciona del grupo: ABT963, Acetominophen ER JOHNSON (acetaminofeno), Acular X (ketorolaco trometamina), BAY1019036 (aspirina), BAY987111 (difenhidramina, naproxeno sódico), BAY11902 (piroxicam), BCIBUCH001 (ibuprofeno), Capoxigem (apricoxib), CS502, CS670 (pelubiprofeno), Diclofenac HPBCD (diclofenaco), Diractin (ketoprofeno), GW406381, HCT1026 (nitroflurbiprofeno), Hyanalgese-D (diclofenaco), HydrocoDex (acetaminofeno, dextrometorfano, hidrocodona), Ibuprofen Sodium PFIZER (ibuprofeno de sodio), Ibuprofen with Acetaminophen PFIZER (acetaminofeno, ibuprofeno), Impracor (ketoprofeno), IP880 (diclofenaco), IP940 (indometacina), ISV205 (diclofenaco sódico), JNS013 (acetaminofeno, clorhidrato de tramadol), Ketoprofen TDS (ketoprofeno), LTNS001 (naproxeno etemesil), Mesalamine SALIX (mesalamina), Mesalamine SOFAR (mesalamina), Mesalazine (mesalamina), ML3000 (licofelona), MRX7EAT (etodolaco), Naproxen IROKO (naproxeno), NCX4016 (nitroaspirina), NCX701 (nitroacetaminofeno), Nuprin SCOLR (ibuprofeno), OMS103HP (clorhidrato de amitriptilina, ketoprofeno, clorhidrato de oximetazolina), Oralease (diclofenaco), OxycoDex (dextrometorfano, oxicodona), P54, PercoDex (acetaminofeno, dextrometorfano, oxicodona), PL3100 (naproxeno, fosfatidil colina), PSD508, R-Ketoprofen (ketoprofeno), remura (bromfenaco sódico), ROX828 (ketorolaco trometamina), RP19583 (ketoprofeno lisina), RQ00317076, DSX101 (R-etodolaco), TDS943 (diclofenaco sódico), TDT070 (ketoprofeno), TPR100, TQ1011 (ketoprofeno), TT063 (S-flurniprofeno), UR8880 (ci icoxib), V0498TA01A (ibuprofeno), VT122 (etodolaco, propranolol), XP20B (acetaminofeno, dextropropoxifeno), XP21B (diclofenaco de potasio), XP21L (diclofenaco de potasio), Zoenasa (acetilcisteína, mesalamina), Acephen, Actifed Plus, Actifed-P, Acular, Acular LS, Acular PF, Acular X, Acuvail, Advil, Advil Allergy Sinus, Advil Col and Sinus, Advil Congestión Relief, Advil PM, Advil PM Capsule, Air Salonpas, Airtal, Alcohol-Free NyQuil Coid & Flu Relief, Aleve, Aleve ABDI IBRAHIM, aleve-D, Alka-Seltzer, Alka-Seltzer BAYER, Alka-Seltzer Extra Strength, Alka-Seltzer Lemon-Lime, Alka-Seltzer Original, Alka-Seltzer Plus, Alka-Seltzer plus Coid and Cough, Alka-Seltzer plus Col and Cough Formula, Alka-Seltzer Plus Day and Night Coid Formula, Alka-Seltzer Plus Day Non-Drowsy Coid Formula, Alka-Seltzer Plus Flu Formula, Alka-Seltzer Plus Night Coid Formula, Alka-Seltzer Plus Sinus Formula, Alka-Seltzer Plus Sparkling Original Coid Formula, Alka-Seltzer PM, Alka-Seltzer Wake-Up Cali, Abacin, Anaprox, Anaprox MINERVA, Ansaid, Apitoxin, Apranax, Apranax Abdi, Arcoxi, Arthritis Formula Bengay. Arthrotec, Asacol, Asacol HD, Asacol MEDUNA ARZNEIMITTEL, Asacol ORIFARM, Aspirin BAYER, Aspirin Complex, Aspirin Migran, AZD3582, Azulfidine, Baralgan M, BAY1019036, BAY987111, BAY11902, BCIBUCH001, Benadryl Allergy, Benadryl Day and Night, Benylin 4 Flu, Benylin Coid and Flu, Benylin Coid and Flu Day and Night, Benylin Coid and Sinus Day and Night, Benylin Coid and Sinus Plus, Benylin Day and Night Coid and Flu Relief, Benylinl All-In-One, Brexin, Brexin ANGELINI, Bromday, Bufferin, Buscopan Plus, Caldolor, Calmatel, Cambia, Canasa, Capoxigem, Cataflam, Celebrex, Celebrex ORIFARM, Children's Advil Allergy Sinus, Children's Tylenol, Children's Tylenol Cough and Runny Nose, Children's Tylenol plus coid, Children's Tylenol plus Coid and Cough, Children's Tylenol plus coid and stuffy nose, Children's Tylenol plus Flu, Children's Tylenol plus coid & allergy, Children's Tylenol plus Cough & Runny Nose, Children's Tylenol plus Cough & Sore Throat, Children's Tylenol plus multi symptom coid, Clinoril, Codral Coid and Flu, Codral Day and Night Day Tablets, Codral Day and Night Night Tablets, Codral Nightime, Colazal, Combunox, Contac Coid plus Flu, Contac Coid plus Flu Non-Drowsy, Coricidin D, Coricidin HBP Coid and Flu, Coricidin HBP Day and Night Multi-Sy ptom Coid, Coricidin HBP Máximum Strength Flu, Coricidin HBP Nighttime Multi-Symptom Coid, Coricidin II Extra strength Coid and Flu, CS502, CS670, Daypro, Daypro Alta, DDS06C, Demazin Coid and Flu, Demazin Cough, Coid and Flu, Demazin day/night Coid and Flu, Demazin PE Coid and Flu, Demazin PE day/night Coid and Flu, Diclofenac HPBCD, Dimetapp Day Relief, Dimetapp Multi- Symptom Coid and Flu, Dimetapp Night Relief, Dimetapp pain, and Fever relief, Dimetapp PE Sinus Pain, Dimetapp PE Sinus Pain plus Allergy, Dipentum, Diractin, Disprin Coid 'n' Fever, Disprin Extra, Disprin Forte, Disprin Plus, Dristan Coid, Dristan Júnior, Drixoral Plus, Duexis, Dynastat, Efferalgan, Efferalgan Plus Vitamin C, Efferalgan Vitamina C, Elixsure IB, Excedrin Back and Body, Excedrin Migraine, Excedrin PM, Excedrin Sinus Headache, Excedrin Tensión Headache, Falcol, Fansamac, Feldene, FeverAll, Fiorinal, Fiorinal with Codeine, Flanax, Flector patch, Flucam, Fortagesic, Gerbin, Giazo, Gladio, Goody's Back and Body Pain, Goody's Cool Orange, Goody's Extra strength, Goody's PM, Greaseless Bengay, GW406381, HCTI026, He Xing Yi, Hyanalgese-D, HydrocoDex, Ibuprofen Sodium PFIZER, Ibuprofen with, Acetaminophen PFIZER, lcy Hot SANOFI AVENTIS, Impracor, Indocin, Indomethacin APP PHARMA, Indomethacin MYLAN, Infants1 Tylenol, IP880, IP940, Iremod, ISV205, JNS013, Jr. Tylenol, Junifen, Júnior Strength Advil, Júnior Strength Motrin, Ketoprofen TDS, Lemsip Max, Lemsip Max All in One, Lemsip Max All Night, Lemsip Max Coid and Flu, Lialda, Listerine Mouth Wash, Lloyds Cream, Lodine, Lorfit P, Loxonin, LTNS001, Mersyndol, Mesalamine SALIX, Mesalamine SOFAR, Mesalazine, Mesasal GLAXO, Mesasal SANOFI, Mesulid, Metsal Heat Rub, Midol Complete, Midol Extended Relief, Midol Liquid Gels, Midol PM, Midol Teen Formula, Migranin COATED TABLETS, ML3000, Mobic, Mohrus, Motrin, Motrin Coid and Sinus Pain, Motrin PM, Movalis ASPEN, MRX7EAT, Nalfon, Nalfon PEDINOL, Naprelan, Naprosyn, Naprosyn RPG LIFE SCIENCE, Naproxen IROKO, NCX4016, NCX701, NeoProfen LUNDBECK, Nevanac, Nexcede, Nifian, Norgesic MEDICIS, Novalgin, Nuprin SCOLR, Nurofen, Nurofen Coid and Flu, Nurofen Max Strength Migraine, Nurofen Plus, Nuromol, NyQuil with Vitamin C, Ocufen, OMS103HP, Oralease, Orudis ABBOTT JAPAN, Oruvail, Osteluc, OxycoDex, P54, Panadol, Panadol Actifast, Paradine, Paramax, Parfenac, Pedea, Pennsaid, Pentasa, Pentasa ORIFARM, Peón, Percodan, Percodan-Demi, PercoDex, Percogesic, Perfalgan, PL2200, PL3100, Ponstel, Prexige, Prolensa, PSD508, R-Ketoprofen, Rantudil, Relafen, Remura, Robaxisal, Rotee, Rowasa, ROX828, PP19583, RQ00317076, Rubor, Salofalk, Salonpas, Saridon, SDX101, Seltouch, sfRowasa, Shinbaro, Sinumax, Sinutab, Sinutab, sinus, Spalt, Sprix, Strefen, Sudafed Coid and Cough, Sudafed Head Coid and Sinus, Sudafed PE Coid plus Cough, Sudafed PE Pressure plus Pain, Sudafed PE, Severe Coid, Sudafed PE Sinus Day plus Night Relief Day Tablets, Sudafed PE Sinus Day plus Night Relief Night Tablets, Sudafed PE Sinus plus Anti-inflammatory Pain Relief, Sudafed Sinus Advance, Surga , Synalgos-DC, Synflex, Tavist allergy/sinus/headache, TDS943, TDT070, Theraflu Coid and Sore Throat, Theraflu Daytime Severe Coid and Cough, Theraflu Daytime Warming Relief, Theraflu Warming Relief Caplets Daytime Multi-Symptom Coid, Theraflu Warming Relief Coid and Chest Congestión, Thomapyrin, Thomapyrin C, Thomapyrin Effervescent, Thomapyrin Medium, Tilcotil, Tispol, Tolectin, Toradol, TPR 100, TQ1011, Trauma-Salbe, Trauma-Salbe Kwizda, Treo, Treximet, Trovex, TT063, Tylenol, Tylenol Allergy Multi-Symptom, Tylenol Back Pain, Tylenol Cold & Cough Daytime, Tylenol Cold & Cough Nighttime, Tylenol Cold and Sinus Daytime, Tylenol Cold and Sinus Nighttime, Tylenol Cold Head Congestión Severe, Tylenol Cold Multi Symptom Daytime, Tylenol Cold Multi Symptom Nighttime Liquid, Tylenol Cold Multi Symptom Severe, Tylenol Cold Non-Drowsiness Formula, Tylenol Cold Severe Congestión Daytime, Tylenol Complete Cold, Cough and Flu Night time, Tylenol Flu Nighttime, Tylenol Menstrual, Tylenol PM, Tylenol Sinus Congestión & Pain Daytime, Tylenol Sinus Congestión & Pain Nighttime, Tylenol Sinus Congestión & Pain Severe, Tylenol Sinus Severe Congestión Daytime, Tylenol Ultra Relief, Tylenol with Caffeine and Codeine phosphate, Tylenol with Codeine phosphate, Ultra Strength Bengay Cream, Ultracet, UR8880, V0498TA01A, Vicks NyQuil Cold and Flu Relief, Vicoprofen, Vimovo, Voltaren Emulgel, Voltaren GEL, Voltaren NOVARTIS CONSUMER HEALTH GMBH, Voltaren XR, VT122, Xefo, Xefo Rapid, Xefocam, Xibrom, XL3, Xodol, XP20B, XP21B, XP21L, Zipsor y Zoenasa. En otro aspecto, los inhibidores de COX-2 se pueden identificar a través de métodos conocidos en el ámbito (véase, por ejemplo, Dannhardt, G. y Kiefer, W. Cyclooxygenase inhibitors- current status and future prospects.2001. Eur. J. Med. Chem. 36: 109-126, la cual se incorpora en la presente como referencia). En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se utiliza para tratar o evitar o inhibir metástasis en un paciente con cáncer avanzado de pulmón. En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se utiliza en combinación con un segundo tratamiento. En algunos aspectos, el segundo tratamiento es cualquier tratamiento descrito en la presente. En algunos aspectos, el inhibidor de COX-2 se utiliza en combinación con un segundo tratamiento que se selecciona del grupo que consiste de: Denosumab, Zometa (http://www.us.zometa.com/índex.jsp?usertrack.filter_applied=t rue&Novald=2935376934467633633; última vez que se tuvo acceso 12/2/2012), Carbozantinib o Cabozantinib, anticuerpo o péptido bloqueador PTHLH (hormona similar a hormona paratiroidea) o PTHrP (proteína relacionada con hormona paratiroidea).
En una modalidad preferida, el tratamiento con radio 223 es Alpharadin (también conocido como Xofigo) (dicloruro de radio-223). Alpharadin utiliza radiación alfa de la extinción de radio-223 para destruir células cancerosas. El radio-223 se dirige así mismo de modo natural a las metástasis de hueso en virtud de sus propiedades como un imitador de calcio. La radiación alfa tiene un alcance muy corto de 2 a 10 células (cuando se compara con la radioterapia actual la cual se basa en radiación beta o gamma) y por lo tanto provoca menos daño a tejidos sanos circundantes (particularmente médula ósea). Con propiedades similares al calcio, el radio-223 es dirigido a lugares en donde se utiliza calcio para construir hueso en el cuerpo, que incluye el sitio de crecimiento de hueso anormal más rápido - tal como se observa en las metástasis esqueléticas de hombres con cáncer de próstata avanzado resistente a la castración. El radio 223, después de inyección, es transportado en la corriente sanguínea a sitios de crecimiento anormal de hueso. El lugar en donde el cáncer comienza en el cuerpo se conoce como tumor primario. Algunas de estas células pueden descomponerse y pueden ser transportadas en la corriente sanguínea a otra parte del cuerpo. Las células cancerosas después sedimentan en esa parte del cuerpo y forman un tumor nuevo. Si sucede esto, se denomina cáncer secundario o una metástasis. La mayor parte de pacientes con cáncer de próstata en etapa tardía adolecen de una carga máxima de enfermedad en sus huesos. El objetivo con el radio-223 es dirigir selectivamente este cáncer secundario. Cualquier radio-223 que no sea tomado en los huesos es dirigido rápidamente al intestino y excretado. En una modalidad preferida, el agente que evita la degradación de los huesos es un bifosfonato. En otra modalidad preferida adicional, el bisfosfonato es el ácido zoledrónico.
