KR20210149750A - 올리고뉴클레오티드 제조에 유용한 기술 - Google Patents

올리고뉴클레오티드 제조에 유용한 기술 Download PDF

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Abstract

본 발명은 특히 올리고뉴클레오티드 제조 기술, 특히 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 제조 기술을 제공하며, 이 기술은 크게 개선된 조 순도 및 수율을 제공하고, 제조 비용을 유의하게 감소시킨다.

Description

올리고뉴클레오티드 제조에 유용한 기술
관련 출원과의 상호 참조
본 출원은 2019년 3월 20일자로 출원된 미국 가출원 제62/821,423호의 우선권을 주장하며, 그 전체는 본원에 참고로 포함된다.
올리고뉴클레오티드는 다양한 변형을 함유할 수 있다. 특정 변형, 예컨대 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 새로운 키랄 중심을 올리고뉴클레오티드 내에 도입할 수 있다.
올리고뉴클레오티드는 많은 목적에 유용하다. 그러나, 천연 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 치료제로서의 유용성을 감소시키거나 무효화할 수 있는 낮은 안정성, 낮은 활성 등과 같은 단점이 있는 것으로 밝혀졌다.
올리고뉴클레오티드의 특성 및 유용성을 개선할 수 있는 특정 기술이 개발된 바 있다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드의 특성 및 유용성을 개선시킬 수 있는 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결에 대한 특정 변형이 기술된 바 있다. 더욱이, 입체화학의 제어 및/또는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조를 가능하게 하는 기술은 특히 유용하고 효과적인 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하는 것으로 입증된 바 있다. 특정한 예시적인 유용한 기술은 예를 들어 다음 중 하나 이상에 기술되어 있다: US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/223056, WO 2018/237194, WO 2019/032607 등(이들 각각은 본원에 참고로 포함됨).
특히, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물의 입증된 바람직함 및 유용성을 고려해 볼 때, 본 출원인은 올리고뉴클레오티드 조성물, 특히, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물의 생성을 개선하거나 촉진할 수 있는 기술의 개발이 상당한 이점을 제공할 수 있음을 인식하였다. 본 발명은 특정한 이러한 개발을 설명하고, 올리고뉴클레오티드 조성물, 특히, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물과 관련된 기술을 제공한다. 제공된 기술은, 예를 들어 치료용 올리고뉴클레오티드와 관련하여 특히 유용할 수 있다.
특히, 본 발명은 올리고뉴클레오티드, 특히 키랄 제어(예를 들어, 입체순수) 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조에 이용된 조건 및/또는 단계 시퀀스 등을 포함하는 특정 기술이 특정 불순물의 생성 및/또는 특정 시약 및/또는 조건의 사용과 관련될 수 있다는 인식을 포함하는데, 이의 관련 생산 비용은 더 낮추어질 수 있고 이의 관련 작업은 더 개선될 수 있다. 따라서, 일부 실시 형태에서, 본 발명은 이러한 기술을 이용한 전략으로 문제 및/또는 난제의 원인을 식별한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 조 생성물의 순도 및 수율을 극적으로 개선하고/하거나, 작업 효율을 유의하게 증가시키고/시키거나 생산 비용을 감소시키는 것으로 설명되고 입증된 기술(예를 들어, 시약, 조건, 반응, 단계 시퀀스, 사이클, 방법 등)을 제공한다.
예를 들어, 일부 실시 형태에서, 제공된 특정 기술은 HF를 사용하지 않고서 염기를 사용하여 쉽게 제거될 수 있는 키랄 보조제, 및/또는 올리고뉴클레오티드 사슬의 상당한 파손 및/또는 특정 뉴클레오티드간 연결의 원하지 않는 변환(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(또는 이의 전구체) 및/또는 중성 뉴클레오티드간 연결(또는 이의 전구체)로부터의 천연 포스페이트 연결의 형성)을 야기할 수 있는 염기성 조건 및/또는 승온을 이용한다. 이러한 기술은 새로운 화학적 상용성을 제공할 수 있으며, 높은 입체선택성, 조 물질의 순도 및 수율을 제공할 수 있고, 이는 본원에서 입증되는 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 유용한 화합물은 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염이다. 특히, 이러한 화합물은 예를 들어 본원에서 입증된 바와 같이 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조를 위한 키랄 보조제로서 이용될 수 있다.
올리고뉴클레오티드 합성은 전형적으로 그의 단계에서 매우 효율적인 화학적 변환을 이용한다. 그러나, 고효율에도 불구하고, 하나 이상의 단계의 생성물은 종종, 예를 들어, 키랄 보조제가 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성에 이용되는 경우 커플링 생성물, 미반응 5'-OH 기 및/또는 새롭게 형성된 반응성 기(예를 들어, 일차 및/또는 이차 아미노 기)에 대하여 비캡핑된 경우 상당한 불순물을 도입할 수 있는 하나 이상의 반응성 작용기를 함유한다. 많은 경우에, 이러한 반응성 작용기는 이들로부터 불순물을 감소시키기 위해 올리고뉴클레오티드 합성 동안 캡핑된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 전통적인 포스포르아미다이트-기반 올리고뉴클레오티드 합성에 전형적으로 사용되는 것과 같은 캡핑 단계가 특히 많은 키랄 제어(입체제어, 입체선택적) 올리고뉴클레오티드 합성 공정에 있어서 유의한 양의 부산물의 생성을 초래할 수 있다는 문제의 원인의 인식을 포함한다. 특히, 본 발명은 이 문제들을 처리하는 기술을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은, 예를 들어 변형 단계 후, 그러나 다음 탈차단 및/또는 커플링 단계 전에 이루어지는, 변형 후 캡핑 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 단계는 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 제공하는 변형 단계 후, 그러나 다음 탈차단 및/또는 커플링 단계 전에 이루어진다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서의 기준 캡핑 단계와 비교하여 상이한 화학 전략의 캡핑 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하나 이상의 캡핑 단계를 포함하는 방법을 제공하며, 상기 캡핑 단계 각각은 히드록실 기에 비해(예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서의 기준 캡핑 시약 시스템과 비교하여) 아미노 기를 선택적으로 캡핑한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 캡핑 단계는 에스테르화에 비해 아미드화에 대하여 선택적이다. 일부 실시 형태에서, 캡핑 단계를 위한 캡핑 시약 시스템은 감소된 수준(예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서의 기준 캡핑 시약 시스템과 비교하여)의 강한 친핵체 및/또는 에스테르화 촉매(또는 조성물과 접촉할 때 이를 제공할 수 있는 시약)를 포함하거나 포함하지 않으며, 예를 들어, 감소된 수준의 DMAP, NMI 등을 포함하거나 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 아미노 기 및 히드록실 기 둘 다를 효율적으로 캡핑할 수 있는 캡핑 단계, 예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서의 기준 캡핑 단계와 비견되거나 동일한 캡핑 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 합성을 달성하기 위해 동일하거나 상이한 화학 전략의 캡핑 단계를 포함하고, 특히 키랄 제어(입체제어, 입체선택적) 올리고뉴클레오티드 합성에 대한 다양한 장점, 예를 들어 개선된 조 순도, 개선된 수율 등을 제공할 수 있는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 변형 전 캡핑 단계(커플링 단계 후, 다음 변형 단계 전) 및 변형 후 캡핑 단계(변형 단계 후, 다음 탈차단 및/또는 커플링 단계 전)의 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계는 상이하다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계는 상이한 화학 전략을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 단계는 히드록실 기에 비하여(예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서의 기준 캡핑 시약 시스템과 비교하여) 아미노 기를 선택적으로 캡핑한다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 단계는 (예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서의 기준 캡핑 시약 시스템과 비교하여) 아미노 기 및 히드록실 기 둘 다를 캡핑할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 단계는 히드록실 기에 비하여(예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서의 기준 캡핑 시약 시스템과 비교하여) 아미노 기를 선택적으로 캡핑한다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 단계는 (예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서의 기준 캡핑 시약 시스템과 비교하여) 아미노 기 및 히드록실 기 둘 다를 캡핑할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 올리고뉴클레오티드 합성 사이클에서 2개 이상의 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 올리고뉴클레오티드 합성 사이클에서 2개의 캡핑 단계를 포함하고, 여기서, 상기 2개의 단계는 변형 단계, 예를 들어 산화, 황화 등에 의해 분리된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 키랄 연결 인을 포함하는 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결이 적어도 80:20, 85:15, 90:10, 91:9, 92:8, 93:7, 94:6, 95:5, 96:4, 97:3, 98:2, 또는 99:1의 입체선택성(이는 Rp 또는 Sp 배열 중 어느 하나를 선호함)으로 형성되는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 단계를 포함하는 방법을 제공한다:
인 원자 또는 당 탄소 원자가 아닌 키랄 원자를 포함하는 키랄 뉴클레오시드 포스포르아미다이트를 제공하는 단계; 및
황화 또는 산화 단계 직후의 캡핑 단계.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 단계를 포함하는 방법을 제공한다:
인 원자가 아니며 뉴클레오시드 단위의 원자가 아닌 키랄 원자를 포함하는 키랄 뉴클레오시드 포스포르아미다이트를 제공하는 단계; 및
황화 또는 산화 단계 직후의 캡핑 단계.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 단계를 포함하는 방법을 제공한다:
뉴클레오시드 단위 또는 이의 일부를 포함하지 않는 키랄 단위에 결합된 키랄 연결 인 원자를 포함하는 올리고뉴클레오티드 중간체를 제공하는 단계; 및
황화 또는 산화 단계 직후의 캡핑 단계.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 단계를 포함하는 방법을 제공한다:
뉴클레오시드 단위의 원자를 포함하지 않는 키랄 단위에 결합된 키랄 연결 인 원자를 포함하는 올리고뉴클레오티드 중간체를 제공하는 단계; 및
황화 또는 산화 단계 직후의 캡핑 단계.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어, 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 이 방법은
(1) 커플링 단계;
(2) 선택적으로 변형 전 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 선택적으로 변형 후 캡핑 단계; 및
(5) 선택적으로 탈차단 단계
를 포함한다.
예시적인 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계, 및 탈차단 단계가 본원에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 모든 선택적 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하기 단계를 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물의 제조 방법을 제공한다:
(1) 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드(탈차단 올리고뉴클레오티드 조성물) 또는 뉴클레오시드를 포함하는 탈차단된 조성물(이는 각각이 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함한다는 점에서 탈차단된 것임)과, 뉴클레오시드 단위를 포함하는 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
파트너 화합물과, 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 유리 히드록실 기를 커플링시키는 것을 포함하는 커플링 단계
(여기서, 상기 커플링 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로, 탈차단된 올리고뉴클레오티드의 히드록실 기와 파트너 화합물의 뉴클레오시드 단위를 연결하는 뉴클레오티드간 연결을 포함함)를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공함);
(2) 선택적으로,
커플링 생성물 조성물과 변형 전 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
커플링 생성물 조성물의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 전 캡핑 단계
(여기서, 상기 변형 전 캡핑 단계는 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 제공함);
(3) 커플링 생성물 조성물과, 변형 시약을 포함하는 변형 시약 시스템을 접촉시키고, 하나 이상의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것; 또는
변형 전 캡핑 생성물 조성물과 변형 시약 시스템을 접촉시키고 하나 이상의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 연결을 변형시키는 것을 포함하는 변형 단계
(여기서, 상기 변형 단계는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공함);
(4) 선택적으로,
변형 생성물 조성물과 변형 후 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
변형 생성물 조성물의 복수의 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 후 캡핑 단계
(여기서, 상기 변형 후 캡핑 단계는 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물을 제공함);
(5) 선택적으로,
변형 생성물 조성물, 또는 변형 후 캡핑 생성물 조성물과 탈차단 시약 시스템을 접촉시키는 것을 포함하는 탈차단 단계
(상기 탈차단 단계는 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함함)를 포함하는 탈차단 생성물 조성물을 제공함); 및
(6) 선택적으로, 단계 (1) 내지 (5)를 다회(예를 들어, 1~100회, 1~90회, 1~80회, 1~70회, 1~60회, 1~50회, 1~40회, 1~30회, 1~25회, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25회 등; 또는 원하는 길이의 올리고뉴클레오티드가 달성되도록) 반복하는 단계.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 하나 이상의 변형 후 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 하나 이상의 변형 전 및 변형 후 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 하나 이상의 탈차단 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어, 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 방법은 하나 이상의 사이클을 포함하고, 각각의 사이클은 독립적으로
(1) 커플링 단계;
(2) 선택적으로 변형 전 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 선택적으로 변형 후 캡핑 단계; 및
(5) 선택적으로 탈차단 단계
를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하나 이상의 사이클을 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물의 제조 방법을 제공하며, 각각의 사이클은 독립적으로 하기 단계를 포함한다:
(1) 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드(탈차단 올리고뉴클레오티드 조성물) 또는 뉴클레오시드를 포함하는 탈차단된 조성물(이는 각각이 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함한다는 점에서 탈차단된 것임)과, 뉴클레오시드 단위를 포함하는 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
파트너 화합물과, 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 유리 히드록실 기를 커플링시키는 것을 포함하는 커플링 단계
(여기서, 상기 커플링 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로, 탈차단된 올리고뉴클레오티드의 히드록실 기와 파트너 화합물의 뉴클레오시드 단위를 연결하는 뉴클레오티드간 연결을 포함함)를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공함);
(2) 선택적으로,
커플링 생성물 조성물과 변형 전 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
커플링 생성물 조성물의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 전 캡핑 단계
(여기서, 상기 변형 전 캡핑 단계는 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 제공함);
(3) 커플링 생성물 조성물과, 변형 시약을 포함하는 변형 시약 시스템을 접촉시키고, 하나 이상의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것; 또는
변형 전 캡핑 생성물 조성물과 변형 시약 시스템을 접촉시키고 하나 이상의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 연결을 변형시키는 것을 포함하는 변형 단계
(여기서, 상기 변형 단계는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공함);
(4) 선택적으로,
변형 생성물 조성물과 변형 후 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
변형 생성물 조성물의 복수의 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 후 캡핑 단계
(여기서, 상기 변형 후 캡핑 단계는 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물을 제공함);
(5) 선택적으로,
변형 생성물 조성물, 또는 변형 후 캡핑 생성물 조성물과 탈차단 시약 시스템을 접촉시키는 것을 포함하는 탈차단 단계
(상기 탈차단 단계는 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함함)를 포함하는 탈차단 생성물 조성물을 제공함).
일부 실시 형태에서, 사이클은 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 하나 이상의 변형 후 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 하나 이상의 변형 전 및 변형 후 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 하나 이상의 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계, 및 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 및 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 커플링 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계 및 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계, 및 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 사이클은 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 및 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 사이클은 커플링 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계 및 탈차단 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 사이클은 하나 이상의 선택적인 단계를 포함하지만 전부 선택적인 단계는 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 전 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 전 단계를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 후 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 후 단계를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 탈차단 단계, 예를 들어 원하는 길이의 올리고뉴클레오티드가 달성되는 마지막 사이클을 포함하지 않는다.
일부 실시 형태에서, 사이클에서의 각각의 단계는 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계, 및 탈차단 단계로부터 독립적으로 선택된다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 2개 이상의 동일 단계(예를 들어, 2개의 커플링 단계)를 포함할 수 있고, 이들 각각은 동일하거나 상이한 시약, 조건 등을 이용할 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 예를 들어, 소정 단계의 반응이 완료되지 않은 경우 첫 번째의 그러한 단계 직후 또는 하나 이상의 다음 단계 직후에 그러한 단계를 반복하는 것이 유리할 수 있다. 많은 실시 형태에서, 반복은 다음 탈차단 단계가 수행되기 전에 수행된다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 커플링 단계는 또 다른 커플링 단계 직후에 1회 이상 반복된다. 일부 실시 형태에서, 일련의 단계(예를 들어, (1)-(2), (1)-(3), (1)-(2)-(3), (1)-(3)-(4) , (1)-(2)-(3)-(4))가 1회 이상 반복된다.
본 발명에서 사용되는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, "하나 이상"은 하나이다. 일부 실시 형태에서, "하나 이상"은 둘 또는 둘 이상이다. 일부 실시 형태에서, "하나 이상"은 1~200, 1~150, 1~100, 1~90, 1~80, 1~70, 1~60, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~24, 1~23, 1~22, 1~21, 1~20, 5~200, 5~150, 5~100, 5~90, 5~80, 5~70, 5~60, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~24, 5~23, 5~22, 5~21, 5~20, 10~200, 10~150, 10~100, 10~90, 10~80, 10~70, 10~60, 10~50, 10~40, 10~30, 10~25, 10~24, 10~23, 10~22, 10~21, 10~20, 15~200, 15~150, 15~100, 15~90, 15~80, 15~70, 15~60, 15~50, 15~40, 15~30, 15~25, 15~24, 15~23, 15~22, 15~21, 15~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 또는 그 이상이다.
본 발명에서 사용되는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, "적어도 하나"는 하나이다. 일부 실시 형태에서, "적어도 하나"는 둘 또는 둘 이상이다. 일부 실시 형태에서, "적어도 하나"는 1~200, 1~150, 1~100, 1~90, 1~80, 1~70, 1~60, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~24, 1~23, 1~22, 1~21, 1~20, 5~200, 5~150, 5~100, 5~90, 5~80, 5~70, 5~60, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~24, 5~23, 5~22, 5~21, 5~20, 10~200, 10~150, 10~100, 10~90, 10~80, 10~70, 10~60, 10~50, 10~40, 10~30, 10~25, 10~24, 10~23, 10~22, 10~21, 10~20, 15~200, 15~150, 15~100, 15~90, 15~80, 15~70, 15~60, 15~50, 15~40, 15~30, 15~25, 15~24, 15~23, 15~22, 15~21, 15~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 또는 그 이상이다.
일부 실시 형태에서, 하나 이상의 사이클은 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계 및 탈차단 단계를 포함하고, 하나 이상의 사이클은 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계 및 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 사이클은 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계 및 탈차단 단계를 포함하고, 하나 이상의 사이클은 커플링 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계 및 탈차단 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 사이클은 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계, 및 탈차단 단계로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 및 탈차단 단계로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 커플링 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계 및 탈차단 단계로 이루어진다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어 사이클에서의 커플링 단계는 바로 뒤에 변형 전 캡핑 단계가 뒤따른다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어 사이클에서의 커플링 단계는 바로 뒤에 변형 단계가 뒤따른다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어 사이클에서의 커플링 단계는 바로 뒤에 P(III) 연결을 P(VI) 포스페이트 연결로 전환시키는 산화 반응(예를 들어, =O를 P(III) 연결 인에 인스톨(install)하는 것을 포함함)을 포함하는 변형 단계가 뒤따른다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어 사이클에서의 변형 전 단계는 바로 뒤에 변형 단계가 뒤따른다. 일부 실시 형태에서, 변형 단계는 연결 인과 황 또는 질소 원자 사이의 결합(예를 들어, 단일 결합, 이중 결합 등)의 형성을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 단계는 바로 뒤에 변형 후 캡핑 단계가 뒤따른다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 단계는 바로 뒤에 탈차단 단계가 뒤따른다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 다양한 적합한 용매(일부 실시 형태에서, 화학물질들의 혼합물일 수 있음)를 사용한 (예를 들어, 지지체 상의 올리고뉴클레오티드의) 하나 이상의 세척이 본원에 기술된 단계에 포함될 수 있으며, 이러한 단계, 예를 들어, 본원에 기술된 다양한 방법 및/또는 사이클에서의 단계의 반응 전 및/또는 후에 수행될 수 있다. 예를 들어, 실시예에서 본원에서 입증된 바와 같이, 단계의 반응을 수행한 후, 고체 지지체 상의 올리고뉴클레오티드는 전형적으로, 동일 단계 또는 바로 다음 단계의 또 다른 반응을 수행하기 전에 광범위하게 세척된다(예를 들어, 여분의 시약을 제거하기 위해, 원하지 않는 생성물을 제거하기 위해, 용매를 바꾸기 위해, 다음 반응을 위해 컨디셔닝하기 위해 등). 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 단계, 예를 들어 커플링 단계, 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계, 변형 후 캡핑 단계, 또는 탈차단 단계는 선택적으로 1회 이상의 세척을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 실시예에서 입증된 바와 같이, 반응을 위한 시약, 용매 및/또는 시약 시스템은 반응이 수행된 후에 제거된다. 일부 실시 형태에서, 생성물 올리고뉴클레오티드가 고체 지지체 상에 있을 때, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 고체 지지체를 사용할 때 여과 및/또는 세척에 의해 제거가 수행된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서와 같이 사용되는 경우의 전통적인 캡핑 조건이 특정 상황 하에서 다양한 문제의 중요한 원인일 수 있고, 특히 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 입체선택적 제조에 있어서 유의하게 더 낮은 올리고뉴클레오티드 조 순도 및 수율, 및 하나 이상의 부산물(불순물)의 형성에 기여할 수 있다는 인식을 포함한다. 특히, 본 발명은 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성에서의 다른 단계와 조합된 설계된 캡핑 전략을 통해 적절한 기준 기술과 비교하여 예상치 못하게 높은 조 불순물 및 수율을 제공할 수 있는 캡핑 전략을 포함하는 기술을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 기준 기술은, 히드록실 기(예를 들어, 미반응 5'-OH 기)를 캡핑하기 위하여 올리고뉴클레오티드들과 접촉하도록, 전형적으로 예를 들어 아실화제(예를 들어, 아세트산 무수물), 염기(예를 들어, 2,6-루티딘) 및 촉매(예를 들어, N-메틸이미다졸, DMAP 등)를 포함하는 혼합물을 사용함으로써 히드록실 기를 아실화하는 에스테르화 조건이거나 상기 에스테르화 조건을 포함하는, 전통적인 포스포르아미다이트-기반 올리고뉴클레오티드 합성에서와 같은 전통적인 캡핑 조건을 사용한다. 전통적인 캡핑 조건은 전형적으로, 캡핑을 위해 상당한 양의 아실화제, 염기 및 촉매를 이용하며, 일반적으로 이들 각각은 독립적으로, (뉴클레오티드간 연결을 형성하는 임의의 사이클 전에) 올리고뉴클레오티드 내로 포함되는 제1 뉴클레오시드 또는 지지체의 올리고뉴클레오티드 로딩 용량(예를 들어, 올리고뉴클레오티드의 제조에 사용되는 지지체의 로딩 용량은 지지체의 단위 로딩 용량(예를 들어, umol/g)에 지지체의 양(g)을 곱하여 계산될 수 있음)에 대해 약 5%~15%(부피) 및/또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100 당량이다. 일부 실시 형태에서, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에 사용된 바와 같이, 기준 기술의 각각의 합성 사이클은 단일 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 기준 기술은 그의 합성 사이클 각각에서 하나 이하의 캡핑 단계를 포함하고, 여기서, 캡핑은 예를 들어, 각각 독립적으로 캡핑 시약 용액의 약 1 부피%, 2 부피%, 3 부피%, 4 부피%, 5 부피%, 6 부피%, 7 부피%, 8 부피%, 9 부피%, 10 부피%, 11 부피%, 12 부피%, 13 부피%, 14 부피%, 또는 15 부피% 이상인 아실화제(예를 들어, 아세트산 무수물), 염기(예를 들어, 2,6-루티딘) 및 촉매(예를 들어, N-메틸이미다졸(NMI), DMAP 등)를 포함하는 에스테르화 조건을 이용하여 수행되고/되거나, 촉매는 아실화제 및/또는 염기에 대해 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 1.2, 1.5, 또는 2 당량 이상이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하나 이상의 캡핑 단계, 예를 들어, 변형 전 캡핑 단계, 변형 후 캡핑 단계 등을 포함하는 기술을 제공하며, 이들 각각은 독립적으로, 예를 들어 포스포르아미다이트 화학을 기반으로 한 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성의 기준 캡핑 단계와 비견되거나 동일하다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 합성 방법 및/또는 사이클에서 그의 위치의 전략적 배치(또는 타이밍)에 의해 이러한 캡핑 단계에서 형성될 수 있는 부산물을 감소시킨다. 일부 실시 형태에서, 이러한 캡핑 단계는, 개개의 별개의 캡핑 단계로서 또는 다른 캡핑 단계(예를 들어, 아미노 기, 많은 경우 선택적으로 5'-OH를 캡핑하는 캡핑 단계)와 조합되어, 아미노 기(전형적으로 일차 및 이차)가 많은 경우 선택적으로 캡핑된 후(유리 히드록실 기, 특히 5'-OH에 비하여) 배치된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 에스테르화에 비해 아미드화에 대해 선택적이거나 특이적인 조건을 각각 독립적으로 포함하는 하나 이상의 캡핑 단계를 포함하는 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 효율적이고/이거나 전형적인 에스테르화 조건이 아닌 아미드화 조건을 사용하는 하나 이상의 캡핑 단계를 포함하는 기술을 제공한다. 당업자가 쉽게 이해할 수 있는 바와 같이, 에스테르화 및 아미드화는 광범위하게 연구되었고, 에스테르화에 비해 아미드화에 대해 선택적이거나 특이적인 다양한 조건, 및 에스테르화에 대비한 아미드화에 대한 선택성 및/또는 특이성을 평가하기 위한 다양한 방법이 당업계에 널리 공지되어 있으며 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 예를 들어, 에스테르화에 비해 아미드화에 대해 선택적이거나 특이적인 전형적인 조건은 무수물 및 염기(촉매를 포함하지 않음)(예를 들어, Ac2O 및 2,6-루티딘)이며, 그 이유는 상응하는 효율적인 에스테르화 조건이 전형적으로, 전통적인 캡핑 조건으로서 무수물, 염기 및 촉매(예를 들어, Ac2O, 2,6-루티딘 및 NMI)를 필요로 하기 때문이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 각각 독립적으로 커플링 단계, 변형 단계(예를 들어, 산화, 황화 등) 및 하나 이상의 캡핑 단계를 포함하는 하나 이상의 합성 사이클을 포함하는 기술을 제공하며, 여기서, 커플링 단계 후, 변형 단계 전의 각각의 캡핑 단계는 아미드화 조건을 포함하고 에스테르화 조건을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 아미드화 조건은 아실화제에 대하여 및/또는 지지체의 올리고뉴클레오티드 로딩 용량에 대하여, 적절한 상응하는 조건(동일 아실화제 및 염기를 가짐) 하에서 0.01 부피%, 0.02 부피%, 0.05 부피%, 0.1 부피%, 0.2 부피%, 0.5 부피%, 1 부피%, 2 부피%, 3 부피%, 4 부피%, 또는 5 부피% 이하의 에스테르화 촉매, 및/또는 적절한 상응하는 조건(동일 아실화제 및 염기를 가짐) 하에서 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 또는 1.2 당량 이하의 에스테르화 촉매를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 아실화제는 무수물이다. 일부 실시 형태에서, 아실화제는 Ac2O이다. 일부 실시 형태에서, 촉매는 NMI이다. 일부 실시 형태에서, 촉매는 DMAP이다. 일부 실시 형태에서, 촉매는 친핵성 질소 염기이다.
임의의 이론에 구애되고자 함이 없이, 일부 실시 형태에서, 본 발명은 친핵제(특히, 입체선택적 올리고뉴클레오티드 제조에서 커플링 단계 후 및 변형 단계 전인 캡핑 단계에서 사용될 때)가 예를 들어 올리고뉴클레오티드를 분해하여 또 다른 단계의 성능을 저하시키는 것 등을 통하여 부산물의 생성 및 더 낮은 전체 제조 효율 및/또는 조 순도에 기여할 수 있다는 올리고뉴클레오티드 합성에서의 문제의 원인의 인식을 포함한다. 따라서, 일부 실시 형태에서, 본 발명은 다량의 친핵성 촉매(예를 들어, 일부의 경우에, 캡핑 용액의 5 부피%~15 부피%의 NMI)를 포함할 수 있는 전통적인 캡핑 조건과는 대조적으로, 크게 감소된 수준의 강한 친핵체, 예를 들어 전형적인 캡핑 조건에서 사용되는 촉매, 예컨대 DMAP, NMI 등을 포함하거나 이를 포함하지 않는 캡핑 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 제조 사이클 내의 커플링 단계 후 및 변형 단계 전의 하나 이상의 캡핑 단계 각각은 독립적으로, 크게 감소된 수준의 강한 친핵체를 포함하거나 이를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 캡핑 시약 용액의 0.01 부피%, 0.02 부피%, 0.05 부피%, 0.1 부피%, 0.2 부피%, 0.5 부피%, 1 부피%, 2 부피%, 3 부피%, 4 부피%, 또는 5 부피% 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 아실화제에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 또는 1.2 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 지지체의 올리고뉴클레오티드 로딩 용량에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 또는 1.2 당량 이하이다.
일부 실시 형태에서, 강한 친핵체는 친핵성 염기이다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 염기는 질소 염기이다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 염기는 염기성 질소 원자(예를 들어, =N- 또는 -N(-)-)가 알파 치환체를 갖지 않는 질소 염기이다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 염기는 염기성 질소 원자(예를 들어, =N- 또는 -N(-)-)가 고리의 일부가 아닌 알파 치환체를 갖지 않는 질소 염기이다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 염기는 염기성 질소 원자 =N-을 포함하는 선택적 치환 5~10원 헤테로아릴 화합물이며, 여기서, 상기 질소 원자는 2개 미만의 알파-치환체를 갖거나 이를 갖지 않는다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 염기는 친핵성 질소 염기이다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 질소 염기는 하기 화학식 B-I의 구조의 화합물이다:
[화학식 B-I]
N(RN)3
여기서, 각각의 RN은 독립적으로 R이며, 상기 3개의 R 기는 질소 원자와 함께 취해져서, R 기(그리고 기들은 R일 수 있음)에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같이 선택적 치환 이환식 또는 다환식 고리를 형성하고, N(RN)3의 질소(밑줄로 표시됨)는 삼차 질소이며, 질소 원자에 대하여 알파인 임의의 위치에서 치환이 없다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 포화된다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 염기는 DABCO(1,4-디아자바이시클로[2.2.2]옥탄)이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이상의 불포화체를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 친핵성 질소 염기는 =N-을 포함하는 염기이며, 여기서, 질소 원자에 대하여 알파인 임의의 위치에서 치환이 없다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 질소 염기는 =N-을 포함하는 방향족 모이어티를 포함하는 염기이며, 여기서, 질소 원자에 대하여 알파인 임의의 위치에서 치환이 없다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 질소 염기는 하기 화학식 B-II의 구조의 화합물이다:
[화학식 B-II]
RN-CH=N-CH=CH-RN
여기서, 각각의 RN은 독림적으로 R이며, 상기 2개의 R 기는 그의 개재 원자와 함께 취해져서, 본 발명에 기술된 바와 같이 선택적 치환 고리를 형성하고, 본 화합물은 -CH=N-CH=를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 질소 원자에 더하여 0~10개의 헤테로원자를 포함하는 선택적 치환 C5-30 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환 이미다졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 염기는 치환 이미다졸이다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 질소 염기는 NMI이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환 피리디닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 염기는 치환 피리딘이다. 일부 실시 형태에서, 친핵성 질소 염기는 DMAP이다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 예를 들어 염기의 염기성 질소 원자의 친핵성은 몇몇 요인, 예를 들어 입체 장애, 전자 밀도 등과 관련이 있다. 친핵성 평가 기술은 당업계에 널리 공지되어 있고 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 추가로 또는 대안적으로, 다양한 수준의 친핵성의 염기는 잘 알려져 있으며, 본 발명에 따라 평가 및/또는 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 에스테르화 반응을 효율적으로 촉매할 수 있는 염기, 예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서 무수물 및 2,6-루티딘과 함께 미반응 5'-OH의 효율적인 캡핑에 사용될 수 있는 염기(예를 들어, DMAP, NMI 등)는 강한 친핵성 염기이며, 크게 감소된 수준의 강한 친핵체를 포함하거나 포함하지 않는 캡핑 단계, 예를 들어 커플링 단계 후 및 변형 단계 전의 임의의 캡핑 단계에 있어서 회피되어야 하거나 감소된 수준으로 사용되어야 한다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵성 염기는 에스테르화에서 DMAP 또는 NMI를 효과적으로 대체할 수 있는 염기이다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵성 염기는 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성(이는 전형적으로 포스포르아미다이트 화학을 이용하고 키랄 보조제를 이용하지 않으며 비-입체선택성/비-입체제어성인 것으로 간주됨)의 캡핑 단계에서 DMAP 또는 NMI를 효과적으로 대체할 수 있는 염기이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 캡핑 단계를 포함하고, 상기 캡핑 단계는 올리고뉴클레오티드 또는 지지체의 로딩 용량에 대해 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.5, 0.7, 0.8, 0.9, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 당량 이하의 강한 친핵성 염기를 포함하거나, 강한 친핵성 염기를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 이러한 캡핑 단계는 바로 뒤에 비-캡핑 단계가 뒤따른다. 일부 실시 형태에서, 이러한 캡핑 단계는 비-캡핑 단계 직후이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 캡핑 단계는 바로 뒤에 비-캡핑 단계가 뒤따르며, 비-캡핑 단계 직후이다. 일부 실시 형태에서, 비-캡핑 단계는 커플링 단계이다. 일부 실시 형태에서, 비-커플링 단계는 변형 단계이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 캡핑 단계 직전의 비-캡핑 단계는 커플링 변형 단계이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 여기서,
각각의 사이클은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결을 형성하고;
각각의 사이클은 독립적으로 커플링 단계, 하나 이상의 캡핑 단계, 및 변형 단계를 포함하며, 상기 커플링 단계는 뉴클레오티드간 연결을 형성하고, 상기 변형 단계는 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변경하며;
커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 캡핑 단계(변형 전 캡핑 단계)는 강한 친핵체를 포함하지 않거나, 또는 하나 이상의 강한 친핵체를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 강한 친핵체 각각의 수준은 독립적으로, 적절한 기준 캡핑 조건과 비교하여 감소된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 여기서,
각각의 사이클은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결을 형성하고;
각각의 사이클은 독립적으로 커플링 단계, 하나 이상의 캡핑 단계, 및 변형 단계를 포함하며, 상기 커플링 단계는 뉴클레오티드간 연결을 형성하고, 상기 변형 단계는 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변경하며;
커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 캡핑 단계(변형 전 캡핑 단계)는 강한 친핵체를 포함하지 않거나, 또는 하나 이상의 강한 친핵체를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 강한 친핵체 각각의 수준은 독립적으로, 올리고뉴클레오티드의 제1 혼입 뉴클레오시드에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 또는 1 당량 이하이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 제1 혼입 뉴클레오시드는 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 제1 사이클 전에 지지체에 로딩된 제1 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 데 사용된 지지체의 올리고뉴클레오티드 로딩 용량에 대한 올리고뉴클레오티드의 제1 혼입 뉴클레오시드의 당량은 1이다.
일부 실시 형태에서, 강한 친핵체는 본 발명에 기술된 바와 같은 강한 친핵 염기이다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵성 염기는 화학식 B-I의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵성 염기는 화학식 B-I의 화합물이며, 전통적인, 포스포르아미다이트-기반의 올리고뉴클레오티드 합성에서 효율적인 캡핑에 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵성 염기는 화학식 B-II의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵성 염기는 화학식 B-II의 화합물이며, 전통적인, 포스포르아미다이트-기반의 올리고뉴클레오티드 합성에서 효율적인 캡핑에 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵성 염기는 DMAP이다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵성 염기는 NMI이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 여기서,
각각의 사이클은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결을 형성하고;
각각의 사이클은 독립적으로 커플링 단계, 하나 이상의 캡핑 단계, 및 변형 단계를 포함하며, 상기 커플링 단계는 뉴클레오티드간 연결을 형성하고, 상기 변형 단계는 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변경하며;
커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 캡핑 단계(변형 전 캡핑 단계)는 적절한 기준 캡핑 조건에서와 같은 5'-OH의 캡핑을 촉진하는 촉매를 포함하지 않거나, 또는 하나 이상의 이러한 촉매를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 이러한 촉매 각각의 수준은 독립적으로, 적절한 기준 캡핑 조건과 비교하여 감소된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 여기서,
각각의 사이클은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결을 형성하고;
각각의 사이클은 독립적으로 커플링 단계, 하나 이상의 캡핑 단계, 및 변형 단계를 포함하며, 상기 커플링 단계는 뉴클레오티드간 연결을 형성하고, 상기 변형 단계는 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변경하며;
커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 캡핑 단계(변형 전 캡핑 단계)는 적절한 기준 캡핑 조건에서와 같은 5'-OH의 캡핑을 촉진하는 촉매를 포함하지 않거나, 또는 하나 이상의 이러한 촉매를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 이러한 촉매 각각의 수준은 독립적으로, 올리고뉴클레오티드의 제1 혼입 뉴클레오시드에 대하여 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 또는 1 당량 이하이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 여기서,
각각의 사이클은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결을 형성하고;
각각의 사이클은 독립적으로 커플링 단계, 하나 이상의 캡핑 단계, 및 변형 단계를 포함하며, 상기 커플링 단계는 뉴클레오티드간 연결을 형성하고, 상기 변형 단계는 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변경하며;
커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 캡핑 단계(변형 전 캡핑 단계)는 에스테르화 촉매를 포함하지 않거나, 또는 하나 이상의 에스테르화 촉매를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 이러한 촉매 각각의 수준은 독립적으로, 적절한 기준 캡핑 조건과 비교하여 감소된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 여기서,
각각의 사이클은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결을 형성하고;
각각의 사이클은 독립적으로 커플링 단계, 하나 이상의 캡핑 단계, 및 변형 단계를 포함하며, 상기 커플링 단계는 뉴클레오티드간 연결을 형성하고, 상기 변형 단계는 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변경하며;
커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 캡핑 단계(변형 전 캡핑 단계)는 에스테르화 촉매를 포함하지 않거나, 또는 하나 이상의 에스테르화 촉매를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 이러한 촉매 각각의 수준은 독립적으로, 올리고뉴클레오티드의 제1 혼입 뉴클레오시드에 대하여 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 또는 1 당량 이하이다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어, 에스테르화 등을 위한, 올리고뉴클레오티드 합성에서와 같은 5'-OH의 캡핑을 촉진하는 촉매는 화학식 B-I의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 촉매는 화학식 B-I의 화합물이며, 전통적인, 포스포르아미다이트-기반의 올리고뉴클레오티드 합성에서 효율적인 캡핑에 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 촉매는 화학식 B-II의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 촉매는 화학식 B-II의 화합물이며, 전통적인, 포스포르아미다이트-기반의 올리고뉴클레오티드 합성에서 효율적인 캡핑에 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 촉매는 DMAP이다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵성 염기는 NMI이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 여기서,
각각의 사이클은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결을 형성하고;
각각의 사이클은 독립적으로 커플링 단계, 하나 이상의 캡핑 단계, 및 변형 단계를 포함하며, 상기 커플링 단계는 뉴클레오티드간 연결을 형성하고, 상기 변형 단계는 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변경하며;
커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 캡핑 단계(변형 전 캡핑 단계)는 에스테르화에 비하여 아미드화에 대하여 선택적인 조건을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 여기서,
각각의 사이클은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결을 형성하고;
각각의 사이클은 독립적으로 커플링 단계, 하나 이상의 캡핑 단계, 및 변형 단계를 포함하며, 상기 커플링 단계는 뉴클레오티드간 연결을 형성하고, 상기 변형 단계는 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변경하며;
커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 캡핑 단계(변형 전 캡핑 단계)는 에스테르화에 비하여 아미드화에 대하여 선택적인 조건을 포함하며, 적절한 기준 조건과 동일하거나 이에 비견되는 조건은 포함하지 않는다.
일부 실시 형태에서, 에스테르화에 비하여 아미드화에 대하여 선택적인 조건은 감소된 수준의 에스테르화 촉매, 예를 들어 DMAP, NMI 등을 포함하거나 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 효율, 조 순도, 및/또는 수율을 유의하게 감소시키지 않고서(또는 이의 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 또는 50% 이하의 감소를 가지고서) 적절한 기준 조건과 동일하거나 이에 비견되는 조건을 사용하여 전통적인 포스포르아미다이트-기반의 올리고뉴클레오티드 합성에서의 캡핑 조건을 대체할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 하나 이상의 사이클에서 변형 단계 후 제2 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 하나 이상의 사이클에서 변형 단계 후 및 탈차단 단계(이는 차단된 히드록실 기를 탈차단함) 전에 제2 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 강한 친핵체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 기준 캡핑 조건에 비견되는 수준의 강한 친핵체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 에스테르화 촉매를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 기준 캡핑 조건에 비견되는 수준의 에스테르화 촉매를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 에스테르화 조건을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성에서의 미반응 5'-OH의 캡핑 면에서 기준 캡핑 조건과 동일하거나 이에 비견되는 에스테르화 조건을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵체는 DMAP 또는 NMI이다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵체는 DMAP이다. 일부 실시 형태에서, 강한 친핵체는 NMI이다. 일부 실시 형태에서, 에스테르화 촉매는 DMAP 또는 NMI이다. 일부 실시 형태에서, 에스테르화 촉매는 DMAP이다. 일부 실시 형태에서, 에스테르화 촉매는 NMI이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 본 방법은 다음 단계를 각각 독립적으로 포함하는 하나 이상의 사이클을 포함한다:
(1) 커플링 단계;
(2) 선택적으로 제1 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 선택적으로 제2 캡핑 단계; 및
(5) 선택적으로 탈차단 단계.
일부 실시 형태에서, 사이클은 제1 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 제2 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 제1 및 제2 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 제1 캡핑 단계 및 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 제2 캡핑 및 탈차단 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 본 방법은 다음 단계를 각각 독립적으로 포함하는 하나 이상의 사이클을 포함한다:
(1) 커플링 단계;
(2) 제1 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 제2 캡핑 단계; 및
(5) 탈차단 단계.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공하며, 본 방법은 다음 단계를 각각 독립적으로 포함하는 하나 이상의 사이클을 포함한다:
(1) 커플링 단계;
(2) 변형 전 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 변형 후 캡핑 단계; 및
(5) 탈차단 단계.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 예를 들어 원하는 길이(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 또는 중간체의 원하는 길이)가 달성될 때까지 다수의 단계 또는 사이클을 반복하는 단계를 포함한다.
제공된 방법 또는 사이클에서의 일부 단계 또는 모든 단계는 특정 순서로 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (1)-(2), (1)-(3), (2)-(3), (3)-(4), (3)-(5), (4)-(5), (5)-(1), (1)-(2)-(3), (1)-(3)-(4), (1)-(2)-(3)-(4) 또는 이들의 임의의 조합이거나 이를 포함한다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, (1)~(5) 각각은 독립적으로 방법 또는 사이클의 상응하는 단계를 나타낸다(예를 들어, (1) - 커플링 단계; (2) - 변형 전 캡핑 단계 또는 제1 캡핑 단계; (3) - 변형 단계; (4) - 변형 후 캡핑 단계 또는 제2 캡핑 단계; (5) - 탈차단 단계)). 일부 실시 형태에서, 순서는 (1)-(2)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (1)-(3)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (2)-(3)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (3)-(4)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (3)-(5)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (4)-(5)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (5)-(1)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (1)-(2)-(3)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (1)-(3)-(4)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (1)-(2)-(3)-(4)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (1)-(2)-(3)-(5)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (1)-(3)-(4)-(5)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (1)-(2)-(3)-(4)-(5)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (5)-(1)-(2)-(3)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (5)-(1)-(3)-(4)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 순서는 (5)-(1)-(2)-(3)-(4)이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 사이클 또는 각각의 사이클은 독립적으로 단계 (1)~(5)로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 사이클 또는 각각의 사이클은 독립적으로 (1)-(2)-(3)-(4)-(5)의 순서의 단계 (1)~(5)로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 사이클 또는 각각의 사이클은 독립적으로 (5)-(1)-(2)-(3)-(4)의 순서의 단계 (1)~(5)로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 사이클 또는 각각의 사이클은 독립적으로 (1)-(2)-(4)-(3)-(5)의 순서의 단계 (1)~(5)로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 사이클 또는 각각의 사이클은 독립적으로 (5)-(1)-(2)-(4)-(3)의 순서의 단계 (1)~(5)로 이루어진다.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 각각 독립적으로 단계 (1), (2), (3) 및 (5)를, 선택적으로 이 순서로 포함하는 하나 이상의 사이클을 선택적으로 또는 추가로 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 각각 독립적으로 단계 (1), (2), (3) 및 (5)로, 선택적으로 이 순서로 이루어진 하나 이상의 사이클을 선택적으로 또는 추가로 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 사이클은 예를 들어 선택적으로 올리고뉴클레오티드의 절단, 탈보호 등 후 천연 포스페이트 연결을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 사이클은 예를 들어 선택적으로 올리고뉴클레오티드의 절단, 탈보호 등 후 키랄 비-제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 이러한 사이클은 예를 들어 선택적으로 올리고뉴클레오티드의 절단, 탈보호 등 후 천연 포스페이트 연결을 독립적으로 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 천연 포스페이트 연결은 선택적으로 올리고뉴클레오티드의 절단, 탈보호 등 후 이러한 사이클에 의해 독립적으로 형성된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 각각 독립적으로 단계 (1), (3), (4) 및 (5)를 선택적으로 이 순서로 포함하는 하나 이상의 사이클을 선택적으로 또는 추가로 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 각각 독립적으로 단계 (1), (3), (4) 및 (5)로, 선택적으로 이 순서로 이루어진 하나 이상의 사이클을 선택적으로 또는 추가로 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 사이클은 예를 들어 선택적으로 올리고뉴클레오티드의 절단, 탈보호 등 후 천연 포스페이트 연결을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 사이클은 예를 들어 선택적으로 올리고뉴클레오티드의 절단, 탈보호 등 후 키랄 비-제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 이러한 사이클은 예를 들어 선택적으로 올리고뉴클레오티드의 절단, 탈보호 등 후 천연 포스페이트 연결을 독립적으로 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 천연 포스페이트 연결은 선택적으로 올리고뉴클레오티드의 절단, 탈보호 등 후 이러한 사이클에 의해 독립적으로 형성된다.
일부 실시 형태에서, 제1 캡핑은 강한 친핵체를 포함하지 않거나, 또는 만약에 있다면, 감소된 수준의 강한 친핵체를 포함하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제1 캡핑 단계는 에스테르화 촉매를 포함하지 않거나, 또는 만약에 있다면, 감소된 수준의 에스테르화 촉매를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제1 캡핑 단계는 에스테르화에 비해 아미드화에 대하여 선택적인 조건을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제1 캡핑 단계는 적절한 기준 조건과 동일하거나 이에 비견되는 조건을 포함하지 않는다.
일부 실시 형태에서, 제1 캡핑 단계는 본 발명에 기술된 바와 같이 변형 전 캡핑 단계이다. 일부 실시 형태에서, 제1 캡핑 단계는 변형 전 캡핑 시약 시스템인 캡핑 시약 시스템을 이용한다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 본 발명에 기술된 바와 같이 변형 후 캡핑 단계이다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 변형 후 캡핑 시약 시스템인 캡핑 시약 시스템을 이용한다.
일부 실시 형태에서, 적절한 기준 캡핑 조건은 포스포르아미다이트 화학을 기반으로 하는 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성의 캡핑 조건이다. 전통적인 포스포르아미다이트-기반의 올리고뉴클레오티드의 합성을 위한 예시적인 사이클이 하기에 기술되어 있으며, 여기서, 예시된 변형 단계는 P=O를 인스톨하는 산화 단계이다:
Figure pct00001
Figure pct00002
일부 실시 형태에서, 사이클은 하기에 도시된 DPSE 사이클이다(DPSE 키랄 보조 화합물:
Figure pct00003
(연결 인의 상이한 배열들을 위하여)):
Figure pct00004
일부 실시 형태에서, 사이클은 하기에 도시된 PSM 사이클이다(PSM 보조 화합물:
Figure pct00005
(연결 인의 상이한 배열들을 위하여)):
Figure pct00006
Figure pct00007
일부 실시 형태에서, 캡핑-1은 변형 전 또는 제1 캡핑 단계이다. 일부 실시 형태에서, 캡핑-2는 변형 후 또는 제2 캡핑 단계이다. 일부 실시 형태에서, 사이클 탈출은 다음 커플링 전의 탈차단 후이다. 일부 실시 형태에서, 사이클 탈출은 (예를 들어, DMTr과 같은 5'-차단 기를 온(on)으로 유지하도록) 탈차단 전이다. 일부 실시 형태에서,
Figure pct00008
는 지지체 상의 뉴클레오시드, 뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드(선택적으로 링커를 통해 지지체에 연결됨)이다. 예시적인 단계, 시약, 변형, 중간체 및 생성물 등이 예시되어 있다. 당업자는 다른 단계, 시약, 변형, 중간체 및 생성물 등도 본 발명에 따라 사용될 수 있음을 이해할 것이다.
일부 실시 형태에서, 제1 또는 변형 전 캡핑 단계는 감소된 수준의 강한 친핵성 염기를 포함하거나 강한 친핵성 염기를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 제1 또는 변형 전 캡핑 단계는 감소된 수준의 NMI를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제1 또는 변형 전 캡핑 단계는 NMI를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 제1 또는 변형 전 캡핑 단계는 감소된 수준의 DMAP를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제1 또는 변형 전 캡핑 단계는 DMAP를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 제2 또는 변형 후 캡핑 단계는 강한 친핵성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제2 또는 변형 후 캡핑 단계는 NMI를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제2 또는 변형 후 캡핑 단계는 DMAP를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명의 감소된 수준은 캡핑 시약 용액의 부피 기준 백분율, 예를 들어, 0.01 부피%, 0.02 부피%, 0.05 부피%, 0.1 부피%, 0.2 부피%, 0.5 부피%, 1 부피%, 2 부피%, 3 부피%, 4 부피%, 5 부피% 이하 등이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 0.01%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 0.02%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 0.05%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 0.1%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 0.2%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 0.5%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 1%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 2%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 3%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 4%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 5%이다.
일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 기준 에이전트(agent)에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 또는 1.2 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 기준 에이전트는 아실화제이다. 일부 실시 형태에서, 기준 에이전트는 지지체이다(올리고뉴클레오티드 로딩 용량에 의한 것임). 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 아실화제에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 또는 1.2 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 올리고뉴클레오티드에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 또는 100 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 올리고뉴클레오티드에 혼입된 제1 뉴클레오시드에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 또는 100 당량 이하이다. 많은 경우에, 올리고뉴클레오티드를 제조하는 데 사용된 지지체의 올리고뉴클레오티드 로딩 용량에 대한 올리고뉴클레오티드 내로 혼입된 제1 뉴클레오시드의 당량은 1이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 지지체의 올리고뉴클레오티드 로딩 용량에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 또는 100 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 지지체의 올리고뉴클레오티드 로딩 용량에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 2, 3, 4, 5, 또는 10 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 지지체의 올리고뉴클레오티드 로딩 용량에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 2, 3, 4, 또는 5 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 지지체의 올리고뉴클레오티드 로딩 용량에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 또는 1 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 약 0.01 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 약 0.02 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 약 0.05 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 약 0.1 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 약 0.2 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 약 0.5 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 약 1 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 약 1.1 당량 이하이다. 일부 실시 형태에서, 감소된 수준은 약 1.2 당량 이하이다.
특히, 제공된 기술은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제조하는 데 특히 유용하다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 키랄 연결 인을 각각 독립적으로 포함하는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결의 형성을 포함하고, 여기서 각각의 키랄 연결 인 키랄 중심은 예를 들어 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의, 본 발명에 기술된 바와 같은 입체선택성을 가지고서 독립적으로 형성된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 입체선택적으로 형성하기 위한 하나 이상의 키랄 보조제의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 예를 들어 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의, 본 발명에 기술된 바와 같은 부분입체이성질체 순도의 단량체 포스포르아미다이트를 제공하는 것을 포함한다. 많은 실시 형태에서, 제공된 부분입체이성질체 순도의 포스포르아미다이트는 키랄 보조 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성의 포스포르아미다이트는 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결 및/또는 비-키랄 뉴클레오티드간 연결에 이용된다. 본 발명에 따라 이용될 수 있는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 키랄 보조제 및 포스포르아미다이트는 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 것을 포함하며, 이들 각각의 키랄 보조제 및 포스포르아미다이트는 독립적으로 본원에 참고로 포함된다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조제는 본 발명에 기술된 바와 같이, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 것, 또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 포스포르아미다이트는 본 발명에 기술된 바와 같이, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 본 발명에 기술된 바와 같이, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2의 구조, 또는 이의 염을 갖는 뉴클레오티드간 연결의 형성을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 올리고뉴클레오티드를 중간체 및/또는 생성물로서 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 본 발명에 기술된 바와 같이 화학식 O-I의 것 또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 최종 생성물, 반응의 생성물, 단계의 생성물은 예를 들어 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784(이들 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 본원에 참고로 포함됨)에 기술된 것이거나, 이를 공유하거나, 또는 이러한 올리고뉴클레오티드의 염기 서열, 당 변형 또는 이의 패턴, 뉴클레오티드간 연결 또는 이의 패턴, 염기 변형 또는 이의 패턴, 및/또는 백본 키랄 중심(연결 인)의 패턴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 중간체 및/또는 생성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 중간체 및/또는 생성물은 화학식 O-I의 복수의 올리고뉴클레오티드 또는 이들의 염의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 중간체 및/또는 생성물은 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 이들 각각의 올리고뉴클레오티드 조성물은 독립적으로 본원에 참고로 포함된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 다음을 포함하는 조성물을 제공한다:
변형 생성물 조성물의 복수의 올리고뉴클레오티드; 및
변형 후 캡핑 시약 시스템
(여기서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드와 접촉됨).
일부 실시 형태에서, 본 발명은 다음을 포함하는 조성물을 제공한다:
화학식 B-I 또는 B-II의 구조를 갖는 제1 화합물을 포함하는 캡핑 시약 시스템,
-C(O)-N(-)- 모이어티 또는 -P-S- 모이어티를 포함하는 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결을 각각이 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드
(여기서, 제1 화합물은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드에 대하여 적어도 0.1, 0.2, 0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 또는 100 당량의 수준으로 존재함).
일부 실시 형태에서, 본 발명은 다음을 포함하는 조성물을 제공한다:
화학식 B-I 또는 B-II의 구조를 갖는 제1 화합물을 포함하는 캡핑 시약 시스템,
복수의 올리고뉴클레오티드(여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로, -C(O)-N(-)- 모이어티 및 4가인 연결 인을 포함하는 뉴클레오티드간 연결이며;
제1 화합물은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드에 대하여 적어도 0.1, 0.2, 0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 또는 100 당량의 수준으로 존재함).
일부 실시 형태에서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 변형 생성물 조성물의 복수의 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물에서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 염기 서열을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 백본 연결 패턴을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함하며;
여기서, 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이다.
키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결에서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 연결 인 배열(Rp 또는 Sp)을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 "입체정의된" 뉴클레오티드간 연결로 지칭된다.
일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 화학식 B-I의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 화학식 B-II의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 본 발명에 기술된 바와 같은 강한 친핵체이다. 일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 본 발명에 기술된 바와 같은 에스테르화 촉매이다. 일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 화학식 B-I의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 화학식 B-II의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 =N-을 포함하는 염기이며, 여기서, =N-의 질소에 대한 임의의 알파-위치에서의 치환은 없다. 일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 헤테로아릴 모이어티를 포함하는 염기이며, 상기 헤테로아릴 모이어티는 =N-을 포함하고, 여기서, =N-의 질소에 대한 임의의 알파-위치에서의 치환은 없다.
일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 NMI이다. 일부 실시 형태에서, 제1 화합물은 DMAP이다.
일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 지지체, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드의 제조에 사용되는 고체 지지체에 부착된다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드의 몰량은 이들이 부착된 고체 지지체의 로딩 용량과 동일하다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 링커를 통해 지지체에 부착된다. 다양한 링커가 당업계에 공지되어 있고 본 발명에 따라 이용될 수 있으며; 특정 예가 본원에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 1) 공통 염기 서열, 2) 공통 백본 연결 패턴, 및 3) 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하며, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어된 또는 입체정의된 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드에서의 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1%~100%(예를 들어, 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)가 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결에 더하여, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 연결 인을 포함하는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 연결 인을 포함하는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 스테레오랜덤 키랄 뉴클레오티드간 연결(전형적으로 키랄 비제어 방법, 예를 들어 키랄 보조제 또는 키랄 변형(예를 들어, 황화) 시약을 사용하지 않는 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에 의해 제조되는, 키랄 제어되지 않은 뉴클레오티드간 연결)이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구조를 공유한다(구조적으로 동일). 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 -C(O)-N(-)- 모이어티 또는 -P-S- 모이어티를 포함하는 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 입체화학을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 공통 염기 서열을 공유하거나, 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴 및 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하거나, 동일 구성의 상기 복수의 올리고뉴클레오티드를 공유하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 0.1%~100%(예를 들어, 약 1%~100%, 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)가 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 각각 화학식 O-I의 구조의 것 또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784의 올리고뉴클레오티드이며, 이들 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 본원에 참고로 포함된다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일하다.
일부 실시 형태에서, 본 개시 내용의 수준은 적어도 0.1 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 0.2 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 0.5 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 1 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 2 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 3 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 4 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 5 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 6 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 7 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 8 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 9 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 10 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 20 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 50 당량이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 적어도 100 당량이다.
일부 실시 형태에서, -C(O)-N(-)-은 연결 인에 결합된 키랄 보조 모이어티에서의 캡핑된 아미노 기의 일부이며, 여기서, 상응하는 키랄 보조제(-C(O)-N(-)-의 -C(O)-에의 결합을 -H로 대체하고, 연결 인에의 결합을 -H로 대체함)는 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, III-b의 화합물, 또는 이의 염이다.
특히, 본 발명은 높은 조 순도(crude purity)의 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 염기 서열을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 백본 연결 패턴을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 조 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 조 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 30%~80%, 30%~90%, 30%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 또는 75%, 또는 그 이상의 조 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 지지체로부터, 임의의 추가 정제 전에 절단된다. 일부 실시 형태에서, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 지지체로부터, 탈염 후 및 임의의 추가 정제 전에 절단된다. 일부 실시 형태에서, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 임의의 크로마토그래프 또는 겔 정제 전의 것이다. 일부 실시 형태에서, 조 순도는 전장 생성물 %이다. 일부 실시 형태에서, 조 순도는 UV 260 nm에서 모니터링되는 LC-UV에 의해 평가되는 전장 생성물 %이다.
일부 실시 형태에서, DS는 약 80%~100%, 85%~100%, 87%~100%, 89%~100%, 90~100%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%, 또는 그 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 85% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 86% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 87% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 88% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 89% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 90% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 91% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 92% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 93% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 94% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 95% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 96% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 97% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 98% 이상이다. 일부 실시 형태에서, DS는 약 99% 이상이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드에서의 키랄 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서의 부분입체 선택성 및/또는 이의 부분입체 순도는 모델 반응, 예를 들어 본질적으로 동일한 또는 비견되는 조건 하에서의 이량체의 형성을 통하여 측정되거나 표시될 수 있으며, 여기서, 이량체는 키랄 뉴클레오티드간 연결과 동일한 뉴클레오티드간 연결을 가지며, 이량체의 5'-뉴클레오시드는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 5'-말단에 대한 뉴클레오시드와 동일하며, 이량체의 3'-뉴클레오시드는 키랄 뉴클레오티드간 연결의 3'-말단에 대한 뉴클레오시드와 동일하다. 예를 들어, NNNNNNNG*SGNNNNNNN에서의 밑줄 처리된 연결의 부분입체 순도는 동일하거나 비견되는 조건(예를 들어, 단량체, 키랄 보조제, 용매, 활성화제, 온도 등) 하에서의 2개의 G 모이어티의 커플링으로부터 평가될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이량체(G*SG)의 연결의 부분입체순도(및/또는 부분입체 선택성)는 올리고뉴클레오티드(NNNNNNNG*SGNNNNNNN)에서의 상응하는 연결의 부분입체 순도(및/또는 부분입체 선택성)로서 사용된다. 일부 실시 형태에서, 다수의 키랄 원소를 포함하는 화합물의 부분입체 순도는 모든 그의 키랄 원소의 부분입체이성질체 순도의 산물이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 부분입체 순도(즉, 부분입체이성질체 순도)는 그의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 모든 그의 키랄 연결 인의 부분입체이성질체 순도의 산물이다.
일부 실시 형태에서, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이며, 1~100이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~50이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~40이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~30이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~25이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~24이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~23이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~22이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~21이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~20이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~19이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~18이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~17이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~16이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~15이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~14이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~13이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~12이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~11이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~10이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~9이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~8이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~7이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~6이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1~5이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 1이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 2이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 3이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 4이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 5이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 6이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 7이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 8이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 9이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 10이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 11이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 12이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 13이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 14이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 15이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 16이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 17이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 18이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 19이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 20이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 21이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 22이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 23이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 24이다. 일부 실시 형태에서, Nc는 25이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은, 독립적으로 황화(티올화)이거나 이를 포함하는 하나 이상의 변형 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 중간체 및/또는 생성물은 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 이의 전구체(이는 탈보호/절단시에 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결로 전환될 수 있음)(선택적으로 키랄 제어됨)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 중간체 및/또는 생성물은 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결) 또는 이의 전구체(이는 탈보호/절단시에 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결로 전환될 수 있음)(선택적으로 키랄 제어됨)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은, 독립적으로 산화이거나 이를 포함하는 하나 이상의 변형 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 중간체 및/또는 생성물은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 또는 이의 전구체(이는 탈보호/절단시에 천연 포스페이트 연결로 전환될 수 있음)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 중간체 및/또는 생성물은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 및 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
다양한 지지체(예를 들어, US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784 등에 기술된 것)가 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 지지체는 중합체이다. 일부 실시 형태에서, 지지체는 고체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 중합체, 예를 들어 폴리스티렌이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 Primer Support(예를 들어, Primer Support 5G, Primer Support 200 등)이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 NittoPhase 지지체(예를 들어, NittoPhase HL, NittoPhase UnyLinker 등)이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 제어-기공 유리(controlled-pore glass; CPG)이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체, 예를 들어, 특정한 폴리스티렌계 고체 지지체의 부피는 올리고뉴클레오티드 합성 동안, 예를 들어, 상이한 합성 단계에서 및/또는 상이한 용매 시스템 및/또는 시약과 접촉되는 경우 변화한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체, 예를 들어, 많은 CPG 지지체의 부피는 올리고뉴클레오티드 합성 동안 25%, 20%, 15%, 10%, 또는 5% 미만으로 변화하거나, 또는 실질적으로 동일하게 남아 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 합성 동안 고체 지지체의 부피 변화가 계획된 반응 조건, 예를 들어 용매 시스템, 시약 농도, 접촉 시간 등으로부터 편차를 야기할 수 있고 합성 효율, 조 순도 및/또는 수율에 부정적인 영향을 미칠 수 있다는 인식을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 합성 동안 유의하게 부피가 변화되지 않거나 실질적으로 동일한 부피를 유지하는 고체 지지체는 장점, 예를 들어 계획된 반응 조건으로부터의 더 적은 편차, 더 높은 조 순도, 더 높은 수율 등을 제공할 수 있다. 지지체는 뉴클레오시드 로딩을 위한 다수의 화학적 변형을 가질 수 있으며, 다양한 단위 로딩 용량(예를 들어, umol/g)을 가질 수 있다.
지지체를 사용한 올리고뉴클레오티드 합성에서, 전형적으로 올리고뉴클레오티드는 링커를 통해 지지체에 연결된다. 다수의 링커, 예를 들어 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 9403865, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784 등에 기술된 것이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 설계된 링커를 제공한다. 유용한 지지체 및/또는 작용화가 본원에 기술되어 있다.
올리고뉴클레오티드 합성은 전형적으로, 다음 단계, 예를 들어 커플링 단계에 참여하지 않아야 하는 온전한 캡핑 히드록실 기를 유지하는, 다음 단계, 예를 들어 커플링 단계를 위한 차단된 히드록실 기를 탈차단하는 탈차단 단계를 포함한다. 탈차단을 위한 다양한 조건이 본 발명에 따라 이용될 수 있으며, 이는 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 탈차단은 DMT 기를 DMT-보호 히드록실로부터 제거한다(탈트리틸화). 일부 실시 형태에서, 탈차단은 올리고뉴클레오티드를 산과 접촉시킴으로써 수행된다. 일부 실시 형태에서, 산은 트리클로로아세트산 또는 디클로로아세트산이다. 일부 실시 형태에서, 탈차단 조건은 불활성 용매(예를 들어, 디클로로메탄, 톨루엔 등) 중 2% 트리클로로아세트산(TCA) 또는 3% 디클로로아세트산(DCA)이다.
커플링 단계는 뉴클레오티드간 연결을 형성하며, 이는 뉴클레오시드 단위를 기존 올리고뉴클레오티드에 부가한다. 일부 실시 형태에서, 커플링 단계 동안 형성된 뉴클레오티드간 연결은 포스파이트 트리에스테르 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 예를 들어, 전형적으로 키랄 보조 모이어티를 포함하는, 부분입체이성질체적으로 순수한 포스포르아미다이트를 사용한 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성에서와 같이, 키랄 제어를 이용하여 형성될 수 있다. 커플링 조건은 널리 보고되어 있고 많은 것이 본 발명에 따라 이용될 수 있으며, 이는 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 커플링 시약 시스템은 뉴클레오시드 포스포르아미다이트 및 활성화제를 포함한다. 다양한 포스포르아미다이트가 제공된 기술에서 사용될 수 있으며, 이는 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 것, 및 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는 것을 포함하고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 예시적인 활성화제는 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784, 및 US9403865에 기술된 것을 포함하며, 이들 각각의 활성화제는 독립적으로 본원에 참고로 포함된다. 일부 실시 형태에서, 활성화제는 CMPT이다. 일부 실시 형태에서, 활성화제는 CMIMT이다. 일부 실시 형태에서, 활성화제는 ETT이다. 일부 실시 형태에서, 조건, 예를 들어 포스포르아미다이트의 농도, 활성화제의 농도, 접촉 시간, 용매 등은 각각의 커플링에 대해 최적화되어, 예를 들어 조 순도, 수율 등을 개선할 수 있다.
일부 실시 형태에서,
커플링 단계 후, 하나 이상의 캡핑 단계가 변형 단계 전에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 커플링 단계 후 및 변형 단계 전의 각각의 캡핑 단계는, 예를 들어, 감소된 수준의 강한 친핵체, 또는 감소된 수준의 에스테르화 촉매를 이용하거나 이용하지 않고/않거나, 에스테르화에 비해 아미드화에 대하여 선택적이거나 특이적인 조건 하에서, 본 발명에 기술된 바와 같이 수행된다. 일부 실시 형태에서, 커플링 단계 후 및 변형 단계 전의 각각의 캡핑 단계는 하나 이상의 아미노 기, 예를 들어 연결 인 원자에 부착된 키랄 보조 모이어티에서 커플링 후 형성된 하나 이상의 아미노 기를 캡핑하기 위해 수행된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명에 기술된 바와 같은 하나 이상의 캡핑 단계 후에, 변형 단계가 커플링 후에 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변형시키기 위해 수행되며, 일부 실시 형태에서, 상기 뉴클레오티드간 연결은 3가인(예를 들어, 포스파이트 연결에서와 같은) 연결 인 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 단계는 산화, 예를 들어 포스파이트 연결을 4배위 포스페이트 트리에스테르 연결로 전환시키는 것(=O를 연결 인에 인스톨하는 것)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 단계는 황화이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 황화는 =S를 연결 인에 인스톨함으로써 포스파이트 연결을 4배위 뉴클레오티드간 연결로 전환시킨다. 일부 실시 형태에서, 황화는 =N-, 예를 들어 =N(-L-R5)에서와 같은 것, PN 등을 연결 인에 인스톨함으로써 포스파이트 연결을 4배위 뉴클레오티드간 연결로 전환시킨다. 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 바와 같이, R5는 질소 원자를 포함하는 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 질소 원자는 염 형태(4차)이고 반대이온(예를 들어, PF6 -)과 회합된다. 일부 실시 형태에서, =N(-L-R5) 또는 PN을 포함하는 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 중성 뉴클레오티드간 연결에 대한 전구체이다. 일부 실시 형태에서, 황화는 포스파이트 연결을 4배위 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, -P(=O)(S-Ls-R5)-(여기서, -Ls-R5는 수소가 아님))로 전환시킨다. 예시적인 변형 및 관련 기술은 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 것을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 변형 유형 및/또는 변형 시약, 예를 들어 산화 시약, 황화 시약, =N-을 인스톨하기 위한 시약 등의 선택과 관련하여 더 많은 유연성을 제공한다. 예를 들어, 이전에 보고된 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성에서 열등한 결과를 제공하는 경향이 있는 시약을 본 발명의 기술과 함께 이용하여 유의하게 개선되고 만족스러운 결과를 제공할 수 있다. 특히, 본 발명은 특정 유형의 변형, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001)을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어된 제조에 특히 효과적인 기술(예를 들어, 키랄 보조제, 화합물, 방법 등)을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 변형 단계 후에, 또 다른 캡핑 단계가 수행된다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 단계는 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서의 캡핑 조건에 비견되거나 이와 동일한 에스테르화 조건 하에 상당한 양의 강한 친핵체 및/또는 에스테르화 촉매(강한 친핵체는 에스테르화 촉매와 동일할 수 있음)를 이용하여 수행된다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 단계는 유리 히드록실 기, 예를 들어 변형 단계 후 온전하게 남아 있는 불완전한 커플링의 결과로서의 잔존 히드록실 기를 캡핑한다. 이 캡핑 단계 후, 올리고뉴클레오티드는 추가 사슬 연장을 위한 부위에서 히드록실 기를 노출시키고 또 다른 합성 사이클로 들어가기 위해 탈차단될 수 있다.
원하는 사슬 길이가 달성된 후, 올리고뉴클레오티드는 정제 및/또는 추가 사용을 위하여 완전히 탈보호되고 지지체로부터 절단될 수 있다. 다양한 절단 및/또는 탈보호 기술이 본 발명에 따라 이용될 수 있으며, 이는 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 절단 및/또는 탈보호는 키랄 보조제의 제거를 포함한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 절단 및/또는 탈보호 조건은 올리고뉴클레오티드 합성 동안 사용된 화학, 예를 들어 올리고뉴클레오티드를 지지체에 연결하는 링커의 특성, 염기 및/또는 당 차단기의 특성, 키랄 모이어티의 특성 등에 의존할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조제, 예를 들어 DPSE계 키랄 보조제의 제거는 TEA-HF의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 놀랍게도 TEA-HF가 CPG 지지체를 사용한 올리고뉴클레오티드 합성에 성공적으로 이용될 수 있음을 입증하였다.
특히, 본 발명은, (예를 들어, 탈보호 및/또는 절단을 위해) 예를 들어, 염기성 조건 하에서의, 선택적으로 승온에서의 소정 기간 동안의 물과의 접촉이 불순물/분해의 중요한 근원일 수 있다(예를 들어, P=S 및/또는 P=N-에서 P=O로의 전환). 일부 실시 형태에서, 본 발명은 이러한 문제의 근원을 해결하는 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 염기에 의해 용이하게 제거될 수 있는 키랄 보조제를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 제거는 이전에 보고된 바와 같이 강염기, 상승된 및/또는 시간 길이를 필요로 하지 않으며, 생성물 수율 및/또는 순도를 유의하게 개선시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조제의 제거는 키랄 보조제를 포함하는 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 복수의 올리고뉴클레오티드)를 무수 조건 하에 염기와 접촉시키는 것을 포함한다(일부 실시 형태에서, 바람직하게는 올리고뉴클레오티드를 상당한 양의 물(예를 들어, 염기, 물, 및 선택적으로 하나 이상의 유기 용매(예를 들어, 염기의 탈보호, 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단 등에 유용한 것)를 포함하는 시약 시스템)과 접촉시키기 전에). 다양한 예에서, 본 출원인은 상당한 양의 물을 포함하는 조건(예를 들어, NH3.H2O를 포함하는 탈보호/절단 조건)과의 접촉 전에 무수 조건 하에서 염기를 사용하여 키랄 보조제를 제거하는 것이 생성물 수율 및/또는 순도를 유의하게 개선시킬 수 있음을 관찰하였다. 추가적으로, 본원에 기술된 바와 같은 염기를 사용한 키랄 보조제의 제거는 작업 절차를 단순화하고 제조 비용을 감소시킬 수 있다.
비천연 변형 당 및 핵염기를 포함하는 다양한 유형의 당 및 핵염기, 예를 들어 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 당 및 핵염기가 본 발명에 따른 제공된 기술에서 이용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 올리고뉴클레오티드의 대규모 제조에 유용하다. 일부 실시 형태에서, 규모는 100 g 이상이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 200 g 이상이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 500 g 이상이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 1000 g 이상이다. 일부 실시 형태에서, 조성물은 대규모의 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 반응, 단계, 방법 등의 생성물, 또는 최종 생성물)를 포함한다. 특히, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 조성물, 특히 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물의 대규모 제조와 관련된 다양한 난제를 해결한다.
일부 실시 형태에서, 소정 단계에서 접촉되는 또 다른 단계의 조성물은 그 단계 이전의 제1 단계의 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 단계에서 접촉되는 또 다른 단계의 조성물은 그 단계 이전의 제1 단계의 조성물이다. 예를 들어, 커플링 단계에서 접촉되는 탈차단된 조성물은 커플링 단계 이전의 제1 탈차단 단계의 탈차단된 조성물이고, 변형 전 캡핑 단계에서 접촉되는 커플링 생성물 조성물은 변형 전 캡핑 단계 이전의 제1 커플링 단계의 커플링 생성물 조성물이고, 변형 단계에서 접촉되는 커플링 생성물 조성물은 변형 단계 이전의 제1 커플링 단계의 커플링 생성물 조성물이고, 변형 단계에서 접촉되는 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 변형 단계 이전의 제1 변형 전 캡핑 단계의 변형 전 캡핑 생성물 조성물이고, 변형 후 캡핑 단계에서 접촉되는 변형 생성물 조성물은 변형 후 캡핑 단계 이전의 제1 변형 단계의 변형 생성물 조성물이고, 탈차단 단계에서 접촉되는 변형 생성물 조성물은 탈차단 단계 이전의 제1 변형 단계의 변형 생성물 조성물이고, 탈차단 단계에서 접촉되는 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 탈차단 단계 이전의 제1 변형 후 캡핑 단계의 변형 후 캡핑 생성물 조성물이고, 기타 등등이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 일반적으로 다른 올리고머 화합물을 제조하는 데 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고머 화합물을 포함하는 조성물의 제조 방법은 하기 단계를 포함한다:
(1) 각각의 탈차단된 단량체 단위가 독립적으로 유리 연결 기를 포함한다는 점에서 탈차단된 것인, 각각이 독립적으로 탈차단 단량체 단위를 포함하는 복수의 탈차단된 화합물을 포함하는 탈차단된 조성물과, 올리고머 화합물의 단량체 단위를 포함하는 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
올리고머 화합물의 단량체 단위를 포함하는 파트너 화합물을 복수의 탈차단된 화합물의 유리 연결 기와 커플링시켜 복수의 커플링 생성물(이들 각각은 독립적으로, 탈차단된 단량체 단위의 연결기와 파트너 화합물의 단량체 단위를 연결시키는 연결을 포함함)을 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공하는 것을 포함하는 커플링 단계;
(2) 선택적으로,
커플링 생성물 조성물과 변형 전 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
커플링 생성물 조성물의 하나 이상의 작용기를 캡핑하여, 복수의 변형 전 캡핑 생성물을 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 제공하는 것을 포함하는 변형 전 캡핑 단계;
(3) 커플링 생성물 조성물과 접촉시키고 하나 이상의 커플링 생성물의 하나 이상의 연결을 변형시켜 복수의 변형 생성물을 포함하는 변형 단계 조성물을 제공하는 것; 또는
변형 전 캡핑 생성물 조성물과 접촉시키고 하나 이상의 변형 전 캡핑 생성물의 하나 이상의 연결을 변형시켜 복수의 변형 생성물을 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공하는 것을 포함하는 변형 단계;
(4) 선택적으로,
변형 생성물 조성물과 변형 후 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
변형 생성물 조성물의 하나 이상의 화합물의 하나 이상의 작용기를 캡핑하여, 복수의 변형 후 캡핑 생성물을 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물을 제공하는 것을 포함하는 변형 후 캡핑 단계;
(5) 선택적으로,
변형 생성물 조성물 또는 변형 후 캡핑 생성물 조성물과 탈차단 시약 시스템을 접촉시켜 복수의 탈차단된 생성물(이들 각각은 독립적으로, 유리 연결 기를 포함하는 탈차단된 단량체 단위를 포함함)을 포함하는 탈차단된 조성물을 제공하는 것을 포함하는 탈차단 단계.
일부 실시 형태에서, 방법은 선택적으로, 예를 들어 원하는 길이가 달성될 때까지 단계 (1) 내지 (5)를 수 회 반복하는 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 방법은 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계 둘 다(여기서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 선택적으로, 변형 후 시약 시스템과 상이함), 또는 변형 전 캡핑 단계(여기서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 복수의 커플링 생성물의 복수의 비-연결 기를 캡핑함), 및 황화를 포함하는 변형 단계(상기 황화는 각각이 독립적으로 P=S 모이어티를 포함하는 복수의 변형 생성물을 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공함), 또는 변형 후 캡핑 단계(복수의 변형 생성물(이들 각각은 독립적으로, 키랄 중심을 포함하고 동일 구성을 갖는 변형 생성물 조성물 내의 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 올리고머 화합물이 키랄 중심에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어된 것인 적어도 하나의 키랄 중심을 포함하는 연결을 포함함)을 포함하는 변형 생성물 조성물과 접촉시키는 것을 포함함), 또는 변형 후 캡핑 단계, 및 올리고머 화합물의 단량체 단위를 포함하는 키랄 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템(여기서, 키랄 파트너 화합물은 단량체 단위 내에 존재하지 않는 키랄 원자를 포함함); 또는 변형 전 캡핑 단계가 바로 뒤따르는 커플링 단계(변형 전 캡핑 단계의 변형 전 캡핑 시약 시스템은 에스테르화 촉매를 포함하지 않거나 강한 친핵체를 포함하지 않음)를 포함한다.
본 발명에 기술된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 올리고머 화합물은 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고머 화합물을 포함하는 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물이다 일부 실시 형태에서, 커플링 단계는 올리고뉴클레오티드 합성에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 커플링 단계이다. 일부 실시 형태에서, 탈차단 화합물은 탈차단 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성 사이클에서의 탈차단 단계 후의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 탈차단 단량체 단위는 탈차단 5'-말단 뉴클레오시드 단위이다. 일부 실시 형태에서, 유리 연결 기는 유리 5'-히드록실 기이다. 일부 실시 형태에서, 커플링 시약 시스템은 올리고뉴클레오티드 합성 사이클에서의 커플링 시약 시스템이다. 일부 실시 형태에서, 파트너 화합물은 올리고뉴클레오티드 합성에 대하여 본원에 기술된 포스포르아미다이트이다. 일부 실시 형태에서, 커플링 생성물은 올리고뉴클레오티드 합성에서 커플링 후 형성된 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 탈차단된 단량체 단위의 연결 기와 파트너 화합물의 단량체 단위를 연결하는 연결은 커플링 단계 동안 형성된 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 단계는 본 발명에 기술된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 합성에서의 캡핑 단계이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 본 발명에 기술된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 합성에서의 캡핑 전 시약 시스템이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 올리고뉴클레오티드 합성에서 변형 전 캡핑 단계 후의 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 생성물은 올리고뉴클레오티드 합성에서 변형 전 캡핑 단계 후 형성된 생성물이다. 일부 실시 형태에서, 변형 단계는 올리고뉴클레오티드 합성에 사용되는 변형 단계이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명에 기술된 올리고뉴클레오티드 합성에서 입증된 변형 단계는 뉴클레오티드간 연결을 변형시킨다. 일부 실시 형태에서, 변형 생성물 조성물은 올리고뉴클레오티드 합성에서 변형 단계 후에 제공되는 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 변형 생성물은 올리고뉴클레오티드 합성에서 변형 단계 후에 제공되는 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 단계는 본 발명에 기술된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 합성에서의 캡핑 단계이다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 본 발명에 기술된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 합성에서의 캡핑 후 시약 시스템이다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 올리고뉴클레오티드 합성에서의 변형 후 캡핑 단계 후의 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 생성물은 올리고뉴클레오티드 합성에서 변형 후 캡핑 단계 후에 형성된 생성물이다. 일부 실시 형태에서, 탈차단 단계는 올리고뉴클레오티드 합성에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 탈차단 단계이다. 일부 실시 형태에서, 비-연결 기는 아미노 기이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 키랄 중심은 키랄 제어된 연결 인 중심이다. 일부 실시 형태에서, 단량체 단위 내에 존재하지 않는 키랄 원자를 포함하는 키랄 파트너 화합물은 그의 뉴클레오시드 단위에 없고 P가 아닌 키랄 중심을 포함하는 포스포르아미다이트이다. 일부 실시 형태에서, 시약 시스템은 에스테르화 촉매를 포함하지 않으며 DMAP 및 NMI를 포함하지 않는다.
도 1. B6에 대한 조 UPLC 크로마토그램.
도 2. B19에 대한 조 UPLC 크로마토그램.
도 3. B56에 대한 조 UPLC 크로마토그램.
도 4. (도 4a) B110에 대한 조 UPLC 크로마토그램(NAP 후). (도 4b) B110에 대한 조 UPLC 크로마토그램(NAP 전).
1. 정의
본원에서 사용되는 바와 같이, 달리 지시되지 않는 한 다음의 정의가 적용될 것이다. 본 발명의 목적상, 화학 원소는 문헌[Periodic Table of the Elements, CAS version, Handbook of Chemistry and Physics, 75th Ed.]에 따라 확인된다. 또한, 유기 화학의 일반적인 원리가 문헌["Organic Chemistry", Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito: 1999], 및 문헌["March's Advanced Organic Chemistry", 5th Ed., Ed.: Smith, M.B. and March, J., John Wiley & Sons, New York: 2001]에 기술되어 있다.
본 발명에서 본원에서 사용되는 바와 같이, 문맥상 달리 명백하지 않는 한, (i) 단수형 용어("a" 또는 "an")는 "적어도 하나"를 의미하는 것으로 이해될 수 있고; (ii) "또는"이라는 용어는 "및/또는"을 의미하는 것으로 이해될 수 있고; (iii) "포함하는", "포함하다", "함유하는"("~에 한정되지 않는"과 함께 사용되든지 아니든지 간에) 및 "함유하다"("~에 한정되지 않는"과 함께 사용되든지 아니든지 간에)라는 용어는 단독으로 제시되든지 하나 이상의 추가 구성 요소 또는 단계와 함께 제시되든지 간에 항목별 구성 요소 또는 단계를 포함하는 것으로 이해될 수 있고; (iv) "또 다른"이라는 용어는 적어도 추가적인/두 번째의 하나 이상을 의미하는 것으로 이해될 수 있고; (v) "약" 및 "대략"이라는 용어는 당업자에 의해 이해되는 바와 같은 표준 변동을 허용하는 것으로 이해될 수 있고; (vi) 범위가 제공되는 경우 종점이 포함된다.
달리 명시되지 않는 한, 올리고뉴클레오티드 및 이의 요소(예를 들어, 염기 서열, 당 변형, 뉴클레오티드간 연결, 연결 인 입체화학 등)의 기술은 5'→3'이다. 달리 명시되지 않는 한, 본원에 기술된 올리고뉴클레오티드는 염 형태, 특히 제약상 허용가능한 염 형태로 제공 및/또는 이용될 수 있다. 달리 나타내지 않는 한, 올리고뉴클레오티드는 다양한 형태의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 당업자가 이해할 수 있는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 조성물 내의 개별 올리고뉴클레오티드는, 비록 그러한 조성물(예를 들어, 액체 조성물) 내에서, 특정한 이러한 올리고뉴클레오티드들이 특정 순간에 상이한 형태들(예를 들어, 상이한 제약상 허용가능한 염 형태(들))로 존재할 수 있다(그리고 용해될 수 있고 올리고뉴클레오티드 사슬이 음이온 형태로 존재할 수 있다(예를 들어 액체 조성물 형태로 존재하는 경우))고 할지라도, 동일 구성 및/또는 구조의 것으로 간주될 수 있다. 예를 들어, 당업자는 주어진 pH에서 올리고뉴클레오티드 사슬을 따른 개별 뉴클레오티드간 연결이 산(H) 형태, 또는 복수의 가능한 염 형태(예를 들어, 나트륨 염, 또는 상이한 양이온의 염(어떤 이온이 제제 또는 조성물에 존재할 수 있는지에 따라 다름)))로 존재할 수 있음을 인식할 것이며, 그의 산 형태(예를 들어, 모든 양이온(만약에 있다면)이 H+로 대체됨)가 동일한 구성 및/또는 구조의 것이기만 하다면, 이러한 개별 올리고뉴클레오티드는 적절하게는 동일한 구성 및/또는 구조의 것으로 간주될 수 있다.
지방족: 본원에서 사용되는 바와 같이, "지방족"은 완전히 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 함유하는 직쇄(즉, 비분지형) 또는 분지형, 치환 또는 비치환 탄화수소 사슬, 또는 완전히 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 함유하는 치환 또는 비치환 단환식, 이환식 또는 다환식 탄화수소 고리(그러나 방향족은 아님), 또는 이들의 조합을 의미한다. 일부 실시 형태에서, 지방족 기는 1~50개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 지방족 기는 1~20개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~10개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~9개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~8개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~7개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~6개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~5개의 지방족 탄소 원자를 포함하고, 또 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1, 2, 3 또는 4개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 적합한 지방족 기는 선형 또는 분지형, 치환 또는 비치환 알킬, 알케닐, 알키닐 및 이들의 하이브리드, 예컨대 (시클로알킬)알킬, (시클로알케닐)알킬 또는 (시클로알킬)알케닐을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
알케닐: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "알케닐"은 하나 이상의 이중 결합을 갖는 본원에 정의된 바와 같은 지방족 기를 지칭한다.
알킬: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "알킬"은 당업계에서의 통상적인 의미가 주어지며, 직쇄 알킬 기, 분지쇄 알킬 기, 시클로알킬(지환족) 기, 알킬 치환 시클로알킬 기 및 시클로알킬 치환 알킬 기를 포함하는 포화 지방족 기를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 알킬은 1~100개의 탄소 원자를 갖는다. 특정 실시 형태에서, 직쇄 또는 분지쇄 알킬은 그의 백본 내에 약 1~20개의 탄소 원자(예를 들어, 직쇄의 경우 C1-C20, 분지쇄의 경우 C2-C20), 대안적으로 약 1~10개의 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 시클로알킬 고리는 그의 고리 구조(여기서 이러한 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식임) 내에 약 3~10개의 탄소 원자, 대안적으로 약 5, 6 또는 7개의 탄소를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 알킬 기는 저급 알킬 기일 수 있으며, 여기서, 저급 알킬 기는 1~4개의 탄소 원자를 포함한다(예를 들어, 직쇄 저급 알킬의 경우 C1-C4).
알키닐: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "알키닐"은 하나 이상의 삼중 결합을 갖는 본원에 정의된 바와 같은 지방족 기를 지칭한다.
유사체: 용어 "유사체"는 기준 화학적 모이어티 또는 모이어티 클래스와 구조적으로 상이하지만 이러한 기준 화학적 모이어티 또는 모이어티 클래스의 적어도 하나의 기능을 수행할 수 있는 임의의 화학적 모이어티를 포함한다. 비제한적인 예로서, 뉴클레오티드 유사체는 뉴클레오티드와 구조적으로 상이하지만 뉴클레오티드의 하나 이상의 기능을 수행하고; 핵염기 유사체는 핵염기와 구조적으로 상이하지만 핵염기의 하나 이상의 기능을 수행하고; 기타 등등이다.
아릴: 단독으로, 또는 "아르알킬", "아르알콕시", 또는 "아릴옥시알킬"에서와 같이 더 큰 모이어티의 일부로서 사용되는 "아릴"이라는 용어는 총 5~30개의 고리 구성원을 갖는 단환식, 이환식 또는 다환식 고리 시스템을 지칭하며, 여기서, 상기 시스템에서의 적어도 하나의 고리는 방향족이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 기는 총 5~14개의 고리 구성원을 갖는 단환식, 이환식 또는 다환식 고리 시스템이며, 여기서, 상기 시스템에서의 적어도 하나의 고리는 방향족이고, 상기 시스템에서의 각각의 고리는 3~7개의 고리 구성원을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 아릴 기는 바이아릴 기이다. 용어 "아릴"은 용어 "아릴 고리"와 상호교환가능하게 사용될 수 있다. 본 발명의 특정 실시 형태에서, "아릴"은 하나 이상의 치환체를 가질 수 있는 페닐, 바이페닐, 나프틸, 바이나프틸, 안트라실 등을 포함하지만 이에 한정되지 않는 방향족 고리 시스템을 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "아릴"의 범주 내에는 방향족 고리가 하나 이상의 비방향족 고리에 융합된 기, 예컨대 인다닐, 프탈이미딜, 나프트이미딜, 페난트리디닐, 또는 테트라히드로나프틸 등도 포함되며, 여기서, 라디칼 또는 부착점은 아릴 고리 상에 있다.
키랄 제어: 본원에서 사용되는 바와 같이, "키랄 제어"는 올리고뉴클레오티드 내의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 키랄 연결 인의 입체화학적 지정의 제어를 지칭한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 연결 인이 키랄인 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 제어는 올리고뉴클레오티드의 당 및 염기 모이어티가 부재하는 키랄 요소를 통해 달성되며, 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 제어는 본 발명에 기술된 바와 같이 올리고뉴클레오티드 제조 동안의 하나 이상의 키랄 보조제의 사용을 통해 달성되는데, 상기 키랄 보조제는 종종 올리고뉴클레오티드 제조 동안 사용되는 키랄 포스포르아미다이트의 일부이다. 키랄 제어와 대조적으로, 당업자는 키랄 보조제를 사용하지 않는 종래의 올리고뉴클레오티드 합성이 키랄 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 데 사용되는 경우 이러한 종래의 올리고뉴클레오티드 합성은 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 입체화학을 제어할 수 없음을 인식한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 각각의 키랄 연결 인의 입체화학적 지정이 제어된다.
키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물", "키랄 제어 핵산 조성물" 등은 1) 공통 염기 서열, 2) 공통 백본 연결 패턴, 및 3) 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)를 포함하는 조성물을 지칭하며, 여기서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학(키랄 제어 또는 입체정의 뉴클레오티드간 연결(이의 키랄 연결 인은 조성물에서, 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결로서의 무작위 Rp 및 Sp 조합이 아닌, Rp 또는 Sp임("입체정의됨)))을 공유한다. 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물 중 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)의 수준은 (예를 들어, 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 입체선택적으로 형성하기 위해 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 제조를 통해) 미리 결정/제어된다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)가 복수의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하는 올리고뉴클레오티드를 공유하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)가 복수의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의, 또는 (예를 들어, 복수의 올리고뉴클레오티드의 또는 올리고뉴클레오티드 유형의) 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의, 또는 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하는 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의, 또는 공통 염기 서열, 공통 염기 변형 패턴, 공통 당 변형 패턴, 공통 뉴클레오티드간 연결 유형 패턴, 및/또는 공통 뉴클레오티드간 연결 변형 패턴을 공유하는 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 약 1~50(예를 들어, 약 1~10, 1~20, 5~10, 5~20, 10~15, 10~20, 10~25, 10~30, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20)개의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일 입체화학을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%)의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일 입체화학을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 동일 구성의 것이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)의 수준은 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)와 동일한 구성을 공유하는 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이며, 조성물은 완전히 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 구조적으로 동일하다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99.5%, 전형적으로 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99.5%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 95%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 96%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 97%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 98%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 99%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 수준의 백분율은 (DS)nc이거나 적어도 (DS)nc이며, 여기서, DS는 본 발명에 기술된 바와 같은 부분입체 순도(예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99.5% 이상)이고, nc는 본 발명에 기술된 바와 같은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 또는 그 이상)이다. 일부 실시 형태에서, 수준의 백분율은 (DS)nc이거나 적어도 (DS)nc이며, 여기서, DS는 95%~100%이다. 예를 들어, DS가 99%이고 nc가 10인 경우, 백분율은 90%((99%)10
Figure pct00009
0.90 = 90%)이거나 적어도 90%((99%)10
Figure pct00010
0.90 = 90%)이다. 일부 실시 형태에서, 조성물 중 복수의 올리고뉴클레오티드의 수준은 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 부분입체 순도의 곱으로 표시된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)에서 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결의 부분입체 순도는 상기 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 이량체의 뉴클레오티드간 연결의 부분입체 순도로 표시되며, 여기서, 이량체는 비견되는 조건들, 일부 경우에, 동일한 합성 사이클 조건들을 사용하여 제조된다(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 ….NxNy…..에서의 Nx와 Ny 사이의 연결에 있어서, 이량체는 NxNy임). 일부 실시 형태에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결이 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결인 것은 아니며, 조성물은 부분적으로 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결은 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물에서 전형적으로 관찰되는 바와 같이, 약 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55% 또는 약 50% 미만의 부분입체 순도를 갖는다(예를 들어, 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성, 예를 들어 포스포르아미다이트 방법으로부터). 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 동일 유형의 것이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 비-무작위 또는 제어된 수준의 개별 올리고뉴클레오티드 또는 핵산들의 유형들을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 하나 이하의 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 하나 초과의 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 다수의 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 소정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들의 조성물이며, 이 조성물은 비-무작위 또는 제어된 수준의, 상기 올리고뉴클레오티드 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드들을 포함한다.
비견되는: 본원에서 용어 "비견되는"은 수득된 결과 또는 관찰된 현상의 비교를 가능하게 하기 위하여 서로 충분히 유사한 두 세트(또는 그 이상의 세트)의 조건 또는 상황을 설명하는 데 사용된다. 일부 실시 형태에서, 비견되는 조건 또는 상황 세트는 복수의 실질적으로 동일한 특징 및 하나 이하의 다양한 특징을 특징으로 한다. 당업자는, 상이한 조건 또는 상황 세트 하에서 수득된 결과 또는 관찰된 현상의 차이가 다양한 특징의 변동에 의해 야기되거나 상기 변동을 나타낸다는 합리적인 결론을 보증하기에 충분한 수 및 유형의 실질적으로 동일한 특징을 특징으로 하는 경우 조건들의 세트들이 서로에 비견되는 것임을 이해할 것이다.
지환족: 용어 "지환족", "탄소환", "카르보시클릴", "탄소환식 라디칼", 및 "탄소환식 고리"는 상호교환가능하게 사용되며, 본원에서 사용되는 바와 같이 포화 또는 부분 불포화, 비방향족, 환형 지방족 단환식, 이환식, 또는 다환식 고리 시스템(본원에 기술된 바와 같으며, 달리 특정되지 않는 한, 3~30개의 고리 구성원을 가짐)을 지칭한다. 지환족 기는 제한 없이, 시클로프로필, 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로펜테닐, 시클로헥실, 시클로헥세닐, 시클로헵틸, 시클로헵테닐, 시클로옥틸, 시클로옥테닐, 노르보르닐, 아다만틸, 및 시클로옥타디에닐을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 3~6개의 탄소를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 포화되며 시클로알킬이다. 또한 용어 "지환족"은 데카히드로나프틸 또는 테트라히드로나프틸과 같은 하나 이상의 방향족 또는 비방향족 고리에 융합된 지방족 고리를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 삼환식이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, "지환족"은 C3-C6 단환식 탄화수소, 또는 완전 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 포함하지만 방향족이 아니고, 분자의 나머지에 대한 단일 부착점을 갖는 C8-C10 이환식 또는 다환식 탄화수소, 또는 완전 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 포함하지만 방향족이 아니고, 분자의 나머지에 대한 단일 부착점을 갖는 C9-C16 다환식 탄화수소를 지칭한다.
할로겐: 용어 "할로겐"은 F, Cl, Br, 또는 I를 의미한다.
헤테로지방족: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로지방족"은 당업계에서의 그의 통상적인 의미가 주어지며, 하나 이상의 탄소 원자가 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자(예를 들어, 산소, 질소, 황, 규소, 인 등)로 대체된 본원에 기술된 바와 같은 지방족 기를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, C, CH, CH2, 및 CH3으로부터 선택되는 하나 이상의 단위는 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자(이의 산화된 형태 및/또는 치환된 형태를 포함함)로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 헤테로지방족 기는 헤테로알킬이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로지방족 기는 헤테로알케닐이다.
헤테로알킬: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로알킬"은 당업계에서의 그의 통상적인 의미가 주어지며, 하나 이상의 탄소 원자가 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자(예를 들어, 산소, 질소, 황, 규소, 인 등)로 대체된 본원에 기술된 바와 같은 알킬 기를 지칭한다. 헤테로알킬 기의 예는 알콕시, 폴리(에틸렌 글리콜)-, 알킬-치환 아미노, 테트라히드로푸라닐, 피페리디닐, 모르폴리닐 등을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
헤테로아릴: 본원에서 사용되는 바와 같이, 단독으로 또는 더 큰 모이어티의 일부로서(예를 들어, "헤테로아르알킬" 또는 "헤테로아르알콕시") 사용되는 "헤테로아릴" 및 "헤테로아르-"라는 용어는 총 5~30개의 고리 구성원을 갖는 단환식, 이환식 또는 다환식 고리 시스템을 지칭하며, 여기서, 상기 시스템에서의 적어도 하나의 고리는 방향족이고, 적어도 하나의 방향족 고리 원자는 헤테로원자이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 기는 5~10개의 고리 원자(즉, 단환식, 이환식 또는 다환식), 일부 실시 형태에서 5, 6, 9, 또는 10개의 고리 원자를 갖는 기이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 기는 환형 어레이에서 공유되는 6, 10 또는 14개의 π 전자를 가지며; 탄소 원자 외에 1~5개의 헤테로원자를 갖는다. 헤테로아릴 기는 제한 없이 티에닐, 푸라닐, 피롤릴, 이미다졸릴, 피라졸릴, 트리아졸릴, 테트라졸릴, 옥사졸릴, 이속사졸릴, 옥사디아졸릴, 티아졸릴, 이소티아졸릴, 티아디아졸릴, 피리딜, 피리다지닐, 피리미디닐, 피라지닐, 인돌리지닐, 퓨리닐, 나프티리디닐, 및 프테리디닐을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴은 헤테로바이아릴 기, 예컨대 바이피리딜 등이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로아릴" 및 "헤테로아르-"는 또한 헤테로방향족 고리가 하나 이상의 아릴, 지환족, 또는 헤테로시클릴 고리에 융합된 기를 포함하며, 여기서, 라디칼 또는 부착점은 헤테로방향족 고리 상에 있다. 비제한적 예는 인돌릴, 이소인돌릴, 벤조티에닐, 벤조푸라닐, 디벤조푸라닐, 인다졸릴, 벤즈이미다졸릴, 벤즈티아졸릴, 퀴놀릴, 이소퀴놀릴, 신놀리닐, 프탈라지닐, 퀴나졸리닐, 퀴녹살리닐, 4H-퀴놀리지닐, 카르바졸릴, 아크리디닐, 페나지닐, 페노티아지닐, 페녹사지닐, 테트라히드로퀴놀리닐, 테트라히드로이소퀴놀리닐, 및 피리도[2,3-b]-1,4-옥사진-3(4H)-온을 포함한다. 헤테로아릴 기는 단환식, 이환식 또는 다환식일 수 있다. 용어 "헤테로아릴"은 용어 "헤테로아릴 고리", "헤테로아릴 기", 또는 "헤테로방향족"과 상호교환가능하게 사용될 수 있으며, 상기 용어 중 임의의 것은 선택적으로 치환된 고리를 포함한다. 용어 "헤테로아르알킬"은 헤테로아릴 기로 치환된 알킬 기를 지칭하며, 여기서, 알킬 및 헤테로아릴 부분은 독립적으로 선택적으로 치환된다.
헤테로원자: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로원자"는 탄소 또는 수소가 아닌 원자를 의미한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로원자는 붕소, 산소, 황, 질소, 인 또는 규소(산화된 형태의 질소, 황, 인 또는 규소; 하전된 형태의 질소(예를 들어, 4차화된 형태, 이미늄 기에서와 같은 형태 등), 인, 황, 산소 등을 포함함)이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로원자는 산소, 황 또는 질소이다.
복소환: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "복소환", "헤테로시클릴", "복소환식 라디칼" 및 "복소환식 고리"(본원에서 사용되는 바와 같음)는 상호교환가능하게 사용되며, 포화 또는 부분 불포화되고 하나 이상의 헤테로원자 고리 원자를 갖는 단환식, 이환식 또는 다환식 고리 모이어티(예를 들어, 3~30원)를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 기는, 상기에 정의된 바와 같이, 포화 또는 부분 불포화되고, 탄소 원자에 더하여 하나 이상의, 바람직하게는 1 내지 4개의 헤테로원자를 갖는 안정한 5 내지 7원 단환식 또는 7 내지 10원 이환식 복소환식 모이어티이다. 복소환의 고리 원자와 관련하여 사용되는 경우, 용어 "질소"는 치환된 질소를 포함한다. 일례로서, 산소, 황 및 질소로부터 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 포화 또는 부분 불포화 고리에서, 질소는 N(3,4-디히드로-2H-피롤릴에서와 같이), NH(피롤리디닐에서와 같이), 또는 +NR(N-치환 피롤리디닐에서와 같이)일 수 있다. 복소환식 고리는 임의의 헤테로원자 또는 탄소 원자에서 그의 펜던트 기에 부착될 수 있으며(이는 안정한 구조를 초래함) 임의의 고리 원자는 선택적으로 치환될 수 있다. 이러한 포화 또는 부분 불포화 복소환식 라디칼의 예는 제한 없이 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로티에닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 피롤리닐, 테트라히드로퀴놀리닐, 테트라히드로이소퀴놀리닐, 데카히드로퀴놀리닐, 옥사졸리디닐, 피페라지닐, 디옥사닐, 디옥솔라닐, 디아제피닐, 옥사제피닐, 티아제피닐, 모르폴리닐, 및 퀴누클리디닐을 포함한다. 용어 "복소환", "헤테로시클릴", "헤테로시클릴 고리", "복소환식 기", "복소환식 모이어티" 및 "복소환식 라디칼"은 본원에서 상호교환가능하게 사용되며, 또한 헤테로시클릴 고리가 하나 이상의 아릴, 헤테로아릴, 또는 지환족 고리에 융합된 기, 예컨대 인돌리닐, 3H-인돌릴, 크로마닐, 페난트리디닐, 또는 테트라히드로퀴놀리닐을 포함한다. 헤테로시클릴 기는 단환식, 이환식 또는 다환식일 수 있다. 용어 "헤테로시클릴알킬"은 헤테로시클릴로 치환된 알킬 기를 지칭하며, 여기서, 알킬 및 헤테로시클릴 부분은 독립적으로 선택적으로 치환된다.
