TW202135783A

TW202135783A - 包含細菌和微生物胞外囊泡之固體劑型

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Publication number: TW202135783A
Application number: TW109146331A
Authority: TW
Inventors: 克里斯多夫ＪＨ大衛特; 布萊恩古德曼; 賽易德艾爾塔夫
Original assignee: 美商艾弗洛生物科技股份有限公司
Priority date: 2019-12-27
Filing date: 2020-12-25
Publication date: 2021-10-01
Also published as: CN114945357A; US20230355689A1; CO2022010242A2; WO2021133904A1; JP2023510158A; AR122353A1; AU2020413225A1; EP4081195A1; KR20220128362A; MX2022007943A; BR112022012514A2; CA3165418A1

Abstract

提供了包含藥劑的腸溶包衣固體劑型，該藥劑包括細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV）。還提供了使用此類固體劑型的治療方法。

Description

包含細菌和微生物胞外囊泡之固體劑型

在某些方面，本文提供了藥劑的固體劑型。在某些實施方式中，此類固體劑型包括膠囊、片劑和微型片劑。在一些實施方式中，用一層腸溶包衣或兩層腸溶包衣（例如，內部腸溶包衣和外部腸溶包衣）包衣膠囊、片劑或微型片劑。在一些實施方式中，可以將腸溶包衣微型片劑（具有一層腸溶包衣或具有兩層腸溶包衣）裝入膠囊中。

本揭露之方面部分地基於以下發現：藥劑的某些固體劑型與該藥劑的其他劑型相比（例如，與以不包含腸溶包衣的形式、例如以非腸溶包衣片劑或非腸溶包衣微型片劑或生物質或粉末的懸浮液形式投與的相同劑量的藥劑相比），提供了增加的治療功效和/或生理作用。可以將固體劑型配製為包含比其他劑型更低劑量（例如，劑量的1/10或更少）的藥劑（例如，與以不包含腸溶包衣的形式、例如以非腸溶包衣片劑或非腸溶包衣微型片劑或生物質或粉末的懸浮液形式投與的相同劑量的藥劑相比），仍產生相當的治療功效和/或生理作用。可替代地，可以將此類固體劑型配製為包含與其他劑型相同劑量的藥劑（例如，與以不包含腸溶包衣的形式、例如以非腸溶包衣片劑或非腸溶包衣微型片劑或生物質或粉末的懸浮液形式投與的相同劑量的藥劑相比），但產生更大的治療功效和/或生理作用（例如，10倍或更多的治療功效或生理作用）。本文所述之藥劑的固體劑型可以提供其中包含的藥劑在小腸中的釋放。可以製備固體劑型以允許藥劑在小腸中的特定位置釋放。藥劑在小腸中特定位置的釋放允許藥劑靶向並影響位於該等特定位置的細胞（例如，上皮細胞和/或免疫細胞），例如，這可能在胃腸道中引起局部作用和/或引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）。

在某些實施方式中，本文所述之藥劑的固體劑型可以用於遞送多種可以作用於小腸中的免疫細胞和/或上皮細胞的藥劑，以引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）和/或可以在胃腸道中引起局部作用。

在一些實施方式中，藥劑可以是細菌來源的（例如，所選菌株或其組分的混合物，例如所選菌株的混合物的微生物胞外囊泡（mEV））。藥劑可以是細菌來源的（例如，單個所選菌株和/或其組分，例如該單個所選菌株的微生物胞外囊泡（mEV））。

如本文所述，與以不包含腸溶包衣的形式、例如以非腸溶包衣片劑或非腸溶包衣微型片劑或生物質或粉末的懸浮液形式投與的相同劑量的藥劑相比，使用包含一層腸溶包衣的藥劑的某些固體劑型可以看到改善的治療效果。

在一些實施方式中，與以不包含腸溶包衣的形式、例如以非腸溶包衣片劑或非腸溶包衣微型片劑或生物質或粉末的懸浮液形式投與的相同劑量的藥劑相比，本文所述之固體劑型尤其可以提供在臨床先質內模型中將藥劑的藥理效力提高10倍或更多的藥劑（例如，藥劑的配製物）。例如，對於用藥劑的比較配製物獲得的給定水平的治療功效和/或生理作用，當以本文所述之固體劑型製備時，劑量可以降低（例如降低至1/10或更少）。

在一些實施方式中，或給定劑量的藥劑，可以增加靶標接合（例如，在小腸中），從而對於給定劑量的藥劑，當藥劑以本文所述之固體劑型製備時可以增加靶標接合（例如，在小腸中）、具有更好的功效。

包含藥劑（例如其治療有效量）的固體劑型（例如用於口服投與）（例如，用於治療用途），其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中該固體劑型係經腸溶包衣的（例如，包含腸溶包衣；例如，用腸溶包衣進行包衣）。

在一些實施方式中，固體劑型包括膠囊。在一些實施方式中，膠囊係00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。在一些實施方式中，膠囊係0號膠囊。

在一些實施方式中，固體劑型包括片劑。在一些實施方式中，片劑（例如，腸溶包衣片劑）係5 mm、6 mm、7 mm、8 mm、9 mm、10 mm、11 mm、12 mm、13 mm、14 mm、15 mm、16 mm、17 mm或18 mm片劑。

在一些實施方式中，固體劑型包括微型片劑。在一些實施方式中，微型片劑（例如，腸溶包衣微型片劑）係1 mm微型片劑、1.5 mm微型片劑、2 mm微型片劑、3 mm微型片劑或4 mm微型片劑。在一些實施方式中，在膠囊中包含多個腸溶包衣微型片劑（例如0號膠囊可以包含約31至約35（例如33）個微型片劑，其中微型片劑的尺寸為3 mm）。在一些實施方式中，膠囊係00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。在一些實施方式中，膠囊包含HPMC（羥丙基甲基纖維素）或明膠。

在一些實施方式中，腸溶包衣包含一層腸溶包衣。

在一些實施方式中，腸溶包衣包含內部腸溶包衣和外部腸溶包衣，並且其中該內部和外部腸溶包衣不相同（例如，該內部和外部腸溶包衣不包含相同量的相同組分）。

在一些實施方式中，腸溶包衣（例如，一層腸溶包衣或內部腸溶包衣和/或外部腸溶包衣）包含基於聚甲基丙烯酸酯的共聚物。

在一些實施方式中，腸溶包衣（例如，一層腸溶包衣或內部腸溶包衣和/或外部腸溶包衣）包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1 : 1）。

在一些實施方式中，該層腸溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1 : 1）（例如Kollicoat MAE 100P）。

在一些實施方式中，該層腸溶包衣包含尤特奇（Eudragit）共聚物，例如尤特奇L（例如尤特奇L 100-55；尤特奇L 30 D-55）、尤特奇S、尤特奇RL、尤特奇RS、尤特奇E、或尤特奇FS（例如尤特奇FS 30 D）。

在一些實施方式中，腸溶包衣（例如，一層腸溶包衣或內部腸溶包衣和/或外部腸溶包衣）包括鄰苯二甲酸乙酸纖維素（CAP）、偏苯三酸乙酸纖維素（CAT）、聚醋酸乙烯鄰苯二甲酸酯（PVAP）、羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯（HPMCP）、脂肪酸、蠟、蟲膠（紫膠桐酸的酯）、塑膠、植物纖維、玉米醇溶蛋白、Aqua-Zein（不含醇的水性玉米醇溶蛋白配製物）、直鏈型澱粉類澱粉、澱粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纖維素、羥丙基甲基醋酸琥珀酸纖維素（醋酸羥丙甲纖維素琥珀酸酯）、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、或海藻酸鈉。

在一些實施方式中，腸溶包衣（例如，一層腸溶包衣或內部腸溶包衣和/或外部腸溶包衣）包含陰離子聚合物材料。

在一些實施方式中，固體劑型包括例如在腸溶包衣（例如，一層腸溶包衣）下的粉衣層。粉衣層可以例如用於視覺上掩蓋藥劑的外觀。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含微生物胞外囊泡（mEV）。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和微生物胞外囊泡（mEV）。

在一些實施方式中，例如當口服投與固體劑型時，藥劑在胃腸道外具有一種或多種有益的免疫作用。

在一些實施方式中，例如當口服投與固體劑型時，藥劑調節受試者的胃腸道外（例如小腸外）的免疫作用。

在一些實施方式中，例如當口服投與固體劑型時，藥劑引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）。

在一些實施方式中，例如當口服投與固體劑型時，藥劑對小腸中的免疫細胞和/或上皮細胞起作用，例如引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）。

在一些實施方式中，藥劑包含分離的細菌（例如，來自一種或多種細菌菌株（例如，目的細菌）（例如，其治療有效量））。例如，其中藥劑的至少50%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%的含量係分離的細菌（例如目的細菌）。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌，並且該等細菌已經經γ照射、UV照射、熱滅活、酸處理或氧噴射。

在一些實施方式中，藥劑包含活細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含經殺滅細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含非複製型細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含來自一種細菌菌株的細菌。

在一些實施方式中，細菌被凍乾（例如，凍乾的產物還包含藥學上可接受的賦形劑）（例如，粉末形式）。

在一些實施方式中，細菌經γ照射。

在一些實施方式中，細菌經UV照射。

在一些實施方式中，細菌經熱滅活（例如，在50°C下兩小時或在90°C下兩小時）。

在一些實施方式中，細菌經酸處理。

在一些實施方式中，細菌經氧噴射（例如，以0.1 vvm持續兩小時）。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，細菌係需氧細菌。

在一些實施方式中，細菌係厭氧細菌。在一些實施方式中，厭氧細菌包含專性厭氧菌。在一些實施方式中，厭氧細菌包含兼性厭氧菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜酸細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜中性細菌。

在一些實施方式中，細菌係難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係非難養細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於表1、表2或表3中列出的分類學組（例如，綱、目、科、屬、種或菌株）。

在一些實施方式中，細菌係表1、表2或表3中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，細菌屬於表J中列出的分類學組（例如，綱、目、科、屬、種或菌株）。

在一些實施方式中，細菌係表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於韋榮氏球菌科（Veillonellaceae ）、月形單胞菌科（Selenomonadaceae ）、胺基酸球菌科（Acidaminococcaceae ）或Sporomusaceae 科。

在一些實施方式中，細菌屬於巨型球菌屬（Megasphaera ）、月形單胞菌科屬（Selenomonas ）、 Propionospora 屬、或胺基酸球菌屬（Acidaminococcus ）。

在一些實施方式中，細菌係巨型球菌屬物種（Megasphaera sp. ）、菲利克斯月形單胞菌（Selenomonas felix ）、腸胺基酸球菌（Acidaminococcus intestine ）、或Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於乳球菌屬、普雷沃菌屬、雙歧桿菌屬、或韋榮氏球菌屬。

在一些實施方式中，細菌係乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，細菌係棲組織普雷沃菌（Prevotella histicola ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係動物雙歧桿菌（Bifidobacterium animalis ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係小韋榮氏球菌（Veillonella parvula ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。在一些實施方式中，乳酸乳球菌乳脂亞種細菌係與乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A（ATCC指定編號PTA-125368）的核苷酸序列具有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，乳球菌屬細菌係與乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A（ATCC指定編號PTA-125368）的核苷酸序列具有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，乳球菌屬細菌係乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A（ATCC指定編號PTA-125368）。

在一些實施方式中，細菌係普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，普雷沃菌屬細菌係包含與普雷沃菌屬菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329）的核苷酸序列具有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，普雷沃菌屬細菌係包含與普雷沃菌屬菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329）的核苷酸序列具有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，普雷沃菌屬細菌來自普雷沃菌屬菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329）。

在一些實施方式中，細菌係雙歧桿菌屬細菌。在一些實施方式中，雙歧桿菌屬細菌來自與以ATCC指定編號PTA-125097保藏的雙歧桿菌屬細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，雙歧桿菌屬細菌係與以ATCC指定編號PTA-125097保藏的雙歧桿菌屬細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，雙歧桿菌屬細菌係以ATCC指定編號PTA-125097保藏的雙歧桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌係韋榮氏球菌屬細菌。在一些實施方式中，韋榮氏球菌屬細菌係與以ATCC指定編號PTA-125691保藏的韋榮氏球菌屬細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，韋榮氏球菌屬細菌係與以ATCC指定編號PTA-125691保藏的韋榮氏球菌屬細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，韋榮氏球菌屬細菌係以ATCC指定編號PTA-125691保藏的韋榮氏球菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌來自活潑瘤胃球菌細菌。在一些實施方式中，活潑瘤胃球菌細菌係與以ATCC指定編號PTA-126695保藏的活潑瘤胃球菌細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，活潑瘤胃球菌細菌係與以ATCC指定編號PTA-126695保藏的活潑瘤胃球菌細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，活潑瘤胃球菌細菌係以ATCC指定編號PTA-126695保藏的活潑瘤胃球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係巨型球菌屬物種細菌。在一些實施方式中，巨型球菌屬物種細菌係與以ATCC指定編號PTA-126770保藏的巨型球菌屬物種細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，巨型球菌屬物種細菌係與以ATCC指定編號PTA-126770保藏的巨型球菌屬物種細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，巨型球菌屬物種細菌係以ATCC指定編號PTA-126770保藏的巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌係Fournierella massiliensis 細菌。在一些實施方式中，Fournierella massiliensis 細菌係與以ATCC指定編號PTA-126696保藏的Fournierella massiliensis 細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Fournierella massiliensis 細菌係與以ATCC指定編號PTA-126696保藏的Fournierella massiliensis 細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Fournierella massiliensis 細菌係以ATCC指定編號PTA-126696保藏的Fournierella massiliensis 細菌。

在一些實施方式中，細菌係Harryflintia acetispora 細菌。在一些實施方式中，Harryflintia acetispora 細菌係與以ATCC指定編號PTA-126694保藏的Harryflintia acetispora 細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Harryflintia acetispora 細菌係與以ATCC指定編號PTA-126694保藏的Harryflintia acetispora 細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Harryflintia acetispora 細菌係以ATCC指定編號PTA-126694保藏的Harryflintia acetispora 細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌科、產鹼桿菌科、阿克曼氏菌科（Akkermansiaceae ）、擬桿菌科、雙歧桿菌科、伯克霍爾德菌科、Catabacteriaceae 科、梭菌科、紅蝽菌科、腸桿菌科、腸球菌科、梭桿菌科、毛螺菌科（Lachnospiraceae ）、李斯特菌科、分枝桿菌科、奈瑟菌科、臭桿菌科、顫螺旋菌科、消化球菌科、消化鏈球菌科、卟啉單胞菌科、普雷沃菌科（Prevotellaceae ）、丙酸桿菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形單胞菌科、Sporomusaceae 科、鏈球菌科、鏈黴菌科、薩特氏菌科（Sutterellaceae ）、互養菌科（Synergistaceae ）、或韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於阿克曼氏菌屬（Akkermansia ）、克裡斯滕森菌屬（Christensenella ）、布勞特氏菌屬、腸球菌屬、真桿菌屬（Eubacterium ）、羅斯氏菌屬、擬桿菌屬、副擬桿菌屬、或丹毒絲梭菌屬（Erysipelatoclostridium ）。

在一些實施方式中，細菌係產氫營養型布勞特氏菌（Blautia hydrogenotrophica ）、排泄物布勞特氏菌（Blautia stercoris ）、韋氏布勞特氏菌（Blautia wexlerae ）、糞真桿菌、扭曲真桿菌、直腸真桿菌、糞腸球菌、耐久腸球菌、絨毛腸球菌（Enterococcus villorum ）、鶉雞腸球菌（Enterococcus gallinarum ）；乳酸雙歧桿菌、兩歧雙歧桿菌（Bifidobacterium bifidium ）、長雙歧桿菌（Bifidobacterium longum ）、動物雙歧桿菌或短雙歧桿菌（Bifidobacterium breve ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係BCG（卡介苗）、副擬桿菌屬、布勞特氏菌屬、韋榮氏球菌屬、唾液乳桿菌、阿加薩桿菌屬（Agathobaculum ）、活潑瘤胃球菌、解苯副梭菌、Turicibacter sanguinus 、伯克霍爾德菌屬、類肺炎克雷伯氏菌擬肺炎亞種、催產克雷伯氏菌、納西利斯泰澤菌（Tyzerella nexilis ）或奈瑟菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌係產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係排泄物布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係韋氏布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係屎腸球菌（Enterococcus faecium ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係人羅斯氏菌（Roseburia hominis ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係多形擬桿菌（Bacteroides thetaiotaomicron ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係糞居擬桿菌（Bacteroides coprocola ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，細菌係馬賽巨型球菌（Megasphera massiliensis ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌係狄氏副擬桿菌（Parabacteroides distasonis ）細菌。

在一些實施方式中，細菌係植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於Sporomusaceae 科。

在一些實施方式中，細菌屬於巨型球菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Propionospora 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌屬。

在一些實施方式中，細菌係巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係腸胺基酸球菌。

在一些實施方式中，細菌係Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱。

在一些實施方式中，細菌屬於顫螺旋菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於糞桿菌屬（Faecalibacterium ）。

在一些實施方式中，細菌屬於Fournierella 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Harryflintia 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於阿加薩桿菌屬。

在一些實施方式中，細菌係普氏棲糞桿菌（Faecalibacterium prausnitzii ）（例如，普氏棲糞桿菌菌株A）細菌。

在一些實施方式中，細菌係Fournierella massiliensis （例如，Fournierella massiliensis 菌株A）細菌。

在一些實施方式中，細菌係Harryflintia acetispora （例如，Harryflintia acetispora 菌株A）細菌。

在一些實施方式中，細菌係阿加薩桿菌屬物種（例如，阿加薩桿菌屬物種菌株A）細菌。

在一些實施方式中，細菌係阿加薩桿菌屬物種的菌株。在一些實施方式中，阿加薩桿菌屬物種菌株係與阿加薩桿菌屬物種菌株A（ATCC保藏號PTA-125892）的核苷酸序列（例如，基因組序列、16S序列、CRISPR序列）具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性（例如，至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）的菌株。在一些實施方式中，阿加薩桿菌屬物種菌株係阿加薩桿菌屬物種菌株A（ATCC保藏號PTA- 125892）細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌綱[擬桿菌門（Bacteroidota ）]。在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌目（Bacteroidales ）。在一些實施方式中，細菌屬於紫單胞菌科（Porphyromonoadaceae ）。在一些實施方式中，細菌屬於普雷沃菌科。在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的（diderm）。在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌綱，其中細菌係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱[厚壁菌門]。在一些實施方式中，細菌屬於真細菌目（Eubacteriales ）。在一些實施方式中，細菌屬於顫螺旋菌科。在一些實施方式中，細菌屬於毛螺菌科。在一些實施方式中，細菌屬於消化鏈球菌科。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌目XIII科/ 地位未定41。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係單層的（monoderm）。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱、革蘭氏陽性染色。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係單層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係單層的並且該細菌係革蘭氏陽性染色。

在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱[厚壁菌門]。在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌目（Veillonellales ）。在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌科。在一些實施方式中，細菌屬於Selenomonadales 目。在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌科。在一些實施方式中，細菌屬於Sporomusaceae 科。在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，細菌屬於互養菌綱（Synergistia ）[互養菌門（Synergistota ）]。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌目（Synergistales ）。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌科。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，細菌係產生代謝產物的細菌，例如，細菌產生丁酸、肌苷、丙酸、或色胺酸代謝產物。

在一些實施方式中，細菌產生丁酸。在一些實施方式中，細菌來自布勞特氏菌屬；克裡斯滕森菌屬；糞球菌屬；真桿菌屬；毛螺菌科；巨型球菌屬；或羅斯氏菌屬。

在一些實施方式中，細菌產生肌苷。在一些實施方式中，細菌來自雙歧桿菌屬；乳桿菌屬；或歐陸森氏菌屬（Olsenella ）。

在一些實施方式中，細菌產生丙酸。在一些實施方式中，細菌來自阿克曼氏菌屬；擬桿菌屬；戴阿利斯特菌屬（Dialister ）；真桿菌屬；巨型球菌屬；副擬桿菌屬；普雷沃菌屬；瘤胃球菌屬；或韋榮氏球菌屬。

在一些實施方式中，細菌產生色胺酸代謝產物。在一些實施方式中，細菌來自乳桿菌屬或消化鏈球菌屬。

在一些實施方式中，細菌係產生組蛋白脫乙醯基酶3（HDAC3）的抑制劑的細菌。在一些實施方式中，細菌來自物種Bariatricus massiliensis 、普氏棲糞桿菌、馬賽巨型球菌（Megasphaera massiliensis ）或腸羅斯氏菌（Roseburia intestinalis ）。

在一些實施方式中，藥劑包含分離的mEV（例如，來自一種或多種細菌菌株（例如，目的細菌）（例如，其治療有效量）。例如，其中藥劑的至少50%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%的含量係細菌（例如，目的細菌）的分離的mEV。

在一些實施方式中，藥劑包含mEV，並且mEV包含分泌型mEV（smEV）。

在一些實施方式中，藥劑包含mEV，並且mEV包含經處理的mEV（pmEV）。

在一些實施方式中，藥劑包含pmEV，並且pmEV由已經經γ照射、UV照射、熱滅活、酸處理或氧噴射的細菌產生。

在一些實施方式中，藥劑包含pmEV，並且pmEV由活細菌產生。

在一些實施方式中，藥劑包含pmEV，並且pmEV產生自經殺滅細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含pmEV，並且pmEV產生自非複製型細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含mEV，並且mEV來自一種細菌菌株。

在一些實施方式中，mEV被凍乾（例如，凍乾的產物還包含藥學上可接受的賦形劑）。

在一些實施方式中，mEV經γ照射。

在一些實施方式中，mEV被UV照射。

在一些實施方式中，mEV被熱滅活（例如，在50°C下兩小時或在90°C下兩小時）。

在一些實施方式中，mEV被酸處理。

在一些實施方式中，mEV經氧噴射（例如，以0.1 vvm持續兩小時）。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自需氧細菌。

在一些實施方式中，mEV來自厭氧細菌。在一些實施方式中，厭氧細菌包含專性厭氧菌。在一些實施方式中，厭氧細菌包含兼性厭氧菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜酸細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜中性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自非難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自表1、表2或表3中列出的分類學組（例如，綱、目、科、屬、種或菌株）的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自表1、表2或表3中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，mEV來自表J中列出的分類學組（例如，綱、目、科、屬、種或菌株）的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於韋榮氏球菌科、月形單胞菌科、胺基酸球菌科或Sporomusaceae 科。

在一些實施方式中，mEV來自以下屬的細菌：巨型球菌屬、月形單胞菌科屬、 Propionospora 屬、或胺基酸球菌屬。

在一些實施方式中，mEV係巨型球菌屬物種、菲利克斯月形單胞菌、腸胺基酸球菌、或Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自乳球菌屬、普雷沃菌屬、雙歧桿菌屬、或韋榮氏球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自棲組織普雷沃菌（Prevotella histicola ）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自小韋榮氏球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。在一些實施方式中，乳酸乳球菌乳脂亞種細菌來自與乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A（ATCC指定編號PTA-125368）的核苷酸序列具有至少90%或至少97%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，乳球菌屬細菌來自與乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A（ATCC指定編號PTA-125368）的核苷酸序列具有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，乳球菌屬細菌來自乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A（ATCC指定編號PTA-125368）。

在一些實施方式中，mEV來自普雷沃菌屬細菌。在一些實施方式中，普雷沃菌屬細菌來自包含與該普雷沃菌菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329）的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，普雷沃菌屬細菌來自包含與該普雷沃菌菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329）的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，普雷沃菌屬細菌來自普雷沃菌菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329）。

在一些實施方式中，mEV來自雙歧桿菌屬細菌。在一些實施方式中，雙歧桿菌屬細菌來自與以ATCC指定編號PTA-125097保藏的雙歧桿菌屬細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，雙歧桿菌屬細菌來自與以ATCC指定編號PTA-125097保藏的雙歧桿菌屬細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，雙歧桿菌屬細菌來自以ATCC指定編號PTA-125097保藏的雙歧桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，mEV來自韋榮氏球菌屬細菌。在一些實施方式中，韋榮氏球菌屬細菌來自與以ATCC指定編號PTA-125691保藏的韋榮氏球菌屬細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，韋榮氏球菌屬細菌來自與以ATCC指定編號PTA-125691保藏的韋榮氏球菌屬細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，韋榮氏球菌屬細菌來自以ATCC指定編號PTA-125691保藏的韋榮氏球菌屬細菌。

在一些實施方式中，mEV來自活潑瘤胃球菌細菌。在一些實施方式中，活潑瘤胃球菌細菌來自與以ATCC指定編號PTA-126695保藏的活潑瘤胃球菌細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，活潑瘤胃球菌細菌來自與以ATCC指定編號PTA-126695保藏的活潑瘤胃球菌細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，活潑瘤胃球菌細菌來自以ATCC指定編號PTA-126695保藏的活潑瘤胃球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬物種細菌。在一些實施方式中，巨型球菌屬物種細菌來自與以ATCC指定編號PTA-126770保藏的巨型球菌屬物種細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，巨型球菌屬物種細菌來自與以ATCC指定編號PTA-126770保藏的巨型球菌屬物種細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，巨型球菌屬物種細菌來自以ATCC指定編號PTA-126770保藏的巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Fournierella massiliensis 細菌。在一些實施方式中，Fournierella massiliensis 細菌來自與以ATCC指定編號PTA-126696保藏的Fournierella massiliensis 細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Fournierella massiliensis 細菌來自與以ATCC指定編號PTA-126696保藏的Fournierella massiliensis 細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Fournierella massiliensis 細菌來自以ATCC指定編號PTA-126696保藏的Fournierella massiliensis 細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Harryflintia acetispora 細菌。在一些實施方式中，Harryflintia acetispora 細菌來自與以ATCC指定編號PTA-126694保藏的Harryflintia acetispora 細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Harryflintia acetispora 細菌來自與以ATCC指定編號PTA-126694保藏的Harryflintia acetispora 細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Harryflintia acetispora 細菌來自以ATCC指定編號PTA-126694保藏的Harryflintia acetispora 細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌科、產鹼桿菌科、阿克曼氏菌科、擬桿菌科、雙歧桿菌科、伯克霍爾德菌科、Catabacteriaceae 科、梭菌科、紅蝽菌科、腸桿菌科、腸球菌科、梭桿菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝桿菌科、奈瑟菌科、臭桿菌科、顫螺旋菌科、消化球菌科、消化鏈球菌科、卟啉單胞菌科、普雷沃菌科、丙酸桿菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形單胞菌科、Sporomusaceae 科、鏈球菌科、鏈黴菌科、薩特氏菌科、互養菌科、或韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，mEV來自阿克曼氏菌屬、克裡斯滕森菌屬、布勞特氏菌屬、腸球菌屬、真桿菌屬、羅斯氏菌屬、擬桿菌屬、副擬桿菌屬、或丹毒絲梭菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自產氫營養型布勞特氏菌、排泄物布勞特氏菌、韋氏布勞特氏菌、糞真桿菌、扭曲真桿菌、直腸真桿菌、糞腸球菌、耐久腸球菌、絨毛腸球菌、鶉雞腸球菌；乳酸雙歧桿菌、兩歧雙歧桿菌、長雙歧桿菌、動物雙歧桿菌或短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自BCG（卡介苗）、副擬桿菌屬、布勞特氏菌屬、韋榮氏球菌屬、唾液乳桿菌、阿加薩桿菌屬、活潑瘤胃球菌、解苯副梭菌、Turicibacter sanguinus 、伯克霍爾德菌屬、類肺炎克雷伯氏菌擬肺炎亞種、催產克雷伯氏菌、納西利斯泰澤菌或奈瑟菌屬細菌。

在一些實施方式中，mEV來自產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自排泄物布勞特氏菌（Blautia stercoris ）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自韋氏布勞特氏菌（Blautia wexlerae ）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，mEV來自馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，mEV來自狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自韋榮氏球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Sporomusaceae 科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自腸胺基酸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自顫螺旋菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Fournierella 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Harryflintia 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自阿加薩桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自普氏棲糞桿菌（例如，普氏棲糞桿菌菌株A）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Fournierella massiliensis （例如，Fournierella massiliensis 菌株A）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Harryflintia acetispora （例如，Harryflintia acetispora 菌株A）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自阿加薩桿菌屬物種（例如，阿加薩桿菌屬物種菌株A）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自阿加薩桿菌屬物種的菌株。在一些實施方式中，阿加薩桿菌屬物種菌株係與阿加薩桿菌屬物種菌株A（ATCC保藏號PTA-125892）的核苷酸序列（例如，基因組序列、16S序列、CRISPR序列）具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性（例如，至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）的菌株。在一些實施方式中，阿加薩桿菌屬物種菌株係阿加薩桿菌屬物種菌株A（ATCC保藏號PTA-125892）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自擬桿菌綱[擬桿菌門]的細菌。在一些實施方式中，mEV來自擬桿菌目的細菌。在一些實施方式中，mEV來自紫單胞菌科的細菌。在一些實施方式中，mEV來自普雷沃菌科的細菌。在一些實施方式中，mEV來自擬桿菌綱的細菌，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，mEV來自擬桿菌綱、革蘭氏陰性染色的細菌。在一些實施方式中，mEV來自擬桿菌綱的細菌，其中細菌係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱[厚壁菌門]的細菌。在一些實施方式中，mEV來自真細菌目的細菌。在一些實施方式中，mEV來自顫螺旋菌科的細菌。在一些實施方式中，mEV來自毛螺菌科的細菌。在一些實施方式中，mEV來自消化鏈球菌科的細菌。在一些實施方式中，mEV來自梭菌目XIII科/地位未定41的細菌。在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱的細菌，其中細菌的細胞被膜結構係單層的。在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱、革蘭氏陰性染色的細菌。在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱、革蘭氏陽性染色的細菌。在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱的細菌，其中細菌的細胞被膜結構係單層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱的細菌，其中細菌的細胞被膜結構係單層的並且該細菌係革蘭氏陽性染色。

在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱[厚壁菌門]的細菌。在一些實施方式中，mEV來自韋榮氏球菌目的細菌。在一些實施方式中，mEV來自韋榮氏球菌科的細菌。在一些實施方式中，mEV來自Selenomonadales 目的細菌。在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌科的細菌。在一些實施方式中，mEV來自Sporomusaceae 科的細菌。在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱的細菌，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱、革蘭氏陰性染色的細菌。在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱的細菌，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，mEV來自互養菌綱[互養菌門]的細菌。在一些實施方式中，mEV來自互養菌目的細菌。在一些實施方式中，mEV來自互養菌科的細菌。在一些實施方式中，mEV來自互養菌綱的細菌，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，mEV來自互養菌綱、革蘭氏陰性染色的細菌。在一些實施方式中，mEV來自互養菌綱的細菌，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，mEV來自產生代謝產物的細菌，例如，細菌產生丁酸、肌苷、丙酸、或色胺酸代謝產物。

在一些實施方式中，細菌產生肌苷。在一些實施方式中，細菌來自雙歧桿菌屬；乳桿菌屬；或歐陸森氏菌屬。

在一些實施方式中，細菌產生丙酸。在一些實施方式中，細菌來自阿克曼氏菌屬；擬桿菌屬；戴阿利斯特菌屬；真桿菌屬；巨型球菌屬；副擬桿菌屬；普雷沃菌屬；瘤胃球菌屬；或韋榮氏球菌屬。

在一些實施方式中，mEV來自產生組蛋白脫乙醯基酶3（HDAC3）的抑制劑的細菌。在一些實施方式中，細菌來自物種Bariatricus massiliensis 、普氏棲糞桿菌、馬賽巨型球菌或腸羅斯氏菌。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁷ 至約2 x 10¹² （例如，約3 x 10¹⁰ 或約1.5 x 10¹¹ 或約1.5 x 10¹² ）細胞（例如，其中藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約2 x 10¹² （例如，約1.6 x 10¹¹ 或約8 x 10¹¹ 或約9.6 x 10¹¹ 約12.8 x 10¹¹ 或約1.6 x 10¹² ）細胞（例如，其中如藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁹ 、約3 x 10⁹ 、約5 x 10⁹ 、約1.5 x 10¹⁰ 、約3 x 10¹⁰ 、約5 x 10¹⁰ 、約1.5 x 10¹¹ 、約1.5 x 10¹² 或約2 x 10¹² 細胞，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10⁵ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約10 mg至約3500 mg，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約30 mg至約1300 mg（按細菌和/或mEV的重量計）（約25、約30、約35、約50、約75、約100、約120、約150、約250、約300、約350、約400、約500、約600、約700、約750、約800、約900、約1000、約1100、約1200、約1250、約1300、約2000、約2500、約3000、或約3500 mg，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約2 x 10⁶ 至約2 x 10¹⁶ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約5 mg至約900 mg總蛋白（例如，其中總蛋白藉由布拉德福德（Bradford）測定或BCA確定），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，固體劑型還包含一種或多種另外的藥劑。

在一些實施方式中，固體劑型還包含賦形劑（例如，本文所述之賦形劑，例如稀釋劑、黏結劑和/或黏合劑、崩散劑、潤滑劑和/或助流劑、著色劑、調味劑和/或甜味劑）。

在一些方面，本揭露提供了治療受試者（例如人）（例如需要治療的受試者）之方法，該方法包括：

向受試者投與固體劑型，其中該固體劑型包含藥劑（例如其治療有效量），其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中該固體劑型係經腸溶包衣的（例如，包含腸溶包衣；例如，用腸溶包衣進行包衣）。

在一些方面，本揭露提供了用於治療受試者（例如人）（例如需要治療的受試者）的固體劑型，其中該固體劑型包含藥劑（例如其治療有效量），其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中該固體劑型係經腸溶包衣的（例如，包含腸溶包衣；例如，用腸溶包衣進行包衣）。

在一些方面，本揭露提供了固體劑型用於製備用於治療受試者（例如人）（例如，需要治療的受試者）的藥物的用途，其中該固體劑型包含藥劑（例如其治療有效量），其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中該固體劑型係經腸溶包衣的（例如，包含腸溶包衣；例如，用腸溶包衣進行包衣）。

在一些實施方式中，固體劑型經口服投與（例如用於口服投與）。

在一些實施方式中，固體劑型（例如，膠囊、片劑或多個微型片劑（例如，包含在膠囊中））被投與（例如，用於投與）每天1、2、3或4次。

在一些實施方式中，固體劑型包含膠囊、片劑或多個微型片劑（例如，包含在膠囊中）並且每天1、2、3或4次投與（例如，用於投與）1、2、3或4個固體劑型（例如，膠囊、片劑或多個微型片劑（例如，包含在膠囊中）。

在一些實施方式中，固體劑型與其他劑型相比（例如，與以不包含腸溶包衣的形式、例如以非腸溶包衣片劑或非腸溶包衣微型片劑或生物質或粉末的懸浮液形式投與的相同劑量的藥劑相比），提供了藥劑的增加的功效或生理作用（例如，十倍或更多倍）。

在一些實施方式中，固體劑型提供了包含在該固體劑型中的藥劑在小腸中的釋放。

在一些實施方式中，固體劑型將藥劑遞送至小腸，其中該藥劑可作用於小腸中的免疫細胞和/或上皮細胞，例如以引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）。

在一些實施方式中，固體劑型例如與以不包含腸溶包衣的形式、例如以懸浮液或非腸溶包衣片劑或非腸溶包衣微型片劑的形式投與的相同劑量的藥劑相比），提供了增加的功效或增加的生理作用（功效增加10倍或更多倍）（例如，如藉由藥劑的系統作用（例如，在胃腸道外）測量的，例如在炎症的DTH模型中的耳厚度；癌症模型中的腫瘤大小）。

在一些實施方式中，例如當口服投與時，藥劑在胃腸道外（例如在小腸外）提供一種或多種有益的免疫作用。

在一些實施方式中，例如當口服投與時，藥劑調節受試者的胃腸道外（例如小腸外）的免疫作用。

在一些實施方式中，例如當口服投與時，藥劑引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）。

在一些實施方式中，例如當口服投與時，藥劑對小腸中的免疫細胞和/或上皮細胞起作用，例如引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）。

在一些實施方式中，固體劑型經口服投與並且在胃腸道外具有一種或多種有益的免疫作用（例如，藥劑與小腸中的細胞之間的相互作用調節全身性免疫應答）。

在一些實施方式中，固體劑型經口服投與並且在胃腸道外調節免疫作用（例如，藥劑與小腸中的細胞之間的相互作用調節全身性免疫應答）。

在一些實施方式中，固體劑型經口服投與並激活先天抗原呈遞細胞（例如在小腸中）。

在一些實施方式中，受試者需要治療（和/或預防）癌症。

在一些實施方式中，受試者需要治療（和/或預防）自體免疫性疾病。

在一些實施方式中，受試者需要治療（和/或預防）炎性疾病。

在一些實施方式中，受試者需要治療（和/或預防）代謝性疾病。

在一些實施方式中，受試者需要治療（和/或預防）菌群失調（dysbiosis）。

在一些實施方式中，固體劑型與另外的藥劑組合投與。

在一些實施方式中，腸溶包衣包含一層腸溶包衣。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含微生物胞外囊泡（mEV）。

在一些實施方式中，藥劑包含活細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含經殺滅細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含非複製型細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含來自微生物（例如細菌）的一種菌株的細菌。

在一些實施方式中，細菌經γ照射。

在一些實施方式中，細菌經UV照射。

在一些實施方式中，細菌經酸處理。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，細菌係需氧細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜酸細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜中性細菌。

在一些實施方式中，細菌係難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係非難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌屬於巨型球菌屬、月形單胞菌科屬、 Propionospora 屬、或胺基酸球菌屬。

在一些實施方式中，細菌係巨型球菌屬物種、菲利克斯月形單胞菌、腸胺基酸球菌、或Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌係乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，細菌係動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌科、產鹼桿菌科、阿克曼氏菌科、擬桿菌科、雙歧桿菌科、伯克霍爾德菌科、Catabacteriaceae 科、梭菌科、紅蝽菌科、腸桿菌科、腸球菌科、梭桿菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝桿菌科、奈瑟菌科、臭桿菌科、顫螺旋菌科、消化球菌科、消化鏈球菌科、卟啉單胞菌科、普雷沃菌科、丙酸桿菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形單胞菌科、Sporomusaceae 科、鏈球菌科、鏈黴菌科、薩特氏菌科、互養菌科、或韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於阿克曼氏菌屬、克裡斯滕森菌屬、布勞特氏菌屬、腸球菌屬、真桿菌屬、羅斯氏菌屬、擬桿菌屬、副擬桿菌屬、或丹毒絲梭菌屬。

在一些實施方式中，細菌係產氫營養型布勞特氏菌、排泄物布勞特氏菌、韋氏布勞特氏菌、糞真桿菌、扭曲真桿菌、直腸真桿菌、糞腸球菌、耐久腸球菌、絨毛腸球菌、鶉雞腸球菌；乳酸雙歧桿菌、兩歧雙歧桿菌、長雙歧桿菌、動物雙歧桿菌或短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係BCG（卡介苗）、副擬桿菌屬、布勞特氏菌屬、韋榮氏球菌屬、唾液乳桿菌、阿加薩桿菌屬、活潑瘤胃球菌、解苯副梭菌、Turicibacter sanguinus 、伯克霍爾德菌屬、類肺炎克雷伯氏菌擬肺炎亞種、催產克雷伯氏菌、納西利斯泰澤菌或奈瑟菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌係產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係排泄物布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係韋氏布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，細菌係馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌係狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於Sporomusaceae 科。

在一些實施方式中，細菌屬於巨型球菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Propionospora 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌屬。

在一些實施方式中，細菌係巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係腸胺基酸球菌。

在一些實施方式中，細菌係Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱。

在一些實施方式中，細菌屬於顫螺旋菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於糞桿菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Fournierella 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Harryflintia 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於阿加薩桿菌屬。

在一些實施方式中，細菌係普氏棲糞桿菌（例如，普氏棲糞桿菌菌株A）細菌。

在一些實施方式中，細菌係阿加薩桿菌屬物種的菌株。在一些實施方式中，阿加薩桿菌屬物種菌株係與阿加薩桿菌屬物種菌株A（ATCC保藏號PTA-125892）的核苷酸序列（例如，基因組序列、16S序列、CRISPR序列）具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性（例如，至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）的菌株。在一些實施方式中，阿加薩桿菌屬物種菌株係阿加薩桿菌屬物種菌株A（ATCC保藏號PTA-125892）細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌綱[擬桿菌門]。在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌目。在一些實施方式中，細菌屬於紫單胞菌科。在一些實施方式中，細菌屬於普雷沃菌科。在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於擬桿菌綱，其中細菌係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱[厚壁菌門]。在一些實施方式中，細菌屬於真細菌目。在一些實施方式中，細菌屬於顫螺旋菌科。在一些實施方式中，細菌屬於毛螺菌科。在一些實施方式中，細菌屬於消化鏈球菌科。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌目XIII科/ 地位未定41。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係單層的。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱、革蘭氏陽性染色。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係單層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係單層的並且該細菌係革蘭氏陽性染色。

在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱[厚壁菌門]。在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌目。在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌科。在一些實施方式中，細菌屬於Selenomonadales 目。在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌科。在一些實施方式中，細菌屬於Sporomusaceae 科。在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，細菌屬於互養菌綱[互養菌門]。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌目。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌科。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，細菌屬於互養菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，細菌係產生組蛋白脫乙醯基酶3（HDAC3）的抑制劑的細菌。在一些實施方式中，細菌來自物種Bariatricus massiliensis 、普氏棲糞桿菌、馬賽巨型球菌或腸羅斯氏菌。

在一些實施方式中，藥劑包含pmEV，並且pmEV由活細菌產生。

在一些實施方式中，mEV經γ照射。

在一些實施方式中，mEV被UV照射。

在一些實施方式中，mEV被酸處理。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自需氧細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜酸細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜中性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自非難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，mEV來自乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自小韋榮氏球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，mEV來自馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自真桿菌屬（Eubacterium ）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自韋榮氏球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Sporomusaceae 科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自腸胺基酸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自顫螺旋菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Fournierella 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Harryflintia 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自阿加薩桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁷ 至約2 x 10¹² （例如，約3 x 10¹⁰ 或約1.5 x 10¹¹ 或約1.5 x 10¹² ）細胞（例如，其中藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約2 x 10¹² （例如，約1.6 x 10¹¹ 或約8 x 10¹¹ 或約9.6 x 10¹¹ 約12.8 x 10¹¹ 或約1.6 x 10¹² ）細胞（例如，其中藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且包含藥劑（例如細菌和/或mEV）的藥物物質的劑量為約10 mg至約3500 mg，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且包含藥劑（例如細菌和/或mEV）的藥物物質的劑量為約30 mg至約1300 mg（按細菌和/或mEV的重量計）（約25、約30、約35、約50、約75、約100、約120、約150、約250、約300、約350、約400、約500、約600、約700、約750、約800、約900、約1000、約1100、約1200、約1250、約1300、約2000、約2500、約3000、或約3500 mg，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約5 mg至約900 mg總蛋白（例如，其中總蛋白藉由布拉德福德測定或BCA確定），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些方面，本揭露提供了用於製備包含藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣膠囊之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括：

a) 將藥劑裝入膠囊中；以及

b) 對膠囊進行腸溶包衣，從而製備腸溶包衣膠囊。

在一些實施方式中，方法包括在裝入膠囊之前將藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合。

在一些實施方式中，用於製備包含藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣膠囊之方法（其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV））包括：

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

b) 將藥劑和藥學上可接受的賦形劑裝入膠囊中；以及

c) 對膠囊進行腸溶包衣，從而製備腸溶包衣膠囊。

在一些實施方式中，方法還包括在裝入膠囊之後並且在腸溶包衣膠囊之前將膠囊鑲邊（banding）。在一些實施方式中，將膠囊用基於HPMC的鑲邊溶液鑲邊。

在一些實施方式中，本揭露提供了用於製備包含藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣膠囊之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括：

a) 將藥劑裝入膠囊中；

b) 對膠囊進行鑲邊；以及

c) 對膠囊進行腸溶包衣，從而製備腸溶包衣膠囊。

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

b) 將藥劑和藥學上可接受的賦形劑裝入膠囊中；

c) 對膠囊進行鑲邊；以及

d) 對膠囊進行腸溶包衣，從而製備腸溶包衣膠囊。

在一些實施方式中，膠囊包含HPMC或明膠。在一些實施方式中，膠囊包含HPMC。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含微生物胞外囊泡（mEV）。

在一些實施方式中，例如當口服投與固體劑型時，藥劑對小腸中的免疫細胞和/或上皮細胞起作用（例如引起系統作用（例如，胃腸道外的作用））。

在一些實施方式中，藥劑包含活細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含經殺滅細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含非複製型細菌。

在一些實施方式中，細菌經γ照射。

在一些實施方式中，細菌經UV照射。

在一些實施方式中，細菌經酸處理。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，細菌係需氧細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜酸細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜中性細菌。

在一些實施方式中，細菌係難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係非難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌係乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，細菌係動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係排泄物布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係韋氏布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，細菌係馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌係狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於Sporomusaceae 科。

在一些實施方式中，細菌屬於巨型球菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Propionospora 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌屬。

在一些實施方式中，細菌係巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係腸胺基酸球菌。

在一些實施方式中，細菌係Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱。

在一些實施方式中，細菌屬於顫螺旋菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於糞桿菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Fournierella 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Harryflintia 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於阿加薩桿菌屬。

在一些實施方式中，藥劑包含pmEV，並且pmEV由活細菌產生。

在一些實施方式中，mEV經γ照射。

在一些實施方式中，mEV被UV照射。

在一些實施方式中，mEV被酸處理。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自需氧細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜酸細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜中性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自非難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，mEV來自乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自小韋榮氏球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自產氫營養型布勞特氏菌（Blautia hydrogenotrophica ）細菌。

在一些實施方式中，mEV來自鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，mEV來自馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，mEV來自狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自韋榮氏球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Sporomusaceae 科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自腸胺基酸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自顫螺旋菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Fournierella 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Harryflintia 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自阿加薩桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁷ 至約2 x 10¹² （例如，約3 x 10¹⁰ 或約1.5 x 10¹¹ 或約1.5 x 10¹² ）細胞（例如，其中藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每膠囊的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約2 x 10¹² （例如，約1.6 x 10¹¹ 或約8 x 10¹¹ 或約9.6 x 10¹¹ 約12.8 x 10¹¹ 或約1.6 x 10¹² ）細胞（例如，其中藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每膠囊的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁹ 、約3 x 10⁹ 、約5 x 10⁹ 、約1.5 x 10¹⁰ 、約3 x 10¹⁰ 、約5 x 10¹⁰ 、約1.5 x 10¹¹ 、約1.5 x 10¹² 或約2 x 10¹² 細胞，其中劑量係每膠囊的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10⁵ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約10 mg至約3500 mg，其中劑量係每片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且包含藥劑（例如細菌和/或mEV）的藥物物質的劑量為約30 mg至約1300 mg（按細菌和/或mEV的重量計）（約25、約30、約35、約50、約75、約100、約120、約150、約250、約300、約350、約400、約500、約600、約700、約750、約800、約900、約1000、約1100、約1200、約1250、約1300、約2000、約2500、約3000、或約3500 mg，其中劑量係每膠囊的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約2 x 10⁶ 至約2 x 10¹⁶ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約5 mg至約900 mg總蛋白（例如，其中總蛋白藉由布拉德福德測定或BCA確定），其中劑量係每膠囊的劑量。

在一些實施方式中，可以是（或存在於）藥品、醫療食品、食品或膳食補充劑中。

在一些方面，本揭露提供了用於製備包含藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣片劑之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括：

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

b) 壓製該藥劑和藥學上可接受的賦形劑，以形成片劑；以及

c) 對該片劑進行腸溶包衣，從而製備腸溶包衣片劑。

在一些實施方式中，片劑（例如，腸溶包衣片劑）係5 mm、6 mm、7 mm、8 mm、9 mm、10 mm、11 mm、12 mm、13 mm、14 mm、15 mm、16 mm、17 mm或18 mm片劑。

在一些實施方式中，腸溶包衣包含一層腸溶包衣。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含微生物胞外囊泡（mEV）。

在一些實施方式中，藥劑包含活細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含經殺滅細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含非複製型細菌。

在一些實施方式中，細菌經γ照射。

在一些實施方式中，細菌經UV照射。

在一些實施方式中，細菌經酸處理。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，細菌係需氧細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜酸細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜中性細菌。

