JP2016535079A - 核酸生体マーカー及びその使用 - Google Patents

Abstract

本発明は、局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法に関し、当該方法は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程；及びｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程を含むまた、本発明は、局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法にも関し、当該方法は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程；及びｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を控える工程を含む。【選択図】図３

Description

本発明は、分子生物学、癌化学、臨床診断及び臨床治療の分野に属する。

ほとんどの制癌剤は、ある患者には効果があるが、他の患者にはない。これは、腫瘍間の遺伝的バリエーションに起因し、同じ患者内の腫瘍間でさえ観察されうる。患者の可変的な応答は、標的化療法剤に関して特に顕著である。それ故に、どの患者がどの薬物から恩恵を受けるか決定するための適切な検査なしに、標的化療法の完全な潜在力を実現することができない。米国国立衛生研究所（ＮＩＨ：Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ）に従って、用語「生体マーカー」は、「正常な生物学的過程または病原過程、あるいは治療介入に対する薬理学的応答の指標として客観的に測定されかつ評価される特性」と定義される。（Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ Ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎｓ Ｗｏｒｋｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ， ２００１， Ｃｌｉｎ． Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｔｈｅｒ． ６９：８９−９５）

生体マーカーの発見に基づく改善された診断法の開発は、所定の薬物に対して臨床応答を示す可能性が最も高い患者を前もって特定することによって、新しい薬物の開発を加速する可能性を持つ。これは、臨床試験の規模、期間およびコストを著しく低減することになろう。ゲノミクス、プロテオミクスおよび分子イメージングのような技術は、現在、特異的な遺伝子変異、特定遺伝子の発現レベル、および他の分子生体マーカーの迅速、高感度で信頼性の高い検出を可能にする。腫瘍の分子キャラクタリゼーションのための様々な技術が利用可能であるにも関わらず、癌生体マーカーがほとんど発見されていないので、癌生体マーカーの臨床的使用は、概ね実現されないままである。例えば、最近の総説では、以下のことを述べている。「 癌の診断および処置を改善するために、生体マーカーの開発促進とそれらの使用に対する重大なニーズが存在する。（Ｃｈｏ， ２００７， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃａｎｃｅｒ ６：２５）」癌生体マーカーに関する別の最近の総説は、次のコメントを含んでいる。「課題は、癌生体マーカーを発見することである。分子的に標的化された薬剤を用いて、いくつかの腫瘍タイプ−例えば、慢性骨髄性白血病、消化管間質腫瘍、肺癌および多形神経膠芽腫−の分子的に定義されたサブセットを標的にすることに臨床的に成功したことがあったとはいえ、より広い状況においてかかる成功を適用する能力は、患者における標的化薬剤を評価するための効率的な戦略がないので大幅に制限される。問題は、主に、これらの興味深い新薬を評価するための臨床試験用に、分子的に定義された癌を持つ患者を選択することができないことにある。解決法は、特定の薬剤から恩恵を受ける可能性が最も高い患者を信頼性良く同定する生体マーカーを必要とする。（Ｓａｗｙｅｒｓ， ２００８， Ｎａｔｕｒｅ ４５２：５４８−５５２， ａｔ ５４８）」前述のようなコメントは、臨床的に有用な生体マーカーの発見、およびかかる生体マーカーに基づく診断法の必要性に関する認識を示す。

癌生体マーカーには、（１）予後生体マーカー、（２）予測生体マーカー、および（３）薬力学生体マーカーの３つの異なったタイプがある。予後生体マーカーは、癌（例えば、固形腫瘍）を侵襲性、すなわち、成長および／または転移の速度、ならびに処置に対する不応性に従って、分類するために用いられる。これは、「結果が良好な」腫瘍を「結果が劣る」腫瘍から識別すると呼ばれることがある。予測生体マーカーは、特定の患者が特定の薬物を用いた処置から恩恵を受ける確率を評価するために用いられる。例えば、ＥＲＢＢ２（ＨＥＲ２またはＮＥＵ）遺伝子が増幅される乳癌を患う患者は、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標））を用いた処置から恩恵を受ける可能性が高いが、一方でＥＲＢＢ２遺伝子増幅がない患者は、トラスツズマブを用いた処置から恩恵を受ける可能性が低い。薬力学生体マーカーは、患者が薬物を服用している間のその分子標的に対する薬物の効果（単数または複数）の指標である。従って、薬力学生体マーカーは、新薬の臨床開発の早期段階の間に、しばしば投薬レベルおよび投与回数を指導するために用いられる。癌生体マーカーの議論については、例えば、Ｓａｗｙｅｒｓ， ２００８， Ｎａｔｕｒｅ ４５２：５４８−５５２を参照のこと。

ＥＧＦＲもしくはＨＥＲ２によって駆動される腫瘍はしばしば、ＥＧＦＲもしくはＨＥＲ２の阻害剤による治療に応答するが、これら腫瘍は、これら阻害剤に対する耐性を常に発生させる。抗ＥＧＦＲもしくは抗ＨＥＲ２処置に対する獲得耐性に関する少なくとも１つの機構は、ＨＥＲ３（ＥＲＢＢ３としても公知）シグナル伝達の活性化である。例えばＥｎｇｅｌｍａｎ ｅｔ ａｌ．， ２００６， Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． １２：４３７２；Ｒｉｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２００７， Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． １３：４９０９；Ｓｅｒｇｉｎａ ｅｔ ａｌ．， ２００７， Ｎａｔｕｒｅ ４４５：４３７を参照のこと。ＨＥＲ３は、薬物耐性の発生において重要な役割を果たし、そしてＥＧＦＲおよびＨＥＲ２とのそのヘテロダイマー化を介して、腫瘍の始まりおよび維持に関与する。結論として、ＨＥＲ３は、キナーゼ活性を欠いているので、ＨＥＲ３阻害剤（特に、抗ＨＥＲ３抗体）の開発が重要である。

他の種類の標的化治療と同様に、いくらかの（しかし全てではない）腫瘍は、抗ＨＥＲ３治療に応答する。従って、ＨＥＲ３阻害剤（例えば、抗ＨＥＲ３抗体）での処置に応答する可能性が高い（もしくはその可能性が低い）腫瘍を有する患者を同定するために使用され得る推定生体マーカーに基づいた診断法が、必要である。

本発明は、局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法に関し、当該方法は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程を含む。

幾つかの態様は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程、及びｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程を含む。

幾つかの態様は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価することを注文する工程、及びｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程を含む。

本発明の特定の態様において、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値を下回る場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される。

幾つかの態様において、前記所定の閾値が、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される。幾つかの態様において、前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９， 及び５．０からなる群から選択される。

幾つかの態様において、前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する。好ましい態様において、前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している。より好ましい態様において、ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療（全身療法）の前に対象から除去されたものである。

幾つかの態様は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程を含み、当該ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を使用して評価される。

幾つかの態様において、前記生体試料が腫瘍試料を含む。

幾つかの態様において、前記抗ＨＥＲ３抗体が、パトリツマブ、ドゥリゴツマブ（ＭＥＨＤ−７９４５Ａ）、セリバンツマブ（ＭＭ−１２１）， ＭＭ−１１１ ， ＬＪＭ７１６， ＲＧ−７１１６、三重特異性抗ＥＧＦＲ／ＥＲＢＢ３ ｚｙｂｏｄｙ， ｈｕＨＥＲ３−８、又はこれらのいずれかの誘導体又は断片からなる群から選択される。

幾つかの態様において、前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
（ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
（ｉｉ）化学治療剤、
（ｉｉｉ）放射線照射、及び
（ｉｖ）他の標的化された治療剤、
との組み合わせを含む。

例えば、幾つかの態様において、前記ＨＥＲ阻害剤が、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択される。

幾つかの態様において、前記化学治療剤が、シスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される。しかしながら、他の化学治療剤が適用されても良い。

本発明は、局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法にも関し、当該方法は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程；及びｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を控える工程；を含む。

幾つかの態様は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価することを注文する工程、及びｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を控える工程を含む。

幾つかの態様において、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値と同等以上の場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価される。

幾つかの態様において、前記所定の閾値が、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される。幾つかの態様において、前記所定の閾値ｄＣｔ値が約２．７〜約４．１である。好ましい態様において、前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される。

幾つかの態様において、前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する。好ましい態様において、前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している。より好ましい態様において、ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療（全身療法）の前に対象から除去されたものである。

幾つかの態様において、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を使用して評価される。

幾つかの態様において、前記生体試料が腫瘍試料を含む。

幾つかの態様において、前記控えられる治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
（ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
（ｉｉ）化学治療剤、
（ｉｉｉ）放射線照射、及び
（ｉｖ）他の標的化された治療剤、
との組み合わせを含む。

幾つかの態様は、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択されるＨＥＲ阻害剤を用いてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象を治療する工程を更に含む。

幾つかの態様は、シスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される化学治療剤を用いてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象を治療する工程を更に含む。

幾つかの態様は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高い又は低いと評価されたヒト対象をクリゾチニブで治療する工程を含む。幾つかの態様において、当該クリゾチニブで治療される対象は、ＡＬＫ遺伝子の再編成又は融合を有している。

本発明は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を行うためのキットにも関する。

本発明は、局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持すると診断された患者であって、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む治療によって利益を受けられる者を同定する方法にも関し、当該方法は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト患者から生体試料を取得する工程；当該試料を使用して、当該ヒト患者中のｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の値を決定する工程；及び当該決定された値を記録する工程；を含む。

幾つかの態様は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト患者から生体試料を受け取る工程；当該試料を使用して、当該ヒト患者中のｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の値を決定する工程；及び任意で当該決定された値を記録する工程を含む。

幾つかの態様は、更に、前記決定された値が、所定の閾値を下回るか、同等か、又は上回るかを評価する工程を含む。幾つかの態様において、前記所定の閾値ｄＣｔ値が約２．７〜約４．１である。好ましい態様において、前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される。

幾つかの態様は、前記決定された値が所定の閾値を下回る場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと特定する工程を含む。

幾つかの態様は、前記決定された値が所定の閾値と同等以上である場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと特定する工程を含む。

幾つかの態様は、前記決定された値を、担当医又は他の医療従事者に報告する工程を含む。

幾つかの態様において、前記試料が、癌腫瘍試料を含む。

幾つかの態様において、前記対象が、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）増感変異を担持していない。好ましい態様において、前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する。より好ましい態様において、前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している。より好ましい態様において、ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療（全身療法）の前に対象から除去されたものである。

幾つかの態様において、前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
（ｉ）ＥＧＦＲ阻害剤又はＨＥＲ阻害剤、
（ｉｉ）化学治療剤、
（ｉｉｉ）放射線照射、及び
（ｉｖ）他の標的化された治療剤、
との組み合わせを含む。

本発明は、無作為化された臨床データに基づいてＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される方法にも関する。

本発明は、局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍の治療を受ける、又は実施する、又は差し控える方法にも関する。幾つかの態様において、当該方法は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価するための、自己組織を提供する、又はそれを採取することに同意する工程；及びｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を受ける、若しくは実施する、又はｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控える工程；を含む。

