KR20220024684A - 프레보텔라를 사용하여 th2-매개 병태를 치료하기 위한 조성물 및 방법 - Google Patents
프레보텔라를 사용하여 th2-매개 병태를 치료하기 위한 조성물 및 방법 Download PDFInfo
- Publication number
- KR20220024684A KR20220024684A KR1020227001762A KR20227001762A KR20220024684A KR 20220024684 A KR20220024684 A KR 20220024684A KR 1020227001762 A KR1020227001762 A KR 1020227001762A KR 20227001762 A KR20227001762 A KR 20227001762A KR 20220024684 A KR20220024684 A KR 20220024684A
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- prevotella
- leu
- pharmaceutical composition
- ile
- ala
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
- A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
- A61K47/06—Organic compounds, e.g. natural or synthetic hydrocarbons, polyolefins, mineral oil, petrolatum or ozokerite
- A61K47/26—Carbohydrates, e.g. sugar alcohols, amino sugars, nucleic acids, mono-, di- or oligo-saccharides; Derivatives thereof, e.g. polysorbates, sorbitan fatty acid esters or glycyrrhizin
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
- A61K9/0019—Injectable compositions; Intramuscular, intravenous, arterial, subcutaneous administration; Compositions to be administered through the skin in an invasive manner
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/0087—Galenical forms not covered by A61K9/02 - A61K9/7023
- A61K9/0095—Drinks; Beverages; Syrups; Compositions for reconstitution thereof, e.g. powders or tablets to be dispersed in a glass of water; Veterinary drenches
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/10—Dispersions; Emulsions
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
- A61P11/02—Nasal agents, e.g. decongestants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
- A61P11/06—Antiasthmatics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/08—Antiallergic agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/20—Pills, tablets, discs, rods
- A61K9/2004—Excipients; Inactive ingredients
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/20—Pills, tablets, discs, rods
- A61K9/2072—Pills, tablets, discs, rods characterised by shape, structure or size; Tablets with holes, special break lines or identification marks; Partially coated tablets; Disintegrating flat shaped forms
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/48—Preparations in capsules, e.g. of gelatin, of chocolate
- A61K9/4816—Wall or shell material
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Public Health (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Pulmonology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Dermatology (AREA)
- Oil, Petroleum & Natural Gas (AREA)
- Dispersion Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Otolaryngology (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
- Coloring Foods And Improving Nutritive Qualities (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicinal Preparation (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicines Containing Plant Substances (AREA)
Abstract
본 명세서에는 예를 들어, TH2-매개 병태, 예컨대, 아토피 피부염 및/또는 음식 알레르기의 치료를 위한 치료제로서 유용할 수 있는 프레보텔라 박테리아와 관련된 조성물 및 방법이 제공된다.
Description
관련 출원
본 출원은 미국 가출원 제62/864,886호(출원일: 2019년 6월 21일) 및 미국 가출원 제62/910,920호(출원일: 2019년 10월 4일)의 출원일의 우선권의 권리 및 이익을 주장하며, 이들 기초출원 둘 다는 전문이 참조에 의해 본 명세서에 원용된다.
헬퍼 T(TH) 세포(CD4+ T 세포라고도 지칭됨)는 B 세포, 다른 T 세포, 호산구, 호염기구, 비만 세포 및 대식세포를 포함하는 다른 면역 세포의 활성에 영향을 미치는 사이토카인의 분비를 통해서 후천성 면역 반응을 조정한다.
미경험 TH 세포가 활성화되는 경우, 그것은 다양한 TH 세포 하위세트 중 하나로 분화되며, 이들 각각은 특정 사이토카인 세트의 분비를 통해 면역 반응의 하나의 양태를 조정하는 역할을 한다. 예를 들어, TH1 세포는 IFN-γ를 분비하고, 바이러스 및 세포내 박테리아에 대한 세포-매개 면역 반응을 향상시키는 역할을 한다. 반면에, TH2 세포는 IL-4, IL-5, IL-9, IL-10, IL-13 및 IL-25를 분비하고, 특히 세포외 기생충, 예컨대, 연충(helminth)에 대한 체액성 면역 반응을 향상시키는 역할을 한다. TH17 세포는 IL-17을 분비하고, (다른 병원체 중에서) 진균에 대한 반응과 같은 염증 반응을 매개한다.
활성화 시 TH 세포가 분화하는 TH 하위세트는 부분적으로는 특정 분극화 사이토카인의 존재에 의해 결정된다. 예를 들어, 미경험 TH 세포가 IFN-γ의 존재 하에서 활성화되면, 그것은 TH1 세포로 분화될 가능성이 있을 것이다. 다른 한편, 미경험 TH 세포가 IL-4의 존재 하에서 활성화되면, 그것은 TH2 세포로 분화될 가능성이 있을 것이다. 따라서, 활성화된 TH1 세포에 의한 IFN-γ의 분비는 다른 TH 세포가 TH1 하위집합으로 분극되도록 할 수 있는 반면, 활성화된 TH2 세포에 의한 IL-4의 분비는 다른 TH 세포가 TH2 하위집합으로 분극되도록 할 수 있다. 이러한 케스케이딩 효과 때문에, TH 세포 분화는 인간의 전반적인 면역 반응에 광범위한 영향을 미칠 수 있다. 실제로, 다수의 질환 및 장애가 알레르기(예를 들어, 음식 알레르기, 곤충-유도 알레르기, 약물 알레르기 또는 알레르기 비염), 천식 및 아토피 피부염을 비롯한(그러나 이에 제한되지 않음) TH2 면역 반응과 연관되어 있다.
따라서, 이러한 TH2-매개 병태를 치료하기 위해 TH1 면역 반응을 촉진하고/하거나 TH2 면역 반응을 저해하기 위한 새로운 조성물 및 방법이 필요하다.
본 명세서에 개시된 바와 같이, 프레보텔라(Prevotella) 속의 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물은 치료 효과를 가지며, 하나 이상의 TH2-매개 병태의 치료 및/또는 예방(즉, 치료, 예방, 또는 치료와 예방 모두)에 유용하다. 이러한 TH2-매개 병태는 알레르기 비염, 천식, 아토피 피부염, 두드러기, 혈관부종, 알레르기(예컨대, 음식 알레르기, 곤충-유도 알레르기, 약물 알레르기), 아나필락시스(anaphylaxis) 및 호산구 증가증을 포함하지만 이들로 제한되지 않는다.
일부 양태에서, 본 명세서에는 대상체의 TH2-매개 병태를 치료 및/또는 예방하는 방법이 제공된다. 특정 구현예에서, 방법은 프레보텔라 속의 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물의 치료적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
특정 양태에서, 본 명세서에는 하나 이상의 TH2-매개 병태의 치료 또는 예방에 유용한 프레보텔라 속의 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물이 제공된다. 따라서, 특정 양태에서, 본 명세서에는 TH2-매개 병태의 치료 또는 예방에 사용하기 위한, 프레보텔라 속의 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물이 제공된다.
특정 양태에서, 본 명세서에는 TH2-매개 병태의 치료 또는 예방을 위한 의약의 제조를 위한 프레보텔라 속의 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물의 용도가 제공된다.
특정 구현예에서, TH2-매개 병태는 알레르기, 아토피 피부염, 천식, 두드러기, 혈관부종, 아나필락시스, 호산구 증가증 또는 이들의 조합이다.
일부 구현예에서 TH2-매개 병태는 알레르기이다. 특정 구현예에서, 알레르기는 알레르기 비염, 음식 알레르기, 곤충-유도 알레르기 또는 약물 알레르기이다. 일부 구현예에서, 알레르기는 음식 알레르기이다. 일부 구현예에서, 음식 알레르기는 난류, 우유, 땅콩, 견과류(tree nut)(예를 들어, 호두), 생선, 조개류, 밀, 대두 또는 이들의 조합물에 대한 알레르기를 포함할 수 있다.
이들 양상 중 어느 하나의 일부 구현예에서, 대상체는 인간이다. 일부 구현예에서, 대상체는 비-인간 동물이다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물의 총 미생물 내용물 중 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99%는 프레보텔라 속의 박테리아이거나 또는 프레보텔라 속의 박테리아로부터 유래된 생물학적 물질이다.
본 명세서에 개시된 양상 중 어느 하나의 특정 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 서열번호 1 내지 41로부터 선택된 아미노산 서열을 갖는 적어도 하나의 단백질을 포함한다. 추가로 또는 개별적으로, 일부 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 서열번호 42 내지 69로부터 선택된 아미노산 서열을 갖는 각각의 단백질 중 적어도 하나 이상이 실질적으로 존재하지 않는다.
본 명세서에 개시된 양태 중 어느 하나의 일부 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 프레보텔라 알벤시스(Prevotella albensis), 프레보텔라 암니이(Prevotella amnii), 프레보텔라 버겐시스(Prevotella bergensis), 프레보텔라 비비아(Prevotella bivia), 프레보텔라 브레비스(Prevotella brevis), 프레보텔라 브리안티이(Prevotella bryantii), 프레보텔라 부카에(Prevotella buccae), 프레보텔라 부칼리스(Prevotella buccalis), 프레보텔라 코프리(Prevotella copri), 프레보텔라 덴탈리스(Prevotella dentalis), 프레보텔라 덴티콜라(Prevotella denticola), 프레보텔라 디시엔스(Prevotella disiens), 프레보텔라 히스티콜라(Prevotella histicola), 프레보텔라 인터메디아(Prevotella intermedia), 프레보텔라 마쿨로사(Prevotella maculosa), 프레보텔라 마시이(Prevotella marshii), 프레보텔라 멜라니노게니카(Prevotella melaninogenica), 프레보텔라 미칸스(Prevotella micans), 프레보텔라 멀티포르미스(Prevotella multiformis), 프레보텔라 니그레센스(Prevotella nigrescens), 프레보텔라 오랄리스(Prevotella oralis), 프레보텔라 오리스(Prevotella oris), 프레보텔라 오울로럼(Prevotella oulorum), 프레보텔라 팔렌스(Prevotella pallens), 프레보텔라 살리바에(Prevotella salivae), 프레보텔라 스터코레아(Prevotella stercorea), 프레보텔라 타너라에(Prevotella tannerae), 프레보텔라 티모넨시스(Prevotella timonensis), 프레보텔라 제주니(Prevotella jejuni), 프레보텔라 아우란티아카(Prevotella aurantiaca), 프레보텔라 바로니아에(Prevotella baroniae), 프레보텔라 콜로란스(Prevotella colorans), 프레보텔라 코포리스(Prevotella corporis), 프레보텔라 덴타시니(Prevotella dentasini), 프레보텔라 에노에카(Prevotella enoeca), 프레보텔라 팔세니이(Prevotella falsenii), 프레보텔라 푸스카(Prevotella fusca), 프레보텔라 헤파리놀리티카(Prevotella heparinolytica), 프레보텔라 로에쉐이이(Prevotella loescheii), 프레보텔라 멀티사카리보락스(Prevotella multisaccharivorax), 프레보텔라 난세이엔시스(Prevotella nanceiensis), 프레보텔라 오리자에(Prevotella oryzae), 프레보텔라 팔루디비벤스(Prevotella paludivivens), 프레보텔라 플레우리티디스(Prevotella pleuritidis), 프레보텔라 루미니콜라(Prevotella ruminicola), 프레보텔라 사카롤리티카(Prevotella saccharolytica), 프레보텔라 스코포스(Prevotella scopos), 프레보텔라 샤히이(Prevotella shahii), 프레보텔라 주글레오포르만스(Prevotella zoogleoformans), 프레보텔라 베로랄리스(Prevotella veroralis)의 종 또는 이들의 조합물의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 프레보텔라 히스티콜라 종의 박테리아를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁: B 50329)와 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99%(예를 들어, 적어도 99.1%, 적어도 99.2%, 적어도 99.3%, 적어도 99.4%, 적어도 99.5%, 적어도 99.6%, 적어도 99.7%, 적어도 99.8%, 적어도 99.9% 또는 100%) 게놈, 16S 리보솜 리보핵산 및/또는 클러스터링된 규칙적으로 사이에 공간이 있는 짧은 회문 반복부(clustered regularly interspaced short palindromic repeat) 서열 동일성을 갖는 균주를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁: B 50329)를 포함한다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 단백질 및/또는 표 1에 열거된 단백질을 암호화하는 유전자를 포함하는 프레보텔라 박테리아의 균주이다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 표 2에 열거된 단백질 및/또는 표 2에 열거된 단백질을 암호화하는 유전자가 존재하지 않거나 실질적으로 존재하지 않는 프레보텔라 박테리아의 균주이다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 표 1에 열거된 단백질 및/또는 표 1에 열거된 단백질을 암호화하는 유전자를 포함하는 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의 균주이다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 표 2에 열거된 단백질 및/또는 표 2에 열거된 단백질을 암호화하는 유전자가 존재하지 않거나 실질적으로 존재하지 않는 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의 균주이다.
특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 프레보텔라 박테리아의 단일 종을 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 복수의 종의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 2, 3, 4, 5종)를 포함한다. 특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 프레보텔라 박테리아의 단일 균주를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 복수의 균주의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 2, 3, 4, 5개의 균주)를 포함한다. 특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의 단일 균주를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 복수의 균주의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 2, 3, 4, 5개의 균주)를 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물의 프레보텔라 속의 박테리아의 박테리아는 살아있는 박테리아, 사멸된 박테리아 또는 약독화된 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물의 프레보텔라 속의 박테리아는 살아있는 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 감마-조사된, UV 조사된, 열 불활성화된(예를 들어, 50℃에서 2시간 동안, 90℃에서 2시간 동안), 산 처리된 또는 산소 살포된(예를 들어, 0.1 vvm에서 2시간 동안) 박테리아를 포함한다. 특정 구현예에서, 약제학적 조성물의 프레보텔라 속의 박테리아는 동결건조된 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 추가로 포함한다.
본 명세서에 개시된 양태 중 임의의 하나의 일부 구현예에서, 대상체에게 약제학적 조성물을 투여하는 것은 대상체에서(예를 들어, 이의 장간막 림프절 또는 경부 림프절에서) TH2-단백질의 수준 및/또는 TH2-단백질을 암호화하는 mRNA의 수준을 감소시킬 수 있다. 예를 들어, 특정 구현예에서, 약제학적 조성물의 투여 시, TH2-단백질 및/또는 TH2-단백질을 암호화하는 mRNA의 수준은 약제학적 조성물의 투여 전 TH2-단백질 및/또는 TH2-단백질을 암호화하는 mRNA의 수준과 비교할 때 대상체에서 더 낮아진다. 특정 구현예에서, TH2-단백질은 인터류킨-4(IL-4), 인터류킨-5, 인터류킨-13, 인터류킨-19, 인터류킨-21, 인터류킨-31, 인터류킨-33, 흉선 기질 림포포이에틴, 면역글로불린 G1, 면역글로불린 E, 면역글로불린 A 또는 이들의 조합물이다. 특정 구현예에서, TH2-단백질은 IL-4, IL-13, IL-5, IL-31, IL-33 또는 이들의 조합물이다. 특정 구현예에서, TH2-단백질은 IL-13, IL-5, IL-31 또는 이들의 조합물이다. 특정 구현예에서, TH2-단백질은 IL-13이다. 특정 구현예에서, TH2-단백질은 IL-31이다. 특정 구현예에서, TH2-mRNA는 Il4, Il5, IL31, Il33, Tslp, Ccl9, Ccr4 또는 이들의 조합물이다. 특정 구현예에서, TH2-mRNA는 Il4, Il5, Il33, Il17a, Il1b, Tslp 또는 이들의 조합물이다. 특정 구현예에서, TH2-mRNA는 Il4, Il5, Tslp, Ccr4, Il19 또는 이들의 조합물이다. 특정 구현예에서, TH2-mRNA는 Il5, Il31 및 Ccr4 또는 이들의 조합물이다. 특정 구현예에서, TH2-mRNA는 Il5이다.
본 명세서에 개시된 양태 중 임의의 하나의 일부 구현예에서, 대상체에게 약제학적 조성물을 투여하는 것은 대상체에서(예를 들어, 이의 공장에서) 비만 세포 관련 단백질 및/또는 비만 세포 관련 단백질을 암호화하는 mRNA의 수준을 감소시킬 수 있다. 특정 구현예에서, 비만 세포 mRNA는 Mcpt1이다. 예를 들어, 특정 구현예에서, 약제학적 조성물의 투여 시, 비만 세포 관련 단백질 및/또는 비만 세포 관련 단백질을 암호화하는 mRNA의 수준은 약제학적 조성물의 투여 전 비만 세포 관련 단백질 및/또는 비만 세포 관련 단백질을 암호화하는 mRNA의 수준과 비교할 때 대상체에서 더 낮아진다.
본 명세서에 개시된 양태 중 임의의 하나의 일부 구현예에서, 대상체에게 약제학적 조성물을 투여하는 것은 대상체에서(예를 들어, 이의 비장 또는 장간막 림프절에서) IL-10의 수준을 증가시킬 수 있다. 예를 들어, 특정 구현예에서, 약제학적 조성물의 투여 시, IL-10 및/또는 IL-10을 암호화하는 mRNA의 수준은 약제학적 조성물의 투여 전 IL-10 및/또는 IL-10을 암호화하는 mRNA의 수준과 비교할 때 대상체에서(예를 들어, 이의 비장 또는 장간막 림프절)에서 더 낮아진다.
본 명세서에 개시된 양태 중 임의의 하나의 일부 구현예에서, 추가 치료제는 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 추가 작용제는 항염증제이다. 특정 구현예에서 추가 치료제는 코르티코스테로이드, 항히스타민제, 비만 세포 안정화제, 충혈완화제(decongestant), 류카트리엔 수용체 길항제, 항체 또는 이들의 조합물이다. 예를 들어, 추가 치료제는 아크리바스틴, 알부테롤, 알리메마진, ANB020, 벤라리주맙, 안타졸린, AS1517499, AS1810722, 아스테미졸, 아자티오프린, AZD1981, 아젤라스틴, 베클로메타손, 베포타스틴, 베타메타손, BI671800, 빌라스틴, 브로마진, 브롬페니라민, 부데소니드, 부데소니드-포르모테롤, 카르비녹사민, 세티리진, 클로르시클리진, 클로로피라민, 클로르페나민, 시클레소니드, 시클로스포린, 시메티딘, 클레마스틴, 클레마스틴, 코르티손, 크리사보롤, 크로몰린, 시클리진, 시프로헵타딘, CYT003, 답손, 데슬로라타딘, 덱사메타손, 덱스브롬페니라민, 덱스클로르페니라민, 디멘히드리네이트, 디메틴덴, 디펜히드라민, 독실아민, 두필루맙, 에바스틴, 에페드린, 에피네프린, 파모티딘, 펙소페나딘, 플루니솔리드, 플루티카손, 플루티카손 푸로에이트, 플루티카손 프로피오네이트, 플루티카손-살메테롤, 포르모테롤, 포르모테롤-모메타손, GSK3772847, 히드록시클로로퀸, 히드록시진, 이미퀴모드, 인터페론감마-1b, 이프라트로피움, 케토티펜, 레브리키주맙, 레발부테롤, 레보카바스틴, 레보세티리진, 레보메탐페타민, 로라타딘, 메클리진, 메클로페나메이트 나트륨, 메폴리주맙, 메피라민, 메토트렉세이트, 메틸프레드니솔론, 미졸라스틴, MK-886, 모메타손, 몬테루카스트, 미코페놀레이트, 미코페놀레이트모페틸, 나파졸린, OC000459, 올로파타딘, 오말리주맙, 오르페나드린, 옥시메타졸린, 페니라민, 페닐에프린, 페닐프로판올아민, 피메크롤리무스, 프레드니솔론, 프레드니손, 프로메타진, 프로필헥세드린, 슈도에페드린, 퀴페나딘, 라니티딘, 레시퀴모드, 레술리주맙, RG6149/AMG282, 루파타딘, 살메테롤, SB010, 시롤리무스, 설파살라진, 시네프린, 타크롤리무스, 테르페나딘, 테트리졸린, 테오필린, 틱소코르톨, 트랄로키누맙, 트라마졸린, 트리암시놀론, 트리암시놀론 아세토니드, 트리펠렌아민, 트리프롤리딘, 비타민D, 자일로메타졸린, YM-341619, 자피르루카스트, 질류톤 또는 이들의 조합물일 수 있다. 특정 구현예에서, 추가 치료제는 약제학적 조성물의 일부로서 포함될 수 있거나 이것은 별도로 존재할 수 있다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 경구, 정맥내, 피부하, 피부내 또는 복강내 투여에 의해서 투여된다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 경구 투여에 의해서 투여된다.
특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 적어도 5 ㎎(예를 들어, 적어도 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 110 ㎎, 120 ㎎, 130 ㎎, 140 ㎎, 150 ㎎, 160 ㎎, 170 ㎎, 180 ㎎, 190 ㎎, 200 ㎎, 210 ㎎, 220 ㎎, 230 ㎎, 240 ㎎, 250 ㎎, 260 ㎎, 270 ㎎, 280 ㎎, 290 ㎎, 300 ㎎, 310 ㎎, 320 ㎎, 330 ㎎, 340 ㎎, 350 ㎎, 360 ㎎, 370 ㎎, 380 ㎎, 390 ㎎, 400 ㎎, 410 ㎎, 420 ㎎, 430 ㎎, 440 ㎎, 450 ㎎, 460 ㎎, 470 ㎎, 480 ㎎, 490 ㎎, 500 ㎎, 510 ㎎, 520 ㎎, 530 ㎎, 540 ㎎, 550 ㎎, 560 ㎎, 570 ㎎, 580 ㎎, 590 ㎎, 600 ㎎, 610 ㎎, 620 ㎎, 630 ㎎, 640 ㎎, 650 ㎎, 660 ㎎, 670 ㎎, 680 ㎎, 690 ㎎, 700 ㎎, 710 ㎎, 720 ㎎, 730 ㎎, 740 ㎎, 750 ㎎, 760 ㎎, 770 ㎎, 780 ㎎, 790 ㎎, 800 ㎎, 810 ㎎, 820 ㎎, 830 ㎎, 840 ㎎, 850 ㎎, 860 ㎎, 870 ㎎, 880 ㎎, 890 ㎎, 또는 900 ㎎) 및 900 ㎎ 이하(예를 들어, 이하 890 ㎎, 880 ㎎, 870 ㎎, 860 ㎎, 850 ㎎, 840 ㎎, 830 ㎎, 820 ㎎, 810 ㎎, 800 ㎎, 790 ㎎, 780 ㎎, 770 ㎎, 760 ㎎, 750 ㎎, 740 ㎎, 730 ㎎, 720 ㎎, 710 ㎎, 700 ㎎, 690 ㎎, 680 ㎎, 670 ㎎, 660 ㎎, 650 ㎎, 640 ㎎, 630 ㎎, 620 ㎎, 610 ㎎, 600 ㎎, 590 ㎎, 580 ㎎, 570 ㎎, 560 ㎎, 550 ㎎, 540 ㎎, 530 ㎎, 520 ㎎, 510 ㎎, 500 ㎎, 490 ㎎, 480 ㎎, 470 ㎎, 460 ㎎, 450 ㎎, 440 ㎎, 430 ㎎, 420 ㎎, 410 ㎎, 400 ㎎, 390 ㎎, 380 ㎎, 370 ㎎, 360 ㎎, 350 ㎎, 340 ㎎, 330 ㎎, 320 ㎎, 310 ㎎, 300 ㎎, 290 ㎎, 280 ㎎, 270 ㎎, 260 ㎎, 250 ㎎, 240 ㎎, 230 ㎎, 220 ㎎, 210 ㎎, 200 ㎎, 190 ㎎, 180 ㎎, 170 ㎎, 160 ㎎, 150 ㎎, 140 ㎎, 130 ㎎, 120 ㎎, 110 ㎎, 100 ㎎, 90 ㎎, 80 ㎎, 70 ㎎, 60 ㎎, 50 ㎎, 40 ㎎, 30 ㎎, 20 ㎎ 또는 10 ㎎)의 총 단백질 양(예를 들어, 브래드포드(Bradford) 검정에 의해서 결정된 바와 같음 또는 BCA 검정에 의해서 결정된 바와 같음)을 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 10 ㎎, 약 20 ㎎, 약 30 ㎎, 약 40 ㎎, 약 50 ㎎, 약 60 ㎎, 약 70 ㎎, 약 80 ㎎, 약 90 ㎎, 약 100 ㎎, 약 110 ㎎, 약 120 ㎎, 약 130 ㎎, 약 140 ㎎, 약 150 ㎎, 약 160 ㎎, 약 170 ㎎, 약 180 ㎎, 약 190 ㎎, 약 200 ㎎, 약 210 ㎎, 약 220 ㎎, 약 230 ㎎, 약 240 ㎎, 약 250 ㎎, 약 260 ㎎, 약 270 ㎎, 약 280 ㎎, 약 290 ㎎, 약 300 ㎎, 약 310 ㎎, 약 320 ㎎, 약 330 ㎎, 약 340 ㎎, 약 350 ㎎, 약 360 ㎎, 약 370 ㎎, 약 380 ㎎, 약 390 ㎎, 약 400 ㎎, 약 410 ㎎, 약 420 ㎎, 약 430 ㎎, 약 440 ㎎, 약 450 ㎎, 약 460 ㎎, 약 470 ㎎, 약 480 ㎎, 약 490 ㎎, 약 500 ㎎, 약 510 ㎎, 약 520 ㎎, 약 530 ㎎, 약 540 ㎎, 약 550 ㎎, 약 560 ㎎, 약 570 ㎎, 약 580 ㎎, 약 590 ㎎, 약 600 ㎎, 약 610 ㎎, 약 620 ㎎, 약 630 ㎎, 약 640 ㎎, 약 650 ㎎, 약 660 ㎎, 약 670 ㎎, 약 680 ㎎, 약 690 ㎎, 약 700 ㎎, 약 710 ㎎, 약 720 ㎎, 약 730 ㎎, 약 740 ㎎, 약 750 ㎎, 약 760 ㎎, 약 770 ㎎, 약 780 ㎎, 약 790 ㎎, 약 800 ㎎, 약 810 ㎎, 약 820 ㎎, 약 830 ㎎, 약 840 ㎎, 약 850 ㎎, 약 860 ㎎, 약 870 ㎎, 약 880 ㎎, 약 890 ㎎ 또는 약 900 ㎎의 총 단백질(예를 들어, 브래드포드 검정에 의해서 결정된 바와 같음 또는 BCA 검정에 의해서 결정된 바와 같음)을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 적어도 5 ㎎(예를 들어, 적어도 6 ㎎, 적어도 7 ㎎, 적어도 8 ㎎, 적어도 9 ㎎, 적어도 10 ㎎, 적어도 11 ㎎, 적어도 12 ㎎, 적어도 13 ㎎, 적어도 14 ㎎, 적어도 15 ㎎, 적어도 16 ㎎, 적어도 17 ㎎, 적어도 18 ㎎, 적어도 19 ㎎ 또는 적어도 20 ㎎) 및 20 ㎎ 이하(예를 들어, 19 ㎎ 이하, 18 ㎎ 이하, 17 ㎎ 이하, 16 ㎎ 이하, 15 ㎎ 이하, 14 ㎎ 이하, 13 ㎎ 이하, 12 ㎎ 이하, 11 ㎎ 이하, 10 ㎎ 이하, 9 ㎎ 이하, 8 ㎎ 이하, 7 ㎎ 이하, 6 ㎎ 이하, 5 ㎎ 이하)(예를 들어, 브래드포드 검정에 의해서 결정된 바와 같음 또는 BCA 검정에 의해서 결정된 바와 같음)의 프레보텔라 속의 박테리아의 총량을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 5 ㎎, 약 6 ㎎, 약 7 ㎎, 약 8 ㎎, 약 9 ㎎, 약 10 ㎎, 약 11 ㎎, 약 12 ㎎, 약 13 ㎎, 약 14 ㎎, 약 15 ㎎, 약 16 ㎎, 약 17 ㎎, 약 18 ㎎, 약 19 ㎎ 또는 약 20 ㎎(예를 들어, 브래드포드 검정에 의해서 결정된 바와 같음 또는 BCA 검정에 의해서 결정된 바와 같음)의 프레보텔라 속의 박테리아의 총량을 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여되는 총 용량의 조성물)은 적어도 1×1010개의 총 세포(예를 들어, 적어도 1×1010개의 총 세포, 적어도 2×1010개의 총 세포, 적어도 3×1010개의 총 세포, 적어도 4×1010개의 총 세포, 적어도 5×1010개의 총 세포, 적어도 6×1010개의 총 세포, 적어도 7×1010개의 총 세포, 적어도 8×1010개의 총 세포, 적어도 9×1010개의 총 세포, 적어도 1×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 9×1011개 이하의 총 세포(예를 들어, 1×1010개 이하의 총 세포, 2×1010개 이하의 총 세포, 3×1010개 이하의 총 세포, 4×1010개 이하의 총 세포, 5×1010개 이하의 총 세포, 6×1010개 이하의 총 세포, 7×1010개 이하의 총 세포, 8×1010개 이하의 총 세포, 9×1010개 이하의 총 세포, 1×1011개 이하의 총 세포, 2×1011개 이하의 총 세포, 3×1011개 이하의 총 세포, 4×1011개 이하의 총 세포, 5×1011개 이하의 총 세포, 6×1011개 이하의 총 세포, 7×1011개 이하의 총 세포, 8×1011개 이하의 총 세포)의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 6×109개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 3.2×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 8×1010 내지 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1011 내지 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다.
특정 구현예에서, 본 명세서에는 프레보텔라 박테리아를 포함하는 고체 투여 형태가 제공된다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 장용 코팅을 포함한다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 캡슐, 예를 들어, 장용 코팅된 캡슐이다. 일부 구현예에서, 각각의 캡슐은 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개 캡슐이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 1개의 캡슐(예를 들어, 약 8×1010개의 총 세포를 포함함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 2개의 캡슐(예를 들어, 각각 약 8×1010개의 총 세포를 포함함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 4개의 캡슐(예를 들어, 각각 약 8×1010개의 총 세포를 포함함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 10개의 캡슐(예를 들어, 각각 약 8×1010개의 총 세포를 포함함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는(예를 들어, 분말로) 동결건조된다.
일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 캡슐을 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 장용 코팅된 정제이다. 일부 구현예에서, 캡슐은 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 약 3.2×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는(예를 들어, 분말로) 동결건조된다.
일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 정제를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제는 장용 코팅된 정제이다. 일부 구현예에서, 장용 코팅된 정제는 5 ㎜ 내지 17 ㎜의 직경이다. 일부 구현예에서, 정제는 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제는 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제는 약 3.2×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제는 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제 내의 프레보텔라 박테리아는 동결건조된다.
일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 미니-정제를 포함한다. 일부 구현예에서, 미니-정제는 장용 코팅된다. 일부 구현예에서, 미니-정제는 1 ㎜ 내지 4 ㎜ 직경이다. 일부 구현예에서, 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)는 1 ㎜ 미니-정제, 1.5 ㎜ 미니-정제, 2 ㎜ 미니-정제, 3 ㎜ 미니-정제 또는 4 ㎜ 미니-정제이다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 약 3.2×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 미니-정제 내의 프레보텔라 박테리아는 동결건조된다.
일부 구현예에서, 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)는 캡슐 내에 함유된다. 일부 구현예에서, 캡슐은 크기 00, 크기 0, 크기 1, 크기 2, 크기 3, 크기 4 또는 크기 5 캡슐이다. 일부 구현예에서, 캡슐은 비-장용 코팅(예를 들어, HPMC(히드록실 프로필 메틸 셀룰로스) 또는 젤라틴)을 포함한다(예를 들어, 비-장용 코팅으로 코팅된다). 일부 구현예에서, 캡슐은 비-장용 코팅을 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 히드록실 프로필 메틸 셀룰로스(HPMC)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 젤라틴을 포함한다. 일부 구현예에서, 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)가 캡슐(들)에 함유되고, 여기서 선택적으로 캡슐은 HPMC를 포함한다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물은 (예를 들어, 재현탁을 위해서 또는 고체 투여 형태(예컨대, 캡슐)로의 사용을 위해서) 분말로서 또는 고체 투여 형태, 예컨대, 정제, 미니정제, 캡슐, 환제 또는 분말로서; 또는 이들 형태의 조합물(예를 들어, 캡슐에 포함된 미니정제)로서 제조된다. 특정 구현예에서, 분말은 동결건조된 박테리아를 포함할 수 있다.
본 명세서에 개시된 양태 중 어느 하나의 특정 구현예에서, 약제학적 조성물은 고체 투여 형태로서 제형화된다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 정제, 캡슐, 미니정제, 분말 또는 이들의 조합물로부터 선택된 투여 형태를 갖는다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 현탁액으로(예를 들어, PBS 중에) 제형화된다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 경구, 정맥내, 피부하, 피부내 및/또는 복강내 투여를 위해서 제형화된다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 경구 투여를 위해서 제형화된다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 동결건조된 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 특정 구현예에서, 동결건조된 프레보텔라 박테리아는 고체 투여 형태, 예컨대, 정제, 미니정제, 캡슐, 환제 또는 분말로 제형화된다. 일부 구현예에서, 동결건조된 프레보텔라 박테리아는 캡슐에 함유된다. 일부 구현예에서, 동결건조된 프레보텔라 박테리아는 용액으로 재현탁된다.
특정 구현예에서, 본 명세서에는 TH2-매개 병태를 갖는 대상체를 치료하는 방법이 제공되며, 이 방법은 대상체에게 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.
특정 구현예에서, 본 명세서에는 아토피 피부염을 갖는 대상체를 치료하는 방법이 제공되며, 이 방법은 대상체에게 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.
특정 구현예에서, 본 명세서에는 음식 알레르기를 갖는 대상체를 치료하는 방법이 제공되며, 이 방법은 대상체에게 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 본 명세서에 제공된 방법은 대상체에게 항생제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 대상체에게 병태를 위한 1종 이상의 다른 요법을 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 또 다른 치료용 박테리아의 투여를 추가로 포함한다.
도 1a는 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여가 FITC-유도 접촉 과민증 모델에서 FITC 귀 시험감염 후 8시간에 귀 부종을 상당히 감소시켰다는 것을 나타낸 그래프이다. (일반 일원 ANOVA; 덱사메타손의 경우 p<0.001; 피. 히스티콜라의 경우 p: 0.0031)
도 1b는 프레보텔라 히스티콜라 치료가 귀에서 Il4, Il5, Il33, Il17a, Il1b 및 Tslp에 대한 유전자 발현을 감소시켰다는 것을 나타낸 일련의 그래프이다.
도 2는 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여가 FITC-유도 접촉 과민증 모델에서 FITC 귀 시험감염 후 8시간에 귀 부종을 상당히 감소시켰다는 것을 나타낸 그래프이다. (일반 일원 ANOVA; 균주 1은 프레보텔라의 또 다른 종의 균주이고; 균주 2는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이다.)
도 3a는 아토피 피부염-연관 음식 알레르기의 모델에 대한 연구 설계를 도시한다.
도 3b는 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여가 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐 모델을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 귀 염증을 상당히 감소시켰다는 것을 나타낸 그래프이다. (일반 일원 ANOVA; 토파시티닙의 경우 p: 0.0009; 피. 히스티콜라의 경우 p <0.0001; 균주 B의 경우 p: 0.0047; 균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이고; 균주 B는 프레보텔라 히스티콜라의 또 다른 균주이다.)
도 3c는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 프레보텔라 히스티콜라 또는 2개의 다른 박테리아 종("균주 A" 및 "균주 B")이 투여된 마우스에서 IgG1 및 IgE 수준을 도시한 한 쌍의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이고; 균주 B는 프레보텔라 히스티콜라의 또 다른 균주이다).
도 3d는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 프레보텔라 히스티콜라 또는 2개의 다른 박테리아 종("균주 A" 및 "균주 B")이 투여된 마우스에서 IL-4, IL-5, IL-13, IL-10, IL-31 및 IL-33 수준을 도시한 일련의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이고; 균주 B는 프레보텔라 히스티콜라의 또 다른 균주이다).
도 4a는 음식 알레르겐으로서 오브알부민(OVA) 또는 CPE(완전 땅콩 추출물(complete peanut extract))를 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델을 시험한 마우스 모델에 대한 연구 설계를 나타낸다.
도 4b는 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여가 OVA-유도 및 땅콩 알레르겐(CPE)-유도 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델 둘 다에서 귀 염증을 상당히 감소시켰다는 것을 나타낸 그래프이다. (일반 일원 ANOVA; 토파시티닙의 경우 p: <0.0001; 항-IL-4의 경우 p: 0.0024; 균주 A의 경우 p: 0.0163; 피. 히스티콜라(OVA 군)의 경우 p<0.0001; CPE 군의 경우 p: <0.0001(비히클 대 피. 히스티콜라); 균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이다.)
도 4c는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 항-IL-4, 프레보텔라 히스티콜라 또는 또 다른 박테리아 종("균주 A")이 투여된 마우스에서 항-OVA IgG1 및 항-OVA IgE 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주임).
도 4D는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 항-IL-4, 프레보텔라 히스티콜라 또는 또 다른 박테리아 종("균주 A") 및 땅콩 알레르겐(CPE)-유도 접촉 과민증 모델에서 비히클 및 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 IL-4, IL-5, IL-13, IL-10 및 IL-31 수준을 나타낸 일련의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이다).
도 4E는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 항-IL-4, 프레보텔라 히스티콜라 또는 또 다른 박테리아 종("균주 A") 및 음식 알레르겐으로서 땅콩 알레르겐(CPE)를 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클 및 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 귀 IL-4, IL-5, TSLP, CCR4 및 IL-19 RNA 수준을 나타낸 일련의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이다).
도 5는 타입 2 피부 염증 및 음식 알레르기 유도의 MC903 모델을 나타낸다.
도 6a는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에 대한 연구 설계를 나타낸다.
도 6b는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에 대한 연구 설계를 나타낸다.
도 6c는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에 대한 연구 설계를 나타낸다.
도 6d는 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여가 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 귀 부종을 상당히 감소시켰다는 것을 나타낸 그래프이다.
도 6e는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염일에 총 IgE 및 항-땅콩 IgE 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 6f는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염일에 총 IgG1 및 항-땅콩 IgG1 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 6g는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염 2주 후에 총 IgE 및 항-땅콩 IgE 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 6h는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염 2주 후에 총 IgG1 및 항-땅콩 IgG1 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 6i는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염 2주 후에 총 IgA 및 항-땅콩 IgA 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 7a는 FITC-CHS 모델 실험 설계를 나타낸 개략도이다.
도 7b는 FITC-CHS 모델에서 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여되었던 마우스로부터의 생체외에서 재자극된 장간막 림프절(mLN) 세포에서 IL-13, IL-4, IL-5, IL-31 및 IL-33 수준을 나타낸 일련의 그래프이다.
도 7c는 FITC-CHS 모델에서 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여되었던 마우스로부터의 생체외에서 재자극된 귀 드레이닝 경부 림프절(draining cervical lymph node)(cLN) 세포에서 IL-13, IL-4, IL-5, IL-31 및 IL-33 수준을 나타낸 일련의 그래프이다.
도 8a는 MC903 유도 아토피 피부염 모델 실험 설계를 나타낸 개략도이다.
도 8b는 MC903 유도 아토피 피부염 모델에서 비히클, 토파시티닙 또는 프레보텔라 히스티콜라로 처리된 마우스에서 시간에 따른 귀측 정치(좌측 패널) 및 14일에 귀 염증(우측 패널)을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 8c는 MC903 유도 아토피 피부염 모델에서 비히클, 토파시티닙 또는 프레보텔라 히스티콜라로 처리된 마우스로부터의 귀 조직에서 Tslp, Il5, Il31, Il4, Ccl19 및 Ccr4 전사체 수준을 나타낸 일련의 그래프이다.
도 8d는 MC903 유도 아토피 피부염 모델에서 비히클, 토파시티닙 또는 프레보텔라 히스티콜라로 처리된 마우스로부터의 공장에서 비만 세포 관련 유전자(Mcpt1) 전사체 수준을 나타낸 그래프이다.
도 8e는 MC903-유도 아토피 피부염 모델에서 비히클, 토파시티닙 또는 프레보텔라 히스티콜라로 처리된 마우스에서 장간막 림프절(좌측 패널) 및 비장(우측 패널)에서 IL-10 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 1b는 프레보텔라 히스티콜라 치료가 귀에서 Il4, Il5, Il33, Il17a, Il1b 및 Tslp에 대한 유전자 발현을 감소시켰다는 것을 나타낸 일련의 그래프이다.
도 2는 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여가 FITC-유도 접촉 과민증 모델에서 FITC 귀 시험감염 후 8시간에 귀 부종을 상당히 감소시켰다는 것을 나타낸 그래프이다. (일반 일원 ANOVA; 균주 1은 프레보텔라의 또 다른 종의 균주이고; 균주 2는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이다.)
도 3a는 아토피 피부염-연관 음식 알레르기의 모델에 대한 연구 설계를 도시한다.
도 3b는 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여가 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐 모델을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 귀 염증을 상당히 감소시켰다는 것을 나타낸 그래프이다. (일반 일원 ANOVA; 토파시티닙의 경우 p: 0.0009; 피. 히스티콜라의 경우 p <0.0001; 균주 B의 경우 p: 0.0047; 균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이고; 균주 B는 프레보텔라 히스티콜라의 또 다른 균주이다.)
도 3c는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 프레보텔라 히스티콜라 또는 2개의 다른 박테리아 종("균주 A" 및 "균주 B")이 투여된 마우스에서 IgG1 및 IgE 수준을 도시한 한 쌍의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이고; 균주 B는 프레보텔라 히스티콜라의 또 다른 균주이다).
도 3d는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 프레보텔라 히스티콜라 또는 2개의 다른 박테리아 종("균주 A" 및 "균주 B")이 투여된 마우스에서 IL-4, IL-5, IL-13, IL-10, IL-31 및 IL-33 수준을 도시한 일련의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이고; 균주 B는 프레보텔라 히스티콜라의 또 다른 균주이다).
도 4a는 음식 알레르겐으로서 오브알부민(OVA) 또는 CPE(완전 땅콩 추출물(complete peanut extract))를 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델을 시험한 마우스 모델에 대한 연구 설계를 나타낸다.
도 4b는 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여가 OVA-유도 및 땅콩 알레르겐(CPE)-유도 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델 둘 다에서 귀 염증을 상당히 감소시켰다는 것을 나타낸 그래프이다. (일반 일원 ANOVA; 토파시티닙의 경우 p: <0.0001; 항-IL-4의 경우 p: 0.0024; 균주 A의 경우 p: 0.0163; 피. 히스티콜라(OVA 군)의 경우 p<0.0001; CPE 군의 경우 p: <0.0001(비히클 대 피. 히스티콜라); 균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이다.)
도 4c는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 항-IL-4, 프레보텔라 히스티콜라 또는 또 다른 박테리아 종("균주 A")이 투여된 마우스에서 항-OVA IgG1 및 항-OVA IgE 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주임).
도 4D는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 항-IL-4, 프레보텔라 히스티콜라 또는 또 다른 박테리아 종("균주 A") 및 땅콩 알레르겐(CPE)-유도 접촉 과민증 모델에서 비히클 및 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 IL-4, IL-5, IL-13, IL-10 및 IL-31 수준을 나타낸 일련의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이다).
도 4E는 오브알부민(OVA) 음식 알레르겐을 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙, 항-IL-4, 프레보텔라 히스티콜라 또는 또 다른 박테리아 종("균주 A") 및 음식 알레르겐으로서 땅콩 알레르겐(CPE)를 사용한 아토피 피부염-연관 음식 알레르기 모델에서 비히클 및 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 귀 IL-4, IL-5, TSLP, CCR4 및 IL-19 RNA 수준을 나타낸 일련의 그래프이다(균주 A는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이다).
도 5는 타입 2 피부 염증 및 음식 알레르기 유도의 MC903 모델을 나타낸다.
도 6a는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에 대한 연구 설계를 나타낸다.
도 6b는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에 대한 연구 설계를 나타낸다.
도 6c는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에 대한 연구 설계를 나타낸다.
도 6d는 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여가 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 귀 부종을 상당히 감소시켰다는 것을 나타낸 그래프이다.
도 6e는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염일에 총 IgE 및 항-땅콩 IgE 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 6f는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염일에 총 IgG1 및 항-땅콩 IgG1 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 6g는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염 2주 후에 총 IgE 및 항-땅콩 IgE 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 6h는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염 2주 후에 총 IgG1 및 항-땅콩 IgG1 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 6i는 피부 감작 땅콩 알레르기 모델에서 비히클, 토파시티닙("tofa") 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여된 마우스에서 시험감염 2주 후에 총 IgA 및 항-땅콩 IgA 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 7a는 FITC-CHS 모델 실험 설계를 나타낸 개략도이다.
도 7b는 FITC-CHS 모델에서 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여되었던 마우스로부터의 생체외에서 재자극된 장간막 림프절(mLN) 세포에서 IL-13, IL-4, IL-5, IL-31 및 IL-33 수준을 나타낸 일련의 그래프이다.
도 7c는 FITC-CHS 모델에서 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라가 투여되었던 마우스로부터의 생체외에서 재자극된 귀 드레이닝 경부 림프절(draining cervical lymph node)(cLN) 세포에서 IL-13, IL-4, IL-5, IL-31 및 IL-33 수준을 나타낸 일련의 그래프이다.
도 8a는 MC903 유도 아토피 피부염 모델 실험 설계를 나타낸 개략도이다.
도 8b는 MC903 유도 아토피 피부염 모델에서 비히클, 토파시티닙 또는 프레보텔라 히스티콜라로 처리된 마우스에서 시간에 따른 귀측 정치(좌측 패널) 및 14일에 귀 염증(우측 패널)을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
도 8c는 MC903 유도 아토피 피부염 모델에서 비히클, 토파시티닙 또는 프레보텔라 히스티콜라로 처리된 마우스로부터의 귀 조직에서 Tslp, Il5, Il31, Il4, Ccl19 및 Ccr4 전사체 수준을 나타낸 일련의 그래프이다.
도 8d는 MC903 유도 아토피 피부염 모델에서 비히클, 토파시티닙 또는 프레보텔라 히스티콜라로 처리된 마우스로부터의 공장에서 비만 세포 관련 유전자(Mcpt1) 전사체 수준을 나타낸 그래프이다.
도 8e는 MC903-유도 아토피 피부염 모델에서 비히클, 토파시티닙 또는 프레보텔라 히스티콜라로 처리된 마우스에서 장간막 림프절(좌측 패널) 및 비장(우측 패널)에서 IL-10 수준을 나타낸 한 쌍의 그래프이다.
본 명세서에 개시된 바와 같이, 프레보텔라 속의 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물은 치료 효과를 가지며, 하나 이상의 TH2-매개 병태의 치료 또는 예방(즉, 치료, 예방, 또는 치료와 예방 모두)에 유용하다. 이러한 TH2-매개 병태는 알레르기 비염, 천식, 아토피 피부염, 두드러기, 혈관부종, 알레르기(예를 들어, 음식 알레르기, 곤충-유도 알레르기 또는 약물 알레르기), 아나필락시스 및 호산구 증가증을 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 약제학적 조성물은 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함할 수 있다.
정의
"아주반트(adjuvant)" 또는 "아주반트 요법"은 대상체(예를 들어, 인간)에서 면역학적 또는 생리학적 반응에 영향을 미치는 작용제를 광범위하게 지칭한다. 예를 들어, 아주반트는 시간이 지남에 따라 또는 관심 영역으로 항원의 존재를 증가시키고, 항원 제시 세포 항원의 흡수를 돕고, 대식세포 및 림프구를 활성화시키고, 사이토카인의 생산을 지원할 수 있다. 면역 반응을 변화시킴으로써, 아주반트는 소량의 면역 상호작용제가 특정 용량의 면역 상호작용제의 효과 또는 안전성을 증가시키도록 허용할 수 있다. 예를 들어, 아주반트는 T 세포 고갈을 방지하여 특정 면역 상호작용제의 효과 또는 안전성을 증가시킬 수 있다.
"투여"는 대상체에 대한 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)의 투여 경로를 광범위하게 지칭한다. 투여 경로의 예는 경구 투여, 직장 투여, 국소 투여, 흡입(비강) 또는 주사를 포함한다. 주사 투여는 정맥내(IV), 근육내(IM) 및 피하(SC) 투여를 포함한다. 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 경구, 비경구, 장내, 정맥내, 복강내, 국소, 경피(예를 들어, 임의의 표준 패치를 사용), 피내, 안구내, 비강내, 국소, 비경구, 예컨대, 에어로졸, 흡입, 피하, 근육내, 협측, 설하, (경)직장, 질, 동맥내 및 경막내, 점막내(예를 들어, 설하, 혀, (경)협측), (경)요도, 질(예를 들어, 경질내 및 질내), 이식, 방광내, 폐내, 십이지장내, 위내 및 기관지내를 포함하지만, 이에 제한되지 않는 임의의 효과적인 경로에 의해 임의의 형태로 투여될 수 있다. 바람직한 구현예에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 경구, 직장, 국소, 방광내, 배액 림프절 내로 또는 인접하여 주사에 의해, 정맥내, 흡입 또는 에어로졸에 의해, 또는 피하로 투여된다. 또 다른 바람직한 구현예에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물은 경구로 또는 정맥내로 투여된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "항체"는 온전한 항체 및 이의 항원 결합 단편 둘 모두를 지칭할 수 있다. 온전한 항체는 디설파이드 결합에 의해 상호-연결된 적어도 2개의 중쇄(H) 및 2개의 경쇄(L)를 포함하는 당단백질이다. 각각의 중쇄는 중쇄 가변 영역(본 명세서에서 VH로 축약됨) 및 중쇄 불변 영역을 포함한다. 각각의 경쇄는 경쇄 가변 영역(본 명세서에서 VL로 축약됨) 및 경쇄 불변 영역을 포함한다. VH 영역 및 VL 영역은 프레임워크 영역(framework region: FR)으로 지칭되는 보다 보존된 영역들과 산재된 상보성 결정 영역(complementarity determining region: CDR)으로 지칭되는 초가변 영역으로 추가로 세분될 수 있다. 각각의 VH 및 VL은 3개의 CDR 및 4개의 FR로 구성되며, 하기의 순서로 아미노-말단에서 카르복시-말단으로 배열된다: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. 중쇄 및 경쇄의 가변 영역은 항원과 상호작용하는 결합 도메인을 함유한다. 용어 "항체"는 예를 들어, 단일클론 항체, 다중클론 항체, 키메라 항체, 인간화 항체, 인간 항체, 다중특이적 항체(예를 들어, 이중특이적 항체), 단일-쇄 항체 및 항원-결합 항체 단편을 포함한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 항체의 "항원 결합 단편" 및 "항원-결합 부분"은 항원에 결합하는 능력을 유지하는 항체의 하나 이상의 단편을 지칭한다. 항체의 "항원-결합 단편"이라는 용어에 포함되는 결합 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2, Fv, scFv, 디설파이드 결합 Fv, Fd, 디아바디, 단일-쇄 항체, NANOBODIES®, 단리된 CDRH3, 및 온전한 항체의 가변 영역의 적어도 일부를 보유하는 다른 항체 단편을 포함한다. 이들 항체 단편은 통상적인 재조합 및/또는 효소 기술을 사용하여 수득될 수 있으며, 온전한 항체와 동일한 방식으로 항원 결합에 대해 스크리닝될 수 있다.
"탄수화물"은 당 또는 당의 중합체를 지칭한다. 용어들 "당류", "다당류", "탄수화물" 및 "올리고당"은 상호교환적으로 사용될 수 있다. 대부분의 탄수화물은 많은 하이드록실기를 가진 알데히드 또는 케톤이며, 보통 분자의 각 탄소 원자에 하나씩 있다. 탄수화물은 일반적으로 분자식 CnH2nOn을 갖는다. 탄수화물은 단당류, 이당류, 삼당류, 올리고당 또는 다당류일 수 있다. 가장 기본적인 탄수화물은 단당류, 예컨대, 글루코스, 수크로스, 갈락토스, 만노스, 리보스, 아라비노스, 자일로스, 및 프룩토스이다. 이당류는 2개의 결합된 단당류이다. 예시적인 이당류는 수크로스, 말토스, 셀로비오스 및 락토스를 포함한다. 전형적으로, 올리고당은 3 내지 6개의 단당류 단위(예를 들어, 라피노스, 스타키오스)를 포함하고, 다당류는 6개 이상의 단당류 단위를 포함한다. 예시적인 다당류는 전분, 글리코겐 및 셀룰로스를 포함한다. 탄수화물은 수산기가 제거된 2'-데옥시리보스, 수산기가 불소로 대체된 2'-플루오로리보스, 또는 글루코스의 질소-함유 형태인 N-아세틸글루코사민과 같은 변형된 당류 단위(예를 들어, 2'-플루오로리보스, 데옥시리보스 및 헥소스)를 함유할 수 있다. 탄수화물은 많은 상이한 형태, 예를 들어, 컨포머(conformer), 환식 형태, 비환식 형태, 입체이성질체, 호변이성질체, 아노머 및 이성질체로 존재할 수 있다.
"세포 증대"는 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)의 투여 전에 환경에 실질적으로 존재하지 않고 조성물 자체에 존재하지 않는, 환경에서 세포의 유입 또는 세포의 확장을 광범위하게 지칭한다. 환경을 증대시키는 세포는 면역 세포, 간질 세포, 박테리아 및 진균 세포를 포함한다.
"분기군"은 계통수에서 통계적으로 유효한 노드의 하류에 있는 계통수의 OTU 또는 구성원을 지칭한다. 분기군은 상이한 단일계통 진화 단위이고 어느 정도의 서열 유사성을 공유하는 계통수에서의 말단 잎 세트를 포함한다.
2개 이상의 미생물 균주로부터의 미생물(예를 들어, 박테리아)의 "조합"은 동일한 물질 또는 생성물, 또는 물리적으로 연결된 생성물에서, 얻어진 미생물의 물리적 공존뿐만 아니라 2개 이상의 균주의 시간적 공동-투여 또는 공동-국재화를 포함한다. 일부 구현예에서, 균주 중 하나는 프레보텔라 박테리아, 예를 들어, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아로부터 유래된다.
용어 "감소시키다" 또는 "고갈시키다"는 치료 전 상태와 비교할 때 치료 후, 상황에 따라 차이가 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 1/100, 1/1000, 1/10,000, 1/100,000, 1/1,000,000 또는 검출 불가가 되도록 하는 변화를 의미한다. 감소될 수 있는 특성은 면역 세포, 박테리아 세포, 기질 세포, 골수 유래 억제자 세포, 섬유모세포, 대사산물의 수; 사이토카인의 수준; 또는 또 다른 물리적 매개변수(예컨대, (예를 들어, DTH 동물 모델에서) 귀 두께 또는 (예를 들어, 동물 종양 모델에서) 종양 크기)를 포함한다.
용어 "생태학적 컨소시엄"은 개선된 효능을 위해 상보적인 숙주 경로를 활성화시켜 숙주 시너지를 유도하는 2개의 박테리아와 대조적으로, 대사물을 교환하고 서로 양성적으로 공동조절하는 박테리아의 그룹이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "조작된 박테리아"는 인간 활동에 의해 그들의 자연 상태로부터 유전적으로 변경된 임의의 박테리아, 및 임의의 이러한 박테리아의 자손이다. 조작된 박테리아는 예를 들어, 표적화된 유전자 변형의 생성물, 무작위 돌연변이 유발 스크린의 생성물 및 유도 진화의 생성물을 포함한다.
용어 "에피토프"는 항체 또는 T 세포 수용체에 특이적으로 결합할 수 있는 단백질 결정인자를 의미한다. 에피토프는 일반적으로 아미노산 또는 당 측쇄와 같은 분자의 화학적 활성 표면 그룹으로 구성된다. 특정 에피토프는 항체가 결합할 수 있는 특정 아미노산 서열에 의해 정의될 수 있다.
용어 "유전자"는 생물학적 기능과 관련된 임의의 핵산을 지칭하기 위해 광범위하게 사용된다. 용어 "유전자"는 특정 게놈 서열뿐만 아니라 이 게놈 서열에 의해 암호화된 cDNA 또는 mRNA에도 적용된다.
2개의 핵산 분자의 핵산 서열 사이의 "동일성"은 예를 들어, 문헌[Pearson et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444]에서와 같은 기본 파라미터를 사용하여, "FASTA" 프로그램과 같은 공지된 컴퓨터 알고리즘을 사용하여 동일성 백분율로서 결정될 수 있다(다른 프로그램은 GCG 프로그램 패키지(문헌[Devereux, J., et al., Nucleic Acids Research 12(I):387 (1984)]), BLASTP, BLASTN, FASTA(문헌[Atschul, S. F., et al., J Molec Biol 215:403 (1990); 문헌[Guide to Huge Computers, Mrtin J. Bishop, ed., Academic Press, San Diego, 1994], 및 문헌[Carillo et al. (1988) SIAM J Applied Math 48:1073])를 포함함). 예를 들어, 미국 국립 생물공학 정보센터 데이터베이스의 BLAST 기능을 사용하여 동일성을 결정할 수 있다. 다른 상업적으로 또는 공개적으로 이용가능한 프로그램에는, DNAStar "MegAlign" 프로그램(Madison, Wis.) 및 위스콘신 대학교 Genetics Computer Group(UWG)의 "Gap" 프로그램(Madison Wis.)이 포함된다.
"면역요법"은 대상체의 면역계를 사용하여 질환(예를 들어, 면역 질환, 염증성 질환, 대사성 질환, 암)을 치료하는 치료법이며, 예를 들어 관문 저해제, 암 백신, 사이토카인, 세포 요법, CAR-T 세포 및 수지상 세포 요법을 포함한다.
용어 "증가하다"는 치료 전 상태와 비교할 때 치료 후, 상황에 따라 차이가 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 4배, 10배, 100배, 10^3배, 10^4배, 10^5배, 10^6배 및/또는 10^7배 더 크도록 되는 변화를 의미한다. 증가될 수 있는 특성은 면역 세포, 박테리아 세포, 기질 세포, 골수 유래 억제자 세포, 섬유모세포, 대사산물의 수; 사이토카인의 수준; 또는 또 다른 물리적 매개변수(예컨대, (예를 들어, DTH 동물 모델에서) 귀 두께 또는 (예를 들어, 동물 종양 모델에서) 종양 크기)를 포함한다.
"선천적 면역 작용제" 또는 "면역-아주반트"는 소분자, 단백질 또는 Toll-유사 수용체(TLR), NOD 수용체, RLR, C-타입 렉틴 수용체, STING-cGAS 경로 구성요소, 인플라마솜 복합체를 포함한 선천적 면역 수용체를 특이적으로 표적화하는 다른 제제이다. 예를 들어, LPS는 박테리아 유래 또는 합성된 TLR-4 작용제이며, 알루미늄은 면역 자극 아주반트로서 사용될 수 있다. 면역 아주반트는 특정 부류의 광범위한 아주반트 또는 아주반트 요법이다. STING 작용제의 예는 2'3'-cGAMP, 3'3'-cGAMP, c-di-AMP, c-di-GMP, 2'2'-cGAMP, 및 2'3'-cGAM(PS)2 (Rp/Sp)(2'3'-cGAMP의 비스-포스포로티오에이트 유사체의 Rp,Sp-이성질체)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. TLR 작용제의 예는 TLR1, TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR10 및 TLR11을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. NOD 작용제의 예는 N-아세틸무라밀-L-알라닐-D-이소글루타민(무라밀디펩타이드(MDP)), 감마-D-글루타밀-메소-디아미노피멜산(iE-DAP) 및 데스무라밀펩타이드(DMP)를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
"내부 전사된 스페이서"또는 "ITS"는 진핵생물 종, 특히 진균의 동정에 종종 사용되는 공통 전구체 전사체 상의 구조적 리보솜 RNA(rRNA)들 사이에 위치한 비 기능적 RNA의 조각이다. 리보솜의 코어를 형성하는 진균의 rRNA는 신호 유전자로서 전사되고, 8S, 5.8S 및 28S 영역으로 구성되며, ITS4와 ITS5는 각각 8S와 5.8S 영역 사이, 그리고 5.8S와 28S 영역 사이에 위치한다. 18S와 5.8S 영역 및 5.8S와 28S 영역 사이의 이러한 두 시스트론내 세그먼트는 스플라이싱에 의해 제거되고, 이전에 기술된 바와 갚이 바코드 목적을 위하여 종 사이에 상당한 변이를 갖는다(문헌[Schoch et al Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. PNAS 109:6241-6246. 2012]). 18S rDNA는 전통적으로 계통발생적 재구성에 사용되지만, ITS는 이것이 일반적으로 고도로 보존되지만 대부분의 진균의 속 및 종을 구분짓기에 충분한 뉴클레오티드 다양성을 보유하는 초가변 영역을 포함하므로 이 기능을 수행할 수 있다.
