ES2877757T3 - Tratamiento terapéutico de cáncer de mama basado en el estado de c-MAF - Google Patents

Tratamiento terapéutico de cáncer de mama basado en el estado de c-MAF Download PDF

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Abstract

Un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto que tiene cáncer de mama que comprende: i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenido en i) con un valor de referencia, en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia no está aumentada con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto es susceptible para recibir una terapia seleccionada del grupo que consiste en: clodronato, ibandronato y ácido zoledrónico.

Description

DESCRIPCIÓN
Tratamiento terapéutico de cáncer de mama basado en el estado de c-MAF
Referencia a la lista de secuencias
El contenido de la lista de secuencias electrónicamente enviado (“3190_015PC02_SeqListing.txt”, 58.739 bytes, creado el 18 de mayo, 2017) se presentó con la solicitud.
Antecedentes de la invención
Campo de la invención
La presente invención se refiere al diseño de una terapia personalizada para un sujeto con cáncer de mama, en donde la terapia personalizada se selecciona basado en el nivel de expresión, número de copia, amplificación, ganancia o translocación de c-MAF y el estado menopáusico del sujeto. En algunas formas de realización, la terapia personalizada comprende un agente para evitar o prevenir remodelación de hueso. En algunas de realización, el agente para evitar o prevenir la remodelación de hueso es ácido zoledrónico.
Antecedentes técnicos
El cáncer de mama es el segundo tipo más común de cáncer en el mundo (10,4%; después del cáncer de pulmón) y la quinta causa más común de muerte por cáncer (después de cáncer de pulmón, cáncer de estómago, cáncer de hígado, y cáncer de colon). Entre las mujeres, el cáncer de mama es la causa más común de muerte por cáncer. En 2005, el cáncer de mama produjo 502.000 muertes en el mundo (el 7% de las muertes por cáncer; casi el 1% de todas las muertes). El número de casos mundiales ha aumentado significativamente desde la década de 1970, un fenómeno que es parcialmente debido al estilo de vida moderno en el mundo occidental.
El cáncer de mama se clasifica en fases según el sistema TNM. (Véase American Joint Committee on Cancer. AJCC Cancer Staging Manual. 6a ed. Nueva York, NY: Springer, 2002). El pronóstico está muy relacionado con los resultados de la clasificación de fases, y la clasificación de fases también se usa para asignar pacientes a tratamiento tanto en ensayos clínicos como en la práctica médica. La información para clasificar en fases es como sigue:
TX: El tumor primario no se puede evaluar. T0: No hay evidencia de tumor. Tis: Carcinoma in situ, sin invasión. T1: El tumor tiene 2 cm o menos. T2: El tumor tiene más de 2 cm, pero menos de 5 cm. T3: El tumor tiene más de 5 cm. T4: Tumor de cualquier tamaño que crece en la pared de la mama o piel, o cáncer de mama inflamatorio.
NX: Los ganglios linfáticos cercanos no se pueden evaluar. N0: El cáncer no se ha propagado a los ganglios linfáticos regionales. N1: El cáncer se ha propagado a de 1 a 3 ganglios linfáticos axilares o a un ganglio linfático mamario interno. N2: El cáncer se ha propagado de 4 a 9 ganglios linfáticos axilares o a múltiples ganglios linfáticos mamarios internos. N3: Se aplica uno de los siguientes:
El cáncer se ha propagado a 10 o más ganglios linfáticos axilares, o el cáncer se ha propagado a los ganglios linfáticos infraclaviculares, o el cáncer se ha propagado a los ganglios linfáticos supraclaviculares o el cáncer afecta a los ganglios linfáticos axilares y se ha propagado a los ganglios linfáticos mamarios internos o el cáncer afecta a 4 o más ganglios linfáticos axilares y cantidades mínimas de cáncer están en los ganglios mamarios internos o en biopsia de ganglios linfáticos centinela.
MX: La presencia de propagación distante (metástasis) no se puede evaluar. M0: No hay propagación distante. M1: Se ha producido propagación a órganos distantes que no incluye ganglio linfático supraclavicular.
El hecho de que la mayoría de los pacientes con cáncer tumoral sólido muera después de metástasis significa que es crucial entender los mecanismos moleculares y celulares que permite que metastatice un tumor. Publicaciones recientes han demostrado cómo la metástasis está producida por medio de mecanismos complejos todavía poco conocidos y también cómo los diferentes tipos de células metastásicas tienen un tropismo hacia órganos específicos. Estas células metastásicas específicas de tejido tienen una serie de funciones adquiridas que las permiten colonizar órganos específicos.
Todas las células tienen receptores en su superficie, en su citoplasma y en el núcleo celular. Ciertos mensajeros químicos tal como hormonas se unen a dichos receptores y esto produce cambios en la célula. Hay tres receptores significativos que pueden afectar las células de cáncer de mama: receptor de estrógeno (ER), receptor de progesterona (PR) y HER2/neu. Para el fin de nombrar las células que tienen cualquiera de estos receptores, se coloca un signo positivo en el mismo cuando el receptor está presente y un signo negativo si está ausente: e R positivo (ER+), ER negativo (ER-), PR positivo (PR+), PR negativo (p R-), HER2 positivo (HER2+) y HER2 negativo (HER2-). El estado de receptor se ha vuelto una evaluación crítica para todos los cánceres de mama ya que determina la idoneidad de usar tratamientos específicos, por ejemplo, tamoxifeno o trastuzumab.
La determinación de perfil en matriz de expresión génica no supervisada ha proporcionado evidencia biológica para la heterogeneidad de cáncer de mama mediante la identificación de subtipos intrínsecos tal como luminal A, luminal B, HER2+/ER- y el subtipo de tipo basal.
Los cánceres triple negativo se definen como tumores que no expresan los genes para el receptor de estrógeno (ER), receptor de progesterona (PR) ni HER2. Este subgrupo representa el 15% de todos los tipos de cáncer de mama y un mayor porcentaje de cáncer de mama que surge en mujeres africanas y afroamericanas que son premenopáusicas. Los cánceres de mama triple negativo tienen un patrón de recaída que es muy diferente de los cánceres de mama positivos para el receptor de estrógeno: el riesgo de recaída es mucho mayor durante los primeros 3-5 años, pero cae drástica y sustancialmente por debajo del de los cánceres de mama positivos para receptor de estrógeno después de eso.
El subtipo de tipo basal se caracteriza por baja expresión de grupos de genes tanto de ER como HER2, así que es típicamente ER-negativo, PR-negativo y HER2-negativo en ensayo clínico; por esta razón, con frecuencia se denomina cáncer de mama “triple negativo” (Breast Cancer Research 2007, 9 (Supl 1):S13). Los cánceres de tipo basal expresan genes habitualmente encontradas en células “basales”/mioepiteliales de la mama normal incluyendo citoqueratinas de alto peso molecular (5/6, 14 y 17), P-cadherina, caveolinas 1 y 2, nestina, aB cristalina y receptor del factor de crecimiento epidérmico (Reis-Fiho J. et al., http://www.uscap.org/site~/98th/pdf/companion03h03.pdf).
Dado que no hay definición internacionalmente aceptada para cánceres de mama de tipo basal, no es sorprendente que haya habido mucha confusión respecto a si cánceres triple negativo y basales son sinónimos. Aunque varios grupos han usado estos términos de forma intercambiable, se debe indicar que no todos los cánceres de tipo basal carecen de ER, PR y HER2 y no todos los cánceres triple negativo muestran un fenotipo de tipo basal. La gran mayoría de los cánceres triple negativo son de fenotipo de tipo basal. Asimismo, la gran mayoría de los tumores que expresan marcadores 'basales' son triple negativo. Se debe indicar, sin embargo, que hay un número significativo de cánceres triple negativo que no expresan marcadores basales y un subgrupo pequeño, pero aún significativo, de cánceres de tipo basal que expresan receptores de hormonas o h ER2. Bertucci et al. (Int J Cancer. 1 Jul 2008;123(1):23640) han abordado este tema directamente y confirmado que no todos los tumores triple negativo cuando se analizan por perfil de expresión génica se clasificaron como cánceres de tipo basal (es decir, solo el 71% eran de fenotipo de tipo basal) y no todos los carcinomas de mama de tipo basal clasificados por matrices de expresión mostraron un fenotipo triple negativo (es decir, el 77%).
La clave para tratar cáncer de mama es cirugía cuando el tumor está localizado con posible terapia hormonal adyuvante (con tamoxifeno o un inhibidor de aromatasa), quimioterapia, y/o radioterapia. Actualmente, las sugerencias para tratamiento después de cirugía (terapia adyuvante) siguen un patrón. Este patrón está sometido a cambio porque cada dos años una conferencia mundial tiene lugar en St. Gallen, Suiza para discutir los resultados reales de los estudios multicentro mundiales. Asimismo, dicho patrón también se revisa según el criterio de consenso del Instituto Nacional de Salud (NIH). Basado en estos criterios, más del 85-90% de las pacientes que no tienen metástasis en ganglios linfáticos serían candidatas a recibir terapia adyuvante sistémica.
Actualmente, ensayos de PCR tal como Oncotype DX o ensayos de micromatriz tal como MammaPrint pueden predecir el riesgo de recaída de cáncer de mama basado en la expresión de genes específicos. En febrero de 2007, el ensayo MammaPrint se convirtió en el primer indicador de cáncer de mama en lograr autorización oficial de la Agencia de Alimentos y Fármacos.
La solicitud de patente EP1961825-A1 describe un método para predecir la aparición de metástasis de cáncer de mama a hueso, pulmón, hígado o cerebro, que comprende determinar en una muestra de tejido tumoral el nivel de expresión de uno o más marcadores con respecto o su correspondiente nivel de expresión en una muestra control, entre los que se incluye c-MAF. Sin embargo, este documento requiere determinar varios genes simultáneamente para permitir determinar la supervivencia de pacientes de cáncer de mama y la correlación entre las capacidades de la firma de genes para predecir la capacidad de supervivencia sin metástasis ósea no era estadísticamente significativa.
La publicación de patente en EE UU No. 2011/0150979 describe un método para predecir un pronóstico de cáncer de mama de tipo basal que comprende detectar el nivel de FOXC1.
La publicación de patente en EE UU No. 2010/0210738 se refiere a un método para pronosticar cáncer en un sujeto con cáncer de mama triple negativo que comprende detectar en una muestra los niveles de expresión de una serie de genes que están aleatoriamente aumentados o disminuidos.
La publicación de patente en EE UU No. 2011/0130296 se refiere a la identificación de genes marcadores útiles en el diagnóstico y pronóstico de cáncer de mama triple negativo.
La solicitudes de patente WO 2015/052582 A2 y EP 2650682 A1 divulgan un método in vivo para diseñar una terapia personalizada para un sujeto que padece cáncer de mama HER2+ que comprende i) cuantificar el nivel de expresión génica de MAF en una muestra de dicho sujeto y ii) comparar el nivel de expresión obtenido en i) con un valor de referencia, en donde si el nivel de expresión está aumentado con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto es susceptible a recibir terapia dirigida a prevenir y/o tratar metástasis ósea.
Milica Pavlovic et al., Journal of the National Cancer Institute, vol. 107, no. 12, 2015, página djv256, XP055395590, divulga un análisis de supervivencia sin metástasis ósea en pacientes con seguimiento clínico (correspondiente a IDFS) de pacientes de cáncer de mama para MAF CAN e IHC y muestra que MAF CAN o expresión de proteína aumentada se correlaciona con mayor tasa de incidencia de metástasis ósea.
Hay una necesidad para la identificación de subconjuntos de pacientes con cáncer de mama que se beneficiarán de tratamientos específicos, y, al contrario, subconjuntos de pacientes con cáncer de mama que no se beneficiarán, o serán potencialmente dañadas, por tratamientos específicos.
Compendio de la invención
En un primer aspecto, la presente invención se refiere a un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto que tiene cáncer de mama que comprende: i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto, y ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenida en i) con un valor de referencia, en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia no está aumentado con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto es susceptible para recibir una terapia seleccionada del grupo que consiste en: clodronato, ibandronato, y ácido zoledrónico.
En algunas formas de realización, el sujeto es no posmenopáusico. En otras formas de realización, el sujeto es posmenopáusico.
En un segundo aspecto, la presente invención se refiere a un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto no postmenopáusico que tiene cáncer de mama que comprende: i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto, y ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenida en i) con un valor de referencia, en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia está aumentado con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto no es susceptible para recibir una terapia seleccionada del grupo que consiste en: clodronato, ibandronato, y ácido zoledrónico.
En un tercer aspecto, la invención se refiere a un agente seleccionado del grupo que consiste en clodronato, ibandronato, y ácido zoledrónico para uso en el tratamiento de metástasis ósea en un sujeto que tiene cáncer de mama y niveles de expresión, amplificación, número de copia o ganancia de c-MAF no aumentados en una muestra tumoral con respecto a una muestra control.
En algunas formas de realización, el sujeto es no posmenopáusico. En otras formas de realización, el sujeto es posmenopáusico.
En un cuarto aspecto, la presente invención se refiere a un método in vitro para predecir la IDFS excluyendo recidiva en hueso de una paciente con cáncer de mama que comprende determinar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto relativo a una referencia en donde un aumento de nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a dicha referencia es indicativo de mala IDFS excluyendo recidiva en hueso.
En un otro aspecto, la invención se refiere a un agente seleccionado del grupo que consiste en clodronato, ibandronato, y ácido zoledrónico para uso en el tratamiento de un sujeto que tiene cáncer de mama, en donde el sujeto se ha identificado como que tiene un nivel de expresión, amplificación, número de copia o ganancia de c-MAF no aumentados en una muestra tumoral con respecto a una muestra control.
En un aspecto final la invención se refiere a un método para la identificación de un sujeto que tiene cáncer de mama que se beneficiará de tratamiento con un agente seleccionado del grupo que consiste en clodronato, ibandronato, y ácido zoledrónico que comprende
i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y
ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenida en i) con un valor de referencia,
en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia no está aumentado con respecto a dicho valor de referencia, entonces a dicho sujeto se le administra una terapia seleccionada del grupo que consiste en clodronato, ibandronato, y ácido zoledrónico.
En algunas formas de realización, el cáncer de mama es cáncer de mama ER+. En formas de realización particulares, el cáncer de mama es cáncer de mama ER-. En otras formas de realización, el cáncer de mama es triple negativo. En formas de realización diferentes, el cáncer de mama es del subtipo de tipo basal. En algunas formas de realización, el cáncer de mama es cáncer de mama HER2+.
Breve descripción de los dibujos
Figura 1. Resumen de los parámetros de ensayo.
Figura 2. Diseño del estudio AZURE.
Figura 3. Análisis de H&E de las muestras de AZURE. Se indican muestras evaluables y no evaluables.
Figura 4A y figura 4B. Tasa de positividad de MAF.
Figura 5. Datos de FISH optimizados para límite de MAF. Un pico agudo en el gráfico del límite indica que el valor MAF FISH realmente es un suceso umbral. Además, el límite predefinido está cerca del límite optimizado.
Figura 6. Riesgo de recidiva ósea basado en el valor MAF FISH.
Figura 7. Tiempo a recidiva ósea por valor MAF FISH usando un límite optimizado para hueso de 2,3.
Figura 8. Porcentaje de IDFS por FISH. Se usó un límite óptimo de 2,2.
Figura 9. Supervivencia global por FISH. Se usó un límite óptimo de 2,2.
Figura 10. Tiempo a recidiva ósea por valor FISH en pacientes control de AZURE solo. Se usó un límite optimizado para hueso de 2,3.
Figura 11. IDFS por FISH en pacientes control de AZURE solo. Se usó un límite optimizado de 2,2.
Figura 12. Tiempo a IDFS (excluyendo recidiva ósea) por FISH en pacientes control de AZURE solo. Se usó un límite optimizado de 2,2.
Figura 13A y B. Tiempo hasta metástasis ósea en pacientes en el brazo control y en el brazo de tratamiento con ácido zoledrónico. Incidencia acumulada de metástasis ósea (A) como un primer suceso y (B) en cualquier momento durante el seguimiento. Los análisis fueron por intención de tratar. HR - cociente de riesgos.
Figura 14. Evaluación del tiempo hasta metástasis ósea como un primer suceso en pacientes control y pacientes tratados con ácido zoledrónico de AZURE. Se usó un límite optimizado para hueso de 2,3.
Figura 15A y B. Supervivencia sin enfermedad (DFS) y enfermedad invasiva (IDFS) entre el brazo control y pacientes tratados con ácido zoledrónico. Curvas de Kaplan-Meier de (A) supervivencia sin enfermedad y (B) supervivencia sin enfermedad invasiva. Los análisis fueron por intención de tratar. HR = cociente de riesgos.
Figura 16. Tiempo hasta recidiva distante en pacientes en el brazo control y en las pacientes tratadas con ácido zoledrónico.
Figura 17. Tiempo hasta un suceso metastásico óseo (cualquier momento) según el tratamiento. Se usa muerte como un suceso competitivo en tiempo hasta metástasis ósea (cualquier momento).
Figura 18. Tiempo hasta un suceso metastásico óseo (cualquier momento) según número de copia de MAF (según un límite de MAF preespecificado de 2,5).
Figura 19A y B. IDFS por estado menopáusico del ensayo AZURE. Curva de Kaplan-Meier de supervivencia sin enfermedad invasiva por estado menopáusico. (A) premenopausia, perimenopausia y estado menopáusico desconocido y (B) más de 5 años desde la menopausia. Prueba de heterogeneidad por estado menopáusico x214,71; p=) 0,3.
Figura 20. Tiempo hasta un suceso metastásico óseo (cualquier momento) según número de copia de MAF (datos según un límite de MAF preespecificado de 2,5) en pacientes posmenopáusicas.
Figura 21. Tiempo hasta un suceso metastásico óseo (cualquier momento) según número de copia de MAF (datos según un límite de MAF preespecificado de 2,5) en pacientes no posmenopáusicas.
Figura 22. IDFS del brazo de tratamiento de ácido zoledrónico y el brazo control, excluyendo metástasis ósea de mujeres posmenopáusicas.
Figura 23. IDFS del brazo de tratamiento de ácido zoledrónico y el brazo control, excluyendo metástasis ósea de mujeres no posmenopáusicas.
Figura 24. Supervivencia global (OS) por brazo de tratamiento. El tratamiento de pacientes positivas para MAF FISH impactó positivamente la OS.
Figura 25. Valor pronóstico de MAF FISH para supervivencia sin enfermedad (DFS) en el brazo control de Azure.
Figura 26. Valor pronóstico de MAF FISH para supervivencia global (OS) en el brazo control de Azure.
Figura 27. Valor predictivo de MAF FISH para el efecto de ácido zoledrónico en el desenlace de supervivencia sin enfermedad (DFS).
Figura 28. Valor predictivo de MAF FISH para el efecto de ácido zoledrónico en el desenlace de supervivencia sin enfermedad (DFS) en pacientes menopaúsicas.
Figura 29. Valor predictivo de MAF FISH para el efecto de ácido zoledrónico en el desenlace de supervivencia sin enfermedad (DFS) en pacientes no menopaúsicas.
Figura 30. Valor predictivo de MAF FISH para el efecto de ácido zoledrónico en el desenlace de OS.
Figura 31. Valor predictivo de MAF FISH para el efecto de ácido zoledrónico en el desenlace de OS en pacientes menopaúsicas.
Figura 32. Valor predictivo de MAF FISH para el efecto de ácido zoledrónico en el desenlace de OS en pacientes no menopaúsicas.
Descripción detallada de la invención
Definiciones de términos y expresiones generales
“Y/o” donde se usa en el presente documento se debe tomar como divulgación específica de cada una de las dos características o componentes especificadas con o sin la otra. Por ejemplo, 'A y/o B' se debe tomar como divulgación específica de cada una de (i) A, (ii) B y (iii) A y B, igual que si cada se muestra individualmente en el presente documento.
El gen c-MAF (homólogo del oncogén de fibrosarcoma musculoaponeurótico v-maf (aviar) también conocido como MAF o MGC71685) es un factor de transcripción que contiene una cremallera de leucina que actúa como un homodímero o un heterodímero. Dependiendo del sitio de unión a ADN, la proteína codificada puede ser un activador o represor transcripcional. La secuencia de ADN que codifica c-MAF se describe en la base de datos del NCBI con el número de registro NG_016440 (SEQ ID NO: 1) (codificante). La secuencia genómica de c-MAF se muestra en SEQ ID NO: 13. Los métodos de la presente invención pueden utilizar o la secuencia codificante o la secuencia de ADN genómico. Se transcriben dos ARN mensajeros de dicha secuencia de ADN, cada uno de los cuales dará lugar a una de las dos isoformas de la proteína c-MAF, la isoforma a y la isoforma p. Las secuencias de ADN complementarias para cada una de dichas isoformas se describen, respectivamente, en la base de datos del NCBI con los números de registro NM_005360.4 (SEQ ID NO: 2) y NM_001031804.2 (SEQ ID NO: 3). El uso del gen c-MAF para predecir el pronóstico de cáncer de mama ER+ se puede encontrar en la solicitud en EE UU No. 13/878.114. El uso del gen c-MAF para predecir el pronóstico de cáncer de mama triple negativo y ER+ se describe en la solicitud en EE UU No.
14/391.085. El uso del gen c-MAF para predecir el pronóstico de cáncer de tiroides se describe en la solicitud provisional en EE UU No. 61/801.769. El uso del gen c-MAF para predecir el pronóstico de carcinoma de células renales se describe en la solicitud provisional en EE UU No. 14/776.390. El uso de un gen de interés, incluyendo c-MAF y el locus del gen c-MAF, y sondas para el locus del gen, para determinar el pronóstico de un individuo que tiene cáncer de mama se describe en solicitud en EE UU No. 14/776.412. El uso del gen c-MAF para predecir el pronóstico de cáncer de pulmón se encuentra en la solicitud en EE UU No. 14/405.724. El uso del gen c-MAF para predecir el pronóstico de cáncer de próstata se encuentra en las solicitudes en EE UU No. 14/050.262 y 14/435.128. El uso del gen c-MAF para predecir el pronóstico de cáncer HER2+ se encuentra en la solicitud en e E UU No. 15/027.946. El uso de genes posteriores de c-MAF para predecir el pronóstico de cáncer se encuentra en las solicitudes en EE UU No. 15/014.916 y 14/776.453.
Como se usa en el presente documento, el término “de tipo basal”, “subtipo de tipo basal”, “cáncer de mama del subtipo de tipo basal” y similares, como se usa en el presente documento, se refiere a un subtipo particular de cáncer de mama caracterizado por los dos receptores negativos ER y HER2 y al menos un receptor positivo del grupo que consiste en CK5/6, c K14, CK17 y EGFr . Por tanto, todas las frases en la presente solicitud que citan y se refieren a cáncer de mama triple negativo (ER, HER-2, PgR) también se pueden citar y referir a cáncer de mama de tipo basal en donde ER y HER2 son negativos y en donde al menos uno de CK5/6, CK14, CK17 y EGFR es positivo. Alternativamente, “de tipo basal” también se refiere a cáncer de mama caracterizado por un perfil de expresión génica basado en el aumento y/o disminución de los siguientes diez genes: (1) forkhead box C1 (FOXC1); (2) actividad inhibidora de melanoma (MIA); (3) homólogo de NDC80, componente del complejo del cinetocoro (KNTC2); (4) proteína del centrosoma de 55 kDa (CEP55); (5) anilina, proteína de unión a actina (ANLN); (6) quinasa de cremallera de leucina embrionaria materna (MELK); (7) receptor acoplado a proteína G 160 (GPR160); (8) proteína transmembrana 45B (TMEM45B); (9) receptor de estrógeno 1 (Es R1); (10) forkhead box A1 (FOXA1). Puesto que el perfil de expresión génica usado para clasificar tumores de cáncer de mama como subtipo de tipo basal no incluye el receptor de estrógeno, el receptor de progesterona o Her2, se pueden clasificar cánceres de mama tanto triple negativo como no triple negativo como subtipo de tipo basal.
