CN113748116A

CN113748116A - 可用于寡核苷酸制备的技术

Info

Publication number: CN113748116A
Application number: CN202080028682.0A
Authority: CN
Inventors: 帕查穆图·坎德萨米; 清水护; 大卫·查尔斯·唐奈·巴特勒; 贾亚坎森·库马拉萨米; 戈帕尔·雷迪·博米涅尼; 穆罕默德·罗肖恩·阿拉姆; 塞瑟马达范·迪瓦卡拉梅农; 比贾亚·蒂拉克·巴特拉伊; 钱德拉·瓦尔格赛; 基思·安德鲁·鲍曼; 斯特凡尼·米歇尔·斯坦德利
Original assignee: Wave Life Sciences Pte Ltd
Current assignee: Wave Life Sciences Pte Ltd
Priority date: 2019-03-20
Filing date: 2020-03-19
Publication date: 2021-12-03
Also published as: AU2020241559A1; MX2021011351A; JP2022525541A; CA3134036A1; BR112021018492A2; US20230089442A1; KR20210149750A; EP3941924A1; WO2020191252A1; IL286487A; SG11202110045PA; EP3941924A4

Abstract

除其他事项外，本披露提供了用于寡核苷酸制备、特别是手性控制的寡核苷酸制备的技术，所述技术提供了大大改善的粗品纯度和产率，并显著降低了制造成本。

Description

可用于寡核苷酸制备的技术

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年3月20日提交的美国临时申请号62/821,423的优先权，所述临时申请的全部内容通过引用并入本文。

背景技术

寡核苷酸可包含多种修饰。某些修饰，如硫代磷酸酯核苷酸间键联，可能将新的手性中心引入寡核苷酸。

发明内容

寡核苷酸可用于许多目的。然而，已经发现天然寡核苷酸具有缺点，如低稳定性、低活性等，这些缺点可能降低或消除其例如作为治疗剂的有用性。

已经开发了可以改善寡核苷酸特性和有用性的某些技术。例如，已经描述了可以改善寡核苷酸特性和有用性的例如对核碱基、糖和/或核苷酸间键联等的某些修饰。此外，已经证明允许控制立体化学和/或制备手性控制的寡核苷酸组合物的技术提供了特别有用和有效的寡核苷酸组合物。例如，在以下项中的一项或多项中描述了某些示例性有用的技术：US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US20190008986、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO2017/015575、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO2018/223056、WO 2018/237194、WO 2019/032607等，其各自通过引用并入本文。

特别地，考虑到所证明的手性控制的寡核苷酸组合物的合意性和有用性，本申请人意识到可以改善或促进寡核苷酸组合物、特别是手性控制的寡核苷酸组合物的生产的技术的开发可以提供显著的益处。本披露描述了某些此类开发，并且提供了涉及寡核苷酸组合物、特别是手性控制的寡核苷酸组合物的技术。所提供的技术例如相对于治疗性寡核苷酸可能是特别有用的。

除其他事项外，本披露涵盖以下认识：已经在寡核苷酸、特别是手性控制的(例如，立体纯的)寡核苷酸组合物的制备中利用的某些技术(包括条件和/或步骤序列等)可能与某些杂质的产生和/或某些试剂和/或条件的使用相关，其相关的生产成本可以进一步降低，并且其相关的操作可以进一步改善。在一些实施例中，本披露因此识别出已经利用了此类技术的策略的问题和/或挑战的来源。在一些实施例中，本披露提供了以下技术(例如，试剂、条件、反应、步骤序列、循环、方法等)，所述技术被描述和证明为显著改善粗产物纯度和产率、显著提高操作效率和/或降低生产成本。

例如，在一些实施例中，某些提供的技术利用了手性助剂，这些助剂可以使用碱(在不使用HF下)和/或可能导致寡核苷酸链显著断裂和/或某些核苷酸间键联的不希望转化(例如，从硫代磷酸酯核苷酸间键联(或其前体)和/或中性核苷酸间键联(或其前体)形成天然磷酸酯键联)的碱性条件和/或升高的温度容易地除去。此类技术可提供新的化学相容性，并可提供高立体选择性、粗品纯度和产率(如本文所证明的)。在一些实施例中，可用的化合物是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，或其盐。除其他事项外，此类化合物可用作手性助剂，例如，用于制备手性控制的寡核苷酸组合物，如本文所证明的。

寡核苷酸合成典型地在其步骤中利用高效的化学转化。然而，尽管效率高，但一个或多个步骤的产物通常包含一个或多个反应性官能团，所述官能团如果未加帽可能引入大量杂质，例如，对于偶联产物，未反应的5’-OH基团，和/或新形成的反应性基团(当手性助剂用于手性控制的寡核苷酸合成时，例如，伯氨基和/或仲氨基)。在许多情况下，此类反应性官能团在寡核苷酸合成期间被加帽，以便减少来自它们的杂质。在一些实施例中，本披露涵盖了对以下问题来源的认识：加帽步骤(如典型地在传统的基于亚磷酰胺的寡核苷酸合成中使用的那些)可能导致产生大量的副产物，特别是对于许多手性控制的(立体控制的，立体选择性的)寡核苷酸合成过程。除其他事项外，本披露提供了解决这些问题的技术。

在一些实施例中，本披露提供了包括修饰后加帽步骤(例如在修饰步骤之后但在下一个解封和/或偶联步骤之前)的方法。在一些实施例中，修饰后加帽步骤是在提供手性控制的核苷酸间键联的修饰步骤之后但在下一个解封和/或偶联步骤之前。

在一些实施例中，本披露提供了包括与传统的寡核苷酸合成中的参考加帽步骤相比不同化学策略的加帽步骤的方法。例如，在一些实施例中，本披露提供了包括一个或多个加帽步骤的方法，与羟基相比，所述步骤各自选择性地将氨基加帽(例如，与传统的寡核苷酸合成中的参考加帽试剂体系相比)。在一些实施例中，与酯化相比，提供的加帽步骤对于酰胺化是选择性的。在一些实施例中，用于加帽步骤的加帽试剂体系不包含或包含降低水平(例如，与传统的寡核苷酸合成中的参考加帽试剂体系相比)的强亲核试剂和/或酯化催化剂(或当与待加帽的组合物接触时可提供它们的试剂)，例如不包含或包含降低水平的DMAP、NMI等。在一些实施例中，本披露提供了包括可以有效地将氨基和羟基二者加帽的加帽步骤(例如，与传统的寡核苷酸合成中的参考加帽步骤相当或相同的加帽步骤)的方法。

在一些实施例中，本披露提供了方法，这些方法包括相同或不同化学策略的加帽步骤以实现寡核苷酸合成并且可以提供各种优点，例如，改善的粗品纯度，改善的产率等，特别是对于手性控制的(立体控制的，立体选择性的)寡核苷酸合成。在一些实施例中，本披露提供了修饰前加帽步骤(在偶联步骤之后但在下一个修饰步骤之前)和修饰后加帽步骤(在修饰步骤之后但在下一个解封和/或偶联步骤之前)的方法。在一些实施例中，修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤是不同的。在一些实施例中，修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤具有不同的化学策略。在一些实施例中，与羟基相比，修饰前加帽步骤选择性地将氨基加帽(例如，与传统的寡核苷酸合成中的参考加帽试剂体系相比)。在一些实施例中，修饰后加帽步骤可以将氨基和羟基二者加帽(例如，与传统的寡核苷酸合成中的参考加帽试剂体系相比)。在一些实施例中，与羟基相比，修饰前加帽步骤选择性地将氨基加帽(例如，与传统的寡核苷酸合成中的参考加帽试剂体系相比)。在一些实施例中，修饰前加帽步骤可以将氨基和羟基二者加帽(例如，与传统的寡核苷酸合成中的参考加帽试剂体系相比)。

在一些实施例中，提供的方法在寡核苷酸合成循环中包括两个或更多个加帽步骤。在一些实施例中，提供的方法在寡核苷酸合成循环中包括两个加帽步骤，其中这两个步骤被修饰步骤(例如氧化、硫化等)隔开。在一些实施例中，提供的方法包括其中形成手性经修饰的核苷酸间键联(包括手性键联磷)的步骤，其中立体选择性为至少80∶20、85∶15、90∶10、91∶9、92∶8、93∶7、94∶6、95∶5、96∶4、97∶3、98∶2、或99∶1，有利于Rp或Sp构型。

在一些实施例中，本披露提供了一种方法，所述方法包括：

提供包含手性原子的手性核苷亚磷酰胺，所述手性原子不是磷原子或糖碳原子；以及

紧接在硫化或氧化步骤之后的加帽步骤。

在一些实施例中，本披露提供了一种方法，所述方法包括：

提供包含手性原子的手性核苷亚磷酰胺，所述手性原子不是磷原子并且不是核苷单元的原子；以及

紧接在硫化或氧化步骤之后的加帽步骤。

在一些实施例中，本披露提供了一种方法，所述方法包括：

提供包含手性键联磷原子的寡核苷酸中间体，所述手性键联磷原子键合至不包含核苷单元或其一部分的手性单元；以及

紧接在硫化或氧化步骤之后的加帽步骤。

在一些实施例中，本披露提供了一种方法，所述方法包括：

提供包含手性键联磷原子的寡核苷酸中间体，所述手性键联磷原子键合至不包含核苷单元的原子的手性单元；以及

紧接在硫化或氧化步骤之后的加帽步骤。

在一些实施例中，本披露提供了一种例如用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括：

(1)偶联步骤；

(2)任选地，修饰前加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)任选地，修饰后加帽步骤；以及

(5)任选地解封步骤。

本文描述了示例偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤和解封步骤。在一些实施例中，循环包括所有任选的步骤。

在一些实施例中，本披露提供了一种例如用于制备包含多种寡核苷酸的组合物的方法，所述方法包括：

(1)偶联步骤，其包括：

使包含多种解封的寡核苷酸(解封的寡核苷酸组合物)或核苷的解封的组合物-其是解封的因为各自独立地包含游离羟基-与包含配偶体化合物的偶联试剂体系接触，所述配偶体化合物包含核苷单元；以及

使配偶体化合物与所述多种解封的寡核苷酸或核苷的游离羟基偶联；

其中所述偶联步骤提供了包含多种偶联产物寡核苷酸的偶联产物组合物，所述偶联产物寡核苷酸各自独立地包含将解封的寡核苷酸的羟基与配偶体化合物的核苷单元连接的核苷酸间键联；

(2)任选地，修饰前加帽步骤，其包括：

使偶联产物组合物与修饰前加帽试剂体系接触；以及

将所述偶联产物组合物的一个或多个官能团加帽；

其中所述修饰前加帽步骤提供了包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸的修饰前加帽产物组合物；

(3)修饰步骤，其包括：

使偶联产物组合物与包含修饰试剂的修饰试剂体系接触，并修饰一种或多种偶联产物寡核苷酸的一个或多个核苷酸间键联；或

使修饰前加帽产物组合物与修饰试剂体系接触，并修饰一种或多种修饰前加帽产物寡核苷酸的一个或多个键联；

其中所述修饰步骤提供了包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物；

(4)任选地，修饰后加帽步骤，其包括：

使修饰产物组合物与修饰后加帽试剂体系接触；以及

将所述修饰产物组合物的多种寡核苷酸的一个或多个官能团加帽；

其中所述修饰后加帽步骤提供了包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸的修饰后加帽产物组合物；

(5)任选地，解封步骤，其包括：

使修饰产物组合物或修饰后加帽产物组合物与解封试剂体系接触；

其中所述解封步骤提供了包含多种解封产物寡核苷酸的解封产物组合物，所述解封产物寡核苷酸各自独立地包含游离羟基；以及

(6)任选地重复步骤(1)至(5)许多次(例如，1-100、1-90、1-80、1-70、1-60、1-50、1-40、1-30、1-25、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、或25等；或使得已经实现寡核苷酸的希望的长度)。

在一些实施例中，提供的方法包括一个或多个修饰前加帽步骤。在一些实施例中，提供的方法包括一个或多个修饰后加帽步骤。在一些实施例中，提供的方法包括一个或多个修饰前和修饰后加帽步骤。在一些实施例中，提供的方法包括一个或多个解封步骤。

在一些实施例中，本披露提供了一种例如用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括一个或多个循环，所述循环各自独立地包括：

(1)偶联步骤；

(2)任选地，修饰前加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)任选地，修饰后加帽步骤；以及

(5)任选地解封步骤。

在一些实施例中，本披露提供了一种例如用于制备包含多种寡核苷酸的组合物的方法，所述方法包括一个或多个循环，每个循环独立地包括：

(1)偶联步骤，其包括：

(2)任选地，修饰前加帽步骤，其包括：

使偶联产物组合物与修饰前加帽试剂体系接触；以及

将所述偶联产物组合物的一个或多个官能团加帽；

(3)修饰步骤，其包括：

(4)任选地，修饰后加帽步骤，其包括：

使修饰产物组合物与修饰后加帽试剂体系接触；以及

(5)任选地，解封步骤，其包括：

其中所述解封步骤提供了包含多种解封产物寡核苷酸的解封产物组合物，所述解封产物寡核苷酸各自独立地包含游离羟基。

在一些实施例中，循环包括一个或多个修饰前加帽步骤。在一些实施例中，循环包括一个或多个修饰后加帽步骤。在一些实施例中，循环包括一个或多个修饰前和修饰后加帽步骤。在一些实施例中，循环包括一个或多个解封步骤。在一些实施例中，循环包含偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤、和解封步骤。在一些实施例中，循环包含偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、和解封步骤。在一些实施例中，循环包含偶联步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤、和解封步骤。在一些实施例中，包含偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤、和解封步骤。在一些实施例中，一个或多个循环包含偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、和解封步骤。在一些实施例中，一个或多个循环包含偶联步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤和解封步骤。

在一些实施例中，循环包括一个或多个但不是全部任选的步骤。在一些实施例中，循环包括修饰前步骤。在一些实施例中，循环不包括修饰前步骤。在一些实施例中，循环包括修饰后步骤。在一些实施例中，循环不包括修饰后步骤。在一些实施例中，循环不包括解封步骤，例如，最后的循环(当实现了寡核苷酸的希望的长度时)。

在一些实施例中，循环中的每个步骤独立地选自偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、修饰后加帽和解封步骤。在一些实施例中，循环可以包括两个或更多个相同的步骤(例如，两个偶联步骤)，其各自可以使用相同或不同的试剂、条件等。如本领域技术人员所理解的，在一些实施例中，例如，当一个步骤的反应没有完成时，在第一个这样的步骤之后立即或在一个或多个下一个步骤之后重复这样的步骤可能是有益的。在许多实施例中，在进行接下来的解封步骤之前进行重复。例如，在一些实施例中，偶联步骤在另一个偶联步骤之后立即重复一次或多次。在一些实施例中，将步骤序列(例如，(1)-(2)、(1)-(3)、(1)-(2)-(3)、(1)-(3)-(4)、(1)-(2)-(3)-(4))重复一次或多次。

如本披露中所使用的，在一些实施例中，“一次或多次”是一次。在一些实施例中，“一次或多次”是两次或两次或更多次。在一些实施例中，“一次或多次”是1-200、1-150、1-100、1-90、1-80、1-70、1-60、1-50、1-40、1-30、1-25、1-24、1-23、1-22、1-21、1-20、5-200、5-150、5-100、5-90、5-80、5-70、5-60、5-50、5-40、5-30、5-25、5-24、5-23、5-22、5-21、5-20、10-200、10-150、10-100、10-90、10-80、10-70、10-60、10-50、10-40、10-30、10-25、10-24、10-23、10-22、10-21、10-20、15-200、15-150、15-100、15-90、15-80、15-70、15-60、15-50、15-40、15-30、15-25、15-24、15-23、15-22、15-21、15-20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、或更多次。

如本披露中所使用的，在一些实施例中，“至少一次”是一次。在一些实施例中，“至少一次”是两次或两次或更多次。在一些实施例中，“至少一次”是1-200、1-150、1-100、1-90、1-80、1-70、1-60、1-50、1-40、1-30、1-25、1-24、1-23、1-22、1-21、1-20、5-200、5-150、5-100、5-90、5-80、5-70、5-60、5-50、5-40、5-30、5-25、5-24、5-23、5-22、5-21、5-20、10-200、10-150、10-100、10-90、10-80、10-70、10-60、10-50、10-40、10-30、10-25、10-24、10-23、10-22、10-21、10-20、15-200、15-150、15-100、15-90、15-80、15-70、15-60、15-50、15-40、15-30、15-25、15-24、15-23、15-22、15-21、15-20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、或更多次。

在一些实施例中，一个或多个循环包括偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤和解封步骤，并且一个或多个循环包括偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤和解封步骤。在一些实施例中，一个或多个循环包括偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤和解封步骤，并且一个或多个循环包括偶联步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤和解封步骤。

在一些实施例中，循环由偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤和解封步骤组成。在一些实施例中，循环由偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、和解封步骤组成。在一些实施例中，循环由偶联步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤和解封步骤组成。

在一些实施例中，偶联步骤(例如，在一个循环中)之后紧接着是修饰前加帽步骤。在一些实施例中，偶联步骤(例如，在一个循环中)之后紧接着是修饰步骤。在一些实施例中，偶联步骤(例如，在一个循环中)之后紧接着是修饰步骤，所述修饰步骤包括将P(III)键联转化成P(VI)磷酸酯键联的氧化反应(例如，包括将＝O置于P(III)键联磷上)。在一些实施例中，修饰前步骤(例如，在一个循环中)之后紧接着是修饰步骤。在一些实施例中，修饰步骤包括在键联磷与硫或氮原子之间形成键(例如，单键、双键等)。在一些实施例中，修饰步骤之后紧接着是修饰后加帽步骤。在一些实施例中，修饰后加帽步骤之后紧接着是解封步骤。

如本领域技术人员所理解的，使用各种合适的溶剂(在一些实施例中，可以是化学品的混合物)的一次或多次洗涤(例如载体上的寡核苷酸)可以包括在本文所述的步骤中并且可以在这样的步骤(例如，本文所述的各种方法和/或循环中的那些步骤)的反应之前和/或之后进行。例如，如本文在实例中所证明的，在进行一个步骤的反应之后，固体载体上的寡核苷酸典型地被充分洗涤(例如，除去过量的试剂、除去不希望的产物、替换溶剂、使达到接下来的反应的条件等)，然后进行相同步骤或紧接着的步骤的另一个反应。在一些实施例中，本文所述的步骤(例如偶联步骤、修饰前加帽步骤、修饰步骤、修饰后加帽步骤或解封步骤)任选地包括一次或多次洗涤。在一些实施例中，如实例中所证明的，在进行反应之后除去所述反应的试剂、溶剂和/或试剂体系。在一些实施例中，当产物寡核苷酸在固体载体上时，例如当使用固体载体进行寡核苷酸合成时，通过过滤和/或洗涤进行除去。

在一些实施例中，本披露涵盖以下认识：当如在传统的寡核苷酸合成中使用时的传统的加帽条件在某些情况下可能是各种问题的重要来源，并且可能有助于形成一种或多种副产物(杂质)并且显著降低寡核苷酸粗品纯度和产率，特别是对于立体选择性制备包含一个或多个手性核苷酸间键联的寡核苷酸。除其他事项外，本披露提供了包括加帽策略的技术，与适当的参考技术相比，所述技术可以给予出乎意料地高的粗杂质和产率，例如，通过设计的加帽策略结合寡核苷酸合成中的其他步骤。

在一些实施例中，参考技术使用传统的加帽条件，如在传统的基于亚磷酰胺的寡核苷酸合成中，所述条件典型地是或包括丙烯酸酯化羟基的酯化条件，例如，通过使用包含酰化剂(例如乙酸酐)、碱(例如，2，6-二甲基吡啶)和催化剂(例如，N-甲基咪唑、DMAP等)的混合物与寡核苷酸接触以将羟基(例如未反应的5’-OH基团)加帽。传统的加帽条件典型地使用大量的酰化剂、碱和催化剂进行加帽，通常各自独立地为约5％-15％体积，和/或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、或100当量，相对于结合进寡核苷酸中的第一核苷(在形成核苷酸间键联的任何循环之前)或载体的寡核苷酸负载能力(例如，用于制备寡核苷酸的载体的负载能力可以通过将载体的单位负载能力(例如，umol/g)乘以载体的量(g)来计算)。在一些实施例中，如在传统的寡核苷酸合成中所使用的，参考技术的每个合成循环均包括单个加帽步骤。在一些实施例中，参考技术在每个其合成循环中包括不超过一个加帽步骤，其中加帽是使用酯化条件进行的，例如，所述酯化条件包括酰化剂(例如乙酸酐)、碱(例如2，6-二甲基吡啶)和催化剂(例如N-甲基咪唑(NMI)、DMAP等)，按加帽试剂溶液体积计各自独立地不少于约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、或15％，和/或相对于酰化剂和/或碱，催化剂不少于约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、1.2、1.5、或2当量。

在一些实施例中，本披露提供了包括一个或多个加帽步骤的技术，例如，修饰前加帽步骤，修饰后加帽步骤等，其中的每一个独立地与例如，传统的基于亚磷酰胺化学过程的寡核苷酸合成的参考加帽步骤相当或相同。在一些实施例中，本披露通过在寡核苷酸合成方法和/或循环中策略性地定位其位置(或时机)减少了在此类加帽步骤中可能形成的副产物。在一些实施例中，此类加帽步骤定位在以下之后：氨基(典型地是伯氨基和仲氨基)在许多情况下被选择性加帽(与游离羟基、特别是5’-OH相比)，作为独立的单独的加帽步骤或与其他加帽步骤(例如，将氨基在许多情况下选择性地5’-OH加帽的加帽步骤)结合。

在一些实施例中，本披露提供了包括一个或多个加帽步骤的技术，所述加帽步骤各自独立地包括与酯化相比对于酰胺化选择性或特异性的条件。在一些实施例中，本披露提供了包括一个或多个加帽步骤的技术，所述加帽步骤使用不是有效和/或典型的酯化条件的酰胺化条件。如本领域技术人员容易理解的，已经对酯化和酰胺化进行了广泛的研究，并且与酯化相比对于酰胺化选择性或特异性的各种条件和评估与酯化相比对于酰胺化选择性和/或特异性的各种方法在本领域中是众所周知的并且可以根据本披露来利用。例如，与酯化相比对于酰胺化选择性或特异性的典型条件是酸酐和碱而没有催化剂(例如Ac₂O和2，6-二甲基吡啶)，因为对应的有效酯化条件典型地需要酸酐、碱、和催化剂(例如Ac₂O、2，6-二甲基吡啶和NMI)作为传统的加帽条件。在一些实施例中，本披露提供了包括一个或多个合成循环的技术，每个合成循环独立地包括偶联步骤、修饰步骤(例如，氧化、硫化等)和一个或多个加帽步骤，其中在偶联步骤之后并且在修饰步骤之前的每个加帽步骤包括酰胺化条件且不包括酯化条件。在一些实施例中，酰胺化条件包括按体积计不超过0.01％、0.02％、0.05％、0.1％、0.2％、0.5％、1％、2％、3％、4％、或5％的催化剂用于在适当的对应条件(具有相同的酰化剂和碱)下进行酯化，和/或不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、或1.2当量的催化剂用于在适当的对应条件(具有相同的酰化剂和碱)下酯化，相对于酰化剂和/或相对于载体的寡核苷酸负载能力。在一些实施例中，酰化剂是酸酐。在一些实施例中，酰化剂是Ac₂O。在一些实施例中，催化剂是NMI。在一些实施例中，催化剂是DMAP。在一些实施例中，催化剂是亲核氮碱。

不旨在受任何理论的限制，在一些实施例中，本披露涵盖对寡核苷酸合成中问题的来源的认识，即，亲核试剂(特别是当在立体选择性寡核苷酸制备中的偶联步骤之后且修饰步骤之前的加帽步骤中使用时)可通过例如寡核苷酸的降解、降低另一步骤的性能等来有助于产生副产物并降低总制备效率和/或粗品纯度。因此，在一些实施例中，本披露提供了加帽技术，与可能包含大量亲核催化剂(例如，在一些情况下，按加帽溶液体积计5％-15％NMI)的传统的加帽条件相比，所述加帽技术包括大大降低水平或不包括强亲核试剂，例如，在典型加帽条件下使用的催化剂如DMAP、NMI等。在一些实施例中，在寡核苷酸制备循环内的偶联步骤之后且修饰步骤之前的一个或多个加帽步骤各自独立地包括大大降低水平或不包括强亲核试剂。在一些实施例中，降低水平是按加帽试剂溶液体积计不超过0.01％、0.02％、0.05％、0.1％、0.2％、0.5％、1％、2％、3％、4％、或5％。在一些实施例中，降低水平是相对于酰化剂不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、或1.2当量。在一些实施例中，降低水平是相对于载体的寡核苷酸负载能力不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、或1.2当量。

在一些实施例中，强亲核试剂是亲核碱。在一些实施例中，亲核碱是氮碱。在一些实施例中，亲核碱是氮碱，其中碱性氮原子(例如，＝N-或-N(-)-)不具有α取代基。在一些实施例中，亲核碱是氮碱，其中碱性氮原子(例如，＝N-或-N(-)-)不具有不是环的一部分的α取代基。在一些实施例中，亲核碱是任选地取代的5-10元杂芳基化合物，所述化合物包含碱性氮原子＝N-，其中所述氮原子具有少于两个或不具有α-取代基。在一些实施例中，亲核碱是亲核氮碱。在一些实施例中，亲核氮碱是具有式B-I结构的化合物：

N(R^N)₃，

B-I

其中每个R^N独立地为R，并且这三个R基团与氮原子一起形成如本披露中对于R基团所述的任选地取代的双环或多环环(并且基团可以是R)，其中N(R^N)₃的氮(带下划线的)是叔氮，并且在所述氮原子的α位置的任一个处都没有取代。在一些实施例中，所形成的环是饱和的。在一些实施例中，亲核碱是DABCO(1，4-二氮杂双环[2.2.2]辛烷)。在一些实施例中，所形成的环包含一个或多个不饱和度。

在一些实施例中，亲核氮碱是包含＝N-的碱，其中在氮原子的α位置的任一个处都没有取代。在一些实施例中，亲核氮碱是包含芳族部分(包含＝N-)的碱，其中在氮原子的α位置的任一个处都没有取代。在一些实施例中，亲核氮碱是具有式B-II结构的化合物：

R^N-CH＝N-CH＝CH-R^N，

B-II

其中每个R^N独立地为R，并且这两个R基团与居于它们之间的原子一起形成如本披露中所述的任选地取代的环，其中所述化合物包含-CH＝N-CH＝。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C_5-30杂芳基环，所述杂芳基环除了氮原子之外包含0-10个杂原子。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的5元杂芳基环。在一些实施例中，所形成的环是取代的5元杂芳基环。在一些实施例中，所形成的环是取代的咪唑基环。在一些实施例中，亲核碱是取代的咪唑。在一些实施例中，亲核氮碱是NMI。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的6元杂芳基环。在一些实施例中，所形成的环是取代的6元杂芳基环。在一些实施例中，所形成的环是取代的吡啶基环。在一些实施例中，亲核碱是取代的吡啶。在一些实施例中，亲核氮碱是DMAP。

如本领域技术人员所理解的，例如，碱中的碱性氮原子的亲核性与若干因素有关，例如，空间位阻、电子密度等。评估亲核性的技术在本领域中是众所周知的并且可以根据本披露利用。另外或可替代地，各种亲核性水平的碱是众所周知的，并且可以根据本披露进行评估和/或利用。在一些实施例中，可以有效催化酯化反应的碱，例如，可以用于在传统的寡核苷酸合成中与酸酐和2，6-二甲基吡啶一起有效地将未反应的5’-OH加帽的碱(例如，DMAP、NMI等)是强亲核碱并且应避免或以降低水平用于包含大大降低水平或不包含强亲核试剂的加帽步骤，例如偶联步骤之后且修饰步骤之前的任何加帽步骤。在一些实施例中，强亲核碱是可以在酯化中有效替代DMAP或NMI的碱。在一些实施例中，强亲核碱是可以在传统的寡核苷酸合成(其典型地使用亚磷酰胺化学过程且不使用手性助剂，并且被认为是非立体选择性/非立体控制的)的加帽步骤中有效替代DMAP或NMI的碱。

在一些实施例中，提供的方法包括加帽步骤，所述加帽步骤包括相对于寡核苷酸或载体的负载能力不超过0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.5、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10当量的强亲核碱，或不包括强亲核碱。在一些实施例中，此种加帽步骤之后紧接着非加帽步骤。在一些实施例中，此种加帽步骤紧接在非加帽步骤之后。在一些实施例中，此种加帽步骤之后紧接着非加帽步骤，并且紧接在非加帽步骤之后。在一些实施例中，非加帽步骤是偶联步骤。在一些实施例中，非偶联步骤是修饰步骤。在一些实施例中，紧接在此种加帽步骤之前的非加帽步骤是偶联修饰步骤。

在一些实施例中，本披露提供了一种例如用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括一个或多个循环，其中：

每个循环独立地形成核苷酸间键联；

每个循环独立地包括偶联步骤、一个或多个加帽步骤、和修饰步骤，所述偶联步骤形成核苷酸间键联，并且所述修饰步骤修饰在所述偶联步骤中形成的所述核苷酸间键联；

其中在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个加帽步骤(修饰前加帽步骤)不包含强亲核试剂，或者如果其包含一种或多种强亲核试剂，则与适当的参考加帽条件相比，所述一种或多种强亲核试剂各自的水平独立地降低。

每个循环独立地形成核苷酸间键联；

其中在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个加帽步骤(修饰前加帽步骤)不包含强亲核试剂，或者如果其包含一种或多种强亲核试剂，则所述一种或多种强亲核试剂各自的水平相对于寡核苷酸的第一结合的核苷独立地不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、或1当量。

在一些实施例中，寡核苷酸的第一结合的核苷是在形成核苷酸间键联的第一循环之前负载到载体上的第一核苷。在一些实施例中，相对于用于制备所述寡核苷酸的载体的寡核苷酸负载能力，寡核苷酸的第一结合的核苷的当量是1。

在一些实施例中，强亲核试剂是如本披露中描述的强亲核试剂碱。在一些实施例中，强亲核碱是式B-I的化合物。在一些实施例中，强亲核碱是式B-I的化合物，并且可以在传统的基于亚磷酰胺的寡核苷酸合成中用于有效加帽。在一些实施例中，强亲核碱是式B-II的化合物。在一些实施例中，强亲核碱是式B-II的化合物，并且可以在传统的基于亚磷酰胺的寡核苷酸合成中用于有效加帽。在一些实施例中，强亲核碱是DMAP。在一些实施例中，强亲核碱是NMI。

每个循环独立地形成核苷酸间键联；

其中在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个加帽步骤(修饰前加帽步骤)不包含如在适当的参考加帽条件下促进5’-OH加帽的催化剂，或者如果其包含一种或多种此类催化剂，则与适当的参考加帽条件相比，所述一种或多种此类催化剂各自的水平独立地降低。

每个循环独立地形成核苷酸间键联；

其中在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个加帽步骤(修饰前加帽步骤)不包含如在适当的参考加帽条件下促进5’-OH加帽的催化剂，或者如果其包含一种或多种此类催化剂，则相对于寡核苷酸的第一结合的核苷，所述一种或多种此类催化剂各自的水平独立地不超过0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、或1当量。

每个循环独立地形成核苷酸间键联；

其中在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个加帽步骤(修饰前加帽步骤)不包含用于酯化的催化剂，或者如果其包含一种或多种用于酯化的催化剂，则与适当的参考加帽条件相比，所述一种或多种此类催化剂各自的水平独立地降低。

每个循环独立地形成核苷酸间键联；

其中在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个加帽步骤(修饰前加帽步骤)不包含用于酯化的催化剂，或者如果其包含一种或多种用于酯化的催化剂，则相对于寡核苷酸的第一结合的核苷，所述一种或多种此类催化剂各自的水平独立地不超过0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、或1当量。

在一些实施例中，例如，如在寡核苷酸合成中促进5’-OH加帽的用于酯化等的催化剂是式B-I的化合物。在一些实施例中，催化剂是式B-I的化合物，并且可以在传统的基于亚磷酰胺的寡核苷酸合成中用于有效加帽。在一些实施例中，催化剂是式B-II的化合物。在一些实施例中，催化剂是式B-II的化合物，并且可以在传统的基于亚磷酰胺的寡核苷酸合成中用于有效加帽。在一些实施例中，催化剂是DMAP。在一些实施例中，强亲核碱是NMI。

每个循环独立地形成核苷酸间键联；

其中在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个加帽步骤(修饰前加帽步骤)包括与酯化相比对于酰胺化的选择性条件。

每个循环独立地形成核苷酸间键联；

其中在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个加帽步骤(修饰前加帽步骤)包括与酯化相比对于酰胺化的选择性条件，并且不包括与适当的参考条件相同或相当的条件。

在一些实施例中，与酯化相比对于酰胺化的选择性条件包括降低水平的用于酯化的催化剂或不包括用于酯化的催化剂，例如不包括DMAP、NMI等。在一些实施例中，可以使用与适当的参考条件相同或相当的条件来替代传统的基于亚磷酰胺的寡核苷酸合成中的加帽条件而不显著降低效率、粗品纯度和/或产率(或其降低不超过5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％)。

在一些实施例中，提供的方法在一个或多个循环中在修饰步骤之后包括第二加帽步骤。在一些实施例中，提供的方法在一个或多个循环中在修饰步骤之后且在解封步骤(其解封被封的羟基)之前包括第二加帽步骤。在一些实施例中，第二加帽步骤包括强亲核试剂。在一些实施例中，第二加帽步骤包括与参考加帽条件相当水平的强亲核试剂。在一些实施例中，第二加帽步骤包括酯化催化剂。在一些实施例中，第二加帽步骤包括与参考加帽条件相当水平的酯化催化剂。在一些实施例中，第二加帽步骤包括酯化条件。在一些实施例中，第二加帽步骤包括与参考加帽条件相同或相当的酯化条件，例如在寡核苷酸合成中将未反应的5’-OH加帽方面。在一些实施例中，强亲核试剂是DMAP或NMI。在一些实施例中，强亲核试剂是DMAP。在一些实施例中，强亲核试剂是NMI。在一些实施例中，酯化催化剂是DMAP或NMI。在一些实施例中，酯化催化剂是DMAP。在一些实施例中，酯化催化剂是NMI。

(1)偶联步骤；

(2)任选地，第一加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)任选地，第二加帽步骤；以及

(5)任选地解封步骤。

在一些实施例中，循环包括第一加帽步骤。在一些实施例中，循环包括第二加帽步骤。在一些实施例中，循环包括第一加帽步骤和第二加帽步骤。在一些实施例中，循环包括解封步骤。在一些实施例中，循环包括第一加帽步骤和解封步骤。在一些实施例中，循环包括第二加帽步骤和解封步骤。

(1)偶联步骤；

(2)第一加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)第二加帽步骤；以及

(5)解封步骤。

(1)偶联步骤；

(2)修饰前加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)修饰后加帽；以及

(5)解封步骤。

在一些实施例中，提供的方法包括重复多个步骤或循环，例如，直到实现所希望的长度(例如，寡核苷酸或中间体的所希望的长度)。

所提供的方法或循环中的一些或所有步骤可以按特定顺序进行。在一些实施例中，顺序是或包括(1)-(2)、(1)-(3)、(2)-(3)、(3)-(4)、(3)-(5)、(4)-(5)、(5)-(1)、(1)-(2)-(3)、(1)-(3)-(4)、(1)-(2)-(3)-(4)或其任何组合(如本领域技术人员所理解的，(1)-(5)各自独立地表示方法或循环的对应步骤，例如(1)-偶联步骤；(2)-修饰前加帽步骤或第一加帽步骤；(3)-修饰步骤；(4)-修饰后加帽或第二加帽步骤；(5)-解封步骤)。在一些实施例中，顺序是或包括(1)-(2)。在一些实施例中，顺序是或包括(1)-(3)。在一些实施例中，顺序是或包括(2)-(3)。在一些实施例中，顺序是或包括(3)-(4)。在一些实施例中，顺序是或包括(3)-(5)。在一些实施例中，顺序是或包括(4)-(5)。在一些实施例中，顺序是或包括(5)-(1)。在一些实施例中，顺序是或包括(1)-(2)-(3)。在一些实施例中，顺序是或包括(1)-(3)-(4)。在一些实施例中，顺序是或包括(1)-(2)-(3)-(4)。在一些实施例中，顺序是或包括(1)-(2)-(3)-(5)。在一些实施例中，顺序是或包括(1)-(3)-(4)-(5)。在一些实施例中，顺序是或包括(1)-(2)-(3)-(4)-(5)。在一些实施例中，顺序是或包括(5)-(1)-(2)-(3)。在一些实施例中，顺序是或包括(5)-(1)-(3)-(4)。在一些实施例中，顺序是或包括(5)-(1)-(2)-(3)-(4)。

在一些实施例中，一个循环或每个循环独立地由步骤(1)-(5)组成。在一些实施例中，一个循环或每个循环独立地由步骤(1)-(5)组成，其顺序为(1)-(2)-(3)-(4)-(5)。在一些实施例中，一个循环或每个循环独立地由步骤(1)-(5)组成，其顺序为(5)-(1)-(2)-(3)-(4)。在一些实施例中，一个循环或每个循环独立地由步骤(1)-(5)组成，其顺序为(1)-(2)-(4)-(3)-(5)。在一些实施例中，一个循环或每个循环独立地由步骤(1)-(5)组成，其顺序为(5)-(1)-(2)-(4)-(3)。

在一些实施例中，所提供的方法任选地或额外地包括一个或多个循环，每个循环独立地包括步骤(1)、(2)、(3)和(5)，任选地以该顺序。在一些实施例中，所提供的方法任选地或额外地包括一个或多个循环，每个循环独立地由步骤(1)、(2)、(3)和(5)组成，任选地以该顺序。在一些实施例中，这样的循环提供天然的磷酸酯键联，例如，任选地在寡核苷酸的裂解、脱保护等之后。在一些实施例中，这样的循环提供非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联，例如，任选地在寡核苷酸的裂解、脱保护等之后。在一些实施例中，每个这样的循环独立地提供天然的磷酸酯键联，例如，任选地在寡核苷酸的裂解、脱保护等之后。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个天然磷酸酯键联独立地由这样的循环形成，任选地在寡核苷酸的裂解、脱保护等之后。

在一些实施例中，所提供的方法任选地或额外地包括一个或多个循环，每个循环独立地包括步骤(1)、(3)、(4)和(5)，任选地以该顺序。在一些实施例中，所提供的方法任选地或额外地包括一个或多个循环，每个循环独立地由步骤(1)、(3)、(4)和(5)组成，任选地以该顺序。在一些实施例中，这样的循环提供天然的磷酸酯键联，例如，任选地在寡核苷酸的裂解、脱保护等之后。在一些实施例中，这样的循环提供非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联，例如，任选地在寡核苷酸的裂解、脱保护等之后。在一些实施例中，每个这样的循环独立地提供天然的磷酸酯键联，例如，任选地在寡核苷酸的裂解、脱保护等之后。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个天然磷酸酯键联独立地由这样的循环形成，任选地在寡核苷酸的裂解、脱保护等之后。

在一些实施例中，如本披露中所描述的，第一加帽不包括强亲核试剂，或者如果有的话，包括水平降低的强亲核试剂。在一些实施例中，第一加帽步骤不包括酯化催化剂，或如果有的话，包括降低水平的酯化催化剂。在一些实施例中，第一加帽步骤包括与酯化相比对于酰胺化的选择性条件。在一些实施例中，第一加帽步骤不包括与适当的参考条件相同或相当的条件。

在一些实施例中，第一加帽步骤是如本披露中所描述的修饰前加帽步骤。在一些实施例中，第一加帽步骤利用加帽试剂体系(其是修饰前加帽试剂体系)。在一些实施例中，第二加帽步骤是如本披露中所描述的修饰后加帽步骤。在一些实施例中，第二加帽步骤利用加帽试剂体系(其是修饰后加帽试剂体系)。

在一些实施例中，适当的参考加帽条件是传统的基于亚磷酰胺化学过程的寡核苷酸合成的加帽条件。下面描述了传统的基于亚磷酰胺的寡核苷酸合成的示例循环，其中所示的修饰步骤是安置P＝O的氧化步骤：

在一些实施例中，循环是下面描绘的DPSE循环(DPSE手性助剂化合物：

用于不同的键联磷构型)：

在一些实施例中，循环是下面描绘的PSM循环(PSM助剂化合物：

用于不同的键联磷构型)：

在一些实施例中，加帽-1是修饰前或第一加帽步骤。在一些实施例中，加帽-2是修饰后或第二加帽步骤。在一些实施例中，退出循环是在解封之后在下一次偶联之前。在一些实施例中，退出循环是在解封之前(例如，以保持5’-封闭基团如DMTr存在)。在一些实施例中，

是载体上的核苷、核甘酸或寡核苷酸(任选地通过接头连接到载体)。示出了示例步骤、试剂、修饰、中间体和产物等。本领域技术人员将理解，根据本披露还可以利用其他步骤、试剂、修饰、中间体和产物等。

在一些实施例中，第一或修饰前加帽步骤包括降低水平的强亲核碱或不包括强亲核碱。在一些实施例中，第一或修饰前加帽步骤包括降低水平的NMI。在一些实施例中，第一或修饰前加帽步骤不包括NMI。在一些实施例中，第一或修饰前加帽步骤包括降低水平的DMAP。在一些实施例中，第一或修饰前加帽步骤不包括DMAP。在一些实施例中，第二或修饰后加帽步骤包括强亲核碱。在一些实施例中，第二或修饰后加帽步骤包括NMI。在一些实施例中，第二或修饰后加帽步骤包括DMAP。

在一些实施例中，本披露的降低水平是按加帽试剂溶液体积计不超过一定百分比，例如0.01％、0.02％、0.05％、0.1％、0.2％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％等。在一些实施例中，百分比是0.01％。在一些实施例中，百分比是0.02％。在一些实施例中，百分比是0.05％。在一些实施例中，百分比是0.1％。在一些实施例中，百分比是0.2％。在一些实施例中，百分比是0.5％。在一些实施例中，百分比是1％。在一些实施例中，百分比是2％。在一些实施例中，百分比是3％。在一些实施例中，百分比是4％。在一些实施例中，百分比是5％。

在一些实施例中，降低水平是相对于参考试剂不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、或1.2当量。在一些实施例中，参考试剂是酰化剂。在一些实施例中，参考试剂是载体(按寡核苷酸负载能力计)。在一些实施例中，降低水平是相对于酰化剂不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、或1.2当量。在一些实施例中，降低水平相对于寡核苷酸为不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、或100当量。在一些实施例中，降低水平相对于结合到寡核苷酸中的第一核苷为不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、或100当量。在许多情况下，相对于用于制备寡核苷酸的载体的寡核苷酸负载能力，结合到寡核苷酸中的第一核苷的当量是1。在一些实施例中，降低水平相对于载体的寡核苷酸负载能力为不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、或100当量。在一些实施例中，降低水平相对于载体的寡核苷酸负载能力为不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、或10当量。在一些实施例中，降低水平相对于载体的寡核苷酸负载能力为不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、或5当量。在一些实施例中，降低水平相对于载体的寡核苷酸负载能力为不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、或1当量。在一些实施例中，降低水平为不超过约0.01当量。在一些实施例中，降低水平为不超过约0.02当量。在一些实施例中，降低水平为不超过约0.05当量。在一些实施例中，降低水平为不超过约0.1当量。在一些实施例中，降低水平为不超过约0.2当量。在一些实施例中，降低水平为不超过约0.5当量。在一些实施例中，降低水平为不超过约1当量。在一些实施例中，降低水平为不超过约1.1当量。在一些实施例中，降低水平为不超过约1.2当量。

除其他事项外，所提供的技术对于制备手性控制的寡核苷酸组合物是特别有用的。在一些实施例中，所提供的技术包括形成一个或多个各自独立地包含手性键联磷的手性核苷酸间键联，其中手性键联磷手性中心各自独立地以如本披露中所述的例如至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％的立体选择性形成。

在一些实施例中，所提供的技术包括使用一种或多种手性助剂立体选择性地形成一个或多个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的技术包括提供如本披露中所述的例如至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％的非对映异构体纯度的单体亚磷酰胺。在许多实施例中，所提供的非对映异构体纯度的亚磷酰胺包含手性助剂部分。在一些实施例中，传统的寡核苷酸合成的亚磷酰胺用于非手性控制的核苷酸间键联和/或非手性核苷酸间键联。可根据本披露使用的用于手性控制的寡核苷酸合成的合适的手性助剂和亚磷酰胺包括在以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US20180216108、US 20190008986、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784，其各自的手性助剂和亚磷酰胺独立地通过引用并入本文。在一些实施例中，手性助剂具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b、或其盐，如本披露中所述。在一些实施例中，亚磷酰胺具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e、或其盐的结构，如本披露中所述。

在一些实施例中，所提供的技术包括形成具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2结构的核苷酸间键联、或其盐形式，如本披露中所述的。

在一些实施例中，所提供的技术提供寡核苷酸作为中间体和/或产物。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有式O-I或其盐，如本披露中所述的。在一些实施例中，寡核苷酸，例如，终产物、反应产物、步骤产物，例如，是在以下项中描述的一种：US 9598458、US9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、或WO 2019/217784，其各自的寡核苷酸独立地通过引用并入本文，或具有相同的碱基序列或包含碱基序列、糖修饰或其模式、核苷酸间键联或其模式、碱基修饰或其模式、和/或此类寡核苷酸的骨架手性中心(键联磷)的模式。在一些实施例中，所提供的中间体和/或产物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，所提供的中间体和/或产物是多种具有式O-I的寡核苷酸或其盐的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，提供的中间体和/或产物是以下项的手性控制的寡核苷酸组合物：US 9598458、US 9744183、US9605019、US9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO2019/217784，其各自的寡核苷酸组合物通过引用独立地并入本文。

在一些实施例中，本披露提供了一种组合物，其包含：

修饰产物组合物的多种寡核苷酸；以及

修饰后加帽试剂体系；

其中所述修饰后加帽试剂体系与所述多种寡核苷酸接触。

在一些实施例中，本披露提供了一种组合物，其包含：

加帽试剂体系，其包含具有式B-I或B-II结构的第一化合物，

多种寡核苷酸，各自包含至少一个包含-C(O)-N(-)-部分或-P-S-部分的核苷酸间键联；

其中所述第一化合物相对于所述多种寡核苷酸的水平为至少0.1、0.2、0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、或100当量。

在一些实施例中，本披露提供了一种组合物，其包含：

加帽试剂体系，其包含具有式B-I或B-II结构的第一化合物，

多种寡核苷酸，其中所述多种寡核苷酸的每个核苷酸间键联独立地是包含-C(O)-N(-)-部分和四价键联磷的核苷酸间键联；

在一些实施例中，所述多种寡核苷酸是修饰产物组合物的多种寡核苷酸。

在一些实施例中，在包含多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物中：

所述多种寡核苷酸具有相同的碱基序列；

所述多种寡核苷酸具有相同的骨架键联模式；以及

所述多种寡核苷酸包含至少一个手性控制的核苷酸间键联；

其中在所述组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

在手性控制的核苷酸间键联处，所述多种寡核苷酸具有相同的键联磷构型(Rp或SP)。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联被称为“立体定义的”核苷酸间键联。

在一些实施例中，第一化合物具有式B-I。在一些实施例中，第一化合物具有式B-II。在一些实施例中，第一化合物是如本披露中所述的强亲核试剂。在一些实施例中，第一化合物是如本披露中所述的酯化催化剂。在一些实施例中，第一化合物具有式B-I。在一些实施例中，第一化合物具有式B-II。在一些实施例中，第一化合物是包含＝N-的碱，其中在相对于＝N-的氮的任何α-位置处没有取代。在一些实施例中，第一化合物是包含杂芳基部分的碱，所述杂芳基部分包含＝N-，其中在相对于＝N-的氮的任何α-位置处没有取代。

在一些实施例中，第一化合物是NMI。在一些实施例中，第一化合物是DMAP。

在一些实施例中，将多种寡核苷酸附接至载体，例如用于制备寡核苷酸的固体载体。在一些实施例中，多种寡核苷酸的摩尔量等于它们所附接的固体载体的负载能力。在一些实施例中，多种寡核苷酸通过接头附接至载体。各种接头是本领域已知的并且可以根据本披露使用；本文描述了某些实例。

在一些实施例中，多种寡核苷酸具有1)共同的碱基序列，2)共同的骨架键联模式，和3)共同的骨架磷修饰模式，其中所述多种寡核苷酸在一个或多个手性核苷酸间键联(手性控制或立体定义的核苷酸间键联)处具有相同的键联磷立体化学。在一些实施例中，多种寡核苷酸中的所有核苷酸间键的约1％-100％(例如，5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80-100％、90-100％、95-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％，或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％)是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，除了一个或多个手性控制的核苷酸间键联之外，一个或多个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，包含手性键联磷的所有手性核苷酸间键联是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，包含手性键联磷的一个或多个手性核苷酸间键联是立体随机手性寡核苷酸间键联(不是手性控制的核苷酸间键联，典型地通过非手性控制的方法(例如不使用手性助剂或手性修饰(例如，硫化)试剂的传统寡核苷酸合成)制备)。在一些实施例中，多种寡核苷酸具有相同的构成。在一些实施例中，多种寡核苷酸具有相同的结构(结构相同)。在一些实施例中，多种寡核苷酸在至少一个包含-C(O)-N(-)-部分或-P-S-部分的核苷酸间键联处具有相同的立体化学。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物中具有共同的碱基序列、或具有共同的碱基序列、共同的骨架键联模式和共同的骨架磷修饰模式、或具有所述多种寡核苷酸的相同构成的所有寡核苷酸的约0.1％-100％(例如，约1％-100％、5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80-100％、90-100％、95-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％、或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％)是所述多种寡核苷酸。

在一些实施例中，多种寡核苷酸各自具有式O-I或其盐的结构。在一些实施例中，多种寡核苷酸是以下项的寡核苷酸：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784，其各自的寡核苷酸通过引用独立地并入本文。在一些实施例中，多种寡核苷酸具有相同的构成。在一些实施例中，多种寡核苷酸是相同的。

在一些实施例中，本披露的水平为至少0.1当量。在一些实施例中，水平为至少0.2当量。在一些实施例中，水平为至少0.5当量。在一些实施例中，水平为至少1当量。在一些实施例中，水平为至少2当量。在一些实施例中，水平为至少3当量。在一些实施例中，水平为至少4当量。在一些实施例中，水平为至少5当量。在一些实施例中，水平为至少6当量。在一些实施例中，水平为至少7当量。在一些实施例中，水平为至少8当量。在一些实施例中，水平为至少9当量。在一些实施例中，水平为至少10当量。在一些实施例中，水平为至少20当量。在一些实施例中，水平为至少50当量。在一些实施例中，水平为至少100当量。

在一些实施例中，-C(O)-N(-)-是与键联磷键合的手性助剂部分中的加帽氨基的一部分，其中对应的手性助剂(用-H替代与-C(O)-N(-)-的-C(O)-的键合，并用-H替代与键联磷的键合)是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、III-b的化合物，或其盐。

除其他事项外，本披露提供了高粗品纯度的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了包含多种寡核苷酸的粗手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的碱基序列；

所述多种寡核苷酸具有相同的骨架键联模式；以及

所述多种寡核苷酸包含至少一个手性控制的核苷酸间键联，所述核苷酸间键联是手性控制的，因为所述多种寡核苷酸在所述核苷酸间键联的手性键联磷处具有相同的立体化学构型；

其中在所述粗组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

在一些实施例中，本披露提供了包含多种寡核苷酸的粗手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

在一些实施例中，提供的粗手性控制的寡核苷酸组合物具有30％-80％、30％-90％、30％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％或75％或更大的粗品纯度。在一些实施例中，从载体并且在任何进一步纯化之前裂解粗手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，在脱盐之后且在任何进一步纯化之前，从载体裂解粗手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，粗手性控制的寡核苷酸组合物是在任何色谱分析或凝胶纯化之前。在一些实施例中，粗品纯度为全长产物的％。在一些实施例中，粗品纯度是如通过在260nm的UV下监测的LC-UV评估的全长产物的％。

在一些实施例中，DS是约80％-100％、85％-100％、87％-100％、89％-100％、90-100％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更大。在一些实施例中，DS是约85％或更大。在一些实施例中，DS是约86％或更大。在一些实施例中，DS是约87％或更大。在一些实施例中，DS是约88％或更大。在一些实施例中，DS是约89％或更大。在一些实施例中，DS是约90％或更大。在一些实施例中，DS是约91％或更大。在一些实施例中，DS是约92％或更大。在一些实施例中，DS是约93％或更大。在一些实施例中，DS是约94％或更大。在一些实施例中，DS是约95％或更大。在一些实施例中，DS是约96％或更大。在一些实施例中，DS是约97％或更大。在一些实施例中，DS是约98％或更大。在一些实施例中，DS是约99％或更大。

在一些实施例中，寡核苷酸中手性核苷酸间键联的手性键联磷处的非对映选择性和/或其非对映纯度可通过模型反应来测量或表示，例如在基本相同或相当的条件下形成二聚体，其中所述二聚体具有与手性核苷酸间键联相同的核苷酸间键联，所述二聚体的5’-核苷与手性核苷酸间键联的5’端的核苷相同，并且所述二聚体的3’-核苷与手性核苷酸间键联的3’端的核苷相同。例如，NNNNNNNG＊SGNNNNNNN中带下划线的键联的非对映纯度可从在相同或相当的条件(例如单体、手性助剂、溶剂、活化剂、温度等)下，将两个G部分偶联来评估。在一些实施例中，二聚体的键联(G＊SG)的非对映纯度(和/或非对映选择性)用作寡核苷酸(NNNNNNNG＊SGNNNNNNN)中对应键联的非对映纯度(和/或非对映选择性)。在一些实施例中，包含多个手性元素的化合物的非对映纯度是所有其手性元素的非对映异构体纯度的乘积。在一些实施例中，提供的寡核苷酸的非对映纯度(即，非对映异构体纯度)是其手性核苷酸间键联中所有其手性键联磷的非对映异构体纯度的乘积。

在一些实施例中，Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目，并且是1-100。在一些实施例中，Nc是1-50。在一些实施例中，Nc是1-40。在一些实施例中，Nc是1-30。在一些实施例中，Nc是1-25。在一些实施例中，Nc是1-24。在一些实施例中，Nc是1-23。在一些实施例中，Nc是1-22。在一些实施例中，Nc是1-21。在一些实施例中，Nc是1-20。在一些实施例中，Nc是1-19。在一些实施例中，Nc是1-18。在一些实施例中，Nc是1-17。在一些实施例中，Nc是1-16。在一些实施例中，Nc是1-15。在一些实施例中，Nc是1-14。在一些实施例中，Nc是1-13。在一些实施例中，Nc是1-12。在一些实施例中，Nc是1-11。在一些实施例中，Nc是1-10。在一些实施例中，Nc是1-9。在一些实施例中，Nc是1-8。在一些实施例中，Nc是1-7。在一些实施例中，Nc是1-6。在一些实施例中，Nc是1-5。在一些实施例中，Nc是1。在一些实施例中，Nc是2。在一些实施例中，Nc是3。在一些实施例中，Nc是4。在一些实施例中，Nc是5。在一些实施例中，Nc是6。在一些实施例中，Nc是7。在一些实施例中，Nc是8。在一些实施例中，Nc是9。在一些实施例中，Nc是10。在一些实施例中，Nc是11。在一些实施例中，Nc是12。在一些实施例中，Nc是13。在一些实施例中，Nc是14。在一些实施例中，Nc是15。在一些实施例中，Nc是16。在一些实施例中，Nc是17。在一些实施例中，Nc是18。在一些实施例中，Nc是19。在一些实施例中，Nc是20。在一些实施例中，Nc是21。在一些实施例中，Nc是22。在一些实施例中，Nc是23。在一些实施例中，Nc是24。在一些实施例中，Nc是25。

在一些实施例中，所提供的技术包括一个或多个修饰步骤，所述修饰步骤独立地包括或是硫化(硫醇化)。在一些实施例中，所提供的中间体和/或产物包含一个或多个任选地手性地控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联或其前体(在脱保护/裂解后可转化成硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，所提供的中间体和/或产物包含一个或多个非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联)或其前体(在脱保护/裂解后可转化成硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，所提供的技术包括一个或多个修饰步骤，所述修饰步骤独立地包括或是氧化。在一些实施例中，所提供的中间体和/或产物包含一个或多个天然磷酸酯键联或其前体(在脱保护/裂解后可以转化成天然磷酸酯键联)。在一些实施例中，所提供的中间体和/或产物包含一个或多个天然磷酸酯键联和一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。

根据本披露可以使用各种载体，例如以下项中描述的那些：US 9598458、US9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、或WO 2019/217784等。在一些实施例中，载体是聚合物。在一些实施例中，载体是固体载体。在一些实施例中，固体载体是聚合物，例如聚苯乙烯。在一些实施例中，固体载体是Primer Support(例如，Primer Support 5G、Primer Support 200等)。在一些实施例中，固体载体是NittoPhase载体(例如，NittoPhase HL、NittoPhase UnyLinker等)。在一些实施例中，固体载体是受控孔玻璃(CPG)。在一些实施例中，固体载体例如某些基于聚苯乙烯的固体载体的体积在寡核苷酸合成期间例如在合成的不同阶段和/或当与不同的溶剂体系和/或试剂接触时改变。在一些实施例中，在寡核苷酸合成期间，固体载体(例如许多CPG载体)的体积变化小于25％、20％、15％、10％、或5％，或保持基本相同。在一些实施例中，本披露涵盖了以下认识，即，合成期间固体载体的体积变化可能引起偏离计划的反应条件，例如溶剂体系、试剂浓度、接触时间等，并且可能负面地影响合成效率、粗品纯度和/或产率。在一些实施例中，在寡核苷酸合成期间不显著改变其体积或基本保持相同体积的固体载体可以提供优点，例如，与计划的反应条件的偏离较少、较高的粗品纯度、较高的产率等。载体可以具有许多用于核苷负载的化学修饰，并且可以具有不同的单位负载能力(例如，umol/g)。

在使用载体的寡核苷酸合成中，典型地寡核苷酸通过接头与载体连接。根据本披露可以使用许多接头，例如以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 9403865、US20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO2019/217784等。在一些实施例中，本披露提供了设计的接头。本文描述了有用的载体和/或功能化。

寡核苷酸合成典型地包括解封步骤，所述解封步骤将封闭的羟基解封用于下一步骤(例如偶联步骤)，其保持加帽的羟基(不应该参与下一步骤，例如偶联步骤)不变。根据本披露可以使用用于解封的各种条件，包括以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO2019/217784。在一些实施例中，解封从DMT保护的羟基除去DMT基团(脱三苯甲基化)。在一些实施例中，通过使寡核苷酸与酸接触来进行解封。在一些实施例中，酸是三氯乙酸或二氯乙酸。在一些实施例中，解封条件是在惰性溶剂(例如二氯甲烷、甲苯等)中的2％三氯乙酸(TCA)或3％二氯乙酸(DCA)。

偶联步骤形成核苷酸间键联，其将核苷单元加成至已有的寡核苷酸。在一些实施例中，在偶联步骤期间形成的核苷酸间键联是亚磷酸三酯键联。在一些实施例中，核苷酸间键联可以在手性控制下形成，例如，如在使用非对映异构体纯亚磷酰胺的手性控制的寡核苷酸合成中，典型地包含手性助剂部分。广泛报道了用于偶联的条件并且根据本披露可以使用许多，包括以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784。在一些实施例中，偶联试剂体系包含核苷亚磷酰胺和活化剂。在所提供的技术中可以使用各种亚磷酰胺，包括在以下项中描述的那些：US 9598458、ＵS 9744183、US 9605019、US9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784、以及具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的结构的那些、或其盐，如本披露中所描述的。示例活化剂包括在以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、和US 9403865，其各自的活化剂通过引用独立地并入本文。在一些实施例中，活化剂是CMPT。在一些实施例中，活化剂是CMIMT。在一些实施例中，活化剂是ETT。在一些实施例中，可以针对每次偶联优化条件，例如，亚磷酰胺的浓度、活化剂的浓度、接触时间、溶剂等，以改善例如粗品纯度、产率等。

在一些实施例中，在偶联步骤之后，在修饰步骤之前进行一个或多个加帽步骤。在一些实施例中，在偶联步骤之后且在修饰步骤之前的每个加帽步骤如本披露中所述的进行，例如，用降低水平的或不用强亲核试剂、用降低水平的或不用酯化催化剂、和/或在与酯化相比对于酰胺化选择性或特异性的条件下。在一些实施例中，进行在偶联步骤之后且在修饰步骤之前的每个加帽步骤以将一个或多个氨基(例如，在附接至键联磷原子的手性助剂部分中在偶联后形成的一个或多个氨基)加帽。

在一些实施例中，在如本披露中所述的一个或多个加帽步骤之后，进行修饰步骤以修饰偶联后形成的核苷酸间键联，在一些实施例中，所述核苷酸间键联包含三价的键联磷原子(例如，如在亚磷酸酯键联中)。在一些实施例中，修饰步骤是或包括氧化，例如，将亚磷酸酯键联转化成四配位的磷酸三酯键联(将＝O置于键联磷)。在一些实施例中，修饰步骤是或包括硫化。在一些实施例中，硫化通过将＝S置于键联磷上将亚磷酸酯键联转化成四配位的核苷酸间键联。在一些实施例中，硫化通过将＝N-(例如，如以＝N(-L-R⁵))、P^N等置于键联磷上将亚磷酸酯键联转化成四配位的核苷酸间键联。在一些实施例中，如本文所描述，R⁵包括包含氮原子的环。在一些实施例中，氮原子呈盐形式(季铵盐)并与抗衡离子(例如，PF₆ ^-)缔合。在一些实施例中，包含＝N(-L-R⁵)或P^N的键联是非负电荷核苷酸间键联例如中性核苷酸间键联的前体。在一些实施例中，硫化将亚磷酸酯键联转化成四配位的硫代磷酸三酯核苷酸间键联(例如，-P(＝O)(S-L^sR⁵)-，其中-L^s-R⁵不是氢)。示例修饰和相关的技术包括在以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784。

在一些实施例中，所提供的技术关于修饰类型和/或选择修饰试剂例如氧化试剂、硫化试剂、安置＝N-的试剂等提供了更大的灵活性。例如，在先前报道的手性控制的寡核苷酸合成中倾向于产生较差结果的试剂可以与本披露的技术一起使用以提供显著改善的令人满意的结果。除其他事项外，本披露提供了特别有效地用于手性控制制备含有某些类型修饰的寡核苷酸的技术(例如，手性助剂、化合物、方法等)，例如，非负电荷核苷酸间键联(例如，n001)。

在一些实施例中，在修饰步骤之后，进行另一个加帽步骤。在一些实施例中，在酯化条件(与传统的寡核苷酸合成中的加帽条件相当或相同)下用大量强亲核试剂和/或酯化催化剂(强亲核试剂可以与酯化催化剂相同)进行修饰后加帽步骤。在一些实施例中，修饰后加帽步骤将游离羟基(例如由于不完全偶联而在修饰步骤后保持不变的那些残留羟基)加帽。在此加帽步骤之后，可以将寡核苷酸解封，以暴露出用于进一步链延伸的位点处的羟基，并进入另一个合成循环。

在实现所需的链长后，可将寡核苷酸完全脱保护并从载体上裂解以进行纯化和/或进一步使用。根据本披露可以使用各种裂解和/或脱保护技术，包括以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO2018/067973、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784。在一些实施例中，裂解和/或脱保护包括去除手性助剂。如本领域技术人员所理解的，裂解和/或脱保护条件可以取决于在寡核苷酸合成期间使用的化学过程，例如，将寡核苷酸连接至载体的接头的特性、碱基和/或糖封闭基团的特性、手性部分的特性等。在一些实施例中，除去手性助剂，例如DPSE类型的手性助剂，包括使用TEA-HF。在一些实施例中，本披露令人惊讶地证明，使用CPG载体可以成功地将TEA-HF用于寡核苷酸合成。

除其他事项外，本披露确定与水接触，例如在碱性条件下任选在升高的温度下持续一段时间(例如，用于脱保护和/或裂解)可能是杂质/分解的重要来源(例如，P＝S和或P＝N-转化成P＝O)。在一些实施例中，本披露提供了解决此类问题来源的技术。在一些实施例中，本披露提供了可以容易地通过碱去除的手性助剂。在一些实施例中，此种去除不需要如先前报道的强碱、升高的温度和/或持续时间，并且可以显著改善产物产率和/或纯度。在一些实施例中，去除手性助剂包括使包含手性助剂的寡核苷酸(例如，多种寡核苷酸)与碱在无水条件下接触，在一些实施例中，优选在寡核苷酸与大量水(例如，包含碱、水和任选地一种或多种有机溶剂(例如，可用于碱基脱保护、寡核苷酸从载体上裂解等的有机溶剂)的试剂体系)接触之前。在各种情况下，申请人观察到在与包含大量水的条件(例如，包含NH₃.H₂O的脱保护/裂解条件)接触之前在无水条件下使用碱去除手性助剂可以显著改善产物产率和/或纯度。此外，使用如本文所述的碱去除手性助剂可简化操作程序并降低制造成本。

根据本披露在所提供的技术中可以使用各种类型的糖和核碱基，包括非天然、经修饰的糖和核碱基，例如以下项中描述的那些糖和核碱基：US 9598458、US 9744183、US9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO2019/217784。

在一些实施例中，所提供的技术可用于大规模制备寡核苷酸。在一些实施例中，规模是100g或更大。在一些实施例中，规模是200g或更大。在一些实施例中，规模是500g或更大。在一些实施例中，规模是至少1000g或更大。在一些实施例中，组合物包含大量寡核苷酸(例如，反应、步骤、方法等的产物，或最终产物)。除其他事项外，本披露解决了与寡核苷酸组合物、特别是手性控制的寡核苷酸组合物的大规模制备相关的各种挑战。

在一些实施例中，在步骤中接触的另一步骤的组合物是所述步骤之前的第一步骤的组合物。在一些实施例中，在每个步骤中接触的另一步骤的组合物是所述步骤之前的第一步骤的组合物。例如，在偶联步骤中接触的解封的组合物是在所述偶联步骤之前的第一解封步骤的解封的组合物，在修饰前加帽步骤中接触的偶联产物组合物是在所述修饰前加帽步骤之前的第一偶联步骤的偶联产物组合物，在修饰步骤中接触的偶联产物组合物是在所述修饰步骤之前的第一偶联步骤的偶联产物组合物，在修饰步骤中接触的修饰前加帽产物组合物是在所述修饰步骤之前的第一修饰前加帽步骤的修饰前加帽产物组合物，在修饰后加帽步骤中接触的修饰产物组合物是在所述修饰后加帽步骤之前的第一修饰步骤的修饰产物组合物，在解封步骤中接触的修饰产物组合物是所述解封步骤之前的第一修饰步骤的修饰产物组合物，在解封步骤中接触的修饰后加帽产物组合物是在所述解封步骤之前的第一修饰后加帽步骤的修饰后加帽产物组合物等。

在一些实施例中，所提供的技术通常可用于制备其他低聚化合物。在一些实施例中，用于制备包含多种低聚化合物的组合物的方法包括：

(1)偶联步骤，其包括：

使包含多种解封的化合物-各自独立地包含解封的单体单元-的解封的组合物-其是解封的因为每个解封的单体单元独立地包含游离连接基团-与包含配偶体化合物的偶联试剂体系接触，所述配偶体化合物包含所述低聚化合物的单体单元；以及

使包含所述低聚化合物的单体单元的配偶体化合物与多种解封的化合物的游离连接基团偶联，以提供包含多种偶联产物的偶联产物组合物，所述偶联产物各自独立地包含连接解封的单体单元的连接基团和所述配偶体化合物的单体单元的键联；

(2)任选地，修饰前加帽步骤，其包括：

使偶联产物组合物与修饰前加帽试剂体系接触；以及

将所述偶联产物组合物的一个或多个官能团加帽以提供包含多种修饰前加帽产物的修饰前加帽产物组合物；

(3)修饰步骤，其包括：

接触偶联产物组合物并修饰一种或多种偶联产物的一个或多个键联，以提供包含多种修饰产物的修饰步骤组合物；或

接触修饰前加帽产物组合物并修饰一种或多种修饰前加帽产物的一个或多个键联，以提供包含多种修饰产物的修饰产物组合物；

(4)任选地，修饰后加帽步骤，其包括：

使修饰产物组合物与修饰后加帽试剂体系接触；以及

将修饰产物组合物的一种或多种化合物的一个或多个官能团加帽，以提供包含多种修饰后加帽产物的修饰后加帽产物组合物；

(5)任选地，解封步骤，其包括：

使修饰产物组合物或修饰后加帽产物组合物与解封试剂体系接触，以提供包含多种解封的产物的解封的组合物，所述解封的产物各自独立地包含解封的单体单元，所述单体单元包含游离的连接基团。

在一些实施例中，方法任选地包括重复步骤(1)至(5)多次，例如，直到实现希望的长度。在一些实施例中，所述方法包括修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤二者，其中修饰前加帽试剂体系任选地不同于修饰后试剂体系，或修饰前加帽步骤，其中所述修饰前加帽试剂体系将多种偶联产物的多个非连接基团加帽，以及包括硫化的修饰步骤，所述硫化提供了包含多种修饰产物的修饰产物组合物，所述修饰产物各自独立地包括P＝S部分，或修饰后加帽步骤，其包括接触包含多种修饰产物的修饰产物组合物，所述修饰产物各自独立地包含键联(包含至少一个手性控制的手性中心，因为所述修饰产物组合物中至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的包含所述手性中心并具有相同组成的低聚化合物在所述手性中心具有相同的立体化学构型)，或修饰后加帽步骤，以及包含手性配偶体化合物的偶联试剂体系，所述手性配偶体化合物包含所述低聚化合物的单体单元，其中所述手性配偶体化合物包含不在所述单体单元内的手性原子；或偶联步骤，其后紧接着修饰前加帽步骤，其中所述修饰前加帽步骤的修饰前加帽试剂体系不包含酯化催化剂或不包含强亲核试剂。

如本披露中所述，在一些实施例中，低聚化合物是寡核苷酸。在一些实施例中，包含多种低聚化合物的组合物是包含多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，偶联步骤是如本披露中所述的用于寡核苷酸合成的偶联步骤。在一些实施例中，解封的化合物是解封的寡核苷酸，例如，寡核苷酸合成循环中的解封步骤之后的寡核苷酸。在一些实施例中，解封的单体单元是解封的5’端核苷单元。在一些实施例中，游离连接基团是游离5’-羟基。在一些实施例中，偶联试剂体系是寡核苷酸合成循环中的偶联试剂体系。在一些实施例中，配偶体化合物是本文所述的用于寡核苷酸合成的亚磷酰胺。在一些实施例中，偶联产物是在寡核苷酸合成中在偶联后形成的寡核苷酸。在一些实施例中，连接解封的单体单元的连接基团和配偶体化合物的单体单元的键联是在偶联步骤期间形成的核苷酸间键联。在一些实施例中，修饰前加帽步骤是如本披露中所述的寡核苷酸合成中的加帽步骤。在一些实施例中，修饰前加帽试剂体系是如本披露中所述的寡核苷酸合成中的前加帽试剂体系。在一些实施例中，修饰前加帽产物组合物是寡核苷酸合成中在修饰前加帽步骤之后的组合物。在一些实施例中，修饰前加帽产物是在寡核苷酸合成中在修饰前加帽步骤之后形成的产物。在一些实施例中，修饰步骤是如寡核苷酸合成中使用的修饰步骤。在一些实施例中，如本披露中描述的寡核苷酸合成中所示的修饰步骤修饰核苷酸间键联。在一些实施例中，修饰产物组合物是在寡核苷酸合成中在修饰步骤之后提供的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，修饰产物是在寡核苷酸合成中在修饰步骤之后提供的寡核苷酸。在一些实施例中，修饰后加帽步骤是如本披露中所述的寡核苷酸合成中的加帽步骤。在一些实施例中，修饰后加帽试剂体系是如本披露中所述的寡核苷酸合成中的后加帽试剂体系。在一些实施例中，修饰后加帽产物组合物是寡核苷酸合成中在修饰后加帽步骤之后的组合物。在一些实施例中，修饰后加帽产物是在寡核苷酸合成中在修饰后加帽步骤之后形成的产物。在一些实施例中，解封步骤是如本披露中描述的用于寡核苷酸合成的解封步骤。在一些实施例中，非连接基团是氨基。在一些实施例中，手性控制的手性中心是手性控制的键联磷中心。在一些实施例中，包含不在单体单元内的手性原子的手性配偶体化合物是亚磷酰胺(包含不在其核苷单元中且不是P的手性中心)。在一些实施例中，试剂体系不包含酯化催化剂不包含DMAP且不包含NMI。

