KR20200104298A - c-MAF 상태에 기반한 유방암의 요법 치료 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 유방암을 갖는 대상체의 c-MAF 발현 수준 및 폐경후 상태에 기반한, 상기 대상체를 위한 맞춤 요법의 설계에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 상기 맞춤 요법은 골 분해를 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 골 분해를 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제는 졸레드론산(zoledronic acid)이다. 다른 실시양태에서, 상기 제제는 클로드로네이트(clodronate) 또는 데노수맙(denosumab)이다.

Description

c-MAF에 기반한 유방암의 요법 치료
관련 출원의 교차참조
본원은 전체적으로 본원에 참고로 포함된, 2017년 11월 22일에 출원된 미국 가출원 제62/589,630호에 대한 우선권을 주장한다.
서열목록의 참조
본원과 함께 출원된, 전자적으로 제출된 서열목록(2018년 11월 8일에 생성된 "3190_017PC01_ST25", 58,721 바이트)의 내용은 전체적으로 본원에 참고로 포함된다.
발명의 분야
본 발명은 유방암을 갖는 대상체를 위한 맞춤 요법의 설계에 관한 것으로서, 이때 맞춤 요법은 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 획득(gain), 또는 전위에 기반하여 선택된다. 일부 실시양태에서, 맞춤 요법은 골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제는 졸레드론산(zoledronic acid), 데노수맙(denosumab) 또는 클로드로네이트(clodronate)이다.
유방암은 전세계에서 두 번째로 가장 흔한 유형의 암이고(10.4%; 폐암 다음), 암에 의한 사망의 다섯 번째로 가장 흔한 원인이다(폐암, 위암, 간암 및 결장암 다음). 여성들 사이에서, 유방암은 암에 의한 사망의 가장 흔한 원인이다. 2005년, 유방암은 전세계에서 502,000명의 사망을 야기하였다(암에 의한 사망의 7%; 모든 사망의 거의 1%). 전세계에서 사례의 수는 1970년대부터 유의미하게 증가하였고, 이 현상은 부분적으로 서구 세계의 현대 생활방식에 기인한다.
고형 종양 암을 가진 환자들의 대다수가 전이 후 사망한다는 사실은 종양이 전이할 수 있게 하는 분자 기작 및 세포 기작을 이해하는 것이 매우 중요하다는 것을 의미한다. 최근 공개문헌들은 어떻게 전이가 아직 거의 알려지지 않은 복잡한 기작에 의해 야기되는지뿐만 아니라, 어떻게 상이한 전이성 세포 유형이 특정 장기를 향한 향성을 갖는지도 입증하였다. 이 조직 특이적 전이성 세포들은 이들이 특정 장기에서 콜로니를 형성할 수 있게 하는 일련의 획득된 기능들을 가진다.
모든 세포들은 그들의 표면, 그들의 세포질 및 세포 핵에서 수용체를 가진다. 일부 화학적 메신저들, 예컨대, 호르몬은 상기 수용체에 결합하고, 이것은 세포에서 변화를 야기한다. 유방암 세포에 영향을 미칠 수 있는 3종의 유의미한 수용체들이 존재한다: 에스트로겐 수용체(ER), 프로게스테론 수용체(PR) 및 HER2/neue. 이 수용체들 중 임의의 수용체를 가진 세포를 열거하기 위해, 수용제가 존재할 때 양의 부호가 그 수용체에 표기되고, 수용체가 부재할 때 음의 부호가 그 수용체에 표기된다: ER 양성(ER+), ER 음성(ER-), PR 양성(PR+), PR 음성(PR-), HER2 양성(HER2+) 및 HER2 음성(HER2-). 수용체 상태는 특정 치료, 예를 들면, 타목시펜(tamoxifen) 또는 트라스투주맙(trastuzumab) 사용의 적합성을 결정하기 때문에 모든 유방암들에 대한 결정적인 평가대상이 되었다.
비지도(unsupervised) 유전자 발현 어레이 프로파일링은 내인성 하위유형, 예컨대, 내강형 A, 내강형 B, HER2+/ER- 및 기저양 하위유형의 확인을 통해 유방암의 불균질성에 대한 생물학적 증거를 제공하였다.
삼중 음성 암은 에스트로겐 수용체(ER), 프로게스테론 수용체(PR) 및 HER2 중 어느 하나에 대한 유전자도 발현하지 않는 종양으로서 정의된다. 이 하위군은 모든 유형의 유방암의 15%를 차지하고 폐경전 아프리카 여성 및 아프리카계 미국 여성에서 발생하는 유방암의 더 높은 퍼센트를 차지한다. 삼중 음성 유방암은 에스트로겐 수용체 양성 유방암과 매우 상이한 재귀 패턴을 가진다: 재귀의 위험은 처음 3년 내지 5년 동안 훨씬 더 높으나 급격히 떨어지고, 그 후 에스트로겐 수용체 양성 유방암의 재귀 위험보다 실질적으로 더 낮다.
기저양 하위유형(basal-like subtype)은 ER 및 HER2 클러스터의 유전자들 둘 다의 낮은 발현을 특징으로 하므로, 임상시험 시 전형적으로 ER 음성, PR 음성 및 HER2 음성이고; 이러한 이유로, 종종 "삼중 음성" 유방암으로서 지칭된다(Breast Research 2007, 9(Suppl 1):S13). 기저양 암은 고분자량 사이토케라틴(5/6, 14 및 17), P-캐드헤린(cadherin), 카베올린(caveolin) 1 및 2, 네스틴(nestin), αB 결정질 및 표피 성장 인자 수용체를 포함하는, 정상 유방의 "기저"/근상피 세포에서 통상적으로 발견되는 유전자를 발현한다(Reis-Fiho J. et al., http://www.uscap.org/site~/98th/pdf/companion03h03.pdf).
기저양 유방암에 대한 국제적으로 허용된 정의가 없다는 점을 고려할 때, 삼중 음성 유방암과 기저양 유방암이 동의어인지에 대한 많은 혼동이 있다는 것은 놀랍지 않다. 여러 연구진들이 이 용어들을 교환가능하게 사용하였을지라도, 모든 기저양 암들이 ER, PR 및 HER2를 결여하지는 않고 모든 삼중 음성 암들이 기저양 표현형을 나타내지는 않는다는 것을 인지해야 한다. 삼중 음성 암들의 대다수는 기저양 표현형을 나타낸다. 마찬가지로, '기저' 마커를 발현하는 종양들의 대다수는 삼중 음성을 나타낸다. 그러나, 기저 마커를 발현하지 않는 상당한 수의 삼중 음성 암들, 및 호르몬 수용체 또는 HER2를 발현하는 기저양 암들의 작지만 여전히 유의미한 하위군이 존재한다는 것을 인지해야 한다. 베르투치와 그의 동료들(Bertucci et al.)(Int J Cancer. 2008 Jul 1;123(1):236-40)은 이 문제를 직접적으로 다루었고, 유전자 발현 프로파일링에 의해 분석되었을 때 모든 삼중 음성 종양들이 기저양 암으로서 분류되지는 않았고(즉, 71%만이 기저양 표현형을 나타내었음), 발현 어레이에 의해 분류된 모든 기저양 유방 암종들이 삼중 음성 표현형을 나타내지는 않았다(즉, 77%)는 것을 확인하였다.
종양이 (타목시펜 또는 아로마타제(aromatase) 억제제를 사용한) 가능한 보조제 호르몬 요법, 화학요법 및/또는 방사선요법에 의해 국소화될 때, 유방암 치료를 위한 핵심은 수술이다. 현재, 수술 후 치료(보조제 요법)에 대한 제안은 패턴을 따른다. 이 패턴은 전세계 다중심 연구의 실제 결과를 논의하기 위한 세계 회의가 2년마다 스위스 장크트갈렌에서 개최되기 때문에 바뀐다. 마찬가지로, 상기 패턴은 국립보건원(NIH)의 합의 기준에 따라 재검토되기도 한다. 이 기준에 기반할 때, 림프절에서 전이를 갖지 않은 환자들 중 85% 내지 90% 초과의 환자들은 보조제 전신 요법을 받을 후보가 될 것이다.
현재, PCR 어세이, 예컨대, 온코타입(Oncotype) DX 또는 마이크로어레이 어세이, 예컨대, 맘마프린트(MammaPrint)는 특정 유전자의 발현에 기반하여 유방암 재귀의 위험을 예측할 수 있다. 2007년 2월, 맘마프린트 어세이는 식품의약국으로부터의 공식적 허가를 달성하는 데 있어서 첫 번째 유방암 표시자가 되었다.
유럽 특허 출원 제1961825A1호는 c-MAF를 포함하는 하나 이상의 마커들의 발현 수준을 종양 조직 샘플에서 측정하여 대조군 샘플에서의 그들의 상응하는 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는, 골, 폐, 간 또는 뇌로의 유방암 전이의 발생을 예측하는 방법을 기술한다. 그러나, 이 문헌은 유방암 환자의 생존을 측정할 수 있기 위해 여러 유전자들을 동시에 측정할 것을 요구하고, 골 전이가 없는 생존가능성을 예측하는 유전자 시그니처의 성능들 사이의 상관관계는 통계학적으로 유의미하지 않았다.
미국 특허 공개 제2011/0150979호는 FOXC1의 수준을 검출하는 단계를 포함하는, 기저양 유방암의 예후를 예측하는 방법에 관한 것이다.
미국 특허 공개 제2010/0210738호는 무작위로 상향조절되거나 하향조절되는 일련의 유전자들의 발현 수준을 샘플에서 검출하는 단계를 포함하는, 삼중 음성 유방암을 갖는 대상체에서 암을 예후하는 방법에 관한 것이다.
미국 특허 공개 제2011/0130296호는 삼중 음성 유방암의 진단 및 예후에 유용한 마커 유전자의 확인에 관한 것이다.
특정 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 환자의 하위세트, 및 대조적으로 특정 치료에 의해 이익을 얻지 않거나 잠재적으로 피해를 입을 유방암을 갖는 환자의 하위세트를 확인할 필요성이 있다.
발명의 요약
한 실시양태에서, 본 발명은 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을, 유방암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 대상체는 종양 샘플에서 대조군 샘플에 비해 증가되지 않은 c-MAF 발현 수준, 카피 수준, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체로서 확인되었다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여한다. 또 다른 실시양태에서, 약 4 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 졸레드론산을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체를 확인하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여한다. 또 다른 실시양태에서, 약 4 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하는, 졸레드론산을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체를 확인하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여한다. 또 다른 실시양태에서, 약 4 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 위한 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 상기 대상체는 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 제공받을 가능성이 높다. 또 다른 실시양태에서, 약 4 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 클로드로네이트를 투여하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 대상체는 종양 샘플에서 대조군 샘플에 비해 증가되지 않은 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체로서 확인되었다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 클로드로네이트를 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 클로드로네이트를 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 클로드로네이트를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체를 확인하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 클로드로네이트를 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하는, 클로드로네이트를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체를 확인하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 클로드로네이트를 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 위한 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 상기 대상체는 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 클로드로네이트를 제공받을 가능성이 높다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 데노수맙을 투여하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 대상체는 종양 샘플에서 대조군 샘플에 비해 증가되지 않은 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체로서 확인되었다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 데노수맙을 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 데노수맙을 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 데노수맙을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체를 확인하는 방법에 관한 것으로서, 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 데노수맙을 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하는, 데노수맙을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체를 확인하는 방법으로서, 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 데노수맙을 상기 대상체에게 투여한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 위한 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법에 관한 것으로서, 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 상기 대상체는 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 데노수맙을 제공받을 가능성이 높다.
도 1: 어세이 파라미터의 개요.
도 2.: AZURE 연구 설계.
도 3: AZURE 샘플의 H&E 분석. 평가가능한 샘플 및 평가불가능한 샘플이 표시되어 있다.
도 4a 및 4b: MAF 양성률.
도 5: MAF 컷오프 최적화된 FISH 데이터. 컷포인트 그래프 상에서 급격한 급등은 MAF FISH 값이 엄밀히 역치 이벤트라는 것을 표시한다. 추가로, 소정의 컷오프는 최적화된 컷오프에 가깝다.
도 6: MAF FISH 값에 기반한 골 재발의 위험.
도 7: 2.3의 골-최적화된 컷오프를 사용한 MAF FISH 값에 의한 골 재발까지의 시간.
도 8: FISH에 의한 퍼센트 IDFS. 2.2의 최적 컷오프가 사용되었다.
도 9: FISH에 의한 전체 생존. 2.2의 최적 컷오프가 사용되었다.
도 10: AZURE 대조군 환자들에서만 FISH에 의한 골 재발까지의 시간. 2.3의 골-최적화된 컷오프가 사용되었다.
도 11: AZURE 대조군 환자들에서만 FISH에 의한 IDFS. 2.2의 최적화된 컷오프가 사용되었다.
도 12: AZURE 대조군 환자들에서만 FISH에 의한 IDFS(골 재발을 제외함)까지의 시간. 2.2의 최적화된 컷오프가 사용되었다.
도 13a 및 13b: 대조군 아암(arm) 및 졸레드론산 치료 아암 내의 환자들에서 골 전이까지의 시간. (도 13a) 첫 번째 이벤트로서 골 전이의 누적 발생률, 및 (도 13b) 추적검사 동안 임의의 시간에서의 골 전이의 누적 발생률. 분석은 치료하고자 하는 의도에 의한 것이었다. HR-위험비.
도 14: AZURE 대조군 환자 및 졸레드론산으로 치료받은 환자에서 첫 번째 이벤트로서 골 전이까지의 시간의 평가. 2.3의 골-최적화된 컷오프가 사용되었다.
도 15a 및 15b: 대조군 아암과 졸레드론산으로 치료받은 환자들 사이에 무질환 생존(DFS) 및 침습 무질환 생존(IDFS). (도 15a) 무질환 생존 및 (15b) 침습 무질환 생존의 카플란-마이어(Kaplan-Meier) 곡선. 분석은 치료하고자 하는 의도에 의한 것이었다. HR=위험비.
도 16: 대조군 아암과 졸레드론산으로 치료받은 환자 사이에 원거리 재발까지의 시간.
도 17: 치료에 따른 골 전이성 이벤트(임의의 시간)까지의 시간. 사망은 골 전이(임의의 시간)까지의 시간에서 경쟁 이벤트로서 사용된다.
도 18: (2.5의 미리 특정된 MAF 컷오프에 따른) MAF 카피 수에 따른 골 전이성 이벤트(임의의 시간)까지의 시간.
도 19a 및 19b. AZURE 시험의 폐경 상태에 의한 IDFS. 폐경 상태에 의한 침습 무질환 질환 생존의 카플란-마이어 곡선. (도 19a) 폐경전, 폐경전후, 및 알려지지 않은 폐경 상태, 및 (도 19b) 폐경 이후 5년 초과의 시간. 폐경 상태별 불균질성의 검정 χ2 1 4.71; p=0.03.
도 20: 폐경후 환자들에서 MAF 카피 수(2.5의 미리 특정된 컷오프에 따른 데이터)에 따른 골 전이성 이벤트(임의의 시간)까지의 시간.
도 21: 비-폐경후 환자들에서 MAF 카피 수(2.5의 미리 특정된 컷오프에 따른 데이터)에 따른 골 전이성 이벤트(임의의 시간)까지의 시간.
도 22: 폐경후 여성의 골 전이를 제외한, 졸레드론산 치료 아암 및 대조군 아암의 IDFS.
도 23: 비-폐경후 여성의 골 전이를 제외한, 졸레드론산 치료 아암 및 대조군 아암의 IDFS.
도 24: 치료 아암별 전체 생존(OS). 졸레드론산을 사용한 MAF FISH 양성 환자의 치료는 OS에 유의미한 영향을 미쳤다.
도 25: AZURE 대조군 아암에서 무질환 생존(DFS)에 대한 MAF FISH의 예후 값.
도 26: AZURE 대조군 아암에서 전체 생존(OS)에 대한 MAF FISH의 예후 값.
도 27: 무질환 생존(DFS) 결과에 대한 졸레드론산 치료의 효과에 대한 MAF FISH의 예측 값.
도 28: 폐경후 환자에 대한 무질환 생존(DFS) 결과에 대한 졸레드론산 치료의 효과에 대한 MAF FISH의 예측 값.
도 29: 비-폐경후 환자에 대한 무질환 생존(DFS) 결과에 대한 졸레드론산 치료의 효과에 대한 MAF FISH의 예측 값.
도 30: OS 결과에 대한 졸레드론산 치료의 효과에 대한 MAF FISH의 예측 값.
도 31: 폐경후 환자에서 OS 결과에 대한 졸레드론산 치료의 효과에 대한 MAF FISH의 예측 값.
도 32: 비-폐경후 환자에서 OS 결과에 대한 졸레드론산 치료의 효과에 대한 MAF FISH의 예측 값.
도 33: 침습 무질환 생존에 대한 MAF 카피 수의 효과. HR 및 95% CI는 Cox 다변량 분석에 기반한다. HR=위험비.
도 34: MAF 음성 환자에서 치료군별 침습 무질환 생존. 군들 사이에 예후 인자의 차이에 대해 조절된 Cox 다변량 모델로부터의 결과. HR=위험비.
도 35: 폐경 상태 및 연령에 의해 계층화된, 보조제 졸레드론산과 침습 무질환 생존 사이의 관련성에 대한 MAF 상태의 영향. HR=위험비.
도 36: 시험 초기에 폐경후 상태가 아닌 여성에서 골격외 첫 번째 재발의 치료군별 누적 위험. 도 36a는 MAF 양성 종양을 가진 환자를 보여준다. 도 36b는 MAF 음성 종양을 가진 환자를 보여준다. 군들 사이에 예후 인자의 차이에 대해 조절되지 않은 누적 발생률이 표시되어 있다. 이 평가변수에 대한 이벤트는 사망 및 국소 또는 대측 침습 질환이었다. 골에서 첫 번째 이벤트는 경쟁 위험이었다. HR=위험비.
일반 용어 및 표현의 정의
본원에서 사용되는 경우, "및/또는"은 2개의 특정된 특징들 또는 성분들 각각이 나머지 하나와 함께 또는 나머지 하나 없이 구체적으로 개시된 것으로서 간주되어야 한다. 예를 들면, "A 및/또는 B"는 마치 각각이 본원에 개별적으로 기재된 것처럼 (i) A, (ii) B, 및 (iii) A 및 B 각각이 구체적으로 개시된 것으로서 간주되어야 한다.
c-MAF 유전자(MAF 또는 MGC71685로서도 알려져 있는 v-maf 근건막 섬유육종 발암유전자 상동체(조류))는 동종이량체 또는 이종이량체처럼 작용하는 류신 지퍼를 함유하는 전사 인자이다. DNA 결합 부위에 따라, 코딩된 단백질은 전사 활성화제 또는 억제제일 수 있다. c-MAF를 코딩하는 DNA 서열은 수탁번호 NG_016440(서열번호 1)(코딩) 하에 NCBI 데이터베이스에 기재되어 있다. c-MAF의 게놈 서열은 서열번호 13으로 기재되어 있다. 본 발명의 방법은 코딩 서열 또는 게놈 DNA 서열을 사용할 수 있다. 상기 DNA 서열로부터 2개의 메신저 RNA가 전사되고, 이들 각각은 2개의 c-MAF 단백질 이소폼인 α 이소폼 및 β 이소폼 중 하나를 생성할 것이다. 상기 이소폼들 각각에 대한 상보적 DNA 서열은 각각 수탁번호 NM_005360.4(서열번호 2) 및 NM_001031804.2(서열번호 3) 하에 NCBI 데이터베이스에 기재되어 있다. ER+ 유방암의 예후를 예측하기 위한 c-MAF 유전자의 용도는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 출원 제13/878,114호에서 발견될 수 있다. 삼중 음성 및 ER+ 유방암의 예후를 예측하기 위한 c-MAF 유전자의 용도는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 출원 제14/391,085호에 기재되어 있다. 갑상선암의 예후를 예측하기 위한 c-MAF 유전자의 용도는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 가출원 제61/801,769호 기재되어 있다. 신장 세포 암종의 예후를 예측하기 위한 c-MAF 유전자의 용도는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 가출원 제14/776,390호 기재되어 있다. 유방암을 갖는 개체의 예후를 확인하기 위한, c-MAF 및 c-MAF 유전자 좌위를 비롯한 관심 있는 유전자, 및 상기 유전자 좌위에 대한 프로브의 용도는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 출원 제14/776,412호에 기재되어 있다. 폐암의 예후를 예측하기 위한 c-MAF 유전자의 용도는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 출원 제14/405,724호에서 발견된다. 전립선암의 예후를 예측하기 위한 c-MAF 유전자의 용도는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 출원 제14/050,262호 및 제14/435,128호에서 발견된다. HER2+ 암의 예후를 예측하기 위한 c-MAF 유전자의 용도는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 출원 제15/027,946호에서 확인된다. 암의 예후를 예측하기 위한 c-MAF의 다운스트림 유전자의 용도는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 출원 제15/014,916호 및 제14/776,453호에서 발견된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "기저양", "기저양 하위유형", "기저양 하위유형의 유방암" 등은 본원에서 사용될 때 2개의 음성 수용체 ER 및 HER2, 및 CK5/6, CK14, CK17 및 EGFR로 구성된 군의 적어도 하나의 양성 수용체를 특징으로 하는 특정 하위유형의 유방암을 지칭한다. 따라서, 삼중 음성 유방암(ER, HER2, PgR)을 언급하고 지칭하는 본원의 모든 문장들은 ER 및 HER2가 음성이고 CK5/6, CK14, CK17 및 EGFR 중 적어도 하나가 양성인 기저양 유방암도 언급하고 지칭할 수 있다. 대안적으로, "기저양"은 하기 10개의 유전자들의 상향조절 및/또는 하향조절에 기반한 유전자 발현 프로파일을 특징으로 하는 유방암도 지칭한다: (1) 포크헤드 박스(Forkhead box) CI(FOXC 1); (2) 흑색종 억제 활성(MIA); (3) NDC80 상동체, 동원체(kinetochore) 복합체 성분(KNTC2); (4) 중심체 단백질 55 kDa(CEP55); (5) 아닐린(Anillin), 액틴 결합 단백질(ANLN); (6) 모체 배아 류신 지퍼 인산화효소(kinase)(MELK); (7) G 단백질-커플링된 수용체 160(GPR160); (8) 막횡단 단백질 45B(TMEM45B); (9) 에스트로겐 수용체 1(ESR1); (10) 포크헤드 박스 A1(FOXA1). 유방암 종양을 기저양 하위유형으로서 분류하는 데 사용된 유전자 발현 프로파일이 에스트로겐 수용체, 프로게스테론 수용체 또는 Her2를 포함하지 않기 때문에, 삼중 음성 유방암 및 비-삼중 음성 유방암 둘 다가 기저양 하위유형으로서 분류될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "삼중 음성 유방암"은 (바람직하게는 ER 및 PR의 발현의 측정이 문헌[M. Elizabeth H et al., Journal of Clinical Oncology, 28(16): 2784-2795, 2010]에 의해 개시된 방법에 의해 수행될 때) ER 및 PR 둘 다의 검출가능한 발현의 결여를 특징으로 하는 유방암을 지칭하고, 종양 세포는 세포 표면에 정상적으로 위치하는 수용체인 표피 성장 인자 수용체 2형(HER2 또는 ErbB2)에 대해 증폭되지 않는다. 종양 세포는 표준 면역조직화학적 기법의 이용에 의해 5 퍼센트 미만의 종양 세포 핵이 ER 및 PR 발현에 대해 염색된 경우 ER 및 PR의 발현에 대해 음성을 나타내는 것으로서 간주된다. 본원에서 사용된 바와 같이, 종양 세포는 이 세포가 다중클론 항-HER2 일차 항체를 사용한 반정량 면역조직화학적 어세이인 헤르셉테스트(HercepTest)™ 키트(코드 K5204, 다코 노쓰 어메리카 인코포레이티드(Dako North America, Inc.), 캘리포니아주 카핀테리아 소재)에 의해 시험되었을 때 0 또는 1+, 또는 2+의 시험 결과 점수를 제공한 경우, 또는 HER2 FISH 음성을 나타낸 경우 HER2 과다발현에 대해 음성을 나타내는 것으로서 간주된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "ER+ 유방암"은 에스트로겐 수용체(ER)를 발현하는 종양 세포를 가진 유방암으로서 이해된다. 이것은 상기 종양이 에스트로겐에 민감하게 만드는데, 이는 에스트로겐이 암성 유방 종양으로 하여금 성장하게 만든다는 것을 의미한다. 대조적으로, "ER- 유방암"은 에스트로겐 수용체(ER)를 발현하지 않는 종양 세포를 가진 유방암으로서 이해된다. 내강형 A 및 B 하위유형이 ER+ 유방암에 포함된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "HER2+"는 세포 표면에 정상적으로 위치하는 수용체인 표피 성장 인자 수용체 2형(HER2 또는 ErbB2)의 검출가능한 발현 및/또는 HER2 유전자에 대한 증폭을 가진 종양 세포를 특징으로 하는 유방암을 지칭한다. 본원에서 사용된 바와 같이, 종양 세포는 이 세포가 다중클론 항-HER2 일차 항체를 사용한 반정량 면역조직화학적 어세이인 헤르셉테스트™ 키트(코드 K5204, 다코 노쓰 어메리카 인코포레이티드, 캘리포니아주 카핀테리아 소재)에 의해 시험되었을 때 0 또는 1+, 또는 2+의 시험 결과 점수를 제공한 경우, 또는 HER2 FISH 음성을 나타낸 경우 HER2 과다발현에 대한 음성을 나타내는 것으로서 간주된다.
유방암은 TNM 시스템에 따라 병기로 분류된다(전체적으로 본원에 참고로 포함된 문헌[American Joint Committee on Cancer. AJCC Cancer Staging Manual. 6th ed. New York, NY: Springer, 2002] 참조). 예후는 병기 분류의 결과와 밀접하게 관련되고, 병기 분류는 임상시험 및 의료 행위 둘 다에서 환자를 치료에 배정하는 데에도 사용된다. 병기로 분류하기 위한 정보는 다음과 같다:
TX: 일차 종양이 평가될 수 없다. T0: 종양의 증거가 없다. Tis: 상피내 암종, 침습 없음. T1: 종양은 2 cm 이하이다. T2: 종양은 2 cm 초과 내지 5 cm 미만이다. T3: 종양은 5 cm 초과이다. T4: 유방 또는 피부의 벽, 또는 염증성 유방암에서 성장하는 임의의 크기의 종양.
NX: 근처 림프절이 평가될 수 없다. N0: 암이 국소 림프절까지 전파되지 않았다. N1: 암이 1개 내지 3개의 액와 림프절 또는 1개의 내유 림프절까지 전파되었다. N2: 암이 4개 내지 9개의 액와 림프절 또는 다수의 내유 림프절까지 전파되었다. N3: 하기 상황들 중 하나가 적용된다: 암이 10개 이상의 액와 림프절까지 전파되었거나, 암이 쇄골하 림프절까지 전파되었거나, 암이 쇄골상 림프절까지 전파되었거나, 암이 액와 림프절에 영향을 미치고 내유 림프절까지 전파되었거나, 암이 4개 이상의 액와 림프절에 영향을 미치고 최소량의 암이 내유 림프절 또는 감시 림프절 생검에 존재한다.
MX: 원거리 전파(전이)의 존재가 평가될 수 없다. M0: 원거리 전파가 없다. M1: 쇄골상 림프절을 포함하지 않는 원거리 장기까지의 전파가 일어났다.
미국 암학회에 따르면, 유방암의 5개 병기가 있고, 이들 각각은 여러 추가 병기로 세분된다(https://www.cancer.org/cancer/breast-cancer/understanding-a-breast-cancer-diagnosis/stages-of-breast-cancer.html, 2017년 8월 25일 마지막 방문).
0 기 유방암(Tis, N0, M0)은 (암 세포가 관 내에 여전히 존재하는 경우) 관상피내 암종 또는 소엽상피내 암종(LCIS)으로서도 알려져 있다. 0 기 유방암에서, 암은 림프절 또는 원거리 부위까지 전파되지 않았다.
IA 기 유방암(T1, N0, M0)은 종양이 2 cm 이하이고 종양이 림프절 또는 원거리 부위까지 전파되지 않은 암이다.
IB 기 유방암(T0 또는 T1, N1mi, M0)은 종양이 2 cm 이하이고 (림프절 내의 암이 0.2 내지 2 mm인 경우) 겨드랑이 림프절에 1개 내지 3개의 미세전이가 있으나, 암이 원거리 부위까지 전파되지 않은 유방암이다.
IIA 기 유방암(T0 또는 T1, N1(그러나, N1mi는 아님), M0)은 종양이 직경 2 cm 이하이고 (1) 암이 1개 내지 3개의 겨드랑이 림프절까지 전파되었고 2 mm보다 더 크거나; (2) 미량의 암이 내유 림프절에 존재하거나; (3) 암이 1개 내지 3개의 겨드랑이 림프절 및 내유 림프절까지 전파된 유방암이다. IIA 기 유방암(T2, N0, M0)은 종양이 2 cm 초과 내지 5 cm 미만이고 임의의 림프절 또는 원거리 부위까지 전파되지 않은 유방암일 수도 있다.