Como se usa en el presente documento, “cáncer de mama triple negativo” se refiere a un cáncer de mama que se caracteriza por una falta de expresión detectable tanto de e R como PR (preferiblemente cuando las medidas de expresión de ER y PR se llevan a cabo por el método divulgado por M. Elizabeth H et al., Journal of Clinical Oncology, 28(16): 2784-2795, 2010) y las células tumorales no está amplificadas para receptor del factor de crecimiento epidérmico de tipo 2 (HER2 o ErbB2), un receptor normalmente localizado en la superficie celular. Las células tumorales se consideran negativas para la expresión de ER y PR si menos del 5 por ciento de los núcleos de células tumorales se tiñen para expresión de ER y PR usando técnicas inmunohistoquímicas estándar. Como se usa en el presente documento, las células tumorales se consideran negativas para sobreexpresión de HER2 si dan una puntuación de resultado de prueba de 0 o 1+ o 2+ cuando se ensayan con un kit HercepTest™ (código K5204, Dako North America, Inc., Carpinteria, CA), un ensayo inmunohistoquímico semicuantitativo que usa un anticuerpo primario anti-HER2 policlonal o si son negativas en FISH de HER2.
Como se usa en el presente documento, “cáncer de mama ER+” se entiende como cáncer de mama cuyas células tumorales expresan el receptor de estrógeno (ER). Esto hace dichos tumores sensibles a estrógeno, lo que significa que el estrógeno hace que el tumor de mama canceroso crezca. En contraste, “cáncer de mama ER-” se entiende como cáncer de mama cuyas células tumorales no expresan el receptor de estrógeno (ER). Entre el cáncer de mama ER+ se incluyen los subtipos luminal A y B.
Como se usa en el presente documento, “HER2+” se refiere a un cáncer de mama que se caracteriza por células tumorales con expresión detectable de receptor del factor de crecimiento epidérmico de tipo 2 (HER2 o ErbB2) y/o amplificación para el gen HER2, un receptor normalmente localizado en la superficie celular. Como se usa en el presente documento, las células tumorales se consideran negativas para la sobreexpresión de HER2 si dan una puntuación de resultado de prueba de 0 o 1+ o 2+ cuando se ensayan con un kit HercepTest™ (código K5204, Dako North America, Inc., Carpinteria, CA), un ensayo inmunohistoquímico semicuantitativo que usa un anticuerpo primario anti-HER2 policlonal o si son negativas en FISH de HER2.
En el contexto de la presente invención, un sujeto “posmenopáusico” se entiende que es una mujer que ha experimento menopausia y ha experimentado sesenta meses consecutivos sin menstruación. Véase, Coleman et al Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006. En ciertas formas de realización, una mujer puede confirmar su estado posmenopáusico mediante la medida de hormona foliculoestimulante (FSH).
En el contexto de la presente invención, un sujeto “no posmenopáusico” es cualquier sujeto que no pasado por la menopausia y experimentado sesenta meses consecutivos sin menstruación. Los sujetos “no posmenopáusicos” incluyen mujeres premenopáusicas, perimenopausicas y de estado menopaúsico desconocido.
En el contexto de la presente invención, “metástasis” se entiende como la propagación de un cáncer del órgano donde empezó a un órgano diferente. En general se produce mediante la sangre o el sistema linfático. Cuando las células cancerosas se propagan y forman un nuevo tumor, el último se llama un tumor secundario o metastásico. Las células cancerosas que forman el tumor secundario son como las del tumor original. Si un cáncer de mama, por ejemplo, se propaga (metastatiza) al hueso, el tumor secundario está formado por células cancerosas de mama malignas. La enfermedad en el hueso es cáncer de mama metastásico y no cáncer de hueso. En una forma de realización particular del método de la invención, la metástasis es cáncer de mama que se ha propagado (metastatizado) al hueso.
En el contexto de la presente invención, “recidiva” se refiere al regreso de cáncer de mama después de un periodo de tiempo en el que no se detectó cáncer. El cáncer de mama puede reaparecer localmente en la mama o tejido que rodea la mama. El cáncer de mama también puede reaparecer en ganglios linfáticos cercanos o ganglios linfáticos no en el área circundante. Cuando el cáncer de mama reaparece por propagación a otros tejidos o viaja a través del torrente sanguíneo para reaparecer en huesos u otros órganos, también se denomina metástasis. Como se usa en el presente documento, la recidiva también abarca el riesgo de recidiva.
En el contexto de la presente invención, “recaída” se refiere a la situación cuando los síntomas han disminuido, pero el sujeto no está libre de cáncer, y entonces el cáncer vuelve. El cáncer de mama puede recaer localmente en la mama o tejido que rodea la mama. El cáncer de mama también puede recaer en ganglios linfáticos cercanos o ganglios linfáticos no en el área circundante. Cuando el cáncer de mama recae por propagación a otros tejidos o viaja a través del torrente sanguíneo para reaparecer en huesos u otros órganos, también se denomina metástasis. Como se usa en el presente documento, la recaída también abarca el riesgo de recaída.
Como se usa en el presente documento, el término “supervivencia sin enfermedad” se refiere a la duración de tiempo después de que finaliza el tratamiento primario para un cáncer que el paciente sobrevive sin signos o síntomas de ese cáncer. En algunas formas de realización, la supervivencia sin enfermedad se denomina como DFS, supervivencia sin recaída o RFS.
Como se usa en el presente documento, el término “supervivencia global” u “OS” se refiere a la duración de tiempo o bien desde la fecha del diagnóstico o del inicio del tratamiento para un cáncer que pacientes diagnosticados con la enfermedad están todavía vivos.
Como se usa en el presente documento, el término “sujeto” o “paciente” se refiere a todos los animales clasificados como mamíferos e incluye, pero no está limitado a animales domésticos y de granja, primates y humanos, por ejemplo, seres humanos, primates no humanos, vacas, caballos, cerdos, ovejas, cabras, perros, gatos o roedores. Preferiblemente, el sujeto es un hombre o mujer humanos de cualquier edad o raza.
Los términos “malo” o “bueno”, como se usan en el presente documento para referirse a un desenlace clínico, significan que el sujeto mostrará un desenlace favorable o desfavorable. Como entenderán los expertos en la materia, tal evaluación de la probabilidad, aunque se prefiere que sea, puede no ser correcta para el 100% de los sujetos que se van a diagnosticar. Sin embargo, el término requiere que una porción estadísticamente significativa de sujetos se pueda identificar como que tiene una predisposición para un desenlace determinado. Si una porción es estadísticamente significativa lo puede determinar fácilmente el experto en la materia usando varias herramientas de evaluación estadística bien conocidas, por ejemplo, determinación de intervalos de confianza, determinación de valores p, prueba de la t de Student, prueba de Mann-Whitney, etc. Los detalles se encuentran en Dowdy y Wearden, Statistics for Research, John Wiley & Sons, Nueva York 1983. Los intervalos de confianza preferidos son al menos aproximadamente el 50%, al menos aproximadamente el 60%, al menos aproximadamente el 70%, al menos aproximadamente el 80%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95%. Los valores p son preferiblemente 0,05, 0,01, 0,005 o 0,0001 o menos. Más preferiblemente, al menos aproximadamente el 60 por ciento, al menos aproximadamente el 70 por ciento, al menos aproximadamente el 80 por ciento, o al menos aproximadamente el 90 por ciento de los sujetos de una población se pueden identificar apropiadamente mediante el método de la presente invención.
En la presente invención “muestra tumoral” se entiende como una muestra (por ejemplo, tejido tumoral, célula tumoral circulante, ADN tumoral circulante) que se origina del tumor cáncer de mama primario. Dicha muestra se puede obtener por métodos convencionales, por ejemplo, biopsia, usando métodos que conocen bien los expertos en las técnicas médicas relacionadas. Los métodos para obtener una muestra de biopsia incluyen dividir un tumor en trozos grandes, o microdisección, u otros métodos de separación celular conocidos en la técnica. Las células tumorales se pueden obtener además por medio de citología mediante aspiración con una aguja de pequeño calibre. Para simplificar la conservación y manejo de la muestra, las muestras se pueden fijar en formalina y empapar en parafina o primero congelar y después empapar en un medio congelante de tejido tal como compuesto OTC mediante inmersión en un medio muy criogénico que permite la rápida congelación.
En el contexto de la presente invención, “variante funcionalmente equivalente de la proteína c-MAF” se entiende como (i) variantes de la proteína c-MAF (SEQ ID NO: 4 o SEQ ID NO: 5) en las que uno o más residuos de aminoácidos se sustituyen por un residuo de aminoácido conservado o no conservado (preferiblemente un residuo de aminoácido conservado), en donde tal residuo de aminoácido sustituido puede o no ser uno codificado por el código genético, o (ii) variantes que comprenden una inserción o una deleción de uno o más aminoácidos que tienen la misma función que la proteína c-MAF, es decir, actuar como un factor de transcripción que se une a ADN. Las variantes de la proteína c-MAF se pueden identificar usando métodos basados en la capacidad de c-MAF para fomentar la proliferación celular in vitro como se muestra en la solicitud de patente internacional WO2005/046731, basado en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la capacidad de transcripción de un gen indicador bajo el control del promotor de ciclina D2 o de un promotor que contiene la región de respuesta a c-MAF (MARE o elemento que responde a c-MAF) en células que expresan c-MAF como se describe en el documento WO2008098351, o basado en la capacidad de denominado inhibidor para bloquear la expresión de un gen indicador bajo el control de promotor de IL-4 en respuesta a la estimulación con PMA/ionomicina en células que expresan NFATc2 y c-MAF como se describe en el documento US2009048117A.
Las variantes según la invención preferiblemente tienen similitud de secuencia con la secuencia de aminoácidos de cualquiera de las isoformas de la proteína c-MAF (SEQ ID NO: 4 o SEQ ID NO: 5) de aproximadamente al menos el 50%, al menos aproximadamente el 60%, al menos aproximadamente el 70%, al menos aproximadamente el 80%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 91%, al menos aproximadamente el 92%, al menos aproximadamente el 93%, al menos aproximadamente el 94%, al menos aproximadamente el 95%, al menos aproximadamente el 96%, al menos aproximadamente el 97%, al menos aproximadamente el 98%, al menos aproximadamente el 99%. El grado de similitud entre las variantes y las secuencias de la proteína c-MAF específicas definidas previamente se determina usando algoritmos y procesos informáticos que conocen ampliamente los expertos en la materia. La similitud entre dos secuencias de aminoácidos preferiblemente se determina usando el algoritmo BLASTP [BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBI NLM NIH Bethesda, Md. 20894, Altschul, S., et al., J. Mol. Biol.
215: 403-410 (1990)].
Como se usa en el presente documento, “agente para evitar o prevenir la remodelación ósea” se refiere a cualquier molécula capaz de prevenir, inhibir, tratar, reducir o parar la degradación de hueso o bien al estimular la proliferación de osteoblastos o inhibir la proliferación de osteoclastos o fijar la estructura del hueso. Los agentes para evitar o prevenir la remodelación ósea incluyen agentes para evitar o prevenir la degradación del hueso e incluyen agentes para evitar o prevenir la síntesis de hueso.
Como se usa en el presente documento, un “agente inhibidor de c-MAF” se refiere a cualquier molécula capaz de inhibir completa o parcialmente la expresión génica de c-MAF, tanto al prevenir que el producto de expresión de dicho gen se produzca (interrumpir la transcripción del gen c-MAF y/o bloquear la traducción del ARNm que viene de la expresión del gen c-MAF) como al inhibir directamente la actividad de la proteína c-MAF. Los inhibidores de la expresión génica de c-MAF se pueden identificar usando métodos basados en la capacidad del llamado inhibidor para bloquear la capacidad de c-MAf de fomentar la proliferación celular in vitro, tal como se muestra en la solicitud de patente internacional WO2005/046731, basado en la capacidad del denominado inhibidor para bloquear la capacidad de transcripción de un gen indicador bajo el control del promotor de ciclina D2 o de un promotor que contiene la región de respuesta a c-MAF (MARE o elemento que responde a c-MAF) en células que expresan c-MAf como se describe en el documento WO2008098351, o basado en la capacidad de denominado inhibidor para bloquear la expresión de un gen indicador bajo el control de promotor de IL-4 en respuesta a la estimulación con PMA/ionomicina en células que expresan NFATc2 y c-MAF como se describe en el documento US2009048117A.
Como se usa en el presente documento, diana de rapamicina de mamífero (mTOR) o “mTor” se refiere a esas proteínas que corresponden a EC 2.7.11.1. Las enzimas mTor son proteínas serina/treonina quinasas y regulan la proliferación celular, motilidad celular, crecimiento celular, supervivencia celular y transcripción.
Como se usa en el presente documento, un “inhibidor de mTor” se refiere a cualquier molécula capaz de inhibir completa o parcialmente la expresión génica de mTor, tanto al prevenir que el producto de expresión de dicho gen se produzca (interrumpir la transcripción del gen mTor y/o bloquear la traducción del ARNm que viene de la expresión del gen mTor) como al inhibir directamente la actividad de la proteína mTor. Incluyendo inhibidores que tienen una diana dual o más dianas y entre ellas la actividad de la proteína mTor.
Como se usa en el presente documento “Src” se refiere a esas proteínas que corresponden a EC 2.7.10.2. Src es una tirosina quinasa no receptor y un protooncogén. Src puede desempeñar una función en el crecimiento celular y desarrollo embrionario.
Como se usa en el presente documento, un “ inhibidor de Src” se refiere a cualquier molécula capaz de inhibir completa o parcialmente la expresión génica de Src, tanto al prevenir que el producto de expresión de dicho gen se produzca (interrumpir la transcripción del gen Src y/o bloquear la traducción del ARNm que viene de la expresión del gen Src) como al inhibir directamente la actividad de la proteína Src.
Como se usa en el presente documento, “prostaglandina-endoperoxidasa sintasa 2”, “ciclooxigenasa-2” o “COX-2” se refiere a esas proteínas que corresponden a EC 1.14.99.1. c OX-2 es responsable de convertir ácido araquidónico a prostaglandina endoperoxidasa H2.
Como se usa en el presente documento, un “inhibidor de COX-2” se refiere a cualquier molécula capaz de inhibir completa o parcialmente la expresión génica de COX-2, tanto al prevenir que el producto de expresión de dicho gen se produzca (interrumpir la transcripción del gen COX-2 y/o bloquear la traducción del ARNm que viene de la expresión del gen COX-2) como al inhibir directamente la actividad de la proteína COX-2
Como se usa en el presente documento “desenlace” o “desenlace clínico” se refiere al curso resultante de enfermedad y/o evolución de enfermedad y se puede caracterizar, por ejemplo, por recidiva, periodo de tiempo hasta la recidiva, recaída, metástasis, periodo de tiempo hasta la metástasis, número de metástasis, número de sitios de metástasis y/o muerte debido a enfermedad. Por ejemplo, un buen desenlace clínico incluye cura, prevención de recidiva, prevención de metástasis y/o supervivencia en un periodo de tiempo fijado (sin recidiva), y un mal desenlace clínico incluye evolución de enfermedad, metástasis y/o muerte en un periodo de tiempo fijado.
Como se usa en el presente documento, “supervivencia sin enfermedad invasiva” o “IDFS” se refiere a, en cáncer, la duración de tiempo después de que tratamiento primario para un cáncer finalice que el paciente sobrevive sin signos o síntomas de ese cáncer invadiendo el mismo parénquima de la mama que el tumor primario original u otros tejidos. En algunas formas de realización, IDFS incluye: recidiva de tumor de mama invasivo ipsilateral, recidiva de cáncer de mama invasivo local o regional, recidiva metastática o distante, muerte atribuible a cualquier causa, incluyendo cáncer de mama, cáncer de mama invasivo contralateral, y segundo cáncer invasivo primario (no de mama, pero excluyendo cánceres de piel de células basales o escamoso). Véase, Coleman et al Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006.
En la presente invención, “diagnóstico de metástasis en un sujeto con cáncer de mama” se entiende como identificar una enfermedad (metástasis) por medio de estudiar sus signos, es decir, en el contexto de la presente invención por medio de niveles de expresión génica de c-MAF aumentados (es decir, sobreexpresión) en el tejido tumoral de cáncer de mama con respecto a una muestra control.
En la presente invención, “pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis en un sujeto con cáncer de mama” se entiende cómo saber basado en los signos si el cáncer de mama que tiene dicho sujeto metastatizará en el futuro. En el contexto de la presente invención, el signo es sobreexpresión del gen c-MAF en tejido tumoral.
En el contexto de la presente invención, se entiende que “un sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis” cuando el cáncer de mama padecido por dicho sujeto ha metastatizado a otros órganos del cuerpo, en una forma de realización particular, al hueso. El término se usa similarmente para recidiva y recaída.
El experto en la materia entenderá que la predicción de la tendencia para que un tumor primario metastatice, recaiga o recidive no se pretende que sea correcta para todos los sujetos que se van a identificar (es decir, el 100% de los sujetos). No obstante, el término requiere permitir la identificación de una parte estadísticamente significativa de sujetos (por ejemplo, una cohorte en un estudio de cohortes). Si una parte es estadísticamente significativa lo puede determinar de una manera sencilla el experto en la materia usando varias herramientas de evaluación estadística bien conocidas, por ejemplo, determinación de intervalos de confianza, determinación de valores p, prueba de la t de Student, prueba de Mann-Whitney, etc. Los detalles se proporcionan en Dowdy y Wearden, Statistics for Research, John Wiley & Sons, Nueva York 1983. Los intervalos de confianza preferidos son al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95%, al menos aproximadamente el 97%, al menos aproximadamente el 98%, o al menos aproximadamente el 99%. Los valores p son preferiblemente 0,1, 0,05, 0,01, 0,005 o 0,0001. Más preferiblemente, al menos aproximadamente el 60%, al menos aproximadamente el 70%, al menos aproximadamente el 80%, o al menos aproximadamente el 90% de los sujetos de una población se pueden identificar apropiadamente mediante el método de la presente invención.
Como se usa en el presente documento, “mal pronóstico” indica que se espera que el sujeto, por ejemplo, predicho que no sobreviva y/o tenga, o esté en riesgo de tener, recidiva, recaída, o metástasis distantes en un periodo de tiempo fijado. El término “alto” es un término relativo y, en el contexto de esta solicitud, se refiere al riesgo del grupo de “alta” expresión con respecto a un desenlace clínico (recidiva, metástasis distantes, etc.). Un “alto “riesgo” se puede considerar como un riesgo mayor que el riesgo medio para una población heterogénea de pacientes de cáncer. En el estudio de Paik et al. (2004), un riesgo “alto” global de recidiva se consideró que era mayor del 15 por ciento. El riesgo también variará en función del periodo de tiempo. El periodo de tiempo puede ser, por ejemplo, cinco años, diez años, quince años o incluso veinte años del diagnóstico inicial de cáncer o después de que se hiciera el pronóstico.
“Valor de referencia”, como se usa en el presente documento, se refiere a un valor de laboratorio usado como una referencia para valores/datos obtenidos por exámenes de laboratorio de pacientes o muestras recogidas de pacientes. El valor de referencia o nivel de referencia puede ser un valor absoluto; un valor relativo; un valor que tiene un límite superior y/o inferior; un intervalo de valores; un valor promedio; un valor mediana; un valor medio, o un valor comparado a un valor control o basal particular. Un valor de referencia se puede basar en un valor de una muestra individual, tal como, por ejemplo, un valor obtenido de una muestra del sujeto que se ensaya, pero en un punto anterior en el tiempo. El valor de referencia se puede basar en un gran número de muestras, tal como de una población de sujetos del grupo coincidente de edad cronológica, o basar en un conjunto de muestras incluyendo o excluyendo la muestra que se va a ensayar.
El término “tratamiento”, como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier tipo de terapia, que se dirige a terminar, prevenir, mejorar o reducir la susceptibilidad a una afección clínica como se describe en el presente documento. En una forma de realización, el término tratamiento se refiere a tratamiento profiláctico (es decir, una terapia para reducir la susceptibilidad a una afección clínica), de un trastorno o una afección como se define en el presente documento. Por tanto, “tratamiento”, “tratar” y sus términos equivalentes se refieren a obtener un efecto farmacológico o fisiológico deseado, que cubre cualquier tratamiento de un estado patológico o trastorno en un mamífero, incluyendo un ser humano. El efecto puede ser profiláctico en términos de prevenir completa o parcialmente un trastorno o síntoma del mismo y/o puede ser terapéutico en términos de una cura parcial o completa para un trastorno y/o efectos adversos atribuibles al trastorno. Es decir, “tratamiento” incluye (1) prevenir que un trastorno se produzca o reaparezca en un sujeto, (2) inhibir el trastorno, tal como detener su desarrollo, (3) parar o terminar el trastorno o al menos síntomas asociados con el mismo, de modo que el huésped no padezca más el trastorno o sus síntomas, tal como producir regresión de trastorno o sus síntomas, por ejemplo, restableciendo o reparando una función perdida, que falta o defectuosa, o estimulando un proceso ineficaz, o (4) mitigar, aliviar o mejorar el trastorno, o síntomas asociados con el mismo, donde mejorar se usa en un sentido amplio para referirse a al menos una reducción en la magnitud de un parámetro, tal como inflamación, dolor, o inmunodeficiencia.
Como se usa en el presente documento, “muestra” o “muestra biológica” significa material biológico aislado de un sujeto. La muestra biológica puede contener cualquier material biológico adecuado para determinar el nivel de expresión del gen c-MAF. La muestra se puede aislar de cualquier tejido o fluido biológico adecuado tal como, por ejemplo, tejido tumoral, sangre, plasma sanguíneo, suero, orina o líquido cefalorraquídeo (LCR).
Como se usa en el presente documento, el término “nivel de expresión” de un gen como se usa en el presente documento se refiere a la cantidad medible de producto génico producido por el gen en una muestra del sujeto, en donde el producto génico puede ser un producto de transcripción o un producto de traducción. Según esto, el nivel de expresión puede referirse a un producto génico de ácido nucleico tal como ARNm o ADNc o a un producto génico polipéptido. El nivel de expresión deriva de una muestra de un sujeto y/o una muestra o muestras de referencia y, por ejemplo, se puede detectar de novo o corresponde a una determinación previa. El nivel de expresión se puede determinar o medir, por ejemplo, usando métodos de micromatrices, métodos de PCR (tal como qPCR) y/o métodos basados en anticuerpos, como sabe un experto en la materia.
“Nivel de expresión aumentado” se entiende como el nivel de expresión cuando se refiere a los niveles del gen c-MAF mayores que esos en una muestra de referencia o muestra control. Estos niveles aumentados pueden estar producidos sin excluir otros mecanismos por amplificación un gen o locus cromosómico 16q23 o 16q22-24, ganancia de copia o translocación. En particular, se puede considerar que una muestra tiene un alto nivel de expresión de c-MAF cuando el nivel de expresión en la muestra aislada del paciente es al menos aproximadamente 1,1 veces, 1,2 veces, 1,3 veces, 1,4 veces, 1,5 veces, 2 veces, 2,1 veces, 2,2 veces, 2,3 veces, 2,4 veces, 2,5 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 60 veces, 70 veces, 80 veces, 90 veces, 100 veces o incluso más con respecto a la referencia o control. En formas de realización, un “nivel de expresión aumentado” es un nivel de expresión “alto”. Un nivel de expresión que es “no aumentado” o “sin aumentar” es cualquier valor que no está incluido en la definición de nivel de expresión “aumentado”, incluyendo un valor igual o el nivel de referencia o control o un nivel de expresión disminuido en comparación a un valor de referencia o control.
“Nivel de expresión disminuido” se entiende como el nivel de expresión cuando se refiere a los niveles del gen c-MAF menores que esos en una muestra de referencia o muestra control. Esto nivel disminuido puede estar producido sin excluir otros mecanismos por deleción de un gen o locus cromosómico 16q23 o 16q22-24. En particular, se puede considerar que una muestra tiene niveles de expresión de c-MAF disminuidos cuando el nivel de expresión en la muestra aislada del paciente es al menos aproximadamente 1,1 veces, 1,2 veces, 1,3 veces, 1,4 veces, 1,5 veces, 2 veces, 2,1 veces, 2,2 veces, 2,3 veces, 2,4 veces, 2,5 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 60 veces, 70 veces, 80 veces, 90 veces, 100 veces o incluso menos con respecto a la referencia o control. En formas de realización, un “nivel de expresión disminuido” es un nivel de expresión “bajo”.
Como se usa en el presente documento, el término “número de copia génica” se refiere al número de copia de una molécula de ácido nucleico en una célula. El número de copia génica incluye el número de copia génica en el ADN genómico (cromosómico) de una célula. En una célula normal (célula no tumoral), el número de copia génica es normalmente dos copias (una copia en cada miembro del par de cromosomas). El número de copia génica algunas veces incluye la mitad del número de copia génica tomado de muestras de una población celular.
