MX2011013578A - Biomarcadores y metodos para determinar la eficacia de anticuerpos anti-receptor del factor de crecimiento epidermal (anti-egfr) en terapia de cancer. - Google Patents

Biomarcadores y metodos para determinar la eficacia de anticuerpos anti-receptor del factor de crecimiento epidermal (anti-egfr) en terapia de cancer.

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Abstract

La invención se refiere a biomarcadores con base en productos de expresión génicos y métodos para determinar la eficacia de los anticuerpos anti-EGFR en el tratamiento de cáncer que expresa EGFR. La invención además se relaciona con la predicción de sensibilidad o resistencia de un paciente que sufre de cáncer que expresa EGFR para el tratamiento del paciente con un anticuerpo anti-EGFR específico. La invención preferiblemente está relacionada con la identificación de biomarcadores respectivos que permiten un mejor pronóstico del resultado clínico del tratamiento con anticuerpos antiEGFR en pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS. En este contexto, la invención especialmente se refiere al anticuerpo c225/cetuximab anti-EGFR (Erbitux(r)) y su uso en pacientes que sufren de Cáncer colorectal (CRC).

Description

BIOMARCADORES Y METODOS PARA DETERMINAR LA EFICACIA DE ANTICUERPOS ANTI-RECEPTOR DEL FACTOR DE CRECIMIENTO EPIDERMAL (ANTI-EGFR) EN TERAPIA DE CANCER Campo de la Invención La invención se refiere a biomarcadores con base en genes de productos o productos de expresión génicos y métodos para determinar la eficacia de los anticuerpos anti-EGFR en el tratamiento de cáncer que expresa EGFR. La invención se refiere al pronóstico de la sensibilidad de resistencia de un paciente que sufre de cáncer que expresa EGFR al tratamiento del paciente con un anticuerpo anti-EGFR específico. La invención preferiblemente también se refiere a la identificación de los biomarcadores respectivos que permiten un mejor pronóstico del resultado clínico del tratamiento con anticuerpos anti-EGFR en pacientes con tumores de tipo silvestre RAS. En este contexto, la invención especialmente se refiere al anticuerpo anti-EFGR c225/cetuximab (Erbitux®) y su uso en pacientes que sufren especialmente de cáncer colorectal (CRC) .
Antecedentes de la Invención Los anticuerpos monoclonales comúnmente se utilizan en tratamiento de cáncer. Ya que estos anticuerpos son fármacos costosos a cargo de las autoridades para el cuidado REF. 224969 de la salud nacional, y por lo general causan efectos secundarios indeseables, que provocan una carga adicional y tensión al paciente que sufre de una enfermedad severa y por lo general terminal, sería deseable conocer por adelantado si el tratamiento de un paciente específico con un fármaco de anticuerpo específico realmente mejoraría o aún curaría la afección del paciente. Ya existen un par de parámetros clínicos e histológicos que se utilizan para obtener un pronóstico de si el fármaco específico y/o régimen de tratamiento puede ser exitoso para tratar una enfermedad. Sin embargo, se ha demostrado que los tumores por lo general provocan un patrón genético diverso, que puede cambiar de un individuo a otro. De esta forma, un fármaco específico o un tratamiento específico, que puede mejorar la afección clínica de un primer paciente, es menos o nada efectiva en un segundo paciente que sufre del mismo cáncer. Por ejemplo, los pacientes que sufren de cáncer colorectal pueden responder a cierto fármaco de anticuerpo específico de manera diferente. En el peor de los casos un grupo de pacientes específico no responde a todos los fármacos, mientras otro grupo de pacientes provoca una respuesta terapéutica satisfactoria del mismo dependiendo del patrón tumoral genético diferente y la disposición .
Aunque la bilogía molecular moderna y la bioquímica han revelado cientos de genes cuyas actividades tienen influencia en el comportamiento de las células tumorales, el estado de su diferenciación, y su sensibilidad o resistencia a ciertos fármacos terapéuticos, tales como anticuerpos, el estado de estos genes usualmente no ha sido explotado con el propósito de rutinariamente tomar decisiones clínicas acerca de los tratamiento de fármacos . La excepción es el uso de la expresión de proteína ErbB2 (Her2) en carcinomas de pecho para seleccionar pacientes con el fármaco antagonista Her2 Herceptin® (Genentech) . Otra excepción es el hallazgo de que las mutaciones en el gen KRAS de los tumores que expresan EGFR están asociados con la falta de sensibilidad o respuesta de los anticuerpos anti-EGFR (Allegra y otros, 2009, J Clin Oncol [Epub antes de impresión] ) Los nuevos marcadores de pronóstico y predictivos, que facilitarían la selección de pacientes para terapia, se necesita que pronostiquen mejor la respuesta del paciente en los tratamientos, tales como fármacos de molécula pequeña o de molécula biológica, en la clínica. La clasificación de muestras de paciente es un aspecto crucial del diagnóstico y tratamiento del cáncer. La asociación de una respuesta del paciente a un tratamiento con marcadores de moléculas y genéticos puede abrir nuevas oportunidades para el desarrollo del tratamiento en pacientes que no responden, o distinguir una indicación del tratamiento entre otras selecciones del tratamiento medido a una mayor confianza en la eficacia.
Además la pre-selección de los pacientes que probablemente responderán bien a un fármaco, o una combinación de fármacos o un régimen específico puede reducir el número de pacientes que se necesitan en un estudio clínico o acelerar el tiempo necesario para completar un programa de desarrollo clínico.
El receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) y sus efectores de señalización en corriente abajo, notablemente son miembros de la trayectoria de cinasa Ras/Raf/MAP, y juegan un papel importante tanto en la bilogía celular epitelial normal como maligna (Normanno y otros, Gene 366, 2-16 (2006)) y por consiguiente tiene objetivos establecidos para el desarrollo terapéutico.
Varios anticuerpos quiméricos monoclonales , y monoclonales humanizados o completamente humanos se han desarrollados, los cuales reconocen e inhiben EGFR. Dos ejemplos de anticuerpos, que han sido comercializados entre tanto son cetuximab ( ERBITUX®) y panitumumab (VECTIBIX®) El anticuerpo c225 anti-EGFR (cetuximab) , un IgGl quimérico, que demostró que inhibe el crecimiento de la célula tumoral mediada por EGF in vitro y que inhibe el crecimiento del tumor colorectal humano in vivo, recibió una notable aprobación en 2003. Su secuencia primero se describe en O 96/40210. El anticuerpo así como en general todos los anticuerpos anti-EGFR, parece que actúan, sobre todos los demás, en sinergia con ciertos aspectos quimioterapéuticos (es decir, doxorubicina, adriamicina, taxol, y cisplatina) para erradicar tumores humanos in vivo en modelos de ratón de xenoinjerto (por ejemplo, EP 0667165) . Además, se podría demostrar que la combinación del anticuerpo C225 con un Segundo anticuerpo anti-EGFR humanizado matuzumab (Mab h425) , muestra un efecto sinérgico en modelos in vitro lo que indica que estos dos anticuerpos aunque están dirigidos al mismo receptor se unen a diferentes epítopos en el receptor (WO 2004/032960) .
Se ha demostrado en el pasado que aproximadamente el 75% de los pacientes tratados con anticuerpos anti-EGFR, incluyendo cetuximab, o los inhibidores de molécula pequeña, respectivos, desarrollan una erupción en la piel más o menos severa muy rápido después del inicio del tratamiento. Aunque frecuentemente tolerable y manejable, aproximadamente el 10% de los pacientes requiere la interrupción de la dosis y/o la reducción de la dosis debido a los severos síntomas, y unos cuantos pacientes se descontinúan de la terapia. La evidente asociación en aumento de la toxicidad cutánea con resultados clínicos favorables a inhibidores EGFR hace posible "la obtención" de la erupción como una toxicidad deseable pero potencialmente problemática en pacientes que experimentan beneficio terapéutico, algunas veces limitando la actividad de estos agentes. Sin embargo, la aparición de la erupción en la piel durante el tratamiento con un anticuerpo anti-EGFR puede tomarse como un marcador de reemplazo confiable para la respuesta terapéutica al tratamiento con el anticuerpo, por ejemplo, cetuximab.
Sin embargo, la selección de la aparición de erupción en la piel como un marcador de reemplazo no es óptima debido a la identificación de pacientes con cáncer que generalmente no responden al tratamiento con un anticuerpo anti-EGFR que es posible no antes de haber administrado el fármaco en pacientes durante el periodo más largo.
Por consiguiente, el hallazgo de que la mutación del gen KRAS (codón 12/13), y el producto génico en el tumor que expresa EGFR es responsable en la insensibilidad del tratamiento de cáncer colorectal metastático con inhibidores EGFR puede ser referido como una mejora en el pronóstico de si un tratamiento es exitoso o no . WO 2008/112269 reporta que panitumumab, un anticuerpo anti-EGFR humano que es efectivo solamente en pacientes con tumor de tipo silvestre KRAS. Khambata-Ford y otros, (2007, J. Clin. Oncol . 25, 3230) describen que los pacientes con cáncer colorectal metastático con tumores que tienen altos niveles de expresión génicos de epiregulina y anfiregulina, así como pacientes con tumores KRAS de tipo silvestre es más probable que tengan control de la enfermedad durante el tratamiento con cetuximab.
A pesar de los recientes avances antes mencionados, un reto principal en el tratamiento de cáncer permanece en seleccionar pacientes para regímenes de tratamiento específicos con base en marcadores patogénicos y/o genéticos con el fin de optimizar el resultado. En el contexto del tratamiento de tumores que expresan EGFR con anticuerpos anti-EGFR que inhiben el crecimiento en tumores, sería útil conocer y entender mejor cuando los pacientes son capaces de responder a un tratamiento previsto con estos anticuerpos, especialmente en vista de los hallazgos más recientes que aún en el grupo de tumor de tipo silvestre KRAS no todos los pacientes (aproximadamente 40%) responderán bien al tratamiento de anticuerpos anti-EGFR y otros inhibidores EGFR .
Por consiguiente, existe la necesidad de pruebas, métodos y herramientas de diagnóstico que utilizan biomarcadores que simultáneamente pueden proporcionar información de pronóstico acerca de las respuestas de los pacientes a una variedad de opciones de tratamiento que incluyen xenotipos de tumor personalmente diferentes.
Breve Descripción de la Invención La invención describe biomarcadores predictivos para determinar la eficacia de un anticuerpo anti-EGFR en el tratamiento de cáncer.
En una modalidad de la invención se describen estos marcadores específicos los cuales pueden utilizarse para pronosticar antes de la administración en paciente la eficacia de un anticuerpo anti-EGFR en el tratamiento de tumores en pacientes de tipo silvestre KRAS o en pacientes que tienen una mutación en el gen KRAS.
En una modalidad más de la invención se describen los biomarcadores específicos los cuales pueden utilizarse para pronosticar más exactamente la eficacia o el grado de eficacia de un anticuerpo anti-EGFR en el tratamiento de tumores en pacientes que no tienen una mutación en el gen KRAS (KRAS tipo silvestre) , que usualmente responden estadísticamente pero no necesariamente de forma individual positiva a una terapia con un anticuerpo anti-EGFR.
Otra modalidad de la invención se refiere a biomarcadores que indican una alta probabilidad de una buena (marcadores positivos) o mala (marcadores negativos) respuesta a un tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR en pacientes que sufren de cáncer colorectal (CRC) , preferiblemente cáncer colorectal metastático (mCRC) , cáncer de cabeza y cuello de célula escamosa (SCCHN) o cáncer de pulmón de célula no pequeña (NSCLC) .
En una modalidad específica de la invención se describen los biomarcadores los cuales pronostican la eficacia o la falta de eficacia de una terapia relacionada con tumor (tumores sólidos o metastáticos) con el anticuerpo anti-EGFR cetuximab (Erbitux®) .
En una modalidad preferida de la invención se describen los que pronostican la eficacia o la falta de eficacia de una terapia relacionada con un tumor (tumores sólidos o metastáticos) con el anticuerpo anti-EGFR cetuximab (Erbitux®) , en donde el tumor es CRC, mCRC, SCCHN o NSCLC.
En una modalidad preferida de la invención se describen los que pronostican la eficacia y la falta de eficacia de una terapia relacionada con el tumor (tumores sólidos o metastáticos) , con el anticuerpo anti-EGFR cetuximab (Erbitux®) , en donde el tumor es CRC, mCRC, SCCHN o NSCLC, y en donde paciente que sufre de tales cánceres preferiblemente muestra un patrón génico de tipo silvestre KRAS individual .
En otra modalidad la invención se refiere a un método in vitro para pronosticar a través de medios diagnósticos y/o aparato de diagnóstico la probabilidad de que un paciente que sufre de un tumor que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS que es un candidato para el tratamiento con un anticuerpo EGFR, responderá o no responderá al tratamiento con tal anticuerpo anti-EGFR.