在一些實施方式中，細菌係難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係非難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌係乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，細菌係動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係排泄物布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係韋氏布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，細菌係馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌係狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於Sporomusaceae 科。

在一些實施方式中，細菌屬於巨型球菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Propionospora 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌屬。

在一些實施方式中，細菌係巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係腸胺基酸球菌。

在一些實施方式中，細菌係Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱。

在一些實施方式中，細菌屬於顫螺旋菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於糞桿菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Fournierella 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Harryflintia 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於阿加薩桿菌屬。

在一些實施方式中，藥劑包含pmEV，並且pmEV由活細菌產生。

在一些實施方式中，mEV經γ照射。

在一些實施方式中，mEV被UV照射。

在一些實施方式中，mEV被酸處理。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自需氧細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜酸細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜中性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自非難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，mEV來自乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自小韋榮氏球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，mEV來自馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，mEV來自狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自韋榮氏球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Sporomusaceae 科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自腸胺基酸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自顫螺旋菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Fournierella 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Harryflintia 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自阿加薩桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁷ 至約2 x 10¹² （例如，約3 x 10¹⁰ 或約1.5 x 10¹¹ 或約1.5 x 10¹² ）細胞（例如，其中藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每片劑的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約2 x 10¹² （例如，約1.6 x 10¹¹ 或約8 x 10¹¹ 或約9.6 x 10¹¹ 約12.8 x 10¹¹ 或約1.6 x 10¹² ）細胞（例如，其中藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁹ 、約3 x 10⁹ 、約5 x 10⁹ 、約1.5 x 10¹⁰ 、約3 x 10¹⁰ 、約5 x 10¹⁰ 、約1.5 x 10¹¹ 、約1.5 x 10¹² 或約2 x 10¹² 細胞，其中劑量係每片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10⁵ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且包含藥劑（例如細菌和/或mEV）的藥物物質的劑量為約30 mg至約1300 mg（按細菌和/或mEV的重量計）（約25、約30、約35、約50、約75、約100、約120、約150、約250、約300、約350、約400、約500、約600、約700、約750、約800、約900、約1000、約1100、約1200、約1250、約1300、約2000、約2500、約3000、或約3500 mg，其中劑量係每片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約2 x 10⁶ 至約2 x 10¹⁶ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約5 mg至約900 mg總蛋白（例如，其中總蛋白藉由布拉德福德測定或BCA確定），其中劑量係每片劑的劑量。

在一些實施方式中，固體劑型還包含一種或多種另外的藥劑。在一些實施方式中，固體劑型還包含賦形劑（例如，本文所述之賦形劑，例如稀釋劑、黏結劑和/或黏合劑、崩散劑、潤滑劑和/或助流劑、著色劑、調味劑和/或甜味劑）。

在一些方面，本揭露提供了用於製備包含藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣微型片劑之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括：

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

b) 壓製該藥劑和藥學上可接受的賦形劑，以形成微型片劑；以及

c) 對該微型片劑進行腸溶包衣，從而製備該腸溶包衣微型片劑。

在一些實施方式中，將一個或多個微型片劑裝載到膠囊中。在一些實施方式中，方法還包括在裝入膠囊之後將膠囊鑲邊。在一些實施方式中，將膠囊用基於HPMC的鑲邊溶液鑲邊。

在一些實施方式中，微型片劑（例如，腸溶包衣微型片劑）係1 mm微型片劑、1.5 mm微型片劑、2 mm微型片劑、3 mm微型片劑或4 mm微型片劑。在一些實施方式中，在膠囊中包含多個腸溶包衣微型片劑（例如0號膠囊可以包含約31至約35（例如33）個微型片劑，其中微型片劑的尺寸為3 mm）。在一些實施方式中，膠囊係00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。在一些實施方式中，膠囊包含HPMC（羥丙基甲基纖維素）或明膠。

在一些實施方式中，腸溶包衣包含一層腸溶包衣。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含微生物胞外囊泡（mEV）。

在一些實施方式中，藥劑包含活細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含經殺滅細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含非複製型細菌。

在一些實施方式中，細菌經γ照射。

在一些實施方式中，細菌經UV照射。

在一些實施方式中，細菌經酸處理。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，細菌係需氧細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜酸細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜中性細菌。

在一些實施方式中，細菌係難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係非難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌係乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，細菌係動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係排泄物布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係韋氏布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，細菌係馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌係狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於Sporomusaceae 科。

在一些實施方式中，細菌屬於巨型球菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Propionospora 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌屬。

在一些實施方式中，細菌係巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係腸胺基酸球菌。

在一些實施方式中，細菌係Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱。

在一些實施方式中，細菌屬於顫螺旋菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於糞桿菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Fournierella 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Harryflintia 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於阿加薩桿菌屬。

在一些實施方式中，藥劑包含pmEV，並且pmEV由活細菌產生。

在一些實施方式中，mEV經γ照射。

在一些實施方式中，mEV被UV照射。

在一些實施方式中，mEV被酸處理。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自需氧細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜酸細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜中性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自非難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，mEV來自乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自小韋榮氏球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，mEV來自馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，mEV來自狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自韋榮氏球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Sporomusaceae 科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自腸胺基酸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自顫螺旋菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Fournierella 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Harryflintia 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自阿加薩桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁷ 至約2 x 10¹² （例如，約3 x 10¹⁰ 或約1.5 x 10¹¹ 或約1.5 x 10¹² ）細胞（例如，其中藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約2 x 10¹² （例如，約1.6 x 10¹¹ 或約8 x 10¹¹ 或約9.6 x 10¹¹ 約12.8 x 10¹¹ 或約1.6 x 10¹² ）細胞（例如，其中藉由Coulter計數器確定的總細胞計數來確定細胞數），其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁹ 、約3 x 10⁹ 、約5 x 10⁹ 、約1.5 x 10¹⁰ 、約3 x 10¹⁰ 、約5 x 10¹⁰ 、約1.5 x 10¹¹ 、約1.5 x 10¹² 或約2 x 10¹² 細胞，其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10⁵ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約10 mg至約3500 mg，其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約30 mg至約1300 mg（按細菌和/或mEV的重量計）（約25、約30、約35、約50、約75、約100、約120、約150、約250、約300、約350、約400、約500、約600、約700、約750、約800、約900、約1000、約1100、約1200、約1250、約1300、約2000、約2500、約3000、或約3500 mg，其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約2 x 10⁶ 至約2 x 10¹⁶ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且藥劑（例如細菌和/或mEV）的劑量為約5 mg至約900 mg總蛋白（例如，其中總蛋白藉由布拉德福德測定或BCA確定），其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些方面，本揭露提供了用於製備膠囊之方法，該膠囊包含含有藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣微型片劑，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括：

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

b) 壓製該藥劑和藥學上可接受的賦形劑，以形成微型片劑；

c) 對該微型片劑進行腸溶包衣（例如，從而製備腸溶包衣微型片劑），以及

d) 將腸溶包衣微型片劑裝入膠囊中（例如0號膠囊可以包含約31至約35（例如33）個微型片劑，其中微型片劑的尺寸為3 mm），

從而製備膠囊。

在一些實施方式中，方法還包括在裝入膠囊之後將膠囊鑲邊。在一些實施方式中，將膠囊用基於HPMC的鑲邊溶液鑲邊。

在一些實施方式中，微型片劑（例如，腸溶包衣微型片劑）係1 mm微型片劑、1.5 mm微型片劑、2 mm微型片劑、3 mm微型片劑或4 mm微型片劑。在一些實施方式中，膠囊係00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。在一些實施方式中，膠囊包含HPMC（羥丙基甲基纖維素）或明膠。

在一些實施方式中，腸溶包衣包含一層腸溶包衣。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含微生物胞外囊泡（mEV）。

在一些實施方式中，藥劑包含活細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含經殺滅細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含非複製型細菌。

在一些實施方式中，細菌經γ照射。

在一些實施方式中，細菌經UV照射。

在一些實施方式中，細菌經酸處理。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，細菌來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，細菌係需氧細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜酸細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，細菌係嗜中性細菌。

在一些實施方式中，細菌係難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係非難養細菌。

在一些實施方式中，細菌係表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌係乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，細菌係動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係排泄物布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係韋氏布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，細菌係馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，細菌係狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，細菌屬於韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於Sporomusaceae 科。

在一些實施方式中，細菌屬於巨型球菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於月形單胞菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Propionospora 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於胺基酸球菌屬。

在一些實施方式中，細菌係巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，細菌係腸胺基酸球菌。

在一些實施方式中，細菌係Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，細菌屬於梭菌綱。

在一些實施方式中，細菌屬於顫螺旋菌科。

在一些實施方式中，細菌屬於糞桿菌屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Fournierella 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於Harryflintia 屬。

在一些實施方式中，細菌屬於阿加薩桿菌屬。

在一些實施方式中，藥劑包含pmEV，並且pmEV由活細菌產生。

在一些實施方式中，mEV經γ照射。

在一些實施方式中，mEV被UV照射。

在一些實施方式中，mEV被酸處理。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自需氧細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜酸細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，mEV來自嗜中性細菌。

在一些實施方式中，mEV來自難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自非難養細菌。

在一些實施方式中，mEV來自表J中列出的細菌菌株。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，mEV來自乳酸乳球菌乳脂亞種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自動物雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自小韋榮氏球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自產氫營養型布勞特氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自鶉雞腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自屎腸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自兩歧雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自短雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自長雙歧桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自人羅斯氏菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自多形擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞居擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Erysipelatoclostridium ramosum 細菌。

在一些實施方式中，mEV來自馬賽巨型球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自真桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，mEV來自狄氏副擬桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自植物乳桿菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Negativicutes 綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自韋榮氏球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Sporomusaceae 科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自月形單胞菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自胺基酸球菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自腸胺基酸球菌細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Propionospora 屬物種細菌。

在一些實施方式中，mEV來自梭菌綱的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自顫螺旋菌科的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自糞桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Fournierella 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自Harryflintia 屬的細菌。

在一些實施方式中，mEV來自阿加薩桿菌屬的細菌。

在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10⁵ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。在一些實施方式中，藥劑包含mEV並且mEV的劑量為約1 x 10¹⁰ 至約7 x 10¹³ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，藥劑包含細菌和/或mEV，並且包含藥劑（例如細菌和/或mEV）的藥物物質的劑量為約30 mg至約1300 mg（按細菌和/或mEV的重量計）（約25、約30、約35、約50、約75、約100、約120、約150、約250、約300、約350、約400、約500、約600、約700、約750、約800、約900、約1000、約1100、約1200、約1250、約1300、約2000、約2500、約3000、或約3500 mg，其中劑量係每膠囊的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

在一些實施方式中，膠囊或微型片劑還包含一種或多種另外的藥劑。

在一些實施方式中，膠囊或微型片劑還包含賦形劑（例如，本文所述之賦形劑，例如稀釋劑、黏結劑和/或黏合劑、崩散劑、潤滑劑和/或助流劑、著色劑、調味劑和/或甜味劑）。

具體實施方式 定義

「佐劑」或「輔助療法」在廣義上係指影響受試者（例如人類）中的免疫學或生理學反應的藥劑。例如，佐劑可增加抗原隨時間或在目的區域（如腫瘤）中的存在，幫助吸收抗原呈遞細胞抗原，活化巨噬細胞及淋巴細胞並且支持細胞介素的產生。藉由改變免疫應答，佐劑可允許使用較小劑量的免疫相互作用劑以增加特定劑量的免疫相互作用劑的有效性或安全性。例如，佐劑可預防T細胞耗竭且由此增加特定免疫相互作用劑的有效性或安全性。

「投與」廣義上係指將組成物（例如，藥物組成物，如包含如本文所述之藥劑的固體劑型）投與於受試者的途徑。投與途徑的實例包含口服投與、直腸投與、局部投與、吸入（經鼻）或注射。注射投與包含靜脈內（IV）、肌內（IM）、腫瘤內（IT）及皮下（SC）投與。本文描述的藥物組成物可以任何形式藉由任何有效途徑投與，包括（但不限於）瘤內、經口、非經腸、腸內、靜脈內、腹膜內、局部、經皮（例如，使用任何標準貼劑）、皮內、經眼、經鼻（鼻內）、局部、非經口（諸如噴霧）、吸入、皮下、肌內、頰、舌下、（經）直腸、陰道、動脈內及鞘內、經黏膜（例如，舌下、經舌、（經）頰、（經）尿道、陰道（例如，經陰道及陰道周圍）、植入、膀胱內、肺內、十二指腸內、胃內及支氣管內。在較佳的實施方式中，藉由以下形式投與本文所述之藥物組成物：經口、經直腸、經腫瘤內、經局部、經膀胱內、藉由注射至引流淋巴結中或毗鄰引流淋巴結處、經靜脈內、藉由吸入或氣溶膠或經皮下。在另一個較佳的實施方式中，本文所述之藥物組成物口服、瘤內或靜脈內投與。在另一個實施方式中，本文所述之藥物組成物經口服投與。

如本文所用，術語「抗體」可指完整抗體及其抗原結合片段二者。完整抗體係包含由二硫鍵相互連接的至少兩條重（H）鏈及兩條輕（L）鏈的糖蛋白。每條重鏈包含重鏈可變區（在本文中縮寫為V_H ）及重鏈恒定區。每條輕鏈包含輕鏈可變區（在本文中縮寫為V_L ）及輕鏈恒定區。V_H 及V_L 區可進一步細分成超變區（稱為互補決定區（CDR））及更保守區（稱為框架區（FR）），二者散佈排列。每個V_H 及V_L 由三個CDR及四個FR構成，其自胺基-末端至羧基-末端按下列順序排列：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重鏈及輕鏈的可變區含有與抗原相互作用的結合結構域。術語「抗體」包含例如單株抗體、多株抗體、嵌合抗體、人類源化抗體、人類抗體、多特異性抗體（例如雙特異性抗體）、單鏈抗體及抗原結合抗體片段。

如本文所用，術語抗體的「抗原結合片段」及「抗原結合部分」係指抗體中保留結合抗原的能力的一個或多個片段。術語抗體的「抗原結合片段」內所涵蓋結合片段的實例包含Fab、Fab'、F(ab')₂ 、Fv、scFv、二硫化物連接的Fv、Fd、雙抗體、單鏈抗體、NANOBODIES®、經分離CDRH3及其他保留完整抗體的至少一部分可變區的抗體片段。該等抗體片段可使用常規重組和/或酶促技術來獲得且可以與完整抗體相同的方式針對抗原結合進行篩選。

「癌症」在廣義上係指宿主自有細胞的不受控、異常生長，其會侵襲宿主中的環繞組織及潛在地遠離異常細胞生長初始位點的組織。主要種類包含係上皮組織（例如皮膚、鱗狀細胞）癌症的癌瘤；係結締組織（例如骨、軟骨、脂肪、肌肉、血管等）癌症的肉瘤；係血液形成組織（例如骨髓組織）癌症的白血病；係免疫細胞癌症的淋巴瘤及骨髓瘤；及包含腦及脊柱組織癌症的中樞神經系統癌症。「一種或多種癌症」和「一種或多種贅瘤」在本文中可互換使用。如本文中所使用，「癌症」係指所有類型的新或復發癌症或贅瘤或惡性腫瘤，包含白血病、上皮癌及肉瘤。癌症的具體實例係：上皮癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病、淋巴瘤及混合型腫瘤。癌症的非限制性實例係以下新或復發癌症：腦癌、黑色素瘤、膀胱癌、乳腺癌、子宮頸癌、結腸癌、頭頸癌、腎癌、肺癌、非小細胞肺癌、間皮瘤、卵巢癌、前列腺癌、肉瘤、胃癌、子宮癌及髓母細胞瘤。在一些實施方式中，癌症包括實性瘤。在一些實施方式中，癌症包括轉移。

「碳水化合物」係指糖或糖聚合物。術語「糖」、「多糖」、「碳水化合物」及「寡糖」可互換使用。大部分碳水化合物係具有許多羥基的醛或酮，通常在分子的每一碳原子上具有一個羥基。碳水化合物通常具有分子式C_n H_2n O_n 。碳水化合物可為單糖、二糖、三糖、寡糖或多糖。最基本的碳水化合物係單糖，例如葡萄糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、核糖、阿拉伯糖、木糖及果糖。二糖係兩個接合的單糖。示例性二糖包含蔗糖、麥芽糖、纖維二糖及乳糖。通常，寡糖包含3至6個單糖單元（例如棉子糖、水蘇糖），且多糖包含6個或更多個單糖單元。示例性多糖包含澱粉、糖原及纖維素。碳水化合物可含有經修飾糖單元，例如2’-去氧核糖，其中去除羥基，2’-氟核糖，其中羥基經氟代替；或N-乙醯基葡萄糖胺，其為葡萄糖的含氮形式（例如2’-氟核糖、去氧核糖及己糖）。碳水化合物可以許多不同形式存在，例如構象異構物、環狀形式、非環狀形式、立體異構物、互變異構物、端基差向異構物及異構物。

「細胞增強」廣泛地指細胞的流入或細胞在環境中的擴增，該等細胞在投與組成物之前大體上不存在於該環境中且不存在於該組成物本身中。增強環境的細胞包括免疫細胞、基質細胞、細菌及真菌細胞。特別受關注的環境係其中癌細胞駐留或定位的微環境。在一些實例中，該微環境係腫瘤微環境或腫瘤引流淋巴結。在其他實例中，該微環境係癌前組織位點或組成物的局部投與位點或其中該組成物在遠端投與後將積聚的位點。

「進化枝」指系統發育樹的OTU或成員，它們係系統發育樹中的統計有效節點的下游。進化枝包含系統發育樹中的一組末端葉，其係不同的單系進化單元且在某種程度上共用序列相似性。

來自兩種或更多種菌株的細菌的「組合」包括細菌的物理共存（在相同材料或產品中或在物理連接的產品中），及來自兩種或更多種菌株的細菌的時間共投與或共定位。

來自兩個或更多個微生物（例如細菌）菌株的mEV（例如smEV和/或pmEV）的「組合」包括從其獲得mEV（例如smEV和/或pmEV）的微生物在同一材料或產品中或在物理相連的產品中物理共存，以及來自兩個或更多個菌株的mEV（例如smEV和/或pmEV）在時間上共同投與或共同定位。

術語「降低」或「消耗」意指變化，從而取決於治療後狀態與治療前狀態相比的差異為至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、1/100、1/1000、1/10,000、1/100,000、1/1,000,000或不可檢測。可能降低的特性包括免疫細胞、細菌細胞、基質細胞、髓樣來源的抑制細胞、成纖維細胞、代謝物的數量；細胞介素的水平；或其他物理參數（例如耳厚度（例如，在DTH動物模型中）或腫瘤的大小）。

「菌群失調」係指腸道或其它身體區域的微生物群或微生物組的狀態，包括，例如，黏膜或皮膚表面（或任何其它微生物組生態位），在該狀態下宿主腸道微生物組生態網路「微生物組」的正常的多樣性和/或功能被破壞。菌群失調可能導致疾病狀態，或者僅在某些條件下或僅長期存在時可能是不健康的。菌群失調可能是由於多種因素引起的，包括環境因素、傳染原、宿主基因型、宿主飲食和/或壓力。菌群失調可能導致：一個或多個細菌類型（例如，厭氧菌）、物種和/或菌株的普遍度發生變化（例如，增加或減少），宿主微生物組群體組成的多樣性發生變化（例如，增加或減少）；導致一個或多個有益效應減少或喪失的一個或多個共生生物群體的變化（例如，增加或減少）；一個或多個病原體（例如，病原細菌）群體的過度生長；和/或僅在某些情況下引起疾病的共生生物的存在、和/或過度生長。

術語「生態聚生體（ecological consortium）」係交換代謝物且彼此正性共調控的一組細菌，這與經由活化互補宿主通路來誘導宿主協同作用以改進功效的兩種細菌形成對比。

術語「有效劑量」或「有效量」係對於特定的藥用劑、組成物和投與方式有效地在受試者中實現期望的治療反應的藥劑的量。

如本文所用，「工程細菌」係藉由人類活動已在遺傳上自天然狀態改變的任何細菌及任何這類細菌的子代。工程改造的細菌包括例如靶向遺傳修飾的產物、隨機誘變篩選的產物及定向演化的產物。

術語「表位」意指可特異性結合至抗體或T細胞受體的蛋白質決定子。表位通常由如胺基酸或糖側鏈等分子的化學活性表面分組組成。某些表位可藉由抗體能夠結合的胺基酸的特定序列來定義。

術語「基因」在廣義上用於指與生物功能有關的任一核酸。術語「基因」適用於特定基因組序列以及由該基因組序列編碼的cDNA或mRNA。

兩種核酸分子的核酸序列間「一致性」可使用已知電腦演算法（諸如「FASTA」程式）使用（例如）如Pearson等人 (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA [美國國家科學院院刊] 85: 2444中的預設參數測定為一致性百分比（其他套裝程式含GCG套裝程式（Devereux, J. 等人, Nucleic Acids Research [核酸研究] 12 (I): 387 (1984)）、BLASTP、BLASTN、FASTA Atschul, S. F. 等人, J Molec Biol [分子生物學雜誌] 215: 403 (1990)；Guide to Huge Computers [巨型電腦指南], Mrtin J. Bishop編輯, Academic Press [學術出版社], San Diego [聖地牙哥], 1994及Carillo等人 (1988) SIAM J Applied Math [工業和應用數學學會應用數學雜誌] 48: 1073）。例如，可使用國家生物技術資訊中心數據庫（National Center for Biotechnology Information database）的BLAST功能來測定同一性。其他可商業或公開獲得的套裝程式含DNAStar「MegAlign」程式（威斯康辛州麥迪森市（Madison, Wis.））及威斯康辛大學遺傳學電腦集團（University of Wisconsin Genetics Computer Group）（UWG）「Gap」程式（威斯康辛州麥迪森市（Madison, Wis.））。

如本文中所使用，術語「免疫障礙」係指由免疫系統的活動引起的任何疾病、障礙或疾病症狀，包括自體免疫性疾病、炎性疾病及過敏。免疫障礙包括（但不限於）自體免疫性疾病（例如，牛皮癬、特應性皮炎、狼瘡、硬皮病、溶血性貧血、血管炎、一型糖尿病、格雷夫病（Grave’s disease）、類風濕性關節炎、多發性硬化、古德帕斯雷綜合症（Goodpasture’s syndrome）、惡性貧血和/或肌病）、炎性疾病（例如，尋常型痤瘡、氣喘、乳糜瀉、慢性前列腺炎、腎小球性腎炎、炎性腸病、盆腔炎、再灌注損傷、類風濕性關節炎、肉狀瘤病、移植排斥、血管炎和/或間質性膀胱炎），和/或過敏（例如，食物過敏、藥物過敏和/或環境過敏）。

「免疫療法」係使用受試者的免疫系統以治療疾病（例如，免疫疾病、炎性疾病、代謝性疾病、癌症）的治療且包括（例如）檢查點抑制劑、癌症疫苗、細胞介素、細胞療法、CAR-T細胞及樹突細胞療法。

術語「增加」意指變化，從而取決於治療後狀態大於治療前狀態至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、2倍、4倍、10倍、100倍、10^3倍、10^4倍、10^5倍、10^6倍和/或10^7倍的差別。可能增加的特性包括免疫細胞、細菌細胞、基質細胞、髓樣來源的抑制細胞、成纖維細胞、代謝物的數量；細胞介素的水平；或其他物理參數（例如耳厚度（例如，在DTH動物模型中）或腫瘤的大小）。

「先天免疫促效劑」或「免疫佐劑」係特異性靶向先天免疫受體（包括Toll樣受體（TLR）、NOD受體、RLR、C型凝集素受體、STING-cGAS通路組分、發炎體複合物）的小分子、蛋白質或其他藥劑。例如，LPS係細菌源的或合成的TLR-4促效劑且可使用鋁作為免疫刺激佐劑。免疫佐劑係特定種類的較寬泛佐劑或輔助療法。STING促效劑的實例包括（但不限於）2'3'-cGAMP、3'3'-cGAMP、c-di-AMP、c-di-GMP、2'2'-cGAMP及2'3'-cGAM(PS)2（Rp/Sp）（2'3'-cGAMP的雙硫代磷酸酯類似物的Rp、Sp異構物）。TLR促效劑的實例包括（但不限於）TLRl、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLRlO及TLRI l。NOD促效劑的實例包括（但不限於）：N-乙醯基胞壁醯基-L-丙胺醯基-D-異麩醯胺酸（胞壁醯二肽（MDP））、γ-D-麩胺醯基-內消旋-二胺基庚二酸（iE-DAP）及去胞壁醯肽（desmuramylpeptide（DMP））。

「內轉錄間隔區」或「ITS」係位於通常用於識別真核物種（特別地，真菌）的共同先質轉錄本上的結構核糖體RNA（rRNA）之間的一段非功能性RNA。形成核糖體的核的真菌的rRNA經轉錄為信號基因且由8S、5.8S及28S區域及分別在8S與5.8S之間及5.8S與28S區域之間的ITS4及5組成。如先前描述，在18S與5.8S之間及5.8S與28S區域之間的這類兩個雙譯基因嵌段（intercistronic segment）藉由剪接移除且出於條碼的目的在物種之間含有顯著變化（Schoch等人, Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. [核糖體內轉錄間隔區（ITS）係真菌的通用DNA條碼標記]PNAS 109: 6241-6246.2012）。18S rDNA傳統上用於系統發育重建，然而ITS可發揮此功能，因為其通常是高度保守的，但含有高變區，該等高變區具有足夠的核苷酸多樣性來區分大多數真菌的屬及物種。

術語「分離的」或「富集的」涵蓋具有以下特徵的微生物（例如細菌）、mEV（例如smEV和/或pmEV）或其他實體或物質：(1) 與在最初產生（不論在自然界中或在實驗環境中）時與其締合的至少一些組分分離，和/或 (2) 人工產生、製備、純化和/或製造。分離的微生物或mEV可與至少約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%或更多的其最初關聯的其他組分分離。在一些實施方式中，分離的微生物或mEV係大於約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或大於約99%純的。如本文所用，物質基本上不含其他組分時係「純的」。術語「純化（purify、purifying及purified）」係指已與在最初產生或生成（例如不論在自然界中或在實驗環境中）時或在其初始產生之後的任一時間期間與其締合的至少一些組分分離的微生物或其他材料。如果在產生時或在產生之後諸如自含有微生物或微生物群體的材料或環境分離，則該微生物或微生物群體或mEV可視為經純化，且經純化微生物或微生物群體可含有最高約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%或高於約90%的其他材料且仍視為「經分離」。在一些實施方式中，經純化微生物或微生物群體或mEV係大於約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或大於約99%純的。在本文所提供微生物組成物的情況下，存在於該組成物中的一種或多種微生物類型可與獨立於一種或多種產生和/或存在於含有該微生物類型的材料或環境中的其他微生物來純化。通常自殘餘生境產物來純化微生物組成物及其微生物組分。

如本文所用，「脂質」包括脂肪、油、三酸甘油酯、膽固醇、磷脂質、任何形式的脂肪酸（包括游離脂肪酸）。脂肪、油及脂肪酸可為飽和、不飽和（順式或反式）或部分不飽和（順式或反式）。

如本文所用的「代謝物」係指在任何細胞或微生物代謝反應中用作底物或作為產物化合物、組成物、分子、離子、輔助因子、催化劑或營養素產生自任何細胞或微生物代謝反應的任何及所有分子化合物、組成物、分子、離子、輔助因子、催化劑或營養素。

「微生物」係指表徵為古生菌、寄生蟲、細菌、真菌、微觀藻類、原生動物及與該生物體相關的發育階段或生命週期階段（例如，植物、孢子（包括孢子形成、休眠及萌發）、潛伏、生物膜）的任何天然或經改造的生物體。腸道微生物的實例包括：葛氏放線菌（Actinomyces graevenitzii ）、齲齒放線菌（Actinomyces odontolyticus ）、嗜黏蛋白阿克曼氏菌（Akkermansia muciniphila ）、糞擬桿菌（Bacteroides caccae ）、脆弱擬桿菌（Bacteroides fragilis ）、腐敗擬桿菌（Bacteroides putredinis ）、多形擬桿菌（Bacteroides thetaiotaomicron ）、普通擬桿菌（Bacteroides vultagus ）、青春雙歧桿菌（Bifidobacterium adolescentis ）、兩歧雙歧桿菌（Bifidobacterium bifidum ）、對沃氏嗜膽菌（Bilophila wadsworthia ）、布勞特氏菌屬（Blautia ）、丁酸弧菌屬（Butyrivibrio ）、纖細彎曲桿菌（Campylobacter gracilis ）、梭菌群III（Clostridia cluster III ）、梭菌群IV（Clostridia cluster IV ）、梭菌群IX（Clostridia cluster IX ）（胺基酸球菌科群（Acidaminococcaceae group ））、梭菌群XI（Clostridia cluster XI ）、梭菌群XIII（Clostridia cluster XIII ）（消化鏈球菌群（Peptostreptococcus group ））、梭菌群XIV（Clostridia cluster XIV ）、梭菌群XV（Clostridia cluster XV ）、產氣柯林斯菌（Collinsella aerofaciens ）、糞球菌屬（Coprococcus ）、桑氏棒狀桿菌（Corynebacterium sunsvallense ）、豬脫硫單胞菌（Desulfomonas pigra ）、產甲酸多爾氏菌（Dorea formicigenerans ）、長鏈多爾氏菌（Dorea longicatena ）、大腸桿菌（Escherichia coli ）、龐大真桿菌（Eubacterium hadrum ）、直腸真桿菌（Eubacterium rectale ）、普拉梭菌（Faecalibacteria prausnitzii ）、孿生球菌屬（Gemella ）、乳球菌屬（Lactococcus ）、蘭氏螺菌屬（Lanchnospira ）、柔膜細菌群XVI（Mollicutes cluster XVI ）、柔膜細菌群XVIII（Mollicutes cluster XVIII ）、普雷沃菌屬（Prevotella ）、黏滑羅氏菌（Rothia mucilaginosa ）、伶俐瘤胃球菌（Ruminococcus callidus ）、活潑瘤胃球菌（Ruminococcus gnavus ）、扭鏈瘤胃球菌（Ruminococcus torques ）及鏈球菌屬（Streptococcus ）。

「微生物胞外囊泡」（mEV）可從微生物如細菌、古生菌、真菌、微藻、原生動物和寄生蟲獲得。在一些實施方式中，mEV從細菌獲得。mEV包括分泌型微生物胞外囊泡（smEV）和經加工的微生物胞外囊泡（pmEV）。「分泌型微生物胞外囊泡」（smEV）係來源於微生物的自然產生的囊泡。smEV由微生物脂質和/或微生物蛋白質和/或微生物核酸和/或微生物碳水化合物部分構成，並從培養上清液中分離。該等囊泡的自然產生可以藉由操縱細菌細胞正在培養的環境（例如，藉由培養基或溫度改變）來人為地增強（例如，增加）或減少。此外，smEV組成物可以被修飾以減少，增加，添加或去除微生物成分或外來物質，以改變功效、免疫刺激、穩定性、免疫刺激能力、穩定性、器官靶向性（例如，淋巴結）、吸收（例如，胃腸道）和/或產率（例如，由此改變功效）。如本文所用，術語「純化的smEV組成物」或「smEV組成物」係指smEV的製劑，其已經從源材料中發現的至少一種相關聯物質（例如，從至少一種其他微生物組分分離）或用於製備該製劑的任何方法中與smEV相關聯的任何材料分離。也可指針對特定組分已顯著富集的組成物。「經加工的微生物胞外囊泡」（pmEV）係從人工裂解的微生物（例如，細菌）純化的微生物膜組分（例如，已與其他胞內微生物細胞組分分離的微生物膜組分）的非天然存在的集合，並且其可包含根據純化方法而具有變化的或選定的尺寸範圍的顆粒。藉由化學破壞（例如，藉由溶菌酶和/或溶葡萄球菌素）和/或物理破壞（例如，藉由機械力）微生物細胞並藉由離心和/或超速離心或其他方法將微生物膜組分與胞內組分分離來獲得pmEV池。所得pmEV混合物含有富集的微生物膜及其組分（例如，外周締合的或完整的膜蛋白、脂質、聚糖、多糖、碳水化合物、其他聚合物），使得相對於完整微生物，微生物膜組分的濃度增加，並且胞內內容物的濃度降低（例如，稀釋）。對於革蘭氏陽性細菌，pmEV可以包括細胞膜或細胞質膜。對於革蘭氏陰性細菌，pmEV可以包括內膜和外膜。pmEV可以被修飾以增加純度，調節組成物中顆粒的尺寸，和/或被修飾以減少、增加、添加或去除微生物組分或外來物質，以改變功效、免疫刺激、穩定性、免疫刺激能力、穩定性、器官靶向性（例如淋巴結）、吸收（例如胃腸道）和/或產率（例如由此改變功效）。pmEV可以藉由添加、去除、富集或稀釋特定組分（包括來自相同或其他微生物的細胞內組分）被修飾。如本文所用，術語「純化的pmEV組成物」或「pmEV組成物」係指pmEV的製劑，其已經從源材料中發現的至少一種相關聯物質（例如，從至少一種其他微生物組分分離）或用於製備該製劑的任何方法中與pmEV相關聯的任何材料分離。也可指針對特定組分已顯著富集的組成物。

「微生物組」廣泛地指棲居於受試者或患者的身體部位上或中的微生物。微生物組中的微生物可包括細菌、病毒、真核微生物和/或病毒。微生物組中的個別微生物可以是代謝活性、休眠、潛伏或作為孢子存在，可以浮游形式存在或存在於生物膜中，或可以可持續或短暫的方式存在於該微生物組中。該微生物組可以是共生或健康狀態微生物組或疾病狀態或菌群失調微生物組。該微生物群系對受試者或患者而言可以是天然的，或該微生物群系的組分可因健康狀態（例如，癌前狀態或癌狀態）或處理條件（例如，抗生素治療、暴露於不同微生物）的變化而經調整、引入或消耗。在一些方面中，該微生物群系出現於黏膜表面。在一些方面中，該微生物群系係腸道微生物群系。在一些方面中，該微生物群系係腫瘤微生物群系。

組織或樣本的「微生物群系概況（microbiome profile）」或「微生物群系簽名（microbiome signature）」係指微生物群系的細菌組成的至少部分表徵。在一些實施方式中，微生物群系概況指示是否至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多個細菌菌株存在於微生物群系中或不存在於微生物群系中。在一些實施方式中，微生物群系概況指示是否至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多個癌症相關細菌菌株存在於樣本中。在一些實施方式中，微生物組譜指示樣本中檢測的各細菌菌株的相對量或絕對量。在一些實施方式中，微生物組譜係癌症相關微生物組譜。癌症相關微生物組譜係以比一般群體更大的頻率出現於患有癌症的受試者中的微生物組譜。在一些實施方式中，相較於正常存在於取自未患癌症的個體的在其他方面當量的組織或樣本的微生物組中的細菌，該癌症相關微生物組譜包含更大數量或量的癌症相關細菌。

關於細菌的「經修飾的」廣泛地指自野生型形式已經變化的細菌。細菌修飾可以產生自工程菌。細菌修飾的實例包括遺傳修飾、基因表現修飾、表型修飾、配製修飾、化學修飾及劑量或濃度。經改善的性質的實例描述於整個說明書中且包括（例如）減毒、營養缺陷、歸巢或抗原性。表型修飾可包括（以實例說明的）細菌於修飾細菌的表型的培養基中生長使得其增加或降低毒力。

如本文中所使用的「腫瘤生物群系（oncobiome）」包含致瘤和/或癌症相關微生物區，其中該微生物區包含病毒、細菌、真菌、原生生物、寄生蟲或其他微生物中的一種或多種。

「腫瘤營養性（Oncotrophic）」或「嗜腫瘤（oncophilic）」微生物及細菌係與癌症微環境高度相關聯的微生物或存在於癌症微環境中的微生物。它們可被優先選擇用於該環境中，優先在癌症微環境中生長或適應該環境。

「運算分類單元」及「OTU」係指系統發生樹中的末端葉且藉由核酸序列（例如整個基因組或特定基因序列及所有與此核酸序列在物種層面共用序列同一性的序列）來定義。在一些實施方式中，特定基因序列可為16S序列或16S序列的一部分。在其他實施方式中，對兩種實體的整個基因組進行定序並進行比較。在另一個實施方式中，可以基因方式比較所選區域（例如多基因座序列標籤（MLST）、特定基因或基因集）。對於16S而言，整個16S或一些16S可變區中共有 ≥ 97%平均核苷酸同一性的OTU可視為相同OTU。參見，例如Claesson MJ, Wang Q, O’Sullivan O, Greene-Diniz R, Cole JR, Ross RP, 和O’Toole PW. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions [使用串聯可變16S rRNA基因區解析高度複雜的微生物群組成的兩種下一代定序技術的比較]. Nucleic Acids Res [核酸研究] 38: e200. Konstantinidis KT, Ramette A及Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era[基因組時代的細菌物種類定義]. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci [倫敦皇家學會B輯：生物科學哲學學報] 361: 1929-1940。對於完整基因組、MLST、特定基因（除16S外）或基因集而言，共有 ≥ 95%平均核苷酸同一性的OTU可視為相同OTU。例如參見Achtman M及Wagner M. 2008. Microbial diversity and the genetic nature of microbial species [微生物多樣性和微生物物種的遺傳性質]. Nat. Rev. Microbiol. [微生物自然評論] 6: 431-440. Konstantinidis KT, Ramette A及Tiedje JM. 2006. The bacterial species definition in the genomic era [基因組時代的細菌物種類定義]. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci [倫敦皇家學會B輯：生物科學哲學學報] 361: 1929-1940。通常藉由比較生物體之間的序列來定義OTU。通常，具有小於95%序列同一性的序列並不視為形成相同OTU的一部分。還可藉由核苷酸標誌或基因、尤其高度保守基因（例如「管家」基因）或其組合的任一組合來表徵OTU。本文提供可分配（例如）屬、物種及系統發育進化枝的運算分類單元（OTU）。

如本文所用，如果基因在至少一些條件下在工程細菌中的表現水平高於相同物種的野生型細菌在相同條件下的表現水平，則該基因在細菌中「過度表現」。類似地，如果基因在至少一些條件下在工程改造的細菌中的表現水平低於相同物種的野生型細菌在相同條件下的表現水平，則該基因在細菌中「表現不足」。

術語「多核苷酸」及「核酸」可互換使用。它們係指任何長度的核苷酸的聚合形式（去氧核糖核苷酸或核糖核苷酸）或其類似物。多核苷酸可具有任何三維結構，且可實施任何功能。多核苷酸的非限制性實例如下：基因或基因片段的編碼或非編碼區域、定義自連鎖分析的多個基因座（loci）（基因座（locus））、外顯子、內含子、信使RNA（mRNA）、微小RNA（miRNA）、緘默RNA（siRNA）、轉移RNA、核糖體RNA、核糖酶、cDNA、重組多核苷酸、分支多核苷酸、質體、載體、任何序列的經分離的DNA、任何序列的經分離的RNA、核酸探針及引子。多核苷酸可包括經修飾核苷酸，例如甲基化核苷酸及核苷酸類似物。如果存在，則可在組裝聚合物之前或之後賦予對核苷酸結構的修飾。多核苷酸可藉由如與標記組分軛合而經進一步修飾。在本文提供的所有核酸序列中，U核苷酸可與T核苷酸互換。

如本文所用，術語「預防」受試者中的疾病或病症係指對受試者投與藥劑治療，例如，投與一種或多種藥劑（例如，藥劑），使得疾病或病症的至少一個症狀的發作被延遲或預防。

如本文所用，物質基本上不含其他組分時係「純的」。術語「純化（purify）」或「進行純化（purifying）」及「純化的（purified）」係指mEV（例如smEV和/或pmEV）製劑或其他材料已與最初產生或形成（例如，無論在自然中或在實驗環境中）時或在初始產生後的任何時間期間與的相關聯的至少一些組分分離。若如果mEV（例如smEV和/或pmEV）製劑或組成物在產生時或產生後與（諸如）一種或多種其他細菌組分分離，則該mEV（例如smEV）製劑或組成物可被視為純化的，並且純化的微生物或微生物群體可含有其他材料多達約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%或超過約90%且仍被視為「純化的」。在一些實施方式中，純化的mEV（例如smEV和/或pmEV）超過約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或超過約99%純。mEV（例如smEV和/或pmEV）組成物（或製劑）例如從殘餘生境產物純化。

如本文中所使用，術語「純化的mEV組成物」或「mEV組成物」係指如下的製劑：其包括已與源材料或在用以產生該製劑的任何方法中與mEV（例如smEV和/或pmEV）相關聯的任何材料中發現的至少一種相關聯物質分離（例如，與至少一種其他細菌組分分離）的mEV（例如smEV和/或pmEV）。它還指已經顯著富集或濃縮的組成物。在一些實施方式中，mEV（例如smEV和/或pmEV）被濃縮2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、100倍、1000倍、10,000倍或超過10,000倍。

「殘餘生境產物」係指自受試者內或受試者上的微生物群生境衍生的材料。例如，微生物的發酵培養物可以含有污染物，例如其他微生物菌株或形式（例如細菌、病毒、支原體和/或真菌）。例如，微生物生存於胃腸道的糞便中、皮膚本身上、唾液中、呼吸道的黏液中或泌尿生殖道的分泌物中（即，與微生物群落相關聯的生物物質）。基本上不含殘餘生境產物意指該微生物組成物不再含有與人類或動物受試者上或培養物中或人類或動物受試者中的微生物環境相關聯的生物物質且是100%不含、99%不含、98%不含、97%不含、96%不含或95%不含與該微生物群落相關聯的任何污染生物物質。殘餘生境產物可包括非生物材料（包括未經消化的食物）或其可包括非所需的微生物。基本上不含殘餘生境產物亦可意指該微生物組成物不含有來自培養物污染物或人類或動物的可檢測細胞且意指僅微生物細胞係可檢測的。在一項實施方式中，大體上不含殘餘生境產物亦可意指該微生物組成物不含有可檢測的病毒（包括細菌、病毒（例如，噬菌體））、真菌、支原體污染物。在另一個實施方式中，這意味著與微生物細胞相比，微生物組成物中少於1 x 10^-2 %、1 x 10^-3 %、1 x 10^-4 %、1 x 10^-5 %、1 x 10^-6 %、1 x 10^-7 %、1 x 10^-8 %的活細胞係人或動物。達到此純度之方法有很多，該等方法中無任何一者係限制性的。因此，污染物可經由藉由在固體培養基上對單菌落進行多個畫線步驟，直至來自系列性單菌落的複製（例如但不限於兩個）畫線已顯示僅單一菌落形態來分離所需成分而減少。可替代地，污染物的減少可藉由多輪連續稀釋至單一所需細胞（例如，10^-8 或10^-9 的稀釋），諸如藉由多個10倍連續稀釋完成。此可藉由顯示多個經分離的菌落具有相似細胞形狀及革蘭氏染色行為進一步證實。用於證實足夠的純度的其他方法包括遺傳分析（例如，PCR、DNA定序）、血清學及抗原分析、酶及代謝分析及使用儀器之方法，諸如使用自污染物區分所需成分的試劑的流動式細胞測量術。

如本文所用，「特異性結合」係指抗體能夠結合至預定抗原或多肽能夠結合至其預定結合配偶體。通常，抗體或多肽以對應於約10^-7 M或更小K_D 的親和力特異性結合至其預定抗原或結合配偶體，且以相對於結合至非特異性及不相關抗原/結合配偶體（例如BSA、酪蛋白）小至少10倍、小至少100倍或小至少1000倍的其親和力的親和力（如藉由K_D 所表示）結合至預定抗原/結合配偶體。可替代地，特異性結合更廣泛地適用於二組分系統，其中一種組分係蛋白質、脂質或碳水化合物或其組合且與係蛋白質、脂質、碳水化合物或其組合的第二組分以特定方式接合。

「菌株」係指具有基因簽名的細菌物種的成員，從而其可與相同細菌物種的密切相關成員區分開來。基因特徵可為不存在至少一種基因的全部或一部分、不存在至少一個調控區（例如啟動子、終止子、核糖開關、核糖體結合位點）的全部或一部分、不存在（「消除」）至少一種天然質體、存在至少一種重組基因、存在至少一種突變基因、存在至少一種外來基因（衍生自另一物種的基因）、存在至少一種突變調控區（例如啟動子、終止子、核糖開關、核糖體結合位點）、存在至少一種非天然質體、存在至少一種抗生素抗性盒或其組合。可藉由PCR擴增且視需要隨後進行一個或多個目的基因組區域或全基因組的DNA定序來鑒別不同菌株之間的基因簽名。如果一種菌株（與相同物種的另一種菌株相比）已獲得或失去抗生素抗性或獲得或失去生物合成能力（例如營養缺陷型菌株），則可藉由選擇或反選擇分別使用抗生素或營養物/代謝物來區分菌株。

術語「受試者」或「患者」係指任何哺乳動物。描述為「有需要」的受試者或患者係指需要治療（或預防）疾病的人。哺乳動物（即哺乳類動物）包括人、實驗室動物（例如靈長類動物、大鼠、小鼠）、家畜（例如牛、綿羊、山羊、豬）及家庭寵物（例如狗、貓、齧齒類動物）。受試者可以是人。受試者可為非人哺乳動物，包括但不限於：狗、貓、牛、馬、豬、驢、山羊、駱駝、小鼠、大鼠、天竺鼠、綿羊、駱馬、猴、大猩猩或黑猩猩。受試者可為健康的，或可患有任一發展階段的癌症，其中任一階段由癌症相關或致病病原體引起或伺機性地支持該病原體，或受試者可處於發生癌症或向其他受試者傳播癌症相關或癌症致病病原體的風險中。在一些實施方式中，受試者患有肺癌、膀胱癌、前列腺癌、漿細胞瘤、結直腸癌、直腸癌、默克爾細胞癌、唾液腺癌、卵巢癌和/或黑色素瘤。受試者可以具有腫瘤。受試者可以具有展示增強的大型胞飲作用的腫瘤，其中此過程的潛在基因組學包含Ras活化。在其他實施方式中，受試者患有另一種癌症。在一些實施方式中，受試者已經接受癌症療法。

如本文所用，在用包含本發明之細菌或mEV的藥劑（例如，包含細菌或mEV的藥劑）治療的受試者中的「系統作用」係指在胃腸道外的一個或多個部位發生的生理作用。一種或多種系統作用可以由免疫調節（例如，藉由增加和/或減少一種或多種免疫細胞類型或亞型（例如，CD8+ T細胞）和/或一種或多種細胞介素）產生。此類一種或多種系統作用可能是由本發明之細菌或mEV對胃腸道中的免疫細胞或其它細胞（例如上皮細胞）調節的結果，然後這直接地或間接地導致胃腸道外的一個或多個生物化學途徑的活性改變（活化和/或失活）。系統作用可包括治療或預防受試者的疾病或病症。

如本文中所使用，術語「治療」受試者疾病或「治療」患有或懷疑患有疾病的受試者係指對受試者投與醫藥治療（例如投與一種或多種藥用劑（例如藥劑）），從而降低至少一種疾病症狀或預防其惡化。因此，在一個實施方式中，「治療」尤其是指延遲進展、促進緩解、誘導緩解、增大緩解、加速恢復、增加功效或降低替代治療的抗性，或其組合。

如本文所用，細菌的「類型」可以藉由以下彼此區分開：屬、種、亞種、菌株；或藉由任何其他分類學分類彼此區分開（無論是基於形態學、生理學、基因型、蛋白質表現或本領域已知的其他特徵）。細菌

在某些方面，本文所述的固體劑型的藥劑包括細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV）（例如smEV和/或pmEV）。在包含細菌和mEV的藥劑中，mEV可以與藥劑的細菌來自相同的細菌起源（例如，相同的菌株）。藥劑可以包含來自一個或多個菌株的細菌和/或mEV。