뉴클레오티드간 연결: 본원에서 사용되는 바와 같이, 어구 "뉴클레오티드간 연결"은 일반적으로, 올리고뉴클레오티드 또는 핵산의 뉴클레오시드 단위들을 연결시키는 연결을 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포디에스테르 연결이며, 이는 천연 발생 DNA 및 RNA 분자에서 광범위하게 발견되는 바와 같다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이 염 형태로 존재할 수 있는 천연 포스페이트 연결 (-OP(=O)(OH)O-)). 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 변형된 뉴클레오티드간 연결(천연 포스페이트 연결이 아님)이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포디에스테르 연결의 적어도 하나의 산소 원자 또는 -OH가 상이한 유기 또는 무기 모이어티로 대체된 "변형된 뉴클레오티드간 연결"이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 유기 또는 무기 모이어티는 =S, =Se, =NR', -SR', -SeR', -N(R')2, B(R')3, -S-, -Se-, 및 -N(R')-로부터 선택되며, 여기서, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 정의되고 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포트리에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결(또는 포스포로티오에이트 디에스테르 연결, -OP(=O)(SH)O-(이는 당업자에 의해 이해되는 바와 같이 염 형태로 존재할 수 있음)), 또는 포스포로티오에이트 트리에스테르 연결이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 예를 들어 PNA(펩티드 핵산) 또는 PMO(포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머) 연결 중 하나이다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 특정한 제공된 올리고뉴클레오티드에서 n001)이다. 당업자는 뉴클레오티드간 연결이 연결에서의 산 또는 염기 모이어티의 존재로 인해 주어진 pH에서 음이온 또는 양이온으로 존재할 수 있음을 이해한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 WO 2017/210647에 기술된 바와 같이 s, s1, s2, s3, s4, s5, s6, s7, s8, s9, s10, s11, s12, s13, s14, s15, s16, s17 및 s18로 표기되는 변형된 뉴클레오티드간 연결이다.
연결 인: 본원에 정의된 바와 같이, 어구 "연결 인"은 언급된 특정 인 원자가 뉴클레오티드간 연결에 존재하는 인 원자임을 나타내는 데 사용되며, 상기 인 원자는 천연 발생 DNA 및 RNA에서 나타나는 포스포디에스테르 뉴클레오티드간 연결의 인 원자에 상응한다. 일부 실시 형태에서, 연결 인 원자는 변형된 뉴클레오티드간 연결에 존재하며, 여기서, 포스포디에스테르 연결의 각각의 산소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 유기 또는 무기 모이어티로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 연결 인 원자는 예를 들어 본원에 정의된 바와 같은 화학식 VII의 P이다. 일부 실시 형태에서, 연결 인 원자는 키랄 원자이다. 일부 실시 형태에서, 연결 인은 비키랄 인이다(예를 들어, 천연 포스페이트 연결에서).
변형된 핵염기: 용어 "변형된 핵염기", "변형된 염기" 등은 핵염기와 화학적으로 구별되지만 핵염기의 하나 이상의 기능을 수행할 수 있는 화학적 모이어티를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 변형을 포함하는 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 핵염기의 하나 이상의 기능이 가능하며, 예를 들어, 적어도 상보성 염기 서열을 포함하는 핵산에 대하여 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서의 모이어티를 형성할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 치환된 A, T, C, G, 또는 U, 또는 A, T, C, G, 또는 U의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 맥락에서 변형된 핵염기는 A, T, C, G 또는 U가 아닌 핵염기를 지칭한다.
변형된 뉴클레오시드: 용어 "변형된 뉴클레오시드"는 천연 뉴클레오시드로부터 유도되거나 화학적으로 유사하지만, 천연 뉴클레오시드와 구별되는 화학적 변형을 포함하는 모이어티를 지칭한다. 변형된 뉴클레오시드의 비제한적인 예는 염기 및/또는 당에서의 변형을 포함하는 것을 포함한다. 변형된 뉴클레오시드의 비제한적인 예는 당에서의 2' 변형을 갖는 것을 포함한다. 변형된 뉴클레오시드의 비제한적인 예는 또한 비염기성 뉴클레오시드(이는 핵염기가 결여됨)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 뉴클레오시드의 하나 이상의 기능이 가능하며, 예를 들어, 적어도 상보성 염기 서열을 포함하는 핵산에 대하여 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서의 모이어티를 형성할 수 있다.
변형된 뉴클레오티드: 용어 "변형된 뉴클레오티드"는 천연 뉴클레오티드와 구조적으로 상이하지만 천연 뉴클레오티드의 하나 이상의 기능을 수행할 수 있는 임의의 화학적 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 당, 염기 및/또는 뉴클레오티드간 연결에서의 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 변형된 당, 변형된 핵염기 및/또는 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 뉴클레오티드의 하나 이상의 기능이 가능하며, 예를 들어, 적어도 상보성 염기 서열을 포함하는 핵산에 대하여 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서의 서브유닛을 형성할 수 있다.
변형된 당: 용어 "변형된 당"은 당을 대체할 수 있는 모이어티를 지칭한다. 변형된 당은 당의 공간적 배열, 전자적 특성 또는 다른 물리화학적 특성을 모방한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명에 기술된 바와 같이, 변형된 당은 치환된 리보스 또는 데옥시리보스이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 2'-변형을 포함한다. 유용한 2'-변형의 예는 당업계에서 널리 이용되고 본원에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-10 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 이환식 당(예를 들어, LNA, BNA 등에 사용되는 당)이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 맥락에서, 변형된 당은 천연 RNA 또는 DNA에서 전형적으로 발견되는 리보스 또는 데옥시리보스가 아닌 당이다.
핵염기: 용어 "핵염기"는 서열 특이적 방식으로 하나의 핵산 가닥을 또 다른 상보성 가닥에 결합시키는 수소 결합에 관여하는 핵산 부분을 지칭한다. 가장 일반적인 천연 발생 핵염기는 아데닌(A), 구아닌(G), 우라실(U), 시토신(C), 및 티민(T)이다. 일부 실시 형태에서, 천연 발생 핵염기는 변형된 아데닌, 구아닌, 우라실, 시토신, 또는 티민이다. 일부 실시 형태에서, 천연 발생 핵염기는 메틸화 아데닌, 구아닌, 우라실, 시토신, 또는 티민이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 고리 원자가 질소인 헤테로아릴 고리를 포함하고, 뉴클레오시드에 있을 때 질소는 당 모이어티에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 고리 원자가 질소인 복소환식 고리를 포함하고, 뉴클레오시드에 있을 때 질소는 당 모이어티에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 아데닌(A), 구아닌(G), 우라실(U), 시토신(C), 및 티민 (T) 이외의 핵염기인 "변형된 핵염기"이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 치환된 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 A, T, C, G, 또는 U의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 메틸화 아데닌, 구아닌, 우라실, 시토신 또는 티민이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 핵염기의 공간적 배열, 전자적 특성 또는 몇몇의 다른 물리화학적 특성을 모방하며, 서열 특이적 방식으로 하나의 핵산 가닥을 또 다른 것에 결합시키는 수소 결합의 특성을 보유한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 용융 거동, 세포내 효소에 의한 인식 또는 올리고뉴클레오티드 듀플렉스의 활성에 실질적으로 영향을 미치지 않으면서 모든 5가지 천연 발생 염기(우라실, 티민, 아데닌, 시토신 또는 구아닌)와 쌍을 형성할 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "핵염기"는 또한 변형된 핵염기 및 핵염기 유사체와 같은, 천연 발생 또는 천연 비-발생 핵염기 대신에 사용되는 구조적 유사체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G, 또는 U, 또는 A, T, C, G, 또는 U의 선택적 치환 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, "핵염기"는 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서의 핵염기 단위를 지칭한다(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서와 같이 A, T, C, G 또는 U).
뉴클레오시드: 용어 "뉴클레오시드"는 핵염기 또는 변형된 핵염기가 당 또는 변형된 당에 공유 결합된 모이어티를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드는 천연 뉴클레오시드, 예를 들어, 아데노신, 데옥시아데노신, 구아노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 우리딘, 시티딘 또는 데옥시시티딘이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드는 변형된 뉴클레오시드, 예를 들어, 치환된 천연 뉴클레오시드(아데노신, 데옥시아데노신, 구아노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 우리딘, 시티딘 및 데옥시시티딘으로부터 선택됨)이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드는 변형된 뉴클레오시드, 예를 들어, 아데노신, 데옥시아데노신, 구아노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 우리딘, 시티딘, 및 데옥시시티딘으로부터 선택되는 천연 뉴클레오시드의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, "뉴클레오시드"는 올리고뉴클레오티드 또는 핵산 내의 뉴클레오시드 단위를 지칭한다.
뉴클레오시드 유사체: 용어 "뉴클레오시드 유사체"는 천연 뉴클레오시드와 화학적으로 구별되지만 뉴클레오시드의 하나 이상의 기능을 수행할 수 있는 화학적 모이어티를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드 유사체는 당 유사체 및/또는 핵염기 유사체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 뉴클레오시드의 하나 이상의 기능이 가능하며, 예를 들어, 상보성 염기 서열을 포함하는 핵산에 대하여 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서의 모이어티를 형성할 수 있다.
뉴클레오티드: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "뉴클레오티드"는 핵염기, 당 및 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 천연 DNA 및 RNA에서의 포스페이트 연결)로 이루어진 폴리뉴클레오티드의 단량체 단위를 지칭한다. 천연 발생 염기[구아닌(G), 아데닌(A), 시토신(C), 티민(T), 및 우라실(U)]는 퓨린 또는 피리미딘의 유도체이지만, 천연 발생 및 천연 비-발생 염기 유사체도 포함됨이 이해되어야 한다. 천연 발생 당은 펜토스(오탄당) 데옥시리보스(이는 DNA를 형성함) 또는 리보스(이는 RNA를 형성함)이지만, 천연 발생 및 천연 비-발생 당 유사체도 포함됨이 이해되어야 한다. 뉴클레오티드는 뉴클레오티드간 연결을 통해 연결되어 핵산 또는 폴리뉴클레오티드를 형성한다. (포스페이트, 포스포로티오에이트, 보라노포스페이트 등과 같은, 그러나 이에 한정되지 않는) 많은 뉴클레오티드간 연결이 당업계에 공지되어 있다. 인공 핵산은 PNA(펩티드 핵산), 포스포트리에스테르, 포스포로티오네이트, H-포스포네이트, 포스포르아미데이트, 보라노포스페이트, 메틸포스포네이트, 포스포노아세테이트, 티오포스포노아세테이트 및 천연 핵산의 포스페이트 백본의 다른 변이체, 예컨대 본원에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 천연 뉴클레오티드는 천연 발생 염기, 당 및 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "뉴클레오티드"는 또한 변형된 뉴클레오티드 및 뉴클레오티드 유사체와 같은, 천연 발생 또는 천연 비-발생 뉴클레오티드 대신에 사용되는 구조적 유사체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, "뉴클레오티드"는 올리고뉴클레오티드 또는 핵산 내의 뉴클레오티드 단위를 지칭한다.
올리고뉴클레오티드: 용어 "올리고뉴클레오티드"는 뉴클레오티드의 중합체 또는 올리고머를 지칭하며, 천연 및 비-천연 핵염기, 당, 및 뉴클레오티드간 연결의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
올리고뉴클레오티드는 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다. 단일 가닥 올리고뉴클레오티드는 이중 가닥 영역(단일 가닥 올리고뉴클레오티드의 두 부분에 의해 형성됨)을 가질 수 있고, 2개의 올리고뉴클레오티드 사슬을 포함하는 이중 가닥 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 상기 두 올리고뉴클레오티드 사슬이 서로 상보성이 아닌 영역에서 단일 가닥 영역을 가질 수 있다. 예시적인 올리고뉴클레오티드는 구조 유전자, 제어 및 종결 영역을 포함하는 유전자, 바이러스 또는 플라스미드 DNA와 같은 자기 복제 시스템, 단일 가닥 및 이중 가닥 RNAi 에이전트 및 기타 RNA 간섭 시약(RNAi 에이전트 또는 iRNA 에이전트), shRNA, 안티센스 올리고뉴클레오티드, 리보자임, 마이크로RNA, 마이크로RNA 모방체, 수퍼미르(supermir), 압타머(aptamer), 안티미르(antimir), 안타고미르(antagomir), Ul 어댑터(adaptor), 트리플렉스-형성 올리고뉴클레오티드, G-쿼드루플렉스 올리고뉴클레오티드, RNA 활성자, 면역자극 올리고뉴클레오티드 및 데코이(decoy) 올리고뉴클레오티드를 포함하지만 이에 한정되지 않는다.
본 발명의 올리고뉴클레오티드는 다양한 길이의 것일 수 있다. 특정 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 약 2 내지 약 200개의 뉴클레오시드의 범위일 수 있다. 다양한 관련 실시 형태에서, 단일 가닥, 이중 가닥 또는 삼중 가닥 올리고뉴클레오티드는 길이가 약 4 내지 약 10개의 뉴클레오시드, 약 10 내지 약 50개의 뉴클레오시드, 약 20 내지 약 50개의 뉴클레오시드, 약 15 내지 약 30개의 뉴클레오시드, 또는 길이가 약 20 내지 약 30개의 뉴클레오시드의 범위일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 약 9 내지 약 39개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 4개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 5개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 6개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 7개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 8개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 9개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 10개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 11개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 12개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 15개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 15개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 16개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 17개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 18개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 19개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 20개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 25개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 30개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 18개의 뉴클레오시드인 상보성 가닥들의 듀플렉스이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 21개의 뉴클레오시드인 상보성 가닥들의 듀플렉스이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 길이에서 카운팅되는 각각의 뉴클레오시드는 독립적으로 A, T, C, G, 또는 U, 또는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 선택적 치환 호변이성질체를 포함한다.
올리고뉴클레오티드 유형: 본원에서 사용되는 바와 같이, 어구 "올리고뉴클레오티드 유형"은 특정 염기 서열, 백본 연결 패턴(즉, 뉴클레오티드간 연결 유형, 예를 들어 포스페이트, 포스포로티오에이트 등의 패턴), 백본 키랄 중심의 패턴(즉, 결합 인 입체화학의 패턴(Rp/Sp)), 및 백본 인 변형의 패턴(예를 들어, 화학식 VII에서 "-X-Ls-R5" 기의 패턴)을 갖는 올리고뉴클레오티드를 정의하는 데 사용된다 . 일부 실시 형태에서, 공통 지정 "유형"의 올리고뉴클레오티드는 서로 구조적으로 동일하다(입체화학적으로 동일한 것을 포함함).
당업자는 본 발명의 합성 방법이 올리고뉴클레오티드 가닥의 합성 동안 어느 정도의 제어를 제공하여 올리고뉴클레오티드 가닥의 각각의 뉴클레오티드 단위가 연결 인에서의 특정 입체화학 및/또는 연결 인에서의 특정 변형 및/또는 특정 염기 및/또는 특정 당을 갖도록 미리 설계되고/되거나 선택될 수 있음을 이해할 것이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 연결 인에서 입체중심들의 특정 조합을 갖도록 미리 설계되고/되거나 선택된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 연결 인에서 변형들의 특정 조합을 갖도록 설계되고/되거나 결정된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 염기들의 특정 조합을 갖도록 설계되고/되거나 선택된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 상기 구조적 특징들 중 하나 이상의 특정 조합을 갖도록 설계되고/되거나 선택된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드 분자를 포함하거나 이로 이루어진 조성물(예를 들어, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물)을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 모든 분자는 동일한 유형의 것이다(즉, 서로 구조적으로 동일하다). 그러나 일부 실시 형태에서, 제공된 조성물은 상이한 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 전형적으로 소정의 상대적인 양으로 포함한다.
선택적으로 치환된: 본원에 기술된 바와 같이, 본 발명의 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드는 선택적으로 치환된 모이어티 및/또는 치환된 모이어티를 포함할 수 있다. 일반적으로, "선택적으로"라는 용어가 선행하든지 아니든지 간에, "치환된"이라는 용어는 표기된 모이어티의 하나 이상의 수소가 적합한 치환체로 대체됨을 의미한다. 달리 지시되지 않는 한, "선택적으로 치환된" 기는 기의 각각의 치환가능한 위치에 적합한 치환체를 가질 수 있고, 임의의 주어진 구조에서 하나 초과의 위치가 특정 기로부터 선택된 하나 초과의 치환체로 치환될 수 있는 경우, 치환체는 모든 위치에서 동일하거나 상이할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 선택적으로 치환된 기는 비치환된다. 본 발명에 의해 구상되는 치환체들의 조합은 바람직하게는 안정하거나 화학적으로 실현가능한(chemically feasible) 화합물을 생성하는 것이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "안정한"은 화합물의 생성, 검출, 및 특정 실시 형태에서, 화합물의 회수, 정제, 및 본원에 개시된 목적 중 하나 이상을 위한 용도를 가능하게 하기 위한 조건을 가할 경우 실질적으로 변경되지 않는 화합물을 지칭한다. 특정 치환체는 아래에 기술되어 있다.
치환가능한 원자, 예를 들어, 적합한 탄소 원자 상의 적합한 1가 치환체는 독립적으로 할로겐; -(CH2)0-4R°; -(CH2)0-4OR°; -O(CH2)0-4Ro, -O-(CH2)0-4C(O)OR°; -(CH2)0-4CH(OR°)2; R°로 치환될 수 있는 -(CH2)0-4Ph; R°로 치환될 수 있는 -(CH2)0-4O(CH2)0-1Ph; R°로 치환될 수 있는 -CH=CHPh; R°로 치환될 수 있는 -(CH2)0-4O(CH2)0-1-피리딜; -NO2; -CN; -N3; -(CH2)0-4N(R°)2; -(CH2)0-4N(R°)C(O)R°; -N(R°)C(S)R°; -(CH2)0-4N(R°)C(O)NR°2; -N(R°)C(S)NR°2; -(CH2)0-4N(R°)C(O)OR°; -N(R°)N(R°)C(O)R°; -N(R°)N(R°)C(O)NR°2; -N(R°)N(R°)C(O)OR°; -(CH2)0-4C(O)R°; -C(S)R°; -(CH2)0-4C(O)OR°; -(CH2)0-4C(O)SR°; -(CH2)0-4C(O)OSiR°3; -(CH2)0-4OC(O)R°; -OC(O)(CH2)0-4SR°, -SC(S)SR°; -(CH2)0-4SC(O)R°; -(CH2)0-4C(O)NR°2; -C(S)NR°2; -C(S)SR°; -(CH2)0-4OC(O)NR°2; -C(O)N(OR°)R°; -C(O)C(O)R°; -C(O)CH2C(O)R°; -C(NOR°)R°; -(CH2)0-4SSR°; -(CH2)0-4S(O)2R°; -(CH2)0-4S(O)2OR°; -(CH2)0-4OS(O)2R°; -S(O)2NR°2; -(CH2)0-4S(O)R°; -N(R°)S(O)2NR°2; -N(R°)S(O)2R°; -N(OR°)R°; -C(NH)NR°2; -Si(R°)3; -OSi(R°)3; -B(R°)2; -OB(R°)2; -OB(OR°)2; -P(R°)2; -P(OR°)2; -P(R°)(OR°); -OP(R°)2; -OP(OR°)2; -OP(R°)(OR°); -P(O)(R°)2; -P(O)(OR°)2; -OP(O)(R°)2; -OP(O)(OR°)2; -OP(O)(OR°)(SR°); -SP(O)(R°)2; -SP(O)(OR°)2; -N(R°)P(O)(R°)2; -N(R°)P(O)(OR°)2; -P(R°)2[B(R°)3]; -P(OR°)2[B(R°)3]; -OP(R°)2[B(R°)3]; -OP(OR°)2[B(R°)3]; -(C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬렌)O-N(R°)2; 또는 -(C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬렌)C(O)O-N(R°)2이며, 여기서, 각각의 R°은 본원에 정의된 바와 같이 치환될 수 있고, 독립적으로 수소, C1-20 지방족, 독립적으로 질소, 산소, 황, 규소 및 인으로부터 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, -CH2-(C6-14 아릴), -O(CH2)0-1(C6-14 아릴), -CH2-(5~14원 헤테로아릴 고리), 5~20원, 단환식, 이환식, 또는 다환식, 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 황, 규소 및 인으로부터 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 가짐)이거나, 또는, 상기 정의에도 불구하고, 2개의 독립적으로 존재하는 R°는 이의 개재 원자(들)와 함께 취해져서, 5~20원, 단환식, 이환식, 또는 다환식, 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 황, 규소 및 인으로부터 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 가짐)를 형성하며, 이는 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있다.
R°(또는 2개의 독립적으로 존재하는 R°이 그의 개재 원자와 함께 형성하는 고리) 상의 적합한 1가 치환체는 독립적으로 할로겐, -(CH2)0-2R●, -(할로R●), -(CH2)0-2OH, -(CH2)0-2OR●, -(CH2)0-2CH(OR●)2; -O(할로R●), -CN, -N3, -(CH2)0-2C(O)R●, -(CH2)0-2C(O)OH, -(CH2)0-2C(O)OR●, -(CH2)0-2SR●, -(CH2)0-2SH, -(CH2)0-2NH2, -(CH2)0-2NHR●, -(CH2)0-2NR● 2, -NO2, -SiR● 3, -OSiR● 3, -C(O)SR● , -(C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬렌)C(O)OR●, 또는 -SSR●이며, 여기서, 각각의 R●은 비치환되거나, 또는 "할로"가 선행하는 경우, 단지 하나 이상의 할로겐으로 치환되고, 독립적으로 C1-4 지방족, -CH2Ph, -O(CH2)0-1Ph, 및 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 갖는 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리로부터 선택된다. R°의 포화 탄소 원자 상의 적합한 2가 치환체는 =O 및 =S를 포함한다.
예를 들어 적합한 탄소 원자 상의 적합한 2가 치환체는 독립적으로 다음의 것이다: =O, =S, =NNR* 2, =NNHC(O)R*, =NNHC(O)OR*, =NNHS(O)2R*, =NR*, =NOR*, -O(C(R* 2))2-3O-, 또는 -S(C(R* 2))2-3S-(여기서, 각각 독립적으로 존재하는 R*는 수소, 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있는 C1-6 지방족, 및 비치환 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)로부터 선택된다. "선택적으로 치환된" 기의 인접한 치환가능 탄소에 결합되는 적합한 2가 치환체는 다음을 포함한다: -O(CR* 2)2-3O-(여기서, 각각 독립적으로 존재하는 R*는 수소, 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있는 C1-6 지방족, 및 비치환 5~6원 포화, 부분 불포화, 및 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)로부터 선택된다.
R*의 지방족 기 상의 적합한 치환체는 독립적으로 할로겐, -R●, -(할로R●), -OH, -OR●, -O(할로R●), -CN, -C(O)OH, -C(O)OR●, -NH2, -NHR●, -NR● 2, 또는 -NO2이며, 여기서, 각각의 R●는 비치환되거나, 또는 "할로"가 선행하는 경우, 단지 하나 이상의 할로겐으로 치환되고, 독립적으로 C1-4 지방족, -CH2Ph, -O(CH2)0-1Ph, 또는 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)이다.
일부 실시 형태에서, 치환가능 질소 상의 적합한 치환체는 독립적으로 -R†, -NR† 2, -C(O)R†, -C(O)OR†, -C(O)C(O)R†, -C(O)CH2C(O)R†, -S(O)2R†, -S(O)2NR† 2, -C(S)NR† 2, -C(NH)NR† 2, 또는 -N(R†)S(O)2R†이며; 여기서, 각각의 R†는 독립적으로 수소, 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있는 C1-6 지방족, 비치환 -OPh, 또는 비치환 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)이거나, 또는 상기 정의에도 불구하고, 2개의 독립적으로 존재하는 R†는 그의 개재 원자(들)와 함께, 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 갖는 비치환 3~12원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 단환식 또는 이환식 고리를 형성한다.
R†의 지방족 기 상의 적합한 치환체는 독립적으로 할로겐, -R●, -(할로R●), -OH, -OR●, -O(할로R●), -CN, -C(O)OH, -C(O)OR●, -NH2, -NHR●, -NR● 2, 또는 -NO2이며, 여기서, 각각의 R●는 비치환되거나, 또는 "할로"가 선행하는 경우, 단지 하나 이상의 할로겐으로 치환되고, 독립적으로 C1-4 지방족, -CH2Ph, -O(CH2)0-1Ph, 또는 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)이다.
부분 불포화된: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "부분 불포화된"은 적어도 하나의 이중 또는 삼중 결합을 포함하는 고리 모이어티를 지칭한다. 용어 "부분 불포화된"은 본원에 정의된 바와 같이, 다수의 불포화 부위를 갖는 고리를 포함하고자 하지만, 아릴 또는 헤테로아릴 모이어티를 포함하고자 하는 것은 아니다.
제약 조성물: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "제약 조성물"은 하나 이상의 제약상 허용가능한 담체와 함께 제형화된 활성제를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 활성제는 관련 집단에 투여되는 경우 통계적으로 유의한, 소정 치료 효과의 달성 확률을 나타내는 치료 요법에서의 투여에 적절한 양의 단위 용량으로 존재한다. 일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 다음을 위한 것으로 수정된 것을 비롯하여 고체 또는 액체 형태로 투여하기 위한 것으로 특별히 제형화 될 수 있다: 예를 들어, 드렌치(수성 또는 비수성 용액 또는 현탁액), 정제, 예를 들어 협측, 설하, 및 전신 흡수용으로 표적화된 것, 볼루스, 산제, 과립, 혀에의 적용을 위한 페이스트와 같은 경구 투여용; 예를 들어, 살균 용액 또는 현탁액, 또는 서방형 제형으로서, 예를 들어 피하, 근육내, 정맥내 또는 경막외 주사에 의한 비경구 투여용; 예를 들어, 피부, 폐 또는 구강에 적용되는 크림, 연고 또는 제어 방출 패치 또는 스프레이로서의 국소 적용용; 예를 들어 페서리, 크림 또는 폼으로서의 질내 또는 직장내 투여용; 설하 투여용; 눈 투여용; 경피 투여용; 또는 비강, 폐 및 다른 점막 표면 투여용.
제약상 허용가능한: 본원에서 사용되는 바와 같이, "제약상 허용가능한"이라는 어구는 건전한 의학적 판단의 범주 내에서, 합리적인 이익/위험 비에 상응하여, 과도한 독성, 자극, 알러지 반응, 또는 기타 문제 또는 합병증 없이 인간 및 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합한 화합물, 물질, 조성물 및/또는 투여 형태를 지칭한다.
제약상 허용가능한 담체: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "제약상 허용가능한 담체"는 하나의 기관, 또는 신체 일부로부터 또 다른 기관 또는 신체 일부로 대상 화합물을 운반 또는 수송하는 데 관여하는 제약상 허용가능한 물질, 조성물 또는 비히클, 예컨대 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제, 또는 용매 캡슐화 물질을 의미한다. 각각의 담체는 제형의 다른 성분과 상용성이고 환자에게 해롭지 않다는 의미에서 "허용가능"해야 한다. 제약상 허용가능한 담체로서의 역할을 할 수 있는 물질의 일부 예는 다음을 포함한다: 당, 예컨대 락토스, 글루코스 및 수크로스; 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; 셀룰로오스 및 그의 유도체, 예컨대 소듐 카르복시메틸 셀룰로오스, 에틸 셀룰로오스 및 셀룰로오스 아세테이트; 분말형 트래거캔스; 맥아; 젤라틴; 활석; 부형제, 예컨대 코코아 버터 및 좌제 왁스; 오일, 예컨대 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참기름, 올리브유, 옥수수유 및 대두유; 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜; 에스테르, 예컨대 에틸 올레에이트 및 에틸 라우레이트; 한천; 완충제, 예컨대 수산화마그네슘 및 수산화알루미늄; 알긴산; 무발열원 물; 등장 염수; 링거액(Ringer's solution); 에틸 알코올; pH 완충 용액; 폴리에스테르, 폴리카르보네이트 및/또는 폴리언하이드라이드; 및 제약 제형에 이용되는 다른 비독성 상용성 물질.
제약상 허용가능한 염: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "제약상 허용가능한 염"은 의약품 맥락에서 사용하기에 적절한 화합물의 염, 즉, 건전한 의학적 판단의 범주 내에서 과도한 독성, 자극, 알러지 반응 등이 없이 인간 및 더 하등한 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합하고, 합리적인 이익/위험 비에 상응하는 염을 지칭한다. 제약상 허용가능한 염은 본 기술 분야에 잘 알려져 있다. 예를 들어, S. M. Berge 등은 제약상 허용가능한 염을 문헌[J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)]에서 상세히 기술한다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 염산, 브롬화수소산, 인산, 황산 및 과염소산과 같은 무기 산 또는 아세트산, 말레산, 타르타르산, 시트르산, 숙신산 또는 말론산과 같은 유기 산에 의해 형성되거나 또는 이온 교환과 같은 본 기술 분야에서 사용되는 다른 방법을 사용하여 형성된 아미노기의 염인 비독성 산 부가염을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 아디페이트, 알기네이트, 아스코르베이트, 아스파르테이트, 벤젠술포네이트, 벤조에이트, 바이술페이트, 보레이트, 부티레이트, 캄포레이트, 캄포르술포네이트, 시트레이트, 시클로펜탄프로피오네이트, 디글루코네이트, 도데실술페이트, 에탄술포네이트, 포르메이트, 푸마레이트, 글루코헵토네이트, 글리세로포스페이트, 글루코네이트, 헤미술페이트, 헵타노에이트, 헥사노에이트, 히드로요오다이드, 2-히드록시-에탄술포네이트, 락토비오네이트, 락테이트, 라우레이트, 라우릴 술페이트, 말레이트, 말레에이트, 말로네이트, 메탄술포네이트, 2-나프탈렌술포네이트, 니코티네이트, 니트레이트, 올레에이트, 옥살레이트, 팔미테이트, 파모에이트, 펙티네이트, 퍼술페이트, 3-페닐프로피오네이트, 포스페이트, 피크레이트, 피발레이트, 프로피오네이트, 스테아레이트, 숙시네이트, 술페이트, 타르트레이트, 티오시아네이트, p-톨루엔술포네이트, 운데카노에이트, 발레레이트 염 등을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하나 이상의 산성 기, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 제약상 허용가능한 염은 알칼리, 알칼리 토금속, 또는 암모늄(예를 들어, N(R)3의 암모늄 염(여기서, 각각의 R은 독립적으로 정의되며, 본 발명에 기술되어 있음)) 염이다. 대표적인 알칼리 또는 알칼리 토금속 염은 소듐, 리튬, 포타슘, 칼슘, 마그네슘 등을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 소듐 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 포타슘 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 칼슘 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은, 적절한 경우, 할라이드, 히드록시드, 카르복실레이트, 술페이트, 포스페이트, 니트레이트, 1 내지 6개의 탄소 원자를 갖는 알킬, 술포네이트 및 아릴 술포네이트와 같은 반대 이온을 사용하여 형성되는 비독성 암모늄, 4차 암모늄 및 아민 양이온을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하나 초과의 산 기를 포함하고, 예를 들어 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 산성 기를 포함 할 수 있다(예를 들어, 천연 포스페이트 연결 및/또는 변형 뉴클레오티드간 연결에서). 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물의 제약상 허용가능한 염, 또는 일반적으로 염은 동일하거나 상이할 수 있는 2개 이상의 양이온을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염(또는 일반적으로 염)에서, 산성 기에서의 모든 이온화가능한 수소(예를 들어, 약 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3 또는 2 이하, 일부 실시 형태에서 약 7 이하, 일부 실시 형태에서 약 6 이하, 일부 실시 형태에서 약 5 이하, 일부 실시 형태에서 약 4 이하, 일부 실시 형태에서, 약 3 이하의 pKa를 갖는 수용액에서)가 양이온으로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 포스포로티오에이트 및 포스페이트 기는 독립적으로 그의 염 형태(예를 들어, 나트륨 염의 경우, 각각 -O-P(O)(SNa)-O- 및 -O-P(O)(ONa)-O-)로 존재한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 포스포로티오에이트 및 포스페이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 그의 염 형태(예를 들어, 나트륨 염의 경우, 각각 -O-P(O)(SNa)-O- 및 -O-P(O)(ONa)-O-)로 존재한다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 올리고뉴클레오티드의 나트륨 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 각각의 산성 포스페이트 및 변형 포스페이트 기 (예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스페이트 등)가 존재하는 경우 염 형태 (모두 나트륨 염)로 존재하는 올리고뉴클레오티드의 나트륨 염이다.
미리 결정된: 미리 결정된(또는 미리-결정된)이라는 것은, 예를 들어 무작위로 일어나는, 무작위의, 또는 제어 없이 달성되는 것과는 대조적으로, 고의로 선택되거나 비-무작위이거나 제어됨을 의미한다. 당업자라면, 본 명세서를 읽고서 본 개시 내용이 특정 화학 및/또는 입체화학 특징을 선택하여 올리고뉴클레오티드 조성물 내에 포함시키는 것을 가능하게 하는 기술을 제공하며, 추가로 이러한 화학 및/또는 입체화학 특징을 갖는 올리고뉴클레오티드 조성물의 제어된 제조를 가능하게 함을 이해할 것이다. 이러한 제공된 조성물은 본원에 기술된 바와 같이 "미리 결정된" 것이다. 특정 올리고뉴클레오티드를 함유할 수 있는 조성물은 특정 화학 및/또는 입체화학 특징을 의도적으로 생성하도록 제어되는 것이 아닌 공정을 통해 우연히 생성되었기 때문에 "미리 결정된" 조성물이 아니다. 일부 실시 형태에서, 미리 결정된 조성물은 의도적으로 재현될 수 있는 조성물이다(예를 들어, 제어된 공정의 반복을 통해). 일부 실시 형태에서, 조성물 중 미리 결정된 수준의 복수의 올리고뉴클레오티드는 조성물 중 복수의 올리고뉴클레오티드의 절대적인 양 및/또는 상대적인 양(비, 백분율 등)이 제어됨을 의미한다. 일부 실시 형태에서, 조성물 중 미리 결정된 수준의 복수의 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 제조를 통하여 달성된다.
보호기: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "보호기"는 본 기술 분야에 잘 알려져 있으며, 문헌[Protecting Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 3rd edition, John Wiley & Sons, 1999]에 상세하게 기술된 것을 포함하는데, 상기 문헌 전체는 본원에 참고로 포함된다. 문헌[Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, edited by Serge L. Beaucage et al. 06/2012](제2장 전체가 본원에 참고로 포함됨)에 기술된 뉴클레오시드 및 뉴클레오티드 화학을 위하여 특별히 수정된 보호기가 또한 포함된다. 적합한 아미노-보호기는 메틸 카르바메이트, 에틸 카르바만트, 9-플루오레닐메틸 카르바메이트(Fmoc), 9-(2-술포)플루오레닐메틸 카르바메이트, 9-(2,7-디브로모)플루오로에닐메틸 카르바메이트, 2,7-디-t-부틸-[9-(10,10-디옥소-10,10,10,10-테트라히드로티옥산틸)]메틸 카르바메이트(DBD-Tmoc), 4-메톡시페나실 카르바메이트(Phenoc), 2,2,2-트리클로로에틸 카르바메이트(Troc), 2-트리메틸실릴에틸 카르바메이트(Teoc), 2-페닐에틸 카르바메이트(hZ), 1-(1-아다만틸)-1-메틸에틸 카르바메이트(Adpoc), 1,1-디메틸-2-할로에틸 카르바메이트, 1,1-디메틸-2,2-디브로모에틸 카르바메이트(DB-t-BOC), 1,1-디메틸-2,2,2-트리클로로에틸 카르바메이트(TCBOC), 1-메틸-1-(4-바이페닐릴)에틸 카르바메이트(Bpoc), 1-(3,5-디-t-부틸페닐)-1-메틸에틸 카르바메이트(t-Bumeoc), 2-(2'- 및 4'-피리딜)에틸 카르바메이트(Pyoc), 2-(N,N-디시클로헥실카르복사미도)에틸 카르바메이트, t-부틸 카르바메이트(BOC), 1-아다만틸 카르바메이트(Adoc), 비닐 카르바메이트(Voc), 알릴 카르바메이트(Alloc), 1-이소프로필알릴 카르바메이트(Ipaoc), 신나밀 카르바메이트(Coc), 4-니트로신나밀 카르바메이트(Noc), 8-퀴놀릴 카르바메이트, N-히드록시피페리디닐 카르바메이트, 알킬디티오 카르바메이트, 벤질 카르바메이트(Cbz), p-메톡시벤질 카르바메이트(Moz), p-니토벤질 카르바메이트, p-브로모벤질 카르바메이트, p-클로로벤질 카르바메이트, 2,4-디클로로벤질 카르바메이트, 4-메틸술피닐벤질 카르바메이트(Msz), 9-안트릴메틸 카르바메이트, 디페닐메틸 카르바메이트, 2-메틸티오에틸 카르바메이트, 2-메틸술포닐에틸 카르바메이트, 2-(p-톨루엔술포닐)에틸 카르바메이트, [2-(1,3-디티아닐)]메틸 카르바메이트(Dmoc), 4-메틸티오페닐 카르바메이트(Mtpc), 2,4-디메틸티오페닐 카르바메이트(Bmpc), 2-포스포니오에틸 카르바메이트(Peoc), 2-트리페닐포스포니오이소프로필 카르바메이트(Ppoc), 1,1-디메틸-2-시아노에틸 카르바메이트, m-클로로-p-아실옥시벤질 카르바메이트, p-(디히드록시보릴)벤질 카르바메이트, 5-벤즈이속사졸릴메틸 카르바메이트, 2-(트리플루오로메틸)-6-크로모닐메틸 카르바메이트(Tcroc), m-니트로페닐 카르바메이트, 3,5-디메톡시벤질 카르바메이트, o-니트로벤질 카르바메이트, 3,4-디메톡시-6-니트로벤질 카르바메이트, 페닐(o-니트로페닐)메틸 카르바메이트, 페노티아지닐-(10)-카르보닐 유도체, N'-p-톨루엔술포닐아미노카르보닐 유도체, N'-페닐아미노티오카르보닐 유도체, t-아밀 카르바메이트, S-벤질 티오카르바메이트, p-시아노벤질 카르바메이트, 시클로부틸 카르바메이트, 시클로헥실 카르바메이트, 시클로펜틸 카르바메이트, 시클로프로필메틸 카르바메이트, p-데실옥시벤질 카르바메이트, 2,2-디메톡시카르보닐비닐 카르바메이트, o-(N,N-디메틸카르복사미도)벤질 카르바메이트, 1,1-디메틸-3-(N,N-디메틸카르복사미도)프로필 카르바메이트, 1,1-디메틸프로피닐 카르바메이트, 디(2-피리딜)메틸 카르바메이트, 2-푸라닐메틸 카르바메이트, 2-요오도에틸 카르바메이트, 이소보르닐 카르바메이트, 이소부틸 카르바메이트, 이소니코티닐 카르바메이트, p-(p'-메톡시페닐아조)벤질 카르바메이트, 1-메틸시클로부틸 카르바메이트, 1-메틸시클로헥실 카르바메이트, 1-메틸-1-시클로프로필메틸 카르바메이트, 1-메틸-1-(3,5-디메톡시페닐)에틸 카르바메이트, 1-메틸-1-(p-페닐아조페닐)에틸 카르바메이트, 1-메틸-1-페닐에틸 카르바메이트, 1-메틸-1-(4-피리딜)에틸 카르바메이트, 페닐 카르바메이트, p-(페닐아조)벤질 카르바메이트, 2,4,6-트리-t-부틸페닐 카르바메이트, 4-(트리메틸암모늄)벤질 카르바메이트, 2,4,6-트리메틸벤질 카르바메이트, 포름아미드, 아세트아미드, 클로로아세트아미드, 트리클로로아세트아미드, 트리플루오로아세트아미드, 페닐아세트아미드, 3-페닐프로판아미드, 피콜린아미드, 3-피리딜카르복스아미드, N-벤조일페닐알라닐 유도체, 벤즈아미드, p-페닐벤즈아미드, o-니토페닐아세트아미드, o-니트로페녹시아세트아미드, 아세토아세트아미드, (N'-디티오벤질옥시카르보닐아미노)아세트아미드, 3-(p-히드록시페닐)프로판아미드, 3-(o-니트로페닐)프로판아미드, 2-메틸-2-(o-니트로페녹시)프로판아미드, 2-메틸-2-(o-페닐아조페녹시)프로판아미드, 4-클로로부탄아미드, 3-메틸-3-니트로부탄아미드, o-니트로신나미드, N-아세틸메티오닌 유도체, o-니트로벤즈아미드, o-(벤조일옥시메틸)벤즈아미드, 4,5-디페닐-3-옥사졸린-2-온, N-프탈이미드, N-디티아숙신이미드(Dts), N-2,3-디페닐말레이미드, N-2,5-디메틸피롤, N-1,1,4,4-테트라메틸디실릴아자시클로펜탄 부가물(STABASE), 5-치환 1,3-디메틸-1,3,5-트리아자시클로헥산-2-온, 5-치환 1,3-디벤질-1,3,5-트리아자시클로헥산-2-온, 1-치환 3,5-디니트로-4-피리돈, N-메틸아민, N-알릴아민, N-[2-(트리메틸실릴)에톡시]메틸아민(SEM), N-3-아세톡시프로필아민, N-(1-이소프로필-4-니트로-2-옥소-3-피롤린-3-일)아민, 4차 암모늄 염, N-벤질아민, N-디(4-메톡시페닐)메틸아민, N-5-디벤조수베릴아민, N-트리페닐메틸아민(Tr), N-[(4-메톡시페닐)디페닐메틸]아민(MMTr), N-9-페닐플루오레닐아민(PhF), N-2,7-디클로로-9-플루오레닐메틸렌아민, N-페로세닐메틸아미노(Fcm), N-2-피콜릴아미노 N'-옥시드, N-1,1-디메틸티오메틸렌아민, N-벤질리덴아민, N-p-메톡시벤질리덴아민, N-디페닐메틸렌아민, N-[(2-피리딜)메시틸]메틸렌아민, N-(N',N'-디메틸아미노메틸렌)아민, N,N'-이소프로필리덴디아민, N-p-니트로벤질리덴아민, N-살리실리덴아민, N-5-클로로살리실리덴아민, N-(5-클로로-2-히드록시페닐)페닐메틸렌아민, N-시클로헥실리덴아민, N-(5,5-디메틸-3-옥소-1-시클로헥세닐)아민, N-보란 유도체, N-디페닐보린산 유도체, N-[페닐(펜타카르보닐크로뮴- 또는 텅스텐)카르보닐]아민, N-구리 킬레이트, N-아연 킬레이트, N-니트로아민, N-니트로소아민, 아민 N-옥시드, 디페닐포스핀아미드(Dpp), 디메틸티오포스핀아미드(Mpt), 디페닐티오포스핀아미드(Ppt), 디알킬 포스포르아미데이트, 디벤질 포스포르아미데이트, 디페닐 포스포르아미데이트, 벤젠술펜아미드, o-니트로벤젠술펜아미드(Nps), 2,4-디니트로벤젠술펜아미드, 펜타클로로벤젠술펜아미드, 2-니트로-4-메톡시벤젠술펜아미드, 트리페닐메틸술펜아미드, 3-니트로피리딘술펜아미드(Npys), p-톨루엔술폰아미드(Ts), 벤젠술폰아미드, 2,3,6,-트리메틸-4-메톡시벤젠술폰아미드(Mtr), 2,4,6-트리메톡시벤젠술폰아미드(Mtb), 2,6-디메틸-4-메톡시벤젠술폰아미드(Pme), 2,3,5,6-테트라메틸-4-메톡시벤젠술폰아미드(Mte), 4-메톡시벤젠술폰아미드(Mbs), 2,4,6-트리메틸벤젠술폰아미드(Mts), 2,6-디메톡시-4-메틸벤젠술폰아미드(iMds), 2,2,5,7,8-펜타메틸크로만-6-술폰아미드(Pmc), 메탄술폰아미드(Ms), β-트리메틸실릴에탄술폰아미드(SES), 9-안트라센술폰아미드, 4-(4',8'-디메톡시나프틸메틸)벤젠술폰아미드(DNMBS), 벤질술폰아미드, 트리플루오로메틸술폰아미드, 및 페나실술폰아미드를 포함한다.
적합하게 보호된 카르복실산은 추가로 실릴-, 알킬-, 알케닐-, 아릴-, 및 아릴알킬-보호된 카르복실산을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 적합한 실릴 기의 예는 트리메틸실릴, 트리에틸실릴, t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 트리이소프로필실릴 등을 포함한다. 적합한 알킬 기의 예는 메틸, 벤질, p-메톡시벤질, 3,4-디메톡시벤질, 트리틸, t-부틸, 테트라히드로피란-2-일을 포함한다. 적합한 알케닐 기의 예는 알릴을 포함한다. 적합한 아릴 기의 예는 선택적으로 치환된 페닐, 바이페닐, 또는 나프틸을 포함한다. 적합한 아릴알킬 기의 예는 선택적으로 치환된 벤질(예를 들어, p-메톡시벤질(MPM), 3,4-디메톡시벤질, O-니트로벤질, p-니트로벤질, p-할로벤질, 2,6-디클로로벤질, p-시아노벤질), 및 2- 및 4-피콜릴을 포함한다.
적합한 히드록실 보호기는 메틸, 메톡실메틸(MOM), 메틸티오메틸(MTM), t-부틸티오메틸, (페닐디메틸실릴)메톡시메틸(SMOM), 벤질옥시메틸(BOM), p-메톡시벤질옥시메틸(PMBM), (4-메톡시페녹시)메틸(p-AOM), 과이어콜메틸(GUM), t-부톡시메틸, 4-펜테닐옥시메틸(POM), 실록시메틸, 2-메톡시에톡시메틸(MEM), 2,2,2-트리클로로에톡시메틸, 비스(2-클로로에톡시)메틸, 2-(트리메틸실릴)에톡시메틸(SEMOR), 테트라히드로피라닐(THP), 3-브로모테트라히드로피라닐, 테트라히드로티오피라닐, 1-메톡시시클로헥실, 4-메톡시테트라히드로피라닐(MTHP), 4-메톡시테트라히드로티오피라닐, 4-메톡시테트라히드로티오피라닐 S,S-디옥시드, 1-[(2-클로로-4-메틸)페닐]-4-메톡시피페리딘-4-일(CTMP), 1,4-디옥산-2-일, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로티오푸라닐, 2,3,3a,4,5,6,7,7a-옥타히드로-7,8,8-트리메틸-4,7-메타노벤조푸란-2-일, 1-에톡시에틸, 1-(2-클로로에톡시)에틸, 1-메틸-1-메톡시에틸, 1-메틸-1-벤질옥시에틸, 1-메틸-1-벤질옥시-2-플루오로에틸, 2,2,2-트리클로로에틸, 2-트리메틸실릴에틸, 2-(페닐셀레닐)에틸, t-부틸, 알릴, p-클로로페닐, p-메톡시페닐, 2,4-디니트로페닐, 벤질, p-메톡시벤질, 3,4-디메톡시벤질, o-니트로벤질, p-니트로벤질, p-할로벤질, 2,6-디클로로벤질, p-시아노벤질, p-페닐벤질, 2-피콜릴, 4-피콜릴, 3-메틸-2-피콜릴 N-옥시도, 디페닐메틸, p,p'-디니트로벤즈히드릴, 5-디벤조수베릴, 트리페닐메틸, α-나프틸디페닐메틸, p-메톡시페닐디페닐메틸, 디(p-메톡시페닐)페닐메틸, 트리(p-메톡시페닐)메틸, 4-(4'-브로모페나실옥시페닐)디페닐메틸, 4,4',4''-트리스(4,5-디클로로프탈이미도페닐)메틸, 4,4',4''-트리스(레불리노일옥시페닐)메틸, 4,4',4''-트리스(벤조일옥시페닐)메틸, 3-(이미다졸-1-일)비스(4',4''-디메톡시페닐)메틸, 1,1-비스(4-메톡시페닐)-1'-피레닐메틸, 9-안트릴, 9-(9-페닐)잔테닐, 9-(9-페닐-10-옥소)안트릴, 1,3-벤조디티올란-2-일, 벤즈이소티아졸릴 S,S-디옥시도, 트리메틸실릴(TMS), 트리에틸실릴(TES), 트리이소프로필실릴(TIPS), 디메틸이소프로필실릴(IPDMS), 디에틸이소프로필실릴(DEIPS), 디메틸텍실실릴, t-부틸디메틸실릴(TBDMS), t-부틸디페닐실릴(TBDPS), 트리벤질실릴, 트리-p-자일릴실릴, 트리페닐실릴, 디페닐메틸실릴(DPMS), t-부틸메톡시페닐실릴(TBMPS), 포르메이트, 벤조일포르메이트, 아세테이트, 클로로아세테이트, 디클로로아세테이트, 트리클로로아세테이트, 트리플루오로아세테이트, 메톡시아세테이트, 트리페닐메톡시아세테이트, 페녹시아세테이트, p-클로로페녹시아세테이트, 3-페닐프로피오네이트, 4-옥소펜타노에이트(레불리네이트), 4,4-(에틸렌디티오)펜타노에이트(레불리노일디티오아세탈), 피발로에이트, 아다만토에이트, 크로토네이트, 4-메톡시크로토네이트, 벤조에이트, p-페닐벤조에이트, 2,4,6-트리메틸벤조에이트(메시토에이트), 알킬 메틸 카르보네이트, 9-플루오레닐메틸 카르보네이트(Fmoc), 알킬 에틸 카르보네이트, 알킬 2,2,2-트리클로로에틸 카르보네이트(Troc), 2-(트리메틸실릴)에틸 카르보네이트(TMSEC), 2-(페닐술포닐) 에틸 카르보네이트(Psec), 2-(트리페닐포스포니오) 에틸 카르보네이트(Peoc), 알킬 이소부틸 카르보네이트, 알킬 비닐 카르보네이트 알킬 알릴 카르보네이트, 알킬 p-니트로페닐 카르보네이트, 알킬 벤질 카르보네이트, 알킬 p-메톡시벤질 카르보네이트, 알킬 3,4-디메톡시벤질 카르보네이트, 알킬 o-니트로벤질 카르보네이트, 알킬 p-니트로벤질 카르보네이트, 알킬 S-벤질 티오카르보네이트, 4-에톡시-1-나프트틸 카르보네이트, 메틸 디티오카르보네이트, 2-요오도벤조에이트, 4-아지도부티레이트, 4-니트로-4-메틸펜타노에이트, o-(디브로모메틸)벤조에이트, 2-포르밀벤젠술포네이트, 2-(메틸티오메톡시)에틸, 4-(메틸티오메톡시)부티레이트, 2-(메틸티오메톡시메틸)벤조에이트, 2,6-디클로로-4-메틸페녹시아세테이트, 2,6-디클로로-4-(1,1,3,3-테트라메틸부틸)페녹시아세테이트, 2,4-비스(1,1-디메틸프로필)페녹시아세테이트, 클로로디페닐아세테이트, 이소부티레이트, 모노숙시노에이트, (E)-2-메틸-2-부테노에이트, o-(메톡시카르보닐)벤조에이트, α-나프토에이트, 니트레이트, 알킬 N,N,N',N'-테트라메틸포스포로디아미데이트, 알킬 N-페닐카르바메이트, 보레이트, 디메틸포스피노티오일, 알킬 2,4-디니트로페닐술페네이트, 술페이트, 메탄술포네이트(메실레이트), 벤질술포네이트, 및 토실레이트(Ts)를 포함한다. 1,2- 또는 1,3-디올의 보호를 위하여, 보호기는 메틸렌 아세탈, 에틸리덴 아세탈, 1-t-부틸에틸리덴 케탈, 1-페닐에틸리덴 케탈, (4-메톡시페닐)에틸리덴 아세탈, 2,2,2-트리클로로에틸리덴 아세탈, 아세토니드, 시클로펜틸리덴 케탈, 시클로헥실리덴 케탈, 시클로헵틸리덴 케탈, 벤질리덴 아세탈, p-메톡시벤질리덴 아세탈, 2,4-디메톡시벤질리덴 케탈, 3,4-디메톡시벤질리덴 아세탈, 2-니트로벤질리덴 아세탈, 메톡시메틸렌 아세탈, 에톡시메틸렌 아세탈, 디메톡시메틸렌 오르토 에스테르, 1-메톡시에틸리덴 오르토 에스테르, 1-에톡시에틸리딘 오르토 에스테르, 1,2-디메톡시에틸리덴 오르토 에스테르, α-메톡시벤질리덴 오르토 에스테르, 1-(N,N-디메틸아미노)에틸리덴 유도체, α-(N,N'-디메틸아미노)벤질리덴 유도체, 2-옥사시클로펜틸리덴 오르토 에스테르, 디-t-부틸실릴렌 기(DTBS), 1,3-(1,1,3,3-테트라이소프로필디실록사닐리덴) 유도체(TIPDS), 테트라-t-부톡시디실록산-1,3-디일리덴 유도체(TBDS), 환형 카르보네이트, 환형 보로네이트, 에틸 보로네이트, 및 페닐 보로네이트를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 히드록실 보호기는 아세틸, t-부틸, t부톡시메틸, 메톡시메틸, 테트라히드로피라닐, 1 -에톡시에틸, 1-(2-클로로에톡시)에틸, 2- 트리메틸실릴에틸, p-클로로페닐, 2,4-디니트로페닐, 벤질, 벤조일, p-페닐벤조일, 2,6-디클로로벤질, 디페닐메틸, p-니트로벤질, 트리페닐메틸 (트리틸), 4,4'-디메톡시트리틸, 트리메틸실릴, 트리에틸실릴, t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 트리페닐실릴, 트리이소프로필실릴, 벤조일포르메이트, 클로로아세틸, 트리클로로아세틸, 트리피우오로아세틸, 피발로일, 9- 플루오레닐메틸 카르보네이트, 메실레이트, 토실레이트, 트리플레이트, 트리틸, 모노메톡시트리틸(MMTr), 4,4'-디메톡시트리틸(DMTr) 및 4,4',4''-트리메톡시트리틸(TMTr), 2-시아노에틸(CE 또는 Cne), 2-(트리메틸실릴)에틸(TSE), 2-(2-니트로페닐)에틸, 2-(4-시아노페닐)에틸 2-(4-니트로페닐)에틸(NPE), 2-(4-니트로페닐술포닐)에틸, 3,5-디클로로페닐, 2,4-디메틸페닐, 2-니트로페닐, 4-니트로페닐, 2,4,6-트리메틸페닐, 2-(2-니트로페닐)에틸, 부틸티오카르보닐, 4,4',4''-트리스(벤조일옥시)트리틸, 디페닐카르바모일, 레불리닐, 2-(디브로모메틸)벤조일(Dbmb), 2-(이소프로필티오메톡시메틸)벤조일(Ptmt), 9-페닐잔텐-9-일(pixyl) 또는 9-(p-메톡시페닐)잔틴-9-일(MOX)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 히드록실 보호기는 독립적으로 아세틸, 벤질, t- 부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴 및 4,4'-디메톡시트리틸로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 히드록실 보호기는 트리틸, 모노메톡시트리틸 및 4,4'-디메톡시트리틸 기로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 인 연결 보호기는 올리고뉴클레오티드 합성 전체에 걸쳐 인 연결(예를 들어, 뉴클레오티드간 연결)에 부착되어 있는 기이다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 포스포로티오에이트 기의 황 원자에 부착된다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 뉴클레오티드간 포스포로티오에이트 연결의 산소 원자에 부착된다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 뉴클레오티드간 포스페이트 연결의 산소 원자에 부착된다. 일부 실시 형태에서 보호기는 2-시아노에틸(CE 또는 Cne), 2-트리메틸실릴에틸, 2-니트로에틸, 2-술포닐에틸, 메틸, 벤질, o-니트로벤질, 2-(p-니트로페닐)에틸(NPE 또는 Npe), 2-페닐에틸, 3-(N-tert-부틸카르복스아미도)-1-프로필, 4-옥소펜틸, 4-메틸티오-l-부틸, 2-시아노-1,1-디메틸에틸, 4-N-메틸아미노부틸, 3-(2-피리딜)-1-프로필, 2-[N-메틸-N-(2-피리딜)]아미노에틸, 2-(N-포르밀,N-메틸)아미노에틸, 또는 4-[N-메틸-N-(2,2,2-트리플루오로아세틸)아미노]부틸이다.
실질적으로: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "실질적으로"는 관심있는 특징 또는 특성의 전체 또는 거의 전체의 범위 또는 정도를 나타내는 정성적 상태를 지칭한다. 제2 서열에 실질적으로 상보성 염기 서열은 제2 서열과 동일하지 않지만, 제2 서열과 대부분 동일하거나 또는 거의 동일하다. 게다가, 생물학 및/또는 화학 분야의 통상의 기술자는 생물학적 및 화학적 현상이 완료되는 경우가 거의 없고/없거나 완전성을 달성하거나 절대 결과를 달성 또는 회피하는 경우가 거의 없다는 것을 이해할 것이다. 따라서 용어 "실질적으로"는 많은 생물학적 및/또는 화학적 현상에 내재된 완전성의 잠재적 결핍을 포착하기 위해 본원에서 사용된다.
당: 용어 "당"은 폐쇄 및/또는 개방 형태의 단당류 또는 다당류를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 당은 단당류이다. 일부 실시 형태에서, 당은 다당류이다. 당은 리보스, 데옥시리보스, 펜토푸라노스, 펜토피라노스 및 헥소피라노스 모이어티를 포함하지만 이에 한정되지 않는다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "당"은 또한 통상적인 당 분자 대신 사용되는 구조적 유사체, 예컨대 글리콜(이의 중합체는 핵산 유사체의 백본을 형성함), 글리콜 핵산("GNA") 등을 포함한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "당"은 또한 천연 발생 또는 천연 비-발생 뉴클레오티드 대신 사용되는 구조적 유사체, 예컨대 변형된 당 및 뉴클레오티드 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 당은 RNA 또는 DNA 당(리보스 또는 데옥시리보스)이다. 일부 실시 형태에서, 당은 변형된 리보스 또는 데옥시리보스 당, 예를 들어 2'-변형된 것, 5'-변형된 것 등이다. 본원에 기술된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및/또는 핵산에 사용될 때, 변형된 당은 하나 이상의 원하는 특성, 활성 등을 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 리보스 또는 데옥시리보스이다. 일부 실시 형태에서, "당"은 올리고뉴클레오티드 또는 핵산 내의 당 단위를 지칭한다.
걸리기 쉬운: 질환, 장애 및/또는 병태에 "걸리기 쉬운" 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태의 발병 위험이 일반 대중 구성원보다 더 높은 개체이다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태를 갖는 성향이 있다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태가 진단된 적이 없을 수 있다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태의 증상을 나타낼 수 있다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태의 증상을 나타내지 않을 수 있다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태가 발병할 것이다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태가 발병하지 않을 것이다.
치료제: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료제"는 일반적으로, 대상체에게 투여되는 경우 원하는 효과(예를 들어, 원하는 생물학적, 임상적 또는 약리학적 효과)를 초래하는 임의의 에이전트를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 에이전트는 적절한 집단에 걸쳐 통계적으로 유의한 효과를 나타내는 경우 치료제로 간주된다. 일부 실시 형태에서, 적절한 집단은 질환, 장애 또는 병태를 앓고 있고/있거나 이에 걸리기 쉬운 대상체의 집단이다. 일부 실시 형태에서, 적절한 집단은 모델 유기체의 집단이다. 일부 실시 형태에서, 적절한 집단은 연령 군, 성별, 유전적 배경, 기존 임상 상태, 요법에 대한 사전 노출과 같은 하나 이상의 기준에 의해 정의될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 치료제는 유효량으로 대상체에게 투여되는 경우 대상체에서 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징을 경감시키고/시키거나, 개선시키고/시키거나, 완화시키고/시키거나, 억제하고/하거나, 예방하고/하거나, 이의 발병을 지연시키고/시키거나, 이의 중증도를 감소시키고/시키거나 이의 발생을 감소시키는 물질이다. 일부 실시 형태에서, "치료제"는 인간에게의 투여용으로 판매될 수 있기 전에 정부 기관에 의해 승인되었거나 승인을 받아야 할 필요가 있는 에이전트이다. 일부 실시 형태에서, "치료제"는 인간에게 투여하기 위해 의학적 처방이 필요한 에이전트이다. 일부 실시 형태에서, 치료제는 제공된 화합물, 예를 들어 제공된 올리고뉴클레오티드이다.
치료적 유효량: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료적 유효량"은 치료 요법의 일부로서 투여되는 경우 원하는 생물학적 반응을 유발하는 물질(예를 들어, 치료제, 조성물 및/또는 제형)의 양을 의미한다. 일부 실시 형태에서, 물질의 치료적 유효량은 질환, 장애 및/또는 병태를 앓고 있거나 이것에 걸리기 쉬운 대상체에게 투여되는 경우 그 질환, 장애 및/또는 병태의 치료, 진단, 예방 및/또는 발병 지연에 충분한 양이다. 당업자에게 이해되는 바와 같이, 물질의 유효량은 원하는 생물학적 종점, 전달될 물질, 표적 세포 또는 조직 등과 같은 요인에 따라 달라질 수 있다.예를 들어, 질환, 장애 및/또는 병태를 치료하기 위한 제형 중 화합물의 유효량은 그 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징을 경감시키고/시키거나, 개선시키고/시키거나, 완화시키고/시키거나, 억제하고/하거나, 예방하고/하거나, 발병을 지연시키고/시키거나, 중증도를 감소시키고/시키거나 발생을 감소시키는 양이다. 일부 실시 형태에서, 치료적 유효량은 단회 용량으로 투여되며; 일부 실시 형태에서, 다회 단위 용량이 치료적 유효량 전달에 필요하다.
치료하다: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료하다", "치료", 또는 "치료하는"은 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징의 부분적이거나 완전한 경감, 개선, 완화, 억제, 예방, 발병 지연, 중증도 감소 및/또는 발생 감소에 사용되는 임의의 방법을 지칭한다. 치료제는 질환, 장애 및/또는 병태의 징후를 나타내지 않는 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 치료제는 예를 들어 질환, 장애 및/또는 병태와 관련된 병상의 발생 위험을 감소시키기 위해 질환, 장애 및/또는 병태의 초기 징후만을 나타내는 대상체에게 투여될 수 있다.
불포화된: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "불포화된"은 모이어티가 하나 이상의 불포화 단위를 가짐을 의미한다.
2. 특정 실시 형태의 상세한 설명
특히, 본 발명은 예상치 못하게 개선된 조 순도 및 수율로 올리고뉴클레오티드 조성물, 특히 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제조하는 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 제품 비용을 극적으로 감소시킬 수 있고, 일부 실시 형태에서, 임상 용도 및 상업화를 위해 상업적으로 허용가능한 조건, 예를 들어 비용, 순도, 수율 등에서 치료용 올리고뉴클레오티드의 대량 생산을 가능하게 한다. 당업자에게 이해되는 바와 같이, 제공된 기술은 염기 서열, 화학적/입체화학적 변형, 활성 모드, 키랄 보조제 등과 무관하게 다양한 올리고뉴클레오티드의 조성물의 제조를 가능하게 한다. 제공된 기술의 예시적인 실시 형태가 본원에 기술되어 있다.
올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 조성물
일부 실시 형태에서, 제공된 기술의 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 다양한 단계의 생성물 올리고뉴클레오티드 조성물, 최종 올리고뉴클레오티드 조성물 등은 키랄 제어 올리고 뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술의 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 다양한 단계의 생성물 올리고뉴클레오티드, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 등은 하기 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하기 화학식 O-I 또는 이의 염이다:
[화학식 O-I]
Figure pct00011
여기서,
R5s는 독립적으로 R' 또는 -OR'이며;
각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌, -C≡C-, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
각각의 -Cy-는 독립적으로, C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
각각의 CyL은 독립적으로, C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
각각의 고리 As는 독립적으로 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리(0~10개의 헤테로원자를 가짐)이며;
각각의 Rs는 독립적으로 -H, 할로겐, -CN, -N3, -NO, -NO2, -Ls-R', -Ls-Si(R')3, -Ls-OR', -Ls-SR', -Ls-N(R')2, -O-Ls-R', -O-Ls-Si(R)3, -O-Ls-OR', -O-Ls-SR', 또는 -O-Ls-N(R')2이며;
각각의 t는 독립적으로 0~20이며;
각각의 BA는 독립적으로, C1-30 지환족, C6-30 아릴, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C3-30 헤테로시클릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형된 핵염기 모이어티로부터 선택되는, 선택적 치환 기이며;
각각의 LP는 독립적으로 뉴클레오티드간 연결이며;
z는 1~1000이며;
L3E는 -Ls- 또는 -Ls-Ls-이며;
R3E는 -R', -Ls-R', -OR', 또는 지지체이며;
각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -C(O)OR, 또는 -S(O)2R이며;
각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다.
일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 다음을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물이다:
1) 공통 염기 서열;
2) 공통 백본 연결 패턴;
3) 독립적으로 하나 이상의, 예를 들어 약 1~50개(예를 들어, 약 5~50, 약 10~50, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결("키랄 제어 뉴클레오티드간 연결")에서의 공통 입체화학
(상기 조성물은, 조성물 중 상기 복수의 올리고뉴클레오티드의 수준이 미리 결정된 것이라는 점에서 키랄 제어된 것임).
일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 다음에 의해 정의되는 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 것이다:
1) 염기 서열;
2) 백본 연결 패턴;
3) 백본 키랄 중심 패턴; 및
4) 백본 인 변형 패턴
(상기 조성물은, 조성물 중 상기 복수의 올리고뉴클레오티드의 수준이 미리 결정된 것이라는 점에서 키랄 제어된 것임).
일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 다음을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물이다:
1) 공통 염기 서열;
2) 공통 백본 연결 패턴; 및
3) 공통 백본 키랄 중심 패턴(상기 조성물은, 조성물 중의 미리 결정된 수준의 올리고뉴클레오티드들이 공통 염기 서열 및 길이, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 키랄 중심 패턴을 갖는다는 점에서 단일 올리고뉴클레오티드의 실질적으로 순수한 제제임).
일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 염기 서열을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 백본 연결 패턴을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이다.
일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 ((DS)Nc*100)% 이상은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 1~30개의 비-천연 뉴클레오티드간 연결(-O-P(O)(OH)-O- 또는 이의 염 형태가 아님)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 2~30개의 비-천연 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5~30개의 비-천연 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 10~30개의 비-천연 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 1~30개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 2~30개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5~30개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 10~30개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 1개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 2개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 3개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 4개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 6개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 7개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 8개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 9개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 10개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 11개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 12개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 13개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 14개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 15개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 16개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 17개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 18개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 19개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 20개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1~100%가 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 연결 인을 포함함)의 약 1~100%가 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 5%~100%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 하나 이상의 절편(예를 들어, 5'-윙 영역, 코어 윙, 3'-윙 영역)에서 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 일부 또는 전부가 연속적이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 하나 이상의 절편(예를 들어, 5'-윙 영역, 코어 윙, 3'-윙 영역)에서 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이 연속적이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 1~30개의 천연 포스페이트 연결(-O-P(O)(OH)-O- 또는 이의 염 형태가 아님)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는, 천연 포스페이트 연결, 또는 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(본원에 기술된 바와 같음)에 더하여, 추가로 1~30개의 천연 포스페이트 연결(-O-P(O)(OH)-O- 또는 이의 염 형태가 아님)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 2~30개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5~30개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 10~30개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 1개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 2개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 3개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 4개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 6개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 7개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 8개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 9개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 10개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 11개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 12개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 13개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 14개의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 15개의 천연 포스페이트 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 16개의 천연 포스페이트 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 17개의 천연 포스페이트 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 18개의 천연 포스페이트 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 19개의 천연 포스페이트 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 20개의 천연 포스페이트 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1~100%가 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1~99%가 천연 포스페이트 연결이며, 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1~99%가 비-천연 뉴클레오티드간 연결이다(예를 들어, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결은 비-천연 뉴클레오티드간 연결임). 일부 실시 형태에서, 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1~99%가 천연 포스페이트 연결이며, 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1~99%가 키랄 뉴클레오티드간 연결이다(예를 들어, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결임). 일부 실시 형태에서, 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1~99%가 천연 포스페이트 연결이며, 모든 뉴클레오티드간 연결의 약 1~99%가 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 뉴클레오티드간 연결이다(예를 들어, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어됨). 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 5%~100%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 비-천연 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태는 비-천연 뉴클레오티드간 연결(-O-P(O)(OH)-O- 또는 이의 염 형태가 아님)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 연결은 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태는 천연 포스페이트 연결이 아니다(-O-P(O)(OH)-O- 또는 이의 염 형태가 아님). 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어 포스페이트 연결은 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태는 천연 포스페이트 연결이 아니다(-O-P(O)(OH)-O- 또는 이의 염 형태가 아님). 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 하나 이상의 절편(예를 들어, 5'-윙 영역, 코어 윙, 3'-윙 영역)에서 천연 포스페이트 연결의 일부 또는 전부가 연속적이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 하나 이상의 절편(예를 들어, 5'-윙 영역, 코어 윙, 3'-윙 영역)에서 모든 천연 포스페이트 연결이 연속적이다.
일부 실시 형태에서, 비-천연 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결 또는 이의 염 형태(-O-P(O)(SH)-O- 또는 이의 염 형태)이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결 또는 이의 염 형태(-O-P(O)(SH)-O- 또는 이의 염 형태)이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결 또는 이의 염 형태(-O-P(O)(SH)-O- 또는 이의 염 형태)이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5~200, 5~150, 5~100, 5~50, 5~40, 5~35, 5~30, 5~25, 10~200, 10~150, 10~100, 10~50, 10~40, 10~35, 10~30, 10~25, 15~200, 15~150, 15~100, 15~50, 15~40, 15~35, 15~30, 또는 15~25개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 15개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 16개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 17개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 18개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 19개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 20개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 21개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 22개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 23개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 24개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 25개의 핵염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 아데닌, 시토신, 구아노신, 티민, 또는 우라실, 또는 이들의 호변이성질체이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 연결 인은 독립적으로, 본원에 기술된 바와 같은 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 본 발명에 기술된 바와 같은 순도, 부분입체이성질체 순도, 및/또는 거울상 이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 본 발명에 기술된 바와 같은 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 본 발명에 기술된 바와 같은 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 본 발명에 기술된 바와 같은 거울상 이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 본 발명에 기술된 바와 같은 부분입체이성질체 순도 및 거울상 이성질체 순도를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5'-윙 영역-코어 영역-3'-윙 영역 구조의 것이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5'-윙 영역-코어 영역 구조의 것이거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 코어 영역-3'-윙 영역 구조의 것이거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5'-윙 영역-코어 영역-3'-윙 영역 구조로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5'-윙 영역-코어 영역 구조로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 코어 영역-3'-윙 영역 구조로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5'-윙 영역-코어 영역-3'-윙 영역 구조의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5'-윙 영역-코어 영역 구조의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 코어 영역-3'-윙 영역 구조의 것이다. 일부 실시 형태에서, 윙-코어-윙(즉, X-Y-X) 모티프는 수치로, 예를 들어 5-10-4(5'-윙 영역은 길이가 5개 염기이고, 코어 영역은 길이가 10개 염기이고, 3'-윙 영역은 길이가 4개 염기임을 의미함)로서 표시된다. 일부 실시 형태에서, 윙-코어-윙 모티프는 예를 들어 2-16-2, 3-14-3, 4-12-4, 5-10-5, 2-9-6, 3-9-3, 3-9-4, 3-9-5, 4-7-4, 4-9-3, 4-9-4, 4-9-5, 4-10-5, 4-11-4, 4-11-5, 5-7-5, 5-8-6, 8-7-5, 7-7-6, 5-9-3, 5-9-5, 5-10-4, 5-10-5, 6-7-6, 6-8-5, 및 6-9-2 등 중 임의의 것이다. 특정 실시 형태에서, 윙-코어-윙 모티프는 5-10-5이다. 특정 실시 형태에서, 윙-코어-윙 모티프는 7-7-6이다. 특정 실시 형태에서, 윙-코어-윙 모티프는 8-7-5이다. 일부 실시 형태에서, 윙-코어 모티프는 5-15, 6-14, 7-13, 8-12, 9-12 등이다. 일부 실시 형태에서, 코어-윙 모티프는 5-15, 6-14, 7-13, 8-12, 9-12 등이다.
일부 실시 형태에서, 윙 영역은 코어 영역에는 부재하는 당 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙 영역은 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙 영역의 각각의 뉴클레오티드 단위는 독립적으로 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙 영역의 각각의 뉴클레오티드 단위는 독립적으로, 동일한 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 5'-윙 영역의 각각의 뉴클레오티드 단위는 독립적으로, 동일한 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 3'-윙 영역의 각각의 뉴클레오티드 단위는 독립적으로, 동일한 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 5'-윙 영역의 2'-변형들은 동일하다. 일부 실시 형태에서, 5'-윙 영역의 2'-변형들은 상이하다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R'는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OCH2CH2OMe이다. 일부 실시 형태에서, 윙 영역은 본 발명에 기술된 바와 같은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 부가적으로 또는 대안적으로, 일부 실시 형태에서, 윙 영역은 하나 이상의 비-천연 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어 영역은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어 영역은 하나 이상의 연속적인 천연 포스페이트 연결들을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어 영역은 하나 이상의 키랄 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어 영역은 하나 이상의 연속적인 키랄 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 포스페이트 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 포스페이트 연결은 키랄 제어된다.
본 발명의 올리고뉴클레오티드는 백본 키랄 중심의 패턴을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 절편, 예를 들어, 코어 영역의 백본 키랄 중심 패턴은 증가된 안정성을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 놀랍게도 증가된 활성을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 증가된 안정성 및 활성을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 특정 단백질에 대하여 놀랍게도 증가된 결합성을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 놀랍게도 향상된 전달성을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n(Sp)m, (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m(달리 명시되지 않는 한, 5'에서 3'으로)이거나 이를 포함하며, 여기서, n은 1~10이고, 각각의 p 및 m은 독립적으로 0~50이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n(Sp)m, (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m(달리 명시되지 않는 한, 5'에서 3'으로)이거나 이를 포함하며, 여기서, n은 1~10이고, 각각의 p 및 m은 독립적으로 1~50이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m(달리 명시되지 않는 한, 5'에서 3'으로)이거나 이를 포함하며, 여기서, n은 1~10이고, 각각의 p 및 m은 독립적으로 1~50이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m의 것이거나 이를 포함하는 반복 패턴이거나 상기 반복 패턴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m(5'에서 3'으로)의 반복 패턴이거나 상기 반복 패턴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m의 것이거나 이를 포함하는 반복 패턴이거나 상기 반복 패턴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m(5'에서 3'으로)의 반복 패턴이거나 상기 반복 패턴을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 여기서, m > 2이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 여기서, n은 1이고, p >1이며, m > 2이다. 일부 실시 형태에서, m > 3이다. 일부 실시 형태에서, m > 4이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 여기서, m > 2이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 여기서, n은 1이고, p >1이며, m > 2이다. 일부 실시 형태에서, m > 3이다. 일부 실시 형태에서, m > 4이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 영역의 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n(Sp)m, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 및 (Sp)p(Op)n(Sp)m으로부터 독립적으로 선택되는 2개 이상의 단위이거나 이를 포함하며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, n은 1이며, 각각의 단위의 m은 독립적으로 2 이상이고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 2개의 단위의 적어도 2개의 m은 상이하다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 이러한 단위를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 2개 이하의 이러한 단위를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 3개 이하의 이러한 단위를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 4개 이하의 이러한 단위를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 5개 이하의 이러한 단위를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 소정 영역은 이러한 백본 키랄 중심 패턴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 영역은 그의 당 모이어티(2개의 2'-H)에서 2'-치환을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 이러한 영역은 본 발명에 기술된 바와 같은 당 변형(예를 들어, 2'-변형, 예를 들어, 2'-OMe, 2'-MOE, 2'-F 등(본 발명에 기술된 바와 같음))을 포함하는 5'-영역, 및/또는 본 발명에 기술된 바와 같은 당 변형(예를 들어, 2'-변형, 예를 들어, 2'-OMe, 2'-MOE, 2'-F 등(본 발명에 기술된 바와 같음))을 포함하는 5'-영역이 측면에 있다.
일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n, (Np)p(Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Sp)m 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 2'-변형을 포함하고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 2'-F 변형을 포함하고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 2'-OR 변형을 포함하고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 2'-OR 변형을 포함하고, 여기서, R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, (Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m의 패턴을 갖는 뉴클레오티드간 연결들 사이의 각각의 뉴클레오시드 단위는 2'-변형을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, (Rp)n(Sp)m, (Sp)p(Rp)n, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m의 패턴을 갖는 뉴클레오티드간 연결들 사이의 각각의 뉴클레오시드 단위는 2'-치환(2'-위치에서 -CH2-)을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p(Rp)n이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Np)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p(Rp)n을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Np)p(Rp)n(Sp)m을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Rp)n(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p(Rp)n이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Np)p(Rp)n(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p를 갖는 섹션과 (Sp)m을 갖는 섹션 사이에 n개의 비키랄 포스페이트 디에스테르 뉴클레오티드간 연결 및/또는 스테레오랜덤(키랄 비-제어) 키랄 뉴클레오티드간 연결을 선택적으로 갖는 (Sp)p(Sp)m이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 그 사이에 n개의 비키랄 포스페이트 디에스테르 뉴클레오티드간 연결이 있다. 일부 실시 형태에서, 그 사이에 n개의 스테레오랜덤 키랄 뉴클레오티드간 연결이 있다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m, (Sp)p(Op)n, (Np)p(Op)n(Sp)m, (Sp)p(Sp)m 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m, (Sp)p(Op)n, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 2'-변형을 포함하고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m, (Sp)p(Op)n, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 2'-F 변형을 포함하고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m, (Sp)p(Op)n, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 2'-OR 변형을 포함하고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m, (Sp)p(Op)n, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 2'-OR 변형을 포함하고, 여기서, R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m, (Sp)p(Op)n, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, (Op)n(Sp)m, (Sp)p(Op)n, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m의 패턴을 갖는 뉴클레오티드간 연결들 사이의 각각의 뉴클레오시드 단위는 2'-변형을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m, (Sp)p(Op)n, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하며, (Op)n(Sp)m, (Sp)p(Op)n, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m의 패턴을 갖는 뉴클레오티드간 연결들 사이의 각각의 뉴클레오시드 단위는 2'-치환(2'-위치에서 -CH2-)을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p(Op)n이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Np)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p(Op)n을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Np)p(Op)n(Sp)m을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Op)n(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p(Op)n이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Np)p(Op)n(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p를 갖는 섹션과 (Sp)m을 갖는 섹션 사이에 n개의 비키랄 포스페이트 디에스테르 뉴클레오티드간 연결 및/또는 스테레오랜덤(키랄 비-제어) 키랄 뉴클레오티드간 연결을 선택적으로 갖는 (Sp)p(Sp)m이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 그 사이에 n개의 비키랄 포스페이트 디에스테르 뉴클레오티드간 연결이 있다. 일부 실시 형태에서, 그 사이에 n개의 스테레오랜덤 키랄 뉴클레오티드간 연결이 있다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 영역은 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m의 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함한다(구조적으로, 각각 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m의 패턴 또는 반복 패턴을 갖는 뉴클레오티드간 연결들의 제1 뉴클레오티드간 연결에서 시작하여 마지막 뉴클레오티드간 연결에서 끝남; 반복 여부에 따라, 각각 "(반복) (Sp)m(Rp)n 영역", "(반복) (Rp)n(Sp)m 영역", "(반복) (Np)p(Rp)n(Sp)m 영역", 또는 "(반복) (Sp)p(Rp)n(Sp)m 영역"). 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 영역은 (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m의 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함한다(구조적으로, 각각 (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m의 패턴 또는 반복 패턴을 갖는 뉴클레오티드간 연결들의 제1 뉴클레오티드간 연결에서 시작하여 마지막 뉴클레오티드간 연결에서 끝남; 반복 여부에 따라, 각각 "(반복) (Sp)m(Op)n 영역", "(반복) (Op)n(Sp)m 영역", "(반복) (Np)p(Op)n(Sp)m 영역", 또는 "(반복) (Sp)p(Op)n(Sp)m 영역"). 예를 들어, (Sp)p(Rp)n(Sp)m 영역(WV-2555에서 (Sp)7(Rp)1(Sp)3): mA * SmGmCmUmU * SC * ST * ST * SG * ST * SC * SC * RA * SG * SC * SmUmUmUmA * SmU)은 2'-OR 당 변형을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 상기 영역에서의 각각의 당 모이어티는 2'-위치에서의 -CH2-이다. 일부 실시 형태에서, 상기 영역에서의 각각의 당 모이어티는 DNA의 비변형, 천연, 2'-데옥시리보스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역은 구조적으로 뉴클레오시드 모이어티로 끝나는 5'-윙 영역이 측면에 있다(상기 뉴클레오시드 모이어티는, 그의 3'-말단에서, (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역의 제1 뉴클레오티드간 연결에 연결된다). 예를 들어, WV-2555에서 측면에 있는 5'-윙 영역: mA * SmGmCmUmU * SC * ST * ST * SG * ST * SC * SC * RA * SG * SC * SmUmUmUmA * SmU). 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역은 구조적으로 뉴클레오시드 모이어티로 끝나는 5'-윙 영역이 측면에 있다(상기 뉴클레오시드 모이어티는, 그의 3'-말단에서, (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역의 제1 뉴클레오티드간 연결에 연결된다). 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역은 구조적으로 뉴클레오시드 모이어티로 시작하는 3'-윙 영역이 측면에 있다(상기 뉴클레오시드 모이어티는, 그의 5'-말단에서, (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역의 마지막 뉴클레오티드간 연결에 연결된다). 예를 들어, WV-2555에서 측면에 있는 3'-윙 영역: mA * SmGmCmUmU * SC * ST * ST * SG * ST * SC * SC * RA * SG * SC * SmUmUmUmA * SmU). 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역은 구조적으로 뉴클레오시드 모이어티로 시작하는 3'-윙 영역이 측면에 있다(상기 뉴클레오시드 모이어티는, 그의 5'-말단에서, (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역의 마지막 뉴클레오티드간 연결에 연결된다). 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역은 5'-말단 및 3'-윙 영역이 측면에 있다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Op)n, (Op)n(Sp)m, (Np)p(Op)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Op)n(Sp)m이거나 이를 포함하는 백본 키랄 중심의 패턴 또는 반복 패턴을 포함하는 영역은 5'-말단 및 3'-윙 영역이 측면에 있다. 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역은 비-천연 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역은 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역은 Sp 연결 인을 포함하는 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역은 Sp 포스포로티오에이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역은 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역은 하나 이상의 연속적인 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 5'-말단은 5'-말단 뉴클레오티드간 연결인 단지 하나의 변형 뉴클레오티드간 연결, 및 하나 이상의 연속적인 천연 포스페이트 연결을 포함한다(예를 들어, WV-2555에서: mA * SmGmCmUmU * SC * ST * ST * SG * ST * SC * SC * RA * SG * SC * SmUmUmUmA * SmU (SOOOSSSSSSSRSSSOOOS)). 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 3'-말단은 3'-말단 뉴클레오티드간 연결인 단지 하나의 변형 뉴클레오티드간 연결, 및 하나 이상의 연속적인 천연 포스페이트 연결을 포함한다(예를 들어, WV-2555에서: mA * SmGmCmUmU * SC * ST * ST * SG * ST * SC * SC * RA * SG * SC * SmUmUmUmA * SmU (SOOOSSSSSSSRSSSOOOS)). 일부 실시 형태에서, 측면에 있는 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역은 2'-변형 당 단위를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역에서의 각각의 당 단위는 독립적으로 변형된다. 일부 실시 형태에서, 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역에서의 각각의 당 단위는 독립적으로 2'-변형을 포함한다(예를 들어, m, 2'-OMe(WV-2555에서): mA * SmGmCmUmU * SC * ST * ST * SG * ST * SC * SC * RA * SG * SC * SmUmUmUmA * SmU). 일부 실시 형태에서, 5'-윙 영역 및/또는 3'-윙 영역에서의 각각의 당 단위는 동일한 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 LNA 변형이다(이는 소정 유형의 C2-C4 가교체를 포함함).
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 2'-F 변형 당을 포함하고 하나 이상의 윙 및 하나 이상의 코어(예를 들어, 윙-코어-윙, 코어-윙, 윙-코어 등)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙, 예를 들어 5'-윙, 3'-윙 등은 하나 이상의 2'-F 변형 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙의 대부분의 당은 2'-F 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙의 각각의 당은 2'-F 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 2개의 2'-F 변형 당에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 2개의 2'-F 변형 당에 결합된 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 변형된 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 연결 인에서 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 연결 인에서 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이고 연결 인에서 Rp이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 2개의 2'-F 변형 당에 결합된 각각의 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 2개의 2'-F 변형 당에 결합된 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이고 Sp이다.
일부 실시 형태에서, 코어는 하나 이상의 2'-F 변형 당 및 하나 이상의 2'-OR 변형 당을 포함하며, 여기서, R은 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, 코어는 교대 2'-F 변형 당 및 2'-OR 변형 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 2'-OR 변형 당은 연속적이다. 일부 실시 형태에서, 코어에서의 2'-F 변형 당(들)의 백분율은 윙 또는 각각의 윙에 대한 백분율보다 더 낮다. 일부 실시 형태에서, 코어는 하나 이상의 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 2개의 2'-OR 변형 당에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 2개의 2'-OR 변형 당에 결합된 각각의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 2'-F 변형 당 및 2'-OR 변형 당에 결합된 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 그의 3'-위치에서 2'-OR 변형 당에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 천연 포스페이트 연결은 독립적으로 그의 3'-위치에서 2'-OR 변형 당에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 2'-F 변형 당 및 2'-OR 변형 당에 결합된 뉴클레오티드간 연결은, 선택적으로 키랄 제어되는(그리고 그의 연결 인에서 선택적으로 Sp인) 변형된 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 변형된 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 변형된 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 변형된 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 코어에서의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결 또는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 코어에서의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결 또는 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 코어에서의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결 또는 키랄 제어된 Sp 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 코어에서의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결 또는 키랄 제어된 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다.
본원에 기술된 윙 및 코어 영역을 포함하는 예시적인 올리고뉴클레오티드는 WV-1714, WV-2444, WV-2445, WV-2526, WV-2527, WV-2528, WV-2530, WV-2531, WV-2578, WV-2580, WV-2587, WV-3047, WV-3152, WV-3472, WV-3473, WV-3507, WV-3508, WV-3509, WV-3510, WV-3511, WV-3512, WV-3513, WV-3514, WV-3515, WV-3545, WV-3546, WV-9517, WV-12555, WV-12556, WV-12558, WV-12876, WV-12877, WV-12878, WV-12880, WV-13826, WV-13835, WV-13864, 또는 WV-14344를 포함한다.
일부 실시 형태에서, n은 1~10이다. 일부 실시 형태에서, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, n은 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, n은 2이다. 일부 실시 형태에서, n은 3이다. 일부 실시 형태에서, n은 4이다. 일부 실시 형태에서, n은 5이다. 일부 실시 형태에서, n은 6이다. 일부 실시 형태에서, n은 7이다. 일부 실시 형태에서, n은 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 9이다. 일부 실시 형태에서, n은 10이다.
일부 실시 형태에서, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15이다. 일부 실시 형태에서, m은 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 2이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 2이다. 일부 실시 형태에서, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 2이며, p는 적어도 2이며, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, p는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 독립적으로 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 독립적으로 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15이다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15이다.
일부 실시 형태에서, p는 0~50이다. 일부 실시 형태에서, p는 1~50이다. 일부 실시 형태에서, p는 1이다. 일부 실시 형태에서, p는 2~50이다. 일부 실시 형태에서, p는 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, p는 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, p는 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, p는 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, p는 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, p는 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, p는 2이다. 일부 실시 형태에서, p는 3이다. 일부 실시 형태에서, p는 4이다. 일부 실시 형태에서, p는 5이다. 일부 실시 형태에서, p는 6이다. 일부 실시 형태에서, p는 7이다. 일부 실시 형태에서, p는 8이다. 일부 실시 형태에서, p는 9이다. 일부 실시 형태에서, p는 10이다. 일부 실시 형태에서, p는 11이다. 일부 실시 형태에서, p는 12이다. 일부 실시 형태에서, p는 13이다. 일부 실시 형태에서, p는 14이다. 일부 실시 형태에서, p는 15이다. 일부 실시 형태에서, p는 16이다. 일부 실시 형태에서, p는 17이다. 일부 실시 형태에서, p는 18이다. 일부 실시 형태에서, p는 19이다. 일부 실시 형태에서, p는 20이다. 일부 실시 형태에서, p는 21이다. 일부 실시 형태에서, p는 22이다. 일부 실시 형태에서, p는 23이다. 일부 실시 형태에서, p는 24이다. 일부 실시 형태에서, p는 25이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 2이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 3이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 4이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 5이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 6이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 7이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 8이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 9이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 10이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 11이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 12이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 13이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 14이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 15이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 16이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 17이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 18이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 19이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 20이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 21이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 22이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 23이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 24이다. 일부 실시 형태에서, p는 적어도 25이다.
일부 실시 형태에서, m은 0~50이다. 일부 실시 형태에서, m은 1~50이다. 일부 실시 형태에서, m은 1이다. 일부 실시 형태에서, m은 2~50이다. 일부 실시 형태에서, m은 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 3, 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 4, 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 5, 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 6, 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 7 또는 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 0이다. 일부 실시 형태에서, m은 1이다. 일부 실시 형태에서, m은 2이다. 일부 실시 형태에서, m은 3이다. 일부 실시 형태에서, m은 4이다. 일부 실시 형태에서, m은 5이다. 일부 실시 형태에서, m은 6이다. 일부 실시 형태에서, m은 7이다. 일부 실시 형태에서, m은 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 9이다. 일부 실시 형태에서, m은 10이다. 일부 실시 형태에서, m은 11이다. 일부 실시 형태에서, m은 12이다. 일부 실시 형태에서, m은 13이다. 일부 실시 형태에서, m은 14이다. 일부 실시 형태에서, m은 15이다. 일부 실시 형태에서, m은 16이다. 일부 실시 형태에서, m은 17이다. 일부 실시 형태에서, m은 18이다. 일부 실시 형태에서, m은 19이다. 일부 실시 형태에서, m은 20이다. 일부 실시 형태에서, m은 21이다. 일부 실시 형태에서, m은 22이다. 일부 실시 형태에서, m은 23이다. 일부 실시 형태에서, m은 24이다. 일부 실시 형태에서, m은 25이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 2이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 3이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 4이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 5이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 6이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 7이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 9이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 10이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 11이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 12이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 13이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 14이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 15이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 16이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 17이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 18이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 19이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 20이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 21이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 22이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 23이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 24이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 25이다. 일부 실시 형태에서, m은 적어도 25보다 크다.
일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 2보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 3보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 4보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 5보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 6보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 7보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 8보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 9보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 10보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 11보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 12보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 13보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 14보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 15보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 16보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 17보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 18보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 19보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 20보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 21보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 22보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 23보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 24보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p 중 적어도 하나는 25보다 크다.
일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 2보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 3보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 4보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 5보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 6보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 7보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 8보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 9보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 10보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 11보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 12보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 13보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 14보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 15보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 16보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 17보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 18보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 19보다 크다. 일부 실시 형태에서, 각각의 m 및 p는 20보다 크다.
일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 3보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 4보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 5보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 6보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 7보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 8보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 9보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 10보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 11보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 12보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 13보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 14보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 15보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 16보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 17보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 18보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 19보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 20보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 21보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 22보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 23보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 24보다 크다. 일부 실시 형태에서, m 및 p의 합계는 25보다 크다.
일부 실시 형태에서, n은 1이며, m 및 p 중 적어도 하나는 1보다 크다. 일부 실시 형태에서, n은 1이며, 각각의 m 및 p는 독립적으로 1보다 크다. 일부 실시 형태에서, m>n 및 p>n이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n(Sp)p는 (Sp)2 Rp(Sp)2이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)2 Rp(Sp)2이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 SpRp(Sp)2이다. 일부 실시 형태에서, (Np)p(Rp)n(Sp)m은 (Np)tRp(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, (Np)p(Rp)n(Sp)m은 (Np)2 Rp(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, (Np)p(Rp)n(Sp)m은 (Rp)2 Rp(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, (Np)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)2 Rp(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, (Np)p(Rp)n(Sp)m은 RpSpRp(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, (Np)p(Rp)n(Sp)m은 SpRpRp(Sp)m이다.
일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 SpRpSpSp이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)2 Rp(Sp)2이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)3 Rp(Sp)3이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)4 Rp(Sp)4이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)tRp(Sp)5이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 SpRp(Sp)5이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)2 Rp(Sp)5이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)3 Rp(Sp)5이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)4 Rp(Sp)5이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)p(Rp)n(Sp)m은 (Sp)5 Rp(Sp)5이다.
일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n(Sp)p는 (Sp)2 Rp(Sp)2이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n(Sp)p는 (Sp)3 Rp(Sp)3이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n(Sp)p는 (Sp)4 Rp(Sp)4이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n(Sp)p는s (Sp)mRp(Sp)5이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n(Sp)p는 (Sp)2 Rp(Sp)5이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n(Sp)p는 (Sp)3 Rp(Sp)5이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n(Sp)p는 (Sp)4 Rp(Sp)5이다. 일부 실시 형태에서, (Sp)m(Rp)n(Sp)p는 (Sp)5 Rp(Sp)5이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 블록머이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 알트머이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 교대 블록을 포함하는 알트머이다. 일부 실시 형태에서, 블록머 또는 알트머는 화학적 변형(존재 또는 부재를 포함함), 예를 들어, 염기 변형, 당 변형, 뉴클레오티드간 연결 변형, 입체화학 등, 또는 이들의 패턴에 의해 정의될 수 있다. 블록 및/또는 교대 단위를 위한 예시적인 화학적 변형, 입체화학 및 이들의 패턴은 본 발명에 기술된 것, 예컨대 올리고뉴클레오티드에 대하여 기술된 것 등을 포함하지만 이에 한정되지 않는다.일부 실시 형태에서, 블록머는 ..SS..RR..SS..RR..의 패턴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 알트머는 SRSRSRSR의 패턴을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 백본 키랄 중심 패턴은 반복 (Sp)m(Rp)n, (Rp)n(Sp)m, (Np)p(Rp)n(Sp)m, 또는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m 단위를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 반복 단위는 (Sp)m(Rp)n이다. 일부 실시 형태에서, 반복 단위는 SpRp이다. 일부 실시 형태에서, 반복 단위는 SpSpRp이다. 일부 실시 형태에서, 반복 단위는 SpRpRp이다. 일부 실시 형태에서, 반복 단위는 RpRpSp이다. 일부 실시 형태에서, 반복 단위는 (Rp)n(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, 반복 단위는 (Np)p(Rp)n(Sp)m이다. 일부 실시 형태에서, 반복 단위는 (Sp)p(Rp)n(Sp)m이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 각각이 독립적으로 본원에 참고로 포함되는 US20150211006, US20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 바와 같은 염기 서열, 염기 변형, 당 변형, 백본 연결(뉴클레오티드간 연결)의 패턴, 및/또는 백본 키랄 중심(예를 들어, 연결 인 원자)의 패턴을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 예를 들어 동위원소를 사용한 올리고뉴클레오티드의 표지를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드들은 증가된 수준의 하나 이상의 동위원소를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 하나 이상의 원소, 예를 들어, 수소, 탄소, 질소 등의 하나 이상의 동위원소에 의해 표지된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 조성물 중의 제공된 올리고뉴클레오티드들, 예를 들어, 첫 번째 복수의 올리고뉴클레오티드들은 하나 이상의 염기 변형, 당 변형, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형을 포함하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 강화된 수준의 동위원소를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 동위원소는 중수소이다. 일부 실시 형태에서, 당에서의 수소가 중수소로 대체된다(예를 들어, 2'-데옥시의 2' 위치에서). 일부 실시 형태에서, 염기에서의 수소가 중수소로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결에서의 수소가 중수소로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 위치에서 중수소(-1H를 -2H로 대체)로 표지된다. 일부 실시 형태에서, 수소를 중수소로 대체하면 올리고뉴클레오티드의 안정성, 활성, 생체이용성, 사용의 용이함, 편리함, 효능, 및/또는 전신 노출을 개선시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드에 콘쥬게이션된 임의의 모이어티(예를 들어, 표적화 모이어티, 지질 등)의 하나 이상의 1H는 2H로 치환된다. 이러한 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 임의의 조성물 또는 방법에서 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, HTT를 표적화하는 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 동위원소를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 디스트로핀을 표적화하는 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 동위원소를 포함한다.
키랄 보조제
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 높은 (조) 순도 및/또는 수율을 갖는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조에 특히 유용하다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어(입체제어/입체선택적) 올리고뉴클레오티드 합성에서, 형성된 연결 인 키랄 중심의 입체화학을 제어하기 위하여 전형적으로 키랄 보조제가 사용된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염을 제공하며, 이는 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 키랄 보조제로 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조제는 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 9598458, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 것이며, 이들 각각의 키랄 보조제는 본원에 참고로 포함된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 I의 구조를 갖는 화합물 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 I]
Figure pct00012
여기서,
L은 공유 결합, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬렌(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체됨)이거나; 또는 L은 Ls이며;
각각의 L'는 독립적으로 공유 결합, 선택적 치환 2가 C1-3 알킬렌, -C(R3)(R4)-, -C(R3)(R4)-C(R3)(R4)-, -Cy-, 또는 -C(R3)[C(R4)3]-이며;
각각의 R1, R2, R3, R4, 및 R5는 독립적으로 -H, -Ls-R', 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R')3, -OR', -SR', 또는 -N(R')2이며;
각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌, -C≡C-, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
각각의 CyL은 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인, 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -CO2R, 또는 -SO2R이며;
R6은 -L-R'이며;
R7은 -OH 또는 -SH이며;
R1, R2, R3 및 R4 중 적어도 하나는 -H가 아니며;
각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, L은 공유 결합, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬렌이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, L은 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00013
의 구조 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, R5와, R1 및 R2 중 하나 또는 이들 둘 다는 그의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환, 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 R5 및 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환, 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 본 발명에서 광범위하게 설명된 바와 같이, 형성된 고리는 다양한 크기의 단환식, 이환식 또는 다환식일 수 있고, 다양한 수의 헤테로원자를 함유할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 5원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 6원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 개재 헤테로원자 이외의 추가의 고리 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 하나의 고리 헤테로원자를 포함하는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 고리 헤테로원자를 포함하는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 하나의 탄소, 하나의 질소 및 하나의 산소 고리 원자를 포함하는 3원 고리이다.
일부 실시 형태에서, L은 -C(R3)(R4)-이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-a의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-a]
Figure pct00014
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-a의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00015
의 구조 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같고, R4 및 R5는 수소가 아니다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-a-1의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-a-1]
Figure pct00016
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같으며, R4 및 R5는 수소가 아니고, R2는 R1보다 더 큰 크기를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I-a의 화합물은 화학식 I-a-1의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-a-2의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-a-2]
Figure pct00017
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같으며, R4 및 R5는 수소가 아니고, R2는 R1보다 더 큰 크기를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I-a의 화합물은 화학식 I-a-2의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 개재 질소 원자를 유일한 고리 헤테로원자로 포함하는 선택적 치환 4~10원 헤테로시클릴 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 7원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 포화된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 R5가 부착된 질소 외에 고리 헤테로원자를 갖지 않는다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 적어도 하나는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1은 수소이며, R2는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1은 수소가 아니며, R2는 수소이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 어느 것도 수소가 아니다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-4 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-3 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-2 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 알케닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 비닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 알키닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 에티닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 선택적 치환 벤질이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 벤질이고, 여기서, 벤질의 페닐 기는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H이며, R2는 벤질이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H이며, R2는 -R이고, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같으며, 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환 -CH2-CPh2Me이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-CPh2Me이다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환 벤질이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00018
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, R1은 -H가 아니며, R2는 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 독립적으로 R이며, 여기서, R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1은 선택적 치환 C1-6 지방족이며, R2는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이며, R2는 페닐이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 R이며, 여기서, R은 고리 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R은 C3-20 지환족, C6-20 아릴, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 1~5개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-20 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-10 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-10 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C4-10 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헵틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헵틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-20 아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 다른 하나는 R이며, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 본 발명에 기술된 바와 같은 환형 모이어티를 포함하는 R이며, 다른 하나는 본 발명에 기술된 바와 같은 알킬 기이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-20 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 비치환 C1-20 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-20 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선형 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 상이하다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 알케닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 메틸 또는 에틸이며, 다른 하나는 비닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 메틸이며, 다른 하나는 비닐이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 알키닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 메틸 또는 에틸이며, 다른 하나는 에티닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 메틸이며, 다른 하나는 에티닐이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일한 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일한 선택적 치환 C1-2 알킬이며, R1 및 R2는 2개 이하의 탄소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R1 둘 다는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R1 둘 다는 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R1 둘 다는 이소프로필이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-3 선형 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 C3-10 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-3 선형 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 C5-6 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R2는 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R2는 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-3 선형 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 벤질이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이며, R2는 선택적 치환 벤질이다. 일부 실시 형태에서, R2는 벤질이다. 일부 실시 형태에서, R2는 p-CH3O-C6H4-CH2-이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸, 에틸, 시클로헥실, 및 벤질(이는 페닐에서 선택적으로 치환됨)로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, R2는 메틸, 에틸, 시클로헥실, 및 벤질(이는 페닐에서 선택적으로 치환됨)로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 메틸, 에틸, 시클로헥실, 및 벤질(이는 페닐에서 선택적으로 치환됨)로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00019
Figure pct00020
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00021
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00022
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00023
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00024
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00025
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00026
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00027
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00028
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00029
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00030
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이며, R2는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이며, R2는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이며, R2는
Figure pct00031
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00032
Figure pct00033
또는 이들의 염으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00034
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00035
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00036
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00037
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00038
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 독립적으로 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 아릴 기이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 독립적으로 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00039
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 취해져서, 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 취해져서, 헤테로원자를 갖지 않는 선택적 치환 3~7원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 형성된 단환식 고리는 3원이며; 일부 실시 형태에서, 4원이며; 일부 실시 형태에서, 5원이며; 일부 실시 형태에서, 6원이며; 일부 실시 형태에서 7원이며; 일부 실시 형태에서, 8원이며; 일부 실시 형태에서 9원이며; 일부 실시 형태에서 10원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 불포화체를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 포화, 부분 불포화, 및/또는 부분 방향족, 예를 들어, 이환식 또는 다환식 고리(융합 포화, 부분 불포화, 및/또는 방향족 모이어티를 포함함)이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 형성된 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 이러한 형성된 고리는 치환되지 않는다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2가 부착된 탄소는 키랄 탄소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 이들이 부착된 탄소는 키랄 탄소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2가 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 형성한 고리는 비대칭성을 도입하지 않으며, R1 및 R2가 부착된 탄소는 키랄 탄소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 상이하며, 이들이 부착된 탄소는 키랄 탄소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2가 이들이 부착된 탄소 원자와 함께 형성한 고리는 비대칭성을 도입하며, R1 및 R2가 부착된 탄소는 키랄 탄소가 아니다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00040
및 이들의 염으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00041
Figure pct00042
및 이들의 염으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00043
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00044
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00045
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00046
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 7원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 9원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 10원이다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 4~7원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 4원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 5원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 6원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 7원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 8원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 9원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 10원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5가 이들의 개재 원자와 함께 형성하는 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5가 이들의 개재 원자와 함께 형성하는 고리는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5가 이들의 개재 원자와 함께 형성하는 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5가 이들의 개재 원자와 함께 형성하는 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, R1과 R2 중 하나, 및 R3과 R4 중 하나는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 4원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 6원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 7원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 개재 원자 외에 추가의 헤테로원자를 갖지 않는다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 개재 원자 외에 추가의 고리 헤테로원자를 갖는다. 형성된 예시적인 고리는 본 발명에서 광범위하게 기술된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00047
Figure pct00048
Figure pct00049
및 이들의 염으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00050
및 이들의 염으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00051
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00052
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00053
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00054
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00055
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00056
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00057
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00058
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00059
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00060
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나 또는 둘은 R3, R4, 및 R5 중 하나 이상 및 개재 원자와 함께 취해져서, 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나 또는 둘은 R3 및 R4 중 하나 또는 둘, 및 개재 원자와 함께 취해져서, 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나 또는 둘은 R5 및 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나 또는 둘은 R5, R3 및 R4 중 하나 또는 둘, 및 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나 또는 둘은 R5, R3 및 R4 중 하나 또는 둘, 및 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6~20원 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나 또는 둘은 R5, R3 및 R4 중 하나 또는 둘, 및 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 8~20원 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 R5, R3 및 R4 중 하나, 및 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 8~20원 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 R5, R3 및 R4 중 하나, 및 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 8~20원 이환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 9원이다.