De acuerdo con la invención el método comprende determinar el nivel de expresión de uno o más genes de pronóstico o sus productos de expresión génicos en muestras tisulares obtenidas del paciente, en donde una alta o baja expresión del gen/producto génico comparado con un valor de referencia relevante clínico indica que el paciente probablemente responderá al tratamiento o probablemente no responderá al tratamiento.
Los genes o productos génicos que causan una alta expresión en una muestra de un paciente con tumor que probablemente responderá o no responderá al tratamiento con un anticuerpo anti-EGFR, preferiblemente cetuximab de acuerdo con la invención se seleccionan del grupo de genes que consisten de: ADAMDEC1, BSDC1, Clorfl44, CAPZB, CDC42, DHCR , DNAJC8 , ECSIT, EXOSC10, FADS1 , GBA, GLT25D1, GOSR2 , IMPDH1 , KLHL21, KPNA6, KPNB1 , LSM12, MAN1B1 , MIDN, PPA , SH3BP2 , SQLE, SSH3 , TNFRSF1B , URM1 , ZFYVE26, RGMB, SPIRE2 , ABCC5 , ACSL5 , AOAH, AXIN2 , CD24 , CEACAM5 , CEACAM6 , ETS2, FMNL2 , GPSM2, HDAC2, JUN, ME3 , MED17 , MYB, MYC, NEBL, NOSIP, PITX2 , POF1B, PPARG, PPP1R14C, PRR15 , PSMG1, RAB15 , RAB40B, RNF43, RPS23 , SLC44A3 , SOX4 , THEM2 , VAV3 , ZNF337, EPDR1 , KCNK5 , KHDRBS3 , PGM2L1 , STK38 , y SHROOM2.
Los genes o productos de gen que causan una alta expresión en una muestra de un paciente con tumor que tiene una baja probabilidad de responder o no responder al tratamiento con anticuerpo anti-EGFR, preferiblemente cetuximab, de acuerdo con la invención, se seleccionan del grupo de genes que consisten de: C7orf46, CAST, DCP2 , DIP2B, ERAPl, INSIG2, KIF21A, KLK6 , NGRN, NRIP1, PHGDH, PPP1R9A, QPCT, RABEP1, RPA1 , RPL22L1, SKP1, SLC25A27, SLC25A46, S0CS6 , TPD52, ZDHHC2 , ZNF654, ASB6 , ATM, BMI1, CDC42EP2, EDEM3 , PLLP, RALBP1 , SLC4A11 , TNFSF15 , TPK1 , Cllorf9, C1QC, CABLESI , CDK6 , EHBP1 , EX0C6 , EXT1 , FLRT3 , GCNT2 , MTHFS, PIK3AP1 , ST3GAL1 , ??2, ZDHHC14 , ARFGAP3 , AXUD1 , CAPZB, CHSY1 , DNAJB9, G0LT1B , HSPA5 , LEPR0TL1 , LIMS1 , ????6 , ??06, PROSC, RAB8B , RAP2B, RWDD2B, SERTAD2 , S0CS5 , TERF2IP , TIAL1 , TIPARP, TRIM8 , TSC22D2, TGFA, VAPA, y UBE2K, lo que indica que el paciente probablemente no responderá al tratamiento comparado con un valor de referencia.
En otra modalidad de la invención los biomarcadores preferidos que se expresan en promedio anteriormente indican que el paciente probablemente responderá o tendrá una respuesta superior al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR respectivamente (por ejemplo, cetuximab) , se seleccionan del grupo que consiste de EPDRl, KCNK5 , KHDRBS3 , PGM2L1, SHR00 2 , STK38, RGMB, SPIRE2 y VAV3 o de los productos de expresión génicos respectivos del grupo.
En otra modalidad de la invención los biomarcadores preferidos que se expresan en promedio anteriormente e indican que el paciente probablemente no responderá o probablemente no responderá de forma superior al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR respectivo (por ejemplo, cetuximab) , se seleccionan del grupo que consiste de ASB6, ATM, BMI1, CDC42EP2 , EDEM3 , PLLP, RALBP1 , SLC4A11, TNFSF15, TPK1, ARFGAP3, AXUD1, CAPZB, CHSY1 , DNAJB9, G0LT1B, HSPA5 , LEPR0TL1, LIMS1, MAPK6 , MY06, PROSC, RAB8B, RAP2B, RWDD2B, SERTAD2 , SOCS5 , TERF2IP, TIAL1 , TIPARP, TRIM8 , TSC22D2, TGFA, VAPA, y UBE2K o de los productos de expresión génicos respectivos del grupo.
En una modalidad más el biomarcador de acuerdo con la invención predictivo de una respuesta positiva del paciente a un anticuerpo anti-EGFR es VAV3 y el biomarcador preferido de acuerdo con la invención predictivo para una respuesta negativa o insignificante del paciente a un anticuerpo anti-EGFR es TGFa .
En otra modalidad se aplica un método respectivo, en donde por lo menos un primer biomarcador considerablemente o altamente expresado como se especifica anteriormente y en las reivindicaciones se utiliza lo cual indica que el paciente probablemente responderá bien o extraordinariamente o de manera superior al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR preferiblemente cetuximab (comparado con un promedio clínico o una respuesta estándar y/o un valor de expresión calculado de un cohorte del paciente promedio respectivo) , y por lo menos un segundo biomarcador considerablemente o altamente expresado como se especifica anteriormente y en las reivindicaciones se utiliza lo cual indica que el paciente probablemente no responderá bien o de manera extraordinaria o superior al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR preferiblemente cetuximab (comparado con el promedio clínico o una respuesta estándar y/o el valor de expresión calculado del cohorte del paciente promedio respectivo) .
En otra modalidad se aplica un método respectivo para un método in vitro para pronosticar la probabilidad de que un paciente que sufre de un tumor que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS y es candidato para el tratamiento con un anti-EGFR, responderá al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR, en donde los niveles de expresión de uno o más de los biomarcadores especificados anteriormente y posteriormente se determina en combinación con AREG y/o EREG en contexto con el tratamiento de un paciente con tumor con un anticuerpos anti-EGFR, preferiblemente cetuximab.
Preferiblemente, se aplica un método respectivo, en donde el gen o los niveles de expresión del producto génico de VAV3 y ARAG o EREG se determinan en contexto con el tratamiento de un paciente con tumor, preferiblemente un paciente con un tumor CRC o mCRC, con un anticuerpo anti-EGFR, preferiblemente cetuximab.
En una modalidad específica adicional, se aplica un método respectivo, en donde el gen o los niveles de expresión del producto génico de VAV3 y ARAG o EREG se determinan en el contexto con el tratamiento de un paciente con tumor, preferiblemente un paciente con tumor CRC o mCRC, con un anticuerpo anti-EGFR, preferiblemente cetuximab.
En otra modalidad preferida de acuerdo con la invención, se aplica un método respectivo, en donde el gen o los niveles de expresión del producto génico TGFa y ARAG o EREG se determinan en el contexto con el tratamiento de un paciente con tumor, preferiblemente un paciente con un tumor CRC o mCRC, con un anticuerpo anti-EGFR, preferiblemente cetuxima .
En otra modalidad preferida de acuerdo con la invención, se aplica un método respectivo, en donde el gen o los niveles de expresión del producto génico VAV3 y TGFa se determinan en contexto con el tratamiento de un paciente con tumor, preferiblemente un paciente con un tumor CRC o mCRC, con un anticuerpo anti-EGFR, preferiblemente cetuximab.
En otra modalidad preferida de acuerdo con la invención, se aplica un método respectivo, en donde el gen o los niveles de expresión del producto génico VAV3, TGFa y ARAG o EREG se determinan en el contexto con el tratamiento de un paciente con tumor, preferiblemente un paciente con un tumor CRC o mCRC, con un anticuerpo anti-EGFR, preferiblemente cetuximab.
En un aspecto más, la invención se refiere a un método in vitro para pronosticar la probabilidad de que un paciente que sufre de cáncer que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS responderá terapéuticamente al tratamiento con un anticuerpo anti-EGFR, preferiblemente cetuximab, el método comprende: (a) medir por medios diagnósticos y/o un aparato para diagnóstico en una muestra tisular de biopsia del tejido tumoral o plasma del paciente el nivel de expresión de uno o más biomarcadores seleccionados del grupo (i) que consiste de ADA DEC1, BSDC1 , Clorfl44, CAPZB, CDC42 , DHCR7 , DNAJC8 , ECSIT, EXOSC10, FADS1, GBA, GLT25D1, G0SR2 , IMPDH1, KLHL21 , KPNA6, KPNB1, LSM12, MAN1B1, MIDN, PPA , SH3BP2 , SQLE, SSH3 , TNFRSF1B, URM1, ZFYVE26, RGMB , SPIRE2 , ABCC5 , ACSL5 , AOAH, AXIN2, CD24, CEACAM5 , CEACAM6 , ETS2 , FMNL2 , GPSM2 , HDAC2 , JUN, ME3 , MED17 , MYB, MYC, NEBL; NOSIP, PITX2 , POF1B, PPARG, PPP1 R14C, PRR15 , PSMG1 , RAB15 , RAB40B, RNF43, RPS23 , SLC44A3 , SOX4, THEM2 , VAV3 , ZNF337, EPDR1 , KCNK5 , KHDRBS3 , PGM2L1, STK38, SHROOM2 , y/o del grupo (ii) que consiste de C7orf46, CAST, DCP2 , DIP2B , ERAP1, INSIG2, KIF21A, KLK6 , NGRN, NRIP1, PHGDH, PPP1R9A, QPCT, RABEP1 , RPA1, RPL22L1, SKP1, SLC25A27, SLC25A46, SOCS6 , TPD52 , ZDHHC2 , ZNF654, ASB6 , ATM, BMI1, CDC42EP2 , EDEM3 , PLLP , RALBP1, SLC4A11, TNFSF15 , TPK1, Cllorf9, C1QC, CABLES1 , CDK6 , EHBP1 , EXOC6 , EXT1 , FLRT3 , GCNT2, MTHFS , PIK3AP1 , ST3GAL1 , TK2 , ZDHHC14 , ARFGAP3 , AXUD1, CAPZB, CHSY1, DNAJB9, GOLT1B, HSPA5 , LEPROTL1 , LIMS1, MAPK6, MY06, PROSC, RAB8B, RAP2B, RWDD2B, SERTAD2 , SOCS5 , TERF2IP, TIAL1 , TIPARP, TRIM8 , TSC22D2 , TGFA, VAPA, y UBE2K, (b) exponer ex-vivo una muestra tisular del tumor o plasma del paciente al anticuerpo anti-EGFR, (c) medir de nuevo en la muestra tisular expuesta del paso (b) el nivel de expresión de uno o más biomarcadores especificados en el paso (a) , y (d) calcular las diferencias en los niveles de expresión medidos en los pasos (b) y (c) , en donde un aumento en el nivel de expresión de los biomarcadores del grupo (i) obtenido en el paso (c) comparado con el paso (a) indica una probabilidad aumentada de que el paciente responda terapéuticamente al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR, y en donde un aumento en el nivel de expresión de los biomarcadores del grupo (ii) obtenido en el paso (c) comparado con el paso (a) indica una probabilidad disminuida de que el paciente responda terapéuticamente al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR.
En otro aspecto, la invención se refiere a un método in vitro respectivo como se describe anteriormente y posteriormente, en donde el paciente no solamente sufre del tumor que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS sino además muestra una mutación en el gen EGFR del tumor tisular. En una modalidad específica esta mutación es responsable de una erupción en la piel asociada con la administración del anticuerpo anti-EGFR, preferiblemente cetuximab. Esta mutación causa preferiblemente un polimorfismo R521K en EGFR.
En otro aspecto, la invención se refiere a un método in vitro respectivo como se describe anteriormente y posteriormente, en donde el paciente no solamente sufre del tumor que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS, especialmente CRC/mCRC, sino además muestra una mutación en el gen BRAF del tejido tisular.