在一些實施方式中，對藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌進行修飾以降低毒性或其他不利影響；提高遞送（例如口服遞送）（例如，藉由改良耐酸性、黏液黏著性和/或滲透性和/或對膽汁酸的抗性、消化酶、對抗微生物肽的抗性和/或抗體中和）；靶向所需細胞類型（例如，M細胞、杯狀細胞、腸上皮細胞、樹突細胞、巨噬細胞）；增強細菌和/或mEV的免疫調節和/或治療效果（例如單獨或與另一治療劑組合）；和/或藉由細菌和/或mEV（如smEV和/或pmEV）（例如藉由修飾地產生多糖、纖毛、傘毛、黏附素）增強免疫活化或抑制。在一些實施方式中，本文描述的工程改造的細菌被修飾以改善細菌和/或mEV（例如smEV和/或pmEV）製造（例如，更高的耐氧性、穩定性、改善的凍融耐受性、較短的產生時間）。例如，在一些實施方式中，本文描述的工程改造的細菌包括具有一種或多種遺傳改變的細菌，此改變包含於細菌染色體或內源性質體和/或一或多個外源性質體上的一或多個核苷酸的插入、刪除、易位或取代，或其任何組合，其中該遺傳改變可導致一或多個基因的過表現和/或低表現。工程改造的細菌可使用本領域中已知的任何技術產生，包括（但不限於）定點誘變、轉座子誘變、敲除、敲入、聚合酶鏈反應誘變、化學誘變、紫外線誘變、轉形（化學或藉由電穿孔）、噬菌體轉導、定向演化或其任何組合。

可用作本文描述的藥劑的細菌和/或mEV（例如smEV和/或pmEV）來源的細菌的分類學組（例如，綱、目、科、屬、種或菌株）的實例係本文提供的術語（例如，表1、表2和/或表3和/或說明書中其他地方（例如，表J）列舉的）。在一些實施方式中，細菌菌株係具有與本文列舉的菌株有至少80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%序列同一性的基因組的細菌菌株。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係腫瘤營養性細菌。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係免疫調節細菌。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係免疫刺激細菌。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係免疫抑制細菌。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係免疫調節細菌。在某些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係從本文提供的細菌菌株的組合產生的。在一些實施方式中，組合係至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45或50個細菌菌株的組合。在一些實施方式中，組合包括藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌，該細菌來自本文列舉的細菌菌株和/或具有與本文列舉的（例如，表1、表2和/或表3中列舉的和/或說明書中其他地方（例如，表J）列舉的）菌株有至少80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%序列同一性的基因組的細菌菌株。在某些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係從本文提供的細菌菌株產生的。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌來自本文列舉的（例如，表1、表2和/或表3中列舉的和/或說明書中其他地方（例如，表J）列舉的）細菌菌株和/或具有與本文列舉的（例如，表1、表2和/或表3中列舉的和/或說明書中其他地方（例如，表J）列舉的）菌株有至少80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%序列同一性的基因組的細菌菌株。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係革蘭氏陰性細菌。

在一些實施方式中，革蘭氏陰性細菌屬於Negativicutes 綱。Negativicutes 代表微生物的一個獨特綱，因為它們係厚壁菌門中唯一的雙層成員。該等厭氧生物可以在環境中發現，並且是人口腔和胃腸道的正常共生體。由於該等生物體具有外膜，因此對該綱的EV產率進行了研究。發現在以每個細胞為基礎，該等細菌產生大量的囊泡（10-150 EV/細胞）。來自該等生物的EV在體外測定中具有廣泛的刺激性和高效力。對其在幾種腫瘤學和炎症體內模型中治療性應用的研究顯示了其治療性潛力。Negativicutes 綱包括以下科：韋榮氏球菌科、月形單胞菌科、胺基酸球菌科和Sporomusaceae 科。Negativicutes 綱包括巨型球菌屬、月形單胞菌科屬、 Propionospora 屬和胺基酸球菌屬。示例性Negativicutes物種包括但不限於巨型球菌屬物種、菲利克斯月形單胞菌、腸胺基酸球菌、和Propionospora 屬物種。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係革蘭氏陽性細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係需氧細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係厭氧細菌。在一些實施方式中，厭氧細菌包含專性厭氧菌。在一些實施方式中，厭氧細菌包含兼性厭氧菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係嗜酸細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係嗜鹼細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係嗜中性細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係難養細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係非難養細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌或mEV自身係經凍乾的。

在一些實施方式中，將藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌或mEV自身經γ照射（例如，以17.5或25 kGy）。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌或mEV自身係經UV照射的。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌或mEV自身係係經熱滅活的（例如，在50°C下持續兩小時或在90°C下持續兩小時）。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌或mEV自身係經酸處理的。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌或mEV自身係經氧噴射的（例如，以0.1 vvm進行兩小時）。

生長階段會影響細菌和/或細菌產生的mEV的數量或性質。例如，在本文提供的mEV製備方法中，可以例如在對數生長期開始時、在對數生長期的中間時、和/或一旦達到穩定生長期時從培養物中分離mEV。

在某些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌獲得自專性厭氧細菌。專性厭氧細菌的實例包括革蘭氏陰性桿菌（包括擬桿菌屬、普雷沃菌屬、卟啉單胞菌屬、梭桿菌屬、嗜膽菌屬及薩特氏菌屬物種）、革蘭氏陽性球菌（主要為消化鏈球菌屬）、革蘭氏陽性孢子形成菌（梭菌屬）、非孢子形成桿菌（放線菌屬、丙酸桿菌屬、真桿菌屬、乳桿菌屬及雙歧桿菌屬）及革蘭氏陰性球菌（主要為韋榮氏球菌屬）。在一些實施方式中，專性厭氧細菌係選自由以下組成之群組的屬的細菌：阿加薩桿菌屬、奇異菌屬（Atopobium ）、布勞特氏菌屬（Blautia ）、伯克霍爾德菌屬（Burkholderia ）、迪爾莫菌屬（Dielma ）、長鏈菌屬（Longicatena ）、副梭菌屬（Paraclostridium ）、蘇黎世桿菌屬（Turicibacter ）及泰澤菌屬（Tyzzerella ）。

Negativicutes 綱包括以下科：韋榮氏球菌科、月形單胞菌科、胺基酸球菌科和Sporomusaceae 科。Negativicutes 綱包括巨型球菌屬、月形單胞菌科屬、 Propionospora 屬和胺基酸球菌屬。示例性Negativicutes 物種包括但不限於巨型球菌屬物種、菲利克斯月形單胞菌、腸胺基酸球菌、和Propionospora 屬物種。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於Negativicutes 綱。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於韋榮氏球菌科。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於月形單胞菌科。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於胺基酸球菌科。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於Sporomusaceae 科。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於巨球形菌屬。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於月形單胞菌屬。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於Propionospora 屬。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於胺基酸球菌屬。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係菲利克斯月形單胞菌細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係腸胺基酸球菌細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係Propionospora 屬物種細菌。

微生物梭菌綱中的顫螺旋菌科係脊椎動物的常見共生生物。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於梭菌綱。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於顫螺旋菌科。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於糞桿菌屬。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於Fournierella 屬。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於Harryflintia 屬。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於阿加薩桿菌屬。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係普氏棲糞桿菌（普氏棲糞桿菌菌株A）細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係Fournierella massiliensis （例如，Fournierella massiliensis 菌株A）細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係Harryflintia acetispora （例如，Harryflintia acetispora 菌株A）細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係阿加薩桿菌屬物種（例如，阿加薩桿菌屬物種菌株A）細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係選自由以下組成之群組的屬的細菌：大腸桿菌屬、克雷伯氏菌屬、乳桿菌屬、志賀氏菌屬和葡萄球菌屬。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係選自由以下組成之群組的物種：馬賽布勞特氏菌（Blautia massiliensis ）、解苯副梭菌（Paraclostridium benzoelyticum ）、Dielma fastidiosa 、Longicatena caecimuris 、乳酸乳球菌乳脂亞種、納西利斯泰澤菌（Tyzzerella nexilis ）、Hungatella effluvia 、類肺炎克雷伯氏菌擬肺炎亞種（Klebsiella quasipneumoniae subsp. Similipneumoniae ）、產酸克雷伯菌（Klebsiella oxytoca ）、和當別町韋榮氏球菌（Veillonella tobetsuensis ）。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係普雷沃菌屬細菌，該普雷沃菌屬細菌選自由以下組成之群組：阿爾伯普雷沃菌、羊水普雷沃菌、貝根普雷沃菌、二路普雷沃菌、短普雷沃菌、布氏普雷沃菌、頰普雷沃菌、口頰普雷沃菌、糞便普雷沃菌、牙普雷沃菌、棲牙普雷沃菌、解糖腖普雷沃菌、棲組織普雷沃菌、中間普雷沃菌、小斑點普雷沃菌、馬斯普雷沃菌、產黑普雷沃菌、彩虹普雷沃菌、多形普雷沃菌、變黑普雷沃菌、口腔普雷沃菌、口普雷沃菌、齦炎普雷沃菌、蒼白普雷沃菌、唾液普雷沃菌、斯特塞拉普雷沃菌、坦納普雷沃菌、蒂莫普雷沃菌、空腸普雷沃菌、橙色普雷沃菌、保氏普雷沃菌、著色普雷沃菌、人體普雷沃菌、丹塔普雷沃菌、棲居普雷沃菌、斐氏普雷沃菌、深黑色普雷沃菌、解肝素普雷沃菌、洛氏普雷沃菌、嗜糖普雷沃菌、南錫普雷沃菌、稻普雷沃菌、沼澤普雷沃菌、胸膜炎普雷沃菌、棲瘤胃普雷沃菌、解糖普雷沃菌、靶心普雷沃菌、賽赫普雷沃菌、動膠普雷沃菌和真空腔普雷沃菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係如下細菌菌株，該細菌菌株包含如下基因組序列，該基因組序列與表3中提供的以ATCC保藏號保藏的細菌菌株的基因組序列具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性（例如至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係如下細菌菌株，該細菌菌株包含如下16S序列，該16S序列與表3中提供的以ATCC保藏號保藏的細菌菌株的16S序列具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性（例如至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）。

微生物梭菌綱中的顫螺旋菌科係脊椎動物的常見共生生物。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係阿加薩桿菌屬物種的菌株。在一些實施方式中，阿加薩桿菌屬物種菌株係與阿加薩桿菌屬物種菌株A（ATCC保藏號PTA-125892）的核苷酸序列（例如，基因組序列、16S序列、CRISPR序列）具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性（例如，至少99.5%序列同一性、至少99.6%序列同一性、至少99.7%序列同一性、至少99.8%序列同一性、至少99.9%序列同一性）的菌株。在一些實施方式中，阿加薩桿菌屬物種菌株係阿加薩桿菌屬物種菌株A（ATCC保藏號PTA- 125892）細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於擬桿菌綱[擬桿菌門]。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係擬桿菌目的細菌。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於紫單胞菌科。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於普雷沃菌科。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係擬桿菌綱的細菌，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係擬桿菌綱、革蘭氏陰性染色的細菌。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係擬桿菌綱的細菌，其中細菌係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係梭菌綱[厚壁菌門]的細菌。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於真細菌目。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於顫螺旋菌科。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於毛螺菌科。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於消化鏈球菌科。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於梭菌目XIII科/地位未定41。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於梭菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係單層的。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於梭菌綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於梭菌綱、革蘭氏陽性染色。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於梭菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係單層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於梭菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係單層的並且該細菌係革蘭氏陽性染色。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於Negativicutes 綱[厚壁菌門]。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於韋榮氏球菌目。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於韋榮氏球菌科。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於Selenomonadales 目。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係月形單胞菌科的細菌。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於Sporomusaceae 科。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於Negativicutes 綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係來自Negativicutes 綱的細菌的EV，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於互養菌綱[互養菌門]。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於互養菌目。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於互養菌科。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於互養菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於互養菌綱、革蘭氏陰性染色。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌屬於互養菌綱，其中細菌的細胞被膜結構係雙層的並且該細菌係革蘭氏陰性染色。

在某些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌來自一種細菌菌株，例如本文提供的一種菌株。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌來自一種細菌菌株（例如本文提供的一種菌株）或來自本文提供的一種以上的菌株。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係乳酸乳球菌乳脂亞種細菌，例如與乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A（ATCC指定編號PTA-125368）的核苷酸序列有至少90%或至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係乳球菌屬細菌，例如乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A（ATCC指定編號PTA-125368）。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係普雷沃菌屬細菌，例如包含與普雷沃菌屬菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329）的核苷酸序列具有至少90%或至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係普雷沃菌屬細菌，例如普雷沃菌屬菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329）。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係雙歧桿菌屬細菌，例如與以ATCC指定編號PTA-125097保藏的雙歧桿菌屬細菌的核苷酸序列有至少90%或至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係雙歧桿菌屬細菌，例如以ATCC指定編號PTA-125097保藏的雙歧桿菌屬細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係韋榮球氏菌屬細菌，例如與以ATCC指定編號PTA-125691保藏的韋榮球氏菌屬細菌的核苷酸序列有至少90%或至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係韋榮球氏菌屬細菌，例如以ATCC指定編號PTA-125691保藏的韋榮球氏菌屬細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係活潑瘤胃球菌。在一些實施方式中，活潑瘤胃球菌細菌係與以ATCC指定編號PTA-126695保藏的活潑瘤胃球菌細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，活潑瘤胃球菌細菌係與以ATCC指定編號PTA-126695保藏的活潑瘤胃球菌細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，活潑瘤胃球菌細菌係以ATCC指定編號PTA-126695保藏的活潑瘤胃球菌細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係巨型球菌屬物種細菌。在一些實施方式中，巨型球菌屬物種細菌係與以ATCC指定編號PTA-126770保藏的巨型球菌屬物種細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，巨型球菌屬物種細菌係與以ATCC指定編號PTA-126770保藏的巨型球菌屬物種細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，巨型球菌屬物種細菌係以ATCC指定編號PTA-126770保藏的巨型球菌屬物種細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係Fournierella massiliensis 細菌。在一些實施方式中，Fournierella massiliensis 細菌係與以ATCC指定編號PTA-126696保藏的Fournierella massiliensis 細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Fournierella massiliensis 細菌係與以ATCC指定編號PTA-126696保藏的Fournierella massiliensis 細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Fournierella massiliensis 細菌係以ATCC指定編號PTA-126696保藏的Fournierella massiliensis 細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係Harryflintia acetispora 細菌。在一些實施方式中，Harryflintia acetispora 細菌係與以ATCC指定編號PTA-126694保藏的Harryflintia acetispora 細菌的核苷酸序列有至少90%（或至少97%）基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Harryflintia acetispora 細菌係與以ATCC指定編號PTA-126694保藏的Harryflintia acetispora 細菌的核苷酸序列有至少99%基因組、16S和/或CRISPR序列同一性的菌株。在一些實施方式中，Harryflintia acetispora 細菌係以ATCC指定編號PTA-126694保藏的Harryflintia acetispora 細菌。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係產生代謝產物的細菌，例如，細菌產生丁酸、肌苷、丙酸、或色胺酸代謝產物。

在一些實施方式中，藥劑的細菌或藥劑的mEV自其獲得的細菌係產生組蛋白脫乙醯基酶3（HDAC3）的抑制劑的細菌。在一些實施方式中，細菌來自物種Bariatricus massiliensis 、普氏棲糞桿菌、馬賽巨型球菌或腸羅斯氏菌。 [表 1 ]：細菌，按綱分

綱	目	科	屬	種
放線菌綱	放線菌屬	分枝桿菌科	分枝桿菌屬
		鏈黴菌科	鏈黴菌屬	變鉛青鏈黴菌、天藍色鏈黴菌、蘇丹鏈黴菌（Streptomyces sudanesis ）、索馬里鏈黴菌
	雙歧桿菌目	雙歧桿菌科	雙歧桿菌屬	青春雙歧桿菌、動物雙歧桿菌、兩歧雙歧桿菌、短雙歧桿菌、乳酸雙歧桿菌、長雙歧桿菌、假雙歧桿菌
	紅蝽桿菌目	紅蝽菌科	柯林斯氏菌屬	產氣柯林斯菌
			歐陸森氏菌屬	糞歐陸森氏菌
	丙酸桿菌目	丙酸桿菌科	丙酸桿菌屬

芽孢桿菌綱（Bacilli ）	芽孢桿菌目	芽孢桿菌目地位未定XI科	孿生球菌屬	溶血孿生球菌、麻疹孿生球菌
		李斯特菌科	李斯特氏菌屬	單核細胞增多性李斯特氏菌、威氏李斯特氏菌
	乳桿菌目	腸球菌科	腸球菌屬	耐久腸球菌、糞腸球菌、糞腸球菌、鶉雞腸球菌、絨毛腸球菌
			乳桿菌屬	乾酪乳桿菌、發酵乳桿菌、乳酸乳球菌乳脂亞種、黏膜乳桿菌、植物乳桿菌、羅伊氏乳桿菌、鼠李糖乳桿菌、唾液乳桿菌
		鏈球菌科	乳球菌屬
			葡萄球菌	金黃色葡萄球菌
			鏈球菌	無乳鏈球菌，金黃色鏈球菌，澳式鏈球菌，變形鏈球菌，副血鏈球菌，肺炎鏈球菌，化膿性鏈球菌，唾液鏈球菌

擬桿菌屬	擬桿菌目	擬桿菌科	擬桿菌屬	糞便擬桿菌、纖維素分解擬桿菌、糞居擬桿菌、多裡氏擬桿菌、脆弱擬桿菌、卵形擬桿菌、腐敗擬桿菌、薩氏擬桿菌、多形擬桿菌、普通擬桿菌
		臭桿菌科	臭桿菌屬	內臟臭桿菌
		卟啉單胞菌科	副擬桿菌屬	狄氏副擬桿菌、古氏副擬桿菌、屎副擬桿菌
			卟啉單胞菌屬	牙齦卟啉單胞菌
		普雷沃菌科	普雷沃菌屬	阿爾伯斯普雷沃菌、羊水普雷沃菌、橙色普雷沃菌、保氏普雷沃菌、貝根普雷沃菌、二路普雷沃菌、短普雷沃菌、布氏普雷沃菌、頰普雷沃菌、口頰普雷沃菌、著色普雷沃菌、人體普雷沃菌、糞便普雷沃菌、牙普雷沃菌、丹塔普雷沃菌、棲牙普雷沃菌、解糖腖普雷沃菌、棲居普雷沃菌、斐氏普雷沃菌、深黑色普雷沃菌、解肝素普雷沃菌、棲組織普雷沃菌、中間普雷沃菌、空腸普雷沃菌、洛氏普雷沃菌、小斑點普雷沃菌、馬斯普雷沃菌、產黑普雷沃菌、彩虹普雷沃菌、多形普雷沃菌、嗜糖普雷沃菌、南錫普雷沃菌、變黑普雷沃菌、口腔普雷沃菌、口普雷沃菌、稻普雷沃菌、齦炎普雷沃菌、蒼白普雷沃菌、沼澤普雷沃菌、胸膜炎普雷沃菌、棲瘤胃普雷沃菌、解糖普雷沃菌、唾液普雷沃菌、靶心普雷沃菌、賽赫普雷沃菌、斯特塞拉普雷沃菌、坦納普雷沃菌、蒂莫普雷沃菌、真空腔普雷沃菌、動膠普雷沃菌
		理研菌科	另枝菌屬（Alstipes ）	普通另枝菌、殊異另枝菌、芬戈爾德氏另枝菌、不明顯另枝菌、Alistipes ihumii 、Alistipes inops 、馬賽另枝菌、Alistipes megaguti 、Alistipes obesi 、奧登多克氏另枝菌、Alistipes provencensis 、腐敗另枝菌、塞內加爾另枝菌（Alistipes senegalensis ）、賽赫另枝菌、蒂莫另枝菌

β變形桿菌綱（Betaproteobacteria ）	霍爾德菌目	產鹼桿菌科	產鹼菌屬（Paenalcaligenes ）	人類產鹼菌
			鮑特氏菌屬（Bordella ）	百日咳桿菌
		伯克霍爾德菌科	伯克霍爾德菌屬	鼻疽伯克霍爾德菌、假伯克霍爾德菌
			羅爾斯通菌屬（Ralstonia ）	青枯羅爾斯通菌（Ralstonia solanacearum ）
		奈瑟菌科	奈瑟菌屬	腦膜炎奈瑟菌
		薩特氏菌科	薩特氏菌屬	Sutterella parvirubra 、 Sutterella stercoricanis 、 Sutterella wadsworthensis

梭菌綱	梭菌目	Catabacteriaceae	海鷗菌屬（Catabacter ）	香港海鷗菌
		梭菌科	Aminiphila	Anaerosphaera aminiphila
			克裡斯滕森菌科（Christensenellaceae ）	馬氏克裡斯滕森菌、蒂莫克裡斯滕森菌
			Hungatella	Hungatella effluvia
		真桿菌科	真桿菌屬	扭曲真桿菌、耐久腸球菌、挑剔真桿菌、糞真桿菌、糞腸球菌、鶉雞腸球菌、龐大真桿菌、霍氏真桿菌、黏液真桿菌、細枝真桿菌、直腸真桿菌、絨毛腸球菌
		毛螺菌科	厭氧棒狀菌屬（Anaerostipes ）	糞厭氧棒狀菌、哈氏厭氧棒狀菌（Anaerostipes hadrus ）
			布勞特氏菌屬	產氫營養型布勞特氏菌、馬賽布勞特氏菌、排泄物布勞特氏菌、韋氏布勞特氏菌
			卡托氏菌屬	痰卡托氏菌
			糞球菌屬	靈巧糞球菌、陪伴糞球菌、一致糞球菌
			戴阿利斯特菌屬	渾濁戴阿利斯特菌（Dialister invisus ）、微好氣戴阿利斯特菌（Dialister micraeophilus ）、嗜琥珀酸戴阿利斯特菌（Dialister succinatiphilus ）
			多爾氏菌屬	產甲酸多爾氏菌、長鏈多爾氏菌、
			約翰森菌屬（Johnsonella ）	懶惰約翰森菌（Johnsonella ignava ）
			口腔桿菌屬（Oribacterium ）	微小口腔桿菌（Oribacterium parvum ）、竇菌口腔桿菌（Oribacterium sinus ）
			毛形桿菌屬（Lachnobacterium ）
			Lachnoclostridium
			Lacrimispora	Lacrimispora sacchaarolytica
			羅斯氏菌屬	人羅斯氏菌、腸羅斯氏菌
			泰澤菌屬	納西利斯泰澤菌
		顫螺旋菌科	顫桿菌屬	產戊酸顫桿菌
			Harryflintia	Harryflinta acetispora
		消化球菌科
		消化鏈球菌科	副梭菌屬	解苯副梭菌
			消化鏈球菌屬	羅氏消化鏈球菌
		瘤胃球菌科		阿加薩桿菌屬物種
			Fournierella 屬	Fournierella masssiliensis
			瘤胃球菌屬	白色瘤胃球菌、布氏瘤胃球菌、伶俐瘤胃球菌、活潑瘤胃球菌、食菊糖瘤胃球菌（Ruminococcus inulinivorans ）、卵瘤胃球菌、扭鏈瘤胃球菌
			糞桿菌屬	普氏棲糞桿菌
		梭菌目XIII科/地位未定		Intestimonas butyriciproducens

梭桿菌門	梭桿菌目	梭桿菌科	梭桿菌屬	核粒梭桿菌、舟形梭桿菌
		纖毛菌科（Leptotrichiaceae ）	纖發菌屬
			纖毛菌屬

丙型變形菌綱	腸桿菌目（Enterobacterales ）	腸桿菌科	克雷伯氏菌屬	產酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、類肺炎克雷伯氏菌擬肺炎亞種、
			大腸桿菌屬	大腸桿菌菌株Nissle 1917 （EcN ）大腸桿菌菌株ECOR12 大腸桿菌菌株ECOR63
			志賀氏菌屬

Negativicutes		胺基酸球菌科（Acidaminococcaceae ）	胺基酸球菌屬	發酵胺基酸球菌、腸胺基酸球菌
			考拉桿菌屬（Phascolarctobacterium ）	糞考拉桿菌、琥珀考拉桿菌
		月形單胞菌科	月形單胞菌屬	菲利克斯月形單胞菌、地位未定月形單胞菌、生痰月形單胞菌
		Sporomusaceae	Selenomonadales 目
		韋榮氏球菌科	阿裡松氏菌屬（Allisonella ）
			厭氧球形菌屬（Anaeroglobus ）	Anaeroglobus germinatus
			Caecibacter
			Colibacter
			韋榮氏球菌屬	小韋榮氏球菌
			巨型球菌屬	埃氏巨型球菌（Megasphera elsedenii ）、馬賽巨型球菌、微核巨型球菌（Megasphera micronuciformis ）巨型球菌屬物種
			擬芽孢桿菌屬（Massilibacillus ）	馬賽擬芽孢桿菌（ *Massilibacillus massiliensis* ）
			丙酸螺菌屬（Propionispira ）
			Negativicoccus	Negativicoccus succinicivornas
			韋榮氏球菌屬	殊異韋榮氏球菌、小韋榮氏球菌、鼠韋榮氏球菌（Veillonella ratti ）、當別町韋榮氏球菌
	互養菌目	互養菌科	胺基桿菌屬	移動胺基桿菌
			氯酸桿菌屬（Cloacibacillus ）	埃夫裡氯酸桿菌
			Rarimicrobium	Rarimicrobium hominis