용어 "단리된" 또는 "강화된"은 (1) 초기에 생산되었을 때(자연에서 또는 실험 설정에서) 관련된 성분들 중 적어도 일부로부터 분리된, 및/또는 (2) 인간의 손에 의해 생산, 제조, 정제 및/또는 제작된 미생물 또는 다른 개체 또는 물질을 포함한다. 단리된 미생물은 초기에 관련된 다른 성분들의 적어도 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 또는 그 이상으로부터 분리될 수 있다. 일부 구현예에서, 단리된 미생물은 약 80% 초과, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 99% 초과 순수하고, 예를 들어, 다른 성분이 실질적으로 존재하지 않는다. 용어 "정제하다," "정제하는" 및 "정제된"은 초기에 생산 또는 생성되었을 때(예를 들어, 자연에서 또는 실험 설정에서), 또는 초기 생산 후 언제든지, 관련된 성분들 중 적어도 일부로부터 분리된 다른 물질 또는 미생물을 지칭한다. 미생물 또는 미생물 집단은 미생물 또는 미생물 집단을 함유하는 물질 또는 환경 등으로 생산 시 또는 생산 후에 단리된 경우 정제된 것으로 간주될 수 있으며, 정제된 미생물 또는 미생물 집단은 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90% 이하, 또는 약 90% 초과의 다른 물질을 함유할 수 있으며, 여전히 "단리된" 것으로 간주된다. 일부 구현예에서, 정제된 미생물 또는 미생물 집단은 약 80% 초과, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 99% 초과 순수하다. 본 명세서에 제공된 미생물 조성물의 경우에, 조성물에 존재하는 하나 이상의 미생물 유형은 미생물 유형을 함유하는 물질 또는 환경에서 생성되고/되거나 존재하는 하나 이상의 다른 미생물로부터 독립적으로 정제될 수 있다. 미생물 조성물 및 이의 미생물 성분은 일반적으로 잔류 서식지 생성물로부터 정제된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "지질"은 지방, 오일, 트리글리세리드, 콜레스테롤, 인지질, 유리 지방산을 포함하는 임의의 형태의 지방산을 포함한다. 지방, 오일 및 지방산은 포화, 불포화(시스 또는 트랜스) 또는 부분 불포화(시스 또는 트랜스)일 수 있다.
용어 "LPS 돌연변이체 또는 리포폴리사카라이드 돌연변이체"는 광범위하게 LPS의 손실을 포함하는 선택된 박테리아를 지칭한다. LPS의 손실은 lpxA, lpxC 및 lpxD와 같은 지질 A 생합성에 관여하는 유전자의 돌연변이 또는 파괴로 인한 것일 수 있다. LPS 돌연변이체를 포함하는 박테리아는 아미노글리코시드 및 폴리믹신(폴리믹신 B 및 콜리스틴)에 내성이 있을 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 "대사산물"은 임의의 세포 또는 미생물 대사 반응에서 기질로서 사용되거나 또는 임의의 세포 또는 미생물 대사 반응으로부터 생성물 화합물, 조성물, 분자, 이온, 보조 인자, 촉매 또는 영양소로서 생성되는 모든 분자 화합물, 조성물, 분자, 이온, 보조 인자, 촉매 또는 영양소를 지칭한다.
"미생물"은 고균(archaeaon), 기생충, 박테리아, 진균, 미세 조류, 원생동물, 및 유기체와 관련된 발달 단계 또는 생애주기 단계(예를 들어, 식물, 포자(포자 형성, 휴면 및 발아 포함), 잠복, 생물막)로 특징지어지는 임의의 천연 또는 조작된 유기체를 지칭한다. 일부 구현예에서, 미생물은 박테리아이다. 장내 미생물의 예는 다음을 포함한다: 악티노마이세스 그라에베닛치이(Actinomyces graevenitzii), 악티노마이세스 오도톨라이티쿠스(Actinomyces odontolyticus), 아커만시아 무시니필라(Akkermansia muciniphila), 박테로이데스 카카에(Bacteroides caccae), 박테로이데스 프라질리스(Bacteroides fragilis), 박테로이데스 푸트레디니스(Bacteroides putredinis), 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron), 박테로이데스 불타구스(Bacteroides vultagus), 비피도박테리움 아돌레센티스(Bifidobacterium adolescentis), 비피도박테리움 비피둠(Bifidobacterium bifidum), 빌로필라 와드스워시아(Bilophila wadsworthia), 블라우티아(Blautia), 부티리비브리오(Butyrivibrio), 캄필로박터 그라실리스(Campylobacter gracilis), 클로스트리디아 클러스터 III(Clostridia cluster III), 클로스트리디아 클러스터 IV, 클로스트리디아 클러스터 IX(애시드아미노코카세아(Acidaminococcaceae) 그룹), 클로스트리디아 클러스터 XI, 클로스트리디아 클러스터 XIII(펩토스트렙토코쿠스(Peptostreptococcus) 그룹), 클로스트리디아 클러스터 XIV, 클로스트리디아 클러스터 XV, 콜린셀라 아에로파시엔스(Collinsella aerofaciens), 코프로코쿠스(Coprococcus), 코리네박테리움 선스발렌세(Corynebacterium sunsvallense), 데술포모나스 피그라(Desulfomonas pigra), 도레아 포르미시게네란스(Dorea formicigenerans), 도레아 론기카테나(Dorea longicatena), 에스케리치아 콜라이(Escherichia coli), 유박테리움 하드룸(Eubacterium hadrum), 유박테리움 렉테일(Eubacterium rectale), 패칼리박테리아 프라우스닛치이(Faecalibacteria prausnitzii), 게멜라(Gemella), 락토코쿠스(Lactococcus), 란크노스피라(Lanchnospira), 몰리쿠테스 클러스터 XVI(Mollicutes cluster) XVI, 몰리쿠테스 클러스터 XVIII, 프레보텔라, 로티아 무실라기노사(Rothia mucilaginosa), 루미노코쿠스 칼리두스(Ruminococcus callidus), 루미노코쿠스 그나부스(Ruminococcus gnavus), 루미노코쿠스 토르케스(Ruminococcus torques) 및 스트렙토코쿠스(Streptococcus).
"미생물군"은 광범위하게 대상체 또는 환자의 신체 부위에 또는 그 안에 존재하는 미생물을 지칭한다. 미생물군의 미생물은 박테리아, 바이러스, 진핵생물 미생물 및/또는 바이러스를 포함할 수 있다. 미생물군의 개별 미생물은 대사 활성, 휴면성, 잠복성일 수 있거나, 포자로서 존재할 수 있거나, 플랑크톤으로 또는 바이오 필름에 존재할 수 있거나, 지속 가능하거나 일시적인 방식으로 미생물군에 존재할 수 있다. 미생물군은 공생 또는 건강 상태 미생물군 또는 질환 상태 미생물군일 수 있다. 미생물군은 대상체 또는 환자에 고유할 수 있거나, 또는 건강 상태 또는 치료 조건의 변화(예를 들어, 항생제 치료, 상이한 미생물에 대한 노출)로 인해 미생물군의 성분이 조절, 도입 또는 고갈될 수 있다. 일부 양태에서, 미생물군은 점막 표면에서 발생한다. 일부 양태에서, 미생물군은 장 미생물군이다.
조직 또는 샘플의 "미생물군 프로파일" 또는 "미생물군 서명"은 미생물군의 박테리아 구성의 적어도 부분적인 특성화를 지칭한다. 일부 구현예에서, 미생물군 프로파일은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100가지 이상의 박테리아 균주가 미생물군에 존재하는지 부재하는지를 나타낸다.
박테리아와 관련하여 "변형된"은 박테리아의 야생형으로부터 변화를 거친 박테리아를 광범위하게 지칭한다. 박테리아 변형은 박테리아를 조작함으로써 발생할 수 있다. 박테리아 변형의 예는 유전자 변형, 유전자 발현 변형, 표현형 변형, 제형화 변형, 화학적 변형 및 용량 또는 농축을 포함한다. 개선된 특성의 예는 본 명세서 전반에 걸쳐 기술되어 있으며, 예를 들어 약독화, 영양요구성, 회귀성 또는 항원성을 포함한다. 표현형 변형은, 예로서, 병독성을 증가시키거나 감소시키도록 박테리아의 표현형을 변형시키는 배지에서의 박테리아 성장을 포함할 수 있다.
"조작 분류 단위(operational taxonomic unit)" 및 "OTU(들)"는 계통수에서 말단 잎을 지칭하고, 핵산 서열, 예를 들어 전체 게놈 또는 특정 유전자 서열, 및 종 수준에서 이 핵산 서열에 대한 서열 동일성을 공유하는 모든 서열에 의해 정의된다. 일부 구현예에서, 특정 유전자 서열은 16S 서열 또는 16S 서열의 일부일 수 있다. 다른 구현예에서, 2개의 개체의 전체 게놈이 서열분석되고 비교된다. 또 다른 구현예에서, 다중 위치 서열 태그(MLST), 특정 유전자 또는 유전자 세트와 같은 선택된 영역은 유전자 비교될 수 있다. 16S의 경우, 전체 16S 또는 16S의 일부 가변 영역에 걸쳐 97% 이상의 평균 뉴클레오티드 동일성을 공유하는 OTU들은 동일한 OTU로 간주된다. 예를 들어, 문헌[Claesson MJ, Wang Q, O'Sullivan O, Greene-Diniz R, Cole JR, Ross RP, and O'Toole PW. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions. Nucleic Acids Res 38: e200]. 문헌[Konstantinidis KT, Ramette A, and Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci361: 1929-1940] 참조. 완전한 게놈의 경우, 95% 이상의 평균 뉴클레오티드 동일성을 공유하는 MLST, 16S 이외의 특정 유전자 또는 유전자 세트의 OTU들은 동일한 OTU로 간주된다. 예를 들어, 문헌[Achtman M, and Wagner M. 2008. Microbial diversity and the genetic nature of microbial species. Nat. Rev. Microbiol. 6. 431-440]. 문헌[Konstantinidis KT, Ramette A, and Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci361: 1929-1940] 참조. OTU는 흔히 유기체 간의 서열을 비교함으로써 정의된다. 일반적으로, 95% 미만의 서열 동일성을 갖는 서열은 동일한 OTU의 일부를 형성하는 것으로 간주되지 않는다. OTU는 또한 뉴클레오티드 마커 또는 유전자의 임의의 조합, 특히 고도로 보존된 유전자(예를 들어, "하우스-키핑(house-keeping)" 유전자)의 임의의 조합, 또는 이의 조합을 특징으로 할 수 있다. 예를 들어, 속, 종 및 계통발생적 분기군에 대한 분류학적 할당을 갖는 조작 분류 단위(OTU)가 본 명세서에 제공된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 유전자가 동일한 조건 하에서 동일한 종의 야생형 박테리아에 의해 발현되는 것보다 적어도 일부 조건 하에서 조작된 박테리아에서 더 높은 수준으로 발현되는 경우, 유전자는 박테리아에서 "과발현"된다. 유사하게, 유전자가 동일한 조건 하에서 동일한 종의 야생형 박테리아에 의해 발현되는 것보다 적어도 일부 조건 하에서 조작된 박테리아에서 더 낮은 수준으로 발현되는 경우, 유전자는 박테리아에서 "저발현"된다.
용어들 "폴리뉴클레오티드" 및 "핵산"은 상호교환적으로 사용된다. 이들은 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체 형태, 데옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드, 또는 이들의 유사체를 지칭한다. 폴리뉴클레오티드는 임의의 3차원 구조를 가질 수 있고, 임의의 기능을 수행할 수 있다. 하기는 폴리뉴클레오타이드의 비-제한적인 예이다: 유전자 또는 유전자 단편의 암호화 또는 비-암호화 영역, 연결 분석으로부터 정의된 유전자좌(유전자좌들), 엑손, 인트론, 메신저 RNA(mRNA), 마이크로 RNA(miRNA), 침묵 RNA(siRNA), 전이 RNA, 리보좀 RNA, 리보자임, cDNA, 재조합 폴리뉴클레오타이드, 분지형 폴리뉴클레오타이드, 플라스미드, 벡터, 임의의 서열의 단리된 DNA, 임의의 서열의 단리된 RNA, 핵산 프로브 및 프라이머. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대, 메틸화된 뉴클레오티드 및 뉴클레오티드 유사체를 포함할 수 있다. 존재하는 경우, 뉴클레오티드 구조에 대한 변형은 중합체의 조립 전 또는 후에 부여될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 예컨대, 표지화 성분과의 접합에 의해 추가로 변형될 수 있다. 본 명세서에 제공된 모든 핵산 서열에서, U 뉴클레오티드는 T 뉴클레오티드와 상호교환가능하다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "바이오마커"는 TH2-매개 경로로 인해서 수준이 증가하거나 감소한 분자(예를 들어, mRNA 또는 단백질)를 포함한다. 예를 들어, 하나 이상의 이러한 바이오마커의 수준은 건강한 대상체에서의 수준과 비교할 때 TH2-매개된 병태에서 증가할 수 있다. 이러한 단백질 바이오마커의 일부 예는 인터류킨-4, 인터류킨-5, 인터류킨-13, 인터류킨-19, 인터류킨-21, 인터류킨-31, 인터류킨-33, 흉선 기질 림포포이에틴, 면역글로불린 G1, 면역글로불린 E, 면역글로불린 A 및 이들의 조합물을 포함한다. 이러한 mRNA 바이오마커의 일부 예는 인터류킨-4, 인터류킨-5, 인터류킨-13, 인터류킨-19, 인터류킨-21, 인터류킨-31, 인터류킨-33, 흉선 기질 림포포이에틴 및 이들의 조합물을 포함한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 물질은 다른 성분이 실질적으로 존재하지 않는 경우 "순수"하다. 용어 "정제하다," "정제하는" 및 "정제된"은 초기에 생산 또는 생성되었을 때(예를 들어, 자연에서 또는 실험 설정에서), 또는 초기 생산 후 언제든지, 관련된 성분들 중 적어도 일부로부터 분리된 프레보텔라 박테리아 제제 또는 다른 물질을 지칭한다. 프레보텔라 박테리아 제제 또는 조성물은 하나 이상의 다른 박테리아 성분으로부터와 같이 생산 시 또는 생산 후에 단리된 경우 정제된 것으로 간주될 수 있으며, 정제된 미생물 또는 미생물 집단은 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90% 이하, 또는 약 90% 초과의 다른 물질을 함유할 수 있으며, 여전히 "단리된" 것으로 간주된다. 일부 구현예에서, 정제된 프레보텔라 박테리아는 약 80% 이상, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 99% 초과 순수하다. 프레보텔라 박테리아 조성물 또는 제제는 예를 들어, 잔류 서식지 생성물로부터 정제된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "정제된 프레보텔라 박테리아" 또는 "프레보텔라 박테리아 조성물"은 원료물질에서 발견된 적어도 하나의 관련된 물질로부터 분리된(예를 들어 적어도 하나의 다른 박테리아 균주로부터 분리된) 프레보텔라 박테리아 또는 제제를 생산하는 데 사용된 임의의 공정에서 프레보텔라 박테리아와 관련된 임의의 물질을 포함하는 제제를 지칭한다. 이는 또한 상당히 강화 또는 농축된 조성물을 지칭한다. 일부 구현예에서 프레보텔라 박테리아는 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 100배, 1000배, 10,000배 또는 10,000배 이상 농축된다. 특정 구현예에서, 프레보텔라 박테리아 조성물은 약제학적 조성물일 수 있다.
"잔류 서식지 산물"은 대상체 내에서 또는 대상체에서 미생물 군에 대한 서식지로부터 유래된 물질을 지칭한다. 예를 들어, 미생물의 발효 배양물은 오염물, 예를 들어, 다른 미생물 균주 또는 형태(예를 들어, 박테리아, 바이러스, 마이코플라즘(mycoplasm) 및/또는 진균)를 함유할 수 있다. 예를 들어, 예를 들어, 미생물은 위장관내 배설물, 피부 자체, 타액, 호흡기 점액 또는 비뇨생식관 분비물(즉, 미생물 군집과 관련된 생물학적 물질)에서 산다. 잔류 서식지 산물이 실질적으로 존재하지 않는다는 것은 미생물 조성물이 더 이상 배양물 또는 인간 또는 동물 대상체 상의 또는 내의 미생물 환경과 관련된 생물학적 물질을 더 이상 함유하지 않고, 미생물 군집과 관련된 임의의 오염 생물학적 물질이 100% 존재하지 않거나, 99% 존재하지 않거나, 98% 존재하지 않거나, 97% 존재하지 않거나, 96% 존재하지 않거나 또는 95% 존재하지 않음을 의미한다. 잔류 서식지 산물은 비 생물 물질(소화되지 않은 음식 포함)을 포함하거나, 원치 않는 미생물을 포함할 수 있다. 잔류 서식지 산물이 실질적으로 존재하지 않는다는 것은 또한, 미생물 조성물이 배양 오염물 또는 인간 또는 동물로부터 검출 가능한 세포를 함유하지 않으며, 미생물 세포만이 검출될 수 있음을 의미할 수 있다. 일 구현예에서, 잔류 서식지 산물이 실질적으로 존재하지 않는다는 것은 또한, 미생물 조성물이 검출가능한 바이러스(박테리아, 바이러스(예를 들어, 파지) 포함) 진균류, 마이코플라즈마 오염물을 함유하지 않음을 의미할 수 있다. 또 다른 구현예에서, 이는 미생물 세포와 비교하여 미생물 조성물내 생존가능 세포의 1×10-2%, 1×10-3%, 1×10-4%, 1×10-5%, 1×10-6%, 1×10-7%, 1×10-8% 미만이 인간 또는 동물임을 의미한다. 이 정도의 순도를 달성하는 방법에는 여러 가지가 있지만 그 중 어느 것도 제한적이지 않다. 따라서, 일련의 단일 콜로니로부터의 복제(예컨대, 2개, 이에 제한되지 않음) 줄무늬가 단일 콜로니 형태만을 나타낼 때까지 고체 배지에서 단일 콜로니로의 여러 단계의 스트리킹을 통해 원하는 성분을 단리함으로써 오염이 감소될 수 있다. 대안적으로, 예컨대, 다수의 10배 연속 희석을 통해, 단일의 원하는 세포를 다수 라운드의 일련의 희석(예를 들어, 10-8 또는 10-9의 희석)함에 의해 오염 감소가 달성될 수 있다. 이는 다수의 단리된 콜로니가 유사한 세포 형태 및 그람 염색 거동을 갖는 것을 보여줌으로써 추가로 확인할 수 있다. 적절한 순도를 확인하기 위한 다른 방법으로는 유전자 분석(예를 들어, PCR, DNA 서열분석), 혈청학 및 항원 분석, 효소 및 대사 분석, 및 원하는 성분을 오염물질과 구별하는 시약을 사용한 유세포 분석과 같은 계측을 사용하는 방법이 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "특이적 결합"은 항체가 소정의 항원에 결합하는 능력 또는 폴리펩티드가 그의 소정의 결합 파트너에 결합하는 능력을 지칭한다. 전형적으로, 항체 또는 폴리펩티드는 약 10-7 M 이하의 KD에 상응하는 친화도로 그의 소정의 항원 또는 결합 파트너에 특이적으로 결합하고, 비 특이적 및 관련되지 않은 항원/결합 파트너(예를 들어, BSA, 카세인)에 대한 결합에 대한 친화도보다 적어도 10배 적거나, 적어도 100배 적거나, 또는 적어도 1000배 적은 친화도(KD에 의해 표현됨)로 소정의 항원/결합 파트너에 결합한다. 대안적으로, 특이적 결합은 하나의 성분이 단백질, 지질 또는 탄수화물 또는 이들의 조합이며, 특이적인 방식으로 단백질, 지질, 탄수화물 또는 이들의 조합인 제2 성분과 결합하는 2개 성분 시스템에 보다 광범위하게 적용된다.
"균주"는 동일한 박테리아 종의 밀접하게 관련된 구성원과 구별될 수 있도록 유전자 서명을 갖는 박테리아 종의 구성원을 지칭한다. 유전자 서명은 적어도 하나의 유전자의 전부 또는 일부의 부재, 적어도 조절 영역(예를 들어, 프로모터, 종결자, 리보스위치, 리보솜 결합 부위)의 존재의 전부 또는 일부의 부재, 적어도 하나의 천연 플라스미드의 부재("경화"), 적어도 하나의 재조합 유전자의 존재, 적어도 하나의 돌연변이 유전자의 존재, 적어도 하나의 외래 유전자(다른 종으로부터 유래된 유전자)의 존재, 적어도 하나의 돌연변이 조절 영역(예를 들어, 프로모터, 종결자, 리보스위치, 리보솜 결합 부위), 적어도 하나의 비-천연 플라스미드의 존재, 적어도 하나의 항생제 내성 카세트의 존재 또는 이들의 조합일 수 있다. 상이한 균주 사이의 유전자 서명은 PCR 증폭에 이어, 임의로 관심 게놈 영역(들) 또는 전체 게놈의 DNA 서열분석에 의해 확인될 수 있다. (같은 종의 다른 균주와 비교하여) 하나의 균주가 항생제 내성을 얻거나 잃거나, 생합성 능력(예컨대, 영양요구성 균주)을 얻거나 잃어버린 경우, 균주는 각각 항생제 또는 영양소/대사산물을 사용한 선별 또는 역-선별에 의해 구별될 수 있다.
용어들 "대상체" 또는 "환자"는 임의의 포유동물을 지칭한다. "치료를 필요로 하는"으로 기재된 대상체 또는 환자는 질환의 치료(또는 예방)가 필요한 대상체를 지칭한다. 포유동물(즉, 포유류 동물)은 인간, 실험 동물(예를 들어, 영장류, 래트, 마우스), 가축(예를 들어, 소, 양, 염소, 돼지) 및 가정용 애완 동물(예를 들어, 개, 고양이, 설치류)을 포함한다. 대상체는 인간일 수 있다. 대상체는 개, 고양이, 소, 말, 돼지, 당나귀, 염소, 낙타, 마우스, 래트, 기니피그, 양, 라마, 원숭이, 고릴라 또는 침팬지를 포함하지만, 이에 제한되지 않는 비-인간 포유동물일 수 있다. 대상체는 건강할 수 있거나, 임의의 발달 단계에서 병태를 앓고 있을 수 있으며, 임의의 단계는 병태-연관 또는 원인 병원체에 의해 유발되거나 기회적으로 지지되거나, 또는 병태 발생 위험이 있거나, 또는 병태-연관 또는 병태-원인 병원체를 다른 것에게 전염시킬 위험이 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 TH2-매개 병태를 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 아토피 피부염을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 천식을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 음식 알레르기를 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 이들의 병태를 위한 요법을 경험하였다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 대상체에서 질환을 "치료하는" 또는 병태를 갖는 또는 갖는 것으로 의심되는 대상체를 "치료하는"이라는 용어는 대상체에게 약제학적 치료(예를 들어, 약제학적 조성물), 예를 들어 하나 이상의 작용제(예를 들어, 약제학적 조성물)의 투여를 수행하여, 병태의 적어도 하나의 증상을 감소시키거나 증상이 악화되는 것을 방지하는 것을 지칭한다. 따라서, 일 구현예에서, "치료하는"은 특히 진행 지연, 완화 촉진, 완화 유도, 완화 증가, 회복 가속화, 대안 치료제의 효능 증가 또는 내성 감소, 또는 이들의 조합을 지칭한다.
박테리아
특정 양태에서, 본 명세서에는 TH2-매개 병태의 치료 및/또는 예방을 위한 박테리아 조성물, 예컨대, 특정 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물 및 이러한 박테리아 조성물, 예컨대, 약제학적 조성물을 사용하는 방법이 제공된다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 약제학적 조성물은 프레보텔라 속의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 종 프레보텔라 알벤시스, 프레보텔라 암니이, 프레보텔라 버겐시스, 프레보텔라 비비아, 프레보텔라 브레비스, 프레보텔라 브리안티이, 프레보텔라 부카에, 프레보텔라 부칼리스, 프레보텔라 코프리, 프레보텔라 덴탈리스, 프레보텔라 덴티콜라, 프레보텔라 디시엔스, 프레보텔라 히스티콜라, 프레보텔라 멜라노제니카, 프레보텔라 인터메디아, 프레보텔라 마쿨로사, 프레보텔라 마시이, 프레보텔라 멜라니노게니카, 프레보텔라 미칸스, 프레보텔라 멀티포르미스, 프레보텔라 니그레센스, 프레보텔라 오랄리스, 프레보텔라 오리스, 프레보텔라 오울로럼, 프레보텔라 팔렌스, 프레보텔라 살리바에, 프레보텔라 스터코레아, 프레보텔라 타너라에, 프레보텔라 티모넨시스, 프레보텔라 제주니, 프레보텔라 아우란티아카, 프레보텔라 바로니아에, 프레보텔라 콜로란스, 프레보텔라 코포리스, 프레보텔라 덴타시니, 프레보텔라 에노에카, 프레보텔라 팔세니이, 프레보텔라 푸스카, 프레보텔라 헤파리놀리티카, 프레보텔라 로에쉐이이, 프레보텔라 멀티사카리보락스, 프레보텔라 난세이엔시스, 프레보텔라 오리자에, 프레보텔라 팔루디비벤스, 프레보텔라 플레우리티디스, 프레보텔라 루미니콜라, 프레보텔라 사카롤리티카, 프레보텔라 스코포스, 프레보텔라 샤히이, 프레보텔라 주글레오포르만스, 프레보텔라 베로랄리스 및/또는 이들의 조합물이다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 프레보텔라 히스티콜라 종이다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329의 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 게놈 서열, 16S 서열 및/또는 CRISPR 서열)과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 99.1% 서열 동일성, 적어도 99.2% 서열 동일성, 적어도 99.3% 서열 동일성, 적어도 99.4% 서열 동일성, 적어도 99.5% 서열 동일성, 적어도 99.6% 서열 동일성, 적어도 99.7% 서열 동일성, 적어도 99.8% 서열 동일성, 적어도 99.9% 서열 동일성)을 포함하는 균주이다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 속의 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)이다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "프레보텔라 균주 B 50329"는 NRRL 수탁 번호 B 50329 하에 기탁된 균주 및 기탁된 균주로부터 클로닝되고/되거나 유래된 균주 둘 다를 포함한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 당업계에 공지된 방법에 따라 배양될 수 있다. 예를 들어, 프레보텔라 히스티콜라는 예를 들어, 문헌[Caballero et al., 2017. "Cooperating Co㎜ensals Restore Colonization Resistance to Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium" Cell Host & Microbe 21:592-602]에 개시된 방법을 사용하여 ATCC 배지 2722, ATCC 배지 1490, 또는 기타 배지에서 성장할 수 있으며, 이는 본 명세서에 그 전문이 참조에 의해 포함된다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 1종 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35종 또는 그 초과)의 단백질 및/또는 표 1에 열거된 단백질을 암호화하는 1종 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35종 또는 그 초과)의 유전자를 포함하는 프레보텔라 박테리아의 균주이다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 모든 단백질 및/또는 표 1에 열거된 단백질을 암호화하는 모든 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 표 2에 열거된 1종 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25종 또는 그 초과)의 단백질 및/또는 표 2에 열거된 단백질을 암호화하는 1종 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25종 또는 그 초과)의 유전자가 존재하지 않거나 실질적으로 존재하지 않는 프레보텔라 박테리아의 균주이다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 표 2에 열거된 모든 단백질 및/또는 표 2에 열거된 단백질을 암호화하는 모든 유전자가 존재하지 않는다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 단백질 중 하나 이상을 포함하고, 표 2에 열거된 1종 이상의 단백질이 존재하지 않거나 실질적으로 존재하지 않는 프레보텔라 박테리아의 균주로부터 유래된다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 단백질 모두 및/또는 표 1에 열거된 단백질을 암호화하는 유전자 모두를 포함하고, 표 2에 열거된 단백질 모두 및/또는 표 2에 열거된 단백질을 암호화하는 유전자 모두가 존재하지 않는 프레보텔라 박테리아의 균주로부터 유래된다.
약제학적 조성물
특정 구현예에서, 본 명세서에는 예를 들어, TH2-매개 병태(예컨대, 아토피 피부염, 천식 및/또는 알레르기)의 치료 또는 예방 방법에 사용하기 위한 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 본 명세서에 기재된 프레보텔라 박테리아)를 포함하는 약제학적 조성물이 제공된다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아 조성물은 프레보텔라 박테리아 및/또는 본 명세서에 기재된 박테리아 균주의 조합물 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함한다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아 조성물은 본 명세서에 기재된 단일 프레보텔라 박테리아 균주 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 프레보텔라 박테리아 및 예를 들어, 프레보텔라 이외에 1종 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10종 또는 그 초과)의 박테리아 균주 또는 종을 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 동결건조된 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 감마 조사된 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 살아있는 프레보텔라 박테리아를 포함한다.
일부 구현예에서, 박테리아 샘플에 존재하는 프레보텔라 박테리아의 수를 정량화하기 위해, 전자 현미경(예를 들어, 초박형 냉동 섹션의 EM)을 사용하여 박테리아를 가시화하고 이들의 상대 수를 계수할 수 있다. 대안적으로, 나노입자 추적 분석(nanoparticle tracking analysis: NTA), 쿨터 계수 또는 동적 광 산란(DLS) 또는 이들 기술의 조합이 사용될 수 있다. NTA와 쿨터 카운터는 입자를 계수하고, 그것들의 크기를 보여준다. DLS는 입자의 크기 분포를 제공하지만, 농도는 제공하지 않는다. 박테리아는 종종 직경이 1 내지 2 um(미크론)이다. 전체 범위는 0.2 내지 20 um이다. 쿨터 계수와 NTA의 조합된 결과는 주어진 샘플의 박테리아 수를 밝힐 수 있다. 쿨터 계수는 0.7 내지 10 um의 직경을 가진 입자의 수를 보여준다. 대부분의 박테리아 샘플의 경우, 쿨터 카운터만으로 박테리아 수를 밝힐 수 있다. NTA의 경우, Nanosight 기기는 Malvern Panalytical로부터 입수할 수 잇다. 예를 들어, NS300은 10 내지 2000 nm의 크기 범위의 현탁액 중의 입자를 가시화하고, 측정할 수 있다. NTA는 예를 들어, 직경이 50 내지 1000 nm인 입자의 수를 계산할 수 있게 한다. DLS는 대략 1 nm 내지 3 um의 범위 내의 상이한 직경의 입자들의 분포를 보여준다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 입자 계수치에 기초하여 정량화될 수 있다. 예를 들어, 프레보텔라 박테리아의 총 입자 함량은 NTA를 사용하여 측정될 수 있다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 총 세포 계수치(TCC)(예를 들어, 쿨터 카운터에 의해서 결정됨)에 기초하여 정량화될 수 있다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 (예를 들어, 박테리아의 연속 희석물을 생성시키고, 이것을 적합한 배지에서 성장하게 하고, 그 다음 콜로니의 수를 계수함으로써) 플레이트 계수 검정을 사용하여 정량화될 수 있다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 단백질, 지질 또는 탄수화물의 양에 기초하여 정량화될 수 있다. 예를 들어, 프레보텔라 박테리아 제제의 총 단백질 함량은 브래드포드 검정 또는 BCA 검정을 사용하여 측정될 수 있다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 예를 들어, 공급원 배양물의 1종 이상의 다른 박테리아 성분으로부터 단리된다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 다른 박테리아 성분 또는 균주를 추가로 포함한다.
특정 양태에서, 대상체(예를 들어, 인간 대상체)에게 투여하기 위한 약제학적 조성물이 제공된다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 최종 생성물을 생성하기 위해 추가의 활성 및/또는 비활성 물질과 조합되며, 이는 단일 투여 단위 또는 다중-용량 형식일 수 있다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 적어도 하나의 탄수화물을 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 적어도 1종의 지질을 포함한다. 일부 구현예에서, 지질은 라우르산(12:0), 미리스트산(14:0), 팔미트산(16:0), 팔미톨레산(16:1), 마르가르산(17:0), 헵타데센산(17:1), 스테아르산(18:0), 올레산(18:1), 리놀레산(18:2), 리놀렌산(18:3), 옥타데카테트라엔산(18:4), 아라키드산(20:0), 에이코센산(20:1), 에이코사디엔산(20:2), 에이코사테트라엔산(20:4), 에이코사펜타엔산(20:5)(EPA), 도코산산(22:0), 도코센산(22:1), 도코사펜타엔산(22:5), 도코사헥사엔산(22:6)(DHA), 및 테트라코산산(24:0)으로부터 선택되는 적어도 하나의 지방산을 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 적어도 하나의 보충 미네랄 또는 미네랄 공급원을 포함한다. 미네랄의 예는 염화물, 나트륨, 칼슘, 철, 크롬, 구리, 요오드, 아연, 마그네슘, 망간, 몰리브덴, 인, 칼륨 및 셀레늄을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 상기 미네랄 중 임의의 미네랄의 적합한 형태는 가용성 미네랄 염, 약간 가용성인 미네랄 염, 불용성 미네랄 염, 킬레이트화된 미네랄, 미네랄 착물, 비-반응성 미네랄, 예컨대, 카르보닐 미네랄 및 환원된 미네랄, 및 이들의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 적어도 하나의 보충 비타민을 포함한다. 적어도 하나의 비타민은 지용성 또는 수용성 비타민일 수 있다. 적합한 비타민은 비타민 C, 비타민 A, 비타민 E, 비타민 B12, 비타민 K, 리보플라빈, 니아신, 비타민 D, 비타민 B6, 엽산, 피리독신, 티아민, 판토텐산 및 비오틴을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 상기의 임의의 적합한 형태는 비타민의 염, 비타민의 유도체, 비타민의 동일하거나 유사한 활성을 갖는 화합물 및 비타민의 대사산물이다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 부형제를 포함한다. 적합한 부형제의 비-제한적인 예는 완충제, 보존제, 안정화제, 결합제, 압착제, 윤활제, 분산 증강제, 붕해제, 향미제, 감미제 및 착색제를 포함한다.
일부 구현예에서, 부형제는 완충제이다. 적합한 완충제의 비-제한적인 예는 시트르산 나트륨, 탄산 마그네슘, 중탄산 마그네슘, 탄산 칼슘 및 중탄산 칼슘을 포함한다.
일부 구현예에서, 부형제는 보존제를 포함한다. 적합한 보존제의 비-제한적인 예는 항산화제, 예컨대, 알파-토코페롤 및 아스코르베이트, 및 항균제, 예컨대, 파라벤, 클로로부탄올 및 페놀을 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 부형제로서 결합제를 포함한다. 적합한 결합제의 비-제한적인 예는 전분, 예비 젤라틴화 전분, 젤라틴, 폴리비닐피롤리돈, 셀룰로스, 메틸 셀룰로스, 나트륨 카르복시메틸 셀룰로스, 에틸셀룰로스, 폴리아크릴아미드, 폴리비닐옥소아졸리돈, 폴리비닐 알코올, C12-C18 지방산 알콜, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리올, 당류 및 올리고당류 및 이들의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 부형제로서 윤활제를 포함한다. 적합한 윤활제의 비-제한적인 예는 스테아르산 마그네슘, 스테아르산 칼슘, 스테아르산 아연, 수소화된 식물성 오일, 스테로텍스, 폴리옥시에틸렌 모노스테아레이트, 탤크, 폴리에틸렌글리콜, 나트륨 벤조에이트, 나트륨 라우릴 설페이트, 마그네슘 라우릴 설페이트 및 경질 미네랄 오일을 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 부형제로서 분산 증강제를 포함한다. 적합한 분산제의 비-제한적인 예는 전분, 알긴산, 폴리비닐피롤리돈, 구아검, 카올린, 벤토나이트, 정제된 목재 셀룰로스, 나트륨 전분 글리콜레이트, 이질동상 실리케이트 및 높은 HLB 유화제 계면활성제로서의 미세결정질 셀룰로스를 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 부형제로서 붕해제를 포함한다. 일부 구현예에서, 붕해제는 비-발포성 붕해제이다. 적합한 비-발포성 붕해제의 비-제한적인 예는 옥수수 전분, 감자 전분, 이의 예비젤라틴화 및 변형된 전분과 같은 전분, 감미제, 클레이, 예컨대, 벤토나이트, 미세결정질 셀룰로스, 알기네이트, 나트륨 전분 글리콜레이트, 검, 예컨대, 한천, 구아, 로커스트 빈, 카라야, 펙틴 및 트라가칸트를 포함한다. 일부 구현예에서, 붕해제는 발포성 붕해제이다. 적합한 발포성 붕해제의 비-제한적인 예는 시트르산과 조합된 중탄산 나트륨 및 타르타르산과 조합된 중탄산 나트륨을 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 식품(예를 들어, 음식 또는 음료), 예컨대, 건강 식품 또는 음료, 유아를 위한 음식 또는 음료, 임산부, 운동 선수, 노인 또는 기타 특정 그룹을 위한 음식 또는 음료, 기능성 식품, 음료, 특정 건강 용도를 위한 식품 또는 음료, 식이 보충제, 환자를 위한 식품 또는 음료, 또는 동물 사료이다. 음식 및 음료의 특정 예는 다양한 음료, 예컨대, 주스, 신선 음료, 차 음료, 드링크 제제, 젤리 음료 및 기능성 음료; 알코올 음료, 예컨대, 맥주; 탄수화물-함유 식품, 예컨대, 쌀 식품, 국수, 빵 및 파스타; 페이스트 제품, 예컨대, 생선 햄, 소시지, 해산물 페이스트 제품; 레토르트 파우치 제품, 예컨대, 카레, 진한 전분 소스를 드레싱한 음식 및 중국 수프; 수프; 유제품, 예컨대, 우유, 유제품 음료, 아이스크림, 치즈 및 요구르트; 발효 제품, 예컨대, 발효 대두 페이스트, 요구르트, 발효 음료 및 피클; 콩 제품; 비스킷, 쿠키 등을 포함한 다양한 제과 제품, 사탕, 츄잉 껌, 구미, 젤리를 포함한 차가운 디저트, 크림 카라멜 및 냉동 디저트; 인스턴트 식품, 예컨대, 인스턴트 수프 및 인스턴트 대두 수프; 전자레인지 식품; 등을 포함한다. 또한, 예들은 또한 분말, 과립, 정제, 캡슐제, 액체, 페이스트 및 젤리 형태로 제조된 건강 식품 및 음료를 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 인간을 포함한 동물용 식품이다. 인간 이외의 동물은 특별히 제한되지 않으며, 상기 조성물은 다양한 가축, 가금류, 애완동물, 실험 동물 등에 사용될 수 있다. 동물의 특정 예는 돼지, 소, 말, 양, 염소, 닭, 야생 오리, 타조, 집오리, 개, 고양이, 토끼, 햄스터, 마우스, 래트, 원숭이 등을 포함하지만, 동물은 이에 제한되지 않는다.
투여 형태
예를 들어, TH2-매개 병태(예컨대, 아토피 피부염 및/또는 음식 알레르기)를 치료 또는 예방하기 위한 방법에 사용하기 위한, 프레보텔라 박테리아를 포함하는 투여 형태가 또한 본 명세서에 제공된다. 프레보텔라 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물은 예를 들어, 경구 투여를 위한 고체 투여 형태로서 제형화될 수 있다. 고체 투여 형태는 1종 이상의 부형제, 예를 들어, 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 포함할 수 있다. 고체 투여 형태의 프레보텔라 박테리아는 단리된 프레보텔라 박테리아일 수 있다. 선택적으로, 고체 투여 형태의 프레보텔라 박테리아는 동결건조될 수 있다. 선택적으로, 고체 투여 형태의 프레보텔라 박테리아는 살아있다. 선택적으로, 고체 투여 형태의 프레보텔라 박테리아는 감마 조사된다. 고체 투여 형태는 정제, 미니정제, 캡슐, 환제 또는 분말; 또는 이들 형태의 조합물(예를 들어, 캡슐에 포함된 미니정제)를 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 약제학적 조성물은 프레보텔라 박테리아 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 고체 투여 형태로서 제조된다.
일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 캡슐을 포함한다. 캡슐은 장용 코팅을 포함할 수 있다. 캡슐은 크기 00, 크기 0, 크기 1, 크기 2, 크기 3, 크기 4 또는 크기 5 캡슐일 수 있다. 캡슐은 프레보텔라 박테리아 분말(예를 들어, 동결건조된 프레보텔라 박테리아)을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 명세서에 기재된 고체 투여 형태는 예를 들어, 정제 또는 미니-정제일 수 있다. 일부 구현예에서, 복수의 미니-정제가 캡슐에 존재할 수 있다(예를 들어, 내부에 로딩될 수 있다).
일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 정제(4 ㎜ 초과)(예를 들어, 5 ㎜ 내지 17 ㎜)를 포함한다. 예를 들어, 정제는 5 ㎜, 6 ㎜, 7 ㎜, 8 ㎜, 9 ㎜, 10 ㎜, 11 ㎜, 12 ㎜, 13 ㎜, 14 ㎜, 15 ㎜, 16 ㎜ 또는 17 ㎜ 정제이다. 크기는 당업계에 공지된 바와 같이 정제의 직경을 지칭한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 정제의 크기는 장용 코팅의 적용 전의 정제의 크기를 지칭한다.
일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 미니-정제를 포함한다. 미니-정제는 1 ㎜ 내지 4 ㎜ 범위의 크기일 수 있다. 예를 들어, 미니-정제는 1 ㎜ 미니-정제, 1.5 ㎜ 미니-정제, 2 ㎜ 미니-정제, 3 ㎜ 미니-정제 또는 4 ㎜ 미니-정제일 수 있다. 크기는 당업계에 공지된 바와 같이 미니-정제의 직경을 지칭한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 미니-정제의 크기는 장용 코팅의 적용 전의 미니-정제의 크기를 지칭한다.
미니-정제는 캡슐로 존재할 수 있다. 캡슐은 크기 00, 크기 0, 크기 1, 크기 2, 크기 3, 크기 4 또는 크기 5 캡슐일 수 있다. 미니-정제를 함유하는 캡슐은 단일 층 코팅, 예를 들어, 비-장용 코팅 예컨대, HPMC(히드록실 프로필 메틸 셀룰로스) 또는 젤라틴을 포함할 수 있다. 미니-정제는 캡슐 내부에 존재할 수 있고: 캡슐 내부의 미니-정제의 수는 캡슐의 크기 및 미니-정제의 크기에 좌우될 것이다. 예로서, 크기 0 캡슐은 3 ㎜ 미니-정제인 미니-정제 31 내지 35(평균 33)개를 함유할 수 있다.
본 명세서에 기재된 고체 투여 형태(예를 들어, 정제 또는 미니-정제)는 장용 코팅될 수 있다.
고체 투여 형태는 코팅을 포함할 수 있다. 고체 투여 형태는 단일 층 코팅, 예를 들어, 장용 코팅, 예를 들어, Eudragit-기재 코팅, 예를 들어, EUDRAGIT L30 D-55, 트리에틸시트레이트 및 탤크를 포함할 수 있다. 고체 투여 형태는 2개의 코팅 층을 포함할 수 있다. 예를 들어, 내부 코팅은 예를 들어, EUDRAGIT L30 D-55, 트리에틸시트레이트, 탤크, 무수 시트르산 및 수산화나트륨을 포함할 수 있고, 외부 코팅은 예를 들어, EUDRAGIT L30 D-55, 트리에틸시트레이트 및 탤크를 포함할 수 있다. EUDRAGIT는 광범위한 폴리메타크릴레이트-기재 공중합체에 대한 브랜드명이다. 그것은 메타크릴산 및 메타크릴산/아크릴산 에스테르 또는 이들의 유도체 기재 음이온성, 양이온성 및 중성 공중합체를 포함한다. Eudragit은 9 내지 150℃ 초과의 유리 전이 온도를 갖는 비정질 중합체이다. Eudragit은 비-생물분해성, 비흡수성 및 비독성이다. 음이온성 Eudragit L은 6 초과의 pH에서 용해되고, 장용 코팅을 위해서 사용되는 반면, pH 7 초과에서 가용성인 Eudragit S는 결장 표적화를 위해서 사용된다. 4차 암모늄기를 갖는 Eudragit RL 및 RS는 수 불용성이지만, 지속 방출형 필름 코팅 적용에 적합한 팽윤성/투과성 중합체이다. pH 5 이상에서 불용성인 양이온성 Eudragit E는 타액에서 약물 방출을 방지할 수 있다.
고체 투여 형태(예를 들어, 캡슐)는 단일 층 코팅, 예를 들어, 비-장용 코팅 예컨대, HPMC(히드록실 프로필 메틸 셀룰로스) 또는 젤라틴을 포함할 수 있다.
프레보텔라 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물은 예를 들어, 경구 투여용 또는 주사용의 현탁액으로서 제형화될 수 있다. 주사 투여는 정맥내(IV), 근육내(IM) 및 피하(SC) 투여를 포함한다. 현탁액의 경우, 프레보텔라 박테리아는 완충제, 예를 들어, 약제학적으로 허용 가능한 완충제, 예를 들어, 식염수 또는 PBS에 존재할 수 있다. 현탁액은 1종 이상의 부형제, 예를 들어, 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 포함할 수 있다. 현탁액은 예를 들어, 수크로스 또는 글루코스를 포함할 수 있다. 현탁액의 프레보텔라 박테리아는 단리된 프레보텔라 박테리아일 수 있다. 선택적으로, 현탁액의 프레보텔라 박테리아는 동결건조될 수 있다. 선택적으로, 고체 투여 형태의 프레보텔라 박테리아는 살아있다. 선택적으로, 현탁액의 프레보텔라 박테리아는 감마 조사될 수 있다.
투여량
인간 대상체에 대한 경구 투여의 경우, 프레보텔라 박테리아의 용량은 예를 들어, 약 2×106 내지 약 2×1016개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 1×107 내지 약 1×1015, 약 1×108 내지 약 1×1014, 약 1×109 내지 약 1×1013, 약 1×1010 내지 약 1×1014 또는 약 1×108 내지 약 1×1012개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×106, 약 2×107, 약 2×108, 약 2×109, 약 1×1010, 약 2×1010, 약 2×1011, 약 2×1012, 약 2×1013, 약 2×1014 또는 약 1×1015개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1014개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1012개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1010개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 1×1010개 입자일 수 있다. 입자 계수는 예를 들어, NTA에 의해서 결정될 수 있다.
인간 대상체에 대한 경구 투여의 경우, 프레보텔라 박테리아의 용량은 예를 들어, 총 단백질에 기초할 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 5 ㎎ 내지 약 900 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 20 ㎎ 내지 약 800 ㎎, 약 50 ㎎ 내지 약 700 ㎎, 약 75 ㎎ 내지 약 600 ㎎, 약 100 ㎎ 내지 약 500 ㎎, 약 250 ㎎ 내지 약 750 ㎎ 또는 약 200 ㎎ 내지 약 500 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 10 ㎎, 약 25 ㎎, 약 50 ㎎, 약 75 ㎎, 약 100 ㎎, 약 150 ㎎, 약 200 ㎎, 약 250 ㎎, 약 300 ㎎, 약 400 ㎎, 약 500 ㎎, 약 600 ㎎ 또는 약 750 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 10 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 총 단백질은 예를 들어, 브래드포드 검정에 의해서 또는 BCA 검정에 의해서 결정될 수 있다.
주사(예를 들어, 정맥내 투여)에 의한 인간 대상체에 대한 투여의 경우, 프레보텔라 박테리아의 용량은 예를 들어, 약 1×106 내지 약 1×1016개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 1×107 내지 약 1×1015, 약 1×108 내지 약 1×1014, 약 1×109 내지 약 1×1013, 약 1×1010 내지 약 1×1014 또는 약 1×108 내지 약 1×1012개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×106, 약 2×107, 약 2×108, 약 2×109, 약 1×1010, 약 2×1010, 약 2×1011, 약 2×1012, 약 2×1013, 약 2×1014 또는 약 1×1015개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 1×1015개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1014개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1013개 입자일 수 있다. 입자 계수는 예를 들어, NTA에 의해서 결정될 수 있다.
주사(예를 들어, 정맥내 투여)에 의한 투여의 경우, 프레보텔라 박테리아의 용량은 예를 들어, 약 5 ㎎ 내지 약 900 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 20 ㎎ 내지 약 800 ㎎, 약 50 ㎎ 내지 약 700 ㎎, 약 75 ㎎ 내지 약 600 ㎎, 약 100 ㎎ 내지 약 500 ㎎, 약 250 ㎎ 내지 약 750 ㎎ 또는 약 200 ㎎ 내지 약 500 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 10 ㎎, 약 25 ㎎, 약 50 ㎎, 약 75 ㎎, 약 100 ㎎, 약 150 ㎎, 약 200 ㎎, 약 250 ㎎, 약 300 ㎎, 약 400 ㎎, 약 500 ㎎, 약 600 ㎎ 또는 약 750 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 700 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 350 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 175 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 총 단백질은 예를 들어, 브래드포드 검정에 의해서 또는 BCA 검정에 의해서 결정될 수 있다.
특정 구현예에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여되는 총 용량의 조성물)은 적어도 1×1010개의 총 세포 (예를 들어, 적어도 1×1010개의 총 세포, 적어도 2×1010개의 총 세포, 적어도 3×1010개의 총 세포, 적어도 4×1010개의 총 세포, 적어도 5×1010개의 총 세포, 적어도 6×1010개의 총 세포, 적어도 7×1010개의 총 세포, 적어도 8×1010개의 총 세포, 적어도 9×1010개의 총 세포, 적어도 1×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 9×1011개 이하의 총 세포(예를 들어, 1×1010개 이하의 총 세포, 2×1010개 이하의 총 세포, 3×1010개 이하의 총 세포, 4×1010개 이하의 총 세포, 5×1010개 이하의 총 세포, 6×1010개 이하의 총 세포, 7×1010개 이하의 총 세포, 8×1010개 이하의 총 세포, 9×1010개 이하의 총 세포, 1×1011개 이하의 총 세포, 2×1011개 이하의 총 세포, 3×1011개 이하의 총 세포, 4×1011개 이하의 총 세포, 5×1011개 이하의 총 세포, 6×1011개 이하의 총 세포, 7×1011개 이하의 총 세포, 8×1011개 이하의 총 세포)의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 6×109개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 3.2×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 8×1010 내지 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1011 내지 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다.
특정 구현예에서, 본 명세서에는 프레보텔라 박테리아를 포함하는 고체 투여 형태가 제공된다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 장용 코팅을 포함한다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 캡슐, 예를 들어, 장용 코팅된 캡슐이다. 일부 구현예에서, 각각의 캡슐은 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개 캡슐이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 1개의 캡슐(예를 들어, 약 8×1010개의 총 세포를 포함함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 2개의 캡슐(예를 들어, 약 8×1010개의 총 세포를 포함함) 각각이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 4개의 캡슐(예를 들어, 약 8×1010개의 총 세포를 포함함) 각각이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 10개의 캡슐(예를 들어, 약 8×1010개의 총 세포를 포함함) 각각이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 구현예에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는 (예를 들어, 분말로) 동결건조된다.
일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 캡슐을 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 장용 코팅된 정제이다. 일부 구현예에서, 캡슐은 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 약 3.2×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는 (예를 들어, 분말로) 동결건조된다.
일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 정제를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제는 장용 코팅된 정제이다. 일부 구현예에서, 장용 코팅된 정제는 5 ㎜ 내지 17 ㎜의 직경이다. 일부 구현예에서, 정제는 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제는 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제는 약 3.2×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제는 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제 내의 프레보텔라 박테리아는 동결건조된다.
일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 미니-정제를 포함한다. 일부 구현예에서, 미니-정제는 장용 코팅된다. 일부 구현예에서, 미니-정제는 1 ㎜ 내지 4 ㎜ 직경이다. 일부 구현예에서, 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)는 1 ㎜ 미니-정제, 1.5 ㎜ 미니-정제, 2 ㎜ 미니-정제, 3 ㎜ 미니-정제 또는 4 ㎜ 미니-정제이다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 약 8×1010개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 약 1.6×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 약 3.2×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 고체 투여 형태는 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 구현예에서, 미니-정제 내의 프레보텔라 박테리아는 동결건조된다. 일부 구현예에서, 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)는 캡슐 내에 함유된다. 일부 구현예에서, 캡슐은 크기 00, 크기 0, 크기 1, 크기 2, 크기 3, 크기 4 또는 크기 5 캡슐이다. 일부 구현예에서, 캡슐은 비-장용 코팅(예를 들어, HPMC(히드록실 프로필 메틸 셀룰로스) 또는 젤라틴)을 포함한다(예를 들어, 비-장용 코팅으로 코팅된다). 일부 구현예에서, 캡슐은 비-장용 코팅을 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 히드록실 프로필 메틸 셀룰로스(HPMC)를 포함한다. 일부 구현예에서, 캡슐은 젤라틴을 포함한다. 일부 구현예에서, 약 8×1011개의 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)가 캡슐(들)에 함유되고, 여기서 선택적으로 캡슐은 HPMC를 포함한다.
감마-조사
(예를 들어, 프레보텔라 박테리아의) 분말은 주변 온도에서 17.5 k㏉ 방사선 단위로 감마-조사될 수 있다.
(예를 들어, 프레보텔라 박테리아의) 동결된 바이오매스는 드라이 아이스의 존재 하에서 25 k㏉ 방사선 단위로 감마-조사될 수 있다.
Th2-매개 병태
프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)에 의해서 치료 및/또는 예방될 수 있는 TH2(타입 2)-매개 병태는 예를 들어, 질환의 발병 또는 과정 동안 인터류킨(IL)-4, IL-5, IL-13, IL-19, IL-21, IL-31, IL-33 및/또는 TSLP(흉선 기질 림포포이에틴) 수준(예를 들어, mRNA 또는 단백질 수준)의 증가와 연관된 병태를 포함한다.
프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)는 인터류킨(IL)-4, IL-5, IL-13, IL-19, IL-21, IL-31, IL-33 및/또는 TSLP(흉선 기질 림포포이에틴) 수준(예를 들어, mRNA 또는 단백질 수준)을 감소시킬 수 있고, 예를 들어, 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)는 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)의 투여의 부재 하에서의(또는 투여 전의) 수준과 비교할 때 감소를 초래한다. 약제학적 조성물은 그 수준을, 예를 들어, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80% 또는 약 90%만큼 감소시킬 수 있다.
프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)에 의해서 치료 및/또는 예방될 수 있는 TH2-매개 병태는 예를 들어, 질환의 발병 또는 과정 동안 IgG1, IgE 및/또는 IgA 수준(예를 들어, mRNA 또는 단백질 수준)의 증가와 연관된 병태를 포함한다.
프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)는 IgG1, IgE 및/또는 IgA 수준(예를 들어, mRNA 또는 단백질 수준)을 감소시킬 수 있고, 예를 들어, 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)는 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)의 투여의 부재 하에서의(또는 투여 전의) 수준과 비교할 때 감소를 초래한다. 약제학적 조성물은 그 수준을, 예를 들어, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80% 또는 약 90%만큼 감소시킬 수 있다.
TH2-매개 병태는 천식, 아토피 피부염, 호산구성 질환 또는 알레르기(예를 들어, 계절성 알레르기, 애완동물 알레르기 또는 음식 알레르기)를 포함할 수 있다. 알레르기는 음식 알레르기, 계절성 알레르기 비염 또는 애완동물 알레르기를 포함할 수 있다. 음식 알레르기는 땅콩 알레르기를 포함할 수 있다. 음식 알레르기는 우유, 계란, 생선, 갑각류 조개류, 견과류, 밀 또는 대두 알레르기를 포함할 수 있다. 음식 알레르기는 음식 항원에 대한 알레르기를 포함할 수 있다. 음식 항원은 땅콩 항원을 포함할 수 있다. 음식 알레르기는 음식 항원에 대한 알레르기를 포함할 수 있고, 음식 항원은 우유, 계란, 생선, 갑각류 조개류, 견과류, 밀, 또는 대두 항원을 포함할 수 있다.
특정 TH2-매개 병태 중 일부는 하기에 추가로 상세히 기재되어 있다.
알레르기 비염
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 알레르기 비염(즉, 고초열)을 포함한다. 알레르기 비염은 알레르겐이 코에서 염증을 유발하는 경우 발생한다. 잠재적인 알레르겐 유형은 개별적으로 또는 조합하여 꽃가루, 애완동물 털, 비듬, 먼지 진드기, 곰팡이, 연기 및 향수를 포함한다. 알레르기 비염의 증상은 개별적으로 또는 조합하여 콧물 또는 코막힘; 가려운 눈, 입, 목 또는 피부; 재채기; 기침; 및 피로를 포함한다.
천식
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 천식(예를 들어, 알레르기 천식)을 포함한다. 천식은 예를 들어, 폐의 기도에 염증이 생길 때 발생한다. 본 명세서의 개시내용과 관련된 병태에 포함되는 천식의 유형은 아토피성 천식이다. 천식의 증상은 개별적으로 또는 조합하여 기침, 쌕쌕거림, 숨가쁨 및 가슴 답답함을 포함할 수 있다.
아토피 피부염
일부 실시양태에서, TH2-매개 병태는 아토피 피부염(즉, 습진)을 포함한다. 아토피 피부염은 피부에 염증이 생겼을 때 발생한다. 이것은 알레르기 비염 및/또는 천식과 함께 발생할 수 있다. 이의 증상은 개별적으로 또는 조합하여 피부 건조, 발적, 가려움증, 발진 및 궤양을 포함할 수 있다.
두드러기
일부 실시양태에서, TH2-매개 병태는 두드러기(urticaria)(즉, 두드러기(hives))를 포함한다. 두드러기는 피부가 부어오른 붉은 반점이 생길 때 발생한다. 이 병태는 예를 들어, 알레르기 반응의 결과로 히스타민으로 인해 혈관으로부터 혈장이 누출되어 발생할 수 있다. 두드러기의 증상은 개별적으로 또는 조합하여 일련의 자국(batches of welt), 가려움증 및 부종을 포함할 수 있다.
혈관부종
일부 실시양태에서, TH2-매개 병태는 혈관부종(즉, 심조직 부종)을 포함한다. 부종이 피부 아래에 있는 경우, 두드러기와 달리 유사한 병태를 혈관부종으로 분류할 수 있다. 이 병태는 예를 들어, 알레르기 반응의 결과로 히스타민으로 인해 혈관으로부터 혈장이 누출되어 발생할 수 있다. 혈관부종의 증상은 개별적으로 또는 조합하여 눈, 입, 손, 발 또는 목의 부종; 호흡 곤란; 및 위경련을 포함할 수 있다.