附图说明

图1.B6的粗品UPLC色谱图。

图2.B19的粗品UPLC色谱图。

图3.B56的粗品UPLC色谱图。

图4.(A)B110的粗品UPLC色谱图(在NAP之后)。(B)B110的粗品UPLC色谱图(如在NAP之前)。

具体实施方式

1.定义

如本文所用，除非另外指明，应应用下列定义。出于本披露的目的，化学元素根据元素周期表，CAS版本，Handbook of Chemistry and Physics[化学与物理手册]，第75版来鉴别。另外，有机化学的一般原理描述于“Organic Chemistry[有机化学]”，ThomasSorrell，University Science Books[大学科学书籍]，索萨利托(Sausalito)：1999及“March’sAdvanced Organic Chemistry[March高等有机化学]”，第5版，编辑：Smith，M.B.及March，J.，约翰威利出版社(John Wiley&Sons)，纽约：2001中。

如本文中在本披露中所用，除非从上下文另外清楚，否则(i)术语“一个/种(a/an)”可理解为意指“至少一个/种”；(ii)术语“或”可理解为意指“和/或”；(iii)术语“包含(comprising)”、“包含(comprise)”、“包括(including)”(无论是否与“不限于”一起使用)和“包括(include)”(无论是否与“不限于”一起使用)可理解为涵盖逐项列出的组分或步骤，无论是单独呈现还是与一个或多个额外的组分或步骤一起呈现；(iv)术语“另一个/种”可以理解为意指至少一个额外的/第二个或更多个；(v)术语“约”和“大约”可以理解为允许如本领域普通技术人员理解的标准变化；并且(vi)在提供范围时，包括端点。

除非另有说明，否则寡核苷酸及其元件的描述(例如碱基序列、糖修饰、核苷酸间键联、键联磷立体化学等)是从5’至3’。除非另有说明，否则能以盐形式(特别地，药学上可接受的盐形式)提供的和/或利用本文所述的寡核苷酸。除非另有说明，否则寡核苷酸包括多种形式的寡核苷酸。如本领域技术人员将理解的，在一些实施例中，组合物中的单个寡核苷酸可被认为具有相同的构成和/或结构，即使在这样的组合物(例如液体组合物)中，特别地，这样的寡核苷酸在特定时间可能处于不同的形式(例如，不同的药学上可接受的盐形式(并且例如在液体组合物中时，其可以溶解并且寡核苷酸链可以以阴离子形式存在))。例如，本领域技术人员将意识到，在给定的pH下，沿着寡核苷酸链的单个核苷酸间键联可以呈酸(H)形式，或呈多种可能的盐形式之一(例如钠盐或不同阳离子的盐，取决于制剂或组合物中可能存在哪些离子)，并且将会理解，只要它们的酸形式(例如，用H+替换所有阳离子，如果有的话)具有相同的构成和/或结构，这样的单一寡核苷酸可以适当地认为具有相同的构成和/或结构。

脂肪族：如本文所用，“脂肪族”意指完全饱和或含有一个或多个不饱和单元的直链(即非支链)或支链的取代或未取代的烃链，或完全饱和或含有一个或多个不饱和单元(但非芳族)的取代或未取代的单环、双环或多环烃环，或其组合。在一些实施例中，脂肪族基团包含1-50个脂肪族碳原子。在一些实施例中，脂肪族基团包含1-20个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团含有1-10个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团包含1-9个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团包含1-8个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团包含1-7个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团包含1-6个脂肪族碳原子。在仍其他实施例中，脂肪族基团含有1-5个脂肪族碳原子，且在又其他实施例中，脂肪族基团含有1、2、3或4个脂肪族碳原子。合适的脂肪族基团包括但不限于直链或支链的取代或未取代的烷基、烯基、炔基基团及其杂合物，如(环烷基)烷基、(环烯基)烷基或(环烷基)烯基。

烯基：如本文所用，术语“烯基”是指如本文所定义的具有一个或多个双键的脂肪族基团。

烷基；如本文所用，术语“烷基”以本技术领域中的其一般含义给出，且可包括饱和脂肪族基团，包括直链烷基基团、支链烷基基团、环烷基(脂环族)基团、经烷基取代的环烷基基团及经环烷基取代的烷基基团。在一些实施例中，烷基具有1-100个碳原子。在某些实施例中，直链或支链烷基的骨架中具有约1至20个碳原子(例如，直链是C₁-C₂₀，支链是C₂-C₂₀)，且可替代地具有约1至10个碳原子。在一些实施例中，环烷基环在这类环为单环、双环或多环时在其环结构中具有约3-10个碳原子，且可替代地在环结构中具有约5、6或7个碳原子。在一些实施例中，烷基可是低碳数烷基，其中低碳数烷基包含1至4个碳原子(例如，直链低碳数烷基是C₁-C₄)。

炔基：如本文所用，术语“炔基”是指如本文所定义的具有一个或多个三键的脂肪族基团。

类似物；术语“类似物”包括在结构上与参考化学部分或部分的类别不同但能执行此类参考化学部分或部分的类别的至少一种功能的任何化学部分。作为非限制性实例，核苷酸类似物在结构上不同于核苷酸但执行核苷酸的至少一种功能；核碱基类似物在结构上不同于核碱基但执行核碱基的至少一种功能等。

芳基：单独使用或作为较大部分如“芳烷基”、“芳烷氧基”或“芳氧基烷基”的一部分使用的术语“芳基”是指总共具有五个至三十个环成员的单环、双环或多环体系，其中体系中的至少一个环是芳族的。在一些实施例中，芳基基团为总共具有五个至十四个环成员的单环、双环或多环系统，其中系统中的至少一个环是芳族，且其中系统中的各环含有3至7个环成员。在一些实施例中，芳基基团为联芳基基团。术语“芳基”与术语“芳基环”可互换使用。在本披露的某些实施例中，“芳基”是指包括但不限于苯基、联苯基、萘基、联萘基、蒽基等的芳环体系，其可具有一个或多个取代基。在一些实施例中，还包括在如本文所用的术语“芳基”的范围内的是其中芳环与一个或多个非芳环稠合的基团，如茚满基、邻苯二甲酰亚胺基、萘啶基、啡啶基或四氢萘基等，其中附接基团或附接点是在芳基环上。

手性控制；如本文所用，“手性控制”是指控制寡核苷酸内的手性核苷酸间键联中的手性键联磷的立体化学标识。如本文所用，手性核苷酸间键联是其键联磷是手性的核苷酸间键联。在一些实施例中，通过寡核苷酸的糖和碱基部分中不存在的手性元件实现控制，例如，在一些实施例中，通过在寡核苷酸制备期间使用一种或多种手性助剂实现控制，如在本披露中描述的，手性助剂通常是寡核苷酸制备期间使用的手性亚磷酰胺的一部分。与手性控制相反，本领域普通技术人员认识到，如果使用常规寡核苷酸合成来形成手性核苷酸间键，则不使用手性助剂的此类常规寡核苷酸合成不能控制手性核苷酸间键的立体化学。在一些实施例中，控制了每个寡核苷酸内手性核苷酸间键联中每个手性键联磷的立体化学标识。

手性控制的寡核苷酸组合物：如本文所用，术语“手性控制的寡核苷酸组合物”、“手性控制的核酸组合物”等是指包含多种寡核苷酸(或核酸)的组合物，所述多种寡核苷酸(或核酸)具有：1)共同的碱基序列，2)共同的骨架键联模式，以及3)共同的骨架磷修饰模式，其中所述多种寡核苷酸(或核酸)在一个或多个手性核苷酸间键联(手性控制的或立体定义的核苷酸间键联，其手性键联磷在组合物(“立体定义的”)中呈Rp或Sp，而非如同非手性控制的核苷酸间键联一样的随机Rp和Sp混合物)处具有相同的键联磷立体化学。手性控制的寡核苷酸组合物中所述多种寡核苷酸(或核酸)的水平是预定的/受控的(例如，通过手性控制的寡核苷酸制备以立体选择性地形成一个或多个手性核苷酸间键联)。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物中的所有寡核苷酸的约1％-100％(例如，约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％，或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％)是所述多种寡核苷酸。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物中具有共同的碱基序列、共同的骨架键联模式和共同的骨架磷修饰模式的所有寡核苷酸的约1％-100％(例如，约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80-100％、90-100％、95-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％、或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％)是所述多种寡核苷酸。在一些实施例中，水平是组合物中的所有寡核苷酸的；或组合物中具有共同的碱基序列(例如，多种寡核苷酸或一种寡核苷酸类型的碱基序列)的所有寡核苷酸的；或组合物中具有共同的碱基序列、共同的骨架键联模式以及共同的骨架磷修饰模式的所有寡核苷酸的；或组合物中具有共同的碱基序列、共同的碱基修饰模式、共同的糖修饰模式、共同的核苷酸间键联类型模式、和/或共同的核苷酸间键联修饰模式的所有寡核苷酸的约1％-100％(例如，约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％，或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)。在一些实施例中，多种寡核苷酸在约1-50个(例如，约1-10、1-20、5-10、5-20、10-15、10-20、10-25、10-30，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个)手性核苷酸间键联处具有相同的立体化学。在一些实施例中，所述多种寡核苷酸在约1％-100％(例如，约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、50％-90％，约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％，或至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％)的手性核苷酸间键联处具有相同的立体化学。在一些实施例中，多种寡核苷酸(或核酸)具有相同的构成。在一些实施例中，多种寡核苷酸(或核酸)的水平是组合物中的与多种寡核苷酸(或核酸)具有相同构成的所有寡核苷酸(或核酸)的约1％-100％(例如约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80-100％、90-100％、95-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％，或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键是手性控制制的核苷酸间键，并且组合物是完全手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，多种寡核苷酸(或核酸)在结构上相同。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联关于其手性连接磷具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％，典型地至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的非对映纯度(diastereopurity)。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联链具有至少95％的非对映纯度。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联链具有至少96％的非对映纯度。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联链具有至少97％的非对映纯度。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联链具有至少98％的非对映纯度。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联链具有至少99％的非对映纯度。在一些实施例中，水平的百分比是或至少是(DS)^nc，其中DS是如本披露中所述的非对映纯度(例如，90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更高)，并且nc是本披露中描述的手性控制的核苷酸间键联的数目(例如1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个)。在一些实施例中，水平的百分比是或至少是(DS)^nc，其中DS是95％-100％。例如，当DS是99％并且nc是10时，所述百分比是或至少是90％((99％)¹⁰≈0.90＝90％)。在一些实施例中，组合物中多种寡核苷酸的水平表示为寡核苷酸中每个手性控制的核苷酸间键联链的非对映纯度的乘积。在一些实施例中，连接寡核苷酸(或核酸)中的两个核苷的核苷酸间键联的非对映纯度由连接相同的两个核苷的二聚体的核苷酸间键联的非对映纯度表示，其中使用相当的条件，在一些情况下，相同的合成循环条件制备二聚体(例如，对于寡核苷酸中Nx与Ny之间的键联……NxNy……，二聚体是NxNy)。在一些实施例中，不是所有手性核苷酸间键都是手性控制制的核苷酸间键，并且组合物是部分地手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，如在立体随机寡核苷酸组合物中通常观察到的，非手性控制的核苷酸间键联具有小于约80％、75％、70％、65％、60％、55％或约50％的非对映纯度(例如，如本领域技术人员所知，来自传统的寡核苷酸合成，例如亚磷酰胺方法)。在一些实施例中，多种寡核苷酸(或核酸)具有相同的类型。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含非随机水平或受控水平的个别寡核苷酸类型或核酸类型。例如，在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含一种且不超过一种寡核苷酸类型。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含超过一种寡核苷酸类型。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含多种寡核苷酸类型。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物是一种寡核苷酸类型的寡核苷酸的组合物，所述组合物包含非随机水平或受控水平的所述寡核苷酸类型的多种寡核苷酸。

相当的：术语“相当的”在本文中用于描述两组(或更多组)彼此充分相似的条件或环境，以允许比较所获得的结果或观察到的现象。在一些实施例中，可比较的条件或环境的组的特征在于多个基本相同的特征和一个或少量变化的特征。本领域普通技术人员将理解，当具有足够数量和类型的基本相同的特征时，条件的组彼此相当，以保证合理的结论，即在不同组条件下观察到的结果或观察到的现象的差异或情况是由那些变化的特征的变化引起或指示的。

环脂肪族：术语“环脂肪族(cycloaliphatic)”、“碳环(carbocycle)”、“碳环基(carbocyclyl)”、“碳环基团(carbocyclic radical)”和“碳环(carbocyclic ring)”可互换使用，且如本文所用，是指具有3至30个环成员的如本文所述的饱和或部分不饱和但非芳族的环脂肪族单环、双环或多环系统，除非另有说明。环脂肪族基团包括但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环戊烯基、环己基、环己烯基、环庚基、环庚烯基、环辛基、环辛烯基、降莰基、金刚烷基和环辛二烯基。在一些实施例中，环脂肪族基团具有3-6个碳原子。在一些实施例中，环脂肪族基团为饱和的且为环烷基。术语“环脂肪族”还可包括与一个或多个芳族或非芳族环稠合的脂肪族环，如十氢萘基或四氢萘基。在一些实施例中，环脂肪族基团为双环。在一些实施例中，环脂肪族基团为三环。在一些实施例中，环脂肪族基团为多环。在一些实施例中，“环脂肪族”是指完全饱和或含有一个或多个不饱和单元但非芳族的C₃-C₆单环烃或C₈-C₁₀双环或多环烃，其具有连至分子的其余部分的单一连接点，或是指完全饱和或含有一个或多个不饱和单元但非芳族的C₉-C1₆多环烃，其具有连至分子的其余部分的单一连接点。

卤素：术语“卤素”意指F、Cl、Br或I。

杂脂肪族；如本文所用，术语“杂脂肪族”以它在本领域中的普通含义给出，并且是指其中一个或多个碳原子独立地被一个或多个杂原子(例如，氧、氮、硫、硅、磷等)替换的如本文所述的脂肪族基团。在一些实施例中，选自C、CH、CH₂及CH₃的一个或多个单元独立地经一个或多个杂原子(包括其经氧化和/或取代形式)替换。在一些实施例中，杂脂肪族基团为杂烷基。在一些实施例中，杂脂肪族基团为杂烯基。

杂烷基；如本文所用，术语“杂烷基”以它在本领域中的普通含义给出，并且是指其中一个或多个碳原子独立地被一个或多个杂原子(例如，氧、氮、硫、硅、磷等)替换的如本文所述的烷基基团。杂烷基的实例包括但不限于烷氧基、聚(乙二醇)-、经烷基取代的氨基、四氢呋喃基、哌啶基、吗啉基等。

杂芳基：如本文所用，单独使用或作为较大部分例如“杂芳烷基”或“杂芳烷氧基”的一部分使用的术语“杂芳基”和“杂芳-”是指具有总共五个至三十个环成员的单环、双环或多环的环体系，其中体系中的至少一个环是芳族的且至少一个芳环原子为杂原子。在一些实施例中，杂芳基基团是具有5至10个环原子的基团(即，单环、双环或多环)，在一些实施例中具有5、6、9或10个环原子。在一些实施例中，杂芳基具有在环状阵列中共享的6、10或14个π电子；并且除碳原子外，还具有一至五个杂原子。杂芳基基团包括但不限于噻吩基、呋喃基、吡咯基、咪唑基、吡唑基、三唑基、四唑基、噁唑基、异噁唑基、噁二唑基、噻唑基、异噻唑基、噻二唑基、吡啶基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、吲嗪基、嘌呤基、萘啶基和蝶啶基。在一些实施例中，杂芳基为杂联芳基基团，如联吡啶基等。如本文所用，术语“杂芳基”和“杂芳-”还包括其中杂芳环与一个或多个芳基环、环脂肪族环或杂环基环稠合的基团，其中附接基团或附接点在杂芳环上。非限制性实例包括吲哚基、异吲哚基、苯并噻吩基、苯并呋喃基、二苯并呋喃基、吲唑基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、喹啉基、异喹啉基、噌啉基、酞嗪基、喹唑啉基、喹喔啉基、4H-喹嗪基、咔唑基、吖啶基、吩嗪基、吩噻嗪基、吩噁嗪基、四氢喹啉基、四氢异喹啉基、以及吡啶并[2，3-b]-1，4-噁嗪-3(4H)-酮。杂芳基基团可以是单环的、双环的或多环的。术语“杂芳基”可以与术语“杂芳基环”、“杂芳基基团”或“杂芳族”互换使用，这些术语中的任一个包括任选地取代的环。术语“杂芳烷基”是指被杂芳基基团取代的烷基基团，其中烷基部分和杂芳基部分独立地任选地被取代。

杂原子：如本文所用，术语“杂原子”意指不是碳或氢的原子。在一些实施例中，杂原子是硼、氧、硫、氮、磷或硅(包括氮、硫、磷或硅的氧化形式；氮(例如季铵化形式、如在亚胺鎓基团中的形式等)、磷、硫、氧的带电形式等)。在一些实施例中，杂原子是氧、硫或氮。

杂环：如本文所用，术语“杂环(heterocycle)”、“杂环基(heterocyclyl)”、“杂环基团(heterocyclic radical)”和“杂环(heterocyclic ring)”可互换使用，并且是指饱和或部分不饱和且具有一个或多个杂原子环原子的单环、双环或多环部分(例如，3-30元)。在一些实施例中，杂环基基团是稳定的5元至7元单环或7元至10元双环杂环部分，其是饱和或部分不饱和的且除碳原子外具有一个或多个、优选地一至四个如以上所定义的杂原子。当关于杂环的环原子使用时，术语“氮”包括取代的氮。作为实例，在具有0-3个选自氧、硫和氮的杂原子的饱和或部分不饱和环中，氮可以是N(如在3，4-二氢-2H-吡咯基中)、NH(如在吡咯烷基中)或⁺NR(如在经N-取代的吡咯烷基中)。杂环可以在产生稳定结构的任何杂原子或碳原子处与其侧基附接，并且任何环原子可以任选地被取代。此类饱和或部分不饱和的杂环基团的实例包括但不限于四氢呋喃基、四氢噻吩基、吡咯烷基、哌啶基、吡咯啉基、四氢喹啉基、四氢异喹啉基、十氢喹啉基、噁唑烷基、哌嗪基、二噁烷基、二氧戊环基、二氮杂

基、氧氮杂

基、硫氮杂

基、吗啉基和奎宁环基。术语“杂环(heterocycle)”、“杂环基(heterocyclyl)”、“杂环基环(heterocyclyl ring)”、“杂环基团(heterocyclic group)”、“杂环部分(heterocyclic moiety)”和“杂环基团(heterocyclic radical)”在本文中可互换使用，并且还包括其中杂环基环与一个或多个芳基、杂芳基或环脂肪族环稠合的基团，如吲哚啉基、3H-吲哚基、苯并二氢吡喃基、菲啶基或四氢喹啉基。杂环基基团可以是单环的、双环的或多环的。术语“杂环基烷基”是指被杂环基取代的烷基基团，其中烷基部分和杂环基部分独立地任选地被取代。

核苷酸间键联；如本文所用，短语“核苷酸间键联”通常是指连接寡核苷酸或核酸的核苷单元的键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是磷酸二酯键联，如在天然存在的DNA和RNA分子中广泛发现的(天然磷酸酯键联(-OP(＝O)(OH)O-)，本领域技术人员可以理解的，其以盐形式存在)。在一些实施例中，核苷酸间键联是修饰的核苷酸间键联(不是天然磷酸酯键联)。在一些实施例中，核苷酸间键联是“修饰的核苷酸间键联”，其中磷酸二酯键联的至少一个氧原子或-OH被不同的有机或无机部分代替。在一些实施例中，此种有机或无机部分选自＝S、＝Se、＝NR’、-SR’、-SeR’、-N(R’)₂、B(R’)₃、-S-、-Se-、和-N(R’)-，其中每个R’独立地如本披露中所定义和描述的。在一些实施例中，核苷酸间键联是磷酸三酯键联、硫代磷酸酯键联(或硫代磷酸酯二酯键联，-OP(＝O)(SH)O-，如本领域技术人员所理解的，其可以盐形式存在)，或硫代磷酸三酯键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是例如PNA(肽核酸)或PMO(二氨基磷酸酯吗啉基寡聚物)键联之一。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联是非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联(例如，某些提供的寡核苷酸中的n001)。本领域普通技术人员理解，由于键中存在酸或碱部分，核苷酸间键可以在给定pH下作为阴离子或阳离子存在。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联是命名为s、s1、s2、s3、s4、s5、s6、s7、s8、s9、s10、s11、s12、s13、s14、s15、s16、s17和s18的修饰的核苷酸间键联，如WO 2017/210647中所述。

键联磷；如本文所定义，短语“键联磷”用于指示所提及的特定磷原子是存在于核苷酸间键联中的磷原子，所述磷原子对应于如天然存在的DNA和RNA中所存在的磷酸二酯核苷酸间键联的磷原子。在一些实施例中，键联磷原子位于修饰的核苷酸间键联中，其中磷酸二酯键联的每个氧原子任选地且独立地被有机或无机部分替换。在一些实施例中，键联磷原子是例如如本文所定义的式VII的P。在一些实施例中，连接磷原子是手性的。在一些实施例中，键联磷原子是非手性的(例如，如天然磷酸酯键联)。

修饰的核碱基；术语“修饰的核碱基”、“修饰的碱基”等是指与核碱基化学上不同的，但是能执行核碱基的至少一种功能的化学部分。在一些实施例中，修饰的核碱基是包含修饰的核碱基。在一些实施例中，修饰的核碱基能够具有核碱基的至少一种功能，例如，在能够与包含至少互补碱基序列的核酸碱基配对的聚合物中形成部分。在一些实施例中，修饰的核碱基是取代的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的取代的互变异构体。在一些实施例中，在寡核苷酸的上下文中，修饰的核碱基是指不是A、T、C、G或U的核碱基。

修饰的核苷：术语“修饰的核苷”是指衍生自天然核苷或在化学上类似于天然核苷但包含使其与天然核苷有区别的化学修饰的部分。修饰的核苷的非限制性实例包括在碱基和/或糖上包含修饰的那些。经修饰的核苷的非限制性实例包括在糖处具有2’修饰的那些。修饰的核苷的非限制性实例还包括无碱基核苷(其缺乏核碱基)。在一些实施例中，修饰的核苷能够具有核苷的至少一种功能，例如，在能够与包含至少互补碱基序列的核酸碱基配对的聚合物中形成部分。

修饰的核苷酸；术语“经修饰的核苷酸”包括在结构上与天然核苷酸不同但能执行天然核苷酸的至少一种功能的任何化学部分。在一些实施例中，修饰的核苷酸包含在糖、碱基和/或核苷酸间键处的修饰。在一些实施例中，修饰的核苷酸包含修饰的糖、修饰的核碱基、和/或修饰的核苷酸间键。在一些实施例中，修饰的核苷酸能够具有核苷酸的至少一种功能，例如，在能够与包含至少互补碱基序列的核酸碱基配对的聚合物中形成亚基。

修饰的糖；术语“经修饰的糖”是指可以替换糖的部分。修饰的糖模仿糖的空间排列、电子特性、或一些其他物理化学特性。在一些实施例中，如本披露中所述，修饰的糖是取代的核糖或脱氧核糖。在一些实施例中，经修饰的糖包含2’-修饰。有用的2’-修饰的实例在本领域中被广泛使用并在本文中描述。在一些实施例中，2’-修饰是2’OR，其中R是任选地取代的C_1-10脂肪族基团。在一些实施例中，2’-修饰是2’-OMe。在一些实施例中，2’-修饰是2’-MOE。在一些实施例中，修饰的糖是双环糖(例如，LNA，BNA等中使用的糖)。在一些实施例中，在寡核苷酸的情况下，修饰的糖是不是通常在天然RNA或DNA中发现的核糖或脱氧核糖的糖。

核碱基：术语“核碱基”是指参与氢键合的核酸部分，氢键合以序列特异性方式将一条核酸链与另一条互补链结合。最常见的天然存在的核碱基是腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)、和胸腺嘧啶(T)。在一些实施例中，天然存在的核碱基是修饰的腺嘌呤、鸟嘌呤、尿嘧啶、胞嘧啶、或胸腺嘧啶。在一些实施例中，天然存在的核碱基是甲基化的腺嘌呤、鸟嘌呤、尿嘧啶、胞嘧啶、或胸腺嘧啶。在一些实施例中，核碱基包含杂芳基环，其中环原子是氮，并且当在核苷中时，氮键合至糖部分。在一些实施例中，核碱基包含杂环，其中环原子是氮，并且当在核苷中时，氮键合至糖部分。在一些实施例中，核碱基是“修饰的核碱基”，除腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)、和胸腺嘧啶(T)之外的核碱基。在一些实施例中，修饰的核碱基是取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，经修饰的核碱基是A、T、C、G或U的取代的互变异构体。在一些实施例中，修饰的核碱基是甲基化的腺嘌呤、鸟嘌呤、尿嘧啶、胞嘧啶、或胸腺嘧啶。在一些实施例中，修饰的核碱基模拟核碱基的空间排列、电子特性或一些其他物理化学特性，并保留氢键合的特性，氢键合以序列特异性方式将一条核酸链与另一条核酸链结合。在一些实施例中，修饰的核碱基可与所有五种天然存在的碱基(尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶、或鸟嘌呤)配对，而基本上不影响熔解行为、通过细胞内酶识别、或寡核苷酸双链体的活性。如本文所用，术语“核碱基”还涵盖用于代替天然核苷酸或天然存在的核苷酸的结构类似物，如经修饰的核碱基和核碱基类似物。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的任选地取代的互变异构体。在一些实施例中，“核碱基”是指在寡核苷酸或核酸中的核碱基单元(例如，在寡核苷酸或核酸中的A、T、C、G或U)。

核苷：术语“核苷”是指其中核碱基或经修饰的核碱基与糖或经修饰的糖共价结合的部分。在一些实施例中，核苷是天然核苷，例如腺苷、脱氧腺苷、鸟苷、脱氧鸟苷、胸苷、尿苷、胞苷或脱氧胞苷。在一些实施例中，核苷是修饰的核苷，例如选自腺苷、脱氧腺苷、鸟苷、脱氧鸟苷、胸苷、尿苷、胞苷和脱氧胞苷的取代的天然核苷。在一些实施例中，核苷是修饰的核苷，例如选自腺苷、脱氧腺苷、鸟苷、脱氧鸟苷、胸苷、尿苷、胞苷和脱氧胞苷的天然核苷的取代的互变异构体。在一些实施例中，“核苷”是指寡核苷酸或核酸中的核苷单元。

核苷类似物；术语″核苷类似物″是指与天然核苷在化学上不同的，但能执行核苷的至少一种功能的化学部分。在一些实施例中，核苷类似物包含糖的类似物和/或核碱基的类似物。在一些实施例中，修饰的核苷能够具有核苷的至少一种功能，例如，在能够与包含互补碱基序列的核酸碱基配对的聚合物中形成部分。

核苷酸；如本文所用，术语“核苷酸”是指多核苷酸的单体单元，其由核碱基、糖和一个或多个核苷酸间键联(例如，天然DNA和RNA中的磷酸键联)组成。天然存在的碱基[鸟嘌呤(G)、腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)、和尿嘧啶(U)]是嘌呤或嘧啶的衍生物，但应所述理解为还包括天然存在的和非天然存在的碱基类似物。天然存在的糖是戊糖(五碳糖)，即脱氧核糖(其形成DNA)或核糖(其形成RNA)，但应所述理解，还包括天然存在的和非天然存在的糖类似物。将核苷酸经由核苷酸间键进行连接以形成核酸、或多核苷酸。许多核苷酸间键联是本领域已知的(如但不限于磷酸酯、硫代磷酸酯、硼烷磷酸酯等)。人工核酸包括PNA(肽核酸)、磷酸三酯、硫代磷酸酯、H-膦酸酯、氨基磷酸酯、硼烷磷酸酯、甲基膦酸酯、膦酰乙酸酯(phosphonoacetate)、硫代膦酰乙酸酯、以及天然核酸的磷酸酯骨架的其他变体，如本文所述的那些。在一些实施例中，天然核苷酸包含天然存在的碱基、糖和核苷酸间键联。如本文所用，术语“核苷酸”还涵盖用于代替天然核苷酸或天然存在的核苷酸的结构类似物，如经修饰的核苷酸和核苷酸类似物。在一些实施例中，“核苷酸”是指寡核苷酸或核酸中的核苷酸单元。

寡核苷酸；术语“寡核苷酸”是指核苷酸的聚合物或寡聚物，并且可以包含天然和非天然核碱基、糖和核苷酸间键联的任何组合。

寡核苷酸可以是单链或双链的。单链寡核苷酸可以具有双链区域(由单链寡核苷酸的两个部分形成)，并且包含两个寡核苷酸链的双链寡核苷酸可以具有单链区域，例如其中两个寡核苷酸链彼此不互补的区域。示例寡核苷酸包括但不限于结构基因、包含控制区和终止区的基因、自我复制系统(如病毒DNA或质粒DNA)、单链和双链RNAi试剂和其他RNA干扰试剂(RNAi试剂或iRNA试剂)、shRNA、反义寡核苷酸、核酶、微小RNA、微小RNA模拟物、supermir、适体、antimir、antagomir、Ul衔接子、形成三链体的寡核苷酸、G-四链体寡核苷酸、RNA激活子、免疫刺激性寡核苷酸和诱饵寡核苷酸。

本披露的寡核苷酸可以具有各种长度。在特定的实施例中，寡核苷酸的长度可以是约2至约200个核苷。在多个相关实施例中，(单链的、双链的、或三链的)寡核苷酸的长度范围可以从约4至约10个核苷、从约10至约50个核苷、从约20至约50个核苷、从约15至约30个核苷、从约20至约30个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是约9至约39个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少4个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少5个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少6个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少7个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少8个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少9个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少10个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少11个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少12个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少15个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少15个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少16个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少17个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少18个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少19个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少20个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少25个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度是至少30个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸是长度为至少18个核苷的互补链的双链体。在一些实施例中，寡核苷酸是长度为至少21个核苷的互补链的双链体。在一些实施例中，寡核苷酸长度中计数的每个核苷独立地包含A、T、C、G或U，或任选地取代的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的任选地取代的互变异构体。

寡核苷酸类型；如本文所用，短语“寡核苷酸类型”用于定义具有特定碱基序列、骨架键联模式(即，核苷酸间键联类型(例如磷酸酯、硫代磷酸酯等)的模式)、骨架手性中心模式(即，键联磷立体化学模式(Rp/Sp))、以及骨架磷修饰模式(例如，式VII中的“-X-L^s-R⁵”基团的模式)的寡核苷酸。在一些实施例中，共同指定的“类型”的寡核苷酸在结构上(包括在立体化学上)彼此相同。

本领域技术人员将理解，本披露的合成方法在合成寡核苷酸链期间提供一定程度的控制，使得可以提前设计和/或选择寡核苷酸链的每个核苷酸单元以在键联磷处具有特定的立体化学和/或在键联磷处具有特定的修饰、和/或具有特定的碱基、和/或具有特定的糖。在一些实施例中，预先设计和/或选择寡核苷酸链以在连接磷处具有立体中心的特定组合。在一些实施例中，设计和/或确定寡核苷酸链以在连接磷处具有修饰的特定组合。在一些实施例中，设计和/或选择寡核苷酸链以具有碱基的特定组合。在一些实施例中，设计和/或选择寡核苷酸链以具有一个或多个以上结构特征的特定组合。在一些实施例中，本披露提供了包含多种寡核苷酸分子或由其组成的组合物(例如，手性控制的寡核苷酸组合物)。在一些实施例中，所有此类分子属于同一类型(即，在结构上彼此相同)。然而，在一些实施例中，所提供的组合物包含多个不同类型的寡核苷酸(通常以预定的相对量)。

任选地取代的：如本文所述，本披露的化合物(例如寡核苷酸)可以含有任选地取代的部分和/或取代的部分。通常，术语“取代的”，无论前面是否有术语“任选地”，均意指指定部分的一个或多个氢被合适的取代基替换。除非另外指明，否则“任选地取代的”基团可以在该基团的每个可取代位置处具有合适的取代基，且当任何给定结构中的超过一个位置可以被选自指定基团的超过一个取代基取代时，在每一位置处的取代基可以相同或不同。在一些实施例中，任选地取代的基团是未取代的。本披露所设想的取代基的组合优选是导致形成稳定的或化学上可行的化合物的组合。如本文所用，术语“稳定”是指如下化合物，在出于本文所披露的一个或多个目的而经历其制备、检测以及在某些实施例中经历其回收、纯化和使用的条件时，它们基本上不发生改变。某些取代基描述如下。

在可取代原子(例如，合适的碳原子)上的合适的单价取代基独立地是卤素；-(CH₂)_0-4R^o；-(CH₂)_0-4OR^o；-O(CH₂)_0-4R^o、-O-(CH₂)_0-4C(O)OR^o；-(CH₂)_0-4CH(OR^o)₂；-(CH₂)_0-4Ph，其可被R^o取代；-(CH₂)_0-4O(CH₂)_0-1Ph，其可被R^o取代；-CH＝CHPh，其可被R^o取代；-(CH₂)_0-4O(CH₂)_0-1-吡啶基，其可被R^o取代；-NO₂；-CN；-N₃；-(CH₂)_0-4N(R^o)₂；-(CH₂)_0-4N(R^o)C(O)R^o；-N(R^o)C(S)R^o；-(CH₂)_0-4N(R^o)C(O)NR^o ₂；-N(R^o)C(S)NR^o ₂；-(CH₂)_0-4N(R^o)C(O)OR^o；-N(R^o)N(R^o)C(O)R^o；-N(R^o)N(R^o)C(O)NR^o ₂；-N(R^o)N(R^o)C(O)OR^o；-(CH₂)_0-4C(O)R^o；-C(S)R^o；-(CH₂)_0-4C(O)OR^o；-(CH₂)_0-4C(O)SR^o；-(CH₂)_0-4C(O)OSiR^o ₃；-(CH₂)_0-4OC(O)R^o；-OC(O)(CH₂)_0-4SR^o、-SC(S)SR^o；-(CH₂)_0-4SC(O)R^o；-(CH₂)_0-4C(O)NR^o ₂；-C(S)NR^o ₂；-C(S)SR^o；-(CH₂)_0-4OC(O)NR^o ₂；-C(O)N(OR^o)R^o；-C(O)C(O)R^o；-C(O)CH₂C(O)R^o；-C(NOR^o)R^o；-(CH₂)_0-4SSR^o；-(CH₂)_0-4S(O)₂R^o；-(CH₂)_0-4S(O)₂OR^o；-(CH₂)_0-4OS(O)₂R^o；-S(O)₂NR^o ₂；-(CH₂)_0-4S(O)R^o；-N(R^o)S(O)₂NR^o ₂；-N(R^o)S(O)₂R^o；-N(OR^o)R^o；-C(NH)NR^o ₂；-Si(R^o)₃；-OSi(R^o)₃；-B(R^o)₂；-OB(R^o)₂；-OB(OR^o)₂；-P(R^o)₂；-P(OR^o)₂；-P(R^o)(OR^o)；-OP(R^o)₂；-OP(OR^o)₂；-OP(R^o)(OR^o)；-P(O)(R^o)₂；-P(O)(OR^o)₂；-OP(O)(R^o)₂；-OP(O)(OR^o)₂；-OP(O)(OR^o)(SR^o)；-SP(O)(R^o)₂；-SP(O)(OR^o)₂；-N(R^o)P(O)(R^o)₂；-N(R^o)P(O)(OR^o)₂；-P(R^o)₂[B(R^o)₃]；-P(OR^o)₂[B(R^o)₃]；-OP(R^o)₂[B(R^o)₃]；-OP(OR^o)₂[B(R^o)₃]；-(C_1-4直链或支链亚烷基)O-N(R^o)₂；或-(C_1-4直链或支链亚烷基)C(O)O-N(R^o)₂，其中每个R^o可如本文所定义取代且独立地是氢；C_1-20脂肪族；具有1至5个独立地选自氮、氧、硫、硅及磷的杂原子的C_1-20杂脂肪族；-CH₂-(C_6-14芳基)；-O(CH₂)_0-1(C_6-14芳基)；-CH₂-(5元至14元杂芳基环)；具有0至5个独立地选自氮、氧、硫、硅及磷的杂原子的5元至20元单环、双环或多环的饱和环、部分不饱和环或芳基环；或者不管上述定义，两个独立出现的R^o与居于它们之间的一个或多个原子一起形成具有0至5个独立地选自氮、氧、硫、硅及磷的杂原子的5元至20元单环、双环或多环的饱和环、部分不饱和环或芳基环，其可如下文所定义取代。

R^o(或由两个独立出现的R^o与居于它们之间的原子一起形成的环)上的合适的单价取代基独立地是卤素、-(CH₂)_0-2R^·、-(卤代R^·)、-(CH₂)_0-2OH、-(CH₂)_0-2OR^·、-(CH₂)_0-2CH(OR^·)₂、-O(卤代R^·)、-CN、-N₃、-(CH₂)_0-2C(O)R^·、-(CH₂)_0-2C(O)OH、-(CH₂)_0-2C(O)OR^·、-(CH₂)_0-2SR^·、-(CH₂)_0-2SH、-(CH₂)_0-2NH₂、-(CH₂)_0-2NHR^·、-(CH₂)_0-2NR^· ₂、-NO₂、-SiR^· ₃、-OSiR^· ₃、-C(O)SR^·、-(C_1-4直链或支链亚烷基)C(O)OR^·、或-SSR^·，其中每个R^·是未取代的或在前面有“卤代”的情况下仅被一个或多个卤素取代，且独立地选自C_1-4脂肪族基团、-CH₂Ph、-O(CH₂)_0-1Ph和具有0至4个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环。R^o的饱和碳原子上的合适的二价取代基包括＝O和＝S。

例如在合适的碳原子上的合适的二价取代基独立地是以下：＝O、＝S、＝NNR^＊ ₂、＝NNHC(O)R^＊、＝NNHC(O)OR^＊、＝NNHS(O)₂R^＊、＝NR^＊、＝NOR^＊、-O(C(R^＊ ₂))_2-3O-或-S(C(R^＊ ₂))_2- ₃S-，其中每个独立出现的R^＊选自氢、可以如下文所定义地被取代的C_1-6脂肪族基团、以及具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的未取代的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环。与“任选地取代的”基团的邻位可取代碳结合的合适的二价取代基包括：-O(CR^＊ ₂)_2-3O-，其中每个独立出现的R＊选自氢、可以如下文所定义地被取代的C_1-6脂肪族基团、以及具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的未取代的5-6元饱和环、部分不饱或环或芳基环。

R^＊的脂肪族基团上的合适的取代基独立地是卤素、-R^·、-(卤代R^·)、-OH、-OR^·、-O(卤代R^·)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR^·、-NH₂、-NHR^·、-NR^· ₂、或-NO₂，其中每个R^·是未取代的或在前面有“卤代”的情况下仅被一个或多个卤素取代，且独立地是C_1-4脂肪族基团、-CH₂Ph、-O(CH₂)_0-1Ph或具有0至4个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环。

在一些实施例中，可取代氮上的合适取代基独立地为

或

其中每个

独立地是氢、可如下文所定义取代的C_1-6脂肪族基团、未取代的-OPh、或具有0至4个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的未取代的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环，或尽管有上述定义，但两个独立出现的

与居于它们之间的一个或多个原子一起形成具有0至4个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的未取代的3-12元饱和环、部分不饱和环或芳基单环或双环。

的脂肪族基团上的合适的取代基独立地是卤素、-R^·、-(卤代R^·)、-OH、-OR^·、-O(卤代R^·)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR^·、-NH₂、-NHR^·、-NR^· ₂、或-NO₂，其中每个R^·是未取代的或在前面有“卤代”的情况下仅被一个或多个卤素取代，且独立地是C_1-4脂肪族基团、-CH₂Ph、-O(CH₂)_0-1Ph或具有0至4个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环。

部分不饱和的：如本文所用，术语“部分不饱和的”是指包括至少一个双键或三键的环部分。术语“部分不饱和的”意在涵盖具有多个不饱和位点的环，但是不意在包括如本文所定义的芳基或杂芳基部分。

药物组合物：如本文所用，术语“药物组合物”是指与一种或多种药学上可接受的载体一起配制的活性剂。在一些实施例中，活性剂以适合于在治疗方案中施用的单位剂量存在，其显示当施用于相关群体时实现预定的治疗效果的统计学显著概率。在一些实施例中，药物组合物能以固体或液体形式被特别配制以进行施用，包括适用于以下的那些：口服施用，例如，浸液(drench)(水性或非水性溶液或悬浮液)、片剂(例如针对口腔、舌下和全身吸收的那些)、大丸剂、粉剂、颗粒剂、糊剂(应用于舌)；肠胃外施用，例如，作为例如无菌溶液或悬浮液或持续释放的配制品通过皮下、肌内、静脉内或硬膜外注射；局部应用，例如，作为乳膏剂、软膏剂、或控制释放贴剂或喷雾剂应用于皮肤、肺或口腔；阴道内或直肠内，例如作为阴道栓剂、乳膏剂或泡沫剂；舌下；眼部；透皮；或经鼻、肺以及应用于其他粘膜表面。

药学上可接受的：如本文所用，短语“药学上可接受的”是指在合理医学判断的范围内适合于与人和动物的组织接触使用而无过多毒性、刺激、过敏反应或其他问题或并发症，与合理的效益/风险比相称的那些化合物、材料、组合物、和/或剂型。

药学上可接受的载体：如本文所用，术语“药学上可接受的载体”意指药学上可接受的材料、组合物或媒介物，如液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂或溶剂包封材料，其涉及将主题化合物从一个器官或身体的一部分携带或运输到另一个器官或身体的一部分。在与配制品的其他成分相容并且对患者无害的意义上，每种载体必须是“可接受的”。可充当药学上可接受的载体的材料的一些实例包括：糖，如乳糖、葡萄糖和蔗糖；淀粉，如玉米淀粉和马铃薯淀粉；纤维素及其衍生物，如羧甲基纤维素钠、乙基纤维素和乙酸纤维素；粉状黄芪胶；麦芽；明胶；滑石；赋形剂，如可可脂和栓剂蜡；油，如花生油、棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油和大豆油；二醇，如丙二醇；多元醇，如甘油、山梨醇、甘露醇和聚乙二醇；酯，如油酸乙酯和月桂酸乙酯；琼脂；缓冲剂，如氢氧化镁和氢氧化铝；海藻酸；无热原水；等渗盐水；林格氏溶液；乙醇；pH缓冲溶液；聚酯、聚碳酸酯和/或聚酸酐；以及在药物配制品中采用的其他无毒相容的物质。

药学上可接受的盐：如本文所用，术语“药学上可接受的盐”是指适合于在制药环境中使用的此类化合物的盐，即，在合理医学判断的范围内，适合于与人和低等动物的组织接触使用而无不当毒性、刺激、过敏反应等并且与合理的效益/风险比相称的盐。药学上可接受的盐是本领域公知的。例如，S.M.Berge等人在J.Pharmaceutical Sciences[药物科学杂志]，66：1-19(1977)中详细地描述了药学上可接受的盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐包括但不限于无毒的酸加成盐，其是使用无机酸如盐酸、氢溴酸、磷酸、硫酸和高氯酸或使用有机酸如乙酸、马来酸、酒石酸、柠檬酸、琥珀酸或丙二酸或通过使用本领域中所使用的其他方法如离子交换形成的具有氨基基团的盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐包括但不限于己二酸盐、藻酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、硫酸氢盐、硼酸盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、甲酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、葡糖酸盐、半硫酸盐(hemisulfate)、庚酸盐、己酸盐、氢碘化物、2-羟基-乙磺酸盐、乳糖酸盐(lactobionate)、乳酸盐、月桂酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐、过硫酸盐、3-苯基丙酸盐、磷酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、对甲苯磺酸盐、十一酸盐、戊酸盐等。在一些实施例中，所提供的化合物(例如寡核苷酸)包含一个或多个酸性基团，且药学上可接受的盐是碱金属盐、碱土金属盐或铵盐(例如，N(R)₃的铵盐，其中每个R在本披露中被独立地定义和描述)。代表性碱金属或碱土金属盐包括钠盐、锂盐、钾盐、钙盐、镁盐等。在一些实施例中，药学上可接受的盐是钠盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐是钾盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐是钙盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐包括使用平衡离子(如卤离子、氢氧根、羧酸根、硫酸根、磷酸根、硝酸根、具有从1至6个碳原子的烷基、磺酸根以及芳基磺酸根)形成的无毒铵、季铵以及胺阳离子。在一些实施例中，提供的化合物包含多于一个酸性基团，例如，寡核苷酸可以包含两个或更多个酸性基团(例如，天然磷酸酯键和/或修饰的核苷酸间键)。在一些实施例中，这种化合物的药学上可接受的盐(或者通常，盐)包含两个或更多个阳离子，该两个或更多个阳离子可以是相同的或不同的。在一些实施例中，在药学上可接受的盐(或通常为盐)中，酸性基团中的所有可电离的氢(例如，在pKa不超过约11、10、9、8、7、6、5、4、3或2的水溶液中；在一些实施例中，不超过约7；在一些实施例中，不超过约6；在一些实施例中，不超过约5；在一些实施例中，不超过约4；在一些实施例中，不超过约3)被阳离子替换。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯和磷酸酯基团独立地以其盐形式存在(例如，如果钠盐，分别是-O-P(O)(SNa)-O-和-O-P(O)(ONa)-O-，)。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯和磷酸酯磷酸核苷酸间键独立地以其盐形式存在(例如，如果钠盐，分别是-O-P(O)(SNa)-O-和-O-P(O)(ONa)-O-，)。在一些实施例中，药学上可接受的盐是寡核苷酸的钠盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐是寡核苷酸的钠盐，其中每个酸性磷酸酯和修饰的磷酸酯基团(例如硫代磷酸酯，磷酸酯等)(如果有的话)以盐形式存在(所有均以钠盐)。

预定；预定(predetermined/pre-determined)意指有意选择的或非随机或受控的，例如与随机出现、随机或在无控制的情况下实现相反。阅读本说明书的本领域普通技术人员将理解，本披露提供了以下技术，所述技术允许对将并入寡核苷酸组合物中的特定化学特征和/或立体化学特征进行选择且进一步允许具有这类化学特征和/或立体化学特征的寡核苷酸组合物的控制制备。此类所提供的组合物如本文所述地“预定”。由于通过不受控制以有意产生特定化学特征和/或立体化学特征的过程而偶然产生某些寡核苷酸，可能含有所述寡核苷酸的组合物则不是“预定”组合物。在一些实施例中，预定组合物是可有意地复制(例如，通过重复控制过程)的组合物。在一些实施例中，组合物中多种寡核苷酸的预定水平意指所述组合物中所述多种寡核苷酸的绝对量和/或相对量(比率、百分比等)是控制的。在一些实施例中，组合物中预定水平的多种寡核苷酸是通过手性控制的寡核苷酸制备而实现的。

保护基团：如本文所用，术语“保护基团”是本领域熟知的并且包括在ProtectingGroups in Organic Synthesis[有机合成中的保护基团]T.W.Greene和P.G.M.Wuts，第3版，约翰威利父子公司，1999中详细描述的那些，将所述文献的全部内容通过引用并入本文。还包括那些特别适用于核苷和核苷酸化学的保护基团，所述保护基团描述于由SergeL.Beaucage等人在2012年06月编辑的Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry[核酸化学实验室指南]中，将章节2的全部内容通过引用并入本文。合适的氨基-保护基团包括氨基甲酸甲酯、氨基甲酸乙酯、9-芴基氨基甲酸甲酯(Fmoc)、9-(2-磺酸基)芴基氨基甲酸甲酯、9-(2，7-二溴)芴基氨基甲酸甲酯、2，7-二-叔丁基-[9-(10，10-二氧代-10，10，10，10-四氢噻吨基)]氨基甲酸甲酯(DBD-Tmoc)、4-甲氧基苯酰基氨基甲酸酯(Phenoc)、2，2，2-三氯乙基氨基甲酸酯(Troc)、2-三甲基甲硅烷基乙基氨基甲酸酯(Teoc)、2-苯基乙基氨基甲酸酯(hZ)、1-(1-金刚烷基)-1-甲基乙基氨基甲酸酯(Adpoc)、1，1-二甲基-2-卤代乙基氨基甲酸酯、1，1-二甲基-2，2-二溴乙基氨基甲酸酯(DB-t-BOC)、1，1-二甲基-2，2，2-三氯乙基氨基甲酸酯(TCBOC)、1-甲基-1-(4-联苯基)乙基氨基甲酸酯(Bpoc)、1-(3，5-二-叔丁基苯基)-1-甲基乙基氨基甲酸酯(t-Bumeoc)、2-(2’-和4’-吡啶基)乙基氨基甲酸酯(Pyoc)、2-(N，N-二环己基甲酰胺基)乙基氨基甲酸酯、氨基甲酸叔丁酯(BOC)、1-金刚烷基氨基甲酸酯(Adoc)、氨基甲酸乙烯基酯(Voc)、氨基甲酸烯丙基酯(Alloc)、1-异丙基烯丙基氨基甲酸酯(Ipaoc)、肉桂基氨基甲酸酯(Coc)、4-硝基肉桂基氨基甲酸酯(Noc)、8-喹啉基氨基甲酸酯、N-羟基哌啶基氨基甲酸酯、烷基二硫氨基甲酸酯、苄基氨基甲酸酯(Cbz)、对甲氧基苄基氨基甲酸酯(Moz)、对硝基苄基氨基甲酸酯、对溴苄基氨基甲酸酯、对氯苄基氨基甲酸酯、2，4-二氯苄基氨基甲酸酯、4-甲基亚磺酰基苄基氨基甲酸酯(Msz)、9-蒽基氨基甲酸甲酯、联苯基氨基甲酸甲酯、2-甲硫基乙基氨基甲酸酯、2-甲基磺酰基乙基氨基甲酸酯、2-(对甲苯磺酰基)乙基氨基甲酸酯、[2-(1，3-二噻烷基)]氨基甲酸甲酯(Dmoc)、4-甲硫基苯基氨基甲酸酯(Mtpc)、2，4-二甲硫基苯基氨基甲酸酯(Bmpc)、2-磷鎓基乙基氨基甲酸酯(Peoc)、2-三苯基磷鎓基异丙基氨基甲酸酯(Ppoc)、1，1-二甲基-2-氰基乙基氨基甲酸酯、间-氯-对酰氧基苄基氨基甲酸酯、对(二羟基硼烷基)苄基氨基甲酸酯、5-苯并异噁唑基氨基甲酸甲酯、2-(三氟甲基)-6-色酮基氨基甲酸甲酯(Tcroc)、间-硝基苯基氨基甲酸酯、3，5-二甲氧基苄基氨基甲酸酯、邻-硝基苄基氨基甲酸酯、3，4-二甲氧基-6-硝基苄基氨基甲酸酯、苯基(邻-硝基苯基)甲基氨基甲酸酯、吩噻嗪基-(10)-羰基衍生物、N’-对甲苯磺酰基氨基羰基衍生物、N’-苯基氨基硫代羰基衍生物、氨基甲酸叔戊酯、S-苯基硫氨基甲酸酯、对氰基苄基氨基甲酸酯、环丁基氨基甲酸酯、环己基氨基甲酸酯、环戊基氨基甲酸酯、环丙基氨基甲酸甲酯、对-癸氧基苄基氨基甲酸酯、2，2-二甲氧基羰基乙烯基氨基甲酸酯、邻-(N，N-二甲基甲酰胺基)苄基氨基甲酸酯、1，1-二甲基-3-(N，N-二甲基甲酰胺基)丙基氨基甲酸酯、1，1-二甲基丙炔基氨基甲酸酯、二(2-吡啶基)氨基甲酸甲酯、2-呋喃基氨基甲酸甲酯、2-碘乙基氨基甲酸酯、异冰片基氨基甲酸酯、异丁基氨基甲酸酯、异烟基氨基甲酸酯、对-(对’-甲氧基苯基偶氮基)苄基氨基甲酸酯、1-甲基环丁基氨基甲酸酯、1-甲基环己基氨基甲酸酯、1-甲基-1-环丙基氨基甲酸甲酯、1-甲基-1-(3，5-二甲氧基苯基)乙基氨基甲酸酯、1-甲基-1-(对苯基偶氮基苯基)乙基氨基甲酸酯、1-甲基-1-苯基乙基氨基甲酸酯、1-甲基-1-(4-吡啶基)乙基氨基甲酸酯、苯基氨基甲酸酯、对-(苯基偶氮基)苄基氨基甲酸酯、2，4，6-三-叔丁基苯基氨基甲酸酯、4-(三甲基铵)苄基氨基甲酸酯、2，4，6-三甲基苄基氨基甲酸酯、甲酰胺、乙酰胺、氯乙酰胺、三氯乙酰胺、三氟乙酰胺、苯基乙酰胺、3-苯基丙酰胺、氮苯酰胺、3-吡啶基甲酰胺、N-苯甲酰基苯基丙氨酰衍生物、苯甲酰胺、对-苯基苯甲酰胺、邻-硝基苯基乙酰胺、邻-硝基苯氧基乙酰胺、乙酰基乙酰胺、(N’-二硫苄氧基羰基氨基)乙酰胺、3-(对-羟基苯基)丙酰胺、3-(邻-硝基苯基)丙酰胺、2-甲基-2-(邻-硝基苯氧基)丙酰胺、2-甲基-2-(邻-苯基偶氮基苯氧基)丙酰胺、4-氯丁酰胺、3-甲基-3-硝基丁酰胺、邻-硝基肉桂酰胺、N-乙酰基甲硫氨酸衍生物、邻-硝基苯甲酰胺、邻-(苯甲酰基氧基甲基)苯甲酰胺、4，5-二苯基-3-噁唑啉-2-酮、N-邻苯二甲酰亚胺、N-二硫琥珀酰亚胺(Dts)、N-2，3-二苯基马来酰亚胺、N-2，5-二甲基吡咯、N-1，1，4，4-四甲基二甲硅烷基氮杂环戊烷加合物(STABASE)、5-取代的1，3-二甲基-1，3，5-三氮杂环己烷-2-酮、5-取代的1，3-二苄基-1，3，5-三氮杂环己烷-2-酮、1-取代的3，5-二硝基-4-吡啶酮、N-甲基胺、N-烯丙基胺、N-[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基胺(SEM)、N-3-乙酰氧基丙基胺、N-(1-异丙基-4-硝基-2-氧基-3-吡咯啉-3-基)胺、季铵盐、N-苄基胺、N-二(4-甲氧基苯基)甲基胺、N-5-二苯并环庚胺、N-三苯基甲基胺(Tr)、N-[(4-甲氧基苯基)联苯基甲基]胺(MMTr)、N-9-苯基芴基胺(PhF)、N-2，7-二氯-9-芴基亚甲胺、N-二茂铁基甲基氨基(Fcm)、N-2-吡啶甲基氨基N’-氧化物、N-1，1-二甲硫基亚甲胺、N-苄基亚甲胺、N-对甲氧基苄基亚甲胺、N-二苯基亚甲胺、N-[(2-吡啶基)三甲苯基]亚甲胺、N-(N’，N’-二甲基氨基亚甲基)胺、N，N’-异亚丙二胺、N-对-硝基苄基亚甲胺、N-亚水杨酸基胺、N-5-氯亚水杨酸基胺、N-(5-氯-2-羟基苯基)苯基亚甲胺、N-环己基亚甲胺、N-(5，5-二甲基-3-氧基-1-环己烯基)胺、N-硼烷衍生物、N-二苯基二取代硼酸衍生物、N-[苯基(五羰基铬-或钨)羰基]胺、N-铜螯合物、N-锌螯合物、N-硝胺、N-硝基胺、N-氧化胺、联苯基膦酰胺(Dpp)、二甲硫基膦酰胺(Mpt)、联苯基硫代膦酰胺(Ppt)、二烷基氨基磷酸酯、联苄基氨基磷酸酯、联苯基氨基磷酸酯、苯次磺酰胺、邻-硝基苯次磺酰胺(Nps)、2，4-二硝基苯次磺酰胺、五氯苯次磺酰胺、2-硝基-4-甲氧基苯次磺酰胺、三苯基甲基次磺酰胺、3-硝基吡啶次磺酰胺(Npys)、对-甲苯磺酰胺(Ts)、苯磺酰胺、2，3，6，-三甲基-4-甲氧基苯磺酰胺(Mtr)、2，4，6-三甲氧基苯磺酰胺(Mtb)、2，6-二甲基-4-甲氧基苯磺酰胺(Pme)、2，3，5，6-四甲基-4-甲氧基苯磺酰胺(Mte)、4-甲氧基苯磺酰胺(Mbs)、2，4，6-三甲基苯磺酰胺(Mts)、2，6-二甲氧基-4-甲基苯磺酰胺(iMds)、2，2，5，7，8-戊甲基色满-6-磺酰胺(Pmc)、甲磺酰胺(Ms)、β-三甲基甲硅烷基乙磺酰胺(SES)、9-蒽磺酰胺、4-(4’，8’-二甲氧基萘基甲基)苯磺酰胺(DNMBS)、苄基磺酰胺、三氟甲基磺酰胺、和苯酰基磺酰胺。

适当保护的羧酸进一步包括但不限于甲硅烷基-、烷基-、烯基-、芳基-、和芳基烷基-保护的羧酸。合适的甲硅烷基基团的实例包括三甲基甲硅烷基、三乙基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基、叔丁基联苯基甲硅烷基、三异丙基甲硅烷基等。合适的烷基基团的实例包括甲基、苄基、对甲氧基苄基、3，4-二甲氧基苄基、三苯甲基、叔丁基、四氢吡喃-2-基。合适的烯基基团的实例包括烯丙基。合适的芳基基团的实例包括任选地取代的苯基、联苯基、或萘基。合适的芳基烷基基团的实例包括任选地取代的苄基(例如，对甲氧基苄基(MPM)、3，4-二甲氧基苄基、邻硝基苄基、对硝基苄基、对卤代苄基、2，6-二氯苄基、对氰基苄基)、以及2-吡啶甲基和4-吡啶甲基。

合适的羟基保护基团包括甲基、甲氧基甲基(MOM)、甲基硫代甲基(MTM)、叔丁基硫代甲基、(苯基二甲基甲硅烷基)甲氧基甲基(SMOM)、苄氧基甲基(BOM)、对甲氧基苄氧基甲基(PMBM)、(4-甲氧基苯氧基)甲基(对-AOM)、愈创木酚甲基(GUM)、叔丁氧基甲基、4-戊烯基氧基甲基(POM)、甲硅烷氧基甲基、2-甲氧基乙氧基甲基(MEM)、2，2，2-三氯乙氧基甲基、二(2-氯乙氧基)甲基、2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基甲基(SEMOR)、四氢吡喃基(THP)、3-溴四氢吡喃基、四氢噻喃基、1-甲氧基环己基、4-甲氧基四氢吡喃基(MTHP)、4-甲氧基四氢噻喃基、4-甲氧基四氢噻喃基S，S-二氧化物、1-[(2-氯代-4-甲基)苯基]-4-甲氧基哌啶-4-基(CTMP)、1，4-二噁烷-2-基、四氢呋喃基、四氢噻吩基(tetrahydrothiofuranyl)、2，3，3a，4，5，6，7，7a-八氢-7，8，8-三甲基-4，7-桥亚甲基苯并呋喃-2-基、1-乙氧基乙基、1-(2-氯乙氧基)乙基、1-甲基-1-甲氧基乙基、1-甲基-1-苄氧基乙基、1-甲基-1-苄氧基-2-氟乙基、2，2，2-三氯乙基、2-三甲基甲硅烷基乙基、2-(苯基氢硒基)乙基、叔丁基、烯丙基、对氯苯基、对甲氧基苯基、2，4-二硝基苯基、苄基、对甲氧基苄基、3，4-二甲氧基苄基、邻硝基苄基、对硝基苄基、对卤代苄基、2，6-二氯苄基、对氰基苄基、对苯基苄基、2-吡啶甲基、4-吡啶甲基、3-甲基-2-吡啶甲基N-氧化基、二苯基甲基、p，p’-二硝基二苯甲基、5-二苯并环庚基、三苯基甲基、α-萘基二苯基甲基、对甲氧基苯基二苯基甲基、二(对甲氧基苯基)苯基甲基、三(对甲氧基苯基)甲基、4-(4’-溴苯酰基氧基苯基)二苯基甲基、4，4’，4”-三(4，5-二氯邻苯二甲酰亚胺基苯基)甲基、4，4’，4”-三(乙酰丙酰基氧基苯基)甲基、4，4’，4”-三(苯甲酰基氧基苯基)甲基、3-(咪唑-1-基)二(4’，4”-二甲氧基苯基)甲基、1，1-二(4-甲氧基苯基)-1’-芘基甲基、9-蒽基、9-(9-苯基)吨基、9-(9-苯基-10-氧代)蒽基、1，3-苯并二硫烷-2-基、苯并异噻唑基S，S-二氧化基、三甲基甲硅烷基(TMS)、三乙基甲硅烷基(TES)、三异丙基甲硅烷基(TIPS)、二甲基异丙基甲硅烷基(IPDMS)、二乙基异丙基甲硅烷基(DEIPS)、二甲基叔己基(thexyl)甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基(TBDMS)、叔丁基二苯基甲硅烷基(TBDPS)、三苄基甲硅烷基、三对二甲苯基甲硅烷基、三苯基甲硅烷基、二苯基甲基甲硅烷基(DPMS)、叔丁基甲氧基苯基甲硅烷基(TBMPS)、甲酸酯、苯甲酰甲酸酯、乙酸酯、氯乙酸酯、二氯乙酸酯、三氯乙酸酯、三氟乙酸酯、甲氧基乙酸酯、三苯基甲氧基乙酸酯、苯氧基乙酸酯、对氯苯氧基乙酸酯、3-苯基丙酸酯、4-氧代戊酸酯(乙酰丙酸酯)、4，4-(亚乙基二硫代)戊酸酯(乙酰丙酰基二硫代乙缩醛)、新戊酸酯、金刚酸酯(adamantoate)、巴豆酸酯、4-甲氧基巴豆酸酯、苯甲酸酯、对苯基苯甲酸酯、2，4，6-三甲基苯甲酸酯(菜酸酯(mesitoate))、烷基甲基碳酸酯、9-芴基甲基碳酸酯(Fmoc)、烷基乙基碳酸酯、烷基2，2，2-三氯乙基碳酸酯(Troc)、2-(三甲基甲硅烷基)乙基碳酸酯(TMSEC)、2-(苯基磺酰基)乙基碳酸酯(Psec)、2-(三苯基磷鎓基)乙基碳酸酯(Peoc)、烷基异丁基碳酸酯、烷基乙烯基碳酸酯、烷基烯丙基碳酸酯、烷基对硝基苯基碳酸酯、烷基苄基碳酸酯、烷基对甲氧基苄基碳酸酯、烷基3，4-二甲氧基苄基碳酸酯、烷基邻硝基苄基碳酸酯、烷基对硝基苄基碳酸酯、烷基S-苄基硫代碳酸酯、4-乙氧基-1-萘基碳酸酯、二硫代碳酸甲酯、2-碘苯甲酸酯、4-叠氮基丁酸酯、4-硝基-4-甲基戊酸酯、邻-(二溴甲基)苯甲酸酯、2-甲酰基苯磺酸酯、2-(甲硫基甲氧基)乙基、4-(甲硫基甲氧基)丁酸酯、2-(甲硫基甲氧基甲基)苯甲酸酯、2，6-二氯-4-甲基苯氧基乙酸酯、2，6-二氯-4-(1，1，3，3-四甲基丁基)苯氧基乙酸酯、2，4-二(1，1-二甲基丙基)苯氧基乙酸酯、氯二苯基乙酸酯、异丁酸酯、单琥珀酸酯、(E)-2-甲基-2-丁烯酸酯、对-(甲氧基羰基)苯甲酸酯、α-萘甲酸酯、硝酸酯、烷基N，N，N’，N’-四甲基二氨基磷酸酯、烷基N-苯基氨基甲酸酯、硼酸酯、二甲基硫膦基、烷基2，4-二硝基苯基次磺酸酯、硫酸酯、甲磺酸酯(methanesulfonate、mesylate)、苄基磺酸酯以及甲苯磺酸酯(Ts)。为了保护1，2-二醇或1，3-二醇，保护基团包括亚甲基缩醛、亚乙基缩醛、1-叔丁基亚乙基缩酮、1-苯基亚乙基缩酮、(4-甲氧基苯基)亚乙基缩醛、2，2，2-三氯亚乙基缩醛、缩丙酮、亚环戊基缩酮、亚环己基缩酮、亚环庚基缩酮、亚苄基缩醛、对-甲氧基亚苄基缩醛、2，4-二甲氧基亚苄基缩酮、3，4-二甲氧基亚苄基缩醛、2-硝基亚苄基缩醛、甲氧基亚甲基缩醛、乙氧基亚甲基缩醛、二甲氧基亚甲基原酸酯、1-甲氧基亚乙基原酸酯、1-乙氧基亚乙基原酸酯、1，2-二甲氧基亚乙基原酸酯、α-甲氧基亚苄基原酸酯、1-(N，N-二甲基氨基)亚乙基衍生物、α-(N，N’-二甲基氨基)亚苄基衍生物、2-氧杂亚环戊基原酸酯、二-叔丁基亚甲硅烷基基团(DTBS)、1，3-(1，1，3，3-四异丙基二硅氧烷亚基)衍生物(TIPDS)、四-叔丁氧基二硅氧烷-1，3-二亚基衍生物(TBDS)、碳酸酯、环硼酸酯、乙基硼酸酯、和苯基硼酸酯。

在一些实施例中，羟基保护基团是乙酰基、叔丁基、叔丁氧基甲基、甲氧基甲基、四氢吡喃基、1-乙氧基乙基、1-(2-氯乙氧基)乙基、2-三甲基甲硅烷基乙基、对氯苯基、2，4-二硝基苯基、苄基、苯甲酰基、对苯基苯甲酰基、2，6-二氯苄基、联苯基甲基、对硝基苄基、三苯基甲基(三苯甲基)、4，4’-二甲氧基三苯甲基、三甲基甲硅烷基、三乙基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基、叔丁基联苯基甲硅烷基、三苯基甲硅烷基、三异丙基甲硅烷基、苯甲酰基甲酸酯、氯乙酰基、三氯乙酰基、三氟乙酰基、新戊酰、9-芴基甲基碳酸酯、甲磺酸、甲苯磺酸酯、三氟甲磺酸酯、三苯甲基、单甲氧基三苯甲基(MMTr)、4，4’-二甲氧基三苯甲基、(DMTr)和4，4’，4”-三甲氧基三苯甲基(TMTr)、2-氰基乙基(CE或Cne)、2-(三甲基甲硅烷基)乙基(TSE)、2-(2-硝基苯基)乙基、2-(4-氰基苯基)乙基2-(4-硝基苯基)乙基(NPE)、2-(4-硝基苯基磺酰基)乙基、3，5-二氯苯基、2，4-二甲基苯基、2-硝基苯基、4-硝基苯基、2，4，6-三甲基苯基、2-(2-硝基苯基)乙基、丁基硫代羰基、4，4’，4”-三(苯甲酰基氧基)三苯甲基、联苯基氨基甲酰基、乙酰丙酰基(levulinyl)、2-(二溴甲基)苯甲酰基(Dbmb)、2-(异丙基硫代甲氧基甲基)苯甲酰基(Ptmt)、9-苯基氧杂蒽-9-基(苯基呫吨基(pixyl))或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(MOX)。在一些实施例中，每个羟基保护基团独立地选自乙酰基、苄基、叔丁基二甲基甲硅烷基、叔丁基联苯基甲硅烷基、和4，4’-二甲氧基三苯甲基。在一些实施例中，羟基保护基团选自由以下组成的组：三苯甲基、单甲氧基三苯甲基和4，4’-二甲氧基三苯甲基基团。在一些实施例中，磷键联保护基团是在整个寡核苷酸合成中与磷键联(例如核苷酸间键联)附接的基团。在一些实施例中，保护基团与硫代磷酸酯基团的硫原子附接。在一些实施例中，保护基团与核苷酸间硫代磷酸酯键联的氧原子附接。在一些实施例中，保护基团与核苷酸间磷酸酯键联的氧原子附接。在一些实施例中，保护基团是2-氰基乙基(CE或Cne)、2-三甲基甲硅烷基乙基、2-硝基乙基、2-磺酰基乙基、甲基、苄基、邻硝基苄基、2-(对硝基苯基)乙基(NPE或Npe)、2-苯基乙基、3-(N-叔丁基甲酰胺基)-1-丙基、4-氧代戊基、4-甲硫基-l-丁基、2-氰基-1，1-二甲基乙基、4-N-甲基氨基丁基、3-(2-吡啶基)-1-丙基、2-[N-甲基-N-(2-吡啶基)]氨基乙基、2-(N-甲酰，N-甲基)氨基乙基、或4-[N-甲基-N-(2，2，2-三氟乙酰基)氨基]丁基。

基本上；如本文所用，术语“基本上”是指表现出一个目的特征或特性的总体的或接近总体的范围或程度的定性的状态。与第二序列基本上互补的碱基序列与第二序列不相同，但与第二序列在大部分相同或几乎相同。此外，生物和/或化学领域的普通技术人员应当理解的是生物学和化学现象(如果有的话)很少会达到完成和/或进行到完成或实现或避免一个绝对的结果。因此，本文使用术语“基本上”来获得在许多生物学和/或化学现象中潜在地缺少的内在的完全性。

糖：术语“糖”是指呈封闭和/或开放形式的单糖或多糖。在一些实施例中，糖是单糖。在一些实施例中，糖是多糖。糖包括但不限于核糖、脱氧核糖、戊呋喃糖、戊吡喃糖、和己吡喃糖部分。如本文所用，术语“糖”还涵盖用于代替常规糖分子的结构类似物，如二醇、形成核酸类似物的骨架的聚合物、二醇核酸(“GNA”)等。如本文所用，术语“糖”还涵盖用于代替天然核苷酸或天然存在的核苷酸的结构类似物，如经修饰的糖和核苷酸糖。在一些实施例中，糖是RNA或DNA糖(核糖或脱氧核糖)。在一些实施例中，糖是修饰的核糖或脱氧核糖，例如2’-修饰的，5’-修饰的等。如本文所述，在一些实施例中，当用于寡核苷酸和/或核酸时，修饰的糖可以提供一种或多种所需的特性、活性等。在一些实施例中，糖是任选地取代的核糖或脱氧核糖。在一些实施例中，“糖”是指寡核苷酸或核酸中的糖单元。