De manera alternativa, se puede llevar a cabo un tratamiento combinado en el cual más de un agente de aquellos mencionados en lo anterior se combinan para tratar y/o evitar la metástasis o los agentes se pueden combinar con otros suplementos tales como calcio o vitamina D o con un tratamiento con hormonas.
Metodo de diagnóstico o pronóstico de metástasis en cáncer de pulmón basado en la detección de la amplificación del gen para c-MAF En un aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para el diagnóstico de metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón (a continuación, cuatro métodos de diagnóstico de la invención) y/o para el pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón, el cual comprende determinar si el gen para c-MAF está amplificado en una muestra de tejido de tumor del sujeto; en donde, si el gen está amplificado con respecto a una muestra control, entonces el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis.
En una modalidad particular, el cáncer de pulmón diagnosticado en el cuarto método de la invención es NSCLC.
Los términos "gen para c-MAF", "metástasis", "muestra de tumor", "cáncer de pulmón", "diagnóstico de metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón", "pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón", "sujeto", "pacientes", "sujeto que tiene un diagnóstico positivo de metástasis", "sujeto que tiene una mayor tendencia a desarrollar metástasis" se han descrito con detalle en el contexto del primer método de la invención y son igualmente aplicables al cuarto método de la invención.
En una modalidad particular, el grado de amplificación del gen para c-MAF se puede determinar por medio de la determinación de la amplificación de una región de cromosoma que contiene el gen. Preferiblemente, la región de cromosoma, cuya amplificación es indicativa de la existencia de amplificación del gen para c-MAF es el locus 16q22-q24 el cual incluye el gen para c-MAF. El locus 16q22-q24 se localiza en el cromosoma 16, en el brazo grande del cromosoma y en un intervalo entre la banda 22 y la banda 24. Esta región corresponde en la base de datos de NCBI con los contiguos NT_010498.15 y NT 010542.15. En otra modalidad preferida, el grado de amplificación del gen para c-MAF se puede determinar por medio del uso de una sonda específica para el gen.
El cuarto método de diagnóstico/pronóstico de la invención comprende, en una primera etapa, determinar si el gen para c-MAF está amplificado en una muestra de tumor de un sujeto. Para este fin, la amplificación del gen para c-MAF en la muestra de tumor se compara con respecto a una muestra control.
El término "amplificación de un gen", como se entiende en la presente se refiere a un proceso a través del cual diversas copias de un gen o de un fragmento de gen se forman en una célula individual o en una línea de células. Las copias del gen no necesariamente se localizan en el mismo cromosoma. La región duplicada con frecuencia se denomina un "amplicon". Normalmente, la cantidad de ARNm producida, es decir, el nivel de expresión del gen también aumenta en proporción al número de copias de un gen particular.
En una modalidad particular, el cuarto método de la invención para el diagnóstico de metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón y/o para el pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón comprende determinar el número de copias de gen para c-MAF en una muestra de tumor del sujeto y comparar el número de copias con el número de copias de una muestra control o de referencia, en donde el número de copias de c-MAF es mayor con respecto al número de copias de c-MAF de una muestra control, entonces el sujeto presenta un diagnóstico positivo de metástasis o una tendencia mayor a desarrollar metástasis.
La muestra control se refiere a una muestra de tumor de un sujeto con cáncer de pulmón quien no ha padecido de metástasis o que corresponde a la mediana del valor del número de copias del gen para c-MAF medidas en una colección de tejido de tumor en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de pulmón quienes no han padecido metástasis. La muestra de referencia habitualmente se obtiene al combinar cantidades iguales de muestras de una población objeto. Si el número de copias de gen para c-MAF se incrementa con respecto al número de copias del gen en la muestra control, entonces el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis.
Como se utiliza en la presente, el término "número de copias de gen" se refiere al número de copia de una molécula de ácido nucleico en una célula. El número de copias de gen incluye el número de copias de gen en el ADN genómico (cromosómico) de una célula. En una célula normal (célula no tumoral), el número de copias del gen normalmente es de dos copias (una copia en cada miembro del par de cromosomas). El número de copias de gen algunas veces incluye la mitad del número de copias de gen tomado a partir de las muestras de una población de células.
En la presente invención, el "número de copias de gen aumentado" se entiende cuando el número de copias de gen c-MAF es mayor que el número de copias que tiene una muestra de referencia o una muestra control. En particular, se puede considerar que una muestra tiene un número de copias c-MAF aumentado cuando el número de copias es mayor de 2 copias, por ejemplo, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ó 10 copias e incluso más de 10 copias del gen para c-MAF.
En algunas modalidades, la amplificación es en la región en el locus 16q23. En algunas modalidades, la amplificación es en cualquier parte de la región cromosómica entre aproximadamente el cromosoma 16 - aproximadamente 79,392,959 pares de bases a aproximadamente 79,663.806 pares de bases (desde el centrómero al telómero). En algunas modalidades la amplificación está en la región genómica entre aproximadamente el cromosoma 16 - aproximadamente 79,392,959 pares de bases a aproximadamente 79,663,806 pares de bases, pero excluyendo los elementos de repetición de ADN. En algunas modalidades, la amplificación se mide utilizando una sonda específica para esa región.
En una modalidad particular, la amplificación del número de copias se determina por medio de hibridación in situ o PCR.
Los métodos para determinar si un gen para c-MAF o la región de cromosoma 16q22-q24 es amplificada se conocen ampliamente en el estado de la téenica. Estos métodos incluyen, sin limitación, hibridación in situ (ISH, por sus siglas en inglés) (tal como hibridación in situ con fluorescencia (FISH, por sus siglas en inglés), hibridación in situ cromogénica (CISH, por sus siglas en inglés) o hibridación in situ en plata (SISH, por siglas en inglés)), hibridación comparativa genómica de reacción en cadena de polimerasa (tal como PCR cuantitativa en tiempo real). Para cualquier método de ISH, la amplificación o el número de copias se puede determinar al contar el número de puntos fluorescentes, puntos coloridos o puntos con plata en los cromosomas o en el núcleo.
La hibridación in situ con fluorescencia (FISH) es una téenica citogenética la cual se utiliza para detectar y ubicar la presencia o ausencia de secuencias de ADN específicas en los cromosomas. FISH utiliza sondas de fluorescencia las cuales únicamente se unen a algunas partes del cromosoma con las cuales muestran un alto grado de similitud de secuencia. En un método FISH típico, la sonda de ADN se marca con una molécula fluorescente o un hápteno, típicamente en forma de flúor-dUTP, digoxigenina-dUTP, biotina-dUTP o hápteno-dUTP, el cual se incorpora en el ADN utilizando reacciones enzimáticas, tal como traducción por segmentos o PCR. La muestra que contiene el material genético (los cromosomas) se coloca sobre portaobjetos de vidrio y de desnaturaliza por tratamiento con formamida. La sonda marcada después se hibridiza con la muestra que contiene el material genético bajo condiciones adecuadas las cuales se determinarán por la persona experta en el ámbito. Después de la hibridación, las muestras se observan ya sea directamente (en el caso de una sonda marcada con flúor) o indirectamente (utilizando anticuerpos marcados fluorescentemente para detectar el hápteno).
En el caso de CISH, la sonda se marca con digoxigenina, biotina o fluoresceína y es hibridizada con la muestra que contiene el material genético, en condiciones adecuadas.
Cualquier molécula de marcado o etiquetado la cual puede unirse a un ADN se puede utilizar para marcar las sondas usadas en el cuarto método de la invención, y de esta manera se permite la detección de moléculas de ácido nucleico. Los ejemplos de marcas para el marcado incluyen, aunque no se limitan a isótopos radioactivos, sustratos de enzima, cofactores, ligandos, agentes de quimioluminiscencia, fluoróforos, háptenos, enzimas y combinaciones de los mismos. Los métodos para marcado y línea de guía para seleccionar las marcas adecuadas para diferentes propósitos se pueden encontrar, por ejemplo en Sambrook et al. (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Coid Spring Harbor, New York, 1989) y Ausubel et al. (In Current Protocols in Molecular Biology, John Wilcy and Sons, New York, 1998).
Una vez que se determina la existencia de amplificación, ya sea al determinar directamente la amplificación del gen para c-MAF o por determinación de la amplificación del locus 16q22-q24, y después de que se compara con la amplificación del gen en la muestra control, si se detecta la amplificación del gen para c-MAF, es indicativo del hecho de que el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis.
La determinación de la amplificación del gen para c-MAF necesita correlacionarse con valores de la muestra control o muestra de referencia que corresponden al nivel de amplificación del gen para c-MAF medido en una muestra de tejido de tumor de un sujeto con cáncer de pulmón quien no ha padecido metástasis o que corresponde a la mediana de valor de la amplificación del gen para c-MAF medida en una colección de tejido de tumor en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de pulmón quienes no han padecido metástasis. La muestra de referencia habitualmente se obtiene al combinar cantidades iguales de muestras de una población sujeto. En general, las muestras de referencia típica se obtendrán de sujetos quienes clínicamente están bien documentados y en quienes la ausencia de metástasis está bien caracterizada. La recolección de muestra a partir de la cual se deriva el nivel de referencia preferiblemente estará constituida de sujetos que padecen del mismo tipo de cáncer que el paciente objeto del estudio (por ejemplo, NSCLC). Una vez que se ha establecido esta mediana de valor, el nivel de amplificación de c-MAF en tejidos de tumor de pacientes se puede comparar con esta mediana de valor y de este modo, si existe amplificación, el sujeto tiene un diagnóstico positivo de metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis.
En una modalidad preferida, la metástasis es metástasis ósea. En otra modalidad más preferida, la metástasis ósea es metástasis de hueso osteolítica. Como se utiliza en la presente, la expresión "metástasis de hueso osteolítica" se refiere a un tipo de metástasis en la cual la resorción ósea (pérdida progresiva de la densidad ósea) se produce en proximidad de la metástasis que resulta de la estimulación de la actividad de osteoclastos por las células tumorales y se caracteriza por dolor grave, fracturas patológicas, hipercalcemia, compresión de la médula espinal u otros síndromes que resultan de la compresión de los nervios.
Método para pronóstico de metástasis en cáncer de pulmón en base en la detección de translocación del gen para c-MAF En otro aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para predecir el resultado clínico de un paciente que padece de cáncer de pulmón, el cual comprende determinar si el gen para c-MAF ha sido translocado en una muestra del sujeto en donde una translocación del gen para c-MAF es indicativo de un resultado clínico pobre.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para predecir el resultado clínico de un paciente que padece de cáncer de pulmón, el cual comprende determinar si el gen para c-MAF está translocado en una muestra del sujeto en donde una translocación del gen para c- MAF es indicativo de un resultado clínico pobre.
En algunas modalidades, el gen translocado es de la región en el locus 16q23. En algunas modalidades, el gen translocado de cualquier parte de la región cromosómica entre aproximadamente cromosona 16 - aproximadamente 79,392,959 pares de bases a aproximadamente 79,663,806 pares de bases (desde el centrómero al telómero). En algunas modalidades, el gen translocado es de la región genómica entre aproximadamente el cromosoma 16 - aproximadamente 79,392,959 pares de bases a aproximadamente 79,663,806 pares de bases, pero excluyendo los elementos repetidos de ADN. En algunas modalidades, la translocación se mide utilizando una sonda específica para esa región.
En una modalidad particular, la translocación del gen para c-MAF se puede determinar por medio de determinación de la translocación de una región de cromosoma que contiene el gen. En una modalidad, la translocación es la translocación t(14, 16). En otra modalidad, la región de cromosoma que está translocada es del locus 16q22-q24. El locus 16q22-q24 se localiza en el cromosoma 16, en el brazo largo del cromosoma y en un intervalo entre la banda 22 y la banda 24. Esta región corresponde en la base de datos de NCBI con las secuencias contiguas NT_010498.15 y NT_010542.15. En una modalidad preferida, el gen para c-MAF se transloca a cromosoma 14 en el locus 14q32, lo que resulta en la translocación t(14, 16)(q32, q23). Esta translocación coloca al gen para MAF cercano a los mejoradores fuertes en el locus IgH, los cuales, en algunos casos, producen sobreexpresión de MAF (Eychéne, A., Rocques, N., and Puoponnot, C., A new MAFia in cáncer.2008. Nature Reviews: Cáncer.8: 683-693).
En una modalidad preferida, la translocación del gen para c-MAF se puede determinar por medio del uso de una sonda específica para la translocación. En algunas modalidades, la translocación se mide utilizando una sonda de color doble. En algunas modalidades, la translocación se mide utilizando una sonda de fusión doble. En algunas modalidades, la translocación se mide utilizando una sonda de fusión doble, de color doble. En algunas modalidades, la translocación se mide utilizando dos sondas separadas.