本発明は、局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍の治療を選択する方法にも関する。幾つかの態様において、当該方法は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を受ける、又は実施する工程；及びｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控えることを選択する、又はｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を受ける、又は実施することを選択する工程；を含む。
本発明は以下の（１）〜（９７）を含むが、それらに限定されない。
（１）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程；及び
ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程；
を含む、方法。
（２）局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値を下回る場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される、（１）に記載の方法。
（３）前記所定の閾値が、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される、（２）に記載の方法。
（４）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される、（２）に記載の方法。
（５）前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、（１）に記載の方法。
（６）前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、（５）に記載の方法。
（７）前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング又はＩＳＨを使用して評価される、（１）に記載の方法。
（８）前記生体試料が腫瘍試料を含む、（２）に記載の方法。
（９）前記抗ＨＥＲ３抗体が、パトリツマブ、ドゥリゴツマブ（ＭＥＨＤ−７９４５Ａ）、セリバンツマブ（ＭＭ−１２１）， ＭＭ−１１１ ， ＬＪＭ７１６， ＲＧ−７１１６、三重特異性抗ＥＧＦＲ／ＥＲＢＢ３ ｚｙｂｏｄｙ， ｈｕＨＥＲ３−８、又はこれらのいずれかの誘導体又は断片からなる群から選択される、（１）に記載の方法。
（１０）前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
（ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
（ｉｉ）化学治療剤、
（ｉｉｉ）放射線照射、及び
（ｉｖ）他の標的化された治療剤、
との組み合わせを含む、請求項１３に記載の方法。
（１１）前期ＨＥＲ阻害剤が、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択される、（１）に記載の方法。
（１２）前記化学治療剤が、シスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される、（１０）に記載の方法。
（１３）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持する対象を治療する方法であって：
局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程；及び
ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控える工程；
を含む、方法。
（１４）局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値と同等以上である場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価される、（１３）に記載の方法。
（１５）前記所定の閾値が偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される、（１４）に記載の方法。
（１６）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される、（１４）に記載の方法。
（１７）前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、（１３）に記載の方法。
（１８）前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、（１７）に記載の方法。
（１９）前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング又はＩＳＨを使用して評価される、（１３）に記載の方法。
（２０）前記生体試料が腫瘍試料を含む、（１４）に記載の方法。
（２１）前記差し控えられる治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
（ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
（ｉｉ）化学治療剤、
（ｉｉｉ）放射線照射、及び
（ｉｖ）他の標的化された治療剤、
との組み合わせを含む、（１３）に記載の方法。
（２２）更に、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと診断されたヒト対象を、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択されるＨＥＲ阻害剤で治療する工程を含む、（１３）に記載の方法。
（２３）更に、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと診断されたヒト対象を、トシスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される化学治療剤で治療する工程を含む、（１３）に記載の方法。
（２４）ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価するためのキット。
（２５）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持すると診断された患者であって、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む治療によって利益を受けられる者を同定する方法であって：
局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト患者から採取された生体試料を取得する工程；
当該試料を使用して、当該ヒト患者中のｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の値を決定する工程；及び
任意で当該決定された値を記録する工程；
を含む、方法。
（２６）更に、前記決定された値が、所定の閾値を下回るか、同等か、又は上回るかを評価する工程を含む、（２５）に記載の方法。
（２７）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９， 及び５．０からなる群から選択される、（２６）に記載の方法。
（２８）更に、前記決定された値が所定の閾値を下回る場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと特定する工程を含む、（２６）に記載の方法。
（２９）更に、前記決定された値が所定の閾値と同等以上である場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと特定する工程を含む、（２６）に記載の方法。
（３０）更に、前記決定された値を、担当医又は他の医療従事者に報告する工程を含む、（２５）に記載の方法。
（３１）前記試料が、癌腫瘍試料を含む、（２５）に記載の方法。
（３２）前記対象が、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）増感変異を担持していない、（２５）に記載の方法。
（３３）前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、（２５）に記載の方法。
（３４）前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、（３３）に記載の方法。
（３５）前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
（ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
（ｉｉ）化学治療剤、
（ｉｉｉ）放射線照射、及び
（ｉｖ）他の標的化された治療剤、
との組み合わせを含む、（２５）に記載の方法。
（３６）無作為化された臨床データに基づいてＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される、（１）〜（３５）のいずれか１項に記載の方法。
（３７）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、（１）に記載の方法。
（３８）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、（１３）に記載の方法。
（３９）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、（２６）に記載の方法。
（４０）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍の治療を受ける、又は実施する、又は差し控える方法であって：
局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価するための、自己組織を提供する、又はそれを採取することに同意する工程；及び
ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を受ける、若しくは実施する、又はｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控える工程；
を含む、方法。
（４１）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍の治療を選択する方法であって：
局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を受ける、又は実施する工程；及び
ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控えることを選択する、又はｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を受ける、又は実施することを選択する工程；
を含む方法。
（４２）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持すると診断された患者であって、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む治療によって利益を受けられる者を同定する方法であって：
局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト患者から生体試料を受け取る工程；
当該試料を使用して、当該ヒト患者中のｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の値を決定する工程；及び
任意で当該決定された値を記録する工程；
を含む、方法。
（４３）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を注文する工程；及び
ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程；
を含む、方法。
（４４）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を注文する工程；及び
ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控える工程；
を含む、方法。
（４５）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程
を含む、方法。
（４６）局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値を下回る場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される、（４５）に記載の方法。
（４７）前記所定の閾値が、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される、（４６）に記載の方法。
（４８）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される、（４６）に記載の方法。
（４９）前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、（４５）に記載の方法。
（５０）前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、（４９）に記載の方法。
（５１）更に、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象におけるｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程を含み、当該ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング又はＩＳＨを使用して評価される、（４５）に記載の方法。
（５２）前記生体試料が腫瘍試料を含む、（４６）に記載の方法。
（５３）前記抗ＨＥＲ３抗体が、パトリツマブ、ドゥリゴツマブ（ＭＥＨＤ−７９４５Ａ）、セリバンツマブ（ＭＭ−１２１）， ＭＭ−１１１ ， ＬＪＭ７１６， ＲＧ−７１１６、三重特異性抗ＥＧＦＲ／ＥＲＢＢ３ ｚｙｂｏｄｙ， ｈｕＨＥＲ３−８、又はこれらのいずれかの誘導体又は断片からなる群から選択される、（４５）に記載の方法。
（５４）前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
（ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
（ｉｉ）化学治療剤、
（ｉｉｉ）放射線照射、及び
（ｉｖ）他の標的化された治療剤、
との組み合わせを含む、（４５）に記載の方法。
（５５）前記ＨＥＲ阻害剤が、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択される、（５４）に記載の方法。
（５６）前記化学治療剤が、シスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される、請求項５５に記載の方法。
（５７）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣを担持すると診断されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控える工程；
を含む、方法。
（５８）局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値と同等以上である場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価される、（５７）に記載の方法。
（５９）前記所定の閾値が、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される、（５８）に記載の方法。
（６０）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４，６， ４，７， ４，８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される、（５８）に記載の方法。
（６１）前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、（５７）に記載の方法。
（６２）前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、請求項（６１）に記載の方法。
（６３）更に、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象におけるｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程を含み、当該ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング又はＩＳＨを使用して評価される、（５７）に記載の方法。
（６４）前記生体試料が腫瘍試料を含む、（５８）に記載の方法。
（６５）前記差し控えられる治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
（ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
（ｉｉ）化学治療剤、
（ｉｉｉ）放射線照射、及び
（ｉｖ）他の標的化された治療剤、
との組み合わせを含む、（５７）に記載の方法。
（６６）更に、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと診断されたヒト対象を、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択されるＨＥＲ阻害剤で治療する工程を含む、（５７）に記載の方法。
（６７）更に、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと診断されたヒト対象を、トシスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される化学治療剤で治療する工程を含む、（５７）に記載の方法。
（６８）ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価するためのキット。
（６９）局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持すると診断された患者であって、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む治療によって利益を受けられる者を同定する方法であって：
局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト患者から採取された生体試料を取得する工程；
当該試料を使用して、当該ヒト患者中のｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の値を決定する工程；及び
任意で当該決定された値を記録する工程；
を含む、方法。
（７０）更に、前記決定された値が、所定の閾値を下回るか、同等か、又は上回るかを評価する工程を含む、（６９）に記載の方法。
（７１）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９， 及び５．０からなる群から選択される、（７０）に記載の方法。
（７２）更に、前記決定された値が所定の閾値を下回る場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと特定する工程を含む、（７０）に記載の方法。
（７３）更に、前記決定された値が所定の閾値と同等以上である場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと特定する工程を含む、（７０）に記載の方法。
（７４）更に、前記決定された値を、担当医又は他の医療従事者に報告する工程を含む、（６９）に記載の方法。
（７５）前記試料が、癌腫瘍試料を含む、（６９）に記載の方法。
（７６）前記対象が、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）増感変異を担持していない、（６９）に記載の方法。
（７７）前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、（６９）に記載の方法。
（７８）前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、（７７）に記載の方法。
（７９）前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
（ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
（ｉｉ）化学治療剤、
（ｉｉｉ）放射線照射、及び
（ｉｖ）他の標的化された治療剤、
との組み合わせを含む、（６９）に記載の方法。
（８０）無作為化された臨床データに基づいてＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される、（１）〜（７９）のいずれか１項に記載の方法。
（８１）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、（４６）に記載の方法。
（８２）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、（５８）に記載の方法。
（８３）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、（７０）に記載の方法。
（８４）ＨＲＧ遺伝子発現が、規制当局に認可された試験を使用して評価される、（１）〜（８３）のいずれか１項に記載の方法。
（８５）前記規制当局に認可された試験が、ＦＤＡ （Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ， ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ）、ＥＭＡ （Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅｓ Ａｇｅｎｃｙ， Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｕｎｉｏｎ）又はＰＭＤＡ （Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｄｅｖｉｃｅｓ Ａｇｅｎｃｙ， Ｊａｐａｎ）に認可された試験である、（８４）に記載の方法。
（８６）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、５．０， ４．９， ４．８， ４．７， ４．６， ４．５， ４．４， ４．３， ４．２， ４．１， ４．０， ３．９， ３．８， ３．７， ３．６， ３．５， ３．４， ３．３， ３．２， ３．１， ３．０， ２．９， ２．８， ２．７， ２．６， ２．５， ２．４， ２．３， ２．２， ２．１， ２．０， １．９， １．８， １．７， １．６， １．５， １．４， １．３， １．２， １．１， １．０． ０．９， ０．８， ０．７， ０．６， ０．５， ０．４， ０．３， ０．２， ０，１， ０， −０．１， −０．２， −０．３， −０．４， −０．５， −０．６， −０．７， − ０．８， −０．９， −１．０， −１．１， −１．２， −１．３， −１．４， −１．５， −１．６， −１．７， −１．８， −１．９， −２．０， −２．１， −２．２， −２．３， −２．４， −２．５， −２．６， −２．７， −２．８， −２．９， −３．０， −３．１， −３．２， −３．３， −３．４， −３．５， −３．６， −３．７， −３．８， −３．９， −４．０， −４．１， −４．２， −４．３， −４．４， − ４．５， −４．６， −４．７， −４．８， −４．９， −５．０，−５．１， −５．２， −５．３， −５．４， −５．５， −５．６， −５．７， −５．８， −５．９， −６．０， −６．１， −６．２， −６．３， −６．４， −６．５， −６．６， −６．７， −６．８， −６．９， −７．０， −７．１， −７．２及び−７．３からなる群から選択される、（２）に記載の方法。
（８７）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、５．０， ４．９， ４．８， ４．７， ４．６， ４．５， ４．４， ４．３， ４．２， ４．１， ４．０， ３．９， ３．８， ３．７， ３．６， ３．５， ３．４， ３．３， ３．２， ３．１， ３．０， ２．９， ２．８， ２．７， ２．６， ２．５， ２．４， ２．３， ２．２， ２．１， ２．０， １．９， １．８， １．７， １．６， １．５， １．４， １．３， １．２， １．１， １．０． ０．９， ０．８， ０．７， ０．６， ０．５， ０．４， ０．３， ０．２， ０，１， ０， −０．１， −０．２， −０．３， −０．４， −０．５， −０．６， −０．７， − ０．８， −０．９， −１．０， −１．１， −１．２， −１．３， −１．４， −１．５， −１．６， −１．７， −１．８， −１．９， −２．０， −２．１， −２．２， −２．３， −２．４， −２．５， −２．６， −２．７， −２．８， −２．９， −３．０， −３．１， −３．２， −３．３， −３．４， −３．５， −３．６， −３．７， −３．８， −３．９， −４．０， −４．１， −４．２， −４．３， −４．４， − ４．５， −４．６， −４．７， −４．８， −４．９， −５．０，−５．１， −５．２， −５．３， −５．４， −５．５， −５．６， −５．７， −５．８， −５．９， −６．０， −６．１， −６．２， −６．３， −６．４， −６．５， −６．６， −６．７， −６．８， −６．９， −７．０， −７．１， −７．２及び−７．３からなる群から選択される、（１４）に記載の方法。
（８８）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、５．０， ４．９， ４．８， ４．７， ４．６， ４．５， ４．４， ４．３， ４．２， ４．１， ４．０， ３．９， ３．８， ３．７， ３．６， ３．５， ３．４， ３．３， ３．２， ３．１， ３．０， ２．９， ２．８， ２．７， ２．６， ２．５， ２．４， ２．３， ２．２， ２．１， ２．０， １．９， １．８， １．７， １．６， １．５， １．４， １．３， １．２， １．１， １．０． ０．９， ０．８， ０．７， ０．６， ０．５， ０．４， ０．３， ０．２， ０，１， ０， −０．１， −０．２， −０．３， −０．４， −０．５， −０．６， −０．７， − ０．８， −０．９， −１．０， −１．１， −１．２， −１．３， −１．４， −１．５， −１．６， −１．７， −１．８， −１．９， −２．０， −２．１， −２．２， −２．３， −２．４， −２．５， −２．６， −２．７， −２．８， −２．９， −３．０， −３．１， −３．２， −３．３， −３．４， −３．５， −３．６， −３．７， −３．８， −３．９， −４．０， −４．１， −４．２， −４．３， −４．４， −４．５， −４．６， −４．７， −４．８， −４．９， −５．０，−５．１， −５．２， −５．３， −５．４， −５．５， −５．６， −５．７， −５．８， −５．９， −６．０， −６．１， −６．２， −６．３， −６．４， −６．５， −６．６， −６．７， −６．８， −６．９， −７．０， −７．１， −７．２及び−７．３からなる群から選択される、（２６）に記載の方法。
（８９）ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、（６）に記載の方法。
（９０）ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、（１８）に記載の方法。
（９１）ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、（３４）に記載の方法。
（９２）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約−７．３〜約５．０の範囲内である、（２）に記載の方法。
（９３）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約−７．３〜約５．０の範囲内である、（１４）に記載の方法。
（９４）前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約−７．３〜約５．０の範囲内である、（２６）に記載の方法。
（９５）ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、（５０）に記載の方法。
（９６）ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、（６２）に記載の方法。
（９７）ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、（７８）に記載の方法。

図１は、実施例２における全試験対象の無増悪生存率（高及び低用量パフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図２は、実施例２における全試験対象の全生存率（高及び低用量パフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図３は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された実施例３における試験対象の無増悪生存率（高及び低用量パフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図４は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された実施例３における試験対象の無増悪生存率（プールされたパフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図５は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された実施例４における試験対象の全生存率（高及び低用量パフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図６は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された実施例４における試験対象の全生存率（プールされたパフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図７は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された実施例６における試験対象の無増悪生存率（高及び低用量パフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図８は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された実施例６における試験対象の無増悪生存率（プールされたパフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図９は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された実施例６における試験対象の無増悪生存率（プールされたパフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図１０は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された実施例６における試験対象の全生存率（プールされたパフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図１１は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された実施例６における試験対象、及びｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された試験対象の無増悪生存率（高及び低用量パフリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルリトニブ）を示す。

図１２は、ＨＲＧが高い、及びＨＲＧが低い群における最適化されたカットオフ値を示す。

図１３は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価され、野生型ＥＧＦＲを有する、実施例８における試験対象の無増悪生存率を示す。

図１４は、ウエスタンブロッティングによりホスホ−ＨＥＲ３及びホスホ−ＡＫＴレベルの減少を測定することによるインビトロで決定された効率を示す。

図１５は、Ｕ３−１２８７がリガンド依存的な基底ＨＥＲ３リン酸化をブロックし得ることを示すウエスタンブロットを示す。

定義
本願において、他に言及の無い限り、数値について言及するとき、「約」は、示された数値の±１０％を意味する。

本願において、「癌」と「腫瘍」は、相互置換可能に用いられる。

本願において、「治療」は、対象又は患者に対する医学的ケア、又は一定の用量の医薬の投与を意味する。幾つかの態様において、「治療」は、抗ＨＥＲ３抗体等のＨＥＲ阻害剤を含有し得る「医薬組成物」、「医薬」又は「薬剤」であり得る。幾つかの態様において、「治療」は、「化学治療」、「免疫治療」、又は「放射線治療」であってもよい。

本願において、「ＥＧＦＲ変異」は、ＥＧＦＲ遺伝子における任意の変異を意味する。「ＥＧＦＲ変異」は、例えば、ＥＧＦＲエキソン１９欠失及び／又はエキソン２１（Ｌ８５８Ｒ）置換変異である。しかしながら、「ＥＧＦＲ変異」は、それらに限定されない。

本願において、「ＨＥＲ」は、ＨＥＲ１（ＥＧＦＲ）、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３及びＨＥＲ４からなる群から選択される。

本願において、「ＨＥＲ３」は、Ｅｎｔｒｅｚ Ｇｅｎｅ ＩＤ Ｎｏ． ２０６５で同定された遺伝子にコードされたヒトタンパク質、及びそのアレル変異体を意味する。

本願において、「ＨＥＲ阻害剤」は、ＨＥＲの少なくとも一部の生物活性を阻害する、中和する、妨げる、又は除去する分子（低分子又は巨大分子、例えば抗体又はその抗原結合断片）を意味する。好ましくは、ＨＥＲ阻害剤はＨＥＲに結合する。しかしながら、「ＨＥＲ阻害剤」は、ＨＥＲの少なくとも一部の生物活性を阻害する、中和する、妨げる、又は除去するものである限り、ＨＥＲに直接結合しないものであってもよい。ＨＥＲ１阻害剤（ＥＧＦＲ阻害剤）の例は、ラパチニブ、エルロチニブ、セツキシマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、パニツムマブ、及びＫＤ−０１９を含む。ＨＥＲ２阻害剤の例は、トラツズマブ、ペルツズマブ、及びトラツズマブエムタンシン（Ｔ−ＤＭ１）を含む。

本願において、「ＨＥＲ３阻害剤」は、ＨＥＲ３の少なくとも一部の生物活性を阻害する、中和する、妨げる、又は除去する分子（低分子又は巨大分子、例えば抗体又はその抗原結合断片）を意味する。好ましくは、ＨＥＲ３阻害剤はＨＥＲ３に結合する。しかしながら、「ＨＥＲ３阻害剤」は、ＨＥＲの少なくとも一部の生物活性を阻害する、中和する、妨げる、又は除去するものである限り、ＨＥＲ３に直接結合しないものであってもよい。「生物活性」に対する効果は、直接又は間接的で有り得、例えば下流シグナル伝達及び他のＨＥＲファミリー分子、例えばＥＧＦＲ、ＨＥＲ２及びＨＥＲ４とのヘテロダイマー化である。例えば、ＨＥＲ３阻害剤は、ＥＧＦＲ／ＨＥＲ３、ＨＥＲ２／ＨＥＲ３、ＨＥＲ４／ＨＥＲ３ヘテロダイマー化の阻害剤、又はこれらのヘテロダイマー化のいずれかに由来するシグナル伝達の阻害剤であり得る。ここで、「ＨＥＲ３阻害剤」は、例えばペルツズマブ、ニモツズマブ、ＭＭ−１１１及びセツキシマブを含む。更に、理論に拘束されず、ＨＥＲ３はＭＥＴ（ｃ−ＭＥＴ）等の非ＨＥＲ受容体とヘテロダイマーを形成する。従って、幾つかの態様において、「ＨＥＲ３阻害剤」は、例えばオナルツズマブ及び／又はチバンチニブを含む。

本願において、「ＨＲＧ」（ニューレグリン−１、ＮＲＧ１、ヘレグリン、及びＨＲＧ１としても知られる）は、Ｅｎｔｒｅｚ Ｇｅｎｅ ＩＤ Ｎｏ． ３０８４により同定された遺伝子にコードされたヒトタンパク質、及びそのアリル変異体を意味する。

本願において、「非小細胞肺癌」及び「非小細胞肺癌腫」は置換可能に使用される。

本願において、「所定の閾値（値）」は、分類者が偽陰性及び偽陽性の間（のコスト）の望ましいバランスをもたらす閾値の数値を意味する。

好ましくは、「所定の閾値（値）」は、全集団を２つ（以上）のサブ集団に区分して、閾値以上の（ＨＲＧ）遺伝子発現を示す患者（本願において「高ＨＲＧ」サブ集団）に対して、閾値を下回る（ＨＲＧ）遺伝子発現を示す患者（本願において「低ＨＲＧ」サブ集団）と比較して、臨床的利益をもたらし得る、潜在的な閾値を意味する。

閾値がｄＣｔである場合、好ましくは、「所定の閾値（値）」は、全集団を２つ（以上）のサブ集団に区分して、閾値以上の（ＨＲＧ）遺伝子発現を示す患者（本願において「高ＨＲＧ」サブ集団）に対して、閾値を下回る（ＨＲＧ）遺伝子発現を示す患者（本願において「低ＨＲＧ」サブ集団）と比較して、臨床的利益をもたらし得る、潜在的な閾値を意味する。

幾つかの態様において、「所定の閾値」は、臨床的研究及びその結果の解析（「臨床データ」と総称する）に基づき、統計的（及び臨床的）に決定され、調えられ、調整され、及び／又は確認され、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化する。

幾つかの態様において、「所定の閾値」は、臨床的データ（及び任意で非臨床的データ）に基づき、更により好ましくは無作為化された臨床的データ（及び任意で非臨床的データ）に基づき、統計的（及び臨床的）に決定され、調えられ、調整され、及び／又は確認され、治療から利益を受けた全ての患者は高ＨＲＧサブ集団に含まれることが確認される。