IIB 기 유방암(T2, N1, M0)은 종양이 2 cm 초과 내지 5 cm 미만이고 1개 내지 3개의 겨드랑이 림프절까지 전파되었고/전파되었거나 미량의 암이 내유 림프절에 존재하나, 암이 원거리 부위까지 전파되지 않은 유방암이다. IIB 기 유방암(T3, N0, M0)은 종양이 5 cm보다 더 크지만, 흉벽 또는 피부 내로 성장하지 않았고, 임의의 림프절 또는 원거리 부위까지 전파되지 않은 유방암이기도 하다.
IIIA 기 유방암(T0 내지 T2, N2, M0)은 종양이 직경 5 cm 이하이고 4개 내지 9개의 겨드랑이 림프절까지 전파되었고 유선 림프절을 확장시켰으나 원거리 부위까지 전파되지 않은 유방암이다. IIIA 기 유방암(T3, N1 또는 N2, M0)은 종양이 직경 5 cm보다 더 크지만, 흉벽 또는 피부 내로 성장하지 않았고, 1개 내지 9개의 겨드랑이 림프절 또는 내유 림프절까지 전파되었으나 원거리 부위까지 전파되지 않은 유방암이기도 하다.
IIIB 기 유방암(T4, N0 내지 N2, M0)은 종양이 흉벽 또는 피부 내로 성장하였고 하기 상황들 중 하나가 적용되는 유방암이다: (1) 암이 림프절까지 전파되지 않았거나; (2) 암이 1개 내지 3개의 겨드랑이 림프절까지 전파되었고/되었거나 미량의 암이 내유 림프절 또는 감시 림프절 생검에 존재하거나; (3) 암이 4개 내지 9개의 겨드랑이 림프절까지 전파되었거나 암이 내유 림프절을 확장시켰다. IIIB 기 암에서, 암은 원거리 부위까지 전파되지 않았다. 염증성 유방암은 적어도 IIIB 기 유방암이나, 전파된 경우, IIIC 기 또는 IV 기일 수 있다.
IIIC 기 유방암(임의의 T, N3, M0)에서, 종양은 임의의 크기를 가질 수 있고, 하기 상황들 중 하나가 적용된다: (1) 암이 10개 이상의 겨드랑이 림프절까지 전파되었거나; (2) 암이 쇄골 아래의 림프절까지 전파되었거나; (3) 암이 쇄골 위의 림프절까지 전파되었거나; (4) 암이 겨드랑이 림프절에 영향을 미치고 내유 림프절을 확장시켰거나; (5) 암이 4개 이상의 겨드랑이 림프절까지 전파되었고, 미량의 암이 내유 림프절 또는 감시 림프절 생검에 존재한다. IIIC 기 유방암에서, 암은 원거리 부위까지 전파되지 않았다.
IV 기 유방암(임의의 T, 임의의 N, M1)에서, 암은 임의의 크기를 가질 수 있고, 암은 근처 림프절까지 전파되었을 수 있거나 전파되지 않았을 수 있다. 암은 유방으로부터 멀리 있는 원거리 장기 또는 림프절까지 전파되었다.
본 발명의 맥락에서, "폐경후" 대상체는 폐경을 겪었고 월경 없는 연속 60개월을 경험한 여성인 것으로 이해된다. 문헌[Coleman et al Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006]을 참조한다. 일부 실시양태에서, 여성은 여포 자극 호르몬(FSH)의 측정을 통해 그녀의 폐경후 상태를 확인할 수 있다.
본 발명의 맥락에서, "비-폐경후" 대상체는 폐경을 겪지 않았고 월경 없는 연속 60개월을 경험하지 않은 임의의 대상체이다. "비-폐경후" 대상체는 폐경전 여성, 폐경전후 여성, 및 알려지지 않은 폐경 상태 여성을 포함한다.
본 발명의 맥락에서, "전이"는 암이 시작된 장기부터 상이한 장기까지 암이 전파된 것으로서 이해된다. 이것은 일반적으로 혈액 또는 림프 시스템을 통해 일어난다. 암 세포가 전파되고 새로운 종양을 형성할 때, 이 새로운 종양은 이차 또는 전이성 종양으로서 지칭된다. 이차 종양을 형성하는 암 세포는 원래의 종양의 암 세포와 유사하다. 예를 들면, 유방암이 골로 전파되는(전이되는) 경우, 이차 종양은 악성 유방암 세포로 형성된다. 골에서의 상기 질환은 전이성 유방암이고 골암이 아니다. 본 발명의 방법의 특정 실시양태에서, 전이는 골로 전파된(전이된) 유방암이다.
본 발명의 맥락에서, "재발"은 암이 검출되지 않은 일정 기간 후 유방암이 되살아나는 것을 지칭한다. 유방암은 유방 또는 유방 주변 조직에서 국소적으로 재발할 수 있다. 유방암은 근처 림프절, 또는 주변 영역 내에 있지 않은 림프절에서 재발할 수도 있다. 유방암이 다른 조직으로 전파됨으로써 재발하거나 혈류를 통해 이동하여 골 또는 다른 장기에서 재발할 때, 이것도 전이로서 지칭된다. 본원에서 사용된 바와 같이, 재발은 재발의 위험도 포괄한다.
본 발명의 맥락에서, "재귀"는 증상이 감소되었으나, 대상체가 암 부재 상태가 아니고, 나중에 암이 되살아나는 상황을 지칭한다. 유방암은 유방 또는 유방 주변 조직에서 국소적으로 재귀할 수 있다. 유방암은 근처 림프절, 또는 주변 영역 내에 있지 않은 림프절에서 재귀할 수도 있다. 유방암이 다른 조직으로 전파됨으로써 재귀하거나 혈류를 통해 이동하여 골 또는 다른 장기에서 재발할 때, 이것도 전이로서 지칭된다. 본원에서 사용된 바와 같이, 재귀는 재귀의 위험도 포괄한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "무질환 생존"은 암 종말을 위한 일차 치료 후 환자가 그 암의 임의의 징후 또는 증상 없이 생존하는 시간의 길이를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 무질환 생존은 DFS, 무재귀 생존 또는 RFS로서 지칭된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "전체 생존" 또는 "OS"는 질환으로 진단된 환자가 진단일 또는 암에 대한 치료의 시작부터 여전히 생존하고 있는 시간의 길이를 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "대상체" 또는 "환자"는 포유동물로서 분류된 모든 동물들을 지칭하고 가축 및 농장 동물, 영장류 및 인간, 예를 들면, 인간, 비인간 영장류, 소, 말, 돼지, 양, 염소, 개, 고양이 또는 설치류를 포함하나, 이들로 한정되지 않는다. 바람직하게는, 대상체는 임의의 연령 또는 인종의 인간 남성 또는 여성이다.
임상 결과를 지칭하기 위해 본원에서 사용될 때, 용어 "좋지 않은" 또는 "좋은"은 대상체가 유리한 또는 불리한 결과를 보일 것임을 의미한다. 당분야에서 숙련된 자에 의해 이해될 바와 같이, 확률의 이러한 평가는 비록 선호될지라도 진단받는 대상체들의 100%에 대해 정확하지 않을 수 있다. 그러나, 상기 용어는 대상체들 중 통계학적으로 유의미한 일부가 소정의 결과에 대한 소인을 가진 대상체로서 확인될 수 있을 것을 요구한다. 일부가 통계학적으로 유의미한지는 다양한 잘 알려진 통계학적 평가 수단, 예를 들면, 신뢰 구간의 측정, p 값 측정, 스튜던트 t-검정, 만-휘트니 검정 등을 이용함으로써 당분야에서 숙련된 자에 의해 용이하게 확인될 수 있다. 상세한 내용은 문헌[Dowdy and Wearden, Statistics for Research, John Wiley & Sons, New York 1983]에서 발견된다. 바람직한 신뢰 구간은 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 또는 적어도 약 95%이다. p 값은 바람직하게는 0.05, 0.01, 0.005 또는 0.0001 이하이다. 보다 바람직하게는, 집단의 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80% 또는 적어도 약 90%의 대상체들은 본 발명의 방법에 의해 적절하게 확인될 수 있다.
본 발명에서, "종양 샘플"은 원발성 유방암 종양으로부터 유래한 샘플(예를 들면, 종양 조직, 순환 종양 세포, 순환 종양 DNA)로서 이해된다. 상기 샘플은 관련 의료 기법에 숙련된 자에 의해 잘 알려진 방법을 이용함으로써 통상의 방법, 예를 들면, 생검에 의해 수득될 수 있다. 생검 샘플을 수득하는 방법은 종양을 큰 조각으로 분할하는 것, 또는 미세해부, 또는 당분야에서 알려진 다른 세포 분리 방법을 포함한다. 종양 세포는 작은 게이지 바늘을 사용한 흡인을 통한 세포검사에 의해 수득될 수도 있다. 샘플 보존 및 취급을 단순화하기 위해, 샘플을 포르말린에 고정시키고 파라핀에 담굴 수 있거나, 급속 냉동을 가능하게 하는 고도 극저온 매질에 액침함으로써 먼저 냉동시킨 후 조직 냉동 매질, 예컨대, OCT 화합물에 담굴 수 있다.
본 발명의 맥락에서, "c-MAF 단백질의 기능적으로 동등한 변이체"는 (i) 아미노산 잔기들 중 하나 이상이 보존된 또는 비보존된 아미노산 잔기(바람직하게는 보존된 아미노산 잔기)로 치환되어 있고 이러한 치환된 아미노산 잔기가 유전 코드에 의해 코딩된 아미노산 잔기일 수 있거나 이러한 코딩된 아미노산 잔기가 아닐 수 있는 c-MAF 단백질(서열번호 4 또는 서열번호 5)의 변이체, 또는 (ii) 하나 이상의 아미노산의 삽입 또는 결실을 포함하고 c-MAF 단백질과 동일한 기능, 예를 들면, DNA 결합 전사 인자로서 작용하는 기능을 가진 변이체로서 이해된다. c-MAF 단백질의 변이체는 (전체적으로 본원에 참고로 포함된) 국제 특허 출원 공개 제WO2005/046731호에서 확인된 바와 같이 시험관내 세포 증식을 촉진하는 c-MAF의 능력, (전체적으로 본원에 참고로 포함된) 국제 특허 출원 공개 제WO2008098351호에 기재된 바와 같이 c-MAF를 발현하는 세포에서 사이클린 D2 프로모터 또는 c-MAF 반응성 영역(MARE 또는 c-MAF 반응성 요소)을 함유하는 프로모터의 조절 하에서 레포터 유전자의 전사 능력을 차단하는 소위 억제제의 능력, 또는 (전체적으로 참고로 포함된) 미국 특허 출원 공개 제2009048117A호에 기재된 바와 같이 NFATc2 및 c-MAF를 발현하는 세포에서 PMA/이노마이신을 사용한 자극에 대한 반응으로 IL-4 프로모터의 조절 하에서 레포터 유전자 발현을 차단하는 소위 억제제의 능력에 기반한 방법을 이용함으로써 확인될 수 있다.
본 발명에 따른 변이체는 바람직하게는 임의의 c-MAF 단백질 이소폼의 아미노산 서열(서열번호 4 또는 서열번호 5)과 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 91%, 적어도 약 92%, 적어도 약 93%, 적어도 약 94%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98% 또는 적어도 약 99%의 서열 유사성을 가진다. 이와 같이 정의된, 변이체와 특정 c-MAF 단백질 서열 사이의 유사성의 정도는 당분야에서 숙련된 자에 의해 널리 알려진 알고리즘 및 컴퓨터 프로세스를 이용함으로써 측정된다. 2개의 아미노산 서열들 사이의 유사성은 바람직하게는 BLASTP 알고리즘[BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBI NLM NIH Bethesda, Md. 20894, Altschul, S., et al., J. Mol. Biol. 215: 403-410 (1990)]을 이용함으로써 측정된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제"는 조골세포 증식을 자극하거나, 파골세포 증식을 억제하거나 골 구조를 고정시킴으로써 골 분해를 예방할 수 있거나, 억제할 수 있거나, 치료할 수 있거나, 감소시킬 수 있거나 중단시킬 수 있는 임의의 분자를 지칭한다. 골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제는 골 분해를 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제를 포함하고, 골 합성을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "결과" 또는 "임상 결과"는 질환 및/또는 질환 진행의 생성된 과정을 지칭하고, 예를 들면, 재발, 재발까지의 시간, 재귀, 전이, 전이까지의 시간, 전이의 수, 전이 부위의 수 및/또는 질환으로 인한 사망을 특징으로 할 수 있다. 예를 들면, 좋은 임상 결과는 치유, 재발의 예방, 전이의 예방 및/또는 (재발 없이) 고정된 시간 이내의 생존을 포함하고, 좋지 않은 임상 결과는 질환 진행, 전이 및/또는 고정된 시간 이내의 사망을 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "침습 무질환 생존" 또는 "IDFS"는 암에서 암 종말을 위한 일차 치료 후 환자가 원래의 원발성 종양과 동일한 유방 실질 또는 다른 조직을 침습하는 그 암의 임의의 징후 또는 증상 없이 생존하는 시간의 길이를 지칭한다. 일부 실시양태에서, IDFS는 동측 침습 유방 종양 재발, 국소적 또는 국부적 침습 유방암 재발, 전이성 또는 원거리 재발, 유방암을 포함하는 임의의 원인에 기인할 수 있는 사망, 대측 침습 유방암, 및 제2 원발성 침습 암(비-유방, 그러나 기저 세포 또는 편평 피부암을 제외함)을 포함한다. 문헌[Coleman et al Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006]을 참조한다.`
본 발명에서, "유방암을 갖는 대상체에서의 전이의 진단"은 그의 징후를 연구함으로써, 예를 들면, 본 발명의 맥락에서 유방암 종양 조직에서 대조군 샘플에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준(예를 들면, 과다발현)을 통해 질환(전이)을 확인하는 것으로서 이해된다.
본 발명에서, "유방암을 갖는 대상체에서 전이를 발생시키는 경향의 예후"는 상기 대상체가 가진 유방암이 추후에 전이할 것인지를 징후에 기반하여 아는 것으로서 이해된다. 본 발명의 맥락에서, 징후는 종양 조직에서의 c-MAF 유전자 과다발현이다.
본 발명의 맥락에서, 대상체가 앓고 있는 유방암이 신체의 다른 장기, 특정 실시양태에서 골로 전이하였을 때 "상기 대상체는 전이에 대한 양성 진단을 가진다"고 이해된다. 상기 용어는 재발 및 재귀에 대해 유사하게 사용된다.
당분야에서 숙련된 자는 원발성 종양이 전이하거나, 재귀하거나 재발하는 경향의 예측이 확인되는 모든 대상체들(즉, 100%의 대상체들)에 대해 정확하기 위한 것이 아니라는 것을 이해할 것이다. 그럼에도 불구하고, 상기 용어는 대상체들 중 통계학적으로 유의미한 일부(예를 들면, 코호트 연구에서 코호트)를 확인할 수 있을 것을 요구한다. 일부가 통계학적으로 유의미한지는 다양한 잘 알려진 통계학적 평가 수단, 예를 들면, 신뢰 구간의 측정, p 값의 측정, 스튜던트 t-검정, 만-휘트니 검정 등을 이용함으로써 당분야에서 숙련된 자에 의해 단순한 방식으로 확인될 수 있다. 상세한 내용은 문헌[Dowdy and Wearden, Statistics for Research, John Wiley & Sons, New York 1983]에 제공되어 있다. 바람직한 신뢰 구간은 적어도 약90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99%이다. p 값은 바람직하게는 0.1, 0.05, 0.01, 0.005 또는 0.0001이다. 보다 바람직하게는, 집단의 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80% 또는 적어도 약 90%의 대상체들은 본 발명의 방법에 의해 적절하게 확인될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "좋지 않은 예후"는 대상체가 소정의 기간 이내에 생존하지 않고/않거나 재발, 재귀 또는 원거리 전이를 갖거나 가질 높은 위험에 있는 것으로 예상, 예를 들면, 예측된다는 것을 표시한다. 용어 "높은"은 상대적 용어이고, 본원의 맥락에서, 임상 결과(재발, 원거리 전이 등)와 관련하여 "높은" 발현 군의 위험을 지칭한다. "높은" 위험은 불균질한 암 환자 집단에 대한 평균 위험보다 더 높은 위험으로서 간주될 수 있다. 문헌[Paik et al. (2004)]의 연구에서, 재발의 전체 "높은" 위험은 15%보다 더 높은 것으로서 간주되었다. 또한, 상기 위험은 시간의 함수로 달라질 것이다. 시간은 예를 들면, 암의 초기 진단 또는 예후가 이루어진 후 5년, 10년, 15년 또는 심지어 20년일 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "기준 값"은 환자 또는 환자로부터 수집된 샘플의 실험실 검사에 의해 수득된 값/데이터에 대한 기준으로서 사용된 실험실 값을 지칭한다. 기준 값 또는 기준 수준은 절대적 값; 상대적 값; 상한 및/또는 하한을 가진 값; 값의 범위; 평균 값; 중간 값; 대표 값; 또는 특정 대조군 또는 기준 값과 비교된 값일 수 있다. 기준 값은 개별 샘플 값, 예를 들면, 시험되는 대상체로부터의 샘플로부터 보다 이른 시점에서 수득된 값에 기반할 수 있다. 기준 값은 예컨대, 생활 연령이 일치된 군의 대상체들의 집단으로부터의 다수의 샘플들에 기반할 수 있거나, 시험되는 샘플을 포함하거나 제외한 샘플의 풀에 기반할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "치료"는 본원에 기재된 임상 상태를 종결시키거나, 예방하거나, 호전시키거나 이러한 상태에 대한 민감성을 감소시키는 것을 목적으로 하는 임의의 유형의 요법을 지칭한다. 한 실시양태에서, 용어 치료는 본원에서 정의된 장애 또는 상태의 예방적 치료(예를 들면, 임상 상태에 대한 민감성을 감소시키는 요법)에 관한 것이다. 따라서, "치료", "치료하는" 및 이들의 동등한 용어는 인간을 포함하는 포유동물에서 병리학적 상태 또는 장애의 임의의 치료를 커버하는, 원하는 약리학적 또는 생리학적 효과의 수득을 지칭한다. 상기 효과는 장애 또는 이의 증상을 완전히 또는 부분적으로 예방한다는 관점에서 예방적일 수 있고/있거나, 장애 및/또는 장애에 기인할 수 있는 부작용에 대한 부분적 또는 완전한 치유의 관점에서 치료적일 수 있다. 즉, "치료"는 (1) 장애가 대상체에서 발병하거나 재발하는 것을 예방하는 것, (2) 장애를 억제하는 것, 예컨대, 그의 발생을 정지시키는 것, (3) 숙주가 장애 또는 이의 증상을 더 이상 앓지 않도록 장애 또는 적어도 이와 관련된 증상을 중단시키거나 종결하는 것, 예를 들면, 상실되었거나, 누락되었거나 결함이 있는 기능을 회복시키거나 복구시키거나, 비효율적인 과정을 자극함으로써 장애 또는 이의 증상의 퇴행을 야기하는 것, 또는 (4) 장애 또는 이와 관련된 증상을 경감시키거나, 완화시키거나 호전시키는 것을 포함하고, 이때 호전은 적어도 파라미터, 예컨대, 염증, 통증 또는 면역 결핍의 크기의 감소를 지칭하기 위해 넓은 의미로 사용된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "샘플" 또는 "생물학적 샘플"은 대상체로부터 단리된 생물학적 물질을 의미한다. 생물학적 샘플은 c-MAF 유전자의 발현 수준을 측정하는 데 적합한 임의의 생물학적 물질을 함유할 수 있다. 샘플은 임의의 적합한 생물학적 조직 또는 유체, 예를 들면, 종양 조직, 혈액, 혈액 혈장, 혈청, 소변 또는 뇌척수액(CSF)으로부터 단리될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 본원에서 사용된 유전자의 용어 "발현 수준"은 대상체의 샘플에서 상기 유전자에 의해 생성된 유전자 생성물의 측정가능한 양을 지칭하고, 이때 상기 유전자 생성물은 전사 생성물 또는 번역 생성물일 수 있다. 따라서, 발현 수준은 핵산 유전자 생성물, 예컨대, mRNA 또는 cDNA, 또는 폴리펩타이드 유전자 생성물에 관한 것일 수 있다. 발현 수준은 대상체의 샘플 및/또는 기준 샘플 또는 샘플들로부터 유도되고, 예를 들면, 새로 검출될 수 있거나 이전 측정치에 상응할 수 있다. 발현 수준은 당분야에서 숙련된 자에게 알려진 바와 같이, 예를 들면, 마이크로어레이 방법, PCR 방법(예컨대, qPCR) 및/또는 항체 기반 방법을 이용함으로써 확인될 수 있거나 측정될 수 있다.
"증가된 발현 수준"은 기준 샘플 또는 대조군 샘플에서의 c-MAF 유전자의 수준보다 더 큰 c-MAF 유전자의 수준을 지칭할 때 발현 수준으로서 이해된다. 이 증가된 수준은 유전자 또는 16q23 또는 16q22-24 염색체 좌위 증폭, 카피 획득 또는 전위에 의해 야기될 수 있으나, 다른 기작을 배제하지 않는다. 구체적으로, 샘플은 환자로부터 단리된 샘플에서의 발현 수준이 기준 또는 대조군에 비해 적어도 약 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 2배, 2.1배, 2.2배, 2.3배, 2.4배, 2.5배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 60배, 70배, 80배, 90배, 100배 또는 심지어 더 높을 때 높은 c-MAF 발현 수준을 가진 것으로서 간주될 수 있다. 일부 실시양태에서, "증가된 발현 수준"은 "높은" 발현 수준이다. "증가되지 않은" 또는 "비증가된" 발현 수준은 기준 또는 대조군 값과 동등한 값, 또는 기준 또는 대조군 값에 비해 감소된 발현 수준을 포함하는, "증가된" 발현 수준의 정의에 포함되지 않는 임의의 값이다.
"감소된 발현 수준"은 기준 샘플 또는 대조군 샘플에서의 c-MAF 유전자의 수준보다 더 낮은 c-MAF 유전자의 수준을 지칭할 때 발현 수준으로서 이해된다. 이 감소된 수준은 유전자 또는 16q23 또는 16q22-24 염색체 좌위 결실에 의해 야기될 수 있으나, 다른 기작을 배제하지 않는다. 구체적으로, 샘플은 환자로부터 단리된 샘플에서의 발현 수준이 기준 또는 대조군에 비해 적어도 약 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 2배, 2.1배, 2.2배, 2.3배, 2.4배, 2.5배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 60배, 70배, 80배, 90배, 100배 또는 심지어 더 낮을 때 감소된 c-MAF 발현 수준을 가진 것으로서 간주될 수 있다. 일부 실시양태에서, "감소된 발현 수준"은 "낮은" 발현 수준 또는 "증가되지 않은" 발현 수준이다.
본원에서 사용된 바와 같이, "유전자 카피 수"는 세포 내의 핵산 분자의 카피 수를 지칭한다. 유전자 카피 수는 세포의 게놈(염색체) DNA 내의 유전자 카피 수를 포함한다. 정상 세포(비종양 세포)에서, 유전자 카피 수는 정상적으로 2개 카피(염색체 쌍의 각각의 구성원에서 1개 카피)이다. 유전자 카피 수는 종종 세포 집단의 샘플로부터 채취된 유전자 카피 수의 절반을 포함한다.
본 발명에서, "증가된 유전자 카피 수"는 c-MAF 유전자 카피 수가 기준 샘플 또는 대조군 샘플이 가진 카피 수보다 더 클 때로서 이해된다. 이 증가된 유전자 카피 수는 유전자 또는 16q23 또는 16q22-24 염색체 좌위 증폭, 카피 획득 또는 전위에 의해 야기될 수 있으나, 다른 기작을 배제하지 않는다. 구체적으로, 샘플은 카피 수가 c-MAF 유전자의 2개 초과의 카피, 예를 들면, 2.1개, 2.2개, 2.3개, 2.4개, 2.5개, 2.6개, 2.7개, 2.8개, 2.9개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개 카피, 심지어 10개 초과의 카피일 때 증가된 c-MAF 카피 수를 가진다고 간주될 수 있다. 일부 실시양태에서, "증가된 유전자 카피 수"는 카운팅된 세포당 카피의 평균에 기반하여 측정된다. 일부 실시양태에서, 샘플은 카운팅된 세포당 평균 카피 수가 c-MAF 유전자의 2개 초과의 카피, 예를 들면, 2.1개, 2.2개, 2.3개, 2.4개, 2.5개, 2.6개, 2.7개, 2.8개, 2.9개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개 카피, 심지어 10개 초과의 카피일 때 증가된 c-MAF 카피 수를 가진다고 간주될 수 있다.
본 발명에서, "감소된 유전자 카피 수"는 c-MAF 유전자 카피 수가 기준 샘플 또는 대조군 샘플이 가진 카피 수보다 더 적을 때로서 이해된다. 감소된 유전자 카피 수는 유전자 또는 16q23 또는 16q22-24 염색체 좌위 결실에 의해 야기될 수 있으나, 다른 기작을 배제하지 않는다. 일부 실시양태에서, 샘플은 카피 수가 c-MAF 유전자의 2개 이하의 카피일 때 감소된 c-MAF 카피 수를 가진다고 간주될 수 있다.
본 발명에서, "증가되지 않은 유전자 카피 수"는 c-MAF 유전자 카피 수 또는 평균 c-MAF 유전자 카피 수가 기준 샘플 또는 증가에 대한 양성 샘플이 가진 카피 수보다 더 적을 때로서 이해된다. 증가되지 않은 유전자 카피 수는 유전자 또는 16q23 또는 16q22-24 염색체 좌위 증폭, 카피 획득 또는 전위의 증가가 없음으로써 야기될 수 있으나, 다른 기작을 배제하지 않는다. 구체적으로, 샘플은 카피 수가 c-MAF 유전자의 2.1개, 2.2개, 2.3개, 2.4개, 2.5개, 2.6개, 2.7개, 2.8개 또는 2.9개 카피 미만일 때 증가되지 않은 c-MAF 카피 수 또는 c-MAF 평균 카피 수를 가진다고 간주될 수 있다.
본원에서 이해된 바와 같이, 용어 "유전자의 증폭"은 유전자 또는 유전자 단편의 다양한 카피들이 개별 세포 또는 세포주에서 형성되는 과정을 지칭한다. 유전자의 카피들은 반드시 동일한 염색체에 위치하지는 않는다. 중복된 영역은 종종 "앰플리콘"으로서 지칭된다. 정상적으로, 생성된 mRNA의 양, 예를 들면, 유전자 발현 수준도 특정 유전자의 카피 수에 비례하여 증가한다.
용어 "획득"은 표준으로부터의 임의의 염색체 카피 수 증가를 지칭하고, 예를 들면, 이배체 유기체에서 세포 내의 한 유전자의 3개 카피는 획득일 것이다. 일부 실시양태에서, "획득"은 용어 "카피 획득"을 포함하고, "카피 수"와 동의어로 사용된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "프로브"는 관심 있는 특정 핵산 서열에 상보적인 올리고뉴클레오타이드 서열을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 프로브는 전위를 겪는 것으로 알려진 염색체의 영역에 특이적일 수 있다. 일부 실시양태에서, 프로브는 특이적 표지 또는 태그를 가진다. 일부 실시양태에서, 태그는 형광단이다. 일부 실시양태에서, 프로브는 DNA 현장 하이브리드화 프로브이고, 이의 표지부착은 백금과 핵산 및 단백질의 안정한 배위 결합에 기반한다. 일부 실시양태에서, 프로브는 전체적으로 참고로 포함된 미국 특허 제9,127,302호 및 제9,134,237호에 기재되어 있거나, 문헌[Swennenhuis et al. "Construction of repeat-free florescence in situ hybridization probes" Nucleic Acids Research 40(3):e20 (2012)]에 기재된 바와 같다.
본원에서 사용된 바와 같이, "태그" 또는 "표지"는 프로브와 직접적으로 또는 간접적으로 연결되어, 프로브 또는 프로빙될 위치가 가시화될 수 있게 하거나, 표시될 수 있게 하거나 다른 방식으로 포착될 수 있게 하는 임의의 물리적 분자를 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "전위"는 염색체들 사이에 동등하지 않거나 동등한 양으로 염색체 물질을 교환하는 것을 지칭한다. 일부 경우, 전위는 동일한 염색체 상에서 일어난다. 일부 경우, 전위는 상이한 염색체들 사이에 일어난다. 전위는 유방암 및 백혈병을 포함하는 암의 많은 유형들에서 높은 빈도로 일어난다. 전위는 일차 상호 전위 또는 더 복잡한 이차 전위일 수 있다. 많은 암들에서 시작 이벤트를 구성하는 것으로 여겨지는, 면역글로불린 중쇄(IgH) 좌위를 수반하는 여러 일차 전위들이 있다(Eychene, A., Rocques, N., and Puoponnot, C., A new MAFia in cancer. 2008. Nature Reviews: Cancer. 8: 683-693).