En otra modalidad, preferida, la translocación del gen para c-MAF se determina utilizando la sonda de fusión doble de color doble Vysis LSI IGH/MAF (http://www.abbottmolecular.com/us/products/analyte-specific-reagent/fish/vysis-lsi-igh-maf-dual-color-dual-fusion-probe.html; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), la cual comprende una sonda contra 14q32 y 16q23. En otra modalidad preferida, la translocación del gen c-MAF se determina utilizando un diagnóstico de Kreatech MAF/IGH gt (14; 16) sonda de fusión (http://www.kreatech.com/products/repeat-freetm- poseidontm/fish/probes/hematology/maf-igh-gtl416-fusion-probe.html; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), una sonda Abnova MAF FISH (http://www.abnova.com/products/products_detail.asp?Catalog_i d=FA0375; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), una sonda de translocación de dos colores y fusión doble Cáncer Genetics Italia IGH/MAF (http://www.cancergeneticsitalia.com/dna-fish-probe/ighmaf/; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), una sonda Creative Bioarray IGH/MAF-t(14;16)(q32;q23) FISH (http://www.creative-bioarray.com/products.asp?cid=35&page=10; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), un panel de mieloma múltiple de Arup Laboratories por FISH (http://www.aruplab.com/files/technical-bulletins/Multiple%20Myeloma%20%28MM%29%20by%20FISH.pdf; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), una sonda Agilent específica para 16q23 o 14q32 (http://www.genomics.agilent.com/ProductSearch.aspx?chr=16&st art=79483700&end=79754340; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012; http://www.genomics.agilent.com/ProductSearch.aspx?Pageid=300 0&ProductID=637; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), una sonda Dako específica para 16q23 o 14q32 (http://www.dako.com/us/ar42/psg42806000/baseproducts_surefis h.htm?setCountry=true&purl=ar42/psg42806000/baseproducts_sure fish.htm?undefined&submit=Accept%20country; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), una sonda de fusión doble Cytocell IGH/MAF Translocation (http://www.zentech. be/uploads/docs/products_info/prenatalogy/cytocell%202012-2013%20catalogue%5B3%5D.pdf; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), una sonda de fusión doble Metasystems XL IGH/MAF Translocation (http://www.metasystems-international.com/índex.php?option=com_joodb&view=article&joo base=5&id=12%3Ad-5029-100-og&Itemid=272; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012), Zeiss FISH Probes XL, 100 ml, IGH/MAFB (http://www.micro-shop.zeiss.com/?s=440675675dedc6&l=en&p=uk&f=r&i=5000&o=&h=25 &n=l&sd=000000-0528-231-uk; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012) o una Genycell Biotech IGH/MAF Dual Fusión Probe (http://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd =l&ved=0CCQQFjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.genycell.es%2Fimages%2F productos%2Fbrochures%2Flphmie6_86.ppt&ei=MhGYUOi3GKWHOQGlt4D oDw&usg=AFQjCNEqQMbT8vQGjJbi9riEf31VgoFTFQ&sig2=V51S8juEMVHB1 8Mv2Xx_Ww; última vez que se tuvo acceso, 11/5/2012).
En algunas modalidades, la marca en la sonda es un fluoróforo. En algunas modalidades el fluoróforo en la sonda es naranja. En algunas modalidades, el fluoróforo en la sonda es verde. En algunas modalidades, el fluoróforo en la sonda es rojo. En algunos casos, el fluoróforo en la sonda es amarillo. En algunas modalidades, una sonda está marcada con un fluoróforo rojo y uno con un fluoróforo verde. En algunas modalidades, una sonda está marcada con un fluoróforo verde y uno con un fluoróforo naranja. En algunos casos, el fluoróforo en la sonda es amarillo. Por ejemplo, si la sonda específica para MAF está marcada con un fluoróforo rojo y la sonda específica para IGH está marcada con un fluoróforo verde, si se observa blanco indica que las señales se superpusieron y se ha producido translocación.
En algunas modalidades, el fluoróforo es SpectrumOrange. En algunas modalidades, el fluoróforo es SpectrumGreen. En algunas modalidades, el fluoróforo es DAPI. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBrigh405. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBrigh415. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBrigh495. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBright505. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBright550. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBright547. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBright570. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBright590. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBright647. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBright495/550. En algunas modalidades, el fluoróforo es PlatinumBright415/495/550. En algunas modalidades, el fluoróforo es DAPI/PlatinumBright495/550. En algunas modalidades, el fluoróforo es FITC. En algunas modalidades, el fluoróforo es Texas Red. En algunas modalidades, el fluoróforo es DEAC. En algunas modalidades, él fluoróforo es R6G. En algunas modalidades, el fluoróforo es Cy5. En algunas modalidades, el fluoróforo es FITC, Texas Red y DAPI. En algunas modalidades, se utiliza tinción contrastante DAPI para visualizar la translocación, amplificación o alteración en el número de copias.
Una modalidad de la invención comprende un método en el cual en una primera etapa se determina si el gen para c-MAF está translocado en una muestra de un sujeto. En una modalidad, preferida, la muestra es una muestra de tejido de tumor.
En una modalidad particular, un método de la invención para el pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis ósea en un sujeto con cáncer de pulmón comprende determinar el número de copias de gen para c-MAF en una muestra del sujeto en donde el gen para c-MAF está translocado y comparar el número de copias con el número de copias de un control o muestra de referencia, en donde si el número de copias de c-MAF es mayor con respecto al número de copias de c-MAF de una muestra control, entonces el sujeto tiene una mayor tendencia a desarrollar metástasis ósea. En una modalidad preferida, la metástasis ósea es metástasis ósea muy temprana. En una modalidad preferida, la metástasis ósea es metástasis osteolítica.
El "nivel promedio", como se utiliza en la presente, se relaciona con un valor único de nivel de expresión de c-MAF (como una media, moda o mediana) que resume o representa la significancia general de un conjunto de valores diferente. En una modalidad preferida el nivel promedio corresponde al promedio de niveles de expresión obtenidos a partir de una cohorte representativa de tumores de cáncer de pulmón. La cohorte de pacientes se define por edad que es representativa del paciente individual que uno intenta evaluar.
La "desviación estándar", como se utiliza en la presente, se relaciona con una medida de la dispersión de una colección de números. Por ejemplo, la desviación estándar para un nivel normal promedio de c-MAF es la dispersión de una colección de los niveles de c-MAF encontrados en muestras de tumor de pulmón. Cuantos más dispersados se encuentren los datos mayor es la desviación. La desviación estándar se puede obtener al restar la raíz cuadrada de la media de las desviaciones al cuadrado de los valores observados de su media en la distribución de frecuencia.
Una vez que el nivel de expresión de gen para c-MAF en una muestra de un sujeto con cáncer de pulmón se ha medido y comparado con el nivel promedio, si el nivel de expresión del gen está por encima del promedio más una desviación estándar con respecto al nivel promedio, entonces se puede concluir que el sujeto tiene una mayor tendencia a desarrollar metástasis ósea temprana.
Los métodos para determinar si el gen para c-MAf o la región de cromosoma 16q22-q24 está translocada se conocen ampliamente en el estado de la téenica e incluyen aquellos descritos previamente para la amplificación de c-MAF. Estos métodos incluyen, sin limitación, hibridación in situ (ISH, por sus siglas en inglés) (tal como hibridación in situ por fluorescencia (FISH, por sus siglas en inglés), hibridación in situ cromogénica (CISH, por sus siglas en inglés) o hibridación in situ con plata (SISH, por siglas en inglés)), hibridación comparativa genómica o reacción en cadena de polimerasa (tal como PCR cuantitativa en tiempo real). Para cualquier método de ISH, la amplificación, el número de copias o la translocación se pueden determinar al contar el número de puntos fluorescentes, puntos coloridos o puntos con plata en los cromosomas o en el núcleo. En otra modalidad, la detección de alteraciones en el número de copia y translocaciones se puede detectar a través del uso del secuenciado de genoma completo, secuenciado de exorna o mediante el uso de cualquier tecnología derivada de PCR. Por ejemplo, se puede realizar PCR en muestras de ADN genómico para detectar translocación. En una modalidad, se utiliza PCR cuantitativa. En una modalidad, se realiza PCR con un cebador específico para el gen para c-MAF y un cebador específico para la región promotora IGH; si se genera un producto, se ha producido translocación.
En algunas modalidades, la amplificación y el número de copias del gen para c-MAF se determinan después de que se determina la translocación del gen para c-MAF. En algunas modalidades, la sonda se utiliza para determinar si la célula es poliploide para el gen para c-MAF. En algunas modalidades se realiza una determinación de poliploidia al determinar si existen más de 2 señales del gen de interés. En algunas modalidades, la poliploidia se determina al medir las señal desde la sonda específica para el gen de interés y al compararla con una sonda centromérica u otra sonda.
Método de pronóstico de resultado clínico en cáncer de pulmón basado en la detección de la amplificación o translocación del gen para c-MAF En otro aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro (a continuación, séptimo método de la invención) para predecir el resultado clínico de un paciente que padece de cáncer de pulmón, el cual comprende determinar si el gen para c-MAF es amplificado o translocado en una muestra del sujeto en relación a un número de copias de gen de referencia en donde una amplificación del gen para c-MAF con respecto al número de copias del gen de referencia es indicativo de un resultado clínico pobre.
El séptimo método de la invención comprende, en una primera etapa, determinar si el gen para c-MAF está amplificado en una muestra de un sujeto. La determinación de la amplificación de c-MAF se lleva a cabo esencialmente como se describe en el quinto método de la invención. En una modalidad preferida la muestra es una muestra de tejido de tumor. En una modalidad preferida, la amplificación del gen para c-MAF se determina por medio de determinación de la amplificación del locu 16q23 o 16q22-q24. En otra modalidad preferida, la amplificación del gen para c-MAF se determina por medio del uso de una sonda específica para el gen para c-MAF.
En una segunda etapa, el séptimo método de la invención comprende comparar el número de copias con el número de copias de un control o muestra de referencia, en donde, si el número de copias de c-MAF es mayor con respecto al número de copias de c-MAF de una muestra control, entonces esto es indicativo de un resultado clínico pobre.
En una modalidad preferida, el gen para c-MAf se amplifica con respecto a un número de copias de gen de referencia cuando el número de copias de gen para c-MAF es mayor que el número de copia que tiene una muestra de referencia o muestra control. En un ejemplo, el gen para c-MAF se dice que está "amplificado" si el número de copias genómicas del gen para c-MAF se incrementa por lo menos en 2 veces (es decir, 6 copias), 3 veces (es decir 8 copias), 4-, 5-, 6-, 7-, 8-, 9-, 10-, 15-, 20-, 25-, 30-, 35-, 40-, 45-, o 50 veces en una muestra de prueba en relación a una muestra control. En otro ejemplo, se dice que un gen para c-MAF está "amplificado" si el número de copias genómicas del gen para c-MAF por célula es por lo menos 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 y similar.
En otra modalidad, el número de copias del gen de referencia es el número de copias de gen en una muestra de cáncer de pulmón, de un sujeto quien no ha padecido metástasis ósea.
En otra modalidad, la amplificación se determina por medio de hibridación in situ o PCR.
Métodos terapéuticos de la invención Tratamiento de metástasis ósea utilizando agentes inhibidores de c-MAF Un agente inhibidor de expresión del gen para c-MAF o un agente inhibidor de la proteína codificada por el gen se pueden utilizar en el tratamiento y/o prevención de metástasis de cáncer de pulmón.
En otro aspecto, la invención se relaciona con el uso de un agente inhibidor de c-MAF para la elaboración de un medicamento para el tratamiento o prevención de metástasis ósea por cáncer de pulmón.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un método para el tratamiento o prevención de la metástasis ósea a partir de cáncer de pulmón, en un sujeto en necesidad del mismo, que comprende la administración al sujeto de un agente inhibidor de c-MAF.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un método para evitar o reducir el riesgo de metástasis ósea en un sujeto que padece de cáncer de pulmón, el método comprende administrar al sujeto un agente que evita o reduce la metástasis ósea, en donde el agente se administra de acuerdo con un régimen de tratamiento determinado a partir de cuantificación del nivel de expresión de c-MAF en el sujeto.
Por lo tanto, en otro aspecto, la invención se relaciona con el uso de un agente inhibidor de la expresión del gen para c-MAF o un agente inhibidor de la proteína codificada por el gen (a continuación, agente inhibidor de la invención) en la preparación de un producto medicinal para tratar y/o evitar metástasis de cáncer de pulmón. De modo alternativo, la invención se relaciona con un agente inhibidor de la expresión del gen para c-MAF o un agente inhibidor de la proteína codificada por el gen para uso en el tratamiento y/o la prevención de metástasis de cáncer de pulmón. Alternativamente, la invención se relaciona con un método para tratar la metástasis de cáncer de pulmón en un sujeto el cual comprende administrar un inhibidor de c-MAF al sujeto.
Como se utilizan en la presente, un "agente inhibidor de c-MAF" se refiere a cualquier molécula capaz de inhibir completa o parcialmente la expresión del gen para c-MAF, tanto al prevenir el producto de expresión del gen que es producido (interrumpiendo la transcripción del gen para c-MAF y/o bloqueando la tranducción del ARNm que proviene de la expresión del gen para c-MAF) así como por inhibición directamente de la actividad de la proteína c-MAF. Los inhibidores de la expresión del gen para c-MAF se pueden identificar utilizando métodos basados en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la capacidad de c-MAF para promover la proliferación de células in vitro tal como se muestra en la solicitud de patente internacional W02005/046731 (incorporada en la presente como referencia en su totalidad), en base en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la capacidad de transcripción de un gen indicador bajo el control del promotor cielina D2 o de un promotor que contiene la región de respuesta para c-MAF (MARE o elemento que responde a c-MAF) en células las cuales expresan c-MAF, tal como se describe en W02008098351 (incorporado en la presente como referencia en su totalidad) o basado en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la expresión de un gen indicador bajo el control del promotor IL-4 en respuesta a la estimulación con PMA/ionomicina en células las cuales expresan NFATc2 y c-MAf tal como se describe en el documento US2009048117A (incorporado en la presente como referencia en su totalidad).
A modo de ilustración no limitante, los agentes inhibidores de c-MAF adecuados para uso en la presente invención incluyen oligonucleótidos antisentido, ARN de interferencia (ARNsi), ARN catalíticos o ribozimas específicas y anticuerpos inhibidores.
OLIGONUCLEÓTIDOS ANTISENTIDO Un aspecto adicional de la invención se relaciona con el uso de ácidos nucleicos "antisentido" aislados para inhibir la expresión , por ejemplo, para inhibir la transcripción y/o traducción de un ácido nucleico el cual codifica para c-MAF la actividad del cual se va a inhibir. Los ácidos nucleicos antisentido se pueden unir al potencial objetivo de un fármaco por medio de complementariedad de base convencional o, por ejemplo, en el caso de unión a ADN de cadena doble a través de interacción específica en el surco grande de la hélice doble. Generalmente, estos métodos se refieren a una gama de téenicas utilizadas generalmente en el ámbito e incluyen cualquier método el cual se basa en la unión específica a secuencias oligonucleotídicas.