일부 실시 형태에서, R5는 R1 및 R2 중 하나 및 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R5는 R3 및 R4 중 하나 및 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 형성된 예시적인 고리는 본 발명에서 광범위하게 기술된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, R5는 선택적 치환 고리를 형성하도록 R1, R2, R3, 또는 R4와 함께 취해지는 것이 아니다. 일부 실시 형태에서, R5는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R5는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R5는 비치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R5는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R5는 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R5는 이소프로필이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00061
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00062
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00063
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, L은 -L'-C(R3)(R4)-이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-b]
Figure pct00064
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-b의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, L'는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, L'는 -C(R3)(R4)-이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-c의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-c]
Figure pct00065
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-c의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, C2 상의 하나 또는 R3 및 R4는 R5와 함께 취해져서, 이들의 개재 원자와 함께, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, C3 상의 하나 또는 R3 및 R4는 R5와 함께 취해져서, 이들의 개재 원자와 함께, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, C2 상의 R3과 R4 중 하나, 및 C3 상의 R3과 R4 중 하나는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 동일 탄소 원자 상의 R3 및 R4는 그 탄소 원자와 함께 취해져서, 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, C2 상의 R3 및 R4는 C2와 함께 취해져서, 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, C3 상의 R3 및 R4는 C3와 함께 취해져서, 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 예를 들어 R3/R4 및 R5, R3/R4 및 R3/R4 등에 의해 형성된 예시적인 이러한 고리 모이어티는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있으며, 예를 들어, 4원, 5원, 6원, 7원, 단환식, 이환식, 다환식, 치환 또는 비치환된 것일 수 있다((개재 원자(들) 이외의) 추가의 고리 헤테로원자를 포함함, 추가의 고리 헤테로원자를 포함하지 않음, 이들의 조합 등).
일부 실시 형태에서, C2 상의 R3는 수소이다. 일부 실시 형태에서, C2 상의 R4는 수소이다. 일부 실시 형태에서, C3 상의 R3은 수소이다. 일부 실시 형태에서, C3 상의 R4는 수소이다. 일부 실시 형태에서, C2 상의 R3 및 R4 둘 다는 수소이다. 일부 실시 형태에서, C3 상의 R3 및 R4 둘 다는 수소이다. 일부 실시 형태에서, C2 상의 R3 및 R4 둘 다, 및 C3 상의 R3 및 R4 중 하나는 수소이다. 일부 실시 형태에서, C3 상의 R3 및 R4 둘 다, 및 C2 상의 R3 및 R4 중 하나는 수소이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00066
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, L은 -Cy-이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-d의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-d]
Figure pct00067
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-d의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 1,2-2가이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 시클로알킬렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환
Figure pct00068
이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환
Figure pct00069
이다.
일부 실시 형태에서, R1과 R2 중 하나, 및 R3과 R4 중 하나는 R이며, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 고리, 예를 들어, 본원에 기술된 바와 같은 고리 A를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-e]
Figure pct00070
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-e의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, R1과 R2 중 하나, 및 R4는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R1과 R2 중 하나, 및 R4는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R2 및 R4는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서 선택적 치환 고리(예를 들어, 화학식 I-e)를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리, 예를 들어, 화학식 I-e에서 고리 A는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 7원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 9원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 포화된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 부분 불포화된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 헤테로원자를 갖지 않는다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 3원 포화 지방족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 4원 포화 지방족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 5원 포화 지방족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 6원 포화 지방족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 7원 포화 지방족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 8원 포화 지방족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 9원 포화 지방족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 10원 포화 지방족 고리이다.
일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R1은 선택적 치환 C1-6 지방족 또는 페닐이며, R5는 선택적 치환 C1-6 지방족이며, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R1 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R1 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서 선택적 치환 5원 또는 6원 고리를 형성하며, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R1 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, R5가 부착된 질소 외에 헤테로원자를 갖지 않는 선택적 치환 5원 포화 고리를 형성하며, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R1 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, R5가 부착된 질소 외에 헤테로원자를 갖지 않는 선택적 치환 6원 포화 고리를 형성하며, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 R1 및 R5에 의해 형성된 고리는 비치환된다.
일부 실시 형태에서, -OH 및 -N(R5)(R6)은 트랜스이다. 일부 실시 형태에서, -OH 및 -N(R5)(R6)은 시스이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 -OH가 부착된 탄소는 R이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 -OH가 부착된 탄소는 S이다. 일부 실시 형태에서, R1은 수소이다. 일부 실시 형태에서, R1은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1은 선택적 치환 C1-6 지방족 또는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R1은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R3은 수소이다. 일부 실시 형태에서, R5는 수소이다. 일부 실시 형태에서, R5는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R5는 선택적 치환 C1-6 지방족 또는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R5는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R5는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R6은 수소이다. 일부 실시 형태에서, R6은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, 특정한 예시적인 데이터에 의해 입증되는 바와 같이, 트랜스 -OH 및 -N(R5)(R6)을 포함하는 화합물은 높은 수율 및/또는 부분입체선택성을 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 특정한 예시적인 데이터에 의해 입증되는 바와 같이, 트랜스 -OH 및 -N(R5)(R6)을 포함하는 화합물은 높은 수율 및 부분입체선택성 둘 다를 제공할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 I-e의 화합물은
Figure pct00071
Figure pct00072
및 이들의 염으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00073
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00074
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00075
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00076
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00077
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00078
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00079
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00080
Figure pct00081
또는 이들의 염으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00082
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00083
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00084
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00085
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00086
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 II의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 II]
Figure pct00087
여기서,
고리 A는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이며;
각각의 R1, R2, R3, R4, 및 R5는 독립적으로 -H, -Ls-R, 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R)3, -OR, -SR, 또는 -N(R)2이며;
각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00088
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
각각의 CyL은 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인, 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -C(O)OR, 또는 -S(O)2R이며;
t는 0~20이며;
R6은 -L-R'이며;
R8은 -L-R7, -L-C(R1)(R2)-R7, 또는 -Ls-R7이며;
R7은 -OH 또는 -SH이며;
L은 공유 결합, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬렌(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체됨)이거나; 또는 L은 Ls이며;
L'는 공유 결합, 선택적 치환 2가 C1-3 알킬렌, -C(R3)(R4)-, -C(R3)(R4)-C(R3)(R4)-, -Cy-, 또는 -C(R3)[C(R4)3]-이며;
각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 II-a의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 II-a]
Figure pct00089
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 II의 화합물은 화학식 II-a의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 구조 II-a의 제공된 화합물은 화학식 II-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 II-b]
Figure pct00090
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 II-a의 화합물은 화학식 II-b의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 구조 II-a의 제공된 화합물은 화학식 II-c의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 II-c]
Figure pct00091
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 II-a의 화합물은 화학식 II-c의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, R8은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R5는 선택적 치환 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R5는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, t는 0이다. 일부 실시 형태에서, R3은 선택적 치환 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R3은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R3은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R3은 선택적 치환 C3-10 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3은 선택적 치환 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R3은 시클로헥실이다.
일부 실시 형태에서, 고리 A는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리 A는, 선택적으로 이환식 또는 다환식 시스템의 일부로서의 적어도 하나의 단환식 포화 또는 부분 불포화 단환식 고리 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리 A는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리 A는 적어도 하나의 단환식 포화 또는 부분 불포화 단환식 고리 모이어티, 및 선택적으로 하나 이상의 방향족 단환식 모이어티를 포함하는 이환식 또는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리 A는 적어도 하나의 포화 단환식 고리 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R8은 고리 A의 sp 3 고리 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R8은 고리 A의 sp 3 탄소 고리 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R3은 고리 A의 sp 3 고리 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R3은 고리 A의 sp 3 탄소 고리 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, -N(R5)(R6)은 고리 A의 sp 3 고리 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, -N(R5)(R6)은 고리 A의 sp 3 탄소 고리 원자에 연결된다.
일부 실시 형태에서, 고리 A는 선택적 치환 C3-10 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, 고리 A는 선택적 치환 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, 고리 A는 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R8 및 -N(R5)(R6)은 시스이다. 일부 실시 형태에서, R8 및 -N(R5)(R6)은 트랜스이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 II의 제공된 화합물은
Figure pct00092
Figure pct00093
및 이들의 염으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 II-c의 화합물 또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, R3 및 R5는 R이며, 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 II의 제공된 화합물은
Figure pct00094
및 이들의 염으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 III의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 III]
Figure pct00095
여기서,
고리 A'는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이고, 여기서, 고리 A'는 -N(R6)- 모이어티를 포함하며;
각각의 R1, R2, R3 및 R4는 독립적으로 -H, -Ls-R, 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R)3, -OR, -SR, 또는 -N(R)2이며;
각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00096
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
각각의 CyL은 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인, 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -C(O)OR, 또는 -S(O)2R이며;
t는 0~20이며;
R6은 -L-R'이며;
R8은 -L-R7, -L-C(R1)(R2)-R7, 또는 -Ls-R7이며;
R7은 -OH 또는 -SH이며;
L은 공유 결합, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬렌(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체됨)이거나; 또는 L은 Ls이며;
L'는 공유 결합, 선택적 치환 2가 C1-3 알킬렌, -C(R3)(R4)-, -C(R3)(R4)-C(R3)(R4)-, -Cy-, 또는 -C(R3)[C(R4)3]-이며;
각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 III-a의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 III-a]
Figure pct00097
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 III의 화합물은 화학식 III-a의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 III-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 III-b]
Figure pct00098
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 III-a의 화합물은 화학식 III-b의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, R8은 -N(R6)- (N1)에서의 질소 원자 다음의 탄소 원자(C2)에 결합된다(예를 들어, 화학식 III-a, 화학식 III-b 등). 일부 실시 형태에서, R8은 C2 다음의 탄소 원자(C3)에 결합된다. 일부 실시 형태에서, R8은 C2가 아닌 C3 다음의 탄소 원자(C4)에 결합된다. 일부 실시 형태에서, R8은 C3이 아닌 C4 다음의 탄소 원자(C5)에 결합된다. 일부 실시 형태에서, R8은 C4가 아닌 C5 다음의 탄소 원자(C6)에 결합된다.
일부 실시 형태에서, R8은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R5는 선택적 치환 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R5는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, t는 0이다. 일부 실시 형태에서, R3은 선택적 치환 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R3은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R3은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R3은 선택적 치환 C3-10 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3은 선택적 치환 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R3은 시클로헥실이다.
일부 실시 형태에서, 고리 A'는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이고, 여기서, 고리 A'는 -N(R6)- 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리 A'는 본 발명에 기술된 바와 같은 고리 A이며, 여기서, 고리 A는 질소 고리 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리 A'는, 선택적으로 이환식 또는 다환식 시스템의 일부로서의 적어도 하나의 단환식 포화 또는 부분 불포화 단환식 고리 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리 A'는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리 A'는 적어도 하나의 단환식 포화 또는 부분 불포화 단환식 고리 모이어티, 및 선택적으로 하나 이상의 방향족 단환식 모이어티를 포함하는 이환식 또는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리 A'는 적어도 하나의 포화 단환식 고리 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R8은 고리 A'의 sp 3 고리 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R8은 고리 A'의 sp 3 탄소 고리 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R3은 고리 A'의 sp 3 고리 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R3은 고리 A'의 sp 3 탄소 고리 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R6이 부착된 질소는 sp 3이다.
일부 실시 형태에서, 화학식 III의 제공된 화합물은
Figure pct00099
,
Figure pct00100
및 이들의 염으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 일부 실시 형태에서, 화학식 III의 제공된 화합물은 하기 표 4에 열거된 화합물 및 이들의 염으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-a의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-a-1의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-a-2의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-b의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-c의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-d의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-e의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 II의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 II-a의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 II-b의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 II-c의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 III의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 III-a의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 III-b의 화합물이다.
[표 1]
Figure pct00101
Figure pct00102
Figure pct00103
Figure pct00104
Figure pct00105
Figure pct00106
Figure pct00107
Figure pct00108
Figure pct00109
Figure pct00110
Figure pct00111
Figure pct00112
Figure pct00113
Figure pct00114
Figure pct00115
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 1로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 1로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 2]
Figure pct00116
Figure pct00117
Figure pct00118
Figure pct00119
Figure pct00120
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 2로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 2로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 3]
Figure pct00121
Figure pct00122
Figure pct00123
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 3으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 3으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 4] 예시적인 화합물
Figure pct00124
Figure pct00125
Figure pct00126
Figure pct00127
Figure pct00128
Figure pct00129
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 4로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 4로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
일부 실시 형태에서, 키랄 보조제는 염기에 의해 용이하게 제거될 수 있고(예를 들어, 실질적으로 물이 없는 무수 조건 하에서, 염기 불안정성임; 많은 경우, 바람직하게는 이러한 키랄 보조제를 포함하는 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드가 특히, 염기의 존재 하에 상당한 양의 물을 포함하는 조건/시약 시스템(예를 들어, NH4OH를 이용하는 절단 조건/시약 시스템)에 노출되기 전에), 본원에 기술된 바와 같은 다양한 장점, 예를 들어, 높은 조 순도, 높은 수율, 높은 입체선택성, 더욱 간소화된 작업, 더 적은 단계, 더 감소된 제조 비용, 및/또는 더 간소화된 하류의 제형화(예를 들어, 절단 후 적은 양의 염(들)) 등을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 보조제는 다른 작용기 및/또는 보호기와의 대안적인 또는 추가적인 화학적 상용성을 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 염기 불안정성 키랄 보조제는 특히 키랄 제어된, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결, 예컨대 n001)의 구축에 유용하며; 일부 경우에, 그들은 예를 들어, 무수 조건 하에서 염기를 이용한 제거와 함께 이용될 때, 높은 입체선택성을 가지고서 유의하게 개선된 수율 및/또는 조 순도를 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이러한 키랄 보조제는 산소 원자(예를 들어, 이는 상응하는 키랄 보조 화합물, 예를 들어, 화학식 I의 화합물에서 -OH 기에 상응함)를 통해 연결 인에 결합되고, 산소 원자가 결합되는 키랄 보조제의 탄소 원자(알파 탄소)는 또한 (다른 기에 더하여; 일부 실시 형태에서, 제2의 탄소) -H에 결합하며, 키랄 보조제의 다음 탄소 원자(베타 탄소)는 하나 또는 2개의 전자 끄는 기에 결합된다. 일부 실시 형태에서, R7은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R2는 하나 또는 2개의 전자 끄는 기를 포함하거나 그렇지 않으면 염기에 의한 키랄 보조제의 제거를 촉진할 수 있다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H이며, R2는 하나 또는 2개의 전자 끄는 기를 포함하며, R6은 -H이며, R7은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H이며, R2는 하나 또는 2개의 전자 끄는 기를 포함하며, R6은 -H이며, R7은 -OH이며, L의 메틸렌 단위는 -C(R3)(R4)-로 대체되며, R3 및 R4 중 하나는 R5와 함께 취해져서 이들의 개재 원자와 함께 본원에 기술된 바와 같은 고리(예를 들어, R5가 있는 질소 원자에 더하여, 0~5개의 헤테로원자를 갖는, 선택적 치환, 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리(예를 들어, R5가 있는 질소 원자 외에 다른 헤테로원자가 없는, 선택적 치환, 3, 4, 5, 또는 6원 단환식 포화 고리)를 형성한다.
당업자가 인지하는 바와 같이, 다양한 전자 끄는 기가 당해 분야에 공지되어 있고, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 전자 끄는 기는 탄소 원자를 포함하고/하거나 예를 들어, -S(O)-, -S(O)2-, -P(O)(R1)-, -P(S)R1-, 또는 -C(O)-를 통해 탄소 원자에 연결된다. 일부 실시 형태에서, 전자 끄는 기는 -CN, -NO2, 할로겐, -C(O)R1, -C(O)OR', -C(O)N(R')2, -S(O)R1, -S(O)2R1, -P(W)(R1)2, -P(O)(R1)2, -P(O)(OR')2, 또는 -P(S)(R1)2이다. 일부 실시 형태에서, 전자 끄는 기는 -CN, -NO2, 할로겐, -C(O)R1, -C(O)OR', -C(O)N(R')2, -S(O)R1, -S(O)2R1, -P(W)(R1)2, -P(O)(R1)2, -P(O)(OR')2, 또는 -P(S)(R1)2 중 하나 이상으로 치환된 아릴 또는 헤테로아릴, 예를 들어, 페닐이다.
일부 실시 형태에서, R2은 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-L"-R'이고, 여기서, L'는 -C(R)2- 또는 선택적 치환 -CH2-이고, L"는 -P(O)(R')-, -P(O)(R')O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(OR')O-, -P(O)[N(R')]-, -P(O)[N(R')]O-, -P(O)[N(R')][N(R')]-, -P(S)(R')-, -S(O)2-, -S(O)2-, -S(O)2O-, -S(O)-, -C(O)-, -C(O)N(R')-, 또는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, L'는 -C(R)2-이다. 일부 실시 형태에서, L'는 선택적 치환 -CH2-이다.
일부 실시 형태에서, L'는 -C(R)2-이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 수소, 또는 C1-C6 지방족, 카르보시클릴, 아릴, 헤테로아릴, 및 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, L'는 -CH2-이다. 일부 실시 형태에서, L"는 -P(O)(R')-, -P(S)(R')-, -S(O)2-이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-C(O)N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-P(O)(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-P(S)(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로, 본 발명(예를 들어, R에 대해 기술된 실시 형태)에 기술된 바와 같은 선택적 치환 지방족, 헤테로지방족, 아릴, 또는 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 선택적 치환 페닐이며, 여기서, 하나 이상의 치환체는 -CN, -OMe, -Cl, -Br 및 -F로부터 독립적으로 선택된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 치환 페닐이며, 여기서, 하나 이상의 치환체는 -CN, -OMe, -Cl, -Br 및 -F로부터 독립적으로 선택된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 치환 페닐이며, 여기서, 치환체는 -CN, -OMe, -Cl, -Br 및 -F로부터 독립적으로 선택된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 일치환된 페닐이며, 여기서 치환체는 -CN, -OMe, -Cl, -Br 및 -F로부터 독립적으로 선택된다. 일부 실시 형태에서, 2개의 R'는 동일하다. 일부 실시 형태에서, 2개의 R'는 상이하다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-S(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-C(O)N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-S(O)2R'이다. 일부 실시 형태에서, R'는 본 발명(예를 들어, R에 대해 기술된 실시 형태)에 기술된 바와 같은 선택적 치환 지방족, 헤테로지방족, 아릴, 또는 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R'는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R'는 선택적 치환 페닐이고, 이때, 하나 이상의 치환체는 독립적으로 -CN, -OMe, -Cl, -Br, 및 -F로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, R'는 치환 페닐이고, 이때, 하나 이상의 치환체는 독립적으로 -CN, -OMe, -Cl, -Br, 및 -F로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, R'는 치환 페닐이고 이때, 각각의 치환체는 독립적으로 -CN, -OMe, -Cl, -Br, 및 -F로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, R'는 모노-치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R'는 모노-치환 페닐이고, 이때, 치환체는 독립적으로 -CN, -OMe, -Cl, -Br, 및 -F로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 치환체는 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, 전자 끄는 기는 -CN, -NO2, 할로겐, -C(O)R1, -C(O)OR', -C(O)N(R')2, -S(O)R1, -S(O)2R1, -P(W)(R1)2, -P(O)(R1)2, -P(O)(OR')2, 또는 -P(S)(R1)2이다.
일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환 -CH2-L"-R이며, 이때, 각각의 L" 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환 -CH(-L"-R)2이며, 여기서, 각각의 L" 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환 -CH(-S-R)2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환 -CH2-S-R이다. 일부 실시 형태에서, 2개의 R 기는 그의 개재 원자와 함께 취해져서 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 개재 헤테로원자에 더하여 0~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5, 6, 7원 고리이다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환
Figure pct00130
이다. 일부 실시 형태에서, R2는
Figure pct00131
이다. 일부 실시 형태에서, -S-는 예를 들어, 염기에 의한 제거를 촉진하기 위해, 예를 들어, 산화에 의해, -S(O)- 또는 -S(O)2-로 전환될 수 있다.
일부 실시 형태에서, R2는 -L'-R'이며, 여기서, 각각의 변수는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CHR-R'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-R'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -C(R')3이다. 일부 실시 형태에서, R'는 선택적 치환 아릴 또는 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R'는 치환 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이때, 하나 이상의 치환체는 독립적으로 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, -L'-은 선택적 치환 -CH2-이고, R'는 R이고, 이때, R은 선택적 치환 아릴 또는 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이때, 하나 이상의 치환체는 독립적으로 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이때, 각각의 치환체는 독립적으로 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개 이상의 치환체로 치환된 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이때, 각각의 치환체는 독립적으로 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, 전자 끄는 기는 -CN, -NO2, 할로겐, -C(O)R1, -C(O)OR', -C(O)N(R')2, -S(O)R1, -S(O)2R1, -P(W)(R1)2, -P(O)(R1)2, -P(O)(OR')2, 또는 -P(S)(R1)2이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00132
이다. 일부 실시 형태에서, R'는 p-NO2Ph-이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00133
이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00134
이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00135
이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00136
이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00137
이다. 일부 실시 형태에서, R2은
Figure pct00138
이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00139
이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00140
이다. 일부 실시 형태에서, R'는 2,4,6-트리클로로페닐이다. 일부 실시 형태에서, R'는 2,4,6-트리플루오로페닐이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH(4-클로로페닐)2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH(R')2이고, 이때, 각각의 R'는
Figure pct00141
이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH(R')2이고, 이때, 각각의 R'는
Figure pct00142
이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)R이다. 일부 실시 형태에서, R'는 CH3C(O)-이다.
일부 실시 형태에서, R2는 -L'-S(O)2R'이며, 여기서, 각각의 변수는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2R'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-S(O)R'이며, 여기서, 각각의 변수는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-C(O)2R'이며, 여기서, 각각의 변수는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-C(O)2R'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-C(O)R'이며, 여기서, 각각의 변수는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, -L'- 는 선택적 치환 -CH2-이고, R'는 R이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아릴 또는 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 페닐, 또는 모노-, 디- 또는 트리-치환 페닐이 아니며, 이때, 각각의 치환체는 -NO2, 할로겐, -CN, -C1-3 알킬, 및 C1-3 알킬옥시로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이때, 하나 이상의 치환체는 독립적으로 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이때, 각각의 치환체는 독립적으로 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개 이상의 치환체로 치환된 아릴 또는 헤테로아릴이고, 이때, 각각의 치환체는 독립적으로 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, 전자 끄는 기는 -CN, -NO2, 할로겐, -C(O)R1, -C(O)OR', -C(O)N(R')2, -S(O)R1, -S(O)2R1, -P(W)(R1)2, -P(O)(R1)2, -P(O)(OR')2, 또는 -P(S)(R1)2이다. 일부 실시 형태에서, R'는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R'는 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00143
이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00144
이다. 일부 실시 형태에서, R'는
Figure pct00145
이다. 일부 실시 형태에서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R'는 t-부틸이다. 일부 실시 형태에서, R'는 이소프로필이다. 일부 실시 형태에서, R'는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2C(O)OMe이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2C(O)Ph이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2C(O)-tBu이다.
일부 실시 형태에서, R2는 -L'-NO2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-NO2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-S(O)2N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-S(O)2NHR'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2NHR'이다. 일부 실시 형태에서, R'는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2NH(CH3)이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -CH2Ph이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2NH(CH2Ph)이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(CH2Ph)2이다. 일부 실시 형태에서, R'는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2NHPh이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(CH3)Ph이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(CH3)2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2NH(CH2Ph)이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2NHPh이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2NH(CH2Ph)이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(CH3)2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(CH3)Ph이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-S(O)2N(R')(OR')이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(R')(OR')이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(CH3)(OCH3)이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(Ph)(OCH3)이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(CH2Ph)(OCH3)이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2N(CH2Ph)(OCH3)이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-S(O)2OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2OPh이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2OCH3이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-S(O)2OCH2Ph이다.
일부 실시 형태에서, R2는 -L'-P(O)(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-P(O)[N(R')2]2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)[N(R')2]2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-P(O)[O(R')2]2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)[O(R')2]2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-P(O)(R')[N(R')2]2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(R')[N(R')2]이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-P(O)(R')[O(R')]이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(R')[O(R')]이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-P(O)(OR')[N(R')2]이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(OR')[N(R')2]이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L'-C(O)N(R')2이며, 여기서, 각각의 변수는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-C(O)N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 R이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 R'는 선택적 치환 지방족이고, 하나의 R은 선택적 치환 아릴이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이고, 하나의 R은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(CH3)Ph이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(CH3)2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(Ph)2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(OCH3)2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(CH2Ph)2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)[N(CH3)Ph]2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)[N(CH3)2]2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)[N(CH2Ph)2]2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(OCH3)2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-P(O)(OPh)2이다.
일부 실시 형태에서, R2는 -L'-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R'는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R'는 페닐이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 시약은
Figure pct00146
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 R1은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 시약은
Figure pct00147
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 R1은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같은 R이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1은 독립적으로 R이며, 여기서 R은 본 발명에 기술된 바와 같은, 선택적 치환 지방족, 아릴, 헤테로지방족, 또는 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -L-R'이며, 여기서 L은 -O-, -S-, 또는 -N(R')이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 시약은
Figure pct00148
의 구조를 갖고, 여기서, 각각의 X1은 독립적으로 -H, 전자 끄는 기, -NO2, -CN, -OR, -Cl, -Br, 또는 -F이고, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 시약은
Figure pct00149
의 구조를 갖고, 여기서, 각각의 X1은 독립적으로 -H, 전자 끄는 기, -NO2, -CN, -OR, -Cl, -Br, 또는 -F이고, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 X1은 독립적으로 -CN, -OR, -Cl, -Br, 또는 -F이고, 여기서, R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH3이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 X1은 독립적으로 전자 끄는 기(예를 들어, -CN, -NO2, 할로겐, -C(O)R1, -C(O)OR', -C(O)N(R')2, -S(O)R1, -S(O)2R1, -P(W)(R1)2, -P(O)(R1)2, -P(O)(OR')2, -P(S)(R1)2 등)이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 시약은
Figure pct00150
의 구조를 가지며, 이때, R1은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 시약은
Figure pct00151
의 구조를 가지며, 이때, R1은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1은 본 발명에 기술된 바와 같은 R이다. 일부 실시 형태에서, R1은 R이며, 여기서 R은 본 발명에 기술된 바와 같은, 선택적 치환 지방족, 아릴, 헤테로지방족, 또는 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -L-R'이며, 여기서 L은 -O-, -S-, 또는 -N(R')이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 시약은
Figure pct00152
의 구조를 갖고, 여기서, X1은 -H, 전자 끄는 기, -NO2, -CN, -OR, -Cl, -Br, 또는 -F이고, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 시약은
Figure pct00153
의 구조를 갖고, 이때, X1은 -H, 전자 끄는 기, -NO2, -CN, -OR, -Cl, -Br, 또는 -F이고, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, X1은 -CN, -OR, -Cl, -Br, 또는 -F이고, 이때, R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH3이다. 일부 실시 형태에서, X1은 전자 끄는 기(예를 들어, -CN, -NO2, 할로겐, -C(O)R1, -C(O)OR', -C(O)N(R')2, -S(O)R1, -S(O)2R1, -P(W)(R1)2, -P(O)(R1)2, -P(O)(OR')2,-P(S)(R1)2 등)이다. 일부 실시 형태에서, X1은, -CN, -NO2, 또는 할로겐이 아닌, 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, X1은 -H, -CN, -NO2, 할로겐, 또는 C1-3 알킬옥시가 아니다.
일부 실시 형태에서, R2는 -CH(R21)-CH(R22)=C(R23)(R24)이며, 여기서, 각각의 R21, R22, R23, 및 R24는 독립적으로 R이다. 일부 실시 형태에서, R22 및 R23은 둘 다 R이고, 2개의 R 기는 그들의 개재 원자와 함께 취해져서 본원에 기술된 바와 같은 선택적 치환 아릴 또는 헤테로아릴 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 치환체는 독립적으로 전자 끄는 기이다. 일부 실시 형태에서, R21 및 R24는 둘 다 R이고, 2개의 R 기는 그들의 개재 원자와 함께 취해져서 본원에 기술된 바와 같은 선택적 치환 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R21 및 R24는 둘 다 R이고, 2개의 R 기는 그들의 개재 원자와 함께 취해져서 본원에 기술된 바와 같은 선택적 치환 포화 또는 부분 포화 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R22 및 R23은 둘 다 R이고, 2개의 R 기는 그들의 개재 원자와 함께 취해져서 본원에 기술된 바와 같은 선택적 치환 아릴 또는 헤테로아릴 고리를 형성하고, R21 및 R24는 둘 다 R이고, 2개의 R 기는 그들의 개재 원자와 함께 취해져서 본원에 기술된 바와 같은 선택적 치환 부분 포화 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R21은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R24는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환
Figure pct00154
이다. 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환
Figure pct00155
이고, 여기서, 각각의 고리 A2는 독립적으로 본원에 기술된 바와 같은 3~15원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리 A2는 본원에 기술된 바와 같은 1~5원 헤테로원자를 갖는, 선택적 치환 5~10원 단환식 아릴 또는 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리 A2는 본원에 기술된 바와 같은 선택적 치환 페닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 일부 실시 형태에서, R2는 선택적 치환
Figure pct00156
이다. 일부 실시 형태에서, R2는
Figure pct00157
이다. 일부 실시 형태에서, R2는
Figure pct00158
이다. 일부 실시 형태에서, R2는
Figure pct00159
이다.
키랄 보조제를 위한 특정 유용한 예시적인 화합물은 예를 들어, 표 1~17에 제시되어 있다. 일부 실시 형태에서, 유용한 화합물은 예를 들어, 표 1~17의 화합물의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 유용한 화합물은 예를 들어, 표 1~17의 화합물의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 염기성 조건 하에서의(예를 들어, 무수 조건 하에서 염기에 의한) 제거를 위한 키랄 보조제에 유용한 화합물은 표 1~17의 화합물, 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 5의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 6의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 7의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 8의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 9의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 10의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 11의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 12의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 13의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 14의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 15의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 16의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 표 17의 화합물 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체이다.
일부 실시 형태에서, 염기와 접촉될 때, 상응하는 화합물이 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물인, 예를 들어, 뉴클레오티드간 연결의, 키랄 보조제 모이어티는 알켄으로서 방출될 수 있는데, 이는 상응하는 화합물로부터의 물 분자의 제거(R7 = -OH 및 R2의 알파-H의 제거)에 의해 형성된 생성물과 동일한 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 이러한 알켄은 (전자 끄는 기)2=C(R1)-L-N(R5)(R6), (전자 끄는 기)H=C(R1)-L-N(R5)(R6), CH(-L"-R')=C(R1)-L-N(R5)(R6)(이때, CH 기는 선택적 치환됨) 또는 Cx=C(R1)-L-N(R5)(R6)(이때, Cx는 선택적 치환
Figure pct00160
이고, 하나 이상의 선택적 치환 고리와 선택적으로 융합될 수 있음)의 구조를 갖고, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Cx는 선택적 치환
Figure pct00161
이다. 일부 실시 형태에서, Cx는
Figure pct00162
이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 알켄은
Figure pct00163
이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 알켄은
Figure pct00164
이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 알켄은
Figure pct00165
이다.
[표 5]
Figure pct00166
Figure pct00167
Figure pct00168
Figure pct00169
Figure pct00170
Figure pct00171
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 5로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 5로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 6]
Figure pct00172
Figure pct00173
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 6으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 6으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 7]
Figure pct00174
Figure pct00175
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 7로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 7로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 8]
Figure pct00176
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 8로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 8로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 9]
Figure pct00177
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 9로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 9로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 10]
Figure pct00178
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 10으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 10으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 11]
Figure pct00179
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 11로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 11로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 12]
Figure pct00180
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 12로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 12로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 13]
Figure pct00181
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 13으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 13으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 14]
Figure pct00182
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 14로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 14로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 15]
Figure pct00183
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 15로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 15로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 16]
Figure pct00184
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 16으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 16 6으로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
[표 17]
Figure pct00185
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 17로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 표 17로부터 선택되는 화합물 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
당업자가 인지하는 바와 같이, 키랄 보조제에 사용되는 경우의 화합물은 전형적으로 입체순수 또는 실질적으로 입체순수하며, 전형적으로 다른 입체이성질체가 실질적으로 없는 단일 입체이성질체로서 사용된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명의 화합물은 입체순수 또는 실질적으로 입체순수하다.
본원에 증명된 바와 같이, 키랄 뉴클레오티드간 연결을 제조하기 위해 사용될 때, 입체선택성을 얻기 위하여, 일반적으로 입체화학적 순수 키랄 시약이 사용된다. 특히, 본 발명은 본원에 기술된 구조를 갖는 것들을 포함한, 입체화학적 순수 키랄 시약을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염은 하나 이상의 키랄 원소를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 제공된 화합물, 또는 이들의 염은 키랄이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 화합물, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염은 본 발명에 기술된 순도의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 화합물, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염은 본 발명에 기술된 입체순도의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 화합물, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염은 본 발명에 기술된 부분입체이성질체 순도의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 화합물, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염은 본 발명에 기술된 거울상 이성질체 순도의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 화합물, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염은 본 발명에 기술된 부분입체이성질체 및 거울상 이성질체 순도의 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염으로부터 제조되고 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물의 키랄 원소를 포함하는 화합물, 예를 들어, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, VI-e, O-I의 화합물, 또는 이들의 염을 제공한다.
다양한 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는 H-X-Ls-R5(또는 H-X-Ls-R5)가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물인 구조의 것이며, 여기서, 선택적으로, R5 또는 R6은 -H 또는 -C(O)R'이다. 다양한 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는 H-X-Ls-R5(또는 H-X-Ls-R5)가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, 또는 I-d의 화합물인 구조의 것이며, 여기서, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H 또는 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물(예를 들어, 예컨대 시약, 생성물, 포스포르아미다이트, 뉴클레오티드간 연결, 올리고뉴클레오티드 등에서의 키랄 보조제에 상응하는 것)은
Figure pct00186
Figure pct00187
_
Figure pct00188
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물은
Figure pct00189
또는
Figure pct00190
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물은
Figure pct00191
또는
Figure pct00192
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물은
Figure pct00193
Figure pct00194
이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물은
Figure pct00195
Figure pct00196
이다. 일부 실시 형태에서, 화합물은
Figure pct00197
이다. 일부 실시 형태에서, 화합물은
Figure pct00198
이다. 일부 실시 형태에서, 화합물은
Figure pct00199
이다. 일부 실시 형태에서, 화합물은
Figure pct00200
이다. 일부 실시 형태에서, 화합물은
Figure pct00201
이다. 일부 실시 형태에서, 화합물은
Figure pct00202
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00203
Figure pct00204
Figure pct00205
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00206
Figure pct00207
Figure pct00208
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00209
Figure pct00210
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00211
,
Figure pct00212
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00213
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00214
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00215
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00216
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00217
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00218
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 화학식 VII의 것이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는 독립적으로
Figure pct00219
,
Figure pct00220
Figure pct00221
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는 독립적으로
Figure pct00222
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는 독립적으로
Figure pct00223
또는
Figure pct00224
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는 독립적으로
Figure pct00225
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00226
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00227
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00228
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5(또는 -X-Ls-R1)는
Figure pct00229
이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H 또는 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이다(예를 들어, 5'-말단으로부터의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 제1 뉴클레오티드간 연결에서). 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다(예를 들어, 생성물 올리고뉴클레오티드에서, 예를 들어, 탈차단 단계, 커플링 단계(선택적으로, 5'-말단으로부터의 제1 뉴클레오티드간 연결은 제외), 변형 전 캡핑 단계, 변형 단계 및/또는 변형 후 캡핑 단계의 생성물 올리고뉴클레오티드에서). 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)CH3이다.
키랄 보조 화합물의 제조 방법은 당업계에 널리 공지되어 있으며 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 표에서의 다수를 포함하여 많은 화합물이 제조되고 특성화되었다. 본원에 기술된 많은 화합물은 키랄 보조제로서 사용되는 경우 높은 입체선택성 및/또는 순도를 제공할 수있다.
포스포르아미다이트
일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 보조제를 포함하는 입체순수 포스포르아미다이트를 포함하는 유용한 포스포르아미다이트를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 이러한 포스포르아미다이트를 이용하는 방법을 제공한다. 많은 실시 형태에서, 키랄 보조제는 키랄 보조제의 부재와 비교하여 연결 인 키랄 중심을 입체선택적으로 형성하는 데 사용되는 키랄적 순수 포스포르아미다이트를 제조하는 데 이용된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 포스포르아미다이트로서 이용될 수 있는 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 화합물, 또는 이들의 염을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 생성물 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 및/또는 키랄 비-제어된 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함할 수 있으며, 이러한 연결에 있어서, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 포스포르아미다이트는 쉽게 이용될 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 핵염기는 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 포스포르아미다이트에서 차단될 수 있으며, 핵염기는 예를 들어 합성 사이클 후 탈차단될 수 있다. 핵염기를 차단 및 탈차단(보호)하는 기술은 당업계에 널리 공지되어 있으며 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 포스포르아미다이트를 제조하는 기술이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 예시적인 기술은 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것을 포함한다. 예시된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 포스포르아미다이트는
Figure pct00230
또는
Figure pct00231
를 포함하는 DPSE-포스포르아미다이트이다. 예시된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 포스포르아미다이트는
Figure pct00232
를 포함하는 PSM-포스포르아미다이트이다.
예를 들어, 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 IV의 구조를 갖는 화합물 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 IV]
Figure pct00233
여기서,
PL은 P(=W), P, 또는 P→B(R')3이며;
W는 O, S 또는 Se이며;
L은 공유 결합, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬렌이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체되며;
L'는 공유 결합, 선택적 치환 2가 C1-3 알킬렌, -C(R3)(R4)-, -C(R3)(R4)-C(R3)(R4)-, -Cy-, 또는 -C(R3)[C(R4)3]-이며;
각각의 R1, R2, R3, R4, 및 R5는 독립적으로 -H, -Ls-R, 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R)3, -OR, -SR, 또는 -N(R)2이며;
각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00234
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
각각의 CyL은 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인, 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
L7은 -O- 또는 -S- 또는 Ls이며;
R1, R2, R3 및 R4 중 적어도 하나는 -H가 아니며;
BA는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C3-30 헤테로시클릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이며;
SU는 -Ls-O- 또는
Figure pct00235
(여기서, SU는 산소 원자를 통하여 인 원자에 연결됨)이며;
각각의 Rs는 독립적으로 -H, 할로겐, -CN, -N3, -NO, -NO2, -Ls-R', -Ls-Si(R)3, -Ls-OR', -Ls-SR', -Ls-N(R')2, -O-Ls-R', -O-Ls-Si(R)3, -O-Ls-OR', -O-Ls-SR', 또는 -O-Ls-N(R')2이며;
t는 0~20이며;
고리 As는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이며;
R5s는 Rs이며;
각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -C(O)OR, 또는 -S(O)2R이며;
각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, PL은 P(=W)이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P→B(R')3이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 키랄 P이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 Rp이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 Sp이다.
일부 실시 형태에서, SU는 -Ls-O-이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00236
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00237
이며, 각각의 R1s, R2s, R3s, R4s 및 R5s는 독립적으로 Rs이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00238
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00239
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00240
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00241
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00242
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 IV의 화합물은 하기 화학식 IV-a의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 IV-a]
Figure pct00243
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IV의 제공된 화합물은 화학식 IV-a의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -Cy-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 단환식 또는 이환식 3~20원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 단환식 또는 이환식 5~20원 헤테로시클릴 고리이며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 2가 테트라히드로푸란 고리이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IV-a에서의 BA는 푸라노스 모이어티의 C1에 결합되며, 화학식 IV-a에서의 -O-는 푸라노스 모이어티의 C3에 결합된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 IV의 화합물은 하기 화학식 IV-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 IV-b]
Figure pct00244
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IV의 제공된 화합물은 화학식 IV-b의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 IV의 화합물은 하기 화학식 IV-c-1의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 IV-c-1]
Figure pct00245
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IV의 제공된 화합물은 화학식 IV-c-1의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 IV의 화합물은 하기 화학식 IV-c-2의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 IV-c-2]
Figure pct00246
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IV의 제공된 화합물은 화학식 IV-c-2의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 IV의 화합물은 하기 화학식 IV-d의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 IV-d]
Figure pct00247
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IV의 제공된 화합물은 화학식 IV-d의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 IV의 화합물은 하기 화학식 IV-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 IV-e]
Figure pct00248
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IV의 제공된 화합물은 화학식 IV-e의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, 또는 IV-e의 화합물은 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, III-b 등의 화합물로부터 제조될 수 있다. 일부 실시 형태에서,
Figure pct00249
는 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, III-b 등에 대하여 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, 또는 IV-e의 화합물은
Figure pct00250
가 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, 또는 I-e의 구조를 갖는 화합물, 또는 이의 염이 되도록 하는 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 IVa의 구조를 갖는 화합물 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 IVa]
Figure pct00251
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 IVa-a의 구조를 갖는 화합물 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 IVa-a]
Figure pct00252
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IVa의 화합물은 화학식 IVa-a의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 IVa-b의 구조를 갖는 화합물, 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 IVa-b]
Figure pct00253
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IVa의 화합물은 화학식 IVa-b의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 IVa-c-1의 구조를 갖는 화합물, 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 IVa-c-1]
Figure pct00254
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IVa의 화합물은 화학식 IVa-c-1의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 IVa-c-2의 구조를 갖는 화합물 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 IVa-c-2]
Figure pct00255
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IVa의 화합물은 화학식 IVa-c-2의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 IVa-d의 구조를 갖는 화합물 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 IVa-d]
Figure pct00256
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IVa의 화합물은 화학식 IVa-d의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 IVa-e의 구조를 갖는 화합물, 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 IVa-e]
Figure pct00257
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IVa의 화합물은 화학식 IVa-e의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, L7은 -O-이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1, R5 및 R6은 독립적으로 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R5 및 R6은 동일하다. 일부 실시 형태에서, PL은 P이다. 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 키랄 원소를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, -N(R5)(R6)은 키랄 원소를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, -L7-R1 및 -N(R5)(R6)은 키랄 원소를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 -O-CH2CH2-CN이다. 일부 실시 형태에서, -N(R5)(R6)은 -N(i-Pr)2이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, 또는 IVa-e의 화합물, 또는 이의 염은 키랄 비-제어된 올리고뉴클레오티드 합성, 예를 들어, 전통적인 포스포르아미다이트 화학을 이용한 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 포스포르아미다이트이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R5는 R이며, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 키랄 원소를 포함하며, 화학식 IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, 또는 IVa-e의 화합물, 또는 이의 염은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 합성에 이용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 V의 구조를 갖는 화합물 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 V]
Figure pct00258
여기서,
PL은 P(=W), P, 또는 P→B(R')3이며;
W는 O, S 또는 Se이며;
고리 A는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이며;
각각의 R1, R2, R3, R4, 및 R5는 독립적으로 -H, -Ls-R, 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R)3, -OR, -SR, 또는 -N(R)2이며;
각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00259
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
각각의 CyL은 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인, 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
t는 0~20이며;
L8은 -L-O-, -L-C(R1)(R2)-O-, 또는 -Ls-O-이며;
L은 공유 결합, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬렌이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체되며;
L'는 공유 결합, 선택적 치환 2가 C1-3 알킬렌, -C(R3)(R4)-, -C(R3)(R4)-C(R3)(R4)-, -Cy-, 또는 -C(R3)[C(R4)3]-이며;
BA는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C3-30 헤테로시클릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이며;
SU는 -Ls-O- 또는
Figure pct00260
(여기서, SU는 산소 원자를 통하여 인 원자에 연결됨)이며;
R5s는 Rs이며;
각각의 Rs는 독립적으로 -H, 할로겐, -CN, -N3, -NO, -NO2, -Ls-R', -Ls-Si(R)3, -Ls-OR', -Ls-SR', -Ls-N(R')2, -O-Ls-R', -O-Ls-Si(R)3, -O-Ls-OR', -O-Ls-SR', 또는 -O-Ls-N(R')2이며;
고리 As는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이며;
각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -C(O)OR, 또는 -S(O)2R이며;
각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, PL은 P(=W)이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P→B(R')3이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 키랄 P이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 Rp이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 Sp이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 V의 화합물은 하기 화학식 V-a의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 V-a]
Figure pct00261
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 V의 제공된 화합물은 화학식 V-a의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 V의 화합물은 하기 화학식 V-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 V-b]
Figure pct00262
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 V의 제공된 화합물은 화학식 V-b의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 V의 화합물은 하기 화학식 V-c-1의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 V-c-1]
Figure pct00263
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 V의 제공된 화합물은 화학식 V-c-1의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 V의 화합물은 하기 화학식 V-c-2의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 V-c-2]
Figure pct00264
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 V의 제공된 화합물은 화학식 V-c-2의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 V의 화합물은 하기 화학식 V-d의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 V-d]
Figure pct00265
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 V의 제공된 화합물은 화학식 V-d의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 V의 화합물은 하기 화학식 V-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 V-e]
Figure pct00266
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 V의 제공된 화합물은 화학식 V-e의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 화학식 V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, 또는 V-e의 화합물은 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, III-b 등의 화합물로부터 제조될 수 있다. 일부 실시 형태에서,
Figure pct00267
는 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, III-b 등에 대하여 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, 또는 IV-e의 화합물은
Figure pct00268
가 II, II-a, 또는 II-b의 구조를 갖는 화합물이 되도록 하는 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 화학식 VI의 구조를 갖는 화합물 또는 이의 염을 제공한다:
[화학식 VI]
Figure pct00269
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 VI의 화합물은 하기 화학식 VI-a의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 VI-a]
Figure pct00270
여기서, 고리 A'는 PL의 P에 결합된 고리 질소 원자를 포함하는 고리 A이며, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VI의 제공된 화합물은 화학식 VI-a의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 VI의 화합물은 하기 화학식 VI-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 VI-b]
Figure pct00271
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VI의 제공된 화합물은 화학식 VI-b의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 VI의 화합물은 하기 화학식 VI-c-1의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 VI-c-1]
Figure pct00272
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VI의 제공된 화합물은 화학식 VI-c-1의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 VI의 화합물은 하기 화학식 VI-c-2의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 VI-c-2]
Figure pct00273
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VI의 제공된 화합물은 화학식 VI-c-2의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 VI의 화합물은 하기 화학식 VI-d의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 VI-d]
Figure pct00274
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VI의 제공된 화합물은 화학식 VI-d의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 VI의 화합물은 하기 화학식 VI-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 VI-e]
Figure pct00275
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VI의 제공된 화합물은 화학식 VI-e의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 화학식 VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 화합물은 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, III-b 등의 화합물로부터 제조될 수 있다. 일부 실시 형태에서,
Figure pct00276
는 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, III-b 등에 대하여 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 화합물은
Figure pct00277
가 III, III-a, 또는 III-b의 구조를 갖는 화합물이 되도록 하는 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 포스포르아미다이트가 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는 경우, PL은 P이다.
일부 실시 형태에서, 비-입체제어된 커플링을 위한 포스포르아미다이트는 구조
Figure pct00278
의 것이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 화합물, 예를 들어 포스포르아미다이트는
Figure pct00279
Figure pct00280
의 구조를 갖고, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화합물, 예를 들어 포스포르아미다이트는
Figure pct00281
Figure pct00282
Figure pct00283
Figure pct00284
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 커플링을 위한 키랄 포스포르아미다이트는
Figure pct00285
Figure pct00286
의 구조를 갖고, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 또는 R2는 본 발명에 기술된 바와 같은 전자 끄는 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 커플링을 위한 키랄 포스포르아미다이트는
Figure pct00287
Figure pct00288
의 구조를 갖고, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1은 본 발명에 기술된 바와 같은 R'이다. 일부 실시 형태에서, R1은 본 발명에 기술된 바와 같은 R이다. 일부 실시 형태에서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서,R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, R은 메틸이며; 일부 실시 형태에서, R은 이소프로필이며; 일부 실시 형태에서, R은 t-부틸이며; 기타 등등이다.
일부 실시 형태에서, R5s-Ls-는 R'O-이다. 일부 실시 형태에서, R'O-는 DMTrO-이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R4s 및 R2s는 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 가교체 -L-O-를 형성한다. 일부 실시 형태에서, -O-는 2' 위치에서 탄소에 연결된다. 일부 실시 형태에서, L은 -CH2-이다. 일부 실시 형태에서, L은 -CH(Me)-이다. 일부 실시 형태에서, L은 -(R)-CH(Me)-이다. 일부 실시 형태에서, L은 -(S)-CH(Me)-이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -MOE이다. 당업자가 인지하는 바와 같이, BA는 합성하는 동안 적절하게 보호될 수 있다.
핵염기
다양한 핵염기가 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 핵염기, 예를 들어 BA는 천연 핵염기이고, 가장 일반적으로 나타나는 것은 A, T, C, G 및 U이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 A, T, C, G 또는 U가 아니라는 점에서 변형 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U, 예를 들어, 5mC, 5-히드록시메틸 C 등이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 알킬-치환된 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 A이다. 실시 형태에서, 핵염기는 T이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 C이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 G이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 U이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 5mC이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 치환된 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 A, T, C, G 또는 U의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 치환은 올리고뉴클레오티드 합성 동안 원치 않는 반응을 최소화하기 위해 핵염기 내의 특정 작용기를 보호한다. 올리고뉴클레오티드 합성에서의 핵염기 보호에 적합한 기술은 당업계에 널리 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, BAPRO는 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 핵염기 또는 보호된 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성을 개선시킨다. 예를 들어, 많은 경우에 C 대신 5mC를 사용하여 특정한 원치 않는 생물학적 효과, 예를 들어 면역 반응을 조절할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 서열 동일성을 결정할 때, 동일한 수소 결합 패턴을 갖는 치환된 핵염기는 비치환된 핵염기와 동일하게 처리되며, 예를 들어 5mC는 C와 동일하게 처리될 수 있다[예를 들어, C 대신 5mC를 갖는 올리고뉴클레오티드(예를 들어, AT5mCG)는 상응하는 위치(들)에 C를 갖는 올리고뉴클레오티드(예를 들어, ATCG)와 동일한 염기 서열을 갖는 것으로 간주된다].
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 A, T, C, G 또는 U를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 5-메틸시티딘, 5-히드록시메틸시티딘, 5-포르밀시토신, 또는 5-카르복실시토신을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 5-메틸시티딘을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G 및 U, 및 A, T, C, G 및 U의 선택적 치환 호변이성질체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 선택적 보호 A, T, C, G 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 선택적 보호 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 핵염기는 A, T, C, G, U, 및 5mC로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 2AP 또는 DAP이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 2AP이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 DAP이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 2AP이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 DAP이다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 다양한 핵염기, 예를 들어 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 것이 당업계에 공지되어 있고 본 발명에 따라 이용될 수 있으며, 이들 각각의 당, 염기, 및 뉴클레오티드간 연결 변형은 독립적으로 본원에 참고로 포함된다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호되고 올리고뉴클레오티드 합성에 유용하다.
일부 실시 형태에서, 핵염기는 천연 핵염기 또는 천연 핵염기로부터 유도된 변형된 핵염기이다. 예는 우라실, 티민, 아데닌, 시토신 및 구아닌(선택적으로, 이들 각각의 아미노기는 아실 보호기로 보호됨), 2-플루오로우라실, 2-플루오로시토신, 5-브로모우라실, 5-요오도우라실, 2,6-디아미노퓨린, 아자시토신, 피리미딘 유사체, 예컨대 슈도이소시토신 및 슈도우라실 및 기타 변형 핵염기, 예컨대 8-치환 퓨린, 잔틴 또는 하이포잔틴(후자의 두 가지는 자연 분해 산물임)을 포함한다. 변형 핵염기의 특정한 예가 문헌[Chiu and Rana, RNA, 2003, 9, 1034-1048], 문헌[Limbach et al. Nucleic Acids Research, 1994, 22, 2183-2196] 및 문헌[Revankar and Rao, Comprehensive Natural Products Chemistry, vol. 7, 313]에 개시되어 있다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 치환 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 또는 구아닌이다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는, 예를 들어 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 또는 구아닌의 수소 결합 및/또는 염기쌍 형성 면에서의 작용성 대체물이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 5-메틸시토신, 또는 구아닌이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 5-메틸시토신, 또는 구아닌이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 5-메틸시토신을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 각각의 시토신이 선택적으로, 그리고 독립적으로 5-메틸시토신으로 대체되거나 그 반대도 가능하다는 것을 제외하고는 염기 서열이 본원, 예를 들어 표 1에 개시되어 있는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 5mC는 올리고뉴클레오티드의 염기 서열과 관련하여 C로 처리될 수 있다(이러한 올리고뉴클레오티드는 C 위치에서 핵염기 변형을 포함한다)(예를 들어, 표 1의 다양한 올리고뉴클레오티드 참조). 올리고뉴클레오티드의 설명에서, 전형적으로 달리 언급되지 않는 한, 핵염기, 당 및 뉴클레오티드간 연결은 비변형된다. 예를 들어, 예시적인 올리고뉴클레오티드 Aeo5mCeo *S T *R G에서, Aeo 및 m5Ceo는 표시된 바와 같이 변형된다(A 및 C는 각각 2'-MOE 변형되고, C는 또한 5-메틸 변형되며; T 및 G는 각각 핵염기 T 및 G를 포함하는 비변형 데옥시리보뉴클레오시드이며(예를 들어, 천연 DNA에서 일반적으로 나타나는 바와 같음; 당 또는 염기 변형 없음); 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로, 달리 표시되지 않는 한(예를 들어, *S로 표시되는 바와 같은 뉴클레오치스 5mCeo와 T 사이의 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, *R로 표시되는 바와 같은 뉴클레오시드 T와 G 사이의 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결), 천연 포스페이트 연결(예를 들어, 뉴클레오시드 Aeo와 5mCeo 사이의 천연 포스페이트 연결)이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 염기는 선택적 치환 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민, 또는 우라실, 또는 이들의 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 다음과 같은 하나 이상의 변형에 의해 변형된 변형 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민 또는 우라실이다:
(1) 핵염기는 아실, 할로겐, 아미노, 아지드, 알킬, 알케닐, 알키닐, 아릴, 헤테로알킬, 헤테로알케닐, 헤테로알키닐, 헤테로시클릴, 헤테로아릴, 카르복실, 히드록실, 비오틴, 아비딘, 스트렙타비딘, 치환 실릴, 및 이들의 조합으로부터 독립적으로 선택되는 하나 이상의 선택적 치환 기로 변형됨;
(2) 핵염기의 하나 이상의 원자는 탄소, 질소 및 황으로부터 선택되는 상이한 원자로 독립적으로 대체됨;
(3) 핵염기 내의 하나 이상의 이중 결합은 독립적으로 수소화됨; 또는
(4) 하나 이상의 아릴 또는 헤테로아릴 고리는 독립적으로 핵염기 내로 삽입됨.
일부 실시 형태에서, 염기는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U이며, 여기서, 하나 이상의 -NH2는 독립적으로 그리고 선택적으로 -C(-L-R1)3으로 대체되며, 하나 이상의 -NH-는 독립적으로 그리고 선택적으로 -C(-L-R1)2-로 대체되며, 하나 이상의 =N-은 독립적으로 그리고 선택적으로 -C(-L-R1)-로 대체되며, 하나 이상의 =CH-는 독립적으로 그리고 선택적으로 =N-으로 대체되며, 하나 이상의 =O는 독립적으로 그리고 선택적으로 =S, =N(-L-R1), 또는 =C(-L-R1)2로 대체되며, 2개 이상의 -L-R1은 선택적으로 그의 개재 원자와 함께 취해져서 0~10개의 헤테로원자 고리 원자를 갖는 3~30원 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 염기는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U이며, 여기서, 하나 이상의 -NH2는 독립적으로 그리고 선택적으로 -C(-L-R1)3으로 대체되며, 하나 이상의 -NH-는 독립적으로 그리고 선택적으로 -C(-L-R1)2-로 대체되며, 하나 이상의 =N-은 독립적으로 그리고 선택적으로 -C(-L-R1)-로 대체되며, 하나 이상의 =CH-는 독립적으로 그리고 선택적으로 =N-으로 대체되며, 하나 이상의 =O는 독립적으로 그리고 선택적으로 =S, =N(-L-R1), 또는 =C(-L-R1)2로 대체되며, 2개 이상의 -L-R1은 선택적으로 그의 개재 원자와 함께 취해져서 0~10개의 헤테로원자 고리 원자를 갖는 3~30원 이환식 또는 다환식 고리를 형성하며, 변형된 염기는 천연 A, T, C, G 및 U와 상이하다. 일부 실시 형태에서, 염기는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 염기는 치환 A, T, C, G 또는 U이며, 여기서, 변형된 염기는 천연 A, T, C, G 및 U와 상이하다.
일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 당업계, 예를 들어, WO2017/210647에 공지된 변형 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 하나 이상의 아릴 및/또는 헤테로아릴 고리, 예컨대 페닐 고리가 부가된 확장된 크기의 핵염기이다. 핵염기 대체를 포함하는 변형된 핵염기의 특정 예는 Glen Research 카탈로그(Glen Research, 미국 버지니아주 스털링 소재); 문헌[Krueger AT et al, Acc. Chem. Res., 2007, 40, 141-150]; 문헌[Kool, ET, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 936-943]; 문헌[Benner S.A., et al., Nat. Rev. Genet., 2005, 6, 553-543]; 문헌[Romesberg, F.E., et al., Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 723-733]; 또는 문헌[Hirao, I., Curr. Opin. Chem. Biol., 2006, 10, 622-627]에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 확장된 크기의 핵염기는 예를 들어 WO2017/210647에 기술된 확장된 크기의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 코린- 또는 포르피린-유도된 고리와 같은 모이어티이다. 특정한 포르피린-유도된 염기 대체는 예를 들어 문헌[Morales-Rojas, H and Kool, ET, Org. Lett., 2002, 4, 4377-4380]에 기술된 바 있다. 일부 실시 형태에서, 포르피린-유도된 고리는 예를 들어 WO2017/219647에 기술된 포르피린-유도된 고리이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 예를 들어 WO2017/219647에 기술된 변형 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 형광 핵염기이다. 이러한 형광 변형 핵염기의 예는 페난트렌, 피렌, 스틸벤, 이소잔틴, 이소잔토프테린, 테르페닐, 테르티오펜, 벤조테르티오펜, 쿠마린, 루마진, 테더링(tethered) 스틸벤, 벤조-우라실, 나프토-우라실 등, 및 예를 들어 WO2017/210647에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 핵염기 또는 변형 핵염기는 다음으로부터 선택된다: C5-프로핀 T, C5-프로핀 C, C5-티아졸, 페녹사진, 2-티오-티민, 5-트리아졸릴페닐-티민, 디아미노퓨린, 및 N2-아미노프로필구아닌.
일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 5-치환 피리미딘, 6-아자피리미딘, 알킬 또는 알키닐 치환 피리미딘, 알킬 치환 퓨린, 및 N-2, N-6 및 0-6 치환 퓨린으로부터 선택된다. 특정 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 2-아미노프로필아데닌, 5-히드록시메틸 시토신, 잔틴, 하이포잔틴, 2-아미노아데닌, 6-N-메틸구아닌, 6-N- 메틸아데닌, 2-프로필아데닌, 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오시토신, 5-프로피닐(-C≡C-CH3) 우라실, 5-프로피닐시토신, 6-아조우라실, 6-아조시토신, 6-아조티민, 5-리보실우라실(슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-히드록실, 8-아자 및 기타 8-치환 퓨린, 5-할로, 특히 5-브로모, 5-트리플루오로메틸, 5-할로우라실, 및 5-할로시토신, 7-메틸구아닌, 7-메틸아데닌, 2-F-아데닌, 2-아미노아데닌, 7-데아자구아닌, 7-데아자아데닌, 3-데아자구아닌, 3-데아자아데닌, 6-N- 벤조일아데닌, 2-N-이소부티릴구아닌, 4-N-벤조일시토신, 4-N-벤조일우라실, 5-메틸 4-N- 벤조일시토신, 5-메틸 4-N-벤조일우라실, 범용 염기, 소수성 염기, 무차별 염기, 크기-확장된 염기, 및 플루오르화 염기로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 삼환식 피리미딘, 예컨대 1,3-디아자페녹사진-2-온, 1,3-디아자페노티아진-2-온 또는 9-(2-아미노에톡시)-1,3-디아자페녹사진-2-온(G-clamp)이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 퓨린 또는 피리미딘 염기가 다른 복소환으로 대체된 것, 예를 들어, 7-데아자-아데닌, 7-데아자구아노신, 2-아미노피리딘 또는 2-피리돈이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 US 3687808, 문헌[The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859]; 문헌[Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613]; 문헌[Sanghvi, Y.S., Chapter 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. and Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288]; 또는 문헌[Chapters 6 and 15, Antisense Drug Technology, Crooke S.T., Ed., CRC Press, 2008, 163-166 and 442-443]에 개시된 것이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기 및 이의 방법은 US 20030158403, US 3687808, US 4845205, US 5130302, US 5134066, US 5 175273, US 5367066, US 5432272, US 5434257, US 5457187, US 5459255, US 5484908, US 5502177, US 5525711, US 5552540, US 5587469, US 5594 121, US 5596091, US 5614617, US 5645985, US 5681941, US 5750692, US 5763588, US 5830653, 또는 US 6005096에 기술된 것이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는, 예를 들어, 헤테로원자, 알킬 기 또는 연결 모이어티(형광 모이어티, 비오텐 또는 아비딘 모이어티, 또는 다른 단백질 또는 펩티드에 연결됨)를 포함하도록 치환된다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 가장 고전적인 의미에서는 핵염기가 아니고 핵염기와 유사하게 기능하는 "범용 염기"이다. 범용 염기의 하나의 예로는 3-니트로피롤이 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술에서 이용될 수 있는 뉴클레오시드는 변형된 핵염기 및/또는 변형된 당을 포함한다(예를 들어, 4-아세틸시티딘; 5-(카르복시히드록실메틸)우리딘; 2′-O-메틸시티딘; 5-카르복시메틸아미노메틸-2-티오우리딘; 5-카르복시메틸아미노메틸우리딘; 디히드로우리딘; 2′-O-메틸슈도우리딘; 베타,D-갈락토실큐에오신; 2′-O-메틸구아노신; N6-이소펜테닐아데노신; 1-메틸아데노신; 1-메틸슈도우리딘; 1-메틸구아노신; l-메틸이노신; 2,2-디메틸구아노신; 2-메틸아데노신; 2-메틸구아노신; N7-메틸구아노신; 3-메틸-시티딘; 5-메틸시티딘; 5-히드록시메틸시티딘; 5-포르밀시토신; 5-카르복실시토신; N6-메틸아데노신; 7-메틸구아노신; 5-메틸아미노에틸우리딘; 5-메톡시아미노메틸-2-티오우리딘; 베타,D-만노실큐에오신; 5-메톡시카르보닐메틸우리딘; 5-메톡시우리딘; 2-메틸티오-N6-이소펜테닐아데노신; N-((9-베타,D-리보푸라노실-2-메틸티오퓨린-6-일)카르바모일)트레오닌; N-((9-베타,D-리보푸라노실퓨린-6-일)-N-메틸카르바모일)트레오닌; 우리딘-5-옥시아세트산 메틸에스테르; 우리딘-5-옥시아세트산 (v); 슈도우리딘; 큐에오신; 2-티오시티딘; 5-메틸-2-티오우리딘; 2-티오우리딘; 4-티오우리딘; 5-메틸우리딘; 2′-O-메틸-5-메틸우리딘; 및 2′-O-메틸우리딘).
일부 실시 형태에서, 핵염기, 예를 들어 변형 핵염기는 하나 이상의 생체 분자 결합 모이어티, 예를 들어, 항체, 항체 단편, 비오틴, 아비딘, 스트렙타비딘, 수용체 리간드, 또는 킬레이팅 모이어티를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 핵염기는 5-브로모우라실, 5-요오도우라실, 또는 2,6-디아미노퓨린이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 형광 또는 생체 분자 결합 모이어티에 의한 치환을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 치환체는 형광 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 치환체는 비오틴 또는 아비딘이다.
핵염기 및 관련 방법의 특정한 예가 US 3687808, 4845205, US 513030, US 5134066, US 5175273, US 5367066, US 5432272, US 5457187, US 5457191, US 5459255, US 5484908, US 5502177, US 5525711, US 5552540, US 5587469, US 5594121, US 5596091, US 5614617, US 5681941, US 5750692, US 6015886, US 6147200, US 6166197, US 6222025, US 6235887, US 6380368, US 6528640, US 6639062, US 6617438, US 7045610, US 7427672, US 또는 US 7495088에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 핵염기, 당, 뉴클레오시드, 및/또는 뉴클레오티드간 연결은 다음 문헌 중 임의의 것에 기술되어 있다: 문헌[Gryaznov, S; Chen, J.-K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143]; 문헌[Hendrix et al. 1997 Chem. Eur. J. 3: 110]; 문헌[Hyrup et al. 1996 Bioorg. Med. Chem. 4: 5]; 문헌[Jepsen et al. 2004 Oligo. 14: 130-146]; 문헌[Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983]; 문헌[Koizumi et al. 2003 Nuc. Acids Res. 12: 3267-3273]; 문헌[Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630]; 문헌[Kumar et al. 1998 Bioo. Med. Chem. Let. 8: 2219-2222]; 문헌[Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531]; 문헌[Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256]; 문헌[Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226]; 문헌[Morita et al. 2001 Nucl. Acids Res. Supp. 1: 241-242]; 문헌[Morita et al. 2002 Bioo. Med. Chem. Lett. 12: 73-76]; 문헌[Morita et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 2211-2226]; 문헌[Nielsen et al. 1997 Chem. Soc. Rev. 73]; 문헌[Nielsen et al. 1997 J. Chem. Soc. Perkins Transl. 1: 3423-3433]; 문헌[Obika et al. 1997 Tetrahedron Lett. 38 (50): 8735-8]; 문헌[Obika et al. 1998 Tetrahedron Lett. 39: 5401-5404]; 문헌[Pallan et al. 2012 Chem. Comm. 48: 8195-8197]; 문헌[Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81]; 문헌[Rajwanshi et al. 1999 Chem. Commun. 1395-1396]; 문헌[Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966]; 문헌[Seth et al. 2009 J. Med. Chem. 52: 10-13]; 문헌[Seth et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 8309-8318]; 문헌[Seth et al. 2010 J. Org. Chem. 75: 1569-1581]; 문헌[Seth et al. 2012 Bioo. Med. Chem. Lett. 22: 296-299]; 문헌[Seth et al. 2012 Mol. Ther-Nuc. Acids. 1, e47]; 문헌[Seth, Punit P; Siwkowski, Andrew; Allerson, Charles R; Vasquez, Guillermo; Lee, Sam; Prakash, Thazha P; Kinberger, Garth; Migawa, Michael T; Gaus, Hans; Bhat, Balkrishen; et al. From Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52(1), 553-554]; 문헌[Singh et al. 1998 Chem. Comm. 1247-1248]; 문헌[Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 10035-39]; 문헌[Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 6078-6079]; 문헌[Sorensen 2003 Chem. Comm. 2130-2131]; 문헌[Ts'o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220]; 문헌[Van Aerschot et al. 1995 Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 34: 1338]; 문헌[Vasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006]; WO 2007090071; 또는 WO 2016/079181.
일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기, 뉴클레오시드 또는 뉴클레오티드는 다음 중 임의의 것에 기술되어 있다: 문헌[Feldman et al. 2017 J. Am. Chem. Soc. 139: 11427-11433], 문헌[Feldman et al. 2017 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114: E6478-E6479], 문헌[Hwang et al. 2009 Nucl. Acids Res. 37: 4757-4763], 문헌[Hwang et al. 2008 J. Am. Chem. Soc. 130: 14872-14882], 문헌[Lavergne et al. 2012 Chem. Eur. J. 18: 1231-1239], 문헌[Lavergne et al. 2013 J. Am. Chem. Soc. 135: 5408-5419], 문헌[Ledbetter et al. 2018 J. Am. Chem. Soc. 140: 758-765], 문헌[Malyshev et al. 2009 J. Am. Chem. Soc. 131: 14620-14621], 문헌[Seo et al. 2009 Chem. Bio. Chem. 10: 2394-2400](예를 들어, d3FB, d2Py 유사체, d2Py, d3MPy, d4MPy, d5MPy, d34DMPy, d35DMPy, d45DMPy, d5FM, d5PrM, d5SICS, dFEMO, dMMO2, dNaM, dNM01, dTPT3, 2'-아지도, 2'-클로로, 2'-아미노 또는 아라비노스 당을 갖는 뉴클레오티드, 이소카르보스티릴-, 나프틸- 및 아자인돌-뉴클레오티드, 및 이들의 변형 및 유도체 및 작용화 버전, 예를 들어, 당이 2'-변형 및/또는 기타 변형을 포함하는 것, 및 메타-염소, -브롬, -요오드, -메틸, 또는 -프로피닐 치환체를 갖는 dMMO2 유도체).
일부 실시 형태에서, 핵염기는 헤테로원자 고리 원자를 포함하는 하나 이상의 선택적 치환 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 질소 고리 원자를 포함하는 하나 이상의 선택적 치환 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 고리는 방향족이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 헤테로원자를 통해 당에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 질소 원자를 통해 당에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 고리 질소 원자를 통해 당에 결합된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00289
Figure pct00290
또는 이의 호변이성질체로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00291
또는
Figure pct00292
로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00293
Figure pct00294
, 및 이들의 호변이성질체 형태로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00295
로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00296
및 이들의 호변이성질체로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00297
Figure pct00298
로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00299
Figure pct00300
, 및 이들의 호변이성질체 형태로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00301
로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00302
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00303
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00304
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00305
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00306
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00307
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00308
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00309
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00310
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는 선택적 치환
Figure pct00311
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00312
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00313
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00314
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00315
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00316
이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00317
Figure pct00318
로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00319
,
Figure pct00320
로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00321
로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00322
로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는 선택적 치환
Figure pct00323
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는 선택적 치환
Figure pct00324
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는 선택적 치환
Figure pct00325
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는 선택적 치환
Figure pct00326
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는 선택적 치환
Figure pct00327
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는
Figure pct00328
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는
Figure pct00329
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는
Figure pct00330
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는
Figure pct00331
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기는
Figure pct00332
이다. 일부 실시 형태에서, BA는 본원에 기술된 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 핵염기이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기는
Figure pct00333
Figure pct00334
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00335
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00336
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00337
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00338
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00339
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00340
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00341
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00342
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 핵염기, 예를 들어, BA는
Figure pct00343
이다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 -Ac이다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 -Bz이다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 핵염기의 경우 -iBu이다.
일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 퓨린 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 퓨린 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 아데닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 아데닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 구아닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 구아닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 티민 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 티민 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 우라실 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 우라실 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 5-메틸시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 5-메틸시토신 잔기이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 US 5552540, US 6222025, US 6528640, US 4845205, US 5681941, US 5750692, US 6015886, US 5614617, US 6147200, US 5457187, US 6639062, US 7427672, US 5459255, US 5484908, US 7045610, US 3687808, US 5502177, US 5525711 6235887, US 5175273, US 6617438, US 5594121, US 6380368, US 5367066, US 5587469, US 6166197, US 5432272, US 7495088, US 5134066, 또는 US 5596091에 기술된 변형 핵염기를 포함한다.
당
변형된 당을 비롯한 다양한 당이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드에 혼입될 때 개선된 특성 및/또는 활성을 제공할 수 있는 다른 구조적 요소(예를 들어, 뉴클레오티드간 연결 변형 및 이의 패턴, 이의 백본 키랄 중심의 패턴 등)와 선택적으로 조합된 당 변형 및 이의 패턴을 포함한다.
가장 일반적인 천연 발생 뉴클레오시드는 리보스 당(예를 들어, RNA에서) 또는 데옥시리보스 당(예를 들어, DNA에서)이 핵염기인 아데노신(A), 시토신(C), 구아닌(G), 티민(T) 또는 우라실(U)에 연결된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 당, 예를 들어 많은 올리고뉴클레오티드의 다양한 당(달리 언급하지 않는 한)은 천연 DNA 당(DNA 핵산 또는 올리고뉴클레오티드에서
Figure pct00344
의 구조를 가지며, 여기서, 핵염기는 1' 위치에 부착되고, 3' 및 5' 위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결되며(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단의 경우 5' 위치는 5'-말단 기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있고, 올리고뉴클레오티드의 3'-말단의 경우 3' 위치는 3'-말단 기(예를 들어, -OH, 올리고뉴클레오티드 합성 동안 지지체(선택적으로 링커를 통해) 등)에 연결될 수 있음)이다. 일부 실시 형태에서, 당은 천연 RNA 당(RNA 핵산 또는 올리고뉴클레오티드에서
Figure pct00345
의 구조를 가지며, 여기서, 핵염기는 1' 위치에 부착되고, 3' 및 5' 위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결되며(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드의 5'-말단의 경우 5' 위치는 5'-말단 기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있고, 올리고뉴클레오티드의 3'-말단의 경우 3' 위치는 3'-말단 기(예를 들어, -OH, 올리고뉴클레오티드 합성 동안 지지체(선택적으로 링커를 통해) 등)에 연결될 수 있음)이다. 일부 실시 형태에서, 당은 천연 DNA 당 또는 천연 RNA 당이 아니라는 점에서 변형된 당이다. 특히, 변형된 당은 향상된 안정성을 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당을 이용하여 하나 이상의 혼성화 특성을 변경 및/또는 최적화할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당을 이용하여 표적 인식을 변경 및/또는 최적화할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당을 이용하여 Tm을 최적화할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당을 이용하여 올리고뉴클레오티드 활성을 개선시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 천연 RNA 당에서 2'-OH를 대체한다. 예시적인 2'-변형, 예를 들어 2'-F, 2'-OMe, 2'-MOE 등이 본원에 기술되어 있다.
당은 다양한 위치에서 뉴클레오티드간 연결에 결합될 수 있다. 비-제한적인 예로서, 뉴클레오티드간 연결은 당의 2', 3', 4' 또는 5' 위치에 결합될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 천연 핵산에서 가장 일반적인 바와 같이, 뉴클레오티드간 연결은 5' 위치에서 하나의 당과 연결되고, 3' 위치에서 또 다른 당과 연결된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00346
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00347
이며, Ls는 -C(R5s)2-이며, 여기서, 각각의 R5s는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 천연 DNA 또는 RNA 당이다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환
Figure pct00348
이다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00349
이며, 여기서, 2' 위치는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00350
이다. 일부 실시 형태에서, 당, 예를 들어,
Figure pct00351
등은
Figure pct00352
Figure pct00353
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 Lb는 독립적으로 Ls이며, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, C1은 핵염기에 결합되고, C3 및 C5는 뉴클레오티드간 연결에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00354
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00355
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2s는 2'-변형이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은 이환식 당, 예를 들어, R2s 및 R4s가 함께 선택적 치환 고리(본 발명에 기술된 바와 같음)를 형성한 당, 구조가 Lb, LNA 당, BNA 당, cEt 당 등을 포함하는 당이다. 일부 실시 형태에서, 당 탄소 원자(들) 상의 2개의 치환체는 함께 이환식 당을 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개의 치환체는 2개의 상이한 당 탄소 원자 상에 있다(예를 들어, R2s 및 R4s). 일부 실시 형태에서, -Lb-Lb-는 -O-Lb-이다. 일부 실시 형태에서, -Lb-Lb-는 2'-O-Lb-4'이다. 일부 실시 형태에서, -Lb-Lb-는 -S-Lb-이다. 일부 실시 형태에서, -Lb-Lb-는 2'-S-Lb-4'이다. 일부 실시 형태에서, -Lb-Lb-는 -NR'-Lb-이며, 여기서, R'는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -Lb-Lb-는 2'-NR'-Lb-4'이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -H 또는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00356
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00357
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00358
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00359
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00360
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00361
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -CH(R)-이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R은 -H가 아니며, Lb는 -(R)-CH(R)-이다. 일부 실시 형태에서, R은 -H가 아니며, Lb는 -(S)-CH(R)-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 선택적 치환 -CH2-CH2-이다. 일부 실시 형태에서, R은 -H이다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환
Figure pct00362
이다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00363
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환
Figure pct00364
이다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00365
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환
Figure pct00366
이다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00367
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명에 기술된 바와 같은 R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다.
다양한 유형의 당 변형이 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 2'-변형이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-F이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 LNA 당 변형(C2-O-CH2-C4)이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-C(R)2-C4)이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같으며, 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같으며, 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 비치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 에틸이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이며, 여기서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-CHR-C4)이며, 여기서, R은 에틸이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(R)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 에틸이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 (C2-O-(S)-CHR-C4)이며, 여기서, R은 에틸이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 C2-O-(R)-CH(CH2CH3)-C4이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 C2-O-(S)-CH(CH2CH3)-C4이다. 일부 실시 형태에서, 당은 천연 DNA 당이다. 일부 실시 형태에서, 당은 2'에서 변형된(2'-변형) 천연 DNA 당이다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 천연 DNA 당이다. 일부 실시 형태에서, 당은 2'-치환 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 리보스 또는 데옥시리보스이다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 변형 리보스 또는 데옥시리보스이며, 여기서, 상기 리보스 또는 데옥시리보스 모이어티의 하나 이상의 히드록실 기는 선택적으로 그리고 독립적으로 할로겐, R', -N(R')2, -OR', 또는 -SR'로 대체되고, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 데옥시리보스이며, 여기서, 데옥시리보스의 2' 위치는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 데옥시리보스이며, 여기서, 데옥시리보스의 2' 위치는 할로겐, R', -N(R')2, -OR', 또는 -SR'로 선택적으로 치환되고, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 데옥시리보스이며, 여기서, 데옥시리보스의 2' 위치는 할로겐으로 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 데옥시리보스이며, 여기서, 데옥시리보스의 2' 위치는 하나 이상의 -F로 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 데옥시리보스이고, 여기서, 데옥시리보스의 2' 위치는 -OR'로 선택적으로 치환되고, 각각의 R'는 본 발명에 독립적으로 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 데옥시리보스이며, 여기서, 데옥시리보스의 2' 위치는 -OR'로 선택적으로 치환되고, 각각의 R'는 독립적으로 선택적 치환 C1-C6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 데옥시리보스이며, 여기서, 데옥시리보스의 2' 위치는 -OR'로 선택적으로 치환되고, 각각의 R'는 독립적으로 선택적 치환 C1-C6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 데옥시리보스이며, 여기서, 데옥시리보스의 2' 위치는 -OMe로 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 데옥시리보스이며, 여기서, 데옥시리보스의 2' 위치는 -O-메톡시에틸로 선택적으로 치환된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 당 및 하나 이상의 천연 당을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드에서의 연결 인은 당 또는 변형 당의 다양한 위치에 연결될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 연결 인은 당 또는 변형 당의 2′, 3′, 4′ 또는 5′ 히드록실 모이어티에 연결될 수 있다. 본원에 기술된 바와 같은 변형된 핵염기를 포함하는 뉴클레오티드도 이러한 맥락에서 고려된다. 일부 실시 형태에서, 비보호된 -OH 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드 또는 변형 뉴클레오티드가 본 발명에 따라 사용된다.
이환식 당의 예는 알파-L-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') LNA, 베타-D-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') LNA, 에틸렌옥시(4' -(CH2)2-O-2') LNA, 아미노옥시(4' -CH2-O-N(R)-2') LNA, 및 옥시아미노(4'-CH2-N(R)-O-2') LNA를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 당, 예를 들어, LNA 또는 BNA 당은 2개의 당 탄소 사이에 적어도 하나의 가교체를 갖는 당이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드의 이환식 당은 알파-L-리보푸라노스 또는 베타-D-리보푸라노스의 입체화학적 배열을 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 당은 WO 1999014226에 기술된 당이다. 일부 실시 형태에서, 4'-2' 이환식 당 또는 4'→2' 이환식 당은 당 고리의 2' 탄소 원자와 4' 탄소 원자를 연결하는 가교체를 포함하는 푸라노스 고리를 포함하는 이환식 당이다. 일부 실시 형태에서, 이환식 당, 예를 들어, LNA 또는 BNA 당은 2개의 펜토푸라노실 당 탄소 사이에 적어도 하나의 가교체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, LNA 또는 BNA 당은 4' 및 2'의 2개의 펜토푸라노실 당 탄소 사이에 적어도 하나의 가교체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 가교체는 독립적으로, -[C(R1)(R2)]n-, -C(R1)=C(R2)-, -C(R1)=N-, -C(=NR1)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(R1)2-, -S(=O)x- 및 -N(R1)-로부터 독립적으로 선택되는 1개 또는 2 내지 4개의 연결 기이거나 이를 포함하며, 여기서, x는 0, 1, 또는 2이며, n은 1, 2, 3, 또는 4이며, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 -H, -R, 보호기, -OH, 할로겐, -OJ1, -NJ1J2, -SJ1, -N3, -COOJ1, -CN, -S(=O)2-J1, -S(=O)-J1, 보호기, 또는 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 헤테로시클릴, 헤테로아릴, 아실(C(=O)-H) 및 C5-C7 지환족으로부터 선택되는 선택적 치환 기이며, 각각의 J1 및 J2는 독립적으로 -H, 또는 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 아실(C(=O)-H), 헤테로시클릴, 헤테로아릴, 및 C1-C12 아미노알킬로부터 선택되는 선택적 치환 기이며, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 가교체, 예를 들어 4'-2' 가교체는 -[C(R1)(R2)]n-, -[C(R1)(R2)]n-O-, -C(R1R2)-N(R1)-O- 또는 -C(R1R2)-O-N(R1)-이다. 일부 실시 형태에서, 4'-2' 가교체는 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2', 4'-(CH2)2-O-2', 4'-CH2-O-N(R1)-2' 또는 4'-CH2-N(R1)-O-2'이며, 여기서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 -H, 보호기 또는 선택적 치환 C1-C12 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 -H이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 -R이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 -H 또는 선택적 치환 C1-C12 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 -H 또는 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, LNA에서 리보실 당 고리의 2'-히드록실 기가 당 고리의 4' 탄소 원자에 연결됨으로써 메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') 가교체를 형성하여 이환식 당 모이어티를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 가교체는 또한 2' 산소 원자와 4' 탄소 원자를 연결하는 메틸렌(-CH2-) 기일 수 있는데, 이에 대하여 용어 메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') LNA가 사용된다. 일부 실시 형태에서, 이 위치에서 에틸렌 가교 기를 갖는 이환식 당 모이어티의 경우, 용어 에틸렌옥시(4'-CH2CH2-O-2') LNA가 사용된다. 일부 실시 형태에서, 이환식 당은 메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') LNA의 이성질체인 알파-L-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') LNA에서의 당이다.
일부 실시 형태에서, 이환식 당은 이성 배열로 추가로 정의된다. 예를 들어, 4'-(CH2)-O-2' 가교체를 포함하는 당은 알파-L 배열 또는 베타-D 배열로 존재할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 4'-2' 가교체는 a-L-4'-(CH2)-O-2', b-D-4'-CH2-O-2', 4'-(CH2)2-O-2', 4'-CH2-O-N(R')-2', 4'-CH2-N(R')-O-2', 4'-CH(R')-O-2', 4'-CH(CH3)-O-2', 4'-CH2-S-2', 4'-CH2-N(R')-2', 4'-CH2-CH(R')-2', 4'-CH2-CH(CH3)-2', 및 4'-(CH2)3-2'이며, 여기서, 각각의 R'는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 -H, 보호기 또는 선택적 치환 C1-C12 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -H 또는 선택적 치환 C1-C12 알킬이다.
특정한 변형 당(예를 들어, 4'-2' 가교 기, 예컨대 4'-CH2-O-2' 및 4'-CH2-S-2'를 갖는 이환식 당), 이들의 제조 및/또는 사용이 문헌[Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222]; WO 1999014226 등에 기술되어 있다. 일부 경우에 배좌 제한 및 고 친화성을 제공할 수 있는 2'-아미노-BNA가 예를 들어 문헌[Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039]에 기술되어 있다. 게다가, 2'-아미노- 및 2'-메틸아미노-BNA 당과, 상보성 RNA 및 DNA 가닥과의 이들의 듀플렉스의 열안정성이 이전에 보고된 바 있다.
일부 실시 형태에서, 당은 탄화수소 가교체, 예를 들어 4'-(CH2)3-2' 가교체, 4'-CH=CH-CH2-2' 가교체 등을 갖는 이환식 당이다(예를 들어, 문헌[Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443]; 문헌[Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740] 등). 이러한 이환식 당 및 뉴클레오시드의 예시적인 제조가 이들의 올리고머화 및 생화학적 연구와 함께 보고되었다(예를 들어, 문헌[Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc. 2007, 129(26), 8362-8379]. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 예를 들어 핵염기 원자와 당 원자 사이에 형성된 -L-의 구조를 갖는 가교체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 핵염기 원자 및 당 원자에 결합된, 예를 들어 -L-의 구조를 갖는 가교체를 포함하고, 상기 가교체는 핵염기를 당에 연결하는 결합 이외의 것이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 핵염기 원자 및 당 원자에 결합되고 핵염기를 당에 연결하는 결합 이외의 것인 가교체(예를 들어, -L-의 구조를 가짐), 핵염기 원자 및 뉴클레오티드간 연결에 결합되는 가교체(예를 들어, -L-의 구조를 가짐), 및/또는 당 원자 및 뉴클레오티드간 연결 원자에 결합되고 당을 뉴클레오티드간 연결에 연결하는 결합 이외의 것인 가교체(예를 들어, -L-의 구조를 가짐)를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 이환식 당은 알파-L-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') BNA, 베타-D-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') BNA, 에틸렌옥시(4'-(CH2)2-O-2') BNA, 아미노옥시(4'-CH2-O-N(R)-2') BNA, 옥시아미노(4'-CH2-N(R)-O-2') BNA, 메틸(메틸렌옥시)(4'-CH(CH3)-O-2') BNA(제한 에틸 또는 cEt로도 지칭됨), 메틸렌-티오(4'-CH2-S-2') BNA, 메틸렌-아미노(4'-CH2-N(R)-2') BNA, 메틸 탄소환식(4'-CH2-CH(CH3)-2') BNA, 프로필렌 탄소환식(4'-(CH2)3-2') BNA, 또는 비닐 BNA의 당이다.
일부 실시 형태에서, 당 변형은 US 9006198에 기술된 변형이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 US 9006198에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, 또는 WO 2018/098264에 기술된 변형이며, 이들 각각의 당 변형 및 변형된 당은 독립적으로 본원에 참고로 포함된다.
일부 실시 형태에서, 당 변형은 2'-OMe, 2'-MOE, 2'-LNA, 2'-F, 5'-비닐, 또는 S-cEt이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 FRNA, FANA, 또는 모르폴리노의 당이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 핵산 유사체, 예를 들어, GNA, LNA, PNA, TNA, F-HNA(F-THP 또는 3'-플루오로 테트라히드로피란), MNA(만니톨 핵산, 예를 들어, 문헌[Leumann 2002 Bioorg. Med. Chem. 10: 841-854]), ANA(아니톨 핵산), 또는 모르폴리노, 또는 이의 일부를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 천연 당을 또 다른 환형 또는 비환형 모이어티로 대체한다. 이러한 모이어티의 예는 당업계에 널리 공지되어 있으며(예를 들어 모르폴리노, 글리콜 핵산 등에 사용는 것), 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 변형된 당과 함께 이용될 때, 일부 실시 형태에서 뉴클레오티드간 연결은 예를 들어 모르폴리노, PNA 등에서와 같이 변형될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 당은 6-위치에서 (R) 또는 (S)-키랄성을 갖는 6'-변형된 이환식 당이다(예를 들어 US 7399845에 기술된 것). 일부 실시 형태에서, 당은 5-위치에서 (R) 또는 (S)-키랄성을 갖는 5'-변형된 이환식 당이다(예를 들어 US 20070287831에 기술된 것).
일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00368
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당은 독립적으로
Figure pct00369
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00370
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당은 독립적으로
Figure pct00371
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, R2s는 2'-변형이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -H, -OH, -F, -OMe 또는 MOE이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 당은 다음으로부터 독립적으로 선택되는 2' 위치에서의 하나 이상의 치환체(전형적으로 하나의 치환체, 그리고 종종 축 위치에서)를 함유한다: -F; -CF3, -CN, -N3, -NO, -NO2, -OR', -SR', 또는 -N(R')2(여기서, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 기술됨); -O-(C1-C10 알킬), -S-(C1-C10 알킬), -NH-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)2; -O-(C2-C10 알케닐), -S-(C2-C10 알케닐), -NH-(C2-C10 알케닐), 또는 -N(C2-C10 알케닐)2; -O-(C2-C10 알키닐), -S-(C2-C10 알키닐), -NH-(C2-C10 알키닐), 또는 -N(C2-C10 알키닐)2; 또는 -O--(C1-C10 알킬렌)-O--(C1-C10 알킬), -O-(C1-C10 알킬렌)-NH-(C1-C10 알킬) 또는 -O-(C1-C10 알킬렌)-NH(C1-C10 알킬)2, -NH-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬)(여기서, 알킬, 알킬렌, 알케닐 및 알키닐 각각은 독립적으로 그리고 선택적으로 치환됨). 일부 실시 형태에서, 치환체는 -O(CH2)nOCH3, -O(CH2)nNH2, MOE, DMAOE, 또는 DMAEOE이며, 여기서, n은 1 내지 약 10이다. 일부 실시 형태에서, 변형 당은 WO 2001/088198; 및 문헌[Martin et al., Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504]에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 치환된 실릴 기, RNA 절단 기, 리포터 기, 형광 표지, 인터칼레이터(intercalator), 핵산의 약동학적 특성을 개선시키기 위한 기, 핵산의 약력학적 특성을 개선시키기 위한 기, 또는 유사한 특성을 갖는 기타 치환체로부터 선택되는 하나 이상의 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2', 3', 4', 또는 5' 위치 중 하나 이상에서 이루어지며, 이는 3'-말단 뉴클레오시드 상의 당의 3' 위치 또는 5'-말단 뉴클레오시드의 5' 위치를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 리보스의 2'-OH는 다음으로부터 선택되는 기로 대체된다: -H, -F; -CF3, -CN, -N3, -NO, -NO2, -OR', -SR', 또는 -N(R')2(여기서, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 기술됨); -O-(C1-C10 알킬), -S-(C1-C10 알킬), -NH-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)2; -O-(C2-C10 알케닐), -S-(C2-C10 알케닐), -NH-(C2-C10 알케닐), 또는 -N(C2-C10 알케닐)2; -O-(C2-C10 알키닐), -S-(C2-C10 알키닐), -NH-(C2-C10 알키닐), 또는 -N(C2-C10 알키닐)2; 또는 -O--(C1-C10 알킬렌)-O--(C1-C10 알킬), -O-(C1-C10 알킬렌)-NH-(C1-C10 알킬) 또는 -O-(C1-C10 알킬렌)-NH(C1-C10 알킬)2, -NH-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬)(여기서, 알킬, 알킬렌, 알케닐 및 알키닐 각각은 독립적으로 그리고 선택적으로 치환됨). 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -H로 대체된다(데옥시리보스). 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -F로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -OR'로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -OMe로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -OCH2CH2OMe로 대체된다.
일부 실시 형태에서, 당 변형은 2'-변형이다. 일반적으로 사용되는 2'-변형은 2'-OR1을 포함하지만 이에 한정되지 않으며, 여기서, R1은 수소가 아니고 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 S-cEt이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 LNA 당이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 -F이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 FANA이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 FRNA이다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 5'-변형이다(예를 들어, 5'-Me). 일부 실시 형태에서, 당 변형은 당 고리의 크기를 변화시킨다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 FHNA에서의 당 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, 당 변형은 당 모이어티를 또 다른 환형 또는 비환형 모이어티로 대체한다. 이러한 모이어티의 예는 당업계에 널리 공지되어 있으며, 이는 모르폴리노(선택적으로 그의 포스포로디아미데이트 연결을 가짐), 글리콜 핵산 등에서 사용되는 것을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 5% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 10% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 15% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 20% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 25% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 30% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 35% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 40% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 45% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 50% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 55% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 60% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 65% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 70% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 75% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 80% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 85% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 90% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 당의 95% 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 당은 독립적으로 변형된다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 변형된 당은 독립적으로 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR1이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 LNA 당 변형이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-F이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-변형이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR1 또는 2'-F이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR1 또는 2'-F이며, 여기서, R1은 선택적으로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR1 또는 2'-F이며, 여기서, 적어도 하나는 2'-F이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR1 또는 2'-F이며, 여기서, R1은 선택적으로 치환된 C1-6 알킬이고, 적어도 하나는 2'-OR1이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR1 또는 2'-F이며, 여기서, 적어도 하나는 2'-F이고, 적어도 하나는 2'-OR1이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR1 또는 2'-F이며, 여기서, R1은 선택적으로 치환된 C1-6 알킬이고, 적어도 하나는 2'-F이며, 적어도 하나는 2'-OR1이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR1이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR1이며, 여기서, R1은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OMe 또는 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OMe, 2'-MOE, 또는 LNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 당은 선택적 치환 ENA 당이다. 일부 실시 형태에서, 당은 예를 들어, 문헌[Seth et al., J Am Chem Soc. 2010 October 27; 132(42): 14942-14950]에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 XNA(제노핵산(xenonucleic acid))에서의 당, 예를 들어, 아라비노스, 언히드로헥시톨, 트레오스, 2'플루오로아라비노스, 또는 시클로헥센이다.
변형된 당은 펜토푸라노실 당 대신에 시클로부틸 또는 시클로펜틸 모이어티를 포함한다. 이러한 변형된 당의 대표적인 예는 US 4,981,957, US 5,118,800, US 5,319,080, 또는 US 5,359,044에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 리보스 고리 내의 산소 원자는 질소, 황, 셀레늄 또는 탄소로 대체된다. 일부 실시 형태에서, -O-는 -N(R')-, -S-, -Se- 또는 -C(R')2-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 리보스 고리 내의 산소 원자가 질소로 대체되고, 질소가 알킬 기(예를 들어, 메틸, 에틸, 이소프로필 등)로 선택적으로 치환된 변형 리보스이다.
변형된 당의 비제한적 예로는 글리세롤 핵산(GNA)의 일부인 글리세롤이 있으며, 이는 예를 들어 문헌[Zhang, R et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 5846-5847]; 문헌[Zhang L, et al., J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 4174-4175] 및 문헌[Tsai CH et al., PNAS, 2007, 14598-14603]에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드는
Figure pct00372
의 구조를 가지며,
여기서, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다.
유연성 핵산(FNA)은 포르밀 글리세롤의 혼합 아세탈 아미날을 기반으로 하며, 이는 예를 들어 문헌[Joyce GF et al., PNAS, 1987, 84, 4398-4402] 및 문헌[Heuberger BD and Switzer C, J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 412-413]에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드는
Figure pct00373
의 구조를 가지며,
여기서, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다.
일부 실시 형태에서, 당은 헥소피라노실(6'-4'), 펜토피라노실(4'-2'), 펜토피라노실(4'-3'), 5'-데옥시-5'-C-말로닐, 스쿠아릴디아미드, 또는 테트로푸라노실(3'-2') 당이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 스쿠아릴디아미드에서의 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 헥소피라노실(6'-4') 당을 포함하고
Figure pct00374
의 구조를 가지며, 여기서, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 당은 이러한 뉴클레오시드의 당이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 펜토피라노실(4'-2') 당을 포함하고
Figure pct00375
의 구조를 가지며, 여기서, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 당은 이러한 뉴클레오시드의 당이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 펜토피라노실(4'-3') 당을 포함하고
Figure pct00376
의 구조를 가지며, 여기서, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 당은 이러한 뉴클레오시드의 당이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 테트로푸라노실(3'-2') 당을 포함하고
Figure pct00377
의 구조를 가지며, 여기서, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 당은 이러한 뉴클레오시드의 당이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 변형된 당을 포함하고
Figure pct00378
Figure pct00379
의 구조를 가지며, 여기서, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 당은 이러한 뉴클레오시드의 당이다.
일부 실시 형태에서, 당에서의 하나 이상의 히드록실 기는 선택적으로 그리고 독립적으로 할로겐, R'-N(R')2, -OR', 또는 -SR'로 대체되며, 여기서, 각각의 R'는 본 발명에 독립적으로 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는
Figure pct00380
Figure pct00381
Figure pct00382
이며, 여기서, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이며, X1은 -S-, -Se-, -C(R')2-, 또는 -N(R')-로부터 선택되며, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 당은 이러한 뉴클레오시드의 당이다. 일부 실시 형태에서, -N(R')는 -NMe-, -NEt- 또는 -NiPr-이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 변형된 당을 포함하고
Figure pct00383
Figure pct00384
Figure pct00385
Figure pct00386
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 -H, -F, -OMe, -MOE, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬이며, R'는 본 발명에 기술된 바와 같으며, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 당은 이러한 뉴클레오시드의 당이다. 일부 실시 형태에서, 당은 2'-티오-LNA, HNA, 베타-D-옥시-LNA, 베타-D-티오-LNA, 베타-D-아미노-LNA, 자일로-LNA, 알파-L-LNA, ENA, 베타-D-ENA, 메틸포스포네이트-LNA, (R, S)-cEt, (R)-cEt, (S)-cEt, (R, S)-cMOE, (R)-cMOE, (S)-cMOE, (R, S)-5'-Me-LNA, (R)-5'-Me-LNA, (S)-5'-Me-LNA, (S)-Me cLNA, 메틸렌-cLNA, 3'-메틸-알파-L-LNA, (R)-6'-메틸-알파-L-LNA, (S)-5'-메틸-알파-L-LNA, 또는 (R)-5'-Me-알파-L-LNA의 당이다. 예시적인 변형 당은 추가적으로 WO 2008/101157, WO 2007/134181, WO 2016/167780 또는 US 20050130923에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드에서의 당의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50% 이상(예를 들어, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상)이 독립적으로 변형된다. 일부 실시 형태에서, 단지 퓨린 잔기가 변형된다(예를 들어, 퓨린 잔기의 약 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50% 이상[예를 들어, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상]이 변형된다). 일부 실시 형태에서, 단지 피리미딘 잔기가 변형된다(예를 들어, 피리미딘 잔기의 약 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50% 이상[예를 들어, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상]이 변형된다). 일부 실시 형태에서, 퓨린 및 피리미딘 잔기 둘 다가 변형된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당은 독립적으로 변형된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당은 독립적으로 2'-변형을 포함한다.
뉴클레오티드간 연결
다양한 뉴클레오티드간 연결이 제공된 기술을 사용하여 효율적으로 형성될 수 있다(일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결이 키랄 뉴클레오티드간 연결인 경우 높은 입체선택성(키랄 제어))(예를 들어, US20150211006, US20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784의 것). 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결(산 형태는 -O-P(O)(OH)-(O)-이며; 다양한 염 형태로 존재할 수 있음)이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결(산 형태는 -O-P(O)(SH)-(O)-이며; 다양한 염 형태로 존재할 수 있음)이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 및 하나 이상의 변형된 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 키랄 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 및 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 및 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 변형 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이며, 각각 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 키랄 연결 인을 포함하는 키랄 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 1~30, 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
일부 실시 형태에서, 연결, 예를 들어 뉴클레오티드간 연결은 하기 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 구조를 갖는다:
[화학식 VII]
Figure pct00387
여기서,
PL은 P(=W), P, P→B(R')3, 또는 PN이고;
PN은 P(=N-L-R5),
Figure pct00388
또는
Figure pct00389
이고;
Q-는 음이온이고;
각각의 Rs는 독립적으로 -H, 할로겐, -CN, -N3, -NO, -NO2, -Ls-R', -Ls-Si(R')3, -Ls-OR', -Ls-SR', -Ls-N(R')2, -O-Ls-R', -O-Ls-Si(R)3, -O-Ls-OR', -O-Ls-SR', 또는 -O-Ls-N(R')2이며;
g는 0~20이며;
고리 AL은 본원에 기술된 바와 같은 고리 A이며;
W는 O, N(-L-R5), S 또는 Se이며;
각각의 R1 및 R5는 독립적으로 -H, -Ls-R', 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R')3, -OR', -SR', 또는 -N(R')2이며;
각각의 X, Y 및 Z 는 독립적으로 -O-, -S-, -N(-Ls-R1)-, 또는 Ls이며;
각각의 L 및 Lb는 독립적으로 Ls이며;
각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00390
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
각각의 CyL은 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인, 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -C(O)OR, 또는 -S(O)2R이며;
각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
-X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, III-b의 구조, 또는 이의 염을 갖도록 하는 구조의 것이다.