본원에서 사용된 바와 같이, "배수체" 또는 "배수성"은 세포가 관심 있는 유전자의 2개 초과의 카피를 함유한다는 것을 표시한다. 일부 경우, 관심 있는 유전자는 MAF이다. 일부 실시양태에서, 배수성은 관심 있는 유전자의 발현의 축적과 관련된다. 일부 실시양태에서, 배수성은 게놈 불안정성과 관련된다. 일부 실시양태에서, 게놈 불안정성은 염색체 전위를 유발할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "전체 게놈 서열분석"은 유기체의 전체 게놈을 한 번에 서열분석하는 과정이다. 예를 들면, 문헌[Ng., P.C. and Kirkness, E.F., Whole Genome Sequencing. 2010. Methods in Molecular Biology. 628: 215-226]을 참조한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "엑솜 서열분석"은 유기체의 DNA의 전체 코딩 영역이 서열분석되는 과정이다. 엑솜 서열분석에서, mRNA가 서열분석된다. 게놈의 비번역된 영역은 엑솜 서열분석에 포함되지 않는다. 예를 들면, 문헌[Choi, M. et al., Genetic diagnosis by whole exome capture and massively parallel DNA sequencing. 2009. PNAS. 106(45): 19096-19101]을 참조한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "결합 구성원"은 서로 결합하는 한 쌍의 분자들의 한 구성원을 기술한다. 결합 쌍의 구성원은 천연적으로 유도될 수 있거나, 전체적으로 또는 부분적으로 합성에 의해 생성될 수 있다. 분자 쌍의 한 구성원은 분자 쌍의 다른 구성원에 결합하므로 이 다른 구성원의 특정 공간적 및 극성 구조에 상보적인, 그의 표면 위의 영역 또는 캐비티(cavity)를 가진다. 결합 쌍의 유형의 예는 항원-항체, 수용체-리간드 및 효소-기질이다. 일부 실시양태에서, 결합 구성원은 항체이다. 일부 실시양태에서, 결합 구성원은 c-MAF 항원에 결합하는 항체이다. 일부 실시양태에서, 결합 구성원은 본원에 개시된 임의의 c-MAF 항체이다.
본원에서 사용된 바와 같이, "CDR 영역" 또는 "CDR"은 문헌[Kabat et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Edition. US Department of Health and Human Services, Public Service, NIH, Washington]에 의해 정의된 바와 같이 면역글로불린의 중쇄 및 경쇄의 초가변 영역을 표시하기 위한 것이다. 항체는 전형적으로 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3으로서 지칭되는 3개의 중쇄 CDR들 및 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3으로서 지칭되는 3개의 경쇄 CDR들을 함유한다. 용어 CDR 또는 CDR들은 항체가 인식하는 항원 또는 에피토프에 대한 그 항체의 친화성에 의한 결합을 책임지는 아미노산 잔기의 대부분을 함유하는 이 영역들 중 하나 또는 여러 영역, 또는 심지어 이 영역들 전체를 표시하기 위해 본원에서 사용된다. 6개의 CDR 서열들 중에서 중쇄의 세 번째 CDR(HCDR3)은 본질적으로 당분야에서 생식세포주 면역글로불린 중쇄 유전자 좌위의 V, D 및 J 유전자 분절의 V(D)J 재배열로서 알려진 기작으로 인해 가장 큰 크기의 가변성, 예를 들면, 더 큰 다양성을 가진다. HCDR3은 2개의 아미노산만큼 짧을 수 있거나 26개의 아미노산만큼 길 수 있거나, 이 두 한계 사이의 임의의 길이를 가질 수 있다. CDR 길이는 특정 기저 프레임워크에 의해 수용될 수 있는 길이에 따라 달라질 수도 있다. 기능적으로, HCDR3은 항체의 특이성의 결정에 있어서 중요한 역할을 할 수 있다(Segal et al., (1974) Proc Natl Acad Sci USA. 71(11): 4298-302; Amit et al., (1986) Science 233(4765): 747-53; Chothia et al., (1987) J. Mol. Biol. 196(4): 901-17; Chothia et al., (1989) Nature 342(6252): 877-83; Caton et al., (1990) J. Immunol. 144(5): 1965-8; Sharon (1990a) PNAS USA. 87(12): 4814-7, Sharon (1990b) J. Immunol. 144: 4863-4869, Kabat et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Edition. US Department of Health and Human Services, Public Service, NIH, Washington).
본원에서 사용된 바와 같이, "항체", "항체 분자" 또는 "항체들"은 천연적으로 생성되든, 아니면 부분적으로 또는 전체적으로 합성에 의해 생성되든 관계없이 면역글로불린을 기술한다. 상기 용어는 항체 항원 결합 부위를 포함하는 임의의 폴리펩타이드 또는 단백질도 커버한다. 본 발명이 천연 형태의 항체에 관한 것이 아니라는 것, 다시 말해, 항체가 그의 천연 환경에 있는 것이 아니라 천연 공급원으로부터 정제에 의해 단리 또는 수득될 수 있거나, 유전적 재조합 또는 화학적 합성에 의해서도 수득될 수 있으므로, 비천연 아미노산을 함유할 수 있다는 것을 여기서 이해해야 한다. 항체 항원 결합 부위를 포함하는 항체 단편은 Fab, Fab', F(ab')2, Fab'-SH, scFv, Fv, dAb 및 Fd와 같은 분자들을 포함하나, 이들로 한정되지 않는다. 예를 들면, Fab2, Fab3, 디아바디, 트리아바디, 테트라바디, 카멜바디, 나노바디 및 미니바디를 포함하는, 하나 이상의 항체 항원 결합 부위를 포함하는 다양한 다른 항체 분자들이 조작되었다. 항체 분자 및 이의 구축 및 사용 방법은 문헌[Hollinger & Hudson (2005) Nature Biot. 23(9): 1126-1136]에 기재되어 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "항체 분자"는 항원에 대한 요구된 특이성 및/또는 결합을 가진 항체 항원 결합 부위를 가진 임의의 결합 구성원 또는 물질을 커버하는 것으로서 해석되어야 한다. 따라서, 이 용어는 천연적으로 유도되든 아니면 전체적으로 또는 부분적으로 합성되든 관계 없이 항체 항원 결합 부위를 포함하는 임의의 폴리펩타이드를 포함하는, 기능적 항체 단편 및 유도체를 커버한다. 따라서, (예를 들면, 또 다른 종으로부터 유래하거나 또 다른 항체 부류 또는 하위부류에 속하는) 또 다른 폴리펩타이드에 융합된, 항체 항원 결합 부위를 포함하는 키메라 분자 또는 등가물이 포함된다. 키메라 항체의 클로닝 및 발현은 예를 들면, 전체적으로 본원에 포함된 유럽 특허 출원 제0120694A호(Boss et al) 제0125023A호(Cabilly et al)에 기재되어 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 예를 들면, 본 발명의 결합 구성원의 "기능적 단편 또는 변이체"는 전체 결합 구성원의 적어도 일부 기능(예를 들면, 항원, 예컨대, Maf에 특이적으로 결합하는 능력)을 보유하는 결합 구성원의 단편 또는 변이체를 의미한다.
"종양 조직 샘플"은 순환 종양 세포 및 순환 종양 DNA를 포함하나 이들로 한정되지 않는, 유방암 종양으로부터 유래한 조직 샘플로서 이해된다. 상기 샘플은 관련 의학 기술에 숙련된 자에 의해 잘 알려진 방법을 이용함으로써 통상의 방법, 예를 들면, 생검에 의해 수득될 수 있다.
"골용해성 골 전이"는 종양 세포에 의한 파골세포 활성의 자극으로부터 비롯된 골 흡수(골 밀도의 점진적 손실)가 전이의 근처에서 일어나는 일종의 전이를 지칭하고 심각한 통증, 병리학적 골절, 고칼슘혈증, 척수 압박, 및 신경 압박으로부터 비롯된 다른 증후군을 특징으로 한다.
"보조제" 환경에서 치료는 일차 치료, 예컨대, 수술 또는 방사선요법 후 투여된 치료를 지칭한다.
"신보조제" 환경에서 치료는 일차 치료 전에 투여된 치료를 지칭한다.
유방 종양을 가진 환자에서 본 발명의 맞춤 요법을 설계하는 방법
본 발명은 특정 제제 및/또는 요법을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 앓고 있는 대상체의 확인에 관한 것이다. 추가 실시양태에서, 본 발명은 특정 제제 및/또는 요법을 사용한 치료로부터 이익을 얻는 환자로서 확인된 환자의 치료에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 c-MAF의 증가되지 않은 또는 낮은 발현 수준, 카피 수, 증폭, 획득 및/또는 전위를 가진다. 특정 실시양태에서, 암은 삼중 음성 유방암이다. 다른 실시양태에서, 암은 ER+ 유방암이다. 추가 실시양태에서, 암은 ER- 유방암이다. 추가 실시양태에서, 암은 HER2+ 유방암이다. 일부 실시양태에서, 암은 기저양 유방암이다. 한 실시양태에서, 대상체는 폐경후 상태이다. 한 실시양태에서, 대상체는 비-폐경후 상태이다. 전체적으로 본원에 참고로 각각 포함된 미국 출원 제14/391,085호, 미국 가출원 제61/801,769호, 미국 가출원 제14/776,390호, 미국 출원 제14/776,412호, 미국 출원 제14/405,724호, 미국 출원 제14/050,262호, 미국 출원 제14/435,128호, 미국 출원 제15/027,946호, 미국 출원 제15/014,916호, 미국 출원 제15/534,893호, 미국 출원 제14/776,453호 및 국제 출원 제PCT/IB2017/053094호에 기재된 바와 같이, c-MAF의 수준은 전이, 재귀 또는 재발을 진단하거나, 종양이 전이, 재귀 또는 재발을 겪을 경향을 예측하는 데 사용될 수 있다. 따라서, 본 발명에 기재된 바와 같이, 유방암 세포에서의 c-MAF 유전자 과다발현, 증폭, 카피 수 또는 획득이 전이, 재귀 또는 재발의 존재와 관련되어 있다는 점을 고려할 때, c-MAF 유전자 발현 수준, 증폭, 카피 수 또는 획득과 관련된 정보는 상기 암을 앓고 있는 대상체에 가장 적합한 요법을 결정할 수 있게 한다. 한 실시양태에서, 본 발명은 단일 마커로서 c-MAF 유전자 발현 수준, 증폭, 카피 수 또는 획득만을 정량화하는 단계를 포함하고, 예를 들면, 상기 방법은 임의의 추가 마커의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하지 않는다. 따라서, 한 실시양태에서, 본 발명은 골 리모델링을 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 투여하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 대상체는 종양 샘플에서 대조군 샘플에 비해 증가되지 않은 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체로서 확인되었다. 한 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 골 리모델링을 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 상기 대상체에게 투여한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 골 리모델링을 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 상기 대상체에게 투여한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 골 리모델링을 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체를 확인하는 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 골 리모델링을 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 상기 대상체에게 투여한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하는, 골 리모델링을 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체를 확인하는 방법에 관한 것으로서, 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 골 리모델링을 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 상기 대상체에게 투여한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체를 위한 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 상기 대상체는 골 리모델링을 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 제공받을 가능성이 높다. 일부 실시양태에서, 치료 또는 요법은 전체 생존을 개선한다. 다른 실시양태에서, 치료 또는 요법은 침습 무질환 생존을 개선한다. 추가 실시양태에서, 치료 또는 요법은 무질환 생존을 개선한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 암 치료에 의해 유도된 골 손실(CTIBL)을 가진다. 일부 실시양태에서, 치료 또는 요법은 CTIBL을 치료하거나 개선한다. 다른 실시양태에서, 치료 또는 요법은 CTIBL을 피하거나 예방한다.
일부 실시양태에서, 대상체는 높은 c-MAF 유전자 발현 수준을 가진다. 다른 실시양태에서, 대상체는 낮은 c-MAF 유전자 발현 수준을 가진다. 일부 실시양태에서, 골 분해를 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제를 포함하는, 골 리모델링을 피하고/하거나 예방하는 제제를 대상체에게 투여한다. 일부 실시양태에서, 암을 치료하는 제제를 대상체에게 추가로 투여한다. 특정 실시양태에서, 골 리모델링을 피하고/하거나 예방하는 제제 또는 c-MAF 억제제는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 미국 출원 제14/391,085호, 미국 가출원 제61/801,769호, 미국 가출원 제14/776,390호, 미국 출원 제14/776,412호, 미국 출원 제14/405,724호, 미국 출원 제14/050,262호, 미국 출원 제14/435,128호, 미국 출원 제15/027,946호, 미국 출원 제15/014,916호, 미국 출원 제15/534,893호, 미국 출원 제14/776,453호 및 국제 출원 제PCT/IB2017/053094호에 개시된 임의의 제제이다.
한 실시양태에서, 본 발명은 골 리모델링을 예방할 수 있거나 억제할 수 있고/있거나 무질환 생존 또는 전체 생존을 개선할 수 있는 제제를 투여하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖고 종양 샘플에서 대조군 샘플에 비해 감소된 c-MAF 수준을 가진 대상체에서 골 전이를 치료하는 방법에 관한 것으로서, 이때 골 리모델링을 피할 수 있거나, 치료할 수 있거나 예방할 수 있거나, 무질환 생존 또는 전체 생존을 개선할 수 있는 제제는 비스포스포네이트(bisphosphonate), RANKL 억제제, PTH, PTHLH 억제제(중화 항체 및 펩타이드를 포함함), PRG 유사체, 스트론튬 라넬레이트, DKK-1 억제제, 이중 MET 및 VEGFR2 억제제, 에스트로겐 수용체 조절제, EGFR 억제제, 칼시토닌, 라듐-223, CCR5 길항제, Src 인산화효소 억제제, COX-2 억제제, mTor 억제제, 및 카텝신 K 억제제로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 비-폐경후 상태이다. 다른 실시양태에서, 대상체는 폐경후 상태이다.
일부 실시양태에서, 비스포스포네이트 치료는 보조제 요법의 시작 시 시작된다. 일부 실시양태에서, 비스포스포네이트 치료는 약 3년 내지 5년 동안 계속되고, 골절 위험이 표시된 경우 5년 후에만 계속된다.
일부 실시양태에서, 골 분해를 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제를 포함하는, 골 리모델링을 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 대상체에게 투여한다. 일부 실시양태에서, 골 분해를 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제를 대상체에게 투여한다. 일부 실시양태에서, 골 분해를 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 제제는 데노수맙, 졸레드론산, 클로드로네이트, 알렌드로네이트(alendronate), 리세드로네이트(risedronate) 및 이반드로네이트(ibandronate)로 구성된 군으로부터 선택된다.
일단 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 측정되고 대조군 샘플과 비교되면, 상기 유전자의 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득은 대상체가 골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하기 위한 요법 또는 제제를 제공받을 가능성이 높은지를 표시한다.
일부 실시양태에서, FISH를 이용하여 측정하였을 때 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9 또는 3.0 이상의 세포당 MAF의 카피 수 또는 MAF의 평균 카피 수는 높은 값으로서 간주된다. 일부 실시양태에서, MAF FISH 값은 2.2 이상이다. 일부 실시양태에서, MAF FISH 값은 2.3 이상이다. 다른 실시양태에서, MAF FISH 값은 2.4 이상이다. 추가 실시양태에서, MAF FISH 값은 2.5 이상이다. 다른 실시양태에서, FISH를 이용하여 측정하였을 때 c-MAF 유전자의 2.1개, 2.2개, 2.3개, 2.4개, 2.5개, 2.6개, 2.7개, 2.8개 또는 2.9개 카피 미만인 c-MAF의 카피 수는 낮은 값으로서 간주된다. 일부 실시양태에서, c-MAF를 사용하여 측정하였을 때 c-MAF의 카피 수는 2.1 미만이다. 특정 실시양태에서, c-MAF의 카피 수는 2.0, 1.9. 1.8. 1.7. 1.6 또는 1.5 이하이다. 한 실시양태에서, c-MAF의 카피 수는 2.0 이하이다.
특정 실시양태에서, 대상체는 전이를 갖거나 전이를 겪을 예후를 가진다. 일부 실시양태에서, 전이는 골 전이이다. 추가 실시양태에서, 골 전이는 골용해성 전이이다.
일부 실시양태에서, 상기 방법은 유방암을 앓고 있는 대상체의 종양 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 획득 또는 증폭을 정량화하는 제1 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 샘플은 대상체의 원발성 종양 조직 샘플이다. 다른 실시양태에서, 샘플은 대상체의 전이성 종양 샘플이다. 제2 단계에서, 대상체의 종양 샘플에서 수득된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득은 대조군 샘플에서의 상기 유전자의 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득과 비교된다. c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득의 측정은 대조군 샘플 또는 기준 샘플의 값과 관련되어야 한다. 분석되는 종양의 유형에 따라, 대조군 샘플의 정확한 성질이 달라질 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 기준 샘플은 전이되지 않거나, 재귀되지 않거나 재발되지 않은 유방암을 갖는 대상체의 종양 조직 샘플이거나, 전이되지 않거나, 재귀되지 않거나 재발되지 않은 유방암을 갖는 대상체의 생검 샘플 중의 종양 조직 수집물에서 측정된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득의 중간 값에 상응한다.
한 실시양태에서, 본 발명의 방법은 대상체로부터의 종양 샘플(원발성 종양 생검, 순환 종양 세포 및 순환 종양 DNA를 포함하나 이들로 한정되지 않음)에서 수득된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 대조군 샘플에서의 상기 유전자의 발현 수준과 비교하는 제2 단계를 포함한다.
c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득의 측정은 대조군 샘플 또는 기준 샘플의 값과 상관관계를 가져야 한다. 분석되는 종양의 유형에 따라, 대조군 샘플의 정확한 성질은 달라질 수 있다. 따라서, 진단이 평가되어야 하는 경우, 기준 샘플은 전이되지 않은 유방암을 갖는 대상체로부터의 종양 조직 샘플이거나, 전이되지 않은 유방암을 갖는 대상체로부터의 생검 샘플 중의 종양 조직 수집물에서 측정된 c-MAF 유전자 발현 수준의 중간 값에 상응한다.
상기 기준 샘플은 전형적으로 대상체 집단으로부터의 동등한 양의 샘플을 조합함으로써 수득된다. 일반적으로, 전형적 기준 샘플은 임상적으로 잘 기록되어 있고 전이의 부재가 잘 특징규명되어 있는 대상체로부터 수득될 것이다. 이러한 샘플에서, 바이오마커(c-MAF 유전자)의 정상 농도(기준 농도)는 예를 들면, 기준 집단에 대한 평균 농도를 제공함으로써 측정될 수 있다. 상기 마커의 기준 농도를 측정할 때 다양한 고려사항들을 고려한다. 환자의 연령, 체중, 성별, 일반적인 신체적 상태 등이 이러한 고려사항에 속한다. 예를 들면, 상기 고려사항에 따라, 예를 들면, 다양한 연령 범주에 따라 분류된 적어도 약 2명, 적어도 약 10명, 적어도 약 20명, 적어도 약 25명, 적어도 약 50명, 적어도 약 75명, 적어도 약 100명, 적어도 약 250명, 적어도 약 500명 내지 1000명 초과의 대상체들로 구성된 동등한 양의 군이 기준 군으로서 간주된다. 기준 수준이 유도되는 샘플 수집물은 바람직하게는 환자 연구 대상으로서 동일한 유형의 암(예를 들면, 유방암)을 앓고 있는 대상체에 의해 형성될 것이다. 유사하게, 환자의 코호트 내의 기준 값은 수신 조작 곡선(ROC)을 이용하고 모든 민감성 및 특이성 쌍에 대한 곡선하면적을 측정하여, 어느 쌍이 가장 우수한 값을 제공하고 상응하는 기준 값이 얼마인지를 확인함으로써 확립될 수 있다. ROC는 표준 통계학적 개념이다. 설명은 문헌[Stuart G. Baker "The Central Role of Receiver Operating Characteristic (ROC) curves in Evaluating Tests for the Early Detection of Cancer" Journal of The National Cancer Institute (2003) Vol 95, No. 7, 511-515]에서 발견될 수 있다.
일단 이 중간 또는 기준 값이 확립되면, 이 중간 값을 가진 환자로부터의 종양 조직에서 발현된 이 마커의 수준을 비교함으로써, 예를 들면, "증가된" 또는 "증가되지 않은" 발현 수준에 배정할 수 있다. 대상체들 사이의 가변성(예를 들면, 연령, 인종 등을 참고하는 양태)으로 인해, c-MAF 발현의 절대적 기준 값을 확립하는 것은 (사실상 불가능하지 않다면) 매우 어렵다. 따라서, 특정 실시양태에서, c-MAF 발현의 "증가된" 또는 "감소된" 또는 "증가되지 않은" 발현에 대한 기준 값은 잘 기록된 질환을 가진 대상체로부터 단리된 하나 또는 여러 샘플에서 상기 언급된 방법들 중 임의의 방법으로 c-MAF 발현 수준에 대한 어세이를 수행하는 단계를 포함하는 통상의 수단으로 백분위수를 계산함으로써 측정된다. 그 다음, c-MAF의 "감소된" 또는 "증가되지 않은" 수준은 바람직하게는 c-MAF 발현 수준이 예를 들면, 정상 집단에서의 60번째 백분위수 이하, 정상 집단에서의 70번째 백분위수 이하, 정상 집단에서의 80번째 백분위수 이하, 정상 집단에서의 90번째 백분위수 이하, 및 정상 집단에서의 95번째 백분위수 이하의 발현 수준을 포함하는, 정상 집단에서의 50번째 백분위수 이하인 샘플에 배정될 수 있다. 그 다음, "증가된" c-MAF 유전자 발현 수준은 바람직하게는 c-MAF 유전자 발현 수준이 예를 들면, 정상 집단에서의 60번째 백분위수 이상, 정상 집단에서의 70번째 백분위수 이상, 정상 집단에서의 80번째 백분위수 이상, 정상 집단에서의 90번째 백분위수 이상, 및 정상 집단에서의 95번째 백분위수 이상의 발현 수준을 포함하는, 정상 집단에서의 50번째 백분위수 이상인 샘플에 배정될 수 있다.
특정 실시양태에서, c-MAF 유전자의 증폭, 또는 획득의 정도는 상기 유전자를 함유하는 염색체 영역의 증폭, 또는 획득을 측정함으로써 측정될 수 있다. 바람직하게는, c-MAF 유전자의 증폭, 또는 획득의 존재를 표시하는 증폭, 또는 획득을 가진 염색체 영역은 c-MAF 유전자를 포함하는 좌위 16q22-q24이다. 좌위 16q22-q24는 16번 염색체에서 이 염색체의 긴 아암의 22번 밴드와 24번 밴드 사이의 범위 내에 위치한다. 이 영역은 NCBI 데이터베이스에서 콘티그(contig) NT_010498.15 및 NT_010542.15에 상응한다. 또 다른 바람직한 실시양태에서, c-MAF 유전자의 증폭, 또는 획득의 정도는 상기 유전자에 특이적인 프로브를 사용함으로써 측정될 수 있다.
일부 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 16q23 좌위에 있는 영역 내에 있다. 일부 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 16번 염색체의 79,392,959 bp와 79,663,806 bp(중심체부터 텔로미어까지) 사이의 염색체 영역의 임의의 부분 내에 있다. 일부 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 DNA 반복 요소를 제외한, 16번 염색체의 79,392,959 bp와 79,663,806 bp 사이의 게놈 영역 내에 있다. 일부 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 그 영역에 특이적인 프로브를 사용함으로써 측정된다.
한 실시양태에서, c-MAF 유전자는 c-MAF 유전자 카피 수가 기준 샘플 또는 대조군 샘플이 가진 카피 수보다 더 높을 때 기준 유전자 카피 수에 비해 증폭되어 있다. 한 예에서, c-MAF 유전자는 c-MAF 유전자의 게놈 카피 수 또는 평균 게놈 카피 수가 시험 샘플에서 대조군 샘플에 비해 적어도 약 2배(예를 들면, 6개 카피), 3배(예를 들면, 8개 카피), 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 15배, 20배, 25배, 30배, 35배, 40배, 45배 또는 50배까지 증가된 경우 "증폭되어 있다"고 기재된다. 또 다른 예에서, c-MAF 유전자는 세포당 c-MAF 유전자의 게놈 카피 수 또는 평균 게놈 카피 수가 적어도 약 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 등인 경우 "증폭되어 있다"고 기재된다. 한 예에서, c-MAF 유전자는 세포당 c-MAF 유전자의 게놈 카피 수 또는 평균 게놈 카피 수가 세포당 약 2개 카피 미만인 경우 증폭되어 있지 않다.
일부 실시양태에서, 카피 수가 측정될 때, 대조군 샘플은 전이를 앓지 않은, 유방암을 갖는 대상체의 종양 샘플을 지칭하거나, 전이를 앓지 않은, 유방암을 갖는 대상체의 생검 샘플 중의 종양 조직 수집물에서 측정된 c-MAF 유전자 카피 수의 중간 값에 상응한다. 상기 기준 샘플은 전형적으로 대상체 집단으로부터의 동등한 양의 샘플을 조합함으로써 수득된다. c-MAF 유전자 카피 수가 대조군 샘플에서의 상기 유전자의 카피 수에 비해 증가된 경우, 대상체는 전이에 대한 양성 진단 또는 전이를 발생시키는 더 큰 경향을 가진다. 또 다른 실시양태에서, 기준 유전자 카피 수는 골 전이를 앓지 않은 대상체로부터의 유방암 샘플에서의 유전자 카피 수이다.
또 다른 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 현장 하이브리드화 또는 PCR에 의해 측정된다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명에 기재된 바와 같이, c-MAF 유전자를 포함하는 chr16q22-24가 유방암 세포에서 증폭되고 전이, 재귀 또는 재발의 존재와 관련된다는 점을 고려할 때, c-MAF 유전자를 포함하는 chr16q22-24 증폭, 또는 획득은 상기 암을 앓고 있는 대상체에 가장 적합한 요법을 결정할 수 있게 한다.
c-MAF 유전자의 증폭의 측정은 전이를 앓지 않은, 유방암을 갖는 대상체의 종양 조직 샘플에서 측정된 c-MAF 유전자의 증폭 수준에 상응하거나, 전이를 앓지 않은, 유방암을 갖는 대상체의 생검 샘플 중의 종양 조직 수집물에서 측정된 c-MAF 유전자의 증폭의 중간 값에 상응하는, 대조군 샘플 또는 기준 샘플의 값과 상관관계를 가질 필요가 있다. 상기 기준 샘플은 전형적으로 대상체 집단으로부터 동등한 양의 샘플을 조합함으로써 수득된다.
일반적으로, 전형적 기준 샘플은 임상적으로 잘 기록되어 있고 전이의 부재가 잘 특징규명된 대상체로부터 수득될 것이다. 기준 수준이 유도된 샘플 수집물은 바람직하게는 환자 연구 대상으로서 동일한 유형의 암을 앓고 있는 대상체들로 구성될 것이다. 이 중간 값이 확립되면, 환자의 종양 조직에서의 c-MAF의 증폭 수준을 이 중간 값과 비교할 수 있으므로, 증폭이 있는 경우, 대상체는 전이의 양성 진단 또는 전이를 발생시키는 더 큰 경향을 가진다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 c-MAF 유전자가 상기 대상체의 샘플에서 전위되어 있는지를 확인하는 단계를 포함하는, 유방암을 앓고 있는 환자를 위한 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법에 관한 것이다.
일부 실시양태에서, 전위된 유전자는 16q23 좌위에 있는 영역으로부터 전위된다. 일부 실시양태에서, 전위된 유전자는 16번 염색체의 79,392,959 bp와 79,663,806 bp(중심체부터 텔로미어까지) 사이의 염색체 영역의 임의의 부분으로부터 전위된다. 일부 실시양태에서, 전위된 유전자는 DNA 반복 요소를 제외한, 16번 염색체의 79,392,959 bp와 79,663,806 bp 사이의 게놈 영역으로부터 전위된다. 일부 실시양태에서, 전위는 그 영역에 특이적인 프로브를 사용함으로써 측정된다.
특정 실시양태에서, c-MAF 유전자의 전위는 상기 유전자를 함유하는 염색체 영역의 전위를 확인함으로써 확인될 수 있다. 한 실시양태에서, 전위는 t(14,16) 전위이다. 또 다른 실시양태에서, 전위되는 염색체 영역은 좌위 16q22-q24로부터 전위된다. 좌위 16q22-q24는 16번 염색체에서 이 염색체의 긴 아암의 22번 밴드와 24번 밴드 사이의 범위 내에 위치한다. 이 영역은 NCBI 데이터베이스에서 콘티그 NT_010498.15 및 NT_010542.15에 상응한다. c-MAF 유전자는 좌위 14q32에서 14번 염색체로 전위되어, 전위 t(14,16)(q32,q23)를 야기한다. 이 전위는 일부 경우 MAF의 과다발현을 유발하는, IgH 좌위 내의 강한 인핸서 옆에 MAF 유전자를 배치한다(Eychene, A., Rocques, N., and Puoponnot, C., A new MAFia in cancer. 2008. Nature Reviews: Cancer. 8: 683-693).