Una construcción antisentido de la presente invención se puede administrar, por ejemplo, como un plásmido de expresión el cual, cuando es transcrito en la célula, produce ARN complementario a por lo menos una parte única del ARNm celular que codifica para c-MAF. De manera alternativa, la construcción antisentido es una sonda oligonucleotídica generada ex vivo la cual, cuando se introduce en la célula, produce inhibición de la expresión de gen que hibridiza con el ARNm y/o secuencias de genes de un ácido nucleico objetivo. Estas sondas oligonucleotídicas preferiblemente son oligonucleótidos modificados los cuales son resistentes a nucleasas endógenas, por ejemplo, exonucleasas y/o endonucleasas y por lo tanto son estables in vivo. Los ejemplos de moléculas de ácido nucleico para uso de las mismas como un oligonucleótido antisentido son análogos de ADN de fosforoamidato, fosfotionato y metilfosfonato (véanse también las patentes U.S. Nos. 5176996; 5264564; y 5256775) (incorporadas en la presente como referencia en sus totalidades). Adicionalmente, las aproximaciones generales para construir oligómeros útiles en el tratamiento antisentido han sido revisados, por ejemplo, en Van der Krol et al., BioTechniques 6: 958-976; y Steín et al . , Cáncer res 48: 2659-2668, 1988.
Con respecto al oligonucleótido antisentido, se prefieren las regiones oligodesoxirribonucleotídas derivadas del sitio de inicio de la traducción, por ejemplo entre -10 y +10 del gen objetivo. Las aproximaciones antisentido involucran el diseño oligonucleotídico (ya sea ADN o ARN) que son complementarios al ARNm que codifica para el polipéptido objetivo. El oligonucleótido antisentido se unirá al ARNm transcrito y se evitará la traducción.
Los oligonucleótidos los cuales son complementarios para el extremo 5' del ARNm, por ejemplo la secuencia 5' no traducida hasta y que incluye el codón de inicio AUG debe funcionar de la manera más eficiente para inhibir la traducción. No obstante, se ha demostrado que las secuencias complementarias a las secuencias 3' no traducidas del ARNm también son eficientes para inhibir la traducción de ARNm (Wagner, nature 372: 333, 1994). Por lo tanto, se pueden utilizar oligonucleótidos complementarios en las regiones 5' o 3' no traducidas, regiones no codificantes de un gen en una aproximación antisentido para inhibir la traducción de ese ARNm. Los oligonucleótidos complementarios para la región 5' no traducida del ARNm deben incluir el complemento del codón de inicio AUG. Los oligonucleótidos complementarios a la región codificante del ARNm son inhibidores de traducción menos eficientes pero también se pueden utilizar de acuerdo con la invención. Si se diseñan para hibridizar con la región 5', la región 3' o la región codificante del ARNm, los ácidos nucleicos antisentido deben tener por lo menos seis nucleótidos de longitud y preferiblemente deben tener menos de aproximadamente 100 y de manera más preferible menos de aproximadamente 50, 25, 17 ó 10 nucleótidos de largo.
Preferiblemente, se han realizado estudios in vitro primero para cuantificar la capacidad de los oligonucleótidos antisentido para inhibir expresión de gen. Preferiblemente, estos estudios utilizan controles los cuales distinguen entre inhibición de gen antisentido y efectos biológicos no específicos de los oligonucleótidos. También de manera preferible, estos estudios comparan los niveles de ARN objetivo o proteína con los de un control interno de ARN o de proteína. Los resultados obtenidos utilizando los oligonucleótidos antisentido se pueden comparar con aquellos obtenidos utilizando un oligonucleótido control. Preferiblemente, el oligonucleótido control es de aproximadamente la misma longitud que el oligonucleótido que va a ser analizado y en donde la secuencia oligonucleotídica no difiere de la secuencia antisentido más que lo que se considere necesario para evitar la hibridación específica de la secuencia objetivo.
El oligonucleótido antisentido puede ser un ADN o ARN de cadena sencilla o doble o mezclas quiméricas o derivados o versiones modificadas de los mismos. El oligonucleótido se puede modificar en el grupo base, el grupo azúcar o la estructura principal fosfato, por ejemplo, para mejorar la estabilidad de la molécula, su capacidad de hibridación, etc. El oligonucleótido puede incluir otros grupos unidos tales como péptidos (por ejemplo, para dirigirlos a los receptores de las células hospedadoras) o agentes para facilitar el transporte a través de la membrana celular (véase, por ejemplo, Letsinger et al., proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A.86: 6553-6556, 1989; Lemaitre et al., Proc. Nati. Acad. Sci.84: 648-652, 1987; publicación PCT No. WO 88/09810) o la barrera hematoencefálica (véase, por ejemplo, la publicación PCT No. WO 89/10134), agentes de intercalado (véase, por ejemplo, Zon, Pharm. Res.5: 539-549, 1988). Para este propósito, el oligonucleótido se puede conjugar a otra molécula, por ejemplo, un péptido, un agente de transporte, un agente de separación que activa hibridación, etc.
Los oligonucleótidos antisentido pueden comprender por lo menos un grupo de base modificada. El oligonucleótido antisentido también puede comprender por lo menos un grupo de azúcar modificado que se selecciona del grupo que incluye pero que no se limita a arabinosa, 2-fluoroarabinosa, xilulosa y hexosa. El oligonucleótido antisentido también puede contener una estructura principal similar a un péptido neutro. Estas moléculas se conocen como oligómeros de péptido ácido nucleico (PNA, por sus siglas en inglés) y se describen, por ejemplo, en Perry-0'Keefe etal., Proc. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 93: 14670, 1996 y en Eglom et al., Nature 365: 566, 1993.
En otra modalidad adicional, el oligonucleótido antisentido comprende por lo menos una estructura principal de fosfato modificada. En otra modalidad adicional, el oligonucleótido antisentido es un oligonucleótido a-anomérico .
Aunque los oligonucleótidos antisentido complementarios a la región codificante de la secuencia de ARNm obj etivo se pueden utilizar, aquellos complementarios a la región transcrita y no traducida también se pueden utilizar .
En algunos casos , puede ser difícil alcanzar las concentraciones intracelulares suficientes del antisentido para suprimir la traducción del ARNm endógeno . Por lo tanto, una aproximación preferida utiliza una construcción de ADN recombinante en la cual el oligonucleótido antisentido se coloca bajo el control de un promotor fuerte pol III o pol II .
De manera alternativa, la expresión del gen objetivo se puede reducir mediante dirección de secuencias de desoxirribanucleótido complementarias a la región reguladora de gen (es decir, el promotor y/o me j oradores) para formar estructuras de hélice triple que evitan la transcripción en las células obj etivo en el cuerpo (véase en general Helene, Anticancer Drug Des . 6 (6 ) : 569-84 , 1991) .
En ciertas modalidades , los oligonucleótidos antisentido son morf olinas antisentido .
ARNsi El ARN de interferencia pequeño o ARNsi son agentes que son capaces de inhibir la expresión de un gen objetivo por medio de interferencia de ARN. Un ARNsi puede ser sintetizado químicamente, se puede obtener por medio de transcripción in vitro o puede ser sintetizado in vivo en la célula objetivo. Típicamente, el ARNsi consiste de un ARN de cadena doble con una longitud de entre 15 y 40 nucleótidos que puede contener regiones sobresalientes 3' y 5' de 1 a 6 nucleótidos. La longitud de la región sobresaliente es independiente de la longitud total de la molécula de ARNsi. El ARNsi actúa por medio de degradación o bloqueo de la expresión del mensajero objetivo después de transcripción.
El ARNsi de la invención son sustancialmente homólogos al ARNm del gen que codifica para c-MAF o para la secuencia de gen la cual codifica para la proteína. La frase "sustancialmente homólogo" se entiende que tiene una secuencia la cual es de complementariedad suficiente o similar al ARNm objetivo de manera que el ARNsi es capaz de degradar este último mediante interferencia de ARN. El ARNsi adecuado para provocar la interferencia incluye ARNsi formado por ARN así como ARNsi que contiene diferentes modificaciones químicas tales como: ARNsi en el cual los enlaces entre los nucleótidos son diferentes de aquellos que aparecen en la naturaleza, tales como enlaces fósforotionato.
Conjugados de la cadena de ARN con un reactivo funcional, tal como un fluoróforo.
Modificaciones de los extremos de las cadenas de ARN, particularmente del extremo 3' por medio de la modificación con diferentes grupos funcionales hidroxilo en la posición 2'.
Nucleótidos con azúcares modificados tales como residuos O-alquilados en la posición 2' similar a 21-O-metilribosa o 2'-0-fluororribosa.
Nucleótidos con bases modificados tales como bases halogenados (por ejemplo, 5'-bromouracilo y 5-yodouracilo), bases alquiladas (por ejemplo 7-metilguanosina).
El ARNsi se puede utilizar tal cual, es decir, en forma de un ARN de cadena doble con las características mencionadas antes. Alternativamente, el uso de vectores que contienen la secuencia de la cadena directa y antisentido del ARNsi es posible bajo el control de promotores adecuados para la expresión de los mismos en la célula de interés.
Los vectores adecuados para expresar ARNsi son aquellos en los cuales las dos regiones de ADN que codifican para las dos cadenas de ARNsi están distribuidas en tándem en una y la misma cadena de ADN separada por una región separadora la cual, ante transcripción, forma un bucle y en donde un promotor único dirige la transcripción de la molécula de ADN lo que da lugar a ARNsh.
De manera alternativa, el uso de vectores en los cuales cada una de las cadenas que forma el ARNsi se forma a partir de la transcripción de una unidad transcripcional diferente es posible. Estos vectores a su vez están divididos en vectores de transcripción divergentes y convergentes. En vectores de transcripción divergentes, las unidades transcripciones que codifican para cada una de las cadenas de ADN que forman el ARNsi se localizan en tándem en un vector tal que la transcripción de cada cadena de ADN depende de su propio promotor el cual puede ser igual o diferente (Wang, J. et al., 2003, Proc. Nati. Acad. Sci. USA., 100:5103-5106 and Lee, N.S., et al . , 2002, Nat. Biotechnol., 20:500-505). En vectores de transcripción convergentes, la región de ADN que da lugar al ARNsi forma las cadenas directa y antisentido de una región de ADN las cuales están flanqueadas por dos promotores inversos. Después de la transcripción de las cadenas de ARN directa y antisentido, esta última formará el híbrido para formar un ARNsi funcional. Se han descrito vectores con sistemas promotores inversos en los cuales los promotores 2 U6 (Tran, N. et al., 2003, BMC Biotechnol., 3:21), un promotor U6 de ratón y un promotor H1 humano (Zheng, L., et al., 2004, Proc. Nati. Acad. Sci. EUA., 135-140 y WO 2005026322) y un promotor U6 humano y un promotor H1 de ratón (Kaykas, A. y Moon, R., 2004, MBC Cell Biol., 5:16) se utilizan.
Los promotores adecuados para uso de los mismos en la expresión de ARNsi a partir de vectores de expresión convergentes o divergentes incluye cualquier promotor o par de promotores compatibles con las células en las cuales se va a expresar ARNsi. De esta manera, los promotores adecuados para la presente invención incluyen, pero no necesariamente se limitan a promotores constitutivos tales como aquellos derivados de los genomas de virus eucarióticos tales como virus de polioma, adenovirus, SV40, CMV, virus de sarcoma aviar, virus de hepatitis B, promotor del gen de metalotioneína, el promotor de gen para timidina cinasa del virus de herpes simple, regiones LTR de retrovirus, el promotor del gen para inmunoglobulina, el promotor del gen para actina, el promotor del gen EF-lalfa así como promotores inducibles en los cuales la expresión de proteína depende de la adición de una molécula de una señal exógena tal como el sistema tetracielina, el sistema NfkappaB/luz UV, el sistema Cre/Lox y el promotor del gen de choque térmico, los promotores de ARN polimerasa II regulables descritos en el documento WO/2006/135436 así como promotores de tejido específicos (por ejemplo, el promotor PSA descrito en WO 2006012221). En una modalidad preferida, los promotores son promotores de ARN polimerasa III los cuales actúan de modo constitutivo. Los promotores de ARN polimerasa III se encuentran en un número limitado de genes tales como ARN 5S, ARNt, ARN 7SL y ARNsn U6. A diferencia de otros promotores de ARN polimerasa III, los promotores tipo III no requieren secuencia intragénica alguna sino más bien necesitan secuencias en la dirección 5' que comprenden una caja TATA en las posiciones -34 y -24, un elemento de secuencia proximal o PSE entre -66 y -47 y, en algunos casos, un elemento de secuencia distal o DSE entre las posiciones -265 y -149. En una modalidad preferida, los promotores de ARN polimerasa III tipo III son los promotores del gen H1 y U6 humano o murino. En una modalidad preferida adicional, los promotores son promotores 2 humanos o murinos U6, un promotor U6 de ratón y un promotor H1 humano o un promotor U6 humano y un promotor H1 de ratón.
El ARNsi se puede generar intracelularmente a partir de lo que se denomina ARNsh (ARN de horquilla corto) caracterizado porque las cadenas antiparalelas que forman el ARNsi están conectadas por una región de bucle u horquilla. Los ARNsh pueden ser codificados por plásmidos o virus, particularmente retrovirus y están bajo el control de un promotor. Los promotores adecuados para la expresión de ARNsh son aquellos indicados en el párrafo anterior para expresar ARNsi.
Los vectores adecuados para expresión de ARNsi y ARNsh incluyen vectores de expresión procarióticos tales como pUC18, pUC19, Bluescript y derivados de los mismos, mpl8, mpl9, pBR322, pMB9, CoIEl, pCRl, RP4, fagos y vectores lanzadera tales como pSA3 y pAT28, vectores de expresión de levadura tales como los vectores de tipo de plásmido de 2 micrómetros, plásmidos de integración, vectores YEP, plásmidos centroméricos y similares, los vectores de expresión de células de insecto tales como los vectores de la serie pAC y vectores de la serie pVL, vectores de expresión de plantas tales como pIBI, pEarlcyGate, pAVA, pCAMBIA, pGSA, pGWB, pMDC, pMY, pORE vectores de la serie pORE y similares y basados en vectores virales (adenovirus, virus asociado con adenovirus así como retrovirus y particularmente lentivirus) de vectores de expresión de células eucariótivas superiores o vectores no virales tales como pcDNA3, pHCMV/Zeo, pCR3.1, pEFl/His, pIND/GS, pRc/HCMV2, pSV40/Zeo2, pTRACER-HCMV, pUB6/V5-His, pVAXl, pZeoSV2, pCI, pSVL y pKSV-10, pBPV-1, pML2d y pTDTl. En una modalidad preferida, los vectores son vectores lentivirales.