疣微菌綱	疣微菌目	阿克曼氏菌科	阿克曼氏菌屬	嗜黏蛋白阿克曼氏菌

[表 2 ]： 示例性細菌菌株

OTU	公開 DB 登錄號
伴放線放線桿菌	AY362885
小放線桿菌	ACFT01000025
胸膜肺炎放線桿菌	NR_074857
產琥珀酸放線桿菌	CP000746
脲放線桿菌	AEVG01000167
馬西裡氏放線棒菌	AF487679
夏氏放線棒菌	AY957507
放線棒菌屬物種BM#101342	AY282578
放線棒菌屬物種P2P_19 P1	AY207066
嗜黏蛋白阿克曼氏菌	CP001071
芬戈爾德氏另枝菌	NR_043064
不明顯另枝菌	AB490804
奧登多克氏另枝菌	NR_043318
腐敗另枝菌	ABFK02000017
賽赫另枝菌	FP929032
另枝菌屬HGB5	AENZ01000082
另枝菌屬物種JC50	JF824804
另枝菌屬RMA 9912	GQ140629
糞厭氧棒狀菌	ABAX03000023
厭氧棒狀菌屬物種3_2_56FAA	ACWB01000002
風化芽孢桿菌	NR_025557
嗜氣芽孢桿菌	NR_042339
艾氏芽孢桿菌	GQ980243
嗜鹼芽孢桿菌	X76436
解澱粉芽孢桿菌	NR_075005
炭疽芽孢桿菌	AAEN01000020
萎縮芽孢桿菌	NR_075016
栗褐芽孢桿菌	NR_036893
蠟樣芽孢桿菌	ABDJ01000015
環狀芽孢桿菌	AB271747
克勞氏芽孢桿菌	FN397477
凝結芽孢桿菌	DQ297928
堅韌芽孢桿菌	NR_025842
彎曲芽孢桿菌	NR_024691
福氏芽孢桿菌	NR_025786
明膠芽孢桿菌	NR_025595
鹽沼芽孢桿菌	NR_026144
耐鹽芽孢桿菌	AY144582
黑佈施泰因芽孢桿菌	NR_042286
霍爾氏芽孢桿菌	NR_036860
病研所芽孢桿菌	NR_043268
遲緩芽孢桿菌	NR_040792
地衣芽孢桿菌	NC_006270
巨大芽孢桿菌	GU252124
尼氏芽孢桿菌	NR_044546
農研所芽孢桿菌	NR_043334
菸酸芽孢桿菌	NR_024695
抱川芽孢桿菌	NR_041377
短小芽孢桿菌	NR_074977
沙福芽孢桿菌	JQ624766
單純芽孢桿菌	NR_042136
索諾氏芽孢桿菌	NR_025130
芽孢桿菌屬10403023 MM10403188	CAET01000089
芽孢桿菌屬2_A_57_CT2	ACWD01000095
芽孢桿菌屬2008724126	GU252108
芽孢桿菌屬物種2008724139	GU252111
芽孢桿菌屬物種7_16AIA	FN397518
芽孢桿菌屬物種9_3AIA	FN397519
芽孢桿菌屬物種AP8	JX101689
芽孢桿菌屬B27 （2008 ）	EU362173
芽孢桿菌屬物種BT1B_CT2	ACWC01000034
芽孢桿菌屬物種GB1.1	FJ897765
芽孢桿菌屬物種GB9	FJ897766
芽孢桿菌屬物種HU19.1	FJ897769
芽孢桿菌屬物種HU29	FJ897771
芽孢桿菌屬物種HU33.1	FJ897772
芽孢桿菌屬物種JC6	JF824800
芽孢桿菌屬口腔分類群F26	HM099642
芽孢桿菌屬口腔分類群F28	HM099650
芽孢桿菌屬口腔分類群F79	HM099654
芽孢桿菌屬物種SRC_DSF1	GU797283
芽孢桿菌屬物種SRC_DSF10	GU797292
芽孢桿菌屬物種SRC_DSF2	GU797284
芽孢桿菌屬物種SRC_DSF6	GU797288
芽孢桿菌屬物種tc09	HQ844242
芽孢桿菌屬物種zh168	FJ851424
球形芽孢桿菌	DQ286318
產孢芽孢桿菌	NR_026010
枯草芽孢桿菌	EU627588
嗜熱澱粉芽孢桿菌	NR_029151
魏氏芽孢桿菌	NR_074926
擬桿菌目細菌ph8	JN837494
擬桿菌目基因種（Bacteroidales genomosp. ）P1	AY341819
擬桿菌目基因種P2 口腔殖株MB1_G13	DQ003613
擬桿菌目基因種P3 口腔殖株MB1_G34	DQ003615
擬桿菌目基因種P4 口腔殖株MB2_G17	DQ003617
擬桿菌目基因種P5 口腔殖株MB2_P04	DQ003619
擬桿菌目基因種P6 口腔殖株MB3_C19	DQ003634
擬桿菌目基因種P7 口腔殖株MB3_P19	DQ003623
擬桿菌目基因種P8 口腔殖株MB4_G15	DQ003626
生酸擬桿菌	NR_028607
巴氏桿菌擬桿菌	NR_041446
人糞擬桿菌	EU136686
解纖維素擬桿菌	ACCH01000108
克拉氏擬桿菌	AFBM01000011
凝固擬桿菌	AB547639
糞居擬桿菌	ABIY02000050
嗜糞擬桿菌	ACBW01000012
多裡氏擬桿菌	ABWZ01000093
埃氏擬桿菌	ACWG01000065
糞便擬桿菌	GQ496624
芬戈爾德氏擬桿菌	AB222699
麯黴擬桿菌	AFBN01000029
脆弱擬桿菌	AP006841
半乳糖醛酸擬桿菌	DQ497994
潰瘍擬桿菌	CP002352
解肝素擬桿菌	JN867284
腸擬桿菌	ABJL02000006
馬賽擬桿菌	AB200226
諾德擬桿菌	NR_043017
擬南芥擬桿菌（Bacteroides oleiciplenus ）	AB547644
卵形擬桿菌	ACWH01000036
果膠擬桿菌	ABVQ01000036
平常擬桿菌	AB200218
化膿性擬桿菌	NR_041280
薩氏擬桿菌（Bacteroides salanitronis ）	CP002530
薩利爾斯氏擬桿菌（Bacteroides salyersiae ）	EU136690
擬桿菌屬1_1_14	ACRP01000155
擬桿菌屬1_1_30	ADCL01000128
擬桿菌屬1_1_6	ACIC01000215
擬桿菌屬2_1_22	ACPQ01000117
擬桿菌屬2_1_56FAA	ACWI01000065
擬桿菌屬2_2_4	ABZZ01000168
擬桿菌屬20_3	ACRQ01000064
擬桿菌屬3_1_19	ADCJ01000062
擬桿菌屬3_1_23	ACRS01000081
擬桿菌屬物種3_1_33FAA	ACPS01000085
擬桿菌屬物種3_1_40A	ACRT01000136
擬桿菌屬3_2_5	ACIB01000079
擬桿菌屬315_5	FJ848547
擬桿菌屬物種31SF15	AJ583248
擬桿菌屬物種31SF18	AJ583249
擬桿菌屬物種35AE31	AJ583244
擬桿菌屬物種35AE37	AJ583245
擬桿菌屬物種35BE34	AJ583246
擬桿菌屬物種35BE35	AJ583247
擬桿菌屬4_1_36	ACTC01000133
擬桿菌屬物種4_3_47FAA	ACDR02000029
擬桿菌屬物種9_1_42FAA	ACAA01000096
擬桿菌屬物種AR20	AF139524
擬桿菌屬物種AR29	AF139525
擬桿菌屬物種B2	EU722733
擬桿菌屬物種D1	ACAB02000030
擬桿菌屬物種D2	ACGA01000077
擬桿菌屬物種D20	ACPT01000052
擬桿菌屬物種D22	ADCK01000151
擬桿菌屬物種F_4	AB470322
擬桿菌屬物種NB_8	AB117565
擬桿菌屬物種WH2	AY895180
擬桿菌屬物種XB12B	AM230648
擬桿菌屬物種XB44A	AM230649
排泄物擬桿菌	ABFZ02000022
多形擬桿菌	NR_074277
單形擬桿菌	AB050110
解尿素擬桿菌	GQ167666
普通擬桿菌	CP000139
木聚糖酶擬桿菌	ADKP01000087
擬桿菌門細菌口腔分類群D27	HM099638
擬桿菌門細菌口腔分類群F31	HM099643
擬桿菌門細菌口腔分類群F44	HM099649
腸道巴氏桿菌	AB370251
雙歧桿菌科基因種C1	AY278612
青春雙歧桿菌	AAXD02000018
角雙歧桿菌	ABYS02000004
動物雙歧桿菌	CP001606
兩歧雙歧桿菌	ABQP01000027
短雙歧桿菌	CP002743
鏈狀雙歧桿菌	ABXY01000019
牙雙歧桿菌	CP001750
沒食子雙歧桿菌	ABXB03000004
嬰兒雙歧桿菌	AY151398
卡氏雙歧桿菌	AB491757
長雙歧桿菌	ABQQ01000041
假鏈狀雙歧桿菌	ABXX02000002
偽長雙歧桿菌	NR_043442
斯氏雙歧桿菌	AJ307005
雙歧桿菌屬物種HM2	AB425276
雙歧桿菌屬物種HMLN12	JF519685
雙歧桿菌屬物種M45	HM626176
雙歧桿菌屬物種MSX5B	HQ616382
雙歧桿菌屬物種TM_7	AB218972
嗜熱雙歧桿菌	DQ340557
尿雙歧桿菌	AJ278695
球形布勞特氏菌	AB571656
格魯氏布勞特氏菌（Blautia glucerasea ）	AB588023
格魯斯布勞特氏菌（Blautia glucerasei ）	AB439724
漢森布勞特氏菌	ABYU02000037
產氫營養型布勞特氏菌	ACBZ01000217
盧氏布勞特氏菌	AB691576
生產性布勞特氏菌	AB600998
申克布勞特氏菌	NR_026312
布勞特氏菌屬M25	HM626178
排泄物布勞特氏菌	HM626177
韋氏布勞特氏菌	EF036467
支氣管炎鮑特氏菌	NR_025949
霍爾氏鮑特氏菌	AB683187
副百日咳鮑特氏菌	NR_025950
百日咳鮑特氏菌	BX640418
阿氏螺旋體	ABCU01000001
伯氏螺旋體	ABGI01000001
麝鼠勺螺旋體	DQ057990
達頓螺旋體	NC_011229
伽氏螺旋體	ABJV01000001
赫氏螺旋體	AY597657
西班牙螺旋體	DQ057988
伊朗包柔氏螺旋體	HM161645
回歸熱包柔氏螺旋體	AF107367
螺旋體屬NE49	AJ224142
斯皮爾曼螺旋體	ABKB01000002
墨西哥包柔氏螺旋體	NC_008710
法雷斯螺旋體	ABCY01000002
綿羊布氏桿菌	NC_009504
布氏桿菌屬83_13	ACBQ01000040
布氏桿菌屬BO1	EU053207
豬布氏桿菌	ACBK01000034
須芒草伯克霍爾德菌	AAUZ01000009
新洋蔥伯克霍爾德菌	AAHI01000060
洋蔥伯克霍爾德菌	NR_041719
鼻疽伯克霍爾德菌	CP000547
多食伯克霍爾德菌	NC_010086
俄克拉何馬伯克霍爾德菌	DQ108388
類鼻疽伯克霍爾德菌	CP001408
產根黴素伯克霍爾德菌	HQ005410
伯克霍爾德菌屬383	CP000151
食異生素伯克霍爾德菌	U86373
伯克霍爾德菌細菌1_1_47	ADCQ01000066
穗狀丁酸弧菌	ABWN01000012
溶纖維丁酸弧菌	U41172
鼠衣原體	AE002160
鸚鵡熱衣原體	NR_036864
沙眼衣原體	U68443
衣原體目細菌NS11	JN606074
無丙二酸檸檬酸桿菌	FR870441
布氏檸檬酸桿菌	NR_028687
法氏檸檬酸桿菌	AF025371
弗氏檸檬酸桿菌	NR_028894
吉利檸檬酸桿菌	AF025367
柯氏檸檬酸桿菌	NC_009792
莫林檸檬酸桿菌	AF025369
鼠檸檬酸桿菌	NR_074903
塞氏檸檬酸桿菌	AF025364
檸檬酸桿菌屬30_2	ACDJ01000053
檸檬酸桿菌屬KMSI_3	GQ468398
沃克曼檸檬酸桿菌	AF025373
楊氏檸檬酸桿菌	ABWL02000011
埃夫裡氯酸桿菌	GQ258966
梭菌科細菌END_2	EF451053
梭菌科細菌JC13	JF824807
梭菌目細菌1_7_47FAA	ABQR01000074
梭菌目細菌9400853	HM587320
梭菌目細菌9403326	HM587324
梭菌目細菌口腔殖株P4PA_66 P1	AY207065
梭菌目細菌口腔分類群093	GQ422712
梭菌目細菌口腔分類群F32	HM099644
梭菌目細菌ph2	JN837487
梭菌目細菌SY8519	AB477431
梭菌目基因種BVAB3	CP001850
梭菌目物種SM4_1	FP929060
梭菌目物種SS3_4	AY305316
梭菌目物種SSC_2	FP929061
丙酮丁醇梭酸	NR_074511
耐氧梭酸	X76163
阿爾登氏梭菌	NR_043680
奧德里奇氏梭菌	NR_026099
藻狀梭菌	NR_041746
解藻木聚糖梭菌	NR_028726
胺基戊酸梭菌	NR_029245
苦杏仁梭菌	AY353957
阿根廷梭菌	NR_029232
天門冬形梭菌	ACCJ01000522
巴氏梭菌	NR_029229
巴特氏梭菌	ABEZ02000012
拜氏梭菌	NR_074434
雙酵素梭菌	X73437
鮑氏梭菌	ABCC02000039
肉毒梭菌	NC_010723
丁酸梭菌	ABDT01000017
屍毒梭菌	AB542932
食氧化碳梭菌	FR733710
肉梭菌	NR_044716
隱藏梭菌	X77844
速生梭菌	JQ246092
纖維素梭菌	NR_044624
肖沃氏梭菌	EU106372
香茅梭菌	ADLJ01000059
澄清梭菌	NR_041235
梭狀梭菌	M59089
梭形梭菌	NR_044715
球形梭菌	EF025906
匙形梭菌	NR_044717
耳蝸形梭菌	NR_026495
犬腸梭菌	FJ957863
鷓鴣梭菌	NR_026151
難辨梭菌	NC_013315
雙孢梭菌	NR_026491
酯化梭菌	NR_042153
福氏梭菌	NR_044714
Clostridium favososporum	X76749
費新尼亞梭菌	AF270502
寒冷梭菌	NR_024919
產氣梭菌	NR_024945
戈氏梭菌	AB542933
乙二醇梭菌	FJ384385
人糞梭菌	AB233029
溶血梭菌	NR_024749
哈氏梭菌	AY552788
平野氏梭菌	AB023970
溶組織梭菌	HF558362
海氏梭菌	AB023973
吲哚梭菌	AF028351
無害梭菌	M23732
不規則梭菌	NR_029249
板藍根梭菌	NR_026347
克氏梭菌	NR_074165
發酵乳糖梭菌	NR_025651
拉瓦勒塞梭菌	EF564277
柔嫩梭菌	AJ305238
泥渣梭菌	FR870444
大梭菌	X77835
惡名梭菌	FR749893
馬約貝梭菌	FR733682
甲基戊糖梭菌	ACEC01000059
系結梭菌	X73443
諾維氏梭菌	NR_074343
酪酸梭菌	Y18187
乳清酸梭菌	FR749922
副腐敗梭菌	AB536771
產氣莢膜梭菌	ABDW01000023
植物發酵梭菌	NR_074652
毛髮狀梭菌	D14639
腐敗梭菌	NR_024995
奎尼梭菌	NR_026149
多枝梭菌	M23731
直腸梭菌	NR_029271
噬糖梭菌	DQ100445
化糖梭菌	CP002109
薩丁島梭菌	NR_041006
煎盤梭菌	NR_026490
裂解梭菌	AF262238
敗血梭菌	NR_026020
索氏梭菌	AB448946
梭菌屬7_2_43FAA	ACDK01000101
梭菌屬物種D5	ADBG01000142
梭菌屬物種HGF2	AENW01000022
梭菌屬物種HPB_46	AY862516
梭菌屬物種JC122	CAEV01000127
梭菌屬物種L2_50	AAYW02000018
梭菌屬LMG 16094	X95274
梭菌屬物種M62_1	ACFX02000046
梭菌屬物種MLG055	AF304435
梭菌屬MT4 E	FJ159523
梭菌屬物種NMBHI_1	JN093130
梭菌屬NML 04A032	EU815224
梭菌屬物種SS2_1	ABGC03000041
梭菌屬物種SY8519	AP012212
梭菌屬物種TM_40	AB249652
梭菌屬物種YIT 12069	AB491207
梭菌屬物種YIT 12070	AB491208
楔樣梭菌	X73449
螺狀梭菌	X73441
生孢梭菌	ABKW02000003
球孢梭菌	NR_044835
糞堆梭菌	NR_025100
斯蒂克蘭德氏梭菌	L04167
斯特拉文斯梭菌	NR_024829
近端梭菌	NR_041795
產硫梭菌	NR_044161
共生梭菌	ADLQ01000114
第三梭菌	Y18174
破傷風梭菌	NC_004557
嗜熱纖維梭菌	NR_074629
酪丁酸梭菌	NR_044718
綠色梭菌	NR_026204
解木聚糖梭菌	NR_037068
產氣柯林斯菌	AAVN02000007
腸柯林斯菌	ABXH02000037
排泄物柯林斯菌	ABXJ01000150
田中氏柯林斯菌	AB490807
鏈型糞芽孢菌	AB030218
糞芽孢菌屬29_1	ADKX01000057
糞芽孢菌屬D7	ACDT01000199
靈巧糞球菌	EU266552
陪伴糞球菌	ABVR01000038
一致糞球菌	EF031543
糞球菌屬物種ART55_1	AY350746
渾濁戴阿利斯特菌	ACIM02000001
微好氣戴阿利斯特菌	AFBB01000028
微嗜氣戴阿利斯特菌	AENT01000008
侵肺戴阿利斯特菌	HM596297
產丙酸戴阿利斯特菌	NR_043231
戴阿利斯特菌屬口腔分類群502	GQ422739
嗜琥珀酸戴阿利斯特菌	AB370249
產甲酸多爾氏菌	AAXA02000006
長鏈多爾氏菌	AJ132842
氣囊棲水菌	ACYI01000081
產氣腸桿菌	AJ251468
阿氏腸桿菌	NR_024640
生癌腸桿菌	Z96078
陰溝腸桿菌	FP929040
考氏腸桿菌	NR_025566
霍氏腸桿菌	AFHR01000079
腸桿菌屬247BMC	HQ122932
腸桿菌屬638	NR_074777
腸桿菌屬物種JC163	JN657217
腸桿菌屬SCSS	HM007811
腸桿菌屬物種TSE38	HM156134
腸桿菌科細菌9_2_54FAA	ADCU01000033
腸桿菌科細菌CF01Ent_1	AJ489826
腸桿菌科細菌Smarlab 3302238	AY538694
鳥腸球菌	AF133535
人糞腸球菌	AY943820
酪黃腸球菌	AEWT01000047
耐久腸球菌	AJ276354
糞腸球菌	AE016830
屎腸球菌	AM157434
鶉雞腸球菌	AB269767
灰黃腸球菌	AY033814
夏威夷腸球菌	AY321377
希氏腸球菌	AF061011
義大利腸球菌	AEPV01000109
蒙氏腸球菌	NR_024906
棉子糖腸球菌	FN600541
腸球菌屬BV2CASA2	JN809766
腸球菌屬物種CCRI_16620	GU457263
腸球菌屬物種F95	FJ463817
腸球菌屬物種RfL6	AJ133478
泰國腸球菌	AY321376
丹毒絲菌科細菌3_1_53	ACTJ01000113
丹毒絲菌科細菌5_2_54FAA	ACZW01000054
艾伯氏大腸桿菌	ABKX01000012
大腸桿菌	NC_008563
弗格森氏大腸桿菌	CU928158
赫爾曼氏大腸桿菌	HQ407266
大腸桿菌屬1_1_43	ACID01000033
大腸桿菌屬4_1_40B	ACDM02000056
大腸桿菌屬物種B4	EU722735
傷口埃希菌	NR_041927
真桿菌科細菌P4P_50 P4	AY207060
巴克氏真桿菌	NR_044661
兩形真桿菌	ABYT01000002
短真桿菌	U13038
布氏真桿菌	NR_024682
卡氏真桿菌	NR_026330
溶纖維素真桿菌	AY178842
扭曲真桿菌	FR749946
產糞甾醇真桿菌	HM037995
圓柱狀真桿菌	FP929041
鏈狀真桿菌	NR_044644
細長真桿菌	L34682
挑剔真桿菌	CP001104
斷鏈真桿菌	FR749935
龐大真桿菌	FR749933
霍氏真桿菌	L34621
嬌弱真桿菌	U13039
淤泥真桿菌	CP002273
串珠狀真桿菌	HF558373
多形真桿菌	NR_024683
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糾纏真桿菌	U13041
細枝真桿菌	AJ011522
直腸真桿菌	FP929042
反芻真桿菌	NR_024661
口臭真桿菌	AB525414
隱枝真桿菌	NR_026031
惰性真桿菌	ABCA03000054
真桿菌屬3_1_31	ACTL01000045
真桿菌屬AS15b	HQ616364
真桿菌屬物種OBRC9	HQ616354
真桿菌屬口腔殖株GI038	AY349374
真桿菌屬物種口腔殖株IR009	AY349376
真桿菌屬物種口腔殖株JH012	AY349373
真桿菌屬物種口腔殖株JI012	AY349379
真桿菌屬物種口腔殖株JN088	AY349377
真桿菌屬物種口腔殖株JS001	AY349378
真桿菌屬物種口腔殖株OH3A	AY947497
真桿菌屬WAL 14571	FJ687606
纖細真桿菌	M59118
多曲真桿菌	NR_044648
凸腹真桿菌	L34421
嗜木聚糖真桿菌	L34628
尤氏真桿菌	AEES01000073
犬貓科梭桿菌	AY162222
梭菌屬基因種C1	AY278616
梭菌屬基因種C2	AY278617
微生子梭桿菌	ACET01000043
死亡梭桿菌	ACDB02000034
舟形梭桿菌	HQ223106
壞疽梭桿菌	X55408
壞死梭桿菌	AM905356
核粒梭桿菌	ADVK01000034
牙周梭桿菌	ACJY01000002
拉氏梭桿菌	NR_044687
梭桿菌屬1_1_41FAA	ADGG01000053
梭桿菌屬11_3_2	ACUO01000052
梭桿菌屬物種12_1B	AGWJ01000070
梭桿菌屬2_1_31	ACDC02000018
梭桿菌屬3_1_27	ADGF01000045
梭桿菌屬3_1_33	ACQE01000178
梭桿菌屬物種3_1_36A2	ACPU01000044
梭桿菌屬物種3_1_5R	ACDD01000078
梭桿菌屬物種AC18	HQ616357
梭桿菌屬物種ACB2	HQ616358
梭桿菌屬物種AS2	HQ616361
梭桿菌屬物種CM1	HQ616371
梭桿菌屬物種CM21	HQ616375
梭桿菌屬物種CM22	HQ616376
梭桿菌屬物種D12	ACDG02000036
梭桿菌屬口腔殖株ASCF06	AY923141
梭桿菌屬物種口腔殖株ASCF11	AY953256
潰瘍梭桿菌	ACDH01000090
變形梭桿菌	ACIE01000009
溶血孿生球菌	ACDZ02000012
麻疹孿生球菌	NR_025904
麻疹孿生球菌	ACRX01000010
血孿生球菌	ACRY01000057
孿生球菌屬口腔殖株ASCE02	AY923133
孿生球菌屬物種口腔殖株ASCF04	AY923139
孿生球菌屬物種口腔殖株ASCF12	AY923143
孿生球菌屬WAL 1945J	EU427463
催產克雷伯氏菌	AY292871
肺炎克雷伯氏菌	CP000647
克雷伯氏菌屬物種AS10	HQ616362
克雷伯氏菌屬物種Co9935	DQ068764
克雷伯氏菌屬物種富集培養殖株SRC_DSD25	HM195210
克雷伯氏菌屬物種OBRC7	HQ616353
克雷伯氏菌屬物種SP_BA	FJ999767
克雷伯氏菌屬物種SRC_DSD1	GU797254
克雷伯氏菌屬物種SRC_DSD11	GU797263
克雷伯氏菌屬物種SRC_DSD12	GU797264
克雷伯氏菌屬物種SRC_DSD15	GU797267
克雷伯氏菌屬物種SRC_DSD2	GU797253
克雷伯氏菌屬物種SRC_DSD6	GU797258
變異克雷伯氏菌	CP001891
牛毛形桿菌	GU324407
多產毛螺菌	FR733699
裂果膠毛螺菌	L14675
毛螺菌科細菌1_1_57FAA	ACTM01000065
毛螺菌科細菌1_4_56FAA	ACTN01000028
毛螺菌科細菌2_1_46FAA	ADLB01000035
毛螺菌科細菌2_1_58FAA	ACTO01000052
毛螺菌科細菌3_1_57FAA_CT1	ACTP01000124
毛螺菌科細菌4_1_37FAA	ADCR01000030
毛螺菌科細菌5_1_57FAA	ACTR01000020
毛螺菌科細菌5_1_63FAA	ACTS01000081
毛螺菌科細菌6_1_63FAA	ACTV01000014
毛螺菌科細菌8_1_57FAA	ACWQ01000079
毛螺菌科細菌9_1_43BFAA	ACTX01000023
毛螺菌科細菌A4	DQ789118
毛螺菌科細菌DJF VP30	EU728771
毛螺菌科細菌ICM62	HQ616401
毛螺菌科細菌MSX33	HQ616384
毛螺菌科細菌口腔分類群107	ADDS01000069
毛螺菌科細菌口腔分類群F15	HM099641
毛螺菌科基因種C1	AY278618
酸魚乳桿菌	NR_024718
嗜酸乳桿菌	CP000033
食品乳桿菌	NR_044701
解澱粉乳桿菌	ADNY01000006
噬澱粉乳桿菌	CP002338
胃竇乳桿菌	ACLL01000037
短乳桿菌	EU194349
布赫內氏乳桿菌	ACGH01000101
乾酪乳桿菌	CP000423
鏈狀乳桿菌	M23729
人陰道乳桿菌（Lactobacillus coleohominis ）	ACOH01000030
棒狀乳桿菌	NR_044705
捲曲乳桿菌	ACOG01000151
彎曲乳桿菌	NR_042437
戴耳布呂克氏乳桿菌（Lactobacillus delbrueckii ）	CP002341
糊精乳桿菌	NR_036861
香腸乳桿菌	NR_044707
發酵乳桿菌	CP002033
加氏乳桿菌	ACOZ01000018
胃乳桿菌	AICN01000060
乳桿菌屬基因種C1	AY278619
乳桿菌屬基因種C2	AY278620
瑞士乳桿菌	ACLM01000202
希氏乳桿菌	ACGP01000200
人乳桿菌	FR681902
惰性乳桿菌	AEKJ01000002
詹氏乳桿菌	ACQD01000066
約氏乳桿菌	AE017198
卡裡乳桿菌	NR_029083
馬乳酒樣乳桿菌	NR_042440
高加索乳桿菌	NR_042230
泡菜乳桿菌	NR_025045
萊希曼氏乳桿菌	JX986966
黏膜乳桿菌	FR693800
鼠乳桿菌	NR_042231
諾登西絲乳桿菌	NR_041629
酒類乳桿菌	NR_043095
口乳桿菌	AEKL01000077
類短乳桿菌	NR_042456
類布氏乳桿菌	NR_041294
副乾酪乳桿菌	ABQV01000067
類高加索乳桿菌	NR_029039
戊糖乳桿菌	JN813103
惡味乳桿菌	NR_029360
植物乳桿菌	ACGZ02000033
腦橋乳桿菌	HM218420
羅伊乳桿菌	ACGW02000012
鼠李糖乳桿菌	ABWJ01000068
羅氏乳桿菌	GU269544
瘤胃乳桿菌	ACGS02000043
清酒乳桿菌	DQ989236
唾液乳桿菌	AEBA01000145
健男乳桿菌（Lactobacillus saniviri ）	AB602569
老年乳桿菌	AB602570
乳桿菌屬物種66c	FR681900
乳桿菌屬物種BT6	HQ616370
乳桿菌屬物種KLDS 1.0701	EU600905
乳桿菌屬物種KLDS 1.0702	EU600906
乳桿菌屬物種KLDS 1.0703	EU600907
乳桿菌屬物種KLDS 1.0704	EU600908
乳桿菌屬物種KLDS 1.0705	EU600909
乳桿菌屬物種KLDS 1.0707	EU600911
乳桿菌屬物種KLDS 1.0709	EU600913
乳桿菌屬物種KLDS 1.0711	EU600915
乳桿菌屬物種KLDS 1.0712	EU600916
乳桿菌屬物種KLDS 1.0713	EU600917
乳桿菌屬物種KLDS 1.0716	EU600921
乳桿菌屬物種KLDS 1.0718	EU600922
乳桿菌屬物種KLDS 1.0719	EU600923
乳桿菌屬物種口腔殖株HT002	AY349382
乳桿菌屬物種口腔殖株HT070	AY349383
乳桿菌屬口腔分類群052	GQ422710
臘腸乳桿菌	NR_042194
烏蘭乳桿菌	ACGU01000081
陰道乳桿菌	ACGV01000168
酒乳桿菌	NR_042196
犢乳桿菌	NR_041305
玉米乳桿菌	NR_037122
格氏乳球菌	AF061005
乳酸乳球菌	CP002365
棉子糖乳球菌	NR_044359
格雷氏李斯特氏菌	ACCR02000003
無毒李斯特氏菌	JF967625
伊氏李斯特氏菌	X56151
單核球增多性李斯特氏菌	CP002003
威氏李斯特氏菌	AM263198
埃氏巨球型菌	AY038996
巨型球菌基因種（Megasphaera genomosp. ）C1	AY278622
巨型球菌基因種類型_1	ADGP01000010
微核巨球菌	AECS01000020
巨型球菌屬物種BLPYG_07	HM990964
巨型球菌屬物種UPII 199_6	AFIJ01000040
古本微桿菌	NR_025098
乳酸微桿菌	EU714351
賈氏光岡菌	NR_028840
多酸光岡菌	ABWK02000005
光岡菌屬口腔分類群521	GU413658
光岡菌屬口腔分類群G68	GU432166
膿腫分枝桿菌	AGQU01000002
非洲分枝桿菌	AF480605
Mycobacterium alsiensis	AJ938169
鳥分枝桿菌	CP000479
龜分枝桿菌	AB548610
哥倫比亞分枝桿菌	AM062764
象皮病分枝桿菌	AF385898
戈登分枝桿菌	GU142930
胞內分枝桿菌	GQ153276
堪薩斯分枝桿菌	AF480601
拉克絲分枝桿菌	NR_025175
麻風分枝桿菌	FM211192
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麥氏分枝桿菌	FR798914
曼氏分枝桿菌	FJ042897
海分枝桿菌	NC_010612
田鼠分枝桿菌	NR_025234
新金分枝桿菌	AF268445
副瘰鬁分枝桿菌	ADNV01000350
副土分枝桿菌	EU919229
草分枝桿菌	GU142920
恥垢分枝桿菌	DQ536403
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分枝桿菌屬1761	EU703150
分枝桿菌屬物種1776	EU703152
分枝桿菌屬物種1781	EU703147
分枝桿菌屬物種1791	EU703148
分枝桿菌屬物種1797	EU703149
分枝桿菌屬AQ1GA4	HM210417
分枝桿菌屬物種B10_07.09.0206	HQ174245
分枝桿菌屬物種GN_10546	FJ497243
分枝桿菌屬物種GN_10827	FJ497247
分枝桿菌屬物種GN_11124	FJ652846
分枝桿菌屬物種GN_9188	FJ497240
分枝桿菌屬物種GR_2007_210	FJ555538
分枝桿菌屬物種HE5	AJ012738
分枝桿菌屬物種NLA001000736	HM627011
分枝桿菌屬W	DQ437715
結核分枝桿菌	CP001658
潰瘍分枝桿菌	AB548725
脆弱分枝桿菌	EU834055
無乳支原體	AF010477
兩形支原體	AY531656
關節炎支原體	NC_011025
牛眼支原體	NR_025987
咽支原體	NR_024983
發酵支原體	CP002458
絮狀支原體	X62699
生殖器支原體	L43967
人型支原體	AF443616
口腔支原體	AY796060
綿羊肺炎支原體	NR_025989
穿透支原體	NC_004432
肺炎支原體	NC_000912
腐敗支原體	U26055
唾液支原體	M24661
支原體科基因種P1 口腔殖株MB1_G23	DQ003614
桿狀奈瑟菌	AFAY01000058
灰色奈瑟菌	ACDY01000037
長形奈瑟菌	ADBF01000003
淺黃奈瑟菌	ACQV01000025
奈瑟菌屬基因種P2 口腔殖株MB5_P15	DQ003630
淋病奈瑟菌	CP002440
乳糖奈瑟菌	ACEQ01000095
獼猴奈瑟菌	AFQE01000146
腦膜炎奈瑟菌	NC_003112
黏膜奈瑟菌	ACDX01000110
咽奈瑟菌	AJ239281
多糖奈瑟菌	ADBE01000137
乾燥奈瑟菌	ACKO02000016
奈瑟菌屬KEM232	GQ203291
奈瑟菌屬口腔殖株AP132	AY005027
奈瑟菌屬物種口腔殖株JC012	AY349388
奈瑟菌屬口腔菌株B33KA	AY005028
奈瑟菌屬口腔分類群014	ADEA01000039
奈瑟菌屬物種SMC_A9199	FJ763637
奈瑟菌屬物種TM10_1	DQ279352
淡黃色奈瑟菌	ACEO01000067
紋臭桿菌	AB490805
內臟臭桿菌	CP002544
顫桿菌屬物種G2	HM626173
產戊酸顫桿菌	NR_074793
克魯斯顫螺菌	AB040495
巴賽隆納類芽孢桿菌	NR_042272
巴倫葛茲類芽孢桿菌	NR_042756
千葉類芽孢桿菌	NR_040885
庫氏類芽孢桿菌	NR_025372
堅韌類芽孢桿菌	NR_037017
解葡聚糖類芽孢桿菌	D78470
乳酸類芽孢桿菌	NR_025739
燦爛類芽孢桿菌	NR_040882
飼料類芽孢桿菌	NR_040853
多黏類芽孢桿菌	NR_037006
金龜子類芽孢桿菌	NR_040888
類芽孢桿菌屬CIP 101062	HM212646
狄氏副擬桿菌	CP000140
古氏副擬桿菌	AY974070
戈登氏副擬桿菌	AB470344
約氏副擬桿菌	ABYH01000014
屎副擬桿菌	EU136685
副擬桿菌屬D13	ACPW01000017
副擬桿菌屬物種NS31_3	JN029805
黑色消化球菌	NR_029221
消化球菌屬口腔殖株JM048	AY349389
消化球菌屬口腔分類群167	GQ422727
不解糖嗜腖菌	D14145
杜爾丹尼氏嗜腖菌	EU526290
海氏嗜腖菌	NR_026358
吲哚嗜腖菌	AY153431
艾弗嗜腖菌	Y07840
淚腺嗜腖菌	ADDO01000050
嗜腖菌屬gpac007	AM176517
嗜腖菌屬物種gpac018A	AM176519
嗜腖菌屬物種gpac077	AM176527
嗜腖菌屬物種gpac148	AM176535
嗜腖菌屬物種JC140	JF824803
嗜腖菌屬口腔分類群386	ADCS01000031
嗜腖菌屬物種口腔分類群836	AEAA01000090
消化鏈球菌科細菌ph1	JN837495
厭氧消化鏈球菌	AY326462
微小消化鏈球菌	AM176538
消化鏈球菌屬9succ1	X90471
消化鏈球菌屬口腔殖株AP24	AB175072
消化鏈球菌屬物種口腔殖株FJ023	AY349390
消化鏈球菌屬P4P_31 P3	AY207059
口炎消化鏈球菌	ADGQ01000048
卟啉單胞菌科細菌NML 060648	EF184292
不解糖卟啉單胞菌	AENO01000048
牙髓卟啉單胞菌	ACNN01000021
牙齦卟啉單胞菌	AE015924
利氏卟啉單胞菌	NR_025907
獼猴卟啉單胞菌	NR_025908
索拉卟啉單胞菌	AB547667
卟啉單胞菌屬口腔殖株BB134	AY005068
卟啉單胞菌屬物種口腔殖株F016	AY005069
卟啉單胞菌屬口腔殖株P2PB_52 P1	AY207054
卟啉單胞菌屬物種口腔殖株P4GB_100 P2	AY207057
卟啉單胞菌屬UQD 301	EU012301
上野卟啉單胞菌	ACLR01000152
阿爾伯斯普雷沃菌	NR_025300
安氏普雷沃菌	AB547670
伯氏普雷沃菌	ACKS01000100
二路普雷沃菌	ADFO01000096
短雷沃菌	NR_041954
頰普雷沃菌	ACRB01000001
口頰普雷沃菌	JN867261
糞便普雷沃菌	ACBX02000014
人體普雷沃菌	L16465
牙普雷沃菌	AB547678
棲牙普雷沃菌	CP002589
解糖腖普雷沃菌	AEDO01000026
普雷沃菌屬基因種C1	AY278624
普雷沃菌屬基因種C2	AY278625
普雷沃菌屬基因種P7 口腔殖株MB2_P31	DQ003620
普雷沃菌屬基因種P8 口腔殖株MB3_P13	DQ003622
普雷沃菌屬基因種P9 口腔殖株MB7_G16	DQ003633
解肝素普雷沃菌	GQ422742
棲組織普雷沃菌	JN867315
中間普雷沃菌	AF414829
洛氏普雷沃菌	JN867231
斑狀普雷沃菌	AGEK01000035
馬氏普雷沃菌	AEEI01000070
產黑色素普雷沃菌	CP002122
彩虹普雷沃菌	AGWK01000061
多形普雷沃菌	AEWX01000054
食多糖普雷沃菌	AFJE01000016
南錫普雷沃菌	JN867228
變黑普雷沃菌	AFPX01000069
口腔普雷沃菌	AEPE01000021
口普雷沃菌	ADDV01000091
齦炎普雷沃菌	L16472
蒼白普雷沃菌	AFPY01000135
棲瘤胃普雷沃菌	CP002006
唾液普雷沃菌	AB108826
普雷沃菌屬BI_42	AJ581354
普雷沃菌屬物種CM38	HQ610181
普雷沃菌屬物種ICM1	HQ616385
普雷沃菌屬物種ICM55	HQ616399
普雷沃菌屬JCM 6330	AB547699
普雷沃菌屬口腔殖株AA020	AY005057
普雷沃菌屬物種口腔殖株ASCG10	AY923148
普雷沃菌屬物種口腔殖株ASCG12	DQ272511
普雷沃菌屬物種口腔殖株AU069	AY005062
普雷沃菌屬物種口腔殖株CY006	AY005063
普雷沃菌屬物種口腔殖株DA058	AY005065
普雷沃菌屬物種口腔殖株FL019	AY349392
普雷沃菌屬物種口腔殖株FU048	AY349393
普雷沃菌屬物種口腔殖株FW035	AY349394
普雷沃菌屬物種口腔殖株GI030	AY349395
普雷沃菌屬物種口腔殖株GI032	AY349396
普雷沃菌屬物種口腔殖株GI059	AY349397
普雷沃菌屬物種口腔殖株GU027	AY349398
普雷沃菌屬物種口腔殖株HF050	AY349399
普雷沃菌屬物種口腔殖株ID019	AY349400
普雷沃菌屬物種口腔殖株IDR_CEC_0055	AY550997
普雷沃菌屬物種口腔殖株IK053	AY349401
普雷沃菌屬物種口腔殖株IK062	AY349402
普雷沃菌屬口腔殖株P4PB_83 P2	AY207050
普雷沃菌屬口腔分類群292	GQ422735
普雷沃菌屬物種口腔分類群299	ACWZ01000026
普雷沃菌屬物種口腔分類群300	GU409549
普雷沃菌屬物種口腔分類群302	ACZK01000043
普雷沃菌屬物種口腔分類群310	GQ422737
普雷沃菌屬物種口腔分類群317	ACQH01000158
普雷沃菌屬物種口腔分類群472	ACZS01000106
普雷沃菌屬物種口腔分類群781	GQ422744
普雷沃菌屬物種口腔分類群782	GQ422745
普雷沃菌屬口腔分類群F68	HM099652
普雷沃菌屬物種口腔分類群G60	GU432133
普雷沃菌屬物種口腔分類群G70	GU432179
普雷沃菌屬物種口腔分類群G71	GU432180
普雷沃菌屬物種SEQ053	JN867222
普雷沃菌屬物種SEQ065	JN867234
普雷沃菌屬物種SEQ072	JN867238
普雷沃菌屬物種SEQ116	JN867246
普雷沃菌屬物種SG12	GU561343
普雷沃菌屬物種sp24	AB003384
普雷沃菌屬物種sp34	AB003385
斯特塞拉普雷沃菌	AB244774
譚氏普雷沃菌	ACIJ02000018
蒂莫普雷沃菌	ADEF01000012
真空腔普雷沃菌	ACVA01000027
普雷沃菌科細菌P4P_62 P1	AY207061
丙酸桿菌科細菌NML 02_0265	EF599122
產丙酸丙酸桿菌	NC_019395
痤瘡丙酸桿菌	ADJM01000010
貪婪丙酸桿菌	AJ003055
費氏丙酸桿菌	NR_036972
顆粒丙酸桿菌	FJ785716
詹森丙酸桿菌	NR_042269
丙酸丙酸桿菌	NR_025277
丙酸桿菌屬434_HC2	AFIL01000035
丙酸桿菌屬物種H456	AB177643
丙酸桿菌屬LG	AY354921
丙酸桿菌屬口腔分類群192	GQ422728
丙酸桿菌屬物種S555a	AB264622
特恩氏丙酸桿菌	NR_042270
銅綠假單胞菌	AABQ07000001
螢光假單胞菌	AY622220
蓋氏假單胞菌	FJ943496
門多薩假單胞菌	AAUL01000021
蒙氏假單胞菌	NR_024910
草假單胞菌	GU188951
類產鹼假單胞菌	NR_037000
惡臭假單胞菌	AF094741
假單胞菌屬2_1_26	ACWU01000257
假單胞菌屬G1229	DQ910482
假單胞菌屬物種NP522b	EU723211
施氏假單胞菌	AM905854
托拉假單胞菌	AF320988
綠黃假單胞菌	NR_042764
皮氏羅爾斯通菌（Ralstonia pickettii ）	NC_010682
羅爾斯通菌屬物種5_7_47FAA	ACUF01000076
盲腸羅斯氏菌	GU233441
糞羅斯氏菌	AY804149
糞便羅斯氏菌	AY305310
人羅斯氏菌	AJ270482
腸羅斯氏菌	FP929050
食菊糖羅斯氏菌	AJ270473
羅斯氏菌屬11SE37	FM954975
羅斯氏菌屬物種11SE38	FM954976
天空羅氏菌	DQ673320
齲齒羅氏菌	ADDW01000024
黏滑羅氏菌	ACVO01000020
鼠鼻羅氏菌	NR_025310
羅氏菌屬口腔分類群188	GU470892
嗜澱粉反芻桿菌	NR_026450
瘤胃球菌科細菌D16	ADDX01000083
白色瘤胃球菌	AY445600
布氏瘤胃球菌	EU266549
伶俐瘤胃球菌	NR_029160
Ruminococcus champanellensis	FP929052
生黃瘤胃球菌	NR_025931
活潑瘤胃球菌	X94967
漢森瘤胃球菌	M59114
乳酸瘤胃球菌	ABOU02000049
卵瘤胃球菌	AY169419
瘤胃球菌屬18P13	AJ515913
瘤胃球菌屬物種5_1_39BFAA	ACII01000172
瘤胃球菌屬物種9SE51	FM954974
瘤胃球菌屬物種ID8	AY960564
瘤胃球菌屬物種K_1	AB222208
扭鏈瘤胃球菌	AAVP02000002
邦戈爾沙門氏菌	NR_041699
腸炎沙門氏菌	NC_011149
腸炎沙門氏菌	NC_011205
腸炎沙門氏菌	DQ344532
腸炎沙門氏菌	ABEH02000004
腸炎沙門氏菌	ABAK02000001
腸炎沙門氏菌	NC_011080
腸炎沙門氏菌	EU118094
腸炎沙門氏菌	NC_011094
腸炎沙門氏菌	AE014613
腸炎沙門氏菌	ABFH02000001
腸炎沙門氏菌	ABEM01000001
腸炎沙門氏菌	ABAM02000001
鼠傷寒沙門氏菌	DQ344533
鼠傷寒沙門氏菌	AF170176
蛛形月形單胞菌	HM596274
魚月形單胞菌	GQ422719
福氏月形單胞菌	AF287803
月形單胞菌屬基因種C1	AY278627
月形單胞菌屬基因種C2	AY278628
月形單胞菌屬基因種P5	AY341820
月形單胞菌屬基因種P6 口腔殖株MB3_C41	DQ003636
月形單胞菌屬基因種P7 口腔殖株MB5_C08	DQ003627
月形單胞菌屬基因種P8 口腔殖株MB5_P06	DQ003628
損傷月形單胞菌	AF287802
有害月形單胞菌	GU470909
反芻動物月形單胞菌	NR_075026
月形單胞菌屬FOBRC9	HQ616378
月形單胞菌屬口腔殖株FT050	AY349403
月形單胞菌屬物種口腔殖株GI064	AY349404
月形單胞菌屬物種口腔殖株GT010	AY349405
月形單胞菌屬物種口腔殖株HU051	AY349406
月形單胞菌屬物種口腔殖株IK004	AY349407
月形單胞菌屬物種口腔殖株IQ048	AY349408
月形單胞菌屬物種口腔殖株JI021	AY349409
月形單胞菌屬物種口腔殖株JS031	AY349410
月形單胞菌屬物種口腔殖株OH4A	AY947498
月形單胞菌屬口腔殖株P2PA_80 P4	AY207052
月形單胞菌屬口腔分類群137	AENV01000007
月形單胞菌屬物種口腔分類群149	AEEJ01000007
生痰月形單胞菌	ACKP02000033
居泉沙雷菌	NR_025339
液化沙雷菌	NR_042062
黏質沙雷菌	GU826157
臭味沙雷菌	ADBY01000001
變形班沙雷菌	AAUN01000015
波伊德氏志賀氏菌	AAKA01000007
痢疾志賀氏菌	NC_007606
福氏志賀氏菌	AE005674
宋內志賀氏菌	NC_007384
糞鞘胺醇桿菌	NR_025537
水氏鞘胺醇桿菌	JF708889
多食鞘胺醇桿菌	NR_040953
食神鞘胺醇桿菌	ACHA02000013
刺狀鞘胺醇單胞菌	NR_024700
鞘胺醇單胞菌屬口腔殖株FI012	AY349411
鞘胺醇單胞菌屬物種口腔殖株FZ016	AY349412
鞘胺醇單胞菌屬口腔分類群A09	HM099639
鞘胺醇單胞菌屬物種口腔分類群F71	HM099645
葡萄球菌科細菌NML 92_0017	AY841362
金黃色葡萄球菌	CP002643
耳葡萄球菌	JQ624774
頭狀葡萄球菌	ACFR01000029
山羊葡萄球菌	ACRH01000033
肉葡萄球菌	NR_075003
科氏葡萄球菌	JN175375
香料葡萄球菌	NR_029345
表皮葡萄球菌	ACHE01000056
馬胃葡萄球菌	NR_027520
弗氏葡萄球菌	NR_041326
溶血性葡萄球菌	NC_007168
人葡萄球菌	AM157418
路鄧葡萄球菌	AEQA01000024
巴氏葡萄球菌	FJ189773
假中間葡萄球菌	CP002439
解糖葡萄球菌	NR_029158
腐生性葡萄球菌	NC_007350
松鼠葡萄球菌	NR_025520
葡萄球菌屬殖株bottae7	AF467424
葡萄球菌屬H292	AB177642
葡萄球菌屬物種H780	AB177644
琥珀酸葡萄球菌	NR_028667
小牛葡萄球菌	NR_024670
瓦氏葡萄球菌	ACPZ01000009
木糖葡萄球菌	AY395016
念珠狀鏈桿菌	NR_027615
無乳鏈球菌	AAJO01000130
非解乳鏈球菌	NR_041781
咽峽炎鏈球菌	AECT01000011
澳大利亞鏈球菌	AEQR01000024
牛鏈球菌	AEEL01000030
犬鏈球菌	AJ413203
星座鏈球菌	AY277942
脊鏈球菌	AEVC01000028
道恩鏈球菌	AEKN01000002
停乳鏈球菌	AP010935
馬鏈球菌	CP001129
馬腸鏈球菌	AEVB01000043
解沒食子酸鏈球菌	FR824043
鏈球菌屬基因種C1	AY278629
鏈球菌屬基因種C2	AY278630
鏈球菌屬基因種C3	AY278631
鏈球菌屬基因種C4	AY278632
鏈球菌屬基因種C5	AY278633
鏈球菌屬基因種C6	AY278634
鏈球菌屬基因種C7	AY278635
鏈球菌屬基因種C8	AY278609
戈登氏鏈球菌	NC_009785
小兒鏈球菌	ABJK02000017
嬰兒鏈球菌	AFNN01000024
中間鏈球菌	NR_028736
巴黎鏈球菌	NR_037096
馬賽鏈球菌	AY769997
米勒鏈球菌	X81023
緩症鏈球菌	AM157420
突變鏈球菌	AP010655
寡發酵鏈球菌	AY099095
口腔鏈球菌	ADMV01000001
副血鏈球菌	AEKM01000012
巴氏鏈球菌	AP012054
泛口腔鏈球菌	AEVF01000016
肺炎鏈球菌	AE008537
豕鏈球菌	EF121439
假性肺炎鏈球菌	FJ827123
假豕鏈球菌	AENS01000003
釀膿鏈球菌	AE006496
鼠鏈球菌	X58304
唾液鏈球菌	AGBV01000001
血鏈球菌	NR_074974
中華鏈球菌	AF432857
鏈球菌屬16362	JN590019
鏈球菌屬2_1_36FAA	ACOI01000028
鏈球菌屬2285_97	AJ131965
鏈球菌屬物種69130	X78825
鏈球菌屬物種AC15	HQ616356
鏈球菌屬物種ACS2	HQ616360
鏈球菌屬物種AS20	HQ616366
鏈球菌屬物種BS35a	HQ616369
鏈球菌屬物種C150	ACRI01000045
鏈球菌屬物種CM6	HQ616372
鏈球菌屬物種CM7	HQ616373
鏈球菌屬物種ICM10	HQ616389
鏈球菌屬物種ICM12	HQ616390
鏈球菌屬物種ICM2	HQ616386
鏈球菌屬物種ICM4	HQ616387
鏈球菌屬物種ICM45	HQ616394
鏈球菌屬物種M143	ACRK01000025
鏈球菌屬物種M334	ACRL01000052
鏈球菌屬物種OBRC6	HQ616352
鏈球菌屬物種口腔殖株ASB02	AY923121
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCA03	DQ272504
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCA04	AY923116
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCA09	AY923119
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCB04	AY923123
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCB06	AY923124
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCC04	AY923127
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCC05	AY923128
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCC12	DQ272507
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCD01	AY923129
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCD09	AY923130
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCD10	DQ272509
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCE03	AY923134
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCE04	AY953253
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCE05	DQ272510
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCE06	AY923135
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCE09	AY923136
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCE10	AY923137
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCE12	AY923138
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCF05	AY923140
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCF07	AY953255
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCF09	AY923142
鏈球菌屬物種口腔殖株ASCG04	AY923145
鏈球菌屬物種口腔殖株BW009	AY005042
鏈球菌屬物種口腔殖株CH016	AY005044
鏈球菌屬物種口腔殖株GK051	AY349413
鏈球菌屬物種口腔殖株GM006	AY349414
鏈球菌屬口腔殖株P2PA_41 P2	AY207051
鏈球菌屬物種口腔殖株P4PA_30 P4	AY207064
鏈球菌屬口腔分類群071	AEEP01000019
鏈球菌屬口腔分類群G59	GU432132
鏈球菌屬物種口腔分類群G62	GU432146
鏈球菌屬物種口腔分類群G63	GU432150
鏈球菌屬物種SHV515	Y07601
豬鏈球菌	FM252032
嗜熱鏈球菌	CP000419
乳房鏈球菌	HQ391900
尿鏈球菌	DQ303194
前庭鏈球菌	AEKO01000008
綠色鏈球菌	AF076036
莫比利尼薩特菌	AJ832129
帕維魯布拉柴維爾特菌	AB300989
血根薩特菌	AJ748647
薩特菌屬YIT 12072	AB491210
犬糞薩特菌	NR_025600
華德薩特菌	ADMF01000048
互養菌屬基因種C1	AY278615
互養菌屬RMA 14551	DQ412722
互養菌門細菌ADV897	GQ258968
互養菌門細菌LBVCM1157	GQ258969
互養菌門細菌口腔分類群362	GU410752
互養菌門細菌口腔分類群D48	GU430992
Turicibacter sanguinis	AF349724
非典型韋榮氏球菌	AEDS01000059
殊異韋榮氏球菌	ACIK02000021
韋榮氏球菌屬基因種P1 口腔殖株MB5_P17	DQ003631
蒙皮立韋榮氏球菌	AF473836
小韋榮氏球菌	ADFU01000009
韋榮氏球菌屬3_1_44	ADCV01000019
韋榮氏球菌屬6_1_27	ADCW01000016
韋榮氏球菌屬ACP1	HQ616359
韋榮氏球菌屬物種AS16	HQ616365
韋榮氏球菌屬物種BS32b	HQ616368
韋榮氏球菌屬物種ICM51a	HQ616396
韋榮氏球菌屬物種MSA12	HQ616381
韋榮氏球菌屬NVG 100cf	EF108443
韋榮氏球菌屬物種OK11	JN695650
韋榮氏球菌屬口腔殖株ASCA08	AY923118
韋榮氏球菌屬物種口腔殖株ASCB03	AY923122
韋榮氏球菌屬物種口腔殖株ASCG01	AY923144
韋榮氏球菌屬物種口腔殖株ASCG02	AY953257
韋榮氏球菌屬物種口腔殖株OH1A	AY947495
韋榮氏球菌屬口腔分類群158	AENU01000007
韋榮氏球菌科細菌口腔分類群131	GU402916
韋榮氏球菌科細菌口腔分類群155	GU470897
霍亂弧菌	AAUR01000095
河流弧菌	X76335
弗氏弧菌	CP002377
擬態弧菌	ADAF01000001
副溶血性弧菌	AAWQ01000116
弧菌屬RC341	ACZT01000024
創傷弧菌	AE016796
阿氏耶爾森氏菌	AJ871363
阿裡克謝耶爾森氏菌	AJ627597
貝氏耶爾森氏菌	AF366377
小腸結腸炎耶爾森菌	FR729477
弗氏耶爾森氏菌	AF366379
中間耶爾森氏菌	AF366380
克裡斯滕耶爾森氏菌	ACCA01000078
莫氏耶爾森氏菌	NR_027546
鼠疫耶爾森氏菌	AE013632
假結核耶爾森氏菌	NC_009708
羅氏耶爾森氏菌	ACCD01000071

[表 3 ]：示例性細菌菌株

菌株	保藏號
古氏副擬桿菌	PTA-126574
動物雙歧桿菌乳酸亞種菌株A	PTA-125097
馬賽布勞特氏菌菌株A	PTA-125134
普雷沃菌屬菌株B	NRRL accession Number B 50329
棲組織普雷沃菌	PTA-126140
布勞特氏菌菌株A	PTA-125346
乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A	PTA-125368
唾液乳桿菌	PTA-125893
活潑瘤胃球菌菌株	PTA-125706
納西利斯泰澤菌菌株	PTA-125707
解苯副梭菌	PTA-125894
活潑瘤胃球菌（又稱Mediterraneibacter gnavus ）	PTA-126695
小韋榮氏球菌	PTA-125710
非典型韋榮氏球菌菌株A	PTA-125709
非典型韋榮氏球菌菌株B	PTA-125711
小韋榮氏球菌菌株A	PTA-125691
小韋榮氏球菌菌株B	PTA-125711
當別町韋榮氏球菌菌株A	PTA-125708
阿加薩桿菌屬物種	PTA-125892
Turicibacter sanguinis	PTA-125889
類肺炎克雷伯氏菌擬肺炎亞種	PTA-125891
催產克雷伯氏菌	PTA-125890
巨型球菌屬物種菌株A	PTA-126770
巨型球菌屬物種	PTA-126837
Harryflintia acetispora	PTA-126694
Fournierella massiliensis	PTA-126696

經修飾的細菌和mEV

在一些方面，本文描述的細菌和/或mEV（例如smEV和/或pmEV）經修飾，使得它們包含、連接至和/或結合治療性部分。

在一些實施方式中，治療性部分係癌症特異性部分。在一些實施方式中，癌症特異性部分對癌細胞具有結合特異性（例如對癌症特異性抗原具有結合特異性）。在一些實施方式中，癌症特異性部分包含抗體或其抗原結合片段。在一些實施方式中，癌症特異性部分包含T細胞受體或嵌合抗原受體（CAR）。在一些實施方式中，癌症特異性部分包含表現於癌細胞表面上受體的配位基或其受體結合片段。在一些實施方式中，癌症特異性部分係二分（bipartite）融合蛋白，其具有兩個部分：結合至和/或連接至細菌的第一部分及可結合至癌細胞（例如藉由對癌症特異性抗原具有結合特異性）的第二部分。在一些實施方式中，第一部分係全長肽聚糖識別蛋白（諸如PGRP）的片段或全長肽聚糖識別蛋白。在一些實施方式中，第一部分對mEV具有結合特異性（例如藉由對細菌抗原具有結合特異性）。在一些實施方式中，第一和/或第二部分包含抗體或其抗原結合片段。在一些實施方式中，第一和/或第二部分包含T細胞受體或嵌合抗原受體（CAR）。在一些實施方式中，第一和/或第二部分包含表現於癌細胞表面上受體的配位基或其受體結合片段。在某些實施方式中，癌症特異性部分及藥劑的共投與（組合投與或分開投與）增加藥劑靶向癌細胞。

在一些實施方式中，本文描述的細菌和/或mEV可以是經修飾的，使得它們包含、連接至和/或結合磁性和/或順磁性部分（例如磁珠）。在一些實施方式中，磁性和/或順磁性部分包含細菌和/或直接連接至細菌。在一些實施方式中，磁性和/或順磁性部分連接至結合至細菌或mEV的細菌或mEV結合部分的一部分和/或為結合至細菌或mEV的細菌或mEV結合部分的一部分。在一些實施方式中，細菌或mEV結合部分係全長肽聚糖識別蛋白（諸如PGRP）的片段或全長肽聚糖識別蛋白。在一些實施方式中，細菌或mEV結合部分具有對細菌或mEV的結合特異性（例如藉由對細菌抗原具有結合特異性）。在一些實施方式中，細菌或mEV結合部分包含抗體或其抗原結合片段。在一些實施方式中，細菌或mEV結合部分包含T細胞受體或嵌合抗原受體（CAR）。在一些實施方式中，細菌或mEV結合部分包含表現於癌細胞表面上受體的配位基或其受體結合片段。在某些實施方式中，磁性和/或順磁性部分及細菌或mEV的共投與（一起投與或分開投與）可用以增加mEV靶向（例如靶向癌症細胞和/或受試者存在癌細胞的一部分）。經加工的微生物胞外囊泡（pmEV）的產生

在某些方面，本文描述的pmEV可以使用本領域已知的任何方法製備。

在一些實施方式中，在沒有pmEV純化步驟的情況下製備pmEV。例如，在一些實施方式中，本文描述的pmEV自其釋放的細菌藉由使用讓細菌pmEV保持完整之方法被殺死且將所得的細菌組分（包括pmEV）用於本文描述之方法及組成物中。在一些實施方式中，該等細菌藉由使用抗生素（例如，使用本文描述的抗生素）被殺死。在一些實施方式中，該等細菌藉由使用UV照射被殺死。

在一些實施方式中，本文所述之pmEV純化自一種或多種其他細菌組分。從細菌（和視需要的其他細菌組分）純化pmEV之方法係本領域已知的。在一些實施方式中，pmEV藉由使用Thein, 等人.（J. Proteome Res. [蛋白質組學研究雜誌] 9 (12): 6135-6147 (2010)）或Sandrini, 等人.（Bio-protocol [生物方案] 4 (21): e1287 (2014)）中描述之方法從細菌培養物製備，該等文獻的各者以全文引用的方式併入本文中。在一些實施方式中，該等細菌經培養至高光密度及然後經離心以使細菌集結成粒（例如，在室溫或4°C下10,000-15,000 x g 10-15分鐘）。在一些實施方式中，丟棄上清液，並將細胞沈澱物在-80°C冷凍。在一些實施方式中，將細胞沈澱物在冰上解凍，並重懸於補充有1 mg/mL DNA酶I的100 mM Tris-HCl（pH 7.5）中。在一些實施方式中，在製造商建議的條件下使用Emulsiflex C-3（奧維斯丁公司（Avestin, Inc.））裂解細胞。在一些實施方式中，藉由在4°C下以10,000 x g離心15分鐘來沈澱碎片和未裂解的細胞。在一些實施方式中，然後將上清液在4°C下以120,000 x g離心1小時。在一些實施方式中，將沈澱物重懸於冰冷的pH 11的100 mM碳酸鈉中，在4°C下攪拌孵育1小時，然後在4°C下以120,000 x g離心1小時。在一些實施方式中，將沈澱重懸於pH 7.5的100 mM Tris-HCl中，在4°C下以120,000 x g再離心20分鐘，然後重懸於0.1 M Tris-HCl（pH 7.5）中或於PBS中。在一些實施方式中，樣本被存儲在-20°C。

在某些方面，pmEV係藉由改編自Sandrini等人（2014年）之方法獲得的。在一些實施方式中，細菌培養物在室溫或4°C下以10,000-15,500 x g離心10-15分鐘。在一些實施方式中，將細胞沈澱物在-80°C冷凍，並丟棄上清液。在一些實施方式中，將細胞沈澱物在冰上解凍，並重懸於10 mM Tris-HCl（pH 8.0）、補充有0.1 mg/mL溶菌酶的1 mM EDTA中。在一些實施方式中，將樣本在室溫或37°C下混合孵育30分鐘。在一些實施方式中，將樣本在-80°C下再次冷凍並再次在冰上解凍。在一些實施方式中，添加DNA酶I至終濃度為1.6 mg/mL，並添加MgCl2至終濃度為100 mM。在一些實施方式中，使用QSonica Q500超音波儀以30秒開啟和30秒關閉的7個循環對樣本進行超音波處理。在一些實施方式中，藉由在4°C下以10,000 x g離心15分鐘來沈澱碎片和未裂解的細胞。在一些實施方式中，然後將上清液在4°C下以110,000 x g離心15分鐘。在一些實施方式中，將沈澱重懸於10 mM Tris-HCl（pH 8.0）、2%曲通X-100中，並在室溫下混合孵育30-60分鐘。在一些實施方式中，將樣本在4°C下以110,000 x g離心15分鐘。在一些實施方式中，將沈澱物重懸於PBS中並儲存在-20°C。

在某些方面，本文所述之形成（例如，製備）分離的細菌pmEV之方法包括以下步驟：(a) 離心細菌培養物，從而形成第一沈澱物和第一上清液，其中該第一沈澱物包含細胞；(b) 丟棄該第一上清液；(c) 將該第一沈澱物重懸於溶液中；(d) 裂解細胞；(e) 離心裂解的細胞，從而形成第二沈澱物和第二上清液；(f) 丟棄該第二沈澱物並離心該第二上清液，從而形成第三沈澱物和第三上清液；(g) 丟棄該第三上清液並將該第三沈澱物重懸於第二溶液中，從而形成分離的細菌pmEV。

在一些實施方式中，方法還包括以下步驟：(h) 離心步驟 (g) 的溶液，從而形成第四沈澱物和第四上清液；(i) 丟棄該第四上清液，並將該第四沈澱物重懸於第三溶液中。在一些實施方式中，方法還包括以下步驟：(j) 離心步驟 (i) 的溶液，從而形成第五沈澱物和第五上清液；和 (k) 丟棄該第五上清液，並將該第五沈澱物重懸於第四溶液中。

在一些實施方式中，步驟 (a) 的離心係以10,000 x g進行的。在一些實施方式中，步驟 (a) 的離心進行10-15分鐘。在一些實施方式中，步驟 (a) 的離心係在4°C或室溫下進行的。在一些實施方式中，步驟 (b) 還包括將第一沈澱物在-80°C冷凍。在一些實施方式中，步驟 (c) 中的溶液係補充有1 mg/ml DNA酶I的100 mM Tris-HCl（pH 7.5）。在一些實施方式中，步驟 (c) 中的溶液係10 mM Tris-HCl（pH 8.0）、1 mM EDTA，補充有0.1 mg/ml溶菌酶。在一些實施方式中，步驟 (c) 還包括在37°C或室溫下孵育30分鐘。在一些實施方式中，步驟 (c) 還包括將第一沈澱物在-80°C冷凍。在一些實施方式中，步驟 (c) 還包括將DNA酶I添加至1.6 mg/ml的終濃度。在一些實施方式中，步驟 (c) 還包括添加MgCl₂ 至100 mM的終濃度。在一些實施方式中，在步驟 (d) 中藉由勻漿裂解細胞。在一些實施方式中，在步驟 (d) 中藉由emulsiflex C3裂解細胞。在一些實施方式中，在步驟 (d) 中藉由超音波裂解細胞。在一些實施方式中，將細胞超音波處理7個循環，其中每個循環包括30秒的超音波處理和30秒的不超音波處理。在一些實施方式中，步驟 (e) 的離心係以10,000 x g進行的。在一些實施方式中，步驟 (e) 的離心進行15分鐘。在一些實施方式中，步驟 (e) 的離心係在4°C或室溫下進行的。

在一些實施方式中，步驟 (f) 的離心係以120,000 x g進行的。在一些實施方式中，步驟 (f) 的離心係以110,000 x g進行的。在一些實施方式中，步驟 (f) 的離心進行1小時。在一些實施方式中，步驟 (f) 的離心進行15分鐘。在一些實施方式中，步驟 (f) 的離心係在4°C或室溫下進行的。在一些實施方式中，步驟 (g) 中的第二溶液係pH 11的100 mM碳酸鈉。在一些實施方式中，步驟 (g) 中的第二溶液係10 mM Tris-HCl pH 8.0、2%曲通X-100。在一些實施方式中，步驟 (g) 還包括將溶液在4°C下孵育1小時。在一些實施方式中，步驟 (g) 還包括將溶液在室溫下孵育30-60分鐘。在一些實施方式中，步驟 (h) 的離心係以120,000 x g進行的。在一些實施方式中，步驟 (h) 的離心係以110,000 x g進行的。在一些實施方式中，步驟 (h) 的離心進行1小時。在一些實施方式中，步驟 (h) 的離心進行15分鐘。在一些實施方式中，步驟 (h) 的離心係在4°C或室溫下進行的。在一些實施方式中，步驟 (i) 中的第三溶液係100 mM Tris-HCl（pH 7.5）。在一些實施方式中，步驟 (i) 中的第三溶液係PBS。在一些實施方式中，步驟 (j) 的離心係以120,000 x g進行的。在一些實施方式中，步驟 (j) 的離心進行20分鐘。在一些實施方式中，步驟 (j) 的離心係在4°C或室溫下進行的。在一些實施方式中，步驟 (k) 中的第四溶液係100 mM Tris-HCl（pH 7.5）或PBS。

藉由本文提供之方法獲得的pmEV可藉由基於尺寸的柱層析法、藉由親和層析法及藉由梯度超離心，使用可包括但不限於使用蔗糖梯度或Optiprep梯度之方法加以進一步純化。簡言之，在使用蔗糖梯度方法時，如果使用硫酸銨沈澱或超離心來濃縮經過濾上清液，將沈澱物重懸於60%蔗糖、30 mM pH 8.0 Tris中。如果使用過濾來濃縮經過濾上清液，則使用Amicon Ultra柱將濃縮物緩衝液交換至60%蔗糖、30 mM pH 8.0 Tris中。將樣本施加至35%-60%不連續蔗糖梯度中並在4°C下以200,000 × g離心持續3-24小時。簡言之，在使用Optiprep梯度方法時，如果使用硫酸銨沈澱或超離心來濃縮經過濾上清液，則將集結粒重懸於PBS中的35% Optiprep中。在一些實施方式中，如果使用過濾來濃縮經過濾上清液，則使用60% Optiprep將濃縮物稀釋至最終濃度為35% Optiprep。將樣本施加至35%-60%不連續蔗糖梯度中並在4°C下以200,000 × g離心持續3-24小時。

在一些實施方式中，為證實pmEV製劑的無菌性及分離，將pmEV連續稀釋至瓊脂培養基（其用於測試中的細菌的例行培養）上，並使用例行條件進行培養。使未經滅菌的製劑通過0.22 um過濾器以去除完整細胞。為進一步增加純度，分離的pmEV可用DNA酶或蛋白酶K處理。

在一些實施方式中，pmEV製劑的無菌性可藉由將一部分pmEV接種至瓊脂培養基（其用於用以產生pmEV的細菌的標準培養）上及使用標準條件進行培養加以證實。

在一些實施方式中，藉由層析法及pmEV上的結合表面部分來分離所選pmEV並富集。在其他實施方式中，所選pmEV藉由螢光細胞分選藉由使用親和試劑、化學染料、重組蛋白之方法或熟悉該項技術者已知的其他方法分離和/或富集。

可以對pmEV進行分析，例如，如Jeppesen等人Cell [細胞] 177: 428 (2019) 所述。

在一些實施方式中，凍乾pmEV。

在一些實施方式中，pmEV經γ照射（例如，以17.5或25 kGy）。

在一些實施方式中，pmEV被UV照射。

在一些實施方式中，pmEV被熱滅活（例如，在50°C下兩小時或在90°C下兩小時）。

在一些實施方式中，pmEV被酸處理。

在一些實施方式中，pmEV經氧噴射（例如，以0.1 vvm持續兩小時）。

生長階段會影響細菌的數量或性質。例如，在本文提供的pmEV製備方法中，可以例如在對數生長期開始時、在對數生長期的中間時、和/或一旦達到穩定生長期時從培養物中分離pmEV。分泌型微生物胞外囊泡（smEV）的產生

在某些方面，本文描述的smEV可以使用本領域已知的任何方法製備。

在一些實施方式中，在沒有smEV純化步驟的情況下製備smEV。例如，在一些實施方式中，本文描述的細菌藉由使用讓smEV保持完整之方法被殺死且將所得的細菌組分（包括smEV）用於本文描述之方法及組成物中。在一些實施方式中，該等細菌藉由使用抗生素（例如，使用本文描述的抗生素）被殺死。在一些實施方式中，該等細菌藉由使用UV照射被殺死。在一些實施方式中，細菌被熱殺死。