En la presente invención, “numero de copia génica aumentado” se entiende como cuando el número de copia del gen c-MAF es más que el número de copia que tiene una muestra de referencia o muestra control. Este número de copia génica aumentado puede estar producido sin excluir otros mecanismos por amplificación de un gen o locus cromosómico 16q23 o 16q22-24, ganancia de copia o translocación. En particular, se puede considerar que una muestra tiene un número de copia de c-MAF aumentado cuando el número de copia es más de 2 copias, por ejemplo, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o 10 copias, e incluso más de 10 copias del gen c-MAF. En formas de realización, el “número de copia génica aumentado” se determina basado en una media de copias por células contadas. En formas de realización, se puede considerar que una muestra tiene un número de copia de c-MAF aumentado cuando el número de copia medio por célula contada es más de 2 copias, por ejemplo, 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o 10 copias, e incluso más de 10 copias del gen c-mA f .
En la presente invención, “numero de copia génica disminuido” se entiende como cuando el número de copia del gen c-MAF es menos que el número de copia que tiene una muestra de referencia o muestra control. Este número de copia génica disminuido puede estar producido sin excluir otros mecanismos por deleciones de un gen o locus cromosómico 16q23 o 16q22-24. En particular, se puede considerar que una muestra tiene un número de copia de c-MAF disminuido cuando el número de copia es menos de 2 copias del gen c-MAF.
En la presente invención, un “número de copia génica no aumentado” se entiende como cuando el número de copia del gen c-MAF o el número de copia del gen v-MAF medio es menor del número de copia que tiene una muestra de referencia o positiva para la muestra de aumento. El número de copia génica no aumentado puede estar causado sin excluir otros mecanismos por no aumento en gen o amplificación de locus cromosómico 16q23 o 16q22-24, ganancia de copia o translocación. En particular, se puede considerar que una muestra no tiene un número de copia de c-MAF aumentado o número de copia medio de c-MAF cuando el número de copia es menor de 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9 copias del gen c-MAF.
El término “amplificación de un gen” se entiende en el presente documento que se refiere a un proceso mediante el cual varias copias de un gen o de un fragmento de gen se forman en una célula individual o una línea celular. Las copias del gen no están necesariamente localizadas en el mismo cromosoma. La región duplicada con frecuencia se llama un “amplicón”. Normalmente, la cantidad de ARNm producido, es decir, el nivel de expresión del gen también aumenta en proporción al número de copia de un gen particular.
El término “ganancia” se refiere al cualquier aumento del número de copia cromosómico de la norma, es decir, en un organismo diploide, 3 copias de un gen sería una ganancia. En algunas formas de realización, “ganancia” incluye el término “ganancia de copia”, y se usa de forma sinónima con “número de copia”.
“Sonda”, como se usa en el presente documento, se refiere a una secuencia oligonucleotídica que es complementaria a una secuencia de ácido nucleico específico de interés. En algunas formas de realización, las sondas pueden ser específicas a regiones de cromosomas que se sabe experimentan translocaciones. En algunas formas de realización, las sondas tienen un marcador o etiqueta específica. En algunas formas de realización, la etiqueta es un fluoróforo. En algunas formas de realización, la sonda es una sonda de hibridación in situ de ADN cuyo marcaje se basa en la unión coordinada estable de platino a ácidos nucleicos y proteínas. En algunas formas de realización, la sonda se describe en las patentes en EE UU No. 9.127.302 y 9.134.237, o se describe en Swennenhuis et al. "Construction of repeat-free fluorescence in situ hybridization probes" Nucleic Acids Research 40(3):e20 (2012).
“Etiqueta” o “marcador”, como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier molécula física que está directa o indirectamente asociada con una sonda, lo que permite que la sonda o localización de la sonda se visualice, marque o capture de otra manera.
“Translocación”, como se usa en el presente documento, se refiere al intercambio de material cromosómico en cantidades desiguales o iguales entre cromosomas. En algunos casos, la translocación es en el mismo cromosoma. En algunos casos, la translocación es entre diferentes cromosomas. Las translocaciones se producen a alta frecuencia en muchos tipos de cáncer, incluyendo cáncer de mama y leucemia. Las translocaciones pueden ser translocaciones recíprocas primarias o las más complejas translocaciones secundarias. Hay varias translocaciones primarias que implican el locus de la cadena pesada de la inmunoglobulina (IgH) que se cree que constituyen el suceso iniciador en muchos cánceres (Eychéne, A., Rocques, N., y Puoponnot, C., A new MAFia in cancer. 2008. Nature Reviews: Cancer.
8: 683-693.)
“Poliploide” o “poliploidía” como se usa en el presente documento, indica que una célula contiene más de dos copias de un gen de interés. En algunos casos, el gen de interés es MAF. En algunas formas de realización, la poliploidía se asocia con una acumulación de expresión del gen de interés. En algunas formas de realización, la poliploidía se asocia con inestabilidad genómica. En algunas formas de realización, la inestabilidad genómica puede producir translocaciones cromosómicas.
“Secuenciación del genoma entero”, como se usa en el presente documento, es un proceso mediante el cual el genoma entero de un organismo se secuencia de una sola vez. Véase, por ejemplo, Ng., P.C. y Kirkness, E.F., Whole Genome Sequencing. 2010. Methods in Molecular Biology. 628: 215-226.
“Secuenciación del exoma”, como se usa en el presente documento, es un proceso mediante el cual la región codificante entera del ADN de un organismo se secuencia. En la secuenciación de exoma, se secuencia el ARNm. Las regiones no traducidas del genoma no están incluidas en la secuenciación del exoma. Véase, por ejemplo, Choi, M. et al., Genetic diagnosis by whole exome capture and massively parallel DNA sequencing. 2009. PNAS. 106(45): 19096-19101.
Como se usa en presente documento, “miembro de unión” describe un miembro de un par de moléculas que se unen entre sí. Los miembros de un par de unión pueden ser naturales o producidos total o parcialmente de forma sintética. Un miembro del par de moléculas tiene un área en su superficie, o una cavidad, que se une a y, por tanto, es complementaria a una organización espacial y polar particular del otro miembro del par de moléculas. Los ejemplos de tipos de pares de unión son antígeno-anticuerpo, receptor-ligando y enzima-sustrato. En algunas formas de realización, el miembro de unión es un anticuerpo. En algunas formas de realización, el miembro de unión es un anticuerpo que se une a un antígeno c-MAF.
Como se usa en el presente documento, “región CDR” o “CDR” se pretende que indique las regiones hipervariables de las cadenas pesadas y ligeras de la inmunoglobulina como se define por Kabat et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5a Edición. US Department of Health and Human Services, Public Service, NIH, Washington. Un anticuerpo típicamente contiene 3 CDR de cadena pesada, llamadas HCDR1, HCDR2, y HCDR3, y 3 CDR de cadena ligera, llamadas LCDR1, LCDR2 y LCDR3. El término CDR se usa aquí con el fin de indicar una de estas regiones o varias, o incluso el total de estas regiones que contienen la mayoría de los residuos de aminoácidos responsables para la unión por afinidad del anticuerpo para el antígeno o el epítopo que reconoce. Entre las seis secuencias c Dr , la tercera CDR de la cadena pesada (HCDR3) tiene una mayor variabilidad de tamaño, es decir, mayor diversidad, esencialmente debido al mecanismo conocido en la técnica como reorganización V(D)J de los segmentos génicos V, D y J del locus del gen de la cadena pesada de la inmunoglobulina de la línea germinal. La HCDR3 puede ser tan corta como dos aminoácidos o tan larga como 26 aminoácidos, o puede tener cualquier longitud entre estos dos extremos. La longitud de la CDR puede también variar según la longitud que se puede acomodar por la región marco subyacente particular. Funcionalmente, HCDR3 puede desempeñar una función importante en la determinación de la especificidad del anticuerpo (Segal et al., (1974) Proc Natl Acad Sci USA. 71(11): 4298-302; Amit et al., (1986) Science 233(4765): 747-53; Chothia et al., (1987) J. Mol. Biol. 196(4): 901-17; Chothia et al., (1989) Nature 342(6252): 877-83; Caton et al., (1990) J. Immunol. 144(5): 1965-8; Sharon (1990a) PNAS USA. 87(12): 4814­ 7, Sharon (1990b) J. Immunol. 144: 4863-4869, Kabat et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5a Edición. US Department of Health and Human Services, Public Service, NIH, Washington).
Como se usa en el presente documento, “anticuerpo”, “molécula de anticuerpo” o “anticuerpos” describe una inmunoglobulina ya sea natural o producida parcial o completamente de forma sintética. El término también cubre cualquier polipéptido o proteína que comprenda un sitio de unión a antígeno del anticuerpo. Se debe entender aquí que la invención no se refiere a los anticuerpos en forma natural, es decir, no están en su entorno natural, sino que se han podido aislar u obtener por purificación de fuentes naturales, o de otra forma obtener por recombinación genética, o por síntesis química y que pueden contener aminoácidos no naturales. Los fragmentos de anticuerpo que comprenden un sitio de unión al antígeno del anticuerpo incluyen, pero no están limitados a, moléculas tal como Fab, Fab', F(ab')2, Fab2-SH, scFv, Fv, dAc y Fd. Se han construido otras varias moléculas de anticuerpo que incluyen uno o más sitios de unión a antígeno del anticuerpo, incluyendo, por ejemplo, Fab2, Fab3, diacuerpos, triacuerpos, tetracuerpos, camellocuerpos, nanocuerpos y minicuerpos. Se describen moléculas de anticuerpo y métodos para su construcción en Hollinger & Hudson (2005) Nature Biot. 23(9): 1126-1136.
Como se usa en el presente documento, “molécula de anticuerpo” se debe interpretar como que cubre cualquier miembro de unión o sustancia que tiene un sitio de unión al antígeno de anticuerpo con la especificidad requerida y/o unión a antígeno. Por tanto, este término cubre fragmentos y derivados funcionales de anticuerpos, incluyendo cualquier polipéptido que comprenda un sitio de unión al antígeno de anticuerpo, sea natural o total o parcialmente sintético. Por tanto, se incluyen moléculas quiméricas que comprenden un sitio de unión al antígeno de anticuerpo, o equivalente, fusionado a otro polipéptido (por ejemplo, derivado de otra especie o que pertenece a otra clase o subclase de anticuerpo). Se describen la clonación y expresión de anticuerpo quiméricos, por ejemplo, en los documentos EP0120694A (Boss et al) y EP0125023A (Cabilly et al).
Como se usa en el presente documento, “fragmento o variante funcional” de, por ejemplo, un miembro de unión de la presente invención significa un fragmento o variante de un miembro de unión que retiene la menos alguna función de un miembro de unión entero (por ejemplo, la capacidad de unirse específicamente a antígeno tal como Maf).
“Muestra de tejido tumoral” se entiende como la muestra de tejido que se origina del tumor de cáncer de mama, incluyendo, pero no limitado a, células tumorales circulantes y ADN tumoral circulante. Dicha muestra se puede obtener por métodos convencionales, por ejemplo, biopsia, usando métodos bien conocidos por los expertos en las técnicas médicas relacionadas.
“Metástasis ósea osteolítica” se refiere a un tipo de metástasis en la que se produce resorción de hueso (pérdida progresiva de la densidad ósea) en la proximidad de la metástasis resultante de la estimulación de la actividad de osteoclastos por las células tumorales y se caracteriza por dolor grave, fracturas patológicas, hipercalcemia, compresión de la médula espinal y otros síndromes resultantes de compresión de nervios.
Método para diseñar terapia personalizada de la invención en pacientes con tumores de mama
La presente invención se dirige a identificar sujetos que padecen cáncer de mama que se beneficiarán de tratamiento con agentes y/o terapias particulares. En algunas formas de realización, la invención se dirige a identificar sujetos que padecen cáncer de mama que no se beneficiarán de tratamiento con agentes y terapias particulares. En algunas divulgaciones, los sujetos tienen un alto nivel de expresión, número de copia, amplificación, ganancia y/o translocación de c-MAF. En ciertas divulgaciones, los sujetos tienen un bajo nivel de expresión, número de copia, amplificación, ganancia y/o translocación de c-MAF. En formas de realización particulares, el cáncer es cáncer de mama triple negativo. En otras formas de realización, el cáncer es cáncer de mama ER+. En formas de realización adicionales, el cáncer es cáncer de mama ER-. En formas de realización aún adicionales, el cáncer es cáncer de mama HER2+. En algunas formas de realización, el cáncer es un cáncer de mama de tipo basal. En una forma de realización, los sujetos son posmenopáusicos. En una forma de realización, los sujetos son no posmenopáusicos. Como se describe en la solicitud en e E UU No. 14/391.085, solicitud provisional en EE UU No. 61/801.796, solicitud provisional en EE UU No.
14/776.390, solicitud en EE UU No. 14/776.412, solicitud en EE UU No. 14/405.724, solicitud en EE UU No.
14/050.262, solicitud en EE UU No. 14/435.128, solicitud en EE UU No. 14/027.946, solicitud en EE UU No. 14/014.916 y solicitud en EE UU No. 14/776.453, los niveles de c-MAF se pueden usar para diagnosticar metástasis, recaída o recidiva, o para predecir la tendencia de un tumor a experimentar metástasis, recaída o recidiva. Por tanto, como se describe en la presente invención, dado que la sobreexpresión del gen c-MAF en células de cáncer de mama está relacionada con la presencia de metástasis, recaída, o recidiva, los niveles de expresión del gen c-MAF permiten tomar decisiones en términos de la terapia más adecuada para el sujeto que padece dicho cáncer. En una forma de realización, el documento comprende cuantificar solo el nivel de expresión del gen c-MAF como un único marcador, es decir, el método no implica determinar el nivel de expresión de cualquier marcador adicional.
Por tanto, en una forma de realización la invención se refiere a un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto con cáncer de mama, que comprende a) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra tumoral de dicho sujeto y b) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenidos con un valor de referencia, en donde la terapia se determina basada en el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en el sujeto. En algunas formas de realización, el sujeto tiene un alto nivel de expresión del gen c-MAF. En otras formas de realización, el sujeto tiene un bajo nivel de expresión del gen c-MAF. En ciertas divulgaciones, al sujeto se le administra un agente que evita y/o previene remodelación ósea, incluyendo agentes que evitan o previenen la degradación de hueso. En una divulgación, al sujeto se le administra un agente que trata el cáncer. En divulgaciones adicionales, al sujeto se le administra un agente inhibidor de c-MAF. En divulgaciones particulares, el agente que evita y/o previene la remodelación ósea o el agente inhibidor de c-MAF es cualquier agente divulgado en las publicaciones en EE UU No.
2014/0057796 y 2015/0293100 y la solicitud en EE UU No. 15/027.946.
En una divulgación, la invención se refiere a un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto con cáncer de mama, que comprende i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenidos en i) con un valor de referencia, en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia no está aumentado con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto es susceptible para recibir una terapia dirigida a prevenir y/o tratar remodelación ósea o mejora la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global. En algunas divulgaciones, el sujeto es no posmenopáusico. En otras divulgaciones, el sujeto es posmenopáusico. En una divulgación, al sujeto se le administra el agente dirigido a prevenir y/o tratar remodelación ósea. En una divulgación, al sujeto se le administra in agente que mejora la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global. En divulgaciones adicionales, al sujeto se le administra un agente inhibidor de c-MAF.
En otro aspecto, la invención se refiere a un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto no posmenopáusico que tiene cáncer de mama, que comprende i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenidos en i) con un valor de referencia, en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia está aumentado con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto no es susceptible para recibir una terapia seleccionada del grupo que consiste en: clodronato, ibandronato y ácido zoledrónico. En algunas divulgaciones, al sujeto no se le administra el agente que se dirige a prevenir y/o tratar remodelación ósea y/o mejora la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global.
En otra divulgación, el documento se refiere a un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto posmenopáusico que tiene cáncer de mama, que comprende i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenidos en i) con un valor de referencia, en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia está aumentado con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto es susceptible para recibir una terapia que se dirige a prevenir y/o tratar remodelación ósea y/o mejora la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global. En algunas formas de realización, al sujeto se le administra el agente dirigido a prevenir y/o tratar remodelación ósea y/o la terapia para mejorar la supervivencia sin enfermedad o la supervivencia global.
En otra divulgación, el documento se refiere a un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto posmenopáusico que tiene cáncer de mama, que comprende i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenidos en i) con un valor de referencia, en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia no está aumentado con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto no es susceptible para recibir una terapia que se dirige a prevenir y/o tratar remodelación ósea y/o mejora la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global. En algunas formas de realización, al sujeto no se le administra el agente dirigido a prevenir y/o tratar remodelación ósea y/o mejora la supervivencia sin enfermedad o la supervivencia global.
En una divulgación, el documento se refiere a un método para el tratamiento de metástasis ósea en un sujeto que tiene cáncer de mama y que tiene niveles disminuidos de c-MAF en una muestra de tumor metastásico con respecto a una muestra control que comprende administrar un agente capaz de prevenir o inhibir remodelación ósea y o mejorar la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global, en donde el agente capaz de evitar o prevenir la remodelación ósea o mejorar la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global se selecciona del grupo que consiste en: un bifosfonato, un inhibidor de RANKL, PTH, inhibidor de PTHLH (incluyendo anticuerpos neutralizantes y péptidos), un análogo de PRG, ranelato de estroncio, un inhibidor de DKK-1, un inhibidor dual de MET y VEGFR2, un modulador de receptor de estrógeno, un inhibidor de EGFR, calcitonina, radio-223, un agonista de CCR5, un inhibidor de la quinasa Src, un inhibidor de COX-2, un inhibidor de mTor, y un inhibidor de catepsina K. En algunas formas de realización, el sujeto es no posmenopáusico. En otras formas de realización es sujeto es posmenopáusico.
En otra divulgación, el documento se refiere a un método para el tratamiento de metástasis ósea en un sujeto posmenopáusico que tiene cáncer de mama y que tiene niveles aumentados de c-MAF en una muestra de tumor metastásico con respecto a una muestra control que comprende administrar un agente capaz de prevenir o inhibir remodelación ósea y/o un agente que mejora la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global, en donde el agente capaz de evitar o prevenir la remodelación ósea y/o mejorar la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global se selecciona del grupo que consiste en: un bifosfonato, un inhibidor de RANKL, PTH, inhibidor de PTHLH (incluyendo anticuerpos neutralizantes y péptidos), un análogo de PRG, ranelato de estroncio, un inhibidor de DKK-1, un inhibidor dual de MET y VEGFR2, un modular de receptor de estrógeno, un inhibidor de EGFR, calcitonina, radio-223, un agonista de CCR5, un inhibidor de la quinasa Src, un inhibidor de COX-2, un inhibidor de mTor, y un inhibidor de catepsina K.
En ciertas formas de realización, al sujeto se le administra un agente que evita y/o previene remodelación ósea, incluyendo agentes que evitan o previenen la degradación de hueso. En formas de realización, al sujeto se le administra un agente que evita o previene la degradación de hueso.
Una vez el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en la muestra se ha medido y comparado con la muestra control, el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia de dicho gen, en combinación con el estado menopáusico del sujeto indica si el sujeto es susceptible de recibir terapia dirigida a prevenir (si el sujeto tiene aún que experimentar metástasis) y/o tratar metástasis (si el sujeto ya ha experimentado metástasis), recaída o recidiva y o una terapia o agente pretendido para evitar o prevenir remodelación ósea.
En algunas formas de realización, un número de copia de MAF o número de copia medio de MAF por célula medido usando FISH > 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9 o 3,0 se considera un valor alto. En formas de realización, el valor de MAF FISH es > 2,2. En ciertas formas de realización, el valor de MAF FISH es > 2,3. En otras formas de realización, el valor de MAF FISH es > 2,4. En formas de realización adicionales, el valor de MAF FISH es > 2,5. En otras formas de realización, el número copia de c-MAF medido por FISH es < 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9 copias del gen c-MAF.
En una forma de realización particular, el sujeto tiene metástasis o un pronóstico de experimentar metástasis. En algunas formas de realización, la metástasis es una metástasis ósea. En una forma de realización adicional, la metástasis ósea es metástasis osteolítica.
En algunas formas de realización, el método comprende en una primera etapa cuantificar el nivel de expresión, número de copia, ganancia o amplificación del gen c-MAF en una muestra tumoral en un sujeto que padece cáncer de mama.
En algunas formas de realización, la muestra es una muestra de tejido tumoral primario del sujeto. En una segunda etapa, el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF obtenida en la muestra tumoral del sujeto se compara con el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia de dicho gen en una muestra control. La determinación de los niveles de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF se debe relacionar a los valores de una muestra control o muestra de referencia. Dependiendo del tipo de tumor que se va a analizar, la naturaleza exacta de la muestra control puede variar. Por tanto, en algunas formas de realización, la muestra de referencia es una muestra de tejido tumoral de un sujeto con cáncer de mama que no ha metastatizado, recaído o recidivado o que corresponde al valor mediana de los niveles de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF medidos en una colección de tejido tumoral en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de mama que no metastatizado, recaído o recidivado.
En una forma de realización, los métodos de la invención comprenden en una segunda etapa comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF obtenido en la muestra tumoral (incluyendo, pero no limitada a biopsia de tumor primario, células tumorales circulantes y ADN tumoral circulante) del sujeto con el nivel de expresión de dicho gen en una muestra control.
La determinación del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF se debe correlacionar con valores de una muestra control o una muestra de referencia. Dependiendo del tipo de tumor que se va a analizar, la naturaleza exacta de la muestra control puede variar. Por tanto, en el caso de que se vaya a evaluar un diagnóstico, entonces la muestra de referencia es una muestra de tejido tumoral de un sujeto con cáncer de mama que no ha metastatizado o que corresponde al valor mediana de los niveles de expresión del gen c-MAF medidos en una colección de tejido tumoral en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de mama que no metastatizado.
Dicha muestra de referencia típicamente se obtiene combinando cantidades iguales de muestras de una población de sujetos. En general, las muestras de referencias típicas se obtendrán de sujetos que están clínicamente bien documentados y en los que la ausencia de metástasis está bien caracterizada. En tales muestras, las concentraciones normales (concentración de referencia) del biomarcador (gen c-MAF) se pueden determinar, por ejemplo, proporcionando la concentración media sobre la población de referencia. Se deben tener en cuenta varias consideraciones cuando se determina la concentración de referencia del marcador. Entre tales consideraciones están la edad, peso, sexo, estado físico general del paciente y similares. Por ejemplo, cantidades iguales de un grupo de al menos aproximadamente 2, al menos aproximadamente 10, de al menos aproximadamente 20, al menos aproximadamente 25, al menos aproximadamente 50, al menos aproximadamente 75, al menos aproximadamente 100, al menos aproximadamente 250, al menos aproximadamente 500, hasta más de 1000 sujetos, clasificados según las consideraciones anteriores, por ejemplo, según varias categorías de edad, se toman como el grupo de referencia. La colección de muestras de la que se deriva el nivel de referencia preferiblemente estará formada por sujetos que padecen el mismo tipo de cáncer que el paciente objeto de estudio (por ejemplo, cáncer de mama). De forma similar, el valor de referencia en una cohorte de pacientes se puede establecer usando una curva de eficacia diagnóstica (ROC) y midiendo el área bajo la curva para todos los pares de sensibilidad y especificidad para determinar que par proporciona los mejores valores y cuál es el valor de referencia correspondiente. ROC es un concepto estadístico estándar. Se puede encontrar una descripción en Stuart G. Baker "The Central Role of Receiver Operating Characteristic (ROC) curves in Evaluating Tests for the Early Detection of Cancer" Journal of The National Cáncer Institute (2003) Vol 95, No. 7, 511-515.
Una vez se ha establecido este valor mediana o de referencia, el nivel de este marcador expresado en tejidos tumorales de pacientes con este valor mediana se puede comparar y por tanto asignarse, por ejemplo, al nivel de expresión “aumentado”. Debido a la variabilidad entre sujetos (por ejemplo, aspectos en relación con la edad, raza, etc.) es muy difícil (si no virtualmente imposible) establecer valores de referencia absolutos de expresión de c-MAF. Por tanto, en formas de realización particulares, los valores de referencia para expresión “aumentada” o “reducida” de la expresión de c-MAF se determinan calculando los percentiles por medios convencionales que implica realizar ensayos en una o varias muestras aisladas de sujetos cuya enfermedad está bien documentada por cualquiera de los métodos mencionados anteriormente los niveles de expresión de c-MAF. Los niveles “reducidos” de c-MAF se pueden asignar entonces preferiblemente a muestras en donde los niveles de expresión de c-MAF son iguales a o menores que el 50° percentil en la población normal incluyendo, por ejemplo, niveles de expresión iguales a o menores que el 60° percentil en la población normal, iguales a o menores que el 70° percentil en la población normal, iguales a o menores que el 80° percentil en la población normal, iguales a o menores que el 90° percentil en la población normal, e iguales a o menores que el 95° percentil en la población normal. Los niveles de expresión “aumentados” del gen c-MAF se pueden entonces preferiblemente asignar a muestras en donde los niveles de expresión de c-MAF son iguales a o mayores que el 50° percentil en la población normal incluyendo, por ejemplo, niveles de expresión iguales a o mayores que el 60° percentil en la población normal, iguales a o mayores que el 70° percentil en la población normal, iguales a o mayores que el 80° percentil en la población normal, iguales a o mayores que el 90° percentil en la población normal, e iguales a o mayores que el 95° percentil en la población normal.