일부 실시 형태에서, 화학식 VII의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, PL에서의 P는 키랄 연결 인이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 연결 인은 Rp이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 연결 인은 Sp이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P(=W)이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P→B(R')3이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P=N-L-R5이다.
일부 실시 형태에서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, W는 N-L-R5이다. 일부 실시 형태에서, X는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, Y는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, X 및 Y는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, X, Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, X 및 Y는 -O-이며, Z는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, X, Y 및 Z는 -O-이며, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, X, Y 및 Z는 -O-이며, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, X, Y 및 Z는 -O-이며, W는 N-L-R5이다.
일부 실시 형태에서, 화학식 VII의 뉴클레오티드간 연결은 하기 화학식 VII-a-1의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[VII-a-1]
Figure pct00391
여기서, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 화학식 VII 또는 VII-a-1의 뉴클레오티드간 연결은 하기 화학식 VII-a-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[VII-a-2]
Figure pct00392
여기서, P*는 비대칭 인 원자이며, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 하기 화학식 VII-b의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 VII-b]
Figure pct00393
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VII의 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII-b의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 화학식 VII의 뉴클레오티드간 연결은 하기 화학식 VII-c의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[VII-c]
Figure pct00394
여기서, P*는 비대칭 인 원자이며, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 하기 화학식 VII-d의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 VII-d]
Figure pct00395
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 화학식 VII-e의 뉴클레오티드간 연결은 하기 화학식 VII-e의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[VII-e]
Figure pct00396
여기서, P*는 비대칭 인 원자이며, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 양으로 하전된 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 올리고뉴클레오티드의 전달 및/또는 활성(예를 들어, 표적 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 활성 및/또는 발현을 감소시키는 능력)을 개선할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결)은 선택적 치환 트리아졸릴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결)은 선택적 치환 알키닐을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 또는 알킨 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티, 예를 들어, 트리아졸릴 기는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티, 예를 들어, 트리아졸릴 기는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 환형 구아니딘 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 환형 구아니딘 모이어티를 포함하며, 다음의 구조를 갖는다:
Figure pct00397
(여기서, W는 O 또는 S임). 일부 실시 형태에서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 입체화학적으로 제어된다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 트리아졸릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티(예를 들어, 선택적 치환 트리아졸릴 기)를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00398
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00399
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00400
의 화학식을 가지며, 여기서 W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 알킨 모이어티(예를 들어, 선택적 치환 알키닐 기)를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00401
의 화학식을 가지며, 여기서, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 중성 뉴클레오티드간 연결은 환형 구아니딘 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 환형 구아니딘 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00402
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00403
Figure pct00404
로부터 선택되는 구조이거나 이를 포함하며, 여기서, W는 O 또는 S이다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 Tmg 기(
Figure pct00405
)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 Tmg 기를 포함하며,
Figure pct00406
의 구조를 갖는다("Tmg 뉴클레오티드간 연결"). 일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 PNA 및 PMO의 뉴클레오티드간 연결, 및 Tmg 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기는 5원 고리의 것이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기는 6원 고리의 것이다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 헤테로아릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 기는 연결 인에 직접적으로 결합된다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 트리아졸릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 비치환 트리아졸릴 기, 예를 들어,
Figure pct00407
를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 치환 트리아졸릴 기, 예를 들어,
Figure pct00408
를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로시클릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로시클릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 헤테로시클릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로시클릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 2개의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 기는 연결 인에 직접적으로 결합된다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 기는, =N-을 통하여 연결 인에 지시 결합된 구아니딘 모이어티의 일부인 경우, 링커, 예를 들어, =N-을 통하여 연결 인에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환
Figure pct00409
기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 치환된
Figure pct00410
기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00411
기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1은 독립적으로 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1은 독립적으로 메틸이다.
일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 또는 알킨 모이어티를 포함하며, 이들 각각은 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 비치환 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 치환 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 알킬 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 알키닐 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 비치환 알키닐 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 치환 알키닐 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 알키닐 기는 연결 인에 직접적으로 결합된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 상이한 유형의 뉴클레오티드간 인 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 적어도 하나의 변형(비-천연) 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 적어도 하나의 포스포로티오에이트를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 및 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의, 예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~20, 1~15, 1~10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 이상의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은, 수성 용액에서 주어진 pH에서 50%, 40%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5%, 또는 1% 미만의 뉴클레오티드간 연결이 음으로 하전된 염 형태로 존재한다는 점에서, 음으로 하전된 것이 아니다. 일부 실시 형태에서, pH는 약 pH 7.4이다. 일부 실시 형태에서, pH는 약 4~9이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 10% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 5% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 1% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은, 중성 형태의 뉴클레오티드간 연결이 물에서 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 이하인 pKa를 갖지 않는다는 점에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, pKa를 갖지 않는다는 것은 7 이하인 것이다. 일부 실시 형태에서, pKa를 갖지 않는다는 것은 6 이하인 것이다. 일부 실시 형태에서, pKa를 갖지 않는다는 것은 5 이하인 것이다. 일부 실시 형태에서, pKa를 갖지 않는다는 것은 4 이하인 것이다. 일부 실시 형태에서, pKa를 갖지 않는다는 것은 3 이하인 것이다. 일부 실시 형태에서, pKa를 갖지 않는다는 것은 2 이하인 것이다. 일부 실시 형태에서, pKa를 갖지 않는다는 것은 1 이하인 것이다. 일부 실시 형태에서, 중성 형태의 뉴클레오티드간 연결의 pKa는 CH3-뉴클레오티드간 연결-CH3의 구조를 갖는 중성 형태의 화합물의 pKa로 표시될 수 있다. 예를 들어, 화학식 VII의 구조를 갖는 중성 형태의 뉴클레오티드간 연결의 pKa는
Figure pct00412
의 구조를 갖는 중성 형태의 pKa로 표시될 수 있으며,
Figure pct00413
의 pKa는
Figure pct00414
의 pKa로 표시될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 양으로 하전된 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 구아니딘 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 헤테로아릴 염기 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 알키닐 모이어티를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결은 -PL(-N=)-을 포함하고, 이때, PL은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결은 -P(-N=)-을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결은 -P(=)(-N=)-을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결은 -P(=O)(-N=)-을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결은 -P(=S)(-N=)-을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00415
Figure pct00416
을 포함하고, 이때, PL은 본 발명에 기술된 바와 같다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, PL은 P이고; 일부 실시 형태에서, PL은 P(O)이고; 일부 실시 형태에서, PL은 P(S)이고; 기타 등등이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00417
Figure pct00418
을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2의 구조 또는 이의 염 형태(음으로 하전되지 않음)를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VII의 구조를 갖는 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 선택적 치환 알키닐이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -C≡C-H이다. 일부 실시 형태에서, 알키닐 기, 예를 들어, -C≡C-H는 다양한 반응을 통하여 다수의 시약과 반응하여 추가 변형을 제공할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 알키닐 기는 클릭 화학을 통하여 아지드와 반응할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 아지드는 R1-N3의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-1의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-n-1]
Figure pct00419
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-1의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, X는 공유 결합이며, -X-Cy-R1은 -Cy-R1이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~20원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-R1은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴 고리이며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-R1은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-R1은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-R1은 선택적 치환 트리아졸릴이다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-n-2]
Figure pct00420
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, R1은 R'이다. 일부 실시 형태에서, L은 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-3의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-n-3]
Figure pct00421
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-3의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 상이한 질소 원자 상의 2개의 R'는 함께 취해져서 고리를 형성하며, 이는 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리를 형성하도록 함께 취해지는 것이 아닌 2개의 R' 기는 각각 독립적으로 R이다. 일부 실시 형태에서, 고리를 형성하도록 함께 취해지는 것이 아닌 2개의 R' 기는 각각 독립적으로 수소 또는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 고리를 형성하도록 함께 취해지는 것이 아닌 2개의 R' 기는 각각 독립적으로 수소 또는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 고리를 형성하도록 함께 취해지는 것이 아닌 2개의 R' 기는 동일하다. 일부 실시 형태에서, 고리를 형성하도록 함께 취해지는 것이 아닌 2개의 R' 기는 상이하다. 일부 실시 형태에서, 이들 둘 다는 -CH3이다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-n-4의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-n-4]
Figure pct00422
이때, 각각의 La 및 Lb는 독립적으로 L 또는 -N(R1)-이고, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L은 공유 결합이고, 화학식 NL-n-4의 뉴클레오티드간 연결은 다음의 구조
Figure pct00423
또는 이의 염 형태를 갖고, 이때, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, La는 -N(R1)-이다. 일부 실시 형태에서, La는 본 발명에 기술된 바와 같은 L이다. 일부 실시 형태에서, La는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, La는 -N(R')-이다. 일부 실시 형태에서, La는 -N(R)-이다. 일부 실시 형태에서, La는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, La는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, La는 -S(O)-이다. 일부 실시 형태에서, La는 -S(O)2-이다. 일부 실시 형태에서, La는 -S(O)2N(R')-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -N(R1)-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 본 발명에 기술된 바와 같은 L이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -N(R')-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -N(R)-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -S(O)-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -S(O)2-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -S(O)2N(R')-이다. 일부 실시 형태에서, La 및 Lb는 동일하다. 일부 실시 형태에서, La 및 Lb는 상이하다. 일부 실시 형태에서, La 및 Lb 중 적어도 하나는 -N(R1)-이다. 일부 실시 형태에서, La 및 Lb 중 적어도 하나는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, La 및 Lb 중 적어도 하나는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, La 및 Lb 중 적어도 하나는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 바와 같이, R1은 R이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R1은 선택적 치환 C1-10 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1은 선택적 치환 C1-10 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 NL-n-4의 구조는 화학식 NL-n-2의 구조이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 NL-n-4의 구조는 화학식 NL-n-3의 구조이다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL]
Figure pct00424
여기서,
고리 AL은 본원에 기술된 바와 같은 고리 A이며;
g는 0~20이며;
각각의 기타 변수는 독립적으로 본원에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, g는 0이다. 일부 실시 형태에서, g는 1~20이다. 일부 실시 형태에서, g는 1~10이다. 일부 실시 형태에서, g는 1~5이다. 일부 실시 형태에서, g는 2~10이다. 일부 실시 형태에서, g는 2~5이다. 일부 실시 형태에서, g는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25이다. 일부 실시 형태에서, g는 1이다. 일부 실시 형태에서, g는 2이다. 일부 실시 형태에서, g는 3이다. 일부 실시 형태에서, g는 4이다. 일부 실시 형태에서, g는 5이다. 일부 실시 형태에서, g는 6이다. 일부 실시 형태에서, g는 7이다. 일부 실시 형태에서, g는 8이다. 일부 실시 형태에서, g는 9이다. 일부 실시 형태에서, g는 10이다.
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 화학식 NL의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-a-1의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-a-1]
Figure pct00425
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-a-1의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 화학식 NL의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-a-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-a-2]
Figure pct00426
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-a-2의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, AL은 탄소 원자를 통하여 -N= 또는 L에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 화학식 NL 또는 NL-a-1, NL-a-2의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-b-1의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-b-1]
Figure pct00427
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-b-1의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 고리 AL은 탄소 원자를 통하여 -N= 또는 L에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 화학식 NL 또는 NL-a-1, NL-a-2의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-b-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-b-2]
Figure pct00428
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-b-2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 (화학식 NL-b에 있어서 2개의 질소 원자에 더하여) 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 선택적 치환 5원 단환식 포화 고리이다.
본원에 기술된 바와 같이, 고리 AL은 1가, 2가 또는 다가 중 어느 하나일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 1가이다(예를 들어, g가 0이고 치환이 없는 경우). 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 2가이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 다가이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 2가이며, -Cy-이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 선택적 치환 2가 트리아졸 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 3가이며, CyL이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 4가이며, CyL이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 선택적 치환
Figure pct00429
이다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 화학식 NL, NL-a, 또는 NL-b의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-c-1의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-c-1]
Figure pct00430
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-c-1의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 화학식 NL, NL-a, 또는 NL-b의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-c-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-c-2]
Figure pct00431
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-c-c2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 화학식 NL, NL-a, NL-b, 또는 NL-c의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-d-1의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-d-1]
Figure pct00432
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-d-1의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 화학식 NL, NL-a, NL-b, 또는 NL-c의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-d-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-d-2]
Figure pct00433
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-d-2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 -CH3이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 Rs는 -H이다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00434
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00435
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00436
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00437
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00438
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00439
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00440
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00441
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00442
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00443
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00444
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00445
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 상기에 기술된 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 여기서, P는 키랄 P이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 이상의 키랄 제어된 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 여기서, P는 키랄 P이고 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서, P는 키랄 P이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서, P는 키랄 P이고 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 및 중성 백본으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 및 중성 백본(구아니딘 모이어티를 포함함)으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 트리아졸릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00446
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00447
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 치환 트리아졸릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00448
의 구조를 가지며, 여기서, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 알키닐 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00449
의 구조를 가지며, 여기서, W는 O 또는 S이다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00450
Figure pct00451
로부터 선택되는 구조이거나 이를 포함하며, 여기서, W는 O 또는 S이다.
일부 실시 형태에서, 특정한, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은 적합한 조건 하에 P(III) 포스파이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결을 아지도 이미다졸리늄 염(예를 들어,
Figure pct00452
를 포함하는 화합물)과 반응시킴으로써 제조될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 아지도 이미다졸리늄 염은 PF6 -의 염이다. 일부 실시 형태에서, 아지도 이미다졸리늄 염은
Figure pct00453
의 염이다. 일부 실시 형태에서, 아지도 이미다졸리늄 염은 2-아지도-1,3-디메틸이미다졸리늄 헥사플루오로포스페이트이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 중성 뉴클레오티드간 연결 및 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 중성 뉴클레오티드간 연결, 및 중성 뉴클레오티드간 연결이 아닌 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 중성 뉴클레오티드간 연결 및 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하나 이상의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 및 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결 및 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다.
임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 중성 뉴클레오티드간 연결이 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(PS)(이는 천연 포스페이트 연결(PO)보다 더 소수성일 수 있음)보다 더 소수성일 수 있음을 주지하고 있다. 전형적으로, PS 또는 PO와는 달리, 중성 뉴클레오티드간 연결은 더 적은 전하를 보유한다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결의 올리고뉴클레오티드 내로의 포함이 세포에 의해 흡수되고/되거나 엔도좀으로부터 탈출하는 올리고뉴클레오티드의 능력을 증가시킬 수 있음을 주지하고 있다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결의 포함을 이용하여 올리고뉴클레오티드와 그의 표적 핵산 사이에 형성된 듀플렉스의 용융 온도를 조정할 수 있음을 주지하고 있다.
임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 하나 이상의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결의 올리고뉴클레오티드 내로의 포함이 유전자 넉다운(knockdown)과 같은 기능을 매개하는 올리고뉴클레오티드의 능력을 증가시키는 것이 가능할 수 있음을 주지하고 있다. 일부 실시 형태에서, 핵산 또는 이에 의해 코딩된 생성물의 수준의 넉다운을 매개할 수 있는 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 표적 유전자의 발현의 넉다운을 매개할 수 있는 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 표적 유전자의 발현의 넉다운을 매개할 수 있는 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고, 그의 연결 인은 Rp이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고, 그의 연결 인은 Sp이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의, 예를 들어, 1~20, 1~15, 1~10, 1~5, 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 또는 그 이상의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 및/또는 중성 뉴클레오티드간 연결 각각은 선택적으로 그리고 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 중성 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결/중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00454
의 구조를 가지며, 여기서, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결/중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00455
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결/중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00456
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결/중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00457
의 구조를 가지며, 여기서, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결/중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00458
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결/중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00459
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결/중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00460
의 구조를 가지며, 여기서, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결/중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00461
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결/중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00462
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 연결 인이 Rp 배열인 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 및 연결 인이 Sp 배열인 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 1~100, 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70 80, 90, 100개 또는 그 이상의, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 3개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 4개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 6개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 7개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 8개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 9개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 10개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 11개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 12개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 13개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 14개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 15개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 16개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 17개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 18개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 19개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 20개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 21개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 25개 이상의 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명에 기술된 바와 같이, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는 그러한 구조의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 2가지 유형의 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 이들 각각은 독립적으로, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 적어도 2가지 유형의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 이들 각각은 독립적으로, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 상기 2가지 유형은 동일하거나 상이한 인 배열(Rp 또는 Sp)을 가질 수 있거나, 하나의 유형 또는 둘 다의 유형은 스테레오랜덤일 수 있다(예를 들어, 키랄 제어 합성을 통하지 않고서 형성될 수 있다). 일부 실시 형태에서, 스테레오랜덤 연결은 85%, 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 또는 55% 미만의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, P*는 스테레오랜덤이 아니며, Rp 또는 Sp 중 어느 하나이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 유형에서 W는 S이며, 다른 하나의 유형에서 W는 O이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 유형에서 W는 S이며, 다른 하나의 유형에서 W는 O이며, 둘 다의 유형에 있어서 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는 그러한 구조의 것이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 유형은 천연 포스페이트 연결(-O-P(O)(OH)-O-(이는 예를 들어 특정 pH에서 및/또는 염으로 제공되는 경우 -O-P(O)(O-)-O-로 존재할 수 있음)이며, 다른 하나는 포스포로티오에이트 연결(-O-P(O)(SH)-O-(이는 예를 들어 특정 pH에서 및/또는 염으로 제공되는 경우 -O-P(O)(S-)-O-로 존재할 수 있음)이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, 또는 VII-e의 구조를 가지며, 각각의 LP에서, -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물 또는 이의 염이 되도록 하는 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 적어도 하나의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, LP는 독립적으로 -X-Ls-R5를 포함하며, 여기서, H-X-Ls-R5는 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는다.
사이클
당업자가 쉽게 인식하듯이, 일부 실시 형태에서, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 제공된 방법은 하나 이상의 사이클을 포함한다. 전형적으로, 올리고뉴클레오티드 합성에서, 합성 사이클은 원하는 올리고뉴클레오티드 길이가 달성될 때까지 반복된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법의 사이클은 각각 독립적으로 다음의 단계를 포함한다:
(1) 커플링 단계;
(2) 선택적으로 변형 전 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 선택적으로 변형 후 캡핑 단계; 및
(5) 탈차단 단계
(여기서, 각각의 단계는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같음).
일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 전 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 후 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클의 단계들은, 주어진 단계가 사이클에 있는 경우, 열거된 순서대로, 예를 들어 1에서 5까지 수행된다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 탈차단으로 시작하고, 이어서 커플링 단계가 뒤따르고, 이어서 사이클 내에 있는 경우 선택적 변형 전 캡핑 단계가 뒤따르고, 이어서 변형 단계가 뒤따르고, 이어서 사이클 내에 있는 경우 선택적 변형 후 캡핑 단계가 뒤따른다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 단계로 종료된다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 후 캡핑 단계로 종료된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어, 하기 단계를 포함하는 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공한다:
(1) 커플링 단계;
(2) 제1 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 제2 캡핑 단계;
(5) 탈차단 단계
(여기서, 상기 사이클은 (2)-(3)-(4)의 순서의 단계를 포함하며;
올리고뉴클레오티드의 그 길이가 달성될 때까지 반복됨).
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하기 단계를 포함하는 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법을 제공한다:
(1) 커플링 단계;
(2) 제1 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 제2 캡핑 단계;
(5) 탈차단 단계
(여기서, 상기 사이클은 (2)-(4)-(3)의 순서의 단계를 포함하며;
올리고뉴클레오티드의 그 길이가 달성될 때까지 반복됨).
일부 실시 형태에서, 제1 캡핑 단계는 본 발명에 기술된 바와 같이 변형 전 캡핑 단계이다. 일부 실시 형태에서, 제1 캡핑 단계는 변형 후 캡핑 단계이지만 본 발명에 기술된 바와 같은 변형 전 캡핑 단계의 조건을 이용한다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 본 발명에 기술된 바와 같이 변형 후 캡핑 단계이다. 일부 실시 형태에서, 제2 캡핑 단계는 변형 전 캡핑 단계이지만 본 발명에 기술된 바와 같은 변형 후 캡핑 단계를 위한 조건을 이용한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법의 사이클들은 상이한 수의 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법의 사이클은 동일한 단계를 포함하지만, 한 사이클의 하나 이상의 단계 또는 모든 단계는 또 다른 사이클의 단계와 상이하다. 당업자는 조건이 본 발명에 따라 조정될 수 있음을 인식한다.
일부 실시 형태에서, 사이클은 열거된 단계 중 하나 이하를 포함하며, 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 사이클은 하나 이하의 커플링 단계, 하나 이하의 변형 전 캡핑 단계, 하나 이하의 변형 단계, 하나 이하의 변형 후 캡핑 단계 및 하나 이하의 탈차단 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 단계, 예를 들어, 사이클에 대해 기술된 임의의 단계는 독립적으로, 시약 시스템과, 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물의 2회 이상의 접촉을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 커플링 단계는 탈차단된 조성물을 커플링 시약 시스템과 2회 이상 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 각각의 접촉의 커플링 시약 시스템은 독립적으로, 또 다른 접촉의 커플링 시약 시스템과 동일하거나 상이할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 캡핑 단계는 조성물을 캡핑 시약 시스템과 2회 이상 접촉시키는 것을 포함할 수 있고, 여기서, 각각의 접촉의 커플링 시약 시스템은 독립적으로, 또 다른 접촉의 커플링 시약 시스템과 동일하거나 상이할 수 있으며; 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 제1 캡핑 시약 시스템은 히드록실 기에 비해 아미노 기에 대해 선택적이고(예를 들어, Ac2O 및 2,6-루티딘을 포함하는 시약 시스템), 제2 캡핑 시약 시스템은 덜 선택적이며 아미노 기 및 히드록실 기 둘 다를 효율적으로 캡핑한다(예를 들어, Ac2O, 2,6-루티딘 및 NMI를 포함하는 시약 시스템). 이와 유사하게, 일부 실시 형태에서, 변형 단계 및/또는 탈차단 단계는 2회 이상 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 사이클의 예시적인 단계는 본 발명에 기술된 바와 같다.
특히, 본 발명은 무수 조건 하에 염기에 의해 쉽게 제거될 수 있는 키랄 보조제를 사용하는 사이클이 높은 효율, 높은 조 순도 및 수율로 다양한 유형의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 갖는 올리고뉴클레오티드를 제공할 수 있음을 입증한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 키랄 보조제는 전자 끄는 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 키랄 보조제는 -CH-전자 끄는 기인 R2를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 키랄 보조제는 -CH-SO2R인 R2를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 이러한 키랄 보조제는 PSM(키랄 보조 화합물
Figure pct00463
에 상응함)이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 사이클, 예를 들어 PSM 사이클은 P(III) 연결 인에 =S를 인스톨하고, 이는 높은 효율, 높은 조 순도 및 높은 수율로, 키랄 보조제의 제거 후 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결로 전환될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 사이클, 예를 들어 PSM 사이클은 P(III) 연결 인에 =N(-L-R5)를 인스톨하거나 P(III)으로부터 PN을 형성하며, 이는 높은 효율, 높은 조 순도 및 높은 수율로, 키랄 보조제의 제거 후 키랄 제어 중성 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 키랄 제어된 n001)로 전환될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조에 사용되는 각각의 키랄 보조 기는 독립적으로, 본원에 기술된 바와 같은 전자 끄는 기(예를 들어, -CH-전자 끄는 기, 예컨대 -CH2SO2R')를 포함하는 R2를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조 기를 포함하는 각각의 포스포르아미다이트, 또는 그의 뉴클레오시드 기에 없는 키랄 탄소 중심을 포함하는 각각의 포스포르아미다이트는 독립적으로, 본원에 기술된 바와 같은 전자 끄는 기(예를 들어, -CH-전자 끄는 기, 예컨대 -CH2SO2R')를 포함하는 R2를 포함한다. 본원에서 입증된 바와 같이, 이러한 키랄 보조 기의 이용은 다양한 제조 상의 장점, 예컨대 높은 수율, 높은 순도, 단일 유형의 키랄 보조 기, 온화한 조건(예를 들어, 키랄 보조 기의 제거를 위한), 향상된 안전성(예를 들어, F-함유 시약과 같은 특정 시약의 제거 또는 환원), 향상된 상용성(예를 들어, 다양한 유형의 키랄 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 등) 및/또는 당(천연 DNA 및 RNA 당, 다양한 변형 당 등)), 단순화된 공정(예를 들어, 단순화된 정제 및/또는 제형화 공정(감소된 양의 염으로부터), 감소된 비용 등을 제공할 수 있다.
커플링
일부 실시 형태에서, 커플링 단계는 다음을 포함한다:
복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드(탈차단 올리고뉴클레오티드 조성물) 또는 뉴클레오시드를 포함하는 탈차단된 조성물(이는 각각이 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함한다는 점에서 탈차단된 것임)과, 뉴클레오시드 단위를 포함하는 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
파트너 화합물과, 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 유리 히드록실 기를 커플링시키는 것을 포함하는 커플링 단계
(여기서, 상기 커플링 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로, 탈차단된 올리고뉴클레오티드의 히드록실 기와 파트너 화합물의 뉴클레오시드 단위를 연결하는 뉴클레오티드간 연결을 포함함)를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공함).
일부 실시 형태에서, 탈차단된 조성물은 복수의 탈차단된 뉴클레오시드(이들 각각은 독립적으로 -OH 기를 포함함)를 포함하는 탈차단된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오시드는 독립적으로, 올리고뉴클레오티드 내로 혼입되는 “제1” 뉴클레오시드이다. 전형적으로, 이것은 예를 들어 선택적으로 링커 모이어티를 통하여 고체 지지체에 연결되는 제1 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, -OH 기는 5'-OH 기이다.
일부 실시 형태에서, 탈차단된 조성물은 복수의 탈차단된 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 -OH 기를 포함함)를 포함하는 탈차단된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 탈차단된 올리고뉴클레오티드는 하나 이하의 -OH 기를 함유한다. 일부 실시 형태에서, -OH 기는 5'-OH 기이다. 일부 실시 형태에서, 탈차단된 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 탈차단된 조성물은 복수의 탈차단된 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로, 화학식 O-I 또는 이의 염의 것임)를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 탈차단 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 탈차단 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시 형태에서, 화학식 O-I 또는 이의 염의 탈차단된 올리고뉴클레오티드에 있어서, R5s는 -OH이고, 유일한 유리 히드록실이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 5'-OH이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로, 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP에 있어서, PL은 P가 아니다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP에 있어서, PL은 P(=O), P(=S), P(=N(-L-R5) 또는 PN이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결에 있어서, -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, LP는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 여기서,
각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 P(=N(-L-R5), 또는 PN이며;
PL이 P(=O)인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -S-Ls-R5이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이며;
PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, LP는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 여기서,
각각의 PL은 독립적으로 P(=O) 또는 P(=S)이며;
PL이 P(=O)인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -S-Ls-R5이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이며;
PL이 P(=S)인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, LP는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 여기서,
각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 P(=N(-L-R5), 또는 PN이며;
PL이 P(=O)인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -S-Ls-R5이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이며;
PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이며;
-X-Ls-R5가 -S-Ls-R5인 경우 또는 PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 경우 각각의 LP는 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 실시 형태에서, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -CH3이다.
탈차단된 히드록실 기를 제외한 탈차단된 올리고뉴클레오티드는 달리 적당히 차단되며, 예를 들어, 키랄 보조 기, 핵염기 등의 아미노 기는, 필요한 경우 적당히 차단된다.
일부 실시 형태에서, 커플링 시약 시스템은 파트너 화합물을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 커플링 시약 시스템은 파트너 화합물 및 활성화제를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 파트너 화합물은 본원에 기술된 바와 같은 포스포르아미다이트이다. 일부 실시 형태에서, 파트너 화합물은 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는 뉴클레오시드 포스포르아미다이트이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성에 있어서, 키랄 보조 모이어티를 포함하는 키랄적 순수 파트너 화합물, 예를 들어, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e, 또는 이의 염의 의 키랄적 순수 포스포르아미다이트가 사용된다. 일부 실시 형태에서, 천연 포스페이트 연결 또는 키랄 비-제어 변형 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 스테레오랜덤 포스포로티오에이트 연결)을 형성하기 위해, 비-키랄적 순수 파트너 화합물, 예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성의 포스포르아미다이트가 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 만약에 있다면 파트너 화합물의 히드록실 기는 차단된다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -ODMTr이다.
일부 실시 형태에서, RNA 당의 2'-OH는 올리고뉴클레오티드 합성을 위해 적절하게 보호된다. 다양한 적합한 보호 기술이 당업계에서 이용가능하고 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -Si(R)3에 의해 보호되고, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본원에 기술된 바와 같고 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 C1-6 지방족 및 C6-10 아릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R은 C1-6 지방족 및 페닐로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 TBS이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -O-PG이고, 여기서, PG는 적합한 보호기이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OSi(R)3이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OTBS이다. 일부 실시 형태에서, 2'-OH를 위한 보호기는 절단 및 탈보호 동안 제거된다. 일부 실시 형태에서, 실릴 보호기, 예를 들어, TBS는 F 공급원, 예를 들어 TEA-3HF, TBAF, Hf-피리딘 등과의 접촉에 의해 제거된다.
다양한 포스포르아미다이트가 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어, US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것).
포스포르아미다이트 및 히드록실 기의 커플링의 촉진을 위한 다양한 유형의 활성화제가 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어, US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것). 일부 실시 형태에서, 활성화제는 하나 이상의 질소 헤테로원자를 함유하는 선택적 치환 헤테로아릴 화합물 또는 이의 염이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 화합물은 선택적 치환 테트라졸 또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, 활성화제는 다음으로부터 선택된다:
Figure pct00464
Figure pct00465
.
일부 실시 형태에서, 활성화제는 다음으로부터 선택된다:
Figure pct00466
Figure pct00467
Figure pct00468
.
일부 실시 형태에서, 활성화제는 시아노메틸 이미다졸 트리플레이트, 시아노메틸 피롤리딘 트리플레이트, ETT, 페닐(2H-테트라졸-5-일)메타논, 2-(디메틸아미노)아세토니트릴/트리플루오로술폰산(2/1), 2-(1H-이미다졸-1-일)아세토니트릴/트리플루오로술폰산(2/1), 및 2-(피롤리딘-1-일)아세토니트릴 /트리플루오로술폰산(2/1)으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 활성화제는 CMIMT이다. 일부 실시 형태에서, 활성화제는 CMPT이다. 일부 실시 형태에서, 활성화제는 ETT이다. 일부 실시 형태에서, ETT는 비-키랄적 순수 파트너 화합물, 예컨대 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성의 포스포르아미다이트와 함께 이용된다.
일부 실시 형태에서, 각각의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 것이다. 일부 실시 형태에서, 커플링 생성물 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 탈차단된 올리고뉴클레오티드의 히드록실 기(예를 들어, 5'-OH)와 파트너 화합물의 뉴클레오시드 단위(예를 들어, 3'-OH)를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII-b, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 형성된 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이며, 여기서, 각각의 키랄 제어 연결 인(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 연결 인)은 독립적으로, 커플링 생성물 조성물 내에서 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 것이다. 일부 실시 형태에서, 커플링 생성물 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 커플링 생성물 조성물은 본원에 기술된 바와 같은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염에서, 새로 부가된 뉴클레오시드 단위, 예를 들어
Figure pct00469
에 결합된 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, LP는 연결 인이 P(III)인 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 화학식 VII-b의 뉴클레오티드간 연결, 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -L7-R1이며, 여기서, L7은 -O-이다. 일부 실시 형태에서, 그의 X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R6은 H이다. 일부 실시 형태에서, 새로 부가된 뉴클레오시드 단위(예를 들어, 화학식 O-I에서
Figure pct00470
)에 결합되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 LP는 독립적으로, 연결 인이 P(V)인 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 여기서, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN이다. 일부 실시 형태에서, 새로 부가된 뉴클레오시드 단위(예를 들어, 화학식 O-I에서
Figure pct00471
)에 결합되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 LP는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 여기서, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결에 있어서, -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, PL이 P(=O)인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -S-Ls-R5이거나; 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이며; PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -CH3이다.
일부 실시 형태에서, 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염이며, 여기서,
Figure pct00472
에 결합된 LP는 화학식 VII-b, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며;
화학식 O-I에서
Figure pct00473
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로, 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서,
각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 P(=N(-L-R5), 또는 PN이며;
PL이 P(=O)인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -S-Ls-R5이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이며;
PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서,
Figure pct00474
에 결합된 LP의 -X-Ls-R5는 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나, 또는 독립적으로 -S-Ls-R5이거나; 또는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서,
Figure pct00475
에 결합된 LP의 -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -CH3이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5가 -S-Ls-R5인 경우 또는 PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 경우 LP는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서,-X-Ls-R5가 -S-Ls-R5인 경우 또는 PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 경우 각각의 LP는 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 실시 형태에서, 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 R5s는 전형적인 차단 -OH, 예를 들어, -ODMTr이다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어, 키랄 보조 모이어티를 포함하는 포스포르아미다이트가 사용되는 경우,
Figure pct00476
에 결합된 LP는 화학식 VII-b, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 여기서, -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 여기서, R5 또는 R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이다. 따라서, 이러한 LP 기는 커플링 생성물 조성물 중에 잔존하는 탈차단된 올리고뉴클레오티드 및/또는 뉴클레오시드의 미커플링 유리 히드록실 기에 더하여, 바람직하게는 캡핑될 일차 또는 이차 아미노 기를 포함할 수 있다. 추가로 및/또는 대안적으로, 유리 히드록실 기는 커플링 단계들, 예를 들어, 하나 이상의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 탈트리틸화 동안 형성될 수 있다.
전통적인 올리고뉴클레오티드 합성의 포스포르아미다이트가 파트너 화합물로서 사용되는 경우, 전형적으로 유리 아미노산 기가 생성되지 않을 것임을 주목한다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 커플링 단계는 전형적으로 하나 이상의 뉴클레오시드 단위를 성장하는 올리고뉴클레오티드 사슬에 부가한다.
일부 실시 형태에서, 접촉은 원하는 경우 반복될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 농도, 접촉 시간 등과 같은 반응 조건은 결과를 개선하기 위해 본 발명에 따라 조정될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 커플링 단계는 생성물 올리고뉴클레오티드에서 예를 들어 상응하는 키랄 비제어된 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결) 또는 연결 인이 비키랄 연결 인인 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 천연 포스페이트 연결)에 대하여 키랄 제어 없이 뉴클레오티드간 연결을 형성한다. 이러한 커플링 단계에 있어서, 키랄 보조 기를 함유하지 않는 포스포르아미다이트, 예를 들어 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에 사용되는 포스포르아미다이트(예를 들어, N,N-디이소프로필 및 2-시아노에틸 기를 포함하는 것)가 사용될 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 본원에 기술된 바와 같은 키랄 보조제를 함유하는 포스포르아미다이트는, 예를 들어 연결 인이 비키랄 연결 인인 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 천연 포스페이트 연결)을 위해 사용될 수 있다.
변형 전 캡핑
본 발명에 기술된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 커플링 생성물 조성물은, 바람직하게는 캡핑될 아미노 기 및 히드록실 기 둘 다를 함유할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 단계는 커플링 생성물 조성물을 변형 전 캡핑 시약 시스템과 접촉시키는 것을 포함하며, 상기 접촉은 커플링 생성물 조성물의 히드록실 기에 비해 아미노를 선택적으로 캡핑한다. 대안적으로 또는 추가로, 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 단계는 커플링 생성물 조성물을 변형 전 캡핑 시약 시스템과 접촉시키는 것을 포함하며, 상기 접촉은 커플링 생성물 조성물의 아미노 및 히드록실 기 둘 다를 캡핑한다. 일부 실시 형태에서, 2회의 접촉이 있는 경우, 전형적으로 첫 번째의 것은 아미노-선택적이다.
접촉 이벤트의 선택성 및 활성은 변형 전 캡핑 시약 시스템에 의해 조정될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아미드화에 대하여, 예를 들어 에스테르화에 비하여 아미노 기의 캡핑, 예를 들어 히드록실 기의 캡핑에 대하여 선택적이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 시약 시스템, 예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성의 캡핑 시약 시스템은 아미드화 및 에스테르화 둘 다에 효율적이며, (전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서는 아미노 기의 캡핑이 캡핑 단계 동안 필요하지 않을 수 있지만) 아미노 및 히드록실 기 둘 다를 효율적으로 캡핑할 수 있다.
에스테르화에 비하여 아미드화에 대하여 선택적인 조건 및 시약 시스템, 및 아미드화 및 에스테르화 둘 다에 효율적인 조건 및 시약 시스템은 잘 알려져 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 선택성 시약 시스템은 에스테르화 촉매 및/또는 강한 친핵체를 포함하지 않거나 크게 감소된 수준의 에스테르화 촉매 및/또는 강한 친핵체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 아미드화 및 에스테르화 둘 다에 효율적인 시약 시스템은 적합한 수준의 에스테르화 촉매 및/또는 강한 친핵체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 에스테르화 촉매 및/또는 강한 친핵체는 히드록실 기의 캡핑을 촉진하기 위하여 전톡적인 캡핑 시스템에서 이용되는 것, 예를 들어 DMAP, NMI 등이다.
일부 실시 형태에서, 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드에서, 새로 부가된 뉴클레오시드, 예를 들어
Figure pct00477
에 결합된 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, LP는 아미노 기를 포함하는 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 화학식 VII-b, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 여기서, -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R5 또는 R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 단계는 예를 들어 -H인 상기 R5 또는 R6을 -C(O)R'로 전환시킴으로써 그러한 아미노 기를 캡핑하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, R'는 -CH3이다.
일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아미노 및/또는 히드록실 기를 아실화하기 위한 아실화제를 포함한다. 다양한 아실화제가 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 아실화제는 무수물이다. 일부 실시 형태에서, 아실화제는 Ac2O이다. 일부 실시 형태에서, 아실화제는 할로겐-치환된 아세트산 무수물이다. 일부 실시 형태에서, 아실화제는 (Pac)2O이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 특히, 캡핑 동안 생성된 산을 중화시킬 수 있는 염기를 추가로 포함한다. 일부 실시 형태에서, 히드록실 기의 캡핑을 위하여, 에스테르화 촉매, 예를 들어, NMI, DMAP 등이 사용된다.
일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 다음의 용액이거나 이를 포함한다:
피리딘/DMAP/Ac2O;
2,6-루티딘/NMI/Ac2O;
2,4,6-콜리딘/Ac2O;
트리에틸아민/Ac2O;
DIEA/Ac2O;
N-메틸 모르폴린/Ac2O;
2,6-루티딘, 이어서 소정의 시간 후, NMI/Ac2O;
2,6-루티딘/Ac2O;
PhNCO/2,6-루티딘;
POS;
POS, 그 후 NMI/2,6-루티딘/Ac2O; 또는
2-(디메틸아미노)아세토니트릴/Ac2O.
일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 다음의 용액이거나 이를 포함한다:
피리딘(2 당량)/DMAP(촉매량)/Ac2O(4 당량);
2,6-루티딘(2 당량)/NMI(0.25 당량) /Ac2O(4 당량);
2,4,6-콜리딘 /Ac2O(4 당량);
트리에틸아민/Ac2O(4 당량);
DIEA/Ac2O(4 당량);
N-메틸 모르폴린/Ac2O(4 당량);
2,6-루티딘(2 당량), 이어서 5분 후 NMI(1 당량) /Ac2O(4 당량);
2,6-루티딘/Ac2O(4 당량);
PhNCO/2,6-루티딘;
POS(산화 단계이자 캡핑 전);
POS(산화 단계이자 캡핑 전), 그 후 NMI/2,6-루티딘/Ac2O; 또는
2-(디메틸아미노)아세토니트릴/Ac2O.
일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 본원에 기술된 바와 같은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드에서의 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결에 있어서, -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드에서, 뉴클레오티드간 연결의 아미노 기는 -C(O)R'에 의해 캡핑된다.
일부 실시 형태에서, 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염의 것이며, 여기서,
Figure pct00478
에 결합된 LP는 화학식 VII-b, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R5 또는 R6은 -C(O)R'이며;
화학식 O-I에서
Figure pct00479
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로, 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서,
각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 P(=N(-L-R5), 또는 PN이며;
각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -S-Ls-R5이거나; 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, PL이 P(=O)인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나, 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -S-Ls-R5이거나; 또는 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이며; PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -CH3이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5가 -S-Ls-R5인 경우 또는 PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 경우 LP는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서,-X-Ls-R5가 -S-Ls-R5인 경우 또는 PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5) 또는 PN인 경우 각각의 LP는 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 전 캡핑 단계를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 이러한 사이클에서의 변형 단계는 키랄 제어 없이 P(III) 뉴클레오티드간 연결을 변형시킨다(예를 들어, 이를 P(V) 뉴클레오티드간 연결로 전환시킴). 일부 실시 형태에서, P(III) 뉴클레오티드간 연결은 키랄 보조제를 함유하지 않는다(예를 들어, 키랄인 경우의 연결 인을 제외하고는 키랄 중심이 없음). 일부 실시 형태에서, P(III) 뉴클레오티드간 연결은 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서와 같이 -CH2CH2CN을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 사이클에서의 변형은 사이클에서의 커플링 단계에서 형성된 P(III) 뉴클레오티드간 연결에 =O를 인스톨하는 산화이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 사이클에서의 변형은 키랄 제어 없이 사이클에서의 커플링 단계에서 형성된 P(III) 뉴클레오티드간 연결에 =S를 인스톨하는 황화(티올화)이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 사이클에서의 변형은 P(III) 뉴클레오티드간 연결에 =N(-L-R5)를 인스톨하거나, *?*키랄 제어 없이 사이클에서의 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결의 P(III) 연결 인으로부터 PN을 형성한다.
변형
일부 실시 형태에서, 변형 단계는 P(III) 연결 인을 변형시키며, 이것을 P(V) 연결 인으로 전환시킨다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 다수의 P-변형이 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어, US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것).
일부 실시 형태에서, 변형은 S를 P에 인스톨하는 황화이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 =S를 P에 인스톨하는 황화이다. 많은 적합한 시약이 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어, US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것).
일부 실시 형태에서, 변형 단계는 키랄 비제어된 키랄 뉴클레오티드간 연결 또는 연결 인이 비키랄 연결 인인 뉴클레오티드간 연결을 제공하여, 예를 들어 키랄 비제어된 키랄 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 키랄 비제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 키랄 비제어된 n001 뉴클레오티드간 연결 등) 또는 연결 인이 비키랄 연결 인인 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 천연 포스페이트 연결)(생성물에서)을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 커플링 단계는 본원에 기술된 바와 같은 키랄 보조제를 포함하지 않는 “전통적인” 포스포르아미다이트, 예를 들어, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서와 같이 N,N-디이소프로필 및 2-시아노에틸 기를 포함하는 포스포르아미다이트를 이용하여, 변형된(예를 들어, 변형 단계 동안 P(V) 뉴클레오티드간 연결로 전환된) P(III) 뉴클레오티드간 연결을 형성한다. 일부 실시 형태에서, 변형 단계에서 변형될 P(III) 뉴클레오티드간 연결은 키랄 비제어된 뉴클레오티드간 연결, 또는 연결 인이 비키랄 연결 인인 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 변형 생성물이 키랄 비제어된 사이클은 "전통적인" 올리고뉴클레오티드 합성 사이클이다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 전 캡핑 단계를 갖지만 변형이 산화인 경우의 변형 후 캡핑 단계는 갖지 않는다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 후 캡핑 단계를 갖지만 변형이 산화인 경우의 변형 전 캡핑 단계는 갖지 않는다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 전 캡핑 단계 및 변형이 산화인 경우의 변형 전 캡핑 단계를 갖는다. 본원에 기술된 바와 같이, 생성물이 키랄 제어되지 않는 변형 단계는 특히, =O, =S, =N-(예를 들어, =N(-L-R5), PN 등에서와 같이)을 P(III) 뉴클레오티드간 연결에 인스톨할 수 있다. 일부 실시 형태에서 이것은 =O를 인스톨한다. 일부 실시 형태에서 이것은 =S를 인스톨한다. 일부 실시 형태에서, 이것은 =N-을 인스톨한다(예를 들어, =N(-L-R5), PN 등에서와 같이). 대안적으로 또는 추가적으로, 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 바와 같은 키랄 보조제를 함유하는 포스포르아미다이트는 연결 인이 비키랄 연결 인인 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 천연 포스페이트 연결(생성물에서)에 사용될 수 있다. 이러한 경우에, 산화 전의 변형 전 캡핑 단계 및 산화 후의 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 본원에 기술된 바와 같은 사이클이 이용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 변형은 인을 연결 인에 인스톨하는 산화이다. 일부 실시 형태에서, 산화 시약은 TBHP(tert-부틸히드로퍼옥시드)이다. 일부 실시 형태에서, 산화 시약은 I2/물/피리딘이다. 일부 실시 형태에서, I2의 농도는 약 0.05 M이다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 전 캡핑 단계를 갖지만 변형이 산화인 경우의 변형 후 캡핑 단계는 갖지 않는다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 변형 후 캡핑 단계를 갖지만 변형이 산화인 경우의 변형 전 캡핑 단계는 갖지 않는다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 본원에 기술된 바와 같은 키랄 보조 기를 함유하지 않는 "전통적인" 포스포르아미다이트, 예를 들어 N,N-디이소프로필 및 2-시아노에틸 기를 포함하는 포스포르아미다이트를 이용한다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 "전통적인" 올리고뉴클레오티드 합성 사이클이다. 대안적으로 또는 추가적으로, 본원에 기술된 바와 같은 키랄 보조제를 함유하는 포스포르아미다이트는 변형 단계가 =O를 연결 인에 인스톨하는 산화인 사이클에서 이용될 수 있다(전형적으로, =O의 키랄 제어된 인스톨과 함께). 이러한 경우에, 산화 전의 변형 전 캡핑 단계 및 산화 후의 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 본원에 기술된 바와 같은 사이클이 이용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 변형 단계는 예를 들어 P(III) 뉴클레오티드간 연결을 P(V) 뉴클레오티드간 연결로 전환시킨 후 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 황화 시약은 3H-1,2-벤조디티올-3-온-l,l-디옥시드, 또는 뷰케이지 시약(Beaucage reagent), 테트라에틸티우람 디술피드, 페닐아세틸 디술피드, 디벤조일 테트라술피드, 비스-(O,O-디이소프로폭시포스피노티오일) 디술피드, 벤질트리에틸암모늄 테트라티오몰리베이트, 비스-(p-톨루엔술포닐) 디술피드, 3-에톡시-l,2,4-디티아졸린-5-온(EDITH), 1,2,4-디티아졸리딘-3,5-디온, 3-아미노-1,2,4-디티아졸-5-티온, 3-메틸-1,2,4-디티아졸린-5-온, 또는 3-페닐-1,2,4-디티아졸린-5-온이다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약은 3H-1,2,4-디티아졸-3-티온 및 3H-1,2-디티올-3-티온(예를 들어, 문헌[Guzaev, Tetrahedron Letters 52 (2011) 434-437]에 기술됨)이다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약은 POS(3-페닐-1,2,4-디티아졸린-5-온), DDTT(((디메틸아미노-메틸리덴)아미노)-3H-1,2,4-디티아자올린-3-티온), DTD(디메틸티아룸 디술피드), 잔탄 히드라이드(XH), S-(2-시아노에틸) 메탄술포노티오에이트(MTS-CNE), 또는 페닐아세틸 디술피드이다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약은 POS이다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약은 DDTT이다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약은 DTD이다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약은 잔탄 히드라이드이다.
일부 실시 형태에서, 티오술포네이트 시약은 하기 화학식 S-I의 구조를 갖는다:
[화학식 S-I]
Figure pct00480
여기서,
Rs1은 R이며;
각각의 R, L 및 R1은 독립적으로 상기 및 본원에 정의되고 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 황화 시약은 비스(티오술포네이트) 시약이다. 일부 실시 형태에서, 비스(티오술포네이트) 시약은 하기 화학식 S-II의 구조를 갖는다:
[화학식 S-II]
Figure pct00481
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일반적으로 상기에 정의된 바와 같이, Rs1은 R이며, 여기서, R은 상기 및 본원에 정의되고 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 선택적 치환 지방족, 아릴, 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 선택적 치환 알킬이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 선택적 치환 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R s1은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R s1은 시아노메틸이다. 일부 실시 형태에서, R s1은 니트로메틸이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 선택적 치환 아릴이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 p-니트로페닐이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 p-메틸페닐이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 p-클로로페닐이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 o-클로로페닐이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 2,4,6-트리클로로페닐이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 펜타플루오로페닐이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 선택적 치환 헤테로시클릴이다. 일부 실시 형태에서, Rs1은 선택적 치환 헤테로아릴이다.
일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00482
(MTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00483
(TTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00484
(NO2PheTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00485
(p-ClPheTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00486
(o-ClPheTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00487
(2,4,6-트리ClPheTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00488
(PheTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00489
(PFPheTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00490
(a-CNMTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00491
(a-NO2MTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00492
(a-CF3MTS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00493
(a-CF3TS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00494
(a-CHF2TS)이다. 일부 실시 형태에서, Rs1-S(O)2S-는
Figure pct00495
(a-CH2FTS)이다.
일부 실시 형태에서, 황화 시약은 S-I 또는 S-II의 구조를 가지며, 여기서, L은 선택적 치환 알킬렌, 알케닐렌, 아릴렌 또는 헤테로아릴렌이다.
일부 실시 형태에서, 황화 시약은 S8,
Figure pct00496
Figure pct00497
이다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약은 S8,
Figure pct00498
또는
Figure pct00499
이다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약은
Figure pct00500
이다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약은
Figure pct00501
이다.
예시적인 황화 시약이 하기에 도시되어 있다:
Figure pct00502
Figure pct00503
Figure pct00504
일부 실시 형태에서, 셀레늄 친핵체를 황화 시약 대신 사용하여 뉴클레오티드간 연결에 대한 변형을 도입한다. 일부 실시 형태에서, 셀레늄 친핵체는 하기 화학식 중 하나를 갖는 화합물이다:
Se, Rs2-Se-Se-Rs3, 또는 Rs2-Se-Xs-Rs3
여기서,
각각의 Rs2 및 Rs3은 독립적으로, 지방족, 아미노알킬, 카르보시클릴, 헤테로시클릴, 헤테로시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, 알킬옥시, 아릴옥시, 헤테로아릴옥시, 아실, 아미드, 이미드, 또는 티오카르보닐로부터 선택되는 선택적 치환 기이거나; 또는
Rs2 및 Rs3는 이들이 결합된 원자와 함께 취해져서 선택적 치환 복소환식 또는 헤테로아릴 고리를 형성하며;
Xs는 -S(O)2-, -O-, 또는 -N(R')-이며;
R'는 상기 및 본원에 정의되고 기술된 바와 같다.
다른 실시 형태에서, 셀레늄 친핵체는 Se, KSeCN,
Figure pct00505
Figure pct00506
또는
Figure pct00507
의 화합물이다. 일부 실시 형태에서, 셀레늄 친핵체는 Se 또는
Figure pct00508
이다.
일부 실시 형태에서, 변형 단계는 연결 인 원자의 보론화(boronating)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 보론화 시약은 보란-아민(예를 들어, N,N-디이소프로필에틸아민(BH3·DIPEA), 보란-피리딘(BH3·Py), 보란-2-클로로피리딘(BH3·CPy), 보란-아닐린(BH3·An)), 보란-에테르 시약(예를 들어, 보란-테트라히드로푸란(BH3·THF)), 보란-디알킬술피드 시약(예를 들어, BH3·Me2S), 아닐린-시아노보란, 또는 트리페닐포스핀-카르보알콕시보란이다. 일부 실시 형태에서, 아지드 시약은 아민 기를 제공하도록 후속적인 환원을 겪을 수 있는 아지드 기이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 실시예에서 예시된 바와 같이, 본 발명은 중성 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 도입하기 위한 변형 시약을 제공한다(예를 들어, =N-(예를 들어, =N(-L-R5), PN 등에서와 같이)을 P(III) 뉴클레오티드간 연결에 인스톨할 수 있는 것).
많은 실시 형태에서, 변형 단계는 전형적으로 사이클 내에 있다. 일부 실시 형태에서, 변형은 사이클의 외부에 있을 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결 및/또는 기타 위치에서 동시에 변형을 도입하도록 소정 길이의 올리고뉴클레오티드 사슬이 달성된 후에 하나 이상의 변형 단계가 수행될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 변형 단계는 예를 들어, 뉴클레오티드간 연결의 올리고뉴클레오티드의 알킨 기가 아지드와 반응하는 클릭 화학의 사용을 포함한다. 클릭 화학을 위한 다양한 시약 및 조건이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 아지드는 R1-N3의 구조를 가지며, 여기서 R1은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1은 이소프로필이다.
일부 실시 형태에서, 변형 단계는 =N-(예를 들어, =N(-L-R5), PN 등에서와 같이)을 여결 인에 인스톨한다. 일부 실시 형태에서, 실시예에서 증명된 바와 같이, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 P(III) 뉴클레오티드간 연결은, 적합한 조건 하에서, 예를 들어 아지드 또는 아지도 이미다졸리늄 염(예를 들어,
Figure pct00509
를 포함하는 화합물)과의 반응시킴으로써(일부 실시 형태에서, 아지드 반응으로 지칭됨) 변형될 수 있다(예를 들어, 생성물에서 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결로 전환될 수 있다(선택적으로, 다른 단계, 예를 들어, 키랄 보조제의 제거 등 후에). 일부 실시 형태에서, 아지도 이미다졸리늄 염은 PF6 -의 염이다. 일부 실시 형태에서, 아지도 이미다졸리늄 염은
Figure pct00510
의 염이다. 일부 실시 형태에서, 유용한 시약, 예를 들어, 아지도 이미다졸리늄 염은
Figure pct00511
의 염이다. 일부 실시 형태에서, 유용한 시약은
Figure pct00512
의 염이다. 일부 실시 형태에서, 유용한 시약은
Figure pct00513
의 염이다. 일부 실시 형태에서, 유용한 시약은
Figure pct00514
의 염이다. 질소 양이온을 포함하는 이러한 시약은 또한 반대 음이온(예를 들어, 본 발명에 기술된 바와 같은 Q-)을 함유하며, 이는 당해 분야에 널리 공지되어 있고, 다양한 화학 시약에 함유되어 있다. 일부 실시 형태에서, 유용한 시약은 Q+Q-이고, 이때, Q+는
Figure pct00515
Figure pct00516
이고, Q-는 음이온이다. 일부 실시 형태에서, Q+는
Figure pct00517
이다. 일부 실시 형태에서, Q+는
Figure pct00518
이다. 일부 실시 형태에서, Q+는
Figure pct00519
이다. 일부 실시 형태에서, Q+는
Figure pct00520
이다. 일부 실시 형태에서, Q+는
Figure pct00521
이다. 당업자가 인지하는 바와 같이, Q+Q-의 구조를 갖는 화합물에서, 전형적으로 Q+의 양전하의 수는 Q-의 음전하의 수와 같다. 일부 실시 형태에서, Q+는 1가의 양이온이고, Q-는 1가의 음이온이다. 일부 실시 형태에서, Q-는 비친핵성 음이온이다. 일부 실시 형태에서, Q-는 F-, Cl-, Br-, BF4 -, PF6 -, TfO-, Tf2N-, AsF6 -, ClO4 -, 또는 SbF6 -이다. 일부 실시 형태에서, Q-는 PF6 -이다. 당업자는 많은 다른 유형의 반대 음이온이 이용 가능하며, 본 발명에 따라 이용될 수 있음을 용이하게 인지한다. 일부 실시 형태에서, 아지도 이미다졸리늄 염은 2-아지도-1,3-디메틸이미다졸리늄 헥사플루오로포스페이트이다.
일부 실시 형태에서, P(III) 연결은 R-GZ의 구조를 갖는 친전자체와 반응하며, 여기서 R은 본 발명에 기술된 바와 같고, GZ는 이탈기, 예를 들어 -Cl, -Br, -I, -OTf, -Oms, -O토실 등이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH3이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH2CH3이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH2CH2CH3이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH2OCH3이다. 일부 실시 형태에서, R은 CH3CH2OCH2-이다. 일부 실시 형태에서, R은 PhCH2OCH2-이다. 일부 실시 형태에서, R은 H-C≡C-CH2-이다. 일부 실시 형태에서, R은 CH3-C≡C-CH2-이다. 일부 실시 형태에서, R은 CH2=CHCH2-이다. 일부 실시 형태에서, R은 CH3SCH2-이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH2COOCH3이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH2COOCH2CH3이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH2CONHCH3이다.
일부 실시 형태에서, 변형 단계 후에, P(III) 연결 인은 P(V) 뉴클레오티드간 연결로 전환된다. 일부 실시 형태에서, P(III) 연결 인은 P(V) 뉴클레오티드간 연결로 전환되고, 연결 인에 결합된 모든 기존의 기는 변화되지 않은 채로 남아 있다. 일부 실시 형태에서, 연결 인은 P로부터 P(=O)로 전환된다(변형 후 =O의 인스톨에 의해). 일부 실시 형태에서, 연결 인은 P로부터 P(=S)로 전환된다(변형 후 =S의 인스톨에 의해). 일부 실시 형태에서, 연결 인은 P로부터 PN으로 전환된다(예를 들어, 변형 후 =N(-L-R5)의 인스톨에 의해 P(=N-L-R5)). 일부 실시 형태에서, 연결 인은 P로부터
Figure pct00522
Figure pct00523
로 전환되며(각각
Figure pct00524
,
Figure pct00525
의 인스톨에 의해), 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, P는
Figure pct00526
로 전환된다. 일부 실시 형태에서, P는
Figure pct00527
로 전환된다. 일부 실시 형태에서, P는
Figure pct00528
로 전환된다. 일부 실시 형태에서, P는
Figure pct00529
로 전환된다. 일부 실시 형태에서, P는
Figure pct00530
로 전환된다. 당업자가 인지하는 바와 같이, 각각의 양이온에 대해 전형적으로 반대 음이온이 존재하며, 그 결과 양전하의 총 수는 시스템(예를 들어, 화합물, 조성물 등)의 음전하의 총 수와 동일하다. 일부 실시 형태에서, 반대 음이온은 본 발명에 기술된 바와 같은 Q-이다(예를 들어, F-, Cl-, Br-, BF4 -, PF6 -, TfO-, Tf2N-, AsF6 -, ClO4 -, SbF6 - 등). 일부 실시 형태에서, 화학식 VII, VII-b, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결에서 PL인 연결 인 P는, P(=W) 또는 P→B(R')3인 PL로 전환된다. 일부 실시 형태에서, PL이 P인, 화학식 VII, VII-b, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결은, PL이 P(=W) 또는 P→B(R')3인, 화학식 VII-a-1, VII-a-2, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결로 전환된다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VII의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결에서 PL인 연결 인 P는, P(=W) 또는 P→B(R')3인 PL로 전환된다. 일부 실시 형태에서, W는 O이다(예를 들어, 산화 반응으로부터). 일부 실시 형태에서, W는 S이다(예를 들어, 황화 반응으로부터). 일부 실시 형태에서, W는 =N-L-R5,
Figure pct00531
Figure pct00532
이다(예를 들어, 아지드 반응으로부터). 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 화학식 VII의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결)은 하기 화학식 NL-III의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다:
[화학식 NL-III]
Figure pct00533
여기서,
PN은 P(=N-L-R5),
Figure pct00534
Figure pct00535
이고;
Q-는 음이온이고;
각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, PN은 P(=N-L-R5)이다. 일부 실시 형태에서, PN은
Figure pct00536
이다. 일부 실시 형태에서, PN은
Figure pct00537
이다. 일부 실시 형태에서, PN은
Figure pct00538
이다. 일부 실시 형태에서, PN은
Figure pct00539
이다. 일부 실시 형태에서, PN은
Figure pct00540
이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명의 뉴클레오티드간 연결은 염 형태로 존재할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 화학식 NL-III의 뉴클레오티드간 연결은 염 형태로 존재할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 화학식 NL-III의 뉴클레오티드간 연결의 염 형태에서, PN은
Figure pct00541
Figure pct00542
이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드, 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드, 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드, 변형 생성물 올리고뉴클레오티드, 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 등에서, 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-III 또는 이의 염 형태의 것이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-III 또는 이의 염 형태의 것이며, 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-III 또는 이의 염 형태의 것이며, 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 화학식 NL-III 또는 이의 염 형태의 것이며, 키랄 제어되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조제 제거 후 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 보조제 제거 생성물 올리고뉴클레오티드, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 등)는 화학식 NL-III 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 함유하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조제 제거 후 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 보조제 제거 생성물 올리고뉴클레오티드, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 등)는 화학식 NL-III의 뉴클레오티드간 연결을 함유하지 않으며, 이의 PN은
Figure pct00543
이다.
일부 실시 형태에서, 화학식 VII의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 이때, PL은 P임)은, 화학식 NL-III의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결로 전환된다.
일부 실시 형태에서, Y, Z, 및 -X-Ls-R5(및/또는 Y, Z, 및 X-Ls-R1)는 전환하는 동안, 동일하게 남아 있다. 일부 실시 형태에서, 각각의 X, Y 및 Z는 독립적으로 -O-이다. 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 바와 같이, -X-Ls-R5 및/또는 -X-Ls-R1은 독립적으로, H-X-Ls-R5 및/또는 H-X-Ls-R1이 독립적으로 본원에 기술된 키랄 시약(예를 들어, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물), 또는 본원에 기술된 캡핑된 키랄 시약이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, 키랄 시약의 아미노 기(예를 들어, 이들 화학식에서 N)는 예를 들어 -C(O)R'로 캡핑된다(수소(예를 들어, R6)를 -C(O)R'로 대체; 예를 들어, -N[-C(O)R']R5-). 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R1 및/또는 -X-Ls-R5는 독립적으로
Figure pct00544
Figure pct00545
Figure pct00546
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R1 및/또는 -X-Ls-R5는 독립적으로
Figure pct00547
Figure pct00548
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R1 및/또는 -X-Ls-R5는 독립적으로
Figure pct00549
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R1 및/또는 -X-Ls-R5는 독립적으로
Figure pct00550
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R1 및/또는 -X-Ls-R5는 독립적으로
Figure pct00551
이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R이다. 일부 실시 형태에서, Rc는 CH3C(O)-이다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 변형된 뉴클레오티드간 연결, 키랄 뉴클레오티드간 연결, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결 등)은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2 또는 이의 염 형태(여기서, PL은 P(=N-L-R5) 또는 PN임), 또는 화학식 NL-III 또는 이의 염 형태의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 모든 이러한 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결의 적어도 하나의 연결 인은 Rp이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결의 적어도 하나의 연결 인은 Sp이다. 이러한 뉴클레오티드간 연결의 적어도 하나의 연결 인은 Rp이고, 이러한 뉴클레오티드간 연결의 적어도 하나의 연결 인은 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 (예를 들어, 1~5, 1~10, 1~15, 1~20, 1~25, 1~30, 1~40, 1~50, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 등의) 이러한 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 다른 유형의 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 하나 이상의 천연 포스페이트 연결, 및/또는 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 더 포함한다(예를 들어, 일부 실시 형태에서, 이의 하나 이상은 독립적으로 키랄 제어된다; 일부 실시 형태에서, 이의 각각은 독립적으로 키랄 제어된다; 일부 실시 형태에서, 적어도 하나는 Rp이다; 일부 실시 형태에서, 적어도 하나는 Sp이다; 일부 실시 형태에서, 적어도 하나는 Rp이고, 적어도 하나는 Sp이다; 등). 일부 실시 형태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 입체순수이다(실질적으로 다른 입체이성질체가 없음). 일부 실시 형태에서, 본 발명은 이러한 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 이러한 올리고뉴클레오티드의 키랄 순수 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 변형은 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 입체선택성으로 진행된다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 85% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 85% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 90% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 91% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 92% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 93% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 94% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 95% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 96% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 97% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 98% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 입체선택성은 99% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 입체특이적이다.
일부 실시 형태에서, 변형 생성물 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 변형 생성물 조성물은 본원에 기술된 바와 같은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 변형 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 화학식 VII의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결에 있어서, -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, 변형 생성물 올리고뉴클레오티드에서 각각의 연결 인은 P(III)이 아니다. 일부 실시 형태에서, 변형 생성물 올리고뉴클레오티드에서, 예를 들어 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드:
각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, NL 또는 NL-III 또는 이의 염 형태의 것이며, P L 은 P가 아니고;
선택적으로, 각각의 LP는 유리 일차 및 유리 이차 아미노 기를 포함하지 않는다.
일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 유리 일차 및 유리 이차 아미노 기를 포함하지 않는다.
일부 실시 형태에서, 변형 생성물 올리고뉴클레오티드에서, 예를 들어 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드:
각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이며,
각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 P(=N(-L-R5), 또는 PN이며;
각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 PL이 P(=O)인 경우, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나, 또는 -X-Ls-R5는 독립적으로 -S-Ls-R5, 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이며; 각각의 PL이 P(=S)인 경우, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -CH3이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5가 -S-Ls-R5인 경우 또는 PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5)인 경우 LP는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서,-X-Ls-R5가 -S-Ls-R5인 경우 또는 PL이 P(=S) 또는 P(=N(-L-R5)인 경우 각각의 LP는 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O) 또는 P(=S)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S), P=N(-L-R5),
Figure pct00552
Figure pct00553
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O) 또는 P(=S),
Figure pct00554
이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O) 또는 P(=S), 또는
Figure pct00555
이다. 일부 실시 형태에서, PN을 포함하는 뉴클레오티드간 연결은 예를 들어 -X-Ls-R5의 제거 후에 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결로 전환될 수 있고; 예를 들어, 일부 실시 형태에서, PN
Figure pct00556
및 X 및 Y 및 Z가 O인 화학식 NL-III의 뉴클레오티드간 연결은 n001로 전환될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 -O-CH2CH2CN이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, 또는 I-d의 화합물 또는 이의 염이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R2는 -L-Si(R')3이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-Si(R')3이며, 여기서, 각각의 R'는 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, 화합물은
Figure pct00557
이며, 여기서, -NH-는 선택적으로 캡핑된다(예를 들어, -C(O)R'로)). 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, 또는 I-d의 화합물 또는 이의 염이 되게 하는 구조의 것이고, 여기서, 상응하는 키랄 보조제는, 바람직하게는 물이 존재함이 없이, 염기성 조건 하에서 쉽게 제거될 수 있다. 일부 실시 형태에서, R2는 전자 끄는 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R2는 -L-SO2R'이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2SO2R'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-10 지방족 또는 아릴 기이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가
Figure pct00558
또는
Figure pct00559
인 구조의 것이고, 여기서, -NH-는 선택적으로 캡핑된다(예를 들어, -C(O)R'로)). 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -O-CH2CH2CN,
Figure pct00560
Figure pct00561
로부터 선택되며, 여기서, R'는 -H 또는 -C(O)R이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -O-CH2CH2CN,
Figure pct00562
및
Figure pct00563
로부터 선택되며, 여기서, R'는 -H 또는 -C(O)R이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)R이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 -C(O)R이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CH3이다.
변형 후 캡핑
변형 전 캡핑 단계, 전통적인 캡핑 단계 등에 대해 설명된 것을 포함하는 다양한 캡핑 조건이 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어, US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것).
일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑은 에스테르화에 비해 아미드화에 대하여 선택적이다. 많은 실시 형태에서, 변형 후 캡핑은 아미드화 및 에스테르화 둘 다에 효율적이며, 이는 아미노 및 히드록실 기 둘 다를 효율적으로 캡핑한다. 일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 강한 친핵체 및/또는 에스테르화 촉매, 예를 들어 DMAP, NMI 등을 상당한 양으로 포함한다.
일부 실시 형태에서, 변형 후 캡핑 단계는 커플링, 변형 전 캡핑 및/또는 변형 단계 후에 남아 있거나 커플링, 변형 전 캡핑 및/또는 변형 단계 동안 형성되는 다양한 작용기, 예를 들어 히드록실 기, 아미노 기를 캡핑한다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어, 변형 생성물 조성물이 변형 후 캡핑 시약 시스템과 접촉하는 경우, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드 및 변형 후 캡핑 시약 시스템의 하나 이상의 시약을 포함하는 조성물을 제공하며, 상기 시약은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드와 접촉한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드 및 변형 후 캡핑 시약 시스템의 하나 이상의 시약을 포함하는 조성물을 제공하며, 상기 시약은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드와 접촉하고, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시 형태에서, 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 시약은 아실화제, 예를 들어, Ac2O이다. 일부 실시 형태에서, 시약은 에스테르화 촉매, 예를 들어, DMAP, NMI 등이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 시약은 무수물이며, 하나의 시약은 에스테르화 촉매이다.
탈차단
일부 실시 형태에서, 커플링 단계는 탈차단 단계가 선행한다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 성장하는 올리고뉴클레오티드의 5' 히드록실 기는 차단(즉, 보호)되고 후속적으로 뉴클레오시드 커플링 파트너와 반응하기 위해 또는 사이클을 탈출하기 전에 탈차단된다.
일부 실시 형태에서, 산성화를 이용하여 차단기를 제거한다. 일부 실시 형태에서, 산은 브뢴스테드산 또는 루이스산이다. 유용한 브뢴스테드 산으로는 카르복실산, 알킬술폰산, 아릴술폰산, 인산 및 그의 유도체, 포스폰산 및 그의 유도체, 알킬포스폰산 및 그의 유도체, 아릴포스폰산 및 그의 유도체, 포스핀산, 디알킬포스핀산, 및 디아릴포스핀산(이는 유기 용매 또는 물(80% 아세트산의 경우)에서 -0.6(트리플루오로아세트산) 내지 4.76(아세트산)의 pKa(물에서 25℃)를 가짐)이 있다. 산성화 단계에서 사용되는 산의 농도(1 내지 80%)는 산의 산도에 따라 달라진다. 강산 조건이 탈퓨린화/탈피리미딘화(여기서, 퓨리닐 또는 피리미디닐 염기는 리보스 고리 및/또는 다른 당 고리로부터 절단됨)를 초래할 것이기 때문에 산 강도를 고려해야 한다. 일부 실시 형태에서, 산은 Ra1COOH, Ra1SO3H, Ra3SO3H,
Figure pct00564
로부터 선택되며, 여기서, 각각의 Ra1 및 Ra2는 독립적으로 수소 또는 선택적 치환 알킬 또는 아릴이고, Ra3는 선택적 치환 알킬 또는 아릴이다.
일부 실시 형태에서, 산성화는 유기 용매에서 루이스산에 의해 성취된다. 이러한 유용한 루이스산의 예로는 Zn(Xa)2가 있으며, 여기서, Xa는 Cl, Br, I, 또는 CF3SO3이다.
일부 실시 형태에서, 산성화 단계는 퓨린 모이어티를 축합 중간체로부터 제거하지 않고서 차단기를 제거하기에 효과적인 양의 브뢴스테드산 또는 루이스산을 첨가하는 것을 포함한다.
산성화 단계에서 유용한 산은 또한 유기 용매 중 10% 인산, 유기 용매 중 10% 염산, 유기 용매 중 1% 트리플루오로아세트산, 유기 용매 중 3% 디클로로아세트산 또는 트리클로로아세트산 또는 물 중 80% 아세트산을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 이 단계에서 사용된 임의의 브뢴스테드산 또는 루이스산의 농도는 산의 농도가 당 모이어티로부터의 핵염기의 절단을 야기하는 농도를 초과하지 않도록 선택된다.
일부 실시 형태에서, 산성화는 유기 용매 중 1% 트리클로로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 산성화는 유기 용매 중 약 0.1% 내지 약 8%의 트리플루오로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 산성화는 유기 용매 중 3% 디클로로아세트산 또는 트리클로로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 산성화는 유기 용매 중 약 0.1% 내지 약 10%의 디클로로아세트산 또는 트리클로로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 산성화는 유기 용매 중 3% 트리클로로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 산성화는 유기 용매 중 약 0.1% 내지 약 10%의 트리클로로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 산성화는 물 중 80% 아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 산성화는 물 중의 약 50% 내지 약 90%, 또는 약 50% 내지 약 80%, 약 50% 내지 약 70%, 약 50% 내지 약 60%, 약 70% 내지 약 90%의 아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 산성화는 산성 용매에의 양이온 스캐빈저의 추가 첨가를 포함한다. 특정 실시 형태에서, 양이온 스캐빈저는 트리에틸실란 또는 트리이소프로필실란일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 차단기는 산성화에 의해 탈차단되는데, 이는 유기 용매 중 1% 트리플루오로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 차단기는 산성화에 의해 탈차단되는데, 이는 유기 용매 중 3% 디클로로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 차단기는 산성화에 의해 탈차단되는데, 이는 유기 용매 중 3% 트리클로로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 차단기는 산성화에 의해 탈차단되는데, 이는 디클로로메탄 중 3% 트리클로로아세트산을 첨가하는 것을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 본 발명의 방법은 합성기에서 완료되고, 성장하는 올리고뉴클레오티드의 히드록실 기를 탈차단하는 단계는 소정의 양의 용매를 합성기 컬럼에 전달하는 것을 포함하며, 상기 컬럼은 올리고뉴클레오티드가 부착된 고체 지지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 용매는 할로겐화 용매(예를 들어, 디클로로메탄)이다. 특정 실시 형태에서, 용매는 소정의 양의 산을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 용매는 소정의 양의 유기 산, 예를 들어 트리클로로아세트산을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 산은 약 1% 내지 약 20%(w/v)의 양으로 존재한다. 특정 실시 형태에서, 산은 약 1% 내지 약 10%(w/v)의 양으로 존재한다. 특정 실시 형태에서, 산은 약 1% 내지 약 5%(w/v)의 양으로 존재한다. 특정 실시 형태에서, 산은 약 1% 내지 약 3%(w/v)의 양으로 존재한다. 특정 실시 형태에서, 산은 약 3%(w/v)의 양으로 존재한다. 히드록실 기를 탈차단하는 방법은 본원에 추가로 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 산은 3%(w/v)로 존재하며, 디클로로메탄이다.
일부 실시 형태에서, 키랄 보조제는 탈차단 단계 전에 제거된다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조제는 탈차단 단계 동안 제거된다.
일부 실시 형태에서, 사이클 탈출은 탈차단 단계 전에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 사이클 탈출은 탈차단 단계 후에 수행된다.
절단/탈보호
하나 이상의 사이클 후, 예를 들어 원하는 길이의 올리고뉴클레오티드에 도달하는 경우 사이클 후 변형, 키랄 보조제의 제거, 보호된 기(예를 들어, 당, 핵염기, 뉴클레오티드간 연결 등의 것)의 탈보호, 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단 등을 위하여 하나 이상의 반응이 수행된다. 일부 실시 형태에서, 사이클 후 변형 단계는 하나 이상의 키랄 보조제를 제거한다.
일부 실시 형태에서, 지지체로부터의 절단/탈보호 이전에, 이와 동시에 또는 그 이후에, 키랄 보조 기가 뉴클레오티드간 인 원자에 여전히 부착되어 있다면, 키랄 보조 기를 제거하기 위한 단계가 수행된다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어, 하나 이상의 DPSE- 및/또는 PSMD-타입 키랄 보조 기는 올리고뉴클레오티드 합성 사이클 동안 뉴클레오티드간 인 원자에 부착된 채로 남아 있다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조 기(캡핑되거나 캡핑되지 않음)는 변형 단계 동안 제거될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조 기(캡핑되거나 캡핑되지 않음)는 산성 조건 하에 제거될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조 기(캡핑되거나 캡핑되지 않음)는 염기성 조건 하에 제거될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조 기(캡핑되거나 캡핑되지 않음)는 F- 조건 하에 제거될 수 있다. 남아 있는 키랄 보조 기를 제거하기 위한 적합한 조건은 당업계에 널리 알려져 있으며 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어, 예컨대 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것).
일부 실시 형태에서, DPSE 타입 키랄 보조제를 제거하기 위한 조건으로는 TBAF 또는 HF-Et3N, 예를 들어 MeCN 중 0.1 M TBAF, THF 또는 MeCN 중 0.5 M HF-Et3N 등이 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 보조 기를 제거하는 공정 동안 링커가 절단될 수 있음을 인식한다. 추가의 예시적인 조건이 본 발명에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 바와 같은 특정 키랄 보조제는 염기성 조건 하에 제거된다. 일부 실시 형태에서, 특정 키랄 보조제(예를 들어, 본 발명에 기술된 바와 같은, R2에서의 염기성 불안정성 -H 및/또는 G2에 전자 끄는 기를 포함하는 것들)를 제거하기 위하여 올리고뉴클레오티드는 염기, 예를 들어, N(R)3의 구조를 갖는 아민과 접촉된다. 일부 실시 형태에서, 아민은 DEA이다. 일부 실시 형태에서, 아민은 TEA이다. 일부 실시 형태에서, 아민은 용액, 예를 들어, 아세토니트릴 용액으로서 제공된다. 일부 실시 형태에서, 이러한 접촉은 무수 조건 하에서 수행된다. 당업자는 다양한 무수 시약, 예를 들어 염기, 용매 등을 예를 들어 상업적 공급처, 일반적인 실험실 절차 등을 통해 쉽게 입수할 수 있음을 이해한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 접촉은 올리고뉴클레오티드가 상당한 양의 물을 포함하는 염기(예를 들어, 1차, 2차 또는 3차 sp 3 -N 아민)(예를 들어, NH4OH를 포함하는 절단 및/또는 탈보호 시약 시스템)의 용액에 노출되기 전에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 이러한 접촉은 원하는 올리고뉴클레오티드 길이가 달성된 직후에 수행된다(예를 들어, 합성 사이클 후 첫 번째 단계). 일부 실시 형태에서, 이러한 접촉은 키랄 보조제 및/또는 보호기의 제거 및/또는 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단 전에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 염기와의 접촉은 표준 올리고뉴클레오티드 합성에 사용되는 시아노에틸 기를 제거하여, (예를 들어, 암모늄 염인 양이온과의) 염 형태로 존재할 수 있는, 천연 포스페이트 연결을 제공할 수 있다.
본원에서 입증된 바와 같이, 제공된 기술은 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 비롯한 다양한 뉴클레오티드간 연결을 제공하기 위해 키랄 보조제를 제거하는 데 매우 효율적이고 효과적일 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 염기 불안정성 키랄 보조제(예를 들어, 본원에 기술된 바와 같은 특정 R2 기를 갖는 것(예를 들어, PSM))는 높은 입체선택성, 높은 조 순도 및/또는 높은 수율로, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(n001)을 비롯한 다양한 뉴클레오티드간 연결을 효율적으로 합성하는 데 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 보조제 제거 기술은 고온 없이, 예를 들어 약 80, 75, 70, 65, 60, 55, 50, 45, 40, 또는 35℃ 이하의 온도에서 키랄 보조제를 효율적이고 효과적으로 제거할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제거는 실온에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 제거 접촉 시간(올리고뉴클레오티드와 제거 시약 시스템 사이)을 상당히 감소시킨다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 70, 80, 90, 100, 110 또는 120분이다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 70, 80, 90, 100, 110 또는 120분 이하이다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 5분이다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 10분이다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 15분이다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 20분이다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 30분이다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 40분이다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 50분이다. 일부 실시 형태에서, 제거 접촉 시간은 60분이다. 일부 실시 형태에서, 예시적인 제거 시약 시스템은 아세토니트릴 중 디에틸아민(예를 들어, 20%)이다. 일부 실시 형태에서, 예시적인 제거 조건은 20분 접촉 시간 동안 아세토니트릴 중 20% 디에틸아민이다. 당업자는 다른 시약 시스템 및/또는 접촉 시간이 이용될 수 있음을 이해한다. 특히, 그러한 제거 기술은 짧은 접촉 시간 및 온화한 조건(예를 들어, 사용된 시약, 온도 등)의 결과로서, 예를 들어 이론에 의해 제한될 의도 없이, 단순화된 제조(예를 들어, 더 적은 수의 및/또는 더 짧은 보조제 제거 작업), 높은 조 순도 및/또는 높은 수율을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 염기와의 접촉은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 염기와의 접촉은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결로부터 키랄 보조제를 제거한다. 일부 실시 형태에서, 염기와의 접촉은 화학식 VII 또는 이의 염 형태(예를 들어, 이때, PL은 P(=N-L-R5)임)의 뉴클레오티드간 연결로부터 키랄 보조제(예를 들어, -X-Ls-R5)를 제거한다. 일부 실시 형태에서, 염기와의 접촉은 화학식 NL-III 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결로부터 키랄 보조제(예를 들어, -X-Ls-R5)를 제거한다. 일부 실시 형태에서, 일부 실시 형태에서, 염기와의 접촉은 화학식 VII 또는 이의 염 형태(예를 들어, 이때, PL은 P(=N-L-R5)임), 또는 화학식 NL-III 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을, 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결로 전환시키며, 이는 선택적으로 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 염기와의 접촉은 화학식 VII 또는 이의 염 형태(예를 들어, PL은 P(=S)임)의 뉴클레오티드간 연결로부터 키랄 보조제를 제거하고 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 형성한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조제의 제거는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 아민과의 접촉은 실질적으로 모든 키랄 보조제를 제거한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조제를 제거하기 위해 추가 단계가 요구 및/또는 수행되지 않는다.
일부 실시 형태에서, 키랄 보조제 제거는 보조제 제거 생성물 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 보조제 제거 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 보조제 제거 생성물 조성물은 본원에 기술된 바와 같은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 보조제 제거 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 보조제 제거 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, PL은 P(=O) 또는 P(=S)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O) 또는 P(=S)이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 키랄 비제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 갖는 중성 뉴클레오티드간 연결)이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 갖는 중성 뉴클레오티드간 연결)이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 키랄 비제어된, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 갖는 중성 뉴클레오티드간 연결)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 선택적으로 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 또는 선택적으로 키랄 제어된 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 갖는 중성 뉴클레오티드간 연결)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 또는 선택적으로 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 선택적으로 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 또는 선택적으로 키랄 제어된 n001이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 또는 선택적으로 키랄 제어된 n001이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 또는 키랄 제어된 n001이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 또는 선택적으로 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어되고, 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 비제어 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결)이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 또는 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않으며, 하나 이상은 독립적으로 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결)은 키랄 제어되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결)은 키랄 제어되지 않으며, 하나 이상의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결)은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고, 하나 이상의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결)은 키랄 제어되지 않는다.
일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 Sp 배열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 Sp 배열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 Sp 배열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어된 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결)의 연결 인은 Sp 배열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 Rp 배열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 Rp 배열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어된 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001과 같은 중성 뉴클레오티드간 연결)의 연결 인은 Rp 배열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 각각 Sp 배열을 갖고, 하나 이상의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 각각 Rp 배열을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 보조제 제거 생성물 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드에서,
각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2, 이의 염 형태의 것이며,
각각의 PL은 독립적으로 P(=O)이며;
각각의 -Y- 및 -Z-는 독립적으로 -O-이다.
일부 실시 형태에서, -X-가 -O-인 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, -X-가 -S-인 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로, 선택적으로 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, -X-가 -S-인 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다.
예를 들어 핵염기 또는 당 모이어티 상에 위치한 히드록실 또는 아미노 모이어티와 같은 작용기는 합성 동안 차단(보호) 기(모이어티)에 의해 일상적으로 차단되고, 후속적으로 탈차단된다. 일반적으로, 차단기는 분자의 화학적 작용체를 특정 반응 조건에 대하여 불활성으로 만들고, 이후 분자의 나머지를 실질적으로 손상시키지 않으면서 분자의 이러한 작용체로부터 제거될 수 있다(예를 들어, 문헌 Green and Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 2nd Ed., John Wiley & Sons, New York, 1991] 참조). 예를 들어, 아미노 기는 질소 차단기, 예컨대 프탈이미도, 9-플루드레닐메톡시카르보닐(FMOC), 트리페닐메틸술페닐, t-BOC, 4,4'-디메톡시트리틸 (DMTr), 4-메톡시트리틸(MMTr), 9-페닐잔틴-9-일(픽실(Pixyl)), 트리틸(Tr), 또는 9-(p-메톡시페닐)잔틴-9-일(MOX)에 의해 차단될 수 있다. 카르복실 기는 아세틸 기로서 보호될 수 있다. 히드록시 기는 테트라히드로피라닐(THP), t-부틸디메틸실릴(TBDMS), 1-[(2-클로로-4-메틸)페닐]-4-메톡시피페리딘-4-일(Ctmp), 1-(2-플루오로페닐)-4-메톡시피페리딘-4-일(Fpmp), 1-(2-클로로에톡시)에틸, 3-메톡시-1,5-디카르보메톡시펜탄-3-일(MDP), 비스(2-아세톡시에톡시)메틸(ACE), 트리이소프로필실릴옥시메틸(TOM), 1-(2-시아노에톡시)에틸(CEE), 2-시아노에톡시메틸(CEM), [4-(N-디클로로아세틸-N-메틸아미노)벤질옥시]메틸, 2-시아노에틸(CN), 피발로일옥시메틸(PivOM), 레부닐옥시메틸(ALE)과 같이 보호될 수 있다. 기타 대표적인 히드록실 차단기는 기술된 바 있다(예를 들어, 문헌[Beaucage et al., Tetrahedron, 1992, 46, 2223] 참조). 일부 실시 형태에서, 히드록실 차단기는 산에 불안정한 기, 예컨대트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸, 트리메톡시트리틸, 9-페닐잔틴-9-일(픽실) 및 9-(p-메톡시페닐)잔틴-9-일(MOX)이다. 화학 작용기는 또한 이들을 전구체 형태에 포함시킴으로써 차단될 수 있다. 따라서, 아지도 기가 아민으로 용이하게 전환되므로, 아지도 기가 아민의 차단된 형태로 간주될 수 있다. 핵산 합성에 이용되는 추가적인 대표적 보호기는 공지되어 있다(예를 들어, 문헌[Agrawal et al., Protocols for Oligonucleotide Conjugates, Eds., Humana Press, New Jersey, 1994, Vol. 26, pp. 1-72] 참조).
핵산으로부터 차단기를 제거하기 위한 다양한 방법이 공지되어 있으며 사용된다. 일부 실시 형태에서, 모든 차단기가 제거된다. 일부 실시 형태에서, 차단기의 일부분이 제거된다. 일부 실시 형태에서, 반응 조건은 특정 차단기를 선택적으로 제거하도록 조정될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 핵염기 차단기(존재하는 경우)는 제공된 올리고뉴클레오티드의 조립 후 산성 시약으로 절단될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 핵염기 차단기(존재하는 경우)는 산성 조건 하에서도 절단가능하지 않고 염기성 조건 하에서도 절단가능하지 않으며, 예를 들어, 플루오라이드 염 또는 플루오르화수소산 착물로 절단가능하다.
일부 구체 예에서, 핵 염기 차단기는 존재하는 경우 제공된 올리고 뉴클레오티드의 조립 후 염기 또는 염기성 용매의 존재하에 절단 될 수있다.
특정 실시 양태에서, 하나 이상의 핵 염기 차단기는 제공된 올리고 뉴클레오티드의 조립 후 염기 또는 염기성 용매의 존재하에 절단 될 수 있지만, 하나 이상의 초기 탈 보호 단계의 특정 조건에 대해 안정하다는 것을 특징으로한다. 제공된 올리고 뉴클레오티드의 조립 동안. 일부 실시 형태에서, 핵염기 차단기(존재하는 경우)는 제공된 올리고뉴클레오티드의 조립 후 염기 또는 염기성 용매의 존재 하에 절단가능하다. 특정 실시 형태에서, 하나 이상의 핵염기 차단기는 이들이 제공된 올리고뉴클레오티드의 조립 후 염기 또는 염기성 용매의 존재 하에 절단가능하지만, 제공된 올리고뉴클레오티드의 조립 동안 발생하는 하나 이상의 더 이른 탈보호 단계의 특정 조건에 대해 안정하다는 것을 특징으로 한다.
일부 실시 형태에서, 핵염기의 차단기는 필요하지 않다. 일부 실시 형태에서, 핵염기의 차단기가 필요하다. 일부 실시 형태에서, 특정 핵염기는 하나 이상의 차단기를 필요로 하는 반면, 다른 핵염기는 하나 이상의 차단기를 필요로 하지 않는다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 합성 후 고체 지지체로부터 절단된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 절단은 프로필아민의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 절단은 피리딘 중 프로필아민의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 절단은 피리딘 중 20% 프로필아민의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 절단은 무수 피리딘 중 프로필아민의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 절단은 무수 피리딘 중 20% 프로필아민의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 절단은 극성 비양성자성 용매, 예컨대 아세토니트릴, NMP, DMSO, 술폰, 및/또는 루티딘의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 절단은 용매, 예를 들어, 극성 비양성자성 용매, 및 하나 이상의 일차 아민(예를 들어, C1-10 아민), 및/또는 하나 이상의 메톡실아민, 히드라진, 및 순수 무수 암모니아의 사용을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 프로필아민의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 피리딘 중 프로필아민의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 피리딘 중 20% 프로필아민의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 무수 피리딘 중 프로필아민의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 무수 피리딘 중 20% 프로필아민의 사용을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 절단 동안 탈보호된다. 일부 실시 형태에서, 유용한 시약은 진한 NH4OH(예를 들어, 28~30%)이다. 일부 실시 형태에서, 유용한 온도는 약 30~40℃이다. 일부 실시 형태에서, 유용한 온도는 약 37℃이다. 일부 실시 형태에서, 유용한 절단/탈보호 시간은 약 24시간이다. 일부 실시 형태에서, 절단/탈보호 조건은 진한 NH4OH(예를 들어, 28~30%), 약 37℃의 반응 온도, 및 약 24시간의 반응 시간이다.
일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 대략 실온에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 승온에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 30℃, 40℃, 50℃, 60℃, 70°C, 80℃, 90℃ 또는 100℃ 초과의 온도에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 30℃, 40℃, 50℃, 60℃, 70°C, 80℃, 90℃ 또는 100℃에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 40~80℃에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 50~70℃에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 60℃에서 수행된다.
일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 0.1시간, 1시간, 2시간, 5시간, 10시간, 15시간, 20시간, 24시간, 30시간, 또는 40시간 또는 그 이상 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 0.1~5시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 3~10시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 5~15시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 10~20시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 15~25시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 20~40시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 2시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 5시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 10시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 15시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 18시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 24시간 동안 수행된다.
일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 실온에서 0.1시간, 1시간, 2시간, 5시간, 10시간, 15시간, 20시간, 24시간, 30시간, 또는 40시간 초과의 시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 실온에서 약 5~48시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는실온에서 약 10~24시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는실온에서 약 18시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 승온에서 0.1시간, 1시간, 2시간, 5시간, 10시간, 15시간, 20시간, 24시간, 30시간, 또는 40시간 초과의 시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는승온에서 약 0.5~5시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 60℃에서 약 0.5~5시간 동안 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 약 60℃에서 약 2시간 동안 수행된다.
일부 실시 형태에서, 고체 지지체로부터의 올리고뉴클레오티드의 절단, 또는 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 프로필아민의 사용을 포함하며, 실온 또는 승온에서 0.1시간, 1시간, 2시간, 5시간, 10시간, 15시간, 20시간, 24시간, 30시간, 또는 40시간 초과의 시간 동안 수행된다. 예시적인 조건으로는 실온에서 약 18시간 동안 피리딘 중 20% 프로필아민, 및 60℃에서 약 18시간 동안 피리딘 중 20% 프로필아민이 있다. 추가의 예시적인 조건이 본 발명에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 금속 킬레이팅제가 절단/탈보호 동안 이용된다. 일부 실시 형태에서, 금속 킬레이팅제는 EDTA이다. 일부 실시 형태에서,
절단/탈보호 및 키랄 보조제의 제거 후, 제공된 조 올리고뉴클레오티드는 전형적으로, 예를 들어 당업계에서 이용가능한 다양한 분석 및 정제 기술을 통하여 추가로 분석되고 정제된다. 일부 실시 형태에서, 분석 및/또는 정제 기술은 크로마토그래피이다. 일부 실시 형태에서, 분석 및/또는 정제 기술은 HPLC 및/또는 UPLC이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 UF 및/또는 DF를 통하여 프로세싱된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 선택적으로 제약상 허용가능한 용매 시스템 중의 농축 용액으로서 보관 및/또는 제형화된다(예를 들어, 실시예에 기술된 바와 같음). 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 일부 실시 형태에서 제약상 허용가능한 염(예를 들어, 나트륨 염)으로서 고체로서 보관 및/또는 제형화된다. 많은 경우에, 올리고뉴클레오티드는 저온, 예를 들어 약 10, 4, 0, -5, -10, -15, -20, -30, -40, -50, -60, -70, -80, -90, -100℃ 이하에서 보관된다.
지지체 및 링커
다양한 유형의 지지체 및 링커를 본 발명에 따라 이용하여 올리고뉴클레오티드를 제조할 수 있다(예를 들어, US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것). 일부 실시 형태에서, 지지체는 고체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, 지지체는 고체 지지체가 아니다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 합성은 고체 지지체에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체 상에 존재하는 반응성 기는 보호된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체 상에 존재하는 반응성 기는 비보호된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 합성 동안, 고체 지지체는 여러 합성 사이클에서 다양한 시약으로 처리되어 개별 뉴클레오티드 단위들에 의한 성장하는 올리고뉴클레오티드 사슬의 단계적 신장을 달성한다. 고체 지지체에 직접 연결된 올리고뉴클레오티드 사슬의 말단의 뉴클레오시드 단위는 전형적으로, 고체 지지체에 연결된 제1 뉴클레오시드로 지칭된다. 일부 실시 형태에서,
고체 지지체에 연결되는 제1 뉴클레오시드는 한 말단에서 예를 들어 CPG, 중합체 또는 다른 고체 지지체의 고체 지지체와 결합을 형성하고 다른 하나의 말단에서 뉴클레오시드와 결합을 형성하는 디라디칼인 링커 모이어티를 통해 고체 지지체에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 링커는 올리고뉴클레오티드 사슬을 조립하기 위해 수행된 합성 사이클 동안 온전한 상태로 유지되며, 사슬 조립 후에 절단되어 올리고뉴클레오티드를 지지체로부터 유리시킨다.
본원에 입증된 바와 같이, 일부 실시 형태에서 CPG는 개선된 조 순도를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 폴리스티렌 지지체는 높은 단위 로딩 용량을 제공할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 올리고뉴클레오티드 합성 동안 부피가 유의하게 변화하는 것이 아닌 고체 지지체, 예를 들어 CPG이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 고체 지지체는 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 시약 농도의 더 쉽고 더 정확한 제어를 제공할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 고상 핵산 합성을 위한 고체 지지체로는 예를 들어 미국 특허 제4,659,774호, 미국 특허 제5,141,813호, 미국 특허 제4,458,066호; Caruthers의 미국 특허 제4,415,732호, 미국 특허 제4,458,066호, 미국 특허 제4,500,707호, 미국 특허 제4,668,777호, 미국 특허 제4,973,679호, 및 미국 특허 제5,132,418호; Andrus 등의 미국 특허 제 5,047,524호, 미국 특허 제5,262,530호; 및 Koster의 미국 특허 제 4,725,677호(RE34,069로 재허여됨)에 기술된 지지체가 있다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 유기 중합체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 무기 중합체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, 유기 중합체 지지체는 폴리스티렌, 아미노메틸 폴리스티렌, 폴리에틸렌 글리콜-폴리스티렌 그라프트 공중합체, 폴리아크릴아미드, 폴리메타크릴레이트, 폴리비닐알코올, 고도 가교결합 중합체(HCP), 또는 기타 합성 중합체, 탄수화물, 예컨대 셀룰로오스 및 전분 또는 기타 중합체성 탄수화물, 또는 기타 유기 중합체 및 상기 무기 또는 유기 물질의 임의의 공중합체, 복합 물질 또는 조합이다. 일부 실시 형태에서, 무기 중합체 지지체는 실리카, 알루미나, 제어-기공 유리(CPG)(이는 실리카-겔 지지체임), 또는 아미노프로필 CPG이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 불소 고체 지지체(예를 들어, WO/2005/070859 참조) 및 장쇄 알킬 아민(LCAA) 제어-기공 유리(CPG) 고체 지지체로부터 선택된다(예를 들어, 문헌[S. P. Adams, K. S. Kavka, E. J. Wykes, S. B. Holder and G. R. Galluppi, J. Am. Chem. Soc., 1983, 105, 661-663]; 문헌[G. R. Gough, M. J. Bruden and P. T. Gilham, Tetrahedron Lett., 1981, 22, 4177-4180] 참조). 막 지지체 및 중합체 막(에를 들어, 문헌[Innovation and Perspectives in Solid Phase Synthesis, Peptides, Proteins and Nucleic Acids, ch 21 pp 157-162, 1994, Ed. Roger Epton] 및 미국 특허 제 No. 4,923,901호 참조)도 핵산 합성에 유용하다. 일단 형성되면, 막은 핵산 합성에 사용하기 위해 화학적으로 작용화될 수 있다. 막에 작용기를 부착하는 것에 더하여, 막에 부착된 링커 또는 스페이서 기의 사용도 막과 합성된 사슬 사이의 입체 장애를 최소화하기 위해 일부 실시 형태에서 사용된다.
예시적인 적합한 고체 지지체는 또한 예를 들어 PrimerTM 200 지지체로서 판매되는 유리, 제어-기공 유리(CPG), 옥살릴-제어 기공 유리(예를 들어, 문헌[Alul, et al., Nucleic Acids Research, 1991, 19, 1527] 참조), TENTAGEL® Support(아미노폴리에틸렌글리콜 유도체화된 지지체)(예를 들어, 문헌[Wright, et al., Tetrahedron Lett., 1993, 34, 3373] 참조), 및 POROS®(폴리스티렌/디비닐벤젠의 공중합체)를 포함하는, 고상 방법에 사용하기에 적합한 것으로 당업계에 일반적으로 알려진 것들을 포함한다.
표면 활성화된 중합체는 몇몇 고체 지지체 매체 상에서의 천연 및 변형 핵산 및 단백질의 합성에 사용하기 위한 것으로 입증되었다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체 물질은 다공성이 적절하게 균일하고, 충분한 아민 함량을 가지며, 무결성을 잃지 않으면서 임의의 수반되는 조작을 받기에 충분한 유연성을 갖는 임의의 중합체이다. 적합한 선택된 물질의 예는 나일론, 폴리프로필렌, 폴리에스테르, 폴리테트라플루오로에틸렌, 폴리스티렌, 폴리카르보네이트, 및 니트로셀룰로오스를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명에 따른 설계에 따라 다른 물질이 고체 지지체로서의 역할을 할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 일부 설계를 고려하여, 예를 들어 코팅된 금속, 특히 금 또는 백금이 선택될 수 있다(예를 들어, 미국 특허 출원 공개 제20010055761호 참조). 일부 실시 형태에서, 예를 들어, 뉴클레오시드는 히드록실 또는 아미노 잔기로 작용화된 고체 지지체에 고정된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체를 유도체화하여 산에 불안정한 트리알콕시트리틸 기, 예컨대 트리메톡시트리틸 기(TMT)를 제공한다. 이론에 구애됨이 없이, 트리알콕시트리틸 보호기의 존재는 DNA 합성기에서 일반적으로 사용되는 조건 하에서 초기 탈트리틸화를 가능하게 할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 수성 암모니아를 이용한 용액에서의 올리고뉴클레오티드 물질의 더 빠른 방출을 위해, 디글리콜레이트 링커가 지지체 상에 선택적으로 도입된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 3'에서 5' 방향으로 합성된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 방향으로 합성된다. 일부 실시 형태에서, 핵산은 성장하는 핵산의 5' 말단을 통해 고체 지지체에 부착됨으로써, 즉 5'-뉴클레오시드 포스포라미다이트를 사용한 반응을 위해 또는 효소 반응(예를 들어 뉴클레오시드 5'-트리포스페이트를 사용한 라이게이션 및 중합)에서 그의 3' 기를 제시한다. 일부 실시 형태에서, 5'에서 3'으로의 합성에서, 본 발명의 반복 단계들(예를 들어, 키랄 인에서의 캡핑 및 변형)은 변경되지 않은 채로 있다.
일부 실시 형태에서, 연결 모이어티 또는 링커는 선택적으로 고체 지지체를 고체 지지체에 연결된 제1 뉴클레오시드 또는 유리 친핵성 모이어티를 포함하는 화합물에 연결하는 데 사용된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체를 고상 합성 기술에서 처음 뉴클레오시드 분자의 작용기(예를 들어, 히드록실 기)에 연결하는 역할을 하는 짧은 모이어티와 같은 적합한 링커가 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 연결 모이어티는 숙신남산 링커, 또는 숙시네이트 링커(-CO-CH2-CH2-CO-), 또는 옥살릴 링커(-CO-CO-)이다. 일부 실시 형태에서, 링커는 숙신남산 링커이다. 일부 실시 형태에서, 링커는 숙시네이트 링커이다. 일부 실시 형태에서, 링커는 옥살릴 링커이다. 일부 실시 형태에서, 연결 모이어티 및 뉴클레오시드는 에스테르 결합을 통하여 함께 결합된다. 일부 실시 형태에서, 연결 모이어티 및 뉴클레오시드는 아미드 결합을 통하여 함께 결합된다. 일부 실시 형태에서, 연결 모이어티는 뉴클레오시드를 또 다른 뉴클레오티드 또는 핵산에 연결한다. 예시적인 적합한 링커는 예를 들어, 문헌[Oligonucleotides And Analogues A Practical Approach, Ekstein, F. Ed., IRL Press, N.Y., 1991, Chapter 1] 및 문헌[Solid-Phase Supports for Oligonucleotide Synthesis, Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28]에 개시되어 있다.
일부 실시 형태에서, 연결 모이어티는 포스포디에스테르 연결이다. 일부 실시 형태에서, 연결 모이어티는 H-포스포네이트 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 연결 모이어티는 본원에 기술된 바와 같은 변형 인 연결이다. 일부 실시 형태에서, 범용 링커(UnyLinker)를 사용하여 뉴클레오시드, 뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드 및/또는 핵산을 고체 지지체에 부착시킨다(문헌[Ravikumar et al., Org. Process Res. Dev., 2008, 12 (3), 399-410]). 일부 실시 형태에서, 다른 범용 링커가 사용된다(문헌[Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28]). 일부 실시 형태에서, 다양한 직교 링커(orthogonal linker)(예컨대 디술피드 링커)가 사용된다(문헌[Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28]).