在一些實施方式中，本文所述之smEV純化自一種或多種其他細菌組分。用於自細菌純化smEV之方法為本領域中已知。在一些實施方式中，smEV藉由使用S. Bin Park等人, PLoS ONE. 6 (3): e17629 (2011) 或G. Norheim等人, PLoS ONE. [公共科學圖書館·綜合] 10 (9): e0134353 (2015) 或Jeppesen等人 Cell [細胞] 177: 428 (2019) 中描述之方法製備自細菌培養物，該等文獻的各者以全文引用的方式併入本文中。在一些實施方式中，該等細菌經培養至高光密度及然後經離心以使細菌沈澱（例如，在4°C下以10,000 x g離心30 min，在4°C下以15,500 x g離心15 min）。在一些實施方式中，然後使培養上清液通過過濾器以排除完整細菌細胞（例如，0.22 µm過濾器）。在一些實施方式中，然後對上清液進行切向流過濾，在此過程中，將上清液濃縮，除去小於100 kDa的物質，並用PBS對培養基進行部分交換。在一些實施方式中，經過濾的上清液經離心以使細菌smEV沈澱（例如，在4°C下以100,000至150,000 x g離心1至3小時，在4°C下以200,000 x g離心1至3小時）。在一些實施方式中，該等smEV藉由重懸所得smEV沈澱物（例如，於PBS中），並將重懸的smEV施用至Optiprep（碘克沙醇）梯度或梯度（例如30%至60%不連續的梯度、0-45%不連續的梯度），接著離心（例如，在4°C下以200,000 x g離心4至20小時）加以進一步純化。可以收集smEV帶，用PBS稀釋並離心以使smEV沈澱（例如，在4°C下以150,000 x g離心3小時，在4°C下以200,000 x g離心1小時）。純化的smEV可經儲存（例如，在-80°C或-20°C下）直至使用。在一些實施方式中，該等smEV藉由用DNA酶和/或蛋白酶K處理加以進一步純化。

例如，在一些實施方式中，細菌的培養物可在4°C下以11,000 x g離心20至40分鐘以使細菌沈澱。可使培養上清液通過0.22 µm過濾器以排除完整細菌細胞。然後可使用可包括但不限於硫酸銨沈澱、超離心或過濾之方法濃縮經過濾的上清液。例如，就硫酸銨沈澱而言，可將1.5-3 M硫酸銨緩慢添加至經過濾的上清液，同時在4°C下攪拌。可在4°C下將沈澱培養8至48小時及然後在4°C下以11,000 x g離心20至40分鐘。所得沈澱物含有細菌smEV及其他碎片。可使用超離心，經過濾的上清液在4°C下以100,000至200,000 x g離心1至16小時。此離心的沈澱物含有細菌smEV和其他碎片（例如大蛋白複合物）。在一些實施方式中，使用過濾技術，如藉由使用Amicon超自旋過濾器或藉由切向流過濾，上清液可經過濾以便於保留分子量＞ 50或100 kDa的物質。

可替代地，例如藉由將生物反應器連接至細胞培養交替切向流（ATF）系統（例如來自Repligen的XCell ATF），可在生長期間或在生長期間的選定時間點，從細菌培養物連續獲得smEV。該ATF系統保留完整細胞（＞ 0.22 um）於生物反應器中，及容許較小組分（例如，smEV、游離蛋白質）通過過濾器以供收集。例如，該系統可經結構設計使得＜ 0.22 um濾液然後通過100 kDa的第二過濾器，容許收集如在0.22 µm與100 kDa之間的smEV的物質，並將小於100 kDa的種類泵送回生物反應器中。可替代地，該系統可經結構設計以容許生物反應器中的培養基在培養物的生長期間得到補充和/或修飾。藉由此方法收集的smEV可藉由如上文描述用於經過濾的上清液的超離心或過濾進行進一步純化和/或濃縮。

藉由本文提供之方法獲得的smEV可藉由基於尺寸的柱層析法、藉由親和層析法、藉由離子交換層析法及藉由梯度超離心，使用可包括但不限於使用蔗糖梯度或Optiprep梯度之方法加以進一步純化。簡言之，在使用蔗糖梯度方法時，如果使用硫酸銨沈澱或超離心來濃縮經過濾上清液，將沈澱物重懸於60%蔗糖、30 mM pH 8.0 Tris中。如果使用過濾來濃縮經過濾上清液，則使用Amicon Ultra柱將濃縮物緩衝液交換至60%蔗糖、30 mM pH 8.0 Tris中。將樣本施加至35%-60%不連續蔗糖梯度中並在4°C下以200,000 × g離心持續3-24小時。簡而言之，在使用Optiprep梯度方法時，如果使用硫酸銨沈澱或超離心來濃縮經過濾上清液，則將沈澱物重懸於PBS中並向樣本中添加3體積的60% Optiprep。在一些實施方式中，如果使用過濾來濃縮經過濾上清液，則使用60% Optiprep將濃縮物稀釋至最終濃度為35% Optiprep。將樣本施加至0-45%不連續的Optiprep梯度，並在4°C下以200,000 x g離心3至24小時，例如，在4°C下離心4至24小時。

在一些實施方式中，為證實smEV製劑的無菌性及分離，將smEV連續稀釋至瓊脂培養基（其用於測試中的細菌的例行培養）上，並使用例行條件進行培養。使未經滅菌的製劑通過0.22 um過濾器以去除完整細胞。為進一步增加純度，分離的smEV可用DNA酶或蛋白酶K處理。

在一些實施方式中，為製備用於體內注射的smEV，純化的smEV如先前描述進行處理（G. Norheim等人, PLoS ONE. [公共科學圖書館·綜合]10 (9): e0134353 (2015)）。簡而言之，在蔗糖梯度離心後，將含有smEV的帶於含有3%蔗糖的溶液中或熟悉該項技術者已知的適用於體內注射的其他溶液中重懸於50 µg/mL的終濃度。此溶液還可含有濃度為0-0.5%（w/v）的佐劑（例如氫氧化鋁）。在一些實施方式中，為了製備用於體內注射的smEV，將PBS中的smEV無菌過濾至＜ 0.22 um。

在某些實施方式中，為製備與其他測試（例如用以在TEM成像或活體外分析之前去除蔗糖）相容的樣本，使用過濾（例如，Amicon Ultra柱）將樣本緩衝液交換至PBS或30 mM pH 8.0 Tris中，透析，或超離心（200,000 × g，≥ 3小時，4°C）並重懸。

在一些實施方式中，smEV製劑的無菌性可藉由將一部分smEV接種至瓊脂培養基（其用於用以產生smEV的細菌的標準培養）上及使用標準條件進行培養加以證實。

在一些實施方式中，藉由層析法及smEV上的結合表面部分來分離所選smEV並富集。在其他實施方式中，所選smEV藉由螢光細胞分選藉由使用親和試劑、化學染料、重組蛋白之方法或熟悉該項技術者已知的其他方法分離和/或富集。

可以對smEV進行分析，例如，如Jeppesen等人Cell [細胞] 177: 428 (2019) 所述。

在一些實施方式中，凍乾smEV。

在一些實施方式中，smEV經γ照射（例如，以17.5或25 kGy）。

在一些實施方式中，smEV被UV照射。

在一些實施方式中，smEV被熱滅活（例如，在50°C下兩小時或在90°C下兩小時）。

在一些實施方式中，smEV被酸處理。

在一些實施方式中，smEV經氧噴射（例如，以0.1 vvm持續兩小時）。

生長階段會影響細菌和/或細菌產生的smEV的數量或性質。例如，在本文提供的smEV製備方法中，可以例如在對數生長期開始時、在對數生長期的中間時、和/或一旦達到穩定生長期時從培養物中分離smEV。

生長環境（如培養條件）可影響細菌產生smEV的量。例如，smEV誘導因子可以增加smEV的產率，如表4所示。 [表 4 ]：增加 smEV 產率的培養技術

smEV誘導	smEV誘導因子	作用於
溫度
	加熱	應激應答
	RT至37°C溫度變化	模擬感染
	37°C至40°C溫度變化	熱性感染
ROS
	白花丹素	氧化應激應答
	氫過氧化物異丙苯	氧化應激應答
	過氧化氫	氧化應激應答
抗生素
	環丙沙星	細菌SOS應答
	建它黴素	蛋白質合成
	多黏菌素B	外膜
	D-環絲胺酸	細胞壁
滲壓劑
	NaCl	滲透應激
金屬離子應激
	鐵螯合	鐵水平
	EDTA	去除二價陽離子
	低氯化血紅素	鐵水平
培養基添加劑或去除
	乳酸鹽	生長
	胺基酸剝奪	應激
	十六烷	應激
	葡萄糖	生長
	碳酸氫鈉	ToxT誘導
	PQS	水泡劑（vesiculator）（來自細菌）
	二胺 + DFMO	膜錨定（僅negativicutes）
	高營養素	增強的生長
	低營養素
其他機制
	氧	厭氧生物中的氧應激
	無半胱胺酸	厭氧生物中的氧應激
	誘導生物膜或絮凝
	兩階段生長
	噬菌體
	尿素

在本文提供的製備smEV之方法中，該方法可視需要包括在從細菌培養物中分離smEV之前，將細菌培養物暴露於smEV誘導因子。細菌培養物可以在對數生長期開始時、在對數生長期的中間時、和/或一旦達到穩定生長期時暴露於smEV誘導因子。固體劑型組成物

在某些實施方式中，本文提供了包含藥劑的固體劑型，該藥劑含有細菌和/或mEV（例如smEV和/或pmEV）。在一些實施方式中，藥劑可以視需要包含一種或多種另外的組分，例如冷凍保護劑。可以將藥劑凍乾（例如，產生粉末）。藥劑可以與固體劑型中的一種或多種賦形劑（例如藥學上可接受的賦形劑）組合。在一些實施方式中，藥劑可以是（或存在於）藥品、醫療食品、食品或膳食補充劑中。

在某些實施方式中，本文提供了包含含有細菌的藥劑的固體劑型。細菌可以是活細菌（例如，其粉末或生物質）；非活（經殺滅）細菌（例如，其粉末或生物質）；非複製型細菌（例如，其粉末或生物質）；經γ照射的細菌（例如，其粉末或其生物質）；和/或凍乾細菌（例如，其粉末或生物質）。

在某些實施方式中，本文提供了包含含有mEV的藥劑的固體劑型。mEV可來自培養基（例如，培養上清液）。mEV可來自活細菌（例如，其粉末或生物質）；mEV可來自非活（經殺滅）細菌（例如，其粉末或生物質）；mEV可來自非複製型細菌（例如，其粉末或生物質）；mEV可來自經γ照射的細菌（例如，其粉末或生物質）；和/或mEV可來自凍乾細菌（例如，其粉末或生物質）。

在一些實施方式中，藥劑包含基本上或完全不含細菌（例如，整個細菌）（例如，活細菌、經殺滅（例如，被殺死的）細菌、非複製型細菌、減毒細菌）的mEV。在一些實施方式中，藥劑包含mEV及細菌（例如，完整細菌）（例如，活細菌、被殺死的細菌、減毒細菌）。在一些實施方式中，藥劑包含來自本文列舉的細菌菌株或物種中的一種或多種（例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多）的細菌和/或mEV。在一些實施方式中，藥劑包含來自本文列舉的細菌菌株或物種中的一種的細菌和/或mEV。在一些實施方式中，藥劑包含凍乾細菌和/或mEV。在一些實施方式中，藥劑包含經γ照射的細菌和/或mEV。mEV（如smEV和/或pmEV）可以在mEV被分離（如製備）之後進行γ照射。

在一些實施方式中，為定量樣本中存在的mEV（例如smEV和/或pmEV）和/或細菌的數量，可使用電子顯微術（例如，超薄冷凍切片的EM）以觀測mEV（例如smEV和/或pmEV）和/或細菌並計數它們的相對數量。可替代地，可使用奈米顆粒跟蹤分析（NTA）、庫爾特計數或動態光散射（DLS）或該等技術的組合。NTA及庫爾特計數器計數顆粒並顯示它們的尺寸。DLS給出顆粒的粒度分佈，而非濃度。細菌通常具有1至2 um（微米）的直徑。完整範圍係0.2至20 um。來自庫爾特計數及NTA的組合結果可揭示給定樣本中的細菌和/或mEV（如smEV和/或pmEV）數量。庫爾特計數揭示具有0.7至10 um的直徑的顆粒的數量。對於大多數細菌和/或mEV（如smEV和/或pmEV）樣本，僅庫爾特計數器就可以顯示樣本中細菌和/或mEV（如smEV和/或pmEV）的數量。pmEV的直徑係20 nm-600 nm。對於NTA，可以從瑪律文泛分析公司（Malvern Pananlytical）獲得Nanosight儀器。例如，NS300可以在10-2000 nm範圍內視覺化和測量懸浮液中的顆粒。NTA允許計數例如直徑為50-1000 nm的顆粒的數目。DLS揭示具有於1 nm至3 um的近似範圍內的不同直徑的顆粒的分佈。

mEV可以藉由本領域已知的分析方法（例如Jeppesen等人Cell [細胞] 177: 428 (2019)）來表徵。

在一些實施方式中，可以基於顆粒計數來量化細菌和/或mEV。例如，可以使用NTA測量細菌和/或mEV製劑的顆粒數。

在一些實施方式中，可以基於蛋白質、脂質或碳水化合物的量來定量細菌和/或mEV。例如，可以使用布拉德福德測定或BCA來測量細菌和/或製劑的總蛋白含量。

在一些實施方式中，mEV與源細菌或細菌培養物的一種或多種其他細菌組分分離。在一些實施方式中，細菌與源細菌培養物的一種或多種其他細菌組分分離。在一些實施方式中，藥劑還包含其他細菌組分。

在某些實施方式中，從源細菌獲得的mEV製劑可基於亞群的物理特性（例如，大小、密度、蛋白含量、結合親和力）被分級成亞群。然後可以將mEV亞群中的一個或多個併入到本發明之藥劑中。

在某些方面，本文提供了包含用於治療和/或預防疾病（例如癌症、自體免疫性疾病、炎性疾病或代謝性疾病）的細菌和/或mEV（例如smEV和/或pmEV）的藥劑，以及製備和/或鑒定此類細菌和/或mEV之方法，和使用此類藥劑及其固體劑型之方法（例如，單獨或與其他治療劑組合用於治療癌症、自體免疫性疾病、炎性疾病或代謝性疾病）。在一些實施方式中，藥劑包含mEV（如smEV和/或pmEV）及細菌（例如，整個細菌）（例如，活細菌、經殺滅（例如，被殺死的）細菌、非複製型細菌、減毒細菌）。在一些實施方式中，藥劑包含在不存在mEV（例如smEV和/或pmEV）的情況下的細菌。在一些實施方式中，藥劑包含在不存在細菌的情況下的mEV（例如smEV和/或pmEV）。在一些實施方式中，藥劑包含來自本文列舉的細菌菌株或物種中的一種或多種的mEV（例如smEV和/或pmEV）和/或細菌。在一些實施方式中，藥劑包含來自本文列舉的細菌菌株或物種中的一種的mEV（例如smEV和/或pmEV）和/或細菌。

在某些方面，提供了用於向受試者（例如人受試者）投與的藥劑。在一些實施方式中，藥劑與另外的活性和/或非活性材料組合以產生最終產品，其可呈單劑量單位或呈多劑量形式。在一些實施方式中，藥劑與佐劑如免疫佐劑（例如STING促效劑、TLR促效劑或NOD促效劑）組合。

在一些實施方式中，固體劑型包含至少一種碳水化合物。

在一些實施方式中，固體劑型包含至少一種脂質。在一些實施方式中，脂質包含至少一種選自以下的脂肪酸：月桂酸（12 : 0）、肉豆蔻酸（14 : 0）、棕櫚酸（16 : 0）、棕櫚油酸（16 : 1）、珍珠酸（17 : 0）、十七碳烯酸（17 : 1）、硬脂酸（18 : 0）、油酸（18 : 1）、亞油酸（18 : 2）、亞麻酸（18 : 3）、十八碳四烯酸（18 : 4）、花生酸（20 : 0）、二十碳烯酸（20 : 1）、二十碳二烯酸（20 : 2）、二十碳四烯酸（20 : 4）、二十碳五烯酸（20 : 5）（EPA）、二十二烷酸（22 : 0）、二十二碳烯酸（22 : 1）、二十二碳五烯酸（22 : 5）、二十二碳六烯酸（22 : 6）（DHA）及二十四烷酸（24 : 0）。

在一些實施方式中，固體劑型包含至少一種補充礦物質或礦物質源。礦物質的實例包括但不限於：氯化物、鈉、鈣、鐵、鉻、銅、碘、鋅、鎂、錳、鉬、磷、鉀及硒。任一前述礦物質的合適形式包含可溶性礦物質鹽、微溶性礦物質鹽、不溶性礦物質鹽、螯合礦物質、礦物質複合物、非反應性礦物質（例如羰基礦物質及經還原礦物質）及其組合。

在一些實施方式中，固體劑型包含至少一種維生素。至少一種維生素可為脂肪可溶性或水可溶性維生素。合適維生素包括但不限於維生素C、維生素A、維生素E、維生素B12、維生素K、核黃素、菸酸（niacin）、維生素D、維生素B6、葉酸、吡哆醇（pyridoxine）、硫胺素、泛酸及生物素。任一前述物質的合適形式係維生素鹽、維生素衍生物、與維生素具有相同或類似活性的化合物及維生素代謝物。

在一些實施方式中，固體劑型包含賦形劑。合適賦形劑的非限制性實例包含緩衝劑、防腐劑、穩定劑、黏合劑、壓實劑、潤滑劑、分散增強劑、崩散劑、矯味劑、甜味劑及著色劑。

可以包含在固體劑型中的合適賦形劑可以是本領域已知的一種或多種藥學上可接受的賦形劑。例如，參見Rowe, Sheskey, 和Quinn編輯,Handbook of Pharmaceutical Excipients [藥物賦形劑手冊], 第六版 2009; Pharmaceutical Press and American Pharmacists Association [製藥出版社和美國藥劑師協會]。固體劑型

本文所述之固體劑型可以是，例如片劑或微型片劑。此外，多個微型片劑可以處於（例如，裝入）膠囊中。

在一些實施方式中，固體劑型包括膠囊。在一些實施方式中，膠囊係00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。在一些實施方式中，膠囊係0號膠囊。如本文所用，膠囊的尺寸係指在應用腸溶包衣之前的片劑的尺寸。在一些實施方式中，在裝入之後（並且在腸溶包衣膠囊之前）將膠囊鑲邊。在一些實施方式中，將膠囊用基於HPMC的鑲邊溶液鑲邊。

在一些實施方式中，固體劑型包含片劑（＞ 4 mm）（例如5 mm-17 mm）。例如，片劑係5 mm、6 mm、7 mm、8 mm、9 mm、10 mm、11 mm、12 mm、13 mm、14 mm、15 mm、16 mm、17 mm或18 mm片劑。如本領域中已知的，尺寸係指片劑的直徑。如本文所用，片劑的尺寸係指在應用腸溶包衣之前的片劑的尺寸。

在一些實施方式中，固體劑型包括微型片劑。微型片劑的尺寸範圍可以為1 mm-4 mm。例如，微型片劑可以是1 mm微型片劑、1.5 mm微型片劑、2 mm微型片劑、3 mm微型片劑或4 mm微型片劑。如本領域中已知的，尺寸係指微型片劑的直徑。如本文所用，微型片劑的尺寸係指在應用腸溶包衣之前的微型片劑的尺寸。

微型片劑可以是在膠囊中。該膠囊可以是00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。包含微型片劑的膠囊可以包含HPMC（羥丙基甲基纖維素）或明膠。微型片劑可以放在膠囊內：膠囊內的微型片劑的數量將取決於膠囊的尺寸和微型片劑的尺寸。例如，0號膠囊可容納31-35（平均33）個3 mm的微型片劑。在一些實施方式中，膠囊在裝入後鑲邊。在一些實施方式中，將膠囊用基於HPMC的鑲邊溶液鑲邊。包衣：

本文所述之固體劑型（例如膠囊劑、片劑或微型片劑）可以用例如一層腸溶包衣或兩層腸溶包衣（例如，內部腸溶包衣和外部腸溶包衣）進行腸溶包衣。內部腸溶包衣和外部腸溶包衣不相同（例如，內部腸溶包衣和外部腸溶包衣不包含相同量的相同組分）。腸溶包衣允許例如在小腸中釋放藥劑。

藥劑在小腸中的釋放允許藥劑靶向並影響位於該等特定位置的細胞（例如，上皮細胞和/或免疫細胞），例如，這可能在胃腸道中引起局部作用和/或引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）。

尤特奇係各種各樣的基於聚甲基丙烯酸酯的共聚物的商標名稱。它包括基於甲基丙烯酸和甲基丙烯酸/丙烯酸酯或其衍生物的陰離子、陽離子和中性共聚物。

可用於腸溶包衣（例如，一層腸溶包衣或內部腸溶包衣和/或外部腸溶包衣）的其他材料的實例包括鄰苯二甲酸乙酸纖維素（CAP）、偏苯三酸乙酸纖維素（CAT）、聚醋酸乙烯鄰苯二甲酸酯（PVAP）、羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯（HPMCP）、脂肪酸、蠟、蟲膠（紫膠桐酸的酯）、塑膠、植物纖維、玉米醇溶蛋白、Aqua-Zein®（不含醇的水性玉米醇溶蛋白配製物）、直鏈型澱粉類澱粉、澱粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纖維素、羥丙基甲基醋酸琥珀酸纖維素（醋酸羥丙甲纖維素琥珀酸酯）、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、和/或海藻酸鈉。

腸溶包衣（例如，一層腸溶包衣或內部腸溶包衣和/或外部腸溶包衣）可以包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1 : 1）。

該層腸溶包衣可以包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1 : 1）（例如Kollicoat MAE 100P）。

該層腸溶包衣可包含尤特奇共聚物，例如尤特奇L（例如尤特奇L 100-55；尤特奇L 30 D-55），尤特奇S、尤特奇RL、尤特奇RS、尤特奇E、或尤特奇FS（例如尤特奇FS 30 D）。

可以在腸溶包衣中使用的材料的其他實例（例如，一層腸溶包衣或內部腸溶包衣和/或外部腸溶包衣）包括在如下中描述的那些，例如U.S. 6312728；U.S. 6623759；U.S. 4775536；U.S. 5047258；U.S. 5292522；U.S. 6555124；U.S. 6638534；U.S. 2006/0210631；U.S. 2008/200482；U.S. 2005/0271778；U.S. 2004/0028737；WO 2005/044240。

還參見，例如，U.S. 9233074，其提供了可與本文提供的固體劑型一起使用的pH依賴性腸溶聚合物，包括甲基丙烯酸共聚物、聚乙酸乙烯酯鄰苯二甲酸酯、羥丙基甲基纖維素乙酸琥珀酸酯、羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯和乙酸鄰苯二甲酸纖維素；合適的甲基丙烯酸共聚物包括：聚(甲基丙烯酸, 甲基丙烯酸甲酯) 1 : 1固體，例如以商品名尤特奇L100出售；聚(甲基丙烯酸, 丙烯酸乙酯) 1 : 1固體，例如以商品名尤特奇L100-55出售；部分中和的聚(甲基丙烯酸, 丙烯酸乙酯) 1 : 1固體，例如以商品名Kollicoat MAE-100P出售；以及聚(甲基丙烯酸, 甲基丙烯酸甲酯) 1 : 2固體，例如以尤特奇S100商品名出售的。

在一些實施方式中，固體劑型包括例如在腸溶包衣（例如，一層腸溶包衣）下的粉衣層。粉衣層可以例如用於視覺上掩蓋藥劑的外觀。劑量

藥劑的劑量（例如，對於人類受試者）係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中使用的全部微型片劑的劑量。

在藉由總細胞計數確定劑量的實施方式中，可以藉由Coulter計數器確定的總細胞計數。

在其中藥劑包含mEV的一些實施方式中，mEV的劑量為約2 x 10⁶ 至約2 x 10¹⁶ 個顆粒（例如，其中藉由NTA（奈米顆粒跟蹤分析）確定顆粒計數），其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。

如果以與粉末形式相同的劑量使用，固體劑型具有更高的功效；和/或允許減少劑量（例如降低1/10劑量）以達到與以粉末形式使用藥劑時相似的功效。

在其中藥劑包含細菌的一些實施方式中，對於與以粉末形式使用藥劑時相似的功效，劑量可以是大約1/10的劑量，並且該劑量可以是每劑量約3 x 10⁹ 或約1.5 x 10¹⁰ 細胞。

如果以與粉末製劑相同的劑量使用藥劑，則固體劑型可以具有更高的功效。

在一些實施方式中，藥劑劑量可以是按藥劑重量確定的毫克（mg）劑量。藥劑的劑量係每膠囊或片劑的劑量或係例如膠囊中全部微型片劑的劑量。

例如，為了投與約400 mg的1x劑量的藥劑，每個膠囊存在約200 mg的藥劑並且投與兩個膠囊，從而產生約400 mg的劑量。這兩個膠囊可以例如每天1次或2次投與。

作為另一個實例，為了獲得與藥劑的粉末形式相似的功效，當製備為本文所述之固體劑型（例如，藉由對包含藥劑的片劑或微型片劑進行腸溶包衣）時，藥劑的劑量可以減少1/10。

例如，對於微型片劑：每個微型片劑可以包含約0.1至約3.5 mg（0.1、0.35、1.0、3.5 mg）的藥劑。微型片劑可以放在膠囊內：膠囊內的微型片劑的數量將取決於膠囊的尺寸和微型片劑的尺寸。例如，平均33（範圍為31-35）個3 mm微型片劑裝於0號膠囊內。作為實例，每微型片劑0.1-3.5 mg藥劑，劑量範圍為每膠囊3.3 mg-115.5 mg（0號膠囊中33個微型片劑）（3.1 mg-108.5 mg，0號膠囊中31個微型片劑）（3.5 mg-122.5 mg，0號膠囊中35個微型片劑）。可以投與多個膠囊和/或更大的膠囊以增加投與的劑量和/或可以每天投與一次或多次以增加投與的劑量。

在一些實施方式中，藥劑的每膠囊或片劑的劑量或例如膠囊中全部微型片劑的劑量可以是約3 mg至約125 mg。

在一些實施方式中，藥劑的劑量可以是約35 mg至約1200 mg（例如，約35 mg、約125 mg、約350 mg或約1200 mg）。

在一些實施方式中，藥劑的劑量可以是約30 mg至約3500 mg（約25、約50、約75、約100、約150、約250、約300、約350、約400、約500、約600、約750、約1000、約1250、約1300、約2000、約2500、約3000或約3500 mg）。

可以基於對模型生物（例如，小鼠）投與的劑量的異速比例（allometric scaling）來適當地計算人劑量。

在一些實施方式中，一個或兩個片劑膠囊可以一天投與一次或兩次。

藥劑包含細菌和/或mEV，並且還可以包含一種或多種另外的成分，例如冷凍保護劑、穩定劑等。

在一些實施方式中，藥劑的mg（按重量計）劑量為例如每膠囊或每片劑或係例如膠囊中使用的全部微型片劑約1 mg至約500 mg。使用方法

例如，本文描述的固體劑型允許口服投與其中包含的藥劑。

本文所述之固體劑型與其他劑型（例如，非腸溶包衣劑型（例如，非微型片劑非腸溶包衣劑型、或非片劑非腸溶包衣劑型）或生物質或粉末的懸浮液）相比，可提供增加的治療功效和/或生理作用。

本文所述之固體劑型可提供固體劑型中包含的藥劑在小腸中的釋放。

本文所述之固體劑型可提供藥劑在小腸中的釋放，例如，以遞送可以作用於小腸中的免疫細胞和/或上皮細胞的藥劑，例如，以引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）和/或可以在胃腸道中引起局部作用。

例如與相同劑量藥劑的經口管飼相比，本文所述之固體劑型可提供增加的功效和/或生理作用（如藉由藥劑的系統作用（如藉由藥劑的系統作用（例如，在胃腸道外）測量的，例如在炎症的DTH模型中的耳厚度；癌症模型中的腫瘤大小）。

本文所述之固體劑型可用於治療和/或預防癌症、炎症、自體免疫或代謝病症。

本文描述了使用包含藥劑（例如其治療有效量）的固體劑型（例如用於口服投與）（例如用於製藥用途）之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中該固體劑型係經腸溶包衣的。

例如，本文描述之方法和投與的固體劑型允許口服投與其中包含的藥劑。固體劑型可投與於處於進食或禁食狀態的受試者。固體劑型可以例如空腹（例如，進食前一小時或進食後兩小時）投與。固體劑型可在進食前一小時投與。固體劑型可在進食後兩小時投與。

本文所述之方法和投與的固體劑型與其他劑型（例如，非腸溶包衣劑型（例如，非微型片劑非腸溶包衣劑型、或非片劑非腸溶包衣劑型）或生物質或粉末的懸浮液）相比，可提供增加的治療功效和/或生理作用。

本文所述之方法和投與的固體劑型可提供固體劑型中包含的藥劑在小腸中的釋放。

本文所述之方法和投與的固體劑型可提供藥劑在小腸中的釋放，例如，以遞送可以作用於小腸中的免疫細胞和/或上皮細胞的藥劑，例如，以引起系統作用（例如，胃腸道外的作用）和/或可以在胃腸道中引起局部作用。

例如與相同劑量藥劑的經口管飼相比，本文所述之方法和投與的固體劑型可提供增加的功效和/或生理作用（如藉由藥劑的系統作用（如藉由藥劑的系統作用（例如，在胃腸道外）測量的，例如在炎症的DTH模型中的耳厚度；癌症模型中的腫瘤大小）。

本文所述之方法和投與的固體劑型可用於治療和/或預防癌症、炎症、自體免疫病症、菌群失調或代謝病症。

本文提供了用於治療和/或預防癌症、炎症、自體免疫病症、菌群失調或代謝病症的固體劑型。

本文提供了固體劑型用於製備用於治療和/或預防癌症、炎症、自體免疫病症、菌群失調或代謝病症的藥物的用途。製備固體劑型之方法

本揭露還提供了製備包含藥劑的固體劑型（例如，用於口服投與）（例如，用於製藥用途）之方法。藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV）。藥劑還可包含一種或多種另外的組分（例如，冷凍保護劑）。固體劑型係經腸溶包衣的。

製備固體劑型之方法可以包括：

將藥劑裝入膠囊中；以及

用一層或兩層腸溶包衣（例如，用本文所述之腸溶包衣或內部腸溶包衣和外部腸溶包衣）包衣膠囊，從而製備腸溶包衣膠囊，且從而製備固體劑型；

視需要在裝入膠囊之前將藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；和/或

視需要在裝入膠囊之後將膠囊鑲邊（例如，視需要在裝入膠囊之後並且在腸溶包衣膠囊之前將膠囊鑲邊）。

製備固體劑型之方法可以包括：

將本文所述之藥劑壓製成微型片劑；以及

用一層或兩層腸溶包衣（例如，用本文所述之腸溶包衣或內部腸溶包衣和外部腸溶包衣）包衣微型片劑，從而製備腸溶包衣微型片劑；

視需要，用多個腸溶包衣微型片劑填充膠囊，從而製備固體劑型。

製備固體劑型之方法可以包括：

將本文所述之藥劑壓製成片劑；以及

用一層或兩層腸溶包衣（例如，用本文所述之腸溶包衣或內部腸溶包衣和外部腸溶包衣）包衣片劑，從而製備腸溶包衣片劑，且從而製備固體劑型。

製備固體劑型之方法可包括用於製備包含藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣膠囊之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括：

a) 將藥劑裝入膠囊中；以及

b) 腸溶包衣膠囊（例如，用本文所述之腸溶包衣或內部腸溶包衣和外部腸溶包衣），從而製備腸溶包衣膠囊（從而製備固體劑型）。

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

b) 將該藥劑和藥學上可接受的賦形劑裝入膠囊中；以及

c) 腸溶包衣膠囊（例如，用本文所述之腸溶包衣或內部腸溶包衣和外部腸溶包衣），從而製備腸溶包衣膠囊（從而製備固體劑型）。

a) 將藥劑裝入膠囊中；

b) 對膠囊進行鑲邊；以及

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

b) 將該藥劑和藥學上可接受的賦形劑裝入膠囊中；

c) 對膠囊進行鑲邊；以及

d) 腸溶包衣膠囊（例如，用本文所述之腸溶包衣或內部腸溶包衣和外部腸溶包衣），從而製備腸溶包衣膠囊（從而製備固體劑型）。

製備固體劑型之方法可包括用於製備包含藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣片劑之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括：

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

b) 壓製該藥劑和藥學上可接受的賦形劑，以形成片劑；以及

c) 腸溶包衣片劑（例如，用本文所述之腸溶包衣或內部腸溶包衣和外部腸溶包衣），從而製備腸溶包衣片劑（從而製備固體劑型）。

製備固體劑型之方法可包括用於製備包含藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣微型片劑之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括：

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

c) 腸溶包衣微型片劑（例如，用本文所述之腸溶包衣或內部腸溶包衣和外部腸溶包衣），從而製備腸溶包衣微型片劑（從而製備固體劑型）。視需要，將微型片劑裝入膠囊。

製備固體劑型之方法可包括用於製備包含含有藥劑（例如其治療有效量）的腸溶包衣微型片劑的膠囊之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括：

a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合；

b) 壓製該藥劑和藥學上可接受的賦形劑，以形成微型片劑；

c) 腸溶包衣微型片劑（例如，用本文所述之腸溶包衣或內部腸溶包衣和外部腸溶包衣），和

d) 將腸溶包衣微型片劑裝入膠囊中，

從而製備膠囊（從而製備固體劑型）。固體劑型的其他方面

例如，如本文所述之包含藥劑（例如，其治療有效量）的固體劑型（其中藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中固體劑型被腸溶包衣）可以向受試者例如人提供治療有效量的藥劑。

例如，如本文所述之包含藥劑（例如，其治療有效量）的固體劑型（其中藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中固體劑型被腸溶包衣）可以向受試者例如人提供非天然量的治療有效組分（例如，存在於藥劑中）。

例如，如本文所述之包含藥劑（例如，其治療有效量）的固體劑型（其中藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中固體劑型被腸溶包衣）可以向受試者例如人提供非天然數量的治療有效組分（例如，存在於藥劑中）。

例如，如本文所述之包含藥劑（例如，其治療有效量）的固體劑型（其中藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中固體劑型被腸溶包衣）可以給受試者例如人帶來一個或多個變化，例如治療或預防疾病或健康失調。

例如，如本文所述之包含藥劑（例如，其治療有效量）的固體劑型（其中藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中固體劑型被腸溶包衣）具有潛在的重大效用，例如影響受試者（例如人），例如治療或預防疾病或健康失調。固體劑型的其他包含物

本文所述之固體劑型（例如，腸溶包衣片劑或微型片劑）可用於向小腸遞送另外的藥劑（例如，代替或除了包含細菌和/或mEV的藥劑（例如如本文定義的）外），例如小分子、維生素或礦物質補充劑或膳食補充劑。

可以製備到本文所述之固體劑型中的包含小分子的另外的藥劑包括以下小分子中的一種或多種：鎮痛藥、消炎藥、麻醉藥、抗驚厥藥、抗糖尿病藥、抗組胺藥、抗感染藥、抗腫瘤藥、抗巴金森氏病藥、抗風濕藥、食欲刺激劑、食欲抑制劑、血液調節劑、骨代謝調節劑、心血管藥物、中樞神經系統抑制劑、中樞神經興奮劑、減充血劑、多巴胺受體促效劑、電解質、胃腸道藥物、免疫調節劑、肌肉鬆弛劑、麻醉劑、副交感神經藥、擬交感神經藥、鎮靜劑和催眠藥；哌侖西平、米索前列醇、熊去氧膽酸、阿洛司瓊、西蘭司瓊、莫沙必利、普魯卡必利、替加色羅、甲氧氯普胺、溴普利、克來普利、多潘立酮、阿紮普利、西那普利、西沙必利、可待因、嗎啡、洛哌丁胺、地芬諾酯、溴代甲基納曲酮、纈草素（Valerian）和甘露醇；選自以下群組的鎮痙藥，該群組由以下組成：硫酸阿托品、鹽酸雙環維林、丁溴東莨菪鹼、溴丙胺太林、枸櫞酸阿爾維林和鹽酸麥皮凡林；選自以下群組的運動性興奮劑，該群組由以下組成：甲氧氯普胺和多潘立酮；選自以下群組的H2受體拮抗劑，該群組由以下組成：甲氰咪胍、法莫替丁尼紮替丁和雷尼替丁；抗毒蕈鹼藥；選自以下群組的螯合劑，該群組由以下組成：二硝鉍酸三鉀和硫糖鋁；前列腺素類似物；選自以下群組的對胺基水楊酸鈉，該群組由以下組成：巴柳氮鈉、美沙拉秦、奧沙拉秦和柳氮磺胺吡啶；選自以下群組的皮質類固醇，該群組由以下組成：丙酸倍氯米松、布地奈德、氫化可的松和脫氫皮質醇；選自以下群組的影響免疫反應小分子，該群組由以下組成：環孢素、巰嘌呤、胺甲喋呤、阿達木單抗和英夫利昔；選自以下群組的刺激性瀉劑，該群組由以下組成：比沙可啶、丹蒽醌、多庫酯和匹克硫酸鈉；影響膽汁組成和流量的藥物；選自以下群組的膽汁酸螯合劑，該群組由以下組成：考來烯胺、羥苄利明、卡米洛芬、美貝維林、曲美布汀、羅奇維林、雙環維林、雙己維林、雙苯美林、哌立度酯、苯并酮（Benzilone）、美噴酯、哌佐唑酯、格隆溴銨、氧苯甲鎓、鄰苯二甲磺酸酯、溴苯辛、丙胺太林、奧替溴銨、曲地銨、異丙碘銨、己環銨、泊爾定、Bevonium、二苯馬尼、替莫碘胺、吡芬溴銨、噻哌溴銨、苯維溴銨、罌粟鹼、屈他維林、莫沙維林、5-HT3拮抗劑、5-HT4促效劑、芬哌丙烷、地索普明、氯苯沙明、吡那韋、非諾維林、艾丹帕明、普羅沙唑、阿爾維林、曲匹布通、異美汀、卡羅維林、藤黃酚、矽酮、三甲基二苯丙胺、阿托品、莨菪鹼、東莨菪鹼、丁基東莨菪鹼、甲基東莨菪鹼、甲基阿托品、芬托溴銨、西托溴銨和主要的多巴胺拮抗劑；選自以下群組的質子泵抑制劑，該群組由以下組成：奧美拉唑、蘭索拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑和雷貝拉唑鈉；阿片和阿片受體拮抗劑；選自以下群組的鎮痛藥，該群組由以下組成：對乙醯胺基酚、雙氯芬酸、二氟尼柳、依託度酸、酚洛芬、氟比洛芬、伊布洛芬、吲哚美辛、酮洛芬、酮咯酸、甲氯芬酸、甲滅酸、美洛昔康、萘丁美酮、萘普生、奧沙普𠯤、苯丁氮酮、吡羅昔康、舒林酸、托美汀、塞來昔布、丁丙諾啡、布托啡諾、可待因、氫可酮、氫嗎啡酮、左旋啡諾、美沙酮、嗎啡、納布芬、羥考酮、羥嗎啡酮、戊唑𠯤、丙氧芬和曲馬多；選自以下群組的睡眠藥物，該群組由以下組成：硝西泮、氟西泮、洛普唑侖、洛美西泮、替馬西泮、紮來普隆、唑吡坦、佐匹克隆、水合氯醛、三氯福司、氯美噻唑、奎西泮、三唑侖、艾司唑侖、氯硝西泮、阿普唑侖、艾司佐匹克隆、羅塞米、曲唑酮、阿米替林、多塞平、苯二氮卓類藥物、褪黑素、苯海拉明和草藥；選自以下群組的強心苷，該群組由以下組成：長葉毛地黃苷和洋地黃毒苷；選自以下群組的磷酸二酯酶抑制劑，該群組由以下組成：依諾昔酮和米利酮；選自以下群組的噻𠯤類和相關利尿劑，該群組由以下組成：苄氟噻𠯤、氯他利酮、環戊噻𠯤、伊那帕胺、美托拉宗和西帕胺；選自以下群組的利尿劑，該群組由以下組成：速尿靈、布美他尼和托拉塞米；選自以下群組的保鉀利尿劑和醛固酮拮抗劑，該群組由以下組成：鹽酸阿米洛利、胺苯喋啶、維普列酮和螺內酯；滲透性利尿劑；選自以下群組的心律不整藥物，該群組由以下組成：腺苷、鹽酸胺碘酮、達舒平、醋酸氟卡胺、鹽酸普羅帕酮和鹽酸利多卡因；選自以下群組的β腎上腺素能受體阻滯劑，該群組由以下組成：普萘洛爾、阿替洛爾、醋丁洛爾、富馬酸比索洛爾、卡維地洛、塞利洛爾、艾司洛爾、列巴托洛爾、酒石酸美托洛爾、納多洛爾、奈比洛爾、奧普洛爾、品多洛爾、索拉托和噻嗎洛爾；選自以下群組的升壓藥，該群組由以下組成：安布生坦、波生坦、重氮𠯤、肼𠯤、伊洛前列素、米諾地爾、西地那非、西他生坦、硝普鈉、可樂定、甲基多巴、莫索尼定、單硫酸胍乙啶、多沙唑𠯤、吲哚胺、哌唑𠯤、特拉唑𠯤、苯氧基苯胺和甲磺酸酚妥拉明；選自以下群組的影響腎素血管張力素系統的藥物，該群組由以下組成：卡托普利、西拉普利、馬來酸依那普利、福辛普利、咪達普利、賴諾普利、莫西普利、培哚普利、喹那普利、雷米普利、曲多普利、坎地沙坦西酯、依普沙坦、厄貝沙坦、氯沙坦、奧美沙坦、替米沙坦、纈沙坦和阿利吉侖；選自以下群組的硝酸鹽、鈣通道阻滯劑和抗心絞痛藥物，該群組由以下組成：三硝酸甘油酯、硝酸異山梨酯、單硝酸異山梨醇、胺氯地平、地爾硫氮卓、非洛地平、依拉地平、拉西地平、樂卡地平、尼卡地平、硝苯地平、尼莫地平、維拉帕米、伊伐布拉定、尼可地爾和雷諾𠯤；選自以下群組的血管擴張藥和相關藥物，該群組由以下組成：西洛他唑、菸酸肌醇、莫西酸鹽、草酸萘呋酯和己酮可可鹼；選自以下群組的交感神經能擬似藥，該群組由以下組成：多巴胺、多培沙明、麻黃鹼、間羥胺、酒石酸去甲腎上腺素、酒石酸氫去甲腎上腺素和苯腎上腺素；選自以下群組的抗凝血劑和魚精蛋白，該群組由以下組成：肝素、貝米帕林、達特肝素、依諾肝素、廷紮帕林、達那帕羅伊德、比伐盧定、麻風素、依前列醇、磺達普利（Fondaprinux）、華法林、苊香豆醇、苯茚二酮、達比加群酯、利伐沙班和硫酸魚精蛋白；選自以下群組的抗血小板藥，該群組由以下組成：阿昔單抗、阿斯匹林、氯吡格雷、潘生丁、依替巴肽、普拉格雷和替羅非班；選自以下群組的纖溶和抗纖溶藥物，該群組由以下組成：阿替普酶、瑞替普酶、鏈激酶、替萘普酶、尿激酶、酚黃乙胺和胺甲環酸；選自以下群組的調脂藥，該群組由以下組成：阿托伐他汀、氟伐他汀、普伐他汀、瑞舒伐他汀、辛伐他汀、科列西泮、科來黴胺、科來司地爾、依折米貝、苯紮貝特、環丙貝特、非諾貝特、吉非羅齊、阿西莫克斯、尼可替尼酸、ω三脂肪酸化合物、油酸乙醇胺和十四烷基磺酸鈉；選自以下群組的CNS藥，該群組由以下組成：苯哌利多、氯丙𠯤、氟哌噻噸、氟哌丁苯、左旋丙𠯤、哌噻𠯤、奮乃靜、吡莫𠯤、丙氯哌𠯤、丙𠯤、舒必利、三氟拉𠯤、左氯丙𠯤、胺磺必利、阿立哌唑、氯氮平、奧氮平、帕利培酮、奎硫平、利培酮、舍丁多、佐替平、氟哌啶醇、氟哌𠯤、奧氮平雙羥萘酸鹽、安樂𠯤棕櫚酸酯、利培酮、癸酸左氯苯噻𠯤、卡馬西平、丙戊酸鹽、丙戊酸、碳酸鋰、枸櫞酸鋰、阿米替林、氯丙咪𠯤、多舒立平、丙咪𠯤、洛非帕明、去甲替林、曲米帕明、米安色林、曲唑酮、苯乙𠯤、異卡波肼、曲尼環丙胺、嗎氯貝胺、西酞普蘭、依西酞普蘭、氟西汀、氟伏沙明、帕羅西汀、舍曲林、阿戈美拉汀、度洛西汀、氟哌啶醇、米氮平、瑞波西汀、曲妥芬、文拉辛、阿托莫西汀、地塞米松（）、哌甲酯、莫達非尼、依西卡巴地平、奧卡巴西平、乙氧舒胺、加巴噴丁、普瑞巴林、拉科塞米、拉莫三𠯤、左乙拉西坦、苯巴比妥、普利米酮、苯妥英、魯非那胺、替加賓、托吡酯、維伐他林、唑尼沙胺、羅哌尼祿、羅替戈汀、複方貝尼多帕、左旋多巴、複方卡雷多帕、雷沙吉林、塞萊吉林、恩塔卡酮、托卡酮、金剛烷胺、奧非那定、原環胺、三己基苯乙交酯、氟哌啶醇、吡拉西坦、利魯唑、四苯喹𠯤、阿卡莫司、二硫侖、安非他酮、伐尼西林、丁丙諾啡、洛非西定、多奈哌齊、加蘭他敏、美金剛和利凡斯的明；選自以下群組的抗感染藥，該群組由以下組成：苄青黴素、苯氧甲基青黴素、氟氯西林、替莫西林、阿莫西林、安比西林、複方阿莫西拉夫、複方氟胺苄青黴素、哌拉西林、替凱西林、吡咪西林、頭孢菌素類、頭孢克洛、頭孢羥胺苄、頭孢胺苄、頭孢克肟、頭孢噻肟、頭孢拉定、頭孢他啶、頭孢呋辛、厄他培南、亞胺培南、美羅培南、胺曲南、四環素、去甲環素、多西環素、萊姆黴素、米諾環素、氧四環素、替加環素、建它黴素、丁胺康黴素、新黴素、妥布黴素、紅黴素、阿奇黴素、克拉黴素、泰利黴素、克林達黴素、氯黴素、福西地酸、萬古黴素、替考拉寧、達托黴素、利奈唑胺、奎努普利、黏桿菌素、複方新諾明、舒巴地𠯤、甲氧苄啶、卷麯黴素、環絲胺酸、乙胺丁醇、異煙肼、吡𠯤醯胺、利福布汀、利福平、鏈黴素、胺苯碸、氯法齊明、甲硝唑、替硝唑、環丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、萘啶酸、去甲亞麻鹼、氧氟沙星、呋喃妥因、馬尿酸烏洛托品、兩性黴素、阿尼度黴素、卡泊芬淨、氟康唑、氟胞嘧啶、格列美脲、伊曲康唑、酮康唑、米卡芬淨、製黴菌素、泊沙康唑、特比萘芬、伏立康唑、阿巴卡韋、地丹諾新、恩曲他濱、拉米夫定、司他夫定、替諾福韋酯、齊多夫定、阿他紮那韋、達魯韋、福沙普列那韋、印地那韋、洛匹那韋、奈非那韋、利托那韋、沙奎那韋、替普拉那韋、依法韋侖、依特拉維林（Etravirine）、奈韋拉平、恩夫韋地、馬拉韋洛克、雷替格拉韋、阿昔洛韋、泛昔洛韋、異丙肌苷、伐昔洛韋、西多福韋、崗昔洛韋、福斯卡淨、伐崗昔洛韋、阿德福韋酯、恩替卡韋、替比夫定、金剛烷胺、奧司他韋、紮那米韋、帕利珠單抗、利巴韋林、蒿甲醚、氯喹、甲氟喹、伯喹、丙胍、乙胺嘧啶、奎寧、強力黴素糠酸雙惡唑酯、甲硝唑、替硝唑、甲帕林、斯替泊葡萄糖酸鈉、阿托瓦酮、異辛酸戊脒、甲苯咪唑和哌𠯤；以及選自以下群組的其他藥物，該群組由以下組成：苯丙胺酸、原環胺、聯苯胺、金剛烷胺、溴隱亭、培高利特、恩他卡彭、托爾卡彭、塞來格林、普拉克索、布地奈德、福莫特羅、富馬酸奎硫平、奧氮平、吡格列酮、孟魯司特、唑來膦酸、纈沙坦、拉坦前列素、厄貝沙坦、氯吡格雷、阿托莫西汀、右旋非他明、哌甲酯、莫達非尼、博萊黴素、達卡黴素、柔紅黴素、伊達黴素、絲裂黴素、米托蒽醌、阿紮胞苷、卡培他濱、克拉屈濱、氯法拉濱、阿糖胞苷、氟達拉濱、氟尿嘧啶、吉西他濱、巰基嘌呤、胺甲喋呤、奈拉濱、培美曲塞、雷替曲松、硫鳥嘌呤、阿撲嗎啡、倍他米松、可的松、去氟可特、地塞米松、氫化可的松、甲基強的松龍、強的松龍、曲安西龍、環孢素、西羅莫司、他克莫司、α干擾素和β干擾素。