En una forma de realización particular, el grado de amplificación o ganancia del gen c-MAF se puede determinar por medio de determinar la amplificación o ganancia de una región cromosómica que contiene dicho gen. Preferiblemente, la región cromosómica cuya amplificación o ganancia es indicativa de la existencia de amplificación o ganancia del gen c-MAF es el locus 16q22-q24 que incluye el gen c-MAF. El locus 16q22-q24 está localizado en el cromosoma 16, en el brazo largo de dicho cromosoma y en un intervalo entre la banda 22 y la banda 24. Esta región corresponde en la base de datos del NCBI con los cóntigos NT_010498.15 y NT_010542.15. En otra forma de realización preferida, el grado de amplificación o ganancia del gen c-MAF se puede determinar por medio de usar una sonda específica para dicho gen.
En algunas formas de realización, la amplificación o ganancia es en una región en el locus 16q23. En algunas formas de realización, la amplificación o ganancia es en cualquier parte de la región cromosómica entre Chr. 16 - 79.392.959 pb a 79.663.806 pb (del centrómero al telómero). En algunas formas de realización, la amplificación o ganancia es en cualquier parte de la región cromosómica entre Chr. 16 - 79.392.959 pb a 79.663.806 pb, pero excluyendo elementos repetitivos de ADN. En algunas formas de realización, la amplificación o ganancia se mide usando una sonda específica para esa región.
En una forma de realización, el gen c-MAF está amplificado con respecto a un número de copia de gen de referencia cuando el número de copia del gen c-MAF es mayor que el número de copia que tiene una muestra de referencia o muestra control. En un ejemplo, se dice que el gen c-MAF está “amplificado” si el número de copia genómico o el número de copia genómico medio del gen c-MAF está aumentado en al menos aproximadamente 2 (es decir 6 copias), 3 (es decir, 8 copias), 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, o 50 veces en una muestra de prueba relativo a una muestra control. En otro ejemplo, se dice que un gen c-MAF está “amplificado” si el número de copia genómico o el número de copia genómico medio del gen c-MAF por célula es al menos aproximadamente 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, y similar.
En algunas formas de realización, cuando se mide el número de copia, la muestra control se refiere a una muestra tumoral de un sujeto con cáncer de mama que no ha padecido metástasis o que corresponde al valor mediana del número de copia del gen c-MAF medido en una colección de tejido tumoral en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de mama que no han padecido metástasis. Dicha muestra de referencia típicamente se obtiene combinando cantidades iguales de muestras de una población de sujetos. Si el número de copia del gen c-MAF está aumentado con respecto al número copia de dicho gen en la muestra control, entonces el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis. En otra forma de realización, el número de copia del gen de referencia es el número de copia del gen en una muestra de cáncer de mama de un sujeto que no ha padecido metástasis ósea.
En otra forma de realización, la amplificación o ganancia se determina por medio de hibridación in situ o PCR.
En otra forma de realización y como se describe en la presente invención, dado que chr16q22-24, que incluye el gen c-MAF, se amplifica en células de cáncer de mama está relacionado con la presencia de metástasis, recaída o recidiva la amplificación o ganancia de chr16q22-24, incluyendo el gen c-MAF, permite tomar decisiones en términos de la terapia más adecuada para el sujeto que padece dicho cáncer.
La determinación de la amplificación del gen c-MAF necesita correlacionarse con valores de una muestra control o muestra de referencia que corresponde al nivel de amplificación del gen c-MAF medido en una muestra de tejido tumoral de un sujeto con cáncer de mama que no ha padecido metástasis o que corresponde al valor mediana de la amplificación del gen c-MAF medido en una colección de tejido tumoral en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de mama que no han padecido metástasis. Dicha muestra de referencia típicamente se obtiene combinando cantidades iguales de muestras de una población de sujetos.
En general, las muestras de referencia típicas se obtendrán de sujetos que están clínicamente bien documentados y en los que la ausencia de metástasis está bien caracterizada. La colección de muestras de la que deriva el nivel de referencia preferiblemente estará hecha de sujetos que padecen el mismo tipo de cáncer que la paciente objeto del estudio. Una vez que se ha establecido este valor mediana, el nivel de amplificación de c-MAF en tejidos tumorales de pacientes se puede comparar con este valor mediana y, por tanto, si hay amplificación, el sujeto tiene un diagnóstico positivo de metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis.
En otro aspecto, se divulga un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para una paciente que padece cáncer de mama, que comprende determinar si el gen c-MAF está translocado en una muestra de dicho sujeto.
En algunas divulgaciones, el gen translocado es de la región en el locus 16q23. En algunas divulgaciones, el gen translocado es de cualquier parte de la región cromosómica entre Chr. 16 - 79.392.959 pb a 79.663.806 pb (del centrómero al telómero). En algunas divulgaciones, el gen translocado es de la región cromosómica entre Chr. 16 -79.392.959 pb a 79.663.806 pb, pero excluyendo elementos repetitivos de ADN. En algunas divulgaciones, la translocación se mide usando una sonda específica para esa región.
En una divulgación particular, la translocación del gen c-MAF se puede determinar por medio de determinar la translocación de una región cromosómica que contiene dicho gen. En una forma de realización, la translocación es la translocación t(14,16). En otra divulgación, la región cromosómica que se transloca es del locus 16q22-q24. El locus 16q22-q24 está localizado en el cromosoma 16, en el brazo largo de dicho cromosoma y en un intervalo entre la banda 22 y la banda 24. Esta región corresponde en la base de datos del NCBI con los cóntigos NT_010498.15 y NT_010542.15. En una, el gen c-MAF se transloca al cromosoma 14 en el locus 14q32, produciendo la translocación t(14,16)(q32,q23). Esta translocación coloca el gen c-MAF próximo a los potenciadores fuertes en el locus de IgH que, en algunos casos, produce sobreexpresión de MAF. (Eychéne, A., Rocques, N., y Puoponnot, C., A new MAFia in cancer. 2008. Nature Reviews: Cáncer. 8: 683-693).
En una divulgación, la translocación del gen c-MAF se puede determinar por medio de usar una sonda específica para dicha translocación.
Una divulgación de la invención comprende un método en el que en una primera etapa se determina si el gen c-MAF está translocado en una muestra de un sujeto. En una forma de realización, la muestra, es una muestra de tejido tumoral.
En una divulgación particular, un método de la invención para el pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis ósea en un sujeto con cáncer de mama comprende determinar el número de copia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto en donde el gen c-MAF está translocado y comparar dicho número de copia con el número de copia de una muestra control o de referencia, en donde si el número de copia del gen c-MAF es mayor con respecto al número de copia del gen c-MAF de una muestra control, entonces el sujeto tiene una mayor tendencia a desarrollar metástasis ósea.
En algunas divulgaciones, la amplificación, ganancia o número de copia del gen c-MAF se determinan después de determinar la translocación del gen c-MAF. En algunas divulgaciones, se usa una sonda para determinar si la célula es poliploide para el gen c-MAF. En algunas divulgaciones, se hace una determinación de poliploidía determinando si hay más de 2 señales del gen de interés. En algunas divulgaciones, la poliploidía se determina midiendo la señal de la sonda específica para el gen de interés y comparándola con una sonda centromérica u otra sonda.
Método de predecir supervivencia, incluyendo IDFS, usando c-MAF
La presente divulgación se dirige a predecir la IDFS de un sujeto que padece cáncer de mama. En cierta divulgación, los sujetos tienen un alto nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia de c-MAF. En otras divulgaciones, los sujetos tienen un bajo nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia de c-MAF. En algunas divulgaciones, el cáncer es cáncer de mama triple negativo. En otras divulgaciones, el cáncer es cáncer de mama ER+. En formas de realización adicionales, el cáncer es cáncer de mama ER-. En ciertas divulgaciones, el cáncer es cáncer de mama de tipo basal. En formas de realización aún adicionales, el cáncer es cáncer de mama HER2+. En algunas formas de realización, los sujetos son posmenopáusicos. En otras formas de realización, los sujetos son no posmenopáusicos.
En algunas divulgaciones, la invención se dirige a un método in vitro para predecir la IDFS de una paciente con cáncer de mama, que comprende i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenidos en la etapa i) con un valor de referencia, en donde nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia aumentado de dicho gen con respecto a dicho valor de referencia es indicativo de un mal pronóstico de IDFS.
En una divulgación, el documento se dirige a un método in vitro para predecir la IDFS de una paciente con cáncer de mama que comprende determinar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto relativo a una referencia en donde un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a dicha referencia es indicativo de un mal pronóstico de IDFS.
En una forma de realización adicional, el documento se dirige a un método in vitro para predecir la IDFS, excluyendo recidiva ósea, de un paciente con cáncer de mama que comprende determinar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto relativo a una referencia en donde un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a dicha referencia es indicativo de un mal pronóstico de IDFs , excluyendo recidiva ósea.
En algunas formas de realización, el número de copia de MAF o número de copia medio de MAF por célula medido usando FISH > 2,1,2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9 o 3,0 se considera un valor alto. En ciertas formas de realización, el valor MAF FISH es > 2,2. En otras formas de realización, el valor MAF FISH es > 2,3. En formas de realización adicionales, el valor MAF FISH es > 2,4. En formas de realización aún adicionales, el valor MAF FISH es > 2,5.
En algunas divulgaciones, el estado de c-MAF del sujeto predice la supervivencia global o la duración de la supervivencia sin enfermedad del sujeto. En ciertas formas de realización, el estado de c-MAF en cualquiera de las formas de realización del presente documento incluye amplificación del locus cromosómico 16q23 o 16q22-24, ganancia de copia o translocación o falta de la misma, o deleciones del locus cromosómico 16q23 o 16q22-24. En divulgaciones particulares, un sujeto con un aumento en su nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia tiene supervivencia sin enfermedad más corta que un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En algunas divulgaciones, la supervivencia sin enfermedad de un sujeto con un aumento en su nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es al menos aproximadamente 1 mes, 2 meses, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 11 meses, 12 meses, 1 año, dieciocho meses, 3 años, 4 años, 5 años, 6 años, 7 años, 8 años, 9 años, 10 años o más de 10 años menos que la supervivencia sin enfermedad de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En ciertas divulgaciones un sujeto con un aumento en su nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia tiene una supervivencia global más corta que un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En algunas divulgaciones, la supervivencia global de un sujeto con un aumento en su nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es al menos aproximadamente 1 mes, 2 meses, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 11 meses, 12 meses, 1 año, dieciocho meses, 3 años, 4 años, 5 años, 6 años, 7 años, 8 años, 9 años, 10 años o más de 10 años menos que la supervivencia sin enfermedad de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En algunas divulgaciones el sujeto es posmenopáusico. En otras divulgaciones el sujeto es no posmenopáusico. En algunas divulgaciones el sujeto es premenopáusico.
En algunas divulgaciones, la supervivencia sin enfermedad de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es más larga después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico, que la supervivencia sin enfermedad de un sujeto con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En algunas divulgaciones, la supervivencia sin enfermedad de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es al menos aproximadamente 1 mes, 2 meses, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 11 meses, 12 meses, 1 año, dieciocho meses, 3 años, 4 años, 5 años, 6 años, 7 años, 8 años, 9 años, 10 años o más después de tratamiento con ácido zoledrónico que la supervivencia sin enfermedad de un sujeto con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico. En algunas divulgaciones, la supervivencia global de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es más larga después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico, que la supervivencia global de un sujeto con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En algunas divulgaciones, la supervivencia global de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es al menos aproximadamente 1 mes, 2 meses, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 11 meses, 12 meses, 1 año, dieciocho meses, 3 años, 4 años, 5 años, 6 años, 7 años, 8 años, 9 años, 10 años o más después de tratamiento con ácido zoledrónico que la supervivencia global de un sujeto con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico. En algunas divulgaciones el sujeto es posmenopáusico. En otras divulgaciones el sujeto es no posmenopáusico. En algunas divulgaciones el sujeto es premenopáusico.
En algunas divulgaciones, la supervivencia sin enfermedad de un sujeto con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es más corta después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico, que la supervivencia sin enfermedad de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En algunas divulgaciones, la supervivencia sin enfermedad de un sujeto con un aumento en su nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es al menos aproximadamente 1 mes, 2 meses, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 11 meses, 12 meses, 1 año, dieciocho meses, 3 años, 4 años, 5 años, 6 años, 7 años, 8 años, 9 años 10 años o más de 10 años menos después de tratamiento con un agente modificar de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico que la supervivencia sin enfermedad de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico. En algunas divulgaciones, la supervivencia global de un sujeto con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es más corta después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico, que la supervivencia global de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En algunas divulgaciones, la supervivencia global de un sujeto con un aumento en su nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es al menos aproximadamente 1 mes, 2 meses, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 11 meses, 12 meses, 1 año, dieciocho meses, 3 años, 4 años, 5 años, 6 años, 7 años, 8 años, 9 años 10 años o más de 10 años menos después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico que la supervivencia global de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico. En algunas divulgaciones el sujeto es posmenopáusico. En otras divulgaciones el sujeto es no posmenopáusico. En algunas divulgaciones el sujeto es premenopáusico.
En algunas divulgaciones, la supervivencia sin enfermedad de un sujeto no posmenopáusico con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es más corta después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico, que la supervivencia sin enfermedad de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En algunas divulgaciones, la supervivencia sin enfermedad de un sujeto no posmenopáusico con un aumento en su nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es al menos aproximadamente 1 mes, 2 meses, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 11 meses, 12 meses, 1 año, dieciocho meses, 3 años, 4 años, 5 años, 6 años, 7 años, 8 años, 9 años 10 años o más de 10 años menos después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico que la supervivencia sin enfermedad de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico.
En algunas divulgaciones, la supervivencia global de un sujeto con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es más corta después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico, que la supervivencia sin enfermedad de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia. En algunas divulgaciones, la supervivencia global de un sujeto con un aumento en su nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia es al menos aproximadamente 1 mes, 2 meses, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 11 meses, 12 meses, 1 año, dieciocho meses, 3 años, 4 años, 5 años, 6 años, 7 años, 8 años, 9 años 10 años o más menos después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico que la supervivencia global de un sujeto sin un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia después de tratamiento con un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso, es decir, ácido zoledrónico. En algunas divulgaciones el sujeto es posmenopáusico. En otras divulgaciones el sujeto es no posmenopáusico. En algunas divulgaciones el sujeto es premenopáusico.
En algunas divulgaciones, el poder predictivo de MAF para la OS o DFS de un sujeto se basa en el estado menopáusico del sujeto. En algunas divulgaciones, MAF es predictivo en sujetos posmenopáusicos, desconocidos y perimenopáusicos en riesgo de una DFS más corta o peor OS. En otras divulgaciones, en sujetos premenopáusicos, los sujetos positivos para MAF son esos en menos riesgo y es más probable que tengan una DFS más larga y mejor OS.
En algunas divulgaciones, el estado de MAF del sujeto es predictivo de los tratamientos que debe recibir el sujeto. En algunas divulgaciones, el estado c-MAF en cualquiera de las divulgaciones en el presente documento incluye amplificación de locus cromosómico 16q23 o 16q22-24, ganancia de copia o translocación o falta de la misma, o deleciones del locus cromosómico 16q23 o 16q22-24. En algunas divulgaciones, a las pacientes posmenopáusicas con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia (y, por tanto, tienen alto riesgo de un mal desenlace de DFS u OS) se les puede administrar cualquier tratamiento divulgado en el presente documento. En algunas divulgaciones, pacientes posmenopáusicas con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia (y, por tanto, tienen alto riesgo de un mal desenlace de DFS u OS) pueden ser tratadas extendiendo su tratamiento hormonal más allá del tiempo de cinco años prescrito por el uso de tratamientos hormonales como el estándar de cuidado. En ciertas divulgaciones, el tratamiento hormonal es tamoxifeno y/o inhibidores de aromatasa. A las pacientes sin aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia no se les debe administrar un tratamiento divulgado en el presente documento.
En una forma de realización particular, el sujeto tiene metástasis o un pronóstico para padecer metástasis. En algunas formas de realización, la metástasis es una metástasis ósea. En una forma de realización adicional, la metástasis ósea es metástasis osteolítica.
En algunas formas de realización, la muestra es una muestra de tejido tumoral primario del sujeto. En una segunda etapa, el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF obtenida en la muestra tumoral del sujeto se compara con el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia de dicho gen en una muestra control. La determinación de los niveles de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF se debe relacionar a los valores de una muestra control o muestra de referencia. Dependiendo del tipo de tumor que se va a analizar, la naturaleza exacta de la muestra control puede variar. Por tanto, en algunas formas de realización, la muestra de referencia es una muestra de tejido tumoral de un sujeto con cáncer de mama que no ha metastatizado, recaído o recidivado o que corresponde al valor mediana de los niveles de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF medidos en una colección de tejido tumoral en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de mama que no ha metastatizado, recaído o recidivado.
En una forma de realización, los métodos de la invención comprenden en una segunda etapa comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF obtenido en la muestra tumoral (incluyendo, pero no limitada a biopsia de tumor primario, células tumorales circulantes y ADN tumoral circulante) del sujeto con el nivel de expresión de dicho gen en una muestra control.
Una vez que el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de tejido tumoral, una célula tumoral circulante o ADN tumoral circulante de un sujeto con cáncer de mama se ha medido y comparado con la muestra control, si el nivel de expresión de dicho gen está aumentado con respecto a su nivel de expresión en la muestra control, entonces se puede concluir que dicho sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis.
La determinación del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF se debe correlacionar con valores de una muestra control o una muestra de referencia. Dependiendo del tipo de tumor que se va a analizar, la naturaleza exacta de la muestra control puede variar. Por tanto, en el caso de que se vaya a evaluar un diagnóstico, entonces la muestra de referencia es una muestra de tejido tumoral de un sujeto con cáncer de mama que no ha metastatizado o que corresponde al valor mediana de los niveles de expresión del gen c-MAF medidos en una colección de tejido tumoral en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de mama que no ha metastatizado.
Dicha muestra de referencia típicamente se obtiene combinando cantidades iguales de muestras de una población de sujetos. En general, las muestras de referencias típicas se obtendrán de sujetos que están clínicamente bien documentados y en los que la ausencia de metástasis está bien caracterizada. En tales muestras, las concentraciones normales (concentración de referencia) del biomarcador (gen c-MAF) se pueden determinar, por ejemplo, proporcionando la concentración media sobre la población de referencia. Se deben tener en cuenta varias consideraciones cuando se determina la concentración de referencia del marcador. Entre tales consideraciones están la edad, peso, sexo, estado físico general del paciente y similares. Por ejemplo, cantidades iguales de un grupo de al menos aproximadamente 2, al menos aproximadamente 10, de al menos aproximadamente 20, al menos aproximadamente 25, al menos aproximadamente 50, al menos aproximadamente 75, al menos aproximadamente 100, al menos aproximadamente 250, al menos aproximadamente 500, hasta más de 1000 sujetos, clasificados según las consideraciones anteriores, por ejemplo, según varias categorías de edad, se toman como el grupo de referencia. La colección de muestras de la que se deriva el nivel de referencia preferiblemente estará formada por sujetos que padecen el mismo tipo de cáncer que el paciente objeto de estudio (por ejemplo, cáncer de mama). De forma similar, el valor de referencia en una cohorte de pacientes se puede establecer usando una curva de eficacia diagnóstica (ROC) y midiendo el área bajo la curva para todos los pares de sensibilidad y especificidad para determinar que par proporciona los mejores valores y cuál es el valor de referencia correspondiente. ROC es un concepto estadístico estándar. Se puede encontrar una descripción en Stuart G. Baker "The Central Role of Receiver Operating Characteristic (ROC) curves in Evaluating Tests for the Early Detection of Cancer" Journal of The National Cáncer Institute (2003) Vol 95, No. 7, 511-515.
Una vez se ha establecido este valor mediana o de referencia, el nivel de este marcador expresado en tejidos tumorales de pacientes con este valor mediana se puede comparar y por tanto asignarse, por ejemplo, al nivel de expresión “aumentado”. Debido a la variabilidad entre sujetos (por ejemplo, aspectos en relación con la edad, raza, etc.) es muy difícil (si no virtualmente imposible) establecer valores de referencia absolutos de expresión de c-MAF. Por tanto, en formas de realización particulares, los valores de referencia para expresión “aumentada” o “reducida” de la expresión de c-MAF se determinan calculando los percentiles por medios convencionales que implica realizar ensayos en una o varias muestras aisladas de sujetos cuya enfermedad está bien documentada por cualquiera de los métodos mencionados anteriormente los niveles de expresión de c-MAF. Los niveles “reducidos” de c-MAF se pueden entonces asignar preferiblemente a muestras en donde los niveles de expresión de c-MAF son iguales a o menores que el 50° percentil en la población normal incluyendo, por ejemplo, niveles de expresión iguales a o menores que el 60° percentil en la población normal, iguales a o menores que el 70° percentil en la población normal, iguales a o menores que el 80° percentil en la población normal, iguales a o menores que el 90° percentil en la población normal, e iguales a o menores que el 95° percentil en la población normal. Los niveles de expresión “aumentados” del gen c-MAF se pueden entonces preferiblemente asignar a muestras en donde los niveles de expresión de c-MAF son iguales a o mayores que el 50° percentil en la población normal incluyendo, por ejemplo, niveles de expresión iguales a o mayores que el 60° percentil en la población normal, iguales a o mayores que el 70° percentil en la población normal, iguales a o mayores que el 80° percentil en la población normal, iguales a o mayores que el 90° percentil en la población normal, e iguales a o mayores que el 95° percentil en la población normal.
En una forma de realización particular, el grado de amplificación o ganancia del gen c-MAF se puede determinar por medio de determinar la amplificación o ganancia de una región cromosómica que contiene dicho gen. Preferiblemente, la región cromosómica cuya amplificación o ganancia es indicativa de la existencia de amplificación o ganancia del gen c-MAF es el locus 16q22-q24 que incluye el gen c-MAF. El locus 16q22-q24 está localizado en el cromosoma 16, en el brazo largo de dicho cromosoma y en un intervalo entre la banda 22 y la banda 24. Esta región corresponde en la base de datos del NCBI con los cóntigos NT_010498.15 y NT_010542.15. En una forma de realización, el grado de amplificación o ganancia del gen c-MAF se puede determinar por medio de usar una sonda específica para dicho gen.
Cuando se mide el número de copia, la muestra control se refiere a una muestra tumoral de un sujeto con cáncer de mama que no ha padecido metástasis o que corresponde al valor mediana del número de copia del gen c-MAF medido en una colección de tejido tumoral en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de mama que no han padecido metástasis. Dicha muestra de referencia típicamente se obtiene combinando cantidades iguales de muestras de una población de sujetos. Si el número de copia del gen c-MAF está aumentado con respecto al número copia de dicho gen en la muestra control, entonces el sujeto tiene un diagnóstico positivo para metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis. En formas de realización, el número de copia se determina como el número de copia medio por célula.
En algunas formas de realización, la amplificación o ganancia es en una región en el locus 16q23. En algunas formas de realización, la amplificación o ganancia es en cualquier parte de la región cromosómica entre Chr. 16 - 79.392.959 pb a 79.663.806 pb (del centrómero al telómero). En algunas formas de realización, la amplificación o ganancia es en cualquier parte de la región cromosómica entre Chr. 16 - 79.392.959 pb a 79.663.806 pb, pero excluyendo elementos repetitivos de ADN. En algunas formas de realización, la amplificación o ganancia se mide usando una sonda específica para esa región.