En un aspecto más, la invención se refiere a un arreglo de ADN o ARN que comprende una organización de polinucleótidos presentados o hibridados en uno o más de los siguientes genes: ADAMDEC1, BSDC1, Clorfl44, CAPZB, CDC42, DHCR7 , DNAJC8, ECSIT, EXOSC10, FADS1, GBA, GLT25D1 , G0SR2 , IMPDH1, KLHL21 , KPNA6 , KPNB1 , LSM12 , MAN1B1 , MIDN, PPAN, SH3BP2 , SQLE, SSH3 , TNFRSF1B, URM1 , ZFYVE26 , RGMB, SPIRE2 , ABCC5 , ACSL5 , AOAH, AXIN2 , CD24, ,CEACA 5, CEACAM6 , ETS2 , FMNL2, GPSM2, HDAC2 , JUN, ME3 , ED17, MYB , MYC, NEBL, NOSIP, PITX2 , POF1B, PPARG, PPP1R14C, PRR15 , PSMG1, RAB15 , RAB40B, RNF43, RPS23, SLC44A3, S0X4 , THEM2 , VAV3 , ZNF337, EPDR1 , KCNK5 , KHDRBS3 , PGM2L1, STK38 , SHR00M2 , C7orf46, CAST, DCP2 , DIP2B, ERAP1 , INSIG2, KIF21A, KLK6 , NGRN, NRIP1, PHGDH, PPP1R9A, QPCT, RABEP1, RPA1 , RPL22L1 , SKP1, SLC25A27, SLC25A46, SOCS6 , TPD52, ZDHHC2 , ZNF654, ASB6 , ATM, BMI1, CDC42EP2, EDEM3, PLLP, RALBP1, SLC4A11 , TNFSF15, TPK1 , Cllorf9, C1QC, CABLES1 , CDK6 , EHBP1, EXOC6 , EXT1, FLRT3 , GCNT2, MTHFS, PIK3AP1 , ST3GAL1, TK2 , ZDHHC14 , ARFGAP3 , AXUD1 , CAPZB, CHSY1, DNAJB9 , GOLT1B, HSPA5, LEPROTL1 , LIMS1, MAPK6 , MY06, PROSC, RAB8B, RAP2B, RWDD2B , SERTAD2 , SOCS5, TERF2IP, TIAL1, TIPARP, TRIM8 , TSC22D2, TGFA, VAPA, y UBE2K, en donde el gen o los productos génicos se inmovilizan en una superficie sólida.
En una modalidad preferida el arreglo de ADN o ARN comprende uno o más de los siguientes genes o híbrida a los genes: TNFRSF1B, DNAJC8 , ECSIT, G0SR2 , PPP1 R9A, KLK6 , C7orf46, SSH3 , SERTAD2 , AXIN2 , C10orf99, ETS2 , PITX2, PRR15 , VAV3 , gen que codifica la proteína de interacción IKK, EDEM3 , LY6G6D, y opcionalmente además de AREG y/o EREG y/o TGFA.
En otra modalidad preferida el arreglo de ADN o ARN, de acuerdo con la invención, consiste de la siguiente organización de polinucleótidos presentados a través de o que hibridan a los siguientes genes: (a) TNFRSF1B, DNAJC8 , ECSIT, GOSR2 , PPP1R9A, KLK6 , C7orf46, SSH3, SERTAD2, AXIN2 , C10orf99, ETS2, PITX2 , PRR15, VAV3 , gen que codifica la proteína de interacción IKK, EDEM3 , LY6G6D, AREG, EREG y TGFA; o (b) TNFRSF1B, DNAJC8 , VAV3 , ARAG o EREG, TNFa; o (c) VAV3; ARAG O EREG, TNFa; o (d) VAV3, TNFa; O (e) ARAG O EREG, TNFa.
Breve Descripción de las Figuras Figura 1: Genes cuya expresión en las muestras de la línea base están significativamente asociados con el control de la enfermedad después de seis semanas de monoterapia con cetuximab en pacientes con el gen KRAS de tipo silvestre (p < 0.002, prueba t moderada) . Con base en el estudio EMR 62202-045 (tratamiento en la primera línea de CRC metastático) Figura 2: Genes cuya expresión en las muestras de la línea base están significativamente asociados con el control de la enfermedad después de seis semanas de monoterapia con cetuximab (p < 0.002, prueba t moderada) . Con base en el estudio EMR 62202-045 (tratamiento en la primera línea de CRC metastático) .
Figura 3: Estudio EMR 62202-502 (tratamiento con cetuximab más irinotecan de pacientes con CRC metastático irinotecan-refractario) , análisis de pacientes con el gen KRAS de tipo silvestre: genes cuya expresión en las muestras de la línea base están significativamente asociados con la mejor respuesta general (p < 0.002, prueba t de Welch) Figura 4: Estudio EMR 62202-502 (tratamiento con cetuximab más irinotecan de pacientes con CRC metastático irinotecan-refractario) : genes cuya expresión en las muestras de la línea base están significativamente asociados con la mejor respuesta general (p < 0.002, prueba t de Welch) .
Figura 5: Estudio EMR 62202-502 (tratamiento con cetuximab más irinotecan en pacientes CRC metastáticos irinotecan-refractario) , análisis de pacientes con el gen KRAS de tipo silvestre: genes cuya expresión en las muestras de la línea base están significativamente asociados con el tiempo de supervivencia global (p < 0.002, regresión de riesgo proporcional Cox) Figura 6: Estudio EMR 62202-502 (tratamiento con cetuximab más irinotecan en pacientes CRC metastáticos irinotecan-refractario) : genes cuya expresión en las muestras de la línea base están significativamente asociados con el tiempo de supervivencia global (p < 0.002, regresión de riesgo proporcional Cox) Figura 7: Estudio EMR 62202-502 (tratamiento con cetuximab más irinotecan en pacientes CRC metastáticos irinotecan-refractario) : genes cuya expresión en las muestras de la línea base están significativamente asociados con tiempo de supervivencia sin avance (p < 0.002, regresión de riesgo proporcional Cox) .
Figura 8: Estudio EMR 62202-502 (tratamiento con cetuximab más irinotecan en pacientes CRC metastáticos irinotecan-refractario) , análisis de pacientes con el gen KRAS de tipo silvestre: genes cuya expresión en las muestras de la línea base están significativamente asociados con tiempo de supervivencia sin avance (p < 0.002, regresión de riesgo proporcional Cox) .
Figura 9: Grupos de sondas Affymetrix que evalúan el grado de contaminación del tejido hepático de biopsias de tumor .
Figura 10: Asociación de los datos de expresión de la línea base con control de la enfermedad en la semana 6 en pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS: 57 grupos de sondas con P <002. Valor Log-proporción son los niveles de expresión log2 medios de pacientes con control de enfermedad menos aquellos pacientes con avance de enfermedad, ajustada al grado de contaminación hepática de las muestras .
Figura 11: Cuarenta y siete grupos de sondas que muestran una asociación de cambios durante el tratamiento en la expresión de la línea base a la semana 4 con la mejor respuesta global. Los valores Log-proporción representan las medias de los cambios durante el tratamiento de pacientes con respuesta parcial menos aquellos pacientes con una enfermedad estable o progresiva, ajustado al grado de contaminación hepática de las muestras.
Figura 12 : Asociación de cambios durante el tratamiento en la expresión génica candidata de la línea base a la semana 4 con la mejor respuesta global. Los valores Log-proporción representan las medias de los cambios durante el tratamiento de los pacientes con respuesta parcial menos aquellos pacientes con enfermedad estable o producida, ajustada al grado de contaminación hepática de las muestras.
Figura 13: Asociación de la expresión de la línea base de los genes candidato con control de enfermedad en la semana 6 en tumores con un estatus de tipo silvestre KRAS . Valores Log-proporción son los niveles de expresión log2 medios de pacientes con control de enfermedad de aquellos pacientes con enfermedad progresiva, ajustado al grado de contaminación hepática de las muestras.
Figura 14: Resultados del análisis estadístico de los datos proteómicos de plasma Luminex. Los análisis se refieren a los cambios generales entre la línea base y las muestras de la semana 4, las asociaciones de los cambios durante el tratamiento con respecto a la semana6 entre todos los pacientes, así como entre dos pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS para cada uno de estos análisis, los valores Iog2-proporción, los valores p y los valores q se dan para cada proteína medida. Los valores Log2 -proporción se refieren a la diferencia media de las concentraciones log2 entre la semana 4 y las muestras de la línea base (cambio general) , o la diferencias entre estas diferencias medias entre los que respondieron y no respondieron (asociación con respuesta) .
Figura 15 : Condiciones de los reactivos del anticuerpo y ensayo inmunohistoquímico .
Figura 16: Identificación de muestras de ARN con alta (verde) , media (roja) y baja (negra) contaminación hepática con base en la expresión de los genes predominante expresados en cáncer colorectal (caja azul) e hígado normal (caja púrpura) . La escala de color refleja la intensidad de señal del elemento absoluta después de la normalización.
Figura 17: Asociación de los cambios durante el tratamiento en la expresión de la línea base a la semana 4 con la mejor respuesta global (respuesta parcial contra enfermedad estable más enfermedad progresiva) . Cuarenta y siete grupos de sondas con P<0.002 se muestran. Los nombres de los genes, seguidos por elemento ID se dan en la parte derecha de la imagen. La intensidad del elemento representa la relación log2 de la expresión del gen en la semana 4 sobre la expresión génica en la línea base.
Abreviaciones; PD, enfermedad progresiva; SD, enfermedad estable; PR, respuesta parcial.
Figura 18: Asociación de los cambios durante el tratamiento en la expresión génica candidata de la línea base a la semana 4 con la misma respuesta global (respuestas parciales contra enfermedad estable más enfermedad progresiva) . Los nombres de los genes, seguidos por el elemento ID se dan en la parte derecha de la imagen. La intensidad del elemento representa la proporción log2 de la expresión génica en la semana 4 sobre la expresión génica en la línea base.
Abreviaciones; PD, enfermedad progresiva; SD, enfermedad estable; PR, respuesta parcial.
Figura 19: Asociación de la expresión de la línea base de los genes candidato con control de enfermedad (respuesta parcial más enfermedad estable contra enfermedad progresiva) en tumores con el estado de tipo silvestre KRAS . Los nombres, seguido por el elemento ID se dan en la parte derecha de la imagen. La escala de intensidad refleja la proporción log2 para cada elemento, con relación a la media para cada grupo de sondas a través de todas las muestras.
Abreviaciones; PD, enfermedad progresiva; SD, enfermedad estable; PR, respuesta parcial.
Figura 20: Correlación del estado KRAS con un grado de respuesta y una supervivencia sin avance en pacientes mCRC relacionados con cetuximab (Erbitux) Figuras 21A-21B. Análisis inmunohistoquímico de la expresión de los marcadores asociados con la trayectoria de señalización EGFR seleccionada en muestras de piel (Fig. 21A) y de tumor (Fig. 21B) : cambios entre las muestras de la semana 4/línea base por pares.
Figura 22. Proporción de los pacientes libres de avance de enfermedad contra tiempo de supervivencia sin avance en meses de acuerdo con estado de la mutación del tumor KRAS.
Figura 23. Asociación de los datos de expresión génica de la línea base con control de enfermedad (respuesta parcial más enfermedad estable contra enfermedad progresiva) en la semana 6 en pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS. Cincuenta y siete grupos de sondas con P<.002 se muestran. Los nombres de los genes, seguido por el elemento ID se dan en la parte derecha de la imagen. La escala de color refleja la proporción log2 para cada elemento con relación a la media para cada grupo de sondas a través de todas las muestras.
Abreviaciones; PD, enfermedad progresiva; SD, enfermedad estable; PR, respuesta parcial.
Figuras 24A a 24F: Niveles de expresión de AREG (elemento 205239_at) , EREG (elemento 205767_at) y TGFA (elemento 205016_at) en las muestras de la línea base de acuerdo con una respuesta en la semana 6 en todos los pacientes (Figuras 24A, 24C, y 24E, respectivamente) y en pacientes cuyos tumores fueron de tipo silvestre para KRAS (Figuras 24B, 24D, y 24F, respectivamente) . Los valores P se refieren a la asociación con el control de enfermedad (respuesta parcial, PR y enfermedad estable, SD contra enfermedad progresiva, PD) .
Figuras 25A-25B. Asociación de los cambios durante el tratamiento en las concentraciones de proteína en plasma de la línea base a la semana 4 con respuesta en la semana 6 (respuesta parcial, PR contra enfermedad estable, SD más enfermedad progresiva, PD) entre 45 pacientes con la intensión de tratar (ITT) la población (Figura 25A) y entre 24 pacientes ITT con tumores de tipo silvestre KRAS (Figura 25B) . Todas las proteínas con P<.01 se muestran. La intensidad del elemento representa la proporción log2 de la concentración de proteína en la semana 4 sobre una concentración proteica en la línea base.
Figura 26: Diagramas de caja que muestran la asociación de VAV3 con respuesta. PD: enfermedad progresiva, PR: respuesta parcial, SD : enfermedad estable. Puntos verdes: Pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS y BRAF, puntos rojos: pacientes con mutaciones KRAS, puntos negros: pacientes con mutaciones BRAF, puntos azules: estado de la mutación desconocido. Valores P se basan en las pruebas t de Welch.
Figura 27: La gráfica de Kaplan-Meier muestra las funciones de distribución de supervivencia sin avance estimadas estratificadas a través de la expresión de VAV3. Los pacientes han sido clasificados como altos o bajos expresores VAV3 , dependiendo de si sus niveles de expresión de VAV3 de la linea base estuvieron por arriba o por debajo del nivel medio a través de los pacientes, respectivamente. El valor p se deriva de un modelo de riesgos proporcional Cox.
Figura 28: La gráfica de Kaplan-Meier muestra las funciones de distribución de supervivencia generales estimadas estratificadas a través de la expresión de VAV3. Los pacientes han sido clasificados como altos o bajos expresores de VAV3 , dependiendo de si sus niveles de expresión VAV3 de la linea base están por arriba o por debajo del nivel medio a través de los pacientes, respectivamente. El valor p se deriva de un modelo de riesgos proporcional Cox.
