KR20220044315A - 프레보텔라 히스티콜라를 사용한 건선 및 아토피성 피부염을 치료하기 위한 조성물 및 방법 - Google Patents
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Abstract
본 명세서에는 예를 들어, 건선 또는 아토피성 피부염의 치료를 위한, 치료제로서 유용한 프레보텔라 박테리아와 관련된 방법 및 조성물이 제공된다.
Description
관련 출원
본 출원은 2019년 8월 5일자로 출원된 일련 번호 62/883,085, 2019년 8월 7일자로 출원된 62/883,943 및 2019년 11월 4일자로 출원된 62/930,370, 2019년 11월 25일자로 출원된 62/940,005, 2020년 5월 12일자로 출원된 63/023,559 및 2020년 5월 27일자로 출원된 63/030,581을 갖는 미국 가특허 출원에 대한 우선권 이익을 주장하며, 이들 각각의 전문은 전문이 참조에 의해 포함된다.
특정 양상에서, 본 명세서에는 (예를 들어, 대상체에서, 예를 들어, 인간 대상체에서) 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)의 치료 및/또는 예방에 유용한 프레보텔라 히스티콜라(Prevotella histicola)를 포함하는 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물) 및 (예를 들어, 건선의 치료를 위한, 아토피성 피부염의 치료를 위한, 병변 중증도 점수(Lesion Severity Score: LSS)의 감소를 위한 또는 건선 부위 중증도 지수(Psoriasis Area Severity Index: PASI) 점수의 감소를 위한) 상기 박테리아 조성물의 사용 방법이 제공된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 전체 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 생 박테리아, 사멸된 박테리아, 약독화된 박테리아)를 포함한다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329; 균주 B)이다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 균주는 프레보텔라 균주 B 50329의 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 게놈 서열, 16S 서열, CRISPR 서열)과 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 99.5% 서열 동일성, 적어도 99.6% 서열 동일성, 적어도 99.7% 서열 동일성, 적어도 99.8% 서열 동일성, 적어도 99.9% 서열 동일성)을 포함하는 균주이다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 박테리아의 하나의 균주를 포함하되, 박테리아의 하나의 균주는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 99.9% 서열 동일성을 포함하는 균주이다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 박테리아의 하나의 균주를 포함하되, 박테리아의 하나의 균주는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)이다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 2.76 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 55 ㎎, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 150 ㎎, 200 ㎎, 250 ㎎, 300 ㎎, 350 ㎎, 400 ㎎, 450 ㎎, 500 ㎎, 550 ㎎, 600 ㎎, 650 ㎎, 700 ㎎, 750 ㎎, 800 ㎎, 850 ㎎, 900 ㎎, 950 ㎎, 1000 ㎎ 또는 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 2.76 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 55 ㎎, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 150 ㎎, 200 ㎎, 250 ㎎, 300 ㎎, 350 ㎎, 400 ㎎, 450 ㎎, 500 ㎎, 550 ㎎, 600 ㎎, 650 ㎎, 700 ㎎, 750 ㎎, 800 ㎎, 850 ㎎, 900 ㎎, 950 ㎎, 1000 ㎎ 또는 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 2.76 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 55 ㎎, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 150 ㎎, 200 ㎎, 250 ㎎, 300 ㎎, 350 ㎎, 400 ㎎, 450 ㎎, 500 ㎎, 550 ㎎, 600 ㎎, 650 ㎎, 700 ㎎, 750 ㎎, 800 ㎎, 850 ㎎, 900 ㎎, 950 ㎎, 1000 ㎎ 또는 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 50 ㎎ 내지 약 600 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 600 ㎎ 내지 약 3 g의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 55 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 550 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1011 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
특정 실시형태에서, 약제학적 조성물(예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여되는 총 용량의 조성물)은 적어도 1×1010개 총 세포(예를 들어, 적어도 1×1010개 총 세포, 적어도 2×1010개 총 세포, 적어도 3×1010개 총 세포, 적어도 4×1010개 총 세포, 적어도 5×1010개 총 세포, 적어도 6×1010개 총 세포, 적어도 7×1010개 총 세포, 적어도 8×1010개 총 세포, 적어도 9×1010개 총 세포, 적어도 1×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 9×1011개 이하의 총 세포(예를 들어, 1×1010개 이하의 총 세포, 2×1010개 이하의 총 세포, 3×1010개 이하의 총 세포, 4×1010개 이하의 총 세포, 5×1010개 이하의 총 세포, 6×1010개 이하의 총 세포, 7×1010개 이하의 총 세포, 8×1010개 이하의 총 세포, 9×1010개 이하의 총 세포, 1×1011개 이하의 총 세포, 2×1011개 이하의 총 세포, 3×1011개 이하의 총 세포, 4×1011개 이하의 총 세포, 5×1011개 이하의 총 세포, 6×1011개 이하의 총 세포, 7×1011개 이하의 총 세포, 8×1011개 이하의 총 세포)의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 6×109개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1010개 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1010개 내지 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 8×1010개 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 1.6×1011개 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 프레보텔라 박테리아를 포함하는 고체 투여 형태가 제공된다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 장용 코팅(예를 들어, HPMC 코팅)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 캡슐, 예를 들어, 장용 코팅 캡슐(예를 들어, HPMC 코팅)이다. 일부 실시형태에서, 각각의 캡슐은 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개 캡슐이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 1개 캡슐(예를 들어, 약 8×1010개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 2개 캡슐(예를 들어, 각각 약 8×1010개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 4개 캡슐(예를 들어, 각각 약 8×1010개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 10개 캡슐(예를 들어, 각각 약 8×1010개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 1개 캡슐(예를 들어, 약 1.6×1011개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 2개 캡슐(예를 들어, 각각 약 1.6×1011개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 5개 캡슐(예를 들어, 각각 약 1.6×1011개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는 (예를 들어, 분말로) 동결건조된다. 일부 실시형태에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는 분말로 동결건조되고, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및/또는 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다.
일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 캡슐을 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 장용 코팅 캡슐(예를 들어, HPMC 코팅됨)이다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 1개 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 1개 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 1개 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 1개 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는 (예를 들어, 분말로) 동결건조된다. 일부 실시형태에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는 분말로 동결건조되고, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및/또는 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다.
일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제는 장용 코팅된 정제이다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅된 정제는 5 ㎜ 내지 17 ㎜ 직경이다. 일부 실시형태에서, 정제는 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 1개 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제는 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 1개 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제는 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 1개 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제는 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 1개 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제 내의 프레보텔라 박테리아는 동결건조된다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 프레보텔라 박테리아를 포함하는 고체 투여 형태가 제공된다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 정제, 예를 들어, 장용 코팅된 정제이다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 HPMC를 포함한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 폴리메타크릴레이트계 공중합체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 메타크릴산 에틸 아크릴레이트(MAE) 공중합체(1:1)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 메타크릴산 에틸 아크릴레이트(MAE) 공중합체(1:1)(예컨대, Kollicoat MAE 100P)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 각각의 정제는 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개 정제가 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 1개 정제(예를 들어, 약 8×1010개 총 세포 포함)가 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 2개 정제(예를 들어, 각각 약 8×1010개 총 세포 포함)가 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 4개 정제(예를 들어, 각각 약 8×1010개 총 세포 포함)가 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태 10에서, 4개 정제(예를 들어, 각각 약 8×1010개 총 세포 포함)가 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 각각의 정제는 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개 정제가 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 1개 정제(예를 들어, 약 1.6×1011개 총 세포 포함)가 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 2개 정제(예를 들어, 각각 약 1.6×1011개 총 세포 포함)가 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 5개 정제(예를 들어, 각각 약 1.6×1011개 총 세포 포함)가 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 정제 내의 프레보텔라 박테리아는 (예를 들어, 분말로) 동결건조된다. 일부 실시형태에서, 정제 내의 프레보텔라 박테리아는 분말로 동결건조되고, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및/또는 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다.
일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 미니-정제는 장용 코팅된다. 일부 실시형태에서, 미니-정제는 1 ㎜ 내지 4 ㎜ 직경이다. 일부 실시형태에서, 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)는 1 ㎜ 미니-정제, 1.5 ㎜ 미니-정제, 2 ㎜ 미니-정제, 3 ㎜ 미니-정제 또는 4 ㎜ 미니-정제이다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함하는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함하는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함하는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함하는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 미니-정제 내의 프레보텔라 박테리아는 동결건조된다.
일부 실시형태에서, 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)는 캡슐에 함유된다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 크기 00, 크기 0, 크기 1, 크기 2, 크기 3, 크기 4 또는 크기 5 캡슐이다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 비-장용 코팅(예를 들어, 젤라틴)을 포함한다(예를 들어, 비-장용 코팅으로 코팅된다). 일부 실시형태에서, 캡슐은 비-장용 코팅을 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 젤라틴을 포함한다. 일부 실시형태에서, 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)가 캡슐(들)에 함유되며, 선택적으로 캡슐은 젤라틴을 포함한다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 박테리아를 포함하는 약제학적 조성물은 (예를 들어, 재현탁을 위해서 또는 고체 투여 형태(예컨대, 캡슐)로 사용하기 위해서) 분말로서 또는 고체 투여 형태, 예컨대, 정제, 미니-정제, 캡슐, 환제(pill) 또는 분말로서; 또는 이들 형태의 조합(예를 들어, 캡슐에 포함된 미니-정제)으로 제조된다. 분말은 동결건조된 박테리아를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및/또는 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 경구로 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체에게 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 2회 이상의 용량(예를 들어, 3회 이상, 4회 이상 또는 5회 이상의 용량)으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 2회 이상의 용량의 대상체에 대한 투여는 적어도 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 7시간, 8시간, 9시간, 10시간, 11시간, 12시간, 13시간, 14시간, 15시간, 16시간, 17시간, 18시간, 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일 또는 21일의 간격을 둔다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일, 21일, 22일, 23일, 24일, 25일, 26일, 27일, 28일, 29일, 30일, 31일, 32일, 33일, 34일, 35일, 36일, 37일, 38일, 39일, 40일, 41일 또는 42일 동안 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16주 동안 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16주 동안 1일 1회 투여된다.
일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 동결건조된 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 특정 실시형태에서, 동결건조된 프레보텔라 박테리아는 고체 투여 형태, 예컨대, 정제, 미니-정제, 캡슐, 환제 또는 분말로 제형화된다. 일부 실시형태에서, 동결건조된 프레보텔라 박테리아는 캡슐에 함유된다. 일부 실시형태에서, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및/또는 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 동결건조된 프레보텔라 박테리아는 용액에 재현탁된다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 캡슐 또는 정제로서 제형화된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 제형(예를 들어, 조성물)은 장용 코팅 또는 미세 캡슐화를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 장용 코팅 캡슐이다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 박테리아 조성물이 상부 소장, 예를 들어, 십이지장에서 방출되는 것을 허용한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 HPMC를 포함한다.
일부 실시형태에서, 대상체는 포유동물이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 비인간 포유동물(예를 들어, 개, 고양이, 소, 말, 돼지, 당나귀, 염소, 낙타, 마우스, 래트, 기니피그, 양, 라마, 원숭이, 고릴라 또는 침팬지)이다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)을 갖는 대상체의 치료 방법이 제공된다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 대상체(예를 들어, 건선을 갖는 대상체)에서 병변 중증도 점수(LSS)(예를 들어, 평균 LSS)를 (예를 들어, 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여) 감소시키는 방법이 제공된다. 특정 실시형태에서, 대상체에서 LSS는 (예를 들어, 7, 14, 21, 28 또는 35일 치료에 의해서) 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80% 또는 그 초과만큼 감소된다. 특정 실시형태에서, 대상체에서 LSS는 투여 중단 후(예를 들어, 치료 중단 후 14일차) 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80% 또는 그 초과만큼 감소된다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 대상체(예를 들어, 건선을 갖는 대상체)에서 건선 부위 중증도 지수(PASI) 점수(예를 들어, 평균 PASI 점수)를 (예를 들어, 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여) 감소시키는 방법이 제공된다. 특정 실시형태에서, 대상체에서 PASI 점수는 (예를 들어, 7, 14, 21, 28 또는 35일 치료에 의해서) 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80% 또는 그 초과만큼 감소된다. 특정 실시형태에서, 대상체에서 PASI 점수는 투여 중단 후(예를 들어, 치료 중단 후 14일차) 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80% 또는 그 초과만큼 감소된다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 대상체(예를 들어, 건선을 갖는 대상체)에서 지속적인 임상 효과(예를 들어, 투여 완료 후 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주 또는 그 초과의 주 후에, 예를 들어, 평균 LSS 및/또는 PASI의 기준선(또는 위약)으로부터의 계속적인 감소)를 증가시키는 방법이 제공된다. 특정 실시형태에서, 대상체에서 LSS 및/또는 PASI 점수는 (예를 들어, 7, 14, 21, 28 또는 35일 치료에 의해서) 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80% 또는 그 초과만큼 감소된다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에서 항염증성 사이토카인 생산을 향상(예를 들어, 박테리아 조성물의 부재 하에서 생산된 (예를 들어, mRNA 및/또는 단백질) 양과 비교하여 증가)시키는 방법이 제공되며, 이 방법은 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 항염증성 사이토카인은 IL-10, IL-27, 및/또는 IL1RA이다. 특정 실시형태에서, 항염증성 사이토카인은 M1형 APC에 의해서 발현된다. 일부 실시형태에서, 항염증성 사이토카인 생산을 향상시키는 것은 (예를 들어, 피부 생검에서) 항염증성 사이토카인(예를 들어, IL-10, IL-27, 및/또는 IL1RA) mRNA 수준을 증가시키는 것을 포함한다. 일부 실시형태에서, 항염증성 사이토카인 생산을 향상시키는 것은 (예를 들어, 혈액 샘플에서) 항염증성 사이토카인(예를 들어, IL-10, IL-27, 및/또는 IL1RA) 단백질 수준을 증가시키는 것을 포함한다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에서 전염증성(pro-inflammatory) 사이토카인 생산을 저해하는(예를 들어, 박테리아 조성물의 부재 하에서 생산된 (예를 들어, mRNA 및/또는 단백질) 양과 비교하여 감소시키는) 방법이 제공되며, 이 방법은 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 전염증성 사이토카인은 GM-CSF, IL-17A, 및/또는 IL-13이다. 일부 실시형태에서, 전염증성 사이토카인은 IL-6, TNF, 및/또는 IL-12p70이다. 일부 실시형태에서, 전염증성 사이토카인은 IL23p40, IL17, IL-6, TNF, 및/또는 IL-13이다. 일부 실시형태에서, 전염증성 사이토카인 생산을 저해하는 것은 드레이닝 림프절(draining lymph node)(예를 들어, 경부 림프절)에서 전염증성 사이토카인 생산을 저해하는 것을 포함한다. 일부 실시형태에서, 전염증성 사이토카인 생산을 저해하는 것은 비장에서 전염증성 사이토카인 생산을 저해하는 것을 포함한다. 일부 실시형태에서, 전염증성 사이토카인 생산을 저해하는 것은 (예를 들어, 피부 생검에서) 전염증성 사이토카인(예를 들어, Il17a) mRNA 수준의 감소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 전염증성 사이토카인 생산을 저해하는 것은 (예를 들어, 혈액 샘플에서) 전염증성 사이토카인(예를 들어, IL-17A) 단백질 수준의 감소를 포함한다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에서 전염증성 케모카인 생산을 저해하는(예를 들어, 박테리아 조성물의 부재 하에서 생산된 (예를 들어, mRNA 및/또는 단백질) 양과 비교하여 감소시키는) 방법이 제공되며, 이 방법은 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 전염증성 케모카인은 각질세포 화학유인물질(chemoattractant: KC)이다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에서 사이토카인 생산 또는 케모카인 생산을 변경하는(예를 들어, 박테리아 조성물의 부재 하에서 생산된 (예를 들어, mRNA 및/또는 단백질) 양과 비교하여 변경하는) 방법이 제공되며, 이 방법은 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 대상체로부터의 혈액 샘플은 생체외에서 자극되고, 사이토카인 및/또는 케모카인의 수준에 대해서 분석된다. 일부 실시형태에서, IL-1 베타, IL-2, IL-4, IL-6, IL-8, IL-10, IL-12p40, IL-17A, TNFα 및/또는 IFNγ의 수준이 분석된다.
일부 실시형태에서, 인간 대상체는 적어도 18세이다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 60세 이하이다. 특정 실시형태에서, 인간 대상체는 적어도 18 ㎏/㎡의 체질량 지수를 갖는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 35 ㎏/㎡ 이하의 체질량 지수를 갖는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 투여 전 10주 이내에 약독화된 생 백신접종이 제공되지 않았다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 항염증 약물로의 치료가 필요하지 않다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 활성 감염을 갖지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 투여 전 6주 이내에 항생제 치료를 필요로 하는 감염을 갖지 않았다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 신장 또는 간 손상을 갖지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 투여 전 5년 이내에 신생물 질환 또는 신생물 질환의 이력을 갖지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 투여 전 4주 이내에 주요 수술을 받지 않았다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 심장 기능 손상 또는 임상적으로 유의한 심장 질환을 갖지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 인간 면역결핍 바이러스(HIV), 활동 A형 간염, B형 간염 또는 C형 간염의 알려진 이력이 없고/없거나 HCV 리보핵산 및/또는 HBV 표면 항원에 양성이라고 알려져 있지 않다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 활성 중추 신경계(CNS) 악성종양을 갖지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 GI관 질환을 갖지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 예를 들어, 임의의 관련 부형제를 포함하는, 프레보텔라(또는 프레보텔라-함유 프로바이오틱스)에 대한 과민증 또는 알레르기의 이력을 갖지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 위약 캡슐(스테아르산마그네슘 및 셀룰로스) 및/또는 경질 캡슐 쉘(히드록실 프로필 메틸 셀룰로스 및 이산화티타늄)에 대한 과민증 및 알레르기의 이력을 갖지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 투여 전 1년 이내에 심각한 약물 남용의 이력 또는 불법 약물의 일상적인 사용 또는 알코올 남용의 이력을 갖지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 면역염증성 장애 이외의 임상적으로 유의한 질병을 갖지 않는다.
실시형태에서, 본 명세서에는 인간 대상체에게 프레보텔라 히스티콜라의 균주 및/또는 본 명세서에 제공된 프레보텔라 히스티콜라의 균주를 포함하는 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물 및/또는 고체 투여 형태)을 투여하는(예를 들어, 경구 투여하는) 단계를 포함하는 건선의 치료 방법이 제공된다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 적어도 6개월 동안 체표면적(BSA)(두피 제외)의 10% 이하에 발생한 경증 내지 중등도 플라크형 건선에 대해 확정 진단을 받았다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 최소 2개의 건선 병변을 갖는다. 일부 실시형태에서, 대상체는 투여 전 4주 이내에 전신 비-생물학적 건선 요법(메토트렉세이트[MTX], 스테로이드, 사이클로포스파미드) 또는 소랄렌(psoralen)과 자외선 A(PUVA)/자외선 A(UVA) 광요법을 제공받지 않았다. 일부 실시형태에서, 대상체는 제1 투여 전 12개월 이내에 생물학적 제제로의 치료를 제공받지 않았다. 일부 실시형태에서, 대상체는 투여 시작 2주 전에 국소 또는 경구 약리학적 활성제를 계속적으로 사용하지 않는다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 6개월 이상 동안 플라크 건선의 문서화된 진단을 갖는다.
일부 실시형태에서, 인간 대상체는 3% 이상 내지 10% 이하의 BSA를 덮는 플라크를 갖는 경증 내지 중등도 플라크 건선을 가졌고, 다음 추가 기준 둘 다를 충족한다: (i) PASI 점수 6 이상 내지 15 이하 및 (ii) 2 또는 3의 PGA 점수.
일부 실시형태에서, 방법은 (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 PASI(건선 부위 중증도 지수) 점수와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 PASI 점수를 감소시킨다.
일부 실시형태에서, 방법은 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같이, PASI 백분율 반응률(예를 들어, PASI-50, PASI-75, PASI-90 또는 PASI-100)을 증가시킨다. 예를 들어, 기준선으로부터 PASI 점수에서 75% 이상의 감소를 달성한 대상체의 백분율은 예를 들어, 16주 치료 후 PASI-75 값으로 표현된다.
일부 실시형태에서, 방법은 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같이, (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 LSS(병변 중증도 점수)와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 LSS를 감소시킨다.
일부 실시형태에서, 방법은 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같이, (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 PGA(의사의 종합 평가(Physician's Global Assessment)) 점수와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 PGA 점수를 감소시킨다.
일부 실시형태에서, 방법은 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같이, (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 백분율 관여와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 BSA(체표면적)의 백분율 관여를 감소시킨다.
일부 실시형태에서, 방법은 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같이, (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 mNAPSI(변형된 손발톱 건선 중증도 지수(Modified Nail Psoriasis Severity Index)) 점수와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 mNAPSI 점수를 감소시킨다.
일부 실시형태에서, 방법은 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같이, (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 DLQI(피부과적 삶의 질 지수(Dermatology Life Quality Index)) 점수와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 DLQI 점수를 개선시킨다.
일부 실시형태에서, 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같이, (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 PSI(건선 증상 목록(Psoriasis Symptom Inventory)) 점수와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 PSI 점수를 개선시킨다.
일부 실시형태에서, 방법은 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같이, (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 통증과 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 통증을 감소시킨다. 예를 들어, 통증은 SF-36 신체 통증 척도(SF-36 BPS) 또는 VAS 통증에 의해서 평가될 수 있다.
일부 실시형태에서, 방법은 예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같이, (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 피로와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 피로를 감소시킨다.
실시형태에서, 본 명세서에는 인간 대상체에게 프레보텔라 히스티콜라의 균주 및/또는 프레보텔라 히스티콜라의 균주를 포함하는 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물 및/또는 고체 투여 형태)을 투여하는(예를 들어, 경구 투여하는) 단계를 포함하는 아토피성 피부염의 치료 방법이 제공된다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 적어도 6개월 동안 최소 3% 내지 최대 15%의 체표면적에 발생한 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염에 대해 확정 진단을 받았다. 일부 실시형태에서, 대상체는 IGA 점수가 2 또는 3인 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염에 대해 확정 진단을 받았다. 일부 실시형태에서, 대상체는 생검에 적합한 부위에 적어도 1개를 갖는 적어도 2개의 아토피성 피부염 병변을 갖는다. 일부 실시형태에서, 대상체는 전신 비-생물학적 아토피성 피부염 요법(메토트렉세이트(MTX), 스테로이드, 사이클로포스파미드)을 제공받고 있지 않거나 투여 전 4주 이내에 요법을 제공받았다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 제1 투여 전 12개월 이내에 생물학적 제제로의 치료를 제공받고 있지 않다. 일부 실시형태에서, 인간 대상체는 투여 시작 2주 전에 국소 또는 경구 약리학적 활성제를 계속적으로 사용하지 않는다.
일부 실시형태에서, 방법은 (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 EASI(습진 부위 중증도 지수(Eczema Area and Severity Index)) 점수와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 EASI 점수를 감소시킨다. 일부 실시형태에서, 방법은 (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 IGA(연구자의 종합 평가(Investigator's Global Assessment)) 점수와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 IGA 점수를 감소시킨다. 일부 실시형태에서, 방법은 (예를 들어, 치료 시작 전 대상체의 SCORAD(아토피성 피부염 지수(SCORing Atopic Dermatitis)) 점수와 비교하여) 예를 들어, 치료 16주 후에 대상체에서 SCORAD 점수를 감소시킨다.
일부 양태에서, 본 개시내용은 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)의 치료에 사용하기 위한 (예를 들어, 본 명세서에 기재된 양의) 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 제공한다.
일부 양태에서, 본 개시내용은 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)의 치료를 위한 의약의 제조를 위한 (예를 들어, 본 명세서에 기재된 양의) 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물의 용도를 제공한다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체(예를 들어, 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)을 갖는 대상체)에서 장 상피 장벽(intestinal epithelial barrier)을 강화시키는 방법이 제공되며, 여기서 박테리아 조성물의 투여는 대상체에서 장 상피 장벽을 강화시킨다.
일부 실시형태에서, 장 상피 장벽 무결성의 시험관내 모델(예를 들어, 장 상피 공배양 트랜스웰 배양 모델)에게 박테리아 조성물을 투여하는 것은 시험관내 모델에서 (예를 들어, 상피통과 전기 저항(transepithelial electrical resistance: TEER)으로 평가되는 경우) 장 상피 장벽을 강화시킨다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체(예를 들어, 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)을 갖는 대상체)에서 염증을 감소시키는 방법이 제공되며, 여기서 박테리아 조성물의 투여는 대상체에서 IL-10R 신호전달을 증가시킨다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물을 염증의 생체내 모델(예를 들어, DTH 모델)에게 투여하는 것은 생체내 모델에서 염증을 감소시키고, 생체내 모델에서 (예를 들어, IL-10R 차단 항체의 투여에 의해서) IL-10R을 차단하는 것은 염증 감소에 대한 박테리아 조성물의 효과를 감소시킨다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체(예를 들어, 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)을 갖는 대상체)에서 염증을 감소시키는 방법이 제공되며, 여기서 박테리아 조성물의 투여는 대상체에서 TLR2 신호전달을 증가시킨다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물을 염증의 생체내 모델(예를 들어, DTH 모델)에게 투여하는 것은 생체내 모델에서 염증을 감소시키고, 생체내 모델에서 (예를 들어, TLR2 차단 항체의 투여에 의해서) TLR2를 차단하는 것은 염증 감소에 대한 박테리아 조성물의 효과를 감소시킨다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체(예를 들어, 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)을 갖는 대상체)에서 염증을 감소시키는 방법이 제공되며, 여기서 박테리아 조성물의 투여는 (예를 들어, 투여 15일 후 효능 수준과 비교하여) 대상체에서 투여 30일 후 효능을 증가시킨다. 효능은, 투여 15일 후 염증 수준보다 투여 30일 후 더 큰 염증 수준의 감소에 의해서 결정될 수 있다.
일부 실시형태에서, 염증의 생체내 모델(예를 들어, DTH 모델)에게 박테리아 조성물을 투여하는 것은 생체내 모델에서 염증을 감소시키고, 박테리아 조성물의 투여 30일 후 생체내 모델에서 염증의 수준은 박테리아 조성물의 투여 15일 후의 염증 수준보다 더 낮다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 대상체에게 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체(예를 들어, 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)을 갖는 대상체)에서 염증을 감소시키는 방법이 제공되며, 여기서 박테리아 조성물의 투여의 염증에 대한 효과는 대상체에 대한 마지막 투여 후 적어도 14일 동안 지속된다(예를 들어, 염증 수준은 대상체에 대한 투여 시작 전 염증의 수준과 비교하여, 대상체에 대한 마지막 투여 14일 후에 더 낮다). 지속성은 대상체에 대한 투여 시작 전 염증의 수준보다 대상체에 대한 마지막 투여 14일 후에 더 큰 염증 수준의 감소에 의해서 결정될 수 있다.
일부 실시형태에서, 염증의 생체내 모델(예를 들어, DTH 모델)에게 박테리아 조성물을 투여하는 것은 생체내 모델에서 염증을 감소시키고, 박테리아 조성물의 마지막 투여 14일 후 생체내 모델에서 염증의 수준은 투여 시작 전 염증 수준보다 더 낮다.
도 1a 및 도 1b는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 병변 중증도 점수의 감소에 효능이 있다는 것을 나타낸다. 도 1a는 28일 동안 매일 550 ㎎의 장용 캡슐 제형의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)를 투여한 환자가 위약을 제공받은 환자에서의 0.25점의 평균 증가와 비교하여, 28일에 2점의 평균 LSS의 통계학적으로 유의한(p<0.05) 감소를 나타내었다는 것을 도시한 그래프이다. 도 1b는 연구 과정에 걸친 병변 중증도 점수(LSS)의 평균 백분율 변화를 도시한 그래프이다.
도 2는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 투여한 환자가 투여 기간에 걸쳐서 0 내지 67% 범위의 LSS의 감소를 나타내었다는 것을 도시한 그래프이다.
도 3은 위약을 제공받은 환자에서 변화가 없는 것과 비교하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)를 제공받은 환자에서 2.25개 세포/㎟의 평균 감소를 도시한 그래프이다.
도 4는 위약군에서 감소되지 않은 것과 비교하여, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B) 투여 환자군이 전신 항염증 반응을 나타내는 사이토카인 생산의 감소를 나타내었다는 것을 도시한 그래프이다.
도 5는 고용량(2.76 g)의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)를 투여한 환자의 경우 제28일에 15%의 평균 LSS 감소를 나타내고, 이것은 제42일에 24%까지 계속된다는 것을 도시한 그래프이다.
도 6은 28일 동안 고용량(2.76 g)과 저용량(550 ㎎)의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B) 사이에서 일관된 LSS 감소를 도시한 그래프이고; 고용량에서 이러한 감소는 제42일까지 계속된다.
도 7은 고용량의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)에서 제42일에 최대 80%의 LSS 감소를 나타낸 그래프이다.
도 8은 LSS와 일관된 고용량 평균 PASI 감소를 나타낸 그래프이며; PASI 감소는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)의 투여 종료 후에 계속되었다.
도 9는 고용량의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)에서 제42일에 최대 62%의 PASI 감소를 나타낸 그래프이다.
도 10은 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 인간 염증성 M1형 APC에 의해서 IL-10 및 IL-27 사이토카인 생산을 향상시킨다는 것을 나타낸 그래프이다.
도 11a 및 도 11b는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 말초 T 세포-매개 염증(KLH DTH) 모델에서 효능이 있다는 것을 나타낸 그래프이다. 도 11a는 키홀-림펫 헤모시아닌(Keyhole Limpet Hemocyanin: KLH)에 대한 지연형 과민증(delayed-type hypersensitivity: DTH)을 나타낸다. C57Bl/6 마우스를 KLH 및 CFA로 면역화시키고, 9일 후에 KLH를 사용하여 귀의 피부내에 시험감염시켰다. 마우스를 귀 시험감염을 통해서 면역화시킨 다음날부터 위약, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP QD) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(1.8 mg PO QD)로 처리하였다. 귀 염증을 제9일에 측정하였다. 도 11b는 KLH를 사용한 드레이닝 림프절 또는 비장 세포의 생체외 자극을 나타낸다. DTH 연구 완료 후에, 마우스를 희생시키고, 귀 드레이닝 림프절 및 비장으로부터의 총 세포를 KLH와 함께 2일 동안 인큐베이션시켰다. 상청액으로부터의 사이토카인을 MSD에 의해서 측정하였다. (다이아몬드: 위약; 사각형: 덱사메타손(Dex); 별: 프레보텔라 히스티콜라 균주 B)
도 12a 내지 도 12c는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 경구 처리가 피부 염증의 타입 17-유도 모델 피부 염증(이미퀴모드 유도 건선)에서 효능이 있다는 것을 나타낸다. 도 12a는 등 피부 및 귀를 7일 동안 5% 이미퀴모드, TLR7 및 TLR8 효능제로 국소로 처리한 BALB/c 마우스에 대한 피부 점수를 나타낸다. 마우스를 제1일 내지 제7일 동안 매일 위약, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ PO)로 처리하였다. 등 점수를 매일 기록하여 홍반 및 건선과 연관된 스케일링을 측정하였다. 도 12b는 마우스의 건선성 피부로부터의 Il17a mRNA 전사체를 RT-qPCR로 측정한 것을 나타낸다. 도 12c는 비장세포의 생체외 자극을 나타낸다. 연구의 종료 시, 마우스를 희생시키고, 비장세포를 PMA/이오노마이신으로 48시간 동안 자극하였다. IL-17A를 MSD에 의해서 상청액으로부터 측정하였다.
도 13a 내지 도 13f는 키홀-림펫 헤모시아닌(KLH)에 대한 지연형 과민증(DTH)을 나타낸다. C57Bl/6 마우스를 KLH 및 CFA로 면역화시키고, 9일 후에 귀를 KLH를 사용하여 피부내로 시험감염시켰다. 마우스를 귀 시험감염을 통해서 면역화시킨 다음날부터 위약, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP QD) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(1.8 ㎎ PO QD)로 처리하였다. 귀 염증을 제9일에 측정하였다. 모든 실험에서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 혐기성 수크로스 및 다른 언급된 균주는 제1일에 시작하여 9일 동안 매일 경구로 제공되었고, 덱사메타손은 매일 i.p. 주사에 의해서 제공되었다. 도 13a는 귀 두께의 변화를 나타내고(n=5마리 마우스/군), (B) 도 13b는 염증의 척도로서의 귀 두께 변화를 조절하는 데 있어서의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 대한 용량 반응을 나타낸다. ****p<0.001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 13c는 KLH를 사용한 드레이닝 림프절 또는 비장 세포의 생체외 자극을 나타낸다. DTH 연구 완료 후에, 조직을 수거하고, 장간막 림프절, 비장 및 귀 드레이닝 림프절로부터의 총 세포를 LPS 또는 KLH로 48 내지 72시간 동안 자극하였다. 상청액으로부터의 사이토카인을 MSD에 의해서 측정하였다. 데이터는 2 내지 4회 실험을 대표하고, n=5/군이다. 모든 데이터는 평균±SEM/SD이다. **p<0.001, ***p<0.0005, ****p<0.0001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 13d는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 IL-10을 통해서 작용하여 귀 염증을 감소시킨다는 것을 나타낸다. 마우스를 제2일, 제4일 및 제6일에 IL-10R 차단 항체로 처리하였다. n=2 실험으로부터의 대표적인 도면이며, 각각의 실험에서 5마리 마우스/군을 사용함; **p<0.01, ****p<0.0001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 13e는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리된 마우스로부터의 세포의 수동적 전달을 도시한 도면. DTH를 갖는 마우스를 8일 동안 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리하고, 그 다음 이러한 처리된 동물로부터의 세포의 상이한 세트를 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 투여되지 않은 면역화된 동물의 제2 세트에게 수동적으로 전달하였다. n=2 실험으로부터의 대표적인 도면이며, 각각의 실험에서 5마리 마우스/군을 사용함; **p<0.01, ****p<0.0001, ns: 정규 일원 ANOVA(Ordinary one-way ANOVA)에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 13f는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 치료적 투여를 나타낸다. KLH-DTH를 마우스에서 유도하고, 마우스를 도면의 각각의 패널 위에 나타낸 바와 같이 8, 3 또는 1일 동안 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리하였다. 데이터는 각각의 실험에서 5마리 마우스/군을 사용한 2개의 독립적인 실험을 나타낸다; *p<0.05 **p<0.01, ****p<0.0001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음.
도 14a 내지 도 14c는 지연형 과민증에서 DO11 TCR Tg 세포의 입양 전달을 나타낸다. BALB/c 마우스(n=5/군)에게 DTH를 OVA + CFA로 피하로 유도하기 24시간 전에 4×106개의 DO11 TCR Tg 세포를 입양 전달하였다. 제8일에, 마우스를 20 ㎍ OVA를 사용하여 귀에 피부내로 시험감염시켰다. 시험감염 24시간 후, 귀 측정치를 기록하였다. 비장 및 귀 드레이닝 림프절 세포를 OVA323-339 펩티드로 72시간 동안 생체외에서 재자극하여 항원 특이적 사이토카인 반응을 평가하였다. 도 14a는 막대가 귀 시험감염 24시간 후 귀 염증 변화의 평균±SEM을 나타낸다는 것을 도시한다. 도 14b는 전염증성 사이토카인 수준을 나타내고, 도 14c는 귀 드레이닝 경부 림프절 세포로부터의 상청액 중의 타입 3 사이토카인을 나타낸다. 데이터는 각각의 실험에서 5마리 마우스/군을 사용한 2개의 독립적인 실험을 나타낸다. ***p<0.01, ****p<0.0001, ns: 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음.
도 15a 내지 도 15d는 이미퀴모드 유도 건선 마우스 모델 BALB/c 마우스의 등 피부 및 귀를 7일 동안 5% 이미퀴모드, TLR7 및 TLR8 효능제로 국소로 처리하였다. 마우스를 제1일 내지 제7일 동안 매일 위약, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ PO)로 처리하였다. 도 15a는 이미퀴모드 적용 7일 후 마우스 등 피부의 표현형 표현을 나타낸다. 등 점수를 매일 기록하여 홍반 및 건선과 연관된 스케일링을 측정하였다. **p<0.01 ****p<0.001, ns: 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 15b는 IMQ 적용이 각질세포의 증식 및 면역 세포의 침윤을 변경한다는 것을 나타낸다. 등 피부의 H&E 염색은 과각화증(hyperkeratosis)으로 나타나는 피부 각질층 내의 핵 증가 및 가시세포증(acanthosis)으로 나타나는 표피의 두꺼워짐을 나타내는데, 이것은 병리학자에 의해서 점수 매겨졌다. *p<0.05 **p<0.01, 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우. 도 15c는 연구 종료 시, 비장세포를 PMA/이오노마이신으로 48시간 동안 생체외에서 재자극한 것을 나타낸다. 추가로, 귀를 균질화시키고, IL-17A의 단백질 수준을 MSD에 의해서 상청액으로부터 측정하였다. 도 15d는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 7일의 기간에 걸쳐서 IMQ 적용 후 귀 염증 감소에서 항-IL-17A로서 동등하게 효능이 있다는 것을 나타낸다. **p<0.01 ****p<0.001, 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우.
도 16a 내지 도 16c는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 EAE의 재발 완화형 모델(relapsing remitting model)에서 신경염증을 억제하였다는 것을 나타낸다. CFA에서 PLP91-110으로의 면역화에 의해서 SJL 마우스에서 EAE를 유도하였고, 백일해 독소(pertussis toxin: PTX)를 EAE 유도 1일, 3일 및 7일 후에 투여하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 41일 동안 매일 경구 투여하였다. 대조군(비히클)의 마우스에게 혐기성 수크로스를 투여하였다. 도 16a는 비히클, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 또는 양성 대조군으로서 핑골리모드(fingolimod)로 처리된 마우스의 누적 EAE 점수를 나타낸다. 데이터는 3회 독립적인 실험을 대표한다(n=15마리 마우스/군). 실험 기간 동안 매일 임상 점수를 평가하였다. ***p≤0.0005 및 ****p≤0.00005. 도 16b는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로의 처리가 EAE 마우스의 척수에서 염증 및 침윤성 염증성 세포를 감소시켰다는 것을 나타낸다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 비히클 또는 핑골리모드로 처리된 마우스의 뇌와 척수의 대표적인 헤마톡실린 및 에오신(H&E)-염색 영상. 척수 부분은 염증 및 염증성 부위를 갖는 영역을 보여주기 위해서 289× 배율로 확대되어 있다. 데이터는 2회 독립적인 실험을 대표한다(n=15마리 마우스/군). 도 16c는 연구 종료 시 제42일에 qPCR에 의한 EAE의 십이지장 대 결장에서의 Treg 관련 유전자의 전사 프로파일링을 나타낸다. 언페어드 스튜던츠에 의한 *p≤0.05. 데이터는 2회 독립적인 실험을 대표한다(n=5 마우스/군). 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 EAE 처리에서 Treg 유전자의 십이지장 발현을 유도한다.
도 17a 및 도 17b는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 시험관내 활성을 나타낸다. 도 17a는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 피. 제주니(P. jejuni)에 비해서 더 강력하고, 증가된 양의 IL-10 분비를 유도한다는 것을 나타낸다. 도 17b는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 용량-의존적 방식으로 장 상피 장벽을 일관되게 강화시킨다는 것을 나타낸다. 장 상피 공배양 트랜스웰 배양물(60% Caco-2 및 40% HT-29 세포주)을 수크로스 비히클 또는 다양한 농도의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B와 함께 24시간 동안 인큐베이션시켰다. 미생물과의 인큐베이션 전 및 후에, 상피통과 전기 저항(TEER)을 통해서 상피 장벽을 평가하였다. 각각 3개의 기술적인 복제물이 있는 3회의 독립적인 실험으로부터의 대표적인 데이터를 나타낸다. 장벽 무결성을 0시간으로부터의 배수 변화로 계산하고, 수크로스 비히클 백분율로서 보고한다.
도 18a 내지 도 18d는 Th2 유도 아토피성 피부염의 뮤린 모델을 나타낸다. Th2 유도 아토피성 피부염의 뮤린 모델. 도 18a 내지 도 18b에서, BALB/c 마우스를 제1일 및 제2일에 0.5% FITC로 국소로 감작시켰고, 6일 후에 귀를 0.5% FITC로 시험감염시켰다. 마우스를 매일 비히클, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ PO)로 처리하였다. 귀 염증을 제7일에 귀 시험감염 24시간 후에 측정하였다. 도 18a는 귀 두께 변화를 나타낸다(n=5마리 마우스/군). 도 18b는 연구 종료 시, 귀 드레이닝 림프절을 수거하고, 단일 세포 현탁액을 48시간 동안 PMA/이오노마이신으로 생체외에서 자극한 것을 나타낸다. IL-4 및 KC의 단백질 수준을 MSD에 의해서 상청액으로부터 측정하였다. 도 18c 내지 도 18d에서, BALB/c 마우스를 제1일 내지 제14일에 45 nM MC903으로 귀를 매일 국소로 감작시켰다. 마우스를 매일 비히클 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ PO)로 처리하였다. 귀 염증을 제14일에 측정하였다. 도 18c는 귀 두께 변화를 나타낸다(n=5마리 마우스/군). 도 18d는 qPCR을 귀 조직으로부터 수행하여 Th2 관련 유전자 발현을 결정한 것을 도시한다. 데이터는 2개의 개별 실험을 대표한다. ***p<0.01, ****p<0.0001, ns: 정규 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음.
도 19는, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 비복제 형태가 KLH-DTH에 대한 보호를 나타낸다는 것을 보여준다. KLH-DTH를 이미 기재된 바와 같이 설정하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 비복제 감마 조사 형태로 처리된 군에서의 귀 두께 변화(n=5마리 마우스/군). ****p<0.001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음.
도 20은 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 항-TLR2 항체, IgG1 이소타입 대조군 또는 제시된 바와 같은 조합물로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 21은 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 항-TLR2 항체, IgG1 이소타입 대조군 또는 제시된 바와 같은 조합물로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 22a 및 도 22b는 투여 후 제15일(도 22a) 및 제30일(도 22b)에 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 23a 및 도 23b는 투여 후 제15일(도 23a) 및 제30일(도 23b)에 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 5개의 개별 분말 제제로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 24a 및 도 24b는 투여 후 제8일(도 24a) 및 제23일(도 24b)에 분말 또는 고체 투여 형태의 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 25는 연구 개략도를 나타낸다.
도 2는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 투여한 환자가 투여 기간에 걸쳐서 0 내지 67% 범위의 LSS의 감소를 나타내었다는 것을 도시한 그래프이다.
도 3은 위약을 제공받은 환자에서 변화가 없는 것과 비교하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)를 제공받은 환자에서 2.25개 세포/㎟의 평균 감소를 도시한 그래프이다.
도 4는 위약군에서 감소되지 않은 것과 비교하여, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B) 투여 환자군이 전신 항염증 반응을 나타내는 사이토카인 생산의 감소를 나타내었다는 것을 도시한 그래프이다.
도 5는 고용량(2.76 g)의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)를 투여한 환자의 경우 제28일에 15%의 평균 LSS 감소를 나타내고, 이것은 제42일에 24%까지 계속된다는 것을 도시한 그래프이다.
도 6은 28일 동안 고용량(2.76 g)과 저용량(550 ㎎)의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B) 사이에서 일관된 LSS 감소를 도시한 그래프이고; 고용량에서 이러한 감소는 제42일까지 계속된다.
도 7은 고용량의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)에서 제42일에 최대 80%의 LSS 감소를 나타낸 그래프이다.
도 8은 LSS와 일관된 고용량 평균 PASI 감소를 나타낸 그래프이며; PASI 감소는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)의 투여 종료 후에 계속되었다.
도 9는 고용량의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(균주 B)에서 제42일에 최대 62%의 PASI 감소를 나타낸 그래프이다.
도 10은 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 인간 염증성 M1형 APC에 의해서 IL-10 및 IL-27 사이토카인 생산을 향상시킨다는 것을 나타낸 그래프이다.
도 11a 및 도 11b는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 말초 T 세포-매개 염증(KLH DTH) 모델에서 효능이 있다는 것을 나타낸 그래프이다. 도 11a는 키홀-림펫 헤모시아닌(Keyhole Limpet Hemocyanin: KLH)에 대한 지연형 과민증(delayed-type hypersensitivity: DTH)을 나타낸다. C57Bl/6 마우스를 KLH 및 CFA로 면역화시키고, 9일 후에 KLH를 사용하여 귀의 피부내에 시험감염시켰다. 마우스를 귀 시험감염을 통해서 면역화시킨 다음날부터 위약, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP QD) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(1.8 mg PO QD)로 처리하였다. 귀 염증을 제9일에 측정하였다. 도 11b는 KLH를 사용한 드레이닝 림프절 또는 비장 세포의 생체외 자극을 나타낸다. DTH 연구 완료 후에, 마우스를 희생시키고, 귀 드레이닝 림프절 및 비장으로부터의 총 세포를 KLH와 함께 2일 동안 인큐베이션시켰다. 상청액으로부터의 사이토카인을 MSD에 의해서 측정하였다. (다이아몬드: 위약; 사각형: 덱사메타손(Dex); 별: 프레보텔라 히스티콜라 균주 B)
도 12a 내지 도 12c는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 경구 처리가 피부 염증의 타입 17-유도 모델 피부 염증(이미퀴모드 유도 건선)에서 효능이 있다는 것을 나타낸다. 도 12a는 등 피부 및 귀를 7일 동안 5% 이미퀴모드, TLR7 및 TLR8 효능제로 국소로 처리한 BALB/c 마우스에 대한 피부 점수를 나타낸다. 마우스를 제1일 내지 제7일 동안 매일 위약, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ PO)로 처리하였다. 등 점수를 매일 기록하여 홍반 및 건선과 연관된 스케일링을 측정하였다. 도 12b는 마우스의 건선성 피부로부터의 Il17a mRNA 전사체를 RT-qPCR로 측정한 것을 나타낸다. 도 12c는 비장세포의 생체외 자극을 나타낸다. 연구의 종료 시, 마우스를 희생시키고, 비장세포를 PMA/이오노마이신으로 48시간 동안 자극하였다. IL-17A를 MSD에 의해서 상청액으로부터 측정하였다.
도 13a 내지 도 13f는 키홀-림펫 헤모시아닌(KLH)에 대한 지연형 과민증(DTH)을 나타낸다. C57Bl/6 마우스를 KLH 및 CFA로 면역화시키고, 9일 후에 귀를 KLH를 사용하여 피부내로 시험감염시켰다. 마우스를 귀 시험감염을 통해서 면역화시킨 다음날부터 위약, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP QD) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(1.8 ㎎ PO QD)로 처리하였다. 귀 염증을 제9일에 측정하였다. 모든 실험에서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 혐기성 수크로스 및 다른 언급된 균주는 제1일에 시작하여 9일 동안 매일 경구로 제공되었고, 덱사메타손은 매일 i.p. 주사에 의해서 제공되었다. 도 13a는 귀 두께의 변화를 나타내고(n=5마리 마우스/군), (B) 도 13b는 염증의 척도로서의 귀 두께 변화를 조절하는 데 있어서의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 대한 용량 반응을 나타낸다. ****p<0.001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 13c는 KLH를 사용한 드레이닝 림프절 또는 비장 세포의 생체외 자극을 나타낸다. DTH 연구 완료 후에, 조직을 수거하고, 장간막 림프절, 비장 및 귀 드레이닝 림프절로부터의 총 세포를 LPS 또는 KLH로 48 내지 72시간 동안 자극하였다. 상청액으로부터의 사이토카인을 MSD에 의해서 측정하였다. 데이터는 2 내지 4회 실험을 대표하고, n=5/군이다. 모든 데이터는 평균±SEM/SD이다. **p<0.001, ***p<0.0005, ****p<0.0001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 13d는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 IL-10을 통해서 작용하여 귀 염증을 감소시킨다는 것을 나타낸다. 마우스를 제2일, 제4일 및 제6일에 IL-10R 차단 항체로 처리하였다. n=2 실험으로부터의 대표적인 도면이며, 각각의 실험에서 5마리 마우스/군을 사용함; **p<0.01, ****p<0.0001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 13e는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리된 마우스로부터의 세포의 수동적 전달을 도시한 도면. DTH를 갖는 마우스를 8일 동안 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리하고, 그 다음 이러한 처리된 동물로부터의 세포의 상이한 세트를 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 투여되지 않은 면역화된 동물의 제2 세트에게 수동적으로 전달하였다. n=2 실험으로부터의 대표적인 도면이며, 각각의 실험에서 5마리 마우스/군을 사용함; **p<0.01, ****p<0.0001, ns: 정규 일원 ANOVA(Ordinary one-way ANOVA)에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 13f는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 치료적 투여를 나타낸다. KLH-DTH를 마우스에서 유도하고, 마우스를 도면의 각각의 패널 위에 나타낸 바와 같이 8, 3 또는 1일 동안 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리하였다. 데이터는 각각의 실험에서 5마리 마우스/군을 사용한 2개의 독립적인 실험을 나타낸다; *p<0.05 **p<0.01, ****p<0.0001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음.
도 14a 내지 도 14c는 지연형 과민증에서 DO11 TCR Tg 세포의 입양 전달을 나타낸다. BALB/c 마우스(n=5/군)에게 DTH를 OVA + CFA로 피하로 유도하기 24시간 전에 4×106개의 DO11 TCR Tg 세포를 입양 전달하였다. 제8일에, 마우스를 20 ㎍ OVA를 사용하여 귀에 피부내로 시험감염시켰다. 시험감염 24시간 후, 귀 측정치를 기록하였다. 비장 및 귀 드레이닝 림프절 세포를 OVA323-339 펩티드로 72시간 동안 생체외에서 재자극하여 항원 특이적 사이토카인 반응을 평가하였다. 도 14a는 막대가 귀 시험감염 24시간 후 귀 염증 변화의 평균±SEM을 나타낸다는 것을 도시한다. 도 14b는 전염증성 사이토카인 수준을 나타내고, 도 14c는 귀 드레이닝 경부 림프절 세포로부터의 상청액 중의 타입 3 사이토카인을 나타낸다. 데이터는 각각의 실험에서 5마리 마우스/군을 사용한 2개의 독립적인 실험을 나타낸다. ***p<0.01, ****p<0.0001, ns: 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음.
도 15a 내지 도 15d는 이미퀴모드 유도 건선 마우스 모델 BALB/c 마우스의 등 피부 및 귀를 7일 동안 5% 이미퀴모드, TLR7 및 TLR8 효능제로 국소로 처리하였다. 마우스를 제1일 내지 제7일 동안 매일 위약, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ PO)로 처리하였다. 도 15a는 이미퀴모드 적용 7일 후 마우스 등 피부의 표현형 표현을 나타낸다. 등 점수를 매일 기록하여 홍반 및 건선과 연관된 스케일링을 측정하였다. **p<0.01 ****p<0.001, ns: 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음. 도 15b는 IMQ 적용이 각질세포의 증식 및 면역 세포의 침윤을 변경한다는 것을 나타낸다. 등 피부의 H&E 염색은 과각화증(hyperkeratosis)으로 나타나는 피부 각질층 내의 핵 증가 및 가시세포증(acanthosis)으로 나타나는 표피의 두꺼워짐을 나타내는데, 이것은 병리학자에 의해서 점수 매겨졌다. *p<0.05 **p<0.01, 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우. 도 15c는 연구 종료 시, 비장세포를 PMA/이오노마이신으로 48시간 동안 생체외에서 재자극한 것을 나타낸다. 추가로, 귀를 균질화시키고, IL-17A의 단백질 수준을 MSD에 의해서 상청액으로부터 측정하였다. 도 15d는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 7일의 기간에 걸쳐서 IMQ 적용 후 귀 염증 감소에서 항-IL-17A로서 동등하게 효능이 있다는 것을 나타낸다. **p<0.01 ****p<0.001, 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우.
도 16a 내지 도 16c는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 EAE의 재발 완화형 모델(relapsing remitting model)에서 신경염증을 억제하였다는 것을 나타낸다. CFA에서 PLP91-110으로의 면역화에 의해서 SJL 마우스에서 EAE를 유도하였고, 백일해 독소(pertussis toxin: PTX)를 EAE 유도 1일, 3일 및 7일 후에 투여하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 41일 동안 매일 경구 투여하였다. 대조군(비히클)의 마우스에게 혐기성 수크로스를 투여하였다. 도 16a는 비히클, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 또는 양성 대조군으로서 핑골리모드(fingolimod)로 처리된 마우스의 누적 EAE 점수를 나타낸다. 데이터는 3회 독립적인 실험을 대표한다(n=15마리 마우스/군). 실험 기간 동안 매일 임상 점수를 평가하였다. ***p≤0.0005 및 ****p≤0.00005. 도 16b는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로의 처리가 EAE 마우스의 척수에서 염증 및 침윤성 염증성 세포를 감소시켰다는 것을 나타낸다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 비히클 또는 핑골리모드로 처리된 마우스의 뇌와 척수의 대표적인 헤마톡실린 및 에오신(H&E)-염색 영상. 척수 부분은 염증 및 염증성 부위를 갖는 영역을 보여주기 위해서 289× 배율로 확대되어 있다. 데이터는 2회 독립적인 실험을 대표한다(n=15마리 마우스/군). 도 16c는 연구 종료 시 제42일에 qPCR에 의한 EAE의 십이지장 대 결장에서의 Treg 관련 유전자의 전사 프로파일링을 나타낸다. 언페어드 스튜던츠에 의한 *p≤0.05. 데이터는 2회 독립적인 실험을 대표한다(n=5 마우스/군). 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 EAE 처리에서 Treg 유전자의 십이지장 발현을 유도한다.
도 17a 및 도 17b는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 시험관내 활성을 나타낸다. 도 17a는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 피. 제주니(P. jejuni)에 비해서 더 강력하고, 증가된 양의 IL-10 분비를 유도한다는 것을 나타낸다. 도 17b는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 용량-의존적 방식으로 장 상피 장벽을 일관되게 강화시킨다는 것을 나타낸다. 장 상피 공배양 트랜스웰 배양물(60% Caco-2 및 40% HT-29 세포주)을 수크로스 비히클 또는 다양한 농도의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B와 함께 24시간 동안 인큐베이션시켰다. 미생물과의 인큐베이션 전 및 후에, 상피통과 전기 저항(TEER)을 통해서 상피 장벽을 평가하였다. 각각 3개의 기술적인 복제물이 있는 3회의 독립적인 실험으로부터의 대표적인 데이터를 나타낸다. 장벽 무결성을 0시간으로부터의 배수 변화로 계산하고, 수크로스 비히클 백분율로서 보고한다.
도 18a 내지 도 18d는 Th2 유도 아토피성 피부염의 뮤린 모델을 나타낸다. Th2 유도 아토피성 피부염의 뮤린 모델. 도 18a 내지 도 18b에서, BALB/c 마우스를 제1일 및 제2일에 0.5% FITC로 국소로 감작시켰고, 6일 후에 귀를 0.5% FITC로 시험감염시켰다. 마우스를 매일 비히클, 덱사메타손(1 ㎎/㎏ IP) 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ PO)로 처리하였다. 귀 염증을 제7일에 귀 시험감염 24시간 후에 측정하였다. 도 18a는 귀 두께 변화를 나타낸다(n=5마리 마우스/군). 도 18b는 연구 종료 시, 귀 드레이닝 림프절을 수거하고, 단일 세포 현탁액을 48시간 동안 PMA/이오노마이신으로 생체외에서 자극한 것을 나타낸다. IL-4 및 KC의 단백질 수준을 MSD에 의해서 상청액으로부터 측정하였다. 도 18c 내지 도 18d에서, BALB/c 마우스를 제1일 내지 제14일에 45 nM MC903으로 귀를 매일 국소로 감작시켰다. 마우스를 매일 비히클 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ PO)로 처리하였다. 귀 염증을 제14일에 측정하였다. 도 18c는 귀 두께 변화를 나타낸다(n=5마리 마우스/군). 도 18d는 qPCR을 귀 조직으로부터 수행하여 Th2 관련 유전자 발현을 결정한 것을 도시한다. 데이터는 2개의 개별 실험을 대표한다. ***p<0.01, ****p<0.0001, ns: 정규 일원 ANOVA에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음.
도 19는, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 비복제 형태가 KLH-DTH에 대한 보호를 나타낸다는 것을 보여준다. KLH-DTH를 이미 기재된 바와 같이 설정하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 비복제 감마 조사 형태로 처리된 군에서의 귀 두께 변화(n=5마리 마우스/군). ****p<0.001, ns: 언페어드 스튜던츠 t-검정에 의해서 결정되는 경우 유의하지 않음.
도 20은 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 항-TLR2 항체, IgG1 이소타입 대조군 또는 제시된 바와 같은 조합물로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 21은 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 항-TLR2 항체, IgG1 이소타입 대조군 또는 제시된 바와 같은 조합물로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 22a 및 도 22b는 투여 후 제15일(도 22a) 및 제30일(도 22b)에 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 23a 및 도 23b는 투여 후 제15일(도 23a) 및 제30일(도 23b)에 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 5개의 개별 분말 제제로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 24a 및 도 24b는 투여 후 제8일(도 24a) 및 제23일(도 24b)에 분말 또는 고체 투여 형태의 비히클, 덱사메타손 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로의 처리 후 KLH DTH 모델에서 24시간 귀 측정을 나타낸 그래프이다.
도 25는 연구 개략도를 나타낸다.
일 양태에서, 본 명세서에는 경구 투여되는 프레보텔라 히스티콜라의 비집락화 균주인 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 기재되며, 이것은 타입 1(TH1), 타입 2(TH2) 및 타입 3(TH17) 염증의 뮤린 모델에서 전신 염증을 억제하기 위해서 소장 축을 조절한다. 지연형 과민증(타입 1, 타입 2 및 3 염증), 건선(타입 3 염증) 및 EAE(타입 3 염증)을 비롯한 질환의 마우스 모델에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 사용한 경구 요법은 염증 및 면역병리의 상당한 감소를 초래하였다. 생체외 사이토카인 분석은, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 치료가 IL-6, TNF 및 IL-12p70을 비롯한 전염증성 사이토카인의 생산을 감소시켰고, 염증 캐스케이드에 연루된 각질세포 화학유인물질(KC)을 비롯한 케모카인을 하향조절하였다는 것을 나타내었다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 치료는 또한 IL-10을 유도하였는데, 이것은 염증의 하향조절에서 역할을 한다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 시험관내에서 소화관 상피 세포의 장벽 무결성을 강화시킨다. 마지막으로, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 비복제 형태는 염증 억제에 동등하게 효능이 있었는데, 이는 집락화 생존력이 약물의 약리학적 활성에 요구되지 않는다는 것을 나타낸다. 그것은 소화관에서 지속되거나 집락화되지 않고, 주위 미생물군을 변형시키지 않는다. 이러한 결과는, 소장 축이 이전에 인지되지 않았던 전신 염증의 제어에 중요한 역할을 갖는다는 것을 나타낸다. 그것은 장 점막 상의 숙주 세포에 직접 작용하는 경구 투여된 소화관-제한된 약물에 의해서 조절될 수 있다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 광범위한 염증성 질환을 치료할 잠재력을 갖는 경구용의 강력한 항염증 약물의 최초의 차세대 약물로서 임상 개발 중이다.
특정 양상에서, 본 명세서에는 항염증 미생물인 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 사용한 경구 요법이 기재된다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 인간 공여자의 십이지장으로부터 단리된 프레보텔라 히스티콜라의 단일 균주의 약제학적 제제일 수 있다. 이러한 균주는 경구 투여될 때 트랜스제닉 뮤린 질환 모델에서 염증을 감소시키는 것으로 나타났다. 본 명세서에 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 항염증 효과의 범위 및 기전은 소장 축에 의해서 매개된 염증 수복의 관점에서 개시 및 논의되어 있다.
본 명세서에 보고된 바와 같이, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 장에서의 집락화는 이의 약리학적 활성에 필요하지 않다. 따라서, 특정 실시형태에서 미생물군의 변형이 존재하지 않는다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 비복제 감마-조사 형태의 효능은, 이의 작용이 시험관내 검정에서 인지된 효과와 일관되게, 숙주 세포와의 직접 상호작용에 의존한다는 증거이다. 이는 결장 미생물총(colonic microbiota)의 생태계를 변경하는 생 박테리아 치료제의 기록과 구별된다. 모든 실험을 온전한 장 미생물총을 갖는 특정 병원체-무함유 동물에서 수행하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 용량-의존적 효과는 이러한 미생물 배경에 중첩되었다.
지연형 과민증 모델에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효능에서 IL-10의 역할은 소장 축에 의해서 매개되는 효과와 전염증성 매개인자를 억제하는 것에 기초한 확립된 치료제 사이의 차이를 나타낸다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 활성에서 IL-10의 역할의 약리학적 입증은 이의 항염증 효과를 이용하기 위한 대안적인 방식을 나타낸다.
따라서, 특정 실시형태에서 본 명세서에는 수백만 명의 환자가 앓고 있는 일반적인 염증성 질환에 대한 치료적 접근법이 제공된다. 소장 축을 통해 작용하는 비흡수성 경구제에 의한 염증의 수복은 전세계 수백만 명의 환자가 앓고 있는 염증성 질환의 치료를 위해 합리적인 비용으로 제조될 수 있는 새로운 부류의 효과적이고 안전한 경구용 의약을 생성할 가능성이 있다.
정의
"아주반트" 또는 "아주반트 요법"은 광범위하게 환자 또는 대상체에서 면역학적 또는 생리학적 반응에 영향을 미치는 작용제를 지칭한다. 예를 들어, 아주반트는 시간이 지남에 따라 항원의 존재를 증가시키거나, 항원 제시 세포 항원을 흡수하고, 대식세포 및 림프구를 활성화시키고, 사이토카인의 생산을 지원할 수 있다. 면역 반응을 변화시킴으로써, 아주반트는 소량의 면역 상호작용제가 특정 용량의 면역 상호작용제의 효과 또는 안전성을 증가시키도록 허용할 수 있다. 예를 들어, 아주반트는 T 세포 고갈을 방지하여 특정 면역 상호작용제의 효과 또는 안전성을 증가시킬 수 있다.
"투여"는 광범위하게 대상체에 대한 조성물의 투여 경로를 지칭한다. 투여 경로의 예는 경구 투여, 직장 투여, 국소 투여, 흡입(비강) 또는 주사를 포함한다. 주사 투여는 정맥내(IV), 근육내(IM) 및 피하(SC) 투여를 포함한다. 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물은 경구, 비경구, 장내, 정맥내, 복강내, 국소, 경피(예를 들어, 임의의 표준 패치를 사용), 피부내, 안구내, 비강내, 국소, 비경구, 예컨대, 에어로졸, 흡입, 피하, 근육내, 협측, 설하, (경)직장, 질, 동맥내 및 경막내, 점막내(예를 들어, 설하, 혀, (경)협측), (경)요도, 질(예를 들어, 경질내 및 질내), 이식, 방광내, 폐내, 십이지장내, 위내 및 기관지내를 포함하지만, 이에 제한되지 않는 임의의 효과적인 경로에 의해 임의의 형태로 투여될 수 있다. 바람직한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물은 경구, 직장, 국소, 방광내, 배액 림프절 내로 또는 인접하여 주사에 의해, 정맥내, 흡입 또는 에어로졸에 의해, 또는 피하로 투여된다. 일부 바람직한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물은 경구로 투여된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "항체"는 온전한 항체 및 이의 항원 결합 단편 둘 모두를 지칭할 수 있다. 온전한 항체는 디설파이드 결합에 의해 상호-연결된 적어도 2개의 중쇄(H) 및 2개의 경쇄(L)를 포함하는 당단백질이다. 각각의 중쇄는 중쇄 가변 영역(본 명세서에서 VH로 축약됨) 및 중쇄 불변 영역을 포함한다. 각각의 경쇄는 경쇄 가변 영역(본 명세서에서 VL로 축약됨) 및 경쇄 불변 영역을 포함한다. VH 및 VL 영역은 프레임워크 영역(FR)으로 지칭되는 보다 보존된 영역들과 산재된 상보성 결정 영역(CDR)으로 지칭되는 초가변 영역으로 추가로 세분될 수 있다. 각각의 VH 및 VL은 3개의 CDR 및 4개의 FR로 구성되며, 하기의 순서로 아미노-말단에서 카르복시-말단으로 배열된다: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. 중쇄 및 경쇄의 가변 영역은 항원과 상호작용하는 결합 도메인을 함유한다. 용어 "항체"는 예를 들어, 단클론성 항체, 다클론성 항체, 키메라 항체, 인간화 항체, 인간 항체, 다중특이적 항체(예를 들어, 이중특이적 항체), 단일-쇄 항체 및 항원-결합 항체 단편을 포함한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 항체의 "항원 결합 단편" 및 "항원-결합 부분"은 항원에 결합하는 능력을 유지하는 항체의 하나 이상의 단편을 지칭한다. 항체의 "항원-결합 단편"이라는 용어에 포함되는 결합 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2, Fv, scFv, 디설파이드 결합 Fv, Fd, 디아바디, 단일-쇄 항체, NANOBODIES®, 단리된 CDRH3, 및 온전한 항체의 가변 영역의 적어도 일부를 보유하는 다른 항체 단편을 포함한다. 이들 항체 단편은 통상적인 재조합 및/또는 효소 기술을 사용하여 수득될 수 있으며, 온전한 항체와 동일한 방식으로 항원 결합에 대해 스크리닝될 수 있다.
"세포 증대"는 조성물의 투여 전에 환경에 실질적으로 존재하지 않고 조성물 자체에 존재하지 않는 환경에서 세포의 유입 또는 세포의 확장을 광범위하게 지칭한다. 환경을 증대시키는 세포는 면역 세포, 간질 세포, 박테리아 및 진균 세포를 포함한다.
"분기군"은 계통수에서 통계적으로 유효한 노드의 하류에 있는 계통수의 OTU 또는 구성원을 지칭한다. 분기군은 상이한 단일계통 진화 단위이고 어느 정도의 서열 유사성을 공유하는 계통수에서의 말단 잎 세트를 포함한다. "조작 분류 단위" 및 "OTU"(또는 복수형 "OTU들")는 계통수에서 말단 잎을 지칭하고, 핵산 서열, 예를 들어 전체 게놈 또는 특정 유전자 서열, 및 종 수준에서 이 핵산 서열에 대한 서열 동일성을 공유하는 모든 서열에 의해 정의된다. 일부 실시형태에서, 특정 유전자 서열은 16S 서열 또는 16S 서열의 일부일 수 있다. 다른 실시형태에서, 2개의 개체의 전체 게놈이 서열분석되고 비교된다. 또 다른 실시형태에서, 다중 위치 서열 태그(MLST), 특정 유전자 또는 유전자 세트와 같은 선택된 영역은 유전자 비교될 수 있다. 16S 실시형태에서, 전체 16S 또는 16S의 일부 가변 영역에 걸쳐 97% 이상의 평균 뉴클레오티드 동일성을 공유하는 OTU들은 동일한 OTU로 간주된다(예를 들어, 문헌[Claesson M J, Wang Q, O'Sullivan O, Greene-Diniz R, Cole J R, Ros R P, and O'Toole P W. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions. Nucleic Acids Res 38: e200. Konstantinidis K T, Ramette A, and Tiedje J M. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940] 참고). 완전한 게놈을 수반하는 실시형태에서, 95% 이상의 평균 뉴클레오티드 동일성을 공유하는 MLST, 특정 유전자 또는 유전자 세트 OTU들은 동일한 OTU로 간주된다(예를 들어, 문헌[Achtman M, and Wagner M. 2008. Microbial diversity and the genetic nature of microbial species. Nat. Rev. Microbiol. 6: 431-440. Konstantinidis K T, Ramette A, and Tiedje J M. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940] 참고). OTU는 흔히 유기체 간의 서열을 비교함으로써 정의된다. 일반적으로, 95% 미만의 서열 동일성을 갖는 서열은 동일한 OTU의 일부를 형성하는 것으로 간주되지 않는다. OTU는 또한 뉴클레오티드 마커 또는 유전자의 임의의 조합, 특히 고도로 보존된 유전자(예를 들어, "하우스-키핑(house-keeping)" 유전자)의 임의의 조합, 또는 이의 조합을 특징으로 할 수 있다. 이러한 특성화는 예를 들어, WGS 데이터 또는 전체 게놈 서열을 사용한다.
둘 이상의 단클론성 미생물 균주의 "조합"은 동일한 물질 또는 제품 또는 물리적으로 연결된 제품에서의 두 단클론성 미생물 균주의 물리적 공존뿐만 아니라, 단클론성 미생물 균주의 일시적인 공동 투여 또는 공동 국소화도 포함한다.
용어 "감소시키다" 또는 "고갈시키다"는 치료 전 상태와 비교하여 치료 후, 상황에 따라 차이가 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 1/100, 1/1000, 1/10,000, 1/100,000, 1/1,000,000 또는 검출 불가가 되도록 하는 변화를 의미한다. 감소될 수 있는 특성은 면역 세포, 박테리아 세포, 기질 세포, 골수 유래 억제자 세포, 섬유아세포, 대사산물의 수; 사이토카인의 수준; 또는 또 다른 물리적 매개변수(예컨대, (예를 들어, DTH 동물 모델에서) 귀 두께 또는 (예를 들어, 동물 종양 모델에서) 종양 크기)를 포함한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "조작된 박테리아"는 인간의 개입 및 임의의 이러한 박테리아의 자손에 의해 그들의 자연 상태로부터 유전적으로 변경된 임의의 박테리아이다. 조작된 박테리아는 예를 들어, 표적화된 유전자 변형의 생성물, 무작위 돌연변이 유발 스크린의 생성물 및 유도 진화의 생성물을 포함한다.
용어 "에피토프"는 항체 또는 T 세포 수용체에 특이적으로 결합할 수 있는 단백질 결정인자를 의미한다. 에피토프는 일반적으로 아미노산 또는 당 측쇄와 같은 분자의 화학적 활성 표면 기로 구성된다. 특정 에피토프는 항체가 결합할 수 있는 특정 아미노산 서열에 의해 정의될 수 있다.
용어 "유전자"는 생물학적 기능과 관련된 임의의 핵산을 지칭하기 위해 광범위하게 사용된다. 용어 "유전자"는 특정 게놈 서열뿐만 아니라 이 게놈 서열에 의해 암호화된 cDNA 또는 mRNA에도 적용된다.
2개의 핵산 분자의 핵산 서열 사이의 "동일성"은 예를 들어, 문헌[Pearson et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444]에서와 같은 기본 파라미터를 사용하여, "FASTA" 프로그램과 같은 공지된 컴퓨터 알고리즘을 사용하여 동일성 백분율로서 결정될 수 있다(다른 프로그램은 GCG 프로그램 패키지(문헌[Devereux, J., et al., Nucleic Acids Research 12(I):387(1984)]), BLASTP, BLASTN, FASTA(문헌[Atschul, S. F., et al., J Molec Biol 215:403(1990)]; 문헌[Guide to Huge Computers, Martin J. Bishop, ed., Academic Press, San Diego, 1994] 및 문헌[Carillo et al. (1988) SIAM J Applied Math 48:1073])를 포함함). 예를 들어, 미국 국립 생물공학 정보센터 데이터베이스의 BLAST 기능을 사용하여 동일성을 결정할 수 있다. 다른 상업적으로 또는 공개적으로 이용가능한 프로그램에는, DNAStar "MegAlign" 프로그램(미국 위스콘신주 매디슨 소재) 및 위스콘신 대학교 Genetics Computer Group(UWG)의 "Gap" 프로그램(미국 위스콘신주 매디슨 소재)이 포함된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "면역 장애"는 자가면역 질환, 염증성 질환 및 알레르기를 포함한, 면역계의 활동에 의해 유발된 임의의 질환, 장애 또는 질환 증상을 지칭한다. 면역 장애는 자가면역 질환(예를 들어, 루푸스, 공피증, 용혈빈혈, 혈관염, 1형 당뇨병, 그레이브병, 류마티스 관절염, 다발경화증, 굿파스쳐 증후군, 악성 빈혈 및/또는 근육병증), 염증성 질환(예를 들어, 보통 여드름, 천식, 복강 질환, 만성 전립선염, 사구체신염, 염증성 장 질환, 골반염 질환, 재관류 손상, 류마티스 관절염, 사코이드증, 이식 거부, 혈관염 및/또는 간질성 방광염), 및/또는 알레르기(예를 들어, 식품 알레르기, 약물 알레르기 및/또는 환경 알레르기)를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
"면역요법"은 대상체의 면역계를 사용하여 질환(예를 들어, 면역 질환)을 치료하는 치료법이며, 예를 들어 관문 저해제, 사이토카인, 세포 요법, CAR-T 세포 및 수지상 세포 요법을 포함한다.
용어 "증가하다"는 치료 전 상태와 비교하여 치료 후, 상황에 따라 차이가 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 4배, 10배, 100배, 10^3배, 10^4배, 10^5배, 10^6배 및/또는 10^7배 더 크도록 되는 변화를 의미한다. 증가될 수 있는 특성은 면역 세포, 박테리아 세포, 기질 세포, 골수 유래 억제자 세포, 섬유아세포, 대사산물의 수; 사이토카인의 수준; 또는 또 다른 물리적 매개변수(예컨대, (예를 들어, DTH 동물 모델에서) 귀 두께 또는 (예를 들어, 동물 종양 모델에서) 종양 크기)를 포함한다.
"선천적 면역 효능제" 또는 "면역-아주반트"는 소분자, 단백질 또는 톨(Toll)-유사 수용체(TLR), NOD 수용체, RLR, C-타입 렉틴 수용체, STING-cGAS 경로 성분, 인플라마솜 복합체를 포함한 선천적 면역 수용체를 특이적으로 표적화하는 다른 제제이다. 예를 들어, LPS는 박테리아 유래 또는 합성된 TLR-4 효능제이며, 알루미늄은 면역 자극 아주반트로서 사용될 수 있다. 면역 아주반트는 특정 부류의 광범위한 아주반트 또는 아주반트 요법이다. STING 효능제의 예는 2'3'-cGAMP, 3'3'-cGAMP, c-디-AMP, c-디-GMP, 2'2'-cGAMP, 및 2'3'-cGAM(PS)2(Rp/Sp)(Rp, 2'3'-cGAMP의 비스-포스포로티오에이트 유사체의 Sp-이성질체)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. TLR 효능제의 예는 TLRl, TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLRlO 및 TLRI l을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. NOD 효능제의 예는 N-아세틸무라밀-L-알라닐-D-이소글루타민(무라밀디펩티드(MDP)), 감마-D-글루타밀-메소-디아미노피멜산(iE-DAP), 및 데스무라밀펩티드(DMP)를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
용어 "단리된" 또는 "강화된"은 (1) 초기에 생산되었을 때(자연에서 또는 실험 설정에서) 관련된 성분 중 적어도 일부로부터 분리된, 및/또는 (2) 인간의 손에 의해 생산, 제조, 정제 및/또는 제작된 미생물, 박테리아 또는 다른 개체 또는 물질을 포함한다. 단리된 미생물은 초기에 관련된 다른 성분의 적어도 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90% 또는 그 초과로부터 분리될 수 있다. 일부 실시형태에서, 단리된 미생물은 약 80% 초과, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 99% 초과 순수하고, 예를 들어, 다른 성분이 실질적으로 존재하지 않는다. 용어 "정제하다", "정제하는" 및 "정제된"은 초기에 생산 또는 생성되었을 때(예를 들어, 자연에서 또는 실험 설정에서), 또는 초기 생산 후 언제든지, 관련된 성분 중 적어도 일부로부터 분리된 다른 물질 또는 미생물을 지칭한다. 미생물 또는 미생물 집단은 미생물 또는 미생물 집단을 함유하는 물질 또는 환경으로부터와 같이 생산 시 또는 생산 후에 단리된 경우 정제된 것으로 간주될 수 있으며, 정제된 미생물 또는 미생물 집단은 최대 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90% 또는 약 90% 초과의 다른 물질을 함유할 수 있으며, 여전히 "단리된" 것으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 정제된 미생물 또는 미생물 집단은 약 80% 초과, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 99% 초과 순수하다. 본 명세서에 제공된 미생물 조성물의 경우에, 조성물에 존재하는 하나 이상의 미생물 유형은 미생물 유형을 함유하는 물질 또는 환경에서 생성되고/되거나 존재하는 하나 이상의 다른 미생물로부터 독립적으로 정제될 수 있다. 미생물 조성물 및 이의 미생물 성분은 일반적으로 잔류 서식지 생성물로부터 정제된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 "대사산물"은 임의의 세포 또는 미생물 대사 반응에서 기질로서 사용되거나 또는 임의의 세포 또는 미생물 대사 반응으로부터 생성물 화합물, 조성물, 분자, 이온, 보조 인자, 촉매 또는 영양소로서 생성되는 모든 분자 화합물, 조성물, 분자, 이온, 보조 인자, 촉매 또는 영양소를 지칭한다.
"미생물"은 박테리아, 진균, 미세 조류, 원생동물, 및 유기체와 관련된 발달 단계 또는 생애주기 단계(예를 들어, 식물, 포자(포자 형성, 휴면 및 발아 포함), 잠복, 생물막)로 특징지어지는 임의의 천연 또는 조작된 유기체를 지칭한다.