En una forma de realización, el gen c-MAF está amplificado con respecto a un número de copia de gen de referencia cuando el número de copia del gen c-MAF es mayor que el número de copia que tiene una muestra de referencia o muestra control. En un ejemplo, se dice que el gen c-MAF está “amplificado” si el número de copia genómico o el número de copia genómico medio del gen c-MAF está aumentado en al menos aproximadamente 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, o 50 veces en una muestra de prueba relativo a una muestra control. En otro ejemplo, se dice que un gen c-MAF está “amplificado” si el número de copia genómico o el número de copia genómico medio del gen c-MAF por célula es al menos aproximadamente 2,1, 2,2, 2,3, 2,4, 2,5, 2,6, 2,7, 2,8, 2,9, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, y similar.
En otra forma de realización, el número de copia del gen de referencia es el número de copia del gen en una muestra de cáncer de mama de un sujeto que no ha padecido metástasis ósea.
En otra forma de realización, la amplificación o ganancia se determina por medio de hibridación in situ o PCR.
En otra forma de realización y como se describe en la presente invención, dado que chr16q22-24, incluyendo el gen c-MAF, se amplifica en células de cáncer de mama está relacionado con la presencia de metástasis, recaída o recidiva la amplificación o ganancia de chr16q22-24, que incluye el gen c-MAF, permite tomar decisiones en términos de la terapia más adecuada para el sujeto que padece dicho cáncer.
La determinación de la amplificación del gen c-MAF necesita correlacionarse con valores de una muestra control o muestra de referencia que corresponde al nivel de amplificación del gen c-MAF medido en una muestra de tejido tumoral de un sujeto con cáncer de mama que no ha padecido metástasis o que corresponde al valor mediana de la amplificación del gen c-MAF medido en una colección de tejido tumoral en muestras de biopsia de sujetos con cáncer de mama que no han padecido metástasis. Dicha muestra de referencia típicamente se obtiene combinando cantidades iguales de muestras de una población de sujetos.
En general, las muestras de referencia típicas se obtendrán de sujetos que están clínicamente bien documentados y en los que la ausencia de metástasis está bien caracterizada. La colección de muestras de la que deriva el nivel de referencia preferiblemente estará hecha de sujetos que padecen el mismo tipo de cáncer que la paciente objeto del estudio. Una vez que se ha establecido este valor mediana, el nivel de amplificación de c-MAF en tejidos tumorales de pacientes se puede comparar con este valor mediana y, por tanto, si hay amplificación, el sujeto tiene un diagnóstico positivo de metástasis o una mayor tendencia a desarrollar metástasis.
En otra divulgación, el documento se refiere a determinar si el gen c-MAF está translocado en una muestra de dicho sujeto.
En algunas divulgaciones, el gen translocado es de la región en el locus 16q23. En algunas formas de realización, el gen translocado es de cualquier parte de la región cromosómica entre Chr. 16 - 79.392.959 pb a 79.663.806 pb (del centrómero al telómero). En algunas divulgaciones, el gen translocado es de la región cromosómica entre Chr. 16 -79.392.959 pb a 79.663.806 pb, pero excluyendo elementos repetitivos de ADN. En algunas divulgaciones, la translocación se mide usando una sonda específica para esa región.
En una divulgación particular, la translocación del gen c-MAF se puede determinar por medio de determinar la translocación de una región cromosómica que contiene dicho gen. En una forma de realización, la translocación es la translocación t(14,16). En otra divulgación, la región cromosómica que se transloca es del locus 16q22-q24. El locus 16q22-q24 está localizado en el cromosoma 16, en el brazo largo de dicho cromosoma y en un intervalo entre la banda 22 y la banda 24. Esta región corresponde en la base de datos del NCBI con los cóntigos NT_010498.15 y NT_010542.15. En una forma de realización, el gen c-MAF se transloca al cromosoma 14 en el locus 14q32, produciendo la translocación t(14,16)(q32,q23). Esta translocación coloca el gen c-MAF próximo a los potenciadores fuertes en el locus de IgH que, en algunos casos, produce sobreexpresión de MAF. (Eychéne, A., Rocques, N., y Puoponnot, C., A new MAFia in cancer. 2008. Nature Reviews: Cáncer. 8: 683-693).
En una divulgación, la translocación del gen c-MAF se puede determinar por medio de usar una sonda específica para dicha translocación.
Una divulgación de la invención comprende un método en el que en una primera etapa se determina si el gen c-MAF está translocado en una muestra de un sujeto. En una forma de realización, la muestra, es una muestra de tejido tumoral.
En una divulgación particular, un método de la invención para el pronóstico de la tendencia a desarrollar metástasis ósea en un sujeto con cáncer de mama comprende determinar el número de copia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto en donde el gen c-MAF está translocado y comparar dicho número de copia con el número de copia de una muestra control o de referencia, en donde si el número de copia del gen c-MAF es mayor con respecto al número de copia del gen c-MAF de una muestra control, entonces el sujeto tiene una mayor tendencia a desarrollar metástasis ósea.
Los métodos para determinar si el gen c-MAF o la región cromosómica 16q22-q24 está translocada se conocen ampliamente en el estado de la técnica e incluyen los descritos previamente para la amplificación de c-MAF. Dichos métodos incluyen, sin limitación, hibridación in situ (ISH) (tal como hibridación in situ con fluorescencia (FISH), hibridación in situ cromogénica (CISH) o hibridación in situ con plata (SISH)), hibridación comparativa genómica o reacción en cadena de la polimerasa (tal como PCR cuantitativa en tiempo real). Para cualquier método ISH, la amplificación, la ganancia, el número de copia, o la translocación se puede determinar contando el número de puntos fluorescentes, puntos coloreados o puntos con plata en los cromosomas o en el núcleo. En otras divulgaciones, la detección de alteraciones del número de copia y translocaciones se pueden detectar mediante el uso de secuenciación del genoma entero, secuenciación del exoma o mediante el uso de cualquier tecnología derivada de PCR. Por ejemplo, se puede realizar PCR en muestras de ADN genómico para detectar translocación. En una divulgación, se usa PCR cuantitativa. En una divulgación, se realiza PCR con un cebador específico para el gen c-MAF y un cebador específico para la región promotora de IGH; si se produce un producto, se ha producido translocación.
En algunas divulgaciones, la amplificación, ganancia o número de copia del gen c-MAF se determinan después de determinar la translocación del gen c-MAF. En algunas divulgaciones, se usa una sonda para determinar si la célula es poliploide para el gen c-MAF. En algunas divulgaciones, se hace una determinación de poliploidía determinando si hay más de 2 señales del gen de interés. En algunas divulgaciones, la poliploidía se determina midiendo la señal de la sonda específica para el gen de interés y comparándola con una sonda centromérica u otra sonda.
Métodos de medir la expresión, número de copia, amplificación, ganancia y translocación de c-MAF
En algunas divulgaciones, el nivel de expresión, número de copia, amplificación, ganancia y translocación del gen c-MAF se mide usando cualquier método conocido en la técnica o descrito en el presente documento.
El nivel de expresión de la proteína c-MAF se puede cuantificar por cualquier método convencional que permita detectar y cuantificar dicha proteína en una muestra de un sujeto. A modo de ilustración no limitante, dichos niveles de proteínas se pueden cuantificar, por ejemplo, usando anticuerpos con capacidad de unión a c-MAF (o un fragmento de la misma que contiene un determinante antigénico) y la posterior cuantificación de los complejos formados. Los anticuerpos usados en estos ensayos pueden o no estar marcados. Los ejemplos ilustrativos de marcadores que se pueden usar incluyen isótopos radioactivos, enzimas, fluoróforos, reactivos quimioluminiscentes, sustratos o cofactores de enzimas, inhibidores de enzimas, partículas, colorantes, etc. Hay una amplia gama de ensayos conocidos que se pueden usar en la presente invención que usan anticuerpos no marcados (anticuerpo primario) y anticuerpos marcados (anticuerpo secundario); estas técnicas incluyen inmunotransferencia o transferencia Western, ELISA (enzimoinmunoanálisis de adsorción), RIA (radioinmunoensayo), EIA competitivo (inmunoensayo enzimático competitivo), DAS-ELISA (ELISA sándwich con doble anticuerpo), técnicas inmunocitoquímicas e inmunohistoquímicas, técnicas basadas en el uso de micromatrices de proteínas o biochips incluyendo anticuerpos específicos o ensayos basados en precipitación coloidal en formatos tal como tiras reactivas. Otras maneras de detectar y cuantificar dicha proteína c-MAF incluyen técnicas de cromatografía, ensayos de unión a ligando, etc. Cuando se usa un método inmunológico, cualquier anticuerpo o reactivo que se sabe se une a la proteína c-MAF con una alta afinidad se puede usar para detectar la cantidad de la misma. Esto incluiría, pero no está limitado a, el uso de un anticuerpo, por ejemplo, suero policlonal, sobrenadantes de hibridomas o anticuerpos monoclonales, fragmentos de anticuerpos, Fv, Fab, Fab', y F(ab')2, scFv, diacuerpos humanizados, triacuerpos, tetracuerpos, anticuerpos, nanocuerpos, alfacuerpos, péptidos grapados, y ciclopéptidos. Hay anticuerpos anti-proteína c-MAF comerciales en el mercado que se pueden usar en el contexto de la presente invención, tal como, por ejemplo, los anticuerpos ab427, ab55502, ab55502, ab72584, ab76817, ab77071 (Abcam plc, 330 Science Park, Cambridge CB4 OFL, Reino Unido), el anticuerpo monoclonal O75444 (anticuerpo monoclonal sin azida Anti-MAF Humana de ratón, sin conjugar, Clon 6b8) de AbD Serotec, etc. Hay muchas empresas comerciales que ofrecen anticuerpos anti-c-MAF, tal como Abnova Corporation, Bethyl Laboratories, Bioworld Technology, GeneTex, etc.
En algunas formas de realización, los niveles de proteína c-MAF se detectan por un miembro que se une al antígeno o fragmento del mismo. En algunas formas de realización, el miembro de unión es una molécula que se une al antígeno o fragmento del mismo que se une a c-MAF humana, en donde la molécula de unión a anticuerpo o fragmento de la misma comprende una CDR1 de cadena pesada al menos aproximadamente el 70%, aproximadamente el 75%, aproximadamente el 80%, aproximadamente el 85%, aproximadamente el 90%, aproximadamente el 95%, aproximadamente el 99% o aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 21, y/o una CDR2 de cadena pesada al menos aproximadamente el 70%, aproximadamente el 75%, aproximadamente el 80%, aproximadamente el 85%, aproximadamente el 90%, aproximadamente el 95%, aproximadamente el 99% o aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 22, y/o una CDR3 de cadena pesada al menos aproximadamente el 70%, aproximadamente el 75%, aproximadamente el 80%, aproximadamente el 85%, aproximadamente el 90%, aproximadamente el 95%, aproximadamente el 99% o aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 23; y/o comprende una CDR1 de cadena ligera al menos aproximadamente el 70%, aproximadamente el 75%, aproximadamente el 80%, aproximadamente el 85%, aproximadamente el 90%, aproximadamente el 95%, aproximadamente el 99% o aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 18, y/o una CDR2 de cadena ligera al menos aproximadamente el 70%, aproximadamente el 75%, aproximadamente el 80%, aproximadamente el 85%, aproximadamente el 90%, aproximadamente el 95%, aproximadamente el 99% o aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 19, y/o una CDR3 de cadena ligera al menos aproximadamente el 70%, aproximadamente el 75%, aproximadamente el 80%, aproximadamente el 85%, aproximadamente el 90%, aproximadamente el 95%, aproximadamente el 99% o aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 20.
En algunas formas de realización, el anticuerpo o fragmento del mismo comprende un dominio VH con una secuencia que es al menos aproximadamente el 70%, al menos aproximadamente el 75%, al menos aproximadamente el 80%, al menos aproximadamente el 85%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95%, al menos aproximadamente el 99% o al menos aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 15.
En algunas formas de realización, el anticuerpo o fragmento del mismo comprende un dominio VL con una secuencia que es al menos aproximadamente el 70%, al menos aproximadamente el 75%, al menos aproximadamente el 80%, al menos aproximadamente el 85%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95%, al menos aproximadamente el 99% o al menos aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 17.
En algunas formas de realización, el anticuerpo o fragmento del mismo comprende una secuencia de la cadena pesada que es al menos aproximadamente el 70%, al menos aproximadamente el 75%, al menos aproximadamente el 80%, al menos aproximadamente el 85%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95%, al menos aproximadamente el 99% o al menos aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 14.
En algunas formas de realización, el anticuerpo o fragmento del mismo comprende una secuencia de la cadena ligera que es al menos aproximadamente el 70%, al menos aproximadamente el 75%, al menos aproximadamente el 80%, al menos aproximadamente el 85%, al menos aproximadamente el 90%, al menos aproximadamente el 95%, al menos aproximadamente el 99% o al menos aproximadamente el 100% idéntica a la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 16.
En algunas formas de realización, la molécula de unión al antígeno o fragmento de la misma es un anticuerpo. En algunas formas de realización, el anticuerpo es un anticuerpo de conejo, un anticuerpo de ratón, un anticuerpo quimérico o un anticuerpo humanizado. En un aspecto, el presente documento se dirige a un miembro de unión, fragmento funcional, anticuerpo o variante del mismo que específicamente se une al epítopo codificado por SEQ ID NO: 24. En algunas formas de realización, el anticuerpo es cualquier anticuerpo descrito en la Solicitud Internacional No. PCT/IB2015/059562.
En una forma de realización particular, los niveles de la proteína c-MAF se cuantifican por medio de inmunotransferencia, inmunohistoquímica, ELISA o una matriz de proteínas.
Como entiende el experto en la materia, los niveles de expresión génica se pueden cuantificar midiendo los niveles de ARN mensajero de dicho gen o de la proteína codificada por dicho gen. En algunas formas de realización, el nivel de expresión génica se puede cuantificar por cualquier medio conocido en la técnica.
Para este fin, la muestra biológica se puede tratar para física o mecánicamente romper el tejido o estructura celular, liberar los componentes intracelulares en una solución acuosa u orgánica para preparar ácidos nucleicos. Los ácidos nucleicos se extraen por medio de métodos comercialmente disponibles que conocen los expertos en la materia (Sambroock, J., et al., "Molecular cloning: a Laboratory Manual", 3a ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, N.Y., Vol. 1-3).
Por tanto, el nivel de expresión del gen c-MAF se puede cuantificar a partir del ARN resultante de la transcripción de dicho gen (ARN mensajero o ARNm) o, alternativamente, del ADN complementario (ADNc) de dicho gen. Por tanto, en una forma de realización particular de la invención, la cuantificación de los niveles de expresión del gen c-MAF comprende la cuantificación del ARN mensajero del gen c-MAF o un fragmento de dicho ARNm, ADN complementario del gen c-MAF o un fragmento de dicho ADNc o la mezcla de los mismos.
Se puede usar virtualmente cualquier método convencional dentro de ámbito de la invención para detectar y cuantificar los niveles de ARNm codificados por el gen c-MAF o del correspondiente ADNc del mismo. A modo de ilustración no limitante, los niveles de ARNm codificados por dicho gen se pueden cuantificar usando métodos convencionales, por ejemplo, métodos que comprenden amplificación de ARNm y la cuantificación de dicho producto de amplificación del ARNm, tal como electroforesis y tinción, o alternativamente, por transferencia Southern y usando sondas adecuadas, transferencia Northern y usando sondas específicas del ARNm del gen de interés (c-MAF) o del correspondiente ADNc del mismo, mapeo con nucleasa S1, RT-PCR, hibridación, micromatrices, etc., preferiblemente por medio de PCR cuantitativa en tiempo real usando un marcador adecuado. Asimismo, los niveles de ADNc correspondientes al ARNm codificado por el gen c-MAF también se pueden cuantificar mediante el uso de técnicas convencionales; en este caso, el método de la invención incluye una etapa para sintetizar el correspondiente ADNc por medio de transcripción inversa (RT) del correspondiente ARNm seguido por la amplificación y cuantificación de dicho producto de amplificación de ADNc. Se pueden encontrar métodos convencionales para cuantificar los niveles de expresión, por ejemplo, en Sambrook et al., 2001 (citado anteriormente). Estos métodos son conocidos en la técnica y un experto en la materia sería familiar con las normalizaciones necesarias para cada técnica. Por ejemplo, las medidas de expresión generadas usando PCR multiplex se deben normalizar comparando la expresión de los genes que se miden respecto a los denominados genes “de mantenimiento”, cuya expresión debe ser constante en todas las muestras, proporcionando de esta manera una expresión basal frente a la que comparar u otros genes control cuya expresión se sabe que está modulada con cáncer.
En una forma de realización particular, los niveles de expresión del gen c-MAF se cuantifican por medio de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) cuantitativa o una matriz de ADN, ARN, o técnica de hibridación de nucleótidos.
Además, el nivel de expresión del gen c-MAF también se puede cuantificar por medio de cuantificar los niveles de expresión de la proteína codificada por dicho gen, es decir la proteína c-MAf (c-MAF) [NCBI, número de registro O75444], o cualquier variante funcionalmente equivalente de la proteína c-MAF. Hay dos isoformas de la proteína cMAF, la isoterma a (NCBI, NP_005351.2) hecha de 403 aminoácidos (SEQ ID NO: 4) y la isoterma p (NP_001026974.1) hecha de 373 aminoácidos (SEQ ID NO: 5). El nivel de expresión del gen c-MAF se puede cuantificar por medio de cuantificar los niveles de expresión de cualquiera de las isotermas de la proteína c-MAF. Por tanto, en una forma de realización particular, la cuantificación de los niveles de la proteína codificada por el gen c-MAF comprende la cuantificación de la proteína c-MAF.
Los métodos para determinar si el gen c-MAF o la región cromosómica 16q22-q24 está amplificada se conocen ampliamente en el estado de la técnica. Dichos métodos incluyen, sin limitación, hibridación in situ (ISH) (tal como hibridación in situ con fluorescencia (FISH), hibridación in situ cromogénica (CISH) o hibridación in situ con plata (SISH)), hibridación comparativa genómica o reacción en cadena de la polimerasa (tal como PCR cuantitativa en tiempo real). Para cualquier método ISH, la amplificación, la ganancia, el número de copia, o la translocación se puede determinar contando el número de puntos fluorescentes, puntos coloreados o puntos con plata en los cromosomas o en el núcleo.
La hibridación in situ con fluorescencia (FISH) es una técnica citogenética que se usa para detectar y localizar la presencia o ausencia de secuencias de ADN específicas en cromosomas. FISH usa sondas fluorescentes que solo se unen a algunas partes del cromosoma con las que muestran un alto grado de similitud de secuencia. En un método FISH típico, la sonda de ADN está marcada con una molécula fluorescente o un hapteno, típicamente en forma de fluor-dUTP, digoxigenina-dUTP, biotina-dUTP o hapteno-dUTP que se incorpora al ADN usando reacciones enzimáticas, tal como desplazamiento de la mella o PCR. La muestra que contiene el material genético (los cromosomas) se coloca en portaobjetos de vidrio y se desnaturaliza por un tratamiento con formamida. La sonda marcada se hibrida después con la muestra que contiene el material genético en condiciones adecuadas que determinará el experto en la materia. Después de la hibridación, la muestra se ve o bien directamente (en el caso de una sonda marcada con flúor) o indirectamente (usando anticuerpos marcados con fluorescencia para detectar el hapteno).
En el caso de CISH, la sonda está marcada con digoxigenina, biotina o fluoresceína y se hibrida con la muestra que contiene el material genético en condiciones adecuadas.
Los métodos para determinar si el gen c-MAF o la región cromosómica 16q22-q24 está translocada se conocen ampliamente en el estado de la técnica e incluyen los descritos previamente para la amplificación de c-MAF. Dichos métodos incluyen, sin limitación, hibridación in situ (ISH) (tal como hibridación in situ con fluorescencia (FISH), hibridación in situ cromogénica (CISH) o hibridación in situ con plata (SISH)), hibridación comparativa genómica o reacción en cadena de la polimerasa (tal como PCR cuantitativa en tiempo real). Para cualquier método ISH, la amplificación, la ganancia, el número de copia, o la translocación se puede determinar contando el número de puntos fluorescentes, puntos coloreados o puntos con plata en los cromosomas o en el núcleo. En otras divulgaciones, la detección de alteraciones del número de copia y translocaciones se pueden detectar mediante el uso de secuenciación del genoma entero, secuenciación del exoma o mediante el uso de cualquier tecnología derivada de PCR. Por ejemplo, se puede realizar PCR en muestras de ADN genómico para detectar translocación. En una divulgación, se usa PCR cuantitativa. En una divulgación, se realiza PCR con un cebador específico para el gen c-MAF y un cebador específico para la región promotora de IGH; si se produce un producto, se ha producido translocación.
Se puede usar cualquier molécula marcadora que se pueda unir a ADN para marcar las sondas usadas en los métodos de la invención, permitiendo de esta manera la detección de moléculas de ácido nucleico. Los ejemplos de marcadores para marcaje incluyen, aunque no están limitados a, isótopos radioactivos, sustratos de enzimas, cofactores, ligandos, agentes quimioluminiscentes, fluoróforos, haptenos, enzimas, y combinaciones de los mismos. Se pueden encontrar métodos para marcar y directrices para seleccionar marcadores adecuados para diferentes fines, por ejemplo, en Sambrook et al. (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, Nueva York, 1989) y Ausubel et al. (En Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Nueva York, 1998).
En algunas formas de realización, una sonda divulgada es una sonda de color dual. En algunas formas de realización, una sonda divulgada es una sonda de fusión dual. En algunas formas de realización, una sonda divulgada es una sonda de color dual, sonda de fusión dual. En algunas formas de realización, se usan dos sondas separadas.
En otra forma de realización, se usa una de las siguientes sondas para medir el gen c-MAF (incluyendo la traducción del gen c-MAF): la sonda de fusión dual color dual Vysis LSI IGH/MAF (http://www.abbottmolecular.com/us/products/analyte-specific-reagent/fish/vysis-lsi-igh-maf-dual-color-dual-fusionprobe.html; último acceso 11/5/2012), que comprende una sonda contra 14q32 y 16q23; una sonda fusión de Kreatech diagnostics MAF/IGH gt(14;16) (https://www.leicabiosystems.com/fileadmin/img_uploads/kreatech/ifu/PI-KI-10610 D2.1.pdf; último acceso 18/05/2017), una sonda MAF FISH de Abnova (http://www.abnova.com/products/products_detail.asp?Catalog_id=FA0375; último acceso 11/5/2012), una sonda de translocación de Cancer Genetics Italia IGH/MAF Two Color, Two Fusion (http://www.cancergeneticsitalia.com/dnafish-probe/ighmaf/; último acceso 11/5/2012), una sonda FISH IGH/MAF-t(14;16)(q32;q23) de Creative Bioarray (http://www.creative-bioarray.com/products.asp?cid=35&page=10; último acceso 11/5/2012), un panel de mieloma múltiple por FISh de Arup Laboratories (http://www.aruplab.com/files/technicalbulletins/Multiple%20Myeloma%20%28MM%29%20by%20FISH.pdf; último acceso 11/5/2012), una sonda Agilent específica para 16q23 o 14q32 (http://www.genomics.agilent.com/ProductSearch.aspx?chr=16&start=79483700&end=7 9754340; último acceso 11/5/2012; http://www.genomics.agilent.com/ProductSearch.aspx?Pageid=3000&ProductID=637i último acceso 11/5/2012), una sonda de Dako específica para 16q23 o 14q32 (http://www.dako.com/us/ar42/psg42806000/baseproducts_surefish.htm?setCountry=true &purl=ar42/psg42806000/baseproducts_surefish.htm?undefined&submit=Accept%20country; último acceso 11/5/2012), una sonda de fusión dual, translocación IGH/MAF de Cytocell (http://www.zentech.be/uploads/docs/products_info/prenatalogy/cytocell%202012-2013%20catalogue%5B3%5D.pdf; último acceso 11/5/2012), una sonda de translocación-fusión dual IGH / MAF de Metasystems XL (http://www.metasystems-intemational.com/index.php?option=com_joodb&view=article&joobase=5&id=12%3Ad-5029-100-og&Itemid=272; último acceso 11/5/2012), una sondas XL de FISH de Zeiss, 100jl, IGH / MAFB (https://www.micro-shop.zeiss.com/?s=440675675dedc6&1=en&p=uk&f=r&i=5000&o=&h=25&n=l&sd=000000-0528-231-uk; último acceso 11/5/2012) o una sonda de fusión dual IGH/MAF de Genycell Biotech (http://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=l&ved=0CCQQ FjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.genycell.es%2Fimages%2Fproductos%2Fbrochures %2Flphmie6_86.ppt&ei=MhGYU0i3GKWHOQG1t4DoDw&usg=AFQjCNEqQMbT8v QGjJbi9riEf31VgoFTFQ&sig2=V5IS8juEMVHB18Mv2Xx_Ww; último acceso 11/5/2012)
En algunas formas de realización, el marcador en la sonda es un fluoróforo. En algunas formas de realización, el fluoróforo en la sonda es naranja. En algunas formas de realización, el fluoróforo en la sonda es verde. En algunas formas de realización, el fluoróforo en la sonda es rojo. En algunos casos, el fluoróforo en la sonda es amarillo. En algunas formas de realización, una sonda está marcada con un fluoróforo rojo, y una con un fluoróforo verde. En algunas formas de realización, una sonda está marcada con un fluoróforo verde, y una con un fluoróforo naranja. En algunos casos, el fluoróforo en la sonda es amarillo. Por ejemplo, si la sonda específica de MAF está marcada con un fluoróforo rojo y la sonda específica de IGH está marcada con un fluoróforo verde, si se ve blanco indica que las señalan solapan y se ha producido translocación.