より好ましくは、「所定の閾値」は、薬理的特性（即ち作用機序）、前臨床又は非臨床研究データ、臨床研究データ、及び外部企業等から購入した商業的試料のデータに基づき、決定され、調えられ、調整され、及び／又は確認され、「低ＨＲＧ」サブ集団と比較して、「高ＨＲＧ」サブ集団からの臨床的利益を最大化する。Ａｄａｐｔｉｖｅ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒ Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ Ｄｅｓｉｇｎ （即ち最大尤度アプローチ）， Ｊｉａｎｇ Ｗ， Ｆｒｅｉｄｌｉｎ Ｂ， Ｓｉｍｏｎ Ｒ． Ｂｉｏｍａｒｋｅｒ−Ａｄａｐｔｉｖｅ Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ Ｄｅｓｉｇｎ： Ａ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ ｆｏｒ Ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｗｉｔｈ Ｐｏｓｓｉｂｌｅ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒ−Ｄｅｆｍｅｄ Ｓｕｂｓｅｔ Ｅｆｆｅｃｔ， Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ． ２００７；９９（１３）： １０３６−４３等の幾つかの統計的方法が、全ての利用可能な前／非臨床研究、臨床研究、商業試料等を使用した閾値を決定し、調え、調整し、及び／又は確認するのに使用される（治療から利益を受けた全ての患者は高ＨＲＧサブ集団に含まれることを確認するため）。幾つかの態様において、「所定の閾値」は、高ＨＲＧサブ集団が、より大きく、又は治療空の利益を駆動する全ての患者を含み得るように決定される。

本願において、「対象」、「ヒト対象」及び「患者」は、置換可能に用いられる。

本願において、「癌に罹患した対象」及び「癌を担持した対象」は、置換可能に用いられる。

幾つかの好ましい態様において、癌に罹患した患者の群が、更なる医薬を用いて、又は用いずに、ＨＥＲ３阻害剤又は偽薬を投与して治療され、当該群が、所定の閾値を用いて「高ＨＲＧ」サブ集団及び「低ＨＲＧ」サブ集団に分けられる場合、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「高ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも良好な臨床的（有意な）利益を示し、一方、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「低ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも僅かに良好な、又はより良好ではない、臨床的（有意な）利益を示す。より好ましい態様において、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「高ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも統計的に有意に良好な臨床的（有意な）利益を示し、一方、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「低ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも統計的に有意に良好ではない、臨床的（有意な）利益を示す。

他の好ましい態様において、癌に罹患した患者の群が、所定の閾値を用いて「高ＨＲＧ」サブ集団及び「低ＨＲＧ」サブ集団に分けられ、そして各群が更なる医薬を用いて、又は用いずに、ＨＥＲ３阻害剤又は偽薬を投与して治療される場合、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「高ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも良好な臨床的（有意な）利益を示し、一方、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「低ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも僅かに良好な、又はより良好ではない、臨床的（有意な）利益を示す。より好ましい態様において、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「高ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも統計的に有意に良好な臨床的（有意な）利益を示し、一方、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「低ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも統計的に有意に良好ではない、臨床的（有意な）利益を示す。

他の態様において、「所定の閾値」は、例えばＨＲＧレベルが測定可能な又は検出可能な癌に罹患した患者の群における、前／非臨床研究、臨床研究及び／又は商業試料において測定されるＨＲＧのレベルの中央値であり得る。他の好ましい態様において、癌、例えば非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）等に罹患した患者の群が他の医薬を用いて又は用いず、ＨＥＲ３阻害剤又は偽薬が投与されて治療され、当該群が、所定の閾値として患者のＨＲＧレベルの中央値を用いて「高ＨＲＧ」サブ集団及び「低ＨＲＧ」サブ集団に分けられる場合、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「高ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも良好な臨床的（有意な）利益を示し、一方、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「低ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも僅かに良好な、又はより良好ではない、臨床的（有意な）利益を示す。より好ましい態様において、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「高ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも統計的に有意に良好な臨床的（有意な）利益を示し、一方、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「低ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも統計的に有意に良好ではない、臨床的（有意な）利益を示す。幾つかの態様において、前記所定の閾値は、癌に罹患した患者の群のＨＲＧレベルの中央値であり、当該閾値は、（治療から利益を受ける全患者が高ＨＲＧサブ集団に含まれるように）調えられ、又は調整され得る。

他の好ましい態様において、癌に罹患した患者の群が所定の閾値を用いて「高ＨＲＧ」サブ集団及び「低ＨＲＧ」サブ集団に分けられ、「高ＨＲＧ」サブ集団が、他の更なる医薬を用いて又は用いず、ＨＥＲ３阻害剤又は偽薬が投与されて治療される場合、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「高ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも良好な臨床的（有意な）利益を示す。より好ましい態様において、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、「高ＨＲＧ」サブ集団において、対象（例えば偽薬）よりも統計的に有意に良好な臨床的（有意な）利益を示す。

他の好ましい態様において、癌に罹患した「高ＨＲＧ」の患者が所定の閾値を使用して同定され、当該患者が、他の更なる医薬を用いて又は用いず、ＨＥＲ３阻害剤又は偽薬が投与されて治療される場合、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、対象（例えば偽薬）よりも良好な臨床的（有意な）利益を示す。より好ましい態様において、投与されるＨＥＲ３阻害剤の平均の抗癌効率は、対象（例えば偽薬）よりも統計的に有意に良好な臨床的（有意な）利益を示す。

本願において、「更なる医薬」は、ＨＥＲ３阻害剤以外の他の任意の治療分子又は予防分子であって、ＨＥＲ３阻害剤と組み合わせて使用され得るものを意味する。幾つかの態様において、「更なる医薬」は、１つ以上のＨＥＲ阻害剤、化学治療、又は放射線治療である。

幾つかの態様において、「抗癌効率」の指標は、無増悪生存率（ＰＦＳ）又は全生存率（ＯＳ）であり得るが、それらに限定されない。当該指標は、ＨＥＲ３阻害剤の抗癌効率の任意の代理マーカー（ｓｕｒｒｏｇａｔｅ ｍａｒｋｅｒ）であってもよい。

本願において、「高ＨＲＧ」は、所定の閾値以上のレベルのＨＲＧ遺伝子発現を示す数値である。本願において、「高ＨＲＧ」、「高ＨＲＧ（サブ）集団」及び「高ＨＲＧ患者（又は対象）」は、（所定の）閾値以上のレベルのＨＲＧ遺伝子発現、（所定の）閾値以上のレベルのＨＲＧ遺伝子発現を示す（サブ）集団、及び（所定の）閾値以上のレベルのＨＲＧ遺伝子発現を示す患者（又は対象）をそれぞれ意味する。ＨＲＧ分類は、例えばＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現に基づいても良い。

本願において、「低ＨＲＧ」は、所定の閾値以下のレベルのＨＲＧ遺伝子発現を示す数値である。本願において、「低ＨＲＧ」、「低ＨＲＧ（サブ）集団」及び「低ＨＲＧ患者（又は対象）」は、（所定の）閾値以下のレベルのＨＲＧ遺伝子発現、（所定の）閾値以下のレベルのＨＲＧ遺伝子発現を示す（サブ）集団、及び（所定の）閾値以下のレベルのＨＲＧ遺伝子発現を示す患者（又は対象）をそれぞれ意味する。ＨＲＧ分類は、例えばＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現に基づいても良い。

本願において、治療に対する「応答」は、治療される腫瘍に関して、当該腫瘍が、（ａ）増殖の遅延、（ｂ）増殖の停止又は（ｃ）退縮を示すことを意味する。

本願方法は、腫瘍又は癌細胞を担持する、又はそう診断された対象、例えばヒト対象を同定するのに使用され得る。幾つかの態様において、当該対象は、ＨＥＲ３経路によって駆動され得る、又はＨＥＲ３経路に仲介される他の治療に耐性を有し得る、固形又は液性腫瘍を担持する。幾つかの態様において、当該対象は、肺癌、直腸結腸癌、頭部及び頸部癌、乳癌、胃腸癌、膵臓癌、前立腺癌、卵巣癌、内皮癌、唾液腺癌、膵臓癌、結腸癌、胃癌、甲状腺癌、膀胱癌、グリオーマ、メラノーマ、転移性乳癌、上皮癌、食道癌、子宮頸癌、扁平上皮癌、小細胞肺癌又は非小細胞肺癌を担持する。幾つかの態様において、本願方法は、局所進行性又は転移性腫瘍、例えば局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣ（腫瘍）又は局所進行性又は転移性頭部頸部癌を担持する対象を同定するのに使用され得る。幾つかの態様において、本願方法は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣ（腫瘍）を担持し、抗ＨＥＲ３抗体又は低分子量のＨＥＲ３阻害剤を含む治療により利益を受けられる者を同定するのに使用され得る。幾つかの態様において、前記対象は、ステージＩＩＩ、例えばステージＩＩＩｂ、又はステージＩＶの腫瘍を担持している。対象を同定する方法は、例えば、腫瘍又は癌と診断されたヒト対象におけるｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価することを含む。

幾つかの態様において、本願方法は、所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣ（腫瘍）を担持し、抗ＨＥＲ３抗体又は低分子量のＨＥＲ３阻害剤を含む治療（投与）により利益を受けられる者を同定するのに使用され得、但し、ＡＬＫ遺伝子の融合又は再編成を有する対象は、本方法を適用する者から除外される。

幾つかの態様において、本願方法は、腫瘍又は癌細胞を担持すると同定された対象を治療するのに使用され得る。幾つかの態様において、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣ（腫瘍）を担持するヒト対象を同定又は治療する方法は、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象におけるｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価することを含む。幾つかの態様において、前記対象は、上皮細胞成長因子（ＥＧＦＲ）増感変異を有しない。幾つかの態様において、前記対象は、野生型ＥＧＦＲを有する。幾つかの態様において、前記対象は、ＡＬＫ遺伝子の融合又は性変性を有しない。幾つかの態様において、前記疾患又は腫瘍は、つ以上の過去の全身療法、例えば化学治療に対して進行している。幾つかの態様は、ｍＲＮＡでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価されたヒト対象に抗ＨＥＲ３抗体を投与することを含む。幾つかの態様において、治療は、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、ＨＥＲ３以外のＨＥＲファミリー受容体を阻害する１つ以上の薬剤との組み合わせを含む。幾つかの態様において、治療は、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、非ＨＥＲファミリーチロシンキナーゼ受容体を阻害する１つ以上の薬剤との組み合わせを含む。幾つかの態様において、抗ＨＥＲ３抗体は、他の非特異的化学治療と組み合わせて投与される。

幾つかの好ましい態様において、本願方法が適用され得る患者は、高ヘレグリン、野生型ＥＧＦＲの対象で、局所進行性又は転移性非小細胞肺癌を有し、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している者である。幾つかの態様において、当該患者は、ＨＥＲ阻害剤感受性である。好ましい態様において、ＨＥＲ遺伝子発現が評価される腫瘍組織その断片は、全身療法の前に対象又は患者から採取されたものである。

幾つかの好ましい態様において、本願方法が適用される患者は、セツキシマブ、シスプラチン、パニツムマブ、５−フルオルウラシル、放射線治療及び放射線療法（局所進行性のみ）の１つ以上による治療が併用され得る、第一線（ｆｉｒｓｔ−ｌｉｎｅ）の転移性又は局所進行性の頭部頸部癌を有する患者を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用され得る患者は、ドカタキセルによる治療が併用され得る、第二線（ｓｅｃｏｎｄ−ｌｉｎｅ）の転移性又は局所進行性のＮＳＣＬＣ又は他の癌を有する患者を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用され得る患者は、免疫療法が併用され得る、ＮＳＣＬＣ又は他の癌を有する患者を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用され得る患者は、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤による治療が併用され得る、第三線（ｔｈｉｒｄ −ｌｉｎｅ）のＨＥＲ２陽性の（転移性）乳癌を有する患者を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用され得る患者は、ホルモン療法又はＰＩ３Ｋ経路阻害剤による治療が併用され得る、第三線（ｔｈｉｒｄ −ｌｉｎｅ）のＨＥＲ２陰性の（転移性）乳癌を有する患者を含む。

本願発明において、ＰＩ３Ｋ経路阻害剤は、ＰＩ３Ｋ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤及びＡＫＴ阻害剤を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用される患者は、エルロチニブ、ゲフィチニブ及びアフィチニブの１つ以上による治療が併用され得る、第一線（ｆｉｒｓｔ−ｌｉｎｅ）の転移性ＥＧＦＲ増感変異陽性ＮＳＣＬＣを有する対象を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用される患者は、プラチナベースの化学治療が併用され得る、第一線（ｆｉｒｓｔ−ｌｉｎｅ）の転移性Ｅ ＮＳＣＬＣ又は他の癌を有する対象を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用される患者は、セツキシマブ、パニツムマブ及び化学治療の１つ以上の治療が併用され得る、ＲＡＳ野生型直腸結腸癌を有する対象を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用される患者は、トラスズマブ、パクリタキセル、ドカタキセル、Ｔ−ＤＭ１及びペルツズマブの１つ以上の治療が併用され得る、ＨＥＲ２陽性第一線転移性乳癌又は他の癌を有する対象を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用される患者は、ラパチニブ、カペシタビン、トラスズマブ及びパクリタキセルの１つ以上の治療が併用され得る、ＨＥＲ２陽性第二線以降（ｓｅｃｏｎｄ ｏｒ ｌａｔｅｒ ｌｉｎｅ）転移性乳癌又は他の癌を有する対象を含む。

幾つかの態様において、本願方法が適用される患者は、より早期の線の治療に失敗していない。幾つかの態様において、本願方法が適用される患者は、より早期の線の治療に失敗しておらず、当該患者は、「高ＨＲＧ」と分類されている。

幾つかの態様において、本願方法は、高ＨＲＧ、野生型ＥＧＦＲで、局所進行性又は転移性ＮＥＳＬＣを担持し、ＨＥＲ阻害剤と組み合わせたパトリツマブの治療で利益を得られる対象を同定及び／又は治療するのに使用される。

幾つかの態様において、本願方法は、高ＨＲＧ、野生型ＥＧＦＲで、局所進行性又は転移性ＮＥＳＬＣを担持し、化学療法と組み合わせたパトリツマブの治療で利益を得られる対象を同定及び／又は治療するのに使用される。

幾つかの態様において、本願方法は、高ＨＲＧ、ＥＧＦＲ変異を有する対象、例えば局所進行性又は転移性ＮＥＳＬＣを担持し、ＨＥＲ阻害剤と組み合わせたパトリツマブの治療で利益を得られる対象を同定及び／又は治療するのに使用される。

幾つかの態様において、本願方法は、高ＨＲＧ、ＥＧＦＲ変異を有し、局所進行性又は転移性ＮＥＳＬＣを担持し、化学療法と組み合わせたパトリツマブの治療で利益を得られる対象を同定及び／又は治療するのに使用される。

幾つかの態様において、本願方法は、癌に罹患した「高ＨＲＧ」患者であって、免疫療法と組み合わせたパトリツマブの治療で利益を得られる者を同定及び／又は治療するのに使用される。そのような癌は、ＮＳＣＬＣを含む。

幾つかの態様において、本願方法は、癌に罹患した「高ＨＲＧ」患者であって、ホルモン療法又はＰＩ３Ｋ（ホスホイノシチド３−キナーゼ）経路阻害剤と組み合わせたパトリツマブの治療で利益を得られる者を同定及び／又は治療するのに使用される。そのような癌は、乳癌、好ましくはＨＥＲ２陰性乳癌を含む。そのようなＰＩ３Ｋ経路阻害剤は、ＰＩ３Ｋ阻害剤、ＡＫＴ阻害剤及びｍＴＯＲ（哺乳類のラパマイシン標的）阻害剤を含む。

幾つかの態様において、本願方法は、癌に罹患した「高ＨＲＧ」患者であって、ＰＩ３Ｋ阻害剤と組み合わせたパトリツマブの治療で利益を得られる者を同定及び／又は治療するのに使用される。そのような癌は、乳癌、好ましくはＨＥＲ２陰性乳癌を含む。

幾つかの態様において、本願方法は、癌に罹患した「高ＨＲＧ」患者であって、ＡＬＫ阻害剤と組み合わせたパトリツマブの治療で利益を得られる者を同定及び／又は治療するのに使用される。そのような癌は、ＮＳＣＬＣを含む。そのようなＡＬＫ（未分化リンパ腫キナーゼ）阻害剤は、クリゾチニブ（Ｘａｌｋｏｒｉ）を含む。

幾つかの態様において、本願方法は、急性呼吸困難症候群、肺線維症、統合失調症、心疾患、アテローム性動脈硬化及びデュシェーヌ筋ジストロフィーを同定及び／又は治療するのに使用される。

ＨＥＲ３抗体
治療に適した抗体は特に限定されず、ＨＥＲ３に結合できる任意のタンパク質又はリガンドであり得る。幾つかの態様において、当該抗体は、ＨＥＲ３に結合し得る結合タンパク質又はその断片であり得る。幾つかの好ましい態様において、前記抗体は、ＨＥＲ３の少なくとも一部の生物活性を、阻害する、中和する、妨げる、又は除去することが出来る。