특히, 본 발명은 링커가 합성에 사용된 반응 조건 세트와 양립가능하도록 선택되거나 설계될 수 있음을 인식한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 분해를 피하고/피하거나 특정 뉴클레오티드간 연결의 분해(예를 들어, 탈황)을 피하기 위해, 탈보호 전에 보조 기가 선택적으로 제거된다. 일부 실시 형태에서, DPSE 보조 기가 F-에 의해 선택적으로 제거될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 DPSE 탈보호 조건 하에서(예를 들어 MeCN 중 0.1 M TBAF, THF 또는 MeCN 중 0.5 M HF-Et3N 등) 안정한 링커를 제공한다. 일부 실시 형태에서, PSM 보조 기는 염기에 의해 쉽게 제거될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 링커는 SP 링커이다. 일부 실시 형태에서, 링커는 숙시닐 링커이다. 일부 실시 형태에서, 링커는 Q-링커이다. 일부 실시 형태에서, 링커는 옥살릴 링커이다. 특정한 링커의 예시적인 사용이 하기에 도시되어 있다. 당업자가 이해하는 바와 같이, 당 고리는 본원에 기술된 바와 같은 변형, 예를 들어, 2'-F, 2'-MOE, 2'-OMe, 또는 R2s 및/또는 R4s 등을 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 보호 핵염기, 예를 들어, Abz, Cac, Gibu, U, 또는 T 등이다.
Figure pct00565
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 합성에 유용한 지지체 및 링커(일부 경우, 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 제1 뉴클레오시드가 로딩됨)를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 지지체는 아미노 기로 작용화된다. 일부 실시 형태에서, 지지체는 -CH2-(CH2)n-CH2-NH2로 작용화되며, 여기서, -CH2- 말단은 지지체, 예를 들어 CPG에 연결된다. 일부 실시 형태에서, 제1 링커는 -CH2-(CH2)n-CH2-NH-이며, 여기서, -CH2- 말단은 지지체, 예를 들어 CPG에 연결되며, -NH-는 뉴클레오시드, 예를 들어 3'-OH에 연결되며(제2 링커, 예를 들어 -C(O)-CH2-CH2-C(O)-를 통하여), n은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, n은 7이다.
일부 실시 형태에서, 제1 링커는 -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-(CH2)m-NH-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제1 링커는 -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-(CH2)m-NH-C(O)-X-(CH2)p-NH-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제1 링커는 -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-CH2-CH2-CH2-O-CH2-CH2-O-CH2-CH2-O-CH2-CH2-CH2-NH-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제1 링커는 -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-CH2-CH2-O-CH2-CH2-O-(CH2-CH2-O)m-CH2-CH2-O-CH2-CH2-O-CH2-CH2-NH-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제1 링커는 -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-CH2-CH2-CH2-O-CH2-CH2-CH2-O-(CH2-CH2-CH2-O)m-CH2-CH2-CH2-O-CH2-CH2-CH2-NH-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제1 링커는 -(CH2)n-X-(CH2)m-NH-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -CH2- 말단은 지지체, 예를 들어 CPG에 연결되며, -NH-는 뉴클레오시드, 예를 들어 3'-OH에 연결된다(제2 링커, 예를 들어 -C(O)-CH2-CH2-C(O)-를 통하여). 일부 실시 형태에서, 제2 링커는 -C(O)-L-C(O)-이며, 여기서, L은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제2 링커는 -C(O)-L-C(O)-이며, 여기서, L은 선택적 치환 C1-20 지방족 또는 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, 제2 링커는 -C(O)-L-C(O)-이며, 여기서, L은 2가, 선택적 치환, 선형, C1-20 지방족 또는 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, 제2 링커는 -C(O)-L-C(O)-이며, 여기서, L은 2가, 비치환, 선형, C1-20 지방족 또는 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, 제2 링커는 -C(O)-L-C(O)-이며, 여기서, L은 2가, 비치환, 선형, C1-20 지방족 또는 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, 제2 링커는 -C(O)-(CH2)n-C(O)-이다. 일부 실시 형태에서, 제2 링커는 -C(O)-(CH2)2-C(O)-이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 -C(O)-는 제1 링커의 아미노 기, 예를 들어, 제1 링커의 말단 -NH2에 결합되며, 다른 하나의 -C(O)-는 뉴클레오시드의 당 모이어티의 -OH, 예를 들어, 3'-OH 기에 결합된다. 일부 실시 형태에서, -CH2- 말단은 지지체, 예를 들어 CPG에 연결되며, -NH-는 뉴클레오시드, 예를 들어 3'-OH에 연결된다(제2 링커, 예를 들어 -C(O)-CH2-CH2-C(O)-를 통하여).
일부 실시 형태에서, 모든 이용가능한 아미노 모이어티가 예를 들어 제2 링커 -C(O)-CH2-CH2-C(O)-를 통하여 뉴클레오시드와 함께 로딩되는 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, 일부 이용가능한 아미노 모이어티는 아실 기, 예를 들어 -C(O)-R로 캡핑되어 -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-R, -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-(CH2)m-NH-C(O)-R, -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-(CH2)m-NH-C(O)-X-(CH2)p-NH-C(O)-R, -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-CH2-CH2-CH2-O-CH2-CH2-O-CH2-CH2-O-CH2-CH2-CH2-NH-C(O)-R, -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-CH2-CH2-O-CH2-CH2-O-(CH2-CH2-O)m-CH2-CH2-O-CH2-CH2-O-CH2-CH2-NH-C(O)-R, -(CH2)n-X-(CH2)m-NH-C(O)-R, 또는 -CH2-(CH2)n-CH2-NH-C(O)-X-CH2-CH2-CH2-O-CH2-CH2-CH2-O-(CH2-CH2-CH2-O)m-CH2-CH2-CH2-O-CH2-CH2-CH2-NH-C(O)-R을 형성할 수 있으며, 여기서, 지지체의 단위 로딩 용량이 조정될 수 있도록, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R은 -(CH2)o-이며, 여기서, o는 0~20이다.
일부 실시 형태에서, X는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, X는 -CH2-이다. 일부 실시 형태에서, X는 -N(R')-이다. 일부 실시 형태에서, X는 -NMe-이다. 일부 실시 형태에서, X는 -NH-이다. 일부 실시 형태에서, X는 -O-이다.
일부 실시 형태에서, n은 1~20이다. 일부 실시 형태에서, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, n은 2이다. 일부 실시 형태에서, n은 3이다. 일부 실시 형태에서, n은 4이다. 일부 실시 형태에서, n은 5이다. 일부 실시 형태에서, n은 6이다. 일부 실시 형태에서, n은 7이다. 일부 실시 형태에서, n은 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 9이다. 일부 실시 형태에서, n은 10이다. 일부 실시 형태에서, n은 11이다. 일부 실시 형태에서, n은 12이다. 일부 실시 형태에서, n은 13이다. 일부 실시 형태에서, n은 14이다. 일부 실시 형태에서, n은 15이다. 일부 실시 형태에서, m은 1~20이다. 일부 실시 형태에서, m은 1이다. 일부 실시 형태에서, m은 2이다. 일부 실시 형태에서, m은 3이다. 일부 실시 형태에서, m은 4이다. 일부 실시 형태에서, m은 5이다. 일부 실시 형태에서, m은 6이다. 일부 실시 형태에서, m은 7이다. 일부 실시 형태에서, m은 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 9이다. 일부 실시 형태에서, m은 10이다. 일부 실시 형태에서, m은 11이다. 일부 실시 형태에서, m은 12이다. 일부 실시 형태에서, m은 13이다. 일부 실시 형태에서, m은 14이다. 일부 실시 형태에서, m은 15이다. 일부 실시 형태에서, o는 0~12이다. 일부 실시 형태에서, o는 0이다. 일부 실시 형태에서, o는 1이다. 일부 실시 형태에서, o는 2이다. 일부 실시 형태에서, o는 3이다. 일부 실시 형태에서, o는 4이다. 일부 실시 형태에서, o는 5이다. 일부 실시 형태에서, o는 6이다. 일부 실시 형태에서, o는 7이다. 일부 실시 형태에서, o는 8이다. 일부 실시 형태에서, o는 9이다. 일부 실시 형태에서, o는 10이다. 일부 실시 형태에서, o는 11이다. 일부 실시 형태에서, o는 12이다. 일부 실시 형태에서, o는 13이다. 일부 실시 형태에서, o는 14이다. 일부 실시 형태에서, o는 15이다.
일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 로딩을 위하여 “작용화된다”. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 -제1 링커-H를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 CPG-제1 링커-H이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 예를 들어 CPG(예를 들어, CPG의 -Si-OH)를 H-제1 링커-Si(OR)3(예를 들어, NH2-(CH2)6-NH-(CH2)3-Si(OMe)3)과 반응시켜 -Si-제1 링커-H(예를 들어, NH2-(CH2)6-NH-(CH2)3-Si)를 형성함으로써 제조된다. 일부 실시 형태에서, 로딩은 CPG-제1 링커-H(예를 들어, 반응 부위로서의 -NH2 기인 NH2-(CH2)6-NH-(CH2)3-CPG(-NH- 기는 예를 들어 -C(O)R(예를 들어, -C(O)CH3)에 의해 캡핑될 수 있음))와, 적합한 선택적 활성화 제2 링커-뉴클레오시드 시약, 예를 들어 HO-C(O)-CH2-CH2-C(O)-선택적 보호 뉴클레오시드(예를 들어, 3'-OH를 통하여)의 반응에 의해 수행된다(여기서, 제2 링커는 -C(O)-CH2-CH2-C(O)-임).
일부 실시 형태에서, 제1 뉴클레오시드의 로딩 후 제공된 지지체는 다음의 구조를 갖는다:
Figure pct00566
Figure pct00567
Figure pct00568
여기서, -O-Rw는 본 발명에 기술된 바와 같은 뉴클레오시드 모이어티이며,
Figure pct00569
는 본 발명에 기술된 바와 같은 지지체이며, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서,
일부 실시 형태에서, m은 0~10이다. 일부 실시 형태에서, n은 1~7이다. 일부 실시 형태에서, X는 -O-, -S-, -NH-, -CH2-이며, m은 3~15이며, n은 1 또는 7이며, o는 0~12이며, p는 3~15이다. 일부 실시 형태에서, X는 -O-, -S-, -NH-, -CH2-이며, m은 0~10이며, n은 1 또는 7이며, o는 0~12이며, p는 3~15이다.
일부 실시 형태에서, -O-Rw는 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 뉴클레오시드 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 일부 실시 형태에서, RW는
Figure pct00570
이며, 여기서, R2s 및 R4s 각각은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 일부 실시 형태에서, RW는
Figure pct00571
이며, 여기서, R2s는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RW는
Figure pct00572
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, BA는 A, T, C, U, G 및 5mC로부터 선택되는 보호된 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 C(N-4-Ac 또는 Bz), 5-Me-C(N-4-Ac 또는 Bz), U, T, A(N-6-Bz), 또는 G(N-2-iBu)이며, R2s는 -OH, -H, -F, -OCH3, 또는 -OCH2CH2OCH3이며, Z는 -O-, -S-, -CH2-이며, Rs는 -CH3, -OCH3, 또는 -CH2CH3이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 지지체 및/또는 링커의 특성, 예를 들어 화학적 상용성, 안정성, 단위 로딩 용량, 고체 코어까지의 거리 등을 조정하는 기술을 제공한다.
추가의 예시적인 지지체 및 링커가 실시예에 기술되어 있다.
개선된 결과
제공된 기술은 많은 장점을 제공한다. 특히, 본 발명에서 입증된 바와 같이, 제공된 기술은 특히 치료 목적에 중요한 다수의 특성 및 활성을 제공하는 변형 및/또는 키랄적 순수 올리고뉴클레오티드에 있어서 올리고뉴클레오티드 합성 조 순도 및 수율을 크게 개선시킬 수 있다. 치료적으로 중요한 올리고뉴클레오티드에 있어서 예상치 못하게 높은 조 순도 및 수율을 제공하는 능력에 의해, 제공된 기술은 (예를 들어 단순화된 정제, 크게 향상된 전체 수율 향상 등을 통하여) 제조 비용을 유의하게 감소시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 임상 목적에 충분한 양 및 품질의 올리고뉴클레오티드를 생성하도록 용이하게 규모 확대될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 다양한 유형의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 등)을 제공하기 위해 쉽게 제거될 수 있고 유의하게 제조 작업을 단순화하고/하거나, 비용을 절감하고/하거나, 하류에서의 형성을 용이하게 할 수 있는 동일하거나 동일한 유형의 키랄 보조제(예를 들어, PSM 키랄 보조제)를 이용한다. 일부 실시 형태에서, 온화한 조건(예를 들어, 온화한 염기 조건 하에서 키랄 보조제의 제거)을 이용하는 제공된 기술은 2'-OH 기를 포함하는 당(예를 들어, RNA 당)을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조에 특히 유용하며; 일부 실시 형태에서, 이러한 당은 키랄 제어로 제조될 수 있는 키랄 변형된 뉴클레오티드간 연결에 결합된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 시약들의 상용성의 개선을 제공한다. 예를 들어, 본 발명에서 증명된 바와 같이, 제공된 기술은, 산화, 황화 및/또는 아지드 반응을 위한, 특히 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 상이한 시약 시스템들의 사용의 유연성을 제공한다.
특히, 본 발명은 높은 조 순도의 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 높은 조 순도의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 높은 조 순도의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 높은 조 순도 및/또는 높은 입체순도의 올리고뉴클레오티드를 제공한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 다음을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다:
1) 공통 염기 서열;
2) 공통 백본 연결 패턴;
3) 독립적으로 하나 이상의(예를 들어 약 1~50개, 약 5~50, 약 10~50, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 또는 50개 등)의 키랄 뉴클레오티드간 연결(“키랄 제어 뉴클레오티드간 연결”)에서의 공통 입체화학
(상기 조성물은, 조성물 중 상기 복수의 올리고뉴클레오티드의 수준이 미리 결정된 것이라는 점에서 키랄 제어된 것임).
일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 다음에 의해 정의되는 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 것이다:
1) 염기 서열;
2) 백본 연결 패턴;
3) 백본 키랄 중심 패턴; 및
4) 백본 인 변형 패턴
(상기 조성물은, 조성물 중 상기 복수의 올리고뉴클레오티드의 수준이 미리 결정된 것이라는 점에서 키랄 제어된 것임).
일부 실시 형태에서, 본 발명은 다음을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다:
1) 공통 염기 서열;
2) 공통 백본 연결 패턴; 및
3) 공통 백본 키랄 중심 패턴(상기 조성물은, 조성물 중의 미리 결정된 수준의 올리고뉴클레오티드들이 공통 염기 서열 및 길이, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 키랄 중심 패턴을 갖는다는 점에서 단일 올리고뉴클레오티드의 실질적으로 순수한 제제임).
일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 염기 서열을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 백본 연결 패턴을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 조 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 또는 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(들)의 수(예를 들어, 1~100, 5~50, 10~50, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25 등)이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 조 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 약 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 또는 75% 이상의 조 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 지지체로부터, 임의의 추가 정제 전에 절단된다. 일부 실시 형태에서, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 지지체로부터, 탈염 후 및 임의의 추가 정제 전에 절단된다. 일부 실시 형태에서, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 임의의 크로마토그래프 또는 겔 정제 전의 것이다. 일부 실시 형태에서, 조 순도는 전장 생성물 %이다. 일부 실시 형태에서, 조 순도는 UV 260 nm에서 모니터링되는 LC-UV에 의해 평가되는 전장 생성물 %이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명의 기술은 매우 효율적인 올리고뉴클레오티드 합성을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 강력하고, 다목적이며, 유연하고(예를 들어, 수율, 순도, 반응 조건 등의 면에서), 다양한 규모로 및/또는 동시에 수행될 수 있다(예를 들어, 다수의 올리고뉴클레오티드를 동시에(예를 들어, 다수의 컬럼, 플레이트 포맷, 마이크로어레이 등) 합성하여 다수의 올리고뉴클레오티드의 매우 효율적인 합성을 제공하며, 이때 선택적으로, 각각의 올리고뉴클레오티드의 모든 구조적 요소(예를 들어, 당, 핵염기, 뉴클레오티드간 연결 등의 화학적 변형; 연결 인 등의 입체화학)를 제어함). 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드들의 콜렉션(collection)의 매우 효율적인 제조를 위한 기술을 제공하며, 상기 올리고뉴클레오티드들 각각의 화학 및/또는 입체화학은 (예를 들어, 본 발명에 기술된 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물에서와 같이) 각각의 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결에서 개별적으로 그리고 독립적으로 설계되고 제어될 수 있다. 당업자가 알고 있는 바와 같이, 유용한 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 치료 목적을 위한 올리고뉴클레오티드의 개발은 종종 다수의 올리고뉴클레오티드의 평가를 포함한다. 본 발명은 특히, 올리고뉴클레오티드들, 일부 실시 형태에서 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드들의 콜렉션, 및 이러한 콜렉션의 제조 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드들, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드들의 콜렉션의 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 보관, 스크리닝 등을 위해 플레이트 포맷으로 제조된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 다양한 포맷의 플레이트(예를 들어, 6, 12, 24, 48, 60, 72, 96 또는 384웰 플레이트)를 위한 규모를 비롯하여 다양한 규모로 올리고뉴클레오티드를 제조하는 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 마이크로어레이 상에 제공된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 각각이 선택적으로 그리고 독립적으로 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드들의 마이크로어레이를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 칩 상에서 올리고뉴클레오티드를 합성하여 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이를 제공하는 기술을 제공하며, 이때, 원할 경우 각각의 올리고뉴클레오티드의 화학 및/또는 입체화학을 독립적으로 제어한다. 다양한 마이크로어레이 기술(예를 들어, 칩, 포맷, 공정 등), 예를 들어 Twist, Affymetrix, Agilent 등의 기술이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 특히, 본 발명의 화학 기술(예를 들어, 공정, 시약, 조건 등)은 강력하고, 다목적이고, 유연하며; 다양한 마이크로어레이/칩 기술과 조합되면, 올리고뉴클레오티드들, 예를 들어 본 발명에 기술된 화학적 변형 및/또는 입체화학 제어를 갖는 올리고뉴클레오티드들의 마이크로어레이를 제조하는 데 특히 강력하다. 일부 실시 형태에서, 제공된 마이크로어레이의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로, 그리고 선택적으로 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 마이크로어레이의 적어도 하나의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(본원에 기술된 바와 같음)을 포함한다(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상; 또는 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상의 올리고뉴클레오티드; 또는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어됨). 일부 실시 형태에서, 마이크로어레이의 올리고뉴클레오티드들의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%는 독립적으로, 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(본원에 기술된 바와 같음)을 포함한다(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상; 또는 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상의 올리고뉴클레오티드; 또는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어됨). 일부 실시 형태에서, 마이크로어레이의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 마이크로어레이는 많은 응용에 있어서 강력한 도구이다. 특히, 제공된 마이크로어레이는 다양한 유형의 에이전트, 예를 들어 단백질, 핵산, 소분자에 대한 스크리닝에 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 입체화학적 모티프에의 차별적 결합 및/또는 스크리닝되는 에이전트의 패턴이 평가된다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 특정 규모로 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물은 선택적으로 그리고 대안적으로, 원하는 대로 많은 포맷으로 제공될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 다양한 플레이트 및/또는 마이크로어레이 포맷을 위한 규모의 올리고뉴클레오티드들의 콜렉션을 제조하는 데 특히 유용한 기술을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명의 기술은 매우 효율적인 올리고뉴클레오티드 합성을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 강력하고, 다목적이며, 유연하고(예를 들어, 수율, 순도, 반응 조건 등의 면에서), 다양한 규모로 및/또는 동시에 수행될 수 있다(예를 들어, 다수의 올리고뉴클레오티드를 동시에(예를 들어, 다수의 컬럼, 플레이트 포맷, 마이크로어레이 등) 합성하여 다수의 올리고뉴클레오티드의 매우 효율적인 합성을 제공하며, 이때 선택적으로, 각각의 올리고뉴클레오티드의 모든 구조적 요소(예를 들어, 당, 핵염기, 뉴클레오티드간 연결 등의 화학적 변형; 연결 인 등의 입체화학)를 제어함). 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드들의 콜렉션(collection)의 매우 효율적인 제조를 위한 기술을 제공하며, 상기 올리고뉴클레오티드들 각각의 화학 및/또는 입체화학은 (예를 들어, 본 발명에 기술된 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물에서와 같이) 각각의 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결에서 개별적으로 그리고 독립적으로 설계되고 제어될 수 있다. 당업자가 알고 있는 바와 같이, 유용한 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 치료 목적을 위한 올리고뉴클레오티드의 개발은 종종 다수의 올리고뉴클레오티드의 평가를 포함한다. 본 발명은 특히, 올리고뉴클레오티드들, 일부 실시 형태에서 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드들의 콜렉션, 및 이러한 콜렉션의 제조 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드들, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드들의 콜렉션의 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 보관, 스크리닝 등을 위해 플레이트 포맷으로 제조된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 다양한 포맷의 플레이트(예를 들어, 6, 12, 24, 48, 60, 72, 96 또는 384웰 플레이트)를 위한 규모를 비롯하여 다양한 규모로 올리고뉴클레오티드를 제조하는 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 마이크로어레이 상에 제공된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 각각이 선택적으로 그리고 독립적으로 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드들의 마이크로어레이를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 칩 상에서 올리고뉴클레오티드를 합성하여 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이를 제공하는 기술을 제공하며, 이때, 원할 경우 각각의 올리고뉴클레오티드의 화학 및/또는 입체화학을 독립적으로 제어한다. 다양한 마이크로어레이 기술(예를 들어, 칩, 포맷, 공정 등), 예를 들어 Twist, Affymetrix, Agilent 등의 기술이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 특히, 본 발명의 화학 기술(예를 들어, 공정, 시약, 조건 등)은 강력하고, 다목적이고, 유연하며; 다양한 마이크로어레이/칩 기술과 조합되면, 올리고뉴클레오티드들, 예를 들어 본 발명에 기술된 화학적 변형 및/또는 입체화학 제어를 갖는 올리고뉴클레오티드들의 마이크로어레이를 제조하는 데 특히 강력하다. 일부 실시 형태에서, 제공된 마이크로어레이의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로, 그리고 선택적으로 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 마이크로어레이의 적어도 하나의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(본원에 기술된 바와 같음)을 포함한다(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상; 또는 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상의 올리고뉴클레오티드; 또는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어됨). 일부 실시 형태에서, 마이크로어레이의 올리고뉴클레오티드들의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%는 독립적으로, 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(본원에 기술된 바와 같음)을 포함한다(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상; 또는 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상의 올리고뉴클레오티드; 또는 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어됨). 일부 실시 형태에서, 마이크로어레이의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 마이크로어레이는 많은 응용에 있어서 강력한 도구이다. 특히, 제공된 마이크로어레이는 다양한 유형의 에이전트, 예를 들어 단백질, 핵산, 소분자에 대한 스크리닝에 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 입체화학적 모티프에의 차별적 결합 및/또는 스크리닝되는 에이전트의 패턴이 평가된다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 특정 규모로 제조된 올리고뉴클레오티드 조성물은 선택적으로 그리고 대안적으로, 원하는 대로 많은 포맷으로 제공될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 다양한 플레이트 및/또는 마이크로어레이 포맷을 위한 규모의 올리고뉴클레오티드들의 콜렉션을 제조하는 데 특히 유용한 기술을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 대규모로 수행된다(예를 들어, 적어도 약 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 290, 300, 310, 320, 330, 340, 350, 360, 370, 380, 390, 400, 450, 500 mmol 등). 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 10 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 20 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 30 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 40 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 50 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 75 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 100 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 125 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 150 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 200 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 250 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 300 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 350 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 400 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 450 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 규모는 적어도 약 500 mmol이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 대규모 합성에 특히 유용한 기술을 제공한다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 본 발명은 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성, 예를 들어 컬럼에서의 키랄 보조제 제거, 생성물 절단 등에서 컬럼 외부에서 전형적으로 수행되는 특정 절차를 수행하기 위한 기술을 제공하며, 이는 유의하게 조작을 단순화하고/하거나 비용을 낮출 수 있다.
합성 기술(예를 들어, 방법, 시약, 조건 등) 및 올리고뉴클레오티드 조성물은 정제, 제형화, 농축 등을 위한 다양한 기술과 양립가능하고 이와 조합되어 이용될 수 있다. 이러한 기술은 일상적으로, (예를 들어 절단/탈보호 후; 특정 정제 전 또는 후 등) 올리고뉴클레오티드들의 프로세싱(예를 들어, 정제, 농축, 희석, 상기 올리고뉴클레오티드들을 위한 용매/완충제의 변경)에 사용된다. 일부 실시 형태에서, 한외 여과는 생성물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 농도를 원하는 농도, 예를 들어 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100 mg/mL까지 증가시키기 위해 이용된다. 일부 실시 형태에서, 정용 여과는 용액, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 생성물 용액을 위한 용매의 변경 및/또는 염의 제거에 이용된다. 일부 실시 형태에서, 정용 여과는 정용 여과된 용액의 생성물 농도(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 농도)를 유지하거나, 생성물 농도를 유의하게 변화시키지 않는다(예를 들어, 100%, 90%, 80%, 75%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 5%, 1% 미만의 감소; 100%, 90%, 80%, 75%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 5%, 1% 미만의 증가 등). 일부 실시 형태에서, 한외 여과 및/또는 정용 여과는 예를 들어 크로마토그래피 또는 다른 정제 단계 후 최종 형태로 생성물을 제형화하는 데 이용된다. 일부 실시 형태에서, 한외 여과 및/또는 정용 여과는 조 생성물의 수득 및 특정 정제 후에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 수명을 연장하고/하거나, 결과(예를 들어, 수율, 순도 등)를 개선시키고/시키거나, 시약을 절약하고/하거나 비용을 낮추기 위해 하나 이상의 기구/장비를 보호하도록 조 생성물(예를 들어, 플루오라이드, 염기 등) 중 하나 이상의 성분을 제거하는 것이 바람직할 수 있다.
다양한 정제 기술, 예를 들어 크로마토그래피 기술, 예컨대 다양한 유형의 HPLC, UPLC 등(선택적으로 UV, MS 등과 같은 다양한 다른 기술을 이용함)이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 하나 이상의 HPLC 공정을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 카트리지 정제를 포함한다. 다양한 카트리지 정제 기술이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 카트리지 정제는 역상 정제이다. 일부 실시 형태에서, 카트리지는 C18 카트리지이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 카트리지 정제를 수행할 때, 예를 들어 C18 카트리지 정제를 사용할 때 DMT와 같은 5'-보호기는 유지된다. 특히, 본 발명은 다양한 정제 기술과 상용성인 합성 기술을 제공한다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, C18 카트리지 정제시에 5'-DMT 보호기를 유지하기 위해, 절단 조건의 pH를 조절할 수 있고, 일부의 경우, 증가시킬 수 있다. 당업자는 제공된 기술(예를 들어, 시약, 조건, 반응 시간 등)의 하나 이상의 파라미터가 본 발명에 따라 원하는 결과를 달성하도록 조정될 수 있음을 이해할 것이다. 플레이트 포맷에 유용한 규모로 올리고뉴클레오티드를 제조하는 예시적인 절차는 실시예 5에 기술되어 있다.
제공된 생성물, 예를 들어 본 발명에 기술된 바와 같은 다양한 올리고뉴클레오티드는 본 발명에 기술된 바와 같은 다양한 포맷으로 제형화될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 제공된 생성물은 동결건조되고(낮은 온도 및/또는 압력을 이용) 건조된다. 일부 실시 형태에서, 생성물은 예를 들어 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염(예를 들어, 나트륨 염 또는 다른 제약상 허용가능한 염)의 고체, 분말, 정제 등으로 제공된다. 일부 실시 형태에서, 고체 형태의 생성물은 대상체에게 투여하기 전에 원하는 용매, 예를 들어 물, 염 용액, 완충제 등에 의해 용해된다. 일부 실시 형태에서, 생성물은 예를 들어 물, 염 용액, 완충제(예를 들어, PBS, DPBS 등) 중 고농도 용액으로서 제공된다. 당업자에게 이해되는 바와 같이, 이러한 고농도 용액은 대상체에게 투여하기 전에 적합한 용매, 예를 들어 물, 염 용액, 완충제 등으로 적합한 농도까지 쉽게 희석될 수 있다. 전형적으로 생성은 저온에서 보관된다. 예를 들어, 보관을 위해 용액을 저온에서 동결시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 소정 형태의 제형 및/또는 보관 공정(예를 들어, 한외 여과 및/또는 정용 여과 및 고농도 용액)은 또 다른 형태의 제형 및/또는 보관 공정(예를 들어, 동결 건조 및 고체 형태)보다 더 양호한 결과를 제공할 수 있다( 예를 들어, 더 높은 순도, 더 짧은 제조 시간(투여 전) 등).
당업자가 이해하는 바와 같이, 당업계에 공지된 많은 생물학적 활성 올리고뉴클레오티드를 포함하는 다양한 올리고뉴클레오티드가 본 발명의 기술을 이용하여 효율적으로 제조될 수 있다. 특히, 본 발명의 기술은 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 특정 입체이성질체의(예를 들어, 미포메르센, 누시네르센, RG6042, BIIB067, BIIB078, BIIB080, 이노테르센, 볼라네소르센, AKCEA-ANGPTL3-LRX, IONIS-GHR-LRX, AKCEA-TTR-LRX, IONIS-PKKRX, IONIS-PKK-LRX, IONIS-TMPRSS6-LRX, IONIS-ENAC-2.5RX, AKCEA-APO(a)-LRX, AKCEA-APOCIII-LRX, IONIS-GCGRRX, IONIS-FXIRX, IONIS-DGAT2RX, IONIS-AGT-LRX, IONIS-AZ4-2.5-LRX, IONIS-FXI-LRX, IONIS-AR-2.5RX, IONIS-STAT3-2.5RX, IONIS-HBVRX, IONIS-HBV-LRX, IONIS-FB-LRX, IONIS-JBI1-2.5RX, 수보디르센 등의) 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 효과적으로 제조할 수 있다는 점에서 특히 강력하다.
일부 실시 형태에서, 본원의 기술에 의해 제조될 수 있는 올리고뉴클레오티드 및/또는 조성물은 US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것을 포함한다. 생성물 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 많은 목적에 유용하다(예를 들어, US20150211006, US20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것). 일부 실시 형태에서, 생성물 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 핵산 서열의 다양한 생성물의 수준 및/또는 기능을 조절할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 생성물 올리고뉴클레오티드 및 조성물, 특히 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 다양한 질환의 치료에 유용하다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 제약상 허용가능한 염을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 제약 조성물이다.
일부 실시 형태에서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드는 WV-937, WV-1077, WV-1078, WV-1079, WV-1085, WV-1086, WV-1090, WV-1091, WV-1092, WV-1497, WV-1508, WV-1510, WV-2076, WV-2378, WV-2380, WV-2417, WV-2418, WV-2595, WV-2601, WV-2602, WV-2603, WV-2618, WV-2619, WV-2671, WV-887, WV-892, WV-896, WV-1714, WV-2444, WV-2445, WV-2526, WV-2527, WV-2528, WV-2530, WV-2531, WV-2578, WV-2580, WV-2587, WV-3047, WV-3152, WV-3472, WV-3473, WV-3507, WV-3508, WV-3509, WV-3510, WV-3511, WV-3512, WV-3513, WV-3514, WV-3515, WV-3545, WV-3546, WV-9517, WV-12555, WV-12556, WV-12558, WV-12876, WV-12877, WV-12878, WV-12880, WV-13826, WV-13835, WV-13864, 또는 WV-14344이다. 일부 실시 형태에서,최종 생성물 올리고뉴클레오티드는 WV-3473이다. 일부 실시 형태에서, 최종 생성물 조성물은 WV-937, WV-1077, WV-1078, WV-1079, WV-1085, WV-1086, WV-1090, WV-1091, WV-1092, WV-1508, WV-1510, WV-2378, WV-2380, WV-2417, WV-2418, WV-2595, WV-2601, WV-2602, WV-2603, WV-2671, WV-887, WV-892, WV-896, WV-2444, WV-2445, WV-2526, WV-2527, WV-2528, WV-2530, WV-2531, WV-3152, WV-3472, WV-3473, WV-3507, WV-3508, WV-3509, WV-3510, WV-3511, WV-3512, WV-3513, WV-3514, WV-3515, WV-3545, WV-3546, WV-9517, WV-12555, WV-12556, WV-12558, WV-12876, WV-12877, WV-12878, WV-12880, WV-13826, WV-13835, WV-13864, 또는 WV-14344의 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 최종 생성물 조성물은 WV-3473의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다.
특정 올리고뉴클레오티드가 하기 표 O-1에 제시되어 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 표 O-1의 올리고뉴클레오티드(또는 이의 입체이성질체)의 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
[표 O-1]
Figure pct00573
Figure pct00574
Figure pct00575
Figure pct00576
표 O-1의 스페이스(space)는 형식화 및 가독성을 위해 이용된다. 예를 들어, OXXXXX XXXXX XXXXX XXXX는 OXXXXXXXXXXXXXXXXXXX와 동일한 입체화학을 나타낸다; * S 및 *S는 둘 다 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 나타내며, 이때, 연결 인은 Sp 배열을 갖고; 나머지도 마찬가지이다. 표 A1에 열거된 올리고뉴클레오티드는 달리 명시되지 않는 한 단일 가닥이며; 이들은 단일 가닥으로 사용되거나 하나 이상의 다른 가닥과 복합체를 형성하는 가닥으로 사용될 수 있다. 일부 서열은 길이로 인해 다수의 줄로 나뉜다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 뉴클레오시드 단위는 비변형되며, 달리 변형(예를 들어, f, m, m5 등으로 변형됨)으로 표시되지 않는 한 비변형 핵염기 및 2'-데옥시 당을 함유하며; 연결은 달리 표시되지 않는 한 천연 포스페이트 연결이며; 산성/염기성 기는
독립적으로 그의 염 형태로 존재할 수 있다. 올리고뉴클레오티드(또는 다른 화합물, 예를 들어, 이러한 모이어티 또는 변형을 포함하는 제공된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 데 유용한 것들)에서의 모이어티 및 변형:
f: 뒤따르는 뉴클레오시드 상의 2'-F 변형(예를 들어, fA(
Figure pct00577
, 이때, BA는 핵염기 A임));
L001: C6 아미노 링커(C6, -NH-(CH2)6- 이때, -NH-는 Mod(예를 들어, Mod의 -C(O)-를 통해) 또는 -H에 연결되고, -(CH2)6-은 다음을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단(또는 표시된 경우 3'-말단)에 연결됨: 예를 들어, 포스포디에스테르(-O-P(O)(OH)-O-. 염 형태로 존재할 수 있음. 표에 O 또는 PO로 표시될 수 있음), 포스포로티오에이트(-O-P(O)(SH)-O-. 염 형태로 존재할 수 있음. 포스포로티오에이트가 키랄 제어되지 않는 경우 *; 키랄 제어되고 Sp 배열을 갖는 경우 *S, S, 또는 Sp, 및 키랄 제어되고 Rp 배열을 갖는 경우 *R, R, 또는 Rp로 표시될 수 있음), 또는 포스포로디티오에이트(-O-P(S)(SH)-O-. 염 형태로 존재할 수 있음. 표에서 PS2 또는 : 또는 D로 표시될 수 있음) 연결. C6 링커 또는 C6 아민 링커로도 지칭될 수 있음);
m: 뒤따르는 뉴클레오시드 상의 2'-OMe 변형(예를 들어, mA(
Figure pct00578
, 이때, BA는 핵염기 A임));
Mod005(그의 -C(O)-는 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 설명에서 명시된 바와 같은 L001과 같은 링커의 -NH-에 연결될 수 있음):
Figure pct00579
Mod013(그의 -C(O)-는 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 설명에서 명시된 바와 같은 L001과 같은 링커의 -NH-에 연결될 수 있음):
Figure pct00580
Mod015(그의 -C(O)-는 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 설명에서 명시된 바와 같은 L001과 같은 링커의 -NH-에 연결될 수 있음):
Figure pct00581
Mod020(그의 -C(O)-는 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 설명에서 명시된 바와 같은 L001과 같은 링커의 -NH-에 연결될 수 있음):
Figure pct00582
n001: 음으로 하전되지 않은 연결
Figure pct00583
((예를 들어, n001R, 또는 n001S로서) 달리 지시되지 않는 한 스테레오랜덤임);
n001R: 키랄 제어되고 Rp 배열을 갖는 n001;
n001S: 키랄 제어되고 Sp 배열을 갖는 n001;
nX: 연결 / 입체화학에서, nX는 스테레오랜덤 n001을 나타냄;
nR: 연결 / 입체화학에서, nR은 n001이 키랄 제어되고 Rp 배열을 가짐을 나타냄(n001R);
nS: 연결 / 입체화학에서, nS는 n001이 키랄 제어되고 Sp 배열을 가짐을 나타냄(n001S);
O, PO: 포스포디에스테르(포스페이트). 뉴클레오티드간 연결이 2개의 뉴클레오시드 단위 사이에 명시되지 않은 경우, 뉴클레오티드간 연결은 달리 명시되지 않는 한 포스포디에스테르 연결(천연 포스페이트 연결)임. O는 또한 링커, 예를 들어, L001, 및 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단 당의 5'-탄소를 연결하는 포스포디에스테르 연결을 나타낼 수 있음(예를 들어, WV-3545의 경우 O SSSSSSOSOSSOOSSSSSS에서 밑줄이 그어진 O);
*, PS: 포스포로티오에이트. *는 또한 링커, 예를 들어, L001, 및 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단 당의 5'-탄소를 연결하는 포스포로티오에이트 연결을 나타낼 수 있음(예를 들어, Mod013L001 * mU * mC * mA * mA * mG * mG * mA * mA * mG * mA * mU * mG * mG * mC * mA * mU * mU * mU * mC * mU에서 밑줄이 그어진 *);
*R, R (연결 / 입체화학에서), Rp: Rp 배열의 포스포로티오에이트;
*S, S (연결 / 입체화학에서), Sp: Sp 배열의 포스포로티오에이트;
X: 연결 / 입체화학에서, X는 스테레오랜덤 포스포로티오에이트를 나타냄;
일부 실시 형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드에서, 각각의 염기는 선택적으로 보호되고(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성에서 일반적으로 실행되는 바와 같이), 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 화학식 VII의 구조 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서,
5'-말단으로부터 첫 번째 뉴클레오티드간 연결인 뉴클레오티드간 연결에 있어서, PL은 P, P(=O), P(=S) 또는 PN이며, 그의 -X-Ls-R5는 -L7-R1이거나; 또는 그의 -X-Ls-R5는 -S-Ls-R5이거나; 또는 그의 -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -H 또는 -C(O)R'이며;
5'-말단으로부터 첫 번째 뉴클레오티드간 연결이 아닌 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN이며, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1; 또는 -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, 5'-말단으로부터 첫 번째 뉴클레오티드간 연결인 뉴클레오티드간 연결에 있어서, PL은 P, P(=O), P(=S) 또는 PN이며, 그의 -X-Ls-R5는 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나; 또는 그의 -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -H 또는 -C(O)R'이며; 5'-말단으로부터 첫 번째 뉴클레오티드간 연결이 아닌 각각의 뉴클레오티드간 연결에 있어서, 그의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN이며, 그의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임); 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다.
일부 실시 형태에서, 5'-말단으로부터 첫 번째 뉴클레오티드간 연결인 뉴클레오티드간 연결에 있어서, PL은 P이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단으로부터 첫 번째 뉴클레오티드간 연결인 뉴클레오티드간 연결에 있어서, PL은 P이며, 그의 -X-Ls-R5는 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나; 또는 그의 -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R6은 -H이다(예를 들어, 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드에서). 일부 실시 형태에서, 5'-말단으로부터 첫 번째 뉴클레오티드간 연결인 뉴클레오티드간 연결에 있어서, PL은 P이며, 각각의 뉴클레오티드간 연결에서, -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1(여기서, L7은 -O-임)이거나; 또는 그의 -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R6은 -C(O)R'이다(예를 들어, 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드에서). 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결에서, PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN이며, -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1; 또는 -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R6은 -C(O)R'이다(예를 들어, 변형 생성물 올리고뉴클레오티드, 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드, 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 등에서).
일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 바와 같이, -L7-R1은 -O-CH2R2이다. 일부 실시 형태에서, 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 -OCH2CH2CN이다. 일부 실시 형태에서, 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 -OCH2CH2CN이다. 일부 실시 형태에서, R6에서의 R'는 -CH3이다. 당업자는 예를 들어, 어떤 산(또는 이의 활성화된 유도체)이 캡핑 단계에서 사용되는지에 따라 R'가 다른 기일 수 있음을 인식한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 O5P, OP, *P, *PS, *PDS, *PR, *PDR, *N, *PD, *NS 및 *NR로부터 각각 독립적으로 선택되는 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 여기서, O5P, OP, *P, *PS, *PDS, *PR, *PDR, *N, *PD, *NS 및 *NR 각각은 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 *PS, *PDS, *PR, *PDR, *NS 또는 *NR을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 *PS, *PR, *NS 또는 *NR을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 *PS 또는 *PR을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 *NS 또는 *NR을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 *PS 또는 *PR의 뉴클레오티드간 연결, 및 *NS 또는 *NR의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 당업계, 예를 들어 US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 올리고뉴클레오티드(“제2 올리고뉴클레오티드”)와 동일한 구조를 갖는 올리고뉴클레오티드("제1 올리고뉴클레오티드")를 제공하며, 단, 제2 올리고뉴클레오티드와 비교하여 제1 올리고뉴클레오티드에서,
5'-말단으로부터 첫 번째 뉴클레오티드간 연결이 O5P의 뉴클레오티드간 연결이고; 나머지 연결의 경우:
제2 올리고뉴클레오티드에 포스페이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 OP의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 스테레오랜덤 포스포로티오에이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *P 또는 *PD의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 Sp 포스포로티오에이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *PS 또는 *PDS의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 Rp 포스포로티오에이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *PR 또는 *PDR의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 스테레오랜덤 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *N의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 Sp 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *NS의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 Rp 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *NR의 연결이 있고,
제1 올리고뉴클레오티드의 각각의 핵염기는 선택적으로 및 독립적으로 보호되고(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성에서와 같이), 제1 올리고뉴클레오티드의 각각의 추가의 화학적 모이어티는, 존재할 경우, 선택적으로 및 독립적으로 보호되고(예를 들어, 탄수화물 모이어티의 -OH가 -OAc로서 보호됨);
이때, O5P, OP, *P, *PS, *PDS, *PR, *PDR, *N, *PD, *NS 및 *NR 각각은 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이다.
일부 실시 형태에서, 제2 올리고뉴클레오티드에 포스페이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 OP의 연결이 독립적으로 존재하고; 제2 올리고뉴클레오티드에 스테레오랜덤 포스포로티오에이트 연결이 있는 각각의 위치에서 제1 올리고뉴클레오티드에 *P 또는 *PD의 연결이 독립적으로 존재하고; 제2 올리고뉴클레오티드에 Sp 포스포로티오에이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 *PS 또는 *PDS의 연결이 독립적으로 존재하고; 제2 올리고뉴클레오티드에 Rp 포스포로티오에이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 *PR 또는 *PDR의 연결이 독립적으로 존재하고;제2 올리고뉴클레오티드에 음으로 하전되지 않은 스테레오랜덤 뉴클레오티드간 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 *N 연결이 독립적으로 존재하고; 제2 올리고뉴클레오티드에 음으로 하전되지 않은 Sp 뉴클레오티드간 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 *NS의 연결이 독립적으로 존재하고; 제2 올리고뉴클레오티드에 음으로 하전되지 않은 Rp 뉴클레오티드간 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 *NR의 연결이 독립적으로 존재하고, 제1 올리고뉴클레오티드의 각각의 핵염기는 선택적으로 그리고 독립적으로 보호되고(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성에서와 같이), 존재하는 경우 제1 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 추가적인 화학적 모이어티는 선택적으로 그리고 독립적으로 보호되고(예를 들어, -OAc로서의 보호된 탄수화물 모이어티에서 -OH); 여기서, 각각의 O5P, OP, *P, *PS, *PDS, *PR, *PDR, *N, *NS 및 *NR는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 선택적으로 링커를 통해 지지체에 연결된다. 예를 들어, CNA 링커를 통해 CPG에 연결된다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, -X-Ls-R5의 제거 공정 후에, 연결은 전형적으로 그것이 대체하는 연결이 된다. 일부 실시 형태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드(예를 들어, WV-O-937)는 이들의 상응하는 올리고뉴클레오티드(예를 들어, WV-937)를 제조하기 위한 유용한 중간체이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 제공된 제1 올리고뉴클레오티드 또는 이의 입체이성질체의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
일부 실시 형태에서, O5P는 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 각각의 OP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 이는 본원에 기술된 바와 같고, 여기서, PL은 P(=O)이다. 일부 실시 형태에서, O5P 또는 OP에 있어서, -X-Ls-R5는 -L7-R1; -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -H 또는 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, O5P에 있어서, R6은 -H(예를 들어, 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드로서) 또는 -C(O)R'(예를 들어, 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드로서)이다. 일부 실시 형태에서, OP에 있어서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -L7-R1; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, 또는 I-d의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -L7-R1, -
Figure pct00584
Figure pct00585
Figure pct00586
Figure pct00587
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -O-CH2-R2이며, 여기서, R2는 전자 끄는 기,
Figure pct00588
Figure pct00589
Figure pct00590
Figure pct00591
Figure pct00592
를 포함한다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -O-CH2-R2이며, 여기서, R2는 전자 끄는 기,
Figure pct00593
Figure pct00594
Figure pct00595
를 포함한다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN,
Figure pct00596
Figure pct00597
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN,
Figure pct00598
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN,
Figure pct00599
일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 *P 및 *PD는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, PL은 P(=S)이고, -X-Ls-R5는 -L7-R1이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 *N은 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, PL은 PN이고, -X-Ls-R5는 -L7-R1이다. 일부 실시 형태에서, 당업자가 인지하는 바와 같이, PN은, 이의 N-모이어티가, 그것이 대체하는, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 N-모이어티와 동일한 비-수소 원자 및 비-수소 원자의 연결부를 갖는 구조(단일, 이중, 또는 삼중 결합 등은 고려하지 않음)의 것이다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, *N에서 PN은
Figure pct00600
이고(이러한 *N은 n001P임), 이의 상응하는, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -O-CH2-R2이며, 여기서, R2는 전자 끄는 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 *PS 또는 *PDS는 독립적으로 화학식
Figure pct00601
또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 *NR은 화학식
Figure pct00602
또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, P=WN은 PN이고, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 당업자가 인지하는 바와 같이, PN은, 이의 N-모이어티가, 그것이 대체하는, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 N-모이어티와 동일한 비-수소 원자 및 비-수소 원자의 연결부를 갖는 구조(단일, 이중, 또는 삼중 결합 등은 고려하지 않음)의 것이다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, *NR에서 PN은
Figure pct00603
이고(이러한 *NR은 n001PR임), 이의 상응하는, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001R이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 당업자가 인지하는 바와 같이, PN은, 이의 N-모이어티가, 그것이 대체하는, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 N-모이어티와 동일한 비-수소 원자 및 비-수소 원자의 연결부를 갖는 구조(단일, 이중, 또는 삼중 결합 등은 고려하지 않음)의 것이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, 또는 I-d의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00604
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00605
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00606
또는
Figure pct00607
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00608
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00609
이다. 일부 실시 형태에서, *PDS에 있어서 -X-Ls-R5는
Figure pct00610
이다. 일부 실시 형태에서, *PS에 있어서 -X-Ls-R5는
Figure pct00611
이다. 일부 실시 형태에서, *NR에 있어서 -X-Ls-R5는
Figure pct00612
이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -Ac이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 *PR 또는 *PDR은 독립적으로 화학식
Figure pct00613
또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 *NS는 화학식
Figure pct00614
또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, P=WN은 PN이고, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, 당업자가 인지하는 바와 같이, PN은, 이의 N-모이어티가, 그것이 대체하는, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 N-모이어티와 동일한 비-수소 원자 및 비-수소 원자의 연결부를 갖는 구조(단일, 이중, 또는 삼중 결합 등은 고려하지 않음)의 것이다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, *NS에서 PN은
Figure pct00615
이고(이러한 *NS는 n001PS임), 이의 상응하는, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001S이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, 또는 I-d의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 여기서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00616
또는
Figure pct00617
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00618
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00619
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00620
이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는
Figure pct00621
이다. 일부 실시 형태에서, *PDS에 있어서 -X-Ls-R5는
Figure pct00622
이다. 일부 실시 형태에서, *PS에 있어서 -X-Ls-R5는
Figure pct00623
이다. 일부 실시 형태에서, *NR에 있어서 -X-Ls-R5는
Figure pct00624
이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -Ac이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 *N, *NS 및 *NR 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는
Figure pct00625
를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는
Figure pct00626
를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는
Figure pct00627
를 포함하며,
Figure pct00628
를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 *PS, *PDS, *PR 및 *PDR 중 적어도 하나를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 OP와, *PS, *PDS, *PR 및 *PDR 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 OP, *PS, *PDS, *PR 및 *PDR 중 적어도 하나, 및 *N, *NS 및 *NR 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 *PS, *PDS, *PR 또는 *PDR이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 OP, *PS, *PDS, *PR 또는 *PDR이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 OP, *PS 또는 *PDS이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 OP, *PS, *PDS, *PR, *PDR, *N, *NS 또는 *NR이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 OP, *PS, *PDS, *PR, *PDR, *NS 또는 *NR이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 OP, *PS, *PDS 또는 *NR이다.
당업자가 이해하는 바와 같이, 많은 실시 형태에서 뉴클레오티드간 연결은 3'-탄소 원자를 통해 5'-당에 결합하고 5'-탄소 원자를 통해 3'-당에 결합한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00629
의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00630
의 구조 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00631
의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00632
의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, A는 Bz로 보호된다. 일부 실시 형태에서, C는 Ac로 보호된다. 일부 실시 형태에서, G는 iBu로 보호된다. 일부 실시 형태에서, U는 보호되지 않는다. 일부 실시 형태에서, A는 Bz로 보호되고, C는 Ac로 보호되고, G는 iBu로 보호되고, U와 T는 보호되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 보호 핵염기는
Figure pct00633
또는
Figure pct00634
이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하기 표 O-2로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 표 O-2의 올리고뉴클레오티드(또는 이의 입체이성질체)의 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 선택적으로 링커(예를 들어, 실시예에서 사용된 바와 같은 CNA 링커)를 통해 지지체(예를 들어, CPG와 같은 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 것)에 연결된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 또는 이의 입체이성질체의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
[표 O-2]
Figure pct00635
Figure pct00636
Figure pct00637
Figure pct00638
Figure pct00639
Figure pct00640
Figure pct00641
Figure pct00642
표 O-2의 스페이스는 형식화 및 가독성을 위해 이용된다. 예를 들어, OXXXXX XXXXX XXXXX XXXX는 OXXXXXXXXXXXXXXXXXXX와 동일한 입체화학을 나타낸다. 표 A1에 열거된 올리고뉴클레오티드는 달리 명시되지 않는 한 단일 가닥이며; 이들은 단일 가닥으로, 또는 하나 이상의 다른 가닥과 복합체를 형성하는 가닥으로서 사용될 수 있다. 일부 서열은 길이로 인해 다수의 줄로 나뉜다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 당 단위는 비변형되며, 달리 변형(예를 들어, f, m, m5 등으로 변형됨)으로 표시되지 않는 한 2'-데옥시 당이며; 연결은 달리 표시되지 않는 한 OP이며; 산성/염기성 기는 독립적으로 그의 염 형태로 존재할 수 있으며; 핵염기는 선택적으로 보호된다(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성에서 전형적으로 사용되는 바와 같음) 올리고뉴클레오티드(또는 다른 화합물, 예를 들어, 이러한 모이어티 또는 변형을 포함하는 제공된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 데 유용한 것들)에서의 모이어티 및 변형:
f: 뒤따르는 뉴클레오시드 상의 2'-F 변형(예를 들어, fA(
Figure pct00643
(
Figure pct00644
, 이때, BA는 선택적으로 보호된 핵염기 A임));
L001: C6 아미노 링커(C6, -NH-(CH2)6- 이때, -NH-는 Mod(예를 들어, Mod의 -C(O)-를 통해) 또는 -H에 연결되고, -(CH2)6-은 Op(표시되지P(표시되지 않는 경우, 이것은 OP를 통한 것임) 또는 *P 또는 *PD 연결을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단(또는 표시된 경우 3'-말단)에 연결됨. C6 링커 또는 C6 아민 링커로도 지칭될 수 있음;
m: 뒤따르는 뉴클레오시드 상의 2'-OMe 변형(예를 들어, mA(
Figure pct00645
, 이때, BA는 선택적으로 보호된 핵염기 A임));
Mod005(그의 -C(O)-는 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 설명에서 명시된 바와 같은 L001과 같은 링커의 -NH-에 연결될 수 있음):
Figure pct00646
Mod013(그의 -C(O)-는 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 설명에서 명시된 바와 같은 L001과 같은 링커의 -NH-에 연결될 수 있음):
Figure pct00647
Mod015(그의 -C(O)-는 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 설명에서 명시된 바와 같은 L001과 같은 링커의 -NH-에 연결될 수 있음):
Figure pct00648
Mod020(그의 -C(O)-는 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 설명에서 명시된 바와 같은 L001과 같은 링커의 -NH-에 연결될 수 있음):
Figure pct00649
; 이때 각각의 올리고뉴클레오티드에서,
n001P는
Figure pct00650
(당업자가 인지하는 바와 같이, 이는 음이온(예를 들어, PF6 -와 같은 Q-(이는 변형 단계에서 음이온일 수 있음))과 결부됨)이고;
n001PR은
Figure pct00651
(당업자가 인지하는 바와 같이, 이는 음이온(예를 들어, PF6 -와 같은 Q-(이는 변형 단계에서 음이온일 수 있음))과 결부됨)이고;
n001PS는
Figure pct00652
(당업자가 인지하는 바와 같이, 이는 음이온(예를 들어, PF6 -와 같은 Q-(이는 변형 단계에서 음이온일 수 있음))과 결부됨)이고;
OP는
Figure pct00653
이고(OP는 또한 링커, 예를 들어 L001, 및 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단 당의 5'-탄소를 연결하는 연결(다른 연결이 이 연결에 대하여 명시되지 않은 경우)을 나타낼 수 있음(예를 들어, Mod015L001와, Mod015L001fU *P SfC *P SfA *P SfA *P SfG *P SfG *P S mAfA *P S mG mA *P SfU *P S mG mGfC *P SfA *P SfU *P SfU *P SfU *P SfC *P SfU에서의 5'fU 사이));
*P 또는 *PD는
Figure pct00654
이고(*P / *PD는 또한 링커, 예를 들어, L001, 및 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단 당의 5'-탄소를 연결하는 포스포로티오에이트 연결을 나타낼 수 있음(예를 들어, Mod013L001 * P mU *P mC *P mA *P mA *P mG *P mG *P mA *P mA *P mG *P mA *P mU *P mG *P mG *P mC *P mA *P mU *P mU *P mU *P mC *P mU에서 밑줄이 그어진 *P))이고;
*PR은
Figure pct00655
이고; *PS는
Figure pct00656
이고;
*PDR은
Figure pct00657
이고; *PDS는
Figure pct00658
이다.
특히, 본 발명은 예를 들어 구조, 화학식 등에 대한 다수의 변수를 포함한다. 달리 명시되지 않는 한, 변수에 대한 실시 형태는 임의의 다른 변수의 실시 형태와 선택적으로 조합될 수 있다.
일부 실시 형태에서, R1은 -H, -Ls-R, 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R)3, -OR, -SR, 또는 -N(R)2이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -Ls-R이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1은 R이다(예를 들어, 본 발명에 기술된 바와 같은 R 실시 형태). 일부 실시 형태에서, R1은 할로겐이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -F이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -I이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -Ls-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1은 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, -CH2- 기는 선택적으로 치환되고, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1은 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 독립적으로, C1-6 알킬 및 페닐로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 적어도 하나의 R은 선택적 치환 C1-6 알킬이며, -Si(R)3의 적어도 하나의 R은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 2개의 R은 독립적으로 선택적 치환 C1-6 알킬이며, -Si(R)3의 하나의 R은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3은 -Si(Ph)2Me이다. R의 다른 비-수소 실시 형태는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있으며, -Si(R)3에서 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, R1은 -OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1은 -SR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1은 -N(R)2이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, R2는 -H, -Ls-R, 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R)3, -OR, -SR, 또는 -N(R)2이다. 일부 실시 형태에서, R2은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R2은 -Ls-R이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 R이다(예를 들어, 본 발명에 기술된 바와 같은 R 실시 형태). 일부 실시 형태에서, R2는 할로겐이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -Ls-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, -CH2- 기는 선택적으로 치환되고, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 독립적으로, C1-6 알킬 및 페닐로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3은 -Si(Ph)2Me이다. R의 다른 비-수소 실시 형태는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있으며, -Si(R)3에서 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, R2은 -OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -SR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -N(R)2이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 R1과 동일하거나 상이하며, 본 발명에서 R1에 대하여 기술된 임의의 기로부터 선택되는 기이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 적어도 하나는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1은 수소이며, R2는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1은 수소가 아니며, R2는 수소이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 어느 것도 수소가 아니다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같으며, 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 선택적 치환 C1-4 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 선택적 치환 C1-3 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 선택적 치환 C1-2 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알케닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 비닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알키닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 에티닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 선택적 치환 벤질이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 벤질이며, 벤질의 페닐 기는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H이며, R2는 벤질이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00659
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00660
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00661
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같고 고리 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R은 C3-20 지환족, C6-20 아릴, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 1~5개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이며, 여기서, 각각의 헤테로원자는 질소, 산소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택된다. 일부 실시 형태에서, R은 C3-20 지환족, C6-20 아릴, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 1~5개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이며, 여기서, 각각의 헤테로원자는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택된다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-20 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-10 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-10 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C4-10 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헵틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헵틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-20 아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 다른 하나는 R이며, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 본 발명에 기술된 바와 같은 환형 모이어티를 포함하는 R이며, 다른 하나는 본 발명에 기술된 바와 같은 알킬 기이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬인 R이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 알케닐인 R이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 메틸 또는 에틸이며, 다른 하나는 비닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 메틸이며, 다른 하나는 비닐이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬인 R이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 알키닐인 R이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 메틸 또는 에틸이며, 다른 하나는 에티닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 메틸이며, 다른 하나는 에티닐이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-20 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 비치환 C1-20 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-20 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선형 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 상이하다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하다. 특히, 본 발명은 R1 및 R2가 동일한 화합물, 또는 이로부터 제조된 포스포르아미다이트가 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 제조에 이용될 때 높은 입체선택성, 수율 및/또는 순도를 제공할 수 있음을 입증한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일한 선택적 치환 C1-2 알킬이며, R1 및 R2는 2개 이하의 탄소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R1 둘 다는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R1 둘 다는 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R1 둘 다는 이소프로필이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-3 선형 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 C3-10 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-3 선형 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 C5-6 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R2는 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R2는 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-3 선형 알킬이며, 다른 하나는 선택적 치환 벤질이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이며, R2는 선택적 치환 벤질이다. 일부 실시 형태에서, R2는 벤질이다. 일부 실시 형태에서, R2는 p-CH3O-C6H4-CH2-이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸, 에틸, 시클로헥실, 및 벤질(이는 페닐에서 선택적으로 치환됨)로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, R2는 메틸, 에틸, 시클로헥실, 및 벤질(이는 페닐에서 선택적으로 치환됨)로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 메틸, 에틸, 시클로헥실, 및 벤질(이는 페닐에서 선택적으로 치환됨)로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00662
Figure pct00663
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00664
Figure pct00665
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00666
Figure pct00667
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00668
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00669
Figure pct00670
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00671
Figure pct00672
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00673
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00674
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00675
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00676
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00677
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00678
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00679
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00680
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00681
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00682
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00683
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00684
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00685
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00686
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00687
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00688
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00689
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00690
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬인 R이며, 다른 하나는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, C6-20 아릴, C6-20 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-20 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기인 R이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬인 R이며, 다른 하나는 C3-20 지환족, C6-20 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기인 R이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬인 R이며, 다른 하나는 C3-20 지환족, C6-20 아릴, 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기인 R이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬인 R이며, 다른 하나는 C6-20 아릴, 및 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴로부터 선택되는 선택적 치환 기인 R이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬인 R이며, 다른 하나는 선택적 치환 C6-20 아릴인 R이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 선택적 치환 C1-6 알킬인 R이며, 다른 하나는 선택적 치환 페닐인 R이다. 일부 실시 형태에서, 선택적 치환 C1-6 알킬로서의 R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, 선택적 치환 페닐로서의 R은
Figure pct00691
이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이며, R2는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이며, R2는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1은 메틸이며, R2는
Figure pct00692
Figure pct00693
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00694
, 또는 이들의 염으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00695
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00696
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00697
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00698
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00699
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00700
, 또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00701
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00702
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00703
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00704
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00705
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00706
,
Figure pct00707
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00708
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00709
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00710
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00711
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00712
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 독립적으로 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R은 C3-20 지환족, C6-20 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 C3-20 지환족, C6-20 아릴, 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 C3-20 지환족, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 C6-20 아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 C3-20 지환족 및 C6-20 아릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-20 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-20 시클로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C1-20 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-20 아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00713
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00714
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00715
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2가 부착된 탄소 원자는 키랄 탄소 원자가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 어느 것도 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 R이며, 여기서, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 키랄 원소를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 5원 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환
Figure pct00716
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는
Figure pct00717
일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환
Figure pct00718
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는
Figure pct00719
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 6원 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환
Figure pct00720
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는
Figure pct00721
이다. 특히, 본 발명은 R1 및 R2가 부착된 탄소 원자가 키랄 탄소 원자가 아닌 제공된 화합물이 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성에 사용될 때 놀랍도록 높은 입체선택성을 제공할 수 있음을 입증하였다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물은 높은 수율을 제공한다.
일부 실시 형태에서, R3은 -H, -Ls-R, 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R)3, -OR, -SR, 또는 -N(R)2이다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R3은 -Ls-R이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R3는 R이다(예를 들어, 본 발명에 기술된 바와 같은 R 실시 형태). 일부 실시 형태에서, R3는 할로겐이다. 일부 실시 형태에서, R3는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R3는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R3는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R3는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R3는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R3는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R3는 -Ls-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R3는 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, -CH2- 기는 선택적으로 치환되고, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R3는 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 독립적으로, C1-6 알킬 및 페닐로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3은 -Si(Ph)2Me이다. R의 다른 비-수소 실시 형태는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있으며, -Si(R)3에서 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, R3은 -OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R3는 -SR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 -N(R)2이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 R1과 동일하거나 상이하며, 본 발명에서 R1에 대하여 기술된 임의의 기로부터 선택되는 기이다.
일부 실시 형태에서, R4는 -H, -Ls-R, 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R)3, -OR, -SR, 또는 -N(R)2이다. 일부 실시 형태에서, R4은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R4은 -Ls-R이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R4는 R이다(예를 들어, 본 발명에 기술된 바와 같은 R 실시 형태). 일부 실시 형태에서, R4는 할로겐이다. 일부 실시 형태에서, R4는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R4는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R4는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R4는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R4는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R4는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R4는 -Ls-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R4는 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, -CH2- 기는 선택적으로 치환되고, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R4는 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 독립적으로, C1-6 알킬 및 페닐로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3은 -Si(Ph)2Me이다. R의 다른 비-수소 실시 형태는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있으며, -Si(R)3에서 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, R4는 -OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R4는 -SR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R4는 -N(R)2이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 R1과 동일하거나 상이하며, 본 발명에서 R1에 대하여 기술된 임의의 기로부터 선택되는 기이다.
일부 실시 형태에서, R1, R2, R3 및 R4 중 적어도 하나는 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, 또는 I-e의 제공된 화합물은 하나 이상의 키랄 원소를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R3 및 R4는 -H가 아니며, 이들이 부착된 탄소는 키랄 중심이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 적어도 하나는 수소가 아니며, R1 및 R2는 상이하고, 이들이 부착된 탄소는 키랄 중심이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 적어도 하나는 수소가 아니며, R1 및 R2는 동일하고, 이들이 부착된 탄소는 키랄 중심이 아니다. 특히, 본 발명은 R1 및 R2가 부착된 탄소 원자가 키랄 탄소 원자가 아닌 제공된 화합물이 올리고뉴클레오티드 합성에서 키랄 보조제로 사용될 때 놀랍도록 높은 입체선택성을 제공할 수 있음을 입증한다.
일부 실시 형태에서, R5는 -H, -Ls-R, 할로겐, -CN, -NO2, -Ls-Si(R)3, -OR, -SR, 또는 -N(R)2이다. 일부 실시 형태에서, R5은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R5은 -Ls-R이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R5는 R이다(예를 들어, 본 발명에 기술된 바와 같은 R 실시 형태). 일부 실시 형태에서, R5는 할로겐이다. 일부 실시 형태에서, R5는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R5는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R5는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R5는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R5는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R5는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R5는 -Ls-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 Ls 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R5는 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, -CH2- 기는 선택적으로 치환되고, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R5는 -CH2-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3의 각각의 R은 독립적으로, C1-6 알킬 및 페닐로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, -Si(R)3은 -Si(Ph)2Me이다. R의 다른 비-수소 실시 형태는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있으며, -Si(R)3에서 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, R5는 -OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R5는 -SR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R5는 -N(R)2이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2는 R1과 동일하거나 상이하며, 본 발명에서 R1에 대하여 기술된 임의의 기로부터 선택되는 기이다.
일부 실시 형태에서, R5와, R1 및 R2 중 하나 또는 이들 둘 다는 R이며, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환, 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R5 및 R1은 R이며, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 , 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1과 R2 중 하나, 및 R5는 R이며, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 본 발명에서 광범위하게 설명된 바와 같이, 함께 취해진 2개의 R 기에 의해 형성된 고리는 다양한 크기의 단환식, 이환식 또는 다환식일 수 있고, 다양한 수의 헤테로원자를 함유할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 5원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 6원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 R5가 부착된 질소 외에 고리 헤테로원자를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 고리는 포화 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 개재 헤테로원자 이외의 추가의 고리 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 하나의 고리 헤테로원자를 포함하는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 고리 헤테로원자를 포함하는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 하나의 탄소, 하나의 질소 및 하나의 산소 고리 원자를 포함하는 3원 고리이다.
일부 실시 형태에서, R1, R2, R3, R4, 및 R5 중 둘 이상은 독립적으로 R이며, R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 고리를 형성하고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나와, R3 및 R4 중 하나는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R3 및 R4 중 하나, 및 R5는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어 R1 및 R2에 의해, 또는 R1 및 R2 중 하나와 R3 및 R4 중 하나에 의해 형성된 고리는 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 불포화체를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 부분 불포화된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이상의 포화 단환식 고리 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이상의 단환식 부분 불포화 고리 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이상의 단환식 방향족 고리 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이상의 포화, 부분 불포화, 및/또는 방향족 고리 모이어티, 예를 들어, 융합된 포화, 부분 불포화, 및/또는 방향족 단환식 모이어티들을 포함하는 이환식 또는 다환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 키랄 원소를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이상의 키랄 원소를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이상의 키랄 원소를 포함하며, 키랄 고리이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 원소는 키랄 중심이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 헤테로원자를 갖지 않는 선택적 치환 3~10원 단환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 단환식 고리는 3원이며; 일부 실시 형태에서, 4원이며; 일부 실시 형태에서, 5원이며; 일부 실시 형태에서, 6원이며; 일부 실시 형태에서 7원이며; 일부 실시 형태에서, 8원이며; 일부 실시 형태에서 9원이며; 일부 실시 형태에서 10원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3원 포화 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 5원 포화 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 키랄 원소를 포함하지 않는 선택적 치환 5원 포화 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 키랄 원소를 포함하지 않는 비치환 5원 포화 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 5원 고리는 또 다른 선택적 치환 고리(이는 포화, 부분 불포화되거나, 아릴일 수 있음)에 융합된다. 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 5원 고리는 선택적 치환 아릴 고리에 융합된다. 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 5원 고리는 선택적 치환 페닐 고리에 융합된다. 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 5원 고리는 페닐 고리에 융합된다. 일부 실시 형태에서, 융합은 C3 및 C4에서의 융합이다(C1은 R1 및 R2가 부착된 탄소 원자임). 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환
Figure pct00722
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는
Figure pct00723
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환
Figure pct00724
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는
Figure pct00725
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환
Figure pct00726
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는
Figure pct00727
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환
Figure pct00728
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는
Figure pct00729
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 6원 포화 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 키랄 원소를 포함하지 않는 선택적 치환 6원 포화 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 키랄 원소를 포함하지 않는 비치환 6원 포화 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 고리 모이어티는, 예를 들어 5원 고리에 대하여 상기에 기술된 바와 같이, 6원 고리에 융합될 수 있다. 본원에 기술된 고리 실시 형태는 달느 변수에 적용가능하며, 상기 변수 중 둘은 R일 수 있고 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환
Figure pct00730
이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는
Figure pct00731
이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00732
Figure pct00733
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00734
및 이들의 염으로부터 선택된다.일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00735
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00736
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00737
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00738
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00739
Figure pct00740
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00741
및 이들의 염으로부터 선택되는 것의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00742
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00743
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00744
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00745
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00746
Figure pct00747
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00748
및 이들의 염으로부터 선택되는 것의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00749
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00750
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00751
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00752
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다.
일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나와, R3 및 R4 중 하나는 R이며(예를 들어, 화학식 I-a의, R1 및 R2 중 하나와, R3 및 R4 중 하나), 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R3은 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R4는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2 및 R3은 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R2 및 R4는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 화학식 I-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 본 발명에 기술된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C3-20 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C3-10 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C5-7 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C5 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C6 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C7 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C8 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C9 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C10 지환족 고리이다. 본 발명에 기술된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 단환식, 이환식, 또는 다환식일 수 있으며, 하나 이상의 포화, 부분 포화 및/또는 방향족 단환식 모이어티를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C3-20 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C3-10 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C5-7 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C5 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C6 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C7 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C8 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C9 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 C10 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나와, R3 및 R4 중 하나는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 고리를 형성하고; R5는 R이며, 여기서, R은 C1-20 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, C6-20 아릴, C6-20 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-20 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이며; R6은 -H이고; R7은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나와, R3 및 R4 중 하나는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 고리를 형성하고; R5는 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-20 지방족이고; R6은 -H이며; R7은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나와, R3 및 R4 중 하나는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 고리를 형성하고; R5는 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이고; R6은 -H이며; R7은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나와, R3 및 R4 중 하나는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 고리를 형성하고; R5는 R이며, 여기서, R은 메틸이고; R6은 -H이며; R7은 -OH이다. 특히, 본 발명은 R5 및 R6이 부착된 N 원자가 고리 내에 없는 제공된 화합물이 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 제조에 사용될 때 놀랍도록 높은 입체선택성 및/또는 수율을 제공할 수 있음을 입증하였다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 I-e의 화합물은
Figure pct00753
및 이들의 이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00754
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00755
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00756
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00757
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00758
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00759
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00760
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00761
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00762
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00763
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00764
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00765
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00766
또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 I-e의 화합물은
Figure pct00767
및 이들의 이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00768
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00769
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00770
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00771
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00772
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00773
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00774
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00775
Figure pct00776
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00777
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00778
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00779
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00780
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00781
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 I-e의 화합물은
Figure pct00782
및 이들의 이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00783
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00784
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00785
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00786
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00787
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00788
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00789
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00790
Figure pct00791
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00792
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00793
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00794
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00795
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00796
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다.
일부 실시 형태에서, R3 및 R4은 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, R3 및 R5는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 고리를 형성하고; R6은 -H이며; R7은 -OH이다.
일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4~6원 단환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 단지 하나의 고리 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4~6원 포화 단환식 고리이며, 상기 단지 하나의 헤테로원자는 R5가 부착된 질소이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 7원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 9원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 10원이다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 4~7원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 4원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 5원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 6원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 7원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 8원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 9원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R3은 -H이며, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 질소 원자(R5가 있는 것)를 갖는 선택적 치환 10원 단환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 개재 원자 외에 추가의 헤테로원자를 갖지 않는다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 개재 원자 외에 추가의 고리 헤테로원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이하의 고리 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 포화, 단환식, 4원 고리이며, 여기서, 상기 유일한 고리 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이하의 고리 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 포화, 단환식, 5원 고리이며, 여기서, 상기 유일한 고리 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이하의 고리 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 포화, 단환식, 6원 고리이며, 여기서, 상기 유일한 고리 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이하의 고리 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 포화, 단환식, 7원 고리이며, 여기서, 상기 유일한 고리 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이하의 고리 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 포화, 단환식, 8원 고리이며, 여기서, 상기 유일한 고리 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이하의 고리 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 포화, 단환식, 9원 고리이며, 여기서, 상기 유일한 고리 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 하나 이하의 고리 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 포화, 단환식, 10원 고리이며, 여기서, 상기 유일한 고리 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는
Figure pct00797
(R6이 -H임)가 일부 실시 형태에서
Figure pct00798
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00799
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00800
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00801
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00802
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00803
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00804
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00805
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00806
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00807
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00808
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00809
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00810
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00811
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00812
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00813
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00814
; 일부 실시 형태에서
Figure pct00815
인 그러한 구조의 것이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00816
Figure pct00817
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00818
,
Figure pct00819
Figure pct00820
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00821
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00822
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00823
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00824
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00825
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00826
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00827
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00828
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00829
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00830
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00831
Figure pct00832
Figure pct00833
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00834
Figure pct00835
, 또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00836
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00837
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00838
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00839
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00840
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00841
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00842
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00843
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00844
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00845
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다.
일부 실시 형태에서, R5와, R1 및 R2 중 하나 또는 이들 둘 다는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환, 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R1과 R2 중 하나, 및 R5는 R이며, 상기 R 기들은 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 본 발명에서 광범위하게 설명된 바와 같이, 형성된 고리는 다양한 크기의 단환식, 이환식 또는 다환식일 수 있고, 다양한 수 및/또는 유형의 헤테로원자를 함유할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 5원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 6원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 개재 헤테로원자 이외의 추가의 고리 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 하나의 고리 헤테로원자를 포함하는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 고리 헤테로원자를 포함하는 3원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 하나의 탄소, 하나의 질소 및 하나의 산소 고리 원자를 포함하는 3원 고리이다.
일부 실시 형태에서, R6은 R'이며, 여기서, R'는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이다(예를 들어, 제공된 화합물이 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 구조, 또는 이의 염을 가질 때). 일부 실시 형태에서, R6은 올리고뉴클레오티드 합성에서 사용되는 적합한 캡핑 기이며, 이들 중 많은 것은 널리 공지되어 있고 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R6은, 올리고뉴클레오티드 합성에서 제공된 구조, 예를 들어, 화학식 VII, 또는 O-I의 구조, 또는 이의 염에 있는 경우, 캡핑 기이다. 일부 실시 형태에서, 캡핑 기는 -C(O)R의 구조를 가지며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CF3이다.
일부 실시 형태에서, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이며, R4 및 R5는 R이고, 상기 R 기들은 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이며, R4 및 R5는 R이고, 상기 R 기들은 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4~6원 헤테로시클릴 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 7원이다.
일부 실시 형태에서, R7은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R7은 -SH이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염을 제공하며, 여기서, R7은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염을 제공하며, 여기서, R7은 -SH이다.
일부 실시 형태에서, R8은 -L-R7, -L-C(R1)(R2)-R7, 또는 -Ls-R7이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R8은 본 발명에 기술된 바와 같은 R7이다. 일부 실시 형태에서, R8은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R8은 -SH이다. 일부 실시 형태에서, R8은 -L-R7이며, 여기서, 각각의 L 및 R7은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R8은 -L-OH이며, 여기서, Ls는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R8은 -L-SH이며, 여기서, Ls는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R8은 -L-C(R1)(R2)-R7이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R8은 -C(R1)(R2)-R7이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R8은 -CH2-R7이며, 여기서, R7은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R8은 -CH2OH이다. 일부 실시 형태에서, R8은 -CH2SH이다. 일부 실시 형태에서, R8은 -Ls-R7이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R8은 -Ls-OH이며, 여기서, Ls는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R8은 -Ls-SH이며, 여기서, Ls는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 개재 질소 원자를 유일한 고리 헤테로원자로 포함하는 선택적 치환 4~10원 헤테로시클릴 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 개재 질소 원자를 유일한 고리 헤테로원자로 포함하는 선택적 치환 4~10원 포화 단환식 헤테로시클릴 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5는 R로서, 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 개재 질소 원자를 유일한 고리 헤테로원자로 포함하는 선택적 치환 4~10원 포화 이환식 헤테로시클릴 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 7원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 피롤리딘 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, R7은 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R7은 -SH이다.
일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 제공된 화합물은 하나 이하의 키랄 원소를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 제공된 화합물은 하나 이하의 키랄 원소를 포함하며, 여기서, 상기 유일한 하나의 키랄 원소는 키랄 탄소 원자이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 제공된 화합물은 하나 이하의 키랄 원소를 포함하며, 여기서, 상기 유일한 하나의 키랄 원소는 R3 및 R4가 부착된 키랄 탄소 원자이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 직쇄 C1-3 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 직쇄 C1-3 알킬이고, 여기서, 치환체는 탄소 원자를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 직쇄 C1-2 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 직쇄 C1-2 알킬이고, 여기서, 치환체는 탄소 원자를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 n-프로필이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 여기서, 상기 고리는 키랄 원소를 포함하지 않는다.
일부 실시 형태에서, L은 공유 결합, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬렌이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체되며; L'는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L은 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, L은 선택적 치환 C1-6 알킬렌이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체되며; L'는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L은 선택적 치환 C1-6 알킬렌이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 독립적으로 -L'-로 대체되며; 각각의 L'는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, L은 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 I의 화합물은
Figure pct00846
의 구조, 또는 이의 염을 갖는다.
일부 실시 형태에서, L은 -C(R3)(R4)-이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-a의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-a]
Figure pct00847
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-a의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00848
의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같고, R4 및 R5는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00849
의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같고, R4 및 R5는 R이며 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 상이하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 수소이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 C1-6 알킬이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-a-1의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-a-1]
Figure pct00850
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같으며, R4 및 R5는 수소가 아니고, R2는 R1보다 더 큰 크기를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I-a의 화합물은 화학식 I-a-1의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5는 R이며, 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 상이하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 수소이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 C1-6 알킬이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-a-2의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-a-2]
Figure pct00851
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같으며, R4 및 R5는 수소가 아니고, R2는 R1보다 더 큰 크기를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I-a의 화합물은 화학식 I-a-2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, R4 및 R5는 R이며, 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 상이하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 수소이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2는 동일하며, 선택적 치환 C1-6 알킬이다.
일부 실시 형태에서, L은 -L'-C(R3)(R4)-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-b]
Figure pct00852
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-b의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, L'는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, L'는 선택적 치환 2가 C1-3 알킬렌이다. 일부 실시 형태에서, L'는 -C(R3)(R4)-이며, 여기서, 각각의 R3 및 R4는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L'는 -C(R3)(R4)-C(R3)(R4)-이며, 여기서, 각각의 R3 및 R4는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L'는 본 발명에 기술된 바와 같은 -Cy-이다. 일부 실시 형태에서, L'는 -C(R3C(R4)3]-이며, 여기서, 각각의 R3 및 R4는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, L'는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, L'는 선택적 치환 2가 C1-3 알킬렌이다. 일부 실시 형태에서, L'는 -C(R3)(R4)-이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하기 화학식 I-c의 구조, 또는 이의 염을 갖는다:
[화학식 I-c]
Figure pct00853
여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 화합물은 화학식 I-c의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I-b의 화합물은 화학식 I-c의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 R이고, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같으며 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같으며 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 R이며, 여기서, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R1 및 R2 중 하나는 -H이며, 다른 하나는 페닐이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I-c에서의 C2에 부착된 R3 및 R4 각각은 독립적으로 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, C2에 부착된 R3 및 R4 각각은 -H이다. 일부 실시 형태에서, C3에 부착된 R3 및 R4 각각은 독립적으로 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, C3에 부착된 R3 및 R4 중 하나는 수소이다. 일부 실시 형태에서, C3에 부착된 R3 및 R4 중 하나는 R이며, R5는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 헤테로시클릴 모이어티이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환, 단환식, 및 포화 4, 5, 또는 6원 헤테로시클릴 고리(하나의 질소 원자 및 하나 이하의 헤테로원자를 가짐)이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 3가 아제티디닐 모이어티이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 3가 피롤리디닐 모이어티이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 3가 피페리디닐 모이어티이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, C2에 부착된 R3 및 R4 중 하나는 R이며, C3에 부착된 R3 및 R4 중 하나는 R이며, 상기 2개의 R 기는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 포화 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 선택적 치환 5원, 포화, 단환식 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00854
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00855
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00856
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00857
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00858
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00859
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00860
또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00861
또는 이의 염의 부분입체이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은
Figure pct00862
또는 이의 염의 거울상 이성질체이다.
일부 실시 형태에서, L'는 -C(R3)(R4)-C(R3)(R4)-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L'는 -Cy-이다. 일부 실시 형태에서, L'는 -C(R3)[C(R4)3]-이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 예를 들어 R 및 CyL에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 고리이지만, 2가이다.
일부 실시 형태에서, -Cy-는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 포화된다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 부분 불포화된다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 방향족이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 포화 환형 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 부분 불포화 환형 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 방향족 환형 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 포화, 부분 불포화, 및/또는 방향족 환형 모이어티의 조합을 포함한다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 3원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 4원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 5원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 6원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 7원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 8원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 9원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 10원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 11원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 12원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 13원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 14원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 15원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 16원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 17원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 18원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 19원이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 20원이다.
일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가 C3-20 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가, 포화 C3-20 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가, 부분 불포화 C3-20 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 방향족 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환
Figure pct00863
이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환
Figure pct00864
이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환
Figure pct00865
이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환
Figure pct00866
이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환
Figure pct00867
이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환
Figure pct00868
이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-H는 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 지환족, 예를 들어, R에 대한 지환족 실시 형태이다.
일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 C6-20 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 페닐렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 1,2-페닐렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 1,3-페닐렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 1,4-페닐렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가 나프탈렌 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-H는 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 아릴, 예를 들어, R에 대한 아릴 실시 형태이다.
일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~20원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~20원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황으로부터 독립적으로 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-H는 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 헤테로아릴, 예를 들어, R에 대한 헤테로아릴 실시 형태이다.
일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 3~20원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 3~20원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 3~6원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~6원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~6원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~6원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황으로부터 독립적으로 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~6원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 포화 2가 헤테로시클릴 기이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 부분 불포화 2가 헤테로시클릴 기이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-H는 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 헤테로시클릴, 예를 들어, R에 대한 헤테로시클릴 실시 형태이다.
일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가 3~30원 카르보시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가 6~30원 아릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~30원 헤테로아릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 3~30원 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~30원 헤테로아릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 3~30원 헤테로시클릴렌이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00869
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다.
일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00870
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 C1-30 지방족 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00871
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 또는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 C1-30 헤테로지방족 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00872
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00873
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 또는 -C(O)O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 C1-10 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 C1-10 헤테로지방족 기로부터 선택되는 공유 결합, 또는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 및 -C(O)O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 또는 C1-10 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 C1-10 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 및 -C(O)O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체됨)이다.
일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 2가 C1-30 지방족이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 붕소, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 C1-30 헤테로지방족이다.
일부 실시 형태에서, 지방족 모이어티, 예를 들어 Ls, R 등의 것은 1가 또는 2가 또는 다가 중 어느 하나이며, 그 범위 내에서 임의의 수의 탄소 원자(임의의 선택적 치환 전), 예를 들어, C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30 등을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 헤테로지방족 모이어티, 예를 들어 Ls, R 등의 것은 1가 또는 2가 또는 다가 중 어느 하나이며, 그 범위 내에서 임의의 수의 탄소 원자(임의의 선택적 치환 전), 예를 들어, C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30 등을 포함할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -Cy-로 대체되며, 여기서, -Cy-는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -O-, -S-, -N(R')-, -C(O)-, -S(O)-, -S(O)2-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(S)(OR')-, 또는 -P(S)(OR')-로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -O-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -S-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -N(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -C(O)-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -S(O)-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -S(O)2-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(OR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(SR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(NR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(OR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(SR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(NR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(OR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(SR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(NR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(OR')[B(R')3]-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -O-, -S-, -N(R')-, -C(O)-, -S(O)-, -S(O)2-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(S)(OR')-, 또는 -P(S)(OR')-로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로 대체되며, 이들 각각은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결일 수 있다.
일부 실시 형태에서, Ls는, 예를 들어 Rs에 연결된 경우, -CH2-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -C(R)2-이며, 여기서, 적어도 하나의 R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -CHR-이다. 일부 실시 형태에서, R은 수소이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -CHR-이며, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, -CHR-의 C는 키랄 C이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -(R)-CHR-이며, 여기서, -CHR-의 C는 키랄 C이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -(S)-CHR-이며, 여기서, -CHR-의 C는 키랄 C이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-5 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-5 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-4 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-3 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-3 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C2 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C2 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C2 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 하나 이상의 할로겐으로 치환된 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CF3이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 -CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 (E)-CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 (Z)-CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -C≡C-이다.
일부 실시 형태에서, Ls는 적어도 하나의 인 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, Ls의 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로 대체된다.
일부 실시 형태에서, Ls는 -Cy-이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 ~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 단환식 또는 이환식 3~20원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 단환식 또는 이환식 5~20원 헤테로시클릴 고리이며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가 테트라히드로푸란 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 푸라노스 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 5~20원 헤테로아릴 고리 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 단환식이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 이환식이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 다환식이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 포화된다. 일부 실시 형태에서, CyL은 부분 불포화된다. 일부 실시 형태에서, CyL은 방향족이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 포화 고리 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, CyL은 부분 불포화 고리 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, CyL은 방향족 고리 모이어티이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, CyL은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C3-20 지환족 고리(예를 들어, 4가인 것을 제외하고는 R에 대하여 기술된 것)이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 포화 C3-20 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 부분 불포화 C3-20 지환족 고리이다. 지환족 고리는 본 발명에 기술된 바와 같이 다양한 크기의 것일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 7원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 9원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로프로필 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로부틸 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로펜틸 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로헥실 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로헵틸 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로옥타닐 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 고리는 시클로알킬 고리이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 더 큰 원자가를 갖는 R에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 지환족 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 선택적 치환 6~20원 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 4가 페닐 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4가 페닐 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 나프탈렌 모이어티이다. 고리는 본 발명에 기술된 바와 같이 상이한 크기의 것일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 14원이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 더 큰 원자가를 갖는 R에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 아릴 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명에 기술된 바와 같이, 헤테로아릴 고리는 다양한 크기의 것일 수 있고, 다양한 수 및/또는 유형의 헤테로원자를 함유할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 1개 초과의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 1가지 이하의 유형의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 1가지 초과의 유형의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 9원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 핵염기 모이어티, 예를 들어, A, T, C, G, U 등이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 더 큰 원자가를 갖는 R에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 헤테로아릴 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 포화된다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 부분 불포화된다. 헤테로시클릴 고리는 본 발명에 기술된 바와 같이 다양한 크기의 것일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 7원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 9원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 10원이다. 헤테로시클릴 고리는 다양한 수 및/또는 유형의 헤테로원자를 함유할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 1개 초과의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 1가지 이하의 유형의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 1가지 초과의 유형의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 더 큰 원자가를 갖는 R에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 헤테로시클릴 모이어티이다.
당업자에게 용이하게 이해되는 바와 같이, 많은 적합한 고리 모이어티가 본 발명에 광범위하게 기술되고 본 발명에 따라 사용될 수 있다(예를 들어 R(이는 CyL에 대해 더 큰 원자가를 가질 수 있음)에 대해 기술된 것).
일부 실시 형태에서, CyL은 핵산에서의 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 선택적 치환 푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 피라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 DNA에서 발견되는 선택적 치환 푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 RNA에서 발견되는 선택적 치환 푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 선택적 치환 2'-데옥시리보푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 선택적 치환 리보푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 치환은 본 발명에 기술된 바와 같은 당 변형을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 선택적 치환 2'-데옥시리보푸라노스 모이어티 및/또는 선택적 치환 리보푸라노스 모이어티는 2'-위치에서의 치환을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치는 본 발명에 기술된 바와 같은 2'-변형이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 -F이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 -OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, CyL은 변형 당 모이어티, 예컨대 LNA에서의 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 변형 당 모이어티, 예컨대 ENA에서의 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 뉴클레오티드간 연결과 핵염기를 연결하는 올리고뉴클레오티드의 말단 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 예를 들어 말단이 선택적으로 링커를 통해 고체 지지체에 연결되는 경우 올리고뉴클레오티드의 말단 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 2개의 뉴클레오티드간 연결 및 핵 염기를 연결하는 당 모이어티이다. 예시적인 당 및 당 모이어티는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, CyL은 핵염기 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 천연 핵염기, 예컨대 A, T, C, G, U 등이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 변형 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 A, T, C, G, U, 및 5mC로부터 선택되는 선택적 치환 핵염기 모이어티이다. 예시적인 핵염기 및 핵염기 모이어티는 본 발명에서 광범위하게 기술된다.
일부 실시 형태에서, 2개의 CyL 모이어티는 서로 결합되며, 여기서, 하나의 CyL은 당 모이어티이고 다른 하나는 핵염기 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 당 모이어티 및 핵염기 모이어티는 뉴클레오시드 모이어티를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드 모이어티는 천연이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드 모이어티는 변형된다. 일부 실시 형태에서, CyL은 아데노신, 5-메틸우리딘, 시티딘, 구아노신, 우리딘, 5-메틸시티딘, 2'-데옥시아데노신, 티미딘, 2'-데옥시시티딘, 2'-데옥시구아노신, 2'-데옥시우리딘, 및 5-메틸-2'-데옥시시티딘으로부터 선택되는 선택적 치환 천연 뉴클레오시드 모이어티이다. 예시적인 뉴클레오시드 및 뉴클레오시드 모이어티는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어 Ls에서, CyL은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, -OP(OR')[B(R')3]O- 등에 결합된 선택적 치환 뉴클레오시드 모이어티이며, 이는 선택적 치환 뉴클레오티드 단위를 형성할 수 있다. 예시적인 뉴클레오티드 및 뉴클레오시드 모이어티는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, R'는 -R, -C(O)R, -C(O)OR, 또는 -S(O)2R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 -S(O)2R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 수소이다. 일부 실시 형태에서, R'는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C1-20 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C1-20 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C6-20 아릴이다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C6-20 아릴지방족이다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C6-20 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴이다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 R'는 R이며, 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴으로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴으로부터 선택되는 선택적 치환 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-20 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, C6-20 아릴, C6-20 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-20 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴으로부터 선택되는 선택적 치환 기이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-20 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, C6-20 아릴, C6-20 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-20 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이다.
일부 실시 형태에서, R은 수소이다. 일부 실시 형태에서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리로부터 선택되는 선택적 치환 기이다.
일부 실시 형태에서, R은 수소, 또는 C1-20 지방족, 페닐, 3~7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리, 8~10원 이환식 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리, 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리, 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 4~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리, 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 7~10원 이환식 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리, 또는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 기이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적으로 치환된 C1-30 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적으로 치환된 C1-20 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적으로 치환된 C1-15 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적으로 치환된 C1-10 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적으로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적으로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 헥실, 펜틸, 부틸, 프로필, 에틸 또는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 이소프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 n-프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 tert-부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 sec-부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 n-부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 -(CH2)2CN이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-30 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-20 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-10 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로프로필이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 3~30원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 3원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 4원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 5원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 6원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헵틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헵틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로프로필이다.
일부 실시 형태에서, R이 고리 구조, 예를 들어, 지환족, 시클로헤테로지방족, 아릴, 헤테로아릴 등이거나 이를 포함하는 경우, 고리 구조는 단환식, 이환식 또는 다환식일 수 있다. 일부 실시 형태에서, R은 단환식 구조이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R은 이환식 구조이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R은 다환식 구조이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C1-30 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C1-20 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 황, 인 또는 셀레늄의 하나 이상의 산화된 형태를 선택적으로 포함하는, 산소, 질소, 황, 인 또는 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C1-20 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은
Figure pct00874
, -N=, ≡N, -S-, -S(O)-, -S(O)2-, -O-, =O,
Figure pct00875
로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 기를 포함하는 선택적 치환 C1-30 헤테로지방족이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-30 아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 페닐이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 8~10원 이환식 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 8~10원 이환식 포화 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 8~10원 이환식 부분 불포화 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 8~10원 이환식 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 나프틸이다.
일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 비치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 황, 및 산소로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 황, 및 산소로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 비치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소 또는 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 단환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 피롤릴, 푸라닐, 또는 티에닐로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 1개의 질소 원자와, 황 또는 산소로부터 선택되는 추가 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 예시적인 R 기는 선택적 치환 피라졸릴, 이미다졸릴, 티아졸릴, 이소티아졸릴, 옥사졸릴 또는 이속사졸릴을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 예시적인 R 기는 선택적 치환 트리아졸릴, 옥사디아졸릴 또는 티아디아졸릴을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 예시적인 R 기는 선택적 치환 테트라졸릴, 옥사트리아졸릴 및 티아트리아졸릴을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
일부 실시 형태에서, R은 1~4개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~3개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 1~2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 4개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 3개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 1개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 예시적인 R 기는 선택적 치환 피리디닐, 피리미디닐, 피라지닐, 피리다지닐, 트리아지닐, 또는 테트라지닐을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자바이시클로[3.2.1]옥타닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤즈이미다졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤족사졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인다졸릴이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조푸라닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조[b]티에닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤즈이미다졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤족사졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인다졸릴이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 옥사졸로피리디일, 티아졸로피리디닐 또는 이미다조피리디닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퓨리닐, 옥사졸로피리미디닐, 티아졸로피리미디닐, 옥사졸로피라지닐, 티아졸로피라지닐, 이미다조피라지닐, 옥사졸로피리다지닐, 티아졸로피리다지닐 또는 이미다조피리다지닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 1,4-디히드로피롤로[3,2-b]피롤릴, 4H-푸로[3,2-b]피롤릴, 4H-티에노[3,2-b]피롤릴, 푸로[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]티에닐, 1H-피롤로[1,2-a]이미다졸릴, 피롤로[2,1-b]옥사졸릴 또는 피롤로[2,1-b]티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 디히드로피롤로이미다졸릴, 1H-푸로이미다졸릴, 1H-티에노이미다졸릴, 푸로옥사졸릴, 푸로이속사졸릴, 4H-피롤로옥사졸릴, 4H-피롤로이속사졸릴, 티에노옥사졸릴, 티에노이속사졸릴, 4H-피롤로티아졸릴, 푸로티아졸릴, 티에노티아졸릴, 1H-이미다조이미다졸릴, 이미다조옥사졸릴 또는 이미다조[5,1-b]티아졸릴이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 이소퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퀴나졸린 또는 퀴녹살린이다.
일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 비치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~7원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 7원 부분 불포화 단환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소 또는 황으로부터 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 7원 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 선택적 치환 옥시라닐, 옥세타닐, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로피라닐, 옥세파닐, 아지리디닐, 아제티디닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 아제파닐, 티이라닐, 티에타닐, 테트라히드로티오페닐, 테트라히드로티오피라닐, 티에파닐, 디옥솔라닐, 옥사티올라닐, 옥사졸리디닐, 이미다졸리디닐, 티아졸리디닐, 디티올라닐, 디옥사닐, 모르폴리닐, 옥사티아닐, 피페라지닐, 티오모르폴리닐, 디티아닐, 디옥세파닐, 옥사제파닐, 옥사티에파닐, 디티에파닐, 디아제파닐, 디히드로푸라노닐, 테트라히드로피라노닐, 옥세파노닐, 피롤리디노닐, 피페리디노닐, 아제파노닐, 디히드로티오페노닐, 테트라히드로티오피라노닐, 티에파노닐, 옥사졸리디노닐, 옥사지나노닐, 옥사제파노닐, 디옥솔라노닐, 디옥사노닐, 디옥세파노닐, 옥사티올리노닐, 옥사티아노닐, 옥사티에파노닐, 티아졸리디노닐, 티아지나노닐, 티아제파노닐, 이미다졸리디노닐, 테트라히드로피리미디노닐, 디아제파노닐, 이미다졸리딘디오닐, 옥사졸리딘디오닐, 티아졸리딘디오닐, 디옥솔란디오닐, 옥사티올란디오닐, 피페라진디오닐, 모르폴린디오닐, 티오모르폴린디오닐, 테트라히드로피라닐, 테트라히드로푸라닐, 모르폴리닐, 티오모르폴리닐, 피페리디닐, 피페라지닐, 피롤리디닐, 테트라히드로티오페닐, 또는 테트라히드로티오피라닐이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 선택적 치환 테트라히드로피리디닐, 디히드로티아졸릴, 디히드로옥사졸릴, 또는 옥사졸리닐 기이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 7~10원 이환식 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인돌리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 이소인돌리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 1, 2, 3, 4-테트라히드로퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 1, 2, 3, 4-테트라히드로이소퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자바이시클로[3.2.1]옥타닐이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 1,4-디히드로피롤로[3,2-b]피롤릴, 4H-푸로[3,2-b]피롤릴, 4H-티에노[3,2-b]피롤릴, 푸로[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]티에닐, 1H-피롤로[1,2-a]이미다졸릴, 피롤로[2,1-b]옥사졸릴 또는 피롤로[2,1-b]티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 디히드로피롤로이미다졸릴, 1H-푸로이미다졸릴, 1H-티에노이미다졸릴, 푸로옥사졸릴, 푸로이속사졸릴, 4H-피롤로옥사졸릴, 4H-피롤로이속사졸릴, 티에노옥사졸릴, 티에노이속사졸릴, 4H-피롤로티아졸릴, 푸로티아졸릴, 티에노티아졸릴, 1H-이미다조이미다졸릴, 이미다조옥사졸릴 또는 이미다조[5,1-b]티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조푸라닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조[b]티에닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤즈이미다졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤족사졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인다졸릴이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 옥사졸로피리디일, 티아졸로피리디닐 또는 이미다조피리디닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퓨리닐, 옥사졸로피리미디닐, 티아졸로피리미디닐, 옥사졸로피라지닐, 티아졸로피라지닐, 이미다조피라지닐, 옥사졸로피리다지닐, 티아졸로피리다지닐 또는 이미다조피리다지닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 이소퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퀴나졸리닐, 프탈라지닐, 퀴녹살리닐 또는 나프티리디닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 피리도피리미디닐, 피리도피리다지닐, 피리도피라지닐, 또는 벤조트리아지닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 피리도트리아지닐, 프테리디닐, 피라지노피라지닐, 피라지노피리다지닐, 피리다지노피리다지닐, 피리미도피리다지닐 또는 피리미도피리미디닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-30 아릴지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-20 아릴지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-10 아릴지방족이다. 일부 실시 형태에서, 아릴지방족의 아릴 모이어티는 6, 10, 또는 14개의 아릴 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 아릴지방족의 아릴 모이어티는 6개의 아릴 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 아릴지방족의 아릴 모이어티는 10개의 아릴 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 아릴지방족의 아릴 모이어티는 14개의 아릴 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 아릴 모이어티는 선택적 치환 페닐이다.
일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-30 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-30 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-20 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-20 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-10 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-10 아릴헤테로지방족이다.
일부 실시 형태에서, 2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성한다. 일부 실시 형태에서, -C=O가 형성된다. 일부 실시 형태에서, -C=C-가 형성된다. 일부 실시 형태에서, -C≡C-가 형성된다.
일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~10원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~6원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~5원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~10원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~10원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~6원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~5원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, R 기 내의, 또는 함께 취해지는 2개 이상의 R 기에 의해 형성되는 구조 내의 헤테로원자는 산소, 질소 및 황으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 포화된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 부분 포화된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 방향족이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 포화, 부분 포화, 또는 방향족 고리 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 방향족 고리 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 것은 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 이하의 방향족 고리 원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 방향족 고리 원자는 탄소, 질소, 산소 및 황으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 R 기(또는 R 및 R일 수 있는 변수로부터 선택되는 2개 이상의 기)는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 또는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴, 2가 또는 다가인 것을 제외하고는 R에 대하여 기술된 바와 같은 고리이다.
일부 실시 형태에서, PL은 P(=W)이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P→B(R')3이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 키랄 P이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 Rp이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VII의 연결은 포스페이트 연결 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 VII의 연결은 포스포로티오에이트 연결 또는 이의 염 형태이다.
일부 실시 형태에서, L7은 -O- 또는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, L7은 -O-이다. 일부 실시 형태에서, L7은 -S-이다. 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 -O-CH2R2이며, 여기서, R2는 본원에 기술된 바와 같고, -CH2-는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, -CH2-는 하나 이하의 치환체로 치환되거나 비치환된다. 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 -O-CH2R2이다. 일부 실시 형태에서, R2는 -O-L7-R1이 염기 불안정성이 되게 하는 구조의 것이다(예를 들어, 전자 끄는 기를 포함함). 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 -O-CH2CH(전자 끄는 기)2이며, 여기서, 전자 끄는 기는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 -O-CH2CH2-전자 끄는 기이며, 여기서, 전자 끄는 기는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -L7-R1은 -O-CH2CH2-CN이다.
일부 실시 형태에서, L8은 -L-O-, -L-C(R1)(R2)-O-, 또는 -Ls-O-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L8은 -L-O이며, 여기서, L은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L8은 -L-C(R1)(R2)-O-이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L8은 -Ls-O-이며, 여기서, Ls는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염은 이들의 키랄 원소를 포함하는 다른 화합물의 제조에 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 제공된 화합물, 또는 이들의 염은 다른 화합물, 예를 들어, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 화합물, 또는 이들의 염 내로 키랄 보조제로서 혼입되어서, 이러한 다른 화합물이 추가로, 예를 들어 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드)의 입체선택적 합성에 이용될 수 있게 한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염(선택적으로 활성화됨)은 뉴클레오시드 또는 이의 유도체와 반응하여 올리고뉴클레오티드 제조를 위한 포스포르아미다이트를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 포스포르아미다이트는 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 구조, 또는 이들의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 포스포르아미다이트는 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 구조, 또는 이들의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 포스포르아미다이트 또는 이들의 염은 본 발명에 기술된 바와 같은 순도, 부분입체이성질체 순도(diastereopurity) 및/또는 거울상 이성질체 순도(enantiopurity)를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 포스포르아미다이트, 또는 이들의 염은 본 발명에 기술된 바와 같은 순도, 부분입체이성질체 순도, 및/또는 거울상 이성질체 순도를 갖는다.