En algunas formas de realización el fluoróforo es SpectrumOrange. En algunas formas de realización el fluoróforo es SpectrumGreen. En algunas formas de realización el fluoróforo es DAPI. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf405. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf415. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf495. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf505. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf550. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf547. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf570. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf590. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf647. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/'ghf495/550. En algunas formas de realización el fluoróforo es PlatinumBr/ghf415/495/550. En algunas formas de realización el fluoróforo es DAPI/PlatinumBr/ghf495/550. En algunas formas de realización el fluoróforo es FITC. En algunas formas de realización el fluoróforo es Texas Red. En algunas formas de realización el fluoróforo es DEAC. En algunas formas de realización el fluoróforo es R6G. En algunas formas de realización el fluoróforo es Cy5. En algunas formas de realización el fluoróforo es FITC, Texas Red y DAPI. En algunas formas de realización, se usa una contratinción de DAPI para visualizar la translocación, amplificación, ganancia o alteración del número de copia.
Agentes y terapias para uso en los métodos para el tratamiento o prevención de cáncer de mama
En algunas divulgaciones, los métodos de la invención en el presente documento incluyen tratar sujetos con agentes para evitar o prevenir la remodelación ósea. Como se usa en el presente documento, un “agente para evitar o prevenir la remodelación ósea” se refiere a cualquier molécula capaz de tratar o parar la degradación de hueso, ya sea estimulando la proliferación de osteoblastos o inhibiendo la proliferación de osteoclastos, incluyendo agentes para evitar o prevenir la degradación de hueso. En algunas divulgaciones, el agente para evitar o prevenir la remodelación ósea es un agente modificador de hueso y/o un agente que evita o previene la degradación de hueso. Los ejemplos ilustrativos de agentes usados para evitar y/o prevenir la degradación de hueso incluyen, aunque sin limitar a:
- Inhibidores de hormona paratiroidea (PTH) y hormona similar a hormona paratiroidea (PTHLH) (incluyendo anticuerpos bloqueantes) o formas recombinantes de los mismos (teriparatida correspondiente a los aminoácidos 7-34 de PTH). Esta hormona actúa estimulando los osteoclastos y aumentando su actividad.
- Ranelato de estroncio: es un tratamiento oral alternativo, y forma parte del grupo de fármacos llamados “agentes óseos de acción dual” (DABA) porque estimulan la proliferación de osteoblastos e inhiben la proliferación de osteoclastos.
- “Moduladores del receptor de estrógeno” (SERM) se refiere a compuestos que interfieren o inhiben la unión de estrógenos al receptor, independientemente del mecanismo. Los ejemplos de moduladores del receptor de estrógenos incluyen, entre otros, estrógenos, progestágeno, estradiol, droloxifeno, raloxifeno, lasofoxifeno, TSE-424, tamoxifeno, idoxifeno, L Y353381, LY117081, toremifeno, fluvestrant, 4-[7-(2,2-dimetil-1-oxopropoxi-4-metil-2-[4-[2-(1-piperidinil)etoxi]fenil]-2H-1-benzopiran-3-il]-fenil-2,2-dimetilpropanoato 4,4'dihidroxibenzofenona-2,4-dinitrofenil-hidrazona y SH646.
- Calcitonina: inhibe directamente la actividad de osteoclastos a través del receptor de calcitonina. Los receptores de calcitonina se han identificado en la superficie de osteoclastos.
- Bifosfonatos: son un grupo de productos médicos usados para la prevención y el tratamiento de enfermedades con resorción y reabsorción ósea tal como osteoporosis y cáncer con metástasis ósea, la última está con o sin hipercalcemia, asociada a cáncer de mama. Los ejemplos de bisfosfonatos que se pueden usar en la terapia diseñada mediante el quinto método de la invención incluyen, aunque sin limitar a, bifosfonatos nitrogenados (tal como pamidronato, neridornato, olpadronato, alendronato, ibandronato, risedronato, incadronato, zoledronato o ácido zoledrónico, etc.) y bifosfonatos no nitrogenados (tal como etidronato, clodronato, tiludronato, etc.).
- “ Inhibidores de catepsina K” se refiere a compuestos que interfieren con la actividad serina proteasa de catepsina K. Los ejemplos no limitantes de inhibidores de catepsina K incluyen derivados de 4-amino-pirimidina-2-carbonitrilo (descritos en la solicitud de patente internacional WO 03/020278 bajo el nombre de Novartis Pharma GMBH), pirrolo-pirimidinas descritas en la solicitud WO 03/020721 (Novartis Pharma GMBH) y la publicación WO 04/000843 (As TrAZENECA AB) así como los inhibidores descritos en las publicaciones PCT WO 00/55126 de Axys Pharmaceuticals, WO 01/49288 de Merck Frosst Canada & Co. y Axys Pharmaceuticals.
- “ Inhibidor de DKK-1 (Dickkopf-1)” como se usa en el presente documento se refiere a cualquier compuesto que sea capaz de reducir la actividad de DKK-1. DKK-1 es un antagonista de la ruta Wtn soluble expresado predominantemente en hueso adulto y aumentado en pacientes de mieloma con lesiones osteolíticas. Los agentes dirigidos a DKK-1 pueden desempeñar una función en prevenir enfermedad ósea osteolítica en pacientes de mieloma múltiple. BHQ880 de Novartis es un anticuerpo neutralizante anti-DKK-1, completamente humano, primero de su clase. Estudios preclínicos apoyan la hipótesis que BHQ880 fomenta la formación de hueso y por tanto inhibe la enfermedad osteolítica inducida por tumor (Ettenberg S. et al., American Association for Cancer Research Annual Meeting. 12-16 Abril, 2008; San Diego, Calif. Abstract).
- “ Inhibidor dual de MET y VEGFR2” como se usa en el presente documento se refiere a cualquier compuesto que es un potente inhibidor dual de las rutas MET y VEGF diseñados para bloquear el escape tumoral dirigido por MET. MET se expresa no solo en células tumorales y células endoteliales, sino también en osteoblastos (células formadoras de hueso) y osteoclastos (células eliminadoras de hueso). HGF se une a MET en todos estos tipos de células, dando a la ruta MET una función importante en bucles múltiples autocrinos y paracrinos. La activación de MET en células tumorales parece ser importante en el establecimiento de lesiones óseas metastásicas. Al mismo tiempo, la activación de la ruta MET en osteoblastos y osteoclastos puede llevar a características patológicas de metástasis óseas, incluyendo crecimiento anómalo de hueso (es decir, lesión blástica) o destrucción (es decir, lesión lítica. Por tanto, dirigirse a la ruta MET puede ser una estrategia viable en prevenir el establecimiento y evolución de lesiones óseas metastásicas. Cabozanitinib (Exelixis, Inc), anteriormente conocido como XL184 (c As 849217-68-1), es un potente inhibidor dual de las rutas MET y VEg F diseñado para bloquear el escape tumoral dirigido por MET. En múltiples estudios preclínicos se ha mostrado que cabozanitinib destruye células tumorales, reduce metástasis, e inhibe angiogénesis (la formación de nuevos vasos sanguíneos necesarios para apoyar el crecimiento tumoral). Otros inhibidores duales adecuados son E7050 ((2R,3R)-tartrato de N-[2-fluoro-4-({2[4-(4-metilpiperazin-1-il)piperidin-1-il]carbonilaminopiridin-4-il}oxo)fenil]-N'-(4-fluorofenil) ciclopropano-1,1-dicarboxamida) (CAS 928037-13-2) o Foretinib (también conocido como GSK1363089, XL880, CAS 849217-64-7).
- “ Inhibidores de RANKL” como se usa en el presente documento se refiere a cualquier compuesto que es capaz de reducir la actividad de RANKL. RANKL se encuentra en la superficie de la membrana de los osteoblastos del estroma y células linfocitos T, y estos linfocitos T son los únicos que han demostrado capacidad para secretarlo. Su función principal es la activación de los osteoclastos, células implicadas en la resorción de hueso. Los inhibidores de RANKL puede actuar bloqueando la unión de RANKL a su receptor (RANK), bloqueando la señalización mediada por RANK o reduciendo la expresión de RANKL bloqueando la transcripción o la traducción de RANKL. Los antagonistas o inhibidores de RANKL adecuados para uso en la presente invención incluyen, sin limitación:
o una proteína RANK adecuada que es capaz de unirse a RANKL y que comprende todo o un fragmento del dominio extracelular de una proteína RANK. El RANK soluble puede comprender el péptido señal y el dominio extracelular de polipéptidos PANK murinos o humanos, o alternativamente, se puede usar la forma madura de la proteína con el péptido señal eliminado.
o Osteoprotegerina o una variante de la misma con capacidad de unión a RANKL.
o Moléculas antisentido específicas de RANKL
o Ribozimas capaces de procesar los productos transcritos de RANKL.
o Anticuerpos anti-RANKL específicos. “Anticuerpo anti-RANKL o anticuerpo dirigido contra RANKL” se entiende en el presente documento como todo ese anticuerpo que es capaz de unirse específicamente al ligando del receptor activador para el factor nuclear kB (RANKL) inhibiendo una o más de las funciones de RANKL. Los anticuerpos se pueden preparar usando cualquiera de los métodos que conocen los expertos en la materia. Por tanto, se preparan anticuerpos policlonales por medio de inmunizar un animal con la proteína que se va a inhibir. Los anticuerpos monoclonales se preparan usando el método descrito por Kohler, Milstein et al. (Nature, 1975, 256: 495). Los anticuerpos adecuados en el contexto de la presente invención incluyen anticuerpos intactos que comprenden una región de unión a antígeno variable y una región constante, fragmentos “Fab”, “F(ab')2” y “Fab'”, Fv, scFv, diacuerpos y anticuerpo biespecíficos.
o Nanocuerpos anti-RANKL específicos. Los nanocuerpos con proteínas terapéuticas derivadas de anticuerpo que contienen las propiedades estructurales y funcionales únicas de anticuerpos de cadena pesada naturales. La tecnología de nanocuerpos se desarrolló originalmente después del descubrimiento que los camélidos (camellos y llamas) poseen anticuerpos completamente funcionales que carecen de cadenas ligeras. La estructura general de los nanocuerpos es FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4, en donde FR1 a FR4 son las regiones marco 1 a 4 y CDR1 a CDR3 son las regiones determinantes de complementariedad 1 a 3. Estos anticuerpos de cadena pesada contienen un único dominio variable (VHH) y dos dominios constantes (CH2 y CH3). De forma importante, el dominio VHH clonado y aislado es un polipéptido perfectamente estable que porta la capacidad de unión a antígeno completa del anticuerpo de cadena pesada original. Estos dominios v Hh recién descubiertos con sus propiedades estructurales y funcionales únicas forman la base de una nueva generación de anticuerpos terapéuticos que Ablynx ha llamado Nanobodies.
En una divulgación, el inhibidor de RANKL se selecciona del grupo consistente en un anticuerpo específico de RANKL, un nanocuerpo específico de RANKL y osteoprotegerina. En una divulgación específica, el anticuerpo anti-RANKL es un anticuerpo monoclonal. En una divulgación aún más específica, el anticuerpo anti-RANKL es Denosumab (Pageau, Steven C. (2009). mAbs 1 (3): 210-215, número CAS 615258-40-7). Denosumab es un anticuerpo monoclonal completamente humano que se une a RANKL y previene su activación (no se une al receptor RANK). Varios aspectos de Denosumab están cubiertos por las patentes en EE UU No. 6.740.522; 7.411.050; 7.097.834; 7.364.736. En otra divulgación, el inhibidor de RANKl un anticuerpo, fragmento de anticuerpo, o construcción fusión que se une al mismo epítopo que Denosumab.
En una divulgación, el nanocuerpo anti-RANKL es cualquiera de los nanocuerpos descritos en el documento WO2008142164. En una divulgación, el anticuerpo anti-RANKL es el ALX-0141 (Ablynx). ALX-0141 ha sido diseñado para inhibir la pérdida de hueso asociada con osteoporosis posmenopáusica, artritis reumatoide, cáncer y ciertas medicaciones, y para restablecer el equilibrio del metabolismo óseo sano.
En una divulgación el agente que previene la degradación de hueso se selecciona del grupo que consiste en un bifosfonato, un inhibidor de RANKL, inhibidor de PTH y PTHLH o análogo de PRG, ranelato de estroncio, un inhibidor de DKK-1, un inhibidor dual de MET y VEGFR2, un modulador del receptor de estrógenos, radio-223, calcitonina y un inhibidor de catepsina K. En una divulgación el agente que previene la degradación de hueso es un bisfosfonato. En una divulgación el agente es ácido zoledrónico.
En una divulgación, se administra un antagonista de CCR5 para prevenir o inhibir la metástasis del tumor de cáncer de mama primario a hueso o recaída o recidiva. En una divulgación, el antagonista de CCR5 es una molécula grande. En otra divulgación, el antagonista de CCR5 es una molécula pequeña. En algunas divulgaciones, el antagonista de CCR5 es Maraviroc. En algunas divulgaciones, el antagonista de CCR5 es Vicriviroc. En algunas divulgaciones, el antagonista de CCR5 es Aplaviroc. En algunas divulgaciones, el antagonista de CCR5 es un antagonista de CCR5 espiropiperidina. (Rotstein D.M. et al. 2009. Spiropiperidine CCR5 antagonists. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 19 (18): 5401-5406. En algunas divulgaciones, el antagonista de CCR5 es INCB009471 (Kuritzkes, D.R. 2009. HIV-1 entry inhibitors: an overview. Curr. Opin. HIV AIDS. 4(2): 82-7).
En una divulgación el inhibidor dual de MET y VEGFR2 se selecciona del grupo que consiste en Cabozanitinib, Foretinib y E7050.
En algunas divulgaciones, el estado de MAF es predictivo de los tratamientos que debe recibir el sujeto. En algunas divulgaciones, el estado c-MAF en cualquiera de las divulgaciones en el presente documento incluye amplificación de locus cromosómico 16q23 o 16q22-24, ganancia de copia o translocación o falta de la misma, o deleciones del locus cromosómico 16q23 o 16q22-24. En algunas divulgaciones, a las pacientes posmenopáusicas con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia (y, por tanto, tienen alto riesgo de un mal desenlace de DFS u OS) se les puede administrar cualquier tratamiento divulgado en el presente documento. En algunas divulgaciones, pacientes posmenopáusicas con un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia (y, por tanto, tienen alto riesgo de un mal desenlace de DFS u OS) pueden ser tratadas extendiendo su tratamiento hormonal más allá del tiempo de cinco años prescrito por el uso de tratamientos hormonales como el estándar de cuidado. En ciertas divulgaciones, el tratamiento hormonal es tamoxifeno y/o inhibidores de aromatasa. A las pacientes sin aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a una referencia no se les debe administrar un tratamiento divulgado en el presente documento.
En otra divulgación, el tratamiento es un inhibidor de mTor. En algunos aspectos, el inhibidor de mTor es un inhibidor dual mTor/PI3 quinasa. En algunas divulgaciones el inhibidor de mTor se usa para prevenir o inhibir metástasis, recaída o recidiva. En algunas divulgaciones el inhibidor de mTor se selecciona del grupo consiste en: ABI009 (sirolimus), rapamicina (sirolimus), Abraxane (paclitaxel), Absorb (everolimus), Afinitor (everolimus), Afinitor con Gleevec, AS703026 (pimasertib), Axxess (umirolimus), AZD2014, BEZ235, Biofreedom (umirolimus), BioMatrix (umirolimus), BioMatrix flex (umirolimus), CC115, CC223, Combo Bio-engineered Sirolimus Eluting Stent ORBUSNEICH (sirolimus), Curaxin CBLC102 (mepacrina), DE109 (sirolimus), DS3078, Endeavor DES (zotarolimus), Endeavor Resolute (zotarolimus), Femara (letrozol), Hocena (antroquinonol), INK128, Inspiron (sirolimus), IPI504 (clorhidrato de retaspimicina), k Rn 951 (tivozanib), ME344, m Ga 031 (teplizumab), MiStent SES (sirolimus), MKC1, Nobori (umirolimus), OSI027, OVI123 (cordicepina), Palomid 529, PF04691502, Promus Element (everolimus), PWT33597, Rapamune (sirolimus), Resolute d Es (zotarolimus), RG7422, SAR245409, SF1126, SGN75 (vorsetuzumab mafodotin), Synergy (everolimus), Taltorvic (ridaforolimus), Tarceva (erlotinib), Torisel (temsirolimus), Xience Prime (everolimus), Xience V (everolimus), Zomaxx (zotarolimus), Zortress (everolimus), Zotarolimus Eluting Peripheral Stent MEDTRONIC (zotarolimus), AP23841, AP24170, ARmTOR26, BN107, BN108, Canstatin GENZYME (canstatina), CU906, EC0371, EC0565, KI1004, LOR220, NV128, Rapamycin ONCOIMMUNE (sirolimus), SB2602, Sirolimus PNP SAMYANG BIOPHARMACEUTICALS (sirolimus), TOP216, VLI27, VS5584, WYE125132, XL388, Advacan (everolimus), AZD8055, Cypher Select Plus Sirolimus eluting Coronary Stent (sirolimus), Cypher Sirolimus eluting coronary stent (sirolimus), Drug Coated Balloon (sirolimus), E-Magic Plus (sirolimus), Emtor (sirolimus), Esprit (everolimus), Evertor (everolimus), HBF0079, LCP-Siro (sirolimus), Limus CLARIS (sirolimus), mTOR Inhibitor CELLZOME, Nevo Sirolimus eluting Coronary Stent (sirolimus), nPT-mTOR, Rapacan (sirolimus), Renacept (sirolimus), ReZolve (sirolimus), Rocas (sirolimus), SF1126, Sirolim (sirolimus), Sirolimus NORTH CHINA (sirolimus), Sirolimus RANBAXY (sirolimus), Sirolimus WATSON (sirolimus) Siropan (sirolimus) , Sirova (sirolimus), Supralimus (sirolimus), Supralimus-Core (sirolimus), Tacrolimus WATSON (tacrolimus), TAFA93, Temsirolimus ACCORD (temsirolimus), Temsirolimus SANDOZ (temsirolimus), TOP216, Xience Prime (everolimus), Xience V (everolimus). En un aspecto específico el inhibidor de mTor es Afinitor (everolimus) (http://www.afinitor.com/index.jsp?usertrack.filter_applied=true&NovaId=40294620643 38207963; último acceso 28/11/2012). En otro aspecto, los inhibidores de mTor se pueden identificar mediante métodos conocidos en la técnica. (Véase, por ejemplo, Zhou, H. et al. Updates of mTor inhibitors. 2010. Anticancer Agents Med. Chem. 10(7): 571-81). En otra divulgación, los inhibidores de mTor se pueden identificar mediante métodos conocidos en la técnica. (Véase, por ejemplo, Zhou, H. et al. Updates of mTor inhibitors. 2010. Anticancer Agents Med. Chem. 10(7): 571-81). En algunas divulgaciones, el inhibidor de mTor se usa para tratar o prevenir o inhibir metástasis en un paciente que es positivo para un receptor de hormonas. (Véase, por ejemplo, Baselga, J., el al., Everolimus in Postmenopausal Hormone-Receptor Positive Advanced Breast Cancer. 2012. N. Engl. J. Med. 366(6): 520-529). En algunas divulgaciones, el inhibidor de mTor se usa para tratar o prevenir o inhibir metástasis en una paciente con cáncer de mama avanzado. En algunas divulgaciones, el inhibidor de mTor se usa en combinación con un segundo tratamiento. En algunos aspectos, el segundo tratamiento es cualquier tratamiento descrito en el presente documento.
En otra divulgación, el tratamiento es un inhibidor de la quinasa Src. En algunas divulgaciones, el inhibidor de la quinasa Src se usa para prevenir o inhibir metástasis, recaída o recidiva. En algunas divulgaciones, el inhibidor de la quinasa Src se selecciona del grupo: AZD0530 (saracatinib), Bosulif (bosutinib), ENMD981693, KDO20, KX01, Sprycel (dasatinib), Yervoy (ipilimumab), AP23464, AP23485, AP23588, AZD0424, c-Src Kinase Inhibitor KISSEI, CU201, KX2361, SKS927, SRN004, SUNK706, TG100435, TG100948, AP23451, Dasatinib HETERO (dasatinib), Dasatinib VALEANT (dasatinib), Fontrax (dasatinib), Src Kinase Inhibitor KINEX, VX680,(lactato de tozasertib), XL228, y SUNK706. En algunas divulgaciones, el inhibidor de la quinasa Src es dasatinib. En otra divulgación, los inhibidores de la quinasa Src se peuden identificar mediante métodos conocidos en la técnica (Véase, por ejemplo, Sen, B. y Johnson, F.M. Regulation of Src Family Kinases in Human Cancers. 2011. J. Signal Transduction. 2011: 14 páginas). En algunas divulgaciones, el inhibidor de la quinasa Src se usa para tratar o prevenir o inhibir metástasis, recaída o recidiva en un paciente que es positivo para la firma sensible s Rc (SRS). En algunas divulgaciones, el paciente es SRS+ y ER-. (Véase, por ejemplo, Zhang, CH.-F, et al. Latent Bone Metastasis in Breast Cancer Tied to Src-Dependent survival signals. 2009. Cancer Cell. 16: 67-78). En algunas divulgaciones, el inhibidor de la quinasa Src se usa para tratar o prevenir o inhibir metástasis en una paciente con cáncer de mama avanzado. En algunas divulgaciones, el inhibidor de la quinasa Src se usa en combinación con un segundo tratamiento. En algunos aspectos, el segundo tratamiento es cualquier tratamiento descrito en el presente documento.