ＨＥＲ３抗体は、例えば、パトリツマブ、ドゥリゴツマブ（ＭＥＨＤ−７９４５Ａ）、セリバンツマブ（ＭＭ−１２１）， ＭＭ−１１１ ， ＬＪＭ７１６， ＲＧ−７１１６（糖改変された抗ＨＥＲ３モノクローナル抗体）、三重特異性抗ＥＧＦＲ／ＥＲＢＢ３ ｚｙｂｏｄｙ， ｈｕＨＥＲ３−８、又はＨＥＲ３に結合できるこれらのいずれかの誘導体又は断片の１つ以上であり得る。

抗体断片は、例えばＦａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆｖ断片、ジアボディー（Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ． （１９９３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ． ９０：６４４４− ６４４８）、単鎖抗体分子（Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ ｉｎ： Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ １１３， Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ， ｅｄｓ．， Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ， Ｎ．Ｙ． （１９９４）， ２６９−３１５）、ｓｃＦｖ断片、及びＨＥＲ３を阻害し得る他の断片を含む。

抗体の誘導体又は抗体断片は、例えば、二特異性抗体、多特異性抗体、ｂｉｓｃＦｖ断片、ジアボディー、ナノボディー、抗体薬物コンジュゲート、免疫毒素及び／又は免疫サイトカインを含み得るが、それらに限定されない。

更なる適切な抗体の例は、例えば、Ｕ．Ｓ． Ｐａｔｅｎｔ Ｎｏ． ７，７０５，１３０に見いだされ、当該文献は、その全体が参照により援用される。

本発明において、ＨＥＲ３に結合できる単離された結合タンパク質は、ＨＥＲ３の細胞外部分の１つ以上のエピトープと相互作用する。当該エピトープは、好ましくは、アミノ末端のＬ１ドメイン、２つのシステインリッチドメインのＳ１及びＳ２、又は２つのシステインリッチドメインに挟まれたＬ２ドメイン中に位置する。当該エピトープは、限定されないが、Ｌ１及びＳ１の部分に含まれるエピトープ等の、ドメインの組み合わせの中に位置してもよい。

生体試料
対象、例えば局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断された対象から採取した生体試料がＲＮＡの供給源として使用され、当該試料中のＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現のレベルが決定され得る。当該生体試料は、例えば、血液、例えば全血又は血液由来物、例えばエキソソーム、組織、細胞及び又は循環系組織細胞を含み得る。幾つかの態様において、当該生体試料は、腫瘍から取り出されても良い。

生体試料は、静脈穿刺等の公知の手段により、又は公知の腫瘍生検装置や手順を用いて、取得されてもよい。内視鏡生検、切除生検、切開生検、微細針生検、パンチ生検、切削生検及び皮膚生検が、腫瘍試料を取得するために当業者が使用し得る認識される医学的手順の例である。生体試料は、ＨＲＧ遺伝子発現を測定するための十分なＲＮＡ、又は薄片を提供するのに十分に大きいべきである。

幾つかの態様において、本願方法は、自家組織試料を提供する、又は自家組織試料を採取することに同意して、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象ヒト対象におけるｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程を含む。

前記生体試料は、ＨＲＧ発現又は量の測定を可能とする任意の形態であってもよい。即ち、当該試料は、ＲＮＡ抽出又は薄層調製に充分でなければならない。従って、当該試料は、新鮮で、適切な低温技術を用いて保存され、又は非低温技術を用いて保存され得る。例えば、臨床生検試料を操作する標準的なプロセスは、組織試料をホルマリン中で固定し、それをパラフィン中に包埋する。この形態の試料は、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織として通常知られている。その後の解析のための組織調製の適切な技術は、当業者に周知である。

ＨＲＧ遺伝子発現
本願において、生体試料中のＨＲＧ遺伝子発現レベルの決定又は測定は、適切な方法を用いて実施される。幾つかのそのような方法は、当該技術分野で周知である。例えば、ＨＲＧ遺伝子発現の決定は、試料中のＨＲＧのＲＮＡ、例えばｍＲＮＡのレベル又は量を測定することによってなされる。

ＨＲＧ遺伝子発現は、任意の公知の方法によって検出され得る。例えば、ＨＲＧアイソフォームのＥＧＦ様ドメイン及び／又はニューレグリンドメインをカバーするようにプライマーが設計され得る。これらのプライマーは、例えば、ＨＲＧ−α， ＨＲＧ− β１， ＨＲＧ−β１ｂ， ＨＲＧ−β１ｃ， ＨＲＧ− β１ｄ， ＨＲＧ−β２， ＨＲＧ−β２ｂ， ｎｄｆ４３， ｎｄｆ４３ｂ及び／又はｎｄｆ４３ｃ等のｍＲＮＡ上に通常見られる配列に基づき得る。

例えば、遺伝子発現は、ＴａｑＭａｎプローブ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ； ｃｏｄｅ Ｈｓ０１１０１５３７＿ｍｌ）を使用して、ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１３９６４．３の全７２ヌクレオチドからなるヌクレオチド配列を増幅及び検出することにより測定され得る。増幅されたヌクレオチド配列の中央には、ＮＭ ０１３９６４．３の１３１８ヌクレオチドが位置する。増幅した配列は、ＨＲＧ−α， ＨＲＧ− β１， ＨＲＧ−β１ｂ， ＨＲＧ−β１ｃ， ＨＲＧ− β１ｄ， ＨＲＧ−β２， ＨＲＧ−β２ｂ， ｎｄｆ４３， ｎｄｆ４３ｂ及び／又はｎｄｆ４３ｃ上に通常見られるものの１つであり得る。

ヌクレオチド配列は、ＨＲＧバリアントのｍＲＮＡ上に通常見られるＮＭ＿０１３９６４．３のヌクレオチド番号１２２１〜１７８０からなり得る。

ＰＣＲ又はマイクロアレイのプライマー及び／又はプローブは、ｍＲＮＡの３’末端上に設計される。理論に拘束されないが、ＲＮＡ単離又はｃＤＮＡ合成の実験プロセスの過程で高い保存性（安定性）をもたらすと考えられるからである。幾つかの態様において、前記プローブは、特定の形態の転写バリアントを検出するように、所望の配列に基づいて設計され得る。

適切な検出方法の非限定的な例を以下に示す。

ＲＮＡ解析
公知のマイクロアレイ解析や、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現のレベルを決定する方法の例である。幾つかの態様において、ＲＮＡは、細胞、腫瘍又は組織から、標準的なプロトコールを使用して抽出される。他の態様において、ＲＮＡ解析は、ＲＮＡ単離を要しない技術を使用して実施される。

組織サンプルから真核生物ｍＲＮＡ（すなわち、ポリ（ａ）ＲＮＡ）を迅速かつ効率的に抽出するための方法は、十分に確立されており、当業者に公知である。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら，１９９７，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓを参照のこと。上記組織サンプルは、新鮮、凍結、もしくは固定されパラフィン包埋された（ＦＦＰＥ）、臨床研究腫瘍標本であり得る。一般に、新鮮な組織サンプルもしくは凍結組織サンプルから単離されたＲＮＡは、ＦＦＰＥサンプル由来のＲＮＡよりフラグメント化が少ない傾向にある。しかし、腫瘍材料のＦＦＰＥサンプルは、より容易に入手可能であり、ＦＦＰＥサンプルは、本発明の方法における使用のためのＲＮＡの適切な供給源である。ＲＴ−ＰＣＲによる遺伝子発現プロファイリングのためのＲＮＡ供給源としてのＦＦＰＥサンプルの考察については、例えば、Ｃｌａｒｋ−Ｌａｎｇｏｎｅら，２００７，ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ８：２７９を参照のこと。また、Ｄｅ Ａｎｄｒｅｕｓら，１９９５，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １８：４２０４４；およびＢａｋｅｒら，米国特許出願公開第２００５／００９５６３４号を参照のこと。

ＲＮＡ抽出および調製についての業者の説明書付きの市販キットの使用は、広がっており、一般的である。種々のＲＮＡ単離製品および完全なキットの商業的業者としては、Ｑｉａｇｅｎ（Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）、Ａｍｂｉｏｎ（Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）およびＥｘｉｑｏｎ（Ｗｏｂｕｒｎ，ＭＡ）が挙げられる。

一般に、ＲＮＡ単離は、組織／細胞破壊で始まる。組織／細胞破壊の間に、ＲＮａｓｅによるＲＮＡ分解を最小限にすることが望ましい。ＲＮＡ単離プロセスの間にＲＮａｓｅ活性を制限する１つのアプローチは、上記細胞が破壊されたら直ぐに、変性剤を、細胞内容物と接触した状態におくことを確実にすることである。別の一般的な慣行は、ＲＮＡ単離プロセスにおいて１種以上のプロテアーゼを含めることである。必要に応じて、新鮮な組織サンプルは、集められたら直ぐに、室温でＲＮＡ安定化溶液中に浸漬される。上記安定化溶液は、上記細胞に迅速に浸透し、４℃での貯蔵、その後の単離のために、上記ＲＮＡを安定化する。１つのこのような安定化溶液は、ＲＮＡｌａｔｅｒ（登録商標）（Ａｍｂｉｏｎ，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）として市販されている。

いくつかのプロトコルにおいて、全ＲＮＡは、塩化セシウム密度勾配遠心分離によって、破壊された腫瘍材料から単離される。一般に、ｍＲＮＡは、全細胞ＲＮＡのうちの約１％〜５％を構成する。固定化オリゴ（ｄＴ）（例えば、オリゴ（ｄＴ）セルロース）は、ｍＲＮＡを、リボソームＲＮＡおよびトランスファーＲＮＡから分離するために一般に使用される。単離後に貯蔵される場合、ＲＮＡは、ＲＮａｓｅを含まない条件下で貯蔵されなければならない。単離されたＲＮＡの安定な貯蔵のための方法は、当該分野で公知である。ＲＮＡを安定に貯蔵するための種々の市販の製品が、利用可能である。

マイクロアレイ
ＨＲＧについてのｍＲＮＡ発現レベルは、従来のＤＮＡマイクロアレイ発現プロファイリング技術を使用して決定（例えば、測定）され得る。ＤＮＡマイクロアレイは、固体表面もしくは支持層（例えば、ガラス、プラスチックもしくはシリコン）に固定化した特定のＤＮＡセグメントもしくはプローブの集まりであり、各特定のＤＮＡセグメントは、アレイにおいて既知の位置を占有する。通常は、ストリンジェントな条件下での標識されたＲＮＡのサンプルとのハイブリダイゼーションは、上記アレイにおける各プローブに対応するＲＮＡ分子の検出および定量を可能にする。非特異的に結合したサンプル材料を除去するためのストリンジェントな洗浄後、上記マイクロアレイは、共焦点レーザー顕微鏡もしくは他の適切な検出法によって、スキャンされる。現代の市販のＤＮＡマイクロアレイ（しばしば、ＤＮＡチップとして公知）は、代表的には、数万のプローブを含み、従って、数万の遺伝子の発現を同時に測定し得る。このようなマイクロアレイは、本発明の実施において使用され得る。あるいは、ＨＲＧを測定するために必要とされる程度の数のプローブと、必要なコントロールもしくは標準（例えば、データ正規化のため）とを含む特注チップが、本願方法の実施において使用され得る。

データ正規化を促進するために、２色のマイクロアレイリーダーが使用され得る。２色（２チャネル）システムにおいて、サンプルは、第１の波長で発光する第１のフルオロフォアで標識される一方で、ＲＮＡもしくはｃＤＮＡ標準は、異なる波長で発光する第２のフルオロフォアで標識される。例えば、Ｃｙ３（５７０ｎｍ）およびＣｙ５（６７０ｎｍ）は、しばしば、２色のマイクロアレイシステムにおいて一緒に使用される。

ＤＮＡマイクロアレイ技術は、十分に発展されており、市販され、広く使用されている。従って、本願方法を実施するにおいて、当業者は、過度の実験なくして、生体マーカータンパク質をコードする遺伝子の発現レベルを測定するために、マイクロアレイ技術を使用し得る。ＤＮＡマイクロアレイチップ、試薬（例えば、ＲＮＡもしくはｃＤＮＡの調製、ＲＮＡもしくはｃＤＮＡの標識に必要なもの、ハイブリダイゼーション溶液および洗浄溶液）、機器（例えば、マイクロアレイリーダー）およびプロトコルは、当該分野で周知であり、種々の商業的供給元から市販される。マイクロアレイシステムの商業的業者としては、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）およびＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）が挙げられるが、他のアレイシステムも使用され得る。

定量的ＰＣＲ
ＨＲＧをコードするｍＲＮＡのレベルは、従来の定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）技術を使用して測定され得る。ｑＲＴ−ＰＣＲの利点としては、感度、柔軟性、定量的正確性、および密に関連したｍＲＮＡ間を識別する能力が挙げられる。定量的ＰＣＲのために組織サンプルを加工処理することに関するガイダンスは、種々の供給元（例えば、ｑＲＴ−ＰＣＲについての装置及び試薬の製造業者および業者）（例えば、Ｑｉａｇｅｎ（Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）およびＡｍｂｉｏｎ（Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ））から入手可能である。ｑＲＴ−ＰＣＲの自動運転のための機器及びシステムは、市販されており、多くの研究室において慣用的に使用されている。周知の商業的システムの例は、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７９００ＨＴ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）である。

いったん単離されたｍＲＮＡを手にしたら、ＲＴ−ＰＣＲによる遺伝子発現測定の第１の工程は、上記ｍＲＮＡテンプレートをｃＤＮＡへと逆転写することである。次いで、ｃＤＮＡは、ＰＣＲ反応において指数関数的に増幅させられる。２つの一般的に使用される逆転写酵素は、トリ骨髄芽球症ウイルス（ａｖｉｌｏ ｍｙｅｌｏｂｌａｓｔｏｓｉｓ ｖｉｒｕｓ）逆転写酵素（ＡＭＶ−ＲＴ）およびモロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ−ＲＴ）である。上記逆転写反応は、代表的には、特定のプライマー、ランダムヘキサマー、もしくはオリゴ（ｄＴ）プライマーで開始される（ｐｒｉｍｅｄ）。適切なプライマーは、市販されている（例えば、ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標） ＲＮＡ ＰＣＲキット（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ））。得られたｃＤＮＡ生成物は、その後のポリメラーゼ連鎖反応においてテンプレートとして使用され得る。

上記ＰＣＲ工程は、熱安定性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを使用して行われる。ＰＣＲシステムにおいて最も一般的に使用されるポリメラーゼは、Ｔｈｅｒｍｕｓ ａｑｕａｔｉｃｕｓ（Ｔａｑ）ポリメラーゼである。ＰＣＲの選択性は、増幅について標的とされたＤＮＡ領域（すなわち、所望のタンパク質をコードする遺伝子から逆転写されたｃＤＮＡの領域）に相補的であるプライマーの使用から生じる。従って、本発明においてｑＲＴ−ＰＣＲが使用される場合、各マーカー遺伝子に特異的なプライマーは、上記遺伝子のｃＤＮＡ配列に基づく。商業的技術（例えば、ＳＹＢＲ（登録商標）ｇｒｅｅｎもしくはＴａｑＭａｎ（登録商標）（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ））は、業者の説明書に従って使用され得る。メッセンジャーＲＮＡレベルは、ハウスキーピング遺伝子（例えば、β−アクチンもしくはＧＡＰＤＨ）のレベルを比較することによって、サンプル間でのローディングの差異について正規化され得る。ｍＲＮＡ発現のレベルは、任意の単一のコントロールサンプル（例えば、通常の非腫瘍組織もしくは細胞に由来するｍＲＮＡ）と比較して表され得る。あるいは、腫瘍サンプルのプール、もしくは腫瘍細胞株に由来するか、または市販のコントロールｍＲＮＡのセットに由来するｍＲＮＡに対して、表され得る。

上記ＰＧＳにおける遺伝子の発現レベルのＰＣＲ分析に適切なプライマーセットは、過度の実験なくして、当業者によって設計および合成され得る。

あるいは、本発明を実施するためのＰＣＲプライマーセットは、商業的供給元（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）から購入され得る。ＰＣＲプライマーは、好ましくは、長さが約１７〜２５ヌクレオチドである。プライマーは、融解温度（Ｔｍ）概算のための従来のアルゴリズムを使用して、特定のＴｍを有するように設計され得る。プライマー設計およびＴｍ概算のためのソフトウェアは、市販されており（例えば、Ｐｒｉｍｅｒ ＥｘｐｒｅｓｓＴＭ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ））、インターネット上でも利用可能である（例えば、Ｐｒｉｍｅｒ３（Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ））。ＰＣＲプライマー設計の確立された原理を適用することによって、多数の異なるプライマーが、任意の所定の遺伝子の発現レベルを測定するために使用され得る。