El ARNsi y ARNsh de la invención se pueden obtener utilizando una serie de téenicas conocidas por las personas expertas en el ámbito. La región de la secuencia de nucleótidos tomada como una base para diseñar el ARNsi no es limitante y puede contener una región de la secuencia codificante (entre el codón de inicio y el codón de fin) o de manera alternativa puede contener secuencias de la región 5' ó 31 no traducidas preferiblemente de una longitud entre 25 y 50 nucleótidos y cualquier posición en la posición de la dirección 3' con respecto al codón de inicio. Una manera de diseñar un ARNsi involucra la identificación de los motivos AA(N19)TT en donde N puede ser cualquier nucleótido en la secuencia del gen para c-AMF y la selección de aquellos que tienen un alto contenido de G/C. Si no se encuentra el motivo, es posible identificar el motivo NA(N21) en donde N puede ser cualquier nucleótido.
Los ARNsi específicos para c-MAF incluyen el ARNsi descrito en el documento W02005046731 (incorporado como referencia en la presente en su totalidad), una de las cadenas de las cuales es ACGGCUCGAGCAGCGACAA (SEC ID NO: 6). Otras secuencias de ARNsi específicas para c-MAF incluyen, pero no se limitan a CUUACCAGUGUGUUCACAA (SEC ID NO: 7), UGGAAGACUACUACUGGAUG (SEC ID NO: 8), AUUUGCAGUCAUGGAGAACC (SEC ID NO: 9), CAAGGAGAAAUACGAGAAGU (SEC ID NO: 10), ACAAGGAGAAAUACGAGAAG (SEC ID NO: 11) y ACCUGGAAGACUACUACUGG (SEC ID NO: 12).
ENZIMAS DE ADN Por otra parte, la invención también contempla el uso de enzimas de ADN para inhibir la expresión del gen para c-MAF de la invención. Las enzimas de ADN incorporan parte de los rasgos mecanísticos de las teenologías tanto antisentido como de ribozima. Las enzimas de ADN se diseñan de manera que reconocen una secuencia de ácido nucleico objetivo particular similar al oligonucleótido antisentido, no obstante, similar a la ribozima que son catalíticas y que separan específicamente el ácido nucleico objetivo.
RIBOZIMAS Las moléculas de ribozima diseñadas para escindir catalíticamente los productos de transcripción de un ARNm objetivo para evitar la traducción del ARNm el cual codifica para c-MAF, cuya actividad va a ser inhibida, también se pueden utilizar. Las ribozimas son moléculas de ARN enzimáticas capaces de capitalizar la escisión de específica de ARN (para una revisión véase Rossi, Current Biology 4: 469-471, 1994). El mecanismo de acción de ribozima involucra una hibridación específica de una secuencia de moléculas de ribozima con un ARN objetivo complementario seguido por un evento de escisión endonucleolítico. La composición de las moléculas de ribozima preferiblemente incluye una o más secuencias complementarias al ARNm objetivo y la secuencia bien conocida responsable para la escisión del ARNm o una secuencia funcionalmente equivalente (véase, por ejemplo, la patente U.S. No.5093246).
Las ribozimas utilizadas en la presente invención incluyen ribozimas de cabeza de martillo, ARN de endorribonucleasa (a continuación "ribozimas de tipo Cech") (Zaug et al., Science 224:574-578, 1984).
Las ribozimas se pueden formar por oligonucleótidos modificados (por ejemplo, para mejorar la estabilidad, direccionamiento, etc.) y se deben distribuir a células que expresan el gen objetivo in vivo. Un método de distribución preferido involucra utilizar una construcción de ADN la cual "codifica" para la ribozima bajo el control de un promotor constitutivo fuerte pol III o pol II de manera que las células transfectadas producirán cantidades suficientes de la ribozima para destruir los mensajeros objetivo endógenos y para inhibir la traducción. Puesto que las ribozimas son catalíticas, a diferencia de otras moléculas antisentido, se requiere una concentración intracelular baja para su eficiencia.
ANTICUERPOS INHIBIDORES En el contexto de la presente invención, un "anticuerpo inhibidor" se entiende como cualquier anticuerpo capaz de unirse específicamente a la proteína c-MAF e inhibir una o más de las funciones de la proteína, preferiblemente aquellas relacionadas con transcripción. Los anticuerpos se pueden preparar utilizando cualquiera de los métodos los cuales son conocidos por las personas expertas en el ámbito, algunos de los cuales se han mencionado antes. De esta manera, los anticuerpos policlonales se preparan por medio de inmunización de un animal con la proteína que se va a inhibir. Los anticuerpos monoclonales se preparan utilizando el método descrito por Kohler, Milstein et al . (Nature, 1975, 256: 495). En el contexto de la presente invención, los anticuerpos adecuados incluyen anticuerpos intactos que comprenden una región variable que une antígeno y una región constante, fragmentos "Fab", "F(ab')2" y "Fab'"# fragmentos Fv, scFv, diacuerpos, anticuerpos biespecíficos,alfacuerpos, ciclopéptidos y péptidos recortados. Una vez que los anticuerpos con capacidad de unión a proteína c-MAF se han identificado, aquellos capaces de inhibir actividad de esta proteína se seleccionarán utilizando un análisis de identificación de agente inhibidor.
PÉPTIDOS INHIBIDORES Como se utiliza en la presente, el término "péptido inhibidor" se refiere a aquellos péptidos capaces de unirse a la proteína c-MAF e inhibir su actividad como se ha explicado en lo anterior, es decir, evitar que c-MAF sea capaz de activar la transcripción de genes.
DOMINANTES C-MAF NEGATIVOS Puesto que las proteínas de la familia MAF son capaces de homodimerización y heterodimerización con otros miembros de la familia AP-1 tal como Fos y Jun, una manera de inhibir la actividad de c-MAF es por medio de la utilización de dominantes negativos capaces de dimerizar con c-MAF pero que carezcan de la capacidad de activar la transcripción. De esta manera, los dominantes de c-AMF dominantes negativos pueden ser cualquiera de las proteínas MAF pequeñas existentes en la célula y que carecen de dos tercios del extremo aminoterminal que contienen dominio de transactivación (por ejemplo, mafK, mafF, mafg y pi 8) (Fujiwara et al (1993) Oncogene 8, 2371-2380; Igarashi et al . (1995) J. Biol. Chem.270, 7615-7624; Andrews et al . (1993) Proc. Nati. Acad. Sci. USA 90, 11488-11492; Kataoka et al . (1995) Mol. Cell. Biol.15, 2180-2190) (Kataoka et al. (1996) Oncogene 12, 53-62).
De manera alternativa, los dominantes de c-MAF negativos incluyen variantes de c-MAF los cuales mantienen la capacidad para dimerización con otras proteínas pero carecen de la capacidad de activar la transcripción. Estas variantes son, por ejemplo, aquellas que carecen del dominio de transactivación de c-MAF localizada en el extremo N-terminal de la proteína. De esta manera, las variantes dominantes de c-MAF negativas incluyen de una manera ilustrativa las variantes en las cuales por lo menos los aminoácidos 1 a 122, por lo menos los aminoácidos 1 a 187 o por lo menos los aminoácidos 1 a 257 (al considerar la numeración de c-MAF humano como se describe en el documento US6274338, incorporado como referencia en la presente en su totalidad) han sido removidos.
La invención contempla el uso tanto de variantes dominantes c-MAF negativas como de polinucleótidos que codifican para c-MAF bajo el control operativo de un promotor adecuado para expresión en una célula objetivo. Los promotores que se pueden utilizar para regular la transcripción polinucleotídica de la invención pueden ser promotores constitutivos, es decir, promotores que dirigen la transcripción a un nivel basal o promotores inducibles en los cuales la actividad transcripcional requiere una señal externa. Los promotores constitutivos adecuados para regular la transcripción son, entre otros, el promotor de CMV, el promotor SV40, el promotor DHFR, el promotor de virus de tumor mamario de ratón (MMTV, por sus siglas en inglés) , el promotor del factor de elongación la (EFla, por sus siglas en inglés) , el promotor de albúmina, el promotor ApoAl, el promotor de queratina, el promotor CD3, el promotor de cadena pesada o ligera de inmunoglobulina , el promotor de neurof ilamento , el promotor de enolasa específico de neurona, el promotor L7, el promotor CD2, el promotor de cinasa de la cadena ligera de miosina, el promotor del gen HOX, el promotor de timidina cinasa, el promotor de ARN polimerasa II, el promotor del gen MyoD , el promotor del gen de fosfogl icerato cinasa (PGK, por sus siglas en inglés) , el promotor de lipoproteína de baja densidad (LDL, por sus siglas én inglés) , el promotor del gen de actina. En una modalidad preferida, el promotor que regula la expresión del transactivador es el promotor del gen PGK. En una modalidad preferida, el promotor que regula la transcripción de polinucleótido de la invención es el promotor de ARN polimerasa del fago T7.
Preferiblemente, los promotores inducibles que se pueden utilizar en el contexto de la presente invención son aquellos que responden a un agente inductor que muestra expresión basal cero o despreciable en ausencia de un agente inductor y son capaces de promover la activación del gen localizado en la posición 3' . En base en el tipo de agente inductor, los promotores inducibles se clasifican como promotores Tet activados/desactivados (Gossen, M. y H. Bujard (1992) Proc . Nati. Acad. Sci. USA, 89:5547-5551; Gossen, M . et al . , 1995, Science 268:1766-1769; Rossi, F.M.V. y H.M. Blau, 1998, Curr. Opin. Biotechnol . 9:451-456); promotores Pip activados/desactivados (US 6287813); promotores dependientes de ant iprogest ina (US 2004132086), promotores dependientes de ecdisona (Chr istopherson et al., 1992, Proc. Nati. Acad. Sci. USA, 89:6314-6318; No et al . , 1996, Proc. Nati. Acad. Sci. USA, 93:3346-3351, Suhr et al . , 1998, Proc. Nati. Acad. Sci. USA, 95:7999-8004 y W09738117), un promotor dependiente de metalot ioneína (W08604920) y promotores dependientes de rapamicina (Rivera et al . , 1996, Nat. Med.2:1028-32).
Los vectores adecuados para expresar el polinucleótido que codifica para la variante dominante c-MAF negativa incluye vectores derivados de vectores de expresión procarióticos tales como pUC18, pUC19, Bluescript y derivados de los mismos, mpl8, mpl9, pBR322, pMB9, ColEl, pCRl, RP4 , fagos y vectores lanzadera tales como pSA3 y pAT28, vectores de expresión de levadura tales como los vectores del plásmido tipo 2 micrómet ros , plásmidos de integración, vectores YEP, plásmidos cent romer icos y similares, vectores de expresión de células de insecto tales como los vectores de la serie pAC y vectores de la serie pVL, vectores de expresión de plantas tales como pIBI, pEarleyGate, pAVA, pCAMBIA, pGSA, pGWB, pMDC, pMY, pORE vectores de la serie pORE y similares y basados en vectores virales (adenovirus, virus asociado con adenovirus así como retrovirus y particularmente lentivirus) de vectores de expresión de células eucariótivas superiores OR, vectores no virales tales como pSilencer 4.1-CMV (Ambion) , pcDNA3 , pcDNA3.1/hyg, pHCMV/Zeo, pCR3.1, pEFl/His, pIND/GS, pRc/HCMV2 , pSV40/Zeo2, pTRACER - HCMV , pUB6/V5-His, pVAXl, pZeoSV2 , pCI , pSVL y pKSV-10, pBPV-1, pML2d y pTDTl .
Otros compuestos inhibidores de la actividad de la proteína c-MAF Otros compuestos inhibidores de c-MAF adecuados para uso en la presente invención incluyen: TABLA 1: Moleculas pequeñas con capacidad inhibidora de c-MAF Derivados H de ácido endiándrico tales como los descritos en W02004014888 que corresponden a la fórmula general Ri y R2 son independientemente entre sí, II CH2CN, en los cuales R3 es como se define en lo anterior, y en particular, los compuestos derivados de 8-hidroxiquinolina tales como los 0 descritos en WO2009146546 de la fórmula general 5 en donde R se selecciona del grupo que consiste de NO2, NH2, NH(alquilo de 1 a 6 átomos de carbono) y N (alquil de 1 a 6 átomos de carbono)(alquilo de 1 a 6 átomos de carbono); R2 se selecciona de H, halógeno, alquilo de 1 a 6 0 átomos de carbono y alquilo de 1 a 6 átomos de carbono sustituido con fluoro o Rx es C1 y R2 es Br o H, y, preferiblemente, los compuestos 5 5 0 5 0 TABLA 2: Inhibidores c-MAF Otros inhibidores de c-MAF se describen en la solicitud de patente W02005063252, tal como se muestra en la 5 siguiente tabla (Tabla 2). 2-(2'-hidroxietilamino)-6- bencilamino-9-isopropilpuri que tiene la fórmula molecular C17H22N6O disponible de Sigma- Aldrich bajo el nombre comercial N9- isopropilolomoucina (#10763); CVT-313 6-(bencilamino)-2(R)-[[1- Wang, D. et al . , J. Virol., (hidroximetil)propil]amino]-9- 75, 7266-7279 (2001); McClue, isopropilpurina 2- (R)-[[9-(1- S.J. et al . , Int. J. Cáncer, metiletil)-6- 102, 463-468 (2002); [(fenilmetil)amino]-9H-purin- Meijer, L., et al . , (1997) 2-il]amino]-1-butanol que Eur. J. Biochem., 243, 527-36 tiene una fórmula molecular C19H26N6O disponible de Sigma- Aldrich bajo el nombre comercial Roscovitine (#R7772), metoxiroscovitine Análogo de purina N2-(cis-2- Imbach, P. et al . , B100rg. aminociclohexil)-N6-(3- Med. Chem. Lett., 9, 91-96 clorofenil)-9-etil-9H-purina- (1999); 2,6-diamina que tiene una Drcyer, M.K. et al . , J. Med. fórmula molecular de C19H24CIN7 Chem., 44, 524-530 (2001).