한 실시양태에서, c-MAF 유전자의 전위는 상기 전위에 특이적인 프로브를 사용함으로써 확인될 수 있다.
본 발명의 한 실시양태는 제1 단계에서 c-MAF 유전자가 대상체의 샘플에서 전위되어 있는지를 확인하는 방법을 포함한다. 한 실시양태에서, 샘플은 종양 조직 샘플이다.
일부 실시양태에서, c-MAF 유전자의 증폭, 획득 및 카피 수는 c-MAF 유전자의 전위가 확인된 후 확인된다. 일부 실시양태에서, 프로브는 세포가 c-MAF 유전자에 대한 배수체인지를 확인하는 데 사용된다. 일부 실시양태에서, 배수성은 관심 있는 유전자로부터 2개 초과의 신호가 존재하는지를 확인함으로써 확인된다. 일부 실시양태에서, 배수성은 관심 있는 유전자에 특이적인 프로브로부터의 신호를 측정하고 이를 중심체 프로브 또는 다른 프로브와 비교함으로써 확인된다.
c-MAF를 사용하여 IDFS를 포함하는 생존을 예측하는 방법
본 발명은 유방암을 앓고 있는 대상체의 IDFS를 예측하는 것에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 c-MAF의 높은 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진다. 다른 실시양태에서, 대상체는 c-MAF의 낮은 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진다. 일부 실시양태에서, 암은 삼중 음성 유방암이다. 다른 실시양태에서, 암은 ER+ 유방암이다. 추가 실시양태에서, 암은 ER- 유방암이다. 일부 실시양태에서, 암은 기저양 유방암이다. 추가 실시양태에서, 암은 HER2+ 유방암이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경후 상태이다. 다른 실시양태에서, 대상체는 비-폐경후 상태이다.
일부 실시양태에서, 본 발명은 i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자의 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및 ii) 단계 i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 환자의 IDFS를 예측하는 시험관내 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 기준 값에 비해 상기 유전자의 증가된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득은 좋지 않은 IDFS 예후를 표시한다.
한 실시양태에서, 본 발명은 기준에 비해 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 측정하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 환자의 IDFS를 예측하는 시험관내 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 기준에 비해 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득의 증가는 좋지 않은 IDFS 예후를 표시한다.
추가 실시양태에서, 본 발명은 기준에 비해 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 측정하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 환자의 골 재발을 제외한 IDFS를 예측하는 시험관내 방법에 관한 것으로서, 이때 상기 기준에 비해 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득의 증가는 골 재발을 제외한 좋지 않은 IDFS 예후를 표시한다.
일부 실시양태에서, FISH를 이용하여 측정하였을 때 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9 또는 3.0 이상의 세포당 MAF의 카피 수 또는 MAF의 평균 카피 수는 높은 값으로서 간주된다. 일부 실시양태에서, MAF FISH 값은 2.2 이상이다. 다른 실시양태에서, MAF FISH 값은 2.3 이상이다. 추가 실시양태에서, MAF FISH 값은 2.4 이상이다. 추가 실시양태에서, MAF FISH 값은 2.5 이상이다.
일부 실시양태에서, 대상체의 c-MAF 상태는 대상체의 전체 생존 또는 무질환 생존의 지속시간을 예측한다. 일부 실시양태에서, 본원의 실시양태들 중 임의의 실시양태에서 c-MAF 상태는 16q23 또는 16q22-24 염색체 좌위 증폭, 카피 획득 또는 전위 또는 이의 결여, 또는 16q23 또는 16q22-24 염색체 좌위 결실을 포함한다. 특정 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체는 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체보다 더 짧은 무질환 생존을 가진다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존은 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존보다 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 1년, 18개월, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 또는 10년 이상 더 짧다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체는 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체보다 더 짧은 전체 생존을 가진다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존은 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존보다 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 1년, 18개월, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 또는 10년 이상 더 짧다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경후 상태이다. 다른 실시양태에서, 대상체는 비-폐경후 상태이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경전 상태이다.
일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존보다 더 길다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존보다 졸레드론산을 사용한 치료 후 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 1년, 18개월, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 또는 10년 이상 더 길다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존보다 더 길다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존은 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존보다 졸레드론산을 사용한 치료 후 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 1년, 18개월, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 또는 10년 이상 더 길다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경후 상태이다. 다른 실시양태에서, 대상체는 비-폐경후 상태이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경전 상태이다.
일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존보다 더 짧다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존보다 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 1년, 18개월, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 또는 10년 이상 더 짧다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존보다 더 짧다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존보다 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 1년, 18개월, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 또는 10년 이상 더 짧다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경후 상태이다. 다른 실시양태에서, 대상체는 비-폐경후 상태이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경전 상태이다.
일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 비-폐경후 대상체의 무질환 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존보다 더 짧다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 비-폐경후 대상체의 무질환 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존보다 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 1년, 18개월, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 또는 10년 이상 더 짧다.
일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 무질환 생존보다 더 짧다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존은 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후, 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체의 전체 생존보다 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나 예방하는 제제, 예를 들면, 졸레드론산을 사용한 치료 후 적어도 약 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 1년, 18개월, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 또는 10년 이상 더 짧다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경후 상태이다. 다른 실시양태에서, 대상체는 비-폐경후 상태이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 폐경전 상태이다.
일부 실시양태에서, 대상체의 OS 또는 DFS에 대한 MAF의 예측력은 대상체의 폐경 상태에 기반한다. 일부 실시양태에서, MAF는 더 짧은 DFS 또는 가장 좋지 않은 OS의 위험에 있는 폐경후 대상체, 알려지지 않은 대상체 및 폐경전후 대상체에서 예측력을 가진다. 다른 실시양태에서, 폐경전 대상체에서, MAF 양성 대상체는 위험이 더 적은 대상체이고 더 긴 DFS 및 더 우수한 OS를 가질 가능성이 더 높다.
일부 실시양태에서, 대상체의 MAF 상태는 대상체가 제공받을 치료를 예측한다. 일부 실시양태에서, 본원의 실시양태들 중 임의의 실시양태에서 c-MAF 상태는 16q23 또는 16q22-24 염색체 좌위 증폭, 카피 획득 또는 전위 또는 이의 결여, 또는 16q23 또는 16q22-24 염색체 좌위 결실을 포함한다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진(그러므로, 나쁜 DFS 또는 OS 결과의 높은 위험에 있는) 폐경후 환자는 본원에 개시된 임의의 치료를 투여받을 수 있다. 일부 실시양태에서, 기준에 비해 증가된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진(그러므로, 나쁜 DFS 또는 OS 결과의 높은 위험에 있는) 폐경후 환자는 표준 치료로서 호르몬 치료의 사용에 의해 처방된 5년을 넘는 기간까지 그의 호르몬 치료를 연장함으로써 치료될 수 있다. 일부 실시양태에서, 호르몬 치료는 타목시펜 및/또는 아로마타제 억제제이다. 기준에 비해 증가되지 않은 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 환자는 본원에 개시된 치료를 투여받지 않을 것이다.
특정 실시양태에서, 대상체는 전이, 또는 전이를 겪는 예후를 가진다. 일부 실시양태에서, 전이는 골 전이이다. 추가 실시양태에서, 골 전이는 골용해성 전이이다.
일부 실시양태에서, 샘플은 대상체의 원발성 종양 조직 샘플이다. 제2 단계에서, 대상체의 종양 샘플에서 수득된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득은 대조군 샘플에서의 상기 유전자의 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득과 비교된다. c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득의 측정은 대조군 샘플 또는 기준 샘플의 값과 관련되어야 한다. 분석되는 종양의 유형에 따라, 대조군 샘플의 정확한 성질은 달라질 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 기준 샘플은 전이되지 않았거나, 재귀되지 않았거나 재발되지 않은 유방암을 갖는 대상체의 종양 조직 샘플이거나, 전이되지 않았거나, 재귀되지 않았거나 재발되지 않은 유방암을 갖는 대상체의 생검 샘플 중의 종양 조직 수집물에서 측정된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득의 중간 값에 상응한다.
한 실시양태에서, 본 발명의 방법은 대상체로부터의 (원발성 종양 생검, 순환 종양 세포 및 순환 종양 DNA를 포함하나 이들로 한정되지 않는) 종양 샘플에서 수득된 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 대조군 샘플에서의 상기 유전자의 발현 수준과 비교하는 제2 단계를 포함한다.
일단 유방암을 갖는 대상체로부터의 종양 조직 샘플, 순환 종양 세포 또는 순환 종양 DNA에서의 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 측정되고 대조군 샘플과 비교되면, 상기 유전자의 발현 수준이 대조군 샘플에서의 그의 발현 수준에 비해 증가된 경우, 상기 대상체가 전이에 대한 양성 진단 또는 전이를 발생시키는 더 큰 경향을 가진다는 결론을 내릴 수 있다.
c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득의 측정은 대조군 샘플 또는 기준 샘플의 값과 상관관계를 가져야 한다. 분석되는 종양의 유형에 따라, 대조군 샘플의 정확한 성질은 달라질 수 있다. 따라서, 진단이 평가되어야 하는 경우, 기준 샘플은 전이되지 않은 유방암을 갖는 대상체로부터의 종양 조직 샘플이거나, 전이되지 않은 유방암을 갖는 대상체로부터의 생검 샘플 중의 종양 조직 수집물에서 측정된 c-MAF 유전자 발현 수준의 중간 값에 상응한다.
상기 기준 샘플은 전형적으로 대상체 집단으로부터의 동등한 양의 샘플을 조합함으로써 수득된다. 일반적으로, 전형적 기준 샘플은 임상적으로 잘 기록되어 있고 전이의 부재가 잘 특징규명되어 있는 대상체로부터 수득될 것이다. 이러한 샘플에서, 바이오마커(c-MAF 유전자)의 정상 농도(기준 농도)는 예를 들면, 기준 집단에 대한 평균 농도를 제공함으로써 측정될 수 있다. 상기 마커의 기준 농도를 측정할 때 다양한 고려사항들을 고려한다. 환자의 연령, 체중, 성별, 일반적인 신체적 상태 등이 이러한 고려사항에 속한다. 예를 들면, 상기 고려사항에 따라, 예를 들면, 다양한 연령 범주에 따라 분류된 적어도 약 2명, 적어도 약 10명, 적어도 약 20명, 적어도 약 25명, 적어도 약 50명, 적어도 약 75명, 적어도 약 100명, 적어도 약 250명, 적어도 약 500명 내지 1000명 초과의 대상체들로 구성된 동등한 양의 군이 기준 군으로서 간주된다. 기준 수준이 유도되는 샘플 수집물은 바람직하게는 환자 연구 대상으로서 동일한 유형의 암(예를 들면, 유방암)을 앓고 있는 대상체에 의해 형성될 것이다. 유사하게, 환자의 코호트 내의 기준 값은 수신 조작 곡선(ROC)을 이용하고 모든 민감성 및 특이성 쌍에 대한 곡선하면적을 측정하여, 어느 쌍이 가장 우수한 값을 제공하고 상응하는 기준 값이 얼마인지를 확인함으로써 확립될 수 있다. ROC는 표준 통계학적 개념이다. 설명은 문헌[Stuart G. Baker "The Central Role of Receiver Operating Characteristic (ROC) curves in Evaluating Tests for the Early Detection of Cancer" Journal of The National Cancer Institute (2003) Vol 95, No. 7, 511-515]에서 발견될 수 있다.
일단 이 중간 또는 기준 값이 확립되면, 이 중간 값을 가진 환자로부터의 종양 조직에서 발현된 이 마커의 수준을 비교함으로써, 예를 들면, "증가된" 발현 수준에 배정할 수 있다. 대상체들 사이의 가변성(예를 들면, 연령, 인종 등을 참고하는 양태)으로 인해, c-MAF 발현의 절대적 기준 값을 확립하는 것은 (사실상 불가능하지 않다면) 매우 어렵다. 따라서, 특정 실시양태에서, c-MAF 발현의 "증가된" 또는 "감소된" 발현에 대한 기준 값은 잘 기록된 질환을 가진 대상체로부터 단리된 하나 또는 여러 샘플에서 상기 언급된 방법들 중 임의의 방법으로 c-MAF 발현 수준에 대한 어세이를 수행하는 단계를 포함하는 통상의 수단으로 백분위수를 계산함으로써 측정된다. 그 다음, c-MAF의 "감소된" 수준은 바람직하게는 c-MAF 발현 수준이 예를 들면, 정상 집단에서의 60번째 백분위수 이하, 정상 집단에서의 70번째 백분위수 이하, 정상 집단에서의 80번째 백분위수 이하, 정상 집단에서의 90번째 백분위수 이하, 및 정상 집단에서의 95번째 백분위수 이하의 발현 수준을 포함하는, 정상 집단에서의 50번째 백분위수 이하인 샘플에 배정될 수 있다. 그 다음, "증가된" c-MAF 유전자 발현 수준은 바람직하게는 c-MAF 유전자 발현 수준이 예를 들면, 정상 집단에서의 60번째 백분위수 이상, 정상 집단에서의 70번째 백분위수 이상, 정상 집단에서의 80번째 백분위수 이상, 정상 집단에서의 90번째 백분위수 이상, 및 정상 집단에서의 95번째 백분위수 이상의 발현 수준을 포함하는, 정상 집단에서의 50번째 백분위수 이상인 샘플에 배정될 수 있다.
특정 실시양태에서, c-MAF 유전자의 증폭, 또는 획득의 정도는 상기 유전자를 함유하는 염색체 영역의 증폭, 또는 획득을 측정함으로써 측정될 수 있다. 바람직하게는, c-MAF 유전자의 증폭, 또는 획득의 존재를 표시하는 증폭, 또는 획득을 가진 염색체 영역은 c-MAF 유전자를 포함하는 좌위 16q22-q24이다. 좌위 16q22-q24는 16번 염색체에서 이 염색체의 긴 아암의 22번 밴드와 24번 밴드 사이의 범위 내에 위치한다. 이 영역은 NCBI 데이터베이스에서 콘티그 NT_010498.15 및 NT_010542.15에 상응한다. 한 실시양태에서, c-MAF 유전자의 증폭, 또는 획득의 정도는 상기 유전자에 특이적인 프로브를 사용함으로써 측정될 수 있다.
카피 수가 측정될 때, 대조군 샘플은 전이를 앓지 않은, 유방암을 갖는 대상체의 종양 샘플을 지칭하거나, 전이를 앓지 않은, 유방암을 갖는 대상체의 생검 샘플 중의 종양 조직 수집물에서 측정된 c-MAF 유전자 카피 수의 중간 값에 상응한다. 상기 기준 샘플은 전형적으로 대상체 집단으로부터의 동등한 양의 샘플을 조합함으로써 수득된다. c-MAF 유전자 카피 수가 대조군 샘플에서의 상기 유전자의 카피 수에 비해 증가된 경우, 대상체는 전이에 대한 양성 진단 또는 전이를 발생시키는 더 큰 경향을 가진다. 일부 실시양태에서, 카피 수는 세포당 평균 카피 수로서 측정된다.
일부 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 16q23 좌위의 영역 내에 있다. 일부 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 16번 염색체의 79,392,959 bp와 79,663,806 bp(중심체부터 텔로미어까지) 사이의 염색체 영역의 임의의 부분 내에 있다. 일부 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 DNA 반복 요소를 제외한, 16번 염색체의 79,392,959 bp와 79,663,806 bp 사이의 게놈 영역 내에 있다. 일부 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 그 영역에 특이적인 프로브를 사용함으로써 측정된다.
한 실시양태에서, c-MAF 유전자는 c-MAF 유전자 카피 수가 기준 샘플 또는 대조군 샘플이 가진 카피 수보다 더 높을 때 기준 유전자 카피 수에 비해 증폭되어 있다. 한 예에서, c-MAF 유전자는 c-MAF 유전자의 게놈 카피 수 또는 평균 게놈 카피 수가 시험 샘플에서 대조군 샘플에 비해 적어도 약 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 15배, 20배, 25배, 30배, 35배, 40배, 45배 또는 50배까지 증가된 경우 "증폭되어 있다"고 기재된다. 또 다른 예에서, c-MAF 유전자는 세포당 c-MAF 유전자의 게놈 카피 수 또는 평균 게놈 카피 수가 적어도 약 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 등인 경우 "증폭되어 있다"고 기재된다.
또 다른 실시양태에서, 기준 유전자 카피 수는 골 전이를 앓지 않은 대상체로부터의 유방암 샘플에서의 유전자 카피 수이다.
또 다른 실시양태에서, 증폭, 또는 획득은 현장 하이브리드화 또는 PCR에 의해 측정된다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명에 기재된 바와 같이, c-MAF 유전자를 포함하는 chr16q22-24가 유방암 세포에서 증폭되고 전이, 재귀 또는 재발의 존재와 관련된다는 점을 고려할 때, c-MAF 유전자를 포함하는 chr16q22-24 증폭, 또는 획득은 상기 암을 앓고 있는 대상체에 가장 적합한 요법을 결정할 수 있게 한다.
c-MAF 유전자의 증폭의 측정은 전이를 앓지 않은, 유방암을 갖는 대상체의 종양 조직 샘플에서 측정된 c-MAF 유전자의 증폭 수준에 상응하거나, 전이를 앓지 않은, 유방암을 갖는 대상체의 생검 샘플 중의 종양 조직 수집물에서 측정된 c-MAF 유전자의 증폭의 중간 값에 상응하는, 대조군 샘플 또는 기준 샘플의 값과 상관관계를 가질 필요가 있다. 상기 기준 샘플은 전형적으로 대상체 집단으로부터 동등한 양의 샘플을 조합함으로써 수득된다.
일반적으로, 전형적 기준 샘플은 임상적으로 잘 기록되어 있고 전이의 부재가 잘 특징규명된 대상체로부터 수득될 것이다. 기준 수준이 유도된 샘플 수집물은 바람직하게는 환자 연구 대상으로서 동일한 유형의 암을 앓고 있는 대상체들로 구성될 것이다. 일단 이 중간 값이 확립되면, 환자의 종양 조직에서의 c-MAF의 증폭 수준을 이 중간 값과 비교할 수 있으므로, 증폭이 있는 경우, 대상체는 전이의 양성 진단 또는 전이를 발생시키는 더 큰 경향을 가진다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 c-MAF 유전자가 상기 대상체의 샘플에서 전위되어 있는지를 확인하는 것에 관한 것이다.
일부 실시양태에서, 전위된 유전자는 16q23 좌위에 있는 영역으로부터 전위된다. 일부 실시양태에서, 전위된 유전자는 16번 염색체의 79,392,959 bp와 79,663,806 bp(중심체부터 텔로미어까지) 사이의 염색체 영역의 임의의 부분으로부터 전위된다. 일부 실시양태에서, 전위된 유전자는 DNA 반복 요소를 제외한, 16번 염색체의 79,392,959 bp와 79,663,806 bp 사이의 게놈 영역으로부터 전위된다. 일부 실시양태에서, 전위는 그 영역에 특이적인 프로브를 사용함으로써 측정된다.
특정 실시양태에서, c-MAF 유전자의 전위는 상기 유전자를 함유하는 염색체 영역의 전위를 측정함으로써 측정될 수 있다. 한 실시양태에서, 전위는 t(14,16) 전위이다. 또 다른 실시양태에서, 전위되는 염색체 영역은 좌위 16q22-q24로부터 전위된다. 좌위 16q22-q24는 16번 염색체에서 이 염색체의 긴 아암의 22번 밴드와 24번 밴드 사이의 범위 내에 위치한다. 이 영역은 NCBI 데이터베이스에서 콘티그 NT_010498.15 및 NT_010542.15에 상응한다. 한 실시양태에서, c-MAF 유전자는 좌위 14q32에서 14번 염색체로 전위되어, 전위 t(14,16)(q32,q23)를 야기한다. 이 전위는 일부 경우 MAF의 과다발현을 유발하는, IgH 좌위 내의 강한 인핸서 옆에 MAF 유전자를 배치한다(Eychene, A., Rocques, N., and Puoponnot, C., A new MAFia in cancer. 2008. Nature Reviews: Cancer. 8: 683-693).
한 실시양태에서, c-MAF 유전자의 전위는 상기 전위에 특이적인 프로브를 사용함으로써 확인될 수 있다.
본 발명의 한 실시양태는 제1 단계에서 c-MAF 유전자가 대상체의 샘플에서 전위되어 있는지를 확인하는 방법을 포함한다. 한 실시양태에서, 샘플은 종양 조직 샘플이다.
특정 실시양태에서, 유방암을 갖는 대상체에서 골 전이를 발생시키는 경향을 예후하는 본 발명의 방법은 상기 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 카피 수를 측정하는 단계 및 상기 카피 수를 대조군 또는 기준 샘플의 카피 수와 비교하는 단계를 포함하고, 이때 c-MAF 유전자는 전위되어 있고, c-MAF 카피 수가 대조군 샘플의 c-MAF 카피 수보다 더 큰 경우, 대상체는 골 전이를 발생시키는 더 큰 경향을 가진다.
c-MAF 유전자 또는 염색체 영역 16q22-q24가 전위되어 있는지를 확인하는 방법은 최신기술 수준에서 널리 알려져 있고, c-MAF의 증폭에 대해 앞서 기재된 방법들을 포함한다. 상기 방법은 현장 하이브리드화(ISH)(예컨대, 형광 현장 하이브리드화(FISH), 발색 현장 하이브리드화(CISH) 또는 은 현장 하이브리드화(SISH)), 게놈 비교 하이브리드화 또는 중합효소 연쇄 반응(예컨대, 실시간 정량 PCR)을 포함하나. 이들로 한정되지 않는다. 임의의 ISH 방법에 있어서, 증폭, 획득, 카피 수 또는 전위는 염색체 또는 핵에서 형광점, 착색점 또는 은을 가진 점의 수를 카운팅함으로써 측정될 수 있다. 다른 실시양태에서, 카피 수 변경 및 전위는 전체 게놈 서열분석, 엑솜 서열분석 또는 임의의 PCR 유래 기술의 이용을 통해 검출될 수 있다. 예를 들면, 게놈 DNA의 샘플에 대한 PCR을 수행하여 전위를 검출할 수 있다. 한 실시양태에서, 정량 PCR이 이용된다. 한 실시양태에서, c-MAF 유전자에 특이적인 프라이머 및 IGH 프로모터 영역에 특이적인 프라이머를 사용하여 PCR을 수행하고; 생성물이 생성된 경우, 전위가 일어났다.
일부 실시양태에서, c-MAF 유전자의 증폭, 획득 및 카피 수는 c-MAF 유전자의 전위가 측정된 후 측정된다. 일부 실시양태에서, 프로브는 세포가 c-MAF 유전자에 대한 배수체인지를 확인하는 데 사용된다. 일부 실시양태에서, 배수성은 관심 있는 유전자로부터 2개 초과의 신호가 존재하는지를 확인함으로써 확인된다. 일부 실시양태에서, 배수성은 관심 있는 유전자에 특이적인 프로브로부터의 신호를 측정하고 이를 중심체 프로브 또는 다른 프로브와 비교함으로써 확인된다.
c-MAF 발현, 카피 수, 증폭, 획득 및 전위를 측정하는 방법
일부 실시양태에서, 당분야에서 알려져 있거나 본원에 기재된 임의의 방법을 이용하여 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 획득 또는 전위를 측정한다.
c-MAF 단백질 발현 수준은 대상체로부터의 샘플에서 상기 단백질을 검출하고 정량할 수 있게 하는 임의의 통상의 방법에 의해 정량될 수 있다. 비한정적 예로써, 상기 단백질 수준은 예를 들면, c-MAF 결합 능력을 가진 항체(또는 항원성 결정인자를 함유하는 이의 단편)의 사용 및 형성된 복합체의 후속 정량에 의해 정량될 수 있다. 이 어세이들에서 사용된 항체는 표지될 수 있거나 표지되지 않을 수 있다. 사용될 수 있는 마커의 예시적 예로는 방사성 동위원소, 효소, 형광단, 화학발광 시약, 효소 기질 또는 보조인자, 효소 억제제, 입자, 염료 등이 있다. 비표지된 항체(일차 항체) 및 표지된 항체(이차 항체)를 사용하는, 본 발명에서 이용될 수 있는 광범위한 알려진 어세이들이 있고; 이 기법들은 웨스턴 블롯 또는 웨스턴 전달, ELISA(효소 연결 면역흡착 어세이), RIA(방사면역어세이), 경쟁 EIA(경쟁 효소 면역어세이), DAS-ELISA(이중 항체 샌드위치 ELISA), 면역세포화학적 및 면역조직화학적 기법, 특이적 항체를 포함하는 단백질 마이크로어레이 또는 바이오칩의 사용에 기반한 기법, 또는 딥스틱과 같은 포맷으로 콜로이드 침전에 기반한 어세이를 포함한다. 상기 c-MAF 단백질을 검출하고 정량화하는 다른 방식은 친화성 크로마토그래피 기법, 리간드 결합 어세이 등을 포함한다. 면역학적 방법이 이용될 때, 높은 친화성으로 c-MAF 단백질에 결합하는 것으로 알려진 임의의 항체 또는 시약이 이의 양의 검출을 위해 사용될 수 있다. 이것은 항체, 예를 들면, 다중클론 혈청, 하이브리도마의 상청액 또는 단일클론 항체, 항체 단편, Fv, Fab, Fab' 및 F(ab')2, scFv, 인간화된 디아바디, 트리아바디, 테트라바디, 항체, 나노바디, 알파바디, 스테이플드(stapled) 펩타이드 및 사이클로펩타이드의 사용을 포함할 것이나, 이들로 한정되지 않는다. 본 발명의 맥락에서 사용될 수 있는 시판되는 항-c-MAF 단백질 항체, 예를 들면, 항체 ab427, ab55502, ab55502, ab72584, ab76817, ab77071(아브캄 피엘씨(Abcam plc), 영국 캠브리지 씨비4 O에프엘 사이언스 파크 330 소재), AbD 세로텍(Serotec)의 O75444 단일클론 항체(마우스 항-인간 MAF 아자이드 무함유 단일클론 항체, 비접합, 클론 6b8) 등이 있다. 항-c-MAF 항체를 제공하는 많은 영리 회사들, 예컨대, 아브노바 코포레이션(Abnova Corporation), 베틸 레보레이토리스(Bethyl Laboratories), 바이오월드 테크놀로지(Bioworld Technology), 진텍스(GeneTex) 등이 있다.
일부 실시양태에서, c-MAF 단백질 수준은 항원 결합 구성원 또는 이의 단편에 의해 검출된다. 일부 실시양태에서, 결합 구성원은 인간 c-MAF에 결합하는 항원 결합 분자 또는 이의 단편이고, 이때 상기 항체 결합 분자 또는 이의 단편은 서열번호 21의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 약 100% 동일한 중쇄 CDR1, 및/또는 서열번호 22의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 약 100% 동일한 중쇄 CDR2, 및/또는 서열번호 23의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 약 100% 동일한 중쇄 CDR3; 및/또는 서열번호 18의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 약 100% 동일한 경쇄 CDR1, 및/또는 서열번호 19의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 약 100% 동일한 경쇄 CDR2, 및/또는 서열번호 20의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 약 100% 동일한 경쇄 CDR3을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항체 또는 이의 단편은 서열번호 15의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99% 또는 적어도 약 100% 동일한 서열을 가진 VH 도메인을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 분자 또는 이의 단편은 서열번호 17의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99% 또는 적어도 약 100% 동일한 서열을 가진 VL 도메인을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항체 또는 이의 단편은 서열번호 14의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99% 또는 적어도 약 100% 동일한 중쇄 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항체 또는 이의 단편은 서열번호 16의 아미노산 서열과 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99% 또는 적어도 약 100% 동일한 경쇄 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 분자 또는 이의 단편은 항체이다. 일부 실시양태에서, 항체는 토끼 항체, 마우스 항체, 키메라 항체 또는 인간화된 항체이다. 한 양태에서, 본 발명은 서열번호 24에 의해 코딩된 에피토프에 특이적으로 결합하는 결합 구성원, 이의 기능적 단편, 항체 또는 변이체에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 항체는 전체적으로 본원에 참고로 포함된 국제 출원 제PCT/IB2015/059562호에 기재된 임의의 항체이다.
특정 실시양태에서, c-MAF 단백질 수준은 웨스턴 블롯, 면역조직화학, ELISA 또는 단백질 어레이에 의해 정량된다.
당분야에서 숙련된 자에 의해 이해될 바와 같이, 유전자 발현 수준은 상기 유전자의 메신저 RNA 수준 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질의 수준을 측정함으로써 정량될 수 있다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현 수준은 당분야에서 알려진 임의의 수단에 의해 정량될 수 있다.