Figura 29: Gráfica de Kaplan-Meier que muestra las funciones de distribución de supervivencia sin avance estimadas estratificadas a través de la expresión de VAV3 y el estado de la mutación KRAS . Los pacientes han sido agrupados en 4 estratos, que representan todas las posibles combinaciones del estado de la mutación KRAS y la expresión VAV3 de la línea base (por arriba o por debajo de la media) .
Figura 30: Vav3 interactúa con EGFR activado. Después de la transfección de las células HEK 293 con VAV3 y EGFR solo o en combinación, las células se lisaron y sometieron a inmunoprecipitación (IP) y Western blotting (WB) .
Descripción Detallada de la Invención El anticuerpo monoclonal (Ig)Gl de inmunoglobulina que activa EGFR, cetuximab, fue el primer anticuerpo monoclonal a ser aprobado para el tratamiento de un tumor sólido.
La investigación intensiva sobre biomarcadores utilizables para pronosticar la respuesta a cetuximab ha sido conducida para identificar aquellos pacientes que se beneficiarían más significativamente del tratamiento con cetuximab. La expresión EGFR de tumor como se evalúa a través de inmunohistoquímica a probado ser un biomarcador decepcionante para la eficacia del tratamiento activado por EGFR en CRC. Los datos más prometedores han sido reportados para mutaciones del gen KRAS, que codifica al ligando de enlace de la proteína de unión a GDP/GTP dependiente de la activación del receptor para trayectorias intracelulares de la cascada de señalización en EGFR. Los análisis retrospectivos del estado de la mutación KRAS en una multitud de estudios clínicos incluyendo dos estudios aleatorios de tratamiento de primera línea en CRC metastático, (mCRC) , EMR 62202-047 y EMR 62202-013, así como el estudio C0.17 aleatorizado, investiga la monoterapia con cetuximab en pacientes con mCRC que han fallado antes de la quimioterapia) , han demostrado que el estado de la mutación 12/13 del codón KRAS se pronostica a través de la actividad de cetuximab en CRC. Las respuestas tumorales predominantemente se ven en subgrupos de pacientes cuyos tumores fueron de tipo silvestre para KRAS y pacientes que llevan una mutación 12/13 del codón KRAS que no benefician de la terapia con cetuximab. El estado de la mutación de KRAS por consiguiente parece ser un biomarcador predictivo poderoso para la actividad de cetuximab en CRC, permitiendo la exclusión del tratamiento de una sub-población que probablemente no se derive un beneficio significativo.
Aún, no todos de aproximadamente el 60% de los pacientes con CRC con tumores de tipo silvestre KRAS se beneficiarán del tratamiento con cetuximab. Aproximadamente el 40% de los pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS no responden al tratamiento cetuximab y una fracción sustancial de estos pacientes avanza tempranamente y tiene una corta supervivencia global.
Por consiguiente, existe una necesidad de que la identificación y el uso de biomarcadores adicionales que pueden utilizarse además del estado de la mutación KRAS para pronosticar mejor el resultado clínico del tratamiento con cetuximab en pacientes CRC. Además de necesitar identificar los biomarcadores que permitan un mejor pronóstico de la eficacia de cetuximab en el tratamiento de CRC además del estado de la mutación KRAS.
Los análisis de microarreglo de biopsias de metástasis de hígado congelado fresco se llevaron a cabo en dos estudios CRC son cetuximab EMR 62202-502 y E R 62202-045 para identificar genes cuya expresión está asociada con la respuesta, la supervivencia sin avance o la supervivencia global en la población de pacientes generales o en pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS. La expresión de estos genes puede utilizarse como biomarcador predictivo para la eficacia del tratamiento con cetuximab en CRC y mejor identificar a aquellos 63 pacientes que derivarán el mayor beneficio del tratamiento cetuximab en CRC.
La expresión de los genes antes descritos se utiliza como biomarcadores para pronosticar la eficacia de cetuximab y otros anticuerpos terapéuticos dirigidos anti-EGFR en pacientes con CRC y facilita las decisiones del tratamiento en la clínica, es decir, si un paciente recibirá cetuximab u otro anticuerpo terapéutico dirigido anti-EGFR, o no. La aplicación en la práctica clínica es : 1. Análisis de la expresión de ARNm de estos genes de parafina fijada con formalina embebida (FFPE) o biopsias de tumor frescas (lo anterior teniendo que ser directamente congelado en nitrógeno líquido o tratado con ARN después para conservar la integridad de ARN) . Las biopsias pueden obtenerse de tumor primario o metastático. Los análisis de la expresión de ARNm se llevan a cabo a través de métodos con base en PCR (por ejemplo, PCR en tiempo real, PCR, qPCR) , mediante el uso de iniciadores específicos génicos para amplificar el gen de interés o a través de hibridación del ARNm del gen de interés para sondas de hibridación inmovilizadas específicas del gen en arreglos génicos. 2. Los análisis de la expresión de proteína de estos genes de FFPE o biopsias de tumor frescos (lo anterior tiene que ser ya sea directamente congelado en nitrógeno líquido o tratado con ARN después para conservar la integridad del ARN) . Las biopsias pueden obtenerse de tumor primario o metástasis. Los análisis de expresión de proteína incluyen métodos tales como inmunohistoquímica, el ensayo inmunoabsorbente enlazado a enzima (ELISA) , Luminex, blotting y detección de proteínas, espectrometría de masas.
Para las proteínas solubles: análisis de la expresión de proteína de plasma o suero que comprenden metodologías tales como ELISA, Luminex, espectrometría de masas .
Para establecer un ensayo de diagnóstico para la práctica clínica, los niveles de expresión del gen(s) o proteína (s) candidato necesitan estar normalizados contra la expresión de otro gen o proteína (o una combinación de genes y proteínas) que se evalúa de la misma biopsia con el mismo método de ensayo. Esta "normalización" de genes o proteínas puede comprender genes celulares mantenidos en las instalaciones que sabe que despliegan muy baja variación de paciente en paciente. Alternativamente, la proporción del nivel de expresión de un gen o proteína (o una combinación de genes y proteínas) del grupo con "un buen pronóstico" (o cualquier terminología que se utilizará en el grupo final (por ejemplo, "sensibilidad") y el nivel de expresión o proteína (o una combinación de genes o proteínas) del grupo con "mal pronóstico" (o por ejemplo, "resistencia") puede determinarse. El método anterior ofrece la ventaja de utilizar solamente niveles de expresión de genes o proteínas que están directamente enlazadas con la eficacia de la terapia anti-EGFR. Este método da como resultado un amplio intervalo dinámico y depende de genes o proteínas que se mantienen en las instalaciones adecuadas .
Antes de la implementación de los ensayos de diagnóstico se debe definir un umbral que es la proporción de niveles de expresión de los marcadores aplicados (como se describe anteriormente) , que tienen que obtenerse con el fin de activar una decisión positiva para tratar a un paciente con la terapia anti-EGFR respectiva. Este umbral deberá discriminar entre paciente que se benefician y pacientes que no se benefician de tratamiento anti-EGFR en la mejor forma posible. Tal umbral tiene que derivarse de un "grupo de entrenamiento" de muestras de tumor de pacientes tratados con la terapia anti-EGFR. Después del umbral tiene que validarse prospectivamente en un grupo de muestras de tumor diferente de un número suficiente de pacientes para probar su habilidad para seleccionar pacientes que derivarán el mayor beneficio, o para excluir pacientes que no se beneficiarán del tratamiento .
En dos estudios clínicos independientes (EMR 62202-502 y EMR 62202-045) para el tratamiento de pacientes CRC con cetuximab la expresión de los genes descrita anteriormente y a continuación se encuentra que está asociada con la respuesta y/o supervivencia sin avance y/o supervivencia general .
· La amplificación del gen EGFR puede pronosticar un resultado favorable para la terapia anti-EGFR • Los estudios posteriores encuentran una incidencia inferior de la amplificación génica EGFR • Aspectos de metodología/comparabilidad · Las mutaciones K-Ras "dominan" el beneficio a pacientes con amplificación génica EGFR • Las laceraciones en la piel son hasta ahora probablemente el mejor biomarcador pronosticable para la actividad de Erbitux (mCRC, NSCLC) · Estudio PhlII FLEX de Erbitux: inicio temprano de erupción en la piel (primeros 21 días) asociados con una supervivencia general prolongada (OS) • Las mutaciones BRAF encontradas en 5% de los pacientes · Las mutaciones BRAF y KRAS fueron mutuamente exclusivas • La mutación BRAF parece ser más bien un marcador de mal pronóstico de un marcador predictivo para la eficacia del Erbitux « La expresión de AREG y EREG en mCRC depende del estado de la mutación KRAS • El poder predictivo adicional a través de la combinación del estado de expresión de AREG y EREG con el estado de la mutación KRAS El tratamiento con cetuximab de acuerdo con los experimentos de la invención estuvo asociado con una regulación hacia abajo sustancial de p-EGFR, p-MAPK y la proliferación y la regulación hacia arriba sustancial de los niveles de p27Kipl y p-STAT3 en queratinocitos básales. No se observo ninguna diferencia marcada en estos efectos para los diferentes programas de administración y niveles de dosis. En la fase de monoterapia con cetuximab, las respuestas se lograron solamente en pacientes cuyos tumores fueron de tipo silvestre para KRAS (8/29 contra 0/19 para tumores mutantes KRAS; P=.015) . La supervivencia sin avance fue más larga para pacientes con tipo silvestre KRAS comparado con tumores mutantes KRAS (logrank, P=.048). Los análisis genómicos/proteómicos identificaron marcadores candidatos asociados con la respuesta.
Este estudio translacional conducido en un ensayo de escalamiento de dosis de fase I de monoterapia con cetuximab, constituye para nuestro conocimiento el primer intento de utilizar análisis farmacogenómico y farmacoproteómico para identificar biomarcadores de pre-tratamiento predictivo para mCRC sensible a cetuximab en una configuración de la primera línea.
El estudio clínico (a ser reportado en cualquier lugar) demostró que cetuximab puede administrarse de manera segura como una terapia de la primera línea a pacientes con mCRC cada segunda semana a dosis de 400-700 mg/m2. El MTD no se logró al nivel de dosis más alto, y no hubo diferencias marcadas en la incidencia o severidad de eventos adversos o la actividad de cetuximab a diferentes niveles de dosis. Utilizando la piel para medir el impacto objetivo, los datos IHC en la evaluación del biomarcador farmacodinámico mostraron una inhibición consistente de señalización de proteínas dentro de la trayectoria EGFR a través de los grupos de escalamiento de dosis. Estos datos proporcionaron un razonamiento biológico que soporta la equivalencia funcional de regímenes de dosificación semanales y cada dos semanas .
Los análisis retrospectivos de una sola sección y estudios mCRC aleatorizados han confirmado que el estado de la mutación en tumores de KRAS en los codones 12 y 13 de KRAS es un fuerte pronosticador de la actividad cetuximab con un beneficio de tratamiento fuertemente enlazado al estado de tipo silvestre.4,7"13 El estudio actual conducido por primera vez tiene influencia en el estado de la mutación KRAS en monoterapia por cetuximab en un tratamiento de primera línea de pacientes mCRC. Consistente con los datos de la serie previa de pacientes quimiorefractarios tratados con cetuximab como un solo agente o una combinación con quimioterapia,8 11-13 las respuestas objetivo en la parte monoterapéutica del estudio fueron solamente observadas en aquellos pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS (8 de 29 pacientes, 28%) , sin respuestas (O de 19) visto en pacientes con tumores que llevaron mutaciones en el gen (P=.015) . Los mejores grados de respuestas generales (incluyendo las respuestas después de agregar FOLFIRI) en pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS (55%) y tumores mutados KRAS (32%) fueron comparables con los resultados obtenidos en los estudios CRYSTAL y OPUS, en donde cetuximab se combinó como un tratamiento de primera línea respectivamente con FOLFIRI y FOLFOX.4,12 Las respuestas observadas en pacientes mCRC con tumores mutados KRAS que recibieron cetuximab en combinación con quimioterapia como tratamiento de primera linea en el estudio actual más probablemente se atribuye al efecto de la quimioterapia. El PFS general fue significativamente más largo para pacientes cuyos tumores fueron de tipo silvestre para KRAS, lo que demuestra la significancia clínica del estado del estado de la mutación del tumor KRAS como un biomarcador predictivo en relación con el tratamiento con cetuximab.