음식 알레르기
일부 실시양태에서, TH2-매개 병태는 음식 알레르기를 포함한다. 음식 알레르기는 음식(예를 들어, 이의 알레르겐)이 비정상적인 면역 반응을 일으킬 때 발생한다. 반응을 일으킬 수 있는 전형적인 식품 유형은 난류, 우유, 땅콩, 견과류(예를 들어, 호두), 생선, 조개류, 밀 및 대두를 포함한다. 또한 씨앗(예를 들어, 참깨, 겨자), 과일, 쌀이 또한 음식 알레르기를 유발할 수 있다. 증상은 개별적으로 또는 조합하여 구강 가려움증; 두드러기; 얼굴과 같은 신체 일부의 부종; 호흡 곤란; 복부 불편감; 현기증을 포함할 수 있다.
곤충-유도 알레르기
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 곤충-유도 알레르기를 포함한다. 곤충-유도 알레르기는 면역 체계가 곤충 쏘임 또는 물림에 반응할 때 발생한다. 이러한 반응을 일으킬 수 있는 전형적인 곤충 유형은 벌(wasp), 꿀벌(bee), 말벌(hornet), 땅벌(yellow-jacket), 개미, 모기, 빈대, 벼룩 및 진드기를 포함한다.
약물 알레르기
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 약물 알레르기를 포함한다. 약물 알레르기는 약물에 노출될 때 부작용으로 발생한다. 이러한 반응을 유발할 수 있는 일부 약물 유형은 페니실린, 설폰아미드, 항경련제, 아스피린 및 화학요법 약물을 포함한다. 약물 알레르기 증상은 개별적으로 또는 조합하여 열, 가려움증, 두드러기, 발진, 부종 및 숨가쁨을 포함할 수 있다.
아나필락시스
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 아나필락시스를 포함한다. 아나필락시스는 음식, 곤충 독 또는 약물에 대한 반응이 심할 때 발생한다. 이것은 전신에 영향을 미칠 수 있으며, 호흡, 혈압 및 심박수를 변경할 수 있다.
호산구 증가증
일부 실시양태에서, TH2-매개 병태는 호산구 증가증(예를 들어, 원발성 호산구 증가증)을 포함한다. 호산구 증가증은 호산구 수치가 특정 부위 또는 말초 혈액에서 특정 역치를 초과할 때 발생한다.
이러한 TH2-매개 병태 각각에 대해, 이러한 병태를 치료 또는 예방하기 위해 본 명세서에 기재된 방법은 치료될 특정 TH2-매개 병태의 증상의 경감, 안정화 또는 또 다른 개선을 초래할 수 있고, 이러한 증상은 본 명세서에 기재된 증상을 포함한다.
추가 치료제
특정 양태에서, 본 명세서에 제공된 방법은 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 및/또는 박테리아 조성물(예를 들어, 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물)을 단독으로 또는 또 다른 치료제와 조합하여 투여하여, 예를 들어, TH2-매개 병태(예컨대, 아토피 피부염 및/또는 음식 알레르기)를 치료 또는 예방하는 것을 포함한다. 프레보텔라 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물은 예를 들어, 항염증제와 조합하여 투여될 수 있다. 항염증제는 항-히스타민제(예컨대, 세티리진, 펙소페나딘 또는 디펜히드라민), 에피네프린, 코르티코스테로이드(경구 또는 국소)(예컨대, 베타메타손 발레레이트, 히드로코르티손 또는 프레드니손), 칼시뉴린 저해제(예컨대, 타크롤리무스 또는 피메크롤리무스), 시클로스포린, 인터페론 감마-1b 또는 두필루맙일 수 있다. 사용될 수 있는 국소 코르티코스테로이드는 하기를 포함한다: 알클로메타손 디프로피오네이트, 베타메타손 디프로피오네이트, 베타메타손 발러레이트, 클로베타솔 프로피오네이트, 데소니드, 데속시메타손 플루오시놀론 아세토니드, 플루오시노니드, 플루티카손 프로피오네이트, 할로베타솔 프로피오네이트, 히드로코르티손, 히드로코르티손 부티레이트, 히드로코르티손 발러레이트, 모메타손 푸로에이트, 트리암시놀론 아세토니드 및 트리암시놀론 디아세테이트.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물 및 다른 요법은 임의의 순서로 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물 및 다른 요법은 공동으로 투여된다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물은 추가 치료제가 투여되기 전(예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24시간 전 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30일 전)에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물은 추가 치료제가 투여된 후(예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24시간 후 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30일 후)에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물 및 추가 치료제는 대상체에게 동시에 또는 거의 동시에 투여된다(예를 들어, 투여는 서로 1시간 이내에 일어난다). 일부 구현예에서, 대상체는 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물이 대상체에게 투여되기 전(예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24시간 전 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30일 전)에 항생제가 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물이 대상체에게 투여된 후(예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24시간 전 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30일 후)에 항생제가 투여된다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물 및 항생제는 대상체에게 동시에 또는 거의 동시에 투여된다(예를 들어, 투여는 서로 1시간 이내에 일어난다).
특정 구현예에서, 대상체는 수술을 받을 수 있다. 수술 유형은 예방, 진단 또는 병기 결정, 치료 및 완화 수술을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
일부 구현예에서, 추가 치료제는 항생제이다. "항생제"는 광범위하게 박테리아 감염을 저해 또는 예방할 수 있는 화합물을 지칭한다. 항생제는 특정 감염에 대한 사용, 작용 기전, 이의 생체이용률 또는 표적 미생물의 스펙트럼(예를 들어, 그람-음성 박테리아 대 그람-양성 박테리아, 호기성 박테리아 대 혐기성 박테리아, 등)을 포함하는 다양한 방법으로 분류될 수 있으며, 이들은 숙주의 특정 영역("환경")에서 특정 박테리아를 사멸시키는 데 사용될 수 있다(문헌[Leekha, et al 2011. General Principles of Antimicrobial Therapy. Mayo Clin Proc. 86(2): 156-167]). 특정 구현예에서, 항생제는 특정 환경의 박테리아를 선택적으로 표적화하는 데 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 항생제는 박테리아 치료 후에 투여된다. 일부 구현예에서, 항생제는 박테리아 치료 후 생착을 제거하기 위해 투여된다.
일부 양태에서, 항생제는 살균 또는 정균 특성에 기초하여 선택될 수 있다. 살균 항생제는 세포벽(예를 들어, β-락탐), 세포막(예를 들어, 답토마이신) 또는 박테리아 DNA(예를 들어, 플루오로퀴놀론)를 파괴하는 작용 기전을 포함한다. 정균제는 박테리아 복제를 저해하고, 설폰아미드, 테트라사이클린 및 마크로리드를 포함하고, 단백질 합성을 저해함으로써 작용한다. 또한, 일부 약물은 특정 유기체에서 살균 가능하고 다른 유기체에서는 정균제일 수 있지만, 표적 유기체를 아는 것은 당업자가 적절한 특성을 갖는 항생제를 선택할 수 있게 한다. 특정 치료 조건에서, 정균 항생제는 살균 항생제의 활성을 저해한다. 따라서, 특정 구현예에서, 살균 및 정균 항생제는 조합되지 않는다.
항생제는 아미노글리코시드, 안사마이신, 카르바세펨, 카르바페넴, 세팔로스포린, 글리코펩티드, 린코사미드, 리포펩티드, 마크로라이드, 모노박탐, 니트로푸란, 옥사졸리도논, 페니실린, 폴리펩티드 항생제, 퀴놀론, 플루오로퀴놀론, 설폰아미드, 테트라사이클린, 및 항-마이코박테리아 화합물, 및 이들의 조합들을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
아미노글리코시드는 아미카신, 겐타미신, 카나마이신, 네오마이신, 네틸미신, 토브라마이신, 파로모마이신 및 스펙티노마이신을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 아미노글리코시드는, 예를 들어, 그람-음성 박테리아, 예컨대, 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라, 슈도모나스 애루기노사 및 프란시셀라 툴라렌시스에 대해 효과적이며, 특정 호기성 박테리아에 대해서는 효과적이지만, 완전/조건 혐기성 미생물에 대해서는 덜 효과적이다. 아미노글리코시드는 박테리아 30S 또는 50S 리보좀 서브유닛에 결합하여 박테리아 단백질 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
안사마이신은 겔다나마이신, 허비마이신, 리파마이신 및 스트렙토바리신을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 겔다나마이신 및 허비마이신은 열충격 단백질 90의 기능을 저해 또는 변경시키는 것으로 생각된다.
카바세펨은 로라카르베프를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 카바세펨은 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 생각된다.
카바페넴은 에르타페넴, 도리페넴, 이미페넴/실라스타틴 및 메로페넴을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 카르바페넴은 광범위한 항생제로서 그람-양성 및 그람-음성 박테리아 모두에 대해 살균성이다. 카바페넴은 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 생각된다.
세팔로스포린은 세파드록실, 세파졸린, 세팔로틴, 세팔로신, 세팔렉신, 세파클로르, 세파만돌, 세폭시틴, 세프프로질, 세푸록심, 세픽심, 세프디니르, 세프디토렌, 세포페라존, 세포탁심, 세프포독심, 세프타지딤, 세프티부텐, 세프티족심, 세프트리악손, 세페핌, 세프타롤린 포사밀 및 세프토비프롤을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 선택된 세팔로스포린은 예를 들어 그람-음성 박테리아 및 슈도모나스를 포함한 그람-양성 박테리아에 대해 효과적이며, 특정 세팔로스포린은 메티실린-내성 스타필로코쿠스 아우레우스(MRSA)에 효과적이다. 세팔로스포린은 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성을 방해함으로써 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
글리코펩티드는 테이코플라닌, 반코마이신 및 텔라반신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 글리코펩티드는 예를 들어 MRSA 및 클로스트리디움 디피실레를 포함하는 호기성 및 혐기성 그람-양성 박테리아에 효과적이다. 글리코펩티드는 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성을 방해함으로써 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
린코사미드는 클린다마이신 및 린코마이신을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 린코사미드는 예를 들어 혐기성 박테리아뿐만 아니라 스타필로코쿠스 및 스트렙토코쿠스에 대해 효과적이다. 린코사미드는 박테리아 50S 리보좀 서브유닛에 결합하여 박테리아 단백질 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
리포펩티드는 답토마이신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 리포펩티드는 예를 들어 그람-양성 박테리아에 효과적이다. 리포펩티드는 박테리아 막에 결합하여 급속한 탈분극을 유발하는 것으로 여겨진다.
마크로라이드는 아지쓰로마이신, 클라리쓰로마이신, 디리쓰로마이신, 에리쓰로마이신, 록시쓰로마이신, 트롤레안도마이신, 텔리쓰로마이신 및 스피라마이신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 마크로라이드는 예를 들어 스트렙토코커스 및 마이코플라스마에 효과적이다. 마크로라이드는 박테리아 또는 50S 리보솜 서브유닛에 결합하여 박테리아 단백질 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
모노박탐은 아즈트레오남을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 모노박탐은 예를 들어, 그람-음성 박테리아에 대해 효과적이다. 모노박탐은 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성을 방해함으로써 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
니트로푸란은 푸라졸리돈 및 니트로푸란토인을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
옥사졸리도논은 리네졸리드, 포시졸리드, 라데졸리드 및 토레졸리드를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 옥사졸리도논은 단백질 합성 저해제인 것으로 여겨진다.
페니실린은 아목시실린, 암피실린, 아즐로실린, 카르베니실린, 클록사실린, 디클록사실린, 플루클록사실린, 메즐로실린, 메티실린, 나프실린, 옥사실린, 페니실린 G, 페니실린 V, 피페라실린, 테모실린 및 티카르실린을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 페니실린은 예를 들어 그람-양성 박테리아, 조건 혐기성 박테리아, 예를 들어 스트렙토코커스, 보렐리아 및 트레포네마에 효과적이다. 페니실린은 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성을 방해함으로써 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
페니실린 조합물은 아목시실린/클라불라네이트, 암피실린/설박탐, 피페라실린/타조박탐 및 티카실린/클라불라네이트를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
폴리펩티드 항생제는 바시트라신, 콜리스틴 및 폴리믹신 B 및 E를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 폴리펩티드 항생제는 예를 들어 그람-음성 박테리아에 효과적이다. 특정 폴리펩티드 항생제는 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성에 관여하는 이소프레닐 피로포스페이트를 저해하는 반면, 다른 폴리펩티드 항생제는 박테리아 반대-이온을 대체함으로써 박테리아 외막을 불안정화시키는 것으로 여겨진다.
퀴놀론 및 플루오로퀴놀론은 시프로플록사신, 에녹사신, 가티플록사신, 게미플록사신, 레보플록사신, 로메플록사신, 목시플록사신, 날리딕시산, 노르플록사신, 오플록사신, 트로바플록사신, 그레파플록사신, 스파르플록사신 및 테마플록사신을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 퀴놀론/플루오로퀴놀론은 예를 들어, 스트렙토코쿠스 및 나이세리아에 대해 효과적이다. 퀴놀론/플루오로퀴놀론은 박테리아 DNA 기라제 또는 토포이소머라제 IV를 저해함으로써 DNA 복제 및 전사를 저해하는 것으로 여겨진다.
설폰아미드는 마페니드, 설파세타미드, 설파디아진, 은 설파디아진, 설파디메톡신, 설파메티졸, 설파메톡사졸, 설파닐이미드, 설파살라진, 술피속사졸, 트리메토프림-설파메톡사졸(코-트리목사졸) 및 설폰아미도크리소이딘을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 설폰아미드는 디하이드로프테로에이트 신테타제의 경쟁적 저해에 의해 폴레이트 합성을 저해함으로써 핵산 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
테트라사이클린은 데메클로사이클린, 독시사이클린, 미노사이클린, 옥시테트라사이클린 및 테트라사이클린을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 테트라사이클린은 예를 들어, 그람-음성 박테리아에 대해 효과적이다. 테트라사이클린은 박테리아 30S 리보좀 서브유닛에 결합하여 박테리아 단백질 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
항-마이코박테리아 화합물은 클로파지민, 답손, 카프레오마이신, 사이클로세린, 에탐부톨, 에티온아미드, 이소니아지드, 피라진아미드, 리팜피신, 리파부틴, 리파펜틴 및 스트렙토마이신을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
적합한 항생제는 또한 아르스페나민, 클로람페니콜, 포스포마이신, 푸시드산, 메트로니다졸, 무피로신, 플라텐시마이신, 퀴누프리스틴/달포프리스틴, 티게사이클린, 티니다졸, 트리메토프림 아목시실린/클라불라네이트, 암피실린/술박탐, 암포마이신 리스토세틴, 아지쓰로마이신, 바시트라신, 부포린 II, 카르보마이신, 세크로핀 Pl, 클라리쓰로마이신, 에리쓰로마이신, 푸라졸리돈, 푸리드산, Na 푸시데이트, 그라미시딘, 이미페넴, 인돌리시딘, 조사마이신, 마가이난 II, 메트로니다졸, 니트로이미다졸, 미카마이신, 뮤타신 B-Ny266, 뮤타신 B-JHl 140, 뮤타신 J-T8, 니신, 니신 A, 노보비오신, 올레안도마이신, 오스트레오그리신, 피페라실린/타조박탐, 프리스티나마이신, 라모플라닌, 라날렉신, 류테린, 리팍시민, 로사미신, 로사라미신, 스펙티노마이신, 스피라마이신, 스타필로마이신, 스트렙토그라민, 스트렙토그라민 A, 시너기스틴, 타우롤리딘, 테이코플라닌, 텔리스로마이신, 티카르실린/클라불란산, 트리아세틸로레안도마이신, 틸로신, 티로시딘, 티로스리신, 반코마이신, 베마마이신, 및 버지니아마이신을 포함한다.
일부 구현예에서, 추가 요법은 치료 박테리아(예를 들어, 프레보텔라 박테리아) 및/또는 박테리아의 치료 조합물을 대상체에게 투여하여 건강한 미생물군이 대상체에서 재구성될 수 있도록 하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 박테리아는 프로바이오틱 박테리아이다.
특정 추가 요법 중 일부는 하기에 추가로 상세히 기재되어 있다.
알레르기 비염
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 알레르기 비염을 포함하고, 추가 요법은 알레르기 비염을 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 개별적으로 또는 조합하여 코르티코스테로이드(예를 들어, 프레드니손, 메틸프레드니솔론, 트리암시놀론 아세토니드, 베타메타손), 항히스타민제(예를 들어, 아크리바스틴, 알리메마진, 안타졸린, 아스테미졸, 아젤라스틴, 베포타스틴, 빌라스틴, 브로마진, 브롬페니라민, 카비녹사민, 세티리진, 클로르시클리진, 클로로피라민, 클로르페나민, 클레마스틴, 시클리진, 시프로헵타딘, 데슬로라타딘, 덱스브롬페니라민, 덱스클로르페니라민, 디멘히드리네이트, 디메틴덴, 디펜히드라민, 독실아민, 에바스틴, 펙소페나딘, 히드록시진, 케토티펜, 레보카바스틴, 레보세티리진, 로라타딘, 메클리진, 메피라민, 미졸라스틴, 올로파타딘, 오르페나드린, 페니라민, 프로메타진, 퀴페나딘, 루파타딘, 테르페나딘, 트리펠렌아민, 트리프롤리딘), 비만 세포 안정화제(예를 들어, 크로몰릴), 충혈완화제(예를 들어, 베클로메타손, 부데소니드, 시클레소니드, 덱사메타손, 에페드린, 플루니솔리드, 플루티카손, 플루티카손 푸로에이트, 플루티카손 프로피오네이트, 레보메타암페타민, 모메타손, 나파졸린, 옥시메타졸린, 페닐에프린, 페닐프로판올아민, 프레드니솔론, 프로필헥세드린, 슈도에페드린, 시네프린, 테트리졸린, 틱소코르톨, 트라마졸린, 트리암시놀론, 트리암시놀론아세토니드, 자일로메타졸린), 류카트리엔 수용체 길항제(예를 들어, 몬테루카스트, 자피르루카스트, 질류톤, MK-886, 메클로페나메이트 나트륨) 및 면역치료제(예를 들어, 알레르겐 자체의 형태를 함유함, 항체, 예컨대, 오말리주맙의 형태를 함유함)를 포함한다. 이들 작용제는 일반적으로 다른 유형의 알레르기를 위해서 사용될 수 있으며, 이러한 알레르기는 단일 유형의 알레르기로서 발생할 수 있거나 다른 유형의 알레르기와 조합하여 일어날 수 있다.
천식
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 천식(예를 들어, 알레르기 천식)을 포함하고, 추가 요법은 천식을 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 개별적으로 또는 조합하여 코르티코스테로이드, 충혈완화제(이들 중 일부는 또한 코르티코스테로이드임), 비만 세포 안정화제, 류코트리엔 변형제 및 알레르기 비염의 치료를 위한 본 명세서에 제공된 면역치료제를 포함한다. 또한, 천식의 경우, 작용제는 또한 개별적으로 또는 조합하여 베타-효능제(예를 들어, 살메테롤, 포르모테롤, 알부테롤, 레발부테롤), 특정 코르티코스테론 및 베타-효능제 조합물(예를 들어, 플루티카손-살메테롤, 부데소니드-포르모테롤, 포르모테롤-모메타손), 추가 면역치료제(예를 들어, 메폴리주맙, 두필루맙, 레술리주맙 및 벤랄리주맙) 및 특정 다른 약물(예를 들어, 테오필린, 이프라트로피움)을 포함한다. 이들 작용제는 흡입기(inhaler)의 사용을 통해서, (예를 들어, 항체 형태의 경우) 주사로서 또는 환제로서(예를 들어, 알레르겐 면역요법의 경우 설하 정제로서) 제공될 수 있다.
아토피 피부염
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 아토피 피부염을 포함하고, 추가 요법은 아토피 피부염을 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 개별적으로 또는 조합하여, 코르티코스테로이드(예를 들어, 프레드니손) 및 알레르기 비염 또는 천식의 치료를 위한 본 명세서에 제공된 바와 같은 면역치료제(예를 들어, 두필루맙)을 포함한다. 또한, 아토피 피부염의 경우, 작용제는 또한 칼시뉴린 저해제(예를 들어, 타크롤리무스, 피메크롤리무스), 특정 보충제(예를 들어, 비타민 D), 면역억제제(예를 들어, 시클로스포린, 메토트렉세이트, 인터페론 감마-1b, 미코페놀레이트 모페틸, 아자티오프린) 및 다른 약물(예를 들어, 크리사보롤)을 포함한다.
두드러기
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 두드러기를 포함하고, 추가 요법은 두드러기를 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 개별적으로 또는 조합하여, 항히스타민제(예를 들어, 디펜히드라민, 로라타딘, 펙소페나딘, 세티리진, 데슬로라타딘), 코르티코스테로이드(예를 들어, 프레드니손), 류카트리엔 수용체 길항제 및 알레르기 비염 또는 천식의 치료를 위한 본 명세서에 제공된 바와 같은 면역치료제(예를 들어, 오말리주맙)을 포함한다. 또한, 두드러기의 경우, 작용제는 또한 다른 항히스타민제(예를 들어, 라니티딘, 시메티딘, 파모티딘), 면역억제제(예를 들어, 시클로스포린, 타크롤리무스, 시롤리무스, 미코페놀레이트), 항염증제(예를 들어, 답손, 설파살라진, 히드록시클로로퀸), 코르티코스테로이드(예를 들어, 코르티손) 및 호르몬(예를 들어, 에피네프린)을 포함한다.
혈관부종
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 혈관부종을 포함하고, 추가 요법은 혈관부종을 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 개별적으로 또는 조합하여, 항히스타민제(예를 들어, 디펜히드라민, 로라타딘, 펙소페나딘, 세티리진 및 데슬로라타딘), 코르티코스테로이드(예를 들어, 프레드니손), 류카트리엔 수용체 길항제 및 알레르기 비염 또는 천식의 치료를 위한 본 명세서에 제공된 바와 같은 면역치료제(예를 들어, 오말리주맙)을 포함한다. 또한, 혈관부종의 경우, 작용제는 또한 다른 항히스타민제(예를 들어, 라니티딘, 시메티딘, 파모티딘), 면역억제제(예를 들어, 시클로스포린, 타크롤리무스, 시롤리무스, 미코페놀레이트), 항염증제(예를 들어, 답손, 설파살라진, 히드록시클로로퀸), 코르티코스테로이드(예를 들어, 코르티손) 및 호르몬(예를 들어, 에피네프린)을 포함한다.
음식 알레르기
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 음식 알레르기를 포함하고, 추가 요법은 음식 알레르기를 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 개별적으로 또는 조합하여, 에피네프린, 항히스타민제, 글루코코르티코이드 스테로이드, 면역치료제(예를 들어, 알레르겐 자체의 형태를 함유함, 항체, 예컨대, 오말리주맙의 형태를 함유함)를 포함한다.
곤충-유도 알레르기
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 곤충-유도 알레르기를 포함하고, 추가 요법은 곤충-유도 알레르기를 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 항히스타민제를 포함한다.
약물 알레르기
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 약물 알레르기를 포함하고, 추가 요법은 약물 알레르기를 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 개별적으로 또는 조합하여, 항히스타민제(예를 들어, 디펜히드라민) 및 코르티코스테로이드를 포함한다.
아나필락시스
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 아나필락시스를 포함하고, 추가 요법은 아나필락시스를 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 음식, 곤충 독으로 인한 알레르기를 치료하는 데 사용될 수 있는 동일한 작용제 또는 아나필락시스를 치료하는 데 사용될 수 있는 약물(예를 들어, 에피네프린)을 포함한다.
호산구 증가증
일부 구현예에서, TH2-매개 병태는 호산구 증가증(예를 들어, 원발성 호산구 증가증)을 포함하고, 추가 요법은 호산구 증가증을 치료하는 데 사용될 수 있는 작용제를 포함한다. 이러한 작용제는 코르티코스테로이드(예를 들어, 프레드니손)를 포함한다.
이들 TH2-매개 병태 각각의 경우에, 일부 구현예에서, 이러한 제공된 추가 요법 중 하나 이상 이외에 개시된 약제학적 조성물이 투여될 수 있다. 예를 들어, 약제학적 조성물 및 추가 요법의 작용제가 공동 투여될 수 있다.
TH2 세포 활성화에 관여하는 경로를 하향조절하는 데 유용할 수 있는 추가 작용제는 메폴리주맙, 레브리키주맙, 트랄로키누맙, GSK3772847, RG6149/AMG282, ANB020, OC000459, BI 671800, AZD1981, AS1517499, YM-341619, AS1810722, SB010, 레시퀴모드, 이미퀴모드 및 CYT003을 포함한다.
투여
특정 양태에서, 본 명세서에 기재된 프레보텔라 박테리아-함유 약제학적 조성물을 대상체에게 전달하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 본 명세서에 제공된 방법의 일부 구현예에서, 조성물은 추가 치료제(예를 들어, 항염증제)의 투여와 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아는 추가 치료제와 함께 약제학적 조성물에서 공동 제형화된다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)는 추가 치료제와 함께 공동 투여된다. 일부 구현예에서, 추가 치료제는 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)의 투여 전(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 또는 55분 전, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 또는 23시간 전, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 또는 14일 전)에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 추가 치료제는 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)의 투여 후(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 또는 55분 후, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 또는 23시간 후, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 또는 14일 후)에 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물) 및 추가 치료제 둘 모두를 전달하기 위해 동일한 전달 방식이 사용된다. 일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물) 및 추가의 치료제를 투여하기 위해 상이한 전달 방식이 사용된다. 예를 들어, 일부 구현예에서 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)는 경구로 투여되는 반면, 추가의 치료제는 주사(예를 들어, 정맥내 및/또는 근육내 주사)를 통해 투여된다.
특정 구현예에서, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물 및 투여 형태는 임의의 다른 통상적인 치료와 함께 투여될 수 있다. 이들 치료는 필요에 따라 및/또는 지시된 바와 같이 적용될 수 있고, 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물 및 투여 형태의 투여 전, 투여와 동시에, 또는 투여 후에 수행될 수 있다.
투여 요법은 임의의 다양한 방법 및 양일 수 있으며, 공지된 임상 인자에 따라 당업자에 의해 결정될 수 있다. 의학 분야에 공지된 바와 같이, 임의의 한 환자에 대한 투여량은 대상체의 종, 크기, 체표면적, 연령, 성별, 면역능력 및 일반적인 건강, 투여될 특정 미생물, 투여 지속 기간 및 투여경로, 질환의 종류 및 단계 및 동시에 투여되는 약물과 같은 다른 화합물을 비롯한 많은 인자에 따라 다를 수 있다. 상기 인자 이외에, 이러한 수준은 당업자의 결정에 따라 미생물의 감염성 및 미생물의 성질에 의해 영향을 받을 수 있다. 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물의 용량은 투여 형태, 투여 경로, 병태의 정도 또는 단계 등에 따라 적절히 설정되거나 조정될 수 있다. 예를 들어, 제제의 일반적인 유효 용량은 0.01 ㎎/㎏ 체중/일 내지 1000 ㎎/㎏ 체중/일, 0.1 ㎎/㎏ 체중/일 내지 1000 ㎎/㎏ 체중/일, 0.5 ㎎/㎏ 체중/일 내지 500 ㎎/㎏ 체중/일, 1 ㎎/㎏ 체중/일 내지 100 ㎎/㎏ 체중/일, 또는 5 ㎎/㎏ 체중/일 내지 50 ㎎/㎏ 체중/일의 범위일 수 있다. 유효 용량은 0.01, 0.05, 0.1, 0.5, 1, 2, 3, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 500, 또는 1000 ㎎/㎏ 체중/일 이상일 수 있지만, 용량은 이에 제한되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체에게 투여되는 용량은 병태를 예방하거나, 발병을 지연시키거나, 진행을 늦추거나 중단시키거나 또는 병태의 재발을 예방하기에 충분하다. 당업자는 투여량이 대상체의 연령, 종, 상태 및 체중뿐만 아니라 사용된 특정 화합물의 강도를 포함하는 다양한 인자에 따라 달라질 것임을 인식할 것이다. 투여량의 크기는 또한 투여 경로, 시기 및 빈도뿐만 아니라 특정 화합물의 투여에 수반될 수 있는 임의의 부작용 및 원하는 생리적 효과의 존재, 성질 및 정도에 의해 결정될 것이다.
적합한 용량 및 투여용량 요법은 당업자에게 공지된 통상적인 범위-지정 기술에 의해 결정될 수 있다. 일반적으로, 치료는 화합물의 최적 용량보다 적은 소량으로 개시된다. 그 후에, 투여용량은 상황 하에서 최적의 효과에 도달할 때까지 소량씩 증가된다. 효과적인 투여량 및 치료 프로토콜은 예를 들어 실험실 동물에서 낮은 용량으로 시작한 다음 효과를 모니터링하면서 투여용량을 증가시키고, 투여량 요법을 체계적으로 변화시키는, 일상적이고 통상적인 수단에 의해 결정될 수 있다. 동물 연구는 일반적으로, 킬로그램 중량 당 생물활성제의 최대 허용 용량("MTD")을 결정하기 위해 사용된다. 당업자는 인간을 포함한 다른 종에서 독성을 피하면서 효능에 대한 용량을 정기적으로 추정한다.
상기에 따르면, 치료적 적용에서, 본 발명에 따라 사용되는 활성제의 용량은 선택된 투여용량에 영향을 미치는 다른 요인들 중에서, 활성제, 수혜 환자의 연령, 체중 및 임상 상태, 요법을 투여하는 임상의 또는 개업의의 경험 및 판단에 따라 변한다. 일반적으로, 용량은 병태의 진행을 둔화시키고, 바람직하게는 퇴행시키기에 충분해야 한다.
개별 투여는 2회, 3회, 4회, 5회 또는 6회 투여를 포함하여 임의의 수의 2회 이상의 투여(예를 들어, 용량)를 포함할 수 있다. 당업자는 치료 방법을 모니터링하기 위해 당 업계에 공지된 방법 및 본 명세서에 제공된 다른 모니터링 방법에 따라 수행할 투여 횟수 또는 하나 이상의 추가 투여를 수행하는 것이 바람직하다는 것을 쉽게 결정할 수 있다. 일부 구현예에서, 용량은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30일 또는 1, 2, 3 또는 4주씩 떨어져 있을 수 있다. 따라서, 본 명세서에 제공된 방법은 대상체에게 박테리아의 하나 이상의 투여를 제공하는 방법(여기서 투여 횟수는 대상체를 모니터링함으로써 결정될 수 있음) 및 모니터링의 결과에 기초하여 하나 이상의 추가 투여를 제공할지 여부를 결정하는 방법을 포함한다. 하나 이상의 추가 투여를 제공할 것인지의 여부의 결정은 대상체의 항-박테리아 항체 역가, 대상체의 전반적인 건강 및/또는 대상체의 체중을 포함하지만, 이에 제한되지 않는 다양한 모니터링 결과에 기초할 수 있다.
투여 사이의 기간은 임의의 다양한 기간일 수 있다. 투여 사이의 기간은 투여 횟수, 대상체가 면역 반응을 일으키는 기간 및/또는 대상체가 정상적인 조직 또는 소화관으로부터 박테리아를 제거하는 기간과 관련하여 기술된 바와 같이 모니터링 단계를 포함하는 임의의 다양한 인자의 함수일 수 있다. 일례에서, 기간은 대상체가 면역 반응을 일으키는 시간의 함수일 수 있으며; 예를 들어, 기간은 약 1주일 초과, 약 10일 초과, 약 2주 초과, 또는 약 1개월 초과와 같은, 대상체가 면역 반응을 일으키는 기간보다 길 수 있거나; 다른 예에서, 기간은 약 1주일 미만, 약 10일 미만, 약 2주 미만, 또는 약 1개월 미만과 같은, 대상체가 면역 반응을 일으키는 기간보다 짧을 수 있다. 또 다른 예에서, 기간은 대상체가 박테리아를 정상 조직 또는 소화관으로부터 제거하는 기간의 함수일 수 있으며; 예를 들어, 기간은 대상체가 정상 조직 또는 소화관으로부터 박테리아를 제거하는 시간보다 길 수 있으며, 예컨대, 약 1일 초과, 약 2일 초과, 약 3일 초과, 약 5일 초과, 또는 약 1주일 초과이다.
일부 구현예에서, 본 명세서에 기재된 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)과 조합된 추가의 치료제의 전달은 부작용을 감소시키고/시키거나 추가의 치료제의 효능을 향상시킨다.
본 명세서에 기재된 추가의 치료제의 유효 용량은 환자에게 독성이 가장 적은, 특정 환자(예를 들어, 대상체), 투여 조성물 및 투여 방식에 대한 원하는 치료 반응을 달성하는데 효과적인 치료제의 양이다. 유효 투여량 수준은 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인될 수 있으며, 투여되는 특정 조성물의 활성, 투여 경로, 투여시간, 사용되는 특정 화합물의 배출 속도, 치료 기간, 사용된 특정 조성물과 함께 사용되는 다른 약물, 화합물 및/또는 물질, 치료되는 환자의 연령, 성별, 체중, 상태, 일반적인 건강 및 이전 의학적 이력, 및 의학 분야에서 잘 알려진 유사 인자를 포함하는 다양한 약동학적 인자에 따라 달라질 것이다. 일반적으로, 추가의 요법의 유효 용량은 치료 효과를 생성하는데 효과적인 최저 용량인 치료제의 양일 것이다. 이러한 유효 용량은 일반적으로, 상기 기재된 인자에 따라 달라질 것이다.
추가의 요법의 독성은 치료 동안 및 치료 후에 대상체가 경험하는 부작용의 수준이다. 요법 독성과 관련된 부작용은 복통, 위산과다, 위산 역류, 알레르기 반응, 탈모증, 아나필락시스, 빈혈, 불안, 식욕 부진, 관절통, 무력증, 운동 실조증, 무증상, 균형 상실, 뼈 통증, 출혈, 혈전, 저혈압, 고혈압, 호흡 곤란, 기관지염, 멍, 적은 백혈구 수, 적은 적혈구 수, 적은 혈소판 수, 심장독성, 방광염, 출혈성 방광염, 부정맥, 심장 판막 질환, 심근병증, 관상 동맥 질환, 백내장, 중추 신경독성, 인지 장애, 혼동, 결막염, 변비, 기침, 경련, 방광염, 심부정맥 혈전증, 탈수, 우울증, 설사, 현기증, 구강 건조, 건조한 피부, 소화불량, 호흡곤란, 부종, 전해질 불균형, 식도염, 피로, 생식능력 상실, 열, 속이 부글거림, 홍조, 위 역류, 위식도 역류 질환, 생식기 통증, 과립구감소증, 여성형 유방, 녹내장, 탈모, 손발 증후군, 두통, 난청, 심부전, 심계항진, 속쓰림, 혈종, 출혈성 방광염, 간독성, 고아밀라아제혈증, 고칼슘혈증, 고염소혈증, 고혈당증, 고칼륨혈증, 고지혈증, 고마그네슘혈증, 고나트륨혈증, 고인산혈증, 과다색소침착, 고중성지방혈증, 고요산혈증, 저알부민혈증, 저칼슘혈증, 저염소혈증, 저혈당증, 저칼륨혈증, 저마그네슘혈증, 저나트륨혈증, 저인산혈증, 발기부전, 감염, 주사 부위 반응, 불면증, 철 결핍증, 가려움증, 관절통, 신부전, 백혈구감소증, 간기능부전증, 기억 상실, 폐경, 구강 염증, 점막염, 근육통증, 근육통, 골수억제, 심근염, 호중구 발열, 메스꺼움, 신독성, 호중구감소증, 코피, 마비, 이독성, 통증, 손발바닥 홍반성 감각이상, 범혈구감소증, 심막염, 말초신경병증, 인두염, 광선공포증, 감광성, 폐렴, 간질성 폐렴, 단백뇨, 폐색전증, 폐섬유증, 폐 독성, 발진, 빠른 심장 박동, 직장 출혈, 안절부절, 비염, 발작, 호흡 곤란, 부비동염, 혈소판감소증, 이명, 요로 감염, 질 출혈, 질 건조, 현기증, 물 정체, 쇠약, 체중 감소, 체중 증가 및 구강건조증을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 일반적으로, 요법을 통해 달성된 대상체에 대한 이익이 요법으로 인해 대상체가 경험한 부작용보다 더 클 경우 독성이 허용 가능하다.
일부 구현예에서, 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 이의 약제학적 조성물)의 투여는 병태를 치료한다.
본 명세서에 기재된 바와 같이, 치료될 병태는 TH2-매개 병태, 예컨대, 아토피 피부염 및/또는 음식 알레르기를 포함할 수 있다.
실시예
실시예 1: FITC-유도 접촉 과민증 모델에서 프레보텔라 히스티콜라의 효과.
항원에 대한 피부 노출은 시간 경과에 따라서 예를 들어, 피부 알레르기(예를 들어, 피부염 또는 아토피 피부염 또는 습진)의 형태 및/또는 음식 알레르기의 형태의 그 항원에 대한 알레르기 반응으로 이어질 수 있다(예를 들어, 문헌[Han et al. The atopic march: current insights into skin barrier dysfunction and epithelial cell-derived cytokines. Immunol. Rev. 2017. July;278(1):116-130. Doi: 10.1111/imr.12546]; 문헌[Kawasaki et al. Skin inflammation exacerbates food allergy symptoms in epicutaneously sensitized mice. Allergy. 2018. June;73(6):1313-1321. Doi: 10.1111/all.13404]; 문헌[Martel et al. Translational animal models of atopic dermatitis for preclinical studies. Yale J. Biol. Med. 2017. Sept;90(3):389-402]; 문헌[Jin et al. Animal models of atopic dermatitis. J. Invest. Dermatol. 2009. Jan: 129(1):31-40. Doi 10.1038/jid.2008.106] 참고).
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329의 효과는 플루오레세인 아이소티오사이아네이트(FITC)-유도 접촉 과민증 모델에서 연구되었다(예를 들어, 문헌[Li et al. T-helper type-2 contact hypersensitivity of Balb/c mice aggravated by dibutyl phthalate via long-term dermal exposure. Feb. 3, 2014. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0087887]; 문헌[Imai et al. Effects of phthalate esters on the sensitization phase of contact hypersensitivity induced by fluorescein isothiocyanate. Clin. Exp. Allergy. 2006 Nov; 36(11): 1462-8]; 문헌[Dearman et al. Role of CD4+ T helper 2-type cells in cutaneous inflammatory responses induced by fluorescein isothiocynate. Immunology. 2000 Dec; 101(4):442-451. Doi: 10.1046/j.1365-2567.2000.01126.x] 참고).
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329를 경구 위관 영양법에 의해서 투여하였고, 염증에 대한 프레보텔라 히스티콜라의 효과를 다양한 판독치를 사용하여 분석하였다.
분말(예를 들어, 동결건조 형태)로부터 재구성된 미생물을 사용하여 연구를 수행하였다. 수크로스를 재구성용 비히클로서 사용하였다.
매일 위관 영양법, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 바이알 1개 및 혐기성 수크로스 바이알 1개를 냉장고에서 꺼냈다. 혐기성 수크로스를 사용하여 멸균 튜브 내에서 적절한 박테리아 희석물을 제조하였다. 예를 들어, 800 ul의 수크로스를 80 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329에 첨가하였다. 적절한 재현탁을 보장하기 위해서, 재현탁된 분말의 바이알을 와동시켜 분말이 바이알에 들러붙지 않게 하였다. 와동 직후(분말이 가라앉기 전)에 마우스당 100 ㎕의 양의 재현탁된 분말을 사용하여 마우스에게 위관 영양법을 수행하고, 나머지 분말 혼합물을 버렸다(새로 준비된 희석물을 매번 사용해야 함). 음성 대조군 마우스에게 1일당 100 ul의 비히클을 사용하여 경구 위관 영양법을 수행하였다.
FITC-유도 과민증 연구 프로토콜:
마우스를 Taconic로부터 구입하고, 실험 시작 전 적어도 1주일 동안 사육장에 적응시켰다. 마우스를 케이지당 5마리(또는 더 적게) 동물로 수용하였고, 각각의 케이지는 상이한 처리군을 구성하였다.
제0일에, 마우스를 이소플루란으로 마취시키고(한번에 한마리씩), 등을 면도하였다.
제1일에, 0.5% FITC (w/v)의 용액을 아주반트(디부틸 프탈레이트(DBP)) 및 아세톤(1:1)에 용해시켰다. 0.5% FITC를 제조하기 위해서, 250 ㎎의 FITC를 25 ㎖ 아세톤에 용해시켰다. 완전히 용해되면, 25 ㎖의 DBP를 첨가하고, 와동에 의해 혼합하였다.
제1일 및 제2일에, 피펫으로 0.5% FITC 용액 ㎕를 적용함으로써 마우스의 등을 감작시켰다. 혐기성 수크로스를 음성 대조군(비히클)으로 제공하였다. 덱사메타손을 양성 대조군으로 제공하였다(25 ㎎의 덱사메타손(Sigma)을 1.6 ㎖의 96% 에탄올에 재현탁시킴으로써 덱사메타손 스톡 용액을 제조하였다).
제1일 내지 제6일에, 하기 연구 설계에 따라서 마우스에게 비히클(음성 대조군, 군 1) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(군 3)를 사용하여 경구 위관 영양법을 수행하거나 덱사메타손(양성 대조군, 군 2)을 복강내(i.p.) 주사하였다.
매일 위관 영양법(군 1 및 군 3) 및 i.p. 주사(군 2)에 더하여, 하기와 같이 제6일에 마우스를 FITC-시험감염시켰다: 제6일에, 각각의 마우스를 이소플루란으로 마취시키고, 캘리퍼를 사용하여 기준선 왼쪽 귀 측정치를 얻고, 그 다음 20 ㎕의 0.5% FITC 용액을 왼쪽 귀에 적용하였다(20 ㎕의 0.5% FITC (w/v) DBP:아세톤(1:1)("귀 시험감염" 또는 "FITC 시험감염").
제7일에, 귀 시험감염 8시간 후에 캘리퍼를 사용하여 측정치를 얻었다. 마우스를 안락사시키고, 제조사의 지침에 따라서 TaqMan RNA-to-CT 1-Step Kit(Applied Biosystems, ThermoFisher Scientific 카탈로그 번호 4392653)를 사용하여 하류 mRNA 분석을 위해서 귀를 수집하였다.
결과를 도 1a 및 도 1b에 도시한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(도 1a 및 도 1b에서 "프레보텔라 히스티콜라"로 표지됨)의 경구 투여는 FITC 귀 시험감염 8시간 후 귀 부종을 상당히 감소시켰다(도 1a).
비히클 군과 비교할 때, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 처리는 귀에서 IL-4, IL-5, IL-33, IL-17a 및 TSLP에 대한 유전자 발현을 감소시켰다(도 1b).
실시예 2: FITC-유도 접촉 과민증 모델에서 프레보텔라 히스티콜라의 효과.
FITC-유도 접촉 과민증 모델에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329의 효과를 2개의 다른 균주인 균주 1 및 균주 2에 대해서 시험하였는데, 균주 1은 히스티콜라가 아닌 프레보텔라 종의 균주이고, 균주 2는 프레보텔라와 상이한 속의 균주이다.
실시예 1에 기재된 바와 같이, 제0일에, 마우스를 이소플루란으로 마취시키고, 등을 면도하였다. 제1일 및 제2일에, 피펫으로 400 ㎕의 0.5% FITC 용액을 적용함으로써 마우스의 등을 감작시켰다. 제1일 내지 제6일에, 마우스에게 비히클(수크로스) 또는 시험 박테리아 균주를 사용하여 경구 위관 영양법을 수행하거나 또는 덱사메타손(양성 대조군)을 복강내(i.p.) 주사하였다.
실시예 1에 기재된 바와 같이, 제6일에, 각각의 마우스를 이소플루란으로 마취시키고, 캘리퍼를 사용하여 기준선 왼쪽 귀 측정치를 얻었다. 그 다음 20 ㎕의 0.5% FITC 용액을 왼쪽 귀에 적용하여 마우스를 FITC-시험감염시켰다.
제7일에, 시험감염 후 8시간에, 마우스를 캘리퍼를 사용한 시험감염 후 귀 측정을 위해서 안락사시켰다.
결과를 도 2에 도시한다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(도 2에서 "프레보텔라 히스티콜라"로 표지됨)의 경구 투여는 FITC 시험감염 8시간 후 귀 부종을 상당히 감소시킨 반면, 2개의 다른 박테리아 균주(균주 1 및 균주 2)는 귀 부종을 감소시키지 않았다(도 2). 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329와 균주 1(프레보텔라의 또 다른 종의 균주) 사이의 귀 부종에서의 차이는 통계학적으로 유의하지 않았지만, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329와 균주 2(프레보텔라가 아닌 또 다른 속의 균주) 사이의 귀 부종에서의 차이는 통계학적으로 유의하였다.
실시예 3: 난백 단백질 오브알부민(OVA)에 대한 피부염-연관 음식 알레르기의 MC903 모델에서 프레보텔라 히스티콜라의 효과.
피부염-연관 음식 알레르기의 마우스 모델을 사용하여 알레르기 반응을 조절하는 데 있어서 박테리아 균주의 효능을 평가하였다.
비타민 D3 유사체인 MC903은 염증을 유도하여, 아토피 피부염의 모델로 사용되어 왔다(문헌[Hussain et al. Basophil-derived IL-4 promotes epicutaneous antigen sensitization concomitant with the development of food allergy. 2017. American Academy of Allergy, Asthma & Immunol. http://dx.doi.org/10.1016/j.jaci.2017.02.035]; 문헌[Moosbrugger-Martinz et al. A mouse model for atopic dermatitis using topical application of Vitamin D3 or of its analog MC903. Methods Mol. Biol. 2017;1559:91-106]; 문헌[Li et al. Topical vitamin D3 and low-calcemic analogs induce thymic stromal lymphopoietin in mouse keratinocytes and trigger an atopic dermatitis. PNAS. Aug. 1, 2006. Vol. 103(31): 11736-11741)] 참고).
MC903을 사용하여 관심 항원에 대해서 마우스의 피부를 감작시켜, TSLP 및 IL-4 생산으로 대표되는 피부 감작을 유발할 수 있다(문헌[Noti et al. Exposure to food allergens through inflamed skin promotes intestinal food allergy via the TSLP-basophil axis. J. Allergy Clin. Immunol. 2014 May; 133(5): 1390-1399.e6] 참고). 피부염-연관 음식 알레르기에 대한 MC903 모델에 대한 연구 설계를 도 3a에 도시한다. 처리될 알레르겐(예를 들어, OVA)은 공급업체, 예컨대, Invivogen 또는 Sigma로부터 얻을 수 있다.
물질 및 방법
암컷 BALB/c 마우스(6 내지 8주령)를 Taconic Farms에서 구입하였다. 동물을 사육장(케이지당 5마리 또는 5마리 미만)의 특정 병원체가 없는 조건에 수용하였고, 모든 실험은 기관 동물 관리 및 사용 위원회(Institutional Animal Care and Use Committee: IACUC) 승인 프로토콜 및 지침에 따라 수행하였다. 실험 시작 전 일주일 동안 마우스를 사육장에 적응시켰다. PicoLab Rodent Diet 20을 제공하고, 시퍼병을 통해 오토클레이브수를 자유식으로 제공하고, 매일 확인한다.
계란 음식 알레르기를 모방한 마우스 모델을 유도하기 위해서, 마우스를 연속 14일(1 내지 14일) 동안 매일 MC903(Tocris) 및 100 ㎍ 오브알부민(OVA)에 노출시켰다. 100% 에탄올 20 ㎕ 중의 MC903 45 μM을 피펫으로 한쪽 귀에 적용하고, 귀가 건조되면 PBS 중의 OVA 100 ㎍을 적용하였다. 20 ㎕ 에탄올을 비히클 대조군의 귀에 적용하였다.
매일 경구 위관 영양법 치료(1 내지 17일)를 위해 음성 대조군 마우스에게 비히클(냉동 수크로스)을 제공하였고, 양성 대조군 마우스에게 토파시티닙(0.5% 메틸셀룰로스 중의 100 ul/마우스의 20 ㎎/㎏(p.o.); Tocris)을 제공하였다. 하나의 군의 마우스에게 매일 10 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라 B 50329(3.13E+09 TCC/용량)를 제공하였고, 다른 군에게 10 ㎎의 균주 A(1.23E+10 TCC/용량) 또는 균주 B(7.83E+09 TCC/용량)(프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329가 아닌 박테리아 균주 - 균주 A는 프레보텔라가 아닌 또 다른 속의 균주이고, 균주 B는 프레보텔라 히스티콜라의 또 다른 균주임)를 제공하였다. 제15일에, 마우스를 50 ㎎의 OVA로 경구 위관 영양법(p.o., 위내(i.g.)라고도 지칭됨)으로 시험감염시켰다.
제17.5일에, 마우스를 50 ㎎의 OVA로 두 번째 경구 시험감염시켰다. 귀 염증을 두 번째 시험감염 후 캘리퍼를 사용하여 측정하였다.
제18일에 귀 염증을 도 3b에 도시한다(두 번째 OVA 시험감염 후 12시간). 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(도 3b 내지 도 3d에서 "피. 히스티콜라"로 표지)를 사용한 치료는 음성 대조군과 비교할 때 귀 염증을 상당히 감소시켰다.
제18일에, 두 번째 OVA 시험감염 12시간 후, 마우스를 안락사시켰다. 혈액(혈청용) 및 조직(예를 들어, 비장, 드레이닝 경부 림프절, 장간막 림프절 및 귀)을 생체외 처리를 위해 수집하였다.
혈청을 Chondrex, Inc. Mouse Anti-OVA IgG1 Antibody Assay Kit(카탈로그 번호 3013) 및 Mouse Anti-OVA IgE Antibody Assay Kit(카탈로그 번호 3010)를 사용하여 항-OVA IgG1, 항-OVA IgE에 대해서 ELISA에 의해서 분석하였다. 결과를 도 3c에 도시한다.
사이토카인 검출을 위해 귀를 균질화시켰다. 비장, 장간막 림프절(mLN) 및 경부 림프절(cLN)을 시험관내 PMA 자극 및 상청액 수집 후 사이토카인 발현에 대해 분석하였다. 조직의 단일 세포 현탁액을 제조하고, 계수하고, 200,000개 세포/웰로 플레이팅하고, 제조업체의 지침에 따라 PMA/Ionomycin(eBiosciences Cell Stimulation cocktail 카탈로그 번호 00-4975)으로 48시간 동안 재자극시켰다. 상청액을 수집하고, 하류 멀티플렉스 ELISA를 위해서 사용하여 Meso Scale Discovery(MSD) 키트(카탈로그 번호 K15068L-2)를 사용하여 사이토카인 수준을 결정하였다. 또한, 귀를 Halt Protease(Thermo Scientific 카탈로그 번호 78444)를 함유하는 250 ul T-PER 완충제(Thermo Scientific 카탈로그 번호 78510)에서 해리시키고, BCA 키트(Thermo Scientific 카탈로그 번호 23227)를 사용하여 단백질 농도를 정량화하였다. 100 ug의 단백질을 사용하여 MSD 키트(카탈로그 번호 K15068L-2)를 사용하여 사이토카인 수준을 정량화하였다. 결과를 도 3d에 도시한다.
실시예 4: OVA 및 완전 땅콩 단백질(CPE)에 대한 음식 알레르기에서 타입 2(Th2) 면역 반응의 MC903 모델에서의 프레보텔라 히스티콜라의 효과.
계란 음식 알레르기 및 땅콩 알레르기를 모방한 마우스 모델을 유도하기 위해, 마우스를 실시예 3에 기재된 바와 같고 도 4a에 도시된 바와 같이 음식 알레르겐에 대해서 감작시켰다.
MC903을 EtOH에서 제조하고, 표시된 대로 매일 적용하였다(제1일부터 제14일까지).
일부 마우스를 연속 14일 동안 매일 PBS 중의 MC903 및 100 ug OVA에 노출시켰다. 다른 마우스를 연속 14일 동안 매일 MC903 및 100 ug의 완전 땅콩 단백질(CPE)에 노출시켰다. 항원(예를 들어, OVA 또는 CPE)의 적용에 추가하여, 수크로스 비히클(음성 대조군), 토파시티닙(양성 대조군), 박테리아 균주 A(10㎎/용량) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(10 ㎎/용량)를 사용하여 마우스에게 위관 영양법을 수행하였다. 균주 A는 프레보텔라가 아닌 또 다른 속의 균주이다.
제15일에, 마우스를 50 ㎎의 OVA 또는 50 ㎎의 땅콩 분말을 사용하여 경구 위관 영양법에 의해서 시험감염시켰다.
제17.5일에, 마우스를 50 ㎎의 OVA 또는 50 ㎎의 완전 땅콩 분말(CPE)을 사용하여 경구 위관 영양법에 의해서 두 번째로 시험감염시켰다.
최종 항원 공격 12시간 후인 제18일에, 귀 두께를 측정하였다. 마우스를 안락사시키고, 실시예 3에 기재된 바와 같이 혈청 및 조직을 수집하였다.
도 4b에 도시된 바와 같이, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(도 4b 내지 도 4d에서 "피. 히스티콜라"로 표지됨)는 OVA 및 땅콩 알레르기(CPE) 군 둘 다에서 비히클 대조군과 비교할 때 귀 염증을 상당히 감소시켰다. 항체 분석(항-OVA IgG1 및 항-OVA IgE)을 실시예 3에 기재된 바와 같이 수행하였고, 결과를 도 4c에 나타내었다. 사이토카인 분석을 실시예 3에 기재된 바와 같이 수행하였고, 도 4d에 나타낸다. 실시예 1에 기재된 바와 같이 귀 RNA를 측정하였고, 결과를 도 4e에 나타낸다.
실시예 5: MC903-유도 아토피 피부염 및 아나필락시스.
계란 음식 알레르기, 땅콩 알레르기 및/또는 다른 관심 알레르겐을 모방한 마우스 모델을 유도하기 위해, 마우스를 실시예 3에 기재된 바와 같고 도 5에 도시된 바와 같이 음식 알레르겐에 대해서 감작시킨다.
MC903을 EtOH에서 제조하고, 표시된 대로 매일 적용한다(1일부터 14일까지).
일부 마우스를 최대 연속 30일 동안 매일 PBS 중의 MC903 및 100 ug CPE에 노출시킨다. 모델 항원(예를 들어, CPE)의 적용에 추가하여, 수크로스 비히클(음성 대조군), 토파시티닙(양성 대조군; 100 ㎕ 경구, 매일), 박테리아 균주 A(10 ㎎/용량) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(10 ㎎/용량) 또는 200 ㎍/마우스 항-IL-4(i.p. 제3일, 제6일, 제9일 및 제12일; BioXcell)(1 내지 17일 또는 1 내지 30일만큼 오랫동안)를 사용하여 마우스에게 위관 영양법을 수행한다.
제30일에, 마우스를 500 ug CPE i.p.를 사용하여 시험감염시키고, 아나필락시스를 관찰한다. CPE 시험감염 30분 후, 직장 온도계를 사용하여 체온을 측정한다.
제31일에, 마우스를 희생시키고, 귀 염증을 측정한다. 비장, 귀 및 림프 조직 사이토카인을 실시예 1 및 실시예 3에 기재된 방법을 사용하여 분석한다.
실시예 6: 테이프-스트리핑(stripping) 땅콩 알레르기 모델.
상기에 기재된 바와 같이, 음식 알레르기를 연구하기 위한 다양한 동물 모델이 존재한다. 이러한 모델 중 일부는 피부 장벽 결함을 통해 알레르겐(예를 들어, 항원)의 감작을 유도한다(예를 들어, 문헌[Ohsaki et al. Maternal IgG immune complexes induce food allergen-specific tolerance in offspring. J Exp Med. 2018. 215:91-113; 문헌[Kanagaratham et al. Experimental models for studying food allergy. Cell Mol Gastroenterol Hepatol. 2018. 6(3):356-369.e1. Doi: 10.1016/j.jcmgh.2018.05.010] 참고). 일부 모델에서, 털을 깎은 후 피부의 반복적인 테이프-스트리핑에 의해서 피부 장벽 결함을 유도하고, 그 결과 손상된 피부에 알레르겐을 적용한다. 알레르겐에 대한 이러한 "표피내(epicutaneous) 감작"은 일부 시점에서 알레르겐에 대한 위내 공격으로 이어진다. 예를 들어, 도 6a에 도시된 바와 같이, 제1일, 제2일, 제3일(귀 감작) 또는 제0일, 제3일, 제6일(등 감작)에 테이프-스트리핑을 사용하고, 땅콩 항원에 노출시켜 마우스의 귀 또는 등을 감작시킬 수 있다. 귀 감작 군의 경우, 마우스는 제0일에만 테이프-스트리핑되지만, 등 감작 군은 제0일, 제3일 및 제6일에 테이프-스트리핑된다. 마우스를 제21일에 시험감염시키고, 그 직후 관찰하고, 및/또는 혈청 땅콩-특이적 IgE, IgG1 및 IgA뿐만 아니라 총 IgE, IgG1 및 IgA, 체온, 아나필락시스 점수, 설사 점수 및/또는 장간막 림프절(MLN) 세포의 생체외 재자극의 측정을 포함하지만 이들로 제한되지 않는 다양한 판독을 위해서 희생시켜 다양한 사이토카인(IL-4, IL-5 및 TSLP 포함)을 평가하였다. 대안적으로, 혈청을 제35일에 수집할 수 있고(도 6b 참고), 다른 경우에는 연구를 65일 동안 길게 지속할 수 있다(도 6c 참고). 마우스를 각각 표 3 및 표 4에 나타낸 바와 같이 아나필락시스 및 설사에 대해 점수를 매길 수 있다.
암컷 BALB/c 마우스를 Taconic Farms에서 구입하였고, 모든 실험은 기관 동물 관리 및 사용 위원회(IACUC) 승인 프로토콜 및 지침에 따라 수행하였다.
실험 시작 전 일주일 동안 마우스를 사육장에 적응시켰다. 모든 마우스를 케이지당 5마리 미만의 동물로 수용하고, 표준 침구와 보강과 함께 케이지를 개별적으로 통풍시킨다. PicoLab Rodent Diet 20을 제공하고, 시퍼병을 통해 오토클레이브수를 임의로 제공하고, 매일 확인하였다.
실험 설계
동물 군을 하기와 같이 분리하였다(5마리 마우스/군):
1) 미경험 마우스(감작 없음, 땅콩 시험감염 없음);
2) 미경험 마우스(감작 없음, 제21일에 땅콩 시험감염);
3) 귀 감작(제1일, 제2일 및 제3일에 감작)(시험감염 없음);
4) 귀 감작(제1일, 제2일 및 제3일에 감작)(제21일에 땅콩 시험감염);
5) 귀 감작(제1일, 제2일 및 제3일에 감작)(토파시티닙 20 ㎎/㎏)(제21일에 땅콩 시험감염);
6) 귀 감작(제1일, 제2일 및 제3일에 감작)(피. 히스티콜라 10 ㎎)(제21일에 땅콩 시험감염);
7) 등 감작(제0일, 제3일 및 제6일에 감작)(시험감염 없음);
8) 등 감작(제0일, 제3일 및 제6일에 감작)(제21일에 땅콩 시험감염);
9) 등 감작(제0일, 제3일 및 제6일에 감작)(토파시티닙 20 ㎎/㎏)(제21일에 땅콩 시험감염); 및
10) 등 감작(제0일, 제3일 및 제6일에 감작)(프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 10 ㎎)(제21일에 땅콩 시험감염).
제0일에, 마우스를 한마리씩 이소플루란으로 마취시켰다. 귀 감작 군의 경우, 각각의 마우스의 귀를 셀로판 테이프를 사용하여 반복적으로 테이프-스트리핑(대략 7 내지 8회)하였다. 등 감작 군의 경우, 등을 면도하고, 셀로판 테이프를 사용하여 테이프-스트리핑(대략 7 내지 8회)하였다.