C16H11N3O2 disponible de Sigma- Cáncer, 84, 283-289 (2001); Aldrich bajo el nombre Hoessel, R., et al., (1999) comercial (#10404), 5- Nat. Cell Biol., 1, 60-7; sulfonato de indirrubina, 5- PCT/US02/30059 para Hellberg cloro indirrubina et al., publicado como WO 03/027275.
Oxindol 1 de Fischer como se Pores-Makkay, M., et al., hace referencia en la columna Tetrahedron 2000, 56, 5893; 2 de esta tabla (#IN118, JMAR Org. Procese Res . Dev. 2000, Chemical, 4, 10 Indenopirazóles Nugiel, D.A. et al., J. Med.
Chem., 44, 1334-1336 (2001); Nugiel, D.A. et al., J. Med. Chem., 45, 5224-5232 (2002); Yue, E.W. et al., J. Med. Chem., 45, 5233-5248 (2002).
Pirido(2,3-d)pirimidina-7-onas Barvian, M. et al., J. Med. compuesto 3 de Fischer Chem., 43, 4606-4616 (2000); Toogood, P.L., Med. Res. Rev., 21, 487-498 (2001).
Quinazolinas tales como Sielecki, T.M. et al., anilinoquinazolina B100rg. Med. Chem. Lett., 11, Tlazoles tales como tiazol Davis, S.T. et al., Science, fusionado, 4-{[(7-oxo-6,7- 291, 134-137 (2001); dihidro-8H-[1,3]tiazolo[5,4- PCT/US02/30059 para Hellberg e]indol-8- et al., publicado como WO ilideno)metil]amino}-N-(2- 03/027275. piridil)bencensulfonamida que tiene una fórmula molecular de C21H15N5O3S2 disponible de Sigma- Aldrich bajo el nombre comercial GW8510 (#G7791) Flavopiridoles tales como Carlson, B.A., et al . , (1996) flavopiridol (L86 8275; NCS Cáncer Res., 56, 2973-8 649890, National Cáncer Institute, Bethesda, MD) y un derivado descloro Alcaloides tales como Rialet, V., et al., (1991) estaurosporina (#S1016, A.G. Anticancer Res., 11, 1581-90; Scientific, San Diego, CA) 0 Wang, Q., et al., (1995) Cell UCN-01 (7- Growth Differ., 6, 927-36, hidroxiestaurosporina) Akiyama, T., et al., (1997) National Cáncer Institute, Cáncer Res., 57, 1495-501, Behtesda, MD Kawakami, K., et al., (1996) Biochemicals. net, una et al . , publicado como WO división de A.G. Scientific, 03/027275.
Inc. (San Diego, CA) (H-1150) CGP60474, una 21; WO95/09853, Zimmermann et fenilaminopirimidina al., Septiembre 21, 1994 El áster metílico del ácido Kitagawa, M. et al., (2R)-2,5-dihidro-4-hidroxi-2- Oncogene, 8, 2425-2432 [(4-hidroxi-3-(3-metil-2- (1993). butenil)fenil)metil]-3-(4- hidroxifenil)-5-oxo-2- furancarboxílico que tiene la fórmula molecular de C24H24O7 disponible de Sigma-Aldrich bajo el nombre comercial Butirolactona-I (B7930) Aloisina A, Catálogo No. Mettcy et al., J. Med. Chem. 128125 (Calbiochem, San Diego, 2003, 46, 222-236 En una modalidad preferida, los agentes inhibidores de c-MAF se utilizan para el tratamiento y/o prevención de metástasis ósea. En una modalidad preferida adicional, la metástasis ósea es metástasis osteolítica.
Los agentes inhibidores de c-MAF típicamente se administran en combinación con un portador farmacéuticamente aceptable.
El término "portador" se refiere a un diluyente o un excipiente por medio del cual se administra el ingrediente activo. Estos portadores farmacéuticos pueden ser líquidos estériles tales como agua y aceite, que incluyen aquellos de origen de petróleo, animal, vegetal o sintéticos tales como aceite de cacahuate, aceite de soya, aceite mineral, aceite de ajonjolí y similares. El agua o soluciones salinas acuosas y soluciones acuosas de dextrosa y de glicerol, particularmente para soluciones inyectables se utilizan preferiblemente como portadores. Los portadores farmacéuticos adecuados se describen en "Remington's Pharmaceutical Sciences" por E. W. Martin, 1995. Los portadores de la invención se han aprobado por el estado de la agencia reguladora gubernamental federal o se enumeran en la United States Pharmacopeia u otra farmacopeia reconocida generalmente para uso de la misma en animales y más particularmente en seres humanos.
Los portadores y sustancias auxiliares necesarias para la elaboración de la forma de dosificación farmacéutica deseada de la composición farmacéutica de la invención dependerá, entre otros factores, de la forma de dosificación farmacéutica seleccionada. Las formas de dosificación farmacéuticas de la composición farmacéutica se fabricarán de acuerdo con los métodos convencionales conocidos por las personas expertas en el ámbito. Una revisión de los diferentes métodos para administrar ingredientes activos, excipientes para ser utilizados y procesos para su elaboración se pueden encontrar en "Tratado de farmacia galénica", C. Faulí i Trillo, Luzán 5, S.A.1993 Edition. Los ejemplos de composiciones farmacéuticas incluyen cualquier composición sólida (tabletas, píldoras, cápsulas, granos, etc.) o composiciones líquidas (soluciones, suspensiones o emulsiones) para administración oral, tópica o parenteral. Además, la composición farmacéutica puede contener si se considera necesario estabilizantes, suspensiones, conservadores, tensioactivos y similares.
Para uso en medicina, los agentes inhibidores de c-MAF se pueden encontrar en forma de un fármaco precursor, sal, solvato o clatrato, ya sea aislado o en combinación con agentes activos adicionales y se pueden formular junto con un excipiente farmacéuticamente aceptable. Los exqipientes preferidos para uso de la misma en la presente invención incluyen azúcares, almidones, celulosas, cauchos y proteínas. En una modalidad particular, la composición farmacéutica de la invención se formulará en una forma de dosificación farmacéutica sólida (por ejemplo, tabletas, cápsulas, píldoras, gránulos, supositorios, cristales estériles o sólidos amorfos que se pueden constituir para proporcionar formas líquidas, etc.), forma de dosificación farmacéutica líquida (por ejemplo, soluciones, suspensiones, emulsiones, elíxires, lociones, ungüentos, etc.) o forma de dosificación farmacéutica semisólida (geles, ungüentos, cremas y similares). Las composiciones farmacéuticas de la invención se pueden administrar por cualquier vía que incluye, pero que no se limitan a vía oral, vía intravenosa, vía intramuscular, vía intraarterial, vía intramedular, vía intratecal, vía intraventricular, vía transdérmica, vía subcutánea, vía intraperitoneal, vía intranasal, vía entérica, vía tópica, vía sublingual o vía rectal. Una revisión de las diferentes vías para administrar ingredientes activos de los excipientes que se van a utilizar y de los procesos de manufactura de los mismos se pueden encontrar en Tratado de Farmacia Galénica, C. Faulí i Trillo, Luzán 5, S.A., 1993 Edition and in Remington's Pharmaceutical Sciences (A.R. Gennaro, Ed.), 20th edition, Williams & Wilkins PA, USA (2000). Los ejemplos de portadores farmacéuticamente aceptables se conocen en el estado de la téenica e incluyen soluciones salinas amortiguadas con fosfato, agua, emulsiones tales como emulsiones aceite/agua, diferentes tipos de agentes humectantes, soluciones estériles, etc. Las composiciones que comprenden los portadores se pueden formular por procesos convencionales que se conocen en el estado de la técnica.
En el caso de que se administren ácidos nucleicos (ARNsi, polinucleótidos que codifican para ARNsi o ARNsh o polinucleótidos que codifican para dominantes c-MAF negativos), la invención contempla composiciones farmacéuticas preparadas particularmente para administrar estos ácidos nucleicos. Las composiciones farmacéuticas pueden comprender los ácidos nucleicos desnudos, es decir, en ausencia de compuestos que protejan a los ácidos nucleicos de la degradación por las nucleasas del cuerpo, lo cual implica la ventaja de que se elimina la toxicidad asociada con los reactivos utilizados para transfección. Las vías de administración adecuadas para compuestos desnudos incluyen la vía intravascular, vía intratumoral, vía intracraneal, vía intraperitoneal, vía intraesplénica, vía intramuscular, vía subretinal, vía subcutánea, vía mucosal, vía tópica y vía oral (Templeton, 2002, DNA Cell Biol., 21:857-867). De manera alternativa, los ácidos nucleicos se pueden administrar formando parte de liposomas conjugados a colesterol o conjugados a compuestos capaces de promover la translocación a través de membranas celulares tales como el péptido Tat derivado de la proteína TAT de V1H-1, la tercera hélice del homeodominio de la proteína de antenapedia de D. melanogaster, la proteína VP22 del virus de herpes simple, oligómeros de arginina y péptidos como se describen en W007069090 (Lindgren, A. et al . , 2000, Trends, Pharmacol. Sci, 21:99-103, Schwarze, S.R. et al . , 2000. Trends Pharmacol. Sci., 21:45-48, Lundberg, M. et al . , 2003, Mol Therapy 8:143-150 and Snyder, E.L. and Dowdy, S.F., 2004, Pharm. Res. 21:389-393). De manera alternativa, el polinucleótido se puede administrar formando parte de un vector plasmídico o vector viral, preferiblemente vectores basados en adenovirus, en virus adenoasociados o en retrovirus tales como virus basados en virus de leucemia murina (MLV, por sus siglas en inglés) o en lentivirus (V1H, FIV, EIAV).
Los agentes inhibidores de c-MAF o las composiciones farmacéuticas que los contienen se pueden administrar a una dosis de menos de 10 mg por kilogramo de peso corporal, preferiblemente menos de 5, 2, 1, 0.5, 0.1, 0.05, 0.01, 0.005, 0.001, 0.0005, 0.0001, 0.00005 o 0.00001 mg por kg de peso corporal. La dosis unitaria se puede administrar por inyección, inhalación o por administración tópica.
La dosis depende de la gravedad y la respuesta de la condición que va a ser tratada y puede variar entre varios días y meses o hasta que ceda la condición. La dosificación óptima se puede determinar al medir periódicamente las concentraciones del agente en el cuerpo del paciente. La dosis óptima se puede determinar a partir de los valores CE50 obtenidos por medio de análisis in vitro o in vivo previos en modelos en animales. La dosis unitaria se puede administrar una vez al día o menos de una vez al día, preferiblemente menos de una vez cada 2, 4, 8 ó 30 días. De manera alternativa, es posible administrar una dosis inicial seguida por una o varias dosis de mantenimiento, generalmente por una cantidad menor que la dosis inicial. El régimen de mantenimiento puede involucrar tratar al paciente con una dosificación que varía entre 0.01 mg y 1.4 mg/kg de peso corporal al día, por ejemplo 10, 1 , 0.1, 0.01, 0.001 o 0.00001 mg por kg de peso corporal al día. Las dosis de mantenimiento preferiblemente se administran como máximo cada 5, 10 ó 30 días. El tratamiento debe continuar durante un tiempo que variará de acuerdo con el tipo de trastorno que sufre el paciente, la gravedad del mismo y la condición del paciente. Después del tratamiento, el progreso del paciente se debe monitorear para determinar si la dosis debe aumentarse en caso de que la enfermedad no responda al tratamiento o si la dosis debe reducirse si se observa una mejora en la enfermedad o si se observan efectos secundarios no deseados.
Tratamiento o prevención de la degradación ósea en pacientes con cáncer de pulmón con metástasis ósea que presentan niveles elevados de c-MAF Los presentes inventores han determinado que los niveles de c-MAF están elevados en metástasis, y en una modalidad preferida, en metástasis de hueso. Los pacientes que padecen de cáncer de pulmón el cual ha producido metástasis en hueso y en los cuales se encuentran niveles elevados de c-MAF en las metástasis se pueden beneficiar particularmente de los tratamientos que tienen como objetivo prevenir la degradación ósea causada por la actividad osteoclástica aumentada.
Así, en otro aspecto, la invención se relaciona con el uso de un agente para evitar o prevenir degradación ósea en la preparación de un producto medicinal para la prevención y/o tratamiento de la metástasis ósea en un sujeto que padece de cáncer de pulmón y que tiene niveles elevados de c-AMF en una muestra de tejido de pulmón metastásico con respecto a una muestra control.
De manera alternativa, la invención se relaciona con un agente para evitar o prevenir degradación ósea para uso en la prevención y/o tratamiento de la metástasis ósea en un sujeto que padece de cáncer de pulmón y que tiene niveles elevados de c-MAF en una muestra de tejido de tumor metastásica con respecto a una muestra control.
De manera alternativa, la invención se relaciona con un método de prevención y/o tratamiento de la degradación en un sujeto que padece de cáncer de pulmón y que tiene niveles elevados de c-MAF en una muestra de tejido de tumor metastásico con respecto a una muestra control, el cual comprende administrar un agente para evitar o prevenir degradación ósea en el sujeto.
En una modalidad particular, la metástasis ósea es metástasis osteolítica. En otra modalidad particular, el cáncer de pulmón es NSCLC.
Los términos y expresiones "sujeto", "cáncer de pulmón", "muestra de tumor", "metástasis", "gen para c-MAF", "niveles de expresión aumentados o elevados" y "muestra control" se han descrito detalladamente en relación con el primer método de la invención y son igualmente aplicables al agente para evitar o prevenir degradación ósea.
Los agentes capaces de evitar o prevenir degradación ósea adecuados para el método terapéutico descrito en la presente invención se han descrito con detalle en lo anterior en el contexto del método de tratamiento personalizado.
La referencia o muestra control es una muestra de tumor de un sujeto con cáncer de pulmón quien no ha padecido metástasis o que corresponde a la mediana de valor de los niveles de expresión del gen para c-MAF medidos en una recolección de tejido de tumor en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de pulmón quienes no han padecido metástasis.
Los métodos para determinar o cuantificar si los niveles de c-MAF están elevados con con respecto a una muestra control se han descrito detalladamente en relación con el primer método de la invención y son igualmente aplicables al agente para evitar o prevenir degradación ósea.