ｑＮＰＡ（商標）
幾つかの態様において、ＲＮＡ解析は、ＲＮＡ抽出又は単離を含まない技術を使用して実施される。そのような技術の一つは、ｑＮＰＡ（商標）の名称で市販されている（Ｈｉｇｈ Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， Ｉｎｃ．， Ｔｕｃｓｏｎ， ＡＺ）、定量ヌクレアーゼ保護アッセイである。この技術は、解析する組織試料がＦＦＰＥ材料の形態である場合に有利であり得る。例えばＳｅｅ， ｅ．ｇ．， Ｒｏｂｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ， ２００７， Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ ８７：９７９−９９７を参照されたい。

幾つかの態様において、ＲＮＡ解析は、ナノストリング技術を使用して実施される。ナノストリング法は、個々の標識分子に結合できる、標識されたレポーター分子、標識「ナノレポーター」を使用する。ナノレポーターの標識コードを通じて、標識分子へのナノレポーターの結合は、標識分子の同定をもたらす。ナノストリング法は、Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｎｏ． ７，４７３，７６７に記載されている。

ＨＲＧ遺伝子発現の評価
ＨＲＧ遺伝子発現は、ヒト患者から取得した、取り出した、又は受け取った生体試料等のヒト患者由来の生体試料において評価され得る。そのような態様は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を注文する、又は受け取る工程を含む。幾つかの態様は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の数値を決定する工程、及び任意で決定された数値を記録する工程を含む。

ＨＲＧ遺伝子発現レベルは、所定の閾値に関連して解釈され得る。閾値スコアと等しい又はより高いＨＲＧ遺伝子発現レベルは、対象が、抗ＨＥＲ３抗体等のＨＥＲ３阻害剤による治療に応答し得る可能性が予想できると解釈される。幾つかの態様において、ＨＥＲ遺伝子発現レベルが閾値スコアを下回る場合、腫瘍がＨＥＲ３阻害剤による治療に耐性（非応答性）であると予想できると解釈される。

幾つかの態様において、生体試料中のＨＲＧ遺伝子発現のレベルを表す数値に基づいて、ＨＲＧ遺伝子発現は、「高ＨＲＧ」又は「低ＨＲＧ」と評価され得る。対象は、例えば、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ発現に基づいて、高ＨＲＧ又は低ＨＲＧと評価され得る。

前記発現レベルは、上記のような任意の公知の方法により評価され得る。例えば、ＨＲＧ評価は、ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイからのＣｔ値に基づいて評価され得る。幾つかの態様において、ＨＲＧ評価は、データの正規化のための対象又は標準と見做される、又は他に情報的であり得る、追加の遺伝子の発現に基づいて評価され得る。

幾つかの態様において、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ発現は、規制当局に認可された試験を使用して評価される。幾つかの態様において、前記規制当局に認可された試験が、ＦＤＡ、ＥＭＡ又はＰＭＤＡに認可された試験である。

Ｃｔ値とＨＲＧ発現は、逆相関している。従って、Ｃｔ値が低い場合、ＨＲＧ遺伝子発現が高い。幾つかの態様において、デルタＣｔ（ｄＣｔ）値が所定の閾値を下回る場合、高ＨＲＧと評価される。所定の閾値は、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択され得て、例えば、２０， ２０， １９， １８， １７， １６， １５， １４， １３， １２， １１， １０．０， ９．９， ９．８， ９．７， ９．６， ９．５， ９．４， ９．３， ９．２， ９．１， ９．０， ８．９， ８．８， ８．７， ８．６， ８．５， ８．４， ８．３， ８．２， ８．１， ８．０， ７．９， ７．８， ７．７， ７．６， ７．５， ７．４， ７．３， ７．２， ７．１， ７．０， ６．９， ６．８， ６．７， ６．６， ６．５， ６．４， ６．３， ６．２， ６．１， ６．０， ５．９， ５．８， ５．７， ５．６， ５．５， ５．４， ５．３， ５．２， ５．１， ５．０， ４．９， ４．８， ４．７， ４．６， ４．５， ４．４， ４．３， ４．２， ４．１， ４．０， ３．９， ３．８， ３．７， ３．６， ３．５， ３．４， ３．３， ３．２， ３．１， ３．０， ２．９， ２．８， ２．７， ２．６， ２．５， ２．４， ２．３， ２．２， ２．１， ２．０， １．９， １．８， １．７， １．６， １．５， １．４， １．３， １．２， １．１， １．０． ０．９， ０．８， ０．７， ０．６， ０．５， ０．４， ０．３， ０．２， ０，１， ０， −０．１， −０．２， −０．３， −０．４， −０．５， −０．６， −０．７， −０．８， −０．９， −１．０， −１．１， −１．２， −１．３， −１．４， −１．５， −１．６， −１．７， −１．８， −１．９， −２．０， −２．１， −２．２， −２．３， − ２．４， −２．５， −２．６， −２．７， −２．８， −２．９， −３．０， −３．１， −３．２， −３．３， −３．４， −３．５， −３．６， −３．７， −３．８， −３．９， −４．０， −４．１， −４．２， −４．３， −４．４， −４．５， −４．６， −４．７， −４．８， −４．９， −５．０，−５．１， −５．２， −５．３， −５．４， −５．５， −５．６， −５．７， −５．８， −５．９， −６．０， −６．１， −６．２， −６．３， −６．４， −６．５， −６．６， −６．７， −６．８， −６．９， −７．０， −７．１， −７．２， −７．３， −７．４， −７．５， −７．６， −７．７， −７．８， −７．９， − ８．０，−８．１， −８．２， −８．３， −８．４， −８．５， −８．６， −８．７， −８．８， −８．９， −９．０， −９．１， −９．２， −９．３， −９．４， −９．５， −９．６， −９．７， −９．８， −９．９， −１０．０， −１１， −１２． −１３， −１４， −１５， −１６， −１７， −１８， −１９， −２０， −２１， −２２， −２３， −２４， −２５， −２６， −２７， −２８， −２９， −３０， −３５， −４０， −４５， −５０， −６０， −７０， −８０， −９０， −１００を上回り、又は下回る。幾つかの態様において、ｄＣｔ値が約５．０， ４．９， ４．８， ４．７， ４．６， ４．５， ４．４， ４．３， ４．２， ４．１， ４．０， ３．９， ３．８， ３．７， ３．６， ３．５， ３．４， ３．３， ３．２， ３．１， ３．０， ２．９， ２．８， ２．７， ２．６， ２．５， ２．４， ２．３， ２．２， ２．１， ２．０， １．９， １．８， １．７， １．６， １．５， １．４， １．３， １．２， １．１， １．０． ０．９， ０．８， ０．７， ０．６， ０．５， ０．４， ０．３， ０．２， ０，１， ０， − ０．１， −０．２， −０．３， −０．４， −０．５， −０．６， −０．７， −０．８， −０．９， −１．０， −１．１， −１．２， −１．３， −１．４， −１．５， −１．６， −１．７， −１．８， −１．９， −２．０， −２．１， −２．２， −２．３， −２．４， −２．５， −２．６， −２．７， −２．８， −２．９， −３．０， −３．１， −３．２， −３．３， −３．４， −３．５， −３．６， −３．７， −３．８， −３．９， −４．０， −４．１， −４．２， −４．３， −４．４， −４．５， −４．６， −４．７， −４．８， −４．９， −５．０，−５．１， −５．２， −５．３， −５．４， −５．５， −５．６， −５．７， −５．８， −５．９， −６．０， −６．１， −６．２， −６．３， −６．４， −６．５， −６．６， −６．７， −６．８， −６．９， −７．０， −７．１， −７．２又は −７．３を下回る場合、ＨＲＧ発現は、「高ＨＲＧ」と評価され得る。幾つかの態様において、ｄＣｔ値が約５．０， ４．９， ４．８， ４．７， ４．６， ４．５， ４．４， ４．３， ４．２， ４．１， ４．０， ３．９， ３．８， ３．７， ３．６， ３．５， ３．４， ３．３， ３．２， ３．１， ３．０， ２．９， ２．８， ２．７， ２．６， ２．５， ２．４， ２．３， ２．２， ２．１， ２．０， １．９， １．８， １．７， １．６， １．５， １．４， １．３， １．２， １．１， １．０． ０．９， ０．８， ０．７， ０．６， ０．５， ０．４， ０．３， ０．２， ０，１， ０， −０．１， −０．２， −０．３， −０．４， −０．５， −０．６， −０．７， −０．８， −０．９， −１．０， −１．１， −１．２， −１．３， −１．４， −１．５， −１．６， −１．７， −１．８， −１．９， −２．０， −２．１， −２．２， −２．３， −２．４， −２．５， −２．６， −２．７， −２．８， −２．９， −３．０， −３．１， −３．２， −３．３， −３．４， −３．５， −３．６， −３．７， −３．８， −３．９， −４．０， −４．１， −４．２， −４．３， −４．４， −４．５， −４．６， −４．７， −４．８， −４．９， −５．０，−５．１， −５．２， −５．３， −５．４， −５．５， −５．６， −５．７， −５．８， −５．９， −６．０， −６．１， −６．２， −６．３， −６．４， −６．５， −６．６， −６．７， −６．８， −６．９， −７．０， −７．１， −７．２又は−７．３と同等以上である場合、ＨＲＧ発現は、「低ＨＲＧ」と評価され得る。幾つかの態様において、所定の閾値は、約−２０〜約２０、約−１０〜約１０、約−７．３〜約７．３、約−７．３ ｔｏ ５．０、約２．０〜約５．０、約２．７〜約４．１、約３．０〜約４．１、約３．０〜約４．０、約３．０〜約３．９、約３．４〜約４．１、約３．５〜約４．０、約３．５〜約３．９、約３．６〜約３．９、約３．５〜約４．２、約３．５〜約４．５、約３．６〜約４．４、又は約３．５〜約５．０である。幾つかの態様において、所定の閾値は、連続体（ｃｏｎｔｉｎｕｕｍ）であってもよい。

幾つかの態様において、所定の閾値は、患者集団の５０％が「高ＨＲＧ」であるように、３．９で設定される。所定の閾値は、患者集団の４８％が「高ＨＲＧ」であるように、３．７で設定される。所定の閾値は、患者集団の４５％が「高ＨＲＧ」であるように、３．５で設定される。所定の閾値は、患者集団の４０％が「高ＨＲＧ」であるように、３．４で設定される。所定の閾値は、患者集団の３３％が「高ＨＲＧ」であるように、３．０で設定される。所定の閾値は、患者集団の２５％が「高ＨＲＧ」であるように、２．７で設定される。

幾つかの態様において、より高いＨＲＧ遺伝子発現は、より良好な危険率及びｐ−値に相関する。

治療
幾つかの態様において、前記対象は、癌又は他の疾患に罹患しており、ＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価され、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与して治療され得る。幾つかの態様において、前記対象は、癌又は他の疾患に罹患しており、ＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価され、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を控えることにより治療され得る。

幾つかの態様において、前記対象は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された場合、抗ＨＥＲ抗体の投与が行われることにより、又はｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された場合、抗ＨＥＲ抗体の投与が控えられることにより、治療され得る。

幾つかの態様において、前記対象は、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された場合、抗ＨＥＲ抗体による治療を差し控える選択をすることにより、又はｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された場合、抗ＨＥＲ抗体の投与を選択することにより、治療され得る。

抗ＨＥＲ３抗体は、ＨＥＲ３に結合するタンパク質又はリガンド、例えば上記で議論したものであってもよい。幾つかの態様において、前記抗ＨＥＲ３抗体が、パトリツマブ、ドゥリゴツマブ（ＭＥＨＤ−７９４５Ａ）、セリバンツマブ（ＭＭ−１２１）， ＭＭ−１１１ ， ＬＪＭ７１６， ＲＧ−７１１６、三重特異性抗ＥＧＦＲ／ＥＲＢＢ３ ｚｙｂｏｄｙ， ｈｕＨＥＲ３−８の一つ以上である。

抗ＨＥＲ３抗体は、任意の適切な用量で投与され得る。例えば、当該抗体は、約９ｍｇ／ｋｇ以上、約１２ｍｇ／ｋｇ以上、約１５ｍｇ／ｋｇ以上、約１８ｍｇ／ｋｇ以上で投与され得る。幾つかの態様において、当該抗体は、約９ｍｇ／ｋｇ以下、約１２ｍｇ／ｋｇ以下、約１５ｍｇ／ｋｇ以下、約１８ｍｇ／ｋｇ以下で投与され得る。

抗ＨＥＲ３抗体は、任意の適切な方法によって投与され得る。例えば、幾つかの態様において、前記抗体は静脈内投与される。しかしながら、投与経路は静脈内に限らず、他の適切な経路であってもよい。

幾つかの態様において、抗ＨＥＲ３抗体は、毎週１回以上、又はより高頻度で、又は２週間ごと、又は３週間ごと、又はより低頻度で投与される。

幾つかの態様において、前記治療は、チロシンキナーゼ阻害剤又はＨＥＲ阻害剤、例えば上皮成長因子受容体阻害剤と組み合わせての、抗ＨＥＲ３抗体の投与であってもよい。当該治療は、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブの１つ以上と組み合わせての、抗ＨＥＲ３抗体の投与であってもよい。

幾つかの態様において、前記治療は、化学治療剤と組み合わせての、抗ＨＥＲ３抗体の投与であってもよい。当該治療は、シスプラチン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、カペシタビン、及び他の化学治療剤の１つ以上と組み合わせての、抗ＨＥＲ３抗体の投与であってもよい。

幾つかの態様において、前記治療は、チロシンキナーゼ阻害剤又はＨＥＲ阻害剤と化学治療の両方と組み合わせての、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む。当該治療は、例えば、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブの１つ以上、並びにの１つ以上、シスプラチン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、カペシタビン、及び他の化学治療と組み合わせての、抗ＨＥＲ３抗体の投与であってもよい。

幾つかの態様において、前記治療は、放射線治療と組み合わせての、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む。幾つかの態様において、前記治療は、放射線治療、並びにチロシンキナーゼ阻害剤、ＨＥＲ阻害剤及び化学治療の１つ以上と組み合わせての、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む。

幾つかの態様において、抗ＨＥＲ３抗体は、放射線治療及び放射線療法セツキシマブ、シスプラチン、及び／又は５−フルオルウラシル等の、第一線（ｆｉｒｓｔ−ｌｉｎｅ）の転移性又は局所進行性の頭部頸部癌の治療と組み合わせて投与される。

幾つかの態様において、抗ＨＥＲ３抗体は、エルロチニブ又はプラチナベースの化学療法等の、第一線のＮＳＣＬＣの治療と組み合わせて投与される。

幾つかの態様において、抗ＨＥＲ３抗体は、ドセタキセル等の、第二線のＮＳＣＬＣの治療と組み合わせて投与される。

幾つかの態様において、抗ＨＥＲ３抗体は、セツキシマブ、パニツムマブ及び／又は化学治療等の、ＲＡＳ野生型癌、直腸結腸癌、及び他の癌の治療と組み合わせて投与される。

幾つかの態様において、抗ＨＥＲ３抗体は、放射線、セツキシマブ、シスプラチン、５−フルオルウラシル、及び／又は他のＨＥＲ阻害剤又は化学治療と組み合わせて投与される。

幾つかの態様において、抗ＨＥＲ３抗体は、トラスズマブ、パクリタキセル、ラパマイシン、カペシタビン及び／又は他のＨＥＲ阻害剤又は化学治療の１つ以上と組み合わせて投与される。

試験キット
本発明は、本発明の方法を実施するための幾つかの構成を備える診断試験キットにも関する。診断試験キットは、診断アッセイの実施における、利便性、迅速性、及び再現性を向上させる。例えば、ｑＲＴ−ＰＣＲベースの態様において、基本的な診断試験キットは、ＨＲＧの発現を解析するＰＣＲプライマーを含む。他の態様において、より詳細な試験キットは、ＰＣＲプライマーに加え、ＰＣＲ技術を用いてＨＲＧ発現レベルを測定するための、緩衝剤、試薬、及び詳細な説明書を備える。幾つかの態様において、当該キットは、試験プロトコール、及びＲＮＡ試料以外の、試験に必要な全ての消費成分を備えている。

マイクロアレイベースの態様において、試験キットは、特定の装置に用いられるように設計された微小流体カード（アレイ）を備える。任意で、微小流体カードは、ＨＲＧの測定のために特別に設計されたカスタムメイドのデバイスである。そのようなカスタム微小流体カードは、市販されている。例えば、ＴａｑＭａｎ Ａｒｒａｙは、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７９００ＨＴ Ｆａｓｔ Ｒｅａｌ Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ （Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ， Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡ）に用いられるように設計された、３８４ウェルの微小流体カード（アレイ）である。