이 목적으로, 조직 또는 세포 구조를 물리적으로 또는 기계적으로 파괴하도록 생물학적 샘플을 처리하여, 세포내 성분을 핵산 준비용 수성 또는 유기 용액 내로 방출할 수 있다. 핵산은 당분야에서 숙련된 자에 의해 알려진 상업적으로 이용가능한 방법에 의해 추출된다(Sambroock, J., et al., "Molecular cloning: a Laboratory Manual", 3rd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, N.Y., Vol. 1-3).
따라서, c-MAF 유전자 발현 수준은 상기 유전자의 전사로부터 생성된 RNA(메신저 RNA 또는 mRNA), 또는 대안적으로 상기 유전자의 상보적 DNA(cDNA)로부터 정량될 수 있다. 그러므로, 본 발명의 특정 실시양태에서, c-MAF 유전자 발현 수준의 정량은 c-MAF 유전자의 메신저 RNA 또는 상기 mRNA의 단편, c-MAF 유전자의 상보적 DNA 또는 상기 cDNA의 단편, 또는 이들의 혼합물의 정량을 포함한다.
사실상 임의의 통상의 방법이 c-MAF 유전자에 의해 코딩된 mRNA 수준 또는 이의 상응하는 cDNA의 수준을 검출하고 정량화하기 위해 본 발명의 범위 내에서 이용될 수 있다. 비한정적 예로써, 상기 유전자에 의해 코딩된 mRNA 수준은 통상의 방법, 예를 들면, mRNA 증폭 및 상기 mRNA 증폭 생성물의 정량, 예컨대, 전기영동 및 염색을 포함하는 방법을 이용함으로써 정량될 수 있거나, 대안적으로 서던 블롯 및 적합한 프로브의 사용, 노던 블롯 및 관심 있는 유전자(c-MAF)의 mRNA 또는 이의 상응하는 cDNA의 특이적 프로브의 사용, S1 핵산분해효소(nuclease)를 사용한 맵핑, RT-PCR, 하이브리드화, 마이크로어레이 등에 의해, 바람직하게는 적합한 마커를 사용한 실시간 정량 PCR에 의해 정량될 수 있다. 마찬가지로, c-MAF 유전자에 의해 코딩된 mRNA에 상응하는 cDNA 수준도 통상의 기법을 이용함으로써 정량될 수 있고; 이 경우, 본 발명의 방법은 상응하는 mRNA의 역전사(RT)로 상응하는 cDNA를 합성한 후 상기 cDNA 증폭 생성물을 증폭하고 정량화하는 단계를 포함한다. 발현 수준을 정량화하는 통상의 방법들은 예를 들면, 문헌[Sambrook et al., 2001](상기 인용됨)에서 발견될 수 있다. 이 방법들은 당분야에서 알려져 있고 당분야에서 숙련된 자는 각각의 기법에 필요한 표준화를 잘 알 것이다. 예를 들면, 다중체 PCR을 이용함으로써 생성된 발현 측정치는 측정되는 유전자의 발현을, 모든 샘플들에 걸쳐 일정하므로 비교를 위한 기준 발현을 제공하는 발현을 가진 소위 "하우스킵핑" 유전자, 또는 암에 의해 조절되는 것으로 알려진 발현을 가진 다른 대조군 유전자와 비교함으로써 표준화되어야 한다.
특정 실시양태에서, c-MAF 유전자 발현 수준은 정량 중합효소 연쇄 반응(PCR) 또는 DNA, RNA 어레이, 또는 뉴클레오타이드 하이브리드화 기법에 의해 정량된다.
추가로, c-MAF 유전자 발현 수준은 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질, 예를 들면, c-MAF 단백질(c-MAF)[NCBI, 수탁번호 O75444], 또는 c-MAF 단백질의 임의의 기능적으로 동등한 변이체의 발현 수준을 정량함으로써 정량될 수도 있다. 2개의 c-MAF 단백질 이소폼들, 즉 403개의 아미노산들(서열번호 4)로 구성된 α 이소폼(NCBI, NP_005351.2) 및 373개의 아미노산들(서열번호 5)로 구성된 β 이소폼(NP_001026974.1)이 있다. c-MAF 유전자 발현 수준은 c-MAF 단백질 이소폼들 중 임의의 c-MAF 단백질 이소폼의 발현 수준을 정량함으로써 정량될 수 있다. 따라서, 특정 실시양태에서, c-MAF 유전자에 의해 코딩된 단백질의 수준의 정량은 c-MAF 단백질의 정량을 포함한다.
c-MAF 유전자 또는 염색체 영역 16q22-q24가 증폭되어 있는지를 확인하는 방법은 최신기술 수준에서 널리 알려져 있다. 상기 방법은 현장 하이브리드화(ISH)(예컨대, 형광 현장 하이브리드화(FISH), 발색 현장 하이브리드화(CISH) 또는 은 현장 하이브리드화(SISH)), 게놈 비교 하이브리드화 또는 중합효소 연쇄 반응(예컨대, 실시간 정량 PCR)을 포함하나, 이들로 한정되지 않는다. 임의의 ISH 방법에 있어서, 증폭, 획득 또는 카피 수는 염색체 또는 핵에서 형광점, 착색점 또는 은을 가진 점의 수를 카운팅함으로써 측정될 수 있다.
형광 현장 하이브리드화(FISH)는 염색체에서 특정 DNA 서열의 존재 또는 부재를 검출하고 위치를 확인하는 데 이용되는 세포유전학 기법이다. FISH는 염색체의 일부 부분에 대한 고도의 서열 유사성을 보이는, 이러한 일부 부분에만 결합하는 형광 프로브를 사용한다. 전형적 FISH 방법에서, DNA 프로브는 전형적으로 효소 사용 반응, 예컨대, 닉(nick) 번역 또는 PCR을 이용함으로써 DNA에 포함되는 플루오르-dUTP, 디곡시제닌-dUTP, 바이오틴-dUTP 또는 햅텐-dUTP 형태의 형광 분자 또는 햅텐으로 표지된다. 유전 물질(염색체)을 함유하는 샘플을 유리 슬라이드 상에 배치하고 포름아미드 처리로 변성시킨다. 그 다음, 표지된 프로브를, 당분야에서 숙련된 자에 의해 결정될 적합한 조건 하에서 유전 물질을 함유하는 샘플과 하이브리드화시킨다. 하이브리드화 후, 샘플을 직접적으로(불소로 표지된 프로브의 경우) 또는 간접적으로(햅텐을 검출하는 형광 표지된 항체의 사용) 가시화한다.
CISH의 경우, 프로브를 디곡시제닌, 바이오틴 또는 플루오레세인으로 표지하고, 적합한 조건에서 유전 물질을 함유하는 샘플과 하이브리드화시킨다.
c-MAF 유전자 또는 염색체 영역 16q22-q24가 전위되어 있는지를 확인하는 방법은 최신기술 수준에서 널리 알려져 있고, c-MAF의 증폭에 대해 앞서 기재된 방법들을 포함한다. 상기 방법은 현장 하이브리드화(ISH)(예컨대, 형광 현장 하이브리드화(FISH), 발색 현장 하이브리드화(CISH) 또는 은 현장 하이브리드화(SISH)), 게놈 비교 하이브리드화 또는 중합효소 연쇄 반응(예컨대, 실시간 정량 PCR)을 포함하나, 이들로 한정되지 않는다. 임의의 ISH 방법에 있어서, 증폭, 획득, 카피 수 또는 전위는 염색체 또는 핵에서 형광점, 착색점 또는 은을 가진 점의 수를 카운팅함으로써 측정될 수 있다. 다른 실시양태에서, 카피 수 변경 및 전위는 전체 게놈 서열분석, 엑솜 서열분석 또는 임의의 PCR 유래 기술의 이용을 통해 검출될 수 있다. 예를 들면, 게놈 DNA의 샘플에 대한 PCR을 수행하여 전위를 검출할 수 있다. 한 실시양태에서, 정량 PCR이 이용된다. 한 실시양태에서, c-MAF 유전자에 특이적인 프라이머 및 IGH 프로모터 영역에 특이적인 프라이머를 사용하여 PCR을 수행하고; 생성물이 생성된 경우, 전위가 일어났다.
DNA에 결합할 수 있는 임의의 마킹 또는 표지부착 분자를 사용하여 본 발명의 방법에서 사용되는 프로브를 표지함으로써, 핵산 분자의 검출을 가능하게 한다. 표지부착을 위한 표지의 예로는 방사성 동위원소, 효소 기질, 보조인자, 리간드, 화학발광 제제, 형광단, 햅텐, 효소 및 이들의 조합이 있지만, 이들로 한정되지 않는다. 표지부착 방법 및 상이한 목적에 적합한 표지를 선택하기 위한 지침은 예를 들면, 문헌[Sambrook et al. (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, New York, 1989)] 및 문헌[Ausubel et al. (In Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, New York, 1998)]에서 확인될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 프로브는 이색 프로브이다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 프로브는 이중 융합 프로브이다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 프로브는 이색 이중 융합 프로브이다. 일부 실시양태에서, 2개의 별개의 프로브들이 사용된다.
또 다른 실시양태에서, 하기 프로브들 중 하나를 사용하여 (c-MAF 유전자의 번역을 포함하는) c-MAF 유전자를 측정한다: 14q32 및 16q23에 대한 프로브를 포함하는 바이시스(Vysis) LSI IGH/MAF 이색 이중 융합 프로브(http://www.abbottmolecular.com/us/products/analyte-specific-reagent/fish/vysis-lsi-igh-maf-dual-color-dual-fusion-probe.html; 마지막 접속 11/5/2012); 크레아테크 디아그노스틱스(Kreatech diagnostics) MAF/IGH gt(14;16) 융합 프로브(https://www.leicabiosystems.com/fileadmin/img_uploads/kreatech/ifu/PI-KI-10610_D2.1.pdf; 마지막 접속 05/18/2017), 아브노바(Abnova) MAF FISH 프로브(http://www.abnova.com/products/products_detail.asp?Catalog_id=FA0375; 마지막 접속 11/5/2012), 캔서 제네틱스 이탈리아(Cancer Genetics Italia) IGH/MAF 이색 이중 융합 전위 프로브(http://www.cancergeneticsitalia.com/dna-fish-probe/ighmaf/; 마지막 접속 11/5/2012), 크레아티브 바이오어레이(Creative Bioarray) IGH/MAF-t(14;16)(q32;q23) FISH 프로브(http://www.creative-bioarray.com/products.asp?cid=35&page=10; 마지막 접속 11/5/2012), FISH에 의한 아룹 레이보레이토리스(Arup Laboratories) 다발성 골수종 패널 (http://www.aruplab.com/files/technical-bulletins/Multiple%20Myeloma%20%28MM%29%20by%20FISH.pdf; 마지막 접속 11/5/2012), 16q23 또는 14q32에 특이적인 아질런트(Agilent) 프로브(http://www.genomics.agilent.com/ProductSearch.aspx?chr=16&start=79483700&end=79754340; 마지막 접속 11/5/2012; http://www.genomics.agilent.com/ProductSearch.aspx?Pageid=3000&ProductID=637; 마지막 접속 11/5/2012), 16q23 또는 14q32에 특이적인 다코(Dako) 프로브(http://www.dako.com/us/ar42/psg42806000/baseproducts_surefish.htm?setCountry=true&purl=ar42/psg42806000/baseproducts_surefish.htm?undefined&submit=Accept%20country; 마지막 접속 11/5/2012), 사이토셀(Cytocell) IGH/MAF 전위, 이중 융합 프로브(http://www.zentech.be/uploads/docs/products_info/prenatalogy/cytocell%202012-2013%20catalogue%5B3%5D.pdf; 마지막 접속 11/5/2012), 메타시스템스(Metasystems) XL IGH/MAF 전위 - 이중 융합 프로브(http://www.metasystems-international.com/index.php?option=com_joodb&view=article&joobase=5&id=12%3Ad-5029-100-og&Itemid=272; 마지막 접속 11/5/2012), 자이스(Zeiss) FISH 프로브 XL, 100 ㎕, IGH/MAFB(https://www.micro-shop.zeiss.com/?s=440675675dedc6&l=en&p=uk&f=r&i=5000&o=&h=25&n=1&sd=000000-0528-231-uk; 마지막 접속 11/5/2012) 또는 제니셀 바이오텍(Genycell Biotech) IGH/MAF 이중 융합 프로브(http://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&ved=0CCQQFjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.genycell.es%2Fimages%2Fproductos%2Fbrochures%2Flphmie6__86.ppt&ei=MhGYUOi3GKWH0QGlt4DoDw&usg=AFQjCNEqQMbT8vQGjJbi9riEf3lVgoFTFQ&sig2=V5IS8juEMVHB18Mv2Xx_Ww; 마지막 접속 11/5/2012).
일부 실시양태에서, 프로브 상의 표지는 형광단이다. 일부 실시양태에서, 프로브 상의 형광단은 주황색이다. 일부 실시양태에서, 프로브 상의 형광단은 녹색이다. 일부 실시양태에서, 프로브 상의 형광단은 적색이다. 일부 경우, 프로브 상의 형광단은 황색이다. 일부 실시양태에서, 한 프로브는 적색 형광단으로 표지되고, 한 프로브는 녹색 형광단으로 표지된다. 일부 실시양태에서, 한 프로브는 녹색 형광단으로 표지되고, 한 프로브는 주황색 형광단으로 표지된다. 일부 경우, 프로브 상의 형광단은 황색이다. 예를 들면, MAF 특이적 프로브가 적색 형광단으로 표지되고, IGH 특이적 프로브가 녹색 형광단으로 표지된 경우, 백색이 관찰되면, 이것은 신호가 중첩되고 전위가 일어났다는 것을 표시한다.
일부 실시양태에서, 형광단은 스펙트럼오랜지(SpectrumOrange)이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 스펙트럼그린(SpectrumGreen)이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 DAPI이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트(PlatinumBright)405이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트415이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트495이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트505이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트550이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트547이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트570이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트590이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트647이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트495/550이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 플래티눔브라이트415/495/550이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 DAPI/플래티눔브라이트495/550이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 FITC이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 텍사스 레드(Texas Red)이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 DEAC이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 R6G이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 Cy5이다. 일부 실시양태에서, 형광단은 FITC, 텍사스 레드 및 DAPI이다. 일부 실시양태에서, DAPI 반대염색을 이용하여 전위, 증폭, 획득 또는 카피 수 변경을 가시화한다.
유방암의 치료 또는 예방 방법에서 사용할 제제 및 요법
일부 실시양태에서, 본원에서 본 발명의 방법은 골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제를 사용하여 대상체를 치료하는 단계를 포함한다. 본원에서 사용된 바와 같이, "골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제"는 골 분해를 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제를 포함하는, 조골세포 증식을 자극하거나 파골세포 증식을 억제함으로써 골 분해를 치료할 수 있거나 중단할 수 있는 임의의 분자를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 골 리모델링을 피하거나 예방하는 제제는 골 변형제 및/또는 골 분해를 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제이다. 일부 실시양태에서, 골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제는 보조제 요법으로서 사용된다. 다른 실시양태에서, 골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제는 신보조제 요법으로서 사용된다. 골 분해를 피하고/하거나, 치료하고/하거나 예방하는 데 사용되는 제제의 예시적 예로는 하기 제제들을 포함하는, 미국 출원 제14/391,085호, 미국 가출원 제61/801,769호, 미국 가출원 제14/776,390호, 미국 출원 제14/776,412호, 미국 출원 제14/405,724호, 미국 출원 제14/050,262호, 미국 출원 제14/435,128호, 미국 출원 제15/027,946호, 미국 출원 제15/014,916호, 미국 출원 제15/534,893호 및 미국 출원 제14/776,453호, 및 국제 출원 제PCT/IB2017/053094호에 개시된 제제들이 있다:
- 비스포스포네이트: 골 흡수 및 재흡수를 가진 질환, 예컨대, 골다공증, 및 유방암과 관련된, 고칼슘혈증을 동반하거나 동반하지 않는 골전이를 가진 암의 예방 및 치료를 위해 사용되는 일군의 의약 생성물이다. 본 발명의 임의의 방법에 의해 설계된 요법에서 사용될 수 있는 비스포스포네이트의 예로는 질소 비스포스포네이트(예컨대, 파미드로네이트(pamidronate), 네리드로네이트(neridronate), 올파드로네이트(olpadronate), 알렌드로네이트, 이반드로네이트, 리세드로네이트, 인카드로네이트(incadronate), 졸레드로네이트(zoledronate) 또는 졸레드론산 등) 및 비-질소 비스포스포네이트(예컨대, 에티드로네이트(etidronate), 클로드로네이트, 틸루드로네이트(tiludronate) 등)가 있으나, 이들로 한정되지 않는다. 특정 실시양태에서, 비스포스포네이트는 졸레드론산이다. 상이한 실시양태에서, 비스포스포네이트는 클로드로네이트이다. 한 실시양태에서, 비스포스포네이트는 알렌드로네이트, 리세드로네이트 또는 이반드로네이트이다. 임상시험 데이터를 포함하는, 초기 유방암에서 보조제 치료로서 비스포스포네이트, 졸레드론산, 클로드로네이트, 알렌드로네이트, 리세드로네이트 또는 이반드로네이트의 사용은 문헌[Hadji et al., Annals of Oncology, 27: 379-390 (2016); Paterson et al., J. Clin. Med. 2(4): 263-301 (2013)]에서 발견될 수 있다. 일부 실시양태에서, 클로드로네이트의 다양한 양태들은 예를 들면, 미국 특허 제4859472호 및 국제 출원 공개 제WO1995013054호(이들 각각의 전체 내용은 전체적으로 본원에 참고로 포함됨)에 의해 커버된다. 일부 실시양태에서, 클로드로네이트는 하기 화학식으로 표시된다:
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비스포스포네이트의 보조제 사용에 대한 지침은 문헌[DHESY-THIND, S., et al., J Clin Oncol 35, American Society of Clinical Oncology, United States, 22 pages](인쇄 전에 2017년 3월 6일 온라인으로 공개됨)(이의 전체 내용은 본원에 참고로 포함됨)에서 확인될 수 있다. 보조제 치료로서의 클로드로네이트의 사용을 기술하는 임상시험은 문헌[PATERSON, A.H.G., et al., The Lancet Oncology 13(7):734-742, (2012)](이의 전체 내용은 본원에 참고로 포함됨)에 기재되어 있다. 졸레드론산의 사용을 기술하는 임상시험은 문헌[AZURE Trial Protocol for: COLEMAN, R.E., et al., The New England Journal of Medicine 365(15):1396-1405, (2011) and COLEMAN, R.E., et al., The New England Journal of Medicine 365(15):1396-1405, (2011)](이들의 전체 내용은 본원에 참고로 포함됨)에 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, 비스포스포네이트는 정맥내로 투여된다. 다른 실시양태에서, 비스포스포네이트는 경구 투여된다.
- 본원에서 사용된 바와 같이, "RANKL 억제제"는 RANK 활성을 감소시킬 수 있는 임의의 화합물을 지칭한다.
한 실시양태에서, RANKL 억제제는 RANKL 특이적 항체이다. 구체적인 실시양태에서, 항-RANKL 항체는 단일클론 항체이다. 보다 구체적인 실시양태에서, 항-RANKL 항체는 데노수맙[Pageau, Steven C. (2009). mAbs 1 (3): 210-215, CAS 번호 615258-40-7](이의 전체 내용은 본원에 참고로 포함됨)이다. 데노수맙은 RANKL에 결합하여 이의 활성화를 방해하는 전체 인간 단일클론 항체이다(이것은 RANK 수용체에 결합하지 않는다). 일부 실시양태에서, 데노수맙의 다양한 양태들은 미국 특허 제6,740,522호, 제7,411,050호, 제7,097,834호, 제7,364,736호, 제7,411,050호, 제7,744,886호, 제7,923,008호, 제8,058,418호, 제8,333,963호, 제8,377,690호 및 제8,409,578호(이들 각각의 전체 내용은 전체적으로 본원에 참고로 포함됨)에 의해 커버된다. 데노수맙의 용도에 대한 캐나다 지침은 문헌[Paterson et al., J. Clin. Med. 2(4): 263-301 (2013)](이의 전체 내용은 본원에 참고로 포함됨)에서 확인될 수 있다. 데노수맙의 용도를 기술하는 임상시험은 http://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT01077154(2017년 8월 25일 마지막 방문)(이의 전체 내용은 본원에 참고로 포함됨)에서 발견될 수 있다. 또 다른 실시양태에서, RANKL 억제제는 데노수맙과 동일한 에피토프에 결합하는 항체, 항체 단편 또는 융합 구축물이다. 일부 실시양태에서, 데노수맙은 피하 투여된다.
한 실시양태에서, 골 분해를 예방하는 제제는 졸레드론산, 클로드로네이트 및 데노수맙으로 구성된 군으로부터 선택된다.
대안적으로, 전이, 재귀 또는 재발을 치료하고/하거나 예방하기 위해 상기 언급된 제제들 중 하나 초과의 제제, 또는 본원에 개시되어 있거나 전체적으로 본원에 각각 참고로 포함된 미국 출원 제14/391,085호, 미국 가출원 제61/801,769호, 미국 가출원 제14/776,390호, 미국 출원 제14/776,412호, 미국 출원 제14/405,724호, 미국 출원 제14/050,262호, 미국 출원 제14/435,128호, 미국 출원 제15/027,946호, 미국 출원 제15/014,916호, 미국 출원 제15/534,893호, 미국 출원 제14/776,453호 및 국제 출원 제PCT/IB2017/053094호에 개시되어 있는 하나 이상의 제제가 조합되는 조합된 치료를 수행할 수 있거나, 상기 제제들을 다른 보충제, 예컨대, 칼슘 또는 비타민 D와 조합할 수 있거나 호르몬 치료와 조합할 수 있다.
일부 실시양태에서, 환자의 결과를 개선하기 위해 환자를 보조제 환경에서 임의의 요법으로 치료한다. 이 요법은 골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제, 무질환 생존 또는 전체 생존을 개선하는 제제, c-MAF 억제제, 화학요법, 호르몬 요법, m-Tor 억제제, CDK4/6 억제제, 라듐-223, CCR5 길항제, Src 인산화효소 억제제 또는 COX-2 억제제, 및 이들의 조합을 포함하는, 본원에 개시되어 있는 임의의 요법, 또는 본원에 개시되어 있거나 전체적으로 본원에 각각 참고로 포함된 미국 출원 제14/391,085호, 미국 가출원 제61/801,769호, 미국 가출원 제14/776,390호, 미국 출원 제14/776,412호, 미국 출원 제14/405,724호, 미국 출원 제14/050,262호, 미국 출원 제14/435,128호, 미국 출원 제15/027,946호, 미국 출원 제15/014,916호, 미국 출원 제15/534,893호 및 미국 출원 제14/776,453호, 및 국제 출원 제PCT/IB2017/053094호에 개시되어 있는 하나 이상의 제제를 포함한다.
암이 전이되었을 때, 화학요법, 호르몬 치료, 면역요법 또는 이들의 조합을 포함하나 이들로 한정되지 않는 전신 치료가 사용된다. 추가로, 방사선요법 및/또는 수술이 사용될 수 있다. 치료의 선택은 일반적으로 원발성 암의 유형, 크기, 전이의 위치, 환자의 연령 및 일반적 건강, 및 이전에 사용된 치료의 유형에 의해 좌우된다.
전신 치료는 전신에 도달하는 치료이다:
- 화학요법은 암 세포를 파괴하는 약물의 사용이다. 상기 약물은 일반적으로 경구 또는 정맥내 경로를 통해 투여된다. 다른 실시양태에서, 치료는 화학요법이다. 일부 실시양태에서, 화학요법은 당분야에서 알려진 임의의 화학요법이다. 특정 실시양태에서, 화학요법은 보조제 화학요법이다. 일부 실시양태에서, 화학요법은 탁산(taxane)이다. 추가 실시양태에서, 탁산은 파클리탁셀(Paclitaxel)(탁솔(Taxol)), 도세탁셀(docetaxel)(탁소테레(Taxotere)) 또는 카바지탁셀(Cabazitaxel)이다. 상기 약물은 일반적으로 경구 또는 정맥내 경로를 통해 투여된다. 종종, 화학요법은 방사선 치료와 함께 사용된다. 호르몬 요법은 일부 호르몬들이 암 성장을 촉진한다는 사실에 기반한다. 예를 들면, 여성의 난소에서 생성된 에스트로겐은 종종 유방암 성장을 촉진한다. 이 호르몬들의 생성을 중단하는 여러 방식들이 있다. 한 방식은 이들을 생성하는 장기를 제거하는 것이다: 여성의 경우 난소, 남성의 경우 고환. 보다 빈번히, 이 장기가 호르몬을 생성하지 못하게 하거나 호르몬이 암 세포에 작용하지 못하게 하는 약물이 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 치료는 호르몬 요법이다. 일부 실시양태에서, 호르몬 요법은 타목시펜 및/또는 아로마타제 억제제이다.
- 면역요법은 환자의 면역 시스템 그 자체가 암과 싸우는 것을 돕는 치료이다. 전이 환자를 치료하기 위해 사용되는 면역요법들의 여러 유형들이 있다. 이들은 사이토카인, 단일클론 항체 및 항종양 백신을 포함하나, 이들로 한정되지 않는다.
골 리모델링을 피하거나, 치료하거나 예방하는 제제는 전형적으로 약학적으로 허용가능한 담체와 함께 투여된다.
용어 "담체"는 활성 성분이 투여되게 하는 희석제 또는 부형제를 지칭한다. 이러한 약학 담체는 석유, 동물, 식물 또는 합성 유래의 오일, 예컨대, 땅콩유, 대두유, 광유, 참깨유 등을 포함하는 멸균 액체, 예컨대, 물 및 오일일 수 있다. 물 또는 수성 식염수 용액 및 수성 덱스트로스 및 글리세롤 용액이 특히 주사 용액을 위한 담체로서 바람직하게 사용된다. 적합한 약학 담체는 문헌["Remington's Pharmaceutical Sciences" by E.W. Martin, 1995]에 기재되어 있다. 바람직하게는, 본 발명의 담체는 주정부 또는 연방정부 규제 관청에 의해 승인되거나 미국 약전 또는 다른 약전에 동물, 보다 구체적으로 인간에서의 그의 사용에 대해 일반적으로 인정된 것으로서 나열되어 있다.
본 발명의 약학 조성물의 원하는 약학 제형을 제조하는 데 필요한 담체 및 보조 물질은 다른 요인들 중에서 선택된 약학 제형에 의해 좌우될 것이다. 약학 조성물의 상기 약학 제형은 당분야에서 숙련된 자에 의해 알려진 통상의 방법에 따라 제조될 것이다. 활성 성분을 투여하는 상이한 방법들, 사용되는 부형제, 및 이들을 생성하는 과정의 검토는 문헌["Tratado de Farmacia Galenica", C. Faulii Trillo, Luzan 5, S.A. 1993 Edition]에서 발견될 수 있다. 약학 조성물의 예로는 경구, 국소 또는 비경구 투여를 위한 임의의 고체 조성물(정제, 환제, 캡슐제, 과립제 등) 또는 액체 조성물(용액, 현탁액 또는 유화액)이 있다. 나아가, 약학 조성물은 필요하다고 간주될 때 안정화제, 현탁제, 보존제, 계면활성제 등을 함유할 수 있다.
의약에서의 사용을 위해, 골 리모델링 제제는 단리된 상태로 또는 추가 활성 제제와 함께 프로드러그, 염, 용매화물 또는 포접화합물의 형태로 발견될 수 있고, 약학적으로 허용가능한 부형제와 함께 제제화될 수 있다. 본 발명에서 이의 사용에 바람직한 부형제는 당, 전분, 셀룰로스, 고무 및 단백질을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본 발명의 약학 조성물은 고체 약학 제형(예를 들면, 정제, 캡슐제, 환제, 과립제, 좌약제, 재구성되어 액체 제형을 제공할 수 있는 멸균 결정 또는 비결정질 고체 등), 액체 약학 제형(예를 들면, 용액, 현탁액, 유화액, 엘릭시르, 로션, 연고 등), 또는 반고체 약학 제형(겔, 연고, 크림 등)으로 제제화될 것이다. 본 발명의 약학 조성물은 경구 경로, 정맥내 경로, 근육내 경로, 동맥내 경로, 골수내 경로, 척수강내 경로, 뇌실내 경로, 경피 경로, 피하 경로, 복강내 경로, 비내 경로, 장 경로, 국소 경로, 설하 경로 또는 직장 경로를 포함하나 이들로 한정되지 않는 임의의 경로에 의해 투여될 수 있다. 활성 성분을 투여하는 상이한 방식들, 사용되는 부형제 및 이들의 제조 과정의 검토는 문헌[Tratado de Farmacia Galenica, C. Faulii Trillo, Luzan 5, S.A., 1993 Edition] 및 문헌[Remington's Pharmaceutical Sciences (A.R. Gennaro, Ed.), 20th edition, Williams & Wilkins PA, USA (2000)]에서 발견될 수 있다. 약학적으로 허용가능한 담체의 예는 최신기술 수준에서 알려져 있고 인산염 완충 식염수 용액, 물, 유화액, 예컨대, 유/수 유화액, 상이한 유형의 습윤화제, 멸균 용액 등을 포함한다. 상기 담체를 포함하는 조성물은 최신기술 수준에서 알려진 통상의 과정에 의해 제제화될 수 있다.