일부 실시 형태에서, BA는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C3-30 헤테로시클릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C3-30 헤테로시클릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C5-30 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 천연 핵염기 및 이의 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 천연 핵염기 및 이의 호변이성질체이다. 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 다양한 핵염기 보호기는 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, BA는 아데닌, 시토신, 구아노신, 티민, 및 우라실로부터 선택되는 선택적 치환 핵염기, 및 이의 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, BA는 아데닌, 시토신, 구아노신, 티민, 및 우라실로부터 선택되는 선택적 보호 핵염기, 및 이의 호변이성질체이다.
일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 C3-30 지환족이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 C6-30 아릴이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 C3-30 헤테로시클릴이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 C5-30 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 천연 염기 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 변형 염기 모이어티이다. BA는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, C3-30 헤테로시클릴, 및 C5-30 헤테로아릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, C3-30 헤테로시클릴, C5-30 헤테로아릴, 및 천연 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적 치환 기이다.
일부 실시 형태에서, BA는 방향족 고리를 통하여 SU에 연결된다. 일부 실시 형태에서, BA는 헤테로원자를 통하여 SU에 연결된다. 일부 실시 형태에서, BA는 방향족 고리의 고리 헤테로원자를 통하여 SU에 연결된다. 일부 실시 형태에서, BA는 방향족 고리의 고리 질소 원자를 통하여 SU에 연결된다.
일부 실시 형태에서, BA는 천연 핵염기 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 천연 핵염기 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, BA는 치환된 천연 핵염기 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, BA는 천연 핵염기 A, T, C, U, 또는 G이다. 일부 실시 형태에서, BA는 천연 핵염기 A, T, C, U, 및 G로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이다.
일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00876
, 또는 이의 호변이성질체로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00877
로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00878
,
Figure pct00879
, 및 이들의 호변이성질체 형태로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00880
,
Figure pct00881
로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00882
Figure pct00883
및 이들의 호변이성질체로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00884
,
Figure pct00885
로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00886
및 이들의 호변이성질체 형태로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00887
로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00888
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00889
이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00890
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00891
이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00892
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00893
이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00894
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00895
이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00896
또는 이의 호변이성질체 형태이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환
Figure pct00897
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00898
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00899
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00900
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00901
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00902
이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는 선택적 치환 기이며, 상기 기는
Figure pct00903
Figure pct00904
로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00905
Figure pct00906
로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00907
Figure pct00908
로부터 -H를 제거함으로써 형성된다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는 선택적 치환 기로서, 상기 기는
Figure pct00909
로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는 선택적 치환
Figure pct00910
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는 선택적 치환
Figure pct00911
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는 선택적 치환
Figure pct00912
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는 선택적 치환
Figure pct00913
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는 선택적 치환
Figure pct00914
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는
Figure pct00915
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는
Figure pct00916
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는
Figure pct00917
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는
Figure pct00918
이다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드 단위의 BA는
Figure pct00919
이다.
일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00920
Figure pct00921
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00922
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00923
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00924
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00925
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00926
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00927
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00928
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00929
이다. 일부 실시 형태에서, BA는
Figure pct00930
이다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 -Ac이다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 -Bz이다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 핵염기의 경우 -iBu이다.
일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 퓨린 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 퓨린 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 아데닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 아데닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 구아닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 구아닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 티민 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 티민 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 우라실 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 우라실 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 5-메틸시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 5-메틸시토신 잔기이다.
일부 실시 형태에서, BA는 올리고뉴클레오티드 제조에서 사용되는 바와 같은 보호된 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 각각이 본원에 참고로 포함된 US 2011/0294124, US 2015/0211006, US 2015/0197540, 및 WO 2015/107425에 예시된 염기 잔기이다.
당업자라면 다양한 변형 핵염기가, 예를 들어, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, VI-e, 또는 O-I의 화합물, 또는 이들의 염에서 본 발명에 따라 사용하기에 적합함을 인식하고 있다. 예시적인 변형 염기는 WO/2011/005761, WO/2013/012758, WO/2014/012081, WO/2015/107425, WO/2010/064146, WO/2014/010250, WO/2011/108682, WO/2012/039448, 및 WO/2012/073857에서 한정된 것을 포함하지만, 이에 한정되지 않으며, 이들 각각의 변형 핵염기는 본원에 참고로 포함된다.
일부 실시 형태에서, BA는 포스포르아미다이트가 하나 이상의 보호기로 적당히 보호되고 올리고뉴클레오티드 합성에 사용될 수 있도록 치환/보호 핵염기이다. 올리고뉴클레오티드 합성에 유용한 것을 포함하여 핵염기에 적합한 보호기가 널리 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 아세틸(Ac), 페닐아세틸, 벤조일(Bz), 이소부티릴(iBu), 페녹시아세틸(Pac), 이소프로필-Pac, tert부틸-Pac, 알킬-Pac, 디메틸포름아미딘(DMF), 또는 디알킬포름아미딘이다. 일부 실시 형태에서, 보호기는 프탈이미도, 9-플루드레닐메톡시카르보닐(FMOC), 트리페닐메틸술페닐, t-BOC, 4,4'-디메톡시트리틸(DMTr), 4-메톡시트리틸(MMTr), 9-페닐잔틴-9-일(픽실), 트리틸(Tr), 또는 9-(p-메톡시페닐)잔틴-9-일(MOX)이다. 추가의 적합한 보호기에 대하여, 문헌[Green and Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 2nd Ed., John Wiley & Sons, New York, 1991], 및 WO/2011/005761, WO/2013/012758, WO/2014/012081, WO/2015/107425, WO/2010/064146, WO/2014/010250, WO/2011/108682, WO/2012/039448, 및 WO/2012/073857을 참조한다.
일부 실시 형태에서, SU는 -Ls-O- 또는
Figure pct00931
(여기서, SU는 산소 원자를 통하여 인 원자에 연결됨)이다. 일부 실시 형태에서, SU는 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, SU는 올리고뉴클레오티드에서 사용되는 바와 같은 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, SU는 올리고뉴클레오티드에서 사용되는 바와 같은 변형 당 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, SU는 천연 또는 비천연 뉴클레오시드, 뉴클레오티드, 및/또는 올리고뉴클레오티드에서의 당 모이어티 또는 변형 당 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, SU는 -Ls-O-이며, 여기서, SU는 산소 원자를 통하여 인 원자에 연결된다.
일부 실시 형태에서, SU는 -Ls-O-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -Cy-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 3~30원 카르보시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 6~30원 아릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 산소, 질소 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 산소, 질소 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 하나의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 5~10원 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 하나의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 하나의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 1개 또는 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 5~10원 이환식 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 1개 또는 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 7~10원 이환식 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 7~10원 이환식 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 7원 이환식 헤테로시클릴렌이다.
일부 실시 형태에서, SU는 올리고뉴클레오티드 합성에서 사용되는 당 모이어티이다. 당업자는 다양한 당 모이어티를 갖는 포스포르아미다이트가, 제공된 기술을 그의 제조에 사용하는 경우 개선된 수율 및/또는 순도로부터 이익을 얻을 수 있다는 것을 이해한다. 일부 실시 형태에서, SU는 선택적 치환 포화 단환식, 이환식 또는 다환식 포화 지방족 고리이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 -O-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, SU는 천연 DNA 또는 RNA 분자에서 발견되는 리보스 또는 데옥시리보스 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00932
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같고, SU는 산소 원자를 통하여 인 원자에 연결된다.
일부 실시 형태에서, 고리 As는
Figure pct00933
이며, BA는 C1에서 연결되며, 각각의 R1s, R2s, R3s, R4s 및 R5s는 독립적으로 Rs이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는
Figure pct00934
이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는
Figure pct00935
이며, 여기서, R2s는 -OH가 아니다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는
Figure pct00936
이며, 여기서, R2s 및 R4s는 R이고, 상기 2개의 R 기는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는 선택적 치환
Figure pct00937
이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는
Figure pct00938
이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는
Figure pct00939
이다.
일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00940
이며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00941
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00942
이며, 여기서, R4s 및 R2s는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00943
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00944
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00945
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00946
이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 -O-CH2-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 -O-CH2-이며, 여기서, 산소 원자는 R5s에 연결된다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 -O-C(R)2-이며, 여기서, 산소 원자는 R5s에 연결된다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 -O-CHR-이며, 여기서, 산소 원자는 R5s에 연결된다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00947
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00948
의 구조를 갖는 변형 당이며, 여기서, R5s는 -OR'이며; R2s는 -F, -CN, -N3, -NO, -NO2,-R', -OR', -SR', -N(R')2, -O-L-OR', -O-L-SR', 또는 -O-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2s 및 R4s는 함께 취해져서 선택적 치환 고리를 형성하며, -Ls-는 C2를 C1, C2, C3, C4 또는 C5와 연결한다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OCH2CH2OMe이다.
일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00949
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00950
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00951
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00952
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00953
이다. 일부 실시 형태에서, SU는
Figure pct00954
이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e, 또는 이들의 염의 포스포르아미다이트, 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드에서의 당 모이어티는 변형 당 모이어티이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 당 모이어티에서의 하나 이상의 히드록실 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 할로겐, -R'-N(R')2, -OR', 또는 -SR'로 대체되며, 여기서, 각각의 R'는 독립적으로 상기에 정의되고 본원에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 각각의 Rs는 독립적으로 -H, 할로겐, -CN, -N3, -NO, -NO2, -Ls-R', -Ls-Si(R)3, -Ls-OR', -Ls-SR', -Ls-N(R')2, -O-Ls-R', -O-Ls-Si(R)3, -O-Ls-OR', -O-Ls-SR', 또는 -O-Ls-N(R')2이다.
일부 실시 형태에서, Rs는 R'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 R이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 선택적 치환 C1-30 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 하나 이상의 규소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -CH2Si(Ph)2CH3이다.
일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-R'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-R'이며, 여기서, -Ls-는 2가, 선택적 치환 C1-30 헤테로지방족 기이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -CH2Si(Ph)2CH3이다.
일부 실시 형태에서, Rs는 -F이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -I이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-Si(R)3이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Si(R)3이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-R'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-OR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-SR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-R'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-Si(R)3이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-OR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-SR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 2'-변형이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OCH2CH2OMe이다.
일부 실시 형태에서, t는 0~20이다. 일부 실시 형태에서, t는 1~20이다. 일부 실시 형태에서, t는 1~5이다. 일부 실시 형태에서, t는 1이다. 일부 실시 형태에서, t는 2이다. 일부 실시 형태에서, t는 3이다. 일부 실시 형태에서, t는 4이다. 일부 실시 형태에서, t는 5이다. 일부 실시 형태에서, t는 6이다. 일부 실시 형태에서, t는 7이다. 일부 실시 형태에서, t는 8이다. 일부 실시 형태에서, t는 9이다. 일부 실시 형태에서, t는 10이다. 일부 실시 형태에서, t는 11이다. 일부 실시 형태에서, t는 12이다. 일부 실시 형태에서, t는 13이다. 일부 실시 형태에서, t는 14이다. 일부 실시 형태에서, t는 15이다. 일부 실시 형태에서, t는 16이다. 일부 실시 형태에서, t는 17이다. 일부 실시 형태에서, t는 18이다. 일부 실시 형태에서, t는 19이다. 일부 실시 형태에서, t는 20이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R1s, R2s, R3s, R4s, 및 R5s는 독립적으로 Rs이며, 여기서, Rs는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, R1s는 1'-위치의 Rs이다(BA는 1'-위치에 있다). 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -F이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -I이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 1'-위치에서의 Rs는 수소이고, 다른 하나의 1'-위치에서의 Rs는 수소가 아니며, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 1'-위치의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 1'-위치에서의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 1'-위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 하나의 R1s는 수소이며, 다른 하나의 1'-위치의 다른 하나의 R1s는 수소가 아니고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 1'-위치의 R1s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -O-Ls-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -O-Ls-OR'이며, 여기서, Ls는 선택적 치환 C1-6 알킬렌이고, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -O-(선택적 치환 C1-6 알킬렌)-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -O-(선택적 치환 C1-6 알킬렌)-OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OCH2CH2OMe이다.
일부 실시 형태에서, R2s는 2'-위치의 Rs이다(BA는 1'-위치에 있다). 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -F이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -I이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 2'-위치에서의 Rs는 수소이고, 다른 하나의 2'-위치에서의 Rs는 수소가 아니며, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 2'-위치에서의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 2'-위치에서의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 2'-위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 하나의 R2s는 수소이며, 다른 하나의 2'-위치의 다른 하나의 R2s는 수소가 아니고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 2'-위치에서의 R2s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -O-Ls-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -O-Ls-OR'이며, Ls는 선택적 치환 C1-6 알킬렌이고, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -O-(선택적 치환 C1-6 알킬렌)-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -O-(선택적 치환 C1-6 알킬렌)-OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OCH2CH2OMe이다.
일부 실시 형태에서, R3s는 3'-위치의 Rs이다(BA는 1'-위치에 있다). 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs(BA는 1'-위치에 있음)는 -F이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -I이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, 3'-위치의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 3'-위치에서의 Rs는 수소이고, 다른 하나의 3'-위치에서의 Rs는 수소가 아니며, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 3'-위치에서의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 3'-위치에서의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 3'-위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 수소이다.
일부 실시 형태에서, R4s는 4'-위치의 Rs이다(BA는 1'-위치에 있다). 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs(BA는 1'-위치에 있음)는 -F이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -I이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, 4'-위치의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 4'-위치에서의 Rs는 수소이고, 다른 하나의 4'-위치에서의 Rs는 수소가 아니며, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 4'-위치에서의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 4'-위치에서의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 4'-위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 수소이다.
일부 실시 형태에서, R5s는 R'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 수소이다.
일부 실시 형태에서, R5s는 선택적 치환
Figure pct00955
이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 선택적 치환
Figure pct00956
이다.
일부 실시 형태에서, R5s는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호된 히드록실 기이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 DMTrO-이다. 예시적인 보호기는 본 발명에 따라 사용하기 위한 것으로 널리 공지되어 있다. 추가의 예에 대하여, 문헌[Greene, T. W.; Wuts, P. G. M. Protective Groups in Organic Synthesis, 2nd ed.; Wiley: New York, 1991], 및 WO/2011/005761, WO/2013/012758, WO/2014/012081, WO/2015/107425, WO/2010/064146, WO/2014/010250, WO/2011/108682, WO/2012/039448, 및 WO/2012/073857(이들 각각의 보호기는 본원에 참고로 포함됨)을 참조한다.
일부 실시 형태에서, -Ls-R5s는 RE이다. 일부 실시 형태에서, -C(R5s)3은 RE이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 각각 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드, 화학식 O-I 또는 이들의 염의 올리고뉴클레오티드 등은 RE를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 뉴클레오시드는 RE를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 RE의 혼입이 예를 들어 RNAi에서 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성을 유의하게 개선시킬 수 있다는 인식을 포함한다.
일부 실시 형태에서, RE는 R이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -H이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R'는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R'는 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R'는 n-프로필이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH2OCH3이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH2F이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH2OH이다.
일부 실시 형태에서, RE는 -CH2OP(O)(OR)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH2OP(O)(OH)2 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH2OP(O)(OR)(SR) 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH2OP(O)(SH)(OH) 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH=CHP(O)(OR)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(E)-CH=CHP(O)(OR)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(E)-CH=CHP(O)(OH)2이다.
일부 실시 형태에서, RE는 -CH(R)-OR'이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(R)-CH(R)-OR'이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(S)-CH(R)-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적으로 치환된 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적으로 치환된 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-3 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-3 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선형이다. 일부 실시 형태에서, R은 비치환된다. 일부 실시 형태에서, R은 치환된다. 일부 실시 형태에서, R은 비치환 선형 C1-3 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선형 C1-3 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R'는 히드록실 보호기이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)R이다. 일부 실시 형태에서, R'는 DMTr이다.
일부 실시 형태에서, RE는 -CH(R')-OH이며, 여기서, R'는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH(R')-OP(O)(R)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R' 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH(R')-OP(O)(OR)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R' 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH(R')-OP(O)(OH)2 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH(R')-OP(O)(OR)(SR) 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -CH(R')-OP(O)(OH)(SH) 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(R)-CH(R')-OH이며, R'는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(R)-CH(R')-OP(O)(R)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R' 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(R)-CH(R')-OP(O)(OR)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R' 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(R)-CH(R')-OP(O)(OH)2 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(R)-CH(R')-OP(O)(OR)(SR) 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(R)-CH(R')-OP(O)(OH)(SH) 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(S)-CH(R')-OH이며, 여기서, R'는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(S)-CH(R')-OP(O)(R)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R' 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(S)-CH(R')-OP(O)(OR)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 R' 및 R은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(S)-CH(R')-OP(O)(OH)2 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(S)-CH(R')-OP(O)(OR)(SR) 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(S)-CH(R')-OP(O)(OH)(SH) 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, R'는 선택적 치환 C1, C2, C3, 또는 C4 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R'는 C1, C2, C3, 또는 C4 지방족 또는 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R'는 선택적 치환 -CH3이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -CH3이다.
일부 실시 형태에서, RE는 -Ls-P(O)(XR)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 X는 독립적으로 -O-, -S-, 또는 -N(R')-이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -Ls-P(O)(XR)2 또는 이의 염 형태이며, 여기서, 각각의 X는 독립적으로 -O-, -S-, 또는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -Ls-P(O)(OR)2 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -Ls-P(O)(OR)(SR) 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -Ls-P(O)(OR)(R) 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 또는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 C1-6 지방족이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -O-, -S- 또는 -N(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, RE는 -X-Ls-R이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -X-Ls-R5이다. 일부 실시 형태에서, R5는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, R5는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, RE는 선택적 치환
Figure pct00957
이다. 일부 실시 형태에서, RE는
Figure pct00958
이다. 일부 실시 형태에서, RE는
Figure pct00959
또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, RE는
Figure pct00960
이다. 일부 실시 형태에서, RE에서의 X는 -C(R)2-이다. 일부 실시 형태에서, X는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, X는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, X는 -N(R)-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환, 2가 또는 다가
Figure pct00961
기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환
Figure pct00962
기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, Ls는
Figure pct00963
기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R은 독립적으로 -H, 또는 C1-10 알킬, C1-10 알릴, 및 C6-14 아릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, R은 -H이다. 일부 실시 형태에서, RE는 선택적 치환
Figure pct00964
이다. 일부 실시 형태에서, RE는
Figure pct00965
이다.
일부 실시 형태에서, RE는 -CHR-O-Rs이며, 여기서, R은 -H 또는 선택적 치환 C1-4 지방족이고, Rs는 히드록실 보호기이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이며, Rs는 DMTr이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(R)-CH(Me)-ODMTr이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(S)-CH(Me)-ODMTr이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -Ls-P(O)(OR)2이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -Ls-P(O)(OR)2이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, -Ls-는 -(E)-CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(E)-CH=CH-P(O)(OR)2이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(E)-CH=CH-P(O)(OR)2이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, RE는 -(E)-CH=CH-P(O)(OMe)2이다.
일부 실시 형태에서, 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, PL에서의 P는 키랄 연결 인이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 연결 인은 Rp이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 연결 인은 Sp이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P(=W)이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P(=O)이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P(=S)이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P→B(R')3이다.
일부 실시 형태에서, Y는 -O-이며, Z는 -O-이며, X는 -O- 또는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, X는 -S-이며, Y 및 Z는 -O-이다.
일부 실시 형태에서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, W는 O이며, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, W는 O이며, X는 -S-이며, Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, W는 S이며, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, W는 S이며, X는 -S-이며, Y 및 Z는 -O-이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명에 기술된 바와 같이, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, III-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는 그러한 구조의 것이다.
일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -OR이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -OR이며, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, W는 O이며, -X-Ls-R5는 -OR이다. 일부 실시 형태에서, W는 O이며, -X-Ls-R5는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, W는 O이며, -X-Ls-R5는 -OR이며, 여기서, R은 수소가 아니다.
일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -SR이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -SH이다. 일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 -SR이며, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, W는 O이며, -X-Ls-R5는 -SR이다. 일부 실시 형태에서, W는 O이며, -X-Ls-R5는 -SH이다. 일부 실시 형태에서, W는 O이며, -X-Ls-R5는 -SR이며, 여기서, R은 수소가 아니다.
일부 실시 형태에서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는 그러한 구조의 것이다. 일부 실시 형태에서, R7은 -OH이며, R6은 -H 또는 -R이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R6은 -R이며, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R은 캡핑 기이다. 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 캡핑 기는 당업자에게 잘 알려져 있다(예를 들어, US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 것)(이들 각각의 캡핑 기술은 본원에 참고로 포함됨). 일부 실시 형태에서, R6은 -C(O)R'이다. 본 발명에 기술된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 커플링 직후, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는 그러한 구조의 것이며, 여기서, R6은 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b에서 -H이고, 연결은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, 또는 VII-e의 구조, 또는 이의 염 형태를 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 캡핑 후, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는 그러한 구조의 것이며, 여기서, R6은 캡핑 기, 예를 들어, -C(O)R의 구조를 갖는 기이며, 연결은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, 또는 VII-e의 구조, 또는 이의 염 형태를 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, R5가 부착된 질소 원자는 R-C(O)- 기로 캡핑되어 -N(R5)(-C(O)-R)의 기를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 캡핑 기는 -C(O)-CH3이다. 일부 실시 형태에서, 캡핑 기는 -C(O)-CF3이다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 변형 단계 후, 연결은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, 또는 VII-e의 구조, 또는 이의 염 형태를 가질 수 있다.
일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, 또는 VII-e의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, 또는 VII-e의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염인 구조의 것이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, 또는 VII-a-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염인 구조의 것이고, W는 O 또는 S이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, 또는 VII-a-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염인 구조의 것이고, W는 O 또는 S이며, X는 O이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, 또는 VII-a-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 여기서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염인 구조의 것이고, W는 O 또는 S이며, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, W는 O 또는 S이며, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-a-1의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-a-1의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, W는 O 또는 S이며, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-a-2의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-a-2의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, W는 O 또는 S이며, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-b의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-b의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-c의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-c의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-d의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-d의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-e의 구조, 또는 이의 염을 갖는다. 일부 실시 형태에서, LP는 화학식 VII-e의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, X 및 Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, L은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, L은 포스포로티오에이트 연결 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 L은 독립적으로 천연 포스페이트 연결 또는 포스포로티오에이트 연결, 또는 이의 염이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 LP는 독립적으로 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 LP는 독립적으로 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 가지며, 여기서, W는 O이며, Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 LP는 독립적으로 화학식 NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 LP는 독립적으로 화학식 NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조를 가지며, 여기서, W는 O이며, Y 및 Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로
Figure pct00966
(n001)이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 n001이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 n001이며 Rp 배열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어 n001이며 Sp 배열을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 적어도 하나의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, 약 1~20개의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, 약 1~20개의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개의 LP는 W를 포함하며, 여기서, W는 O이다.
일부 실시 형태에서, z는 1이다. 일부 실시 형태에서, z는 2이다. 일부 실시 형태에서, z는 3이다. 일부 실시 형태에서, z는 4이다. 일부 실시 형태에서, z는 5이다. 일부 실시 형태에서, z는 6이다. 일부 실시 형태에서, z는 7이다. 일부 실시 형태에서, z는 8이다. 일부 실시 형태에서, z는 9이다. 일부 실시 형태에서, z는 10이다. 일부 실시 형태에서, z는 11이다. 일부 실시 형태에서, z는 12이다. 일부 실시 형태에서, z는 13이다. 일부 실시 형태에서, z는 14이다. 일부 실시 형태에서, z는 15이다. 일부 실시 형태에서, z는 16이다. 일부 실시 형태에서, z는 17이다. 일부 실시 형태에서, z는 18이다. 일부 실시 형태에서, z는 19이다. 일부 실시 형태에서, z는 20이다. 일부 실시 형태에서, z는 21이다. 일부 실시 형태에서, z는 22이다. 일부 실시 형태에서, z는 23이다. 일부 실시 형태에서, z는 24이다. 일부 실시 형태에서, z는 25이다. 일부 실시 형태에서, z는 26이다. 일부 실시 형태에서, z는 27이다. 일부 실시 형태에서, z는 28이다. 일부 실시 형태에서, z는 29이다. 일부 실시 형태에서, z는 30이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 2이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 3이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 4이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 5이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 6이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 7이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 8이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 9이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 10이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 11이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 12이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 13이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 14이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 15이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 16이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 17이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 18이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 19이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 20이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 21이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 22이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 23이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 24이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 25이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 26이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 27이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 28이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 29이다. 일부 실시 형태에서, z는 적어도 30이다.
일부 실시 형태에서, L3E는 -Ls- 또는 -Ls-Ls-이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 -Ls-이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 -Ls-Ls-이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 올리고뉴클레오티드 합성에 사용되는 링커이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 고상 올리고뉴클레오티드 합성에 사용되는 링커이다. 다양한 유형의 링커가 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 링커는 숙시네이트 링커(-O-C(O)-CH2-CH2-C(O)-)이다. 일부 실시 형태에서, 링커는 옥살릴 링커(-O-C(O)-C(O)-)이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 숙시닐-피페리딘 링커(SP)인 링커이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 숙시닐 링커이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 Q-링커이다.
일부 실시 형태에서, R3E는 -R', -Ls-R', -OR', 또는 고체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -Ls-R'이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 고체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -H이다. 일부 실시 형태에서, -L3-R3E는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, -L3-R3E는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OR'이며, 여기서, R'는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다.
일부 실시 형태에서, R3E는 3'-말단 캡(예를 들어, RNAi 기술에서 사용되는 것)이다.
일부 실시 형태에서, R3E는 고체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 고체 지지체이다. 다양한 유형의 고체 지지체가 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 HCP이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 CPG이다.
일부 실시 형태에서, s는 0~20이다. 일부 실시 형태에서, s는 1~20이다. 일부 실시 형태에서, s는 1이다. 일부 실시 형태에서, s는 2이다. 일부 실시 형태에서, s는 3이다. 일부 실시 형태에서, s는 4이다. 일부 실시 형태에서, s는 5이다. 일부 실시 형태에서, s는 6이다. 일부 실시 형태에서, s는 7이다. 일부 실시 형태에서, s는 8이다. 일부 실시 형태에서, s는 9이다. 일부 실시 형태에서, s는 10이다. 일부 실시 형태에서, s는 11이다. 일부 실시 형태에서, s는 12이다. 일부 실시 형태에서, s는 13이다. 일부 실시 형태에서, s는 14이다. 일부 실시 형태에서, s는 15이다. 일부 실시 형태에서, s는 16이다. 일부 실시 형태에서, s는 17이다. 일부 실시 형태에서, s는 18이다. 일부 실시 형태에서, s는 19이다. 일부 실시 형태에서, s는 20이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 고리 As 또는 고리 A는 독립적으로, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As 또는 고리 A는 선택적 치환 고리이며, 이러한 고리는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 고리는
Figure pct00967
이다. 일부 실시 형태에서, 고리는
Figure pct00968
이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As 또는 고리 A는 당 모이어티의 고리이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리 As 또는 고리 A는 변형 당 모이어티의 고리이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하나 이상의 2가 또는 다가 선택적 치환 고리, 예를 들어, 고리 A, 고리 As, 고리 A', -Cy-, CyL, 함께 취해진 2개 이상의 R 기(R 및 R일 수 있는 변수들(의 조합))에 의해 형성된 것 등을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가라는 것을 제외하고는 R에 대하여 기술된 바와 같은 지환족, 아릴, 헤테로아릴, 또는 헤테로시클릴 기이다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 하나의 변수, 예를 들어 고리 A에 대해 기술된 고리 모이어티는 다른 변수, 예를 들어 헤테로원자의 수, 결합가 등에 대한 요건이 충족되는 경우 다른 변수, 예를 들어 고리 A', -Cy-, CyL 등에도 적용가능할 수 있다. 예시적인 고리는 본 발명에 광범위하게 기술된다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어 고리 A, 고리 As, R 등에서의 고리(이는 선택적으로 치환됨)는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이며, 여기서, 고리는 -N(R6)- 모이어티를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 고리는 그 범위 내의 임의의 크기, 예를 들어 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20원일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 포화되고 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 단환식이고 부분 포화된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 단환식이고 방향족이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 2개 이상의 단환식 고리 모이어티를 포함하며, 상기 모이어티 각각은 포화되거나, 부분 포화되거나, 방향족일 수 있고, 이들 각각은 헤테로원자를 포함하지 않거나 1~10개의 헤테로원자를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 헤테로원자를 포함하지 않는 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 하나 이상의 헤테로원자를 포함하는 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 부분 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 헤테로원자를 포함하지 않는 부분 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 하나 이상의 헤테로원자를 포함하는 부분 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 방향족 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 헤테로원자를 포함하지 않는 방향족 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 하나 이상의 헤테로원자를 포함하는 방향족 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 포화 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 고리는 포화 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 고리는 방향족 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다환식 고리는 포화 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다환식 고리는 방향족 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다환식 고리는 방향족 고리 및 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다환식 고리는 방향족 고리, 포화 고리, 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 적어도 하나의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 적어도 하나의 질소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 적어도 하나의 산소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 적어도 하나의 황 원자를 포함한다.
본 발명에 따라 당업자가 이해하듯이, 전형적으로 고리는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 그의 탄소 원자 중 하나 이상에서 치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 그의 헤테로원자 중 하나 이상에서 치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 그의 탄소 원자 중 하나 이상 및 그의 헤테로원자 중 하나 이상에서 치환된다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 치환체는 동일 고리 원자 상에 위치할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 모든 이용가능한 고리 원자는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 모든 이용가능한 고리 원자가 치환되는 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, 고리가 다른 구조에 연결된 것으로 표시된 제공된 구조(예를 들어,
Figure pct00969
에서 고리 As)에서, "선택적으로 치환된"은 이미 연결된 구조들 외에, 만약에 있다면, 치환가능한 고리 위치가 선택적으로 치환됨을 의미하기 위한 것이다(예를 들어,
Figure pct00970
에서, 고리 As는 R5s-Ls-, t Rs, -O-, 및 - 외에 하나 이상의 치환체를 선택적으로 가질 수 있다).
일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 C3-30 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 C3-20 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 C3-10 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 3~30원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 3~7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 3원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 4원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 5원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 6원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 시클로헥실 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 시클로펜틸 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 시클로부틸 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 시클로프로필 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 C6-30 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 페닐 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 포화 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 부분 불포화 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 나프틸 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~30원 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 황, 및 산소로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소 또는 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 단환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 피롤릴, 푸라닐, 또는 티에닐 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 하나의 질소 원자, 및 황 또는 산소로부터 선택되는 추가의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 피라졸릴, 이미다졸릴, 티아졸릴, 이소티아졸릴, 옥사졸릴 또는 이속사졸릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 트리아졸릴, 옥사디아졸릴 또는 티아디아졸릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 테트라졸릴, 옥사트리아졸릴 및 티아트리아졸릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 1~4개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1~3개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, 고리는 1~2개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 하나의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 피리디닐, 피리미디닐, 피라지닐, 피리다지닐, 트리아지닐, 또는 테트라지닐 고리이다.
특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 인돌릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 아자바이시클로[3.2.1]옥타닐 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 아자인돌릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤즈이미다졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤조티아졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤족사졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 인다졸릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 인돌릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤조푸라닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤조[b]티에닐 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 아자인돌릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤즈이미다졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤조티아졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤족사졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 인다졸릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 옥사졸로피리디일, 티아졸로피리디닐 또는 이미다조피리디닐 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 퓨리닐, 옥사졸로피리미디닐, 티아졸로피리미디닐, 옥사졸로피라지닐, 티아졸로피라지닐, 이미다조피라지닐, 옥사졸로피리다지닐, 티아졸로피리다지닐 또는 이미다조피리다지닐 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 1,4-디히드로피롤로[3,2-b]피롤릴, 4H-푸로[3,2-b]피롤릴, 4H-티에노[3,2-b]피롤릴, 푸로[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]티에닐, 1H-피롤로[1,2-a]이미다졸릴, 피롤로[2,1-b]옥사졸릴 또는 피롤로[2,1-b]티아졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 디히드로피롤로이미다졸릴, 1H-푸로이미다졸릴, 1H-티에노이미다졸릴, 푸로옥사졸릴, 푸로이속사졸릴, 4H-피롤로옥사졸릴, 4H-피롤로이속사졸릴, 티에노옥사졸릴, 티에노이속사졸릴, 4H-피롤로티아졸릴, 푸로티아졸릴, 티에노티아졸릴, 1H-이미다조이미다졸릴, 이미다조옥사졸릴 또는 이미다조[5,1-b]티아졸릴 고리이다.
특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 퀴놀리닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 이소퀴놀리닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 퀴나졸린 또는 퀴녹살린이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3~30원 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 비치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~7원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 7원 부분 불포화 단환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소 또는 황으로부터 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 7원 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 산소 원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 산소 원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 산소 원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 산소 원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2개의 질소 원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다.
특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 옥시라닐, 옥세타닐, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로피라닐, 옥세판일, 아지리딘일, 아제티딘일, 피롤리디닐, 피페리디닐, 아제파닐, 티이라닐, 티에타닐, 테트라히드로티오페닐, 테트라히드로티오피라닐, 티에파닐, 디옥솔라닐, 옥사티올라닐, 옥사졸리디닐, 이미다졸리디닐, 티아졸리디닐, 디티올라닐, 디옥사닐, 모르폴리닐, 옥사티아닐, 피페라지닐, 티오모르폴리닐, 디티아닐, 디옥세파닐, 옥사제파닐, 옥사티에파닐, 디티에파닐, 디아제파닐, 디히드로푸라노닐, 테트라히드로피라노닐, 옥세파노닐, 피롤리디노닐, 피페리디노닐, 아제파노닐, 디히드로티오페노닐, 테트라히드로티오피라노닐, 티에파노닐, 옥사졸리디노닐, 옥사지나노닐, 옥사제파노닐, 디옥솔라노닐, 디옥사노닐, 디옥세파노닐, 옥사티올리노닐, 옥사티아노닐, 옥사티에파노닐, 티아졸리디노닐, 티아지나노닐, 티아제파노닐, 이미다졸리디노닐, 테트라히드로피리미디노닐, 디아제파노닐, 이미다졸리딘디오닐, 옥사졸리딘디오닐, 티아졸리딘디오닐, 디옥솔란디오닐, 옥사티올란디오닐, 피페라진디오닐, 모르폴린디오닐, 티오모르폴린디오닐, 테트라히드로피라닐, 테트라히드로푸라닐, 모르폴리닐, 티오모르폴리닐, 피페리디닐, 피페라지닐, 피롤리디닐, 테트라히드로티오페닐, 또는 테트라히드로티오피라닐 고리이다.
특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 테트라히드로피리디닐, 디히드로티아졸릴, 디히드로옥사졸릴, 또는 옥사졸리닐 기이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 7~10원 이환식 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 인돌리닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 이소인돌리닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 1, 2, 3, 4-테트라히드로퀴놀리닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 1, 2, 3, 4-테트라히드로이소퀴놀리닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 아자바이시클로[3.2.1]옥타닐 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 1,4-디히드로피롤로[3,2-b]피롤릴, 4H-푸로[3,2-b]피롤릴, 4H-티에노[3,2-b]피롤릴, 푸로[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]티에닐, 1H-피롤로[1,2-a]이미다졸릴, 피롤로[2,1-b]옥사졸릴 또는 피롤로[2,1-b]티아졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 디히드로피롤로이미다졸릴, 1H-푸로이미다졸릴, 1H-티에노이미다졸릴, 푸로옥사졸릴, 푸로이속사졸릴, 4H-피롤로옥사졸릴, 4H-피롤로이속사졸릴, 티에노옥사졸릴, 티에노이속사졸릴, 4H-피롤로티아졸릴, 푸로티아졸릴, 티에노티아졸릴, 1H-이미다조이미다졸릴, 이미다조옥사졸릴 또는 이미다조[5,1-b]티아졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 인돌릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤조푸라닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤조[b]티에닐 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 아자인돌릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤즈이미다졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤조티아졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 벤족사졸릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 인다졸릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 옥사졸로피리디일, 티아졸로피리디닐 또는 이미다조피리디닐 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 퓨리닐, 옥사졸로피리미디닐, 티아졸로피리미디닐, 옥사졸로피라지닐, 티아졸로피라지닐, 이미다조피라지닐, 옥사졸로피리다지닐, 티아졸로피리다지닐 또는 이미다조피리다지닐 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 퀴놀리닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 이소퀴놀리닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 퀴나졸리닐, 프탈라지닐, 퀴녹살리닐 또는 나프티리디닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 피리도피리미디닐, 피리도피리다지닐, 피리도피라지닐, 또는 벤조트리아지닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 피리도트리아지닐, 프테리디닐, 피라지노피라지닐, 피라지노피리다지닐, 피리다지노피리다지닐, 피리미도피리다지닐 또는 피리미도피리미디닐 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 전형적으로 선택적으로 치환된, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 단환식 포화 5~7원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 단환식 포화 5원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 단환식 포화 6원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 단환식 포화 7원 고리이다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 이환식, 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 5~30원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여, 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 이환식, 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 5~30원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 이환식 및 포화 8~10원 이환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 이환식 및 포화 8원 이환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 이환식 및 포화 9원 이환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 이환식 및 포화 10원 이환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 이환식이며, 5원 고리에 융합된 5원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 이환식이며, 6원 고리에 융합된 5원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 5원 고리는 고리 원자로서 하나 이상의 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는
Figure pct00971
또는
Figure pct00972
의 백본 구조를 갖는 고리 시스템을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 다환식, 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 3~30원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여, 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 다환식, 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 3~30원 고리이다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~10원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~9원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~8원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~7원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~6원 단환식 고리를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 6원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 7원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 8원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 9원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 10원 단환식 고리를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자로 이루어진 5원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 6원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 7원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 8원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 9원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 10원 고리를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는
Figure pct00973
의 백본 구조를 갖는 고리 시스템을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 고리는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 치환체는 본 발명에 제공된 예시적 화합물에서 기술된 것으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 특징, 예를 들어, 순도(예를 들어, 전체 순도, 부분입체이성질체 순도, 거울상 이성질체 순도 등), 선택도(예를 들어, 전체 선택도, 영역-선택도, 부분입체이성질체 선택도, 거울상 이성질체 선택성 등), 수준(예를 들어, (올리고뉴클레오티드, 키랄 보조제 등의) 미리 결정된 수준, 활성 수준 등)은 백분율 또는 백분율의 범위로 기술된다. 백분율은 제공된 범위 내의 임의의 백분율일 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 만약 있다면 범위에 따라, 백분율은 약 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 만약 있다면 범위에 따라, 백분율은 적어도 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 1%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 2%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 3%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 4%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 5%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 10%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 15%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 20%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 25%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 30%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 35%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 40%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 45%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 50%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 55%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 60%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 65%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 70%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 75%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 80%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 85%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 90%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 91%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 92%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 93%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 94%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 95%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 96%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 97%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 98%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 적어도 99%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 1%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 2%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 3%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 4%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 5%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 10%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 15%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 20%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 25%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 30%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 35%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 40%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 45%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 50%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 55%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 60%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 65%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 70%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 75%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 80%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 85%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 90%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 91%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 92%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 93%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 94%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 95%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 96%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 97%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 98%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 약 99%이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 1% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 2% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 3% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 4% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 5% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 10% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 15% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 20% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 25% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 30% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 35% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 40% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 45% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 50% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 55% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 60% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 65% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 70% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 75% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 80% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 85% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 90% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 91% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 92% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 93% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 94% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 95% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 96% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 97% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 98% 미만이다. 일부 실시 형태에서, 백분율은 99% 미만이다.
제공된 방법은 실온보다 더 높고/높거나 더 낮은 온도의 사용을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어 포스포르아미다이트를 형성하는 반응에서, 제공된 방법은 낮추어진 온도, 예컨대 약 -78, -75, -70, -65, -60, -55, -50, -45, -40, -35, -30, -25, -20, -15, -10, -5, 0, 5, 10, 15, 또는 20℃ 이하의 온도의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어 포스포르아미다이트를 형성하는 반응에서, 제공된 방법은 승온, 예컨대 약 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 110, 120, 130, 140 또는 150℃ 이상의 온도의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 낮추어진 온도로부터 또 다른 낮추어진 온도까지의 온도 증가를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 낮추어진 온도로부터 실온까지의 온도 증가를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 실온으로부터 승온까지의 온도 증가를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 낮추어진 온도로부터 승온까지의 온도 증가를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 승온으로부터 또 다른 승온까지의 온도 감소를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 승온으로부터 실온까지의 온도 감소를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 실온으로부터 낮추어진 온도까지의 온도 감소를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 승온으로부터 낮추어진 온도까지의 온도 감소를 포함한다.
다양한 용매가, 제공된 방법에 사용하기에 적합하다. 일부 실시 형태에서, 포스포르아미다이트를 형성하기 위한 반응은 에테르를 포함하는 용매에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 포스포르아미다이트를 형성하기 위한 반응은 THF를 포함하는 용매에서 수행된다. 일부 실시 형태에서, 포스포르아미다이트를 형성하기 위한 반응은 THF에서 수행된다. 적합한 용매(예를 들어, US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784의 것으로서, 이들 각각의 용매는 본원에 참고로 포함됨)는 널리 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 하나 이상의 단계가 불활성 가스 하에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 포스포르아미다이트의 형성은 불활성 가스 하에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 합성 사이클의 하나 이상의 단계가 불활성 가스 하에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 불활성 가스는 아르곤이다. 일부 실시 형태에서, 불활성 가스는 질소이다.
일부 실시 형태에서, 하나 이상의 단계가 증가된 압력 하에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 단계가 진공 하에 수행된다. 일부 실시 형태에서, 여과가 진공 하에 수행된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 화합물, 또는 이의 염, 또는 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염 등은 약 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 이상인 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 50% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 55% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 60% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 65% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 70% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 75% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 80% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 85% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 90% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 91% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 92% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 93% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 94% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 95% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 96% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 97% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 98% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 99% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 순도는 약 99.5% 이상이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어, 키랄 보조제, 포스포르아미다이트, 올리고뉴클레오티드 등은 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 60%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 70%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 80%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 85%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 90%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 91%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 92%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 93%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 94%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 95%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 96%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 97%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 98%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 99%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 적어도 99.5%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물의 키랄 원소, 예를 들어, 키랄 중심(탄소, 인 등)은 60%~100%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물의 키랄 원소, 예를 들어, 키랄 중심(탄소, 인 등)은 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 원소는 키랄 탄소이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 원소는 키랄 인(예를 들어, 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 연결 인 원자)이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 원소는 적어도 60%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 70%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 80%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 85%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 90%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 91%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 92%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 93%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 94%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 95%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 96%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 97%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 98%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 99%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 중심은 적어도 99.5%의 부분입체이성질체 순도를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 높은 입체선택성을 갖는 방법, 예를 들어, 키랄 보조제, 포스포르아미다이트, 올리고뉴클레오티드 등의 제조 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 높은 부분입체이성질 선택도를 갖는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 높은 거울상 이성질 선택도를 갖는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 높은 부분입체이성질 선택도 및 높은 거울상 이성질 선택도 둘 다를 갖는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 약 60%~100%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 부분입체이성질 선택도는 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 거울상 이성질 선택도는 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 부분입체이성질 선택도 및 거울상 이성질 선택도 둘 다는 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 60%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 70%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 80%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 85%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 90%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 91%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 92%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 93%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 94%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 95%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 96%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 97%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 98%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 99%이다. 일부 실시 형태에서, 선택도는 적어도 99.5%이다.
본원에서 입증된 바와 같이, 제공된 기술은 놀랍게도 수율 및/또는 순도를 향상시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 절대 개선도는 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 절대 개선도는 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 이상보다 더 크다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술에 의한 수율은 약 80% 초과인 반면, 상응하는 기술에 의한 수율은 약 60% 미만이다(20% 초과의 절대 개선도에 상응함). 일부 실시 형태에서, 상응하는 기술에 대한 개선도는 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 150%, 200%, 250%, 300%, 400%, 500%, 600%, 700%, 800%, 900% 이상이다.
일부 실시 형태에서, 당업자에 의해 쉽게 이해되는 바와 같이, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물에서 올리고뉴클레오티드는 염으로 존재할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물은 제약 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용가능한 염으로 존재한다.
일부 실시 형태에서, 하나 이상의 지질 모이어티, 하나 이상의 표적화 모이어티, 및/또는 하나 이상의 탄수화물 모이어티가 독립적으로, 그리고 선택적으로 올리고뉴클레오티드 내로 혼입될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 지질 모이어티, 하나 이상의 표적화 모이어티, 및/또는 하나 이상의 탄수화물 모이어티를 포함한다. 예시적인 지질 모이어티, 표적화 모이어티 및 탄수화물 모이어티(예를 들어, 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784의 것으로서, 이들 각각의 지질 모이어티, 표적화 모이어티, 및 탄수화물 모이어티는 본원에 참고로 포함됨)는 널리 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 제공된 올리고뉴클레오티드의 다량체를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 각각이 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 갖는 제공된 올리고뉴클레오티드들의 다량체들을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 다량체는 동일 구조의 올리고뉴클레오티드의 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 다량체는 상이한 구조의 올리고뉴클레오티드의 것이다.
달리 언급되지 않는 한, 본원에 도시된 구조는 또한 모든 이성질체(예를 들어, 거울상 이성질체, 부분입체이성질체, 및 기하 이성질체(또는 형태 이성질체)) 형태의 구조를 포함하는 것을 의미한다. 달리 언급되지 않는 한, 본 발명의 모든 호변이성질체 형태의 화합물이 포함된다. 추가로, 달리 언급되지 않는 한, 본원에 도시된 구조는 또한 하나 이상의 동위원소 풍부 원자가 존재한다는 것만이 상이한 화합물을 포함하는 것을 의미한다. 예를 들어, 수소를 중수소 및/또는 삼중 수소로 대체하거나 탄소를 11C, 13C, 및/또는 14C로 대체한 것을 제외하고는 현재 구조를 갖는 화합물이 포함된다. 이러한 화합물은 예를 들어 생물학적 분석에서 분석 도구 또는 프로브로서 유용하다. 달리 명시되지 않는 한, 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 등은 이의 염을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 동위원소로 표지된다. 일부 실시 형태에서, 표지된 화합물은 진단, 검출, 하나 이상의 특성의 조정, 활성의 조정 등에 유용하다. 일부 실시 형태에서, 동위원소 표지체는 2H, 3H, 11C, 13C, 14C, 15N, 18O, 32P, 35S 등으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 동위원소 표지체는 2H, 3H, 11C, 13C, 14C, 15N, 18O, 32P, 및 35S로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 동위원소는 안정한 동위원소이다. 일부 실시 형태에서, 동위원소는 2H, 13C, 15N, 및 18O로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 동위원소는 방사성이다. 일부 실시 형태에서, 동위원소는 3H, 32P, 및 35S로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 2H 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 3H 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 11C 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 13C 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 14C 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 15N 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 18O 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 32P 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 35S 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하나 이하의 유형의 동위원소 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 2가지 이상의 유형의 동위원소 표지체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하나 이상의 유형의 동위원소 표지체를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 100, 1,000, 5,000, 10,000배 이상 풍부하거나 천연 수준이다. 일부 실시 형태에서, 표지체는 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%의 원자%의 것이다. 일부 실시 형태에서, 표지체는 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%의 원자%의 것이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 위치에서의 본질적으로 모든 원자가 표지된다(99% 초과의 원자%).
본원에 기술되거나 당업계에 공지된 다양한 방법이 올리고뉴클레오티드의 백본의 입체화학 패턴 및/또는 특정 뉴클레오티드간 연결의 입체화학의 확인 또는 식별, 및/또는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결의 부분입체이성질 선택도의 결정에 이용될 수 있다. 유용한 기술은 비제한적인 예로서 NMR(예를 들어, 1D(1차원) 및/또는 2D(2차원) 1H-31P HETCOR(이종핵 상관 분광법), HPLC, RP-HPLC, 질량 분광법, LC-MS, 및/또는 입체특이적 뉴클레아제를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 입체특이적 뉴클레아제는 다음을 포함한다: Rp 배열(예를 들어, Rp 배열의 PS)에서의 뉴클레오티드간 연결에 특이적인 벤조나아제, 미구균 뉴클레아제 및 svPDE(뱀 독 포스포디에스테라아제); 및 Sp 배열의 뉴클레오티드간 연결에 특이적인 뉴클레아제 P1, 녹두 뉴클레아제 및 뉴클레아제 S1(예를 들어, Sp 배열에서의 PS). 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 적어도 일부 경우에, 특정 뉴클레아제의 입체특이성이 당의 변형(예를 들어, 2'-변형)에 의해, 염기 서열에 의해, 또는 입체화학적 맥락에 의해 변경될 수 있음을 주목한다. 예를 들어, 적어도 일부 경우에, Rp 뉴클레오티드간 연결에 특이적인 벤조나아제 및 미구균 뉴클레아제 둘 다는 PS Sp 뉴클레오티드간 연결이 측면에 있는 단리된 PS Rp 뉴클레오티드간 연결을 절단할 수 없었다.
일부 실시 형태에서, 본 발명의 화합물 또는 구조에서, 헤테로원자는 붕소, 산소, 황, 질소, 인 또는 규소(이들의 산화된 형태, 염 형태 등 포함)이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로원자는 산소, 황, 질소, 인 또는 규소이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로원자는 산소, 황, 질소 또는 인이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로원자는 산소, 황, 질소 또는 규소이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로원자는 산소, 황, 또는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 헤테로원자는 독립적으로 붕소, 산소, 황, 질소, 인 또는 규소(이들의 산화된 형태, 염 형태 등을 포함함)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 헤테로원자는 독립적으로 산소, 황, 질소, 인 또는 규소이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 헤테로원자는 독립적으로 산소, 황, 질소 또는 인이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 헤테로원자는 독립적으로 산소, 황, 질소 또는 규소이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 헤테로원자는 독립적으로 산소, 황 또는 질소이다.
특히, 본 발명은 다음의 예시적인 실시 형태를 제공한다:
1. 하기 단계를 포함하는, 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물의 제조 방법:
(1) 커플링 단계;
(2) 선택적으로, 변형 전 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 선택적으로, 변형 후 캡핑 단계; 및
(5) 선택적으로 탈차단 단계
를 포함한다.
2. 하기 단계를 포함하는, 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물의 제조 방법:
(1) 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드(탈차단 올리고뉴클레오티드 조성물) 또는 뉴클레오시드를 포함하는 탈차단된 조성물(이는 각각이 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함한다는 점에서 탈차단된 것임)과, 뉴클레오시드 단위를 포함하는 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
파트너 화합물과, 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 유리 히드록실 기를 커플링시키는 것을 포함하는 커플링 단계
(여기서, 상기 커플링 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로, 탈차단된 올리고뉴클레오티드의 히드록실 기와 파트너 화합물의 뉴클레오시드 단위를 연결하는 뉴클레오티드간 연결을 포함함)를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공함);
(2) 선택적으로,
커플링 생성물 조성물과 변형 전 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
커플링 생성물 조성물의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 전 캡핑 단계
(여기서, 상기 변형 전 캡핑 단계는 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 제공함);
(3) 커플링 생성물 조성물과, 변형 시약을 포함하는 변형 시약 시스템을 접촉시키고, 하나 이상의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것; 또는
변형 전 캡핑 생성물 조성물과 변형 시약 시스템을 접촉시키고 하나 이상의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 연결을 변형시키는 것을 포함하는 변형 단계
(여기서, 상기 변형 단계는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공함);
(4) 선택적으로,
변형 생성물 조성물과 변형 후 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
변형 생성물 조성물의 복수의 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 후 캡핑 단계
(여기서, 상기 변형 후 캡핑 단계는 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물을 제공함); 및
(5) 선택적으로,
변형 생성물 조성물, 또는 변형 후 캡핑 생성물 조성물과 탈차단 시약 시스템을 접촉시키는 것을 포함하는 탈차단 단계
(상기 탈차단 단계는 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함함)를 포함하는 탈차단 생성물 조성물을 제공함).
3. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계를 포함하는, 방법:
4. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법:
5. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 단계를 포함하는, 방법.
6. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, (1) 내지 (5)를 다회 반복하는 단계를 포함하는, 방법.
7. 하나 이상의 사이클을 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물의 제조 방법으로서, 각각의 사이클은 독립적으로 하기 단계를 포함하는, 방법:
(1) 커플링 단계;
(2) 선택적으로, 변형 전 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 선택적으로, 변형 후 캡핑 단계; 및
(5) 선택적으로 탈차단 단계
를 포함한다.
8. 하나 이상의 사이클을 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물의 제조 방법으로서, 각각의 사이클은 독립적으로 하기 단계를 포함하는, 방법:
(1) 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드(탈차단 올리고뉴클레오티드 조성물) 또는 뉴클레오시드를 포함하는 탈차단된 조성물(이는 각각이 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함한다는 점에서 탈차단된 것임)과, 뉴클레오시드 단위를 포함하는 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
파트너 화합물과, 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 유리 히드록실 기를 커플링시키는 것을 포함하는 커플링 단계
(여기서, 상기 커플링 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로, 탈차단된 올리고뉴클레오티드의 히드록실 기와 파트너 화합물의 뉴클레오시드 단위를 연결하는 뉴클레오티드간 연결을 포함함)를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공함);
(2) 선택적으로,
커플링 생성물 조성물과 변형 전 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
커플링 생성물 조성물의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 전 캡핑 단계
(여기서, 상기 변형 전 캡핑 단계는 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 제공함);
(3) 커플링 생성물 조성물과, 변형 시약을 포함하는 변형 시약 시스템을 접촉시키고, 하나 이상의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것; 또는
변형 전 캡핑 생성물 조성물과 변형 시약 시스템을 접촉시키고 하나 이상의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 연결을 변형시키는 것을 포함하는 변형 단계
(여기서, 상기 변형 단계는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공함);
(4) 선택적으로,
변형 생성물 조성물과 변형 후 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
변형 생성물 조성물의 복수의 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 후 캡핑 단계
(여기서, 상기 변형 후 캡핑 단계는 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물을 제공함);
(5) 선택적으로,
변형 생성물 조성물, 또는 변형 후 캡핑 생성물 조성물과 탈차단 시약 시스템을 접촉시키는 것을 포함하는 탈차단 단계
(상기 탈차단 단계는 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함함)를 포함하는 탈차단 생성물 조성물을 제공함).
9. 실시 형태 7~8 중 어느 하나에 있어서, 소정 올리고뉴클레오티드 길이가 달성될 때까지 사이클을 1회 이상 반복하는 단계를 포함하는, 방법.
10. 실시 형태 7~9 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 사이클이 변형 전 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
11. 실시 형태 7~10 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 사이클이 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
12. 실시 형태 7~11 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 사이클이 탈차단 단계를 포함하는, 방법.
13. 실시 형태 7~12 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 사이클이 변형 전 캡핑 단계를 포함하지 않는, 방법.
14. 실시 형태 7~13 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 사이클이 변형 후 캡핑 단계를 포함하지 않는, 방법.
15. 실시 형태 13~14 중 어느 하나에 있어서, 사이클 중 하나 이상은 독립적으로, 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 커플링 단계를 포함하는, 방법.
16. 실시 형태 15에 있어서, 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII-b 또는 이의 염 형태이며, 여기서, -X-Ls-R5는 -L7-R1인, 방법.
17. 실시 형태 16에 있어서, 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII-b 또는 이의 염 형태이며, 여기서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN인, 방법.
18. 실시 형태 13~17 중 어느 하나에 있어서, 사이클 중 하나 이상은 독립적으로, 커플링 파트너가 당 및 인에 있는 키랄 요소 이외의 키랄 요소를 함유하지 않는 포스포르아미다이트인 커플링 단계를 포함하는, 방법.
19. 실시 형태 13~18 중 어느 하나에 있어서, 사이클 중 하나 이상은 독립적으로, 커플링 파트너가 키랄 보조제를 함유하지 않는 포스포르아미다이트인 커플링 단계를 포함하는, 방법.
20. 실시 형태 13~19 중 어느 하나에 있어서, 사이클 중 하나 이상은 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 변형 단계를 포함하는, 방법.
21. 실시 형태 20에 있어서, 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 여기서, -X-Ls-R5는 -L7-R1인, 방법.
22. 실시 형태 21에 있어서, 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 여기서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN인, 방법.
23. 실시 형태 13~22 중 어느 하나에 있어서, 사이클 중 하나 이상은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 커플링 단계를 포함하는, 방법.
24. 실시 형태 13~23 중 어느 하나에 있어서, 사이클 중 하나 이상은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 변형 단계를 포함하는, 방법.
25. 실시 형태 7~23 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 사이클이 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
26. 실시 형태 7~25 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 사이클이 변형 전 캡핑 단계, 그 직후에 변형 단계, 그 직후에 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
27. 실시 형태 25~26 중 어느 하나에 있어서, 사이클 중 하나 이상은 각각 독립적으로, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 커플링 단계를 포함하는, 방법.
28. 실시 형태 25~26 중 어느 하나에 있어서, 각각의 사이클은 독립적으로, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 커플링 단계를 포함하는, 방법.
29. 실시 형태 23, 27 또는 28에 있어서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII 또는 NL-III의 것이며, 여기서, PL은 P이며, -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -H이다.
30. 실시 형태 29에 있어서, R6은 -H인, 방법.
31. 실시 형태 25~30 중 어느 하나에 있어서, 사이클 중 하나 이상은 각각 독립적으로, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 변형 단계를 포함하는, 방법.
32. 실시 형태 25~30 중 어느 하나에 있어서, 각각의 사이클은 독립적으로, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 변형 단계를 포함하는, 방법.
33. 실시 형태 24, 31 또는 32에 있어서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII 또는 NL-III의 것이며, 여기서, PL은 P(=O), P(=S) 또는 PN이며, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
34. 실시 형태 33에 있어서, R6은 -C(O)R'인, 방법.
35. 실시 형태 34에 있어서, R'는 -CH3인, 방법.
36. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서,
상기 방법은 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계 둘 다를 포함하고, 여기서, 변형 전 캡핑 단계와 변형 후 캡핑 단계 사이에는 변형 단계 이외의 단계가 없거나; 또는
상기 방법은 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계 둘 다를 포함하고, 여기서, 변형 전 캡핑 단계와 변형 후 캡핑 단계 사이에는 변형 단계 이외의 단계가 없으며, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 변형 후 시약 시스템과 상이하거나; 또는
상기 방법은 변형 전 캡핑 단계 및 변형 단계를 포함하거나; 또는
상기 방법은 변형 후 캡핑 단계를 포함하거나; 또는
상기 방법은 변형 후 캡핑 단계를 포함하거나; 또는
상기 방법은 커플링 단계, 변형 단계, 및 커플링 단계와 변형 단계 사이의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고, 여기서, 커플링 단계와 변형 단계 사이의 적어도 하나의 변형 전 캡핑 단계에 있어서, 그의 변형 전 캡핑 시약 시스템은 에스테르화 촉매를 포함하지 않으며, 변형 전 캡핑 시약 시스템이 캡핑될 복수의 올리고뉴클레오티드와 접촉하는 경우 에스테르화 촉매로 전환되는 에이전트를 포함하지 않거나; 또는
상기 방법은 커플링 단계, 변형 단계, 및 커플링 단계와 변형 단계 사이의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고, 여기서, 커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 변형 전 캡핑 단계에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 히드록실 기에 비해 아미노 기를 선택적으로 캡핑하는, 방법.
37. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서,
상기 방법은 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계 둘 다를 포함하고, 여기서, 변형 전 캡핑 단계와 변형 후 캡핑 단계 사이에는 변형 단계 이외의 단계가 없으며, 변형 후 캡핑 단계는 산소가 아닌 원자에 결합된 연결 인을 각각이 독립적으로 포함하는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물과 접촉시키는 것을 포함하거나; 또는
상기 방법은 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계 둘 다를 포함하고, 여기서, 변형 전 캡핑 단계와 변형 후 캡핑 단계 사이에는 변형 단계 이외의 단계가 없으며, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 변형 후 시약 시스템과 상이하거나; 또는
상기 방법은 변형 전 캡핑 단계(여기서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 복수의 비-히드록실 기를 캡핑함), 및 황화를 포함하는 변형 단계(상기 황화는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 P=S 모이어티를 포함함)를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공함)를 포함하거나; 또는
상기 방법은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로, 키랄 중심을 포함하고 동일 구성을 갖는 변형 생성물 조성물 내의 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 올리고머 화합물이 키랄 중심에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 적어도 하나의 키랄 제어된 키랄 중심을 포함하는 연결을 포함함)를 포함하는 변형 생성물 조성물과 접촉시키는 것을 포함하는 변형 후 캡핑 단계를 포함하거나; 또는
상기 방법은 변형 후 캡핑 단계, 및 올리고머 화합물의 단량체 단위를 포함하는 키랄 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템을 포함하고, 여기서, 키랄 파트너 화합물은 단량체 단위 내에 존재하지 않는 키랄 원자를 포함하거나; 또는
상기 방법은 커플링 단계, 변형 단계, 및 커플링 단계와 변형 단계 사이의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고, 여기서, 커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 변형 전 캡핑 단계에 있어서, 그의 변형 전 캡핑 시약 시스템은 에스테르화 촉매를 포함하지 않으며, 변형 전 캡핑 시약 시스템이 캡핑될 복수의 올리고뉴클레오티드와 접촉하는 경우 에스테르화 촉매로 전환되는 에이전트를 포함하지 않거나; 또는
상기 방법은 커플링 단계, 변형 단계, 및 커플링 단계와 변형 단계 사이의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고, 여기서, 커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 변형 전 캡핑 단계에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 히드록실 기에 비해 아미노 기를 선택적으로 캡핑하는, 방법.
38. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계 둘 다를 포함하고, 여기서, 변형 전 캡핑 단계와 변형 후 캡핑 단계 사이에는 변형 단계 이외의 단계가 없으며, 변형 후 캡핑 단계는 산소가 아닌 원자에 결합된 연결 인을 각각이 독립적으로 포함하는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물과 접촉시키는 것을 포함하는, 방법.
39. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 변형 전 캡핑 단계 및 변형 후 캡핑 단계 둘 다를 포함하고, 여기서, 변형 전 캡핑 단계와 변형 후 캡핑 단계 사이에는 변형 단계 이외의 단계가 없으며, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 변형 후 시약 시스템과 상이한, 방법.
40. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 변형 전 캡핑 단계(여기서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 복수의 비-히드록실 기를 캡핑함), 및 황화를 포함하는 변형 단계(상기 황화는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 P=S 모이어티를 포함함)를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공함)를 포함하는, 방법.
41. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 변형 전 캡핑 단계(여기서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 복수의 비-히드록실 기를 캡핑함), 및 변형 단계(이는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 PN 모이어티를 포함함)를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공함)를 포함하는, 방법.
42. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로, 키랄 중심을 포함하고 동일 구성을 갖는 변형 생성물 조성물 내의 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 올리고머 화합물이 키랄 중심에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 적어도 하나의 키랄 제어된 키랄 중심을 포함하는 연결을 포함함)를 포함하는 변형 생성물 조성물과 접촉시키는 것을 포함하는 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
43. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 변형 후 캡핑 단계, 및 올리고머 화합물의 단량체 단위를 포함하는 키랄 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템을 포함하고, 여기서, 키랄 파트너 화합물은 단량체 단위 내에 존재하지 않는 키랄 원자를 포함하는, 방법.
44. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계, 변형 단계, 및 커플링 단계와 변형 단계 사이의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고, 여기서, 커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 변형 전 캡핑 단계에 있어서, 그의 변형 전 캡핑 시약 시스템은 에스테르화 촉매를 포함하지 않으며, 변형 전 캡핑 시약 시스템이 캡핑될 복수의 올리고뉴클레오티드와 접촉하는 경우 에스테르화 촉매로 전환되는 에이전트를 포함하지 않는, 방법.
45. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계, 변형 단계, 및 커플링 단계와 변형 단계 사이의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고, 여기서, 커플링 단계와 변형 단계 사이의 각각의 변형 전 캡핑 단계에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 히드록실 기에 비해 아미노 기를 선택적으로 캡핑하는, 방법.
46. 올리고뉴클레오티드의 제조 방법으로서,
인 원자 또는 당 탄소 원자가 아닌 키랄 원자를 포함하는 키랄 뉴클레오시드 포스포르아미다이트를 제공하는 단계; 및
변형 단계 후, 그러나 다음 탈차단 단계 또는 다음 커플링 단계 전의 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
47. 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법으로서, 각각의 사이클은 독립적으로 하기 단계를 포함하는, 방법:
황화 또는 산화를 포함하는 변형 단계 직전의 변형 전 캡핑 단계, 및 변형 단계 직후의 변형 후 캡핑 단계.
48. 올리고뉴클레오티드의 제조 방법으로서,
뉴클레오시드 단위 내에 존재하지 않는 키랄 중심에 결합된 키랄 연결 인 원자를 포함하는 올리고뉴클레오티드 중간체를 제공하는 단계; 및
변형 단계 후, 그러나 다음 탈차단 단계 또는 다음 커플링 단계 전의 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
49. 실시 형태 46~48 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 실시 형태 2의 변형 후 캡핑 단계인, 실시 형태.
50. 실시 형태 46~49 중 어느 하나에 있어서, 커플링 단계를 포함하는, 실시 형태.
51. 실시 형태 46~49 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 커플링 단계를 포함하는, 실시 형태.
52. 실시 형태 46~51 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계를 포함하는, 실시 형태.
53. 실시 형태 46~51 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 변형 전 캡핑 단계를 포함하는, 실시 형태.
54. 실시 형태 46~53 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계를 포함하는, 실시 형태.
55. 실시 형태 46~53 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 변형 단계를 포함하는, 실시 형태.
56. 실시 형태 46~55 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 단계를 포함하는, 실시 형태.
57. 실시 형태 46~55 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 탈차단 단계를 포함하는, 실시 형태.
58. 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법으로서, 각각의 사이클은 독립적으로 하기 단계를 포함하는, 방법:
(1) 커플링 단계;
(2) 선택적으로, 변형 전 캡핑 단계;
(3) 변형 단계;
(4) 선택적으로, 변형 후 캡핑 단계; 및
(5) 탈차단 단계.
59. 실시 형태 58에 있어서, 커플링 단계는 실시 형태 2의 커플링 단계인, 방법.
60. 실시 형태 58~59 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 변형 전 캡핑 단계인 변형 전 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
61. 실시 형태 58~60 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 변형 전 캡핑 단계인 변형 단계를 포함하는, 방법.
62. 실시 형태 58~59 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 변형 전 캡핑 단계인 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
63. 실시 형태 58~59 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 변형 전 캡핑 단계인 변형 후 탈차단 단계를 포함하는, 방법.
64. 올리고뉴클레오티드 합성 방법으로서,
커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고,
여기서, 커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전의 각각의 변형 전 캡핑 단계의 캡핑 조건은 독립적으로 에스테르화에 비해 아미드화에 대해 선택적이거나 특이적인, 방법.
65. 올리고뉴클레오티드 합성 방법으로서,
커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전에 있는 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고,
여기서, 커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전의 각각의 변형 전 캡핑 단계는 독립적으로 강한 친핵체를 포함하지 않거나, 또는 이것이 하나 이상의 강한 친핵체를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 강한 친핵체 각각의 수준은 독립적으로, 적절한 기준 캡핑 조건과 비교하여 감소된, 방법.
66. 올리고뉴클레오티드 합성 방법으로서,
커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고,
커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전의 각각의 변형 전 캡핑 단계는 독립적으로 강한 친핵체를 포함하지 않거나, 또는 이것이 하나 이상의 강한 친핵체를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 강한 친핵체 각각의 수준은 독립적으로, 올리고뉴클레오티드의 제1 혼입 뉴클레오시드에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 또는 1 당량 이하인, 방법.
67. 올리고뉴클레오티드 합성 방법으로서,
커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고,
여기서, 커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전의 각각의 변형 전 캡핑 단계는 독립적으로 에스테르화 촉매를 포함하지 않거나, 또는 이것이 하나 이상의 에스테르화 촉매를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 에스테르화 촉매 각각의 수준은 독립적으로, 적절한 기준 캡핑 조건과 비교하여 감소된, 방법.
68. 올리고뉴클레오티드 합성 방법으로서,
커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전의 하나 이상의 변형 전 캡핑 단계를 포함하고,
커플링 단계 후 및 다음 변형 단계 전의 각각의 변형 전 캡핑 단계는 독립적으로 에스테르화 촉매를 포함하지 않거나, 또는 이것이 하나 이상의 에스테르화 촉매를 포함하는 경우, 상기 하나 이상의 에스테르화 촉매 각각의 수준은 독립적으로, 올리고뉴클레오티드의 제1 혼입 뉴클레오시드에 대하여 약 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 또는 1 당량 이하인, 방법.
69. 실시 형태 64~68 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 실시 형태 2의 변형 전 캡핑 단계인, 실시 형태.
70. 실시 형태 64~69 중 어느 하나에 있어서, 커플링 단계는 실시 형태 2의 커플링 단계인, 실시 형태.
71. 실시 형태 64~70 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 실시 형태 2의 변형 단계인, 실시 형태.
72. 실시 형태 64~71 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 실시 형태.
73. 실시 형태 64~72 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 실시 형태.
74. 실시 형태 64~73 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 단계를 포함하는, 실시 형태.
75. 실시 형태 64~74 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 2의 탈차단 단계를 포함하는, 실시 형태.
76. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계를 포함하며, 여기서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드는 지지체 상에 로딩되는, 방법.
77. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 커플링 단계에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드는 지지체 상에 로딩되는, 방법.
78. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 갖는, 방법.
79. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 커플링 단계에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조를 갖는, 방법.
80. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이고, 각각의 PL은 P가 아닌, 방법.
81. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이고, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN인, 방법.
82. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이고, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 유리 아미노 기를 포함하지 않는, 방법..
83. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이며, L7은 -O-; -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
84. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이며, L7은 -O-; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
85. 실시 형태 83 또는 84에 있어서, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)CH3인, 방법.
86. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이고, 각각의 X는 독립적으로 -O- 또는 -S-인, 방법.
87. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이고, 각각의 Y 및 Z는 -O-인, 방법.
88. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 유리 아미노 기를 포함하지 않는, 방법.
89. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드의 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서, 각각의 R5s는 -OH인, 방법.
90. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드를 포함하는 탈차단 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
91. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드를 포함하는 탈차단 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
탈차단 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 ((DS)Nc*100)% 이상은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 방법.
92. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 유리 히드록실 기는 5'-OH인, 방법.
93. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 파트너 화합물은 뉴클레오시드 포스포르아미다이트이며, 당 단위의 각각의 -OH는 독립적으로 차단된, 방법.
94. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 파트너 화합물은
Figure pct00974
의 구조를 갖는 뉴클레오시드 단위를 포함하며, 여기서, R5s는 -OR이고, R은 -H가 아닌, 방법.
95. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 파트너 화합물은
Figure pct00975
의 구조를 갖는 뉴클레오시드 단위를 포함하며, 여기서, R5s는 -OR이고, R은 DMTr인, 방법.
96. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 파트너 화합물은 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e, 또는 이의 염인, 방법.
97. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 파트너 화합물은 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e, 또는 이의 염의 포스포르아미다이트이며, 여기서, PL은 P인, 방법.
98. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 커플링 단계에 있어서, 파트너 화합물은 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e, 또는 이의 염의 포스포르아미다이트이며, 여기서, PL 은 P인, 방법.
99. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 시약 시스템은 파트너 화합물 및 활성화제를 포함하는, 방법.
100. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 활성화제는 선택적 치환 테트라졸인, 방법.
101. 실시 형태 1~97 중 어느 하나에 있어서, 활성화제는 시아노메틸 이미다졸 트리플레이트, 시아노메틸 피롤리딘 트리플레이트, ETT, 페닐(2H-테트라졸-5-일)메타논, 2-(디메틸아미노)아세토니트릴/트리플루오로술폰산(2/1), 2-(1H-이미다졸-1-일)아세토니트릴/트리플루오로술폰산(2/1), 및 2-(피롤리딘-1-일)아세토니트릴 /트리플루오로술폰산(2/1)으로부터 선택되는, 방법.
102. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 활성화제는 CMIMT인, 방법.
103. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계를 포함하며, 여기서, 활성화제는 CMIMT이고, 파트너는 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e, 또는 이의 염인, 방법.
104. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계를 포함하며, 여기서, 활성화제는 CMIMT이고, 파트너 화합물은 부분입체이성질체로서 순수한, 방법.
105. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 파트너 화합물이 부분입체이성질체로서 순수한 각각의 커플링 단계에 있어서, 활성화제는 CMIMT인, 방법.
106. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 활성화제는 CMPT인, 방법.
107. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계를 포함하며, 여기서, 활성화제는 CMPT이고, 파트너는 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e, 또는 이의 염인, 방법.
108. 실시 형태 1~107 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계를 포함하며, 여기서, 활성화제는 CMPT이고, 파트너 화합물은 부분입체이성질체로서 순수한, 방법.
109. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 활성화제는 ETT인, 방법.
110. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계를 포함하며, 여기서, 활성화제는 ETT이고, 파트너는 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e, 또는 이의 염인, 방법.
111. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계를 포함하며, 여기서, 활성화제는 ETT이고, 파트너 화합물은 화학식 IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, 또는 IVa-e, 또는 이의 염인, 방법.
112. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 커플링 단계는 독립적으로 화학식 VII-b, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 형성하는, 방법.
113. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 커플링 단계는 각각 독립적으로, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 형성하는, 방법.
114. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 커플링 단계는 각각 독립적으로, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 형성하며, 여기서, 각각의 키랄 제어 연결 인(키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 연결 인)은 독립적으로, 커플링 생성물 조성물 내에서 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 부분입체이성질체 순도를 갖는, 방법.
115. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 커플링 단계는 각각 독립적으로, 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결을 형성하는, 방법.
116. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로, 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
117. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 커플링 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로, 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
118. 실시 형태 116~117 중 어느 하나에 있어서, 커플링 단계에 있어서, 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드에 대한 화학식 O-I의 z(zCP)는 상응하는 탈차단 올리고뉴클레오티드에 대한 화학식 O-I의 z(zDB)보다 더 큰, 방법.
119. 실시 형태 116~117 중 어느 하나에 있어서, 커플링 단계에 있어서 zCP = zDB + 1인, 방법.
120. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00976
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII-b, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결인, 방법.
121. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00977
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 PL은 독립적으로 P가 아닌, 방법.
122. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00978
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN인, 방법.
123. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00979
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이거나, 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -H인, 방법.
124. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 커플링 단계에 있어서, 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이며, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00980
에 결합된 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이고, -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1인, 방법.
125. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 커플링 단계에 있어서, 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이며, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00981
에 결합된 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이고, -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -H인, 방법.
126. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00982
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이거나, 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R인, 방법.
127. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 화학식 O-I에서
Figure pct00983
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며 유리 일차 또는 이차 아미노 기를 포함하지 않는, 방법.
128. 실시 형태 126에 있어서, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)CH3인, 방법.
129. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 X는 독립적으로 -O- 또는 -S-인, 방법.
130. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 Y 및 Z는 -O-인, 방법.
131. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 커플링 단계를 포함하며, 여기서, 커플링 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공하고, 각각의 커플링 생성물 생성물은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
132. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 커플링 단계는 독립적으로, 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 커플링 생성물은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
133. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
134. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 커플링 생성물 조성물, 및 상기 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 커플링 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 커플링 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 방법.
135. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
136. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 커플링 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
137. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함하는, 방법.
138. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 커플링 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함하는, 방법.
139. 실시 형태 135~138 중 어느 하나에 있어서, 유리 -OH는 유리 5'-OH인, 방법.
140. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나의 커플링 단계의 커플링 시약 시스템과 탈차단 조성물의 접촉 시간은 다른 것과 상이한, 방법.
141. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 커플링 단계는, 매번 독립적으로 동일하거나 상이한 커플링 시약 시스템과의 접촉을 반복하는 것을 포함하는, 방법.
142. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하는, 방법.
143. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 화학식 R'-C(O)-Ls-Rs의 것인, 방법.
144. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 화학식 R'-C(O)-Ls-Rs의 것이고, 여기서, R'-C(O)-는 -Ls-Rs의 헤테로원자에 결합된, 방법.
145. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 화학식 R'-C(O)-Ls-Rs의 것이고, 여기서, R'-C(O)-는 -Ls-Rs의 산소, 질소, 할로겐, 또는 황에 결합된, 방법.
146. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 무수물인, 방법.
147. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 R-NCO인, 방법.
148. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 Ph-NCO인, 방법.
149. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 POS(이는 선택적으로 뉴클레오티드간 연결을 변형시킴)를 포함하며, 캡핑하는, 방법.
150. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 염기를 포함하는, 방법.
151. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 화학식 N(R3)의 것이며, 여기서, 질소 원자는 알파-치환을 갖지 않는, 방법.
152. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 선택적 치환 피리딘인, 방법.
153. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 2'- 및 6'-위치에서 치환체를 포함하는 치환 피리딘인, 방법.
154. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 피리딘인, 방법.
155. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 2,6-루티딘인, 방법.
156. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 2,6-루티딘인, 방법.
157. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 트리에틸아민인, 방법.
158. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 DIEA인, 방법.
159. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 N-메틸 모르폴린인, 방법.
160. 실시 형태 147에 있어서, 염기는 2-(디메틸아미노)아세토니트릴인, 방법.
161. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 강한 친핵체를 포함하지 않으며, 커플링 생성물 조성물과 접촉되는 경우 강한 친핵체를 제공할 수 있는 시약을 포함하지 않는, 방법.
162. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 에스테르화 촉매를 포함하지 않으며, 커플링 생성물 조성물과 접촉되는 경우 에스테르화 촉매를 제공할 수 있는 시약을 포함하지 않는, 방법.
163. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 또는 에스테르화 촉매는 DMAP 또는 NMI인, 방법.
164. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 또는 에스테르화 촉매는 NMI인, 방법.
165. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 또는 에스테르화 촉매는 DMAP인, 방법.
166. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 강한 친핵체, 또는 커플링 생성물 조성물과 접촉되는 경우 강한 친핵체를 제공할 수 있는 시약을 포함하는, 방법.
167. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 에스테르화 촉매, 또는 커플링 생성물 조성물과 접촉되는 경우 강한 친핵체를 제공할 수 있는 시약을 포함하는, 방법.
168. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 또는 에스테르화 촉매는 DMAP 또는 NMI인, 방법.
169. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 또는 에스테르화 촉매는 NMI인, 방법.
170. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 또는 에스테르화 촉매는 DMAP인, 방법.
171. 실시 형태 166~170 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 감소된 수준의 각각의 강한 친핵체, 커플링 생성물 조성물과 접촉될 경우 강한 친핵체를 제공할 수 있는 각각의 시약, 각각의 에스테르화 촉매, 및 커플링 생성물 조성물과 접촉될 경우 에스테르화 촉매를 제공할 수 있는 각각의 시약을 포함하며, 상기 감소된 수준은 독립적으로, 아실화제, 염기, 또는 커플링 생성물 조성물의 복수의 생성물 올리고뉴클레오티드에 대하여 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 1.1, 1.2, 1.5, 또는 2 당량 이하인, 방법.
172. 실시 형태 171에 있어서, 감소된 수준은 독립적으로, 변형 전 캡핑 시약 시스템의 모든 아실화제에 대하여 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 또는 0.5 당량 이하인, 방법.
173. 실시 형태 171에 있어서, 감소된 수준은 독립적으로, 변형 전 캡핑 시약 시스템의 모든 염기에 대하여 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 또는 0.5 당량 이하인, 방법.
174. 실시 형태 171에 있어서, 감소된 수준은 독립적으로, 커플링 생성물 조성물의 복수의 생성물 올리고뉴클레오티드에 대하여 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 또는 0.5 당량 이하인, 방법.
175. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 에스테르화에 비해 아미드화에 대하여 선택적인, 방법.
176. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 유리 히드록실 기의 에스테르화 캡핑에 비하여 일차 및 이차 아미노 기의 캡핑에 대하여 선택적인, 방법.
177. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는
각각의 커플링 생성물이 독립적으로 화학식 VII의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드인 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드(여기서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -H임);
및 각각이 독립적으로 유리 5'-OH 기를 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 시스템에서,
화학식 VII의 뉴클레오티드간 연결에서 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 -X-Ls-R5 기(여기서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -H임)가 아미드화를 통하여 상응하는 -X-Ls-R5 기(여기서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R임)로 전환되는 경우, 유리 히드록실 기의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 이하가 -O-C(O)R로 전환된다는 점에서 유리 히드록실 기의 캡핑에 비해 일차 및 이차 아미노 기의 캡핑에 대하여 선택적인, 방법.
178. 실시 형태 177에 있어서, 유리 히드록실 기의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 또는 50% 이하가 -O-C(O)R로 전환되는, 방법.
179. 실시 형태 1~174 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 커플링 생성물 조성물의 유리 히드록실 기의 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%를 캡핑하는, 방법.
180. 실시 형태 1~174 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 커플링 생성물 조성물의 유리 5-OH의 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%를 캡핑하는, 방법.
181. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 하나 이상의 아미노 기를 캡핑하는, 방법.
182. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 커플링 생성물 조성물의 유리 일차 및 이차 아미노 기의 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%를 캡핑하는, 방법.
183. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 커플링 생성물 조성물의 올리고뉴클레오티드임)의 하나 이상의 아미노 기를 캡핑하는, 방법.
184. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 다음을 포함하는, 방법:
커플링 생성물 조성물과 제1 변형 전 캡핑 시스템을 접촉시키는 것; 및
커플링 생성물 조성물과 제2 변형 전 캡핑 시스템을 접촉시키는 것.
185. 실시 형태 184에 있어서, 제1 및 제2 변형 전 캡핑 시스템은 상이한, 방법.
186. 실시 형태 184에 있어서, 제1 변형 전 캡핑 시약 시스템은 히드록실 기에 비해 아미노 기의 캡핑에 대하여 선택적이며, 제2 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아미노 기 및 히드록실 기 둘 다를 효율적으로 캡핑하는, 방법.
187. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 다음의 용액인, 방법:
피리딘/DMAP/Ac2O;
2,6-루티딘/NMI/Ac2O;
2,4,6-콜리딘/Ac2O;
트리에틸아민/Ac2O;
DIEA/Ac2O;
N-메틸 모르폴린/Ac2O;
2,6-루티딘, 이어서 소정의 시간 후, NMI/Ac2O;
2,6-루티딘/Ac2O;
PhNCO/2,6-루티딘;
POS;
POS, 그 후 NMI/2,6-루티딘/Ac2O; 또는
2-(디메틸아미노)아세토니트릴/Ac2O.
188. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 다음의 용액인, 방법:
피리딘(2 당량)/DMAP(촉매량)/Ac2O(4 당량);
2,6-루티딘(2 당량)/NMI(0.25 당량) /Ac2O(4 당량);
2,4,6-콜리딘 /Ac2O(4 당량);
트리에틸아민/Ac2O(4 당량);
DIEA/Ac2O(4 당량);
N-메틸 모르폴린/Ac2O(4 당량);
2,6-루티딘(2 당량), 이어서 5분 후 NMI(1 당량) /Ac2O(4 당량);
2,6-루티딘/Ac2O(4 당량);
PhNCO/2,6-루티딘;
POS(산화 단계이자 캡핑 전);
POS(산화 단계이자 캡핑 전), 그 후 NMI/2,6-루티딘/Ac2O; 또는
2-(디메틸아미노)아세토니트릴/Ac2O.
189. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 2,6-루티딘/Ac2O의 용액인, 방법.
190. 실시 형태 187~189 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 시약 시스템은 아세토니트릴 중 용액인, 방법.
191. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 변형 전 캡핑 생성물은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
192. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 전 캡핑 단계는 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 변형 전 캡핑 생성물은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
193. 실시 형태 191~192 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드에 대한 화학식 O-I의 z(zPR)는 상응하는 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드에 대한 화학식 O-I의 z(zCP)와 동일한, 방법.
194. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00984
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII-b, 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결인, 방법.
195. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00985
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 PL은 독립적으로 P가 아닌, 방법.
196. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00986
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN인, 방법.
197. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00987
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이거나, 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
198. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 변형 전 캡핑 단계에 있어서, 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이며, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00988
에 결합된 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이고, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1인, 방법.
199. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 변형 전 캡핑 단계에 있어서, 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이며, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00989
에 결합된 LP는 독립적으로 화학식 VII-b 또는 이의 염 형태이고, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R인, 방법.
200. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00990
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이거나, 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R인, 방법.
201. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 화학식 O-I에서
Figure pct00991
에 결합되지 않은 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며 유리 일차 또는 이차 아미노 기를 포함하지 않는, 방법.
202. 실시 형태 126에 있어서, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)CH3인, 방법.
203. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 X는 독립적으로 -O- 또는 -S-인, 방법.
204. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 Y 및 Z는 -O-인, 방법.
205. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 변형 전 캡핑 생성물은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
206. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 전 캡핑 단계는 독립적으로, 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 변형 전 캡핑 생성물은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
207. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
208. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 방법.
209. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
210. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
211. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함하는, 방법.
212. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 전 캡핑 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함하는, 방법.
213. 실시 형태 209~212 중 어느 하나에 있어서, 유리 -OH는 유리 5'-OH인, 방법.
214. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 전 캡핑 단계는, 매번 독립적으로 동일하거나 상이한 변형 전 캡핑 시약 시스템과의 접촉을 반복하는 것을 포함하는, 방법.
215. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 커플링 생성물 조성물과 접촉하고 하나 이상의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 변형하여 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공하는 것을 포함하는, 방법.
216. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 커플링 생성물 조성물과 접촉하고 하나 이상의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 변형하여 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공하는 것을 포함하는, 방법.
217. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 바로 선행하는 커플링 단계에서 형성된 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것을 포함하는, 방법.
218. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 5'-말단 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것을 포함하는, 방법.
219. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 연결 인이 -P(-)-인 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것을 포함하는, 방법.
220. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것을 포함하며, 여기서, PL은 P인, 방법.
221. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 화학식 VII 또는 이의 염의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것을 포함하며, 여기서, PL은 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 형성하기 위한 P이고, PL은 P가 아닌, 방법.
222. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것을 포함하며, 여기서, PL은 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 형성하기 위한 P이고, PL은 P(=O) 또는 (P=S) 또는 PN인, 방법.
223. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것을 포함하며, 여기서, PL은 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 형성하기 위한 P이고, PL은 P(=O) 또는 (P=S)인, 방법.
224. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드에서 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것을 포함하는, 방법.
225. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드에서 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것을 포함하며, 여기서, 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00992
에 연결된 LP인, 방법.
226. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 다음을 포함하는, 방법:
복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 커플링 생성물 조성물, 또는 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드임)를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 변형시키는 것(여기서,
Figure pct00993
에 연결된 LP는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, PL은 P임); 및
복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드임)를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공하는 것(여기서,
Figure pct00994
에 연결된 LP는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, PL은 P가 아님).
227. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 산화를 포함하는, 방법.
228. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 산화를 포함하며, 상기 산화는 -P(-)- 연결 인 원자를 -P(=O)(-)- 연결 인 원자로 전환시키는, 방법.
229. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 하나 이상의 산화 시약을 포함하는 산화 시약 시스템인, 방법.
230. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 TBHP를 포함하는, 방법.
231. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 TBHP/데칸/DCM을 포함하는, 방법.
232. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 TBHP/데칸/DCM을 포함하며, 여기서, TBHP의 농도는 약 1.1 M인, 방법.
233. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 I2를 포함하는, 방법.
234. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 I2/물/피리딘을 포함하는, 방법.
235. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 I2/물/피리딘을 포함하며, I2의 농도는 약 0.05 M인, 방법.
236. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 황화를 포함하며, 상기 황화는 -P(-)- 연결 인 원자를 -P(=S)(-)- 연결 인 원자로 전환시키는 것을 포함하는, 방법.
237. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 황화를 포함하며, 상기 황화는 화학식 VII-b 또는 이의 염 형태(여기서, 각각의 X, Y, 및 Z는 -O-임)의 뉴클레오티드간 연결을 화학식 VII 또는 이의 염(여기서, PL은 P(=S)이며, 각각의 X, Y, 및 Z는 -O-임)의 뉴클레오티드간 연결로 전환시키는 것을 포함하는, 방법.
238. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 황화를 포함하며, 상기 황화는 -P(-)- 연결 인 원자를 -P(=O)(-X-Ls-R5)- 연결 인 원자로 전환시키는 것을 포함하고, 여기서, X는 -S-인, 방법.
239. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 황화를 포함하며, 상기 황화는 화학식 VII-b 또는 이의 염 형태(여기서, 각각의 X, Y, 및 Z는 -O-임)의 뉴클레오티드간 연결을 화학식 VII 또는 이의 염(여기서, PL은 P(=O)이며, X는 -S-이며, Y는 -O-이며, Z는 -O-임)의 뉴클레오티드간 연결로 전환시키는 것을 포함하는, 방법.
240. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 황화를 포함하며, 상기 황화는 화학식 VII-b 또는 이의 염 형태(여기서, 각각의 X, Y, 및 Z는 -O-이며, -X-Ls-R5는 -Si(R)3 기를 포함함)의 뉴클레오티드간 연결을 화학식 VII 또는 이의 염(여기서, PL은 P(=O)이며, X는 -S-이며, Y는 -O-이며, Z는 -O-임)의 뉴클레오티드간 연결로 전환시키는 것을 포함하는, 방법.
241. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 하나 이상의 황화 시약을 포함하는 황화 시약 시스템인, 방법.
242. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 황화 시약 시스템은 POS(3-페닐-1,2,4-디티아졸린-5-온), DDTT(((디메틸아미노-메틸리덴)아미노)-3H-1,2,4-디티아자올린-3-티온), DTD(디메틸티아룸 디술피드), 잔탄 히드라이드(XH), S-(2-시아노에틸) 메탄술포노티오에이트(MTS-CNE), 또는 페닐아세틸 디술피드로부터 선택되는 황화 시약을 포함하는, 방법.
243. 실시 형태 242에 있어서, 황화 시약은 POS인, 방법.
244. 실시 형태 242에 있어서, 황화 시약은 DDTT인, 방법.
245. 실시 형태 242에 있어서, 황화 시약은 DTD인, 방법.
246. 실시 형태 242에 있어서, 황화 시약은 잔탄 히드라이드인, 방법.
247. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 아세토니트릴 중 POS이거나 이를 포함하는, 방법.
248. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 아세토니트릴 중 POS이거나 이를 포함하며, POS의 농도는 약 0.1 M인, 방법.
249. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 피리딘 중 잔탄 히드라이드이거나 이를 포함하는, 방법.
250. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 피리딘 중 잔탄 히드라이드이거나 이를 포함하며, 잔탄 히드라이드의 농도는 약 0.2 M인, 방법.
251. 실시 형태 246에 있어서, 잔탄 히드라이드의 농도는 약 0.05~0.5 M인, 방법.
252. 실시 형태 246에 있어서, 잔탄 히드라이드의 농도는 약 0.1 M인, 방법.
253. 실시 형태 246에 있어서, 잔탄 히드라이드의 농도는 약 0.15 M인, 방법.
254. 실시 형태 246에 있어서, 잔탄 히드라이드의 농도는 약 0.2 M인, 방법.
255. 실시 형태 246에 있어서, 잔탄 히드라이드의 농도는 약 0.25 M인, 방법.
256. 실시 형태 251~255 중 어느 하나에 있어서, 용매는 피리딘이거나 이를 포함하는, 방법.
257. 실시 형태 251~256 중 어느 하나에 있어서, 용매는 아세토니트릴이거나 이를 포함하는, 방법.
258. 실시 형태 251~257 중 어느 하나에 있어서, 용매는 피리딘 및 아세토니트릴을 포함하며, 피리딘 : 아세토니트릴의 비는 약 5:1 내지 1:5(v/v)이거나, 약 5:1, 4:1, 3:1, 2:1, 1:1, 1:2, 1:3, 1:4, 또는 1:5인, 방법.
259. 실시 형태 258에 있어서, 피리딘 : 아세토니트릴의 비는 약 1:1(v/v)인, 방법.
260. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 -P(-)- 연결 인 원자를 -P(=N-)(-)- 연결 인 원자로 전환시키는 것을 포함하는, 방법.
261. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 P인 PL을 PN인 PL로 전환시키는 것을 포함하는, 방법.
262. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 P인 PL을
Figure pct00995
Q- 또는
Figure pct00996
Q-로 전환시키는 것을 포함하는, 방법.
263. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 P인 PL을
Figure pct00997
Q-로 전환시키는 것을 포함하는, 방법.
264. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 화학식 VII-b 또는 이의 염 형태(여기서, 각각의 X, Y, 및 Z는 -O-임)의 뉴클레오티드간 연결을 화학식 NL-III 또는 이의 염(여기서, 각각의 X, Y, 및 Z는 -O-임)의 뉴클레오티드간 연결로 전환시키는 것을 포함하는, 방법.
265. 실시 형태 261~264 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
266. 실시 형태 265에 있어서, R6은 -C(O)R'인, 방법.
267. 실시 형태 265에 있어서, R6은 -C(O)CH3인, 방법.
268. 실시 형태 260~267 중 어느 하나에 있어서, 변형 시약 시스템은 아지도 이미다졸리늄 염을 포함하는, 방법.
269. 실시 형태 268에 있어서, 아지도 이미다졸리늄 염은 2-아지도-1,3-디메틸이미다졸리늄 헥사플루오로포스페이트인, 방법.
270. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 조성물을 제공하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
271. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 단계는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
272. 실시 형태 255~271 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계에 있어서, 변형 생성물 올리고뉴클레오티드에 대한 화학식 O-I의 z(zMD)는 상응하는 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드(zCP) 또는 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드(zPR)에 대한 화학식 O-I의 z와 동일한, 방법.
273. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00998
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, PL은 P가 아닌, 방법.
274. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct00999
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN인, 방법.
275. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct01000
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN이고, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이거나, 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
276. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct01001
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN이고, 각각의 -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
277. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct01002
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O)이고, 각각의 -X-Ls-R5는 -S-Ls-R5인, 방법.
278. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서
Figure pct01003
에 결합된 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O)이고, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1인, 방법.
279. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 유리 일차 또는 이차 아미노 기를 포함하지 않는, 방법.
280. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 Y 및 Z는 -O-인, 방법.
281. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
282. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 단계는 독립적으로, 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공하며, 상기 변형 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
283. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
284. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 변형 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 방법.
285. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
286. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
287. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함하는, 방법.
288. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 생성물 조성물은 각각이 독립적으로 유리 -OH를 포함하는 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드를 포함하는, 방법.
289. 실시 형태 285~288 중 어느 하나에 있어서, 유리 -OH는 유리 5'-OH인, 방법.
290. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 단계는, 매번 독립적으로 동일하거나 상이한 변형 시약 시스템과의 접촉을 반복하는 것을 포함하는, 방법.
291. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 복수의 히드록실 기를 캡핑하는, 방법.
292. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 복수의 5'-OH 기를 캡핑하는, 방법.
293. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하는, 방법.
294. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 화학식 R'-C(O)-Ls-Rs의 것인, 방법.
295. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 화학식 R'-C(O)-Ls-Rs의 것이고, 여기서, R'-C(O)-는 -Ls-Rs의 헤테로원자에 결합된, 방법.
296. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 화학식 R'-C(O)-Ls-Rs의 것이고, 여기서, R'-C(O)-는 -Ls-Rs의 산소, 질소, 할로겐, 또는 황에 결합된, 방법.
297. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 무수물인, 방법.
298. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 R-NCO인, 방법.
299. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 아실화제를 포함하며, 아실화제는 Ph-NCO인, 방법.
300. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 염기를 포함하는, 방법.
301. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 화학식 N(R3)의 것이며, 여기서, 질소 원자는 알파-치환을 갖지 않는, 방법.
302. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 선택적 치환 피리딘인, 방법.
303. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 2'- 및 6'-위치에서 치환체를 포함하는 치환 피리딘인, 방법.
304. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 피리딘인, 방법.
305. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 2,6-루티딘인, 방법.
306. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 2,6-루티딘인, 방법.
307. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 트리에틸아민인, 방법.
308. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 DIEA인, 방법.
309. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 N-메틸 모르폴린인, 방법.
310. 실시 형태 300에 있어서, 염기는 2-(디메틸아미노)아세토니트릴인, 방법.
311. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 강한 친핵체, 또는 커플링 생성물 조성물과 접촉되는 경우 강한 친핵체를 제공할 수 있는 시약을 포함하는, 방법.
312. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 에스테르화 촉매, 또는 커플링 생성물 조성물과 접촉되는 경우 강한 친핵체를 제공할 수 있는 시약을 포함하는, 방법.
313. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 또는 에스테르화 촉매는 DMAP 또는 NMI인, 방법.
314. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 또는 에스테르화 촉매는 NMI인, 방법.
315. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 또는 에스테르화 촉매는 DMAP인, 방법.
316. 실시 형태 166~170 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 강한 친핵체, 커플링 생성물 조성물과 접촉될 경우 하나 이상의 강한 친핵체를 제공할 수 있는 하나 이상의 시약, 하나 이상의 에스테르화 촉매, 및 커플링 생성물 조성물과 접촉될 경우 하나 이상의 에스테르화 촉매를 제공할 수 있는 하나 이상의 시약으로부터 선택되는 하나 이상의 시약을 포함하며, 여기서, 조합된 이러한 하나 이상의 시약의 수준은 아실화제, 염기, 또는 변형 생성물 조성물의 복수의 생성물 올리고뉴클레오티드에 대하여 적어도 0.2, 0.5, 1, 1.1, 1.2, 1.5, 또는 2 당량인, 방법.
317. 실시 형태 316에 있어서, 상기 수준은 변형 후 캡핑 시약 시스템의 모든 아실화제에 대하여 적어도 0.2, 0.5, 1, 1.1, 1.2, 1.5, 또는 2 당량인, 방법.
318. 실시 형태 316에 있어서, 상기 수준은 변형 생성물 조성물의 복수의 생성물 올리고뉴클레오티드에 대하여 적어도 1, 1.1, 1.2, 1.5, 또는 2 당량인, 방법.
319. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 아미드화 및 에스테르화에 효율적인, 방법.
320. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는, 변형 생성물 조성물에 있어서 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 일차 및 이차 아미노 기 및 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 유리 히드록실 기를 캡핑한다는 점에서 일차 및 이차 아미노 기의 캡핑 및 유리 히드록실 기의 캡핑에 효율적인, 방법.
321. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 변형 생성물 조성물의 유리 히드록실 기의 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%를 캡핑하는, 방법.
322. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 변형 생성물 조성물의 유리 5'-OH 기의 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%를 캡핑하는, 방법.
323. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 하나 이상의 아미노 기를 캡핑하는, 방법.
324. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 커플링 생성물 조성물의 유리 일차 및 이차 아미노 기의 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%를 캡핑하는, 방법.
325. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 다음을 포함하는, 방법:
커플링 생성물 조성물과 제1 변형 후 캡핑 시스템을 접촉시키는 것; 및
커플링 생성물 조성물과 제2 변형 후 캡핑 시스템을 접촉시키는 것.
326. 실시 형태 184에 있어서, 제1 및 제2 변형 후 캡핑 시스템은 상이한, 방법.
327. 실시 형태 326에 있어서, 제1 변형 후 캡핑 시약 시스템은 히드록실 기에 비해 아미노 기의 캡핑에 대하여 선택적이며, 제2 변형 후 캡핑 시약 시스템은 아미노 기 및 히드록실 기 둘 다를 효율적으로 캡핑하는, 방법.
328. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 다음을 포함하는, 방법.
피리딘/DMAP/Ac2O;
2,6-루티딘/NMI/Ac2O;
2,4,6-콜리딘/Ac2O;
트리에틸아민/Ac2O;
DIEA/Ac2O;
N-메틸 모르폴린/Ac2O;
2,6-루티딘, 이어서 소정의 시간 후, NMI/Ac2O;
2,6-루티딘/Ac2O;
Ph-NCO/2,6-루티딘; 또는
2-(디메틸아미노)아세토니트릴/Ac2O.
329. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 다음을 포함하는, 방법.
피리딘(2 당량)/DMAP(촉매량)/Ac2O(4 당량);
2,6-루티딘(2 당량)/NMI(0.25 당량) /Ac2O(4 당량);
2,4,6-콜리딘 /Ac2O(4 당량);
트리에틸아민/Ac2O(4 당량);
DIEA/Ac2O(4 당량);
N-메틸 모르폴린/Ac2O(4 당량);
2,6-루티딘(2 당량), 이어서 5분 후 NMI(1 당량) /Ac2O(4 당량);
2,6-루티딘/Ac2O(4 당량);
Ph-NCO/2,6-루티딘; 또는
2-(디메틸아미노)아세토니트릴/Ac2O.
330. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 2,6-루티딘/NMI/Ac2O의 용액인, 방법.
331. 실시 형태 328~330 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 시약 시스템은 아세토니트릴 중 용액인, 방법.
332. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 조성물을 제공하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
333. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 후 캡핑 단계는 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물을 제공하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
334. 실시 형태 332~333 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드에 대한 화학식 O-I의 z(zPT)는 상응하는 변형 생성물 올리고뉴클레오티드에 대한 화학식 O-I의 z(zMD)와 동일한, 방법.
335. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, PL은 P가 아닌, 방법.
336. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN인, 방법.
337. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O) 또는 P(=S)인, 방법.
338. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이거나, 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
339. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 P(=O)이며, -X-Ls-R5는 -L7-R1인, 방법.
340. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 P(=O)이며, -X-Ls-R5는 -S-Ls-R5인, 방법.
341. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 P(=S), 및 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
342. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 PN, 및 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
343. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 Y 및 Z는 -O-인, 방법.
344. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물을 제공하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
345. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 변형 후 캡핑 단계는 독립적으로, 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물을 제공하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
346. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
347. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 변형 후 캡핑 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 방법.
348. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는, 매번 독립적으로 동일하거나 상이한 변형 후 캡핑 시약 시스템과의 접촉을 반복하는 것을 포함하는, 방법.
349. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 강한 친핵체 및/또는 에스테르화 촉매는 용매로서 ACN 또는 THF에서, 5~10%의 Ac2O(v/v), 5~15%의 2,6-루티딘(v/v)과 함께 캡핑 시약 시스템에서 3~10%(액체 화합물의 경우 부피/부피; 고체 화합물의 경우 중량/부피)의 농도로 사용되는 경우 복수의 올리고뉴클레오티드의 5'-OH의 적어도 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%의 에스테르화 완료, 및 캡핑 시약 시스템과 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10분 동안 접촉하는 모든 올리고뉴클레오티드에 대하여 10 당량 초과를 제공하는 화합물인, 방법.
350. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 변형 후 캡핑 단계는 캡핑될 히드록실 기의 캡핑 효율과 관련하여 포스포르아미다이트 화학을 기반으로 한 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성의 캡핑 조건과 비견되거나 동일한, 방법.
351. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 탈차단 단계를 포함하며, 여기서, 탈차단 시약 시스템은 탈차단 시약을 포함하고, 탈차단 시약은 산인, 방법.
352. 실시 형태 348에 있어서, 산은 DCA(디클로로아세트산)인, 방법.
353. 실시 형태 348에 있어서, 탈차단 시약 시스템은 톨루엔 중 3% DCA인, 방법.
354. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 탈차단 단계를 포함하며, 여기서,
접촉되는 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 올리고뉴클레오티드임)를 포함하거나; 또는
접촉되는 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 올리고뉴클레오티드임)를 포함하며;
탈차단 기는 복수의 변형 올리고뉴클레오티드 또는 변형 후 캡핑 올리고뉴클레오티드의 복수의 차단 히드록실 기를 복수의 유리 히드록실 기로 전환시키는, 방법.
355. 실시 형태 354에 있어서, 탈차단 기는 복수의 변형 올리고뉴클레오티드 또는 변형 후 캡핑 올리고뉴클레오티드의 복수의 5'-차단 히드록실 기를 복수의 5'-유리 히드록실 기로 전환시키는, 방법.
356. 실시 형태 354에 있어서, 탈차단 기는 복수의 변형 올리고뉴클레오티드 또는 변형 후 캡핑 올리고뉴클레오티드의 복수의 DMTr-차단 5'-차단 히드록실 기를 복수의 5'-유리 히드록실 기로 전환시키는, 방법.
357. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 탈차단 단계를 포함하며, 여기서,
접촉되는 변형 생성물 조성물은 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 화학식 VIII 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드임)를 포함하며, 여기서, R5s는 OR이고, R은 H가 아니며, 각각의 LP는 화학식 O-I 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이고, PL은 P가 아니거나; 또는
접촉되는 변형 후 캡핑 생성물 조성물은 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드임)를 포함하며, 여기서, R5s는 -OR이고, R은 -H가 아니며, 각각의 LP는 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이고, PL은 P가 아니며;
탈차단 단계는 -OR(여기서, R은 -H가 아님)로부터의 R5s를 -OH로 전환시키는, 방법.
358. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 기는 바로 앞의 커플링 단계의 커플링된 파트너 화합물의 뉴클레오시드 단위에 상응하는 뉴클레오시드 단위에서의 차단된 히드록실 기만을 탈차단시키는, 방법.
359. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 단계는 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 조성물을 제공하며, 상기 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
360. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 탈차단 단계는 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 탈차단 생성물 조성물을 제공하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
361. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 단계에 있어서, 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드에 대한 화학식 O-I의 z(zDB)는 상응하는 변형 생성물 올리고뉴클레오티드(zMD) 또는 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드(zPT)에 대한 화학식 O-I의 z와 동일한, 방법.
362. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, R5s는 -OH인, 방법.
363. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, R5s는 5'-OH인, 방법.
364. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, PL은 P가 아닌, 방법.
365. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN인, 방법.
366. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O) 또는 P(=S)인, 방법.
367. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이거나, 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
368. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 P(=O)이며, -X-Ls-R5는 -L7-R1인, 방법.
369. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 O이며, -X-Ls-R5는 -S-Ls-R5인, 방법.
370. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 P(=S), 및 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
371. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 PN, 및 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
372. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 생성물 조성물은 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 Y 및 Z는 -O-인, 방법.
373. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 단계는 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 탈차단 생성물 조성물을 제공하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
374. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 탈차단 단계는 독립적으로, 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 탈차단 생성물 조성물을 제공하며, 상기 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
375. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 탈차단 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
376. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 탈차단 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 탈차단 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 방법.
377. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 탈차단 단계는, 매번 독립적으로 동일하거나 상이한 탈차단 시약 시스템과의 접촉을 반복하는 것을 포함하는, 방법.
378. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 원하는 길이의 복수의 올리고뉴클레오티드가 달성될 때까지 단계 (1) 내지 (5)를 다회 반복하여, 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 사이클 후 생성물 조성물을 제공하는 단계를 포함하는, 방법.
379. 실시 형태 278에 있어서, 상기 원하는 길이는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드의 공통 길이인, 방법.
380. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
381. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이며, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태인, 방법.
382. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이며, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이고, PL은 P가 아닌, 방법.
383. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN인, 방법.
384. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O) 또는 P(=S)인, 방법.
385. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 -L7-R1이거나, 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
386. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 P(=O)이며, -X-Ls-R5는 -L7-R1인, 방법.
387. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 P(=S)이며, -X-Ls-R5는 -L7-R1인, 방법.
388. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 PN이며, -X-Ls-R5는 -L7-R1인, 방법.
389. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 P(=O)이며, -X-Ls-R5는 -S-Ls-R5인, 방법.
390. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 P(=S), 및 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
391. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 하나 이상의 LP를 포함하는 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, PL은 PN, 및 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
392. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 생성물 조성물은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염이고, 여기서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이며, 각각의 Y 및 Z는 -O-인, 방법.
393. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 단계는 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 사이클 후 생성물 조성물을 제공하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
394. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 사이클 후 단계는 독립적으로, 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 사이클 후 생성물 조성물을 제공하며, 상기 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로, 지지체 상에 로딩된 올리고뉴클레오티드인, 방법.
395. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 사이클 후 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
396. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 사이클 후 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 사이클 후 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 방법.
397. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 추가로 변형시키는 단계를 포함하는, 방법.
398. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 지질 모이어티와 콘쥬게이션시키는 단계를 포함하는, 방법.
399. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 표적화 모이어티와 콘쥬게이션시키는 단계를 포함하는, 방법.
400. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 표적화 모이어티와 콘쥬게이션시키는 단계를 포함하며, 상기 표적화 모이어티는 세포 수용체 리간드인, 방법.
401. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 표적화 모이어티와 콘쥬게이션시키는 단계를 포함하며, 상기 표적화 모이어티는 탄수화물 모이어티인, 방법.
402. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 탄수화물 모이어티와 콘쥬게이션시키는 단계를 포함하는, 방법.
403. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 다음을 포함하는 사이클 후 변형 단계를 포함하는, 방법:
복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물에 사이클 후 변형 시약 시스템을 제공하는 것;
하나 이상의 키랄 보조 모이어티를 상기 복수의 올리고뉴클레오티드로부터 제공하는 것.
404. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 단계는 하나 이상의 키랄 보조제를 제거하는, 방법.
405. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 사이클 후 변형 단계를 포함하며, 여기서, 사이클 후 변형 단계는 다음을 포함하는, 방법:
복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물에 사이클 후 변형 시약 시스템을 제공하는 것;
화학식 VII 또는 이의 염 형태(여기서, PL은 P(=S)임)의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(-O-P(=O)(-SH)-O- 또는 이의 염 형태)로 전환시키는 것.
406. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 사이클 후 변형 단계를 포함하며, 여기서, 사이클 후 변형 단계는 다음을 포함하는, 방법:
복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물에 사이클 후 변형 시약 시스템을 제공하는 것;
화학식 VII 또는 이의 염 형태(여기서, PL은 PN임)의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을, 각각 독립적으로 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결로 전환시키는 것.
407. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 사이클 후 변형 단계를 포함하며, 여기서, 사이클 후 변형 단계는 다음을 포함하는, 방법:
복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물에 사이클 후 변형 시약 시스템을 제공하는 것;
화학식 VII 또는 이의 염 형태(여기서, PL은 P(=S)이며, -X-Ls-R5는 -Si(R)3 모이어티를 포함함)의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(-O-P(=O)(-SH)-O- 또는 이의 염 형태)로 전환시키는 것.
408. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, X-Ls-R5는
Figure pct01004
인 -Si(R)3 모이어티를 포함하는, 방법.
409. 실시 형태 408에 있어서, R'는 -H인, 방법.
410. 실시 형태 408에 있어서, R'는 -C(O)R인, 방법.
411. 실시 형태 408에 있어서, R'는 -C(O)CH3인, 방법.
412. 실시 형태 408~411 중 어느 하나에 있어서, -Si(R)3은 -SiPh2Me인, 방법.
413. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 시약 시스템은 F-를 포함하는, 방법.
414. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 시약 시스템은 HF-피리딘을 포함하는, 방법.
415. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 시약 시스템은 3HF-TEA를 포함하는, 방법.
416. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 시약 시스템은 테트라부틸암모늄 플루오라이드를 포함하는, 방법.
417. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 시약 시스템은 테트라부틸암모늄 디플루오로트리페닐실리케이트를 포함하는, 방법.
418. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 사이클 후 변형 단계를 포함하며, 여기서, 사이클 후 변형 단계는 다음을 포함하는, 방법:
복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물에 사이클 후 변형 시약 시스템을 제공하는 것;
화학식 VII 또는 이의 염 형태(여기서, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 염기 불안정성 키랄 보조 기를 포함함)의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 뉴클레오티드간 연결로부터 독립적으로 선택되는 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결로 전환시키는 것.
419. 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조 방법으로서, 상기 방법은 사이클 후 변형 단계를 포함하며, 여기서, 사이클 후 변형 단계는 다음을 포함하는, 방법:
복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물에 사이클 후 변형 시약 시스템을 제공하는 것;
화학식 VII 또는 이의 염 형태(여기서, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O), P(=S) 또는 PN이며, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로 염기 불안정성 키랄 보조 기를 포함함)의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 뉴클레오티드간 연결로부터 독립적으로 선택되는 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결로 전환시키는 것.
420. 실시 형태 418~419 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물은 실시 형태 378~402 중 어느 하나의 사이클 후 생성물 조성물인, 방법.
421. 실시 형태 418~420 중 어느 하나에 있어서, 화학식 VII 또는 이의 염 형태(여기서, PL은 P(=O)임)의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 하나 이상의 천연 포스페이트 연결로 전환시키는, 방법.
422. 실시 형태 418~421 중 어느 하나에 있어서, 화학식 VII 또는 이의 염 형태(여기서, PL은 PN임)의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 독립적으로 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결로 전환시키는, 방법.
423. 실시 형태 418~422 중 어느 하나에 있어서, 화학식 VII 또는 이의 염 형태(여기서, PL은 PN임)의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 독립적으로 n001로 전환시키는, 방법.
424. 실시 형태 418~423 중 어느 하나에 있어서, 화학식 VII 또는 이의 염 형태(여기서, PL은 P(=S)임)의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결로 전환시키는, 방법.
425. 실시 형태 418~424 중 어느 하나에 있어서, 염기 불안정성 키랄 보조 기를 포함하는 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
426. 실시 형태 418~425 중 어느 하나에 있어서, 염기 불안정성 키랄 보조 기를 포함하는 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, 또는 I-d의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
427. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 키랄 보조 기를 포함하는 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
428. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 키랄 보조 기를 포함하는 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, 또는 I-d의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6 중 적어도 하나는 -C(O)R'인, 방법.
429. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, R2는 하나 이상의 전자 끄는 기를 포함하는, 방법.
430. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, R2는 -CH2-CH(전자 끄는 기)2 또는 -CH2-CH2(전자 끄는 기)인, 방법.
431. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, R2는 -L'-L"-R'인, 방법.
432. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, R2는 -CH2SO2R'인, 방법.
433. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, R2는 -CH2SO2R'이며, R'는 선택적 치환 페닐인, 방법.
434. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, R2는 -CH2SO2Ph인, 방법.
435. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, R2는 선택적 치환
Figure pct01005
인, 방법.
436. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, R2는 선택적 치환
Figure pct01006
인, 방법. .
437. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로, H-X-Ls-R5가 표 5~17로부터 선택되는 화합물, 또는 이의 거울상 이성질체 또는 부분입체이성질체가 되게 하는 구조의 것인 염기 불안정성 키랄 보조 기를 포함하는, 방법.
438. 실시 형태 425~428 중 어느 하나에 있어서, 각각의 -X-Ls-R5는 독립적으로
Figure pct01007
인, 방법.
439. 실시 형태 438에 있어서, R'는 -H인, 방법.
440. 실시 형태 438에 있어서, R'는 -C(O)R인, 방법.
441. 실시 형태 438에 있어서, R'는 -C(O)CH3인, 방법.
442. 실시 형태 418~441 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 시약 시스템은 염기를 포함하는, 방법.
443. 실시 형태 442에 있어서, 염기는 NR3의 구조를 갖는, 방법.
444. 실시 형태 443에 있어서, 염기는 DEA인, 방법.
445. 실시 형태 442~444 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 시약 시스템은 염기 및 용매를 포함하는, 방법.
446. 실시 형태 442~445 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 시약 시스템은 염기 및 용매를 포함하는, 방법.
447. 실시 형태 446에 있어서, 용매는 아세토니트릴인, 방법.
448. 실시 형태 446에 있어서, 사이클 후 변형 시약 시스템은 아세토니트릴 중 20% DEA인, 방법.
449. 실시 형태 418~448 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 단계는 사이클 후 생성물 올리고뉴클레오티드를 물을 포함하는 염기성 조건에 접촉시키기 전에 수행되는, 방법.
450. 실시 형태 418~449 중 어느 하나에 있어서, 사이클 후 변형 단계는 탈보호 및/또는 절단 전에 수행되는, 방법.
451. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 다음을 포함하는 절단/탈보호 단계를 포함하는, 방법:
복수의 올리고뉴클레오티드를 하나 이상의 절단/탈보호 시약 시스템과 접촉시키는 것
(여기서, 절단/탈보호 단계는 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 최종 생성물 조성물을 제공함).
452. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 다음을 포함하는 절단/탈보호 단계를 포함하는, 방법:
복수의 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 지지체 상에 로딩됨)를 하나 이상의 절단/탈보호 시약 시스템과 접촉시키는 것
(여기서, 절단/탈보호 단계는 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 고체 지지체로부터 절단됨)를 포함하는 최종 생성물 조성물을 제공함).
453. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 절단/탈보호 단계는 다음을 포함하는, 방법:
복수의 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 지지체 상에 로딩됨)를 하나 이상의 절단/탈보호 시약 시스템과 접촉시키는 것;
상기 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 차단기를 탈보호하는 것;
상기 올리고뉴클레오티드를 지지체로부터 절단하는 것
(여기서, 절단/탈보호 단계는 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 최종 생성물 조성물을 제공함).
454. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 절단/탈보호 시약 시스템은 염기를 포함하는, 방법.
455. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 절단/탈보호 시약 시스템은 진한 NH4OH를 포함하는, 방법.
456. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 절단/탈보호 시약 시스템은 금속 킬레이터를 포함하는, 방법.
457. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 절단/탈보호 시약 시스템은 메르캅토에탄올, 1-도데칸티올, 디티오트레이톨(DTT), 티오페놀, 1,2-디아미노에탄,1,3-디아미노프로판, 2,3-메르캅토 1-프로판술폰산, 2,3-메르캅토 프로판-1-올, 또는 메소 2,3-디메르캅토 숙신산을 포함하는, 방법.
458. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 절단/탈보호 시약 시스템은 EDTA를 포함하는, 방법.
459. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 절단/탈보호 단계는 승온을 포함하는, 방법.
460. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
461. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, PL은 P가 아닌, 방법.
462. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 PL은 독립적으로 P(=O)인, 방법.
463. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 X는 독립적으로 -O- 또는 -S-인, 방법.
464. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 뉴클레오티드간 연결이며, 각각의 Y 및 Z는 -O-인, 방법.
465. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 천연 포스페이트 연결(-O-P(=O)(-OH)-O- 또는 이의 염 형태), 포스포로티오에이트 연결(-O-P(=O)(-SH)-O- 또는 이의 염 형태), 또는 화학식 NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 방법.
466. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 천연 포스페이트 연결(-O-P(=O)(-OH)-O- 또는 이의 염 형태), 포스포로티오에이트 연결(-O-P(=O)(-SH)-O- 또는 이의 염 형태), 또는 n001인, 방법.
467. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 상기 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 각각은 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염의 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 화학식 O-I에서의 각각의 LP는 독립적으로 천연 포스페이트 연결(-O-P(=O)(-OH)-O- 또는 이의 염 형태) 또는 포스포로티오에이트 연결(-O-P(=O)(-SH)-O- 또는 이의 염 형태)인, 방법.
468. 전술한 단계들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 각각이 지지체 상에 로딩된 것이 아닌 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 방법.
469. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 최종 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
470. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 최종 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 최종 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 방법.
471. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 적어도 약 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% 또는 75%의 조 순도를 갖는 최종 생성물 조성물을 제공하는, 방법.
472. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 조 순도는 전장 생성물 %인, 방법.
473. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 조 순도는 UV 260 nm에서 모니터링되는 LC-UV에 의해 평가되는 전장 생성물 %인, 방법.
474. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 크로마토그래피 또는 전기영동을 사용하여 최종 생성물 조성물을 정제하는 단계를 포함하는, 방법.
475. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법은 HPLC를 사용하여 최종 생성물 조성물을 정제하는 단계를 포함하는, 방법.
476. 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물로서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 염기 서열을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 백본 연결 패턴을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 조 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 조성물.
477. 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물로서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 조 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이며;
조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 적어도 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 또는 75%의 조 순도를 갖는, 조성물.
478. 실시 형태 475~477 중 어느 하나에 있어서, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 지지체로부터, 임의의 추가 정제 전에 절단되는, 조성물.
479. 실시 형태 475~477 중 어느 하나에 있어서, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 지지체로부터, 탈염 후 및 임의의 추가 정제 전에 절단되는, 조성물.
480. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 조 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 임의의 크로마토그래프 또는 겔 정제 전인, 조성물.
481. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 조 순도는 전장 생성물 %인, 방법 또는 조성물.
482. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 조 순도는 UV 260 nm에서 모니터링되는 LC-UV에 의해 평가되는 전장 생성물 %인, 방법 또는 조성물.
483. 복수의 올리고뉴클레오티드 및 시약 시스템의 시약을 포함하는 조성물로서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 전술한 실시 형태들 중 어느 하나의 변형 생성물 조성물의 복수의 올리고뉴클레오티드이며;
시약 시스템은 전술한 실시 형태들 중 어느 하나의 변형 전 또는 변형 후 캡핑 시약 시스템이며;
변형 후 캡핑 시약 시스템은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드와 접촉되는, 조성물.
484. 실시 형태 483에 있어서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 지지체 상에 로딩되는, 조성물.
485. 실시 형태 483~484 중 어느 하나에 있어서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 염기 서열을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 백본 연결 패턴을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 조 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 조성물.
486. 실시 형태 483~484 중 어느 하나에 있어서,
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
여기서, 조 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 조성물.
487. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, DS는 적어도 85%인, 방법 또는 조성물.
488. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, DS는 적어도 87%인, 방법 또는 조성물.
489. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, DS는 적어도 88%인, 방법 또는 조성물.
490. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, DS는 적어도 89%인, 방법 또는 조성물.
491. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, DS는 적어도 90%인, 방법 또는 조성물.
492. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, DS는 적어도 92%인, 방법 또는 조성물.
493. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, DS는 적어도 95%인, 방법 또는 조성물.
494. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, DS는 적어도 97%인, 방법 또는 조성물.
495. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, DS는 적어도 98%인, 방법 또는 조성물.
496. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 지지체는 고체 지지체인, 방법 또는 조성물.
497. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 지지체는 폴리스티렌 지지체인, 방법 또는 조성물.
498. 실시 형태 1~487 중 어느 하나에 있어서, 지지체는 CPG 지지체인, 방법 또는 조성물.
499. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 지지체는 약 50~300 umol/g의 단위 로딩 용량을 갖는, 방법 또는 조성물.
500. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 지지체는 약 50~80, 80~100, 100~120, 120~140, 140~160, 160~180, 180~210, 또는 210~250 umol/g의 단위 로딩 용량을 갖는, 방법 또는 조성물.
501. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드는 링커를 통하여 고체 지지체에 연결된, 방법 또는 조성물.
502. 실시 형태 501에 있어서, 링커는 CNA 링커인, 방법 또는 조성물.
503. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 핵염기의 길이를 갖는, 방법 또는 조성물.
504. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 핵염기 또는 BA는 독립적으로, A, T, C, G, 및 U로부터 선택되는 선택적 치환 또는 보호 핵염기인, 방법 또는 조성물.
505. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 하나 이상의 변형 당 모이어티를 포함하는, 방법 또는 조성물.
506. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01008
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하는, 방법 또는 조성물.
507. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01009
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하는, 방법 또는 조성물.
508. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01010
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하는, 방법 또는 조성물.
509. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01011
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하는, 방법 또는 조성물.
510. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01012
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하며, 여기서, -Ls-는 -CH2-인, 방법 또는 조성물.
511. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01013
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하며, 여기서, -Ls-는 -(S)-CHR이고, R은 -H가 아닌, 방법 또는 조성물.
512. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01014
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하며, 여기서, -Ls-는 -(R)-CHR-이고, R은 -H가 아닌, 방법 또는 조성물.
513. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01015
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하며, 여기서, -Ls-는 -CHR-인, 방법 또는 조성물.
514. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01016
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하는, 방법 또는 조성물.
515. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로
Figure pct01017
의 구조를 갖는 하나 이상의 당 모이어티를 포함하는, 방법 또는 조성물.
516. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, C1은 핵염기 또는 BA에 연결된, 방법 또는 조성물.
517. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -H인, 방법 또는 조성물.
518. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의, 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -H인, 방법 또는 조성물.
519. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -H가 아닌, 방법 또는 조성물.
520. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의, 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -H가 아닌, 방법 또는 조성물.
521. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -F인, 방법 또는 조성물.
522. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의, 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -F인, 방법 또는 조성물.
523. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의, 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -OR인, 방법 또는 조성물.
524. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -OH인, 방법 또는 조성물.
525. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -O-PG이며, 여기서, PG는 올리고뉴클레오티드가 원하는 길이에 도달한 후에 제거되는 보호기인, 방법 또는 조성물.
526. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -OSi(R)3이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 H가 아닌, 방법 또는 조성물.
527. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 하나의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -OTBS인, 방법 또는 조성물.
528. 실시 형태 525~527 중 어느 하나에 있어서, R2s를 포함하는 올리고뉴클레오티드와, 플루오라이드를 포함하는 시약 시스템을 접촉시키는 것을 포함하는, 방법 또는 조성물.
529. 실시 형태 528에 있어서, 시약 시스템은 HF-피리딘을 포함하는, 방법 또는 조성물.
530. 실시 형태 528에 있어서, 시약 시스템은 3HF-TEA를 포함하는, 방법 또는 조성물.
531. 실시 형태 528에 있어서, 시약 시스템은 테트라부틸암모늄 플루오라이드를 포함하는, 방법 또는 조성물.
532. 실시 형태 528에 있어서, 시약 시스템은 테트라부틸암모늄 디플루오로트리페닐실리케이트를 포함하는, 방법 또는 조성물.
533. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의, 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -OMe인, 방법 또는 조성물.
534. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의, 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 당 모이어티에 있어서, R2s는 -MOE인, 방법 또는 조성물.
535. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의, 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 당 모이어티는 연속적인, 방법 또는 조성물.
536. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 1~50개, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함하는(Nc는 1~50 또는 그 이상, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20임), 방법 또는 조성물.
537. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 1~50개, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 키랄 제어 포스포로티오에이트 연결을 포함하는(Nc는 1~50 또는 그 이상, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20임), 방법 또는 조성물.
538. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 1~25개, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 천연 포스페이트 연결을 포함하는, 방법 또는 조성물.
539. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 연속적인, 방법 또는 조성물.
540. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 천연 포스페이트 연결은 연속적인, 방법 또는 조성물.
541. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 (Rp)n(Sp)p를 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1~10이고, 각각의 p 및 m은 독립적으로 1~50인, 방법 또는 조성물.
542. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 (Sp)m(Rp)n(Sp)p를 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1~10이고, 각각의 p 및 m은 독립적으로 1~50인, 방법 또는 조성물.
543. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 (Rp)n(Sp)p를 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1이고, m은 2~50이며, p는 2~50인, 방법 또는 조성물.
544. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 (Sp)m(Rp)n(Sp)p를 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1이고, m은 2~50이며, p는 2~50인, 방법 또는 조성물.
545. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 (Op)n(Sp)p를 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1~10이고, p는 1~50인, 방법 또는 조성물.
546. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 (Sp)p(Op)n을 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1~10이고, p는 1~50인, 방법 또는 조성물.
547. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 (Sp)m(Op)n(Sp)p를 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1~10이고, 각각의 p 및 m은 독립적으로 1~50인, 방법 또는 조성물.
548. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 (Sp)m(Op)n(Sp)p를 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1이고, m은 2~50이며, p는 2~50인, 방법 또는 조성물.
549. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 (Rp)n(Sp)p 또는 (Op)n(Sp)p로부터 독립적으로 선택되는 2개 이상의 단위를 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1이고, 각각의 p는 독립적으로 2~50인, 방법 또는 조성물.
550. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 (Rp)n(Sp)p를 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함하며, 여기서, n은 1이고, 각각의 p는 독립적으로 2~50인, 방법 또는 조성물.
551. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 생성물 올리고뉴클레오티드는 각각 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 및 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 방법 또는 조성물.
552. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 생성물 올리고뉴클레오티드는 각각 독립적으로, 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 및 키랄 제어된, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 방법 또는 조성물.
553. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 생성물 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결인, 방법 또는 조성물.
554. 실시 형태 551~553 중 어느 하나에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001인, 방법 또는 조성물.
555. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어되는, 방법 또는 조성물.
556. 실시 형태 541~555 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드 각각은 백본 키랄 중심 패턴을 포함하는 영역을 포함하는, 방법 또는 조성물.
557. 실시 형태 556에 있어서, 상기 영역의 각각의 당 모이어티는 독립적으로 2개의 2'-H를 갖는, 방법 또는 조성물.
558. 실시 형태 556~557 중 어느 하나에 있어서, 상기 영역은 하나 이상의 당 변형을 포함하는 5'-영역이 측면에 있는, 방법 또는 조성물.
559. 실시 형태 558에 있어서, 상기 5'-영역의 각각의 당 모이어티는 독립적으로 당 변형을 포함하는, 방법 또는 조성물.
560. 실시 형태 556~559 중 어느 하나에 있어서, 상기 영역은 하나 이상의 당 변형을 포함하는 3'-영역이 측면에 있는, 방법 또는 조성물.
561. 실시 형태 560에 있어서, 상기 3'-영역의 각각의 당 모이어티는 독립적으로 당 변형을 포함하는, 방법 또는 조성물.
562. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 DMD 서열의 일부분과 동일하거나 이에 대하여 상보성인 염기 서열을 공유하는, 방법 또는 조성물.
563. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 HTT 서열의 일부분과 동일하거나 이에 대하여 상보성인 염기 서열을 공유하는, 방법 또는 조성물.
564. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 SNP를 포함하는 HTT 서열의 일부분과 동일하거나 이에 대하여 상보성인 염기 서열을 공유하는, 방법 또는 조성물.
565. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 최종 올리고뉴클레오티드 생성물은 고체인, 방법.
566. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 최종 올리고뉴클레오티드 생성물은 올리고뉴클레오티드 용액인, 방법.
567. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드에 의해 공유되는 염기 서열 또는 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784의 염기 서열이거나 이를 포함하는, 방법 또는 조성물.
568. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 복수의 올리고뉴클레오티드에 의해 공유되는 백본 키랄 중심 패턴 또는 올리고뉴클레오티드의 백본 키랄 중심 패턴은 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784의 백본 키랄 중심 패턴이거나 이를 포함하는, 방법 또는 조성물.
569. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 다음의 올리고뉴클레오티드이거나, 또는 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일하고 다음의 올리고뉴클레오티드인, 방법 또는 조성물: US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784.
570. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 생성물 올리고뉴클레오티드는 다음의 올리고뉴클레오티드이거나, 또는 생성물 조성물은 다음의 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법 또는 조성물: US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784.
571. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드는 다음의 올리고뉴클레오티드이거나, 또는 최종 생성물 조성물은 다음의 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법 또는 조성물: US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784.
572. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드는 다음의 올리고뉴클레오티드이거나, 또는 최종 생성물 조성물은 다음의 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법 또는 조성물: US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784.
573. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드는 WV-937, WV-1077, WV-1078, WV-1079, WV-1085, WV-1086, WV-1090, WV-1091, WV-1092, WV-1497, WV-1508, WV-1510, WV-2076, WV-2378, WV-2380, WV-2417, WV-2418, WV-2595, WV-2601, WV-2602, WV-2603, WV-2618, WV-2619, 또는 WV-2671인, 방법.
574. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 WV-937, WV-1077, WV-1078, WV-1079, WV-1085, WV-1086, WV-1090, WV-1091, WV-1092, WV-1508, WV-1510, WV-2378, WV-2380, WV-2417, WV-2418, WV-2595, WV-2601, WV-2602, WV-2603, 또는 WV-2671의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
575. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드는 WV-887, WV-892, WV-896, WV-1714, WV-2444, WV-2445, WV-2526, WV-2527, WV-2528, WV-2530, WV-2531, WV-2578, WV-2580, WV-2587, WV-3047, WV-3152, WV-3472, WV-3473, WV-3507, WV-3508, WV-3509, WV-3510, WV-3511, WV-3512, WV-3513, WV-3514, WV-3515, WV-3545, 또는 WV-3546인, 방법.
576. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 WV-887, WV-892, WV-896, WV-2444, WV-2445, WV-2526, WV-2527, WV-2528, WV-2530, WV-2531, WV-3152, WV-3472, WV-3473, WV-3507, WV-3508, WV-3509, WV-3510, WV-3511, WV-3512, WV-3513, WV-3514, WV-3515, WV-3545, 또는 WV-3546의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
577. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드는 WV-9517, WV-12555, WV-12556, WV-12558, WV-12876, WV-12877, WV-12878, WV-13826, WV-12880, WV-14344, WV-13835, 또는 WV-13864인, 방법.
578. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 조성물은 WV-9517, WV-12555, WV-12556, WV-12558, WV-12876, WV-12877, WV-12878, WV-13826, WV-12880, WV-14344, WV-13835, 또는 WV-13864의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
579. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드는 WV-3473인, 방법.
580. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 조성물은 WV-3472의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
581. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 조성물은 WV-3473의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
582. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 조성물은 WV-3545의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
583. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 조성물은 WV-3546의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
584. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 조성물은 미포메르센, 누시네르센, RG6042, BIIB067, BIIB078, BIIB080, 이노테르센, 볼라네소르센, AKCEA-ANGPTL3-LRX, IONIS-GHR-LRX, AKCEA-TTR-LRX, IONIS-PKKRX, IONIS-PKK-LRX, IONIS-TMPRSS6-LRX, IONIS-ENAC-2.5RX, AKCEA-APO(a)-LRX, AKCEA-APOCIII-LRX, IONIS-GCGRRX, IONIS-FXIRX, IONIS-DGAT2RX, IONIS-AGT-LRX, IONIS-AZ4-2.5-LRX, IONIS-FXI-LRX, IONIS-AR-2.5RX, IONIS-STAT3-2.5RX, IONIS-HBVRX, IONIS-HBV-LRX, IONIS-FB-LRX, 및 IONIS-JBI1-2.5RX를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
585. 실시 형태 1~566 중 어느 하나에 있어서, 최종 생성물 올리고뉴클레오티드 조성물은 미포메르센, 누시네르센, RG6042, BIIB067, BIIB078, BIIB080, 이노테르센, 볼라네소르센, AKCEA-ANGPTL3-LRX, IONIS-GHR-LRX, AKCEA-TTR-LRX, IONIS-PKKRX, IONIS-PKK-LRX, IONIS-TMPRSS6-LRX, IONIS-ENAC-2.5RX, AKCEA-APO(a)-LRX, AKCEA-APOCIII-LRX, IONIS-GCGRRX, IONIS-FXIRX, IONIS-DGAT2RX, IONIS-AGT-LRX, IONIS-AZ4-2.5-LRX, IONIS-FXI-LRX, IONIS-AR-2.5RX, IONIS-STAT3-2.5RX, IONIS-HBVRX, IONIS-HBV-LRX, IONIS-FB-LRX, 또는 IONIS-JBI1-2.5RX의 입체이성질체의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물인, 방법.
586. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나의 단계의 생성물 올리고뉴클레오티드인 올리고뉴클레오티드.
587. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나의 단계의 생성물 올리고뉴클레오티드 조성물인 올리고뉴클레오티드 조성물.
588. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 각각 독립적으로 *PS 또는 *PR의 구조를 갖는 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 방법 또는 조성물.
589. *PS 또는 *PR의 구조를 갖는 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
590. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 *NS 또는 *NR의 구조를 갖는 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 방법 또는 조성물 또는 올리고뉴클레오티드.
591. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 *PS의 구조를 갖는 뉴클레오티드간 연결 및 *NR의 구조를 갖는 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 방법 또는 조성물 또는 올리고뉴클레오티드.
592. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, *PS, *PR, *NS 및 *NR 각각은 독립적으로 키랄 제어되는, 방법 또는 조성물 또는 올리고뉴클레오티드.
593. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각은 독립적으로 O5P, OP, *P, 또는 *N을 포함하는, 방법 또는 조성물 또는 올리고뉴클레오티드.
594. 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이들의 염.
595. 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e의 화합물, 또는 이들의 염.
596. 실시 형태 595에 있어서, R2s는 -O-PG이며, 여기서, PG는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호기인, 화합물.
597. 실시 형태 595에 있어서, R2s는 -O-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 H가 아닌, 화합물.
598. 실시 형태 595에 있어서, R2s는 -OTBS인, 화합물.
599. 실시 형태 594에 있어서, 입체순수 화합물인, 화합물.
600. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 실시 형태 594~599 중 어느 하나의 화합물을 제공하는 단계를 포함하는, 방법.
601. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 파트너 화합물은 실시 형태 594~599 중 어느 하나의 화합물인, 방법.
602. 올리고뉴클레오티드의 제조 방법으로서, 실시 형태 594~599 중 어느 하나의 화합물을 제공하는 단계를 포함하는, 방법.
603. 실시 형태 602에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 전술한 실시 형태들 중 어느 하나의 올리고뉴클레오티드인, 방법.
604. 실시 형태 594~599 중 어느 하나의 화합물을 사용하는 단계를 포함하는 방법.
605. 반응에 키랄 보조제를 사용하는 단계를 포함하는 방법으로서, 상기 키랄 보조제는 H-키랄 보조제(1가) 또는 H-키랄 보조제-H(2가) 또는 (H)n-키랄 보조제(n은 키랄 보조제의 원자가임)가 실시 형태 594~599 중 어느 하나의 화합물이 되게 하는 구조를 갖는, 방법.
606. 실시 형태 604~605 중 어느 하나에 있어서, 상기 방법이 올리고뉴클레오티드 합성 방법인, 방법.
607. 실시 형태 604~606 중 어느 하나에 있어서, 키랄 보조제는 염기에 의해 제거되는, 방법.
608. 실시 형태 604~607 중 어느 하나에 있어서, 키랄 보조제는 무수 조건 하에 제거되는, 방법.
609. 실시 형태 607~608 중 어느 하나에 있어서, 염기는 N(R)3인, 방법.
610. 실시 형태 607~609 중 어느 하나에 있어서, 염기는 DEA인, 방법.
611. 실시 형태 607~610 중 어느 하나에 있어서, 제거는 40, 45, 50, 55, 또는 60℃ 미만인 온도에서 수행되는, 방법.
612. 실시 형태 607~611 중 어느 하나에 있어서, 제거는 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 또는 60분 이하의 기간으로 수행되는, 방법.
613. 실시 형태 611~612 중 어느 하나에 있어서, 키랄 보조제 제거율은 적어도 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%인, 방법.
614. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나의 화합물, 조성물 또는 올리고뉴클레오티드.
615. 기존의 올리고뉴클레오티드("제2 올리고뉴클레오티드")와 동일한 구조를 갖는 올리고뉴클레오티드("제1 올리고뉴클레오티드")로서, 제1 올리고뉴클레오티드에서 제2 올리고뉴클레오티드와 비교된 것을 제외한, 기존의 올리고뉴클레오티드("제2 올리고뉴클레오티드")와 동일한 구조를 갖는 올리고뉴클레오티드("제1 올리고뉴클레오티드"):
5'-말단으로부터 첫 번째 뉴클레오티드간 연결이 O5P의 뉴클레오티드간 연결이고; 나머지 연결의 경우,
제2 올리고뉴클레오티드에 포스페이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 OP의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 스테레오랜덤 포스포로티오에이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *P 또는 *PD의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 Sp 포스포로티오에이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *PS 또는 *PDS의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 Rp 포스포로티오에이트 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *PR 또는 *PDR의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 스테레오랜덤 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *N의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 Sp 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *NS의 연결이 있고;
제2 올리고뉴클레오티드에 Rp 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이 있는 각각의 위치에서, 제1 올리고뉴클레오티드에 독립적으로 *NR의 연결이 있고,
제1 올리고뉴클레오티드의 각각의 핵염기는 선택적으로 및 독립적으로 보호되고, 제1 올리고뉴클레오티드의 각각의 추가의 화학적 모이어티는, 존재할 경우, 선택적으로 및 독립적으로 보호되고;
이때, 각각의 O5P, OP, *P, *PS, *PDS, *PR, *PDR, *N, *NS 및 *NR은 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태이다.
616. 실시 형태 593~615 중 어느 하나에 있어서, O5P에 있어서, PL은 P이고 -X-Ls-R5는 -L7-R1; -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R6은 -H인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
617. 실시 형태 593~615 중 어느 하나에 있어서, O5P에 있어서, PL은 P이고 -X-Ls-R5는 -L7-R1; -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, R6은 -C(O)R'인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
618. 실시 형태 593~615 중 어느 하나에 있어서, OP에 있어서, PL은 P(=O) -X-Ls-R5는 -L7-R1; -S-Ls-R5; 또는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
619. 실시 형태 615~618 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는 -O-CH2-R2이며, R2는 전자 끄는 기,
Figure pct01018
Figure pct01019
를 포함하는, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
620. 실시 형태 615~619 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는 -O-CH2-R2,
Figure pct01020
이며, 각각의 R2는 독립적으로 전자 끄는 기를 포함하는, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
621. 실시 형태 615~620 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN,
Figure pct01021
Figure pct01022
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
622. 실시 형태 615~620 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN,
Figure pct01023
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
623. 실시 형태 615~620 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
624. 실시 형태 593~623 중 어느 하나에 있어서, 각각의 *P 및 *PD는 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, PL은 P(=S)이고, -X-Ls-R5는 -L7-R1인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
625. 실시 형태 593~624 중 어느 하나에 있어서, 각각의 *N은 독립적으로 화학식 VII 또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, PL은 PN이고, -X-Ls-R5는 -L7-R1인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
626. 실시 형태 625에 있어서, *N은 n001P인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
627. 실시 형태 624~626 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는 -OCH2CH2CN인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
628. 실시 형태 589~627에 있어서, 각각의 *PS 또는 *PDS는 독립적으로 화학식
Figure pct01024
또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
629. 실시 형태 589~628에 있어서, 각각의 *NR은 화학식
Figure pct01025
또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, P=WN은 PN이고, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
630. 실시 형태 629에 있어서, *NR은 n001PR인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
631. 실시 형태 589~652에 있어서, 각각의 *PR 또는 *PDR은 독립적으로 화학식
Figure pct01026
또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이고, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
632. 실시 형태 615~652에 있어서, 각각의 *NS는 화학식
Figure pct01027
또는 이의 염 형태의 것이며, 여기서, P=WN은 PN이고, -X-Ls-R5는 H-X-Ls-R5가 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물이 되게 하는 구조의 것이며, 선택적으로, R5 또는 R6은 -C(O)R'인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
633. 실시 형태 632에 있어서, *NS는 n001PS인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
634. 실시 형태 628~630 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는
Figure pct01028
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
635. 실시 형태 594~634 중 어느 하나에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하는, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
636. 실시 형태 635에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~10원 단환식 고리를 형성하는, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
637. 실시 형태 635에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 단환식 고리를 형성하는, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
638. 실시 형태 635에 있어서, -X-Ls-R5는
Figure pct01029
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
639. 실시 형태 631~633 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는
Figure pct01030
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
640. 실시 형태 639에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하는, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
641. 실시 형태 640에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~10원 단환식 고리를 형성하는, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
642. 실시 형태 640에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 단환식 고리를 형성하는, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
643. 실시 형태 640에 있어서, -X-Ls-R5는
Figure pct01031
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
644. 실시 형태 594~643 중 어느 하나에 있어서, R2는 전자 끄는 기를 포함하는, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
645. 실시 형태 594~643 중 어느 하나에 있어서, R2는 -L'-L"-R'인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
646. 실시 형태 594~644 중 어느 하나에 있어서, R2는 -CH2SO2R'이며, 여기서, R'는 C1-30 지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
647. 실시 형태 594~644 중 어느 하나에 있어서, R2는 -CH2SO2R'이며, R'는 선택적 치환 페닐인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
648. 실시 형태 594~644 중 어느 하나에 있어서, R2는 -CH2SO2R'이며, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
649. 실시 형태 594~644 중 어느 하나에 있어서, R2는 -CH2SO2Ph인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
650. 실시 형태 594~644 중 어느 하나에 있어서, R2는 -CH2SO2(t-Bu)인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
651. 실시 형태 628~630 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는
Figure pct01032
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
652. 실시 형태 628~630 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는
Figure pct01033
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
653. 실시 형태 631~633 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는
Figure pct01034
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
654. 실시 형태 631~633 중 어느 하나에 있어서, -X-Ls-R5는
Figure pct01035
인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
655. 실시 형태 615~654 중 어느 하나에 있어서, A는, 선택적으로 Bz로 보호된, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
656. 실시 형태 615~655 중 어느 하나에 있어서, C는, 선택적으로 Ac로 보호된, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
657. 실시 형태 615~656 중 어느 하나에 있어서, G는, 선택적으로 iBu로 보호된, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
658. 실시 형태 615~657 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 지지체에 연결된, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
659. 실시양태 615~658 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 CNA 링커를 통해 CPG에 연결된, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
660. 실시 형태 615~659 중 어느 하나에 있어서, 제2 올리고뉴클레오티드는 미포메르센, 누시네르센, RG6042, BIIB067, BIIB078, BIIB080, 이노테르센, 볼라네소르센, AKCEA-ANGPTL3-LRX, IONIS-GHR-LRX, AKCEA-TTR-LRX, IONIS-PKKRX, IONIS-PKK-LRX, IONIS-TMPRSS6-LRX, IONIS-ENAC-2.5RX, AKCEA-APO(a)-LRX, AKCEA-APOCIII-LRX, IONIS-GCGRRX, IONIS-FXIRX, IONIS-DGAT2RX, IONIS-AGT-LRX, IONIS-AZ4-2.5-LRX, IONIS-FXI-LRX, IONIS-AR-2.5RX, IONIS-STAT3-2.5RX, IONIS-HBVRX, IONIS-HBV-LRX, IONIS-FB-LRX, IONIS-JBI1-2.5RX, 또는 수보디르센인, 올리고뉴클레오티드.
661. 실시 형태 615~659 중 어느 하나에 있어서, 제2 올리고뉴클레오티드는 US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, 또는 WO 2019/217784에 기술된 올리고뉴클레오티드인, 올리고뉴클레오티드.
662. 실시 형태 615~659 중 어느 하나에 있어서, 제2 올리고뉴클레오티드는 WV-937, WV-1077, WV-1078, WV-1079, WV-1085, WV-1086, WV-1090, WV-1091, WV-1092, WV-1497, WV-1508, WV-1510, WV-2076, WV-2378, WV-2380, WV-2417, WV-2418, WV-2595, WV-2601, WV-2602, WV-2603, WV-2618, WV-2619, WV-2671, WV-887, WV-892, WV-896, WV-1714, WV-2444, WV-2445, WV-2526, WV-2527, WV-2528, WV-2530, WV-2531, WV-2578, WV-2580, WV-2587, WV-3047, WV-3152, WV-3472, WV-3473, WV-3507, WV-3508, WV-3509, WV-3510, WV-3511, WV-3512, WV-3513, WV-3514, WV-3515, WV-3545, WV-3546, WV-9517, WV-12555, WV-12556, WV-12558, WV-12876, WV-12877, WV-12878, WV-12880, WV-13826, WV-13835, WV-13864, 또는 WV-14344인, 올리고뉴클레오티드.
663. 실시 형태 615~659 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 표 O-2의 올리고뉴클레오티드인, 올리고뉴클레오티드.
664. 실시 형태 615~663 중 어느 하나의 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물.
665. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 각각의 올리고뉴클레오티드가 독립적으로 화학식 O-I 또는 이의 염인, 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
예증
비제한적 실시예를 하기에 제공하였다. 당업자는 다른 화합물 및 조성물, 예를 들어, 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b, 또는 이들의 염의 키랄 보조제, 화학식 IV, IV-a, IV-b, IV-c-1, IV-c-2, IV-d, IV-e, IVa, IVa-a, IVa-b, IVa-c-1, IVa-c-2, IVa-d, IVa-e, V, V-a, V-b, V-c-1, V-c-2, V-d, V-e, VI, VI-a, VI-b, VI-c, VI-c-1, VI-c-2, VI-d, 또는 VI-e, 또는 이들의 염의 포스포르아미다이트, 화학식 O-I 또는 이들의 염의 올리고뉴클레오티드, 각각 독립적으로 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2, 또는 이의 염 형태의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드, 제공된 화합물들의 조성물들, 예를 들어, 제공된 올리고뉴클레오티드들의 조성물들(다양한 키랄 제어 조성물들을 포함함) 등이 본 발명에 따라 유사하게 제조 및 이용될 수 있음을 인식하고 있다.
실시예 1. 예시적인 시약 및/또는 올리고뉴클레오티드.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 많은 지지체, 키랄 보조제, 포스포르아미다이트, 커플링 시약, 캡핑 시약(변형 전 캡핑 및 변형 후 캡핑 둘 다), 변형 시약(예를 들어, 산화 시약, 황화 시약 등), 탈차단 시약, 사이클 후 변형 시약, 절단 시약, 탈보호 시약 등은 다양한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공하기 위해 본 발명에 따라 이용할 수 있다. 예시적인 시약 및/또는 생성물 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 기술된 것을 포함하며, 실시예에서 입증되는 바와 같이, 본 발명의 기술에서 이용될 수 있다. 당업자에 의해 쉽게 이해되는 바와 같이, 본원에 설명된 예시적인 조건을 본 개시 내용에 따라 조정할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법의 단계는 본원에 기술된 조건 또는 이의 변이형을 사용한다.
실시예 2. 예시적인 지지체 및 링커.
많은 지지체 및/또는 링커를 본 발명에 따라 이용할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 특정 지지체 및/또는 링커는 다양한 공급업체, 예를 들어 Prime Synthese, GE 등으로부터 구매가능하다. 특히, 본 발명은 올리고뉴클레오티드/뉴클레오시드를 고체 지지체 상에 로딩하기 위한 변형된 지지체 및 링커를 제공한다. 당업자라면 쉽게 이해하는 바와 같이, 본원에 기술된 지지체 및/또는 링커는 추가로 및/또는 대안적으로, 다른 지지체 및/또는 링커와 함께 이용할 수 있다.
스킴 1: 1,3-비스(17-아미노-3,6,9,12,15-펜타옥사헵타데실)우레아 (3)의 제조.
Figure pct01036
1,3-비스(17-아지도-3,6,9,12,15-펜타옥사헵타데실)우레아 (2)의 제조: DMF (100 mL) 중 17-아지도-3,6,9,12,15-펜타옥사헵타데칸-1-아미늄 (1) (30 g, 97.73 mmol)의 용액에, 트리에틸 아민 (TEA) (9.89 g, 97.73 mmol) 및 1,1-카르보닐디이미다졸 (7.80 g, 0.22 mmol)을 아르곤 하에 실온에서 순차적으로 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 하룻밤 교반시켰다. 용매를 감압 하에 증발시켜 2를 약간 황색인 오일로서 제공하고 (24 g, 75%의 수율), 이를 추가 정제 없이 사용하였다. MS (ESI+): C25H50N8O11에 대한 이론치: 638.4; 실측치: 639.3 (M + H+).
1,3-비스(17-아지도-3,6,9,12,15-펜타옥사헵타데실)우레아 (3)의 제조: MeOH (80 mL) 중 1,3-비스(17-아미노-3,6,9,12,15-펜타옥사헵타데실)우레아 (24 g, 37.57 mmol)의 용액에 10% 습윤 Pd/C (2 g) 및 아세트산 (대략 2 당량)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 진공의 도움으로 탈기시키고, 1 기압의 H2 가스 벌룬으로 퍼지하고(이 절차를 3회 반복함), H2 가스 하에 하룻밤 교반시켰다. TLC는 출발 물질이 사라졌음을 나타냈으며, 그 후 셀라이트 패드에서 여과시켰다. 여과액을 농축시키고, 톨루엔 (3 X 80 mL)과 함께 공동 증발시켜 3을 황색 시럽으로 제공하고(21.5 g, 98%의 수율), 이를 정제 없이 다음 단계에 사용하였다. MS (ESI+): C25H54N4O11에 대한 이론치: 586.4; 실측치: 587.3 (M + H+).
예시적 CPG 고체 지지체의 제조.
스킴 2: 예시적인 아미노프로필-CPG 고체 지지체.
Figure pct01037
스킴 3: 예시적인 아미노프로필-CPG 고체 지지체.
Figure pct01038
스킴 4: 아미노-노닐-CPG 고체 지지체.
Figure pct01039
스킴 5: 아미노-노닐-CPG 고체 지지체.
Figure pct01040
CPG-p-니트로페닐 카르바메이트 I에 대한 일반 절차: 건조된 2 L RB 플라스크를 진공 하에 냉각시키고, 그 후 아르곤을 충전시켰다. 그 후 DCM (375 mL, CPG 1 g당 7.5 mL) 및 p-니트로페닐 클로로포르메이트 (12 g, CPG 1 g당 0.24 g)를 아르곤 하에 첨가하고, 상기 플라스크를 3분 동안 진탕시키고, 일단 p-니트로페닐 클로로포르메이트가 용해되면, 피리딘 (50 mL, CPG 1 g당 1 mL)을 첨가하였으며, 이 단계에서 백색 고체가 약간 발열성인 반응에 의해 형성되었다. 그 후 즉시, 아미노 작용화된 지지체 (아미노프로필-CPG 또는 아미노-노닐-CNA-CPG)를 첨가하고, 반응 혼합물을 5분 동안 진탕시켰다(그리고 하룻밤 동안 팔 달린 기계적 진탕기). 여과시키고, DCM (3 x 350 mL), 이어서 THF (3 x 350 mL)로 세척하고, 고체 (아미노프로필-CPG- 또는 CNA- p-니트로페닐 카르바메이트)를 1 L RB 플라스크 내에 넣고, 진공 하에 대략 4시간 동안 건조시켰다. 피리딘 (200 mL) 및 Ac2O (50 mL)를 건조된 아미노프로필-CPG- 또는 CNA- p-니트로페닐 카르바메이트 및 오버헤드 진탕기에 1시간 동안 첨가하였다. CPG를 여과하고, THF (350 mL x 3) 및 CH3CN (350 mL x 3)으로 세척하고, 진공 하에 하룻밤 건조시켜 아미노프로필-CPG- 또는 아미노-노닐-CPG-p-니트로페닐 카르바메이트를 제공하였다. 로딩: 130~201 μmol/g.
CPG 우레아 유도체 II에 대한 일반 절차: 과건조된 1 L RB 플라스크를 진공 하에 냉각시키고, 아르곤으로 플러그하였다. NH2-(CH2)n-NH2 또는 NH2-(PEG)n-NH2 (20 당량)를 DCM (CPG 1 g당 10 mL)에 용해시키고, 이어서 피리딘 (CPG 1 g당 1 ml)을 첨가하였다. 그 후 즉시, CPG-p-니트로페닐 카르바메이트를 상기 반응 혼합물 및 오버헤드 진탕기에 하룻밤 동안 첨가하였다. 여과시키고, MeOH (3 x 300 mL), 이어서 DCM (3 x 300 mL)으로 세척하고, 고체 (CPG-NH2-CO-NH2-(CH2)n-NH2 또는 CPG-NH2-CO-NH2-(PEG)n-NH2)를 L RB 플라스크 내에 넣고, 진공 하에 하룻밤 건조시켰다.
뉴클레오시드 로딩 III에 대한 일반 절차: 과건조된 500 mL RB 플라스크를 진공 하에 냉각시키고, 아르곤으로 플러그하였다. 그 후 5'-DMTr-2'-F-dU-3'-트리에틸암모늄-숙시네이트 (1 당량), 및 HBTU (2.5 당량), 이어서 CH3CN (CPG 1 g당 10 mL)을 상기 플라스크에 첨가하였다. 이 현탁물에, DIPEA (5.0 당량)를 첨가하고, 즉시 CPG-NH2-CO-NH2-NH2-(CH2)n-NH2 또는 CPG-NH2-CO-NH2-(PEG)n-NH2 또는 적절한 아미노-링커를 첨가하였다(그리고 하룻밤 동안 팔 달린 기계적 진탕기). 이 단계에서, 소량의 CPG를 DCM/MeOH로 세척하고, 건조시키고, CPG 로딩량을 체크하였더니, 이것은 60~90 μm/g이었다. 그 후 CPG를 여과시키고, MeOH 및 DCM으로 세척하고, 고체를 500 mL RB 플라스크 내에 넣고, 진공 하에 대략 4시간 동안 건조시키고, 피리딘/Ac2O (3:1) 또는 헵탄산/ Ac2O (3:1)을 이용하여 캡핑하였다(그리고 이어서 1~4시간 동안 오버헤드 진탕기). CPG를 여과시키고, MeOH 및 DCM으로 세척하고, 진공 하에 하룻밤 건조시켜 CPG-링커-숙시닐-우레아-2'-F-dU (로딩량: 60~90 μmol/g)를 제공하였다.
CPG 고체 지지체 (3)에 대한 절차 (스킴 2): CPG 지지체 3 (스킴 2)을 제조하기 위하여, 순차적으로 하기 단계들을 따랐다: CPG-p-니트로페닐 카르바메이트 I에 대한 일반 절차, 그 후 CPG 우레아 유도체 II에 대한 일반 절차, 및 다시 CPG-p-니트로페닐 카르바메이트 I에 대한 일반 절차, 및 CPG 우레아 유도체 II에 대한 일반 절차 및 마지막으로 뉴클레오시드 로딩 III에 대한 일반 절차.
CPG 고체 지지체 (5,6,13,14)에 대한 절차: 아미노 작용화 지지체 (아미노프로필-CPG 또는 아미노-노닐-CPG) (2 g), 12-디메톡시트리틸히드록시-도데칸산 (0.8 mmol), 4-디메틸아미노피리딘 (0.4 mmol), HBTU (2.4 mmol), 트리에틸아민 (0.4 mL), 및 피리딘 (30 mL)을 실온에서 진탕시켰다 (16시간). 지지체를 여과 제거하고, 세척하고, 건조시켰다. 링커 로딩량을 트리틸 분석에 의해 결정하였다. 트리틸 기를 탈보호한 후, 뉴클레오시드 숙시네이트는 뉴클레오시드 로딩 III에 대한 상기 일반 절차에 따라 로딩하였다.
예시적인 지지체 및/또는 링커는, 예를 들어 다양한 염기 서열, 변형, 백본 키랄 중심 패턴 등의 올리고뉴클레오티드의 조성물(키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 포함함)의 제조에 이용할 수 있다. 예를 들어, 예시적인 지지체 및/또는 링커를 이용하여, 50% 초과의, 많은 경우에, 60% 또는 65% 초과의 조 순도를 갖는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제조하였다.
실시예 3. 예시적인 사이클 후 변형 및 절단/탈보호 조건.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어 키랄 보조제의 제거, 차단된 핵염기의 탈보호, 올리고뉴클레오티드의 지지체로부터의 절단 등을 위한 제공된 기술에서 사용하기 위한 다양한 조건을 제공한다. 예시적인 조건은 본원에 기술되어 있다. 당업자는 다른 조건이 본 발명에 따라 이용될 수 있음을 인식한다.
AMA 조건 (예를 들어, 1 μmol의 규모): 수지는, 합성 후, AMA (진한 NH3 - 40%MeNH2 (1:1, v/v)) (1 mL)로 50℃에서 45분 동안 처리하였다 (올리고뉴클레오티드가 2'F-뉴클레오시드를 함유하는 경우, 35℃, 2시간이 유익할 수 있으며, 전형적으로 이를 사용하였다). 그 후, 일부 실시 형태에서, 상기 혼합물을 실온까지 냉각시키고, 수지를 막 여과에 의해 제거하였다 (2 mL에 대하여 H2O로 세척하였다). 일부 실시 형태에서, 여과액이 약 1 mL이 될 때까지 여과액을 감압 하에 농축시켰다. 일부 실시 형태에서, 잔사를 1 mL의 H2O로 희석시키고, RP-UPLC-MS로 분석하였다.
TBAF 조건 (예를 들어, SP-링커, 1 μmol의 규모): 수지는, 합성 후, 실온에서 MeCN (1 mL) 중 0.1 TBAF로 2시간 동안 처리하고 (일반적으로, 30분이면 충분함), MeCN으로 세척하고, 건조시키고, 진한 NH3 (1 mL)을 55℃에서 12시간 동안 첨가하였다(이는 특히, 차단 핵염기를 탈보호하고 올리고뉴클레오티드를 지지체로부터 절단할 수 있음). 그 후, 일부 실시 형태에서, 상기 혼합물을 실온까지 냉각시키고, 수지를 막 여과에 의해 제거하였다. 일부 실시 형태에서, 여과액이 약 1 mL이 될 때까지 여과액을 감압 하에 농축시켰다. 일부 실시 형태에서, 잔기를 1 mL의 H2O로 희석시켰다. 일부 실시 형태에서, 조 생성물을 분석 전에 선택적으로 탈염시켰다. 일부 실시 형태에서, 조 생성물을 RP-UPLC-MS로 분석하였다.
TEA-HF 조건 (suc.-링커, 1 μmol의 규모): 수지는, 합성 후, DMF-H2O 중 1 M TEA-HF (3:1, v/v; 1 mL)로 50℃에서 2시간 동안 처리하였다. 지지체, 예를 들어, PS5G, CPG 등을 MeCN, 및 H2O로 세척하고, AMA (진한 NH3 - 40% MeNH2 (1:1, v/v)) (1 mL) (이는, 특히, 차단 핵염기를 탈보호하고 올리고뉴클레오티드를 지지체로부터 절단할 수 있음)를 50℃에서 45분 동안 첨가하였다 (올리고뉴클레오티드가 2'F-뉴클레오시드를 함유하는 경우, 35℃, 2시간이 유익할 수 있다). 그 후, 일부 실시 형태에서, 상기 혼합물을 실온까지 냉각시키고, 수지를 막 여과에 의해 제거하였다 (2 mL에 대하여 H2O로 세척하였다). 일부 실시 형태에서, 여과액이 약 1 mL이 될 때까지 여과액을 감압 하에 농축시켰다. 일부 실시 형태에서, 잔기를 1 mL의 H2O로 희석시켰다. 일부 실시 형태에서, 조 생성물을 분석 전에 선택적으로 탈염시켰다. 일부 실시 형태에서, 조 생성물을 RP-UPLC-MS로 분석하였다. 일부 실시 형태에서, TEA-HF는 특정 키랄 보조제를 사용할 때의 다른 조건과 비교하여 더 양호한 수율 및/또는 순도를 제공하였다.
일부 실시 형태에서, 예시적인 사이클 후 변형 및/또는 절단/탈보호 조건은 하기에 기술된 바와 같다:
Figure pct01041
Figure pct01042
Figure pct01043
일부 실시 형태에서, 금속 킬레이팅제 (금속 킬레이터)는 메르캅토에탄올, 1-도데칸티올, 디티오트레이톨 (DTT), 티오페놀, 1,2-디아미노에탄,1,3-디아미노프로판, 2,3-메르캅토 1-프로판술폰산, 2,3-메르캅토 프로판-1-올, 또는 메소 2,3-디메르캅토 숙신산이다.
일부 실시 형태에서, 사이클 후 변형 (예를 들어, TBAF 또는 TEA-HF 조건), 및 절단/탈보호 단계를 하나의 포트(pot)에서 수행하였다. 일부 실시 형태에서, 하나의 포트의 반응은 다량의 염을 생성하였다. 일부 실시 형태에서, 하나의 포트의 공정의 조 생성물을 먼저 탈염시킨 후 조 올리고뉴클레오티드 순도를 분석하였다.
일부 실시 형태에서, 사이클 후 변형, 및/또는 절단/탈보호 조건은 AMA 조건이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클 후 변형, 및/또는 절단/탈보호 조건은 TBAF 조건이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클 후 변형, 및/또는 절단/탈보호 조건은 TEA-HF 조건이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 사이클 후 변형, 및/또는 절단/탈보호 조건은 AMA 조건, TBAF 조건, 및/또는 TEA-HF 조건의 조합이거나 이를 포함한다. 당업자가 이해하는 바와 같이, 다양한 단계, 예를 들어 커플링, 변형 전 캡핑, 변형, 변형 후 캡핑, 탈차단, 사이클 후 변형, 절단/탈보호 등의 조건은 각각 개별적으로 최적화될 수 있고, 이는 본 발명에 따라 본 발명에서 제공되는 예시적인 조건들을 조정하는 것을 포함한다.
특히, 본 발명은 키랄 보조제로서 사용하기 위한 다양한 특성을 갖는 화합물, 및 전체 올리고뉴클레오티드 제조 스킴과 양립가능하면서 특성에 따라 특정 유형의 키랄 보조제를 효과적으로 제거할 수 있는 다양한 탈보호 조건을 제공함으로써, 엄청난 유연성 및 옵션을 제공하여서 올리고뉴클레오티드가 원하는 수율, 순도 및/또는 선택성으로 제조될 수 있게 한다.
일부 실시 형태에서, TBAF 또는 TEA-HF를 사용하는 대신에, 염기 불안정성 키랄 보조제, 예를 들어 PSM은 염기 처리, 예를 들어 염기의 무수 용액과의 접촉에 의해 제거될 수 있다. 특정 예가 본원에 실시예에 기술되어 있다.
실시예 4. 제공된 기술은 크게 개선된 결과를 제공한다.
특히, 본 발명은 적절한 기준 기술, 예를 들어 포스포르아미다이트 화학에 기초한 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성에서와 같이 캡핑 단계를 사용하는 것과 비교하여 크게 개선된 결과, 예를 들어 예상치 못하게 높은 조 순도 및 수율을 달성할 수 있는 기술을 제공한다. 다양한 서열 길이, 염기 서열, 염기 변형, 당 변형, 뉴클레오티드간 연결(천연 포스페이트 연결 및 키랄 제어 키랄 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함함), 변형 패턴, 백본 키랄 중심 패턴 등의 올리고뉴클레오티드 조성물(키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 포함함)을 제조하기 위해 제공된 기술을 이용하였다. 제공된 기술은 올리고뉴클레오티드 조성물, 특히 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 염기 서열, 화학적 변형, 입체화학 등과 상관 없이 고효율로 제공할 수 있다. 본 실시예는 특정 절차 및 WV-3473의 제조로부터의 결과를 설명한다.
WV-3473, 5'-fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU -3' (m: 2'-OMe, f: 2'-F; *: 포스포로티오에이트 연결; *S: Sp 포스포로티오에이트 연결; 당업자에 의해 이해되는 바와 같이 염기들 사이에 *가 없는 것은 천연 포스페이트 연결을 나타냄)(이는 6732.82의 분자량 (유리 산), 및 204,500의 흡광 계수 (M-1cm-1)를 가짐)의 제조를 위한 키랄 보조제로서 DPSE를 사용한 실시예 실행이 하기에 설명되어 있으며, 이는 제공된 기술의 다양한 장점, 예를 들어, 예상치 못하게 높은 조 순도 및 수율, 반응 조건의 증가된 유연성 등을 입증하였다.
합성을 위한 예시적인 사이클.
Figure pct01044
일부 실시 형태에서, 탈트리틸화는 탈차단 단계이다. 일부 실시 형태에서, 커플링은 커플링 단계이다. 일부 실시 형태에서, pre-Cap B는 변형 전 캡핑 단계이거나, 또는 변형 전 캡핑 단계의 조건을 이용한다. 일부 실시 형태에서, Cap은 변형 후 캡핑 단계이거나, 또는 변형 후 캡핑 단계의 조건을 이용한다. 일부 실시 형태에서, 티올화는 황화(티올화)를 포함하는 변형 단계이다. 일부 실시 형태에서, Post-Thio-Cap은 변형 후 캡핑 단계이다.
예시적 조건.
Figure pct01045
Figure pct01046
Figure pct01047
Figure pct01048
예시적인 사이클 후 변형, 절단 및 탈보호 조건. 실시예 2의 단계의 절단 및 탈보호 공정 파라미터를 이 섹션에서 설명하였다.
Figure pct01049
DMF/물 중 1 M TEA-HF (트리에틸아민 히드로플루오라이드)는 DPSE 보조 기를 입체정의된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결(이는 하나 이상의 입체정의된 뉴클레오티드간 연결을 포함함)로부터 제거한다. 조 물질은 가열된 조건 하에 진한 수성 수산화암모늄/에탄올을 이용하여 고체 지지체로부터 방출시켰다.
CPG 지지체를 사용한 B110의 경우, 하나의 포트의 공정을 이용하였다.
예시적인 사이클 후 변형, 절단 및 탈보호 조건.
Figure pct01050
DMF/물(3/1, v/v) 중 1 M TEA.HF 용액을 위한 예시적인 레시피.
Figure pct01051
DMSO/물(5/1, v/v) 중 TEA.HF의 5X 용액을 위한 레시피:
Figure pct01052
예시적 결과.
Figure pct01053
()는 UPLC 내로 주입되는 조 샘플의 순도를 나타낸다. 75.2%는 탈염 후 및 임의의 다른 정제 방법(예를 들어, NAP) 전이다. 예시적 결과가 도 1~4에 도시되어 있다. 사용한 예시적 NAP-10은 다음과 같았다:
과량의 보관 용액을 컬럼에 유통시키고;
컬럼을 MILLIQ® 물 (3 mL x 2)로 평형화하고;
1 mL 물 (대략 1 mg) 중 25 Od를 컬럼 내에 적용하고;
탈염 올리고뉴클레오티드를 1.5 mL의 물을 이용하여 컬럼으로부터 용출시키고;
용출된 올리고뉴클레오티드를 UPLC 내에 주입하여 조 순도를 평가하였다.
예시적인 UPLC 분석 공정은 다음과 같았다. 본 출원인은 체류 시간이 실행 조건, 예를 들어, 완충제의 배치, 구배, 샘플 조성 등으로 인해 변할 수 있음을 주목한다.
A: 100 mM HFIP, 10 mM TEA(물 중)
B: 100% 아세토니트릴
유량: 0.8 mL/min
온도: 55℃
컬럼: 워터스 어퀴티(Waters Acquity) BEH C18 1.7 um 2.1 x 50 mm
구배: 10 min 내에 3~13%
입증된 바와 같이, 제공된 기술은 특히, 예상치 못하게 높은 조 순도 및/또는 수율을 생성할 수 있다(예를 들어, B6의 경우 34%와 비교하여 B19의 경우 47.6%, B56의 경우 44.3%, 및 B110의 경우 75.2% (59%)). 제공된 기술을 사용하여 수백 그램의 치료용 올리고뉴클레오티드 제제를 제조하였다.
당업자는 설명된 기술(예를 들어, 시약, 농도, 조건, 용매 등)이 개선된 결과(예를 들어, 수율, 순도 등)를 달성하도록 조정될 수 있음을 인식하고 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, XH를 상기 기술된 것보다 더 낮은 농도(예를 들어, 0.2 M 미만)로 이용할 수 있다. 일부 실시 형태에서, XH를 약 0.1 M로 이용하였다. 일부 실시 형태에서, XH는 염기를 포함하는 용액, 예를 들어 피리딘-아세토니트릴 용액 중 약 0.1 M로 이용하였다(예를 들어, 피리딘 및 아세토니트릴 중 1:1(v/v)의 0.2 M XH). 일부 실시 형태에서, 더 낮은 농도는 개선된 생성물 수율 및/또는 순도(예를 들어, 특정한 원하지 않는 생성물(예를 들어, 원하는 포스포로티오에이트 연결 대신 포스페이트 연결을 갖는 부산물)의 관점에서, 1.5, 2, 3, 4, 5배 이상의 개선)를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 황화 시약 조성물은 약 90%, 80%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20%, 10% 이하의 염기, 예를 들어 피리딘(v/v)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 티올화 공정은 매우 강력하며; 예를 들어, 새로운 무수 아세토니트릴 및 피리딘을 새로운 병으로부터 직접적으로 사용하는 경우 추가 건조 단계가 필요하지 않다. 일부 실시 형태에서, 접촉 시간은 동일한 길이, 예를 들어 6분으로 유지하였다. 일부 실시 형태에서, 시약의 당량을 유지하기 위하여, 예를 들어 XH를 더 낮은 농도로 유지하기 위하여 용액의 총량을 증가시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 산화는 피리딘/물 중의 요오드를 사용하여 수행하였으며, 이는 더 안전하고 증가된 순도 및/또는 수율을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체, 예를 들어, CPG를 최적화할 수 있으며; 예를 들어, 일부 실시 형태에서, CPG는 예를 들어 대략 50~90, 60~70, 60~80, 60~90, 70~80, 70~90 umole/g 등의 제1 염기의 로딩량, 및/또는 예를 들어, 0.1~0.3, 0.1~0.15, 0.1~0.2, 0.1~0.25, 0.15~0.2, 0.15~0.25, 0.15~0.3, 0.20~0.21, 0.20~0.22, 0.20~0.23, 0.20~0.24, 0.20~0.25, 0.20~0.26, 0.20~0.27, 0.20~0.28, 0.20~0.29, 0.20~0.30, 0.22~0.23, 0.22~0.24, 0.22~0.25, 0.22~0.26, 0.22~0.27, 0.22~0.28, 0.22~0.29, 0.22~0.30, 0.25~0.26, 0.25~0.27, 0.25~0.28, 0.25~0.29, 0.25~0.30, 0.26~0.27, 0.26~0.28, 0.26~0.29, 0.27~0.28, 0.27~0.29, 0.27~0.3, 0.28~0.29, 0.28~0.3, 0.29~0.3 cc/g 등의 벌크 밀도를 갖는다.
일부 경우에, 조 올리고뉴클레오티드를 다양한 크로마토그래피 기술, 예를 들어 US 9598458, US 9744183, US 9605019, US 9394333, US 8859755, US 20130178612, US 8470987, US 8822671, US 20150211006, US 20170037399, US 20180216107, US 20180216108, US 20190008986, WO 2017/015555, WO 2017/015575, WO 2017/062862, WO 2017/160741, WO 2017/192664, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/022473, WO 2018/067973, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/032612, WO 2019/032607, WO 2019/055951, WO 2019/075357, WO 2019/200185, WO 2019/217784 등에 설명된 것을 사용하여 정제하였다.
실시예 5. 제공된 기술은 올리고뉴클레오티드를 고효율로 제공할 수 있다.
특히, 제공된 기술은 높은 수율 및/또는 순도를 갖고, 선택적으로, 각 올리고뉴클레오티드에 대한 화학 및 입체화학이 정밀하게 제어된 올리고뉴클레오티드의 매우 효율적인 합성에 특히 유용하다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 플레이트 포맷의 올리고뉴클레오티드의 콜렉션의 제조 방법을 제공한다. 플레이트 포맷에 유용한 규모로 병렬로 올리고뉴클레오티드를 합성하기 위한 예시적인 절차가 아래에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 선택적으로 각각의 올리고뉴클레오티드의 화학적 변형 및 입체화학이 독립적으로 제어된 올리고뉴클레오티드의 고처리량 제조 기술을 제공한다. 당업자는 정확한 조건, 예를 들어 용매, 농도, 반응 시간 등이 추가로 조정될 수 있음을 인식한다.
DPSE(키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 위하여) 및 시아노에틸 아미다이트(스테레오랜덤 또는 포스페이트 뉴클레오티드간 연결을 위하여)를 이소부티로니트릴, 아세토니트릴 또는 이들의 조합에서 0.1 M로 제조하였다. 전형적으로 이소부티로니트릴을 사용하였다. 일부 실시 형태에서, 이소부티로니트릴과 아세토니트릴의 조합을 이용하였다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어, 약 10%, 15%, 20% 등의 디클로로메탄 또는 테트라히드로푸란을 특정 아미다이트를 위하여 이용하였다. 1 umol 표준 CPG 컬럼을 사용하였다. 다른 지지체, 예를 들어, Nittophase(예를 들어, NITTOPHASE® 고체 지지체, NITTOPHASE® HL 고체 지지체 등), Universal 지지체 등도 이용할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 96개의 1-umol 컬럼의 플레이트를 합성에 사용하였고, 여기서 각각의 컬럼은 독립적으로 그리고 선택적으로, 원하는 대로 구조적 요소가 제어된 설계된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 데 이용할 수 있다. 일부 실시 형태에서, C18 카트리지 정제를 정제에 사용한다면 합성은 DMT-온(on)으로서 수행하였다. 사용한 예시적 시약은 다음과 같았다:
탈차단 용액 -디클로로메탄 중 3% 트리클로로아세트산
활성화제 1- 아세토니트릴 중 0.25 M ETT
활성화제 2 - 아세토니트릴 중 0.5 M CMIMT
Cap A - 테트라히드로푸란/2,6-루티딘/아세트산 무수물 (80/10/10)
산화 - THF/피리딘/H2O (70/20/10) 중 0.02 M 요오드
티올화 시약 - 피리딘 중 0.2 M 잔탄 히드라이드
Cap B - THF 중 16% n-메틸이미다졸
전형적인 사이클은 다음과 같았다:
탈차단; 그 후 이중 커플링; 그 후 단지 Cap A; 그 후 산화 또는 티올화; 그 후 Cap A 및 B (전형적으로 1:1)
모든 아미다이트를 전형적으로 이중 커플링시켰다. 각각의 커플링은 성장 중인 사슬에 대하여 9.5 당량의 아미다이트였다. 전형적으로 활성화제 1을 시아노에틸 아미다이트와 함께 사용하였다. 전형적으로 활성화제 2를 DPSE 아미다이트와 함께 사용하였다. 활성화제 1/시아노에틸 아미다이트의 비는 전형적으로 2.9였다. 활성화제 2/DPSE 아미다이트의 비는 전형적으로 5.8이었다. 커플링 시간은 아미다이트에 따라 대략 2 내지 6분의 범위이다.
올리고뉴클레오티드 사슬의 합성 후, 탈보호의 첫 번째 단계는 전형적으로 디에틸아민 세척이었다: 400 uL의 20% DEA를 각각의 컬럼에 첨가하고 5분에 걸쳐 배출되도록 한 후 완전히 견인하였다. 세척을 총 1200 uL 및 15분 동안 2회 더 반복하였다. 그 후 올리고뉴클레오티드/고체 지지체를 5 x 200 uL의 아세토니트릴로 세척하고 진공을 적용하여 건조시켰다. 일부 실시 형태에서, 단계는 5'-보호기를 유지시키는 시약 및/또는 조건을 이용하고; 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 제2 단계는 DMT를 온으로 유지시킨다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 추가 염기를 포함한다. 당업자는 조건 및/또는 시약이 본 발명에 따라 지지체의 유형, 2'-변형, 5'-보호(예를 들어, DMT) 온(on) 또는 오프(off) 등을 고려하여 조정될 수 있음을 인식한다. 일부 실시 형태에서, 제2 탈보호 단계는 DMF/물/TEA/TEA.3HF, 이어서 수산화암모늄을 이용한 처리였다: 디메틸포름아미드 / 물 / 트리에틸아민 / 트리에틸아민-트리히드로플루오라이드 용액을 다음의 비로 제조하였다: TEA.3HF 0.5 mL; TEA 0.877 mL; DMF 7.77 mL; 및 물 1.55 mL. 이 플루오라이드 용액 250 uL를 고체 지지체, 예를 들어 CPG에 첨가하고, 적합한 시간, 예를 들어 5시간 동안 실온에서 인큐베이션하였다. 그 후, 375 uL의 NH4OH를 직접 첨가하고 35℃에서 24시간 인큐베이션하였다. 샘플을 96웰 플레이트 필터(PTFE 0.45 uM)를 사용하여 여과하였다. 그 후, 이들을 4 x 250 uL의 물로 세척하였다. 그 후, 생성물을 카트리지 정제 및/또는 다른 정제 방법을 통해 선택적으로 정제하였다. 일부 실시 형태에서, DMT를 하나 이상의 정제 공정 동안 제거할 수 있다. 대안적으로, 5'-보호기, 예를 들어 DMT를 정제(예를 들어, HPLC, UPLC 등) 전에 제거할 수 있다.
실시예 6. 제공된 기술은 작업을 유의하게 단순화할 수 있다.
특히, 제공된 기술은 특히 대규모 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 작업을 크게 개선시킬 수 있다. 당업자라면, 용기로부터의 고체 지지체를 상이한 단계를 위한 용기로 옮기는 것이 효율을 유의하게 저하시키고 비용을 증가시킬 수 있음을 인식한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 전형적으로 전통적인 올리고뉴클레오티드의 온-컬럼 합성에서 오프-컬럼으로 수행되는 특정 공정을 수행함으로써 효율을 개선시키고/시키거나 비용을 감소시키는 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 온-컬럼 탈보호 및/또는 절단을 위한 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 확장성을 개선시킨다. 일례를 하기에 설명하였다.
키랄 보조제의 온-컬럼 제거.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 컬럼 상에서의 키랄 보조제의 제거 기술을 제공한다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, DPSE 보조제를 컬럼 상에서 제거하였다. 일부 실시 양태에서, TEA-HF 칵테일을 반응 용기 (100 mL/mmole)에 충전시켰다. 반응 용기를 상향 유동 배향으로 컬럼에 연결시켰다. DPSE 키랄 보조제의 제거를 완료하기 위해 적합한 온도 (일부 실시 형태에서, 실온)에서 6+/-0.5시간 동안 적합한 펌프를 사용하여 TEA-HF 칵테일을 순환시켰다. 이 단계 동안 지지체로부터 약 80%의 일부 생성물이 절단될 수 있다. 키랄 보조제의 탈보호는 전형적으로 6+/-0.5시간 후에 완료되었다. TEA-HF 칵테일은 적합한 양, 예를 들어, 1 cv의 DMSO : 물 (5:1)의 용액을 이용하여 컬럼으로부터 플러싱하여 TEA-HF 칵테일을 컬럼으로부터 제거하였으며, 상기 단계는 다음 단계에서 수산화암모늄의 첨가시 침전을 방지할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 반응물 및/또는 용기를 예를 들어 0℃까지 냉각시켰다.
지지체로부터의 생성물의 온-컬럼 절단.
일부 실시 형태에서, 남아 있는 생성물은 실온에서 30분 동안 수산화암모늄 (200 mL/mmole)으로 처리함으로써 지지체로부터 절단한다. 컬럼을 1 cv의 새로운 수산화암모늄으로 플러싱하여 컬럼으로부터의 생성물의 회수를 완료하였다. 일부 실시 형태에서, 절단 단계로부터의 생성물 용액은 키랄 보조제의 온-컬럼 제거된 생성물 용액을 포함하는 용기와는 다른 별개의 용기 내에 수집하였다.
탈보호.
수산화암모늄 생성물 용액을 교반하면서 TEA-HF 생성물 용기로 옮겼다. 온도를 증가시키고 24시간 동안 37±2℃에서 유지시켰다. 일부 실시 형태에서, 증가된 온도를 유지하는 것은 특정 보호기, 예를 들어 구아노신 염기의 엑소시클릭 고리 상의 iBu를 완전히 제거하기 위해 중요하다. 출원인은 온도가 너무 높을 수는 없음을 주목한다. 일부 실시 형태에서, 반응 온도가 높으면(예를 들어, 45℃), 조 샘플 중의 포스페이트 함량(원하는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 대신에)이 증가할 수 있음이 관찰되었다.
여과.
조 탈보호 물질을 10 uM 필터, 이어서 0.45 uM 필터로 여과하였다. 일부 실시 형태에서, 제2 여과는 정제 장비(예를 들어, 펌프, 컬럼 등)를 보호하고/하거나 정제 공정을 용이하게 한다.
TEA.HF의 1X 용액 (1 L)의 제조를 위한 예시적인 레시피
Figure pct01054
예시적인 WV-3473의 절단 및 탈보호 파라미터
Figure pct01055
실시예 7. 고체 또는 용액으로서의 올리고뉴클레오티드 생성물.
본 발명은 다양한 형태의 올리고뉴클레오티드 생성물을 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 생성물은 고체로서 제공되었다. 일부 실시 형태에서, 생성물은 예를 들어 물, 염 용액 또는 완충제 중 용액으로 제공되었다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어, 생성물, 예를 들어 상기 실시예로부터의 WV-3473을 동결건조시키고, 예를 들어 HDPE 병에 패키징하였다. 적절한 비히클(예를 들어, 물, 염 용액, 식염수 등)에서 동결건조 고체를 적합한 목표 농도까지 재구성함으로써 투여용 완제의약품을 제조할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 생성물, 예를 들어 상기 실시예로부터의 WV-3473을 대상체에게 투여하기 위해 사용한 농도와 비교하여 전형적으로 높은 농도의 용액으로서 제공하였다. 본 발명에 따라 다양한 용매를 이용할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 용매는 물(예를 들어, 주사 등급의 물)이다. 일부 실시 형태에서, 용매는 염 용액, 예를 들어 약물 제형, 주사 등에 사용되는 식염수 용액이다. 일부 실시 형태에서, 용매는 완충제, 예를 들어 PBS, DPBS 등이다. 적절한 비히클(예를 들어, 물, 염 용액, 식염수 등)을 사용하여 생성물을 적합한 목표 농도까지 재구성할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 액체 제형은 특정 이점을 제공하고, 예를 들어 일부 실시 형태에서 동결건조 공정의 제거 및 관련 작업은 높은 생성물 순도 및/또는 수율을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 액체 제형(액체 원료 의약품)은 약물 생성물 바이알링 단계를 단순화하고/하거나, 효율을 개선시키고/시키거나 비용을 낮춘다.
최종 DF 단계 동안 정용 여과(DF) 완충제로서 DPBS를 사용하는 절차를 아래에 설명하였다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 다양한 다른 용액, 예를 들어 염 용액, 완충제(예를 들어, PBS) 등을 사용할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 다양한 공정 화학 기술에 대한 테스트 올리고뉴클레오티드인 WV-3473이었다.
특정 장비, 원료 및 공정 보조제
Figure pct01056
DPBS 1x(칼슘 무함유, 마그네슘 무함유) 매질 제형
Figure pct01057
예시적인 한외여과(UF) /DF 단위 작업 흐름: 처음 농축 (UF) (목표: 20 mg/mL), 그 후 첫 번째 정용여과 (DF) (투과 조건: ≤ 1 mS/cm), 그 후 두 번째 정용여과 (DF) (DPBS, ≥ 10 DV, pH 7), 그 후 최종 농축 및 헹굼 (DPBS) (목표 ≥36 mg/mL).
WV-3473의 처음 농축 (UF)
2 X 0.1 M2 2K SARTOCON® 슬라이스 셀룰로오스 막을 SARTOFLOW® 스마트 TFF 시스템에 설치하고 상기 유닛을 0.5 N NaOH 및 WFI로 세정하였다. 그 후 20 L LDPE 병에서 정제 단계로부터의 풀링된 샘플 (13.8 L, 362,112 OD)을 상기 시스템에 연결된 외부 연동 펌프에 부착시켰다.
600 OD/mL의 농도를 목표로 하여, 재순환 공급 탱크 중량은 '자동' 모드에서 WIRC2100 로드 셀 모듈을 사용하여 600 g (600 mL)으로 설정하였다. 그 후 노브를 시계 반대 방향으로 돌려 투과 제어 밸브를 완전히 열었다. 순환 펌프 설정을 30%로 하고 2.5~3.0 bar의 TMP를 목표로 하여, PIR2600이 2.5~3.0 bar의 값을 기록할 때까지 보유 압력 제어 밸브를 조심스럽게 시계 방향으로 돌렸다. 이러한 설정을 이용하면 최대 77 g/min의 초기 투과 유량이 기록되었다. 그 후 초기 한외여과를 하기에 요약된 바와 같이 수행하였다:
초기 UF:
Figure pct01058
물을 이용한 첫 번째 정용여과 (DF): 샘플을 공급 탱크에서 600 mL, 600 OD/mL까지 농축한 후, 20 L LDPE 병을 WFI의 20 L 백으로 교체하고 외부 연동 펌프에 부착하였다. 위에서 설정한 것과 동일한 조건을 사용하여 투과물 전도도가 ≤ 1000 μS/cm가 될 때까지 정용여과 (DF)를 수행하였으며, 이는 하기에 요약된 바와 같았다:
Figure pct01059
DPBS를 이용한 두 번째 정용여과 (DF): 상기에 기술한 바와 같은 DF 후, WFI 백을 6 L의 DPBS로 교체하고 외부 연동 펌프에 부착시켰다. 상기 설정된 동일한 조건을 사용하여, 10 DV가 교환될 때까지 DPBS를 사용하여 최종 정용여과 (DF)를 수행하였다. 이 단계 동안 pH는 8.65에서 7.03까지 강하하였다. 측정된 최종 투과물 전도도는 ≥ 13 mS/cm였다. 파라미터 세트의 일례가 하기에 요약되어 있다:
Figure pct01060
최종 농축 및 헹굼: DPBS DF 단계의 완료 후, WIRC2100 로드 셀 모듈을 "off" 모드로 설정하여 외부 연동 펌프를 중지하였다. 상기에 기술된 바와 같은 다른 모든 파라미터를 유지하면서, 공급 탱크 중량이 100 g (100 mL)이 될 때까지 샘플을 농축시켰다. 그 후 노브를 시계 반대 방향으로 돌려 1개의 잔류물 압력 제어 밸브를 완전히 열었다. 그 후 노브를 시계 방향으로 돌려 1개의 투과물 제어 밸브를 완전히 닫았다. 그 후, 순환 펌프 세팅을 70%로 하여 생성물을 500 mL 살균 코닝 병 내로 배출시켰다. 공급 탱크를 2 x 50 mL의 DPBS로 헹구고 헹굼물을 2개의 별개의 150 mL 살균 코닝 병 내로 배출시켰다. 그 후, 3개의 병의 OD를 측정하여 수율 및 회수율을 결정하였다. 그 후, 벌크 생성물 및 상기 2개의 린스를 합하여 농도가 1523 OD/mL인 생성물을 수득하였다. 예시적인 결과가 하기에 요약되어 있다:
Figure pct01061
실시예 8. 조 생성물의 UF/DF.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 하나 이상의 정제 단계 전에 시약, 부산물, 염 등의 제거를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 화학 물질의 제거는기구를 보호하고/하거나, 작업을 용이하게 하고/하거나, 효율 및 결과를 개선시키고/시키거나 비용을 낮추는 것을 돕는다. UF/DF를 사용한 일례가 하기에 설명되어 있다.
조 WV-3473을 여과시키고 (0.22 uM) 2℃에서 보관하였다. 일부 실시 형태에서, 보관시에 침전이 일어나며, 용액은 예를 들어 조 용액에 존재하는 염, 유기 용매 등으로 인해 임의의 이론에 구애되고자 함이 없이 탁하고 흐린 혼합물로 변할 수 있다. 전형적으로, 혼합물의 샘플을 물로 희석할 때 (예를 들어, X 5), 투명한 용액이 형성되었다. 또한 탁한 물질을 여과하여 (0.22 uM) 투명 용액을 얻을 수 있다.
하나의 예시적인 절차에서, 여과된 조 물질 (600 mL, 61,200 OD)을 물로 5 L 매질 병 내로 X5로 희석시켰다. 0.1 M2 2K SARTOCON® 슬라이스 셀룰로오스 막을 갖춘 SARTOFLOW® 스마트 TFF 시스템을 사용하여 예시적인 샘플의 UF/DF 파라미터 및 데이터가 하기에 요약되어 있다.
Figure pct01062
실시예 9. 예시적인 합성 후 공정
올리고뉴클레오티드의 정제, 제형화 등에 다양한 기술이 이용될 수 있다. 정제, UF/DF, 동결건조 등을 포함하여 올리고뉴클레오티드의 합성 후 프로세싱에 유용한 특정한 에시적 공정이 하기에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 음이온 교환 수지 정제를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 AEX 정제를 포함한다. 일부 실시 형태에서, AEX 정제는 LEWA 정제 스키드를 사용하여 20 mg/mL의 로딩을 목표로 하는 TSKgel SuperQ 5PW (20 μm)에서 수행한다. 일부 실시 형태에서, 음이온 교환 수지는 개선된 정제 순도 및 수율을 제공한다. 일부 실시 형태에서, UF/DF는 SARTOFLOW® 어드밴스드(Advanced) 시스템에서 수행하는 반면, 동결건조는 VirTis Lyo 시스템에서 수행하였다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, WV-3473을 CPG 고체 지지체에서 예를 들어, 1.26 mmol로 제조하였다. 예로서, 일부 실시 형태에서, 제조는 고상 합성 (1.26 mmol), 그 후 탈실릴화 (1X 용액) (DPSE 보조제의 제거), 그 후 절단 및 탈보호 (진한 NH4OH), 그 후 정제 (TSKgel SuperQ 5PW), 그 후 UF/DF (SARTOCON® 2K), 그 후 동결건조 (이는 생성물 올리고뉴클레오티드가 예를 들어 상기 실시예에 기술된 바와 같이 고농도 용액으로서 제공되는 경우 UF/DF로 선택적으로 대체될 수 있음)를 포함한다.
특정 약어:
Figure pct01063
예시적 크로마토그래피.
예시적 TSKgel SuperQ 5PW (20 μm) 컬럼 패킹 조건
압축 계수: 1.20
컬럼을 패킹하기 위하여 ≥10 Bar (150 psi)를 목표로 함
패킹 전에 2~3회 정의
패킹 전 슬러리 농도: 65~70%
패킹 완충제: 20% 에탄올
베드가 안정되도록 컬럼을 하룻밤 압력 (DAC 모드) 하에 둔다.
20 mg/mL의 로딩에서, 2 내지 8℃에서 보관시 중화된 분획에서 침전이 관찰됨
예시적 컬럼 효율 테스트
Figure pct01064
예시적인 크로마토그래피 공정 파라미터
Figure pct01065
Figure pct01066
Figure pct01067
Figure pct01068
한외여과(UF) / 정용여과(DF)
UF/DF 공정 파라미터. 일부 실시 형태에서, 막은 재사용 테스트를 통과할 경우 재사용될 수 있다.
Figure pct01069
Figure pct01070
Figure pct01071
냉동 건조
예시적인 냉동 건조 파라미터
Figure pct01072
실시예 10. 입체선택적 합성에 유용한 특정 화합물의 제조.
특히, 본 발명은, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성 및/또는 포스포르아미다이트를 위한 키랄 보조제를 제공하기 위한 입체선택적 합성에 유용한, 예를 들어 화학식 I, I-a, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, II, II-a, II-b, III, III-a, 또는 III-b의 화합물, 또는 이의 염을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결 제조에 유용한 기술(예를 들어, 키랄 보조제, 포스포르아미다이트, 사이클, 조건, 시약 등)을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 특정 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, PN=(이때, P는 연결임)을 포함하는, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 중성 뉴클레오티드간 연결 등을 제조하는 데 특히 유용하다. 일부 실시 형태에서, 연결 인은 3가이다. 일부 실시 형태에서, 연결 인은 5가이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 예시적인 특정 기술(키랄 보조제 및 이들의 제조, 포스포르아미다이트 및 이들의 제조, 사이클, 조건, 시약 등)은 본원의 실시예에 기술되어 있다. 특히, 이러한 키랄 보조제는 (예를 들어, 화학식 O, P, Q, R 또는 DPSE의) 기준 키랄 보조제와 비교하여, 더 온화한 반응 조건, 더 높은 작용기 상용성, 대안적인 탈보호 및/또는 절단 조건, 더 높은 조 수율 및/또는 정제 수율, 더 높은 조 순도, 더 높은 생성물 순도, 및/또는 더 높은(또는 실질적으로 동일하거나 비견되는) 입체선택성을 제공한다.
Figure pct01073
2개의 배치를 병행한다: THF(600 mL) 중 메틸술포닐벤젠 (102.93 g, 658.96 mmol, 1.5 당량)의 용액에 KHMDS(1 M, 658.96 mL, 1.5 당량)를 -70℃에서 적가하고, -30℃까지 30분에 걸쳐 서서히 가온하였다. 그 후, 상기 혼합물을 -70℃까지 냉각시켰다. THF(400 mL) 중 화합물 1(150 g, 439.31 mmol, 1 당량)의 용액을 -70℃에서 적가하였다. 상기 혼합물을 -70℃에서 3시간 동안 교반시켰다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 3:1, Rf = 0.1)는 화합물 1이 완전히 소모되었고, 더 큰 극성의 하나의 주요한 새로운 반점이 검출되었음을 나타내었다. 2개의 배치를 합하였다. 반응 혼합물은 포화 NH4Cl(수성, 1000 mL)에의 첨가에 의해 켄칭하고, 그 후 EtOAc(1000 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 1000 mL의 용액을 수득하였다. 그 후, MeOH(600 mL)를 첨가하고, 감압 하에 농축시켜 1000 mL의 용액을 수득한 다음, 잔사를 여과하고 MeOH(150 mL)로 세척하고; 잔사를 THF(1000 mL) 및 MeOH(600 mL)로 용해시킨 다음, 감압 하에 농축시켜 1000 mL의 용액을 수득하였다. 그 후, 여과하여 잔사를 수득하고, MeOH(150 mL)로 세척하였다. 한 번 더 반복한다. 화합물 2(248 g, 미정제)가 백색 고체로서 얻어졌다. 합한 모용액을 감압 하에 농축시켜 화합물 3(200 g, 미정제)을 황색 오일로 수득하였다.
화합물2 : 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.80 (d, J =7.5 Hz, 2H), 7.74 - 7.66 (m, 1H), 7.61 - 7.53 (m, 2H), 7.47 (d, J = 7.5 Hz, 6H), 7.24 - 7.12 (m, 9H), 4.50 - 4.33 (m, 1H), 3.33 (s, 1H), 3.26 (ddd, J = 2.9, 5.2, 8.2 Hz, 1H), 3.23 - 3.10 (m, 2H), 3.05 - 2.91 (m, 2H), 1.59 - 1.48 (m, 1H), 1.38 - 1.23 (m, 1H), 1.19 - 1.01 (m, 1H), 0.31 - 0.12 (m, 1H).
화합물 WV-CA-108의 제조.
Figure pct01074
THF(1 L) 중 화합물 2(248 g, 498.35 mmol, 1당량)의 용액에 HCl(5 M, 996.69 mL, 10당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 1시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 3:1, Rf = 0.03)는 화합물 2가 완전히 소모되었고, 더 큰 극성의 하나의 주요한 새로운 반점이 검출되었음을 나타내었다. 생성된 혼합물을 MTBE(500 mL x 3)로 세척하였다. 합한 유기층을 물(100 mL)로 역추출하였다. 합한 수성층을 수성 5 M NaOH로 pH 12까지 조정하고, DCM(500 mL x 3)으로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 백색 고체를 수득하였다. WV-CA-108(122.6 g, 미정제)이 백색 고체로서 얻어졌다.
1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.95 (d, J = 7.5 Hz, 2H), 7.66 (t, J = 7.5 Hz, 1H), 7.57 (t, J = 7.7 Hz, 2H), 4.03 (ddd, J = 2.6, 5.3, 8.3 Hz, 1H), 3.37 - 3.23 (m, 2H), 3.20 - 3.14 (m, 1H), 2.91 - 2.75 (m, 3H), 2.69 (br s, 1H), 1.79 - 1.54 (m, 5H); 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 139.58, 133.83, 129.28, 127.98, 67.90, 61.71, 59.99, 46.88, 25.98, 25.84; LCMS [M + H]+: 256.1. LCMS 순도: 100%. SFC 100% 순도.
특히, 본 발명은 반응(예를 들어, 화합물 1부터 화합물 2까지)에 사용된 염기가 이러한 반응의 입체선택성에 영향을 미칠 수 있다는 인식을 포함한다. 예시적인 특정 결과가 아래에 기술되어 있다:
Figure pct01075
Figure pct01076
화합물 WV-CA-237의 제조
Figure pct01077
THF(1.5 L) 중 화합물 3(400.00 g, 803.78 mmol)의 용액에 HCl(5 M, 1.61 L)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 3이 완전히 소모되었고, 더 큰 극성의 하나의 주요한 새로운 반점이 검출되었음을 나타내었다. 생성된 혼합물을 MTBE(500 mL x 3)로 세척하였다. 합한 수성층을 수성 5 M NaOH로 pH 12까지 조정하고, DCM(500 mL x 1) 및 EtOAc(1000 mL x 2)로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 갈색 고체를 수득하였다. WV-CA-237(100 g, 미정제)이 갈색 고체로서 얻어졌다.
잔사를 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 3/1→에틸 아세테이트: 메탄올 = 1:2)로 정제하여 24 g의 조 물질을 수득하였다. 그 후, 4 g의 잔사를 분취용 HPLC(컬럼: Phenomenex luna C18 250 x 50 mm x 10 um; 이동상: [물(0.05% HCl)-ACN]; B%: 2% → 20%, 15분)로 정제하여 원하는 화합물(2.68 g, 수율: 65%)을 백색 고체로 수득하였다. WV-CA-237(2.68 g)이 백색 고체로서 얻어졌다. WV-CA-237 : 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.98 - 7.88 (m, 2H), 7.68 - 7.61 (m, 1H), 7.60 - 7.51 (m, 2H), 4.04 (dt, J = 2.4, 5.6 Hz, 1H), 3.85 (ddd, J = 3.1, 5.6, 8.4 Hz, 1H), 3.37 - 3.09 (m, 3H), 2.95 - 2.77 (m, 3H), 1.89 - 1.53 (m, 4H), 1.53 - 1.39 (m, 1H); 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 139.89, 133.81, 133.70, 129.26, 129.16, 128.05, 127.96, 68.20, 61.77, 61.61, 61.01, 60.05, 46.67, 28.02, 26.24, 25.93; LCMS [M + H]+ :256.1. LCMS 순도: 80.0%. SFC dr = 77.3 : 22.7.
Figure pct01078
THF(1400 L) 중 화합물 4(140 g, 410.02 mmol)의 용액에 메틸술포닐벤젠(96.07 g, 615.03 mmol)을 첨가한 다음, 0.5시간 내에 KHMDS(1 M, 615.03 mL)를 첨가하였다. 혼합물을 -70 내지 -40℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 4가 소모되었고, 하나의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(수성, 3000 mL)을 0℃에서 첨가하여 켄칭하고, EtOAc(3000 mL)로 희석하고, EtOAc(2000 mL x 3)로 추출하였다. Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 조 생성물에 THF(1000 mL) 및 MeOH(1500 mL)를 첨가하고, 45℃에서 감압 하에 약 1000 mL의 잔사가 남을 때까지 농축시키고, 고체를 여과하였다. 3회 반복한다. 화합물 5(590 g, 72.29%의 수율)를 황색 고체로 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.81 (d, J = 7.5 Hz, 2H), 7.75 - 7.65 (m, 1H), 7.62 - 7.53 (m, 2H), 7.48 (br d, J = 7.2Hz, 6H), 7.25 - 7.11 (m, 9H), 4.50 - 4.37 (m, 1H), 3.31 - 3.11 (m, 3H), 3.04 - 2.87 (m, 2H), 1.60 - 1.48 (m, 1H), 1.39 - 1.24 (m,1H), 1.11 (dtd, J = 4.5, 8.8, 12.8 Hz, 1H), 0.32 - 0.12 (m, 1H).
화합물 WV-CA-236의 제조.
Figure pct01079
THF(1100 mL) 중 화합물 5(283 g, 568.68 mmol)의 용액에 HCl(5 M, 1.14 L)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 5가 소모되었고, 2개의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 MTBE(1000 mL x 3)로 세척한 다음, 수성상을 0℃에서 pH = 12가 될 때까지 NaOH(5 M)를 첨가하여 염기성화한 후, DCM(1000 mL x 3)으로 추출하여 잔사를 수득하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 화합물 WV-CA-236(280 g, 1.10 mol, 96.42% 수율)이 황색 고체로서 얻어졌다.
조 생성물에 0℃에서 HCl/ EtOAc(1400 mL, 4 M)를 첨가하고, 2시간 후, 백색 고체를 여과하고, 고체를 MeOH(1000 mL x 3)로 세척하였다. LCMS는 이러한 고체가 또 다른 피크를 함유하였음을 보여주었다(MS = 297). 그 후, 백색 고체에 H2O(600 mL)를 첨가하고, DCM(300 mL x 3)으로 세척하였다. 수성상에 NaOH(5 M)를 pH = 12가 될 때까지 첨가하였다. 그 후, DCM(800 mL)으로 희석하고, DCM(800 mL x 4)으로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 생성물을 수득하였다. 화합물 WV-CA-236(280 g)이 황색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 8.01 - 7.89 (m, 2H), 7.69 - 7.62 (m, 1H), 7.61 - 7.51 (m, 2H), 4.05 (ddd, J = 2.8, 5.2,8.4 Hz, 1H), 3.38 - 3.22 (m, 2H), 3.21 - 3.08 (m, 1H), 2.95 - 2.72 (m, 4H), 1.85 - 1.51 (m, 4H); 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 139.75, 133.76, 129.25, 127.94, 67.57, 61.90, 60.16, 46.86, 25.86. LCMS [M + H]+: 256. LCMS 순도: 95.94. SFC 순도: 99.86%.