幾つかの態様において、１つ以上のＴａｑＭａｎプローブ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ； ｃｏｄｅ Ｈｓ０１１０１５３７＿ｍｌ）が、ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ Ｏ １３９６４．３の７２ヌクレオチドからなるヌクレオチドを増幅及び検出するのに使用され得る。増幅されたヌクレオチド配列の中央には、ＮＭ ０１３９６４．３の１３１８ヌクレオチドが位置する。増幅した配列は、ＨＲＧ−α， ＨＲＧ− β１， ＨＲＧ−β１ｂ， ＨＲＧ−β１ｃ， ＨＲＧ− β１ｄ， ＨＲＧ−β２， ＨＲＧ−β２ｂ， ｎｄｆ４３， ｎｄｆ４３ｂ及び／又はｎｄｆ４３ｃ上に通常見られるものの１つであり得る。

ＮＭ Ｏ １３９６４．３のヌクレオチド１２２１番〜１７８０番からなるヌクレオチド配列は、多くのＨＲＧバリアントのｍＲＮＡ上で通常見られるものである。従って、ＨＲＧを検出するためのプライマー及び／又はプローブは、ＮＭ Ｏ １３９６４．３のヌクレオチド１２２１番〜１７８０番の全長又は部分配列を増幅するように設計され得る。

ＰＣＲ又はマイクロアレイのプローブは、ｍＲＮＡの３´末端上に設計され得、又は転写バリアントの特定の形態を検出するための所望の配列上に設計され得る。

本発明は、下記実施例によって更に例示される。実施例は例示のみを目的として提供され、いかなる場合も本発明のの範囲又は内容を限定することを意図しない。

略語
ＡＥ有害事象（ａｄｖｅｒｓｅ ｅｖｅｎｔ）；
ＣＩ信頼区間（ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ ｉｎｔｅｒｖａｌ）；
ＣＲ完全寛解（ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ）；
ＤＬＴ用量制限毒性（ｄｏｓｅ ｌｉｍｉｔｉｎｇ ｔｏｘｉｃｉｔｙ）；
ＦＡＳ 全解析セット（ｆｕｌｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｅｔ）；
ＦＦＰＥ ホルマリン固定パラフィン包埋（ｆｏｒｍａｌｉｎ−ｆｉｘｅｄ， ｐａｒａｆｆｉｎ− ｅｍｂｅｄｄｅｄ）；
ＨＲ 危険率（ｈａｚａｒｄ ｒａｔｉｏ）；
ＩＮ 静脈内（ｉｎｔｒａｖｅｎｏｕｓ）；
ＩＴＴ 包括解析（ｉｎｔｅｎｔ ｔｏ ｔｒｅａｔ）；
ＭＴＤ最大耐量（ｍａｘｉｍｕｍ ｔｏｌｅｒａｔｅｄ ｄｏｓｅ）；
ＮＥ 未評価（ｎｏｔ ｅｖａｌｕａｔｅｄ）；
ＯＳ 全生存率（ｏｖｅｒａｌｌ ｓｕｒｖｉｖａｌ）；
ＰＤ 進行性疾患ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｄｉｓｅａｓｅ）；
ＰＦＳ 無増悪生存率（ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ− ｆｒｅｅ ｓｕｒｖｉｖａｌ）；
ＰＨ 比例ハザード（ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎａｌ ｈａｚａｒｄｓ）；
ＰＯ 経口（ｏｒａｌ）；
ＰＲ 部分反応（ｐａｒｔｉａｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅ）；
ＳＤ 安定型疾患（ｓｔａｂｌｅ ｄｉｓｅａｓｅ）．

実施例１−第１ｂ／２相臨床試験
この及び他の実施例は、無作為化された、偽薬コントロールされた、二重盲検第１ｂ／２相試験を提供して、ステージＩＩＩｂ／ＩＶのＮＳＣＬＣを有し、１つ以上の過去の化学治療計画の後にそれが進行している、ＥＧＦＲ阻害剤治療に感受性の対象における、エルロチニブと組み合わせたパトリツマブの安全性及び効率を評価する。当該試験の非盲検データは、別紙Ａに提示されている。

本試験は、エルロチニブとパトリツマブの組み合わせの安全性及び耐容性を評価するための、及び第２相部分における用量を決定するための、第１ｂ相非盲検、シングルアーム部分を含み、続いて、当該組み合わせ治療のエルロチニブ及び偽薬と比較しての効率及び安全性を評価するための、無作為化及び偽薬コントロールされた第２相部分を含む。最大耐量に達しなかった第１相の試験結果に基づいて、予備的ヒト薬物動態プロフィールは、実験動物モデルにおける最高の効率及び薬物動態を示したレベルを超える循環レベルに達するように、３週間に１回９ｍｇ／ｋｇ以上の静脈内パトリツマブ投与を支持した。より高い１８ｍｇ／ｋｇのレベルの維持用量も、動物モデルに対する臨床的設定における腫瘍組織穿孔の効果の可能性を受け入れるために含まれた。単一治療第１相研究における用量制限毒性の欠如のため、第１ｂ相は、ｄｏｓｅ−ｄｅ−ｅｓｃａｌａｔｉｏｎ試験として設計され、エルロチニブ１５０ｍｇの１日１回の経口投与及び３週間毎のパトリツマブ１８ｍｇ／ｋｇのＩＶ投与が行われ、但し、ＭＴＤを越えた場合、この最大量からのｄｏｓｅ ｄｅ−ｅｓｃａｌａｔｉｏｎが備えられる。この第１ｂ相コホートにおいてＤＬＴは見られなかったので、このレベル以下での用量は、第２相部分に許容される。

上記試験の両方の部分において、対象は、１日１回１５０ｍｇのエルロチニブの経口投与を受けた。３週間の治療サイクルの毎回の開始時、対象は、パトリツマブ又は偽薬のＩＶ吸入を受けた（第２相部分）。３つの治療計画：１５０ｍｇエルロチニブの毎日投与と１８ｍｇ／ｋｇパトリツマブの３週間毎投与との組み合わせ（高用量）；１５０ｍｇエルロチニブの毎日投与と９ｍｇ／ｋｇパトリツマブ維持をロードした１８ｍｇ／ｋｇパトリツマブの３週間毎投与との組み合わせ（低用量）；及び１５０ｍｇエルロチニブの毎日投与と偽薬の３週間毎投与との組み合わせ（偽薬）；が評価された。腫瘍は、最初の２４週間は６週間毎（±３日）に、以降は１２週間毎（±７日）に、試験サイクルから独立して評価された。

試験群及び臨床転帰に関する盲検試料に基づいて、「高ＨＲＧ」対象は、デルタＣｔ値が、試料セットの中央値である３．９未満である対象として定義された。デルタＣｔ値は、３つの参照遺伝子におけるＣｔ値の平均を使用して計算され、ＨＲＧの発現レベルは、ＨＲＧにおける平均Ｃｔ値と、参照遺伝子における平均Ｃｔ値との間の差に基づいて決定された。全ての試料は、３回アッセイされた。

ＨＲＧのｍＲＮＡ発現は、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＭＤにより開発されたｑＲＴ−ＰＣＲの有効なアッセイにより測定された。全ｍＲＮＡが、まずＱｉａｇｅｎ ＲＮｅａｓｙ ＦＦＰＥを使用してＦＦＰＥから抽出され、ＲＴ−ＰＣＲ反応を使用して、ｃＤＮＡが取得された。ｃＤＮＡは、ＨＲＧ及び３つの参照遺伝子（ＨＭＢＳ、ＥＩＦ２Ｂ１及びＩＰ０８）を含む４つのＰＣＲ反応に使用された。平均のＰＣＲ効率及び線形性は、それぞれ９０〜１１０％及び＞０．９９であった。アッセイ内及びアッセイ間の精度は、ＦＦＰＥ試料からのｍＲＮＡ抽出から出発した６つのＦＦＰＥ試料の間で実行された。

アッセイ内の精度の評価の過程で、ＲＮＡはＦＦＰＥ試料から１回抽出され、ＲＴ−ＰＣＲ反応から出発する１つのランにおいて、６回の反復が実施された。ＰＣＲ反応の過程で、各ｃＤＮＡにおいて、２つのウェルで実施された。アッセイ内の精度におけるデルタＣｔの標準偏差は、０．１１〜０．８９であった。標準偏差デルタＣｔが０．８９の試料は、６つのデータ点の間に１つの異常値を含むようであった。

アッセイ間の精度の評価の過程で、全部で６個のＦＦＰＥ試料において各試料からＲＮＡ抽出が５回別々に抽出された（全部で３０回のＲＮＡ抽出）。当該３０個のＲＮＡ試料を、５つの異なるバッチにおいて試行した。各ＲＮＡについて、ＲＴ−ＰＣＲ反応、続いてＰＣＲ反応を続行した。各ＲＮＡ試料において、２つのウェルでＰＣＲ反応を実施した。デルタＣｔの標準偏差は、０．０６〜０．５８であった。

本試験において、２１５人の無作為化した対象から１８８個の試料を回収し、これらの試料から、報告的（ｒｅｐｏｒｔａｂｌｅ）ＨＲＧ ｑＲＴ−ＰＣＲデータが、１０２人の患者から取得された。残りの８６人の対象は、非報告的（ｎｏｎ−ｒｅｐｏｒｔａｂｌｅ）ＨＲＧ ｑＲＴ−ＰＣＲ結果を示し、４２個の試料は充分な腫瘍／組織材料を欠き、３８個は充分なＲＮＡを欠き、６個は非報告的Ｃｔ値を生じた。

第２相部分における試料サイズは、片側アルファ＝０．１の有意性レベルでの対象と比較されたいずれかのパトリツマブアームの間の中間ＰＦＳ３．３対２．２における、５０％改善（即ちＨＲ０．６６７）を検出する８０％のパワーを有する片側ログランク試験に基づいて計算された。

この試験の一次解析は、１６２個のＰＦＳ事象（そしてパトリツマブ１８ｍｇ／ｋｇ＋エルロチニブ及びコントロールアーム、並びに９ｍｇ／ｋｇ＋エルロチニブ及びコントロールアームの比較あたり１１０個のＰＦＳ事象）が観察された時に行われた。一次解析の点において、全ての対象における治療割当（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ）は、データが調整及び整理された後の解析のための指定された研究要員に対し非盲検であり、整理されたデータベースのスナップショットが作成された。潜在的なバイアスを最小化するため、個々の治療割当は、試験が終了するまで、対象又は調査者に打ち明けられなかった。

全ての有効性解析は全解析セットに対して実施され、それは、１つ以上の用量の無作為化された試験医薬を受け取った無作為化された解析セットにおける全ての対象を含む。一次有効性終点は、ＰＦＳであった。ＰＦＳは、無作為化の日付からＸ線写真での疾患進行の最初の客観的記載の日、又は何らかの原因での死亡の日の早い方までの時間として定義される。カットオフ日までに（Ｘ線写真での）疾患進行の客観的記載無しに生存した対象は、最後の評価できる腫瘍評価の日に打ち切るべきであった。鍵第二有効性終点、全生存率、は、無作為化の日付から何らかの原因での死亡までの時間として定義され、一次有効性終点ＰＦＳと同様に解析された。

ＰＦＳにおける一次解析は、用量応答関係における層別化ログランク線形傾向、続いて各パトリツマブアーム及び対象のペアワイズ比較を、層別化ログランク検定を使用して、ランダム化での層別化要素：組織学（腺癌対比腺癌）及び従来の治療に対する最良の応答（ＣＲ／ＰＲ対ＳＤ対ＰＤ）を考慮して、使用した。Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ曲線がＰＦＳのために作成され、各治療群における中間及び９５％ＣＩを計算するのに使用された。各パトリツマブアーム及び対象の間のＨＲの推定は、９５％ＣＩと共に、層別化Ｃｏｘ比例ハザードモデルを使用して計算された。

ＦＡＳ上での高ＨＲＧ群におけるＦＰＳにおける一次解析は、各パトリツマブアーム及び対象の層別化ログランク検定、並びに組み合わせられたパトリツマブアーム及び対象の比較を使用した。層別化因子は、組織学（腺癌対非腺癌）及び従来の治療に対する最良の応答（ＣＲ／ＰＲ／ＳＤ対ＰＤ）を含んでいた。各パトリツマブアーム及び対照の間の、並びに組み合わせられたパトリツマブアーム及び対照の間の、ＨＲの推定は、９５％ＣＩと共に、層別化ログランク検定に使用された層別化因子を用いて層別化Ｃｏｘ比例ハザードモデルを使用して計算された。

他に言及の無い限り、ＰＦＳ及びＯＳにおけるログランクｐ値及びＨＲは、上記のランダム化における層別化で調整された一次解析に基づくものであった。

前記試験の第１ｂ相部分には７人の対象（男性４名、年齢の中間値［範囲］６８歳［４８〜７８］）が参加し、全員が、１５０ｍｇエルロチニブの毎日投与と、３週間毎の１８ｍｇ／ｋｇパトリツマブ投与の組み合わせを受けた。２名でＡＥグレードが３を上回り：１つのグレード３ケースは、疼痛、疲労、頭痛、脱水、下痢、及び血中クレアチン増大を示し；いずれもパトリツマブと関連しなかった。３名の対象は４つの深刻なＡＥを有し：１人の対象において、グレード３の疼痛（試験治療と無関係）、グレード３の脱水（エルロチニブ関連）、及びグレード１の食欲減退（エルロチニブ及びパトリツマブ関連）、及びグレード１の発熱（無関係）が見られた。最も報告的なＡＥは、グレード１又は２で、エルロチニブ関連と見做された。２を超える対象において報告された唯一のパトリツマブ関連のＡＥは、食欲減退であった（２名の対象）。

反応は記録されず、４名の対象において、安定な疾患が示された（８３、８７、９０及び１１７日）。７名の対象全員が、疾患進行により試験治療から非継続となり；６名の対象は死亡するまで追跡され、１名の対象は、フォローアップの同意を取り下げた。

第１ｂ相の試験の間に、ＤＬＴは報告されなかった。従って、第２相の用量計画は、パトリツマブ１８ｍｇ／ｋｇロード用量、続いて９ｍｇ／ｋｇパトリツマブ又は１８ｍｇ／ｋｇパトリツマブ維持用量の投与のいずれかとした。対象には、第２相試験の間に、１５０ｍｇ／日のエルロチニブも投与された。

第２相部分において、３名の対象が無作為化されたが、治療されず、従って、ＦＡＳ及び安全性解析セットにおいて、２１２名の対象が存在した。下記解析結果は、ロックされたデータベース（カットオフ日が２０１２年１０月３０日のデータ）からの有効性データ（ＯＳ以外）の一次解析に基づく。ＯＳデータは、一次解析の時点ではまだ成熟しておらず、カットオフ日が２０１３年４月１９日のデータに基づく更新されたＯＳ解析からの予備的結果を、下記に示す。

前記試験の無作為化された第２相部分に参加した２１５人の対象の傾向を、表１にまとめた。全解析セットにおける統計学的情報を、表２にまとめた。統計学的な特性に関して、治療群間で意義のある相違は存在しなかった。
表１：第２相対象の傾向
注：パーセンテージは、参加した／無作為化された解析セットにおける対象の数に基づく。［ａ］：試験中の死亡＝Ｙ死亡日が、最初の薬物投与日以後かつＡＥ回収期間内（パトリツマブの最後の投与後５３日以内、又はエルロチニブの最後の投与後３０日超、のいずれか遅い方）である場合。
表２：統計学的及びベースライン特性（全解析セット）
注：パーセンテージの分母は、ＦＡＳの対象の数である。［ａ］：年齢は、インフォームドコンセント日及び誕生日を使用して計算される。

ＮＳＣＬＣ歴及び事前の治療に関する対象のベースラインの特徴を表３に示す。対象は、治療群間で良好なバランスを有するように見える。
表３：ベースライン予後及び疾患特性（全解析セット）
注：パーセンテージは、全解析セット（ＦＡＳ）の対象の割合を反映する。ベースライン＝試験治療の最初の実施前の最後の非欠測値、［ａ］：対象が２つのラインの事前の化学治療計画を有する場合、最近の化学治療計画に対する最良の応答（「該当無し」を除く）が使用された。

ＦＡＳにおける可能な予測／予後生体マーカーを表３に示す。治療群は、ＨＥＲ３及びＨＲＧ及びＥＧＦＲ変異状態の発現レベルに関して、バランスが取れているように見える。
表４：ベースラインの可能な予測／予後生体マーカー（全解析セット）
注：パーセンテージの分母は、全解析セット（ＦＡＳ）の対象の数である。ベースラインは、試験治療の最初の実施前の最後の非欠測値として定義され、［ａ］：ＨＥＲ３陽性は、膜染色Ｈ−スコア＞０として定義され；ＨＥＲ３陰性は、膜染色Ｈ−スコア＝０として定義され；ＨＥＲ３過剰発現は、膜染色Ｈ−スコア＞１００として定義される。［ｂ］：高ＨＲＧは、デルタＣｔ値＜３．９として定義され；低ＨＲＧは、デルタＣｔ値＞３．９として定義される。