易患：“易患”疾病、障碍和/或病症的个体是比一般公众成员具有更高的发展疾病、障碍和/或病症的风险的个体。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体预先倾向于患有所述疾病、障碍和/或病症。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体可以未被诊断出患有所述疾病、障碍和/或病症。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体可以表现出所述疾病、障碍和/或病症的症状。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体可以不表现出所述疾病、障碍和/或病症的症状。在一些实施例中，易患疾病、障碍、和/或病症的个体将会发展所述疾病、障碍、和/或病症。在一些实施例中，易患疾病、障碍、和/或病症的个体将不会发展所述疾病、障碍、和/或病症。

治疗剂：如本文所用，术语“治疗剂”通常是指当施用于受试者时引起期望的作用(例如，期望的生物学、临床或药理作用)的任何药剂。在一些实施例中，如果药剂在整个合适群体中表现出统计学上显著的作用，则认为所述药剂是治疗剂。在一些实施例中，合适的人群是患有和/或易患疾病、障碍或病症的受试者的群体。在一些实施例中，合适的群体是模型生物的群体。在一些实施例中，可以通过一种或多种标准来定义合适的群体，所述标准例如年龄组、性别、遗传背景、在接受疗法之前预先存在的临床病症。在一些实施例中，当以有效量向受试者施用时，治疗剂是减轻以下，改善以下，缓解以下，抑制以下，预防以下，延迟以下的发作，降低以下的严重性和/或降低以下的发生率的物质：受试者中的疾病、障碍和/或病症的一种或多种症状或特征。在一些实施例中，“治疗剂”是在可以被销售施用于人之前已经或需要被政府机构批准的药剂。在一些实施例中，“治疗剂”是需要药物处方才能施用于人的药剂。在一些实施例中，治疗剂是提供的化合物，例如提供的寡核苷酸。

治疗有效量：如本文所用，术语“治疗有效量”意指当作为治疗方案的一部分施用时引发所希望的生物反应的物质(例如，治疗剂、组合物和/或配制品)的量。在一些实施例中，物质的治疗有效量是当施用于患有或易患疾病、障碍、和/或病症的受试者时，足以治疗、诊断、预防、和/或延迟疾病、障碍、和/或病症的发作的量。如本领域的普通技术人员将理解，物质的有效量可取决于以下这类因素而变化：如所希望的生物学终点、待递送的物质、靶细胞或组织等。例如，用于治疗疾病、障碍、和/或病症的配制品中化合物的有效量是缓解、改善、减轻、抑制、预防、延迟疾病、障碍、和/或病症的一种或多种症状或特征的发作，降低疾病、障碍、和/或病症的一种或多种症状或特征的严重程度，和/或降低疾病、障碍、和/或病症的一种或多种症状或特征的发生率的量。在一些实施例中，以单个剂量施用治疗有效量；在一些实施例中，需要多单位剂量来递送治疗有效量。

治疗；如本文所用，术语“治疗(treat、treatment、或treating)”是指用于部分地或完全缓解、改善、减轻、抑制、预防、延迟疾病、障碍、和/或病症的一种或多种症状或特征的发作，降低疾病、障碍、和/或病症的一种或多种症状或特征的严重程度，和/或降低疾病、障碍、和/或病症的一种或多种症状或特征的发生率的任何方法。治疗可以施用于未表现出疾病、障碍、和/或病症的迹象的受试者。在一些实施例中，治疗可以施用给仅表现出疾病、障碍、和/或病症的早期迹象的受试者，例如出于降低与疾病、障碍、和/或病症相关的病理学风险的目的。

不饱和的：如本文所用，术语“不饱和的”意指具有一个或多个不饱和单元的部分。

2.具体实施方式

除其他事项外，本披露提供了用于制备寡核苷酸组合物、特别是手性控制的寡核苷酸组合物的技术，其具有出乎意料地改善的粗品纯度和产率。在一些实施例中，提供的技术可以显著降低商品成本，并且在一些实施例中，使得能够在商业上可接受的条件(例如用于临床用途和商业化的成本、纯度、产率等)下大量生产治疗性寡核苷酸。如本领域技术人员所理解的，提供的技术使得能够独立于碱基序列、化学/立体化学修饰、活动模式、手性助剂等生产各种寡核苷酸的组合物。本文描述了提供的技术的示例实施例。

寡核苷酸和寡核苷酸组合物

在一些实施例中，提供的技术的寡核苷酸组合物，例如各个步骤的产物寡核苷酸组合物、最终的寡核苷酸组合物等，是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，提供的技术的寡核苷酸，例如各个步骤的产物寡核苷酸、最终产物寡核苷酸等，是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，多种寡核苷酸中的每种寡核苷酸独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。

在一些实施例中，寡核苷酸具有式O-I或其盐：

其中：

R^5s独立地是R’或-OR’；

每个L^s独立地是共价键，或选自C_1-30脂肪族基团和具有1-10个杂原子的C_1-30杂脂肪族基团的二价、任选地取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地取代的基团替代：C_1-6亚烷基、C_1-6亚烯基、-C≡C-、具有1-5个杂原子的二价C₁-C₆杂脂肪族基团、-C(R’)₂-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)₂-、-S(O)₂N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)₃]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、或-OP(OR’)[B(R’)₃]O-，并且一个或多个碳原子任选地且独立地被Cy^L替代；

每个-Cy-独立地是选自以下的任选地取代的二价基团：C_3-20环脂肪族环、C_6-20芳基环、具有1-10个杂原子的5-20元杂芳基环以及具有1-10个杂原子的3-20元杂环基环；

每个Cy^L独立地是选自以下的任选地取代的四价基团：C_0-20环脂肪族环、C_6-20芳基环、具有1-10个杂原子的5-20元杂芳基环以及具有1-10个杂原子的3-20元杂环基环；

每个环A^s独立地是具有0-10个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环；

每个R^s独立地是-H、卤素、-CN、-N₃、-NO、-NO₂、-L^s-R’、-L^s-Si(R’)₃、-L^s-OR’、-L^s-SR’、-L^s-N(R’)₂、-O-L^s-R’、-O-L^s-Si(R)₃、-O-L^s-OR’、-O-L^s-SR’、或-O-L^s-N(R’)₂；

每个t独立地是0-20；

每个BA独立地是选自以下的任选地取代的基团：C_3-30环脂肪族基团、C_6-30芳基、具有1-10个杂原子的C_5-30杂芳基、具有1-10个杂原子的C_3-30杂环基、天然核碱基部分和经修饰的核碱基部分；

每个L^P独立地是核苷酸间键联；

z是1-1000；

L^3E是-L^s-或-L^s-L^s-；

R^3E是-R’、-L^s-R’、-OR’、或载体；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-C(O)OR或-S(O)₂R；

每个R独立地是-H，或选自以下的任选地取代的基团：C_1-30脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C_1-30杂脂肪族基团、C_6-30芳基、C_6-30芳基脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C_6-30芳基杂脂肪族基团、具有1-10个杂原子的5-30元杂芳基、以及具有1-10个杂原子的3-30元杂环基，或

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

同一个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与所述原子一起形成除所述原子外具有0-10个杂原子的任选地取代的3-30元单环、双环或多环；或

两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除居于它们之间的该原子外还具有0-10个杂原子的任选地取代的3-30元单环、双环或多环。

在一些实施例中，寡核苷酸组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。

在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物是包含多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物，所述寡核苷酸具有：

1)共同的碱基序列；

2)共同的骨架连接模式；

3)共同的立体化学，独立地在一个或多个，例如约1-50(例如，约5-50，约10-50，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、或50等)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)；

手性控制所述组合物，因为所述组合物中所述多种寡核苷酸的水平是预定的。

在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物是包含多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中所述多种寡核苷酸是由以下定义的特定寡核苷酸类型的：

1)碱基序列；

2)骨架键联模式；

3)骨架手性中心的模式；以及

4)骨架磷修饰的模式；

1)共同的碱基序列；

2)共同的骨架键联模式；以及

3)共同的骨架手性中心的模式，所述组合物是单一寡核苷酸的基本上纯的制剂，因为所述组合物中预定水平的寡核苷酸具有共同的碱基序列和长度、共同的骨架键联模式、和共同的骨架手性中心的模式。

在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物是包含多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的碱基序列；

所述多种寡核苷酸具有相同的骨架键联模式；以及

其中在所述组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

所述多种寡核苷酸包含至少一个手性控制的核苷酸间键联，所述核苷酸间键联是手性控制的，因为所述多种寡核苷酸在所述核苷酸间键联的手性键联磷处具有相同的立体化学构型；并且

其中在所述组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的不少于((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1-30个非天然核苷酸间键联(不是-O-P(O)(OH)-O-或其盐形式)。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含2-30个非天然核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含5-30个非天然核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含10-30个非天然核苷酸间键联。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1-30个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含2-30个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含5-30个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含10-30个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含2个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含3个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含4个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含5个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含6个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含7个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含8个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含9个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含10个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含11个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含12个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含13个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含14个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有15个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有16个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有17个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有18个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有19个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有20个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所有核苷酸间键联中的约1％-100％是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所有手性核苷酸间键联(包括手性键联磷)的约1％-100％是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，百分比为约5％-100％。在一些实施例中，百分比是至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，百分比是约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其一个或多个区段(例如5’-翼区域、核心翼、3’-翼区域)中的部分或全部手性控制的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其一个或多个区段(例如5’-翼区域、核心翼、3’-翼区域)中的所有手性控制的核苷酸间键联是连续的。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1-30个天然磷酸酯键联(不是-O-P(O)(OH)-O-或其盐形式)。在一些实施例中，除了如本文所述的天然磷酸酯键联、或手性核苷酸间键联、或手性控制的核苷酸间键联外，所提供的寡核苷酸进一步包含1-30个天然磷酸酯键联(不是-O-P(O)(OH)-O-或其盐形式)。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含2-30个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含5-30个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含10-30个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含2个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含3个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含4个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含5个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含6个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含7个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含8个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含9个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含10个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含11个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含12个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含13个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含14个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有15个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有16个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有17个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有18个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有19个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有20个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所有核苷酸间键联的约1％-100％是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所有核苷酸间键联的约1％-99％是天然磷酸酯键联，并且所有核苷酸间键联的约1％-99％是非天然核苷酸间键联(例如，具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的核苷酸间键联或其盐形式并且是非天然核苷酸间键联)。在一些实施例中，所有核苷酸间键联的约1％-99％是天然磷酸酯键联，并且所有核苷酸间键联的约1％-99％是手性核苷酸间键联(例如，具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的核苷酸间键联或其盐形式并且是手性的)。在一些实施例中，所有核苷酸间键联的约1％-99％是天然磷酸酯键联，并且所有核苷酸间键联的约1％-99％是手性控制的寡核苷酸组合物核苷酸间键联(例如，具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的核苷酸间键联或其盐形式并且是手性控制的)。在一些实施例中，百分比为约5％-100％。在一些实施例中，百分比是至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，百分比是约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，每个非天然核苷酸间键联独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构，其中式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构是非天然核苷酸间键联(不是-O-P(O)(OH)-O-或其盐形式)。在一些实施例中，每个手性键联独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构，其中式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构不是天然磷酸酯键联(不是-O-P(O)(OH)-O-或其盐形式)。在一些实施例中，每个手性控制的磷酸酯键联独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构，其中式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或VII-e或其盐形式的结构不是天然磷酸酯键联(不是-O-P(O)(OH)-O-或其盐形式)。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其一个或多个区段(例如5’-翼区域、核心翼、3’-翼区域)中的部分或全部天然磷酸酯键联是连续的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其一个或多个区段(例如5’-翼区域、核心翼、3’-翼区域)中的全部天然磷酸酯键联是连续的。

在一些实施例中，非天然核苷酸间键联是硫代磷酸酯键联或其盐形式(-O-P(O)(SH)-O-或其盐形式)。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯键联或其盐形式(-O-P(O)(SH)-O-或其盐形式)。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联是硫代磷酸酯键联或其盐形式(-O-P(O)(SH)-O-或其盐形式)。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含5-200、5-150、5-100、5-50、5-40、5-35、5-30、5-25、10-200、10-150、10-100、10-50、10-40、10-35、10-30、10-25、15-200、15-150、15-100、15-50、15-40、15-35、15-30、或15-25个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、或50个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、或50个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、或50个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、或50个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少15个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少16个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少17个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少18个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少19个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少20个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少21个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少22个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少23个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少24个核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少25个核碱基。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、或尿嘧啶、或其互变异构体。

在一些实施例中，每个手性键联磷独立地具有如本披露中所述的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有如本披露中所述的纯度、非对映异构体纯度和/或对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有如本披露中所述的纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有如本披露中所述的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有如本披露中所述的对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有如本披露中所述的非对映异构体纯度和对映异构体纯度。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含或具有5’-翼区域-核心区域-3’-翼区域结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含或具有5’-翼区域-核心区域结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含或具有核心区域-3’-翼区域结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含5’-翼区域-核心区域-3’-翼区域结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含5’-翼区域-核心区域结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含核心区域-3’-翼区域结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有5’-翼区域-核心区域-3’-翼区域结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有5’-翼区域-核心区域结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有核心区域-3’-翼区域结构。在一些实施例中，翼-核心-翼(即，X-Y-X)基序在数字上表示为例如5-10-4，这意味着5’-翼区域的长度为5个碱基，核心区域的长度为10个碱基，并且3’-翼区域的长度为4个碱基。在一些实施例中，翼-核心-翼基序是例如2-16-2、3-14-3、4-12-4、5-10-5、2-9-6、3-9-3、3-9-4、3-9-5、4-7-4、4-9-3、4-9-4、4-9-5、4-10-5、4-11-4、4-11-5、5-7-5、5-8-6、8-7-5、7-7-6、5-9-3、5-9-5、5-10-4、5-10-5、6-7-6、6-8-5、和6-9-2等中的任一个。在某些实施例中，翼-核心-翼基序是5-10-5。在某些实施例中，翼-核心-翼基序是7-7-6。在某些实施例中，翼-核心-翼基序是8-7-5。在一些实施例中，翼-核心基序是5-15、6-14、7-13、8-12、9-12等。在一些实施例中，核心-翼基序是5-15、6-14、7-13、8-12、9-12等。

在一些实施例中，翼区域包含核心区域不存在的糖修饰。在一些实施例中，翼区域包含2’-修饰。在一些实施例中，翼区域的每个核苷酸单元独立地包含2’-修饰。在一些实施例中，翼区域的每个核苷酸单元独立地包含相同的2’-修饰。在一些实施例中，5’-翼区域的每个核苷酸单元独立地包含相同的2’-修饰。在一些实施例中，3’-翼区域的每个核苷酸单元独立地包含相同的2’-修饰。在一些实施例中，5’-翼区域的2’-修饰是相同的。在一些实施例中，5’-翼区域的2’-修饰是不同的。在一些实施例中，2’-修饰是2’OR，其中R’不是氢。在一些实施例中，2’-修饰是2’OR，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，2’-修饰是2’OR，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，2’-修饰是2’-OMe。在一些实施例中，2’-修饰是2’-OCH₂CH₂OMe。在一些实施例中，翼区域包含一个或多个如本披露中所述的天然磷酸酯键联。另外或可替代地，在一些实施例中，翼区域包含一个或多个非天然核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，核心区域包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，核心区域包含一个或多个连续的天然磷酸酯键联。在一些实施例中，核心区域包含一个或多个手性磷酸酯键联。在一些实施例中，核心区域包含一个或多个连续的手性磷酸酯键联。在一些实施例中，手性磷酸酯键联是硫代磷酸酯键联。在一些实施例中，手性磷酸酯键联是手性控制的。

本披露的寡核苷酸可以包含骨架手性中心的模式。在一些实施例中，寡核苷酸或其区段例如核心区域的骨架手性中心的模式提供增加的稳定性。在一些实施例中，骨架手性中心的模式提供出人意料地增加的活性。在一些实施例中，骨架手性中心的模式提供增加的稳定性及活性。在一些实施例中，骨架手性中心的模式提供出乎意料地增加的与某些蛋白质的结合。在一些实施例中，骨架手性中心的模式提供出乎意料地增强的递送。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n(Sp)m、(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m(除非另有说明，否则从5’到3’)，其中n为1-10，并且p和m各自独立为0-50。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n(Sp)m、(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m(除非另有说明，否则从5’到3’)，其中n为1-10，并且p和m各自独立为1-50。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m(除非另有说明，否则从5’到3’)，其中n为1-10，并且p和m各自独立地为1-50。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式为(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为重复模式，所述重复模式包括或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m(从5’到3’)的重复模式。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为重复模式，所述重复模式包括或为(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m(从5’到3’)的重复模式。

在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m，其中m＞2。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m，其中n为1，p＞1，并且m＞2。在一些实施例中，m＞3。在一些实施例中，m＞4。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m，其中m＞2。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m，其中n为1，p＞1，并且m＞2。在一些实施例中，m＞3。在一些实施例中，m＞4。在一些实施例中，寡核苷酸或其区域的骨架手性中心的模式包含或为两个或更多个独立地选自(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n(Sp)m、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、和(Sp)p(Op)n(Sp)m的单元，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，如本披露中所述，n为1，并且每个单元的m独立地为2或更大。在一些实施例中，两个单元的至少两个m是不同的。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包含2、3、4、5、6、7、8、9、或10个此类单元。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包含2个且不超过2个此类单元。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包含3个且不超过3个此类单元。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包含4个且不超过4个此类单元。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包含5个且不超过5个此类单元。在一些实施例中，寡核苷酸的区域包含此种骨架手性中心模式。在一些实施例中，此种区域在其糖部分不包含2’-取代(两个2’-H)。在一些实施例中，此种区域的侧面是5’-区域-包括如本披露中所述的糖修饰(例如2’-修饰，例如2’-OMe、2’-MOE、2’-F等，如本披露中所述的)，和/或5’-区域-包括如本披露中所述的糖修饰(例如2’-修饰，例如2’-OMe、2’-MOE、2’-F等，如本披露中所述的)。

在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n、(Np)p(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Sp)m或(Sp)p(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m，并且寡核苷酸包含一个或多个如本文所述的2’-修饰。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m，并且寡核苷酸包含一个或多个如本文所述的2’-F修饰。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m，并且寡核苷酸包含一个或多个如本文所述的2’OR修饰。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m，并且寡核苷酸包含一个或多个2’-OR修饰，其中R不是-H。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m，并且具有(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m模式的核苷酸间键联之间的每个核苷单元不包含2’-修饰。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m，并且具有(Rp)n(Sp)m、(Sp)p(Rp)n、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m模式的核苷酸间键联之间的每个核苷单元不包含2’-取代(-CH₂-在2’-位)。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)p(Rp)n。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Np)p(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括(Sp)p(Rp)n。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括(Np)p(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式为(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式为(Sp)p(Rp)n。在一些实施例中，骨架手性中心的模式为(Np)p(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)p(Sp)m，任选地在具有(Sp)p的区段与具有(Sp)m的区段之间具有n个非手性磷酸二酯核苷酸间键联和/或立体随机(非手性控制的)手性核苷酸间键联。在一些实施例中，在两者之间存在n个非手性磷酸二酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在两者之间存在n个立体随机手性核苷酸间键联。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)p(Rp)n(Sp)m。

在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Op)n、(Np)p(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Sp)m或(Sp)p(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Op)n、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m，并且寡核苷酸包含一个或多个如本文所述的2’-修饰。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Op)n、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m，并且寡核苷酸包含一个或多个如本文所述的2’-F修饰。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Op)n、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m，并且寡核苷酸包含一个或多个如本文所述的2’-OR修饰。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Op)n、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m，并且寡核苷酸包含一个或多个2’-OR修饰，其中R不是-H。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Op)n、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m，并且具有(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Op)n、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m模式的核苷酸间键联之间的每个核苷单元不包含2’-修饰。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Op)n、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m，并且具有(Op)n(Sp)m、(Sp)p(Op)n、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m模式的核苷酸间键联之间的每个核苷单元不包含2’-取代(-CH₂-在2’-位)。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)p(Op)n。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Np)p(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括(Sp)p(Op)n。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括(Np)p(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式为(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式为(Sp)p(Op)n。在一些实施例中，骨架手性中心的模式为(Np)p(Op)n(Sp)m。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)p(Sp)m，任选地在具有(Sp)p的区段与具有(Sp)m的区段之间具有n个非手性磷酸二酯核苷酸间键联和/或立体随机(非手性控制的)手性核苷酸间键联。在一些实施例中，在两者之间存在n个非手性磷酸二酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在两者之间存在n个立体随机手性核苷酸间键联。在一些实施例中，骨架手性中心的模式包括或为(Sp)p(Op)n(Sp)m。

在一些实施例中，寡核苷酸或其区域包含(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m的骨架手性中心的模式或重复模式(结构上从第一个开始并且在最后一个终止，分别具有(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m的模式或重复模式的核苷酸间键联的核苷酸间键联；分别“(重复)(Sp)m(Rp)n区域”、“(重复)(Rp)n(Sp)m区域”、“(重复)(Np)p(Rp)n(Sp)m区域”或“(重复)(Sp)p(Rp)n(Sp)m区域”，取决于重复与否)。在一些实施例中，寡核苷酸或其区域包含(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m的骨架手性中心的模式或重复模式(结构上从第一个开始并且在最后一个终止，分别具有(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m的模式或重复模式的核苷酸间键联的核苷酸间键联；分别“(重复)(Sp)m(Op)n区域”、“(重复)(Op)n(Sp)m区域”、“(重复)(Np)p(Op)n(Sp)m区域”或“(重复)(Sp)p(Op)n(Sp)m区域”，取决于重复与否)。例如，(Sp)p(Rp)n(Sp)m区域(WV-2555：mA＊SmGmCmUmU＊ SC＊ST＊ST＊SG＊ST＊SC＊SC＊RA＊SG＊SC＊SmUmUmUmA＊SmU中的(Sp)7(Rp)1(Sp)3))不包含2’-OR糖修饰。在一些实施例中，所述区域中的每个糖部分是-CH₂-在2’-位。在一些实施例中，所述区域中的每个糖部分是DNA的未经修饰的天然2’-脱氧核糖部分。在一些实施例中，包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m)的区域的侧面是5’-翼区域，所述区域在结构上以核苷部分终止(所述核苷部分在其3’-端连接到包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m)的区域的第一核苷酸间键联)。例如，WV-2555：mA＊SmGmCmUmU＊SC＊ST＊ST＊SG＊ST＊SC＊SC＊RA＊SG＊SC＊SmUmUmUmA＊SmU中的侧面5’-翼区域)。在一些实施例中，包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m)的区域的侧面是5’-翼区域，所述区域在结构上以核苷部分终止(所述核苷部分在其3’-端连接到包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m)的区域的第一核苷酸间键联)。在一些实施例中，包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m)的区域的侧面是3’-翼区域，所述区域在结构上以核苷部分开始(所述核苷部分在其5’-端连接到包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m)的区域的最后一个核苷酸间键联)。例如，WV-2555：mA＊SmGmCmUmU＊SC＊ST＊ST＊SG＊ST＊SC＊SC＊RA＊SG＊SC＊SmUmUmUmA＊SmU中的侧面3’-翼区域)。在一些实施例中，包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m)的区域的侧面是3’-翼区域，所述区域在结构上以核苷部分开始(所述核苷部分在其5’-端连接到包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m)的区域的最后一个核苷酸间键联)。在一些实施例中，包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m)的区域的侧面为5’-端和3’-翼区域。在一些实施例中，包含骨架手性中心的模式或重复模式(包含或为(Sp)m(Op)n、(Op)n(Sp)m、(Np)p(Op)n(Sp)m、或(Sp)p(Op)n(Sp)m)的区域的侧面为5’-端和3’-翼区域。在一些实施例中，侧面的5’-翼区域和/或3’-翼区域包含非天然核苷酸间键联。在一些实施例中，侧面的5’-翼区域和/或3’-翼区域包含手性核苷酸间键联。在一些实施例中，侧面的5’-翼区域和/或3’-翼区域包含手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，侧面的5’-翼区域和/或3’-翼区域包含经修饰的核苷酸间键联(包含Sp键联磷)。在一些实施例中，侧面的5’-翼区域和/或3’-翼区域包含Sp硫代磷酸酯键联。在一些实施例中，侧面的5’-翼区域和/或3’-翼区域包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，侧面的5’-翼区域和/或3’-翼区域包含一个或多个连续的天然磷酸酯键联。在一些实施例中，侧面5’-端包含仅一个经修饰的核苷酸间键联(5’-端核苷酸间键联)和一个或多个连续的天然磷酸酯键联(例如，在WV-2555：mA＊SmGmCmUmU＊SC＊ST＊ST＊SG＊ST＊SC＊SC＊RA＊SG＊SC＊SmUmUmUmA＊SmU(SOOOSSSSSSSRSSSOOOS)中)。在一些实施例中，侧面3’-端包含仅一个经修饰的核苷酸间键联(3’-端核苷酸间键联)和一个或多个连续的天然磷酸酯键联(例如，在WV-2555：mA＊SmGmCmUmU＊SC＊ST＊ST＊SG＊ST＊SC＊SC＊RA＊SG＊SC＊SmUmUmUmA＊SmU(SOOOSSSSSSSRSSSOOOS)中)。在一些实施例中，侧面的5’-翼区域和/或3’-翼区域包含2’-修饰的糖单元。在一些实施例中，在5’-翼区域和/或3’-翼区域中的每个糖单元独立地被修饰。在一些实施例中，在5’-翼区域和/或3’-翼区域中的每个糖单元独立地包含2’-修饰(例如，在WV-2555：mA＊SmGmCmUmU＊SC＊ST＊ST＊SG＊ST＊SC＊SC＊RA＊SG＊SC＊SmUmUmUmA＊SmU中的m，2’-OMe)。在一些实施例中，在5’-翼区域和/或3’-翼区域中的每个糖单元包含相同的2’-修饰。在一些实施例中，2’-修饰是2’OR，其中R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，2’-修饰是2’-OMe。在一些实施例中，2’-修饰是2’-MOE。在一些实施例中，2’-修饰是LNA修饰(其包括C2-C4桥的类型)。

在一些实施例中，寡核苷酸包含2’-F修饰的糖并且包含一个或多个翼和一个或多个核心(例如，翼-核心-翼、核心-翼、翼-核心等)。在一些实施例中，翼例如5’-翼、3’-翼等包含一种或多种2’-F修饰的糖。在一些实施例中，翼中的大多数糖包含2’-F修饰。在一些实施例中，翼中的每种糖包含2’-F修饰。在一些实施例中，与两个2’-F修饰的糖键合的核苷酸间键联是手性经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，与两个2’-F修饰的糖键合的每个核苷酸间键联独立地是手性经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，手性经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，手性经修饰的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性经修饰的核苷酸间键联是手性控制的并且在键联磷处是Sp。在一些实施例中，手性经修饰的核苷酸间键联是手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联并且在键联磷处是Sp。在一些实施例中，手性经修饰的核苷酸间键联是非负电荷核苷酸间键联并且在键联磷处是Rp。在一些实施例中，每个手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，键合到两个2’-F修饰的糖的每个手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，键合到两个2’-F修饰的糖的每个核苷酸间键联独立地是手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是Sp。

在一些实施例中，核心包含一种或多种2’-F修饰的糖和一种或多种2’-OR修饰的糖，其中R如本文所述。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-4烷基。在一些实施例中，R是-OMe。在一些实施例中，核心包含交替的2’-F修饰的糖和2’-OR修饰的糖。在一些实施例中，一个或多个2’-OR修饰的糖是连续的。在一些实施例中，核心中一种或多种2’-F修饰的糖的百分比低于翼或每个翼的百分比。在一些实施例中，核心包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与两个2’-OR修饰的糖键合的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与两个2’-OR修饰的糖键合的每个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与一个2’-F修饰的糖和一个2’-OR修饰的糖键合的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，核苷酸间键联与2’-OR修饰的糖在其3’-位置键合。在一些实施例中，每个天然磷酸酯键联独立地与2’-OR修饰的糖在其3’-位置键合。在一些实施例中，与一个2’-F修饰的糖和一个2’-OR修饰的糖键合的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联)，其任选地是手性控制的(并且其任选地在其键联磷处是Sp)。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联是手性控制的Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，核心中的每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联或硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，核心中的每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联或手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，核心中的每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联或手性控制的Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，核心中的每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联或手性控制的Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。

包含本文所述的翼区和核心区的示例寡核苷酸包括WV-1714、WV-2444、WV-2445、WV-2526、WV-2527、WV-2528、WV-2530、WV-2531、WV-2578、WV-2580、WV-2587、WV-3047、WV-3152、WV-3472、WV-3473、WV-3507、WV-3508、WV-3509、WV-3510、WV-3511、WV-3512、WV-3513、WV-3514、WV-3515、WV-3545、WV-3546、WV-9517、WV-12555、WV-12556、WV-12558、WV-12876、WV-12877、WV-12878、WV-12880、WV-13826、WV-13835、WV-13864、或WV-14344。

在一些实施例中，n是1-10。在一些实施例中，n是1、2、3、4、5、6、7或8。在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，n是2、3、4、5、6、7或8。在一些实施例中，n是3、4、5、6、7或8。在一些实施例中，n是4、5、6、7或8。在一些实施例中，n是5、6、7或8。在一些实施例中，n是6、7或8。在一些实施例中，n是7或8。在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，n是2。在一些实施例中，n是3。在一些实施例中，n是4。在一些实施例中，n是5。在一些实施例中，n是6。在一些实施例中，n是7。在一些实施例中，n是8。在一些实施例中，n是9。在一些实施例中，n是10。

在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，m是至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、或15。在一些实施例中，m是2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、或15。在一些实施例中，p是至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、或15。在一些实施例中，m是至少2。在一些实施例中，p是至少2。在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，m是至少2、p是至少2、n是1。在一些实施例中，p是2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、或15。在一些实施例中，m和p各自独立地是至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、或15。在一些实施例中，m和p各自独立地是2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、或15。在一些实施例中，m和p中的至少一个是至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、或15。在一些实施例中，m是至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、或15。在一些实施例中，p是至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、或15。

在一些实施例中，p是0-50。在一些实施例中，p是1-50。在一些实施例中，p是1。在一些实施例中，p是2-50。在一些实施例中，p是2、3、4、5、6、7或8。在一些实施例中，p是3、4、5、6、7或8。在一些实施例中，p是4、5、6、7或8。在一些实施例中，p是5、6、7或8。在一些实施例中，p是6、7或8。在一些实施例中，p是7或8。在一些实施例中，p是2。在一些实施例中，p是3。在一些实施例中，p是4。在一些实施例中，p是5。在一些实施例中，p是6。在一些实施例中，p是7。在一些实施例中，p是8。在一些实施例中，p是9。在一些实施例中，p是10。在一些实施例中，p是11。在一些实施例中，p是12。在一些实施例中，p是13。在一些实施例中，p是14。在一些实施例中，p是15。在一些实施例中，p是16。在一些实施例中，p是17。在一些实施例中，p是18。在一些实施例中，p是19。在一些实施例中，p是20。在一些实施例中，p是21。在一些实施例中，p是22。在一些实施例中，p是23。在一些实施例中，p是24。在一些实施例中，p是25。在一些实施例中，p是至少2。在一些实施例中，p是至少3。在一些实施例中，p是至少4。在一些实施例中，p是至少5。在一些实施例中，p是至少6。在一些实施例中，p是至少7。在一些实施例中，p是至少8。在一些实施例中，p是至少9。在一些实施例中，p是至少10。在一些实施例中，p是至少11。在一些实施例中，p是至少12。在一些实施例中，p是至少13。在一些实施例中，p是至少14。在一些实施例中，p是至少15。在一些实施例中，p是至少16。在一些实施例中，p是至少17。在一些实施例中，p是至少18。在一些实施例中，p是至少19。在一些实施例中，p是至少20。在一些实施例中，p是至少21。在一些实施例中，p是至少22。在一些实施例中，p是至少23。在一些实施例中，p是至少24。在一些实施例中，p是至少25。

在一些实施例中，m是0-50。在一些实施例中，m是1-50。在一些实施例中，m是1。在一些实施例中，m是2-50。在一些实施例中，m是2、3、4、5、6、7或8。在一些实施例中，m是3、4、5、6、7或8。在一些实施例中，m是4、5、6、7或8。在一些实施例中，m是5、6、7或8。在一些实施例中，m是6、7或8。在一些实施例中，m是7或8。在一些实施例中，m是0。在一些实施例中，m是1。在一些实施例中，m是2。在一些实施例中，m是3。在一些实施例中，m是4。在一些实施例中，m是5。在一些实施例中，m是6。在一些实施例中，m是7。在一些实施例中，m是8。在一些实施例中，m是9。在一些实施例中，m是10。在一些实施例中，m是11。在一些实施例中，m是12。在一些实施例中，m是13。在一些实施例中，m是14。在一些实施例中，m是15。在一些实施例中，m是16。在一些实施例中，m是17。在一些实施例中，m是18。在一些实施例中，m是19。在一些实施例中，m是20。在一些实施例中，m是21。在一些实施例中，m是22。在一些实施例中，m是23。在一些实施例中，m是24。在一些实施例中，m是25。在一些实施例中，m是至少2。在一些实施例中，m是至少3。在一些实施例中，m是至少4。在一些实施例中，m是至少5。在一些实施例中，m是至少6。在一些实施例中，m是至少7。在一些实施例中，m是至少8。在一些实施例中，m是至少9。在一些实施例中，m是至少10。在一些实施例中，m是至少11。在一些实施例中，m是至少12。在一些实施例中，m是至少13。在一些实施例中，m是至少14。在一些实施例中，m是至少15。在一些实施例中，m是至少16。在一些实施例中，m是至少17。在一些实施例中，m是至少18。在一些实施例中，m是至少19。在一些实施例中，m是至少20。在一些实施例中，m是至少21。在一些实施例中，m是至少22。在一些实施例中，m是至少23。在一些实施例中，m是至少24。在一些实施例中，m是至少25。在一些实施例中，m至少大于25。

在一些实施例中，m和p中的至少一个大于2。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于3。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于4。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于5。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于6。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于7。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于8。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于9。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于10。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于11。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于12。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于13。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于14。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于15。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于16。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于17。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于18。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于19。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于20。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于21。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于22。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于23。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于24。在一些实施例中，m和p中的至少一个大于25。

在一些实施例中，m和p各自大于2。在一些实施例中，m和p各自大于3。在一些实施例中，m和p各自大于4。在一些实施例中，m和p各自大于5。在一些实施例中，m和p各自大于6。在一些实施例中，m和p各自大于7。在一些实施例中，m和p各自大于8。在一些实施例中，m和p各自大于9。在一些实施例中，m和p各自大于10。在一些实施例中，m和p各自大于11。在一些实施例中，m和p各自大于12。在一些实施例中，m和p各自大于13。在一些实施例中，m和p各自大于14。在一些实施例中，m和p各自大于15。在一些实施例中，m和p各自大于16。在一些实施例中，m和p各自大于17。在一些实施例中，m和p各自大于18。在一些实施例中，m和p各自大于19。在一些实施例中，m和p各自大于20。

在一些实施例中，m和p之和大于3。在一些实施例中，m和p之和大于4。在一些实施例中，m和p之和大于5。在一些实施例中，m和p之和大于6。在一些实施例中，m和p之和大于7。在一些实施例中，m和p之和大于8。在一些实施例中，m和p之和大于9。在一些实施例中，m和p之和大于10。在一些实施例中，m和p之和大于11。在一些实施例中，m和p之和大于12。在一些实施例中，m和p之和大于13。在一些实施例中，m和p之和大于14。在一些实施例中，m和p之和大于15。在一些实施例中，m和p之和大于16。在一些实施例中，m和p之和大于17。在一些实施例中，m和p之和大于18。在一些实施例中，m和p之和大于19。在一些实施例中，m和p之和大于20。在一些实施例中，m和p之和大于21。在一些实施例中，m和p之和大于22。在一些实施例中，m和p之和大于23。在一些实施例中，m和p之和大于24。在一些实施例中，m和p之和大于25。

在一些实施例中，n为1，并且m和p中的至少一个大于1。在一些实施例中，n为1，并且m和p各自独立地大于1。在一些实施例中，m＞n且p＞n。在一些实施例中，(Sp)m(Rp)n(Sp)p是(Sp)₂Rp(Sp)₂。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)₂Rp(Sp)₂。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是SpRp(Sp)₂。在一些实施例中，(Np)p(Rp)n(Sp)m是(Np)tRp(Sp)m。在一些实施例中，(Np)p(Rp)n(Sp)m是(Np)₂Rp(Sp)m。在一些实施例中，(Np)p(Rp)n(Sp)m是(Rp)₂Rp(Sp)m。在一些实施例中，(Np)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)₂Rp(Sp)m。在一些实施例中，(Np)p(Rp)n(Sp)m是RpSpRp(Sp)m。在一些实施例中，(Np)p(Rp)n(Sp)m是SpRpRp(Sp)m。

在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是SpRpSpSp。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)₂Rp(Sp)₂。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)₃Rp(Sp)₃。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)₄Rp(Sp)₄。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)tRp(Sp)₅。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是SpRp(Sp)₅。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)₂Rp(Sp)₅。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)₃Rp(Sp)₅。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)₄Rp(Sp)₅。在一些实施例中，(Sp)p(Rp)n(Sp)m是(Sp)₅Rp(Sp)₅。

在一些实施例中，(Sp)m(Rp)n(Sp)p是(Sp)₂Rp(Sp)₂。在一些实施例中，(Sp)m(Rp)n(Sp)p是(Sp)₃Rp(Sp)₃。在一些实施例中，(Sp)m(Rp)n(Sp)p是(Sp)₄Rp(Sp)₄。在一些实施例中，(Sp)m(Rp)n(Sp)p是(Sp)mRp(Sp)₅。在一些实施例中，(Sp)m(Rp)n(Sp)p是(Sp)₂Rp(Sp)₅。在一些实施例中，(Sp)m(Rp)n(Sp)p是(Sp)₃Rp(Sp)₅。在一些实施例中，(Sp)m(Rp)n(Sp)p是(Sp)₄Rp(Sp)₅。在一些实施例中，(Sp)m(Rp)n(Sp)p是(Sp)₅Rp(Sp)₅。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸是嵌段体。在一些实施例中，提供的寡核苷酸是交替体。在一些实施例中，提供的寡核苷酸是包含交替嵌段的交替体。在一些实施例中，嵌段体或交替体可由化学修饰(包括存在或不存在)或其模式定义，所述化学修饰例如碱基修饰、糖修饰、核苷酸间键联修饰、立体化学等。嵌段和/或交替单元的实例化学修饰、立体化学及其模式包括(但不限于)本发明中所描述的那些，诸如针对寡核苷酸等所描述的那些。在一些实施例中，嵌段体包含..SS..RR..SS..RR..的模式。在一些实施例中，交替体包含SRSRSRSR的模式。

在一些实施例中，所提供的骨架手性中心模式包含重复的(Sp)m(Rp)n、(Rp)n(Sp)m、(Np)p(Rp)n(Sp)m、或(Sp)p(Rp)n(Sp)m单元。在一些实施例中，重复单元是(Sp)m(Rp)n。在一些实施例中，重复单元是SpRp。在一些实施例中，重复单元是SpSpRp。在一些实施例中，重复单元是SpRpRp。在一些实施例中，重复单元是RpRpSp。在一些实施例中，重复单元是(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，重复单元是(Np)p(Rp)n(Sp)m。在一些实施例中，重复单元是(Sp)p(Rp)n(Sp)m。

在一些实施例中，本披露的寡核苷酸包含如以下项中所描述的碱基序列、碱基修饰、糖修饰、骨架键联模式(核苷酸间键联)和/或骨架手性中心(例如键联磷原子)的模式：US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO2019/217784，其各自通过引用独立地并入本文。

在一些实施例中，所提供的技术包括例如使用同位素标记寡核苷酸。在一些实施例中，提供的寡核苷酸包含水平增加的一种或多种同位素。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸例如被一种或多种元素(例如氢、碳、氮等)的一种或多种同位素标记。在一些实施例中，所提供组合物中的所提供的寡核苷酸(例如第一多种寡核苷酸)包含一种或多种碱基修饰、糖修饰和/或核苷酸间键联修饰，其中所述寡核苷酸含有富集水平的同位素。在一些实施例中，同位素是氘。在一些实施例中，糖中的氢被氘替代(例如，在2’-脱氧的2’位)。在一些实施例中，碱基中的氢被氘替代。在一些实施例中，核苷酸间键联中的氢被氘替代。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸在一个或多个位置被氘标记(用-²H替换-¹H)。在一些实施例中，用氘替代氢可以改善寡核苷酸的稳定性、活性、生物利用度、易于使用性、便利性、功效和/或全身暴露。在一些实施例中，寡核苷酸或与所述寡核苷酸缀合的任何部分(例如靶向部分、脂质等)中的一个或多个¹H被²H取代。此类寡核苷酸可用于本文所述的任何组合物或方法中。在一些实施例中，靶向HTT的寡核苷酸包含一种或多种同位素。在一些实施例中，靶向肌营养不良蛋白的寡核苷酸包含一种或多种同位素。

手性助剂

在一些实施例中，所提供的技术特别可用于以高(粗品)纯度和/或产率制备手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，在手性控制的(立体控制的/立体选择性的)寡核苷酸合成中，手性助剂典型地用于控制形成的键联磷手性中心的立体化学。在一些实施例中，本披露提供了例如式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐，其可以作为手性助剂用于寡核苷酸合成。在一些实施例中，手性助剂是以下项中描述的手性助剂：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US9598458、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784，其各自的手性助剂通过引用并入本文。

在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式I：

或其盐的结构，其中：

L是共价键、或任选地取代的C_1-6亚烷基，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-L’-替代；或L是L^s；

每个L’独立地是共价键、任选地取代的二价C_1-3亚烷基、-C(R³)(R⁴)-、-C(R³)(R⁴)-C(R³)(R⁴)-、-Cy-、或-C(R³)[C(R⁴)₃]-；

R¹、R²、R³、R⁴、和R⁵各自独立地是-H、-L^s-R，、卤素、-CN、-NO₂、-L^s-Si(R’)₃、-OR’、-SR’、或-N(R’)₂；

每个L^s独立地是共价键，或选自C_1-30脂肪族基团和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-30杂脂肪族基团的二价、任选地取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地取代的基团替代：C_1-6亚烷基、C_1-6亚烯基、-C≡C-、具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价C₁-C₆杂脂肪族基团、-C(R’)₂-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)₂-、-S(O)₂N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)₃]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、或-OP(OR’)[B(R’)₃]O-，并且一个或多个碳原子任选地且独立地被Cy^L替代；

每个-Cy-独立地是选自以下的任选地取代的二价基团：C_3-20环脂肪族环，C_6-20芳基环，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基环，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷、和硅的杂原子的3-20元杂环基环；

每个Cy^L独立地是选自以下的任选地取代的四价基团：C_3-20环脂肪族环，C_6-20芳基环，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基环，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷、和硅的杂原子的3-20元杂环基环；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-CO₂R、或-SO₂R；

R⁶是-L-R’；

R⁷是-OH或-SH；

R¹、R²、R³和R⁴中的至少一个不是-H；

每个R独立地是-H，或是选自以下的任选地取代的基团：C_1-30脂肪族基团，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-30杂脂肪族基团，C_6-30芳基，C_6-30芳基脂肪族基团，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_6-30芳基杂脂肪族基团，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基，或

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

同一个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与所述原子一起形成除所述原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-30元单环、双环或多环；或

两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除所述居间原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-30元单环、双环或多环。

在一些实施例中，L是共价键、或任选地取代的C_1-6亚烷基，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-L’-替代。在一些实施例中，L是共价键。在一些实施例中，所提供的化合物具有

或其盐的结构。在一些实施例中，R⁵、以及R¹和R²中的一个或两个与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个与R⁵及居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。如本披露中广泛描述的，所形成的环可以具有各种尺寸，是单环、双环或多环的，并且包含不同数目的杂原子。在一些实施例中，环是3元环。在一些实施例中，环是4元环。在一些实施例中，环是5元环。在一些实施例中，环是6元环。在一些实施例中，环是单环的。在一些实施例中，环包含除居间杂原子之外的另外的环杂原子。在一些实施例中，环是包含一个环杂原子的3元环。在一些实施例中，环是包含两个环杂原子的3元环。在一些实施例中，环是包含一个碳、一个氮和一个氧环原子的3元环。

在一些实施例中，L为-C(R³)(R⁴)-。在一些实施例中，所提供的化合物具有式I-a：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式I的化合物具有式I-a的结构。在一些实施例中，所提供的化合物具有

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的，其中R⁴和R⁵不是氢。

在一些实施例中，所提供的化合物具有式(I-a-1)：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的，并且其中R⁴和R⁵不是氢，并且R²具有比R¹大的尺寸。在一些实施例中，式I-a的化合物具有式I-a-1的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物具有式(I-a-2)：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的，并且其中R⁴和R⁵不是氢，并且R²具有比R¹大的尺寸。在一些实施例中，式I-a的化合物具有式I-a-2的结构。

在一些实施例中，R⁶是-H。在一些实施例中，R⁶是-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元杂环基环。在一些实施例中，R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成任选地取代的4-10元杂环基环，其中居间的氮原子为唯一的环杂原子。在一些实施例中，所形成的环是3元的。在一些实施例中，所形成的环是4元的。在一些实施例中，所形成的环是5元的。在一些实施例中，所形成的环是6元的。在一些实施例中，所形成的环是7元的。在一些实施例中，所形成的环是取代的。在一些实施例中，所形成的环是未取代的。在一些实施例中，所形成的环是单环的。在一些实施例中，所形成的环是双环的。在一些实施例中，所形成的环是多环的。在一些实施例中，所形成的环是饱和的。在一些实施例中，除了R⁵所附接的氮外，所形成的环不具有环杂原子。

在一些实施例中，R¹和R²中的至少一个不是氢。在一些实施例中，R¹是氢，并且R²不是氢。在一些实施例中，R¹不是氢，并且R²是氢。在一些实施例中，R¹和R²都不是氢。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R不是氢。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是任选地取代的C_1-4脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是任选地取代的C_1-3脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是任选地取代的C_1-2脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是任选地取代的C_1-6烯基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是乙烯基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是任选地取代的C_1-6炔基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是乙炔基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是任选地取代的苄基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是苄基，其中所述苄基的苯基是任选地取代的。在一些实施例中，R¹是-H，并且R²是苄基。在一些实施例中，R¹是-H，并且R²是-R，其中R是如本披露中所述的并且不是氢。在一些实施例中，R²是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R²是任选地取代的-CH₂-CPh₂Me。在一些实施例中，R²是-CH₂-CPh₂Me。在一些实施例中，R²是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R²是任选地取代的苄基。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，R¹不是-H，并且R²不是-H。在一些实施例中，R¹和R²独立地是R，其中R不是-H。在一些实施例中，R¹是任选地取代的C_1-6脂肪族，并且R²是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R¹是甲基且R²是苯基。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R包括环部分。在一些实施例中，R是选自C_3-20环脂肪族基团、C_6-20芳基、具有1-5个杂原子的5-20元杂芳基和具有1-5个杂原子的3-20元杂环基的任选地取代的基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-20环脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-10环脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-10环烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_4-10环烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的环丙基。在一些实施例中，R是任选地取代的环丁基。在一些实施例中，R是任选地取代的环戊基。在一些实施例中，R是任选地取代的环己基。在一些实施例中，R是任选地取代的环庚基。在一些实施例中，R是环丙基。在一些实施例中，R是环丁基。在一些实施例中，R是环戊基。在一些实施例中，R是环己基。在一些实施例中，R是环庚基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_6-20芳基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地取代的5-20元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地取代的5元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地取代的6元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元杂环基。在一些实施例中，R¹和R²中的另一个是R，其中R不是氢。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是C_1-6烷基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是取代的甲基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R是取代的乙基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是如本披露中所述的包含环状部分的R，并且另一个是如本披露中所述的烷基。

在一些实施例中，R¹和R²各自独立地是R，其中R是任选地取代的C_1-20脂肪族基团。在一些实施例中，R是未取代的C_1-20脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-20烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是直链C_1-6烷基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R¹和R²相同。在一些实施例中，R¹和R²不同。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是任选地取代的C_1-6烯基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的甲基或乙基，并且另一个是乙烯基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是甲基，并且另一个是乙烯基。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是任选地取代的C_1-6炔基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的甲基或乙基，并且另一个是乙炔基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是甲基，并且另一个是乙炔基。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R¹和R²是相同的任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R¹和R²是相同的任选地取代的C_1-2烷基，并且R¹和R²包含不超过两个碳原子。在一些实施例中，R¹和R¹均为甲基。在一些实施例中，R¹和R¹均为乙基。在一些实施例中，R¹和R¹均为异丙基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-3直链烷基，并且另一个是任选地取代的C_3-10环烷基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-3直链烷基，并且另一个是任选地取代的C_5-6环烷基。在一些实施例中，R¹是甲基。在一些实施例中，R²是环戊基。在一些实施例中，R²是环己基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-3直链烷基，并且另一个是任选地取代的苄基。在一些实施例中，R¹是甲基，并且R²是任选地取代的苄基。在一些实施例中，R²是苄基。在一些实施例中，R²是p-CH₃O-C₆H₄-CH₂-。在一些实施例中，R¹选自甲基、乙基、环己基和苄基(任选地在苯基上被取代)。在一些实施例中，R²选自甲基、乙基、环己基和苄基(任选地在苯基上被取代)。在一些实施例中，R¹和R²各自独立地选自甲基、乙基、环己基和苄基(任选地在苯基上被取代)。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R¹是甲基，并且R²是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R¹是甲基且R²是苯基。在一些实施例中，R¹是甲基且R²是

在一些实施例中，所提供的化合物选自

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，R¹和R²独立地是R，其中R是任选地取代的芳基。在一些实施例中，R¹和R²独立地是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R¹和R²是苯基。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，R¹和R²与它们所附接的碳原子一起形成具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²与它们所附接的碳原子一起形成没有杂原子的任选地取代的3-7元单环。在一些实施例中，此种形成的单环是3元的；在一些实施例中，是4元的；在一些实施例中，是5元的；在一些实施例中，是6元的；在一些实施例中，是7元的；在一些实施例中，是8元的；在一些实施例中，是9元的；并且在一些实施例中是10元的。在一些实施例中，所形成的环是单环的。在一些实施例中，所形成的环是双环的。在一些实施例中，所形成的环是多环的。在一些实施例中，所形成的环是脂肪族的。在一些实施例中，所形成的环不包含不饱和度。在一些实施例中，所形成的环是饱和的、部分不饱和的和/或部分芳族的，例如，包含稠合的饱和的、部分不饱和的和/或芳族部分的双环或多环。在一些实施例中，此种所形成的环被取代。在一些实施例中，此种所形成的环不被取代。在一些实施例中，R¹和R²所附接的碳不是手性的。在一些实施例中，R¹和R²相同，并且它们所附接的碳不是手性的。在一些实施例中，由R¹和R²与它们所附接的碳原子一起形成的环不引入不对称性，并且R¹和R²所附接的碳原子不是手性的。在一些实施例中，R¹和R²不同，并且它们所附接的碳是手性的。在一些实施例中，由R¹和R²与它们所附接的碳原子一起形成的环引入不对称性，并且R¹和R²所附接的碳原子不是手性的。在一些实施例中，所提供的化合物选自

及其盐。在一些实施例中，所提供的化合物选自

及其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，所形成的环是3元的。在一些实施例中，所形成的环是4元的。在一些实施例中，所形成的环是5元的。在一些实施例中，所形成的环是6元的。在一些实施例中，所形成的环是7元的。在一些实施例中，所形成的环是8元的。在一些实施例中，所形成的环是9元的。在一些实施例中，所形成的环是10元的。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的4-7元单环。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的4元单环。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的5元单环。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的6元单环。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的7元单环。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的8元单环。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的9元单环。在一些实施例中，R³为-H，并且R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的10元单环。在一些实施例中，由R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成的环是取代的。在一些实施例中，由R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成的环是未取代的。在一些实施例中，由R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成的环是单环的。在一些实施例中，由R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成的环是双环的。在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R³和R⁴中的一个与居于它们之间的原子一起形成具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，所形成的环是3元环。在一些实施例中，所形成的环是4元环。在一些实施例中，所形成的环是5元环。在一些实施例中，所形成的环是6元环。在一些实施例中，所形成的环是7元环。在一些实施例中，所形成的环是取代的。在一些实施例中，所形成的环是未取代的。在一些实施例中，所形成的环是单环的。在一些实施例中，所形成的环是双环的。在一些实施例中，所形成的环是多环的。在一些实施例中，所形成的环除了居间原子之外不具有另外的杂原子。在一些实施例中，所形成的环除了居间原子之外具有另外的环杂原子。在本披露中广泛地描述了示例性形成的环。在一些实施例中，所提供的化合物选自

及其盐。在一些实施例中，所提供的化合物选自

及其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个或两个与R³、R⁴、和R⁵中的一个或多个及居间原子一起形成具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个或两个与R³和R⁴中的一个或两个及居间原子一起形成具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个或两个与R⁵及居间原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个或两个与R⁵、R³和R⁴中的一个或两个、及居间原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个或两个与R⁵、R³和R⁴中的一个或两个、及居间原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的6-20元双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个或两个与R⁵、R³和R⁴中的一个或两个、及居间原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的8-20元双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个与R⁵、R³和R⁴中的一个、及居间原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的8-20元双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个与R⁵、R³和R⁴中的一个、及居间原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的8-20元双环。在一些实施例中，所形成的环是8元的。在一些实施例中，所形成的环是9元的。

在一些实施例中，R⁵与R¹和R²中的一个以及居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R⁵与R³和R⁴中的一个以及居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在本披露中广泛地描述了示例性形成的环。在一些实施例中，所形成的环是3元的。在一些实施例中，所形成的环是4元的。在一些实施例中，所形成的环是5元的。在一些实施例中，所形成的环是6元的。在一些实施例中，R⁵不与R¹、R²、R³或R⁴一起形成任选地取代的环。在一些实施例中，R⁵是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R⁵是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R⁵是未取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R⁵是甲基。在一些实施例中，R⁵是乙基。在一些实施例中，R⁵是异丙基。

在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，L是-L’-C(R³)(R⁴)-。在一些实施例中，所提供的化合物具有式I-b：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式I的化合物具有式I-b的结构。

在一些实施例中，L’是共价键。在一些实施例中，L’是-C(R³)(R⁴)-。在一些实施例中，所提供的化合物具有式I-c：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式I的化合物具有式I-c的结构。

在一些实施例中，C2上的R³和R⁴中的一个与R⁵以及居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，C3上的R³和R⁴中的一个与R⁵以及居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，C2上的R³和R⁴中的一个以及C3上的R³和R⁴中的一个与居于它们之间的原子一起形成具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，同一碳原子上的R³和R⁴与所述碳原子一起形成具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，C2上的R³和R⁴与C2一起形成具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，C3上的R³和R⁴与C3一起形成具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。示例性此类环部分(例如，由R³/R⁴和R⁵、R³/R⁴和R³/R⁴等形成的)在本披露中进行了广泛描述，并且可以是例如4元的、5元的、6元的、7元的、单环的、双环的、多环的、取代的、未取代的、具有另外的环杂原子(除了一个或多个居间原子之外)、不具有另外的环杂原子、其组合等。

在一些实施例中，C2上的R³为氢。在一些实施例中，C2上的R⁴为氢。在一些实施例中，C3上的R³为氢。在一些实施例中，C3上的R⁴为氢。在一些实施例中，C2上的R³和R⁴均为氢。在一些实施例中，C3上的R³和R⁴均为氢。在一些实施例中，C2上的R³和R⁴二者、和C3上的R³和R⁴中的一个是氢。在一些实施例中，C3上的R³和R⁴二者、和C2上的R³和R⁴中的一个是氢。

在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，L为-Cy-。在一些实施例中，所提供的化合物具有式I-d：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式I的化合物具有式I-d的结构。在一些实施例中，-Cy-是1，2-二价的。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的亚环烷基。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的

在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的

在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R³和R⁴中的一个为R，并与居于它们之间原子一起形成如本披露中所述的具有1-10个杂原子的任选地取代的3-20元环，例如，如本文所述的环A。在一些实施例中，所提供的化合物具有式I-e：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式I的化合物具有式I-e的结构。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R⁴与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元环。在一些实施例中，R³是-H，R¹和R²中的一个以及R⁴与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元环。在一些实施例中，R²和R⁴与居于它们之间的原子一起形成任选地取代的环(例如，式I-e)。在一些实施例中，所形成的环，例如式I-e中的环A，是3、4、5、6、7、8、9或10元的。在一些实施例中，所形成的环是3元的。在一些实施例中，所形成的环是4元的。在一些实施例中，所形成的环是5元的。在一些实施例中，所形成的环是6元的。在一些实施例中，所形成的环是7元的。在一些实施例中，所形成的环是8元的。在一些实施例中，所形成的环是9元的。在一些实施例中，所形成的环是10元的。在一些实施例中，所形成的环是单环的。在一些实施例中，所形成的环是双环的。在一些实施例中，所形成的环是多环的。在一些实施例中，所形成的环是饱和的。在一些实施例中，所形成的环是部分不饱和的。在一些实施例中，所形成的环不具有杂原子。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的3元饱和脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的4元饱和脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的5元饱和脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的6元饱和脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的7元饱和脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的8元饱和脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的9元饱和脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的10元饱和脂肪族环。

在一些实施例中，R³是-H，R¹是任选地取代的C_1-6脂肪族或苯基，R⁵是任选地取代的C_1-6脂肪族，并且R⁶是-H。在一些实施例中，R³是-H，R¹和R⁵与居于它们之间的原子一起形成任选地取代的环，并且R⁶是-H。在一些实施例中，R³是-H，R¹和R⁵与居于它们之间的原子一起形成任选地取代的5或6元环，并且R⁶是-H。在一些实施例中，R³是-H，R¹和R⁵与居于它们之间的原子一起形成除了R⁵所附接的氮之外不具有杂原子的任选地取代的5元饱和环，并且R⁶是-H。在一些实施例中，R³是-H，R¹和R⁵与居于它们之间的原子一起形成除了R⁵所附接的氮之外不具有杂原子的任选地取代的6元饱和环，并且R⁶是-H。在一些实施例中，由R¹和R⁵一起形成的环是未取代的。

在一些实施例中，-OH和-N(R⁵)(R⁶)是反式的。在一些实施例中，-OH和-N(R⁵)(R⁶)是顺式的。在一些实施例中，R¹和-OH所附接的碳为R。在一些实施例中，R¹和-OH所附接的碳为S。在一些实施例中，R¹是氢。在一些实施例中，R¹不是氢。在一些实施例中，R¹是任选地取代的C_1-6脂肪族或苯基。在一些实施例中，R¹是甲基。在一些实施例中，R¹是苯基。在一些实施例中，R³是氢。在一些实施例中，R⁵是氢。在一些实施例中，R⁵不是氢。在一些实施例中，R⁵是任选地取代的C_1-6脂肪族或苯基。在一些实施例中，R⁵是甲基。在一些实施例中，R⁵是苯基。在一些实施例中，R⁶是氢。在一些实施例中，R⁶不是氢。在一些实施例中，如由某些示例数据所示，具有反式-OH和-N(R⁵)(R⁶)的化合物可以提供高产率和/或非对映选择性。在一些实施例中，如由某些示例数据所示，具有反式-OH和-N(R⁵)(R⁶)的化合物可以提供高产率和非对映选择性二者。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如式I-e的化合物，选自

及其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物选自

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，所提供的化合物具有式II：

或其盐的结构，其中：

环A是具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环；

R¹、R²、R³、R⁴、和R⁵各自独立地是-H、-L^s-R、卤素、-CN、-NO₂、-L^s-Si(R)₃、-OR、-SR、或-N(R)₂；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-C(O)OR或-S(O)₂R；

t是0-20；

R⁶是-L-R’；

R⁸是-L-R⁷、-L-C(R¹)(R²)-R⁷、或-L^s-R⁷；

R⁷是-OH或-SH；

L’是共价键、任选地取代的二价C_1-3亚烷基、-C(R³)(R⁴)-、-C(R³)(R⁴)-C(R³)(R⁴)-、-Cy-、或-C(R³)[C(R⁴)₃]-；

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

在一些实施例中，所提供的化合物具有式II-a：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式II的化合物具有式II-a的结构。

在一些实施例中，所提供的结构II-a的化合物具有式II-b：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式II-a的化合物具有式II-b的结构。

在一些实施例中，所提供的结构II-a的化合物具有式II-c：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式II-a的化合物具有式II-c的结构。

在一些实施例中，R⁸是-OH。在一些实施例中，R⁶是-H。在一些实施例中，R⁵是任选地取代的烷基。在一些实施例中，R⁵是甲基。在一些实施例中，t是0。在一些实施例中，R³是任选地取代的烷基。在一些实施例中，R³是甲基。在一些实施例中，R³是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R³是苯基。在一些实施例中，R³是任选地取代的C_3-10环烷基。在一些实施例中，R³是任选地取代的环己基。在一些实施例中，R³是环己基。

在一些实施例中，环A是具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，环A为或包含至少一个单环饱和或部分不饱和的单环部分，任选地作为双环或多环体系的一部分。在一些实施例中，环A是单环的。在一些实施例中，环A是双环或多环的，其包含至少一个单环饱和或部分不饱和的单环部分，以及任选地一个或多个芳族单环部分。在一些实施例中，环A为或包含至少一个饱和单环部分。在一些实施例中，R⁸连接至环A的sp³环原子。在一些实施例中，R⁸连接至环A的sp³碳环原子。在一些实施例中，R³连接至环A的sp³环原子。在一些实施例中，R³连接至环A的sp³碳环原子。在一些实施例中，-N(R⁵)(R⁶)连接至环A的sp³环原子。在一些实施例中，-N(R⁵)(R⁶)连接至环A的sp³碳环原子。

在一些实施例中，环A是任选地取代的C_3-10环烷基。在一些实施例中，环A是任选地取代的环己基。在一些实施例中，环A是环己基。在一些实施例中，R⁸和-N(R⁵)(R⁶)是顺式的。在一些实施例中，R⁸和-N(R⁵)(R⁶)是反式的。在一些实施例中，所提供的式II的化合物选自

及其盐。

在一些实施例中，所提供的化合物是II-c的化合物或其盐。在一些实施例中，R³和R⁵为R，并且一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，所提供的式II的化合物选自

及其盐。

在一些实施例中，所提供的化合物具有式III：

或其盐的结构，其中：

环A’是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环，其中环A’包含-N(R⁶)-部分；

R¹、R²、R³和R⁴各自独立地是-H、-L^s-R、卤素、-CN、-NO₂、-L^s-Si(R)₃、-OR、-SR、或-N(R)₂；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-C(O)OR或-S(O)₂R；

t是0-20；

R⁶是-L-R’；

R⁸是-L-R⁷、-L-C(R¹)(R²)-R⁷、或-L^s-R⁷；

R⁷是-OH或-SH；

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

在一些实施例中，所提供的化合物具有式III-a：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式III的化合物具有式III-a的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物具有式III-b：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式III-a的化合物具有式III-b的结构。

在一些实施例中，R⁸键合至-N(R⁶)-(N¹)中的氮原子旁边的碳原子(C²)(例如，式III-a、式III-b等)。在一些实施例中，R⁸键合至C²旁边的碳原子(C³)。在一些实施例中，R⁸键合至C³旁边的不是C²的碳原子(C⁴)。在一些实施例中，R⁸键合至C⁴旁边的不是C³的碳原子(C⁵)。在一些实施例中，R⁸键合至C⁵旁边的不是C⁴的碳原子(C⁶)。

在一些实施例中，环A’是具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环，其中环A’包含-N(R⁶)-部分。在一些实施例中，环A’是如本披露中所述的环A，其中环A包含氮环原子。在一些实施例中，环A’是或包含至少一个单环饱和或部分不饱和的单环部分，任选地作为双环或多环体系的一部分。在一些实施例中，环A’是单环的。在一些实施例中，环A’是双环或多环的，其包含至少一个单环饱和或部分不饱和的单环部分，以及任选地一个或多个芳族单环部分。在一些实施例中，环A’是或包含至少一个饱和单环部分。在一些实施例中，R⁸连接至环A’的sp³环原子。在一些实施例中，R⁸连接至环A’的sp³碳环原子。在一些实施例中，R³连接至环A’的sp³环原子。在一些实施例中，R³连接至环A’的sp³碳环原子。在一些实施例中，R⁶所附接的氮为sp³。

在一些实施例中，所提供的式III的化合物选自

及其盐。在一些实施例中，在一些实施例中，所提供的式III的化合物选自下表4中列出的化合物及其盐。

在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式I-a的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式I-a-1的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式I-a-2的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式I-b的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式I-c的化合物在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式I-d的化合物在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式I-e的化合物在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式II的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式II-a的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式II-b的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式II-c的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式III的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式III-a的化合物。在一些实施例中，具有式I的化合物是具有式III-b的化合物。

表1.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表1的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表1的化合物或其盐的非对映异构体。

表2.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表2的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表2的化合物或其盐的非对映异构体。

表3.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表3的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表3的化合物或其盐的非对映异构体。

表4.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表4的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表4的化合物或其盐的非对映异构体。

在一些实施例中，手性助剂可以容易地被碱(碱不稳定的，例如，在基本上不含水的无水条件下；在很多情况下，优选地在包含含有此类手性助剂的核苷酸间键的寡核苷酸被暴露于条件/试剂体系之前，包含大量的水，特定的在碱(例如，使用NH₄OH裂解条件/试剂体系)的存在下)去除，并且提供了如本文所述各种优点，例如，高粗品纯度、高产率、高立体选择性、更简化的操作、较少的步骤、进一步降低的制造成本、和/或更简化的下游配制品(例如，裂解后的少量的一种或多种盐)等。在一些实施例中，此类助剂可以提供与其他官能团和/或保护基团的可替代的或另外的化学相容性。在一些实施例中，碱不稳定的手性助剂特别可用于构建手性控制的非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联，如n001)；在一些情况下，它们可以提供显著改善的产率和/或粗品纯度与高立体选择性，例如当在无水条件下使用碱去除时使用。在一些实施例中，这种手性助剂经由氧原子与键联磷键合(例如，其对应于在对应的手性助剂化合物中的-OH基团，例如，具有式I的化合物)，手性助剂中与氧键合的碳原子(α碳)也与-H(除了其他基团；在一些实施例中，仲碳)键合，并且手性助剂中的剩余的碳原子(β碳)与一个或两个吸电子基团键合。在一些实施例中，R⁷是-OH。在一些实施例中，R¹是-H。在一些实施例中，R²包含一个或两个吸电子基团或者可以通过碱基促进手性助剂的去除。在一些实施例中，R⁶是-H。在一些实施例中，R¹是-H，R²包含一个或两个吸电子基团，R⁶是-H，R⁷是-OH。在一些实施例中，R¹是-H，R²包含一个或两个吸电子基团，R⁶是-H，R⁷是-OH，并且L的亚甲基单元被-C(R³)(R⁴)-替代，并且R³和R⁴之一与R⁵一起与居于它们之间的原子一起形成如本文所述的环(例如，任选地取代的3-20元单环、二环或多环，该环具有除氮原子(R⁵在其上)之外的0-5个杂原子(例如，任选地取代的3、4、5、或6元单环饱和的环，该环除氮原子之外(R⁵在其上)无其他杂原子))。

如本领域技术人员所理解的，各种吸电子基团是本领域已知的并且可以依照本披露利用。在一些实施例中，吸电子的基团包含和/或通过例如，-S(O)-、-S(O)₂-、-P(O)(R¹)-、-P(S)R¹-、或-C(O)-与碳原子连接。在一些实施例中，吸电子基团是-CN、-NO₂、卤素、-C(O)R¹、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)₂、-S(O)R¹、-S(O)₂R¹、-P(W)(R¹)₂、-P(O)(R¹)₂、-P(O)(OR’)₂、或-P(S)(R¹)₂。在一些实施例中，吸电子基团是芳基或杂芳基，例如，被-CN、-NO₂、卤素、-C(O)R¹、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)₂、-S(O)R¹、-S(O)₂R¹、-P(W)(R¹)₂、-P(O)(R¹)₂、-P(O)(OR’)₂、或-P(S)(R¹)₂中的一个或多个取代的苯基。

在一些实施例中，R²是-L-R’。在一些实施例中，R²是-L’-L″-R’，其中L’是-C(R)₂-或任选地取代的-CH₂-，并且L″是-P(O)(R’)-、-P(O)(R’)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(OR’)O-、-P(O)[N(R’)]-、-P(O)[N(R’)]O-、-P(O)[N(R’)][N(R’)]-、-P(S)(R’)-、-S(O)₂-、-S(O)₂-、-S(O)₂O-、-S(O)-、-C(O)-、-C(O)N(R’)-或-S-。在一些实施例中，L’是-C(R)₂-。在一些实施例中，L’是任选地取代的-CH₂-。

在一些实施例中，L’是-C(R)₂-。在一些实施例中，每个R独立地是氢，或选自以下的任选地取代的基团：C₁-C₆脂肪族基团、碳环基、芳基、杂芳基、和杂环基。在一些实施例中，L’是-CH₂-。在一些实施例中，L″是-P(O)(R’)-、-P(S)(R’)-、-S(O)₂-。在一些实施例中，R²是-L’-C(O)N(R’)₂。在一些实施例中，R²是-L’-P(O)(R’)₂。在一些实施例中，R²是-L’-P(S)(R’)₂。在一些实施例中，每个R’独立地是任选地取代的脂肪族基团、杂脂肪族基团、芳基、或杂芳基，如本披露中所述(例如，针对R描述的那些实施例)。在一些实施例中，每个R’独立地是任选地取代的苯基。在一些实施例中，每个R’独立地是任选地取代的苯基，其中一个或多个取代基独立地选自-CN，-OMe，-Cl，-Br和-F。在一些实施例中，每个R’独立地是取代的苯基，其中一个或多个取代基独立地选自-CN，-OMe，-Cl，-Br和-F。在一些实施例中，每个R’独立地是取代的苯基，其中取代基独立地选自-CN，-OMe，-Cl，-Br和-F。在一些实施例中，每个R’独立地是经单取代的苯基，其中取代基独立地选自-CN，-OMe，-Cl，-Br和-F。在一些实施例中，两个R’相同。在一些实施例中，两个R’是不同的。在一些实施例中，R²是-L’-S(O)R’。在一些实施例中，R²是-L’-C(O)N(R’)₂。在一些实施例中，R²是-L’-S(O)₂R’。在一些实施例中，R’是任选地取代的脂肪族基团、杂脂肪族基团、芳基、或杂芳基，如本披露中所述(例如，针对R描述的那些实施例)。在一些实施例中，R’是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R’是任选地取代的苯基，其中一个或多个取代基独立地选自-CN、-OMe、-Cl、-Br和-F。在一些实施例中，R’是取代的苯基，其中一个或多个取代基独立地选自-CN、-OMe、-Cl、-Br和-F。在一些实施例中，R’是取代的苯基，其中每个取代基独立地选自-CN、-OMe、-Cl、-Br和-F。在一些实施例中，R’是经单取代的苯基。在一些实施例中，R’是经单取代的苯基，其中取代基独立地选自-CN、-OMe、-Cl、-Br、和-F。在一些实施例中，取代基是吸电子基团。在一些实施例中，吸电子基团是-CN、-NO₂、卤素、-C(O)R¹、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)₂、-S(O)R¹、-S(O)₂R¹、-P(W)(R¹)₂、-P(O)(R¹)₂、-P(O)(OR’)₂、或-P(S)(R¹)₂。