"미생물군"은 광범위하게 대상체 또는 환자의 신체 부위에 또는 그 안에 존재하는 미생물을 지칭한다. 미생물군의 미생물은 박테리아, 바이러스, 진핵생물 미생물 및/또는 바이러스를 포함할 수 있다. 미생물군의 개별 미생물은 대사 활성, 휴면성, 잠복성일 수 있거나, 포자로서 존재할 수 있거나, 플랑크톤으로 또는 바이오 필름에 존재할 수 있거나, 지속 가능하거나 일시적인 방식으로 미생물군에 존재할 수 있다. 미생물군은 공생 또는 건강 상태 미생물군 또는 질환 상태 미생물군일 수 있다. 미생물군은 대상체 또는 환자에 고유할 수 있거나, 또는 건강 상태 또는 치료 조건(예를 들어, 항생제 치료, 상이한 미생물에 대한 노출)의 변화로 인해 미생물군의 성분이 조절, 도입, 또는 고갈될 수 있다. 일부 양태에서, 미생물군은 점막 표면에서 발생한다. 일부 양태에서, 미생물군은 장 미생물군이다.
조직 또는 샘플의 "미생물군 프로파일" 또는 "미생물군 서명"은 미생물군의 박테리아 구성의 적어도 부분적인 특성화를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 미생물군 프로파일은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100종 또는 그 초과의 박테리아 균주가 미생물군에 존재하는지 부재하는지를 나타낸다. 일부 실시형태에서, 마이크로바이옴 프로파일은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100종 또는 그 초과의 박테리아 균주가 샘플 내에 존재하는지 여부를 나타낸다. 일부 실시형태에서, 마이크로바이옴 프로파일은 샘플에서 검출된 각각의 박테리아 균주의 상대 또는 절대량을 나타낸다.
박테리아와 관련하여 "변형된"은 박테리아의 야생형으로부터 변화를 거친 박테리아를 광범위하게 지칭한다. 박테리아 변형의 예는 유전자 변형, 유전자 발현, 표현형 변형, 제형화, 화학적 변형 및 용량 또는 농축을 포함한다. 개선된 특성의 예는 본 명세서 전반에 걸쳐 기술되어 있으며, 예를 들어 약독화, 영양요구성, 회귀성 또는 항원성을 포함한다. 표현형 변형은 예로서, 병독성을 증가 또는 감소시키는 박테리아의 표현형을 변형시키는 배지에서의 박테리아 성장을 포함할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 유전자가 동일한 조건 하에서 동일한 종의 야생형 박테리아에 의해 발현되는 것보다 적어도 일부 조건 하에서 조작된 박테리아에서 더 높은 수준으로 발현되는 경우, 유전자는 박테리아에서 "과발현"된다. 유사하게, 유전자가 동일한 조건 하에서 동일한 종의 야생형 박테리아에 의해 발현되는 것보다 적어도 일부 조건 하에서 조작된 박테리아에서 더 낮은 수준으로 발현되는 경우, 유전자는 박테리아에서 "저발현"된다.
용어들 "폴리뉴클레오티드" 및 "핵산"은 상호교환적으로 사용된다. 이들은 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체 형태, 데옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드, 또는 이들의 유사체를 지칭한다. 폴리뉴클레오티드는 임의의 3차원 구조를 가질 수 있고, 임의의 기능을 수행할 수 있다. 하기는 폴리뉴클레오티드의 비-제한적인 예이다: 유전자 또는 유전자 단편의 암호화 또는 비-암호화 영역, 연결 분석으로부터 정의된 유전자좌(유전자좌들), 엑손, 인트론, 메신저 RNA(mRNA), 마이크로 RNA(miRNA), 침묵 RNA(siRNA), 전이 RNA, 리보좀 RNA, 리보자임, cDNA, 재조합 폴리뉴클레오티드, 분지형 폴리뉴클레오티드, 플라스미드, 벡터, 임의의 서열의 단리된 DNA, 임의의 서열의 단리된 RNA, 핵산 프로브 및 프라이머. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대, 메틸화된 뉴클레오티드 및 뉴클레오티드 유사체를 포함할 수 있다. 존재하는 경우, 뉴클레오티드 구조에 대한 변형은 중합체의 조립 전 또는 후에 부여될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 예컨대, 표지화 성분과의 접합에 의해 추가로 변형될 수 있다. 본 명세서에 제공된 모든 핵산 서열에서, U 뉴클레오티드는 T 뉴클레오티드와 상호교환가능하다.
"조작 분류 단위" 및 "OTU(들)"는 계통수에서 말단 잎을 지칭하고, 핵산 서열, 예를 들어 전체 게놈 또는 특정 유전자 서열, 및 종 수준에서 이 핵산 서열에 대한 서열 동일성을 공유하는 모든 서열에 의해 정의된다. 일부 실시형태에서, 특정 유전자 서열은 16S 서열 또는 16S 서열의 일부일 수 있다. 다른 실시형태에서, 2개의 개체의 전체 게놈이 서열분석되고 비교된다. 또 다른 실시형태에서, 다중 위치 서열 태그(MLST), 특정 유전자 또는 유전자 세트와 같은 선택된 영역은 유전자 비교될 수 있다. 16S의 경우, 전체 16S 또는 16S의 일부 가변 영역에 걸쳐 97% 이상의 평균 뉴클레오티드 동일성을 공유하는 OTU들은 동일한 OTU로 간주된다. 예를 들어, 문헌[Claesson MJ, Wang Q, O'Sullivan O, Greene-Diniz R, Cole JR, Ross RP, and O'Toole PW. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions. Nucleic Acids Res 38: e200. Konstantinidis KT, Ramette A, and Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940] 참고. 완전한 게놈의 경우, 95% 이상의 평균 뉴클레오티드 동일성을 공유하는 MLST, 16S 이외의 특정 유전자 또는 유전자 세트의 OTU들은 동일한 OTU로 간주된다. 예를 들어, 문헌[Achtman M, and Wagner M. 2008. Microbial diversity and the genetic nature of microbial species. Nat. Rev. Microbiol. 6: 431-440. Konstantinidis KT, Ramette A, and Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940] 참고. OTU는 흔히 유기체 간의 서열을 비교함으로써 정의된다. 일반적으로, 95% 미만의 서열 동일성을 갖는 서열은 동일한 OTU의 일부를 형성하는 것으로 간주되지 않는다. OTU는 또한 뉴클레오티드 마커 또는 유전자의 임의의 조합, 특히 고도로 보존된 유전자(예를 들어, "하우스-키핑" 유전자)의 임의의 조합, 또는 이의 조합을 특징으로 할 수 있다. 예를 들어, 속, 종 및 계통발생적 분기군에 대한 분류학적 할당을 갖는 조작 분류 단위(OTU)가 본 명세서에 제공된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 물질은 다른 성분이 실질적으로 없는 경우 "순수"하다. 용어 "정제시키다", "정제시키는" 및 "정제된"은 초기에 생산 또는 생성되었을 때(예를 들어, 자연에서 또는 실험 설정에서), 또는 초기 생산 후 언제든지, 관련된 성분들 중 적어도 일부로부터 분리된 다른 물질 또는 미생물을 지칭한다. 미생물은 하나 이상의 다른 박테리아 성분으로부터와 같이 생산 시 또는 생산 후에 단리된 경우 정제된 것으로 간주될 수 있으며, 정제된 미생물 또는 미생물 집단은 최대 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 또는 약 90% 초과의 다른 물질을 함유할 수 있으며, 여전히 "단리된" 것으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 정제된 미생물은 약 80% 초과, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 99% 초과 순수하다. 박테리아 조성물 및 이의 미생물 성분은 예를 들어, 잔류 서식지 생성물로부터 정제된다.
"잔류 서식지 산물"은 대상체 내에서 또는 대상체에서 미생물 군에 대한 서식지로부터 유래된 물질을 지칭한다. 예를 들어, 예를 들어, 미생물은 위장관내 배설물, 피부 자체, 타액, 호흡기 점액 또는 비뇨생식관 분비물(즉, 미생물 군집과 관련된 생물학적 물질)에서 산다. 잔류 서식지 산물이 실질적으로 없음은 미생물 조성물이 더 이상 인간 또는 동물 대상체 상의 또는 내의 미생물 환경과 관련된 생물학적 물질을 더 이상 함유하지 않고, 미생물 군집과 관련된 임의의 오염 생물학적 물질이 100% 없고, 99% 없고, 98% 없고, 97% 없고, 96% 없거나, 또는 95% 없음을 의미한다. 잔류 서식지 산물은 비 생물 물질(소화되지 않은 음식 포함)을 포함하거나, 원치 않는 미생물을 포함할 수 있다. 잔류 서식지 산물이 실질적으로 없음은 또한, 미생물 조성물이 인간 또는 동물로부터 검출가능한 세포를 함유하지 않으며, 미생물 세포만이 검출될 수 있음을 의미할 수 있다. 일 실시형태에서, 잔류 서식지 산물이 실질적으로 없음은 또한, 미생물 조성물이 검출가능한 바이러스(미생물 바이러스(예를 들어, 파지) 포함) 진균류, 마이코플라즈마 오염물을 함유하지 않음을 의미할 수 있다. 또 다른 실시형태에서, 이는 미생물 세포와 비교하여 미생물 조성물내 생존가능 세포의 1×10-2%, 1×10-3%, 1×10-4%, 1×10-5%, 1×10-6%, 1×10-7%, 1×10-8% 미만이 인간 또는 동물임을 의미한다. 이 정도의 순도를 달성하는 방법에는 여러 가지가 있지만 그 중 어느 것도 제한적이지 않다. 따라서, 일련의 단일 집락으로부터의 복제(예컨대, 2개, 이에 제한되지 않음) 줄무늬가 단일 집락 형태를 나타낼 때까지 고체 배지에서 단일 집락으로의 여러 단계의 스트리킹을 통해 원하는 성분을 단리함으로써 오염이 감소될 수 있다. 대안적으로, 단일의 원하는 세포에 대한 다수 라운드의 일련의 희석(예를 들어, 10-8 또는 10-9의 희석)에 의해, 예컨대, 다회의 10배 연속 희석을 통해, 오염 감소가 달성될 수 있다. 이는 다수의 단리된 집락이 유사한 세포 형태 및 그람 염색 거동을 갖는 것을 보여줌으로써 추가로 확인할 수 있다. 적절한 순도를 확인하기 위한 다른 방법으로는 유전자 분석(예를 들어, PCR, DNA 서열분석), 혈청학 및 항원 분석, 효소 및 대사 분석, 및 원하는 성분을 오염물질과 구별하는 시약을 사용한 유세포 분석과 같은 계측을 사용하는 방법이 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "특이적 결합"은 항체가 소정의 항원에 결합하는 능력 또는 폴리펩티드가 그의 소정의 결합 파트너에 결합하는 능력을 지칭한다. 전형적으로, 항체 또는 폴리펩티드는 약 10-7 M 이하의 KD에 상응하는 친화도로 그의 소정의 항원 또는 결합 파트너에 특이적으로 결합하고, 비 특이적 및 관련되지 않은 항원/결합 파트너(예를 들어, BSA, 카세인)에 대한 결합에 대한 친화도보다 적어도 10배 적거나, 적어도 100배 적거나, 또는 적어도 1000배 적은 친화도(KD에 의해 표현됨)로 소정의 항원/결합 파트너에 결합한다. 대안적으로, 특이적 결합은 하나의 성분이 단백질, 지질 또는 탄수화물 또는 이들의 조합이며, 특이적인 방식으로 단백질, 지질, 탄수화물 또는 이들의 조합인 제2 성분과 결합하는 2개 성분 시스템에 보다 광범위하게 적용된다.
용어들 "대상체" 또는 "환자"는 임의의 동물을 지칭한다. "치료를 필요로 하는"으로 기재된 대상체 또는 환자는 질환 치료가 필요한 대상체를 지칭한다. 포유동물(즉, 포유류 동물)은 인간, 실험 동물(예를 들어, 영장류, 래트, 마우스), 가축(예를 들어, 소, 양, 염소, 돼지) 및 가정용 애완 동물(예를 들어, 개, 고양이, 설치류)을 포함한다. 예를 들어, 대상체는 개, 고양이, 소, 말, 돼지, 당나귀, 염소, 낙타, 마우스, 래트, 기니피그, 양, 라마, 원숭이, 고릴라 또는 침팬지를 포함하지만, 이에 제한되지 않는 비-인간 포유동물일 수 있다.
"균주"는 동일한 박테리아 종의 밀접하게 관련된 구성원과 구별될 수 있도록 유전자 서명을 갖는 박테리아 종의 구성원을 지칭한다. 유전자 서명은 적어도 하나의 유전자의 전부 또는 일부의 부재, 적어도 조절 영역(예를 들어, 프로모터, 종결자, 리보스위치, 리보솜 결합 부위)의 전부 또는 일부의 부재, 적어도 하나의 천연 플라스미드의 부재("경화"), 적어도 하나의 재조합 유전자의 존재, 적어도 하나의 돌연변이 유전자의 존재, 적어도 하나의 외래 유전자(다른 종으로부터 유래된 유전자)의 존재, 적어도 하나의 돌연변이 조절 영역(예를 들어, 프로모터, 종결자, 리보스위치, 리보솜 결합 부위), 적어도 하나의 비-천연 플라스미드의 존재, 적어도 하나의 항생제 내성 카세트의 존재 또는 이들의 조합일 수 있다. 상이한 균주 사이의 유전자 서명은 PCR 증폭에 이어, 임의로 관심 게놈 영역(들) 또는 전체 게놈의 DNA 서열분석에 의해 확인될 수 있다. (같은 종의 다른 균주와 비교하여) 하나의 균주가 항생제 내성을 얻거나 잃거나, 생합성 능력(예컨대, 영양요구성 균주)을 얻거나 잃어버린 경우, 균주는 각각 항생제 또는 영양소/대사산물을 사용한 선별 또는 역-선별에 의해 구별될 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 대상체에서 질환을 "치료하는" 또는 질환을 갖는 또는 갖는 것으로 의심되는 대상체를 "치료하는"이라는 용어는 대상체에게 약제학적 치료, 예를 들어 하나 이상의 작용제의 투여를 수행하여, 질환의 적어도 하나의 증상이 감소되거나 악화되는 것을 방지하는 것을 지칭한다. 따라서, 일 실시형태에서, "치료하는"은 특히 진행 지연, 완화 촉진, 완화 유도, 완화 증가, 회복 가속화, 대안 치료제의 효능 증가 또는 내성 감소, 또는 이들의 조합을 지칭한다.
박테리아
특정 양상에서, 본 명세서에는 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)의 치료 및/또는 예방에 유용한 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물) 및 (예를 들어, 건선의 치료를 위해서, 아토피성 피부염의 치료를 위해서) 예를 들어, 대상체, 예를 들어, 인간 대상체에서 상기 박테리아 조성물을 사용하는 방법이 제공된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 전체 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 생 박테리아, 사멸된 박테리아, 약독화된 박테리아)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 박테리아의 하나의 균주, 예를 들어, 프레보텔라 히스티콜라 만을 포함한다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)("프레보텔라 히스티콜라 균주 B" 또는 "프레보텔라 균주 B"라고도 지칭됨)이다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 균주는 프레보텔라 균주 B 50329의 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 게놈 서열, 16S 서열, CRISPR 서열)과 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 99.5% 서열 동일성, 적어도 99.6% 서열 동일성, 적어도 99.7% 서열 동일성, 적어도 99.8% 서열 동일성, 적어도 99.9% 서열 동일성)을 포함하는 균주이다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 당업계에 공지된 방법에 따라 배양될 수 있다. 예를 프레보텔라 히스티콜라스는 예를 들어, 전문이 참조에 의해 본 명세서에 포함된 문헌[Caballero et al., 2017. "Cooperating Commensals Restore Colonization Resistance to Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium" Cell Host & Microbe 21:592-602]에 개시된 방법을 사용하여 ATCC 배지 2722, ATCC 배지 1490, 또는 기타 배지에서 성장될 수 있다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 전체 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 생 박테리아, 사멸된 박테리아, 약독화된 박테리아)를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011 5×1011, 6×1011, 7×1011, 8×1011, 9×1011, 1×1012, 2×1012, 3×1012, 4×1012, 5×1012, 6×1012, 7×1012, 8×1012, 9×1012 및/또는 1×1013개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011 5×1011, 6×1011, 7×1011, 8×1011, 9×1011, 1×1012, 2×1012, 3×1012, 4×1012, 5×1012, 6×1012, 7×1012, 8×1012, 9×1012 및/또는 1×1013개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 최대 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011 5×1011, 6×1011, 7×1011, 8×1011, 9×1011, 1×1012, 2×1012, 3×1012, 4×1012, 5×1012, 6×1012, 7×1012, 8×1012, 9×1012 및/또는 1×1013개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011개 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011개 내지 약 1×1012개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1011 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 박테리아는 총 세포, 예를 들어, 총 세포 계수치(total cell count: TCC)(예를 들어, 쿨터 카운터(Coulter counter)에 의해 결정됨)에 기초하여 정량될 수 있다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 2.76 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 55 ㎎, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 150 ㎎, 200 ㎎, 250 ㎎, 300 ㎎, 350 ㎎, 400 ㎎, 450 ㎎, 500 ㎎, 550 ㎎, 600 ㎎, 650 ㎎, 700 ㎎, 750 ㎎, 800 ㎎, 850 ㎎, 900 ㎎, 950 ㎎, 1000 ㎎ 또는 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 최대 2.76 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 55 ㎎, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 150 ㎎, 200 ㎎, 250 ㎎, 300 ㎎, 350 ㎎, 400 ㎎, 450 ㎎, 500 ㎎, 550 ㎎, 600 ㎎, 650 ㎎, 700 ㎎, 750 ㎎, 800 ㎎, 850 ㎎, 900 ㎎, 950 ㎎, 1000 ㎎ 또는 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 2.76 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 55 mg, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 150 ㎎, 200 ㎎, 250 ㎎, 300 ㎎, 350 ㎎, 400 ㎎, 450 ㎎, 500 ㎎, 550 ㎎, 600 ㎎, 650 ㎎, 700 ㎎, 750 ㎎, 800 ㎎, 850 ㎎, 900 ㎎, 950 ㎎, 1000 ㎎ 또는 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1 g, 2 g, 2.5 g, 2.6 g, 2.61 g, 2.62 g, 2.63g, 2.64 g, 2.65 g, 2.66 g, 2.67 g, 2.68 g, 2.69 g, 2.70 g, 2.71 g, 2.72 g, 2.73g, 2.74 g, 2.75 g, 2.76 g, 2.77 g, 2.78 g, 2.79g, 2.80, 2.81 g, 2.82 g, 2.83 g, 2.84 g, 2.85 g, 2.86 g, 2.87 g, 2.88 g, 2.89g, 2.90 g, 3 g, 4 g, 5 g, 10 g, 20 g, 30 g, 40 g 또는 50 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 경구로 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체에게 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 2회 이상의 용량(예를 들어, 3회 이상, 4회 이상 또는 5회 이상의 용량)으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 2회 이상의 용량의 대상체에 대한 투여는 적어도 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 7시간, 8시간, 9시간, 10시간, 11시간, 12시간, 13시간, 14시간, 15시간, 16시간, 17시간, 18시간, 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일 또는 21일의 간격을 둔다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일, 21일, 22일, 23일, 24일, 25일, 26일, 27일, 28일, 29일, 30일, 31일, 32일, 33일, 34일, 35일, 36일, 37일, 38일, 39일, 40일, 41일 또는 42일 동안 1일 1회 투여된다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16주 동안 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16주 동안 1일 1회 투여된다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 캡슐 또는 정제로서 제형화된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 제형(예를 들어, 조성물)은 장용 코팅 또는 미세 캡슐화를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 장용 코팅 캡슐이다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 박테리아 조성물이 소장에서, 예를 들어, 상부 소장에서, 예를 들어, 십이지장에서 방출되는 것을 허용한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 HPMC를 포함한다.
일부 실시형태에서, 대상체는 포유동물이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 비인간 포유동물(예를 들어, 개, 고양이, 소, 말, 돼지, 당나귀, 염소, 낙타, 마우스, 래트, 기니피그, 양, 라마, 원숭이, 고릴라 또는 침팬지)이다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 표 1에 열거된 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 또는 그 초과)의 단백질 및/또는 표 1에 열거된 단백질을 암호화하는 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 또는 그 초과)의 유전자를 포함하는 프레보텔라의 균주이다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 모든 단백질 및/또는 표 1에 열거된 단백질을 암호화하는 모든 유전자를 포함한다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 박테리아는 표 2에 열거된 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 또는 그 초과)의 단백질 및/또는 표 2에 열거된 단백질을 암호화하는 하나 이상(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 또는 그 초과)의 유전자가 없거나 실질적으로 없는 프레보텔라 박테리아의 균주이다. 일부 실시형태에서, 프레보텔 박테리아는 표 2에 열거된 모든 단백질 및/또는 표 2에 열거된 단백질을 암호화하는 모든 유전자가 없다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 단백질 중 하나 이상을 포함하고, 표 2에 열거된 1종 이상의 단백질이 없거나 실질적으로 없는 프레보텔라 박테리아의 균주로부터 유래된다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 박테리아는 표 1에 열거된 단백질 모두 및/또는 표 1에 열거된 단백질을 암호화하는 유전자 모두를 포함하고, 표 2에 열거된 모든 단백질 모두 및/또는 표 2에 열거된 단백질을 암호화하는 유전자 모두가 없는 프레보텔라 박테리아의 균주로부터 유래된다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 조작된 프레보텔라 박테리아는 프레보텔라 박테리아를 개선(예를 들어, 더 높은 산소 내성, 안정성, 개선된 동결-해동 내성, 더 짧은 생성 시간)하도록 변형된다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 기재된 조작된 프레보텔라 박테리아는 하나 이상의 유전자 변화를 보유하는 박테리아를 포함하며, 상기 변화는 박테리아 염색체 또는 내인성 플라스미드 및/또는 하나 이상의 외래 플라스미드 상에 함유된 하나 이상의 뉴클레오티드의 삽입, 결실, 전위 또는 치환 또는 이들의 임의의 조합이며, 상기 유전자 변화는 하나 이상의 유전자의 과발현 및/또는 저발현을 야기할 수 있다. 조작된 미생물(들)은 부위-지향적 돌연변이유발, 트랜스포손 돌연변이유발, 넉아웃, 녹인, 폴리머라제 연쇄 반응 돌연변이유발, 화학적 돌연변이유발, 자외선 돌연변이유발, 형질 전환(화학적으로, 또는 전기천공에 의해), 파지 형질도입, 유도 진화 또는 이들의 임의의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는 당해 분야에 공지된 임의의 기술을 사용하여 생산될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 프레보텔라 박테리아는 치료 모이어티를 포함하고, 이에 연결되고, 및/또는 이에 의해 결합되도록 변형된다.
박테리아 조성물
특정 실시형태에서, 본 명세서에 제공된 방법은 본 명세서에 제공된 프레보텔라 박테리아를 포함하는 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)의 사용을 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 전체 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 생 박테리아, 사멸된 박테리아, 약독화된 박테리아)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 생존 불가능(non-viable)하다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 (예를 들어, 본 명세서에 기재된 방법에 따라서) 감마 조사되었다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 살아있다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 박테리아의 하나의 균주, 예를 들어, 프레보텔라 히스티콜라 만을 포함한다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)이다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 균주는 프레보텔라 균주 B 50329의 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 게놈 서열, 16S 서열, CRISPR 서열)과 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 서열 동일성(예를 들어, 적어도 99.5% 서열 동일성, 적어도 99.6% 서열 동일성, 적어도 99.7% 서열 동일성, 적어도 99.8% 서열 동일성, 적어도 99.9% 서열 동일성)을 포함하는 균주이다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 전체 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 생 박테리아, 사멸된 박테리아, 약독화된 박테리아)를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011 5×1011, 6×1011, 7×1011, 8×1011, 9×1011, 1×1012, 2×1012, 3×1012, 4×1012, 5×1012, 6×1012, 7×1012, 8×1012, 9×1012 및/또는 1×1013개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011 5×1011, 6×1011, 7×1011, 8×1011, 9×1011, 1×1012, 2×1012, 3×1012, 4×1012, 5×1012, 6×1012, 7×1012, 8×1012, 9×1012 및/또는 1×1013개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 최대 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011 5×1011, 6×1011, 7×1011, 8×1011, 9×1011, 1×1012, 2×1012, 3×1012, 4×1012, 5×1012, 6×1012, 7×1012, 8×1012, 9×1012 및/또는 1×1013개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011개 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1×108, 2×108, 3×108, 4×108, 5×108, 6×108, 7×108, 8×108, 9×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109, 6×109, 7×109, 8×109, 9×109, 1×1010, 1.1×1010, 1.2×1010, 1.3×1010, 1.4×1010, 1.5×1010, 1.6×1010, 1.7×1010, 1.8×1010, 1.9×1010, 2×1010, 2.1×1010, 2.2×1010, 2.3×1010, 2.4×1010, 2.5×1010, 2.6×1010, 2.7×1010, 2.8×1010, 2.9×1010, 3×1010, 3.1×1010, 3.2×1010, 3.3×1010, 3.4×1010, 3.5×1010, 3.6×1010, 3.7×1010, 3.8×1010, 3.9×1010, 4×1010, 5×1010, 6×1010, 7×1010, 8×1010, 9×1010, 1×1011, 1.1×1011, 1.2×1011, 1.3×1011, 1.4×1011, 1.5×1011, 1.6×1011, 1.7×1011, 1.8×1011, 1.9×1011, 2×1011, 2.1×1011, 2.2×1011, 2.3×1011, 2.4×1011, 2.5×1011, 2.6×1011, 2.7×1011, 2.8×1011, 2.9×1011, 3×1011, 3.1×1011, 3.2×1011, 3.3×1011, 3.4×1011, 3.5×1011, 3.6×1011, 3.7×1011, 3.8×1011, 3.9×1011, 4×1011개 내지 약 1×1012개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1011 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라, 예를 들어, 프레보텔라 균주 B 50329를 포함한다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 박테리아는 총 세포, 예를 들어, 총 세포 계수치(total cell count: TCC)(예를 들어, 쿨터 카운터(Coulter counter)에 의해 결정됨)에 기초하여 정량될 수 있다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 2.76 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 55 ㎎, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 150 ㎎, 200 ㎎, 250 ㎎, 300 ㎎, 350 ㎎, 400 ㎎, 450 ㎎, 500 ㎎, 550 ㎎, 600 ㎎, 650 ㎎, 700 ㎎, 750 ㎎, 800 ㎎, 850 ㎎, 900 ㎎, 950 ㎎, 1000 ㎎ 또는 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 최대 2.76 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 55 ㎎, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 150 ㎎, 200 ㎎, 250 ㎎, 300 ㎎, 350 ㎎, 400 ㎎, 450 ㎎, 500 ㎎, 550 ㎎, 600 ㎎, 650 ㎎, 700 ㎎, 750 ㎎, 800 ㎎, 850 ㎎, 900 ㎎, 950 ㎎, 1000 ㎎ 또는 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 2.76 ㎎, 5 ㎎, 10 ㎎, 20 ㎎, 30 ㎎, 40 ㎎, 50 ㎎, 55 ㎎, 60 ㎎, 70 ㎎, 80 ㎎, 90 ㎎, 100 ㎎, 150 ㎎, 200 ㎎, 250 ㎎, 300 ㎎, 350 ㎎, 400 ㎎, 450 ㎎, 500 ㎎, 550 ㎎, 600 ㎎, 650 ㎎, 700 ㎎, 750 ㎎, 800 ㎎, 850 ㎎, 900 ㎎, 950 ㎎, 1000 ㎎ 또는 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 경구로 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체에게 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 2회 이상의 용량(예를 들어, 3회 이상, 4회 이상 또는 5회 이상의 용량)으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 2회 이상의 용량의 대상체에 대한 투여는 적어도 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 7시간, 8시간, 9시간, 10시간, 11시간, 12시간, 13시간, 14시간, 15시간, 16시간, 17시간, 18시간, 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일 또는 21일의 간격을 둔다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일, 21일, 22일, 23일, 24일, 25일, 26일, 27일, 28일, 29일, 30일, 31일, 32일, 33일, 34일, 35일, 36일, 37일, 38일, 39일, 40일, 41일 또는 42일 동안 1일 1회 투여된다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16주 동안 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 또는 16주 동안 1일 1회 투여된다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 캡슐 또는 정제로서 제형화된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 제형(예를 들어, 조성물)은 장용 코팅 또는 미세 캡슐화를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 장용 코팅 캡슐(예를 들어, HPMC 코팅됨)이다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 박테리아 조성물이 소장에서, 예를 들어, 상부 소장에서, 예를 들어, 십이지장에서 방출되는 것을 허용한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 HPMC를 포함한다.
일부 실시형태에서, 대상체는 포유동물이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 비인간 포유동물(예를 들어, 개, 고양이, 소, 말, 돼지, 당나귀, 염소, 낙타, 마우스, 래트, 기니피그, 양, 라마, 원숭이, 고릴라 또는 침팬지)이다.
일부 실시형태에서, 박테리아 샘플에 존재하는 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의 수를 정량하기 위해, 전자 현미경(예를 들어, 초박형 냉동 섹션의 EM)을 사용하여 박테리아를 가시화하고 이들의 상대 수를 계수할 수 있다. 대안적으로, 나노입자 추적 분석(NTA), 쿨터 계수, 및 동적 광 산란(DLS)의 조합 또는 이들 기술의 조합이 사용될 수 있다. NTA와 쿨터 카운터는 입자를 세고 그것들의 크기를 보여준다. DLS는 입자의 크기 분포를 제공하지만, 농도는 제공하지 않는다. 박테리아는 종종 직경이 1 내지 2 um이다. 전체 범위는 0.2 내지 20 um이다. 쿨터 계수와 NTA의 조합된 결과를 통해 주어진 샘플의 박테리아 수가 확인될 수 있다. 쿨터 계수는 0.7 내지 10 um의 직경을 가진 입자의 수를 보여준다. 쿨터 계수는 50 내지 1400 nm의 직경을 가진 입자의 수를 보여준다. 대부분의 박테리아 샘플의 경우, 쿨터 카운터만으로 샘플의 박테리아 수가 확인될 수 있다.
일부 실시형태에서, 박테리아 예를 들어, 조성물은 장용 코팅 또는 미세 캡슐화를 포함한다. 특정 실시형태에서, 장용 코팅 또는 미세 캡슐화는 위장관의 원하는 영역에 대한 표적화를 개선한다. 예를 들어, 특정 실시형태에서, 박테리아 조성물은 위장관의 특정 영역과 관련된 pH에서 용해되는 장용 코팅 및/또는 미세캡슐을 포함한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅 및/또는 미세캡슐은 십이지장에서 방출되도록 약 5.5 내지 6.2의 pH에서, 회장에서 방출되도록 약 7.2 내지 7.5의 pH에서, 및/또는 결장에서 방출되도록 약 5.6 내지 6.2의 pH 값에서 용해된다. 예시적인 장용 코팅 및 미세캡슐은 예를 들어 미국 특허 공보 제2016/0022592호에 기재되어 있으며, 이는 본 명세서에서 그 전체가 참조에 의해 포함된다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 HPMC를 포함한다.
특정 양태에서, 투여 대상체를 위한 박테리아 조성물이 제공된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 단일 투여 단위 또는 다중-용량 형식일 수 있는 최종 생성물을 생성하기 위해 추가의 활성 및/또는 비활성 물질과 조합된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 면역 아주반트(예를 들어, STING 효능제, TLR 효능제, NOD 효능제)와 같은 아주반트와 조합된다.
일부 실시형태에서 조성물은 적어도 하나의 탄수화물을 포함한다. "탄수화물"은 당 또는 당의 중합체를 지칭한다. 용어들 "당류", "다당류", "탄수화물" 및 "올리고당"은 상호교환적으로 사용될 수 있다. 대부분의 탄수화물은 많은 하이드록실기를 가진 알데히드 또는 케톤이며, 보통 분자의 각 탄소 원자에 하나씩 있다. 탄수화물은 일반적으로 분자식 CnH2nOn을 갖는다. 탄수화물은 단당류, 이당류, 삼당류, 올리고당 또는 다당류일 수 있다. 가장 기본적인 탄수화물은 단당류, 예컨대, 글루코스, 수크로스, 갈락토스, 만노스, 리보스, 아라비노스, 자일로스, 및 프룩토스이다. 이당류는 2개의 결합된 단당류이다. 예시적인 이당류는 수크로스, 말토스, 셀로비오스 및 락토스를 포함한다. 전형적으로, 올리고당은 3 내지 6개의 단당류 단위(예를 들어, 라피노스, 스타키오스)를 포함하고, 다당류는 6개 이상의 단당류 단위를 포함한다. 예시적인 다당류는 전분, 글리코겐 및 셀룰로스를 포함한다. 탄수화물은 수산기가 제거된 2'-데옥시리보스, 수산기가 불소로 대체된 2'-플루오로리보스, 또는 글루코스의 질소-함유 형태인 N-아세틸글루코사민과 같은 변형된 당류 단위(예를 들어, 2'-플루오로리보스, 데옥시리보스 및 헥소스)를 함유할 수 있다. 탄수화물은 많은 상이한 형태, 예를 들어, 컨포머, 사이클릭 형태, 비사이클릭 형태, 입체이성질체, 호변이성질체, 아노머 및 이성질체로 존재할 수 있다.
일부 실시형태에서 조성물은 적어도 하나의 지질을 포함한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, "지질"은 지방, 오일, 트리글리세리드, 콜레스테롤, 인지질, 유리 지방산을 포함하는 임의의 형태의 지방산을 포함한다. 지방, 오일 및 지방산은 포화, 불포화(시스 또는 트랜스) 또는 부분 불포화(시스 또는 트랜스)일 수 있다. 일부 실시형태에서, 지질은 라우르산(12:0), 미리스트산(14:0), 팔미트산(16:0), 팔미톨레산(16:1), 마르가르산(17:0), 헵타데센산(17:1), 스테아르산(18:0), 올레산(18:1), 리놀레산(18:2), 리놀렌산(18:3), 옥타데카테트라엔산(18:4), 아라키드산(20:0), 에이코센산(20:1), 에이코사디엔산(20:2), 에이코사테트라엔산(20:4), 에이코사펜타엔산(20:5)(EPA), 도코산산(22:0), 도코센산(22:1), 도코사펜타엔산(22:5), 도코사헥사엔산(22:6)(DHA), 및 테트라코산산(24:0)으로부터 선택되는 적어도 하나의 지방산을 포함한다. 일부 실시형태에서, 조성물은 적어도 하나의 변형된 지질, 예를 들어 요리에 의해 변형된 지질을 포함한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 적어도 하나의 보충 미네랄 또는 미네랄 소스를 포함한다. 미네랄의 예는 염화물, 나트륨, 칼슘, 철, 크롬, 구리, 요오드, 아연, 마그네슘, 망간, 몰리브덴, 인, 칼륨 및 셀레늄을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 상기 미네랄 중 임의의 미네랄의 적합한 형태는 가용성 미네랄 염, 약간 가용성인 미네랄 염, 불용성 미네랄 염, 킬레이트화된 미네랄, 미네랄 착물, 비-반응성 미네랄, 예컨대, 카르보닐 미네랄 및 환원된 미네랄 및 이들의 조합을 포함한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 적어도 하나의 보충 비타민을 포함한다. 적어도 하나의 비타민은 지용성 또는 수용성 비타민일 수 있다. 적합한 비타민은 비타민 C, 비타민 A, 비타민 E, 비타민 B12, 비타민 K, 리보플라빈, 니아신, 비타민 D, 비타민 B6, 엽산, 피리독신, 티아민, 판토텐산 및 비오틴을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 상기의 임의의 적합한 형태는 비타민의 염, 비타민의 유도체, 비타민의 동일하거나 유사한 활성을 갖는 화합물 및 비타민의 대사산물이다.
일부 실시형태에서, 조성물은 부형제를 포함한다. 적합한 부형제의 비-제한적인 예는 완충제, 보존제, 안정화제, 결합제, 압착제, 윤활제, 분산 증강제, 붕해제, 향미제, 감미제 및 착색제를 포함한다.
일부 실시형태에서, 부형제는 완충제이다. 적합한 완충제의 비-제한적인 예는 시트르산 나트륨, 탄산 마그네슘, 중탄산 마그네슘, 탄산 칼슘 및 중탄산 칼슘을 포함한다.
일부 실시형태에서, 부형제는 보존제를 포함한다. 적합한 보존제의 비-제한적인 예는 항산화제, 예컨대, 알파-토코페롤 및 아스코르베이트, 및 항균제, 예컨대, 파라벤, 클로로부탄올 및 페놀을 포함한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 부형제로서 결합제를 포함한다. 적합한 결합제의 비-제한적인 예는 전분, 예비 젤라틴화 전분, 젤라틴, 폴리비닐피롤리돈, 셀룰로스, 메틸 셀룰로스, 나트륨 카르복시메틸 셀룰로스, 에틸셀룰로스, 폴리아크릴아미드, 폴리비닐옥소아졸리돈, 폴리비닐 알코올, C12-C18 지방산 알콜, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리올, 당류 및 올리고당류 및 이들의 조합을 포함한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 부형제로서 윤활제를 포함한다. 적합한 윤활제의 비-제한적인 예는 스테아르산 마그네슘, 스테아르산 칼슘, 스테아르산 아연, 수소화된 식물성 오일, 스테로텍스, 폴리옥시에틸렌 모노스테아레이트, 탤크, 폴리에틸렌글리콜, 나트륨 벤조에이트, 나트륨 라우릴 설페이트, 마그네슘 라우릴 설페이트 및 경질 미네랄 오일을 포함한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 부형제로서 분산 증강제를 포함한다. 적합한 분산제의 비-제한적인 예는 전분, 알긴산, 폴리비닐피롤리돈, 구아검, 카올린, 벤토나이트, 정제된 목재 셀룰로스, 나트륨 전분 글리콜레이트, 이질동상 실리케이트 및 높은 HLB 유화제 계면활성제로서의 미세결정질 셀룰로스를 포함한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 부형제로서 붕해제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 붕해제는 비-발포성 붕해제이다. 적합한 비-발포성 붕해제의 비-제한적인 예는 옥수수 전분, 감자 전분, 이의 예비젤라틴화 및 변형된 전분과 같은 전분, 감미제, 클레이, 예컨대, 벤토나이트, 미세결정질 셀룰로스, 알기네이트, 나트륨 전분 글리콜레이트, 검, 예컨대, 한천, 구아, 로커스트 빈, 카라야, 펙틴 및 트라가칸트를 포함한다. 일부 실시형태에서, 붕해제는 발포성 붕해제이다. 적합한 발포성 붕해제의 비-제한적인 예는 시트르산과 조합된 중탄산 나트륨 및 타르타르산과 조합된 중탄산 나트륨을 포함한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 식품(예를 들어, 음식 또는 음료), 예컨대, 건강 식품 또는 음료, 유아를 위한 음식 또는 음료, 임산부, 운동 선수, 노인 또는 기타 특정 그룹을 위한 음식 또는 음료, 기능성 식품, 음료, 특정 건강 용도를 위한 식품 또는 음료, 식이 보충제, 환자를 위한 식품 또는 음료, 또는 동물 사료이다. 음식 및 음료의 특정 예는 다양한 음료, 예컨대, 주스, 신선 음료, 차 음료, 드링크 제제, 젤리 음료 및 기능성 음료; 알코올 음료, 예컨대, 맥주; 탄수화물-함유 식품, 예컨대, 쌀 식품, 국수, 빵 및 파스타; 페이스트 제품, 예컨대, 생선 햄, 소시지, 해산물 페이스트 제품; 레토르트 파우치 제품, 예컨대, 카레, 두꺼운 전분 소스를 드레싱한 음식 및 중국 수프; 수프; 유제품, 예컨대, 우유, 유제품 음료, 아이스크림, 치즈 및 요구르트; 발효 제품, 예컨대, 발효 대두 페이스트, 요구르트, 발효 음료 및 피클; 콩 제품; 비스킷, 쿠키 등을 포함한 다양한 제과 제품, 사탕, 츄잉껌, 구미, 젤리를 포함한 차가운 디저트, 크림 카라멜 및 냉동 디저트; 인스턴트 식품, 예컨대, 인스턴트 수프 및 인스턴트 대두 수프; 전자레인지 식품; 등을 포함한다. 또한, 예들은 또한 분말, 과립, 정제, 캡슐제, 액체, 페이스트 및 젤리 형태로 제조된 건강 식품 및 음료를 포함한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 인간을 포함한 동물용 식품이다. 인간 이외의 동물은 특별히 제한되지 않으며, 상기 조성물은 다양한 가축, 가금류, 애완동물, 실험 동물 등에 사용될 수 있다. 동물의 특정 예는 돼지, 소, 말, 양, 염소, 닭, 야생 오리, 타조, 집오리, 개, 고양이, 토끼, 햄스터, 마우스, 래트, 원숭이 등을 포함하지만, 동물은 이에 제한되지 않는다.
투여 형태
예를 들어, 대상체(예를 들어, 인간 대상체)에서 염증(예컨대, 아토피성 피부염 및/또는 건선)을 치료 또는 예방하기 위한 방법에 사용하기 위한 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함하는 투여형태가 또한 본 명세서에 제공된다. 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함하는 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 예를 들어, 경구 투여를 위한 고체 투여 형태로 제형화될 수 있다. 고체 투여 형태는 1종 이상의 부형제, 예를 들어, 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 포함할 수 있다. 고체 투여 형태의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 단리된 프레보텔라 히스티콜라 박테리아일 수 있다. 선택적으로, 고체 투여 형태의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 동결건조될 수 있다. 선택적으로, 고체 투여 형태의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 살아있다. 선택적으로, 고체 투여 형태의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 감마 조사된다. 고체 투여 형태는 정제, 미니정제, 캡슐, 환제(pill) 또는 분말로서; 또는 이들 형태의 조합(예를 들어, 캡슐에 포함된 미니정제)을 포함할 수 있다.
고체 투여 형태의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 분말로 존재할 수 있다(예를 들어, 분말이 동결건조된 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다). 일부 실시형태에서, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및/또는 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다.
일부 실시형태에서, 동결건조된 프레보텔라 박테리아는 용액에 재현탁된다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에 제공된 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 프레보텔라 히스티콜라 박테리아 및 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 고체 투여 형태로 제조된다.
일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 캡슐을 포함한다. 캡슐은 장용 코팅을 포함할 수 있다. 캡슐은 크기 00, 크기 0, 크기 1, 크기 2, 크기 3, 크기 4 또는 크기 5 캡슐일 수 있다. 캡슐은 프레보텔라 히스티콜라 박테리아 분말(예를 들어, 동결건조된 프레보텔라 히스티콜라 박테리아)를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및/또는 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 고체 투여 형태는 예를 들어, 정제 또는 미니-정제일 수 있다. 일부 실시형태에서, 복수의 미니-정제가 캡슐에 존재(예를 들어, 로딩)될 수 있다.
일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 정제(4 ㎜ 초과)(예를 들어, 5 ㎜ 내지 17 mm)를 포함한다. 예를 들어, 정제는 5 mm, 6 mm, 7 mm, 8 mm, 9 mm, 10 mm, 11 mm, 12 mm, 13 mm, 14 mm, 15 mm, 16 ㎜ 또는 17 ㎜ 정제이다. 크기는 당업계에 공지된 바와 같이, 정제의 직경을 지칭한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 정제의 크기는 장용 코팅의 적용 전의 정제의 크기를 지칭한다.
일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 미니-정제를 포함한다. 미니-정제는 1 ㎜ 내지 4 ㎜ 크기 범위일 수 있다. 예를 들어, 미니-정제는 1㎜ 미니-정제, 1.5 ㎜ 미니-정제, 2㎜ 미니-정제, 3㎜ 미니-정제 또는 4㎜ 미니-정제일 수 있다. 크기는 당업계에 공지된 바와 같이, 미니-정제의 직경을 지칭한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 미니-정제의 크기는 장용 코팅의 적용 전의 미니-정제의 크기를 지칭한다.
미니-정제는 캡슐에 존재할 수 있다. 캡슐은 크기 00, 크기 0, 크기 1, 크기 2, 크기 3, 크기 4 또는 크기 5 캡슐일 수 있다. 미니-정제를 함유하는 캡슐은 단층 코팅, 예를 들어, 비-장용 코팅, 예컨대, 젤라틴을 포함할 수 있다. 미니-정제는 캡슐의 내부에 존재할 수 있고: 캡슐 내의 미니-정제의 수는 캡슐의 크기 및 미니-정제의 크기에 좌우될 것이다. 예로서, 크기 0 캡슐은 3 ㎜ 미니-정제인 31 내지 35(평균 33)개의 미니-정제를 함유할 수 있다.
본 명세서에 기재된 고체 투여 형태(예를 들어, 정제 또는 미니-정제 또는 캡슐)는 장용 코팅될 수 있다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 HPMC(히드록실 프로필 메틸 셀룰로스)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 폴리메타크릴레이트계 공중합체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 메타크릴산 에틸 아크릴레이트(MAE) 공중합체(1:1)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅은 메타크릴산 에틸 아크릴레이트(MAE) 공중합체(1:1)(예컨대, Kollicoat MAE 100P)를 포함한다.
고체 투여 형태는 코팅을 포함할 수 있다. 고체 투여 형태는 단층 코팅, 예를 들어, 장용 코팅, 예를 들어, Eudragit-기반 코팅, 예를 들어, EUDRAGIT L30 D-55, 트리에틸시트레이트 및 탤크를 포함할 수 있다. 고체 투여 형태는 2층 코팅을 포함할 수 있다. 예를 들어, 내부 코팅은 예를 들어, EUDRAGIT L30 D-55, 트리에틸시트레이트, 탤크, 시트르산 무수물 및 수산화나트륨을 포함할 수 있고, 외부 코팅은 예를 들어, EUDRAGIT L30 D-55, 트리에틸시트레이트 및 탤크를 포함할 수 있다. EUDRAGIT은 광범위한 폴리메타크릴레이트계 공중합체에 대한 브랜드명이다. 그것은 메타크릴산 및 메타크릴산/아크릴산 에스테르 또는 이의 유도체를 기반으로 하는 음이온성, 양이온성 및 중성 공중합체를 포함한다. Eudragit은 9 내지 150℃ 미만의 유리 전이 온도를 갖는 비정질 중합체이다. Eudragit은 비-생분해성, 비흡수성 및 비독성이다. 음이온성 Eudragit L은 6 초과의 pH에서 용해하고, 장용 코팅에 사용되는 반면, 7 초과의 pH에서 가용성인 Eudragit S는 결장 표적화를 위해서 사용된다. 4차 암모늄기를 갖는 Eudragit RL 및 RS는 수 불용성이지만, 지속 방출 막 코팅 적용에 적합한 팽윤성/투과성 중합체이다. 5 이상의 pH에서 불용성인 양이온성 Eudragit E는 타액에서 약물 방출을 방지할 수 있다.
고체 투여 형태(예를 들어, 캡슐)는 단층 코팅, 예를 들어, 비-장용 코팅, 예컨대, 젤라틴을 포함할 수 있다.
프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함하는 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 예를 들어, 경구 투여 또는 주사를 위한 현탁액으로 제형화될 수 있다. 주사 투여는 정맥내(IV), 근육내(IM) 및 피하(SC) 투여를 포함한다. 현탁액의 경우, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 완충액, 예를 들어, 약제학적으로 허용 가능한 완충액, 예를 들어, 식염수 또는 PBS에 존재할 수 있다. 현탁액은 1종 이상의 부형제, 예를 들어, 약제학적으로 허용 가능한 부형제를 포함할 수 있다. 현탁액은 예를 들어, 수크로스 또는 글루코스를 포함한다. 현택액 중의 프레보텔라 박테리아는 단리된 프레보텔라 히스티콜라 박테리아일 수 있다. 선택적으로, 현탁액 중의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 동결건조될 수 있다. 선택적으로, 고체 투여 형태의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 살아있다. 선택적으로, 현탁액 중의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 감마 조사될 수 있다.
투여량
인간 대상체에 대한 경구 투여의 경우, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의 용량은 예를 들어, 약 2×106 내지 약 2×1016개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 1×107 내지 약 1×1015, 약 1×108 내지 약 1×1014, 약 1×109 내지 약 1×1013, 약 1×1010 내지 약 1×1014 또는 약 1×108 내지 약 1×1012개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×106, 약 2×107, 약 2×108, 약 2×109, 약 1×1010, 약 2×1010, 약 2×1011, 약 2×1012, 약 2×1013, 약 2×1014 또는 약 1×1015개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1014개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1012개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1010개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 1×1010개 입자일 수 있다. 입자는 예를 들어, NTA에 의해서 결정될 수 있다.
인간 대상체에 대한 경구 투여의 경우, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의 용량은 예를 들어, 총 단백질에 기초할 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 5 ㎎ 내지 약 900 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 20 ㎎ 내지 약 800 ㎎, 약 50 ㎎ 내지 약 700 ㎎, 약 75 ㎎ 내지 약 600 ㎎, 약 100 ㎎ 내지 약 500 ㎎, 약 250 ㎎ 내지 약 750 ㎎ 또는 약 200 ㎎ 내지 약 500 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 10 ㎎, 약 25 ㎎, 약 50 ㎎, 약 75 ㎎, 약 100 ㎎, 약 150 ㎎, 약 200 ㎎, 약 250 ㎎, 약 300 ㎎, 약 400 ㎎, 약 500 ㎎, 약 600 ㎎ 또는 약 750 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 10 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 총 단백질은 예를 들어, 브래드포드 검정 또는 BCA 검정에 의해서 결정될 수 있다.
인간 대상체에 대한 주사에 의한 투여(예를 들어, 정맥내 투여)의 경우, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의 용량은 예를 들어, 약 1×106 내지 약 1×1016개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 1×107 내지 약 1×1015, 약 1×108 내지 약 1×1014, 약 1×109 내지 약 1×1013, 약 1×1010 내지 약 1×1014 또는 약 1×108 내지 약 1×1012개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×106, 약 2×107, 약 2×108, 약 2×109, 약 1×1010, 약 2×1010, 약 2×1011, 약 2×1012, 약 2×1013, 약 2×1014 또는 약 1×1015개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 1×1015개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1014개 입자일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 2×1013개 입자일 수 있다. 입자는 예를 들어, NTA에 의해서 결정될 수 있다.
주사에 의한 투여(예를 들어, 정맥내 투여)의 경우, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의 용량은 예를 들어, 약 5 ㎎ 내지 약 900 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 20 ㎎ 내지 약 800 ㎎, 약 50 ㎎ 내지 약 700 ㎎, 약 75 ㎎ 내지 약 600 ㎎, 약 100 ㎎ 내지 약 500 ㎎, 약 250 ㎎ 내지 약 750 ㎎ 또는 약 200 ㎎ 내지 약 500 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 10 ㎎, 약 25 ㎎, 약 50 ㎎, 약 75 ㎎, 약 100 ㎎, 약 150 ㎎, 약 200 ㎎, 약 250 ㎎, 약 300 ㎎, 약 400 ㎎, 약 500 ㎎, 약 600 ㎎ 또는 약 750 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 700 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 350 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 용량은 예를 들어, 약 175 ㎎의 총 단백질일 수 있다. 총 단백질은 예를 들어, 브래드포드 검정 또는 BCA 검정에 의해서 결정될 수 있다.
특정 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)(예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여되는 총 용량의 조성물)은 적어도 1×1010개 총 세포(예를 들어, 적어도 1×1010개 총 세포, 적어도 2×1010개 총 세포, 적어도 3×1010개 총 세포, 적어도 4×1010개 총 세포, 적어도 5×1010개 총 세포, 적어도 6×1010개 총 세포, 적어도 7×1010개 총 세포, 적어도 8×1010개 총 세포, 적어도 9×1010개 총 세포, 적어도 1×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 9×1011개 이하의 총 세포(예를 들어, 1×1010개 이하의 총 세포, 2×1010개 이하의 총 세포, 3×1010개 이하의 총 세포, 4×1010개 이하의 총 세포, 5×1010개 이하의 총 세포, 6×1010개 이하의 총 세포, 7×1010개 이하의 총 세포, 8×1010개 이하의 총 세포, 9×1010개 이하의 총 세포, 1×1011개 이하의 총 세포, 2×1011개 이하의 총 세포, 3×1011개 이하의 총 세포, 4×1011개 이하의 총 세포, 5×1011개 이하의 총 세포, 6×1011개 이하의 총 세포, 7×1011개 이하의 총 세포, 8×1011개 이하의 총 세포)의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 6×109개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 1.6×1010 내지 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 8×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)은 약 1.6×1011 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함한다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 총 세포, 예를 들어, 총 세포 계수치(total cell count: TCC)(예를 들어, 쿨터 카운터(Coulter counter)에 의해 결정됨)에 기초하여 정량될 수 있다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에는 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함하는 고체 투여 형태가 제공된다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 장용 코팅을 포함한다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 캡슐, 예를 들어, 장용 코팅 캡슐이다. 일부 실시형태에서, 각각의 캡슐은 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다. 일부 실시형태에서, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개 캡슐이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 1개 캡슐(예를 들어, 약 8×1010개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 2개 캡슐(예를 들어, 각각 약 8×1010개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 4개 캡슐(예를 들어, 각각 약 8×1010개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 10개 캡슐(예를 들어, 각각 약 8×1010개 총 세포 포함)이 대상체에게 예를 들어, 1일 1회 또는 2회 투여된다. 일부 실시형태에서, 캡슐 내의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 (예를 들어, 분말로) 동결건조된다. 일부 실시형태에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는 분말로 동결건조되고, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및/또는 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다.
일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 캡슐을 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 장용 코팅 캡슐이다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 1개 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 1개 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 1개 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 1개 캡슐 또는 복수의 캡슐의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐 내의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 (예를 들어, 분말로) 동결건조된다. 일부 실시형태에서, 캡슐 내의 프레보텔라 박테리아는 분말로 동결건조되고, 분말은 만니톨, 스테아르산마그네슘 및/또는 콜로이드 이산화규소를 추가로 포함한다.
일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제는 장용 코팅된 정제이다. 일부 실시형태에서, 장용 코팅된 정제는 5 ㎜ 내지 17 ㎜ 직경이다. 일부 실시형태에서, 정제는 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라(예를 들어, 1개 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제는 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라(예를 들어, 1개 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제는 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라(예를 들어, 1개 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제는 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라(예를 들어, 1개 정제 또는 복수의 정제의 총 용량)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 정제 내의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 (예를 들어, 분말로) 동결건조된다.
일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 미니-정제는 장용 코팅된다. 일부 실시형태에서, 미니-정제는 1 ㎜ 내지 4 ㎜ 직경이다. 일부 실시형태에서, 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)는 1 ㎜ 미니-정제, 1.5 ㎜ 미니-정제, 2 ㎜ 미니-정제, 3 ㎜ 미니-정제 또는 4 ㎜ 미니-정제이다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 약 8×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함하는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함하는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함하는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 고체 투여 형태는 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아(예를 들어, 복수의 미니-정제의 총 용량)를 포함하는 미니-정제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 미니-정제 내의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 (예를 들어, 분말로) 동결건조된다.
일부 실시형태에서, 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)는 캡슐에 함유된다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 크기 00, 크기 0, 크기 1, 크기 2, 크기 3, 크기 4 또는 크기 5 캡슐이다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 비-장용 코팅(예를 들어, 젤라틴)을 포함한다(예를 들어, 비-장용 코팅으로 코팅된다). 일부 실시형태에서, 캡슐은 비-장용 코팅을 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 젤라틴을 포함한다. 일부 실시형태에서, 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 박테리아를 포함하는 미니-정제(예를 들어, 장용 코팅된 미니-정제)가 캡슐(들)에 함유되며, 선택적으로 캡슐은 젤라틴을 포함한다.
감마-조사
(예를 들어, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의) 분말은 주변 온도에서 17.5 kGy 방사선 단위(radiation unit)로 감마-조사될 수 있다.
(예를 들어, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아의) 동결된 바이오매스는 드라이 아이스의 존재 하에서 25 kGy 방사선 단위로 감마-조사될 수 있다.
치료제
특정 양태에서, 본 명세서에 제공된 방법은 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물을 대상체에게 단독으로 또는 추가의 치료제와 함께 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시형태에서, 추가 치료제는 면역억제제 또는 스테로이드이다.
일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 치료제가 투여되기 전에 대상체에게 투여된다(예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24시간 전 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30일 전). 일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아는 치료제가 투여된 후에 대상체에게 투여된다(예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24시간 후 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30일 후). 일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라 박테리아 및 치료제는 대상체에게 동시에 또는 거의 동시에 투여된다(예를 들어, 투여는 서로 1시간 이내에 일어난다). 일부 실시형태에서, 대상체는 프레보텔라 박테리아가 대상체에게 투여되기 전에 항생제를 투여받는다(예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24시간 전 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30일 전). 일부 실시형태에서, 대상체는 프레보텔라 박테리아가 대상체에게 투여된 후에 항생제를 투여받는다(예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24시간 전 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30일 후). 일부 실시형태에서, 프레보텔라 박테리아 및 항생제는 대상체에게 동시에 또는 거의 동시에 투여된다(예를 들어, 투여는 서로 1시간 이내에 일어난다).
일부 양태에서, 항생제는 살균 또는 정균 특성에 기초하여 선택될 수 있다. 살균 항생제는 세포벽(예를 들어, β-락탐), 세포막(예를 들어, 답토마이신) 또는 박테리아 DNA(예를 들어, 플루오로퀴놀론)를 파괴하는 작용 기전을 포함한다. 정균제는 박테리아 복제를 저해하고, 설폰아미드, 테트라시클린 및 마크로리드를 포함하고, 단백질 합성을 저해함으로써 작용한다. 또한, 일부 약물은 특정 유기체에서 살균가능하고 다른 유기체에서는 정균제일 수 있지만, 표적 유기체를 아는 것은 당업자가 적절한 특성을 갖는 항생제를 선택할 수 있게 한다. 특정 치료 조건에서, 정균 항생제는 살균 항생제의 활성을 저해한다. 따라서, 특정 실시형태에서, 살균 및 정균 항생제는 조합되지 않는다.
항생제는 아미노글리코시드, 안사마이신, 카르바세펨, 카르바페넴, 세팔로스포린, 글리코펩티드, 린코사미드, 리포펩티드, 마크로리드, 모노박탐, 니트로푸란, 옥사졸리도논, 페니실린, 폴리펩티드 항생제, 퀴놀론, 플루오로퀴놀론, 설폰아미드, 테트라시클린, 및 항-마이코박테리아 화합물 및 이들의 조합들을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
아미노글리코시드는 아미카신, 겐타미신, 카나마이신, 네오마이신, 네틸미신, 토브라마이신, 파로모마이신 및 스펙티노마이신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 아미노글리코시드는, 예를 들어, 그람-음성 박테리아, 예컨대, 에스케리치아 콜라이, 클렙시엘라, 슈도모나스 애루기노사 및 프란시셀라 툴라렌시스에 대해 효과적이며, 특정 호기성 박테리아에 대해서는 효과적이지만, 완전/조건 혐기성 미생물에 대해서는 덜 효과적이다. 아미노글리코시드는 박테리아 30S 또는 50S 리보좀 소단위에 결합하여 박테리아 단백질 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
안사마이신은 겔다나마이신, 허비마이신, 리파마이신 및 스트렙토바리신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 겔다나마이신 및 허비마이신은 열충격 단백질 90의 기능을 저해 또는 변경시키는 것으로 생각된다.
카바세펨은 로라카르베프를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 카바세펨은 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 생각된다.
카바페넴은 에르타페넴, 도리페넴, 이미페넴/실라스타틴 및 메로페넴을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 카르바페넴은 광범위한 항생제로서 그람-양성 및 그람-음성 박테리아 모두에 대해 살균성이다. 카바페넴은 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 생각된다.
세팔로스포린은 세파드록실, 세파졸린, 세팔로틴, 세팔로신, 세팔렉신, 세파클로르, 세파만돌, 세폭시틴, 세프프로질, 세푸록심, 세픽심, 세프디니르, 세프디토렌, 세포페라존, 세포탁심, 세프포독심, 세프타지딤, 세프티부텐, 세프티족심, 세프트리악손, 세페핌, 세프타롤린 포사밀 및 세프토비프롤을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 선택된 세팔로스포린은 예를 들어 그람-음성 박테리아 및 슈도모나스를 포함한 그람-양성 박테리아에 대해 효과적이며, 특정 세팔로스포린은 메티실린-내성 스타필로코쿠스 아우레우스(MRSA)에 효과적이다. 세팔로스포린은 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성을 방해함으로써 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
글리코펩티드는 테이코플라닌, 반코마이신 및 텔라반신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 글리코펩티드는 예를 들어 MRSA 및 클로스트리디움 디피실레를 포함하는 호기성 및 혐기성 그람-양성 박테리아에 효과적이다. 글리코펩티드는 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성을 방해함으로써 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
린코사미드는 클린다마이신 및 린코마이신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 린코사미드는 예를 들어 혐기성 박테리아뿐만 아니라 스타필로코쿠스 및 스트렙토코쿠스에 대해 효과적이다. 린코사미드는 박테리아 50S 리보좀 소단위에 결합하여 박테리아 단백질 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
리포펩티드는 답토마이신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 리포펩티드는 예를 들어 그람-양성 박테리아에 효과적이다. 리포펩티드는 박테리아 막에 결합하여 급속한 탈분극을 유발하는 것으로 여겨진다.
마크로리드는 아지쓰로마이신, 클라리쓰로마이신, 디리쓰로마이신, 에리쓰로마이신, 록시쓰로마이신, 트롤레안도마이신, 텔리쓰로마이신 및 스피라마이신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 마크로리드는 예를 들어 스트렙토코커스 및 마이코플라스마에 효과적이다. 마크로리드는 박테리아 또는 50S 리보솜 소단위에 결합하여 박테리아 단백질 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
모노박탐은 아즈트레오남을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 모노박탐은 예를 들어, 그람-음성 박테리아에 대해 효과적이다. 모노박탐은 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성을 방해함으로써 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
니트로푸란은 푸라졸리돈 및 니트로푸란토인을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
옥사졸리도논은 리네졸리드, 포시졸리드, 라데졸리드 및 토레졸리드를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 옥사졸리도논은 단백질 합성 저해제인 것으로 여겨진다.
페니실린은 아목시실린, 암피실린, 아즐로실린, 카르베니실린, 클록사실린, 디클록사실린, 플루클록사실린, 메즐로실린, 메티실린, 나프실린, 옥사실린, 페니실린 G, 페니실린 V, 피페라실린, 테모실린 및 티카르실린을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 페니실린은 예를 들어 그람-양성 박테리아, 조건 혐기성 박테리아, 예를 들어 스트렙토코커스, 보렐리아 및 트레포네마에 효과적이다. 페니실린은 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성을 방해함으로써 박테리아 세포벽 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
페니실린 조합물은 아목시실린/클라불라네이트, 암피실린/설박탐, 피페라실린/타조박탐 및 티카실린/클라불라네이트를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
폴리펩티드 항생제는 바시트라신, 콜리스틴 및 폴리믹신 B 및 E를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 폴리펩티드 항생제는 예를 들어 그람-음성 박테리아에 효과적이다. 특정 폴리펩티드 항생제는 박테리아 세포벽의 펩티도글리칸 층의 합성에 관여하는 이소프레닐 피로포스페이트를 저해하는 반면, 다른 폴리펩티드 항생제는 박테리아 반대-이온을 대체함으로써 박테리아 외막을 불안정화시키는 것으로 여겨진다.
퀴놀론 및 플루오로퀴놀론은 시프로플록사신, 에녹사신, 가티플록사신, 게미플록사신, 레보플록사신, 로메플록사신, 목시플록사신, 날리딕시산, 노르플록사신, 오플록사신, 트로바플록사신, 그레파플록사신, 스파르플록사신 및 테마플록사신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 퀴놀론/플루오로퀴놀론은 예를 들어, 스트렙토코쿠스 및 나이세리아에 대해 효과적이다. 퀴놀론/플루오로퀴놀론은 박테리아 DNA 기라제 또는 토포이소머라제 IV를 억제함으로써 DNA 복제 및 전사를 저해하는 것으로 여겨진다.
설폰아미드는 마페니드, 설파세타미드, 설파디아진, 은 설파디아진, 설파디메톡신, 설파메티졸, 설파메톡사졸, 설파닐이미드, 설파살라진, 설피속사졸, 트리메토프림-설파메톡사졸(코-트리목사졸) 및 설폰아미도크리소이딘을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 설폰아미드는 디히드로프테로에이트 합성효소의 경쟁적 저해에 의해 폴레이트 합성을 저해함으로써 핵산 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
테트라시클린은 데메클로시클린, 독시시클린, 미노시클린, 옥시테트라시클린 및 테트라시클린을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 테트라시클린은 예를 들어, 그람-음성 박테리아에 대해 효과적이다. 테트라시클린은 박테리아 30S 리보좀 소단위에 결합하여 박테리아 단백질 합성을 저해하는 것으로 여겨진다.
항-마이코박테리아 화합물은 클로파지민, 답손, 카프레오마이신, 사이클로세린, 에탐부톨, 에티온아미드, 이소니아지드, 피라진아미드, 리팜피신, 리파부틴, 리파펜틴 및 스트렙토마이신을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
적합한 항생제는 또한 아르스페나민, 클로람페니콜, 포스포마이신, 푸시드 산, 메트로니다졸, 무피로신, 플라텐시마이신, 퀴누프리스틴/달포프리스틴, 티게시클린, 티니다졸, 트리메토프림 아목시실린/클라불라네이트, 암피실린/술박탐, 암포마이신 리스토세틴, 아지스로마이신, 바시트라신, 부포린 II, 카보마이신, 세크로핀 Pl, 클라리스로마이신, 에리스로마이신, 푸라졸리돈, 푸시드산, Na 푸시데이트, 그라미시딘, 이미페넴, 인돌리시딘, 조사마이신, 마가이난 II, 메트로니다졸, 니트로이미다졸, 미카마이신, 무타신 B-Ny266, 무타신 B-JHl 140, 무타신 J-T8, 니신, 니신 A, 노보비오신, 올레안도마이신, 오스트레오그리신, 피페라실린/타조박탐, 프리스티나마이신, 라모플라닌, 라날렉신, 로이터린, 리팍시민, 로사미신, 로사라미신, 스펙티노마이신, 스피라마이신, 스타필로마이신, 스트렙토그라민, 스트렙토그라민 A, 시네르기스틴, 타우롤리딘, 테이코플라닌, 텔리스로마이신, 티카르실린/클라불란산, 트리아세틸로레안도마이신, 틸로신, 티로시딘, 티로스리신, 반코마이신, 베마마이신 및 버지니아마이신을 포함한다.
일부 실시형태에서, 추가 치료제는 면역억제제, DMARD, 통증조절제, 스테로이드, 비-스테로이드 항염증제(NSAID), 또는 사이토카인 길항제 및 이들의 조합이다.대표적인 치료제는 사이클로스포린, 레티노이드, 코르티코스테로이드, 프로피온산 유도체, 아세트산 유도체, 에놀산 유도체, 페남산 유도체, Cox-2 저해제, 루미라콕시브, 이부프로펜, 콜린 마그네슘 살리실레이트, 페노프로펜, 살살레이트, 디푸니살, 톨메틴, 케토프로펜, 플루르비프로펜, 옥사프로진, 인도메타신, 술린닥, 에토돌락, 케토롤락, 나부메톤, 나프록센, 발데콕시브, 에토리콕시브, MK0966; 로페콕시브, 아세토미노펜, 셀레콕시브, 디클로페낙, 트라마돌, 피록시캄, 멜록시캄, 테녹시캄, 드록시캄, 로르녹시캄, 이속시캄, 메파남산, 메클로페남산, 플루페남산, 톨페남산, 발데콕시브, 파레콕시브, 에토돌락, 인도메타신, 아스피린, 이부프로펜, 피로콕시브, 메토트렉세이트(MTX), 항말라리아제(예를 들어, 하이드록사이클로로퀸 및 클로로퀸), 설파살라진, 레플루노미드, 아자티오프린, 사이클로스포린, 금 염, 미노시클린, 사이클로포스파미드, D-페니실라민, 미노시클린, 아우라노핀, 타크롤리무스, 미오크리신, 클로람부실, TNF 알파 길항제(예를 들어, TNF 알파 길항제 또는 TNF 알파 수용체 길항제), 예를 들어, 아달리무맙(휴미라(Humira®)), 에타네르셉트(엔브렐(Enbrel®)), 인플릭시맙(레미케이드(Remicade®); TA-650), 세르톨리주맙 페골(심지아(Cimzia®); CDP870), 골리무맙(심퍼니(Simponi®); CNTO148), 아나킨라(키네레트(Kineret®)), 리툭시맙(리툭산(Rituxan®); 맙테라(MabThera®)), 아바타셉트(오렌시아(Orencia®)), 토실리주맙(로악템라/악템라(Actemra®)), 인테그린 길항제(티사브리(TYSABRI®) (나탈리주맙)), IL-1 길항제(ACZ885 (일라리스)), 아나킨라(키네레트)), CD4 길항제, IL-23 길항제, IL-20 길항제, IL-6 길항제, BLyS 길항제(예를 들어, 아타시셉트, 벤리스타(Benlysta®)/ 림포스타트-B(LymphoStat-B®)(벨리무맙)), p38 저해제, CD20 길항제(오크렐리주맙, 오파투무맙(아르제라(Arzerra®))), 인터페론 감마 길항제(폰톨리주맙), 프레드니솔론, 프레드니손, 덱사메타손, 코르티솔, 코르티손, 히드로코르티손, 메틸프레드니솔론, 베타메타손, 트리암시놀론, 베클로메타솜, 플루드로코티손, 데옥시코르티코스테론, 알도스테론, 독시시클린, 반코마이신, 피오글리타존, SBI-087, SCIO-469, 큐라-100, 온콕신 + 비우시드, TwHF, 메톡살렌, 비타민 D-에르고칼시페롤, 밀나시프란, 파클리탁셀, 로시글리타존, 타크롤리무스(프로그라프(Prograf®)), RADOOl, 라파뮨, 라파마이신, 포스타마티닙, 펜타닐, XOMA 052, 포스타마티닙 이나트륨, 로시글리타존, 커큐민(롱비다(Longvida™)), 로수바스타틴, 마라비록, 라미프릴, 밀나시프란, 코비프로스톤, 소마트로핀, tgAAC94 유전자 요법 벡터, MK0359, GW856553, 에소메프라졸, 에베롤리무스, 트라스투주맙, JAK1 및 JAK2 저해제, 범 JAK 저해제, 예를 들어, 테트라사이클릭 피리돈 6(P6), 325, PF-956980, 데노수맙, IL-6 길항제, CD20 길항제, CTLA4 길항제, IL-8 길항제, IL-21 길항제, IL-22 길항제, 인테그린 길항제(티사브리(Tysarbri®)(나탈리주맙)), VGEF 길항제, CXCL 길항제, MMP 길항제, 데펜신 길항제, IL-1 길항제(IL-1 베타 길항제 포함), 및 IL-23 길항제(예를 들어, 수용체 디코이, 길항 항체 등)를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 추가 치료제는 경구 PDE4 저해제(예컨대, 아프레밀라스트)이다. 일부 실시형태에서, 추가 치료제는 아프레밀라스트, 에타너셉트, 인플릭시맙, 아달리무맙, 우스테키누맙 또는 세쿠키누맙이다.
일부 실시형태에서, 치료제는 면역억제제이다. 면역억제제의 예는 코르티코스테로이드, 메살라진, 메살라민, 설파살라진, 설파살라진 유도체, 면역억제 약물, 사이클로스포린 A, 머캅토퓨린, 아자티오퓨린, 프레드니손, 메토트렉세이트, 항히스타민제, 글루코코르티코이드, 에피네프린, 테오필린, 크로몰린 소듐, 항-류코트리엔, 비염에 대한 항콜린성 약물, TLR 길항제, 인플라마손 저해제, 항-콜린성 충혈제거제, 비만-세포 안정제, 단클론성 항-IgE 항체, 백신(예를 들어, 알레르겐의 양이 점차 증가하는 백신화에 사용되는 백신), 사이토카인 저해제, 예컨대, 항-IL-6 항체, TNF 저해제, 예컨대, 인플릭시맙, 아달리무맙, 세르톨리주맙 페골, 골리무맙 또는 에타너셉트 및 이들의 조합을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
투여
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 경구로 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체에게 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 2회 이상의 용량(예를 들어, 3회 이상, 4회 이상 또는 5회 이상의 용량)으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 2회 이상의 용량의 대상체에 대한 투여는 적어도 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 7시간, 8시간, 9시간, 10시간, 11시간, 12시간, 13시간, 14시간, 15시간, 16시간, 17시간, 18시간, 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일 또는 21일의 간격을 둔다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일, 21일, 22일, 23일, 24일, 25일, 26일, 27일, 28일, 29일, 30일, 31일, 32일, 33일, 34일, 35일, 36일, 37일, 38일, 39일, 40일, 41일 또는 42일 동안 1일 1회 투여된다.
일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 캡슐 또는 정제로서 제형화된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 제형은 장용 코팅 또는 미세 캡슐화를 포함한다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 장용 코팅 캡슐이다.
일부 실시형태에서, 대상체는 포유동물이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 비인간 포유동물(예를 들어, 개, 고양이, 소, 말, 돼지, 당나귀, 염소, 낙타, 마우스, 래트, 기니피그, 양, 라마, 원숭이, 고릴라 또는 침팬지)이다.
본 명세서에 제공된 방법의 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 추가 치료제의 투여와 함께 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 추가의 치료제와 함께 공동-제형화된 프레보텔라 박테리아를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 추가 치료제와 함께 공동-투여된다. 일부 실시형태에서, 추가 치료제는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체에게 투여된다(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 또는 55분 전, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 또는 23시간 전, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 또는 14일 전). 일부 실시형태에서, 추가 치료제는 박테리아 조성물의 투여 후에 대상체에게 투여된다(예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 또는 55분 후, 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 또는 23시간 후, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 또는 14일 후). 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물 및 추가의 치료제 둘 모두를 전달하는데 동일한 전달 방식이 사용된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물 및 추가 치료제를 투여하기 위해 상이한 전달 방식이 사용된다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 경구로 투여되는 반면, 추가 치료제는 주사(예를 들어, 정맥내 및/또는 근육내 주사)를 통해 투여된다.
특정 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물, 투여 형태, 및 키트는 임의의 다른 통상적인 치료와 함께 투여될 수 있다. 이들 치료는 필요에 따라 및/또는 지시된 바와 같이 적용될 수 있고, 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물, 투여 형태 및 키트의 투여 전, 투여와 동시에, 또는 투여 후에 수행될 수 있다.
투여 요법은 임의의 다양한 방법 및 양일 수 있으며, 공지된 임상 인자에 따라 당업자에 의해 결정될 수 있다. 의학 분야에 공지된 바와 같이, 임의의 한 환자에 대한 투여량은 대상체의 종, 크기, 체표면적, 연령, 성별, 면역능력 및 일반적인 건강, 투여될 특정 미생물, 투여 지속 기간 및 투여경로, 질환의 종류 및 단계 및 동시에 투여되는 약물과 같은 다른 화합물을 비롯한 많은 인자에 따라 다를 수 있다. 상기 인자 이외에, 이러한 수준은 당업자의 결정에 따라 미생물의 감염성 및 미생물의 성질에 의해 영향을 받을 수 있다. 본 방법에서, 미생물의 적절한 최소 투여량 수준은 미생물이 생존, 성장 및 복제하기에 충분한 수준일 수 있다. 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물의 용량은 투여 형태, 투여 경로, 표적 질환의 정도 또는 단계 등에 따라 적절히 설정되거나 조정될 수 있다. 예를 들어, 제제의 일반적인 유효 용량은 0.01 ㎎/㎏ 체중/일 내지 1000 ㎎/㎏ 체중/일, 0.1 ㎎/㎏ 체중/일 내지 1000 ㎎/㎏ 체중/일, 0.5 ㎎/㎏ 체중/일 내지 500 ㎎/㎏ 체중/일, 1 ㎎/㎏ 체중/일 내지 100 ㎎/㎏ 체중/일, 또는 5 ㎎/㎏ 체중/일 내지 50 ㎎/㎏ 체중/일의 범위일 수 있다. 유효 용량은 0.01, 0.05, 0.1, 0.5, 1, 2, 3, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 500, 또는 1000 ㎎/㎏ 체중/일 또는 그 초과일 수 있지만, 용량은 이에 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 대상체에게 투여되는 용량은 질환(예를 들어, 자가면역 질환, 염증성 질환, 대사성 질환)을 예방하거나, 질환을 치료, 예를 들어, 이의 발병을 지연시키거나, 질환의 하나 이상의 증상을 개선시키거나, 질환의 중증도(또는 이의 증상)를 경감시키거나 이의 진행을 늦추거나 중단시키기에 충분하다. 당업자는 투여량이 대상체의 연령, 종, 상태 및 체중뿐만 아니라 사용된 특정 화합물의 강도를 포함하는 다양한 인자에 따라 달라질 것임을 인식할 것이다. 투여량의 크기는 또한 투여 경로, 시기 및 빈도뿐만 아니라 특정 화합물의 투여에 수반될 수 있는 임의의 부작용 및 원하는 생리적 효과의 존재, 성질 및 정도에 의해 결정될 것이다.
적합한 용량 및 투여용량 요법은 당업자에게 공지된 통상적인 범위-지정 기술에 의해 결정될 수 있다. 일반적으로, 치료는 화합물의 최적 용량보다 적은 소량으로 개시된다. 그 후에, 투여용량은 상황 하에서 최적의 효과에 도달할 때까지 소량씩 증가된다. 효과적인 투여량 및 치료 프로토콜은 예를 들어, 실험실 동물에서 낮은 용량으로 시작한 다음 효과를 모니터링하면서 투여용량을 증가시키고, 투여량 요법을 체계적으로 변화시키는, 일상적이고 통상적인 수단에 의해 결정될 수 있다. 동물 연구는 일반적으로, 킬로그램 중량 당 생물활성제의 최대 허용 용량("MTD")을 결정하기 위해 사용된다. 당업자는 인간을 포함한 다른 종에서 독성을 피하면서 효능에 대한 용량을 정기적으로 추정한다.