Figure pct01080
THF(500 mL) 중 1-메톡시-4-메틸술포닐-벤젠(36.82 g, 197.69 mmol)의 용액에 KHMDS(1 M, 197.69 mL)를 -70℃에서 첨가하고, 0.5시간 후에 THF(400 mL) 중 화합물 4(45 g, 131.79 mmol)를 -70℃에서 첨가하였다. 상기 혼합물을 -70 → -30℃에서 4시간 동안 교반한 다음, 혼합물에 KHMDS(1 M, 131.79 mL)를 -70℃에서 첨가하였다. 상기 혼합물을 -70℃에서 1시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 4가 남아 있고, 2개의 새로운 반점이 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(수성, 300 mL)에 의해 켄칭한 다음, EtOAc(500 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 잔사를 THF(800 mL) 및 MeOH(500 mL)에 용해시킨 다음, 감압 하에 200 mL의 용매가 남을 때까지 농축시켰다. 혼합물에 MeOH(500 mL)를 첨가하고, 감압 하에 농축시켜 200 mL의 용매를 남겼고, 고체가 나타났다. 고체를 여과하여 생성물을 수득하였다. 미분화를 2회 반복하였다. 화합물 6(49.8 g, 71.61%의 수율)이 갈색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.73 - 7.66 (m, 2H), 7.46 (d, J =7.5 Hz, 6H), 7.24 - 7.11 (m, 9H), 7.04 - 6.96 (m, 2H), 4.37 (td, J =3.1, 8.3 Hz, 1H), 3.94 - 3.88 (m, 3H), 3.36 (s, 1H), 3.26 - 3.10 (m, 3H), 3.00 - 2.89 (m, 2H), 1.58 - 1.45 (m, 1H), 1.37 - 1.23 (m, 1H), 1.15 - 1.00 (m, 1H), 0.26 - 0.10 (m, 1H).
화합물 WV-CA-241의 제조.
Figure pct01081
THF(250 mL) 중 화합물 6(50 g, 94.76 mmol)의 용액에 HCl(5 M, 189.51 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 6이 소모되었고, 2개의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 MTBE(200 mL x 3)로 추출하고, MTBE 상을 버렸다. 그 후, 수상에 5 M NaOH(수성)를 첨가하여 pH = 9가 되게 하고, DCM(200 mL x 5)으로 추출하였다. 합한 유기층을 염수(100 mL)로 세척하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 생성물을 수득하였다. WV-CA-241(27 g, 98.10%의 수율, LCMS 순도: 98.24% 순도)이 무색 오일로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.83 - 7.76 (m, 2H), 6.98 - 6.91 (m, 2H), 4.00 (ddd, J = 2.9, 5.0, 8.4 Hz, 1H), 3.81 (s, 3H), 3.33 - 3.07 (m, 5H), 2.87 - 2.75 (m, 2H), 1.74 - 1.49 (m, 4H); 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 163.79, 131.10, 130.21, 114.44, 67.66, 61.88, 60.25, 55.69, 46.85, 25.84, 25.81. LCMS [M + H]+: 286.1. LCMS 순도: 98.24%. SFC: dr = 0.18: 99.82. LCMS 순도: 99.9%; SFC 순도: 99.82%.
Figure pct01082
THF(1200 mL) 중 2-메틸술포닐프로판(32.21 g, 263.59 mmol)의 용액에 KHMDS(1 M, 263.59 mL)를 -60℃에서 적가하고, -30℃까지 천천히 30분에 걸쳐 가온하였다. 그 후 상기 혼합물을 -70℃까지 냉각시켰다. THF(300 mL) 중 화합물 4(60 g, 175.72 mmol)의 용액을 -70℃ → 60℃에서 30분에 걸쳐 적가하였다. 상기 혼합물을 -70℃ → 60℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 4가 소모되었고, 새로운 반점이 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 포화 수성 NH4Cl(800 mL)에 의해 켄칭한 다음, EtOAc(1 L x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켰다. 화합물 7(95 g, 미정제)이 황색 고체로서 얻어졌다.
화합물 WV-CA-242의 제조.
Figure pct01083
THF(400 mL) 중 화합물 7(95 g, 204.90 mmol)의 용액에 HCl(5 M, 409.81 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 0 → 25℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 7이 소모되었고, 하나의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 MTBE(300 mL x 3)로 세척한 다음, 수성상을 0℃에서 pH = 12가 될 때까지 NaOH(5 M)를 첨가하여 염기화한 후, DCM(300 mL x 3)으로 추출하여 잔사를 수득하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 화합물 WV-CA-242(45 g, 99.23%의 수율)가 황색 오일로서 얻어졌다. LCMS [M + H]+: 222.0.
화합물 WV-CA-242의 정제.
Figure pct01084
EtOH(450 mL) 중 WV-CA-242(45 g, 203.33 mmol), (E)-3-페닐프로프-2-엔산(30.12 g, 203.33 mmol)의 용액을 80℃에서 1시간 동안 교반하였다. 반응물을 진공에서 농축시켰다. 잔사를 TBME(400 mL)에 용해시킨 다음, 80℃에서 15분 동안 교반한 후, 혼합물에 EtOH(20 mL) 및 MeCN(30 mL)을 첨가한 다음, 혼합물을 여과하고, 여과 케이크를 TBME(30 mL x 2)로 세척한 다음, 이를 8회 수행하였다. 염(35 g, 미정제)이 적색 고체로서 얻어졌다.
H2O(20 mL) 중 염(34 g, 92.02 mmol)의 용액에 수성 5 N NaOH(5 M, 36.81 mL)를 첨가하였다. 상기 혼합물을 25℃에서 10분 동안 교반하였다. 반응물을 DCM(100 mL x 8)으로 추출한 다음, 유기상을 진공에서 농축하였다. 화합물 WV-CA-242(18.9 g, 91.09%의 수율, 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 4.13 (ddd, J = 2.1, 4.6, 9.5 Hz, 1H), 3.38 (spt, J = 6.9 Hz, 1H), 3.23 - 3.14 (m, 2H), 3.01 (dd, J = 2.1, 14.4 Hz, 1H), 2.95 - 2.91 (m, 2H), 1.83 - 1.60 (m, 4H), 1.40 (dd, J = 4.0, 6.8 Hz, 6H); 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 67.45, 61.71, 53.93, 53.42, 46.80, 25.86, 5.43, 16.03, 14.17. LCMS [M + H]+: 222.1. LCMS 순도: 98.17%.
Figure pct01085
THF(150 mL) 중 2-메틸-2-(메틸술포닐)프로판(14.96 g, 109.83 mmol)의 용액에 KHMDS(1 M, 109.83mL)를 -70℃에서 적가하고, -30℃까지 서서히 30분에 걸쳐 가온하였다. 그 후 상기 혼합물을 -70℃까지 냉각시켰다. THF(100 mL) 중 화합물 4(25.00 g, 73.22 mmol)의 용액을 -70℃에서 적가하였다. 상기 혼합물을 -70℃에서 4시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 3:1 Rf = 0.3)는 화합물 4가 조금 남아있고, 더 큰 극성의 하나의 주요한 새로운 반점이 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(수성, 100 mL)에의 첨가에 의해 켄칭한 다음, EtOAc(10 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 30 mL의 용액을 수득하였다. 그 후, MeOH(30 mL)를 첨가하고, 감압 하에 농축시켜 30 mL의 용액을 수득한 다음, 잔사를 여과하고 MeOH(10 mL)로 세척하였다. 잔사를 THF(30 mL) 및 MeOH(30 mL)로 용해시킨 다음, 감압 하에 농축시켜 30 mL의 용액을 수득하였다. 그 후, 여과하여 잔사를 수득하고, MeOH(10 mL)로 세척하였다. 한 번 더 반복하여 21 g의 백색 고체 및 20 g의 갈색 오일을 수득하였다. 화합물 8(21 g, 미정제)이 백색 고체로서 얻어졌고, 화합물 8A(20 g, 미정제)가 갈색 오일로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.56 (d, J = 7.5 Hz, 6H), 7.32 - 7.23 (m, 6H), 7.21 - 7.14 (m, 3H), 4.85 - 4.68 (m, 1H), 3.52 - 3.43 (m, 4H), 3.41 (td, J = 3.8, 8.1 Hz, 1H), 3.28 (td, J = 8.5, 11.9 Hz, 1H), 3.09 - 2.91 (m, 2H), 2.78 (dd, J = 2.6, 13.6 Hz, 1H), 1.65 - 1.50 (m, 1H), 1.37 (s, 10H), 1.16 - 0.98 (m, 2H), 0.39 - 0.21 (m, 1H). LCMS [M + H]+: 235.9.
화합물 WV-CA-243의 제조.
Figure pct01086
THF(200 mL) 중 화합물 8(20 g, 41.87 mmol)의 용액에 HCl(5 M, 83.74 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 8이 완전히 소모되었고, 더 큰 극성의 하나의 주요한 새로운 반점이 검출되었음을 나타내었다. 생성된 혼합물을 MTBE(100 mL x 3)로 세척하였다. 합한 수성층을 수성 5 M NaOH로 pH 12까지 조정하고, DCM(50 mL x 3)으로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 백색 고체를 수득하였다. WV-CA-243(9 g, 90.42%의 수율, 99%의 순도)이 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ 4.18 (ddd, J = 2.8, 5.8, 8.2 Hz, 1H), 3.29 - 3.21 (m, 1H), 3.19 (d, J = 2.6 Hz, 1H), 3.16 - 3.08 (m, 1H), 2.92 (t, J = 6.6 Hz, 2H), 2.74 (br s, 1H), 1.92 - 1.81 (m, 1H), 1.81 - 1.61 (m, 3H), 1.42 (s, 10H); 13CNMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 68.01, 62.00, 59.73, 49.79, 46.96, 26.77, 25.80, 23.22. LCMS [M + H]+: 236.1. LCMS 순도: 99.46%.
Figure pct01087
THF(100 mL) 중 Mg의 (클로로메틸)(페닐)술판(17.08 g, 702.90 mmol, 4당량) 및 I2(0.50 g, 1.97 mmol, 396.83 uL, 1.12~2당량)의 용액에 1,2-디브로모에탄(1.25 g, 6.63 mmol, 0.5 mL, 3.77 - 2당량)을 첨가하였다. 혼합물이 무색으로 변하면, THF(100 mL) 중 클로로메틸술파닐벤젠(111.51 g, 702.90 mmol, 4당량)을 10~20℃에서 1시간 동안 적가하였다. 첨가 후, 혼합물을 10 내지 20℃에서 1시간 동안 교반하였고, 대부분의 Mg가 소모되었다. 그 후, 혼합물을 -78℃에서 THF(600 mL) 중 화합물 1(60 g, 175.72 mmol, 1당량)의 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 -78℃~20℃에서 4시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 9: 1, Rf = 0.26)는 화합물 1이 남았고, 2개의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 0℃에서 물(100 mL)을 첨가하여 켄칭한 다음, EtOAc(100 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 잔사를 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 200/1 내지 10:1)로 2회 정제하였다. 화합물 9(80 g, 171.80 mmol, 97.77%의 수율)가 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.52 (d, J = 7.5 Hz, 6H), 7.31 - 7.09 (m, 14H), 4.24 - 4.14 (m, 1H), 3.54 - 3.44 (m, 1H), 3.30 - 3.18 (m, 1H), 3.08 - 2.96 (m, 1H), 2.91 (s, 1H), 2.80 (d, J = 7.0 Hz, 2H), 1.69 - 1.53 (m, 1H), 1.39 - 1.30 (m, 1H), 1.15 - 1.01 (m, 1H), 0.30 - 0.12 (m, 1H).
화합물 WV-CA-244의 제조.
Figure pct01088
EtOAc(350 mL) 중 화합물 9(80 g, 171.80 mmol, 1당량)의 용액에 HCl(5 M, 266.30 mL, 7.75당량)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 18시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 9: 1, Rf = 0.01)는 화합물 1이 소모되었고, 새로운 반점들이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 MTBE(200 mL x 3)로 추출하고, MTBE 상을 버렸다. 그 후, 수상에 2 M NaOH(aq.)를 첨가하여 pH = 9가 되게 하고, EtOAc(200 mL x 5)로 추출하였다. 합한 유기층을 염수(200 mL)로 세척하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 조 생성물을 수득하였다. 조 생성물에 70℃에서 EtOAc(100 mL)를 첨가하였다. 상기 혼합물을 70℃ → 20℃에서 1시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 여과하고, 여과 케이크를 건조시켜 생성물을 수득하였다. WV-CA-244(31.9 g, 142.84 mmol, 94.66% 수율)가 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.37 (d, J = 7.5 Hz, 2H), 7.26 (t, J = 7.7 Hz, 2H), 7.20 - 7.12 (m, 1H), 3.74 - 3.65 (m, 1H), 3.24 - 3.15 (m, 1H), 3.13 - 3.00 (m, 2H), 3.00 - 2.21 (m, 4H), 1.77 - 1.59 (m, 4H); 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 136.04, 129.35, 128.95, 126.15, 70.75, 61.64, 46.86, 38.54, 25.86, 25.17. LCMS [M + H]+: 224.1. LCMS 순도: 99.57%.
Figure pct01089
THF(800 mL) 중 4-메틸술포닐벤조니트릴(47.76 g, 263.59 mmol, 1.5 당량)의 용액에 -70℃ → -40℃에서 KHMDS(1 M, 263.59 mL, 1.5 당량)를 첨가하고, 0.5시간 후에 THF(400 mL) 중 화합물 4(60.00 g, 175.72 mmol, 1 당량)를 -70℃에서 첨가하였다. 상기 혼합물을 -70℃에서 2.5시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 9: 1, Rf = 0.4)는 화합물 4가 소모되었고, 하나의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(20 mL)을 0°C에서 첨가하여 켄칭하고, DCM(600 mL x 3)으로 추출하였다. Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 잔사를 MeOH(500 mL x 5)로 세척하여 화합물 10(28 g, 53.57 mmol, 30.49%의 수율)을 황색 고체로서 수득하였다. [0001] 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.84 - 7.74 (m, 2H), 7.73 - 7.65 (m, 2H), 7.32 (d, J = 7.2 Hz, 6H), 7.15 - 6.99 (m, 9H), 4.20 (td, J = 2.9, 5.6 Hz, 1H), 3.22 (ddd, J = 3.1, 5.7, 8.3 Hz, 1H), 3.12 - 3.03 (m, 2H), 3.02 - 2.92 (m, 1H), 2.90 - 2.77 (m, 2H), 1.39 - 1.26 (m, 1H), 1.20 - 0.93 (m, 2H), 0.13 - 0.11 (m, 1H).
화합물 WV-CA-238의 제조.
Figure pct01090
DCM(196 mL) 중 화합물 10(28 g, 53.57 mmol, 1당량)의 용액에 TFA(12.22 g, 107.15 mmol, 7.93 mL, 2당량)를 첨가하였다. 혼합물을 0℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC 및 LCMS는 화합물 10이 소모되었고, 2개의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 MTBE(100 mL x 3)로 세척한 다음, 수성상을 0℃에서 pH = 12가 될 때까지 NaOH(5 M)를 첨가하여 염기화한 후, DCM(50 mL x 3)으로 추출하여 잔사를 수득하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 화합물 WV-CA-238(9.5 g, 33.42 mmol, 62.38% 수율, 98.62% 순도)이 황색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 8.09 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.87 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 4.06 (ddd, J = 2.9, 4.9, 8.3 Hz, 1H), 3.38 - 3.16 (m, 3H), 2.96 - 2.79 (m, 2H), 1.81 - 1.64 (m, 3H), 1.61 - 1.45 (m, 1H). 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 144.05, 132.88, 128.93, 117.48, 117.15, 67.63, 61.50, 60.09, 46.83, 25.88, 25.55. LCMS [M + H]+: 281.1. LCMS 순도: 98.62%. SFC: dr = 99.75: 0.25.
Figure pct01091
THF(400 mL) 중 메틸술피닐벤젠(25 g, 178.31 mmol, 1.5 당량)의 용액에 KHMDS(1 M, 178.31mL, 1.5당량)를 -60℃에서 적가하고, -30℃까지 서서히 30분에 걸쳐 가온하였다. 그 후, 상기 혼합물을 -70℃까지 냉각시켰다. THF(100 mL) 중 화합물 4(40.59 g, 118.88 mmol, 1 당량)의 용액을 -70℃에서 적가하였다. 혼합물을 -70℃ → -50℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 3:1)는 화합물 4가 남아 있음을 보여주었다. 반응 혼합물을 -70℃까지 냉각시키고, KHMDS(1M, 40 mL)를 추가로 첨가하고, -70℃ → 약 -40℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 3:1)는 화합물 4가 거의 남아 있지 않음을 보여주었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(수성, 300 mL)로 켄칭하고, 분리된 수성층을 EtOAc(200 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 잔사를 황색 검으로 수득하였고, 이를 MeOH(100 mL)에서 결정화시키고, 여과하고, MeOH(50 mL)로 헹구어 미백색의 고체(17 g)를 수득하였고, 여과액을 농축시켜 황색 검(50 g)을 수득하였다. 백색 생성물(17 g)을 THF(150 mL)에 재용해시키고, MeOH(80 mL)을 첨가하고, 혼합물을 농축시켜 THF를 제거하고, 여과하고, 건조시켜 미백색의 고체를 수득하였고, 이를 THF(150 mL)에 재용해시키고, MeOH(80 mL)을 첨가하고, 혼합물을 농축시켜 THF를 제거하고, 여과하고, 건조시켜 생성물을 미백색의 고체(13 g)으로 수득하였다. 여과액을 농축시켜 4 g의 조 물질을 수득하였다. 추가 정제는 없었다. 생성물인 화합물 11(13 g, 26.99 mmol, 22.70%의 수율)이 미백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.62 - 7.56 (m, 2H), 7.55 - 7.52 (m, 3H), 7.51 - 7.45 (m, 6H), 7.25 - 7.12 (m, 9H), 4.60 (td, J = 2.4, 10.1 Hz, 1H), 3.72 (s, 1H), 3.27 - 3.13 (m, 2H), 3.04 - 2.84 (m, 2H), 2.46 (dd, J = 2.2, 13.5 Hz, 1H), 1.71 - 1.53 (m, 1H), 1.42 - 1.28 (m, 1H), 1.07 - 0.90 (m, 1H), 0.37 - 0.21 (m, 1H).
화합물 WV-CA-247의 제조.
Figure pct01092
THF(45 mL) 중 화합물 11(13 g, 26.99 mmol, 1당량)의 용액에 수성 HCl(5 M, 52.00 mL, 9.63당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 3: 1)는 반응이 완료되었음을 보여주었다. 생성된 혼합물을 MTBE(60 mL x 3)로 세척하였다. 합한 수성층을 수성 5 M NaOH로 pH 12까지 조정하고, DCM(80 mL x 3)으로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 백색 고체(5.8 g)를 수득하였다. 추가 정제는 없었다. 화합물 WV-CA-247(5.8 g, 24.17 mmol, 89.55% 수율, 99.74% 순도)이 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.67 - 7.60 (m, 2H), 7.55 - 7.42 (m, 3H), 4.17 (ddd, J = 2.6, 4.2, 9.9 Hz, 1H), 3.74 - 3.23 (brs, 2H), 3.13 (dt, J = 4.3, 7.3 Hz, 1H), 2.96 - 2.74 (m, 4H), 1.81 - 1.52 (m, 4H). 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 143.99, 130.93, 129.32, 123.92, 66.97, 62.23, 61.58, 46.86, 25.88, 25.3. LCMS [M + H]+: 240. LCMS 순도: 99.74%. SFC: dr = 99.48: 0.52.
Figure pct01093
THF(250 mL) 중 1,3-디티안(13.21 g, 109.83 mmol)의 용액에 -20℃에서 n-BuLi(2.5 M, 29.29 mL)을 첨가하고, 0.5시간 후, THF(250 mL) 중 화합물 1(25 g, 73.22 mmol)을 -70℃에서 첨가하였다. 상기 혼합물을 -70 → 20℃에서 16시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 4가 남아 있고, 하나의 새로운 반점이 검출되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(200 mL)에 의해 켄칭한 다음, EtOAc(200 mL x 5)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 잔사를 MPLC(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 50/1~10/1, 5% TEA)로 2회 정제하였다. 화합물 12(16 g, 47.33%의 수율)이 황색 오일로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.59 (d, J = 7.0 Hz, 5H), 7.29 - 7.25 (m, 6H), 7.20 - 7.14 (m, 3H), 4.39 (dd, J = 2.4, 10.3 Hz, 1H), 4.03 (ddd, J = 2.4, 5.6, 8.2 Hz, 1H), 3.38 (d, J = 10.1 Hz, 1H), 3.28 (ddd, J = 7.0, 10.1, 12.3 Hz, 1H), 3.07 - 2.99 (m, 1H), 2.93 - 2.85 (m, 1H), 2.63 - 2.54 (m, 1H), 2.34 - 2.18 (m, 2H), 1.97 - 1.82 (m, 2H), 1.59 - 1.45 (m, 1H), 1.22 - 1.11 (m, 1H), 0.22 - 0.06 (m, 1H).
화합물 WV-CA-246의 제조.
Figure pct01094
EtOAc(80 mL) 중 화합물 12(16 g, 34.66 mmol)의 용액에 HCl(5 M, 69.31 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 15℃에서 16시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 12가 완전히 소모되었고, 새로운 반점들이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 TBME(100 mL x 3)로 추출하고, TBME 상을 버렸다. 그 후, 수상에 5 M NaOH(수성)를 첨가하여 pH = 9가 되게 하고, DCM(100 mL x 5)으로 추출하였다. 합한 유기층을 염수(100 mL)로 세척하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 조 생성물을 수득하였다. 잔사를 분취용 HPLC(컬럼: Phenomenex luna C18 250 x 50 mm x 10 um; 이동상: [물(0.1% TFA) - ACN]; B%: 0% ~ 15%, 20분 및 컬럼: Phenomenex luna (2) C18 250 x 50 x 10 um; 이동상: [물(0.1% TFA) - ACN]; B%: 0%~12%, 20분). WV-CA-246(4.2 g, 55.25% 수율)이 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 4.13 (d, J = 7.2 Hz, 1H), 3.83 (dd, J = 5.1, 7.2 Hz, 1H), 3.49 (dt, J = 5.1, 7.3 Hz, 1H), 3.13 - 2.76 (m, 6H), 2.60 (br s, 2H), 2.20 - 2.05 (m, 1H), 2.04 - 1.90 (m, 1H), 1.89 - 1.62 (m, 4H). 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 73.76, 59.94, 50.42, 46.83, 28.95, 28.45, 25.87, 25.32. HPLC 순도: 97.75%. LCMS [M + H]+: 220.1. SFC: dr = 0.22: 99.78.
Figure pct01095
THF(250 mL) 중 N-메틸-N-페닐-아세트아미드(18.5 g, 124.00 mmol)의 용액에 KHMDS(1 M, 124.00 mL)를 -70℃에서 적가하고, -30℃까지 서서히 30분에 걸쳐 가온하였다. 그 후 상기 혼합물을 -70℃까지 냉각시켰다. THF(150 mL) 중 화합물 4(28.23 g, 82.67 mmol)의 용액을 -70℃에서 적가하였다. 상기 혼합물을 -70℃~-50℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC는 반응이 거의 완료되었음을 보여주었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(수성, 30 mL)에 의해 켄칭하고, EtOAc(25 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 잔사를 황색 검으로 수득하였다. 조 물질을 실리카겔에서 컬럼 크로마토그래피에 의해 정제하였다(석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 10: 1, 3: 1, 1: 1, 1: 2, 5% TEA). 화합물 13(38 g, 93.7%의 수율)이 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.53 (br d, J = 7.5 Hz, 6H), 7.44 - 7.31 (m, 4H), 7.26 - 7.09 (m, 12H), 4.46 - 4.40 (m, 1H), 3.90 (br s, 1H), 3.31 - 3.19 (m, 4H), 3.15 - 3.07 (m, 1H), 3.00 - 2.91 (m, 1H), 1.48 - 1.26 (m, 2H), 0.86 - 0.74 (m, 1H), 0.33 - 0.19 (m, 1H).
화합물 WV-CA-248의 제조.
Figure pct01096
THF(125 mL) 중 화합물 13(38 g, 77.45 mmol)의 용액에 수성 HCl(5 M, 152.00 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC는 반응이 완료되었음을 보여주었다. 생성된 혼합물을 MTBE(80 mL x 3), EtOAc(100 mL x 3), 및 DCM(100 mL x 2)으로 차례차례 세척하였다. 합한 수성층을 수성 5 M NaOH로 pH = 12까지 조정하고, DCM(120 mL x 3)으로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 황색 검을 수득하였다. WV-CA-248(15.2 g, 73.26%의 수율, 92.7% 순도)의 조 물질은 황색 검으로 보인다. EtOH(150 mL) 중 WV-CA-248(14.5 g, 58.39 mmol)의 용액에 (E)-3-페닐프로프-2-엔산(8.65 g, 58.39 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 80℃에서 1시간 동안 교반하였다. 혼합물을 진공에서 농축시켰다. 잔사를 TBME(50 mL)에 용해시킨 다음, 혼합물에 MeCN(3 mL)을 첨가하자, 혼합물이 맑게 변했고, 그 후, 용액을 방치한 다음, 고체가 나타났고, 혼합물을 여과하고, 여과 케이크를 TMBE(10 mL x 2)로 세척하자, 여과 케이크가 원하는 화합물이었다. 잔사(6.5 g, 미정제)가 황색 고체로서 얻어졌다. 잔사를 H2O(10 mL)에 용해시키고, 수성 NaOH(5 M, 6.56 mL, 2 당량)를 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 10분 동안 교반하였다. 혼합물의 pH는 13이었다. 용액을 DCM(40 mL x 6)으로 추출하고, 유기상을 진공에서 농축하였다. 화합물 WV-CA-248(4 g, 91.74%의 수율, 93.4%의 순도)이 갈색 오일로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.49 - 7.31 (m, 3H), 7.21 (br d, J = 7.3 Hz, 2H), 4.00 (td, J = 4.3, 8.6 Hz, 1H), 3.48 (br s, 2H), 3.28 (s, 3H), 3.10 - 2.98 (m, 1H), 2.97 - 2.80 (m, 2H), 2.36 - 2.17 (m, 2H), 1.79 - 1.47 (m, 3H), 1.79 - 1.47 (m, 1H). 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 172.38, 143.42, 129.89, 128.04, 127.27, 69.90, 62.29, 46.77, 37.98, 37.23, 25.99, 25.65. LCMS [M + H]+: 249.1. LCMS 순도: 93.35%. SFC: SFC 순도 de = 94.26%.
Figure pct01097
THF(150 mL) 중 메틸술포닐메탄(8.27 g, 87.86 mmol)의 용액에 -70℃~-40℃에서 KHMDS(1 M, 87.86 mL)를 첨가하고, 0.5시간 후에 THF(100 mL) 중 화합물 1(20 g, 58.57 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 -70℃에서 1.5시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 4가 조금 남아 있고, 하나의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(수성, 200 mL)을 0℃에서 첨가하여 켄칭하고, 그 후, EtOAc(200 mL)로 희석하고, EtOAc(200 mL x 3)로 추출하였다. Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 잔사를 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 1/ 0 → 0: 1)로 정제하였다. 화합물 14(12 g, 미정제, HNMR은 약 10:1의 시스/트랜스 이성질체 비를 보여주었다)가 황색 오일로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.58 - 7.47 (m, 7H), 7.26 - 7.22 (m, 5H), 7.20 - 7.13 (m, 3H), 4.51 - 4.46 (m, 1H), 3.99 - 3.88 (m, 1H), 3.48 - 3.39 (m, 1H), 3.21 - 2.97 (m, 4H), 2.96 - 2.91 (m, 3H), 2.68 (br d, J = 14.6 Hz, 1H), 1.57 - 1.43 (m, 1H), 1.36 - 1.26 (m, 1H), 1.20 - 1.10 (m, 1H), 0.57 - 0.44 (m, 1H), 0.25 - 0.04 (m, 1H).
WV-CA-252의 제조.
Figure pct01098
THF(82 mL) 중 화합물 14(18 g, 41.32 mmol)의 용액에 HCl(5 M, 82.65 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 14가 소모되었고, 2개의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 MTBE(50 mL x 3)로 세척한 다음, 수성상을 0℃에서 pH = 12가 될 때까지 NaOH(5 M)를 첨가하여 염기화한 후, DCM(50 mL x 3)으로 추출하여 잔사를 수득하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 조 화합물 WV-CA-252(6.5 g, 81.4%의 수율)가 황색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 4.13 (ddd, J = 1.8, 4.0, 9.7 Hz, 1H), 3.23 (dt, J = 4.2, 7.4 Hz, 1H), 3.18 - 3.09 (m, 1H), 3.05 (s, 4H), 3.00 - 2.90 (m, 3H), 1.95 - 1.68 (m, 4H), 1.67 - 1.48 (m, 1H). LCMS [M + H]+: 194.0.
Figure pct01099
THF(500 mL) 중 화합물 1A(52.24 g, 241.62 mmol)의 혼합물을 탈기시키고, N2로 3회 퍼징한 다음, 혼합물을 -70℃까지 냉각시킨 후, 혼합물에 LDA(2 M, 112.76 mL)를 첨가하였다. 혼합물을 -40℃에서 30분 동안 교반한 다음, 혼합물에 -70℃에서 THF(250 mL) 중 화합물 1(55 g, 161.08 mmol)을 첨가하였다. 상기 혼합물을 N2 분위기 하에 -70℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 1이 완전히 소모되었고, 하나의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응물은 TLC에 따르면 순수하였다. 반응물을 포화 수성 NH4Cl(300 mL)에 의해 켄칭한 다음, EtOAc(100 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기상을 염수(100 mL)로 세척하고, 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 진공에서 농축시켰다. 잔사를 MeOH(300 mL)에 용해시키고, 여과하였다. 여과 케이크가 원하는 생성물이었다. 화합물 2(53 g, 미정제)가 백색 고체로서 얻어졌다.
화합물 WV-CA-245의 제조.
Figure pct01100
THF(400 mL) 중 화합물 15(72 g, 129.11 mmol)의 용액에 HCl(5 M, 258.22 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 1시간 동안 교반하였다. LC-MS는 화합물 15가 완전히 소모되었고, 원하는 질량을 갖는 하나의 주요 피크가 검출되었음을 보여주었다. 상기 반응물을 TBME(100 mL x 3)로 추출하고, 수성 5 N NaOH를 pH = 13까지 첨가하고, 그 후 DCM(50 mL x 3)으로 추출하고, 합한 유기상을 진공에서 농축하였다. WV-CA-245(38 g, 92.82% 수율, 99.5% 순도)이 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.81 - 7.71 (m, 4H), 7.58 - 7.44 (m, 6H), 4.01 - 3.92 (m, 1H), 3.16 - 3.09 (m, 1H), 2.92 - 2.79 (m, 2H), 2.63 - 2.44 (m, 2H), 1.82 - 1.60 (m, 4H). 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 133.88, 132.89, 132.86, 131.95, 131.88, 130.73, 128.74, 68.98, 68.94, 63.79, 63.67, 47.03, 34.21, 33.49, 26.37, 25.88. LCMS [M + H]+: 316.1. LCMS 순도: 99.45%. SFC: SFC 순도 de = 99.5%.
Figure pct01101
THF(200 mL) 중 화합물 1B(13.32 g, 87.86 mmol)의 용액에 N2 하에서 -70℃에서 KHMDS(1 M, 82.00 mL)를 첨가한 다음, 혼합물을 -70℃에서 10분 동안 교반한 후, 혼합물에 THF(100 mL) 중 화합물 1(20 g, 58.57 mmol)을 첨가하고, 반응물을 -70℃에서 30분 동안 교반하였다. TLC는 화합물 1이 완전히 소모되고 하나의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응물은 TLC에 따르면 순수하였다. 반응 혼합물을 포화 수성 NH4Cl(100 mL)에 의해 켄칭한 다음, EtOAc(50 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켰다. 잔사를 컬럼 크로마토그래피(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트 = 50: 1, 20: 1, 10: 1, 1: 1, 0: 1)로 정제하였다. 화합물 16(12 g, 미정제)이 황색 고체로서 얻어졌다.
화합물 WV-CA-249의 제조.
Figure pct01102
THF(50 mL) 중 화합물 16(12 g, 24.34 mmol)의 용액에 수성 HCl(5 M, 48.68 mL)을 첨가하였다. 상기 혼합물을 25℃에서 30분 동안 교반시켰다. TLC는 화합물 16이 완전히 소모되었고, 하나의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응물은 TLC에 따르면 순수하였다. 상기 반응물을 TBME(100 mL x 3)로 추출하고, 그 후 상기 혼합물에 5 N 수성 NaOH를 pH = 13까지 첨가하고, DCM(100 mL x 3)으로 추출하고, 그 후 유기상을 진공에서 농축하였다. WV-CA-249(5.36 g, 87.84% 수율, 100.00% 순도)가 황색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.64 (s, 1H), 7.49 (d, J = 0.9 Hz, 2H), 3.88 (td, J = 3.6, 9.4 Hz, 1H), 3.24 - 3.16 (m, 1H), 3.02 - 2.89 (m, 3H), 2.78 (dd, J = 9.4, 14.0 Hz, 1H), 1.84 - 1.70 (m, 4H). 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 143.11, 134.94, 132.60, 132.33, 130.12, 117.63, 111.52, 70.86, 62.02, 46.76, 37.90, 25.88, 24.21. LCMS [M + H]+: 251.0. LCMS 순도: 100.000%. SFC: SFC 순도 de = 98.28%.
Figure pct01103
THF(300 mL) 중 니트로메탄(30.59 g, 501.15 mmol)의 용액에 20~25℃에서 KHMDS(1 M, 263.59 mL)을 첨가하고, 1시간 동안 교반하였다. THF(90 mL) 중 화합물 1(30 g, 87.86 mmol)을 20~25℃에서 혼합물에 첨가하고, 0.5시간 동안 교반하였다. TLC는 출발물질이 거의 소모되었고, 원하는 생성물이 형성되었음을 보여주었다. 상기 혼합물을 포화 수성 NH4Cl(300 mL)에 의해 켄칭하고, 에틸 아세테이트(100 mL x 3)로 추출하였다. 유기상을 포화 수성 NaCl(100 mL x 3)로 세척하고, 무수 Na2SO4로 건조시킨 다음, 감압 하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 조 생성물을 MPLC(SiO2, 에틸 아세테이트/석유 에테르 = 0% → 20%)로 정제하여 화합물 17(26.55 g, 75.08%의 수율)을 황색 고체로 수득하였다. 생성물은 1H NMR에 의해 검출되었다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.54 - 7.44 (m, 6H), 7.28 - 7.21 (m, 6H), 7.20 - 7.14 (m, 3H), 4.64 (td, J = 3.0, 9.4 Hz, 1H), 4.53 - 4.06 (m, 3H), 3.60 - 3.40 (m, 1H), 3.24 - 2.96 (m, 3H), 1.52 - 1.41 (m, 1H), 1.40 - 1.28 (m, 1H), 1.17 - 0.94 (m, 1H), 0.67 - 0.50 (m, 1H), 0.23 (quin d, J = 8.8, 11.6 Hz, 1H).
화합물 WV-CA-250의 제조.
Figure pct01104
EtOAc(35 mL) 중 화합물 17(7.5 g, 18.63 mmol)의 용액에 20~25℃에서 HCl/EtOAc(4 M, 50 mL)을 첨가하고, 1시간 동안 교반하였다. TLC는 출발물질이 거의 소모되었음을 보여주었다. 혼합물의 상청액을 따라 붓고, 병 벽의 황색 검을 감압 하에 농축시켜 용매를 제거하였다. WV-CA-250(2.10 g, 56.70%의 수율, 98.927%의 순도, HCl 염)이 황색 검으로서 얻어졌다. 생성물은 1H NMR에 의해 검출되었다. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ = 9.89 - 9.54 (m, 1H), 9.03 - 8.75 (m, 1H), 8.94 (br s, 1H), 4.97 - 4.78 (m, 1H), 4.65 - 4.35 (m, 2H), 3.70 - 3.41 (m, 4H), 3.22 - 3.03 (m, 2H), 2.06 - 1.65 (m, 4H). 13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ = 79.42, 79.00, 67.89, 66.82, 61.53, 60.77, 45.44, 45.25, 26.93, 24.57, 23.95, 23.81. LCMS [M + H]+: 161.1, 순도: 98.92%.
Figure pct01105
DCM(60 mL) 중 화합물 벤질아민(30 g, 279.97 mmol) 및 TEA(56.66 g, 559.95 mmol)의 용액에 0℃에서 DCM(30 mL) 중 MsCl(38.49 g, 335.97 mmol)을 첨가하였다. 상기 혼합물을 0℃에서 2시간 동안 교반하였다. LC-MS는 화합물 18A가 소모되었고, 많은 새로운 피크들이 검출되었음을 보여주었다. 반응 혼합물을 HCl(1 M, 50 mL x 3) 및 포화 NaHCO3(수성, 50 mL x 3)으로 세척하였다. 유기층을 염수(50 mL)로 세척하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. TLC는 하나의 주요 반점을 보여주었다. 잔사를 MPLC(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트=5/1 내지 1:1)로 정제하였다. 화합물 18A(35 g, 67.49%의 수율)가 연황색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.44 - 7.24 (m, 5H), 4.82 (br s, 1H), 4.31 (d, J = 6.2 Hz, 2H), 2.85 (s, 3H).
Figure pct01106
THF(60 mL) 중 화합물 18A(16.28 g, 87.86 mmol)의 용액에 LDA(2 M, 87.86mL)를 0℃에서 첨가하였다. 혼합물을 0~25℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. 그리고 그 후 THF(60 mL) 중 화합물 1(15 g, 43.93 mmol)을 -70℃에서 상기 용액에 첨가하였다. 상기 혼합물을 -70~25℃에서 4시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 1이 완전히 소모되었고, 많은 새로운 반점들이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물에 포화 NH4Cl(수성, 50 mL)을 첨가하고, EtOAc(100 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 잔사를 분취용 TLC(SiO2, 석유 에테르/에틸 아세테이트=5/1, 2% TEA)로 정제하였다. 화합물 18(22 g, 95.08% 수율)이 황색 오일로서 얻어졌다.
화합물 WV-CA-255의 제조.
Figure pct01107
EtOAc(15 mL) 중 화합물 18(22 g, 41.77 mmol)의 용액에 HCl(에틸 아세테이트 중 4 M, 31.33 mL)을 0℃에서 첨가하였다. 상기 혼합물을 0~25℃에서 2시간 동안 교반하였다. 그러자 고체가 반응 혼합물 중에 나타났다. TLC는 화합물 18이 완전히 소모되었고, 많은 새로운 반점들이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 여과하였다. 여과 케이크를 물(10 mL)에 용해시키고, MTBE(40 mL x 3)로 세척하였다. 수상에 Na2CO3(분말)을 첨가하여 pH = 8~9가 되게 하고, DCM(50 mL x 5)으로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. WV-CA-255(11 g, 92.60% 수율)가 갈색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.46 - 7.25 (m, 5H), 4.65 - 3.72 (m, 5H), 3.14 - 3.01 (m, 3H), 2.95 - 2.77 (m, 2H), 1.89 - 1.34 (m, 4H). 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 136.99, 128.71, 128.62, 128.19, 128.09, 127.85, 69.12, 67.58, 61.98, 61.70, 55.55, 55.36, 47.36, 47.30, 46.60, 46.28, 28.05, 26.16, 25.71, 24.92. LCMS [M + H]+: 285.0, LCMS 순도: 99.8%. SFC : dr (trans/cis) = 32.36: 67.64.
Figure pct01108
DCM(250 mL) 중 화합물 디벤질아민(30 g, 152.07 mmol)의 용액에 TEA(15.39 g, 152.07 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 0℃까지 냉각시키고, 혼합물에 DCM(50 mL) 중 MsCl(17.42 g, 152.07 mmol)을 첨가한 다음, 혼합물을 25℃에서 12시간 동안 교반하였다. LC-MS는 원하는 질량이 검출되었음을 보여주었다. 반응물을 H2O(100 mL)로 켄칭하고, 유기상을 H2O(100 mL x 3)로 추출하고, 유기상을 Na2SO4로 건조시킨 다음, 진공에서 농축시켰다. 추가 정제할 필요는 없었다. 화합물 19A(39 g, 미정제)가 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.41 - 7.29 (m, 9H), 4.36 (s, 4H), 2.82 - 2.75 (m, 3H). LCMS [M + H]+: 298.0, 순도: 86.6%.
Figure pct01109
THF(200 mL) 중 화합물 19A(19.36 g, 70.29 mmol)의 용액에 N2 하에서 -78℃ 내지 -70℃에서 KHMDS(1 M, 76.15 mL)를 적가하였다. 상기 혼합물을 -40℃까지 가온하고, 0.5시간 동안 교반하고, 그 후 -78℃까지 냉각시켰다. 혼합물에 -78℃ 내지 -70℃에서 THF(100 mL) 중 화합물 1(20 g, 58.57 mmol)을 첨가하고, N2 하에서 1시간 동안 교반하였다. TLC는 출발물질이 거의 소모되었음을 보여주었다. 상기 혼합물을 포화 수성 NH4Cl(200 mL)에 의해 켄칭하고, 에틸 아세테이트(70 mL x 3)로 추출하였다. 유기상을 포화 수성 NaCl(70 mL x 3)로 세척하고, 무수 Na2SO4로 건조시킨 다음, 감압 하에 농축시켜 용매를 제거하여 조 생성물을 황색 검으로 수득하였다. 조 생성물을 메탄올(200 mL)로 재용해시키고, 12시간 동안 20~25℃에서 방치하였다. 화합물 19(20.4 g, 99.99% 수율)를 용매로부터 백색 고체로서 결정화시킨 다음, 여과하고, 진공에서 건조시켰다. 여과액을 감압 하에 농축하여 용매를 제거하여 화합물 20(28.4 g, 미정제)을 갈색 검으로 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.47 - 7.42 (m, 6H), 7.23 - 7.05 (m, 19H), 4.36 (td, J = 3.0, 8.6 Hz, 1H), 4.23 - 4.12 (m, 4H), 3.29 - 3.19 (m, 1H), 3.29 - 3.19 (m, 1H), 3.11 (ddd, J = 7.1, 9.5, 12.1 Hz, 1H), 2.97 - 2.82 (m, 2H), 2.59 (dd, J = 3.1, 14.2 Hz, 1H), 1.37 - 1.27 (m, 1H), 1.24 - 1.14 (m, 1H), 1.00 - 0.92 (m, 1H), 0.16 - 0.02 (m, 1H).
화합물 WV-CA-263의 제조.
Figure pct01110
THF(100 mL) 중 화합물 19(20 g, 32.42 mmol)의 용액에 20~25℃에서 HCl(5 M, 64.85 mL)을 첨가하고, 0.5시간 동안 교반하였다. TLC는 출발물질이 거의 소모되었음을 보여주었다. 혼합물을 TBME(80 mL x 3)로 추출한 다음, 혼합물의 pH를 수성 NaOH(65 mL, 5 M)로 11~13까지 조정하고, DCM(100 mL x 3)으로 추출하였다. 유기상을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 감압 하에 농축시켜 용매를 제거하였다. 조 생성물을 정제 없이 다음 단계에 사용하였다. WV-CA-263(10.04 g, 82.68% 수율, 100% 순도)이 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.38 - 7.28 (m, 10H), 4.38 (s, 4H), 4.01 (ddd, J=2.6, 5.6, 8.5 Hz, 1H), 3.20 - 3.13 (m, 2H), 3.10 - 3.02 (m, 1H), 2.91 (t, J=6.5 Hz, 2H), 1.89 (br d, J=8.6 Hz, 1H), 1.82 - 1.66 (m, 4H), 1.62 - 1.52 (m, 1H). 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 135.62, 128.77, 128.70, 127.98, 77.35, 76.87 (d, J=31.5 Hz, 1C), 68.84, 61.51, 57.03, 50.35, 46.96, 26.27, 25.88. LCMS [M + H]+: 375.1, 순도: 100.00%. SFC: dr = 99.55: 0.45.
Figure pct01111
THF(125 mL) 중 3,3-디메틸부탄-2-온(11.00 g, 109.83 mmol)의 용액에 -70℃에서 LDA(2 M, 54.91 mL)를 적가하고, 이를 -70℃ ~ -60℃에서 1시간 동안 교반하였다. THF(125 mL) 중 화합물 1(25 g, 73.22 mmol)의 용액을 -70℃~ -60℃에서 적가하였다. 상기 혼합물을 -70℃에서 1.5시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 1이 거의 소모되었음을 보여주었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(수성, 200 mL)로 켄칭한 다음, 분리된 수성층을 EtOAc(150 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 잔사를 연황색 고체로서 수득하였다. 조 물질을 실리카겔에서 컬럼 크로마토그래피에 의해 정제하였다(석유 에테르+ 5% TEA; 석유 에테르: 에틸 아세테이트(20: 1) + 5% TEA). 화합물 21(17 g, 52.6% 수율)이 백색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ= 7.37 - 7.25 (m, 6H), 7.03 - 6.95 (m, 6H), 6.94 - 6.84 (m, 3H), 4.22 (td, J = 2.7, 9.2 Hz, 1H), 3.09 (td, J = 4.1, 7.6 Hz, 1H), 3.04 - 2.92 (m, 2H), 2.75 (ddd, J = 2.9, 8.5, 12.0 Hz, 1H), 2.26 (dd, J = 9.3, 17.0 Hz, 1H), 2.04 (dd, J = 3.4, 16.9 Hz, 1H), 1.43 - 1.24 (m, 2H), 1.14 - 1.01 (m, 1H), 0.84 (s, 9H), 0.81 - 0.71 (m, 1H), 0.09 - -0.07 (m, 1H).
화합물 WV-CA-289의 제조.
Figure pct01112
EtOAc(25 mL) 중 화합물 21(16 g, 36.23 mmol)의 용액에 4 M HCl/EtOAc(100 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 25℃에서 0.5시간 동안 교반하였다. TLC는 반응이 완료되었음을 보여주었다. 생성된 혼합물을 여과하고, 고체를 EtOAc(150 mL) 중에서 교반하고, 여과하고, EtOAc/MeOH(150 mL/5 mL)로 다시 미분화하고, 여과하고, 건조시켜 화합물 WV-CA-289(7.5 g, 87.8% 수율, HCl 염)를 백색 고체로서 수득하였다. 1H NMR (400 MHz, 메탄올-d4) δ = 4.43 (ddd, J = 3.5, 4.6, 7.8 Hz, 1H), 3.71 (dt, J =3 .5, 8.0 Hz, 1H), 3.42 - 3.22 (m, 2H), 2.92 (dd, J = 7.6, 17.7 Hz, 1H), 2.73 (dd, J = 4.9, 17.7 Hz, 1H), 2.23 - 1.90 (m, 4H), 1.28 - 1.05 (m, 9H). [M + H]+: 200.1, 순도: 100.00%.
Figure pct01113
THF(100 mL) 중 메틸술포닐벤젠(13.72 g, 87.86 mmol)의 용액에 -70℃ 내지 0℃에서 0.5시간 동안 LiHMDS(1 M, 87.86 mL)를 첨가한 다음, THF(100 mL) 중 화합물 4를 첨가하였다. 혼합물을 -70℃에서 2.5시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 4가 조금 남아 있고, 2개의 새로운 반점이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(수성, (300 mL)을 0℃에서 첨가하여 켄칭하고, DCM(200 mL x 3)으로 추출하였다. Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 조 생성물에 THF(100 mL) 및 MeOH(150 mL)를 첨가하고, 45℃에서 감압 하에 약 100 mL의 잔사가 남을 때까지 농축시키고, 고체를 여과하였다. 3회 반복하였다. 고체 20 g을 수득하고, 모 액체를 감압 하에 농축시켜 화합물 22(20 g, 미정제)가 황색 오일로서 얻어졌다. 화합물 (1R)-2-(벤젠술포닐)-1-[(2R)-1-트리틸피롤리딘-2-일]에탄올(20 g, 68.61% 수율)이 백색 고체로서 얻어졌다.
화합물 WV-CA-290의 제조.
Figure pct01114
THF(80 mL) 중 화합물 22(20 g, 40.19 mmol)의 용액에 HCl (5 M, 80.38 mL)을 0℃에서 첨가하였다. 상기 혼합물을 25℃에서 2시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 22가 소모되었고, 2개의 새로운 반점이 형성되었음을 보여주었다. 반응 혼합물을 MTBE(50 mL x 3)로 세척한 다음, 수성상을 0℃에서 pH = 12가 될 때까지 NaOH(5 M)를 첨가하여 염기화한 후, DCM(50 mL x 3)으로 추출하여 잔사를 수득하고, Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 잔사를 분취용 HPLC(컬럼: Phenomenex luna C18 250 x 50 mm x 10 um; 이동상: [물(0.1% TFA) - ACN]; B%: 0% ~ 15%, 20분)에 의해 정제하였다. 화합물 WV-CA-290(0.7 g, 6.78% 수율, 99.39% 순도)이 황색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.95 - 7.85 (m, 2H), 7.64 - 7.56 (m, 1H), 7.55 - 7.46 (m, 2H), 3.79 (ddd, J = 3.2, 5.4, 8.4 Hz, 1H), 3.28 - 3.05 (m, 3H), 2.92 - 2.72 (m, 2H), 1.84 - 1.54 (m, 3H), 1.51 - 1.37 (m, 1H). 13C NMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 139.81, 133.74, 129.19, 128.07, 68.15, 61.55, 60.97,46.67, 28.03, 26.27. SFC: (AD_MeOH_IPAm _10_40_25_35_6min), 100% 순도. LCMS [M + H]+: 256.1. LCMS 순도: 99.39%.
Figure pct01115
2개의 배치를 병행한다: MeOH(625 mL) 중 화합물 tert-부틸(메틸)술판(25 g, 239.89 mmol)의 용액에 0℃에서 H2O(625 mL) 중 옥손(457.18 g, 743.67 mmol)을 첨가하였다. 상기 혼합물을 15℃에서 12시간 동안 교반하였다. HNMR은 화합물 tert-부틸(메틸)술판이 완전히 소모되었고, 원하는 화합물이 검출되었음을 보여주었다. 반응 혼합물의 2개 배치를 합치고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 MeOH를 증발시킨 다음, EtOAc(400 mL x 4)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 화합물 23A(55 g, 미정제)가 무색의 오일로서 얻어졌고, 이를 HNMR로 확인하였다. 1HNMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.26 (s, 1H), 5.30 (s, 8H), 2.81 (s, 3H), 1.43 (s, 9H).
Figure pct01116
THF(510 mL) 중 화합물 23A(50 g, 367.07 mmol)의 용액에 KHMDS(1 M, 367.07 mL)를 -70℃에서 적가하고, -30℃까지 서서히 30분에 걸쳐 가온하였다. 그 후 상기 혼합물을 -70℃까지 냉각시켰다. THF(340 mL) 중 화합물 1(83.56 g, 244.72 mmol)의 용액을 -70℃에서 적가하였다. 상기 혼합물을 -70℃에서 4시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 1이 조금 남아 있고, 더 큰 극성의 하나의 주요한 새로운 반점이 검출되었음을 보여주었다. 반응 혼합물을 포화 NH4Cl(수성, 800 mL)에의 첨가에 의해 켄칭하고, 그 후 EtOAc(500 mL x 3)로 추출하였다. 합한 유기층을 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 농축시켜 갈색 오일을 수득하였다. 조 물질을 THF(300 mL)로 용해시킨 다음, 감압 하에 농축시켜(40℃) 150 mL의 청징 용액을 수득하였다. 그 후, 300 mL MeOH에 첨가하고, 감압 하에 농축하여 200 mL의 용액을 수득한 다음, 여과하여 잔사를 수득하고, MeOH(10 mL)로 세척하였다. 모 용액을 감압 하에 농축하여 100 mL의 용액을 수득한 다음, 여과하여 잔사를 수득하고, MeOH(10 mL)로 세척하였다. 모든 잔사를 합하고, 2회 반복하여 60 g의 잔사를 수득하였다. 화합물 23(60 g, 미정제)이 백색 고체로서 얻어졌다. 1HNMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 7.56 (d, J = 7.5 Hz, 6H), 7.32 - 7.23 (m, 6H), 7.21 - 7.14 (m, 3H), 4.85 - 4.68 (m, 1H), 3.41 (td, J = 3.8, 8.1 Hz, 1H), 3.28 (td, J = 8.5, 11.9 Hz, 1H), 3.09 - 2.91 (m, 2H), 2.78 (dd, J = 2.6, 13.6 Hz, 1H), 1.65 - 1.50 (m, 1H), 1.37 (s, 9H), 1.16 - 0.98 (m, 2H), 0.39 - 0.21 (m, 1H).
화합물 WV-CA-240의 제조.
Figure pct01117
THF(500 mL) 중 화합물 23(59 g, 123.52 mmol)의 용액에 HCl(5 M, 247.04 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 3시간 동안 교반하였다. TLC는 화합물 23이 완전히 소모되었고, 더 큰 극성의 하나의 주요한 새로운 반점이 검출되었음을 나타내었다. 생성된 혼합물을 MTBE(500 mL x 3)로 세척하였다. 합한 수성층을 수성 5 M NaOH로 pH 12까지 조정하고, DCM(200 mL x 3)으로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 Na2SO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 백색 고체를 수득하였다. WV-CA-240(23.6 g, 81.14% 수율, 99.95% 순도)이 백색 고체로서 얻어졌다. 1HNMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ = 4.18 (ddd, J = 2.8, 5.8, 8.2 Hz, 1H), 3.29 - 3.21 (m, 1H), 3.19 (d, J = 2.6 Hz, 1H), 3.16 - 3.08 (m, 1H), 2.92 (t, J = 6.6 Hz, 2H), 2.74 (br s, 2H), 1.92 - 1.81 (m, 1H), 1.81 - 1.61 (m, 3H), 1.42 (s, 9H). 13CNMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 68.01, 62.00, 59.73, 49.79, 46.96, 26.77, 25.80, 23.22. LCMS [M + H]+: 236.1. LCMS 순도 99.95%.
Figure pct01118
MeOH(370 mL) 중 WV-CA-108(37 g, 144.91 mmol, 1당량)의 용액에 프로프-2-엔니트릴(7.69 g, 144.91 mmol, 9.61 mL, 1당량)을 첨가하였다. 혼합물을 20℃에서 3시간 동안 교반하였다. (TLC, 석유 에테르: 에틸 아세테이트 = 1:3, Rf = 0.31)는 WV-CA-108이 완전히 소모되었으며, LCMS에서 원하는 MS를 갖는 하나의 주요한 피크가 검출되었음을 보여주었다. 반응 혼합물을 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 화합물 24(44 g, 미정제)가 백색 고체로서 얻어졌다. LCMS [M + H] +: 308.9.
화합물 WV-CA-291의 제조.
Figure pct01119
DCM(220 mL) 및 MeOH(220 mL) 중 화합물 24(44 g, 142.67 mmol, 1 당량)의 용액을 -78℃까지 냉각시켰다. 그 후, mCPBA(36.93 g, 214.01 mmol, 1.5 당량) 및 K2CO3(29.58 g, 214.01 mmol, 1.5 당량)를 첨가하였다. 첨가 후, 혼합물을 -78℃에서 3시간 동안 교반하였다. 그리고 생성된 혼합물을 20℃에서 12시간 동안 교반하였다. LC-MS는 화합물 24가 완전히 소모되었고, 원하는 MS를 갖는 하나의 주요 피크가 검출되었음을 보여주었다. 반응 혼합물을 여과하고, 감압 하에 농축시켜 잔사를 수득하였다. 잔사를 플래시 실리카겔 크로마토그래피에 의해 정제하였다. 잔사를 플래시 실리카겔 크로마토그래피에 의해 정제하였다(ISCO®; 220 g SepaFlash® 실리카 플래시 컬럼, 100 mL/분의 0~30% 에틸 아세테이트/석유 에테르 구배의 용출제). WV-CA-291(12 g, 42.05 mmol, 29.47% 수율, 95.08% 순도)이 황색 고체로서 얻어졌다. 1H NMR (400 MHz, 클로로포름-d) δ= 7.98 - 7.92 (m, 2H), 7.65 (d, J = 7.5 Hz, 1H), 7.61 - 7.53 (m, 2H), 4.50 - 4.39 (m, 1H), 3.33 - 3.15 (m, 3H), 2.97 - 2.78 (m, 2H), 1.89 - 1.64 (m, 4H). 13CNMR (101 MHz, 클로로포름-d) δ = 139.61, 133.90, 129.31, 128.02, 71.21, 64.96, 60.05, 58.12, 21.23, 20.29. LCMS [M + H] +: 272.0. LCMS 순도 95.08%.
실시예 11. 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 제조를 위한 예시적인 기술 - 예시적인 포스포르아미다이트.
특히, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 합성에 유용한 포스포르아미다이트를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 포스포르아미다이트는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 제조에 특히 유용하다. 일부 실시 형태에서, 제공된 포스포르아미다이트는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, PN=을 포함하는, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결 등을 제조하는 데 특히 유용하다. 일부 실시 형태에서, 연결 인은 3가이다. 일부 실시 형태에서, 연결 인은 5가이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 뉴클레오티드간 연결은 화학식 VII, VII-a-1, VII-a-2, VII-b, VII-c, VII-d, VII-e, NL-n-1, NL-n-2, NL-n-3, NL-n-4, NL, NL-a-1, NL-a-2, NL-b-1, NL-b-2, NL-c-1, NL-c-2, NL-d-1, 또는 NL-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다.
클로로유도체를 위한 일반 절차 I: 일부 실시 형태에서, 예시적인 절차에서, 키랄 보조제(174.54 mmol)를 회전 증발기에서 35℃에서 무수 톨루엔(80 mL x 3)을 이용한 공비 증발에 의해 건조시키고, 하룻밤 높은 진공 하에서 건조시켰다. 무수 THF(200 mL)에 용해된 이 건조된 키랄 보조제(174.54 mmol) 및 4-메틸모르폴린(366.54 mmol)의 용액을 아르곤 하에서 캐뉼러를 통해 3구 둥근 바닥 플라스크에 위치된 무수 THF(150 mL) 중 트리클로로포스핀(37.07 g, 16.0 mL, 183.27 mmol)의 빙냉(이소프로필 알코올-건조 빙조) 용액에 첨가하고(출발 온도: -10.0℃, 최대: 온도 0℃, 28분 첨가), 반응 혼합물을 15℃에서 1시간 동안 가온하였다. 그 후, 침전된 백색 고체를 무공기 필터 튜브(Chemglass: 필터 튜브, 24/40 내부 조인트, 80 mm OD 중간 프릿, 무공기, Schlenk)를 이용하여 아르곤 하에서 진공에 의해 여과하였다. 용매를 낮은 온도(25℃)에서 아르곤 하에 회전 증발기로 제거하고, 수득된 조 반고체를 하룻밤(약 15시간) 동안 진공 하에서 건조시키고, 다음 단계에 그대로 사용하였다.
클로로유도체를 위한 일반 절차 I: 일부 실시 형태에서, 예시적인 절차에서, 키랄 보조제(174.54 mmol)를 회전 증발기에서 35℃에서 무수 톨루엔(80 mL x 3)을 이용한 공비 증발에 의해 건조시키고, 하룻밤 높은 진공 하에서 건조시켰다. 무수 THF(200 mL)에 용해된 이 건조된 키랄 보조제(174.54 mmol) 및 4-메틸모르폴린(366.54 mmol)의 용액을 아르곤 하에서 캐뉼러를 통해 3구 둥근 바닥 플라스크에 위치된 무수 THF(150 mL) 중 트리클로로포스핀(37.07 g, 16.0 mL, 183.27 mmol)의 빙냉(이소프로필 알코올-건조 빙조) 용액에 첨가하고(출발 온도: -10.0℃, 최대: 온도 0℃, 28분 첨가), 반응 혼합물을 15℃에서 1시간 동안 가온하였다. 그 후, 침전된 백색 고체를 무공기 필터 튜브(Chemglass: 필터 튜브, 24/40 내부 조인트, 80 mm OD 중간 프릿, 무공기, Schlenk)를 이용하여 아르곤 하에서 진공에 의해 여과하였다. 용매를 낮은 온도(25℃)에서 아르곤 하에 회전 증발기로 제거하고, 수득된 조 반고체를 하룻밤(약 15시간) 동안 진공 하에서 건조시키고, 다음 단계에 그대로 사용하였다.
커플링을 위한 일반 절차 III: 일부 실시 형태에서, 예시적인 절차에서, 뉴클레오시드(9.11 mmol)를 35℃에서 60 mL의 무수 톨루엔(60 mL x 2)을 이용한 공동 증발에 의해 건조시키고, 높은 진공 하에서 하룻밤 건조시켰다. 건조된 뉴클레오시드를 건조 THF(78 mL)에 용해시킨 다음, 트리에틸아민(63.80 mmol)을 첨가한 후, 아르곤 하에서 -5℃까지 냉각시켰다(2'F-dG/2'OMe-dG의 경우, 0.95당량의 TMS-Cl가 사용됨). 조 물질(일반 절차 I (또는) II로부터 제조됨, 14.57 mmol)의 THF 용액을 3분에 걸쳐 캐뉼러를 통해 첨가한 다음, 실온까지 점진적으로 가온하였다. 실온에서 1시간 후, TLC는 SM의 생성물로의 전환을 나타냈고(총 반응 시간 1시간), 그 후, 반응 혼합물을 0℃에서 H2O(4.55 mmol)로 켄칭하고, 무수 MgSO4(9.11 mmol)을 첨가하고, 10분 동안 교반하였다. 그 후, 반응 혼합물을 에어프리 필터 튜브를 사용하여 아르곤 하에 여과하고, THF로 세척하고, 회전 증발 하에 26℃에서 건조시켜 백색 조 고체 생성물을 수득하고, 이를 고진공 하에 하룻밤 건조시켰다. 용매로서 에틸 아세테이트/헥산(1% TEA 함유)를 이용하여 ISCO-콤비플래시 시스템(아세토니트릴로 사전 평형화시킨 rediSep 고성능 실리카 컬럼)에 의해 조 생성물을 정제하였다(화합물은 100% EtOAc/헥산/1% Et3N에서 용출되었음)(2'F-dG의 경우, 아세토니트릴/에틸 아세테이트(1% TEA 함유)를 사용하였음). 함께 모은 컬럼 분획을 증발시킨 후, 잔사를 높은 진공 하에 건조시켜 생성물을 백색 고체로서 수득하였다.
아미다이트(1030~1039)의 제조.
Figure pct01120
1030의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (73%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 153.32. (ES) m/z: C47H50FN6O10PS: 940.98 [M]+, 실측치: 941.78 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 153.32. (ES) m/z: C47H50FN6O10PS에 대한 이론치: 940.98 [M]+, 실측치: 941.78 [M + H]+.
1031의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (78%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 153.62. (ES) m/z: C42H43FN3O10PS: 831.85 [M]+, 실측치: 870.58 [M + K]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 153.62. (ES) m/z: C42H43FN3O10PS에 대한 이론치: 831.85 [M]+, 실측치: 870.58 [M + K]+.
1032의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (68%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 153.95. (ES) m/z: C44H46FN4O10PS: 872.26 [M]+, 실측치: 873.62 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 153.95. (ES) m/z: C44H46FN4O10PS에 대한 이론치: 872.26 [M]+, 실측치: 873.62 [M + H]+.
1033의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 백색 거품형 고체. 수율: (87%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 151.70. (ES) m/z: C50H48FN6O9PS: 958.29 [M]+, 실측치: 959.79, 960.83 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 151.70. (ES) m/z: C50H48FN6O9PS에 대한 이론치: 958.29 [M]+, 실측치: 959.79, 960.83 [M + H]+.
1034의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (65%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.80. (ES) m/z: C51H51N6O10PS: 971.31 [M]+, 실측치: 971.81 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.80. (ES) m/z: C51H51N6O10PS에 대한 이론치: 971.31 [M]+, 실측치: 971.81 [M + H]+.
1035의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (76%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.50. (ES) m/z: C53H55N6O11PS: 1014.33 [M]+, 실측치: 1015.81 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.50. (ES) m/z: C53H55N6O11PS에 대한 이론치: 1014.33 [M]+, 실측치: 1015.81 [M + H]+.
1036의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (78%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.40. (ES) m/z: C50H57N6O12PS: 996.34 [M]+, 실측치: 997.90 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.40. (ES) m/z: C50H57N6O12PS에 대한 이론치: 996.34 [M]+, 실측치: 997.90 [M + H]+.
1037의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (73%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.87. (ES) m/z: C46H52N3O12PS: 901.30 [M]+, 실측치: 940.83 [M + K]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.87. (ES) m/z: C46H52N3O12PS에 대한 이론치: 901.30 [M]+, 실측치: 940.83 [M + K]+.
1038의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (75%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.94. (ES) m/z: C53H57N4O12PS: 1004.34 [M]+, 실측치: 1005.86 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.94. (ES) m/z: C53H57N4O12PS에 대한 이론치: 1004.34 [M]+, 실측치: 1005.86 [M + H]+.
1039의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (80%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 153.52. (ES) m/z: C44H47N4O10PS: 854.28 [M]+, 실측치: 855.41 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 153.52. (ES) m/z: C44H47N4O10PS에 대한 이론치: 854.28 [M]+, 실측치: 855.41 [M + H]+.
아미다이트(1040~1049)의 제조.
Figure pct01121
1040의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (78%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 157.80. (ES) m/z: C47H50FN6O10PS: 940.98 [M]+, 실측치: 941.68 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 157.80. (ES) m/z: C47H50FN6O10PS에 대한 이론치: 940.98 [M]+, 실측치: 941.68 [M + H]+.
1041의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (78%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 157.79. (ES) m/z: C42H43FN3O10PS: 831.85 [M]+, 실측치: 870.68 [M + K]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 157.79. (ES) m/z: C42H43FN3O10PS에 대한 이론치: 831.85 [M]+, 실측치: 870.68 [M + K]+.
1042의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (78%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 158.07. (ES) m/z: C44H46FN4O10PS: 872.26 [M]+, 실측치: 873.62 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 158.07. (ES) m/z: C44H46FN4O10PS에 대한 이론치: 872.26 [M]+, 실측치: 873.62 [M + H]+.
1043의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 백색 거품형 고체. 수율: (86%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.48. (ES) m/z: C50H48FN6O9PS: 958.29 [M]+, 실측치: 959.79, 960.83 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.48. (ES) m/z: C50H48FN6O9PS에 대한 이론치: 958.29 [M]+, 실측치: 959.79, 960.83 [M + H]+.
1044의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (65%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.80. (ES) m/z: C51H51N6O10PS: 971.31 [M]+, 실측치: 971.81 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.80. (ES) m/z: C51H51N6O10PS에 대한 이론치: 971.31 [M]+, 실측치: 971.81 [M + H]+.
1045의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (77%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.74. (ES) m/z: C53H55N6O11PS: 1014.33 [M]+, 실측치: 1015.81 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.74. (ES) m/z: C53H55N6O11PS에 대한 이론치: 1014.33 [M]+, 실측치: 1015.81 [M + H]+.
1046의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (76%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 155.05. (ES) m/z: C50H57N6O12PS: 996.34 [M]+, 실측치: 997.90 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 155.05. (ES) m/z: C50H57N6O12PS에 대한 이론치: 996.34 [M]+, 실측치: 997.90 [M + H]+.
1047의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (75%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 155.44. (ES) m/z: C46H52N3O12PS: 901.30 [M]+, 실측치: 940.83 [M + K]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 155.44. (ES) m/z: C46H52N3O12PS에 대한 이론치: 901.30 [M]+, 실측치: 940.83 [M + K]+.
1048의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (73%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 155.96. (ES) m/z: C53H57N4O12PS: 1004.34 [M]+, 실측치: 1005.86 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 155.96. (ES) m/z: C53H57N4O12PS에 대한 이론치: 1004.34 [M]+, 실측치: 1005.86 [M + H]+.
1049의 제조: 일반 절차 I 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (80%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.37. (ES) m/z: C44H47N4O10PS: 854.28 [M]+, 실측치: 855.31 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.37. (ES) m/z: C44H47N4O10PS에 대한 이론치: 854.28 [M]+, 실측치: 855.31 [M + H]+.
아미다이트(1051)의 제조.
Figure pct01122
1051의 제조: 일반 절차 II 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (72%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.26. (ES) m/z: C42H50FN4O10PS: 852.29 [M]+, 실측치: 853.52 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.26. (ES) m/z: C42H50FN4O10PS에 대한 이론치: 852.29 [M]+, 실측치: 853.52 [M + H]+.
아미다이트(1052)의 제조.
Figure pct01123
1052의 제조: 일반 절차 II 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (76%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.37. (ES) m/z: C42H50FN4O10PS: 852.29 [M]+, 실측치: 853.52 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.37. (ES) m/z: C42H50FN4O10PS에 대한 이론치: 852.29 [M]+, 실측치: 853.52 [M + H]+.
아미다이트(1053, 1054)의 제조.
Figure pct01124
1053의 제조: 일반 절차 II 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (80%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.62. (ES) m/z: C47H50FN6O8PS: 908.98 [M]+, 실측치: 909.36 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 156.62. (ES) m/z: C47H50FN6O8PS에 대한 이론치: 908.98 [M]+, 실측치: 909.36 [M + H]+.
1054의 제조: 일반 절차 II 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (79%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 157.62. (ES) m/z: C44H46FN4O8PS: 840.90 [M]+, 실측치: 841.67 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 157.62. (ES) m/z: C44H46FN4O8PS에 대한 이론치: 840.90 [M]+, 실측치: 841.67 [M + H]+.
아미다이트(1055)의 제조.
Figure pct01125
1055의 제조: 일반 절차 II 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 백색 거품형 고체. 수율: (77%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 160.00. (ES) m/z: C45H45FN5O10PS: 897.26 [M]+, 실측치: 898.74 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 160.00. (ES) m/z: C45H45FN5O10PS에 대한 이론치: 897.26 [M]+, 실측치: 898.74 [M + H]+.
아미다이트(1056)의 제조.
Figure pct01126
1056의 제조: 일반 절차 II 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 미백색 거품형 고체. 수율: (84%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.80. (ES) m/z: C45H44ClFN5O8P: 867.26 [M]+, 실측치: 868.69 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.80. (ES) m/z: C45H44ClFN5O8P에 대한 이론치: 867.26 [M]+, 실측치: 868.69 [M + H]+.
아미다이트(1057)의 제조.
Figure pct01127
1057의 제조: 일반 절차 II 다음에 일반 절차 III이 사용되었음. 백색 거품형 고체. 수율: (91%). 31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.48. (ES) m/z: C52H55FN5O10PS: 991.34 [M]+, 실측치: 992.87 [M + H]+.31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ 154.48. (ES) m/z: C52H55FN5O10PS에 대한 이론치: 991.34 [M]+, 실측치: 992.87 [M + H]+.
실시예 12. 제공된 기술은 높은 입체선택성 및 수율을 제공한다.
특히, 본 발명은 예를 들어 올리고뉴클레오티드 합성에 사용될 때 높은 입체선택성 및 수율을 전달할 수 있는 기술을 제공한다. 예를 들어, 특정 염기 불안정성 키랄 보조제, 예를 들어 PSM 보조제는 다른 고도로 효율적인 그리고 선택성인 키랄 보조제, 예를 들어 DPSE 보조제와 비견되거나 더 높은 고 입체선택성 및 수율을 전달할 수 있다. 특정한 예시적인 결과가 본원에 제시된다. 본원에서 수행된 특정 평가를 위해 "엄격한" 조건을 사용하였으며, 전형적인 올리고뉴클레오티드 합성에서, 제공된 기술은 유의하게 더 양호한 결과를 전달할 수 있음이 주목되며; 예를 들어, (본원에 설명된 조건 하에 제조된 이량체 대신) 긴 올리고뉴클레오티드를 제조할 때, 커플링 수율이 정량적인 것에 가까울 수 있음이 일상적으로 관찰되었다.
일부 실시 형태에서, nS-8II에서 CPG-2'OMe-U(70 umol/g; 22.1 umol)로 시작하여 반응을 수행하였다. 예시적인 합성 조건은 다음과 같다: 1. 탈차단: 3% TCA / DCM; 2. 커플링: 0.2 M 포스포르아미다이트(예를 들어, L- 또는 D-PSM 2'-MOE/2'-F/2'-H(2'-치환체 없음) 아미다이트 등) / 20% IBN-MeCN(4.5 당량), 0.6 M CMIMT / MeCN(29.9 당량), 아미다이트(Amd) : 활성화제(Act) = 1:6, 8분; 3. 변형 전 캡핑: Cap-B: 20% Ac2O, 30% 2,6-루티딘, 50% MeCN, 2분; 4. 변형: 0.5 M ADIH / MeCN, 6분; 5. 변형 후 캡핑: Cap-A+B, 45초; 및 6. 탈보호/제거/절단(PSM에 있어서): 1) 3% TCA/ DCM; 2) 20% DEA / MeCN, 실온, 12분; 및 3) 진한 NH3 (200 uL/umol), 55℃, 10시간(2'-MOE 이량체에 있어서); 또는 진한 NH3(fCmU 서열) 또는 AMA(fGmU 서열)(200 uL/umol), 40℃, 2시간.
하나의 실행에서 Aeo-n001-mU의 경우 수율은 일반(키랄 보조제가 없는 기존) Aeo 아미다이트의 경우 95.6%이고(R P : S P = 68.1 : 31.9), 수율은 L-PSM Aeo 아미다이트의 경우 91.3%이고(R P : S P = 99.8 : 0.2), 수율은 D-PSM Aeo 아미다이트의 경우 78.8%였다(R P : S P = 7.5 : 92.5).
하나의 실행에서 Geo-n001-mU의 경우, 수율은 일반 Geo 아미다이트의 경우 93.9%이고(R P : S P = 66.8 : 33.2), 수율은 L-PSM Geo 아미다이트의 경우 90.1%이고(R P : S P = 99.8 : 0.2), 수율은 D-PSM Geo 아미다이트의 경우 80.3%였다(R P : S P = 7.7 : 92.3).
하나의 실행에서, Geo-PS (포스포로티오에이트)-mU의 경우, 수율은 일반 Geo 아미다이트의 경우 89.8%이고(R P : S P = 32.6 : 67.4), 수율은 L-PSM Geo 아미다이트의 경우 80.3%이고(R P : S P = 0 : >99.9), 수율은 D-PSM Geo 아미다이트의 경우 71.7%였다(R P : S P = 92.9 : 7.1).
하나의 실행에서, m5Ceo(C 상의 5'-메틸 및 당 상의 2'-MOE)-n001-mU의 경우, 수율은 일반 m5Ceo 아미다이트의 경우 86.6%이고(R P : S P = 68.1 : 31.9), 수율은 L-PSM m5Ceo 아미다이트의 경우 67.8%이고(R P : S P = >99.9 : 0.1), 수율은 D-PSM m5Ceo 아미다이트의 경우 50.4%였다(R P : S P = 6.9 : 93.1).
하나의 실행에서, Teo-n001-mU의 경우, 수율은 일반 Teo 아미다이트의 경우 94.6%이고(R P : S P = 68.9 : 31.1), 수율은 L-PSM Teo 아미다이트의 경우 87.5%이고(R P : S P = 99.9 : 0.1), 수율은 D-PSM Teo 아미다이트의 경우 71.6%였다(R P : S P = 10.2 : 89.8).
일부 실시 형태에서, D-TBTL(
Figure pct01128
)이 유사한 선택성을 제공함이 관찰되었다.
임의의 이론에 의해 제한되고자 함이 없이, 본 출원인은 D-PSM 키랄 보조제에 대한 선택성이 2'-치환체와 관련될 수 있음을 주목하며; 아래에서 입증되는 바와 같이, D-PSM은 2'-F, 2'-H(2'-위치에 치환체가 없음) 등(이는 2'-MOE와 비교하여 크기가 더 작음)에 대해 유의하게 더 높은 선택성을 전달할 수 있음이 관찰되었다.
하나의 실행에서, fG-n001-mU의 경우, 수율은 일반 fG 아미다이트의 경우 91.6%이고(R P : S P = 51.2 : 48.8), 수율은 L-PSM fG 아미다이트의 경우 86.4%이고(R P : S P = 99.7 : 0.3), 수율은 L-PSM fG 아미다이트의 경우 84.9%였다(2% 에피머)(R P : S P = 99.6 : 0.4).
하나의 실행에서, fC-n001-mU의 경우, 수율은 일반 fC 아미다이트의 경우 97.3%이고(R P : S P = 44.6 : 53.4), 수율은 L-PSM fC 아미다이트의 경우 90.8%이고(R P : S P = 99.4 : 0.6), 수율은 L-PSM fG 아미다이트의 경우 91.8%였다(1% 에피머)(R P : S P = 99.5 : 0.5).
하나의 실행에서, fG-PS-mU의 경우, 수율은 일반 fG 아미다이트의 경우 94.3%이고(R P : S P = 47.3 : 52.7), 수율은 L-DPSE fG 아미다이트의 경우 83.4%였다(R P : S P = 0.6 : 99.4).
하나의 실행에서, fC-PS-mU의 경우, 수율은 일반 fC 아미다이트의 경우 94.9%이고(R P : S P = 52.9 : 47.1), 수율은 L-DPSE fC 아미다이트의 경우 80.3%였다(R P : S P = 0.7 : 99.3).
하나의 실행에서, dC-n001-mU의 경우, 수율은 L-PSM dC 아미다이트의 경우 94.5%이고(R P : S P = 1.0 : 99.0), 수율은 D-PSM dC 아미다이트의 경우 95.2%였다(R P : S P = 1.1 : 98.9).
실시예 13. 제공된 기술은 크게 개선된 결과를 제공한다.
특히, 본 발명은 온화한 조건 하에서 염기와의 접촉에 의해 제거될 수 있는 염기 불안정성 키랄 보조제(예를 들어, PSM 보조제)를 이용하는 기술을 제공한다. 본원에서 입증된 바와 같이, 이러한 기술은 높은 선택성, 높은 조 순도, 높은 수율, 및/또는 단순화된/대안적인 제조 공정(예를 들어, 키랄 보조제를 제거하기 위해 F 공급원을 사용하지 않음) 등을 전달할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명의 기술은 높은 순도, 높은 입체선택성 및/또는 적은 양의 염을 갖는 조 조성물을 전달함으로써 정제 및/또는 제형화 공정을 용이하게 한다. 예비 테스트를 기반으로 하는 PSM 키랄 보조제를 사용한 WV-3473의 예시적인 제조가 아래에 설명되어 있다. 이 실시예에서 WV-3473의 제조는 396 μmol(배치 184)의 규모로 2.0 x 7.0 cm 스테인리스강 컬럼을 사용하여 fU-CPG 고체 지지체에서 수행하였다.
예시적인 합성 공정 파라미터
Figure pct01129
Figure pct01130
Figure pct01131
Figure pct01132
특정 원료가 아래에 열거되어 있다.
Figure pct01133
절단 및 탈보호(C&D)를 198 μmol의 규모로 수행하였다. 특정한 유용한 절단 및 탈보호 공정 파라미터가 아래에 제시되어 있다(키랄 보조제 제거 공정은 위에 설명되어 있음):
Figure pct01134
조 올리고뉴클레오티드의 UPLC 분석은 탈염 전 조 샘플에서의 전장 생성물 순도(%FLP)가 39.3%임을 보여주었다. 조 수율은 61 OD 단위/umol로 개산되었다. 순 FLP 수율은 37 OD/ umol(1.22 mg/ umol)이었다. 조 보관 조건은 2~8℃이며; 다른 적합한 보관 조건도 이용될 수 있다. WV-3473의 분자 질량을 LC-MS로 확인하였다(이론치: 6732.8; 실측치: 6730.6).
실시예 14. 제공된 기술은 다양한 유형의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어된 조성물을 제조하는 데 유용하다.
특히, 제공된 기술은 다양한 유형의 키랄 뉴클레오티드간 연결의 키랄 제어 구축에 매우 효과적이다. 예로서 WV-15562 제조에 의해 입증되고 확인된 바와 같이, 제공된 기술은 높은 선택성, 높은 조 순도, 높은 수율 및/또는 단순화된/대안적인 제조 공정(예를 들어, 키랄 보조제를 제거하기 위해 F 공급원을 사용하지 않음) 등을 전달할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명의 기술은 높은 순도, 높은 입체선택성 및/또는 적은 양의 염을 갖는 조 조성물을 전달함으로써 정제 및/또는 제형화 공정을 용이하게 한다.
WV-15562: mU*SGeon001Rm5Ceon001Rm5Ceon001RmA*SG*SG*RC*ST*SG*RG*ST*ST*RA*ST*SmG*SmA*SmC*SmU*SmC
염기 서열: UGCCAGGCTGGTTATGACUC
연결/입체화학: SnRnRnRSSRSSRSSRSSSSSS
예비 테스트를 기반으로 하는 PSM 키랄 보조제를 사용한 WV-WV-15562의 예시적인 제조는 아래에 설명되어 있다. 이 실시예에서 WV-15562의 제조는 401 μmol의 규모로 2.0 x 7.0 cm 스테인리스강 컬럼을 사용하여 mC-CPG 고체 지지체에서 수행하였다.
약어:
Figure pct01135
Figure pct01136
PSM 아미다이트 및 CMIMT 활성화제를 사용한 WV-15562의 합성 공정 파라미터.
Figure pct01137
Figure pct01138
Figure pct01139
절단 및 탈보호(C&D)를 401 μmol의 규모로 수행하였다. 특정한 유용한 절단 및 탈보호 공정 파라미터가 아래에 제시되어 있다(키랄 보조제 제거 공정은 위에 설명되어 있음):
Figure pct01140
조 올리고뉴클레오티드의 UPLC 분석은 탈염 전 전장 생성물 순도(%FLP)가 55.7%임을 보여주었다. 조 수율은 77.5 OD 단위/umol로 개산되었다. 조 보관 조건은 2~8℃이며; 다른 적합한 보관 조건도 이용될 수 있다. WV-15562의 분자 질량을 LC-MS로 확인하였다(이론치: 7098.9; 실측치: 7099.4).
또 다른 예시적인 제조에서, PhIMT(1-(페닐)-1-H-이미다졸-3-윰-1-일 트리플루오로메탄술포네이트)를 396 μmol(다른 조건은 유사함/동일함) 규모로 활성화제로서 사용하였다. 조 올리고뉴클레오티드의 UPLC 분석은 탈염 전 전장 생성물 순도(%FLP)가 49.8%임을 보여주었다. 조 수율은 74.0 OD 단위/umol로 개산되었다. 조 보관 조건은 2~8℃이며; 다른 적합한 보관 조건도 이용될 수 있다. WV-15562의 분자 질량을 LC-MS로 확인하였다(이론치: 7098.9; 실측치: 7098.4). 본 출원인은 일부 실시 형태에서 PhIMT가 CMIMT와 비교하여 MeCN과 같은 특정한 원하는 용매에서 더 높은 용해도를 나타낼 수 있기 때문에 특정 이점을 제공할 수 있음을 주목한다. 일부 실시 형태에서, 더 높은 농도는 더 양호한 결과(예를 들어, 더 양호한 순도, 수율 등)를 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 더 높은 농도는 더 작은 시약 부피를 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 더 높은 농도는 더 큰 당량의 시약을 제공할 수 있다(예를 들어, 더 큰 포스포르아미다이트 당량(예를 들어, 2.5 당량에 비해 4.5 당량)).
실시예 15. 제공된 기술은 다양한 유형의 당을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 조성물을 제조하는 데 유용하다.
본원에 설명된 바와 같이, 제공된 기술은 다양한 구조적 특징을 갖는 올리고뉴클레오티드를 제조하는 데 유용하다. 일부 실시 형태에서, 본원에서 확인된 바와 같이, 제공된 기술은 2'-OH 당(예를 들어, R2s = OH인 당, 예컨대 천연 RNA에서 전형적으로 발견되는 당)을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어된 제조에 특히 유용하다. 예를 들어, 아래에 설명된 제조에서, 다양한 기타 당 및 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 천연 RNA 당(
Figure pct01141
()-함유 올리고뉴클레오티드를 높은 수율 및 순도로 제조하였다.
약어
AEX-HPLC: 음이온 교환 고압 액체 크로마토그래피
CPG: 제어된 기공 유리
CV: 컬럼 부피
DCM: 디클로로메탄, CH2Cl2
DMSO: 디메틸술폭시드
DMTr: 4,4'-디메톡시트리틸
HF: 플루오르화수소
IBN: 이소부티로니트릴
LTQ: 선형 이온 트랩 질량분석기
MeIm: N-메틸이미다졸
PhIMT: N-페닐이미다졸륨 트리플레이트
RP-UPLC: 역상 초고성능 액체 크로마토그래피
TCA: 트리클로로아세트산
TEA: 트리에틸아민
TEAA: 트리에틸암모늄 아세테이트
XH: 잔탄 히드라이드
키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물의 합성 절차(25 νmol 규모): 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물의 자동화된 고체상 합성을 아래 기술된 바와 같은 사이클에 따라 수행하였다:
Figure pct01142
원하는 길이(예를 들어, 30-mer)에 도달할 때까지 사이클을 다회 수행하였다. PSM 포스포르아미다이트를 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결(2'-OH의 경우, TBS(t-부틸디메틸실릴)로 보호됨)의 형성에 사용하였다.
C&D에 대한 절차, 정제 조건(25 mol 규모): 합성 사이클의 완료 후, PSM 키랄 보조 기를 DEA 처리에 의해 제거하였다. CPG를 35℃에서 30분 동안 40% MeNH2(5.0 mL)로 처리한 다음, 실온까지 냉각시키고, CPG를 막 여과에 의해 분리하고, 8.0 mL의 DMSO로 세척하였다. 여과액에 TEA-3HF(5.0 mL)를 첨가하고, 45℃에서 1시간 동안 교반하였으며, 이는 2'-OH로부터 TBS 보호기를 제거할 수 있다. 반응 혼합물을 실온까지 냉각시키고 10 mL의 50 mM NaOAc(pH 5.2)로 희석하였다. 조 물질을 LTQ 및 RP-UPLC로 분석하였다. 조 물질을 50 mM TEAA 중 MeCN의 선형 구배를 사용하여 RP-HPLC로 정제하고, tC18 SepPak 카트리지로 탈염하여 표적 올리고뉴클레오티드를 얻었다.
탈염 절차(25 μ mol 규모): 재료: SepPak tC18 35cc Vac 카트리지 (10 g의 흡수제/카트리지, 55~105 μm의 입자 크기).
1. 존재하는 경우 MeCN을 샘플로부터 증발시킨다.
2. 컬럼을 4CV의 100% 아세토니트릴(HPLC 등급)로 컨디셔닝한다.
3. 컬럼을 내독소 무함유 Millipore Bio-Pak 물 중 40% MeCN 2CV로 헹군다.
4, 컬럼을 4CV의 물로 헹군다(Millipore Bio-Pak, 내독소 무함유).
5. 컬럼을 내독소 무함유 Millipore Bio-Pak 물 중 50 mM TEAA 2CV로 평형화한다.
6. 순수 분획을 평형화 컬럼에 로딩한다. 중력에 의한 로딩은 가장 많은 양의 결합을 달성한다. 진공으로 서서히 로딩하면 적절한 결합이 달성된다. 진공으로 빠르게 로딩하면 결합이 제대로 되지 않는다.
7. 컬럼을 2CV의 BioPak 물로 세척하여 TEAA를 세척해 낸다.
8. 컬럼을 2CV의 100 mM NaOAc로 세척하여 올리고의 백본 상의 암모늄을 대신 나트륨으로 교환한다.
9. 용출액의 전도도가 <20 uS/cm가 될 때까지 BioPak 물로 컬럼을 세척한다.
10. 내독소 무함유 Millipore Bio-Pak 물 중 2 컬럼 부피의 40% MeCN으로 생성물을 용출시킨다.
11. 30℃에서 하룻밤 Speed-vac에 두어 아세토니트릴을 제거하고 농축시킨다.
하나의 제조로부터의 결과가 아래에 제시된다:
합성 규모: 25 umol
조 OD: 874 OD
조 UPLC 순도: 32.17%
조 LTQ 순도: 62.45%
최종 OD: 59.8 OD
최종 UPLC 순도:59.85%
최종 MS 순도: 74.51%
최종 실측치: MS: 10,064.40(이론치: 10,063.68).
등가물
본 발명의 일부 예시적인 실시 형태를 설명하였지만, 전술한 것은 단지 예시적인 것으로서 제한적인 것이 아니고, 단지 예로서 제시된 것임이 당업자에게 명백할 것이다. 다수의 변형 및 다른 예시적인 실시 형태는 당업자의 범위 내에 있고 본 발명의 범위 내에 속하는 것으로 고려된다. 특히, 본원에 제시된 많은 예들은 방법 행위 또는 시스템 요소의 특정 조합을 포함하지만, 그 행위 및 그 요소는 동일한 목적을 달성하기 위해 다른 방식으로 조합될 수 있음을 이해해야 한다. 단지 일 실시 형태와 관련하여 논의된 행위, 요소 및 특징은 다른 실시 형태에서 유사한 역할로부터 배제되는 것으로 의도되는 것이 아니다. 또한, 다음의 청구범위에 기재된 하나 이상의 수단-플러스-기능 한계에 있어서, 수단은 기재된 기능을 수행하기 위해 본원에 개시된 수단에 한정되는 것으로 의도되는 것이 아니라, 기재된 기능을 수행하기 위한, 현재 공지되어 있거나 나중에 개발될 임의의 수단을 범주 내에 포함하도록 의도된다.
청구항 요소를 수식하도록 청구범위에서 "제1", "제2", "제3" 등과 같은 서수 용어를 사용하는 것은 그 자체로서, 하나의 청구항 요소의 임의의 우선 순위, 우선성 또는 순서가, 방법의 행위가 수행되는 또 다른 순서 또는 시간적 순서보다 우선하는 것을 내포하는 것이 아니며, 단지 특정 명칭을 갖는 하나의 청구항 요소를 동일한 명칭을 갖는 또 다른 요소(그러나 서수 용어를 사용하기 위한 것)와 구별하여 청구항 요소들을 구별하기 위한 라벨로서 사용된다. 이와 유사하게, 1), 2) 등, a), b) 등, 또는 i), ii) 등의 사용은 그 자체로 청구범위에서의 단계들의 임의의 우선 순위, 우선성 또는 순서를 내포하지 않는다. 이와 유사하게, 본 명세서에서의 이들 용어의 사용은 그 자체로 임의의 요구되는 우선 순위, 우선성 또는 순서를 내포하지는 않는다.
전술한 서면으로 된 명세서는 당업자가 본 발명을 실시할 수 있게 하기에 충분한 것으로 간주된다. 실시예는 본 발명의 특정한 양태(들)의 예시로서 의도되고 다른 기능적으로 동등한 실시 형태가 본 발명의 범주 내에 있기 때문에, 본 발명은 제공된 실시예에 의해 범주가 제한되는 것이 아니다. 본원에 예시되고 설명된 것들에 추가하여 본 발명의 다양한 변형은 전술한 설명으로부터 당업자에게 명백해질 것이며 청구범위의 범주 내에 속한다. 본 발명의 장점 및 목적은 본 발명의 각각의 실시 형태에 반드시 포함되는 것은 아니다.

Claims (40)

  1. 하나 이상의 사이클을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 제조 방법으로서, 각각의 사이클은 독립적으로 하기 단계를 포함하는, 방법:
    (1) 커플링 단계;
    (2) 선택적으로, 변형 전 캡핑 단계;
    (3) 변형 단계;
    (4) 선택적으로, 변형 후 캡핑 단계; 및
    (5) 선택적으로 탈차단 단계를 포함하며,
    (여기서, 하나 이상의 사이클에서, 커플링 단계는 독립적으로, 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 유리 히드록실 기를
    Figure pct01143
    의 구조를 갖는 키랄 보조 기를 포함하는 커플링 파트너 화합물과 반응시키는 것을 포함하며,
    R2는 전자 끄는 기를 포함하고 -Ls-R'이며;
    각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌, -C≡C-, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
    각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
    각각의 CyL은 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인, 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
    각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -CO2R, 또는 -SO2R이며;
    R6은 -L-R'이며;
    L은 공유 결합, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬렌(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체됨)이거나; 또는 L은 Ls이며;
    각각의 L'는 독립적으로 공유 결합, 선택적 치환 2가 C1-3 알킬렌, -C(R3)(R4)-, -C(R3)(R4)-C(R3)(R4)-, -Cy-, 또는 -C(R3)[C(R4)3]-이며;
    각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
    2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
    동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
    2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성함).
  2. 제1항에 있어서, 상기 방법은 하나 이상의 사이클을 포함하며, 사이클 각각은 독립적으로
    (1) 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드(탈차단 올리고뉴클레오티드 조성물) 또는 뉴클레오시드를 포함하는 탈차단된 조성물(이는 각각이 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함한다는 점에서 탈차단된 것임)과, 뉴클레오시드 단위를 포함하는 파트너 화합물을 포함하는 커플링 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
    파트너 화합물과, 복수의 탈차단 올리고뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드의 유리 히드록실 기를 커플링시키는 것을 포함하는 커플링 단계
    (여기서, 상기 커플링 단계는 복수의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로, 탈차단된 올리고뉴클레오티드의 히드록실 기와 파트너 화합물의 뉴클레오시드 단위를 연결하는 뉴클레오티드간 연결을 포함함)를 포함하는 커플링 생성물 조성물을 제공함);
    (2) 선택적으로,
    커플링 생성물 조성물과 변형 전 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
    커플링 생성물 조성물의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 전 캡핑 단계
    (여기서, 상기 변형 전 캡핑 단계는 복수의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 전 캡핑 생성물 조성물을 제공함);
    (3) 커플링 생성물 조성물과, 변형 시약을 포함하는 변형 시약 시스템을 접촉시키고, 하나 이상의 커플링 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 변형시키는 것; 또는
    변형 전 캡핑 생성물 조성물과 변형 시약 시스템을 접촉시키고 하나 이상의 변형 전 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 연결을 변형시키는 것을 포함하는 변형 단계
    (여기서, 상기 변형 단계는 복수의 변형 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 생성물 조성물을 제공함);
    (4) 선택적으로,
    변형 생성물 조성물과 변형 후 캡핑 시약 시스템을 접촉시키는 것; 및
    변형 생성물 조성물의 복수의 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 작용기를 캡핑하는 것을 포함하는 변형 후 캡핑 단계
    (여기서, 상기 변형 후 캡핑 단계는 복수의 변형 후 캡핑 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 변형 후 캡핑 생성물 조성물을 제공함);
    (5) 선택적으로,
    변형 생성물 조성물, 또는 변형 후 캡핑 생성물 조성물과 탈차단 시약 시스템을 접촉시키는 것을 포함하는 탈차단 단계
    (상기 탈차단 단계는 복수의 탈차단 생성물 올리고뉴클레오티드(이들 각각은 독립적으로 유리 히드록실 기를 포함함)를 포함하는 탈차단 생성물 조성물을 제공함)를 포함하며;
    여기서, 하나 이상의 사이클에서, 커플링 파트너 화합물은 독립적으로
    Figure pct01144
    의 구조를 갖는 키랄 보조 기를 포함하며,
    R2는 전자 끄는 기를 포함하고 -Ls-R'이며;
    각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌, -C≡C-, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
    각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
    각각의 CyL은 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인, 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
    각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -CO2R, 또는 -SO2R이며;
    R6은 -L-R'이며;
    L은 공유 결합, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬렌(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -L'-로 대체됨)이거나; 또는 L은 Ls이며;
    각각의 L'는 독립적으로 공유 결합, 선택적 치환 2가 C1-3 알킬렌, -C(R3)(R4)-, -C(R3)(R4)-C(R3)(R4)-, -Cy-, 또는 -C(R3)[C(R4)3]-이며;
    각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
    2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
    동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
    2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하는, 방법.
  3. 제1항에 있어서, 사이클은 탈차단 단계를 포함하는, 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 사이클은 변형 전 캡핑 단계 또는 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 사이클은 변형 전 및 변형 후 캡핑 단계를 포함하는, 방법.
  6. 제1항에 있어서, 사이클은 *PS 또는 *PR의 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 변형 단계를 포함하며, 여기서, *PS는 독립적으로 화학식
    Figure pct01145
    또는 이의 염 형태이며, *PR은 독립적으로 화학식
    Figure pct01146
    또는 이의 염 형태이며, -X-Ls-R5는
    Figure pct01147
    또는
    Figure pct01148
    인, 방법.
  7. 제6항에 있어서, 사이클은 *NS 또는 *NR의 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 변형 단계를 포함하며, 여기서, *NS는 독립적으로 화학식
    Figure pct01149
    또는 이의 염 형태이며, *NR은 독립적으로 화학식
    Figure pct01150
    또는 이의 염 형태이며, -X-Ls-R5는
    Figure pct01151
    또는
    Figure pct01152
    인, 방법.
  8. 제6항에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하는, 방법.
  9. 제7항에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하는, 방법.
  10. 제1항에 있어서, 키랄 보조 기를 포함하는 각각의 파트너 화합물은 독립적으로
    Figure pct01153

    Figure pct01154
    의 구조, 또는 이의 염을 가지며, 여기서,
    BA는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C3-30 헤테로시클릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이며;
    s는 0~20이며;
    고리 As는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이며;
    각각의 R2s, R4s 및 R5s는 독립적으로 Rs이며;
    각각의 Rs는 독립적으로 -H, 할로겐, -CN, -N3, -NO, -NO2, -Ls-R', -Ls-Si(R)3, -Ls-OR', -Ls-SR', -Ls-N(R')2, -O-Ls-R', -O-Ls-Si(R)3, -O-Ls-OR', -O-Ls-SR', 또는 -O-Ls-N(R')2이며;
    R2는 전자 끄는 기를 포함하고 -Ls-R'이며;
    각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌, -C≡C-, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이며;
    각각의 -Cy-는 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 2가 기이며;
    각각의 CyL은 독립적으로 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인, 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이며;
    각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -C(O)OR, 또는 -S(O)2R이며;
    각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
    2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
    동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
    2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하는, 방법.
  11. 제10항에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하는, 방법.
  12. 제10항에 있어서, 키랄 보조 기를 포함하는 각각의 파트너 화합물은 독립적으로
    Figure pct01155
    의 구조를 갖는, 방법.
  13. 제12항에 있어서, 파트너 화합물에서 R4s는 -H인 방법.
  14. 제13항에 있어서, 파트너 화합물에서 R2s는 -H인 방법.
  15. 제13항에 있어서, 파트너 화합물에서 R2s는 -OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족인, 방법.
  16. 제13항에 있어서, 파트너 화합물에서 R2s는 -O-Si(R)3이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 -H가 아닌, 방법.
  17. 제13항에 있어서, 파트너 화합물에서 R2s는 -OTBS이며, 여기서, 각각의 R은 독립적으로 -H가 아닌, 방법.
  18. 제6항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, R2는 -CH2SO2R'이며, 여기서, R'는 C1-30 지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기인, 방법.
  19. 제18항에 있어서, R'는 선택적 치환 페닐인, 방법.
  20. 제18항에 있어서, R'는 페닐인, 방법.
  21. 제18항에 있어서, R'는 tert-부틸인, 방법.
  22. 제6항 또는 제10항에 있어서, 키랄 보조 기를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 무수 조건 하에 염기와 접촉시켜 키랄 보조 기를 제거하는 단계를 포함하는, 방법.
  23. 제22항에 있어서, 염기는 DEA인, 방법.
  24. 제6항 또는 제10항에 있어서, 생성물 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 방법.
  25. 제6항 또는 제10항에 있어서, 생성물 올리고뉴클레오티드는 2'-OH를 포함하는 당을 포함하는, 방법.
  26. 제24항 또는 제25항에 있어서, 생성물 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 추가로 포함하는, 방법.
  27. 제26항에 있어서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 n001인, 방법.
  28. 제24항 또는 제25항에 있어서, 생성물 올리고뉴클레오티드는 천연 포스페이트 연결을 추가로 포함하는, 방법.
  29. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 사이클에서, 파트너 화합물은 키랄 보조 기를 함유하지 않는(예를 들어, 파트너 화합물은 2-시아노에틸 N,N-디이소프로필클로로포스포르아미다이트인), 방법.
  30. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 복수의 최종 생성물 올리고뉴클레오티드를 포함하는 최종 생성물 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서,
    상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
    상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
    여기서, 최종 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수인, 방법.
  31. 올리고뉴클레오티드로서, 상기 올리고뉴클레오티드는 *PS 또는 *PR의 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 여기서, *PS는 독립적으로 화학식
    Figure pct01156
    또는 이의 염 형태이며, *PR은 독립적으로 화학식
    Figure pct01157
    또는 이의 염 형태이며, -X-Ls-R5는
    Figure pct01158
    인, 올리고뉴클레오티드.
  32. 제31항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오티드는 *NS 또는 *NR의 뉴클레오티드간 연결을 추가로 포함하며, 여기서, *NS는 독립적으로 화학식
    Figure pct01159
    또는 이의 염 형태이며, *NR은 독립적으로 화학식
    Figure pct01160
    또는 이의 염 형태이며, -X-Ls-R5는
    Figure pct01161
    인, 올리고뉴클레오티드.
  33. 제31항 또는 제32항에 있어서, R4 및 R5는 이들의 개재 원자와 함께 취해져서, 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하는, 올리고뉴클레오티드.
  34. 제33항에 있어서, R2는 -CH2SO2R'이며, 여기서, R'는 C1-30 지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적 치환 기인, 올리고뉴클레오티드.
  35. 제34항에 있어서, R'는 선택적 치환 페닐인, 올리고뉴클레오티드.
  36. 제34항에 있어서, R'는 페닐인, 올리고뉴클레오티드.
  37. 제34항에 있어서, R'는 tert-부틸인, 올리고뉴클레오티드.
  38. 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물로서,
    상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일 구성을 공유하며;
    상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(상기 뉴클레오티드간 연결은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드간 연결의 키랄 연결 인에서 동일한 입체화학적 배열을 공유한다는 점에서 키랄 제어됨)을 포함하며;
    여기서, 최종 생성물 조성물 중의 동일 염기 서열을 공유하는 모든 올리고뉴클레오티드의 적어도 ((DS)Nc*100)%는 상기 복수의 올리고뉴클레오티드이며, DS는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%이며, Nc는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이며;
    각각의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 제31항 내지 제37항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
  39. 제10항 내지 제21항 중 어느 한 항의
    Figure pct01162

    Figure pct01163
    의 구조를 갖는 포스포르아미다이트, 또는 이의 염.
  40. 명세서, 또는 실시 형태 1~665 중 어느 하나에 기술된 화합물, 조성물, 방법 또는 올리고뉴클레오티드.
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