在一些实施例中，R²是任选地取代的-CH₂-L”-R，其中L”和R各自独立地如本披露中所述。在一些实施例中，R²是任选地取代的-CH(-L”-R)₂，其中L”和R各自独立地如本披露中所述。在一些实施例中，R²是任选地取代的-CH(-S-R)₂。在一些实施例中，R²是任选地取代的-CH₂-S-R。在一些实施例中，两个R基团与居于它们之间的原子一起形成环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的具有0-2个杂原子(除居间杂原子之外)的5、6、7元环。在一些实施例中，R²是任选地取代的

在一些实施例中，R²是

在一些实施例中，-S-可以转化成-S(O)-或-S(O)₂-(例如，通过氧化)，例如，以便于通过碱基去除。

在一些实施例中，R²是-L’-R’，其中每个变量如本披露中所述。在一些实施例中，R²是-CHR-R’。在一些实施例中，R²是-CH₂-R’。在一些实施例中，R²是-CH(R’)₂。在一些实施例中，R²是-C(R’)₃。在一些实施例中，R’是任选地取代的芳基或杂芳基。在一些实施例中，R’是取代的芳基或杂芳基，其中一个或多个取代基独立地是吸电子基团。在一些实施例中，-L’-是任选地取代的-CH₂-，并且R’是R，其中R是任选地取代的芳基或杂芳基。在一些实施例中，R是取代的芳基或杂芳基，其中一个或多个取代基独立地是吸电子基团。在一些实施例中，R是取代的芳基或杂芳基，其中每个取代基独立地是吸电子基团。在一些实施例中，R是被两个或更多个取代基取代的芳基或杂芳基，其中每个取代基独立地是吸电子基团。在一些实施例中，吸电子基团是-CN、-NO₂、卤素、-C(O)R¹、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)₂、-S(O)R¹、-S(O)₂R1、-P(W)(R¹)₂、-P(O)(R¹)₂、-P(O)(OR’)₂、或-P(S)(R¹)₂。在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是p-NO₂Ph-。在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R²是

在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是2，4，6-三氯苯基。在一些实施例中，R’是2，4，6-三氟苯基。在一些实施例中，R²是-CH(4-氯苯基)₂。在一些实施例中，R²是-CH(R’)₂，其中每个R’是

在一些实施例中，R²是-CH(R’)₂，其中每个R’是

在一些实施例中，R’是-C(O)R。在一些实施例中，R’是CH₃C(O)-。

在一些实施例中，R²是-L’-S(O)₂R’，其中每个变量如本披露中所述。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂R’。在一些实施例中，R²是-L’-S(O)R’，其中每个变量如本披露中所述。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)R’。在一些实施例中，R²是-L’-C(O)₂R’，其中每个变量如本披露中所述。在一些实施例中，R²是-CH₂-C(O)₂R’。在一些实施例中，R²是-L’-C(O)R’，其中每个变量如本披露中所述。在一些实施例中，R²是-CH₂-C(O)R’。在一些实施例中，-L’-是任选地取代的-CH₂-，并且R’是R。在一些实施例中，R是任选地取代的芳基或杂芳基。在一些实施例中，R是任选地取代的脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的杂脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的杂芳基。在一些实施例中，R是任选地取代的芳基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R不是苯基，或单取代的、二取代的、或三取代的苯基，其中每个取代基选自-NO₂、卤素、-CN、-C_1-3烷基、和C_1-3烷氧基。在一些实施例中，R是取代的芳基或杂芳基，其中一个或多个取代基独立地是吸电子基团。在一些实施例中，R是取代的芳基或杂芳基，其中每个取代基独立地是吸电子基团。在一些实施例中，R是被两个或更多个取代基取代的芳基或杂芳基，其中每个取代基独立地是吸电子基团。在一些实施例中，吸电子基团是-CN、-NO₂、卤素、-C(O)R¹、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)₂、-S(O)R¹、-S(O)₂R¹、-P(W)(R¹)₂、-P(O)(R¹)₂、-P(O)(OR’)₂、或-P(S)(R¹)₂。在一些实施例中，R’是苯基。在一些实施例中，R’是取代的苯基。在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是

在一些实施例中，R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R’是叔丁基。在一些实施例中，R’是异丙基。在一些实施例中，R’是甲基。在一些实施例中，R²是-CH₂C(O)OMe。在一些实施例中，R²是-CH₂C(O)Ph。在一些实施例中，R²是-CH₂C(O)-tBu。

在一些实施例中，R²是-L’-NO₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-NO₂。在一些实施例中，R²是-L’-S(O)₂N(R’)₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(R’)₂。在一些实施例中，R²是-L’-S(O)₂NHR’。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂NHR’。在一些实施例中，R’是甲基。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂NH(CH₃)。在一些实施例中，R’是-CH₂Ph。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂NH(CH₂Ph)。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(CH₂Ph)₂。在一些实施例中，R’是苯基。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂NHPh。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(CH₃)Ph。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(CH₃)₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂NH(CH₂Ph)。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂NHPh。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂NH(CH₂Ph)。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(CH₃)₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(CH₃)Ph。在一些实施例中，R²是-L’-S(O)₂N(R’)(OR’)。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(R’)(OR’)。在一些实施例中，每个R’是甲基。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(CH₃)(OCH₃)。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(Ph)(OCH₃)。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(CH₂Ph)(OCH₃)。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂N(CH₂Ph)(OCH₃)。在一些实施例中，R²是-L’-S(O)₂OR’。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂OR’。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂OPh。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂OCH₃。在一些实施例中，R²是-CH₂-S(O)₂OCH₂Ph。

在一些实施例中，R²是-L’-P(O)(R’)₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(R’)₂。在一些实施例中，R²是-L’-P(O)[N(R’)₂]₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)[N(R’)₂]₂。在一些实施例中，R²是-L’-P(O)[O(R’)₂]₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)[O(R’)₂]₂。在一些实施例中，R²是-L’-P(O)(R’)[N(R’)₂]₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(R’)[N(R’)₂]。在一些实施例中，R²是-L’-P(O)(R’)[O(R’)]。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(R’)[O(R’)]。在一些实施例中，R²是-L’-P(O)(OR’)[N(R’)₂]。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(OR’)[N(R’)₂]。在一些实施例中，R²是-L’-C(O)N(R’)₂，其中每个变量如本披露中所述。在一些实施例中，R²是-CH₂-C(O)N(R’)₂。在一些实施例中，每个R’独立地是R。在一些实施例中，一个R’是任选地取代的脂肪族，并且一个R是任选地取代的芳基。在一些实施例中，一个R’是任选地取代的C_1-6脂肪族，并且一个R是任选地取代的苯基。在一些实施例中，每个R’独立地是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(CH₃)Ph。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(CH₃)₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(Ph)₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(OCH₃)₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(CH₂Ph)₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)[N(CH₃)Ph]₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)[N(CH₃)₂]₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)[N(CH₂Ph)₂]₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(OCH₃)₂。在一些实施例中，R²是-CH₂-P(O)(OPh)₂。

在一些实施例中，R²是-L’-SR’。在一些实施例中，R²是-CH₂-SR’。在一些实施例中，R’是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R’是苯基。

在一些实施例中，提供的手性试剂具有

的结构，其中每个R¹独立地如本披露中所述。在一些实施例中，提供的手性试剂具有

的结构，其中每个R¹独立地如本披露中所述。在一些实施例中，每个R¹独立地是如本披露中所述的R。在一些实施例中，每个R¹独立地是R，其中R是如本披露中所述的任选地取代的脂肪族基团、芳基、杂脂肪族基团、或杂芳基。在一些实施例中，每个R¹是苯基。在一些实施例中，R¹是-L-R’。在一些实施例中，R¹是-L-R’，其中L是-O-、-S-、或-N(R’)。在一些实施例中，提供的手性试剂具有

的结构：其中每个X¹独立地是-H、吸电子基团、-NO₂、-CN、-OR、-Cl、-Br、或-F，并且W是O或S。在一些实施例中，提供的手性试剂具有

的结构，其中每个X¹独立地是-H、吸电子基团、-NO₂、-CN、-OR、-Cl、-Br、或-F，并且W是O或S。在一些实施例中，每个X¹独立地是-CN、-OR、-Cl、-Br或-F，其中R不是-H。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是-CH₃。在一些实施例中，一个或多个X¹独立地是吸电子基团(例如，-CN、-NO₂、卤素、-C(O)R¹、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)₂、-S(O)R¹、-S(O)₂R¹、-P(W)(R¹)₂、-P(O)(R¹)₂、-P(O)(OR’)₂、-P(S)(R¹)₂等)。

在一些实施例中，提供的手性试剂具有

的结构，其中R¹如本披露中所述。在一些实施例中，提供的手性试剂具有

的结构，其中R¹如本披露中所述。在一些实施例中，R¹是如在本披露中所述的R。在一些实施例中，R¹是R，其中R是如本披露中所述的任选地取代的脂肪族基团、芳基、杂脂肪族基团、或杂芳基。在一些实施例中，R¹是-L-R’。在一些实施例中，R¹是-L-R’，其中L是-O-、-S-、或-N(R’)。在一些实施例中，提供的手性试剂具有

的结构：其中X¹是-H、吸电子基团、-NO₂、-CN、-OR、-Cl、-Br、或-F，并且W是O或S。在一些实施例中，提供的手性试剂具有

的结构，其中X¹是-H、吸电子基团、-NO₂、-CN、-OR、-Cl、-Br、或-F，并且W是O或S。在一些实施例中，X¹是-CN、-OR、-Cl、-Br或-F，其中R不是-H。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是-CH₃。在一些实施例中，X¹是吸电子基团(例如，-CN、-NO₂、卤素、-C(O)R¹、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)₂、-S(O)R¹、-S(O)₂R¹、-P(W)(R¹)₂、-P(O)(R¹)₂、-P(O)(OR’)₂、-P(S)(R¹)₂等)。在一些实施例中，X¹为不是-CN、-NO₂、或卤素的吸电子基团。在一些实施例中，X¹不是-H、-CN、-NO₂、卤素、或C_1-3烷氧基。

在一些实施例中，R²是-CH(R²¹)-CH(R²²)＝C(R²³)(R²⁴)，其中每个R²¹、R²²、R²³、和R²⁴独立地是R。在一些实施例中，R²²和R²³均为R，并且两个R基团与居于它们之间的原子一起形成如本文所述的任选地取代的芳基或杂芳基环。在一些实施例中，一个或多个取代基独立地是吸电子基团。在一些实施例中，R²¹和R²⁴均为R，并且两个R基团与居于它们之间的原子一起形成如本文所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R²¹和R²⁴均为R，并且两个R基团与居于它们之间的原子一起形成如本文所述的任选地取代的饱和环或者部分饱和环。在一些实施例中，R²²和R²³均为R，并且两个R基团与居于它们之间的原子一起形成如本文所述的任选地取代的芳基环或杂芳基环，并且R²¹和R²⁴均为R，并且两个R基团与居于它们之间的原子一起形成如本文所述的任选地取代的部分饱和环。在一些实施例中，R²¹是-H。在一些实施例中，R²⁴是-H。在一些实施例中，R²是任选地取代的

在一些实施例中，R²是任选地取代的

其中每个环A²独立地是如本文所述的3-15元单环、双环或多环。在一些实施例中，环A²是如本文所述的具有1-5个杂原子的任选地取代的5-10元单环芳基环或杂芳基环。在一些实施例中，环A²是如本文所述的任选地取代的苯环。在一些实施例中，在一些实施例中，R²是任选地取代的

在一些实施例中，R²是

在一些实施例中，R²是

在一些实施例中，R²是

用于手性助剂的某些有用的示例化合物呈现于例如表1-17中。在一些实施例中，有用的化合物是例如表1-17中的化合物的对映异构体。在一些实施例中，有用的化合物是例如表1-17中的化合物的非对映异构体。在一些实施例中，可用于在碱性条件下(例如，在无水条件下通过碱)去除的手性助剂的化合物是表5-17的化合物，或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表5的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表6的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表7的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表8的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表9的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表10的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表11的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表12的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表13的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表14的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表15的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表16的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。在一些实施例中，这种化合物是表17的化合物、或其对映异构体或非对映异构体。

在一些实施例中，当与碱接触时，例如核苷酸间键联(其相应的化合物是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物)的手性助剂部分可以作为烯烃释放出来，所述烯烃具有与通过从相应化合物消除水分子(消除R⁷＝-OH和R²的α-H)形成的产物相同的结构。在一些实施例中，这种烯烃具有(吸电子基团)₂＝C(R¹)-L-N(R⁵)(R⁶)、(吸电子基团)H＝C(R¹)-L-N(R⁵)(R⁶)、CH(-L″-R’)＝C(R¹)-L-N(R⁵)(R⁶)(其中CH基团是任选地取代的)、或C^x＝C(R¹)-L-N(R⁵)(R⁶)(其中C^x是任选地取代的

)的结构，并且可以与一个或多个任选地取代的环任选地稠和，并且其他变量各自独立地如本文所述。在一些实施例中，C^x是任选地取代的

在一些实施例中，C^x是

在一些实施例中，这种烯烃是

在一些实施例中，这种烯烃是

在一些实施例中，这种烯烃是

表5.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表5的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表5的化合物或其盐的非对映异构体。

表6.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表6的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表6的化合物或其盐的非对映异构体。

表7.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表7的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表7的化合物或其盐的非对映异构体。

表8.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表8的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表8的化合物或其盐的非对映异构体。

表9.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表9的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表9的化合物或其盐的非对映异构体。

表10.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表10的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表10的化合物或其盐的非对映异构体。

表11.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表11的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表11的化合物或其盐的非对映异构体。

表12.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表12的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表12的化合物或其盐的非对映异构体。

表13.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表13的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表13的化合物或其盐的非对映异构体。

表14.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表14的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表14的化合物或其盐的非对映异构体。

表15.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表15的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表15的化合物或其盐的非对映异构体。

表16.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表16的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自166的化合物或其盐的非对映异构体。

表17.示例化合物。

在一些实施例中，所提供的化合物是选自表17的化合物或其盐的对映异构体。在一些实施例中，所提供的化合物是选自表17的化合物或其盐的非对映异构体。

如本领域技术人员所理解的，化合物(当用于手性助剂时)典型地是立体纯的或基本上立体纯的，并且典型地用作基本上不含其他立体异构体的单一立体异构体。在一些实施例中，本披露的化合物是立体纯的或基本上立体纯的。

如本文所证明的，当用于制备手性核苷酸间键联时，为了获得立体选择性，通常使用立体化学纯的手性试剂。除其他事项外，本披露提供了立体化学纯的手性试剂，包括具有本文所述结构的那些。

在一些实施例中，所提供的化合物例如式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐包含一个或多个手性元素。在一些实施例中，所提供的式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐是手性的。在一些实施例中，所提供的手性化合物，式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，或其盐具有本披露中所述的纯度。在一些实施例中，所提供的手性化合物，式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，或其盐具有本披露中所述的立体纯度。在一些实施例中，所提供的手性化合物，式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，或其盐具有本披露中所述的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的手性化合物，式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，或其盐具有本披露中所述的对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的手性化合物，式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，或其盐具有本披露中所述的非对映异构体和对映异构体纯度。在一些实施例中，本披露提供了化合物，例如具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、VI-e、O-I的化合物或其盐(由式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐制成)并且包括式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物的手性元素。

在不同实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵(或H-X-L^s-R⁵)是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-H或-C(O)R’。在不同实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵(或H-X-L^s-R⁵)是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、或I-d的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R⁶是-H或-C(O)R’。在一些实施例中，具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物(例如，对应于例如试剂、产物、亚磷酰胺、核苷酸间键联、寡核苷酸等中手性助剂的化合物)具有以下结构：

在一些实施例中，具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物具有以下结构：

在一些实施例中，具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物是

在一些实施例中，化合物是

在一些实施例中，化合物是

在一些实施例中，化合物是

在一些实施例中，化合物是

在一些实施例中，化合物是

在一些实施例中，化合物是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，每个手性控制的核苷酸间键联独立地具有式VII，并且每个-X-L^s-R⁵独立地如本文所述。在一些实施例中，在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)独立地是

在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)独立地是

在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)独立地是

在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)独立地是

在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵(或-X-L^s-R¹)是

在一些实施例中，R⁶是-H或-C(O)R’。在一些实施例中，R⁶是-H(例如，在来自5’-端的偶联产物寡核苷酸的第一个核苷酸间键联中)。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’(例如，在产物寡核苷酸中，例如，在解封步骤、偶联步骤(任选地除了来自5’-端的第一核苷酸间键联)、修饰前加帽步骤、修饰步骤和/或修饰后加帽步骤的产物寡核苷酸中)。在一些实施例中，R⁶是-C(O)CH₃。

用于制备手性助剂化合物的方法是本领域众所周知的，并且可以根据本披露利用。制备并表征了许多化合物，包括表中的许多化合物。当用作手性助剂时，本文所述的许多化合物可以给予高的立体选择性和/或纯度。

亚磷酰胺

在一些实施例中，本披露提供了有用的亚磷酰胺，包括包含手性助剂的立体纯亚磷酰胺。在一些实施例中，本披露提供了使用此类亚磷酰胺的方法。在许多实施例中，手性助剂用于制备手性纯的亚磷酰胺，与不存在手性助剂相比，所述亚磷酰胺用于立体选择性地形成键联磷手性中心。在一些实施例中，本披露提供了例如式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-C-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的化合物或其盐，其可作为亚磷酰胺用于寡核苷酸合成。在一些实施例中，产物寡核苷酸可包含一个或多个天然磷酸酯键联和/或非手性控制的手性核苷酸间键联，并且对于此类键联，可容易地利用用于传统的寡核苷酸合成的亚磷酰胺。如本领域技术人员所理解的，核碱基可以封闭在亚磷酰胺中用于寡核苷酸合成，并且可以例如在合成循环之后将其解封。用于封闭和解封(保护)核碱基的技术在本领域中是众所周知的，并且可以根据本披露利用。根据本披露可以利用用于制备亚磷酰胺的技术。示例技术包括在以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO2019/217784等。如所示，在一些实施例中，亚磷酰胺是包含

的DPSE-亚磷酰胺。如所示，在一些实施例中，亚磷酰胺是包含

的PSM-亚磷酰胺。

例如，在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式IV：

或其盐的结构，其中：

P^L是P(＝W)、P或P→B(R’)₃；

W是O、S或Se；

L是共价键、或任选地取代的C_1-6亚烷基，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-L’-替代；

L⁷是-O-或-S-或L^s；

R¹、R²、R³和R⁴中的至少一个不是-H；

BA是选自以下的任选地取代的基团：C_3-30环脂肪族基团，C_6-30芳基，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_5-30杂芳基，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷、和硅的杂原子的C_3-30杂环基，天然核碱基部分，以及经修饰的核碱基部分；

SU是-L^s-O-或

其中SU通过氧原子与磷原子连接；

每个R^s独立地是-H、卤素、-CN、-N₃、-NO、-NO₂、-L^s-R’、-L^s-Si(R)₃、-L^s-OR’、-L^s-SR’、-L^s-N(R’)₂、-O-L^s-R’、-O-L^s-Si(R)₃、-O-L^s-OR’、-O-L^s-SR’、或-O-L^s-N(R’)₂；

t是0-20；

环A^s是具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环；

R^5s是R^s；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-C(O)OR或-S(O)₂R；

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

在一些实施例中，P^L是P(＝W)。在一些实施例中，P^L是P。在一些实施例中，P^L是P→B(R’)₃。在一些实施例中，P^L的P是手性的。在一些实施例中，P^L的P是Rp。在一些实施例中，P^L的P是Sp。

在一些实施例中，SU是-L^s-O-。在一些实施例中，SU是

其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，SU是

R^1s、R^2s、R^3s、R^4s和R^5s各自独立地是R^s。在一些实施例中，SU是

其中每个变量独立地是如本披露中所述的。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式IV的化合物，具有式IV-a：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的具有式IV的化合物具有式IV-a的结构。在一些实施例中，L^s是-Cy-。在一些实施例中，L^s是具有1-5个杂原子的任选地取代的单环或双环3-20元杂环基环。在一些实施例中，L^s是具有1-5个杂原子的任选地取代的单环或双环5-20元杂环基环，其中至少一个杂原子是氧。在一些实施例中，L^s是任选地取代的二价四氢呋喃环。在一些实施例中，L^s是任选地取代的呋喃糖部分。在一些实施例中，式IV-a中的BA与呋喃糖部分的C1键合，并且式IV-a中的-O-与呋喃糖部分的C3键合。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式IV的化合物，具有式IV-b：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式IV的化合物具有式IV-b的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式IV的化合物，具有式IV-c-1：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的具有式IV的化合物具有式IV-c-1的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式IV的化合物，具有式IV-c-2：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式IV的化合物具有式IV-c-2的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式IV的化合物，具有式IV-d：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式IV的化合物具有式IV-d的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式IV的化合物，具有式IV-e：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式IV的化合物具有式IV-e的结构。

在一些实施例中，式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、或IV-e的化合物可以由式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、III-b等的化合物制备。在一些实施例中，

是如对于式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、III-b等所述的。在一些实施例中，式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、或IV-e的化合物具有结构使得

是具有I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、或I-e结构的化合物或其盐。

在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式IVa：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式IVa-a：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式IVa的化合物是式IVa-a的化合物。在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式IVa-b：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式IVa的化合物是式IVa-b的化合物。在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式IVa-c-1：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式IVa的化合物是式IVa-c-1的化合物。在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式IVa-c-2：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式IVa的化合物是式IVa-c-2的化合物。在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式IVa-d：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式IVa的化合物是式IVa-d的化合物。在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式IVa-e：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式IVa的化合物是式IVa-e的化合物。在一些实施例中，L⁷是-O-。在一些实施例中，R¹、R⁵和R⁶各自独立地是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R⁵和R⁶相同。在一些实施例中，P^L是P。在一些实施例中，-L⁷-R¹不包含手性元素。在一些实施例中，-N(R⁵)(R⁶)不包含手性元素。在一些实施例中，-L⁷-R¹和-N(R⁵)(R⁶)不包含手性元素。在一些实施例中，-L⁷-R¹是-O-CH₂CH₂-CN。在一些实施例中，-N(R⁵)(R⁶)是-N(i-Pr)₂。在一些实施例中，式IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、或IVa-e的化合物或其盐为用于非手性控制的寡核苷酸合成(例如，使用传统的亚磷酰胺化学过程进行的寡核苷酸合成)的亚磷酰胺。在一些实施例中，R¹和R⁵是R，并且与居于它们之间的原子一起形成如本披露中所述的环。在一些实施例中，所形成的环包含手性元素，并且式IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、或IVa-e的化合物或其盐可用于手性控制的寡核苷酸合成。

在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式V：

或其盐的结构，其中：

P^L是P(＝W)、P或P→B(R’)₃；

W是O、S或Se；

t是0-20；

L⁸是-L-O-、-L-C(R¹)(R²)-O-、或-L^s-O-；

SU是-L^s-O-或

其中SU通过氧原子与磷原子连接；

R^5s是R^s；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-C(O)OR或-S(O)₂R；

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式V的化合物，具有式V-a：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式V的化合物具有式V-a的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式V的化合物，具有式V-b：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式V的化合物具有式V-b的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式V的化合物，具有式V-c-1

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式V的化合物具有式V-c-1的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式V的化合物，具有式V-c-2：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式V的化合物具有式V-c-2的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式V的化合物，具有式V-d：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式V的化合物具有式V-d的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式V的化合物，具有式V-e：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式V的化合物具有式V-e的结构。

在一些实施例中，式V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、或V-e的化合物可以由式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、III-b等的化合物制备。在一些实施例中，

是具有II、II-a、或II-b结构的化合物。

在一些实施例中，本披露提供了一种化合物，其具有式VI：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式VI的化合物，具有式VI-a：

或其盐的结构，其中环A’是包含与P^L的P键合的环氮原子的环A，并且每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式VI的化合物具有式VI-a的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式VI的化合物，具有式VI-b：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式VI的化合物具有式VI-b的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式VI的化合物，具有式VI-c-1：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式VI的化合物具有式VI-c-1的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式VI的化合物，具有式VI-c-2：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式VI的化合物具有式VI-c-2的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式VI的化合物，具有式VI-d：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式VI的化合物具有式VI-d的结构。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式VI的化合物，具有式VI-e：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的式VI的化合物具有式VI-e的结构。

在一些实施例中，式VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的化合物可以由式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、III-b等的化合物制备。在一些实施例中，

是如对于式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、III-b等所述的。在一些实施例中，式VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的化合物具有结构使得

是具有III、III-a、或III-b结构的化合物。

在一些实施例中，对于具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e结构的亚磷酰胺或其盐，P^L是P。

在一些实施例中，用于非立体控制偶联的亚磷酰胺具有结构

其中每个变量独立地是如本披露中所述的。

在一些实施例中，化合物，例如亚磷酰胺，具有

的结构，其中每个变量独立地如本披露中所述。在一些实施例中，化合物例如亚磷酰胺具有以下结构：

在一些实施例中，用于偶联的手性亚磷酰胺具有

的结构，其中每个变量独立地如本披露中所述。在一些实施例中，R¹或R²包含如本披露中所述的吸电子基团。在一些实施例中，用于偶联的手性亚磷酰胺具有

的结构，其中每个变量独立地如本披露中所述。在一些实施例中，R¹是如本披露中所述的R’。在一些实施例中，R¹是如在本披露中所述的R。在一些实施例中，R是如本披露中所述的任选地取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R是如本披露中所述的任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R是如本披露中所述的任选地取代的C_1-6烷基。例如，在一些实施例中，R是甲基；在一些实施例中，R是异丙基；在一些实施例中，R是叔丁基等。

在一些实施例中，R^5s-L^s-是R’O-。在一些实施例中，R’O-是DMTrO-。在一些实施例中，R^4s是H。在一些实施例中，R^4s和R^2s一起形成如本披露中所述的桥-L-O-。在一些实施例中，-O-在2’位置与碳连接。在一些实施例中，L是-CH₂-。在一些实施例中，L是-CH(Me)-。在一些实施例中，L是-(R)-CH(Me)-。在一些实施例中，L是-(S)-CH(Me)-。在一些实施例中，R^2s是-H。在一些实施例中，R^2s是-F。在一些实施例中，R^2s是-OR’。在一些实施例中，R^2s是-OMe。在一些实施例中，R^2s是-MOE。如本领域技术人员所理解的，BA可以在合成期间被适当地保护。

核碱基

根据本披露可以利用各种核碱基。在一些实施例中，核碱基例如BA是天然核碱基，最常见的是A、T、C、G和U。在一些实施例中，核碱基是修饰的核碱基，因为它不是A、T、C、G或U。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的取代的互变异构体。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的A、T、C、G或U，例如5mC、5-羟基甲基C等。在一些实施例中，核碱基是烷基取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，核碱基是A。在一些实施例中，核碱基是T。在一些实施例中，核碱基是C。在一些实施例中，核碱基是G。在一些实施例中，核碱基是U。在一些实施例中，核碱基是5mC。在一些实施例中，核碱基是取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，核碱基是A、T、C、G或U的取代的互变异构体。在一些实施例中，取代保护核碱基中的某些官能团以最小化寡核苷酸合成期间的不希望的反应。在寡核苷酸合成中用于核碱基保护的合适技术是本领域众所周知的，并且可以根据本披露使用。在一些实施例中，BA^PRO是核碱基或受保护的核碱基，例如，适用于寡核苷酸合成。在一些实施例中，修饰的核碱基改善了寡核苷酸的特性和/或活性。例如，在许多情况下，可以使用5mC代替C来调节某些不希望的生物学效应，例如免疫应答。在一些实施例中，当确定序列同一性时，将具有相同氢键模式的取代的核碱基与未取代的核碱基相同处理，例如5mC可以与C相同处理[例如，具有5mC代替C(例如AT5mCG)的寡核苷酸被认为与在一个或多个相应位置(例如ATCG)具有C的寡核苷酸具有相同的碱基序列]。

在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个A、T、C、G或U。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个任选地取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个5-甲基胞苷、5-羟甲基胞苷、5-甲酰基胞嘧啶或5-羧基胞嘧啶。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个5-甲基胞苷。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核碱基选自由以下组成的组：任选地取代的A、T、C、G和U，以及A、T、C、G和U的任选地取代的互变异构体。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核碱基是任选地受保护的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的任选地受保护的互变异构体。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核碱基是任选地取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核碱基选自由以下组成的组：A、T、C、G、U和5mC。

在一些实施例中，核碱基是任选地取代的2AP或DAP。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的2AP。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的DAP。在一些实施例中，核碱基是2AP。在一些实施例中，核碱基是DAP。

如本领域技术人员所理解的，各种核碱基在本领域中是已知的并且可以根据本披露使用，例如，在以下项中描述的那些：US 9394333、US 9744183、US 9605019、US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO2019/217784，其各自的糖、碱基和核苷酸间键联修饰通过引用独立地并入本文。在一些实施例中，核碱基被保护并且可用于寡核苷酸合成。

在一些实施例中，核碱基是天然核碱基或衍生自天然核碱基的修饰的核碱基。实例包括任选地其各自的氨基基团被酰基保护基团保护的尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶和鸟嘌呤，2-氟尿嘧啶，2-氟胞嘧啶，5-溴尿嘧啶，5-碘尿嘧啶，2，6-二氨基嘌呤，氮杂胞嘧啶，嘧啶类似物(如假异胞嘧啶和假尿嘧啶)，以及其他修饰的核碱基(如8-取代的嘌呤、黄嘌呤、或次黄嘌呤，后两个是天然降解产物)。修饰的核碱基的某些实例披露于Chiu和Rana，RNA，2003，9，1034-1048；Limbach等人Nucleic Acids Research[核酸研究]，1994，22，2183-2196；以及Revankar和Rao，Comprehensive Natural Products Chemistry[天然产物综合化学]，第7卷，313中。在一些实施例中，修饰的核碱基是取代的尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶或鸟嘌呤。在一些实施例中，经修饰的核碱基是尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶或鸟嘌呤的例如就氢键合和/或碱基配对而言的功能替换物。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶或鸟嘌呤。在一些实施例中，核碱基是尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶或鸟嘌呤。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个5-甲基胞嘧啶。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，所述寡核苷酸的碱基序列在本文中例如在表1中披露，除了每个胞嘧啶任选地并且独立地被5-甲基胞嘧啶替代，或反之亦然。如本领域技术人员所理解的，在一些实施例中，就寡核苷酸的碱基序列而言，可以将5mC视为C-这种寡核苷酸在C位置包含核碱基修饰(例如，参见表1中的各种寡核苷酸)。在寡核苷酸的描述中，通常除非另有说明，否则核碱基、糖和核苷酸间键联是未修饰的。例如，在示例寡核苷酸Aeo5mCeo＊ST＊R G中，Aeo和m5Ceo如所示进行了修饰-A和C各自进行了2’-MOE修饰，并且C还进行了5-甲基修饰；T和G是未修饰的脱氧核糖核苷，分别包含核碱基T和G(例如，如通常存在于天然DNA中；没有糖或碱基修饰)；并且每个核苷酸间键联独立地是天然的磷酸酯键联(例如，核苷Aeo与5mCeo之间的天然磷酸酯键联)，除非另外指出(例如，如通过＊S所指示的核苷5mCeo与T之间的Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联，如通过＊R所指示的核苷T与G之间的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。

在一些实施例中，修饰的碱基是任选地取代的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶或其互变异构体。在一些实施例中，修饰的核碱基是通过以下各项而被一个或多个修饰进行修饰的修饰的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶：

(1)核碱基被一个或多个独立地选自以下的任选地取代的基团修饰：酰基、卤素、氨基、叠氮基、烷基、烯基、炔基、芳基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、杂环基、杂芳基、羧基、羟基、生物素、亲和素、链霉亲和素、取代的甲硅烷基及其组合；

(2)核碱基的一个或多个原子独立地被选自碳、氮和硫的不同原子替换；

(3)核碱基中的一个或多个双键独立地被氢化；或

(4)一个或多个芳基或杂芳基环独立地插入至核碱基中。

在一些实施例中，碱基是任选地取代的A、T、C、G或U，其中一个或多个-NH₂独立地且任选地被-C(-L-R¹)₃替换，一个或多个-NH-独立地且任选地被-C(-L-R¹)₂-替换，一个或多个＝N-独立地且任选地被-C(-L-R¹)-替换，一个或多个＝CH-独立地且任选地被＝N-替换，且一个或多个＝O独立地且任选地经＝S、＝N(-L-R¹)或＝((-L-R¹)₂替换，其中两个或更多个-L-R¹任选地与居于它们之间的原子一起形成具有0-10个杂原子环原子的3-30元双环或多环。在一些实施例中，经修饰的碱基是任选地取代的A、T、C、G或U，其中一个或多个-NH₂独立地且任选地被-C(-L-R¹)₃替换，一个或多个-NH-独立地且任选地被-C(-L-R¹)₂-替换，一个或多个＝N-独立地且任选地被-C(-L-R¹)-替换，一个或多个＝CH-独立地且任选地被＝N-替换，且一个或多个＝O独立地且任选地被＝S、＝N(-L-R¹)或＝C(-L-R¹)₂替换，其中两个或更多个-L-R¹任选地与居于它们之间的原子一起形成具有0-10个杂原子环原子的3-30元双环或多环，其中经修饰的碱基不同于天然A、T、C、G和U。在一些实施例中，碱基是任选地取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，经修饰碱基是取代的A、T、C、G或U，其中经修饰的碱基不同于天然A、T、C、G和U。

在一些实施例中，修饰的核碱基是本领域(例如WO 2017/210647)中所已知的修饰的核碱基。在一些实施例中，修饰的核碱基是其中已添加一个或多个芳基和/或杂芳基环，例如苯环的大小扩增的核碱基。Glen研究目录(格兰研究公司(Glen Research)，弗吉尼亚州斯特林)中描述了修饰的核碱基的某些实例，包括核碱基替换；Krueger AT等人，Acc.Chem.Res.[化学研究评述]，2007，40，141-150；Kool，ET，Acc.Chem.Res.[化学研究评述]，2002，35，936-943；Benner S.A.等人，Nat.Rev.Genet.[遗传学自然评论]，2005，6，553-543；Romesberg，F.E.等人，Curr.Opin.Chem.Biol.[化学生物学新见]，2003，7，723-733；或Hirao，I.，Curr.Opin.Chem.Biol.[化学生物学新见]，2006，10，622-627。在一些实施例中，大小扩增的核碱基是例如WO 2017/210647中描述的大小扩增的核碱基。在一些实施例中，修饰的核碱基是部分，例如咕啉或卟啉衍生的环。某些卟啉衍生的碱基替代物已描述于例如Morales-Rojas，H和Kool，ET，Org.Lett.[有机快报]，2002，4，4377-4380中。在一些实施例中，卟啉衍生的环是例如WO 2017/219647中描述的卟啉衍生的环。在一些实施例中，修饰的核碱基是在例如WO 2017/219647中描述的修饰的核碱基。在一些实施例中，修饰的核碱基是荧光的。此类发荧光的修饰的核碱基的实例包括菲、芘、茋(stillbene)、异黄嘌呤、异黄蝶呤、三联苯、三噻吩、苯并三噻吩、香豆素、二氧四氢蝶啶、系拴茋(tetheredstillbene)、苯并尿嘧啶、萘并尿嘧啶等，以及例如WO 2017/210647中描述的那些。在一些实施例中，核碱基或修饰的核碱基选自：C5-丙炔T、C5-丙炔C、C5-噻唑、吩噁嗪、2-硫代胸腺嘧啶、5-三唑基苯基胸腺嘧啶、二氨基嘌呤和N2-氨基丙基鸟嘌呤。

在一些实施例中，修饰的核碱基选自5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶、烷基或炔基取代的嘧啶、烷基取代的嘌呤、以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤。在某些实施例中，修饰的核碱基选自2-氨基丙基腺嘌呤、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、6-N-甲基鸟嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH₃)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-氮尿嘧啶、6-氮胞嘧啶、6-氮胸腺嘧啶、5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-卤代嘌呤、8-氨基嘌呤、8-硫醇嘌呤、8-硫代烷基嘌呤、8-羟基嘌呤、8-氮杂嘌呤及其他8-取代的嘌呤、5-卤代、特别是5-溴、5-三氟甲基、5-卤代尿嘧啶及5-卤代胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤、3-脱氮腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、2-N-异丁酰基鸟嘌呤、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基尿嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基尿嘧啶、通用碱基、疏水性碱基、混杂碱基、大小扩展的碱基、以及氟化碱基。在一些实施例中，修饰的核碱基是三环嘧啶，如1，3-二氮杂吩噁嗪-2-酮、l，3-二氮杂吩噻嗪-2-酮或9-(2-氨基乙氧基)-1，3-二氮杂吩噁嗪-2-酮(G形夹(G-clamp))。在一些实施例中，修饰的核碱基是其中嘌呤或嘧啶碱基被其他杂环替换的那些核碱基，例如，7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮鸟苷、2-氨基吡啶或2-吡啶酮。在一些实施例中，修饰的核碱基是在以下中披露的那些：US 3687808，The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering[聚合物科学与工程简明百科全书]，Kroschwitz，J.I.编辑，约翰威利父子公司，1990，858-859；Englisch等人，Angewandte Chemie，International Edition[应用化学国际版]，1991，30，613；Sanghvi，Y.S.，第15章，Antisense Research and Applications[反义研究与应用]，Crooke，S.T.和Lebleu，B.编辑，CRC Press[CRC出版社]，1993，273-288中所公开的那些核碱基；或第6章和第15章，Antisense Drug Technology[反义药物技术]，CrookeS.T.编辑，CRC Press[CRC出版社]，2008，163-166和442-443中。

在一些实施例中，修饰的核碱基及其方法是在US 20030158403、US 3687808、US4845205、US 5130302、US 5134066、US 5175273、US 5367066、US 5432272、US 5434257、US5457187、US 5459255、US 5484908、US 5502177、US 5525711、US 5552540、US 5587469、US5594121、US 5596091、US 5614617、US 5645985、US 5681941、US 5750692、US 5763588、US5830653或US 6005096中描述的那些。

在一些实施例中，经修饰的核碱基是取代的。在一些实施例中，经修饰的核碱基是取代的，使得其含有例如连接至荧光部分、生物素或亲和素部分、或其他蛋白质或肽的杂原子、烷基或连接部分。在一些实施例中，经修饰的核碱基是并非最经典意义上的核碱基、但功能类似于核碱基的“通用碱基”。通用碱的一个实例是3-硝基吡咯。

在一些实施例中，可用于提供的技术中的核苷包括修饰的核碱基和/或修饰的糖，例如4-乙酰基胞苷；5-(羧基羟甲基)尿苷；2’-O-甲基胞苷；5-羧甲基氨基甲基-2-硫代尿苷；5-羧甲基氨基甲基尿苷；二氢尿苷；2’-O-甲基假尿苷；β，D-半乳糖基Q核苷(beta，D-galactosylqueosine)；2’-O-甲基鸟苷；N⁶-异戊烯基腺苷；1-甲基腺苷；1-甲基假尿苷；1-甲基鸟苷；1-甲基肌苷；2，2-二甲基鸟苷；2-甲基腺苷；2-甲基鸟苷；N⁷-甲基鸟苷；3-甲基-胞苷；5-甲基胞苷；5-羟甲基胞苷；5-甲酰基胞嘧啶；5-羧基胞嘧啶；N⁶-甲基腺苷；7-甲基鸟苷；5-甲基氨基乙基尿苷；5-甲氧基氨基甲基-2-硫代尿苷；β，D-甘露糖基Q核苷；5-甲氧基羰基甲基尿苷；5-甲氧基尿苷；2-甲硫基-N⁶-异戊烯基腺苷；N-((9-β，D-呋喃核糖基-2-甲基硫代嘌呤-6-基)氨甲酰基)苏氨酸；N-((9-β，D-呋喃核糖基嘌呤-6-基)-N-甲基氨甲酰基)苏氨酸；尿苷-5-氧基乙酸甲酯；尿苷-5-氧基乙酸(v)；假尿苷；Q核苷；2-硫代胞苷；5-甲基-2-硫代尿苷；2-硫代尿苷；4-硫代尿苷；5-甲基尿苷；2’-O-甲基-5-甲基尿苷；以及2’-O-甲基尿苷。

在一些实施例中，核碱基例如修饰的核碱基包含一个或多个生物分子结合部分，例如像抗体、抗体片段、生物素、亲和素、链霉亲和素、受体配体或螯合部分。在其他实施例中，核碱基是5-溴尿嘧啶、5-碘尿嘧啶或2，6-二氨基嘌呤。在一些实施例中，核碱基包含被荧光或生物分子结合部分取代。在一些实施例中，取代基是荧光部分。在一些实施例中，取代基是生物素或亲和素。

核碱基的某些实例和相关方法在US 3687808、4845205、US 513030、US 5134066、US 5175273、US 5367066、US 5432272、US 5457187、US 5457191、US 5459255、US 5484908、US 5502177、US 5525711、US 5552540、US 5587469、US 5594121、US 5596091、US 5614617、US 5681941、US 5750692、US 6015886、US 6147200、US 6166197、US 6222025、US 6235887、US 6380368、US 6528640、US 6639062、US 6617438、US 7045610、US 7427672、US或US7495088中描述。

在一些实施例中，核碱基、糖、核苷和/或核苷酸间键联在以下项的任一项中进行了描述：Gryaznov，S；Chen，J.-K.J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]1994，116，3143；Hendrix等人.1997Chem.Eur.J.[欧洲化学杂志]3：110；Hyrup等人.1996Bioorg.Med.Chem.[生物有机化学与医药化学]4：5；Jepsen等人.2004Oligo.[寡核苷酸]14：130-146；Jones等人.J.Org.Chem.[有机化学杂志]1993，58，2983；Koizumi等人.2003Nuc.Acids Res.[核酸研究]12：3267-3273；Koshkin等人.1998Tetrahedron[四面体]54：3607-3630；Kumar等人.1998Bioo.Med.Chem.Let.[生物有机化学与医药化学通讯]8：2219-2222；Lauritsen等人.2002Chem.Comm.[化学通讯]5：530-531；Lauritsen等人.2003Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学通讯]13：253-256；Mesmaeker等人.Angew.Chem.，Int.Ed.Engl.[应用化学英文国际版] 1994，33，226；Morita等人.2001Nucl.Acids Res.Supp.[核酸研究增刊]1：241-242；Morita等人.2002Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学通讯]12：73-76；Morita等人.2003Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学通讯]2211-2226；Nielsen等人.1997Chem.Soc.Rev.[化学学会综述]73；Nielsen等人.1997J.Chem.Soc.Perkins Transl.[化学学会杂志博金斯译版]1：3423-3433；Obika等人.1997Tetrahedron Lett.[四面体通讯]38(50)：8735-8；Obika等人.1998TetrahedronLett.[四面体通讯]39：5401-5404；Pallan等人.2012Chem.Comm.[化学通讯]48：8195-8197；Petersen等人.2003TRENDS Biotech.[生物技术趋势]21：74-81；Rajwanshi等人.1999Chem.Commun.[化学通讯]1395-1396；Schultz等人.1996Nucleic Acids Res.[核酸研究]24：2966；Seth等人.2009J.Med.Chem.[医药化学杂志]52：10-13；Seth等人.2010J.Med.Chem.[医药化学杂志]53：8309-8318；Seth等人.2010J.Org.Chem.[有机化学杂志]75：1569-1581；Seth等人.2012Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学通讯]22：296-299；Seth等人.2012Mol.Ther-Nuc.Acids.[分子疗法与核酸]1，e47；Seth，Punit P；Siwkowski，Andrew；Allerson，Charles R；Vasquez，Guillermo；Lee，Sam；Prakash，Thazha P；Kinberger，Garth；Migawa，Michael T；Gaus，Hans；Bhat，Balkrishen；等人.来自Nucleic Acids Symposium Series[核酸专题讨论会系列](2008)，52(1)，553-554；Singh等人.1998Chem.Comm.[化学通讯]1247-1248；Singh等人.1998J.Org.Chem.[有机化学杂志]63：10035-39；Singh等人.1998J.Org.Chem.[有机化学杂志]63：6078-6079；Sorensen 2003Chem.Comm.[化学通讯]2130-2131；Ts’o等人.Ann.N.Y.Acad.Sci.[纽约科学院院刊]1988，507，220；Van Aerschot等人.1995Angew.Chem.Int.Ed.Engl.[应用化学英文国际版]34：1338；Vasseur等人.J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]1992，114，4006；WO2007090071；或WO 2016/079181。

在一些实施例中，经修饰的核碱基、核苷或核苷酸在在以下项的任一项中进行了描述：Feldman等人2017J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]139：11427-11433，Feldman等人.2017Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国国家科学院院刊]114：E6478-E6479，Hwang等人.2009Nucl.Acids Res.[核酸研究]37：4757-4763，Hwang等人.2008J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]130：14872-14882，Lavergne等人.2012Chem.Eur.J.[欧洲化学杂志]18：1231-1239，Lavergne等人.2013J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]135：5408-5419，Ledbetter等人.2018J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]140：758-765，Malyshev等人.2009J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]131：14620-14621，Seo等人.2009Chem.Bio.Chem.[化学与生物化学]10：2394-2400，例如d3FB、d2Py类似物、d2Py、d3MPy、d4MPy、d5MPy、d34DMPy、d35DMPy、d45DMPy、d5FM、d5PrM、d5SICS、dFEMO、dMMO2、dNaM、dNM01、dTPT3；具有2’-叠氮基糖、2’-氯基糖、2’-氨基糖或阿拉伯糖的核苷酸；异喹诺酮核苷酸、萘基核苷酸及氮杂吲哚核苷酸；以及其修饰及衍生物及官能化形式，例如其中糖包含2’修饰和/或其他修饰的那些，以及具有间氯、-溴、-碘、-甲基或-丙炔基取代基的dMMO2衍生物。

在一些实施例中，核碱基包含至少一个任选地取代的环，所述环包含杂原子环原子。在一些实施例中，核碱基包含至少一个任选地取代的环，所述环包含氮环原子。在一些实施例中，这样的环是芳族的。在一些实施例中，核碱基通过杂原子键合至糖。在一些实施例中，核碱基通过氮原子键合至糖。在一些实施例中，核碱基通过环氮原子键合至糖。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是任选地取代的基团，所述基团是通过从

或其互变异构体去除-H而形成的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是任选地取代的基团，所述基团是通过从

去除-H而形成的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是任选地取代的基团，所述基团选自

及其互变异构形式。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是任选地取代的基团，所述基团选自

及其互变异构体去除-H而形成的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是任选地取代的基团，所述基团是通过从

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是任选地取代的

或其互变异构形式。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是任选地取代的

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，寡核苷酸的5’端核苷单元的核碱基是任选地取代的基团，所述基团是通过从

去除-H而形成的。在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是任选地取代的基团，所述基团选自

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是任选地取代的基团，所述基团是通过从

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是

在一些实施例中，5’端核苷单元的核碱基是

在一些实施例中，BA是本文描述的5’端核苷单元的核碱基。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的核碱基例如BA是

在一些实施例中，保护基团是-Ac。在一些实施例中，保护基团是-Bz。在一些实施例中，保护基团是用于核碱基的-iBu。

在一些实施例中，核碱基是任选地取代的嘌呤碱基残基。在一些实施例中，核碱基是受保护的嘌呤碱基残基。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的腺嘌呤残基。在一些实施例中，核碱基是受保护的腺嘌呤残基。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的鸟嘌呤残基。在一些实施例中，核碱基是受保护的鸟嘌呤残基。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的胞嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是受保护的胞嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的胸腺嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是受保护的胸腺嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的尿嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是受保护的尿嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是任选地取代的5-甲基胞嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是受保护的5-甲基胞嘧啶残基。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含例如在以下项中描述的经修饰的核碱基：US 5552540、US 6222025、US 6528640、US 4845205、US 5681941、US 5750692、US6015886、US 5614617、US 6147200、US 5457187、US 6639062、US 7427672、US 5459255、US5484908、US 7045610、US 3687808、US 5502177、US 55257116235887、US 5175273、US6617438、US 5594121、US 6380368、US 5367066、US 5587469、US 6166197、US 5432272、US7495088、US 5134066、或US 5596091。

糖

根据本披露，可以使用各种糖，包括修饰的糖。在一些实施例中，本披露任选地与其他结构元件(例如，核苷酸间键联修饰及其模式，其骨架手性中心模式等)组合地包括糖修饰及其模式，所述其他结构元件在掺入寡核苷酸时可以提供改善的特性和/或活性。

最常见的天然存在的核苷包括连接到核碱基腺苷(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)的核糖(例如在RNA中)或脱氧核糖(例如在DNA中)。在一些实施例中，糖，例如许多寡核苷酸中的各种糖(除非另外说明)，是天然DNA糖(在DNA核酸或寡核苷酸中，具有结构

其中核碱基附接至1’位并且3’和5’位连接至核苷酸间键联(如本领域技术人员所理解的，如果在寡核苷酸的5’端，则5’位可以连接至5’端基(例如-OH)，并且如果在寡核苷酸的3’端，则3’位可以连接至3’端基(例如-OH，在寡核苷酸合成期间的载体(任选地通过接头)等))。在一些实施例中，糖是天然RNA糖(在RNA核酸或寡核苷酸中，具有结构

其中核碱基附接至1’位并且3’和5’位连接至核苷酸间键联(如本领域技术人员所理解的，如果在寡核苷酸的5’端，则5’位可以连接至5’端基(例如-OH)，并且如果在寡核苷酸的3’端，则3’位可以连接至3’端基(例如-OH，在寡核苷酸合成期间的载体(任选地通过接头)等))。在一些实施例中，糖是修饰的糖，因为它不是天然DNA糖或天然RNA糖。除其他外，修饰的糖可提供改善的稳定性。在一些实施例中，修饰的糖可用于改变和/或优化一种或多种杂交特征。在一些实施例中，修饰的糖可用于改变和/或优化靶识别。在一些实施例中，修饰的糖可以用于优化Tm。在一些实施例中，修饰的糖可用于改善寡核苷酸活性。在一些实施例中，经修饰的糖包含2’-修饰。在一些实施例中，2’-修饰替代天然RNA糖中的2’-OH。本文描述了示例2’-修饰，例如2’-F、2’-OMe、2’-MOE等。

糖可以在各个位置结合到核苷酸间键联上。作为非限制性实例，核苷酸间键联可以键合至糖的2’、3’、4’或5’位。在一些实施例中，如天然核酸中最常见的，核苷酸间键联与在5’位的一个糖和在3’位的另一个糖连接。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如寡核苷酸，包含一个或多个经修饰的糖。在一些实施例中，糖是

其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，糖是

其中L^s是-C(R^5s)₂-，其中每个R^5s独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，糖是任选地取代的天然DNA或RNA糖。在一些实施例中，糖是任选地取代的

在一些实施例中，糖是

其中2’位是任选地取代的。在一些实施例中，糖是

在一些实施例中，糖例如

等具有以下结构：

其中每个L^b独立地是L^s，并且每个其他变量独立地如本披露中所述。在一些实施例中，C1与核碱基键合，并且C3和C5与核苷酸间键联键合。在一些实施例中，糖具有

的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，糖具有

的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^2s是如本披露中所描述的2’-修饰。在一些实施例中，糖是双环糖，例如其中R^2s和R^4s被用来形成如本披露中所述的任选取代的环的糖，其结构包含L^b的糖、LNA糖、BNA糖、cEt糖等。在一些实施例中，一个或多个糖碳原子上的两个取代基一起形成双环糖。在一些实施例中，两个取代基是在两个不同的糖碳原子上，例如R^2s和R^4s。在一些实施例中，-L^b-L^b-是-O-L^b-。在一些实施例中，-L^b-L^b-是2’-O-L^b-4’。在一些实施例中，-L^b-L^b-是-S-L^b-。在一些实施例中，-L^b-L^b-是2’-S-L^b-4’。在一些实施例中，-L^b-L^b-是-NR’-L^b，其中R’是如本披露中所述的。在一些实施例中，-L^b-L^b-是2’-NR’-L^b-4’。在一些实施例中，R’是-H或任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，糖具有

的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，L^b是-CH(R)-，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R不是-H，并且L^b是-(R)-CH(R)-。在一些实施例中，R不是-H，并且L^b是-(S)-CH(R)-。在一些实施例中，L^b是任选地取代的-CH₂-CH₂-。在一些实施例中，R是-H。在一些实施例中，糖是任选地取代的

在一些实施例中，糖具有

的结构。在一些实施例中，糖是任选地取代的

在一些实施例中，糖具有

的结构。在一些实施例中，糖是任选地取代的

在一些实施例中，糖具有

的结构。在一些实施例中，如本披露中所述的，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是甲基。

各种类型的糖修饰是已知的且可根据本披露利用。在一些实施例中，糖修饰是2’-修饰。在一些实施例中，2’-修饰是2’-F。在一些实施例中，2’-修饰是2’OR，其中R不是氢。在一些实施例中，2’-修饰是2’OR，其中R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，2’-修饰是2’OR，其中R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，2’-修饰是2’-OMe。在一些实施例中，2’-修饰是2’-MOE。在一些实施例中，2’-修饰是LNA糖修饰(C2-O-CH₂-C4)。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-C(R)₂-C4)，其中每个R独立地如本披露中所述。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R如本披露中所述。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R如本披露中所述并且不是氢。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R如本披露中所述并且不是氢。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是未取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R是甲基。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R是乙基。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R是甲基。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R是乙基。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R是甲基。在一些实施例中，2’-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R是乙基。在一些实施例中，2’-修饰是C2-O-(R)-CH(CH₂CH₃)-C4。在一些实施例中，2’-修饰是C2-O-(S)-CH(CH₂CH₃)-C4。在一些实施例中，糖是天然DNA糖。在一些实施例中，糖是在2’处修饰的(2’-修饰)天然DNA糖。在一些实施例中，糖是任选地取代的天然DNA糖。在一些实施例中，糖是2’-取代的天然DNA糖。

在一些实施例中，糖是任选地取代的核糖或脱氧核糖。在一些实施例中，糖是任选地经修饰的核糖或脱氧核糖，其中所述核糖或脱氧核糖部分的一个或多个羟基任选且独立地被卤素、R’、-N(R’)₂、-OR’或-SR’替代，其中每个R’独立地描述于本披露中。在一些实施例中，糖是任选地取代的脱氧核糖，其中所述脱氧核糖的2’位是任选地取代的。在一些实施例中，糖是任选地取代的脱氧核糖，其中所述脱氧核糖的2’位任选地被卤素、R’、-N(R’)₂、-OR’或-SR’取代，其中每个R’独立地描述于本披露中。在一些实施例中，糖是任选地取代的脱氧核糖，其中所述脱氧核糖的2’位是任选地被卤素取代的。在一些实施例中，糖是任选地取代的脱氧核糖，其中所述脱氧核糖的2’位是任选地被一个或多个-F取代的。在一些实施例中，糖是任选地取代的脱氧核糖，其中所述脱氧核糖的2’位任选地被-OR’取代，其中每个R’独立地描述于本披露中。在一些实施例中，糖是任选地取代的脱氧核糖，其中所述脱氧核糖的2’位任选地被-OR’取代，其中每个R’独立地是任选地取代的C₁-C₆脂肪族基团。在一些实施例中，糖是任选地取代的脱氧核糖，其中所述脱氧核糖的2’位任选地被-OR’取代，其中每个R’独立地是任选地取代的C₁-C₆烷基。在一些实施例中，糖是任选地取代的脱氧核糖，其中所述脱氧核糖的2’位是任选地被-OMe取代的。在一些实施例中，糖是任选地取代的脱氧核糖，其中所述脱氧核糖的2’位是任选地被-O-甲氧基乙基取代的。

在一些实施例中，提供的寡核苷酸包含一个或多个修饰的糖。在一些实施例中，提供的寡核苷酸包含一个或多个修饰的糖和一个或多个天然糖。

在一些实施例中，核苷酸中的键联磷可以连接至糖或经修饰的糖的各个位置。例如，在一些实施例中，键联磷可以连接至糖或经修饰的糖的2’、3’、4’或5’羟基部分。在此情况下还涵盖如本文所描述的并有经修饰核碱基的核苷酸。在一些实施例中，根据本披露使用包含未保护的-OH部分的核苷酸或经修饰的核苷酸。

双环糖的实例包括α-L-亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)LNA、β-D-亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)LNA、亚乙基氧基(4’-(CH₂)₂-O-2’)LNA、氨基氧基(4’-CH₂-O-N(R)-2’)LNA和氧基氨基(4’-CH₂-N(R)-O-2’)LNA。在一些实施例中，双环糖，例如LNA或BNA糖，是在两个糖碳之间具有至少一个桥的糖。在一些实施例中，核苷中的双环糖可以具有α-L-呋喃核糖或β-D-呋喃核糖的立体化学构型。在一些实施例中，糖是WO 1999014226中描述的糖。在一些实施例中，4’-2’双环糖或4’至2’双环糖是包含呋喃糖环的双环糖，所述呋喃糖环包含连接糖环的2’碳原子和4’碳原子的桥。在一些实施例中，双环糖，例如LNA或BNA糖，在两个呋喃戊糖基糖碳之间包含至少一个桥。在一些实施例中，LNA或BNA糖在4’和2’的呋喃戊糖基糖碳之间包含至少一个桥。在一些实施例中，每个桥独立地包含或是1个或从2至4个独立地选自以下的连接基团：-[C(R₁)(R₂)]_n-、-C(R₁)＝C(R₂)-、-C(R₁)＝N-、-C(＝NR₁)-、-C(＝O)-、-C(＝S)-、-O-、-Si(R₁)₂-、-S(＝O)_x-和-N(R₁)-，其中x是0、1、或2，n是1、2、3、或4，并且R₁和R₂各自独立地是-H、-R、保护基团、-OH、卤素、-OJ₁、-NJ₁J₂、-SJ₁、-N₃、-COOJ₁、-CN、-S(＝O)₂-J₁、-S(＝O)-J₁、保护基团、或选自以下的任选地取代的基团：C₁-C₁₂烷基、C₂-C₁₂烯基、C₂-C₁₂炔基、C₅-C₂₀芳基、杂环基、杂芳基、酰基(C(＝O)-H)和C₅-C₇脂环族基团，其中每个J₁和J₂独立地是-H或选自以下的任选地取代的基团：C₁-C₁₂烷基、C₂-C₁₂烯基、C₂-C₁₂炔基、C₅-C₂₀芳基、酰基(C(＝O)-H)、杂环基、杂芳基、和C₁-C₁₂氨基烷基，并且R是如本披露中所述的。在一些实施例中，桥，例如4’-2’桥，是-[C(R₁)(R₂)]_n-、-[C(R₁)(R₂)]_n-O-、-C(R₁R₂)-N(R₁)-O-或-C(R₁R₂)-O-N(R₁)-。在一些实施例中，4’-2’桥是4’-CH₂-2’、4’-(CH₂)₂-2’、4’-(CH₂)₃-2’、4’-CH₂-O-2’、4’-(CH₂)₂-O-2’、4’-CH₂-O-N(R₁)-2’或4’-CH₂-N(R₁)-O-2’，其中R₁和R₂各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R₁和R₂各自独立地是-H、保护基团或任选地取代的C₁-C₁₂烷基。在一些实施例中，R₁和R₂各自独立地是-H。在一些实施例中，R₁和R₂各自独立地是-R。在一些实施例中，R₁和R₂各自独立地是-H或任选地取代的C₁-C₁₂烷基。在一些实施例中，R₁和R₂各自独立地是-H或C₁-C₆烷基。在一些实施例中，在LNA中，核糖基糖环的2’-羟基连接至糖环的4’碳原子，从而形成亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)桥以形成双环糖部分。在一些实施例中，桥也可是连接2’氧原子与4’碳原子的亚甲基(-CH₂-)基团，术语亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)LNA用于其。在一些实施例中，在双环糖部分在该位置具有亚乙基桥接基团的情况下，使用术语亚乙基氧基(4’-CH₂CH₂-O-2’)LNA。在一些实施例中，双环糖是呈α-L-亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)LNA，亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)LNA的异构体的糖。

在一些实施例中，双环糖可以通过异构体构型进一步定义。例如，包含4’-(CH₂)-O-2’桥的糖可以是呈α-L构型或β-D构型。在一些实施例中，4’至2’桥是-L-4’-(CH₂)-O-2’、b-D-4’-CH₂-O-2’、4’-(CH₂)₂-O-2’、4’-CH₂-O-N(R’)-2’、4’-CH₂-N(R’)-O-2’、4’-CH(R’)-O-2’、4’-CH(CH₃)-O-2’、4’-CH₂-S-2’、4’-CH₂-N(R’)-2’、4’-CH₂-CH(R’)-2’、4’-CH₂-CH(CH₃)-2’、和4’-(CH₂)₃-2’，其中每个R’是如本披露中所述的。在一些实施例中，R’是-H、保护基团或任选地取代的C₁-C₁₂烷基。在一些实施例中，R’是-H或任选地取代的C₁-C₁₂烷基。

某些修饰的糖(例如具有4’至2’桥联基团的双环糖，例如4’-CH₂-O-2’和4’-CH₂-S-2’)，其制备和/或用途描述于以下：Kumar等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]，1998，8，2219-2222；WO 1999014226；等。在某些情况下可能提供构象限制和高亲和力的2’-氨基-BNA描述于以下：例如Singh等人，J.Org.Chem.[有机化学杂志]，1998，63，10035-10039。此外，先前已经报道了2’-氨基和2’-甲基氨基-BNA糖以及它们具有互补RNA和DNA链的双链体的热稳定性。

在一些实施例中，糖是具有烃桥的双环糖，例如4’-(CH₂)₃-2’桥，4’-CH＝CH-CH₂-2’桥等(例如，Freier等人.，Nucleic Acids Research[核酸研究]，1997，25(22)，4429-4443；Albaek等人.，J.Org.Chem.[有机化学杂志]，2006，71，7731-7740；等)。报道了这样的双环糖和核苷的示例性制备以及它们的寡聚和生化研究，例如Srivastava等人.，J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]2007，129(26)，8362-8379。在一些实施例中，经修饰的核苷包含在核碱基原子与糖原子之间形成的桥，例如具有-L-结构的桥。在一些实施例中，经修饰的核苷包含键合至核碱基原子和糖原子的桥，例如具有-L-结构的桥，所述桥不同于将核碱基与糖连接的键。在一些实施例中，经修饰的核苷酸包含键合至核碱基原子和糖原子且不同于连接所述核碱基与所述糖的键的桥(例如，具有-L-结构)、键合至核碱基原子和核苷酸间键联的桥(例如，具有-L-结构)，和/或键合至糖原子和核苷酸间键联原子且不同于连接所述糖与所述核苷酸间键联的键的桥(例如，具有-L-结构)。

在一些实施例中，双环糖是以下各项的糖：α-L-亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)BNA、β-D-亚甲基氧基(4’-CH₂-O-2’)BNA、亚乙基氧基(4’-(CH₂)₂-O-2’)BNA、氨基氧基(4’-CH₂-O-N(R)-2’)BNA、氧氨基(4’-CH₂-N(R)-O-2’)BNA、甲基(亚甲基氧基)(4’-CH(CH₃)-O-2’)BNA(也称为受限制的乙基或cEt)、亚甲基-硫基(4’-CH₂-S-2’)BNA、亚甲基-氨基(4’-CH₂-N(R)-2’)BNA、甲基碳环(4’-CH₂-CH(CH₃)-2’)BNA、亚丙基碳环(4’-(CH₂)₃-2’)BNA或乙烯基BNA。

在一些实施例中，糖修饰是US 9006198中描述的修饰。在一些实施例中，修饰的糖在US 9006198中描述。在一些实施例中，糖修饰是在以下项中描述的修饰：US 9394333、US9744183、US 9605019、US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、或WO 2018/098264，其各自的糖修饰和经修饰的糖通过引用独立地并入本文。

在一些实施例中，糖修饰是2’-OMe、2’-MOE、2’-LNA、2’-F、5’-乙烯基或S-cEt。在一些实施例中，修饰的糖是FRNA糖、FANA糖或吗啉代糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含核酸类似物，例如GNA、LNA、PNA、TNA、F-HNA(F-THP或3’-氟四氢吡喃)、MNA(甘露醇核酸，例如Leumann 2002Bioorg.Med.Chem.[生物有机化学与医药化学杂志]10：841-854)、ANA(安尼妥(anitol)核酸)或吗啉代或其一部分。在一些实施例中，糖修饰用另一个环状或无环状部分代替天然糖。此类部分的实例在本领域中是众所周知的，例如用于吗啉代、二醇核酸等中的那些，并且可以根据本披露使用。如本领域技术人员所理解的，当与修饰的糖一起使用时，在一些实施例中，核苷酸间键联可以被修饰，例如在吗啉代、PNA等中。

在一些实施例中，糖是在6-位具有(R)或(S)手性的6’-修饰的双环糖，例如在US7399845中描述的那些。在一些实施例中，糖是在5-位具有(R)或(S)手性的5’-修饰的双环糖，例如在US 20070287831中描述的那些。

在一些实施例中，糖具有

的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，每种糖独立地具有以下结构：

在一些实施例中，糖具有

结构。在一些实施例中，每种糖独立地具有以下结构：

在一些实施例中，R^2s是如本披露中所描述的2’-修饰。在一些实施例中，R^2s是-H、-OH、-F、-OMe或MOE。

在一些实施例中，经修饰的糖在2’位含有一个或多个独立地选自以下的取代基(典型地一个取代基，并且通常在轴向位置)：-F；-CF₃、-CN、-N₃、-NO、-NO₂、-OR’、-SR’、或-N(R’)₂，其中每个R’独立地描述于本披露中；-O-(C₁-C₁₀烷基)、-S-(C₁-C₁₀烷基)、-NH-(C₁-C₁₀烷基)、或-N(C₁-C₁₀烷基)₂；-O-(C₂-C₁₀烯基)、-S-(C₂-C₁₀烯基)、-NH-(C₂-C₁₀烯基)、或-N(C₂-C₁₀烯基)₂；-O-(C₂-C₁₀炔基)、-S-(C₂-C₁₀炔基)、-NH-(C₂-C₁₀炔基)、或-N(C₂-C₁₀炔基)₂；或-O--(C₁-C₁₀亚烷基)-O--(C₁-C₁₀烷基)、-O-(C₁-C₁₀亚烷基)-NH-(C₁-C₁₀烷基)或-O-(C₁-C₁₀亚烷基)-NH(C₁-C₁₀烷基)₂、-NH-(C₁-C₁₀亚烷基)-O-(C₁-C₁₀烷基)、或-N(C₁-C₁₀烷基)-(C₁-C₁₀亚烷基)-O-(C₁-C₁₀烷基)，其中所述烷基、亚烷基、烯基和炔基各自独立地并且任选地被取代。在一些实施例中，取代基是-O(CH₂)_nOCH₃、-O(CH₂)_nNH₂、MOE、DMAOE或DMAEOE，其中n是1至约10。在一些实施例中，修饰的糖描述于以下中的修饰的糖：WO 2001/088198；和Martin等人，Helv.Chim.Acta[赫尔维蒂卡化学杂志]，1995，78，486-504。在一些实施例中，修饰的糖包含一个或多个选自以下的基团：取代的甲硅烷基基团、裂解RNA的基团、报告基团、荧光标记、嵌入剂、用于改善核酸的药代动力学特性的基团、用于改善核酸的药效学特性的基团、或其他具有类似特性的取代基。在一些实施例中，在2’、3’、4’或5’位的一个或多个上进行修饰，包括在3’末端核苷上的糖的3’位或在5’末端核苷的5’位。

在一些实施例中，核糖的2’-OH被选自以下的基团替代：-H、-F；-CF₃、-CN、-N₃、-NO、-NO₂、-OR’、-SR’、或-N(R’)₂，其中每个R’独立地描述于本披露中；-O-(C₁-C₁₀烷基)、-S-(C₁-C₁₀烷基)、-NH-(C₁-C₁₀烷基)、或-N(C₁-C₁₀烷基)₂；-O-(C₂-C₁₀烯基)、-S-(C₂-C₁₀烯基)、-NH-(C₂-C₁₀烯基)、或-N(C₂-C₁₀烯基)₂；-O-(C₂-C₁₀炔基)、-S-(C₂-C₁₀炔基)、-NH-(C₂-C₁₀炔基)、或-N(C₂-C₁₀炔基)₂；或-O--(C₁-C₁₀亚烷基)-O--(C₁-C₁₀烷基)、-O-(C₁-C₁₀亚烷基)-NH-(C₁-C₁₀烷基)或-O-(C₁-C₁₀亚烷基)-NH(C₁-C₁₀烷基)₂、-NH-(C₁-C₁₀亚烷基)-O-(C₁-C₁₀烷基)、或-N(C₁-C₁₀烷基)-(C₁-C₁₀亚烷基)-O-(C₁-C₁₀烷基)，其中所述烷基、亚烷基、烯基和炔基各自独立地并且任选地被取代。在一些实施例中，2’-OH被-H(脱氧核糖)替换。在一些实施例中，2’-OH被-F替换。在一些实施例中，2’-OH被-OR’替换。在一些实施例中，2’-OH被-OMe替换。在一些实施例中，2’-OH被-OCH₂CH₂OMe替换。

在一些实施例中，糖修饰是2’-修饰。常用2’修饰包括但不限于2’-OR¹，其中R¹不是氢并且如本披露中所述。在一些实施例中，修饰是2’-OR，其中R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，修饰是2’-OR，其中R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，修饰是2’-OMe。在一些实施例中，修饰是2’-MOE。在一些实施例中，2’-修饰是S-cEt。在一些实施例中，修饰的糖是LNA糖。在一些实施例中，2’-修饰是-F。在一些实施例中，2’-修饰是FANA。在一些实施例中，2’-修饰是FRNA。在一些实施例中，糖修饰是5’-修饰，例如5’-Me。在一些实施例中，糖修饰改变糖环的大小。在一些实施例中，糖修饰是FHNA中的糖部分。

在一些实施例中，糖修饰用另一个环状或无环状部分代替糖部分。这类部分的实例是本领域广泛已知的，包括但不限于吗啉基(任选地具有其二氨基磷酸酯键联)、二醇核酸等中所使用的那些部分。

在一些实施例中，寡核苷酸的糖的5％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的10％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的15％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的20％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的25％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的30％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的35％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的40％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的45％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的50％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的55％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的60％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的65％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的70％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的75％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的80％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的85％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的90％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的糖的95％或更多被修饰。在一些实施例中，寡核苷酸的每个糖被独立地修饰。在一些实施例中，经修饰的糖包含2’-修饰。在一些实施例中，每个修饰的糖独立地包含2’-修饰。在一些实施例中，2’-修饰是2’-OR¹。在一些实施例中，2’-修饰是2’-OMe。在一些实施例中，2’-修饰是2’-MOE。在一些实施例中，2’-修饰是LNA糖修饰。在一些实施例中，2’-修饰是2’-F。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-修饰。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-OR¹或2’-F。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-OR¹或2’-F，其中R¹是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-OR¹或2’-F，其中至少一个是2’-F。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-OR¹或2’-F，其中R¹是任选地取代的C_1-6烷基，并且其中至少一个是2’-OR¹。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-OR¹或2’-F，其中至少一个是2’-F，且至少一个是2’-OR¹。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-OR¹或2’-F，其中R¹是任选地取代的C_1-6烷基，并且其中至少一个是2’-F，且至少一个是2’-OR¹。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-OR¹。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’OR¹，其中R¹是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，每个糖修饰是2’-OMe。在一些实施例中，每个糖修饰是2’-MOE。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-OMe或2’-MOE。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2’-OMe、2’-MOE或LNA糖。

在一些实施例中，修饰的糖是任选地取代的ENA糖。在一些实施例中，糖是在以下中描述的糖：例如Seth等人，J Am Chem Soc.[美国化学学会杂志]2010年10月27日；132(42)：14942-14950。在一些实施例中，修饰的糖是在XNA(异种核酸(xenonucleic acid))中的糖，例如阿拉伯糖、无水己糖醇、苏糖、2’氟阿拉伯糖或环己烯。