상기에 따르면, (예를 들어, 치료 및/또는 예방을 위한) 치료적 적용에서, 본 발명에 따라 사용되는 활성제의 용량은 선택된 투여용량에 영향을 미치는 다른 요인들 중에서, 활성제, 수혜 환자의 연령, 체중 및 임상 상태, 요법을 투여하는 임상의 또는 개업의의 경험 및 판단에 따라 변한다.
개별 투여는 2회, 3회, 4회, 5회 또는 6회 투여를 포함하여 임의의 수의 2회 이상의 투여를 포함할 수 있다. 당업자는 본 명세서에 제공된 치료 방법 및 다른 모니터링 방법을 모니터링하기 위해 당업계에 공지된 방법에 따라 수행할 투여 횟수 또는 하나 이상의 추가 투여를 수행하는 것이 바람직하다는 것을 쉽게 결정할 수 있다. 따라서, 본 명세서에 제공된 방법은 대상체에게 박테리아 조성물의 하나 이상의 투여를 제공하는 방법(여기서 투여 횟수는 대상체를 모니터링함으로써 결정될 수 있음) 및 모니터링의 결과에 기초하여 하나 이상의 추가 투여를 제공할지 여부를 결정하는 방법을 포함한다. 하나 이상의 추가의 투여를 제공할지 여부를 결정하는 것은 다양한 모니터링 결과를 기반으로 할 수 있다.
투여 사이의 기간은 임의의 다양한 기간일 수 있다. 투여 사이의 기간은 투여 횟수, 대상체가 면역 반응을 일으키는 기간 및/또는 대상체가 정상적인 조직에서 박테리아를 제거하는 기간과 관련하여 기술된 바와 같이 모니터링 단계를 포함하는 임의의 다양한 인자의 함수일 수 있다. 일 예에서, 기간은 대상체가 면역 반응을 일으키는 시간의 함수일 수 있으며; 예를 들어, 기간은 약 1주일 초과, 약 10일 초과, 약 2주 초과, 또는 약 1개월 초과와 같은, 대상체가 면역 반응을 일으키는 기간보다 길 수 있거나; 다른 예에서, 기간은 약 1주일 미만, 약 10일 미만, 약 2주 미만, 또는 약 1개월 미만과 같은, 대상체가 면역 반응을 일으키는 기간보다 짧을 수 있다. 또 다른 예에서, 기간은 대상체가 박테리아를 정상 조직으로부터 제거하는 기간의 함수일 수 있으며; 예를 들어, 기간은 대상체가 정상 조직으로부터 박테리아를 제거하는 시간보다 길 수 있으며, 예컨대, 약 1일 초과, 약 2일 초과, 약 3일 초과, 약 5일 초과, 또는 약 1주일 초과이다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 박테리아 조성물과 조합된 추가의 치료제의 전달은 부작용을 감소시키고/시키거나 추가의 치료제의 효능을 향상시킨다.
본 명세서에 기재된 추가의 치료제의 유효 용량은 환자에게 독성이 가장 적은, 특정 환자에 대한 원하는 치료 반응, 투여 조성물 및 투여 방식을 달성하는 데 효과적인 치료제의 양이다. 유효 투여량 수준은 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 확인될 수 있으며, 투여되는 특정 조성물의 활성, 투여 경로, 투여시간, 사용되는 특정 화합물의 배출 속도, 치료 기간, 사용된 특정 조성물과 함께 사용되는 다른 약물, 화합물 및/또는 물질, 치료되는 환자의 연령, 성별, 체중, 상태, 일반적인 건강 및 이전 병력, 및 의학 분야에서 잘 알려진 유사 인자를 포함하는 다양한 약동학적 인자에 따라 달라질 것이다. 일반적으로, 추가의 요법의 유효 용량은 치료 효과를 생성하는데 효과적인 최저 용량인 치료제의 양일 것이다. 이러한 유효 용량은 일반적으로, 상기 기재된 인자에 따라 달라질 것이다.
추가의 요법의 독성은 치료 동안 및 치료 후에 대상체가 경험하는 부작용의 수준이다. 추가 치료 독성과 관련된 부작용으로는 복통, 위산과다, 위산 역류, 알레르기 반응, 탈모증, 아나필락시스, 빈혈, 불안, 식욕 부진, 관절통, 무력증, 운동 실조증, 무증상, 균형 상실, 뼈 통증, 출혈, 혈전, 저혈압, 고혈압, 호흡 곤란, 기관지염, 멍, 적은 백혈구 수, 적은 적혈구 수, 적은 혈소판 수, 심장독성, 방광염, 출혈성 방광염, 부정맥, 심장 판막 질환, 심근병증, 관상 동맥 질환, 백내장, 중추 신경독성, 인지 장애, 혼동, 결막염, 변비, 기침, 경련, 방광염, 심부정맥 혈전증, 탈수, 우울증, 설사, 현기증, 구강 건조, 건조한 피부, 소화불량, 호흡곤란, 부종, 전해질 불균형, 식도염, 피로, 생식능력 상실, 열, 속이 부글거림, 홍조, 위 역류, 위식도 역류 질환, 생식기 통증, 과립구감소증, 여성형 유방, 녹내장, 탈모, 손발 증후군, 두통, 난청, 심부전, 심계항진, 속쓰림, 혈종, 출혈성 방광염, 간독성, 고아밀라아제혈증, 고칼슘혈증, 고염소혈증, 고혈당증, 고칼륨혈증, 고지혈증, 고마그네슘혈증, 고나트륨혈증, 고인산혈증, 과다색소침착, 고중성지방혈증, 고요산혈증, 저알부민혈증, 저칼슘혈증, 저염소혈증, 저혈당증, 저칼륨혈증, 저마그네슘혈증, 저나트륨혈증, 저인산혈증, 발기부전, 감염, 주사 부위 반응, 불면증, 철 결핍증, 가려움증, 관절통, 신부전, 백혈구감소증, 간기능부전증, 기억 상실, 폐경, 구강 염증, 점막염, 근육통증, 근육통, 골수억제, 심근염, 호중구 발열, 메스꺼움, 신독성, 호중구감소증, 코피, 마비, 이독성, 통증, 손발바닥 홍반성 감각이상, 범혈구감소증, 심막염, 말초신경병증, 인두염, 광선공포증, 감광성, 폐렴, 간질성 폐렴, 단백뇨, 폐색전증, 폐섬유증, 폐 독성, 발진, 빠른 심장 박동, 직장 출혈, 안절부절, 비염, 발작, 호흡 곤란, 부비동염, 혈소판감소증, 이명, 요로 감염, 질 출혈, 질 건조, 현기증, 물 정체, 쇠약, 체중 감소, 체중 증가 및 구강건조증을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 일반적으로, 요법을 통해 달성된 대상체에 대한 이익이 요법으로 인해 대상체가 경험한 부작용보다 더 클 경우 독성이 허용된다.
면역 장애
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법 및 조성물은 자가면역 질환, 알레르기 반응 및/또는 염증성 질환과 같은 병리학적 면역 반응과 관련된 질환 또는 장애의 치료 또는 예방에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 질환 또는 장애는 염증성 장 질환(예를 들어, 크론병 또는 궤양성 대장염)이다. 일부 실시형태에서, 질환 또는 장애는 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선)이다. 일부 실시형태에서, 질환 또는 장애는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염)이다.
본 명세서에 기재된 방법은 이를 필요로 하는 임의의 대상체를 치료하는 데 사용될 수 있다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, "이를 필요로 하는 대상체"는 병리학적 면역 반응과 관련된 질환 또는 장애(건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염))를 갖는 임의의 대상체, 뿐만 아니라 이러한 질환 또는 장애를 얻을 가능성이 증가된 임의의 대상체를 포함한다.
본 명세서에 기재된 조성물은 예를 들어, 자가면역 질환, 예컨대, 만성 염증성 장 질환, 전신 홍반성 루푸스, 건선, 머클-웰스 증후군(muckle-wells syndrome), 류마티스 관절염, 다발성 경화증, 또는 하시모토병; 알레르기 질환, 예컨대, 식품 알레르기, 꽃가루 알레르기, 또는 천식; 감염성 질환, 예컨대, 클로스트리듐 디피실레 감염; 염증성 질환, 예컨대, TNF 매개성 염증성 질환(예를 들어, 위장관의 염증성 질환, 예컨대, 주머니염, 심혈관 염증성 병태, 예컨대, 아테롬성 동맥경화증, 또는 염증성 폐 질환, 예컨대, 만성 폐쇄성 폐 질환)의 치료 또는 예방(이러한 질환의 부작용의 부분 또는 완전 감소)을 위한 박테리아 조성물; 장기 이식 또는 조직 거부가 발생할 수 있는 다른 상황에서 거부 억제를 위한 박테리아 조성물; 면역 기능 개선을 위한 보충제, 식품, 또는 음료; 또는 면역 세포의 증식 또는 기능 억제를 위한 시약으로서 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 제공된 방법은 염증의 치료에 유용하다. 특정 실시형태에서, 하기에 논의된 바와 같은 근골격계 염증, 혈관 염증, 신경 염증, 소화계 염증, 안구 염증, 생식계 염증, 및 기타 염증을 비롯한 신체의 임의의 조직 및 기관의 염증.
근골격계의 면역 장애는 손, 손목, 팔꿈치, 어깨, 턱, 척추, 목, 엉덩이, 무릎, 발목 및 발의 관절을 포함한 골격 관절에 영향을 미치는 병태 및 힘줄과 같은 근육을 뼈에 연결하는 조직에 영향을 미치는 병태를 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 본 명세서에 기재된 방법 및 조성물로 치료될 수 있는 이러한 면역 장애의 예는 관절염(예를 들어, 골관절염, 류마티스 관절염, 건선성 관절염, 강직성 척추염, 급성 및 만성 감염성 관절염, 통풍 및 가성통풍과 관련된 관절염, 및 소아 특발성 관절염 포함), 건염, 활막염, 건초염, 윤활낭염, 섬유조직염(섬유근육통), 위관절융기염, 근육염, 및 골염(예를 들어, 파제트병, 치골 골염, 및 낭성 섬유뼈염 포함)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
안구 면역 장애는 눈꺼풀을 포함하여, 눈의 임의의 구조에 영향을 미치는 면역 장애를 지칭한다. 본 명세서에 기재된 방법 및 조성물로 치료될 수 있는 안구 면역 장애의 예는 안검염, 안검피부이완증, 결막염, 누선염, 각막염, 건성 각막결막염(건성안), 공막염, 속눈썹증, 및 포도막염을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에 기재된 방법 및 조성물로 치료될 수 있는 신경계 면역 장애의 예는 뇌염, 길랭-바레 증후군, 수막염, 신경근긴장증, 기면증, 다발성 경화증, 골수염 및 조현병을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 본 명세서에 기재된 방법 및 조성물로 치료될 수 있는 맥관계 또는 림프계의 염증의 예는 관절경화, 관절염, 정맥염, 혈관염 및 림프관염을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에 기재된 방법 및 조성물로 치료될 수 있는 소화계 면역 장애의 예는 담관염, 담낭염, 장염, 소장대장염, 위염, 위창자염, 염증성 장 질환, 회장염 및 직장염을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다. 염증성 장 질환은 예를 들어, 관련 병태군의 기술 분야에서 인식된 일부 형태를 포함한다. 몇몇 주요한 형태의 염증성 장 질환이 공지되어 있는데, 크론병(지역성 장 질환, 예를 들어, 비활성 및 활성 형태) 및 궤양성 대장염(예를 들어, 비활성 및 활성 형태)이 이러한 장애 중 가장 흔하다. 또한, 염증성 장 질환은 과민성 대장 증후군, 미세 대장염, 림프구-형질세포 장염, 복강 질환, 콜라겐성 대장염, 림프구성 대장염 및 호산구성 소장대장염을 포함한다. 기타 덜 흔한 형태의 IBD는 불확정 대장염, 거짓막 대장염(괴사성 대장염), 허혈성 염증성 장 질환, 베체트병, 사코이드증, 공피증, IBD 관련 이형성증, 이형성증 관련 덩어리 또는 병변, 및 원발성 경화성 담관염을 포함한다.
본 명세서에 기재된 방법 및 조성물로 치료될 수 있는 생식계 면역 장애의 예는 자궁경부염, 융모양막염, 자궁내막염, 부고환염, 배꼽염, 난소염, 고환염, 자궁관염, 자궁관 난소 농양, 요도염, 질염, 외음염 및 외음부통을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에 기재된 방법 및 조성물은 염증 성분을 갖는 자가면역 병태를 치료하는 데 사용될 수 있다. 이러한 병태는 급성 파종 전신 탈모증, 베체트병, 샤가스병, 만성 피로 증후군, 자율신경기능이상, 뇌척수염, 강직성 척추염, 재생불량성 빈혈, 화농성 한선염, 자가면역 간염, 자가면역 난소염, 복강 질환, 크론병, 제1형 당뇨병, 거대세포 동맥염, 굿파스쳐 증후군, 그레이브병, 길랭-바레 증후군, 하시모토병, 헤노흐-쇤라인 자반병, 가와사키병, 홍반성 루푸스, 미세 대장염, 미세 다발동맥염, 혼합 결합조직 질환, 머클-웰스 증후군, 다발성 경화증, 중증 근무력증, 안구간대경련 근간대경련 증후군, 시신경염, 오드 갑상선염(ord's thyroiditis), 수포창, 결절성다발성동맥염, 다발성 근육통, 류마티스 관절염, 라이터 증후군, 쇼그렌 증후군, 측두 동맥염, 베게너 육아종증, 웜(warm) 자가면역 용혈성 빈혈, 간질성 방광염, 라임병, 국소피부경화증, 건선, 사코이드증, 공피증, 궤양성 대장염, 및 백반증을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에 기재된 방법 및 조성물은 염증 성분을 갖는 T 세포 매개성 과민성 질환을 치료하는 데 사용될 수 있다. 이러한 병태는 접촉 과민증, 접촉성 피부염(덩굴 옻나무로 인한 것 포함), 두드러기, 피부 알레르기, 호흡기 알레르기(고초열, 알레르기 비염, 집먼지 진드기 알레르기) 및 글루텐 민감성 장 질환(복강 질환)을 포함하지만, 이들로 제한되지 않는다.
방법 및 조성물로 치료될 수 있는 기타 면역 장애는 예를 들어, 충수염, 피부염, 피부근염, 심내막염, 섬유조직염, 치은염, 설염, 간염, 화농성 한선염, 홍채염, 후두염, 유선염, 심근염, 신장염, 이염, 췌장염, 이하선염, 심막염, 복막염, 인두염, 흉막염, 폐렴, 전립선염, 신우신염, 및 구내염, (신장, 간, 심장, 폐, 췌장(예를 들면, 섬 세포), 골수, 각막, 작은 창자, 피부 동종 이식(allograft), 피부 동종 이식(homograft) 및 심장 판막 이식, 혈청병, 및 이식편대 숙주병과 같은 기관을 포함하는) 이식 거부, 급성 췌장염, 만성 췌장염, 급성 호흡 곤란 증후군, 시자리 증후군, 선천성 부신 비후증, 비화농성 갑상선염, 암과 연관된 고칼슘혈증, 수포창, 수포성 포진 피부염, 중증 다형성 홍반, 박피성 피부염, 지루성 피부염, 계절성 또는 알레르기 비염, 기관지 천식, 접촉성 피부염, 아토피 피부염, 약물 과민 반응, 알레르기 결막염, 각막염, 안 대상포진, 각막 홍체 모양체 염, 홍체모양체염, 맥락 망막염, 시신경염, 증상성 사코이드증, 전격 또는 파종 폐 결핵 화학요법, 성인의 특발 혈소판감소 자색반증, 성인의 2차 혈소판 감소증, 후천성 (자가면역) 용혈성 빈혈, 백혈병 및 성인 림프종, 유아의 급성 백혈병, 지역성 장염, 자가면역 혈관염, 다발성 경화증, 만성 폐쇄성 폐 질환, 고형 장기 이식 거부, 패혈증을 포함한다. 바람직한 치료법은 이식 거부, 류마티스 관절염, 건선 관절염, 다발성 경화증, 1형 당뇨병, 천식, 염증성 장 질환, 전신 홍반성 루푸스, 건선, 만성 폐쇄성 폐 질환, 및 감염성 질환(예를 들어, 패혈증)을 수반하는 염증의 치료를 포함한다.
일부 양태에서, 건선 및/또는 아토피성 피부염의 치료에 사용하기 위한 박테리아 조성물이 개시된다. 일부 양태에서, 건선을 치료하는 데 사용하기 위한 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는 박테리아 조성물이 본 명세서에 기재되며, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다. 다른 양태에서, 아토피성 피부염을 치료하는 데 사용하기 위한 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는 박테리아 조성물이 본 명세서에 기재되며, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다.
일부 양태에서, 건선(예를 들어, 경증 내지 중등도의 건선) 및/또는 아토피성 피부염(예를 들어, 경증 내지 중등도 아토피성 피부염)을 치료하기 위한 의약의 제조를 위한 박테리아 조성물의 용도가 개시된다. 일부 양태에서, 건선의 치료를 위한 의약의 제조를 위한 박테리아 조성물의 용도가 본 명세서에 기재되며, 박테리아 조성물은 프레보텔라 히스티콜라를 포함하고, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다. 다른 양태에서, 아토피성 피부염의 치료를 위한 의약의 제조를 위한 박테리아 조성물의 용도가 본 명세서에 기재되며, 박테리아 조성물은 프레보텔라 히스티콜라를 포함하고, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다.
본 명세서에 기재된 본 발명의 임의의 양태에 적용될 수 있는 다수의 실시형태가 추가로 제공된다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 99.9% 서열 동일성을 포함하는 균주이다. 일부 실시형태에서, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)이다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 경구로 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 캡슐 또는 정제로서 제형화된다. 일부 실시형태에서, 캡슐은 장용 코팅 캡슐이다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 최대 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 최대 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 최대 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 약 2.76 ㎎, 약 55 ㎎, 약 550 ㎎ 또는 약 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 적어도 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 연속 15일 동안 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 연속 28일 동안 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 박테리아 조성물은 연속 29일 동안 1일 1회 투여된다. 일부 실시형태에서, 건선은 경증 내지 중등도의 건선이다. 일부 실시형태에서, 아토피성 피부염은 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염이다.
추가 예시적인 실시형태
예시적인 실시형태 1에서, 본 명세서에는 대상체에게 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서 건선을 치료하는 방법이 제공되며, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다.
예시적인 실시형태 2에서, 본 명세서에는 대상체에게 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 대상체(예를 들어, 건선을 갖는 대상체)에서 병변 중증도 점수(LSS)(예를 들어, 평균 LSS)를 (예를 들어, 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여) 감소시키는 방법이 제공되며, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다.
예시적인 실시형태 3에서, 본 명세서에는 평균 LSS가 대상체에서 감소되는, 실시형태 2의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 4에서, 본 명세서에는 LSS가 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여 감소되는, 실시형태 2 또는 실시형태 3의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 5에서, 본 명세서에는 대상체에게 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 대상체(예를 들어, 건선을 갖는 대상체)에서 건선 부위 중증도 지수(PASI) 점수(예를 들어, 평균 PASI 점수)를 (예를 들어, 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여) 감소시키는 방법이 제공되며, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다.
예시적인 실시형태 6에서, 본 명세서에는 평균 PASI 점수가 대상체에서 감소되는, 실시형태 5의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 7에서, 본 명세서에는 PASI 점수가 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여 감소되는, 실시형태 5 또는 실시형태 6의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 8에서, 본 명세서에는 대상체에게 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 대상체(예를 들어, 건선을 갖는 대상체)에서 지속적인 임상 효과(예를 들어, 투여 완료 2주 후에, 예를 들어, 평균 LSS 및/또는 PASI의 기준선(또는 위약)으로부터의 계속적인 감소)를 증가시키는 방법이 제공되며, 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다.
예시적인 실시형태 9에서, 본 명세서에는 지속적인 임상 효과가 투여 완료 후 평균 LSS 및/또는 PASI의 기준선 또는 위약으로부터의 계속적인 감소를 포함하는, 실시형태 8의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 10에서, 본 명세서에는 평균 LSS 및/또는 PASI의 기준선 또는 위약으로부터의 감소가 투여 후 적어도 2주 동안 계속되는, 실시형태 9의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 11에서, 본 명세서에는 LSS 및/또는 PASI 점수가 기준선 또는 위약에 비해서 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40% 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%만큼 감소되는, 실시형태 2 내지 10 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 12에서, 본 명세서에는 프레보텔라 히스티콜라가 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 99.9% 서열 동일성을 포함하는 균주인, 실시형태 1 내지 11 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 13에서, 본 명세서에는 프레보텔라 히스티콜라가 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)인, 실시형태 1 내지 11 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 14에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 경구로 투여되는, 실시형태 1 내지 13 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 15에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 캡슐 또는 정제로서 제형화되는, 실시형태 1 내지 14 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 16에서, 본 명세서에는 캡슐이 장용 코팅 캡슐인, 실시형태 15의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 17에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 적어도 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 18에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 19에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 20에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 최대 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 21에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 22에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 최대 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 23에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 24에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 적어도 약 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 25에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 26에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 55 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 27에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 550 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 1 내지 16 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 28에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 적어도 1일 1회 투여되는, 실시형태 1 내지 27 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 29에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 1일 1회 투여되는, 실시형태 1 내지 27 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 30에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 연속 15일 동안 1일 1회 투여되는, 실시형태 1 내지 27 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 31에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 연속 28일 동안 1일 1회 투여되는, 실시형태 1 내지 27 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 32에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 연속 29일 동안 1일 1회 투여되는, 실시형태 1 내지 27 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 33에서, 본 명세서에는 건선이 경증 내지 중등도의 건선인, 실시형태 1 내지 32 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 34에서, 본 명세서에는 대상체에게 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는 박테리아 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서 아토피성 피부염을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다.
예시적인 실시형태 35에서, 본 명세서에는 프레보텔라 히스티콜라가 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 99.9% 서열 동일성을 포함하는 균주인, 실시형태 34의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 36에서, 본 명세서에는 프레보텔라 히스티콜라가 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)인, 실시형태 34의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 37에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 경구로 투여되는, 실시형태 34 내지 36 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 38에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 캡슐 또는 정제로서 제형화되는, 실시형태 34 내지 37 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 39에서, 본 명세서에는 캡슐이 장용 코팅 캡슐인, 실시형태 38의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 40에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 적어도 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 41에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 42에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 43에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 최대 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 44에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 45에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 최대 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 46에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 47에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 적어도 약 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 48에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 49에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 55 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 50에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 550 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 34 내지 39 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 51에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 적어도 1일 1회 투여되는, 실시형태 34 내지 50 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 52에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 1일 1회 투여되는, 실시형태 34 내지 50 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 53에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 연속 15일 동안 1일 1회 투여되는, 실시형태 34 내지 50 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 54에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 연속 28일 동안 1일 1회 투여되는, 실시형태 34 내지 50 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 55에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 연속 29일 동안 1일 1회 투여되는, 실시형태 34 내지 50 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 56에서, 본 명세서에는 아토피성 피부염이 경증 내지 중등도 아토피성 피부염인, 실시형태 34 내지 55 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 57에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 박테리아의 하나의 균주를 포함하고, 박테리아의 하나의 균주가 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 99.9% 서열 동일성을 포함하는 균주인, 실시형태 1 내지 56 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 58에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 박테리아의 하나의 균주를 포함하고, 박테리아의 하나의 균주가 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)인, 실시형태 1 내지 56 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 59에서, 본 명세서에는 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는 박테리아 조성물(예를 들어, 약제학적 조성물)을 투여하는 단계를 포함하는 항염증성 사이토카인 생산을 향상시키는 방법이 제공되며, 여기서 프레보텔라 히스티콜라는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85% 서열 동일성을 포함하는 균주이다.
예시적인 실시형태 60에서, 본 명세서에는 프레보텔라 히스티콜라가 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)인, 실시형태 59의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 61에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 경구로 투여되는, 실시형태 59 내지 60 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 62에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 캡슐 또는 정제로서 제형화되는, 실시형태 59 내지 61 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 63에서, 본 명세서에는 캡슐이 장용 코팅 캡슐인, 실시형태 62의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 64에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 적어도 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 65에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 66에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 67에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 최대 약 1.6×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 68에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 69에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 최대 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 70에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 1.6×1010 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 71에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 적어도 약 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 72에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 2.76 g의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 73에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 55 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 74에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 약 550 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 실시형태 59 내지 63 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 75에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 적어도 1일 1회 투여되는, 실시형태 59 내지 74 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 76에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 1일 1회 투여되는, 실시형태 59 내지 74 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 77에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 연속 15일 동안 1일 1회 투여되는, 실시형태 59 내지 74 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 78에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 연속 28일 동안 1일 1회 투여되는, 실시형태 59 내지 74 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 79에서, 본 명세서에는 박테리아 조성물이 연속 29일 동안 1일 1회 투여되는, 실시형태 59 내지 74 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 80에서, 본 명세서에는 항염증성 사이토카인이 IL-10 및/또는 IL-27인, 실시형태 59 내지 79 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
예시적인 실시형태 81에서, 본 명세서에는 항염증성 사이토카인이 M1형 APC에 의해서 발현되는, 실시형태 59 내지 80 중 어느 하나의 방법이 제공된다.
실시예
실시예 1:
지연형 과민증(DTH)의 마우스 모델에서의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B
지연형 과민증(DTH)은 Petersen 등(문헌[In vivo pharmacological disease models for psoriasis and atopic dermatitis in drug discovery. Basic & Clinical Pharm & Toxicology. 2006. 99(2): 104-115]; 또한 문헌[Irving C. Allen (ed.) Mouse Models of Innate Immunity: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, 2013. vol. 1031, DOI 10.1007/978-1-62703-481-4_13] 참고)에 의해 검토된 바와 같이 아토피성 피부염(또는 알레르기성 접촉 피부염)의 동물 모델이다. 다양한 합텐 또는 항원, 예를 들어, 완전 프로인트 아주반트(Complete Freund's Adjuvant: CFA) 또는 다른 아주반트로 유화된 항원을 사용하여, 다양한 마우스 및 래트 균주에서 유도될 수 있다. DTH는 홍반, 부종, 및 세포 침윤 - 특히 항원 제시 세포(APC), 호산구, 활성화된 CD4+ T 세포, 및 사이토카인 발현 Th2 세포의 침윤을 초래하는 항원 특이적 T 세포 매개성 반응뿐만 아니라 감작을 특징으로 한다.
일반적으로, 마우스를 종창 및 항원-특이적 항체 역가에 의해 측정된 이차(또는 기억) 면역 반응을 유도하기 위해 아주반트(예를 들어, 완전 프로인트 아주반트)와 관련하여 투여된 항원으로 프라이밍한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 DTH의 마우스 모델에서 단독으로 또는 다른 항-염증 치료제를 첨가하거나 첨가하지 않으면서, 이들의 효능에 대해 시험되었다. 예를 들어, 6 내지 8주령 C57Bl/6 마우스를 Taconic(미국 뉴욕주 저먼타운 소재) 또는 다른 공급업체에서 입수한다. 마우스 군에 유효량(부위당 50 ul 총 부피)으로 항원(예를 들어, 키홀-림펫 헤모시아닌 (KLH) 또는 오발부민(OVA))을 등(상단 및 하단) 위의 네 부위에 4개의 피하(s.c.) 주사를 투여한다. DTH 반응의 경우, 동물에게 당업계에 공지된 방법을 사용하여 귀에 피부내(i.d.)에 주사할 수 있다. 일부 마우스는 대조군 동물 역할을 한다. 일부 마우스 군에게 제8일에 귀당 10 ul(왼쪽 귀에 비히클 대조군(0.01% DMSO) 및 항원(오른쪽 귀에 대략 21.2 ug(12 n㏖)))을 시험감염시킬 수 있다. 귀 염증을 측정하기 위해, 수동 억제 동물의 귀 두께를 Mitutoyo 마이크로미터를 사용하여 측정할 수 있다. 각각의 개별 동물의 귀 두께를 기준선 수준에서 피부내 접종 전에 측정할 수 있다. 이후, 대략 24시간 및 48시간(즉, 제9일 및 제10일)에 피부내 접종 후 귀 두께를 2회 측정할 수 있다. 코르티코스테로이드인 덱사메타손을 양성 대조군을 위해서 사용할 수 있다.
박테리아에 의한 치료는 프라이밍 시간 또는 DTH 접종 시간 중 어느 시점에서 개시된다. 예를 들어, 박테리아는 피하 주사(제0일)와 동시에 투여될 수 있거나, 피부내 주사 전에 또는 피부내 주사시에 투여될 수 있다. 박테리아는 다양한 용량 및 정해진 간격으로 투여된다. 일부 마우스는 i.v. 주사를 통해 박테리아를 제공받을 수 있는 반면, 다른 마우스는 복강내(i.p.) 주사, 피하(s.c.), 비강 경로 투여, 경구 위관영양, 국소 투여, 피부내(i.d.) 주사 또는 다른 투여 수단을 통해 박테리아를 제공받을 수 있다. 일부 마우스는 매일(예를 들어, 제0일에 시작) 박테리아를 제공받을 수 있는 반면, 다른 마우스는 다른 간격(예를 들어, 격일 또는 3일에 한 번)으로 박테리아를 제공받을 수 있다. 박테리아 세포는 생 박테리아, 사멸된 박테리아, 또는 약화된 박테리아일 수 있다. 박테리아 세포는 새로 수거(또는 냉동)되어 투여될 수 있거나, 또는 투여 전에 방사선 조사되거나, 동결건조되거나, 가열 사멸될 수 있다.
예를 들어, 일부 마우스 군은 1×104 내지 5×109개 박테리아 세포를 제공받을 수 있다.
다른 실험에서, 일부 마우스 군은 다양한 시점에 유효한 용량으로 항염증제(들)(예를 들어, 항-CD154, TNF 패밀리의 구성원 차단, 또는 기타 치료) 및/또는 적절한 대조군(예를 들어, 비히클 또는 대조 항체)으로 처리될 수 있다. 추가로, 일부 마우스는 치료 전에 항생제로 처리될 수 있다. 예를 들어, 반코마이신(0.5 g/ℓ), 암피실린(1.0 g/ℓ), 겐타마이신(1.0 g/ℓ) 및 암포테리신 B(0.2 g/ℓ)을 식수에 첨가하고, 치료 시에 또는 치료 며칠 전에 항생제 치료를 중단한다. 일부 면역화된 마우스는 항생제를 제공받지 않고 처리된다.
다양한 시점에서, 혈청 샘플을 채취한다. 다른 마우스 군을 희생시키고, 당업계에 공지된 방법을 사용하여 조직학 연구, 생체외 조직학적, 사이토카인 및/또는 유세포 분석을 위해 림프절, 비장, 장간막 림프절(MLN), 소장, 결장, 및 다른 조직을 제거할 수 있다. 일부 마우스를 O2/CO2 마취하에 안와 신경총에서 방혈시키고, ELISA 분석을 수행한다.
조직은 제조업체의 지시에 따라 해리 효소를 사용하여 해리될 수 있다. 세포를 당업계에 공지된 기술을 사용하여 유세포 분석법에 의한 분석을 위해 염색한다. 염색 항체는 항-CD11c(수지상 세포), 항-CD80, 항-CD86, 항-CD40, 항-MHCII, 항-CD8a, 항-CD4, 및 항-CD103을 포함할 수 있다. 분석될 수 있는 다른 마커는 범-면역 세포 마커 CD45, T 세포 마커(CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, 그랜자임 B, CD69, PD-1, CTLA-4), 및 대식세포/골수성 마커(CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80)를 포함한다. 면역 표현형에 추가하여, TNFa, IL-17, IL-13, IL-12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL-1b, IFNy, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES, 및 MCP-1을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 혈청 사이토카인을 분석한다. 사이토카인 분석은 림프절 또는 다른 조직으로부터 얻은 면역 세포, 및/또는 생체외에서 얻은 정제된 CD45+ 침윤 면역 세포에서 수행될 수 있다. 마지막으로, T 세포, 대식세포, 수지상 세포, 및 관문 분자 단백질 발현을 측정하기 위하여 면역조직화학이 다양한 조직 섹션에서 수행된다.
상기에 기술된 바와 같이 마우스를 KLH로 프라이밍시키고, 접종시켰고, 48시간에서의 귀 종창 측정 후 마우스를 희생시켰다.
희생시킨 동물로부터 귀를 제거하고 냉 EDTA-비함유 프로테아제 저해제 칵테일(Roche)에 넣었다. 비드 파괴를 사용하여 귀를 균질화시키고, 제조사의 지침에 따라 Luminex 키트(EMD Millipore)에 의해 IL-1에 대해 상청액을 분석하였다.
희생시키지 않고 DTH 보호의 영향 및 수명을 조사하기 위해, 일부 마우스는 접종 항원으로 재접종시킬 수 있다. DTH에 대한 민감성 및 반응의 중증도에 대해 다양한 시점에 마우스를 분석한다.
실시예 2
: 건선의 마우스 모델에서의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B
건선은 T 세포 매개성 만성 염증성 피부 질환이다. 소위 "플라크형" 건선은 건선의 가장 흔한 형태이며, 진피 및 표피로의 면역 세포 침윤으로 인한 건성 비늘, 붉은 플라크 및 피부 두꺼워짐을 특징으로 한다. Gudjonsson 등(문헌[Mouse models of psoriasis. J Invest Derm. 2007. 127: 1292-1308]; 또한 문헌[van der Fits et al. Imiquimod-induced psoriasis-like skin inflammation in mice is mediated via the IL-23/IL-17 axis. J. Immunol. 2009 May 1. 182(9): 5836-45] 참고)에 의해 검토된 바와 같이, 일부 동물 모델이 이 질환의 이해에 기여하였다.
건선은 형질전환, 넉아웃 또는 이종이식 모델을 사용하는 것뿐만 아니라 TLR7/8 리간드인 이미퀴모드(IMQ)의 국소 적용을 이용하는 것도 포함하는 다양한 마우스 모델에서 유도될 수 있다.
다른 항염증 치료의 첨가와 함께, 또는 첨가 없이, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효능을 건선의 마우스 모델에서 시험한다. 예를 들어, 6 내지 8주령의 C57Bl/6 또는 Balb/c 마우스를 Taconic(미국 뉴욕주 저먼타운 소재) 또는 다른 판매사로부터 입수한다. 마우스의 등과 오른쪽 귀를 면도한다. 마우스 군은 1일 국소 용량 62.5 ㎎의 시판되는 IMQ 크림(5%)(Aldara; 3M Pharmaceuticals)을 제공받는다. 이 용량을 5일 또는 6일 연속하여 면도 영역에 도포한다. 규칙적인 간격으로, 문헌[van der Fits et al. (2009)]에 기술된 바와 같이, 0 내지 4의 척도로 마우스의 홍반, 스케일링 및 두꺼워짐을 점수화한다. Mitutoyo 마이크로미터를 사용하여 마우스의 귀 두께를 모니터링한다.
박테리아에 의한 치료는 IMQ의 최초 적용 시점 또는 그 이후에 어느 시점에서 개시된다. 예를 들어, 박테리아는 피하 주사(제0일)와 동시에 투여될 수 있거나, 적용 전에 또는 적용 시에 투여될 수 있다. 박테리아는 다양한 용량 및 정해진 간격으로 투여된다. 일부 마우스는 i.v. 주사를 통해 박테리아를 제공받을 수 있는 반면, 다른 마우스는 복강내(i.p.) 주사, 비강 경로 투여, 경구 위관영양, 국소 투여, 피부내(i.d.) 주사, 피하(s.c.) 주사, 또는 다른 투여 수단을 통해 박테리아를 제공받을 수 있다. 일부 마우스는 매일(예를 들어, 제0일에 시작) 박테리아를 제공받을 수 있는 반면, 다른 마우스는 다른 간격(예를 들어, 격일 또는 3일에 한 번)으로 박테리아를 제공받을 수 있다. 박테리아 세포는 생 박테리아, 사멸된 박테리아, 또는 약화된 박테리아일 수 있다. 박테리아 세포는 새로 수거(또는 냉동)되어 투여될 수 있거나, 또는 투여 전에 방사선 조사되거나, 동결건조되거나, 가열 사멸될 수 있다.
예를 들어, 일부 마우스 군은 1×104 내지 5×109개 박테리아 세포를 제공받을 수 있다.
일부 마우스 군은 다양한 시점에서 및 유효한 용량으로 항염증제(들)(예를 들어, 항-CD154, TNF 패밀리의 구성원 차단, 또는 기타 치료) 및/또는 적절한 대조군(예를 들어, 비히클 또는 대조 항체)으로 처리될 수 있다.
또한, 일부 마우스는 치료 전에 항생제로 처리된다. 예를 들어, 반코마이신(0.5 g/ℓ), 암피실린(1.0 g/ℓ), 겐타마이신(1.0 g/ℓ) 및 암포테리신 B(0.2 g/ℓ)를 식수에 첨가하고, 치료시에 또는 치료 며칠 전에 항생제 치료를 중단한다. 일부 면역화된 마우스는 항생제를 제공받지 않고 처리된다.
다양한 시점에서, 등 및 귀 피부로부터의 샘플을 당업계에 공지된 방법을 사용하여 냉동섹션 염색 분석을 위해 채취한다. 다른 마우스 군을 희생시키고, 당업계에 공지된 방법을 사용하여 조직학 연구, 생체외 조직학적, 사이토카인 및/또는 유세포 분석을 위해 림프절, 비장, 장간막 림프절(MLN), 소장, 결장, 및 다른 조직을 제거할 수 있다. 일부 조직은 제조업체의 지시에 따라 해리 효소를 사용하여 해리될 수 있다. 냉동섹션 샘플, 조직 샘플, 또는 생체외에서 수득된 세포를 당업계에 공지된 기술을 사용하여 유세포 분석법에 의한 분석을 위해 염색한다. 염색 항체는 항-CD11c(수지상 세포), 항-CD80, 항-CD86, 항-CD40, 항-MHCII, 항-CD8a, 항-CD4, 및 항-CD103을 포함할 수 있다. 분석될 수 있는 다른 마커는 범-면역 세포 마커 CD45, T 세포 마커(CD3, CD4, CD8, CD25, Foxp3, T-bet, Gata3, Roryt, 그랜자임 B, CD69, PD-1, CTLA-4), 및 대식세포/골수성 마커(CD11b, MHCII, CD206, CD40, CSF1R, PD-L1, Gr-1, F4/80)를 포함한다. 면역 표현형에 추가하여, TNFa, IL-17, IL-13, IL-12p70, IL12p40, IL-10, IL-6, IL-5, IL-4, IL-2, IL-1b, IFNy, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, MIG, IP10, MIP1b, RANTES, 및 MCP-1을 포함하지만, 이에 제한되지 않는, 혈청 사이토카인을 분석한다. 사이토카인 분석은 림프절 또는 다른 조직으로부터 얻은 면역 세포, 및/또는 생체외에서 얻은 정제된 CD45+ 피부 침윤 면역 세포에서 수행될 수 있다. 마지막으로, T 세포, 대식세포, 수지상 세포, 및 관문 분자 단백질 발현을 측정하기 위하여 면역조직화학이 다양한 조직 섹션에서 수행된다.
건선 보호의 영향 및 수명을 조사하기 위해서, 희생시키기 보다는, 일부 마우스를 회복을 평가하기 위하여 연구할 수 있거나, 이들에게 IMQ를 재시험감염시킬 수 있다. 재시험감염시킨 마우스의 군의 건선에 대한 감수성 및 반응의 중증도를 분석한다.
실시예 3:
건강한 참가자 및 경증 내지 중등도의 건선 또는 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참가자에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B
근거:
이러한 인간 최초(first-in-human: FIH) 연구는 건강한 지원자 및 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 환자 및 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 환자에서 단클론성 미생물 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 안전성 및 내약성을 조사한다. 추가로, 이들 환자 집단에 이익을 제공하기 위해서 면역 체계를 변형시키는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 가능성을 평가한다. 따라서, 이러한 FIH 연구는 건강한 지원자 및 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 환자 코호트 및 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 환자 코호트에서 약력학적 효과를 조사함으로써 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 잠재적인 이익에 대한 최대 정보 및 이해를 제공하기 위해서 설계된다.
프레보텔라 히스티콜라는 구강, 비인두, 위장(GI) 및 비뇨 생식기 점막 표면에서 일반적으로 발견되는 자연 인간 공생 유기체이다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 사용한 전임상 연구는 다양한 인간 및 마우스 일차 세포 시험관내 검정, 뿐만 아니라 5가지의 주요 생체내 모델에서 수행되어 왔으며, 이것 모두는 면역염증성 질환의 치료에서의 이러한 작용제의 사용을 뒷받침한다.
시험관내에서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 인간 대식세포 및 수지상 세포로부터 항염증성 사이토카인, 예컨대, 인터류킨 (IL)-10, IL-27 및 IL-1RA의 분비를 자극하지만, 전염증성 사이토카인, 예컨대, IL-17, IL-12 및 과립구-대식세포 집락-자극 인자(granulocyte-macrophage colony-stimulating factor: GM-CSF)의 최소 수준만을 유도하는 것으로 확인되었다.
생체내에서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 지연형 과민증(DTH), 덱스트란 설페이트 나트륨(dextran sulphate sodium: DSS) 대장염, 플루오레세인 이소티오시아네이트(fluorescein isothyocyanate: FITC) 피부 과민증, 면역염증성 질환의 콜라겐-유도 관절염(collagen-induced arthritis: CIA) 모델 및 실험적 알레르기성 뇌척수염(experimental allergic encephalomyelitis: EAE)에서 효능의 증가를 나타내었다. 21일까지 매일 투여한 이러한 실험에 사용된 동물에서는 잠재적으로 관련된 부작용이 나타나지 않았다. 이들 데이터는, 이러한 프레보텔라의 단클론성 미생물 균주로의 치료가 건선 및 아토피성 피부염을 비롯한 다양한 면역염증성 병태에 이익을 제공할 수 있다는 것을 시사한다.
건강한 지원자, 그 다음 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 참가자의 2개의 코호트를 연구하여 생성물의 안전성 및 내약성의 증거를 제공한다. 이들 첫 번째 3개의 코호트 이후에, 최대 4개의 추가 코호트(경증 내지 중등도의 건선 2개 및 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염 2개)를 연구하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 안전성 및 내약성을 평가하고, 또한 조직 및 전신 면역 환경에서 잠재적인 이로운 변화의 증가를 연구한다. 이들 코호트는 상대성장 스케일링(allometric scaling)에 기초하여 인간 등가 용량의 1 내지 5배의 용량을 평가한다. 투여 순서는 처음 3개의 코호트에서 관찰된 임의의 안전성 또는 내약성 문제에 우선적으로 기초하며, 이어서 문제가 없으면, 약물 공급의 가용성을 따르고, 이는 이들 코호트가 비-번호 순서로 운영될 수 있다는 것을 의미한다(즉, 코호트 6 및 코호트 7을 코호트 4 및 코호트 5 이전에 실시할 수 있다). 연구될 예측 용량은 마우스 생체내 모델로부터의 상대성장 스케일링에 기초하여 인간 등가 용량(HED)의 1 내지 5배이다.
전체 설계:
이것은 건강한 참여자 및 경증 내지 중등도의 건선 또는 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참여자에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 예비 안전성, 내약성 및 효능을 평가하기 위해 용량 증량 및 용량 확장을 이용한 단일 지점, 무작위 위약-대조 임상 연구이다. 본 연구자 및 참가자는 연구 약물에 대해서 맹검되지만, 의뢰자는 맹검되지 않는다. 연구는 건강한 지원자의 2개의 코호트, 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 참가자의 3개의 코호트 및 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참가자의 2개의 코호트로 이루어진다. 위약 대비 추정 치료 용량의 1/10에서부터 추정 치료 용량의 최대 5배까지 증가 용량을 평가한다. 본 연구의 1차 목표는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 안전성 및 내약성을 평가하는 것이다. 2차 및 탐색적 평가변수는 전신 면역 체계 및 잠재적인 임상 이익에 대해서 임의의 효과가 있는지의 여부를 확립하도록 설계된다.
코호트 내 단일 용량 및 다중 용량 치료요법은 각각의 개인에 대해서 단일 투여와 다중 투여 기간의 시작 사이에 적어도 48시간의 간격을 두고 사용한다. 각각의 개인에 대한 다중 투여 기간 이전에, 해당 개인의 안전성 데이터에 대한 평가를 책임 연구자(또는 대리인) 및 의료 모니터에 의해 수행한다.
성공적으로 스크리닝된 참가자를 제1일에 (프레보텔라 히스티콜라 균주 B) 또는 위약군으로 무작위 배정하고, 투여를 시작한다. 건강한 지원자의 각각의 용량 수준에 대해, 2명의 참가자(1명의 활성, 1명의 위약)의 감시군(sentinel group)이 존재한다. 코호트의 나머지는 다중 투여 적어도 3일 후에 안전성 데이터의 검토 후에 투여된다.
모든 안전성 데이터는 책임 연구자(또는 대리인), 의료 모니터 및 안전성 검토 위원회(safety review committee: SRC)에 의해 지속적이고 누적된 방식으로 검토된다.
참가자 수:
최소 참가자 수(코호트 1 내지 코호트 7)는 총 120명이고, 최대 참가자 수는 총 132명이지만, 필요한 경우 추가 대체자가 등록될 수 있다.
2:1 무작위화 비율을 사용하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 또는 위약에 무작위로 배정된 24명의 건강한 지원자를 달성하기 위해 충분한 참가자를 스크리닝한다: 코호트 1 및 코호트 2에서 총 12명의 평가 가능한 참가자.
2:1 무작위화 비율을 사용하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 또는 위약에 무작위로 배정된 최대 60명의 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 평가 가능한 참가자를 달성하기 위해서 충분한 참가자를 스트리닝한다: 코호트 3의 총 12명의 평가 가능한 참가자 및 코호트 4의 최대 총 24명의 평가 가능한 참가자 및 코호트 6의 최대 총 24명의 평가 가능한 참가자.
2:1 무작위화 비율을 사용하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 또는 위약에 무작위로 배정된 최대 48명의 경증 내지 중등도 아토피성 피부염을 갖는 평가 가능한 참가자를 달성하기 위해서 충분한 참가자를 스트리닝한다: 코호트 5의 최대 총 24명의 평가 가능한 참가자 및 코호트 7의 최대 총 24명의 평가 가능한 참가자.
코호트 4, 코호트 5, 코호트 6 및 코호트 7에서의 투여는 코호트 3으로부터의 안전성 데이터의 검토 이후에 동시에 일어날 수 있다. 코호트의 순서 결정은 사용 가능한 약물 공급을 수용하도록 조정될 수 있고, 예를 들어, 코호트 6은 코호트 4 이전에 수행될 수 있고, 코호트 7은 코호트 5 이전에 수행될 수 있다. 이전 저용량 코호트로부터의 모든 안전성 데이터는 용량 증량 전에 검토된다.
개입 군 및 기간:
연구의 설계는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 인간(코호트 1 및 코호트 2)에서 안전하고, 내약성이 우수하다는 것을 보장하기 위해서 건강한 참가자에서 용량 증량을 허용한다. 그 다음 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 안전성 및 내약성, 및 질환 병리학에 대한 효과에 대해서 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 참가자에서 시험한다(코호트 3). 그 다음 Th2-유도 면역염증성 장애를 치료하기 위한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 가능성을 조사하기 위해서 2개의 추가 건선 코호트(코호트 4 및 코호트 6) 및 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참가자의 2개 코호트(코호트 5 및 코호트 7)에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 시험한다.
코호트 1: 12명의 건강한 참가자를 코호트 1에 무작위 배정한다: 8명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 0.1배(용량 1, 추정 치료 용량의 대략 1/10)인 대략 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 최저 투여량에 무작위 배정하고, 4명의 참가자를 위약에 무작위 배정한다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생한다. 코호트의 나머지는 제6일부터 투여한다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 14일 다중 투여 기간을 시작한다.
코호트 2: 12명의 건강한 참가자를 코호트 2에 무작위 배정한다: 8명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 1배(용량 2, 추정 치료 용량)인 대략 1.6×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 4명의 참가자를 위약에 무작위 배정한다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생한다. 코호트의 나머지는 제6일부터 투여한다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 14일 다중 투여 기간을 시작한다.
코호트 3: 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 12명의 참가자를 코호트 3에 무작위 배정한다: 8명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 1배(용량 2, 추정 치료 용량)인 대략 1.6×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 4명의 참가자를 위약에 무작위 배정한다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생한다. 코호트의 나머지는 제6일부터 투여한다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 28일 다중 투여 기간을 시작한다.
코호트 4: 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 최대 24명의 참가자를 코호트 4에 무작위 배정한다: 16명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 5배(용량 3, 추정 치료 용량의 5배)인 대략 8.0×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 8명의 참가자를 위약에 무작위 배정한다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생한다. 코호트의 나머지는 제6일부터 투여한다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 28일 다중 투여 기간을 시작한다.
코호트 5: 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 최대 24명의 참가자를 코호트 5에 무작위 배정한다: 16명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 5배(용량 3, 추정 치료 용량의 5배)인 대략 8.0×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 8명의 참가자를 위약에 무작위 배정한다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생한다. 코호트의 나머지는 제6일부터 투여한다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 28일 다중 투여 기간을 시작한다.
코호트 6: 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 최대 24명의 참가자를 코호트 6에 무작위 배정한다: 16명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 5배(용량 3, 추정 치료 용량의 5배)인 대략 8.0×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 8명의 참가자를 위약에 무작위 배정한다. 모든 참가자에게 28일 동안 투여한다.
코호트 7: 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 최대 24명의 참가자를 코호트 7에 무작위 배정한다: 16명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 5배(용량 3, 추정 치료 용량의 5배)인 대략 8.0×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 8명의 참가자를 위약에 무작위 배정한다. 모든 참가자에게 28일 동안 투여한다.
하기 표 3은 연구의 모든 부분에 대해 연구 동안 평가될 수 있는 개시 용량 및 예상 용량 수준 및 최대 용량 수준을 기재한다.
안전성 검토 위원회:
책임 연구자(또는 대리인), 의료 모니터, 통계학자 및 의뢰자의 임상 리드로 이루어진 SRC는 맹검 안전성 데이터를 검토하고, 연구 및 용량 증량 단계에 대한 거버넌스(governance)를 제공한다. SRC는 각각의 코호트가 끝날 때 다음 투여 수준으로 진행할지의 여부를 결정할 것이며, 이들은 타당한 경우 코호트 또는 용량 증량 단계를 생략하기로 결정할 수 있다. 적어도 9명의 참가자가 명시된 용량 수준의 다중 투여 기간을 완료한 경우 용량 증량 결정을 수행할 것이다. 용량 증량 결정을 구현하기 위해서, 입수 가능한 이상 반응(AE) 및 검사실 검사 데이터를 용량 결정 회의 또는 원격 회의에서 평가한다. 다음 용량 코호트에서의 약물 투여는 연구자가 의뢰자로부터 이전 용량 코호트의 결과가 평가되었고, 다음 더 높은 용량 코호트로 진행하는 것이 허용된다는 것을 나타내는 서면 확인을 받을 때까지 진행되지 않을 수 있다. 의뢰자 또는 책임 연구자(또는 대리인)가 필요하다고 판단하는 경우 특별 SRC 회의가 소집될 수 있다. 절차에 대한 자세한 설명은 별도의 SRC 헌장에 설명되어 있다. 코호트 3이 성공적으로 완료되고 계속하기로 한 SRC의 결정에 따라서, 코호트 4 내지 코호트 7은 동시에 실시되거나 또는 입수 가능한 약물 공급의 사용을 최적화하는 순서로 실시될 수 있다. 각각의 코호트가 완료된 후 안전성 데이터 검토가 수행되지만, 코호트 4 내지 코호트 7에서 한 코호트에서 다음 코호트로 이동할 필요는 없다.
각각의 안전성 검토는 다음 데이터에 기초할 것이며, 이것은 모두 실질적으로 가능한 한 확인되고, 품질 관리(QC'd)되어야 한다.
1.1. 개략도(도 25)
참고: 코호트 1 내지 코호트 3에 대한 다음 코호트로의 진행은 SRC에 의해 결정될 것이다. 코호트 4 내지 코호트 7은 약물 공급의 입수 가능성에 따라 실시될 것이다. 용량 증량이 발생하는 경우 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명 및 위약 1명)는 코호트 4, 코호트 5, 코호트 6 및 코호트 7의 제1일에 발생할 것이다.
1.2. 활동 스케줄(SoA)
도입부
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 프레보텔라 히스티콜라의 순수한 단클론성 미생물이며, 이것은 시험관내 마우스 및 인간 세포 검정에서, 인간 대식세포 및 수지상 세포로부터 항염증성 사이토카인, 예컨대, 인터류킨(IL)-10, IL-27 및 IL-1RA의 분비를 증가시키지만, 전염증성 사이토카인, 예컨대, IL-17, IL-12 및 과립구-대식세포 집락-자극 인자(GM-CSF)의 최소 수준만을 유도한다. 단클론성 미생물은 경구로 전달되고, 노출은 위장관(GI)에 제한되지만, 생체내 연구에서 면역 체계에 대한 측정 가능한 효과가 위장관을 넘어서도 발생하는 것으로 나타났는데, 이는 소화관 내의 숙주-미생물 상호작용이 말초 조직의 면역 반응에 영향을 미칠 수 있다는 것을 시사한다. 본 발명자들뿐만 아니라 공개된 연구[Mangalam, 2017; Marietta, 2016]에 기초하여, 경구 투여된 프레보텔라 히스티콜라가 전신 질환을 개선할 가능성이 있다는 증거가 구축되고 있다. 이러한 병태를 치료하는 데 있어서의 이의 가치를 이해하기 위해서, 만성 프레보텔라 히스티콜라 B 균주 투여의 효과를 다양한 면역염증성 장애, 예를 들어, 건선 및 아토피성 피부염에서 조사할 것이다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 사용한 전임상 연구는 다양한 인간 및 마우스 일차 세포 시험관내 검정, 뿐만 아니라 5가지의 주요 생체내 모델: 지연형 과민증(DTH), 덱스트란 설페이트 나트륨(DSS) 대장염, 플루오레세인 이소티오시아네이트(FITC) 피부 과민증, 면역염증성 질환의 콜라겐-유도 관절염(CIA) 모델 및 실험적 알레르기성 뇌척수염(EAE)에서 수행되어 왔으며, 이것 모두는 면역염증성 질환의 치료에서의 이러한 작용제의 사용을 뒷받침한다. 모든 생체내 모델에서 긍정적인 약력학적 효과의 증거가 나타났는데, 이는 긍정적인 임상 이익의 가능성을 시사한다. 21일까지 매일 투여한 이러한 실험에 사용된 동물에서는 잠재적으로 관련된 부작용이 나타나지 않았다.
연구 근거
프레보텔라 히스티콜라 균주 B-101은 구강, 비인두, GI 및 비뇨 생식기 점막에서 일반적으로 발견되는 자연 인간 공생 유기체인 프레보텔라 히스티콜라의 특정 순수한 균주인 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 대한 인간 최초(FIH) 연구이다. 의뢰자 미공개 데이터는, 치료 효과를 평가 중인 단클론성 미생물이 전신 순환계로 침투하지 않아 안전성 및 내약성이 양호할 가능성이 있다는 것을 나타낸다. 따라서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B-101은 건강한 참가자 및 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 참가자 또는 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참가자 모두에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 안전성 및 내약성을 확인하도록 설계되었는데, 그 이유는 이들이 상대적으로 건강한 군이기 때문이다.
건강한 지원자 코호트는 추정 치료 용량의 1/10에서부터 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 예측된 치료 용량의 최대 5배까지의 용량 증량의 안전성 및 내약성을 확립할 것이다. 본 연구에서 사용될 제형은 pH에 민감성 코팅을 기반으로 하는 십이지장의 시작 부분에서 미생물을 방출하도록 설계된 장용 코팅 캡슐이다.
면역염증성 병태에서 전신 면역 반응을 조절하는 생성물의 잠재력을 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 개인 및 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 개인을 사용하여 확립할 것이다. 두 병태는, 이들이 상이한 주요 면역학적 드라이버(driver) 가지며, 질병 조직의 생검을 허용하는 이점이 있기 때문에 사용된다. 이 코호트(3 내지 7)는 28일 연속 투여 동안 투여되는데, 그 이유는 이것이 임상 반응을 입증하는 데 필요한 최소 시간이기 때문이다. 치료전 및 제30일에 채취된 쌍을 이루는 피부 생검을 사용하여 특정 면역조절을 예측하는 바이오마커 변화를 평가할 것이다. 본 연구에서 건선을 갖는 참가자 및 아토피성 피부염을 갖는 참가자 그리고 건강한 참가자의 조합은 의뢰자가 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 안전성 및 내약성을 효율적으로 확립 가능하게 하면서, 이 생성물로부터 이익을 얻을 수 있는 환자 집단의 잠재적인 징후를 알릴 수 있을 것이다.
1.3. 배경
프레보텔라 히스티콜라는 그람 음성이고, 포자를 형성하지 않으며, 절대 혐기성이다. 이것은 자연 인간 공생 유기체이며, 프레보텔라 속의 농축은 고섬유질, 식물성, 비-서구식 식단과 관련이 있다[문헌[Wu, 2011]]. 소화관 미생물군에서 프레보텔라의 더 낮은 상대적 존재비(abundance)는 비만[문헌[Tagliabue, 2013]] 및 다발성 경화증[문헌[Cosorich, 2017]; 문헌[Mangalam, 2017]; 문헌[Marietta, 2016]; 문헌[Jangi, 2016]; 문헌[Miyake, 2015]]과 같은 일부 질환과 관련이 있는 반면, 더 높은 존재비는 운동이 풍부한 생활방식[문헌[Petersen, 2017]] 및 건강한 체중 유지[문헌[Hjorth, 2018]]와 관련이 있다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 프로그램에서 생성된 전임상 데이터는 개별 균주가 단일 속 내에서도 상이한 특성을 가지고 있음을 강조하는데, 이는 균주 선택이 중요함을 입증한다. 또한, 필요한 약리학적 특성을 얻기 위해 유기체의 노출 수준이 중요함을 시사하는 용량-반응 곡선이 관찰되었다. 의뢰자는 다양한 면역염증성 적응증 및 환자 집단의 치료를 위한 의약품으로 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 개발할 것을 의도한다. 추가 정보는 연구자 자료집(IB)에서 찾을 수 있다.
유익/유해 평가
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 구강, 비인두, GI 및 비뇨 생식기 점막에서 일반적으로 발견되는 자연 인간 공생 유기체인 프레보텔라 히스티콜라의 특정 순수한 균주이다. 이것은 주요 항생제 부류, 예를 들어, 페니실린 및 세팔로스포린에 민감한 그람 음성 박테리아이다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 만성 면역염증성 장애에서 잠재적인 이점에 대해 조사되고 있다. 시험될 초기 병태는 경증 내지 중등도의 건선 및 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염이다. 내약성이 우수한 경구 요법은 이러한 병태 둘 다에서 상당한 이익을 제공할 수 있고, 현재 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 생물학적 요법의 개입이 필요하기 전에 확립되었지만 초기 질환에 사용될 것으로 예상된다.
연구 설계
이것은 유럽 의약품청(European Medicines Agency: EMA) FIH 지침[문헌[EMA, 2017]]에 따라 설계되고 수행되는 FIH 단일 지점 연구이다. 그러나 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 구강, 비인두, GI 및 비뇨 생식기 점막에서 일반적으로 발견되는 자연 발생 유기체이기 때문에, 연구 개발 프로그램이 이에 따라서 변형되었다. 연구 설계는 다른 공생 유형 유기체에 대한 보건 당국의 조언과 일치한다.
본 연구는 연구의 단일 투여 기간에서 다중 투여 기간까지 코호트내 진행을 사용할 것이다. 성공적으로 스크리닝된 참가자를 제1일에 (프레보텔라 히스티콜라 균주 B) 또는 위약군으로 무작위 배정하고, 투여를 시작할 것이다. 코호트 1 내지 코호트 5의 경우, 2명의 참가자(1명의 활성, 1명의 위약)의 감시군이 존재할 것이다. 코호트의 나머지는 다중 투여 적어도 3일 후에 감시군으로부터의 안전성 데이터의 검토 후에 투여될 것이다. 단일 투여 및 48시간 약효세척 기간 후에, 건강한 참가자는 프로토콜의 14일 다중 투여 기간을 시작할 것이고, 건선을 갖는 참가자 또는 아토피성 피부염을 갖는 참가자는 28일 다중 투여 기간을 시작할 것이다. 제1 코호트 단독의 경우, 모두 참가자는 제-1일(제1 투여 적어도 24 시간 전)에 다중 투여 기간에서 제1 투여 후 24시간까지 임상 시설에서 입원환자로서 존재할 것이다. 그 후, 안전성 검토 후 그렇게 하는 것이 안전한 것으로 간주되는 경우, 해당 코호트 및 다른 모든 코호트의 모든 추가 투여는 외래 환자를 기준으로 한다. 모든 건강한 지원자 참가자는 각각의 투여 동안 매일 임상 시설로 복귀할 것이고, 외래 환자 투여 후 적어도 0.5시간 동안 관찰될 것이다. 경증 내지 중등도의 건선 또는 아토피성 피부염을 갖는 참가자는 이들의 연구 개입의 수집을 위해서 예정된 외래 환자 방문 시에 임상 시설로 복귀할 것이다.
잠재적인 부작용을 임상 연구 동안 인간에서 쉽게 모니터링할 수 있다. 전신 부작용은 거의 없지만, 장 상피 접합부의 잠재적인 파괴 지표는 C-반응성 단백질(CRP) 및 대변 칼프로텍틴과 같은 전신 척도에 의해서 모니터링될 수 있다. 이는 안전성 검토 위원회(SRC)에 의해 모니터링되고 용량 증량 전에 검토될 것이다.
국소 효과의 지표는 AE, 브리스톨 대변 척도 및 대변 칼프로텍틴으로 모니터링할 수 있다. 일반적인 안전성은 일상적인 안전성 혈액 및 활력 징후 모니터링으로 모니터링될 수 있다. 안전성은 지속적이고 누적적으로 평가될 것이다.
전체 설계
본 연구는 건강한 지원자 및 경증 내지 중등도의 건선 또는 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참여자에서 용량 증량 및 용량 확장을 이용한 단일 지점, 무작위 위약-대조 임상 연구이다. 본 연구자 및 참가자는 연구 약물에 대해서 맹검되지만, 의뢰자는 맹검되지 않을 것이다. 의뢰자가 맹검되지 않은 근거는 의뢰자가 프로그램에 대한 전략적 결정을 내리고 다음 연구를 계획할 수 있도록 하기 위해서이다. 또한, 바이오마커 데이터의 상용성은 적응증 및 환자 집단의 선택과 관련하여 향후 연구 계획을 가능하게 할 것이다.
본 연구는 건강한 지원자의 2개의 코호트, 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 참가자의 3개의 코호트 및 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참가자의 2개의 코호트로 이루어지고, 위약에 대해서 추정 치료 용량의 대략 1/10에서 추정 치료 용량의 최대 대략 5배까지 용량 증량을 시험할 것이다. 본 연구의 1차 목표는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 안전성 및 내약성을 평가하는 것이다. 2차 및 탐색적 평가변수는 전신 면역 체계 및 잠재적인 임상 이익에 대해서 임의의 효과가 있는지의 여부를 확립하도록 설계된다. 코호트의 설명은 하기에 기재되어 있고, 각각에 대한 근거는 본 명세서에 기재되어 있다.
연구의 설계는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 인간(코호트 1 및 코호트 2)에서 안전하고, 내약성이 우수하다는 것을 보장하기 위해서 건강한 참가자에서 용량 증량을 허용한다. 그 다음 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 안전성 및 내약성, 및 질환 병리학에 대한 효과에 대해서 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 참가자에서 시험할 것이다(코호트 3). 그 다음 Th2-유도 면역염증성 장애를 치료하기 위한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 가능성을 조사하기 위해서 2개의 추가 건선 코호트(코호트 4 및 코호트 6) 및 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참가자의 2개 코호트(코호트 5 및 코호트 7)에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 시험할 것이다.
코호트 1: 12명의 건강한 참가자를 코호트 1에 무작위 배정할 것이다: 8명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 0.1배(용량 1, 추정 치료 용량의 대략 1/10)인 대략 1.6×1010개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 최저 투여량에 무작위 배정하고, 4명의 참가자를 위약에 무작위 배정할 것이다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생할 것이다. 코호트의 나머지에는 제6일부터 투여가 이루어질 것이다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 14일 다중 투여 기간을 시작할 것이다.
코호트 2: 12명의 건강한 참가자를 코호트 2에 무작위 배정할 것이다: 8명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 1배(용량 2, 추정 치료 용량)인 대략 1.6×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 4명의 참가자를 위약에 무작위 배정할 것이다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생할 것이다. 코호트의 나머지에는 제6일부터 투여가 이루어질 것이다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 14일 다중 투여 기간을 시작할 것이다.
코호트 3: 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 12명의 참가자를 코호트 3에 무작위 배정할 것이다: 8명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 1배(용량 2, 추정 치료 용량)인 대략 1.6×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 4명의 참가자를 위약에 무작위 배정할 것이다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생할 것이다. 코호트의 나머지에는 제6일부터 투여가 이루어질 것이다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 28일 다중 투여 기간을 시작할 것이다.
코호트 4: 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 최대 24명의 참가자를 코호트 4에 무작위 배정(프레보텔라 히스티콜라 균주 B 및 위약의 2:1 무작위화 비율)할 것이다: 16명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 5배(용량 3, 추정 치료 용량의 5배)인 대략 8.0×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 8명의 참가자를 위약에 무작위 배정할 것이다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생할 것이다. 코호트의 나머지에는 제6일부터 투여가 이루어질 것이다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 28일 다중 투여 기간을 시작할 것이다.
코호트 5: 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 최대 24명의 참가자를 코호트 5에 무작위 배정(프레보텔라 히스티콜라 균주 B 및 위약의 2:1 무작위화 비율)할 것이다: 16명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 5배(용량 3, 추정 치료 용량의 5배)인 대략 8.0×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 8명의 참가자를 위약에 무작위 배정할 것이다. 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명, 위약 1명)는 제1일에 발생할 것이다. 코호트의 나머지에는 제6일부터 투여가 이루어질 것이다. 48시간의 약효세척 기간 후에, 그 다음 참가자는 28일 다중 투여 기간을 시작할 것이다.
코호트 6: 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 최대 24명의 참가자를 코호트 6에 무작위 배정(프레보텔라 히스티콜라 균주 B 및 위약의 2:1 무작위화 비율)할 것이다: 16명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 5배(용량 3, 추정 치료 용량의 5배)인 대략 8.0×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 8명의 참가자를 위약에 무작위 배정할 것이다. 모든 참가자에게 28일 동안 투여할 것이다.
코호트 7: 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 최대 24명의 참가자를 코호트 7에 무작위 배정(프레보텔라 히스티콜라 균주 B 및 위약의 2:1 무작위화 비율)할 것이다: 16명의 참가자를 상대성장 스케일링된 전임상 유효 용량 수준의 5배(용량 3, 추정 치료 용량의 5배)인 대략 8.0×1011개 총 세포까지의 최대 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 무작위 배정하고, 8명의 참가자를 위약에 무작위 배정할 것이다. 모든 참가자에게 28일 동안 투여할 것이다.
코호트 4, 코호트 5, 코호트 6 및 코호트 7에서의 투여는 코호트 3으로부터의 안전성 데이터의 검토 이후에 동시에 일어날 수 있다. 코호트의 순서 결정은 사용 가능한 약물 공급을 수용하도록 조정될 수 있고, 예를 들어, 코호트 6은 코호트 4 이전에 수행될 수 있고, 코호트 7은 코호트 5 이전에 수행될 수 있다. 이전 저용량 코호트로부터의 모든 안전성 데이터는 용량 증량 전에 검토될 것이다.
개략도 1 연구 개락도(도 25)
참고: 코호트 1 내지 코호트 3에 대한 다음 코호트로의 진행은 SRC에 의해 결정될 것이다. 코호트 4 내지 코호트 7은 약물 공급의 입수 가능성에 따라 실시될 것이다. 용량 증량이 발생하는 경우 첫 번째 쌍의 감시 투여(활성 1명 및 위약 1명)는 코호트 4, 코호트 5, 코호트 6 및 코호트 7의 제1일에 발생할 것이다.
연구 설계에 대한 과학적 근거
프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 인간에서 내약성이라는 것을 보장하고, 그 다음 2개의 추가 가설을 시험하기 위해서 연구의 설계를 건강한 지원자에서 용량 증량을 허용한다.
가설 1:
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 인간에서 내약성이 우수하다.
평가변수: CRP, 분변 칼프로텍틴 및 브리스톨 대변 척도를 포함하는 표준 안전성 및 내약성 평가변수를 평가할 것이다. GI AE 및 잠재적 감염성 AE에 특히 주의를 기울일 것이다.
가설 2:
프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 매일 투여는 경증 내지 중등도의 건선을 개선한다.
평가변수:
1. 표준 안전성 및 내약성 평가변수
2. PASI 점수
3. IGA
4. LSS
5. 코호트 3, 4, 5, 6 및 7에서 질환에 의해 영향을 받은 BSA의 백분율
6. 짝을 이룬 생검 샘플에서의 IHC 및 IHC/IF
7. 조직 및 순환 케모카인 및 사이토카인 측정치
8. 조직 전사 프로파일링
가설 3:
프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 매일 투여는 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 개선한다.
평가변수:
1. 표준 안전성 및 내약성 평가변수
2. EASI 점수
3. SCORAD
4. IGA
5. LSS
6. 코호트 3, 4, 5, 6 및 7에서 질환에 의해 영향을 받은 BSA의 백분율
7. 짝을 이룬 생검 샘플에서의 IHC 및 IHC/IF
8. 조직 및 순환 케모카인 및 사이토카인 측정치
9. 조직 전사 프로파일링
용량에 대한 정당화
투여는 순차적인 방식으로 일어날 것인데, 제1 코호트에게 가장 낮은 용량 수준을 제공할 것이고, 투여는 SRC가 이전 코호트로부터의 안전성 데이터를 검토한 후 다음 용량 수준으로만 진행할 것이다. 제1 용량 수준(코호트 1)은 추정 치료 용량의 1/10(×0.1)을 제공받을 것이고, 코호트 2는 최대 1×추정 치료 용량을 제공받을 것이다. 이러한 순차적인 투여 요법은 프로바이오틱 제형에서 일반적인 경험 및 전임상 모델에 정의된 용량-반응 관계에 대한 이해에 의해서 지시된 시작 용량을 사용하여 참가자의 위험을 최소화하도록 설계되었다. 스케일링을 고려할 때, 의약품은 주로 GI 점막의 세포와 국소 상호작용을 하는 것으로 간주되어, 후속적으로 면역 체계의 세포에 전신 효과가 있는 것으로 간주되었다. 이러한 기전은 전통적인 상대성장 스케일링의 가정과 일치하지 않기 때문에, GI 관에서의 국소 상호작용, 즉 상대 GI 점막 표면적 및 상대 대변 질량을 반영할 수 있는 2개의 다른 매개변수를 고려하였다. 상대 GI 점막 표면적의 완전한 분석은 문헌에서 확인할 수 없었지만, 체질량 대 ¾ 제곱의 함수로 추정되었다[문헌[Karasov, 2012]]. 대변 질량비, 표준 상대성장 스케일링 및 GI 점막 표면적 계산을 사용하여, 각각 약 100×, 300× 및 450×의 인간:마우스 용량 비율을 계산하였다. 가능한 유효 용량을 고려하기 위해서, 345× 스케일 인자에 대한 계산을 사용하였다.
임상 연구에 대한 시작 용량은 전임상 시험관내 및 생체내 실험에 기초한 예상된 치료 범위에 기초한다. 이러한 예측 범위는 전임상 동물 모델 실험에서 마우스에 경구 위관 영양법으로 제공된 미생물의 총 세포 계수치에 기초한다. 이것은 상대성장 스케일링 접근법을 사용하여 조정되었으며, 가능한 치료 범위의 추정치를 제공하는 밀리그램 등가 용량으로 변환되었다.
연구 종료 정의
참가자는 배정된 코호트가 종료될 때까지 치료가 완료되고, 마지막 투여 14일 후에 최종 안전성 추적연구 방문을 완료한 경우, 연구를 완료한 것으로 간주된다.
연구의 종료는 연구의 마지막 참가자의 마지막 방문일 또는 활동 스케줄(Schedule of Activities: SoA)에 제시된 마지막 예정된 절차로 정의된다.
위험 완화 및 관리
이것은 FIH 연구이며, FIH 연구를 수행한 경험이 있는 의약품 및 헬쓰케어 제품 규제 기관(Medicines and Healthcare Products Regulatory Agency: MHRA) 공인 임상 연구 시설에서 수행될 것이다. 본 연구는 EMA FIH 지침, 임상 시험 승인 조건 및 모든 관련 우수 관리제도(good practice)에 따라 수행될 것이다.
연구자는 연구 시작 전 현지 절차에 따라서 그리고 MHRA 인증 제도의 요건에 따라서 상세한 위험 관리 계획을 작성할 것이다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 위험 그룹 1 미생물로 정의되는 자연 발생 유기체이므로, 직원 및 환경에 대한 위험이 매우 낮다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 유전자 변형되지 않는다. 특정 생물학적 안전 요구 사항이 없다. 일반 임상 치료 이상의 직원에 대한 추가 요구 사항이 없으며 특정 격리 절차가 필요하지 않다. 전반적으로, 이것은 새로운 치료제 형태에 대한 FIH 연구이지만, 치료제는 구강, 비인두, GI 및 비뇨 생식기 점막 표면에서 일반적으로 발견되는 일반적인 자연 유기체이기 때문에, 일반적으로 내약성이 우수할 것이라고 예측된다. 프레보텔라 종은 기도(폐, 코, 목, 귀 감염)에 혐기성 감염을 일으킬 수 있고, 치주 질환 및 농양은 프레보텔라 종 감염과 연관될 수 있다. 임상 설정 및 항생제 민감성 시험에 따라 다양한 항생제를 사용하여 이러한 환자를 치료할 수 있다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 구제 요법(rescue therapy)으로 사용 가느할 페니실린 및 세팔로스포린과 같은 표준 항생제에 감응성이다. 참가자가 이러한 구제 요법에 알레르기가 있는 경우 마크로리드(예를 들어, 클라리스로마이신 또는 에리트로마이신) 또는 테트라시클린(예를 들어, 독시시클린)을 대안으로 사용할 수 있다.
정량적 중합효소 연쇄 반응(polymerase chain reaction: PCR) 및 균주-특이적 프라이머를 사용하여, 장관을 통과하는 동안 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 대한 생체 분포 연구 및 마우스에서 단일 경구 투여 후 전신 분포 수준 연구를 수행하였다. 동일한 샘플로부터의 총 공생 박테리아 부하를 또한 16초 분석으로 측정하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 경구 투여는 균주-특이적 PCR 프라이머에 의해 측정된 바와 같이 유기체의 존재비를 증가시켰지만, 총 상주 미생물 부하 수준보다 대략 6 로그만큼 상당히 낮은 수준을 유지하였다. 중요하게도, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 어느 시점에서도 GI관 외부에서 검출되지 않았고, 치료 후 최대 8시간 동안만 장에서 검출되었는데, 이는 이 박테리아가 단일 용량 후 장관내에서 장기간 집락을 확립하지 않음을 시사한다. 이러한 데이터는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 경구 투여 후 내강에 제한되며, 전신 노출은 검출되지 않음을 입증한다. 이론적으로 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 국소적인 소화관 염증 반응 및/또는 장 상피 접합부의 파괴를 유발할 수 있다. 이러한 효과는 증상(AE), CRP, 배변 습관의 변화(브리스톨 대변 척도) 및 분변 칼프로텍틴과 같은 방법에 의해서 인간에서 모니터링될 수 있다.
연구 집단
이 프로토콜은 건강한 지원자 및 경증 내지 중등도의 건선 또는 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참가자를 포함한다. 프로토콜 의무면제(waiver) 및 면제(exemption)라고도 하는 프로토콜 위반(protocol deviation)에 대한 잠정적 승인은 허용되지 않는다.
포함 기준
모든 참가자
참가자는 다음 기준이 모두 적용되는 경우에만 연구에 포함될 자격이 있다:
1. 사전동의 양식(informed consent form: ICF) 및 이 프로토콜에 열거된 요구 사항 및 제한 사항 준수를 포함한 부록 1에 기재된 바와 같이 서명된 사전동의를 제공할 수 있다. 임의의 스크리닝 절차 이전에 그리고 국가, 지역, 기관 지침에 따라 사전동의를 얻을 것이다.
2. 18세 이상 내지 60세 이상(이들 연령 포함).
3. 참가자는 스크리닝 시 체질량 지수가 18 ㎏/㎡ 이상 내지 35 ㎏/㎡ 이하이다.
4. 피임:
남성 참가자:
남성 참가자는 본 연구에 참여하는 동안 그리고 마지막 투여 후 90일 동안 본 프로토콜의 부록 4에 상세히 설명된 바와 같이 피임법을 사용하는 데 동의해야 하며, 이 기간 동안 정자 기증을 삼가야 한다.
여성 참가자:
i. 부록 4에 정의된 가임기 여성(woman of child-bearing potential: WOCBP)이 아님
또는
ii. 본 연구에 참여하는 동안 부록 4의 피임 지침을 따르기로 동의한 WOCBP, 첫 번째 투여 전 28일 및 마지막 투여 후 적어도 1회의 완전한 월경 주기(30일 이상).
5. 연구자 또는 의뢰자에 의해 결과가 임상적으로 유의하지 않다고 간주되지 않는 한, 참가자는 시험 검사실에 대한 참조 범위 내에서 임상 검사실 평가(임상 화학, 혈액학 및 완전 소변검사 포함)를 받는다(1회 반복 시험 허용).