귀 감작 군의 경우, 마우스를 제0일에 테이프-스트리핑하였다. 제1일, 제2일 및 제3일에, 25 ㎕의 땅콩 단백질 용액(PBS 중의 땅콩 단백질 4 ㎎/㎖)을 면봉으로 양쪽 귀에 적용하였다.
등 감작 군의 경우, 제0일, 제3일, 제6일에, 마우스를 테이프-스트리핑하고, 100 ㎍의 땅콩 단백질을 적용하였다. 감작된 영역을 매번 새로운 방수 붕대로 감쌌다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 군의 경우, 제1일에서 제21일 사이에 마우스에게 10 ㎎ 박테리아를 경구 위관 영양법으로 공급하였다.
제21일에, 군 2, 4, 5, 6, 8 및 9의 마우스를 100 ㎎ 땅콩 단백질의 위관 영양법으로 시험감염시켰다. 땅콩 단백질 시험감염 1시간 후 모든 군으로부터의 마우스의 뺨에서 채혈하고, 총 IgE, 땅콩-특이적 IgE, 총 IgG1, 땅콩-특이적 IgG1, 총 IgA 및 땅콩-특이적 IgA ELISA(Chondrex, 제조사의 지침에 따름)를 위해 혈액을 수집하였다.
염증 결과를 도 6d에 나타낸다. 귀 군 및 등 군 둘 다의 경우, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(도 6d 내지 도 6i에서 "피. 히스티콜라"로 표지됨)는 염증을 감소시켰다.
시험감염일의 총 및 땅콩-특이적 혈청 IgE 및 IgG1 수준을 각각 도 6e 및 도 6f에 나타낸다.
시험감염 2주 후 총 및 땅콩-특이적 혈청 IgE, IgG1 및 IgA 수준을 각각 도 6g, 도 6h 및 도 6i에 나타낸다.
실시예 7: FITC-CHS 모델.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329를 도 7a에 도시된 바와 같이 FITC-CHS 모델로 시험하였다. 시험된 용량은 4.69E+09 TCC였다.
TH2 사이토카인(IL-13, IL-4, IL-5, IL-31 및 IL-33)에 대한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329의 효과를 제7일에 조사하였다. 도 7b에 나타난 바와 같이, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(도 7b 및 도 7c에서 "프레보텔라 히스티콜라"로 표지됨)는 위장관 드레이닝 장간막 림프절에서 IL-13, IL-5 및 IL-31 수준을 상당히 낮췄다. 사이토카인 수준을 실시예 3에 기재된 바와 같이 수행된 실험과 함께 MSD에 의해 결정하였다. 도 7c에 나타난 바와 같이, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 처리는 귀 드레이닝 경부 림프절에서 IL-13의 수준을 상당히 낮췄다. 실험을 실시예 3에 기재된 바와 같이 수행하였다.
본 실시예는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 처리가 위장관 드레이닝 장간막 림프절 및 귀 드레이닝 경부 림프절로부터의 PMA/이오노마이신 생체외 재자극된 세포에서 TH2 사이토카인 분비를 상당히 낮췄다는 것을 입증한다.
실시예 8: MC903 유도 아토피 피부염.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329를 도 8a에 도시된 바와 같이 MC903 유도 아토피 피부염 모델로 시험하였다.
이러한 실험을 위해, 마우스를 Taconic Labs로부터 구입하고, 실험 시작 전 1주일 동안 사육장에 적응시켰다. 마우스는 케이지 당 5마리의 동물을 수용하였고, 표준 침구와 보강과 함께 케이지를 개별적으로 통풍시켰다. 표준 퓨리나(Purina) 설치류 식이(5001) 및 오토클레이브수를 자유식으로 제공하고, 매일 확인하였다.
제1일에 마우스를 마취시키고, 기준선 귀 측정을 수행하였다. 마취 동안, 그 다음 귀를 귀의 등쪽과 복부 양쪽에 총 20 uL의 용액을 피펫팅하여 45 nM의 칼시피트리올(MC903)로 감작시켰다. 귀를 14일 동안 매일 감작시켰다.
제1일부터 제14일까지, 마우스에게 4.69E+09 TCC 또는 양성 대조군(토파시티닙), QD의 용량으로 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329를 매일 경구 위관 영양법으로 공급하였다.
연구 전반에 걸쳐 귀 측정을 수행하여 시간 경과에 따른 두께 변화 그리고 제14일에 두께 변화를 추적하여 기준선으로부터 귀 두께의 변화를 결정하였다.
제17일에 생체외 실험을 수행하였다.
MC903 제조 프로토콜: 10 ㎎의 칼시피트리올 분말을 99% 에탄올 10 ㎖에 용해시켜 1 ㎎/㎖ 스톡을 생성하였다. 스톡을 99% 에탄올에서 0.01856 ㎎/㎖로 희석시켰다. 희석된 용액을 -20℃에서 매일 사용하는 광 보호 튜브에 분취하였다.
양성 대조군 - 토파시티닙 제제: 토파시티닙을 0.5%(w/v) 메틸셀룰로스에서 제조하였다. 정제수를 교반/가열판에서 끓였다. 적당량의 분말 메틸셀룰로스를 칭량하였다. 끓는 물을 교반하고, 분말 메틸셀룰로스를 첨가하였다. 분말이 물에 혼입될 때까지 교반을 계속하였다. 혼합물을 교반 플레이트에서 교반하면서 4℃에서 밤새 냉각되도록 하였다. 50 ㎎의 토파시티닙 스톡을 0.5% MC에 재현탁시켰다(혼합물이 현탁액을 형성함). 토파시티닙을 마우스당 100 uL씩 p.o.로 투여하였다.
결과:
도 8b에 도시된 바와 같이, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(도 8b 내지 도 8e에서 "프레보텔라 히스티콜라"로 표지됨) 처리는 시간 경과에 따른 귀 측정(좌측 패널) 및 제14일의 귀 염증(우측 패널)에 의해 결정된 바와 같이 MC903 유도 아토피 피부염에서 귀 염증을 감소시켰다.
귀 조직에서 TH2 사이토카인 전사체 수준(Tslp, Il5, Il31, Il4, Ccl19, 및 Ccr4)에 대한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329의 효과를 제17일에 조사하였다. 도 8c에 나타난 바와 같이, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 처리는 qPCR에 의해 결정된 바와 같이 귀 조직에서 Il5, Il31 및 Ccr4 전사체의 수준을 상당히 낮췄다.
공장에서 비만 세포 관련 유전자 전사체 수준(Mcpt1)에 대한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329의 효과를 제17일에 조사하였다. 도 8d의 결과는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329가 qPCR에 의해 결정된 바와 같이, MC903-유도 아토피 피부염 모델에서 마우스의 공장에서 Mcpt1 전사체 수준을 상당히 감소시켰다는 것을 입증한다.
장간막 림프절 및 비장에서 IL-10 수준에 대한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329의 효과를 제17일에 조사하였다. 도 8e에 나타난 바와 같이, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 처리는 MSD에 의해서 결정된 바와 같이, MC903-유도 아토피 피부염 모델로부터 단리된 조직에서 PMA/이오노마이신으로 생체외 재자극 시 마우스의 장간막 림프절 및 비장에서 IL-10 수준을 상당히 증가시켰다. 실험을 실시예 3에 기재된 바와 같이 수행하였다.
본 실시예의 결과는 MC903-유도 아토피 피부염에서 귀 염증이 비히클 처리된 마우스에 비해서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 처리에 의해서 상당히 감소되었다는 것을 입증한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 치료는 귀 조직에서 TH2 사이토카인 전사체의 감소 및 공장에서 비만 세포 관련 전사체(Mcpt1)의 감소를 나타내었다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329 치료는 PMA/이오노마이신으로의 생체외 재자극 시 위장관 드레이닝 장간막 림프절 및 비장 세포에서 IL-10의 증가된 수준을 나타내었다.
참고문헌에 의한 통합
본 명세서에 언급된 모든 공보 특허 출원은 각각의 개별 공보 또는 특허 출원이 구체적이고 개별적으로 참고에 의해 통합된 것으로 표시된 것처럼 그의 전문이 본 명세서에 참조에 의해 통합된다. 상충되는 경우, 본 명세서의 임의의 정의를 비롯하여 본 출원이 우선될 것이다.
등가물
당업자는 본 명세서에 기재된 본 발명의 특정 구현예와 많은 등가물을 일상적인 실험을 사용하여 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 하기 청구범위에 의해 포함되는 것으로 의도된다.
SEQUENCE LISTING
<110> EVELO BIOSCIENCES, INC.
<120> COMPOSITIONS AND METHODS OF TREATING A TH2-MEDIATED CONDITION
USING PREVOTELLA
<130> ETB-04425
<140> PCT/US2020/038335
<141> 2020-06-18
<150> 62/910,920
<151> 2019-10-04
<150> 62/864,886
<151> 2019-06-21
<160> 69
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 770
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 1
Met Asn Leu Lys Thr Phe Thr Lys Thr Val Leu Cys Phe Ala Leu Phe
1 5 10 15
Ala Val Ser Ala Ile Thr Ala Lys Ala Ala Asp His Leu Ala Ile Val
20 25 30
Gly Glu Ala Val Trp Gly Gly Trp Asp Leu Val Lys Ala Thr Ala Met
35 40 45
Val Lys Ser Pro Asn Asn Pro Asp Val Phe Met Ala Thr Val His Leu
50 55 60
Asn Ala Gly Lys Gly Phe Lys Phe Leu Thr Glu Arg Glu Trp Gly Lys
65 70 75 80
Leu Glu Tyr Arg Ser Gly Ala Ser Asp Val Val Leu Lys Ser Gly Ile
85 90 95
Arg Tyr Lys Leu Tyr Ala Ser Ile Gly Ala Ser Glu Asp Gly Lys Phe
100 105 110
Lys Val Ser Glu Ser Ala Asn Tyr Glu Ile Ile Cys Asp Leu Ala Arg
115 120 125
Lys Thr Val Glu Val Lys Lys Val Ala Tyr Gln Ala Lys Glu Ile Arg
130 135 140
Tyr Ala Ala Leu Trp Met Ile Gly Asp Ala Thr Ala Gly Asp Trp Asp
145 150 155 160
Tyr Asn Asn Gly Val Leu Leu Ser Gln Asp Ser Gly Asn Pro Thr Cys
165 170 175
Tyr Thr Ala Thr Val Glu Leu Lys Glu Gly Glu Phe Lys Phe Thr Thr
180 185 190
Asn Lys Gln Trp Gly Tyr Asp His Ser Val Tyr Ile Phe Arg Asp Val
195 200 205
Asn Asp Gln Asn Lys Ile Val Phe Gly Gly Glu Asp Asn Lys Trp Arg
210 215 220
Ile Thr Glu Asp Gly Met Tyr Asn Val Thr Val Asp Val Pro Thr Lys
225 230 235 240
Thr Ile Ser Ile Lys Gln Ile Asp Asp Pro Ala Gly His Lys Pro Gln
245 250 255
Phe Gly Asn Asp Val Ile Leu Val Gly Asp Ala Thr Ile Ala Gly Trp
260 265 270
Asn Leu Asp Asn Ala Ile Tyr Leu Glu His Thr Gly Gln Ala Gly Arg
275 280 285
Val Phe Lys Thr Thr Thr Tyr Leu Glu Ala Gly Lys Gly Phe Lys Phe
290 295 300
Leu Ser Met Leu Ser Tyr Asp Asp Ile Asp Tyr Arg Pro Ala Asn Asn
305 310 315 320
Thr Val Leu Asn Pro Gly Val Pro Gly Thr Phe Val Pro Ser Leu Pro
325 330 335
Ser Ser Thr Asp Thr Lys Phe Ser Val Glu Arg Ser Gly Asn Tyr Asp
340 345 350
Ile Val Cys Asn Met Asn Asn Arg Thr Val Val Val Thr Leu Ser Glu
355 360 365
Asn Gln Val Leu Val Asn Tyr Pro Ala Leu Trp Leu Ile Gly Ser Ala
370 375 380
Thr Ser Ala Gly Trp Asn Pro Gly Lys Ala Val Glu Leu Lys Arg Ser
385 390 395 400
Glu Ala Asp Pro Ala Val Tyr Thr Ala Arg Val Gln Leu Lys Lys Gly
405 410 415
Glu Phe Lys Ile Leu Thr Ser Lys Asn Val Gly Phe Asp Gln Pro Thr
420 425 430
Tyr Tyr Arg Asp Ser Thr Asn Glu His Arg Ile Val Phe Gly Val Asp
435 440 445
Gly Asp Glu Val Ala Lys Lys Asp Cys Lys Trp Thr Leu Ser Glu Asn
450 455 460
Ala Glu Gly Thr Tyr Asp Val Thr Val Asp Ile Glu Ala Met Thr Ile
465 470 475 480
Phe Cys Asp Lys Val Asn Met Asp Glu Pro Ser Val Glu Ser Thr Asp
485 490 495
Lys Glu Leu Ile Leu Ile Gly Asp Ala Thr Tyr Ser Ala Trp Asp Leu
500 505 510
Pro Lys Ser Ile Val Met Thr Pro Val Gly Pro Thr Thr Phe Lys Ala
515 520 525
Val Thr His Leu Glu Ala Gly Lys Glu Phe Lys Phe Leu Thr Glu Leu
530 535 540
Ala Trp Lys Arg Tyr Glu Tyr Arg Ala Glu Ser Leu Arg Lys Glu Leu
545 550 555 560
Gln Glu Gly Ser Met Ser Met Leu Val Pro Tyr Arg Tyr Thr Asn Asp
565 570 575
Lys Asp Asp Lys Asp His Asp Phe Lys Phe Val Val Lys Glu Ser Gly
580 585 590
Asn Tyr Glu Ile Val Cys Asp Leu Tyr Ile Pro Ala Leu Ile Ile Arg
595 600 605
Lys Val Arg Tyr Gln Asp Thr Pro Val Thr Tyr Ser Ser Leu Trp Ile
610 615 620
Val Gly Ser Ala Thr Pro Gly Gly Trp Thr Ile Glu Arg Gly Ile Lys
625 630 635 640
Met Thr Gln Asp Glu Asn Tyr Pro Thr Lys Phe Thr Ala Lys Ala Asn
645 650 655
Leu Val Pro Gly Glu Leu Lys Phe Ala Thr Asn Lys Phe Ala Asp Phe
660 665 670
Thr Gln Asp Phe Phe Phe Arg Gly Lys Asp Asp Tyr Thr Ala Val Leu
675 680 685
Gly Gly Asn Asp Asn Lys Trp Asn Ile Thr Glu Ala Gly Thr Tyr Ser
690 695 700
Val Thr Ile Asp Val Ala Ser Lys Arg Val Thr Ile Thr Lys Pro Ala
705 710 715 720
Arg Asn Ala Pro Thr Gly Ile Ser Thr Val Asp Ser Ser Asp Glu Ala
725 730 735
Pro Ala Glu Tyr Phe Thr Leu Asn Gly Ile Lys Val Thr Thr Pro Ser
740 745 750
Ser Gly Ile Tyr Ile Lys Arg Gln Gly Gly Arg Thr Thr Lys Val Val
755 760 765
Met Lys
770
<210> 2
<211> 193
<212> PRT
<213> Salmonella typhimurium
<400> 2
Met Asp Thr Tyr Gln Ile Leu Asp Ile Ile Gly Cys Ile Val Gly Leu
1 5 10 15
Ile Tyr Ile Tyr Gln Glu Tyr Lys Ala Ser Ile Trp Leu Trp Met Thr
20 25 30
Gly Ile Ile Met Pro Val Ile Tyr Met Phe Val Tyr Tyr Glu Ala Gly
35 40 45
Leu Tyr Ala Asp Phe Gly Met Gln Ile Tyr Tyr Thr Leu Ala Ala Ile
50 55 60
Tyr Gly Tyr Leu Tyr Trp Lys Leu Gly Lys Lys Lys Gly Thr Glu Asp
65 70 75 80
Lys Glu Ile Pro Ile Thr His Phe Pro Arg Arg Tyr Ile Ile Pro Ala
85 90 95
Ile Ile Val Phe Phe Val Leu Trp Ile Ala Leu Tyr Tyr Ile Leu Ile
100 105 110
Cys Phe Thr Asn Ser Thr Val Pro Val Leu Asp Ser Phe Gly Asn Ala
115 120 125
Leu Ser Phe Ile Gly Leu Trp Ala Leu Ala Lys Lys Tyr Leu Glu Gln
130 135 140
Trp Trp Ile Trp Ile Val Val Asp Ala Glu Leu Ser Ala Leu Tyr Ile
145 150 155 160
Tyr Lys Gly Ile Pro Phe Thr Ala Met Leu Tyr Ala Leu Tyr Thr Val
165 170 175
Ile Ala Val Ala Gly Tyr Phe Lys Trp Arg Arg Tyr Ile Lys Gln Gln
180 185 190
Lys
<210> 3
<211> 544
<212> PRT
<213> Bacillus licheniformis
<400> 3
Met Arg Val Arg Leu Tyr Lys Asn Ile Leu Leu Phe Leu Phe Leu Trp
1 5 10 15
Val Asn Thr Leu Ala Cys Val Ser Ala Asp Thr Ser Arg Thr Val Glu
20 25 30
Ser Gln Pro Ile Glu Asn Gly Leu Ile Ile Thr Glu Ser Lys Gly Trp
35 40 45
Leu Glu Thr Ile Tyr Ala Lys Trp Lys Pro Val Ala Glu Ala Asp Gly
50 55 60
Tyr Tyr Val Tyr Val Lys Gly Gly Gln Tyr Ala Asp Tyr Ser Lys Val
65 70 75 80
Asp Ser Glu Leu Ile Arg Val Tyr Asn Gly Tyr Val Arg Val Asp Ile
85 90 95
Pro Gly Leu Lys Ala Gly Thr Tyr Ser Leu Lys Ile Val Ala Val Lys
100 105 110
Gly Gly Lys Glu Thr Gln Ser Ser Glu Val Thr Gly Leu Lys Val Leu
115 120 125
Asn Tyr Val Arg Glu Gly Phe Ala His Lys Asn Tyr Ser Gly Val Gly
130 135 140
Ala Tyr Asn Asp Asp Gly Thr Leu Lys Ser Gly Ala Val Val Ile Tyr
145 150 155 160
Val Asn Lys Asp Asn Ala Lys Thr Val Ser Ala His Leu Gly Lys Thr
165 170 175
Thr Phe Ile Gly Leu Gln Ala Ile Leu Asn Ala Tyr Gln Lys Gly Asn
180 185 190
Ile Thr Thr Pro Leu Ser Val Arg Ile Leu Gly Leu Leu Arg Asn Gly
195 200 205
Asp Thr Asp Thr Phe Gly Ser Ser Thr Glu Gly Ile Gln Ile Lys Gly
210 215 220
Lys Gln Ala Asp Ser Glu Met Asn Ile Thr Ile Glu Gly Ile Gly Glu
225 230 235 240
Asp Ala Ser Ile Tyr Gly Phe Gly Phe Leu Val Arg Asn Ala Lys Ser
245 250 255
Val Glu Phe Arg Asn Leu Gly Ile Met Arg Ala Met Asp Asp Gly Val
260 265 270
Ser Leu Asp Thr Asn Asn Ser Asn Ile Trp Ile His His Met Asp Leu
275 280 285
Phe Tyr Gly Lys Ala Ser Gly Gly Asp His Ile Lys Gly Asp Gly Ser
290 295 300
Ile Asp Val Lys Thr Asp Ser Lys Tyr Val Thr Ile Asp Asn Cys His
305 310 315 320
Phe Trp Asp Thr Gly Lys Thr Ser Met Cys Gly Met Lys Lys Glu Thr
325 330 335
Gly Pro Asn Tyr Ile Thr Tyr His His Asn Trp Phe Asp His Ser Asp
340 345 350
Ser Arg His Ala Arg Val Arg Thr Met Ser Val His Leu Trp Asn Asn
355 360 365
Tyr Tyr Asp Gly Cys Ala Lys Tyr Gly Ile Gly Ala Thr Met Gly Cys
370 375 380
Ser Val Phe Ser Glu Asn Asn Tyr Phe Arg Ala Thr Lys Asn Pro Ile
385 390 395 400
Leu Ile Ser Lys Gln Gly Ser Asp Ala Lys Gly Thr Gly Lys Phe Ser
405 410 415
Gly Glu Pro Gly Gly Met Val Lys Glu Tyr Gly Ser Leu Phe Thr Glu
420 425 430
Lys Gly Ala Glu Ser Thr Tyr Thr Pro Ile Ser Tyr Ala Asp Asn Asn
435 440 445
Ser Ser Phe Asp Phe Tyr His Ala Ile Ser Arg Asn Glu Lys Val Pro
450 455 460
Ala Ser Val Lys Thr Leu Asn Gly Gly Asn Ile Tyr Asn Asn Phe Asp
465 470 475 480
Thr Asp Ala Ala Leu Met Tyr Ser Tyr Thr Pro Asp Ala Thr Ala Leu
485 490 495
Val Pro Ser Gln Val Thr Gly Phe Tyr Gly Ala Gly Arg Leu Asn His
500 505 510
Gly Ser Leu Gln Phe Lys Phe Asn Asn Ala Val Glu Asp Thr Asn Ser
515 520 525
Thr Pro Ile Pro Ala Leu Glu Ala Leu Ile Asp Ala Tyr Ser Gly Lys
530 535 540
<210> 4
<211> 366
<212> PRT
<213> Streptococcus gordonii
<400> 4
Met Lys Tyr Asn Ile Ala Tyr Cys Ile Glu Gly Phe Tyr Asn His Gly
1 5 10 15
Gly Met Glu Arg Ile Leu Ser Val Cys Ala Asn Leu Leu Ser Asp Ile
20 25 30
Tyr Ser Ile Thr Ile Ile Val Ala Asn Gln Arg Gly Arg Glu His Ala
35 40 45
Tyr Asn Leu Ala Gln Asn Val Asn Val Val Asp Leu Gly Val Ser Cys
50 55 60
Lys Asn Tyr Lys Glu Glu Tyr Lys Lys Ser Leu Thr Arg Tyr Leu Gln
65 70 75 80
Asp His Gln Phe Ser Val Val Ile Ser Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe
85 90 95
Phe Leu Pro Gln Ile Lys Asp Gly Ser Lys Lys Val Met Trp Phe His
100 105 110
Phe Ala Phe Asp Val Ser Lys Met Phe Leu Ser Glu Arg Phe His Gly
115 120 125
Trp Lys Leu Asn Leu Leu Tyr Tyr Ile His Thr Ile Arg Arg Ile Tyr
130 135 140
Phe Ala Lys Lys Phe Asp Thr Ile Val Val Leu Ser Lys Ser Asp Cys
145 150 155 160
Asp Ser Trp Ser Arg Phe Cys Asn Asn Val Lys Tyr Ile Tyr Asn Pro
165 170 175
Ile Thr Ile Asp Arg Lys Val Ile Ser Asn Leu Ser Glu Glu Ser Val
180 185 190
Ile Ala Val Gly Arg Leu Gly Trp Gln Lys Gly Phe Asp Phe Leu Ile
195 200 205
Asp Ser Trp Val Leu Val Asp Asp Lys His Pro Asp Trp His Leu Asp
210 215 220
Ile Phe Gly Glu Gly Pro Asp Arg Leu Glu Leu Gln His Gln Ile Asp
225 230 235 240
Arg Lys Gly Leu His Asp Lys Val Arg Leu Cys Gly Val Thr Lys Gln
245 250 255
Ile Glu Glu Glu Tyr Gly Lys His Ser Ile Tyr Val Met Ser Ser Arg
260 265 270
Ala Glu Gly Phe Pro Leu Ala Leu Leu Glu Ala Ser Ser Cys Gly Leu
275 280 285
Pro Met Ile Ser Phe Asn Cys His Gln Gly Pro Asn Glu Ile Ile Gln
290 295 300
Glu Gly Glu Asn Gly Phe Leu Val Asp Lys Val Gly Asp Ile Tyr Thr
305 310 315 320
Leu Ser Asp Arg Ile Cys Lys Leu Ile Glu Asp Asn Asn Leu Arg Asn
325 330 335
Met Met Gly Lys Lys Ala Leu Asp Ser Ser Phe Arg Phe Glu Gly Glu
340 345 350
Val Ile Lys Lys Asp Trp Ile Ser Leu Leu Lys Gln Leu Ile
355 360 365
<210> 5
<211> 158
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 5
Met Lys Arg Leu Phe Phe Met Phe Leu Phe Leu Gly Thr Ile Thr Met
1 5 10 15
Asn Ser Leu Ala Gln Glu Glu Lys Pro Ile Lys Tyr Glu Thr Lys Asn
20 25 30
Phe Ser Leu Pro Asp Lys Met Pro Leu Tyr Pro Gly Gly Asp Gly Ala
35 40 45
Leu Arg Ala Phe Leu Ser Leu Asn Leu His Tyr Pro Glu Lys Ala Gln
50 55 60
Ala Phe Gly Val Glu Gly Arg Ser Leu Met Lys Phe Cys Val Ser Ser
65 70 75 80
Asp Gly Ser Ile Lys Asp Ile Ser Ala Val Asp Cys Lys Ile Thr Asn
85 90 95
Tyr Asn Arg Thr Glu Phe Asn Lys Leu Pro Leu Ser Lys Gln Glu Ser
100 105 110
Leu Lys Lys Glu Cys Ala Lys Ala Phe Ala Lys Glu Ala Ala Arg Val
115 120 125
Ile Arg Leu Met Pro Lys Trp Glu Pro Ala Glu Leu Asn Gly Lys Lys
130 135 140
Met Asn Val Tyr Tyr Ser Leu Pro Phe Thr Phe Lys Leu Arg
145 150 155
<210> 6
<211> 415
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 6
Met Asn Tyr Pro Leu Phe Ile Ala Arg Lys Ile Tyr Asn Gly Gly Asp
1 5 10 15
Arg Thr Arg Lys Val Ser Lys Pro Ala Ile Arg Ile Ala Thr Ile Gly
20 25 30
Val Ala Ile Gly Leu Ala Val Met Ile Ile Ser Val Gly Val Val Leu
35 40 45
Gly Phe Lys His Thr Ile Arg Asn Lys Val Val Gly Phe Gly Ser Asp
50 55 60
Ile Thr Val Ala Asn Phe Leu Thr Leu Gln Ser Ser Glu Gln Tyr Pro
65 70 75 80
Ile Gln Ile Thr Asp Ser Leu Val Lys Ser Leu Gln Ile Thr Pro Gly
85 90 95
Ile Lys His Val Gln Arg Tyr Asp Tyr Thr Gln Gly Ile Leu Lys Thr
100 105 110
Asp Asn Asp Phe Leu Gly Val Leu Leu Lys Gly Val Gly Pro Asp Phe
115 120 125
Asp Ser Thr Phe Ile His Glu Asn Met Val Glu Gly Ser Leu Pro His
130 135 140
Phe His Asp Asn Glu Ser Gln Gln Lys Ile Val Ile Ser Lys Thr Ile
145 150 155 160
Ala Asp Lys Leu Asn Leu Lys Val Gly Gln Arg Ile Phe Ala Tyr Phe
165 170 175
Ile Asn Lys Gln Gly Val Arg Thr Arg Lys Phe Thr Ile Thr Gly Ile
180 185 190
Tyr Ala Thr Asn Met Lys Gln Phe Asp Ser Gln Ile Cys Phe Thr Asp
195 200 205
Ile Tyr Thr Thr Asn Lys Leu Asn Gly Trp Glu Pro Asp Gln Tyr Ser
210 215 220
Gly Ala Glu Leu Gln Val Asp Asn Phe Ser Gln Leu Thr Pro Ile Ser
225 230 235 240
Met Arg Val Leu Asn Lys Val Lys Asn Thr Val Asp His Tyr Gly Gly
245 250 255
Thr Tyr Ser Ser Glu Asn Ile Ile Glu Gln Asn Pro Gln Ile Phe Ser
260 265 270
Trp Leu Asp Leu Met Asp Met Asn Val Trp Ile Ile Leu Ala Leu Met
275 280 285
Ile Ser Val Ala Gly Val Thr Met Ile Ser Gly Leu Leu Ile Ile Ile
290 295 300
Leu Glu Arg Thr Gln Met Ile Gly Ile Leu Lys Ala Leu Gly Ser Arg
305 310 315 320
Asn Arg Gln Ile Arg His Ile Phe Leu Trp Phe Ala Thr Phe Ile Ile
325 330 335
Gly Lys Gly Leu Leu Trp Gly Asn Ile Ile Gly Leu Gly Cys Ile Leu
340 345 350
Phe Gln Ser Trp Thr Gly Leu Val Lys Leu Asp Pro Gln Thr Tyr Tyr
355 360 365
Val Asn Thr Val Pro Val Glu Ile Asn Ile Pro Leu Ile Ile Ala Leu
370 375 380
Asn Met Val Thr Met Leu Val Cys Leu Val Ile Leu Ile Ala Pro Ser
385 390 395 400
Tyr Leu Ile Ser His Ile His Pro Ala Lys Ser Met His Tyr Glu
405 410 415
<210> 7
<211> 736
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 7
Met Glu Asp Lys Phe Ile Tyr Thr Asp Lys Glu Arg Lys Leu Ser Tyr
1 5 10 15
Gln Ile Leu Asp Glu Leu Lys Asp Thr Leu Asp Lys Ser Phe Leu Glu
20 25 30
Asn Asp Leu Pro Met Leu Gln Val Gln Leu Lys Asp Ser Val Ala Lys
35 40 45
Asn Thr Ile His Arg Asn Val Phe Gly Leu Asn Pro Ile Leu Cys Ser
50 55 60
Leu Gln Thr Ala Ala Ile Ala Val Lys Asp Ile Gly Leu Lys Arg Asp
65 70 75 80
Ser Val Ile Ala Ile Leu Leu His Gln Ser Val Gln Asp Gly Tyr Ile
85 90 95
Thr Leu Glu Asp Ile Asp Asn Arg Phe Gly Lys Ser Val Ala Lys Ile
100 105 110
Ile His Gly Leu Ile Arg Ile Gln Thr Leu Tyr Gln Lys Asn Pro Ile
115 120 125
Ile Glu Ser Glu Asn Phe Arg Asn Leu Leu Leu Ser Phe Ala Glu Asp
130 135 140
Met Arg Val Ile Leu Ile Met Ile Ala Asp Arg Val Asn Leu Met Arg
145 150 155 160
Gln Ile Arg Asp Ala Glu Asp Lys Glu Ala Gln His Lys Val Ala Glu
165 170 175
Glu Ala Ser Tyr Leu Tyr Ala Pro Leu Ala His Lys Leu Gly Leu Tyr
180 185 190
Gln Leu Lys Arg Glu Leu Glu Asp Leu Ser Leu Lys Tyr Leu Glu His
195 200 205
Asp Ala Tyr Tyr Leu Ile Lys Asp Lys Leu Asn Ala Thr Lys Ala Ser
210 215 220
Arg Asp Ala Tyr Ile Asn Gln Phe Ile Ala Pro Val Arg Glu Arg Leu
225 230 235 240
Thr Ala Gly Gly Leu Arg Phe His Ile Lys Gly Arg Thr Lys Ser Ile
245 250 255
His Ser Ile Trp Gln Lys Met Lys Lys Gln Lys Cys Gly Phe Glu Gly
260 265 270
Ile Tyr Asp Leu Phe Ala Ile Arg Ile Ile Leu Asp Ala Pro Leu Glu
275 280 285
Lys Glu Lys Ile Gln Cys Trp Gln Ala Tyr Ser Ile Val Thr Asp Met
290 295 300
Tyr Gln Pro Asn Pro Lys Arg Leu Arg Asp Trp Leu Ser Val Pro Lys
305 310 315 320
Ser Asn Gly Tyr Glu Cys Leu His Ile Thr Val Leu Gly Pro Glu Lys
325 330 335
Lys Trp Val Glu Val Gln Ile Arg Thr Glu Arg Met Asp Glu Ile Ala
340 345 350
Glu His Gly Leu Ala Ala His Trp Arg Tyr Lys Gly Ile Lys Glu Glu
355 360 365
Gly Gly Leu Asp Asp Trp Leu Ala Ser Ile Arg Ala Ala Leu Glu Ala
370 375 380
Gly Asp Asn Leu Glu Val Met Asp Gln Phe Lys Ser Asp Leu Tyr Glu
385 390 395 400
Lys Glu Ile Tyr Val Phe Thr Pro Lys Gly Asp Leu Leu Lys Phe Pro
405 410 415
Lys Gly Ala Thr Ile Leu Asp Phe Ala Tyr His Ile His Ser Lys Val
420 425 430
Gly Asn Gln Cys Val Gly Gly Lys Ile Asn Ala Lys Asn Val Ser Leu
435 440 445
Arg Thr Glu Leu His Ser Gly Asp Thr Val Glu Ile Leu Thr Ser Ala
450 455 460
Thr Gln Lys Pro Lys Ala Glu Trp Leu Lys Ile Val Lys Ser Ser Arg
465 470 475 480
Ala Lys Ala Lys Ile Arg Leu Ala Leu Lys Glu Thr Gln Ile Lys Asp
485 490 495
Gly Leu Tyr Ala Lys Glu Leu Leu Glu Arg Arg Phe Lys Asn Lys Lys
500 505 510
Ile Glu Ile Glu Glu Ser Thr Met Gly His Leu Leu Arg Lys Leu Gly
515 520 525
Phe Lys Glu Val Ser Glu Phe Tyr Lys Gln Val Ala Asp Glu Lys Leu
530 535 540
Asp Pro Asn Tyr Ile Ile Glu Glu Tyr Gln Lys Val Tyr Asn His Asp
545 550 555 560
His Asn Leu Asn Gln Pro Lys Glu Thr Glu Ser Ala Glu Asn Phe Glu
565 570 575
Phe Glu Asn Pro Thr Asn Glu Phe Leu Lys Lys Asn Asp Asp Val Leu
580 585 590
Val Ile Asp Lys Asn Leu Lys Gly Leu Asp Phe Ser Leu Ala Lys Cys
595 600 605
Cys His Pro Ile Tyr Gly Asp Pro Val Phe Gly Phe Val Thr Val Asn
610 615 620
Gly Gly Ile Lys Ile His Arg Thr Asp Cys Pro Asn Ala Pro Glu Met
625 630 635 640
Arg Lys Arg Phe Gly Tyr Arg Ile Val Lys Ala Arg Trp Ser Gly Lys
645 650 655
Gly Ser Ser Gln Tyr Ala Ile Thr Leu Arg Val Ile Gly Asn Asp Asp
660 665 670
Ile Gly Ile Val Ser Asn Ile Thr Asn Val Ile Ser Lys Asp Glu Lys
675 680 685
Ile Val Met Arg Ser Ile Asn Ile Asp Ser His Asp Gly Leu Phe Ser
690 695 700
Gly Asn Leu Val Val Leu Leu Asp Asp Asn Ser Lys Leu Asn Met Leu
705 710 715 720
Ile Lys Lys Leu Arg Thr Val Lys Gly Val Lys Gln Val Thr Arg Ile
725 730 735
<210> 8
<211> 336
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 8
Met Lys Arg Arg Ile Phe Leu Phe Val Ala Leu Ser Val Ser Ile Val
1 5 10 15
Ile Leu Phe Gly Leu Asn Leu Ile Ile Gly Ser Val His Ile Pro Leu
20 25 30
Ser Asp Ile Leu Thr Ile Leu Ser Gly Ser Phe Thr Gly Lys Glu Ser
35 40 45
Trp Arg Phe Ile Ile Trp Asp Ser Arg Leu Pro Gln Ala Leu Thr Ala
50 55 60
Met Leu Cys Gly Ser Ser Leu Ala Val Cys Gly Leu Met Leu Gln Thr
65 70 75 80
Ala Phe Arg Asn Pro Leu Ala Gly Pro Asp Val Phe Gly Ile Ser Ser
85 90 95
Gly Ala Ser Leu Gly Val Ala Leu Val Met Leu Leu Leu Gly Gly Thr
100 105 110
Val Glu Thr Ser Met Phe Thr Ala Ser Gly Phe Leu Ala Ile Leu Ile
115 120 125
Val Ala Phe Ala Gly Ala Ile Leu Val Thr Ala Phe Ile Leu Phe Leu
130 135 140
Ser Ser Val Val Arg Asn Ser Val Leu Leu Leu Ile Val Gly Ile Met
145 150 155 160
Val Gly Tyr Val Ala Ser Ser Ala Val Thr Leu Leu Asn Phe Phe Ser
165 170 175
Ser Glu Asp Gly Val Lys Gly Tyr Ile Val Trp Gly Met Gly Asn Phe
180 185 190
Gly Gly Val Ser Met Ser His Ile Pro Leu Phe Ala Phe Leu Cys Leu
195 200 205
Ala Gly Ile Ile Ala Ser Phe Leu Leu Val Lys Pro Leu Asn Ile Leu
210 215 220
Leu Leu Gly Pro Gln Tyr Ala Glu Ser Leu Gly Ile Ser Ile Arg Arg
225 230 235 240
Ile Arg Asn Ile Leu Leu Val Val Val Gly Ile Leu Thr Ala Val Thr
245 250 255
Thr Ala Phe Cys Gly Pro Ile Ser Phe Ile Gly Leu Ala Ala Pro His
260 265 270
Val Ala Arg Leu Leu Phe Arg Thr Glu Asn His Gln Lys Leu Leu Pro
275 280 285
Gly Thr Leu Leu Val Gly Thr Val Val Ala Leu Leu Cys Asn Leu Ile
290 295 300
Cys Phe Leu Pro Arg Glu Ser Gly Met Ile Pro Leu Asn Ala Val Thr
305 310 315 320
Pro Leu Ile Gly Ala Pro Ile Ile Ile Tyr Val Ile Met Lys Arg His
325 330 335
<210> 9
<211> 524
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 9
Met Lys Leu Glu Asn Lys Glu Phe Gly Phe Asp Ser Phe Ala Thr Glu
1 5 10 15
Met Ala Arg Leu Lys Asn Glu Lys His Phe Asp Tyr Leu Val Thr Val
20 25 30
Val Gly Glu Asp Phe Gly Thr Glu Glu Gly Leu Gly Cys Ile Tyr Ile
35 40 45
Leu Glu Asn Thr Ser Thr His Glu Arg Cys Ser Val Lys Gln Leu Ala
50 55 60
Lys Lys Val Gly Glu Glu Phe Val Ile Pro Ser Val Ile Lys Leu Trp
65 70 75 80
Ala Asp Ala Asp Leu Leu Glu Arg Glu Val Tyr Asp Phe Tyr Gly Ile
85 90 95
Lys Phe Leu Gly His Pro Asp Met Arg Arg Leu Phe Leu Arg Asn Asp
100 105 110
Phe Lys Gly Tyr Pro Leu Arg Lys Asp Tyr Asp Met Asp Pro Ala Lys
115 120 125
Asn Met Tyr Thr Thr Glu Asp Asp Val Glu Leu Asp Thr Thr Thr Glu
130 135 140
Trp Asn Leu Asp Lys Asn Gly Glu Leu Val Gly Thr Gln His Ala Leu
145 150 155 160
Phe Thr Asp Asp Asn Phe Val Val Asn Ile Gly Pro Gln His Pro Ser
165 170 175
Thr His Gly Val Leu Arg Leu Gln Thr Val Leu Asp Gly Glu Thr Val
180 185 190
Thr Asn Ile Tyr Pro His Leu Gly Tyr Ile His Arg Gly Ile Glu Lys
195 200 205
Leu Cys Glu Gln Phe Thr Tyr Pro Gln Thr Leu Ala Leu Thr Asp Arg
210 215 220
Met Asn Tyr Leu Ser Ala Met Met Asn Arg His Ala Leu Val Gly Val
225 230 235 240
Ile Glu Glu Gly Met Gly Ile Glu Leu Ser Glu Arg Ile Leu Tyr Ile
245 250 255
Arg Thr Ile Met Asp Glu Leu Gln Arg Ile Asp Asn His Leu Leu Tyr
260 265 270
Thr Ala Cys Cys Ala Gln Asp Leu Gly Ala Leu Thr Ala Phe Leu Tyr
275 280 285
Gly Met Arg Asp Arg Glu His Val Leu Asn Val Met Glu Glu Thr Thr
290 295 300
Gly Gly Arg Leu Ile Gln Asn Tyr Tyr Arg Ile Gly Gly Leu Gln Ala
305 310 315 320
Asp Ile Asp Pro Asn Phe Val Ser Asn Val Lys Glu Leu Cys Lys Tyr
325 330 335
Leu Arg Pro Met Ile Gln Glu Tyr Val Asp Val Phe Gly Asp Asn Val
340 345 350
Ile Thr His Gln Arg Phe Glu Gly Val Gly Val Met Asp Glu Lys Asp
355 360 365
Cys Ile Ser Tyr Gly Val Thr Gly Pro Ala Gly Arg Ala Ser Gly Trp
370 375 380
Lys Asn Asp Val Arg Lys Tyr His Pro Tyr Ala Met Tyr Asp Lys Val
385 390 395 400
Asn Phe Glu Glu Ile Thr Leu Thr Asn Gly Asp Ser Met Asp Arg Tyr
405 410 415
Phe Cys His Ile Lys Glu Ile Tyr Gln Ser Leu Asn Ile Ile Glu Gln
420 425 430
Leu Ile Asp Asn Ile Pro Glu Gly Glu Phe Tyr Ile Lys Gln Lys Pro
435 440 445
Ile Ile Lys Val Pro Glu Gly Gln Trp Tyr Phe Ser Val Glu Gly Ala
450 455 460
Ser Gly Glu Phe Gly Ala Tyr Leu Asp Ser Arg Gly Asp Lys Thr Ala
465 470 475 480
Tyr Arg Leu Lys Phe Arg Pro Met Gly Leu Thr Leu Val Gly Ala Met
485 490 495
Asp Lys Met Leu Arg Gly Gln Lys Ile Ala Asp Leu Val Thr Thr Gly
500 505 510
Ala Ala Leu Asp Phe Val Ile Pro Asp Ile Asp Arg
515 520
<210> 10
<211> 142
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 10
Met Arg Thr Ser Thr Gln Ser Lys Asp Met Gly Lys Lys Gln Glu Tyr
1 5 10 15
Lys Leu Arg Asn Glu Glu Phe Leu His Asn Ile Ser Lys Lys Asp Ser
20 25 30
Ile Lys Thr Leu Pro His Gly Ile Phe Tyr Glu Ile Ile Lys Glu Gly
35 40 45
Ser Gly Glu Gly Thr Val Gln Pro Arg Ser Ile Val Ile Cys Asn Tyr
50 55 60
Arg Gly Ser Leu Ile Ser Gly Gln Val Phe Asp Asp Ser Trp Gln Lys
65 70 75 80
Pro Thr Pro Glu Ala Phe Arg Leu Asn Glu Leu Ile Thr Gly Leu Gln
85 90 95
Ile Ala Leu Cys Ala Met His Lys Gly Asp Ser Trp Arg Ile Tyr Ile
100 105 110
Pro Tyr Gln Glu Gly Tyr Gly Ser Lys Arg Asn Ala Asp Ile Pro Ala
115 120 125
Phe Ser Thr Leu Ile Phe Asp Ile Glu Leu Ile Asn Ile Ala
130 135 140
<210> 11
<211> 196
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 11
Met Ala Asp Asn Lys Ile Ala Lys Glu Ser Val Lys Arg Glu Val Ile
1 5 10 15
Ala Gly Glu Arg Leu Tyr Thr Leu Leu Val Tyr Ser Glu Asn Val Ala
20 25 30
Gly Val Leu Asn Gln Ile Ala Ala Val Phe Thr Arg Arg Gln Val Asn
35 40 45
Ile Glu Ser Leu Asn Val Ser Ala Ser Ser Ile Glu Gly Ile His Lys
50 55 60
Tyr Thr Ile Thr Ala Trp Ser Asp Ala Ala Thr Ile Glu Lys Ile Thr
65 70 75 80
Lys Gln Val Glu Lys Lys Ile Asp Val Ile Lys Ala Asp Tyr Tyr Glu
85 90 95
Asp Ser Asp Leu Phe Ile His Glu Val Gly Leu Tyr Lys Ile Ala Thr
100 105 110
Pro Ile Leu Leu Glu Asn Ala Glu Val Ser Arg Ala Ile Arg Lys Arg
115 120 125
Asn Ala Arg Met Met Glu Val Asn Pro Thr Tyr Ser Thr Val Leu Leu
130 135 140
Ala Gly Met Thr Asp Glu Val Thr Ala Leu Tyr His Asp Leu Lys Asn
145 150 155 160
Phe Asp Cys Leu Leu Gln Tyr Ser Arg Ser Gly Arg Val Ala Val Thr
165 170 175
Arg Gly Phe Ser Glu Pro Val Ser Asp Phe Leu Lys Ser Glu Glu Glu
180 185 190
Ser Ser Val Leu
195
<210> 12
<211> 390
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 12
Met Lys Lys Lys Val Lys Ile Gly Leu Leu Pro Arg Val Ile Ile Ala
1 5 10 15
Ile Leu Leu Gly Ile Phe Phe Gly Tyr Phe Met Pro Thr Pro Leu Ala
20 25 30
Arg Val Phe Leu Thr Phe Asn Gly Ile Phe Ser Gln Phe Leu Gly Phe
35 40 45
Met Ile Pro Leu Ile Ile Ile Gly Leu Val Thr Pro Ala Ile Ala Asp
50 55 60
Ile Gly Lys Gly Ala Gly Lys Leu Leu Leu Val Thr Val Ile Ile Ala
65 70 75 80
Tyr Val Asp Thr Val Val Ala Gly Gly Leu Ala Tyr Gly Thr Gly Leu
85 90 95
Cys Leu Phe Pro Ser Met Ile Ala Ser Thr Gly Gly Ala Met Pro His
100 105 110
Ile Asp Lys Ala Thr Glu Leu Ala Pro Tyr Phe Ser Ile Asn Ile Pro
115 120 125
Ala Met Ala Asp Val Met Ser Gly Leu Val Phe Ser Phe Met Leu Gly
130 135 140
Leu Gly Ile Ala Tyr Gly Gly Leu Thr Ala Thr Lys Asn Ile Phe Asn
145 150 155 160
Glu Phe Lys Tyr Val Ile Glu Lys Val Ile Ala Lys Ala Ile Ile Pro
165 170 175
Leu Leu Pro Leu Tyr Ile Phe Gly Val Phe Leu Asn Met Ala His Asn
180 185 190
Gly Gln Ala Gln Gln Ile Leu Leu Val Phe Ser Gln Ile Ile Ile Val
195 200 205
Ile Leu Val Leu His Val Phe Ile Leu Val Tyr Gln Phe Cys Ile Ala
210 215 220
Gly Ala Ile Ile Arg Arg Asn Pro Phe Arg Leu Leu Trp Asn Met Met
225 230 235 240
Pro Ala Tyr Leu Thr Ala Leu Gly Thr Ser Ser Ser Ala Ala Thr Ile
245 250 255
Pro Val Thr Leu Glu Gln Thr Met Lys Asn Gly Val Gly Lys Glu Ile
260 265 270
Ala Gly Phe Val Val Pro Leu Cys Ala Thr Ile His Leu Ser Gly Ser
275 280 285
Ala Met Lys Ile Thr Ala Cys Ala Leu Thr Ile Cys Leu Leu Val Gly
290 295 300
Leu Pro His Asp Pro Ala Leu Phe Ile Tyr Phe Ile Leu Met Leu Ser
305 310 315 320
Ile Ile Met Val Ala Ala Pro Gly Val Pro Gly Gly Ala Ile Met Ala
325 330 335
Ala Leu Ala Pro Leu Ala Ser Ile Leu Gly Phe Asn Ser Glu Ala Gln
340 345 350
Ala Leu Met Ile Ala Leu Tyr Ile Ala Met Asp Ser Phe Gly Thr Ala
355 360 365
Cys Asn Val Thr Gly Asp Gly Ala Ile Ala Leu Val Val Asn Lys Met
370 375 380
Phe Gly Lys Lys Glu Arg
385 390
<210> 13
<211> 162
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 13
Met Lys Lys Leu Leu Leu Leu Val Cys Ala Ala Val Met Ser Leu Ser
1 5 10 15
Ala Ser Ala Gln Ala Gly Asp Lys Ala Leu Gly Ala Gln Leu Val Phe
20 25 30
Gly Ser Glu Thr Asn Ser Leu Gly Phe Gly Val Lys Gly Gln Tyr Tyr
35 40 45
Phe Thr Asp His Ile Arg Gly Glu Gly Ser Phe Asp Tyr Phe Leu Lys
50 55 60
Asn Lys Gly Ile Ser Met Trp Asp Ile Asn Ala Asn Val His Tyr Leu
65 70 75 80
Phe Asp Val Ala Asp Lys Phe Lys Val Tyr Pro Leu Ala Gly Leu Gly
85 90 95
Tyr Thr Asn Trp Ser Tyr Lys Tyr Glu Tyr Ala Gly Ala Pro Val Val
100 105 110
Glu Gly Ser Asp Gly Arg Leu Ala Val Asn Leu Gly Gly Gly Val Glu
115 120 125
Tyr Glu Leu Thr Lys Asn Leu Asn Val Asn Ala Glu Ala Lys Tyr Gln
130 135 140
Ile Ile Ser Asn Tyr Asn Gln Leu Val Leu Gly Val Gly Val Ala Tyr
145 150 155 160
Lys Phe
<210> 14
<211> 84
<212> PRT
<213> Nostoc sp.