修饰的糖包括代替呋喃戊糖基糖的环丁基或环戊基部分。这种修饰的糖的代表性实例包括在US 4,981,957、US 5,118,800、US 5,319,080或US 5,359,044中描述的那些。在一些实施例中，核糖环内的氧原子被氮、硫、硒或碳替换。在一些实施例中，-O-被-N(R’)-、-S-、-Se-或-C(R’)₂-替换。在一些实施例中，经修饰的糖是经修饰的核糖，其中核糖环内的氧原子被氮替换，且其中氮任选地被烷基(例如甲基、乙基、异丙基等)取代。

修饰的糖的非限制性实例是甘油，其是甘油核酸(GNA)的一部分，例如，如描述于以下中：Zhang，R等人.，J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]，2008，130，5846-5847；ZhangL，等人，J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]，2005，127，4174-4175以及Tsai CH等人，PNAS[美国国家科学院院刊]，2007，14598-14603中。在一些实施例中，核苷具有以下结构：

其中BA是如本披露中描述的核碱基。

柔性核酸(FNA)是基于甲酰甘油的混合乙缩醛缩醛胺，例如描述于Joyce GF等人，PNAS[美国国家科学院院刊]，1987，84，4398-4402以及Heuberger BD和Switzer C，J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]，2008，130，412-413中。在一些实施例中，核苷具有以下结构：

其中BA是如本披露中描述的核碱基。

在一些实施例中，糖是吡喃己糖基(6’至4’)、吡喃戊糖基(4’至2’)、吡喃戊糖基(4’至3’)、5’-脱氧-5’-C-丙二酰基、方酸基二酰胺(squaryldiamide)或四呋喃糖基(tetrofuranosyl)(3’至2’)糖。在一些实施例中，核苷酸间键联是方酸基二酰胺中的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷包含吡喃己糖基(6’至4’)糖并且具有以下结构：

其中BA是如本披露中描述的核碱基。在一些实施例中，糖是此类核苷的糖。

在一些实施例中，经修饰的核苷包含吡喃戊糖基(4’至2’)糖并且具有以下结构：

在一些实施例中，经修饰的核苷包含吡喃戊糖基(4’至3’)糖并且具有以下结构：

在一些实施例中，经修饰的核苷包含四呋喃糖基(3’至2’)糖并且具有以下结构：

在一些实施例中，经修饰的核苷包含经修饰的糖并且具有以下结构：

在一些实施例中，糖中的一个或多个羟基基团任选地且独立地被卤素、R’-N(R’)₂、-OR’、或-SR’替换，其中每个R’独立地描述于本披露中。

在一些实施例中，经修饰的核苷是

其中BA是如本披露中描述的核碱基，X¹选自-S-、-Se-、-C(R’)₂-、或-N(R’)-，并且每个R’独立地如本披露中所述。在一些实施例中，糖是此类核苷的糖。在一些实施例中，-N(R’)是-NMe-、-NEt-或-NiPr-。

其中R¹和R²各自独立地是-H、-F、-OMe、-MOE或任选取代的C_1-6烷基，R’是如本披露中所述，并且BA是如本披露中描述的核碱基。在一些实施例中，糖是此类核苷的糖。在一些实施例中，糖是2’-硫代-LNA、HNA、β-D-氧基-LNA、β-D-硫代-LNA、β-D-氨基-LNA、xylo-LNA、α-L-LNA、ENA、β-D-ENA、膦酸甲酯-LNA、(R、S)-cEt、(R)-cEt、(S)-cEt、(R、S)-cMOE、(R)-cMOE、(S)-cMOE、(R、S)-5’-Me-LNA、(R)-5’-Me-LNA、(S)-5’-Me-LNA、(S)-Me cLNA、亚甲基-cLNA、3’-甲基-α-L-LNA、(R)-6’-甲基-α-L-LNA、(S)-5’-甲基-α-L-LNA或(R)-5’-Me-a-L-LNA。在WO 2008/101157、WO 2007/134181、WO2016/167780或US 20050130923中另外描述了示例性的修饰的糖。

在一些实施例中，寡核苷酸中的糖的至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％或更多(例如55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)(包含)被独立地修饰。在一些实施例中，仅嘌呤残基被修饰(例如，嘌呤残基的约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％或更多[例如55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多]被修饰)。在一些实施例中，仅嘧啶残基被修饰(例如，嘧啶残基的约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％或更多[例如55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多]被修饰)。在一些实施例中，嘌呤和嘧啶残基均被修饰。在一些实施例中，每种糖被独立地修饰。在一些实施例中，每种糖独立地包含2’-修饰。

核苷酸间键联

在一些实施例中，如果核苷酸间键联是手性核苷酸间键联，则可以使用所提供的技术有效地形成各种核苷酸间键联，这些技术是高立体选择性的(手性控制)，例如，以下项的那些：US 20150211006、US 20170037399、ＵS 20180216107、US 20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、或WO 2019/217784。在一些实施例中，核苷酸间键联是天然磷酸酯键联(酸形式是-O-P(O)(OH)-(O)-；可以作为各种盐形式存在)。在一些实施例中，核苷酸间键联是硫代磷酸酯键联(酸形式是-O-P(O)(SH)-(O)-；可以作为各种盐形式存在)。在一些实施例中，核苷酸间键联是非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个天然磷酸酯键联和一个或多个经修饰的手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的手性核苷酸间键联是非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的手性核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个天然磷酸酯键联和一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个天然磷酸酯键联和一个或多个非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个经修饰的核苷酸间键联是手性的并且各自独立地被手性控制。在一些实施例中，核苷酸间键联是包含手性键联磷的手性核苷酸间键联。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1-30，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、或25个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、或25个手性控制的核苷酸间键联。

在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯键联。

在一些实施例中，键联例如核苷酸间键联具有式VII：

或其盐形式的结构，其中：

P^L是P(＝W)、P、P→B(R’)₃、或P^N；

P^N是P(＝N-L-R⁵)、

Q^-、

Q^-、

Q^-、

Q^-或

Q^-；

Q^-是阴离子；

g是0-20；

环A^L是如本文所述的环A；

W是O、N(-L-R⁵)、S或Se；

R¹和R⁵各自独立地是-H、-L^s-R’、卤素、-CN、-NO₂、-L^s-Si(R’)₃、-OR’、-SR’或-N(R’)₂；

X、Y和Z各自独立地是-O-、-S-、-N(-L^s-R¹)-或L^s；

L和L^b各自独立地是L^s；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-C(O)OR或-S(O)₂R；

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除居间原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-30元单环、双环或多环；或

-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、III-b或其盐的结构(如本文所述)。

在一些实施例中，式VII的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，P^L中的P是手性键联磷。在一些实施例中，手性键联磷是Rp。在一些实施例中，手性键联磷是Sp。在一些实施例中，P^L是P(＝W)。在一些实施例中，P^L是P。在一些实施例中，P^L是P→B(R’)₃。在一些实施例中，P^L是P＝N-L-R⁵。

在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，W是N-L-R⁵。在一些实施例中，X是-O-。在一些实施例中，Y是-O-。在一些实施例中，Z是-O-。在一些实施例中，X和Y是-O-。在一些实施例中，X、Y和Z是-O-。在一些实施例中，X和Y是-O-，并且Z是-S-。在一些实施例中，X、Y和Z是-O-，并且W是O。在一些实施例中，X、Y和Z是-O-，并且W是S。在一些实施例中，X、Y和Z是-O-，并且W是N-L-R⁵。

在一些实施例中，具有式VII的核苷酸间键联具有式VII-a-1：

或其盐形式的结构，其中每个其他变量独立地是如本披露中所述的。

在一些实施例中，具有式VII或VII-a-1的核苷酸间键联具有式VII-a-2：

或其盐形式的结构，其中P＊是不对称的磷原子，且每个其他变量独立地是如本披露中所述的。

在一些实施例中，核苷酸间键联具有式VII-b：

或其盐形式的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，具有式VII的核苷酸间键联具有式VII-b的结构。

在一些实施例中，具有式VII的核苷酸间键联具有式VII-c：

在一些实施例中，核苷酸间键联具有式VII-d：

或其盐形式的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。

在一些实施例中，具有式VII-e的核苷酸间键联具有以下形式：

在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联是非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键是带正电荷的核苷酸间键。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键是中性核苷酸间键。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个中性核苷酸间键联的寡核苷酸。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有式NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-I、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式的结构。在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的结构。在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的结构。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联可以改善寡核苷酸的递送和/或活性(例如，降低靶基因或其基因产物的水平、活性和/或表达的能力)。

在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联(例如，非负电荷核苷酸间键联)包含任选地取代的三唑基。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联(例如，非负电荷核苷酸间键联)包含任选地取代的炔基。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联包含三唑或炔烃部分。在一些实施例中，三唑部分(例如三唑基基团)是任选地取代的。在一些实施例中，三唑部分(例如三唑基基团)是取代的。在一些实施例中，三唑部分是未取代的。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键包含任选地取代的环状胍部分。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键包含任选地取代的环状胍部分，并且具有以下结构：

其中W是O或S。在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联是立体化学受控的。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联或中性核苷酸间键联是包含三唑部分的核苷酸间键联。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联或非负电荷核苷酸间键联包含任选地取代的三唑基。在一些实施例中，包含三唑部分(例如，任选地取代的三唑基)的核苷酸间键联具有结构

在一些实施例中，包含三唑部分的核苷酸间键联具有以下结构

在一些实施例中，包含三唑部分的核苷酸间键联具有式

其中W是O或S。在一些实施例中，包含炔烃部分(例如，任选地取代的炔基)的核苷酸间键联具有式

其中W是O或S。在一些实施例中，核苷酸间键联，例如非负电荷核苷酸间键联、中性核苷酸间键联，包含环状胍部分。在一些实施例中，核苷酸间键联包含具有结构

的环状胍部分。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联或中性核苷酸间键联是或包含选自以下的结构：

其中W是O或S。

在一些实施例中，核苷酸间键联包含Tmg基团

在一些实施例中，核苷酸间键联包含Tmg基团并具有

的结构(“Tmg核苷酸间键联”)。在一些实施例中，中性核苷酸间键联包括PNA和PMO的核苷酸间键联以及Tmg核苷酸间键联。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有式VII、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2等、或其盐形式的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地取代的3-20元杂环基或杂芳基基团。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地取代的3-20元杂环基或杂芳基基团，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，此类杂环基或杂芳基基团具有5元环。在一些实施例中，此类杂环基或杂芳基基团具有6元环。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地取代的5-20元杂芳基基团。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地取代的5-20元杂芳基基团，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地取代的5-6元杂芳基基团，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地取代的5元杂芳基基团，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，杂芳基基团直接与键联磷键合。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含任选地取代的三唑基基团。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含未取代的三唑基基团，例如，

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含取代的三唑基基团，例如，

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地取代的5-20元杂环基基团。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地取代的5-20元杂环基基团，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地取代的5-6元杂环基基团，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地取代的5元杂环基基团，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，至少两个杂原子是氮。在一些实施例中，杂环基基团直接与键联磷键合。在一些实施例中，当杂环基基团是经由其＝N-直接与键联磷键合的胍部分的一部分时，所述杂环基基团经由连接子(例如＝N-)与键联磷键合。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含任选地取代的

基团。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含取代的

基团。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含

基团。在一些实施例中，各R¹独立地是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，各R¹独立地是甲基。

在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联(例如，非负电荷核苷酸间键联)包含三唑或炔烃部分，其各自是任选地取代的。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联包含三唑部分。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联包含未取代的三唑部分。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联包含取代的三唑部分。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联包含烷基部分。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联包含任选地取代的炔基基团。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联包含未取代的炔基基团。在一些实施例中，修饰的核苷酸间键联包含取代的炔基基团。在一些实施例中，炔基基团直接与键联磷键合。

在一些实施例中，寡核苷酸包含不同类型的核苷酸间磷键联。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸包含至少一个天然磷酸酯键联和至少一个修饰的(非天然)核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个天然磷酸酯键联和至少一个硫代磷酸酯。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个天然磷酸酯键联和至少一个非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个硫代磷酸酯核苷酸间键联和至少一个非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个硫代磷酸酯核苷酸间键联、至少一个天然磷酸酯键联和至少一个非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如1-50、1-40、1-30、1-20、1-15、1-10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联是不带负电的，因为在给定pH下在水溶液中，少于50％、40％、40％、30％、20％、10％、5％或1％的核苷酸间键联以带负电的盐形式存在。在一些实施例中，pH为约pH 7.4。在一些实施例中，pH为约4-9。在一些实施例中，百分比小于10％。在一些实施例中，百分比小于5％。在一些实施例中，百分比小于1％。在一些实施例中，核苷酸间键联是非负电荷核苷酸间键联，因为核苷酸间键联的中性形式于水中不具有不超过约1、2、3、4、5、6或7的pKa。在一些实施例中，没有pKa为7或更小。在一些实施例中，没有pKa为6或更小。在一些实施例中，没有pKa为5或更小。在一些实施例中，没有pKa为4或更小。在一些实施例中，没有pKa为3或更小。在一些实施例中，没有pKa为2或更小。在一些实施例中，没有pKa为1或更小。在一些实施例中，核苷酸间键联的中性形式的pKa可表示为具有结构CH₃-核苷酸间键联-CH₃的化合物的中性形式的pKa。例如，具有式VII结构的中性形式的核苷酸间键联的pKa可以由具有结构

的中性形式的化合物的pKa表示，

的pKa可以表示为

的pKa。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键是中性核苷酸间键。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联是带正电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含胍部分。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含杂芳基碱基部分。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含三唑部分。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含炔基部分。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联(例如中性核苷酸间键联)包含-P^L(-N＝)-，其中P^L如本披露中所述。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联)包含-P(-N＝)-。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联)包含-P(＝)(-N＝)-。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联)包含-P(＝O)(-N＝)-。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联)包含-P(＝S)(-N＝)-。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联(例如中性核苷酸间键联)包含

其中P^L如本披露中所述。例如，在一些实施例中，P^L是P；在一些实施例中，P^L是P(O)；在一些实施例中，P^L是P(S)等。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联)包含

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有式VII、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式的(非负电荷)结构。在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式VII、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的结构。在一些实施例中，具有式VII的结构的核苷酸间键联是具有NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构的核苷酸间键联。

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是任选地取代的炔基。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-C≡C-H。在一些实施例中，炔基，例如-C≡C-H，可以通过各种反应与多种试剂进行反应以提供进一步的修饰。例如，在一些实施例中，炔基基团可通过点击化学与叠氮化物反应。在一些实施例中，叠氮化物具有R¹-N₃的结构。

在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-n-1或其盐形式的结构：

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-n-1的结构。在一些实施例中，X是共价键且-X-Cy-R¹是-Cy-R¹。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的二价基团，其选自具有1-10个杂原子的5-20元杂芳基环和具有1-10个杂原子的3-20元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-10个杂原子的任选地取代的二价5-20元杂芳基环。在一些实施例中，-Cy-R¹是具有1-10个杂原子的任选地取代的5-20元杂芳基环，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，-Cy-R¹是具有1-4个杂原子的任选地取代的5元杂芳基环，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，-Cy-R¹是具有1-4个杂原子的任选地取代的6元杂芳基环，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，-Cy-R¹是任选地取代的三唑基。

在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-n-2或其盐形式的结构：

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-n-2的结构。在一些实施例中，R¹是R’。在一些实施例中，L是共价键。在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-n-3或其盐形式的结构：

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-n-3的结构。在一些实施例中，不同氮原子上的两个R’一起形成如所述的环。在一些实施例中，所形成的环是5元的。在一些实施例中，所形成的环是6元的。在一些实施例中，所形成的环是取代的。在一些实施例中，并未一起形成环的两个R’基团各自独立地是R。在一些实施例中，并未一起形成环的两个R’基团各自独立地是氢或任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，并未一起形成环的两个R’基团各自独立地是氢或任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，并未一起形成环的两个R’基团是相同的。在一些实施例中，并未一起形成环的两个R’基团是不同的。在一些实施例中，两者均为-CH₃。

在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-n-4或其盐形式的结构：

其中L^a和L^b各自独立地是L或-N(R¹)-，且其他变量各自独立地如本披露中所述。在一些实施例中，L是共价键，并且式NL-n-4的核苷酸间键联具有以下：

在一些实施例中，L^a是-N(R¹)-。在一些实施例中，L^a是如本披露中所述的L。在一些实施例中，L^a是共价键。在一些实施例中，L^a是-N(R’)-。在一些实施例中，L^a是-N(R)-。在一些实施例中，L^a是-O-。在一些实施例中，L^a是-S-。在一些实施例中，L^a是-S(O)-。在一些实施例中，L^a是-S(O)₂-。在一些实施例中，L^a是-S(O)₂N(R’)-。在一些实施例中，L^b是-N(R¹)-。在一些实施例中，L^b是如本披露中所述的L。在一些实施例中，L^b是共价键。在一些实施例中，L^b是-N(R’)-。在一些实施例中，L^b是-N(R)-。在一些实施例中，L^b是-O-。在一些实施例中，L^b是-S-。在一些实施例中，L^b是-S(O)-。在一些实施例中，L^b是-S(O)₂-。在一些实施例中，L^b是-S(O)₂N(R’)-。在一些实施例中，L^a和L^b是相同的。在一些实施例中，L^a和L^b是不同的。在一些实施例中，L^a和L^b中的至少一个是-N(R¹)-。在一些实施例中，L^a和L^b中的至少一个是-O-。在一些实施例中，L^a和L^b中的至少一个是-S-。在一些实施例中，L^a和L^b中的至少一个是共价键。在一些实施例中，如本文所述，R¹是R。在一些实施例中，R¹是-H。在一些实施例中，R¹是任选地取代的C_1-10脂肪族基团。在一些实施例中，R¹是任选地取代的C_1-10烷基。在一些实施例中，式NL-n-4的结构是式NL-n-2的结构。在一些实施例中，式NL-n-4的结构是式NL-n-3的结构。

在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，非负电荷核苷酸间键联)具有式NL或其盐形式的结构：

或其盐形式的结构，其中：

环A^L是如本文所述的环A；

g是0-20；并且

其他变量各自独立地如本文所述。

在一些实施例中，g是0。在一些实施例中，g是1-20。在一些实施例中，g是1-10。在一些实施例中，g是1-5。在一些实施例中，g是2-10。在一些实施例中，g是2-5。在一些实施例中，g是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25。在一些实施例中，g是1。在一些实施例中，g是2。在一些实施例中，g是3。在一些实施例中，g是4。在一些实施例中，g为5。在一些实施例中，g是6。在一些实施例中，g是7。在一些实施例中，g是8。在一些实施例中，g是9。在一些实施例中，g是10。

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL的结构。

在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，式NL的非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-a-1或其盐形式的结构：

或其盐形式的结构。在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-a-1的结构。

在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，式NL的非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-a-2或其盐形式的结构：

或其盐形式的结构。在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-a-2的结构。

在一些实施例中，A^L通过碳原子与-N＝或L键合。在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，式NL或NL-a-1、NL-a-2的非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-b-1或其盐形式的结构：

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-b-1的结构。

在一些实施例中，环A^L通过碳原子与-N＝或L键合。在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，式NL或NL-a-1、NL-a-2的非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-b-2或其盐形式的结构：

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-b-2的结构。在一些实施例中，环A^L是(除式NL-b的两个氮原子外)具有0-10个杂原子的任选地取代的3-20元单环。在一些实施例中，环A^L是任选地取代的5元单环饱和环。

如本文所述，环A^L可以是单价、二价或多价的。在一些实施例中，环A^L是单价的(例如，当g为0且无取代时)。在一些实施例中，环A^L是二价的。在一些实施例中，环A^L是多价的。在一些实施例中，环A^L是二价的且是-Cy-。在一些实施例中，环A^L是任选地取代的二价三唑环。在一些实施例中，环A^L是三价的且是Cy^L。在一些实施例中，环A^L是四价的且是Cy^L。在一些实施例中，环A^L是任选地取代的

在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，式NL、NL-a或NL-b的非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-c-1或其盐形式的结构：

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-c-1的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，式NL、NL-a或NL-b的非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-c-2或其盐形式的结构：

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-c-c2的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，式NL、NL-a、NL-b或NL-c的非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-d-1或其盐形式的结构：

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-d-1的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，式NL、NL-a、NL-b或NL-c的非负电荷核苷酸间键联)具有式NL-d-2或其盐形式的结构：

在一些实施例中，中性核苷酸间键联具有式NL-d-2的结构。在一些实施例中，每个R’独立地是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，每个R’独立地是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，每个R’独立地是-CH₃。在一些实施例中，各R^s是-H。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，中性核苷酸间键联是上面所述的非负电荷核苷酸间键联。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、或25或更多个式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地具有以下结构：式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、或25或更多个式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式的手性核苷酸间键联，其中P是手性的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、或25或更多个式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式的手性控制的手性核苷酸间键联，其中P是手性的并且是手性控制的。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地具有以下结构：式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式，其中P是手性的。在一些实施例中，每个手性控制的核苷酸间键联独立地具有以下结构：式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式，其中P是手性的并且是手性控制的。在一些实施例中，每个核苷酸间键联选自天然磷酸酯键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联和中性骨架。在一些实施例中，每个核苷酸间键联选自天然磷酸酯键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联和中性骨架(包含胍部分)。

在一些实施例中，每个L^P独立地具有以下结构：式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含三唑部分。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含任选地取代的三唑基基团。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含取代的三唑基基团。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构，其中W是O或S。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联包含任选地取代的炔基基团。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联具有

的结构，其中W是O或S。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联或中性核苷酸间键联是或包含选自以下的结构：

其中W是O或S。

在一些实施例中，某些非负电荷核苷酸间键联或中性核苷酸间键联可通过使P(III)亚磷酸三酯核苷酸间键联与叠氮基咪唑啉盐(例如，包含

的化合物)在合适的条件下反应制备。在一些实施例中，叠氮基咪唑啉盐是PF₆ ^-的盐。在一些实施例中，叠氮基咪唑啉盐是

的盐。在一些实施例中，叠氮基咪唑啉盐是2-叠氮基-1，3-二甲基咪唑啉六氟磷酸盐。

在一些实施例中，寡核苷酸包含中性核苷酸间键联和手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含中性核苷酸间键联和不是中性核苷酸间键联的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含中性核苷酸间键联和手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个非负电荷核苷酸间键联和一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联的寡核苷酸，其中该寡核苷酸中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个中性核苷酸间键联和一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联的寡核苷酸，其中该寡核苷酸中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，中性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，中性核苷酸间键联不是手性控制的。

不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，中性核苷酸间键联可以比硫代磷酸酯核苷酸间键联(PS)更具疏水性，所述硫代磷酸酯核苷酸间键联可以比天然磷酸酯键联(PO)更具疏水性。通常，不同于PS或PO，中性核苷酸间键联携带更少电荷。不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，将一个或多个中性核苷酸间键联掺入寡核苷酸中可以增加寡核苷酸被细胞摄取和/或寡核苷酸逸出内体的能力。不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，掺入一个或多个中性核苷酸间键联可用于调节在寡核苷酸与其靶核酸之间形成的双链体的解链温度。

不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，将一个或多个非负电荷核苷酸间键联(例如中性核苷酸间键联)掺入寡核苷酸中能够增加寡核苷酸介导例如基因敲低的功能的能力。在一些实施例中，能够介导核酸或由其编码的产物的水平的敲低的寡核苷酸包含一个或多个非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，能够介导靶基因的表达敲低的寡核苷酸包含一个或多个非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，能够介导靶基因的表达敲低的寡核苷酸包含一个或多个中性核苷酸间键联。

在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联)不是手性控制的。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联是手性控制的且其键联磷为Rp。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联是手性控制的且其键联磷为Sp。

在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如1-20、1-15、1-10、1-5、或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个)非负电荷核苷酸间键联。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联和/或中性核苷酸间键联各自任选地且独立地是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个非负电荷核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个中性核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少一个非负电荷核苷酸间键联/中性核苷酸间键联具有

的结构，其中W是O或S。在一些实施例中，至少一个非负电荷核苷酸间键联/中性核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，至少一个非负电荷核苷酸间键联/中性核苷酸间键联具有

的结构。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个其中键联磷呈Rp构型的非负电荷核苷酸间键联和至少一个其中键联磷呈Sp构型的非负电荷核苷酸间键联。

在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2结构的核苷酸间键联、或其盐形式的寡核苷酸。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1-100(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100或更多个)具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2结构的核苷酸间键联或其盐形式。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含两个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含三个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含四个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含五个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含六个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含七个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含八个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含九个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含十个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含11个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含12个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含13个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含14个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含15个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含16个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含17个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含18个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含19个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含20个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含21个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含25个或更多个此类核苷酸间键联。在一些实施例中，此种核苷酸间键联是手性的。在一些实施例中，如在本披露中所述的，每个-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b或其盐的结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有式O-I或其盐的结构。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少两种类型的核苷酸间键联，所述核苷酸间键联各自独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少两种类型的手性核苷酸间键联，所述核苷酸间键联各自独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构。在一些实施例中，这两种类型可以具有相同或不同的磷构型(Rp或Sp)，或一种或两种可以是立体随机的(例如，不是通过手性控制的合成形成的)。在一些实施例中，立体随机键联具有小于85％、80％、75％、70％、65％、60％或55％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，P^＊不是立体随机的，并且是Rp或Sp。在一些实施例中，在一种类型中，W是S，并且在另一种类型中，W是O。在一些实施例中，在一种类型中，W是S，并且在另一种类型中，W是O，并且对于两种类型，-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b或其盐的结构。在一些实施例中，一种类型是天然磷酸酯键联(-O-P(O)(OH)-O-，其可以例如在某一pH和/或当以盐形式提供时作为-O-P(O)(O^-)-O-存在)，并且另一种类型是硫代磷酸酯键联(-O-P(O)(SH)-O-，其可以例如在某一pH和/或当以盐的形式提供时作为-O-P(O)(S^-)-O-存在)。

在一些实施例中，每个L^P独立地具有VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构。在一些实施例中，每个L^P独立地具有VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、或VII-e的结构，并且在每个L^P中，-X-L^s-R⁵独立地具有结构使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐。

在一些实施例中，至少一个L^P包括W，其中W是S。在一些实施例中，至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个L^P包括W，其中W是S。在一些实施例中，至少一个L^P包括W，其中W是O。在一些实施例中，至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个L^P包括W，其中W是O。在一些实施例中，L^P独立地包括-X-L^s-R⁵，其中H-X-L^s-R⁵具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b或其盐的结构。

循环

如本领域技术人员容易理解的，在一些实施例中，例如，所提供的寡核苷酸合成方法包括一个或多个循环。典型地，在寡核苷酸合成中，重复合成循环直到实现所需的寡核苷酸长度。

在一些实施例中，所提供的方法的循环各自独立地包括：

(1)偶联步骤；

(2)任选地，修饰前加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)任选地，修饰后加帽步骤；以及

(5)解封步骤。

其中每个步骤独立地是如本披露中所述的。

在一些实施例中，循环包括修饰前加帽步骤。在一些实施例中，循环包括修饰后加帽步骤。在一些实施例中，循环包括修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤。在一些实施例中，如果给定的步骤是在循环中，则按照列出的步骤序列进行循环的步骤，例如从1至5。在一些实施例中，循环以解封开始，并且然后是偶联步骤，其后是任选的修饰前加帽步骤(如果它在循环中)，其后是修饰步骤，其后是任选的修饰后加帽步骤(它在循环中)。在一些实施例中，循环以修饰步骤结束。在一些实施例中，循环以修饰后加帽步骤结束。

在一些实施例中，本披露提供了一种例如用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括循环，所述循环包括以下步骤：

(1)偶联步骤；

(2)第一加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)第二加帽步骤；

(5)解封步骤；

其中所述循环包括按(2)-(3)-(4)顺序的步骤；

其中重复所述循环直至实现寡核苷酸的长度。

在一些实施例中，本披露提供了一种用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括循环，所述循环包括以下步骤：

(1)偶联步骤；

(2)第一加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)第二加帽步骤；

(5)解封步骤；

其中所述循环包括按(2)-(4)-(3)顺序的步骤；

其中重复所述循环直至实现寡核苷酸的长度。

在一些实施例中，第一加帽步骤是如本披露中所描述的修饰前加帽步骤。在一些实施例中，第一加帽步骤是修饰后加帽步骤，但是使用如本披露中所述的修饰前加帽步骤的条件。在一些实施例中，第二加帽步骤是如本披露中所描述的修饰后加帽步骤。在一些实施例中，第二加帽是修饰前加帽步骤，但是使用如本披露中所述的用于修饰后加帽步骤的条件。

在一些实施例中，所提供的方法的循环包括不同数目的步骤。在一些实施例中，所提供的方法的循环包括相同的步骤，但是一个循环的一个或多个或所有步骤不同于另一循环的那些。本领域技术人员理解，可以根据本披露来调节条件。

在一些实施例中，循环包括不超过一个所列步骤，例如，在一些实施例中，循环包括不超过一个偶联步骤、不超过一个修饰前加帽步骤、不超过一个修饰步骤、不超过一个修饰后加帽步骤，和不超过一个解封步骤。在一些实施例中，所提供的步骤，例如，针对循环描述的任何步骤，可以独立地包括试剂体系与包含多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物的两次或更多次接触。例如，在一些实施例中，偶联步骤可包括使解封的组合物与偶联试剂体系接触两次或更多次。在一些实施例中，每次接触的偶联试剂体系可以独立地与另一次接触的偶联试剂体系相同或不同。在一些实施例中，加帽步骤可包括使组合物与加帽试剂体系接触两次或更多次，其中每次接触的偶联试剂体系可以独立地与另一次接触的偶联试剂体系相同或不同；例如，在一些实施例中，第一加帽试剂体系与羟基相比对于氨基具有选择性(例如，包含Ac₂O和2，6-二甲基吡啶的试剂体系)，第二加帽试剂体系具有较低的选择性并且有效地将氨基和羟基两者加帽(例如，包含Ac₂O、2，6-二甲基吡啶和NMI的试剂体系)。类似地，在一些实施例中，修饰步骤和/或解封步骤可以包括接触两次或更多次。循环的示例步骤是如本披露中所述的。

除其他事项外，本披露证明，使用可在无水条件下容易地通过碱去除的手性助剂的循环可以以高效率、高粗品纯度和产率提供具有各种类型的经修饰的核苷酸间键联的寡核苷酸。在一些实施例中，此类手性助剂包含吸电子基团。在一些实施例中，此类手性助剂包含R²(其是-CH-吸电子基团)。在一些实施例中，此类手性助剂具有R²(其是-CH-SO₂R)。在一些实施例中，此类手性助剂是PSM(对应的手性助剂化合物

)。在一些实施例中，此类循环(例如，PSM循环)将＝S置于P(III)键联磷，其可以转化成手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联(在去除手性助剂之后，以高效率、高粗品纯度和高产率)。在一些实施例中，循环(例如，PSM循环)将＝N(-L-R⁵)置于P(III)键联磷或由P(III)形成P^N，其可以转化成手性控制的中性核苷酸间键联(例如手性控制的n001)(在去除手性助剂之后，以高效率、高粗品纯度和高产率)。在一些实施例中，用于制备寡核苷酸或其手性控制的寡核苷酸组合物的每个手性助剂基团独立地包含R²，所述R²包含如本文所述的吸电子基团(例如-CH-吸电子基团，如-CH₂SO₂R’)。在一些实施例中，包含手性助剂基团的每种亚磷酰胺、或包含手性碳中心(不在其核苷基团中)的每种亚磷酰胺独立地包含R²，所述R²包含如本文所述的吸电子基团(例如-CH-吸电子基团，如-CH₂SO₂R’)。如本文所证明的，此类手性助剂基团的利用可提供各种制造优势，如高产率、高纯度、单一类型的手性助剂基团、温和的条件(例如，用于去除手性助剂基团)、改善的安全性(例如，减少或去除某些试剂，如含F试剂)，改善的相容性(例如，对于各种类型的手性核苷酸间键联(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联、非负电荷核苷酸间键联等)和/或糖(天然DNA和RNA糖、各种经修饰的糖等)是高度有效的)、简化的工艺(例如，来自减少的盐量的简化的纯化和/或配制工艺)、降低的成本等。

偶联

在一些实施例中，偶联步骤包括：

其中所述偶联步骤提供了包含多种偶联产物寡核苷酸的偶联产物组合物，所述偶联产物寡核苷酸各自独立地包含将解封的寡核苷酸的羟基与配偶体化合物的核苷单元连接的核苷酸间键联。

在一些实施例中，解封的组合物是包含多种解封的核苷的解封的寡核苷酸组合物，所述解封的核苷各自独立地包含-OH基团。在一些实施例中，所述核苷各自独立地是待掺入寡核苷酸的“第一”核苷。典型地，它是任选地通过接头部分连接至例如固体载体的第一核苷。在一些实施例中，-OH基团是5’-OH基团。

在一些实施例中，解封的组合物是包含多种解封的寡核苷酸的解封的寡核苷酸组合物，所述解封的寡核苷酸各自独立地包含-OH基团。在一些实施例中，每种解封的寡核苷酸包含一个且不超过一个-OH基团。在一些实施例中，-OH基团是5’-OH基团。在一些实施例中，解封的组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，解封的组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其包含多种解封的寡核苷酸，所述解封的寡核苷酸各自独立地具有式O-I或其盐。在一些实施例中，解封的寡核苷酸是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，每种解封的寡核苷酸独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。

在一些实施例中，对于具有式O-I的解封的寡核苷酸或其盐，R^5s是-OH并且是唯一的游离羟基。在一些实施例中，R^5s为5’-OH。在一些实施例中，核苷酸间键联具有以下结构：式VII或其盐形式。在一些实施例中，每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式。在一些实施例中，对于每个L^P，P^L不是P。在一些实施例中，对于每个L^P，P^L是P(＝O)、P(＝S)、P(＝N(-L-R⁵)或P^N。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，对于每个手性控制的核苷酸间键联，-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

在一些实施例中，每个核苷酸间键联例如L^P是具有式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中：

每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)、或P^N；

对于每个核苷酸间键联(其P^L是P(＝O))，其-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-，或其-X-L^s-R⁵独立地是-S-L^s-R⁵；或其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’；并且

对于每个核苷酸间键联(其P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N)，其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

每个P^L独立地是P(＝O)或P(＝S)；

对于每个核苷酸间键联(其P^L是P(＝S))，其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)、或P^N；

对于每个核苷酸间键联(其P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N)，其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’，并且

每个L^P独立地是手性控制的核苷酸间键联，当-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵时或当P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N时。

在一些实施例中，R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R’是-CH₃。

除解封的羟基外，解封的寡核苷酸另外被适当地封闭，例如，如果需要，手性助剂基团的氨基、核碱基等被适当地封闭。

在一些实施例中，偶联试剂体系包含配偶体化合物。在一些实施例中，偶联试剂体系包含配偶体化合物和活化剂。

在一些实施例中，配偶体化合物是如本文所述的亚磷酰胺。在一些实施例中，配偶体化合物是具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e结构的核苷亚磷酰胺或其盐。在一些实施例中，对于手性控制的寡核苷酸合成，使用包含手性助剂部分的手性纯配偶体化合物，例如式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-I、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的手性纯亚磷酰胺，或其盐。在一些实施例中，为了形成天然磷酸酯键联或非手性控制的经修饰的核苷酸间键联(例如，立体随机的硫代磷酸酯键联)，可以使用非手性纯配偶体化合物，例如，传统的寡核苷酸合成的亚磷酰胺。在一些实施例中，配偶体化合物的羟基(如果有的话)被封闭。在一些实施例中，R^5s为-ODMTr。

在一些实施例中，RNA糖的2’-OH被适当地保护用于寡核苷酸合成。各种合适的保护技术在本领域中可用，并且可以根据本披露使用。例如，在一些实施例中，2’-OH被-Si(R)₃保护，其中每个R独立地如本文所述并且不是-H。在一些实施例中，每个R独立地是选自C_1-6脂肪族基团和C_6-10芳基的任选地取代的基团。在一些实施例中，每个R是选自C_1-6脂肪族基团和苯基的任选地取代的基团。在一些实施例中，保护基团是TBS。在一些实施例中，R^2s是-O-PG，其中PG是合适的保护基团。在一些实施例中，R^2s是-OSi(R)₃。在一些实施例中，R^2s是-OTBS。在一些实施例中，2’-OH的保护基团在裂解和脱保护期间被去除。在一些实施例中，甲硅烷基保护基团，例如TBS，通过与F来源例如TEA-3HF、TBAF、HF-吡啶等接触而去除。

根据本披露可以使用各种亚磷酰胺，例如以下项中描述的那些：US 9598458、US9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784等。

根据本披露可以使用各种类型的用于促进亚磷酰胺和羟基的偶联的活化剂，例如以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784等。在一些实施例中，活化剂是或包含任选地取代的杂芳基化合物(含有一个或多个氮杂原子)或其盐。在一些实施例中，杂芳基化合物是任选地取代的四唑或其盐。

在一些实施例中，活化剂选自：

在一些实施例中，活化剂选自

在一些实施例中，活化剂选自氰甲基咪唑三氟甲烷磺酸盐、氰甲基吡咯烷三氟甲烷磺酸盐、ETT、苯基(2H-四唑-5-基)甲酮、2-(二甲基氨基)乙腈/三氟磺酸(2/1)、2-(1H-咪唑-1-基)乙腈/三氟磺酸(2/1)和2-(吡咯烷-1-基)乙腈/三氟磺酸(2/1)。

在一些实施例中，活化剂是CMIMT。在一些实施例中，活化剂是CMPT。在一些实施例中，活化剂是ETT。在一些实施例中，ETT与非手性纯的配偶体化合物例如传统的寡核苷酸合成的亚磷酰胺一起使用。

在一些实施例中，每种偶联产物寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐。在一些实施例中，偶联产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，将解封的寡核苷酸的羟基(例如5’-OH)与配偶体化合物的核苷单元(例如3’-OH)连接的核苷酸间键联为具有式VII-b的核苷酸间键联或其盐形式。在一些实施例中，每个形成的核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联，其中每个手性控制的键联磷(手性控制的核苷酸间键联的键联磷)在偶联产物组合物内独立地具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的非对映异构体纯度。

在一些实施例中，偶联产物寡核苷酸具有式O-I或其盐。在一些实施例中，每种偶联产物寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐。在一些实施例中，偶联产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，偶联产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其包含多种如本文所述的寡核苷酸，其中所述多种的每一种寡核苷酸独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。

在一些实施例中，在偶联产物寡核苷酸例如具有式O-I的寡核苷酸或其盐中，与新加成的核苷单元例如

键合的核苷酸间键联，例如L^P，是其键联磷为P(III)的核苷酸间键联，例如具有式VII-b或其盐形式的核苷酸间键联。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-。在一些实施例中，其X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-H。在一些实施例中，R⁶是H。在一些实施例中，未与新加成的核苷单元(例如，式O-I中的

)键合的每个核苷酸间键联，例如L^P，独立地是其键联磷是P(V)的核苷酸间键联，例如，具有式VII或其盐形式的核苷酸间键联，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N。在一些实施例中，未与新加成的核苷单元(例如，式O-I中的

)键合的每个核苷酸间键联，例如L^P，是具有式VII或其盐形式的核苷酸间键联，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、H-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，对于每个手性控制的核苷酸间键联，-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，对于每个核苷酸间键联(其P^L是P(＝O))，其-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-，或其-X-L^s-R⁵独立地是-S-L^s-R⁵；或其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’；并且对于每个核苷酸间键联(其P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N)，其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R’是-CH₃。

在一些实施例中，偶联产物寡核苷酸具有式O-I或其盐，其中：

键合至

的L^P是式VII-b的核苷酸间键联或其盐形式；

式O-I中未键合至

的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中：

每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)、或P^N；

在一些实施例中，键合至

的L^P的-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；或独立地是-S-L^s-R⁵；或独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-H。在一些实施例中，键合到

的L^P的-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-H。在一些实施例中，R⁶是-H。在一些实施例中，对于每个核苷酸间键联(其P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N)，其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R’是-CH₃。在一些实施例中，L^P是手性控制的核苷酸间键联，当-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵时或当P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N时。在一些实施例中，每个L^P独立地是手性控制的核苷酸间键联，当-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵时或当P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N时。

在一些实施例中，偶联产物寡核苷酸的R^5s是典型的封闭的-OH，例如-ODMTr。

在一些实施例中，例如，当使用包含手性助剂部分的亚磷酰胺时，键合至

的L^P是式VII-b的核苷酸间键联，或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶是-H。在一些实施例中，R⁶是-H。因此，除了留在偶联产物组合物中的解封的寡核苷酸和/或核苷的未偶联的游离羟基外，此类L^P基团还可包含优选地待加帽的伯或仲氨基。另外和/或可替代地，游离羟基可以在偶联步骤例如一种或多种偶联产物寡核苷酸的脱三苯甲基期间形成。

注意，当使用传统的寡核苷酸合成的亚磷酰胺作为配偶体化合物时，典型地将不会产生游离氨基酸基团。

如本领域技术人员所理解的，偶联步骤典型地将至少一个核苷单元加成至扩大中的寡核苷酸链。

在一些实施例中，若需要可以重复接触。在一些实施例中，可以根据本披露调节反应条件，例如浓度、接触时间等，以改善结果。

在一些实施例中，偶联步骤在没有手性控制下形成核苷酸间键联，例如对于产物寡核苷酸中对应的非手性控制的手性经修饰的核苷酸间键联(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)或其键联磷是非手性的核苷酸间键联(例如天然磷酸酯键联)。对于此种偶联步骤，可以使用不含手性助剂基团的亚磷酰胺，例如传统寡核苷酸合成中使用的亚磷酰胺(例如，包含N，N-二异丙基和2-氰乙基基团的那些)。可替代地或另外地，可以使用如本文所述的含有手性助剂的亚磷酰胺，例如用于其键联磷是非手性的核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联)。

修饰前加帽

如本披露中所述，在一些实施例中，偶联产物组合物可包含优选地待加帽的氨基和羟基二者。在一些实施例中，修饰前加帽步骤包括使偶联产物组合物与修饰前加帽试剂体系接触，所述接触与羟基相比选择性地将偶联产物组合物的氨基加帽。可替代地或另外地，在一些实施例中，修饰前加帽步骤包括使偶联产物组合物与修饰前加帽试剂体系接触，所述接触将偶联产物组合物的氨基和羟基二者加帽。在一些实施例中，当存在两次接触时，典型的第一次是氨基选择性的。

接触事件的选择性和活性可以通过修饰前加帽试剂体系进行调整。在一些实施例中，修饰前加帽试剂体系对于酰胺化是选择性的，例如，与酯化(例如，加帽羟基)相比将氨基加帽。在一些实施例中，修饰前加帽试剂体系对于酰胺化和酯化都是有效的，并且可以有效地加帽氨基和羟基二者，例如，传统的寡核苷酸合成的加帽试剂体系(尽管在传统的寡核苷酸合成中，在加帽步骤期间可能不需要加帽氨基)。

与酯化相比对于酰胺化选择性的条件和试剂体系，以及对于酰胺化和酯化均有效的条件和试剂体系是众所周知的，并且可以根据本披露利用。在一些实施例中，选择性试剂体系不包含或包含大大降低水平的酯化催化剂和/或强亲核试剂。在一些实施例中，对于酰胺化和酯化均有效的试剂体系包含合适水平的酯化催化剂和/或强亲核试剂。在一些实施例中，酯化催化剂和/或强亲核试剂是用于传统的加帽体系中以促进羟基加帽的那些，例如DMAP、NMI等。

在一些实施例中，在偶联产物寡核苷酸中，核苷酸间键联，例如键合至新加成的核苷例如

的L^P是包含氨基的核苷酸间键联，例如具有式VII-b的核苷酸间键联，或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶是-H。在一些实施例中，修饰前加帽步骤包括：例如通过将为-H的R⁵或R⁶转化成-C(O)R’来对此类氨基进行加帽。在一些实施例中，R’是-CH₃。

在一些实施例中，修饰前加帽试剂体系包含酰化氨基和/或羟基的酰化剂。根据本披露可以利用各种酰化剂。在一些实施例中，酰化剂是酸酐。在一些实施例中，酰化剂是Ac₂O。在一些实施例中，酰化剂是卤素取代的乙酸酐。在一些实施例中，酰化剂是(Pac)₂O。在一些实施例中，修饰前加帽试剂体系还包含碱，所述碱尤其可以中和在加帽期间产生的酸。在一些实施例中，为了加帽羟基，使用酯化催化剂，例如NMI、DMAP等。

在一些实施例中，修饰前加帽试剂体系包括或为以下项的溶液：

吡啶/DMAP/Ac₂O；

2，6-二甲基吡啶/NMI/Ac₂O；

2，4，6-三甲吡啶/Ac₂O；

三乙胺/Ac₂O；

DIEA/Ac₂O；

N-甲基吗啉/Ac₂O；

2，6-二甲基吡啶，然后在一段时间后，NMI/Ac₂O；

2，6-二甲基吡啶/Ac₂O；

PhNCO/2，6-二甲基吡啶；

POS；

POS然后NMI/2，6-二甲基吡啶/Ac₂O；或

2-(二甲氨基)乙腈/Ac₂O。

吡啶(2当量)/DMAP(催化)/Ac₂O(4当量)；

2，6-二甲基吡啶(2当量)/NMI(0.25当量)/Ac₂O(4当量)；

2，4，6-三甲吡啶/Ac₂O(4当量)；

三乙胺/Ac₂O(4当量)；

DIEA/Ac₂O(4当量)；

N-甲基吗啉/Ac₂O(4当量)；

2，6-二甲基吡啶(2当量)然后在5分钟后NMI(1当量)/Ac₂O(4当量)；

2，6-二甲基吡啶/Ac₂O(4当量)；

PhNCO/2，6-二甲基吡啶；

POS(氧化和前加帽二者)；

POS(氧化和前加帽二者)然后NMI/2，6-二甲基吡啶/Ac₂O；或

2-(二甲氨基)乙腈/Ac₂O。

在一些实施例中，修饰前加帽产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，修饰前加帽产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其包含多种如本文所述的寡核苷酸，其中所述多种的每一种寡核苷酸独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，修饰前加帽产物寡核苷酸是式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，每种修饰前加帽产物寡核苷酸独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，修饰前加帽产物寡核苷酸中的核苷酸间键联具有式VII或其盐形式。在一些实施例中，每个核苷酸间键联具有式VII或其盐形式。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，对于每个手性控制的核苷酸间键联，-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

在一些实施例中，在修饰前加帽产物寡核苷酸中，核苷酸间键联的氨基被-C(O)R’加帽。

在一些实施例中，修饰前加帽产物寡核苷酸具有式O-I或其盐，其中：

键合至

的L^P是具有式VII-b的核苷酸间键联，或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶是-C(O)R’；

式O-I中未键合至

的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中：

每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)、或P^N；

每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-，或其-X-L^s-R⁵独立地是-S-L^s-R⁵；或其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，对于每个核苷酸间键联(其P^L是P(＝O))，其-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-，或其-X-L^s-R⁵独立地是-S-L^s-R⁵；或其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’；并且对于每个核苷酸间键联(其P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N)，其-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

在一些实施例中，R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R’是-CH₃。在一些实施例中，L^P是手性控制的核苷酸间键联，当-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵时或当P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N时。在一些实施例中，每个L^P独立地是手性控制的核苷酸间键联，当-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵时或当P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)或P^N时。

在一些实施例中，循环不包括修饰前加帽步骤。在一些实施例中，此种循环中的修饰步骤在没有手性控制下修饰P(III)核苷酸间键联(例如，将其转化成P(V)核苷酸间键联)。在一些实施例中，P(III)核苷酸间键联不含手性助剂(例如，如果键联磷是手性的，则除了键联磷之外没有手性中心)。在一些实施例中，P(III)核苷酸间键联包含-CH₂CH₂CN(如在传统的寡核苷酸合成中)。在一些实施例中，此种循环中的修饰是氧化，其将＝O置于在循环中的偶联步骤中形成的P(III)核苷酸间键联上。在一些实施例中，此种循环中的修饰是硫化(硫醇化)，其将＝S置于在循环中在偶联步骤中在没有手性控制下形成的P(III)核苷酸间键联上。在一些实施例中，此种循环中的修饰将＝N(-L-R⁵)置于P(III)核苷酸间键联上，或从在循环中在偶联步骤中在没有手性控制下形成的核苷酸间键联的P(III)键联磷形成P^N。

修饰

在一些实施例中，修饰步骤修饰P(III)键联磷并将其转化成P(V)键联磷。如本领域技术人员所理解的，根据本披露可以使用许多P修饰，例如以下项中描述的那些：US9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784等。

在一些实施例中，修饰是将S置于P的硫化。在一些实施例中，修饰是将＝S置于P的硫化。根据本披露可以使用许多合适的试剂，例如以下项中描述的那些：US 9598458、US9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784等。

在一些实施例中，修饰步骤提供了非手性控制的手性核苷酸间键联或其键联磷是非手性的核苷酸间键联，例如以在产物中提供非手性控制的手性核苷酸间键联(例如，非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联，非手性控制的n001核苷酸间键联等)或其键联磷是非手性的核苷酸间键联(例如天然磷酸酯键联)。在一些实施例中，偶联步骤利用不含有如本文所述的手性助剂的“传统”亚磷酰胺，例如，如传统寡核苷酸合成中的包含N，N-二异丙基和2-氰乙基基团的亚磷酰胺以形成被修饰的P(III)核苷酸间键联(例如，在修饰步骤期间转化成P(V)核苷酸间键联)。在一些实施例中，有待在修饰步骤中修饰的P(III)核苷酸间键联是非手性控制的核苷酸间键联，或者其键联磷是非手性的核苷酸间键联。在一些实施例中，其修饰产物是非手性控制的循环是“传统”寡核苷酸合成循环。在一些实施例中，当其修饰是氧化时，循环具有修饰前加帽步骤但不具有修饰后加帽步骤。在一些实施例中，当其修饰是氧化时，循环具有修饰后加帽步骤但不具有修饰前加帽步骤。在一些实施例中，当其修饰是氧化时，循环具有修饰前加帽步骤和修饰前加帽步骤。如本文中所描述的，修饰步骤(其产物未手性控制)可以尤其将＝O、＝S、＝N-(例如，如以＝N(-L-R⁵)、P^N等)置于P(III)核苷酸间键联。在一些实施例中，它安置＝O。在一些实施例中，它安置＝S。在一些实施例中，它安置＝N-(例如，如以＝N(-L-R⁵)、P^N等)。可替代地或另外地，在一些实施例中，如本文所述的含有手性助剂的亚磷酰胺可用于其键联磷是非手性的核苷酸间键联，例如产物中的天然磷酸酯键联。在此类情况下，可以使用如本文所述的循环，包括在氧化之前包括修饰前加帽步骤和在氧化之后包括修饰后加帽步骤的那些。

在一些实施例中，修饰是氧化，其将O置于键联磷上。在一些实施例中，氧化试剂是TBHP(叔丁基氢过氧化物)。在一些实施例中，氧化试剂是I₂/水/吡啶。在一些实施例中，I₂的浓度是约0.05M。在一些实施例中，当其修饰是氧化时，循环具有修饰前加帽步骤但不具有修饰后加帽步骤。在一些实施例中，当其修饰是氧化时，循环具有修饰后加帽步骤但不具有修饰前加帽步骤。在一些实施例中，循环利用不含有如本文所述的手性助剂基团的“传统”亚磷酰胺，例如包含N，N-二异丙基和2-氰乙基基团的亚磷酰胺。在一些实施例中，循环是“传统”寡核苷酸合成循环。可替代地或另外地，可以在其修饰步骤是将＝O置于键联磷的氧化的循环中利用如本文所述的含有手性助剂的亚磷酰胺(典型地具有手性控制的＝O安置)。在此类情况下，可以使用如本文所述的循环，包括在氧化之前包括修饰前加帽步骤和在氧化之后包括修饰后加帽步骤的那些。

在一些实施例中，修饰步骤提供手性控制的寡核苷酸组合物，例如，在将P(III)核苷酸间键联转化成P(V)核苷酸间键联之后。

在一些实施例中，硫化试剂是3H-1，2-苯并二硫醇-3-酮-1，1-二氧化物，或博卡奇试剂(Beaucage reagent)，四乙基秋兰姆二硫化物，苯乙酰基二硫化物，二苯甲酰基四硫化物，双-(O，O-二异丙氧基硫膦基)二硫化物，四硫代钼酸苄基三乙铵，双-(对甲苯磺酰基)二硫化物，3-乙氧基-1，2，4-二噻唑啉-5-酮(EDITH)，1，2，4-二噻唑烷-3，5-二酮，3-氨基-1，2，4-二噻唑-5-硫酮，3-甲基-1，2，4-二噻唑啉-5-酮或3-苯基-1，2，4-二噻唑啉-5-酮。在一些实施例中，硫化试剂是3H-1，2，4-二噻唑-3-硫酮和3H-1，2-二硫杂环戊二烯-3-硫酮，例如在Guzaev，Tetrahedron Letters[四面体通讯]52(2011)434-437中所述的。在一些实施例中，硫化试剂是POS(3-苯基-1，2，4-二噻唑啉-5-酮)，DDTT(((二甲基氨基-亚甲基)氨基)-3H-1，2，4-二噻唑啉-3-硫酮)，DTD(二甲基秋兰姆二硫化物)，苍耳烷氢化物(XH)，S-(2-氰基乙基)甲烷硫代磺酸酯(MTS-CNE)或苯乙酰基二硫化物。在一些实施例中，硫化试剂是POS。在一些实施例中，硫化试剂是DDTT。在一些实施例中，硫化试剂是DTD。在一些实施例中，硫化剂是苍耳烷氢化物。

在一些实施例中，硫代磺酸酯试剂具有式S-I的结构：

其中：

R^s1是R；并且

R、L和R¹各自独立地是如上文和本文所定义和描述的。

在一些实施例中，硫化试剂是双(硫代磺酸酯)试剂。在一些实施例中，双(硫代磺酸酯)试剂具有式S-II的结构：

其中各变量独立地如本披露中所描述。

如上文一般定义的，R^s1是R，其中R是如上文和本文中所定义和描述的。在一些实施例中，R^s1是任选地取代的脂肪族基团、芳基、杂环基或杂芳基。在一些实施例中，R^s1是任选地取代的烷基。在一些实施例中，R^s1是任选地取代的烷基。在一些实施例中，R^s1是甲基。在一些实施例中，R^s1是氰基甲基。在一些实施例中，R^s1是硝基甲基。在一些实施例中，R^s1是任选地取代的芳基。在一些实施例中，R^s1是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R^s1是苯基。在一些实施例中，R^s1是对硝基苯基。在一些实施例中，R^s1是对甲基苯基。在一些实施例中，R^s1是对氯苯基。在一些实施例中，R^s1是邻氯苯基。在一些实施例中，R^s1是2，4，6-三氯苯基。在一些实施例中，R^s1是五氟苯基。在一些实施例中，R^s1是任选地取代的杂环基。在一些实施例中，R^s1是任选地取代的杂芳基。

在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(MTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(TTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(NO₂PheTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(p-ClPheTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(o-ClPheTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(2，4，6-TriClPheTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(PheTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(PFPheTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(a-CNMTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(a-NO₂MTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(a-CF₃MTS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(a-CF₃TS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(a-CHF₂TS)。在一些实施例中，R^s1-S(O)₂S-是

(a-CH₂FTS)。

在一些实施例中，硫化试剂具有S-I或S-II的结构，其中L是任选地取代的亚烷基、亚烯基、亚芳基或杂亚芳基。

在一些实施例中，硫化试剂是S₈、

在一些实施例中，硫化试剂是S₈、

在一些实施例中，硫化试剂是

在一些实施例中，硫化试剂是

示例硫化试剂是下面描绘的：

在一些实施例中，使用硒亲电试剂代替硫化试剂将修饰引入核苷酸间键联。在一些实施例中，硒亲电试剂是具有下式之一的化合物：

Se、R^s2-Se-Se-R^s3、或R^s2-Se-X^s-R^s3，

其中：

R^s2和R^s3各自独立地是选自以下的任选地取代的基团：脂肪族基团、氨基烷基、碳环基、杂环基、杂环烷基、芳基、杂芳基、烷氧基、芳氧基、杂芳氧基、酰基、酰胺、酰亚胺或硫代羰基；或

R^s2和R^s3与它们所键合的原子一起形成任选地取代的杂环或杂芳基环；

X^s是-S(O)₂-、-O-、或-N(R’)-；并且

R’是如上文和本文中所定义和描述的。

在其他实施例中，硒亲电试剂是Se的化合物、KSeCN、

在一些实施例中，硒亲电试剂是Se或

在一些实施例中，修饰步骤是或包括键联磷原子的硼化。在一些实施例中，硼化试剂是硼烷-胺(例如，N，N-二异丙基乙胺(BH₃·DIPEA)、硼烷-吡啶(BH₃·Py)、硼烷-2-氯吡啶(BH₃·CPy)、硼烷-苯胺(BH₃·An))、硼烷-醚试剂(例如硼烷-四氢呋喃(BH₃·THF))、硼烷-二烷基硫化物试剂(例如BH₃·Me2S)、苯胺-氰基硼烷或三苯基膦-烷氧羰基硼烷。在一些实施例中，叠氮化物试剂包含能够经历随后的还原以提供胺基的叠氮化物基团。

在一些实施例中，如实例中所示，本披露提供了修饰试剂用于引入非负电荷核苷酸间键联，包括中性核苷酸间键联，例如，可以将＝N-(例如，如以＝N(-L-R⁵)、P^N等)置于P(III)核苷酸间键联上的那些。

在许多实施例中，修饰步骤典型地在一个循环内。在一些实施例中，修饰可以再循环之外。例如，在一些实施例中，可以在达到寡核苷酸链长度之后进行一个或多个修饰步骤以在一个或多个核苷酸间键联和/或其他位置同时引入修饰。

在一些实施例中，修饰步骤包括使用点击化学，例如，其中寡核苷酸(例如，核苷酸间键联)的炔基与叠氮化物反应。依照本披露可以利用用于点击化学的各种试剂和条件。在一些实施例中，叠氮化物具有R¹-N₃(其中R¹是如在本披露中所述的)的结构。在一些实施例中，R¹是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R¹是异丙基。

在一些实施例中，修饰步骤将＝N-(例如，如以＝N(-L-R⁵)、P^N等)置于键联磷上。在一些实施例中，如实例中所证明的，核苷酸间键联，例如P(III)核苷酸间键联，可以被修饰，例如，转化成产物中的非负电荷核苷酸间键联(任选地在其他步骤之后，例如，去除手性助剂等)，例如通过在合适的条件下与叠氮化物或叠氮基咪唑啉盐(例如，包含

的化合物；在一些实施例中，称为叠氮化物反应)反应。在一些实施例中，叠氮基咪唑啉盐是PF₆ ^-的盐。在一些实施例中，叠氮基咪唑啉盐是

的盐。在一些实施例中，有用的试剂，例如叠氮基咪唑啉盐，是

的盐。在一些实施例中，有用的试剂是

的盐。在一些实施例中，有用的试剂是

的盐。在一些实施例中，有用的试剂是

的盐。包含氮阳离子的此类试剂也含有抗衡阴离子(例如，如在本披露中所述的Q^-)，该抗衡阴离子是本领域广泛已知的并且包含在各种化学试剂中。在一些实施例中，有用的试剂是Q⁺Q^-，其中Q⁺是

并且Q^-是阴离子。在一些实施例中，Q⁺是

在一些实施例中，Q⁺是

在一些实施例中，Q⁺是

在一些实施例中，Q⁺是

在一些实施例中，Q⁺是

如本领域技术人员所理解的，在具有的结构Q⁺Q^-的化合物中，通常Q⁺中正电荷的数量等于Q^-中负电荷的数量。在一些实施例中，Q⁺是单价阳离子，并且Q^-是单价阴离子。在一些实施例中，Q^-是非亲核阴离子。在一些实施例中，Q^-是F^-、Cl^-、Br^-、BF₄ ^-、PF₆ ^-、TfO^-、Tf₂N^-、AsF₆ ^-、ClO₄ ^-、或SbF₆ ^-。在一些实施例中，Q^-是PF₆ ^-。本领域技术人员容易理解，许多其他类型的抗衡阴离子是可获得的并且可以依照本披露使用。在一些实施例中，叠氮基咪唑啉盐是2-叠氮基-1，3-二甲基咪唑啉六氟磷酸盐。

在一些实施例中，P(III)键联与具有R-G^Z的结构的亲电试剂(其中R是如在本披露中所述的，并且G^Z是离去基团，例如，-Cl、-Br、-I、-OTf、-Oms、-O甲苯磺酰基等)反应。在一些实施例中，R是-CH₃。在一些实施例中，R是-CH₂CH₃。在一些实施例中，R是-CH₂CH₂CH₃。在一些实施例中，R是一CH₂OCH₃。在一些实施例中，R是CH₃CH₂OCH₂-。在一些实施例中，R是PhCH₂OCH₂-。在一些实施例中，R是H-C≡C-CH₂-。在一些实施例中，R是CH₃-C≡C-CH₂-。在一些实施例中，R是CH₂＝CHCH₂-。在一些实施例中，R是CH₃SCH₂-。在一些实施例中，R是-CH₂COOCH₃。在一些实施例中，R是-CH₂COOCH₂CH₃。在一些实施例中，R是-CH₂CONHCH₃。

在一些实施例中，在修饰步骤后，将P(III)键联磷转化成P(V)核苷酸间键联。在一些实施例中，将P(III)键联磷转化成P(V)核苷酸间键联，并且与键联磷结合的所有存在的基团保持不变。在一些实施例中，键联磷从P转化成P(＝O)(通过在修饰后安置＝O)。在一些实施例中，键联磷从P转化成P(＝S)(通过在修饰后安置＝S)。在一些实施例中，键联磷从P转化成p^N(例如，P(＝N-L-R⁵)，通过在修饰后安置＝N(-L-R⁵))。在一些实施例中，键联磷从P转化成

(分别通过安置

)，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，P转化成

在一些实施例中，P转化成

在一些实施例中，P转化成

在一些实施例中，P转化成

在一些实施例中，P转化成

如本领域技术人员所理解的，对于每种阳离子，通常存在抗衡阴离子，使得系统(例如，化合物、组合物等)中正电荷的总数等于负电荷的总数。在一些实施例中，抗衡阴离子是如在本披露中所述的Q^-(例如，F^-、Cl^-、Br^-、BF₄ ^-、PF₆ ^-、TfO^-、Tf₂N^-、AsF₆ ^-、ClO₄ ^-、SbF₆ ^-等)。在一些实施例中，键联磷P(其是具有式VII、VII-b、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构的核苷酸间键联中的P^L)转化成P^L(其是P(＝W)或P→B(R’)₃)。在一些实施例中，具有式VII、VII-b、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构的核苷酸间键联(其中P^L是P)转化成具有式VII-a-1、VII-a-2、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构的核苷酸间键联(其中P^L是P(＝W)或P→B(R’)₃)。在一些实施例中，键联磷P(其在具有式VII或其盐形式的结构的核苷酸间键联中是P^L)被转化成P^L(其是P(＝W)或P→B(R’)₃)。在一些实施例中，W是O(例如，来自氧化反应)。在一些实施例中，W是S(例如，来自硫化反应)。在一些实施例中，W是＝N-L-R⁵、

(例如，来自叠氮化物反应)。在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，具有式VII或其盐形式的结构的核苷酸间键联)具有式NL-III或其盐形式的结构：

其中：

P^N是P(＝N-L-R⁵)、

Q^-、

Q^-、

Q^-、

Q^-或

Q^-；

Q^-是阴离子；并且

每个其他变量独立地如本披露中所述。

在一些实施例中，P^N是P(＝N-L-R⁵)。在一些实施例中，P^N是

Q^-。在一些实施例中，P^N是

Q^-。在一些实施例中，P^N是

Q^-。在一些实施例中，P^N是

Q^-。在一些实施例中，P^N是

Q^-。在一些实施例中，本披露的核苷酸间键联可以以盐形式存在。在一些实施例中，具有式NL-III的核苷酸间键联可以以盐形式存在。在一些实施例中，在具有式NI-III的核苷酸间键联的盐形式中，P^N是

在一些实施例中，在寡核苷酸例如解封产物寡核苷酸、偶联产物寡核苷酸、修饰前加帽产物寡核苷酸、修饰产物寡核苷酸、修饰后加帽产物寡核苷酸等中，至少一个核苷酸间键联具有式NL-III或其盐形式。在一些实施例中，具有式NL-III或其盐形式的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，每个具有式NL-III或其盐形式的核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，具有式NL-III或其盐形式的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，手性助剂去除后的寡核苷酸(例如，助剂去除产物寡核苷酸、最终产物寡核苷酸等)不含具有式NL-III或其盐形式的核苷酸间键联。在一些实施例中，手性助剂去除后的寡核苷酸(例如，助剂去除产物寡核苷酸、最终产物寡核苷酸等)不含具有式NL-III的核苷酸间键联(其P^N是

Q^-、

Q^-、

Q^-、

Q^-或

Q^-)。

在一些实施例中，具有式VII或其盐形式的结构的核苷酸间键联(例如，其中PL是P)被转化成具有式NL-III或其盐形式的结构的核苷酸间键联。

在一些实施例中，Y、Z、和-X-L^s-R⁵(和/或Y、Z、及X-L^s-R¹)在转化期间保持不变。在一些实施例中，X、Y和Z各自独立地是-O-。在一些实施例中，如本文所描述，-X-L^s-R⁵和/或-X-L^s-R¹独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵和/或H-X-L^s-R¹独立地是本文所述的手性试剂(例如，具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物)，或本文所述的加帽的手性试剂，其中所述手性试剂的氨基(例如，那些式中的N)被加帽，例如，用-C(O)R’(用-C(O)R’替代氢(例如，R⁶)；例如，-N[-C(O)R’]R⁵-)。在一些实施例中，-X-L^s-R¹和/或-X-L^s-R⁵独立地是

在一些实施例中，-X-L^s-R¹和/或-X-L^s-R⁵独立地是

在一些实施例中，-X-L^s-R¹和/或-X-L^s-R⁵独立地是

在一些实施例中，-X-L^s-R¹和/或-X-L^s-R⁵独立地是

在一些实施例中，-X-L^s-R¹和/或-X-L^s-R⁵独立地是

在一些实施例中，其中R⁶是-C(O)R。在一些实施例中，R^c是CH₃C(O)-。

在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，经修饰的核苷酸间键联、手性核苷酸间键联、手性控制的核苷酸间键联等)具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、或其盐形式的结构，其中P^L是P(＝N-L-R⁵)或P^N，或具有式NL-III或其盐形式的结构。在一些实施例中，这种核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，所有此类核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，此类核苷酸间键联的至少一个的键联磷是Rp。在一些实施例中，此类核苷酸间键联的至少一个的键联磷是Sp。在一些实施例中，此类核苷酸间键联的至少一个的键联磷是Rp，并且此类核苷酸间键联的至少一个的键联磷是Sp。在一些实施例中，本披露的寡核苷酸包含一个或多个(例如，1-5、1-10、1-15、1-20、1-25、1-30、1-40、1-50、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个等)此类核苷酸间键联。在一些实施例中，此类寡核苷酸进一步包含一种或多种其他类型的核苷酸间键联，例如一种或多种天然磷酸酯键联，和/或一种或多种硫代磷酸酯核苷酸间键联(例如，在一些实施例中，其中的一种或多种独立地是手性控制的；在一些实施例中，其各自独立地是手性控制的；在一些实施例中，至少一个是Rp；在一些实施例中，至少一个是Sp；在一些实施例中，至少一个是Rp并且至少一个是Sp等)在一些实施例中，此类寡核苷酸是立体纯的(基本上不含其他立体异构体)。在一些实施例中，本披露提供了此类寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了此类寡核苷酸的手性纯的寡核苷酸组合物。

在一些实施例中，修饰以80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多的立体选择性进行。在一些实施例中，立体选择性是85％或更多。在一些实施例中，立体选择性是85％或更多。在一些实施例中，立体选择性是90％或更多。在一些实施例中，立体选择性是91％或更多。在一些实施例中，立体选择性是92％或更多。在一些实施例中，立体选择性是93％或更多。在一些实施例中，立体选择性是94％或更多。在一些实施例中，立体选择性是95％或更多。在一些实施例中，立体选择性是96％或更多。在一些实施例中，立体选择性是97％或更多。在一些实施例中，立体选择性是98％或更多。在一些实施例中，立体选择性是99％或更多。在一些实施例中，修饰是立体定向的。

在一些实施例中，修饰产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，修饰产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其包含多种如本文所述的寡核苷酸，其中所述多种的每一种寡核苷酸独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，修饰产物寡核苷酸是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，每种修饰产物寡核苷酸独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，核苷酸间键联具有以下结构：式VII或其盐形式。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地具有以下结构：式VII或其盐形式。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、HI、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，对于每个手性控制的核苷酸间键联，-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

在一些实施例中，修饰产物寡核苷酸中的每个键联磷不是P(III)。在一些实施例中，在修饰产物寡核苷酸例如具有式O-I的寡核苷酸或其盐中：

每个L^P独立地具有式VII、NL或NL-III、或其盐形式，其中P^L不是P；并且

任选地每个L^P不含有游离的伯氨基和游离的仲氨基。

在一些实施例中，任选地每个L^P不含有游离的伯氨基和游离的仲氨基。

在一些实施例中，在修饰产物寡核苷酸例如具有式O-I的寡核苷酸或其盐中：

每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中：

每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)、或P^L；并且

每个-X-L^sR⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

在一些实施例中，对于每个P^L是P(＝O)，每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-，或-X-L^s-R⁵独立地是-S-L^s-R⁵，或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’；并且对于每个P^L是P(＝S)，每个-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

在一些实施例中，R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R’是-CH₃。在一些实施例中，L^P是手性控制的核苷酸间键联，当-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵时或当P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)时。在一些实施例中，每个L^P独立地是手性控制的核苷酸间键联，当-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵时或当P^L是P(＝S)或P(＝N(-L-R⁵)时。

在一些实施例中，每个P^L独立地是P(＝O)或P(＝S)。在一些实施例中，每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)、P＝N(-L-R⁵)、

Q^-、

Q^-、

Q^-、

Q^-、或

Q^-。在一些实施例中，每个P^L独立地是P(＝O)或P(＝S)、

Q^-、或

Q^-。在一些实施例中，每个P^L独立地是P(＝O)或P(＝S)或

Q^-。在一些实施例中，包含P^N的核苷酸间键联可以转化成非负电荷核苷酸间键联，例如，在去除-X-L^s-R⁵之后；例如，在一些实施例中，具有式NL-III的核苷酸间键联(其中P^N

并且X和Y和Z是O)可以转化成n001。

在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，-L⁷-R¹是-O-CH₂CH₂CN。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、或I-d的化合物或其盐，其中R²是-L-Si(R’)₃。在一些实施例中，R²是-CH₂-Si(R’)₃，其中每个R’不是-H。在一些实施例中，化合物是

其中-NH-是任选地加帽的(例如用-C(O)R’))。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、或I-d的化合物或其盐，其中在碱性条件下优选地在不存在水下可以很容易地去除对应的手性助剂。在一些实施例中，R²包含吸电子基团。在一些实施例中，R²是-L-SO₂R’。在一些实施例中，R²是-CH₂SO₂R’，其中R’是任选地取代的C_1-10脂肪族基团或芳基。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是

其中-NH-是任选地加帽的(例如用-C(O)R’))。在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵独立地选自-O-CH₂CH₂CN、