골 리모델링을 피하고 예방하는 제제 또는 이를 함유하는 약학 조성물은 체중 kg당 10 mg 미만, 바람직하게는 체중 kg당 적어도 약 50, 40, 30, 20, 10, 5, 2, 1, 0.5, 0.1, 0.05, 0.01, 0.005, 0.001, 0.0005, 0.0001, 0.00005 또는 0.00001 mg 미만의 용량으로 투여될 수 있다. 유닛 용량은 주사, 흡입 또는 국소 투여에 의해 투여될 수 있다. 특정 실시양태에서, 제제는 그의 승인된 용량으로 투여된다.
용량은 치료되는 상태의 중증도 및 반응에 의해 좌우되고, 수일 내지 수개월 동안 또는 상태가 진정될 때까지 달라질 수 있다. 최적 용량은 환자의 신체에서 제제의 농도를 주기적으로 측정함으로써 결정될 수 있다. 최적 용량은 동물 모델에서 이전 시험관내 또는 생체내 어세이에 의해 수득된 EC50 값으로부터 결정될 수 있다. 유닛 용량은 하루에 1회 또는 하루에 1회 미만, 바람직하게는 2일마다, 4일마다, 8일마다 또는 30일마다 1회 미만으로 투여될 수 있다. 대안적으로, 출발 용량을 투여한 후, 일반적으로 출발 용량보다 더 작은 양의 1회분 또는 수회분 유지 용량을 투여할 수 있다. 유지 용법은 하루에 체중 kg당 0.01 ㎍ 내지 1.4 mg, 예를 들면, 하루에 체중 kg당 10, 1, 0.1, 0.01, 0.001 또는 0.00001 mg의 용량으로 환자를 치료하는 단계를 포함할 수 있다. 유지 용량은 바람직하게는 5일마다, 10일마다 또는 30일마다 기껏해야 1회 투여된다. 치료는 환자가 앓고 있는 장애의 유형, 이의 중증도 및 환자의 상태에 따라 달라질 시간 동안 계속되어야 한다. 치료 후, 환자의 진전은 질환이 치료에 반응하지 않는 경우 용량이 증가되어야 하는지를 확인하기 위해, 또는 질환의 개선이 관찰된 경우 또는 원치 않는 부작용이 관찰된 경우 용량을 감소시키기 위해 모니터링되어야 한다.
일부 실시양태에서, 용어 "치료"와 "요법"은 교환가능하게 사용된다.
일부 실시양태에서, 치료제는 졸레드론산이다. 일부 실시양태에서, 졸레드론산은 AZURE 시험 프로토콜에서 임의의 투약 일정에 따라 투여된다: 문헌[COLEMAN, R.E., et al., The New England Journal of Medicine 365(15):1396-1405, (2011)]; 문헌[COLEMAN, R.E., et al., The New England Journal of Medicine 365(15):1396-1405, (2011)]; 문헌[Hadji et al., Annals of Oncology, 27: 379-390 (2016)]; 또는 문헌[Paterson et al., J. Clin. Med. 2(4): 263-301 (2013)](이들의 전체 내용은 본원에 참고로 포함됨).
일부 실시양태에서, 졸레드론산은 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산, 약 2 mg 내지 약 9 mg의 졸레드론산, 약 2 mg 내지 약 8 mg의 졸레드론산, 약 2 mg 내지 약 7 mg의 졸레드론산, 약 2 mg 내지 약 6 mg의 졸레드론산, 약 2 mg 내지 약 5 mg의 졸레드론산, 또는 약 3 mg 내지 약 5 mg의 졸레드론산의 용량으로 투여된다. 대상체는 약 1 mg, 약 2 mg, 약 3 mg, 약 4 mg, 약 5 mg, 약 6 mg, 약 7 mg, 약 8 mg, 약 9 mg, 약 10 mg, 약 12 mg, 약 14 mg 또는 약 16 mg의 졸레드론산을 투여받는다. 일부 실시양태에서, 대상체는 약 4 mg의 졸레드론산을 투여받는다.
일부 실시양태에서, 졸레드론산은 약 2주마다, 3주마다, 4주마다, 5주마다, 6주마다, 8주마다, 10주마다, 12주마다, 2개월마다, 3개월마다, 4개월마다, 5개월마다, 6개월마다 또는 1년마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 졸레드론산은 약 3주마다 1회 투여된다. 다른 실시양태에서, 졸레드론산은 약 4주마다 1회 투여된다.
일부 실시양태에서, 졸레드론산은 적어도 6회분 초기 용량의 경우 약 3주마다 1회 투여된다. 다른 실시양태에서, 졸레드론산은 적어도 6회분 초기 용량의 경우 약 4주마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 졸레드론산의 초기 용량은 4 mg이다.
일부 실시양태에서, 졸레드론산은 초기 용량 후 적어도 8회분 유지 용량의 경우 약 3개월마다 1회 투여된다. 추가 실시양태에서, 졸레드론산은 초기 유지 용량 후 최대 5회분 유지 용량의 경우 약 6개월마다 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 유지 용량은 약 4 mg의 졸레드론산이다.
일부 실시양태에서, 졸레드론산은 적어도 6회분 초기 용량의 경우 약 3주마다 1회 4 mg의 용량으로 투여된 후, 적어도 8회분 유지 용량의 경우 약 3개월마다 1회 4 mg의 용량으로 투여된 후, 최대 5회분 유지 용량의 경우 약 6개월마다 4 mg의 용량으로 투여된다. 다른 실시양태에서, 졸레드론산은 적어도 6회분 초기 용량의 경우 약 3주마다 1회 4 mg의 용량으로 투여된 후, 적어도 8회분 유지 용량의 경우 약 3개월마다 1회 4 mg의 용량으로 투여된 후, 최대 5회분 유지 용량의 경우 6개월마다 4 mg의 용량으로 투여된다.
일부 실시양태에서, 졸레드론산은 보조제 요법으로서 투여된다. 다른 실시양태에서, 졸레드론산은 신보조제 요법으로서 투여된다. 일부 실시양태에서, 졸레드론산은 추가 요법과 함께 투여된다. 일부 실시양태에서, 추가 요법은 본원에 개시되어 있거나 본원에서 언급된 임의의 요법이다. 추가 실시양태에서, 졸레드론산은 추가 요법 전에, 추가 요법과 동시에, 또는 추가 요법 후에 투여된다. 일부 실시양태에서, 졸레드론산 주사로 치료받은 환자는 각각의 치료 전에 혈청 크레아티닌을 평가받는다. 일부 실시양태에서, 졸레드론산을 투여받은 환자는 칼슘 및/또는 비타민 D도 투여받는다.
일부 실시양태에서, 치료제는 약 50 mg 내지 약 100 mg의 용량으로 투여된 알렌드로네이트이다. 일부 실시양태에서, 알렌드로네이트는 매주 약 50 mg, 약 60 mg, 약 70 mg, 약 80 mg, 약 90 mg 또는 약 100 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 알렌드로네이트는 매주 약 70 mg의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 알렌드로네이트는 경구 투여된다. 일부 실시양태에서, 알렌드로네이트는 보조제 요법으로서 투여된다. 다른 실시양태에서, 알렌드로네이트는 신보조제 요법으로서 투여된다. 일부 실시양태에서, 알렌드로네이트는 추가 요법과 함께 투여된다. 일부 실시양태에서, 추가 요법은 본원에 개시되어 있거나 본원에서 언급된 임의의 요법이다. 추가 실시양태에서, 알렌드로네이트는 추가 요법 전에, 추가 요법과 동시에, 또는 추가 요법 후에 투여된다. 일부 실시양태에서, 알렌드로네이트를 투여받은 환자는 칼슘 및/또는 비타민 D도 투여받는다.
일부 실시양태에서, 치료제는 약 20 mg 내지 약 50 mg의 용량으로 투여된 리세드로네이트이다. 일부 실시양태에서, 리세드로네이트는 매주 약 20 mg, 약 25 mg, 약 30 mg, 약 35 mg, 약 40 mg, 약 45 mg 또는 약 50 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 리세드로네이트는 매주 약 35 mg의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 리세드로네이트는 경구 투여된다. 일부 실시양태에서, 리세드로네이트는 보조제 요법으로서 투여된다. 다른 실시양태에서, 리세드로네이트는 신보조제 요법으로서 투여된다. 일부 실시양태에서, 리세드로네이트는 추가 요법과 함께 투여된다. 일부 실시양태에서, 추가 요법은 본원에 개시되어 있거나 본원에서 언급된 임의의 요법이다. 추가 실시양태에서, 리세드로네이트는 추가 요법 전에, 추가 요법과 동시에, 또는 추가 요법 후에 투여된다. 일부 실시양태에서, 리세드로네이트를 투여받은 환자는 칼슘 및/또는 비타민 D도 투여받는다.
일부 실시양태에서, 치료제는 약 100 mg 내지 약 200 mg의 용량으로 투여된 이반드로네이트이다. 일부 실시양태에서, 이반드로네이트는 매월 약 100 mg, 약 110 mg, 약 120 mg, 약 130 mg, 약 140 mg, 약 150 mg, 약 160 mg, 약 170 mg, 약 180 mg, 약 190 mg 또는 약 200 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 이반드로네이트는 매월 약 150 mg의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 이반드로네이트는 경구 투여된다. 일부 실시양태에서, 이반드로네이트는 보조제 요법으로서 투여된다. 다른 실시양태에서, 이반드로네이트는 신보조제 요법으로서 투여된다. 일부 실시양태에서, 이반드로네이트는 추가 요법과 함께 투여된다. 일부 실시양태에서, 추가 요법은 본원에 개시되어 있거나 본원에서 언급된 임의의 요법이다. 추가 실시양태에서, 이반드로네이트는 추가 요법 전에, 추가 요법과 동시에, 또는 추가 요법 후에 투여된다. 일부 실시양태에서, 이반드로네이트를 투여받은 환자는 칼슘 및/또는 비타민 D도 투여받는다.
일부 실시양태에서, 치료제는 클로드로네이트이다. 일부 실시양태에서, 클로드로네이트는 문헌[Hadji et al., Annals of Oncology, 27: 379-390 (2016)], 문헌[Paterson et al., J. Clin. Med. 2(4): 263-301 (2013)] 또는 문헌[PATERSON, A.H.G., et al., The Lancet Oncology 13(7)](이들의 전체 내용은 본원에 참고로 포함됨)에 기재된 임의의 투약 일정으로 투여된다.
일부 실시양태에서, 클로드로네이트는 약 1000 mg 내지 약 2000 mg, 약 1200 mg 내지 약 2000 mg, 약 1200 mg 내지 약 1800 mg, 약 1300 mg 내지 약 1800 mg, 또는 약 1400 mg 내지 약 1800 mg의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 클로드로네이트는 약 1000 mg, 약 1100 mg, 약 1200 mg, 약 1250 mg, 약 1300 mg, 약 1400 mg, 약 1500 mg, 약 1600 mg, 약 1700 mg, 약 1750 mg, 약 1800 mg, 약 1900 mg 또는 약 2000 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 클로드로네이트는 약 1600 mg의 용량으로 투여된다.
일부 실시양태에서, 클로드로네이트는 하루에 약 1회, 하루에 약 2회, 1주에 약 1회, 2주마다 약 1회, 또는 1개월에 약 1회 투여된다. 특정 실시양태에서, 클로드로네이트는 하루에 약 1회 투여된다. 특정 실시양태에서, 클로드로네이트는 하루에 약 1회 약 1600 mg의 용량으로 경구 투여된다.
일부 실시양태에서, 클로드로네이트는 경구 투여된다. 일부 실시양태에서, 클로드로네이트는 보조제 요법으로서 투여된다. 다른 실시양태에서, 클로드로네이트는 신보조제 요법으로서 투여된다. 일부 실시양태에서, 클로드로네이트는 추가 요법과 함께 투여된다. 일부 실시양태에서, 추가 요법은 본원에 개시되어 있거나 본원에서 언급된 임의의 요법이다. 추가 실시양태에서, 클로드로네이트는 추가 요법 전에, 추가 요법과 동시에, 또는 추가 요법 후에 투여된다. 일부 실시양태에서, 클로드로네이트를 투여받은 환자는 칼슘 및/또는 비타민 D도 투여받는다.
일부 실시양태에서, 치료제는 데노수맙이다. 일부 실시양태에서, 데노수맙은 문헌[Paterson et al., J. Clin. Med. 2(4): 263-301 (2013)], 문헌[Pageau, Steven C. (2009). mAbs 1 (3): 210-215, CAS 번호 615258-40-7], 또는 https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT01077154(2017년 8월 25일 마지막 방문)(이들의 전체 내용은 본원에 참고로 포함됨)에 개시된 임의의 투약 일정으로 투여된다.
일부 실시양태에서, 데노수맙은 약 10 mg 내지 약 300 mg, 약 20 mg 내지 약 300 mg, 약 50 mg 내지 약 300 mg, 약 50 mg 내지 약 250 mg, 약 75 mg 내지 약 250 mg, 약 100 mg 내지 약 250 mg, 약 100 mg 내지 약 200 mg, 또는 약 100 mg 내지 약 150 mg의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 데노수맙은 약 20 mg, 약 30 mg, 약 50 mg, 약 75 mg, 약 100 mg, 약 110 mg, 약 120 mg, 약 130 mg, 약 150 mg, 약 175 mg, 약 200 mg, 약 225 mg, 약 250 mg, 약 275 mg 또는 약 300 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 데노수맙은 약 120 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 데노수맙은 약 30 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 데노수맙은 약 60 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 데노수맙은 약 180 mg의 용량으로 투여된다.
일부 실시양태에서, 데노수맙은 적어도 약 1주마다, 2주마다, 3주마다, 4주마다, 1개월마다, 2개월마다, 3개월마다, 12주마다, 4개월마다, 6개월마다 또는 1년마다 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 데노수맙은 적어도 6개월 동안 약 1개월마다 1회의 용량으로 투여된다. 한 실시양태에서, 데노수맙은 적어도 6개월 동안 약 1개월마다 1회 120 mg의 용량으로 투여된다. 추가 실시양태에서, 데노수맙은 적어도 6개월 동안 약 1개월마다 1회 120 mg의 용량으로 투여된 후, 적어도 약 1년, 2년, 3년, 4년, 5년 또는 더 긴 기간 동안 약 3개월마다 1회 120 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 데노수맙은 4주마다 약 1회 약 30 mg의 용량으로 투여된다. 다른 실시양태에서, 데노수맙은 4주마다 약 1회 120 mg의 용량으로 투여된다. 다른 실시양태에서, 데노수맙은 4주마다 약 1회 180 mg의 용량으로 투여된다. 추가 실시양태에서, 데노수맙은 12주마다 약 1회 약 60 mg의 용량으로 투여된다. 다른 실시양태에서, 데노수맙은 12주마다 약 1회 180 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 데노수맙은 피하 투여된다. 일부 실시양태에서, 데노수맙을 투여받은 환자는 칼슘 및/또는 비타민 D도 투여받는다.
일부 실시양태에서, 대상체는 칼슘을 추가로 투여받는다. 일부 실시양태에서, 칼슘은 약 매일 1회 투여된다. 일부 실시양태에서, 칼슘은 경구 투여된다. 일부 실시양태에서, 칼슘은 약 100 mg, 약 200 mg, 약 300 mg, 약 400 mg, 약 500 mg, 약 600 mg, 약 700 mg, 약 800 mg, 약 900 mg 또는 약 1000 mg의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 칼슘은 적어도 약 500 mg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 대상체는 비타민 D를 추가로 투여받는다. 특정 실시양태에서, 비타민 D는 약 매일 1회 투여된다, 일부 실시양태에서, 비타민 D는 약 100 IU, 약 200 IU, 약 300 IU, 약 400 IU, 500 IU, 약 600 IU, 약 700 IU 또는 약 800 IU의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 비타민 D는 적어도 약 400 IU의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 비타민 D 및/또는 칼슘을 제공받는 환자는 폐경후 상태이다.
일부 실시양태에서, 치료제는 플라스틱 백 또는 IV 백으로부터 나온다. 일부 실시양태에서, 약물은 이미 희석되고 각각의 용량에 상응한다. 다른 실시양태에서, 치료제는 희석되어야 한다. 예를 들면, 문헌[Ministry of Health, Social Services and Equality, Data Sheet of "Zoledronic acid Kern Pharma 4 mg/100 ㎖ Solution for Infusion EFG," Text Revised July 2016, Machine-translated July 6, 2017, 38 pages (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad, Ficha Tecnica de "Acido Zoledronico Kern Pharma 4 mg/100 ㎖ Solucion Para Perfusion EFG")]을 참조한다. 100 ㎖의 용액을 가진 각각의 플라스틱 백은 4.264 mg의 일수화물 졸레드론산에 해당하는 4 mg의 졸레드론산을 함유한다. 1 ㎖의 상기 용액은 0.042 mg의 일수화물 졸레드론산에 해당하는 0.04 mg의 졸레드론산을 함유한다. 100 ㎖ 용액의 각각의 플라스틱 백은 342.9 mg(14.9 mmol)의 나트륨을 함유한다.
일부 실시양태에서, 플라스틱 백으로부터 나온 치료제는 IV를 통해 환자에게 투여된다. 일부 실시양태에서, 치료제는 정맥내 관류를 통해 투여된다. 일부 실시양태에서, 관류는 약 10분 내지 약 45분의 시간에 걸쳐 일어난다. 다른 실시양태에서, 관류는 약 10분, 약 15분, 약 20분, 약 25분, 약 30분, 약 40분, 약 45분 또는 더 긴 시간에 걸쳐 일어난다. 일부 실시양태에서, 관류는 약 15분 내지 20분의 시간에 걸쳐 일어난다.
일부 실시양태에서, 플라스틱 백 내의 용액은 부형제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 이 부형제는 만니톨(E421), 구연산나트륨(E331) 또는 구연산나트륨 이수화물, 염화나트륨 및/또는 주사 제제용 물을 포함한다.
일부 실시양태에서, 치료제는 미리 충전된 주사기 내에 있다. 다른 실시양태에서, 치료제는 미리 충전된 바이알 내에 있다. 일부 실시양태에서, 미리 충전된 바이알은 투여를 위해 더 희석되어야 한다. 일부 실시양태에서, 미리 충전된 바이알은 멸균 염화나트륨 또는 덱스트로스 용액(예를 들면, 100 ㎖의 0.9% 염화나트륨, USP 또는 5% 덱스트로스 주사, USP)을 첨가함으로써 희석된다.
하기 실시예는 본 발명을 예시하고 이의 범위를 한정하지 않는다.
실시예
실시예 1: 전이 마커로서 c-MAF의 검증
AZURE 샘플에서 c-MAF를 검사하기 위해 이용된 IHC 및 FISH 어세이를 분석적으로 검증하였다. 어세이 검증 파라미터의 개요는 도 1에서 확인될 수 있다.
크레아테크는 인바이오모션(Inbiomotion)을 위해 크레아테크 전매특허 FISH 기술에 기반한 MAF FISH 어세이를 생성하였다. 프로브 세트는 2개의 프로브들을 함유한다: 16번 염색체 중심체 영역의 대조군으로서 MAF 16q23 프로브 플러스 D16Z3 프로브. 16q23/D16Z3 프로브(인바이오모션) 및 크레아테크의 포세이돈(Poseidon) 조직 분해 키트를 사용하여 상기 어세이를 검증하였다. 점수화 기준을 자료지에 다음과 같이 정의하였다: 환자당 2개의 FISH 평가가능한 결과 및 가장 높은 값을 선택하였다. 점수화 알고리즘은 다음과 같았다: 표적 및 중심체 증폭을 위해 카운팅된 20개의 세포, 유전자 카운트가 2보다 크고 3 이하인 경우, 50개의 세포를 카운팅하였다.
MAF IHC 어세이는 (전체적으로 본원에 참고로 포함된 국제 출원 제PCT/IB2015/059562호에 기재된) 재조합 단일클론 항체에 기반하였다. IHC에 기반하여 상기 항체를 선택하였다. 다코 에이에스 링크(DAKO AS LINK) 플랫폼 및 프로토콜과 함께 MAF RecMab(인바이오모션)을 사용하여 인바이오모션에 의해 제공된 대조군 표본에 대해 상기 어세이를 검증하였다. 점수화 기준을 자료지에 솔직하게 정의하였고, 환자당 하나의 단일 IHC H 점수가 있었다. 점수화 알고리즘은 H 점수이었다.
환자를 이용하여 MAF를 검증한 AZURE 임상시험(Coleman et al N Eng J Med 2011; 365: 1396-1405 and AZURE Current Controlled Trials number, ISRCTN79831382 and ClinicalTrials.gov identifier NCT00072020) 연구 설계의 개요는 도 2에 제공되어 있다. 규제를 따르는 조건 하에서 전향적으로 수집된 환자 종양 샘플을 사용한 AZURE 시험의 후향적 분석에서 MAF를 검증하였다. 모집된 3,360명의 환자들 중 1,769명이 종양 조직을 기증하였다(52.4%). 13개의 TMA(조직 마이크로어레이)(각각 150개의 환자 샘플들)(1,769명의 환자들)가 있었다. 상이한 조직 코어를 사용하는, 각각의 TMA의 4개 레플리카들(6,326(4x 환자))이 있었다. 1개의 TMA는 1개의 레플리카만을 가졌고 2개의 TMA는 3개의 레플리카들을 가졌다. H&E 분석(헤마톡실린 및 에오신)(도 3)(6,326)에 기반하여, 3,978개의 코어를 평가할 수 있었고(63%) 2,348개의 코어를 평가할 수 없었다.
FISH 어세이의 경우, 2,067개의 FISH 평가가능한 코어들이 있었다(56%). 2개의 FISH 평가가능한 코어들을 가진 865명의 환자들(49%)이 있었고(AZURE 환자의 26%), 1,202명의 환자들은 단일 FISH 점수를 가졌다(68%). 567명의 환자들은 4개의 레플리카들 중 어느 것에서도 FISH에 의해 평가될 수 없었다(32%).
IHC 어세이의 경우, 병리학자 평가 및 비지오팜(VisioPharm) 컴퓨터 보조 평가를 수행하였다. 병리학자 평가를 위해, 2,232개의 코어들을 평가하였다(H 점수에 대해 평가가능한 59%). 총 AZURE 환자들의 39%를 대표하는, IHC H 점수를 가진 1,390명의 환자들(74%)이 있었다. 4개의 레플리카들 중 어느 것에서도 IHC에 의해 평가될 수 없는 460명의 환자들이 있었다. 비지오팜 컴퓨터 보조 IHC 염색 평가에서, H 점수 및 핵당 평균 염색에 대해 병리학자에 의해 점수화된 1,309명의 환자들 중 1299명의 IHC 환자들을 평가하였다. MAF 양성률은 도 4a 및 도 4b에서 확인될 수 있다.
컷오프 최적화된 FISH 데이터를 도 5에서 볼 수 있고 문헌[Vipery et al JCO 2014 DOI: 10.1200/JCO.2013.53.3604]에 기재된 바와 같이 계산하였다.
분자 변수의 경우, FISH 분석을 위해: MAF 카피 수: 수치 및 범주(+/- 컷오프 >=2.5) 변수; 증폭된 핵산 MAF의 %(MAF CN>2): 수치+범주(컷오프 TBD). IHC 분석을 위해: IHC H 점수: 수치+범주(컷오프 >=200), IHC OD: 수치+범주(컷오프 tBD). 하기 임상 변수들을 분석하였다: 무질환 생존(DFS), 침습 무질환 생존(IDFS), 전체 생존(OS), 골에서의 첫 번째 재발, 임의의 시간에서의 골 재발, 골에서 첫 번째 DFS 이벤트까지의 시간, 골에서 일어나지 않은 첫 번째 DFS 이벤트까지의 시간, 졸레드론산 치료에 대한 반응.
MAF FISH 예후 값을 분석하는 데 있어서, 초기 분석을 위해 대조군 아암 및 치료 아암으로부터 환자를 모았다. 분석되는 각각의 변수에 대한 최적화된 컷오프를 표시될 때 사용하였다. 사망을 임의의 시간에서의 골 전이까지의 시간에서 경쟁 이벤트로서 사용하였다. 하기 임상 변수들을 분석하였다: 골 전이(임의의 시간)까지의 시간, (첫 번째 이벤트로서) 골 전이까지의 시간, IDFS(동측 침습 유방 종양 재발, 국부 침습 유방암 재발, 전이성 질환-유방암, 유방암을 비롯한 임의의 원인에 기인할 수 있는 사망, 대측 침습 유방암, 이차 원발성 비-유방 침습 암을 포함함), 및 전체 생존.
도 6은 모든 환자들이 분석될 때 골 전이에 대한 위험이 MAF FISH 양성 환자(>=2.3)(p=0.007)에서 40% 더 높았다는 것을 보여준다(사망은 골 전이(임의의 시간)까지의 시간에서 경쟁 이벤트로서 사용된다). 도 7은 MAF FISH 양성 환자(>=2.3)(p=0.02, 다변량 분석)에서 첫 번째 전이 부위로서 골에 대한 42% 더 높은 위험이 있었다는 것을 보여준다. 도 8에서 알 수 있는 바와 같이, IDFS에 대한 위험은 MAF FISH 양성 환자(>=2.2)(p=0.0002, 다변량 분석)에서 38% 더 높았다(2년에 의한 매우 이른 분리가 있는 경우, 곡선은 평행하다). 도 9는 전체 생존이 MAF FISH 양성 환자(>=2.2)(p=0.02, 다변량 분석)에서 33% 더 낮았다는 것을 보여준다(전체 생존에 대한 3년에 의한 이른 분리가 있다).
도 10에서 알 수 있는 바와 같이, 다변량 분석에서의 유의미한 차이(HR=0.47, p=0.013)와 함께 대조군 아암의 MAF FISH 양성 환자(>=2.3)에서 첫 번째 재발로서 골까지의 더 짧은 시간이 있었다
도 11에서 알 수 있는 바와 같이, 치료받지 않은 MAF 비-양성 환자에 비해 치료받지 않은 MAF 양성 환자(>=2.2)(HR=0.72, p=0.08, 다변량 분석)에서 재발까지의 시간이 더 짧은 경향이 있었다. 도 12는 AZURE 대조군 환자에서만 FISH로 IDFS(골 재발을 제외함)까지의 시간을 보여준다. 2.2의 최적화된 컷오프가 사용되었다.
요약하건대, 환자들을 그들의 MAF FISH 수준에 따라 계층화하기 위한 소정의 컷오프는 최적화된 컴퓨터 기반 정의된 컷오프에 매우 가깝다. 역치 효과는 적절한(관련된) 치료(또는 치료의 회피)에 대해 명확한 군을 규정할 수 있게 한다. 본 발명자들은 대조군 아암의 MAF FISH 양성 환자의 예후에 기반하여, 첫 번째 전이로서 골까지의 더 짧은 시간(HR=0.53, 다변량 p=0.03), 및 재발(침습 질환)까지의 시간이 더 짧은 경향(HR=0.72, p=0.08)을 확인하였다.
실시예 2: MAF FISH 계층화에 따른 졸레드론산 치료 효과의 평가
실시예 1에 기재된 AZURE 연구로부터의 대조군 아암 및 졸레드론산 치료 아암을 평가하여 MAF에 의해 계층화된 환자들에 대한 졸레드론산 치료의 효과를 확인하였다.
도 13a 및 13b(Coleman et al., Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006, 도 3)는 AZURE 시험의 대조군 아암 및 졸레드론산 치료 아암 내의 환자들에서 골 전이까지의 시간을 보여준다. 도 14는 첫 번째 이벤트로서 골 전이까지의 시간의 평가를 보여준다. 도 14에서 확인될 수 있는 바와 같이, 다변량 분석에서의 유의미한 차이(HR=0.47, p=0.013, 다변량 분석)와 함께 대조군 아암의 MAF FISH 양성(>=2.3) 환자들에서 첫 번째 재발로서 골까지의 더 짧은 시간이 있었다. 졸레드론산 치료는 MAF 양성 환자와 비-양성 환자 사이에 재발의 첫 번째 부위로서 골의 발병률의 차이를 감소시켰고, 졸레드론산으로 치료받은 MAF 비-양성 환자에 비해 MAF 양성 환자에서 임의의 시간에서의 골 전이의 위험의 유의미한 차이는 없었다.
도 15(Coleman et al Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006, 도 2)는 AZURE 시험에서 대조군 아암과 졸레드론산 치료 환자 사이에 무질환 생존(DFS) 및 침습 무질환 생존(IDFS)의 분석을 보여준다.
도 16은 대조군 아암과 졸레드론산 치료 환자 사이에 원거리 재발까지의 시간을 보여준다. 치료받지 않은 MAF 양성 환자(>=2.2)에서 원거리 재발까지의 시간이 더 짧은 경향이 있었다(HR=0.72, p=0.08, 다변량 분석). 졸레드론산 치료 아암 내의 MAF 양성 환자에서 재발(침습 질환)까지의 시간은 유의미하게 더 짧았다(HR=0.52, p<0.001, 다변량 분석). 졸레드론산을 사용한 치료는 치료받지 않은 MAF 양성 환자에 비해 IDFS를 악화시켰다.