可以製備到本文所述之固體劑型中的包含維生素和/或礦物質補充劑的另外的藥劑包括以下維生素和/或礦物質補充劑中的一種或多種：維生素A、生物素、維生素B1（硫胺素）、維生素B12、維生素B6、鈣、膽鹼、鉻、銅、維生素C、維生素D（如維生素D3）、維生素E、氟化物、葉酸、碘、鐵、維生素K、鎂、錳、菸酸、泛酸、磷、鉀、核黃素、硒、硫胺素和/或鋅。

可以製備到本文所述之固體劑型中的包含膳食補充劑（例如，維生素、礦物質、草藥、胺基酸、油和/或酶）包括以下膳食補充劑中的一種或多種：硬枝合歡（acacia rigidula）、BMPEA、DMAA、DMBA、DMHA、甲基辛弗林（methylsynephrine）、菲尼布特（phenibut）、匹卡米隆（picamilon）、咖啡因、噻乃普汀、長春西汀、魚油、亞麻籽油、ω-3、ω-6、ω-9、二十碳五烯酸（EPA）、二十二碳六烯酸（DHA）和/或α-亞麻酸（ALA）。

固體劑型中的另外的藥劑的劑量（例如，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中使用的全部微型片劑的劑量）可以是本文所述之包含細菌和/或mEV的藥劑的劑量。

固體劑型中的另外的藥劑的劑量（例如，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中使用的全部微型片劑的劑量）可以是例如約0.001 mg至約10 mg固定劑量（例如，約0.05 mg至約10 mg；約0.1 mg至約10 mg；約0.1 mg至約5 mg；約0.5 mg至約5 mg；約1 mg，約2 mg，約3 mg，約4 mg或約5 mg）。

固體劑型中的另外的藥劑的劑量（例如，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中使用的全部微型片劑的劑量）可以是，特別是對於補充劑，例如，約1 mg至約2000 mg（例如，約25 mg；約50 mg；約100 mg；約250 mg；約500 mg；約750 mg；約1000 mg；約1500 mg；或約2000 mg）或約10 IU至約5000 IU（國際單位）（例如，約25 IU；約50 IU；約100 IU；約250 IU；約500 IU；約750 IU；約1000 IU；約1500 IU；約2000 IU；約3000 IU；約4000 IU；或約5000 IU）。用於組合使用的另外的藥劑

在某些方面，本文提供之方法包括向受試者單獨地或與另外的藥劑組合地投與本文所述之固體劑型。在一些實施方式中，另外的藥劑係免疫抑制劑、抗炎劑、類固醇和/或癌症治療劑。

在一些實施方式中，在投與另外的藥劑之前（例如之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時或之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天）向受試者投與固體劑型。在一些實施方式中，在投與另外的藥劑之後（例如之後至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時或之後至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天）向受試者投與固體劑型。在一些實施方式中，同時或接近同時（例如，彼此在一小時內投與）向受試者投與固體劑型及另外的藥劑。

在一些實施方式中，在向受試者投與固體劑型之前（例如之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時或之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天）向受試者投與抗生素。在一些實施方式中，在向受試者投與固體劑型之後（例如之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時或之後至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天）向受試者投與抗生素。在一些實施方式中，向受試者同時或接近同時投與（例如，彼此在一小時內投與）固體劑型及抗生素。

在一些實施方式中，另外的藥劑係癌症治療劑。在一些實施方式中，癌症治療劑係化學治療劑。該等化學治療劑的實例包含（但不限於）烷基化劑，例如噻替哌（thiotepa）及環磷醯胺（cyclosphosphamide）；磺酸烷基酯，例如白消安（busulfan）、英丙舒凡（improsulfan）及哌泊舒凡（piposulfan）；氮丙啶，例如苯并多巴（benzodopa）、卡波醌（carboquone）、米得哌（meturedopa）及烏得哌（uredopa）；乙撐亞胺及甲基密胺，包含六甲密胺（altretamine）、三乙撐密胺（triethylenemelamine）、三乙撐磷醯胺、三乙撐硫化磷醯胺及三羥甲基密胺（trimethylolomelamine）；番荔枝內酯（acetogenin）（尤其布拉他辛（bullatacin）及布拉他辛酮（bullatacinone））；喜樹鹼（camptothecin）（包含合成類似物托泊替康（topotecan））；苔蘚蟲素（bryostatin）；卡利抑制素（callystatin）；CC-1065（包含其合成類似物阿多來新（adozelesin）、卡折來新（carzelesin）及比折來新（bizelesin））；念珠藻素（cryptophycin）（尤其念珠藻素1及念珠藻素8）；朵拉司他汀（dolastatin）；多卡米星（duocarmycin）（包含合成類似物KW-2189及CB1-TM1）；艾榴塞洛素（eleutherobin）；水鬼蕉鹼（pancratistatin）；匍枝珊瑚醇（sarcodictyin）；海綿抑制素（spongistatin）；氮芥（nitrogen mustard），例如苯丁酸氮芥（chlorambucil）、萘氮芥（chlornaphazine）、氯磷醯胺（cholophosphamide）、雌氮芥（estramustine）、異環磷醯胺（ifosfamide）、氮芥（mechlorethamine）、鹽酸甲氧氮芥、美法侖（melphalan）、新氮芥（novembichin）、苯乙酸氮芥膽甾醇酯（phenesterine）、潑尼莫司汀（prednimustine）、曲磷胺（trofosfmaide）、尿嘧啶氮芥；亞硝基脲，例如卡莫司汀（carmustine）、氯脲菌素（chlorozotocin）、福莫司汀（fotemustine）、洛莫司汀（lomustine）、尼莫司汀（nimustine）及雷莫司汀（ranimnustine）；抗生素，例如烯二炔抗生素（例如卡奇黴素（calicheamicin），尤其卡奇黴素γlI及卡奇黴素Ωl1；達內黴素（dynemicin），包含達內黴素A；雙膦酸鹽類，例如氯膦酸鹽（clodronate）；埃斯培拉黴素（esperamicin）；以及新製癌菌素發色團（neocarzinostatin chromophore）及相關色蛋白烯二炔抗生素發色團）、阿克拉黴素（aclacinomysin）、放線菌素（actinomycin）、安麯黴素（authramycin）、氮雜絲胺酸、博來黴素（bleomycin）、放線菌素C（cactinomycin）、卡拉黴素（carabicin）、洋紅黴素（caminomycin）、嗜癌素（carzinophilin）、色黴素（chromomycin）、放線菌素D（dactinomycin）、柔紅黴素（daunorubicin）、地托比星（detorubicin）、6-重氮基-5-側氧基-L-正白胺酸、多柔比星（doxorubicin）（包含𠰌啉基-多柔比星、氰𠰌啉基-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星及去氧多柔比星）、表柔比星（epirubicin）、依索比星（esorubicin）、伊達比星（idarubicin）、麻西羅黴素（marcellomycin）、絲裂黴素（mitomycin）（例如絲裂黴素C）、黴酚酸（mycophenolic acid）、諾拉黴素（nogalamycin）、橄欖黴素（olivomycin）、培洛黴素（peplomycin）、泊非黴素（potfiromycin）、嘌呤黴素（puromycin）、三鐵阿黴素（quelamycin）、羅多比星（rodorubicin）、鏈黑菌素（streptonigrin）、鏈脲菌素（streptozocin）、殺結核菌素（tubercidin）、烏苯美司（ubenimex）、淨司他丁（zinostatin）、佐柔比星（zorubicin）；抗代謝物，例如胺甲蝶呤（methotrexate）及5-氟尿嘧啶（5-fluorouracil，5-FU）；葉酸類似物，例如二甲葉酸（denopterin）、胺甲喋呤、蝶羅呤（pteropterin）、曲美沙特（trimetrexate）；嘌呤類似物，例如氟達拉濱（fludarabine）、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤（thiamiprine）、硫鳥嘌呤；嘧啶類似物，例如安西他濱（ancitabine）、阿紮胞苷（azacitidine）、6-阿紮尿苷（6-azauridine）、卡莫氟（carmofur）、阿糖胞苷（cytarabine）、二去氧尿苷、去氧氟尿苷（doxifluridine）、依諾他濱（enocitabine）、氟尿苷（floxuridine）；雄激素，例如卡普睪酮（calusterone）、丙酸屈他雄酮（dromostanolone propionate）、環硫雄醇（epitiostanol）、美雄烷（mepitiostane）、睪內酯酮（testolactone）；抗腎上腺素，例如胺魯米特（aminoglutethimide）、米托坦（mitotane）、曲洛司坦（trilostane）；葉酸補充劑，例如亞葉酸；乙醯葡醛酸內酯（aceglatone）；醛磷醯胺糖苷（aldophosphamide glycoside）；胺基乙醯丙酸（aminolevulinic acid）；恩尿嘧啶（eniluracil）；安吖啶（amsacrine）；百思布希（bestrabucil）；比生群（bisantrene）；依達曲沙（edatraxate）；地磷醯胺（defofamine）；秋水仙胺（demecolcine）；地吖醌（diaziquone）；依氟鳥胺酸（eflornithine）；依利乙銨（elliptinium acetate）；埃博黴素（epothilone）；依託格魯（etoglucid）；硝酸鎵；羥基脲；蘑菇多糖（lentinan）；氯尼達明（lonidainine）；類美坦辛（maytansinoid），例如美坦辛（maytansine）及柄型菌素（ansamitocin）；米托胍腙（mitoguazone）；米托蒽醌（mitoxantrone）；莫哌達醇（mopidanmol）；尼群克林（nitraerine）；噴托他汀（pentostatin）；蛋胺氮芥（phenamet）；吡柔比星（pirarubicin）；洛索蒽醌（losoxantrone）；鬼臼酸（podophyllinic acid）；2-乙基醯肼；丙卡巴肼（procarbazine）；PSK多糖複合物）；雷佐生（razoxane）；根黴素（rhizoxin）；西佐喃（sizofuran）；鍺螺胺（spirogermanium）；細交鏈孢菌酮酸（tenuazonic acid）；三亞胺醌（triaziquone）；2,2',2''-三氯三乙胺；單端孢黴烯（trichothecene）（尤其T-2毒素、疣皰菌素（verrucarin）A、桿孢菌素（roridin）A及蛇形菌素（anguidine））；烏拉坦（urethan）；長春地辛（vindesine）；達卡巴𠯤（dacarbazine）；甘露莫司汀（mannomustine）；二溴甘露醇（mitobronitol）；二溴衛矛醇（mitolactol）；哌泊溴烷（pipobroman）；噶薩托辛（gacytosine）；阿拉伯糖苷（arabinoside）（「Ara-C」）；環磷醯胺；噻替派；紫杉烷（taxoid），例如太平洋紫杉醇（paclitaxel）及多西紫杉醇（doxetaxel）；苯丁酸氮芥；吉西他濱（gemcitabine）；6-硫鳥嘌呤；巰基嘌呤；胺甲喋呤；鉑配位錯合物，例如順鉑（cisplatin）、奧沙利鉑（oxaliplatin）及卡鉑（carboplatin）；長春花鹼（vinblastine）；鉑；依託泊苷（etoposide）（VP-16）；異環磷醯胺；米托蒽醌（mitoxantrone）；長春新鹼（vincristine）；長春瑞濱（vinorelbine）；諾安托（novantrone）；替尼泊苷（teniposide）；依達曲沙；道諾黴素（daunomycin）；胺蝶呤（aminopterin）；希羅達（xeloda）；伊班膦酸鹽（ibandronate）；伊立替康（irinotecan）（例如CPT-11）；拓撲異構酶抑制劑RFS 2000；二氟甲基鳥胺酸（DMFO）；類視黃醇，例如視黃酸；卡培他濱（capecitabine）；以及上述任何一種的藥學上可接受的鹽、酸或衍生物。

在一些實施方式中，癌症治療劑係癌症免疫療法藥劑。免疫療法係指使用受試者的免疫系統來治療癌症的治療，例如檢查點抑制劑、癌症疫苗、細胞介素、細胞療法、CAR-T細胞及樹突細胞療法。檢查點抑制劑免疫療法的非限制性實例包含尼沃魯單抗（Nivolumab）（BMS，抗PD-1）、派姆單抗（Pembrolizumab）（Merck，抗PD-1）、伊匹單抗（Ipilimumab）（BMS，抗CTLA-4）、MEDI4736（阿斯利康公司（AstraZeneca），抗PD-L1）及MPDL3280A（羅氏公司（Roche），抗PD-L1）。其他免疫療法可為腫瘤疫苗，例如Gardail、Cervarix、BCG、西普賽爾-T（sipulencel-T）、Gp100:209-217、AGS-003、DCVax-L、阿爾土賽爾-L（Algenpantucel-L）、特爾土賽爾-L（Tergenpantucel-L）、TG4010、ProstAtak、Prostvac-V/R-TRICOM、林多莫爾（Rindopepimul）、E75乙酸肽、IMA901、POL-103A、貝拉土賽爾-L（Belagenpumatucel-L）、GSK1572932A、MDX-1279、GV1001及替西泰德（Tecemotide）。免疫療法藥劑可經由注射（例如經靜脈內、經腫瘤內、經皮下或注射至淋巴結中）來投與，但還可經口、經局部或經由氣溶膠來投與。免疫療法可包括佐劑（例如細胞介素）。

在一些實施方式中，免疫療法藥劑係免疫檢查點抑制劑。免疫檢查點抑制在廣義上係指抑制癌細胞可產生的檢查點以預防或下調免疫應答。免疫檢查點蛋白的實例包括但不限於CTLA4、PD-1、PD-L1、PD-L2、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、KIR、LAG3、TIM-3或VISTA。免疫檢查點抑制劑可為結合至並抑制免疫檢查點蛋白的抗體或其抗原結合片段。免疫檢查點抑制劑的實例包括但不限於尼沃魯單抗、派姆單抗、匹利珠單抗（pidilizumab）、AMP-224、AMP-514、STI-A1110、TSR-042、RG-7446、BMS-936559、MEDI-4736、MSB-0020718C、AUR-012及STI-A1010。

在一些實施方式中，本文提供之方法包括投與本文描述的藥物組成物與一種或多種另外的藥劑的組合。在一些實施方式中，本文揭示之方法包括投與兩種免疫療法藥劑（例如，免疫檢查點抑制劑）。例如，本文提供之方法包括將本文描述的藥物組成物與PD-1抑制劑（例如派姆單抗或尼沃魯單抗或匹利珠單抗）或CLTA-4抑制劑（例如伊匹單抗）或PD-L1抑制劑組合投與。

在一些實施方式中，免疫療法藥劑係（例如）結合至癌症相關抗原的抗體或其抗原結合片段。癌症相關抗原的實例包括但不限於親脂素（adipophilin）、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白-4、α-胎蛋白（「AFP」）、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX（L）、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-鏈蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原（「CEA」）、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期蛋白D1、細胞週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH（hMena）、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原（「ETA」）、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森（Hepsin）、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1（又稱為CCDC110）、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、萊格西因（Lengsin）、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I類肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多態上皮黏蛋白（「PEM」）、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶（「TYR」）、VEGF、WT1、XAGE-1b/GAGED2a。在一些實施方式中，抗原係新抗原。

在一些實施方式中，免疫療法藥劑係癌症疫苗和/或癌症疫苗的組分（例如抗原性肽和/或蛋白質）。癌症疫苗可為蛋白質疫苗、核酸疫苗或其組合。例如，在一些實施方式中，癌症疫苗包括含有癌症相關抗原的表位的多肽。在一些實施方式中，癌症疫苗包括編碼癌症相關抗原的表位的核酸（例如DNA或RNA（例如mRNA））。癌症相關抗原的實例包括但不限於親脂素（adipophilin）、AIM-2、ALDH1A1、α-輔肌動蛋白-4、α-胎蛋白（「AFP」）、ARTC1、B-RAF、BAGE-1、BCLX（L）、BCR-ABL融合蛋白b3a2、β-鏈蛋白、BING-4、CA-125、CALCA、癌胚抗原（「CEA」）、CASP-5、CASP-8、CD274、CD45、Cdc27、CDK12、CDK4、CDKN2A、CEA、CLPP、COA-1、CPSF、CSNK1A1、CTAG1、CTAG2、細胞週期蛋白D1、細胞週期蛋白-A1、dek-can融合蛋白、DKK1、EFTUD2、延長因子2、ENAH（hMena）、Ep-CAM、EpCAM、EphA3、上皮腫瘤抗原（「ETA」）、ETV6-AML1融合蛋白、EZH2、FGF5、FLT3-ITD、FN1、G250/MN/CAIX、GAGE-1,2,8、GAGE-3,4,5,6,7、GAS7、磷脂醯肌醇蛋白聚糖-3、GnTV、gp100/Pmel17、GPNMB、HAUS3、海普森（Hepsin）、HER-2/neu、HERV-K-MEL、HLA-A11、HLA-A2、HLA-DOB、hsp70-2、IDO1、IGF2B3、IL13Rα2、腸羧基酯酶、K-ras、激肽釋放素4、KIF20A、KK-LC-1、KKLC1、KM-HN-1、KMHN1（又稱為CCDC110）、LAGE-1、LDLR-岩藻糖基轉移酶AS融合蛋白、萊格西因（Lengsin）、M-CSF、MAGE-A1、MAGE-A10、MAGE-A12、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A6、MAGE-A9、MAGE-C1、MAGE-C2、蘋果酸酶、乳腺珠蛋白-A、MART2、MATN、MC1R、MCSP、mdm-2、ME1、Melan-A/MART-1、Meloe、中期因子、MMP-2、MMP-7、MUC1、MUC5AC、黏蛋白、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌凝蛋白、I類肌凝蛋白、N-raw、NA88-A、新-PAP、NFYC、NY-BR-1、NY-ESO-1/LAGE-2、OA1、OGT、OS-9、P多肽、p53、PAP、PAX5、PBF、pml-RARα融合蛋白、多態上皮黏蛋白（「PEM」）、PPP1R3B、PRAME、PRDX5、PSA、PSMA、PTPRK、RAB38/NY-MEL-1、RAGE-1、RBAF600、RGS5、RhoC、RNF43、RU2AS、SAGE、分離蛋白1、SIRT2、SNRPD1、SOX10、Sp17、SPA17、SSX-2、SSX-4、STEAP1、存活蛋白、SYT-SSX1或-SSX2融合蛋白、TAG-1、TAG-2、端粒酶、TGF-βRII、TPBG、TRAG-3、磷酸丙糖異構酶、TRP-1/gp75、TRP-2、TRP2-INT2、酪胺酸酶、酪胺酸酶（「TYR」）、VEGF、WT1、XAGE-1b/GAGED2a。在一些實施方式中，抗原係新抗原。在一些實施方式中，將癌症疫苗與佐劑一起投與。佐劑的實例包括但不限於免疫調節蛋白、佐劑65、α-GalCer、磷酸鋁、氫氧化鋁、磷酸鈣、β-葡聚糖肽、CpG ODN DNA、GPI-0100、脂質A、脂多糖、利波夫（Lipovant）、蒙塔尼（Montanide）、N-乙醯基-胞壁醯基-L-丙胺醯基-D-異麩醯胺酸、Pam3CSK4、quil A、霍亂毒素（CT）及來自腸毒性大腸桿菌（Escherichia coli ）的不耐熱毒素（LT），包括這類的衍生物（CTB、mmCT、CTA1-DD、LTB、LTK63、LTR72、dmLT）及海藻糖二黴菌酸酯。

在一些實施方式中，免疫療法藥劑係用於受試者的免疫調節蛋白。在一些實施方式中，免疫調節蛋白係細胞介素或趨化因子。免疫調節蛋白的實例包括但不限於B淋巴細胞化學引誘物（「BLC」）、C-C模體趨化因子11（「嗜酸性粒細胞趨化因子（Eotaxin）-1」）、嗜酸性粒細胞趨化蛋白2（「嗜酸性粒細胞趨化因子-2」）、粒細胞群落刺激因子（「G-CSF」）、粒細胞巨噬細胞群落刺激因子（「GM-CSF」）、1-309、細胞間黏附分子1（「ICAM-1」）、干擾素α（「IFN-α」）、干擾素β（「IFN-β」）、干擾素γ（「IFN-γ」）、介白素-1α（「IL-1α」）、介白素-1β（「IL-1β」）、介白素1受體拮抗劑（「IL-1 ra」）、介白素-2（「IL-2」）、介白素-4（「IL-4」）、介白素-5（「IL-5」）、介白素-6（「IL-6」）、介白素-6可溶性受體（「IL-6 sR」）、介白素-7（「IL-7」）、介白素-8（「IL-8」）、介白素-10（「IL-10」）、介白素-11（「IL-11」）、介白素-12的亞基β（「IL-12 p40」或「IL-12 p70」）、介白素-13（「IL-13」）、介白素-15（「IL-15」）、介白素-16（「IL-16」）、介白素17A-F（「IL-17A-F」）、介白素-18（「IL-18」）、介白素-21（「IL-21」）、介白素-22（「IL-22」）、介白素-23（「IL-23」）、介白素-33（「IL-33」）、趨化因子（C-C模體）配位基2（「MCP-1」）、巨噬細胞群落刺激因子（「M-CSF」）、由γ干擾素誘導的單核因子（「MIG」）、趨化因子（C-C模體）配位基2（「MIP-1α」）、趨化因子（C-C模體）配位基4（「MIP-1β」）、巨噬細胞炎症蛋白- 1 -δ（「MIP-1δ」）、血小板源生長因子亞基B（「PDGF-BB」）、趨化因子（C-C模體）配位基5、調控活化正常T細胞表現及分泌蛋白（「RANTES」）、TIMP金屬肽酶抑制劑1（「TIMP-1」）、TIMP金屬肽酶抑制劑2（「TIMP-2」）、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-α（「TNFα」）、腫瘤壞死因子、淋巴毒素-β（「TNFβ」）、1型可溶性TNF受體（「sTNFRI」）、sTNFRIIAR、腦源神經營養因子（「BDNF」）、鹼性成纖維細胞生長因子（「bFGF」）、骨成形性蛋白4（「BMP-4」）、骨成形性蛋白5（「BMP-5」）、骨成形性蛋白7（「BMP-7」）、神經生長因子（「b-NGF」）、表皮生長因子（「EGF」）、表皮生長因子受體（「EGFR」）、內分泌腺源血管內皮生長因子（「EG-VEGF」）、成纖維細胞生長因子4（「FGF-4」）、角質細胞生長因子（「FGF-7」）、生長分化因子15（「GDF-15」）、神經膠細胞源神經營養因子（「GDNF」）、生長激素、結合肝素的EGF樣生長因子（「HB-EGF」）、肝細胞生長因子（「HGF」）、胰島素樣生長因子結合蛋白1（「IGFBP-1」）、胰島素樣生長因子結合蛋白2（「IGFBP-2」）、胰島素樣生長因子結合蛋白3（「IGFBP-3」）、胰島素樣生長因子結合蛋白4（「IGFBP-4」）、胰島素樣生長因子結合蛋白6（「IGFBP-6」）、胰島素樣生長因子1（「IGF-1」）、胰島素、巨噬細胞群落刺激因子（「M-CSF R」）、神經生長因子受體（「NGF R」）、神經營養因子-3（「NT-3」）、神經營養因子-4（「NT-4」）、破骨細胞發生抑制因子（「護骨素（Osteoprotegerin）」）、血小板源生長因子受體（「PDGF-AA」）、磷脂醯肌醇-聚糖生物合成蛋白（「PIGF」）、Skp、Cullin、含有F-盒的複合物（「SCF」）、幹細胞介素受體（「SCF R」）、轉形生長因子α（「TGFα」）、轉形生長因子β-1（「TGFβ 1」）、轉形生長因子β-3（「TGFβ 3」）、血管內皮生長因子（「VEGF」）、血管內皮生長因子受體2（「VEGFR2」）、血管內皮生長因子受體3（「VEGFR3」）、VEGF-D 6Ckine、酪胺酸蛋白激酶受體UFO（「Axl」）、β細胞素（Betacellulin）（「BTC」）、黏膜相關上皮趨化因子（「CCL28」）、趨化因子（C-C模體）配位基27（「CTACK」）、趨化因子（C-X-C模體）配位基16（「CXCL16」）、C-X-C模體趨化因子5（「ENA-78」）、趨化因子（C-C模體）配位基26（「嗜酸性粒細胞趨化因子-3」）、粒細胞趨化蛋白2（「GCP-2」）、GRO、趨化因子（C-C模體）配位基14（「HCC-l」）、趨化因子（C-C模體）配位基16（「HCC-4」）、介白素-9（「IL-9」）、介白素-17 F（「IL-17F」）、介白素- 18結合蛋白（「IL-18 BPa」）、介白素-28 A（「IL-28A」）、介白素29（「IL-29」）、介白素31（「IL-31」）、C-X-C模體趨化因子10（「IP-10」）、趨化因子受體CXCR3（「I-TAC」）、白血病抑制因子（「LIF」）、Light、趨化因子（C模體）配位基（「淋巴細胞趨化因子（Lymphotactin）」）、單核細胞化學吸引蛋白2（「MCP-2」）、單核細胞化學吸引蛋白3（「MCP-3」）、單核細胞化學吸引蛋白4（「MCP-4」）、巨噬細胞源趨化因子（「MDC」）、巨噬細胞遷移抑制因子（「MIF」）、趨化因子（C-C模體）配位基20（「MIP-3α」）、C-C模體趨化因子19（「MIP-3β」）、趨化因子（C-C模體）配位基23（「MPIF-1」）、巨噬細胞刺激蛋白α鏈（「MSPα」）、核小體組裝蛋白1樣4（「NAP-2」）、分泌磷蛋白1（「骨橋蛋白（Osteopontin）」）、肺及活化調控細胞介素（「PARC」）、血小板因子4（「PF4」）、基質細胞源因子-1α（「SDF-1α」）、趨化因子（C-C模體）配位基17（「TARC」）、胸腺表現的趨化因子（「TECK」）、胸腺基質淋巴生成素（「TSLP 4-IBB」）、CD 166抗原（「ALCAM」）、分化簇80（「B7-1」）、腫瘤壞死因子受體超家族成員17（「BCMA」）、分化簇14（「CD14」）、分化簇30（「CD30」）、分化簇40（「CD40配位基」）、癌胚抗原相關細胞黏附分子1（膽管糖蛋白）（「CEACAM-1」）、死亡受體6（「DR6」）、去氧胸苷激酶（「Dtk」）、1型膜糖蛋白（「內皮糖蛋白（Endoglin）」）、受體酪胺酸蛋白激酶erbB-3（「ErbB3」）、內皮-白血球黏附分子1（「E-選擇素（Selectin）」）、細胞凋亡抗原1（「Fas」）、Fms樣酪胺酸激酶3（「Flt-3L」）、腫瘤壞死因子受體超家族成員1（「GITR」）、腫瘤壞死因子受體超家族成員14（「HVEM」）、細胞間黏附分子3（「ICAM-3」）、IL-1 R4、IL-1 RI、IL-10 Rβ、IL-17R、IL-2Rγ、IL-21R、溶酶體膜蛋白2（「LIMPII」）、中性粒細胞明膠酶相關脂質運載蛋白（「脂質運載蛋白-2」）、CD62L（「L-選擇素」）、淋巴內皮（「LYVE-1」）、I類MHC多肽相關序列A（「MICA」）、I類MHC多肽相關序列B（「MICB」）、NRGl-βl、β-型血小板源生長因子受體（「PDGF Rβ」）、血小板內皮細胞黏附分子（「PECAM-1」）、RAGE、A型肝炎病毒細胞受體1（「TIM-1」）、腫瘤壞死因子受體超家族成員IOC（「TRAIL R3」）、特拉平（Trappin）蛋白轉麩醯胺酸酶結合結構域（「特拉平-2」）、尿激酶受體（「uPAR」）、血管細胞黏附蛋白1（「VCAM-1」）、XEDAR活化素A、野鼠色相關蛋白（「AgRP」）、核糖核酸酶5（「血管生成素（Angiogenin）」）、血管生成素（Angiopoietin）1、血管抑素（Angiostatin）、卡層析因（Catheprin）S、CD40、隱藏家族蛋白IB（「Cripto-1」）、DAN、Dickkopf相關蛋白1（「DKK-1」）、E-鈣黏蛋白、上皮細胞黏附分子（「EpCAM」）、Fas配位基（FasL或CD95L）、Fcg RIIB/C、FoUistatin、半乳糖凝集素-7、細胞間黏附分子2（「ICAM-2」）、IL-13 Rl、IL-13R2、IL-17B、IL-2 Ra、IL-2 Rb、IL-23、LAP、神經元細胞黏附分子（「NrCAM」）、纖維蛋白溶酶原活化抑制劑- 1（「PAI-1」）、血小板源生長因子受體（「PDGF-AB」）、抵抗素（Resistin）、基質細胞源因子1（「SDF-1β」）、sgpl30、分泌型捲曲相關蛋白2（「ShhN」）、唾液酸結合免疫球蛋白型凝集素（「Siglec-5」）、ST2、轉形生長因子-β2（「TGFβ 2」）、Tie-2、血小板生成素（「TPO」）、腫瘤壞死因子受體超家族成員10D（「TRAIL R4」）、表現於骨髓性細胞上的觸發受體1（「TREM-1」）、血管內皮生長因子C（「VEGF-C」）、VEGFRl脂聯素、脂素（Adipsin）（「AND」）、α-胎蛋白（「AFP」）、血管生成素樣4（「ANGPTL4」）、β-2-微球蛋白（「B2M」）、基底細胞黏附分子（「BCAM」）、碳水化合物抗原125（「CA125」）、癌症抗原15-3（「CA15-3」）、癌胚抗原（「CEA」）、cAMP受體蛋白（「CRP」）、人類表皮生長因子受體2（「ErbB2」）、濾泡抑素、濾泡刺激素（「FSH」）、趨化因子（C-X-C模體）配位基1（「GROα」）、人類絨毛膜促性腺激素（「βHCG」）、胰島素樣生長因子1受體（「IGF-1 sR」）、IL-1 sRII、IL-3、IL-18 Rb、IL-21、瘦素（Leptin）、基質金屬蛋白酶-1（「MMP-1」）、基質金屬蛋白酶-2（「MMP-2」）、基質金屬蛋白酶-3（「MMP-3」）、基質金屬蛋白酶-8（「MMP-8」）、基質金屬蛋白酶-9（「MMP-9」）、基質金屬蛋白酶-10（「MMP-10」）、基質金屬蛋白酶-13（「MMP-13」）、神經細胞黏附分子（「NCAM-1」）、巢蛋白（Entactin）（「巢蛋白（Nidogen）-1」）、神經元特異性烯醇酶（「NSE」）、抑瘤素（Oncostatin）M（「OSM」）、原降鈣素（Procalcitonin）、泌乳素（Prolactin）、前列腺特異性抗原（「PSA」）、結合唾液酸的Ig樣凝集素9（「Siglec-9」）、ADAM 17內肽酶（「TACE」）、甲狀腺球蛋白（Thyroglobulin）、金屬蛋白酶抑制劑4（「TIMP-4」）、TSH2B4、含有去整合素（Disintegrin）及金屬蛋白酶結構域的蛋白質9（「ADAM-9」）、血管生成素2、腫瘤壞死因子配位基超家族成員13/富酸性白胺酸核磷蛋白32家族成員B（「APRIL」）、骨成形性蛋白2（「BMP-2」）、骨成形性蛋白9（「BMP-9」）、補體組分5a（「C5a」）、細胞自溶酶L、CD200、CD97、趨化素（Chemerin）、腫瘤壞死因子受體超家族成員6B（「DcR3」）、脂肪酸結合蛋白2（「FABP2」）、成纖維細胞活化蛋白、α（「FAP」）、成纖維細胞生長因子19（「FGF-19」）、半乳糖凝集素-3、肝細胞生長因子受體（「HGF R」）、IFN-γα/β R2、胰島素樣生長因子2（「IGF-2」）、胰島素樣生長因子2受體（「IGF-2 R」）、介白素-1受體6（「IL-1R6」）、介白素24（「IL-24」）、介白素33（「IL-33」）、激肽釋放素（Kallikrein）14、天門冬醯胺醯基內肽酶（「天門冬醯胺內肽酶（Legumain）」）、氧化型低密度脂蛋白受體1（「LOX-1」）、甘露糖結合凝集素（「MBL」）、腦啡肽酶（Neprilysin）（「NEP」）、Notch同系物1、易位相關（果蠅（Drosophila））（「Notch-1」）、腎胚細胞瘤過度表現的蛋白（「NOV」）、骨活化素（Osteoactivin）、計劃性細胞死亡蛋白1（「PD-1」）、N-乙醯基胞壁醯基--L-丙胺酸醯胺酶（「PGRP-5」）、絲胺酸蛋白酶抑制劑（Serpin）A4、分泌型捲曲相關蛋白3（「sFRP-3」）、血栓調節蛋白（Thrombomodulin）、Toll樣受體2（「TLR2」）、腫瘤壞死因子受體超家族成員10A（「TRAIL Rl」）、運鐵蛋白（「TRF」）、WIF-lACE-2、白蛋白、AMICA、血管生成素4、B細胞活化因子（「BAFF」）、碳水化合物抗原19-9（「CA19-9」）、CD 163、叢生蛋白（Clusterin）、CRT AM、趨化因子（C-X-C模體）配位基14（「CXCL14」）、胱抑素（Cystatin）C、核心蛋白聚糖（Decorin）（「DCN」）、Dickkopf相關蛋白3（「Dkk-3」）、δ樣蛋白質1（「DLL1」）、胎球蛋白（Fetuin）A、肝素結合生長因子1（「aFGF」）、葉酸受體α（「FOLR1」）、弗林蛋白酶（Furin）、GPCR相關分選蛋白1（「GASP-1」）、GPCR相關分選蛋白2（「GASP-2」）、粒細胞群落刺激因子受體（「GCSF R」）、絲胺酸蛋白酶海普森（「HAI-2」）、介白素-17B受體（「IL-17B R」）、介白素27（「IL-27」）、淋巴細胞活化基因3（「LAG-3」）、缺脂脂蛋白A-V（「LDL R」）、胃蛋白酶原I、視黃醇結合蛋白4（「RBP4」）、SOST、類肝素硫酸蛋白聚糖（「共結合蛋白聚糖-1（Syndecan-1）」）、腫瘤壞死因子受體超家族成員13B（「TACI」）、組織因子通路抑制劑（「TFPI」）、TSP-1、腫瘤壞死因子受體超家族成員10b（「TRAIL R2」）、TRANCE、肌鈣蛋白I（Troponin I）、尿激酶纖維蛋白溶酶原活化劑（「uPA」）、鈣黏蛋白5、2型或VE-鈣黏蛋白（血管內皮）（還稱為CD144，「VE-鈣黏蛋白」）、WNTl可誘導型信號傳導通路蛋白1（「WISP-1」）及核因子κ B的受體活化劑（「RANK」）。

在一些實施方式中，癌症治療劑係抗癌症化合物。示例性抗癌症化合物包括但不限於阿侖單抗（Campath®）、阿利維A酸（Panretin®）、阿那曲唑（Arimidex®）、貝伐單抗（Avastin®）、貝沙羅汀（Targretin®）、硼替佐米（Velcade®）、博舒替尼（Bosulif®）、本妥昔單抗（Adcetris®）、卡巴坦尼（Cometriq®）、卡菲佐米（Kyprolis®）、西妥昔單抗（Erbitux®）、克裡唑蒂尼（Xalkori®）、達沙替尼（Sprycel®）、地尼介白素（Ontak®）、鹽酸埃羅替尼（Tarceva®）、依維莫司（Afinitor®）、依西美坦（Aromasin®）、氟維司群（Faslodex®）、吉非替尼（Iressa®）、替坦異貝莫單抗（Zevalin®）、甲磺酸伊馬替尼（Gleevec®）、伊匹單抗（Yervoy®）、二對甲苯磺酸拉帕替尼（Tykerb®）、來曲唑（Femara®）、尼洛替尼（Tasigna®）、奧法木單抗（Arzerra®）、帕尼單抗（Vectibix®）、鹽酸帕唑帕尼（Votrient®）、帕妥珠單抗（Perjeta®）、普拉曲沙（Folotyn®）、瑞戈非尼（Stivarga®）、利妥昔單抗（Rituxan®）、羅米地辛（Istodax®）、甲苯磺酸索拉非尼（Nexavar®）、蘋果酸舒尼替尼（Sutent®）、他莫昔芬、西羅莫司（Torisel®）、托瑞米芬（Fareston®）、托西莫單抗及131I-托西莫單抗（Bexxar®）、曲妥珠單抗（Herceptin®）、維甲酸（Vesanoid®）、凡德他尼（Caprelsa®）、威羅菲尼（Zelboraf®）、伏立諾他（Zolinza®）及阿柏西普（Zaltrap®）。

修飾調節基因表現及其他細胞功能的蛋白質的功能的示例性抗癌症化合物（例如，HDAC抑制劑，類視黃醇受體配位基）係伏立諾他（Zolinza®）、貝沙羅汀（Targretin®）及羅米地辛（Istodax®）、阿利維A酸（Panretin®）及維甲酸（Vesanoid®）。

誘導細胞凋亡的示例性抗癌症化合物（例如，蛋白酶體抑制劑，葉酸拮抗劑）係硼替佐米（Velcade®）、卡菲佐米（Kyprolis™）及普拉曲沙（Folotyn®）。

增加抗腫瘤免疫應答的示例性抗癌化合物（例如抗CD20、抗CD52；抗細胞毒性T淋巴細胞相關抗原-4）為利妥昔單抗（Rituxan®）、阿侖單抗（Campath®）、奧法木單抗（Arzerra®）及伊匹單抗（Yervoy™）。

將毒劑遞送至癌細胞的示例性抗癌症化合物（例如，抗CD20-放射性核素融合物；IL-2-白喉毒素融合物；抗CD30-單甲基澳瑞他汀E（MMAE）-融合物）係托西莫單抗及131I-托西莫單抗（Bexxar®）及替坦異貝莫單抗（Zevalin®）、地尼介白素（Ontak®）及本妥昔單抗（Adcetris®）。

其他示例性抗癌症化合物係小分子抑制劑及其結合物，例如，Janus激酶、ALK、Bcl-2、PARP、PI3K、VEGF受體、Braf、MEK、CDK及HSP90。

示例性基於鉑的抗癌症化合物包括（例如）順鉑、卡鉑、奧沙利鉑、賽特鉑、吡鉑、奈達鉑、三鉑（Triplatin）及脂鉑（Lipoplatin）。適用於治療的其他基於金屬的藥物包括但不限於基於釕的化合物、二茂鐵衍生物、基於鈦的化合物及基於鎵的化合物。

在一些實施方式中，癌症治療劑係包括放射性核素的放射性部分。示例性放射性核素包括但不限於Cr-51、Cs-131、Ce-134、Se-75、Ru-97、I-125、Eu-149、Os-189m、Sb-119、I-123、Ho-161、Sb-117、Ce-139、In-111、Rh-103m、Ga-67、Tl-201、Pd-103、Au-195、Hg-197、Sr-87m、Pt-191、P-33、Er-169、Ru-103、Yb-169、Au-199、Sn-121、Tm-167、Yb-175、In-113m、Sn-113、Lu-177、Rh-105、Sn-117m、Cu-67、Sc-47、Pt-195m、Ce-141、I-131、Tb-161、As-77、Pt-197、Sm-153、Gd-159、Tm-173、Pr-143、Au-198、Tm-170、Re-186、Ag-111、Pd-109、Ga-73、Dy-165、Pm-149、Sn-123、Sr-89、Ho-166、P-32、Re-188、Pr-142、Ir-194、In-114m/In-114及Y-90。

在一些實施方式中，癌症治療劑係抗生素。例如，如果根據本文提供之方法來檢測癌症相關細菌和/或癌症相關微生物組特徵的存在，則可投與抗生素以從受試者消除癌症相關細菌。「抗生素」在廣義上係指能夠抑制或預防細菌感染的化合物。抗生素可以諸多方式（包含根據其用於特定感染的用途、其作用機制、其生物可用性或其靶微生物範圍（例如革蘭氏陰性細菌對革蘭氏陽性細菌、需氧細菌對厭氧細菌等））進行分類且可使用該等方式來殺死宿主的特定區域（「生態位」）中的特定細菌（Leekha等人, 2011. General Principles of Antimicrobial Therapy [抗微生物療法的一般原則]. Mayo Clin Proc. [梅歐醫院院刊] 86 (2): 156-167）。在某些實施方式中，可使用抗生素來選擇性靶向特定生態位的細菌。在一些實施方式中，可使用已知治療包含癌症生態位的特定感染的抗生素來靶向癌症相關微生物（包含該生態位中非癌症相關細菌）。在其他實施方式中，在固體劑型之後投與抗生素。在一些實施方式中，在固體劑型之前投與抗生素。

在一些方面，可基於殺細菌或細菌抑制性質來選擇抗生素。殺細菌抗生素包含破壞細胞壁（例如β-內醯胺）、細胞膜（例如達托黴素（daptomycin））或細菌DNA（例如氟喹啉酮（fluoroquinolone））的作用機制。細菌抑制劑抑制細菌複製且包含磺醯胺、四環素（tetracycline）及巨環內酯並藉由抑制蛋白質合成來發揮作用。另外，儘管一些藥物可在某些生物體中具有殺細菌性且在其他生物體中具有細菌抑制性，但知曉靶生物體使得熟悉該項技術者可選擇具有適當性質的抗生素。在某些治療條件中，細菌抑制抗生素抑制殺細菌抗生素的活性。因此，在某些實施方式中，並不組合殺細菌抗生素及細菌抑制抗生素。

抗生素包括但不限於胺基糖苷、安莎黴素（ansamycin）、碳頭孢烯（carbacephem）、碳青黴烯（carbapenem）、頭孢菌素（cephalosporin）、糖肽、林可醯胺（lincosamide）、脂肽、巨環內酯、單醯胺菌素（monobactam）、硝基呋喃、㗁唑啶酮、青黴素（penicillin）、多肽抗生素、喹啉酮（quinolone）、氟喹啉酮、磺醯胺、四環素及抗分枝桿菌化合物及其組合。

胺基糖苷包括但不限於阿米卡星（Amikacin）、建它黴素（Gentamicin）、康黴素（Kanamycin）、新黴素（Neomycin）、奈替米星（Netilmicin）、妥布黴素（Tobramycin）、巴龍黴素（Paromomycin）及大觀黴素（Spectinomycin）。胺基糖苷可有效抵抗例如革蘭氏陰性細菌（例如大腸桿菌、克雷伯氏菌屬、銅綠假單胞菌（Pseudomonas aeruginosa）及土倫病法蘭西斯氏菌（Francisella tularensis））且抵抗某些需氧細菌，但對於專性/兼性厭氧菌具有較小有效性。據信，胺基糖苷結合至細菌30S或50S核糖體亞基，由此抑制細菌蛋白合成。

安莎黴素包括但不限於格爾德黴素（Geldanamycin）、除莠黴素（Herbimycin）、利福黴素（Rifamycin）及曲張鏈菌素（Streptovaricin）。據信，格爾德黴素及除莠黴素抑制或改變熱休克蛋白90的功能。

碳頭孢烯包括但不限於氯碳頭孢（Loracarbef）。據信，碳頭孢烯抑制細菌細胞壁合成。

碳青黴烯包括但不限於厄他培南（Ertapenem）、多尼培南（Doripenem）、亞胺培南（Imipenem）/西司他丁（Cilastatin）及美羅培南（Meropenem）。碳青黴烯作為寬譜抗生素對革蘭氏陽性細菌及革蘭氏陰性細菌均具有殺細菌性。據信，碳青黴烯抑制細菌細胞壁合成。

頭孢菌素包括但不限於頭孢羥胺苄（Cefadroxil）、頭孢唑啉（Cefazolin）、頭孢噻吩（Cefalotin）、頭孢金素（Cefalothin）、頭孢胺苄（Cefalexin）、頭孢克洛（Cefaclor）、頭孢孟多（Cefamandole）、頭孢西丁（Cefoxitin）、頭孢丙烯（Cefprozil）、頭孢呋辛（Cefuroxime）、頭孢克肟（Cefixime）、頭孢地尼（Cefdinir）、頭孢托侖（Cefditoren）、頭孢哌酮（Cefoperazone）、頭孢噻肟（Cefotaxime）、頭孢泊肟（Cefpodoxime）、頭孢他啶（Ceftazidime）、頭孢布烯（Ceftibuten）、頭孢唑肟（Ceftizoxime）、頭孢曲松（Ceftriaxone）、頭孢吡肟（Cefepime）、頭孢他洛林酯（Ceftaroline fosamil）及頭孢比普（Ceftobiprole）。所選頭孢菌素可效抵抗（例如）革蘭氏陰性細菌及革蘭氏陽性細菌（包含假單胞菌（Pseudomonas ）），某些頭孢菌素可有效抵抗甲氧西林（methicillin）抗性金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus ）（MRSA）。據信，頭孢菌素藉由破壞細菌細胞壁的肽聚糖層的合成來抑制細菌細胞壁合成。

糖肽包括但不限於替考拉寧（Teicoplanin）、萬古黴素（Vancomycin）及特拉萬星（Telavancin）。糖肽可有效抵抗（例如）好氧及厭氧革蘭氏陽性細菌（包含MRSA及艱難梭菌）。據信，糖肽藉由破壞細菌細胞壁的肽聚糖層的合成來抑制細菌細胞壁合成。

林可醯胺包括但不限於克林達黴素（Clindamycin）及林可黴素（Lincomycin）。林可醯胺可有效抵抗（例如）厭氧細菌以及葡萄球菌（Staphylococcus）及鏈球菌（Streptococcus）。據信，林可醯胺結合至細菌50S核糖體亞基，由此抑制細菌蛋白合成。

脂肽包括但不限於達托黴素。脂肽可有效抵抗例如革蘭氏陽性細菌。據信，脂肽結合至細菌膜並引起快速去極化。

巨環內酯包括但不限於阿奇黴素（Azithromycin）、克拉黴素（Clarithromycin）、地紅黴素（Dirithromycin）、紅黴素（Erythromycin）、羅紅黴素（Roxithromycin）、醋竹桃黴素（Troleandomycin）、泰利黴素（Telithromycin）及螺旋黴素（Spiramycin）。巨環內酯可有效抵抗例如鏈球菌屬及支原體屬（Mycoplasma）。據信，巨環內酯結合至細菌或50S核糖體亞基，由此抑制細菌蛋白合成。

單醯胺菌素包括但不限於胺曲南（Aztreonam）。單醯胺菌素可有效抵抗例如革蘭氏陰性細菌。據信，單醯胺菌素藉由破壞細菌細胞壁的肽聚糖層的合成來抑制細菌細胞壁合成。

硝基呋喃包括但不限於呋喃唑酮（Furazolidone）及呋喃妥因（Nitrofurantoin）。

㗁唑啶酮包括但不限於利奈唑胺（Linezolid）、潑斯唑來（Posizolid）、雷得唑來（Radezolid）及特地唑胺（Torezolid）。據信，㗁唑啶酮係蛋白質合成抑制劑。