6. 10 ㎎/ℓ 이하의 CRP 및 110 mcg/g 대변 이하의 분변 칼프로텍틴(결과가 연구자에 의해서 임상적으로 유의하지 않은 것으로 간주되는 경우 약간 증가된 분변 칼프로텍틴을 갖는 참가자가 포함될 수 있음에 유의).
7. 스크리닝 시 그리고 제1일에 병력, 신체 검사, 검사실 검사 및 ECG 모니터링을 포함하는 의학적 평가에 의해 결정된 바와 같이 매우 건강한 참가자.
경증 내지 중등도의 건선을 갖는 참가자에 대한 추가 포함 기준
1. 참가자는 적어도 6개월 동안 체표면적(BSA)(두피 제외)의 10% 이하에 발생한 경증 내지 중등도의 플라크형 건선에 대해 확정 진단을 받았다.
2. 참가자는 생검에 적합한 부위에 적어도 1개의 플라크를 갖는 최소 2개의 건선 병변을 갖는다.
경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참가자에 대한 추가 포함 기준
1. 최소 3% 내지 최대 15% BSA 관련된 경증 내지 중등도 아토피성 피부염.
2. 참가자는 적어도 6개월 간의 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염(IGA 점수 2 또는 3)에 대해 확정 진단을 받았다.
3. 참가자는 생검에 적합한 부위에 적어도 1개를 갖는 최소 2개의 아토피성 피부염 병변을 갖는다.
제외 기준
모든 참가자
1. 임신 중이거나 연구 동안 임신 계획이 있거나, 모유 수유 중이거나, 부록 4에 제시된 바와 같은 매우 효과적인 피임법을 사용하지 않는 가임기이며 성생활을 하는 여성 참가자.
2. 참가자는 스크리닝 전 6주 이내에 약독화 생 백신접종을 제공받았거나 연구 과정에서 이러한 백신접종을 받으려고 의도한다.
3. 참가자는 연구 개입 투여 전에 90일 또는 5개의 반감기 중 더 긴 기간 동안 시험 약물 또는 실험 절차를 제공받았다.
4. 참가자는 연구 기간 동안 항염증제로 치료될 필요가 있다. 파라세타몰은 해열제 및/또는 진통제로 사용하도록 허용될 것이다(임의의 24시간 동안 최대 4 그램/일).
5. 참가자는 활성 감염(예를 들어, 패혈증, 폐렴, 농양)이 있거나 연구 개입 투여 전 6주 이내에 항생제 치료가 필요한 감염을 경험했다. 확실하지 않은 경우, 연구자는 의뢰자 연구 의사와 상의해야 한다.
6. 참가자는 하기에 정의된 신장 또는 간 장애를 갖는다:
a. 건강한 지원자의 경우:
i. 여성의 경우, 혈청 크레아티닌 수치 72 μ㏖/ℓ 이상; 남성의 경우 102 μ㏖/ℓ 이상, 또는
ii. 알라닌 아미노트랜스퍼라제(ALT) 및 아스파테이트 아미노트랜스퍼라제(AST) 1.5×정상 상한(ULN) 이상, 또는
iii. 알칼리 포스파타제(ALP) 및/또는 빌리루빈 1.5×ULN 초과.
b. 경증 내지 중등도의 건선 또는 아토피성 피부염을 갖는 참가자의 경우:
i. 여성의 경우, 혈청 크레아티닌 수치 72 μ㏖/ℓ 이상; 남성의 경우 102 μ㏖/ℓ 이상, 또는
ii. ALT 또는 AST 2×ULN 초과 및/또는 빌리루빈 1.5×ULN 초과.
7. 참가자는 스크리닝 5년 이내에 활성 신생물 질환 또는 신생물 질환의 이력이 있다(표준 치료로 확정적으로 치료된 피부의 기저 또는 편평 세포 암종 또는 동소 암종 제외).
8. 이전 4주 이내에 주요 수술.
9. 하기 중 임의의 것을 포함하여, 손상된 심장 기능 또는 임상적으로 중요한 심장 질환:
a. 스크리닝 전 3개월 이내에 불안정 협심증 또는 급성 심근 경색;
b. 임상적으로 중요한 심장 질환(예를 들어, 증상이 있는 울혈성 심부전[예를 들어, 클래스 2 초과의 뉴욕 심장 학회[NYHA]]; 통제되지 않은 부정맥 또는 고혈압; 불안정한 고혈압 병력 또는 항 고혈압 요법에 대한 적응 불량).
10. 참가자는 인간 면역결핍 바이러스(HIV)의 알려진 병력을 갖고; 본 연구의 일부로서 HIV 검사가 필요하다.
11. 활동 A형 간염, B형 간염(HBV) 또는 C형 간염(HCV) 감염이라고 알려지거나; 또는 HCV 리보핵산(RNA) 또는 B형 간염 표면 항원(HBsAg)에 대해 양성인 것으로 알려짐.
12. 참가자는 활성 중추 신경계(CNS) 악성 종양이 있다. CNS 질환에 대해 예방적 척수강내 또는 정맥내 화학요법만 받은 참가자는 자격이 있다.
13. 참가자는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 GI 전달 및 통과 시간을 방해할 수 있는 GI관 질환(예를 들어, 단장 증후군, 설사 우세 과민성 대장 증후군[IBS])이 있다.
14. 조사관의 견해로 치료, 규정준수 또는 동의 능력을 방해할 수 있는 심각한 정신적 또는 의학적 병태.
15. 참가자는 임의의 관련 부형제를 포함하여 프레보텔라(또는 프레보텔라-함유 프로바이오틱스)에 과민증 또는 알레르기의 병력이 있거나 위약 캡슐(스테아르산마그네슘 및 셀룰로스) 또는 경질 캡슐 쉘(히드록실 프로필 메틸 셀룰로스 및 이산화티타늄)에 과민증 또는 알레르기 병력이 있다.
16. 참가자는 기준선 전(제-1일) 14일 이내에 파라세타몰 및 항히스타민제를 제외한 비타민, 허브 보충제 및 기능식품(예를 들어, 일반적으로 캡슐/정제/분말에서 발견되는 고용량의 프로바이오틱스 및 프리바이오틱스를 포함하는 보충제)을 포함하는 임의의 일반 의약품(OTC) 또는 처방 약물을 복용했거나, 연구 기간 동안 이러한 제품을 삼가할 수 능력이 없을 것으로 예상된다. 저용량을 함유한 프로바이오틱 및 프리바이오틱 식품(예를 들어, 요구르트, 케피어, 콤부차)은 허용된다는 것을 주목하기 바란다.
17. 참가자는 스크리닝 전 1년 이내에 상당한 약물 남용 또는 불법 약물의 정기적 사용 또는 알코올 남용의 이력이 있거나 스크리닝 시에 약물 남용 또는 알코올에 대해 양성으로 시험되었다.
18. 참가자는 본 연구 과정 동안 그리고 마지막 투여 후 90일 동안 정자를 기증할 의도이다.
19. 참가자는 기준선 전(제-1일) 90일 이내에 400 ㎖ 초과의 혈액 또는 혈액 제품을 기증했거나 연구 기간 동안 혈액을 기증할 계획이다.
20. 참가자는 연구 개입의 첫 번째 투여 전 30일 이내에 임상적으로 심각한 급성 질환을 앓았다.
경증 내지 중등도의 건선을 갖는 참가자에 대한 추가 제외 기준
1. 참가자는 스크리닝 전 4주 이내에 전신 비-생물학적 건선 요법(메토트렉세이트[MTX], 스테로이드, 사이클로포스파미드) 또는 소랄렌(psoralen)과 자외선 A(PUVA)/자외선 A(UVA) 광요법을 제공받았다.
2. 참가자는 제1 투여 전 12개월 이내에 생물학적 제제로의 치료를 제공받았다.
3. 참가자는 필요한 생검 및 질병 측정에 필요한 샘플 수집을 포함하여 프로토콜을 따르지 않는다.
4. 참가자는 투여 시작 2주 전에 국소 또는 경구 약리학적 활성제를 계속적으로 사용한다. 참가자가 이미 치료의 일부로 사용하고 있는 경우 완화제를 사용할 수 있다.
경증 내지 중등도의 아토피성 피부염을 갖는 참가자에 대한 추가 제외 기준
1. 참가자는 전신-비생물학적 아토피성 피부염 요법(MTX, 스테로이드, 사이클로포스파미드)을 제공받고 있거나, 스크리닝 전 4주 이내에 요법을 제공받았다.
2. 참가자는 제1 투여 전 12개월 이내에 생물학적 제제로의 치료를 제공받았다.
3. 참가자는 필요한 생검 및 질병 측정에 필요한 샘플 수집을 포함하여 프로토콜을 따르지 않는다.
4. 참가자는 투여 시작 2주 전에 국소 또는 경구 약리학적 활성제를 계속적으로 사용한다. 참가자가 이미 치료의 일부로 사용하고 있는 경우 완화제를 사용할 수 있다.
1.4. 생활방식 제한
코호트 1에서, 참가자는 다중 투여 기간에서 제-1일(제1 투여 24시간 전)부터 제1 투여 후 48시간까지 5박 동안 연구 유닛에 머물도록 요청받는다. 참가자는 기준선 방문 전(제-1일) 14일 동안 그리고 추적관찰 방문 완료까지 파라세타몰 및 항히스타민제(연구자 및 의뢰자의 의견으로 이 약물이 연구를 방해하지 않는 한)를 제외한, 처방 약물 또는 OTC 약물(캡슐/정제/분말, 비타민 및 식이 또는 허브 보충제에서 일반적으로 발견되는 고용량의 프로바이오틱스 및 프리바이오틱스 포함)을 복용하지 않아야 한다. 저용량을 함유한 프로바이오틱 및 프리바이오틱 식품(예를 들어, 요구르트, 케피어, 콤부차)은 허용된다는 것을 주목하기 바란다. 참가자는 투여 전후 1시간 동안 산성 음료 섭취를 금지하고, 투여 2시간 전 및 투여 후 1시간까지 음식 섭취를 금지해야 한다. 이 외에는, 이 프로토콜에는 생활방식 제한이 없다.
1.5. 스크리닝 실패
스크리닝 실패는 임상 연구 참여에 동의했지만, 이후에 연구 개입에 무작위로 배정되지 않았거나 연구에 참여하지 않은 참가자로 정의된다. 시험 보고 통합 표준(Consolidated Standards of Reporting Trials: CONSORT) 공개 요구 사항을 충족하고 규제 당국으로부터의 질문에 응답하기 위해 스크리닝 실패 참가자의 투명한 보고를 보장하기 위해서 최소한의 스크리닝 실패 정보 세트가 필요하다. 최소한의 정보는 인구통계학, 스크리닝 실패 세부 정보, 자격 기준 및 임의의 SAE를 포함한다.
본 연구에서 참여를 위한 기준을 충족하지 않은 개인(스크리닝 실패)은 그들이 포함 기준 #5, 제외 기준 #2, 3, 5, 16 또는 20 및/또는 경증 내지 중등도의 건선 또는 아토피성 피부염을 갖는 환자에 대한 추가 제외 기준 # 1, 2 및 4에 포함되지 않는 경우 재스크리닝될 수 있다. 모든 참가자의 재스크리닝은 재검사 전에 의료 모니터가 동의해야 한다. 재스크리닝된 참가자는 초기 스크리닝에서와 같이 새로운 참가자 번호가 배정될 것이다.
참가자는 또한 그들이 처음에 스크리닝 평가를 통과했지만 28일의 스크리닝 기간 시간 제한을 초과하는 경우 재스크리닝될 수 있다.
2. 연구 개입
연구 개입은 연구 프로토콜에 따라 연구 참가자에게 투여되도록 의도된 임의의 연구 개입(들), 시판 제품(들), 위약 또는 의료 디바이스(들)로 정의된다.
2.1. 투여된 연구 개입
본 연구의 모든 연구 개입은 경구 투여될 것이다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 캡슐은 십이지장에서 내용물을 방출하도록 장용 코팅되어 공급될 것이다. 3가지 용량 수준의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 제공될 것이다:
용량 수준 1 = 추정 치료 용량의 1/10
용량 수준 2 = 전임상 데이터에 기초하여 최대 1× 추정 치료 용량
용량 수준 3 = 전임상 데이터에 기초하여 최대 5× 추정 치료 용량
매칭된 위약 캡슐이 공급될 것이다. 참가자는 투여 1시간 전후에 산성 음료 섭취가 금지되고, 투여 2시간 전 및 투여 후 1시간까지 음식 섭취가 금지되어야 한다. 주요 정보의 요약은 아래 표 5를 참조하거나 더 자세한 내용은 약국 매뉴얼을 참조하기 바란다.
2.2. 제조/취급/보관/책임
모든 캡슐은 블리스터 팩으로 공급되며, 2 내지 8℃의 제어된 조건에서 유지되어야 한다.
1. 연구자 또는 피지명인은 제공받은 모든 연구 개입에 대해 보관 및 운송 동안 적절한 온도 조건이 유지되었으며, 연구 개입을 사용하기 전에 임의의 이탈이 보고되고 해결되었는지 확인해야 한다.
2. 연구에 등록된 참가자만 연구 개입을 제공받을 수 있으며 승인된 현장 직원만 연구 개입을 공급하거나 관리할 수 있다. 모든 연구 개입은 연구자 및 승인된 현장 직원에게만 접근이 제한된 라벨링된 보관 조건에 따라서 안전하고, 환경적으로 제어되고, 모니터링되는 (매일 최소 및 최대 온도를 표시하는 능력을 갖는 수동 또는 자동화된) 영역에 보관해야 한다.
3. 연구자는 연구 개입 책임, 조정 및 기록 유지(즉, 수령, 조정 및 최종 처분 기록)에 대한 책임이 있다.
4. 사용하지 않은 연구 개입의 최종 처분에 대한 추가 지침 및 정보는 약국 매뉴얼에 제공된다.
2.3. 편향 최소화 조치: 무작위화 및 맹검
이것은 무작위 대조 연구이기 때문에, 코호트 내 치료 할당은 무작위이다. 무작위 치료는 선택 편향 최소화를 보장하여, 2개의 치료군 내의 개인은 이들이 제공받는 치료 이외에, 체계적으로 상이하지 않다. 참가자에게 연구 개입을 배정하기 위해 종이 무작위 배정이 사용될 것이다.
연구 개입에 관한 정보가 참가자의 의학적 치료에 필요하지 않는 한 연구자는 조사 약물 맹검을 파손해서는 안 된다.
참가자의 맹검을 해제하기 위해서, 봉인된 봉투를 개봉함으로써 조사 약물 맹검을 얻을 수 있다.
조사 약물 맹검이 파손된 경우 의뢰자에게 즉시(24시간 이내) 통지해야 한다. 맹검이 파손된 날짜, 시간 및 이유를 적절한 증례 기록서(Case Report Form: CRF)에 기록해야 한다.
2.4. 연구 개입 준수
약물 공급은 반환되기 전에 연구 현장에서 계수되고, 조정될 것이다.
연구자는 연구에 전체 참여하는 동안 제공받고, 분배된 모든 연구 개입에 대해 100% 책임을 유지해야 한다. 적절한 약물 책임은 다음이 포함되지만 이에 제한되지 않는다:
분배 오류 또는 불일치가 발견되면, 의뢰자에게 즉시 공지해야 한다.
연구자는 현장에 전달된 모든 연구 개입의 현재 물품 목록(약물 책임 로그), 현장 물품 목록, 분배 로그 및 참가자의 사용 기록을 유지해야 한다. 이 로그는 항상 연구 개입의 약물 책임을 정확하게 반영해야 한다. 다음 정보는 최소로 기록될 것이다: 연구 개입을 분배하고, 제공받는 사람의 이니셜을 포함하여, 프로토콜 번호 및 제목, 연구자 이름, 현장 식별자 및 번호, 연구 개입 설명, Med ID 번호, 만료 또는 재시험 날짜 및 분배된 양, 참여자에 의해 현장으로 반환된 날짜 및 양. 로그는 연구 개입이 분배된 각각의 참가자에 대해 별도의 항목으로 필요한 모든 정보가 포함되어야 한다.
현장 폐쇄 전 또는 적절한 간격으로, 의뢰자 또는 이의 피지명인으로부터의 대표자는 임상 연구 자료가 폐기를 위해 의뢰자 또는 이의 피지명인에게 반환되기 전에 임상 연구 자료 책임 및 조정을 수행할 것이다. 연구자는 임상 연구 자료의 책임, 반환 및/또는 파기에 관한 원본 문서를 보관하고, 사본을 의뢰자에게 보낼 것이다.
연구자는 연구 수행 동안 임상 연구 자료의 만료 날짜 또는 재시험 날짜의 임의의 변경에 대해 통지를 받을 것이다. 의뢰자 또는 피지명인의 만료일 통지 시, 현장은 폐기를 위해 의뢰자 또는 피지명인에게 반환하기 위해 만료된 임상 연구 자료의 분리를 포함하여 통지에 요약된 모든 지침을 완료해야 한다. 연구 현장에 이미 있는 소모품의 만료 날짜가 연장된 경우, 소모품을 해당 현장의 새로운 만료일로 재라벨링할 수 있다. 이러한 경우, 의뢰자 또는 이의 피지명인은 현장에서 절차를 완료하기 위해 추가 라벨, 분석 인증서 및 모든 필요한 문서를 준비할 것이다.
2.5. 병용 요법
참가자는 연구자 및 의뢰자의 의견으로 이 약물이 연구를 방해하지 않는 한 연구 개입의 시작 전 14일 이내에 그리고 추적관찰 방문 완료까지 처방 약물 또는 OTC 약물(캡슐/정제/분말, 비타민 및 식이 또는 허브 보충제에서 일반적으로 발견되는 고용량의 프로바이오틱스 및 프리바이오틱스 포함)을 복용하지 않아야 한다. 저용량을 함유한 프로바이오틱 및 프리바이오틱 식품(예를 들어, 요구르트, 케피어, 콤부차)은 허용된다는 것을 주목하기 바란다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 이외의 조사용 작용제는 연구 동안 허용되지 않는다. 연화제를 제외하고 건선 또는 아토피성 피부염에 대한 약리학적 활성 치료는 금기되며, 연구 시작 적어도 2주 전에 중단해야 한다.
OTC 약물을 포함하여, 참가자의 치료에 절대적으로 필요한 것으로 간주되는 임의의 병용 약물의 사용은 GI 통과 시간 또는 기능에 대해 알려진 효과가 없는 경우 연구 동안 허용된다. 면역억제제의 사용은 사례별로 연구자와 의료 모니터 간에 논의되어야 한다. 호르몬 피임약은 WOCBP에서 허용된다(호르몬 피임약은 에스트로겐 및/또는 프로게스테론 작용제를 포함하는 시판되는 임의의 피임약을 포함한다).
참가자가 등록 시에 제공받고 있거나 연구 동안 제공받은 모든 약물 또는 백신(OTC 또는 처방약, 프로바이오틱스 및/또는 허브 보충제 포함)은 다음과 함께 기록되어야 한다:
날짜, 절차 설명 및 해당되는 경우 임의의 임상 소견을 포함하여, 연구 기간 동안 수행된 임의의 진단, 치료 또는 수술 절차가 기록되어야 한다. 병용 요법 또는 사전 요법에 관한 질문이 있는 경우 의료 모니터에게 연락해야 한다.
항히스타민제 및 4 g/일 이하(임의의 24시간 기간 동안)의 파라세타몰 용량은 연구 동안 언제든지 사용된다. 필요한 경우 의료 모니터와 상담하여 연구자가 사례별로 다른 병용 약물을 고려할 수 있다. 본 연구에 참여할 의향이 있는 건선 또는 아토피성 피부염을 갖는 참가자는 첫 번째 연구 개입 용량 2주 전에 국소 또는 경구 약리학적 활성제를 복용해서는 안 된다. 참가자가 이미 치료의 일부로 사용하고 있는 경우 완화제를 사용할 수 있다.
참가자는 순전히 본 연구에 참여하기 위한 것이 아니라 약물의 내약성 또는 효과가 없기 때문에 현재 약물을 중단할 의사가 있어야 한다. 이것은 참가자의 메모에 명확하게 문서화되어야 한다.
2.5.1. 구제 의약
임상 상황에서 이것이 필요하다고 제안하는 경우 연구 현장에 적절한 항생제를 공급할 것이다. 다음 구제 의약을 사용할 수 있다:
1. 페니실린 V
2. 아목시실린
또는 상기 약물에 알레르기가 있는 경우:
3. 마크로리드(예를 들어, 클라리스로마이신 또는 에리트로마이신)
4. 테트라시클린(예를 들어, 독시시클린)
추가 대체 항생제의 사용은 의료 모니터와 논의할 수 있다.
구제 약물 투여일 및 투여 시간, 구제 약물의 명칭 및 투여 요법을 기록해야 한다.
2.6. 용량 증량 및 전환
각각의 참가자에 대해 단일 용량에서 다중 용량으로의 전환을 허용하는 결정은 책임 연구자(또는 대리인) 및 의료 모니터에 의해 행해질 것이다.
적어도 9명의 참가자가 명시된 용량 수준의 다중 투여 기간을 완료한 경우 용량 증량 결정을 수행할 것이다. 용량 증량 결정을 구현하기 위해서, 입수 가능한 AE 및 검사실 검사 데이터를 용량 결정 회의 또는 원격 회의에서 평가한다. 다음 용량 코호트에서의 약물 투여는 연구자가 의뢰자로부터 이전 용량 코호트의 결과가 평가되었고, 다음 더 높은 용량 코호트로 진행하는 것이 허용된다는 것을 나타내는 서면 확인을 받을 때까지 진행되지 않을 수 있다. 용량 증량 증가는 상기 표 5에 기재된 바와 같이 최대 10배일 것이다. 이 증가의 근거는 프레보텔라가 일부 집단에서 총 미생물 부하의 최대 50%에 도달할 수 있는 인간 공생 유기체라는 사실에 기초하는데[De Filippo, 2010], 이는 참가자에게 최소한의 위험이라는 것을 시사한다.
2.6.1. 중단 규칙
안전성 데이터는 이러한 중단 규칙에 대해 지속적으로 평가될 것이다. 연구자 또는 의뢰자가 이러한 사건 중 임의의 것이 중등도 또는 중증이고, 연구 치료와 관련될 가능성이 있다고 간주하는 경우, 해당 참가자(들)에 대한 치료는 맹검 해제되어 그들이 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 제공받고 있었는지를 결정할 것이다. 활성 치료 중인 참가자에 대해 다음 기준 중 1개 이상이 충족되면 용량 증량은 중단되고 다른 참가자는 이 용량 또는 더 높은 용량을 제공받지 않는다. 용량을 증량하기 전에, 검토 및 승인을 위해 윤리 위원회(Ethics Committee) 및 MHRA에 수정된 프로토콜을 제출한다.
동일한 군의 2명의 참가자가 20 ㎎/ℓ 이상의 CRP 또는 165 mcg/g 이상의 분변 칼프로텍틴과 같은 GI 점막 장벽 파괴의 증거 및 배변 습관 또는 다른 국소 비내약성의 다른 지표의 상당한 변화를 경험한다.
1명의 참가자가 미국 식품의약국(FDA)이 Industry Drug Induced Liver Injury: Premarketing Clinical Evaluation[FDA, 2009]에서 정의한 약물 유발 간 손상에 대한 다음 기준을 충족한다.
o 간세포 손상(AST 또는 ALT의 경우 ULN보다 3배 이상 증가); 및
o 담즙정체(2×ULN 초과의 혈청 ALP 활성)의 초기 소견 없이 혈청 총 빌리루빈이 2×ULN 초과까지 상승; 및
o 증가된 트랜스아미나제 및 혈청 총 빌리루빈(예컨대, 바이러스성 간염, 기존 또는 급성 간 질환 또는 관찰된 손상을 유발할 수 있는 또 다른 약물 등)의 조합을 설명할 수 있는 어떠한 다른 이유도 발견될 수 없다.
48 내지 72시간 후에 반복 샘플에서 임상적으로 우려되는 트랜스아미나제 및 빌리루빈의 상승을 확인해야 한다.
상기 중 하나를 경험하는 참가자는 AE가 해결될 때까지 추적관찰될 것이다.
공식 문서화된 안전성 검토는 다음과 같이 수행될 것이다:
1. 감시군에서 다중 투여 기간으로 진행하기 전에 각각의 감시군에서 투여 후 적어도 46시간.
2. 해당 코호트의 나머지를 투여하기 전에 감시군에서 다중 투여의 적어도 3회 투여 후.
3. 다음 용량 수준으로 증량하기 전에 각각의 용량 수준에서 코호트 완료 후.
4. 환자로 진행하기 전.
문서화된 안전성 검토를 위한 데이터 요구 사항
안전성 검토는 다음 데이터(표 6)에 기초할 것이며, 이것은 모두 실질적으로 가능한 한 확인되고, 품질 관리(QC'd)되어야 한다.
용량 증량 증분은 제안된 것(즉, 10배)을 초과할 수 없다. 그러나 필요한 경우 더 낮은 용량 증량, 용량 감소 및 반복 용량 수준이 허용된다. 새로운 용량 수준은 책임 연구자(또는 대리인) 및 의료 모니터가 동의할 것이다.
2.7. 연구 종료 후 개입
연구 개입의 마지막 투여 후 제14일에 안전성 방문인 연구 종료 후 특정 개입이 계획되지 않는다. 미생물군 분석을 위한 샘플은 연구 개입의 마지막 투여 후 14일 또는 이 시점에 가능한 한 가깝게(즉, 48시간 이내) 최종 안전 방문에서 수집될 것이다.
3. 연구 개입의 중단 및 참가자 중단/철회
3.1. 연구 개입의 중단
비정상적인 간 기능에 대한 연구 개입의 중단은 참가자가 부록 6에 요약된 조건을 충족하거나 연구자가 이것이 참가자에게 최선의 이익이라고 믿는 경우 연구자에 의해서 고려되어야 한다.
등록 후 임상적으로 유의한 소견이 확인되면(프리데리시아식(Fridericia’s formula)[QTcF]을 사용하여 수정된 QT 간격의 기준선으로부터의 변화를 포함하지만 이에 제한되지 않음), 연구자 또는 자격이 있는 피지명인은 참가자가 연구를 계속할 수 있는지의 여부 및 참가자 관리의 임의의 변경이 필요한지의 여부를 결정한다. 수집 시기에 인쇄된 이러한 ECG의 검토는 문서화되어야 한다. 임의의 새로운 임상 관련 소견은 AE로 보고되어야 한다. 개입 중단 및 추적관찰 시 수집될 데이터 및 완료할 필요가 있는 임의의 추가 평가에 대해서는 SoA를 참고하기 바란다.
3.1.1. 일시적 중단
투여는 최대 48시간의 기간 동안 AE 또는 병발성 질병으로 인해 연구자의 재량에 따라 일시적으로 중단될 수 있으며, 그 다음 참가자는 연구자가 그렇게 하는 것이 안전하다고 생각하는 경우 나머지 용량으로 계속 진행될 수 있다. 참가자는 그것이 두 번째로 발생할 경우 영구적으로 중단해야 한다.
3.1.2. 재시험
간 또는 심장 효과로 중단된 참가자에 대한 재시험은 허용되지 않는다.
3.2. 참가자 중단/연구로부터의 철회
참가자는 자신의 요청 시에는 언제든지 연구를 철회할 수 있고, 안전성, 행동, 규정 준수 또는 관리의 이유로 연구자의 재량에 따라 언제든지 철회할 수 있다. 연구를 철회한 임의의 참가자는 최소 120명의 평가 가능한 참가자를 달성하기 위해 교체될 수 있다.
3.3. 추적관찰 실패
참가자가 반복적으로 예정된 방문을 위해 돌아오지 않고 연구 현장에서 연락할 수 없는 경우 추적관찰에 실패한 것으로 간주된다. 추적관찰 방문은 마지막 투여 후 적어도 14일에서 최대 28일이어야 한다.
참가자가 요구된 연구 방문을 위해 병원에 돌아오지 않는 경우 다음 조치를 취해야 한다:
현장은 참가자에게 연락을 시도하고, 가능한 한 빨리 누락된 방문 일정을 재조정해야 한다. 참가자에게 모든 방문에 참석하는 것의 중요성을 상기시키고, 참석에 문제가 있는 경우 참가자가 연구를 계속하기를 원하는지 그리고/또는 연구를 계속해야 하는지 여부를 확인하기 위해 논의해야 한다.
참가자를 추적관찰에 실패한 것으로 간주하기 전에 연구자 또는 피지명인은 참가자와 다시 연락하기 위해 모든 노력을 기울여야 한다(가능한 경우, 3회의 전화 통화를 시도하고, 필요한 경우 참가자의 마지막으로 알려진 주소로 인증된 편지를 보내거나 이에 준하는 현지 기준의 방법을 사용함). 이러한 연락 시도는 참가자의 기록에 문서화되어야 한다.
4. 연구 평가 및 절차
모든 스크리닝 평가를 완료하고, 검토하여 잠재적 참가자가 모든 자격 기준을 충족하는지 확인해야 한다. 연구자는 스크리닝된 모든 참가자의 세부 정보를 기록하고, 적격성을 확인하거나 해당되는 경우 스크리닝 실패 이유를 기록하기 위해 스크리닝 로그를 유지할 것이다.
참가자의 일상적인 임상 관리(예를 들어, 혈구 수치)의 일부로 수행되고 ICF에 서명하기 전에 얻은 절차는 그 절차가 프로토콜에 명시된 기준을 충족하고, SoA에 정의된 시간 프레임 내에서 수행되는 한 스크리닝 또는 기준선 목적을 위해서 사용될 수 있다.
요구될 수 있는 임의의 추가 평가를 포함하여 연구 기간 동안 각각의 참가자로부터 수집된 최대 혈액량은 400 ㎖를 초과하지 않을 것이다. 안전성 이유로 또는 샘플의 기술적인 문제로 인해 반복 또는 예정에 없는 샘플을 채취할 수 있다.
4.1. 효능 평가
코호트 3, 4, 5, 6 및 7에 대해서만, 다음 효능 측정치가 SoA에 제공된 바와 같은 계획된 시점에서 투여 후 수집될 것이다.
PASI 종합 점수(건선 참가자만)
EASI 종합 점수(아토피성 피부염 참가자만)
LSS - 병변 중증도 점수
IGA - 연구자의 종합 평가
SCORAD - 아토피성 피부염 지수
건선 또는 아토피성 피부염에 의해 영향을 받는 BSA의 백분율은 또한 PASI 및 EASI 측정치에 해당하는 계획된 시점에서 수집될 것이다(전신의 %로 기록됨).
또한 기준선에서 병변 면적이 2×2 ㎝ 이상인 최대 6개의 병변 부위를 사진 찍어야 한다. 기준선, 제10일, 제30일 및 추적관찰 방문 시 동일한 부위를 촬영해야 한다.
4.2. 안전성 평가
모든 안전성 평가에 대한 계획된 시점이 SoA에 제공된다.
4.2.1. 신체 검사
4.2.2. 활력 징후
활력 징후(투여 및/또는 임의의 절차 전에 확인해야 함)는 1회의 맥박 및 3회의 혈압 측정으로 이루어질 것이다(3개의 연속적인 혈압 판독값을 적어도 1분 간격으로 기록할 것이다). 3개의 혈압 판독값의 평균을 CRF에 기록할 것이다.
4.2.3. 심전도
심박수를 자동으로 계산하고, PR, QRS, QT 및 수정된 QT(QTc) 간격을 측정하는 ECG 기계를 사용하여 SoA(본 명세서 참조)에 설명된 바와 같이 단일 12-리드 ECG를 얻을 것이다. QTc 철회 기준 및 필요할 수 있는 임의의 추가 QTc 판독값에 대해서는 본 명세서 다른 섹션을 참고하기 바란다.
각각의 시점에서 3회 반복 ECG가 요구되며, 3개의 개별 ECG 추적을 가능한 한 가깝게 그러나 2분 이하의 간격을 두면서 연속적으로 얻는다. 3회 반복의 전체 세트는 4분 이내에 완료되어야 한다.
4.2.4. 임상 안전성 검사실 평가
연구자는 검사실 보고서를 검토하고, 이 검토를 문서화하고, CRF의 AE 섹션에서 연구 동안 발생한 임의의 임상적으로 관련된 변경을 기록해야 한다. 검사실 보고서는 근거 문서(source document)와 함께 제출해야 한다. 임상적으로 유의한 비정상적인 검사실 소견은 연구자가 참가자의 병태에 대해 예측한 것보다 더 심각한 것으로 판단하지 않는 한 기저 질환과 연관되지 않는 것이다.
연구에 참여하는 동안 또는 연구 개입의 마지막 투여 후 28일 이내에 임상적으로 유의하게 비정상적으로 간주된 값을 갖는 모든 검사실 검사 값이 정상 또는 기준선으로 복귀하거나 연구자 또는 의료 모니터에 의해 더 이상 임상적으로 유의하지 않은 것으로 간주될 때까지 반복되어야 한다.
o 연구자가 합리적으로 판단한 시간 기간 내에 이러한 값이 정상/기준선으로 복귀하지 않으면, 병인을 식별하고 의뢰자에게 통지해야 한다.
o 부록 2에 정의된 바와 같은 모든 프로토콜-요구 검사실 평가는 현지 절차에 더하여 검사실 매뉴얼 및 SoA에 따라 수행되어야 한다.
o 기관의 현지 검사실에서 수행된 비-프로토콜 지정된 검사실 평가의 검사실 값이 참가자 관리의 변경을 필요로 하거나 연구자가 임상적으로 중요하다고 간주하는 경우(예를 들어, SAE 또는 AE 또는 용량 수정), 결과는 CRF에 기록되어야 한다.
4.3. 이상 반응 및 중대한 이상 반응
AE 또는 SAE의 정의는 부록 3에서 찾을 수 있다.
AE는 참가자(또는 적절한 경우 간병인, 대리인 또는 참가자의 법적으로 위임된 대리인)에 의해 보고될 것이다.
연구자 및 임의의 자격을 갖춘 피지명인은 AE 또는 SAE의 정의를 충족하는 사건을 감지, 문서화 및 기록할 책임이 있고, 연구 개입 또는 연구 절차와 관련된 것으로 간주되는 중대한 AE 및 참가자가 연구 개입을 중단하게 만든 원인을 추적관찰할 책임이 있다(본 명세서 참고).
4.3.1. AE 및 SAE 정보를 수집하기 위한 시간 간격 및 빈도
모든 AE 및 SAE는 스크리닝 시 ICF의 서명에서부터 SoA(본 명세서)에 명시된 시점의 추적관찰 방문(마지막 투여 후 14 내지 28일)까지 수집될 것이다.
연구 개입 시작 전이지만 사전동의를 얻은 후에 시작되는 의학적 사건은 AE 섹션이 아닌 CRF의 병력/현재 의학적 병태 섹션에 기록될 것이다.
모든 SAE는 부록 3에 제시된 바와 같이, 24시간 이내에 기록되고 의뢰자 또는 피지명인에게 보고될 것이다. 연구자는 임의의 업데이트된 SAE 데이터를 입수한 후 24시간 이내에 의뢰자에게 제출할 것이다.
연구자는 연구 참여 종료 후 AE 또는 SAE를 적극적으로 찾을 의무는 없다. 그러나 연구자가 참가자가 연구를 끝낸 후 언제든지 사망을 포함한 임의의 SAE에 대해 알게 되고, 그 사건이 연구 개입 또는 연구 참여와 합리적으로 관련이 있다고 생각하는 경우, 연구자는 즉시 의뢰자에게 통지해야 한다.
AE 및 SAE의 인과관계를 기록, 평가 및 평가하는 방법 및 SAE 보고서를 완성하고 전송하는 절차는 부록 3에 제공된다.
4.3.2. AE 및 SAE의 검출 방법
AE 및/또는 SAE를 검출할 때 편향을 도입하지 않도록 주의할 것이다. 참여자에 대한 개방형 및 비선도적 구두 질문이 AE 발생에 대해 문의하는 데 선호되는 방법이다.
4.3.3. AE 및 SAE의 추적관찰
초기 AE/SAE 보고 후, 연구자는 후속 방문/접촉에서 각각의 참가자를 사전에 추적관찰할 필요가 있다. 모든 SAE는 그 사건이 달리 설명되지 않는 한 해결, 안정화까지 또는 참가자가 추척관찰되지 않을 때까지(본 명세서에 정의됨) 추적관찰될 것이다. 추적관찰 절차에 대한 추가 정보는 부록 3에 제공되어 있다.
4.3.4. SAE에 대한 규제 보고 요건
의뢰자는 임상 조사 중인 연구 개입의 안전성에 대해 지역 규제 당국 및 기타 규제 기관에 통지할 법적 책임이 있다. 의뢰자는 규제 당국, 생명윤리위원회(Institutional Review Boards: IRB)/독립 윤리 위원회(Independent Ethics Committees: IEC) 및 연구자에 대한 안전 보고와 관련된 국가-특이적 규제 요건을 준수할 것이다.
의뢰자로부터 SAE 또는 기타 특정 안전성 정보(예를 들어, SAE 요약 또는 목록)를 기재한 연구자 안전성 보고서를 받은 연구자는 검토한 다음 IB와 함께 그것을 제출하고, 적절한 경우 현지 요건에 따라 IRB/IEC에 통지할 것이다.
4.3.5. 임신
4.3.6. 심혈관 및 사망 사건
관련성 평가에 관계없이 모든 사망은 임의의 추가 참가자에게 투여되기 전에 SRC에서 긴급하게 검토될 것이다. 모든 사망 및 심혈관 사건은 인과관계 평가와 관계없이 MHRA에 보고될 것이다.
4.3.7. AE 또는 SAE로서 자격이 없는 질환-관련 사건 및/또는 질환-관련 결과
환자 집단의 기전 또는 지식에 대한 이해에 기초하여 예측되는 AE는 존재하지 않는다.
4.4. 과다복용의 치료
본 연구의 경우, 24시간 기간 내에 해당 코호트에 대해 지정된 1일 용량보다 더 많이 복용된 프레보텔라 히스티콜라 균주의 임의의 용량이 과다복용으로 간주될 것이다.
의뢰자는 감염 및/또는 대장염의 증거가 없는 한 과다복용에 대한 특정 치료를 권장하지 않는다. 임상 상황이 타당한 경우, 의뢰자는 과다복용의 경우에 사용될 수 있는 페니실린계 항생제(예를 들어, 페니실린 V)의 사용을 권장할 것이다.
과다복용의 경우에, 연구자는 다음을 수행해야 한다:
1. 과다복용을 알게 된 즉시 의료 모니터에게 연락한다.
2. 72시간 동안 또는 그것이 해결될 때까지 중에서 더 긴 기간 동안 모든 AE/SAE 및 검사실 이상에 대해 참가자를 면밀히 모니터링한다.
3. 초과 투여의 양 및 과다복용의 기간을 CRF에 문서화한다.
투여 중단 또는 수정에 관한 결정은 참가자의 임상 평가에 기초하여 의료 모니터와 상의하여 연구자가 행할 것이다.
4.5. 약동학
특정 약동학(PK) 매개변수는 요법의 특성으로 인해 본 연구에서 평가되지 않는다. 히스티콜라 균주 B는 경구 투여되고, 노출은 소환관에 제한되므로 전신 노출은 예상되지 않는다. 연구를 통해 전신 흡수의 부재를 확인하기 위해 샘플을 채취하지만, 특정 PK 매개변수는 유도되지 않을 것이다. 미생물군 샘플의 경우 집락화가 예상되지 않는 경우에도 집락화 확인을 위해서 본 연구(본 명세서 참조) 동안 분석될 것이다.
4.6. 약력학
400 ㎖를 초과하지 않는 정맥혈 샘플을 SoA에 따른 평가 측정을 위해 수집할 것이다.
피부 생검 샘플을 SoA에 따라 기준선 및 제30일에 환자 코호트에서 채취할 것이다. 이것은 4 ㎜ 펀치 생검일 것이다.
미생물군 다양성 및 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 측정을 위해 분변 샘플을 기준선(투여일 전 임의의 시간), 단일 및 다중 투여 기간 종료 시 그리고 마지막 투여 후 제14일 내지 제28일에 수집할 것이다.
4.7. HLA 검사
DNA 단리를 위한 2개의 혈액 샘플을 참가자로부터 수집할 것이다. 하나의 샘플은 HLA 상태에 대해 분석되고, 다른 하나는 수행될 수 있는 추가 분석에 대해 분석될 것이다.
이러한 샘플의 수집, 선적 및 폐기 과정에 대한 세부 사항은 검사실 매뉴얼에서 찾을 수 있다.
4.8. 바이오마커
o 혈액
o 피부
o 대변
혈액 샘플을 사용하여 사이토카인의 순환 수준을 측정하고, 생체외 항원 자극 검정에서 선천 및 후천 면역계의 반응성을 평가할 수 있다. 혈액 샘플은을 또한 전사체 프로파일링에도 사용할 수 있다.
미생물군-기반 치료의 일부로 사용되는 경우 유익한 효과가 있을 수 있는 추가 미생물을 식별하기 위한 연구에 다른 샘플을 사용할 수 있다.
4.8.1. RNA 전사체 연구
선택된 혈액 및 피부 샘플에 대해 전사체 연구를 수행할 것이다. 이것은 건선 또는 아토피성 피부염의 개선 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 작용과 관련된 생물학적 반응과 상관관계가 있을 수 있는 전사체 프로파일의 변화를 평가할 수 있을 것이다.
동일한 샘플을 사용하여 대체 기술의 적용에 의한 소견을 확인할 수도 있다.
4.8.2. 미생물군 연구
치료 중 또는 치료 중단 후 개인의 미생물군에 대한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효과를 이해하기 위해 대변 및 분변액 분석을 수행할 수 있다. 반응에 현저한 가변성이 있는 경우 미생물군 내 특정 미생물과 약물 반응의 연관성을 또한 조사할 수 있다. 미생물군 분석은 질문에 따라 16s 서열분석 및/또는 전체 게놈 미생물 서열분석을 통해 수행될 것이다.
5. 통계학적 고려 사항
모든 분석은 SAS® 버전 9.3 이상(SAS Institute, 미국 노쓰캐롤라이나주 캐리 소재)을 사용하여 수행될 것이다.
용량 코호트에 의한 안전성 및 효능 평가변수를 요약하기 위해 기술적인 통계가 제공될 것이다. 범주 변수의 경우, 적절한 경우 각각의 카테고리 내의 참가자의 빈도 및 백분율에 대한 요약 표를 양측 95%의 정확한 신뢰 구간(CI)과 함께 제시될 것이다. 연속 변수의 경우, 참가자 수, 평균, 중앙값, 표준편차(SD), 최소값 및 최대값이 제시될 것이다.
5.1 샘플 규모 결정
본 FIH 연구의 주요 목적은 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 안전성 및 내약성을 평가하는 것이다. 모집될 최소 참가자 수(코호트 1 내지 코호트 7)는 총 120명이고, 최대 참가자 수는 총 132명이지만, 필요한 경우 추가 대체자가 등록될 수 있다. 연구를 철회한 임의의 참가자는 최소 120명의 평가 가능한 참가자를 달성하기 위해 교체될 수 있다.
샘플 규모는 이러한 새로운 치료의 내약성 및 안전성을 조사하면서, 최소 참가자 수에 대한 노출을 제한하기 위해 선택되었다. 공식적인 검정력 계산은 수행되지 않았지만 질환-관련 효능 매개변수에 대해 유용한 결론을 도출할 수 있도록 코호트 4 내지 코호트 7에 대해 더 큰 샘플 규모가 결정되었다.
5.2. 분석용 집단
분석을 위해 다음과 같은 집단이 정의된다:
모든 집단에서, 치료는 무작위 배정된 치료에 관계없이 참가자가 실제로 제공받은 치료를 기반으로 배정될 것이다.
5.3. 통계학적 분석
통계 분석 계획(Statistical Analysis Plan: SAP)은 데이터베이스 잠금 전에 개발 및 완료되며, 분석에 포함될 참가자 집단 및 누락, 미사용 및 허위 데이터를 설명하는 절차에 대해 설명한다. 본 섹션은 1차 평가변수 및 2차 평가변수의 계획된 통계학적 분석의 요약이다.
5.3.1. 효능 분석
효능 분석은 안전성 또는 평가 가능한 집단에 대해 수행될 것이다(추가 상세사항은 SAP에 명시될 것임).
5.3.2. 안전성 분석
모든 안전성 분석은 안전성 집단에 대해서 수행될 것이다.
5.3.4. 다른 분석
약력학 및 바이오마커 탐색적 분석은 데이터베이스 잠금 전에 완성된 SAP에 기재될 것이다. 집단 약력학 분석은 주요 임상 연구 보고서(CSR)와 별도로 제시될 것이다.
5.3.4. 안전성 검토 위원회(SRC)
책임 연구자(또는 대리인), 의료 모니터, 통계학자 및 의뢰자의 임상 리드로 이루어진 SRC는 맹검 안전성 데이터를 검토하고, 연구 및 용량 증량 단계에 대한 거버넌스를 제공할 것이다. SRC는 코호트 1 내지 코호트 3의 경우 각각의 코호트가 끝날 때 다음 투여 수준으로 진행할지의 여부를 결정할 것이며, 이들은 타당한 경우 코호트 또는 용량 증량 단계를 생략하기로 결정할 수 있다. 책임 연구자(또는 대리인) 및 의료 모니터는 각각의 참가자에 대해 단일 용량에서부터 다중 용량까지의 전환을 각각의 코호트 내에서 검토할 것이다. 의뢰자 또는 책임 연구자(또는 대리인)가 필요하다고 판단하는 경우 특별 SRC 회의가 소집될 수 있다. 절차에 대한 자세한 설명은 별도의 SRC 헌장에 설명되어 있다. 코호트 3이 성공적으로 완료되고 계속하기로 한 SRC의 결정에 따라서, 코호트 4 내지 코호트 7은 동시에 실시되거나 또는 입수 가능한 약물 공급의 사용을 최적화하는 순서로 실시될 수 있다. 각각의 코호트가 완료된 후 안전성 데이터 검토가 수행되지만, 코호트 4 내지 코호트 7에서 한 코호트에서 다음 코호트로 이동할 필요는 없다.
문서화된 검토는 본 명세서에 명시된 시기에 수행될 것이다.
6. 지원 문서 및 운영 고려 사항
6.1. 부록 1: 규제, 윤리 및 연구 감독 고려 사항
6.1.1. 규제 및 윤리 고려 사항
o 헬싱키 선언문 및 국제 의학 기구협회(Council for International Organizations of Medical Sciences: CIOMS) 국제 윤리 지침을 포함한 국제 지침으로부터 도출한 합의된 윤리 원칙
o 적용 가능한 국제 조화 위원회(Applicable International Council for Harmonization: ICH) 우수 임상 관행(GCP) 지침
o 관련 법률 및 규정
프로토콜, 프로토콜 수정, ICF, IB 및 기타 관련 문서(예를 들어, 광고)는 연구자가 IRB/IEC에 제출하고, 연구가 시작되기 전에 IRB/IEC에 의해서 검토 및 승인되어야 한다.
프로토콜에 대한 임의의 수정은 연구 참가자에 대한 즉각적인 위험을 제거하는 데 필요한 변화를 제외하고는, 연구 설계에 대한 변화를 구현하기 전에 IRB/IEC 승인이 필요할 것이다.
o IRB/IEC에 의해서 확립된 요구 사항, 정책 및 절차에 따라 매년 또는 더 자주 연구 상태에 대한 서면 요약을 IRB/IEC에 제공한다.
o IRB/IEC 절차에서 요구되는 바와 같은 SAE 또는 기타 중요한 안전성 결과를 IRB/IEC에 통지한다.
o 현장에서 연구 수행을 감독하고 21 CFR, ICH 가이드라인, IRB/IEC, 임상 연구에 대한 유럽 규정 536/2014(해당되는 경우) 및 기타 모든 해당 지역 규정의 요구 사항을 준수한다.
6.1.2. 사전동의 과정
참가자는 자신의 참여가 자발적임을 알려야 한다. 참가자 또는 법적으로 위임된 대리인은 21 CFR 50, 현지 규정, ICH 지침, 건강 보험 양도 및 책임에 대한 법안(Health Insurance Portability and Accountability Act: HIPAA) 요구 사항(해당되는 경우) 및 IRB/IEC 및 연구 현장의 요구 사항을 충족하는 사전동의서에 서명해야 한다.
재스크리닝되는 참가자는 28일의 스크리닝 기간 제한을 초과했기 때문에 재스크리닝을 받지 않는 한 새로운 ICF에 서명할 것이 요구된다.
ICF는 집중된 유전자 및 바이오마커 연구를 위한 샘플(예를 들어, HLA 샘플)의 사용을 다루는 섹션을 포함할 것이다. 연구자 또는 위임된 대리인은 각각의 참가자에게 연구 목적을 설명할 것이다.
6.1.3. 데이터 보호
의뢰자는 참가자에게 고유한 식별자를 배정한다. 의뢰자에게 전송되는 임의의 참가자 기록 또는 데이터세트는 식별자만 포함할 것이고; 참가자 성명 또는 참가자를 식별 가능하게 하는 어떠한 정보도 전송되지 않을 것이다.
참가자는 자신의 의료 기록이 임상 품질 보증 감사관 또는 의뢰자 저장한 기타 위임된 직원, 적절한 IRB/IEC 회원 및 규제 당국의 검사관에 의해 조사될 수 있음에 대해서 설명받아야 한다.
6.1.4. 위원회 구조
본 연구를 위해 구성된 유일한 위원회는 SRC이며 본 명세서에 설명이 열거되어 있다.
6.1.4. 임상 연구 데이터의 보급
6.1.6. 데이터 품질 보증
연구와 관련된 모든 참가자 데이터(예를 들어, 검사실 데이터)는 의뢰자 또는 피지명인에게 전자적으로 전송되지 않는 한 전자 CRF(eCRF)에 기록될 것이다. 연구자는 CRF에 물리적 또는 전자적으로 서명하여 데이터 입력이 정확하고 정확한지 확인할 책임이 있다.
연구 모니터는 위임된 현장 직원이 CRF에 입력한 데이터가 정확하고, 완전하며, 근거 문서에서 검증할 수 있는지; 참가자의 안전 및 권리가 보호되고 있는지; 현재 승인된 프로토콜 및 기타 연구 계약, ICH GCP 및 모든 해당 규제 요건에 따라 연구가 수행되고 있는지를 확인하기 위해 지속적인 근거 데이터 검증을 수행할 것이다.
서명된 ICF를 포함하여 본 연구의 수행과 관련된 기록 및 문서는 현지 규정 또는 기관 정책이 더 긴 보관 기간이 요구되지 않는 한 연구 완료 후 15년 동안 연구자가 보관해야 한다. 의뢰자의 서면 승인 없이 보관 기간 동안 어떠한 기록도 파기할 수 없다. 의뢰자에게 서면 통지 없이 기록을 다른 장소 또는 당사자에게 양도할 수 전달할 수 없다.
6.1.7. 근거 문서
근거 문서에서 기록된 eCRF에 입력된 데이터는 근거 문서와 일치해야 하거나 불일치가 설명되어야 한다. 연구자는 연구에 따라 이전 의료 기록 또는 이관 기록을 요청해야 할 수 있다. 또한 현재 의료 기록이 입수 가능해야 한다.
6.1.8. 연구 및 현장 폐쇄
의뢰자는 의뢰자의 단독 재량에 따라 언제든지 어떤 이유로든 연구 현장을 폐쇄하거나 연구를 종료할 수 있는 권리를 갖는다. 연구 현장은 연구 완료 시 폐쇄될 것이다. 연구 현장은 모든 요구 문서 및 연구 용품이 수집되고 연구 현장 폐쇄 방문이 수행되었을 때 폐쇄된 것으로 간주된다.
연구자는 합리적인 이유가 있고, 의도된 종료에 앞서 충분한 통지가 제공되는 경우 언제든지 연구 현장 폐쇄를 시작할 수 있다.
의뢰자 또는 연구자가 연구 현장을 조기에 폐쇄하는 이유는 다음을 포함할 수 있지만 이들로 제한되지 않는다:
6.1.9. 공개 정책
공개 정책에 대한 완전한 세부 사항은 의뢰자와 연구자 간의 계약서에 제공된다. 요약: 본 연구의 결과는 공개되거나 과학 회의에서 발표될 수 있다. 이것이 예상되는 경우, 연구자는 모든 원고 또는 초록을 제출하기 적어도 30일 전에 의뢰자에게 제출하는 데 동의한다. 이는 의뢰자가 독점 정보를 보호하고, 특허권을 보호하기 위해 필요한 경우 공개를 연기하고, 의견을 제공하는 것을 가능하게 한다.
의뢰자는 본 명세서에 상술된 바와 같은 연구 결과의 공개에 대한 요구 사항을 준수할 것이다. 표준 편집 및 윤리적 관행에 따라, 의뢰자는 일반적으로 현장 데이터가 아닌 전체에 대해서만 다중현장 연구의 출판을 지원한다. 이 경우, 상호 협의에 의해서 조정 연구자를 지정할 것이다.
저자는 상호 합의에 의해서 그리고 국제 의학 저널 편집자 위원회(International Committee of Medical Journal Editors) 저자 자격 요건에 따라 상호 합의에 따라 결정된다.
6.2. 부록 2: 임상 검사실 검사
표 7에 자세히 설명된 검사의 대부분은 연구 현장 또는 지정된 공급업체에서 수행될 것이다. 추가 검사를 수행할 수도 있다.
연구자는 각각의 검사실 안전성 보고서의 검토를 문서화해야 한다.
6.3. 부록 3: 이상 반응: 기록, 평가, 추적관찰 및 보고에 대한 정의 및 절차
AE의 정의
SAE의 정의
AE 및/또는 SAE의 기록 및 추적관찰
SAE의 보고
6.4. 부록 4: 피임 지침 및 임시 정보 수집
정의:
가임기 여성(WOCBP)
여성은 영구적으로 불임이 아닌 한 초경 이후 그리고 폐경 후가 될 때까지 가임기로 간주된다(하기 참고).
다음 카테고리의 여성은 WOCBP로 간주되지 않는다:
1. 초경 전
2. 다음 중 1개를 갖는 폐경 전 여성:
주석: 문서화는 참가자의 의료 기록, 건강 검진 또는 병력 인터뷰에 대한 현장 직원의 검토로부터 유래할 수 있다.
3. 폐경 후 여성
폐경 후 상태는 대체 의학적 원인 없이 12개월 동안 월경이 없는 상태로 정의된다. 폐경 후 범위의 높은 난포 자극 호르몬(follicle stimulating hormone: FSH) 수치는 호르몬 피임 또는 호르몬 대체 요법(hormonal replacement therapy: HRT)을 사용하지 않는 여성의 폐경 후 상태를 확인하는 데 사용할 수 있다. 그러나, 12개월의 무월경의 부재 하에서, 단일 FSH 측정은 불충분하다.
피임 지침:
남성 참가자는 다음 중 하나를 수행해야 한다.
연구에 참여하는 동안 그리고 연구 약물의 마지막 투여 후 90일 동안 음경 삽입의 각각의 에피소드 동안 남성 콘돔을 사용한다. 또한 남성 참가자는 연구 기간 및 최종 방문 후 최소 90일 동안 정자 기증을 삼가야 한다.
여성 참가자
가임기 여성 참가자는 표 8에 기재된 바와 같이 매우 효과적인 피임 방법을 일관되고 정확하게 사용하는 데 동의하는 경우 참가 자격이 있다.
임신 검사:
임신 정보 수집:
임신한 파트너가 있는 남성 참가자
연구자는 남성 참가자가 본 연구에 참여하는 동안 임신한 남성 참가자의 여성 파트너에 대한 임신 정보를 수집하려고 시도할 것이다. 이는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 제공받는 모든 남성 참가자에게 적용된다.
임신한 여성 파트너로부터 직접 필요한 사전동의 사인을 얻은 후, 연구자는 파트너의 임신을 알게 된 후 24시간 이내에 적절한 양식에 임신 정보를 기록하고, 이를 의뢰자에게 제출할 것이다. 임신 결과를 결정하기 위해 여성 파트너가 또한 추적관찰될 것이다. 산모 및 아이의 상태에 대한 정보가 의뢰자에게 전달될 것이다. 일반적으로, 추적관찰은 추정된 전달일로부터 8주를 초과하지 않을 것이다. 임의의 임신 중절은 태아 상태(기형 유무) 또는 절차에 대한 표시에 관계없이 보고될 것이다.
임신한 여성 참가자
연구자는 본 연구에 참여하는 동안 임의의 임신한 여성 참가자에 대한 임신 정보를 수집할 것이다. 정보는 참가자의 임신 사실을 알게 된 후 24시간 이내에 적절한 양식에 기록되고, 의뢰자에게 제출될 것이다. 참가자를 추적관찰하여 임신 결과를 결정할 것이다. 연구자는 참가자 및 신생아에 대한 추적관찰 정보를 수집하고, 정보를 의뢰자에게 전달할 것이다. 일반적으로, 추정된 전달일을 지나서 6 내지 8주를 초과하지 않을 것이 요구될 것이다. 임의의 임신 중절은 태아 상태(기형 유무) 또는 절차에 대한 표시에 관계없이 보고될 것이다.
임신 자체는 AE 또는 SAE로 간주되지 않지만, 임의의 임신 합병증 또는 선택적 임신 중절은 AE 또는 SAE로 보고될 것이다. 자연 유산은 항상 SAE로 간주되고, 따라서 보고될 것이다. 연구자의 연구 개입과 합리적으로 관련이 있다고 간주되는 연구 후 임신 관련 SAE는 본 명세서에서와 같이 의뢰자에게 보고될 것이다. 연구자는 이전 연구 참가자에서 이 정보를 적극적으로 찾을 의무가 없지만, 자발적 보고를 통해 SAE에 대해 알 수 있다.
6.5. 부록 5: HLA 검사
DNA의 사용/분석
유전자 변이는 연구 개입에 대한 참가자의 반응, 질환에 대한 감수성, 중증도 및 진행에 영향을 미칠 수 있다. 연구 개입에 대한 가변적인 반응은 약물 흡수, 분포, 대사 및 배설에 영향을 미치는 유전적 결정인자; 약물 작용 기전; 질환 병인학; 및/또는 치료될 질환의 하위유형으로 인한 것일 수 있다. 따라서 현지 규정 및 IRB/IEC가 허용하는 경우, 동의한 참가자로부터 DNA 분석을 위해 혈액 샘플을 수집할 것이다.
HLA 검사를 위해 하나의 샘플이 분석될 것이다. 두 번째 샘플은 이것이 임상 데이터를 더 이해하는 데 도움이 될 수 있다고 가정되는 경우 수행될 수 있는 추가 분석을 위해 채취될 것이다.
샘플은 연구 질환 또는 관련 병태를 이해하기 위해서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 또는 이러한 부류의 연구 개입에 대한 반응과 관련된 유전 인자의 다중 연구 평가의 일부로 분석될 수 있다.
샘플은 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 대한 연구 또는 이러한 부류 또는 적응증의 연구 중재가 계속되는 동안 보유될 것이지만, 12개월 또는 현지 요구 사항에 따른 다른 기간을 초과하지 않을 것이다.
6.6. 부록 6: 간 안전성: 제안된 조치 및 추적관찰 평가
6.6.1. 건강한 지원자
건강한 지원자는 ALT 또는 AST가 3×ULN을 초과하고/하거나 빌리루빈이 2×ULN을 초과하는 경우 투여를 중단해야 한다. 비정상적인 간 기능 검사(LFT)가 정상 수준 내로 복귀될 때까지 LFT 모니터링을 수행해야 한다. 간 이상의 바이러스/감염성 원인을 제외하기 위해서 일상적인 조사를 수행해야 한다.
6.6.2. 경증 내지 중등도의 건선 또는 아토피성 피부염을 갖는 참가자
ALT 또는 AST가 3×ULN을 초과하고/하거나 빌리루빈이 2×ULN을 초과하는 경우 두 병태 중 하나를 갖는 참가자는 투여를 중단해야 한다. 비정상적인 LFT가 정상 수준 내로 복귀될 때까지 LFT 모니터링을 수행해야 한다. 간 이상의 바이러스/감염성 원인을 제외하기 위해서 일상적인 조사를 수행해야 한다.
6.7. 부록 8: 약어
7. 참고문헌
예비 결과:
- 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 내약성이 우수하였고, 위약과의 전반적인 차이는 보고되지 않았다.
- 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 투여된 환자는 위약에 비해 평균 병변 중증도 점수가 감소한 것으로 나타났다.
- 임상 반응과 일치하는 세포 조직학적 및 혈액 면역 세포 바이오마커에서 관찰된 감소
경증 내지 중등도의 건선을 갖는 12명의 환자를 2:1로 무작위 배정하여 28일 동안 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 또는 위약 550 ㎎(1×용량)을 매일 경구 투여하였다. 1차 평가변수는 안전성 및 내약성이었다. 2차 평가변수 및 탐색적 평가변수는 임상 활성의 척도인 병변 중증도 점수(LSS), 28일 투여 기간의 시작과 끝에서 각각 생검 및 혈액 샘플로부터 취한 세포 조직학적 바이오마커 및 혈액 면역 세포 바이오마커를 포함하였다.
28일 동안 매일 550 ㎎의 장용 캡슐 제형의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 투여받은 환자가 위약을 제공받은 환자에서의 0.25점의 평균 증가와 비교하여, 28일에 2점의 평균 LSS의 통계학적으로 유의한(p<0.05) 감소를 나타내었다(도 1a). 도 1b는 연구 과정에 걸친 병변 중증도 점수(LSS)의 평균 백분율 변화를 도시한다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 투여받은 환자로부터의 데이터는 투여 기간에 걸쳐서 0 내지 67% 범위의 LSS의 감소를 나타내었다(도 2). 2차 평가변수인 LSS는 건선 부위 중증도 지수(PASI) 점수의 성분이고, 투여 기간 동안 개별 건선 병변의 발적, 두께 및 스케일링을 측정하고, 경증 내지 중등도 질환을 갖는 환자에 대한 민감한 임상 척도이다.
2차 평가변수이고, 건선 병리의 세포 드라이버인 기저 상피 유사분열 수의 투여 기간에 따른 변화 분석은, 위약을 제공받은 환자에서의 변화가 없는 경우와 비교하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B을 제공받은 환자에서 평균 2.25 세포/㎟ 감소를 나타내었다(도 3). 더 낮은 기저 상피 유사분열 수는 건선 병리의 감소를 나타낸다.
탐색적 평가변수인 지질다당류로 자극한 후 혈액 면역 세포 사이토카인 생산의 분석에서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 투여 환자군은 위약군에서의 감소가 없는 경우와 비교하여 전신 항염증 반응을 나타내는 사이토카인 생산의 감소를 나타내었다(도 4). 검출된 사이토카인: IL10, IL8, TNFα, IL6, IL1B, IFN-γ.
1상 연구:
본 연구는 약 108명의 건강한 지원자 및 경증 또는 중등도의 건선 또는 아토피성 피부염을 갖는 환자에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 안전성 및 내약성을 평가하기 위해 설계된 이중 맹검 위약 대조 1b상 시험이다. 하기에 정의된 2차 평가변수 및 탐색적 평가변수는 질환의 임상적 측정 및 다양한 바이오마커에 대한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효과를 포함한다. 등록은 2.76 g(5x 용량)의 장용 캡슐 제형을 투여받을 경증 내지 중등도의 건선 환자의 코호트에서 진행 중이다. 건선 환자의 하나의 추가 코호트 및 아토피성 피부염 환자의 하나의 코호트는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 새로운 제형이 투여될 예정이다.
2상 임상 시험:
의뢰자는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 2상으로 발전시킬 계획이다. 본 시험은 경증 내지 중등도의 건선에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 1일 투여량을 조사하기 위해 설계된다. 임상시험의 1차 평가변수는 24주에 걸쳐 PASI 점수가 감소할 것으로 예측되며, 중간 분석은 중간 분석으로 12주이거나 또는 16주 초과이다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 다중 용량 및 제형이 조사될 것이다. 임상시험의 파트 A는 최적의 제형을 선택하기 위해서 설계되며, 대략 180명의 환자에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 장용 캡슐 제형과 새로운 제형을 위약과 비교하여 시험할 것이다. 연구의 파트 B는 대략 250명의 환자에서 24주 또는 16주 동안 위약에 대해 최적의 제형의 다중 용량을 시험할 것이다.
고용량 1b상 임상시험에서 건선을 갖는 환자에서의 추가 긍정적 중간 임상 데이터
경증에서 중등도의 건선을 갖는 18명의 환자(예를 들어, 대상체)를 2:1로 무작위 배정하여 이들에게 2.76g(5×또는 고용량)의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 또는 위약을 28일 동안 매일 경구로 제공하였다. 1차 평가변수는 안전성 및 내약성이었다. 2차 평가변수 및 탐색적 평가변수는 임상 활성의 척도인 병변 중증도 점수(LSS), 건선 부위 중증도 지수(PASI)뿐만 아니라 각각 투여 기간의 시작과 끝에서 생검 및 혈액 샘플로부터 취한 세포 조직학적 바이오마커 및 혈액 면역 세포 바이오마커를 포함하였다. 안전성 및 내약성 및 2차 임상 평가변수를 투여 완료 2주 후인 제42일에 측정하였다.
병변 중증도 점수(LSS)는 건선에서 질환 변화의 민감한 임상 척도이다. LSS는 PASI 점수 시스템의 기본 성분이며, 단일 건선 병변에서 병변 심각도의 근본적인 변화를 측정한다. LSS는 동일한 개별 병변에 대해 12점 척도로 발적, 두께 및 스케일링을 측정한다. LSS는 일반적으로 개별 병변이 상당히 심각할 수 있지만 신체 표면에 비해서 영향을 받은 전체 면적이 작을 수 있는 경증 내지 중등도 질환을 갖는 환자에 대해 보다 민감한 척도로 간주된다. 또한 기준선으로부터의 더 작은 변화를 검출할 수 있기 때문에 투여 기간이 짧을 때 더 민감하다.
PASI(건선 부위 중증도 지수)는 LSS와 동일한 건선 피부 병변의 근본 변화를 측정하지만, 모든 피부 병변에 걸쳐 이러한 변화를 캡처하고 신체의 각각의 영역에 영향을 받는 체표면적에 의한 점수를 가중한다. PASI는 면적 커버리지 및 플라크 외관에 기초한 건선 병변의 중증도를 측정하기 위한 정량적 평가 점수이다. PASI는 이 평가를 0(질환 없음) 내지 72(최대 질환) 범위의 단일 점수로 조합한다. 신체는 4개 부분(머리, 팔, 몸통, 다리)으로 나뉜다. 평균 병변 중증도 점수 및 병변에 의해 영향을 받는 면적은 이러한 면적 각각에 대해 개별적으로 평가되고, 그 다음 4개의 점수에 가중치를 부여하고, 최종 PASI 점수로 조합된다.
LSS 및 PASI는 강하게 상관되며, 동시에 이동할 것으로 예상될 것이다.
결과:
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 이 코호트에서 계속 내약성이 우수하였고, 위약과의 전반적인 차이는 보고되지 않았다. 28일의 투여 기간이 끝날 때, 고용량 코호트는 저용량 코호트에서 이전에 보고된 데이터와 일치하는 LSS의 평균 감소를 나타내었다.
투여 기간 완료 2주 후, 제42일에 고용량 코호트는 평균 LSS 및 PASI 둘 다에서 기준선으로부터 지속적인 감소를 나타내었는데, 이는 지속적인 임상 효과 및 용량 반응을 나타낼 수 있다.
LSS 및 PASI 결과의 요약을 하기 표 9 및 표 10에 제시한다.
고용량 코호트에서 다양한 조직학적 및 분자 바이오마커를 측정하였는데, 코호트 수준에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 임상 효과와 일치하는 경향이 있었다.
도 5는 고용량 코호트로부터의 LSS 데이터를 나타낸다. 그래프는 28일의 투여 기간 동안 관찰된 LSS의 변화 및 제42일의 후속 2주 추적관찰을 플로팅한다. 저용량 및 고용량 코호트 둘 다로부터의 위약 아암을 함께 나타내었다. 이는 비대칭 2:1 무작위화에 대한 수정을 가능하게 하고, 위약 데이터의 견고성을 향상시킨다.
제28일에 고용량의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 복용한 환자에서 기준선으로부터 15%의 평균 LSS 감소가 인지되었다. 투여 완료 2주 후, 제42일에, 평균 LSS 감소는 24%까지 계속되었는데, 이는 지속적인 임상 효과 및 용량 반응을 시사한다.
도 6은 관찰된 LSS 변화가 28일의 투여 기간 동안 고용량(2.76 g) 및 저용량(550 ㎎) 코호트 사이에서 일관되었음을 나타낸다. 그러나, 제42일에 저용량 코호트는 거의 기준선으로 복귀되었고, 고용량에서는 감소가 계속되었다. 다시, 이는 지속적인 임상 효과 및 가능한 용량 반응을 시사한다.
도 7은 고용량 코호트의 환자 각각에 대해 제42일에 기준선으로부터 LSS의 개별 변화를 나타낸다.
하단에는 수치 점수가 존재하는데, 이는 추적된 병변에 대한 기준선 LSS이다. 해당 점수에 대해 주목할 몇 가지 사항:
- 위약이 투여된 환자들 또는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 투여된 환자들 사이에는 기준선 차이가 없다.
- 환자의 체표면적과 관련하여 환자는 경증으로 분류되었지만, 추적된 실제 병변은 상당히 활성인 질환이었다.
- 이 환자들의 대부분은 12점 중에서 8점 내지 10점 사이이다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 제공받은 12명의 환자 중 9명은 LSS의 감소를 나타내었고, 이 9명의 환자 중 7명은 감소가 25% 이상이었다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 투여된 군에서 관찰된 최대 반응은 80% 감소였다.
42일에 이 효과의 크기는 짧은 기간 및 환자가 요법을 중단한 지 2주 후에 측정되었다는 사실을 고려할 때 현저하다.
도 8 및 도 9는 동일한 투여 기간 동안 PASI 데이터의 분석을 나타낸다.
도 8은 집단 PASI 결과를 나타낸다:
- 고용량에서 평균 감소는 28일에 16%이다. PASI 감소는 투여 중단에도 불구하고 다음 2주 동안 계속 개선되었고, 제42일의 감소는 21%였다.
- PASI 점수에 대한 관찰된 효과는 LSS에서 관찰된 경향과 매우 일치하였다.
도 9는 고용량 코호트의 환자 각각에 대해 제42일에 기준선으로부터 PASI의 개별 변화를 나타낸다.
하단에는 기준선 PASI 점수가 표시되어 있는데, 이것은 이들 환자에 존재하는 PASI에 의해 측정된 바와 같은, 경증 수준 질환을 반영하는 1.2 내지 18의 낮은 범위이다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 치료된 환자에서 최대 61%의 PASI 감소가 관찰되었다.
이러한 중간 데이터는 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 환자를 위한 새로운 요법으로서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 잠재력을 강력하게 뒷받침한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 계속 내약성이 우수하였다.
투여 후 2주에, LSS의 평균 감소는 23%였고, PASI의 평균 감소는 21%였으며, 최대 관찰된 감소는 각각 80% 및 61%였다.
요법 28일 후 건선에서 경구 투여된 단일 균주 공생 미생물의 안전성 및 효능: 프레보텔라 히스티콜라 균주 B
개요 및 목적:
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 인간 공여자의 십이지장으로부터 단리된 프레보텔라 히스티콜라의 단일 균주의 약제학적 제제로 제조되었다. 그것은 시험관내 인간 면역 세포 및 생체내 마우스 모델에서 강력한 항염증 효과를 갖는다. 전임상적으로, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 TNF, IL-6 및 IL-17을 포함한 다수의 사이토카인을 전신적으로 억제한다. 이러한 효과는 IL-10 신호전달에 의존적이며, FoxP3의 증가된 상피 발현과 연관된다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 소장과 신체의 나머지 사이의 연결망인 소장 축에 작용한다. 그것은 전신 흡수 없이 전신 치료 효과를 도출한다. 소장 점막 내의 상피 세포 및 수지상 세포는 내강의 내용물을 지속적으로 샘플링한다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 노출되면, 이들 세포는 사이토카인 신호전달 및 T-세포 수송(trafficking)을 통해 전신에서 염증을 조절한다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 키홀 림펫 헤모시아닌 지연형 과민증, 이미퀴모드-유도 피부 염증 및 실험적 자가면역 뇌척수염을 포함한 건선-관련 전임상 마우스 모델에서 타입 1 및 타입 3 염증을 유의하게 감소시켰다.
물질 및 방법:
프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 2:1 활성:위약으로 무작위 배정된 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 환자 12명 및 18명 환자의 2개 용량 코호트를 포함하는 1b상 임상 연구에서 평가하였다. 용량은 28일 동안 장용 캡슐 내의 1.6×1011개 박테리아 세포(코호트 L) 또는 8.0×1011개 세포(코호트 H)였으며, 42일 동안 약물을 추적관찰하였다. 회수 가능한 세포 생존율은 1% 초과였다. 병변 중증도 점수(LSS) 및 PASI 점수의 백분율 변화는 기준선, 28일 및 42일에 측정하였다. 위약 대상체를 두 코호트에 걸쳐 통합하였다. 이러한 1b상 연구는 통계학적 유의성에 대해 검증되지 않았다.
결과:
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 최대 28일 동안 투여된 최대 8.0×1011개 세포의 1일 용량에서 내약성이 우수하였고, 내약성 프로파일은 위약과 대등하였다. 심각한 부작용은 없었다. 기준선 평균 PASI 점수는 9.5(코호트 L), 6.2(코호트 H) 및 6.7(합동 위약 코호트)이었다. 평균 LSS 점수는 8.1(코호트 L), 7.8(코호트 H) 및 7.8(합동 위약 코호트).
제28일에, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 코호트에 대한 PASI 감소 백분율은 위약의 경우 1%에 비해 16%였다. 제42일에, 기준선으로부터의 백분율 개선은 고용량 코호트에서 21%까지 증가하였지만, 저용량 코호트(10%) 또는 위약 코호트(3%)에서는 증가하지 않았다.
제28일에 LSS 점수의 백분율 감소는 위약군에서의 기준선으로부터 1% 증가와 비교하여, 15%(코호트 H) 및 23%(코호트 L)였다. 제42일에, 고용량 군에서 LSS의 백분율 감소는 계속 개선되었지만(24% 감소), 저용량군(9%) 또는 합동 위약 코호트(7%)에서는 개선되지 않았다.
결론:
이러한 데이터는 경구의 안전한 내강-제한된 미생물 치료제에 의한 전신 염증 조절의 첫 번째 임상 증거를 제공한다. 현재 이 작용 기전에 의해서 인간의 질환을 치료하는 것으로 알려진 허가된 약물은 존재하지 않는다. 두 용량 모두 PASI 및 LSS 점수 % 변화와 관련하여 유사하게 수행되었다. 제42일에, 더 높은 용량의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 임상적 개선을 계속해서 나타내었다. 이러한 데이터는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 추가의 임상적 진전을 뒷받침한다.
추가 데이터
표 11은 피부 및 혈액에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 처리에 대한 바이오마커 반응의 표현을 나타낸다. LSS의 백분율 변화(DLSS %)는 도 2의 결과에 따라 첫 번째 열에 표시된다. 피부 생검을 기준선(치료 전) 및 투여 마지막 날(치료 후)에 수집하고, FFPE 블록으로 처리하고, 그 다음 절단하고, H&E로 염색하였다. 치료 후 대 치료 전 기저 상피의 유사분열 세포 수의 백분율 변화(%)을 두 번째 열(DBEMC %)에 나타낸다. 전혈을 치료 전 및 치료 후에서 수집하고, 24시간 동안 LPS로 생체외 자극하였다. 사이토카인 수준을 Luminex에 의해 평가하였다. 치료 후 대 치료 전 배수 변화 비율을 각각의 사이토카인에 대해서 나타낸다.
실시예 4
:
사이토카인 생산에 대한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효과
1차 인간 세포 검정.
인간 CD14+ PBMC를 GM-CSF에서 성장시켜 M1형 전염증성 표현형을 유도하였다. 그 다음 세포를 LPS + IFNg로 24시간 동안 활성화하였다. 세포를 개별 미생물 균주와 함께 24시간 동안 인큐베이션시킨 후, 상청액의 사이토카인을 측정하였다.
88개의 절대 혐기성 미생물을 이 스크리닝에서 시험하였다(도 10). 각각의 점은 3명의 개별 건강한 기증자의 평균 값을 나타낸다. 원의 크기는 IL-10/TNFa 비율을 나타낸다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 M1형 편향 대식세포로부터 다량의 항염증성 사이토카인 IL-10 및 IL-27을 유도하였다(도 10). 이 데이터는 또한 각각의 균주가 고유한 사이토카인 프로파일을 가지며, 분류 체계(taxonomy)가 기능에 대한 지침이 아님을 입증한다.
실시예 5: 지연형 과민증(DTH)의 마우스 모델에서의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B
지연형 과민증(DTH)은 Petersen 등(문헌[In vivo pharmacological disease models for psoriasis and atopic dermatitis in drug discovery. Basic & Clinical Pharm & Toxicology. 2006. 99(2): 104-115]; 또한 문헌[Irving C. Allen (ed.) Mouse Models of Innate Immunity: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, 2013. vol. 1031, DOI 10.1007/978-1-62703-481-4_13] 참고)에 의해 검토된 바와 같이 아토피성 피부염(또는 알레르기성 접촉 피부염)의 동물 모델이다.