도 17은 치료에 따라 골 전이성 이벤트(임의의 시간)까지의 시간을 보여준다. 사망은 골 전이(임의의 시간)까지의 시간에서 경쟁 이벤트로서 사용된다. 대조군 아암의 MAF FISH 양성 환자(>=2.3)에서 골 전이의 유의미하지 않은 증가된 위험이 있었다(HR=0.72, p=0.18). 졸레드론산 치료는 MAF FISH 양성 환자에 비해 MAF FISH 비-양성 환자(<2.3)에서 임의의 시간에서의 골 전이의 위험을 유의미하게 감소시켰다(HR=0.52, p=0.01).
도 18은 (2.5의 미리 특정된 MAF 컷오프에 따라) MAF 카피 수에 따라 골 전이성 이벤트(임의의 시간)까지의 시간을 보여준다. 사망은 골 전이(임의의 시간)까지의 시간에서 경쟁 이벤트로서 사용된다. 졸레드론산 치료는 MAF FISH 비-양성 환자에서 골 전이의 위험을 유의미하게 감소시켰다(HR=0.65, p=0.03). 졸레드론산 치료는 MAF 양성 환자에서 골 전이의 위험을 증가시키는 경향을 보였다. 차이는 유의미하지 않았다(HR=1.54, p=0.22).
도 19는 환자들이 MAF에 따라 계층화되지 않을 때 AZURE 시험의 폐경 상태별 IDFS를 보여준다(Coleman et al Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006, 도 5).
도 20은 폐경후 환자들에서 MAF 카피 수(2.5의 미리 특정된 컷오프에 따른 데이터)에 따라 사망을 경쟁 이벤트로서 사용하여 골 전이성 이벤트(임의의 시간)까지의 시간을 보여준다. MAF 양성 폐경후 환자(>2.5)에서의 치료 결과는 골 전이 이벤트의 수를 감소시키는 경향을 보였다(HR=0.46, p=0.26, 한정된 수의 이벤트를 가짐). 졸레드론산으로 치료받은 MAF 비-양성 폐경후 환자의 치료 결과는 MAF 양성 폐경후 환자의 치료 결과보다 덜 효과적이었는데(HR=0.63 대 HR=0.46, 한정된 수의 이벤트를 가짐), 이것은 MAF 양성 폐경후 환자에서 골 전이를 예방하는 데 있어서 졸레드론산 치료의 분명한 이익을 암시한다.
도 21은 비-폐경후 환자에서 MAF 카피 수(2.5의 미리 특정된 컷오프에 따른 데이터)에 따라 골 전이성 이벤트(임의의 시간)까지의 시간을 보여준다. MAF 양성 비-폐경후 환자에서 골 전이성 이벤트의 증가를 야기하는 유의미하게 더 좋지 않은 졸레드론산 치료 결과가 있었다(HR=2.44, p=0.045). MAF 비-양성 비-폐경후 환자에서 졸레드론산 치료 시 더 좋은 결과를 보이는 경향이 있었다(HR=0.66, p=0.08).
도 22는 폐경후 여성의 골 전이를 제외한, 졸레드론산 치료 아암 및 대조군 아암의 IDFS를 보여준다. 도 22에서 확인될 수 있는 바와 같이, 졸레드론산을 사용한 폐경후 환자의 치료는 침습 질환 이벤트의 수를 감소시킴으로써 MAF FISH 양성 환자(>=2.2)의 IDFS(골 제외)를 유의미하게 개선하였고, MAF 비-양성 환자의 IDFS(골 제외)에서는 차이가 없었다.
도 23은 비-폐경후 여성의 골 전이를 제외한, 졸레드론산 치료 아암 및 대조군 아암의 IDFS를 보여준다. 도 23에서 볼 수 있는 바와 같이, 졸레드론산을 사용한 비-폐경후 여성의 치료는 MAF FISH 양성 환자(>=2.2)의 IDFS(골 제외)를 유의미하게 악화시켰고, MAF FISH 비-양성 환자의 IDFS(골 제외)에서는 차이가 확인되지 않았다.
도 24는 치료 아암별 전체 생존(OS)을 보여준다. 졸레드론산을 사용한 MAF FISH 양성 환자의 치료는 OS에 유의미한 영향을 미쳤다.
도 25는 AZURE 대조군 아암에서 무질환 생존(DFS)의 예후를 보여준다. 도 25에서 확인될 수 있는 바와 같이, 치료받지 않은 MAF 양성 폐경후 환자에서 유의미하게 더 낮은 무질환 생존이 있다. 무질환 생존의 경우: (대조군 환자에서) 다변량 분석에서 FISH 상태와 폐경 상태 상호작용 공변량의 유의성; Chi2 = 6.23, p 값 = 0.013. 도 26은 AZURE 대조군 아암 환자에서 전체 생존의 예후를 보여준다. 치료받지 않은 MAF 양성 폐경후 환자에서 OS가 더 짧은 경향이 있다. OS의 경우: (대조군 환자에서) 다변량 분석에서 FISH 상태와 폐경 상태 상호작용 공변량의 유의성; Chi2 = 3.62, p 값 = 0.057. 도 27은 MAF FISH 값에 따라 DFS에 대한 졸레드론산 치료의 영향을 보여준다. 도 27에서 볼 수 있는 바와 같이, 졸레드론산 치료는 MAF FISH 양성 환자와 음성 환자 사이의 상이한 DFS 결과를 생성하고, 이 차이는 폐경후 여성 및 비-폐경후 여성에서 발생한다.
도 28은 MAF FISH 값에 따라 폐경후 환자의 DFS에 대한 졸레드론산 치료의 영향을 보여준다. 도 28에서 확인될 수 있는 바와 같이, 졸레드론산 치료는 MAF 음성 폐경후 환자에서 더 우수한 DFS 결과를 생성한다(HR=0.56, 95% CI., 0.33 내지 0.95). 도 29는 비-폐경후 여성의 DFS에 대한 졸레드론산 치료의 영향을 보여준다. 도 29에서 알 수 있는 바와 같이, 졸레드론산 치료는 MAF 양성 비-폐경후 환자에서 가장 좋지 않은 DFS 결과를 생성한다. 도 30은 MAF FISH 값에 따라 전체 생존에 대한 졸레드론산 치료의 영향을 보여준다. 도 30에서 확인될 수 있는 바와 같이, 졸레드론산 치료는 MAF 양성 환자에서 유의미하게 더 짧은 전체 생존을 생성한다. 이 차이는 폐경후 여성 및 비-폐경후 여성에서 발생한다. 도 31은 폐경후 환자에서 MAF FISH 수준에 따라 전체 생존에 대한 졸레드론산 치료의 영향을 보여준다. 도 31에서 확인될 수 있는 바와 같이, 졸레드론산 치료는 MAF 음성 폐경후 환자에서 더 우수한 전체 생존 결과를 제공하는 경향을 보이나(HR=0.56, 95% CI., 0.31-1.01)), 졸레드론산 FISH 양성 환자에서 더 큰 효과를 보인다. 도 32는 MAF FISH 값에 따라 비-폐경후 여성의 전체 생존에 대한 졸레드론산 치료의 영향을 보여준다. 도 32에서 볼 수 있는 바와 같이, 졸레드론산 치료는 MAF 양성 비-폐경후 환자에서 가장 좋지 않은 전체 생존 결과를 생성한다.
폐경 상태에 따라 나누어진, DFS 및 OS에 대한 환자의 위험에 대한 관심 있는 유전자(GOI) MAF의 예측 값의 요약은 표 1에 제시되어 있다.
Figure pct00002
볼 수 있는 바와 같이, MAF는 더 짧은 DFS 또는 가장 좋지 않은 OS의 위험에 있는 폐경후 환자, 알려지지 않은 환자 및 폐경전후 환자에서 예측력을 가진다. 그러나, 폐경전 여성에서, MAF 양성 환자는 더 낮은 위험에 있는 환자이고 더 긴 DFS 및 더 우수한 OS를 가질 가능성이 더 높다.
요약하건대, 대조군 아암의 MAF FISH 양성 대 비-양성 환자에서 재발의 첫 번째 부위로서 골 전이의 유의미한 증가된 위험이 있고(HR=0.47, p=0.013, 이때 컷오프=2.3), 이 차이는 졸레드론산을 사용한 치료 시 감소된다. 추가로, 졸레드론산 치료는 MAF FISH 비-양성 환자에서 임의의 시간에서의 골 전이의 위험을 유의미하게 감소시켰다(HR=0.65, p=0.03, 컷오프=2.5). 졸레드론산 치료는 MAF 양성 환자에서 임의의 시간에서의 골 전이의 증가된 위험을 보여준다. 차이는 유의미하지 않다(HR=1.54, p=0.22, 컷오프=2.5). 이 효과는 폐경 상태에 의해 유도되고 비-폐경후 군에서 가장 큰 효과를 보여준다. 졸레드론산은 MAF FISH 양성 폐경후 환자의 결과를 유의미하게 개선한다. 그러나, 졸레드론산은 MAF FISH 양성 비-폐경후 환자의 결과를 악화시킨다. 효과는 졸레드론산을 사용한 치료 시 침습 질환의 증가(감소된 IDFS)에 의존한다(비-폐경후 환자에서 골로의 전이의 예방이 다른 부위로의 전이를 용이하게 할 수 있고 결과적으로 이차 이벤트로서 골로의 전이를 유발할 수 있다는 것을 암시한다).
졸레드론산으로 치료받지 않은 MAF FISH 양성 환자는 골 전이 및 침습 질환의 더 높은 위험(골 이벤트를 포함하거나 제외한 감소된 IDFS)을 가진다. 졸레드론산으로 치료받은 환자에서, MAF 양성 환자는 임의의 시간에서의 골 전이, IDFS(골 이벤트를 포함하거나 제외함) 및 전체 생존 면에서 치료받지 않은 환자에 비해 더 좋지 않은 결과를 가진다. 졸레드론산으로 치료받은 MAF 음성 환자는 임의의 시간에서의 골 전이 위험 면에서 치료받지 않은 환자에 비해 더 우수한 결과를 가진다. 폐경후 여성의 경우, 졸레드론산으로 치료받은 MAF 양성 환자에서 IDFS(골을 제외함) 면에서 더 우수한 결과가 있다. 비-폐경후 여성에서, 졸레드론산으로 치료받은 MAF 양성 환자에서 IDFS(골을 제외함) 면에서 더 좋지 않은 결과가 있다.
실시예 3: 초기 암에서 보조제 졸레드론산을 사용한 치료 결과에 대한 MAF 증폭의 효과
MAF 증폭은 원발성 종양에서 보조제 졸레드론산으로부터 이익을 얻을 확률의 예측자로서 연구되었다.
방법
연구 설계 및 환자
2003년 9월 4일과 2006년 2월 16일 사이에 전세계 174개의 센터로부터 3,360명의 환자들을 AZURE 시험에 모집하였다. 적격 환자는 병리학적으로 영향을 받은 액와 림프절 전이, 또는 원발성 종양의 치유 의도 및 완전한 절제(또는 환자가 신보조제 화학요법으로 치료받고 있었던 경우 계획된 절제)로 치료된 T3 또는 T4 원발성 종양과 함께, 임의의 하위유형의 조직학적으로 확인된 침습 II 또는 III 기 유방암을 가졌다. 다른 포함 기준은 18세 이상의 연령, 카르노프스키(Karnofsky) 수행 상태 점수 80 이상, 및 임신 또는 수유중이 아닐 것이었다. 환자가 원거리 전이의 임상 또는 영상화 증거, 비스포스포네이트의 현재 또는 최근(<1년) 사용, 또는 골-표적화된 치료를 요구할 가능성이 높은 기존 골 질환을 가진 경우 그 환자는 제외되었다. 모든 환자들은 작성된 사전동의서를 제공하였다. 영국에서, 환자는 생물학적 물질(원발성 종양 및 혈액 샘플)의 사용에 대한 자발적 특별 동의서도 제공하였다. 무작위배정 전에, 환자는 임상시험실시기관 프로토콜에 따라 혈액학적 검사, 신장 검사, 간 기능 검사 및 병기분류 영상화 검사를 받았다. 자격을 갖춘 것으로 확인된 환자들을, 영국 리즈 소재의 리즈 대학의 임상시험 연구 시설에서 보유된 중앙 컴퓨터에 의해 생성된 일정으로부터 표준 보조제 전신 치료 단독, 또는 졸레드론산과 함께 표준 보조제 전신 치료에 무작위로 배정하였다(1:1). 영향을 받은 액와 림프절의 수, 임상 종양 병기, 에스트로겐 수용체 상태, 전신 요법의 유형 및 시기, 폐경 상태, 스타틴 사용 및 치료 센터를 고려한 소형화 과정을 이용하였다.
절차
약물 치료
환자는 단독으로(대조군), 또는 5년의 치료를 완료하기 위해 처음 6회분 용량의 경우 3주 내지 4주마다, 8회분 용량의 경우 3개월마다, 그리고 5회분 용량의 경우 6개월마다 정맥내로 제공된 4 mg 졸레드론산과 함께(졸레드론산 군) (신)보조제 화학요법, 내분비 요법 또는 이들 둘 다를 사용한 표준 전신 요법을 제공받았다. 경구 칼슘 및 비타민 D 보충제는 치료의 처음 6개월 동안 모든 환자들에게 권장되었고, 그 후 치료 의사의 재량에 따라 계속 권장되었다. 보조제 전신 치료 및 국소부위 방사선요법을 각각의 참가 위원회의 표준 프로토콜에 따라 사용하였다.
추적검사 일정은 두 연구 군들에서 유사하였고, 임상 평가, 부작용의 모니터링, 및 혈액학적 검사, 신장 검사 및 간 기능 검사를 포함하였다. 관례적인 추적검사 영상화는 지시되지 않았으나, 치료 의사에 의해 적절한 것으로서 간주되는 경우 임상적으로 의심된 재발에 대한 조사를 수행하였다. 재발은 확인 편향의 위험을 감소시키기 위해 재발이 처음 의심된 날짜에 의해 정의되었다. 91%의 재발이 현장 또는 전화 기반 모니터링에 의해 독립적으로 검증되었다. 졸레드론산을 사용한 치료가 완료된 후, 질환 및 안전성 평가변수에 대해 환자들을 해마다 추적검사하였다.
MAF 증폭의 측정
각각의 TMA 블록으로부터 5 ㎛ 두께의 슬라이스를 절단하였고 TMA 맵에 일치하도록 배향하여 각각의 조직 코어를 확인할 수 있게 하였다. 상기 슬라이스를 수퍼프로스트(Superfrost) 플러스 유리 슬라이드(써모 피셔 사이언티픽(Thermo Fisher Scientific), 미국 매사추세츠주 월섬 소재) 상에 올려놓고 헤마톡실린 및 에오신으로 염색하여 평가가능한 종양의 존재를 확인하였다. MAF/D16Z3 프로브(인바이오모션, 스페인 바르셀로나 소재)를 사용한 검증된 MAFTEST 형광 현장 하이브리드화(FISH)로 MAF 증폭을 평가하였다. 중앙 실험실(타고스 몰레큘라 패쏠로지(Targos Molecular Pathology), 독일 카셀 소재)은 어세이의 분석 및 진단 성능을 검증하였고, 허용 기준을 확립하였고, 각각의 어세이를 위해 적절한 품질 관리를 포함하였고 치료 배정에 대해 사전에 알지 못하는 상태에서 분석을 수행하였다. 요약하건대, TMA 박편을 에탄올 시리즈로 재수화하였고 물로 세척하였고 15분 동안 98℃에서 예열하였다. 샘플을 30분 동안 포세이돈 조직 분해 키트(크레아테크, 네덜란드 암스테르담 소재) 내의 펩신으로 분해하였고 에탄올 시리즈로 탈수하였고 건조하였다. 10 ㎕의 MAF/D16Z3 프로브를 첨가한 후, 슬라이드를 80℃에서 변성시켰고 37℃에서 하이브리드화기 내에 하룻밤 동안 놓아두었다. 하이브리드화 후, FISH 슬라이드를 2분 동안 72℃에서 포세이돈 조직 분해 키트 세척 완충제 I로 세척한 후, 실온에서 1분 동안 세척 완충제 II로 세척하였다. 탈수 및 공기 건조 후, 슬라이드를 15 ㎕의 4,6-디아미디노-2-페닐인돌 용액(0.03 mg/㎖)과 함께 항온처리하였고 점수화할 때까지 암실 내에 4℃에서 저장하였다.
치료 군에 대해 사전에 알지 못하는 실험실 직원은 가장 높은 증폭을 가진 종양의 영역으로부터의 20개 핵에서 핵당 평균 MAF 카피 수를 점수화하였다. 평균 카피 수가 2.0 내지 3.0인 경우, 30개 이상의 핵을 점수화하였다. 이러한 작은 단편에서의 종양 불균질성의 효과를 최소치로 유지하기 위해, 각각의 환자에 대한 중복 결과를 지시하였다. 따라서, 각각의 종양에 대해 2개의 FISH 증폭 값들이 수득될 때까지 레플리카 코어를 점수화하였고, 환자당 이 값들 중 가장 높은 값을 통계학적 분석에서 사용하였다. 연구 프로토콜에 규정된 바와 같이, 최적화 또는 반복 없이 TMA를 FISH로 분석하였다. 적어도 하나의 레플리카에서 평균 MAF 카피 수가 2.5 이상인 환자는 MAF 양성 환자로서 간주되었다. 이 역치는 후향적 코호트에서의 연구에 기반하였고, 신속한 종양 세포 증식에 의해 인위적으로 영향을 받을 가능성이 거의 없는 것으로 판단되었다.
결과
적격 영국 장소에 등록된 2,710명의 환자들 중 1,739명(64%)의 환자들은 동의서를 제공하였고 중앙 분석을 위해 보내진 원발성 종양 샘플을 가졌다. 샘플을 2003년 9월과 2006년 3월 사이에 프로세싱하였고, TMA를 2007년 및 2008년에 제조하였다. 6,326개의 TMA 코어들 중 3,978개(63%)의 TMA 코어들은 FISH 분석을 위해 충분한 침습 종양을 가졌다. MAFTEST FISH 어세이는 이 3,978개의 조직 코어들 중 2,067개(56%)의 조직 코어들에서 신뢰할만하게 평가될 수 있었다. 1,739명의 환자들 중 865명(50%)의 환자들은 2개의 평가가능한 FISH 결과를 가졌고(대조군에서 445명, 및 졸레드론산 군에서 420명), 이들 중 184명(21%)은 MAF 양성 종양을 가졌다(대조군에서 85명, 및 졸레드론산 군에서 99명).
중간 추적검사는 84.6개월이었다(IQR 72.0 내지 95.8). 865명의 환자들 중 282명(33%)의 환자들은 침습 무질환 생존 이벤트를 가졌고(대조군에서 147명, 및 졸레드론산 군에서 135명), 60명의 환자들은 골에서 첫 번째 이벤트를 가졌고(39명 및 21명), 193명의 환자들은 사망하였다(102명 및 91명). 5년 침습 무질환 생존은 졸레드론산 군에서 74.1%(95% CI 69.8 내지 78.3)이었고 대조군에서 73.7%(69.6 내지 77.8)이었고; 값들은 전체 AZURE 시험 집단에서의 값들과 유사하였다.
대조군 내의 환자들 중에서, MAF 음성 종양을 가진 360명 중 118명(33%)의 환자들 및 MAF 양성 종양을 가진 85명 중 29명(34%)의 환자들은 침습 무질환 생존 이벤트를 가졌는데, 이것은 MAF 상태가 이 평가변수에 대한 예후 인자가 아니라는 것을 암시한다(도 33). 그러나, 질환 결과에 대한 MAF 상태의 효과가 치료 시작 시 폐경 상태에 의존하였기 때문에, 이 결과는 데이터를 전체적으로 대표하지 못한다(χ2=7.34, 자유도[df] 1, p 상호작용=0.009). 대조군 내의 폐경후 환자들 중에서, MAF 음성 상태는 MAF 양성 상태보다 더 짧은 침습 무질환 생존과 관련된 반면, 비-폐경후 환자들 중에서, 침습 무질환 생존은 MAF 양성 종양을 가진 환자보다 MAF 음성 종양을 가진 환자에서 더 길었다(도 33). 졸레드론산 군에서, 침습 무질환 생존은 MAF 음성 종양을 가진 환자보다 MAF 양성 종양을 가진 환자에서 더 짧았는데, 이것은 MAF 상태가 예후 정보를 제공하였다는 것을 의미한다(도 33). 전체 생존에 대해 유사한 효과가 관찰되었다. 폐경 상태는 졸레드론산 군에서 질환 결과에 대한 MAF 상태의 효과를 실질적으로 변경시키지 않았다(도 33).
MAF 음성 종양을 가진 환자에서, 졸레드론산을 사용한 치료는 표준 치료 단독보도 더 긴 침습 무질환 생존과 관련되었다(도 34). 졸레드론산을 사용한 치료의 이익은 폐경 상태 또는 연령과 관계없이 유사하였다(도 35). 대조적으로, MAF 양성 종양을 가진 환자에서, 졸레드론산이 더 긴 침습 무질환 생존과 관련되지 않았을지라도, 폐경후 상태 및 연령에 의해 치료 효과에 있어서 유의미한 불균질성이 존재하였다(도 35). 치료 시작 시 폐경후 상태가 아니거나 연령이 50세보다 더 젊은 경우에도 졸레드론산으로 치료받은 환자에서 침습 무질환 생존에 대한 분명한 불리한 효과가 있었다(도 35). 폐경후 여성에서, (더 넓은 신뢰 구간에도 불구하고) 비록 HR이 MAF 음성 여성에서 확인된 HR과 유사하였을지라도, MAF 양성 종양을 가진 여성에서의 이벤트의 수는 MAF 상태와 치료 효과 사이의 명확한 관련성을 확립하기에 불충분하였다(도 35).
전체 생존의 경우, 치료, 폐경 및 MAF 상태 사이의 유사한 관련성이 관찰되었다. 졸레드론산으로 치료받은 MAF 음성 종양을 가진 환자들은 대조군의 환자들보다 더 적게 사망하였다(321명 중 57명[18%] 대 360명 중 76명[21%]; HR 0.78, 95% CI 0.55 내지 1.10). MAF 양성 종양을 가진 환자들 중에서, 전체 생존에 대한 졸레드론산의 효과는 관찰되지 않았다(99명 중 34명[34%] 사망 대 85명 중 26명[31%] 사망; HR 1.11, 95% CI 0.66 내지 1.86). 그러나, 치료 시작 시 비-폐경후 상태인 MAF 양성 종양을 가진 여성에서, 전체 생존에 대한 졸레드론산의 분명한 불리한 효과가 있었는데(졸레드론산 군 내의 66명의 환자들 중 24명[36%] 사망 대 대조군 내의 55명의 환자들 중 9명[16%] 사망; HR 2.27, 95% CI 1.04 내지 4.93), 이것은 MAF 양성 종양을 가진 폐경후 여성에서 전체 생존에 대한 졸레드론산의 치료 효과와 대조된다(졸레드론산 군 내의 33명의 환자들 중 10명[30%] 사망 대 대조군 내의 30명 중 17명[57%] 사망; 0.62, 0.27 내지 1.48).
190명의 환자들은 골격외 침습 무질환 생존 이벤트를 가졌다(대조군에서 92명, 및 졸레드론산 군에서 98명). 대조군과 비교될 때, MAF 양성 종양을 가진 비-폐경후 여성에서 졸레드론산을 사용한 치료는 골격외 부위에서 재귀의 현저한 증가와 관련되었다(도 36). MAF 양성 종양을 가진 환자의 경우 60개월에서 추정된 골격외 침습 무질환 생존은 대조군에서 5.7%(95% CI 1.5 내지 14.2)이었고 졸레드론산 군에서 38.8%(27.1 내지 50.3)이었다(도 36). 치료 시작 시 비-폐경후 상태인 MAF 음성 종양을 가진 환자에서 골격외 재발에 대한 졸레드론산 치료의 효과는 관찰되지 않았다(60개월에서 골격외 침습 무질환 생존은 대조군에서 18.0%, 95% CI 13.5 내지 23.1이었고 졸레드론산 군에서 19.8%, 14.8 내지 25.5이었다; 도 36).
폐경 하위군 분석은 치료 시작 시 폐경 상태가 MAF 상태와 침습 무질환 생존 사이의 관련성에 있어서 일정한 역할을 하였다는 것을 시사하였다(MAF 상태, 폐경 상태 및 치료 사이의 3원 상호작용 항에 대한 확률비 검정: χ2=5.71, df 1; p=0.017). 폐경 상태에 의한 치료 효과의 불균질성은 MAF 양성 종양의 경우에는 발견되었으나, MAF 음성 종양의 경우에는 발견되지 않았다(χ2=0.38, df 1; p=0.539).
MAF 음성 종양을 가진 비-폐경후 대조군 환자와 비교될 때, 개별 HR은 환자가 졸레드론산으로 치료받을 때 침습 무질환 생존이 폐경 상태와 관계없다는 일차 분석과 일치하였다(표 2)
Figure pct00003
치료 시작 시 폐경후 상태가 아닌 MAF 양성 종양을 가진 환자가 폐경후 상태인 환자보다 유의미하게 더 우수한 침습 무질환 생존을 가졌기 때문에(HR 0.26, 95% CI 0.12 내지 0.56), MAF 상태 이외에 폐경 상태에 의한 결과의 불균질성이 대조군 내의 환자에서 인지되었다. MAF 양성 종양을 가진 대조군 내의 비-폐경후 환자는 MAF 음성 종양을 가진 대조군 내의 환자보다 더 긴 침습 무질환 생존을 가졌다(표 2).
연령이 폐경에 대한 대용 마커로서 사용되었을 때 침습 무질환 생존의 차이는 발견되지 않았고(표 3), 이때 MAF 음성 종양을 가진 환자에서 졸레드론산을 사용한 경우 두 연령 군들에서 유사한 유리한 효과가 관찰되었다(도 35).
Figure pct00004
결론
원발성 유방 종양 TMA에서 FISH에 의해 측정되었을 때 MAF의 증가된 종양 카피 수는 보조제 졸레드론산과 관련된 치료 이익 및 피해를 예측하였다. 추가로, 보조제 졸레드론산은 MAF 음성 종양(평균 카피 수 <2.5)을 가진 환자들 중 79%의 환자들에서 질환 결과를 개선하였다. 이 유리한 치료 효과는 연구 시작 시 폐경 상태와 무관하였는데, 이것은 보조제 비스포스포네이트의 사용이 MAF 음성 종양을 가진 폐경전 여성들 중 80%의 여성들까지 확장될 수 있다는 것을 암시한다.
본원이 실시양태 및 이의 실시예의 기재에 의해 예시되어 있고 실시양태 및 실시예가 상세히 기재되어 있지만, 청구범위를 이러한 상세한 설명으로 제한하거나 임의의 방식으로 한정하는 것은 본 출원인의 의도가 아니다. 당분야에서 숙련된 자는 본원의 이익을 가지면서 추가 장점 및 변형을 용이하게 인식할 것이다. 따라서, 본원은 그의 더 넓은 양태에서 구체적인 상세한 설명, 제시된 예시적 실시예 또는 언급된 임의의 장치로 한정되지 않는다. 일반적인 발명적 개념의 사상 또는 범위를 벗어나지 않으면서 이러한 상세한 설명, 실시예 및 장치로부터 출발할 수 있다.
본원에서 인용된 모든 공개문헌들, 특허들, 특허 출원들, 인터넷 사이트들, 및 폴리뉴클레오타이드 및 폴리펩타이드 서열 둘 다를 포함하는 수탁번호/데이터베이스 서열들은 각각의 개별 공개문헌, 특허, 특허 출원, 인터넷 사이트 또는 수탁번호/데이터베이스 서열이 참고로 포함되는 것으로 구체적으로 그리고 개별적으로 표시되는 것처럼 동일한 정도로 모든 목적을 위해 전체적으로 본원에 참고로 포함된다.