<400> 14
Met His Phe Tyr Cys Thr Lys Ser Ser Leu Asp Thr Met Ser Glu Arg
1 5 10 15
Tyr Val Lys Arg Met Ile Ala Lys Leu Ala Ser Gln Gly Lys Thr Val
20 25 30
Ile Ser Ile Ala His Arg Phe Ser Thr Ile Met Asp Ala Lys His Ile
35 40 45
Ile Leu Leu Ala Lys Gly Lys Val Val Ala Glu Gly Thr His Gln Glu
50 55 60
Leu Leu Lys Thr Ser Glu Asp Tyr Arg Lys Leu Trp Ser Asp Gln Asn
65 70 75 80
Asp Glu Ile Asp
<210> 15
<211> 254
<212> PRT
<213> Pseudomonas aeruginosa
<400> 15
Met Lys Asn Val Tyr Phe Leu Ser Asp Ala His Leu Gly Ser Leu Ala
1 5 10 15
Ile Ala His Arg Arg Thr Gln Glu Arg Arg Leu Val Arg Phe Leu Asp
20 25 30
Ser Ile Lys His Lys Ala Ser Ala Val Tyr Leu Leu Gly Asp Met Phe
35 40 45
Asp Phe Trp Asp Glu Tyr Lys Tyr Val Val Pro Lys Gly Phe Thr Arg
50 55 60
Phe Leu Gly Lys Val Ser Glu Leu Thr Asp Met Gly Val Glu Val His
65 70 75 80
Phe Phe Thr Gly Asn His Asp Leu Trp Thr Tyr Gly Tyr Leu Glu Glu
85 90 95
Glu Cys Gly Val Ile Leu His Arg Lys Pro Val Thr Met Glu Ile Tyr
100 105 110
Gly Lys Val Phe Tyr Leu Ala His Gly Asp Gly Leu Gly Asp Pro Asp
115 120 125
Pro Met Phe Gln Phe Leu Arg Lys Val Phe His Asn Arg Val Cys Gln
130 135 140
Arg Leu Leu Asn Phe Phe His Pro Trp Trp Gly Met Gln Leu Gly Leu
145 150 155 160
Asn Trp Ala Lys Lys Ser Arg Leu Lys Arg Ala Asp Gly Lys Glu Met
165 170 175
Pro Tyr Leu Gly Glu Asp Lys Glu Tyr Leu Val Arg Tyr Thr Lys Asp
180 185 190
Tyr Met Arg Ser His Lys Asp Ile Asp Tyr Tyr Ile Tyr Gly His Arg
195 200 205
His Ile Glu Leu Asp Leu Thr Leu Ser Gly Lys Val Arg Met Leu Ile
210 215 220
Leu Gly Asp Trp Ile Trp Gln Phe Thr Tyr Ala Val Phe Asp Gly Glu
225 230 235 240
His Met Phe Leu Glu Glu Tyr Ile Glu Gly Glu Ser Lys Pro
245 250
<210> 16
<211> 532
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 16
Met Asn Ser Lys Gln Asn Asp Asn Tyr Asp Val Ile Ile Ile Gly Gly
1 5 10 15
Gly Ile Thr Gly Ala Gly Thr Ala Arg Asp Cys Ala Leu Arg Gly Leu
20 25 30
Lys Val Leu Leu Val Glu Lys Phe Asp Phe Thr Asn Gly Ala Thr Gly
35 40 45
Arg Asn His Gly Leu Leu His Ser Gly Ala Arg Tyr Ala Val Thr Asp
50 55 60
Pro Glu Ser Ala Thr Glu Cys Ile Lys Glu Asn Met Val Leu Arg Arg
65 70 75 80
Ile Ala Lys His Cys Ile Glu Glu Thr Asp Gly Leu Phe Ile Thr Leu
85 90 95
Pro Glu Asp Asp Ile Asn Tyr Gln Lys Thr Phe Val Glu Ala Cys Ala
100 105 110
Arg Ala Gly Ile Ser Ala Asn Ile Ile Ser Pro Glu Glu Ala Leu Arg
115 120 125
Leu Asp Pro Ser Val Asn Pro Asp Leu Leu Gly Ala Val Arg Val Pro
130 135 140
Asp Ala Ser Val Asp Pro Phe His Leu Thr Thr Ala Asn Val Leu Asp
145 150 155 160
Ala Arg Gln His Gly Ala Asp Val Leu Thr Tyr His Glu Val Val Ala
165 170 175
Ile Leu Thr Ser Asn Gly Arg Val Glu Gly Val Arg Leu Arg Asn Asn
180 185 190
His Thr Gly Glu Glu Ile Glu Lys His Ala Val Leu Val Ile Asn Ala
195 200 205
Ala Gly Ile Trp Gly His Asp Ile Ala Lys Met Ala Asp Ile Lys Ile
210 215 220
Asn Met Phe Pro Ala Lys Gly Thr Leu Leu Val Phe Gly His Arg Val
225 230 235 240
Asn Lys Met Val Ile Asn Arg Cys Arg Lys Pro Ala Asn Ala Asp Ile
245 250 255
Leu Val Pro Asp Asp Ala Val Cys Val Ile Gly Thr Thr Ser Asp Arg
260 265 270
Val Pro Tyr Asp Thr Val Asp Asn Leu Lys Ile Thr Ser Glu Glu Val
275 280 285
Asp Thr Leu Ile Arg Glu Gly Glu Lys Leu Ala Pro Ser Leu Ala Thr
290 295 300
Thr Arg Ile Leu Arg Ala Tyr Ala Gly Val Arg Pro Leu Val Ala Ala
305 310 315 320
Asp Asn Asp Pro Thr Gly Arg Ser Ile Ser Arg Gly Ile Val Cys Leu
325 330 335
Asp His Glu Lys Arg Asp Gly Leu Thr Gly Met Ile Thr Ile Thr Gly
340 345 350
Gly Lys Met Met Thr Tyr Arg Leu Met Ala Glu Gln Ala Thr Asp Leu
355 360 365
Ala Cys Lys Lys Leu Gly Ile Asn Lys Thr Cys Glu Thr Ala Thr Thr
370 375 380
Pro Leu Pro Gly Thr Ala Gly Lys Asp Ser Asp Asn Pro His His Thr
385 390 395 400
Tyr Ser Thr Ala His Lys Ala Ala Lys Gly Arg Gln Gly Asn Arg Val
405 410 415
Lys Glu Ile Asp Glu Arg Thr Glu Asp Asp Arg Ala Leu Ile Cys Glu
420 425 430
Cys Glu Glu Val Ser Val Gly Glu Ala Lys Tyr Ala Ile Glu Glu Leu
435 440 445
His Val His Asp Leu Leu Asn Leu Arg Arg Arg Thr Arg Val Gly Met
450 455 460
Gly Thr Cys Gln Gly Glu Leu Cys Ala Cys Arg Ala Ala Gly Val Met
465 470 475 480
Cys Glu Asn Gly Val Lys Val Asp Lys Ala Met Thr Asp Leu Thr Lys
485 490 495
Phe Ile Asn Glu Arg Trp Lys Gly Met Arg Pro Val Ala Trp Gly Ser
500 505 510
Thr Leu Asp Glu Ala Gln Leu Thr Thr Ile Ile Tyr Gln Gly Leu Cys
515 520 525
Gly Leu Gly Ile
530
<210> 17
<211> 416
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 17
Met Arg Tyr Asp Thr Ile Ile Ile Gly Gly Gly Leu Ser Gly Leu Thr
1 5 10 15
Ala Gly Ile Thr Leu Ala Lys Ala Gly Gln Lys Val Cys Ile Val Ser
20 25 30
Ala Gly Gln Ser Ser Leu His Phe His Ser Gly Ser Phe Asp Leu Leu
35 40 45
Gly Tyr Asp Ala Asp Gly Glu Val Val Thr His Pro Leu Gln Ala Ile
50 55 60
Ala Asp Leu Lys Ala Glu His Pro Tyr Ser Lys Ile Gly Ile Ser Asn
65 70 75 80
Ile Glu His Leu Ala Ser Gln Ala Lys Thr Leu Leu Cys Glu Ala Gly
85 90 95
Ile Ser Val Met Gly Asn Tyr Glu Gln Asn His Tyr Arg Val Thr Pro
100 105 110
Leu Gly Thr Leu Lys Pro Ala Trp Leu Thr Thr Glu Gly Tyr Ala Met
115 120 125
Ile Asp Asp Pro Glu Ile Leu Pro Trp Lys Lys Val Glu Leu Leu Asn
130 135 140
Ile Gln Gly Phe Met Asp Phe Pro Thr Gln Phe Ile Ala Glu Asn Leu
145 150 155 160
Arg Met Met Gly Val Glu Cys Gln Ile Lys Thr Phe Thr Thr Asp Glu
165 170 175
Leu Ser Thr Ala Arg Gln Ser Pro Thr Glu Met Arg Ala Thr Asn Ile
180 185 190
Ala Lys Val Leu Ala Asn Lys Asp Ala Leu Ser Lys Val Ser Glu Arg
195 200 205
Ile Asn Ala Ile Ser Gly Asp Pro Asp Ala Leu Leu Leu Pro Ala Val
210 215 220
Leu Gly Phe Ser Asn Ala Glu Ser Leu Asp Glu Met Lys Gln Trp Ile
225 230 235 240
Lys Lys Pro Val Gln Tyr Ile Ala Thr Leu Pro Pro Ser Val Ser Gly
245 250 255
Val Arg Thr Thr Ile Leu Leu Lys Arg Leu Phe Ala Gln Ala Gly Gly
260 265 270
Thr Leu Leu Ile Gly Asp Ser Ala Thr Thr Gly Gln Phe Ser Gly Asn
275 280 285
His Leu Val Ser Ile Thr Thr Asp His Leu Pro Asp Glu Lys Leu Tyr
290 295 300
Ala Asp His Phe Ile Leu Ala Ser Gly Ser Phe Met Ser His Gly Ile
305 310 315 320
Arg Ser Asn Tyr Ala Gly Val Tyr Glu Pro Val Phe Lys Leu Asp Val
325 330 335
Asp Ala Ala Glu Lys Arg Asp Asp Trp Ser Val Thr Asn Ala Phe Glu
340 345 350
Ala Gln Pro Tyr Met Glu Phe Gly Val His Thr Asp Lys Asp Phe His
355 360 365
Ala Thr Lys Asp Gly Lys Asn Ile Glu Asn Leu Tyr Ala Ile Gly Ser
370 375 380
Val Leu Ser Gly His Asn Ser Ile Lys His Ala Asp Gly Thr Gly Val
385 390 395 400
Ser Leu Leu Thr Ala Leu Tyr Val Ala Lys Lys Ile Thr Gly Lys Gly
405 410 415
<210> 18
<211> 416
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 18
Met Ala Glu Gly Ile Gln Leu Lys Asn Ile Ser Gly Asn Asn Leu Glu
1 5 10 15
Gln Cys Leu Lys Cys Ser Ile Cys Thr Ala Tyr Cys Pro Val Ser Ala
20 25 30
Val Glu Pro Lys Tyr Pro Gly Pro Lys Gln Ser Gly Pro Asp Gln Glu
35 40 45
Arg Tyr Arg Leu Lys Asp Ser Lys Phe Phe Asp Glu Ala Leu Lys Met
50 55 60
Cys Leu Asn Cys Lys Arg Cys Glu Val Ala Cys Pro Ser Gly Val Arg
65 70 75 80
Ile Ala Asp Ile Ile Gln Ala Ser Arg Ile Thr Tyr Ser Thr His Arg
85 90 95
Pro Ile Pro Arg Asp Ile Met Leu Ala Asn Thr Asp Phe Val Gly Thr
100 105 110
Met Ala Asn Met Val Ala Pro Ile Val Asn Ala Thr Leu Gly Leu Lys
115 120 125
Pro Val Lys Ala Val Leu His Gly Val Met Gly Ile Asp Lys His Arg
130 135 140
Thr Phe Pro Ala Tyr Ser Ser Gln Lys Phe Glu Thr Trp Tyr Lys Arg
145 150 155 160
Met Ala Ala Lys Lys Gln Asp Ser Tyr Ser Lys His Val Ser Tyr Phe
165 170 175
His Gly Cys Tyr Val Asn Tyr Asn Phe Pro Gln Leu Gly Lys Asp Leu
180 185 190
Val Lys Ile Met Asn Ala Val Gly Tyr Gly Val His Leu Leu Glu Lys
195 200 205
Glu Lys Cys Cys Gly Val Ala Leu Ile Ala Asn Gly Leu Ser Gly Gln
210 215 220
Ala Arg Arg Gln Gly Lys Val Asn Ile Arg Ser Ile Arg Lys Ala Ala
225 230 235 240
Glu Gln Asn Arg Ile Val Leu Thr Thr Ser Ser Thr Cys Thr Phe Thr
245 250 255
Met Arg Asp Glu Tyr Glu His Leu Leu Asp Ile Lys Thr Asp Asp Val
260 265 270
Arg Glu Asn Ile Thr Leu Ala Thr Arg Phe Leu Tyr Arg Leu Ile Glu
275 280 285
Lys Gly Asp Ile Lys Leu Ala Phe Arg Lys Asp Phe Lys Met Arg Thr
290 295 300
Ala Tyr His Ser Ala Cys His Met Glu Lys Met Gly Trp Ile Ile Tyr
305 310 315 320
Ser Thr Glu Leu Leu Lys Met Ile Pro Gly Leu Glu Leu Ile Met Leu
325 330 335
Asp Ser Gln Cys Cys Gly Ile Ala Gly Thr Tyr Gly Phe Lys Lys Glu
340 345 350
Asn Tyr Gln Arg Ser Gln Glu Ile Gly Glu Gly Leu Phe Lys Gln Ile
355 360 365
Lys Glu Leu Asn Pro Asp Cys Val Ser Thr Asp Cys Glu Thr Cys Lys
370 375 380
Trp Gln Ile Glu Met Ser Thr Gly Tyr Glu Val Lys Asn Pro Ile Ser
385 390 395 400
Ile Leu Ala Asp Ala Leu Asp Val Glu Glu Thr Ile Lys Leu Asn Gln
405 410 415
<210> 19
<211> 270
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 19
Met Met Ile Lys Asn Ile Val Leu Ser Ile Pro Ile Ser Leu Ile Ile
1 5 10 15
Tyr Leu Asn His Leu Ile Met Glu Tyr Ser Met Thr Thr Gln Phe Leu
20 25 30
Met Glu Leu Ile Gly Thr Leu Ile Leu Val Leu Phe Gly Asp Gly Val
35 40 45
Cys Ala Cys Val Thr Leu Asn Lys Ser Lys Gly Gln Lys Ala Gly Trp
50 55 60
Val Val Ile Thr Ile Ala Trp Gly Leu Ala Val Cys Met Gly Val Leu
65 70 75 80
Val Ala Gly Pro Tyr Thr Gly Ala His Leu Asn Pro Ala Val Ser Ile
85 90 95
Gly Leu Ala Val Ala Gly Met Phe Pro Trp Ser Ser Val Pro Tyr Tyr
100 105 110
Ile Val Ala Gln Met Ile Gly Gly Phe Leu Gly Gly Leu Leu Val Trp
115 120 125
Phe Phe Tyr Lys Asp His Tyr Asp Ala Thr Asp Asp Glu Ala Ala Lys
130 135 140
Leu Gly Thr Phe Cys Thr Ser Pro Ala Ile Arg Asn Tyr Lys Met Asn
145 150 155 160
Phe Leu Ser Glu Val Ile Ala Thr Leu Val Leu Val Phe Ile Ile Ile
165 170 175
Ser Phe Ser Val Asp Gly Asn Thr Gly Asp Ala Glu His Phe Lys Phe
180 185 190
Gly Leu Ala Ala Leu Gly Pro Ile Pro Val Thr Leu Leu Ile Ile Ala
195 200 205
Leu Gly Met Ser Leu Gly Gly Thr Thr Gly Tyr Ala Met Asn Pro Ala
210 215 220
Arg Asp Leu Ser Pro Arg Leu Ala His Ala Val Cys Met Lys Gly Asp
225 230 235 240
Asn Asp Trp Ser Tyr Ser Trp Ile Pro Val Leu Gly Pro Ile Ile Gly
245 250 255
Ala Ile Ile Ala Gly Phe Cys Gly Ala Ala Leu Leu Leu Val
260 265 270
<210> 20
<211> 398
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 20
Met Ser Glu Lys Ile Ile Pro Ser Asn Glu Pro Ala Gln Ala Ala Ser
1 5 10 15
Glu Pro Ile Lys Ala Ser Tyr Thr Glu Tyr Thr Val Ile Pro Ser Gln
20 25 30
Gly Tyr Cys Gln Phe Val Lys Cys Lys Lys Gly Asp Gln Pro Val Val
35 40 45
Leu Lys Gly Leu Lys Glu Ala Tyr Arg Glu Arg Val Leu Leu Arg Asn
50 55 60
Ala Leu Lys Arg Glu Phe Lys Gln Cys Gln Arg Leu Asn His Pro Gly
65 70 75 80
Ile Val Arg Tyr Gln Gly Leu Val Asp Val Glu Gly Tyr Gly Leu Cys
85 90 95
Ile Glu Glu Glu Tyr Val Asp Gly Arg Thr Leu Gln Ala Tyr Leu Lys
100 105 110
Glu Ser His Thr Asp Asp Glu Lys Ile Thr Ile Val Asn Gln Ile Ala
115 120 125
Asp Ala Leu Arg Tyr Ala His Gln Gln Gly Val Ala His Arg Asn Leu
130 135 140
Lys Pro Ser Asn Ile Leu Ile Thr Lys Gln Gly Asp His Val Lys Leu
145 150 155 160
Ile Asp Phe Asn Val Leu Ser Leu Asp Asp Val Lys Pro Thr Ala Asp
165 170 175
Thr Thr Arg Phe Met Ala Pro Glu Leu Lys Asp Glu Thr Met Thr Ala
180 185 190
Asp Gly Thr Ala Asp Ile Tyr Ser Leu Gly Thr Ile Met Lys Val Met
195 200 205
Gly Leu Thr Leu Ala Tyr Ser Glu Val Ile Lys Arg Cys Cys Ala Phe
210 215 220
Lys Arg Ser Asp Arg Tyr Ser Asp Ile Asp Glu Phe Leu Ala Asp Phe
225 230 235 240
Asn His Asp Gly Ser Ser Phe Ser Met Pro Lys Ile Gly Lys Gly Thr
245 250 255
Val Val Ile Gly Phe Ile Ala Val Val Val Ile Ala Leu Ala Ala Leu
260 265 270
Ala Tyr Asn Tyr Gly Gly Ala Leu Val Asp Gln Val Gly Lys Ile Asp
275 280 285
Val Thr Ser Ile Phe Lys Ser Asp Ala Glu Thr Ala Pro Glu Asp Ser
290 295 300
Ala Met Val Lys Ser Val Glu Gln Asn Asn Asn Asp Ser Val Ala Asp
305 310 315 320
Glu Ala Pro Ala Thr Gly Lys Leu Ala Phe Met Asn Thr Met Lys Pro
325 330 335
Ala Leu Tyr Lys Asp Leu Asp Arg Leu Phe Ala Lys His Ser Asp Asp
340 345 350
Arg Ala Lys Leu Asn Arg Ala Ile Lys Val Tyr Tyr Arg Gly Leu Ile
355 360 365
Gln Ala Asn Asp Thr Leu Asp Asn Glu Gln Arg Ala Glu Leu Asp Arg
370 375 380
Val Phe Gly Asn Tyr Val Lys Gln Lys Lys Ala Ala Leu Lys
385 390 395
<210> 21
<211> 62
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 21
Met Leu Val Ala Gln Leu Phe Val Gly Val Leu Gln Ala Gln Lys Pro
1 5 10 15
Val Gln Asn Arg Arg Gln Ala Val Gly Gln Ser Met Glu Arg Gln Gly
20 25 30
Leu Val Asn Val Lys Ala Val Val Pro Ser Ile Lys Val Ala Leu Met
35 40 45
Tyr Ala Arg Thr Asp Asn Phe Cys His Arg Met Ala Leu Ser
50 55 60
<210> 22
<211> 440
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 22
Met Ile Thr Gly Leu Val Ile Ile Gln Leu Leu Ile Val Leu Ala Leu
1 5 10 15
Ile Phe Ile Gly Ala Arg Val Gly Gly Ile Gly Leu Gly Ile Tyr Gly
20 25 30
Met Ile Gly Val Phe Ile Leu Val Tyr Gly Phe Gly Leu Ala Pro Gly
35 40 45
Ser Ala Pro Ile Asp Val Met Met Ile Ile Val Ala Val Ile Thr Ala
50 55 60
Ala Ser Ala Leu Gln Ala Ser Gly Gly Leu Glu Tyr Leu Val Gly Val
65 70 75 80
Ala Ala Lys Phe Leu Gln Lys His Pro Asp His Ile Thr Tyr Phe Gly
85 90 95
Pro Ile Thr Cys Trp Leu Phe Cys Val Val Ala Gly Thr Ala His Thr
100 105 110
Ser Tyr Ser Leu Met Pro Ile Ile Ala Glu Ile Ala Gln Thr Asn Lys
115 120 125
Ile Arg Pro Glu Arg Pro Leu Ser Leu Ser Val Ile Ala Ala Ser Leu
130 135 140
Gly Ile Thr Cys Ser Pro Val Ser Ala Ala Thr Ala Ala Leu Ile Ser
145 150 155 160
Gln Asp Leu Leu Gly Ala Lys Gly Ile Glu Leu Gly Thr Val Leu Met
165 170 175
Ile Cys Ile Pro Thr Ala Phe Ile Ser Ile Leu Val Ala Ala Phe Val
180 185 190
Glu Asn His Ile Gly Lys Glu Leu Glu Asp Asp Pro Glu Tyr Lys Arg
195 200 205
Arg Val Ala Ala Gly Leu Ile Asn Pro Glu Ala Ala Cys Glu Glu Val
210 215 220
Gln Lys Ala Glu Asn Glu His Asp Pro Ser Ala Lys His Ala Val Trp
225 230 235 240
Ala Phe Leu Phe Gly Val Ala Leu Val Ile Leu Phe Gly Phe Leu Pro
245 250 255
Gln Leu Arg Pro Glu Gly Val Ser Met Ser Gln Thr Ile Glu Met Ile
260 265 270
Met Met Ser Asp Ala Ala Leu Ile Leu Leu Val Gly Lys Gly Lys Val
275 280 285
Gly Asp Ala Val Asn Gly Asn Ile Phe Lys Ala Gly Met Asn Ala Val
290 295 300
Val Ala Ile Phe Gly Ile Ala Trp Met Gly Asn Thr Phe Tyr Val Gly
305 310 315 320
Asn Glu Lys Ile Leu Asp Ala Ala Leu Ser Ser Met Ile Ser Ser Thr
325 330 335
Pro Ile Leu Phe Ala Val Ala Leu Phe Leu Leu Ser Ile Met Leu Phe
340 345 350
Ser Gln Ala Ala Thr Val Thr Thr Leu Tyr Pro Val Gly Ile Ala Leu
355 360 365
Gly Ile Asn Pro Leu Leu Leu Ile Ala Met Phe Pro Ala Cys Asn Gly
370 375 380
Tyr Phe Phe Leu Pro Asn Tyr Pro Thr Glu Val Ala Ala Ile Asp Phe
385 390 395 400
Asp Arg Thr Gly Thr Thr Arg Val Gly Lys Tyr Val Ile Asn His Ser
405 410 415
Phe Gln Ile Pro Gly Phe Ile Thr Thr Ile Val Ser Ile Leu Leu Gly
420 425 430
Val Leu Met Val Gln Phe Phe Arg
435 440
<210> 23
<211> 351
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 23
Met Arg Ile Leu Lys Ile Thr Phe Val Thr Val Leu Ala Leu Val Met
1 5 10 15
Ser Thr Val Val Phe Ala Gln Lys Pro Lys Ile Arg Ile Ile Ala Thr
20 25 30
Gly Gly Thr Ile Ala Gly Val Ser Ala Ser Ala Thr Ser Ser Ala Tyr
35 40 45
Gly Ala Gly Gln Val Gly Val Gln Thr Leu Ile Asp Ala Val Pro Gln
50 55 60
Ile Lys Asp Ile Ala Asp Val Ser Gly Glu Gln Leu Val Asn Ile Gly
65 70 75 80
Ser Gln Asp Met Asn Asp Glu Val Trp Leu Lys Leu Ala Lys Arg Ile
85 90 95
Asn Asp Leu Leu Asn Lys Glu Gly Tyr Asp Gly Val Leu Ile Thr His
100 105 110
Gly Thr Asp Thr Met Glu Glu Thr Ala Tyr Phe Leu Ser Leu Thr Val
115 120 125
His Thr Asp Lys Pro Val Val Met Val Gly Ser Met Arg Pro Ser Thr
130 135 140
Ala Ile Ser Ala Asp Gly Pro Ala Asn Leu Tyr Asn Gly Ile Cys Thr
145 150 155 160
Leu Val Asp Pro Ser Ser Lys Gly His Gly Val Met Val Cys Met Asn
165 170 175
Asn Glu Leu Phe Glu Ala Lys Ser Val Ile Lys Thr His Thr Thr Asp
180 185 190
Val Ser Thr Phe Lys Gly Gly Leu Tyr Gly Glu Met Gly Tyr Val Tyr
195 200 205
Asn Gly Lys Pro Tyr Phe Leu His Lys Pro Val Ala Lys Gln Gly Leu
210 215 220
Thr Ser Glu Phe Asn Val Asp Asn Leu Thr Ser Leu Pro Lys Val Gly
225 230 235 240
Ile Val Tyr Gly Tyr Ala Asn Cys Ser Pro Leu Pro Ile Gln Ala Phe
245 250 255
Val Asn Ala Lys Phe Asp Gly Ile Val Leu Ala Gly Val Gly Asp Gly
260 265 270
Asn Phe Tyr Lys Asp Val Phe Asp Val Ala Leu Lys Ala Gln Asn Ser
275 280 285
Gly Ile Gln Ile Val Arg Ser Ser Arg Val Pro Phe Gly Pro Thr Asn
290 295 300
Leu Asn Gly Glu Val Asp Asp Ala Lys Tyr His Phe Val Ala Ser Leu
305 310 315 320
Asn Leu Asn Pro Gln Lys Ala Arg Val Leu Leu Met Leu Ala Leu Thr
325 330 335
Lys Thr Lys Asp Trp Gln Lys Ile Gln Gln Tyr Phe Asn Glu Tyr
340 345 350
<210> 24
<211> 574
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 24
Met Ala Leu Ala Cys Ala Met Thr Met Ser Ala Ser Ala Gln Met Gly
1 5 10 15
Thr Asn Pro Lys Trp Leu Gly Asp Ala Ile Phe Tyr Gln Ile Tyr Pro
20 25 30
Ser Ser Tyr Met Asp Thr Asp Gly Asn Gly Ile Gly Asp Leu Pro Gly
35 40 45
Ile Thr Gln Lys Leu Asp Tyr Ile Lys Ser Leu Gly Val Asn Ala Ile
50 55 60
Trp Leu Asn Pro Val Phe Glu Ser Gly Trp Phe Asp Gly Gly Tyr Asp
65 70 75 80
Val Ile Asp Phe Tyr Lys Ile Asp Pro Arg Phe Gly Thr Asn Thr Asp
85 90 95
Met Val Asn Leu Val Lys Glu Ala His Lys Arg Gly Ile Lys Val Cys
100 105 110
Leu Asp Leu Val Ala Gly His Thr Ser Thr Lys Cys Pro Trp Phe Lys
115 120 125
Glu Ser Ala Asn Gly Asp Arg Asn Ser Arg Tyr Ser Asp Tyr Phe Ile
130 135 140
Trp Thr Asp Ser Ile Ser Glu Ala Asp Lys Lys Glu Ile Ala Glu Arg
145 150 155 160
His Lys Glu Ala Asn Pro Ala Ser Ser Thr His Gly Arg Tyr Val Glu
165 170 175
Met Asn Ala Lys Arg Gly Lys Tyr Tyr Glu Lys Asn Phe Phe Glu Cys
180 185 190
Gln Pro Ala Leu Asn Tyr Gly Phe Ala Lys Pro Asp Pro Asn Gln Pro
195 200 205
Trp Glu Gln Pro Val Thr Ala Pro Gly Pro Gln Ala Val Arg Arg Glu
210 215 220
Met Arg Asn Ile Met Ala Phe Trp Phe Asp Lys Gly Val Asp Gly Phe
225 230 235 240
Arg Val Asp Met Ala Ser Ser Leu Val Lys Asn Asp Trp Gly Lys Lys
245 250 255
Glu Val Ser Lys Leu Trp Asn Glu Met Arg Glu Trp Lys Asp Lys Asn
260 265 270
Tyr Pro Glu Cys Val Leu Ile Ser Glu Trp Ser Asp Pro Ala Val Ala
275 280 285
Ile Pro Ala Gly Phe Asn Ile Asp Phe Met Ile His Phe Gly Ile Lys
290 295 300
Gly Tyr Pro Ser Leu Phe Phe Asp Arg Asn Thr Pro Trp Gly Lys Pro
305 310 315 320
Trp Pro Gly Gln Asp Ile Ser Lys Asp Tyr Lys Phe Cys Tyr Phe Asp
325 330 335
Lys Ala Gly Lys Gly Glu Val Lys Glu Phe Val Asp Asn Phe Ser Glu
340 345 350
Ala Tyr Asn Ala Thr Lys Asn Leu Gly Tyr Ile Ala Ile Pro Ser Ala
355 360 365
Asn His Asp Tyr Gln Arg Pro Asn Ile Gly Thr Arg Asn Thr Pro Glu
370 375 380
Gln Leu Lys Val Ala Met Thr Phe Phe Leu Thr Met Pro Gly Val Pro
385 390 395 400
Phe Ile Tyr Tyr Gly Asp Glu Ile Gly Met Lys Tyr Gln Met Asp Leu
405 410 415
Pro Ser Lys Glu Gly Ser Asn Glu Arg Ala Gly Thr Arg Thr Pro Met
420 425 430
Gln Trp Thr Ser Gly Pro Thr Ala Gly Phe Ser Thr Cys Asn Pro Ser
435 440 445
Gln Leu Tyr Phe Pro Val Asp Thr Glu Lys Gly Lys Leu Thr Val Glu
450 455 460
Ala Gln Gln Asn Asp Pro Arg Ser Leu Leu Asn Tyr Thr Arg Glu Leu
465 470 475 480
Thr Arg Leu Arg His Ser Gln Pro Ala Leu Arg Gly Asn Gly Glu Trp
485 490 495
Ile Leu Val Ser Lys Glu Ser Gln Pro Tyr Pro Met Val Tyr Lys Arg
500 505 510
Thr Ser Gly Gly Glu Thr Val Val Val Ala Ile Asn Pro Ser Asp Lys
515 520 525
Lys Val Ser Ala Asn Ile Ala His Leu Gly Lys Ala Lys Ser Leu Ile
530 535 540
Met Thr Gly Lys Ala Ser Tyr Lys Thr Gly Lys Thr Glu Asp Ala Val
545 550 555 560
Glu Leu Asn Gly Val Ser Ala Ala Val Phe Lys Ile Ala Glu
565 570
<210> 25
<211> 244
<212> PRT
<213> Listeria monocytogenes
<400> 25
Met Asn Ile Ala Val Ile Phe Ala Gly Gly Ser Gly Leu Arg Met His
1 5 10 15
Thr Lys Ser Arg Pro Lys Gln Phe Leu Asp Leu Asn Gly Lys Pro Ile
20 25 30
Ile Ile Tyr Thr Leu Glu Leu Phe Asp Asn His Pro Gly Ile Asp Ala
35 40 45
Ile Val Val Ala Cys Ile Glu Ser Trp Ile Pro Phe Leu Glu Lys Gln
50 55 60
Leu Arg Lys Phe Glu Ile Asn Lys Val Val Lys Ile Val Pro Gly Gly
65 70 75 80
Glu Ser Gly Gln Ala Ser Ile Tyr Asn Gly Leu Cys Ala Ala Glu Ala
85 90 95
Tyr Ile Lys Ser Lys Asn Val Ala Ser Glu Asp Thr Thr Val Leu Ile
100 105 110
His Asp Gly Val Arg Pro Leu Ile Thr Glu Glu Thr Ile Thr Asp Asn
115 120 125
Ile Asn Lys Val Ala Glu Val Gly Ser Cys Ile Thr Cys Ile Pro Ala
130 135 140
Thr Glu Thr Leu Val Val Lys Gln His Asp Gly Ser Leu Glu Ile Pro
145 150 155 160
Ser Arg Ala Asp Ser Leu Ile Ala Arg Ala Pro Gln Ser Phe Leu Leu
165 170 175
Ser Asp Ile Leu Thr Ala His Arg Arg Ala Ile Asp Glu Lys Lys Asn
180 185 190
Asp Phe Ile Asp Ser Cys Thr Met Met Ser His Tyr Gly Tyr Arg Leu
195 200 205
Gly Thr Ile Ile Gly Pro Met Glu Asn Ile Lys Ile Thr Thr Pro Thr
210 215 220
Asp Phe Phe Val Leu Arg Ala Met Val Lys Val His Glu Asp Gln Gln
225 230 235 240
Ile Phe Gly Leu
<210> 26
<211> 327
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 26
Met Thr Glu Lys Lys Ser Val Ser Ile Val Leu Cys Thr Tyr Asn Gly
1 5 10 15
Thr Lys Tyr Leu Gln Glu Gln Leu Asp Ser Ile Leu Ala Gln Thr Tyr
20 25 30
Pro Leu His Glu Ile Ile Ile Gln Asp Asp Gly Ser Thr Asp Asn Thr
35 40 45
Trp Gln Ile Leu Glu Lys Tyr Glu Glu Lys Tyr Pro Leu Ile His Ile
50 55 60
Tyr His Asn Glu Gly Thr His Gly Val Asn Ala Asn Phe Leu Ser Ala
65 70 75 80
Met His Arg Thr Thr Gly Asp Phe Ile Ala Ile Ala Asp Gln Asp Asp
85 90 95
Ile Trp Glu Thr Asp Lys Ile Ala Asn Gln Met Thr Thr Ile Gly Asn
100 105 110
Lys Leu Leu Cys Ser Gly Leu Thr Arg Pro Phe Ser Ser Asp Gly Ser
115 120 125
Phe Ala Tyr Phe Asp Asn Arg Pro Arg Asn Val Ser Ile Phe Arg Met
130 135 140
Met Phe Leu Gly Leu Pro Gly His Thr Met Leu Phe Arg Arg Glu Leu
145 150 155 160
Leu Arg Met Met Pro Pro Val Thr His Ser Phe Phe Asn Val Ser Leu
165 170 175
Tyr Asp Ala Ala Leu Ser Ile Leu Ala Ala Ser His Asp Ser Ile Ala
180 185 190
Phe Cys Asn Lys Val Leu Val Asn Phe Arg Arg His Ala Asp Ala Thr
195 200 205
Thr Tyr Asn Asp Tyr Ser Arg Ser Leu Pro Ser Trp Gln Asn Gly Leu
210 215 220
Tyr Glu Leu Leu Trp Gly Leu Arg His Tyr His Gln Ala Arg Ser Ile
225 230 235 240
Ala Leu Pro Ile Tyr Arg Gly Lys Leu Ala Leu Met Glu Gly Ile Thr
245 250 255
Thr Asn Tyr His Asp Phe Ile Glu Ala Lys Ala Ile Met Arg Leu Glu
260 265 270
Thr Gln Lys Gly Leu Trp Ala Phe Leu Arg Leu Gln Tyr Leu Leu Thr
275 280 285
Lys Asn His Gln Arg Leu Phe Gln Thr Ser Gly Gly Ser Phe Ile Lys
290 295 300
Met Ile Arg Ala Trp Leu Tyr Pro Val Met Gln Leu Tyr Met Tyr His
305 310 315 320
His Ala Leu Arg Arg Cys Lys
325
<210> 27
<211> 437
<212> PRT
<213> Enterobacter cloacae
<400> 27
Met Glu Ser Phe Ile Ile Glu Gly Gly His Arg Leu Ser Gly Thr Ile
1 5 10 15
Ala Pro Gln Gly Ala Lys Asn Glu Ala Leu Glu Val Ile Cys Ala Thr
20 25 30
Leu Leu Thr Thr Glu Glu Val Ile Ile Arg Asn Ile Pro Asn Ile Leu
35 40 45
Asp Val Asn Asn Leu Ile Lys Leu Leu Gln Asp Ile Gly Val Lys Val
50 55 60
Lys Lys Leu Gly Ala Asn Asp Phe Ser Phe Gln Ala Asp Glu Val Lys
65 70 75 80
Leu Asp Tyr Leu Glu Ser Ile Asp Phe Val Lys Lys Cys Ser Ser Leu
85 90 95
Arg Gly Ser Val Leu Met Ile Gly Pro Leu Leu Gly Arg Phe Gly Lys
100 105 110
Ala Thr Ile Ala Lys Pro Gly Gly Asp Lys Ile Gly Arg Arg Arg Leu
115 120 125
Asp Thr His Phe Leu Gly Phe Lys Asn Leu Gly Ala Arg Phe Val Arg
130 135 140
Ile Glu Asp Arg Asp Val Tyr Glu Ile Gln Ala Asp Lys Leu Val Gly
145 150 155 160
Asp Tyr Met Leu Leu Asp Glu Ala Ser Val Thr Gly Thr Ala Asn Ile
165 170 175
Ile Met Ser Ala Val Met Ala Glu Gly Thr Thr Thr Ile Tyr Asn Ala
180 185 190
Ala Cys Glu Pro Tyr Ile Gln Gln Leu Cys His Leu Leu Asn Ala Met
195 200 205
Gly Ala Lys Ile Thr Gly Ile Ala Ser Asn Leu Ile Thr Ile Glu Gly
210 215 220
Val Thr Ser Leu His Gly Ala Glu His Arg Ile Leu Pro Asp Met Ile
225 230 235 240
Glu Val Gly Ser Phe Ile Gly Met Ala Ala Met Val Gly Asp Gly Val
245 250 255
Arg Ile Lys Asp Val Ser Ile Pro Asn Leu Gly Leu Ile Leu Asp Thr
260 265 270
Phe Arg Arg Leu Gly Val Gln Ile Ile Glu Asp Glu Asp Asp Leu Ile
275 280 285
Ile Pro Arg Gln Asp His Tyr Val Ile Asp Ser Phe Ile Asp Gly Thr
290 295 300
Ile Met Thr Ile Ser Asp Ala Pro Trp Pro Gly Leu Thr Pro Asp Leu
305 310 315 320
Ile Ser Val Leu Leu Val Val Ala Thr Gln Ala Gln Gly Ser Val Leu
325 330 335
Phe His Gln Lys Met Phe Glu Ser Arg Leu Phe Phe Val Asp Lys Leu
340 345 350
Ile Asp Met Gly Ala Gln Ile Ile Leu Cys Asp Pro His Arg Ala Val
355 360 365
Val Val Gly His Asp His Ala Lys Lys Leu Arg Ala Gly Arg Met Ser
370 375 380
Ser Pro Asp Ile Arg Ala Gly Ile Ala Leu Leu Ile Ala Ala Leu Thr
385 390 395 400
Ala Glu Gly Thr Ser Arg Ile Asp Asn Ile Ala Gln Ile Asp Arg Gly
405 410 415
Tyr Glu Asn Ile Glu Gly Arg Leu Asn Ala Leu Gly Ala Lys Val Gln
420 425 430
Arg Val Glu Ile Cys
435
<210> 28
<211> 772
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 28
Met Glu Arg Ser Gly Asn Phe Tyr Lys Ala Ile Arg Leu Gly Tyr Ile
1 5 10 15
Leu Ile Ser Ile Leu Ile Gly Cys Met Ala Tyr Asn Ser Leu Tyr Glu
20 25 30
Trp Gln Glu Ile Glu Ala Leu Glu Leu Gly Asn Lys Lys Ile Asp Glu
35 40 45
Leu Arg Lys Glu Ile Asn Asn Ile Asn Ile Gln Met Ile Lys Phe Ser
50 55 60
Leu Leu Gly Glu Thr Ile Leu Glu Trp Asn Asp Lys Asp Ile Glu His
65 70 75 80
Tyr His Ala Arg Arg Met Ala Met Asp Ser Met Leu Cys Arg Phe Lys
85 90 95
Ala Thr Tyr Pro Ala Glu Arg Ile Asp Ser Val Arg His Leu Leu Glu
100 105 110
Asp Lys Glu Arg Gln Met Cys Gln Ile Val Gln Ile Leu Glu Gln Gln
115 120 125
Gln Ala Ile Asn Asp Lys Ile Thr Ser Gln Val Pro Val Ile Val Gln
130 135 140
Lys Ser Val Gln Glu Gln Pro Lys Lys Ser Lys Arg Lys Gly Phe Leu
145 150 155 160
Gly Ile Phe Gly Lys Lys Glu Glu Ala Lys Pro Thr Val Thr Thr Thr
165 170 175
Met His Arg Ser Phe Asn Arg Asn Met Arg Thr Glu Gln Gln Ala Gln
180 185 190
Ser Arg Arg Leu Ser Val His Ala Asp Ser Leu Ala Ala Arg Asn Ala
195 200 205
Glu Leu Asn Arg Gln Leu Gln Gly Leu Val Val Gln Ile Asp Gly Lys
210 215 220
Val Gln Thr Asp Leu Gln Lys Arg Glu Ala Glu Ile Thr Ala Met Arg
225 230 235 240
Glu Arg Ser Phe Ile Gln Ile Gly Gly Leu Thr Gly Phe Val Ile Leu
245 250 255
Leu Leu Val Ile Ser Tyr Ile Ile Ile His Arg Asn Ala Asn Arg Ile
260 265 270
Lys Arg Tyr Lys Gln Glu Thr Ala Asp Leu Ile Glu Arg Leu Gln Gln
275 280 285
Met Ala Lys Arg Asn Glu Ala Leu Ile Thr Ser Arg Lys Lys Ala Val
290 295 300
His Thr Ile Thr His Glu Leu Arg Thr Pro Leu Thr Ala Ile Thr Gly
305 310 315 320
Tyr Ala Gly Leu Ile Gln Lys Asn Phe Asn Ala Asp Lys Thr Gly Met
325 330 335
Tyr Ile Arg Asn Ile Gln Gln Ser Ser Asp Arg Met Arg Glu Met Leu
340 345 350
Asn Thr Leu Leu Ser Phe Phe Arg Leu Asp Asp Gly Lys Glu Gln Pro
355 360 365
Asn Phe Ser Thr Cys Arg Ile Ser Ser Ile Ala His Thr Leu Glu Ser
370 375 380
Glu Phe Met Pro Ile Ala Ile Asn Lys Gly Leu Ala Leu Thr Val Thr
385 390 395 400
Asn His Thr Asp Ala Val Val Leu Thr Asp Lys Glu Arg Ile Leu Gln
405 410 415
Ile Gly Asn Asn Leu Leu Ser Asn Ala Ile Lys Phe Thr Glu Asn Gly
420 425 430
Ala Val Ser Leu Thr Met Gly Tyr Asp Asn Gly Met Leu Lys Leu Ile
435 440 445
Val Lys Asp Thr Gly Ser Gly Met Thr Glu Glu Glu Gln Gln Arg Val
450 455 460
Phe Gly Ala Phe Glu Arg Leu Ser Asn Ala Ala Ala Lys Asp Gly Phe
465 470 475 480
Gly Leu Gly Leu Ser Ile Val Gln Arg Ile Val Thr Met Leu Gly Gly
485 490 495
Thr Ile Gln Leu Lys Ser Glu Lys Gly Lys Gly Ser Arg Phe Thr Val
500 505 510
Glu Ile Pro Met Gln Ser Ala Glu Glu Leu Pro Glu Arg Ile Asn Lys
515 520 525
Thr Gln Ile His His Asn Arg Thr Leu His Asp Ile Val Ala Ile Asp
530 535 540
Asn Asp Lys Val Leu Leu Leu Met Leu Lys Glu Met Tyr Ala Gln Glu
545 550 555 560
Gly Ile His Cys Asp Thr Cys Thr Asn Ala Ala Glu Leu Met Glu Met
565 570 575
Ile Arg Arg Lys Glu Tyr Ser Leu Leu Leu Thr Asp Leu Asn Met Pro
580 585 590
Asp Ile Asn Gly Phe Glu Leu Leu Glu Leu Leu Arg Thr Ser Asn Val
595 600 605
Gly Asn Ser Arg Ile Ile Pro Ile Ile Val Thr Thr Ala Ser Gly Ser
610 615 620
Cys Asn Arg Glu Glu Leu Leu Glu Arg Gly Phe Ser Asp Cys Leu Leu
625 630 635 640
Lys Pro Phe Ser Ile Ser Glu Leu Met Glu Val Ser Asp Lys Cys Ala
645 650 655
Met Lys Gly Lys Gln Asn Glu Lys Pro Asp Phe Ser Ser Leu Leu Ser
660 665 670
Tyr Gly Asn Glu Ser Val Met Leu Asp Lys Leu Ile Ala Glu Thr Glu
675 680 685
Lys Glu Met Gln Ser Val Arg Asp Gly Glu Gln Arg Lys Asp Phe Gln
690 695 700
Glu Leu Asp Ala Leu Thr His His Leu Arg Ser Ser Trp Glu Ile Leu
705 710 715 720
Arg Ala Asp Gln Pro Leu Arg Glu Leu Tyr Lys Gln Leu His Gly Ser
725 730 735
Ala Val Pro Asp Tyr Glu Ala Leu Asn Asn Ala Val Thr Ala Val Leu
740 745 750
Asp Lys Gly Ser Glu Ile Ile Arg Leu Ala Lys Glu Glu Arg Arg Lys
755 760 765
Tyr Glu Asn Gly
770
<210> 29
<211> 321
<212> PRT
<213> Staphylococcus aureus
<400> 29
Met Lys Arg Ser Arg Phe Tyr Ile Thr Val Gly Leu Ile Leu Ser Leu
1 5 10 15
Thr Leu Leu Met Ser Ala Cys Gly Gln Lys Lys Ala Lys Asp Gly Arg
20 25 30
Thr Asp Thr Pro Thr Ser Gly Thr Ile Lys Phe Ala Ser Asp Glu Ser
35 40 45
Phe Ser Pro Ile Val Glu Glu Leu Leu Gln Asn Tyr Gln Phe Arg Tyr
50 55 60
Pro Gln Ala His Leu Leu Pro Ile Tyr Thr Asp Asp Asn Thr Gly Met
65 70 75 80
Lys Leu Leu Leu Asp Gln Lys Val Asn Leu Phe Ile Thr Ser His Ala
85 90 95
Met Thr Lys Gly Glu Asp Ala Ile Leu Arg Gly Lys Gly Pro Ile Pro
100 105 110
Glu Val Phe Pro Ile Gly Tyr Asp Gly Ile Ala Phe Ile Val Asn Arg
115 120 125
Ser Asn Pro Asp Ser Cys Ile Thr Val Asp Asp Val Lys Lys Ile Leu
130 135 140
Gln Gly Lys Ile Ala Lys Trp Asn Gln Leu Asn Pro Lys Asn Asn Arg
145 150 155 160
Gly Ser Ile Glu Val Val Phe Asp Asn Lys Ala Ser Ala Thr Leu His
165 170 175
Tyr Val Val Asp Ser Ile Leu Gly Gly Lys Asn Ile Lys Ser Glu Asn
180 185 190
Ile Val Ala Ala Lys Asn Ser Lys Ser Val Ile Asp Tyr Val Asn Lys
195 200 205
Thr Pro Asn Ala Ile Gly Val Ile Gly Ser Asn Trp Leu Asn Asp His
210 215 220
Arg Asp Thr Thr Asn Thr Thr Phe Lys Lys Asp Val Thr Val Ala Ser
225 230 235 240
Ile Ser Lys Ala Thr Val Ala Ser Pro Ser Asn Ser Trp Gln Pro Tyr
245 250 255
Gln Ala Tyr Leu Leu Asp Gly Arg Tyr Pro Phe Val Arg Thr Ile Tyr
260 265 270
Ala Leu Leu Ala Asp Pro His Lys Ala Leu Pro Tyr Ala Phe Ala Asn
275 280 285
Tyr Ile Ala Asn Pro Ile Gly Gln Met Ile Ile Phe Lys Ala Gly Leu
290 295 300
Leu Pro Tyr Arg Gly Asn Ile Asn Ile Arg Glu Val Glu Val Lys Asn
305 310 315 320
Gln
<210> 30
<211> 198
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 30
Met Ala Gly Thr Lys Arg Ile Lys Thr Ala Leu Ile Ser Val Phe His
1 5 10 15
Lys Asp Gly Leu Asp Asp Leu Leu Lys Lys Leu Asp Glu Glu Gly Val
20 25 30
Gln Phe Leu Ser Thr Gly Gly Thr Gln Gln Phe Ile Glu Ser Leu Gly
35 40 45
Tyr Glu Cys Gln Lys Val Glu Asp Val Thr Ser Tyr Pro Ser Ile Leu
50 55 60
Gly Gly Arg Val Lys Thr Leu His Pro Lys Ile Phe Gly Gly Ile Leu
65 70 75 80
Ala Arg Arg Asp Asn Glu Glu Asp Gln Lys Gln Met Val Glu Tyr Thr
85 90 95
Ile Pro Ala Ile Asp Leu Val Ile Val Asp Leu Tyr Pro Phe Glu Gln
100 105 110
Thr Val Ala Ser Gly Ala Ser Ala Gln Asp Ile Ile Glu Lys Ile Asp
115 120 125
Ile Gly Gly Ile Ser Leu Ile Arg Ala Gly Ala Lys Asn Phe Lys Asp
130 135 140
Val Val Ile Val Pro Ser Lys Ala Glu Tyr Pro Val Leu Leu Gln Leu
145 150 155 160
Leu Asn Thr Lys Gly Ala Glu Thr Glu Ile Glu Asp Arg Lys Met Phe
165 170 175
Ala Glu Arg Ala Phe Gly Val Ser Ser His Tyr Asp Thr Ala Ile His
180 185 190
Ser Trp Phe Ala Ala Glu
195
<210> 31
<211> 472
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 31
Met Glu Glu Glu Lys Gly Gly Arg Ile Gly Gln Arg Pro Tyr Ile Leu
1 5 10 15
Lys Ile Ile Thr Glu Arg Asn Tyr Ile Ile Ile Ile Asp Met Lys Lys
20 25 30
Ala Lys Ile Leu Leu Phe Val Thr Ala Leu Val Ala Val Leu Thr Ser
35 40 45
Cys Gly Gly Gly Gln Lys Gly Leu Pro Thr Ser Asp Glu Tyr Pro Val
50 55 60
Ile Thr Ile Gly Ala Ser Asn Ala Gln Leu Lys Thr Thr Tyr Pro Ala
65 70 75 80
Thr Ile Lys Gly Val Gln Asp Val Glu Val Arg Pro Lys Val Ser Gly
85 90 95
Phe Ile Thr Lys Leu Asn Ile His Glu Gly Glu Tyr Val His Ala Gly
100 105 110
Gln Val Leu Phe Val Ile Asp Asn Ser Thr Tyr Gln Ala Ala Val Arg
115 120 125
Gln Ala Gln Ala Gln Val Asn Ser Ala Gln Ser Ala Val Ala Gln Ala
130 135 140
Lys Ala Asn Val Val Gln Ala Asn Ala Ser Leu Asn Ser Ala Asn Ala
145 150 155 160
Gln Ala Ala Thr Ser Arg Leu Thr Tyr Asn Asn Ser Gln Asn Leu Tyr
165 170 175
Asn Asn Lys Val Ile Gly Asp Tyr Glu Leu Gln Ser Ala Lys Asn Thr
180 185 190
Tyr Glu Thr Ala Gln Ala Ser Val Arg Gln Ala Gln Ser Gly Ile Ala
195 200 205
Ser Ala Gln Ala Ala Val Lys Gln Ala Glu Ala Gly Val Arg Gln Ala
210 215 220
Gln Ala Met Leu Ser Thr Ala Lys Asp Asn Leu Gly Phe Cys Tyr Val
225 230 235 240
Lys Ser Pro Ala Ser Gly Tyr Val Gly Ser Leu Pro Phe Lys Glu Asp
245 250 255
Ala Leu Val Ser Ala Ser Ser Ala Gln Pro Val Thr Thr Ile Ser Asn
260 265 270
Thr Ser Thr Ile Glu Val Tyr Phe Ser Met Thr Glu Ala Asp Val Leu
275 280 285
Lys Leu Ser Arg Thr Asp Asp Gly Leu Ser Asn Ala Ile Lys Lys Phe
290 295 300
Pro Ala Val Ser Leu Leu Leu Ala Asp Gly Ser Thr Tyr Asn His Glu
305 310 315 320
Gly Ala Ile Val Lys Thr Ser Gly Met Ile Asp Ala Thr Thr Gly Thr
325 330 335
Ile Asn Val Ile Ala Arg Phe Pro Asn Pro Glu His Leu Leu Lys Ser
340 345 350
Gly Gly Ser Gly Lys Ile Val Ile Ala Lys Asn Asn Asn Arg Ala Leu
355 360 365
Leu Ile Pro Gln Glu Ala Val Thr Gln Val Gln Asn Lys Met Phe Val
370 375 380
Tyr Lys Val Asp Ala Lys Asp Lys Val His Tyr Ser Glu Ile Thr Val
385 390 395 400
Asp Pro Gln Asn Asp Gly Ile Asn Tyr Ile Val Thr Ser Gly Leu Lys
405 410 415
Met Gly Glu Arg Ile Val Ser Lys Gly Val Ser Ser Leu Glu Asp Gly
420 425 430
Ala Lys Ile Lys Ala Leu Thr Pro Ala Glu Tyr Glu Glu Ala Ile Lys
435 440 445
Lys Ala Glu Lys Leu Gly Glu Asn Gln Ser Ser Ala Ser Gly Phe Leu
450 455 460
Lys Thr Met Lys Gly Asp Ser Lys
465 470
<210> 32
<211> 292
<212> PRT
<213> Bacillus anthracis
<400> 32
Met Ala Lys Arg Arg Asn Lys Ala Arg Ser His His Ser Leu Gln Val
1 5 10 15
Val Thr Leu Cys Ile Ser Thr Ala Met Val Leu Ile Leu Ile Gly Met
20 25 30
Val Val Leu Thr Val Phe Thr Ser Arg Asn Leu Ser Ser Tyr Val Lys
35 40 45
Glu Asn Leu Thr Val Thr Met Ile Leu Gln Pro Asp Met Ser Thr Glu
50 55 60
Glu Ser Ala Ala Leu Cys Gln Arg Ile Arg Ser Leu His Tyr Ile Asn
65 70 75 80
Ser Leu Asn Phe Ile Ser Lys Glu Gln Ala Leu Lys Glu Gly Thr Arg
85 90 95
Glu Leu Gly Ala Asn Pro Ala Glu Phe Ala Gly Gln Asn Pro Phe Thr
100 105 110
Gly Glu Ile Glu Leu Gln Leu Lys Ala Asn Tyr Ala Asn Asn Asp Ser
115 120 125
Ile Lys Asn Ile Glu Arg Glu Leu Arg Thr Tyr Arg Gly Val Ser Asp
130 135 140
Ile Thr Tyr Pro Gln Asn Leu Val Glu Ser Val Asn His Thr Leu Gly
145 150 155 160
Lys Ile Ser Leu Val Leu Leu Val Ile Ala Ile Leu Leu Thr Ile Val
165 170 175
Ser Phe Ser Leu Met Asn Asn Thr Ile Arg Leu Ser Ile Tyr Ala Arg
180 185 190
Arg Phe Ser Ile His Thr Met Lys Leu Val Gly Ala Ser Trp Gly Phe
195 200 205
Ile Arg Ala Pro Phe Leu Arg Arg Ala Val Met Glu Gly Leu Val Ser
210 215 220
Ala Leu Leu Ala Ile Ala Val Leu Gly Val Gly Leu Cys Leu Leu Tyr
225 230 235 240
Asp Tyr Glu Pro Asp Ile Thr Lys Val Leu Ser Trp Asp Val Leu Val
245 250 255
Ile Thr Ala Gly Val Met Leu Ala Phe Gly Val Leu Ile Ala Thr Phe
260 265 270
Cys Ser Trp Leu Ser Val Asn Lys Phe Leu Arg Met Lys Ala Gly Asp
275 280 285
Leu Tyr Lys Ile
290
<210> 33
<211> 828
<212> PRT
<213> Campylobacter jejuni
<400> 33
Met Lys Leu Ser Asp Leu Lys Thr Gly Glu Thr Gly Val Ile Val Lys
1 5 10 15
Val Leu Gly His Gly Gly Phe Arg Lys Arg Ile Ile Glu Met Gly Phe
20 25 30
Ile Gln Gly Lys Gln Val Glu Val Leu Leu Asn Ala Pro Leu Arg Asp
35 40 45
Pro Val Lys Tyr Lys Ile Met Gly Tyr Glu Val Ser Leu Arg His Ser
50 55 60
Glu Ala Asp Gln Ile Glu Val Ile Ser Ala Glu Glu Ala Arg Gln Leu
65 70 75 80
Glu Gln Ala Lys Ala Asp Asn Glu Pro Gln Gln Gly Ala Leu Ser Asn
85 90 95
Asn Ile Pro Asp Glu Ser Asp His Ala Leu Thr Pro Phe Glu Leu Thr
100 105 110
Asp Ala Ala Asn Arg Lys Ser Lys Val Ile Asn Val Ala Leu Val Gly
115 120 125
Asn Pro Asn Cys Gly Lys Thr Ser Leu Phe Asn Phe Ala Ser Gly Ala
130 135 140
His Glu Arg Val Gly Asn Tyr Ser Gly Val Thr Val Asp Ala Lys Val
145 150 155 160
Gly Arg Ala Asn Tyr Glu Gly Tyr Glu Phe His Leu Val Asp Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Tyr Ser Leu Ser Ala Tyr Ser Pro Glu Glu Leu Tyr Val Arg
180 185 190
Lys Gln Leu Val Glu Lys Thr Pro Asp Val Val Ile Asn Val Ile Asp
195 200 205
Ala Ser Asn Leu Glu Arg Asn Leu Tyr Leu Thr Thr Gln Leu Ile Asp
210 215 220
Met His Val Arg Met Val Cys Ala Leu Asn Met Phe Asp Glu Thr Glu
225 230 235 240
Gln Arg Gly Asp Asn Ile Asp Tyr Gln Lys Ile Ser Glu Leu Phe Gly
245 250 255
Ile Pro Met Val Pro Thr Val Phe Thr Asn Gly Arg Gly Val Lys Glu
260 265 270
Leu Phe His Gln Val Ile Ala Val Tyr Glu Gly Lys Glu Asp Glu Thr
275 280 285
Ser Gln Phe Arg His Ile His Ile Asn His Gly His Glu Leu Glu Gly
290 295 300
Gly Ile Lys Asn Ile Gln Glu His Leu Arg Ala Tyr Pro Asp Ile Cys
305 310 315 320
Gln Arg Tyr Ser Thr Arg Tyr Leu Ala Ile Lys Leu Leu Glu His Asp
325 330 335
Lys Asp Val Glu Glu Leu Ile Lys Pro Leu Lys Asp Ser Asp Glu Ile
340 345 350
Phe Lys His Arg Asp Ile Ala Ala Gln Arg Val Lys Glu Glu Thr Gly
355 360 365
Asn Glu Ser Glu Thr Ala Ile Met Asp Ala Lys Tyr Gly Phe Ile His
370 375 380
Gly Ala Leu Glu Glu Ala Asp Tyr Ser Thr Gly Gln Lys Lys Asp Thr
385 390 395 400
Tyr Gln Thr Thr His Phe Ile Asp Gln Ile Leu Thr Asn Lys Tyr Phe
405 410 415
Gly Phe Pro Ile Phe Phe Leu Ile Leu Phe Ile Met Phe Thr Ala Thr
420 425 430
Phe Val Ile Gly Gln Tyr Pro Met Asp Trp Ile Asp Gly Gly Val Ser
435 440 445
Trp Leu Gly Asp Phe Ile Ser Ser Asn Met Pro Asp Gly Pro Val Lys
450 455 460
Asp Met Leu Val Asp Gly Ile Ile Gly Gly Val Gly Ala Val Ile Val
465 470 475 480
Phe Leu Pro Gln Ile Leu Ile Leu Tyr Phe Phe Ile Ser Tyr Met Glu
485 490 495
Asp Ser Gly Tyr Met Ala Arg Ala Ala Phe Ile Met Asp Lys Leu Met
500 505 510
His Lys Met Gly Leu His Gly Lys Ser Phe Ile Pro Leu Ile Met Gly
515 520 525
Phe Gly Cys Asn Val Pro Ala Val Met Ala Thr Arg Thr Ile Glu Ser
530 535 540
Arg Arg Ser Arg Leu Val Thr Met Leu Ile Leu Pro Leu Met Ser Cys
545 550 555 560
Ser Ala Arg Leu Pro Ile Tyr Val Met Ile Thr Gly Ser Phe Phe Ala
565 570 575
Leu Lys Tyr Arg Ser Leu Ala Met Leu Ser Leu Tyr Val Ile Gly Ile
580 585 590
Leu Met Ser Val Ile Met Ser Arg Val Phe Ser Arg Phe Leu Val Lys
595 600 605
Gly Glu Asp Thr Pro Phe Val Met Glu Leu Pro Pro Tyr Arg Phe Pro
610 615 620
Thr Trp Lys Ala Ile Gly Arg His Thr Trp Glu Lys Gly Lys Gln Tyr
625 630 635 640
Leu Lys Lys Met Gly Gly Ile Ile Leu Val Ala Ser Ile Ile Val Trp
645 650 655
Ala Leu Gly Tyr Phe Pro Leu Pro Asp Lys Pro Asp Met Gly Gln Gln
660 665 670
Glu Arg Gln Glu His Ser Phe Ile Gly Gln Ile Gly His Ala Val Glu
675 680 685
Pro Val Phe Arg Pro Gln Gly Phe Asn Trp Lys Leu Asp Val Gly Leu
690 695 700
Leu Ala Gly Val Gly Ala Lys Glu Ile Val Ala Ser Thr Met Gly Val
705 710 715 720
Leu Tyr Ser Asn Asp Asp Ser Phe Lys Asp Asp Asn Ser Phe Ser Ser
725 730 735
Glu Gly Gly Lys Tyr Val Lys Leu His Lys Gln Ile Thr Gln Asp Val
740 745 750
Ala Asn Leu His Gly Val Ser Tyr Asn Glu Ala Glu Pro Ile Ala Thr
755 760 765
Leu Thr Ala Phe Cys Phe Leu Leu Phe Val Leu Leu Tyr Phe Pro Cys
770 775 780
Ile Ala Thr Ile Ala Ala Ile Lys Gly Glu Thr Gly Ser Trp Gly Trp
785 790 795 800
Ala Leu Phe Ala Ala Gly Tyr Thr Thr Leu Leu Ala Trp Val Val Ser
805 810 815
Ala Ile Val Phe Gln Val Gly Met Leu Phe Ile Gly
820 825
<210> 34
<211> 566
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 34
Met Lys Lys Asn Leu Leu Lys Ala Val Leu Pro Ala Ser Leu Ala Leu
1 5 10 15
Phe Ala Val Thr Phe Gly Ser Cys Ser Gln Asp Gly Gln Leu Thr Gly
20 25 30
Thr Lys Glu Asp Thr Gly Glu Arg Val Leu Asp Asn Thr Arg Glu Ile
35 40 45
Gln Asn Tyr Leu Arg Thr Leu Pro Leu Ala Pro Met Met Ser Arg Ala
50 55 60
Ser Asp Pro Val Pro Ser Asp Asp Gly Thr Thr Val Pro Val Asp Glu
65 70 75 80
Gly Thr Ser Lys Thr Glu Glu Lys Gly Val Leu Asn Gly Ile Pro Gly
85 90 95
Ser Trp Val Lys Thr Thr Arg Arg Tyr Lys Met Thr Gln Ala Phe Asp
100 105 110
Glu Ser Phe Leu Phe Asp Pro Thr Ser Asp Ile Val Tyr Pro Gly Cys
115 120 125
Val Leu Lys Gly Gly Thr Ile Ala Asn Gly Thr Tyr Ala Ile Ile Thr
130 135 140
Ser His Glu Thr Gly Asp Val Thr Phe Ser Ile Asn Leu Ser Pro Ala
145 150 155 160
Asn Pro Gln Glu Ala Arg Glu Thr Ser Ala Thr Val His Asn Ile Arg
165 170 175
Lys Ser Glu Tyr Gln Glu Val Trp Asn Lys Trp Ala Asn Met Gln Trp