마우스에 등을 따라 4개 위치에 KLH 및 CFA를 i.d 주사하였다(부위 당 총 부피 50ul의 CFA와 1:1 비로 제조된 KLH를 마우스 당 50 ug). 마우스에게 하기와 같이 8일 동안 투여하였다; 1) 혐기성 PBS(비히클)의 경구 투여; 2) 비코팅된 고체 투여 형태의 1.8 ㎎ 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 경구 투여; 3) 덱사메타손(Dex)(양성 대조군)의 i.p. 투여. 10 ug의 KLH(10 ul 부피)로의 시험감염 후 제9일에, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 제공받은 군은 귀 두께 점수에서 더 낮은 변화를 가졌다(도 11a). DTH 연구 완료 후에, 마우스를 희생시키고, 귀 드레이닝 림프절 및 비장으로부터의 총 세포를 KLH와 함께 2일 동안 인큐베이션시켰다. 상청액으로부터의 사이토카인을 MSD에 의해서 측정하였다(도 11b).
실시예 6
:
건선의 마우스 모델에서의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B
건선은 T 세포 매개성 만성 염증성 피부 질환이다. Gudjonsson 등(문헌[Mouse models of psoriasis. J Invest Derm. 2007. 127: 1292-1308]; 또한 문헌[van der Fits et al. Imiquimod-induced psoriasis-like skin inflammation in mice is mediated via the IL-23/IL-17 axis. J. Immunol. 2009 May 1. 182(9): 5836-45] 참고)에 의해 검토된 바와 같이, 일부 동물 모델이 이 질환의 이해에 기여하였다.
실험 시작 전 제-2일에, BALB/c 마우스의 등을 면도하고, Nair(약 25초)로 탈모시켰다. Nair를 닦아내고 따뜻한 물로 마우스를 씻었다(2X).
제0일에, 캘리퍼스를 사용하여, 기준선 귀 측정을 수행하였다.
제1 내지 7일에, 5% 이미퀴모드(TLR7 및 TLR8 효능제)(마우스당 62.5 ㎎-등, 20 ㎎-귀) 또는 대조군 크림을 마우스의 등 및 귀에 도포하였다. 균일한 도포를 위해 크림을 다시 펴발랐다. 마우스에게 매일 100 ul 부피로 경구 위관 영양법으로 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 분말(10 ㎎)을 투여하고, 양성 대조군에게 덱사메타손(Dex)(1 ㎎/㎏ IP)을 i.p. 투여하였다. 음성 대조군에게 비히클을 제공하였다.
이미퀴모드 도포로 인한 탈수에 대처하기 위해 400 내지 500 ul의 0.9% 식염수를 매일 s.c. 주사하였다.
제8일에, 마우스를 안락사시키고, 하류 분석을 위해서 조직을 수거하였다.
덱사메타손(양성 대조군)의 제조: 25 ㎎의 덱사메타손(Sigma)을 1.6 ㎖의 96% 에탄올에 재현탁시킴으로써 덱사메타손 스톡 용액을 제조하였다.
도 12a는 이미퀴모드 유도 건선 마우스 모델로부터의 결과를 나타낸다. 등 점수를 매일 기록하여 홍반 및 건선과 연관된 스케일링을 측정하였다. 도 12b는 마우스의 건선성 피부로부터의 Il17a mRNA 전사체를 RT-qPCR로 측정한 것을 나타낸다. 도 12c는 비장세포의 생체외 자극을 나타낸다. 연구의 종료 시, 마우스를 희생시키고, 비장세포를 PMA/이오노마이신으로 48시간 동안 자극하였다. IL-17A를 MSD에 의해서 상청액으로부터 측정하였다.
실시예 7
:
소장 축을 조절하는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B
전신 염증의 다중 경로의 수복은 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여된 단일 균주에 의한 소장 축의 조절에 의해 유도된다.
물질 및 방법
마우스. 암컷 BALB/c, C57BL/6 마우스(6 내지 8주령)는 Taconic Farms 또는 Jackson Labs에서 구입하였다. 암컷 DO11.10 TCR Tg 및 SJL 마우스(8 내지 10주령)는 Jackson Labs에서 구입하였다. 동물을 동물 사육장(케이지당 5마리)의 특정 병원체 없는 조건에 수용하였고, 모든 실험은 미국 매사추세츠주 캠브리지 소재의 Avastus Preclinical Services 시설에서 동물 실험 윤리 위원회(Institutional Animal Care and Use Committee: IACUC) 승인 프로토콜 및 지침에 따라 수행하였다. EAE 실험은 Hooke Laboratories(미국 매사추세츠주 로렌스 소재)에서 IACUC 승인 프로토콜에 따라 수행하였다. 실험 시작 전 1 내지 2주 동안 마우스를 사육장에 적응시켰다. PicoLab Rodent Diet 20을 제공하였고, 물을 시퍼병을 통해 가압 멸균하고, 자유식으로 제공하고, 매일 확인하였다.
박테리아 균주. 본 연구를 위해 프레보텔라 종의 4가지 개별 균주를 얻었다. 모든 균주를 단일 집락 단리 방법을 통해 정제시켰다. 균주 동일성은 16S rDNA 및 전체 게놈 서열분석에 의해 확인하였다. 프레보텔라 히스티콜라 및 피. 제주니를 인간 십이지장 생검에서 단리시켰고(문헌[Marietta et al., 2016]), Mayo Clinic에서 얻었다. 피. 멜라니노게니카(P. melaninogenica)는 건강한 지원자의 새로운 인간 치은연하 플라크 샘플에서 단리시켰다. 지원자로부터 사전동의를 얻었다.
미생물 바이오매스. 모든 균주를 상업용 Tryptic Soy Broth(TSB, Corning #61-411-RO) 배지 또는 환원제로서 L-시스테인-HCl을 함유한 인-하우스에서 개발된 Soy Peptone-Yeast Extract-Glucose 배지에서 성장시켰다. 미생물의 성장을 지원하기 위해서, 배지에 5 ㎎/ℓ 헤민과 0.05㎎/ℓ 비타민 K 또는 20㎎/ℓ 헤모글로빈을 보충하였다. 미생물 배양물을 수거 전에 12 내지 18시간 동안 37℃에서 혐기성으로 배양시켰다. 박테리아 바이오매스를 10℃에서 20분 동안 7000 g에서 원심분리시킴으로써 농축시키고, 혐기성 효모 추출물-수크로스 용액에 재현탁시키고, 혐기성 조건에서 냉동바이알에 분배하였다. 냉동바이알을 즉시 액체 N2에서 동결시키고, -80℃에 저장하였다. 박테리아 총 세포 수치(TCC)를 Coulter Counter Multisizer4e로 측정하였다. 바이오매스 TCC는 8.2e+10 내지 9.4e+10개 세포/㎖로 달라졌다. 16S rDNA 서열측정에 의해서 박테리아 동일성을 확인하였다.
박테리아 바이오매스를 실온에서 해동시켰다. 100 ㎕의 현탁액을 4 내지 9일 동안 매일 각각의 마우스에게 경구 투여하였다. 시험관내 검정을 위해서, 해동된 박테리아 바이오매스를 대략 2E+6개 박테리아 세포/㎖에 도달하도록 혐기성 챔버(Coy Lab Products, USA) 내부의 RPMI 탈기 배지에서 연속 희석시켰다. 100,000개의 박테리아 세포를 수동으로 또는 맞춤형 Coy 혐기성 챔버 내부에서 자동화 Liquid handler Biomek 4000(Beckman Coulter)을 사용하여 각각의 96웰당 200,000개의 정제된 인간 면역 세포에 첨가하였다. 공배양물을 미세산소 조건(1% O2, 5% CO2, 나머지 N2) 하에서 24시간 동안 인큐베이션시켰다. 인큐베이션 후 세포 상청액을 수집하고, Luminex 기술을 사용하여 사이토카인 생산을 측정하였다.
동결건조 분말. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 동결건조 분말을 외부 계약 제조사 또는 내부적으로 프레보텔라 히스티콜라로부터 생산하였다. 분말을 4℃에서 데시케이터 내부의 밀봉된 마일라 백에 저장하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 분말을 TCC에 의해 특징규명하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 분말의 시험 분취물을 캡이 있는 플라스틱 시험관에 분배하고, 4℃에 저장하였다. 마우스에게 투여하기 위해서, 분말을 실온에서 혐기성 효모 추출물-수크로스 용액에 재현탁시켰다. 100 ㎕의 현탁액을 매일 각각의 마우스에게 경구 투여하였다. 1일 용량은 TCC를 기준으로 계산하였다. 평균 10 ㎎/용량은 4.1e+9 TCC/용량 및 1.0 e+7 CFU/용량에 상응하였다.
생존-불가능 동결건조 분말의 경우, 분취물을 Sterigenics U.S., LLC에서 25 kGy 감마선 조사 처리하였다. 처리된 분말을 TCC 및 VCC 방법으로 특징규명하였다. 총 세포 수는 변하지 않았다. 조사 후 생존 가능한 세포가 존재하지 않았다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 및 대조군의 생체내 투여. 상이한 모델의 기간 동안 마우스를 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(4.1E+9 TCC/0.1 ㎖/일 PO) 또는 비히클 대조군(혐기성 수크로스, PO)으로 경구 치료하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 바이오매스, 재현탁 분말 또는 압축 정제 제형(총 세포 수치(TCC))과 같은 다양한 형태로 투여되었다. 달리 명시되지 않는 한 덱사메타손(1 ㎎/㎏, i.p., Sigma)을 양성 대조군으로 사용하였다.
항-IL10R 차단을 위해서, 항-IL10R(BioXCell Clone IB13.A) 및 래트 IgG1 HRPN 이소타입 대조군(BioXCell)을 각각 해당 희석 완충액, InVivoPure pH 6.0T Dilution Buffer(BioXCell) 및 InVivoPure pH 7.0 Dilution Buffer (BioXCell)로 희석시켰다. 마우스에게 제0일, 제3일 및 제7일에 마우스당 200 ㎍ 농도의 용액 100㎕를 i.p.로 투여하였다.
이미퀴모드 유도 건선의 경우, 항-IL-17A(Bio X Cell Clone C17.8)를 제2일, 제4일 및 제6일에 마우스당 200 ㎍으로 i.p.로 투여하였다. EAE 연구의 경우, 핑골리모드(1 ㎎/㎏, PO, Tocris Biosciences)를 매일 투여하였다.
지연형 과민증 마우스 모델. 마우스 등의 4개 부위에 완전 프로인트 아주반트(Complete Freund's Adjuvant: CFA) 중의 키홀 림펫 헤모시아닌(KLH) 에멀젼 50 ㎕를 사용하여 마우스를 면역화시켰다. 8일 후, 귀에 피부내로 KLH(10 ㎍/10 ㎕)를 사용하여 수여자 마우스를 시험감염시켰다. 디지털 캘리퍼스를 사용하여 귀 시험감염 후 24시간에 귀 측정치를 기록하였다. 제7일의 귀 두께에서 기준선에서의 귀 두께를 뺀 값으로 귀 두께의 변화를 표현하였다.
입양 전달 DTH를 위해서, DO11.10 TCR Tg 마우스의 비장 및 모든 림프절에서 세포를 단리시켰다. 200 ㎕의 PBS 중에 재현탁된 4 내지 5×107개 세포를 미경험 BALB/c 수여자 마우스에 주사하였다. 그 다음, 등의 4개 부위에 200 ㎕의 오브알부민-CFA 에멀젼을 사용하여 마우스를 면역화시켰다. 8일 후, 귀에 피부내로 오브알부민(20 ㎍/20 ㎕)으로 수여자 마우스를 시험감염시켰다. 귀 시험감염 후 24시간에 귀 측정치를 기록하였다. 제7일의 귀 두께에서 기준선에서의 귀 두께를 뺀 값으로 귀 두께의 변화를 표현하였다.
이미퀴모드-유도 건선-유사 피부 염증 프로토콜. 연속 7일 동안 매일 62.5 ㎎ 이미퀴모드 크림(Aldara; 3M Pharmaceuticals, 미국 미네소타주 세인트 폴 소재)으로 마우스를 국소적으로 감작시켰다. 등 피부 염증의 중증도를 병변 건선 중증도 점수 시스템을 사용하여 평가하였다. 마우스를 모니터링하고, 다음 척도로 매일 등급을 매겼다: 0(변화 없음), 1(경증 홍반), 2(중등도 내지 중증 홍반 및 일부 플라크), 3(뚜렷한 홍반 및 플라크) 및 4(매우 뚜렷한 홍반 및 플라크). 귀에 이미퀴모드 20 ㎎을 사용하여 동일한 마우스를 또한 감작시켰다. 디지털 캘리퍼스를 사용하여 매일 귀 측정을 수행하였고, 제8일 귀 점수에서 제1일 기준선 귀 점수를 뺀 값으로 계산된 귀 두께의 변화로 점수를 보고하였다. 연구 종료 제8일에, 마우스의 등 병변으로부터의 피부 샘플을 10% 포르말린에서 고정시키고, 파라핀에 포매시켰다. 탈파라핀화된 섹션을 헤마톡실린 및 에오신으로 염색하여 미세구조를 연구하고, 병리학자가 질환 매개변수에 대해 점수를 매겼다.
실험적 자가면역 뇌척수염. 암컷 SJL 마우스(8 내지 10주령)에게 CFA 에멀젼(0.05 ㎖/주사 부위; 약 0.5 ㎎ PLP PLP139-151/㎖, Hooke Laboratories; EK-2120) 중의 미엘린 단백질지질 단백질(PLP)139-151을 4개 부위에 피하 주사하였다. 면역화 후, EAE 유도는 면역화 2시간 이내에 백일해 독소(6 ㎍/㎖; 0.1 ㎖/마우스)의 복강내 주사에 의해 완료되었다. 마우스를 군에 무작위 배정하고, 42일 동안 EAE 임상 점수를 모니터링하였다. 질환 진행은 치료 또는 이전 측정에 대해 맹검으로 점수를 매겼다. 질환 중증도는 표준 EAE 기준을 사용하여 점수를 매겼다: 0(정상); 1(꼬리 톤의 손실); 2(뒷다리 약화); 3(뒷다리 마비); 4(뒷다리 마비 및 앞다리 마비 또는 쇠약); 5(이환율/사망). 임상 증상에 대해 매일 마우스를 관찰하였다. 마우스가 2일 동안 4점인 경우 안락사시키고, 이들 동물에 대한 나머지 연구 동안 5점을 기록하였다.
종점 조직 수집 및 조직학. 연구 종료 시에 안락사 후, EAE 마우스에 5 내지 10 ㎖ PBS를 관류시키고, 척추를 두개골 기저부에서부터 골반 뼈의 시작 부분까지 추출시켰다. 그 다음 척주를 10% 중성 완충 포르말린 중에 적가 고정시키고, 48시간 동안 수평으로 저장하였다. 고정 후, 척주를 실온에서 밤새(12 내지 24시간) 약한 포름산 석회화 용액(Immunocal-Statlab, Fisher Scientific, #141432)으로 처리하였다. 그 다음 척주를 4 ㎜ 두께의 경추, 흉부 및 요추 부분으로 자르고, 등급별 알코올 탈수에 의해서 Sakura Tissue Tek VIP 5를 사용하여 처리하고, 자일렌에서 정화시키고, 마지막으로 파라핀으로 침윤시켰다. 처리 후, 척주 부분을 파라핀 블록에 포매시켰다. 그 다음 파라핀 블록을 충전된 슬라이드에서 4 μm로 절단하고, 밤새 공기 건조시키고, 표준 자동화 H&E 프로토콜(Tissue-Tek Prisma)에 따라 헤마톡실린 및 에오신으로 염색시키고, 그 다음 커버를 덮었다(Tissue-Tek Glass). 그 다음 준비된 조직 섹션을 20X 배율에서 NanoZoomer 2.0 HT(Hamamatsu)를 사용하여 영상화하였다.
FITC-유도 알레르기 염증. 암컷 BALB/c 마우스의 등을 면도하고, 제1일 및 제2일에 400 ㎕의 0.5% FITC 용액(아세톤:디부틸 프탈레이트, 1:1, v/v에 용해)을 면도한 피부에 칠했다. 제6일에 기준선 귀 측정을 수행하고, 그 다음 오른쪽 귀에 20 ㎕의 0.5% FITC를 사용하여 마우스를 시험감염시켰다. FITC 시험감염 24시간 후에 제7일에 디지털 캘리퍼스(Fowler)를 사용하여 귀 두께를 측정하였다. 제7일의 귀 두께에서 기준선에서의 귀 두께를 뺀 값으로 귀 두께의 변화를 표현하였다.
MC903 유도 아토피성 피부염. 귀에 20 uL의 100% EtOH 중의 MC903(칼시포트리올; Tocris Bioscience) 2 n㏖을 사용하여 마우스를 연속 14일 동안 매일 감작시켰다. 디지털 캘리퍼스(Fowler)를 사용하여 제1일에 첫 번째 귀 감작 이전에 기준선 귀 측정을 수행하였다. 제14일에 귀 두께를 측정하였다. 제14일의 귀 두께에서 기준선에서의 귀 두께를 뺀 값으로 귀 두께의 델타 변화를 표현하였다.
생체외 재자극 검정. 귀-드레이닝 자궁 경부 림프절(CLN), 소화관 드레이닝 장간막 림프절(MLN) 및 비장을 다양한 연구로부터의 최종 시점에서 수거하고, 0.5 ㎖의 차가운 완전-RPMI(10% FBS, 1×Glutamax, 1 mM 피루브산나트륨, 100 mM HEPES, 1× 비필수 아미노산, 1× 베타-메르캅토에탄올, 1× 항생제-항진균제)(모든 시약은 Gibco 제품)에 수집하였다. 단일 세포 현탁액을 제조하고(비장을 ACK 용해 완충액으로 RBC 용해시켰음), 200,000개 세포/웰을 플레이팅하였다. 세포를 생체외에서 LPS(200 ng/㎖, Invivogen) 또는 PMA(eBioscience)로 48시간 동안 또는 KLH(50 ㎍/ml, Sigma) 또는 OVA(50㎍/ml)로 37℃ 및 5% CO2에서 72시간 동안 자극하였다. 자극 종료 시 상청액을 수집하고, Meso Scale Discovery 키트를 사용하여 사이토카인 수준의 다중 ELISA에 사용하였다. 귀 조직을 Halt Protease(Thermo Scientific)를 함유한 250 ㎕ T-PER 완충액(Thermo Scientific)에서 해리시키고, 단백질을 BCA 키트(Thermo Scientific)로 정량하였다. 100 ㎍의 단백질을 사용하여 MSD 키트를 사용한 사이토카인 수준을 측정하였다.
인간 대식세포 검정. 3명의 상이한 인간 공여자로부터의 동결된 PBMC를 CD14+ 대식세포의 단리를 위해서 사용하였다. PPBMC를 10 ㎖ MACS 완충액에서 세척하고, 회전시키고, 80 ㎕당 총 107개 세포의 농도로 재현탁시켰다. 항-CD14+ 비드를 첨가하고(107개 세포당 20 ㎕), 세포 현탁액을 4℃에서 15분 동안 인큐베이션시켰다. 인큐베이션 후, 세포를 세척하고, MACS 완충액에 재현탁시키고, CD14+ 세포를 제조사 프로토콜(Miltenyi)에 따라 자기 분리를 사용하여 단리시켰다. 단리된 세포를 100 ㎕에서 100,000 CD14+ 세포/웰로 추가로 배양하고, 37℃에서 밤새 인큐베이션시켰다. 100 ㎕의 GMCSF를 50 ng/㎖의 최종 농도를 위해 첨가하였다. 격일로 100 ㎕의 상청액을 제거하고, 100 ㎕의 새로운 GMCSF(100ng/㎖)로 교체하였다. 세포를 7일 동안 배양하였다. 제7일에 GMCSF를 세척하고, 100 ng/㎖의 LPS 및 IFNγ를 무항생제 배지에 첨가하였다. 미생물을 첨가하기 전에 배양물을 18시간 동안 인큐베이션시켰다. 미생물을 혐기성 조건에서 첨가하고, 1% 산소로 플러싱하였다. 플레이트를 37℃ + 5% CO2의 혐기성 상자에서 24시간 동안 인큐베이션시켰다. 24시간 후, 플레이트를 원심분리시키고, 상청액을 수집하여 MSD 검정을 사용하여 사이토카인 수준을 검정하였다.
인간 세포 배양. 인간 Caco-2(ATCC, HTB-37) 및 HT-29 MTX(Sigma, 12040401-1VL) 결장 상피 세포를 조직 배양 처리된 T-175 플라스크에서 37℃ 및 5% CO2에서 배양하고, 유지시켰다. 오래된 배지를 흡인시키고, 미리 가온된 신선한 배지 30 ㎖로 교체함으로써 배지(보충 방법의 레시피)를 2 내지 3일마다 변경하였다. 90% 컨플루언시에서, 세포를 10 ㎖의 따뜻한 PBS로 세척한 후, 그 다음 5 ㎖의 0.25% 트립신-EDTA로 세척한 후 계대시켰다. 37℃에서 5 내지 10분 동안 인큐베이션시킨 후, 30 ㎖의 완전 배지를 플라스크에 첨가하여 트립신을 저해하고, 단일-세포 현탁액을 계수하였다. 60% Caco-2 및 40% HT-29를 포함하는 75,000개 세포/㎖를 갖는 공배양 현탁액을 준비하였다. 이 공배양물 200 ㎕를 24웰 트랜스웰 플레이트의 막의 정점 측에 첨가하고, 600 ㎕ 배지를 막의 기저 측에 첨가하였다. 세포를 상피 장벽 형성 및 세포 분극화를 허용하기 위해 2 내지 3일마다 배지를 교체하면서 28일 동안 배양하였다.
인간 상피 세포주 미생물 자극. 상피 세포를 플레이팅한 후 28일에 미생물을 사용한 트랜스웰의 자극을 수행하였다. Millicell ERS-2 전압저항계(Millipore Sigma, # MERS00002)를 사용하여 상피통과 전기 저항(TEER)을 통해 상피 장벽 무결성을 측정하였다. 세포를 기저부는 600 ㎕ PBS로 정점부는 200 ㎕ PBS로 세척하였다. 그 다음 동일한 부피의 새로운 PBS를 첨가하였다. 검정을 시작하기 전에 기저 저항 측정치를 얻었다. 검정일에 TEER 측정치를 각각의 웰에 대해 기록하였다. 그런 다음 PBS를 기저부는 600 ㎕의 새로운 항생제-함유 배지로 교체하고, 정점부는 150 ㎕의 항생제-무함유 배지로 교체하였다. 50 ㎕의 미생물 현탁액(1×107개 TCC/웰 또는 표시된 농도) 또는 대조군을 각각의 웰에 정점부에 첨가하였다. 세포를 37℃에서 24시간 동안 인큐베이션시켰다. 플레이트를 플러시 박스에 넣고, 5분 동안 1% 산소로 플러싱하였다. 24시간 후, MSD U-plex 검정에 의한 사이토카인 검정을 위해 상청액을 수집하였다. TEER을 각각의 웰에 대해 기록하고, TEER의 변화를 0시부터 24시간까지 계산하고, 수크로스 비히클 대조군과 비교하여 백분율 변화로 기록하였다.
통계학적 분석 데이터를 평균±표준 편차로 표현하였다. 군 간의 통계학적 유의성을 수크로스-처리 대조군과 비교하여 일원 ANOVA를 사용하여 비교하였다. EAE 데이터의 통계학적 분석을 위해, 각각의 판독값에 대해 다음 시험을 사용하였다: EAE 발생률, 카이 제곱 시험; EAE 발병 평균일, 양측 스튜던트 t-검정; EAE 발병의 중앙 일, 윌콕슨(Wilcoxon)의 생존 시험; 평균 임상 점수, 양측 스튜던트 t-검정; 평균 최종 임상 점수, 윌콕슨 비모수 검정; 평균 최대 점수(MMS), 윌콕슨 비모수 검정; 평균 체중 증가/감소, 양측 스튜던트 t-검정; 체중 증가/감소 종료, 양측 스튜던트 t-검정; EAE 재발의 발생률, 카이 제곱 검정; 재발의 MMS, 윌콕슨 비모수 검정; 재발 기간의 MMS, 윌콕슨 비모수 검정. 유의성은 p<0.05로 지정되었고, 모든 통계 시험은 Prism 8(GraphPad Software, 미국 캘리포니아주 샌디에이고 소재)을 사용하여 수행되었다.
결과
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 치료는 생체내에서 타입-1 염증 및 염증성 사이토카인 생산을 감소시키고, IL-10에 의존적이다.
키홀-림펫 헤모시아닌 (KLH) 단백질에 의해 유도되는 지연형 과민증(DTH) 마우스 모델에서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 1일 1회 경구 투여하였고, 이것은 제9일 귀 감염 후 24시간에 귀 염증을 유의하게 억제하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 프레보텔라, 피. 제주니 및 피. 멜라니노게니카의 다른 종과 비교하여 가장 효능이 있는 치료였다(도 13a). 염증의 저해는 10 ㎎ 내지 0.1 ㎎의 용량 범위에 걸쳐 용량 의존적이었으며, 이는 약리학적 효과를 입증하였다(도 13b).
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 치료는 사이토카인의 세포 생산을 조절하였다. 비장, 소화관-드레이닝 장간막 림프절(mLN) 및 귀-드레이닝 경부 림프절(cLN)로부터의 세포를 귀 시험감염 24시간 후에 마우스로부터 채취하고, 지질다당류(LPS- 미생물 자극을 모방하기 위해서) 또는 KLH(항원 자극을 나타내기 위해서)로 생체외에서 재자극하였다. 비히클 처리된 마우스의 mLN 및 비장으로부터의 LPS-자극 세포는 TNFα 및 IL-6을 비롯한 전염증성 사이토카인을 상당한 양으로 생산하였다. 이에 반해서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리된 마우스로부터의 세포는 상당히 감소된 수준의 전염증성 사이토카인을 가졌고, 증가된 IL-10 생산 경향을 가졌는데, 이는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 경구 치료가 소화관-드레이닝 mLN에서 세포에 대한 인접한 항염증 효과를 가졌다는 것을 시사한다(도 13c). cLN에서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로의 처리는, 비히클로 처리된 마우스에서 이들 사이토카인의 증가된 수준과 비교하여, LPS 또는 KLH 자극에 의해서 생산되는 전염증성 사이토카인 TNFα, IL-6, GMCSF 및 IFNγ의 유사한 감소 경향을 나타내었다(도 13c).
프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 항염증 효과에서 IL-10의 역할은 DTH 동안 IL-10 신호전달 경로를 차단함으로써 평가되었다. 이전 연구에서 보고된 효능에 기초하여, 항-IL-10 수용체 항체를 사용하여 IL-10 신호전달을 차단하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리된 마우스 중에서, 항-IL-10R 항체를 공동 투여한 동물이 이소타입 항체가 제공된 마우스와 비교하여 상당히 높은 귀 염증을 가졌다. 이러한 발견은 IL-10이 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 의한 DTH의 귀 염증 조절에 필요함을 시사한다(도 13d).
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 CD4+T 세포를 통해 항염증 활성을 매개한다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 세포 하위집합의 빈도에 변화를 일으키지 않았지만, DTH-KLH로 유도된 프레보텔라 히스티콜라 균주 B-처리된 공여자 마우스로부터의 면역화되었지만 미처리된 수여자 마우스의 제2 세트로의 림프구의 수동 전달(passive transfer)은 마우스의 후자 군에서 귀 염증을 억제하였다(도 13e). 이것은 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 지속적인 이의 투여가 효과를 위해 필요하지 않음을 나타낸다. 이러한 데이터는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 CD4+ T 세포의 기능적 반응을 변경할 수 있고, 이것이 이러한 세포가 수여자 마우스에서 항염증 반응을 유도하기에 충분하도록 유지된다는 것을 시사한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 치료 투여 치료요법에서 효과적이다. KLH-CFA로 면역화된 마우스를 10일 동안 어떠한 치료적 개입도 없이 면역 프라이밍 단계에 두었다. 이것 후, 귀 시험감염 이전에 1일, 3일 또는 8일 동안 마우스에게 투여하고, 시험감염 24시간 후에 귀 염증을 측정하였다. 1일의 투여로도 염증이 어느 정도 감소하였다. 3일 또는 8일 투여에서 더 강력한 항염증 반응이 관찰되었다(도 13f). 이는, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 제한된 수의 투여에서도 예방적 및 치료적 환경에서 동등하게 효과적이었다는 것을 시사하였다.
종합하면, 이러한 데이터는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 염증의 지연형 과민증 모델에서 CD4+ T 세포 반응을 조절함으로써 전신뿐만 아니라 소화관에 국소적으로 면역 세포로부터 사이토카인 생산을 저해함으로써 염증을 효과적으로 낮춘다는 것을 나타낸다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 치료는 생체내에서 항원 특이적 T 세포 반응을 저해한다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 항원 특이적 T 세포 매개 염증을 조절하였다. CD4+ T 세포에서 오브알부민(OVA) 펩티드 특이적 ab-TCR을 발현하는 DO11.10 TCR-Tg 마우스와 함께 입양 전달 모델을 사용하였다. 공여자 DO11.10 TcR Tg 마우스로부터의 세포를 수여자 BALB/c 마우스로 전달하고, 그 다음 CFA 중의 OVA로 면역화시키고, 9일 후 귀에서 OVA로 피부내로 시험감염시켜 국소 염증을 유발하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리된 마우스는 비히클 처리된 마우스와 비교하여 귀 염증을 상당히 감소시켰다(도 14a). 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 처리된 마우스에서 T 세포의 기능적 변경을 결정하기 위해서, 귀 드레이닝 경부 림프절로부터의 세포를 CD4+ T 세포 하위세트에 의해 인식되는 OVA 323-339 펩티드로 생체외에서 재자극하였다. 이는 전염증성 사이토카인 IL-12p70 및 IFNγ 수준을 감소시켰다(도 14b).
DTH의 면역병리학은 주로 Th1 세포에 기인하지만, Th17 세포에 대한 역할은 또한 염증을 유도하는 것으로 확립되어 있다. 귀 염증에 기여하는 호중구 동원에 관여하는 케모카인인 IL-17A, IL-22 및 KC(IL-8의 마우스 동족체)와 같은 Th17 경로와 연관된 사이토카인도 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 의해 드레이닝 cLN에서 상당히 감소되었다(도 14c).
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 이미퀴모드-유도 건선에서 피부 병리를 완화한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B 처리를 사용한 Th17 경로 사이토카인의 수준 감소는 강한 Th17 성분을 갖는 질환에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 항염증 역할을 시사하였다. 건선의 면역병리는 타입 3 염증 경로, 특히 IL-23/IL-17A에 의해 유도된다. 이미퀴모드(IMQ)-유도 건선은 인간 건선과 유사한 임상 및 조직학적 특성, 예컨대, 표피 두꺼워짐, 스케일링 및 홍반, T 세포 침윤물, 호중구 및 수지상 세포를 갖는 널리 확립된 마우스 모델이다. IMQ를 BALB/c 마우스의 등 피부 및 귀에 7일 동안 매일 도포하였다. 제8일에, 방법에 기재된 채점 방식에 따라 마우스를 채점하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 처리된 마우스는 IMQ-유도 피부 염증과 연관된 홍반, 스케일링 및 두꺼워짐의 가시적으로 상당한 억제를 나타내었다(도 15a). IMQ-처리된 등 피부로부터의 H&E 염색 섹션은 비히클과 비교하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 처리된 마우스에서 감소된 표피 두꺼워짐 또는 과각화증 및 가시세포증, 건선 피부 병변의 전형적인 표피 분화 변경의 징후를 나타내었다(도 15b).
귀 조직의 단백질 수준은 비히클과 비교하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리시 IL-17A 수준의 감소를 나타내었다. IMQ는 또한 비장종대(splenomegaly) 및 비장세포에서 IL-17 생산의 동반 증가를 유도하는 것으로 공지되어 있다. PMA/이오노마이신을 사용한 비장세포의 생체외 재자극은 IL-17A의 감소된 생산을 나타내었다(도 15c).
건선에 대한 현재 치료법은 항-IL-17A 생물학적 제제 및 코르티코스테로이드를 포함한다. 이들 작용제는 중등도에서 중증 건선을 갖는 환자에서 효과적이지만, 경증 내지 중등도의 질환을 환자를 위한 안전하고 효과적인 항염증 옵션에 대한 충족되지 않은 요구가 존재한다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 이러한 작용제와 비교하였다. IMQ 도포 시작 후 4일만에 효능이 인지되었고, 덱사메타손과 동등하게 효능이 있었고, 귀뿐만 아니라 등 염증 감소에서 항-IL-17A보다 약간 더 우수하였다(도 15d).
종합적으로, 이러한 데이터는 IL-23/IL-17A 축에서 사이토카인의 수준을 감소시키는 것을 포함하는 효과와 함께 IMQ-유도 건선 모델에서 타입 3 피부 염증 및 병리를 감소시는 데 있어서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효능을 입증한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 사용한 치료는 재발-완화형 다발성 경화증의 뮤린 모델에서 신경염증을 개선한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 타입 3/Th17 유발 병리를 제어하는 역할을 추가로 구축하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 재발 완화형 다발성 경화증의 실험적 자가면역 뇌척수염(EAE) 모델에서 시험하였다. 예방적 환경에서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리된 마우스는 질환의 경과에 따라 비히클 처리된 동물과 비교하여 감소된 평균 임상 점수를 나타내었다(도 16a). 그 효과는 질환의 재발 단계에서 가장 두드러졌다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 처리된 마우스는 또한 곡선 그래프 하 면적으로부터 인지될 수 있는 바와 같이 대조군과 비교하여 더 낮은 누적 EAE 점수를 나타내었다(도 16a).
프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 사용한 치료는 감소된 CNS 병리와 연관되었다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B, 양성 대조군 약물인 핑골리모드로의 처리된 EAE 마우스 및 비히클 처리군으로부터 척수 조직의 섹션을 분석하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리된 마우스는 비히클 처리된 동물과 비교하여 감소된 신경염증 뿐만 아니라 척수에서 염증성 세포 침윤 빈도의 유의하게 감소된 빈도를 나타내었다(도 16b). 이러한 데이터는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 EAE의 재발 완화형 형태에서 질환을 억제하는 데 효과적임을 나타내며, 이는 비-재발 EAE 모델에서 이전에 보고된 결과와 일치한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 뮤린 소장에서 Treg 및 IL10 유전자 발현을 조절한다.
EAE 모델에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 사용한 41일 동안의 연장된 치료는 소화관 면역 환경의 변화를 연구할 기회를 제공하였다. 장 전사 차이는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 또는 비히클로 처리된 마우스로부터의 장의 다른 부분으로부터의 qPCR 분석에 의해 결정되었다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 처리는 비히클 처리된 마우스와 비교하여 십이지장 부분에서 Treg 특이적 유전자인 Foxp3 및 Il10의 발현을 증가시켰다. 대조적으로, 결장에서는 차등적인 Foxp3 및 Il10 유전자 발현이 관찰되지 않았다(도 16c). 이 데이터는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 소장에서 효과를 조절하여 CNS의 염증성 병리를 완화하는 반응을 유도한다는 것을 입증한다. 이것은 소장이 CNS에 대한 면역 입구(immune portal)라는 놀라운 관찰이다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 1차 인간 대식세포에서 IL-10 생산을 유도하고 상피 장벽 무결성을 개선한다.
십이지장 및 결장 부분에서 관찰된 전사 변화를 고려하여, 면역 및 상피 세포에서 기능적 반응을 유도하는 역할에 대해서 설명하기 위해서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 시험관내에서 시험하였다. 1차 인간 대식세포(HuMAC)에서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 용량 의존적으로 IL12p70 분비를 저해하면서 IL-10 생산을 유도하였다. 생체내 데이터(도 13b)에 따르면, 사이토카인 프로파일은 미생물 균주 및 종 특이성을 나타냈고, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 동일한 속의 또 다른 종보다 항염증성이 더 우수하였고, 피. 제주니는 역 사이토카인 분비 프로파일을 가졌다(도 17a).
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 경구 요법이기 때문에, 소화관에 존재하는 우세한 세포 유형은 상피 세포이다. 시험관내에서 분극된 인간 상피 CaCO2-HT29 트랜스웰 공배양 시스템을 사용하여 프레보텔라 히스티콜라 균주 B와 24시간 동안 인큐베이션시키기 전 또는 인큐베이션시킨 후에 상피 장벽 무결성에 대한 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효과를 결정하였다. 상피 장벽은 상피통과 전기 저항(TEER) 측정을 통해 평가하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 처리된 세포는 비히클 처리와 비교하여 TEER 값의 대략 50% 증가를 유도하는데, 이는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 의한 장벽 무결성의 강화를 나타내었다(도 17b).
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 타입 2 염증(아토피성 피부염)의 뮤린 모델에서 피부 염증을 감소시킨다.
타입 1 및 타입 3 염증 경로에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효능은, 그것이 타입 2 염증성 알레르기 또는 아토피성 질환에도 효과적일 수 있음을 시사한다. 이것은 IL-4, IL-5, IL-13, 및 알라민(alarmin), 예컨대, IL-33 및 TSLP를 비롯한 사이토카인뿐만 아니라, 특히 Th2 및 ILC2 세포에 의해서 유도되는 아토피성 피부염(AD), 알레르기 비염, 천식 및 식품 알레르기를 포함하는 병태의 부류를 포함한다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B를 합텐 플루오레세인 이소티오시아네이트(FITC)에 대한 접촉 과민증을 사용하여, 아토피성 염증의 뮤린 모델에서 시험하였다. 이 모델에서, 마우스를 제1일 및 제2일에 FITC로 감작시키고, 귀에 대한 감작 후 6일에 귀에 시험감염시켰다. 이 모델은 인간 AD와 유사하다. 그것은 CD4+ T 헬퍼 세포에 의존적이고, 질환과 연관된 병리는 급성 AD 병변의 특징을 나타낸다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로의 경구 치료는 비히클 치료와 비교하여 FITC 시험감염 24시간 후 귀 염증을 저해하였다(도 18a). FITC 시험감염 24시간 후 수거된 귀로부터의 조직 균질액에서 사이토카인 수준을 측정하였다. 필수 Th2 사이토카인인 IL-4 및 염증과 연관된 부종을 유도하는 호중구 유인 케모카인인 KC의 수준은 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리된 동물에서 저해되었다(도 18b).
타입 2 염증 생물학을 촉발하는 책임이 잇는 중요한 사이토카인인 알라민은 AD에서 손상된 각질세포에 의해 생산되는 흉선 기질 림프포이에틴(TSLP)이다. TSLP는타입 2 염증성 사이토카인, 예컨대, IL-4, IL-5 및 IL-13의 발현을 유도한다. TSLP는 피부의 알레르기 염증 동안 Th2 분화를 촉진하기 위해 미경험 CD4 + T 세포에 직접 작용할 수 있다고 보고되어 있다. 비타민 D3 유사체인 MC903의 국소 적용으로 유도된 AD에 대한 실험 모델은 AD를 갖는 환자의 병변에서 관찰되는 면역 특징과 유사한 피부 형태 및 염증의 변화로 TSLP를 유도할 수 있다. 이 모델을 사용하여 AD와 연관된 피부 염증을 낮추는 데 있어서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효과를 연구하였다. 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리된 MC903-유도 AD를 갖는 마우스는 감소된 귀 염증을 나타내었다(도 18c). 또한 Tslp, Il4 및 Il19의 비히클-처리된 코호트와 비교하여 RNA 수준에서 상당한 감소가 존재하였다(도 18d). 이러한 관찰은 프레보텔라 히스티콜라 균주 B가 알레르겐-유도 타입 2 피부 염증을 조절하는 데 있어서 면역조절 역할을 할 수 있음을 강조한다.
프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 비-복제 형태는 약리학적 활성을 가지며, 염증 조절에 효능이 있다.
치료적 이점이 장의 미생물 집락화를 요구하는지 여부를 결정하기 위해서, 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 비-복제 형태를 경구 요법으로 시험하였다. DTH 유도 마우스를 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 감마-조사된 형태 처리하였다. 이러한 비복제 형태로의 처리는 KLH 항원에 대한 시험감염 시 귀 염증을 낮추는 데 상당한 효능을 초래하였다(도 19). 프레보텔라 히스티콜라 균주 B로 처리한 후 GI의 생체외 분석은 림프절 및 비장에서 다양한 효과를 나타내었다.
실시예 8
:
TLR2 신호전달은 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 작용 기전에 관여한다.
5주령 암컷 C57BL/6 마우스를 Taconic Biosciences에서 구입하여 사육장에서 1주 동안 적응시켰다. 마우스를 제0일에 피하 면역화에 의해 KLH 및 CFA(1:1)의 에멀젼으로 프라이밍시켰다. 마우스에게 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ 분말)를 매일 경구 위관영양법으로 투여하거나 제5일 내지 제8일에 덱사메타손(양성 대조군) 1 ㎎/㎏을 복강내로 투여하였다 항-TLR2 항체 및 이소타입 대조군(IgG1)의 처리를 제0일, 제3일 및 제6일에 200ug/마우스로 제공하였다. 제8일 투여 후, 마우스를 이소플루란으로 마취시켰고, 기준선 측정을 위해 왼쪽 귀를 Fowler 캘리퍼스로 측정하였고, 마우스의 왼쪽 귀에 식염수(10 ㎕) 중의 KLH를 피부내로 시험감염시키고, 귀 두께를 24시간에 측정하였다.
24시간 귀 측정 결과를 도 20에 나타낸다(프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 도면에서 "프레보텔라 히스티콜라"로 표시된다). 항-TLR2 항체 치료는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효능을 감소시켰는데, 이는 TLR2가 DTH 모델에서 염증 감소에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 대한 MOA의 중요한 인자임을 입증하였다.
추가 실시예:
5주령 암컷 C57BL/6 마우스를 Taconic Biosciences에서 구입하여 사육장에서 1주 동안 적응시켰다. 마우스를 제0일에 피하 면역화에 의해 KLH 및 CFA(1:1)의 에멀젼으로 프라이밍시켰다. 마우스에게 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ 분말)를 매일 경구 위관영양법으로 투여하거나 제5일 내지 제8일에 덱사메타손(양성 대조군) 1 ㎎/㎏을 복강내로 투여하였다 항-TLR2 항체 및 이소타입 대조군(IgG1)의 처리를 제0일, 제3일 및 제6일에 200ug/마우스로 제공하였다. 제8일 투여 후, 마우스를 이소플루란으로 마취시켰고, 기준선 측정을 위해 왼쪽 귀를 Fowler 캘리퍼스로 측정하였고, 마우스의 왼쪽 귀에 식염수(10 ㎕) 중의 KLH를 피부내로 시험감염시키고, 귀 두께를 24시간에 측정하였다.
24시간 귀 측정 결과를 도 21에 나타낸다(프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 도면에서 "프레보텔라 히스티콜라"로 표시된다). 도 20에서 나타난 결과와 일관되게, 항-TLR2 항체 치료는 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효능을 감소시켰는데, 이는 TLR2가 DTH 모델에서 염증 감소에서 프레보텔라 히스티콜라 균주 B에 대한 MOA의 중요한 인자임을 입증하였다.
실시예 9
:
프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 30일 투여 후 효능 증가를 나타낸다.
5주령 암컷 C57BL/6 마우스를 Taconic Biosciences에서 구입하여 사육장에서 1주 동안 적응시켰다. 마우스를 제0일에 피하 면역화에 의해 KLH 및 CFA(1:1)의 에멀젼으로 프라이밍시켰다. 마우스에게 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 분말 10 ㎎을 매일 경구 위관영양법으로 투여하거나 제1일 내지 제30일에 평일에만 덱사메타손(양성 대조군) 1 ㎎/㎏을 복강내로 투여하였다 제15일 및 제30일에 투여한 후, 마우스를 이소플루란으로 마취시켰고, 기준선 측정을 위해 왼쪽 귀를 Fowler 캘리퍼스로 측정하였고, 마우스의 왼쪽 귀에 식염수(10 ㎕) 중의 KLH를 피부내로 시험감염시키고, 귀 두께를 24시간에 측정하였다.
제15일 시험감염 및 제30일 시험감염에 대한 24시간 귀 측정 결과를 도 22a 및 도 22b에 나타낸다(프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 도면에서 "프레보텔라 히스티콜라"로 표시된다). 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 30일 투여 후 효능 증가를 나타내었다.
추가 실시예:
5주령 암컷 C57BL/6 마우스를 Taconic Biosciences에서 구입하여 사육장에서 1주 동안 적응시켰다. 마우스를 제0일에 피하 면역화에 의해 KLH 및 CFA(1:1)의 에멀젼으로 프라이밍시켰다. 마우스에게 프레보텔라 히스티콜라 균주 B(10 ㎎ 분말)을 매일 경구 위관영양법으로 투여하거나 제1일 내지 제30일에 평일에만 덱사메타손(양성 대조군) 1 ㎎/㎏을 복강내로 투여하였다 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 5개의 개별 분말 제제를 시험하였다. 동일한 용량을 각각의 분말 제제에 대해서 시함하였다. 제15일 및 제30일에 투여한 후, 마우스를 이소플루란으로 마취시켰고, 기준선 측정을 위해 왼쪽 귀를 Fowler 캘리퍼스로 측정하였고, 마우스의 왼쪽 귀에 식염수(10 ㎕) 중의 KLH를 피부내로 시험감염시키고, 귀 두께를 24시간에 측정하였다.
제15일 시험감염 및 제30일 시험감염에 대한 24시간 귀 측정 결과를 도 23a 및 도 23b에 나타낸다(프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 도면에서 "프레보텔라 히스티콜라"로 표시된다). 프레보텔라 히스티콜라 균주 B는 프레보텔라 히스티콜라 분말의 모든 배취에 대해서 투야 30일 후 효능 증가를 나타내었다.
실시예 10
:
프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 효능 지속성
9주령 암컷 C57BL/6 마우스를 Taconic Biosciences에서 구입하여 사육장에서 1주 동안 적응시켰다. 마우스를 제0일에 피하 면역화에 의해 KLH 및 CFA(1:1)의 에멀젼으로 프라이밍시켰다. 마우스를 제1일 내지 제8일까지 매일 마취시키고, 마우스에게 10 ㎎ 또는 1.82 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 분말을 경구 위관영양법으로 투여하거나, 1 ㎎/㎏의 덱사메타손(양성 대조군)을 복강내로 투여하거나, 1.82 ㎎의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B의 비코팅된 고체 투여 형태(MMT)를 투여하였다(MMT를 pH 4.2 diH2O 50 ul가 충전된 주사기에 부착된 래트 피딩 바늘 넣고 마취된 마우스의 식도로 직접 주입하고, 그 다음 스테인리스강 일회용 마우스 피딩 바늘로 누른다(tamping down)). 제8일 투여 후, 마우스를 이소플루란으로 마취시켰고, 기준선 측정을 위해 왼쪽 귀를 Fowler 캘리퍼스로 측정하였고, 마우스의 왼쪽 귀에 식염수(10 ㎕) 중의 KLH를 피부내로 시험감염시키고, 귀 두께를 24시간에 측정하였다. 그 다음 마우스를 2주 동안 혼자 방치하고, 귀 시험감염시키고, 그 후 24시간에 측정하였다.
제8일 시험감염 및 제23일 시험감염으로부터의 24시간 귀 측정치를 도 24a 및 24b에 나타낸다. 분말 및 MMT 형태의 프레보텔라 히스티콜라의 경구 투여는 투여 8일 후 효능을 나타내고(도 24a), 이러한 효능은 어떠한 미생물의 추가 투여 없이도 적어도 2주 초과 동안 유지된다(도 24b).
실시예 11: 경증 내지 중등도 플라크 건선의 치료에서 프레보텔라 균주 B 50329의 효과를 조사하는 2상, 다기관, 무작위 배정, 이중-맹검, 위약-대조, 병렬-코호트, 용량-범위 연구
실시예.
근거:
전신 노출 없이 경구 투여 후 전신 면역 체계 조절 가능성을 제공하는 치료제가 개발 중이다. 프레보텔라 균주 B 50329는 인간 십이지장 생검에서 단리된 프레보텔라 히스티콜라의 균주의 약제학적 제제이며: 이것은 유전자 변형되지 않았다.
다양한 인간 및 마우스 검정에서 시험관내 프레보텔라 균주 B 50329의 연구 및 모델 증상에 대한 생체내 연구는 건선을 포함한 염증성 질환의 치료에서 프레보텔라 균주 B 50329의 사용을 뒷받침한다.
마우스에게 프레보텔라 균주 B 50329를 경구 투여하면 지연형 과민증, 플루오레세인 이소티오시아네이트 피부 과민증, 콜라겐-유도 관절염 및 실험적 급성 뇌척수염의 동물 모델에서 현저한 약력학적 효과를 초래한다. 효과 및 용량 둘 다의 높은 수준의 일관성은 다수의 타입 1, 타입 2 및 타입 3 염증성 병태 전체에 대한 임상적 이점의 가능성을 시사한다. 최대 3주 동안 매일 투여하거나 7주 초과 동안 격일로 투여하는 경우 이러한 실험에 사용된 동물에서 잠재적으로 관련된 부작용이 관찰되지 않았다. 이 모델에서 생체외 면역표현형분석(immunophenotyping)은 비장 및 장간막 림프절에서 조절 T 세포 수 및 조절 수지상 세포의 증가뿐만 아니라 전염증성 사이토카인, 예컨대, IL 23p40, IL-17, TNF, IL-6 및 IL-13과 같은 전염증성 사이토카인의 감소를 나타낸다. 치료는 또한 염증성 질환을 갖는 환자에서 종종 방해를 받는 소화관 장벽 무결성의 향상으로 이어졌다. 면역 매개변수에 대한 이러한 효과는 GI관 내부 및 외부 둘 다에서 관찰되었는데, 이는 소화관 내의 숙주-미생물 상호작용이 말초 조직의 면역 반응에 영향을 미칠 수 있다는 것을 입증한다.
건선은 과활성 T 세포가 과도한 각질세포 증식을 촉발하는 만성 면역-매개 타입 1/3 염증성 피부 질환이다. 이는 스케일링과 함께 융기된 홍반성 플라크의 형성을 초래한다. 건선 병변은 신체 어느 곳에서나 나타날 수 있지만, 무릎, 팔꿈치, 두피 및 요추 부위에서 가장 흔히 볼 수 있다. 염증 과정에서 중요한 사건은 랑게르한스 세포 및 T 세포의 활성화, 활성화된 T 세포의 피부로의 선택적 수송 및 피부 병변에서의 염증성 사이토카인 및 케모카인 캐스케이드의 유도를 포함한다. 임상 데이터는 중등도 내지 중증의 건선에서 항-TNFα, 항-IL-17 및 항-IL-23 요법의 역할을 검증하였다. 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 환자의 경우, 요법은 보통 국소 작용제(국소 코르티코스테로이드, 비타민 D3 유사체)를 포함하며, 국소 코르티코스테로이드는 최대 범위의 효능 및 광범위한 제형을 제공한다. 보다 최근에, 에타너셉트, 인플릭시맙, 아달리무맙, 우스테키누맙 및 세쿠키누맙을 포함하는 생물학적 요법에 앞서서, 혁신 신약(first-in-class)인 경구 PDE4 저해제인 아프레밀라스트를 처방하고 있다.
또 다른 연구에서, 총 56명의 참가자가 코호트 1 내지 코호트 4에 참여했는데, 이들 참가자 중 36명은 프레보텔라 균주 B 50329를 1일 1회 제공받았고; 이들 중 16명은 14일 동안 치료되었고(건강한 지원자), 건선을 갖는 20명의 참가자는 28일 동안 치료되었다. 동일한 시점에 아프레밀라스트 및 토파시티닙과 유사한 임상 반응이 제28일에 (건선) LSS 및 PASI에서 관찰되었다. 또한, 제42일 추적관찰 방문 시에, 참가자가 14일 동안 "치료 중단"한 경우, 더 높은 용량이 투여된 참가자에 대해 LSS 및 PASI 둘 다에 의해 측정된 바와 같이 약력학적 반응의 지속적인 개선이 존재하였지만, 더 낮은 투여량에서는 지속적인 개선이 존재하지 않았는데, 이는 효과 지속성에 대한 용량 관계를 시사한다. 프레보텔라 균주 B 50329의 안전성 프로파일은 어떠한 심각한 강도의 SAE 또는 AE도 없이 위약과 유사하였다.
지금까지 입수 가능한 증거는 프레보텔라 균주 B 50329가 내약성이 매우 우수하고, 그것이 경증 내지 중등도의 건선에서 계속 임상적 진전을 보이고 있다는 것을 시사한다. 내약성이 우수한 경구 요법은 건선의 치료에 상당한 이점을 제공할 수 있으며, 현재 프레보텔라 균주 B 50329는 생물학적 요법을 사용하기 이전에, 확립되었지만 초기 질환에 사용될 것으로 예상된다.
이러한 2상 연구는 프레보텔라 균주 B 50329의 임상 안전성 및 효능을 조사하고, 최적의 용량을 식별하기 위해 설계되었다.
목적:
1차 목적:
본 연구의 1차 목적은 16주 동안 매일 투여한 후 건선의 치료를 위해 3가지 상이한 용량의 프레보텔라 균주 B 50329의 안전성 및 효능을 평가하는 것이다.
2차 목적:
본 연구의 2차 목적은 다음과 같다:
탐색적 목적:
본 연구의 탐색적 목적은 다음과 같다:
모수(estimand):
1차 모수
1차 모수는 프로토콜로부터의 편차에 관계없이, 모든 치료된 참가자의 변형된 배정된 대로(modified intent-to-treat: mITT) 세트에서 기준선에서부터 제16주의 PASI 점수의 백분율 변화에 대한 프레보텔라 균주 B 50329의 효과일 것이다. 치료 중 수집된 데이터만 치료 중단의 간헐적 사건을 설명하는 데 사용될 것이다(치료 순응도에만 기초한 가상 전략). 각각의 활성 용량과 합동 위약 간의 사후 평균 차이를 추정할 것이다.
1차 분석을 위해, 2개의 지원 모수(supportive estimand)가 또한 고려될 것이다:
효능에 영향을 미치는 것으로 생각되는 프로토콜 위반과 관련된 동시 사건의 영향을 평가하기 위해서, 임의의 이러한 식별된 프로토콜 위반 이후에 수집된 모든 데이터가 제외되는 지원 분석이 수행될 것이다. 제1 치료 용량(치료 순응도 및 효능에 영향을 미치는 프로토콜의 양상에 기초한 가상 전략) 전에 효능에 영향을 미치는 것으로 생각되는 프로토콜을 위반한 참가자는 이 분석에서 완전히 제외될 것이다.
2차 모수의 요약:
모든 2차 모수의 경우, 관심 집단은 mITT 세트일 것이다.
연구 집단:
포함 기준
각각의 참가자는 본 연구에 등록되기 위해서 다음 기준 모두를 충족해야 한다:
1. 서면 사전동의(서명하고, 날짜를 기재함) 및 현지 법률에서 요구하는 승인을 제공하고, 모든 연구 요구 사항을 준수할 수 있어야 한다.
2. 사전동의 당시 18세 이상 내지 70세 미만의 남성 또는 여성.
3. 6개월 이상 동안 플라크 건선의 문서화된 진단.
4. 3% 이상 내지 10% 이하의 BSA를 덮는 플라크가 있는 경증 내지 중등도의 플라크 건선을 갖고, 다음 추가 기준을 모두 충족한다:
a. 6 이상 내지 15 이하의 PASI 점수, 및
b. 2 또는 3의 PGA 점수.
이 기준의 모든 매개변수는 무작위 배정 전 기준선 방문 시 재확인되어야 한다.
5. 다음 피임 기준을 충족한다:
a. 남성 참가자:
i. 남성 참가자는 본 연구에 참여하는 동안 그리고 마지막 투여 후 90일 동안 본 프로토콜의 부록 13.1에 상세히 설명된 바와 같이 피임법을 사용하는 데 동의해야 하며, 이 기간 동안 정자 기증을 삼가야 한다.
b. 여성 참가자:
i. 여성 참가자는 임신 중이 아니고(부록 13.1 참조), 모유 수유 중이 아니고, 다음 조건 중 적어도 1개가 적용되는 경우 자격이 있다:
1. 부록 13.1에 정의된 바와 같은 WOCBP가 아님, 또는
2. 본 연구에 참여하는 동안 부록 13.1의 피임 지침을 따르기로 동의한 WOCBP, 첫 번째 투여 전 28일 및 마지막 투여 후 적어도 1회의 완전한 월경 주기(28일 이상).
6. 본 연구동안 평소 태양 노출을 늘리지 않기로 동의한다.
제외 기준
다음 기준 중 임의의 것을 충족하는 참가자는 본 연구에서 제외될 것이다:
1. 스크리닝 전 3개월 이내에 프레보텔라 균주 B 50329를 투여받은 적이 있다.
2. 비-플라크 건선 진단을 받았다.
3. 두피, 손바닥 및 발바닥에만 국한된 플라크 건선.
4. 건선 평가 또는 치료 반응을 방해할 피부 병태의 증거(예를 들어, 아토피성 피부염, 진균 또는 박테리아 중복감염).
5. 연구 약물의 첫 번째 투여 후 4주 이내에 전신 면역억제 요법(MTX, 아프레밀라스트, 아자티오프린, 사이클로스포린, 6-티오구아닌, 메르캅토푸린, 미코페놀레이트 모페틸, 히드록시우레아 및 타크로리무스)을 제공받은 적이 있다.
6. 생물학적 제제(TNFα 저해제, 나탈리주맙, 에팔리주맙, 아나킨라 또는 B 세포 또는 T 세포를 조절하는 작용제를 포함하지만 이들로 제한되지 않음)의 사전 사용에 반응하지 않는다.
7. 사전 생물학적 요법이 있고, 반응성인 경우, 참가자는 연구 약물의 첫 번째 투여 전 적어도 12개월 동안 요법을 중단해야 한다.
8. 연구 약물의 첫 번째 투여 4주 이내에 광요법 또는 건선 또는 PGA 평가에 영향을 미칠 수 있는 임의의 전신 약물/치료제(경구 또는 주사용 코르티코스테로이드, 레티노이드, 1,25-디히드록시 비타민 D3 및 유사체, 소랄렌, 설파살라진, 히드록시우레아 또는 푸마르산 유도체를 포함하지만 이들로 제한되지 않음)를 제공받은 적이 있다.
9. 현재 리튬, 항말라리아제, 레플루노미드 또는 IM 골드를 제공받고 있거나, 연구 약물의 첫 번째 투여 4주 이내에 리튬, 항말라리아제, IM 골드 또는 레플루노미드를 제공받은 적이 있다.
10. 연구 약물의 첫 번째 투여 후 2주 이내에 건선 또는 PGA 평가에 영향을 미칠 수 있는 국소 약물/치료제(고효력 및 중간 효력 코르티코스테로이드, 안트랄린, 칼시포트리엔, 국소 비타민 D 유도체, 레티노이드, 타자로텐, 메톡살렌, 트리메틸소랄렌, 피크롤리무스 및 타크로리무스를 포함함[이들로 제한되지는 않음])를 사용한 적이 있다. 국소 비약물 연화제 및 저효력 국소 코르티코스테로이드는 제외되지 않는다.
11. GI 전달 및 통과 시간을 방해할 수 있는 위장관 질환(예를 들어, 단장 증후군, 설사-우세 과민성 대장 증후군).
12. 활성 염증성 장 질환.
13. 제1일(방문 2) 이전에 완료되지 않을 전신 항바이러스 또는 항미생물 요법을 필요로 하는 활성 감염.
14. 스크리닝 전 6주 이내에 생 또는 약독화 생 백신접종을 받은 적이 있거나 연구 동안 이러한 백신접종을 받을 의도이다.
15. 참가자를 포함시키기에 부적합하게 만드는 스크리닝 검사실 값의 임상적으로 유의한 이상(조사자 판단에 따라).
16. 여성의 경우, 125 μ㏖/ℓ(1.414 ㎎/㎗) 이상의 혈청 크레아티닌; 남성의 경우 135 μ㏖/ℓ(1.527 ㎎/㎗) 이상의 혈청 크레아티닌.
17. 2×ULN 초과의 ALT 및 AST
18. HIV의 알려진 이력 또는 이에 대한 양성 검사 또는 C형 간염 또는 만성 B형 간염에 대한 활성 감염.
19. 스크리닝 전 6개월 이내에 임상적으로 유의한 급성 심장 또는 뇌혈관 사건의 이력(뇌졸중, 일과성 허혈 발작 및 관상 심장 질환[협심증, 심근 경색증, 심부전, 혈관 재생 절차] 포함).
20. 연구자의 의견에서, ECG에 의해 판단되는 스크리닝 시 임상적으로 중요한 심장 전도 이상의 증거.
21. 건선 또는 건선성 관절염 이외의 현재 급성 또는 만성 염증성 질환(예를 들어, 염증성 장 질환, 류마티스 관절염, 전신성 홍반성 루푸스).
22. P 히스티콜라 또는 임의의 부형제에 대한 과민증.
23. 치료되지 않은 활성 정신 또는 정신의학적 장애. 스크리닝 전 적어도 6개월 동안 정신 또는 정신의학적 장애에 대한 약물을 안정적으로 투여 중이고, 치료 의사가 정신적으로 안정적이라고 간주한 참가자는 등록될 수 있다.
24. 스크리닝 6개월 이내에 임의의 주요 또는 경미한 GI 수술.
25. 스크리닝 6개월 이내의 모든 주요 수술.
26. 성공적으로 치료된 피부의 기저 또는 편평 세포 암종 또는 자궁경부의 동소 암종을 제외한, 5년 이내의 악성종양.
27. 스크리닝 1개월 이내 또는 조사 작용제의 5 반감기 중 더 긴 기간 내에 또 다른 조사 약물, 생물학적 작용제 또는 장치로의 치료.
28. 기준선 전 14일 이내에 아세트아미노펜/파라세타몰 및 항히스타민제를 제외한 비타민, 허브 보충제 및 기능식품(예를 들어, 일반적으로 캡슐/정제/분말에서 발견되는 고용량의 프로바이오틱스 및 프리바이오틱스를 포함하는 보충제)을 포함하는 임의의 OTC 또는 처방 약물을 시작하거나 연구 기간 동안 투여량의 변화를 예상한다. 저용량을 함유한 프로바이오틱 및 프리바이오틱 식품(예를 들어, 요구르트, 케피어, 콤부차)은 허용된다는 것을 주목하기 바란다.
29. 스크리닝 30일 이내에 100 ㎖ 초과 또는 스크리닝의 12주 이내에 499 ㎖ 초과의 헌혈.
30. 이 프로토콜에 명시된 바와 같이 추적관찰을 포함하는 연구 절차를 준수하려는 의지가 없거나 연구자와 충분히 협력하려는 의지가 없다.
31. 연구자 또는 의뢰자의 의견에 따라, 참가자를 포함시키기에 부적합하거나 참가자가 연구에 참여하거나 연구를 완료하는 데 방해가 될 수 있는 임의의 다른 조건을 갖는다.
연구 설계:
이것은 최대 4주의 스크리닝 기간, 기준선 방문, 16주의 치료 기간(8회의 계획된 연구 현장 방문) 및 4주의 추적관찰 기간(연구 종료 시 1회의 계획된 연구 현장 방문)을 포함하는, 경증 내지 중등도의 플라크 건선을 갖는 참가자의 다기관, 무작위 배정, 이중-맹검, 위약-대조, 병렬-코호트, 용량-범위 연구이다.
스크리닝 기간 동안 자격이 확인된 후, 참가자는 다음 3개의 병렬 코호트 중 1개에 대해 1:1:1 비율로 무작위 배정될 것이다:
각각의 코호트에서, 대략 75명의 참가자를 2:1 비율로 무작위로 배정하여 16주 동안 1일 1회 프레보텔라 균주 B 50329 또는 매칭 위약을 제공할 것이다.
중간 분석은 참가자의 적어도 50%가 적어도 12주의 치료를 완료한 후에 수행될 수 있다.
계획된 16주의 치료 후, 모든 참가자는 4주의 치료 후 추적관찰 기간에 도입하고, 치료 평가가 종료될 것이다.
추정된 연구 기간:
각각의 참가자에 대한 최대 계획 기간은 24주(11회의 예정된 연구 방문 포함)일 것이고, 연구 기간은 서명된 사전동의가 마지막 추적관찰 방문을 통해 제공된 날짜로서 각각의 참가자에 대해 정의된다.
효능 평가:
효능 평가는 PASI 점수, LSS, 정적 PGA의 국제 건선 재단 건선 점수 버전(National Psoriasis Foundation Psoriasis Score version of a static PGA), BSA 관련 백분율, mNAPSI, DLQI, PSI, SF-36 신체 통증 척도, VAS 통증 평가, SF-36의 활력 하위스케일(피로 평가용) 및 피로 VAS를 포함할 것이다.
약동학 또는 약력학 평가:
약동학 평가는 기준선에서의 투여전 혈액 샘플 및 제16주 방문(치료 종료) 시의 또 다른 샘플로 제한될 것이다.
약력학 및 바이오마커 평가는 탐색적 평가변수이며, 바이오마커에 대한 분석 결과는 CSR에 포함되지 않을 것이다. 이것은 CSR과 별도로 보고된다.
약력학 및 바이오마커 평가는 최대 6개의 병변 부위의 디지털 사진, 피부 플라크 생검의 표준 조직학적 평가, 피부 플라크 생검의 mRNA 전사 분석, 혈액 사이토카인 및 케모카인 분석 및 분변 미생물군의 미생물군 조성을 포함한다.
안전성 및 내약성 평가:
안전성 및 내약성 평가는 AE(SAE 포함) 모니터링, 병용 약물 모니터링, BSFS 카테고리화(대변 일지에 기록), 신체 검사, 활력 징후 측정 및 ECG를 포함한다.
연구 약물, 투여량 및 투여 경로:
연구 약물은 프레보텔라 균주 B 50329를 함유하는 캡슐 또는 위약을 포함하는 매칭 캡슐일 것이다.
1개의 캡슐, 4개의 캡슐 또는 10개의 캡슐의 투여량을 갖는 3개의 투여 코호트가 존재할 것이고; 프레보텔라 균주 B 50329의 캡슐은 각각 8.0×1010개 세포의 프레보텔라 균주 B 50329를 함유하는 반면, 위약 캡슐은 박테리아를 함유하지 않는다.
참가자는 아침에 물과 함께 경구로 연구 약물의 용량을 자가 투여할 것이다.
샘플 규모:
총 225명의 참가자의 샘플 규모를 프레보텔라 균주 B 50329의 내약성 및 안전성을 조사하기 위해 선택하였다. 본 연구는 다음 가정이 충족되는 경우 활성 용량 및 위약 간의 임상적으로 의미 있는 차이를 찾을 수 있는 충분한 참가자가 있다는 신뢰를 제공하기 위해서, 베이시안 프레임워크에서 모델-기반 확률 추론 접근법을 사용할 것이지만, 다음 검정력 계산을 또한 수행하였다(기본 빈도주의적 접근법 사용).
1차 효능 평가변수는 제16주차의 PASI 점수의 기준선으로부터의 백분율 변화이다. 위약에 대한 기준선으로부터의 백분율 변화는 모델 내에서 (활성군의 백분율 변화) - (위약군의 백분율 변화)로 추정될 것이고, 음의 값은 위약군보다 활성군에서의 더 큰 개선을 나타낸다. 적어도 20%의 위약에 대한 기준선으로부터의 백분율 변화는 임상적으로 의미 있는 것으로 간주될 것이다. 모든 용량에 대한 합동 표준 편차는 25%로 가정된다.
각각의 코호트의 위약군 아암의 참가자를 활성군 아암과 대조군 아암을 비교하기 위해서 통계학적 분석을 위해 통합하여, 합동 위약군에 75명의 참가자를 무작위 배정하고, 각각의 활성 치료군(프레보텔라 균주 B 50329 0.8×1011개 세포, 프레보텔라 균주 B 50329 3.2×1011개 세포, 프레보텔라 균주 B 50329 8.0×1011개 세포)에 50명의 참가자를 무작위 배정한다. 참가자의 15% 이하가 제16주 방문 전에 치료를 중단할 것이라고 가정하면, 3개 코호트 각각에서 적어도 42명의 활성 참가자 및 21명의 위약 참가자가 제16주 방문을 통해 데이터를 제공할 것으로 예상된다.
합동 위약과 활성 용량 간의 각각의 쌍별 비교는 위약군 통합이 유효한 전략이라는 가정 하에 5% 유의 수준에서 치료군 간의 차이를 검출하는 95% 초과의 검정력을 가질 것으로 예상될 것이다. 3개의 위약 코호트가 단일 참조군으로 합산하기에는 너무 이질적인 것으로 간주되는 경우, 활성 용량과 위약 용량 간의 각각의 코호트 내 쌍별 비교의 차이를 검출하는 검정력은 80%를 초과할 것이다.
본 연구에 대한 통계적 추론은 형식적 가설을 시험하기보다 추정에 초점을 맞출 것이기 때문에, 연구별 타입 1 오류율을 제어하기 위해 군 간의 서로 상이한 비교에 대한 다중도 조정을 수행하지 않을 것이다.
유사하게, 효능에 대해서 연구를 조기에 중단하기 위해 어떠한 중간 분석을 사용할 의도가 없기 때문에, 중간 분석의 일부로 수행된 임의의 분석을 설명하기 위해서 다중도에 대해서 조정하지 않을 것이다.
통계학적 방법:
주요 평가변수에 대한 분석 방법을 다음에 간략하게 기재한다. 모든 분석에 대한 추가 세부사항은 SAP에 기재되어 있다.
형식적인 가설은 시험되지 않을 것이다. 베이시안 프레임워크의 모델-기반 확률 추론 접근법을 사용하여 용량 선택에 관한 의사-결정을 안내한다. 각각의 활성 용량과 위약 간의 차이에 대한 사후 추정치 및 95% 신뢰 구간(CrI)을 관련 1차 평가변수 및 2차 평가변수에 대해 생성할 것이다.
달리 명시되지 않는 한, 누락된 데이터는 무작위로 누락된 것으로 간주될 것이고, 그 모델에 포함된 관련 평가변수에 대해 수집된 모든 시점과 함께, 반복 측정에 대해 혼합 모델을 사용하여 설명될 것이다. 이것은 분석에 사용된 모수의 정의에 적용 가능한 바와 같은 치료 중단 후 또는 프로토콜 위반 후 수집으로 인해 제외된 데이터를 포함한다.
분석 세트:
mITT 세트는 치료에 무작위 배정되고, 연구 치료의 적어도 1회 용량을 제공받은 모든 참가자로 이루어질 것이다.
PPS는 (제4주가 끝나기 전에 연구 철회 후) 교체되지 않고, 연구 치료 시작 전에 편차에 대해서 시작 날짜와 함께 효능에 영향을 미칠 수 있는 프로토콜 위반이 없는 모든 mITT 참가자로 이루어질 것이다.
안전성 세트는 임의의 연구 약물을 제공받은 모든 참가자로 이루어질 것이다.
mITT 세트는 PPS를 사용하여 수행된 일부 지원 분석과 함께 효능 섹션에 대한 주요 관심 집단일 것이다. 안전성 세트는 모든 안전성 요약에 사용될 것이다.
통계학적 분석 방법론:
통계학적 분석은 SAS 소프트웨어 버전 9.3 이상을 사용하여 수행할 것이다. 연속 변수는 평균, 표준 편차, 중앙값, 최소값 및 최대값을 사용하여 요약될 것이다. 범주 변수는 빈도 수와 백분율을 사용하여 요약될 것이다. 사건까지의 시간 변수는 각각의 방문 시에 그 사건을 갖는 참가자 비율에 대한 카플란-마이어 추정치를 사용하여 요약될 것이다. 데이터를 데이터 목록에 열거할 것이다.
1차 효능 평가변수의 분석:
1차 분석은 베이시안 MMRM을 사용하여 수행될 것이다. 모델은 치료*방문 및 기준선 PASI 점수*방문 상호작용에 대한 매개변수를 포함할 것이다. 체질량 지수, 성별 및 기타 기준선 공변량이 또한 고려될 것이고, 유의한 것(p<0.05)으로 확인되면 매개변수로 포함된다. 이 모델은 기울기를 포함하지 않을 것이다. 모델의 모든 매개변수에 대한 사전분포(priors)는 정보가 아니며, 평균이 0이고 SD가 1000인 정규 분포를 따른다. 분산-공분산 행렬에 대한 사전은 자유도가 방문 횟수와 동일한 역 위샤트(Wishart) 분포 및 항등 척도 행렬(identity scale matrix)을 따를 것이다.
기준선으로부터의 조정된 사후 평균 백분율 변화 및 제16주의 각각의 치료에 대한 연관된 95% HDP CrI가, 각각의 방문 시 위약으로부터의 조정된 평균 차이 및 각각의 활성 용량에 대한 연관된 95% HDP CrI 및 각각의 처리 차이가 0%, 20%, 30% 및 -50% 미만일 확률과 함께 보고될 것이다.
2차 효능 평가변수의 분석:
모든 2차 분석은 어떠한 프로토콜 위반도 고려하지 않고, 치료 중단 후 수집된 데이터를 제외하고 mITT 세트에 대해 수행될 것이다. 용량은 범주 변수로 처리되며, 용량 반응 모델링은 수행되지 않을 것이다. 관심 비교는 개별 프레보텔라 균주 B 50329 용량과 위약 간의 비교일 것이다. 계산된 모든 사후 확률 및 CrI는 수행된 다중성에 대한 추가 조정 없이 설명적인 것으로 간주될 것이다.
탐색적 효능 평가변수의 분석
탐색적 평가변수는 mITT 집단을 사용하여 요약될 것이고, 치료 중단 후 수집된 데이터는 제외되지만, 어떠한 프로토콜 위반도 고려되지 않는다.
바이오마커의 분석은 연구 SAP 외부의 데이터 분석 계획에서 다루어질 것이다.
약동학 분석:
혈액 샘플에서 정량 가능한 농도의 프레보텔라 균주 B 50329를 갖는 참가자의 수 및 백분율을 방문에 의해 설정된 안전성을 사용하여 요약할 것이다. 위약 참가자는 단일 치료군으로 통합될 것이다. 치료군 내 참가자의 적어도 20%가 방문 중 하나에서 정량 가능한 수준을 갖는 것으로 발견되는 경우, 그 농도는 해당 방문에서 관련 치료군에 대한 연속 변수로 요약될 것이다.
안전성 분석:
모든 안전성 평가변수는 안전성 세트를 사용하여 치료군에 의해 표로 작성되거나 플로팅될 것이다. 모든 안전성 분석은 합동 위약을 사용할 것이다. 추가 세부사항은 SAP에 기재될 것이다.
도입부
전신 노출 없이 경구 투여 후 전신 면역 체계 조절 가능성을 제공하는 치료제가 개발 중이다. 프레보텔라 균주 B 50329는 인간 십이지장 생검에서 단리된 프레보텔라 히스티콜라의 균주의 약제학적 제제이며: 이것은 유전자 변형되지 않았다. 프레보텔라 속의 미생물 균주는 현재까지 시험된 모든 인간 집단에서 총 분변 미생물 부하의 1% 미만에서 거의 50%까지의 범위의 존재비로 발견되었다(문헌[Vandeputte 2017]). 프레보텔라는 구강 및 GI관에서 자연 인간 공생인 그람 음성, 절대 혐기균이다. 프레보텔라 균주 B 50329 주요 항생제 부류, 예를 들어, 페니실린 및 세팔로스포린에 민감한 그람 음성 박테리아이다. 비임상 연구 및 임상 연구에서, 이의 치료 효과는 용량 의존적이었다.
몇몇 연구(문헌[de Groot et al 2017]; 문헌[Hindson et al 2017]; 문헌[Yan et al 2017]; 문헌[Felix et al 2018])은, 소화관 및 특히 소장에서 숙주-미생물 상호작용이 전신 염증에 영향을 미칠 수 있다는 것을 시사한다. 전임상 데이터는, 개별 미생물 균주가 고유한 약리학적 프로파일을 나타낸다는 것을 확인해 준다. 이것은 소장 상피에서 숙주 패턴 인식 수용체의 다양한 조합물과 상호작용하는 다수의 구별되는 미생물 구조 패턴 모티프에 기초한다고 생각된다.
다양한 인간 및 마우스 검정에서 시험관내 프레보텔라 균주 B 50329의 연구 및 모델 증상에 대한 생체내 연구는 건선을 포함한 염증성 질환의 치료에서 프레보텔라 균주 B 50329의 사용을 뒷받침한다. 프레보텔라 균주 B 50329는 전염증성 사이토카인, 예컨대, IL-6, TNFα 및 IFNγ의 최소한의 생산을 유도하면서, 인간 면역 세포로부터의 항-염증성 사이토카인, 예컨대, IL-10, IL1RA 및 IL-27의 분비를 증가시킨다.
마우스에게 프레보텔라 균주 B 50329를 경구 투여하면 지연형 과민증, 플루오레세인 이소티오시아네이트 피부 과민증, 콜라겐-유도 관절염(문헌[Marietta et al 2016]) 및 실험적 급성 뇌척수염(문헌[Mangalam et al 2017])의 동물 모델에서 현저한 약력학적 효과를 초래한다. 효과 및 용량 둘 다의 높은 수준의 일관성은 다수의 타입 1, 타입 2 및 타입 3 염증성 병태 전체에 대한 임상적 이점의 가능성을 시사한다. 최대 3주 동안 매일 투여하거나 7주 초과 동안 격일로 투여하는 경우 이러한 실험에 사용된 동물에서 잠재적으로 관련된 부작용이 관찰되지 않았다. 이 모델에서 생체외 면역표현형분석은 비장 및 장간막 림프절에서 조절 T 세포 수 및 조절 수지상 세포의 증가뿐만 아니라 전염증성 사이토카인, 예컨대, IL 23p40, IL-17, TNF, IL-6 및 IL-13과 같은 전염증성 사이토카인의 감소를 나타낸다. 치료는 또한 염증성 질환을 갖는 환자에서 종종 방해를 받는 소화관 장벽 무결성의 향상으로 이어졌다. 면역 매개변수에 대한 이러한 효과는 GI관 내부 및 외부 둘 다에서 관찰되었는데, 이는 소화관 내의 숙주-미생물 상호작용이 말초 조직의 면역 반응에 영향을 미칠 수 있다는 것을 입증한다.