Un subgrupo de pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS parece que no se benefició del tratamiento con cetuximab. Por consiguiente puede ser posible identificar biomarcadores predictivos adicionales que facilitarán una personalización más precisa del tratamiento para aquellos pacientes que responderán a cetuximab. Recientemente, el valor predictivo negativo de las mutaciones BRAF18 y PI3K19'20, así como la desregulación de PTEN19"21 han sido preliminarmente descritas . Otros marcadores moleculares que han estado putativamente asociados con la actividad clínica de cetuximab incluyen los niveles de expresión tumoral de VEGF, IL8 , EGFR, y PTGS2 (COX2);22 niveles circulantes de VEGF durante el tratamiento;23 polimorfismos constitucionales de PTGS2 y EGFR24 y el estado de la mutación del tumor TP53.25 Para un intervalo de agentes anticancerígenos, se han estado utilizando en aumento tecnologías genómicas de alto rendimiento en la búsqueda de biomarcadores predictivos .26~29 En el caso de cetuximab, la expresión a alto nivel de los genes que codifican los ligandos AREG de EGFR (anfiregulina) , y EREG (epiregulina) en tumores han demostrado que están asociados con la actividad clínica en pacientes mCRC, a través de ambos métodos mediante microarreglo10, 30 (población no seleccionada y población con tumores de tipo silvestre RAS) , y transcriptasa inversa cuantitativa-PCR31 (pacientes que recibieron cetuximab más irinotecan) . Similarmente , en el estudio de la primera línea actual, la expresión de AREG y EREG parece que se elevó en tumores de pacientes sin avance de enfermedad, en ambos la población total y el subgrupo del tumor de tipo silvestre KRAS. En contraste, TGFa (que codifica TGF-a) , mostró niveles menores de expresión en paciente sin avance de enfermedad. El análisis de expresión de gen global de tumores de tipo silvestre KRAS identificó 57 genes putativamente asociados con el control de enfermedad en la semana 6 (P<.002) . Entre esos candidatos, seis genes genes (TNFRSF1B, DNAJC , ECSIT, G0SR2, PPP1R9A, y KLK6) se encontró que tienen un Grado de Descubrimiento Falso <0.1. El valor de estos biomarcadores putativos para mejorar el pronóstico de la eficacia de cetuximab en mCRC de tipo silvestre KRAS necesita exploración adicional.
Los análisis Luminex de proteínas plasmáticas reveló un fuerte aumento en los niveles de anfiregulina y TGF-a durante el tratamiento con monoterapia don cetuximab, una tendencia que también se vio para EGF. La regulación hacia arriba de estos ligandos EGFR podría ser una reacción de compensación para la inhibición EGFR. De manera interesante, el aumento en los niveles anfiregulina fue significativamente menor en pacientes que respondieron al tratamiento con cetuximab. Una disminución significativa del antígeno carcinoembriónico y de los antígenos cancerígenos 125 y 19-9 se observó bajo la monoterapia con cetuximab en los que respondieron. Notablemente también, la disminución en los niveles de IL-8 estuvo significativamente asociada con respuestas en todos los tumores así como los tumores de tipo silvestre KRAS. IL-8 es una citocina pro-inflamatoria que promueve la proliferación y la supervivencia de células tumorales y tiene efectos profundos sobre el microentorno del tumor.32 IL-8 parece ser un biomarcador predictivo para la eficacia de cetuximab.
Además de acuerdo con la invención una interacción directa de EGFR y VAV3 podría detectarse cuando EGFR y VAV3 se expresan en células HEK 293. Esto indica un papel directo e impresionante para la señalización de VAV3 en EGFR y un enlace directo entre los niveles de expresión de VAV3 altos observados y la modulación de la actividad de terapia anti-EGFR con cetuximab.
La invención muestra por primera vez que el tratamiento con anticuerpos anti-EGFR, preferiblemente cetuximab (administración de cada dos semanas y semanalmente) como un solo agente en una configuración de primera línea beneficia a pacientes mCRC que tienen tumores de tipo silvestre KRAS . Además, los análisis de expresión génicos globales de este estudio de fase temprana han generado un número de interesantes resultados con respecto a la expresión de ciertos genes y la actividad clínica de cetuximab. Estas observaciones permiten la validación en series de pacientes más grandes utilizando diferentes metodologías. Los resultados de estos estudios proveen un fundamente racional para utilizar el tratamiento en pacientes que sufren de diferentes cánceres, especialmente CRC o mCRC con cetuximab o anticuerpos anti-EGFR que son similarmente activos.
Análisis Inmunohistoquímico de los Componentes de la Trayectoria EGFR Las biopsias de piel de la línea base/semana 4 por pares evaluables para analizar cambios farmacodinámicos de los marcadores evaluados estuvieron disponibles de hasta 35 pacientes. La regulación hacia abajo sustancial de p-EGFR, p-MAPK y la proliferación (según evaluado a través de tinción Ki67) se observaron en la semana 4 comparado con las muestras de la línea base. En paralelo, una regulación hacia arriba sustancial de p27Kipl y p-STAT3 se observó. En los análisis de diferentes programas de administración y niveles de dosis, no estuvieron presentes diferencias relevantes con relación a los cambios en los niveles de estos marcadores entre grupos de pacientes para la línea base en los puntos en el tiempo durante el tratamiento (Figura 21A) .
Las biopsias de tumor de la línea base/semana 4 por pares evaluables estuvieron disponibles de hasta 17 pacientes. La reducción en la proliferación y la profunda regulación hacia debajo de p-EGFR y p-MAPK se observaron en células tumorales después de la terapia (Figura 21B) . Sin embargo, los niveles de p27Kipl, p-STAT3 y p-AKT no fueron marcadamente modificados por el tratamiento con cetuximab (datos no mostrados) . El pequeño número de biopsias tumorales por pares disponibles no permitió una comparación de cambios en los niveles de biomarcador con grupos de dosis y variables de respuesta.
Análisis de Mutación KRAS Las mutaciones del codón 12 y 13 KRAS se detectaron en 19/48 (40%) muestras del paciente (G12V, 9 pacientes; G13D, 5 pacientes; G12D, 4 pacientes; G12A, 1 paciente) . En la fase de la monoterapia con cetuximab, hubo ocho respuestas parciales (PR) entre los 48 pacientes. Todas fueron en pacientes cuyos tumores fueron de tipo silvestre para KRAS (8/29; 28%). No se reportaron respuestas en 19 de los pacientes cuyos tumores llevaban mutaciones KRAS (P=.015) (Tabla 1) . En el estudio general (fases de monoterapia y terapia por combinación) , las respuestas se vieron en 16/29 (55%) de los pacientes con tipo silvestre KRAS, y 6/19 (32%) con tumores mutantes KRAS (P=.144) . El PFS fue significativamente más largo en pacientes cuyos tumores fueron de tipo silvestre para KRAS, comparado con aquellos que llevaban tumores con mutaciones (Figura 22; mediano 9.4 contra 5.6 meses, proporción de riesgo 0.47; logrank P=.048).
Análisis de Microarreglo de la Expresión del Gen Un total de 106 muestras derivadas de tumor de puntos en el tiempo de la línea base y la semana 4 se hibridaron para arreglos Affymetrix GeneChip HG-U133 Plus 2.0. Se excluyeron cuatro arreglos de análisis adicional sobre la base de los parámetros de control de calidad general y 24 muestras se excluyeron debido a la presencia de contaminación tisular hepática normal (Figura 16; material complementario) y no se analizaron adicionalmente . Después de la exclusión de los duplicados, 62 grupos de datos de arreglo de 42 pacientes ITT (36 línea base, 26 semana 4: 20 pares) permanecieron para el análisis.
Para las muestras de tumor analizadas, los datos de 54,675 grupos de sondas se pre- filtraron con las bases de variación, intensidad de señal y anotación del grupo de sondas (ver métodos complementarios) . Este procedimiento restringió el análisis de expresión tumoral a 15,230 grupos de sondas, que representan 10,538 genes. En las comparaciones globales de los datos pre -filtrados de la línea base de acuerdo con la respuesta: enfermedad progresiva (PD; n=12) frente al control de enfermedad en 6 semanas (n=23; 1 paciente no se evaluó), y para la mejor respuesta global: PD y enfermedad estable (SD) (n=19) contra PR (n=14; 3 pacientes no evaluaron) , la distribución de los valores P (datos no mostrados) , fue esencialmente como esperaba casualmente, sugiriendo que un perfil de expresión génico predictivo de la respuesta no había sido identificado para la población global. Sin embargo, la restricción de los análisis para tumores de tipo silvestre KRAS (8 pacientes con PD frente a 11 pacientes con control de enfermedad) , 57 grupos de fondo con patrones de expresión putativamente asociados con control de enfermedad en la semana 6 se identificaron (P<.002; Figura 23) . Al imponer un umbral de Grado de Descubrimiento Falso (FDR) de 0.1 (para definición de FDR ver la sección de métodos complementarios) , se encontró que seis genes estuvieron significativamente asociados con el control de enfermedad (TNFRSF1B , P=6.90E-07; DNAJC8 , P=1.60E-06; ECSIT, P=6.80E-0S; G0SR2 , P=3.90E-05 con una mayor expresión en pacientes que mostraron control de enfermedad y PPP1R9A, P=8.90E-07 KLK6, P=3.00E-05 con mayor expresión en pacientes con PD) .
En los cambios durante el tratamiento asociados con la respuesta se examinaron utilizando datos de pacientes con muestras disponibles de la línea base y los puntos en el tiempo de la semana 4. No se identificaron cambios de expresión que parece que están fuertemente asociados con el control de enfermedad en la semana 6 (n=12) comparado con PD (n=8) . Considerando la combinación con quimioterapia, la comparación con los perfiles para PR (n=7) frente a SD/PD (n=13), reveló 47 grupos de sondas que muestran diferencias en los cambios durante el tratamiento (P<.002, prueba t moderada, ver Figura 17) .
En los pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS, así como en el grupo complete de pacientes analizados, los niveles de expresión EREG de la línea base (epiregulina) y AREG (anfiregulina) fueron más altos en aquellos tumores que respondieron a cetuximab (Figuras 24A a 24F; Figura 18) . Estos hallazgos están línea con los resultados reportados por Khambata-Ford y otros,10 De manera interesante, TGFA (TGF-D) demostró un patrón de expresión recíproco (Figuras 24A a 24F; Figura 18) . Entre otros genes que se saben que están directa o indirectamente involucrados en la señalización de EGFR tales como los receptores ERBB y los ligandos ERBB3 (HER3) y ERBB2 (HER2) mostraron una tendencia a una regulación hacia abajo más fuerte en tumores con un PR como una mejor respuesta global (Figura 19) .
Proteómicos de Plasma Las concentraciones de 97 diferentes proteínas se analizaron en un protoplasma utilizando tecnología Luminex. El panel de proteínas incluyendo los ligandos EGFR, otros factores de crecimiento, interleucinas y una variedad de otras proteínas candidato. Durante la fase de monoterapia de cetuximab, la reducción en los niveles de plasma de interleucina (IL)-8, proteína inflamatoria de macrófago (MIP) -ID así como los marcadores tumorales, en antígeno carcinoembrionario, los antígenos cancerígenos 125 y 19-9 entre la línea base y la semana 4 estuvieron significativamente asociados (P<.01) con la respuesta en la semana 6 (Figura 25A) . El fuerte aumento general en las concentraciones plasmáticas de anfiregulina fue significativamente más débil en pacientes significativamente (P<.01) más débil en pacientes con una respuesta parcial a la monoterapia con cetuximab (Figuras 25A a 25B) . La asociación con la respuesta en la semana 6 también se encontró para el antígeno carcinoembrionario, el antígeno cancerígeno 19-9, IL-8 y anfiregulina cuando el análisis se restringe a pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS (datos de 24 pacientes, Figura 25B) . Además, un aumento general (independiente de la respuesta) , de los niveles de TGF- y EGF y una disminución del EGFR soluble se observó en plasmas durante las primeras 4 semanas del tratamiento con monoterapia de cetuximab .
Entre los genes y candidatos investigados que muestran una asociación entre los niveles de expresión y el éxito de la terapia en pacientes con cáncer colorectal metastático (mCRC) que recibieron cetuximab, VAV3 es de particular interés. En el estudio EMR 62202-502, los niveles de expresión de ARNm VAV3 tumoral alto no estuvieron solamente fuertemente asociados con la mejor respuesta a cetuximab en combinación con irinotecan (Figura 26) sino también con la supervivencia sin avance (PFS) (Figura 27) y la supervivencia global (OS) (Figura 28) . Además, los altos niveles de expresión VAV3 tumorales se encontró están particularmente asociados con respuesta y PFS prolongado en pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS (ver Figura 1 y Figura 29) . Por consiguiente, la expresión deVAV3 parece que es un buen biomarcador candidato para pronosticar el resultado clínico de la terapia con cetuximab en CRC en paciente con tumores de tipo silvestre KRAS que ayudaría además a optimizar la selección de pacientes que derivan el mayor beneficio de la terapia con cetuximab.
De forma interesante, una interacción directa de EGFR y VAV3 podría detectarse cuando EGFR y VAV3 se expresaron en células HEK 293 (Figura 30) . Esto sugiere un papel directo para VAV3 en la señalización de EGFR y un enlace directo entre los niveles de expresión VAV3 y la modulación de la actividad de la terapia.