180 185 190
Lys Glu Ser Pro Ile Thr Thr Ile Glu Ser Val Glu Lys Ile Asn Ser
195 200 205
Gln Glu Glu Leu Ala Thr Lys Leu Gly Val Ala Val Asn Ser Pro Val
210 215 220
Ala Asn Gly Ser Leu Asn Phe Gly Phe Asn Phe Asn Lys Lys Lys Asn
225 230 235 240
His Ile Leu Ala Arg Leu Ile Gln Lys Tyr Phe Ser Val Ser Thr Asp
245 250 255
Ala Pro Lys Lys Gly Asn Ile Phe Glu Ser Ile Asp Lys Glu Ala Leu
260 265 270
Asp Gly Tyr Gln Pro Val Tyr Ile Ser Asn Ile Asn Tyr Gly Arg Ile
275 280 285
Ile Tyr Leu Ser Val Glu Ser Asp Glu Asp Glu Lys Val Val Asp Glu
290 295 300
Ala Ile Asn Phe Ala Met Asn Gln Ile Lys Gly Val Asp Val Ser Val
305 310 315 320
Ser Ala Asp Gln Ser Leu His Tyr Arg Lys Val Leu Ala Asn Cys Asp
325 330 335
Ile Arg Ile Thr Val Leu Gly Gly Gly Gln Thr Ile Gln Lys Glu Val
340 345 350
Leu Lys Gly Asp Ile Asp Ser Phe Gln Arg Phe Leu Asn Ala Asp Ile
355 360 365
Pro Met Glu Gln Met Ser Pro Ile Ser Phe Ser Leu Arg Tyr Ala Val
370 375 380
Asp Asn Ser Gln Ala Arg Val Val Thr Ser Asn Glu Phe Thr Val Thr
385 390 395 400
Gln Arg Asp Phe Val Pro Glu Phe Lys Lys Val Arg Met Gln Leu Gln
405 410 415
Val Leu Gly Phe Ser Gly Thr Asn Thr Gly Pro Phe Pro Asn Leu Asp
420 425 430
Arg Glu Ala Gly Leu Trp Gly Ser Ile Ser Leu Ser Leu Asn Gly Gln
435 440 445
Asp Asn Glu Leu Val Lys Ile Ser Gln Ser Asn Pro Phe Phe Phe Asn
450 455 460
Tyr Arg Glu Lys Lys Glu Thr Met His Pro Ile Gly Phe Gly Gly Ile
465 470 475 480
Val Thr Val Glu Phe Asp Lys Asp Pro Asn Glu Ser Leu Glu Asp Phe
485 490 495
Val Asp His Gln Lys Met Thr Phe Val Ser Asp Leu His Ser Thr Arg
500 505 510
Ser Ile Tyr Asn Tyr Asn Phe Gly Arg Thr Thr Phe Thr His Thr Leu
515 520 525
Gly Thr Leu Tyr Thr Lys Tyr Lys Gly Asp Asp Pro Ile Phe Val Leu
530 535 540
Glu Ser Asn Asn Lys Asn Val Lys Ile His Thr Tyr Val Lys Val Leu
545 550 555 560
Asp Met Lys Phe Phe Asn
565
<210> 35
<211> 922
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 35
Met Thr Lys Phe Ile Tyr Ala Met Ser Leu Phe Leu Leu Ala Ala Ile
1 5 10 15
Ser Ile Lys Ala Gln Pro Ile Gln Lys Thr Ser Gly Cys Leu Leu His
20 25 30
Gly Ser Val Val Ser Ser Thr Asp Ala Thr Ala Ile Ala Gly Ala Thr
35 40 45
Val Arg Leu Tyr Gln Leu Lys Lys Leu Val Gly Gly Thr Val Ser Asp
50 55 60
Ala Ser Gly Asn Phe Asp Val Lys Cys Pro Ser Ser Gly Ser Leu Gln
65 70 75 80
Leu Arg Ile Thr Ala Val Gly Phe Lys Glu Val Asp Thr Thr Leu Asn
85 90 95
Val Pro Thr Val Thr Pro Leu Ser Ile Tyr Met Arg Ala Gly Lys His
100 105 110
Ala Met Asp Glu Val Thr Val Thr Ala Ser Glu Lys Arg Gly Met Thr
115 120 125
Ser Thr Thr Val Ile Gly Gln Thr Ala Met Glu His Leu Gln Pro Ser
130 135 140
Ser Phe Ala Asp Leu Leu Ala Leu Leu Pro Gly Gly Met Thr Lys Ile
145 150 155 160
Pro Ala Leu Gly Ser Ala Asn Val Ile Thr Leu Arg Glu Ala Gly Pro
165 170 175
Pro Ser Ser Gln Tyr Ala Thr Ser Ser Leu Gly Thr Lys Phe Val Ile
180 185 190
Asp Gly Gln Ala Ile Gly Thr Asp Ala Asn Met Gln Tyr Ile Ala Gly
195 200 205
Ser Phe Gln Gly Asp Ala Asp Asn Ser Arg Asn His Val Ser Tyr Gly
210 215 220
Val Asp Met Arg Glu Ile Pro Thr Asp Asn Ile Glu Lys Val Glu Val
225 230 235 240
Val Arg Gly Ile Pro Ser Val Lys Tyr Gly Glu Leu Thr Ser Gly Leu
245 250 255
Ile Asn Ile Thr Arg Lys Arg Ser Gln Ser Pro Leu Leu Leu Arg Leu
260 265 270
Lys Ala Asp Glu Tyr Gly Lys Leu Val Ser Val Gly Lys Gly Phe Leu
275 280 285
Leu Ser Gly Lys Trp Asn Leu Asn Val Asp Gly Gly Leu Leu Asp Ala
290 295 300
Arg Lys Glu Pro Arg Asn Arg Phe Glu Thr Tyr Arg Arg Leu Thr Phe
305 310 315 320
Ser Ala Arg Leu Arg Arg Lys Trp Asn Leu Gly Glu Arg Tyr Val Leu
325 330 335
Glu Trp Ser Gly Ala Thr Asp Tyr Ser Leu Asn Ile Asp Asn Val Lys
340 345 350
Thr Asp Pro Glu Ile Gln Ile His Arg Glu Asp Ser Tyr Arg Ser Ser
355 360 365
Tyr Leu Lys Met Gly Met Asn His Arg Leu Leu Leu Arg Arg Lys Ala
370 375 380
Leu Val Gly Leu Gln Ser Val Ser Leu Ala Tyr Ser Ala Ser Leu Ala
385 390 395 400
Ser Asp Arg Ile His Gln Thr Glu Ala Val Ala Leu Gln Arg Asp Tyr
405 410 415
Val Val Pro Leu Ala Tyr Glu Gly Gly Glu Tyr Asp Gly Leu Phe Leu
420 425 430
Pro Met Gln Tyr Leu Cys Asp Tyr Arg Val Glu Gly Lys Pro Phe Tyr
435 440 445
Ser Thr Leu Arg Gly Glu Thr Glu Trp Leu Ala Arg Thr Ser Phe Ile
450 455 460
Ser His His Ile Thr Ala Gly Gly Glu Phe Leu Leu Asn Lys Asn Tyr
465 470 475 480
Gly Arg Gly Gln Ile Phe Asp Ile Thr Lys Pro Leu His Ala Ser Thr
485 490 495
Ala Arg Arg Pro Arg Ser Tyr Lys Asp Ile Pro Ala Thr Asp Ile Leu
500 505 510
Ser Phe Tyr Ala Glu Asp Lys Ala Thr Met Pro Ile Gly Lys His Gln
515 520 525
Leu Thr Val Met Ala Gly Leu Arg Thr Thr Gln Met Leu Asn Ile Pro
530 535 540
Ala Ser Tyr Ala Val His Gly Lys Leu Phe Thr Asp Thr Arg Val Asn
545 550 555 560
Val Gln Trp Asp Phe Pro Ser Phe Leu Gly Phe Lys Ser Phe Val Ser
565 570 575
Gly Gly Leu Gly Met Met Thr Lys Met Pro Thr Val Leu Asp Leu Tyr
580 585 590
Pro Asp Tyr Val Tyr Lys Asp Ile Thr Glu Met Asn Tyr Trp Asp Ile
595 600 605
Arg Pro Ala Tyr Lys Arg Ile His Ile Arg Thr Tyr Lys Leu Asn Gln
610 615 620
Val Asn Pro Asp Leu Arg Pro Ala Arg Asn Lys Lys Trp Glu Ile Arg
625 630 635 640
Leu Gly Met Asp Lys Gly Ala His His Phe Ser Val Thr Tyr Phe His
645 650 655
Glu Asp Met Lys Asp Gly Phe Arg Ser Thr Thr Thr Met Arg Pro Phe
660 665 670
Ile Tyr Lys Arg Tyr Asp Thr Ser Val Ile Asn Pro Ser Ala Leu Thr
675 680 685
Gly Pro Pro Ser Leu Ala Ser Leu Pro Val Val Thr Asp Thr Leu Leu
690 695 700
Asp Gly Tyr Gly Arg Thr Glu Asn Gly Ser Arg Ile Thr Lys Gln Gly
705 710 715 720
Ile Glu Phe Gln Tyr Ser Ser Pro Arg Ile Pro Val Ile Gln Thr Arg
725 730 735
Ile Thr Val Asn Gly Ala Trp Phe Arg Thr Leu Tyr Glu Asn Ser Ile
740 745 750
Pro Leu Phe Arg Ser Ala Pro Asn Val Val Val Gly Thr Val Ala Ile
755 760 765
Ala Asp Arg Tyr Ala Gly Tyr Tyr Met Ser Thr Asp Lys Tyr Asp Lys
770 775 780
Gln Ile Phe Thr Ser Asn Phe Ile Phe Asp Ser Tyr Val Asp Lys Leu
785 790 795 800
Gly Leu Ile Leu Ser Ala Thr Ala Glu Cys Phe Trp Met Ser Asn Thr
805 810 815
Lys Arg Pro Ala Thr Ser Ser Thr Pro Met Gly Tyr Met Asp Ile Thr
820 825 830
Gly Thr Val His Pro Tyr Val Glu Ala Asp Gln Ser Asp Pro Tyr Leu
835 840 845
Arg Trp Leu Val Leu Thr Gly Thr Ala Gly Gln Asp Met Asp Tyr Arg
850 855 860
Glu Arg Ser Tyr Met Leu Val Asn Phe Lys Ala Thr Lys Arg Phe Gly
865 870 875 880
Arg His Leu Ser Leu Ser Phe Phe Ala Asp Arg Val Phe Tyr Val Ala
885 890 895
Pro Asp Tyr Glu Val Asn Gly Phe Ile Val Arg Arg Thr Phe Ser Pro
900 905 910
Tyr Phe Gly Met Glu Ile Gly Leu Lys Ile
915 920
<210> 36
<211> 257
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 36
Met Leu Ile Asp Phe Lys Lys Val Asn Ile Tyr Gln Asp Glu Arg Leu
1 5 10 15
Ile Leu Lys Asp Ile Asp Phe Gln Ala Thr Glu Gly Glu Phe Ile Tyr
20 25 30
Leu Ile Gly Arg Val Gly Ser Gly Lys Ser Ser Leu Leu Lys Thr Phe
35 40 45
Tyr Gly Glu Leu Asp Ile Asp Gln Glu Asp Ala Glu Lys Ala Glu Val
50 55 60
Leu Gly Glu Ser Val Leu Asp Ile Lys Gln Lys Arg Ile Pro Ala Leu
65 70 75 80
Arg Arg Gln Met Gly Ile Ile Phe Gln Asp Phe Gln Leu Leu His Asp
85 90 95
Arg Ser Val Ala Lys Asn Leu Lys Phe Val Leu Gln Ala Thr Gly Trp
100 105 110
Lys Asp Lys Glu Lys Ile Lys Gln Arg Ile Lys Glu Val Leu Glu Gln
115 120 125
Val Gly Met Ile Asp Lys Ala Ala Lys Met Pro Ser Glu Leu Ser Gly
130 135 140
Gly Glu Gln Gln Arg Ile Ala Ile Ala Arg Ala Phe Leu Asn Asn Pro
145 150 155 160
Lys Ile Ile Leu Ala Asp Glu Pro Thr Gly Asn Leu Asp Pro Glu Thr
165 170 175
Ala Ser Asn Ile Val Ser Ile Leu Lys Asp Thr Cys Lys Asn Gly Thr
180 185 190
Thr Val Ile Met Ser Thr His Asn Ile Asn Leu Leu Ser Gln Phe Pro
195 200 205
Gly Lys Val Tyr Arg Cys Met Glu Gln Ala Leu Val Pro Val Thr Asn
210 215 220
Glu Ala Gln Thr Lys Asp Leu Glu Glu Asp Ser Thr Ser Val Glu Pro
225 230 235 240
Leu Ile Glu Pro Val Leu Glu Glu Glu Ala Gln Ala Glu Asp Ser Lys
245 250 255
Glu
<210> 37
<211> 508
<212> PRT
<213> Lactococcus lactis
<400> 37
Met Phe Glu Asn Gln Pro Lys Ala Leu Tyr Ala Leu Ala Leu Ala Asn
1 5 10 15
Thr Gly Glu Arg Phe Gly Tyr Tyr Thr Met Ile Ala Val Phe Ala Leu
20 25 30
Phe Leu Arg Ala Asn Phe Gly Leu Glu Pro Gly Thr Ala Gly Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ile Phe Leu Gly Leu Val Tyr Phe Leu Pro Leu Ile Gly Gly
50 55 60
Ile Met Ala Asp Lys Phe Gly Tyr Gly Lys Met Val Thr Ile Gly Ile
65 70 75 80
Ile Val Met Phe Ala Gly Tyr Leu Phe Leu Ser Val Pro Leu Gly Gly
85 90 95
Gly Thr Val Ala Phe Gly Ala Met Leu Ala Ala Leu Leu Leu Ile Ser
100 105 110
Phe Gly Thr Gly Leu Phe Lys Gly Asn Leu Gln Val Met Val Gly Asn
115 120 125
Leu Tyr Asp Thr Pro Glu Leu Ala Ser Lys Arg Asp Ser Ala Phe Ser
130 135 140
Ile Phe Tyr Met Ala Ile Asn Ile Gly Ala Leu Phe Ala Pro Thr Ala
145 150 155 160
Ala Val Lys Ile Lys Glu Trp Ala Glu Thr Ser Leu Gly Tyr Ala Gly
165 170 175
Asn Asp Ala Tyr His Phe Ser Phe Ala Val Ala Cys Val Ser Leu Ile
180 185 190
Val Ser Met Gly Ile Tyr Tyr Ala Phe Arg Ser Thr Phe Lys His Val
195 200 205
Glu Gly Gly Thr Lys Lys Thr Glu Lys Ala Ala Ala Ala Ala Val Glu
210 215 220
Glu Leu Thr Pro Gln Gln Thr Lys Glu Arg Ile Val Ala Leu Cys Leu
225 230 235 240
Val Phe Ala Val Val Ile Phe Phe Trp Met Ala Phe His Gln Asn Gly
245 250 255
Leu Thr Leu Thr Tyr Phe Ala Asp Glu Phe Val Ser Pro Thr Ser Thr
260 265 270
Gly Val Gln Ser Met Ala Phe Asp Val Val Asn Leu Val Met Ile Val
275 280 285
Phe Ile Val Tyr Ser Ile Met Ala Leu Phe Gln Ser Lys Thr Thr Lys
290 295 300
Ala Lys Gly Ile Ala Cys Ala Val Ile Leu Ala Ala Ile Ala Val Leu
305 310 315 320
Ala Tyr Lys Tyr Met Asn Val Asn Gly Gln Val Glu Val Ser Ala Pro
325 330 335
Ile Phe Gln Gln Phe Asn Pro Phe Tyr Val Val Ala Leu Thr Pro Ile
340 345 350
Ser Met Ala Ile Phe Gly Ser Leu Ala Ala Lys Gly Lys Glu Pro Ser
355 360 365
Ala Pro Arg Lys Ile Ala Tyr Gly Met Ile Val Ala Gly Cys Ala Tyr
370 375 380
Leu Leu Met Val Leu Ala Ser Gln Gly Leu Leu Thr Pro His Glu Gln
385 390 395 400
Lys Leu Ala Lys Ala Ala Gly Glu Thr Val Pro Phe Ala Ser Ala Asn
405 410 415
Trp Leu Ile Gly Thr Tyr Leu Val Leu Thr Phe Gly Glu Leu Leu Leu
420 425 430
Ser Pro Met Gly Ile Ser Phe Val Ser Lys Val Ala Pro Pro Lys Tyr
435 440 445
Lys Gly Ala Met Met Gly Gly Trp Phe Val Ala Thr Ala Ile Gly Asn
450 455 460
Ile Leu Val Ser Val Gly Gly Tyr Leu Trp Gly Asp Leu Ser Leu Thr
465 470 475 480
Val Val Trp Thr Val Phe Ile Val Leu Cys Leu Val Ser Ala Ser Phe
485 490 495
Met Phe Leu Met Met Lys Arg Leu Glu Lys Val Ala
500 505
<210> 38
<211> 492
<212> PRT
<213> Myroides odoratus
<400> 38
Met Lys Lys Ile Leu Ile Phe Val Ala Gly Leu Cys Met Ser Leu Ala
1 5 10 15
Ala Ser Ala Gln Ile Gln Arg Pro Lys Leu Val Val Gly Leu Val Val
20 25 30
Asp Gln Met Arg Trp Asp Tyr Leu Tyr Tyr Tyr Tyr Asn Glu Tyr Gly
35 40 45
Thr Asp Gly Leu Arg Arg Leu Val Asp Asn Gly Phe Ser Phe Glu Asn
50 55 60
Thr His Ile Asn Tyr Ala Pro Thr Val Thr Ala Ile Gly His Ser Ser
65 70 75 80
Val Tyr Thr Gly Ser Val Pro Ala Ile Thr Gly Ile Ala Gly Asn Tyr
85 90 95
Phe Phe Gln Asp Asp Lys Asn Val Tyr Cys Cys Glu Asp Pro Asn Val
100 105 110
Lys Ser Val Gly Ser Asp Ser Lys Glu Gly Gln Met Ser Pro His Arg
115 120 125
Leu Leu Ala Ser Thr Ile Gly Asp Glu Leu Gln Ile Ser Asn Asp Phe
130 135 140
Arg Ser Lys Val Ile Gly Val Ala Leu Lys Asp Arg Ala Ser Ile Leu
145 150 155 160
Pro Ala Gly His Ala Ala Asp Ala Ala Tyr Trp Trp Asp Thr Ser Ala
165 170 175
Gly His Phe Val Thr Ser Thr Phe Tyr Thr Asp His Leu Pro Gln Trp
180 185 190
Val Ile Asp Phe Asn Glu Lys Asn His Thr Ala Pro Asn Phe Asn Ile
195 200 205
Lys Thr Ser Thr Gln Gly Val Thr Met Thr Phe Lys Met Ala Glu Ala
210 215 220
Ala Leu Lys Asn Glu Asn Leu Gly Lys Gly Lys Glu Thr Asp Met Leu
225 230 235 240
Ala Val Ser Ile Ser Ser Thr Asp Ala Ile Gly His Val Tyr Ser Thr
245 250 255
Arg Gly Lys Glu Asn His Asp Val Tyr Met Gln Leu Asp Lys Asp Leu
260 265 270
Ala His Phe Leu Lys Thr Leu Asp Glu Gln Val Gly Lys Gly Asn Tyr
275 280 285
Leu Leu Phe Leu Thr Ala Asp His Gly Ala Ala His Asn Tyr Asn Tyr
290 295 300
Met Lys Glu His Arg Ile Pro Ala Gly Gly Trp Asp Tyr Arg Gln Ser
305 310 315 320
Val Lys Asp Leu Asn Gly Tyr Leu Gln Gly Lys Phe Gly Ile Ala Pro
325 330 335
Val Met Ala Glu Asp Asp Tyr Gln Phe Phe Leu Asn Asp Ser Leu Ile
340 345 350
Ala Ala Ser Gly Leu Lys Lys Gln Gln Ile Ile Asp Glu Ser Val Glu
355 360 365
Tyr Leu Lys Lys Asp Pro Arg Tyr Leu Tyr Val Phe Asp Glu Glu Arg
370 375 380
Ile Ser Glu Val Thr Met Pro Gln Trp Ile Lys Glu Arg Met Ile Asn
385 390 395 400
Gly Tyr Phe Arg Gly Arg Ser Gly Glu Ile Gly Val Val Thr Arg Pro
405 410 415
Gln Val Phe Gly Ala Lys Asp Ser Pro Thr Tyr Lys Gly Thr Gln His
420 425 430
Gly Gln Pro Phe Pro Tyr Asp Thr His Ile Pro Phe Leu Leu Tyr Gly
435 440 445
Trp Asn Val Lys His Gly Ala Thr Thr Gln Gln Thr Tyr Ile Val Asp
450 455 460
Ile Ala Pro Thr Val Cys Ala Met Leu His Ile Gln Met Pro Asn Gly
465 470 475 480
Cys Ile Gly Thr Ala Arg Asn Met Ala Leu Gly Asn
485 490
<210> 39
<211> 1138
<212> PRT
<213> Staphylococcus epidermidis
<400> 39
Met Asp Arg Gln Val Phe Gln Thr Asp Ser Arg Gln Arg Trp Asn Arg
1 5 10 15
Phe Lys Trp Thr Leu Arg Val Leu Ile Thr Ile Ala Ile Leu Leu Gly
20 25 30
Val Val Phe Val Ala Met Phe Ala Leu Glu Gly Ser Pro Gln Met Pro
35 40 45
Phe Arg His Asp Tyr Arg Ser Val Val Ser Ala Ser Glu Pro Leu Leu
50 55 60
Lys Asp Asn Lys Arg Ala Glu Val Tyr Lys Ser Phe Arg Asp Phe Phe
65 70 75 80
Lys Glu Gln Lys Met His Ser Asn Tyr Ala Lys Val Ala Ala Arg Gln
85 90 95
His Arg Phe Val Gly His Thr Asp Asn Val Thr Gln Lys Tyr Ile Lys
100 105 110
Glu Trp Thr Asp Pro Arg Met Gly Ile Arg Ser Ala Trp Tyr Val Asn
115 120 125
Trp Asp Lys His Ala Tyr Ile Ser Leu Lys Asn Asn Leu Lys Asn Leu
130 135 140
Asn Met Val Leu Pro Glu Trp Tyr Phe Ile Asn Pro Lys Thr Asp Arg
145 150 155 160
Ile Glu Ala Arg Ile Asp Gln Arg Ala Leu Lys Leu Met Arg Arg Ala
165 170 175
His Ile Pro Val Leu Pro Met Leu Thr Asn Asn Tyr Asn Ser Ala Phe
180 185 190
Arg Pro Glu Ala Ile Gly Arg Ile Met Arg Asp Ser Thr Lys Arg Met
195 200 205
Gly Met Ile Asn Glu Leu Val Ala Ala Cys Lys His Asn Gly Phe Ala
210 215 220
Gly Ile Asn Leu Asp Leu Glu Glu Leu Asn Ile Asn Asp Asn Ala Leu
225 230 235 240
Leu Val Thr Leu Val Lys Asp Phe Ala Arg Val Phe His Ala Asn Gly
245 250 255
Leu Tyr Val Thr Gln Ala Val Ala Pro Phe Asn Glu Asp Tyr Asp Met
260 265 270
Gln Glu Leu Ala Lys Tyr Asp Asp Tyr Leu Phe Leu Met Ala Tyr Asp
275 280 285
Glu Tyr Asn Ala Gly Ser Gln Ala Gly Pro Val Ser Ser Gln Arg Trp
290 295 300
Val Glu Lys Ala Thr Asp Trp Ala Ala Lys Asn Val Pro Asn Asp Lys
305 310 315 320
Ile Val Leu Gly Met Ala Thr Tyr Gly Tyr Asn Trp Ala Gln Gly Gln
325 330 335
Gly Gly Thr Thr Met Ser Phe Asp Gln Thr Met Ala Thr Ala Leu Asn
340 345 350
Ala Gly Ala Lys Val Asn Phe Asn Asp Asp Thr Tyr Asn Leu Asn Phe
355 360 365
Ser Tyr Gln Asp Glu Asp Asp Gly Thr Leu His Gln Val Phe Phe Pro
370 375 380
Asp Ala Val Thr Thr Phe Asn Ile Met Arg Phe Gly Ala Thr Tyr His
385 390 395 400
Leu Ala Gly Phe Gly Leu Trp Arg Leu Gly Thr Glu Asp Ser Arg Ile
405 410 415
Trp Lys Tyr Tyr Gly Lys Asp Leu Ser Trp Glu Ser Ala Ala Arg Met
420 425 430
Pro Ile Ala Lys Ile Met Gln Leu Ser Gly Thr Asp Asp Val Asn Phe
435 440 445
Val Gly Ser Gly Glu Val Leu Asn Val Thr Ser Glu Pro His Ala Gly
450 455 460
Arg Ile Gly Ile Val Leu Asp Lys Asp Asn Gln Leu Ile Ile Glu Glu
465 470 475 480
Arg Tyr Leu Ser Leu Pro Ala Thr Tyr Thr Val Gln Arg Leu Gly Lys
485 490 495
Cys Lys Glu Lys Gln Leu Val Leu Thr Phe Asp Asp Gly Pro Asp Ser
500 505 510
Arg Trp Thr Pro Lys Val Leu Ser Ile Leu Lys His Tyr Lys Val Pro
515 520 525
Ala Ala Phe Phe Met Val Gly Leu Gln Ile Glu Lys Asn Ile Pro Ile
530 535 540
Val Lys Asp Val Phe Asn Gln Gly Cys Thr Ile Gly Asn His Thr Phe
545 550 555 560
Thr His His Asn Met Ile Glu Asn Ser Asp Arg Arg Ser Phe Ala Glu
565 570 575
Leu Lys Leu Thr Arg Met Leu Ile Glu Ser Ile Thr Gly Gln Ser Thr
580 585 590
Ile Leu Phe Arg Ala Pro Tyr Asn Ala Asp Ala Asp Pro Thr Asp His
595 600 605
Glu Glu Ile Trp Pro Met Ile Ile Ala Ser Arg Arg Asn Tyr Leu Phe
610 615 620
Val Gly Glu Ser Ile Asp Pro Asn Asp Trp Gln Gln Gly Val Thr Ala
625 630 635 640
Asp Gln Ile Tyr Lys Arg Val Leu Asp Gly Val His Gln Glu Tyr Gly
645 650 655
His Ile Ile Leu Leu His Asp Ala Gly Gly Asp Thr Arg Glu Pro Thr
660 665 670
Val Thr Ala Leu Pro Arg Ile Ile Glu Thr Leu Gln Arg Glu Gly Tyr
675 680 685
Gln Phe Ile Ser Leu Glu Lys Tyr Leu Gly Met Ser Arg Gln Thr Leu
690 695 700
Met Pro Pro Ile Lys Lys Gly Lys Glu Tyr Tyr Ala Met Gln Ala Asn
705 710 715 720
Leu Ser Leu Ala Glu Leu Ile Tyr His Ile Ser Asp Phe Leu Thr Ala
725 730 735
Leu Phe Leu Val Phe Leu Val Leu Gly Phe Met Arg Leu Val Phe Met
740 745 750
Tyr Val Leu Met Ile Arg Glu Lys Arg Ala Glu Asn Arg Arg Asn Tyr
755 760 765
Ala Pro Ile Asp Pro Leu Thr Ala Pro Ala Val Ser Ile Ile Val Pro
770 775 780
Ala Tyr Asn Glu Glu Val Asn Ile Val Arg Thr Ile Ser Asn Leu Lys
785 790 795 800
Glu Gln Asp Tyr Pro Ser Leu Lys Ile Tyr Leu Val Asp Asp Gly Ser
805 810 815
Lys Asp Asn Thr Leu Gln Arg Val Arg Glu Val Phe Glu Asn Asp Asp
820 825 830
Lys Val Val Ile Ile Ser Lys Lys Asn Gly Gly Lys Ala Ser Ala Leu
835 840 845
Asn Tyr Gly Ile Ala Ala Cys Ser Thr Asp Tyr Ile Val Cys Val Asp
850 855 860
Ala Asp Thr Gln Leu Tyr Lys Asp Ala Val Ser Lys Leu Met Lys His
865 870 875 880
Phe Ile Ala Asp Lys Thr Gly Lys Leu Gly Ala Val Ala Gly Asn Val
885 890 895
Lys Val Gly Asn Gln Arg Asn Met Leu Thr Tyr Trp Gln Ala Ile Glu
900 905 910
Tyr Thr Thr Ser Gln Asn Phe Asp Arg Met Ala Tyr Ser Asn Ile Asn
915 920 925
Ala Ile Thr Val Ile Pro Gly Ala Ile Gly Ala Phe Arg Lys Asp Val
930 935 940
Leu Glu Ala Val Gly Gly Phe Thr Thr Asp Thr Leu Ala Glu Asp Cys
945 950 955 960
Asp Leu Thr Met Ser Ile Asn Glu His Gly Tyr Leu Ile Glu Asn Glu
965 970 975
Asn Tyr Ala Val Ala Met Thr Glu Ala Pro Glu Ser Leu Arg Gln Phe
980 985 990
Ile Lys Gln Arg Ile Arg Trp Cys Phe Gly Val Met Gln Thr Phe Trp
995 1000 1005
Lys His Arg Ala Ser Leu Phe Ala Pro Ser Lys Gly Gly Phe Gly
1010 1015 1020
Met Trp Ala Met Pro Asn Met Leu Ile Phe Gln Tyr Ile Ile Pro
1025 1030 1035
Thr Phe Ser Pro Ile Ala Asp Val Leu Met Leu Phe Gly Leu Phe
1040 1045 1050
Ser Gly Asn Ala Ser Gln Ile Phe Ile Tyr Tyr Leu Ile Phe Leu
1055 1060 1065
Leu Val Asp Ala Ser Val Ser Ile Met Ala Tyr Ile Phe Glu His
1070 1075 1080
Glu Ser Leu Trp Val Leu Leu Trp Ile Ile Pro Gln Arg Phe Phe
1085 1090 1095
Tyr Arg Trp Ile Met Tyr Tyr Val Leu Phe Lys Ser Tyr Leu Lys
1100 1105 1110
Ala Ile Lys Gly Glu Leu Gln Thr Trp Gly Val Leu Lys Arg Thr
1115 1120 1125
Gly His Val Lys Gly Ala Gln Thr Ile Ser
1130 1135
<210> 40
<211> 508
<212> PRT
<213> Propionigenium modestum
<400> 40
Met Ser Gln Ile Asn Gly Arg Ile Ser Gln Ile Ile Gly Pro Val Ile
1 5 10 15
Asp Val Tyr Phe Asp Thr Lys Gly Glu Asn Pro Glu Lys Val Leu Pro
20 25 30
Asn Ile Tyr Asp Ala Leu Arg Val Lys Lys Ala Asp Gly Gln Asp Leu
35 40 45
Ile Ile Glu Val Gln Gln Gln Ile Gly Glu Asp Thr Val Arg Cys Val
50 55 60
Ala Met Asp Asn Thr Asp Gly Leu Gln Arg Gly Leu Glu Val Val Pro
65 70 75 80
Thr Gly Ser Pro Ile Val Met Pro Ala Gly Glu Gln Ile Lys Gly Arg
85 90 95
Met Met Asn Val Ile Gly Gln Pro Ile Asp Gly Met Ser Ala Leu Gln
100 105 110
Met Glu Gly Ala Tyr Pro Ile His Arg Glu Ala Pro Lys Phe Glu Asp
115 120 125
Leu Ser Thr His Lys Glu Met Leu Gln Thr Gly Ile Lys Val Ile Asp
130 135 140
Leu Leu Glu Pro Tyr Met Lys Gly Gly Lys Ile Gly Leu Phe Gly Gly
145 150 155 160
Ala Gly Val Gly Lys Thr Val Leu Ile Met Glu Leu Ile Asn Asn Ile
165 170 175
Ala Lys Gly His Asn Gly Tyr Ser Val Phe Ala Gly Val Gly Glu Arg
180 185 190
Thr Arg Glu Gly Asn Asp Leu Ile Arg Asp Met Leu Glu Ser Gly Val
195 200 205
Ile Arg Tyr Gly Glu Lys Phe Arg Lys Ala Met Asp Glu Gly Lys Trp
210 215 220
Asp Leu Ser Leu Val Asp Ser Glu Glu Leu Gln Lys Ser Gln Ala Thr
225 230 235 240
Leu Val Tyr Gly Gln Met Asn Glu Pro Pro Gly Ala Arg Ala Ser Val
245 250 255
Ala Leu Ser Gly Leu Thr Val Ala Glu Glu Phe Arg Asp His Gly Gly
260 265 270
Lys Asn Gly Glu Ala Ala Asp Ile Met Phe Phe Ile Asp Asn Ile Phe
275 280 285
Arg Phe Thr Gln Ala Gly Ser Glu Val Ser Ala Leu Leu Gly Arg Met
290 295 300
Pro Ser Ala Val Gly Tyr Gln Pro Thr Leu Ala Ser Glu Met Gly Ala
305 310 315 320
Met Gln Glu Arg Ile Thr Ser Thr Lys His Gly Ser Ile Thr Ser Val
325 330 335
Gln Ala Val Tyr Val Pro Ala Asp Asp Leu Thr Asp Pro Ala Pro Ala
340 345 350
Thr Thr Phe Thr His Leu Asp Ala Thr Thr Glu Leu Ser Arg Lys Ile
355 360 365
Thr Glu Leu Gly Ile Tyr Pro Ala Val Asp Pro Leu Gly Ser Thr Ser
370 375 380
Arg Ile Leu Asp Pro Leu Ile Val Gly Lys Glu His Tyr Asp Cys Ala
385 390 395 400
Gln Arg Val Lys Gln Leu Leu Gln Lys Tyr Asn Glu Leu Gln Asp Ile
405 410 415
Ile Ala Ile Leu Gly Met Asp Glu Leu Ser Asp Asp Asp Lys Leu Val
420 425 430
Val Asn Arg Ala Arg Arg Val Gln Arg Phe Leu Ser Gln Pro Phe Thr
435 440 445
Val Ala Glu Gln Phe Thr Gly Val Lys Gly Val Met Val Pro Ile Glu
450 455 460
Glu Thr Ile Lys Gly Phe Asn Ala Ile Leu Asn Gly Glu Val Asp Asp
465 470 475 480
Leu Pro Glu Gln Ala Phe Leu Asn Val Gly Thr Ile Glu Asp Val Lys
485 490 495
Glu Lys Ala Lys Gln Leu Leu Glu Ala Thr Lys Ala
500 505
<210> 41
<211> 984
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 41
Met Asn Pro Ile Tyr Lys Ile Ile Thr Ser Ile Leu Phe Cys Val Leu
1 5 10 15
Ser Ile Asn Thr Met Ala Gln Asp Leu Thr Gly His Val Thr Ser Lys
20 25 30
Ala Asp Asp Lys Pro Ile Ala Tyr Ala Thr Val Thr Leu Lys Glu Asn
35 40 45
Arg Leu Tyr Ala Phe Thr Asp Glu Lys Gly Asn Tyr Thr Ile Lys Asn
50 55 60
Val Pro Lys Gly Lys Tyr Thr Val Val Phe Ser Cys Met Gly Tyr Ala
65 70 75 80
Ser Gln Thr Val Val Val Met Val Asn Ala Gly Gly Ala Thr Gln Asn
85 90 95
Val Arg Leu Ala Glu Asp Asn Leu Gln Leu Asp Glu Val Gln Val Val
100 105 110
Ala His Arg Lys Lys Asp Glu Ile Thr Thr Ser Tyr Thr Ile Asp Arg
115 120 125
Lys Thr Leu Asp Asn Gln Gln Ile Met Thr Leu Ser Asp Ile Ala Gln
130 135 140
Leu Leu Pro Gly Gly Lys Ser Val Asn Pro Ser Leu Met Asn Asp Ser
145 150 155 160
Lys Leu Thr Leu Arg Ser Gly Thr Leu Glu Arg Gly Asn Ala Ser Phe
165 170 175
Gly Thr Ala Val Glu Val Asp Gly Ile Arg Leu Ser Asn Asn Ala Ala
180 185 190
Met Gly Glu Thr Ala Gly Val Ser Thr Arg Ser Val Ser Ala Ser Asn
195 200 205
Ile Glu Ser Val Glu Val Val Pro Gly Ile Ala Ser Val Glu Tyr Gly
210 215 220
Asp Leu Thr Asn Gly Val Val Lys Val Lys Thr Arg Arg Gly Ser Ser
225 230 235 240
Pro Phe Ile Val Glu Gly Ser Ile Asn Gln His Thr Arg Gln Ile Ala
245 250 255
Leu His Lys Gly Val Asp Leu Gly Gly Asn Val Gly Leu Leu Asn Phe
260 265 270
Ser Ile Glu His Ala Arg Ser Phe Leu Asp Ala Ala Ser Pro Tyr Thr
275 280 285
Ala Tyr Gln Arg Asn Val Leu Ser Leu Arg Tyr Met Asn Val Phe Met
290 295 300
Lys Lys Ser Leu Pro Leu Thr Leu Glu Val Gly Leu Asn Gly Ser Ile
305 310 315 320
Gly Gly Tyr Asn Ser Lys Ala Asp Pro Asp Arg Ser Leu Asp Asp Tyr
325 330 335
Asn Lys Val Lys Asp Asn Asn Val Gly Gly Asn Ile His Leu Gly Trp
340 345 350
Leu Leu Asn Lys Arg Trp Ile Thr Asn Val Asp Leu Thr Ala Ala Phe
355 360 365
Thr Tyr Ala Asp Arg Leu Ser Glu Ser Tyr Thr Asn Glu Ser Ser Asn
370 375 380
Ala Thr Gln Pro Tyr Ile His Thr Leu Thr Glu Gly Tyr Asn Ile Ala
385 390 395 400
Glu Asp Tyr Asp Arg Asn Pro Ser Ala Asn Ile Ile Leu Gly Pro Thr
405 410 415
Gly Tyr Trp Tyr Leu Arg Gly Phe Asn Asp Ser Lys Pro Leu Asn Tyr
420 425 430
Ser Leu Lys Met Lys Ala Asn Trp Ser Lys Ala Phe Gly Lys Phe Arg
435 440 445
Asn Arg Leu Leu Val Gly Gly Glu Trp Thr Ser Ser Met Asn Arg Gly
450 455 460
Arg Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Met Arg Tyr Ala Pro Ser Trp Arg Glu
465 470 475 480
Tyr Arg Tyr Asp Ala Leu Pro Ser Leu Asn Asn Ile Ala Ile Tyr Ala
485 490 495
Glu Asp Lys Leu Ser Met Asp Val Asn Glu Arg Gln Asn Ala Glu Leu
500 505 510
Thr Ala Gly Ile Arg Glu Asp Ile Thr Ser Ile Pro Gly Ser Glu Tyr
515 520 525
Gly Ser Val Gly Ser Phe Ser Pro Arg Met Asn Ala Arg Tyr Val Phe
530 535 540
Arg Phe Gly Gln Asn Ser Trp Leu Asn Ser Met Thr Leu His Ala Gly
545 550 555 560
Trp Gly Arg Ser Val Lys Ile Pro Ser Phe Gln Val Leu Tyr Pro Ser
565 570 575
Pro Ser Tyr Arg Asp Met Leu Ala Phe Ala Ser Thr Ser Asp Ala Asp
580 585 590
Asn Arg Ser Tyr Tyr Ala Tyr Tyr Thr Tyr Pro Ser Met Ala Arg Tyr
595 600 605
Asn Ala Asn Leu Lys Trp Gln Arg Ala Asp Gln Trp Asp Leu Gly Val
610 615 620
Glu Trp Arg Thr Lys Ile Ala Asp Val Ser Leu Ser Phe Phe Arg Ser
625 630 635 640
Lys Val Ser Asn Pro Tyr Met Ala Thr Asp Val Tyr Thr Pro Phe Thr
645 650 655
Tyr Lys Tyr Thr Ser Pro Ala Met Leu Gln Arg Ser Gly Ile Ala Val
660 665 670
Ala Asp Arg Arg Phe Ser Ile Asp Pro Gln Thr Gly Ile Val Thr Val
675 680 685
Ser Asp Ala Ser Gly Val Lys Ser Pro Val Thr Leu Gly Tyr Glu Glu
690 695 700
Arg Asn Thr Tyr Val Thr Asn Thr Arg Tyr Val Asn Ala Asp Ala Leu
705 710 715 720
Gln Arg Tyr Gly Leu Glu Trp Ile Val Asp Phe Lys Gln Ile Lys Thr
725 730 735
Leu Arg Thr Gln Val Arg Leu Asp Gly Lys Tyr Tyr His Tyr Lys Ala
740 745 750
Gln Asp Glu Thr Leu Phe Ala Asp Val Pro Val Gly Leu Asn Thr Arg
755 760 765
Gln Ser Asp Gly Arg Leu Tyr Gln Tyr Val Gly Tyr Tyr Arg Gly Gly
770 775 780
Ala Ala Thr Thr Thr Asn Tyr Thr Ala Asn Ala Ser Ala Ser Asn Gly
785 790 795 800
Ser Val Ser Gly Gln Val Asp Leu Asn Ala Thr Ile Thr Thr His Ile
805 810 815
Pro Lys Ile Arg Leu Ile Val Ala Leu Arg Leu Glu Ser Ser Leu Tyr
820 825 830
Ala Phe Ser Arg Ala Thr Ser Ser Arg Gly Tyr Val Val Ser Ser Gly
835 840 845
Asn Glu Tyr Phe Gly Val Pro Tyr Asp Asp Lys Thr Glu Asn Gln Thr
850 855 860
Val Ile Val Tyr Pro Glu Tyr Tyr Ser Thr Trp Asp Ala Pro Asp Val
865 870 875 880
Leu Ile Pro Phe Ala Glu Lys Leu Arg Trp Ala Glu Thr Asn Asp Arg
885 890 895
Gly Leu Phe Asn Asp Leu Ala Gln Leu Val Val Arg Thr Asn Tyr Pro
900 905 910
Tyr Thr Leu Asn Pro Asn Arg Leu Ser Ala Tyr Trp Ser Ala Asn Leu
915 920 925
Ser Val Thr Lys Glu Ile Gly Arg His Val Ser Val Ser Phe Tyr Ala
930 935 940
Asn Asn Phe Phe Asn Thr Leu Ser Gln Val His Ser Thr Gln Thr Gly
945 950 955 960
Leu Glu Thr Ser Leu Phe Gly Ser Gly Tyr Val Pro Ser Phe Tyr Tyr
965 970 975
Gly Leu Ser Leu Arg Leu Lys Ile
980
<210> 42
<211> 273
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 42
Met Glu Arg Ile Asp Ile Ser Val Leu Met Ala Val Tyr Lys Lys Asp
1 5 10 15
Asn Pro Ala Phe Leu Arg Glu Ser Leu Glu Ser Ile Phe Ser Gln Thr
20 25 30
Val Glu Ala Ala Glu Val Val Leu Leu Glu Asp Gly Pro Leu Thr Asp
35 40 45
Ala Leu Tyr Asp Val Ile Lys Ser Tyr Glu Ala Ile Tyr Ser Thr Leu
50 55 60
Lys Val Val Ser Tyr Pro Glu Asn Arg Gly Leu Gly Lys Thr Leu Asn
65 70 75 80
Asp Gly Leu Leu Leu Cys Lys Tyr Asn Leu Val Ala Arg Met Asp Ala
85 90 95
Asp Asp Ile Cys Lys Pro Asn Arg Leu Glu Met Glu Tyr Asn Trp Leu
100 105 110
Lys Ser His Glu Asp Tyr Asp Val Ile Gly Ser Trp Val Asp Glu Phe
115 120 125
Thr Asp Asn Lys Thr Arg Val Lys Ser Ile Arg Lys Val Pro Glu Ala
130 135 140
Tyr Asp Glu Ile Lys Asn Tyr Ala Gln Tyr Arg Cys Pro Ile Asn His
145 150 155 160
Pro Thr Ala Met Tyr Arg Lys Ala Ala Val Leu Ala Val Gly Gly Tyr
165 170 175
Leu Thr Glu Tyr Phe Pro Glu Asp Tyr Phe Leu Trp Leu Arg Met Leu
180 185 190
Asn Asn Gly Ser Lys Phe Tyr Asn Ile Gln Glu Ser Leu Leu Trp Phe
195 200 205
Arg Tyr Ser Glu Glu Thr Val Ala Lys Arg Gly Gly Trp Ala Tyr Ala
210 215 220
Cys Asp Glu Val Arg Ile Leu Val Arg Met Leu Lys Met Gly Tyr Ile
225 230 235 240
Pro Phe His Val Phe Cys Gln Ser Val Val Ile Arg Phe Thr Thr Arg
245 250 255
Val Met Pro Leu Pro Ile Arg Gln Arg Leu Tyr Asn Leu Ile Arg Lys
260 265 270
Thr
<210> 43
<211> 507
<212> PRT
<213> Paracoccus denitrificans
<400> 43
Met Ser Gln Ile Asn Gly Arg Ile Ser Gln Ile Ile Gly Pro Val Ile
1 5 10 15
Asp Val Tyr Phe Asp Thr Lys Gly Glu Asn Pro Glu Lys Val Leu Pro
20 25 30
Lys Ile His Asp Ala Leu Arg Val Lys Arg Ala Asn Gly Gln Asp Leu
35 40 45
Ile Ile Glu Val Gln Gln His Ile Gly Glu Asp Thr Val Arg Cys Val
50 55 60
Ala Met Asp Asn Thr Asp Gly Leu Gln Arg Asn Leu Glu Val Val Pro
65 70 75 80
Thr Gly Ser Pro Ile Val Met Pro Ala Gly Asp Gln Ile Lys Gly Arg
85 90 95
Met Met Asn Val Ile Gly Gln Pro Ile Asp Gly Met Glu Ala Leu Ser
100 105 110
Met Glu Gly Ala Tyr Pro Ile His Arg Glu Ala Pro Lys Phe Glu Asp
115 120 125
Leu Ser Thr His Lys Glu Met Leu Gln Thr Gly Ile Lys Val Ile Asp
130 135 140
Leu Leu Glu Pro Tyr Met Lys Gly Gly Lys Ile Gly Leu Phe Gly Gly
145 150 155 160
Ala Gly Val Gly Lys Thr Val Leu Ile Met Glu Leu Ile Asn Asn Ile
165 170 175
Ala Lys Gly His Asn Gly Tyr Ser Val Phe Ala Gly Val Gly Glu Arg
180 185 190
Thr Arg Glu Gly Asn Asp Leu Ile Arg Asp Met Leu Glu Ser Gly Val
195 200 205
Ile Arg Tyr Gly Glu Lys Phe Arg Lys Ala Met Asp Glu Gly Lys Trp
210 215 220
Asp Leu Ser Leu Val Asp Gln Glu Glu Leu Gln Lys Ser Gln Ala Thr
225 230 235 240
Leu Val Tyr Gly Gln Met Asn Glu Pro Pro Gly Ala Arg Ala Ser Val
245 250 255
Ala Leu Ser Gly Leu Thr Val Ala Glu Glu Phe Arg Asp His Gly Gly
260 265 270
Lys Asn Gly Glu Ala Ala Asp Ile Met Phe Phe Ile Asp Asn Ile Phe
275 280 285
Arg Phe Thr Gln Ala Gly Ser Glu Val Ser Ala Leu Leu Gly Arg Met
290 295 300
Pro Ser Ala Val Gly Tyr Gln Pro Thr Leu Ala Ser Glu Met Gly Thr
305 310 315 320
Met Gln Glu Arg Ile Thr Ser Thr Lys His Gly Ser Ile Thr Ser Val
325 330 335
Gln Ala Val Tyr Val Pro Ala Asp Asp Leu Thr Asp Pro Ala Pro Ala
340 345 350
Thr Thr Phe Thr His Leu Asp Ala Thr Thr Glu Leu Ser Arg Lys Ile
355 360 365
Thr Glu Leu Gly Ile Tyr Pro Ala Val Asp Pro Leu Gly Ser Thr Ser
370 375 380
Arg Ile Leu Asp Pro Leu Ile Val Gly Lys Asp His Tyr Glu Cys Ala
385 390 395 400
Gln Arg Val Lys Gln Leu Leu Gln His Tyr Asn Glu Leu Gln Asp Ile
405 410 415
Ile Ala Ile Leu Gly Met Asp Glu Leu Ser Asp Glu Asp Lys Leu Val
420 425 430
Val Asn Arg Ala Arg Arg Val Gln Arg Phe Leu Ser Gln Pro Phe Thr
435 440 445
Val Ala Glu Gln Phe Thr Gly Val Lys Gly Val Met Val Pro Ile Glu
450 455 460
Glu Thr Ile Lys Gly Phe Asn Ala Ile Leu Asn Gly Glu Val Asp Asp
465 470 475 480
Leu Pro Glu Gln Ala Phe Leu Asn Val Gly Thr Ile Glu Asp Val Lys
485 490 495
Glu Lys Ala Lys Arg Leu Leu Glu Ala Thr Lys
500 505
<210> 44
<211> 268
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 44
Met Pro Ile Gly Asn Gly Gln Lys Tyr Gln Leu Thr Ile Ile Asn His
1 5 10 15
Thr Glu Ile Ile Met Leu Ile Asp Tyr Lys Lys Val Asn Ile Tyr Gln
20 25 30
Asp Glu Arg Leu Ile Leu Lys Asp Val Asp Phe Gln Ala Glu Thr Gly
35 40 45
Glu Phe Ile Tyr Leu Ile Gly Arg Val Gly Ser Gly Lys Ser Ser Leu
50 55 60
Leu Lys Thr Ile Tyr Gly Glu Leu Asp Ile Asp Ser Glu Asp Ala Glu
65 70 75 80
Lys Ala Val Val Leu Asp Glu Ser Met Pro Asn Ile Lys Arg Ser Arg
85 90 95
Ile Pro Ala Leu Arg Lys Gln Met Gly Ile Ile Phe Gln Asp Phe Gln
100 105 110
Leu Leu His Asp Arg Ser Val Ala Lys Asn Leu Lys Phe Val Leu Gln
115 120 125
Ala Thr Gly Trp Thr Ser Lys Gln Lys Ile Glu Arg Arg Ile Glu Glu
130 135 140
Val Leu Ala Gln Val Gly Met Thr Asp Lys Lys Asn Lys Met Pro Ser
145 150 155 160
Glu Leu Ser Gly Gly Glu Gln Gln Arg Ile Ala Ile Ala Arg Ala Leu
165 170 175
Leu Asn Thr Pro Lys Ile Ile Ile Ala Asp Glu Pro Thr Gly Asn Leu
180 185 190
Asp Pro Glu Thr Ala Ala Asn Ile Val Ser Ile Leu Lys Asp Ser Cys
195 200 205
Gln Ala Gly Thr Thr Val Ile Met Ser Thr His Asn Ile Asn Leu Ile
210 215 220
Asp Gln Phe Pro Gly Lys Val Tyr Arg Cys His Glu Gly Glu Leu His
225 230 235 240
Gln Leu Thr Asp Lys Lys Glu Val Ser Glu Leu Ala Glu Glu Thr Ala
245 250 255
Pro Val Glu Thr Ile Asp Glu Pro Glu Gln Asn Asp
260 265
<210> 45
<211> 336
<212> PRT
<213> Yersinia pestis
<400> 45
Met Lys Arg Asn Ile Leu Leu Phe Ile Cys Leu Ala Thr Ser Ile Leu
1 5 10 15
Leu Leu Phe Gly Leu Asn Leu Thr Thr Gly Ser Val Gln Ile Pro Phe
20 25 30
Ala Asp Ile Leu Asp Ile Leu Cys Gly Arg Phe Ile Gly Lys Glu Ser
35 40 45
Trp Glu Tyr Ile Ile Leu Glu Asn Arg Leu Pro Gln Thr Leu Thr Ala
50 55 60
Ile Leu Cys Gly Ala Ser Leu Ser Val Cys Gly Leu Met Leu Gln Thr
65 70 75 80
Ala Phe Arg Asn Pro Leu Ala Gly Pro Asp Val Phe Gly Ile Ser Ser
85 90 95
Gly Ala Gly Leu Gly Val Ala Leu Val Met Leu Leu Leu Gly Gly Thr
100 105 110
Val Ser Thr Ser Ile Phe Thr Val Ser Gly Phe Leu Ala Ile Leu Thr
115 120 125
Ala Ala Phe Val Gly Ala Ile Ala Val Thr Ala Leu Ile Leu Phe Leu
130 135 140
Ser Thr Leu Val Arg Asn Ser Val Leu Leu Leu Ile Val Gly Ile Met
145 150 155 160
Val Gly Tyr Val Ser Ser Ser Ala Val Ser Leu Leu Asn Phe Phe Ala
165 170 175
Ser Glu Glu Gly Val Lys Ser Tyr Met Val Trp Gly Met Gly Asn Phe
180 185 190
Gly Ala Val Ser Met Asn His Ile Pro Leu Phe Ser Ile Leu Cys Leu
195 200 205
Ile Gly Ile Ile Ala Ser Phe Leu Leu Val Lys Pro Leu Asn Ile Leu
210 215 220
Leu Leu Gly Pro Gln Tyr Ala Glu Ser Leu Gly Ile Ser Thr Arg Gln
225 230 235 240
Ile Arg Asn Ile Leu Leu Val Val Val Gly Leu Leu Thr Ala Ile Thr
245 250 255
Thr Ala Phe Cys Gly Pro Ile Ser Phe Ile Gly Leu Ala Ile Pro His
260 265 270
Ile Ala Arg Leu Leu Phe Arg Thr Glu Asn His Gln Ile Leu Leu Pro
275 280 285
Gly Ile Val Leu Ser Gly Ala Ala Ile Ala Leu Leu Cys Asn Phe Ile
290 295 300
Cys Tyr Leu Pro Gly Glu Ser Gly Ile Ile Pro Leu Asn Ala Val Thr
305 310 315 320
Pro Leu Ile Gly Ala Pro Ile Ile Ile Tyr Val Ile Ile Gln Arg Arg
325 330 335
<210> 46
<211> 408
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 46
Met Lys Lys Tyr Tyr Pro Trp Val Leu Val Ala Leu Leu Trp Phe Val
1 5 10 15
Ala Leu Leu Asn Tyr Met Asp Arg Gln Met Leu Ser Thr Met Gln Glu
20 25 30
Ala Met Lys Val Asp Ile Ala Glu Leu Asn His Ala Glu Ala Phe Gly
35 40 45
Ala Leu Met Ala Val Phe Leu Trp Ile Tyr Gly Ile Val Ser Pro Phe
50 55 60
Ala Gly Ile Ile Ala Asp Arg Val Asn Arg Lys Trp Leu Val Val Gly
65 70 75 80
Ser Ile Phe Val Trp Ser Ala Val Thr Tyr Leu Met Gly Tyr Ala Glu
85 90 95
Ser Phe Asp Gln Leu Tyr Trp Leu Arg Ala Phe Met Gly Ile Ser Glu
100 105 110
Ala Leu Tyr Ile Pro Ala Ala Leu Ser Leu Ile Ala Asp Trp His Glu
115 120 125
Gly Lys Ser Arg Ser Leu Ala Ile Gly Ile His Met Thr Gly Leu Tyr
130 135 140
Val Gly Gln Ala Val Gly Gly Phe Gly Ala Thr Leu Ala Ala Met Phe
145 150 155 160
Ser Trp His Ala Ala Phe His Trp Phe Gly Ile Ile Gly Ile Val Tyr
165 170 175
Ser Leu Val Leu Leu Leu Phe Leu Lys Glu Asn Pro Lys His Gly Gln
180 185 190
Lys Ser Val Leu Gln Gly Glu Thr Lys Pro Ser Lys Asn Pro Phe Arg
195 200 205
Gly Leu Ser Ile Val Phe Ser Thr Trp Ala Phe Trp Val Ile Leu Phe
210 215 220
Tyr Phe Ala Val Pro Ser Leu Pro Gly Trp Ala Thr Lys Asn Trp Leu
225 230 235 240
Pro Thr Leu Phe Ala Asn Ser Leu Asp Ile Pro Met Ser Ser Ala Gly
245 250 255
Pro Met Ser Thr Ile Thr Ile Ala Val Ser Ser Phe Ile Gly Val Ile
260 265 270
Met Gly Gly Val Ile Ser Asp Arg Trp Val Gln Arg Asn Leu Arg Gly
275 280 285
Arg Val Tyr Thr Ser Ala Ile Gly Leu Gly Leu Thr Val Pro Ala Leu
290 295 300
Met Leu Leu Gly Phe Gly His Ser Leu Val Ser Val Val Gly Ala Gly
305 310 315 320
Leu Cys Phe Gly Ile Gly Tyr Gly Met Phe Asp Ala Asn Asn Met Pro
325 330 335
Ile Leu Cys Gln Phe Ile Ser Ser Lys Tyr Arg Ser Thr Ala Tyr Gly
340 345 350
Ile Met Asn Met Thr Gly Val Phe Ala Gly Ala Ala Val Thr Gln Val
355 360 365
Leu Gly Lys Trp Thr Asp Gly Gly Asn Leu Gly Asn Gly Phe Ala Ile
370 375 380
Leu Gly Gly Ile Val Val Leu Ala Leu Val Leu Gln Leu Ser Cys Leu
385 390 395 400
Lys Pro Thr Thr Asp Asn Met Glu
405
<210> 47
<211> 694
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 47
Met Val Thr Lys Lys Thr Thr Thr Lys Lys Ala Pro Val Lys Lys Thr
1 5 10 15
Ser Ala Lys Thr Thr Lys Val Lys Glu Pro Ser His Ile Gly Leu Val
20 25 30
Lys Asn Asp Ala Tyr Leu Ala Pro Tyr Glu Asp Ala Ile Arg Gly Arg
35 40 45
His Glu His Ala Leu Trp Lys Met Asn Gln Leu Thr Gln Asn Gly Lys
50 55 60
Leu Thr Leu Ser Asp Phe Ala Asn Gly His Asn Tyr Tyr Gly Leu His
65 70 75 80
Gln Thr Ala Asp Gly Trp Val Phe Arg Glu Trp Ala Pro Asn Ala Thr
85 90 95
Glu Ile Tyr Leu Val Gly Asp Phe Asn Gly Trp Asn Glu Gln Glu Ala
100 105 110
Tyr Gln Cys His Arg Ile Glu Gly Thr Gly Asn Trp Glu Leu Thr Leu
115 120 125
Pro His Asp Ala Met Gln His Gly Gln Tyr Tyr Lys Met Arg Val His
130 135 140
Trp Glu Gly Gly Glu Gly Glu Arg Ile Pro Ala Trp Thr Gln Arg Val
145 150 155 160
Val Gln Asp Glu Ala Ser Lys Ile Phe Ser Ala Gln Val Trp Ala Pro
165 170 175
Ala Glu Pro Tyr Val Trp Glu Lys Lys Thr Phe Lys Pro Gln Thr Ser
180 185 190
Pro Leu Leu Ile Tyr Glu Cys His Ile Gly Met Ala Gln Asp Glu Glu
195 200 205
Lys Val Gly Thr Tyr Asn Glu Phe Arg Glu Lys Val Leu Pro Arg Ile
210 215 220
Ile Lys Asp Gly Tyr Asn Ala Ile Gln Ile Met Ala Ile Gln Glu His
225 230 235 240
Pro Tyr Tyr Gly Ser Phe Gly Tyr His Val Ser Ser Phe Phe Ala Ala
245 250 255
Ser Ser Arg Phe Gly Thr Pro Glu Glu Leu Lys Ala Leu Ile Asp Glu
260 265 270
Ala His Lys Asn Gly Ile Ala Val Ile Met Asp Ile Val His Ser His
275 280 285
Ala Val Lys Asn Glu Val Glu Gly Leu Gly Asn Leu Ala Gly Asp Pro
290 295 300
Asn Gln Tyr Phe Tyr Pro Gly Glu Arg His Glu His Pro Ala Trp Asp
305 310 315 320
Ser Leu Cys Phe Asp Tyr Gly Lys Asp Glu Val Leu His Phe Leu Leu
325 330 335
Ser Asn Cys Lys Tyr Trp Leu Glu Glu Tyr His Phe Asp Gly Phe Arg
340 345 350
Phe Asp Gly Val Thr Ser Met Leu Tyr Tyr Ser His Gly Leu Gly Glu
355 360 365
Ala Phe Cys Asn Tyr Ala Asp Tyr Phe Asn Gly His Gln Asp Asp Asn
370 375 380
Ala Ile Cys Tyr Leu Thr Leu Ala Asn Cys Leu Ile His Glu Val Asn
385 390 395 400
Lys Asn Ala Val Thr Ile Ala Glu Glu Val Ser Gly Met Pro Gly Leu
405 410 415
Ala Ala Lys Phe Lys Asp Gly Gly Tyr Gly Phe Asp Tyr Arg Met Ala
420 425 430
Met Asn Ile Pro Asp Tyr Trp Ile Lys Thr Ile Lys Glu Leu Pro Asp
435 440 445
Glu Ala Trp Lys Pro Ser Ser Ile Phe Trp Glu Ile Lys Asn Arg Arg
450 455 460
Ser Asp Glu Lys Thr Ile Ser Tyr Cys Glu Ser His Asp Gln Ala Leu
465 470 475 480
Val Gly Asp Lys Thr Ile Ile Phe Arg Leu Val Asp Ala Asp Met Tyr
485 490 495
Trp His Phe Arg Lys Gly Asp Glu Thr Glu Met Thr His Arg Gly Ile
500 505 510
Ala Leu His Lys Met Ile Arg Leu Ala Thr Ile Ala Ala Ile Asn Gly
515 520 525
Gly Tyr Leu Asn Phe Met Gly Asn Glu Phe Gly His Pro Glu Trp Ile
530 535 540
Asp Phe Pro Arg Glu Gly Asn Gly Trp Ser His Lys Tyr Ala Arg Arg
545 550 555 560
Gln Trp Asn Leu Val Asp Asn Glu Glu Leu Cys Tyr His Leu Leu Gly
565 570 575
Asp Phe Asp Arg Lys Met Leu Glu Val Ile Thr Ser Glu Lys Lys Phe
580 585 590
Asn Glu Thr Pro Ile Gln Glu Ile Trp His Asn Asp Gly Asp Gln Ile
595 600 605
Leu Ala Phe Ser Arg Gly Glu Leu Val Phe Val Phe Asn Phe Ser Pro
610 615 620
Ser His Ser Tyr Ser Asp Tyr Gly Phe Leu Val Pro Glu Gly Ser Tyr
625 630 635 640
Asn Val Val Leu Asn Thr Asp Ala Arg Glu Phe Gly Gly Phe Gly Phe
645 650 655
Ala Asp Asp Thr Val Glu His Phe Thr Asn Ser Asp Pro Leu Tyr Glu
660 665 670
Lys Asp His Lys Gly Trp Leu Lys Leu Tyr Ile Pro Ala Arg Ser Ala
675 680 685
Val Val Leu Arg Lys Lys
690
<210> 48
<211> 448
<212> PRT
<213> Prevotella melaninogenica
<400> 48
Met Lys Ile Asp Ile Glu Arg Ile Lys Tyr Phe Leu Thr Val Gly Met
1 5 10 15
Phe Met Lys Thr Glu His Ser Ser Lys Arg Arg Asn Met Leu Ile Arg
20 25 30
Gln Phe Gln Lys Phe Tyr Leu Thr Val Lys Phe Phe Phe Val Arg Asp
35 40 45
His Ala Ala Ser Thr Ala Gln Leu Ser Phe Ser Thr Ile Met Ala Ile
50 55 60
Val Pro Ile Ala Ser Met Ile Phe Ala Ile Ala Asn Gly Phe Gly Phe
65 70 75 80
Gly Gln Phe Leu Glu Lys Gln Phe Arg Glu Met Leu Ser Ala Gln Pro
85 90 95
Glu Ala Ala Thr Trp Leu Leu Lys Leu Thr Gln Ser Tyr Leu Val His
100 105 110
Ala Lys Thr Gly Leu Phe Ile Gly Ile Gly Leu Met Ile Met Leu Tyr
115 120 125
Ser Val Phe Ser Leu Ile Arg Thr Val Glu Thr Thr Phe Asp Asn Ile
130 135 140
Trp Gln Val Lys Asp Ser Arg Pro Ile Ser Arg Ile Val Ile Asp Tyr
145 150 155 160
Thr Ala Leu Met Phe Leu Val Pro Ile Ser Ile Ile Ile Leu Ser Gly
165 170 175
Leu Ser Ile Tyr Phe Tyr Ser Phe Val Glu Asn Leu Asn Gly Leu Arg
180 185 190
Phe Leu Gly Thr Ile Ala Ser Phe Ser Leu Arg Tyr Leu Val Pro Trp
195 200 205
Ala Ile Leu Thr Leu Met Phe Ile Val Leu Tyr Val Phe Met Pro Asn
210 215 220
Ala Lys Val Lys Ile Thr Lys Thr Val Ala Pro Ala Met Ile Ala Ser
225 230 235 240
Ile Ala Met Leu Cys Leu Gln Ala Val Tyr Ile His Gly Gln Ile Phe
245 250 255