건선은 과활성 T 세포가 과도한 각질세포 증식을 촉발하는 만성 면역-매개 타입 1/3 염증성 피부 질환이다. 이는 스케일링과 함께 융기된 홍반성 플라크의 형성을 초래한다. 건선 병변은 신체 어느 곳에서나 나타날 수 있지만, 무릎, 팔꿈치, 두피 및 요추 부위에서 가장 흔히 볼 수 있다. 염증 과정에서 중요한 사건은 랑게르한스 세포 및 T 세포의 활성화, 활성화된 T 세포의 피부로의 선택적 수송 및 피부 병변에서의 염증성 사이토카인 및 케모카인 캐스케이드의 유도를 포함한다. 임상 데이터는 중등도 내지 중증의 건선에서 항-TNFα, 항-IL-17 및 항-IL-23 요법의 역할을 검증하였다. 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 환자의 경우, 요법은 보통 국소 작용제(국소 코르티코스테로이드, 비타민 D3 유사체)를 포함하며, 국소 코르티코스테로이드는 최대 범위의 효능 및 광범위한 제형을 제공한다. 보다 최근에, 에타너셉트, 인플릭시맙, 아달리무맙, 우스테키누맙 및 세쿠키누맙을 포함하는 생물학적 요법에 앞서서, 혁신 신약(first-in-class)인 경구 PDE4 저해제인 아프레밀라스트를 처방하고 있다.
또 다른 연구에서, 총 56명의 참가자가 코호트 1 내지 코호트 4에 참여했는데, 이들 참가자 중 36명은 프레보텔라 균주 B 50329를 1일 1회 제공받았고; 이들 중 16명은 14일 동안 치료되었고(건강한 지원자), 건선을 갖는 20명의 참가자는 28일 동안 치료되었다. 동일한 시점에 아프레밀라스트 및 토파시티닙과 유사한 임상 반응이 제28일에 (건선) LSS 및 PASI에서 관찰되었다. 또한, 제42일 추적관찰 방문 시에, 참가자가 14일 동안 "치료 중단"한 경우, 더 높은 용량이 투여된 참가자에 대해 LSS 및 PASI 둘 다에 의해 측정된 바와 같이 약력학적 반응의 지속적인 개선이 존재하였지만, 더 낮은 투여량에서는 지속적인 개선이 존재하지 않았는데, 이는 효과 지속성에 대한 용량 관계를 시사한다. 프레보텔라 균주 B 50329의 안전성 프로파일은 어떠한 심각한 강도의 SAE 또는 AE도 없이 위약과 유사하였다.
지금까지 입수 가능한 증거는 프레보텔라 균주 B 50329가 내약성이 매우 우수하고, 그것이 경증 내지 중등도의 건선에서 계속 임상적 진전을 보이고 있다는 것을 시사한다. 내약성이 우수한 경구 요법은 건선의 치료에 상당한 이점을 제공할 수 있으며, 현재 프레보텔라 균주 B 50329는 생물학적 요법을 사용하기 이전에, 확립되었지만 초기 질환에 사용될 것으로 예상된다.
이러한 2상 연구는 프레보텔라 균주 B 50329의 임상 안전성 및 효능을 조사하고, 최적의 용량을 식별하기 위해 설계되었다.
연구 목적
모든 목적은 성인 참가자에서 경증 내지 중등도의 플라크 건선의 프레보텔라 균주 B 50329의 치료의 안정성, 효능 및 투여 효과를 이해하는 것과 관련된다.
1차 목적
본 연구의 1차 목적은 16주 동안 매일 투여한 후 건선의 치료를 위해 3가지 상이한 용량의 프레보텔라 균주 B 50329의 안전성 및 효능을 평가하는 것이다.
2차 목적
본 연구의 2차 목적은 다음과 같다:
탐색적 목적
본 연구의 탐색적 목적은 다음과 같다:
조사 계획
연구 설계
이것은 최대 4주의 스크리닝 기간, 기준선 방문, 16주의 치료 기간(8회의 계획된 연구 현장 방문) 및 4주의 추적관찰 기간(EOS 시 1회의 계획된 연구 현장 방문)을 포함하는, 경증 내지 중등도의 플라크 건선을 갖는 참가자의 다기관, 무작위 배정, 이중-맹검, 위약-대조, 병렬-코호트, 용량-범위 연구이다. 총 11회의 예정된 연구 방문이 존재한다.
스크리닝 기간(본 명세서에 기재된 바와 같음) 동안 자격이 확인된 후, 참가자는 다음 3개의 병렬 코호트 중 1개에 대해 1:1:1 비율로 무작위 배정될 것이다:
각각의 코호트에서, 대략 75명의 참가자를 2:1 비율로 무작위로 배정하여 16주 동안 1일 1회 프레보텔라 균주 B 50329 또는 매칭 위약을 제공할 것이다.
중간 분석은 참가자의 적어도 50%가 적어도 12주의 치료를 완료한 후에 수행될 수 있다.
계획된 16주의 치료 후, 모든 참가자는 4주의 치료 후 추적관찰 기간에 도입하고, 치료 평가가 종료될 것이다. 각각의 참가자에 대한 최대 계획 기간은 24주일 것이고, 연구 기간은 서명된 사전동의가 마지막 추적관찰 방문을 통해 제공된 날짜로서 각각의 참가자에 대해 정의된다. 참가자는 연구의 모든 단계를 완료하고, 이의 EOS 추적관찰 방문을 끝으로, 연구를 완료한 것으로 간주될 것이다.
연구 설계 근거
프레보텔라 균주 B 50329 1상 프로그램은 건강한 지원자에서 2주 동안 매일 제공된 1.6×1010개 세포 내지 8.0×1011개 세포의 용량 및 경증 내지 중등도의 건선을 갖는 참가자에게 4주 동안 매일 제공된 1.6×1011개 세포 및 8.0×1011개 세포의 용량을 평가하였다. 모든 용량은 내약성이 우수한 것으로 확인되었고, 1.6×1011개 및 8.0×1011개 세포의 용량은 플라크 건선 및 건선 병변 중증도의 징후 및 증상에서 임상적으로 관련된 감소를 유도하였다.
프로그램에서 시험된 용량은 1상 연구에서 얻은 전임상 데이터 및, 임상 및 바이오마커 데이터의 예측에 기초한다. 최대 8.0×1011개 세포의 시험된 모든 용량은 동등하게 내약성이 우수하였다. 28일 투여 기간 동안 이전 연구에서 1.6×1011개 세포 및 8.0×1011개 세포 사이에 명확한 효능 차이가 관찰되지 않았지만, 14일 추적관찰(제42일)에서 더 높은 용량을 제공받은 참여자(예를 들어, 대상체)는 더 낮은 용량을 제공받은 참가자에 비해 건선이 지속적으로 개선되었다. 이것은 고용량 군에서 더 지속적이고 잠재적으로 더 강력한 반응을 시사한다. 따라서, 용량 반응, 최대 임상 이익을 확립하고, 시험된 용량의 참가자 내약성 및 허용 가능성을 평가하기 위해서 본 연구에서 가능한 최저 및 최고 용량(캡슐 부하 기준)을 포함시키는 것이 제안된다.
프레보텔라 균주 B 50329 치료에 대한 임상 반응은 다중 평가를 사용하여 평가되어, 향후 연구를 위한 효능 측정의 적절한 선택을 용이하게 할 것이다.
위약 대조약의 사용은 다음 이유로 경증 내지 중등도의 플라크 건선을 갖는 개인의 이러한 참가자 집단에 적절하다.
잠재적으로 활성 대조약으로 작용할 수 있는 경증 내지 중등도의 플라크 건선을 갖는 환자에서 다른 치료(국소 코르티코스테로이드, 비타민 D3 유사체 및 아프레밀라스트)의 제한된 입증된 효능
참가자 선택 및 철회 기준
연구 집단 선택
대략 225명의 참가자가 미국, 영국 및 폴란드의 현장을 포함하지만 이에 제한되지 않는 여러 국가에서 등록(치료에 무작위 배정)될 것이다. 참가자는 모든 포함 기준을 충족하고, 스크리닝 동안 제외 기준이 없는 경우에만 연구 치료에 배정될 것이다.
포함 및 제외 기준으로부터의 편차는 허용되지 않는다: 프로토콜에 명시된 바와 같은 자격 기준을 준수하는 것이 필수적이다.
스크리닝 실패는 임상 연구 참여에 동의했지만, 이후에 연구 약물(프레보텔라 균주 B 50329 또는 위약)에 무작위로 배정되지 않았거나 연구에 참여하지 않은 참가자로 정의된다. 시험 보고 통합 표준 공개 요구 사항을 충족하고 규제 당국으로부터의 질문에 응답하기 위해 스크리닝 실패 참가자의 투명한 보고를 보장하기 위해서 최소한의 스크리닝 실패 정보 세트가 eCRF에 포함될 필요가 있다. 최소한의 정보는 인구통계학, 스크리닝 실패 세부 정보, 자격 기준 및 임의의 SAE를 포함한다.
스크리닝 시 포함 및 제외 기준을 충족하지 못한 개인은 재스크리닝 전에 의료 모니터의 동의 하에 1회 추가 재스크리닝될 수 있다. 참가자는 또한 그들이 처음에 스크리닝 평가를 통과했지만 스크리닝 기간 시간 제한을 초과하는 경우 재스크리닝될 수 있다. 예외적인 상황에서, 스크리닝 창은 의뢰자와 협의 후 사례별로 연장될 수 있고: 이러한 예외적인 연장은 프로토콜 위반으로 간주되지 않을 것이다.
포함 기준
각각의 참가자는 본 연구에 등록되기 위해서 다음 기준 모두를 충족해야 한다:
1. 서면 사전동의(서명하고, 날짜를 기재함) 및 현지 법률에서 요구하는 승인을 제공하고, 모든 연구 요구 사항을 준수할 수 있어야 한다.
2. 사전동의 당시 18세 이상 내지 70세 미만의 남성 또는 여성.
3. 6개월 이상 동안 플라크 건선의 문서화된 진단.
a. 6 이상 내지 15 이하의 PASI 점수, 및
b. 2 또는 3의 PGA 점수.
이 기준의 모든 매개변수는 무작위 배정 전 기준선 방문 시 재확인되어야 한다.
5. 다음 피임 기준을 충족한다:
a. 남성 참가자:
i. 남성 참가자는 본 연구에 참여하는 동안 그리고 마지막 투여 후 90일 동안 본 프로토콜의 부록 13.1에 상세히 설명된 바와 같이 피임법을 사용하는 데 동의해야 하며, 이 기간 동안 정자 기증을 삼가야 한다.
b. 여성 참가자:
i. 여성 참가자는 임신 중이 아니고(부록 13.1 참조), 모유 수유 중이 아니고, 다음 조건 중 적어도 1개가 적용되는 경우 자격이 있다:
1. 부록 13.1에 정의된 바와 같은 WOCBP가 아님, 또는
2. 본 연구에 참여하는 동안 부록 13.1의 피임 지침을 따르기로 동의한 WOCBP, 첫 번째 투여 전 28일 및 마지막 투여 후 적어도 1회의 완전한 월경 주기(28일 이상).
6. 본 연구동안 평소 태양 노출을 늘리지 않기로 동의한다.
제외 기준
다음 기준 중 임의의 것을 충족하는 참가자는 본 연구에서 제외될 것이다:
1. 스크리닝 전 3개월 이내에 프레보텔라 균주 B 50329를 투여받은 적이 있다.
2. 비-플라크 건선 진단을 받았다.
3. 두피, 손바닥 및 발바닥에만 국한된 플라크 건선.
4. 건선 평가 또는 치료 반응을 방해할 피부 병태의 증거(예를 들어, 아토피성 피부염, 진균 또는 박테리아 중복감염).
5. 연구 약물의 첫 번째 투여 후 4주 이내에 전신 면역억제 요법(MTX, 아프레밀라스트, 아자티오프린, 사이클로스포린, 6-티오구아닌, 메르캅토푸린, 미코페놀레이트 모페틸, 히드록시우레아 및 타크로리무스)을 제공받은 적이 있다.
6. 생물학적 제제(TNFα 저해제, 나탈리주맙, 에팔리주맙, 아나킨라 또는 B 세포 또는 T 세포를 조절하는 작용제를 포함하지만 이들로 제한되지 않음)의 사전 사용에 반응하지 않는다.
7. 사전 생물학적 요법이 있고, 반응성인 경우, 참가자는 연구 약물의 첫 번째 투여 전 적어도 12개월 동안 요법을 중단해야 한다.
8. 연구 약물의 첫 번째 투여 4주 이내에 광요법 또는 건선 또는 PGA 평가에 영향을 미칠 수 있는 임의의 전신 약물/치료제(경구 또는 주사용 코르티코스테로이드, 레티노이드, 1,25-디히드록시 비타민 D3 및 유사체, 소랄렌, 설파살라진, 히드록시우레아 또는 푸마르산 유도체를 포함하지만 이들로 제한되지 않음)를 제공받은 적이 있다.
9. 현재 리튬, 항말라리아제, 레플루노미드 또는 IM 골드를 제공받고 있거나, 연구 약물의 첫 번째 투여 4주 이내에 리튬, 항말라리아제, IM 골드 또는 레플루노미드를 제공받은 적이 있다.
10. 연구 약물의 첫 번째 투여 후 2주 이내에 건선 또는 PGA 평가에 영향을 미칠 수 있는 국소 약물/치료제(고효력 및 중간 효력 코르티코스테로이드[부록 13.2], 안트랄린, 칼시포트리엔, 국소 비타민 D 유도체, 레티노이드, 타자로텐, 메톡살렌, 트리메틸소랄렌, 피크롤리무스 및 타크로리무스를 포함함[이들로 제한되지는 않음])를 사용한 적이 있다. 국소 비약물 연화제 및 저효력 국소 코르티코스테로이드는 제외되지 않는다.
11. GI 전달 및 통과 시간을 방해할 수 있는 위장관 질환(예를 들어, 단장 증후군, 설사-우세 과민성 대장 증후군).
12. 활성 염증성 장 질환.
13. 제1일(방문 2) 이전에 완료되지 않을 전신 항바이러스 또는 항미생물 요법을 필요로 하는 활성 감염.
14. 스크리닝 전 6주 이내에 생 또는 약독화 생 백신접종을 받은 적이 있거나 연구 동안 이러한 백신접종을 받을 의도이다.
15. 참가자를 포함시키기에 부적합하게 만드는 스크리닝 검사실 값의 임상적으로 유의한 이상(조사자 판단에 따라).
16. 여성의 경우, 125 μ㏖/ℓ(1.414 ㎎/㎗) 이상의 혈청 크레아티닌; 남성의 경우 135 μ㏖/ℓ(1.527 ㎎/㎗) 이상의 혈청 크레아티닌.
17. 2×ULN 초과의 ALT 및 AST
18. HIV의 알려진 이력 또는 이에 대한 양성 검사 또는 C형 간염 또는 만성 B형 간염에 대한 활성 감염.
19. 스크리닝 전 6개월 이내에 임상적으로 유의한 급성 심장 또는 뇌혈관 사건의 이력(뇌졸중, 일과성 허혈 발작 및 관상 심장 질환[협심증, 심근 경색증, 심부전, 혈관 재생 절차] 포함).
20. 연구자의 의견에서, ECG에 의해 판단되는 스크리닝 시 임상적으로 중요한 심장 전도 이상의 증거.
21. 건선 또는 건선성 관절염 이외의 현재 급성 또는 만성 염증성 질환(예를 들어, 염증성 장 질환, 류마티스 관절염, 전신성 홍반성 루푸스).
22. P 히스티콜라 또는 임의의 부형제에 대한 과민증.
23. 치료되지 않은 활성 정신 또는 정신의학적 장애. 스크리닝 전 적어도 6개월 동안 정신 또는 정신의학적 장애에 대한 약물을 안정적으로 투여 중이고, 치료 의사가 정신적으로 안정적이라고 간주한 참가자는 등록될 수 있다.
24. 스크리닝 6개월 이내에 임의의 주요 또는 경미한 GI 수술.
25. 스크리닝 6개월 이내의 모든 주요 수술.
26. 성공적으로 치료된 피부의 기저 또는 편평 세포 암종 또는 자궁경부의 동소 암종을 제외한, 5년 이내의 악성종양.
27. 스크리닝 1개월 이내 또는 조사 작용제의 5 반감기 중 더 긴 기간 내에 또 다른 조사 약물, 생물학적 작용제 또는 장치로의 치료.
28. 기준선 전 14일 이내에 아세트아미노펜/파라세타몰 및 항히스타민제를 제외한 비타민, 허브 보충제 및 기능식품(예를 들어, 일반적으로 캡슐/정제/분말에서 발견되는 고용량의 프로바이오틱스 및 프리바이오틱스를 포함하는 보충제)을 포함하는 임의의 OTC 또는 처방 약물을 시작하거나 연구 기간 동안 투여량의 변화를 예상한다. 저용량을 함유한 프로바이오틱 및 프리바이오틱 식품(예를 들어, 요구르트, 케피어, 콤부차)은 허용된다는 것을 주목하기 바란다.
29. 스크리닝 30일 이내에 100 ㎖ 초과 또는 스크리닝의 12주 이내에 499 ㎖ 초과의 헌혈.
30. 이 프로토콜에 명시된 바와 같이 추적관찰을 포함하는 연구 절차를 준수하려는 의지가 없거나 연구자와 충분히 협력하려는 의지가 없다.
31. 연구자 또는 의뢰자의 의견에 따라, 참가자를 포함시키기에 부적합하거나 참가자가 연구에 참여하거나 연구를 완료하는 데 방해가 될 수 있는 임의의 다른 조건을 갖는다.
치료제 연구
참가자를 치료군에 배정하는 방법
참가자를 기준선 방문(방문 2) 시에, 1일 1회 용량에 따라 투여되는 캡슐의 수에 의해 참가자와 연구 직원을 구별할 수 있게 하는 3개의 코호트(1:1:1 배정 비율) 중 1개에 무작위 배정할 것이다. 코호트 내에서, 참가자를 프레보텔라 균주 B 50329 또는 매칭 위약 치료(본 명세서에 기재된 바와 같음)를 제공받기 위해 2:1 배정 비율로 무작위로 배정할 것이다. 쌍방향 대응 기술(IRT)을 사용하여 무작위 배정 일정을 관리할 것이다.
치료제 투여
각각의 코호트(본 명세서에 기재된 바와 같음)의 참가자는 아침에 물과 함께 경구로 연구 약물 용량을 자가 투여할 것이며, 투여 1시간 전후에 산성 음료 섭취를 금지하고, 투여 2시간 전 및 투여 후 1시간까지 음식 섭취를 금지한다. 캡슐의 조성은 본 명세서에 기재되어 있다. 규정 준수를 개선하기 위한 전략이 본 명세서에 제시되어 있다.
연구 약물의 정체성
프레보텔라 균주 B 50329 의약품은 스웨덴-오렌지 색상의 장용-코팅된 HPMC 경질 캡슐로 입수 가능하다. 프레보텔라 균주 B 50329 PIC는 P 히스티콜라, 만니톨, 스테아르산마그네슘 및 콜로이드성 이산화규소의 동결-건조 분말로 이루어진다. 각각의 프레보텔라 균주 B 50329 PIC는 8.0×1010개 세포의 피 히스티콜라를 함유한다.
매칭 위약은 외관이 동일하지만 피 히스티콜라 또는 임의의 다른 박테리아를 함유하지 않는다. 위약 부형제는 미세결정질 셀룰로스 및 스테아르산마그네슘을 포함한다.
임상 공급 관리
연구 약물 포장 및 보관
프레보텔라 균주 B 50329 PIC 및 매칭 위약은 10개 캡슐의 블리스터 월렛(blister wallet)에서 준비할 것이다. 블리스터 월렛은 숫자 코드로 식별되는 1개의 무작위 참가자를 위한 대략 1주 분량의 연구 약물을 함유하는 팩으로 포장될 것이다. 연구 방문 사이의 간격에 적절한 경우, 치료 기간 전체에서 각각의 참가자에게 다수의 팩이 배정되고, 분배될 것이다.
연구 약물(프레보텔라 균주 B 50329 및 위약)은 안전한 장소(예를 들어, 잠긴 냉장고)에 보관되어야 하고, 2℃ 내지 8℃의 제어된 온도에서 유지되어야 한다. 연구자 또는 피지명인은 제공받은 모든 연구 약물에 대해서 운송 동안 그리고 각각의 현장에서 보관 동안 적절한 온도 조건이 유지되었으며, 연구 약물을 사용하기 전에 임의의 불일치가 보고되고 해결되었는지 확인해야 한다.
병용 요법
표지된 투여 지침에 따라느 항히스타민제 및 아세트아미노펜/파라세타몰이 연구 동안 언제든지 사용된다. 참가자가 연구 시작 전에 치료의 일부로 이미 사용하고 있는 경우 국소 비약물 연화제 및 저효력 국소 스테로이드가 또한 허용된다(제외 기준 #10). 참가자는 이들이 연구 시작 전과 같이 이러한 요법을 계속 사용하도록 조언될 것이다.
본 연구에서는 비-생(non-live) 백신이 허용된다.
필요한 경우 의료 모니터와 상담하여 연구자가 사례별로 다른 병용 약물을 고려할 수 있다.
금지된 병용 요법
제외 기준(본 명세서에 기재된 바와 같음)에 상세히 기술된 바와 같이 본 연구에 적격한 참가자에 대해 제한된 사전 요법은 연구 동안 금지된 병용 요법이다.
생 또는 약독화 생 백신은 본 연구에서 금기이다.
효능 평가
건선 부위 중증도 지수 점수
PASI 점수는 문헌[Langley and Ellis (2004)]에 의해 기재된 바와 같이 평가될 것이다. PASI는 0(질환 없음)에서 72(최대 질환) 범위의 단일 점수로 건선의 중증도 및 건선에 의해서 영향을 받는 영역의 평가를 결합한 의사의 평가이다. 본 연구에서 절대 PASI 점수는 포함 기준 #4의 일부로 사용된다. PASI 백분율 응답률은 효능 평가변수(즉, PASI-50, PASI-75, PASI-90 및 PASI 100)이다. 예를 들어, 기준선으로부터 PASI 점수에서 75% 이상의 감소를 달성한 참가자의 백분율은 PASI-75 값으로 표현된다. PASI 평가에 대한 세부사항은 연구 매뉴얼에 제공될 것이다.
병변 중증도 점수
LSS는 건선 플라크의 중증도를 점수 매기는 데 사용된다(문헌[Patel and Tsui 2011]). 스케일링, 홍반 및 플라크 상승의 치수를 각각 0에서 4까지의 척도로 점수를 매기며, 총 LSS는 단일 연구 방문에서 관찰된 3차원 점수의 수치 합이다.
의사의 종합 평가
정적 PGA의 국제 건선 재단 건선 점수 버전은 전신 홍반, 경결(induration) 및 박리 점수를 평균내어 계산된다(문헌[Feldman and Krueger 2005]). 홍반, 경결 및 박리는 0(없음)에서 5(심각함)까지 범위의 6점 규모로 점수 매겨질 것이고: 총 PGA 점수는 홍반, 경결 및 박리의 평균으로 정의된다. PGA 평가에 대한 세부사항은 연구 매뉴얼에 제공될 것이다.
체표면적 관여 백분율
BSA 관여 백분율은 각각의 참가자에 대해 추정되며, 여기서 1%는 대략 참가자의 손바닥 자국의 면적이다(문헌[Walsh et al 2013]). BSA 평가에 대한 세부사항은 연구 매뉴얼에 제공될 것이다.
Walsh 및 동료들은 임상 시험에서 건선의 중증도를 측정하기 위한 간단하고 효과적인 대안으로서 PGA 및 BSA 관여를 제안하였다(문헌[Walsh et al 2013]).
변형된 손발톱 건선 중증도 지수
mNAPSI는 의사가 손발톱 단위의 관여 영역에 의해서 손발톱 기저 건선 및 손발톱 기질 건선의 중증도를 평가하기 위한 수치적이고, 재현 가능하고, 객관적이며 간단한 툴이다(문헌[Cassell et al 2007]). mNAPSI 수행에 대한 세부사항은 연구 매뉴얼에서 제공될 것이다.
피부과적 삶의 질 지수
DLQI는 환자의 삶의 질에 대한 피부 병태의 영향을 평가하기 위한 환자 보고 결과 도구이다(문헌[Finlay and Khan 1994]). DLQI 관리에 대한 세부사항은 연구 매뉴얼에서 제공될 것이다.
건선 증상 목록
PSI는 플라크 건선 증상의 중증도를 평가하는 데 사용되는 환자 보고 결과 도구이다(문헌[Bushnell et al 2013]). 모든 증상(가려움증, 발적, 스케일링, 작열감, 갈라짐, 따끔거림, 박편 및 통증)을 5점 중증도 척도로 점수 매긴다. PSI는 양호한 구성 타당성을 나타내었고, 대상체내 변화에 민감하였다(p<0.0001). PSI 관리에 대한 세부사항은 연구 매뉴얼에서 제공될 것이다.
통증
예를 들어, 통증은 SF-36 신체 통증 척도(SF-36 BPS) 또는 VAS 통증에 의해서 평가될 것이다(문헌[Hawker et al 2011]). 통증 평가 관리에 대한 세부사항은 연구 매뉴얼에서 제공될 것이다.
피로
건선의 피로에 대한 최근 연구(문헌[Skoie et al 2017])와 일치하게, 피로는 SF-36(문헌[van der Heijden et al 2003]) 및 피로 VAS(문헌[Wolfe 2004])의 활력 하위척도에 의해 평가될 것이다. 피로 평가 관리에 대한 세부사항은 연구 매뉴얼에서 제공될 것이다.
조직학적 평가
표준 조직학은 각각의 코호트의 대략 15명의 참가자로부터 피부 플라크 생검(표피 두께, 기저 유사분열 수 및 면역 세포 침윤물, 면역조직화학 포함)에 대해 수행될 것이다. 세부사항은 연구 매뉴얼에서 제공될 것이다. 조직학적 평가는 탐색적이며, CSR의 범위를 벗어난다.
mRNA 전사 분석
mRNA 전사 분석을 피부 플라크 생검에서 수행할 것이다.
혈액 사이토카인 및 케모카인 분석
혈액 샘플을 생체외에서 자극하고, 사이토카인 및 케모카인, 예컨대, IL-1 베타, IL-2, IL-4, IL-6, IL-8, IL-10, IL-12p40, IL-17A, TNFα 및 IFNγ의 수준을 분석할 것이다.
통계학적 고려 사항
주요 평가변수에 대한 분석 방법을 다음에 기재한다. 모든 분석에 대한 추가 세부사항은 SAP에 기재되어 있다.
형식적인 가설은 시험되지 않을 것이다. 베이시안 프레임워크의 모델-기반 확률 추론 접근법을 사용하여 용량 선택에 관한 의사-결정을 안내한다. 각각의 활성 용량과 위약 간의 차이에 대한 사후 추정치 및 95% CrI를 관련 1차 평가변수 및 2차 평가변수에 대해 생성할 것이다.
달리 명시되지 않는 한, 누락된 데이터는 무작위로 누락된 것으로 간주될 것이고, 그 모델에 포함된 관련 평가변수에 대해 수집된 모든 시점과 함께, 반복 측정에 대해 혼합 모델을 사용하여 설명될 것이다. 이것은 분석에 사용된 모수의 정의에 적용 가능한 바와 같은 치료 중단 후 또는 프로토콜 위반 후 수집으로 인해 제외된 데이터를 포함한다.
모수 및 동시 사건
1차 효능 모수
1차 모수는 프로토콜로부터의 편차에 관계없이, 모든 치료된 참가자의 mITT 세트에서 기준선에서부터 제16주의 PASI 점수의 백분율 변화에 대한 프레보텔라 균주 B 50329의 효과일 것이다. 치료 중 수집된 데이터만 치료 중단의 간헐적 사건을 설명하는 데 사용될 것이다(치료 순응도에만 기초한 가상 전략). 각각의 활성 용량과 합동 위약 간의 사후 평균 차이를 추정할 것이다.
각각의 반문 시 PASI 점수의 기준선으로부터의 백분율 변화를 하기와 같이 계산할 것이다:
100*(방문 시 PASI 점수 - 기준선 PASI 점수) / 기준선 PASI 점수.
기준선으로부터의 음의 백분율 변화는 개선을 나타낼 것이다.
1차 분석을 위해, 2개의 지원 모수가 또한 고려될 것이다:
효능에 영향을 미치는 것으로 생각되는 프로토콜 위반과 관련된 동시 사건의 영향을 평가하기 위해서, 임의의 이러한 식별된 프로토콜 위반 이후에 수집된 모든 데이터가 제외되는 지원 분석이 수행될 것이다. 제1 치료 용량(치료 순응도 및 효능에 영향을 미치는 프로토콜의 양상에 기초한 가상 전략) 전에 효능에 영향을 미치는 것으로 생각되는 프로토콜을 위반한 참가자는 이 분석에서 완전히 제외될 것이다.
1차 분석은 본 명세서에 전부 기재된 바와 같은 베이시안 MMRM을 사용하여 수행될 것이다. 제16주 이전의 방문으로부터의 데이터는 이 모델에 포함될 것이고, 누락 데이터는 명시적으로 전가되지 않을 것이다.
지원 분석을 상기에 정의된 바와 같은 2개의 대체 모수를 사용하여, 동일한 방식으로 수행할 것이다. 이들은 치료 중단의 동시 사건 및 효능에 영향을 미칠 수 있는 프로토콜 위반과 관련된 사건의 가능한 영향을 조사할 것이다.
2차 효능 모수
모든 2차 평가변수의 분석에 대한 추정치를 하기 표에 제시한다.
표: 2차 모수의 요약:
2차 평가변수는 본 명세서에 충분히 설명되어 있다.
탐색적 평가변수
탐색적 평가변수는 다음과 같다:
바이오마커 평가변수(CSR과 별개로 나타나는 통계학적 분석)은 다음을 포함한다:
탐색적 평가변수는 mITT 세트를 사용하여 요약될 것이고, 치료 중단 후 수집된 데이터는 제외되지만, 어떠한 프로토콜 위반도 고려되지 않는다.
샘플 규모 결정
총 225명의 참가자의 샘플 규모를 프레보텔라 균주 B 50329의 내약성 및 안전성을 조사하기 위해 선택하였다. 본 연구는 다음 가정이 충족되는 경우 활성 용량 및 위약 간의 임상적으로 의미 있는 차이를 찾을 수 있는 충분한 참가자가 있다는 신뢰를 제공하기 위해서, 베이시안 프레임워크에서 모델-기반 확률 추론 접근법을 사용할 것이지만, 다음 검정력 계산을 또한 수행하였다(기본 빈도주의적 접근법 사용).
1차 효능 평가변수는 제16주차의 PASI 점수의 기준선으로부터의 백분율 변화이다. 위약에 대한 기준선으로부터의 백분율 변화는 모델(본 명세서에 기재된 바와 같음) 내에서 (활성군의 백분율 변화) - (위약군의 백분율 변화)로 추정될 것이고, 음의 값은 위약군보다 활성군에서의 더 큰 개선을 나타낸다. 적어도 20%의 위약에 대한 기준선으로부터의 백분율 변화는 임상적으로 의미 있는 것으로 간주될 것이다. 모든 용량에 대한 합동 표준 편차는 25%로 가정된다.
각각의 코호트의 위약군 아암의 참가자를 활성군 아암과 대조군 아암을 비교하기 위해서 통계학적 분석을 위해 통합하여, 합동 위약군에 75명의 참가자를 무작위 배정하고, 각각의 활성 치료군(프레보텔라 균주 B 50329 0.8×1011개 세포, 프레보텔라 균주 B 50329 3.2×1011개 세포, 프레보텔라 균주 B 50329 8.0×1011개 세포)에 50명의 참가자를 무작위 배정한다. 참가자의 15% 이하가 제16주 방문 전에 치료를 중단할 것이라고 가정하면, 3개 코호트 각각에서 적어도 42명의 활성 참가자 및 21명의 위약 참가자가 제16주 방문을 통해 데이터를 제공할 것으로 예상된다.
합동 위약과 활성 용량 간의 각각의 쌍별 비교는 위약군 통합이 유효한 전략이라는 가정 하에 5% 유의 수준에서 치료군 간의 차이를 검출하는 95% 초과의 검정력을 가질 것으로 예상될 것이다. 3개의 위약 코호트가 단일 참조군으로 합산하기에는 너무 이질적인 것으로 간주되는 경우, 활성 용량과 위약 용량 간의 각각의 코호트 내 쌍별 비교의 차이를 검출하는 검정력은 80%를 초과할 것이다.
본 연구에 대한 통계적 추론은 형식적 가설을 시험하기보다 추정에 초점을 맞출 것이기 때문에, 연구별 타입 1 오류율을 제어하기 위해 군 간의 서로 상이한 비교에 대한 다중도 조정을 수행하지 않을 것이다.
유사하게, 효능에 대해서 연구(본 명세서에 기재된 바와 같음)를 조기에 중단하기 위해 어떠한 중간 분석을 사용할 의도가 없기 때문에, 중간 분석의 일부로 수행된 임의의 분석을 설명하기 위해서 다중도에 대해서 조정하지 않을 것이다.
분석 세트
다음 분석 세트를 통계학적 분석에 사용할 것이다.
등록 세트: 등록 세트는 ICF에 사인한 모든 참가자로 이루어질 것이다.
mITT 세트: mITT 세트는 치료에 무작위 배정되고, 연구 치료의 적어도 1회 용량을 제공받은 모든 참가자로 이루어질 것이다. 4주가 끝나기 전에 연구를 철회하고 대체된 참가자가 본 분석 세트에 포함될 것이다. mITT를 사용한 모든 분석은 무작위 치료에 따라 참가자를 그룹화할 것이다.
PPS: PPS는 (제4주가 끝나기 전에 연구 철회 후) 교체되지 않고, 연구 치료 시작 전에 편차에 대해서 시작 날짜와 함께 효능에 영향을 미칠 수 있는 프로토콜 위반이 없는 모든 mITT 참가자로 이루어질 것이다. 치료 시작 후 효능에 잠재적인 영향을 갖는 프로토콜을 위반한 참가자의 경우, 그 참가자는 PPS에 남아 있지만, 프로토콜 위반이 발생한 후 수집된 모든 데이터는 PPS를 사용하여 수행된 임의의 분석에서 제외될 것이다. PPS를 사용한 모든 분석은 연구 시작 시 제공받은 치료에 따라 참가자를 그룹화할 것이다.
안전성 세트: 안전성 세트는 임의의 연구 약물을 제공받은 모든 참가자로 이루어질 것이다. 안전성 세트를 사용한 모든 분석은 제공받은 치료에 따라 참가자를 그룹화할 것이다. 참가자가 연구 동안 다수의 치료를 제공받은 경우, 이들은 다음과 같은 방식으로 치료군에 배정될 것이다:
mITT 세트는 PPS를 사용하여 수행된 일부 지원 분석과 함께 효능 섹션에 대한 주요 관심 집단일 것이다. 안전성 세트는 모든 안전성 요약에 사용될 것이다.
1차 효능 평가변수의 분석:
위약 참가자의 3개 코호트를 단일 위약군에 통합하여 모든 활성 용량에 대한 대조군으로 사용할 수 있다는 가정은 시간에 대한 PASI 점수의 백분율 변화의 평균(±SD) 플롯을 사용하여 조사될 것이다.
1차 분석은 베이시안 MMRM을 사용하여 수행될 것이다. 모델은 치료*방문 및 기준선 PASI 점수*방문 상호작용에 대한 매개변수를 포함할 것이다. 체질량 지수, 성별 및 기타 기준선 공변량이 또한 고려될 것이고, 유의한 것(p<0.05)으로 확인되면 매개변수로 포함된다. 이 모델은 기울기를 포함하지 않을 것이다. 방문은 6개 수준(제1주, 제2주, 제4주, 제8주, 제12주 및 제16주)으로 이루어질 것이고, 위약 합동 전략이 적절하다고 간주되는 경우에는 치료는 4개 수준(합동 위약, 프레보텔라 균주 B 50329 0.8×1011개 세포, 프레보텔라 균주 B 50329 3.2×1011개 세포 및 프레보텔라 균주 B 50329 8.0×1011개 세포)로 이루어질 것이고, 위약 합동 전략이 적절하다고 간주되지 않는 경우에는 6개 수준(위약 매칭 프레보텔라 균주 B 50329 0.8×1011개 세포, 위약 매칭 프레보텔라 균주 B 50329 3.2×1011개 세포, 위약 매칭 프레보텔라 균주 B 50329 8.0×1011개 세포, 프레보텔라 균주 B 50329 0.8×1011개 세포, 프레보텔라 균주 B 50329개 3.2×1011개 세포 및 프레보텔라 균주 B 50329 8.0×1011개 세포)으로 이루어질 것이다.
모델의 모든 매개변수에 대한 사전분포(priors)는 정보가 아니며, 평균이 0이고 SD가 1000인 정규 분포를 따른다. 분산-공분산 행렬에 대한 사전은 자유도가 방문 횟수와 동일한 역 위샤트(Wishart) 분포 및 항등 척도 행렬(identity scale matrix)을 따를 것이다. 위샤트 분포의 선택은 그것이 다변량-정규 랜덤 벡터의 역-공분산 행렬의 켤레 사전분포(conjugate prior)인 것에 기초한다.
3개의 위약 코호트 간의 유사성에 대한 가정이 적절하다고 간주되는 경우, 위약 코호트를 통합하고, 위약에 대한 각각의 활성 용량에 대한 쌍별 차이에 대해 단일 위약 대조군을 사용할 것이다. 유사성에 대한 가정이 부적절하다고 간주되는 경우, 각각의 위약 용량은 별도의 용량 수준으로 모델에 포함되고, 각각의 활성 용량과 위약 간의 쌍별 비교는 관련 활성 용량에 대한 매칭 위약 용량 데이터만 사용하여 수행될 것이다.
기준선으로부터의 조정된 사후 평균 백분율 변화 및 제16주의 각각의 치료에 대한 연관된 95% HDP CrI가, 각각의 방문 시 위약으로부터의 조정된 평균 차이 및 각각의 활성 용량에 대한 연관된 95% HDP CrI 및 각각의 처리 차이가 0%, 20%, 30% 및 -50% 미만일 확률과 함께 보고될 것이다.
모델의 모든 매개변수에 대한 사후 샘플의 사후 밀도 플롯 및 모델의 기초가 되는 분포 가정을 평가하기 위한 잔차 플롯을 포함하는, 모델 검사 및 진단 플롯을 생성할 것이다. 데이터가 무작위로 누락되었다는 가정은 제16주 방문 이전에 연구 약물을 중단한 참가자와 비교하여 16주 연구 약물을 완료한 참가자의 하위군에 대해서, 치료군에 의한 방문에 대한 PASI 점수의 평균 백분율 변화를 플로팅함으로써 평가될 것이다.
모델 검사 및 진단 플롯이 분석의 기초가 되는 가정의 위반을 나타내는 경우, 관찰된 위반 유형에 적절한 대체 통계학적 방법이 고려될 것이다.
이 1차 분석은 본 명세서에 정의된 2개의 지원 모수를 사용하여 반복될 것이다.
1차 모수를 갖는 모델에 대해서 추가 민감성 분석을 수행할 것인데, 여기서 치료 실패로 인해 연구 약물을 철회한 참가자(참가자가 플라크 건선을 위해서 경구 작용제, 생물학적 또는 중간 또는 고효력 국소 요법을 시작함으로써 입증됨)는 연구 약물 중단 후 모든 방문에서 치료 중 최대 값에 도달함(즉, 이월된 최악의 점수)에 따라 귀속되는 PASI로부터의 백분율 변화를 가질 것이다.
위약 코호트 사이의 유사성에 대한 가정이 뒷받침되는 경우, 합동 코호트에 대한 용량-반응 모델을 사용하여 PASI 점수의 기준선에서 제16주까지의 백분율 변화에 대한 보충 분석을 수행할 것이다. 로그-선형, 3-매개변수 및 4-매개변수 Emax 모델을 출력에 사용하기 위해 선택된 가장 적합한 모델(가장 낮은 DIC)과 피팅하고, 비교할 것이다.
용량-반응 모델을 E0 및 Emax에 대한 비정보 사전분포 및 ED50(3- 및 4-매개변수 모델만)에 대한 FUP 및 기울기 매개변수 m(4-매개변수 모델만)을 사용한 베이시안 기술을 사용하여 데이터에 피팅할 것이다. 이러한 추론 선택의 근거는 FUP가 용량 범위 전체에서 편평한 선을 향해 용량 반응을 수축시키기 때문에, 최대 가능성과 비교하여 용량-반응 관계에 대한 보다 보수적인 추정치를 제공하기 때문이다(문헌[Bornkamp 2014]). 모델은 SAP에 전부 기재될 것이다.
선택된 모델에 기초하여, 각각의 활성 용량에 대한 위약과의 차이에 대한, 연관된 95% HDP CrI를 갖는 사후 평균은 사후 평균 및 각각의 활성 용량에 대한 위약으로부터의 치료 차이의 95% HDP CrI 및 위약과의 차이가 0, -20%, -30% 및 -50% 미만인 사후 확률과 함께, 각각의 활성 용량과 위약 간의 쌍별 차이에 대해 생성될 것이다. 용량 반응 모델에서 추가 민감도 분석이 수행될 것인데, 여기서 치료로 인해서 연구 약물을 철회한 참가자는 연구 약물을 중단한 후 100%로서 귀속되는 PASI로부터의 제16주 백분율 변화를 가질 것이다.
PASI 점수의 기준선으로부터의 백분율 변화는 방문에 의해서 요약될 것이다.
2차 효능 평가변수의 분석:
모든 2차 분석은 위약 코호트에 대한 유사성 가정이 적절하다고 간주되는 경우 합동 위약군을 사용하거나 유사성 가정이 적절하지 않은 것으로 간주되는 경우 3개의 코호트-수준 위약군을 사용하여 수행될 것이다.
달리 명시되지 않는 한, 모든 2차 분석은 어떠한 프로토콜 위반도 고려하지 않고, 치료 중단 후 수집된 데이터를 제외하고 mITT 세트에 대해 수행될 것이다. 용량은 범주 변수로 처리되며, 용량 반응 모델링은 수행되지 않을 것이다. 관심 비교는 개별 프레보텔라 균주 B 50329 용량과 위약 간의 비교일 것이다. 계산된 모든 사후 확률 및 CrI는 수행된 다중성에 대한 추가 조정 없이 설명적인 것으로 간주될 것이다.
데이터를 수집된 그대로 분석할 것이고, 누락 데이터의 대체를 수행할 것이다.
4주, 8주 및 12주에 PASI 점수의 기준선으로부터의 평균 백분율 변화를 1차 모수에 대해서 MMRM의 일부로서 분석할 것이다. 제16주 시점에 대해 생성된 동일한 통계학이 또한 제4주, 제8주 및 제12주에 생성될 것이다.
다음 2차 평가변수를 1차 분석에 대해서 기재된 바와 동일한 방식으로 분석할 것이다.
PASI-50의 경우, 로짓 링크 함수(logit link function)를 사용한 베이시안 일반화 선형 혼합 효과 모델을 모든 방문으로부터의 데이터를 사용하여 피팅할 것이다. 치료*방문 및 기준선 PASI 점수*방문 상호작용은 고정 효과로 모델에 포함될 것이다. 체질량 지수, 성별 및 기타 기준선 공변량이 또한 고려될 것이고, 유의한 것(p<0.05)으로 확인되면 고정된 효과로서 피팅된다. 각각의 방문에서 위약과 비교한 각각의 활성 용량에 대한 교차비 및 95% HDP CrI를 제시할 것이다.
PASI-50에 대한 민감도 분석을 또한 상기에 기재된 것과 동일한 방식으로 수행할 것이며, 여기서 치료 실패로 인해 제16주 이전에 연구 약물을 철회한 참가자는 연구 약물 철회 후 모든 방문에서 '달성되지 않음'으로 귀속되는 PASI-50 매개변수를 갖는 모델에 포함될 것이다.
2점 이상의 개선으로 0 또는 1의 PGA를 달성한 참가자의 백분율 및 0의 PGA를 달성한 참가자의 백분율을 PASI-50에 대해 상기에 기재된 것과 동일한 방식으로 분석할 것이다.
PASI-50의 첫 번째 달성까지의 시간 동안, 베이시안 콕스 비례 위험 모델을 공변량으로서 치료 및 기준선 PASI 점수에 피팅할 것이다. 위약과 비교한 각각의 활성 용량에 대한 위험비 및 95% HDP CrI를 제시할 것이다.
탐색적 효능 평가변수의 분석
탐색적 평가변수는 mITT 집단을 사용하여 요약될 것이고, 치료 중단 후 수집된 데이터는 제외되지만, 어떠한 프로토콜 위반도 고려되지 않는다. 탐색적 평가변수에 대해서 수행될 모든 분석의 세부사항을 SAP에 설명할 것이다.
바이오마커의 분석은 연구 SAP 외부의 데이터 분석 계획에서 다루어질 것이다.
약동학 분석:
혈액 샘플에서 정량 가능한 농도의 프레보텔라 균주 B 50329를 갖는 참가자의 수 및 백분율을 방문에 의해 설정된 안전성을 사용하여 요약할 것이다. 위약 참가자는 단일 치료군으로 통합될 것이다. 치료군 내 참가자의 적어도 20%가 방문 중 하나에서 정량 가능한 수준을 갖는 것으로 발견되는 경우, 그 농도는 해당 방문에서 관련 치료군에 대한 연속 변수로 요약될 것이다.
중간 분석
참가자의 적어도 50%가 적어도 12주의 치료를 완료하거나 치료를 철회한 후 연구를 수행하는 동안 중간 분석을 수행할 수 있다. 이 분석의 목적은 향후 연구 계획을 지원하고 프레보텔라 균주 B 50329의 유익/유해 프로파일을 더 잘 이해하는 것을 목적으로 할 것이다.
중간 분석을 위해, 맹검되지 않은 집계 결과는 전략적 계획 사용을 위해 맹검되지 않은 팀에 의해 생성될 것이다. 이는 개별 연구 데이터의 수집 및 검토에 관여할 임의의 연구 현장 직원, 참가자 또는 임상 모니터와 공유되지 않을 것이다.
중간 분석은 PASI 점수, 2차 평가변수 및 안전성 평가변수에서 기준선으로부터 백분율 변화의 1차 평가변수를 살펴볼 것이다. 합동 위약과 비교하여 각각의 활성 용량에서 적어도 20% 더 낮은 PASI 점수의 기준선으로부터 백분율 변화의 사후 예측 확률(문헌[Spiegelhalter et al 2004])을 또한 1차 분석에 대해서 기재된 베이시안 MMRM을 사용하여 제12주에 발견된 치료 차이의 추정치를 사용하여 계산할 것이다. 모든 활성 용량에 대한 사후 예측 확률이 30% 미만인 것으로 밝혀진 경우, 연구는 무의미로 인해서 중단될 수 있다.
연구 수행에 관한 결정은 무의미로 인해서 연구를 조기에 중단할 가능성 외에는 이러한 평가에 기초하지 않을 것이며, 우수한 효능이 발견되면 연구를 중단하지 않을 것이다. 비맹검 처리 배정을 특징으로 하는 결과는 비맹검 분석군에 의해 생성될 것이다(데이터 보급 계획에 포함됨).
참고문헌
참고문헌에 의한 통합
본 명세서에 언급된 모든 공보 특허 출원은 각각의 개별 공보 또는 특허 출원이 구체적이고 개별적으로 참고에 의해 통합된 것으로 표시된 것처럼 그의 전문이 본 명세서에 참고로 통합된다. 상충되는 경우, 본 명세서의 임의의 정의를 포함하여 본 출원이 우선시될 것이다.
등가물
당업자는 본 명세서에 기재된 본 발명의 특정 실시형태와 많은 등가물을 일상적인 실험을 사용하여 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 하기 청구범위에 의해 포함되는 것으로 의도된다.
SEQUENCE LISTING
<110> EVELO BIOSCIENCES, INC.
<120> COMPOSITIONS AND METHODS OF TREATING PSORIASIS AND ATOPIC
DERMATITIS USING PREVOTELLA HISTICOLA
<130> ETB-04725
<140> PCT/US2020/044851
<141> 2020-08-04
<150> 63/030,581
<151> 2020-05-27
<150> 63/023,559
<151> 2020-05-12
<150> 62/940,005
<151> 2019-11-25
<150> 62/930,370
<151> 2019-11-04
<150> 62/883,943
<151> 2019-08-07
<150> 62/883,085
<151> 2019-08-05
<160> 69
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 770
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 1
Met Asn Leu Lys Thr Phe Thr Lys Thr Val Leu Cys Phe Ala Leu Phe
1 5 10 15
Ala Val Ser Ala Ile Thr Ala Lys Ala Ala Asp His Leu Ala Ile Val
20 25 30
Gly Glu Ala Val Trp Gly Gly Trp Asp Leu Val Lys Ala Thr Ala Met
35 40 45
Val Lys Ser Pro Asn Asn Pro Asp Val Phe Met Ala Thr Val His Leu
50 55 60
Asn Ala Gly Lys Gly Phe Lys Phe Leu Thr Glu Arg Glu Trp Gly Lys
65 70 75 80
Leu Glu Tyr Arg Ser Gly Ala Ser Asp Val Val Leu Lys Ser Gly Ile
85 90 95
Arg Tyr Lys Leu Tyr Ala Ser Ile Gly Ala Ser Glu Asp Gly Lys Phe
100 105 110
Lys Val Ser Glu Ser Ala Asn Tyr Glu Ile Ile Cys Asp Leu Ala Arg
115 120 125
Lys Thr Val Glu Val Lys Lys Val Ala Tyr Gln Ala Lys Glu Ile Arg
130 135 140
Tyr Ala Ala Leu Trp Met Ile Gly Asp Ala Thr Ala Gly Asp Trp Asp
145 150 155 160
Tyr Asn Asn Gly Val Leu Leu Ser Gln Asp Ser Gly Asn Pro Thr Cys
165 170 175
Tyr Thr Ala Thr Val Glu Leu Lys Glu Gly Glu Phe Lys Phe Thr Thr
180 185 190
Asn Lys Gln Trp Gly Tyr Asp His Ser Val Tyr Ile Phe Arg Asp Val
195 200 205
Asn Asp Gln Asn Lys Ile Val Phe Gly Gly Glu Asp Asn Lys Trp Arg
210 215 220
Ile Thr Glu Asp Gly Met Tyr Asn Val Thr Val Asp Val Pro Thr Lys
225 230 235 240
Thr Ile Ser Ile Lys Gln Ile Asp Asp Pro Ala Gly His Lys Pro Gln
245 250 255
Phe Gly Asn Asp Val Ile Leu Val Gly Asp Ala Thr Ile Ala Gly Trp
260 265 270
Asn Leu Asp Asn Ala Ile Tyr Leu Glu His Thr Gly Gln Ala Gly Arg
275 280 285
Val Phe Lys Thr Thr Thr Tyr Leu Glu Ala Gly Lys Gly Phe Lys Phe
290 295 300
Leu Ser Met Leu Ser Tyr Asp Asp Ile Asp Tyr Arg Pro Ala Asn Asn
305 310 315 320
Thr Val Leu Asn Pro Gly Val Pro Gly Thr Phe Val Pro Ser Leu Pro
325 330 335
Ser Ser Thr Asp Thr Lys Phe Ser Val Glu Arg Ser Gly Asn Tyr Asp
340 345 350
Ile Val Cys Asn Met Asn Asn Arg Thr Val Val Val Thr Leu Ser Glu
355 360 365
Asn Gln Val Leu Val Asn Tyr Pro Ala Leu Trp Leu Ile Gly Ser Ala
370 375 380
Thr Ser Ala Gly Trp Asn Pro Gly Lys Ala Val Glu Leu Lys Arg Ser
385 390 395 400
Glu Ala Asp Pro Ala Val Tyr Thr Ala Arg Val Gln Leu Lys Lys Gly
405 410 415
Glu Phe Lys Ile Leu Thr Ser Lys Asn Val Gly Phe Asp Gln Pro Thr
420 425 430
Tyr Tyr Arg Asp Ser Thr Asn Glu His Arg Ile Val Phe Gly Val Asp
435 440 445
Gly Asp Glu Val Ala Lys Lys Asp Cys Lys Trp Thr Leu Ser Glu Asn
450 455 460
Ala Glu Gly Thr Tyr Asp Val Thr Val Asp Ile Glu Ala Met Thr Ile
465 470 475 480
Phe Cys Asp Lys Val Asn Met Asp Glu Pro Ser Val Glu Ser Thr Asp
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
Val Thr His Leu Glu Ala Gly Lys Glu Phe Lys Phe Leu Thr Glu Leu
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Ala Trp Lys Arg Tyr Glu Tyr Arg Ala Glu Ser Leu Arg Lys Glu Leu
545 550 555 560
Gln Glu Gly Ser Met Ser Met Leu Val Pro Tyr Arg Tyr Thr Asn Asp
565 570 575
Lys Asp Asp Lys Asp His Asp Phe Lys Phe Val Val Lys Glu Ser Gly
580 585 590
Asn Tyr Glu Ile Val Cys Asp Leu Tyr Ile Pro Ala Leu Ile Ile Arg
595 600 605
Lys Val Arg Tyr Gln Asp Thr Pro Val Thr Tyr Ser Ser Leu Trp Ile
610 615 620
Val Gly Ser Ala Thr Pro Gly Gly Trp Thr Ile Glu Arg Gly Ile Lys
625 630 635 640
Met Thr Gln Asp Glu Asn Tyr Pro Thr Lys Phe Thr Ala Lys Ala Asn
645 650 655
Leu Val Pro Gly Glu Leu Lys Phe Ala Thr Asn Lys Phe Ala Asp Phe
660 665 670
Thr Gln Asp Phe Phe Phe Arg Gly Lys Asp Asp Tyr Thr Ala Val Leu
675 680 685
Gly Gly Asn Asp Asn Lys Trp Asn Ile Thr Glu Ala Gly Thr Tyr Ser
690 695 700
Val Thr Ile Asp Val Ala Ser Lys Arg Val Thr Ile Thr Lys Pro Ala
705 710 715 720
Arg Asn Ala Pro Thr Gly Ile Ser Thr Val Asp Ser Ser Asp Glu Ala
725 730 735
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Met Lys
770
<210> 2
<211> 193
<212> PRT
<213> Salmonella typhimurium
<400> 2
Met Asp Thr Tyr Gln Ile Leu Asp Ile Ile Gly Cys Ile Val Gly Leu
1 5 10 15
Ile Tyr Ile Tyr Gln Glu Tyr Lys Ala Ser Ile Trp Leu Trp Met Thr
20 25 30
Gly Ile Ile Met Pro Val Ile Tyr Met Phe Val Tyr Tyr Glu Ala Gly
35 40 45
Leu Tyr Ala Asp Phe Gly Met Gln Ile Tyr Tyr Thr Leu Ala Ala Ile
50 55 60
Tyr Gly Tyr Leu Tyr Trp Lys Leu Gly Lys Lys Lys Gly Thr Glu Asp
65 70 75 80
Lys Glu Ile Pro Ile Thr His Phe Pro Arg Arg Tyr Ile Ile Pro Ala
85 90 95
Ile Ile Val Phe Phe Val Leu Trp Ile Ala Leu Tyr Tyr Ile Leu Ile
100 105 110
Cys Phe Thr Asn Ser Thr Val Pro Val Leu Asp Ser Phe Gly Asn Ala
115 120 125
Leu Ser Phe Ile Gly Leu Trp Ala Leu Ala Lys Lys Tyr Leu Glu Gln
130 135 140
Trp Trp Ile Trp Ile Val Val Asp Ala Glu Leu Ser Ala Leu Tyr Ile
145 150 155 160
Tyr Lys Gly Ile Pro Phe Thr Ala Met Leu Tyr Ala Leu Tyr Thr Val
165 170 175
Ile Ala Val Ala Gly Tyr Phe Lys Trp Arg Arg Tyr Ile Lys Gln Gln
180 185 190
Lys
<210> 3
<211> 544
<212> PRT
<213> Bacillus licheniformis
<400> 3
Met Arg Val Arg Leu Tyr Lys Asn Ile Leu Leu Phe Leu Phe Leu Trp
1 5 10 15
Val Asn Thr Leu Ala Cys Val Ser Ala Asp Thr Ser Arg Thr Val Glu
20 25 30
Ser Gln Pro Ile Glu Asn Gly Leu Ile Ile Thr Glu Ser Lys Gly Trp
35 40 45
Leu Glu Thr Ile Tyr Ala Lys Trp Lys Pro Val Ala Glu Ala Asp Gly
50 55 60
Tyr Tyr Val Tyr Val Lys Gly Gly Gln Tyr Ala Asp Tyr Ser Lys Val
65 70 75 80
Asp Ser Glu Leu Ile Arg Val Tyr Asn Gly Tyr Val Arg Val Asp Ile
85 90 95
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100 105 110
Gly Gly Lys Glu Thr Gln Ser Ser Glu Val Thr Gly Leu Lys Val Leu
115 120 125
Asn Tyr Val Arg Glu Gly Phe Ala His Lys Asn Tyr Ser Gly Val Gly
130 135 140
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145 150 155 160
Val Asn Lys Asp Asn Ala Lys Thr Val Ser Ala His Leu Gly Lys Thr
165 170 175
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180 185 190
Ile Thr Thr Pro Leu Ser Val Arg Ile Leu Gly Leu Leu Arg Asn Gly
195 200 205
Asp Thr Asp Thr Phe Gly Ser Ser Thr Glu Gly Ile Gln Ile Lys Gly
210 215 220
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Asp Ala Ser Ile Tyr Gly Phe Gly Phe Leu Val Arg Asn Ala Lys Ser
245 250 255
Val Glu Phe Arg Asn Leu Gly Ile Met Arg Ala Met Asp Asp Gly Val
260 265 270
Ser Leu Asp Thr Asn Asn Ser Asn Ile Trp Ile His His Met Asp Leu
275 280 285
Phe Tyr Gly Lys Ala Ser Gly Gly Asp His Ile Lys Gly Asp Gly Ser
290 295 300
Ile Asp Val Lys Thr Asp Ser Lys Tyr Val Thr Ile Asp Asn Cys His
305 310 315 320
Phe Trp Asp Thr Gly Lys Thr Ser Met Cys Gly Met Lys Lys Glu Thr
325 330 335
Gly Pro Asn Tyr Ile Thr Tyr His His Asn Trp Phe Asp His Ser Asp
340 345 350
Ser Arg His Ala Arg Val Arg Thr Met Ser Val His Leu Trp Asn Asn
355 360 365
Tyr Tyr Asp Gly Cys Ala Lys Tyr Gly Ile Gly Ala Thr Met Gly Cys
370 375 380
Ser Val Phe Ser Glu Asn Asn Tyr Phe Arg Ala Thr Lys Asn Pro Ile
385 390 395 400
Leu Ile Ser Lys Gln Gly Ser Asp Ala Lys Gly Thr Gly Lys Phe Ser
405 410 415
Gly Glu Pro Gly Gly Met Val Lys Glu Tyr Gly Ser Leu Phe Thr Glu
420 425 430
Lys Gly Ala Glu Ser Thr Tyr Thr Pro Ile Ser Tyr Ala Asp Asn Asn
435 440 445
Ser Ser Phe Asp Phe Tyr His Ala Ile Ser Arg Asn Glu Lys Val Pro
450 455 460
Ala Ser Val Lys Thr Leu Asn Gly Gly Asn Ile Tyr Asn Asn Phe Asp
465 470 475 480
Thr Asp Ala Ala Leu Met Tyr Ser Tyr Thr Pro Asp Ala Thr Ala Leu
485 490 495
Val Pro Ser Gln Val Thr Gly Phe Tyr Gly Ala Gly Arg Leu Asn His
500 505 510
Gly Ser Leu Gln Phe Lys Phe Asn Asn Ala Val Glu Asp Thr Asn Ser
515 520 525
Thr Pro Ile Pro Ala Leu Glu Ala Leu Ile Asp Ala Tyr Ser Gly Lys
530 535 540
<210> 4
<211> 366
<212> PRT
<213> Streptococcus gordonii
<400> 4
Met Lys Tyr Asn Ile Ala Tyr Cys Ile Glu Gly Phe Tyr Asn His Gly
1 5 10 15
Gly Met Glu Arg Ile Leu Ser Val Cys Ala Asn Leu Leu Ser Asp Ile
20 25 30
Tyr Ser Ile Thr Ile Ile Val Ala Asn Gln Arg Gly Arg Glu His Ala
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Tyr Asn Leu Ala Gln Asn Val Asn Val Val Asp Leu Gly Val Ser Cys
50 55 60
Lys Asn Tyr Lys Glu Glu Tyr Lys Lys Ser Leu Thr Arg Tyr Leu Gln
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Asp His Gln Phe Ser Val Val Ile Ser Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe
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Phe Leu Pro Gln Ile Lys Asp Gly Ser Lys Lys Val Met Trp Phe His
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Phe Ala Phe Asp Val Ser Lys Met Phe Leu Ser Glu Arg Phe His Gly
115 120 125
Trp Lys Leu Asn Leu Leu Tyr Tyr Ile His Thr Ile Arg Arg Ile Tyr
130 135 140
Phe Ala Lys Lys Phe Asp Thr Ile Val Val Leu Ser Lys Ser Asp Cys
145 150 155 160
Asp Ser Trp Ser Arg Phe Cys Asn Asn Val Lys Tyr Ile Tyr Asn Pro
165 170 175
Ile Thr Ile Asp Arg Lys Val Ile Ser Asn Leu Ser Glu Glu Ser Val
180 185 190
Ile Ala Val Gly Arg Leu Gly Trp Gln Lys Gly Phe Asp Phe Leu Ile
195 200 205
Asp Ser Trp Val Leu Val Asp Asp Lys His Pro Asp Trp His Leu Asp
210 215 220
Ile Phe Gly Glu Gly Pro Asp Arg Leu Glu Leu Gln His Gln Ile Asp
225 230 235 240
Arg Lys Gly Leu His Asp Lys Val Arg Leu Cys Gly Val Thr Lys Gln
245 250 255
Ile Glu Glu Glu Tyr Gly Lys His Ser Ile Tyr Val Met Ser Ser Arg
260 265 270
Ala Glu Gly Phe Pro Leu Ala Leu Leu Glu Ala Ser Ser Cys Gly Leu
275 280 285
Pro Met Ile Ser Phe Asn Cys His Gln Gly Pro Asn Glu Ile Ile Gln
290 295 300
Glu Gly Glu Asn Gly Phe Leu Val Asp Lys Val Gly Asp Ile Tyr Thr
305 310 315 320
Leu Ser Asp Arg Ile Cys Lys Leu Ile Glu Asp Asn Asn Leu Arg Asn
325 330 335
Met Met Gly Lys Lys Ala Leu Asp Ser Ser Phe Arg Phe Glu Gly Glu
340 345 350
Val Ile Lys Lys Asp Trp Ile Ser Leu Leu Lys Gln Leu Ile
355 360 365
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<211> 158
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 5
Met Lys Arg Leu Phe Phe Met Phe Leu Phe Leu Gly Thr Ile Thr Met
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Asn Ser Leu Ala Gln Glu Glu Lys Pro Ile Lys Tyr Glu Thr Lys Asn
20 25 30
Phe Ser Leu Pro Asp Lys Met Pro Leu Tyr Pro Gly Gly Asp Gly Ala
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Leu Arg Ala Phe Leu Ser Leu Asn Leu His Tyr Pro Glu Lys Ala Gln
50 55 60
Ala Phe Gly Val Glu Gly Arg Ser Leu Met Lys Phe Cys Val Ser Ser
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Tyr Asn Arg Thr Glu Phe Asn Lys Leu Pro Leu Ser Lys Gln Glu Ser
100 105 110
Leu Lys Lys Glu Cys Ala Lys Ala Phe Ala Lys Glu Ala Ala Arg Val
115 120 125
Ile Arg Leu Met Pro Lys Trp Glu Pro Ala Glu Leu Asn Gly Lys Lys
130 135 140
Met Asn Val Tyr Tyr Ser Leu Pro Phe Thr Phe Lys Leu Arg
145 150 155
<210> 6
<211> 415
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 6
Met Asn Tyr Pro Leu Phe Ile Ala Arg Lys Ile Tyr Asn Gly Gly Asp
1 5 10 15
Arg Thr Arg Lys Val Ser Lys Pro Ala Ile Arg Ile Ala Thr Ile Gly
20 25 30
Val Ala Ile Gly Leu Ala Val Met Ile Ile Ser Val Gly Val Val Leu
35 40 45
Gly Phe Lys His Thr Ile Arg Asn Lys Val Val Gly Phe Gly Ser Asp
50 55 60
Ile Thr Val Ala Asn Phe Leu Thr Leu Gln Ser Ser Glu Gln Tyr Pro
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85 90 95
Ile Lys His Val Gln Arg Tyr Asp Tyr Thr Gln Gly Ile Leu Lys Thr
100 105 110
Asp Asn Asp Phe Leu Gly Val Leu Leu Lys Gly Val Gly Pro Asp Phe
115 120 125
Asp Ser Thr Phe Ile His Glu Asn Met Val Glu Gly Ser Leu Pro His
130 135 140
Phe His Asp Asn Glu Ser Gln Gln Lys Ile Val Ile Ser Lys Thr Ile
145 150 155 160
Ala Asp Lys Leu Asn Leu Lys Val Gly Gln Arg Ile Phe Ala Tyr Phe
165 170 175
Ile Asn Lys Gln Gly Val Arg Thr Arg Lys Phe Thr Ile Thr Gly Ile
180 185 190
Tyr Ala Thr Asn Met Lys Gln Phe Asp Ser Gln Ile Cys Phe Thr Asp
195 200 205
Ile Tyr Thr Thr Asn Lys Leu Asn Gly Trp Glu Pro Asp Gln Tyr Ser
210 215 220
Gly Ala Glu Leu Gln Val Asp Asn Phe Ser Gln Leu Thr Pro Ile Ser
225 230 235 240
Met Arg Val Leu Asn Lys Val Lys Asn Thr Val Asp His Tyr Gly Gly
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Trp Leu Asp Leu Met Asp Met Asn Val Trp Ile Ile Leu Ala Leu Met
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Leu Glu Arg Thr Gln Met Ile Gly Ile Leu Lys Ala Leu Gly Ser Arg
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245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
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<213> Prevotella histicola
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<213> Escherichia coli
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290 295 300
Ala Asp His Phe Ile Leu Ala Ser Gly Ser Phe Met Ser His Gly Ile
305 310 315 320
Arg Ser Asn Tyr Ala Gly Val Tyr Glu Pro Val Phe Lys Leu Asp Val
325 330 335
Asp Ala Ala Glu Lys Arg Asp Asp Trp Ser Val Thr Asn Ala Phe Glu
340 345 350
Ala Gln Pro Tyr Met Glu Phe Gly Val His Thr Asp Lys Asp Phe His
355 360 365
Ala Thr Lys Asp Gly Lys Asn Ile Glu Asn Leu Tyr Ala Ile Gly Ser
370 375 380
Val Leu Ser Gly His Asn Ser Ile Lys His Ala Asp Gly Thr Gly Val
385 390 395 400
Ser Leu Leu Thr Ala Leu Tyr Val Ala Lys Lys Ile Thr Gly Lys Gly
405 410 415
<210> 18
<211> 416
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 18
Met Ala Glu Gly Ile Gln Leu Lys Asn Ile Ser Gly Asn Asn Leu Glu
1 5 10 15
Gln Cys Leu Lys Cys Ser Ile Cys Thr Ala Tyr Cys Pro Val Ser Ala
20 25 30
Val Glu Pro Lys Tyr Pro Gly Pro Lys Gln Ser Gly Pro Asp Gln Glu
35 40 45
Arg Tyr Arg Leu Lys Asp Ser Lys Phe Phe Asp Glu Ala Leu Lys Met
50 55 60
Cys Leu Asn Cys Lys Arg Cys Glu Val Ala Cys Pro Ser Gly Val Arg
65 70 75 80
Ile Ala Asp Ile Ile Gln Ala Ser Arg Ile Thr Tyr Ser Thr His Arg
85 90 95
Pro Ile Pro Arg Asp Ile Met Leu Ala Asn Thr Asp Phe Val Gly Thr
100 105 110
Met Ala Asn Met Val Ala Pro Ile Val Asn Ala Thr Leu Gly Leu Lys
115 120 125
Pro Val Lys Ala Val Leu His Gly Val Met Gly Ile Asp Lys His Arg
130 135 140
Thr Phe Pro Ala Tyr Ser Ser Gln Lys Phe Glu Thr Trp Tyr Lys Arg
145 150 155 160
Met Ala Ala Lys Lys Gln Asp Ser Tyr Ser Lys His Val Ser Tyr Phe
165 170 175
His Gly Cys Tyr Val Asn Tyr Asn Phe Pro Gln Leu Gly Lys Asp Leu
180 185 190
Val Lys Ile Met Asn Ala Val Gly Tyr Gly Val His Leu Leu Glu Lys
195 200 205
Glu Lys Cys Cys Gly Val Ala Leu Ile Ala Asn Gly Leu Ser Gly Gln
210 215 220
Ala Arg Arg Gln Gly Lys Val Asn Ile Arg Ser Ile Arg Lys Ala Ala
225 230 235 240
Glu Gln Asn Arg Ile Val Leu Thr Thr Ser Ser Thr Cys Thr Phe Thr
245 250 255
Met Arg Asp Glu Tyr Glu His Leu Leu Asp Ile Lys Thr Asp Asp Val
260 265 270
Arg Glu Asn Ile Thr Leu Ala Thr Arg Phe Leu Tyr Arg Leu Ile Glu
275 280 285
Lys Gly Asp Ile Lys Leu Ala Phe Arg Lys Asp Phe Lys Met Arg Thr
290 295 300
Ala Tyr His Ser Ala Cys His Met Glu Lys Met Gly Trp Ile Ile Tyr
305 310 315 320
Ser Thr Glu Leu Leu Lys Met Ile Pro Gly Leu Glu Leu Ile Met Leu
325 330 335
Asp Ser Gln Cys Cys Gly Ile Ala Gly Thr Tyr Gly Phe Lys Lys Glu
340 345 350
Asn Tyr Gln Arg Ser Gln Glu Ile Gly Glu Gly Leu Phe Lys Gln Ile
355 360 365
Lys Glu Leu Asn Pro Asp Cys Val Ser Thr Asp Cys Glu Thr Cys Lys
370 375 380
Trp Gln Ile Glu Met Ser Thr Gly Tyr Glu Val Lys Asn Pro Ile Ser
385 390 395 400
Ile Leu Ala Asp Ala Leu Asp Val Glu Glu Thr Ile Lys Leu Asn Gln
405 410 415
<210> 19
<211> 270
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 19
Met Met Ile Lys Asn Ile Val Leu Ser Ile Pro Ile Ser Leu Ile Ile
1 5 10 15
Tyr Leu Asn His Leu Ile Met Glu Tyr Ser Met Thr Thr Gln Phe Leu
20 25 30
Met Glu Leu Ile Gly Thr Leu Ile Leu Val Leu Phe Gly Asp Gly Val
35 40 45
Cys Ala Cys Val Thr Leu Asn Lys Ser Lys Gly Gln Lys Ala Gly Trp
50 55 60
Val Val Ile Thr Ile Ala Trp Gly Leu Ala Val Cys Met Gly Val Leu
65 70 75 80
Val Ala Gly Pro Tyr Thr Gly Ala His Leu Asn Pro Ala Val Ser Ile
85 90 95
Gly Leu Ala Val Ala Gly Met Phe Pro Trp Ser Ser Val Pro Tyr Tyr
100 105 110
Ile Val Ala Gln Met Ile Gly Gly Phe Leu Gly Gly Leu Leu Val Trp
115 120 125
Phe Phe Tyr Lys Asp His Tyr Asp Ala Thr Asp Asp Glu Ala Ala Lys
130 135 140
Leu Gly Thr Phe Cys Thr Ser Pro Ala Ile Arg Asn Tyr Lys Met Asn
145 150 155 160
Phe Leu Ser Glu Val Ile Ala Thr Leu Val Leu Val Phe Ile Ile Ile
165 170 175
Ser Phe Ser Val Asp Gly Asn Thr Gly Asp Ala Glu His Phe Lys Phe
180 185 190
Gly Leu Ala Ala Leu Gly Pro Ile Pro Val Thr Leu Leu Ile Ile Ala
195 200 205
Leu Gly Met Ser Leu Gly Gly Thr Thr Gly Tyr Ala Met Asn Pro Ala
210 215 220
Arg Asp Leu Ser Pro Arg Leu Ala His Ala Val Cys Met Lys Gly Asp
225 230 235 240
Asn Asp Trp Ser Tyr Ser Trp Ile Pro Val Leu Gly Pro Ile Ile Gly
245 250 255
Ala Ile Ile Ala Gly Phe Cys Gly Ala Ala Leu Leu Leu Val
260 265 270
<210> 20
<211> 398
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 20
Met Ser Glu Lys Ile Ile Pro Ser Asn Glu Pro Ala Gln Ala Ala Ser
1 5 10 15
Glu Pro Ile Lys Ala Ser Tyr Thr Glu Tyr Thr Val Ile Pro Ser Gln
20 25 30
Gly Tyr Cys Gln Phe Val Lys Cys Lys Lys Gly Asp Gln Pro Val Val
35 40 45
Leu Lys Gly Leu Lys Glu Ala Tyr Arg Glu Arg Val Leu Leu Arg Asn
50 55 60
Ala Leu Lys Arg Glu Phe Lys Gln Cys Gln Arg Leu Asn His Pro Gly
65 70 75 80
Ile Val Arg Tyr Gln Gly Leu Val Asp Val Glu Gly Tyr Gly Leu Cys
85 90 95
Ile Glu Glu Glu Tyr Val Asp Gly Arg Thr Leu Gln Ala Tyr Leu Lys
100 105 110
Glu Ser His Thr Asp Asp Glu Lys Ile Thr Ile Val Asn Gln Ile Ala
115 120 125
Asp Ala Leu Arg Tyr Ala His Gln Gln Gly Val Ala His Arg Asn Leu
130 135 140
Lys Pro Ser Asn Ile Leu Ile Thr Lys Gln Gly Asp His Val Lys Leu
145 150 155 160
Ile Asp Phe Asn Val Leu Ser Leu Asp Asp Val Lys Pro Thr Ala Asp
165 170 175
Thr Thr Arg Phe Met Ala Pro Glu Leu Lys Asp Glu Thr Met Thr Ala
180 185 190
Asp Gly Thr Ala Asp Ile Tyr Ser Leu Gly Thr Ile Met Lys Val Met
195 200 205
Gly Leu Thr Leu Ala Tyr Ser Glu Val Ile Lys Arg Cys Cys Ala Phe
210 215 220
Lys Arg Ser Asp Arg Tyr Ser Asp Ile Asp Glu Phe Leu Ala Asp Phe
225 230 235 240
Asn His Asp Gly Ser Ser Phe Ser Met Pro Lys Ile Gly Lys Gly Thr
245 250 255
Val Val Ile Gly Phe Ile Ala Val Val Val Ile Ala Leu Ala Ala Leu
260 265 270
Ala Tyr Asn Tyr Gly Gly Ala Leu Val Asp Gln Val Gly Lys Ile Asp
275 280 285
Val Thr Ser Ile Phe Lys Ser Asp Ala Glu Thr Ala Pro Glu Asp Ser
290 295 300
Ala Met Val Lys Ser Val Glu Gln Asn Asn Asn Asp Ser Val Ala Asp
305 310 315 320
Glu Ala Pro Ala Thr Gly Lys Leu Ala Phe Met Asn Thr Met Lys Pro
325 330 335
Ala Leu Tyr Lys Asp Leu Asp Arg Leu Phe Ala Lys His Ser Asp Asp
340 345 350
Arg Ala Lys Leu Asn Arg Ala Ile Lys Val Tyr Tyr Arg Gly Leu Ile
355 360 365
Gln Ala Asn Asp Thr Leu Asp Asn Glu Gln Arg Ala Glu Leu Asp Arg
370 375 380
Val Phe Gly Asn Tyr Val Lys Gln Lys Lys Ala Ala Leu Lys
385 390 395
<210> 21
<211> 62
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 21
Met Leu Val Ala Gln Leu Phe Val Gly Val Leu Gln Ala Gln Lys Pro
1 5 10 15
Val Gln Asn Arg Arg Gln Ala Val Gly Gln Ser Met Glu Arg Gln Gly
20 25 30
Leu Val Asn Val Lys Ala Val Val Pro Ser Ile Lys Val Ala Leu Met
35 40 45
Tyr Ala Arg Thr Asp Asn Phe Cys His Arg Met Ala Leu Ser
50 55 60
<210> 22
<211> 440
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 22
Met Ile Thr Gly Leu Val Ile Ile Gln Leu Leu Ile Val Leu Ala Leu
1 5 10 15
Ile Phe Ile Gly Ala Arg Val Gly Gly Ile Gly Leu Gly Ile Tyr Gly
20 25 30
Met Ile Gly Val Phe Ile Leu Val Tyr Gly Phe Gly Leu Ala Pro Gly
35 40 45
Ser Ala Pro Ile Asp Val Met Met Ile Ile Val Ala Val Ile Thr Ala
50 55 60
Ala Ser Ala Leu Gln Ala Ser Gly Gly Leu Glu Tyr Leu Val Gly Val
65 70 75 80
Ala Ala Lys Phe Leu Gln Lys His Pro Asp His Ile Thr Tyr Phe Gly
85 90 95
Pro Ile Thr Cys Trp Leu Phe Cys Val Val Ala Gly Thr Ala His Thr
100 105 110
Ser Tyr Ser Leu Met Pro Ile Ile Ala Glu Ile Ala Gln Thr Asn Lys
115 120 125
Ile Arg Pro Glu Arg Pro Leu Ser Leu Ser Val Ile Ala Ala Ser Leu
130 135 140
Gly Ile Thr Cys Ser Pro Val Ser Ala Ala Thr Ala Ala Leu Ile Ser
145 150 155 160
Gln Asp Leu Leu Gly Ala Lys Gly Ile Glu Leu Gly Thr Val Leu Met
165 170 175
Ile Cys Ile Pro Thr Ala Phe Ile Ser Ile Leu Val Ala Ala Phe Val
180 185 190
Glu Asn His Ile Gly Lys Glu Leu Glu Asp Asp Pro Glu Tyr Lys Arg
195 200 205
Arg Val Ala Ala Gly Leu Ile Asn Pro Glu Ala Ala Cys Glu Glu Val
210 215 220
Gln Lys Ala Glu Asn Glu His Asp Pro Ser Ala Lys His Ala Val Trp
225 230 235 240
Ala Phe Leu Phe Gly Val Ala Leu Val Ile Leu Phe Gly Phe Leu Pro
245 250 255
Gln Leu Arg Pro Glu Gly Val Ser Met Ser Gln Thr Ile Glu Met Ile
260 265 270
Met Met Ser Asp Ala Ala Leu Ile Leu Leu Val Gly Lys Gly Lys Val
275 280 285
Gly Asp Ala Val Asn Gly Asn Ile Phe Lys Ala Gly Met Asn Ala Val
290 295 300
Val Ala Ile Phe Gly Ile Ala Trp Met Gly Asn Thr Phe Tyr Val Gly
305 310 315 320
Asn Glu Lys Ile Leu Asp Ala Ala Leu Ser Ser Met Ile Ser Ser Thr
325 330 335
Pro Ile Leu Phe Ala Val Ala Leu Phe Leu Leu Ser Ile Met Leu Phe
340 345 350
Ser Gln Ala Ala Thr Val Thr Thr Leu Tyr Pro Val Gly Ile Ala Leu
355 360 365
Gly Ile Asn Pro Leu Leu Leu Ile Ala Met Phe Pro Ala Cys Asn Gly
370 375 380
Tyr Phe Phe Leu Pro Asn Tyr Pro Thr Glu Val Ala Ala Ile Asp Phe
385 390 395 400
Asp Arg Thr Gly Thr Thr Arg Val Gly Lys Tyr Val Ile Asn His Ser
405 410 415
Phe Gln Ile Pro Gly Phe Ile Thr Thr Ile Val Ser Ile Leu Leu Gly
420 425 430
Val Leu Met Val Gln Phe Phe Arg
435 440
<210> 23
<211> 351
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 23
Met Arg Ile Leu Lys Ile Thr Phe Val Thr Val Leu Ala Leu Val Met
1 5 10 15
Ser Thr Val Val Phe Ala Gln Lys Pro Lys Ile Arg Ile Ile Ala Thr
20 25 30
Gly Gly Thr Ile Ala Gly Val Ser Ala Ser Ala Thr Ser Ser Ala Tyr
35 40 45
Gly Ala Gly Gln Val Gly Val Gln Thr Leu Ile Asp Ala Val Pro Gln
50 55 60
Ile Lys Asp Ile Ala Asp Val Ser Gly Glu Gln Leu Val Asn Ile Gly
65 70 75 80
Ser Gln Asp Met Asn Asp Glu Val Trp Leu Lys Leu Ala Lys Arg Ile
85 90 95
Asn Asp Leu Leu Asn Lys Glu Gly Tyr Asp Gly Val Leu Ile Thr His
100 105 110
Gly Thr Asp Thr Met Glu Glu Thr Ala Tyr Phe Leu Ser Leu Thr Val
115 120 125
His Thr Asp Lys Pro Val Val Met Val Gly Ser Met Arg Pro Ser Thr
130 135 140
Ala Ile Ser Ala Asp Gly Pro Ala Asn Leu Tyr Asn Gly Ile Cys Thr
145 150 155 160
Leu Val Asp Pro Ser Ser Lys Gly His Gly Val Met Val Cys Met Asn
165 170 175
Asn Glu Leu Phe Glu Ala Lys Ser Val Ile Lys Thr His Thr Thr Asp
180 185 190
Val Ser Thr Phe Lys Gly Gly Leu Tyr Gly Glu Met Gly Tyr Val Tyr
195 200 205
Asn Gly Lys Pro Tyr Phe Leu His Lys Pro Val Ala Lys Gln Gly Leu
210 215 220
Thr Ser Glu Phe Asn Val Asp Asn Leu Thr Ser Leu Pro Lys Val Gly
225 230 235 240
Ile Val Tyr Gly Tyr Ala Asn Cys Ser Pro Leu Pro Ile Gln Ala Phe
245 250 255
Val Asn Ala Lys Phe Asp Gly Ile Val Leu Ala Gly Val Gly Asp Gly
260 265 270
Asn Phe Tyr Lys Asp Val Phe Asp Val Ala Leu Lys Ala Gln Asn Ser
275 280 285
Gly Ile Gln Ile Val Arg Ser Ser Arg Val Pro Phe Gly Pro Thr Asn
290 295 300
Leu Asn Gly Glu Val Asp Asp Ala Lys Tyr His Phe Val Ala Ser Leu
305 310 315 320
Asn Leu Asn Pro Gln Lys Ala Arg Val Leu Leu Met Leu Ala Leu Thr
325 330 335
Lys Thr Lys Asp Trp Gln Lys Ile Gln Gln Tyr Phe Asn Glu Tyr
340 345 350
<210> 24
<211> 574
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 24
Met Ala Leu Ala Cys Ala Met Thr Met Ser Ala Ser Ala Gln Met Gly
1 5 10 15
Thr Asn Pro Lys Trp Leu Gly Asp Ala Ile Phe Tyr Gln Ile Tyr Pro
20 25 30
Ser Ser Tyr Met Asp Thr Asp Gly Asn Gly Ile Gly Asp Leu Pro Gly
35 40 45
Ile Thr Gln Lys Leu Asp Tyr Ile Lys Ser Leu Gly Val Asn Ala Ile
50 55 60
Trp Leu Asn Pro Val Phe Glu Ser Gly Trp Phe Asp Gly Gly Tyr Asp
65 70 75 80
Val Ile Asp Phe Tyr Lys Ile Asp Pro Arg Phe Gly Thr Asn Thr Asp
85 90 95
Met Val Asn Leu Val Lys Glu Ala His Lys Arg Gly Ile Lys Val Cys
100 105 110
Leu Asp Leu Val Ala Gly His Thr Ser Thr Lys Cys Pro Trp Phe Lys
115 120 125
Glu Ser Ala Asn Gly Asp Arg Asn Ser Arg Tyr Ser Asp Tyr Phe Ile
130 135 140
Trp Thr Asp Ser Ile Ser Glu Ala Asp Lys Lys Glu Ile Ala Glu Arg
145 150 155 160
His Lys Glu Ala Asn Pro Ala Ser Ser Thr His Gly Arg Tyr Val Glu
165 170 175
Met Asn Ala Lys Arg Gly Lys Tyr Tyr Glu Lys Asn Phe Phe Glu Cys
180 185 190
Gln Pro Ala Leu Asn Tyr Gly Phe Ala Lys Pro Asp Pro Asn Gln Pro
195 200 205
Trp Glu Gln Pro Val Thr Ala Pro Gly Pro Gln Ala Val Arg Arg Glu
210 215 220
Met Arg Asn Ile Met Ala Phe Trp Phe Asp Lys Gly Val Asp Gly Phe
225 230 235 240
Arg Val Asp Met Ala Ser Ser Leu Val Lys Asn Asp Trp Gly Lys Lys
245 250 255
Glu Val Ser Lys Leu Trp Asn Glu Met Arg Glu Trp Lys Asp Lys Asn
260 265 270
Tyr Pro Glu Cys Val Leu Ile Ser Glu Trp Ser Asp Pro Ala Val Ala
275 280 285
Ile Pro Ala Gly Phe Asn Ile Asp Phe Met Ile His Phe Gly Ile Lys
290 295 300
Gly Tyr Pro Ser Leu Phe Phe Asp Arg Asn Thr Pro Trp Gly Lys Pro
305 310 315 320
Trp Pro Gly Gln Asp Ile Ser Lys Asp Tyr Lys Phe Cys Tyr Phe Asp
325 330 335
Lys Ala Gly Lys Gly Glu Val Lys Glu Phe Val Asp Asn Phe Ser Glu
340 345 350
Ala Tyr Asn Ala Thr Lys Asn Leu Gly Tyr Ile Ala Ile Pro Ser Ala
355 360 365
Asn His Asp Tyr Gln Arg Pro Asn Ile Gly Thr Arg Asn Thr Pro Glu
370 375 380
Gln Leu Lys Val Ala Met Thr Phe Phe Leu Thr Met Pro Gly Val Pro
385 390 395 400
Phe Ile Tyr Tyr Gly Asp Glu Ile Gly Met Lys Tyr Gln Met Asp Leu
405 410 415
Pro Ser Lys Glu Gly Ser Asn Glu Arg Ala Gly Thr Arg Thr Pro Met
420 425 430
Gln Trp Thr Ser Gly Pro Thr Ala Gly Phe Ser Thr Cys Asn Pro Ser
435 440 445
Gln Leu Tyr Phe Pro Val Asp Thr Glu Lys Gly Lys Leu Thr Val Glu
450 455 460
Ala Gln Gln Asn Asp Pro Arg Ser Leu Leu Asn Tyr Thr Arg Glu Leu
465 470 475 480
Thr Arg Leu Arg His Ser Gln Pro Ala Leu Arg Gly Asn Gly Glu Trp
485 490 495
Ile Leu Val Ser Lys Glu Ser Gln Pro Tyr Pro Met Val Tyr Lys Arg
500 505 510
Thr Ser Gly Gly Glu Thr Val Val Val Ala Ile Asn Pro Ser Asp Lys
515 520 525
Lys Val Ser Ala Asn Ile Ala His Leu Gly Lys Ala Lys Ser Leu Ile
530 535 540
Met Thr Gly Lys Ala Ser Tyr Lys Thr Gly Lys Thr Glu Asp Ala Val
545 550 555 560
Glu Leu Asn Gly Val Ser Ala Ala Val Phe Lys Ile Ala Glu
565 570
<210> 25
<211> 244
<212> PRT
<213> Listeria monocytogenes
<400> 25
Met Asn Ile Ala Val Ile Phe Ala Gly Gly Ser Gly Leu Arg Met His
1 5 10 15
Thr Lys Ser Arg Pro Lys Gln Phe Leu Asp Leu Asn Gly Lys Pro Ile
20 25 30
Ile Ile Tyr Thr Leu Glu Leu Phe Asp Asn His Pro Gly Ile Asp Ala
35 40 45
Ile Val Val Ala Cys Ile Glu Ser Trp Ile Pro Phe Leu Glu Lys Gln
50 55 60
Leu Arg Lys Phe Glu Ile Asn Lys Val Val Lys Ile Val Pro Gly Gly
65 70 75 80
Glu Ser Gly Gln Ala Ser Ile Tyr Asn Gly Leu Cys Ala Ala Glu Ala
85 90 95
Tyr Ile Lys Ser Lys Asn Val Ala Ser Glu Asp Thr Thr Val Leu Ile
100 105 110
His Asp Gly Val Arg Pro Leu Ile Thr Glu Glu Thr Ile Thr Asp Asn
115 120 125
Ile Asn Lys Val Ala Glu Val Gly Ser Cys Ile Thr Cys Ile Pro Ala
130 135 140
Thr Glu Thr Leu Val Val Lys Gln His Asp Gly Ser Leu Glu Ile Pro
145 150 155 160
Ser Arg Ala Asp Ser Leu Ile Ala Arg Ala Pro Gln Ser Phe Leu Leu
165 170 175
Ser Asp Ile Leu Thr Ala His Arg Arg Ala Ile Asp Glu Lys Lys Asn
180 185 190
Asp Phe Ile Asp Ser Cys Thr Met Met Ser His Tyr Gly Tyr Arg Leu
195 200 205
Gly Thr Ile Ile Gly Pro Met Glu Asn Ile Lys Ile Thr Thr Pro Thr
210 215 220