De manera alternativa, se puede llevar a cabo un tratamiento combinado en el cual más de un agente para evitar o prevenir degradación ósea a partir de los mencionados en lo anterior, se combinan para tratar y/o prevenir la metástasis o los agentes se pueden combinar con otros suplementos, tal como calcio o vitamina D o con una hormona.
Los agentes para evitar o prevenir degradación ósea típicamente se administran en combinación con un portador farmacéuticamente aceptable. El término "portador" y los tipos de portadores se han definido en lo anterior para el agente inhibidor de c-MAF así como la forma y la dosis en la cual se pueden administrar y son igualmente aplicables al agente para evitar o prevenir degradación ósea.
KITS DE LA INVENCIÓN En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit para predecir metástasis ósea de un cáncer de pulmón, en un sujeto que padece del cáncer, el kit comprende: a) un medio para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto; y b) un medio para comparar el nivel de expresión cuantificado de c-MAF en la muestra con un nivel de expresión de c-MAF de referencia.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit para predecir el resultado clínico de un sujeto que padece de metástasis ósea a partir de cáncer de pulmón, el kit comprende: a) un medio para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto, y b) un medio para comparar el nivel de expresión cuantificado de c-MAF en la muestra con un nivel de expresión de c-MAF de referencia.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit para determinar un tratamiento para un sujeto que padece de cáncer de pulmón, el kit comprende: a) un medio para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto; b) un medio para comparar el nivel de expresión cuantificado de c-MAF en la muestra con un nivel de expresión de c-MAF de referencia; y e) un medio para determinar un tratamiento para evitar y/o reducir la metástasis ósea en el sujeto en base en la comparación del nivel de expresión cuantificado con respecto al nivel de expresión de referencia; d) medios para excluir un tratamiento para evitar y/o reducir la metástasis ósea en el sujeto en base en la comparación del nivel de expresión cuantificado respecto al nivel de expresión de referencia.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un kit que comprende: i) un reactivo para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra de un sujeto que padece de cáncer de pulmón, y ii) uno o más índices del nivel de expresión de gen para c-MAF que se han predeterminado para correlacionar con el riesgo de metástasis ósea.
Un medio para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto ha sido descrito previamente con detalle, que incluye la amplificación y translocación del locus 16q23 y 16q22-24.
En una modalidad preferida, el medio para cuantificar expresión comprende un conjunto de sondas y/o cebadores que se unen específicamente y/o que amplifican el gen para c-MAF.
En una modalidad particular, el cáncer de pulmón es cáncer SCLC o NSCLC.
En una modalidad particular, el kit se aplica, pero no se limita a biopsia de cáncer de pulmón, células de cáncer de pulmón circulantes y ADN de tumor de pulmón circulante.
La totalidad de las modalidades particulares de los métodos de la presente invención son aplicables a los kits de la invención y a sus usos.
Método para tipificar una muestra de un sujeto que padece de cáncer de pulmón.
En otro aspecto, la invención se relaciona con un método in vitro para tipificar una muestra de un sujeto que padece de cáncer de pulmón, el método comprende: a) proporcionar una muestra del sujeto; b) cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en la muestra; c) tipificar la muestra al comparar el nivel de expresión cuantificado de c-MAF con un nivel de referencia predeterminado de expresión de c-MAF.
En donde la tipificación proporciona información de diagnóstico relacionada con el riesgo de metástasis ósea en el sujeto.
Los medios para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto se ha descrito previamente con detalle que incluyen amplificación y translocación de locus 16q23 y 16q22-24. En una modalidad particular, el cáncer de pulmón es SCLC o NSCLC. En una modalidad preferida, la muestra es una muestra de tejido de tumor, una célula tumoral circulante o un ADN de tumor circulante.
Método para clasificar a un sujeto que padece de cáncer de pulmón En otro aspecto, la invención se relaciona con un método para clasificar a un sujeto que padece de cáncer de pulmón en una cohorte, que comprende: a) determinar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto; b) comparar el nivel de expresión de c-MAF en la muestra con un nivel de referencia predeterminado de expresión de c-MAF; y c) clasificar al sujeto en una cohorte en base en el nivel de expresión de c-MAF en la muestra.
Un medio para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto se ha descrito previamente con detalle que incluye la amplificación y translocación del locus 16q23 y 16q22-24.
En modalidad particular, el cáncer de pulmón es un SCLC o un NSCLC. En una modalidad preferida, la muestra es una muestra de tejido de tumor, una célula de tumor circulante o un ADN circulante. En una modalidad preferida, la cohorte comprende por lo menos otro individuo quien se ha determinado que tiene un nivel de expresión comparable de c-MAF en comparación con el nivel de expresión de referencia. En otra modalidad preferida, el nivel de expresión de c-MAF en la muestra se incrementa en relación al nivel de referencia predeterminado y en donde los miembros de la cohorte se clasifican que presentan riesgo aumentado de metástasis ósea. En otra modalidad preferida, la cohorte es para realizar un ensayo clínico. En una modalidad preferida, la muestra es una muestra de tejido de tumor.
Los siguientes ejemplos ilustran la invención y no limitan el alcance de la misma.
EJEMPLOS EJEMPLO 1 Relevancia clínica y valor pronóstico de c-MAF y 16q22-24 para identificar pacientes en riesgo de metástasis, en particular metástasis ósea Se ha probado c-MAF en diferentes cohortes de muestra de pacientes con cáncer de pulmón. El primero incluye perfiles de expresión de genes y anotaciones clínicas para metástasis que contienen el transcritoma de tumores primarios de cáncer de pulmón y una segunda cohorte basada en biopsias de tumor de pulmón en la forma de un microarreglo de tejido, y las anotaciones clínicas para el tiempo respecto a la metástasis ósea y la supervivencia general. Estos tumores son representativos de todos los subtipos de etapas de cáncer de pulmón. En la primera cohorte, la expresión del gen para c-MAF se correlaciona con parámetros clínicos que incluyen tiempo para metástasis. De modo similar, el segundo conjunto (n = 74) de biopsias de tumor primario de pulmón para las cuales la anotación clínica para recaída ósea y supervivencia general posterior a diagnóstico de tumor primario se utilizó para determinar, los niveles de expresión de la proteína c-MAF y la ganancia genómica de 16q23 por inmunohistoquímica y fluorescencia de hibridación in si tu utilizando un anticuerpo específico para c-MAF y una sonda FISH específica para el locus c-MAF y la asociación entre los niveles de expresión de c-MAF y la ganancia genómica 16q23 y el riesgo de recaída ósea se establecieron.
Explicación detallada: Cohorte de pacientes Se realizaron los análisis estadísticos apropiados para observar si la expresión de MAF en estos tumores se correlaciona con metástasis. Se utilizó una cohorte de tumores primarios de pulmón, que incluyen mutantes EGFR y KRAS y SCLC y NSCLC. La información de los pacientes se extrajo de: Chítale D, Gong Y, Taylor BS, Broderick S, Brennan C, Somwar R, Golas B, Wang L. Motoi N, Szoke J, Reinersman JM, Major J, Sander C, Seshan VE, Zakowski MF, Rusch V, Pao W, Gerald W, Ladanyi M. "An integrated genomic analysis of lung cáncer reveáis loss of DUSP4 in EGFR-mutant tumors. " Oncogene. 2009; 28: 2773-83.
Todos los análisis estadísticos se realizaron en R utilizando Bioconductor (Gentleman et al . (2004)).
Se ajustaron los modelos de peligros proporcionales de Cox (utilizando la función R coxph a partir de la supervivencia empacada) para ver si se podría explicar el fenotipo de metástasis a través de expresión de MAF. C-MAF tiene un efecto estadísticamente significativo (utilizando tres sondas independientes específicas para c-MAF en arreglos affymetrix). La expresión del gen de c-MAF en tumores primarios de pulmón se correlaciona de modo significativo con la metástasis conforme se observa en la gráfica de Kaplan- Meier y se resalta por el HR y el valor p obtenido (Figura 1). Cohorte de pacientes II.
De modo similar, un conjunto de datos (74) tumores primarios de pulmón para los cuales la anotación clínica para recaída ósea posterior a diagnóstico de tumor primario está disponible se aseguró, los niveles de c-MAF se determinaron por inmunohistoquímica utilizando un anticuerpo específico para c-MAF y la asociación entre los niveles de expresión de c-MAF y el riesgo de recaída ósea se estableció. Las muestras del segundo tejido de tumor primario incrustado en parafina de pacientes con cáncer de pulmón. Estas muestras se recolectaron por el Valí d'Hebron Oncology Institute durante su práctica clínica junto con datos clínicos relevantes necesarios y la aprobación del comité clínico.
Se seleccionan las muestras que satisfagan las siguientes condiciones: 9 muestras que pertenecen a pacientes con enfermedad local (M0) en el momento de diagnóstico con una recaída ósea confirmada en cualquier momento del seguimiento. 49 muestras que pertenecen a pacientes en diagnóstico que permanecen libres de metástasis después de por lo menos 5 años.
Los remanentes 16 tumores son de pacientes M0 en el momento de diagnóstico que posteriormente presentaron una recaída en cualquier lugar diferente al hueso.
EJEMPLO 2 Expresión del gen para c-MAF que se asocia con riesgo de metástasis, en particular metástasis ósea, en cáncer de pulmón.
La expresión de genes de metástasis ósea c-MAF se correlaciona con parámetros clínicos que incluyen metástasis utilizando el conjunto de datos de expresión de cáncer de pulmón descritos antes. Como se describe en la figura 1, la expresión de c-MAF se asocia con un alto riesgo de metástasis. Siguiendo un análisis estadístico estándar demostramos que la expresión de MAF en estos tumores se correlaciona de modo significativo con metástasis. Una cohorte de tumores primarios de pulmón, que incluye mutantes EGFR y KRAS y SCLC y NSCLC se utilizaron. Todos los análisis estadísticos se realizaron utilizando el programa Bioconductor (Gentleman et al. (2004)).
Los modelos de peligros proporcionales de Cox se ajustaron (utilizando la función R coxph de supervivencia empacada) para ver si se puede explicar el fenotipo de metástasis a través de expresión de MAF. c-MAF tiene un efecto estadísticamente significativo (Utilizando tres sondas independientes específicas para c-MAF en los arreglos affymetrix). La expresión de genes de c-MAF en tumores de pulmón primario se correlaciona de modo significativo con metástasis como se observa en la gráfica de Kaplan-Meier y se resalta por HR y el valor p obtenido (Figura 1). Los tumores se clasificaron de acuerdo con tres grupos de expresión de c-MAF, alto (> + 1 desviación estándar de la media), media (<+l desviación estándar de la media y >-l desviación estándar de la media) y baja (< -1 desviación estándar de la media).
EJEMPLO 3: La expresión de c-MAF se asocia con el riesgo de metástasis ósea.
Análisis de inmunohistoquímica Se realizó inmunoteñido de c-MAF en portaobjetos de vidrios cargados positivos en una plataforma Dako Link. Después de eliminación de parafina, se realizó recuperación de antígeno. La peroxidasa endógena se extingue. Se utiliza un anticuerpo anti-c-MAF, seguido por incubación con un anticuerpo secundario acoplado con peroxidasa. La inmunotinción con c-MAF se califica por una medición computarizada.
Pronóstico y valor predictivo de c-MAF para metástasis y metástasis ósea en cáncer de pulmón El valor pronóstico y predictivo de la expresión de c-MAF para metástasis de cáncer de pulmón se evaluó. Se determinaron los niveles de proteína c-MAF por inmunohistoquímica (IHC, por sus siglas en inglés). La inmunotinción de MAF se calificó por una medición computarizada. Se adquirieron nueve imágenes representativas de cada espécimen con intervalos de longitud de onda de 10 mm entre 420 y 700 nm, utilizando un microscopio DM2000 Leica equipado con el Nuance FX Multispectral Imaging System (CRI Inc.). Antes de adquirir un conjunto de datos espectrales de una imagen, se realizó una rutina de autoexposición mientras se generaba una imagen de un área blanca de los portaobjetos para determinar el tiempo de exposición necesario para llenar aproximadamente 90% de los pozos del dispositivo en cada longitud de onda para compensar las variaciones en la intensidad de fuente, la eficiencia de transmisión de filtro y la sensibilidad de la cámara. Una biblioteca de colores de tinte DAB puro y hematoxilina se genera y se utiliza para no mezclar los colores utilizando el programa Nuance 1.6.4. Después se adquiere un cubo (apilado de imágenes tomadas en longitudes de onda diferentes) de referencia para cada caso nuevo, seguido por generación de imagen espectral de tres campos de tejido representativos utilizando los mismos tiempos de exposición. Después de desconvolución de las imágenes, los datos espectrales se colocan en campos planos para compensar irregularidades en la iluminación y se filtró el fondo. Las señales positivas se convirtieron a partir de transmisión a unidades de densidad óptica al tomar el logaritmo negativo de la relación de la muestra dividido entre el cubo de referencia utilizando la conversión de lcy de Beer. Se estableció un umbral ayudado por computadora, el cual genera una imagen pseudocolorida que resalta la totalidad de las señales positivas. El análisis proporcionó datos cuantitativos de c-MAF a partir de la intensidad promedio de regiones de interés. Únicamente los núcleos de células epiteliales (normales y malignas) pero no de células estromales o linfocitos se detectaron automáticamente al establecer distinto umbral de tamaño y se confirmaron por un patólogo. Cada caso se calculó para una media de valor de la intensidad de señal de todas las regiones de interés para análisis estadístico. La salida de la medición computarizada produjo datos continuos que varían de 1160 a 99760 unidades de densidad óptica (D.O.) para expresión de c-MAF. El límite (2000 D.O.) para expresión alta y baja se determinó en base en una curva de operación de recepción como procedimientos estándar (ABC 0.802). Los resultados se resumen en la Tabla 3.
TABLA 3 Metástasis ósea NO SI <=20,000 DO 61 2 C-MAF >20,000 DO 4 7 En base en estos valores la relación de proporciones de riesgo de padecer metástasis ósea en el grupo alto en c-MAF versus el bajo es OR (metástasis ósea en cualuier momento) = 53.37 (95% de C.I.8.24-345.92).
Después se confirmó el tiempo para progreso óseo de la población total del estudio (figura 2a) y posteriormente se evaluó la probabilidad de metástasis ósea en cualquier momento libre de supervivencia de los dos grupos (figura 2b). De modo interesante, en el cohorte de estudio, los tumores que expresan c-MAF alto tienen una supervivencia general más pequeña que aquellos que expresan niveles bajos.