Leu Thr Ser Tyr Asn Ala Ile Tyr Gly Ser Phe Ala Ala Leu Pro Leu
260 265 270
Phe Met Leu Trp Ile Leu Ala Ser Trp Tyr Ile Cys Leu Phe Cys Ala
275 280 285
Glu Leu Cys Tyr Phe Asn Gln Asn Leu Glu Tyr Tyr Glu Cys Leu Ile
290 295 300
Asp Thr Glu Asp Ile Cys His Asn Asp Leu Leu Ile Leu Cys Ala Thr
305 310 315 320
Val Leu Ser His Ile Cys Gln Arg Phe Ala Asn Asp Gln Lys Pro Gln
325 330 335
Thr Ala Leu Gln Ile Lys Thr Glu Thr His Ile Pro Ile Arg Val Met
340 345 350
Thr Asp Ile Leu Tyr Arg Leu Lys Glu Val Asn Leu Ile Ser Glu Asn
355 360 365
Phe Ser Pro Thr Ser Asp Glu Val Thr Tyr Thr Pro Thr His Asp Thr
370 375 380
Asn Asn Ile Thr Val Gly Glu Met Ile Ala Arg Leu Glu Ser Thr Pro
385 390 395 400
Ala Ser Asp Phe Ala Leu Leu Gly Phe Ser Pro Lys Lys Ala Trp Asn
405 410 415
His Asp Ile Tyr Asp Arg Val Gly Ser Ile Arg Glu Ile Tyr Leu Asn
420 425 430
Glu Leu Lys Ser Ile Asn Ile Lys Glu Leu Ile Ser Tyr Ser Glu Asn
435 440 445
<210> 49
<211> 326
<212> PRT
<213> Bacillus anthracis
<400> 49
Met Met Lys Arg Pro Ser Ile Ala Arg Val Val Lys Val Ile Ile Cys
1 5 10 15
Leu Leu Thr Pro Ile Leu Leu Ser Phe Ser Gly Ile Gly Asp Asn Asp
20 25 30
Ile Asp Lys Lys Lys Ser Thr Ser Lys Glu Val Asp Asp Thr Leu Arg
35 40 45
Ile Val Ile Thr Gly Asp Leu Leu Leu Asp Arg Gly Val Arg Gln Lys
50 55 60
Ile Asp Met Ala Gly Val Asp Ala Leu Phe Ser Pro Thr Ile Asp Ser
65 70 75 80
Leu Phe His Ser Ser Asn Tyr Val Ile Ala Asn Leu Glu Cys Pro Val
85 90 95
Thr Lys Ile Arg Glu Arg Val Phe Lys Arg Phe Ile Phe Arg Gly Glu
100 105 110
Pro Glu Trp Leu Pro Thr Leu Arg Arg His Gly Ile Thr His Leu Asn
115 120 125
Leu Ala Asn Asn His Ser Ile Asp Gln Gly Arg Asn Gly Leu Leu Asp
130 135 140
Thr Gln Glu Gln Ile Lys Lys Ala Gly Met Ile Pro Ile Gly Ala Gly
145 150 155 160
Lys Asn Met Glu Glu Ala Ala Glu Pro Val Leu Ile Ser Thr Ser Pro
165 170 175
Arg His Val Trp Val Ile Ser Ser Leu Arg Leu Pro Leu Glu Asn Phe
180 185 190
Leu Tyr Leu Pro Gln Lys Pro Cys Val Ser Gln Glu Ser Ile Asp Ser
195 200 205
Leu Ile Met Arg Val Lys Arg Leu Arg Ala Thr Asp Lys Asn Cys Tyr
210 215 220
Ile Leu Leu Ile Leu His Trp Gly Trp Glu His His Phe Arg Ala Thr
225 230 235 240
Pro Gln Gln Arg Glu Asp Ala His Lys Leu Ile Asp Ala Gly Ala Asp
245 250 255
Ala Ile Val Gly His His Ser His Thr Leu Gln Thr Ile Glu Thr Tyr
260 265 270
Arg Gly Lys Pro Ile Tyr Tyr Gly Ile Gly Asn Phe Ile Phe Asp Gln
275 280 285
Arg Lys Pro Met Asn Ser Arg Ala Cys Leu Val Glu Leu Ser Ile Thr
290 295 300
Ala Glu Lys Cys Lys Ala Lys Ala Leu Pro Ile Glu Ile Lys Asn Cys
305 310 315 320
Thr Pro Tyr Leu Ser Lys
325
<210> 50
<211> 259
<212> PRT
<213> Helicobacter pylori
<400> 50
Met Ile Leu Leu Ser Phe Asp Thr Glu Glu Phe Asp Val Pro Arg Glu
1 5 10 15
His Gly Val Asp Phe Ser Leu Glu Glu Gly Met Lys Val Ser Ile Glu
20 25 30
Gly Thr Asn Arg Ile Leu Asp Ile Leu Lys Ala Asn Asn Val Cys Ala
35 40 45
Thr Phe Phe Cys Thr Gly Asn Phe Ala Glu Leu Ala Pro Glu Val Met
50 55 60
Glu Arg Ile Lys Asn Glu Gly His Glu Val Ala Cys His Gly Val Asp
65 70 75 80
His Trp Gln Pro Lys Pro Glu Asp Val Phe Arg Ser Lys Glu Ile Ile
85 90 95
Glu Arg Val Thr Gly Val Lys Val Ala Gly Tyr Arg Gln Pro Arg Met
100 105 110
Phe Pro Val Ser Asp Glu Asp Ile Glu Lys Ala Gly Tyr Leu Tyr Asn
115 120 125
Ser Ser Leu Asn Pro Ala Phe Ile Pro Gly Arg Tyr Met His Leu Thr
130 135 140
Thr Ser Arg Thr Trp Phe Met Gln Gly Lys Val Met Gln Ile Pro Ala
145 150 155 160
Ser Val Ser Pro His Leu Arg Ile Pro Leu Phe Trp Leu Ser Met His
165 170 175
Asn Phe Pro Glu Trp Phe Tyr Leu Arg Leu Val Arg Gln Val Leu Arg
180 185 190
His Asp Gly Tyr Phe Val Thr Tyr Phe His Pro Trp Glu Phe Tyr Asp
195 200 205
Leu Lys Ser His Pro Glu Phe Lys Met Pro Phe Ile Ile Lys Asn His
210 215 220
Ser Gly His Glu Leu Glu Gln Arg Leu Asp Arg Phe Ile Lys Ala Met
225 230 235 240
Lys Ala Asp Lys Gln Glu Phe Ile Thr Tyr Val Asp Phe Val Asn Arg
245 250 255
Gln Lys Lys
<210> 51
<211> 252
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 51
Met Ala Lys Asn Ile Ser Phe Thr Ile Lys Tyr Trp Lys Gln Asn Gly
1 5 10 15
Pro Gln Asp Gln Gly His Phe Asp Thr His Glu Met Lys Asn Ile Pro
20 25 30
Asp Asp Thr Ser Phe Leu Glu Met Leu Asp Ile Leu Asn Glu Glu Leu
35 40 45
Ile Ala Ala Gly Asp Glu Pro Phe Val Phe Asp His Asp Cys Arg Glu
50 55 60
Gly Ile Cys Gly Met Cys Ser Leu Tyr Ile Asn Gly Thr Pro His Gly
65 70 75 80
Lys Thr Glu Arg Gly Ala Thr Thr Cys Gln Leu Tyr Met Arg Arg Phe
85 90 95
Asn Asp Gly Asp Val Ile Thr Val Glu Pro Trp Arg Ser Ala Gly Phe
100 105 110
Pro Val Ile Lys Asp Cys Met Val Asp Arg Thr Ala Phe Asp Lys Ile
115 120 125
Ile Gln Ala Gly Gly Tyr Thr Thr Ile Arg Thr Gly Gln Ala Gln Asp
130 135 140
Ala Asn Ala Ile Leu Ile Ser Lys Asp Asn Ala Asp Glu Ala Met Asp
145 150 155 160
Cys Ala Thr Cys Ile Gly Cys Gly Ala Cys Val Ala Ala Cys Lys Asn
165 170 175
Gly Ser Ala Met Leu Phe Val Ser Ser Lys Val Ser Gln Leu Ala Leu
180 185 190
Leu Pro Gln Gly Lys Pro Glu Ala Ala Lys Arg Ala Lys Ala Met Val
195 200 205
Ala Lys Met Asp Glu Val Gly Phe Gly Asn Cys Thr Asn Thr Arg Ala
210 215 220
Cys Glu Ala Val Cys Pro Lys Asn Glu Lys Ile Ala Asn Ile Ala Arg
225 230 235 240
Leu Asn Arg Glu Phe Ile Lys Ala Lys Phe Ala Asp
245 250
<210> 52
<211> 398
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 52
Met Ser Glu Asn Lys Leu Ser Thr Asn Glu Gln Ala Gln Thr Ala Asp
1 5 10 15
Ala Pro Val Lys Ala Ser Tyr Thr Glu Tyr Lys Val Ile Pro Ser Gln
20 25 30
Gly Tyr Cys Met Ile Val Lys Cys Arg Lys Gly Asp Gln Thr Val Val
35 40 45
Leu Lys Thr Leu Lys Glu Glu Tyr Arg Glu Arg Val Leu Leu Arg Asn
50 55 60
Ala Leu Lys Arg Glu Phe Lys Gln Cys Gln Arg Leu Asn His Ser Gly
65 70 75 80
Ile Val Arg Tyr Gln Gly Leu Val Glu Val Asp Gly Tyr Gly Leu Cys
85 90 95
Ile Glu Glu Glu Tyr Val Glu Gly Arg Thr Leu Gln Ala Tyr Leu Lys
100 105 110
Glu Asn His Thr Asp Asp Glu Lys Ile Ala Ile Ile Asn Gln Ile Ala
115 120 125
Asp Ala Leu Arg Tyr Ala His Gln Gln Gly Val Ile His Arg Asn Leu
130 135 140
Lys Pro Ser Asn Val Leu Val Thr Thr Gln Gly Asp Tyr Val Lys Leu
145 150 155 160
Ile Asp Phe Ser Val Leu Ser Pro Glu Asp Val Lys Pro Thr Ala Glu
165 170 175
Thr Thr Arg Phe Met Ala Pro Glu Met Lys Asp Glu Thr Leu Thr Ala
180 185 190
Asp Ala Thr Ala Asp Ile Tyr Ser Leu Gly Thr Ile Met Lys Val Met
195 200 205
Gly Leu Thr Leu Ala Tyr Ser Glu Val Ile Lys Arg Cys Cys Ala Phe
210 215 220
Lys Arg Ser Asp Arg Tyr Ser Asn Val Asp Glu Leu Leu Ala Asp Leu
225 230 235 240
Asn Asn Glu Gly Ser Ser Phe Ser Met Pro Lys Ile Gly Lys Gly Thr
245 250 255
Val Val Leu Gly Leu Ile Ile Ala Val Val Ile Gly Ile Gly Ala Leu
260 265 270
Leu Tyr Asn Tyr Gly Gly Ala Leu Ile Asp Gln Val Gly Lys Ile Asp
275 280 285
Val Ser Ser Val Phe Ser Ser Asp Ala Glu Thr Ala Pro Glu Asp Thr
290 295 300
Val Lys Val Asn Thr Ala Glu Gln Ser Asp Ser Leu Ser Thr Glu Ala
305 310 315 320
Glu Ala Pro Ala Ile Gly Lys Leu Ala Phe Met Asn Arg Met Lys Pro
325 330 335
Ala Leu Tyr Lys Asp Leu Asp Asn Ile Phe Glu Lys Asn Ser Ala Asp
340 345 350
Lys Ala Lys Leu Thr Lys Ala Ile Lys Thr Tyr Tyr Arg Gly Leu Ile
355 360 365
Gln Ala Asn Asp Thr Leu Asp Asn Glu Gln Arg Ala Glu Val Asp Arg
370 375 380
Val Phe Gly Asp Tyr Val Lys Gln Lys Lys Ala Ala Leu Asn
385 390 395
<210> 53
<211> 522
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 53
Met Arg Lys Tyr Ile Cys Leu Leu Leu Phe Tyr Leu Phe Thr Phe Leu
1 5 10 15
Pro Leu Ser Ala Gln Gln Gly Asn Asp Ser Pro Leu Arg Lys Leu Gln
20 25 30
Leu Ala Glu Met Ala Ile Lys Asn Phe Tyr Val Asp Ser Val Asn Glu
35 40 45
Gln Lys Leu Val Glu Asp Gly Ile Arg Gly Met Leu Glu Lys Leu Asp
50 55 60
Pro His Ser Thr Tyr Thr Asp Ala Lys Glu Thr Lys Ala Met Asn Glu
65 70 75 80
Pro Leu Gln Gly Asp Phe Glu Gly Ile Gly Val Gln Phe Asn Met Ile
85 90 95
Glu Asp Thr Leu Val Val Ile Gln Pro Val Val Asn Gly Pro Ser Gln
100 105 110
Lys Val Gly Ile Leu Ala Gly Asp Arg Ile Val Ser Val Asn Asp Ser
115 120 125
Thr Ile Ala Gly Val Lys Met Ala Arg Ile Asp Ile Met Lys Met Leu
130 135 140
Arg Gly Lys Lys Gly Thr Lys Val Lys Leu Gly Val Val Arg Arg Gly
145 150 155 160
Val Lys Gly Val Leu Thr Phe Val Val Thr Arg Ala Lys Ile Pro Val
165 170 175
His Thr Ile Asn Ala Ser Tyr Met Ile Arg Pro Asn Val Gly Tyr Ile
180 185 190
Arg Ile Glu Ser Phe Gly Met Lys Thr His Asp Glu Phe Met Ser Ala
195 200 205
Val Asp Ser Leu Lys Lys Lys Gly Met Lys Thr Leu Leu Leu Asp Leu
210 215 220
Gln Asp Asn Gly Gly Gly Tyr Leu Gln Ser Ala Val Gln Ile Ser Asn
225 230 235 240
Glu Phe Leu Lys Asn Asn Asp Met Ile Val Tyr Thr Glu Gly Arg Arg
245 250 255
Ala Arg Arg Gln Asn Phe Lys Ala Ile Gly Asn Gly Arg Leu Gln Asp
260 265 270
Val Lys Val Tyr Val Leu Val Asn Glu Leu Ser Ala Ser Ala Ala Glu
275 280 285
Ile Val Thr Gly Ala Ile Gln Asp Asn Asp Arg Gly Thr Val Val Gly
290 295 300
Arg Arg Thr Phe Gly Lys Gly Leu Val Gln Arg Pro Phe Asp Leu Pro
305 310 315 320
Asp Gly Ser Met Ile Arg Leu Thr Ile Ala His Tyr Tyr Thr Pro Ser
325 330 335
Gly Arg Cys Ile Gln Lys Pro Tyr Thr Lys Gly Asp Leu Lys Asp Tyr
340 345 350
Glu Met Asp Ile Glu Lys Arg Phe Lys His Gly Glu Leu Thr Asn Pro
355 360 365
Asp Ser Ile Gln Phe Ser Asp Ser Leu Lys Tyr Tyr Thr Ile Arg Lys
370 375 380
His Arg Val Val Tyr Gly Gly Gly Gly Ile Met Pro Asp Asn Phe Val
385 390 395 400
Pro Leu Asp Thr Thr Lys Phe Thr Arg Tyr His Arg Met Leu Ala Ala
405 410 415
Lys Ser Ile Ile Ile Asn Ala Tyr Leu Lys Tyr Ala Asp Ala Asn Arg
420 425 430
Gln Ala Leu Lys Ala Gln Tyr Ser Ser Phe Asp Ala Phe Asn Lys Gly
435 440 445
Tyr Val Val Pro Gln Ser Leu Leu Asp Glu Ile Val Ala Glu Gly Lys
450 455 460
Lys Glu Lys Ile Glu Pro Lys Asp Ala Ala Glu Leu Lys Ala Thr Leu
465 470 475 480
Pro Asn Ile Ala Leu Gln Ile Lys Ala Leu Thr Ala Arg Asp Ile Trp
485 490 495
Asp Met Asn Glu Tyr Phe Arg Val Trp Asn Thr Gln Ser Asp Ile Val
500 505 510
Asn Lys Ala Val Ala Leu Ala Thr Gly Lys
515 520
<210> 54
<211> 348
<212> PRT
<213> Prevotella melaninogenica
<400> 54
Met Lys Leu Thr Glu Gln Arg Ser Ser Met Leu His Gly Val Leu Leu
1 5 10 15
Ile Thr Leu Phe Ala Cys Ala Ala Phe Tyr Ile Gly Asp Met Gly Trp
20 25 30
Val Lys Ala Leu Ser Leu Ser Pro Met Val Val Gly Ile Ile Leu Gly
35 40 45
Met Leu Tyr Ala Asn Ser Leu Arg Asn Asn Leu Pro Asp Thr Trp Val
50 55 60
Pro Gly Ile Ala Phe Cys Gly Lys Arg Val Leu Arg Phe Gly Ile Ile
65 70 75 80
Leu Tyr Gly Phe Arg Leu Thr Phe Gln Asp Val Val Ala Val Gly Phe
85 90 95
Pro Ala Ile Ile Val Asp Ala Ile Ile Val Ser Gly Thr Ile Leu Leu
100 105 110
Gly Val Leu Val Gly Arg Leu Leu Lys Met Asp Arg Ser Ile Ala Leu
115 120 125
Leu Thr Ala Cys Gly Ser Gly Ile Cys Gly Ala Ala Ala Val Leu Gly
130 135 140
Val Asp Gly Ala Ile Arg Pro Lys Pro Tyr Lys Thr Ala Val Ala Val
145 150 155 160
Ala Thr Val Val Ile Phe Gly Thr Leu Ser Met Phe Leu Tyr Pro Ile
165 170 175
Leu Tyr Arg Ala Gly Ile Phe Asp Leu Ser Pro Asp Ala Met Gly Ile
180 185 190
Phe Ala Gly Ser Thr Ile His Glu Val Ala His Val Val Gly Ala Gly
195 200 205
Asn Ala Met Gly Ala Ala Val Ser Asn Ser Ala Ile Ile Val Lys Met
210 215 220
Ile Arg Val Met Met Leu Val Pro Val Leu Leu Val Ile Ala Phe Phe
225 230 235 240
Val Ala Lys Asn Val Ala Glu Arg Asp Asp Glu Ala Gly Gly Ser Arg
245 250 255
Lys Ile Asn Ile Pro Trp Phe Ala Ile Leu Phe Leu Val Val Ile Gly
260 265 270
Phe Asn Ser Leu Asn Leu Leu Pro Lys Glu Leu Val Asp Phe Ile Asn
275 280 285
Thr Leu Asp Thr Phe Leu Leu Thr Met Ala Met Ser Ala Leu Gly Ala
290 295 300
Glu Thr Ser Ile Asp Lys Phe Lys Lys Ala Gly Phe Lys Pro Phe Leu
305 310 315 320
Leu Ala Ala Ile Leu Trp Cys Trp Leu Ile Gly Gly Gly Tyr Cys Leu
325 330 335
Ala Lys Tyr Leu Val Pro Val Leu Gly Val Ala Cys
340 345
<210> 55
<211> 833
<212> PRT
<213> Prevotella sp.
<400> 55
Met Asn Lys Gln Phe Leu Leu Ala Ala Leu Trp Leu Ser Pro Leu Gly
1 5 10 15
Leu Tyr Ala His Lys Ala Asn Gly Ile Gly Ala Val Thr Trp Lys Asn
20 25 30
Glu Ala Pro Lys Glu Arg Met Ile Arg Gly Ile Asp Glu Asp Lys Thr
35 40 45
His Gln Arg Phe Thr Leu Ser Gly Tyr Val Lys Asp Arg Asn Gly Glu
50 55 60
Pro Leu Ile Asn Ala Thr Ile Tyr Asp Leu Thr Thr Arg Gln Gly Thr
65 70 75 80
Met Thr Asn Ala Tyr Gly His Phe Ser Leu Thr Leu Gly Glu Gly Gln
85 90 95
His Glu Ile Arg Cys Ser Tyr Val Gly Tyr Lys Thr Leu Ile Glu Thr
100 105 110
Ile Asp Leu Ser Ala Asn Gln Asn His Asp Ile Ile Leu Gln Asn Glu
115 120 125
Ala Gln Leu Asp Glu Val Val Val Thr Thr Asp Leu Asn Ser Pro Leu
130 135 140
Leu Lys Thr Gln Thr Gly Lys Leu Ser Leu Ser Gln Lys Asp Ile Lys
145 150 155 160
Thr Glu Tyr Ala Leu Leu Ser Ser Pro Asp Val Ile Lys Thr Leu Gln
165 170 175
Arg Thr Ser Gly Val Ala Asp Gly Met Glu Leu Ala Ser Gly Leu Tyr
180 185 190
Val His Gly Gly Asn Gly Asp Glu Asn Leu Phe Leu Leu Asp Gly Thr
195 200 205
Pro Leu Tyr His Thr Asn His Ser Leu Gly Leu Phe Ser Ser Phe Asn
210 215 220
Ala Asp Val Val Lys Asn Val Asp Phe Tyr Lys Ser Gly Phe Pro Ala
225 230 235 240
Arg Tyr Gly Gly Arg Leu Ser Ser Val Ile Asp Val Arg Thr Ala Asp
245 250 255
Gly Asp Leu Tyr Lys Thr His Gly Ser Tyr Arg Ile Gly Leu Leu Asp
260 265 270
Gly Ala Phe His Ile Gly Gly Pro Ile Arg Lys Gly Lys Thr Ser Tyr
275 280 285
Asn Phe Gly Leu Arg Arg Ser Trp Met Asp Leu Leu Thr Arg Pro Ala
290 295 300
Phe Ala Ile Met Asn His Lys Ser Asp Asn Glu Asp Lys Leu Ser Met
305 310 315 320
Ser Tyr Phe Phe His Asp Leu Asn Phe Lys Leu Thr Asn Ile Phe Asn
325 330 335
Glu Arg Ser Arg Met Ser Leu Ser Val Tyr Ser Gly Glu Asp Arg Leu
340 345 350
Asp Ala Lys Asp Glu Trp His Ser Asn Asn Ser Ser Gly Tyr Asn Asp
355 360 365
Val Asp Ile Tyr Val Asn Arg Phe His Trp Gly Asn Phe Asn Ala Ala
370 375 380
Leu Asp Trp Asn Tyr Gln Phe Ser Pro Lys Leu Phe Ala Asn Phe Thr
385 390 395 400
Ala Val Tyr Thr His Asn Arg Ser Thr Val Ser Ser Ser Asp Glu Trp
405 410 415
Arg Phe Thr Arg Pro Gly Glu Lys Glu Gln Leu Thr Leu Thr Ser His
420 425 430
Gly Tyr Arg Ser Ser Ile Asp Asp Ile Gly Tyr Arg Ala Ala Phe Asp
435 440 445
Phe Arg Pro Ser Pro Arg His His Ile Arg Phe Gly Gln Asp Tyr Thr
450 455 460
Tyr His Arg Phe Gln Pro Gln Thr Tyr Asn Arg Phe Asp Asn Tyr Gln
465 470 475 480
Thr Asn Ser Glu Ala Lys Ala Asp Thr Ile Ala Thr His Ser Tyr Asn
485 490 495
Lys Asn Val Ala His Gln Leu Thr Phe Tyr Ala Glu Asp Glu Met Thr
500 505 510
Leu Asn Glu Lys Trp Ser Leu Asn Gly Gly Val Asn Ala Asp Val Phe
515 520 525
His Ile Ser Gly Lys Thr Phe Ala Thr Leu Ser Pro Arg Leu Ser Met
530 535 540
Lys Phe Gln Pro Thr Glu Arg Leu Ser Leu Lys Ala Ser Tyr Thr Leu
545 550 555 560
Met Ser Gln Phe Val His Lys Ile Ala Asn Ser Phe Leu Asp Leu Pro
565 570 575
Thr Asp Tyr Trp Val Pro Thr Thr Ala Arg Leu His Pro Met Arg Ser
580 585 590
Trp Gln Val Ala Ala Gly Ala Tyr Met Lys Pro Asn Lys His Trp Leu
595 600 605
Leu Ser Leu Glu Ala Tyr Tyr Lys Arg Ser Ser His Ile Leu Gln Tyr
610 615 620
Ser Ser Trp Ala Gly Leu Glu Pro Pro Ala Ala Asn Trp Asp Tyr Met
625 630 635 640
Val Met Glu Gly Asp Gly Arg Ser Tyr Gly Val Glu Leu Asp Ala Asp
645 650 655
Tyr Asn Val Ser Asn Leu Thr Leu His Gly Ser Tyr Thr Leu Ser Trp
660 665 670
Thr Gln Lys Lys Phe Asp Asp Phe Tyr Asp Gly Trp Tyr Tyr Asp Lys
675 680 685
Phe Asp Asn Arg His Lys Leu Thr Leu Thr Gly Arg Trp Asn Ile Thr
690 695 700
Lys Lys Ile Ala Ala Phe Ala Ala Trp Thr Phe Arg Thr Gly Asn Arg
705 710 715 720
Met Thr Ile Pro Thr Gln Tyr Ile Gly Leu Pro Asp Val Pro Ala Gln
725 730 735
Glu Gln Gly Gly Leu Thr Phe Asn Ser Ser Asp Asp Asn Thr Leu Asn
740 745 750
Phe Ala Tyr Glu Lys Pro Asn Asn Val Ile Leu Pro Ala Tyr His Arg
755 760 765
Leu Asp Ile Gly Phe Asp Phe His His Thr Thr Lys Lys Gly His Glu
770 775 780
Arg Ile Trp Asn Leu Ser Phe Tyr Asn Ala Tyr Cys His Leu Asn Ser
785 790 795 800
Leu Trp Val Arg Val Lys Ile Asp Ser Asn Asn Gln Met Lys Ile Arg
805 810 815
Asn Ile Ala Phe Ile Pro Val Ile Pro Ser Phe Ser Tyr Thr Phe Lys
820 825 830
Phe
<210> 56
<211> 1133
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 56
Met Ser Lys Gln Val Phe Gln Thr Asp Ser Arg Gln Arg Trp Ser Tyr
1 5 10 15
Phe Lys Trp Thr Leu Arg Val Ile Leu Thr Ile Leu Ser Leu Leu Gly
20 25 30
Ile Val Phe Leu Ala Met Phe Ala Leu Glu Gly Ser Pro Gln Met Pro
35 40 45
Phe Arg His Asp Tyr Arg Asn Ala Val Thr Ala Ala Ser Pro Tyr Thr
50 55 60
Lys Asp Asn Lys Thr Ala Lys Leu Tyr Lys Ser Phe Arg Asp Phe Phe
65 70 75 80
Lys Glu Lys Lys Met His Asn Asn Tyr Ala Lys Ala Thr Ile Lys Lys
85 90 95
Gln Arg Phe Ile Gly Lys Ala Asp Ser Val Thr Gln Lys Tyr Phe Arg
100 105 110
Glu Trp Asp Asp Pro Arg Ile Gly Val Arg Ser Ala Trp Tyr Val Asn
115 120 125
Trp Asp Lys His Ala Tyr Ile Ser Leu Lys Asn Asn Ile Lys His Leu
130 135 140
Asn Met Val Leu Pro Glu Trp Phe Phe Ile Asn Pro Lys Thr Asp Lys
145 150 155 160
Val Glu Tyr Arg Ile Asp Lys Gln Ala Leu Arg Leu Met Arg Arg Thr
165 170 175
Gly Ile Pro Val Leu Pro Met Leu Thr Asn Asn Tyr Asn Ser Asp Phe
180 185 190
His Pro Glu Ala Ile Gly Arg Ile Met Arg Asp Glu Lys Lys Arg Met
195 200 205
Ala Leu Ile Asn Glu Met Val Arg Thr Cys Arg His Tyr Gly Phe Ala
210 215 220
Gly Ile Asn Leu Asp Leu Glu Glu Leu Asn Ile Gln Asp Asn Asp Leu
225 230 235 240
Leu Val Glu Leu Leu Lys Asp Phe Ser Arg Val Phe His Ala Asn Gly
245 250 255
Leu Tyr Val Thr Gln Ala Val Ala Pro Phe Asn Glu Asp Tyr Asn Met
260 265 270
Gln Glu Leu Ala Lys Tyr Asn Asp Tyr Leu Phe Leu Met Ala Tyr Asp
275 280 285
Glu His Asn Ile Glu Ser Gln Pro Gly Ala Val Ser Ser Gln Arg Trp
290 295 300
Val Glu Lys Ala Thr Asp Trp Ala Ala Lys Asn Val Pro Asn Asp Lys
305 310 315 320
Ile Val Leu Gly Met Ala Thr Tyr Gly Tyr Asp Trp Ala Asn Gly Glu
325 330 335
Gly Gly Thr Thr Val Ser Phe Asp Gln Thr Met Ala Ile Ala Gln Asp
340 345 350
Ala Asp Ala Lys Val Lys Phe Asp Asp Asp Thr Tyr Asn Val Asn Phe
355 360 365
Ser Tyr Gln Asn Thr Asp Asp Gly Lys Ile His His Val Phe Phe Thr
370 375 380
Asp Ala Ala Thr Thr Phe Asn Ile Met Arg Phe Gly Ala Glu Tyr His
385 390 395 400
Leu Ala Gly Tyr Gly Leu Trp Arg Leu Gly Thr Glu Asp Lys Arg Ile
405 410 415
Trp Arg Phe Tyr Gly Lys Asp Met Ser Trp Glu Asn Val Ala Arg Met
420 425 430
Ser Val Ala Lys Leu Met Gln Leu Asn Gly Thr Asp Asp Val Asn Phe
435 440 445
Val Gly Ser Gly Glu Val Leu Glu Val Thr Thr Glu Pro His Pro Gly
450 455 460
Asp Ile Ser Ile Arg Ile Asp Lys Asp Asn Arg Leu Ile Ser Glu Glu
465 470 475 480
Tyr Tyr Arg Ala Leu Pro Ser Thr Tyr Thr Ile Gln Arg Leu Gly Lys
485 490 495
Cys Lys Asp Lys Gln Leu Val Ile Thr Phe Asp Asp Gly Pro Asp Ser
500 505 510
Arg Trp Thr Pro Thr Val Leu Ser Thr Leu Lys Lys Tyr Asn Val Pro
515 520 525
Ala Ala Phe Phe Met Val Gly Leu Gln Met Glu Lys Asn Leu Pro Leu
530 535 540
Val Lys Gln Val Tyr Glu Asp Gly His Thr Ile Gly Asn His Thr Phe
545 550 555 560
Thr His His Asn Met Ile Glu Asn Ser Asp Arg Arg Ser Tyr Ala Glu
565 570 575
Leu Lys Leu Thr Arg Met Leu Ile Glu Ser Val Thr Gly His Ser Thr
580 585 590
Ile Leu Phe Arg Ala Pro Tyr Asn Ala Asp Ala Asp Pro Thr Glu His
595 600 605
Glu Glu Ile Trp Pro Met Ile Val Ala Ser Arg Arg Asn Tyr Leu Phe
610 615 620
Val Gly Glu Ser Ile Asp Pro Asn Asp Trp Glu Pro Asn Val Thr Ser
625 630 635 640
Asp Gln Ile Tyr Gln Arg Val Ile Asp Gly Val His His Glu Asp Gly
645 650 655
His Ile Ile Leu Leu His Asp Ala Gly Gly Ser Ser Arg Lys Pro Thr
660 665 670
Leu Asp Ala Leu Pro Arg Ile Ile Glu Thr Leu Gln His Glu Gly Tyr
675 680 685
Gln Phe Ile Ser Leu Glu Gln Tyr Leu Gly Met Gly Lys Gln Thr Leu
690 695 700
Met Pro Glu Ile Asn Lys Gly Lys Ala Tyr Tyr Ala Met Gln Thr Asn
705 710 715 720
Leu Trp Leu Ala Glu Met Ile Tyr His Val Ser Asp Phe Leu Thr Ala
725 730 735
Leu Phe Leu Val Phe Leu Ala Leu Gly Met Met Arg Leu Ile Phe Met
740 745 750
Tyr Val Leu Met Ile Arg Glu Lys Arg Ala Glu Asn Arg Arg Asn Tyr
755 760 765
Ala Pro Ile Asp Ala Ala Thr Ala Pro Ala Val Ser Ile Ile Val Pro
770 775 780
Gly Tyr Asn Glu Glu Val Asn Ile Val Arg Thr Ile Thr Thr Leu Lys
785 790 795 800
Gln Gln Asp Tyr Pro Asn Leu His Ile Tyr Phe Val Asp Asp Gly Ser
805 810 815
Lys Asp His Thr Leu Glu Arg Val His Glu Ala Phe Asp Asn Asp Asp
820 825 830
Thr Val Thr Ile Leu Ala Lys Lys Asn Gly Gly Lys Ala Ser Ala Leu
835 840 845
Asn Tyr Gly Ile Ala Ala Cys Arg Ser Glu Tyr Val Val Cys Ile Asp
850 855 860
Ala Asp Thr Gln Leu Lys Asn Asp Ala Val Ser Arg Leu Met Lys His
865 870 875 880
Phe Ile Ala Asp Thr Glu Lys Arg Val Gly Ala Val Ala Gly Asn Val
885 890 895
Lys Val Gly Asn Gln Arg Asn Met Leu Thr Tyr Trp Gln Ala Ile Glu
900 905 910
Tyr Thr Ser Ser Gln Asn Phe Asp Arg Met Ala Tyr Ser Asn Ile Asn
915 920 925
Ala Ile Thr Val Val Pro Gly Ala Ile Gly Ala Phe Arg Lys Glu Val
930 935 940
Ile Glu Ala Val Gly Gly Phe Thr Thr Asp Thr Leu Ala Glu Asp Cys
945 950 955 960
Asp Leu Thr Met Ser Ile Asn Glu His Gly Tyr Ile Ile Glu Asn Glu
965 970 975
Asn Tyr Ala Val Ala Leu Thr Glu Ala Pro Glu Thr Leu Arg Gln Phe
980 985 990
Val Lys Gln Arg Ile Arg Trp Cys Phe Gly Val Met Gln Ala Phe Trp
995 1000 1005
Lys His Arg Ser Ser Leu Phe Ala Pro Ser Lys Lys Gly Phe Gly
1010 1015 1020
Leu Trp Ala Met Pro Asn Met Leu Ile Phe Gln Tyr Ile Ile Pro
1025 1030 1035
Thr Phe Ser Pro Leu Ala Asp Val Leu Met Leu Ile Gly Leu Phe
1040 1045 1050
Thr Gly Asn Ala Leu Gln Ile Phe Phe Tyr Tyr Leu Ile Phe Leu
1055 1060 1065
Val Ile Asp Ala Ser Val Ser Ile Met Ala Tyr Ile Phe Glu Gly
1070 1075 1080
Glu Arg Leu Trp Val Leu Leu Trp Val Ile Pro Gln Arg Phe Phe
1085 1090 1095
Tyr Arg Trp Ile Met Tyr Tyr Val Leu Phe Lys Ser Tyr Leu Lys
1100 1105 1110
Ala Ile Lys Gly Glu Leu Gln Thr Trp Gly Val Leu Lys Arg Thr
1115 1120 1125
Gly His Val Lys Gly
1130
<210> 57
<211> 292
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 57
Met Ala Lys Lys Arg Asn Lys Ala Arg Ser Arg His Ser Leu Gln Val
1 5 10 15
Val Thr Leu Cys Ile Ser Thr Ala Met Val Leu Met Leu Ile Gly Ile
20 25 30
Val Val Leu Thr Gly Phe Thr Ser Arg Asn Leu Ser Ser Tyr Val Lys
35 40 45
Glu Asn Leu Thr Ile Thr Met Ile Leu Gln Pro Asp Met Asn Thr Glu
50 55 60
Glu Ser Ala Ala Leu Cys Glu Arg Ile Arg Thr Leu His Tyr Ile Asn
65 70 75 80
Ser Leu Asn Phe Ile Ser Lys Glu Gln Ala Leu Lys Asp Gly Thr Lys
85 90 95
Glu Leu Gly Ala Asn Pro Ala Glu Phe Ala Gly Glu Asn Pro Phe Thr
100 105 110
Gly Glu Ile Glu Val Gln Leu Lys Ala Asn Tyr Ala Asn Asn Asp Ser
115 120 125
Ile Arg Asn Ile Val Gln Gln Leu Arg Thr Tyr Arg Gly Val Ser Asp
130 135 140
Ile Thr Tyr Pro Gln Ser Leu Val Glu Ser Val Asn Gln Thr Leu Gly
145 150 155 160
Lys Ile Ser Leu Val Leu Leu Val Ile Ala Val Leu Leu Thr Ile Ile
165 170 175
Ser Phe Ser Leu Ile Asn Asn Thr Ile Arg Leu Ser Ile Tyr Ala His
180 185 190
Arg Phe Ser Ile His Thr Met Lys Leu Val Gly Gly Ser Trp Ser Phe
195 200 205
Ile Arg Ala Pro Phe Leu Arg Arg Ala Val Leu Glu Gly Leu Val Ser
210 215 220
Ala Leu Leu Ala Ile Ala Val Leu Gly Ile Gly Ile Cys Leu Leu Tyr
225 230 235 240
Glu Lys Glu Pro Glu Ile Thr Lys Leu Leu Ser Trp Asp Ala Leu Ile
245 250 255
Ile Thr Ala Ile Val Met Leu Ala Phe Gly Val Ile Ile Ala Thr Phe
260 265 270
Cys Ala Trp Leu Ser Val Asn Lys Phe Leu Arg Met Lys Ala Gly Asp
275 280 285
Leu Tyr Lys Ile
290
<210> 58
<211> 254
<212> PRT
<213> Haemophilus influenzae
<400> 58
Met Lys Asn Ile Tyr Phe Leu Ser Asp Ala His Leu Gly Ser Leu Ala
1 5 10 15
Ile Asp His Arg Arg Thr His Glu Arg Arg Leu Val Arg Phe Leu Asp
20 25 30
Ser Ile Lys His Lys Ala Ala Ala Val Tyr Leu Leu Gly Asp Met Phe
35 40 45
Asp Phe Trp Asn Glu Tyr Lys Tyr Val Val Pro Lys Gly Phe Thr Arg
50 55 60
Phe Leu Gly Lys Ile Ser Glu Leu Thr Asp Met Gly Val Glu Val His
65 70 75 80
Phe Phe Thr Gly Asn His Asp Leu Trp Thr Tyr Gly Tyr Leu Glu Lys
85 90 95
Glu Cys Gly Val Ile Leu His Arg Lys Pro Ile Thr Thr Glu Ile Tyr
100 105 110
Asp Lys Val Phe Tyr Leu Ala His Gly Asp Gly Leu Gly Asp Pro Asp
115 120 125
Pro Met Phe Arg Phe Leu Arg Lys Val Phe His Asn Arg Phe Cys Gln
130 135 140
Arg Leu Leu Asn Phe Phe His Pro Trp Trp Gly Met Gln Leu Gly Leu
145 150 155 160
Asn Trp Ala Lys Arg Ser Arg Leu Lys Arg Lys Asp Gly Lys Glu Val
165 170 175
Pro Tyr Leu Gly Glu Asp Lys Glu Tyr Leu Val Gln Tyr Thr Lys Glu
180 185 190
Tyr Met Ser Thr His Lys Asp Ile Asp Tyr Tyr Ile Tyr Gly His Arg
195 200 205
His Ile Glu Leu Asp Leu Thr Leu Ser Arg Lys Ala Arg Leu Leu Ile
210 215 220
Leu Gly Asp Trp Ile Trp Gln Phe Thr Tyr Ala Val Phe Asp Gly Glu
225 230 235 240
His Met Phe Leu Glu Glu Tyr Val Glu Gly Glu Ser Lys Pro
245 250
<210> 59
<211> 388
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 59
Met Val Gly Leu Asp Val Leu Cys Tyr Phe Ile His Ala Lys Gly Arg
1 5 10 15
Glu Lys Glu Cys Tyr Phe Glu Arg Ile Ile Tyr Gln Ile Thr Cys His
20 25 30
Ser Arg Thr Lys Cys Tyr Leu Cys Asn Ile Met Lys Tyr Ser Ile Ile
35 40 45
Val Pro Val Phe Asn Arg Pro Asp Glu Val Glu Glu Leu Leu Glu Ser
50 55 60
Leu Leu Ser Gln Glu Glu Lys Asp Phe Glu Val Val Ile Val Glu Asp
65 70 75 80
Gly Ser Gln Ile Pro Cys Lys Glu Val Cys Asp Lys Tyr Ala Asp Lys
85 90 95
Leu Asp Leu His Tyr Tyr Ser Lys Glu Asn Ser Gly Pro Gly Gln Ser
100 105 110
Arg Asn Tyr Gly Ala Glu Arg Ala Lys Gly Glu Tyr Leu Leu Ile Leu
115 120 125
Asp Ser Asp Val Val Leu Pro Lys Gly Tyr Ile Cys Ala Val Ser Glu
130 135 140
Glu Leu Lys Arg Glu Pro Ala Asp Ala Phe Gly Gly Pro Asp Cys Ala
145 150 155 160
His Glu Ser Phe Thr Asp Thr Gln Lys Ala Ile Ser Tyr Ser Met Thr
165 170 175
Ser Phe Phe Thr Thr Gly Gly Ile Arg Gly Gly Lys Lys Lys Leu Asp
180 185 190
Lys Phe Tyr Pro Arg Ser Phe Asn Met Gly Ile Arg Arg Asp Val Tyr
195 200 205
Gln Glu Leu Gly Gly Phe Ser Lys Met Arg Phe Gly Glu Asp Ile Asp
210 215 220
Phe Ser Ile Arg Ile Phe Lys Ala Gly Lys Arg Cys Arg Leu Phe Pro
225 230 235 240
Glu Ala Trp Val Trp His Lys Arg Arg Thr Asp Phe Arg Lys Phe Trp
245 250 255
Lys Gln Val Tyr Asn Ser Gly Ile Ala Arg Ile Asn Leu Tyr Lys Lys
260 265 270
Tyr Pro Glu Ser Leu Lys Leu Val His Leu Leu Pro Met Val Phe Thr
275 280 285
Val Gly Thr Ala Leu Leu Val Leu Met Ile Leu Phe Gly Leu Phe Leu
290 295 300
Gln Leu Phe Pro Ile Ile Asn Val Phe Gly Ser Val Phe Ile Met Met
305 310 315 320
Gly Leu Met Pro Leu Val Leu Tyr Ser Val Ile Ile Cys Val Asp Ser
325 330 335
Thr Met Gln Asn Asn Ser Leu Asn Ile Gly Leu Leu Ser Ile Glu Ala
340 345 350
Ala Phe Ile Gln Leu Thr Gly Tyr Gly Cys Gly Phe Ile Ser Ala Trp
355 360 365
Trp Lys Arg Cys Val Cys Gly Met Asp Glu Phe Ala Ala Tyr Glu Lys
370 375 380
Asn Phe Tyr Lys
385
<210> 60
<211> 435
<212> PRT
<213> Streptococcus mutans
<400> 60
Met Lys Ile Glu Lys Val His Ala Arg Glu Ile Met Asp Ser Arg Gly
1 5 10 15
Asn Pro Thr Val Glu Val Glu Val Thr Leu Glu Asn Gly Val Met Gly
20 25 30
Arg Ala Ser Val Pro Ser Gly Ala Ser Thr Gly Glu Asn Glu Ala Leu
35 40 45
Glu Leu Arg Asp Gly Asp Lys Asn Arg Phe Leu Gly Lys Gly Val Leu
50 55 60
Lys Ala Val Glu Asn Val Asn Asn Leu Ile Ala Pro Ala Leu Lys Gly
65 70 75 80
Asp Cys Val Leu Asn Gln Arg Ala Ile Asp Tyr Lys Met Leu Glu Leu
85 90 95
Asp Gly Thr Pro Thr Lys Ser Lys Leu Gly Ala Asn Ala Ile Leu Gly
100 105 110
Val Ser Leu Ala Val Ala Gln Ala Ala Ala Lys Ala Leu Asn Ile Pro
115 120 125
Leu Tyr Arg Tyr Ile Gly Gly Ala Asn Thr Tyr Val Leu Pro Val Pro
130 135 140
Met Met Asn Ile Ile Asn Gly Gly Ala His Ser Asp Ala Pro Ile Ala
145 150 155 160
Phe Gln Glu Phe Met Ile Arg Pro Val Gly Ala Pro Ser Glu Lys Glu
165 170 175
Gly Ile Arg Met Gly Ala Glu Val Phe His Ala Leu Ala Lys Leu Leu
180 185 190
Lys Lys Arg Gly Leu Ser Thr Ala Val Gly Asp Glu Gly Gly Phe Ala
195 200 205
Pro Lys Phe Asp Gly Ile Glu Asp Ala Leu Asp Ser Ile Ile Gln Ala
210 215 220
Ile Lys Asp Ala Gly Tyr Glu Pro Gly Lys Asp Val Lys Ile Ala Met
225 230 235 240
Asp Cys Ala Ala Ser Glu Phe Ala Val Cys Glu Asp Gly Lys Trp Phe
245 250 255
Tyr Asp Tyr Arg Gln Leu Lys Asn Gly Met Pro Lys Asp Pro Asn Gly
260 265 270
Lys Lys Leu Ser Ala Asp Glu Gln Ile Ala Tyr Leu Glu His Leu Ile
275 280 285
Thr Lys Tyr Pro Ile Asp Ser Ile Glu Asp Gly Leu Asp Glu Asn Asp
290 295 300
Trp Glu Asn Trp Val Lys Leu Thr Ser Ala Ile Gly Asp Arg Cys Gln
305 310 315 320
Leu Val Gly Asp Asp Leu Phe Val Thr Asn Val Lys Phe Leu Glu Lys
325 330 335
Gly Ile Lys Met Gly Ala Ala Asn Ser Ile Leu Ile Lys Val Asn Gln
340 345 350
Ile Gly Ser Leu Thr Glu Thr Leu Glu Ala Ile Glu Met Ala His Arg
355 360 365
His Gly Tyr Thr Thr Val Thr Ser His Arg Ser Gly Glu Thr Glu Asp
370 375 380
Thr Thr Ile Ala Asp Ile Ala Val Ala Thr Asn Ser Gly Gln Ile Lys
385 390 395 400
Thr Gly Ser Met Ser Arg Thr Asp Arg Met Ala Lys Tyr Asn Gln Leu
405 410 415
Ile Arg Ile Glu Glu Glu Leu Gly Ala Cys Ala Lys Tyr Gly Tyr Ala
420 425 430
Lys Leu Lys
435
<210> 61
<211> 501
<212> PRT
<213> Brucella suis
<400> 61
Met Lys Lys Leu Phe Thr Ile Ala Met Leu Leu Gly Val Thr Leu Gly
1 5 10 15
Ile His Ala Gln Glu Val Tyr Ser Leu Gln Lys Cys Arg Glu Leu Ala
20 25 30
Leu Gln Asn Asn Arg Gln Leu Lys Val Ser Arg Met Thr Val Asp Val
35 40 45
Ala Glu Asn Thr Arg Lys Ala Ala Lys Thr Lys Tyr Leu Pro Arg Val
50 55 60
Asp Ala Leu Ala Gly Tyr Gln His Phe Ser Arg Glu Ile Ser Leu Leu
65 70 75 80
Ser Asp Asp Gln Lys Asn Ala Phe Ser Asn Leu Gly Thr Asn Thr Phe
85 90 95
Gly Gln Leu Gly Gly Gln Ile Gly Gln Asn Leu Thr Ser Leu Ala Gln
100 105 110
Gln Gly Ile Leu Ser Pro Gln Met Ala Gln Gln Leu Gly Gln Leu Phe
115 120 125
Ser Asn Val Ala Thr Pro Leu Thr Gln Val Gly Asn Asn Ile Gly Gln
130 135 140
Ser Ile Asn Asp Ala Phe Arg Ser Asn Thr Lys Asn Val Tyr Ala Gly
145 150 155 160
Gly Ile Val Val Asn Gln Pro Ile Tyr Met Gly Gly Ala Ile Lys Ala
165 170 175
Ala Asn Asp Met Ala Ala Ile Gly Glu Gln Val Ala Gln Asn Asn Ile
180 185 190
Ser Leu Lys Arg Gln Leu Val Leu Tyr Gly Val Asp Asn Ala Tyr Trp
195 200 205
Leu Ala Ile Ser Leu Lys Lys Lys Glu Ala Leu Ala Ile Arg Tyr Arg
210 215 220
Asp Leu Ala Gln Lys Leu Asn Glu Asp Val Lys Lys Met Ile Arg Glu
225 230 235 240
Gly Val Ala Thr Arg Ala Asp Gly Leu Lys Val Glu Val Ala Val Asn
245 250 255
Thr Ala Asp Met Gln Ile Ala Arg Ile Gln Ser Gly Val Ser Leu Ala
260 265 270
Lys Met Ala Leu Cys Glu Leu Cys Gly Leu Glu Leu Asn Gly Asp Ile
275 280 285
Pro Leu Ser Asp Glu Gly Asp Ala Asp Leu Pro Pro Thr Pro Ser Thr
290 295 300
Gln Phe Asp Asn Tyr Thr Val Ser Ser Ser Asp Thr Thr Gly Leu Asn
305 310 315 320
Glu Ala Arg Pro Glu Leu Arg Leu Leu Gln Asn Ala Val Asp Leu Ser
325 330 335
Ile Gln Asn Thr Lys Leu Ile Arg Ser Leu Tyr Met Pro His Val Leu
340 345 350
Leu Thr Ala Gly Tyr Ser Val Ser Asn Pro Asn Leu Phe Asn Gly Phe
355 360 365
Gln Lys Arg Phe Thr Asp Leu Trp Asn Ile Gly Ile Thr Val Gln Val
370 375 380
Pro Val Trp Asn Trp Gly Glu Asn Lys Tyr Lys Val Arg Ala Ser Lys
385 390 395 400
Thr Ala Thr Thr Ile Ala Gln Leu Glu Met Asp Asp Val Arg Lys Lys
405 410 415
Ile Asp Leu Glu Ile Glu Gln Asn Arg Leu Arg Leu Lys Asp Ala Asn
420 425 430
Lys Gln Leu Ala Thr Ser Gln Lys Asn Met Ala Ala Ala Glu Glu Asn
435 440 445
Leu Arg Cys Ala Asn Val Gly Phe Lys Glu Gly Val Met Thr Val Thr
450 455 460
Glu Val Met Ala Ala Gln Thr Ala Trp Gln Thr Ser Arg Met Ala Ile
465 470 475 480
Ile Asp Ala Glu Ile Ser Val Lys Leu Ala Gln Thr Gly Leu Gln Lys
485 490 495
Ala Leu Gly Gly Leu
500
<210> 62
<211> 577
<212> PRT
<213> Salmonella typhimurium
<400> 62
Met Lys Arg Thr Phe Val Thr Lys Met Val Lys Pro Ile Glu Glu Asn
1 5 10 15
Ser Leu Phe Phe Met Phe Met Leu Leu Val Gly Ala Phe Thr Asn Val
20 25 30
Ser His Arg Asn Val Phe Gly Tyr Ile Glu Leu Ile Ala Asp Val Tyr
35 40 45
Ile Ile Cys Phe Leu Leu Ser Leu Cys Gln Arg Thr Ile Arg Gln Gly
50 55 60
Leu Val Ile Met Leu Ser Ser Val Ile Tyr Val Val Ala Ile Ile Asp
65 70 75 80
Thr Cys Cys Lys Thr Leu Phe Asp Thr Pro Ile Thr Pro Thr Met Leu
85 90 95
Leu Leu Ala Gln Glu Thr Thr Gly Arg Glu Ala Thr Glu Phe Phe Leu
100 105 110
Gln Tyr Leu Asn Leu Lys Leu Phe Phe Ser Ala Ala Asp Ile Ile Leu
115 120 125
Phe Leu Ala Phe Cys His Ile Val Met Ala Val Lys Lys Met Lys Phe
130 135 140
Ser Thr Ser Tyr Leu Lys Gln Pro Phe Val Ala Phe Val Leu Met Phe
145 150 155 160
Thr Ile Phe Val Gly Met Ala Leu Ser Ile Tyr Asp Lys Val Gln Leu
165 170 175
Tyr Thr Val Lys Asn Leu Ser Gly Leu Glu Val Ala Val Thr Asn Gly
180 185 190
Phe Ala His Leu Tyr His Pro Val Glu Arg Ile Val Tyr Gly Leu Tyr
195 200 205
Ser Asn His Leu Ile Ala Lys Gln Val Asp Gly Val Ile Met Ala Asn
210 215 220
Gln Gln Ile Lys Val Asp Ser Cys Ser Phe Thr Ser Pro Thr Ile Val
225 230 235 240
Leu Val Ile Gly Glu Ser Ala Asn Arg His His Ser Gln Leu Tyr Gly
245 250 255
Tyr Pro Leu Pro Thr Thr Pro Tyr Gln Leu Ala Met Lys Asn Gly Lys
260 265 270
Asp Ser Leu Ala Val Phe Thr Asn Val Val Ser Pro Trp Asn Leu Thr
275 280 285
Ser Lys Val Phe Lys Gln Ile Phe Ser Leu Gln Ser Val Asp Glu Lys
290 295 300
Gly Asp Trp Ser Lys Tyr Val Leu Phe Pro Ala Val Phe Lys Lys Ala
305 310 315 320
Gly Tyr His Val Ser Phe Leu Ser Asn Gln Phe Pro Tyr Gly Ile Asn
325 330 335
Tyr Thr Pro Asp Trp Thr Asn Asn Leu Val Gly Gly Phe Phe Leu Asn
340 345 350
His Pro Gln Leu Asn Lys Gln Met Phe Asp Tyr Arg Asn Val Thr Ile
355 360 365
His Asn Tyr Asp Glu Asp Leu Leu Asn Asp Tyr Lys Glu Ile Ile Ser
370 375 380
Tyr Lys Lys Pro Gln Leu Ile Ile Phe His Leu Leu Gly Gln His Phe
385 390 395 400
Gln Tyr Ser Leu Arg Cys Lys Ser Asn Met Lys Lys Phe Gly Ile Lys
405 410 415
Asp Tyr Lys Arg Met Asp Leu Thr Asp Lys Glu Lys Gln Thr Ile Ala
420 425 430
Asp Tyr Asp Asn Ala Thr Leu Tyr Asn Asp Phe Val Leu Asn Lys Ile
435 440 445
Val Glu Gln Phe Arg Asn Lys Asp Ala Ile Ile Val Tyr Leu Ser Asp
450 455 460
His Gly Glu Asp Cys Tyr Gly Lys Asp Val Asn Met Ala Gly Arg Leu
465 470 475 480
Thr Glu Val Glu Gln Ile Asn Leu Lys Lys Tyr His Glu Glu Phe Glu
485 490 495
Ile Pro Phe Trp Ile Trp Cys Ser Pro Ile Tyr Lys Gln Arg His Arg
500 505 510
Lys Ile Phe Thr Glu Thr Leu Met Ala Arg Asn Asn Lys Phe Met Thr
515 520 525
Asp Asp Leu Pro His Leu Leu Leu Tyr Leu Ala Gly Ile Lys Thr Lys
530 535 540
Asp Tyr Cys Glu Glu Arg Asn Val Ile Ser Pro Ser Phe Asn Asn Asn
545 550 555 560
Arg Arg Arg Leu Val Leu Lys Thr Ile Asp Tyr Asp Lys Ala Leu Tyr
565 570 575
Gln
<210> 63
<211> 517
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 63
Met Phe Lys Asn His Pro Lys Gly Leu Leu Gln Ala Ala Phe Ser Asn
1 5 10 15
Met Gly Glu Arg Phe Gly Tyr Tyr Ile Met Asn Ala Val Leu Ala Leu
20 25 30
Phe Leu Cys Ser Lys Phe Gly Leu Ser Asp Glu Thr Ser Gly Leu Ile
35 40 45
Ala Ser Leu Phe Leu Ala Ala Ile Tyr Val Met Ser Leu Val Gly Gly
50 55 60
Val Ile Ala Asp Arg Thr Gln Asn Tyr Gln Arg Thr Ile Glu Ser Gly
65 70 75 80
Leu Val Val Met Ala Leu Gly Tyr Val Ala Leu Ser Ile Pro Val Leu
85 90 95
Ala Thr Pro Glu Asn Asn Ser Tyr Leu Leu Ala Phe Thr Ile Phe Ala
100 105 110
Leu Val Leu Ile Ala Val Gly Asn Gly Leu Phe Lys Gly Asn Leu Gln
115 120 125
Ala Ile Val Gly Gln Met Tyr Asp Asp Phe Glu Thr Glu Ala Ala Lys
130 135 140
Val Ser Pro Glu Arg Leu Lys Trp Ala Gln Gly Gln Arg Asp Ala Gly
145 150 155 160
Phe Gln Ile Phe Tyr Val Phe Ile Asn Leu Gly Ala Leu Ala Ala Pro
165 170 175
Phe Ile Ala Pro Val Leu Arg Ser Trp Trp Leu Gly Arg Asn Gly Leu
180 185 190
Thr Tyr Asp Ala Ala Leu Pro Gln Leu Cys His Lys Tyr Ile Asn Gly
195 200 205
Thr Ile Gly Asp Asn Leu Gly Asn Leu Gln Glu Leu Ala Thr Lys Val
210 215 220
Gly Gly Asn Ser Ala Asp Leu Ala Ser Phe Cys Pro His Tyr Leu Asp
225 230 235 240
Val Phe Asn Thr Gly Val His Tyr Ser Phe Ile Ala Ser Val Val Thr
245 250 255
Met Leu Ile Ser Leu Ile Ile Phe Met Ser Ser Lys Lys Leu Phe Pro
260 265 270
Met Pro Gly Lys Lys Glu Gln Ile Val Asn Val Glu Tyr Thr Asp Glu
275 280 285
Glu Lys Ala Ser Met Ala Lys Glu Ile Lys Gln Arg Met Tyr Ala Leu
290 295 300
Phe Ala Val Leu Gly Ile Ser Val Phe Phe Trp Phe Ser Phe His Gln
305 310 315 320
Asn Gly Gln Ser Leu Ser Phe Phe Ala Arg Asp Phe Val Asn Thr Asp
325 330 335
Ser Val Ala Pro Glu Ile Trp Gln Ala Val Asn Pro Phe Phe Val Ile
340 345 350
Ser Leu Thr Pro Leu Ile Met Trp Val Phe Ala Tyr Phe Thr Lys Lys
355 360 365
Gly Lys Pro Ile Ser Thr Pro Arg Lys Ile Ala Tyr Gly Met Gly Ile
370 375 380
Ala Gly Phe Ala Tyr Leu Phe Leu Met Gly Phe Ser Leu Val His Asn
385 390 395 400
Tyr Pro Ser Ala Glu Gln Phe Thr Ser Leu Glu Pro Ala Val Arg Ala
405 410 415
Thr Met Lys Ala Gly Pro Met Ile Leu Ile Leu Thr Tyr Phe Phe Leu
420 425 430
Thr Val Ala Glu Leu Phe Ile Ser Pro Leu Gly Leu Ser Phe Val Ser
435 440 445
Lys Val Ala Pro Lys Asn Leu Gln Gly Leu Cys Gln Gly Leu Trp Leu
450 455 460
Gly Ala Thr Ala Val Gly Asn Gly Phe Leu Trp Ile Gly Pro Leu Met
465 470 475 480
Tyr Asn Lys Trp Ser Ile Trp Thr Cys Trp Leu Val Phe Ala Ile Val
485 490 495
Cys Phe Ile Ser Met Val Val Met Phe Gly Met Val Lys Trp Leu Glu
500 505 510
Arg Val Thr Lys Ser
515
<210> 64
<211> 395
<212> PRT
<213> Pseudomonas aeruginosa
<400> 64
Met Gln Lys Lys Ile Lys Ile Gly Leu Leu Pro Arg Val Ile Ile Ala
1 5 10 15
Ile Leu Leu Gly Leu Phe Leu Gly Tyr Tyr Leu Pro Asp Pro Ala Val
20 25 30
Arg Val Phe Leu Thr Phe Asn Ser Ile Phe Ser Gln Phe Leu Gly Phe
35 40 45
Met Ile Pro Leu Ile Ile Ile Gly Leu Val Thr Pro Ala Ile Ala Gly
50 55 60
Ile Gly Lys Gly Ala Gly Lys Leu Leu Leu Ala Thr Val Ala Ile Ala
65 70 75 80
Tyr Val Asp Thr Ile Val Ala Gly Gly Leu Ser Tyr Gly Thr Gly Thr
85 90 95
Trp Leu Phe Pro Ser Met Ile Ala Ser Thr Gly Gly Ala Ile Pro His
100 105 110
Ile Asp Lys Ala Thr Glu Leu Thr Pro Tyr Phe Thr Ile Asn Ile Pro
115 120 125
Ala Met Val Asp Val Met Ser Ser Leu Val Phe Ser Phe Ile Ala Gly
130 135 140
Leu Gly Ile Ala Tyr Gly Gly Leu Arg Thr Met Glu Asn Leu Phe Asn
145 150 155 160
Glu Phe Lys Thr Val Ile Glu Lys Val Ile Glu Lys Ala Ile Ile Pro
165 170 175
Leu Leu Pro Leu Tyr Ile Phe Gly Val Phe Leu Ser Met Thr His Asn
180 185 190
Gly Gln Ala Arg Gln Val Leu Leu Val Phe Ser Gln Ile Ile Ile Val
195 200 205
Ile Leu Val Leu His Val Leu Ile Leu Ile Tyr Glu Phe Cys Ile Ala
210 215 220
Gly Ala Ile Val Lys His Asn Pro Phe Arg Leu Leu Trp Asn Met Leu
225 230 235 240
Pro Ala Tyr Leu Thr Ala Leu Gly Thr Ser Ser Ser Ala Ala Thr Ile
245 250 255
Pro Val Thr Leu Lys Gln Thr Val Lys Asn Gly Val Ser Glu Glu Val
260 265 270
Ala Gly Phe Val Val Pro Leu Cys Ala Thr Ile His Leu Ser Gly Ser
275 280 285
Ala Met Lys Ile Thr Ala Cys Ala Leu Thr Ile Cys Met Leu Thr Asp
290 295 300
Leu Pro His Asp Pro Gly Leu Phe Ile Tyr Phe Ile Leu Met Leu Ala
305 310 315 320
Ile Ile Met Val Ala Ala Pro Gly Val Pro Gly Gly Ala Ile Met Ala
325 330 335
Ala Leu Ala Pro Leu Ser Ser Ile Leu Gly Phe Asn Glu Glu Ala Gln
340 345 350
Ala Leu Met Ile Ala Leu Tyr Ile Ala Met Asp Ser Phe Gly Thr Ala
355 360 365
Cys Asn Val Thr Gly Asp Gly Ala Ile Ala Leu Ala Val Asn Lys Phe
370 375 380
Phe Gly Lys Lys Lys Glu Thr Ser Ile Leu Ser
385 390 395
<210> 65
<211> 208
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 65
Met Ile Ser Val Tyr Ser Ile Lys Pro Gln Phe Gln Arg Val Leu Thr
1 5 10 15
Pro Ile Leu Glu Leu Leu His Arg Ala Lys Val Thr Ala Asn Gln Ile
20 25 30
Thr Leu Trp Ala Cys Val Leu Ser Leu Val Ile Gly Ile Leu Phe Trp
35 40 45
Phe Ala Gly Asp Val Gly Thr Trp Leu Tyr Leu Cys Leu Pro Val Gly
50 55 60
Leu Leu Ile Arg Met Ala Leu Asn Ala Leu Asp Gly Met Met Ala Arg
65 70 75 80
Arg Tyr Asn Gln Ile Thr Arg Lys Gly Glu Leu Leu Asn Glu Val Gly
85 90 95
Asp Val Val Ser Asp Thr Ile Ile Tyr Phe Pro Leu Leu Lys Tyr His
100 105 110
Pro Glu Ser Leu Tyr Phe Ile Val Ala Phe Ile Ala Leu Ser Ile Ile
115 120 125
Asn Glu Tyr Ala Gly Val Met Gly Lys Val Leu Ser Ala Glu Arg Arg
130 135 140
Tyr Asp Gly Pro Met Gly Lys Ser Asp Arg Ala Phe Val Leu Gly Leu
145 150 155 160
Tyr Gly Val Val Cys Leu Phe Gly Ile Asn Leu Ser Gly Tyr Ser Val
165 170 175
Tyr Ile Phe Gly Val Ile Asp Leu Leu Leu Val Leu Ser Thr Trp Ile
180 185 190
Arg Ile Lys Lys Thr Leu Lys Val Thr Arg Asn Ser Gln Thr Pro Glu
195 200 205
<210> 66
<211> 582
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 66
Met Lys Leu Ser Thr Ile Leu Leu Ser Ile Met Leu Gly Leu Ser Ser
1 5 10 15
Ser Thr Met Ala Gln Gln Lys Asp Val Thr Ile Lys Leu Ile Glu Thr
20 25 30
Thr Asp Val His Gly Ser Phe Phe Pro Tyr Asp Phe Ile Thr Arg Lys
35 40 45
Pro Lys Ser Gly Ser Met Ala Arg Val Tyr Thr Leu Val Glu Glu Leu
50 55 60
Arg Lys Lys Asp Gly Lys Asp Asn Val Tyr Leu Leu Asp Asn Gly Asp