Asp Phe Phe Val Leu Arg Ala Met Val Lys Val His Glu Asp Gln Gln
225 230 235 240
Ile Phe Gly Leu
<210> 26
<211> 327
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 26
Met Thr Glu Lys Lys Ser Val Ser Ile Val Leu Cys Thr Tyr Asn Gly
1 5 10 15
Thr Lys Tyr Leu Gln Glu Gln Leu Asp Ser Ile Leu Ala Gln Thr Tyr
20 25 30
Pro Leu His Glu Ile Ile Ile Gln Asp Asp Gly Ser Thr Asp Asn Thr
35 40 45
Trp Gln Ile Leu Glu Lys Tyr Glu Glu Lys Tyr Pro Leu Ile His Ile
50 55 60
Tyr His Asn Glu Gly Thr His Gly Val Asn Ala Asn Phe Leu Ser Ala
65 70 75 80
Met His Arg Thr Thr Gly Asp Phe Ile Ala Ile Ala Asp Gln Asp Asp
85 90 95
Ile Trp Glu Thr Asp Lys Ile Ala Asn Gln Met Thr Thr Ile Gly Asn
100 105 110
Lys Leu Leu Cys Ser Gly Leu Thr Arg Pro Phe Ser Ser Asp Gly Ser
115 120 125
Phe Ala Tyr Phe Asp Asn Arg Pro Arg Asn Val Ser Ile Phe Arg Met
130 135 140
Met Phe Leu Gly Leu Pro Gly His Thr Met Leu Phe Arg Arg Glu Leu
145 150 155 160
Leu Arg Met Met Pro Pro Val Thr His Ser Phe Phe Asn Val Ser Leu
165 170 175
Tyr Asp Ala Ala Leu Ser Ile Leu Ala Ala Ser His Asp Ser Ile Ala
180 185 190
Phe Cys Asn Lys Val Leu Val Asn Phe Arg Arg His Ala Asp Ala Thr
195 200 205
Thr Tyr Asn Asp Tyr Ser Arg Ser Leu Pro Ser Trp Gln Asn Gly Leu
210 215 220
Tyr Glu Leu Leu Trp Gly Leu Arg His Tyr His Gln Ala Arg Ser Ile
225 230 235 240
Ala Leu Pro Ile Tyr Arg Gly Lys Leu Ala Leu Met Glu Gly Ile Thr
245 250 255
Thr Asn Tyr His Asp Phe Ile Glu Ala Lys Ala Ile Met Arg Leu Glu
260 265 270
Thr Gln Lys Gly Leu Trp Ala Phe Leu Arg Leu Gln Tyr Leu Leu Thr
275 280 285
Lys Asn His Gln Arg Leu Phe Gln Thr Ser Gly Gly Ser Phe Ile Lys
290 295 300
Met Ile Arg Ala Trp Leu Tyr Pro Val Met Gln Leu Tyr Met Tyr His
305 310 315 320
His Ala Leu Arg Arg Cys Lys
325
<210> 27
<211> 437
<212> PRT
<213> Enterobacter cloacae
<400> 27
Met Glu Ser Phe Ile Ile Glu Gly Gly His Arg Leu Ser Gly Thr Ile
1 5 10 15
Ala Pro Gln Gly Ala Lys Asn Glu Ala Leu Glu Val Ile Cys Ala Thr
20 25 30
Leu Leu Thr Thr Glu Glu Val Ile Ile Arg Asn Ile Pro Asn Ile Leu
35 40 45
Asp Val Asn Asn Leu Ile Lys Leu Leu Gln Asp Ile Gly Val Lys Val
50 55 60
Lys Lys Leu Gly Ala Asn Asp Phe Ser Phe Gln Ala Asp Glu Val Lys
65 70 75 80
Leu Asp Tyr Leu Glu Ser Ile Asp Phe Val Lys Lys Cys Ser Ser Leu
85 90 95
Arg Gly Ser Val Leu Met Ile Gly Pro Leu Leu Gly Arg Phe Gly Lys
100 105 110
Ala Thr Ile Ala Lys Pro Gly Gly Asp Lys Ile Gly Arg Arg Arg Leu
115 120 125
Asp Thr His Phe Leu Gly Phe Lys Asn Leu Gly Ala Arg Phe Val Arg
130 135 140
Ile Glu Asp Arg Asp Val Tyr Glu Ile Gln Ala Asp Lys Leu Val Gly
145 150 155 160
Asp Tyr Met Leu Leu Asp Glu Ala Ser Val Thr Gly Thr Ala Asn Ile
165 170 175
Ile Met Ser Ala Val Met Ala Glu Gly Thr Thr Thr Ile Tyr Asn Ala
180 185 190
Ala Cys Glu Pro Tyr Ile Gln Gln Leu Cys His Leu Leu Asn Ala Met
195 200 205
Gly Ala Lys Ile Thr Gly Ile Ala Ser Asn Leu Ile Thr Ile Glu Gly
210 215 220
Val Thr Ser Leu His Gly Ala Glu His Arg Ile Leu Pro Asp Met Ile
225 230 235 240
Glu Val Gly Ser Phe Ile Gly Met Ala Ala Met Val Gly Asp Gly Val
245 250 255
Arg Ile Lys Asp Val Ser Ile Pro Asn Leu Gly Leu Ile Leu Asp Thr
260 265 270
Phe Arg Arg Leu Gly Val Gln Ile Ile Glu Asp Glu Asp Asp Leu Ile
275 280 285
Ile Pro Arg Gln Asp His Tyr Val Ile Asp Ser Phe Ile Asp Gly Thr
290 295 300
Ile Met Thr Ile Ser Asp Ala Pro Trp Pro Gly Leu Thr Pro Asp Leu
305 310 315 320
Ile Ser Val Leu Leu Val Val Ala Thr Gln Ala Gln Gly Ser Val Leu
325 330 335
Phe His Gln Lys Met Phe Glu Ser Arg Leu Phe Phe Val Asp Lys Leu
340 345 350
Ile Asp Met Gly Ala Gln Ile Ile Leu Cys Asp Pro His Arg Ala Val
355 360 365
Val Val Gly His Asp His Ala Lys Lys Leu Arg Ala Gly Arg Met Ser
370 375 380
Ser Pro Asp Ile Arg Ala Gly Ile Ala Leu Leu Ile Ala Ala Leu Thr
385 390 395 400
Ala Glu Gly Thr Ser Arg Ile Asp Asn Ile Ala Gln Ile Asp Arg Gly
405 410 415
Tyr Glu Asn Ile Glu Gly Arg Leu Asn Ala Leu Gly Ala Lys Val Gln
420 425 430
Arg Val Glu Ile Cys
435
<210> 28
<211> 772
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 28
Met Glu Arg Ser Gly Asn Phe Tyr Lys Ala Ile Arg Leu Gly Tyr Ile
1 5 10 15
Leu Ile Ser Ile Leu Ile Gly Cys Met Ala Tyr Asn Ser Leu Tyr Glu
20 25 30
Trp Gln Glu Ile Glu Ala Leu Glu Leu Gly Asn Lys Lys Ile Asp Glu
35 40 45
Leu Arg Lys Glu Ile Asn Asn Ile Asn Ile Gln Met Ile Lys Phe Ser
50 55 60
Leu Leu Gly Glu Thr Ile Leu Glu Trp Asn Asp Lys Asp Ile Glu His
65 70 75 80
Tyr His Ala Arg Arg Met Ala Met Asp Ser Met Leu Cys Arg Phe Lys
85 90 95
Ala Thr Tyr Pro Ala Glu Arg Ile Asp Ser Val Arg His Leu Leu Glu
100 105 110
Asp Lys Glu Arg Gln Met Cys Gln Ile Val Gln Ile Leu Glu Gln Gln
115 120 125
Gln Ala Ile Asn Asp Lys Ile Thr Ser Gln Val Pro Val Ile Val Gln
130 135 140
Lys Ser Val Gln Glu Gln Pro Lys Lys Ser Lys Arg Lys Gly Phe Leu
145 150 155 160
Gly Ile Phe Gly Lys Lys Glu Glu Ala Lys Pro Thr Val Thr Thr Thr
165 170 175
Met His Arg Ser Phe Asn Arg Asn Met Arg Thr Glu Gln Gln Ala Gln
180 185 190
Ser Arg Arg Leu Ser Val His Ala Asp Ser Leu Ala Ala Arg Asn Ala
195 200 205
Glu Leu Asn Arg Gln Leu Gln Gly Leu Val Val Gln Ile Asp Gly Lys
210 215 220
Val Gln Thr Asp Leu Gln Lys Arg Glu Ala Glu Ile Thr Ala Met Arg
225 230 235 240
Glu Arg Ser Phe Ile Gln Ile Gly Gly Leu Thr Gly Phe Val Ile Leu
245 250 255
Leu Leu Val Ile Ser Tyr Ile Ile Ile His Arg Asn Ala Asn Arg Ile
260 265 270
Lys Arg Tyr Lys Gln Glu Thr Ala Asp Leu Ile Glu Arg Leu Gln Gln
275 280 285
Met Ala Lys Arg Asn Glu Ala Leu Ile Thr Ser Arg Lys Lys Ala Val
290 295 300
His Thr Ile Thr His Glu Leu Arg Thr Pro Leu Thr Ala Ile Thr Gly
305 310 315 320
Tyr Ala Gly Leu Ile Gln Lys Asn Phe Asn Ala Asp Lys Thr Gly Met
325 330 335
Tyr Ile Arg Asn Ile Gln Gln Ser Ser Asp Arg Met Arg Glu Met Leu
340 345 350
Asn Thr Leu Leu Ser Phe Phe Arg Leu Asp Asp Gly Lys Glu Gln Pro
355 360 365
Asn Phe Ser Thr Cys Arg Ile Ser Ser Ile Ala His Thr Leu Glu Ser
370 375 380
Glu Phe Met Pro Ile Ala Ile Asn Lys Gly Leu Ala Leu Thr Val Thr
385 390 395 400
Asn His Thr Asp Ala Val Val Leu Thr Asp Lys Glu Arg Ile Leu Gln
405 410 415
Ile Gly Asn Asn Leu Leu Ser Asn Ala Ile Lys Phe Thr Glu Asn Gly
420 425 430
Ala Val Ser Leu Thr Met Gly Tyr Asp Asn Gly Met Leu Lys Leu Ile
435 440 445
Val Lys Asp Thr Gly Ser Gly Met Thr Glu Glu Glu Gln Gln Arg Val
450 455 460
Phe Gly Ala Phe Glu Arg Leu Ser Asn Ala Ala Ala Lys Asp Gly Phe
465 470 475 480
Gly Leu Gly Leu Ser Ile Val Gln Arg Ile Val Thr Met Leu Gly Gly
485 490 495
Thr Ile Gln Leu Lys Ser Glu Lys Gly Lys Gly Ser Arg Phe Thr Val
500 505 510
Glu Ile Pro Met Gln Ser Ala Glu Glu Leu Pro Glu Arg Ile Asn Lys
515 520 525
Thr Gln Ile His His Asn Arg Thr Leu His Asp Ile Val Ala Ile Asp
530 535 540
Asn Asp Lys Val Leu Leu Leu Met Leu Lys Glu Met Tyr Ala Gln Glu
545 550 555 560
Gly Ile His Cys Asp Thr Cys Thr Asn Ala Ala Glu Leu Met Glu Met
565 570 575
Ile Arg Arg Lys Glu Tyr Ser Leu Leu Leu Thr Asp Leu Asn Met Pro
580 585 590
Asp Ile Asn Gly Phe Glu Leu Leu Glu Leu Leu Arg Thr Ser Asn Val
595 600 605
Gly Asn Ser Arg Ile Ile Pro Ile Ile Val Thr Thr Ala Ser Gly Ser
610 615 620
Cys Asn Arg Glu Glu Leu Leu Glu Arg Gly Phe Ser Asp Cys Leu Leu
625 630 635 640
Lys Pro Phe Ser Ile Ser Glu Leu Met Glu Val Ser Asp Lys Cys Ala
645 650 655
Met Lys Gly Lys Gln Asn Glu Lys Pro Asp Phe Ser Ser Leu Leu Ser
660 665 670
Tyr Gly Asn Glu Ser Val Met Leu Asp Lys Leu Ile Ala Glu Thr Glu
675 680 685
Lys Glu Met Gln Ser Val Arg Asp Gly Glu Gln Arg Lys Asp Phe Gln
690 695 700
Glu Leu Asp Ala Leu Thr His His Leu Arg Ser Ser Trp Glu Ile Leu
705 710 715 720
Arg Ala Asp Gln Pro Leu Arg Glu Leu Tyr Lys Gln Leu His Gly Ser
725 730 735
Ala Val Pro Asp Tyr Glu Ala Leu Asn Asn Ala Val Thr Ala Val Leu
740 745 750
Asp Lys Gly Ser Glu Ile Ile Arg Leu Ala Lys Glu Glu Arg Arg Lys
755 760 765
Tyr Glu Asn Gly
770
<210> 29
<211> 321
<212> PRT
<213> Staphylococcus aureus
<400> 29
Met Lys Arg Ser Arg Phe Tyr Ile Thr Val Gly Leu Ile Leu Ser Leu
1 5 10 15
Thr Leu Leu Met Ser Ala Cys Gly Gln Lys Lys Ala Lys Asp Gly Arg
20 25 30
Thr Asp Thr Pro Thr Ser Gly Thr Ile Lys Phe Ala Ser Asp Glu Ser
35 40 45
Phe Ser Pro Ile Val Glu Glu Leu Leu Gln Asn Tyr Gln Phe Arg Tyr
50 55 60
Pro Gln Ala His Leu Leu Pro Ile Tyr Thr Asp Asp Asn Thr Gly Met
65 70 75 80
Lys Leu Leu Leu Asp Gln Lys Val Asn Leu Phe Ile Thr Ser His Ala
85 90 95
Met Thr Lys Gly Glu Asp Ala Ile Leu Arg Gly Lys Gly Pro Ile Pro
100 105 110
Glu Val Phe Pro Ile Gly Tyr Asp Gly Ile Ala Phe Ile Val Asn Arg
115 120 125
Ser Asn Pro Asp Ser Cys Ile Thr Val Asp Asp Val Lys Lys Ile Leu
130 135 140
Gln Gly Lys Ile Ala Lys Trp Asn Gln Leu Asn Pro Lys Asn Asn Arg
145 150 155 160
Gly Ser Ile Glu Val Val Phe Asp Asn Lys Ala Ser Ala Thr Leu His
165 170 175
Tyr Val Val Asp Ser Ile Leu Gly Gly Lys Asn Ile Lys Ser Glu Asn
180 185 190
Ile Val Ala Ala Lys Asn Ser Lys Ser Val Ile Asp Tyr Val Asn Lys
195 200 205
Thr Pro Asn Ala Ile Gly Val Ile Gly Ser Asn Trp Leu Asn Asp His
210 215 220
Arg Asp Thr Thr Asn Thr Thr Phe Lys Lys Asp Val Thr Val Ala Ser
225 230 235 240
Ile Ser Lys Ala Thr Val Ala Ser Pro Ser Asn Ser Trp Gln Pro Tyr
245 250 255
Gln Ala Tyr Leu Leu Asp Gly Arg Tyr Pro Phe Val Arg Thr Ile Tyr
260 265 270
Ala Leu Leu Ala Asp Pro His Lys Ala Leu Pro Tyr Ala Phe Ala Asn
275 280 285
Tyr Ile Ala Asn Pro Ile Gly Gln Met Ile Ile Phe Lys Ala Gly Leu
290 295 300
Leu Pro Tyr Arg Gly Asn Ile Asn Ile Arg Glu Val Glu Val Lys Asn
305 310 315 320
Gln
<210> 30
<211> 198
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 30
Met Ala Gly Thr Lys Arg Ile Lys Thr Ala Leu Ile Ser Val Phe His
1 5 10 15
Lys Asp Gly Leu Asp Asp Leu Leu Lys Lys Leu Asp Glu Glu Gly Val
20 25 30
Gln Phe Leu Ser Thr Gly Gly Thr Gln Gln Phe Ile Glu Ser Leu Gly
35 40 45
Tyr Glu Cys Gln Lys Val Glu Asp Val Thr Ser Tyr Pro Ser Ile Leu
50 55 60
Gly Gly Arg Val Lys Thr Leu His Pro Lys Ile Phe Gly Gly Ile Leu
65 70 75 80
Ala Arg Arg Asp Asn Glu Glu Asp Gln Lys Gln Met Val Glu Tyr Thr
85 90 95
Ile Pro Ala Ile Asp Leu Val Ile Val Asp Leu Tyr Pro Phe Glu Gln
100 105 110
Thr Val Ala Ser Gly Ala Ser Ala Gln Asp Ile Ile Glu Lys Ile Asp
115 120 125
Ile Gly Gly Ile Ser Leu Ile Arg Ala Gly Ala Lys Asn Phe Lys Asp
130 135 140
Val Val Ile Val Pro Ser Lys Ala Glu Tyr Pro Val Leu Leu Gln Leu
145 150 155 160
Leu Asn Thr Lys Gly Ala Glu Thr Glu Ile Glu Asp Arg Lys Met Phe
165 170 175
Ala Glu Arg Ala Phe Gly Val Ser Ser His Tyr Asp Thr Ala Ile His
180 185 190
Ser Trp Phe Ala Ala Glu
195
<210> 31
<211> 472
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 31
Met Glu Glu Glu Lys Gly Gly Arg Ile Gly Gln Arg Pro Tyr Ile Leu
1 5 10 15
Lys Ile Ile Thr Glu Arg Asn Tyr Ile Ile Ile Ile Asp Met Lys Lys
20 25 30
Ala Lys Ile Leu Leu Phe Val Thr Ala Leu Val Ala Val Leu Thr Ser
35 40 45
Cys Gly Gly Gly Gln Lys Gly Leu Pro Thr Ser Asp Glu Tyr Pro Val
50 55 60
Ile Thr Ile Gly Ala Ser Asn Ala Gln Leu Lys Thr Thr Tyr Pro Ala
65 70 75 80
Thr Ile Lys Gly Val Gln Asp Val Glu Val Arg Pro Lys Val Ser Gly
85 90 95
Phe Ile Thr Lys Leu Asn Ile His Glu Gly Glu Tyr Val His Ala Gly
100 105 110
Gln Val Leu Phe Val Ile Asp Asn Ser Thr Tyr Gln Ala Ala Val Arg
115 120 125
Gln Ala Gln Ala Gln Val Asn Ser Ala Gln Ser Ala Val Ala Gln Ala
130 135 140
Lys Ala Asn Val Val Gln Ala Asn Ala Ser Leu Asn Ser Ala Asn Ala
145 150 155 160
Gln Ala Ala Thr Ser Arg Leu Thr Tyr Asn Asn Ser Gln Asn Leu Tyr
165 170 175
Asn Asn Lys Val Ile Gly Asp Tyr Glu Leu Gln Ser Ala Lys Asn Thr
180 185 190
Tyr Glu Thr Ala Gln Ala Ser Val Arg Gln Ala Gln Ser Gly Ile Ala
195 200 205
Ser Ala Gln Ala Ala Val Lys Gln Ala Glu Ala Gly Val Arg Gln Ala
210 215 220
Gln Ala Met Leu Ser Thr Ala Lys Asp Asn Leu Gly Phe Cys Tyr Val
225 230 235 240
Lys Ser Pro Ala Ser Gly Tyr Val Gly Ser Leu Pro Phe Lys Glu Asp
245 250 255
Ala Leu Val Ser Ala Ser Ser Ala Gln Pro Val Thr Thr Ile Ser Asn
260 265 270
Thr Ser Thr Ile Glu Val Tyr Phe Ser Met Thr Glu Ala Asp Val Leu
275 280 285
Lys Leu Ser Arg Thr Asp Asp Gly Leu Ser Asn Ala Ile Lys Lys Phe
290 295 300
Pro Ala Val Ser Leu Leu Leu Ala Asp Gly Ser Thr Tyr Asn His Glu
305 310 315 320
Gly Ala Ile Val Lys Thr Ser Gly Met Ile Asp Ala Thr Thr Gly Thr
325 330 335
Ile Asn Val Ile Ala Arg Phe Pro Asn Pro Glu His Leu Leu Lys Ser
340 345 350
Gly Gly Ser Gly Lys Ile Val Ile Ala Lys Asn Asn Asn Arg Ala Leu
355 360 365
Leu Ile Pro Gln Glu Ala Val Thr Gln Val Gln Asn Lys Met Phe Val
370 375 380
Tyr Lys Val Asp Ala Lys Asp Lys Val His Tyr Ser Glu Ile Thr Val
385 390 395 400
Asp Pro Gln Asn Asp Gly Ile Asn Tyr Ile Val Thr Ser Gly Leu Lys
405 410 415
Met Gly Glu Arg Ile Val Ser Lys Gly Val Ser Ser Leu Glu Asp Gly
420 425 430
Ala Lys Ile Lys Ala Leu Thr Pro Ala Glu Tyr Glu Glu Ala Ile Lys
435 440 445
Lys Ala Glu Lys Leu Gly Glu Asn Gln Ser Ser Ala Ser Gly Phe Leu
450 455 460
Lys Thr Met Lys Gly Asp Ser Lys
465 470
<210> 32
<211> 292
<212> PRT
<213> Bacillus anthracis
<400> 32
Met Ala Lys Arg Arg Asn Lys Ala Arg Ser His His Ser Leu Gln Val
1 5 10 15
Val Thr Leu Cys Ile Ser Thr Ala Met Val Leu Ile Leu Ile Gly Met
20 25 30
Val Val Leu Thr Val Phe Thr Ser Arg Asn Leu Ser Ser Tyr Val Lys
35 40 45
Glu Asn Leu Thr Val Thr Met Ile Leu Gln Pro Asp Met Ser Thr Glu
50 55 60
Glu Ser Ala Ala Leu Cys Gln Arg Ile Arg Ser Leu His Tyr Ile Asn
65 70 75 80
Ser Leu Asn Phe Ile Ser Lys Glu Gln Ala Leu Lys Glu Gly Thr Arg
85 90 95
Glu Leu Gly Ala Asn Pro Ala Glu Phe Ala Gly Gln Asn Pro Phe Thr
100 105 110
Gly Glu Ile Glu Leu Gln Leu Lys Ala Asn Tyr Ala Asn Asn Asp Ser
115 120 125
Ile Lys Asn Ile Glu Arg Glu Leu Arg Thr Tyr Arg Gly Val Ser Asp
130 135 140
Ile Thr Tyr Pro Gln Asn Leu Val Glu Ser Val Asn His Thr Leu Gly
145 150 155 160
Lys Ile Ser Leu Val Leu Leu Val Ile Ala Ile Leu Leu Thr Ile Val
165 170 175
Ser Phe Ser Leu Met Asn Asn Thr Ile Arg Leu Ser Ile Tyr Ala Arg
180 185 190
Arg Phe Ser Ile His Thr Met Lys Leu Val Gly Ala Ser Trp Gly Phe
195 200 205
Ile Arg Ala Pro Phe Leu Arg Arg Ala Val Met Glu Gly Leu Val Ser
210 215 220
Ala Leu Leu Ala Ile Ala Val Leu Gly Val Gly Leu Cys Leu Leu Tyr
225 230 235 240
Asp Tyr Glu Pro Asp Ile Thr Lys Val Leu Ser Trp Asp Val Leu Val
245 250 255
Ile Thr Ala Gly Val Met Leu Ala Phe Gly Val Leu Ile Ala Thr Phe
260 265 270
Cys Ser Trp Leu Ser Val Asn Lys Phe Leu Arg Met Lys Ala Gly Asp
275 280 285
Leu Tyr Lys Ile
290
<210> 33
<211> 828
<212> PRT
<213> Campylobacter jejuni
<400> 33
Met Lys Leu Ser Asp Leu Lys Thr Gly Glu Thr Gly Val Ile Val Lys
1 5 10 15
Val Leu Gly His Gly Gly Phe Arg Lys Arg Ile Ile Glu Met Gly Phe
20 25 30
Ile Gln Gly Lys Gln Val Glu Val Leu Leu Asn Ala Pro Leu Arg Asp
35 40 45
Pro Val Lys Tyr Lys Ile Met Gly Tyr Glu Val Ser Leu Arg His Ser
50 55 60
Glu Ala Asp Gln Ile Glu Val Ile Ser Ala Glu Glu Ala Arg Gln Leu
65 70 75 80
Glu Gln Ala Lys Ala Asp Asn Glu Pro Gln Gln Gly Ala Leu Ser Asn
85 90 95
Asn Ile Pro Asp Glu Ser Asp His Ala Leu Thr Pro Phe Glu Leu Thr
100 105 110
Asp Ala Ala Asn Arg Lys Ser Lys Val Ile Asn Val Ala Leu Val Gly
115 120 125
Asn Pro Asn Cys Gly Lys Thr Ser Leu Phe Asn Phe Ala Ser Gly Ala
130 135 140
His Glu Arg Val Gly Asn Tyr Ser Gly Val Thr Val Asp Ala Lys Val
145 150 155 160
Gly Arg Ala Asn Tyr Glu Gly Tyr Glu Phe His Leu Val Asp Leu Pro
165 170 175
Gly Thr Tyr Ser Leu Ser Ala Tyr Ser Pro Glu Glu Leu Tyr Val Arg
180 185 190
Lys Gln Leu Val Glu Lys Thr Pro Asp Val Val Ile Asn Val Ile Asp
195 200 205
Ala Ser Asn Leu Glu Arg Asn Leu Tyr Leu Thr Thr Gln Leu Ile Asp
210 215 220
Met His Val Arg Met Val Cys Ala Leu Asn Met Phe Asp Glu Thr Glu
225 230 235 240
Gln Arg Gly Asp Asn Ile Asp Tyr Gln Lys Ile Ser Glu Leu Phe Gly
245 250 255
Ile Pro Met Val Pro Thr Val Phe Thr Asn Gly Arg Gly Val Lys Glu
260 265 270
Leu Phe His Gln Val Ile Ala Val Tyr Glu Gly Lys Glu Asp Glu Thr
275 280 285
Ser Gln Phe Arg His Ile His Ile Asn His Gly His Glu Leu Glu Gly
290 295 300
Gly Ile Lys Asn Ile Gln Glu His Leu Arg Ala Tyr Pro Asp Ile Cys
305 310 315 320
Gln Arg Tyr Ser Thr Arg Tyr Leu Ala Ile Lys Leu Leu Glu His Asp
325 330 335
Lys Asp Val Glu Glu Leu Ile Lys Pro Leu Lys Asp Ser Asp Glu Ile
340 345 350
Phe Lys His Arg Asp Ile Ala Ala Gln Arg Val Lys Glu Glu Thr Gly
355 360 365
Asn Glu Ser Glu Thr Ala Ile Met Asp Ala Lys Tyr Gly Phe Ile His
370 375 380
Gly Ala Leu Glu Glu Ala Asp Tyr Ser Thr Gly Gln Lys Lys Asp Thr
385 390 395 400
Tyr Gln Thr Thr His Phe Ile Asp Gln Ile Leu Thr Asn Lys Tyr Phe
405 410 415
Gly Phe Pro Ile Phe Phe Leu Ile Leu Phe Ile Met Phe Thr Ala Thr
420 425 430
Phe Val Ile Gly Gln Tyr Pro Met Asp Trp Ile Asp Gly Gly Val Ser
435 440 445
Trp Leu Gly Asp Phe Ile Ser Ser Asn Met Pro Asp Gly Pro Val Lys
450 455 460
Asp Met Leu Val Asp Gly Ile Ile Gly Gly Val Gly Ala Val Ile Val
465 470 475 480
Phe Leu Pro Gln Ile Leu Ile Leu Tyr Phe Phe Ile Ser Tyr Met Glu
485 490 495
Asp Ser Gly Tyr Met Ala Arg Ala Ala Phe Ile Met Asp Lys Leu Met
500 505 510
His Lys Met Gly Leu His Gly Lys Ser Phe Ile Pro Leu Ile Met Gly
515 520 525
Phe Gly Cys Asn Val Pro Ala Val Met Ala Thr Arg Thr Ile Glu Ser
530 535 540
Arg Arg Ser Arg Leu Val Thr Met Leu Ile Leu Pro Leu Met Ser Cys
545 550 555 560
Ser Ala Arg Leu Pro Ile Tyr Val Met Ile Thr Gly Ser Phe Phe Ala
565 570 575
Leu Lys Tyr Arg Ser Leu Ala Met Leu Ser Leu Tyr Val Ile Gly Ile
580 585 590
Leu Met Ser Val Ile Met Ser Arg Val Phe Ser Arg Phe Leu Val Lys
595 600 605
Gly Glu Asp Thr Pro Phe Val Met Glu Leu Pro Pro Tyr Arg Phe Pro
610 615 620
Thr Trp Lys Ala Ile Gly Arg His Thr Trp Glu Lys Gly Lys Gln Tyr
625 630 635 640
Leu Lys Lys Met Gly Gly Ile Ile Leu Val Ala Ser Ile Ile Val Trp
645 650 655
Ala Leu Gly Tyr Phe Pro Leu Pro Asp Lys Pro Asp Met Gly Gln Gln
660 665 670
Glu Arg Gln Glu His Ser Phe Ile Gly Gln Ile Gly His Ala Val Glu
675 680 685
Pro Val Phe Arg Pro Gln Gly Phe Asn Trp Lys Leu Asp Val Gly Leu
690 695 700
Leu Ala Gly Val Gly Ala Lys Glu Ile Val Ala Ser Thr Met Gly Val
705 710 715 720
Leu Tyr Ser Asn Asp Asp Ser Phe Lys Asp Asp Asn Ser Phe Ser Ser
725 730 735
Glu Gly Gly Lys Tyr Val Lys Leu His Lys Gln Ile Thr Gln Asp Val
740 745 750
Ala Asn Leu His Gly Val Ser Tyr Asn Glu Ala Glu Pro Ile Ala Thr
755 760 765
Leu Thr Ala Phe Cys Phe Leu Leu Phe Val Leu Leu Tyr Phe Pro Cys
770 775 780
Ile Ala Thr Ile Ala Ala Ile Lys Gly Glu Thr Gly Ser Trp Gly Trp
785 790 795 800
Ala Leu Phe Ala Ala Gly Tyr Thr Thr Leu Leu Ala Trp Val Val Ser
805 810 815
Ala Ile Val Phe Gln Val Gly Met Leu Phe Ile Gly
820 825
<210> 34
<211> 566
<212> PRT
<213> Streptococcus pneumoniae
<400> 34
Met Lys Lys Asn Leu Leu Lys Ala Val Leu Pro Ala Ser Leu Ala Leu
1 5 10 15
Phe Ala Val Thr Phe Gly Ser Cys Ser Gln Asp Gly Gln Leu Thr Gly
20 25 30
Thr Lys Glu Asp Thr Gly Glu Arg Val Leu Asp Asn Thr Arg Glu Ile
35 40 45
Gln Asn Tyr Leu Arg Thr Leu Pro Leu Ala Pro Met Met Ser Arg Ala
50 55 60
Ser Asp Pro Val Pro Ser Asp Asp Gly Thr Thr Val Pro Val Asp Glu
65 70 75 80
Gly Thr Ser Lys Thr Glu Glu Lys Gly Val Leu Asn Gly Ile Pro Gly
85 90 95
Ser Trp Val Lys Thr Thr Arg Arg Tyr Lys Met Thr Gln Ala Phe Asp
100 105 110
Glu Ser Phe Leu Phe Asp Pro Thr Ser Asp Ile Val Tyr Pro Gly Cys
115 120 125
Val Leu Lys Gly Gly Thr Ile Ala Asn Gly Thr Tyr Ala Ile Ile Thr
130 135 140
Ser His Glu Thr Gly Asp Val Thr Phe Ser Ile Asn Leu Ser Pro Ala
145 150 155 160
Asn Pro Gln Glu Ala Arg Glu Thr Ser Ala Thr Val His Asn Ile Arg
165 170 175
Lys Ser Glu Tyr Gln Glu Val Trp Asn Lys Trp Ala Asn Met Gln Trp
180 185 190
Lys Glu Ser Pro Ile Thr Thr Ile Glu Ser Val Glu Lys Ile Asn Ser
195 200 205
Gln Glu Glu Leu Ala Thr Lys Leu Gly Val Ala Val Asn Ser Pro Val
210 215 220
Ala Asn Gly Ser Leu Asn Phe Gly Phe Asn Phe Asn Lys Lys Lys Asn
225 230 235 240
His Ile Leu Ala Arg Leu Ile Gln Lys Tyr Phe Ser Val Ser Thr Asp
245 250 255
Ala Pro Lys Lys Gly Asn Ile Phe Glu Ser Ile Asp Lys Glu Ala Leu
260 265 270
Asp Gly Tyr Gln Pro Val Tyr Ile Ser Asn Ile Asn Tyr Gly Arg Ile
275 280 285
Ile Tyr Leu Ser Val Glu Ser Asp Glu Asp Glu Lys Val Val Asp Glu
290 295 300
Ala Ile Asn Phe Ala Met Asn Gln Ile Lys Gly Val Asp Val Ser Val
305 310 315 320
Ser Ala Asp Gln Ser Leu His Tyr Arg Lys Val Leu Ala Asn Cys Asp
325 330 335
Ile Arg Ile Thr Val Leu Gly Gly Gly Gln Thr Ile Gln Lys Glu Val
340 345 350
Leu Lys Gly Asp Ile Asp Ser Phe Gln Arg Phe Leu Asn Ala Asp Ile
355 360 365
Pro Met Glu Gln Met Ser Pro Ile Ser Phe Ser Leu Arg Tyr Ala Val
370 375 380
Asp Asn Ser Gln Ala Arg Val Val Thr Ser Asn Glu Phe Thr Val Thr
385 390 395 400
Gln Arg Asp Phe Val Pro Glu Phe Lys Lys Val Arg Met Gln Leu Gln
405 410 415
Val Leu Gly Phe Ser Gly Thr Asn Thr Gly Pro Phe Pro Asn Leu Asp
420 425 430
Arg Glu Ala Gly Leu Trp Gly Ser Ile Ser Leu Ser Leu Asn Gly Gln
435 440 445
Asp Asn Glu Leu Val Lys Ile Ser Gln Ser Asn Pro Phe Phe Phe Asn
450 455 460
Tyr Arg Glu Lys Lys Glu Thr Met His Pro Ile Gly Phe Gly Gly Ile
465 470 475 480
Val Thr Val Glu Phe Asp Lys Asp Pro Asn Glu Ser Leu Glu Asp Phe
485 490 495
Val Asp His Gln Lys Met Thr Phe Val Ser Asp Leu His Ser Thr Arg
500 505 510
Ser Ile Tyr Asn Tyr Asn Phe Gly Arg Thr Thr Phe Thr His Thr Leu
515 520 525
Gly Thr Leu Tyr Thr Lys Tyr Lys Gly Asp Asp Pro Ile Phe Val Leu
530 535 540
Glu Ser Asn Asn Lys Asn Val Lys Ile His Thr Tyr Val Lys Val Leu
545 550 555 560
Asp Met Lys Phe Phe Asn
565
<210> 35
<211> 922
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 35
Met Thr Lys Phe Ile Tyr Ala Met Ser Leu Phe Leu Leu Ala Ala Ile
1 5 10 15
Ser Ile Lys Ala Gln Pro Ile Gln Lys Thr Ser Gly Cys Leu Leu His
20 25 30
Gly Ser Val Val Ser Ser Thr Asp Ala Thr Ala Ile Ala Gly Ala Thr
35 40 45
Val Arg Leu Tyr Gln Leu Lys Lys Leu Val Gly Gly Thr Val Ser Asp
50 55 60
Ala Ser Gly Asn Phe Asp Val Lys Cys Pro Ser Ser Gly Ser Leu Gln
65 70 75 80
Leu Arg Ile Thr Ala Val Gly Phe Lys Glu Val Asp Thr Thr Leu Asn
85 90 95
Val Pro Thr Val Thr Pro Leu Ser Ile Tyr Met Arg Ala Gly Lys His
100 105 110
Ala Met Asp Glu Val Thr Val Thr Ala Ser Glu Lys Arg Gly Met Thr
115 120 125
Ser Thr Thr Val Ile Gly Gln Thr Ala Met Glu His Leu Gln Pro Ser
130 135 140
Ser Phe Ala Asp Leu Leu Ala Leu Leu Pro Gly Gly Met Thr Lys Ile
145 150 155 160
Pro Ala Leu Gly Ser Ala Asn Val Ile Thr Leu Arg Glu Ala Gly Pro
165 170 175
Pro Ser Ser Gln Tyr Ala Thr Ser Ser Leu Gly Thr Lys Phe Val Ile
180 185 190
Asp Gly Gln Ala Ile Gly Thr Asp Ala Asn Met Gln Tyr Ile Ala Gly
195 200 205
Ser Phe Gln Gly Asp Ala Asp Asn Ser Arg Asn His Val Ser Tyr Gly
210 215 220
Val Asp Met Arg Glu Ile Pro Thr Asp Asn Ile Glu Lys Val Glu Val
225 230 235 240
Val Arg Gly Ile Pro Ser Val Lys Tyr Gly Glu Leu Thr Ser Gly Leu
245 250 255
Ile Asn Ile Thr Arg Lys Arg Ser Gln Ser Pro Leu Leu Leu Arg Leu
260 265 270
Lys Ala Asp Glu Tyr Gly Lys Leu Val Ser Val Gly Lys Gly Phe Leu
275 280 285
Leu Ser Gly Lys Trp Asn Leu Asn Val Asp Gly Gly Leu Leu Asp Ala
290 295 300
Arg Lys Glu Pro Arg Asn Arg Phe Glu Thr Tyr Arg Arg Leu Thr Phe
305 310 315 320
Ser Ala Arg Leu Arg Arg Lys Trp Asn Leu Gly Glu Arg Tyr Val Leu
325 330 335
Glu Trp Ser Gly Ala Thr Asp Tyr Ser Leu Asn Ile Asp Asn Val Lys
340 345 350
Thr Asp Pro Glu Ile Gln Ile His Arg Glu Asp Ser Tyr Arg Ser Ser
355 360 365
Tyr Leu Lys Met Gly Met Asn His Arg Leu Leu Leu Arg Arg Lys Ala
370 375 380
Leu Val Gly Leu Gln Ser Val Ser Leu Ala Tyr Ser Ala Ser Leu Ala
385 390 395 400
Ser Asp Arg Ile His Gln Thr Glu Ala Val Ala Leu Gln Arg Asp Tyr
405 410 415
Val Val Pro Leu Ala Tyr Glu Gly Gly Glu Tyr Asp Gly Leu Phe Leu
420 425 430
Pro Met Gln Tyr Leu Cys Asp Tyr Arg Val Glu Gly Lys Pro Phe Tyr
435 440 445
Ser Thr Leu Arg Gly Glu Thr Glu Trp Leu Ala Arg Thr Ser Phe Ile
450 455 460
Ser His His Ile Thr Ala Gly Gly Glu Phe Leu Leu Asn Lys Asn Tyr
465 470 475 480
Gly Arg Gly Gln Ile Phe Asp Ile Thr Lys Pro Leu His Ala Ser Thr
485 490 495
Ala Arg Arg Pro Arg Ser Tyr Lys Asp Ile Pro Ala Thr Asp Ile Leu
500 505 510
Ser Phe Tyr Ala Glu Asp Lys Ala Thr Met Pro Ile Gly Lys His Gln
515 520 525
Leu Thr Val Met Ala Gly Leu Arg Thr Thr Gln Met Leu Asn Ile Pro
530 535 540
Ala Ser Tyr Ala Val His Gly Lys Leu Phe Thr Asp Thr Arg Val Asn
545 550 555 560
Val Gln Trp Asp Phe Pro Ser Phe Leu Gly Phe Lys Ser Phe Val Ser
565 570 575
Gly Gly Leu Gly Met Met Thr Lys Met Pro Thr Val Leu Asp Leu Tyr
580 585 590
Pro Asp Tyr Val Tyr Lys Asp Ile Thr Glu Met Asn Tyr Trp Asp Ile
595 600 605
Arg Pro Ala Tyr Lys Arg Ile His Ile Arg Thr Tyr Lys Leu Asn Gln
610 615 620
Val Asn Pro Asp Leu Arg Pro Ala Arg Asn Lys Lys Trp Glu Ile Arg
625 630 635 640
Leu Gly Met Asp Lys Gly Ala His His Phe Ser Val Thr Tyr Phe His
645 650 655
Glu Asp Met Lys Asp Gly Phe Arg Ser Thr Thr Thr Met Arg Pro Phe
660 665 670
Ile Tyr Lys Arg Tyr Asp Thr Ser Val Ile Asn Pro Ser Ala Leu Thr
675 680 685
Gly Pro Pro Ser Leu Ala Ser Leu Pro Val Val Thr Asp Thr Leu Leu
690 695 700
Asp Gly Tyr Gly Arg Thr Glu Asn Gly Ser Arg Ile Thr Lys Gln Gly
705 710 715 720
Ile Glu Phe Gln Tyr Ser Ser Pro Arg Ile Pro Val Ile Gln Thr Arg
725 730 735
Ile Thr Val Asn Gly Ala Trp Phe Arg Thr Leu Tyr Glu Asn Ser Ile
740 745 750
Pro Leu Phe Arg Ser Ala Pro Asn Val Val Val Gly Thr Val Ala Ile
755 760 765
Ala Asp Arg Tyr Ala Gly Tyr Tyr Met Ser Thr Asp Lys Tyr Asp Lys
770 775 780
Gln Ile Phe Thr Ser Asn Phe Ile Phe Asp Ser Tyr Val Asp Lys Leu
785 790 795 800
Gly Leu Ile Leu Ser Ala Thr Ala Glu Cys Phe Trp Met Ser Asn Thr
805 810 815
Lys Arg Pro Ala Thr Ser Ser Thr Pro Met Gly Tyr Met Asp Ile Thr
820 825 830
Gly Thr Val His Pro Tyr Val Glu Ala Asp Gln Ser Asp Pro Tyr Leu
835 840 845
Arg Trp Leu Val Leu Thr Gly Thr Ala Gly Gln Asp Met Asp Tyr Arg
850 855 860
Glu Arg Ser Tyr Met Leu Val Asn Phe Lys Ala Thr Lys Arg Phe Gly
865 870 875 880
Arg His Leu Ser Leu Ser Phe Phe Ala Asp Arg Val Phe Tyr Val Ala
885 890 895
Pro Asp Tyr Glu Val Asn Gly Phe Ile Val Arg Arg Thr Phe Ser Pro
900 905 910
Tyr Phe Gly Met Glu Ile Gly Leu Lys Ile
915 920
<210> 36
<211> 257
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 36
Met Leu Ile Asp Phe Lys Lys Val Asn Ile Tyr Gln Asp Glu Arg Leu
1 5 10 15
Ile Leu Lys Asp Ile Asp Phe Gln Ala Thr Glu Gly Glu Phe Ile Tyr
20 25 30
Leu Ile Gly Arg Val Gly Ser Gly Lys Ser Ser Leu Leu Lys Thr Phe
35 40 45
Tyr Gly Glu Leu Asp Ile Asp Gln Glu Asp Ala Glu Lys Ala Glu Val
50 55 60
Leu Gly Glu Ser Val Leu Asp Ile Lys Gln Lys Arg Ile Pro Ala Leu
65 70 75 80
Arg Arg Gln Met Gly Ile Ile Phe Gln Asp Phe Gln Leu Leu His Asp
85 90 95
Arg Ser Val Ala Lys Asn Leu Lys Phe Val Leu Gln Ala Thr Gly Trp
100 105 110
Lys Asp Lys Glu Lys Ile Lys Gln Arg Ile Lys Glu Val Leu Glu Gln
115 120 125
Val Gly Met Ile Asp Lys Ala Ala Lys Met Pro Ser Glu Leu Ser Gly
130 135 140
Gly Glu Gln Gln Arg Ile Ala Ile Ala Arg Ala Phe Leu Asn Asn Pro
145 150 155 160
Lys Ile Ile Leu Ala Asp Glu Pro Thr Gly Asn Leu Asp Pro Glu Thr
165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
Gly Lys Val Tyr Arg Cys Met Glu Gln Ala Leu Val Pro Val Thr Asn
210 215 220
Glu Ala Gln Thr Lys Asp Leu Glu Glu Asp Ser Thr Ser Val Glu Pro
225 230 235 240
Leu Ile Glu Pro Val Leu Glu Glu Glu Ala Gln Ala Glu Asp Ser Lys
245 250 255
Glu
<210> 37
<211> 508
<212> PRT
<213> Lactococcus lactis
<400> 37
Met Phe Glu Asn Gln Pro Lys Ala Leu Tyr Ala Leu Ala Leu Ala Asn
1 5 10 15
Thr Gly Glu Arg Phe Gly Tyr Tyr Thr Met Ile Ala Val Phe Ala Leu
20 25 30
Phe Leu Arg Ala Asn Phe Gly Leu Glu Pro Gly Thr Ala Gly Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ile Phe Leu Gly Leu Val Tyr Phe Leu Pro Leu Ile Gly Gly
50 55 60
Ile Met Ala Asp Lys Phe Gly Tyr Gly Lys Met Val Thr Ile Gly Ile
65 70 75 80
Ile Val Met Phe Ala Gly Tyr Leu Phe Leu Ser Val Pro Leu Gly Gly
85 90 95
Gly Thr Val Ala Phe Gly Ala Met Leu Ala Ala Leu Leu Leu Ile Ser
100 105 110
Phe Gly Thr Gly Leu Phe Lys Gly Asn Leu Gln Val Met Val Gly Asn
115 120 125
Leu Tyr Asp Thr Pro Glu Leu Ala Ser Lys Arg Asp Ser Ala Phe Ser
130 135 140
Ile Phe Tyr Met Ala Ile Asn Ile Gly Ala Leu Phe Ala Pro Thr Ala
145 150 155 160
Ala Val Lys Ile Lys Glu Trp Ala Glu Thr Ser Leu Gly Tyr Ala Gly
165 170 175
Asn Asp Ala Tyr His Phe Ser Phe Ala Val Ala Cys Val Ser Leu Ile
180 185 190
Val Ser Met Gly Ile Tyr Tyr Ala Phe Arg Ser Thr Phe Lys His Val
195 200 205
Glu Gly Gly Thr Lys Lys Thr Glu Lys Ala Ala Ala Ala Ala Val Glu
210 215 220
Glu Leu Thr Pro Gln Gln Thr Lys Glu Arg Ile Val Ala Leu Cys Leu
225 230 235 240
Val Phe Ala Val Val Ile Phe Phe Trp Met Ala Phe His Gln Asn Gly
245 250 255
Leu Thr Leu Thr Tyr Phe Ala Asp Glu Phe Val Ser Pro Thr Ser Thr
260 265 270
Gly Val Gln Ser Met Ala Phe Asp Val Val Asn Leu Val Met Ile Val
275 280 285
Phe Ile Val Tyr Ser Ile Met Ala Leu Phe Gln Ser Lys Thr Thr Lys
290 295 300
Ala Lys Gly Ile Ala Cys Ala Val Ile Leu Ala Ala Ile Ala Val Leu
305 310 315 320
Ala Tyr Lys Tyr Met Asn Val Asn Gly Gln Val Glu Val Ser Ala Pro
325 330 335
Ile Phe Gln Gln Phe Asn Pro Phe Tyr Val Val Ala Leu Thr Pro Ile
340 345 350
Ser Met Ala Ile Phe Gly Ser Leu Ala Ala Lys Gly Lys Glu Pro Ser
355 360 365
Ala Pro Arg Lys Ile Ala Tyr Gly Met Ile Val Ala Gly Cys Ala Tyr
370 375 380
Leu Leu Met Val Leu Ala Ser Gln Gly Leu Leu Thr Pro His Glu Gln
385 390 395 400
Lys Leu Ala Lys Ala Ala Gly Glu Thr Val Pro Phe Ala Ser Ala Asn
405 410 415
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420 425 430
Ser Pro Met Gly Ile Ser Phe Val Ser Lys Val Ala Pro Pro Lys Tyr
435 440 445
Lys Gly Ala Met Met Gly Gly Trp Phe Val Ala Thr Ala Ile Gly Asn
450 455 460
Ile Leu Val Ser Val Gly Gly Tyr Leu Trp Gly Asp Leu Ser Leu Thr
465 470 475 480
Val Val Trp Thr Val Phe Ile Val Leu Cys Leu Val Ser Ala Ser Phe
485 490 495
Met Phe Leu Met Met Lys Arg Leu Glu Lys Val Ala
500 505
<210> 38
<211> 492
<212> PRT
<213> Myroides odoratus
<400> 38
Met Lys Lys Ile Leu Ile Phe Val Ala Gly Leu Cys Met Ser Leu Ala
1 5 10 15
Ala Ser Ala Gln Ile Gln Arg Pro Lys Leu Val Val Gly Leu Val Val
20 25 30
Asp Gln Met Arg Trp Asp Tyr Leu Tyr Tyr Tyr Tyr Asn Glu Tyr Gly
35 40 45
Thr Asp Gly Leu Arg Arg Leu Val Asp Asn Gly Phe Ser Phe Glu Asn
50 55 60
Thr His Ile Asn Tyr Ala Pro Thr Val Thr Ala Ile Gly His Ser Ser
65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
Leu Leu Ala Ser Thr Ile Gly Asp Glu Leu Gln Ile Ser Asn Asp Phe
130 135 140
Arg Ser Lys Val Ile Gly Val Ala Leu Lys Asp Arg Ala Ser Ile Leu
145 150 155 160
Pro Ala Gly His Ala Ala Asp Ala Ala Tyr Trp Trp Asp Thr Ser Ala
165 170 175
Gly His Phe Val Thr Ser Thr Phe Tyr Thr Asp His Leu Pro Gln Trp
180 185 190
Val Ile Asp Phe Asn Glu Lys Asn His Thr Ala Pro Asn Phe Asn Ile
195 200 205
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210 215 220
Ala Leu Lys Asn Glu Asn Leu Gly Lys Gly Lys Glu Thr Asp Met Leu
225 230 235 240
Ala Val Ser Ile Ser Ser Thr Asp Ala Ile Gly His Val Tyr Ser Thr
245 250 255
Arg Gly Lys Glu Asn His Asp Val Tyr Met Gln Leu Asp Lys Asp Leu
260 265 270
Ala His Phe Leu Lys Thr Leu Asp Glu Gln Val Gly Lys Gly Asn Tyr
275 280 285
Leu Leu Phe Leu Thr Ala Asp His Gly Ala Ala His Asn Tyr Asn Tyr
290 295 300
Met Lys Glu His Arg Ile Pro Ala Gly Gly Trp Asp Tyr Arg Gln Ser
305 310 315 320
Val Lys Asp Leu Asn Gly Tyr Leu Gln Gly Lys Phe Gly Ile Ala Pro
325 330 335
Val Met Ala Glu Asp Asp Tyr Gln Phe Phe Leu Asn Asp Ser Leu Ile
340 345 350
Ala Ala Ser Gly Leu Lys Lys Gln Gln Ile Ile Asp Glu Ser Val Glu
355 360 365
Tyr Leu Lys Lys Asp Pro Arg Tyr Leu Tyr Val Phe Asp Glu Glu Arg
370 375 380
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385 390 395 400
Gly Tyr Phe Arg Gly Arg Ser Gly Glu Ile Gly Val Val Thr Arg Pro
405 410 415
Gln Val Phe Gly Ala Lys Asp Ser Pro Thr Tyr Lys Gly Thr Gln His
420 425 430
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435 440 445
Trp Asn Val Lys His Gly Ala Thr Thr Gln Gln Thr Tyr Ile Val Asp
450 455 460
Ile Ala Pro Thr Val Cys Ala Met Leu His Ile Gln Met Pro Asn Gly
465 470 475 480
Cys Ile Gly Thr Ala Arg Asn Met Ala Leu Gly Asn
485 490
<210> 39
<211> 1138
<212> PRT
<213> Staphylococcus epidermidis
<400> 39
Met Asp Arg Gln Val Phe Gln Thr Asp Ser Arg Gln Arg Trp Asn Arg
1 5 10 15
Phe Lys Trp Thr Leu Arg Val Leu Ile Thr Ile Ala Ile Leu Leu Gly
20 25 30
Val Val Phe Val Ala Met Phe Ala Leu Glu Gly Ser Pro Gln Met Pro
35 40 45
Phe Arg His Asp Tyr Arg Ser Val Val Ser Ala Ser Glu Pro Leu Leu
50 55 60
Lys Asp Asn Lys Arg Ala Glu Val Tyr Lys Ser Phe Arg Asp Phe Phe
65 70 75 80
Lys Glu Gln Lys Met His Ser Asn Tyr Ala Lys Val Ala Ala Arg Gln
85 90 95
His Arg Phe Val Gly His Thr Asp Asn Val Thr Gln Lys Tyr Ile Lys
100 105 110
Glu Trp Thr Asp Pro Arg Met Gly Ile Arg Ser Ala Trp Tyr Val Asn
115 120 125
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130 135 140
Asn Met Val Leu Pro Glu Trp Tyr Phe Ile Asn Pro Lys Thr Asp Arg
145 150 155 160
Ile Glu Ala Arg Ile Asp Gln Arg Ala Leu Lys Leu Met Arg Arg Ala
165 170 175
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180 185 190
Arg Pro Glu Ala Ile Gly Arg Ile Met Arg Asp Ser Thr Lys Arg Met
195 200 205
Gly Met Ile Asn Glu Leu Val Ala Ala Cys Lys His Asn Gly Phe Ala
210 215 220
Gly Ile Asn Leu Asp Leu Glu Glu Leu Asn Ile Asn Asp Asn Ala Leu
225 230 235 240
Leu Val Thr Leu Val Lys Asp Phe Ala Arg Val Phe His Ala Asn Gly
245 250 255
Leu Tyr Val Thr Gln Ala Val Ala Pro Phe Asn Glu Asp Tyr Asp Met
260 265 270
Gln Glu Leu Ala Lys Tyr Asp Asp Tyr Leu Phe Leu Met Ala Tyr Asp
275 280 285
Glu Tyr Asn Ala Gly Ser Gln Ala Gly Pro Val Ser Ser Gln Arg Trp
290 295 300
Val Glu Lys Ala Thr Asp Trp Ala Ala Lys Asn Val Pro Asn Asp Lys
305 310 315 320
Ile Val Leu Gly Met Ala Thr Tyr Gly Tyr Asn Trp Ala Gln Gly Gln
325 330 335
Gly Gly Thr Thr Met Ser Phe Asp Gln Thr Met Ala Thr Ala Leu Asn
340 345 350
Ala Gly Ala Lys Val Asn Phe Asn Asp Asp Thr Tyr Asn Leu Asn Phe
355 360 365
Ser Tyr Gln Asp Glu Asp Asp Gly Thr Leu His Gln Val Phe Phe Pro
370 375 380
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385 390 395 400
Leu Ala Gly Phe Gly Leu Trp Arg Leu Gly Thr Glu Asp Ser Arg Ile
405 410 415
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420 425 430
Pro Ile Ala Lys Ile Met Gln Leu Ser Gly Thr Asp Asp Val Asn Phe
435 440 445
Val Gly Ser Gly Glu Val Leu Asn Val Thr Ser Glu Pro His Ala Gly
450 455 460
Arg Ile Gly Ile Val Leu Asp Lys Asp Asn Gln Leu Ile Ile Glu Glu
465 470 475 480
Arg Tyr Leu Ser Leu Pro Ala Thr Tyr Thr Val Gln Arg Leu Gly Lys
485 490 495
Cys Lys Glu Lys Gln Leu Val Leu Thr Phe Asp Asp Gly Pro Asp Ser
500 505 510
Arg Trp Thr Pro Lys Val Leu Ser Ile Leu Lys His Tyr Lys Val Pro
515 520 525
Ala Ala Phe Phe Met Val Gly Leu Gln Ile Glu Lys Asn Ile Pro Ile
530 535 540
Val Lys Asp Val Phe Asn Gln Gly Cys Thr Ile Gly Asn His Thr Phe
545 550 555 560
Thr His His Asn Met Ile Glu Asn Ser Asp Arg Arg Ser Phe Ala Glu
565 570 575
Leu Lys Leu Thr Arg Met Leu Ile Glu Ser Ile Thr Gly Gln Ser Thr
580 585 590
Ile Leu Phe Arg Ala Pro Tyr Asn Ala Asp Ala Asp Pro Thr Asp His
595 600 605
Glu Glu Ile Trp Pro Met Ile Ile Ala Ser Arg Arg Asn Tyr Leu Phe
610 615 620
Val Gly Glu Ser Ile Asp Pro Asn Asp Trp Gln Gln Gly Val Thr Ala
625 630 635 640
Asp Gln Ile Tyr Lys Arg Val Leu Asp Gly Val His Gln Glu Tyr Gly
645 650 655
His Ile Ile Leu Leu His Asp Ala Gly Gly Asp Thr Arg Glu Pro Thr
660 665 670
Val Thr Ala Leu Pro Arg Ile Ile Glu Thr Leu Gln Arg Glu Gly Tyr
675 680 685
Gln Phe Ile Ser Leu Glu Lys Tyr Leu Gly Met Ser Arg Gln Thr Leu
690 695 700
Met Pro Pro Ile Lys Lys Gly Lys Glu Tyr Tyr Ala Met Gln Ala Asn
705 710 715 720
Leu Ser Leu Ala Glu Leu Ile Tyr His Ile Ser Asp Phe Leu Thr Ala
725 730 735
Leu Phe Leu Val Phe Leu Val Leu Gly Phe Met Arg Leu Val Phe Met
740 745 750
Tyr Val Leu Met Ile Arg Glu Lys Arg Ala Glu Asn Arg Arg Asn Tyr
755 760 765
Ala Pro Ile Asp Pro Leu Thr Ala Pro Ala Val Ser Ile Ile Val Pro
770 775 780
Ala Tyr Asn Glu Glu Val Asn Ile Val Arg Thr Ile Ser Asn Leu Lys
785 790 795 800
Glu Gln Asp Tyr Pro Ser Leu Lys Ile Tyr Leu Val Asp Asp Gly Ser
805 810 815
Lys Asp Asn Thr Leu Gln Arg Val Arg Glu Val Phe Glu Asn Asp Asp
820 825 830
Lys Val Val Ile Ile Ser Lys Lys Asn Gly Gly Lys Ala Ser Ala Leu
835 840 845
Asn Tyr Gly Ile Ala Ala Cys Ser Thr Asp Tyr Ile Val Cys Val Asp
850 855 860
Ala Asp Thr Gln Leu Tyr Lys Asp Ala Val Ser Lys Leu Met Lys His
865 870 875 880
Phe Ile Ala Asp Lys Thr Gly Lys Leu Gly Ala Val Ala Gly Asn Val
885 890 895
Lys Val Gly Asn Gln Arg Asn Met Leu Thr Tyr Trp Gln Ala Ile Glu
900 905 910
Tyr Thr Thr Ser Gln Asn Phe Asp Arg Met Ala Tyr Ser Asn Ile Asn
915 920 925
Ala Ile Thr Val Ile Pro Gly Ala Ile Gly Ala Phe Arg Lys Asp Val
930 935 940
Leu Glu Ala Val Gly Gly Phe Thr Thr Asp Thr Leu Ala Glu Asp Cys
945 950 955 960
Asp Leu Thr Met Ser Ile Asn Glu His Gly Tyr Leu Ile Glu Asn Glu
965 970 975
Asn Tyr Ala Val Ala Met Thr Glu Ala Pro Glu Ser Leu Arg Gln Phe
980 985 990
Ile Lys Gln Arg Ile Arg Trp Cys Phe Gly Val Met Gln Thr Phe Trp
995 1000 1005
Lys His Arg Ala Ser Leu Phe Ala Pro Ser Lys Gly Gly Phe Gly
1010 1015 1020
Met Trp Ala Met Pro Asn Met Leu Ile Phe Gln Tyr Ile Ile Pro
1025 1030 1035
Thr Phe Ser Pro Ile Ala Asp Val Leu Met Leu Phe Gly Leu Phe
1040 1045 1050
Ser Gly Asn Ala Ser Gln Ile Phe Ile Tyr Tyr Leu Ile Phe Leu
1055 1060 1065
Leu Val Asp Ala Ser Val Ser Ile Met Ala Tyr Ile Phe Glu His
1070 1075 1080
Glu Ser Leu Trp Val Leu Leu Trp Ile Ile Pro Gln Arg Phe Phe
1085 1090 1095
Tyr Arg Trp Ile Met Tyr Tyr Val Leu Phe Lys Ser Tyr Leu Lys
1100 1105 1110
Ala Ile Lys Gly Glu Leu Gln Thr Trp Gly Val Leu Lys Arg Thr
1115 1120 1125
Gly His Val Lys Gly Ala Gln Thr Ile Ser
1130 1135
<210> 40
<211> 508
<212> PRT
<213> Propionigenium modestum
<400> 40
Met Ser Gln Ile Asn Gly Arg Ile Ser Gln Ile Ile Gly Pro Val Ile
1 5 10 15
Asp Val Tyr Phe Asp Thr Lys Gly Glu Asn Pro Glu Lys Val Leu Pro
20 25 30
Asn Ile Tyr Asp Ala Leu Arg Val Lys Lys Ala Asp Gly Gln Asp Leu
35 40 45
Ile Ile Glu Val Gln Gln Gln Ile Gly Glu Asp Thr Val Arg Cys Val
50 55 60
Ala Met Asp Asn Thr Asp Gly Leu Gln Arg Gly Leu Glu Val Val Pro
65 70 75 80
Thr Gly Ser Pro Ile Val Met Pro Ala Gly Glu Gln Ile Lys Gly Arg
85 90 95
Met Met Asn Val Ile Gly Gln Pro Ile Asp Gly Met Ser Ala Leu Gln
100 105 110
Met Glu Gly Ala Tyr Pro Ile His Arg Glu Ala Pro Lys Phe Glu Asp
115 120 125
Leu Ser Thr His Lys Glu Met Leu Gln Thr Gly Ile Lys Val Ile Asp
130 135 140
Leu Leu Glu Pro Tyr Met Lys Gly Gly Lys Ile Gly Leu Phe Gly Gly
145 150 155 160
Ala Gly Val Gly Lys Thr Val Leu Ile Met Glu Leu Ile Asn Asn Ile
165 170 175
Ala Lys Gly His Asn Gly Tyr Ser Val Phe Ala Gly Val Gly Glu Arg
180 185 190
Thr Arg Glu Gly Asn Asp Leu Ile Arg Asp Met Leu Glu Ser Gly Val
195 200 205
Ile Arg Tyr Gly Glu Lys Phe Arg Lys Ala Met Asp Glu Gly Lys Trp
210 215 220
Asp Leu Ser Leu Val Asp Ser Glu Glu Leu Gln Lys Ser Gln Ala Thr
225 230 235 240
Leu Val Tyr Gly Gln Met Asn Glu Pro Pro Gly Ala Arg Ala Ser Val
245 250 255
Ala Leu Ser Gly Leu Thr Val Ala Glu Glu Phe Arg Asp His Gly Gly
260 265 270
Lys Asn Gly Glu Ala Ala Asp Ile Met Phe Phe Ile Asp Asn Ile Phe
275 280 285
Arg Phe Thr Gln Ala Gly Ser Glu Val Ser Ala Leu Leu Gly Arg Met
290 295 300
Pro Ser Ala Val Gly Tyr Gln Pro Thr Leu Ala Ser Glu Met Gly Ala
305 310 315 320
Met Gln Glu Arg Ile Thr Ser Thr Lys His Gly Ser Ile Thr Ser Val
325 330 335
Gln Ala Val Tyr Val Pro Ala Asp Asp Leu Thr Asp Pro Ala Pro Ala
340 345 350
Thr Thr Phe Thr His Leu Asp Ala Thr Thr Glu Leu Ser Arg Lys Ile
355 360 365
Thr Glu Leu Gly Ile Tyr Pro Ala Val Asp Pro Leu Gly Ser Thr Ser
370 375 380
Arg Ile Leu Asp Pro Leu Ile Val Gly Lys Glu His Tyr Asp Cys Ala
385 390 395 400
Gln Arg Val Lys Gln Leu Leu Gln Lys Tyr Asn Glu Leu Gln Asp Ile
405 410 415
Ile Ala Ile Leu Gly Met Asp Glu Leu Ser Asp Asp Asp Lys Leu Val
420 425 430
Val Asn Arg Ala Arg Arg Val Gln Arg Phe Leu Ser Gln Pro Phe Thr
435 440 445
Val Ala Glu Gln Phe Thr Gly Val Lys Gly Val Met Val Pro Ile Glu
450 455 460
Glu Thr Ile Lys Gly Phe Asn Ala Ile Leu Asn Gly Glu Val Asp Asp
465 470 475 480
Leu Pro Glu Gln Ala Phe Leu Asn Val Gly Thr Ile Glu Asp Val Lys
485 490 495
Glu Lys Ala Lys Gln Leu Leu Glu Ala Thr Lys Ala
500 505
<210> 41
<211> 984
<212> PRT
<213> Prevotella histicola
<400> 41
Met Asn Pro Ile Tyr Lys Ile Ile Thr Ser Ile Leu Phe Cys Val Leu
1 5 10 15
Ser Ile Asn Thr Met Ala Gln Asp Leu Thr Gly His Val Thr Ser Lys
20 25 30
Ala Asp Asp Lys Pro Ile Ala Tyr Ala Thr Val Thr Leu Lys Glu Asn
35 40 45
Arg Leu Tyr Ala Phe Thr Asp Glu Lys Gly Asn Tyr Thr Ile Lys Asn
50 55 60
Val Pro Lys Gly Lys Tyr Thr Val Val Phe Ser Cys Met Gly Tyr Ala
65 70 75 80
Ser Gln Thr Val Val Val Met Val Asn Ala Gly Gly Ala Thr Gln Asn
85 90 95
Val Arg Leu Ala Glu Asp Asn Leu Gln Leu Asp Glu Val Gln Val Val
100 105 110
Ala His Arg Lys Lys Asp Glu Ile Thr Thr Ser Tyr Thr Ile Asp Arg
115 120 125
Lys Thr Leu Asp Asn Gln Gln Ile Met Thr Leu Ser Asp Ile Ala Gln
130 135 140
Leu Leu Pro Gly Gly Lys Ser Val Asn Pro Ser Leu Met Asn Asp Ser
145 150 155 160
Lys Leu Thr Leu Arg Ser Gly Thr Leu Glu Arg Gly Asn Ala Ser Phe
165 170 175
Gly Thr Ala Val Glu Val Asp Gly Ile Arg Leu Ser Asn Asn Ala Ala
180 185 190
Met Gly Glu Thr Ala Gly Val Ser Thr Arg Ser Val Ser Ala Ser Asn
195 200 205
Ile Glu Ser Val Glu Val Val Pro Gly Ile Ala Ser Val Glu Tyr Gly
210 215 220
Asp Leu Thr Asn Gly Val Val Lys Val Lys Thr Arg Arg Gly Ser Ser
225 230 235 240
Pro Phe Ile Val Glu Gly Ser Ile Asn Gln His Thr Arg Gln Ile Ala
245 250 255
Leu His Lys Gly Val Asp Leu Gly Gly Asn Val Gly Leu Leu Asn Phe
260 265 270
Ser Ile Glu His Ala Arg Ser Phe Leu Asp Ala Ala Ser Pro Tyr Thr
275 280 285
Ala Tyr Gln Arg Asn Val Leu Ser Leu Arg Tyr Met Asn Val Phe Met
290 295 300
Lys Lys Ser Leu Pro Leu Thr Leu Glu Val Gly Leu Asn Gly Ser Ile
305 310 315 320
Gly Gly Tyr Asn Ser Lys Ala Asp Pro Asp Arg Ser Leu Asp Asp Tyr
325 330 335
Asn Lys Val Lys Asp Asn Asn Val Gly Gly Asn Ile His Leu Gly Trp
340 345 350
Leu Leu Asn Lys Arg Trp Ile Thr Asn Val Asp Leu Thr Ala Ala Phe
355 360 365
Thr Tyr Ala Asp Arg Leu Ser Glu Ser Tyr Thr Asn Glu Ser Ser Asn
370 375 380
Ala Thr Gln Pro Tyr Ile His Thr Leu Thr Glu Gly Tyr Asn Ile Ala
385 390 395 400
Glu Asp Tyr Asp Arg Asn Pro Ser Ala Asn Ile Ile Leu Gly Pro Thr
405 410 415
Gly Tyr Trp Tyr Leu Arg Gly Phe Asn Asp Ser Lys Pro Leu Asn Tyr
420 425 430
Ser Leu Lys Met Lys Ala Asn Trp Ser Lys Ala Phe Gly Lys Phe Arg
435 440 445
Asn Arg Leu Leu Val Gly Gly Glu Trp Thr Ser Ser Met Asn Arg Gly
450 455 460
Arg Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Met Arg Tyr Ala Pro Ser Trp Arg Glu
465 470 475 480
Tyr Arg Tyr Asp Ala Leu Pro Ser Leu Asn Asn Ile Ala Ile Tyr Ala
485 490 495
Glu Asp Lys Leu Ser Met Asp Val Asn Glu Arg Gln Asn Ala Glu Leu
500 505 510
Thr Ala Gly Ile Arg Glu Asp Ile Thr Ser Ile Pro Gly Ser Glu Tyr
515 520 525
Gly Ser Val Gly Ser Phe Ser Pro Arg Met Asn Ala Arg Tyr Val Phe
530 535 540
Arg Phe Gly Gln Asn Ser Trp Leu Asn Ser Met Thr Leu His Ala Gly
545 550 555 560
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565 570 575
Pro Ser Tyr Arg Asp Met Leu Ala Phe Ala Ser Thr Ser Asp Ala Asp
580 585 590
Asn Arg Ser Tyr Tyr Ala Tyr Tyr Thr Tyr Pro Ser Met Ala Arg Tyr
595 600 605
Asn Ala Asn Leu Lys Trp Gln Arg Ala Asp Gln Trp Asp Leu Gly Val
610 615 620
Glu Trp Arg Thr Lys Ile Ala Asp Val Ser Leu Ser Phe Phe Arg Ser
625 630 635 640
Lys Val Ser Asn Pro Tyr Met Ala Thr Asp Val Tyr Thr Pro Phe Thr
645 650 655
Tyr Lys Tyr Thr Ser Pro Ala Met Leu Gln Arg Ser Gly Ile Ala Val
660 665 670
Ala Asp Arg Arg Phe Ser Ile Asp Pro Gln Thr Gly Ile Val Thr Val
675 680 685
Ser Asp Ala Ser Gly Val Lys Ser Pro Val Thr Leu Gly Tyr Glu Glu
690 695 700
Arg Asn Thr Tyr Val Thr Asn Thr Arg Tyr Val Asn Ala Asp Ala Leu
705 710 715 720
Gln Arg Tyr Gly Leu Glu Trp Ile Val Asp Phe Lys Gln Ile Lys Thr
725 730 735
Leu Arg Thr Gln Val Arg Leu Asp Gly Lys Tyr Tyr His Tyr Lys Ala
740 745 750
Gln Asp Glu Thr Leu Phe Ala Asp Val Pro Val Gly Leu Asn Thr Arg
755 760 765
Gln Ser Asp Gly Arg Leu Tyr Gln Tyr Val Gly Tyr Tyr Arg Gly Gly
770 775 780
Ala Ala Thr Thr Thr Asn Tyr Thr Ala Asn Ala Ser Ala Ser Asn Gly
785 790 795 800
Ser Val Ser Gly Gln Val Asp Leu Asn Ala Thr Ile Thr Thr His Ile
805 810 815
Pro Lys Ile Arg Leu Ile Val Ala Leu Arg Leu Glu Ser Ser Leu Tyr
820 825 830
Ala Phe Ser Arg Ala Thr Ser Ser Arg Gly Tyr Val Val Ser Ser Gly
835 840 845
Asn Glu Tyr Phe Gly Val Pro Tyr Asp Asp Lys Thr Glu Asn Gln Thr
850 855 860
Val Ile Val Tyr Pro Glu Tyr Tyr Ser Thr Trp Asp Ala Pro Asp Val
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Leu Ile Pro Phe Ala Glu Lys Leu Arg Trp Ala Glu Thr Asn Asp Arg
885 890 895
Gly Leu Phe Asn Asp Leu Ala Gln Leu Val Val Arg Thr Asn Tyr Pro
900 905 910
Tyr Thr Leu Asn Pro Asn Arg Leu Ser Ala Tyr Trp Ser Ala Asn Leu
915 920 925
Ser Val Thr Lys Glu Ile Gly Arg His Val Ser Val Ser Phe Tyr Ala
930 935 940
Asn Asn Phe Phe Asn Thr Leu Ser Gln Val His Ser Thr Gln Thr Gly
945 950 955 960
Leu Glu Thr Ser Leu Phe Gly Ser Gly Tyr Val Pro Ser Phe Tyr Tyr
965 970 975
Gly Leu Ser Leu Arg Leu Lys Ile
980
<210> 42
<211> 273
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 42
Met Glu Arg Ile Asp Ile Ser Val Leu Met Ala Val Tyr Lys Lys Asp
1 5 10 15
Asn Pro Ala Phe Leu Arg Glu Ser Leu Glu Ser Ile Phe Ser Gln Thr
20 25 30
Val Glu Ala Ala Glu Val Val Leu Leu Glu Asp Gly Pro Leu Thr Asp
35 40 45
Ala Leu Tyr Asp Val Ile Lys Ser Tyr Glu Ala Ile Tyr Ser Thr Leu
50 55 60
Lys Val Val Ser Tyr Pro Glu Asn Arg Gly Leu Gly Lys Thr Leu Asn
65 70 75 80
Asp Gly Leu Leu Leu Cys Lys Tyr Asn Leu Val Ala Arg Met Asp Ala
85 90 95
Asp Asp Ile Cys Lys Pro Asn Arg Leu Glu Met Glu Tyr Asn Trp Leu
100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
Tyr Asp Glu Ile Lys Asn Tyr Ala Gln Tyr Arg Cys Pro Ile Asn His
145 150 155 160
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165 170 175
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225 230 235 240
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245 250 255
Val Met Pro Leu Pro Ile Arg Gln Arg Leu Tyr Asn Leu Ile Arg Lys
260 265 270
Thr
<210> 43
<211> 507
<212> PRT
<213> Paracoccus denitrificans
<400> 43
Met Ser Gln Ile Asn Gly Arg Ile Ser Gln Ile Ile Gly Pro Val Ile
1 5 10 15
Asp Val Tyr Phe Asp Thr Lys Gly Glu Asn Pro Glu Lys Val Leu Pro
20 25 30
Lys Ile His Asp Ala Leu Arg Val Lys Arg Ala Asn Gly Gln Asp Leu
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
Thr Gly Ser Pro Ile Val Met Pro Ala Gly Asp Gln Ile Lys Gly Arg
85 90 95
Met Met Asn Val Ile Gly Gln Pro Ile Asp Gly Met Glu Ala Leu Ser
100 105 110
Met Glu Gly Ala Tyr Pro Ile His Arg Glu Ala Pro Lys Phe Glu Asp
115 120 125
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130 135 140
Leu Leu Glu Pro Tyr Met Lys Gly Gly Lys Ile Gly Leu Phe Gly Gly
145 150 155 160
Ala Gly Val Gly Lys Thr Val Leu Ile Met Glu Leu Ile Asn Asn Ile
165 170 175
Ala Lys Gly His Asn Gly Tyr Ser Val Phe Ala Gly Val Gly Glu Arg
180 185 190
Thr Arg Glu Gly Asn Asp Leu Ile Arg Asp Met Leu Glu Ser Gly Val
195 200 205
Ile Arg Tyr Gly Glu Lys Phe Arg Lys Ala Met Asp Glu Gly Lys Trp
210 215 220
Asp Leu Ser Leu Val Asp Gln Glu Glu Leu Gln Lys Ser Gln Ala Thr
225 230 235 240
Leu Val Tyr Gly Gln Met Asn Glu Pro Pro Gly Ala Arg Ala Ser Val
245 250 255
Ala Leu Ser Gly Leu Thr Val Ala Glu Glu Phe Arg Asp His Gly Gly
260 265 270
Lys Asn Gly Glu Ala Ala Asp Ile Met Phe Phe Ile Asp Asn Ile Phe
275 280 285
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290 295 300
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305 310 315 320
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325 330 335
Gln Ala Val Tyr Val Pro Ala Asp Asp Leu Thr Asp Pro Ala Pro Ala
340 345 350
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355 360 365
Thr Glu Leu Gly Ile Tyr Pro Ala Val Asp Pro Leu Gly Ser Thr Ser