青黴素包括但不限於阿莫西林（Amoxicillin）、安比西林（Ampicillin）、阿洛西林（Azlocillin）、羧苄青黴素（Carbenicillin）、氯噻青黴素（Cloxacillin）、二氯噻青黴素（Dicloxacillin）、氟氯西林（Flucloxacillin）、美洛西林（Mezlocillin）、甲氧西林、萘夫西林（Nafcillin）、苯唑西林（Oxacillin）、青黴素G、青黴素V、哌拉西林（Piperacillin）、替莫西林（Temocillin）及替凱西林（Ticarcillin）。青黴素可有效抵抗例如革蘭氏陽性細菌、兼性厭氧菌（例如鏈球菌屬、包柔氏螺旋體屬（Borrelia）及密螺旋體屬（Treponema））。據信，青黴素藉由破壞細菌細胞壁的肽聚糖層的合成來抑制細菌細胞壁合成。

青黴素組合包括但不限於阿莫西林/克拉維酸鹽（clavulanate）、安比西林/舒巴坦（sulbactam）、哌拉西林/三唑巴坦（tazobactam）及替凱西林/克拉維酸鹽。

多肽抗生素包括但不限於桿菌肽（Bacitracin）、黏菌素（Colistin）及多黏菌素（Polymyxin）B及E。多肽抗生素可有效抵抗（例如）革蘭氏陰性細菌。據信，某些多肽抗生素抑制關於細菌細胞壁的肽聚糖層的合成的焦磷酸異戊二烯基酯，而其他多肽抗生素藉由置換細菌相對離子來去穩定細菌外膜。

喹啉酮及氟喹啉酮包括但不限於環丙沙星（Ciprofloxacin）、依諾沙星（Enoxacin）、加替沙星（Gatifloxacin）、吉米沙星（Gemifloxacin）、左氧氟沙星（Levofloxacin）、洛美沙星（Lomefloxacin）、莫西沙星（Moxifloxacin）、萘啶酮酸（Nalidixic acid）、諾氟沙星（Norfloxacin）、氧氟沙星（Ofloxacin）、曲伐沙星（Trovafloxacin）、格帕沙星（Grepafloxacin）、司帕沙星（Sparfloxacin）及替馬沙星（Temafloxacin）。喹啉酮/氟喹啉酮可有效抵抗（例如）鏈球菌屬及奈瑟菌屬（Neisseria ）。據信，喹啉酮/氟喹啉酮抑制細菌DNA旋轉酶或拓撲異構酶IV，由此抑制DNA複製及轉錄。

磺醯胺包括但不限於磺胺米隆（Mafenide）、磺胺醋醯（Sulfacetamide）、磺胺嘧啶（Sulfadiazine）、磺胺嘧啶銀、磺胺地索辛（Sulfadimethoxine）、磺胺甲噻二唑（Sulfamethizole）、磺胺甲㗁唑（Sulfamethoxazole）、磺胺亞胺基（Sulfanilimide）、柳氮磺胺吡啶（Sulfasalazine）、磺胺異㗁唑（Sulfisoxazole）、甲氧苄啶-磺胺甲㗁唑（Trimethoprim-Sulfamethoxazole）（複方磺胺甲㗁唑（Co-trimoxazole））及磺醯胺基柯衣汀（Sulfonamidochrysoidine）。據信，磺醯胺藉由競爭性抑制二氫蝶酸合成酶來抑制葉酸合成，由此抑制核酸合成。

四環素類包括但不限於地美環素（Demeclocycline）、強力黴素（Doxycycline）、米諾環素（Minocycline）、土黴素（Oxytetracycline）及四環素。四環素類可有效抵抗例如革蘭氏陰性細菌。據信，四環素結合至細菌30S核糖體亞基，由此抑制細菌蛋白合成。

抗分枝桿菌化合物包括但不限於氯法齊明（Clofazimine）、胺苯碸（Dapsone）、卷麯黴素（Capreomycin）、環絲胺酸（Cycloserine）、乙胺丁醇（Ethambutol）、乙硫異菸醯胺（Ethionamide）、異菸酸肼（Isoniazid）、吡𠯤醯胺（Pyrazinamide）、利福平（Rifampicin）、利福布汀（Rifabutin）、利福噴丁（Rifapentine）及鏈黴素（Streptomycin）。

合適的抗生素還包含胂凡納明（arsphenamine）、氯黴素（chloramphenicol）、磷黴素（fosfomycin）、夫西地酸（fusidic acid）、甲硝唑（metronidazole）、莫匹羅星（mupirocin）、平板黴素（platensimycin）、奎奴普汀（quinupristin）/達福普汀（dalfopristin）、替吉環素（tigecycline）、替硝唑（tinidazole）、甲氧苄啶-阿莫西林（trimethoprim amoxicillin）/克拉維酸鹽、安比西林/舒巴坦、安福黴素-利托菌素（amphomycin ristocetin）、阿奇黴素、桿菌肽、卜福林（buforin）II、卡波黴素（carbomycin）、殺菌肽（cecropin）Pl、克拉黴素、紅黴素、呋喃唑酮、夫西地酸、夫西地鈉、短桿菌素（gramicidin）、亞胺培南、吲哚菌素（indolicidin）、交沙黴素（josamycin）、馬蓋納尼（magainan）II、甲硝唑（metronidazole）、硝基咪唑、米卡黴素（mikamycin）、變鏈素（mutacin）B-Ny266、變鏈素B-JHl 140、變鏈素J-T8、乳鏈球菌素（nisin）、乳鏈球菌素A、新生黴素（novobiocin）、竹桃黴素（oleandomycin）、奧斯立星（ostreogrycin）、哌拉西林/三唑巴坦、普那黴素（pristinamycin）、雷莫拉寧（ramoplanin）、牛蛙皮膚抗菌肽（ranalexin）、羅伊氏素（reuterin）、利福昔明（rifaximin）、薔薇黴素（rosamicin）、羅沙米星（rosaramicin）、大觀黴素、螺旋黴素、葡萄黴素（staphylomycin）、鏈黴殺陽素（streptogramin）、鏈黴殺陽素A、協同菌素（synergistin）、牛磺羅定（taurolidine）、替考拉寧、泰利黴素、替凱西林/克拉維酸（clavulanic acid）、三乙醯基竹桃黴素（triacetyloleandomycin）、泰洛星（tylosin）、短桿菌酪肽（tyrocidin）、短桿菌素（tyrothricin）、萬古黴素、維馬黴素（vemamycin）及維吉黴素（virginiamycin）。

在一些實施方式中，另外的藥劑係免疫抑制劑、DMARD、止痛藥、類固醇、非類固醇抗炎藥（NSAID）或細胞介素拮抗劑，及其組合。代表性藥劑包括但不限於環孢素、類視黃醇、皮質類固醇、丙酸衍生物、乙酸衍生物、烯醇酸衍生物、芬那酸衍生物、Cox-2抑制劑、魯美昔布（lumiracoxib）、伊布洛芬（ibuprophen）、水楊酸膽鹼鎂（cholin magnesium salicylate）、非諾洛芬（fenoprofen）、雙水楊酯（salsalate）、二氟苯水楊酸（difunisal）、托美汀（tolmetin）、酮洛芬（ketoprofen）、氟比洛芬（flurbiprofen）、奧沙普秦（oxaprozin）、吲哚美辛（indomethacin）、舒林酸（sulindac）、依託度酸（etodolac）、酮咯酸（ketorolac）、萘丁美酮（nabumetone）、萘普生（naproxen）、伐地考昔（valdecoxib）、依託考昔（etoricoxib）、MK0966；羅非昔布（rofecoxib）、對乙醯胺基酚（acetominophen）、塞來昔布（Celecoxib）、雙氯芬酸（Diclofenac）、曲馬多（tramadol）、吡羅昔康（piroxicam）、美洛昔康（meloxicam）、替諾昔康（tenoxicam）、屈昔康（droxicam）、氯諾昔康（lornoxicam）、伊索昔康（isoxicam）、甲芬那酸（mefanamic acid）、甲氯芬那酸（meclofenamic acid）、氟芬那酸（flufenamic acid）、托芬那酸（tolfenamic）、伐地考昔（valdecoxib）、帕瑞昔布（parecoxib）、依託度酸（etodolac）、吲哚美辛（indomethacin）、阿司匹林（aspirin）、伊布洛芬（ibuprophen）、非羅考昔（firocoxib）、胺甲喋呤（methotrexate（MTX））、抗瘧疾藥物（例如，羥基氯喹（hydroxychloroquine）及氯喹（chloroquine））、柳氮磺胺吡啶（sulfasalazine）、來氟米特（Leflunomide）、硫唑嘌呤（azathioprine）、環孢素（cyclosporin）、金鹽（gold salt）、米諾環素（minocycline）、環磷醯胺（cyclophosphamide）、D-青黴胺（D-penicillamine）、米諾環素（minocycline）、金諾芬（auranofin）、他克莫司（tacrolimus）、硫代苯酸金鈉（myocrisin）、苯丁酸氮芥（chlorambucil）、TNF α拮抗劑（例如，TNF α拮抗劑或TNF α受體拮抗劑），例如，阿達木單抗（Humira®）、依那西普（Enbrel®）、英夫利昔單抗（Remicade®；TA-650）、聚乙二醇賽妥珠單抗（Cimzia®；CDP870）、戈利木單抗（Simpom®；CNTO 148）、阿那白滯素（Kineret®）、利妥昔單抗（Rituxan®；MabThera®）、阿巴西普（Orencia®）、托珠單抗（RoActemra /Actemra®）、整合素拮抗劑（TYSABRI®（那他珠單抗））、IL-1拮抗劑（ACZ885（Ilaris））、阿那白滯素（Kineret®））、CD4拮抗劑、IL-23拮抗劑、IL-20拮抗劑、IL-6拮抗劑、BLyS拮抗劑（例如，阿塞西普、Benlysta®/ LymphoStat-B®（貝利木單抗））、p38抑制劑、CD20拮抗劑（奧瑞珠單抗（Ocrelizumab）、奧法木單抗（Arzerra®））、干擾素γ拮抗劑（芳妥珠單抗（Fontolizumab））、潑尼松龍（prednisolone）、強的松（Prednisone）、地塞米松（dexamethasone）、皮質醇（Cortisol）、可的松（cortisone）、氫化可的松（hydrocortisone）、甲基潑尼松龍（methylprednisolone）、倍他米松（betamethasone）、曲安奈德（triamcinolone）、倍氯米松（beclometasome）、氟氫可的松（fludrocortisone）、去氧皮質酮（deoxycorticosterone）、醛固酮（aldosterone）、強力黴素（Doxycycline）、萬古黴素（vancomycin）、吡格列酮（pioglitazone）、SBI-087、SCIO-469、Cura-100、Oncoxin + Viusid、TwHF、甲氧沙林（Methoxsalen）、維生素D-麥角鈣化醇（Vitamin D - ergocalciferol）、米那普侖（Milnacipran）、紫杉醇（Paclitaxel）、羅西格塔松（rosig tazone）、他克莫司（Tacrolimus）（Prograf®）、RADOOl、拉帕蒙（rapamune）、雷帕黴素（rapamycin）、福斯馬替尼（fostamatinib）、芬太尼（Fentanyl）、XOMA 052、福斯馬替尼二鈉（Fostamatinib disodium）、羅格列酮（rosightazone）、薑黃素（Curcumin）（Longvida™）、瑞舒伐他汀（Rosuvastatin）、馬拉韋羅（Maraviroc）、雷米普利（ramipnl）、米那普侖（Milnacipran）、考前列酮（Cobiprostone）、生長激素（somatropin）、tgAAC94基因治療媒劑、MK0359、GW856553、埃索美拉唑（esomeprazole）、依維莫司（everolimus）、曲妥珠單抗（trastuzumab）、JAKl及JAK2抑制劑、泛JAK抑制劑，例如，四環吡啶酮6（P6）、325、PF-956980、狄諾塞麥（denosumab）、IL-6拮抗劑、CD20拮抗劑、CTLA4拮抗劑、IL-8拮抗劑、IL-21拮抗劑、IL-22拮抗劑、整合素拮抗劑（Tysarbri®（那他珠單抗））、VGEF拮抗劑、CXCL拮抗劑、MMP拮抗劑、防禦素拮抗劑、IL-1拮抗劑（包括IL-1 β拮抗劑），及IL-23拮抗劑（例如，受體誘捕物、拮抗性抗體等）。

在一些實施方式中，另外的藥劑係免疫抑制劑。免疫抑制劑的實例包括但不限於皮質類固醇激素、美沙拉𠯤（mesalazine）、美沙拉明（mesalamine）、柳氮磺胺吡啶（sulfasalazine）、柳氮磺胺吡啶衍生物、免疫抑制藥物、環孢素A、巰基嘌呤、硫唑嘌呤（azathiopurine）、強的松、胺甲喋呤、抗組胺藥、糖皮質激素、腎上腺素、茶鹼、色甘酸鈉、抗白三烯、用於鼻炎的抗膽鹼能藥物、TLR拮抗劑、發炎體抑制劑、抗膽鹼能解充血劑、肥大細胞穩定劑、單株抗IgE抗體、疫苗（例如，用於其中使過敏原的量逐漸增加的接種疫苗的疫苗）、細胞介素抑制劑（諸如抗IL-6抗體）、TNF抑制劑（諸如英夫利昔單抗、阿達木單抗、聚乙二醇賽妥珠單抗、戈利木單抗或依那西普及其組合）。投與

在某些方面中，本文提供向受試者遞送本文描述的固體劑型之方法。在本文提供之方法的一些實施方式中，投與固體劑型且聯合投與另外的藥劑。在一些實施方式中，固體劑型包含藥劑，該藥劑包含與另外的藥劑共同配製的細菌和/或mEV。在一些實施方式中，固體劑型與另外的藥劑共同投與。在一些實施方式中，在投與固體劑型之前（例如之前約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分鐘，之前約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小時，或之前約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天），向受試者投與另外的藥劑。在一些實施方式中，在投與固體劑型之後（例如之後約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分鐘，之後約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小時，或之後約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天），向受試者投與另外的藥劑。在一些實施方式中，使用相同遞送模式來遞送固體劑型及另外的藥劑。在一些實施方式中，使用不同遞送模式來投與固體劑型及另外的藥劑。例如，在一些實施方式中，經口投與固體劑型，而經由注射（例如靜脈內、肌內和/或腫瘤內注射）投與另外的藥劑。

在某些實施方式中，本文所述之固體劑型可與任一其他常規抗癌治療（例如諸如放射療法及腫瘤手術切除術）聯合投與。該等治療可在需要和/或指示時應用且可發生於投與本文所述之固體劑型之前、同時或之後。

劑量方案可為各種方法及量中的任一者，且可藉由熟悉該項技術者根據已知臨床因素來確定。如醫學技術中已知，任一患者的劑量可取決於許多因素，包含受試者物種、大小、體表面積、年齡、性別、免疫活性及總體健康狀況、有待投與的特定微生物、持續時間及投與途徑、疾病種類及階段（例如腫瘤大小）及其他化合物（例如同時或近乎同時投與的藥物）。除上述因素外，該等水平可受微生物感染性及微生物性質影響，如可由熟悉該項技術者所測定。在本發明之方法中，微生物的適當最小劑量程度可為足夠使微生物存活、生長及複製的程度。可根據劑型、投與途徑、靶疾病的程度或階段等來適當地設定或調節本文所述之藥劑（例如呈固體劑型）的劑量。例如，藥劑的一般有效劑量範圍可為0.01 mg/kg體重/天至1000 mg/kg體重/天、0.1 mg/kg體重/天至1000 mg/kg體重/天、0.5 mg/kg體重/天至500 mg/kg體重/天、1 mg/kg體重/天至100 mg/kg體重/天或5 mg/kg體重/天至50 mg/kg體重/天。有效劑量可為0.01、0.05、0.1、0.5、1、2、3、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、500或1000 mg/kg體重/天或更高，但劑量並不限於此。

在一些實施方式中，向受試者投與的劑量足以預防疾病（例如，自體免疫性疾病、炎性疾病、代謝性疾病、菌群失調或癌症）、延遲其發作或減緩或停止其進展，或減輕疾病的一個或多個症狀。熟悉該項技術者將認識到，劑量將取決於多種因素，包含所採用特定藥用劑（例如藥劑）的強度以及受試者的年齡、物種、病症及體重。還根據以下因素來確定劑量大小：投與途徑、時機及頻率以及可伴隨投與特定藥劑的任何不良副作用的存在、性質及程度及期望的生理學效果。

可藉由熟悉該項技術者已知的常規範圍探測技術來確定合適的劑量及劑量方案。通常，以較小劑量開始治療，該劑量小於化合物的最佳劑量。然後，以小增量增加劑量直至達到該狀況下的最佳效果為止。有效劑量及治療方案可藉由常規及常規方式來確定，例如，其中在實驗室動物中以低劑量開始且然後增加劑量，同時監測效果，且還系統地改變劑量方案。通常使用動物研究來測定每公斤重量的生物活性藥劑的最大可耐受劑量（「MTD」）。熟悉該項技術者通常在其他物種（包含人）中外推劑量以達到功效，同時避免毒性。

根據上文，在治療應用中，與影響所選劑量的其他因素相比，用於本發明之藥劑的劑量尤其取決於以下因素有所變化：活性劑、年齡、體重及接受患者的臨床狀況及投與療法的臨床醫師或從業人員的經歷及判斷。例如，對於癌症治療，劑量應足以導致減緩腫瘤的生長，較佳的是使腫瘤的生長消退，並且最較佳的是導致癌症的完全消退，或者轉移的大小或數目的減小。作為另一個實例，劑量應足以導致減緩受試者正在治療的疾病的進展，較佳的是改善受試者正在治療的疾病的一個或多個症狀。

分開投與可包括任何數量的兩次或更多次投與，包括二、三、四、五或六次投與。熟悉該項技術者可容易地根據本領域中已知的用於監測治療方法之方法及本文提供的其他監測方法確定進行投與的次數或進行一或多次額外投與的期望。因此，本文提供之方法包括向受試者提供固體劑型的一或多次投與之方法，其中投與次數可藉由監測受試者確定，且基於監測的結果，判定是否需提供一或多次另外投與。可基於各種監測結果決定是否需提供一或多次另外投與。

投與間的時間段可為各個時間段中的任一者。投與間的時間段可隨各種因素中的任一者而變化，包括監測步驟（如關於投與數量所描述）、受試者建立免疫應答的時間段。在一個實例中，時間段可隨受試者建立免疫應答的時間段而變化；例如，時間段可大於受試者建立免疫應答的時間段，例如大於約一週、大於約10天、大於約兩週或大於約一個月；在另一個實例中，時間段可小於受試者建立免疫應答的時間段，例如小於約一週、小於約十天、小於約兩週或小於約一個月。

在一些實施方式中，另外的藥劑與本文描述的固體劑型的組合的遞送減少另外的藥劑的不良反應和/或改善另外的藥劑的功效。

本文所述之另外的藥劑的有效劑量係針對特定受試者、組成物及投與模式有效達成所需藥劑反應且對受試者的毒性最小的另外的藥劑的量。可使用本文所述之方法來鑒別有效劑量水平且將取決於多種藥物動力學因素，包含所投與特定組成物或藥劑的活性、投與途徑、投與時間、所採用特定化合物的排泄速率、治療持續時間、與所採用特定組成物組合使用的其他藥物、化合物和/或材料、所治療受試者的年齡、性別、體重、病症、總體健康狀況及先前醫學史以及醫學技術中熟知的類似因素。一般而言，另外的藥劑的有效劑量將是該另外的藥劑的量，其為有效產生治療效果的最低劑量。通常這樣的有效劑量將取決於上文所述之該等因素。

另外的藥劑的毒性係受試者在治療期間及治療之後經受的不良反應的水平。與另外的治療劑毒性相關的不良事件可以包括但不限於：腹痛、酸消化不良、酸回流、過敏反應、禿髮、全身性過敏反應、貧血、焦慮、食欲不振、關節痛、乏力、運動失調、氮質血症、失去平衡、骨痛、出血、血凝塊、低血壓、血壓升高、呼吸困難、支氣管炎、淤血、白血球計數降低、紅血球計數降低、血小板計數降低、心臟毒性、膀胱炎、出血性膀胱炎、心律不整、心瓣膜疾病、心肌病、冠狀動脈疾病、白內障、中樞神經毒性、認知障礙、意識模糊、結膜炎、便秘、咳嗽、痙攣、膀胱炎、深層靜脈栓塞、脫水、抑鬱、腹瀉、眩暈、口乾、皮膚乾燥、消化不良、呼吸困難（dyspnea）、水腫、電解質不平衡、食道炎、疲乏、生育力喪失、發燒、胃腸積氣、面紅、胃逆流、胃食道逆流病、生殖器疼痛、粒細胞減少症、男子女乳症、青光眼、脫髮、手足綜合症、頭痛、聽覺損失、心臟衰竭、心悸、胃灼熱、血腫、出血性膀胱炎、肝毒性、高澱粉酶血症、高鈣血症、高氯血症、高糖血症、高鉀血症、高脂血症、高鎂血症、高鈉血症、高磷酸鹽血症、色素過多、高三酸甘油酯血症、高尿酸血症、低白蛋白血症、低鈣血症、低氯血症、低血糖症、低鉀血症、低鎂血症、低鈉血症、低磷酸鹽血症、陽萎、感染、注射部位反應、失眠、缺鐵、瘙癢、關節痛、腎衰竭、白血球減少症、肝功能障礙、失憶、閉經、口瘡、黏膜炎、肌肉痛、肌痛、骨髓抑制、心肌炎、嗜中性白血球減少性發燒、噁心、腎毒性、嗜中性白血球減少症、流鼻血、麻木、耳毒性、疼痛、手足綜合症（palmar-plantar erythrodysesthesia）、全部血球減少症、心包炎、周邊神經病變、咽炎、畏光、光敏感、肺炎（pneumonia）、局限性肺炎（pneumonitis）、蛋白尿、肺血栓、肺性纖維化、肺毒性、皮疹、心跳加快、直腸出血、坐立不安、鼻炎、癲癇、呼吸短促、鼻竇炎、血小板減少症、耳鳴、泌尿道感染、陰道出血、陰道乾燥、眩暈、水滯留（water retention）、無力、體重減輕、體重增加及口乾症（xerostomia）。一般而言，如果經由療法所達到的受試者益處勝過受試者因療法所經歷的不良事件，則毒性係可接受的。免疫障礙

在一些實施方式中，本文所述之方法及固體劑型關於治療或預防與病理學免疫反應相關的疾病或障礙（如自體免疫性疾病、過敏反應和/或炎性疾病）。在一些實施方式中，疾病或障礙係炎性腸病（例如，克羅恩氏病或潰瘍性結腸炎）。在一些實施方式中，疾病或障礙係牛皮癬。在一些實施方式中，疾病或障礙係特應性皮炎。

本文所述之方法和固體劑型可用以治療有需要的任何受試者。如本文中所使用，「有需要的受試者」包括患有與病理學免疫應答相關的疾病或障礙（例如，炎性腸病）的任何受試者，及具有增加獲得此疾病或障礙的可能性的任何受試者。

本文所述之固體劑型可例如用作預防或治療（部分或完全減少以下疾病的不利影響）自體免疫性疾病，如慢性炎性腸病、全身性紅斑狼瘡、牛皮癬、穆-韋二氏綜合症、類風濕性關節炎、多發性硬化或橋本病（Hashimoto's disease）；過敏性疾病，如食物過敏、花粉熱或氣喘；傳染性疾病，如艱難梭菌感染；炎性疾病，如TNF介導的炎性疾病（例如，胃腸道炎性疾病，如結腸袋炎（pouchitis）；心血管炎性疾病，如動脈粥樣硬化；或炎性肺病，如慢性阻塞性肺疾病）的藥物組成物；用作用於抑制器官移植中的排斥或其中可能發生組織排斥的其他情況的藥物組成物；用作用於改善免疫功能的補充劑、食物或飲料；或用作用於抑制免疫細胞的增殖或功能的試劑。

在一些實施方式中，本文提供之方法和固體劑型適用於治療炎症。在某些實施方式中，身體的任何組織及器官的炎症，包括肌肉骨骼炎症、血管炎症、神經炎症、消化系統炎症、眼部炎症、生殖系統炎症及其他炎症，如下文討論。

肌肉骨骼系統的免疫障礙包括但不限於那些影響骨骼關節（包括手、手腕、肘部、肩部、下巴、脊柱、頸部、臀部、膝蓋、踝部及足部的關節）的病症，及影響將肌肉連接至骨頭的組織（如肌腱）的病症。可用本文所述之方法及組成物治療的這類免疫障礙的實例包括但不限於關節炎（包括，例如，骨關節炎、類風濕性關節炎、牛皮癬關節炎、僵直性脊柱炎、急性及慢性感染性關節炎、與痛風和假痛風相關的關節炎及幼年特發性關節炎）、肌腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑囊炎、纖維組織炎（纖維肌痛）、上髁炎、肌炎及骨炎（包括，例如，佩吉特氏病（Paget's disease）、恥骨炎及囊性纖維性骨炎）。

眼部免疫障礙係指影響眼睛的任何結構（包括眼瞼）的免疫障礙。可用本文所述之方法及組成物治療的眼部免疫障礙的實例包括但不限於瞼緣炎、眼瞼皮膚松垂症、結膜炎、淚腺炎、角膜炎、乾燥性角膜結膜炎（乾眼症）、鞏膜炎、倒睫及眼色素層炎。

可用本文所述之方法及固體劑型治療的神經系統免疫障礙的實例包括但不限於腦炎、格林-巴厘綜合症（Guillain-Barre syndrome）、腦膜炎、神經性肌強直、發作性睡病、多發性硬化、脊髓炎及精神分裂症。可用本文所述之方法及組成物治療的脈管系統或淋巴系統炎症的實例包括但不限於關節硬化、關節炎、靜脈炎、血管炎及淋巴管炎。

可用本文所述之方法及固體劑型治療的消化系統免疫障礙的實例包括但不限於膽管炎、膽囊炎、腸炎、小腸結腸炎、胃炎、腸胃炎、炎性腸病、回腸炎及直腸炎。炎性腸病包括（例如）一組相關病症的某些本領域公認的形式。已知炎性腸病的幾種主要形式，這類障礙中最常見的為克羅恩氏病（區域性腸病，例如，非活性及活性形式）及潰瘍性結腸炎（例如，非活性及活性形式）。另外，炎性腸病涵蓋腸易激綜合症、顯微鏡下結腸炎、淋巴細胞性-漿細胞性腸炎、乳糜瀉、膠原性結腸炎、淋巴細胞性結腸炎及嗜酸性小腸結腸炎。IBD的其他不常見形式包括不確定性結腸炎、假膜性結腸炎（壞死性結腸炎）、缺血性炎性腸病、白塞氏病（Behcet’s disease）、類肉瘤病、硬皮病、IBD相關性發育不良、與發育不良相關的腫塊或病變及原發性硬化性膽管炎。

可用本文所述之方法及固體劑型治療的生殖系統免疫障礙的實例包括但不限於子宮頸炎、絨毛膜羊膜炎、子宮內膜炎、附睾炎、臍炎、卵巢炎、睾丸炎、輸卵管炎、輸卵管卵巢膿腫、尿道炎、陰道炎、外陰炎及外陰痛。

本文所述之方法及固體劑型可用以治療具有發炎成分的自體免疫性疾病。此病症包括但不限於全身性急性播散性禿頭症、白塞氏病、恰加斯氏病（Chagas' disease）、慢性疲勞綜合症、自主神經失調、腦脊髓炎、僵直性脊柱炎、再生障礙性貧血、化膿性汗腺炎、自體免疫性肝炎、自體免疫性卵巢炎、乳糜瀉、克羅恩氏病、1型糖尿病、巨細胞動脈炎、古德帕斯丘綜合症、格雷夫斯病、格林-巴厘綜合症、橋本病、亨諾-許蘭二氏紫斑症（Henoch-Schonlein purpura）、川崎病（Kawasaki's disease）、紅斑狼瘡、顯微鏡下結腸炎、顯微鏡下多動脈炎、混合結締組織病、穆-韋二氏綜合症（Muckle-Wells syndrome）、多發性硬化、重症肌無力、眼陣攣肌陣攣綜合症、視神經炎、奧德氏甲狀腺炎、天皰瘡、結節性多動脈炎、多肌痛、類風濕性關節炎、萊特爾氏綜合症（Reiter's syndrome）、休葛籣氏綜合症（Sjogren's syndrome）、顳動脈炎、韋格納肉芽腫病（Wegener's granulomatosis）、溫熱自體免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、萊姆病（Lyme disease）、局限性硬皮病、牛皮癬、類肉瘤病、硬皮病、潰瘍性結腸炎及白斑病。

本文所述之方法及固體劑型可用以治療具有發炎成分的T細胞介導的超敏性疾病。此類病症包括但不限於接觸性超敏反應、接觸性皮炎（包括由於毒葛引起的接觸性皮炎）、蕁麻疹、皮膚過敏、呼吸道過敏（花粉熱、過敏性鼻炎、屋塵蟎過敏）及麩膠敏感性腸病（乳糜瀉）。

可用本發明之方法及固體劑型治療的其他免疫病症包括例如闌尾炎、皮炎、皮肌炎、心內膜炎、纖維組織炎、齒齦炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹膜炎、喉炎、乳腺炎、心肌炎、腎炎、耳炎、胰臟炎、腮腺炎、心包炎、腹膜炎（peritonoitis）、咽炎、胸膜炎、局限性肺炎、前列腺增生症（prostatistis）、腎盂腎炎及口炎（stomatisi）、移植排斥（關於如腎、肝、心臟、肺、胰臟（例如，胰島細胞）、骨髓、角膜、小腸的器官，同種異體皮膚移植、皮膚同種移植物及心臟瓣膜異種移植、血清病及移植物抗宿主病）、急性胰臟炎、慢性胰臟炎、急性呼吸窘迫綜合症、西紮利氏綜合症（Sexary's syndrome）、先天性腎上腺增生、非化膿性甲狀腺炎、高鈣血症相關癌症、天皰瘡、大皰性皰疹樣皮炎、重度多形紅斑、剝脫性皮炎、脂溢性皮炎、季節性或常年性過敏性鼻炎、支氣管氣喘、接觸性皮炎、特應性皮炎、藥物超敏反應、過敏性結膜炎、角膜炎、眼帶狀皰疹、虹膜炎及虹膜睫狀體炎、脈絡膜視網膜炎、視神經炎、症狀性類肉瘤病、暴發性或散播性肺結核化學療法、成人特發性血小板減少性紫癜、成人繼發性血小板減少症、獲得性（自體免疫性）溶血性貧血症、成人白血病及淋巴瘤、兒童急性白血病、局限性腸炎、自體免疫性血管炎、多發性硬化、慢性阻塞性肺疾病、實體器官移植排斥反應、敗血症。較佳的治療包括以下的治療：移植排斥、類風濕性關節炎、牛皮癬關節炎、多發性硬化、1型糖尿病、氣喘、炎性腸病、全身性紅斑狼瘡、牛皮癬、慢性阻塞性肺疾病及伴隨感染病症的炎症（例如，敗血症）。代謝失調

在一些實施方式中，本文所述之方法和固體劑型關於治療或預防代謝性疾病或障礙，例如II型糖尿病、糖耐量受損、胰島素抵抗、肥胖、高血糖、高胰島素血症、脂肪肝、非酒精性脂肪性肝炎、高膽固醇血症、高血壓、高脂蛋白血症、高脂血症、高甘油三酯血症、酮酸中毒、低血糖、血栓性疾病、血脂異常、非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）、非酒精性脂肪性肝炎（NASH）或相關疾病。在一些實施方式中，相關疾病係心血管疾病、動脈粥樣硬化、腎臟疾病、腎病、糖尿病性神經病、糖尿病性視網膜病變、性功能障礙、皮膚病、消化不良或水腫。在一些實施方式中，本文所述之方法和藥物組成物關於非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）和非酒精性脂肪性肝炎（NASH）的治療。

本文所述之方法和固體劑型可用以治療有需要的任何受試者。如本文所使用的，「有需要的受試者」包括具有代謝性疾病或障礙的任何受試者，以及具有獲得這種疾病或障礙的增加的可能性的任何受試者。

本文所述之固體劑型可用於例如預防或治療代謝性疾病（部分或完全地減少代謝性疾病的不利影響），該代謝性疾病係例如II型糖尿病、糖耐量受損、胰島素抵抗、肥胖、高血糖、高胰島素血症、脂肪肝、非酒精性脂肪性肝炎、高膽固醇血症、高血壓、高脂蛋白血症、高脂血症、高甘油三酯血症、酮酸中毒、低血糖、血栓性疾病、血脂異常、非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）、非酒精性脂肪性肝炎（NASH）或相關疾病。在一些實施方式中，相關疾病係心血管疾病、動脈粥樣硬化、腎臟疾病、腎病、糖尿病性神經病、糖尿病性視網膜病變、性功能障礙、皮膚病、消化不良或水腫。

癌症

在一些實施方式中，本文所述之方法及固體劑型關於癌症治療。在一些實施方式中，任何癌症可使用本文所述之方法治療。可藉由本文描述之方法及固體劑型治療的癌症的實例包括但不限於來自以下的癌細胞：膀胱、血液、骨頭、骨髓、腦、乳房、結腸、食道、胃腸、牙齦、頭、腎、肝、肺、鼻咽、頸、卵巢、前列腺、皮膚、胃、睪丸、舌頭或子宮。另外，該癌症可特定地是下列組織學類型，但其不限於該等類型：贅瘤，惡性；癌；癌，未分化；巨大及梭細胞癌；小細胞癌；乳頭狀癌；鱗狀細胞癌；淋巴上皮癌；基底細胞癌（basal cell carcinoma）；毛髮基質（pilomatrix）癌；移行細胞癌；乳頭狀移行細胞癌；腺癌；胃泌素瘤，惡性；膽管癌；肝細胞癌；肝細胞癌合併膽管癌；小梁腺癌；腺樣囊性癌；腺瘤息肉的腺癌；腺癌，家族性結腸息肉；實體癌；類癌瘤，惡性；細支氣管肺泡（branchiolo-alveolar）腺癌；乳頭狀腺癌；嫌色細胞癌；嗜酸性細胞癌；嗜酸性腺癌；嗜鹼性粒細胞癌；透明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾泡性腺癌；乳頭狀及濾泡性腺癌；非包膜性硬化性癌；腎上腺皮質癌；子宮內膜樣癌；皮膚附器癌；頂漿（apocrine）腺癌；皮脂腺癌；耵聹（ceruminous）腺癌；黏液表皮樣癌；囊腺癌；乳頭狀囊腺癌；乳頭狀漿液性囊腺癌；黏液性囊腺癌；黏液性腺癌；戒環細胞癌；浸潤性管狀癌；髓樣癌；小葉癌；發炎癌；佩吉特氏病，乳房；腺泡細胞癌；腺鱗癌；腺癌與鱗狀轉移瘤（adenocarcinoma w/squamous metaplasia）；胸腺瘤，惡性；卵巢間質瘤，惡性；卵泡膜細胞瘤（thecoma），惡性；粒層細胞瘤，惡性；及成釉細胞瘤，惡性；賽特利氏（sertoli）細胞癌；睾丸間質細胞（leydig cell）瘤，惡性；脂質細胞瘤，惡性；副神經節瘤，惡性；乳房外副神經節瘤，惡性；嗜鉻細胞瘤；血管球肉瘤（glomangiosarcoma）；惡性黑色素瘤；無色素性黑色素瘤；淺表擴散黑色素瘤；巨大色素痣中的惡性黑色素瘤；上皮樣細胞黑色素瘤；藍痣，惡性；肉瘤；纖維肉瘤；纖維組織細胞瘤，惡性；黏液肉瘤；脂肉瘤（liposarcoma）；平滑肌肉瘤；橫紋肌肉瘤；胚胎性橫紋肌肉瘤；肺泡橫紋肌肉瘤；基質肉瘤；混合瘤，惡性；苗勒氏混合瘤（mullerian mixed tumor）；腎母細胞瘤；肝母細胞瘤；癌肉瘤；間質瘤，惡性；布倫納瘤（brenner tumor），惡性；葉狀瘤，惡性；滑膜肉瘤；間皮瘤，惡性；無性細胞瘤；胚胎性癌；畸胎瘤，惡性；卵巢甲狀腺瘤，惡性；絨毛膜癌；中腎瘤，惡性；血管肉瘤；血管內皮瘤，惡性；卡波西氏肉瘤（kaposi's sarcoma）；血管外皮細胞瘤，惡性；淋巴管肉瘤；骨肉瘤；近皮質骨肉瘤；軟骨肉瘤；軟骨胚細胞瘤，惡性；間葉細胞軟骨肉瘤；骨巨細胞瘤；尤因肉瘤（ewing's sarcoma）；齒源性腫瘤，惡性；釉質母細胞齒源性瘤；釉質母細胞瘤，惡性；釉質母細胞纖維肉瘤；松果體瘤，惡性；脊索瘤；神經膠質瘤，惡性；室管膜瘤；星形細胞瘤；原漿性星形細胞瘤；纖維性星形細胞瘤；星形母細胞瘤；膠質母細胞瘤；少突神經膠質瘤；少突膠質母細胞瘤；原始神經外胚葉腫瘤；小腦肉瘤；節細胞母細胞瘤；神經母細胞瘤；視網膜母細胞瘤；嗅神經源性腫瘤；腦膜瘤，惡性；神經纖維肉瘤；神經鞘瘤，惡性；顆粒細胞瘤，惡性；惡性淋巴瘤；霍奇金病（Hodgkin’s Disease）；何杰金氏淋巴瘤；副肉芽腫；小淋巴細胞性惡性淋巴瘤；彌漫性大細胞惡性淋巴瘤；濾泡型惡性淋巴瘤；蕈樣真菌病；其他指定非何杰金氏淋巴瘤；惡性組織細胞增生症；多發性骨髓瘤；肥大細胞肉瘤；免疫增殖性小腸病；白血病；淋巴樣白血病；漿細胞白血病；紅白血病；淋巴肉瘤細胞白血病；髓樣白血病；嗜鹼性白血病；嗜酸性粒細胞白血病；單核細胞白血病；肥大細胞白血病；巨核細胞性白血病；髓樣肉瘤；及毛細胞白血病。

在一些實施方式中，癌症包括乳腺癌（例如三陰性乳腺癌）。

在一些實施方式中，癌症包括結直腸癌（例如，微衛星穩定（MSS）結直腸癌）。

在一些實施方式中，癌症包括腎細胞癌。

在一些實施方式中，癌症包括肺癌（例如，非小細胞肺癌）。

在一些實施方式中，癌症包括膀胱癌。

在一些實施方式中，癌症包括胃食管癌。

在一些實施方式中，本文提供之方法及固體劑型關於白血病的治療。術語「白血病」在廣義上包括造血器官/系統的進展性、惡性疾病且其特徵通常在於白血球及其先質在血液及骨髓中的異常增殖及發育。白血病疾病的非限制性實例包含急性非淋巴細胞性白血病、慢性淋巴細胞性白血病、急性粒細胞性白血病、慢性粒細胞性白血病、急性前骨髓細胞性白血病、成人T細胞白血病、非白血性白血病、白血球增多性白血病、嗜鹼粒細胞白血病、胚細胞白血病、牛白血病、慢性骨髓細胞性白血病、皮膚白血病、胚細胞性白血病、嗜酸性粒細胞性白血病、格羅斯氏白血病（Gross' leukemia）、裡德爾細胞白血病（Rieder cell leukemia）、希林氏白血病（Schilling's leukemia）、幹細胞白血病、亞白血病性白血病、未分化細胞白血病、毛細胞白血病、成血細胞性白血病（hemoblastic leukemia）、成血胚細胞性白血病（hemocytoblastic leukemia）、組織細胞性白血病、幹細胞白血病、急性單核細胞性白血病、白血球減少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母細胞性白血病、淋巴細胞性白血病、淋巴源性白血病、淋巴樣白血病、淋巴肉瘤細胞白血病、肥大細胞白血病、巨核細胞性白血病、小骨髓母細胞性白血病、單核細胞性白血病、骨髓母細胞性白血病、骨髓細胞性白血病、骨髓性粒細胞性白血病、骨髓單核細胞性白血病、內格利白血病（Naegeli leukemia）、漿細胞白血病、漿細胞性白血病及前骨髓細胞性白血病。

在一些實施方式中，本文提供之方法及固體劑型關於癌治療。術語「癌」係指上皮細胞的惡性生長，該等上皮細胞往往浸潤環繞組織和/或抑制生理學及非生理學細胞死亡信號並產生轉移。癌的非限制性示例性類型包含腺泡癌、腺泡樣癌、腺囊樣癌、腺樣囊性癌、腺癌（carcinoma adenomatosum）、腎上腺皮質癌、肺泡癌、肺泡細胞癌、基底細胞癌（basal cell carcinoma）、基底細胞癌（carcinoma basocellulare）、基底細胞樣癌、基底鱗狀細胞癌、支氣管肺泡癌、細支氣管癌、支氣管癌、腦狀癌、膽管細胞癌、絨毛膜癌、膠狀癌、粉刺癌、子宮體癌、篩狀癌、鎧甲狀癌、皮膚癌、柱狀癌、柱狀細胞癌、導管癌、硬癌（carcinoma durum）、胚胎性癌、腦狀癌（encephaloid carcinoma）、表皮樣癌、腺樣上皮細胞癌、外植癌、潰瘍性癌、纖維癌、膠狀癌（gelatiniform carcinoma）、膠樣癌（gelatinous carcinoma）、巨細胞癌（giant cell carcinoma）、印戒細胞癌（signet-ring cell carcinoma）、單純癌、小細胞癌、馬鈴薯狀癌、球狀細胞癌、梭形細胞癌、髓狀癌、鱗狀癌、鱗狀細胞癌、繩捆癌（string carcinoma）、毛細管擴張癌（carcinoma telangiectaticum）、毛細管擴張性癌（carcinoma telangiectodes）、移行細胞癌、塊狀癌、結節性皮癌、疣狀癌、絨毛狀癌、巨細胞癌（carcinoma gigantocellulare）、腺體癌（glandular carcinoma）、粒層細胞癌、毛基質細胞癌（hair-matrix carcinoma）、血樣癌、肝細胞癌、許特耳細胞癌（Hurthle cell carcinoma）、玻質狀癌、腎上腺樣癌、幼稚型胚胎性癌、原位癌、表皮內癌、上皮內癌、克羅姆佩柯赫爾氏腫瘤（Krompecher's carcinoma）、庫爾契茨基氏細胞癌（Kulchitzky-cell carcinoma）、大細胞癌、豆狀癌（lenticular carcinoma）、豆樣癌（carcinoma lenticulare）、脂瘤樣癌、淋巴上皮癌、髓樣癌、髓質癌、黑色素癌、軟癌、黏液性癌（mucinous carcinoma）、黏液癌（carcinoma muciparum）、黏液細胞癌（carcinoma mucocellulare）、黏液表皮樣癌、黏膜癌（carcinoma mucosum）、黏膜性癌（mucous carcinoma）、黏液瘤樣癌、鼻咽癌、燕麥狀細胞癌、骨化性癌、骨質癌（osteoid carcinoma）、乳頭狀癌、門靜脈周癌、浸潤前癌、棘細胞癌、糜爛性癌、腎臟的腎細胞癌、儲備細胞癌、肉瘤樣癌、施奈德氏癌（schneiderian carcinoma）、硬性癌（scirrhous carcinoma）及陰囊癌（carcinoma scroti）。

在一些實施方式中，本文提供之方法及固體劑型關於肉瘤的治療。術語「肉瘤」通常是指如胚胎結締組織等物質組成的腫瘤且通常由包埋於原纖維、異質或均質物質中的緊密堆積細胞構成。肉瘤包括但不限於軟骨肉瘤、纖維肉瘤、淋巴肉瘤、黑色素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宮內膜肉瘤、基質肉瘤、尤文氏肉瘤（Ewing' s sarcoma）、筋膜肉瘤、成纖維細胞性肉瘤、巨細胞肉瘤、艾伯內西氏肉瘤（Abemethy's sarcoma）、脂肪肉瘤、脂肉瘤、軟組織腺泡狀肉瘤、釉質母細胞肉瘤、葡萄形肉瘤、綠色肉瘤、絨毛膜癌、胚胎性肉瘤、維爾姆斯氏腫瘤肉瘤（Wilms' tumor sarcoma）、粒細胞肉瘤、何傑金氏肉瘤（Hodgkin's sarcoma）、特發性多發性色素沈著出血性肉瘤、B細胞免疫母細胞肉瘤、淋巴瘤、T細胞免疫母細胞肉瘤、晏森氏肉瘤（Jensen's sarcoma）、卡波西氏肉瘤（Kaposi's sarcoma）、庫普弗細胞肉瘤（Kupffer cell sarcoma）、血管肉瘤、白血病性肉瘤、惡性間葉瘤肉瘤、骨周肉瘤、網狀細胞肉瘤、勞斯肉瘤（Rous sarcoma）、漿液囊性肉瘤、滑膜肉瘤及毛細血管擴張性肉瘤。

可使用本文描述之方法及固體劑型治療的另外的示例性腫瘤包括霍奇金病（Hodgkin’s Disease）、非何杰金氏淋巴瘤、多發性骨髓瘤、神經母細胞瘤、乳腺癌、卵巢癌、肺癌、橫紋肌肉瘤、原發性血小板增多症、原發性巨球蛋白血症、小細胞肺腫瘤、原發性腦腫瘤、胃癌、結腸癌、惡性胰臟胰島素瘤、惡性類癌、癌前皮膚病變、睪丸癌、淋巴瘤、甲狀腺癌、神經母細胞瘤、食道癌、泌尿生殖道癌、惡性高鈣血症、子宮頸癌、子宮內膜癌、漿細胞瘤、結直腸癌、直腸癌及腎上腺皮質癌。

在一些實施方式中，所治療的癌症係黑色素瘤。術語「黑色素瘤」意指源自皮膚及其他器官的黑色素細胞系統的腫瘤。黑色素瘤的非限制性實例係哈-巴二氏黑色素瘤（Harding-Passey melanoma）、幼年型黑色素瘤、惡性小痣性痣黑色素瘤、惡性黑色素瘤、肢端小痣性黑色素瘤、無黑色素性黑色素瘤、良性幼年型黑色素瘤、克勞德曼氏黑色素瘤（Cloudman's melanoma）、S91黑色素瘤、結節性黑色素瘤甲下黑色素瘤及淺表擴展性黑色素瘤。

可使用本文所述之方法及固體劑型治療的腫瘤的特定類別包括淋巴組織增生性疾病、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、子宮頸癌、子宮內膜癌、骨癌、肝癌、胃癌、結腸癌、胰臟癌、甲狀腺癌、頭頸癌、中樞神經系統的癌症、外周神經系統的癌症、皮膚癌、腎癌、及所有上述的轉移。特定類型的腫瘤包含肝細胞癌、肝細胞瘤、肝母細胞瘤、橫紋肌肉瘤、食管癌、甲狀腺癌、惡性神經節瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肉瘤、軟骨肉瘤、成骨性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、尤文氏腫瘤、平滑肌肉瘤、橫紋肌內皮肉瘤、侵襲性導管癌、乳頭狀腺癌、黑色素瘤、肺鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌（充分分化、中等分化、分化不良或未分化）、支氣管肺泡癌、腎細胞癌、腎上腺樣瘤、腎上腺樣腺癌、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、維爾姆斯氏腫瘤、睾丸腫瘤、肺癌（包含小細胞肺癌、非小細胞肺癌及大細胞肺癌）、膀胱癌、神經膠質瘤、星形細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、視網膜母細胞瘤、神經母細胞瘤、結腸癌、直腸癌、血液系統惡性腫瘤（包含所有類型的白血病及淋巴瘤，包含：急性髓性白血病、急性髓細胞性白血病、急性淋巴細胞性白血病、慢性髓性白血病、慢性淋巴球性白血病、肥大細胞白血病、多發性骨髓瘤、髓樣淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、非何杰金氏淋巴瘤、漿細胞瘤、結直腸癌及直腸癌。

某些實施方式中所治療的癌症還包含癌症前期病灶，例如光化性角化病（日光性角化病）、莫耳痣（發育異常痣）、光化性唇炎（農夫唇）、皮角、巴瑞特氏食管症（Barrett's esophagus）、萎縮性胃炎、先天性角化不良、缺鐵性咽下困難、扁平苔蘚、口腔黏膜下纖維化、光化性（日光性）彈性組織變性及子宮頸發育不良。