En otra divulgación, el tratamiento es un inhibidor de COX-2. En algunas divulgaciones, el inhibidor de COX-2 se usa para prevenir o inhibir metástasis, recaída o recidiva. En algunas divulgaciones, el inhibidor de COX-2 se selecciona del grupo: ABT963, Acetaminophen EF JOHNSON (paracetamol), Acular X (ketorolaco trometamina), BAY1019036 (aspirina), BAY987111 (difenhidramina, naproxeno sódico), bAy 11902 (piroxicam), BCIBUCH001 (ibuprofeno), Capoxigem (apricoxib), CS502, CS670 (pelubiprofeno), Diclofenac HPBCD (diclofenaco), Diractin (ketoprofeno), GW406381, HCT1026 (nitroflurbiprofeno), Hyanalgese-D (diclofenaco), HydrocoDex (paracetamol, dextrometorfano, hidrocodona), Ibuprofen Sodium PFIZER (ibuprofeno sódico), Ibuprofen with Acetaminophen PFIZER (paracetamol, ibuprofeno), Impracor (ketoprofeno), IP880 (diclofenaco), IP940 (indometacina), ISV205 (diclofenaco sódico), JNS013 (paracetamol, clorhidrato de tramadol), Ketoprofen TDS (ketoprofeno), LTNS001 (naproxeno etemesil), Mesalamine Sa LIX (mesalamina), Mesalamine SOFAR (mesalamina), Mesalazine (mesalamina), ML3000 (licofelona), MRX7EAT (etodolaco), Naproxen IROKO (naproxeno), NCX4016 (nitroaspirina), NCX701 (nitroparacetamol), Nuprin SCOLR (ibuprofeno), OMS103HP (clorhidrato de amitriptilina, ketoprofeno, clorhidrato de oximetazolina), Oralease (diclofenaco), OxycoDex (dextrometorfano, oxicodona), P54, PercoDex (paracetamol, dextrometorfano, oxicodona), PL3100 (naproxeno, fosfatidilcolina), PSD508, R-Ketoprofen (ketoprofeno), Remura (bromfenaco sódico), ROX828 (ketorolaco trometamina), RP19583 (ketoprofeno lisina), RQ00317076, SDX101 (R-etodolaco), TDS943 (diclofenaco sódico), TDT070 (ketoprofeno), TPR100, TQ1011 (ketoprofeno), TT063 (S-flurbiprofeno), UR8880 (cimicoxib), V0498TA01A (ibuprofeno), v T122 (etodolaco, propranolol), XP2OB (paracetamol, dextropropoxifeno), XP21B (diclofenaco potásico), XP21L (diclofenaco potásico), Zoenasa (acetilcisteína, mesalamina), Acephen, Actifed Plus, Actifed-P, Acular, Acular LS, Acular PF, Acular X, Acuvail, Advil, Advil Allergy Sinus ,Advil Cold and Sinus ,Advil Congestion Relief ,Advil PM, Advil PM Capsule, Air Salonpas, Airtal, Alcohol-Free NyQuil Cold & Flu Relief, Aleve, Aleve ABDI IBRAHIM, Aleve-D, Alka-Seltzer ,Alka-Seltzer BAYER, Alka-Seltzer Extra Strength, Alka-Seltzer Lemon-Lime, Alka-Seltzer Original, Alka-Seltzer Plus, Alka-Seltzer plus Cold and Cough, Alka-Seltzer plus Cold and Cough Formula, Alka-Seltzer Plus Day and Night Cold Formula,, Alka-Seltzer Plus Day Non-Drowsy Cold Formula, Alka-Seltzer Plus Flu Formula, Alka-Seltzer Plus Night Cold Formula, Alka-Seltzer Plus Sinus Formula, Alka-Seltzer Plus Sparkling Original Cold Formula, Alka-Seltzer PM, Alka-Seltzer Wake-Up Call, Anacin, Anaprox, Anaprox MINERVA, Ansaid, Apitoxin, Apranax, Apranax abdi, Arcoxia, Arthritis Formula Bengay, Arthrotec, Asacol, Asaco1HD, Asacol MEDUNA ARZNEiM iTTEL, Asacol ORIFARM, Aspirin BAYER, Aspirin Complex, Aspirin Migran, AZD3582, Azulfidine, Baralgan M, BAY1019036, BAY987111, BAY11902, BCIBUCH001, Benadryl Allergy, Benadryl Day and Night, Benylin 4 Flu, Benylin Cold and Flu, Benylin Cold and Flu Day and Night, Benylin Cold and Sinus Day and Night, Benylin Cold and Sinus Plus, Benylin Day and Night Cold and Flu Relief, Benylinl All-In-One, Brexin, Brexin ANGELINI, Bromday, Bufferin, Buscopan Plus, Caldolor, Calmatel, Cambia, Canasa, Capoxigem, Cataflam, Celebrex, Celebrex ORIFARM, Children's Advil Allergy Sinus, Children's Tylenol, Children's Tylenol Cough and Runny Nose, Children's Tylenol plus cold, Children's Tylenol plus Cold and Cough, Children's Tylenol plus cold and stuffy nose, Children's Flu, Children's Tylenol plus cold & allergy, Children's Tylenol plus Cough & Runny Nose, Children's Tylenol plus Cough & Sore Throat, Children's Tylenol plus multi symptom cold, Clinoril, Codral Cold and Flu, Codral Day and Night Day Tablets, Codral Day and Night Night Tablets, Codral Nightime, Colazal, Combunox, Contac Cold plus Flu, Contac Cold plus Flu Non-Drowsy, Coricidin D, Coricidin HBP Cold and Flu, Coricidin HBP Day and Night Multi-Symptom Cold, Coricidin HBP Maximum Strength Flu, Coricidin HBP Nighttime Multi-Symptom Cold, Coricidin II Extra Strength Cold and Flu, CS502, CS670, Daypro, Daypro Alta, DDSO6C, Demazin Cold and Flu, Demazin Cough, Cold and Flu, Demazin day/night Cold and Flu, Demazin PE Cold and Flu, Demazin PE day/night Cold and Flu, Diclofenac HPBCD, Dimetapp Day Relief, Dimetapp Multi-Symptom Cold and Flu, Dimetapp Night Relief, Dimetapp Pain and Fever Relief, Dimetapp PE Sinus Pain, Dimetapp PE Sinus Pain plus Allergy, Dipentum, Diractin, Disprin Cold 'n' Fever, Disprin Extra, Disprin Forte. Disprin Plus, Dristan Cold, Dristan Junior, Drixoral Plus, Duexis, Dynastat, Efferalgan, Efferalgan Plus Vitamin C, Efferalgan Vitamin C, Elixsure IB, Excedrin Back and Body, Excedrin Migraine, Excedrin PM, Excedrin Sinus Headache, Excedrin Tension Headache, Falcol, Fansamac, Feldene, FeverAll, Fiorinal, Fiorinal with Codeine, Flanax, Flector Patch, Flucam, Fortagesic, Gerbin, Giazo, Gladio, Goody's Back and Body Pain, Goody's Cool Orange, Goody's Extra Strength, Goody's PM, Greaseless Bengay, GW406381, HCT1026, He Xing Yi, Hyanalgese-D, HydrocoDex, Ibuprofen Sodium PFIZER, Ibuprofen with, Acetaminophen PFIZER, Icy Hot SANOFI AVENTIS, Impracor, Indocin, Indomethacin APP PHARMA, Indomethacin MYLAN, Infants' Tylenol, IP880, IP940, Iremod, ISV205, JNS013, Jr. Tylenol, Junifen, Junior Strength Advil, Junior Strength Motrin, Ketoprofen TDS, Lemsip Max, Lemsip Max All in One, Lemsip Max All Night, Lemsip Max Cold and Flu, Lialda, Listerine Mouth Wash, Lloyds Cream, Lodine, Lorfit P, Loxonin, LTNS001, Mersyndol, Mesalamine SALIX, Mesalamine SOFAR, Mesalazine, Mesasal GLAXO, Mesasal SANOFI, Mesulid, Metsal Heat Rub, Midol Complete, Midol Extended Relief, Midol Liquid Gels, Midol PM, Midol Teen Formula, Migranin COATED TABLETS, ML3000, Mobic, Mohrus, Motrin, Motrin Cold and Sinus Pain, Motrin PM, Movalis ASPEN, MRX7EAT, Nalfon, Nalfon PEDINOL, Naprelan, Naprosyn, Naprosyn RPG LIFE SCIENCE, Naproxen IROKO, NCX4016, NCX701, NeoProfen LUNDBECK, Nevanac, Nexcede, Niflan, Norgesic Nuprin SCOLR, Nurofen, Nurofen Cold and Flu, Nurofen Max Strength Migraine, Nurofen Plus, Nuromol, NyQuil with Vitamin C, Ocufen, OMS103HP, Oralease, Orudis ABBOTT JAPAN, Oruvail, Osteluc, OxycoDex, P54, Panadol, Panadol Actifast, Paradine, Paramax, Parfenac, Pedea, Pennsaid, Pentasa, Pentasa ORIFARM, Peon, Percodan, Percodan-Demi, PercoDex, Percogesic, Perfalgan, PL2200, PL3100, Ponstel, Prexige, Prolensa, PSD508, R-Ketoprofen, Rantudil, Relafen, Remura, Robaxisal, Rotec, Rowasa, ROX828, RP19583, RQ00317076, Rubor, Salofalk, Salonpas, Saridon, SDX101, Seltouch, sfRowasa, Shinbaro, Sinumax, Sinutab, Sinutab, sinus, Spalt, Sprix, Strefen, Sudafed Cold and Cough, Sudafed Head Cold and Sinus, Sudafed PE Cold plus Cough, Sudafed PE Pressure plus Pain, Sudafed PE, Severe Cold, Sudafed PE Sinus Day plus Night Relief Day Tablets, Sudafed PE Sinus Day plus Night Relief Night Tablets, Sudafed PE Sinus plus Anti-inflammatory Pain Relief, Sudafed Sinus Advance, Surgam, Synalgos-DC, Synflex, Tavist allergy/sinus/headache, TDS943, TDT070, Theraflu Cold and Sore Throat, Theraflu Daytime Severe Cold and Cough, Theraflu Daytime Warming Relief,Theraflu Warming Relief Caplets Daytime Multi-Symptom Cold, Theraflu Warming Relief Cold and Chest Congestion, Thomapyrin, Thomapyrin C, Thomapyrin Effervescent, Thomapyrin Medium, Tilcotil, Tispol, Tolectin, Toradol, TPR100, TQ1011, Trauma-Salbe, Trauma-Salbe Kwizda, Treo, Treximet, Trovex, TT063, Tylenol, Tylenol Allergy Multi-Symptom, Tylenol Back Pain, Tylenol Cold & Cough Daytime, Tylenol Cold & Cough Nighttime, Tylenol Cold and Sinus Daytime, Tylenol Cold and Sinus Nighttime, Tylenol Cold Head Congestion Severe, Tylenol Cold Multi Symptom Daytime, Tylenol Cold Multi Symptom Nighttime Liquid, Tylenol Cold Multi Symptom Severe, Tylenol Cold Non-Drowsiness Formula, Tylenol Cold Severe Congestion Daytime, Tylenol Complete Cold, Cough and Flu Night time, Tylenol Flu Nighttime, Tylenol Menstrual, Tylenol PM, Tylenol Sinus Congestion & Pain Daytime, Tylenol Sinus Congestion & Pain Nighttime, Tylenol Sinus Congestion & Pain Severe, Tylenol Sinus Severe Congestion Daytime, Tylenol Ultra Relief, Tylenol with Caffeine and Codeine phosphate, Tylenol with Codeine phosphate, Ultra Strength Bengay Cream, Ultracet, UR8880, V0498TA01A, Vicks NyQuil Cold and Flu Relief, Vicoprofen, Vimovo, Voltaren Emulgel, Voltaren GEL, Voltaren NOVARTIS CONSUMER HEALTH GMBH, Voltaren XR, VT122, Xefo, Xefo Rapid, Xefocam, Xibrom, XL3, Xodol, XP20B, XP21B, XP21L, Zipsor, y Zoenasa. En otro aspecto, los inhibidores de COX-2 se pueden identificar mediante métodos conocidos en la técnica (Véase, por ejemplo, Dannhardt, G. y Kiefer, W. Cyclooxygenase inhibitors- current status and future prospects. 2001. Eur. J. Med. Chem. 36: 109-126). En algunas divulgaciones, el inhibidor de COX-2 se usa para tratar o prevenir o inhibir metástasis en una paciente con cáncer de mama avanzado. En algunas divulgaciones, el inhibidor de COX-2 se usa en combinación con un segundo tratamiento. En algunos aspectos, el segundo tratamiento es cualquier tratamiento descrito en el presente documento. En algunas divulgaciones, el inhibidor de COX-2 se usa en combinación con un segundo tratamiento seleccionado del grupo que consiste en: Denosumab, Zometa (http://www.us.zometa. com/index.jsp?usertrack.filter_applied=true&NovaId=293537693 4467633633; último acceso 12/2/2012), Carbozantinib o Cabozantinib, anticuerpo o péptido que bloquea PTHLH (hormona similar a la hormona paratiroidea) o PTHrP (proteína relacionada con la hormona paratiroidea).
En una divulgación el tratamiento es radio 223. En una divulgación la terapia de radio 223 es Alpharadin (conocida como, Xofigo) (dicloruro de radio-223). Alpharadin usa radiación alfa de la desintegración de radio-223 para destruir células cancerosas. El radio-223 se autodirige de forma natural a metástasis óseas en virtud de sus propiedades como mimético de calcio. La radiación alfa tiene un intervalo muy corto de 2-10 células (cuando se compara con la terapia de radiación actual que se basa en radiación beta o gamma), y por tanto produce menos daño a los tejidos sanos circundantes (en particular la médula ósea). Con propiedades similares al calcio, el radio-223 es arrastrado a sitios donde se usa calcio para construir hueso en el cuerpo, incluyendo el sitio de crecimiento de hueso anómalo, más rápido. El radio-223, después de inyección, es transportado en el torrente sanguíneo a sitios de crecimiento de hueso anómalo. El lugar donde empieza un cáncer en el cuerpo se conoce como tumor primario. Algunas de estas células se pueden asentar después en esa parte del cuerpo y formar un nuevo tumor. Si esto sucede se llama un cáncer secundario o metástasis. El fin con radio-223 es dirigirse selectivamente a este cáncer secundario. Cualquier radio-223 no absorbido en los huesos se envía rápidamente al intestino y se excreta.
En algunas divulgaciones, el tratamiento es un inhibidor de CDK4/6. En formas de realización particulares, el inhibidor de CDK4/6 se selecciona de cualquier inhibidor conocido de CDK4/6. En divulgaciones aún adicionales, el inhibidor de CDK4/6 Palbociclib (PD-0332991), Ribociclib (LEE011), o Abemaciclib (LY2835219). El uso de inhibidores de CDK4/6 se describe en Finn et al. Breast Cáncer Research 18:17 (2016).
Alternativamente, se puede llevar a cabo un tratamiento combinado en el que se combinan más de un agente de los mencionados anteriormente para tratar y/o prevenir la metástasis, recaída o recidiva o dichos agentes se pueden combinar con otros suplementos, tal como calcio o vitamina D o con un tratamiento hormonal.
En algunas divulgaciones, las pacientes posmenopáusicas positivas para MAF en alto riesgo de desenlace de DFS u OS malo son tratadas en el marco adyuvante con cualquier terapia para mejorar el desenlace de las pacientes. Estas terapias incluyen cualquier terapia divulgada en el presente documento, incluyendo agentes para evitar o prevenir remodelación ósea, agentes para mejorar la supervivencia sin enfermedad o supervivencia global, agentes inhibidores de c-MAF, quimioterapia, terapia hormonal, inhibidores de m-Tor, inhibidores de CDK4/6, radio-223, un antagonista de CCR5, un inhibidor de la quinasa Src, o un inhibidor de COX-2 y combinaciones de los mismos. A las pacientes que no son positivas para MAF no se les debe administrar tales agentes o terapias.
Cuando el cáncer ha metastatizado, se usan tratamientos sistémicos incluyendo, pero no limitados a, quimioterapia, tratamiento hormonal, inmunoterapia, o una combinación de los mismos. Además, se pueden usar radioterapia y/o cirugía. La elección de tratamiento en general depende del tipo de cáncer primario, el tamaño, la localización de la metástasis, la edad, la salud general del paciente y los tipos de tratamiento usados previamente.
Los tratamientos sistémicos son los que alcanzan al cuerpo entero:
- Quimioterapia es el uso de medicamentos para destruir células cancerosas. Los medicamentos en general se administran por vía oral o intravenosa. En otras formas de realización, el tratamiento es quimioterapia. En algunas divulgaciones, la quimioterapia es cualquier quimioterapia que se conoce en la técnica. En divulgaciones particulares, la quimioterapia es quimioterapia adyuvante. En ciertas divulgaciones, la quimioterapia es un taxano. En formas de realización adicionales, el taxano es paclitaxel (Taxol), docetaxel (Taxotere) o cabizataxel. Los medicamentos en general se administran por la vía oral o intravenosa. Algunas veces, la quimioterapia se usa junto con tratamiento de radiación. La terapia hormonal se basa en el hecho de que algunas hormonas fomentan el crecimiento del cáncer. Por ejemplo, el estrógeno en mujeres producido por los ovarios algunas veces fomenta el crecimiento del cáncer de mama. Hay varias formas de parar la producción de estas hormonas. Una manera es eliminar los órganos que las producen: los ovarios en el caso de mujeres, los testículos en el caso de los hombres. Más frecuentemente, se pueden usar medicamentos para prevenir que estos órganos produzcan las hormonas o para prevenir que actúen sobre las células cancerosas. En formas de realización, el tratamiento es terapia hormonal. En ciertas divulgaciones, la terapia hormonal es tamoxifeno y/o un inhibidor de aromatasa. - Inmunoterapia es un tratamiento que ayuda al sistema inmunitario mismo del paciente a combatir el cáncer. Hay varios tipos de inmunoterapia que se usan para tratar pacientes con metástasis. Estos incluyen, pero no están limitados a, citoquinas, anticuerpos monoclonales y vacunas antitumorales.
Los agentes para evitar o prevenir la remodelación ósea típicamente se administran en combinación con un soporte farmacéuticamente aceptable.
El término “soporte” se refiere a un diluyente o un excipiente mediante el cual se administra el principio activo. Tales soportes farmacéuticos pueden ser líquidos estériles tal como agua y aceite, incluyendo esos de origen de petróleo, animal, vegetal o sintético tal como aceite de cacahuete, aceite de soja, aceite de vaselina, aceite de sésamo y similares. Agua o soluciones salinas acuosas y dextrosa acuosa y soluciones de glicerol, en particular para soluciones inyectables, se usan preferiblemente como soportes. Se describen soportes farmacéuticamente adecuados en "Remington's Pharmaceutical Sciences" por E.W. Martin, 1995. Preferiblemente, los soportes de la invención están aprobados por la agencia reguladora del gobierno del estado o federal o están enumerados en la Farmacopea de los Estados Unidos u otra farmacopea en general reconocida para uso de los mismos en animales y más particularmente en seres humanos.
Los soportes y sustancias auxiliares necesarias para fabricar la forma posológica farmacéutica deseada de la composición farmacéutica de la invención dependerán, entre otros factores, en la forma posológica farmacéutica elegida. Dichas formas posológicas farmacéuticas de la composición farmacéutica se fabricarán según los métodos convencionales que conoce un experto en la materia. Se puede encontrar una revisión de los diferentes métodos para administrar principios activos, excipientes a usar y procesos para producirlos en "Tratado de Farmacia Galénica", C. Faulí i Trillo, Luzan 5, S.A. Edición de 1993. Los ejemplos de composiciones farmacéuticas incluyen cualquier composición sólida (comprimidos, píldoras, cápsulas, gránulos, etc.) o composición líquida (soluciones, suspensiones o emulsiones) para administración oral, tópica o parenteral. Además, la composición farmacéutica puede contener, según se juzgue necesario, estabilizantes, suspensiones, conservantes, tensioactivos y similares.
Para uso en medicina, los agentes de remodelación ósea se pueden encontrar en la forma de un profármaco, sal, solvato o clatrato, ya sea aislados o en combinación con agentes activos adicionales y se pueden formular junto con un excipiente farmacéuticamente aceptable. Los excipientes preferidos para uso de los mismos en la presente invención incluyen azúcares, almidones, celulosas, gomas y proteínas. En una forma de realización particular, la composición farmacéutica de la invención se formulará en una forma posológica farmacéutica sólida (por ejemplo, comprimidos, cápsulas, píldoras, gránulos, supositorios, cristales estériles o sólidos amorfos que se pueden reconstituir para proporcionar formas líquidas etc.), formas posológicas farmacéuticas líquidas (por ejemplo, soluciones, suspensiones, emulsiones, elixires, lociones, pomadas, etc.) o formas posológicas farmacéuticas semisólidas (geles, pomadas, cremas y similares). Las composiciones farmacéuticas de la invención se pueden administrar por cualquier ruta, incluyendo, pero no limitado a la vía oral, vía intravenosa, vía intramuscular, vía intraarterial, vía intramedular, vía intratecal, vía intraventricular, vía transdérmica, vía subcutánea, vía intraperitoneal, vía intranasal, vía entérica, vía tópica, vía sublingual o vía rectal. Se puede encontrar una revisión de los diferentes métodos para administrar principios activos, excipientes a usar y procesos para producirlos en "Tratado de Farmacia Galénica", C. Faulí i Trillo, Luzan 5, S.A. Edición de 1993 y en Remington's Pharmaceutical Sciences (A.R. Gennaro, Ed.), 20a edición, Williams & Wilkins PA, USA (2000). Los ejemplos de soportes farmacéuticamente aceptables se conocen en el estado de la técnica e incluyen soluciones salinas tamponadas en fosfato, agua, emulsiones tal como emulsiones de aceite/agua, diferentes tipos de agentes humectantes, soluciones estériles, etc. La composición que comprende dichos soportes se puede formular por procesos convencionales conocidos en el estado de la técnica.
Los agentes que evitan y previenen la remodelación ósea o las composiciones farmacéuticas que los contienen se pueden administrar a una dosis de menos de 10 mg por kilogramo de peso corporal, preferiblemente menos de al menos aproximadamente 50, 40, 30, 20, 10, 5, 2, 1, 0,5, 0,1, 0,05, 0,01, 0,005, 0,001, 0,0005, 0,0001, 0,00005 o 0,00001 mg por kg de peso corporal. La dosis unitaria se puede administrar por inyección, inhalación o administración tópica. En formas de realización particulares, el agente se administra a su dosis aprobada.
La dosis depende de la gravedad y la respuesta de la afección que se va a tratar y puede variar entre varios días y meses o hasta que la afección desaparece. La dosis óptima se puede determinar midiendo periódicamente las concentraciones del agente en el cuerpo del paciente. La dosis óptima se puede determinar a partir de los valores CE50 obtenidos por medio de ensayos in vitro o in vivo previos en modelos animales. La dosis unitaria se puede administrar una vez al día o menos de una vez al día, preferiblemente menos de una vez cada 2, 4, 8, o 30 días. Alternativamente, es posible administrar una dosis inicial seguido por una o varias dosis de mantenimiento, en general de una menor cantidad que la dosis inicial. La pauta de mantenimiento puede implicar tratar al paciente con una dosis que varía entre 0,01 |jg y 1,4 mg/kg de peso corporal al día, por ejemplo, 10, 1, 0,1, 0,01, 0,001 o 0,00001 mg por kg de peso corporal al día. Las dosis de mantenimiento preferiblemente se administran como mucho una vez cada 5, 10 o 30 días. El tratamiento debe seguir durante un tiempo que variará según el tipo de trastorno que padece el paciente, la gravedad del mismo y el estado del paciente. Después del tratamiento, la evolución del paciente se debe seguir para determinar si la dosis se debe aumentar en el caso de que la enfermedad no responda al tratamiento o si la dosis se reduce si se observa una mejora de la enfermedad o si se observan efectos secundarios indeseados.
Kits de la invención
En otro aspecto la divulgación se refiere a un kit para determinar una terapia para un sujeto que padece cáncer de mama, el kit comprende: a) medios para cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación, ganancia o translocación de c-MAF en una muestra de dicho sujeto; b) medios para comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación, ganancia o translocación de c-MAF cuantificado en dicho muestra con un nivel de expresión de c-MAF de referencia; y c) medios para determinar una terapia o excluir una terapia de consideración para dicho sujeto basado en la comparación del nivel de expresión cuantificado respecto al nivel de expresión de referencia.
Los medios para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra de dicho sujeto se han descrito previamente en detalle incluyendo amplificación del locus 16q23 y 16q22-q24, ganancia y/o translocación. En algunas divulgaciones, los medios para cuantificar la expresión de c-MAF es cualquier anticuerpo, molécula o fragmento de unión a antígeno descritos en el presente documento. En algunas formas de realización, el anticuerpo es cualquier anticuerpo descrito en la solicitud internacional No. PCT/IB2015/059562.
En una divulgación preferida, los medios para cuantificar la expresión comprenden un conjunto de sondas y/o cebadores que específicamente se unen a y/o amplifican el gen c-MAF.
Todas las divulgaciones particulares de los métodos de la presente invención son aplicables a los kits de la invención y a sus usos.
Método para clasificar un sujeto que padece cáncer de mama
En otro aspecto, la divulgación se refiere a un método para clasificar un sujeto que padece cáncer de mama en una cohorte, que comprende: a) determinar el nivel de expresión, número de copia, amplificación, ganancia o translocación de c-MAF en una muestra de dicho sujeto; b) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación, ganancia o translocación de c-MAF en dicha muestra con un nivel de referencia predeterminado de expresión de c-MAF; y c) clasificar dicho sujeto en una cohorte basado en dicho nivel de expresión, número de copia, amplificación, ganancia o translocación de c-MAF en la muestra.