370 375 380
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420 425 430
Val Asn Arg Ala Arg Arg Val Gln Arg Phe Leu Ser Gln Pro Phe Thr
435 440 445
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450 455 460
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465 470 475 480
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485 490 495
Glu Lys Ala Lys Arg Leu Leu Glu Ala Thr Lys
500 505
<210> 44
<211> 268
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 44
Met Pro Ile Gly Asn Gly Gln Lys Tyr Gln Leu Thr Ile Ile Asn His
1 5 10 15
Thr Glu Ile Ile Met Leu Ile Asp Tyr Lys Lys Val Asn Ile Tyr Gln
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35 40 45
Glu Phe Ile Tyr Leu Ile Gly Arg Val Gly Ser Gly Lys Ser Ser Leu
50 55 60
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Gln Leu Thr Asp Lys Lys Glu Val Ser Glu Leu Ala Glu Glu Thr Ala
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Pro Val Glu Thr Ile Asp Glu Pro Glu Gln Asn Asp
260 265
<210> 45
<211> 336
<212> PRT
<213> Yersinia pestis
<400> 45
Met Lys Arg Asn Ile Leu Leu Phe Ile Cys Leu Ala Thr Ser Ile Leu
1 5 10 15
Leu Leu Phe Gly Leu Asn Leu Thr Thr Gly Ser Val Gln Ile Pro Phe
20 25 30
Ala Asp Ile Leu Asp Ile Leu Cys Gly Arg Phe Ile Gly Lys Glu Ser
35 40 45
Trp Glu Tyr Ile Ile Leu Glu Asn Arg Leu Pro Gln Thr Leu Thr Ala
50 55 60
Ile Leu Cys Gly Ala Ser Leu Ser Val Cys Gly Leu Met Leu Gln Thr
65 70 75 80
Ala Phe Arg Asn Pro Leu Ala Gly Pro Asp Val Phe Gly Ile Ser Ser
85 90 95
Gly Ala Gly Leu Gly Val Ala Leu Val Met Leu Leu Leu Gly Gly Thr
100 105 110
Val Ser Thr Ser Ile Phe Thr Val Ser Gly Phe Leu Ala Ile Leu Thr
115 120 125
Ala Ala Phe Val Gly Ala Ile Ala Val Thr Ala Leu Ile Leu Phe Leu
130 135 140
Ser Thr Leu Val Arg Asn Ser Val Leu Leu Leu Ile Val Gly Ile Met
145 150 155 160
Val Gly Tyr Val Ser Ser Ser Ala Val Ser Leu Leu Asn Phe Phe Ala
165 170 175
Ser Glu Glu Gly Val Lys Ser Tyr Met Val Trp Gly Met Gly Asn Phe
180 185 190
Gly Ala Val Ser Met Asn His Ile Pro Leu Phe Ser Ile Leu Cys Leu
195 200 205
Ile Gly Ile Ile Ala Ser Phe Leu Leu Val Lys Pro Leu Asn Ile Leu
210 215 220
Leu Leu Gly Pro Gln Tyr Ala Glu Ser Leu Gly Ile Ser Thr Arg Gln
225 230 235 240
Ile Arg Asn Ile Leu Leu Val Val Val Gly Leu Leu Thr Ala Ile Thr
245 250 255
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260 265 270
Ile Ala Arg Leu Leu Phe Arg Thr Glu Asn His Gln Ile Leu Leu Pro
275 280 285
Gly Ile Val Leu Ser Gly Ala Ala Ile Ala Leu Leu Cys Asn Phe Ile
290 295 300
Cys Tyr Leu Pro Gly Glu Ser Gly Ile Ile Pro Leu Asn Ala Val Thr
305 310 315 320
Pro Leu Ile Gly Ala Pro Ile Ile Ile Tyr Val Ile Ile Gln Arg Arg
325 330 335
<210> 46
<211> 408
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 46
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1 5 10 15
Ala Leu Leu Asn Tyr Met Asp Arg Gln Met Leu Ser Thr Met Gln Glu
20 25 30
Ala Met Lys Val Asp Ile Ala Glu Leu Asn His Ala Glu Ala Phe Gly
35 40 45
Ala Leu Met Ala Val Phe Leu Trp Ile Tyr Gly Ile Val Ser Pro Phe
50 55 60
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65 70 75 80
Ser Ile Phe Val Trp Ser Ala Val Thr Tyr Leu Met Gly Tyr Ala Glu
85 90 95
Ser Phe Asp Gln Leu Tyr Trp Leu Arg Ala Phe Met Gly Ile Ser Glu
100 105 110
Ala Leu Tyr Ile Pro Ala Ala Leu Ser Leu Ile Ala Asp Trp His Glu
115 120 125
Gly Lys Ser Arg Ser Leu Ala Ile Gly Ile His Met Thr Gly Leu Tyr
130 135 140
Val Gly Gln Ala Val Gly Gly Phe Gly Ala Thr Leu Ala Ala Met Phe
145 150 155 160
Ser Trp His Ala Ala Phe His Trp Phe Gly Ile Ile Gly Ile Val Tyr
165 170 175
Ser Leu Val Leu Leu Leu Phe Leu Lys Glu Asn Pro Lys His Gly Gln
180 185 190
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195 200 205
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225 230 235 240
Pro Thr Leu Phe Ala Asn Ser Leu Asp Ile Pro Met Ser Ser Ala Gly
245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
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Met Leu Leu Gly Phe Gly His Ser Leu Val Ser Val Val Gly Ala Gly
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Ile Leu Cys Gln Phe Ile Ser Ser Lys Tyr Arg Ser Thr Ala Tyr Gly
340 345 350
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405
<210> 47
<211> 694
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 47
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1 5 10 15
Ser Ala Lys Thr Thr Lys Val Lys Glu Pro Ser His Ile Gly Leu Val
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35 40 45
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50 55 60
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85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
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165 170 175
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180 185 190
Pro Leu Leu Ile Tyr Glu Cys His Ile Gly Met Ala Gln Asp Glu Glu
195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
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245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
Ala Val Lys Asn Glu Val Glu Gly Leu Gly Asn Leu Ala Gly Asp Pro
290 295 300
Asn Gln Tyr Phe Tyr Pro Gly Glu Arg His Glu His Pro Ala Trp Asp
305 310 315 320
Ser Leu Cys Phe Asp Tyr Gly Lys Asp Glu Val Leu His Phe Leu Leu
325 330 335
Ser Asn Cys Lys Tyr Trp Leu Glu Glu Tyr His Phe Asp Gly Phe Arg
340 345 350
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355 360 365
Ala Phe Cys Asn Tyr Ala Asp Tyr Phe Asn Gly His Gln Asp Asp Asn
370 375 380
Ala Ile Cys Tyr Leu Thr Leu Ala Asn Cys Leu Ile His Glu Val Asn
385 390 395 400
Lys Asn Ala Val Thr Ile Ala Glu Glu Val Ser Gly Met Pro Gly Leu
405 410 415
Ala Ala Lys Phe Lys Asp Gly Gly Tyr Gly Phe Asp Tyr Arg Met Ala
420 425 430
Met Asn Ile Pro Asp Tyr Trp Ile Lys Thr Ile Lys Glu Leu Pro Asp
435 440 445
Glu Ala Trp Lys Pro Ser Ser Ile Phe Trp Glu Ile Lys Asn Arg Arg
450 455 460
Ser Asp Glu Lys Thr Ile Ser Tyr Cys Glu Ser His Asp Gln Ala Leu
465 470 475 480
Val Gly Asp Lys Thr Ile Ile Phe Arg Leu Val Asp Ala Asp Met Tyr
485 490 495
Trp His Phe Arg Lys Gly Asp Glu Thr Glu Met Thr His Arg Gly Ile
500 505 510
Ala Leu His Lys Met Ile Arg Leu Ala Thr Ile Ala Ala Ile Asn Gly
515 520 525
Gly Tyr Leu Asn Phe Met Gly Asn Glu Phe Gly His Pro Glu Trp Ile
530 535 540
Asp Phe Pro Arg Glu Gly Asn Gly Trp Ser His Lys Tyr Ala Arg Arg
545 550 555 560
Gln Trp Asn Leu Val Asp Asn Glu Glu Leu Cys Tyr His Leu Leu Gly
565 570 575
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580 585 590
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595 600 605
Leu Ala Phe Ser Arg Gly Glu Leu Val Phe Val Phe Asn Phe Ser Pro
610 615 620
Ser His Ser Tyr Ser Asp Tyr Gly Phe Leu Val Pro Glu Gly Ser Tyr
625 630 635 640
Asn Val Val Leu Asn Thr Asp Ala Arg Glu Phe Gly Gly Phe Gly Phe
645 650 655
Ala Asp Asp Thr Val Glu His Phe Thr Asn Ser Asp Pro Leu Tyr Glu
660 665 670
Lys Asp His Lys Gly Trp Leu Lys Leu Tyr Ile Pro Ala Arg Ser Ala
675 680 685
Val Val Leu Arg Lys Lys
690
<210> 48
<211> 448
<212> PRT
<213> Prevotella melaninogenica
<400> 48
Met Lys Ile Asp Ile Glu Arg Ile Lys Tyr Phe Leu Thr Val Gly Met
1 5 10 15
Phe Met Lys Thr Glu His Ser Ser Lys Arg Arg Asn Met Leu Ile Arg
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50 55 60
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65 70 75 80
Gly Gln Phe Leu Glu Lys Gln Phe Arg Glu Met Leu Ser Ala Gln Pro
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100 105 110
Ala Lys Thr Gly Leu Phe Ile Gly Ile Gly Leu Met Ile Met Leu Tyr
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Thr Ala Leu Met Phe Leu Val Pro Ile Ser Ile Ile Ile Leu Ser Gly
165 170 175
Leu Ser Ile Tyr Phe Tyr Ser Phe Val Glu Asn Leu Asn Gly Leu Arg
180 185 190
Phe Leu Gly Thr Ile Ala Ser Phe Ser Leu Arg Tyr Leu Val Pro Trp
195 200 205
Ala Ile Leu Thr Leu Met Phe Ile Val Leu Tyr Val Phe Met Pro Asn
210 215 220
Ala Lys Val Lys Ile Thr Lys Thr Val Ala Pro Ala Met Ile Ala Ser
225 230 235 240
Ile Ala Met Leu Cys Leu Gln Ala Val Tyr Ile His Gly Gln Ile Phe
245 250 255
Leu Thr Ser Tyr Asn Ala Ile Tyr Gly Ser Phe Ala Ala Leu Pro Leu
260 265 270
Phe Met Leu Trp Ile Leu Ala Ser Trp Tyr Ile Cys Leu Phe Cys Ala
275 280 285
Glu Leu Cys Tyr Phe Asn Gln Asn Leu Glu Tyr Tyr Glu Cys Leu Ile
290 295 300
Asp Thr Glu Asp Ile Cys His Asn Asp Leu Leu Ile Leu Cys Ala Thr
305 310 315 320
Val Leu Ser His Ile Cys Gln Arg Phe Ala Asn Asp Gln Lys Pro Gln
325 330 335
Thr Ala Leu Gln Ile Lys Thr Glu Thr His Ile Pro Ile Arg Val Met
340 345 350
Thr Asp Ile Leu Tyr Arg Leu Lys Glu Val Asn Leu Ile Ser Glu Asn
355 360 365
Phe Ser Pro Thr Ser Asp Glu Val Thr Tyr Thr Pro Thr His Asp Thr
370 375 380
Asn Asn Ile Thr Val Gly Glu Met Ile Ala Arg Leu Glu Ser Thr Pro
385 390 395 400
Ala Ser Asp Phe Ala Leu Leu Gly Phe Ser Pro Lys Lys Ala Trp Asn
405 410 415
His Asp Ile Tyr Asp Arg Val Gly Ser Ile Arg Glu Ile Tyr Leu Asn
420 425 430
Glu Leu Lys Ser Ile Asn Ile Lys Glu Leu Ile Ser Tyr Ser Glu Asn
435 440 445
<210> 49
<211> 326
<212> PRT
<213> Bacillus anthracis
<400> 49
Met Met Lys Arg Pro Ser Ile Ala Arg Val Val Lys Val Ile Ile Cys
1 5 10 15
Leu Leu Thr Pro Ile Leu Leu Ser Phe Ser Gly Ile Gly Asp Asn Asp
20 25 30
Ile Asp Lys Lys Lys Ser Thr Ser Lys Glu Val Asp Asp Thr Leu Arg
35 40 45
Ile Val Ile Thr Gly Asp Leu Leu Leu Asp Arg Gly Val Arg Gln Lys
50 55 60
Ile Asp Met Ala Gly Val Asp Ala Leu Phe Ser Pro Thr Ile Asp Ser
65 70 75 80
Leu Phe His Ser Ser Asn Tyr Val Ile Ala Asn Leu Glu Cys Pro Val
85 90 95
Thr Lys Ile Arg Glu Arg Val Phe Lys Arg Phe Ile Phe Arg Gly Glu
100 105 110
Pro Glu Trp Leu Pro Thr Leu Arg Arg His Gly Ile Thr His Leu Asn
115 120 125
Leu Ala Asn Asn His Ser Ile Asp Gln Gly Arg Asn Gly Leu Leu Asp
130 135 140
Thr Gln Glu Gln Ile Lys Lys Ala Gly Met Ile Pro Ile Gly Ala Gly
145 150 155 160
Lys Asn Met Glu Glu Ala Ala Glu Pro Val Leu Ile Ser Thr Ser Pro
165 170 175
Arg His Val Trp Val Ile Ser Ser Leu Arg Leu Pro Leu Glu Asn Phe
180 185 190
Leu Tyr Leu Pro Gln Lys Pro Cys Val Ser Gln Glu Ser Ile Asp Ser
195 200 205
Leu Ile Met Arg Val Lys Arg Leu Arg Ala Thr Asp Lys Asn Cys Tyr
210 215 220
Ile Leu Leu Ile Leu His Trp Gly Trp Glu His His Phe Arg Ala Thr
225 230 235 240
Pro Gln Gln Arg Glu Asp Ala His Lys Leu Ile Asp Ala Gly Ala Asp
245 250 255
Ala Ile Val Gly His His Ser His Thr Leu Gln Thr Ile Glu Thr Tyr
260 265 270
Arg Gly Lys Pro Ile Tyr Tyr Gly Ile Gly Asn Phe Ile Phe Asp Gln
275 280 285
Arg Lys Pro Met Asn Ser Arg Ala Cys Leu Val Glu Leu Ser Ile Thr
290 295 300
Ala Glu Lys Cys Lys Ala Lys Ala Leu Pro Ile Glu Ile Lys Asn Cys
305 310 315 320
Thr Pro Tyr Leu Ser Lys
325
<210> 50
<211> 259
<212> PRT
<213> Helicobacter pylori
<400> 50
Met Ile Leu Leu Ser Phe Asp Thr Glu Glu Phe Asp Val Pro Arg Glu
1 5 10 15
His Gly Val Asp Phe Ser Leu Glu Glu Gly Met Lys Val Ser Ile Glu
20 25 30
Gly Thr Asn Arg Ile Leu Asp Ile Leu Lys Ala Asn Asn Val Cys Ala
35 40 45
Thr Phe Phe Cys Thr Gly Asn Phe Ala Glu Leu Ala Pro Glu Val Met
50 55 60
Glu Arg Ile Lys Asn Glu Gly His Glu Val Ala Cys His Gly Val Asp
65 70 75 80
His Trp Gln Pro Lys Pro Glu Asp Val Phe Arg Ser Lys Glu Ile Ile
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Glu Arg Val Thr Gly Val Lys Val Ala Gly Tyr Arg Gln Pro Arg Met
100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
Thr Ser Arg Thr Trp Phe Met Gln Gly Lys Val Met Gln Ile Pro Ala
145 150 155 160
Ser Val Ser Pro His Leu Arg Ile Pro Leu Phe Trp Leu Ser Met His
165 170 175
Asn Phe Pro Glu Trp Phe Tyr Leu Arg Leu Val Arg Gln Val Leu Arg
180 185 190
His Asp Gly Tyr Phe Val Thr Tyr Phe His Pro Trp Glu Phe Tyr Asp
195 200 205
Leu Lys Ser His Pro Glu Phe Lys Met Pro Phe Ile Ile Lys Asn His
210 215 220
Ser Gly His Glu Leu Glu Gln Arg Leu Asp Arg Phe Ile Lys Ala Met
225 230 235 240
Lys Ala Asp Lys Gln Glu Phe Ile Thr Tyr Val Asp Phe Val Asn Arg
245 250 255
Gln Lys Lys
<210> 51
<211> 252
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 51
Met Ala Lys Asn Ile Ser Phe Thr Ile Lys Tyr Trp Lys Gln Asn Gly
1 5 10 15
Pro Gln Asp Gln Gly His Phe Asp Thr His Glu Met Lys Asn Ile Pro
20 25 30
Asp Asp Thr Ser Phe Leu Glu Met Leu Asp Ile Leu Asn Glu Glu Leu
35 40 45
Ile Ala Ala Gly Asp Glu Pro Phe Val Phe Asp His Asp Cys Arg Glu
50 55 60
Gly Ile Cys Gly Met Cys Ser Leu Tyr Ile Asn Gly Thr Pro His Gly
65 70 75 80
Lys Thr Glu Arg Gly Ala Thr Thr Cys Gln Leu Tyr Met Arg Arg Phe
85 90 95
Asn Asp Gly Asp Val Ile Thr Val Glu Pro Trp Arg Ser Ala Gly Phe
100 105 110
Pro Val Ile Lys Asp Cys Met Val Asp Arg Thr Ala Phe Asp Lys Ile
115 120 125
Ile Gln Ala Gly Gly Tyr Thr Thr Ile Arg Thr Gly Gln Ala Gln Asp
130 135 140
Ala Asn Ala Ile Leu Ile Ser Lys Asp Asn Ala Asp Glu Ala Met Asp
145 150 155 160
Cys Ala Thr Cys Ile Gly Cys Gly Ala Cys Val Ala Ala Cys Lys Asn
165 170 175
Gly Ser Ala Met Leu Phe Val Ser Ser Lys Val Ser Gln Leu Ala Leu
180 185 190
Leu Pro Gln Gly Lys Pro Glu Ala Ala Lys Arg Ala Lys Ala Met Val
195 200 205
Ala Lys Met Asp Glu Val Gly Phe Gly Asn Cys Thr Asn Thr Arg Ala
210 215 220
Cys Glu Ala Val Cys Pro Lys Asn Glu Lys Ile Ala Asn Ile Ala Arg
225 230 235 240
Leu Asn Arg Glu Phe Ile Lys Ala Lys Phe Ala Asp
245 250
<210> 52
<211> 398
<212> PRT
<213> Mycobacterium tuberculosis
<400> 52
Met Ser Glu Asn Lys Leu Ser Thr Asn Glu Gln Ala Gln Thr Ala Asp
1 5 10 15
Ala Pro Val Lys Ala Ser Tyr Thr Glu Tyr Lys Val Ile Pro Ser Gln
20 25 30
Gly Tyr Cys Met Ile Val Lys Cys Arg Lys Gly Asp Gln Thr Val Val
35 40 45
Leu Lys Thr Leu Lys Glu Glu Tyr Arg Glu Arg Val Leu Leu Arg Asn
50 55 60
Ala Leu Lys Arg Glu Phe Lys Gln Cys Gln Arg Leu Asn His Ser Gly
65 70 75 80
Ile Val Arg Tyr Gln Gly Leu Val Glu Val Asp Gly Tyr Gly Leu Cys
85 90 95
Ile Glu Glu Glu Tyr Val Glu Gly Arg Thr Leu Gln Ala Tyr Leu Lys
100 105 110
Glu Asn His Thr Asp Asp Glu Lys Ile Ala Ile Ile Asn Gln Ile Ala
115 120 125
Asp Ala Leu Arg Tyr Ala His Gln Gln Gly Val Ile His Arg Asn Leu
130 135 140
Lys Pro Ser Asn Val Leu Val Thr Thr Gln Gly Asp Tyr Val Lys Leu
145 150 155 160
Ile Asp Phe Ser Val Leu Ser Pro Glu Asp Val Lys Pro Thr Ala Glu
165 170 175
Thr Thr Arg Phe Met Ala Pro Glu Met Lys Asp Glu Thr Leu Thr Ala
180 185 190
Asp Ala Thr Ala Asp Ile Tyr Ser Leu Gly Thr Ile Met Lys Val Met
195 200 205
Gly Leu Thr Leu Ala Tyr Ser Glu Val Ile Lys Arg Cys Cys Ala Phe
210 215 220
Lys Arg Ser Asp Arg Tyr Ser Asn Val Asp Glu Leu Leu Ala Asp Leu
225 230 235 240
Asn Asn Glu Gly Ser Ser Phe Ser Met Pro Lys Ile Gly Lys Gly Thr
245 250 255
Val Val Leu Gly Leu Ile Ile Ala Val Val Ile Gly Ile Gly Ala Leu
260 265 270
Leu Tyr Asn Tyr Gly Gly Ala Leu Ile Asp Gln Val Gly Lys Ile Asp
275 280 285
Val Ser Ser Val Phe Ser Ser Asp Ala Glu Thr Ala Pro Glu Asp Thr
290 295 300
Val Lys Val Asn Thr Ala Glu Gln Ser Asp Ser Leu Ser Thr Glu Ala
305 310 315 320
Glu Ala Pro Ala Ile Gly Lys Leu Ala Phe Met Asn Arg Met Lys Pro
325 330 335
Ala Leu Tyr Lys Asp Leu Asp Asn Ile Phe Glu Lys Asn Ser Ala Asp
340 345 350
Lys Ala Lys Leu Thr Lys Ala Ile Lys Thr Tyr Tyr Arg Gly Leu Ile
355 360 365
Gln Ala Asn Asp Thr Leu Asp Asn Glu Gln Arg Ala Glu Val Asp Arg
370 375 380
Val Phe Gly Asp Tyr Val Lys Gln Lys Lys Ala Ala Leu Asn
385 390 395
<210> 53
<211> 522
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 53
Met Arg Lys Tyr Ile Cys Leu Leu Leu Phe Tyr Leu Phe Thr Phe Leu
1 5 10 15
Pro Leu Ser Ala Gln Gln Gly Asn Asp Ser Pro Leu Arg Lys Leu Gln
20 25 30
Leu Ala Glu Met Ala Ile Lys Asn Phe Tyr Val Asp Ser Val Asn Glu
35 40 45
Gln Lys Leu Val Glu Asp Gly Ile Arg Gly Met Leu Glu Lys Leu Asp
50 55 60
Pro His Ser Thr Tyr Thr Asp Ala Lys Glu Thr Lys Ala Met Asn Glu
65 70 75 80
Pro Leu Gln Gly Asp Phe Glu Gly Ile Gly Val Gln Phe Asn Met Ile
85 90 95
Glu Asp Thr Leu Val Val Ile Gln Pro Val Val Asn Gly Pro Ser Gln
100 105 110
Lys Val Gly Ile Leu Ala Gly Asp Arg Ile Val Ser Val Asn Asp Ser
115 120 125
Thr Ile Ala Gly Val Lys Met Ala Arg Ile Asp Ile Met Lys Met Leu
130 135 140
Arg Gly Lys Lys Gly Thr Lys Val Lys Leu Gly Val Val Arg Arg Gly
145 150 155 160
Val Lys Gly Val Leu Thr Phe Val Val Thr Arg Ala Lys Ile Pro Val
165 170 175
His Thr Ile Asn Ala Ser Tyr Met Ile Arg Pro Asn Val Gly Tyr Ile
180 185 190
Arg Ile Glu Ser Phe Gly Met Lys Thr His Asp Glu Phe Met Ser Ala
195 200 205
Val Asp Ser Leu Lys Lys Lys Gly Met Lys Thr Leu Leu Leu Asp Leu
210 215 220
Gln Asp Asn Gly Gly Gly Tyr Leu Gln Ser Ala Val Gln Ile Ser Asn
225 230 235 240
Glu Phe Leu Lys Asn Asn Asp Met Ile Val Tyr Thr Glu Gly Arg Arg
245 250 255
Ala Arg Arg Gln Asn Phe Lys Ala Ile Gly Asn Gly Arg Leu Gln Asp
260 265 270
Val Lys Val Tyr Val Leu Val Asn Glu Leu Ser Ala Ser Ala Ala Glu
275 280 285
Ile Val Thr Gly Ala Ile Gln Asp Asn Asp Arg Gly Thr Val Val Gly
290 295 300
Arg Arg Thr Phe Gly Lys Gly Leu Val Gln Arg Pro Phe Asp Leu Pro
305 310 315 320
Asp Gly Ser Met Ile Arg Leu Thr Ile Ala His Tyr Tyr Thr Pro Ser
325 330 335
Gly Arg Cys Ile Gln Lys Pro Tyr Thr Lys Gly Asp Leu Lys Asp Tyr
340 345 350
Glu Met Asp Ile Glu Lys Arg Phe Lys His Gly Glu Leu Thr Asn Pro
355 360 365
Asp Ser Ile Gln Phe Ser Asp Ser Leu Lys Tyr Tyr Thr Ile Arg Lys
370 375 380
His Arg Val Val Tyr Gly Gly Gly Gly Ile Met Pro Asp Asn Phe Val
385 390 395 400
Pro Leu Asp Thr Thr Lys Phe Thr Arg Tyr His Arg Met Leu Ala Ala
405 410 415
Lys Ser Ile Ile Ile Asn Ala Tyr Leu Lys Tyr Ala Asp Ala Asn Arg
420 425 430
Gln Ala Leu Lys Ala Gln Tyr Ser Ser Phe Asp Ala Phe Asn Lys Gly
435 440 445
Tyr Val Val Pro Gln Ser Leu Leu Asp Glu Ile Val Ala Glu Gly Lys
450 455 460
Lys Glu Lys Ile Glu Pro Lys Asp Ala Ala Glu Leu Lys Ala Thr Leu
465 470 475 480
Pro Asn Ile Ala Leu Gln Ile Lys Ala Leu Thr Ala Arg Asp Ile Trp
485 490 495
Asp Met Asn Glu Tyr Phe Arg Val Trp Asn Thr Gln Ser Asp Ile Val
500 505 510
Asn Lys Ala Val Ala Leu Ala Thr Gly Lys
515 520
<210> 54
<211> 348
<212> PRT
<213> Prevotella melaninogenica
<400> 54
Met Lys Leu Thr Glu Gln Arg Ser Ser Met Leu His Gly Val Leu Leu
1 5 10 15
Ile Thr Leu Phe Ala Cys Ala Ala Phe Tyr Ile Gly Asp Met Gly Trp
20 25 30
Val Lys Ala Leu Ser Leu Ser Pro Met Val Val Gly Ile Ile Leu Gly
35 40 45
Met Leu Tyr Ala Asn Ser Leu Arg Asn Asn Leu Pro Asp Thr Trp Val
50 55 60
Pro Gly Ile Ala Phe Cys Gly Lys Arg Val Leu Arg Phe Gly Ile Ile
65 70 75 80
Leu Tyr Gly Phe Arg Leu Thr Phe Gln Asp Val Val Ala Val Gly Phe
85 90 95
Pro Ala Ile Ile Val Asp Ala Ile Ile Val Ser Gly Thr Ile Leu Leu
100 105 110
Gly Val Leu Val Gly Arg Leu Leu Lys Met Asp Arg Ser Ile Ala Leu
115 120 125
Leu Thr Ala Cys Gly Ser Gly Ile Cys Gly Ala Ala Ala Val Leu Gly
130 135 140
Val Asp Gly Ala Ile Arg Pro Lys Pro Tyr Lys Thr Ala Val Ala Val
145 150 155 160
Ala Thr Val Val Ile Phe Gly Thr Leu Ser Met Phe Leu Tyr Pro Ile
165 170 175
Leu Tyr Arg Ala Gly Ile Phe Asp Leu Ser Pro Asp Ala Met Gly Ile
180 185 190
Phe Ala Gly Ser Thr Ile His Glu Val Ala His Val Val Gly Ala Gly
195 200 205
Asn Ala Met Gly Ala Ala Val Ser Asn Ser Ala Ile Ile Val Lys Met
210 215 220
Ile Arg Val Met Met Leu Val Pro Val Leu Leu Val Ile Ala Phe Phe
225 230 235 240
Val Ala Lys Asn Val Ala Glu Arg Asp Asp Glu Ala Gly Gly Ser Arg
245 250 255
Lys Ile Asn Ile Pro Trp Phe Ala Ile Leu Phe Leu Val Val Ile Gly
260 265 270
Phe Asn Ser Leu Asn Leu Leu Pro Lys Glu Leu Val Asp Phe Ile Asn
275 280 285
Thr Leu Asp Thr Phe Leu Leu Thr Met Ala Met Ser Ala Leu Gly Ala
290 295 300
Glu Thr Ser Ile Asp Lys Phe Lys Lys Ala Gly Phe Lys Pro Phe Leu
305 310 315 320
Leu Ala Ala Ile Leu Trp Cys Trp Leu Ile Gly Gly Gly Tyr Cys Leu
325 330 335
Ala Lys Tyr Leu Val Pro Val Leu Gly Val Ala Cys
340 345
<210> 55
<211> 833
<212> PRT
<213> Prevotella sp.
<400> 55
Met Asn Lys Gln Phe Leu Leu Ala Ala Leu Trp Leu Ser Pro Leu Gly
1 5 10 15
Leu Tyr Ala His Lys Ala Asn Gly Ile Gly Ala Val Thr Trp Lys Asn
20 25 30
Glu Ala Pro Lys Glu Arg Met Ile Arg Gly Ile Asp Glu Asp Lys Thr
35 40 45
His Gln Arg Phe Thr Leu Ser Gly Tyr Val Lys Asp Arg Asn Gly Glu
50 55 60
Pro Leu Ile Asn Ala Thr Ile Tyr Asp Leu Thr Thr Arg Gln Gly Thr
65 70 75 80
Met Thr Asn Ala Tyr Gly His Phe Ser Leu Thr Leu Gly Glu Gly Gln
85 90 95
His Glu Ile Arg Cys Ser Tyr Val Gly Tyr Lys Thr Leu Ile Glu Thr
100 105 110
Ile Asp Leu Ser Ala Asn Gln Asn His Asp Ile Ile Leu Gln Asn Glu
115 120 125
Ala Gln Leu Asp Glu Val Val Val Thr Thr Asp Leu Asn Ser Pro Leu
130 135 140
Leu Lys Thr Gln Thr Gly Lys Leu Ser Leu Ser Gln Lys Asp Ile Lys
145 150 155 160
Thr Glu Tyr Ala Leu Leu Ser Ser Pro Asp Val Ile Lys Thr Leu Gln
165 170 175
Arg Thr Ser Gly Val Ala Asp Gly Met Glu Leu Ala Ser Gly Leu Tyr
180 185 190
Val His Gly Gly Asn Gly Asp Glu Asn Leu Phe Leu Leu Asp Gly Thr
195 200 205
Pro Leu Tyr His Thr Asn His Ser Leu Gly Leu Phe Ser Ser Phe Asn
210 215 220
Ala Asp Val Val Lys Asn Val Asp Phe Tyr Lys Ser Gly Phe Pro Ala
225 230 235 240
Arg Tyr Gly Gly Arg Leu Ser Ser Val Ile Asp Val Arg Thr Ala Asp
245 250 255
Gly Asp Leu Tyr Lys Thr His Gly Ser Tyr Arg Ile Gly Leu Leu Asp
260 265 270
Gly Ala Phe His Ile Gly Gly Pro Ile Arg Lys Gly Lys Thr Ser Tyr
275 280 285
Asn Phe Gly Leu Arg Arg Ser Trp Met Asp Leu Leu Thr Arg Pro Ala
290 295 300
Phe Ala Ile Met Asn His Lys Ser Asp Asn Glu Asp Lys Leu Ser Met
305 310 315 320
Ser Tyr Phe Phe His Asp Leu Asn Phe Lys Leu Thr Asn Ile Phe Asn
325 330 335
Glu Arg Ser Arg Met Ser Leu Ser Val Tyr Ser Gly Glu Asp Arg Leu
340 345 350
Asp Ala Lys Asp Glu Trp His Ser Asn Asn Ser Ser Gly Tyr Asn Asp
355 360 365
Val Asp Ile Tyr Val Asn Arg Phe His Trp Gly Asn Phe Asn Ala Ala
370 375 380
Leu Asp Trp Asn Tyr Gln Phe Ser Pro Lys Leu Phe Ala Asn Phe Thr
385 390 395 400
Ala Val Tyr Thr His Asn Arg Ser Thr Val Ser Ser Ser Asp Glu Trp
405 410 415
Arg Phe Thr Arg Pro Gly Glu Lys Glu Gln Leu Thr Leu Thr Ser His
420 425 430
Gly Tyr Arg Ser Ser Ile Asp Asp Ile Gly Tyr Arg Ala Ala Phe Asp
435 440 445
Phe Arg Pro Ser Pro Arg His His Ile Arg Phe Gly Gln Asp Tyr Thr
450 455 460
Tyr His Arg Phe Gln Pro Gln Thr Tyr Asn Arg Phe Asp Asn Tyr Gln
465 470 475 480
Thr Asn Ser Glu Ala Lys Ala Asp Thr Ile Ala Thr His Ser Tyr Asn
485 490 495
Lys Asn Val Ala His Gln Leu Thr Phe Tyr Ala Glu Asp Glu Met Thr
500 505 510
Leu Asn Glu Lys Trp Ser Leu Asn Gly Gly Val Asn Ala Asp Val Phe
515 520 525
His Ile Ser Gly Lys Thr Phe Ala Thr Leu Ser Pro Arg Leu Ser Met
530 535 540
Lys Phe Gln Pro Thr Glu Arg Leu Ser Leu Lys Ala Ser Tyr Thr Leu
545 550 555 560
Met Ser Gln Phe Val His Lys Ile Ala Asn Ser Phe Leu Asp Leu Pro
565 570 575
Thr Asp Tyr Trp Val Pro Thr Thr Ala Arg Leu His Pro Met Arg Ser
580 585 590
Trp Gln Val Ala Ala Gly Ala Tyr Met Lys Pro Asn Lys His Trp Leu
595 600 605
Leu Ser Leu Glu Ala Tyr Tyr Lys Arg Ser Ser His Ile Leu Gln Tyr
610 615 620
Ser Ser Trp Ala Gly Leu Glu Pro Pro Ala Ala Asn Trp Asp Tyr Met
625 630 635 640
Val Met Glu Gly Asp Gly Arg Ser Tyr Gly Val Glu Leu Asp Ala Asp
645 650 655
Tyr Asn Val Ser Asn Leu Thr Leu His Gly Ser Tyr Thr Leu Ser Trp
660 665 670
Thr Gln Lys Lys Phe Asp Asp Phe Tyr Asp Gly Trp Tyr Tyr Asp Lys
675 680 685
Phe Asp Asn Arg His Lys Leu Thr Leu Thr Gly Arg Trp Asn Ile Thr
690 695 700
Lys Lys Ile Ala Ala Phe Ala Ala Trp Thr Phe Arg Thr Gly Asn Arg
705 710 715 720
Met Thr Ile Pro Thr Gln Tyr Ile Gly Leu Pro Asp Val Pro Ala Gln
725 730 735
Glu Gln Gly Gly Leu Thr Phe Asn Ser Ser Asp Asp Asn Thr Leu Asn
740 745 750
Phe Ala Tyr Glu Lys Pro Asn Asn Val Ile Leu Pro Ala Tyr His Arg
755 760 765
Leu Asp Ile Gly Phe Asp Phe His His Thr Thr Lys Lys Gly His Glu
770 775 780
Arg Ile Trp Asn Leu Ser Phe Tyr Asn Ala Tyr Cys His Leu Asn Ser
785 790 795 800
Leu Trp Val Arg Val Lys Ile Asp Ser Asn Asn Gln Met Lys Ile Arg
805 810 815
Asn Ile Ala Phe Ile Pro Val Ile Pro Ser Phe Ser Tyr Thr Phe Lys
820 825 830
Phe
<210> 56
<211> 1133
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 56
Met Ser Lys Gln Val Phe Gln Thr Asp Ser Arg Gln Arg Trp Ser Tyr
1 5 10 15
Phe Lys Trp Thr Leu Arg Val Ile Leu Thr Ile Leu Ser Leu Leu Gly
20 25 30
Ile Val Phe Leu Ala Met Phe Ala Leu Glu Gly Ser Pro Gln Met Pro
35 40 45
Phe Arg His Asp Tyr Arg Asn Ala Val Thr Ala Ala Ser Pro Tyr Thr
50 55 60
Lys Asp Asn Lys Thr Ala Lys Leu Tyr Lys Ser Phe Arg Asp Phe Phe
65 70 75 80
Lys Glu Lys Lys Met His Asn Asn Tyr Ala Lys Ala Thr Ile Lys Lys
85 90 95
Gln Arg Phe Ile Gly Lys Ala Asp Ser Val Thr Gln Lys Tyr Phe Arg
100 105 110
Glu Trp Asp Asp Pro Arg Ile Gly Val Arg Ser Ala Trp Tyr Val Asn
115 120 125
Trp Asp Lys His Ala Tyr Ile Ser Leu Lys Asn Asn Ile Lys His Leu
130 135 140
Asn Met Val Leu Pro Glu Trp Phe Phe Ile Asn Pro Lys Thr Asp Lys
145 150 155 160
Val Glu Tyr Arg Ile Asp Lys Gln Ala Leu Arg Leu Met Arg Arg Thr
165 170 175
Gly Ile Pro Val Leu Pro Met Leu Thr Asn Asn Tyr Asn Ser Asp Phe
180 185 190
His Pro Glu Ala Ile Gly Arg Ile Met Arg Asp Glu Lys Lys Arg Met
195 200 205
Ala Leu Ile Asn Glu Met Val Arg Thr Cys Arg His Tyr Gly Phe Ala
210 215 220
Gly Ile Asn Leu Asp Leu Glu Glu Leu Asn Ile Gln Asp Asn Asp Leu
225 230 235 240
Leu Val Glu Leu Leu Lys Asp Phe Ser Arg Val Phe His Ala Asn Gly
245 250 255
Leu Tyr Val Thr Gln Ala Val Ala Pro Phe Asn Glu Asp Tyr Asn Met
260 265 270
Gln Glu Leu Ala Lys Tyr Asn Asp Tyr Leu Phe Leu Met Ala Tyr Asp
275 280 285
Glu His Asn Ile Glu Ser Gln Pro Gly Ala Val Ser Ser Gln Arg Trp
290 295 300
Val Glu Lys Ala Thr Asp Trp Ala Ala Lys Asn Val Pro Asn Asp Lys
305 310 315 320
Ile Val Leu Gly Met Ala Thr Tyr Gly Tyr Asp Trp Ala Asn Gly Glu
325 330 335
Gly Gly Thr Thr Val Ser Phe Asp Gln Thr Met Ala Ile Ala Gln Asp
340 345 350
Ala Asp Ala Lys Val Lys Phe Asp Asp Asp Thr Tyr Asn Val Asn Phe
355 360 365
Ser Tyr Gln Asn Thr Asp Asp Gly Lys Ile His His Val Phe Phe Thr
370 375 380
Asp Ala Ala Thr Thr Phe Asn Ile Met Arg Phe Gly Ala Glu Tyr His
385 390 395 400
Leu Ala Gly Tyr Gly Leu Trp Arg Leu Gly Thr Glu Asp Lys Arg Ile
405 410 415
Trp Arg Phe Tyr Gly Lys Asp Met Ser Trp Glu Asn Val Ala Arg Met
420 425 430
Ser Val Ala Lys Leu Met Gln Leu Asn Gly Thr Asp Asp Val Asn Phe
435 440 445
Val Gly Ser Gly Glu Val Leu Glu Val Thr Thr Glu Pro His Pro Gly
450 455 460
Asp Ile Ser Ile Arg Ile Asp Lys Asp Asn Arg Leu Ile Ser Glu Glu
465 470 475 480
Tyr Tyr Arg Ala Leu Pro Ser Thr Tyr Thr Ile Gln Arg Leu Gly Lys
485 490 495
Cys Lys Asp Lys Gln Leu Val Ile Thr Phe Asp Asp Gly Pro Asp Ser
500 505 510
Arg Trp Thr Pro Thr Val Leu Ser Thr Leu Lys Lys Tyr Asn Val Pro
515 520 525
Ala Ala Phe Phe Met Val Gly Leu Gln Met Glu Lys Asn Leu Pro Leu
530 535 540
Val Lys Gln Val Tyr Glu Asp Gly His Thr Ile Gly Asn His Thr Phe
545 550 555 560
Thr His His Asn Met Ile Glu Asn Ser Asp Arg Arg Ser Tyr Ala Glu
565 570 575
Leu Lys Leu Thr Arg Met Leu Ile Glu Ser Val Thr Gly His Ser Thr
580 585 590
Ile Leu Phe Arg Ala Pro Tyr Asn Ala Asp Ala Asp Pro Thr Glu His
595 600 605
Glu Glu Ile Trp Pro Met Ile Val Ala Ser Arg Arg Asn Tyr Leu Phe
610 615 620
Val Gly Glu Ser Ile Asp Pro Asn Asp Trp Glu Pro Asn Val Thr Ser
625 630 635 640
Asp Gln Ile Tyr Gln Arg Val Ile Asp Gly Val His His Glu Asp Gly
645 650 655
His Ile Ile Leu Leu His Asp Ala Gly Gly Ser Ser Arg Lys Pro Thr
660 665 670
Leu Asp Ala Leu Pro Arg Ile Ile Glu Thr Leu Gln His Glu Gly Tyr
675 680 685
Gln Phe Ile Ser Leu Glu Gln Tyr Leu Gly Met Gly Lys Gln Thr Leu
690 695 700
Met Pro Glu Ile Asn Lys Gly Lys Ala Tyr Tyr Ala Met Gln Thr Asn
705 710 715 720
Leu Trp Leu Ala Glu Met Ile Tyr His Val Ser Asp Phe Leu Thr Ala
725 730 735
Leu Phe Leu Val Phe Leu Ala Leu Gly Met Met Arg Leu Ile Phe Met
740 745 750
Tyr Val Leu Met Ile Arg Glu Lys Arg Ala Glu Asn Arg Arg Asn Tyr
755 760 765
Ala Pro Ile Asp Ala Ala Thr Ala Pro Ala Val Ser Ile Ile Val Pro
770 775 780
Gly Tyr Asn Glu Glu Val Asn Ile Val Arg Thr Ile Thr Thr Leu Lys
785 790 795 800
Gln Gln Asp Tyr Pro Asn Leu His Ile Tyr Phe Val Asp Asp Gly Ser
805 810 815
Lys Asp His Thr Leu Glu Arg Val His Glu Ala Phe Asp Asn Asp Asp
820 825 830
Thr Val Thr Ile Leu Ala Lys Lys Asn Gly Gly Lys Ala Ser Ala Leu
835 840 845
Asn Tyr Gly Ile Ala Ala Cys Arg Ser Glu Tyr Val Val Cys Ile Asp
850 855 860
Ala Asp Thr Gln Leu Lys Asn Asp Ala Val Ser Arg Leu Met Lys His
865 870 875 880
Phe Ile Ala Asp Thr Glu Lys Arg Val Gly Ala Val Ala Gly Asn Val
885 890 895
Lys Val Gly Asn Gln Arg Asn Met Leu Thr Tyr Trp Gln Ala Ile Glu
900 905 910
Tyr Thr Ser Ser Gln Asn Phe Asp Arg Met Ala Tyr Ser Asn Ile Asn
915 920 925
Ala Ile Thr Val Val Pro Gly Ala Ile Gly Ala Phe Arg Lys Glu Val
930 935 940
Ile Glu Ala Val Gly Gly Phe Thr Thr Asp Thr Leu Ala Glu Asp Cys
945 950 955 960
Asp Leu Thr Met Ser Ile Asn Glu His Gly Tyr Ile Ile Glu Asn Glu
965 970 975
Asn Tyr Ala Val Ala Leu Thr Glu Ala Pro Glu Thr Leu Arg Gln Phe
980 985 990
Val Lys Gln Arg Ile Arg Trp Cys Phe Gly Val Met Gln Ala Phe Trp
995 1000 1005
Lys His Arg Ser Ser Leu Phe Ala Pro Ser Lys Lys Gly Phe Gly
1010 1015 1020
Leu Trp Ala Met Pro Asn Met Leu Ile Phe Gln Tyr Ile Ile Pro
1025 1030 1035
Thr Phe Ser Pro Leu Ala Asp Val Leu Met Leu Ile Gly Leu Phe
1040 1045 1050
Thr Gly Asn Ala Leu Gln Ile Phe Phe Tyr Tyr Leu Ile Phe Leu
1055 1060 1065
Val Ile Asp Ala Ser Val Ser Ile Met Ala Tyr Ile Phe Glu Gly
1070 1075 1080
Glu Arg Leu Trp Val Leu Leu Trp Val Ile Pro Gln Arg Phe Phe
1085 1090 1095
Tyr Arg Trp Ile Met Tyr Tyr Val Leu Phe Lys Ser Tyr Leu Lys
1100 1105 1110
Ala Ile Lys Gly Glu Leu Gln Thr Trp Gly Val Leu Lys Arg Thr
1115 1120 1125
Gly His Val Lys Gly
1130
<210> 57
<211> 292
<212> PRT
<213> Bacillus subtilis
<400> 57
Met Ala Lys Lys Arg Asn Lys Ala Arg Ser Arg His Ser Leu Gln Val
1 5 10 15
Val Thr Leu Cys Ile Ser Thr Ala Met Val Leu Met Leu Ile Gly Ile
20 25 30
Val Val Leu Thr Gly Phe Thr Ser Arg Asn Leu Ser Ser Tyr Val Lys
35 40 45
Glu Asn Leu Thr Ile Thr Met Ile Leu Gln Pro Asp Met Asn Thr Glu
50 55 60
Glu Ser Ala Ala Leu Cys Glu Arg Ile Arg Thr Leu His Tyr Ile Asn
65 70 75 80
Ser Leu Asn Phe Ile Ser Lys Glu Gln Ala Leu Lys Asp Gly Thr Lys
85 90 95
Glu Leu Gly Ala Asn Pro Ala Glu Phe Ala Gly Glu Asn Pro Phe Thr
100 105 110
Gly Glu Ile Glu Val Gln Leu Lys Ala Asn Tyr Ala Asn Asn Asp Ser
115 120 125
Ile Arg Asn Ile Val Gln Gln Leu Arg Thr Tyr Arg Gly Val Ser Asp
130 135 140
Ile Thr Tyr Pro Gln Ser Leu Val Glu Ser Val Asn Gln Thr Leu Gly
145 150 155 160
Lys Ile Ser Leu Val Leu Leu Val Ile Ala Val Leu Leu Thr Ile Ile
165 170 175
Ser Phe Ser Leu Ile Asn Asn Thr Ile Arg Leu Ser Ile Tyr Ala His
180 185 190
Arg Phe Ser Ile His Thr Met Lys Leu Val Gly Gly Ser Trp Ser Phe
195 200 205
Ile Arg Ala Pro Phe Leu Arg Arg Ala Val Leu Glu Gly Leu Val Ser
210 215 220
Ala Leu Leu Ala Ile Ala Val Leu Gly Ile Gly Ile Cys Leu Leu Tyr
225 230 235 240
Glu Lys Glu Pro Glu Ile Thr Lys Leu Leu Ser Trp Asp Ala Leu Ile
245 250 255
Ile Thr Ala Ile Val Met Leu Ala Phe Gly Val Ile Ile Ala Thr Phe
260 265 270
Cys Ala Trp Leu Ser Val Asn Lys Phe Leu Arg Met Lys Ala Gly Asp
275 280 285
Leu Tyr Lys Ile
290
<210> 58
<211> 254
<212> PRT
<213> Haemophilus influenzae
<400> 58
Met Lys Asn Ile Tyr Phe Leu Ser Asp Ala His Leu Gly Ser Leu Ala
1 5 10 15
Ile Asp His Arg Arg Thr His Glu Arg Arg Leu Val Arg Phe Leu Asp
20 25 30
Ser Ile Lys His Lys Ala Ala Ala Val Tyr Leu Leu Gly Asp Met Phe
35 40 45
Asp Phe Trp Asn Glu Tyr Lys Tyr Val Val Pro Lys Gly Phe Thr Arg
50 55 60
Phe Leu Gly Lys Ile Ser Glu Leu Thr Asp Met Gly Val Glu Val His
65 70 75 80
Phe Phe Thr Gly Asn His Asp Leu Trp Thr Tyr Gly Tyr Leu Glu Lys
85 90 95
Glu Cys Gly Val Ile Leu His Arg Lys Pro Ile Thr Thr Glu Ile Tyr
100 105 110
Asp Lys Val Phe Tyr Leu Ala His Gly Asp Gly Leu Gly Asp Pro Asp
115 120 125
Pro Met Phe Arg Phe Leu Arg Lys Val Phe His Asn Arg Phe Cys Gln
130 135 140
Arg Leu Leu Asn Phe Phe His Pro Trp Trp Gly Met Gln Leu Gly Leu
145 150 155 160
Asn Trp Ala Lys Arg Ser Arg Leu Lys Arg Lys Asp Gly Lys Glu Val
165 170 175
Pro Tyr Leu Gly Glu Asp Lys Glu Tyr Leu Val Gln Tyr Thr Lys Glu
180 185 190
Tyr Met Ser Thr His Lys Asp Ile Asp Tyr Tyr Ile Tyr Gly His Arg
195 200 205
His Ile Glu Leu Asp Leu Thr Leu Ser Arg Lys Ala Arg Leu Leu Ile
210 215 220
Leu Gly Asp Trp Ile Trp Gln Phe Thr Tyr Ala Val Phe Asp Gly Glu
225 230 235 240
His Met Phe Leu Glu Glu Tyr Val Glu Gly Glu Ser Lys Pro
245 250
<210> 59
<211> 388
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 59
Met Val Gly Leu Asp Val Leu Cys Tyr Phe Ile His Ala Lys Gly Arg
1 5 10 15
Glu Lys Glu Cys Tyr Phe Glu Arg Ile Ile Tyr Gln Ile Thr Cys His
20 25 30
Ser Arg Thr Lys Cys Tyr Leu Cys Asn Ile Met Lys Tyr Ser Ile Ile
35 40 45
Val Pro Val Phe Asn Arg Pro Asp Glu Val Glu Glu Leu Leu Glu Ser
50 55 60
Leu Leu Ser Gln Glu Glu Lys Asp Phe Glu Val Val Ile Val Glu Asp
65 70 75 80
Gly Ser Gln Ile Pro Cys Lys Glu Val Cys Asp Lys Tyr Ala Asp Lys
85 90 95
Leu Asp Leu His Tyr Tyr Ser Lys Glu Asn Ser Gly Pro Gly Gln Ser
100 105 110
Arg Asn Tyr Gly Ala Glu Arg Ala Lys Gly Glu Tyr Leu Leu Ile Leu
115 120 125
Asp Ser Asp Val Val Leu Pro Lys Gly Tyr Ile Cys Ala Val Ser Glu
130 135 140
Glu Leu Lys Arg Glu Pro Ala Asp Ala Phe Gly Gly Pro Asp Cys Ala
145 150 155 160
His Glu Ser Phe Thr Asp Thr Gln Lys Ala Ile Ser Tyr Ser Met Thr
165 170 175
Ser Phe Phe Thr Thr Gly Gly Ile Arg Gly Gly Lys Lys Lys Leu Asp
180 185 190
Lys Phe Tyr Pro Arg Ser Phe Asn Met Gly Ile Arg Arg Asp Val Tyr
195 200 205
Gln Glu Leu Gly Gly Phe Ser Lys Met Arg Phe Gly Glu Asp Ile Asp
210 215 220
Phe Ser Ile Arg Ile Phe Lys Ala Gly Lys Arg Cys Arg Leu Phe Pro
225 230 235 240
Glu Ala Trp Val Trp His Lys Arg Arg Thr Asp Phe Arg Lys Phe Trp
245 250 255
Lys Gln Val Tyr Asn Ser Gly Ile Ala Arg Ile Asn Leu Tyr Lys Lys
260 265 270
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275 280 285
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290 295 300
Gln Leu Phe Pro Ile Ile Asn Val Phe Gly Ser Val Phe Ile Met Met
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325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
Trp Lys Arg Cys Val Cys Gly Met Asp Glu Phe Ala Ala Tyr Glu Lys
370 375 380
Asn Phe Tyr Lys
385
<210> 60
<211> 435
<212> PRT
<213> Streptococcus mutans
<400> 60
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1 5 10 15
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20 25 30
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35 40 45
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65 70 75 80
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Met Met Asn Ile Ile Asn Gly Gly Ala His Ser Asp Ala Pro Ile Ala
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Gly Ile Arg Met Gly Ala Glu Val Phe His Ala Leu Ala Lys Leu Leu
180 185 190
Lys Lys Arg Gly Leu Ser Thr Ala Val Gly Asp Glu Gly Gly Phe Ala
195 200 205
Pro Lys Phe Asp Gly Ile Glu Asp Ala Leu Asp Ser Ile Ile Gln Ala
210 215 220
Ile Lys Asp Ala Gly Tyr Glu Pro Gly Lys Asp Val Lys Ile Ala Met
225 230 235 240
Asp Cys Ala Ala Ser Glu Phe Ala Val Cys Glu Asp Gly Lys Trp Phe
245 250 255
Tyr Asp Tyr Arg Gln Leu Lys Asn Gly Met Pro Lys Asp Pro Asn Gly
260 265 270
Lys Lys Leu Ser Ala Asp Glu Gln Ile Ala Tyr Leu Glu His Leu Ile
275 280 285
Thr Lys Tyr Pro Ile Asp Ser Ile Glu Asp Gly Leu Asp Glu Asn Asp
290 295 300
Trp Glu Asn Trp Val Lys Leu Thr Ser Ala Ile Gly Asp Arg Cys Gln
305 310 315 320
Leu Val Gly Asp Asp Leu Phe Val Thr Asn Val Lys Phe Leu Glu Lys
325 330 335
Gly Ile Lys Met Gly Ala Ala Asn Ser Ile Leu Ile Lys Val Asn Gln
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Lys Leu Lys
435
<210> 61
<211> 501
<212> PRT
<213> Brucella suis
<400> 61
Met Lys Lys Leu Phe Thr Ile Ala Met Leu Leu Gly Val Thr Leu Gly
1 5 10 15
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<212> PRT
<213> Salmonella typhimurium
<400> 62
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Gln
<210> 63
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<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 63
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1 5 10 15
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225 230 235 240
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245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
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325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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420 425 430
Thr Val Ala Glu Leu Phe Ile Ser Pro Leu Gly Leu Ser Phe Val Ser
435 440 445
Lys Val Ala Pro Lys Asn Leu Gln Gly Leu Cys Gln Gly Leu Trp Leu
450 455 460
Gly Ala Thr Ala Val Gly Asn Gly Phe Leu Trp Ile Gly Pro Leu Met
465 470 475 480
Tyr Asn Lys Trp Ser Ile Trp Thr Cys Trp Leu Val Phe Ala Ile Val
485 490 495
Cys Phe Ile Ser Met Val Val Met Phe Gly Met Val Lys Trp Leu Glu
500 505 510
Arg Val Thr Lys Ser
515
<210> 64
<211> 395
<212> PRT
<213> Pseudomonas aeruginosa
<400> 64
Met Gln Lys Lys Ile Lys Ile Gly Leu Leu Pro Arg Val Ile Ile Ala
1 5 10 15
Ile Leu Leu Gly Leu Phe Leu Gly Tyr Tyr Leu Pro Asp Pro Ala Val
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Ile Leu Val Leu His Val Leu Ile Leu Ile Tyr Glu Phe Cys Ile Ala
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Gly Ala Ile Val Lys His Asn Pro Phe Arg Leu Leu Trp Asn Met Leu
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Pro Ala Tyr Leu Thr Ala Leu Gly Thr Ser Ser Ser Ala Ala Thr Ile
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Pro Val Thr Leu Lys Gln Thr Val Lys Asn Gly Val Ser Glu Glu Val
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Ala Gly Phe Val Val Pro Leu Cys Ala Thr Ile His Leu Ser Gly Ser
275 280 285
Ala Met Lys Ile Thr Ala Cys Ala Leu Thr Ile Cys Met Leu Thr Asp
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Ala Leu Ala Pro Leu Ser Ser Ile Leu Gly Phe Asn Glu Glu Ala Gln
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Ala Leu Met Ile Ala Leu Tyr Ile Ala Met Asp Ser Phe Gly Thr Ala
355 360 365
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Phe Gly Lys Lys Lys Glu Thr Ser Ile Leu Ser
385 390 395
<210> 65
<211> 208
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 65
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130 135 140
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145 150 155 160
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180 185 190
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195 200 205
<210> 66
<211> 582
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 66
Met Lys Leu Ser Thr Ile Leu Leu Ser Ile Met Leu Gly Leu Ser Ser
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165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
Gln Glu Lys Pro Asp Val Ile Val Gly Leu Phe His Ser Gly Trp Asp
210 215 220
Gly Gly Ile Lys Thr Pro Glu Tyr Asp Glu Asp Ala Ser Lys Lys Val
225 230 235 240
Ala Lys Glu Val Pro Gly Phe Asp Ile Val Phe Phe Gly His Asp His
245 250 255
Thr Pro His Ser Ser Ile Glu Lys Asn Ile Val Gly Lys Asp Val Ile
260 265 270
Cys Leu Asp Pro Ala Asn Asn Ala Gln Arg Val Ala Ile Ala Thr Leu
275 280 285
Thr Leu Arg Pro Lys Thr Val Lys Gly Lys Arg Gln Tyr Thr Val Thr
290 295 300
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305 310 315 320
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325 330 335
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340 345 350
Ser Tyr Phe Gly Asn Ser Ala Phe Asn Asp Leu Ile Leu Asn Leu Glu
355 360 365
Leu Glu Ile Thr Lys Ala Asp Ile Ala Phe Asn Ala Pro Leu Leu Phe
370 375 380
Asn Ala Ser Ile Lys Ala Gly Pro Ile Thr Val Ala Asp Met Phe Asn
385 390 395 400
Leu Tyr Lys Tyr Glu Asn Asn Leu Cys Thr Met Arg Leu Thr Gly Lys
405 410 415
Glu Ile Arg Lys His Leu Glu Met Ser Tyr Asp Leu Trp Cys Asn Thr
420 425 430
Met Lys Ser Pro Glu Asp His Leu Leu Leu Leu Ser Ser Thr Gln Asn
435 440 445
Asp Ala Gln Arg Leu Gly Phe Lys Asn Phe Ser Phe Asn Phe Asp Ser
450 455 460
Ala Ala Gly Ile Asp Tyr Glu Val Asp Val Thr Lys Pro Asp Gly Gln
465 470 475 480
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<211> 826
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 67
Met Lys Leu Ser Glu Leu Lys Thr Gly Glu Thr Gly Val Ile Val Lys
1 5 10 15
Val Ser Gly His Gly Gly Phe Arg Lys Arg Ile Ile Glu Met Gly Phe
20 25 30
Ile Lys Gly Lys Thr Val Glu Val Leu Leu Asn Ala Pro Leu Gln Asp
35 40 45
Pro Val Lys Tyr Lys Ile Met Gly Tyr Glu Val Ser Leu Arg His Ser
50 55 60
Glu Ala Asp Gln Ile Glu Val Leu Ser Asp Val Lys Thr His Ser Val
65 70 75 80
Gly Asn Glu Glu Glu Gln Glu Asp Asn Gln Leu Glu Met Asp Ser Thr
85 90 95
Thr Tyr Asp Ser Thr Asp Lys Glu Leu Thr Pro Glu Lys Gln Ser Asp
100 105 110
Ala Val Arg Arg Lys Asn His Thr Ile Asn Val Ala Leu Val Gly Asn
115 120 125
Pro Asn Cys Gly Lys Thr Ser Leu Phe Asn Phe Ala Ser Gly Ala His
130 135 140
Glu Arg Val Gly Asn Tyr Ser Gly Val Thr Val Asp Ala Lys Val Gly
145 150 155 160
Arg Ala Glu Phe Asp Gly Tyr Val Phe Asn Leu Val Asp Leu Pro Gly
165 170 175
Thr Tyr Ser Leu Ser Ala Tyr Ser Pro Glu Glu Leu Tyr Val Arg Lys
180 185 190
Gln Leu Val Asp Lys Thr Pro Asp Val Val Ile Asn Val Ile Asp Ser
195 200 205
Ser Asn Leu Glu Arg Asn Leu Tyr Leu Thr Thr Gln Leu Ile Asp Met
210 215 220
His Ile Arg Met Val Cys Ala Leu Asn Met Phe Asp Glu Thr Glu Gln
225 230 235 240
Arg Gly Asp His Ile Asp Ala Gln Lys Leu Ser Glu Leu Phe Gly Val
245 250 255
Pro Met Ile Pro Thr Val Phe Thr Asn Gly Arg Gly Val Lys Glu Leu
260 265 270
Phe Arg Gln Ile Ile Ala Val Tyr Glu Gly Lys Glu Asp Glu Ser Leu
275 280 285
Gln Phe Arg His Ile His Ile Asn His Gly His Glu Ile Glu Asn Gly
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Arg Tyr Ser Thr Arg Tyr Leu Ala Ile Lys Leu Leu Glu His Asp Lys
325 330 335
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340 345 350
Asn His Arg Asp Thr Ala Ala Ala Arg Val Lys Glu Glu Thr Gly Asn
355 360 365
Asp Ser Glu Thr Ala Ile Met Asp Ala Lys Tyr Gly Phe Ile Asn Gly
370 375 380
Ala Leu Lys Glu Ala Asn Phe Ser Thr Gly Asp Lys Lys Asp Thr Tyr
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Gln Thr Thr His Val Ile Asp His Val Leu Thr Asn Lys Tyr Phe Gly
405 410 415
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Leu Gly Glu Phe Ile Ser Lys Asn Met Pro Ala Gly Pro Val Lys Asp
450 455 460
Met Ile Val Asp Gly Ile Ile Gly Gly Val Gly Ala Val Ile Val Phe
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485 490 495
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500 505 510
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530 535 540
Arg Ser Arg Leu Ile Thr Met Leu Ile Leu Pro Leu Met Ser Cys Ser
545 550 555 560
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565 570 575
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<213> Bacillus subtilis
<400> 69
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Ile Phe Gly Leu
Claims (41)
- 인간 대상체에서 건선을 치료하는 방법으로서, 상기 인간 대상체에게 하나 이상의 장용 코팅 캡슐 또는 정제로 제형화된 8×1010 내지 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라(Prevotella histicola) 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 용량을 경구 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 인간 대상체(예를 들어, 건선을 갖는 대상체)에서 병변 중증도 점수(Lesion Severity score: LSS)(예를 들어, 평균 LSS)를 (예를 들어, 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여) 감소시키는 방법으로서, 상기 인간 대상체에게 하나 이상의 장용 코팅 캡슐 또는 정제로 제형화된 8×1010 내지 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 용량을 경구 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 제2항에 있어서, 상기 평균 LSS가 상기 대상체에서 감소되는, 방법.
- 제2항 또는 제3항에 있어서, 상기 LSS가 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여 감소되는, 방법.
- 인간 대상체(예를 들어, 건선을 갖는 대상체)에서 건선 부위 중증도 지수(Psoriasis Area and Severity Index: PASI) 점수(예를 들어, 평균 PASI 점수)를 (예를 들어, 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여) 감소시키는 방법으로서, 상기 인간 대상체에게 하나 이상의 장용 코팅 캡슐 또는 정제로 제형화된 8×1010 내지 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 용량을 경구 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 제5항에 있어서, 상기 평균 PASI 점수가 상기 대상체에서 감소되는, 방법.
- 제5항 또는 제6항에 있어서, 상기 PASI 점수가 기준선 또는 위약 대조군과 비교하여 감소되는, 방법.
- 인간 대상체(예를 들어, 건선을 갖는 대상체)에서 지속적인 임상 효과(예를 들어, 투여 완료 2주 후에, 예를 들어, 평균 LSS 및/또는 PASI의 기준선(또는 위약)으로부터의 계속적인 감소)를 증가시키는 방법으로서, 상기 인간 대상체에게 하나 이상의 장용 코팅 캡슐 또는 정제로 제형화된 8×1010 내지 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 용량을 경구 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 제8항에 있어서, 상기 지속적인 임상 효과는 투여 완료 후 평균 LSS 및/또는 PASI의 기준선 또는 위약으로부터의 계속적인 감소를 포함하는, 방법.
- 제9항에 있어서, 평균 LSS 및/또는 PASI의 기준선 또는 위약으로부터의 상기 감소는 투여 후 적어도 2주 동안 계속되는, 방법.
- 제2항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 LSS 및/또는 PASI 점수는 기준선 또는 위약에 비해서 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40% 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%만큼 감소되는, 방법.
- 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 약 0.8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 약 8.0×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 적어도 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 연속 15일 동안 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제17항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 연속 28일 동안 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제17항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 16주 동안 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 건선은 경증 내지 중등도의 건선인, 방법.
- 인간 대상체에서 아토피성 피부염을 치료하는 방법으로서, 상기 인간 대상체에게 하나 이상의 장용 코팅 캡슐 또는 정제로 제형화된 8×1010 내지 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 용량을 경구 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
- 제21항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 약 0.8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제21항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제21항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 약 8.0×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제21항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 적어도 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제21항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제21항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 연속 15일 동안 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제21항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 연속 28일 동안 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제21항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 연속 29일 동안 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제21항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 아토피성 피부염은 경증 내지 중등도의 아토피성 피부염인, 방법.
- 인간 대상체에서 항염증성 사이토카인 생산을 향상시키는 방법으로서, 상기 인간 대상체에게 8×1010 내지 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라 균주 B 50329(NRRL 수탁 번호 B 50329)의 용량을 경구 투여하는 단계를 포함하되, 상기 박테리아 조성물은 약 0.8×1011 내지 약 8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제31항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 약 0.8×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제31항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 약 3.2×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제31항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 약 8.0×1011개 총 세포의 프레보텔라 히스티콜라를 포함하는, 방법.
- 제31항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 적어도 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제31항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제31항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 연속 15일 동안 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제37항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 연속 28일 동안 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제37항에 있어서, 상기 박테리아 조성물은 16주 동안 1일 1회 투여되는, 방법.
- 제31항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항염증성 사이토카인은 IL-10 및/또는 IL-27인, 방법.
- 제31항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항염증성 사이토카인은 M1형 APC에 의해서 발현되는, 방법.
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US62/940,005 | 2019-11-25 | ||
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