其中R’是-H或-C(O)R。在一些实施例中，每个-X-L^s-R⁵独立地选自-O-CH₂CH₂CN、

其中R’是-H或-C(O)R。在一些实施例中，R’是-C(O)R。在一些实施例中，每个R’独立地是-C(O)R。在一些实施例中，R是-CH₃。

修饰后加帽

根据本披露可以使用各种加帽条件，包括对于修饰前加帽步骤、传统的加帽步骤等所描述的那些，例如以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784等。

在一些实施例中，与酯化相比，修饰后加帽对于酰胺化是选择性的。在许多实施例中，修饰后加帽对于酰胺化和酯化都是有效的，有效地加帽氨基和羟基二者。在一些实施例中，修饰后加帽试剂体系包含大量的强亲核试剂和/或酯化催化剂，例如DMAP、NMI等。

在一些实施例中，修饰后加帽步骤将在偶联、修饰前加帽和/或修饰步骤之后留下的或在其期间形成的各种官能团(例如羟基、氨基)加帽。

在一些实施例中，例如，当修饰产物组合物与修饰后加帽试剂体系接触时，本披露提供了组合物，其包含多种寡核苷酸和修饰后加帽试剂体系的一种或多种试剂，所述试剂与所述多种寡核苷酸接触。

在一些实施例中，本披露提供了组合物，其包含多种寡核苷酸和修饰后加帽试剂体系的一种或多种试剂，所述试剂与所述多种寡核苷酸接触，其中所述多种寡核苷酸是多种修饰产物寡核苷酸。

在一些实施例中，组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，试剂是酰化试剂，例如，Ac₂O。在一些实施例中，试剂是酯化催化剂，例如DMAP、NMI等。在一些实施例中，一种试剂是酸酐，并且一种试剂是酯化催化剂。

解封

在一些实施例中，偶联步骤之前是解封步骤。例如，在一些实施例中，扩大中的寡核苷酸的5’羟基被封闭(即，被保护)并解封以便随后与核苷偶联配偶体反应，或者然后退出循环。

在一些实施例中，使用酰化来去除阻断基团。在一些实施例中，酸是布朗斯台德酸(

acid)或路易斯酸。有用的布朗斯台德酸是在有机溶剂或水(在80％乙酸的情况下)中具有-0.6(三氟乙酸)至4.76(乙酸)pKa(在水中25℃)值的羧酸、烷基磺酸、芳基磺酸、磷酸及其衍生物、膦酸及其衍生物、烷基膦酸及其衍生物、芳基膦酸及其衍生物、次膦酸、二烷基次膦酸和二芳基次膦酸。酸化步骤中使用的酸的浓度(1％至80％)取决于酸的酸度。必须考虑酸强度，因为强酸条件将导致脱嘌呤/脱嘧啶，其中从核糖环和/或其他糖环上裂解嘌呤基或嘧啶基碱基。在一些实施例中，酸选自R^a1COOH、R^a1SO₃H、R^a3SO₃H、

其中R^a1和R^a2各自独立地是氢或任选地取代的烷基或芳基，并且R^a3是任选地取代的烷基或芳基。

在一些实施例中，通过在有机溶剂中的路易斯酸来完成酸化。此类有用的路易斯酸的实例是Zn(X^a)₂，其中X^a是Cl、Br、I、或CF₃SO₃。

在一些实施例中，酸化的步骤包括添加有效地从浓缩的中间体中除解封基团而不除去嘌呤部分的量的布朗斯台德酸或路易斯酸。

可用于酸化步骤的酸还包括但不限于有机溶剂中的10％磷酸、有机溶剂中的10％盐酸、有机溶剂中的1％三氟乙酸、有机溶剂中的3％二氯乙酸或三氯乙酸、或水中的80％乙酸。将此步骤中使用的任何布朗斯台德酸或路易斯酸的浓度选择为使得所述酸的浓度不超过引起从糖部分上裂解核碱基的浓度。

在一些实施例中，酸化包括添加有机溶剂中的1％三氟乙酸。在一些实施例中，酸化包括添加有机溶剂中的约0.1％至约8％三氟乙酸。在一些实施例中，酸化包括添加有机溶剂中的3％二氯乙酸或三氯乙酸。在一些实施例中，酸化包括添加有机溶剂中的约0.1％至约10％二氯乙酸或三氯乙酸。在一些实施例中，酸化包括添加有机溶剂中的3％三氯乙酸。在一些实施例中，酸化包括添加有机溶剂中的约0.1％至约10％三氯乙酸。在一些实施例中，酸化包括添加水中的80％乙酸。在一些实施例中，酸化包括添加水中的约50％至约90％、或约50％至约80％、约50％至约70％、约50％至约60％、约70％至约90％乙酸。在一些实施例中，酸化包括将阳离子清除剂进一步添加至酸性溶剂。在某些实施例中，所述阳离子清除剂可以是三乙基硅烷或三异丙基硅烷。在一些实施例中，通过酸化将封闭基团解封，所述酸化包括添加有机溶剂中的1％三氟乙酸。在一些实施例中，通过酸化将封闭基团解封，所述酸化包括添加有机溶剂中的3％二氯乙酸。在一些实施例中，通过酸化将封闭基团解封，所述酸化包括添加有机溶剂中的3％三氯乙酸。在一些实施例中，通过酸化将封闭基团解封，所述酸化包括添加二氯甲烷中的3％三氯乙酸。

在某些实施例中，本披露的方法在合成器上完成，并且将扩大中的寡核苷酸的羟基解封的步骤包括将一定量的溶剂递送至合成器柱，所述柱包括寡核苷酸所附接的固体载体。在一些实施例中，溶剂是卤代溶剂(例如，二氯甲烷)。在某些实施例中，溶剂包含一定量的酸。在一些实施例中，溶剂包含一定量的有机酸，如例如三氯乙酸。在某些实施例中，酸以约1％至约20％w/v的量存在。在某些实施例中，酸以约1％至约10％w/v的量存在。在某些实施例中，酸以约1％至约5％w/v的量存在。在某些实施例中，酸以约1％至约3％w/v的量存在。在某些实施例中，酸以约3％w/v的量存在。在本文中进一步描述了使羟基解封的方法。在一些实施例中，酸以二氯甲烷中3％w/v存在。

在一些实施例中，将手性助剂在解封步骤之前除去。在一些实施例中，将手性助剂在解封步骤期间除去。

在一些实施例中，在解封步骤之前进行循环退出。在一些实施例中，在解封步骤之后进行循环退出。

裂解/脱保护

在一个或多个循环后，例如，当达到所需长度的寡核苷酸时，进行用于循环后修饰、手性助剂去除、保护基团(例如，糖、核碱基、核苷酸间键联等上的那些)脱保护、从载体上裂解寡核苷酸等的一个或多个反应。在一些实施例中，循环后修饰步骤去除一种或多种手性助剂。

在一些实施例中，在从载体裂解/脱保护之前、与其同时或在其之后，如果手性助剂基团仍附接到核苷酸间磷原子上，则进行除去手性助剂基团的步骤。在一些实施例中，例如，在寡核苷酸合成循环期间，一个或多个DPSE-和/或PSM-类型手性助剂基团保持附接到核苷酸间磷原子。在一些实施例中，手性助剂基团(加帽的或未加帽的)可以在修饰步骤期间除去。在一些实施例中，手性助剂基团(加帽的或未加帽的)可以在酸性条件下除去。在一些实施例中，手性助剂基团(加帽的或未加帽的)可以在碱性条件下除去。在一些实施例中，手性助剂基团(加帽的或未加帽的)可以在F-条件下除去。用于去除剩余手性助剂基团的合适条件是本领域广泛已知的并且可以根据本披露使用，例如以下项中描述的那些：例如US9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784等。

在一些实施例中，用于除去DPSE类型手性助剂的条件是TBAF或HF-Et₃N，例如，在MeCN中的0.1M TBAF，在THF或MeCN中的0.5M HF-Et₃N等。在一些实施例中，本披露认识到，在除去手性助剂基团的过程期间，可以裂解接头。在本披露中描述了另外的示例条件。

在一些实施例中，在碱性条件下去除某些如本文所述的手性助剂。在一些实施例中，使寡核苷酸与碱(例如，具有N(R)₃的结构的胺)接触以去除某些手性助剂(例如，包含如在本披露中所述的R²中的吸电子基团和/或碱不稳定的-H的那些)。在一些实施例中，胺是DEA。在一些实施例中，胺是TEA。在一些实施例中，作为溶液提供胺，例如，乙腈溶液。在一些实施例中，这种接触在无水条件下进行。本领域技术人员理解各种无水试剂，例如碱、溶剂等，是容易获得的，例如通过商业来源、普通实验室程序等。在一些实施例中，此种接触在寡核苷酸暴露于包含大量水的碱(例如伯、仲或叔sp³-N胺)溶液(例如，包含NH₄OH的裂解和/或脱保护试剂体系)之前进行。在一些实施例中，在实现所希望的寡核苷酸长度(例如，合成循环后的第一步骤)之后，立即进行这种接触。在一些实施例中，在去除手性助剂和/或保护基团，和/或从固体载体裂解寡核苷酸之前进行这种接触。在一些实施例中，与碱接触可以去除标准寡核苷酸合成中使用的氰基乙基基团，提供能以盐形式存在的天然磷酸酯键联(其中阳离子是例如铵盐)。

如本文所证明的，所提供的技术对于去除手性助剂以提供各种核苷酸间键联(包括天然磷酸酯键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联和非负电荷核苷酸间键联)可以是高效和有效的。例如，在一些实施例中，碱不稳定手性助剂(例如，具有如本文所述的某些R²基团的那些(例如，PSM))可用于以高立体选择性、高粗品纯度和/或高产率有效合成多种核苷酸间键联，包括硫代磷酸酯核苷酸间键联、非负电荷核苷酸间键联(例如，n001)。在一些实施例中，所提供的助剂去除技术可以在没有高温的情况下，例如在约或低于约80℃、75℃、70℃、65℃、60℃、55℃、50℃、45℃、40℃或35℃的温度下高效且有效地去除手性助剂。在一些实施例中，去除在室温下进行。在一些实施例中，所提供的技术显著减少了去除接触时间(寡核苷酸与去除试剂体系之间)。在一些实施例中，去除接触时间是5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100、110或120分钟。在一些实施例中，去除接触时间是不超过20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100、110或120分钟。在一些实施例中，去除接触时间是5min。在一些实施例中，去除接触时间是10min。在一些实施例中，去除接触时间是15min。在一些实施例中，去除接触时间是20min。在一些实施例中，去除接触时间是30min。在一些实施例中，去除接触时间是40min。在一些实施例中，去除接触时间是50min。在一些实施例中，去除接触时间是60min。在一些实施例中，示例去除试剂体系是乙腈中的二乙胺(例如，20％)。在一些实施例中，示例去除条件是乙腈中的20％二乙胺持续20分钟接触时间。本领域技术人员理解可以使用其他试剂体系和/或接触时间。除其他事项外，例如，不旨在受理论限制，由于短接触时间和温和的条件(例如，使用的试剂、温度等)，此类去除技术提供了简化的制造(例如，更少和/或更短的助剂去除操作)、高粗品纯度和/或高产率。

在一些实施例中，与碱接触提供了具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-D、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、或其盐形式的核苷酸间键联。在一些实施例中，与碱接触从具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-D、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、或其盐形式的核苷酸间键联去除了手性助剂。在一些实施例中，与碱接触从具有式VII或其盐形式的核苷酸间键联(例如，其中P^L是P(＝N-L-R⁵))去除手性助剂(例如，-X-L^s-R⁵)。在一些实施例中，与碱接触从具有式NL-III或其盐形式的核苷酸间键联去除手性助剂(例如，-X-L^s-R⁵)。在一些实施例中，在一些实施例中，与碱接触将具有式VII或其盐形式(例如，其中P^L是P(＝N-L-R⁵))或具有式NL-III或其盐形式的核苷酸间键联转化成具有式NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的核苷酸间键联，其任选地被手性控制。在一些实施例中，与碱接触从具有式VII或其盐形式的核苷酸间键联(例如P^L是P(＝S))中除去手性助剂并形成硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，去除手性助剂形成手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，形成的每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，与胺接触基本上除去所有手性助剂。在一些实施例中，不需要和/或进行另外的步骤以去除手性助剂。

在一些实施例中，手性助剂去除提供助剂去除产物组合物。在一些实施例中，助剂去除产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，助剂去除产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其包含多种如本文所述的寡核苷酸，其中所述多种的每一种寡核苷酸独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，助剂去除产物寡核苷酸是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，每种助剂去除产物寡核苷酸独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，核苷酸间键联具有以下结构：式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、NL-d-2、或其盐形式。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地具有以下结构：式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、或其盐形式。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地具有以下结构：式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、或其盐形式。在一些实施例中，P^L是P(＝O)或P(＝S)。在一些实施例中，每个P^L独立地是P(＝O)或P(＝S)。在一些实施例中，核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是非负电荷核苷酸间键联(例如具有NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2结构的中性核苷酸间键联)。在一些实施例中，核苷酸间键联是手性控制的非负电荷核苷酸间键联(例如具有NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2结构的中性核苷酸间键联)。在一些实施例中，核苷酸间键联是非手性控制的非负电荷核苷酸间键联(例如具有NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2结构的中性核苷酸间键联)。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联、任选地手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联、或任选地手性控制的非负电荷核苷酸间键联(例如具有NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2结构的中性核苷酸间键联)。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联、或任选地手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，非负电荷核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联、任选地手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联、或任选地手性控制的n001。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联、手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联、或任选地手性控制的n001。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联、手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联、或手性控制的n001。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联、或任选地手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联独立地不是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的，并且一个或多个手性核苷酸间键联独立地不是手性控制的。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联是非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联如n001)。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联是非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联如n001)。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联或手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联不是手性控制的并且一个或多个独立地是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联如n001)不是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联如n001)不是手性控制的并且一个或多个非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联如n001)是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且一个或多个非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联如n001)不是手性控制的。

在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联的键联磷具有Sp构型。在一些实施例中，每个手性控制的核苷酸间键联的键联磷具有Sp构型。在一些实施例中，每个手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联的键联磷具有Sp构型。在一些实施例中，每个手性控制的非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联如n001)的键联磷具有Sp构型。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联的键联磷具有Rp构型。在一些实施例中，每个手性控制的核苷酸间键联的键联磷具有Rp构型。在一些实施例中，每个手性控制的非负电荷核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联如n001)的键联磷具有Rp构型。在一些实施例中，一个或多个手性控制的核苷酸间键联的键联磷各自具有Sp构型，并且一个或多个手性控制的核苷酸间键联的键联磷各自具有Rp构型。

在一些实施例中，在助剂去除产物寡核苷酸例如具有式O-I的寡核苷酸或其盐中：

每个L^P独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、其盐形式，其中：

每个P^L独立地是P(＝O)；并且

每个-Y-和-Z-独立地是-O-。

在一些实施例中，每个核苷酸间键联(其-X-是-O-)独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联(其-X-是-S-)独立地是任选地手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联(其-X-是-S-)独立地是手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。

例如位于核碱基或糖部分上的官能团(例如羟基或氨基部分)通常在合成期间被封闭(保护)基团(部分)封闭，并且随后解封。通常，封闭基团使分子的化学官能团对特定反应条件惰性，并且随后可以从分子中的此种官能团除去而基本上不破坏分子的其余部分(参见例如Green和Wuts，Protective Groups in Organic Synthesis[有机合成中的保护基团]，第二版，约翰威利出版社，纽约，1991)。例如，氨基可以被氮封闭基团(例如苯二甲酰亚氨基、9-芴基甲氧基羰基(FMOC)、三苯基甲基氧硫基、t-BOC、4，4’-二甲氧基三苯甲基(DMTr)、4-甲氧基三苯甲基(MMTr)、9-苯基黄嘌呤-9-基(Pixyl)、三苯甲基(Tr)或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(MOX)。羧基可以被保护为乙酰基。可以保护羟基，例如四氢吡喃基(THP)、叔丁基二甲基甲硅烷基(TBDMS)、1-[(2-氯-4-甲基)苯基]-4-甲氧基哌啶-4-基(Ctmp)、1-(2-氟苯基)-4-甲氧基哌啶-4-基(Fpmp)、1-(2-氯乙氧基)乙基、3-甲氧基-1，5-二甲氧羰基戊-3-基(MDP)、双(2-乙酰氧基乙氧基)甲基(ACE)、三异丙基甲硅烷基氧基甲基(TOM)、1-(2-氰基乙氧基)乙基(CEE)、2-氰基乙氧基甲基(CEM)、[4-(N-二氯乙酰基-N-甲基氨基)苄氧基]甲基、2-氰基乙基(CN)、新戊酰氧基甲基(PivOM)、亮氨酰氧基甲基(levunyloxymethyl)(ALE)。已经描述了其他代表性的羟基封闭基团(参见例如Beaucage等人Tetrahedron[四面体]，1992,46，2223)。在一些实施例中，羟基封闭基团是酸不稳定基团，例如三苯甲基、单甲氧基三苯甲基、二甲氧基三苯甲基、三甲氧基三苯甲基、9-苯基黄嘌呤-9-基(Pixyl)和9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(MOX)。化学官能团也可以通过以前体形式包含它们而被封闭。因此，叠氮基团可以被认为是胺的封闭形式，因为叠氮基团容易转化成胺。在核酸合成中利用的另外的代表性保护基团是已知的(参见例如Agrawal等人，Protocols for Oligonucleotide Conjugates[寡核苷酸缀合物的方案]，编辑，Humana出版社，新泽西，1994，第26卷，第1-72页)。

各种方法是已知的，并用于从核酸上除解封基团。在一些实施例中，除去所有的封闭基团。在一些实施例中，除去一部分封闭基团。在一些实施例中，可以调节反应条件以选择性地除去某些封闭基团。

在一些实施例中，在组装所提供的寡核苷酸后，核碱基封闭基团(如果存在)可用酸性试剂裂解。在一些实施例中，核碱基封闭基团(如果存在)在酸性和碱性条件下均不可裂解，例如可用氟化物盐或氢氟酸络合物裂解。在一些实施例中，在组装所提供的寡核苷酸后，核碱基封闭基团(如果存在)在碱或碱性溶剂存在下可裂解。在某些实施例中，一种或多种核碱基封闭基团的特征在于它们在组装所提供的寡核苷酸后在碱或碱性溶剂存在下可裂解，但对在所提供的寡核苷酸组装期间发生的一个或多个较早的脱保护步骤的特定条件是稳定的。

在一些实施例中，不需要用于核碱基的封闭基团。在一些实施例中，需要用于核碱基的封闭基团。在一些实施例中，某些核碱基需要一个或多个封闭基团，而其他核碱基不需要一个或多个封闭基团。

在一些实施例中，在合成后从固体载体裂解寡核苷酸。在一些实施例中，从固体载体裂解包括使用丙胺。在一些实施例中，从固体载体裂解包括使用在吡啶中的丙胺。在一些实施例中，从固体载体裂解包括使用在吡啶中的20％丙胺。在一些实施例中，从固体载体裂解包括使用在无水吡啶中的丙胺。在一些实施例中，从固体载体裂解包括使用在无水吡啶中的20％丙胺。在一些实施例中，从固体载体裂解包括使用极性非质子溶剂，例如乙腈、NMP、DMSO、砜和/或二甲基吡啶。在一些实施例中，从固体载体裂解包括使用溶剂(例如极性非质子溶剂)和一种或多种伯胺(例如，C_1-10胺)，和/或甲氧基胺、肼和纯无水氨中的一种或多种。

在一些实施例中，寡核苷酸的脱保护包括使用丙胺。在一些实施例中，寡核苷酸的脱保护包括使用在吡啶中的丙胺。在一些实施例中，寡核苷酸的脱保护包括使用在吡啶中的20％丙胺。在一些实施例中，寡核苷酸的脱保护包括使用在无水吡啶中的丙胺。在一些实施例中，寡核苷酸的脱保护包括使用在无水吡啶中的20％丙胺。

在一些实施例中，寡核苷酸在裂解期间脱保护。在一些实施例中，有用的试剂是浓NH₄OH(例如，28％-30％)。在一些实施例中，有用的温度是约30℃-40℃。在一些实施例中，有用的温度是约37℃。在一些实施例中，有用的裂解/脱保护时间是约24小时。在一些实施例中，裂解/脱保护条件是浓NH₄OH(例如，28％-30％)、约37℃反应温度和约24小时反应时间。

在一些实施例中，在约室温下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护。在一些实施例中，在高温下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护。在一些实施例中，在高于约30℃、40℃、50℃、60℃、70℃、80℃、90℃或100℃下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护。在一些实施例中，在约30℃、40℃、5０℃、60℃、70℃、80℃、90℃或100℃下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护。在一些实施例中，在约40℃-80℃下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护。在一些实施例中，在约50℃-70℃下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护。在一些实施例中，在约60℃下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护。

在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续0.1小时、1小时、2小时、5小时、10小时、15小时、20小时、24小时、30小时、或40小时或更长。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约0.1-5小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约3-10小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约5-15小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约10-20小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约15-25小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约20-40小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约2小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约5小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约10小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约15小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约18小时。在一些实施例中，进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约24小时。

在一些实施例中，在室温下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续大于0.1小时、1小时、2小时、5小时、10小时、15小时、20小时、24小时、30小时、或40小时。在一些实施例中，在室温下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约5-48小时。在一些实施例中，在室温下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约10-24小时。在一些实施例中，在室温下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约18小时。在一些实施例中，在高温下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续大于0.1小时、1小时、2小时、5小时、10小时、15小时、20小时、24小时、30小时、或40小时。在一些实施例中，在高温下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约0.5-5小时。在一些实施例中，在约60℃下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约0.5-5小时。在一些实施例中，在约60℃下进行寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护持续约2小时。

在一些实施例中，寡核苷酸从固体载体的裂解或寡核苷酸的脱保护包括使用丙胺并且在室温或高温下进行持续大于0.1小时、1小时、2小时、5小时、10小时、15小时、20小时、24小时、30小时、或40小时。示例条件是室温下在吡啶中的20％丙胺持续约18小时，并且在60℃下在吡啶中的20％丙胺持续约18小时。在本披露中描述了另外的示例条件。

在一些实施例中，在裂解/脱保护期间利用金属螯合剂。在一些实施例中，金属螯合剂是EDTA。在一些实施例中，

在裂解/脱保护和除去手性助剂后，典型地例如通过本领域中可用的各种分析和纯化技术进一步分析和纯化所提供的粗寡核苷酸。在一些实施例中，分析和/或纯化技术是色谱法。在一些实施例中，分析和/或纯化技术是HPLC和/或UPLC。在一些实施例中，寡核苷酸通过UF和/或DF加工。在一些实施例中，寡核苷酸被储存和/或配制为浓溶液，任选地在药学上可接受的溶剂体系中(例如，如实例中所述)。在一些实施例中，寡核苷酸被储存和/或配制为固体，在一些实施例中，为药学上可接受的盐(例如，钠盐)。在许多情况下，寡核苷酸在低温例如在或不高于约10℃、4℃、0℃、-5℃、-10℃、-15℃、-20℃、-30℃、-40℃、-50℃、-60℃、-70℃、-80℃、-90℃、-100℃下储存。

载体和接头

根据本披露可以使用各种类型的载体和接头来制备寡核苷酸，例如以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO2017/210647、WO 2018/022473、WO2018/067973、WO2018/098264、WO2018/223056、WO2018/223073、WO2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO2019/217784等。在一些实施例中，载体是固体载体。在一些实施例中，载体不是固体载体。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的合成在固体载体上进行。在一些实施例中，存在于固体载体上的反应性基团被保护。在一些实施例中，存在于固体载体上的反应性基团是未保护的。在一些实施例中，在寡核苷酸合成期间，在若干合成循环中用各种试剂处理固体载体，以用单独的核苷酸单元实现扩大中的寡核苷酸链的逐步延长。直接连接至固体载体的寡核苷酸链末端的核苷单元典型地称为连接至固体载体的第一核苷。在一些实施例中，连接至固体载体的第一核苷通过接头部分与固体载体结合，双自由基在一端与固体载体(例如CPG、聚合物或其他固体载体)形成键，并且在另一端与核苷形成键。在一些实施例中，接头在进行合成循环以组装寡核苷酸链期间保持不变，并且在链组装后裂解以将寡核苷酸从载体中释放出来。

如本文所示，CPG在一些实施例中提供了改善的粗品纯度。在一些实施例中，聚苯乙烯载体可以提供高的单位负载能力。

在一些实施例中，固体载体是其体积在寡核苷酸合成期间没有明显改变的固体载体，例如CPG。在一些实施例中，此类固体载体可以提供用于寡核苷酸合成的试剂浓度的更容易和更准确的控制。

在一些实施例中，用于固相核酸合成的固体载体是描述于例如以下中的载体：美国专利4,659,774、5,141,813、4,458,066；Caruthers美国专利号4,415,732、4,458,066、4,500,707、4,668,777、4,973,679、和5,132,418；Andrus等人美国专利号5,047,524、5,262,530；和Koster美国专利号4,725,677(再发行为RE34，069)。在一些实施例中，固体载体是有机聚合物载体。在一些实施例中，固体载体是无机聚合物载体。在一些实施例中，有机聚合物载体是聚苯乙烯、氨基甲基聚苯乙烯、聚乙二醇-聚苯乙烯接枝共聚物、聚丙烯酰胺、聚甲基丙烯酸酯、聚乙烯醇、高度交联的聚合物(HCP)、或其他合成聚合物、碳水化合物例如纤维素和淀粉或其他聚合碳水化合物、或其他有机聚合物、以及上述无机或有机材料的任何共聚物、复合材料或组合。在一些实施例中，无机聚合物载体是二氧化硅、氧化铝、为硅胶载体的受控孔玻璃(CPG)、或氨丙基CPG。在一些实施例中，固体载体选自氟固体载体(参见例如WO/2005/070859)和长链烷基胺(LCAA)受控孔玻璃(CPG)固体载体(参见例如S.P.Adams，K.S.Kavka，E.J.Wykes，S.B.Holder和G.R.Galluppi，J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志]，1983，105，661-663；G.R.Gough，M.J.Bruden和P.T.Gilham，Tetrahedron Lett.[四面体通讯]，1981，22，4177-4180)。膜载体和聚合物膜(参见例如，Innovation andPerspectives in Solid Phase Synthesis，Peptides，Proteins and Nucleic Acids[固相合成中的创新和展望，肽，蛋白质和核酸]，第21章，第157-162页，1994，编辑：RogerEpton和美国专利号4,923,901)也可用于合成核酸。一旦形成，就可以对膜进行化学官能化以用于核酸合成。在一些实施例中，除了将官能团附接到膜上之外，还使用了附接至膜的接头或间隔基的使用，以最小化膜与合成链之间的空间位阻。

示例性合适的固体载体还包括本领域通常已知的适用于固相方法的那些，包括例如作为Primer^TM 200载体出售的玻璃、受控孔玻璃(CPG)、草酰-受控孔玻璃(参见，例如，Alul，et aL.，Nucleic Acids Research[核酸研究]，1991，19，1527)、

载体-氨基聚乙二醇衍生的载体(参见，例如，Wright等人，Tetrahedron Lett.[四面体通讯]，1993，34，3373)和

-聚苯乙烯/二乙烯基苯的共聚物。

已经证明表面活化的聚合物用于在若干固体载体介质上合成天然和经修饰的核酸和蛋白质。在一些实施例中，固体载体材料是孔隙率适当均匀的任何聚合物，其具有足够的胺含量和足够的柔韧性以经历任何伴随的操作而不会失去完整性。合适的所选材料的实例包括尼龙、聚丙烯、聚酯、聚四氟乙烯、聚苯乙烯、聚碳酸酯和硝酸纤维素。在一些实施例中，取决于根据本披露的设计，其他材料可以用作固体载体。在一些实施例中，考虑到一些设计，例如，可以选择经涂覆的金属，特别是金或铂(参见，例如，美国公开号20010055761)。在一些实施例中，例如，核苷锚定至用羟基或氨基残基官能化的固体载体。在一些实施例中，将固体载体衍生化以提供酸不稳定的三烷氧基三苯甲基，例如三甲氧基三苯甲基(TMT)。不受理论的束缚，预期三烷氧基三苯甲基保护基的存在可允许在DNA合成器上通常使用的条件下初始脱三苯甲基。在一些实施例中，为了在具有氨水的溶液中更快释放寡核苷酸材料，将二乙醇酸酯(diglycoate)接头任选地引入载体上。

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸是从3’至5’方向合成的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸是从5’至3’方向合成的。在一些实施例中，核酸通过扩大中的核酸的其5’端附接至固体载体，从而呈现其3’基团用于反应，即，使用5’-核苷亚磷酰胺或在酶促反应中(例如使用核苷5’-三磷酸酯的连接和聚合)。在一些实施例中，在5’至3’合成中，本披露的迭代步骤保持不变(例如，对手性磷进行加帽和修饰)。

在一些实施例中，任选地使用连接部分或接头将固体载体连接至与固体载体连接的第一核苷或包含游离亲核部分的化合物。在一些实施例中，合适的接头是已知的，例如短部分(其在固相合成技术中用于将固体载体连接到初始核苷分子的官能团(例如，羟基))并且可以根据本披露利用。在一些实施例中，连接部分是琥珀酰胺酸接头、或琥珀酸酯接头(-CO-CH₂-CH₂-CO-)、或草酰接头(-CO-CO-)。在一些实施例中，接头是琥珀酰胺酸接头。在一些实施例中，接头是琥珀酸酯接头。在一些实施例中，接头是草酰接头。在一些实施例中，连接部分和核苷通过酯键而键合在一起。在一些实施例中，连接部分和核苷通过酰胺键而键合在一起。在一些实施例中，连接部分将核苷与另外的核苷酸或核酸连接。示例性合适的接头披露于例如，Oligonucleotides And Analogues A Practical Approach[寡核苷酸和类似物：实用方法]，Ekstein，F.编辑，IRL出版社，N.Y.，1991，第1章和Solid-Phase Supportsfor Oligonucleotide Synthesis[用于寡核苷酸合成的固相载体]，Pon，R.T.，Curr.Prot.Nucleic Acid Chem.[核酸化学中的当前方案]，2000，3.1.1-3.1.28。

在一些实施例中，连接部分是磷酸二酯键联。在一些实施例中，连接部分是H-膦酸酯部分。在一些实施例中，连接部分是如本文所述的经修饰的磷键联。在一些实施例中，通用接头(UnyLinker)用于将核苷、核苷酸、寡核苷酸和/或核酸附接至固体载体(Ravikumar等人，Org.Process Res.Dev.[有机加工研究与开发]，2008，12(3)，399-410)。在一些实施例中，使用其他通用接头(Pon，R.T.，Curr.Prot.Nucleic Acid Chem.[核酸化学中的当前方案]，2000，3.1.1-3.1.28)。在一些实施例中，使用各种正交接头(如二硫化物接头)(Pon，R.T.，Curr.Prot.Nucleic Acid Chem.[核酸化学中的当前方案]，2000，3.1.1-3.1.28)。

除其他事项外，本披露认识到可以将接头选择或设计为与合成中采用的一组反应条件相容。在一些实施例中，为了避免寡核苷酸降解和/或避免某些核苷酸间键联的分解(例如脱硫)，在脱保护之前选择性地去除助剂基团。在一些实施例中，DPSE助剂基团可以通过F^-选择性地除去。在一些实施例中，本披露提供了在DPSE去保护条件(例如，在MeCN中的0.1M TBAF、在THF或MeCN中的0.SM HF-Et₃N等)下稳定的接头。在一些实施例中，PSM助剂基团可以容易地通过碱去除。在一些实施例中，接头是SP接头。在一些实施例中，接头是琥珀酰基接头。在一些实施例中，接头是Q^-接头。在一些实施例中，接头是草酰基接头。下面描绘某些接头的示例用途。如本领域技术人员将理解，糖环可具有如本文所述的修饰，例如2’-F、2’-MOE、2’-OMe、或R^2s和/或R^4s等。在一些实施例中，BA是任选取代的受保护核碱基，例如A^bz、C^ac、G^ibu、U或T等。

在一些实施例中，本披露提供了可用于寡核苷酸合成的载体和接头(在一些情况中，负载有用于寡核苷酸合成的第一核苷)。在一些实施例中，载体用氨基官能化。在一些实施例中，载体用-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH₂官能化，其中-CH₂-末端连接至载体，例如CPG。在一些实施例中，第一接头是-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-，其中-CH₂-末端连接至载体，例如CPG，并且-NH-通过第二接头，例如-C(O)-CH₂-CH₂-C(O)-，连接至核苷，例如3’-OH，其中n是如本披露中所述的。在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，n是7。

在一些实施例中，第一接头是-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-(CH₂)_m-NH-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，第一接头是-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-(CH₂)_m-NH-C(O)-X-(CH₂)_p-NH-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，第一接头是-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-CH₂-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-CH₂-NH-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，第一接头是-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-O-(CH₂-CH₂-O)m-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-NH-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，第一接头是-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-CH₂-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-CH₂-O-(CH₂-CH₂-CH₂-O)m-CH₂-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-CH₂-NH-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，第一接头是-(CH₂)_n-X-(CH₂)_m-NH-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，-CH₂-末端连接至载体，例如CPG，并且-NH-通过第二接头，例如-C(O)-CH₂-CH₂-C(O)-，连接至核苷，例如3’-OH。在一些实施例中，第二接头是-C(O)-L-C(O)-，其中L是如本披露中所述的。在一些实施例中，第二接头是-C(O)-L-C(O)-，其中L是任选地取代的C_1-20脂肪族基团或杂脂肪族基团。在一些实施例中，第二接头是-C(O)-L-C(O)-，其中L是二价、任选地取代的、直链、C_1-20脂肪族基团或杂脂肪族基团。在一些实施例中，第二接头是-C(O)-L-C(O)-，其中L是二价、未取代的、直链、C_1-20脂肪族基团或杂脂肪族基团。在一些实施例中，第二接头是-C(O)-L-C(O)-，其中L是二价、未取代的、直链、C_1-20脂肪族基团或杂脂肪族基团。在一些实施例中，第二接头是-C(O)-(CH₂)n-C(O)-。在一些实施例中，第二接头是-C(O)-(CH₂)₂-C(O)-。在一些实施例中，一个-C(O)-与第一接头的氨基例如第一接头的末端-NH₂键合，并且另一个-C(O)-与核苷的糖部分的-OH例如3’-OH基团键合。在一些实施例中，-CH₂-末端连接至载体，例如CPG，并且-NH-通过第二接头，例如-C(O)-CH₂-CH₂-C(O)-，连接至核苷，例如3’-OH。

在一些实施例中，并非所有可用的氨基部分例如通过第二接头-C(O)-CH₂-CH₂-C(O)-负载有核苷。在一些实施例中，一些可用的氨基部分可以用酰基加帽，例如-C(O)-R形成-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-R、-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-(CH₂)_m-NH-C(O)-R、-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-(CH₂)_m-NH-C(O)-X-(CH₂)_p-NH-C(O)-R、-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-CH₂-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-CH₂-NH-C(O)-R、-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-O-(CH₂-CH₂-O)m-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-NH-C(O)-R、-(CH₂)_n-X-(CH₂)_m-NH-C(O)-R、或-CH₂-(CH₂)_n-CH₂-NH-C(O)-X-CH₂-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-CH₂-O-(CH₂-CH₂-CH₂-O)m-CH₂-CH₂-CH₂-O-CH₂-CH₂-CH₂-NH-C(O)-R，其中每个变量独立地是如本披露中所述的，使得载体的单位负载能力可以调节。在一些实施例中，R是-(CH₂)o-，其中o是0-20。

在一些实施例中，X是共价键。在一些实施例中，X是-CH₂-。在一些实施例中，X是-N(R’)-。在一些实施例中，X是-NMe-。在一些实施例中，X是-NH-。在一些实施例中，X是-O-。

在一些实施例中，n是1-20。在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，n是2。在一些实施例中，n是3。在一些实施例中，n是4。在一些实施例中，n是5。在一些实施例中，n是6。在一些实施例中，n是7。在一些实施例中，n是8。在一些实施例中，n是9。在一些实施例中，n是10。在一些实施例中，n是11。在一些实施例中，n是12。在一些实施例中，n是13。在一些实施例中，n是14。在一些实施例中，n是15。在一些实施例中，m是1-20。在一些实施例中，m是1。在一些实施例中，m是2。在一些实施例中，m是3。在一些实施例中，m是4。在一些实施例中，m是5。在一些实施例中，m是6。在一些实施例中，m是7。在一些实施例中，m是8。在一些实施例中，m是9。在一些实施例中，m是10。在一些实施例中，m是11。在一些实施例中，m是12。在一些实施例中，m是13。在一些实施例中，m是14。在一些实施例中，m是15。在一些实施例中，o是0-12。在一些实施例中，o是0。在一些实施例中，o是1。在一些实施例中，o是2。在一些实施例中，o是3。在一些实施例中，o是4。在一些实施例中，o是5。在一些实施例中，o是6。在一些实施例中，o是7。在一些实施例中，o是8。在一些实施例中，o是9。在一些实施例中，o是10。在一些实施例中，o是11。在一些实施例中，o是12。在一些实施例中，o是13。在一些实施例中，o是14。在一些实施例中，o是15。

在一些实施例中，固体载体被“官能化”用于装载。在一些实施例中，固体载体包含-第一接头-H。在一些实施例中，固体载体是CPG-第一接头-H。在一些实施例中，固体载体通过例如使CPG(例如CPG的-Si-OH)与H-第一接头-Si(OR)₃(例如NH₂-(CH₂)₆-NH-(CH₂)₃-Si(OMe)₃)反应以形成-Si-第一接头-H(例如，NH₂-(CH₂)₆-NH-(CH₂)₃-Si)来制备。在一些实施例中，装载通过CPG-第一接头-H(例如，NH₂-(CH₂)₆-NH-(CH₂)₃-CPG，-NH₂基团作为反应位点(-NH-基团可以例如通过-C(O)R(例如-C(O)CH₃)加帽))与合适的任选地活化的第二接头-核苷试剂例如HO-C(O)-CH₂-CH₂-C(O)-任选保护的核苷(例如，通过3’-OH)(其中第二接头是-C(O)-CH₂-CH₂-C(O)-)的反应进行。

在一些实施例中，在负载有第一核苷后提供的载体具有以下结构：

其中-O-R^W是如本披露中所述的核苷部分，

是如本披露中所述的载体，并且每个其他变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，

在一些实施例中，m是0-10。在一些实施例中，n是1-7。在一些实施例中，X是-O-、-S-、-NH-、-CH₂-，m是3-15，n是1或7，_o是0-12，并且p是3-15。在一些实施例中，X是-O-、-S-、-NH-、-CH₂-，m是0-10，n是1或7，o是0-12，并且p是3-15。

在一些实施例中，-O-R^w是式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的核苷部分。在一些实施例中，在一些实施例中，R^W是

其中R^2s和R^4s各自是如本披露中所述的。在一些实施例中，在一些实施例中，R^W是

其中R^2s是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^W是

其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，BA是选自A、T、C、U、G和5mC的受保护的核碱基。在一些实施例中，BA是C(N-4-Ac或Bz)、5-Me-C(N-4-Ac或Bz)、U、T、A(N-6-Bz)、或G(N-2-iBu)，R^2s是-OH、-H、-F、-OCH₃、或-OCH₂CH₂OCH₃，Z是-O-、-S-、-CH₂-，并且R^s是-CH₃、-OCH₃、或-CH₂CH₃。

在一些实施例中，本披露提供了用于调整载体和/或接头的特性(例如，用于寡核苷酸合成的化学相容性、稳定性、单位负载能力、到固体核的距离等)的技术。

实例中描述了另外的示例性载体和接头。

改善的结果

所提供的技术具有许多优点。除其他事项外，如本披露中所证明的，所提供的技术可以大大改善寡核苷酸合成粗品纯度和产率，特别是对于经修饰的和/或手性纯的寡核苷酸(其提供对治疗目的而言至关重要的许多特性和活性)。由于能够为治疗上重要的寡核苷酸提供出乎意料地高的粗品纯度和产率，提供的技术可以显著降低制造成本(通过例如简化的纯化、大大提高的总产率等)。在一些实施例中，提供的技术可以容易地按比例放大以产生用于临床目的的足够数量和质量的寡核苷酸。在一些实施例中，所提供的技术利用相同或相同类型的手性助剂(例如，PSM手性助剂)，其可以容易地去除以提供各种类型的手性控制的核苷酸间键联(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联、非负电荷核苷酸间键联等)并且可以显著简化制造操作、降低成本和/或促进下游形成。在一些实施例中，所提供的技术与其温和的条件(例如，在温和的碱条件下去除手性助剂)对于制备包含糖(包含2’-OH基团)(例如，RNA糖)的寡核苷酸特别有用；在一些实施例中，此类糖键合至手性经修饰的核苷酸间键联(其可在手性控制下制备)。

在一些实施例中，提供的技术提供了改善的试剂相容性。例如，如本披露所证明的，提供的技术提供了使用不同试剂体系进行氧化、硫化和/或叠氮化物反应的灵活性，特别是对于手性控制的寡核苷酸合成。

除其他事项外，本披露提供了高粗品纯度的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了高粗品纯度的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了高粗品纯度的手性控制的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了高粗品纯度和/或高立体纯度的寡核苷酸。

在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，例如粗手性控制的寡核苷酸组合物，其包含多种寡核苷酸，所述寡核苷酸具有：

1)共同的碱基序列；

2)共同的骨架连接模式；

3)共同的立体化学，独立地在一个或多个(例如约1-50，约5-50，约10-50，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、或50等)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)；

在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，例如粗手性控制的寡核苷酸组合物，其包含多种寡核苷酸，其中所述多种寡核苷酸是由以下定义的特定寡核苷酸类型的：

1)碱基序列；

2)骨架键联模式；

3)骨架手性中心的模式；以及

4)骨架磷修饰的模式；

1)共同的碱基序列；

2)共同的骨架键联模式；以及

在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，例如粗手性控制的寡核苷酸组合物，其包含多种寡核苷酸，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的碱基序列；

所述多种寡核苷酸具有相同的骨架键联模式；以及

其中粗组合物中具有相同碱基序列的全部寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS是80％-100％、85％-100％、90％-100％，或80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或更大，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目(例如，、1-100、5-50、10-50、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、或25等)。

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

在一些实施例中，提供的粗手性控制的寡核苷酸组合物具有约35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、或75％或更大的粗品纯度。在一些实施例中，从载体并且在任何进一步纯化之前裂解粗手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，在脱盐之后且在任何进一步纯化之前，从载体裂解粗手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，粗手性控制的寡核苷酸组合物是在任何色谱分析或凝胶纯化之前。在一些实施例中，粗品纯度为全长产物的％。在一些实施例中，粗品纯度是如通过在260nm的UV下监测的LC-UV评估的全长产物的％。

在一些实施例中，本披露的技术提供了高效的寡核苷酸合成。在一些实施例中，所提供的技术是稳健的、通用的和灵活的(例如，就产率、纯度、反应条件等而言)，并且可以按各种规模和/或并行地进行(例如，在同一时间(例如，多个柱，板格式，微阵列等)合成多种寡核苷酸)以提供多种寡核苷酸的高效合成，任选地其中控制每种寡核苷酸的所有结构元素(例如，糖、核碱基、核苷酸间键联等的化学修饰；键联磷的立体化学等)。在一些实施例中，本披露提供了用于高效制备寡核苷酸集合的技术，所述寡核苷酸各自的化学和/或立体化学可以在每个核碱基、糖和/或核苷酸间键联处单独地和独立地设计和控制(例如，如在本披露中所述的手性控制的寡核苷酸组合物中)。如本领域技术人员所理解的，有用的寡核苷酸(例如用于治疗目的的寡核苷酸)的开发通常包括评估许多寡核苷酸。本披露尤其提供了寡核苷酸(在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸)的集合以及用于制备此类集合的技术。在一些实施例中，寡核苷酸，例如寡核苷酸的集合的寡核苷酸，以板格式(用于例如储存、筛选等)制备。在一些实施例中，本披露提供了用于以各种规模制备寡核苷酸的技术，包括用于各种格式的板(例如6、12、24、48、60、72、96或384孔板)的规模。在一些实施例中，在微阵列上提供寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸的微阵列，所述寡核苷酸各自任选地并且独立地被手性地控制。在一些实施例中，本披露提供了用于芯片上合成寡核苷酸以提供寡核苷酸微阵列的技术，其中如果需要的话对每种寡核苷酸的化学和/或立体化学进行独立控制。根据本披露可以利用各种微阵列技术(例如，芯片、格式、工艺等)，例如特威斯特公司(Twist)、艾菲矩阵公司(Affymetrix)、安捷伦科技公司(Agilent)等的那些。除其他事项外，本披露的化学技术(例如，工艺、试剂、条件等)是稳健的、通用的和灵活的；结合各种微阵列/芯片技术，它们对于制备寡核苷酸的微阵列特别强大，例如，本披露中描述的具有化学修饰和/或立体化学控制的那些寡核苷酸的微阵列。在一些实施例中，所提供的微阵列的每种寡核苷酸被独立地且任选地手性地控制。在一些实施例中，所提供的微阵列的至少一种寡核苷酸包含至少一个如本文所述的手性控制的核苷酸间键联(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多；或至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的寡核苷酸；或每个手性核苷酸间键联被独立地手性控制)。在一些实施例中，微阵列的寡核苷酸的至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、６5％、7０％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％独立地包含至少一个如本文所述的手性控制的核苷酸间键联(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多；或至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的寡核苷酸；或每个手性核苷酸间键联被独立地手性控制)。在一些实施例中，微阵列的每种寡核苷酸独立地包含至少一个手性控制的核苷酸间键联。微阵列是用于许多应用的强大工具。除其他事项外，所提供的微阵列可用于针对各种类型的试剂(例如，蛋白质、核酸、小分子)的筛选。在一些实施例中，评估了与筛选试剂的立体化学基序和/或模式的差别结合。如本领域技术人员所理解的，可以根据需要以许多格式任选地和可替代地提供以一定规模制备的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了特别可用于以例如用于各种板和/或微阵列格式的规模制备寡核苷酸的集合的技术。

在一些实施例中，本披露的技术提供了高效的寡核苷酸合成。在一些实施例中，所提供的技术是稳健的、通用的和灵活的(例如，就产率、纯度、反应条件等而言)，并且可以按各种规模和/或并行地进行(例如，在同一时间(例如，多个柱，板格式，微阵列等)合成多种寡核苷酸)以提供多种寡核苷酸的高效合成，任选地其中控制每种寡核苷酸的所有结构元素(例如，糖、核碱基、核苷酸间键联等的化学修饰；键联磷的立体化学等)。在一些实施例中，本披露提供了用于高效制备寡核苷酸集合的技术，所述寡核苷酸各自的化学和/或立体化学可以在每个核碱基、糖和/或核苷酸间键联处单独地和独立地设计和控制(例如，如在本披露中所述的手性控制的寡核苷酸组合物中)。如本领域技术人员所理解的，有用的寡核苷酸(例如用于治疗目的的寡核苷酸)的开发通常包括评估许多寡核苷酸。本披露尤其提供了寡核苷酸(在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸)的集合以及用于制备此类集合的技术。在一些实施例中，寡核苷酸，例如寡核苷酸的集合的寡核苷酸，以板格式(用于例如储存、筛选等)制备。在一些实施例中，本披露提供了用于以各种规模制备寡核苷酸的技术，包括用于各种格式的板(例如6、12、24、48、60、72、96或384孔板)的规模。在一些实施例中，在微阵列上提供寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸的微阵列，所述寡核苷酸各自任选地并且独立地被手性地控制。在一些实施例中，本披露提供了用于芯片上合成寡核苷酸以提供寡核苷酸微阵列的技术，其中如果需要的话对每种寡核苷酸的化学和/或立体化学进行独立控制。根据本披露可以利用各种微阵列技术(例如，芯片、格式、工艺等)，例如特威斯特公司(Twist)、艾菲矩阵公司(Affymetrix)、安捷伦科技公司(Agilent)等的那些。除其他事项外，本披露的化学技术(例如，工艺、试剂、条件等)是稳健的、通用的和灵活的；结合各种微阵列/芯片技术，它们对于制备寡核苷酸的微阵列特别强大，例如，本披露中描述的具有化学修饰和/或立体化学控制的那些寡核苷酸的微阵列。在一些实施例中，所提供的微阵列的每种寡核苷酸被独立地且任选地手性地控制。在一些实施例中，所提供的微阵列的至少一种寡核苷酸包含至少一个如本文所述的手性控制的核苷酸间键联(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多；或至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的寡核苷酸；或每个手性核苷酸间键联被独立地手性控制)。在一些实施例中，微阵列的寡核苷酸的至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％独立地包含至少一个如本文所述的手性控制的核苷酸间键联(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多；或至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的寡核苷酸；或每个手性核苷酸间键联被独立地手性控制)。在一些实施例中，微阵列的每种寡核苷酸独立地包含至少一个手性控制的核苷酸间键联。微阵列是用于许多应用的强大工具。除其他事项外，所提供的微阵列可用于针对各种类型的试剂(例如，蛋白质、核酸、小分子)的筛选。在一些实施例中，评估了与筛选试剂的立体化学基序和/或模式的差别结合。如本领域技术人员所理解的，可以根据需要以许多格式任选地和可替代地提供以一定规模制备的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了特别可用于以例如用于各种板和/或微阵列格式的规模制备寡核苷酸的集合的技术。

在一些实施例中，以大规模进行所提供的技术(例如，至少约5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、450、500mmol等)。在一些实施例中，规模为至少约10mmol。在一些实施例中，规模为至少约20mmol。在一些实施例中，规模为至少约30mmol。在一些实施例中，规模为至少约40mmol。在一些实施例中，规模为至少约50mmol。在一些实施例中，规模为至少约75mmol。在一些实施例中，规模为至少约100mmol。在一些实施例中，规模为至少约125mmol。在一些实施例中，规模为至少约150mmol。在一些实施例中，规模为至少约200mmol。在一些实施例中，规模为至少约250mmol。在一些实施例中，规模为至少约300mmol。在一些实施例中，规模为至少约350mmol。在一些实施例中，规模为至少约400mmol。在一些实施例中，规模为至少约450mmol。在一些实施例中，规模为至少约500mmol。在一些实施例中，本披露提供了特别可用于大规模合成的技术。例如，在一些实施例中，本披露提供了用于进行在传统的寡核苷酸合成中典型地进行的离柱的某些程序(例如，在柱上的手性助剂除去、产物裂解等)的技术，其可以显著简化操作和/或降低成本。

合成技术(例如方法、试剂、条件等)和寡核苷酸组合物与用于纯化、配制、富集等的各种技术相容并可以与其结合利用。此类技术通常用于加工(例如纯化、浓缩、稀释、改变溶剂/缓冲)寡核苷酸(例如，在裂解/脱保护之后；在某种纯化之前或之后等)。在一些实施例中，超滤用于将产物例如寡核苷酸的浓度增加到所需浓度，例如至少10、20、30、40、50、60、70、80、90或100mg/mL。在一些实施例中，渗滤用于除去盐和/或改变溶液例如寡核苷酸产物溶液的溶剂。在一些实施例中，渗滤维持经受过渗滤的溶液的产物浓度(例如，寡核苷酸浓度)，或不显著改变产物浓度(例如，小于100％、90％、80％、75％、70％、60％、50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％降低；小于100％、90％、80％、75％、70％、60％、50％、40％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％增加等)。在一些实施例中，例如在色谱法或其他纯化步骤之后，超滤和/或渗滤用于以其最终形式配制产物。在一些实施例中，在获得粗产物以及某种纯化之后，进行超滤和/或渗滤。在一些实施例中，可能期望除去粗产物中的一种或多种组分(例如，氟化物、碱等)以保护一种或多种仪器/设备以延长寿命、改善结果(例如，产率、纯度等)、节省试剂和/或降低成本。

根据本披露，可以利用各种纯化技术，例如色谱法技术，例如各种类型的HPLC、UPLC等，任选地与各种其他技术例如UV、MS等一起。在一些实施例中，所提供的技术包括一种或多种HPLC方法。在一些实施例中，所提供的技术包括筒(cartridge)纯化。根据本披露，可以利用各种筒纯化技术。例如，在一些实施例中，筒纯化是反相纯化。在一些实施例中，筒是C18筒。在一些实施例中，当进行寡核苷酸的筒纯化时，例如，当使用C18筒纯化时，保持5’-保护基团，例如DMT。除其他事项外，本披露提供了与各种纯化技术相容的合成技术。例如，在一些实施例中，为了对于C18筒纯化保持5’-DMT保护基团存在，可以调节(在一些情况中，提高)裂解条件的pH。本领域技术人员将理解，根据本披露，可以调节所提供的技术的一种或多种参数(例如，试剂、条件、反应时间等)以实现期望的结果。实例5中描述了用于以可用于板格式的规模制备寡核苷酸的示例性程序。

所提供的产物，例如如本披露中所述的各种寡核苷酸，可以按本披露中所述的各种格式配制。例如，在一些实施例中，将所提供的产物冻干(以低温和/或低压)并干燥。在一些实施例中，产物以例如寡核苷酸或其盐(例如，钠盐或其他药学上可接受的盐)的固体形式、粉末、片剂等提供。在一些实施例中，在施用于受试者之前，将呈固体形式的产物用所需溶剂(例如水、盐溶液、缓冲液等)溶解。在一些实施例中，产物以高浓度溶液(例如在水、盐溶液、缓冲液(例如PBS、DPBS等)中)形式提供。如本领域技术人员所理解的，在施用于受试者之前，可以容易地通过合适的溶剂(例如水、盐溶液、缓冲液等)将此类高浓度溶液稀释至合适的浓度。典型地，产物储存在低温下。例如，溶液可以在低温下冷冻以储存。在一些实施例中，一种形式的配制和/或储存过程(例如，超滤和/或渗滤和高浓度溶液)可以提供比另一种形式的配制和/或储存过程(例如，冻干和固体形式)更好的结果(例如更高的纯度、更短的施用前准备时间等)。

如本领域技术人员将理解的，利用本披露的技术可以有效地制备各种寡核苷酸，包括本领域已知的许多生物活性寡核苷酸。除其他事项外，本披露的技术是特别强大的，因为它们可以有效地制备寡核苷酸例如特定立体异构体(例如，米泊美生(mipomersen)、nusinersen、RG6042、BIIB067、BIIB078、BIIB080、inotersen、volanesorsen、AKCEA-ANGPTL3-L_RX、IONIS-GHR-L_RX、AKCEA-TTR-L_RX、IONIS-PKK_RX、IONIS-PKK-L_RX、IONIS-TMPRSS6-L_RX、IONIS-ENAC-2.S_RX、AKCEA-APO(a)-L_RX、AKCEA-APOCIII-L_RX、IONIS-GCGR_RX、IONIS-FXI_RX、IONIS-DGAT2_RX、IONIS-AGT-L_RX、IONIS-AZ4-2.5-L_RX、IONIS-FXI-L_RX、IONIS-AR-2.5_RX、IONIS-STAT3-2.5_RX、IONIS-HBV_RX、IONIS-HBV-L_RX、IONIS-FB-L_RX、IONIS-JBI1-2.5_RX、suvodirsen等)的手性控制的寡核苷酸组合物。

在一些实施例中，可以通过本文技术制备的寡核苷酸和/或组合物包括在以下项中描述的那些：US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784等。产物寡核苷酸及其组合物可用于许多目的，例如，在以下项中描述的那些：US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784等。在一些实施例中，产物寡核苷酸及其组合物可以调节核酸序列的各种产物的水平和/或功能。在一些实施例中，产物寡核苷酸和组合物，特别是手性控制的寡核苷酸和组合物，可用于治疗多种疾病。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸的药学上可接受的盐。在一些实施例中，寡核苷酸组合物是药物组合物。

在一些实施例中，最终产物寡核苷酸是WV-937、WV-1077、WV-1078、WV-1079、WV-1085、WV-1086、WV-1090、WV-1091、WV-1092、WV-1497、WV-1508、WV-1510、WV-2076、WV-2378、WV-2380、WV-2417、WV-2418、WV-2595、WV-2601、WV-2602、WV-2603、WV-2618、WV-2619、WV-2671、WV-887、WV-892、WV-896、WV-1714、WV-2444、WV-2445、WV-2526、WV-2527、WV-2528、WV-2530、WV-2531、WV-2578、WV-2580、WV-2587、WV-3047、WV-3152、WV-3472、WV-3473、WV-3507、WV-3508、WV-3509、WV-3510、WV-3511、WV-3512、WV-3513、WV-3514、WV-3515、WV-3545、WV-3546、WV-9517、WV-12555、WV-12556、WV-12558、WV-12876、WV-12877、WV-12878、WV-12880、WV-13826、WV-13835、WV-13864、或WV-14344。在一些实施例中，最终产物寡核苷酸是WV-3473。在一些实施例中，最终产物组合物是以下项的手性控制的寡核苷酸组合物：WV-937、WV-1077、WV-1078、WV-1079、WV-1085、WV-1086、WV-1090、WV-1091、WV-1092、WV-1508、WV-1510、WV-2378、WV-2380、WV-2417、WV-2418、WV-2595、WV-2601、WV-2602、WV-2603、WV-2671、WV-887、WV-892、WV-896、WV-2444、WV-2445、WV-2526、WV-2527、WV-2528、WV-2530、WV-2531、WV-3152、WV-3472、WV-3473、WV-3507、WV-3508、WV-3509、WV-3510、WV-3511、WV-3512、WV-3513、WV-3514、WV-3515、WV-3545、WV-3546、WV-9517、WV-12555、WV-12556、WV-12558、WV-12876、WV-12877、WV-12878、WV-12880、WV-13826、WV-13835、WV-13864、或WV-14344。在一些实施例中，最终产物组合物是WV-3473的手性控制的寡核苷酸组合物。

某些寡核苷酸呈现于下表O-1中。在一些实施例中，本披露提供了表O-1的寡核苷酸(或其立体异构体)的手性控制的寡核苷酸组合物。

表O-1中的空格用于格式和可读性，例如，OXXXXX XXXXX XXXXX XXXX说明了与OXXXXXXXXXXXXXXXXXXX相同的立体化学；＊S和＊S均指示硫代磷酸酯核苷酸间键联，其中键联磷具有Sp构型等。表A1中列出的寡核苷酸是单链的(除非另外指出)；它们可以用作单链，或用作与一条或多条其他链形成复合物的链。由于它们的长度，一些序列被分成多行。如本领域技术人员所理解的，除非另有说明具有修饰(例如，用f、m、m5等修饰)，否则核苷单元是未修饰的且含有未修饰的核碱基和2’-脱氧糖；除非另有说明，否则键联是天然磷酸酯键联；并且酸性/碱性基团可以独立地以其盐形式存在。寡核苷酸中的部分和修饰(或其他化合物，例如用于制备提供的包含这些部分或修饰的寡核苷酸的那些化合物)：

f：在以下核苷(例如，fA(

其中BA是核碱基A))上的2’-F修饰；

L001：C6氨基接头(C6，-NH-(CH₂)₆-)，其中-NH-连接至Mod(例如，通过Mod中的-C(O)-)或-H，并且-(CH₂)₆-通过以下键连接至寡核苷酸链的5’-端(或3’-端，如果指示)：例如磷酸二酯(-O-P(O)(OH)-O-。可以盐形式存在。可在表中显示为O或PO)、硫代磷酸酯(-O-P(O)(SH)-O-。可以盐形式存在。可在表中示为＊，若硫代磷酸酯是非手性控制的；示为＊S、S或Sp，若是手性控制且具有Sp构型；以及显示为＊R、R或Rp，若是手性控制且具有Rp构型)或二硫代磷酸酯(-O-P(S)(SH)-O-。可以盐形式存在。可在表中示为PS2或D)键联。也可以称为C6接头或C6胺接头)；

m：在以下核苷(例如，mA(

其中BA是核碱基A))上的2’-OMe修饰；

Mod005(其-C(O)-可以连接到，例如，如寡核苷酸描述中指定的接头如L001的-NH-)：

Mod013(其-C(O)-可以连接到，例如，如寡核苷酸描述中指定的接头如L001的-NH-)：

Mod015(其-C(O)-可以连接到，例如，如寡核苷酸描述中指定的接头如L001的-NH-)：

Mod020(其-C(O)-可以连接到，例如，如寡核苷酸描述中指定的接头如L001的-NH-)：

n001：非负电荷键联

(除非另外指明，否则其是立体随机的(例如，作为n001R、或n001S))；

n001R：为手性控制的并且具有Rp构型的n001；

n001S：为手性控制的并且具有Sp构型的n001；

nX：在键联/立体化学中，nX指示立体随机n001；

nR：以键联/立体化学，nR指示为手性控制的并且具有Rp构型的n001(n001R)；

nS：以键联/立体化学，nS指示为手性控制的并且具有Sp构型的n001(n001S)；

O，PO：磷酸二酯(磷酸酯)。当在两个核苷单元之间未指定核苷酸间键联时，核苷酸间键联是磷酸二酯键联(天然磷酸酯键联)，除非另外指明。O也可以表示连接接头(例如L001)和寡核苷酸链5’-末端糖的5’-碳的磷酸二酯键联(例如WV-3545的OSSSSSSOSOSSOOSSSSSS中加下划线的O)；

＊，PS：硫代磷酸酯。＊也可以表示连接接头(例如L001)和寡核苷酸链5’-末端糖的5’-碳的硫代磷酸酯键联(例如，Mod013L001＊mU＊mC＊mA＊mA＊mG＊mG＊mA＊mA＊mG＊mA＊mU＊mG＊mG＊mC＊mA＊mU＊mU＊mU＊mC＊mU中加下划线的＊)；

＊R，R(在键联/立体化学中)，Rp：呈Rp构型的硫代磷酸酯；

＊S，S(在键联/立体化学中)，Sp：呈Sp构型的硫代磷酸酯；

X：在键联/立体化学中，X指示立体随机硫代磷酸酯。

在一些实施例中，在本披露的寡核苷酸中，每个碱基任选地被保护(例如，如通常在寡核苷酸合成中实践的)，每个核苷酸间键联独立地具有式VII或其盐形式的结构，其中：

对于为距5’-端的第一核苷酸间键联的核苷酸间键联，P^L是P、P(＝O)、P(＝S)或P^N，并且其-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹；或其-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵；或其-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-H或-C(O)R’；并且

对于不为距5’-端的第一核苷酸间键联的每个核苷酸间键联，其P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N，并且其-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹；或-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

在一些实施例中，对于为距5’-端的第一核苷酸间键联的核苷酸间键联，P^L是P、P(＝O)、P(＝S)或P^N并且其-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；或其-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-H或-C(O)R’；并且对于不为距5’-端的第一核苷酸间键联的每个核苷酸间键联，其P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N，并且其-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

在一些实施例中，对于为距5’-端的第一核苷酸间键联的核苷酸间键联，P^L是P。在一些实施例中，对于为距5’-端的第一核苷酸间键联的核苷酸间键联，P^L是P，并且其-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；或其-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁶是-H(例如，在偶联产物寡核苷酸中)。在一些实施例中，对于为距5’-端的第一核苷酸间键联的核苷酸间键联，P^L是P，并且在每个核苷酸间键联中，-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；或其-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁶是-C(O)R’(例如，在修饰前加帽产物寡核苷酸中)。在一些实施例中，在每个核苷酸间键联中，P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N，并且-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹；或-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁶是-C(O)R’(例如，在修饰产物寡核苷酸、修饰后加帽产物寡核苷酸、解封产物等中)。

在一些实施例中，如本文所述的，-L⁷-R¹是-O-CH₂R²。在一些实施例中，在一些实施例中，-L⁷-R¹是-OCH₂CH₂CN。在一些实施例中，在一些实施例中，-L⁷-R¹是-OCH₂CH₂CN。在一些实施例中，R⁶中的R’是-CH₃。本领域技术人员理解R’可以是其他基团，例如取决于在加帽步骤中使用什么酸(或其活化衍生物)。

在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个核苷酸间键联，各自独立地选自O^5P、O^P、＊^P、＊^PS、＊^PDS、＊^PR、＊^PDR、＊^N、＊^PD、＊^ＮS和＊^ＮR，其中O^5P、O^P、＊^P、＊^PS、＊^PDS、＊^PR、＊^PDR、＊^N、＊^PD、＊^NS和＊^NR各自独立地具有式VII或其盐形式。在一些实施例中，寡核苷酸包含＊^PS、＊^PDS、＊^PR、＊^PDR、＊^ＮS或＊^ＮR。在一些实施例中，寡核苷酸包含＊^PS、＊^PR、＊^ＮS或＊^ＮR。在一些实施例中，寡核苷酸包含＊^PS或＊^PR。在一些实施例中，寡核苷酸包含＊^NS或＊^NR。在一些实施例中，寡核苷酸包含＊^PS或＊^PR核苷酸间键联，以及＊^NS或＊^NR核苷酸间键联。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸(“第一寡核苷酸”)，其具有与本领域中例如以下项中描述的寡核苷酸(“第二寡核苷酸”)相同的结构：US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO2019/032607、WO2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、等，除了与第二寡核苷酸相比，在第一寡核苷酸中：

距5’-端的第一核苷酸间键联是O^5P核苷酸间键联；并且对于其余的键联：

在存在第二寡核苷酸中的磷酸酯键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的O^P键联；

在存在第二寡核苷酸中的立体随机的硫代磷酸酯键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^P或＊^PD键联；

在存在第二寡核苷酸中的Sp硫代磷酸酯键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^PS或＊^PDS键联；

在存在第二寡核苷酸中的Rp硫代磷酸酯键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^PR或＊^PDR键联；

在存在第二寡核苷酸中的立体随机的非负电荷核苷酸间键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^N键联；

在存在第二寡核苷酸中的Sp非负电荷核苷酸间键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^NS键联；

在存在第二寡核苷酸中的Rp非负电荷核苷酸间键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^NR键联，并且

该第一寡核苷酸中的每个核碱基任选地且独立地受保护(例如，如在寡核苷酸合成中)，并且该第一寡核苷酸中的每个另外的化学部分(如果存在)任选地且独立地受保护(例如，碳水化合物部分中的-OH保护为-OAc)；

其中O^5P、O^P、＊^P、＊^PS、＊^PDS、＊^PR、＊^PDR、＊^N、＊^PD、＊^NS和＊^NR各自独立地具有式VII或其盐形式。

在一些实施例中，在存在第二寡核苷酸中的磷酸酯键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的O^P键联；在存在第二寡核苷酸中的立体随机的硫代磷酸酯键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^P或＊^PD键联；在存在第二寡核苷酸中的Sp硫代磷酸酯键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^PS或＊^PDS键联；在存在第二寡核苷酸中的Rp硫代磷酸酯键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^PR或＊^PDR键联；在存在第二寡核苷酸中的立体随机的非负电荷核苷酸间键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^N键联；在存在第二寡核苷酸中的Sp非负电荷核苷酸间键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^NS键联；在存在第二寡核苷酸中的Rp非负电荷核苷酸间键联的每个位置处，独立地存在第一寡核苷酸中的＊^NR的键联，并且第一寡核苷酸中的每个核碱基任选地且独立地受保护(例如，寡核苷酸合成中)，并且第一寡核苷酸中的每个另外的化学部分(如果存在)任选地且独立地受保护(例如，碳水化合物部分中的-OH保护为-OAc)；其中O^5P、O^P、＊^P、＊^PS、＊^PDS、＊^PR、＊^PDR、＊^N、＊^NS和＊^NR各自独立地具有式VII或其盐形式。在一些实施例中，这种寡核苷酸任选地通过接头(例如CPG的CNA接头)与载体相连。如本领域技术人员所理解的，在-X-L^s-R⁵的去除过程之后，键联典型地变成其替代的键联。在一些实施例中，此类寡核苷酸(例如WV-O-937)是用于制备其对应的寡核苷酸(WV-937)的有用中间体。在一些实施例中，本披露提供了提供的第一寡核苷酸或其立体异构体的手性控制的寡核苷酸组合物。

在一些实施例中，O^5P具有式VII或其盐形式，如本文所述。在一些实施例中，每个O^P独立地具有式VII或其盐形式，如本文所述，其中P^L是P(＝O)。在一些实施例中，对于O^5P或O^P，-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-H或-C(O)R’。在一些实施例中，对于O^5P，R⁶是-H(例如，作为偶联产物寡核苷酸)或-C(O)R’(例如，作为修饰前加帽产物寡核苷酸)。在一些实施例中，对于O^P，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、或I-d的化合物，其中R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹、

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-O-CH₂-R²，其中R²包含吸电子基团、

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN、

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN、

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN、

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN、

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN。

在一些实施例中，＊^P和＊^PD各自独立地具有式VII或其盐形式，其中P^L是P(＝S)，并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。在一些实施例中，每个＊^N独立地具有式VII或其盐形式，其中P^L是P^N，并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。在一些实施例中，如本领域技术人员所理解的，P^N具有如下结构使得其N-部分具有与其替换的非负电荷核苷酸间键联的N-部分相同的非氢原子以及非氢原子的连接(不考虑单键联、双键联或三键联等)。例如，在一些实施例中，＊^N中的P^N是

(例如＊^N是n001^P)，其对应的非负电荷核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-O-CH₂-R²，其中R²包含吸电子基团。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN。

在一些实施例中，每个＊^PS或＊^PDS独立地具有式

或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，每个＊^NR具有式

或其盐形式，其中P＝W^N是P^N，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，如本领域技术人员所理解的，P^N具有如下结构使得其N-部分具有与其替换的非负电荷核苷酸间键联的N-部分相同的非氢原子以及非氢原子的连接(不考虑单键联、双键联或三键联等)。例如，在一些实施例中，＊^NR中的P^N是

(例如＊^NR是n001^PR)，并且其对应的非负电荷核苷酸间键联是n001R。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，如本领域技术人员所理解的，P^N具有如下结构使得其N-部分具有与其替换的非负电荷核苷酸间键联的N-部分相同的非氢原子以及非氢原子的连接(不考虑单键联、双键联或三键联等)。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、或I-d的化合物，其中R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，对于＊^PDS，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，对于＊^PS，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，对于＊^NR，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，R⁶是-Ac。

在一些实施例中，每个＊^PR或＊^PDR独立地具有式

或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，每个＊^NS具有式

或其盐形式，其中P＝W^N是P^N，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，如本领域技术人员所理解的，P^N具有如下结构使得其N-部分具有与其替换的非负电荷核苷酸间键联的N-部分相同的非氢原子以及非氢原子的连接(不考虑单键联、双键联或三键联等)。例如，在一些实施例中，＊^NS中的P^N是

(例如＊^NS是n001^PS)，并且其对应的非负电荷核苷酸间键联是n001S。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、或I-d的化合物，其中R⁶是-C(O)R’。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，对于＊^PDS，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，对于＊^PS，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，对于＊^NR，-X-L^s-R⁵是

在一些实施例中，寡核苷酸包含＊^N、＊^NS和＊^NR中至少一种。在一些实施例中，寡核苷酸包含

在一些实施例中，寡核苷酸包含

在一些实施例中，寡核苷酸包含

并且包含

在一些实施例中，本披露提供了包含＊^PS、＊^PDS、＊^PR和＊^PDR中至少一种的寡核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个O^P、以及＊^PS、＊^PDS、＊^PR和＊^PDR中至少一种。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个O^P，＊^PS、＊^PDS、＊^PR和＊^PDR中至少一种，以及＊^N、＊^NS和＊^NR中至少一种。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是＊^PS、＊^PDS、＊^PR或＊^PDR。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是O^P、＊^PS、＊^PDS、＊^PR或＊^PDR。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是O^P、＊^PS或＊^PDS。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是O^P、＊^PS、＊^PDS、＊^PR、＊^PDR、＊^N、＊^NS或＊^NR。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是O^P、＊^PS、＊^PDS、＊^PR、＊^PDR、＊^NS或＊^NR。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是O^P、＊^PS、＊^PDS或＊^NR。