En algunas divulgaciones, el nivel de expresión de c-MAF se usa para estratificar pacientes en grupos para tratamiento basado en su nivel de expresión de c-MAF. En algunas divulgaciones, pacientes con un alto nivel de expresión de c-MAF reciben un tratamiento diferente que pacientes con un bajo nivel de expresión de c-MAF. En algunas divulgaciones, las pacientes se estratifican adicionalmente basado en su estado menopáusico. En algunas divulgaciones, las pacientes se estratifican basado en si son posmenopáusicas o no posmenopáusicas. En ciertas divulgaciones, a los sujetos se les administra diferentes tratamientos en base en sus niveles de expresión de c-MAF y/o su estado posmenopáusico o no posmenopáusico. En algunas divulgaciones, a las pacientes estratificadas se les administra un agente que evita o previene remodelación ósea. En formas de realización, el agente que evita o previene remodelación ósea es un agente que evita o previene la degradación de hueso. En divulgaciones adicionales, el agente que evita o previene remodelación ósea es ácido zoledrónico. En otras formas de realización, el nivel de expresión del gen c-MAF se usa para seleccionar pacientes para tratamiento. En algunas formas de realización, las pacientes se estratifican en grupos para ensayos clínicos.
Los medios para cuantificar el nivel de expresión de c-MAF en una muestra de dicho sujeto se han descrito previamente en detalle incluyendo amplificación del locus 16q23 y 16q22-q24, ganancia y/o translocación.
En otra divulgación preferida, dicha cohorte es para realizar un ensayo clínico.
En una divulgación preferida, la muestra es una muestra de tejido tumoral.
Los siguientes ejemplos ilustran la invención y no limitan el ámbito de la misma.
Ejemplos
Ejemplo 1: Validación de c-MAF como un marcador de metástasis
Los ensayos IHC y FISH usados para ensayar c-MAF en las muestras AZURE se validaron analíticamente. Se puede ver un resumen de los parámetros de validación del ensayo en la figura 1.
El ensayo FISH de MAF fue producido por Kreatech para Inbiomotion basado en tecnología FISH propiedad de KREATECH. El conjunto de sondas contiene dos sondas: una sonda 16q23 de MAF más una sonda D16Z3 como control de la región centromérica del cromosoma 16. El ensayo se validó usando una sonda 16q23/D16Z3 (Inbiomotion) y kit de digestión de tejido Poseidon de Kreatech. Los criterios de puntuación se definieron en una hoja informativa y como sigue: dos resultados FISH evaluables por paciente, y se seleccionó el mayor valor. El algoritmo de puntuación fue como sigue: 20 células contadas para amplificación diana y de centrómero, si el contaje del gen es >2 y <3, entonces se contaron 50 células.
El ensayo IHC de MAF se basó en un anticuerpo monoclonal recombinante (descrito en solicitud internacional No. PCT/IB2015/059562). El anticuerpo se seleccionó basado en IHC. El ensayo se validó usando MAF RecMab (Inbiomotion) con plataforma y protocolo DAKO AS LINK en muestras control proporcionadas por Inbiomotion. El criterio de puntuación se definió delante en una hoja informativa, y hubo una única puntuación de IHC por paciente. El algoritmo de puntuación era H-Score.
Se proporciona un resumen del diseño de estudio del ensayo clínico AZURE (Coleman et al N Eng J Med 2011; 365: 1396-1405 y AZURE Current Controlled Trials número, ISRCTN79831382 y ClinicalTrials.gov identificador NCT00072020), cuyas pacientes se usaron para validar MAF, en la figura 2. MAF se validó en un análisis retrospectivo del ensayo AZURE usando muestras tumorales de pacientes recogidas prospectivamente en condiciones de cumplimiento regulador. De las 3360 pacientes inscritas, 1.769 donaron tejido tumoral (52,4%). Hubo 13 TMA (micromatriz de tejido) (150 muestras de pacientes cada una) (1.769 pacientes). Hubo 4 réplicas diferentes de cada TMA usando diferentes núcleos de tejido (6.326 (4x paciente)). Una TMA tuvo solo 1 réplica y dos TMA tuvieron tres réplicas. Basado en el análisis de H&E (hematoxilina y eosina) (Figura 3) (6.326): 3978 núcleos fueron evaluables (63%) y 2348 fueron no evaluables.
Para el ensayo FISH, hubo 2.067 núcleos evaluables por FISH (56%). Hubo 845 pacientes (49%) con dos núcleos evaluables por FISH (26% de los pacientes de AZURE) y 1.202 pacientes tuvieron una única puntuación FISH (68%).
567 pacientes fueron no evaluables por FISH en cualquiera de las 4 réplicas (32%).
Para el ensayo IHC, se realizaron una evaluación patológica y una evaluación asistida por ordenador VisoPharm. Para la evaluación patológica, 2.232 núcleos se evaluaron (59% evaluables para HScore). Hubo 1390 con HScore de IHC (74%), que representan el 39% de las pacientes AZURE totales. Hubo 460 pacientes que fueron no evaluables por IHC en cualquiera de las cuatro réplicas. En la evaluación de tinción de IHC asistida por ordenador VisioPharm, se evaluaron 1299 pacientes de IHC de 1309 puntuados por patólogos para HScore y tinción media por núcleo. La tasa de positividad de MAF se puede ver en la figura 4A y 4B.
Los datos de FISH optimizados por límite se pueden ver en la figura 5 y se calcularon como se describe en Vipery et al JCO 2014 DOI: 10.1200/JCO.2013.53.3604.
Con respecto a las variables moleculares, para el análisis FISH: número de copia de MAF: variable numérica y categórica (+/- límite >= 2,5); % de MAF nucleico amplificado (MAF CN>2): numérica categórica (límite TBD). Para el análisis de IHC: IHC H-Score: numérica categórica (límite >= 200), IHC OD: numérica categórica (límite tBD). Se analizaron las siguientes variables clínicas: supervivencia sin enfermedad (DFS), supervivencia sin enfermedad invasiva (IDFS), supervivencia global (OS), primera recidiva en hueso, recidiva en hueso en cualquier momento, tiempo hasta el primer suceso DFS en hueso, tiempo hasta el primer suceso DFS no en hueso, respuesta a tratamiento con ácido zoledrónico.
Al analizar el valor pronóstico de MAF FISH, las pacientes de los brazos control y tratamiento se juntaron para el análisis inicial. Se usaron los límites optimizados para cada variable que se va a analizar cuando se indica. Se usó muerte como un suceso competidor en tiempo hasta metástasis ósea, en cualquier momento. Se analizaron las siguientes variables clínicas: tiempo hasta metástasis ósea (cualquier momento), tiempo hasta metástasis ósea (como primer suceso), IDFS (incluyendo recidiva de tumor de mama ipsilateral, recidiva de cáncer de mama invasivo regional, enfermedad metastásica-cáncer de mama, muerte atribuirle a cualquier causa, incluyendo cáncer de mama, cáncer de mama invasivo contralateral, segundo cáncer invasivo no de mama primario) y supervivencia global.
La figura 6 muestra que el riesgo de metástasis ósea era el 40% mayor en pacientes positivas para MAF FISH (>=2,3) (p = 0,007) cuando se analizaron todas las pacientes (se usa muerte como un suceso competidor en tiempo hasta metástasis ósea (en cualquier momento)). La figura 7 muestra que hubo un 42% de riesgo mayor para hueso como el primer sitio de metástasis en pacientes positivas para MAF FISh (>=2,3) (p = 0,02, análisis multivariable). Como se ve en la figura 8, el riesgo para IDFS era el 38% mayor en pacientes positivas para MAF FISH (>=2,2) (p = 0,0002, análisis multivariable) (hay una separación muy temprana en dos años después las curvas paralelas). La figura 9 muestra que la supervivencia global era el 33% menor en pacientes positivas para MAF FISH (>=2,2) (p = 0,02, análisis multivariable) (hay una separación muy temprana durante tres años para la supervivencia global).
Como se ve en la figura 10, había un tiempo más corto a hueso como la primera recidiva en pacientes positivas para MAF FISH (>=2,3) del brazo control, con una diferencia significativa en el análisis multivariable (HR = 0,47, p = 0,013).
Como se ve en la figura 11, hubo una tendencia a un tiempo más corto hasta recidiva en pacientes positivas para MAF sin tratar (>=2,2) (HR = 0,72, p = 0,08, análisis multivariable) comparado con pacientes no positivas para MAF sin tratar. La figura 12 muestra el tiempo hasta IDFS (excluyendo recidiva ósea) por FISH en pacientes control de AZURE solo. Se usó un límite optimizado de 2,2.
En resumen, el límite predefinido para estratificar pacientes según su nivel MAF FISH estaba muy cerca a los límites definidos por ordenador optimizados. El efecto umbral permite la delineación de grupos claros para tratamiento apropiado (relacionado) (o evitación de tratamiento). Basado en el pronóstico de las pacientes positivas de MAF FISH del brazo control, se vio un tiempo más corto a hueso como la primera metástasis (Hr = 0,53, multivariable p = 0,03) y una tendencia a un tiempo más corto a recidiva (enfermedad invasiva) (HR = 0,72, p = 0,08).
Ejemplo 2: Evaluación del efecto de tratamiento con ácido zoledrónico según la estratificación MAF FISH
Se evaluaron los brazos control y tratamiento con ácido zoledrónico del estudio AZURE descrito en el ejemplo 1 para determinar el efecto del tratamiento con ácido zoledrónico en pacientes estratificadas por MAF.
La figura 13 (Coleman et al Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006, Figura 3) muestra el tiempo hasta metástasis ósea en pacientes en el brazo control y el brazo de tratamiento con ácido zoledrónico en el ensayo Azure. La figura 14 muestra una evaluación del tiempo hasta metástasis ósea como un primer suceso. Como se puede ver en la figura 14, hubo un tiempo más corto a hueso como primera recidiva en pacientes positivas para MAF FISH (>=2,3) del brazo control, con una diferencia significativa en el análisis multivariable (HR = 0,47, p = 0,013, análisis multivariable).
El tratamiento con ácido zoledrónico redujo las diferencias en incidencia de hueso como primer sitio de recidiva entre pacientes positivas y no positivas para MAF, y no hubo diferencia significativa en el riesgo de metástasis ósea en cualquier momento en pacientes positivas para MAF comparadas con no positivas para MAF tratadas con ácido zoledrónico.
La figura 15 (Coleman et al Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006, Figura 2) muestra un análisis de supervivencia sin enfermedad (DSF) y sin enfermedad invasiva (IDFS) entre el brazo control y las pacientes tratadas con ácido zoledrónico en el ensayo AZURE.
La figura 16 muestra el tiempo a recidiva distante entre el brazo control y las pacientes tratadas con ácido zoledrónico. Había una tendencia a un tiempo más corto a recidiva distante en pacientes positivas para MAF sin tratar (>=2,2) (HR = 0,72, p = 0,08, análisis multivariable). Hubo un tiempo significativamente más corto a recidiva (enfermedad invasiva) en pacientes positivas para MAF en el brazo de tratamiento con ácido zoledrónico (HR = 0,52, p < 0,001, análisis multivariable). El tratamiento con ácido zoledrónico empeoró la IDFS comparado con pacientes positivas para MAF sin tratar.
La figura 17 muestra el tiempo a un suceso metastásico óseo (cualquier momento) según tratamiento. Se usa muerte como un suceso competidor en tiempo a metástasis ósea (cualquier momento). Hubo un riesgo aumentado no significativo de metástasis ósea en pacientes positivas para MAF FISh (>=2,3) del brazo control (HR = 0,72, p = 0,18). El tratamiento con ácido zoledrónico redujo significativamente el riesgo de metástasis ósea en cualquier momento en pacientes no positivas para MAF FISH (<2,3) (HR = 0,52, p = 0,01) comparado con pacientes positivas para MAF FISH.
La figura 18 muestra el tiempo a un suceso metastásico óseo (cualquier momento) según número de copia de MAF (según el límite de MAF preespecificado de 2,5). Se usa muerte como un suceso competidor en tiempo a metástasis ósea (cualquier momento). El tratamiento con ácido zoledrónico redujo significativamente el riesgo de metástasis ósea en pacientes no positivas para MAF FISH (HR = 0,65, p = 0,03). El tratamiento con ácido zoledrónico mostró una tendencia a riesgo aumentado de metástasis ósea en pacientes positivas para MAF. La diferencia era no significativa (HR = 1,54, p = 0,22).
La figura 19 muestra la IDFS por estado menopáusico del ensayo AZURE cuando las pacientes no se estratifican según MAF (Coleman et al Lancet Oncol 2014; 15: 997-1006, Figura 5).
La figura 20 muestra el tiempo a un suceso metastásico óseo (cualquier momento) usando muerte como un suceso competidor según el número de copia de MAF (datos según un límite de MAF preespecificado de 2,5) en pacientes posmenopáusicas. El desenlace de tratamiento en pacientes posmenopáusicas positivas para MAF (>2,5) mostró una tendencia a reducir el número de sucesos de metástasis ósea (HR = 0,46, p = 0,26, con un número limitado de sucesos). El desenlace de tratamiento en pacientes posmenopáusicas no positivas para MAF tratadas con ácido zoledrónico era menos eficaz que en pacientes posmenopáusicas positivas para MAF (HR = 0,63 frente a HR = 0,46, con un número limitado de sucesos) lo que sugiere un claro beneficio del tratamiento con zoledrónico para prevenir metástasis ósea en las pacientes posmenopáusicas positivas para MAF.
La figura 21 muestra el tiempo a un suceso metastásico óseo (cualquier momento) según número de copia de MAF (datos según un límite de MAF preespecificado de 2,5) en pacientes no posmenopáusicas. Hubo un desenlace del tratamiento con ácido zoledrónico significativamente peor en pacientes no posmenopáusicas positivas para MAF que produce un aumento en sucesos metastásicos óseos (HR = 2,44, p = 0,045). Hubo una tendencia a un mejor desenlace con tratamiento con ácido zoledrónico en pacientes no posmenopáusicas no positivas para MAF (HR = 0,66, p = 0,08).
La figura 22 muestra la IDFS del brazo de tratamiento con ácido zoledrónico y el brazo control, excluyendo metástasis ósea de mujeres posmenopáusicas. Como se ve en la figura 22, el tratamiento de pacientes posmenopáusicas con ácido zoledrónico significativamente mejoró la IDFS (excluyendo hueso) de pacientes positivas para MAF FISH (>= 2,2) reduciendo el número de sucesos de enfermedad invasiva, y no hubo diferencia en la IDFS (excluyendo hueso) de pacientes no positivas para MAF.
La figura 23 muestra la IDFS del brazo de tratamiento con ácido zoledrónico y el brazo control, excluyendo metástasis ósea de mujeres no posmenopáusicas. Como se ve en la figura 23, el tratamiento de mujeres no posmenopáusicas con ácido zoledrónico significativamente empeora la IDFS (excluyendo hueso) de pacientes positivas para MAF FISH (>= 2,2) y no se vio diferencia en la IDFS (excluyendo hueso) de pacientes no positivas para MAF FISH.
La figura 24 muestra la supervivencia global (OS) por brazo de tratamiento. El tratamiento de pacientes positivas para MAF FISH con ácido zoledrónico significativamente impactó la OS.
La figura 25 muestra el pronóstico de supervivencia sin enfermedad (DFS) en el brazo control de AZURE. Como se puede ver en la figura 25, hay una supervivencia sin enfermedad significativamente menor en pacientes posmenopáusicas positivas para MAF sin tratar. Con respecto a la supervivencia sin enfermedad: la significación de la covariable interacción del estado FISH y el estado menopáusico en análisis multivariable (en pacientes control); Chi2 = 6,23, valor p = 0,013. La figura 26 muestra el pronóstico de supervivencia global en pacientes del brazo control de AZURE. Hay una tendencia a una OS más corta en pacientes posmenopáusicas positivas para MAF sin tratar. Con respecto a la OS: la significación de la covariable interacción del estado FISH y el estado menopáusico en análisis multivariable (en pacientes control); Chi2 = 3,62, valor p = 0,057. La figura 27 muestra el impacto del tratamiento con ácido zoledrónico en DFS según el valor MAF FISH. Como se puede ver en la figura 27, el tratamiento con ácido zoledrónico produce un desenlace diferencial de DFS entre pacientes positivas y negativas para MAF FISH, y estas diferencias tienen lugar en mujeres pos- y no posmenopáusicas.
La figura 28 muestra el impacto del tratamiento con ácido zoledrónico en DFS según el valor de MAF FISH en pacientes posmenopáusicas. Como se puede ver en la figura 28, el tratamiento con ácido zoledrónico produce un mejor desenlace de DFS en pacientes posmenopáusicas negativas para MAF (HR = 0,56 (IC al 95%, 0,33-0,95). La figura 29 muestra el impacto del tratamiento con ácido zoledrónico en la DFS según el valor de MAF FISH en pacientes no posmenopáusicas. Como se puede ver en la figura 29, el tratamiento con ácido zoledrónico produce el peor desenlace de DFS en pacientes no posmenopáusicas positivas para MAF. La figura 30 muestra el impacto del tratamiento con ácido zoledrónico en OS según el valor de MAF FISH. Como se puede ver en la figura 30, el tratamiento con ácido zoledrónico produce una supervivencia global significativamente más corta en pacientes positivas para MAF. Estas diferencias tienen lugar en mujeres pos- y no posmenopáusicas. La figura 31 muestra el impacto del tratamiento con ácido zoledrónico en OS según el valor de MAF FISH en pacientes posmenopáusicas. Como se puede ver en la figura 31, el tratamiento con ácido zoledrónico muestra una tendencia a mejor desenlace de supervivencia global en pacientes posmenopáusicas negativas para MAF. HR = 0,56 (IC al 95%, 0,31-1,01), pero un mayor efecto en pacientes positivas en FISH con zoledrónico. La figura 32 muestra el impacto del tratamiento con ácido zoledrónico en la supervivencia global según el valor de MAF FISH en pacientes no posmenopáusicas. Como se puede ver en la figura 32, el tratamiento con ácido zoledrónico produce el peor desenlace de supervivencia en pacientes no posmenopáusicas positivas para MAF.
Se ve un resumen del valor predictivo del gen de interés (GOI) MAF sobre el riesgo de pacientes para DFS y OS roto según el estado menopáusico en la tabla 1.
Tabla 1. Cociente de riesgos para poder predictivo de MAF basado en el estado menopáusico
Cociente de riesgo Límite inferior del Límite superior del (HR) IC al 95% para HR IC al 95% para HR Estado GOI: negativo frente a positivo para 3,134 0,913 10,760 pacientes premenopáusicas
Estado GOI: negativo frente a positivo para 0,667 0,202 2,200 pacientes de menos que o igual a 5 años desde la
menopausia
Estado GOI: negativo frente a positivo para 0,552 0,280 1,089 pacientes de más de 5 años desde la menopausia
Estado GOI: negativo frente a positivo para 0,656 0,121 3,559 pacientes con estado menstrual desconocido
Como se puede ver, MAF es predictivo en pacientes posmenopáusicas, desconocido y perimenopáusicas en riesgo de una d Fs más corta o peor OS. Sin embargo, en mujeres premenopáusicas, las pacientes positivas para MAF son esas en menor riesgo y es más probable que tengan una DFS más larga y mejor OS.
En resumen, hay un riesgo aumentado significativo de metástasis ósea como primer sitio de recidiva en pacientes positivas frente a no positivas para MAF FISH del brazo control (HR = 0,47, p = 0,013 con un límite = 2,3) y esta diferencia se reduce tras el tratamiento con ácido zoledrónico. Además, el tratamiento con ácido zoledrónico redujo significativamente el riesgo de metástasis ósea en cualquier momento de pacientes no positivas para MAF FISH (HR = 0,65, p = 0,03, límite = 2,5). El tratamiento con ácido zoledrónico muestra un riesgo aumentado de metástasis ósea en cualquier momento para pacientes positivas para MAF. La diferencia es no significativa (HR = 1,54, p = 0,22, límite = 2,5). Este efecto está dirigido por el estado menopáusico y muestra el mayor efecto en el grupo no posmenopáusico. Zoledrónico mejora el desenlace de pacientes posmenopáusicas positivas para MAF FISH significativamente. Sin embargo, el ácido zoledrónico empeora el desenlace de pacientes no posmenopáusicas positivas para MAF FISH. El efecto depende de un aumento en la enfermedad invasiva (IDFS reducida) tras el tratamiento con ácido zoledrónico (lo que sugiere que la prevención de la metástasis al hueso puede facilitar la metástasis a cualquier otro lugar en pacientes no posmenopáusicas y eventualmente producir metástasis al hueso como un suceso secundario).
Las pacientes positivas para MAF FISH que no son tratadas con ácido zoledrónico tienen un mayor riesgo de metástasis ósea y enfermedad invasiva (IDFS reducida y excluyendo sucesos en hueso). En pacientes tratadas con ácido zoledrónico, pacientes positivas para MAF tienen un peor desenlace comparado con pacientes sin tratar en términos de metástasis ósea en cualquier momento, IDFS (incluyendo y excluyendo sucesos en hueso) y supervivencia global. Las pacientes negativas para MAF tratadas con ácido zoledrónico tienen un mejor desenlace comparadas con pacientes sin tratar con respecto a metástasis ósea en cualquier momento. Con respecto a mujeres posmenopáusicas, hay un mejor desenlace con respecto a IDFS (excluyendo hueso) en pacientes positivas para MAF

Claims (13)

REIVINDICACIONES
1. Un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto que tiene cáncer de mama que comprende:
i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y
ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenido en i) con un valor de referencia,
en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia no está aumentada con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto es susceptible para recibir una terapia seleccionada del grupo que consiste en: clodronato, ibandronato y ácido zoledrónico.
2. El método de la reivindicación 1, en donde el sujeto es no posmenopáusico o posmenopáusico.
3. Un método in vitro para diseñar una terapia personalizada para un sujeto no posmenopáusico que tiene cáncer de mama que comprende:
i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y
ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenido en i) con un valor de referencia,
en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia está aumentada con respecto a dicho valor de referencia, entonces dicho sujeto no es susceptible para recibir una terapia seleccionada del grupo que consiste en: clodronato, ibandronato y ácido zoledrónico.
4. Un agente seleccionado del grupo que consiste en clodronato, ibandronato y ácido zoledrónico para uso en el tratamiento de metástasis ósea en un sujeto que tiene cáncer de mama y niveles de expresión, amplificación, número de copia o ganancia de c-MAF no aumentados en una muestra tumoral con respecto a la muestra control.
5. El agente para uso de la reivindicación 4, en donde el sujeto es posmenopáusico.
6. Un método in vitro para predecir supervivencia sin enfermedad invasiva (IDFS) excluyendo recidiva ósea de una paciente con cáncer de mama que comprende determinar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto relativa a una referencia en donde un aumento del nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF con respecto a dicha referencia es indicativo de mala IDFS excluyendo recidiva ósea.
7. Un agente seleccionado del grupo que consiste en clodronato, ibandronato y ácido zoledrónico para uso en el tratamiento de un sujeto que tiene cáncer de mama, en donde el sujeto ha sido identificado como que tiene un nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia de c-MAF no aumentado en una muestra tumoral con respecto a una muestra control.
8. El agente para uso de la reivindicación 7, en donde el sujeto tiene cáncer de mama de estadio M/MI.
9. El agente para uso de cualquiera de las reivindicaciones 7 u 8, en donde el cáncer de mama es cáncer de mama ER+, cáncer de mama ER-, cáncer de mama triple negativo, cáncer de mama HER2+, o cáncer de mama del subtipo de tipo basal.
10. El agente para uso de cualquiera de las reivindicaciones 7-9, en donde el sujeto es no posmenopáusico, premenopáusico o posmenopáusico.
11. Un método para la identificación de un sujeto que tiene cáncer de mama que se beneficiará del tratamiento con un agente seleccionado del grupo que consiste en clodronato, ibandronato y ácido zoledrónico que comprende
i) cuantificar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia del gen c-MAF en una muestra de dicho sujeto y
ii) comparar el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia obtenido en i) con un valor de referencia,
en donde si el nivel de expresión, número de copia, amplificación o ganancia no está aumentada con respecto a dicho valor de referencia, entonces a dicho sujeto se le administra una terapia seleccionada del grupo que consiste en clodronato, ibandronato y ácido zoledrónico.
12. El método de cualquiera de las reivindicaciones 6 u 11 o el agente para uso de la reivindicación 4, en donde el sujeto es no posmenopáusico, premenopáusico o posmenopáusico.
13. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1, 3, 6, 11 o 12 o el agente para uso de las reivindicaciones 4 o 12, en donde el cáncer de mama es cáncer de mama ER+, cáncer de mama ER-, cáncer de mama triple negativo, cáncer de mama HER2+, o cáncer de mama del subtipo de tipo basal.
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