高レベルでＨＲＧを発現する腫瘍を担持する対象における統計学的情報を、表５にまとめる。統計学的特性に関して、処理群間で有意な相違は無かった。しかしながら、低用量群において１６名中３名の対象が非喫煙者で、高用量群において１７名中１名の対象が非喫煙者で、偽薬群において１９名の対象に非喫煙者はいなかった。非喫煙者を排除して実施した解析は、下記の結果と相違しなかった。
表５：高レベルでＨＲＧを発現する腫瘍を担持する対象における統計学的及びベースライン特性
注：パーセンテージの分母は、全解析セットの高レベルでＨＲＧを発現する腫瘍を担持する対象の数である。高ＨＲＧは、デルタＣｔ値＜３．９として定義される。［ａ］：年齢は、インフォームドコンセント日及び誕生日を使用して計算される。

ＮＳＣＬＣ歴及び事前の治療に関する対象のベースラインの特徴を表６に示す。対象は、治療群間で良好なバランスを有するように見える。しかしながら、低用量群の対象において３名（１８．８％）、高用量群の対象において０名、及び偽薬群の対象において６名（３１．６％）が、ＣＲ／ＰＲである最近の事前の治療に最高の応答を示した。事前の治療を２つ有する対象において、低用量群の対象において８名（５０％）、高用量群の対象において４名（２３．５％）、及び偽薬群の対象において５名（２６．３％）が存在した。
表６：高レベルでヘレグリン（ＨＲＧ）を発現する腫瘍を担持する対象におけるベースラインの予後及び疾患特性
注：パーセンテージの分母は、全解析セットの高レベルでＨＲＧを発現する腫瘍を担持する対象の数である。高ＨＲＧは、デルタＣｔ値＜３．９として定義される。［ａ］：対象が２つのラインの事前の化学治療計画を有する場合、最近の化学治療計画に対する最良の応答（「該当無し」を除く）が使用される。

高レベルでＨＲＧを発現する腫瘍を担持する対象における可能な予測／予後生体マーカーを表７に示す。治療群は、ＨＥＲ３の発現レベルに関して、バランスが取れているように見える。低用量群における１名の対象、偽薬群における１名の対象、及び高用量群における０名の対象が、公知のＥＧＦＲ突然変異を有していた。高用量群の患者が未知のＥＧＦＲ突然変異状態を有する割合は、偽薬群及び低用量群と比較して僅かに大きかった。
表７：高レベルでヘレグリン（ＨＲＧ）を発現する腫瘍を担持する対象におけるベースラインの可能な予測／予後生体マーカー
注：パーセンテージの分母は、全解析セットの高レベルでＨＲＧを発現する腫瘍を担持する対象の数である。高ＨＲＧは、デルタＣｔ値＜３．９として定義される。［ａ］：高ＨＥＲ３発現は、膜染色Ｈ−スコア＞０として定義され；低ＨＥＲ３発現は、膜染色Ｈ−スコア＝０として定義され；ＨＥＲ３過剰発現は、膜染色Ｈ−スコア＞１００として定義される。

実施例２−全解析セットにおける無増悪生存率及び全生存率
ＦＡＳにおけるＰＦＳの一次解析を、表８に示す。ＦＡＳにおける無増悪生存率のＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定を図１に示す（高及び低用量パトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）。無選択のＦＡＳにおける全生存率（ＯＳ）結果を、表９及び図２に示す（高及び低用量パトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）。全解析セットにおいて、パトリツマブとエルロチニブとの組み合わせにおいて、エルロチニブと偽薬と比較して、ＰＦＳ又はＯＳの顕著な改善は無く、この試験は、無選択ＩＴＴ集団において否定的と見做された。

低及び高用量パトリツマブ治療におけるＣＲ／ＰＲである応答を有する対象の数は、それぞれ９名（１２．９％）及び５名（７．１％）であるのに対し、偽薬では４名（５．６％）であった。
表８：全解析セットにおける無増悪生存率の解析
注：ＰＦＳは、無作為化の日付から患進行の最初の客観的記載の日、又は何らかの原因での死亡の日の早い方までの時間として定義され、［ａ］：Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定。中間値のＣＩは、Ｂｒｏｏｋｍｅｙｅｒ−Ｃｒｏｗｌｅｙ法を使用して算出された、［ｂ］：層別化ログランク及び層別化Ｃｏｘ ＰＨは、事前の治療に対する最良の応答及び組織学サブタイプ（腺癌対非腺癌）によって層別化された。
表９：全解析セットにおける全生存率の解析
注：ＯＳは、無作為化の日から死亡日までの時間として定義される。［ａ］：Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定。中間値のＣＩは、Ｂｒｏｏｋｍｅｙｅｒ−Ｃｒｏｗｌｅｙ法を使用して算出された、［ｂ］：層別化ログランク及び層別化Ｃｏｘ ＰＨは、事前の治療に対する最良の応答及び組織学サブタイプ（腺癌対非腺癌）によって層別化された。

実施例３−ＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象における無増悪生存率
ＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象の見込みサブ集団におけるＰＦＳの二次解析を、表１０及び表１１に示す。ｄＣｔ＜３．９と定義される、ｍＲＮＡレベルでの高ＨＲＧ発現腫瘍を担持する対象における無増悪生存率のＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定を、図３（高及び低用量パトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）及び図４（プールされたパトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）に示す。
表１０：ＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象における無増悪生存率の解析
注：ＰＦＳは、無作為化の日付から患進行の最初の客観的記載の日、又は何らかの原因での死亡の日の早い方までの時間として定義され、［ａ］：Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定。中間値のＣＩは、Ｂｒｏｏｋｍｅｙｅｒ−Ｃｒｏｗｌｅｙ法を使用して算出された、［ｂ］：層別化ログランク及び層別化Ｃｏｘ ＰＨは、事前の治療に対する最良の応答（ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ）及び組織学サブタイプ（腺癌対非腺癌）によって層別化された。
表１１：ＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象における無増悪生存率の補助的解析
注：ＰＦＳは、無作為化の日付から患進行の最初の客観的記載の日、又は何らかの原因での死亡の日の早い方までの時間として定義され、［ａ］：層別化ログランク及び層別化Ｃｏｘ ＰＨは、事前の治療に対する最良の応答（ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ）及び組織学サブタイプ（扁平上皮対非扁平上皮）によって層別化された。［ｂ］：このモデルは、共変量として治療及び層別化因子（事前の治療に対する最良の応答［ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ］及び組織学サブタイプ［腺癌対非腺癌］）を含んでいた。［ｃ］：このモデルは、共変量として治療及び層別化因子（事前の治療に対する最良の応答［ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ］及び組織学サブタイプ［扁平上皮対非扁平上皮］）を含んでいた。

実施例４−ＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象における全生存率
ｄＣｔ＜３．９で定義されるｍＲＮＡレベルでＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象の見込みサブセットにおける予備的ＯＳ結果を、表１２及び１３、並びに図５（高及び低用量パトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）及び図６（プールされたパトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）に示す。
表１２：ＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象における全生存率の解析
注：ＯＳは、無作為化の日付から死亡日までの時間として定義され、［ａ］：Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定。中間値のＣＩは、Ｂｒｏｏｋｍｅｙｅｒ−Ｃｒｏｗｌｅｙ法を使用して算出された、［ｂ］：層別化ログランク及び層別化Ｃｏｘ ＰＨは、事前の治療に対する最良の応答（ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ）及び組織学サブタイプ（腺癌対非腺癌）によって層別化された。
表１３：ＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象における全生存率の補助的解析
注：ＯＳは、無作為化の日付から死亡日までの時間として定義され、［ａ］：層別化ログランク及び層別化Ｃｏｘ ＰＨは、事前の治療に対する最良の応答（ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ）及び組織学サブタイプ（扁平上皮対非扁平上皮）によって層別化された。［ｂ］：このモデルは、共変量として治療及び層別化因子（事前の治療に対する最良の応答［ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ］及び組織学サブタイプ［腺癌対非腺癌］）を含んでいた。［ｃ］：このモデルは、共変量として治療及び層別化因子（事前の治療に対する最良の応答［ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ］及び組織学サブタイプ［扁平上皮対非扁平上皮］）を含んでいた。

実施例５−ＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象における客観的奏効率（ＯＲＲ）及び疾患制御率（ＤＣＲ）
低用量パトリツマブ＋エルロチニブ群における高レベルでＨＲＧを発現する腫瘍を担持する対象は、偽薬と比較して客観的奏効率が改善する傾向が有り、低用量の群において４名（２５．０％）が奏功を示したのに対し、偽薬群では１名（５．６％）であった。高用量群におけるＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象で、ＣＲ又はＰＲに達した者はいなかった。サンプル数が少数であるため、結論を導くことは出来ない。

ＨＲＧを高レベルで発現する腫瘍を担持する対象の中で、パトリツマブ＋エルロチニブ群の両方において、エルロチニブ＋偽薬群と比較しての疾患制御率に顕著な治療差（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ）があった。疾患制御は、偽薬＋エルロチニブ群では４名（２２．２％）の対象で達成され、一方、９ｍｇ／ｋｇパトリツマブ＋エルロチニブ群及び１８ｍｇ／ｋｇパトリツマブ＋エルロチニブ群では、それぞれ１０名（６２．５％；ｐ＝０．００６８）及び９名（５２．９％；ｐ＝０．０１２９）で達成された。

実施例６−ＨＲＧを低レベルで発現する腫瘍を担持する対象における有効性
ＨＲＧの発現レベルの高い腫瘍を担持する対象と対照的に、ＨＲＧを低レベルで発現する腫瘍を担持する対象は、ＰＦＲ及びＯＳにおいて明確な治療差を示さなかった。ｄＣｔ＞３．９として定義されるｍＲＮＡレベルでＨＲＧを低レベルで発現する腫瘍を担持する対象におけるＰＦＳ及びＯＳのアドホックサブ集団解析を、表１４及び１５で示す。ＨＲＧを低レベルで発現する腫瘍を担持する対象におけるＰＦＳのＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定を、図７（高及び低用量パトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）及び図８（プールされたパトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）に示す。ＨＲＧを低レベルで発現する腫瘍を担持する対象におけるＯＳのＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定を、図９（高及び低用量パトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）及び図１０（プールされたパトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）に示す。
表１４：ＨＲＧを低レベルで発現する腫瘍を担持する対象における無増悪生存率の解析
注：ＰＦＳは、無作為化の日付から患進行の最初の客観的記載の日、又は何らかの原因での死亡の日の早い方までの時間として定義され、［ａ］：Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定。中間値のＣＩは、Ｂｒｏｏｋｍｅｙｅｒ−Ｃｒｏｗｌｅｙ法を使用して算出された、［ｂ］：層別化ログランク及び層別化Ｃｏｘ ＰＨは、事前の治療に対する最良の応答（ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ）及び組織学サブタイプ（腺癌対非腺癌）によって層別化された。
表１５：ＨＲＧを低レベルで発現する腫瘍を担持する対象における全生存率の解析
注：ＯＳは、無作為化の日付から死亡日までの時間として定義され、［ａ］：Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定。中間値のＣＩは、Ｂｒｏｏｋｍｅｙｅｒ−Ｃｒｏｗｌｅｙ法を使用して算出された、［ｂ］：層別化ログランク及び層別化Ｃｏｘ ＰＨは、事前の治療に対する最良の応答（ＣＲ、ＰＲ、ＳＤ対ＰＤ）及び組織学サブタイプ（腺癌対非腺癌）によって層別化された。

実施例７Ａ−ＨＲＧは予後的及び予測的生体マーカーである
ＰＦＳにより判定される治療効果の予備解析は、高及び低ＨＲＧ群対それらに対応する偽薬群において実施された。図１１に示すように、この解析は、高ＨＲＧがエルロチニブ単一での治療における否定的な予後因子であり、パトリツマブの追加からの臨床的利益における肯定的な予測的因子であることを示唆する。

治療群及び臨床転帰に関する盲検試料に基づいて、高ＨＲＧ対象は、デルタＣｔ値が３．９（中央値）を下回るＨＲＧのｍＲＮＡ発現を示す患者として定義され、鍵有効性解析は、そのような予め特定された定義に基づいて高ＨＲＧ群において実施された。追加のアドホック予備的解析は、ＨＲＧ発現におけるカットオフを決定するために実施された。

ポストホック解析は、ＰＦＳに基づくカットオフ値における対数尤度あぷとーちを使用した。層別化Ｃｏｘ比例ハザードモデルにおける対数部分尤度は、様々な可能なＨＲＧカットオフ値に基づいて、高及び低ＨＲＧ群の両方において計算された。

実施例７Ｂ−ＨＲＧｍＲＮＡ発現における最適なカットオフの決定
負の対数部分尤度対カットオフ値の合計のプロットに基づいて、最適化された最大尤度カットオフ値は、図１２に示すように、３．５〜４．０の範囲内に収まった。

データは、デルタＣｔにおける幾つかの可能なカットオフ値に基づくプールされた用量のパトリツマブと偽薬との間のハザード比を計算するのにも使用された。これらのハザード比は、表１６に示されている。より低いｄＣｔ値は、より高いＨＲＧｍＲＮＡ発現を表す。より高いＨＲＧ発現は、ＰＦＳに関してより良好な臨床的利益と相関していたように見える。カットオフを３．９から３．０に下げると、高ＨＲＧ集団のサイズを劇的に下げることなく、ハザード比によって判定されるような平均の利益の更なる改善をもたらす。
表１６：カットオフに応じた高ＨＲＧ群中のＰＦＳにおけるハザード比及びｐ値

実施例８−ＨＲＧの発現レベルが高くＥＧＲＧが野生型の腫瘍を担持する対象における治療有効性
ＥＧＦＲ野生型
高ＨＲＧ群において、増感突然変異を有する対象が２名（１名偽薬、１名低用量）；野生型の対象が２１名（９名偽薬、７名低用量、５名高用量）、及び未知／決定出来ない突然変異状態の対象が２８名（偽薬８名、低用量１２名、及び高用量８名）が存在した（表１７）。

高レベルでＨＲＧを発現し、ＥＧＦＲが野生型である腫瘍を担持するＰＦＳのアドホックサブ集団解析を、非層別化解析に基づいて表１７に示し、ＰＦＳのＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定を、図１３（プールされたパトリツマブ＋エルロチニブ対偽薬＋エルロチニブを示す）に示す。高ＨＲＧ、ＥＧＦＲ野生型の対象の解析は、ＰＦＳに関する臨床的利益が、非層別化解析に基づいて、プールされた用量対偽薬：ＨＲ０．２４（９５％ＣＩ：０：０８、０．７４；Ｐ値＝０．００８）で維持されたことを示した。
表１７：高レベルでＨＲＧを発現しＥＧＦＲ野生型の腫瘍を担持する対象における無増悪生存率の解析
注：ＰＦＳは、無作為化の日付から患進行の最初の客観的記載の日、又は何らかの原因での死亡の日の早い方までの時間として定義され、［ａ］：Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ推定。中間値のＣＩは、Ｂｒｏｏｋｍｅｙｅｒ−Ｃｒｏｗｌｅｙ法を使用して算出された

実施例９−生体マーカーの同定
ＨＲＧ生体マーカーは、インビボでの様々なヒト癌異種移植物に対する抗ＨＥＲ３抗体Ｃ３−１２８７の抗腫瘍活性を解析することにより、及びインビトロでのこれらの細胞株のＨＲＧの発現の解析によって同定された。様々な症候のヒト腫瘍細胞株をマウス中で異種移植物として増殖させ、数週間に渡り抗ＨＥＲ３抗体Ｃ３−１２８７で治療した。腫瘍増殖の阻害は、対照マウスとＵ３−１２８７で治療したマウスとの間で腫瘍体積を比較することにより解析した。ヒト腫瘍細胞株はインビトロで増殖し、ＨＲＧのＲＮＡ発現は、ＰＣＲによって解析された。この解析の結果を、表１８に示す。ウエスタンブロットにより測定したＨＥＲ３の基底活性は、Ｕ３−１２８７のインビボ有効性と相関しておらず、ＦＩＳＨ陽性乳癌モデルにおいて裕生であった。対照的に、解析された１７モデル中１５モデルにおいて、ＨＲＧの発現は、Ｕ３−１２８７のインビボ有効性と、非常に良く相関していた。
表１８：インビボ異種移植物に使用された細胞株の遡及的インビトロ解析

Ｕ３−１２８７の有効性は、ホスホ−ＨＥＲ３及びホスホ−ＡＫＴレベルの減少を測定することによりインビトロで決定された。基底ＨＥＲ３リン酸化は、内在的にヘレグリン（Ａ５４９）を発現する細胞株、及び基底ＨＥＲ３活性化を有しない細胞においてブロックされたが、外来的ヘレグリン（ＣａＯＶ３）によって刺激された。Ｕ３−１２８７の有効性の結果を図１４に示す。