SEQUENCE LISTING <110> INBIOMOTION S.L. GREGORY, WALTER MARTIN TERCERO, JUAN CARLOS GOMIS, ROGER COLEMAN, ROBERT E. <120> THERAPEUTIC TREATMENT OF BREAST CANCER BASED ON C-MAF STATUS <130> 3190.017PC01/TJS/E-H/LMB <150> US 62/589,630 <151> 2017-11-22 <160> 24 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 6878 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 agaggcttta aaatcttttt tcatcttcta gctgtagctc gggctgcttg tcggcttggc 60 ctccccctcc cccctttgct ctctgcctcg tctttcccca ggacttcgct attttgcttt 120 tttaaaaaaa ggcaagaaag aactaaactc ccccctccct ctcctccagt cgggctgcac 180 ctctgccttg cactttgcac agaggtagag agcgcgcgag ggagagagag gaaagaaaaa 240 aaataataaa gagagccaag cagaagagga ggcgagaagc atgaagtgtt aactcccccg 300 tgccaaggcc cgcgccgccc ggacagacgc ccgccgcgcc tccagccccg agcggacgcc 360 gcgcgcgccc tgcctgcagc ccgggccggc gaggcgagcc cttccttatg caaagcgcgc 420 agcggagcgg cgagcggggg acgccgcgca ccgggccggg ctcctccagc ttcgccgccg 480 cagccaccac cgccgccacc gcagctcgcg gaggatcttc ccgagcctga agccgccggc 540 tcggcgcgca aggaggcgag cgagcaagga ggggccgggg cgagcgaggg agcacattgg 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ggagccggac aaatatggcg catcagaggt ggcttgcgca catatgcatt gaacggtaaa 9660 gagaaacagc gcttgccttt tcactaaagt tgactatttt tccttcttct cttacacacc 9720 gagattttct tgttagcaag gcctgacaag atttaacata aacatgacaa atcatagttg 9780 tttgttttgt tttgcttttc tctttaacac tgaagatcat ttgtcttaaa taggaaaaag 9840 aaaatccact ccttacttcc atatttccaa gtacatatct ggtttaaact atgttatcaa 9900 atcatatttc accgtgaata ttcagtggag aacttctcta cctggatgag ctagtaatga 9960 tttcagatca tgctatcccc agaaataaaa gcaaaaaata atacctgtgt ggaatatagg 10020 ctgtgctttg atttactggt atttacccca aaataggctg tgtatggggg ctgacttaaa 10080 gatcccttgg aaagactcaa aactaccttc actagtagga ctcctaagcg ctgacctatt 10140 tttaaatgac acaaattcat gaaactaatg ttacaaattc atgcagtttg cactcttagt 10200 catcttcccc tagcacacca atagaatgtt agacaaagcc agcactgttt tgaaaataca 10260 gccaaacacg atgacttttg ttttgttttc tgccgttctt aaaagaaaaa aagataatat 10320 tgcaactctg actgaaagac ttatttttaa gaaaacaggt tgtgtttggt gctgctaagt 10380 tctggccagt ttatcatctg gccttcctgc ctatttttta caaaacacga agacagtgtg 10440 taacctcgac attttgacct tcctttatgt gctagtttag acaggctcct gaatccacac 10500 ttaattttgc ttaacaaaag tcttaatagt aaacctcccc tcatgagctt gaagtcaagt 10560 gttcttgact tcagatattt ctttcctttt tttttttttt tcctcatcac aactaagaga 10620 tacacaaact ctgaagaagc agaaatggag agaatgcttt taacaaaaaa gcatctgatg 10680 aaagatttta ggcaaacatt ctcaaaataa gagtgatatt ctggatgtag ttattgcagt 10740 tatctcatga caaatgaggc ctggattgga aggaaaatat agttgtgtag aattaagcat 10800 tttgatagga atctacaagg tagttgaata taataagcag gtttgggccc ccaaacttta 10860 gaaaatcaaa tgcaaaggtg ctggcaaaaa tgaggtttga gtggctggct gtaagagaag 10920 gttaactcct agtaaaaggc atttttagaa ataacaatta ctgaaaactt tgaagtatag 10980 tgggagtagc aaacaaatac atgttttttt tttcttacaa agaactccta aatcctgagt 11040 aagtgccatt cattacaata agtctctaaa tttaaaaaaa aaaaaatcat atgaggaaat 11100 ctagctttcc cctttacgct gcgtttgatc tttgtctaaa tagtgttaaa attcctttca 11160 ttccaattac agaactgagc ccactcgcaa gttggagcca tcagtgggat acgccacatt 11220 ttggaagccc cagcatcgtg tacttaccag tgtgttcaca aaatgaaatt tgtgtgagag 11280 ctgtacatta aaaaaaatca tcattattat tattatttgc agtcatggag aaccacctac 11340 ccctgacttc tgtttagtct cctttttaaa taaaaattac tgtgttagag aagaaggcta 11400 ttaaatgtag tagttaacta tgcctcttgt ctgggggttt catagagacc ggtaggaaag 11460 cgcactcctg cttttcgatt tatggtgtgt gcaagtaaac aggtgcattg ctttcaacct 11520 gccatactag ttttaaaaat tcactgaaat tacaaagata catatatatg catatatata 11580 atggaaagtt tcccggaatg caacaattag cattttaaaa tcatatatag gcatgcacat 11640 tctaaatagt actttttcat gcttcattgt ttctctggca gataatttta ctaagaagaa 11700 aaatagatat tcgactcccc ttccctaaac aaatccacgg gcagaggctc cagcggagcc 11760 gagccccctg gttttctcgt aggccctaga cggtgttgca tttatcagtg atgtcaaacg 11820 tgctcatttg tcagacatag ctgtaaatga aaacaatgtg tggcaaaata caaagttagt 11880 taaatacaca ccctctgtgt gattttttgc tcccttttct tttttgctcc tactcaaaaa 11940 aaaaaaaatc acctccttta catttccctg gcttcttgca tgtttccctt ttcaaaaacc 12000 atgtaataat tttttacaat gtatctgaca cattaatata ttgacatcaa ataggcagac 12060 attctacttt tgcctggcaa ataaatctgc tacggagaca tcatttcctc actgtctcaa 12120 agccataact acctgggagt ctttcaacac agacccctcc gatgggaaat gctgtttatt 12180 actgaatgca ggatgctcac gctctgatct tttctccctt gtgcctttac cccagtcatt 12240 tttacttagc aacaccaatt ctagatactt ctgttctgaa gtagaaccac ccccttgcca 12300 cactgccagt tttcctgcta aaagcagtgg acagaagaca gatcatggtc accctcacaa 12360 acatggcaca cagctgtctc ggtagctgca ttcccagcat gtcctggtct aaatatctag 12420 agttgcctat gacacgttca aaggttccca agcacagtac attgggaggc ttttgctgct 12480 gtggccgttg ttttcgttta ggccaactta cttccgtatt cacatactct tggctttacg 12540 aaatacactc ctccagtcta ctaggccaat caatatattt aaaagtctga ttgccacata 12600 agtctctctc tctctctttt tgttttttgt ttgtttgttt ttttctgttt tggctgccgg 12660 tagttaaaga ctgagatagg ttggaagact aaaatacagg agtacatgag tgacaacctt 12720 cagccgtctg atttccatgc cggtaaaaca cacaaccaag ctcttcttag cgctgctaat 12780 ataaacattc actaagaggg aataggaagt gagatttacc agcttcactt tgctgatttg 12840 caaggttccc cactacgatt cactgtcatt tgatttttga aaaataattt tgtccgtctc 12900 tttgaagaaa tgtcttagtt cttttatttt gtttgtttgg ttttttttag agaagtttta 12960 tctgcagtga taggctacaa tttttatctc cgctgattat ttgtcaggat gctgaatgaa 13020 taatttggtc ctgtgccttc cttgttgttc tgaggaaaat aagagaaact tggaagtttg 13080 tttcactctt agcccatcct aaatctaaaa gaagatgtcc caggtccagg caggccatgt 13140 agtagttata aaggaggtgg tccaggtcca gccacctcaa tcaggatttg tttgttttga 13200 agcatttgct taaaagcgga gcaagagtct taacccaact tgccataaca ctgcttttct 13260 cgcttttgat gtaaatcttc aaaattcaga catcaaacag ccccagaaaa ggggaattct 13320 ctccaggcat tgctccgccc cagctcctga acaaacccag ctctgtctag catttttttc 13380 cctagcgggg gtaggggaca gggtgagaga atttcagtct cccaggctgt ctcatgattg 13440 ttagggcata aagaaacaca gtcctgccac aaattgggag catctttacc ctttagagag 13500 aaacaaaaca aaactaaaca aacaaatcaa attgctttgc atgaaggcgt agcaaataaa 13560 atctcgggct ccctgttccc tgcaccattt gtaggaggtg agaaatgagg gaaacaagag 13620 aaaggggaac tttaaaagcg ggaggcccag aaataatccc tgttaccagt ctgaatttca 13680 cttgctccgt ggctaacgtc agacctagtg tgcatgtatg ccagaagtaa actaggctcg 13740 gctgtccatt tctttaaaat atgttcacat gtttcctttt tgaaaacaat tttggggact 13800 aaacccaaat ggagagattt gaggaaatcg ttaatgtctt aacatttgag tatatttata 13860 aatgtatcag tctgtgat 13878 <210> 14 <211> 455 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> INB-1-11-8 (H1) Heavy Chain <220> <221> MISC_FEATURE <222> (1)..(132) <223> Variable Heavy Chain <220> <221> MISC_FEATURE <222> (133)..(138) <223> Start of constant region <220> <221> MISC_FEATURE <222> (317)..(416) <223> Variant <400> 14 Met Glu Thr Gly Leu Arg Trp Leu Leu Leu Val Ala Val Leu Lys Gly 1 5 10 15 Val Gln Cys Gln Ser Leu Glu Glu Ser Gly Gly Arg Leu Val Thr Pro 20 25 30 Gly Thr Pro Leu Thr Leu Thr Cys Thr Ala Ser Gly Phe Ser Leu Asn 35 40 45 Asn Tyr Pro Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Asp 50 55 60 Tyr Ile Gly Val Ile Asn Asn Ser Gly Glu Thr Ala Tyr Ala Thr Trp 65 70 75 80 Ala Lys Arg Arg Phe Thr Ile Ser Arg Thr Ser Thr Thr Leu Tyr Leu 85 90 95 Lys Ile Ala Ser Pro Thr Ile Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala 100 105 110 Arg Gly Gly Pro Val Ser Ser Asp Met Trp Gly Pro Gly Thr Leu Val 115 120 125 Ile Val Ser Ser Gly Gln Pro Lys Ala Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala 130 135 140 Pro Cys Cys Gly Asp Thr Pro Ser Ser Thr Val Thr Leu Gly Cys Leu 145 150 155 160 Val Lys Gly Tyr Leu Pro Glu Pro Val Thr Val Thr Trp Asn Ser Gly 165 170 175 Thr Leu Thr Asn Gly Val Arg Thr Phe Pro Ser Val Arg Gln Ser Ser 180 185 190 Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Ser Val Thr Ser Ser Ser Gln 195 200 205 Pro Val Thr Cys Asn Val Ala His Pro Ala Thr Asn Thr Lys Val Asp 210 215 220 Lys Thr Val Ala Pro Ser Thr Cys Ser Lys Pro Thr Cys Pro Pro Pro 225 230 235 240 Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Lys Pro Lys 245 250 255 Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val 260 265 270 Asp Val Ser Gln Asp Asp Pro Glu Val Gln Phe Thr Trp Tyr Ile Asn 275 280 285 Asn Glu Gln Val Arg Thr Ala Arg Pro Pro Leu Arg Glu Gln Gln Phe 290 295 300 Asn Ser Thr Ile Arg Val Val Ser Thr Leu Pro Ile Ala His Gln Asp 305 310 315 320 Trp Leu Arg Gly Lys Glu Phe Lys Cys Lys Val His Asn Lys Ala Leu 325 330 335 Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Arg Gly Gln Pro Leu 340 345 350 Glu Pro Lys Val Tyr Thr Met Gly Pro Pro Arg Glu Glu Leu Ser Ser 355 360 365 Arg Ser Val Ser Leu Thr Cys Met Ile Asn Gly Phe Tyr Pro Ser Asp 370 375 380 Ile Ser Val Glu Trp Glu Lys Asn Gly Lys Ala Glu Asp Asn Tyr Lys 385 390 395 400 Thr Thr Pro Ala Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Tyr Phe Leu Tyr Ser 405 410 415 Lys Leu Ser Val Pro Thr Ser Glu Trp Gln Arg Gly Asp Val Phe Thr 420 425 430 Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser 435 440 445 Ile Ser Arg Ser Pro Gly Lys 450 455 <210> 15 <211> 132 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> INB-1-11-8 (H1) Variable Heavy Chain <400> 15 Met Glu Thr Gly Leu Arg Trp Leu Leu Leu Val Ala Val Leu Lys Gly 1 5 10 15 Val Gln Cys Gln Ser Leu Glu Glu Ser Gly Gly Arg Leu Val Thr Pro 20 25 30 Gly Thr Pro Leu Thr Leu Thr Cys Thr Ala Ser Gly Phe Ser Leu Asn 35 40 45 Asn Tyr Pro Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Asp 50 55 60 Tyr Ile Gly Val Ile Asn Asn Ser Gly Glu Thr Ala Tyr Ala Thr Trp 65 70 75 80 Ala Lys Arg Arg Phe Thr Ile Ser Arg Thr Ser Thr Thr Leu Tyr Leu 85 90 95 Lys Ile Ala Ser Pro Thr Ile Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala 100 105 110 Arg Gly Gly Pro Val Ser Ser Asp Met Trp Gly Pro Gly Thr Leu Val 115 120 125 Ile Val Ser Ser 130 <210> 16 <211> 236 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> INB-1-11-8 (L4) Light Chain <220> <221> MISC_FEATURE <222> (1)..(133) <223> Variable Light Chain <220> <221> MISC_FEATURE <222> (134)..(139) <223> Start of constant region <220> <221> MISC_FEATURE <222> (146)..(149) <223> Variant <400> 16 Met Asp Thr Arg Ala Pro Thr Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp 1 5 10 15 Leu Pro Gly Ala Thr Phe Ala Gln Val Leu Thr Gln Thr Ala Ser Pro 20 25 30 Val Ser Ala Val Val Gly Gly Thr Val Thr Ile Asn Cys Gln Ser Ser 35 40 45 Gln Ser Val Tyr Arg Gly Asp Trp Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Pro 50 55 60 Gly Gln Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Gly Ala Ser Thr Leu Ala Ser 65 70 75 80 Gly Val Pro Ser Arg Phe Lys Gly Ser Gly Ser Gly Thr His Phe Thr 85 90 95 Leu Thr Ile Ser Asp Leu Asp Cys Asp Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys 100 105 110 Ala Gly Gly Phe Ser Gly His Ile Tyr Asp Phe Gly Gly Gly Thr Glu 115 120 125 Val Val Val Lys Gly Asp Pro Val Ala Pro Thr Val Leu Ile Phe Pro 130 135 140 Pro Ala Ala Asp Gln Val Ala Thr Gly Thr Val Thr Ile Val Cys Val 145 150 155 160 Ala Asn Lys Tyr Phe Pro Asp Val Thr Val Thr Trp Glu Val Asp Gly 165 170 175 Thr Thr Gln Thr Thr Gly Ile Glu Asn Ser Lys Thr Pro Gln Asn Ser 180 185 190 Ala Asp Cys Thr Tyr Asn Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Thr Ser Thr 195 200 205 Gln Tyr Asn Ser His Lys Glu Tyr Thr Cys Lys Val Thr Gln Gly Thr 210 215 220 Thr Ser Val Val Gln Ser Phe Asn Arg Gly Asp Cys 225 230 235 <210> 17 <211> 133 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> INB-1-11-8 (L4) Variable Light Chain <400> 17 Met Asp Thr Arg Ala Pro Thr Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp 1 5 10 15 Leu Pro Gly Ala Thr Phe Ala Gln Val Leu Thr Gln 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PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR2 <400> 22 Val Ile Asn Asn Ser Gly Glu Thr Ala Tyr Ala Thr Trp Ala Lys Arg 1 5 10 15 <210> 23 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR3 <400> 23 Gly Gly Pro Val Ser Ser Asp Met 1 5 <210> 24 <211> 18 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 24 Glu Gln Lys Ala His Leu Glu Asp Tyr Tyr Trp Met Thr Gly Tyr Pro 1 5 10 15 Gln Gln

Claims (92)

  1. 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산(zoledronic acid)을, 유방암을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법으로서, 상기 대상체가 종양 샘플에서 대조군 샘플에 비해 증가되지 않은 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득(gain)을 가진 대상체로서 확인된 것인 치료 방법.
  2. 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법으로서,
    (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및
    (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하며,
    여기서, 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여하는 것인 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법.
  3. 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법으로서, 상기 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하며, 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여하는 것인, 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법.
  4. 졸레드론산을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법으로서,
    (i) 상기 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및
    (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여하는 것인, 졸레드론산을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법.
  5. 졸레드론산을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법으로서, 상기 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하며, 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 상기 대상체에게 투여하는 것인, 졸레드론산을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법.
  6. 유방암을 갖는 대상체를 위한 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법으로서,
    (i) 상기 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및
    (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 상기 대상체가 약 1 mg 내지 약 10 mg의 졸레드론산을 제공받을 가능성이 높은 것인, 유방암을 갖는 대상체를 위한 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 약 2 mg 내지 약 9 mg의 졸레드론산, 약 2 mg 내지 약 8 mg의 졸레드론산, 약 2 mg 내지 약 7 mg의 졸레드론산, 약 2 mg 내지 약 6 mg의 졸레드론산, 약 2 mg 내지 약 5 mg의 졸레드론산, 또는 약 3 mg 내지 약 5 mg의 졸레드론산을 대상체에게 투여하는 것인 방법.
  8. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 약 1 mg, 약 2 mg, 약 3 mg, 약 4 mg, 약 5 mg, 약 6 mg, 약 7 mg, 약 8 mg, 약 9 mg, 약 10 mg, 약 12 mg, 약 14 mg, 약 15 mg, 또는 약 16 mg의 졸레드론산을 대상체에게 투여하는 것인 방법.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 약 4 mg의 졸레드론산을 대상체에게 투여하는 것인 방법.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 졸레드론산을 약 2주마다, 3주마다, 4주마다, 5주마다, 6주마다, 8주마다, 10주마다, 12주마다, 2개월마다, 3개월마다, 4개월마다, 5개월마다, 6개월마다 또는 1년마다 1회 투여하는 것인 방법.
  11. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 졸레드론산을 약 3주마다 1회 투여하는 것인 방법.
  12. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 졸레드론산을 약 4주마다 1회 투여하는 것인 방법.
  13. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 6회분 초기 용량의 경우에 졸레드론산을 약 3주마다 1회 투여하는 것인 방법.
  14. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 6회분 초기 용량의 경우에 졸레드론산을 약 4주마다 1회 투여하는 것인 방법.
  15. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 초기 용량 후 적어도 8회분 유지 용량의 경우에 졸레드론산을 약 3개월마다 1회 투여하는 것인 방법.
  16. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 초기 유지 용량 후 최대 5회분 유지 용량의 경우에 졸레드론산을 약 6개월마다 1회 투여하는 것인 방법.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 졸레드론산을 보조제 요법으로서 투여하는 것인 방법.
  18. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 졸레드론산을 신보조제 요법으로서 투여하는 것인 방법.
  19. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 졸레드론산을 추가 요법과 함께 투여하는 것인 방법.
  20. 제19항에 있어서, 졸레드론산을 추가 요법 전에, 추가 요법과 동시에, 또는 추가 요법 후에 투여하는 것인 방법.
  21. 제19항에 있어서, 추가 요법이 임의의 국소적으로 승인된 세포독성 화학요법 약물, 임의의 국소적으로 승인된 호르몬 요법, 수술, 방사선요법 또는 이들의 조합인 방법.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 칼슘을 대상체에게 약 매일 1회 추가로 투여하는 것인 방법.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 비타민 D를 대상체에게 약 매일 1회 추가로 투여하는 것인 방법.
  24. 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법으로서, 클로드로네이트(clodronate)를 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 투여하는 단계를 포함하며, 상기 대상체가 종양 샘플에서 대조군 샘플에 비해 증가되지 않은 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체로서 확인된 것인, 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법.
  25. 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법으로서,
    (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및
    (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하며, 상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 클로드로네이트를 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 것인, 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법.
  26. 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법으로서, 상기 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하며, 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 클로드로네이트를 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 것인 방법.
  27. 클로드로네이트를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법으로서,
    (i) 상기 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및
    (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 클로드로네이트를 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 것인, 클로드로네이트를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법.
  28. 클로드로네이트를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법으로서, 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하며, 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 클로드로네이트를 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 것인, 클로드로네이트를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법.
  29. 유방암을 갖는 대상체를 위한 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법으로서,
    (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및
    (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 상기 대상체가 하루에 약 1회 약 1000 mg 내지 약 2000 mg의 용량으로 클로드로네이트를 제공받을 가능성이 높은 것인, 유방암을 갖는 대상체를 위한 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법.
  30. 제24항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 클로드로네이트를 약 1200 mg 내지 약 2000 mg, 약 1200 mg 내지 약 1800 mg, 약 1300 mg 내지 약 1800 mg, 또는 약 1400 mg 내지 약 1800 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  31. 제24항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 클로드로네이트를 약 1000 mg, 약 1100 mg, 약 1200 mg, 약 1250 mg, 약 1300 mg, 약 1400 mg, 약 1500 mg, 약 1600 mg, 약 1700 mg, 약 1750 mg, 약 1800 mg, 약 1900 mg, 또는 약 2000 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  32. 제24항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 클로드로네이트를 약 1600 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  33. 제24항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 클로드로네이트를 적어도 약 1개월, 약 2개월, 약 3개월, 약 4개월, 약 6개월, 약 9개월, 약 1년, 약 2년, 약 3년, 약 4년, 약 5년 또는 더 긴 시간 동안 하루에 약 1회 투여하는 것인 방법.
  34. 제24항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 클로드로네이트를 보조제 요법으로서 투여하는 것인 방법.
  35. 제24항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 클로드로네이트를 신보조제 요법으로서 투여하는 것인 방법.
  36. 제24항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 클로드로네이트를 추가 요법과 함께 투여하는 것인 방법.
  37. 제36항에 있어서, 클로드로네이트를 추가 요법 전에, 추가 요법과 동시에, 또는 추가 요법 후에 투여하는 것인 방법.
  38. 제36항에 있어서, 추가 요법이 임의의 국소적으로 승인된 세포독성 화학요법 약물, 임의의 국소적으로 승인된 호르몬 요법, 수술, 방사선요법 또는 이들의 조합인 방법.
  39. 제24항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 칼슘을 대상체에게 약 매일 1회 추가로 투여하는 것인 방법.
  40. 제24항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 비타민 D를 대상체에게 약 매일 1회 추가로 투여하는 것인 방법.
  41. 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법으로서, 데노수맙(denosumab)을 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 투여하는 단계를 포함하며, 상기 대상체가 종양 샘플에서 대조군 샘플에 비해 증가되지 않은 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 가진 대상체로서 확인된 것인, 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법.
  42. 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법으로서,
    (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및
    (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 데노수맙을 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 것인, 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법.
  43. 유방암을 갖는 대상체의 치료 방법으로서, 상기 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하며, 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 데노수맙을 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 것인 방법.
  44. 데노수맙을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법으로서,
    (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및
    (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 데노수맙을 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 것인, 데노수맙을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법.
  45. 데노수맙을 사용한 치료로부터 이익을 얻을 유방암을 갖는 대상체의 확인 방법으로서, 상기 대상체의 샘플에서 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계를 포함하며, 상기 c-MAF 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 증가되지 않은 경우, 데노수맙을 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 상기 대상체에게 투여하는 것인 방법.
  46. 유방암을 갖는 대상체의 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법으로서,
    (i) 유방암을 갖는 대상체의 샘플에서 c-MAF 유전자 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량화하는 단계, 및
    (ii) 단계 (i)에서 수득된 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 기준 값과 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득이 상기 기준 값에 비해 증가되지 않은 경우, 상기 대상체가 약 10 mg 내지 약 300 mg의 용량으로 데노수맙을 제공받을 가능성이 높은 것인, 유방암을 갖는 대상체의 맞춤 요법을 설계하는 시험관내 방법.
  47. 제41항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 약 20 mg 내지 약 300 mg, 약 50 mg 내지 약 300 mg, 약 50 mg 내지 약 250 mg, 약 75 mg 내지 약 250 mg, 약 100 mg 내지 약 250 mg, 약 100 mg 내지 약 200 mg, 또는 약 100 mg 내지 약 150 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  48. 제41항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 약 20 mg, 약 30 mg, 약 50 mg, 약 75 mg, 약 100 mg, 약 110 mg, 약 120 mg, 약 130 mg, 약 150 mg, 약 175 mg, 약 200 mg, 약 225 mg, 약 250 mg, 약 275 mg 또는 약 300 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  49. 제41항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 약 120 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  50. 제41항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 약 30 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  51. 제41항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 약 60 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  52. 제41항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 약 180 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  53. 제41항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 적어도 약 1주마다, 2주마다, 3주마다, 4주마다, 1개월마다, 2개월마다, 3개월마다, 12주마다, 4개월마다, 6개월마다 또는 1년마다 1회 투여하는 것인 방법.
  54. 제41항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 적어도 6개월 동안 약 매월 1회 120 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  55. 제54항에 있어서, 6회분 매월 용량 후, 데노수맙을 적어도 약 1년, 약 2년, 약 3년, 약 4년, 약 5년 또는 더 긴 시간 동안 약 3개월마다 1회 120 mg의 용량으로 투여하는 것인 방법.
  56. 제41항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 칼슘을 약 매일 1회 추가로 투여하는 것인 방법.
  57. 제41항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 비타민 D를 대상체에게 약 매일 1회 추가로 투여하는 것인 방법.
  58. 제41항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 피하 투여하는 것인 방법.
  59. 제41항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 보조제 요법으로서 투여하는 것인 방법.
  60. 제41항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 신보조제 요법으로서 투여하는 것인 방법.
  61. 제41항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 데노수맙을 추가 요법과 함께 투여하는 것인 방법.
  62. 제61항에 있어서, 데노수맙을 추가 요법 전에, 추가 요법과 동시에, 또는 추가 요법 후에 투여하는 것인 방법.
  63. 제61항에 있어서, 추가 요법이 임의의 국소적으로 승인된 세포독성 화학요법 약물, 임의의 국소적으로 승인된 호르몬 요법, 수술, 방사선요법 또는 이들의 조합인 방법.
  64. 제1항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 0 기 유방암인 방법.
  65. 제1항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 I 기 유방암인 방법.
  66. 제1항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 II 기 유방암인 방법.
  67. 제1항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 III 기 유방암인 방법.
  68. 제1항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 IV 기 유방암인 방법.
  69. 제1항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 전이성 유방암인 방법.
  70. 제1항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 전이되지 않은 유방암인 방법.
  71. 제1항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서, 정량화는 상기 유전자의 메신저 RNA(mRNA), 또는 상기 mRNA의 단편, 상기 유전자의 상보적 DNA(cDNA), 또는 상기 cDNA의 단편을 정량화하는 것, 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질의 수준을 정량화하는 것을 포함하는 것인 방법.
  72. 제1항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 정량 중합효소 연쇄 반응(PCR), 또는 DNA 또는 RNA 어레이, FISH, 또는 뉴클레오타이드 하이브리드화 기법으로 정량화하는 것인 방법.
  73. 제1항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 단백질의 수준을 웨스턴 블롯, ELISA, 면역조직화학 또는 단백질 어레이로 정량화하는 것인 방법.
  74. 제1항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 서열번호 21의 중쇄 CDR1, 및/또는 서열번호 22의 중쇄 CDR2, 및/또는 서열번호 23의 중쇄 CDR3, 및/또는 서열번호 18의 경쇄 CDR1, 및/또는 서열번호 19의 경쇄 CDR2, 및/또는 서열번호 20의 경쇄 CDR3을 포함하는 항체를 사용하여 단백질의 수준을 정량화하는 것인 방법.
  75. 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, c-MAF 유전자의 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을, 좌위 16q23 또는 16q22-q24의 발현 수준, 카피 수, 증폭, 또는 획득을 측정함으로써 측정하는 것인 방법.
  76. 제1항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, c-MAF 유전자의 증폭, 또는 획득을, c-MAF 유전자 특이적 프로브를 사용함으로써 측정하는 것인 방법.
  77. 제1항 내지 제76항 중 어느 한 항에 있어서, 기준 값이 전이를 앓지 않은 대상체로부터의 유방암의 종양 조직 샘플의 값인 방법.
  78. 제1항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서, 증폭, 또는 획득을 현장 하이브리드화(in situ hybridization) 또는 PCR로 측정하는 것인 방법.
  79. 제1항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, FISH를 이용함으로써 측정된 c-MAF의 카피 수가 2.0 또는 2.1 미만인 방법.
  80. 제1항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, 카피 수를 세포당 평균 카피 수로서 측정하는 것인 방법.
  81. 제1항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 ER+ 유방암인 방법.
  82. 제1항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 ER- 유방암인 방법.
  83. 제1항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 삼중 음성 유방암인 방법.
  84. 제1항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 기저양 하위유형(basal-like subtype)의 유방암인 방법.
  85. 제1항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, 유방암이 HER2+ 유방암인 방법.
  86. 제1항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 비-폐경후 상태인 방법.
  87. 제1항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 폐경전 상태인 방법.
  88. 제1항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 폐경후 상태인 방법.
  89. 제1항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 또는 요법이 침습 무질환 생존을 개선하는 것인 방법.
  90. 제1항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 또는 요법이 전체 생존을 개선하는 것인 방법.
  91. 제1항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 또는 요법이 무질환 생존을 개선하는 것인 방법.
  92. 제1항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 암 치료에 의해 유도된 골 손실을 가진 것인 방법.
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