如本领域技术人员所理解的，在许多实施例中，核苷酸间键联通过3’-碳原子与5’-糖键合，并且通过5’-碳原子与3’-糖键合。在一些实施例中，手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联具有以下结构：

或其盐形式。在一些实施例中，手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联具有以下结构：

或其盐形式。在一些实施例中，手性控制的非负电荷核苷酸间键联或中性核苷酸间键联具有以下结构：

在一些实施例中，手性控制的非负电荷核苷酸间键联或中性核苷酸间键联具有以下结构：

在一些实施例中，用Bz保护A。在一些实施例中，用Ac保护C。在一些实施例中，用iBu保护G。在一些实施例中，U是未保护的。在一些实施例中，用Bz保护A，用Ac保护C，用iBu保护G，并且U和T是未保护的。在一些实施例中，受保护的核碱基是

在一些实施例中，寡核苷酸选自下表O-2。在一些实施例中，本披露提供了表O-2的寡核苷酸(或其立体异构体)的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，此类寡核苷酸任选地通过接头(例如，如实例中所用的CNA接头)连接至载体(例如，用于寡核苷酸合成的一种载体，例如CPG)。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸或其立体异构体的手性控制的寡核苷酸组合物。

表O-2中的空格用于格式和可读性，例如，OXXXXX XXXXX XXXXX XXXX说明了与OXXXXXXXXXXXXXXXXXXX相同的立体化学。表A1中列出的寡核苷酸是单链的(除非另外指出)；它们可以用作单链，或用作与一条或多条其他链形成复合物的链。由于它们的长度，一些序列被分成多行。如本领域技术人员所理解的，除非另有说明具有修饰(例如，用f、m、m5等修饰)，否则糖单元是未修饰的且是2′-脱氧糖；除非另有说明，否则键联是O^P；并且酸性/碱性基团可以独立地以其盐形式存在；核碱基任选地被保护(例如，如典型地用于寡核苷酸合成中)。寡核苷酸中的部分和修饰(或其他化合物，例如用于制备提供的包含这些部分或修饰的寡核苷酸的那些化合物)：

f：在以下核苷(例如，fA(

其中BA是任选地受保护的核碱基A))上的2′-F修饰；

L001：C6氨基接头(C6，-NH-(CH₂)₆-)，其中-NH-连接至Mod(例如，通过Mod中的-C(O)-)或-H，并且-(CH₂)₆-通过O^P(如果未示出，其通过O^P)或＊^P或＊^PD键联连接至寡核苷酸链的5′-端(或3′-端，如果指示)。也可以称为C6接头或C6胺接头；

m：在以下核苷(例如，mA(

其中BA是任选地受保护的核碱基A))上的2′-OMe修饰；

并且其中在每个寡核苷酸中：

n001^P是

(如本领域技术人员所理解的，它与阴离子(例如，Q^-，如PF₆ ^-(其可以是在修饰步骤的阴离子))缔合)；

n001^PR是

n001^PS是

O^P是

(O^P也可以表示连接接头(例如L001)和寡核苷酸链5’-末端糖的5’-碳的键联，如果对该键联没有指定其他键联(例如，在Mod015L001与Mod015L001fU＊^P SfC＊^P SfA＊^P SfA＊^P SfG＊^P SfG＊^P S mAfA＊^P S mG mA＊^P SfU＊^P SmG mGfC＊^P SfA＊^P SfU＊^P SfU＊^P SfU＊^P SfC＊^P SfU中的5’fU之间))；

＊^P或＊^PD是

(＊^P/＊^PD还可以表示连接接头(例如L001)和寡核苷酸链5’-末端糖的5’-碳的硫代磷酸酯键联(例如，Mod013L001＊^P mU＊^P mC＊^P mA＊^P mA＊^PmG＊^P mG＊^P mA＊^P mA＊^P mG＊^P mA＊^P mU＊^P mG＊^P mG＊^P mC＊^P mA＊^P mU＊^P mU＊^PmU＊^P mC＊^P mU中加下划线的＊^P))；

＊^PR是

＊^PS是

＊^PDR是

并且＊^PDS是

除其他事项外，本披露包括许多例如结构、式等的变量。除非另有说明，否则一种变量的实施例可以任选地与任何其他变量的实施例组合。

在一些实施例中，R¹是-H、-L^s-R、卤素、-CN、-NO₂、-L^s-Si(R)₃、-OR、-SR、或-N(R)₂。在一些实施例中，R¹是-H。在一些实施例中，R¹是-L^s-R，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R¹是R，例如，如本披露中所述的R实施例。在一些实施例中，R¹是卤素。在一些实施例中，R¹是-F。在一些实施例中，R¹是-Cl。在一些实施例中，R¹是-Br。在一些实施例中，R¹是-I。在一些实施例中，R¹是-CN。在一些实施例中，R¹是-NO₂。在一些实施例中，R¹是-L^s-Si(R)₃，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R¹是-CH₂-Si(R)₃，其中-CH₂-基团是任选地取代的，并且每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R¹是-CH₂-Si(R)₃，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R不是-H。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R独立地是选自C_1-6烷基和苯基的任选地取代的基团。在一些实施例中，-Si(R)₃的至少一个R是任选地取代的C_1-6烷基，并且-Si(R)₃的至少一个R是任选地取代的苯基。在一些实施例中，-Si(R)₃的两个R独立地是任选地取代的C_1-6烷基，并且-Si(R)₃的一个R是任选地取代的苯基。在一些实施例中，-Si(R)₃是-Si(Ph)₂Me。R的其他非氢实施例在本披露中被广泛地描述并且可以用于-Si(R)₃。在一些实施例中，R¹是-OR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R¹是-SR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R¹是-N(R)₂，其中每个R独立地是如本披露中所述的。

在一些实施例中，R²是-H、-L^s-R、卤素、-CN、-NO₂、-L^s-Si(R)₃、-OR、-SR、或-N(R)₂。在一些实施例中，R²是-H。在一些实施例中，R²是-L^s-R，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R²是R，例如，如本披露中所述的R实施例。在一些实施例中，R²是卤素。在一些实施例中，R²是-F。在一些实施例中，R²是-Cl。在一些实施例中，R²是-Br。在一些实施例中，R²是-I。在一些实施例中，R²是-CN。在一些实施例中，R²是-NO₂。在一些实施例中，R²是-L^s-Si(R)₃，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R²是-CH₂-Si(R)₃，其中-CH₂-基团是任选地取代的，并且每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R²是-CH₂-Si(R)₃，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R不是-H。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R独立地是选自C_1-6烷基和苯基的任选地取代的基团。在一些实施例中，-Si(R)₃是-Si(Ph)₂Me。R的其他非氢实施例在本披露中被广泛地描述并且可以用于-Si(R)₃。在一些实施例中，R²是-OR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R²是-SR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R²是-N(R)₂，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R²与R¹是相同或不同的，并且是选自本披露中针对R¹所述的任何基团的基团。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是如本披露中所述的且不是氢。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是如本披露中所述的任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是任选地取代的C_1-4脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是任选地取代的C_1-3脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是任选地取代的C_1-2脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烯基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是乙烯基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6炔基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是乙炔基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是任选地取代的苄基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是苄基，其中所述苄基的苯基是任选地取代的。在一些实施例中，R¹是-H，并且R²是苄基。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的非对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R是如本披露中所述的，并且包含环部分。在一些实施例中，R是选自C_3-20环脂肪族基团、C_6-20芳基、具有1-5个杂原子的5-20元杂芳基和具有1-5个杂原子的3-20元杂环基的任选地取代的基团，其中每个杂原子独立地选自氮、氧、硫、磷和硅。在一些实施例中，R是选自C_3-20环脂肪族基团、C_6-20芳基、具有1-5个杂原子的5-20元杂芳基和具有1-5个杂原子的3-20元杂环基的任选地取代的基团，其中每个杂原子独立地选自氮、氧和硫。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-20环脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-10环脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-10环烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_4-10环烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的环丙基。在一些实施例中，R是任选地取代的环丁基。在一些实施例中，R是任选地取代的环戊基。在一些实施例中，R是任选地取代的环己基。在一些实施例中，R是任选地取代的环庚基。在一些实施例中，R是环丙基。在一些实施例中，R是环丁基。在一些实施例中，R是环戊基。在一些实施例中，R是环己基。在一些实施例中，R是环庚基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_6-20芳基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地取代的5-20元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地取代的5元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地取代的6元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元杂环基。在一些实施例中，R¹和R²中的另一个是R，其中R不是氢。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是C_1-6烷基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是取代的甲基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R是取代的乙基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是如本披露中所述的包含环状部分的R，并且另一个是如本披露中所述的烷基。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烯基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的甲基或乙基，并且另一个是乙烯基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是甲基，并且另一个是乙烯基。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6炔基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的甲基或乙基，并且另一个是乙炔基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是甲基，并且另一个是乙炔基。

在一些实施例中，R¹和R²各自独立地是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R¹和R²相同。除其他事项外，本披露证明当用于手性控制的寡核苷酸制备中时，其中R¹和R²相同的化合物或由其制备的亚磷酰胺可以给予高的立体选择性、产率和/或纯度。在一些实施例中，R¹和R²是相同的任选地取代的C_1-2烷基，并且R¹和R²包含不超过两个碳原子。在一些实施例中，R¹和R¹均为甲基。在一些实施例中，R¹和R¹均为乙基。在一些实施例中，R¹和R¹均为异丙基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-3直链烷基，并且另一个是任选地取代的C_3-10环烷基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-3直链烷基，并且另一个是任选地取代的C_5-6环烷基。在一些实施例中，R¹是甲基。在一些实施例中，R²是环戊基。在一些实施例中，R²是环己基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是任选地取代的C_1-3直链烷基，并且另一个是任选地取代的苄基。在一些实施例中，R¹是甲基，并且R²是任选地取代的苄基。在一些实施例中，R²是苄基。在一些实施例中，R²是p-CH₃O-C₆H₄-CH₂-。在一些实施例中，R¹选自甲基、乙基、环己基和苄基(任选地在苯基上被取代)。在一些实施例中，R²选自甲基、乙基、环己基和苄基(任选地在苯基上被取代)。在一些实施例中，R¹和R²各自独立地选自甲基、乙基、环己基和苄基(任选地在苯基上被取代)。

在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的非对映异构体，或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体，或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是R，其中R是选自以下的任选地取代的基团：具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-20杂脂肪族基团，C_6-20芳基，C_6-20芳基脂肪族基团，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_6-20芳基杂脂肪族基团，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元杂环基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是R，其中R是选自以下的任选地取代的基团：C_3-20环脂肪族，C_6-20芳基，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元杂环基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是R，其中R是选自以下的任选地取代的基团：C_3-20环脂肪族，C_6-20芳基，具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-20元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的3-20元杂环基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是R，其中R是选自C_6-20芳基和具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-20元杂芳基的任选地取代的基团。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是R，其中R是任选地取代的C_6-20芳基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基，并且另一个是R，其中R是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R作为任选地取代的C_1-6烷基是甲基。在一些实施例中，R作为任选地取代的苯基是

在一些实施例中，R¹是甲基，并且R²是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R¹是甲基且R²是苯基。在一些实施例中，R¹是甲基且R²是

在一些实施例中，所提供的化合物选自

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。

在一些实施例中，R¹和R²独立地是R，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R是选自以下的任选地取代的基团：C_3-20环脂肪族，C_6-20芳基，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元杂环基。在一些实施例中，R是选自以下的任选地取代的基团：C_3-20环脂肪族，C_6-20芳基，具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的5-20元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的3-20元杂环基。在一些实施例中，R是选自C_3-20环脂肪族和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元杂环基的任选地取代的基团。在一些实施例中，R是选自C_6-20芳基和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基的任选地取代的基团。在一些实施例中，R是选自C_3-20环脂肪族和C_6-20芳基的任选地取代的基团。在一些实施例中，R是选自以下的任选地取代的基团：具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元杂环基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-20环脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-20环烷基。在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的任选地取代的C_1-20杂脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_6-20芳基。在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的5-20元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元杂环基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R¹和R²是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R¹和R²是苯基。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。

在一些实施例中，R¹和R²所附接的碳原子不是手性的。在一些实施例中，R¹和R²相同。在一些实施例中，R¹和R²是相同的且都不是氢。在一些实施例中，R¹和R²是甲基。在一些实施例中，R¹和R²是乙基。在一些实施例中，R¹和R²是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R¹和R²是苯基。在一些实施例中，R¹和R²是R，其中这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，所形成的环不包含任何手性元素。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的5元环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的

在一些实施例中，所形成的环是

在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的

在一些实施例中，所形成的环是

在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的6元环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的

在一些实施例中，所形成的环是

除其他事项外，本披露证明，当其中R¹和R²所附接的碳原子不是手性的所提供的化合物用于手性控制的寡核苷酸合成中时，它们可以提供令人惊讶地高的立体选择性。在一些实施例中，此类化合物提供高产率。

在一些实施例中，R³是-H、-L^s-R、卤素、-CN、-NO₂、-L^s-Si(R)₃、-OR、-SR、或-N(R)₂。在一些实施例中，R³是-H。在一些实施例中，R³是-L^s-R，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R³是R，例如，如本披露中所述的R实施例。在一些实施例中，R³是卤素。在一些实施例中，R³是-Fo在一些实施例中，R³是-Cl。在一些实施例中，R³是-Bt。在一些实施例中，R³是-I。在一些实施例中，R³是-CN。在一些实施例中，R³是-NO₂。在一些实施例中，R³是-L^s-Si(R)₃，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R³是-CH₂-Si(R)₃，其中-CH₂-基团是任选地取代的，并且每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R³是-CH₂-Si(R)₃，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R不是-H。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R独立地是选自C_1-6烷基和苯基的任选地取代的基团。在一些实施例中，-Si(R)₃是-Si(Ph)₂Me。R的其他非氢实施例在本披露中被广泛地描述并且可以用于-Si(R)₃。在一些实施例中，R³是-OR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R³是-SR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R³是-N(R)₂，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R²与R¹是相同或不同的，并且是选自本披露中针对R¹所述的任何基团的基团。

在一些实施例中，R⁴是-H、-L^s-R、卤素、-CN、-NO₂、-L^s-Si(R)₃、-OR、-SR、或-N(R)₂。在一些实施例中，R⁴是-H。在一些实施例中，R⁴是-L^s-R，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁴是R，例如，如本披露中所述的R实施例。在一些实施例中，R⁴是卤素。在一些实施例中，R⁴是-F。在一些实施例中，R⁴是-Cl。在一些实施例中，R⁴是-Br。在一些实施例中，R⁴是-I。在一些实施例中，R⁴是-CN。在一些实施例中，R⁴是-NO₂。在一些实施例中，R⁴是-L^s-Si(R)₃，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁴是-CH₂-Si(R)₃，其中-CH₂-基团是任选地取代的，并且每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁴是-CH₂-Si(R)₃，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R不是-H。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R独立地是选自C_1-6烷基和苯基的任选地取代的基团。在一些实施例中，-Si(R)₃是-Si(Ph)₂Me。R的其他非氢实施例在本披露中被广泛地描述并且可以用于-Si(R)₃。在一些实施例中，R⁴是-OR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁴是-SR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁴是-N(R)₂，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R²与R¹是相同或不同的，并且是选自本披露中针对R¹所述的任何基团的基团。

在一些实施例中，R¹、R²、R³和R⁴中的至少一个不是-H。在一些实施例中，所提供的式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、或I-e的化合物包含一个或多个手性元素。在一些实施例中，R³和R⁴不是-H，并且它们所附接的碳是手性中心。在一些实施例中，R¹和R²中的至少一个不是氢，并且R¹和R²是不同的，并且它们所附接的碳是手性中心。在一些实施例中，R¹和R²中的至少一个不是氢，并且R¹和R²是相同的，并且它们所附接的碳不是手性中心。除其他事项外，本披露证明了当在寡核苷酸合成中用作手性助剂时，所提供的化合物(其中R¹和R²所附接的碳原子不是手性的)可以给予令人惊讶地高的立体选择性。

在一些实施例中，R⁵是-H、-L^s-R、卤素、-CN、-NO₂、-L^s-Si(R)₃、-OR、-SR、或-N(R)₂。在一些实施例中，R⁵是-H。在一些实施例中，R⁵是-L^s-R，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁵是R，例如，如本披露中所述的R实施例。在一些实施例中，R⁵是卤素。在一些实施例中，R⁵是-F。在一些实施例中，R⁵是-Cl。在一些实施例中，R⁵是-Br。在一些实施例中，R⁵是-I。在一些实施例中，R⁵是-CN。在一些实施例中，R⁵是-NO₂。在一些实施例中，R⁵是-L^s-Si(R)₃，其中L^s和R各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁵是-CH₂-Si(R)₃，其中-CH₂-基团是任选地取代的，并且每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁵是-CH₂-Si(R)₃，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R不是-H。在一些实施例中，-Si(R)₃的每个R独立地是选自C_1-6烷基和苯基的任选地取代的基团。在一些实施例中，-Si(R)₃是-Si(Ph)₂Me。R的其他非氢实施例在本披露中被广泛地描述并且可以用于-Si(R)₃。在一些实施例中，R⁵是-OR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁵是-SR，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁵是-N(R)₂，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R²与R¹是相同或不同的，并且是选自本披露中针对R¹所述的任何基团的基团。

在一些实施例中，R⁵、以及R¹和R²中的一个或两个是R并且与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R⁵和R¹是R并且与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R⁵是R并且与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。如本披露中广泛描述的，由两个R基团一起形成的环可以具有各种尺寸，是单环、双环或多环的，并且包含不同数目的杂原子。在一些实施例中，环是3元环。在一些实施例中，环是4元环。在一些实施例中，环是5元环。在一些实施例中，环是6元环。在一些实施例中，除了R⁵所附接的氮外，所形成的环不含有环杂原子。在一些实施例中，环是饱和环。在一些实施例中，环是单环的。在一些实施例中，环包含除居间杂原子之外的另外的环杂原子。在一些实施例中，环是包含一个环杂原子的3元环。在一些实施例中，环是包含两个环杂原子的3元环。在一些实施例中，环是包含一个碳、一个氮和一个氧环原子的3元环。

在一些实施例中，R¹、R²、R³、R⁴、和R⁵中的两个或更多个独立地是R，并且所述R基团任选地并且独立地一起形成如本披露中所述的环。在一些实施例中，R¹和R²是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R³和R⁴中的一个是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R³和R⁴中的一个以及R⁵是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。

在一些实施例中，例如由R¹和R²、或R¹和R²中的一个、以及R³和R⁴中的一个形成的环是具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，所形成的环是单环的。在一些实施例中，所形成的环是双环的。在一些实施例中，所形成的环是多环的。在一些实施例中，所形成的环是脂肪族的。在一些实施例中，所形成的环不包含不饱和度。在一些实施例中，所形成的环是部分不饱和的。在一些实施例中，所形成的环包含一个或多个饱和单环部分。在一些实施例中，所形成的环包含一个或多个单环的部分不饱和的环部分。在一些实施例中，所形成的环包含一个或多个单环的芳环部分。在一些实施例中，所形成的环包含一个或多个饱和的、部分不饱和的和/或芳环部分，例如，包含稠合的饱和的、部分不饱和的和/或芳族单环部分的双环或多环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的。在一些实施例中，所形成的环是取代的。在一些实施例中，所形成的环不是取代的。在一些实施例中，所形成的环不包含手性元素。在一些实施例中，所形成的环包含一个或多个手性元素。在一些实施例中，所形成的环包含一个或多个手性元素并且是手性的。在一些实施例中，手性元素是手性中心。在一些实施例中，所形成的环是不具有杂原子的任选地取代的3-10元单环。在一些实施例中，所形成的单环是3元的；在一些实施例中，是4元的；在一些实施例中，是5元的；在一些实施例中，是6元的；在一些实施例中，是7元的；在一些实施例中，是8元的；在一些实施例中，是9元的；并且在一些实施例中是10元的。在一些实施例中，所形成的环是3元饱和环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的5元饱和环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是不包含手性元素的任选地取代的5元饱和环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是不包含手性元素的未取代的5元饱和环脂肪族环。在一些实施例中，本文描述的5元环稠合到另一个任选地取代的环(其可以是饱和的、部分不饱和的或芳基)。在一些实施例中，本文描述的5元环稠合到任选地取代的芳基环。在一些实施例中，本文描述的5元环稠合到任选地取代的苯基环。在一些实施例中，本文描述的5元环稠合到苯基环。在一些实施例中，稠合是在C3和C4(C1是R¹和R²所附接的碳原子)。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的

在一些实施例中，所形成的环是

在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的

在一些实施例中，所形成的环是

在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的

在一些实施例中，所形成的环是

在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的

在一些实施例中，所形成的环是

在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的6元饱和环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是不包含手性元素的任选地取代的6元饱和环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是不包含手性元素的未取代的6元饱和环脂肪族环。在一些实施例中，一个或多个环部分可以稠合到6元环，例如，如上文对于5元环所述的。本文所述的环实施例适用于其他变量，其中两个可以是R并且可以一起形成任选地取代的环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的

在一些实施例中，所形成的环是

在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物选自

及其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的非对映异构体，及其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体，及其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。

在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R³和R⁴中的一个是R，(例如，式I-a的R¹和R²中的一个以及R³和R⁴中的一个)并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R¹和R³是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R¹和R⁴是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R²和R³是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R²和R⁴是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，所提供的化合物具有式I-e或其盐的结构。如在本披露中所述的，在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C_3-20环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C_3-10环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C_5-7环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₅环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₆环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₇环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₈环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₉环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₁₀环脂肪族环。如本披露中所述的，在一些实施例中，所形成的环可以是单环、双环或多环的，并且可以包含一个或多个饱和的、部分饱和的和/或芳族的单环部分。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C_3-20饱和的、单环环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C_3-10饱和的、单环环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C_5-7饱和的、单环环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₅饱和的、单环环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₆饱和的、单环环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₇饱和的、单环环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₈饱和的、单环环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₉饱和的、单环环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的C₁₀饱和的、单环环脂肪族环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个、以及R³和R⁴中的一个是R，并且两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环；R⁵是R，其中R是选自以下的任选地取代的基团：C_1-20脂肪族基团，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-20杂脂肪族基团，C_6-20芳基，C_6-20芳基脂肪族基团，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_6-20芳基杂脂肪族基团，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元杂环基；R⁶是-H；并且R⁷是-OH。在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R³和R⁴中的一个是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环；R⁵是R，其中R是任选地取代的C_1-20脂肪族基团；R⁶是-H；并且R⁷是-OH。在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R³和R⁴中的一个是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环；R⁵是R，其中R是任选地取代的C_1-6烷基；R⁶是-H；并且R⁷是-OH。在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R³和R⁴中的一个是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环；R⁵是R，其中R是甲基；R⁶是-H；并且R⁷是-OH。除其他事项外，本披露证明，当用于手性控制的寡核苷酸制备中时，所提供的化合物(其中R⁵和R⁶所附接的N原子不在环内)可以提供令人惊讶地高的立体选择性和/或产率。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如式I-e的化合物，是

及其。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如式I-e的化合物，是

及其。在一些实施例中，所提供的化合物是

的非对映异构体或其盐。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如式I-e的化合物，是

及其。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。

在一些实施例中，R³和R⁴是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。

在一些实施例中，R³和R⁵是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R⁴和R⁵是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R⁴和R⁵是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环；R⁶是-H；并且R⁷是-OH。

在一些实施例中，所形成的环是具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，所形成的环是具有不超过一个杂原子的任选地取代的4-6元单环。在一些实施例中，所形成的环是具有仅一个环杂原子的任选地取代的4-6元饱和单环，所述唯一的环杂原子是R⁵所附接的氮。在一些实施例中，所形成的环是3元的。在一些实施例中，所形成的环是4元的。在一些实施例中，所形成的环是5元的。在一些实施例中，所形成的环是6元的。在一些实施例中，所形成的环是7元的。在一些实施例中，所形成的环是8元的。在一些实施例中，所形成的环是9元的。在一些实施例中，所形成的环是10元的。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的4-7元单环。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的4元单环。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的5元单环。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的6元单环。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的7元单环。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的8元单环。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的9元单环。在一些实施例中，R³是-H，并且R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有氮原子(R⁵在其上)的任选地取代的10元单环。在一些实施例中，所形成的环是取代的。在一些实施例中，所形成的环是未取代的。在一些实施例中，所形成的环是单环的。在一些实施例中，所形成的环是双环的。在一些实施例中，所形成的环除了居间原子之外不具有另外的杂原子。在一些实施例中，所形成的环除了居间原子之外具有另外的环杂原子。在一些实施例中，所形成的环是具有不超过一个环杂原子的任选地取代的饱和的、单环的、4元环，其中所述唯一的环杂原子是氮。在一些实施例中，所形成的环是具有不超过一个环杂原子的任选地取代的饱和的、单环的、5元环，其中所述唯一的环杂原子是氮。在一些实施例中，所形成的环是具有不超过一个环杂原子的任选地取代的饱和的、单环的、6元环，其中所述唯一的环杂原子是氮。在一些实施例中，所形成的环是具有不超过一个环杂原子的任选地取代的饱和的、单环的、7元环，其中所述唯一的环杂原子是氮。在一些实施例中，所形成的环是具有不超过一个环杂原子的任选地取代的饱和的、单环的、8元环，其中所述唯一的环杂原子是氮。在一些实施例中，所形成的环是具有不超过一个环杂原子的任选地取代的饱和的、单环的、9元环，其中所述唯一的环杂原子是氮。在一些实施例中，所形成的环是具有不超过一个环杂原子的任选地取代的饱和的、单环的、10元环，其中所述唯一的环杂原子是氮。在一些实施例中，形成的环具有这样的结构，即，使得

(R⁶是-H)是，在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，

在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。

在一些实施例中，所提供的化合物是

的非对映异构体或其盐。

在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。

在一些实施例中，R⁵、以及R¹和R²中的一个或两个是R，其与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个以及R⁵是R并且所述R基团与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。如本披露中广泛描述的，所形成的环可以具有各种尺寸，是单环、双环或多环的，并且包含不同数目和/或类型的杂原子。在一些实施例中，环是3元环。在一些实施例中，环是4元环。在一些实施例中，环是5元环。在一些实施例中，环是6元环。在一些实施例中，环是单环的。在一些实施例中，环包含除居间杂原子之外的另外的环杂原子。在一些实施例中，环是包含一个环杂原子的3元环。在一些实施例中，环是包含两个环杂原子的3元环。在一些实施例中，环是包含一个碳、一个氮和一个氧环原子的3元环。

在一些实施例中，R⁶是R’，其中R’是如本披露中所述的。在一些实施例中，例如，当所提供的化合物具有I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b或其盐的结构时，R⁶是-H。在一些实施例中，R⁶是在寡核苷酸合成中使用的合适的加帽基团，其中许多是众所周知的并且可以根据本披露利用。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，当处于寡核苷酸合成中所提供的结构(例如具有式VII或O-I或其盐的结构)中时，R⁶是加帽基团。在一些实施例中，加帽基团具有-C(O)R的结构，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是-CF₃。

在一些实施例中，R⁶是-H。在一些实施例中，R⁶是-H，并且R⁴和R⁵是R，并且所述R基团与居于它们之间的原子一起形成如本披露中所述的具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元杂环基环。在一些实施例中，R⁶是-H，并且R⁴和R⁵是R，并且所述R基团与居于它们之间的原子一起形成如本披露中所述的具有1-5个杂原子的任选地取代的4-6元杂环基环。在一些实施例中，所形成的环是3元的。在一些实施例中，所形成的环是4元的。在一些实施例中，所形成的环是5元的。在一些实施例中，所形成的环是6元的。在一些实施例中，所形成的环是7元的。

在一些实施例中，R⁷是-OH。在一些实施例中，R⁷是-SH。在一些实施例中，本披露提供了式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐，其中R⁷是-OH。在一些实施例中，本披露提供了式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐，其中R⁷是-SH。

在一些实施例中，R⁸是-L-R⁷、-L-C(R¹)(R²)-R⁷、或-L^s-R⁷，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁸是如本披露中所述的R⁷。在一些实施例中，R⁸是-OH。在一些实施例中，R⁸是-SH。在一些实施例中，R⁸是-L-R⁷，其中L和R⁷各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁸是-L-OH，其中L^s是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁸是-L-SH，其中L^s是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁸是-L-C(R¹)(R²)-R⁷，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁸是-C(R¹)(R²)-R⁷，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁸是-CH₂-R⁷，其中R⁷是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁸是-CH₂OH。在一些实施例中，R⁸是-CH₂SH。在一些实施例中，R⁸是-L^s-R⁷，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁸是-L^s-OH，其中L^s是如本披露中所述的。在一些实施例中，R⁸是-L^s-SH，其中L^s是如本披露中所述的。

在一些实施例中，R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成任选地取代的4-10元杂环基环，其中居间的氮原子为唯一的环杂原子。在一些实施例中，R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成任选地取代的4-10元饱和单环杂环基环，其中居间的氮原子为唯一的环杂原子。在一些实施例中，R⁴和R⁵是R，其与居于它们之间的原子一起形成任选地取代的4-10元饱和双环杂环基环，其中居间的氮原子为唯一的环杂原子。在一些实施例中，所形成的环是3元的。在一些实施例中，所形成的环是4元的。在一些实施例中，所形成的环是5元的。在一些实施例中，所形成的环是6元的。在一些实施例中，所形成的环是7元的。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的吡咯烷部分。在一些实施例中，R⁷是-OH。在一些实施例中，R⁷是-SH。

在一些实施例中，所提供的式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物包括不超过一个手性元素。在一些实施例中，所提供的式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物包括不超过一个手性元素，其中所述唯一的一个手性元素是手性碳原子。在一些实施例中，所提供的式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物包括不超过一个手性元素，其中所述唯一的一个手性元素是R³和R⁴所附接的手性碳原子。在一些实施例中，R¹和R²相同。在一些实施例中，R¹和R²相同，并且是任选地取代的直链C_1-3烷基。在一些实施例中，R¹和R²相同，并且是任选地取代的直链C_1-3烷基，其中没有取代基包含碳原子。在一些实施例中，R¹和R²相同，并且是任选地取代的直链C_1-2烷基。在一些实施例中，R¹和R²相同，并且是任选地取代的直链C_1-2烷基，其中没有取代基包含碳原子。在一些实施例中，R¹和R²是甲基。在一些实施例中，R¹和R²是乙基。在一些实施例中，R¹和R²是正丙基。在一些实施例中，R¹和R²一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R¹和R²一起形成任选地取代的环，其中所述环不包含手性元素。

在一些实施例中，L是共价键、或任选地取代的C_1-6亚烷基，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-L’-替代，其中L’是如在本披露中所述的。在一些实施例中，L是共价键。在一些实施例中，L是任选地取代的C_1-6亚烷基，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-L’-替代，其中L’是如在本披露中所述的。在一些实施例中，L是任选地取代的C_1-6亚烷基，其中一个或多个亚甲基单元独立地被-L’-替代，其中每个L’独立地是如在本披露中所述的。

在一些实施例中，L是共价键。在一些实施例中，所提供的化合物，例如式I的化合物，具有

或其盐的结构。

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的，并且其中R⁴和R⁵不是氢。在一些实施例中，所提供的化合物具有

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的，并且其中R⁴和R⁵是R并且一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R¹和R²不同。在一些实施例中，R¹和R²相同。在一些实施例中，R¹和R²相同并且是氢。在一些实施例中，R¹和R²相同并且不是氢。在一些实施例中，R¹和R²相同并且是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²相同并且是任选地取代的C_1-6烷基。

在一些实施例中，所提供的化合物具有式(I-a-1)：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的，并且其中R⁴和R⁵不是氢，并且R²具有比R¹大的尺寸。在一些实施例中，式I-a的化合物具有式I-a-1的结构。在一些实施例中，R⁴和R⁵是R并且一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R¹和R²不同。在一些实施例中，R¹和R²相同。在一些实施例中，R¹和R²相同并且是氢。在一些实施例中，R¹和R²相同并且不是氢。在一些实施例中，R¹和R²相同并且是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²相同并且是任选地取代的C_1-6烷基。

在一些实施例中，所提供的化合物具有式(I-a-2)：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的，并且其中R⁴和R⁵不是氢，并且R²具有比R¹大的尺寸。在一些实施例中，式I-a的化合物具有式I-a-2的结构。在一些实施例中，R⁴和R⁵是R并且一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R¹和R²不同。在一些实施例中，R¹和R²相同。在一些实施例中，R¹和R²相同并且是氢。在一些实施例中，R¹和R²相同并且不是氢。在一些实施例中，R¹和R²相同并且是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R¹和R²相同并且是任选地取代的C_1-6烷基。

在一些实施例中，L是-L’-C(R³)(R⁴)-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，所提供的化合物具有式I-b：

在一些实施例中，L’是共价键。在一些实施例中，L’是任选地取代的二价的C_1-3亚烷基。在一些实施例中，L’是-C(R³)(R⁴)-，其中R³和R⁴各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，L’是-C(R³)(R⁴)-C(R³)(R⁴)-，其中R³和R⁴各自独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，L’是如本披露中所述的-Cy-。在一些实施例中，L’是-C(R³)[C(R⁴)₃]-，其中R³和R⁴各自独立地是如本披露中所述的。

在一些实施例中，L’是共价键。在一些实施例中，L’是任选地取代的二价的C_1-3亚烷基。在一些实施例中，L’是-C(R³)(R⁴)-。在一些实施例中，所提供的化合物具有式I-c：

或其盐的结构，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，式I的化合物具有式I-c或其盐的结构。在一些实施例中，式I-b的化合物具有式I-c或其盐的结构。在一些实施例中，R¹和R²各自独立地是R，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是R，其中R是如本披露中所述的且不是-H。在一些实施例中，R¹和R²各自独立地是R，其中R是如本披露中所述的并且不是-H。在一些实施例中，R¹和R²各自独立地是R，其中这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R¹和R²中的一个是-H，并且另一个是苯基。在一些实施例中，式I-c中附接到C2的R³和R⁴各自独立地是R，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，附接到C2的R³和R⁴各自是-H。在一些实施例中，附接到C3的R³和R⁴各自独立地是R，其中R是如本披露中所述的。在一些实施例中，附接到C3的R³和R⁴中的一个是氢。在一些实施例中，附接到C3的R³和R⁴中的一个是R，R⁵是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。

在一些实施例中，所形成的环是如本披露中所述的任选地取代的杂环基部分。在一些实施例中，所形成的环是如本披露中所述的具有一个氮环原子且不超过一个杂原子的任选地取代的、单环的、且饱和的4、5或6元杂环基环。在一些实施例中，所形成的环是如本披露中所述的任选地取代的三价氮杂环丁烷基部分。在一些实施例中，所形成的环是如本披露中所述的任选地取代的三价吡咯烷基部分。在一些实施例中，所形成的环是如本披露中所述的任选地取代的三价哌啶基部分。在一些实施例中，附接到C2的R³和R⁴中的一个是R，附接到C3的R³和R⁴中的一个是R，并且这两个R基团一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的饱和环脂肪族环。在一些实施例中，所形成的环是3、4、5、6、7、8、9或10元的。在一些实施例中，所形成的环是任选地取代的5元饱和单环环脂肪族环。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

或其盐。在一些实施例中，所提供的化合物是

的对映异构体或其盐。

在一些实施例中，L’是-C(R³)(R⁴)-C(R³)(R⁴)-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，L’是-Cy-。在一些实施例中，L’是-C(R³)[C(R⁴)₃]-。

在一些实施例中，每个-Cy-独立地是选自以下的任选地取代的二价基团：C_3-20环脂肪族环，C_6-20芳基环，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基环，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷、和硅的杂原子的3-20元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是如本披露中例如对于R和Cy^L所述的任选地取代的环，但是二价的。

在一些实施例中，-Cy-是单环的。在一些实施例中，-Cy-是双环的。在一些实施例中，-Cy-是多环的。在一些实施例中，-Cy-是饱和的。在一些实施例中，-Cy-是部分不饱和的。在一些实施例中，-Cy-是芳族的。在一些实施例中，-Cy-包含饱和环状部分。在一些实施例中，-Cy-包含部分不饱和的环状部分。在一些实施例中，-Cy-包含芳族环状部分。在一些实施例中，-Cy-包含饱和的、部分不饱和的和/或芳族环状部分的组合。在一些实施例中，-Cy-是3元的。在一些实施例中，-Cy-是4元的。在一些实施例中，-Cy-是5元的。在一些实施例中，-Cy-是6元的。在一些实施例中，-Cy-是7元的。在一些实施例中，-Cy-是8元的。在一些实施例中，-Cy-是9元的。在一些实施例中，-Cy-是10元的。在一些实施例中，-Cy-是11元的。在一些实施例中，-Cy-是12元的。在一些实施例中，-Cy-是13元的。在一些实施例中，-Cy-是14元的。在一些实施例中，-Cy-是15元的。在一些实施例中，-Cy-是16元的。在一些实施例中，-Cy-是17元的。在一些实施例中，-Cy-是18元的。在一些实施例中，-Cy-是19元的。在一些实施例中，-Cy-是20元的。

在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的二价C_3-20环脂肪族环。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的二价饱和C_3-20环脂肪族环。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的二价部分不饱和的C_3-20环脂肪族环。在一些实施例中，-Cy-包含芳族部分。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的

在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的

在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的

在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的

在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的

在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的

在一些实施例中，-Cy-H是如本披露中所述的任选地取代的环脂肪族，例如，对于R的环脂肪族实施例。

在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的C_6-20芳基环。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的亚苯基。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的1，2-亚苯基。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的1，3-亚苯基。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的1，4-亚苯基。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的二价萘环。在一些实施例中，-Cy-H是如本披露中所述的任选地取代的芳基，例如，对于R的芳基实施例。

在一些实施例中，-Cy-是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的二价5-20元杂芳基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的任选地取代的二价5-20元杂芳基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-4个独立地选自氧、氮、硫的杂原子的任选地取代的二价5-6元杂芳基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-3个独立地选自氧、氮、硫的杂原子的任选地取代的二价5-6元杂芳基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-2个独立地选自氧、氮、硫的杂原子的任选地取代的二价5-6元杂芳基环。在一些实施例中，-Cy-是具有一个独立地选自氧、氮、硫的杂原子的任选地取代的二价5-6元杂芳基环。在一些实施例中，-Cy-H是如本披露中所述的任选地取代的杂芳基，例如，对于R的杂芳基实施例。

在一些实施例中，-Cy-是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的二价3-20元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的任选地取代的二价3-20元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-4个独立地选自氧、氮、硫的杂原子的任选地取代的二价3-6元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-4个独立地选自氧、氮、硫的杂原子的任选地取代的二价5-6元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-3个独立地选自氧、氮、硫的杂原子的任选地取代的二价5-6元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-2个独立地选自氧、氮、硫的杂原子的任选地取代的二价5-6元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是具有一个独立地选自氧、氮、硫的杂原子的任选地取代的二价5-6元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的饱和二价杂环基。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的部分不饱和二价杂环基。在一些实施例中，-Cy-H是如本披露中所述的任选地取代的杂环基，例如，对于R的杂环基实施例。

在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的二价3-30元亚碳环基。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的二价6-30元亚芳基。在一些实施例中，-Cy-是具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的任选地取代的二价5-30元杂亚芳基。在一些实施例中，-Cy-是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的二价3-30元亚杂环基。在一些实施例中，-Cy-是具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的任选地取代的二价5-30元杂亚芳基。在一些实施例中，-Cy-是具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的二价3-30元亚杂环基。

在一些实施例中，每个L^s独立地是共价键，或选自C_1-30脂肪族基团和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-30杂脂肪族基团的二价、任选地取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地取代的基团替代：C_1-6亚烷基、C_1-6亚烯基、-C≡C-、具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价C₁-C₆杂脂肪族基团、-C(R’)₂-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)₂-、-S(O)₂N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)₃]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、或-OP(OR’)[B(R’)₃]O-，并且一个或多个碳原子任选地且独立地被Cy^L替代。

在一些实施例中，L^s是共价键，或选自C_1-30脂肪族基团和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-30杂脂肪族基团的二价、任选地取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地取代的基团替代：C_1-6亚烷基、C_1-6亚烯基、-C≡C-、具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价C₁-C₆杂脂肪族基团、-C(R’)₂-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)₂-、-S(O)₂N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)₃]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、或-OP(OR’)[B(R’)₃]O-，并且一个或多个碳原子任选地且独立地被Cy^L替代。在一些实施例中，L^s是共价键，或二价、任选地取代的直链或支链C_1-30脂肪族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地取代的基团替代：C_1-6亚烷基、C_1-6亚烯基、-C≡C-、具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价C₁-C₆杂脂肪族基团、-C(R’)₂-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)₂-、-S(O)₂N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)₃]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、或-OP(OR’)[B(R’)₃]O-，并且一个或多个碳原子任选地且独立地被Cy^L替代。在一些实施例中，L^s是共价键，或具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价、任选地取代的直链或支链C1-30杂脂肪族基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地取代的基团替代：C_1-6亚烷基、C_1-6亚烯基、-C≡C-、具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价C₁-C₆杂脂肪族基团、-C(R’)₂-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)₂-、-S(O)₂N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)₃]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、或-OP(OR’)[B(R’)₃]O-，并且一个或多个碳原子任选地且独立地被Cy^L替代。在一些实施例中，L^s是共价键，或选自C_1-30脂肪族基团和具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-30杂脂肪族基团的二价、任选地取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地取代的基团替代：C_1-6亚烷基、C_1-6亚烯基、-c≡c-、具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价C₁-C₆杂脂肪族基团、-C(R’)₂-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)₂-、-S(O)₂N(R’)-、-C(O)S-、或-C(O)O-，并且一个或多个碳原子任选地且独立地被Cy^L替代。在一些实施例中，L^s是共价键，或选自C_1-10脂肪族基团和具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-10杂脂肪族基团的二价、任选地取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地取代的基团替代：C_1-6亚烷基、C_1-6亚烯基、-C(R’)₂-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)₂-、-S(O)₂N(R’)-、-C(O)S-、和-C(O)O-，并且一个或多个碳原子任选地且独立地被Cy^L替代。在一些实施例中，L^s是共价键，或选自C_1-10脂肪族基团和具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-10杂脂肪族基团的二价、任选地取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地取代的基团替代：-C(R’)₂-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)₂-、-S(O)₂N(R’)-、-C(O)S-、和-C(O)O-。

在一些实施例中，L^s是共价键。在一些实施例中，L^s是任选地取代的二价C_1-30脂肪族基团。在一些实施例中，L^s是具有1-10个独立地选自硼、氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的二价C_1-30杂脂肪族基团。

在一些实施例中，脂肪族部分，例如L^s、R等的那些，是单价的或二价的或多价的，并且(在任何任选的取代之前)可含有其范围内的任何数目的碳原子，例如C₁、C₂、C₃、C₄、C₅、C₆、C₇、C₈、C₉、C₁₀、C₁₁、C₁₂、C₁₃、C₁₄、C₁₅、C₁₆、C₁₇、C₁₈、C₁₉、C₂₀、C₂₁、C₂₂、C₂₃、C₂₄、C₂₅、C₂₆、C₂₇、C₂₈、C₂₉、C₃₀等。在一些实施例中，杂脂肪族部分，例如L^s、R等的那些，是单价的或二价的或多价的，并且(在任何任选的取代之前)可含有其范围内的任何数目的碳原子，例如C₁、C₂、C₃、C₄、C₅、C₆、C₇、C₈、C₉、C₁₀、C₁₁、C1₂、C₁₃、C₁₄、C₁₅、C₁₆、C₁₇、C₁₈、C₁₉、C₂₀、C₂₁、C₂₂、C₂₃、C₂₄、C₂₅、C₂₆、C₂₇、C₂₈、C₂₉、C₃₀等。

在一些实施例中，亚甲基单元被-Cy-替代，其中-Cy-是如本披露中所述的。在一些实施例中，一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-S(O)-、-S(O)₂-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(S)(OR’)-、或-P(S)(OR’)-取代。在一些实施例中，亚甲基单元被-O-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-S-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-N(R’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-C(O)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-S(O)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-S(O)₂-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(O)(OR’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(O)(SR’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(O)(R’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(O)(NR’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(S)(OR’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(S)(SR’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(S)(R’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(S)(NR’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(R’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(OR’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(SR’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(NR’)-替换。在一些实施例中，亚甲基单元被-P(OR’)[B(R’)₃]-替换。在一些实施例中，一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-S(O)-、-S(O)₂-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(S)(OR’)-、或-P(S)(OR’)-取代。在一些实施例中，亚甲基单元被-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、或-OP(OR’)[B(R’)₃]O-替换，其各自可独立地是核苷酸间键联。

在一些实施例中，例如当连接到R^s时，L^s是-CH₂-。在一些实施例中，L^s是-C(R)₂-，其中至少一个R不是氢。在一些实施例中，L^s是-CHR-。在一些实施例中，R是氢。在一些实施例中，L^s是-CHR-，其中R不是氢。在一些实施例中，-CHR-的C是手性的。在一些实施例中，L^s是-(R)-CHR-，其中-CHR-的C是手性的。在一些实施例中，L^s是-(S)-CHR-，其中-CHR-的C是手性的。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-5脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-5烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-4脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-4烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-3脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-3烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的C₂脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地取代的甲基。在一些实施例中，R是C_1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是C_1-6烷基。在一些实施例中，R是C_1-5脂肪族基。在一些实施例中，R是C_1-5烷基。在一些实施例中，R是C_1-4脂肪族基。在一些实施例中，R是C_1-4烷基。在一些实施例中，R是C_1-3脂肪族基。在一些实施例中，R是C_1-3烷基。在一些实施例中，R是C₂脂肪族基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是C_1-6卤脂肪族基。在一些实施例中，R是C_1-6卤烷基。在一些实施例中，R是C_1-5卤脂肪族基。在一些实施例中，R是C_1-5卤烷基。在一些实施例中，R是C_1-4卤脂肪族基。在一些实施例中，R是C_1-4卤烷基。在一些实施例中，R是C_1-3卤脂肪族基。在一些实施例中，R是C_1-3卤烷基。在一些实施例中，R是C₂卤脂肪族基。在一些实施例中，R是被一个或多个卤素取代的甲基。在一些实施例中，R是-CF₃。在一些实施例中，L^s是任选地取代的-CH＝CH-。在一些实施例中，L^s是任选地取代的(E)-CH＝CH-。在一些实施例中，L^s是任选地取代的(Z)-CH＝CH-。在一些实施例中，L^s是-C≡C-。

在一些实施例中，L^s包含至少一个磷原子。在一些实施例中，L^s的至少一个亚甲基单元被以下项替代：-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)₃]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、或-OP(OR’)[B(R’)₃]O-。

在一些实施例中，L^s是-Cy-。在一些实施例中，-Cy-是具有1-5个杂原子的任选地取代的单环或双环3-20元杂环基环。在一些实施例中，-Cy-是具有1-5个杂原子的任选地取代的单环或双环5-20元杂环基环，其中至少一个杂原子是氧。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的二价四氢呋喃环。在一些实施例中，-Cy-是任选地取代的呋喃糖部分。

在一些实施例中，Cy^L是选自以下的任选地取代的四价基团：C_3-20环脂肪族环，C_6-20芳基环，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基环，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷、和硅的杂原子的3-20元杂环基环。

在一些实施例中，Cy^L是单环的。在一些实施例中，Cy^L是双环的。在一些实施例中，Cy^L是多环的。

在一些实施例中，Cy^L是饱和的。在一些实施例中，Cy^L是部分不饱和的。在一些实施例中，Cy^L是芳族的。在一些实施例中，Cy^L是或包含饱和环部分。在一些实施例中，Cy^L是或包含部分不饱和环部分。在一些实施例中，Cy^L是或包含芳环部分。

在一些实施例中，Cy^L是如本披露中所描述的任选地取代的C_3-20环脂肪族环(例如，针对R所描述但是四价的那些环脂肪族环)。在一些实施例中，环是任选地取代的饱和C_3-20环脂肪族环。在一些实施例中，环是任选地取代的部分不饱和C_3-20环脂肪族环。环脂肪族环可具有如本披露中所述的各种大小。在一些实施例中，环是3元、4元、5元、6元、7元、8元、9元或10元的。在一些实施例中，环是3元的。在一些实施例中，环是4元的。在一些实施例中，环是5元的。在一些实施例中，环是6元的。在一些实施例中，环是7元的。在一些实施例中，环是8元的。在一些实施例中，环是9元的。在一些实施例中，环是10元的。在一些实施例中，环是任选地取代的环丙基部分。在一些实施例中，环是任选地取代的环丁基部分。在一些实施例中，环是任选地取代的环戊基部分。在一些实施例中，环是任选地取代的环己基部分。在一些实施例中，环是任选地取代的环庚基部分。在一些实施例中，环是任选地取代的环辛基部分。在一些实施例中，环脂肪族环是环烷基环。在一些实施例中，环脂肪族环是单环的。在一些实施例中，环脂肪族环是双环的。在一些实施例中，环脂肪族环是多环的。在一些实施例中，环是如本披露中针对R所述的具有更高价的环脂肪族部分。

在一些实施例中，Cy^L是任选地取代的6元至20元芳环。在一些实施例中，环是任选地取代的四价苯基部分。在一些实施例中，环是四价苯基部分。在一些实施例中，环是任选地取代的萘部分。环可具有如本披露中所述的不同大小。在一些实施例中，芳基环是6元的。在一些实施例中，芳基环是10元的。在一些实施例中，芳基环是14元的。在一些实施例中，芳基环是单环的。在一些实施例中，芳基环是双环的。在一些实施例中，芳基环是多环的。在一些实施例中，环是如本披露中针对R所述的具有更高价的芳基部分。

在一些实施例中，Cy^L是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的任选地取代的5元至20元杂芳环。在一些实施例中，Cy^L是具有1-10个独立地选自氧、氮及硫的杂原子的任选地取代的5元至20元杂芳环。在一些实施例中，如本披露中所述，杂芳基环可具有各种大小且含有各种数目和/或类型的杂原子。在一些实施例中，杂芳基环含有不超过一个杂原子。在一些实施例中，杂芳基环含有超过一个杂原子。在一些实施例中，杂芳基环含有不超过一种类型的杂原子。在一些实施例中，杂芳基环含有超过一种类型的杂原子。在一些实施例中，杂芳基环是5元的。在一些实施例中，杂芳基环是6元的。在一些实施例中，杂芳基环是8元的。在一些实施例中，杂芳基环是9元的。在一些实施例中，杂芳基环是10元的。在一些实施例中，杂芳基环是单环的。在一些实施例中，杂芳基环是双环的。在一些实施例中，杂芳基环是多环的。在一些实施例中，杂芳基环是核碱基部分，例如A、T、C、G、U等。在一些实施例中，环是如本披露中针对R所述的具有更高价的杂芳基部分。

在一些实施例中，Cy^L是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的3元至20元杂环。在一些实施例中，Cy^L是具有1-10个独立地选自氧、氮及硫的杂原子的3元至20元杂环。在一些实施例中，杂环基环是饱和的。在一些实施例中，杂环基环是部分不饱和的。杂环基环可具有如本披露中所述的各种大小。在一些实施例中，环是3元、4元、5元、6元、7元、8元、9元或10元的。在一些实施例中，环是3元的。在一些实施例中，环是4元的。在一些实施例中，环是5元的。在一些实施例中，环是6元的。在一些实施例中，环是7元的。在一些实施例中，环是8元的。在一些实施例中，环是9元的。在一些实施例中，环是10元的。杂环基环可含有各种数目和/或类型的杂原子。在一些实施例中，杂环基环含有不超过一个杂原子。在一些实施例中，杂环基环含有超过一个杂原子。在一些实施例中，杂环基环含有不超过一种类型的杂原子。在一些实施例中，杂环基环含有超过一种类型的杂原子。在一些实施例中，杂环基环是单环的。在一些实施例中，杂环基环是双环的。在一些实施例中，杂环基环是多环的。在一些实施例中，环是如本披露中针对R所述的具有更高价的杂环基部分。

如本领域普通技术人员容易理解的，许多合适的环部分在本披露中被广泛地描述并且可以根据本披露来使用，例如针对R所描述的那些环部分(其可以具有更高价的Cy^L)。

在一些实施例中，Cy^L是核酸中的糖部分。在一些实施例中，Cy^L是任选地取代的呋喃糖部分。在一些实施例中，Cy^L是吡喃糖部分。在一些实施例中，Cy^L是DNA中发现的任选地取代的呋喃糖部分。在一些实施例中，Cy^L是RNA中存在的任选地取代的呋喃糖部分。在一些实施例中，Cy^L是任选地取代的2’-脱氧呋喃核糖部分。在一些实施例中，Cy^L是任选地取代的呋喃核糖部分。在一些实施例中，取代提供如本披露中所述的糖修饰。在一些实施例中，任选地取代的2’-脱氧呋喃核糖部分和/或任选地取代的呋喃核糖部分包含2’位处的取代。在一些实施例中，2’位是如本披露中所述的2’-修饰。在一些实施例中，2’-修饰是-F。在一些实施例中，2’-修饰是-OR，其中R如本披露中所述。在一些实施例中，R不是氢。在一些实施例中，Cy^L是经修饰的糖部分，诸如LNA中的糖部分。在一些实施例中，Cy^L是经修饰的糖部分，诸如ENA中的糖部分。在一些实施例中，Cy^L是寡核苷酸的末端糖部分，其连接核苷酸间键联与核碱基。在一些实施例中，Cy^L是寡核苷酸的末端糖部分，例如当该末端任选经由接头连接至固体载体时。在一些实施例中，Cy^L是连接两个核苷酸间键联与核碱基的糖部分。本披露中广泛描述了示例糖和糖部分。

在一些实施例中，Cy^L是核碱基部分。在一些实施例中，核碱基是天然核碱基，如A、T、C、G、U等。在一些实施例中，核碱基是经修饰的核碱基。在一些实施例中，Cy^L是选自A、T、C、G、U及5mC的任选地取代的核碱基部分。本披露中广泛描述了示例核碱基和核碱基部分。

在一些实施例中，两个Cy^L部分彼此结合，其中一个Cy^L是糖部分且另一者是核碱基部分。在一些实施例中，这样的糖部分和核碱基部分形成核苷部分。在一些实施例中，核苷部分是天然的。在一些实施例中，核苷部分是修饰的。在一些实施例中，Cy^L是选自以下的任选地取代的天然核苷部分：腺苷、5-甲基尿苷、胞苷、鸟苷、尿苷、5-甲基胞苷、2’-脱氧腺苷、胸苷、2’-脱氧胞苷、2’-脱氧鸟苷、2’-脱氧尿苷及5-甲基-2’-脱氧胞苷。本披露中广泛描述了示例核苷和核苷部分。

在一些实施例中，例如在L^s中，Cy^L是结合至核苷酸间键联的任选地取代的核苷部分，例如-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、-OP(OR’)[B(R’)₃]O-等，其可形成任选地取代的核苷酸单元。本披露中广泛描述了示例核苷酸和核苷部分。

在一些实施例中，R’是-R、-C(O)R、-C(O)OR、或-S(O)₂R，其中R如本披露中所述。在一些实施例中，R’是R，其中R如本披露中所述。在一些实施例中，R’是-C(O)R，其中R如本披露中所述。在一些实施例中，R’是-C(O)OR，其中R如本披露中所述。在一些实施例中，R’是-S(O)₂R，其中R如本披露中所描述。在一些实施例中，R’是氢。在一些实施例中，R’不是氢。在一些实施例中，R’是R，其中R是如本披露中所描述的任选地取代的C_1-20脂肪族基团。在一些实施例中，R’是R，其中R是如本披露中所描述的任选地取代的C_1-20杂脂肪族基团。在一些实施例中，R’是R，其中R是如本披露中所描述的任选地取代的C_6-20芳基。在一些实施例中，R’是R，其中R是如本披露中所描述的任选地取代的C_6-20芳基脂肪族基团。在一些实施例中，R’是R，其中R是如本披露中所描述的任选地取代的C_6-20芳基杂脂肪族基团。在一些实施例中，R’是R，其中R是如本披露中所述的任选地取代的5-20元杂芳基。在一些实施例中，R’是R，其中R是如本披露中所述的任选地取代的3-20元杂环基。在一些实施例中，两个或更多个R’是R，且任选地且独立地一起形成如本披露中所述的任选地取代的环。

在一些实施例中，每个R独立地是-H，或是选自以下的任选地取代的基团：C_1-30脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-30杂脂肪族，C_6-30芳基，C_6-30芳基脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_6-30芳基杂脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基，或

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

同一原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与所述原子一起形成除所述原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-30元单环、双环或多环。

两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除居间原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-30元单环、双环或多环。

在一些实施例中，每个R独立地是-H，或是选自以下的任选地取代的基团：C_1-20脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-20杂脂肪族，C_6-20芳基，C_6-20芳基脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_6-20芳基杂脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元杂环基，或

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

同一原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与所述原子一起形成除所述原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。

两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除所述居间原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。

在一些实施例中，每个R独立地是-H，或是选自以下的任选地取代的基团：C_1-30脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-30杂脂肪族，C_6-30芳基，C_6-30芳基脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_6-30芳基杂脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-30元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环基。

在一些实施例中，每个R独立地是-H，或是选自以下的任选地取代的基团：C_1-20脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_1-20杂脂肪族，C_6-20芳基，C_6-20芳基脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_6-20芳基杂脂肪族，具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的5-20元杂芳基，以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元杂环基。

在一些实施例中，R是氢。在一些实施例中，R不是氢。在一些实施例中，R是选自以下的任选地取代的基团：C_1-30脂肪族基、具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的C_1-30杂脂肪族基、C_6-30芳基、具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的5元至30元杂芳环以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的3元至30元杂环。

在一些实施例中，R是氢或选自以下的任选地取代的基团：C_1-20脂肪族基团；苯基；3元至7元饱和或部分不饱和碳环；8元至10元双环饱和环、部分不饱和环或芳基环；具有1-4个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的5元至6元单环杂芳基环；具有1-3个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的4元至7元饱和或部分不饱和杂环；具有1-5个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的7元至10元双环饱和或部分不饱和杂环；或具有1-5个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的8元至10元双环杂芳基环。

在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-30脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-20脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-15脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-10脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的己基、戊基、丁基、丙基、乙基或甲基。在一些实施例中，R是任选地取代的己基。在一些实施例中，R是任选地取代的戊基。在一些实施例中，R是任选地取代的丁基。在一些实施例中，R是任选地取代的丙基。在一些实施例中，R是任选地取代的乙基。在一些实施例中，R是任选地取代的甲基。在一些实施例中，R是己基。在一些实施例中，R是戊基。在一些实施例中，R是丁基。在一些实施例中，R是丙基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是异丙基。在一些实施例中，R是正丙基。在一些实施例中，R是叔丁基。在一些实施例中，R是仲丁基。在一些实施例中，R是正丁基。在一些实施例中，R是-(CH₂)₂CN。

在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-30环脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-20环脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_3-10环脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的环己基。在一些实施例中，R是环己基。在一些实施例中，R是任选地取代的环戊基。在一些实施例中，R是环戊基。在一些实施例中，R是任选地取代的环丁基。在一些实施例中，R是环丁基。在一些实施例中，R是任选地取代的环丙基。在一些实施例中，R是环丙基。

在一些实施例中，R是任选地取代的3-30元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，R是任选地取代的3-7元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，R是任选地取代的3元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，R是任选地取代的4元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，R是任选地取代的5元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，R是任选地取代的6元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，R是任选地取代的7元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，R是任选地取代的环庚基。在一些实施例中，R是环庚基。在一些实施例中，R是任选地取代的环己基。在一些实施例中，R是环己基。在一些实施例中，R是任选地取代的环戊基。在一些实施例中，R是环戊基。在一些实施例中，R是任选地取代的环丁基。在一些实施例中，R是环丁基。在一些实施例中，R是任选地取代的环丙基。在一些实施例中，R是环丙基。

在一些实施例中，当R是或包含环结构(例如环脂肪族团、环杂脂肪族基团、芳基、杂芳基等)时，所述环结构可以是单环、双环或多环的。在一些实施例中，R是或包含单环结构。在一些实施例中，R是或包含双环结构。在一些实施例中，R是或包含多环结构。

在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的任选地取代的C_1-30杂脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地取代的C_1-20杂脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-10独立地选自氧、氮、硫、磷或硅的杂原子的任选地取代的C_1-20杂脂肪族基，其任选包括氮、硫、磷或硒的一种或多种经氧化形式。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-30杂脂肪族，其包含1-10个独立地选自

-N＝、≡N、-S-、-S(O)-、-S(O)₂-、-O-、＝O、

的基团。

在一些实施例中，R是任选地取代的C_6-30芳基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R是取代的苯基。

在一些实施例中，R是任选地取代的8-10元双环饱和环、部分不饱和环或芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的8-10元双环饱和环。在一些实施例中，R是任选地取代的8-10元双环部分不饱和环。在一些实施例中，R是任选地取代的8-10元双环芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的萘基。

在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的5-30元杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的任选地取代的5-30元杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的5-30元杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的任选地取代的5-30元杂芳基环。

在一些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5-6元单环杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的取代的5-6元单环杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的未取代的5-6元单环杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、硫和氧的杂原子的任选地取代的5-6元单环杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的取代的5-6元单环杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、硫和氧的杂原子的未取代的5-6元单环杂芳基环。

在一些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧或硫的杂原子的任选地取代的5元单环杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6元单环杂芳基环。

在一些实施例中，R是具有一个选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5元单环杂芳基环。在一些实施例中，R选自任选地取代的吡咯基、呋喃基或噻吩基。

在一些实施例中，R是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5元杂芳基环。在某些实施例中，R是具有一个氮原子以及选自硫或氧的另一杂原子的任选地取代的5元杂芳基环。示例R基团包括但不限于任选地取代的吡唑基、咪唑基、噻唑基、异噻唑基、噁唑基或异噁唑基。

在一些实施例中，R是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5元杂芳基环。示例R基团包括但不限于任选地取代的三唑基、噁二唑基或噻二唑基。

在一些实施例中，R是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5元杂芳基环。示例R基团包括但不限于任选地取代的四唑基、噁三唑基和噻三唑基。

在一些实施例中，R是具有1-4个氮原子的任选地取代的6元杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-3个氮原子的任选地取代的6元杂芳基环。在其他实施例中，R是具有1-2个氮原子的任选地取代的6元杂芳基环。在一些实施例中，R是具有四个氮原子的任选地取代的6元杂芳基环。在一些实施例中，R是具有三个氮原子的任选地取代的6元杂芳基环。在一些实施例中，R是具有两个氮原子的任选地取代的6元杂芳基环。在某些实施例中，R是具有一个氮原子的任选地取代的6元杂芳基环。示例R基团包括但不限于任选地取代的吡啶基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、三嗪基或四嗪基。

在某些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的8-10元双环杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在其他实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在某些实施例中，R是具有1个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的吲哚基。在一些实施例中，R是任选地取代的氮杂双环[3.2.1]辛基。在某些实施例中，R是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的氮杂吲哚基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并咪唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并噻唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并噁唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的吲唑基。在某些实施例中，R是具有3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。

在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。

在某些实施例中，R是具有一个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的吲哚基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并呋喃基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并[b]噻吩基。在某些实施例中，R是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的氮杂吲哚基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并咪唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并噻唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并噁唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的吲唑基。在某些实施例中，R是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的噁唑并吡啶基、噻唑并吡啶基或咪唑并吡啶基。在某些实施例中，R是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的嘌呤基、噁唑并嘧啶基、噻唑并嘧啶基、噁唑并吡嗪基、噻唑并吡嗪基、咪唑并吡嗪基、噁唑并哒嗪基、噻唑并哒嗪基或咪唑并哒嗪基。在某些实施例中，R是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。

在一些实施例中，R是任选地取代的1，4-二氢吡咯并[3，2-b]吡咯基、4H-呋喃并[3，2-b]吡咯基、4H-噻吩并[3，2-b]吡咯基、呋喃并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]噻吩基、1H-吡咯并[1，2-a]咪唑基、吡咯并[2，1-b]噁唑基或吡咯并[2，1-b]噻唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的二氢吡咯并咪唑基、1H-呋喃并咪唑基、1H-噻吩并咪唑基、呋喃并噁唑基、呋喃并异噁唑基、4H-吡咯并噁唑基、4H-吡咯并异噁唑基、噻吩并噁唑基、噻吩并异噁唑基、4H-吡咯并噻唑基、呋喃并噻唑基、噻吩并噻唑基、1H-咪唑并咪唑基、咪唑并噁唑基或咪唑并[5，1-b]噻唑基。

在某些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在其他实施例中，R是具有1个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的喹啉基。在一些实施例中，R是任选地取代的异喹啉基。在一些实施例中，R是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的喹唑啉或喹喔啉。

在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环。在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的3-30元杂环。在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-30元杂环。在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的3-30元杂环。

在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的3-7元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的取代的3-7元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的未取代的3-7元饱和或部分不饱和的杂环。在某些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5-7元部分不饱和单环。在某些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5-6元部分不饱和单环。在某些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5元部分不饱和单环。在某些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6元部分不饱和单环。在某些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的7元部分不饱和单环。在一些实施例中，R是具有一个选自氮、氧或硫的杂原子的任选地取代的3元杂环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的4元杂环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5元杂环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6元杂环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的7元杂环。

在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的3元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的4元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的7元饱和或部分不饱和的杂环。

在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的4元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氮。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氧。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是硫。在一些实施例中，R是具有2个氧原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有2个氮原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的4元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氮。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氧。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是硫。在一些实施例中，R是具有2个氧原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有2个氮原子的任选地取代的4元部分不饱和的杂环。

在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的5元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的5元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氮。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的5元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氧。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的5元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是硫。在一些实施例中，R是具有2个氧原子的任选地取代的5元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有2个氮原子的任选地取代的5元部分不饱和的杂环。

在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的6元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的6元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氮。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的6元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氧。在一些实施例中，R是具有不超过1个杂原子的任选地取代的6元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是硫。在一些实施例中，R是具有2个氧原子的任选地取代的6元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是具有2个氮原子的任选地取代的6元部分不饱和的杂环。

在某些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的3-7元饱和或部分不饱和的杂环。在某些实施例中，R是任选地取代的环氧乙烷基、氧杂环丁烷基、四氢呋喃基、四氢吡喃基、氧杂环庚烷基、氮丙啶基、氮杂环丁烷基、吡咯烷基、哌啶基、氮杂环庚烷基、硫杂环丙烷基、硫杂环丁烷基、四氢苯硫基、四氢硫代吡喃基、硫杂环庚烷基、二氧戊环基、氧硫杂环戊烷基、噁唑烷基、咪唑烷基、噻唑烷基、二硫杂环戊烷基、二氧杂环己烷基、吗啉基、氧硫杂环己烷基、哌嗪基、硫代吗啉基、二噻烷基、二氧杂环庚烷基、氧氮杂环庚烷基、氧硫杂环庚基、二硫杂环庚基、二氮杂环庚基、二氢呋喃酮基、四氢吡喃酮基、氧杂环庚酮基、吡咯烷酮基、哌啶酮基、氮杂环庚酮基、二氢噻吩酮基、四氢硫代吡喃酮基、硫杂环庚酮基、噁唑烷酮基、氧氮杂环己酮基、氧氮杂环庚酮基、二氧杂环戊酮基、二氧杂环己酮基、二氧杂环庚酮基、氧硫杂环戊酮基、氧杂噻喃酮基、氧硫杂环庚酮基、噻唑烷酮基、噻嗪酮基、硫氮杂环庚酮基、咪唑烷酮基、四氢嘧啶酮基、二氮杂环庚酮基、咪唑烷二酮基、噁唑烷二酮基、噻唑烷二酮基、二氧杂环戊烷二酮基、氧硫杂环戊烷二酮基、哌嗪二酮基、吗啉二酮基、硫代吗啉二酮基、四氢吡喃基、四氢呋喃基、吗啉基、硫代吗啉基、哌啶基、哌嗪基、吡咯烷基、四氢苯硫基或四氢硫代吡喃基。

在某些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5-6元部分不饱和单环。在某些实施例中，R是任选地取代的四氢吡啶基、二氢噻唑基、二氢噁唑基或噁唑啉基基团。

在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的7-10元双环饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，R是任选地取代的吲哚啉基。在一些实施例中，R是任选地取代的异吲哚啉基。在一些实施例中，R是任选地取代的1，2，3，4-四氢喹啉基。在一些实施例中，R是任选地取代的1，2，3，4-四氢异喹啉基。在一些实施例中，R是任选地取代的氮杂双环[3.2.1]辛基。

在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的8-10元双环杂芳基环。

在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的1，4-二氢吡咯并[3，2-b]吡咯基、4H-呋喃并[3，2-b]吡咯基、4H-噻吩并[3，2-b]吡咯基、呋喃并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]噻吩基、1H-吡咯并[1，2-a]咪唑基、吡咯并[2，1-b]噁唑基或吡咯并[2，1-b]噻唑基。在一些实施例中，R是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的二氢吡咯并咪唑基、1H-呋喃并咪唑基、1H-噻吩并咪唑基、呋喃并噁唑基、呋喃并异噁唑基、4H-吡咯并噁唑基、4H-吡咯并异噁唑基、噻吩并噁唑基、噻吩并异噁唑基、4H-吡咯并噻唑基、呋喃并噻唑基、噻吩并噻唑基、1H-咪唑并咪唑基、咪唑并噁唑基或咪唑并[5，1-b]噻唑基。在一些实施例中，R是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。

在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在其他实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在某些实施例中，R是具有一个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的吲哚基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并呋喃基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并[b]噻吩基。在某些实施例中，R是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的氮杂吲哚基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并咪唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并噻唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的苯并噁唑基。在一些实施例中，R是任选地取代的吲唑基。在某些实施例中，R是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的噁唑并吡啶基、噻唑并吡啶基或咪唑并吡啶基。在某些实施例中，R是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的嘌呤基、噁唑并嘧啶基、噻唑并嘧啶基、噁唑并吡嗪基、噻唑并吡嗪基、咪唑并吡嗪基、噁唑并哒嗪基、噻唑并哒嗪基或咪唑并哒嗪基。在某些实施例中，R是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的5，6-稠合杂芳基环。

在某些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在其他实施例中，R是具有一个选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的喹啉基。在一些实施例中，R是任选地取代的异喹啉基。在一些实施例中，R是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的喹唑啉基、酞嗪基、喹喔啉基或萘啶基。在一些实施例中，R是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的吡啶并嘧啶基、吡啶并哒嗪基、吡啶并吡嗪基或苯并三嗪基。在一些实施例中，R是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，R是任选地取代的吡啶并三嗪基、喋啶基、吡嗪并吡嗪基、吡嗪并哒嗪基、哒嗪并哒嗪基、嘧啶并哒嗪基或嘧啶并嘧啶基。在一些实施例中，R是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的任选地取代的6，6-稠合杂芳基环。

在一些实施例中，R是任选地取代的C_6-30芳基脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_6-20芳基脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_6-10芳基脂肪族基。在一些实施例中，芳基脂肪族的芳基部分具有6、10或14个芳基碳原子。在一些实施例中，芳基脂肪族的芳基部分具有6个芳基碳原子。在一些实施例中，芳基脂肪族的芳基部分具有10个芳基碳原子。在一些实施例中，芳基脂肪族的芳基部分具有14个芳基碳原子。在一些实施例中，芳基部分是任选地取代的苯基。

在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的任选地取代的C_6-30芳基杂脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮及硫的杂原子的任选地取代的C_6-30芳基杂脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的任选地取代的C_6-20芳基杂脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-10个独立地选自氧、氮及硫的杂原子的任选地取代的C_6-20芳基杂脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的任选地取代的C_6-10芳基杂脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-5个独立地选自氧、氮及硫的杂原子的任选地取代的C_6-10芳基杂脂肪族基。