En base en la segunda cohorte analizada, se extrajeron los rasgos clínicos de diagnóstico. La expresión de alto nivel de c-MAF predice metástasis ósea con una sensibilidad de 0.778, una especificidad de 0.938, un valor de predicción positivo de 63.6% y un valor de predicción negativo de 96.8%.
El gen para c-MAF o la proteína de expresión en tumores de pulmón se correlaciona de modo significativo con la metástasis y metástasis ósea en cualquier momento.
EJEMPLO 4 La amplificación del cromosoma 16q22-q24 (que incluye el gen para c-MAF) predice y es un indicador de pronóstico de riesgo de metástasis, en particular metástasis ósea en cáncer de pulmón Después, determinamos si una ganancia en el cromosoma 16q22-q24, la cual incluye el locus del gen para c-MAF se asocia con un riesgo de metástasis ósea en pacientes con cáncer de pulmón. Para este fin, se utilizó una sonda de hibridación in si tu de fluorescencia (FISH) doble 16q23-14q32 que identifica las amplificaciones del cromosoma 16q22-q24 para medir el número de copias de la región 16q22-24. La sonda 14q32 tambien se utilizó para normalizar la poliploidía del tumor.
El valor pronóstico y de predicción de la asociación de ganancia de CNA 16q22-24 con metástasis ósea en cáncer de pulmón se evaluó. Se determinaron copias 16q23 y 14q32 por FISH. Los cortes se incubaron con una mezcla de sondas 16q23 MAF y 14q32IGH. Esta sonda SpectrumOrange flanquea la región del gen para MAF y está constituido de dos segmentos que son aproximadamente cada uno de 350 kb con una separación de aproximadamente 2 .2 Mb . El segmento centromérico se localiza en el cromosoma 16 : 75729985 -76079705 (March 2006 assembly, UCSC Geno e Browser) y el segmento telomérico se localiza en el cromosoma 16 :78290003-78635873 (March 2006 assembly, UCSC Genome Browser) . Esta sonda flanquea cinco genes VA.T1L, CLEC3A, WWOX, 5srRNA y MAF (ordenado del centrómero al telómero) . En paralelo, se utiliza una sonda CEP16 (cromosoma 16 centromérico) (Abbot) para determinar el CNA. La sonda CEP16 (16qll .2 ) (Abbot) se utiliza para calificar 16q23 CNA. La tinción contrastante DAPI se aplica y las imágenes se adquieren con un microscopio de fluorescencia .
Los resultados se resumen en las Tablas 4 y 5.
TABLA 4 Un tumor será positivo para una ganancia 16q22-24 en base en un límite >= a 2.5 copias de 16q23 Metástasis ósea NO SI 16q23 <=2.5 13 9 FISH >2.5 44 0 TABLA 5 Un tumor será positivo para una ganancia 16q22-24 CNA en base en un límite >= a 1.5 copias de 14q23 normalizado por el número de copias de 14q23.
Metástasis ósea NO SI 16q23 <=1.5 4 9 CNA >.5 53 0 En base en estos valores, la relación de probabilidades de riesgo de padecer metástasis ósea en el grupo positivo la ganancia 16q22-24 o a la ganancia de CNA versus la negativa se calculó. Puesto que no existen pacientes con metástasis ósea que proporciona en una calificación negativa para la determinación y con el fin de evitar errores en el cálculo, según los procedimientos estadísticos convencionales (Glas, A.S. et al., 2003, Journal of Clinical Epidemiology 56, 1129-1135), se agregaron 0.5 unidades a cada valor y se volvieron a calcular los parámetros. En base en este cálculo, el OR para los pacientes positivos con ganancia 16q22-24 de padecer una metástasis ósea es de 62.63 (95% de CI, 3.42-1147.78) y el OR para la ganancia de 16q22-24 CNA normalizado utilizando pacientes positivos 14q32 versus el control fue de 225.89 (95% de CI, 11.22-4546.99). El tamaño pequeño de la cohorte hace que los cálculos sean imprecisos pero dentro de un OR clínicamente relevante de por lo menos 3.42 y 11.22 en cada caso.
En base en los datos utilizando FISH con el fin de medir ganancias de 16q23, se extrajeron los rasgos clínicos de diagnóstico. La ganancia de 16q22-24 (>=2.5 copias por célula) predice a pacientes de cáncer de pulmón con riesgo alto de metástasis ósea con una sensibilidad de 1.00, una especificidad de 0.772, un valor predictivo positivo de 40.9% y un valor predictivo negativo de 100%.
TABLA 6 Rasgos clínicos de diagnóstico CI 95% Sensibilidad 100.0% - - 70.1% - 100.0% Especificidad 77.2% 64.8% -86.2% PPV 40.9% 23.3% -61.3% NPV 100.0% 92.0% -100.0% En base en los datos utilizando FISH con el fin de medir las ganancias de 16q23 normalizadas a copias de 14q32, se extrajeron los rasgos clínicos de diagnóstico. La ganancia de 16q22-24 CNA (>=1.5 copias de 16q23 por célula normalizada a 14q32) predice el riesgo de cáncer de pulmón de metástasis ósea con una sensibilidad de 1.00, una especificidad de 0.930, un valor predictivo positivo de 69.2% y un valor predictivo negativo de 100.0%.
TABLA 7: Rasgos clínicos de diagnóstico _ CI 95‘ Sensibilidad 100.0% 70.1% -100.0% Especificidad 93.0% 83.3% -97.2% PPV 62.2% 42.4% -87.3% NPV 100.0% 93.2% -100.0% La amplificación/ganancia de 16q22-24 particularmente de 16q23 o la ganancia de CNA en tumores de pulmón es un fuerte elemento de predicción y se asocia con el riesgo de metástasis ósea en cualquier momento.
Se hace constar que con relación a esta fecha, el mejor método conocido por la solicitante para llevar a la práctica la citada invención es el que resulta claro de la presente descripción de la invención.

Claims (37)

REIVINDICACIONES Habiéndose descrito la invención como antecede, se reclama como propiedad lo contenido en las siguientes reivindicaciones:
1. Un método in vitro para el diagnóstico de metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón y/o para el pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón, caracterizado porque comprende: (i) cuantificar el nivel de expresión del gen para c-MAF en una muestra de tumor del sujeto y (ii) comparar el nivel de expresión obtenido previamente con el nivel de expresión del gen en una muestra control, en donde, si los niveles de expresión del gen se incrementan con respecto a los niveles de expresión del gen en la muestra control, entonces el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una tendencia mayor a desarrollar metástasis.
2. Un método in vitro para diseñar un tratamiento personalizado para un sujeto con cáncer de pulmón, caracterizado porque comprende: (i) cuantificar el nivel de expresión de gen para c-MAF en una muestra de tumor del sujeto, y (ii) comparar el nivel de expresión previamente obtenido con el nivel de expresión del gen en una muestra control, en donde, si los niveles de expresión se incrementan con respecto a los niveles de expresión del gen en la muestra control, entonces el sujeto es susceptible de recibir un tratamiento que tiene como objetivo evitar y/o tratar la metástasis.
3. El método de conformidad con las reivindicaciones 1 ó 2, caracterizado porque la metástasis es metástasis ósea.
4. El método de conformidad con la reivindicación 3, caracterizado porque la metástasis ósea es metástasis osteolítica.
5. Un método in vitro para diseñar un tratamiento personalizado para un sujeto con cáncer de pulmón con metástasis ósea, caracterizado porque comprende: (i) cuantificar el nivel de expresión del gen c-MAF en una muestra de tejido de tumor metastásico óseo del sujeto, y (ii) comparar el nivel de expresión obtenido en la etapa (i) con el nivel de expresión del gen en una muestra control, en donde si los niveles de expresión del gen para c-MAF se incrementan con respecto a los niveles de expresión del gen en la muestra control, entonces el sujeto es susceptible de recibir un tratamiento que tiene como objetivo evitar la degradación ósea.
6. El método de conformidad con la reivindicación 5, caracterizado porque el agente que evita la degradación ósea se selecciona del grupo que consiste de un bisfosfonato, un inhibidor de RANKL, PTH o PTHLH (que incluye anticuerpos y péptidos neutralizantes) o un análogo de PRG, ranelato de estroncio, calcitonina y un inhibidor de catepsina K.
7. El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque el inhibidor de RANKL se selecciona del grupo que consiste de un anticuerpo específico para RANKL y osteoprotegerina.
8. El método de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque el anticuerpo específico para RANKL es denosumab.
9. El método de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque el bisfosfonato es ácido zoledrónico.
10. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 5 a 9, caracterizado porque el cáncer de pulmón es SCLC o NSCLC.
11. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, caracterizado porque la cuantificación de los niveles de expresión del gen para c-MAF comprende cuantificar el ARN mensajero (ARNm) del gen o un fragmento del ARN, el ADN complementario (ADNc) del gen o un fragmento del ADNc.
12. El método de conformidad con la reivindicación 11, caracterizado porque los niveles de expresión se cuantifican por medio de una reacción en cadena de polimerasa (PCR) cuantitativa o un arreglo de ADN o de ARN.
13. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, caracterizado porque la cuantificación de los niveles de expresión del gen para c-MAF comprende cuantificar los niveles de proteína codificada por el gen o de una variante de la misma.
14. El método de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado porque los niveles de proteína se cuantifican por medio de transferencia Western, ELISA o un arreglo de proteínas.
15. Un método in vitro para diagnosticar metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón y/o para el pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis en un sujeto con cáncer de pulmón, caracterizado porque comprende determinar si el gen para c-MAF está amplificado en una muestra de tumor del sujeto, en donde, si el gen está amplificado, entonces el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una tendencia a mayor a desarrollar metástasis.
16. El método de conformidad con la reivindicación 15, caracterizado porque el cáncer de pulmón es SCLC o NSCLC.
17. El método de conformidad con la reivindicación 15 ó 16, caracterizado porque la amplificación del gen para c-MAF se determina por medio de determinación de la amplificación del locus 16q22-q24.
18. El método de conformidad con la reivindicación 15 ó 16, caracterizado porque la amplificación del gen para c-MAF se determina por medio del uso de una sonda específica para el gen para c-MAF.
19. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 18, caracterizado porque la muestra control es una muestra de tejido de tumor de cáncer de pulmón de un sujeto quien no ha padecido metástasis.
20. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 19, caracterizado porque la amplificación se determina por medio de hibridación in situ o PCR.
21. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 15 a 20, caracterizado porque la metástasis es metástasis ósea.
22. El método de conformidad con la reivindicación 21, caracterizado porque la metástasis ósea es metástasis osteolítica.
23. El uso de un agente inhibidor de c-MAF en la preparación de un producto medicinal para tratar y/o prevenir la metástasis ósea a partir de cáncer de pulmón.
24. El uso de conformidad con la reivindicación 23, en donde el cáncer de pulmón es SCLC o NSCLC.
25. El uso de conformidad con la reivindicación 23 ó 24, en donde el agente inhibidor de c-MAF se selecciona del grupo que consiste de un ARNsi específico para c-MAf, un oligonucleótido antisentido específico para c-MAF, una ribozima específica para c-MAF, un anticuerpo inhibidor para c-MAF, una variante de c-MAF negativa dominante y un compuesto de la tabla 1 o de la tabla 2.
26. El uso de un agente capaz de evitar o prevenir degradación ósea en la preparación de un producto medicinal para el tratamiento de metástasis ósea en un sujeto que padece de cáncer de pulmón, en donde el sujeto ha sido identificado que tiene niveles elevados de c-MAF en una muestra de tumor metastásico con respecto a una muestra control.
27. El uso de conformidad con la reivindicación 26, en donde el agente capaz de evitar o prevenir degradación ósea se selecciona del grupo que consiste de un bisfosfonato, un inhibidor de RANKL, PTH o PTHLH (que incluye anticuerpos y péptidos neutralizantes) o un análogo de PRG, ranelato de estroncio, un inhibidor de EGFR, calcitonina y un inhibidor de catepsina K.
28. El uso de conformidad con la reivindicación 27, en donde el inhibidor de RANKL se selecciona del grupo de un anticuerpo específico para RANKL y osteoprotegerina.
29. El uso de conformidad con la reivindicación 28, en donde el anticuerpo específico para RANKL es denosumab.
30. El uso de conformidad con la reivindicación 27, en donde el bisfosfonato es ácido zoledrónico.
31. El uso de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones.26 a 30, en donde el cáncer de pulmón es SCLC o NSCLC.
32. El uso de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 26 a 31, en donde la metástasis ósea es metástasis osteolítica.
33. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el cáncer de pulmón es adenocarcinoma de pulmón.
34. Un kit para predecir metástasis ósea de un cáncer de pulmón en un sujeto que padece del cáncer, caracterizado porque comprende: a) un medio para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto; y b) un medio para comparar el nivel cuantificado de expresión de c-MAF en la muestra con respecto a un nivel de expresión de c-MAF de referencia.
35. Un método in vitro para tipificar una muestra de un sujeto que padece de cáncer de pulmón, caracterizado porque comprende: a) proporcionar una muestra del sujeto; b) cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en la muestra; c) tipificar la muestra al comparar el nivel de expresión cuantificado de c-MAF con un nivel de referencia predeterminado de expresión de c-MAF; en donde la tipificación proporciona información de pronóstico en relación al riesgo de metástasis ósea en el sujeto.
36. Un método para prevenir o reducir el riesgo de metástasis ósea en un sujeto que padece de cáncer de pulmón, en donde el sujeto ha sido identificado que tiene niveles elevados de c-MAF, caracterizado porque comprende administrar al sujeto un agente que evita o reduce la metástasis ósea, en donde el agente se administra de acuerdo con un régimen de tratamiento determinado a partir de la cuantificación del nivel de expresión de c-MAF en el sujeto.
37. Un método de clasificación de un sujeto que padece de cáncer de pulmón en una cohorte, caracterizado porque comprende: a) determinar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra del sujeto; b) comparar el nivel de expresión de c-MAF en la muestra con respecto a un nivel de referencia predeterminado de expresión de c-MAF; y c) clasificar al sujeto en una cohorte en base en el nivel de expresión de c-MAF en la muestra.
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