予想外なことに、規定ＨＥＲ３リン酸化を有するがヘレグリンを発現しない細胞はＵ３−１２８７治療に対し有効性を示さず（ＢＴ４７４ｂａｓａｌ）、なおもより驚くべきことに、これは、図１５に示すように、外来的に加えられたヘレグリン（ＢＴ４７４＋ＨＲＧ）により克服することができた。

参照による援用
本願で引用している各特許文献及び学術文献は、あらゆる目的で参照により援用される。

下記表（表Ａ１）は、実施例１の非盲検データを示す。この表において、Ｕ３−１２８７は、パトリツマブに相当する。

Claims (96)

1. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
   局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程；及び
   ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程；
   を含む、方法。
2. 局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値を下回る場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される、請求項１に記載の方法。
3. 前記所定の閾値が、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される、請求項２に記載の方法。
4. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９， 及び５．０からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
5. 前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、請求項１に記載の方法。
6. 前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、請求項５に記載の方法。
7. 前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング又はＩＳＨを使用して評価される、請求項１に記載の方法。
8. 前記生体試料が腫瘍試料を含む、請求項２に記載の方法。
9. 前記抗ＨＥＲ３抗体が、パトリツマブ、ドゥリゴツマブ（ＭＥＨＤ−７９４５Ａ）、セリバンツマブ（ＭＭ−１２１）， ＭＭ−１１１ ， ＬＪＭ７１６， ＲＧ−７１１６、三重特異性抗ＥＧＦＲ／ＥＲＢＢ３ ｚｙｂｏｄｙ， ｈｕＨＥＲ３−８、又はこれらのいずれかの誘導体又は断片からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
10. 前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
    （ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
    （ｉｉ）化学治療剤、
    （ｉｉｉ）放射線照射、及び
    （ｉｖ）他の標的化された治療剤、
    との組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
11. 前記ＨＥＲ阻害剤が、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択される、請求項１０に記載の方法。
12. 前記化学治療剤が、シスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される、請求項１０に記載の方法。
13. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
    局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程；及び
    ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を控える工程；
    を含む、方法。
14. 局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値と同等以上の場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価される、請求項１３に記載の方法。
15. 前記所定の閾値が、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される、請求項１４に記載の方法。
16. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
17. 前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、請求項１３に記載の方法。
18. 前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、請求項１７に記載の方法。
19. 前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング又はＩＳＨを使用して評価される、請求項１３に記載の方法。
20. 前記生体試料が腫瘍試料を含む、請求項１４に記載の方法。
21. 前記控えられる治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
    （ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
    （ｉｉ）化学治療剤、
    （ｉｉｉ）放射線照射、及び
    （ｉｖ）他の標的化された治療剤、
    との組み合わせを含む、請求項１３に記載の方法。
22. トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択されるＨＥＲ阻害剤を用いてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象を治療する工程を更に含む、請求項１３に記載の方法。
23. シスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される化学治療剤を用いてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象を治療する工程を更に含む、請求項１３に記載の方法。
24. ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を行うためのキット。
25. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持すると診断された患者であって、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む治療によって利益を受けられる者を同定する方法であって：
    局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト患者から生体試料を取得する工程；
    当該試料を使用して、当該ヒト患者中のｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の値を決定する工程；及び
    当該決定された値を記録する工程；
    を含む、方法。
26. 更に、前記決定された値が、所定の閾値を下回るか、同等か、又は上回るかを評価する工程を含む、請求項２５に記載の方法。
27. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
28. 更に、前記決定された値が所定の閾値を下回る場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと特定する工程を含む、請求項２６に記載の方法。
29. 更に、前記決定された値が所定の閾値と同等以上である場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと特定する工程を含む、請求項２６に記載の方法。
30. 更に、前記決定された値を、担当医又は他の医療従事者に報告する工程を含む、請求項２５に記載の方法。
31. 前記試料が、癌腫瘍試料を含む、請求項２５に記載の方法。
32. 前記対象が、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）増感変異を担持していない、請求項２５に記載の方法。
33. 前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、請求項２５に記載の方法。
34. 前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、請求項３３に記載の方法。
35. 前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
    （ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
    （ｉｉ）化学治療剤、
    （ｉｉｉ）放射線照射、及び
    （ｉｖ）他の標的化された治療剤、
    との組み合わせを含む、請求項２５に記載の方法。
36. 無作為化された臨床データに基づいてＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される、請求項１〜３５のいずれか１項に記載の方法。
37. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、請求項１に記載の方法。
38. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、請求項１３に記載の方法。
39. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、請求項２６に記載の方法。
40. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍の治療を受ける、又は実施する、又は差し控える方法であって：
    局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価するための、自己組織を提供する、又はそれを採取することに同意する工程；及び
    ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を受ける、若しくは実施する、又はｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控える工程；
    を含む、方法。
41. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍の治療を選択する方法であって：
    局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を受ける、又は実施する工程；及び
    ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控えることを選択する、又はｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された場合に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を受ける、又は実施することを選択する工程；
    を含む方法。
42. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持すると診断された患者であって、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む治療によって利益を受けられる者を同定する方法であって：
    局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト患者から生体試料を受け取る工程；
    当該試料を使用して、当該ヒト患者中のｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の値を決定する工程；及び
    任意で当該決定された値を記録する工程；
    を含む、方法。
43. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
    局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を注文する工程；及び
    ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程；
    を含む、方法。
44. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
    局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象においてｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の評価を注文する工程；及び
    ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控える工程；
    を含む、方法。
45. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
    ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価された局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤を投与する工程
    を含む、方法。
46. 局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値を下回る場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される、請求項４５に記載の方法。
47. 前記所定の閾値が、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される、請求項４６に記載の方法。
48. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される、請求項４６に記載の方法。
49. 前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、請求項４５に記載の方法。
50. 前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、請求項４９に記載の方法。
51. 更に、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象におけるｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程を含み、当該ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング又はＩＳＨを使用して評価される、請求項４５に記載の方法。
52. 前記生体試料が腫瘍試料を含む、請求項４６に記載の方法。
53. 前記抗ＨＥＲ３抗体が、パトリツマブ、ドゥリゴツマブ（ＭＥＨＤ−７９４５Ａ）、セリバンツマブ（ＭＭ−１２１）， ＭＭ−１１１ ， ＬＪＭ７１６， ＲＧ−７１１６、三重特異性抗ＥＧＦＲ／ＥＲＢＢ３ ｚｙｂｏｄｙ， ｈｕＨＥＲ３−８、又はこれらのいずれかの誘導体又は断片からなる群から選択される、請求項４５に記載の方法。
54. 前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
    （ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
    （ｉｉ）化学治療剤、
    （ｉｉｉ）放射線照射、及び
    （ｉｖ）他の標的化された治療剤、
    との組み合わせを含む、請求項４５に記載の方法。
55. 前記ＨＥＲ阻害剤が、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択される、請求項５４に記載の方法。
56. 前記化学治療剤が、シスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される、請求項５５に記載の方法。
57. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持するヒト対象を治療する方法であって：
    ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価された局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣを担持すると診断されたヒト対象に、抗ＨＥＲ３抗体を含有する治療剤の投与を差し控える工程；
    を含む、方法。
58. 局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象から採取した生体試料からデルタＣｔ（ｄＣｔ）値が計測され、これが所定の閾値と同等以上である場合に、前記ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと評価される、請求項５７に記載の方法。
59. 前記所定の閾値が、偽陽性及び偽陰性の望ましくない効果を最小化するように統計的に選択される、請求項５８に記載の方法。
60. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４，６， ４，７， ４，８， ４．９，及び５．０からなる群から選択される、請求項５８に記載の方法。
61. 前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、請求項５７に記載の方法。
62. 前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、請求項６１に記載の方法。
63. 更に、局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト対象におけるｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現を評価する工程を含み、当該ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング又はＩＳＨを使用して評価される、請求項５７に記載の方法。
64. 前記生体試料が腫瘍試料を含む、請求項５８に記載の方法。
65. 前記差し控えられる治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
    （ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
    （ｉｉ）化学治療剤、
    （ｉｉｉ）放射線照射、及び
    （ｉｖ）他の標的化された治療剤、
    との組み合わせを含む、請求項５７に記載の方法。
66. 更に、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと診断されたヒト対象を、トラスズマブ、Ｔ−ＤＭ１、ラパチニブ、ペルツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ＫＤ−０１９及びエルロチニブからなる群から選択されるＨＥＲ阻害剤で治療する工程を含む、請求項５７に記載の方法。
67. 更に、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと診断されたヒト対象を、トシスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、ペメトレキセド、イリノテカン、５−フルオルウラシル、パクリタキセル、ドセタキセル、及びカペシタビンからなる群から選択される化学治療剤で治療する工程を含む、請求項５７に記載の方法。
68. 局所進行性又は転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍を担持すると診断された患者であって、抗ＨＥＲ３抗体の投与を含む治療によって利益を受けられる者を同定する方法であって：
    局所進行性又は転移性ＮＳＣＬＣと診断されたヒト患者から採取された生体試料を取得する工程；
    当該試料を使用して、当該ヒト患者中のｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現の値を決定する工程；及び
    任意で当該決定された値を記録する工程；
    を含む、方法。
69. 更に、前記決定された値が、所定の閾値を下回るか、同等か、又は上回るかを評価する工程を含む、請求項６８に記載の方法。
70. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、２．０， ２．１ ， ２．２， ２．３， ２．４， ２．５， ２．６， ２．７， ２．８， ２．９， ３．０， ３．１， ３．２， ３．３， ３．４， ３．５， ３．６， ３．７， ３．８， ３．９， ４．０， ４．１， ４．２， ４．３， ４．４， ４．５， ４．６， ４．７， ４．８， ４．９， 及び５．０からなる群から選択される、請求項６９に記載の方法。
71. 更に、前記決定された値が所定の閾値を下回る場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が高いと特定する工程を含む、請求項６９に記載の方法。
72. 更に、前記決定された値が所定の閾値と同等以上である場合、ｍＲＮＡレベルでのＨＲＧ遺伝子発現が低いと特定する工程を含む、請求項６９に記載の方法。
73. 更に、前記決定された値を、担当医又は他の医療従事者に報告する工程を含む、請求項６８に記載の方法。
74. 前記試料が、癌腫瘍試料を含む、請求項６８に記載の方法。
75. 前記対象が、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）増感変異を担持していない、請求項６８に記載の方法。
76. 前記対象が野生型ＥＧＦＲを担持する、請求項６８に記載の方法。
77. 前記腫瘍が、１つ以上の過去の全身療法に対して進行している、請求項７６に記載の方法。
78. 前記治療が、抗ＨＥＲ３抗体の投与と、
    （ｉ）ＨＥＲ阻害剤、
    （ｉｉ）化学治療剤、
    （ｉｉｉ）放射線照射、及び
    （ｉｖ）他の標的化された治療剤、
    との組み合わせを含む、請求項６８に記載の方法。
79. 無作為化された臨床データに基づいてＨＲＧ遺伝子発現が高いと評価される、請求項１〜７８のいずれか１項に記載の方法。
80. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、請求項４６に記載の方法。
81. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、請求項５８に記載の方法。
82. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約２．７〜約４．１の範囲内である、請求項６９に記載の方法。
83. ＨＲＧ遺伝子発現が、規制当局に認可された試験を使用して評価される、請求項１〜８２のいずれか１項に記載の方法。
84. 前記規制当局に認可された試験が、ＦＤＡ、ＥＭＡ又はＰＭＤＡに認可された試験である、請求項８３に記載の方法。
85. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、５．０， ４．９， ４．８， ４．７， ４．６， ４．５， ４．４， ４．３， ４．２， ４．１， ４．０， ３．９， ３．８， ３．７， ３．６， ３．５， ３．４， ３．３， ３．２， ３．１， ３．０， ２．９， ２．８， ２．７， ２．６， ２．５， ２．４， ２．３， ２．２， ２．１， ２．０， １．９， １．８， １．７， １．６， １．５， １．４， １．３， １．２， １．１， １．０． ０．９， ０．８， ０．７， ０．６， ０．５， ０．４， ０．３， ０．２， ０，１， ０， −０．１， −０．２， −０．３， −０．４， −０．５， −０．６， −０．７， − ０．８， −０．９， −１．０， −１．１， −１．２， −１．３， −１．４， −１．５， −１．６， −１．７， −１．８， −１．９， −２．０， −２．１， −２．２， −２．３， −２．４， −２．５， −２．６， −２．７， −２．８， −２．９， −３．０， −３．１， −３．２， −３．３， −３．４， −３．５， −３．６， −３．７， −３．８， −３．９， −４．０， −４．１， −４．２， −４．３， −４．４， − ４．５， −４．６， −４．７， −４．８， −４．９， −５．０，−５．１， −５．２， −５．３， −５．４， −５．５， −５．６， −５．７， −５．８， −５．９， −６．０， −６．１， −６．２， −６．３， −６．４， −６．５， −６．６， −６．７， −６．８， −６．９， −７．０， −７．１， −７．２及び−７．３からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
86. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、５．０， ４．９， ４．８， ４．７， ４．６， ４．５， ４．４， ４．３， ４．２， ４．１， ４．０， ３．９， ３．８， ３．７， ３．６， ３．５， ３．４， ３．３， ３．２， ３．１， ３．０， ２．９， ２．８， ２．７， ２．６， ２．５， ２．４， ２．３， ２．２， ２．１， ２．０， １．９， １．８， １．７， １．６， １．５， １．４， １．３， １．２， １．１， １．０． ０．９， ０．８， ０．７， ０．６， ０．５， ０．４， ０．３， ０．２， ０，１， ０， −０．１， −０．２， −０．３， −０．４， −０．５， −０．６， −０．７， − ０．８， −０．９， −１．０， −１．１， −１．２， −１．３， −１．４， −１．５， −１．６， −１．７， −１．８， −１．９， −２．０， −２．１， −２．２， −２．３， −２．４， −２．５， −２．６， −２．７， −２．８， −２．９， −３．０， −３．１， −３．２， −３．３， −３．４， −３．５， −３．６， −３．７， −３．８， −３．９， −４．０， −４．１， −４．２， −４．３， −４．４， − ４．５， −４．６， −４．７， −４．８， −４．９， −５．０，−５．１， −５．２， −５．３， −５．４， −５．５， −５．６， −５．７， −５．８， −５．９， −６．０， −６．１， −６．２， −６．３， −６．４， −６．５， −６．６， −６．７， −６．８， −６．９， −７．０， −７．１， −７．２及び−７．３からなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
87. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、５．０， ４．９， ４．８， ４．７， ４．６， ４．５， ４．４， ４．３， ４．２， ４．１， ４．０， ３．９， ３．８， ３．７， ３．６， ３．５， ３．４， ３．３， ３．２， ３．１， ３．０， ２．９， ２．８， ２．７， ２．６， ２．５， ２．４， ２．３， ２．２， ２．１， ２．０， １．９， １．８， １．７， １．６， １．５， １．４， １．３， １．２， １．１， １．０． ０．９， ０．８， ０．７， ０．６， ０．５， ０．４， ０．３， ０．２， ０，１， ０， −０．１， −０．２， −０．３， −０．４， −０．５， −０．６， −０．７， − ０．８， −０．９， −１．０， −１．１， −１．２， −１．３， −１．４， −１．５， −１．６， −１．７， −１．８， −１．９， −２．０， −２．１， −２．２， −２．３， −２．４， −２．５， −２．６， −２．７， −２．８， −２．９， −３．０， −３．１， −３．２， −３．３， −３．４， −３．５， −３．６， −３．７， −３．８， −３．９， −４．０， −４．１， −４．２， −４．３， −４．４， −４．５， −４．６， −４．７， −４．８， −４．９， −５．０，−５．１， −５．２， −５．３， −５．４， −５．５， −５．６， −５．７， −５．８， −５．９， −６．０， −６．１， −６．２， −６．３， −６．４， −６．５， −６．６， −６．７， −６．８， −６．９， −７．０， −７．１， −７．２及び−７．３からなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
88. ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、請求項６に記載の方法。
89. ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、請求項１８に記載の方法。
90. ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、請求項３４に記載の方法。
91. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約−７．３〜約５．０の範囲内である、請求項２に記載の方法。
92. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約−７．３〜約５．０の範囲内である、請求項１４に記載の方法。
93. 前記所定の閾値ｄＣｔ値が、約−７．３〜約５．０の範囲内である、請求項２６に記載の方法。
94. ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、請求項５０に記載の方法。
95. ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、請求項６２に記載の方法。
96. ＨＲＧ遺伝子発現が評価される腫瘍組織又はその断片が、治療の前に対象から除去されたものである、請求項７７に記載の方法。