Ejemplos Estudios Clínicos: EMR 62202-502: Este estudio aleatorizado investigó el escalamiento de la dosis de cetuximab en pacientes (pts) con mCRC que expresa EGFR que fracasan con la terapia que incluye irinotecan. Los pacientes se seleccionaron al azar 22 días después se iniciar con el cetuximab (dosis inicial de 400 mg/m2 después 250 mg/m2/semana [w] ) con I (180 mg/m2 q 2 w) si no experimentaron una reacción en la piel >grado (G) 1, cualquier otro evento adverso relacionado con cetuximab de >G 2 y fueron tolerantes a I. La aleatorización fue para la dosis de cetuximab estándar (Sección A; 250 mg/m2/w) o escalamiento de dosis (Sección B; dosis de cetuximab de 50 mg/m2 q 2 w, hasta que la toxicidad fue de >G 2, la respuesta de tumor o dosis = 500 mg/m2) . Los pacientes no aleatorizados (Brazo C) continuaron con la dosis de cetuximab estándar. El punto final primario fue hacer una comparación entre las biopsias de piel y de tumor, tomadas antes y durante el tratamiento, los efectos del escalamiento de las dosis en EGFR y marcadores de señalización en corriente abajo con aquellos con el régimen de cetuximab estándar. Los puntos finales secundarios fueron PK, eficacia, seguridad, tolerabilidad, análisis de biomarcador en biopsias de tumor y muestras de plasma. El estado de la mutación KRAS se analizó a partir de las biopsias de tumor.
EMR 62202-045: Este estudio examinó la seguridad y farmacocinéticos de la administración de cetuximab cada dos semanas en pacientes con cáncer colorectal metastático. Los objetivos secundarios incluyeron un análisis de biomarcador farmacodinámico . Los pacientes recibieron monoterapia con cetuximab durante 6 semanas, seguido por cetuximab más FOLFIRI hasta el avance de la enfermedad.
Los pacientes en la sección de control recibieron cetuximab como una dosis inicial de 400 mg/m2 después 250 mg/m2/semana y en las secciones con escalamiento de dosis, a 400-700 mg/m2 , cada dos semanas. El estado de la mutación KRAS se analizó a partir de las biopsias de tumor.
Material tumoral para el análisis de la expresión del Gen (Microarreglo) : EMR 62202-502: El material tumoral se obtuvo por cirugía abierta, endoscopía o biopsia con aguja de núcleo/fina en la línea base (pre-tratamiento) , en el día 22 y si es posible, en el avance de la enfermedad de pacientes en la sección con escalamiento de dosis (Sección B) . Las muestras se congelaron inmediatamente en nitrógeno líquido.
EMR 62202-045: El material tumoral se obtuvo por cirugía abierta, endoscopía o biopsia con aguja de núcleo/fina en la línea base, en la semana 4 y si es posible, en el avance de la enfermedad. Las muestras se congelaron inmediatamente en nitrógeno líquido.
Perfil de la expresión del ARN Los procedimientos experimentales relacionados con el análisis de microarreglo se detallan en la sección de Métodos. En resumen, las biopsias de tumor inmediatamente congeladas se homogeneizaron y el ARN total se extrajo utilizando un RNeasy Micro Kit® (Qiagen, Hilden) . Los ARNc objetivo biotinilados para los experimentos de hibridación de arreglo se prepararon de todas las muestras de acuerdo con el protocolo de marcación Objetivo Eucariota de Dos Ciclos Affymetrix. Para cada tumor analizado, se incluyeron 50 ng de ARN total en la primera reacción sintética de ADNc de este proceso de amplificación/marcación de ARNc. El ARNc marcado posteriormente se híbrido para los arreglos de expresión de gen Affymetrix GeneChip HG-U 133 Plus 2.0 durante 16 horas a 45°C a 60 rpm. Después de la hibridación, los arreglos se tiñeron en una Estación de Fluidos Affymetrix 450 y la señal se cuantificó utilizando un Escáner GeneChip. Los datos del control de calidad y procesamiento de la expresión en bruto se llevaron a cabo utilizando el software registrado Affymetrix GCOS y el paquete Bioconductor, affyPLM.
EMR 62202-502: Después de llevar a cabo todas las verificaciones de control de calidad y los pasos de pre-procesamiento un total de 68 grupos de datos del arreglo de 47 sujetos de la población que se pretende tratar (ITT) fueron elegibles para análisis adicional. Las muestras de la línea base estuvieron disponibles de 35 sujetos.
EMR 62202-045: Después de llevar a cabo todas las verificaciones de control de calidad y los pasos de pre-procesamiento un total de 62 grupos de datos del arreglo de 42 pacientes ITT fueron elegibles para análisis adicional. Las muestras de la linea base estuvieron disponibles de 36 sujetos.
Los análisis estadísticos se condujeron para todos los grupos de sondas Affymetrix con anotaciones génicas confiables que pasaron los filtros iniciales con base en la variabilidad e intensidad de señal en al menos uno de los dos estudios (16414 grupos de sondas Affymetrix representan 10785 genes) .
Los genes cuya expresión está asociada con la respuesta clínica se identificaron con las comparaciones de la prueba b Welch entre los que respondieron y los que no respondieron (EMR 62202-502) , o entre pacientes con control de enfermedad después de seis semanas de monoterapia con cetuximab contra aquellos con enfermedad progresiva (E R 62202-045), respectivamente. Los genes cuya expresión está asociada con supervivencia sin avance o con supervivencia global se identificaron utilizando la regresión de riesgo proporcional Cox (EMR 62202-502) . Estos análisis se condujeron para grupos completos de pacientes, así como solamente para pacientes con tumores de tipo silvestre KRAS.
Se condujo un meta-análisis para identificar los genes asociados con la respuesta a través de ambos estudios utilizando los productos de los valores p unilaterales de un solo estudio como estadísticas de la prueba y valores p que se derivan de la distribución nula de estos productos.
Los valores p en el intervalo por debajo de 0.01 y 0.0001, específicamente por debajo de 0.01, preferiblemente 0.005, más preferiblemente 0.002, más preferiblemente 0.0005 o 0.0001 (del meta-análisis para asociación con respuestas clínicas, y del análisis de EMR 62202-502 para la asociación con la supervivencia sin avance y global) , se consideraron como estadísticamente significativos. Este criterio se cumplió en los 200 grupos de sondas Affymetrix que representan 179 genes conocidos en al menos una de las comparaciones .
Elegibilidad del Paciente y Estudio de Diseño El criterio de elegibilidad y el diseño del estudio se han reportado totalmente en un manuscrito separado. En resumen, el estudio se dividió en dos partes; una fase de monoterapia con cetuximab que duró 6 semanas y una fase de terapia en combinación, durante la cual los pacientes recibieron cetuximab, a la misma dosis/programa que durante la fase de monoterapia, y el programa con base en irinotecan, FOLFIRI . Los pacientes se asignaron secuencialmente a cualquiera de los programas semanales estándar y dosis de cetuximab (400 mg/m2 , seguido por dosis semanales de 250 mg/m2) o un tratamiento con escalamiento de dosis de cetuximab en un programa bi-semanal con diferentes cohortes de 400 a 700 mg/m2. La respuesta clínica se reportó después de 6 semanas de monoterapia con cetuximab y como la mejor respuesta global (fases de monoterapia y terapia en combinación) .
Recolección y Almacenamiento del Material del Paciente Las biopsias de la piel se obtuvieron en la línea base y en el día 26-28 (semana 4) . Si estuvo presente una erupción en la piel, las muestras se tomaron de un área sin erupción. La biopsia inmediatamente se sumergió en =20 veces su volumen de solución de solución de formaldehído regulado en pH neutral a 4°C, y se mantuvo durante 8-16 horas a temperatura ambiente. El espécimen fijo se deshidrato a xileno utilizando una serie de etanol graduado y se embebió longitudinalmente en cera parafina bajo vacío a 60 °C. El material tumoral se obtuvo por cirugía abierta, endoscopia o biopsia con aguja de centro/fina en la línea base, en la semana 4 y si es posible, en el avance de la enfermedad. Una muestra por punto en el tiempo se fijo y embebió en parafina, como se describe previamente1321 y tres muestras se congelaron instantáneamente en nitrógeno liquido. Para proveer ADN normal, se obtuvieron 10 mi de sangre entera de cada paciente en la línea base y se almacenaron a -20°C o menor hasta uso. El plasma (2.5 mi) se recolectó por análisis Luminex en la línea base y la semana 4, y se almacenó a -80°C.
Inumnohistoquímxca.
El análisis de inmunohistoquímica (IHC) de tejido embebido en parafina fijada con formalina (FFPE) se utilizó para investigar la expresión de las siguientes proteínas: EGFR, fosfo (p) -EGFR, p-MAPK, Ki67 (MIB1), p27Kipl (CDKN1B) y p-STAT3 (biopsias de piel y tumor); HER2 , p-HER2 y p-AKT (biopsias de tumor) , el análisis inmunohistoquímico se llevó a cabo como se describe previamente133. Los detalles de los anticuerpos y métodos utilizados son provistos en la sección de Métodos Complementarios .
Análisis de Mutación KRAS El tejido de tumor de archivo derivado de paciente FFPE estuvo disponible de 48 pacientes de la población a tratar (ITT) . El ADN se extrajo y clasificó por la presencia de las mutaciones 12 y 13 del codón KRAS utilizando la técnica de la sujeción y fusión de la curva de la reacción de cadena de polimerasa (PCR) adaptada de Chen y otros, 200414 (LightMix, k-ras Gly 12, TIB MOLBIOL, Berlín, Alemania), como se describe previamente.12 Perfil de Expresión de ARN Los experimentos experimentales relacionados con el análisis de microarreglo se detallan en la sección de Métodos Complementarios. En resumen, las biopsias de tumor instantáneamente congeladas se homogeneizaron y se extrajo el ARN total utilizando un Micro Kit RNeasy® (Qiagen, Hilden) . Loas ARNc objetivo biotinilados para los experimentos de hibridación de arreglo se prepararon de todas las muestras de acuerdo con el protocolo de marcación Objetivo Eucariota de Dos Ciclos Affymetrix. Para cada tumor analizado, se incluyeron 50 ng iniciales del ARN total en la primera reacción sintética de ADNc de este proceso de amplificación/marcación de ARNc. El ARNc marcado posteriormente se hibridó para los arreglos de expresión génica Affymetrix GeneChip HG-U133 Plus 2.0 por 16 horas a 45°C a 60 rpm. Después de la hibridación, los arreglos teñidos en una Estación de Fluidos Affymetrix 450 y la señal cuantificada utilizando un Escáner GeneChip. El control de calidad de los datos de expresión brutos se llevó a cabo utilizando el software GCOS Affymetrix registrado y el paquete Bioconductor affyPLM.15 Si los arreglos por duplicado estuvieron disponibles de muestras individuales, los grupos de datos con la mejor evaluación de control de calidad se seleccionaron para análisis. El pre-procesamiento de los datos de intensidad a nivel de sonda en bruto se llevó a cabo utilizando el algoritmo GCRMA.16 Análisis proteómico Se llevó a cabo un análisis múltiple de 97 proteínas (HumanMAP versión 1.6 más amfiregulina, betacelulina, EGFR, unión de heparina (HB) -EGF, epiregulina, interleucina-18 , factor de crecimiento de transformación (TGF) -OÍ, y trombospondina-1) de plasma utilizando la plataforma de la tecnología Luminex xMAP (como se describe en la sección de Métodos Complementarios) con la Medicina con Base en las Reglas (Austin, Texas, US). La Betacelulina, EGFR y HB-EGF solamente se evaluaron en 23 muestran de pacientes que se enrolaron después en el ensayo.
Análisis estadístico Los grados de respuesta y la supervivencia sin avance (PFS) , definidos como la duración desde la primera infusión de cetuximab hasta el primer avance de la enfermedad radiológicamente confirmado bajo la combinación de cetuximab y FOLFIRI, para pacientes cuyos tumores fueron de tipo silvestre o mutante con respecto a KRAS se compararon utilizando las pruebas exacta y logrank de Fisher, respectivamente .
Todos los análisis estadísticos de IHC, microarreglo y datos proteómicos (ver Métodos Complementarios) se llevaron a cabo utilizando el software Bioconductor15 y SAS versión 9.1. Estos análisis exploratorios se vieron como generadores de hipótesis.