一些實施方式中所治療的癌症包含非癌性或良性腫瘤，例如內胚層、外胚層或間質起源的腫瘤，包括但不限於膽管瘤、結腸息肉、腺瘤、乳頭瘤、囊腺瘤、肝細胞腺瘤、葡萄胎、腎小管腺瘤、鱗狀細胞乳頭瘤、胃息肉、血管瘤、骨瘤、軟骨瘤、脂肪瘤、纖維瘤、淋巴管瘤、平滑肌瘤、橫紋肌瘤、星形細胞瘤、痣、腦膜瘤及神經節瘤。其他疾病及障礙

在一些實施方式中，本文描述之方法及固體劑型關於肝疾病的治療。此疾病包括（但不限於）阿拉吉爾綜合症（Alagille Syndrome）、酒精相關肝病、α-1抗胰蛋白酶缺乏症、自體免疫性肝炎、良性肝腫瘤、膽管閉鎖、肝硬化、半乳糖血症、吉伯特綜合症、血色素沈著病、A型肝炎、B型肝炎、C型肝炎、肝性腦病、妊娠期肝內膽汁淤積症（ICP）、溶酶體酸脂肪酶缺乏症（LAL-D）、肝囊腫、肝癌、新生兒黃疸、原發性膽汁性膽管炎（PBC）、原發性硬化性膽管炎（PSC）、雷氏綜合症（Reye Syndrome）、I型糖原貯積病及威爾森病（Wilson Disease）。

本文所述之方法及固體劑型可用以治療神經退化性及神經性疾病。在某些實施方式中，神經退化性和/或神經性疾病係巴金森氏病、阿爾茲海默症、普里昂疾病、亨廷頓病、運動神經元疾病（MND）、脊髓小腦共濟失調、脊髓性肌萎縮症、肌張力障礙、特發性顱內高壓、癲癇、神經系統疾病、中樞神經系統疾病、運動障礙、多發性硬化、腦病、周圍神經病變或術後認知功能障礙。菌群失調

近年來，越來越清楚的是，腸道微生物組（也稱為「腸道微生物群」）可藉由微生物對宿主的免疫細胞和其它細胞的活性以及影響（局部和/或遠端）對個體健康產生顯著影響（Walker, W.A., Dysbiosis [菌群失調]. The Microbiota in Gastrointestinal Pathophysiology [胃腸道病理生理學中的微生物.] 第二十五章. 2017；Weiss和Thierry, Mechanisms and consequences of intestinal dysbiosis [腸道菌群失調的機制和後果].Cellular and Molecular Life Sciences [細胞與分子生命科學]. (2017) 74 (16): 2959-2977. Zurich Open Repository and Archive[蘇黎世開放存儲庫和檔案館], doi:https://doi.org/10.1007/s00018-017-2509-x)）。

健康的宿主腸道微生物組穩態有時被稱為「生態平衡」或「正常微生物」，而宿主微生物組的組成和/或其多樣性的有害變化可能導致微生物組的不健康失衡，或「菌群失調」（Hooks和O’Malley.Dysbiosis and its discontents [菌群失調及其不滿]. American Society for Microbiology [美國微生物學會]. 2017年10月. 第8卷. 第5期. mBio 8:e01492-17. https://doi.org/10.1128/mBio.01492-17）。當微生物組穩態喪失或減弱時，可能會發生菌群失調以及相關的局部或遠端宿主發炎或免疫效應，從而導致：對病原體的敏感性增加；宿主細菌代謝活性改變；誘導宿主促炎活性和/或降低宿主抗炎活性。此類效應部分地由宿主免疫細胞（例如，T細胞、樹突細胞、肥大細胞、NK細胞、腸上皮淋巴細胞（IEC）、巨噬細胞和吞噬細胞）和細胞介素，以及由此類細胞和其它宿主細胞釋放的其他物質之間的相互作用介導。

菌群失調可能發生在胃腸道內（「胃腸道菌群失調」或「腸道菌群失調」），或者可能發生在胃腸道內腔外（「遠端菌群失調」）。胃腸菌群失調通常與腸上皮屏障完整性降低、緊密連接完整性降低和腸通透性增加有關。Citi, S. Intestinal Barriers protect against disease [腸屏障可預防疾病],Science [科學] 359: 1098-99 (2018); Srinivasan等人., TEER measurement techniques for in vitro barrier model systems [用於體外屏障模型系統的TEER測量技術].J. Lab. Autom. [實驗室自動化雜誌] 20: 107-126 (2015)。胃腸道菌群失調可以在胃腸道內外產生生理和免疫作用。

菌群失調的存在已與多種疾病和病症相關，包括：感染，癌症，自體免疫性疾病（例如全身性紅斑狼瘡 (SLE)）或炎性疾病（例如功能性胃腸疾病如炎症性腸病 (IBD)，潰瘍性結腸炎和克羅恩氏病），神經炎性疾病（例如多發性硬化症），移植性疾病（例如移植物抗宿主病），脂肪性肝病，I型糖尿病，類風濕性關節炎，乾燥綜合症，乳糜瀉，囊性纖維化，慢性阻塞性肺疾病 (COPD) 和其他與免疫功能障礙相關的疾病和條件。Lynch等人, The Human Microbiome in Health and Disease [健康與疾病中的人類微生物組],N. Engl. J. Med . 375: 2369-79 (2016)，Carding等人, Dysbiosis of the gut microbiota in disease [疾病中腸道微生物的菌群失調].Microb. Ecol. Health Dis. [微生物生態與健康疾病] (2015); 26: 10:3402/mehd.v26.2619；Levy等人, Dysbiosis and the Immune System [菌群失調和免疫系統],Nature Reviews Immunology [自然評論免疫學] 17: 219 (2017年4月)。

本文所揭露的示例性固體劑型可以藉由修飾存在於菌群失調部位的免疫活性來治療菌群失調及其影響。如本文所述，此類組成物可藉由對宿主免疫細胞的作用（導致例如抗炎細胞介素的分泌增加和/或促炎細胞介素的分泌減少，從而減輕受試接受者的炎症）或藉由代謝產物生產的變化來修飾菌群失調。

本文揭露的可用於治療與菌群失調相關的障礙的示例性固體劑型包含一種或多種類型的免疫調節細菌（例如抗炎細菌）和/或由此類細菌產生的mEV（微生物胞外囊泡）。這樣的組成物能夠影響接受者宿主在胃腸道中的免疫功能，和/或在受試者胃腸道外的遠端部位產生系統作用。

本文揭露的可用於治療與菌群失調相關的障礙的示例性固體劑型包含單一細菌物種（例如，單一菌株）的免疫調節細菌（例如，抗炎細菌）的群體和/或由此類細菌產生的mEV。這樣的組成物能夠影響接受者宿主在胃腸道中的免疫功能，和/或在受試者胃腸道外的遠端部位產生系統作用。

在一個實施方式中，將包含經分離的免疫調節細菌（例如抗炎細菌細胞）群體或由此類細菌產生的mEV的固體劑型以有效治療哺乳動物接受者的菌群失調和其一種或多種影響的量投與（例如口服）給該接受者。該菌群失調可以是胃腸道菌群失調或遠端菌群失調。

在另一個實施方式中，本發明之固體劑型可以治療胃腸道菌群失調及其對宿主免疫細胞的一種或多種影響，導致抗炎細胞介素的分泌增加和/或促炎細胞介素的分泌減少，從而減輕受試接受者的炎症。

在另一個實施方式中，固體劑型可以藉由以下來治療胃腸道菌群失調及其一種或多種影響：經由細胞和細胞介素調節來調節接受者的免疫應答，以藉由增加腸上皮屏障的完整性來降低腸道通透性。

在另一個實施方式中，固體劑型可以藉由以下來治療遠端菌群失調及其一種或多種影響：經由調節宿主免疫細胞來調節菌群失調部位的接受者免疫應答。

其他示例性固體劑型可用於治療與菌群失調有關的失調症，該等組成物包含一種或多種類型的細菌或mEV，該等細菌和/或mEV能夠改變接受者中的宿主免疫細胞亞群（例如T細胞、免疫淋巴樣細胞、樹突細胞、NK細胞和其他免疫細胞的亞群）相對比例或其功能。

其他示例性固體劑型可用於治療與菌群失調有關的障礙，組成物包含單一細菌物種（例如，單一菌株）的免疫調節細菌和/或mEV的群體，其能夠改變接受者中免疫細胞亞群（例如T細胞亞群、免疫淋巴樣細胞、NK細胞和其他免疫細胞）的相對比例或其功能。

在一個實施方式中，本發明提供了藉由以下來治療胃腸道菌群失調及其一種或多種影響之方法：向有需要的受試者口服投與固體劑型，該固體劑型改變存在於菌群失調部位的微生物組群體。固體劑型可以包含一種或多種類型的免疫調節細菌和/或mEV或者單一細菌物種（例如，單一菌株）的免疫調節細菌和/或mEV的群體。

在一個實施方式中，本發明提供了藉由以下來治療遠端菌群失調及其一種或多種影響之方法：向有需要的受試者口服投與固體劑型，該固體劑型改變受試者的胃腸道外的免疫應答。固體劑型可以包含一種或多種類型的免疫調節細菌和/或mEV或者單一細菌物種（例如，單一菌株）的免疫調節細菌和/或mEV的群體。

在示例性實施方式中，可用於治療與菌群失調有關的障礙的固體劑型刺激宿主免疫細胞分泌一種或多種抗炎細胞介素。抗炎細胞介素包括但不限於IL-10、IL-13、IL-9、IL-4、IL-5、TGFβ及其組合。在其他示例性實施方式中，可用於治療與菌群失調有關的障礙的固體劑型減少（例如抑制）宿主免疫細胞分泌一種或多種促炎細胞介素。促炎細胞介素包括但不限於IFNγ、IL-12p70、IL-1α、IL-6、IL-8、MCP1、MIP1α、MIP1β、TNFα及其組合。其他示例性細胞介素係本領域已知的並且在本文中描述。

在另一方面，本發明提供了在有需要的受試者中治療或預防與菌群失調有關的障礙之方法，該方法包括向受試者投與（例如口服投與）益生菌食品或醫療食品形式的固體劑型，該固體劑型包含的細菌和/或mEV的數量足以改變菌群失調部位的微生物組，從而治療與菌群失調有關的障礙。

在另一個實施方式中，益生菌食品或醫療食品形式的本發明之固體劑型可用於預防或延遲處於發展為菌群失調風險的受試者中菌群失調的發作。製造增強的細菌之方法

在某些方面中，本文提供製造用於產生本文描述的細菌和/或mEV（例如smEV和/或pmEV）的工程改造的細菌之方法。在一些實施方式中，該等工程改造的細菌經修飾以增強某些所需性質。例如，在一些實施方式中，對工程改造的細菌進行修飾以增強細菌和/或mEV（例如smEV和/或pmEV）的免疫調節作用和/或治療效果（例如，單獨或與另一種藥劑組合），以降低毒性和/或改善細菌和/或mEV（例如smEV和/或pmEV）製造（例如更高的耐氧性、更高的抗凍融性、更短的產生時間）。工程改造的細菌可使用本領域中已知的任何技術產生，包括（但不限於）定點誘變、轉座子誘變、敲除、敲入、聚合酶鏈反應誘變、化學誘變、紫外線誘變、轉形（化學或藉由電穿孔）、噬菌體轉導、定向演化、CRISPR/Cas9或其任何組合。

在本文提供之方法的一些實施方式中，細菌藉由定向演化進行修飾。在一些實施方式中，定向演化包含將細菌暴露於環境條件並選擇在環境條件下具有經改善的存活和/或生長的細菌。在一些實施方式中，方法包括使用識別增強的細菌的分析篩選誘變細菌。在一些實施方式中，方法還包括誘變細菌（例如，藉由暴露於化學誘變劑和/或UV照射），或將它們暴露於藥劑（例如抗生素），接著進行分析以檢測具有所需表型的細菌（例如，活體內分析、離體分析或活體外分析）。 γ照射：樣本方案：

粉末可以在環境溫度下以17.5 kGy輻射單位進行γ照射。冷凍生物量可以在乾冰存在下以25 kGy輻射單位進行γ照射。冷凍生物質製備：樣本方案

在達到所需水平的細菌培養物生長後，離心培養物，棄去上清液，使沈澱盡可能乾燥。渦旋沈澱以使生物質疏鬆。將沈澱重懸於所需的冷凍保護劑溶液中，轉移至低溫管中，並在液氮中速凍。儲存在-80攝氏度的冰箱中。粉末製備：樣本方案

在達到所需水平的細菌培養物生長後，離心培養物，棄去上清液，使沈澱盡可能乾燥。將沈澱重懸於所需的冷凍保護劑溶液中，製成配製的細胞糊。冷凍保護劑可包含例如麥芽糊精、抗壞血酸鈉、麩胺酸鈉和/或氯化鈣。將配製的細胞糊裝載到不銹鋼託盤上，然後裝載到冷凍乾燥機中，例如以定義的循環參數以自動模式運行。將冷凍乾燥的產品送入研磨機中，並收集所得粉末。

將粉末在2-8攝氏度（例如在4攝氏度）下，儲存於例如乾燥器中（例如真空密封袋中）。實例實例 1 ：乳酸乳球菌乳脂亞種粉末的製備

藉由以2500 L/h的流速和150秒的排出時間連續離心來收穫發酵液。收集濃縮的細胞，並棄去上清液。

冷凍保護劑溶液組分係麥芽糊精（16% w/w）、抗壞血酸鈉（8% w/w）、麩胺酸鈉（8% w/w）和氯化鈣（8% w/w）。首先將它們溶解在混合罐中並進行巴氏消毒；將溶液冷卻至4-10攝氏度。

將冷卻的冷凍保護劑溶液以25% (w/w) 的比例添加到濃縮細胞中並混合以得到配製的細胞糊。

將配製的細胞糊裝載到多個不銹鋼託盤上。冷凍乾燥機以定義的循環參數以自動模式運行。在循環結束時，將冷凍乾燥的產品從託盤中取出，並在研磨前存儲在多個聚乙烯袋中。

將冷凍乾燥的產品進料到研磨機中並收集到雙層聚乙烯袋中。用金屬檢測器（假設研磨機係金屬攪拌機）檢查袋，然後在最終包裝之前儲存在2-8 m攝氏度。

將冷凍乾燥的粉末（1 kg等分）放入聚乙烯袋中，然後將其包裝到PET-AL-PE箔袋中並加熱密封。成品袋的長期儲存條件為2-8攝氏度。實例 2 ：低劑量下，腸溶包衣微型片劑顯著增強乳酸乳球菌乳脂亞種藥理活性

方法：在第0天用KLH-DTH乳劑對小鼠進行皮內免疫。在第1至8天，給小鼠腹膜內給藥地塞米松（17 ug/小鼠，100 μl的PBS中）作為陽性對照，或口服給藥蔗糖媒劑作為陰性對照，或給藥重懸於蔗糖遞送緩衝液中的乳酸乳球菌乳脂亞種粉末或包含不同劑量的乳酸乳球菌乳脂亞種粉末（0.1 mg、0.35 mg、1 mg或3.5 mg）的腸溶包衣的2 mm微型片劑（見圖1）。在表5中提供了包衣。在第8天，用10 ug的KLH在左耳內皮內激發小鼠，並在24小時後評估耳厚度自基線的變化。

結果：當以腸溶包衣微型片劑遞送時，與媒劑對照相比，3.5 mg和1 mg劑量的乳酸乳球菌乳脂亞種粉末顯著減少耳腫脹。 [表 5 ]：乳酸乳球菌乳脂亞種微型片劑（ 2 mm ）上的腸溶包衣（乾基）

組分	腸溶包衣（mg）	腸溶包衣（mg/cm² 表面）
尤特奇® L 30 D-55	0.97	6.6
檸檬酸三乙酯	0.19	1.32
滑石	0.48	3.3

實例 3 ：甲基丙烯酸丙烯酸酯共聚物包衣

表6給出了包衣懸浮液，包含作為腸溶性聚合物的Kollicoat MAE 100P、範圍為基於聚合物重量計從10%-25%的增塑劑（1,2-丙二醇、檸檬酸三乙酯或聚乙二醇）、以及範圍為基於聚合物重量計從15%-25%的防黏劑。 [表 6 ]： Kollicoat® 包衣懸浮液組成

賦形劑	功能	（ % w/w ）
Kollicoat® MAE 100P	腸溶聚合物	15.00
檸檬酸三乙酯（TEC）	增塑劑	2.25
滑石	防黏劑/顏料	3.00
水		79.75
總計		100.00

包衣懸浮液製備程序 a. 將水分成三部分 b. 將TEC溶解到第1部分水中（溶液1） c. 將聚合物緩慢重新分散到第2部分水中，用磁力攪拌棒攪拌2小時，確保聚合物完全水化/分散，沒有結塊（懸浮液2） d. 將滑石緩慢分配到第3部分水中使其水合，用Silverson高剪切均質器將滑石懸浮液在6000 RPM下均化3分鐘，以確保沒有結塊（懸浮液3） e. 將溶液1添加到懸浮液2中，然後添加懸浮液3 f. 混合15分鐘，然後將懸浮液通過USP#60目 g. 最終的懸浮液要進行包衣包衣設備及製程參數 [表 7 ]：製程 1 （微型片劑）

包衣設備	VFC-Lab 微型流化床
批大小	20 g
噴嘴直徑	0.8 mm
噴霧速度	0.5-0.8 g/min
噴嘴氣流	21-25 PSI
進氣Tm	50°C-55°C
排氣Tm	34°C-37°C
泵速	10-12 RPM

[表 8 ]：製程 2 （單一片劑）

包衣設備	O’hara LC M10 鍋式包衣機
批大小	650 g
噴嘴直徑	0.8 mm
噴霧速度	5 g/min
霧化氣壓	25.4 PSI
模式氣壓	20.5 PSI
送風量	90 cfm
進氣Tm	47°C-50°C
排氣Tm	35°C-38°C
轉鼓大小	12 in
轉鼓轉速	12 RPM

實例 4 ：包衣片劑

製備了普雷沃菌屬菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329）的片劑和韋榮球氏菌屬細菌（以ATCC指定編號PTA-125691保藏）的片劑。還包衣了安慰劑片劑。

普雷沃菌屬菌株B 50329的片劑為650 mg。還製備了安慰劑片劑。

韋榮球氏菌屬菌株的片劑為400 mg。以兩種強度（高劑量和低劑量）製備片劑。還製備了安慰劑片劑。

表9提供了包衣懸浮液的配製物組成。 [表 9 ]： 包衣懸浮液的配製物組成

材料	粉衣層	頂包衣層（ Top-coat ，腸溶的）
組成成分 % (w/w)	組成成分 % (w/w)
Kollidon MAE 100P	-	15.00
TEC	-	2.25
滑石	-	3.00
補充水	-	79.75
歐巴代II白色產品編碼：85F18422	15.0	-
WFI	85.0	-
總計	100.0	100.0

如下包衣片劑。包衣懸浮液製造程序： 1. 將水分成兩部分，然後將第一部分注射用水分配到去皮不銹鋼容器中。 2. 稱重並分配檸檬酸三乙酯到合適的去皮容器中。 3. 將已分配的檸檬酸三乙酯添加到水中，同時用頂置式攪拌器混合。 4. 稱重滑石並將其分配到合適的去皮容器中。 5. 將已分配的滑石緩慢添加到水/檸檬酸三乙酯溶液中，同時用頂置式攪拌器混合。 6. 滑石完全水合後，將容器轉移到Silverson。均質化至少10分鐘，確保所有滑石已完全分散/均質化，沒有任何結塊並且沒有材料黏附在混合器頭部上。 7. 將第二部分注射用水分配到去皮不銹鋼容器中。 8. 稱重並將Kollicoat分配到合適的去皮容器中。 9. 將已分配的Kollicoat緩慢添加到步驟7的水中，同時用頂置式攪拌器混合。 10. 繼續混合直到所有的Kollicoat添加完成並完全水合且分散，沒有任何結塊並且沒有材料黏附在槳上。 11. 將水/檸檬酸三乙酯/滑石懸浮液轉移至頂置式攪拌器中並開始混合。 12. 在繼續混合的同時，將Kollicoat懸浮液轉移到容器中。以適當的速度混合至少45分鐘以形成渦流，不進行任何充氣。 13. 使包衣懸浮液通過500 µm的篩進入不銹鋼容器。確保所有固體均通過篩網。

表10提供了腸溶包衣的製程參數。 [表 10 ]： 腸溶包衣製程參數


活性	安慰劑
床溫（°C）	30 - 35	30 - 35
轉鼓轉速（rpm）	17	17
進氣量（m³ /hr）	170	170 - 180
櫃壓（Pa）	- 60	- 60
進氣溫度（°C）	46 - 49	46 - 52
霧化氣壓（巴）	1.6	1.6
噴霧速度	6 g/min/kg - 5.9 g/min 恒定 -1450 粒膠囊	6 g/min/kg - 5.8 g/min 恒定 -1456 粒膠囊
距床的距離	15 cm	15 cm
相對於膠囊床的角度	相對於床 9 ° - 15 °	相對於床 90 ° - 15 °
擋板	無（批太大）	無（批太大）
噴嘴尺寸	0.8 mm	0.8 mm
轉鼓大小	15” 轉鼓	15” 轉鼓
整體包衣效率	93.5%	96.0%

表11提供了普雷沃菌菌株B 50329（活性）和安慰劑片劑的崩散結果。 [表 11 ]： 普雷沃菌菌株 B 崩散結果

批參考	儲存條件	時間點（月）	結果（ hh:mm:ss ）
0.1 M HCl	6.8 pH 緩衝液
活性	2°C-8°C	初始	DND*	第一：00:12:56 最後：00:14:36
安慰劑	DND	第一：00:10:21 最後：00:14:10
活性	T = 1個月	DND	第一：00:13:09 最後：00:15:11
安慰劑	DND	第一：00:06:21 最後：00:07:41
活性	25°C，60% RH	T = 1個月	DND	第一：00:12:18 最後：00:15:18
安慰劑	DND	第一：00:06:26 最後：00:08:23
活性	30°C，65% RH	T = 1個月	DND	第一：00:14:06 最後：00:15:50
安慰劑	DND	第一：00:07:05 最後：00:09:04
活性	40°C，75% RH	T = 1個月	DND	第一：00:11:47 最後：00:13:07
安慰劑	DND	第一：00:08:05 最後：00:09:16

DND*：沒有崩散；RH：相對濕度

表12提供了韋榮氏球菌屬菌株的高劑量和低劑量片劑的崩散結果。 [表 12 ]： 韋榮氏球菌屬片劑崩散結果

批參考	儲存條件	時間點（月）	結果（ hh:mm:ss ）
0.1 M HCl	6.8 pH 緩衝液
高劑量	2°C-8°C	初始	DND*	00:19:08
低劑量	2°C-8°C	初始	DND*	00:09:05

* DND-未崩散實例 5 ：包衣膠囊

針對如下製備膠囊： • 普雷沃菌屬菌株B 50329（NRRL登錄號B 50329） • 韋榮球氏菌屬細菌（以ATCC指定編號PTA-125691保藏） • 乳酸乳球菌乳脂亞種菌株A（以ATCC指定編號PTA-125368保藏） • 雙歧桿菌屬細菌（以ATCC指定編號PTA-125097保藏）

膠囊皆為0號。

製備了兩種強度（高劑量和低劑量）的韋榮球氏菌屬菌株膠囊。

在腸溶包衣之前，將膠囊用基於HPMC的鑲邊溶液鑲邊。

表13提供了包衣懸浮液的配製物組成。 [表 13 ]： 包衣懸浮液的組成

包衣懸浮液成分
尤特奇L30-D55	腸溶包衣劑	39.72	USP/Ph.Eur.
檸檬酸三乙酯	增塑劑	2.31	USP/Ph.Eur.
滑石	防黏劑	5.78	USP/Ph.Eur.
注射用水^a	溶劑	52.19	USP/Ph.Eur.

^a 在處理過程中去除

如下包衣膠囊：包衣懸浮液製備程序： 1. 稱量並分配注射用水到去皮不銹鋼容器中。 2. 稱重並分配檸檬酸三乙酯到合適的去皮容器中。 3. 稱重滑石並將其分配到合適的去皮容器中。 4. 將檸檬酸三乙酯和滑石添加到水中並用調色刀輕輕攪拌直至水的表面沒有滑石漂浮。在開始攪拌之前，請確保滑石已完全潤濕。 5. 使用Silverson混合器均質化至少10分鐘。 6. 稱量尤特奇L30-D55並將其分配到合適的去皮容器中。 7. 使用頂置式混合器將尤特奇L30-D55攪拌至檸檬酸三乙酯/滑石懸浮液中。記錄混合速度。保持充分的混合以防止進一步的空氣進入。 8. 繼續混合至少30分鐘。 9. 使包衣懸浮液通過500 µm的篩進入第二不銹鋼容器。

表14提供了腸溶包衣的製程參數。 [表 14 ]： 腸溶包衣製程參數

參數	設定
床溫（°C）	26-30
進氣量（m³ /hr）	150-180
轉鼓轉速（RPM）	18
櫃壓（Pa）	- 60
進氣溫度（°C）	45
霧化氣壓（巴）	1.4
噴霧速度	12 g/min/kg
距床的距離	15 cm
相對於膠囊床的角度	相對於床 90 ° - 15 °
噴嘴尺寸	0.8 mm
轉鼓大小	15” 轉鼓

表15提供了普雷沃菌屬菌株B膠囊的崩散結果。 [表 15 ]： 崩散結果（普雷沃菌屬菌株 B ）

批參考	儲存條件	時間點（月）	結果（ hh:mm:ss ）
0.1 M HCl	6.8 pH 緩衝液
普雷沃菌屬活性	2°C-8°C	初始	DND*	00:10:10

DND*：沒有崩散

表16提供了韋榮氏球菌屬菌株膠囊的崩散結果。 [表 16 ]： 崩散結果（韋榮球氏菌屬）

批參考	儲存條件	時間點（月）	結果（ hh:mm:ss ）
0.1 M HCl	6.8 pH 緩衝液
低劑量	2°C-8°C	初始	DND*	第一：00:05:42 最後：00:07:05
高劑量	初始	DND	第一：00:06:04 最後：00:13:28

* DND-未崩散實例 6 ：作為 EV 來源的代表性菌株

從表J中列出的菌株中分離出分泌型微生物胞外囊泡（smEV）。表J中還提供了每種菌株的革蘭氏染色、細胞壁結構和分類學分類的資訊。

表J中列出的分類學組（例如，綱、目、科、屬、種或菌株）的細菌可以用於本文所述之固體劑型中。

表J中列出的分類學組（例如，綱、目、科、屬、種或菌株）的細菌的mEV可以用於本文所述之固體劑型中。

實例 7 ：遲發型超敏反應（ DTH ）係一種動物模型

遲發型超敏反應（DTH）為異位性皮膚炎（或過敏性接觸性皮炎）的動物模式，如Petersen等人綜述（In vivo pharmacological disease models for psoriasis and atopic dermatitis in drug discovery. [牛皮癬和特應性皮炎的體內藥理疾病模型在藥物開發中的應用] Basic & Clinical Pharm & Toxicology. [基礎臨床藥理學和毒理學] 2006. 99 (2): 104-115；還參見Irving C. Allen（編）Mouse models of Innate Immunity: Methods and Protocols [先天免疫的小鼠模型：方法和實驗室手冊], Methods in Molecular Biology [分子生物學方法], 2013. 第1031卷，DOI 10.1007/978-1-62703-481-4_13）。已使用DTH模型的幾種變化且它們為本領域中熟知（Irving C. Allen（編）.Mouse models of Innate Immunity: Methods and Protocols [先天免疫的小鼠模型：方法和實驗室手冊], Methods in Molecular Biology. [分子生物學方法]，第1031卷，DOI 10.1007/978-1-62703-481-4_13, Springer Science + Business Media, LLC [施普林格科學與商業媒體公司] 2013）。

DTH可使用各種半抗原或抗原（例如，用佐劑乳化的抗原）在各種小鼠及大鼠品系中誘導。DTH的特徵在於敏化作用及抗原特異性T細胞介導的反應，其導致紅斑、浮腫及細胞浸潤®尤其抗原呈現細胞（APC）、嗜酸性粒細胞、經活化的CD4+ T細胞及表現細胞介素的Th2細胞的浸潤。

通常，小鼠係用在佐劑（例如，完全弗氏佐劑）的情況下投與的抗原誘發以誘導藉由腫脹及抗原特異性抗體滴定度衡量的繼發（或記憶）免疫應答。

地塞米松（皮質類固醇）係已知抗炎劑，其改善小鼠中的DTH反應，並充當陽性對照用於在此模型中抑制炎症（Taube及Carlsten, Action of dexamethasone in the suppression of delayed-type hypersensitivity in reconstituted SCID mice. [地塞米松在抑制SCID小鼠遲發型超敏反應中的作用] Inflamm Res. [炎症研究] 2000. 49 (10): 548-52）。就陽性對照組而言，在第0天藉由將6.8 mg地塞米松稀釋於400 μL 96%乙醇中製備17 mg/mL地塞米松的儲備溶液。就給藥的每天而言，藉由將儲備溶液100x稀釋於無菌PBS中以在隔膜小瓶中獲得0.17 mg/mL的最終濃度製備用於腹膜內給藥的工作溶液。經地塞米松治療的小鼠i.p.接受100 μL地塞米松（5 mL/kg的0.17 mg/mL溶液）。冷凍蔗糖充當陰性對照（媒劑）。

單獨或以組合形式，在伴隨或不伴隨添加其他消炎處理下測試固體劑型在DTH的小鼠模型中的功效。例如，6至8週齡C57Bl/6小鼠獲得自泰康利公司（日爾曼敦，紐約州）或其他供應商。對各組小鼠背部四個位置（上方及下方）四次皮下（s.c.）注射有效劑量（例如每個位置50 ul總體積）的抗原（例如，卵白蛋白（OVA）或匙孔血藍蛋白（KLH））。就DTH應答而言，在克他命/甲苯噻𠯤麻醉下（分別約50 mg/kg及5 mg/kg），對動物耳朵進行皮內（i.d.）注射。一些小鼠充當對照動物。在第8天，一些組的小鼠以每隻耳朵10 ul（左耳媒劑對照（0.01% DMSO，於生理鹽水中）及右耳抗原（21.2 ug（12 nmol））激發。為量測耳炎，使用Mitutoyo千分尺量測人工限制的動物的耳厚度。耳厚度係在皮內激發之前作為各個別動物的基線水平進行量測。接著，耳厚度係在皮內激發後，在約24小時及48小時（即，第9天及第10天）時量測兩次。

使用固體劑型的治療係在一些時間點（在引發的時間附近或在DTH激發的時間附近）開始。例如，固體劑型可在皮下注射（第0天）的同時投與，或可將它們在皮內注射之前或皮內注射後投與。固體劑型係在不同劑量下及在規定時間間隔下投與（例如口服）。在以上示例中提供了示例。一些小鼠可每天（例如，起始自第0天）接受固體劑型，而其他小鼠可在交替時間間隔下（例如，每隔一天或每三天一次）接受固體劑型。

例如，匙孔血藍蛋白（KLH）及完全弗氏佐劑（CFA）的乳化液係在免疫當天（第0天）新鮮製備。為此，將8 mg KLH粉末稱重並完全重新懸浮於16 mL生理鹽水中。乳化液係藉由使用注射器及魯爾鎖連接器（luer lock connector）混合KLH/生理鹽水及等體積的CFA溶液（例如，10 mL KLH/生理鹽水+ 10 mL CFA溶液）進行製備。將KLH及CFA用力混合幾分鐘以形成白色乳化液以獲得最大穩定性。進行跌落試驗以檢查是否獲得均質乳化液。

在第0天，C57Bl/6J雌性小鼠（約7週齡）係用含於CFA中的KLH抗原藉由皮下免疫（4個位置，每個位置50 μL）引發。投與如本文所述之固體劑型。

在第8天，用含於生理鹽水（以10 μL的體積）中的10 μg KLH皮內（i.d.）激發小鼠的左耳。耳廓厚度係在抗原激發後的24小時進行量測。固體劑型抑制炎症的有效性取決於耳厚度。

對於進一步的炎症研究，一些組的小鼠可在不同時間點及在有效劑量下，用一種或多種抗炎劑（例如，抗CD154（阻斷TNF家族的成員）或其他治療），和/或適當的對照（例如，媒劑或對照抗體）進行處理。

在各種時間點下，可以採集血清樣本。可以將其他組的小鼠處死且可移除淋巴結、脾臟、腸系膜淋巴結（MLN）、小腸、結腸及其他組織用以使用本領域中已知之方法進行組織學研究、離體組織學、細胞介素和/或流動式細胞測量術分析。一些小鼠係在O2/CO2麻醉下自眼血管叢抽血並進行ELISA分析。

組織可使用解離酶根據製造商的使用說明進行解離。將細胞染色以藉由流動式細胞測量術使用本領域內已知技術進行分析。染色抗體可包含抗CD11c（樹突細胞）、抗CD80、抗CD86、抗CD40、抗MHCII、抗CD8a、抗CD4及抗CD103。可分析的其他標誌物包括泛免疫細胞標誌物CD45、T細胞標誌物（CD3、CD4、CD8、CD25、Foxp3、T-bet、Gata3、Rory-γ-t、顆粒酶B、CD69、PD-1、CTLA-4）及巨噬細胞/髓樣標誌物（CD11b、MHCII、CD206、CD40、CSF1R、PD-L1、Gr-1、F4/80）。除免疫表型分型外，還可以分析血清細胞介素，它們包括但不限於TNFa、IL-17、IL-13、IL-12p70、IL12p40、IL-10、IL-6、IL-5、IL-4、IL-2、IL-1b、IFNy、GM-CSF、G-CSF、M-CSF、MIG、IP10、MIP1b、RANTES及MCP-1。可對獲得自淋巴結或其他組織的免疫細胞，和/或離體獲得的經純化的CD45+浸潤的免疫細胞進行細胞介素分析。最後，對各種組織切片進行免疫組織化學以量測T細胞、巨噬細胞、樹突細胞及檢查點分子蛋白表現。

自經處死的小鼠移除耳朵並放置於冷無EDTA的蛋白酶抑制劑混合物（羅氏公司（Roche））中。使用珠破壞將耳朵均質化並藉由Luminex套組（EMD密理博公司（EMD Millipore））遵循製造商的使用說明分析上清液中的各種細胞介素。另外，頸部淋巴結係通過細胞過濾器解離，清洗，並針對FoxP3（PE-FJK-16s）及CD25（FITC-PC61.5）使用本領域中已知之方法進行染色。

為了檢驗DTH保護的影響和壽命，一些小鼠可以在稍後用激發抗原再次激發而不是處死，並分析小鼠對DTH的敏感性和應答的嚴重程度。實例 7 ：口服投與

受試者可在早上用水自行口服投與固體劑型，避免在給藥前後1小時消費酸性飲品，並且避免在給藥前2小時和給藥後1小時進食。藉由引用併入

在本文中提及的所有出版物、專利申請都藉由引用以其全文特此併入，如同各個單獨的出版物或專利申請被確切地並且單獨地指明為藉由引用併入。如果出現衝突，則以本申請（包含本文的任何定義）為准。等效形式

熟悉該項技術者僅使用常規實驗將認識到或能確定本文所述本發明之具體實例的許多等效形式。此類等效形式旨在為下列請求項所涵蓋。

無

[圖 1 ]係顯示乳酸乳球菌乳脂亞種固體劑型在DTH模型中激發後24小時對耳厚度的影響的圖。

無

Claims

一種包含藥劑的固體劑型，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），並且其中該固體劑型係經腸溶包衣的。
如請求項1所述之固體劑型，其中該固體劑型用於口服投與和/或用於治療用途。
如請求項1或請求項2所述之固體劑型，其包含治療有效量的該藥劑。
如請求項1至3中任一項所述之固體劑型，其中該固體劑型包括膠囊。
如請求項4所述之固體劑型，其中該腸溶包衣膠囊係00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。
如請求項1所述之固體劑型，其中該固體劑型包括腸溶包衣片劑。
如請求項6所述之固體劑型，其中該腸溶包衣片劑係5 mm、6 mm、7 mm、8 mm、9 mm、10 mm、11 mm、12 mm、13 mm、14 mm、15 mm、16 mm、17 mm或18 mm片劑。
如請求項1所述之固體劑型，其中該固體劑型包括微型片劑。
如請求項8所述之固體劑型，其中該微型片劑係1 mm微型片劑、1.5 mm微型片劑、2 mm微型片劑、3 mm微型片劑或4 mm微型片劑。
如請求項8或9所述之固體劑型，其中多個微型片劑包含於膠囊中。
如請求項10所述之固體劑型，其中該膠囊係00號、0號、1號、2號、3號、4號或5號膠囊。
如請求項11所述之固體劑型，其中該膠囊係0號膠囊。
如請求項12所述之固體劑型，其中該0號膠囊包含31-35個微型片劑。
如請求項13所述之固體劑型，其中該膠囊包含約33個微型片劑。
如請求項8至14中任一項所述之固體劑型，其中該微型片劑係3 mm微型片劑。
如請求項8至15中任一項所述之固體劑型，其中該膠囊包含HPMC（羥丙基甲基纖維素）或明膠。
如請求項1至6中任一項所述之固體劑型，其中腸溶包衣包含一層腸溶包衣。
如請求項1至17中任一項所述之固體劑型，其中該腸溶包衣包含內部腸溶包衣和外部腸溶包衣，並且其中該內部和外部腸溶包衣不含相同量的相同組分。
如請求項1至18中任一項所述之固體劑型，其中該腸溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1 : 1）。
如請求項1至19中任一項所述之固體劑型，其中該腸溶包衣包含含有甲基丙烯酸丙烯酸乙酯（MAE）共聚物（1 : 1）的一層腸溶包衣。
如請求項1至20中任一項所述之固體劑型，其中該腸溶包衣包括鄰苯二甲酸乙酸纖維素（CAP）、偏苯三酸乙酸纖維素（CAT）、聚醋酸乙烯鄰苯二甲酸酯（PVAP）、羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯（HPMCP）、脂肪酸、蠟、蟲膠（紫膠桐酸的酯）、塑膠、植物纖維、玉米醇溶蛋白、Aqua-Zein（不含醇的水性玉米醇溶蛋白配製物）、直鏈型澱粉類澱粉、澱粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纖維素、羥丙基甲基醋酸琥珀酸纖維素（醋酸羥丙甲纖維素琥珀酸酯）、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、或海藻酸鈉。
如請求項1至21中任一項所述之固體劑型，其中該腸溶包衣包含陰離子聚合物材料。
如請求項1至22中任一項所述之固體劑型，其中該藥劑包含細菌。
如請求項1至23中任一項所述之固體劑型，其中該藥劑包含微生物胞外囊泡（mEV）。
如請求項1至24中任一項所述之固體劑型，其中該藥劑包含分離的細菌。
如請求項23至25中任一項所述之固體劑型，其中該藥劑的含量的至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%係細菌。
如請求項23至26中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌包括已經經γ照射、UV照射、熱滅活、酸處理或氧噴射的細菌。
如請求項23至27中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌包括活細菌。
如請求項23至28中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌包括經殺滅細菌。
如請求項23至29中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌包括非複製型細菌。
如請求項23至30中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌來自一種細菌菌株。
如請求項23至31中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌被凍乾。
如請求項32所述之固體劑型，其中將凍乾的細菌與藥學上可接受的賦形劑混合。
如請求項23至33中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌經γ照射。
如請求項23至34中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌經UV照射。
如請求項23至35中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌被熱滅活。
如請求項36所述之固體劑型，其中該等細菌在約50°C熱滅活至少兩小時或在約90°C熱滅活至少兩小時。
如請求項23至37中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌經酸處理。
如請求項23至38中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌經氧噴射。
如請求項39所述之固體劑型，其中該等細菌在0.1 vvm下氧噴射兩小時。
如請求項23至40中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌係革蘭氏陽性細菌。
如請求項23至40中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌係革蘭氏陰性細菌。
如請求項23至42中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌係需氧細菌。
如請求項23至42中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌係厭氧細菌。
如請求項23至44中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌係嗜酸細菌。
如請求項23至44中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌係嗜鹼細菌。
如請求項23至44中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌係嗜中性細菌。
如請求項23至47中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌係難養細菌。
如請求項23至47中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌係非難養細菌。
如請求項23至49中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌來自表1、表2或表3中列出的綱、目、科、屬、種和/或菌株。
如請求項50所述之固體劑型，其中該等細菌來自表1、表2或表3中列出的細菌菌株。
如請求項23至51中任一項所述之固體劑型，其中該等細菌來自表J中列出的綱、目、科、屬、種和/或菌株的細菌。
如請求項52所述之固體劑型，其中該等細菌來自表J中列出的細菌菌株。
如請求項1至22中任一項所述之固體劑型，其中該藥劑包含分離的mEV。
如請求項54所述之固體劑型，其包含治療有效量的該分離的mEV。
如請求項54或55所述之固體劑型，其中該藥劑的含量的至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%係該分離的mEV。
如請求項54至56中任一項所述之固體劑型，其中該mEV包含分泌型mEV（smEV）。
如請求項54至57中任一項所述之固體劑型，其中該mEV包含經處理的mEV（pmEV）。
如請求項58所述之固體劑型，其中該pmEV產生自已經經γ照射、UV照射、熱滅活、酸處理或氧噴射的細菌。
如請求項58或59所述之固體劑型，其中該pmEV產生自活細菌。
如請求項58或59所述之固體劑型，其中該pmEV產生自經殺滅細菌。
如請求項58或59所述之固體劑型，其中該pmEV產生自非複製型細菌。
如請求項54至62中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自一種細菌菌株。
如請求項54至63中任一項所述之固體劑型，其中該mEV被凍乾。
如請求項64所述之固體劑型，其中將凍乾的mEV與藥學上可接受的賦形劑混合。
如請求項54至65中任一項所述之固體劑型，其中該mEV經γ照射。
如請求項54至66中任一項所述之固體劑型，其中該mEV經UV照射。
如請求項54至67中任一項所述之固體劑型，其中該mEV被熱滅活。
如請求項68所述之固體劑型，其中該mEV在約50°C熱滅活至少兩小時或在約90°C熱滅活至少兩小時。
如請求項54至69中任一項所述之固體劑型，其中該mEV經酸處理。
如請求項54至70中任一項所述之固體劑型，其中該mEV經氧噴射。
如請求項71所述之固體劑型，其中該mEV在0.1 vvm下氧噴射兩小時。
如請求項54至72中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自革蘭氏陽性細菌。
如請求項54至72中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自革蘭氏陰性細菌。
如請求項45至74中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自需氧細菌。
如請求項54至74中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自厭氧細菌。
如請求項54至76中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自嗜酸細菌。
如請求項54至76中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自嗜鹼細菌。
如請求項54至76中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自嗜中性細菌。
如請求項54至79中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自難養細菌。
如請求項54至79中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自非難養細菌。
如請求項54至81中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自表1、表2或表3中列出的綱、目、科、屬、種和/或菌株的細菌。
如請求項82所述之固體劑型，其中該mEV來自表1、表2或表3中列出的細菌菌株。
如請求項54至83中任一項所述之固體劑型，其中該mEV來自表J中列出的綱、目、科、屬、種和/或菌株的細菌。
如請求項84所述之固體劑型，其中該mEV來自表J中列出的細菌菌株。
如請求項23至53中任一項所述之固體劑型，其中細菌的劑量係約1 x 10⁷ 至約2 x 10¹² 細胞，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。
如請求項86所述之固體劑型，其中細菌的劑量為約3 x 10¹⁰ 或約1.5 x 10¹¹ 或約1.5 x 10¹² 。
如請求項86所述之固體劑型，其中該藥劑包含細菌並且細菌的劑量為約1 x 10⁹ 、約3 x 10⁹ 、約5 x 10⁹ 、約1.5 x 10¹⁰ 、約3 x 10¹⁰ 、約5 x 10¹⁰ 、約1.5 x 10¹¹ 、約1.5 x 10¹² 、或約2 x 10¹² 細胞，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。
如請求項1至88中任一項所述之固體劑型，其中該藥劑的劑量為約10 mg至約1500 mg，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。
如請求項1至88中任一項所述之固體劑型，其中該藥劑的劑量為按重量計約30 mg至約1300 mg，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。
如請求項90所述之固體劑型，其中該劑量係約25、約30、約35、約50、約75、約100、約120、約150、約250、約300、約350、約400、約500、約600、約700、約750、約800、約900、約1000、約1100、約1200、約1250、約1300、約2000、約2500、約3000、或約3500 mg，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。
如請求項1至88中任一項所述之固體劑型，其中該藥劑的劑量為約2 x 10⁶ 至約2 x 10¹⁶ 個顆粒，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。
如請求項92所述之固體劑型，其中顆粒計數藉由奈米顆粒跟蹤分析（NTA）確定。
如請求項1至88中任一項所述之固體劑型，其中該藥劑的劑量為約5 mg至約900 mg總蛋白，其中劑量係每膠囊或片劑的劑量或係膠囊中全部微型片劑的劑量。
如請求項94所述之固體劑型，其中總蛋白質藉由布拉德福德測定或BCA確定。
如請求項1至95中任一項所述之固體劑型，其中該固體劑型還包含一種或多種另外的藥劑。
如請求項1至96中任一項所述之固體劑型，其中該固體劑型還包含賦形劑。
如請求項97所述之固體劑型，其中該賦形劑係稀釋劑、黏結劑和/或黏合劑、崩散劑、潤滑劑和/或助流劑、著色劑、調味劑和/或甜味劑。
一種治療受試者之方法，該方法包括向該受試者投與如請求項1至98中任一項所述之固體劑型。
如請求項1至98中任一項所述之固體劑型，其用於治療受試者。
如請求項1至98中任一項所述之固體劑型用於製備藥物的用途，該藥物用於治療受試者的疾病。
如請求項99至101中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中口服投與該固體劑型。
如請求項99至102中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中空腹投與該固體劑型。
如請求項99至103中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中每天投與1、2、3或4次該固體劑型。
如請求項99至104中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中該固體劑型包含在膠囊中的片劑或多個微型片劑並且每天1、2、3或4次投與1、2、3或4個固體劑型。
如請求項99至105中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中該受試者需要治療和/或預防癌症。
如請求項99至105中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中該受試者需要治療和/或預防自體免疫性疾病。
如請求項99至105中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中該受試者需要治療和/或預防炎性疾病。
如請求項99至105中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中該受試者需要治療和/或預防代謝性疾病。
如請求項99至105中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中該受試者需要治療和/或預防菌群失調。
如請求項99至110中任一項所述之方法、固體劑型或用途，其中該固體劑型與另外的藥劑組合投與。
一種用於製備包含藥劑的腸溶包衣膠囊之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括： a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合； b) 將該藥劑和藥學上可接受的賦形劑裝入膠囊中；以及 c) 對該膠囊進行腸溶包衣，從而製備腸該腸溶包衣膠囊。
如請求項112所述之方法，其中該方法包括在裝入該膠囊之前將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合。
如請求項112所述之方法，其中該方法包括在裝入該膠囊之後並且在腸溶包衣該膠囊之前將該膠囊鑲邊。
一種用於製備包含藥劑的腸溶包衣片劑之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括： a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合； b) 壓製該藥劑和藥學上可接受的賦形劑，以形成片劑；以及 c) 對該片劑進行腸溶包衣，從而製備該腸溶包衣片劑。
一種用於製備包含藥劑的腸溶包衣微型片劑之方法，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括： a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合； b) 壓製該藥劑和藥學上可接受的賦形劑，以形成微型片劑；以及 c) 對該微型片劑進行腸溶包衣，從而製備該腸溶包衣微型片劑。
如請求項116所述之方法，其中將該微型片劑裝入膠囊。
一種用於製備膠囊之方法，該膠囊包含含有藥劑的腸溶包衣微型片劑，其中該藥劑包含細菌和/或微生物胞外囊泡（mEV），該方法包括： a) 將該藥劑與藥學上可接受的賦形劑組合； b) 壓製該藥劑和藥學上可接受的賦形劑，以形成微型片劑； c) 對該微型片劑進行腸溶包衣，從而製備該腸溶包衣微型片劑，以及 d) 將一個或多個腸溶包衣微型片劑裝入該膠囊中，從而製備該膠囊。
如請求項112至118中任一項所述之方法，其中該藥劑包含治療有效量的細菌和/或mEV。