65 70 75 80
Ile Leu Gln Gly Gln Pro Ile Ser Tyr Tyr Tyr Asn Tyr Val Ala Pro
85 90 95
Glu Lys Thr Asn Ile Ala Ala Ser Val Leu Asn Tyr Met Gly Tyr Asp
100 105 110
Val Ala Thr Val Gly Asn His Asp Ile Glu Thr Gly His Lys Val Tyr
115 120 125
Asp Lys Trp Phe Lys Glu Leu Lys Phe Pro Ile Leu Gly Ala Asn Ile
130 135 140
Ile Asp Thr Lys Thr Asn Lys Pro Tyr Ile Leu Pro Tyr Tyr Thr Ile
145 150 155 160
Lys Lys Lys Asn Gly Ile Lys Val Cys Val Ile Gly Met Leu Thr Pro
165 170 175
Ala Ile Pro Asn Trp Leu Lys Glu Ser Ile Trp Ser Gly Leu Arg Phe
180 185 190
Glu Glu Met Val Ser Cys Ala Lys Arg Thr Met Ala Glu Val Lys Thr
195 200 205
Gln Glu Lys Pro Asp Val Ile Val Gly Leu Phe His Ser Gly Trp Asp
210 215 220
Gly Gly Ile Lys Thr Pro Glu Tyr Asp Glu Asp Ala Ser Lys Lys Val
225 230 235 240
Ala Lys Glu Val Pro Gly Phe Asp Ile Val Phe Phe Gly His Asp His
245 250 255
Thr Pro His Ser Ser Ile Glu Lys Asn Ile Val Gly Lys Asp Val Ile
260 265 270
Cys Leu Asp Pro Ala Asn Asn Ala Gln Arg Val Ala Ile Ala Thr Leu
275 280 285
Thr Leu Arg Pro Lys Thr Val Lys Gly Lys Arg Gln Tyr Thr Val Thr
290 295 300
Lys Ala Thr Gly Glu Leu Val Asp Val Lys Glu Leu Lys Ala Asp Asp
305 310 315 320
Ala Phe Ile Gln His Phe Gln Pro Glu Ile Asp Ala Val Lys Ala Trp
325 330 335
Ser Asp Gln Val Ile Gly Arg Phe Glu Asn Thr Ile Tyr Ser Lys Asp
340 345 350
Ser Tyr Phe Gly Asn Ser Ala Phe Asn Asp Leu Ile Leu Asn Leu Glu
355 360 365
Leu Glu Ile Thr Lys Ala Asp Ile Ala Phe Asn Ala Pro Leu Leu Phe
370 375 380
Asn Ala Ser Ile Lys Ala Gly Pro Ile Thr Val Ala Asp Met Phe Asn
385 390 395 400
Leu Tyr Lys Tyr Glu Asn Asn Leu Cys Thr Met Arg Leu Thr Gly Lys
405 410 415
Glu Ile Arg Lys His Leu Glu Met Ser Tyr Asp Leu Trp Cys Asn Thr
420 425 430
Met Lys Ser Pro Glu Asp His Leu Leu Leu Leu Ser Ser Thr Gln Asn
435 440 445
Asp Ala Gln Arg Leu Gly Phe Lys Asn Phe Ser Phe Asn Phe Asp Ser
450 455 460
Ala Ala Gly Ile Asp Tyr Glu Val Asp Val Thr Lys Pro Asp Gly Gln
465 470 475 480
Lys Val Arg Ile Leu Arg Met Ser Asn Gly Glu Pro Phe Asp Glu Asn
485 490 495
Lys Trp Tyr Thr Val Ala Val Asn Ser Tyr Arg Ala Asn Gly Gly Gly
500 505 510
Glu Leu Leu Thr Lys Gly Ala Gly Ile Pro Arg Asp Ser Leu Lys Ser
515 520 525
Arg Ile Ile Trp Glu Ser Pro Lys Asp Gln Arg His Tyr Leu Met Glu
530 535 540
Glu Ile Lys Lys Ala Gly Val Met Asn Pro Gln Pro Asn His Asn Trp
545 550 555 560
Lys Phe Ile Pro Glu Thr Trp Thr Val Pro Ala Ala Ala Arg Asp Arg
565 570 575
Lys Leu Leu Phe Gly Glu
580
<210> 67
<211> 826
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 67
Met Lys Leu Ser Glu Leu Lys Thr Gly Glu Thr Gly Val Ile Val Lys
1 5 10 15
Val Ser Gly His Gly Gly Phe Arg Lys Arg Ile Ile Glu Met Gly Phe
20 25 30
Ile Lys Gly Lys Thr Val Glu Val Leu Leu Asn Ala Pro Leu Gln Asp
35 40 45
Pro Val Lys Tyr Lys Ile Met Gly Tyr Glu Val Ser Leu Arg His Ser
50 55 60
Glu Ala Asp Gln Ile Glu Val Leu Ser Asp Val Lys Thr His Ser Val
65 70 75 80
Gly Asn Glu Glu Glu Gln Glu Asp Asn Gln Leu Glu Met Asp Ser Thr
85 90 95
Thr Tyr Asp Ser Thr Asp Lys Glu Leu Thr Pro Glu Lys Gln Ser Asp
100 105 110
Ala Val Arg Arg Lys Asn His Thr Ile Asn Val Ala Leu Val Gly Asn
115 120 125
Pro Asn Cys Gly Lys Thr Ser Leu Phe Asn Phe Ala Ser Gly Ala His
130 135 140
Glu Arg Val Gly Asn Tyr Ser Gly Val Thr Val Asp Ala Lys Val Gly
145 150 155 160
Arg Ala Glu Phe Asp Gly Tyr Val Phe Asn Leu Val Asp Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Tyr Ser Leu Ser Ala Tyr Ser Pro Glu Glu Leu Tyr Val Arg Lys
180 185 190
Gln Leu Val Asp Lys Thr Pro Asp Val Val Ile Asn Val Ile Asp Ser
195 200 205
Ser Asn Leu Glu Arg Asn Leu Tyr Leu Thr Thr Gln Leu Ile Asp Met
210 215 220
His Ile Arg Met Val Cys Ala Leu Asn Met Phe Asp Glu Thr Glu Gln
225 230 235 240
Arg Gly Asp His Ile Asp Ala Gln Lys Leu Ser Glu Leu Phe Gly Val
245 250 255
Pro Met Ile Pro Thr Val Phe Thr Asn Gly Arg Gly Val Lys Glu Leu
260 265 270
Phe Arg Gln Ile Ile Ala Val Tyr Glu Gly Lys Glu Asp Glu Ser Leu
275 280 285
Gln Phe Arg His Ile His Ile Asn His Gly His Glu Ile Glu Asn Gly
290 295 300
Ile Lys Glu Met Gln Glu His Leu Lys Lys Tyr Pro Glu Leu Cys His
305 310 315 320
Arg Tyr Ser Thr Arg Tyr Leu Ala Ile Lys Leu Leu Glu His Asp Lys
325 330 335
Asp Val Glu Gln Leu Val Ser Pro Leu Gly Asp Ser Ile Glu Ile Phe
340 345 350
Asn His Arg Asp Thr Ala Ala Ala Arg Val Lys Glu Glu Thr Gly Asn
355 360 365
Asp Ser Glu Thr Ala Ile Met Asp Ala Lys Tyr Gly Phe Ile Asn Gly
370 375 380
Ala Leu Lys Glu Ala Asn Phe Ser Thr Gly Asp Lys Lys Asp Thr Tyr
385 390 395 400
Gln Thr Thr His Val Ile Asp His Val Leu Thr Asn Lys Tyr Phe Gly
405 410 415
Phe Pro Ile Phe Phe Leu Val Leu Leu Val Met Phe Thr Ala Thr Phe
420 425 430
Val Ile Gly Gln Tyr Pro Met Asp Trp Ile Glu Ala Gly Val Gly Trp
435 440 445
Leu Gly Glu Phe Ile Ser Lys Asn Met Pro Ala Gly Pro Val Lys Asp
450 455 460
Met Ile Val Asp Gly Ile Ile Gly Gly Val Gly Ala Val Ile Val Phe
465 470 475 480
Leu Pro Gln Ile Leu Ile Leu Tyr Phe Phe Ile Ser Tyr Met Glu Asp
485 490 495
Cys Gly Tyr Met Ser Arg Ala Ala Phe Ile Met Asp Arg Leu Met His
500 505 510
Lys Met Gly Leu His Gly Lys Ser Phe Ile Pro Leu Ile Met Gly Phe
515 520 525
Gly Cys Asn Val Pro Ala Val Met Ala Thr Arg Thr Ile Glu Ser Arg
530 535 540
Arg Ser Arg Leu Ile Thr Met Leu Ile Leu Pro Leu Met Ser Cys Ser
545 550 555 560
Ala Arg Leu Pro Ile Tyr Val Met Ile Thr Gly Ser Phe Phe Ala Leu
565 570 575
Lys Tyr Arg Ser Leu Ala Met Leu Ser Leu Tyr Ile Ile Gly Val Leu
580 585 590
Met Ala Val Ala Met Ser Arg Leu Phe Ser Ala Phe Val Val Lys Gly
595 600 605
Glu Asp Thr Pro Phe Val Met Glu Leu Pro Pro Tyr Arg Phe Pro Thr
610 615 620
Trp Lys Ala Ile Gly Arg His Thr Trp Glu Lys Gly Lys Gln Tyr Leu
625 630 635 640
Lys Lys Met Gly Gly Ile Ile Leu Val Ala Ser Ile Ile Val Trp Ala
645 650 655
Leu Gly Tyr Phe Pro Leu Pro Asp Asp Pro Asn Met Asp Asn Gln Ala
660 665 670
Arg Gln Glu Gln Ser Tyr Ile Gly Arg Ile Gly Lys Ala Val Glu Pro
675 680 685
Val Phe Arg Pro Gln Gly Phe Asn Trp Lys Leu Asp Val Gly Leu Leu
690 695 700
Ser Gly Met Gly Ala Lys Glu Ile Val Ala Ser Thr Met Gly Val Leu
705 710 715 720
Tyr Ser Asn Asp Gly Ser Phe Ser Asp Asp Asn Gly Tyr Ser Ser Glu
725 730 735
Thr Gly Lys Tyr Ser Lys Leu His Asn Leu Ile Thr Lys Asp Val Ala
740 745 750
Thr Met His His Ile Ser Tyr Glu Glu Ala Glu Pro Ile Ala Thr Leu
755 760 765
Thr Ala Phe Ser Phe Leu Leu Phe Val Leu Leu Tyr Phe Pro Cys Val
770 775 780
Ala Thr Ile Ala Ala Ile Lys Gly Glu Thr Gly Ser Trp Gly Trp Ala
785 790 795 800
Leu Phe Ala Ala Gly Tyr Thr Thr Ala Leu Ala Trp Ile Val Ser Ala
805 810 815
Val Val Phe Gln Val Gly Met Leu Phe Met
820 825
<210> 68
<211> 437
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 68
Met Glu Ser Phe Ile Ile Glu Gly Gly His Gln Leu Ser Gly Thr Ile
1 5 10 15
Ala Pro Gln Gly Ala Lys Asn Glu Ala Leu Glu Val Ile Cys Ala Thr
20 25 30
Leu Leu Thr Ser Glu Glu Val Ile Ile Arg Asn Val Pro Asp Ile Leu
35 40 45
Asp Val Asn Asn Leu Ile Lys Leu Leu Gln Asp Ile Gly Val Lys Val
50 55 60
Lys Lys Leu Ala Pro Asn Glu Phe Ser Phe Gln Ala Asp Glu Val Asn
65 70 75 80
Leu Asp Tyr Leu Glu Ser Ser Asp Phe Val Lys Lys Cys Ser Ser Leu
85 90 95
Arg Gly Ser Val Leu Met Ile Gly Pro Leu Leu Gly Arg Phe Gly Lys
100 105 110
Ala Thr Ile Ala Lys Pro Gly Gly Asp Lys Ile Gly Arg Arg Arg Leu
115 120 125
Asp Thr His Phe Leu Gly Phe Lys Asn Leu Gly Ala His Phe Gly Arg
130 135 140
Val Glu Asp Arg Asp Val Tyr Glu Ile Gln Ala Asp Lys Leu Val Gly
145 150 155 160
Thr Tyr Met Leu Leu Asp Glu Ala Ser Ile Thr Gly Thr Ala Asn Ile
165 170 175
Ile Met Ala Ala Val Leu Ala Glu Gly Thr Thr Thr Ile Tyr Asn Ala
180 185 190
Ala Cys Glu Pro Tyr Ile Gln Gln Leu Cys Lys Met Leu Asn Ala Met
195 200 205
Gly Ala Lys Ile Ser Gly Ile Ala Ser Asn Leu Ile Thr Ile Glu Gly
210 215 220
Val Lys Glu Leu His Ser Ala Asp His Arg Ile Leu Pro Asp Met Ile
225 230 235 240
Glu Val Gly Ser Phe Ile Gly Ile Ala Ala Met Ile Gly Asp Gly Val
245 250 255
Arg Ile Lys Asp Val Ser Val Pro Asn Leu Gly Leu Ile Leu Asp Thr
260 265 270
Phe His Arg Leu Gly Val Gln Ile Ile Val Asp Asn Asp Asp Leu Ile
275 280 285
Ile Pro Arg Gln Asp His Tyr Val Ile Asp Ser Phe Ile Asp Gly Thr
290 295 300
Ile Met Thr Ile Ser Asp Ala Pro Trp Pro Gly Leu Thr Pro Asp Leu
305 310 315 320
Ile Ser Val Leu Leu Val Val Ala Thr Gln Ala Gln Gly Ser Val Leu
325 330 335
Phe His Gln Lys Met Phe Glu Ser Arg Leu Phe Phe Val Asp Lys Leu
340 345 350
Ile Asp Met Gly Ala Gln Ile Ile Leu Cys Asp Pro His Arg Ala Val
355 360 365
Val Val Gly His Asp Asn Ala Lys Lys Leu Arg Ala Gly Arg Met Ser
370 375 380
Ser Pro Asp Ile Arg Ala Gly Ile Ala Leu Leu Ile Ala Ala Leu Thr
385 390 395 400
Ala Gln Gly Thr Ser Arg Ile Asp Asn Ile Val Gln Ile Asp Arg Gly
405 410 415
Tyr Glu Asn Ile Glu Gly Arg Leu Asn Ala Leu Gly Ala Lys Ile Gln
420 425 430
Arg Ala Glu Val Cys
435
<210> 69
<211> 244
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 69
Met Asn Ile Ala Val Ile Phe Ala Gly Gly Ser Gly Leu Arg Met His
1 5 10 15
Thr Lys Ser Arg Pro Lys Gln Phe Leu Asp Leu Asn Gly Lys Pro Ile
20 25 30
Ile Ile Tyr Thr Leu Glu Leu Phe Asp Asn His Pro Asn Ile Asp Ala
35 40 45
Ile Val Val Ala Cys Ile Glu Ser Trp Ile Pro Phe Leu Glu Lys Gln
50 55 60
Leu Arg Lys Phe Glu Ile Asn Lys Val Val Lys Ile Ile Pro Gly Gly
65 70 75 80
Lys Ser Gly Gln Glu Ser Ile Tyr Lys Gly Leu Cys Ala Ala Glu Glu
85 90 95
Tyr Ala Gln Ser Lys Gly Val Ser Asn Glu Glu Thr Thr Val Leu Ile
100 105 110
His Asp Gly Val Arg Pro Leu Ile Thr Glu Glu Thr Ile Thr Asp Asn
115 120 125
Ile Lys Lys Val Glu Glu Val Gly Ser Cys Ile Thr Cys Ile Pro Ala
130 135 140
Thr Glu Thr Leu Ile Val Lys Gln Ala Asp Asp Ala Leu Glu Ile Pro
145 150 155 160
Ser Arg Ala Asp Ser Phe Ile Ala Arg Ala Pro Gln Ser Phe Arg Leu
165 170 175
Ile Asp Ile Ile Thr Ala His Arg Arg Ser Leu Ala Glu Gly Lys Ala
180 185 190
Asp Phe Ile Asp Ser Cys Thr Met Met Ser His Tyr Gly Tyr Lys Leu
195 200 205
Gly Thr Ile Ile Gly Pro Met Glu Asn Ile Lys Ile Thr Thr Pro Thr
210 215 220
Asp Phe Phe Val Leu Arg Ala Met Val Lys Val His Glu Asp Gln Gln
225 230 235 240
Ile Phe Gly Leu
Claims (235)
- 대상체에서 TH2-매개 병태를 치료 또는 예방하는 방법으로서, 상기 대상체에게 치료적 유효량의 프레보텔라(Prevotella) 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 제1항에 있어서, 상기 대상체는 인간 대상체인, 방법.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 미생물-유래 내용물 중 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 99%는 프레보텔라 박테리아로부터 유래되는, 방법.
- 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 TH2-매개 병태를 치료하는, 방법.
- 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TH2-매개 병태는 천식, 아토피 피부염, 호산구성 질환 및/또는 알레르기인, 방법.
- 제5항에 있어서, TH2-매개 병태는 알레르기이고, 상기 알레르기는 음식 알레르기, 계절성 알레르기 비염 및/또는 애완동물 알레르기인, 방법.
- 제5항에 있어서, 상기 TH2-매개 병태는 아토피 피부염인, 방법.
- 제5항에 있어서, 상기 TH2-매개 병태는 음식 알레르기인, 방법.
- 제8항에 있어서, 상기 음식 알레르기는 땅콩, 우유, 계란, 생선, 갑각류 조개류(crustacean shellfish), 견과류(tree nut), 밀 또는 대두 알레르기인, 방법.
- 제8항에 있어서, 상기 음식 알레르기는 땅콩 알레르기인, 방법.
- 제8항에 있어서, 음식 알레르기는 음식 항원에 대한 알레르기인, 방법.
- 제11항에 있어서, 상기 음식 항원은 땅콩 항원, 우유 항원, 계란 항원, 생선 항원, 갑각류 조개류 항원, 견과류 항원, 밀 항원 또는 대두 항원인, 방법.
- 제11항에 있어서, 상기 음식 항원은 땅콩 항원인, 방법.
- 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-4 수준을 감소시키는, 방법.
- 제14항에 있어서, 상기 IL-4 수준은 IL-4 단백질 수준 또는 IL-4 mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-5 수준을 감소시키는, 방법.
- 제16항에 있어서, 상기 IL-5 수준은 IL-5 단백질 수준 또는 IL-5 mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-13 수준을 감소시키는, 방법.
- 제18항에 있어서, 상기 IL-13 수준은 IL-13 단백질 수준 또는 IL-13 mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-19 수준을 감소시키는, 방법.
- 제20항에 있어서, 상기 IL-19 수준은 IL-19 단백질 수준 또는 IL-19 mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-21 수준을 감소시키는, 방법.
- 제22항에 있어서, 상기 IL-21 수준은 IL-21 단백질 수준 또는 IL-21 mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-31 수준을 감소시키는, 방법.
- 제24항에 있어서, 상기 IL-31 수준은 IL-31 단백질 수준 또는 IL-31 mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-33 수준을 감소시키는, 방법.
- 제26항에 있어서, 상기 IL-33 수준은 IL-33 단백질 수준 또는 IL-33 mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 흉선 기질 림포포이에틴(Thymic Stromal Lymphopoietin: TSLP) 수준을 감소시키는, 방법.
- 제28항에 있어서, 상기 TSLP 수준은 TSLP 단백질 수준 또는 TSLP mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 IgG1 수준을 감소시키는, 방법.
- 제30항에 있어서, 상기 IgG1 수준은 IgG1 단백질 수준 또는 IgG1 mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 IgE 수준을 감소시키는, 방법.
- 제32항에 있어서, 상기 IgE 수준은 IgE 단백질 수준 또는 IgE mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 대상체에서 IgA 수준을 감소시키는, 방법.
- 제34항에 있어서, 상기 IgA 수준은 IgA 단백질 수준 또는 IgA mRNA 수준인, 방법.
- 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 알벤시스(Prevotella albensis), 프레보텔라 암니이(Prevotella amnii), 프레보텔라 버겐시스(Prevotella bergensis), 프레보텔라 비비아(Prevotella bivia), 프레보텔라 브레비스(Prevotella brevis), 프레보텔라 브리안티이(Prevotella bryantii), 프레보텔라 부카에(Prevotella buccae), 프레보텔라 부칼리스(Prevotella buccalis), 프레보텔라 코프리(Prevotella copri), 프레보텔라 덴탈리스(Prevotella dentalis), 프레보텔라 덴티콜라(Prevotella denticola), 프레보텔라 디시엔스(Prevotella disiens), 프레보텔라 히스티콜라(Prevotella histicola), 프레보텔라 인터메디아(Prevotella intermedia), 프레보텔라 마쿨로사(Prevotella maculosa), 프레보텔라 마시이(Prevotella marshii), 프레보텔라 멜라니노게니카(Prevotella melaninogenica), 프레보텔라 미칸스(Prevotella micans), 프레보텔라 멀티포르미스(Prevotella multiformis), 프레보텔라 니그레센스(Prevotella nigrescens), 프레보텔라 오랄리스(Prevotella oralis), 프레보텔라 오리스(Prevotella oris), 프레보텔라 오울로럼(Prevotella oulorum), 프레보텔라 팔렌스(Prevotella pallens), 프레보텔라 살리바에(Prevotella salivae), 프레보텔라 스터코레아(Prevotella stercorea), 프레보텔라 타너라에(Prevotella tannerae), 프레보텔라 티모넨시스(Prevotella timonensis), 프레보텔라 제주니(Prevotella jejuni), 프레보텔라 아우란티아카(Prevotella aurantiaca), 프레보텔라 바로니아에(Prevotella baroniae), 프레보텔라 콜로란스(Prevotella colorans), 프레보텔라 코포리스(Prevotella corporis), 프레보텔라 덴타시니(Prevotella dentasini), 프레보텔라 에노에카(Prevotella enoeca), 프레보텔라 팔세니이(Prevotella falsenii), 프레보텔라 푸스카(Prevotella fusca), 프레보텔라 헤파리놀리티카(Prevotella heparinolytica), 프레보텔라 로에쉐이이(Prevotella loescheii), 프레보텔라 멀티사카리보락스(Prevotella multisaccharivorax), 프레보텔라 난세이엔시스(Prevotella nanceiensis), 프레보텔라 오리자에(Prevotella oryzae), 프레보텔라 팔루디비벤스(Prevotella paludivivens), 프레보텔라 플레우리티디스(Prevotella pleuritidis), 프레보텔라 루미니콜라(Prevotella ruminicola), 프레보텔라 사카롤리티카(Prevotella saccharolytica), 프레보텔라 스코포스(Prevotella scopos), 프레보텔라 샤히이(Prevotella shahii), 프레보텔라 주글레오포르만스(Prevotella zoogleoformans) 및/또는 프레보텔라 베로랄리스(Prevotella veroralis)인, 방법.
- 제36항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 히스티콜라인, 방법.
- 제1항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 95% 게놈, 16S 및/또는 CRISPR 서열 동일성을 포함하는 균주인, 방법.
- 제38항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 99% 게놈, 16S 및/또는 CRISPR 서열 동일성을 포함하는 균주인, 방법.
- 제39항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)인, 방법.
- 제1항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 1종 이상의 단백질을 포함하는 프레보텔라 박테리아의 균주인, 방법.
- 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 표 2에 열거된 단백질이 실질적으로 존재하지 않는 프레보텔라의 균주인, 방법.
- 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 살아있는 박테리아, 사멸된 박테리아 또는 약독화된 박테리아를 포함하는, 방법.
- 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 감마 조사, UV 조사, 열 불활성화, 산 처리 및/또는 산소 살포된, 방법.
- 제44항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 50℃에서 2시간 동안 또는 90℃에서 2시간 동안 열 불활성화된, 방법.
- 제44항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 0.1 vvm에서 2시간 동안 산소 살포된, 방법.
- 제1항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 동결건조된 프레보텔라 박테리아인, 방법.
- 제47항에 있어서, 상기 조성물은 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 더 포함하는, 방법.
- 제1항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 동일한 종으로부터 유래되는, 방법.
- 제1항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 동일한 균주로부터 유래되는, 방법.
- 제1항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 상이한 종으로부터 유래되는, 방법.
- 제1항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 동일한 균주로부터 유래되는, 방법.
- 제1항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 추가 치료제와 조합되어 투여되는, 방법.
- 제53항에 있어서, 상기 추가 치료제는 항염증제인, 방법.
- 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 고체 투여 형태로 제형화되는, 방법.
- 제55항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 정제, 미니정제, 캡슐, 환제 또는 분말 또는 이들의 조합인, 방법.
- 제55항 또는 제56항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 더 포함하는, 방법.
- 제55항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 장용 코팅을 포함하는, 방법.
- 제55항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 경구 투여용으로 제형화되는, 방법.
- 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 현탁액으로 제형화되는, 방법.
- 제60항에 있어서, 상기 현탁액은 경구 투여용으로 제형화되는, 방법.
- 제60항 또는 제61항에 있어서, 상기 현탁액은 PBS 및 선택적으로, 수크로스 또는 글루코스를 포함하는, 방법.
- 제60항에 있어서, 상기 현탁액은 정맥내 투여용으로 제형화되는, 방법.
- 제60항에 있어서, 상기 현탁액은 복강내 투여용으로 제형화되는, 방법.
- 제63항 또는 제64항에 있어서, 상기 현탁액은 PBS를 포함하는, 방법.
- 제60항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 정맥내로 투여되는, 방법.
- 제60항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 주사, 예를 들어, 피부하, 피부내 또는 복강내 주사에 의해서 투여되는, 방법.
- 제60항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 현탁액은 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 더 포함하는, 방법.
- 제60항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 현탁액은 완충제를 더 포함하는, 방법.
- 제69항에 있어서, 상기 완충제는 PBS인, 방법.
- 제1항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 1종 이상의 추가 치료제를 더 포함하는, 방법.
- 제71항에 있어서, 상기 1종 이상의 추가 치료제는 1종 이상의 항염증제인, 방법
- 제1항 내지 제62항 또는 제68항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 경구 투여되는, 방법.
- 제1항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 브래드포드(Bradford) 검정 또는 BCA 검정에 의해서 결정되는 바와 같은 약 5 ㎎ 내지 약 900 ㎎의 총 단백질을 포함하는, 방법.
- 제1항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 브래드포드 검정 또는 BCA 검정에 의해서 결정되는 바와 같은 약 10 ㎎의 프레보텔라 박테리아를 포함하는, 방법.
- 제1항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체에게 추가 치료제를 투여하는 단계를 더 포함하는, 방법.
- 제76항에 있어서, 상기 추가 치료제는 항염증제인, 방법.
- 제76항에 있어서, 상기 추가 치료제는 코르티코스테로이드, 항히스타민제, 비만 세포 안정화제, 충혈완화제(decongestant), 류카트리엔 수용체 길항제, 항체 또는 이들의 조합물인, 방법.
- 제76항 또는 제77항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 상기 추가 치료제를 포함하는, 방법.
- 제76항에 있어서, 상기 추가 치료제는 항생제인, 방법.
- 대상체에서 TH2-매개 병태를 치료 또는 예방하는 데 사용하기 위한 치료적 유효량의 프레보텔라 박테리아를 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제81항에 있어서, 상기 대상체는 인간 대상체인, 약제학적 조성물.
- 제81항 또는 제82항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 미생물-유래 내용물 중 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 99%는 프레보텔라 박테리아로부터 유래되는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 상기 TH2-매개 병태를 치료하는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TH2-매개 병태는 천식, 아토피 피부염, 호산구성 질환 및/또는 알레르기인, 약제학적 조성물.
- 제85항에 있어서, TH2-매개 병태는 알레르기이고, 상기 알레르기는 음식 알레르기, 계절성 알레르기 비염 및/또는 애완동물 알레르기인, 약제학적 조성물.
- 제85항에 있어서, 상기 TH2-매개 병태는 아토피 피부염인, 약제학적 조성물.
- 제85항에 있어서, 상기 TH2-매개 병태는 음식 알레르기인, 약제학적 조성물.
- 제88항에 있어서, 상기 음식 알레르기는 땅콩, 우유, 계란, 생선, 갑각류 조개류, 견과류, 밀 또는 대두 알레르기인, 약제학적 조성물.
- 제88항에 있어서, 상기 음식 알레르기는 땅콩 알레르기인, 약제학적 조성물.
- 제88항에 있어서, 음식 알레르기는 음식 항원에 대한 알레르기인, 약제학적 조성물.
- 제91항에 있어서, 상기 음식 항원은 땅콩 항원, 우유 항원, 계란 항원, 생선 항원, 갑각류 조개류 항원, 견과류 항원, 밀 항원 또는 대두 항원인, 약제학적 조성물.
- 제91항에 있어서, 상기 음식 항원은 땅콩 항원인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제93항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-4 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제94항에 있어서, 상기 IL-4 수준은 IL-4 단백질 수준 또는 IL-4 mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제95항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-5 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제96항에 있어서, 상기 IL-5 수준은 IL-5 단백질 수준 또는 IL-5 mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제97항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-13 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제98항에 있어서, 상기 IL-13 수준은 IL-13 단백질 수준 또는 IL-13 mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제99항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-19 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제100항에 있어서, 상기 IL-19 수준은 IL-19 단백질 수준 또는 IL-19 mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제101항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-21 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제102항에 있어서, 상기 IL-21 수준은 IL-21 단백질 수준 또는 IL-21 mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제103항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-31 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제104항에 있어서, 상기 IL-31 수준은 IL-31 단백질 수준 또는 IL-31 mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제105항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-33 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제106항에 있어서, 상기 IL-33 수준은 IL-33 단백질 수준 또는 IL-4 mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 흉선 기질 림포포이에틴(TSLP) 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제108항에 있어서, 상기 TSLP 수준은 TSLP 단백질 수준 또는 TSLP mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제109항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 IgG1 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제110항에 있어서, 상기 IgG1 수준은 IgG1 단백질 수준 또는 IgG1 mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제111항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 IgE 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제112항에 있어서, 상기 IgE 수준은 IgE 단백질 수준 또는 IgE mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제113항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 IgA 수준을 감소시키는, 약제학적 조성물.
- 제114항에 있어서, 상기 IgA 수준은 IgA 단백질 수준 또는 IgA mRNA 수준인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제115항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 알벤시스, 프레보텔라 암니이, 프레보텔라 버겐시스, 프레보텔라 비비아, 프레보텔라 브레비스, 프레보텔라 브리안티이, 프레보텔라 부카에, 프레보텔라 부칼리스, 프레보텔라 코프리, 프레보텔라 덴탈리스, 프레보텔라 덴티콜라, 프레보텔라 디시엔스, 프레보텔라 히스티콜라, 프레보텔라 인터메디아, 프레보텔라 마쿨로사, 프레보텔라 마시이, 프레보텔라 멜라니노게니카, 프레보텔라 미칸스, 프레보텔라 멀티포르미스, 프레보텔라 니그레센스, 프레보텔라 오랄리스, 프레보텔라 오리스, 프레보텔라 오울로럼, 프레보텔라 팔렌스, 프레보텔라 살리바에, 프레보텔라 스터코레아, 프레보텔라 타너라에, 프레보텔라 티모넨시스, 프레보텔라 제주니, 프레보텔라 아우란티아카, 프레보텔라 바로니아에, 프레보텔라 콜로란스, 프레보텔라 코포리스, 프레보텔라 덴타시니, 프레보텔라 에노에카, 프레보텔라 팔세니이, 프레보텔라 푸스카, 프레보텔라 헤파리놀리티카, 프레보텔라 로에쉐이이, 프레보텔라 멀티사카리보락스, 프레보텔라 난세이엔시스, 프레보텔라 오리자에, 프레보텔라 팔루디비벤스, 프레보텔라 플레우리티디스, 프레보텔라 루미니콜라, 프레보텔라 사카롤리티카, 프레보텔라 스코포스, 프레보텔라 샤히이, 프레보텔라 주글레오포르만스 및/또는 프레보텔라 베로랄리스인, 약제학적 조성물.
- 제116항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 히스티콜라인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 95% 게놈, 16S 및/또는 CRISPR 서열 동일성을 포함하는 균주인, 약제학적 조성물.
- 제118항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 99% 게놈, 16S 및/또는 CRISPR 서열 동일성을 포함하는 균주인, 약제학적 조성물.
- 제119항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제120항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 1종 이상의 단백질을 포함하는 프레보텔라 박테리아의 균주인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제121항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 표 2에 열거된 단백질이 실질적으로 존재하지 않는 균주인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제122항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 살아있는 박테리아, 사멸된 박테리아 또는 약독화된 박테리아를 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제122항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 감마 조사, UV 조사, 열 불활성화, 산 처리 및/또는 산소 살포된, 약제학적 조성물.
- 제124항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 50℃에서 2시간 동안 또는 90℃에서 2시간 동안 열 불활성화된, 약제학적 조성물.
- 제124항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 0.1 vvm에서 2시간 동안 산소 살포된, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제126항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 동결건조된 프레보텔라 박테리아인, 약제학적 조성물.
- 제127항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제128항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 동일한 종으로부터 유래되는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제128항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 동일한 균주로부터 유래되는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제128항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 상이한 종으로부터 유래되는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제129항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 동일한 균주로부터 유래되는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제132항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 추가 치료제와 조합되어 투여되는, 약제학적 조성물.
- 제133항에 있어서, 상기 추가 치료제는 항염증제인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제134항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 고체 투여 형태로서 제형화되는, 약제학적 조성물.
- 제135항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 정제, 미니정제, 캡슐, 환제 또는 분말 또는 이들의 조합물인, 약제학적 조성물.
- 제135항 또는 제136항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제135항 내지 제137항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 장용 코팅을 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제135항 내지 제138항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 경구 투여용으로 제형화되는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제134항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 현탁액으로서 제형화되는, 약제학적 조성물.
- 제140항에 있어서, 상기 현탁액은 경구 투여용으로 제형화되는, 약제학적 조성물.
- 제140항 또는 제141항에 있어서, 상기 현탁액은 PBS, 및 선택적으로, 수크로스 또는 글루코스를 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제140항에 있어서, 상기 현탁액은 정맥내 투여용으로 제형화되는, 약제학적 조성물.
- 제140항에 있어서, 상기 현탁액은 복강내 투여용으로 제형화되는, 약제학적 조성물.
- 제143항 또는 제144항에 있어서, 상기 현탁액은 PBS를 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제140항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 정맥내로 투여되는, 약제학적 조성물.
- 제140항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 주사, 예를 들어, 피부하, 피부내 또는 복강내 주사에 의해서 투여되는, 약제학적 조성물.
- 제140항 내지 제147항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 현탁액은 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제140항 내지 제148항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 현탁액은 완충제를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제149항에 있어서, 상기 완충제는 PBS인, 약젝학적 조성물.
- 제81항 내지 제150항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 1종 이상의 추가 치료제를 더 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제151항에 있어서, 상기 1종 이상의 추가 치료제는 1종 이상의 항염증제인, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제142항 또는 제148항 내지 제152항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 경구로 투여되는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제153항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 브래드포드 검정 또는 BCA 검정에 의해서 결정되는 바와 같은 약 5 ㎎ 내지 약 900 ㎎의 총 단백질을 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제154항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 브래드포드 검정 또는 BCA 검정에 의해서 결정되는 바와 같은 약 10 ㎎의 프레보텔라 박테리아를 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제81항 내지 제155항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 추가 치료제와 함께 상기 대상체에게 투여되는, 약제학적 조성물.
- 제156항에 있어서, 상기 추가 치료제는 항염증제인, 약제학적 조성물.
- 제156항에 있어서, 상기 추가 치료제는 코르티코스테로이드, 항히스타민제, 비만 세포 안정화제, 충혈완화제, 류카트리엔 수용체 길항제, 항체 또는 이들의 조합물인, 약제학적 조성물.
- 제156항 또는 제157항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 상기 추가 치료제를 포함하는, 약제학적 조성물.
- 제156항에 있어서, 상기 추가 치료제는 항생제인, 약제학적 조성물.
- 대상체에서 TH2-매개 병태를 치료 또는 예방하기 위한 의약의 제조를 위한, 치료적 유효량의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물의 용도.
- 제161항에 있어서, 상기 대상체는 인간 대상체인, 용도.
- 제161항 또는 제162항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 미생물-유래 내용물 중 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 99%는 프레보텔라 박테리아로부터 유래되는, 용도.
- 제161항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 용도는 상기 TH2-매개 병태를 치료하는 것인, 용도.
- 제161항 내지 제164항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TH2-매개 병태는 천식, 아토피 피부염, 호산구성 질환 및/또는 알레르기인, 용도.
- 제165항에 있어서, TH2-매개 병태는 알레르기이고, 상기 알레르기는 음식 알레르기, 계절성 알레르기 비염 및/또는 애완동물 알레르기인, 용도.
- 제165항에 있어서, 상기 TH2-매개 병태는 아토피 피부염인, 용도.
- 제165항에 있어서, 상기 TH2-매개 병태는 음식 알레르기인, 용도.
- 제168항에 있어서, 상기 음식 알레르기는 땅콩, 우유, 계란, 생선, 갑각류 조개류, 견과류, 밀 또는 대두 알레르기인, 용도.
- 제168항에 있어서, 상기 음식 알레르기는 땅콩 알레르기인, 용도.
- 제168항에 있어서, 음식 알레르기는 음식 항원에 대한 알레르기인, 용도.
- 제171항에 있어서, 상기 음식 항원은 땅콩 항원, 우유 항원, 계란 항원, 생선 항원, 갑각류 조개류 항원, 견과류 항원, 밀 항원 또는 대두 항원인, 용도.
- 제171항에 있어서, 상기 음식 항원은 땅콩 항원인, 용도.
- 제161항 내지 제173항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-4 수준을 감소시키는, 용도.
- 제174항에 있어서, 상기 IL-4 수준은 IL-4 단백질 수준 또는 IL-4 mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제175항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-5 수준을 감소시키는, 용도.
- 제176항에 있어서, 상기 IL-5 수준은 IL-5 단백질 수준 또는 IL-5 mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제177항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-13 수준을 감소시키는, 용도.
- 제178항에 있어서, 상기 IL-13 수준은 IL-13 단백질 수준 또는 IL-13 mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제179항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-19 수준을 감소시키는, 용도.
- 제180항에 있어서, 상기 IL-19 수준은 IL-19 단백질 수준 또는 IL-19 mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제181항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-21 수준을 감소시키는, 용도.
- 제182항에 있어서, 상기 IL-21 수준은 IL-21 단백질 수준 또는 IL-21 mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제183항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-31 수준을 감소시키는, 용도.
- 제184항에 있어서, 상기 IL-31 수준은 IL-31 단백질 수준 또는 IL-31 mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제185항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 인터류킨(IL)-33 수준을 감소시키는, 용도.
- 제186항에 있어서, 상기 IL-33 수준은 IL-33 단백질 수준 또는 IL-4 mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제187항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 흉선 기질 림포포이에틴(TSLP) 수준을 감소시키는, 용도.
- 제188항에 있어서, 상기 TSLP 수준은 TSLP 단백질 수준 또는 TSLP mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제189항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 IgG1 수준을 감소시키는, 용도.
- 제190항에 있어서, 상기 IgG1 수준은 IgG1 단백질 수준 또는 IgG1 mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제191항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 IgE 수준을 감소시키는, 용도.
- 제192항에 있어서, 상기 IgE 수준은 IgE 단백질 수준 또는 IgE mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제193항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물의 투여는 상기 대상체에서 IgA 수준을 감소시키는, 용도.
- 제194항에 있어서, 상기 IgA 수준은 IgA 단백질 수준 또는 IgA mRNA 수준인, 용도.
- 제161항 내지 제195항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 알벤시스, 프레보텔라 암니이, 프레보텔라 버겐시스, 프레보텔라 비비아, 프레보텔라 브레비스, 프레보텔라 브리안티이, 프레보텔라 부카에, 프레보텔라 부칼리스, 프레보텔라 코프리, 프레보텔라 덴탈리스, 프레보텔라 덴티콜라, 프레보텔라 디시엔스, 프레보텔라 히스티콜라, 프레보텔라 인터메디아, 프레보텔라 마쿨로사, 프레보텔라 마시이, 프레보텔라 멜라니노게니카, 프레보텔라 미칸스, 프레보텔라 멀티포르미스, 프레보텔라 니그레센스, 프레보텔라 오랄리스, 프레보텔라 오리스, 프레보텔라 오울로럼, 프레보텔라 팔렌스, 프레보텔라 살리바에, 프레보텔라 스터코레아, 프레보텔라 타너라에, 프레보텔라 티모넨시스, 프레보텔라 제주니, 프레보텔라 아우란티아카, 프레보텔라 바로니아에, 프레보텔라 콜로란스, 프레보텔라 코포리스, 프레보텔라 덴타시니, 프레보텔라 에노에카, 프레보텔라 팔세니이, 프레보텔라 푸스카, 프레보텔라 헤파리놀리티카, 프레보텔라 로에쉐이이, 프레보텔라 멀티사카리보락스, 프레보텔라 난세이엔시스, 프레보텔라 오리자에, 프레보텔라 팔루디비벤스, 프레보텔라 플레우리티디스, 프레보텔라 루미니콜라, 프레보텔라 사카롤리티카, 프레보텔라 스코포스, 프레보텔라 샤히이, 프레보텔라 주글레오포르만스 및/또는 프레보텔라 베로랄리스인, 용도.
- 제196항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 히스티콜라인, 용도.
- 제161항 내지 제197항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 95% 게놈, 16S 및/또는 CRISPR 서열 동일성을 포함하는 균주인, 용도.
- 제198항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 99% 게놈, 16S 및/또는 CRISPR 서열 동일성을 포함하는 균주인, 용도.
- 제199항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)인, 용도.
- 제161항 내지 제200항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 1종 이상의 단백질을 포함하는 프레보텔라 박테리아의 균주인, 용도.
- 제161항 내지 제201항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 표 2에 열거된 단백질이 실질적으로 존재하지 않는 프레보텔라의 균주인, 용도.
- 제161항 내지 제202항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 살아있는 박테리아, 사멸된 박테리아 또는 약독화된 박테리아를 포함하는, 용도.
- 제161항 내지 제202항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 감마 조사, UV 조사, 열 불활성화, 산 처리 및/또는 산소 살포된, 용도.
- 제204항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 50℃에서 2시간 동안 또는 90℃에서 2시간 동안 열 불활성화된, 용도.
- 제204항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 0.1 vvm에서 2시간 동안 산소 살포된, 용도.
- 제161항 내지 제206항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 프레보텔라 박테리아는 동결건조된 프레보텔라 박테리아인, 용도.
- 제207항에 있어서, 상기 조성물은 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 더 포함하는, 용도.
- 제161항 내지 제208항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 동일한 종으로부터 유래되는, 용도.
- 제161항 내지 제208항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 동일한 균주로부터 유래되는, 용도.
- 제161항 내지 제208항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 상이한 종으로부터 유래되는, 용도.
- 제161항 내지 제209항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물 중의 상기 프레보텔라 박테리아는 동일한 균주로부터 유래되는, 용도.
- 제161항 내지 제212항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 추가 치료제와 조합되어 투여되는, 용도.
- 제213항에 있어서, 상기 추가 치료제는 항염증제인, 용도.
- 제161항 내지 제214항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 고체 투여 형태로서 제형화되는, 용도.
- 제215항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 정제, 미니정제, 캡슐, 환제 또는 분말 또는 이들의 조합물인, 용도.
- 제215항 또는 제216항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 더 포함하는, 용도.
- 제215항 내지 제217항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 장용 코팅을 포함하는, 용도.
- 제215항 내지 제218항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 고체 투여 형태는 경구 투여용으로 제형화되는, 용도.
- 제161항 내지 제214항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 현탁액으로서 제형화되는, 용도.
- 제220항에 있어서, 상기 현탁액은 경구 투여용으로 제형화되는, 용도.
- 제220항 또는 제221항에 있어서, 상기 현탁액은 PBS, 및 선택적으로, 수크로스 또는 글루코스를 포함하는, 용도.
- 제220항에 있어서, 상기 현탁액은 정맥내 투여용으로 제형화되는, 용도.
- 제220항에 있어서, 상기 현탁액은 복강내 투여용으로 제형화되는, 용도.
- 제223항 또는 제224항에 있어서, 상기 현탁액은 PBS를 포함하는, 용도.
- 제220항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 정맥내로 투여되는, 용도.
- 제220항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 주사, 예를 들어, 피부하, 피부내 또는 복강내 주사에 의해서 투여되는, 용도.
- 제220항 내지 제227항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 현탁액은 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 더 포함하는, 용도.
- 제220항 내지 제228항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 현탁액은 완충제를 더 포함하는, 용도.
- 제229항에 있어서, 상기 완충제는 PBS인, 용도.
- 제161항 내지 제230항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 1종 이상의 추가 치료제를 더 포함하는, 용도.
- 제231항에 있어서, 상기 1종 이상의 추가 치료제는 1종 이상의 항염증제인, 용도.
- 제161항 내지 제222항 또는 제228항 내지 제232항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 경구로 투여되는, 용도.
- 제161항 내지 제233항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 브래드포드 검정 또는 BCA 검정에 의해서 결정되는 바와 같은 약 5 ㎎ 내지 약 900 ㎎의 총 단백질을 포함하는, 용도.
- 제161항 내지 제234항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 브래드포드 검정 또는 BCA 검정에 의해서 결정되는 바와 같은 약 10 ㎎의 프레보텔라 박테리아를 포함하는, 용도.
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201962864886P | 2019-06-21 | 2019-06-21 | |
US62/864,886 | 2019-06-21 | ||
US201962910920P | 2019-10-04 | 2019-10-04 | |
US62/910,920 | 2019-10-04 | ||
PCT/US2020/038335 WO2020257390A1 (en) | 2019-06-21 | 2020-06-18 | Compositions and methods of treating a th2-mediated condition using prevotella |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
KR20220024684A true KR20220024684A (ko) | 2022-03-03 |
Family
ID=71950833
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
KR1020227001762A KR20220024684A (ko) | 2019-06-21 | 2020-06-18 | 프레보텔라를 사용하여 th2-매개 병태를 치료하기 위한 조성물 및 방법 |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP3986431A1 (ko) |
JP (1) | JP2022536861A (ko) |
KR (1) | KR20220024684A (ko) |
CN (1) | CN114245742A (ko) |
AU (1) | AU2020297498A1 (ko) |
BR (1) | BR112021025676A2 (ko) |
CA (1) | CA3143994A1 (ko) |
CO (1) | CO2022000278A2 (ko) |
MX (1) | MX2021016034A (ko) |
TW (1) | TW202120109A (ko) |
WO (1) | WO2020257390A1 (ko) |
Families Citing this family (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2022061141A1 (en) * | 2020-09-21 | 2022-03-24 | Evelo Biosciences, Inc. | Compositions and methods of treating inflammation using prevotella histicola |
TW202227110A (zh) * | 2020-09-21 | 2022-07-16 | 美商艾弗洛生物科技股份有限公司 | 用棲組織普雷沃菌調節免疫反應之組成物及方法 |
JP2024505207A (ja) * | 2021-01-26 | 2024-02-05 | エヴェロ バイオサイエンシズ,インコーポレーテッド | プレボテラ(Prevotella)細胞外小胞調製物 |
WO2022182707A1 (en) * | 2021-02-26 | 2022-09-01 | Evelo Biosciences, Inc. | Compositions and methods for reducing cytokine expression |
WO2022187064A1 (en) * | 2021-03-01 | 2022-09-09 | Evelo Biosciences, Inc. | Compositions and methods of treating inflammation using prevotella histicola |
CN113509494A (zh) * | 2021-09-06 | 2021-10-19 | 南京医科大学 | 普氏菌在制备治疗胆汁淤积性疾病的药物中的应用 |
CN114028503A (zh) * | 2021-12-08 | 2022-02-11 | 刘斌 | 治疗过敏性鼻炎的中西药配方及应用 |
WO2023146843A1 (en) * | 2022-01-25 | 2023-08-03 | Evelo Biosciences, Inc. | Extracellular vesicle compositions and methods of use |
WO2023200837A1 (en) * | 2022-04-13 | 2023-10-19 | Evelo Biosciences, Inc. | Compositions and methods of treating inflammation using prevotella histicola |
WO2023239728A1 (en) * | 2022-06-07 | 2023-12-14 | Evelo Biosciences, Inc. | Compositions and methods of treating inflammation using prevotella histicola extracellular vesicles |
CN115364223A (zh) * | 2022-08-17 | 2022-11-22 | 郑州可尔利尔生物科技有限公司 | 作用于stat 6靶点的物质成分在制备治疗慢性瘙痒症的药物中的应用 |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA3003908A1 (en) * | 2015-11-03 | 2017-05-11 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Therapeutic microbiota for the treatment and/or prevention of food allergy |
EP3423093A4 (en) * | 2016-03-04 | 2019-11-13 | The Regents of The University of California | MICROBIAL CONSORTIUM AND USES THEREOF |
US20190240263A1 (en) * | 2017-09-08 | 2019-08-08 | Evelo Biosciences, Inc. | Extracellular Vesicles From Prevotella |
-
2020
- 2020-06-18 KR KR1020227001762A patent/KR20220024684A/ko unknown
- 2020-06-18 JP JP2021576056A patent/JP2022536861A/ja active Pending
- 2020-06-18 WO PCT/US2020/038335 patent/WO2020257390A1/en active Application Filing
- 2020-06-18 CA CA3143994A patent/CA3143994A1/en active Pending
- 2020-06-18 BR BR112021025676A patent/BR112021025676A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2020-06-18 MX MX2021016034A patent/MX2021016034A/es unknown
- 2020-06-18 EP EP20751824.2A patent/EP3986431A1/en active Pending
- 2020-06-18 AU AU2020297498A patent/AU2020297498A1/en not_active Abandoned
- 2020-06-18 CN CN202080045114.1A patent/CN114245742A/zh active Pending
- 2020-06-20 TW TW109121018A patent/TW202120109A/zh unknown
-
2022
- 2022-01-17 CO CONC2022/0000278A patent/CO2022000278A2/es unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2020257390A1 (en) | 2020-12-24 |
CN114245742A (zh) | 2022-03-25 |
JP2022536861A (ja) | 2022-08-19 |
CO2022000278A2 (es) | 2022-01-28 |
MX2021016034A (es) | 2022-02-21 |
CA3143994A1 (en) | 2020-12-24 |
EP3986431A1 (en) | 2022-04-27 |
BR112021025676A2 (pt) | 2022-05-17 |
TW202120109A (zh) | 2021-06-01 |
AU2020297498A1 (en) | 2022-01-20 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
KR20220024684A (ko) | 프레보텔라를 사용하여 th2-매개 병태를 치료하기 위한 조성물 및 방법 | |
JP6957554B2 (ja) | 細菌株を含む組成物 | |
EP3204024B1 (en) | Compositions comprising bacterial strains | |
EP3369425B1 (en) | Compositions comprising bacterial strains | |
KR20220044315A (ko) | 프레보텔라 히스티콜라를 사용한 건선 및 아토피성 피부염을 치료하기 위한 조성물 및 방법 | |
US20220211773A1 (en) | Compositions and methods for treating immune disorders using immune modulating lactococcus bacteria strains | |
TW202114718A (zh) | 經加工的微生物胞外囊泡 | |
TW202135783A (zh) | 包含細菌和微生物胞外囊泡之固體劑型 | |
JP2022537178A (ja) | プレボテラ調製物ならびに慢性閉塞性肺疾患(copd)および他の肺状態の治療 | |
TW202140051A (zh) | 具有改善的崩散譜之固體劑型 | |
TW202302127A (zh) | 使用棲組織普雷沃菌治療炎症之組成物及方法 | |
TW202227112A (zh) | 使用棲組織普雷沃菌治療炎症之組成物及方法 | |
TW202140050A (zh) | 使用小韋榮氏球菌進行治療的組成物及方法 | |
TW202237816A (zh) | 普雷沃菌屬細胞外囊泡製劑 | |
WO2004071520A1 (ja) | 免疫機能改善を目的としたビフィズス菌製剤 | |
US20240148797A1 (en) | Compositions and methods for reducing cytokine expression | |
WO2022098961A1 (en) | Inducing immune effects using veillonella parvula bacteria | |
WO2023200837A1 (en) | Compositions and methods of treating inflammation using prevotella histicola | |
WO2023239728A1 (en) | Compositions and methods of treating inflammation using prevotella histicola extracellular vesicles | |
WO2023150376A1 (en) | Compositions and methods of affecting cytokine levels using prevotella histicola | |
TW202322787A (zh) | 包含細菌和微生物胞外囊泡之固體劑型 | |
Rezende et al. | Translational approach to predict the efficacy of probiotics to influence peanut allergy | |
Zhu | Impact of gram-negative bacteria on the allergic immune response in a mouse model of allergen-induced eczema |