REFERENCIAS (relevantes y/o utilizadas en esta descripción) 1. Cunningham D, Humblet Y, Siena S, y otros: Cetuximab monotherapy y cetuximab plus irinotecan in irinotecan-refractory metastatic colorectal cáncer. N Engl J Med 351:337-345, 2004 2. Jonker DJ, O'Callaghan CJ, Karapetis CS, y otros: Cetuximab for the treatment of colorectal cáncer. N Engl J Med 357:2040-2048, 2007 3. Sobrero AF( Maurel J, Fehrenbacher L, y otros: EPIC: phase III trial of cetuximab plus irinotecan after fluoropyrimidine y oxaliplatin failure in patients with metastatic colorectal cáncer. J Clin Oncol 26:2311-2319, 2008. 4. Van Cutsem E, Kohne CH, Hitre E, y otros: Cetuximab y chemotherapy as initial treatment for metastatic colorectal cáncer. N Engl J Med 360:1408-1417, 2009 5. Cappuzzo F, Finocchiaro G, Rossi E, y otros: EGFR FISH assay predicts for response to cetuximab in chemotherapy refractory colorectal c ncer patients. Ann Oncol 19:717-723, 2008 6. 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Clin Cáncer Res 14:6735-6741, 2008 Se hace constar que con relación a esta fecha, el mejor método conocido por la solicitante para llevar a la práctica la citada invención, es el que resulta claro de la presente descripción de la invención.

Claims (45)

REIVINDICACIONES Habiéndose descrito la invención como antecede, se reclama como propiedad lo contenido en las siguientes reivindicaciones:
1. Un método in vi tro para pronosticar la probabilidad de que un paciente que sufre de tumor que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS, que es un candidato para el tratamiento con un anticuerpo EGFR, responderá al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR, caracterizado porque comprende determinar el nivel de expresión en uno o más genes de pronóstico o productos de expresión de gen del mismo en una muestra tisular obtenida de tal paciente sometiendo una muestra de ácido nucleico de la muestra tumoral del paciente a PCR o un arreglo de ARN o ADN o una herramienta o aparato de diagnóstico comparable, en donde: (i) la alta expresión del gen o del producto génico seleccionado del grupo de genes que consiste de: ADAMDEC1, BSDC1, Clorfl44, CAPZB, CDC42 , DHCR7 , DNAJC8 , ECSIT, EXOSC10, FADS1 , GBA, GLT25D1, GOSR2 , IMPDH1 , KLHL21, KPNA6 , KPNB1 , LSM12, MA 1B1, M1DN, PPA , SH3BP2, SQLE, SSH3 , TNFRSF1B, URM1, ZFYVE26, RGMB, SPIRE2, ABCC5 , ACSL5 , AOAH, AXIN2 , CD2.4 , CEACAM5, CEACAM6, ETS2 , FMNL2 , GPSM2 , HDAC2 , JUN, ME3 , MED17, MYB, MYC , NEBL, NOSIPi PITX2 , POF1B, PPARG, PPP1R14C, PRR15, PSMG1, RABI5 , RAB40B, RNF43 , RPS23 , SLC44A3 , SOX4 , THEM2 , VAV3, ZNF337, EPDR1 , KGNK5 , KHDRBS3 , PGM2L1 , STK38, y SHR00M2, indica que el paciente probablemente responderá al tratamiento comparado con un valor de referencia, y (ii) la alta expresión del gen sobre el producto génico seleccionado del grupo de genes que consiste de: C7orf46, CAST, DCP2 , DIP2B, ERAP1, INSIG2, KIF21A, KLK6 , NGRN, NRIP1, PHGDH, PPP1R9A, QPCT, RABEP1 , RPA1 , RPL22L1 , SKP1, SLC25A27, SLC25A46, S0CS6 , TPD52 , ZDHHC2 , ZNF654, ASB6 , ATM, BMI1, CDC42EP2 , EDEM3 , PLLP, RALBP1 , SLC4A11 , TNFSF15, TPK1, Cllorf9, C1QC, CABLES1 , CDK6 , EHBP1 , EXOC6 , EXT1, FLRT3 , GCNT2, MTHFS , PIK3AP1, ST3GAL1, TK2 , ZDHHC14 , ARFGAP3 , AXUD1, CAPZB, CHSY1, DNAJB9 , GOL 1B , HSPA5 , LEPROTL1 , LIMS1, MAPK6 , MY06, PROSC, RAB8B, RAP2B, RWDD2B , SERTAD2, SOCS5 , TERF2IP, TIAL1, TIPARP, TRIM8 , TSC22D2 , TGFA, VAPA, y UBE2K, indica que el paciente probablemente no responderá al tratamiento comparado con el valor de referencia.
2. Un método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR como una terapia de primera línea y los genes o productos de expresión génicos seleccionados de genes del grupo (i) son uno o más de ADAMDEC1 , BSDC1, Clorfl44, CAPZB, CDC42, DHCR7, DNAJC8 , ECSIT, EXOSC10, FADS1, GBA, GLT25D1, GOSR2, IMPDH1, KLHL21 , KPNA6 , KPNB1, LSM12, MAN1B1, MIDN, PPAN, SH3BP2, SQLE, SSH3 , TNFRSF1 B, URM1 , VAV3 y ZFYVE26, y del grupo (ii) son uno más de C7orf46, CAST, DCP2, DIP2B, ERAP1 , INSIG2, KIF21A, KLK6 , NGR , NRIP1, PHGDH, PPP1R9A, QPCT, RABEP1, RPA1 , RPL22L1, SKP1, SLC25A27, SLC25A46, S0CS6 , TPD52 , TGFA, ZDHHC2 , y ZNF654.
3. Un método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR es una terapia de combinación con un agente quimioterapéutico después de que el paciente ha desarrollado un tumor quimio-refractario, y los genes o productos de expresión génicos seleccionados del grupo (i) son uno o más de RGMB , SPIRE2 , ABCC5 , ACSL5 , AOAH, AXIN2 , CD24, CEACA 5 , CEACAM6, ETS2 , FMNL2 , GPSM2 , HDAC2 , JUN, ME3 , MEDI7, MYB, MYC, NEBL, NOSIP, PITX2 , POF1B, PPARG, PPP1R14C, PRR15, PSMG1, RABI5 , RAB40B, RNF43, RPS23 , SLC44A3 , S0X4 , THEM2 , VAV3 , ZNF337, EPDR1 , KCNK5 , KHDRBS3 , PGM2L1 , STK38, y SHROOM2, y del grupo (ii) son uno o más de ASB6, ATM, BMI1, CDC42EP2, EDEM3, PLLP, RALBP1, SLC4A11, TNFSF15, TPK1, CllorfS, C1QC, CABLES1 , CDK6 , EHBP1 , EXOC6 , EXT1 , FLRT3 , GCNT2, MTHFS, PIK3AP1, ST3GAL1 , TK2 , ZDHHC14 , ARFGA 3 , AXUD1, CAPZB, CHSY1, DNAJB9, GOLT1B, HSPA5, LEPR0TL1, LIMS1, MAPK6 , MY06, PROSC, RAB8B , RAP2B, RWDD2B, SERTAD2 , S0CS5 , TERF2IP , TIAL1, TIPARP, TRIM8 , TSC22D2, TGFA, VAPA, y UBE2K.
4. Un método de conformidad con la reivindicación 3, caracterizado porque la respuesta clínica es un tiempo de supervivencia global (OS) , y los genes seleccionados del grupo (i) son uno o más de EPDR1, KCN 5, KHDRBS3, PGM2L1, SHR00M2, STK38, y VAV3 , y del grupo (ii) son uno o más de ASB6 , ATM, B I1, CDC42EP2 , EDEM3 , PLLP, RALBP1, SLC4A11 , TNFSF15, y TP I, o de los productos de expresión génicos respectivos de cada uno de tales grupos.
5. Un método de conformidad con la reivindicación 3, caracterizado porque la respuesta clínica es el tiempo de supervivencia sin avance (PFS) y los genes se seleccionan del grupo (i) son uno más de ACSL5 , AOAH, AXI N2, CD24, CEACAM5 , CEACAM6, ETS2 , FMNL2 , GPSM2 , HDAC2 , JU , ME3 , MED17 , MYB , MYC, NEBL, NOSIP, PITX2 , P0F1B, PPARG, PPP1R14C, PRR15 , PSMG1, RAB15, RAB40B, RNF43, RPS23 , SLC44A3 , SOX4 , THEM2 , VAV3, y ZNF337, y del grupo (ii) son uno o más de Cllorf9, C1QC, CABLES1 , CDK6 , EHBP1 , EX0C6 , EXT1 , FLRT3 , GCNT2 , MTHFS1, PIK3AP1, ST3GAL1 , TK2 , y ZDHHC14 , o los productos de expresión génicos respectivos de tales grupos.
6. Un método de conformidad con la reivindicación' 3, caracterizado porque la respuesta global clínica (OR) se mide como una respuesta parcial contra la enfermedad estable o progresiva, y el grupo de genes seleccionado del grupo (i) son uno o más de VAV3 , RGMB, y SPIRE2, y del grupo (ii) son uno o más de ARFGAP3 , AXUD1, CAPZB, CHSY1 , DNAJB9, GOLT1B, HSPA5, LEPR0TL1, LIMS1, MAPK6 , MY06 , PROSC, RAB8B, RAP2B, R DD2B, SERTAD2, S0CS5, TERF2IP, TIAL1, TIPARP, TRI 8 , TSC22D2, TGFA, VAPA, y UBE2K, o los productos de expresión génicos respectivos de cada uno de tales grupos.
7. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 6, caracterizado porque el valor de referencia se define a través de una o más propiedades funcionales o clínicas específicas, y/o un perfil de expresión específico obtenido de un paciente de referencia o un grupo de pacientes de referencia.
8. Un método de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque el valor de referencia se obtiene de un paciente de referencia o un grupo de pacientes que no expresan o expresan poco de tal gen o del producto génico.
9. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 8, caracterizado porque el valor de referencia es un valor de umbral de expresión de un gen de control o la proporción de la expresión del gen de los genes seleccionados del grupo (i) en comparación con la expresión del gen de genes seleccionados del grupo (ii) o el valor de referencia en un valor de umbral de expresión definido por los parámetros de la respuesta clínica específica a ser determinada o a través de las condiciones de pre-tratamiento o tratamiento específicas.
10. Un método de conformidad con la reivindicación 9, caracterizado porque el parámetro de la respuesta clínica es el tiempo de supervivencia sin avance (PFS) , el tiempo de supervivencia global (OS) , la respuesta parcial (PR) , la enfermedad estable (SD) , la enfermedad progresiva (PD) o una combinación de estas.
11. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 10, caracterizado porque las muestras tisulares se toman del paciente antes del tratamiento con el anticuerpos anti-EGFR.
12. Un método de conformidad con la reivindicación 11, caracterizado porque adicionalmente las muestras tisulares se toman del paciente en tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR.
13. Un método de conformidad con la reivindicación 12, caracterizado porque los niveles de expresión de los genes o los productos de expresión génicos obtenidos durante el tratamiento se comparan con los valores obtenidos después del inicio del tratamiento del paciente.
1 . Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 13, caracterizado porque la muestra del paciente se deriva del tejido tumoral.
15. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 13, caracterizado porque la muestra del paciente se deriva de plasma.
16. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 15, caracterizado porque se determina el nivel de proteínas expresadas codificadas por tales genes.
17. Un método in vi tro para pronosticar la probabilidad de que un paciente que sufre de cáncer que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS responderá terapéuticamente al tratamiento con un anticuerpos anti-EGFR, caracterizado porque comprende: (a) medir por medios diagnósticos y/o un aparato para diagnóstico en una muestra de biopsia del tejido tumoral o plasma del paciente el nivel de expresión de uno o más biomarcadores seleccionados del grupo (i) que consiste de ADAMDEC1, BSDC1, Clorfl44, CAPZB, CDC42 , DHCR7 , DNAJC8 , ECSIT, EXOSC10, FADS1, GBA, GLT25D1, G0SR2 , IMPDH1, KLHL21 , KPNA6 , KPNB1, LSM12 , MANI Bl, MIDN, PPAN, SH3BP2 , SQLEÍ SSH3 , TNFRSF1B , URM1, ZFYVE26, RGMB, SPIRE2 , ABCC5 , ACSL5 , AOAH, AXIN2 , CD24, CEACA 5 , CEACAM6 , ETS2 , FMNL2 , GPSM2 , HDAC2 , JUN, ME3 , MED17 , MYB , MYC, NEBL, NOSIP, PITX2 , POF1B, PPARG, PPP1 R14C, PRR15 , PSMG1 , RABI5 , RAB40B, RNF43, RPS23 , SLC44A3 , SOX4 , THEM2 , VAV3 , ZNF337, EPDR1 , KCNK5 , HDRBS3 , PGM2L1, STK38 , SHROOM2 , y/o del grupo (ii) que consiste de C7orf46, CAST, DCP2 , DIP2B, ERAP1 , INSIG2, KIF21A, KLK6 , NGRN, NRIP1, PHGDH, PPP1R9A, QPCT, RABEP1, RPA1, RPL22L1, SKP1, SLC25A27, SLC25A46, SOCS6 , TPD52 , ZDHHC2 , ZNF654, ASB6 , ATM, BMI1, CDC42EP2, EDEM3 , PLLP , RALBP1 , SLC4A11 , TNFSF15 , TPK1, Cllorf9, C1QC, CABLES1 , CDK6 , EHBP1, EXOC6 , EXT1, FLRT3 , GCNT2 , MTHFS , PIK3AP1 , ST3GAL1 , TK2 , ZDHHC14 , ARFGAP3 , AXUD1, CAPZB, CHSY1, DNAJB9, GOLT1B, HSPA5 , LEPROTL1 , LIMS1, MAPK6, MY06, PROSC, RAB8B, RAP2B, R DD2B, SERTAD2 , SOCS5 , TERF2IP, TIAL1 , TIPARP, TRIM8 , TSC22D2, TGFA, VAPA, y UBE2K, (b) exponer ex-vivo una muestra de tejido de tumor o plasma del paciente al anticuerpo anti-EGFR, (c) medir de nuevo en la muestra del tejido expuesta del paso (b) el nivel de expresión de uno o más biomarcadores especificados en el paso (a) , y (d) calcular las diferencias en los niveles de expresión medidos en los pasos (b) y (c) , en donde un aumento en el nivel de expresión de los biomarcadores del grupo (i) obtenido en el paso (c) comparado con el paso (a) indica una probabilidad aumentada de que el paciente responde terapéuticamente al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR, y en donde un aumento en el nivel de expresión de los biomarcadores del grupo (ii) obtenido en el paso (c) comparado con el paso (a) indica una probabilidad disminuida de que el paciente responde terapéuticamente al tratamiento con el anticuerpo anti-EGFR.
18. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 17, caracterizado porque los genes o los productos de expresión de gen se seleccionan del grupo que consiste de TNFRSF1B, DNAJC8 , ECSIT, G0SR2 , PPP1R9A, VAV3 y KLK6.
19. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 17, caracterizado porque uno de los genes o productos de expresión génica del grupo (i) y TGFa .
20. Un método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado porque se determinan los niveles de expresión de VAV3 y TGFa.
21. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 17, caracterizado por uno de los genes o los productos de expresión del gen del grupo (ii) y AREG o EREG.
22. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 19 - 21, caracterizado porque se determinan los niveles de expresión de TGFa, y AREG o EREG y opcionalmente VAV3 y/o EGF.
23. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 22, caracterizado porque el paciente que sufre de tumor que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS adicionalmente tiene una mutación EGFR en el tejido tumoral .
24. Un método de conformidad con la reivindicación 23, caracterizado porque la mutación EGFR es un polimorfismo R521K.
25. Un método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 24, caracterizado porque el anticuerpo anti-EGFR es c225 (cetuximab) .
26. Un método de conformidad con la reivindicación 25, caracterizado porque el tumor que tiene el pacientes es cáncer colorectal (CRC) o cáncer colorectal metastático (mCRC) .
27. Un método de conformidad con la reivindicación 26, caracterizado porque adicionalmente la expresión del nivel de AREG y/o EREG o los productos de expresión se determinan y comparan con uno o más de los genes o productos de expresión génicos del grupo (i) y/o grupo (ii) .
28. Un método de conformidad con la reivindicación 27, caracterizado porque se determina el nivel de expresión de AREG y/o EREG, y al menos de TGFA y/o VAV3 , y/o EGF o de sus productos de expresión de gen.
29. Un arreglo de ADN o ARN caracterizado porque comprende la organización de polinucleótidos presentados a través de o hibridados a los siguientes genes TNFRSF1B, DNAJC8, ECSIT, GOSR2 , PPP1R9A, KLK6 , C7orf46, SSH3 inmovilizados en una superficie sólida.
30. Un arreglo de genes de conformidad con la reivindicación 29, caracterizado porque además comprende un arreglo de polinucleótidos presentados a través de o hibridados por los siguientes genes SERTAD2 , AXIN2 , C10orf99, ETS2, PITX2, PRR15, VAV3 , gen que codifica para la proteína de interacción IKK, EDEM3 , LY6G6D.
31. Un arreglo de genes de conformidad con la reivindicación 29 ó 30, caracterizado porque comprende adicionalmente hibridar los polinucleótidos a los genes AREG y/o EREG y/o TGFA.
32. El arreglo de ADN o ARN caracterizado porque consiste de un arreglo de polinucleótidos presentados a través de, o hibridados en los siguientes genes TNFRSF1B, DNAJC8, ECSIT, G0SR2 , PPP1R9A, KLK6 , C7orf46, SSH3 , SERTAD2, AXIN2, C10orf99, ETS2, PITX2 , PRR15, VAV3 , gen de codificación para la proteína de interacción IKK, EDEM3, LY6G6D, AREG, EREG y TGFA.
33. Un arreglo de ADN o ARN caracterizado porque comprende un arreglo de polinucleótidos inmovilizados en una superficie sólida, los polinucleótidos se presentan a través de, o hibridan en los genes configurados en el arreglo, en donde el arreglo de la organización de los polinucleótidos se selección del grupo que consiste de: (a) ADAMEC1, C7orf46, CAST, DHCR7 , ERAP1, FADS1, INSIG2, KLK6 , MIDN, PHGDN, PPP1R9A, QPCT, RABEP1, RPL22L1, SLC25A27, SOCS6, SQLE, TNFRSF1B, TPD52, ZDHHC2 , (b) G0LT1B, HSPA5 , LEPR0TL1 , MAPK6 , PROSC, RG B, RWDD2B, SERTAD2, SPIRE2 , (c) ASB6 , ATM, BMI1, CDC42EP2, EDEM3 , KCNK5 , PGM2L1, RALBP1, SHROOM2 , TNFSF15 ; (d) ACSL5, C1QC, CBALES1 , CDK6 , EHBP1 , ETS2, EX0C6 , EXT1, FMNL2, HDAC2 , JUNi MED17 , MTHFS , PITX2 , POF1 B, PRR15, PSMG1, RABI5 , RAB40B, RNF43, SLC44A3, SOX4 , TK2 , TNFSF15, ZDHHC14, (e) ZDHHC14 , TK2, PRR15 , MTHFS, CABLES1 , EHBP1, MED17, BMI1, CDC42EP2, EDEM3 , PGM2L1, RGMB, ADAMEC1 , ERAP1 , FADS1, KLK6, PHGDH, PPP1 R9A, QPCT, SLC25A27, TNFRSF1B, ZDHHC2.
34. Un arregló génico de conformidad con la reivindicación 33, caracterizado porque comprende adicionalmente polinucleótidos presentados por o hibridados a los genes AREG y/o EREG y/o TGFA.
35. Un kit para la amplificación PCT en tiempo real de los biomarcadores del anticuerpo anti-EGFR génicos caracterizado porque comprende un primer paquete que comprende el ADN o ARN de uno o más de los genes del grupo (i) y/o el grupo (ii) como se especifica en la reivindicación 1, un segundo paquete que comprende iniciadores PCR que específicamente hibridan a las moléculas de ADN/ARN del primer paquete, un tercer paquete que comprende una placa de cavidades, y un cuarto paquete que comprende medios de diagnóstico y solventes por medio de los cuales se puede llevar a cabo la amplificación PCR en tiempo real .
36. Un kit de conformidad con la reivindicación 35, caracterizado porque el primer paquete comprende ADN/ARN de los siguientes genes: TNFRSF1B, DNAJC8 , ECSIT, GOSR2 , PPP1R9A, KLK6, C7orf46, SSH3 , SERTAD2 , AXIN2 , C10orf99, ETS2, PITX2, PRR15, VAV3 , el gen que codifica la proteína de interacción IKK, EDEM3 , LY6G6D, AREG, EREG y TGFA, opcionalmente además con AREG o EREG.
37. El uso de uno o más de los biomarcadores genéticos o un arreglo de genes o un kit para amplificación PCR en tiempo real de biomarcadores del anticuerpo anti-EGFR genético que comprende uno o más de los siguientes biomarcadores seleccionados del grupo que consiste de ADAMDEC1, BSDC1, Clorfl44, CAPZB, CDC42 , DHCR7 , DNAJC8, ECSIT, EXOSC10, FADS1 , GBA, GLT25D1 , GOSR2 , IMPDH1, KLHL21, KPNA6, KPNB 1, LSM12 , MAN1B1, MIDN, PPAN, SH3BP2 , SQLE, SSH3, TNFRSF1B, URM1, ZFYVE26, RGMB , SPIRE2 , ABCC5 , ACSL5, AOAH, AXIN2 , CD24 , CEACAM5 , CEACAM6 , ETS2, FMNL2 , GPSM2 , HDAC2, JUN, ME3 , MEDI7 , MYB, MYC, NEBL, NOSIP, PITX2, P0F1B, PPARG, PPP1R14C, PRR15 , PSMG1, RABI5 , RAB40B, RNF43, RPS23 , SLC44A3 , SOX4 , THEM2 , VAV3 , ZNF337, EPDR1 , KCNK5 , KHDRBS3 , PGM2L1 , STK38, SHROOM2 ; C7orf46, CAST, DCP2, DIP2B, ERAP1, INSIG2, KIF21A, KLK6 , NGRN, NRIP1, PHGDH, PPP1R9A, QPCT, RABEP1 , RPA1, RPL22L1, SKP1, SLC25A27, SLC25A46, SOCS6 , TPD52 , ZDHHC2 , ZNF654, ASB6 , ATM, BMI1, CDC42EP2, EDEM3 , PLLP, RALBP1 , SLC4A11 , TNFSF15 , TPK1 , Cllorf9, C1QC, CABLES1 , CDK6 , EHBP1, EXOC6 , EXT1, FLRT3, GCNT2 , MTHFS , PI 3AP1, ST3GAL1, TK2 , ZDHHC14 , ARFGAP3 , AXUD1 , CAPZB, CHSY1, DNAJB9, GOLT1B, HSPA5, LEPROTL1, LIMS1, MAPK6 , MY06 , PROSC, RAB8B, RAP2B, RWDD2B, SERTAD2, SOCS5, TERF2IP, TIAL1 , TIPARP, TRIM8 , TSC22D2, TGFA, VAPA, y UBE2K, opcionalmente en combinación con AREG y/o EREG, o uno de sus productos de expresión de proteína respectivos, para pronosticar la eficacia farmacéutica y/o respuesta clínica de un paciente que sufre de cáncer que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS a un anticuerpo anti-EGFR previsto para ser utilizado para el tratamiento, en donde el pronóstico resulta del cálculo de las diferencias en los niveles de expresión hacia un valor de umbral a ser determinado de los parámetros de determinación clínica subyacentes .
38.' El uso de conformidad con la reivindicación 37, en donde se utiliza por lo menos uno de los siguientes biomarcadores : TNFRSF1B, DNAJC8 , ECSIT, G0SR2 , PPP1R9A, KLK6 , C7orf46, SSH3 , SERTAD2 , AXIN2, C10orf99, ETS2 , PITX2 , PRR15 , VAV3 el gen que codifica la proteína de interacción IKK, EDEM3 , LY6G6D, TGFA o una combinación de estos incluyendo AREG y/o EREG.
39. El uso de uno o más biomarcadores genéticos o un arreglo de genes o un kit para amplificación PCR en tiempo real de los biomarcadores del anticuerpo anti-EGFR genético en donde uno o más de los biomarcadores seleccionados del grupo que consiste TNFRSF1B, DNAJC8 , ECSIT, GOSR2 , PPP1R9A, KLK6 , C7orf46, SSH3 , SERTAD2 , AXIN2, C10orf99, ETS2, PITX2 , PRR15, VAV3 , el gen que codifica la proteína de interacción IKK, EDEM3, LY6G6D, TGFA o combinaciones de estos incluyen adicionalmente AREG y/o EREG, para la elaboración de un medicamento que es un anticuerpo anti-EGFR para el tratamiento de EGFR de tipo silvestre KRAS que expresa CRC o mCRC en pacientes con uno o más de tales genes o productos génicos que se expresan o sobre-expresan en una muestra del tumor del paciente.
40. El uso de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 37 - 39, en donde el producto de expresión de proteína se determina de un fluido corporal del paciente incluyendo plasma.
41. El uso de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 37 - 40, en donde el tratamiento subyacente previsto es un tratamiento de primera línea.
42. El uso de conformidad con las reivindicaciones 37 - 41, en donde el tratamiento subyacente previsto es un tratamiento de combinación del anticuerpo anti-EGFR con un agente quimioterapéutico, y el paciente ha desarrollado un cáncer quimio-refractario .
43. El uso de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 37 - 42, en donde el anticuerpos anti-EGFR es c225 (cetuximab) .
44. El uso de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 37 - 43, en donde el cáncer es cáncer colorectal (CRC) o cáncer colorectal metastático (mCRC) .
45. El uso de un anticuerpo monoclonal o policlonal que se une específicamente a un producto de expresión de proteína de un gen o un producto génico como se especifica de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 37 a 39 para determinar in vitro la eficacia farmacéutica y/o la respuesta clínica de un paciente que sufre de cáncer que expresa EGFR de tipo silvestre KRAS a un anticuerpo anti-EGFR previsto para utilizarse en el tratamiento.
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