在一些实施例中，两个R基团任选地且独立地一起形成共价键。在一些实施例中，形成-C＝O。在一些实施例中，形成-C＝C-。在一些实施例中，形成-C三C-。

在一些实施例中，同一原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与所述原子一起形成除所述原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-30元单环、双环或多环。在一些实施例中，同一原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与所述原子一起形成除所述原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，同一原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与所述原子一起形成除所述原子外具有0-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-10元单环、双环或多环。在一些实施例中，同一原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与所述原子一起形成除所述原子外具有0-3个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-6元单环、双环或多环。在一些实施例中，同一原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与所述原子一起形成除所述原子外具有0-3个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-5元单环、双环或多环。

在一些实施例中，两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除居间原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-30元单环、双环或多环。在一些实施例中，两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除居间原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除居间原子外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-10元单环、双环或多环。在一些实施例中，两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除居间原子外具有0-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-10元单环、双环或多环。在一些实施例中，两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除居间原子外具有0-3个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-6元单环、双环或多环。在一些实施例中，两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子一起形成除居间原子外具有0-3个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-5元单环、双环或多环。

在一些实施例中，R基团中或由两个或更多个R基团一起形成的结构中的杂原子选自氧、氮和硫。在一些实施例中，所形成的环是3元、4元、5元、6元、7元、8元、9元、10元、11元、12元、13元、14元、15元、16元、17元、18元、19元或20元的。在一些实施例中，所形成的环是饱和的。在一些实施例中，所形成的环是部分饱和的。在一些实施例中，所形成的环是芳族的。在一些实施例中，所形成的环包含饱和环部分、部分饱和环部分或芳环部分。在一些实施例中，所形成的环包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个芳环原子。在一些实施例中，所形成的环含有不超过5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个芳环原子。在一些实施例中，芳环原子选自碳、氮、氧和硫。

在一些实施例中，由两个或更多个R基团(或选自R及可是R的变量的两个或多于两个基团)一起形成的环是C_3-30环脂肪族基、C_6-30芳基、具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的5元至30元杂芳基或具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的3元至30元杂环基，环如针对R所描述但是二价或多价的。

在一些实施例中，P^L是P(＝W)。在一些实施例中，P^L是P。在一些实施例中，P^L是P→B(R’)₃。在一些实施例中，P^L的P是手性的。在一些实施例中，P^L的P是Rp。在一些实施例中，P^L的P是Sp。在一些实施例中，式VII的键联是磷酸酯键联或其盐形式。在一些实施例中，式VII的键联是硫代磷酸酯键联或其盐形式。

在一些实施例中，L⁷是-O-或-S-。在一些实施例中，L⁷是-O-。在一些实施例中，L⁷是-S-。在一些实施例中，-L⁷-R¹是-O-CH₂R²，其中R²是如本文所述的并且-CH₂-是任选地取代的。在一些实施例中，-CH₂-是未取代的或被不超过一个取代基取代。在一些实施例中，-L⁷-R¹是-O-CH₂R²。在一些实施例中，R²具有这样的结构(例如，包含吸电子基团)使得-O-L⁷-R¹是碱不稳定的。在一些实施例中，-L⁷-R¹是-O-CH₂CH(吸电子基团)₂，其中吸电子基团是如本文所述的。在一些实施例中，-L⁷-R¹是-O-CH₂CH₂-吸电子基团，其中吸电子基团是如本文所述的。在一些实施例中，-L⁷-R¹是-O-CH₂CH₂-CN。

在一些实施例中，L⁸是-L-O-、-L-C(R¹)(R²)-O-、或-L^s-O-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，L⁸是-L-O，其中L是如本披露中所述的。在一些实施例中，L⁸是-L-C(R¹)(R²)-O-，其中每个变量独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，L⁸是-L^s-O-，其中L^s是如本披露中所述的。

在一些实施例中，所提供的化合物例如式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐可用于制备掺入了其手性元素的其他化合物。在一些实施例中，将所提供的具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐并入其他化合物，例如，具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的化合物或其盐，作为手性助剂使得此类其他化合物可以进一步用于立体选择性合成例如，寡核苷酸(例如，具有式O-I)，所述寡核苷酸包含具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、或其盐形式的结构的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的化合物例如式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐(任选被活化)与核苷或其衍生物反应以提供亚磷酰胺用于寡核苷酸制备。在一些实施例中，所提供的亚磷酰胺具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e或其盐的结构。在一些实施例中，所提供的亚磷酰胺具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e或其盐的结构。在一些实施例中，所提供的化合物例如式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的亚磷酰胺或其盐具有如本披露中所述的纯度、非对映纯度和/或对映纯度。在一些实施例中，所提供的化合物例如式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的亚磷酰胺或其盐具有如本披露中所述的纯度、非对映纯度和/或对映纯度。

在一些实施例中，BA是选自以下的任选地取代的基团：C_3-30环脂肪族基、C_6-30芳基、具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的C_5-30杂芳基、具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的C_3-30杂环基、天然核碱基部分及经修饰的核碱基部分。在一些实施例中，BA是选自以下的任选地取代的基团：具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的C_5-30杂芳基、具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷好和硅的杂原子的C_3-30杂环基、天然核碱基部分、以及修饰的核碱基部分。在一些实施例中，BA是选自以下的任选地取代的基团：具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的C_5-30杂芳基、天然核碱基部分及经修饰的核碱基部分。在一些实施例中，BA是具有1-10个独立地选自氧、氮及硫的杂原子的任选地取代的C_5-30杂芳基。在一些实施例中，BA是任选地取代的天然核碱基及其互变异构体。在一些实施例中，BA是受保护的天然核碱基及其互变异构体。用于寡核苷酸合成的各种核碱基保护基团是已知的，且可根据本披露使用。在一些实施例中，BA是选自腺嘌呤、胞嘧啶、鸟苷、胸腺嘧啶和尿嘧啶的任选地取代的核碱基及其互变异构体。在一些实施例中，BA是选自腺嘌呤、胞嘧啶、鸟苷、胸腺嘧啶和尿嘧啶的任选地受保护的核碱基及其互变异构体。

在一些实施例中，BA是任选地取代的C_3-30环脂肪族基。在一些实施例中，BA是任选地取代的C_6-30芳基。在一些实施例中，BA是任选地取代的C_3-30杂环基。在一些实施例中，BA是任选地取代的C_5-30杂芳基。在一些实施例中，BA是任选地取代的天然碱基部分。在一些实施例中，BA是任选地取代的修饰的碱基部分。BA是选自以下的任选地取代的基团：C_3-30环脂肪族基、C_6-30芳基、C_3-30杂环基及C_5-30杂芳基。在一些实施例中，BA是选自以下的任选地取代的基团：C_3-30环脂肪族基、C_6-30芳基、C_3-30杂环基、C_5-30杂芳基及天然核碱基部分。

在一些实施例中，BA通过芳环连接至SU。在一些实施例中，BA通过杂原子连接至SU。在一些实施例中，BA通过芳环的环杂原子连接至SU。在一些实施例中，BA通过芳环的环氮原子连接至SU。

在一些实施例中，BA是天然核碱基部分。在一些实施例中，BA是任选地取代的天然核碱基部分。在一些实施例中，BA是取代的天然核碱基部分。在一些实施例中，BA是天然核碱基A、T、C、U或G。在一些实施例中，BA是选自天然核碱基A、T、C、U和G的任选地取代的基团。

在一些实施例中，BA是任选地取代的基团，所述基团是通过从

或其互变异构体去除-H而形成的。在一些实施例中，BA是任选地取代的基团，所述基团是通过从

去除-H而形成的。在一些实施例中，BA是任选地取代的基团，所述基团选自

及其互变异构形式。在一些实施例中，BA是任选地取代的基团，所述基团选自

及其互变异构体去除-H而形成的。在一些实施例中，BA是任选地取代的基团，所述基团是通过从

在一些实施例中，BA是任选地取代的

或其互变异构形式。在一些实施例中，BA是任选地取代的

在一些实施例中，BA是任选地取代的

或其互变异构形式。在一些实施例中，BA是任选地取代的

在一些实施例中，BA是任选地取代的

或其互变异构形式。在一些实施例中，BA是任选地取代的

在一些实施例中，BA是任选地取代的

或其互变异构形式。在一些实施例中，BA是任选地取代的

在一些实施例中，BA是任选地取代的

或其互变异构形式。在一些实施例中，BA是任选地取代的

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，所提供的寡核苷酸(例如，具有式O-I的寡核苷酸)的5’端核苷单元的BA是任选地取代的基团，所述基团是通过从

去除-H而形成的。在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是任选地取代的基团，所述基团选自

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是任选地取代的基团，所述基团是通过从

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是任选地取代的

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是

在一些实施例中，5’端核苷单元的BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是

在一些实施例中，BA是任选地取代的嘌呤碱基残基。在一些实施例中，BA是受保护的嘌呤碱基残基。在一些实施例中，BA是任选地取代的腺嘌呤残基。在一些实施例中，BA是受保护的腺嘌呤残基。在一些实施例中，BA是任选地取代的鸟嘌呤残基。在一些实施例中，BA是受保护的鸟嘌呤残基。在一些实施例中，BA是任选地取代的胞嘧啶残基。在一些实施例中，BA是受保护的胞嘧啶残基。在一些实施例中，BA是任选地取代的胸腺嘧啶残基。在一些实施例中，BA是受保护的胸腺嘧啶残基。在一些实施例中，BA是任选地取代的尿嘧啶残基。在一些实施例中，BA是受保护的尿嘧啶残基。在一些实施例中，BA是任选地取代的5-甲基胞嘧啶残基。在一些实施例中，BA是受保护的5-甲基胞嘧啶残基。

在一些实施例中，BA是如用于寡核苷酸制备中的受保护碱基残基。在一些实施例中，BA是在US 2011/0294124、US 2015/0211006、US 2015/0197540和WO 2015/107425(将其各自通过引用并入本文)中示出的碱基残基。

本领域技术人员理解，多种经修饰的核碱基适合根据本披露使用，用于例如具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、VI-e、或O-I的化合物或其盐。示例性经修饰的碱基包括但不限于WO/201I/005761、WO/2013/012758、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2010/064146、WO/2014/010250、WO/2011/108682、WO/2012/039448、和WO/2012/073857(其各自的经修饰的核碱基通过引用并入本文)中限制的那些。

在一些实施例中，BA是取代/保护的核碱基，使得亚磷酰胺被一个或多个保护基团适当地保护并且可以用于寡核苷酸合成。核碱基的合适保护基团是众所周知的，包括可用于寡核苷酸合成的那些，并且可以根据本披露利用。在一些实施例中，保护基团是乙酰基(Ac)、苯乙酰基、苯甲酰基(Bz)、异丁酰基(iBu)、苯氧基乙酰基(Pac)、异丙基-Pac、叔丁基-Pac、烷基-Pac、二甲基甲脒(DMF)或二烷基甲脒。在一些实施例中，保护基团是苯二甲酰亚氨基、9-芴基甲氧基羰基(FMOC)、三苯基甲基氧硫基、t-BOC、4，4，-二甲氧基三苯甲基(DMTr)、4-甲氧基三苯甲基(MMTr)、9-苯基黄嘌呤-9-基(Pixyl)、三苯甲基(Tr)或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(MOX)。对于另外的合适的保护基团，参见Green和Wuts，ProtectiveGroups in Organic Synthesis[有机合成中的保护基团]，第二版，约翰威利出版社，纽约，1991，以及WO/201I/005761、WO/2013/012758、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2010/064146、WO/2014/010250、WO/2011/108682、WO/2012/039448、和WO/2012/073857。

在一些实施例中，SU是-L^s-O-或

其中SU通过氧原子连接至磷原子。在一些实施例中，SU是糖部分。在一些实施例中，SU是如寡核苷酸中使用的糖部分。在一些实施例中，SU是如寡核苷酸中使用的经修饰的糖部分。

在一些实施例中，SU是天然或非天然核苷、核苷酸和/或寡核苷酸中的糖部分或经修饰的糖部分。

在一些实施例中，SU是-L^s-O-，其中SU通过氧原子连接至磷原子。

在一些实施例中，SU是-L^s-O-。在一些实施例中，L^s是-Cy-。在一些实施例中，L^s是任选地取代的3-30元亚碳环基。在一些实施例中，L^s是任选地取代的6-30元亚芳基。在一些实施例中，L^s是具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的任选地取代的5-30元杂亚芳基。在一些实施例中，L^s是具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的任选地取代的5-30元杂亚芳基。在一些实施例中，L^s是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-30元亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-30元亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的5-30元亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的5-30元亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有一个氧原子的任选地取代的5-10元亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有一个氧原子的任选地取代的5元亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有一个氧原子的任选地取代的6元亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有一个或两个氧原子的任选地取代的5-10元双环亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有一个或两个氧原子的任选地取代的7-10元双环亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有两个氧原子的任选地取代的7-10元双环亚杂环基。在一些实施例中，L^s是具有两个氧原子的任选地取代的7元双环亚杂环基。

在一些实施例中，SU是用于寡核苷酸合成的糖部分。本领域普通技术人员理解，当所提供的技术用于其制备时，具有多种糖部分的亚磷酰胺可以受益于改善的产率和/或纯度。在一些实施例中，SU是任选地取代的饱和单环、双环或多环饱和脂肪族环，其中一个或多个亚甲基单元被-O-替代。在一些实施例中，SU是天然DNA或RNA分子中发现的核糖或脱氧核糖部分。

在一些实施例中，SU是

其中每个变量独立地是如本披露中所述的，并且其中SU通过氧原子连接至磷原子。

在一些实施例中，环A^s是

BA在C1处连接，并且R^1s、R^2s、R^3s、R^4s和R^5s各自独立地是R^s。在一些实施例中，环A^s是

在一些实施例中，环A^s是

其中R^2s不是-OH。在一些实施例中，环A^s是

其中R^2s和R^4s是R，并且这两个R基团与居于它们之间的原子一起形成任选地取代的环。在一些实施例中，环A^s是任选地取代的

在一些实施例中，环A^s是

在一些实施例中，环A^s是

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是

其中R^4s和R^2s一起形成任选地取代的环。在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，L^s是任选地取代的-O-CH₂-。在一些实施例中，L^s是任选地取代的-O-CH₂-，其中氧原子连接至R^5s。在一些实施例中，L^s是任选地取代的-O-C(R)₂-，其中氧原子连接至R^5s。在一些实施例中，L^s是任选地取代的-O-CHR-，其中氧原子连接至R^5s。在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是具有以下结构的经修饰的糖：

其中R^5s是-OR’；并且R^2s是-F、-CN、-N₃、-NO、-NO₂，-R’、-OR’、-SR’、-N(R’)₂、-O-L-OR’、-O-L-SR’、或-O-L-N(R’)₂，。在一些实施例中，R^2s和R^4s一起形成任选地取代的环，并且-L^s-连接C2与C1、C2、C3、C4或C5。在一些实施例中，R^2s是-H。在一些实施例中，R^2s是-F。在一些实施例中，R^2s是-OMe。在一些实施例中，R^2s是-OCH₂CH₂OMe。

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，SU是

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的亚磷酰胺或其盐，具有式O-I的寡核苷酸或其盐，中的糖部分是如本披露中所述的经修饰的糖部分。

在一些实施例中，糖部分中的一个或多个羟基任选地且独立地被卤素、-R’-N(R’)₂、-OR’或-SR’替代，其中每个R’独立地是如上定义且本文所述的。

在一些实施例中，每个R^s独立地是-H、卤素、-CN、-N₃、-NO、-NO₂、-L^s-R’、-L^s-Si(R)₃、-L^s-OR’、-L^s-SR’、-L^s-N(R’)₂、-O-L^s-R’、-O-L^s-Si(R)₃、-O-L^s-OR’、-O-L^s-SR’、或-O-L^s-N(R’)₂。

在一些实施例中，R^s是R’。在一些实施例中，R^s是R。在一些实施例中，R^s是任选取代的C_1-30杂脂肪族基。在一些实施例中，R^s包含一个或多个硅原子。在一些实施例中，Rs是-CH₂Si(Ph)₂CH₃。

在一些实施例中，R^s是-L^s-R’。在一些实施例中，R^s是-L^s-R’，其中-L^s-是任选地取代的二价C_1-30杂脂肪族基。在一些实施例中，Rs是-CH₂Si(Ph)₂CH₃。

在一些实施例中，R^s是-F。在一些实施例中，R^s是-Cl。在一些实施例中，R^s是-Br。在一些实施例中，R^s是-I。在一些实施例中，R^s是-CN。在一些实施例中，R^s是-N₃。在一些实施例中，R^s是-NO。在一些实施例中，R^s是-NO₂。在一些实施例中，R^s是-L^s-Si(R)₃。在一些实施例中，R^s是-Si(R)₃。在一些实施例中，R^s是-L^s-R’。在一些实施例中，R^s是-R’。在一些实施例中，R^s是-L^s-OR’。在一些实施例中，R^s是-OR’。在一些实施例中，R^s是-L^s-SR’。在一些实施例中，R^s是-SR’。在一些实施例中，R^s是-L^s-N(R’)₂。在一些实施例中，R^s是-N(R’)₂。在一些实施例中，R^s是-O-L^s-R’。在一些实施例中，R^s是-O-L^s-Si(R)₃。在一些实施例中，R^s是-O-L^s-OR’。在一些实施例中，R^s是-O-L^s-SR’。在一些实施例中，R^s是-O-L^s-N(R’)₂。在一些实施例中，R^s是如本披露中所描述的2’-修饰。在一些实施例中，R^s是-OR，其中R如本披露中所描述。在一些实施例中，R^s是-OR，其中R是任选地取代的C_1-6脂肪族基。在一些实施例中，R^s是-OMe。在一些实施例中，R^s是-OCH₂CH₂OMe。

在一些实施例中，t是0-20。在一些实施例中，t是1-20。在一些实施例中，t是1-5。在一些实施例中，t是1。在一些实施例中，t是2。在一些实施例中，t是3。在一些实施例中，t是4。在一些实施例中，t是5。在一些实施例中，t是6。在一些实施例中，t是7。在一些实施例中，t是8。在一些实施例中，t是9。在一些实施例中，t是10。在一些实施例中，t是11。在一些实施例中，t是12。在一些实施例中，t是13。在一些实施例中，t是14。在一些实施例中，t是15。在一些实施例中，t是16。在一些实施例中，t是17。在一些实施例中，t是18。在一些实施例中，t是19。在一些实施例中，t是20。

在一些实施例中，R^1s、R^2s、R^3s、R^4s及R^5s各自独立地是R^s，其中R^s如本披露中所描述。

在一些实施例中，R^1s是在1’-位置的R^s(BA是在1’-位置)。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-F。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-Cl。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-Br。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-I。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-CN。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-N₃。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-NO。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-NO₂。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-L-R’。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-R’。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-L-OR’。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-OR’。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-L-SR’。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-SR’。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是L-L-N(R’)₂。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-N(R’)₂。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-OMe。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是-MOE。在一些实施例中，在1’-位置的R^s是氢。在一些实施例中，一个1’位置处的R^s是氢，且另一1’位置处的R^s不是氢，如本文中所描述。在一些实施例中，两个1’位置处的R^s是氢。在一些实施例中，一个1’位置处的R^s是氢，且另一1’位置连接至核苷酸间键联。在一些实施例中，R^1s是-F。在一些实施例中，R^1s是-Cl。在一些实施例中，R^1s是-Br。在一些实施例中，R^1s是-I。在一些实施例中，R^1s是-CN。在一些实施例中，R^1s是-N₃。在一些实施例中，R^1s是-NO。在一些实施例中，R^1s是-NO₂。在一些实施例中，R^1s是-L-R’。在一些实施例中，R^1s是-R’。在一些实施例中，R^1s是-L-OR’。在一些实施例中，R^1s是-OR’。在一些实施例中，R^1s是-L-SR’。在一些实施例中，R^1s是-SR’。在一些实施例中，R^1s是-L-N(R’)₂。在一些实施例中，R^1s是-N(R’)₂。在一些实施例中，R^1s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^1s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R^1s是-OH。在一些实施例中，R^1s是-OMe。在一些实施例中，R^1s是-MOE。在一些实施例中，R^1s是氢。在一些实施例中，一个R^1s在1’位处是氢，且另一R^1s在另一1’位处不是氢，如本文所述。在一些实施例中，两个1’位置处的R^1s是氢。在一些实施例中，R^1s是-O-L^s-OR’。在一些实施例中，R^1s是-O-L^s-OR’，其中L^s是任选地取代的C_1-6亚烷基，且R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基。在一些实施例中，R^1s是-O-(任选地取代的C_1-6亚烷基)-OR’。在一些实施例中，R^1s是-O-(任选地取代的C_1-6亚烷基)-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R^1s是-OCH₂CH₂OMe。

在一些实施例中，R^2s是在2’-位置的R^s(BA是在1’-位置)。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-F。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-Cl。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-Br。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-I。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-CN。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-N₃。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-NO。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-NO₂。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-L-R’。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-R’。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-L-OR’。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-OR’。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-L-SR’。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-SR’。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是L-L-N(R’)₂。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-N(R’)₂。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-OMe。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是-MOE。在一些实施例中，在2’-位置的R^s是氢。在一些实施例中，一个2’位置处的R^s是氢，且另一2’位置处的R^s不是氢，如本文所述。在一些实施例中，两个2’位置处的R^s均是氢。在一些实施例中，一个2’位置处的R^s是氢，且另一2’位置连接至核苷酸间键联。在一些实施例中，R^2s是-F。在一些实施例中，R^2s是-Cl。在一些实施例中，R^2s是-Br。在一些实施例中，R^2s是-I。在一些实施例中，R^2s是-CN。在一些实施例中，R^2s是-N₃。在一些实施例中，R^2s是-NO。在一些实施例中，R^2s是-NO₂。在一些实施例中，R^2s是-L-R’。在一些实施例中，R^2s是-R’。在一些实施例中，R^2s是-L-OR’。在一些实施例中，R^2s是-OR’。在一些实施例中，R^2s是-L-SR’。在一些实施例中，R^2s是-SR’。在一些实施例中，R^2s是-L-N(R’)₂。在一些实施例中，R^2s是-N(R’)₂。在一些实施例中，R^2s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^2s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R^2s是-OH。在一些实施例中，R^2s是-OMe。在一些实施例中，R^2s是-MOE。在一些实施例中，R^2s是氢。在一些实施例中，在2’位置处的一个R^2s是氢，且在另一2’位置处的另一R^2s不是氢，如本文所述。在一些实施例中，两个2’位置处的R^2s均是氢。在一些实施例中，R^2d是-O-L^s-OR’。在一些实施例中，R^2s是-O-L^s-OR’，其中L^s是任选地取代的C_1-6亚烷基，并且R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^2s是-O-(任选地取代的C_1-6亚烷基)-OR’。在一些实施例中，R^2s是-O-(任选地取代的C_1-6亚烷基)-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R^2s是-OCH₂CH₂OMe。

在一些实施例中，R^3s是在3’-位置的R^s(BA是在1’-位置)。在一些实施例中，在3’-位置(BA是在1’-位置)的R^s是-F。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-Cl。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-Br。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-I。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-CN。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-N₃。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-NO。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-NO₂。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-L-R’。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-R’。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-L-OR’。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-OR’。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-L-SR’。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-SR’。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-L-N(R’)₂。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-N(R’)₂。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-OR’，其中R’是任选地取代的C₁-₆烷基。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-OMe。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是-MOE。在一些实施例中，在3’-位置的R^s是氢。在一些实施例中，一个3’位置处的R^s是氢，且另一3’位置处的R^s不是氢，如本文中所描述。在一些实施例中，两个3’位置处的R^s是氢。在一些实施例中，一个3’位置处的R^s是氢，且另一3’位置连接至核苷酸间键联。在一些实施例中，R^3s是-F。在一些实施例中，R^3s是-Cl。在一些实施例中，R^3s是-Br。在一些实施例中，R^3s是-I。在一些实施例中，R^3s是-CN。在一些实施例中，R^3s是-N₃。在一些实施例中，R^3s是-NO。在一些实施例中，R^3s是-NO₂。在一些实施例中，R^3s是-L-R’。在一些实施例中，R^3s是-R’。在一些实施例中，R^3s是-L-OR’。在一些实施例中，R^3s是-OR’。在一些实施例中，R^3s是-L-SR’。在一些实施例中，R^3s是-SR’。在一些实施例中，R^3s是L-L-N(R’)₂。在一些实施例中，R^3s是-N(R’)₂。在一些实施例中，R^3s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^3s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R^3s是-OH。在一些实施例中，R^3s是-OMe。在一些实施例中，R^3s是-MOE。在一些实施例中，R^3s是氢。

在一些实施例中，R^4s是在4’-位置的R^s(BA是在1’-位置)。在一些实施例中，在4’-位置(BA是在1’-位置)的R^s是-F。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-Cl。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-Br。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-I。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-CN。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-N₃。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-NO。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-NO₂。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-L-R’。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-R’。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-L-OR’。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-OR’。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-L-SR’。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-SR’。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-L-N(R’)₂。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-N(R’)₂。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-OMe。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是-MOE。在一些实施例中，在4’-位置的R^s是氢。在一些实施例中，一个4’位置处的R^s是氢，且另一4’位置处的R^s不是氢，如本文中所描述。在一些实施例中，两个4’位置处的R^s是氢。在一些实施例中，一个4’位置处的R^s是氢，且另一4’位置连接至核苷酸间键联。在一些实施例中，R^4s是-F。在一些实施例中，R^4s是-Cl。在一些实施例中，R^4s是-Br。在一些实施例中，R^4s是-I。在一些实施例中，R^4s是-CN。在一些实施例中，R^4s是-N₃。在一些实施例中，R^4s是-NO。在一些实施例中，R^4s是-NO₂。在一些实施例中，R^4s是-L-R’。在一些实施例中，R^4s是-R’。在一些实施例中，R^4s是-L-OR’。在一些实施例中，R^4s是-OR’。在一些实施例中，R^4s是-L-SR’。在一些实施例中，R^4s是-SR’。在一些实施例中，R^4s是L-L-N(R’)₂。在一些实施例中，R^4s是-N(R’)₂。在一些实施例中，R^4s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^4s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R^4s是-OH。在一些实施例中，R^4s是-OMe。在一些实施例中，R^4s是-MOE。在一些实施例中，R^4s是氢。

在一些实施例中，R^5s是R’。在一些实施例中，R^5s是-F。在一些实施例中，R^5s是-Cl。在一些实施例中，R^5s是-Br。在一些实施例中，R^5s是-I。在一些实施例中，R^5s是-CN。在一些实施例中，R^5s是-N₃。在一些实施例中，R^5s是-NO。在一些实施例中，R^5s是-NO₂。在一些实施例中，R^5s是-L-R’。在一些实施例中，R^5s是-R’。在一些实施例中，R^5s是-L-OR’。在一些实施例中，R^5s是-OR’。在一些实施例中，R^5s是-L-SR’。在一些实施例中，R^5s是-SR’。在一些实施例中，R^5s是L-L-N(R’)₂。在一些实施例中，R^5s是-N(R’)₂。在一些实施例中，R^5s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^5s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R^5s是-OH。在一些实施例中，R^5s是-OMe。在一些实施例中，R^5s是-MOE。在一些实施例中，R^5s是氢。

在一些实施例中，R^5s是任选地取代的

在一些实施例中，R^5s是任选地取代的

在一些实施例中，R^5s是适用于寡核苷酸合成的受保护羟基。在一些实施例中，R^5s是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^5s是DMTrO-。用于根据本披露使用的示例保护基团是广泛已知的。对于其他实例，参见Greene，T.W.；Wuts，P.G.M.Protective Groups in Organic Synthesis[有机合成中的保护基团]，第2版；Wiley[威利出版社]：纽约，1991；以及WO/2011/005761、WO/2013/012758、WO/2014/012081、WO/2015/107425、WO/2010/064146、WO/2014/010250、WO/2011/108682、WO/2012/039448和WO/2012/073857，将其各自的保护基团通过引用特此并入。

在一些实施例中，-L^s-R^5s是R^E。在一些实施例中，-C(R^5s)₃是R^E。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸，例如包含一个或多个核苷酸间键联(每个独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、或其盐形式)的寡核苷酸，具有式O-I的寡核苷酸或其盐等包含R^E。在一些实施例中，5，端核苷包含R^E。在一些实施例中，本披露涵盖了以下认识：掺入R^E可以显著改善例如在RNAi中的寡核苷酸的特性和/或活性。

在一些实施例中，R^E是R。在一些实施例中，R^E是-H。在一些实施例中，R^E是-OR’。在一些实施例中，R^E是-OH。在一些实施例中，R^E是-OR’，其中R，是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^E是-OR’，其中R，是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R’是甲基。在一些实施例中，R’是乙基。在一些实施例中，R’是正丙基。在一些实施例中，R^E是-CH₂OCH₃。在一些实施例中，R^E是-CH₂F。在一些实施例中，R^E是-CH₂OH。

在一些实施例中，R^E是-CH₂OP(O)(OR)₂或其盐形式，其中各R独立地如本披露中所描述。在一些实施例中，R^E是-CH₂OP(O)(OH)₂或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-CH₂OP(O)(OR)(SR)或其盐形式，其中各R独立地如本披露中所描述。在一些实施例中，R^E是-CH₂OP(O)(SH)(OH)或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-CH＝CHP(O)(OR)₂或其盐形式，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-(E)-CH＝CHP(O)(OR)₂或其盐形式，其中每个R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-(E)-CH＝CHP(O)(OH)₂。

在一些实施例中，R^E是-CH(R)-OR’。在一些实施例中，R^E是-(R)-CH(R)-OR’。在一些实施例中，R^E是-(S)-CH(R)-OR’。在一些实施例中，R不是氢。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-3脂肪族基团。在一些实施例中，R是任选地取代的C_1-3烷基。在一些实施例中，R是直链的。在一些实施例中，R是未取代的。在一些实施例中，R是取代的。在一些实施例中，R是未取代的直链C_1-3烷基。在一些实施例中，R是直链C_1-3卤代烷基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R’是羟基保护基团。在一些实施例中，R’是-C(O)R。在一些实施例中，R’是DMTr。

在一些实施例中，R^E是-CH(R’)-OH，其中R’是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-CH(R’)-OP(O)(R)₂或其盐形式，其中每个R’和R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-CH(R’)-OP(O)(OR)₂或其盐形式，其中每个R’和R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-CH(R’)-OP(O)(OH)₂或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-CH(R’)-OP(O)(OR)(SR)或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-CH(R’)-OP(O)(OH)(SH)或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-(R)-CH(R’)-OH，其中R’是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-(R)-CH(R’)-OP(O)(R)₂或其盐形式，其中每个R’和R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-(R)-CH(R’)-OP(O)(OR)₂或其盐形式，其中每个R’和R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-(R)-CH(R’)-OP(O)(OH)₂或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-(R)-CH(R’)-OP(O)(OR)(SR)或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-(R)-CH(R’)-OP(O)(OH)(SH)或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-(S)-CH(R’)-OH，其中R’是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-(S)-CH(R’)-OP(O)(R)₂或其盐形式，其中每个R’和R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-(S)-CH(R’)-OP(O)(OR)₂或其盐形式，其中每个R’和R独立地是如本披露中所述的。在一些实施例中，R^E是-(S)-CH(R’)-OP(O)(OH)₂或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-(S)-CH(R’)-OP(O)(OR)(SR)或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-(S)-CH(R’)-OP(O)(OH)(SH)或其盐形式。在一些实施例中，R’是任选地取代的C₁、C₂、C₃、或C₄脂肪族基团。在一些实施例中，R’是C₁、C₂、C₃、或C₄脂肪族或卤代脂肪族基团。在一些实施例中，R’是任选地取代的-CH₃。在一些实施例中，R’是-CH₃。

在一些实施例中，R^E是-L^s-P(O)(XR)₂或其盐形式，其中每个X独立地是-O-、-S-、或-N(R’)-。在一些实施例中，R^E是-L^s-P(O)(XR)₂或其盐形式，其中每个X独立地是-O-、-S-、或共价键。在一些实施例中，R^E是-L^s-P(O)(OR)₂或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-L^s-P(O)(OR)(SR)或其盐形式。在一些实施例中，R^E是-L^s-P(O)(OR)(R)或其盐形式。在一些实施例中，L^s是共价键或二价、任选地取代的直链或支链C_1-6脂肪族，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-O-、-S-或-N(R’)-替代。在一些实施例中，R^E是-X-L^s-R。在一些实施例中，R^E是-X-L^s-R⁵。在一些实施例中，R⁵是具有1-5个杂原子的任选地取代的5-20元杂芳基。在一些实施例中，R⁵是具有1-4个杂原子的任选地取代的5元杂芳基。在一些实施例中，R^E是任选地取代的

在一些实施例中，R^E是

在一些实施例中，R^E是

或其盐形式。在一些实施例中，R^E是

在一些实施例中，R^E中的X是-C(R)₂-。在一些实施例中，X是-O-。在一些实施例中，X是-S-。在一些实施例中，X是-N(R)-。在一些实施例中，L^s包括任选地取代的、二价或多价的

基团。在一些实施例中，L^s包括任选地取代的

基团。在一些实施例中，L^s包括

基团。在一些实施例中，R独立地是-H或选自C_1-10烷基、C_1-10烯丙基和C_6-14芳基的任选地取代的基团。在一些实施例中，R是-H。在一些实施例中，R^E是任选地取代的

在一些实施例中，R^E是

在一些实施例中，R^E是-CHR-O-R^s，其中R是-H或任选地取代的C_1-4脂肪族，并且R^s是羟基保护基团。在一些实施例中，R是甲基且R^s是DMTr。在一些实施例中，R^E是-(R)-CH(Me)-ODMTr。在一些实施例中，R^E是-(S)-CH(Me)-ODMTr。在一些实施例中，R^E是-L^s-P(O)(OR)₂。在一些实施例中，R^E是-L^s-P(O)(OR)₂，其中每个R独立地是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，-L^s-是-(E)-CH＝CH-。在一些实施例中，R^E是-(E)-CH＝CH-P(O)(OR)₂。在一些实施例中，R^E是-(E)-CH＝CH-P(O)(OR)₂，其中每个R独立地是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^E是-(E)-CH＝CH-P(O)(OMe)₂。

在一些实施例中，具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、或其盐形式的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，P^L中的P是手性键联磷。在一些实施例中，手性键联磷是Rp。在一些实施例中，手性键联磷是Sp。在一些实施例中，P^L是P(＝W)。在一些实施例中，P^L是P(＝O)。在一些实施例中，P^L是P(＝S)。在一些实施例中，P^L是P。在一些实施例中，P^L是P→B(R’)₃。

在一些实施例中，Y是-O-且Z是-O-，且X是-O-或-S-。在一些实施例中，X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，X是-S-，并且Y和Z是-O-。

在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，W是O，并且X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，W是O，X是-S-，且Y和Z是-O-。在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，W是S，并且X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，W是S，X是-S-，并且Y和Z是-O-。

在一些实施例中，如在本披露中所述的，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、III-b或其盐的结构。

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-OR。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-OH。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-OR，其中R不是氢。在一些实施例中，W是O且-X-L^s-R⁵是-OR。在一些实施例中，W是O且-X-L^s-R⁵是-OH。在一些实施例中，W是O且-X-L^s-R⁵是-OR，其中R不是氢。

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-SR。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-SH。在一些实施例中，-X-L^s-R⁵是-SR，其中R不是氢。在一些实施例中，W是O且-X-L^s-R⁵是-SR。在一些实施例中，W是O且-X-L^s-R⁵是-SH。在一些实施例中，W是O且-X-L^s-R⁵是-SR，其中R不是氢。

在一些实施例中，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b或其盐的结构(如本文所述)。在一些实施例中，R⁷是-OH，并且R⁶是-H或-R。在一些实施例中，R⁶是-H。在一些实施例中，R⁶是-R，其中R不是氢。在一些实施例中，R是加帽基团。用于寡核苷酸合成的合适的加帽基团是本领域普通技术人员熟知的，例如，以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO2019/217784，其各自的加帽技术通过引用并入本文。在一些实施例中，R⁶是-C(O)R’。如本披露中所述的，在一些实施例中，紧接在偶联之后，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b或其盐的结构，其中在式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b中，R⁶是-H，且键联可具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、或VII-e或其盐形式的结构。在一些实施例中，在加帽后，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b或其盐的结构，其中R⁶是加帽基团，例如具有-C(O)R结构的基团，并且键联可以具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、或VII-e或其盐形式的结构。在一些实施例中，R⁵所附接的氮原子被R-C(O)-基团加帽，形成-N(R⁵)(-C(O)-R)基团。在一些实施例中，加帽基团是-C(O)-CH₃。在一些实施例中，加帽基团是-C(O)-CF₃。在一些实施例中，在另外的化学修饰步骤之后，键联可具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、或VII-e或其盐形式的结构。

在一些实施例中，每个L^P独立地是核苷酸间键联。在一些实施例中，每个L^P独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构。在一些实施例中，每个L^P独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、或VII-e或其盐形式的结构。在一些实施例中，每个L^P独立地具有VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、或VII-e或其盐形式的结构，其中每个-X-L^s-R⁵独立地具有以下结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐。在一些实施例中，每个L^P独立地具有式VII、VII-a-1、或VII-a-2或其盐形式的结构，其中每个-X-L^s-R⁵独立地具有以下结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐，并且W是O或S。在一些实施例中，每个L^P独立地具有式VII、VII-a-1、或VII-a-2或其盐形式的结构，其中每个-X-L^s-R⁵独立地具有以下结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、IH-a、或III-b的化合物或其盐，并且W是O或S，并且X是O。在一些实施例中，每个L^P独立地具有式VII、VII-a-1、或VII-a-2或其盐形式的结构，其中每个-X-L^s-R⁵独立地具有以下结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐，并且W是O或S，并且X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，L^P具有式VII或其盐的结构。在一些实施例中，L^P具有式VII或其盐的结构，其中W是O或S，并且X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，L^P具有式VII-a-1或其盐的结构。在一些实施例中，L^P具有式VII-a-1或其盐的结构，其中W是O或S，并且X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，L^P具有式VII-a-2或其盐的结构。在一些实施例中，L^P具有式VII-a-2或其盐的结构，其中W是O或S，并且X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，L^P具有式VII-b或其盐的结构。在一些实施例中，L^P具有式VII-b或其盐的结构，其中X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，L^P具有式VII-c或其盐的结构。在一些实施例中，L^P具有式VII-c或其盐的结构，其中X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，L^P具有式VII-d或其盐的结构。在一些实施例中，L^P具有式VII-d或其盐的结构，其中X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，L^P具有式VII-e或其盐的结构。在一些实施例中，L^P具有式VII-e或其盐的结构，其中X和Y和Z是-O-。在一些实施例中，L是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，L是硫代磷酸酯键联或其盐形式。在一些实施例中，每个L独立地是天然磷酸酯键联或硫代磷酸酯键联、或其盐。在一些实施例中，一个或多个L^P独立地具有式NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的结构。在一些实施例中，一个或多个L^P独立地具有式NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的结构，其中W是O，并且Y和Z是-O-。在一些实施例中，一个或多个L^P独立地具有式NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的结构。在一些实施例中，一个或多个L^P独立地具有式NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的结构，其中W是O，并且Y和Z是-O-。在一些实施例中，一个或多个核苷酸间键联独立地是

(n001)。在一些实施例中，一个或多个核苷酸间键联独立地是手性控制的n001。在一些实施例中，一个或多个核苷酸间键联独立地是手性控制的n001并且具有Rp构型。在一些实施例中，一个或多个核苷酸间键联独立地是手性控制的n001并且具有Sp构型。

在一些实施例中，至少一个L^P包括W，其中W是S。在一些实施例中，约1-20个L^P包括W，其中W是S。在一些实施例中，至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、l8、19、20个L^P包括W，其中W是S。在一些实施例中，至少一个L^P包括W，其中W是O。在一些实施例中，约1-20个L^P包括W，其中W是O。在一些实施例中，至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个L^P包括W，其中W是O。

在一些实施例中，z是1。在一些实施例中，z是2。在一些实施例中，z是3。在一些实施例中，z是4。在一些实施例中，z是5。在一些实施例中，z是6。在一些实施例中，z是7。在一些实施例中，z是8。在一些实施例中，z是9。在一些实施例中，z是10。在一些实施例中，z是11。在一些实施例中，z是12。在一些实施例中，z是13。在一些实施例中，z是14。在一些实施例中，z是15。在一些实施例中，z是16。在一些实施例中，z是17。在一些实施例中，z是18。在一些实施例中，z是19。在一些实施例中，z是20。在一些实施例中，z是21。在一些实施例中，z是22。在一些实施例中，z是23。在一些实施例中，z是24。在一些实施例中，z是25。在一些实施例中，z是26。在一些实施例中，z是27。在一些实施例中，z是28。在一些实施例中，z是29。在一些实施例中，z是30。在一些实施例中，z是至少2。在一些实施例中，z是至少3。在一些实施例中，z是至少4。在一些实施例中，z是至少5。在一些实施例中，z是至少6。在一些实施例中，z是至少7。在一些实施例中，z是至少8。在一些实施例中，z是至少9。在一些实施例中，z是至少10。在一些实施例中，z至少是11。在一些实施例中，z是至少12。在一些实施例中，z至少是13。在一些实施例中，z是至少14。在一些实施例中，z是至少15。在一些实施例中，z是至少16。在一些实施例中，z是至少17。在一些实施例中，z是至少18。在一些实施例中，z是至少19。在一些实施例中，z是至少20。在一些实施例中，z是至少21。在一些实施例中，z是至少22。在一些实施例中，z至少是23。在一些实施例中，z是至少24。在一些实施例中，z是至少25。在一些实施例中，z是至少26。在一些实施例中，z是至少27。在一些实施例中，z是至少28。在一些实施例中，z是至少29。在一些实施例中，z是至少30。

在一些实施例中，L^3E是-L^s-或-L^s-L^s-。在一些实施例中，L^3E是-L^s-。在一些实施例中，L^3E是-L^s-L^s-。在一些实施例中，L^3E是共价键。在一些实施例中，L^3E是用于寡核苷酸合成的连接子。在一些实施例中，L^3E是用于固相寡核苷酸合成的连接子。已知各种类型的连接子且可根据本披露使用。在一些实施例中，连接子是琥珀酸根连接子(-O-C(O)-CH₂-CH₂-C(O)-)。在一些实施例中，连接子是乙二酰基连接子(-O-C(O)-C(O)-)。在一些实施例中，L^3E是琥珀酰基-哌啶接头(SP)。在一些实施例中，L^3E是琥珀酰基接头。在一些实施例中，L^3E是Q^-接头。

在一些实施例中，R^3E是-R’、-L^s-R’、-OR’或固体载体。在一些实施例中，R^3E是-R’。在一些实施例中，R^3E是-L^s-R’。在一些实施例中，R^3E是-OR’。在一些实施例中，R^3E是固体载体。在一些实施例中，R^3E是-H。在一些实施例中，-L³-R^3E是-H。在一些实施例中，R^3E是-OH。在一些实施例中，-L³-R^3E是-OH。在一些实施例中，R^3E是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。在一些实施例中，R^3E是任选地取代的C_1-6烷基。在一些实施例中，R^3E是-OR’。在一些实施例中，R^3E是-OH。在一些实施例中，R^3E是-OR’，其中R’不是氢。在一些实施例中，R^3E是-OR’，其中R’是任选地取代的C_1-6烷基。

在一些实施例中，R^3E是3’-端帽(例如，RNAi技术中使用的那些端帽)。

在一些实施例中，R^3E是固体载体。在一些实施例中，R^3E是寡核苷酸合成的固体载体。已知各种类型的固体载体且可根据本披露使用。在一些实施例中，固体载体是HCP。在一些实施例中，固体载体是CPG。

在一些实施例中，s是0-20。在一些实施例中，s是1-20。在一些实施例中，s是1。在一些实施例中，s是2。在一些实施例中，s是3。在一些实施例中，s是4。在一些实施例中，s是5。在一些实施例中，s是6。在一些实施例中，s是7。在一些实施例中，s是8。在一些实施例中，s是9。在一些实施例中，s是10。在一些实施例中，s是11。在一些实施例中，s是12。在一些实施例中，s是13。在一些实施例中，s是14。在一些实施例中，s是15。在一些实施例中，s是16。在一些实施例中，s是17。在一些实施例中，s是18。在一些实施例中，s是19。在一些实施例中，s是20。

在一些实施例中，每个环A^s或环A独立地是具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，环A^s或环A是任选地取代的环，所述环如本披露中所述。在一些实施例中，环是

在一些实施例中，环是

在一些实施例中，环A^s或环A是或包含糖部分的环。在一些实施例中，环A^s或环A是或包含经修饰的糖部分的环。

在一些实施例中，所提供的化合物包含一个或多个二价或多价的任选地取代的环，例如环A、环A^s、环A’、-Cy-、Cy^L，其由两个或多个R基团(R和可以是R的变量(的组合))一起形成的那些等。在一些实施例中，环是环脂肪族基团、芳基、杂芳基、或杂环基，如对于R所述基团的，但是二价或多价的。如本领域技术人员所理解的，如果满足其他变量(例如杂原子数、化合价等)的要求，则针对一个变量(例如环A)描述的环部分也可以适用于其他变量(例如环A’、-Cy-、Cy^L等)。本披露中广泛描述了示例环。

在一些实施例中，任选地取代的环(例如环A、环A^s、R等)是具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，环是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的3-20元单环、双环或多环，其中所述环包含-N(R⁶)-部分。

在一些实施例中，环可具有其范围内的任何大小，例如3元、4元、5元、6元、7元、8元、9元、10元、11元、12元、13元、14元、15元、16元、17元、18元、19元或20元。

在一些实施例中，环是单环的。在一些实施例中，环是饱和且单环的。在一些实施例中，环是单环且部分饱和的。在一些实施例中，环是单环且芳族的。

在一些实施例中，环是双环的。在一些实施例中，环是多环的。在一些实施例中，双环或多环包含两个或更多个单环部分，所述单环部分各自可以是饱和、部分饱和或芳族的，且所述单环部分各自可以不含有杂原子或含有1-10个杂原子。在一些实施例中，双环或多环包含饱和单环。在一些实施例中，双环或多环包含不含杂原子的饱和单环。在一些实施例中，双环或多环包含含有一个或多个杂原子的饱和单环。在一些实施例中，双环或多环包含部分饱和单环。在一些实施例中，双环或多环包含不含杂原子的部分饱和单环。在一些实施例中，双环或多环包含含有一个或多个杂原子的部分饱和单环。在一些实施例中，双环或多环包含芳族单环。在一些实施例中，双环或多环包含不含杂原子的芳族单环。在一些实施例中，双环或多环包含含有一个或多个杂原子的芳族单环。在一些实施例中，双环或多环包含饱和环和部分饱和环，其各自独立地含有一个或多个杂原子。在一些实施例中，双环包含饱和环和部分饱和环，其各自独立地不包含杂原子或包含一个或多个杂原子。在一些实施例中，双环包含芳环和部分饱和环，其各自独立地不包含杂原子或包含一个或多个杂原子。在一些实施例中，多环包含饱和环和部分饱和环，其各自独立地不包含杂原子或包含一个或多个杂原子。在一些实施例中，多环包含芳环和部分饱和环，其各自独立地不包含杂原子或包含一个或多个杂原子。在一些实施例中，多环包含芳环和饱和环，其各自独立地不包含杂原子或包含一个或多个杂原子。在一些实施例中，多环包含芳环、饱和环和部分饱和环，其各自独立地不包含杂原子或包含一个或多个杂原子。在一些实施例中，环包含至少一个杂原子。在一些实施例中，环包含至少一个氮原子。在一些实施例中，环包含至少一个氧原子。在一些实施例中，环包含至少一个硫原子。

如本领域技术人员根据本披露所理解的，环通常是任选地被取代的。在一些实施例中，环是未取代的。在一些实施例中，环是取代的。在一些实施例中，环在其碳原子中的一个或多个上是取代的。在一些实施例中，环在其杂原子中的一个或多个上是取代的。在一些实施例中，环在其碳原子中的一个或多个上和其杂原子中的一个或多个上是取代的。在一些实施例中，两个或更多个取代基可位于同一环原子上。在一些实施例中，所有可用环原子是取代的。在一些实施例中，并非所有可用环原子是取代的。在一些实施例中，在所提供的结构(其中环被指示为连接至其他结构(例如，在

中的环A^s)中，“任选地取代的”是指除了已经连接的那些结构之外，其余的可取代的环位置(如果有的话)也是任选地取代的(例如，在

中，环A^s可以任选地具有除了R^5s-L^s-、t R^s、-O-、和-之外的取代基)。

在一些实施例中，环是二价或多价C_3-30环脂肪族环。在一些实施例中，环是二价或多价C_3-20环脂肪族环。在一些实施例中，环是二价或多价C_3-10环脂肪族环。在一些实施例中，环是二价或多价的3-30元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，环是二价或多价的3-7元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，环是二价或多价的3元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，环是二价或多价的4元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，环是二价或多价的5元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，环是二价或多价的6元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，环是二价或多价的7元饱和或部分不饱和碳环。在一些实施例中，环是二价或多价的环己基环。在一些实施例中，环是二价或多价的环戊基环。在一些实施例中，环是二价或多价的环丁基环。在一些实施例中，环是二价或多价的环丙基环。

在一些实施例中，环是二价或多价的C_6-30芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的苯环。

在一些实施例中，环是二价或多价的8-10元双环饱和环、部分不饱和环或芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的8-10元双环饱和环。在一些实施例中，环是二价或多价的8-10元双环部分不饱和环。在一些实施例中，环是二价或多价的8-10元双环芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的萘基环。

在一些实施例中，环是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价或多价5-30元杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的二价或多价5-30元杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价或多价5-30元杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的二价或多价5-30元杂芳基环。

在一些实施例中，环是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5-6元单环杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、硫和氧的杂原子的二价或多价5-6元单环杂芳基环。

在一些实施例中，环是具有1-4个独立地选自氮、氧或硫的杂原子的二价或多价5元单环杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6元单环杂芳基环。

在一些实施例中，环是具有一个选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5元单环杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的吡咯基环、呋喃基环或噻吩基环。

在一些实施例中，环是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5元杂芳基环。在某些实施例中，环是具有一个氮原子和选自硫或氧的另外的杂原子的二价或多价5元杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价吡唑基环、咪唑基环、噻唑基环、异噻唑基环、噁唑基环或异噁唑基环。

在一些实施例中，环是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5元杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价三唑基环、噁二唑基环或噻二唑基环。

在一些实施例中，环是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5元杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价四唑基环、氧杂三唑基环和噻三唑基环。

在一些实施例中，环是具有1-4个氮原子的二价或多价6元杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-3个氮原子的二价或多价6元杂芳基环。在其他实施例中，环是具有1-2个氮原子的二价或多价6元杂芳基环。在一些实施例中，环是具有四个氮原子的二价或多价6元杂芳基环。在一些实施例中，环是具有三个氮原子的二价或多价6元杂芳基环。在一些实施例中，环是具有两个氮原子的二价或多价6元杂芳基环。在某些实施例中，环是具有一个氮原子的二价或多价6元杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价吡啶基环、嘧啶基环、吡嗪基环、哒嗪基环、三嗪基环或四嗪基环。

在某些实施例中，环是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价8-10元双环杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在其他实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在某些实施例中，环是具有1个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价吲哚基环。在一些实施例中，环是二价或多价氮杂双环[3.2.1]辛烷基环。在某些实施例中，环是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价氮杂吲哚基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并咪唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并噻唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并噁唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价吲唑基环。在某些实施例中，环是具有3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。

在一些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。

在某些实施例中，环是具有一个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价吲哚基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并呋喃基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并[b]噻吩基环。在某些实施例中，环是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价氮杂吲哚基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并咪唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并噻唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并噁唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价吲唑基环。在某些实施例中，环是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的噁唑并吡啶基环、噻唑并吡啶基环或咪唑并吡啶基环。在某些实施例中，环是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价嘌呤基环、噁唑并嘧啶基环、噻唑并嘧啶基环、噁唑并吡嗪基环、噻唑并吡嗪基环、咪唑并吡嗪基环、噁唑并哒嗪基环、噻唑并哒嗪基环或咪唑并哒嗪基环。在某些实施例中，环是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。

在一些实施例中，环是二价或多价的1，4-二氢吡咯并[3，2-b]吡咯基、4H-呋喃并[3，2-b]吡咯基、4H-噻吩并[3，2-b]吡咯基、呋喃并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]噻吩基、1H-吡咯并[1，2-a]咪唑基、吡咯并[2，1-b]噁唑基或吡咯并[2，1-b]噻唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价的二氢吡咯并咪唑基、1H-呋喃并咪唑基、1H-噻吩并咪唑基、呋喃并噁唑基、呋喃并异噁唑基、4H-吡咯并噁唑基、4H-吡咯并异噁唑基、噻吩并噁唑基、噻吩并异噁唑基、4H-吡咯并噻唑基、呋喃并噻唑基、噻吩并噻唑基、1H-咪唑并咪唑基、咪唑并噁唑基或咪唑并[5，1-b]噻唑基环。

在某些实施例中，环是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在其他实施例中，环是具有1个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价喹啉基环。在一些实施例中，环是二价或多价异喹啉基环。在一些实施例中，环是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价喹唑啉或喹喔啉。

在一些实施例中，环是具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价或多价3-30元杂环。在一些实施例中，环是具有1-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的二价或多价3-30元杂环。在一些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的二价或多价3-30元杂环。在一些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的二价或多价3-30元杂环。

在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价3-7元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价取代的3-7元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价未取代的3-7元饱和或部分不饱和的杂环。在某些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5-7元部分不饱和单环。在某些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5-6元部分不饱和单环。在某些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5元部分不饱和单环。在某些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6元部分不饱和单环。在某些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价7元部分不饱和单环。在一些实施例中，环是具有一个选自氮、氧或硫的杂原子的二价或多价3元杂环。在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价4元杂环。在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5元杂环。在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6元杂环。在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价7元杂环。

在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价3元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价4元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价7元饱和或部分不饱和的杂环。

在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价4元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氮。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氧。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是硫。在一些实施例中，环是具有2个氧原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有2个氮原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价4元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氮。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氧。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是硫。在一些实施例中，环是具有2个氧原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有2个氮原子的二价或多价4元部分不饱和的杂环。

在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价5元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价5元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氮。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价5元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氧。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价5元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是硫。在一些实施例中，环是具有2个氧原子的二价或多价5元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有2个氮原子的二价或多价5元部分不饱和的杂环。

在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6元饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价6元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价6元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氮。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价6元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是氧。在一些实施例中，环是具有不超过1个杂原子的二价或多价6元部分不饱和的杂环，其中所述杂原子是硫。在一些实施例中，环是具有2个氧原子的二价或多价6元部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是具有2个氮原子的二价或多价6元部分不饱和的杂环。

在某些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价3-7元饱和或部分不饱和的杂环。在某些实施例中，环是二价或多价的环氧乙烷基、氧杂环丁烷基、四氢呋喃基、四氢吡喃基、氧杂环庚烷基、氮丙啶基、氮杂环丁烷基、吡咯烷基、哌啶基、氮杂环庚烷基、硫杂环丙烷基、硫杂环丁烷基、四氢苯硫基、四氢硫代吡喃基、硫杂环庚烷基、二氧戊环基、氧硫杂环戊烷基、噁唑烷基、咪唑烷基、噻唑烷基、二硫杂环戊烷基、二氧杂环己烷基、吗啉基、氧硫杂环己烷基、哌嗪基、硫代吗啉基、二噻烷基、二氧杂环庚烷基、氧氮杂环庚烷基、氧硫杂环庚基、二硫杂环庚基、二氮杂环庚基、二氢呋喃酮基、四氢吡喃酮基、氧杂环庚酮基、吡咯烷酮基、哌啶酮基、氮杂环庚酮基、二氢噻吩酮基、四氢硫代吡喃酮基、硫杂环庚酮基、噁唑烷酮基、氧氮杂环己酮基、氧氮杂环庚酮基、二氧杂环戊酮基、二氧杂环己酮基、二氧杂环庚酮基、氧硫杂环戊酮基、氧杂噻喃酮基、氧硫杂环庚酮基、噻唑烷酮基、噻嗪酮基、硫氮杂环庚酮基、咪唑烷酮基、四氢嘧啶酮基、二氮杂环庚酮基、咪唑烷二酮基、噁唑烷二酮基、噻唑烷二酮基、二氧杂环戊烷二酮基、氧硫杂环戊烷二酮基、哌嗪二酮基、吗啉二酮基、硫代吗啉二酮基、四氢吡喃基、四氢呋喃基、吗啉基、硫代吗啉基、哌啶基、哌嗪基、吡咯烷基、四氢苯硫基或四氢硫代吡喃基环。

在某些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5-6元部分不饱和单环。在某些实施例中，环是二价或多价的四氢吡啶基、二氢噻唑基、二氢噁唑基或噁唑啉基。

在一些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价7-10元双环饱和或部分不饱和的杂环。在一些实施例中，环是二价或多价的吲哚啉基环。在一些实施例中，环是二价或多价的异吲哚啉基环。在一些实施例中，环是二价或多价的1，2，3，4-四氢喹啉基环。在一些实施例中，环是二价或多价的1，2，3，4-四氢异喹啉基环。在一些实施例中，环是二价或多价氮杂双环[3.2.1]辛烷基环。

在一些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价8-10元双环杂芳基环。

在一些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-3个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的1，4-二氢吡咯并[3，2-b]吡咯基、4H-呋喃并[3，2-b]吡咯基、4H-噻吩并[3，2-b]吡咯基、呋喃并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]呋喃基、噻吩并[3，2-b]噻吩基、1H-吡咯并[1，2-a]咪唑基、吡咯并[2，1-b]噁唑基或吡咯并[2，1-b]噻唑基环。在一些实施例中，环是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的二氢吡咯并咪唑基、1H-呋喃并咪唑基、1H-噻吩并咪唑基、呋喃并噁唑基、呋喃并异噁唑基、4H-吡咯并噁唑基、4H-吡咯并异噁唑基、噻吩并噁唑基、噻吩并异噁唑基、4H-吡咯并噻唑基、呋喃并噻唑基、噻吩并噻唑基、1H-咪唑并咪唑基、咪唑并噁唑基或咪唑并[5，1-b]噻唑基环。在一些实施例中，环是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。

在一些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在其他实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在某些实施例中，环是具有一个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价吲哚基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并呋喃基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并[b]噻吩基环。在某些实施例中，环是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价氮杂吲哚基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并咪唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并噻唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价苯并噁唑基环。在一些实施例中，环是二价或多价吲唑基环。在某些实施例中，环是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的噁唑并吡啶基环、噻唑并吡啶基环或咪唑并吡啶基环。在某些实施例中，环是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价嘌呤基环、噁唑并嘧啶基环、噻唑并嘧啶基环、噁唑并吡嗪基环、噻唑并吡嗪基环、咪唑并吡嗪基环、噁唑并哒嗪基环、噻唑并哒嗪基环或咪唑并哒嗪基环。在某些实施例中，环是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价5，6-稠合杂芳基环。

在某些实施例中，环是具有1-5个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是具有1-2个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在其他实施例中，环是具有一个选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价喹啉基环。在一些实施例中，环是二价或多价异喹啉基环。在一些实施例中，环是具有两个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的喹唑啉基、酞菁基、喹喔啉基或萘啶基环。在一些实施例中，环是具有三个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的吡啶并嘧啶基、吡啶并哒嗪基、吡啶并吡嗪基或苯并三嗪基环。在一些实施例中，环是具有四个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。在一些实施例中，环是二价或多价的吡啶并三嗪基、喋啶基、吡嗪并吡嗪基、吡嗪并哒嗪基、哒嗪并哒嗪基、嘧啶并哒嗪基或嘧啶并嘧啶基环。在一些实施例中，环是具有五个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的二价或多价6，6-稠合杂芳基环。

在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环(典型地是任选地取代的)是除居间杂原子(如果有的话)之外不具有另外的杂原子的单环饱和5-7元环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外不具有其他杂原子的单环饱和5元环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外不具有另外的杂原子的单环饱和6元环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外不具有另外的杂原子的单环饱和7元环。

在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的双环、饱和环、部分不饱环或芳基5-30元环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外具有0-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的双环、饱和环、部分不饱环或芳基5-30元环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外不具有其他杂原子的双环及饱和8-10元双环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外不具有其他杂原子的双环及饱和8元双环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外不具有另外的杂原子的双环及饱和9元双环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外不具有另外的杂原子的双环及饱和10元双环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是双环的，且包含与5元环稠合的5元环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是双环的，且包含与6元环稠合的5元环。在一些实施例中，5元环包含一个或多个作为环原子的居间氮原子、磷原子和氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环包含具有如下骨架结构的环系统：

在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外具有0-10个独立地选自氧、氮、硫、磷和硅的杂原子的多环、饱和环、部分不饱环或芳基3-30元环。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是除居间杂原子(如果存在的话)之外具有0-10个独立地选自氧、氮和硫的杂原子的多环、饱和环、部分不饱环或芳基3-30元环。

在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含5-10元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含5-9元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含5-8元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含5-7元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含5-6元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。

在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含5元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含6元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含7元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含8元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含9元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含10元单环，其环原子包含一个或多个居间氮原子、磷原子和/或氧原子。

在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含5元环，其环原子由碳原子以及居间氮原子、磷原子和氧原子组成。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含6元环，其环原子由碳原子以及居间氮原子、磷原子和氧原子组成。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含7元环，其环原子由碳原子以及居间氮原子、磷原子和氧原子组成。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含8元环，其环原子由碳原子以及居间氮原子、磷原子和氧原子组成。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含9元环，其环原子由碳原子以及居间氮原子、磷原子和氧原子组成。在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环是单环、双环或多环的且包含10元环，其环原子由碳原子以及居间氮原子、磷原子和氧原子组成。

在一些实施例中，由两个或更多个基团一起形成的环包含具有

骨架结构的环体系。

在一些实施例中，本文所述的环是未取代的。在一些实施例中，本文所述的环是取代的。在一些实施例中，取代基是选自本披露中所提供的示例化合物中描述的那些取代基。

在一些实施例中，所提供的特征，例如纯度(例如，总纯度、非对映异构体纯度、对映异构体纯度等)、选择性(例如，总选择性、区域选择性、非对映异构体选择性、对映异构体选择性等)、水平(例如，(寡核苷酸、手性助剂等)的预定水平、活性水平等)等，被描述为百分比或百分比范围。百分比可以是所提供范围内的任何百分比。例如，在一些实施例中，取决于范围(如果有的话)，百分比是约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，取决于范围(如果有的话)，百分比是至少1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，百分比是至少1％。在一些实施例中，百分比是至少2％。在一些实施例中，百分比是至少3％。在一些实施例中，百分比是至少4％。在一些实施例中，百分比是至少5％。在一些实施例中，百分比为至少10％。在一些实施例中，百分比是至少15％。在一些实施例中，百分比是至少20％。在一些实施例中，百分比是至少25％。在一些实施例中，百分比是至少30％。在一些实施例中，百分比是至少35％。在一些实施例中，百分比是至少40％。在一些实施例中，百分比是至少45％。在一些实施例中，百分比是至少50％。在一些实施例中，百分比是至少55％。在一些实施例中，百分比是至少60％。在一些实施例中，百分比是至少65％。在一些实施例中，百分比是至少70％。在一些实施例中，百分比是至少75％。在一些实施例中，百分比是至少80％。在一些实施例中，百分比是至少85％。在一些实施例中，百分比是至少90％。在一些实施例中，百分比是至少91％。在一些实施例中，百分比是至少92％。在一些实施例中，百分比是至少93％。在一些实施例中，百分比是至少94％。在一些实施例中，百分比是至少95％。在一些实施例中，百分比是至少96％。在一些实施例中，百分比是至少97％。在一些实施例中，百分比是至少98％。在一些实施例中，百分比是至少99％。在一些实施例中，百分比是约1％。在一些实施例中，百分比是约2％。在一些实施例中，百分比是约3％。在一些实施例中，百分比是约4％。在一些实施例中，百分比是约5％。在一些实施例中，百分比是约10％。在一些实施例中，百分比是约15％。在一些实施例中，百分比是约20％。在一些实施例中，百分比是约25％。在一些实施例中，百分比是约30％。在一些实施例中，百分比是约35％。在一些实施例中，百分比是约40％。在一些实施例中，百分比是约45％。在一些实施例中，百分比是约50％。在一些实施例中，百分比是约55％。在一些实施例中，百分比是约60％。在一些实施例中，百分比是约65％。在一些实施例中，百分比是约70％。在一些实施例中，百分比是约75％。在一些实施例中，百分比是约80％。在一些实施例中，百分比是约85％。在一些实施例中，百分比是约90％。在一些实施例中，百分比是约91％。在一些实施例中，百分比是约92％。在一些实施例中，百分比是约93％。在一些实施例中，百分比是约94％。在一些实施例中，百分比是约95％。在一些实施例中，百分比是约96％。在一些实施例中，百分比是约97％。在一些实施例中，百分比是约98％。在一些实施例中，百分比是约99％。在一些实施例中，百分比小于1％。在一些实施例中，百分比小于2％。在一些实施例中，百分比小于3％。在一些实施例中，百分比小于4％。在一些实施例中，百分比小于5％。在一些实施例中，百分比小于10％。在一些实施例中，百分比小于15％。在一些实施例中，百分比小于20％。在一些实施例中，百分比小于25％。在一些实施例中，百分比小于30％。在一些实施例中，百分比小于35％。在一些实施例中，百分比小于40％。在一些实施例中，百分比小于45％。在一些实施例中，百分比小于50％。在一些实施例中，百分比小于55％。在一些实施例中，百分比小于60％。在一些实施例中，百分比小于65％。在一些实施例中，百分比小于70％。在一些实施例中，百分比小于75％。在一些实施例中，百分比小于80％。在一些实施例中，百分比小于85％。在一些实施例中，百分比小于90％。在一些实施例中，百分比小于91％。在一些实施例中，百分比小于92％。在一些实施例中，百分比小于93％。在一些实施例中，百分比小于94％。在一些实施例中，百分比小于95％。在一些实施例中，百分比小于96％。在一些实施例中，百分比小于97％。在一些实施例中，百分比小于98％。在一些实施例中，百分比小于99％。

所提供的方法可以包括使用高于和/或低于室温的温度。在一些实施例中，所提供的方法，例如在形成亚磷酰胺的反应中，包括使用降低的温度，例如等于或低于约-78℃、-75℃、-70℃、-65℃、-60℃、-55℃、-50℃、-45℃、-40℃、-35℃、-30℃、-25℃、-20℃、-15℃、-10℃、-5℃、0℃、5℃、10℃、15℃、或20℃的温度。在一些实施例中，所提供的方法，例如在形成亚磷酰胺的反应中，包括使用高温，例如等于或大于约25℃、30℃、35℃、40℃、45℃、50℃、55℃、60℃、65℃、70℃、75℃、80℃、85℃、90℃、95℃、100℃、110℃、120℃、130℃、140℃或150℃的温度。在一些实施例中，所提供的方法包括从降低的温度到另一降低的温度的温度升高。在一些实施例中，所提供的方法包括从降低的温度到室温的温度升高。在一些实施例中，所提供的方法包括从室温到高温的温度升高。在一些实施例中，所提供的方法包括从降低的温度到高温的温度升高。在一些实施例中，所提供的方法包括从升高的温度到另一升高的温度的温度降低。在一些实施例中，所提供的方法包括从升高的温度到室温的温度降低。在一些实施例中，所提供的方法包括从室温到降低的温度的温度降低。在一些实施例中，所提供的方法包括从升高的温度到降低的温度的温度降低。

各种溶剂适用于所提供的方法。在一些实施例中，用于形成亚磷酰胺的反应在包含醚的溶剂中进行。在一些实施例中，用于形成亚磷酰胺的反应在包含THF的溶剂中进行。在一些实施例中，用于形成亚磷酰胺的反应在THF中进行。合适的溶剂是广泛已知的(例如以下项中那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO2017/062862、WO2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、或WO 2019/217784，其各自的溶剂通过引用并入本文)并且可以根据本披露使用。

在一些实施例中，一个或多个步骤在惰性气体下进行。在一些实施例中，亚磷酰胺的形成在惰性气体下进行。在一些实施例中，寡核苷酸合成循环的一个或多个步骤在惰性气体下进行。在一些实施例中，惰性气体是氩气。在一些实施例中，惰性气体是氮气。

在一些实施例中，一个或多个步骤在增加的压力下进行。在一些实施例中，一个或多个步骤在真空下进行。在一些实施例中，过滤在真空下进行。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐，具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的化合物或其盐，或具有式O-I的寡核苷酸或其盐等，具有为约或大于50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％的纯度。在一些实施例中，纯度是约50％或更高。在一些实施例中，纯度是约55％或更高。在一些实施例中，纯度是约60％或更高。在一些实施例中，纯度是约65％或更高。在一些实施例中，纯度是约70％或更高。在一些实施例中，纯度是约75％或更高。在一些实施例中，纯度是约80％或更高。在一些实施例中，纯度是约85％或更高。在一些实施例中，纯度是约90％或更高。在一些实施例中，纯度是约91％或更高。在一些实施例中，纯度是约92％或更高。在一些实施例中，纯度是约93％或更高。在一些实施例中，纯度是约94％或更高。在一些实施例中，纯度是约95％或更高。在一些实施例中，纯度是约96％或更高。在一些实施例中，纯度是约97％或更高。在一些实施例中，纯度是约98％或更高。在一些实施例中，纯度是约99％或更高。在一些实施例中，纯度是约99.5％或更高。

在一些实施例中，所提供的化合物，例如手性助剂、亚磷酰胺、寡核苷酸等，具有至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少60％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少70％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少80％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少85％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少90％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少91％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少92％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少93％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少94％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少95％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少96％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少97％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少98％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少99％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物具有至少99.5％的非对映异构体纯度。

在一些实施例中，所提供的化合物的手性元素例如手性中心(碳、磷等)具有60％-100％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，所提供的化合物的手性元素例如手性中心(碳、磷等)具有至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性元素是手性碳。在一些实施例中，手性元素是手性磷(例如，手性核苷酸间键联中的键联磷原子)。在一些实施例中，手性元素具有至少60％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少70％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少80％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少85％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少90％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少91％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少92％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少93％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少94％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少95％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少96％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少97％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少98％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少99％的非对映异构体纯度。在一些实施例中，手性中心具有至少99.5％的非对映异构体纯度。

在一些实施例中，本披露提供了具有高立体选择性的方法，例如用于制备手性助剂、亚磷酰胺、寡核苷酸等的方法。在一些实施例中，本披露提供了具有高非对映选择性的方法。在一些实施例中，本披露提供了具有高对映选择性的方法。在一些实施例中，本披露提供了具有高非对映选择性和高对映选择性二者的方法。在一些实施例中，选择性是约60％-100％。在一些实施例中，选择性是至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，非对映选择性是至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，对映选择性是至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，非对映选择性和对映选择性均是至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％。在一些实施例中，选择性是至少60％。在一些实施例中，选择性是至少70％。在一些实施例中，选择性是至少80％。在一些实施例中，选择性是至少85％。在一些实施例中，选择性是至少90％。在一些实施例中，选择性是至少91％。在一些实施例中，选择性是至少92％。在一些实施例中，选择性是至少93％。在一些实施例中，选择性是至少94％。在一些实施例中，选择性是至少95％。在一些实施例中，选择性是至少96％。在一些实施例中，选择性是至少97％。在一些实施例中，选择性是至少98％。在一些实施例中，选择性是至少99％。在一些实施例中，选择性是至少99.5％。

如本文所示，所提供的技术可以令人惊讶地改善产率和/或纯度。在一些实施例中，绝对改善是约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更高。在一些实施例中，绝对改善大于约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更高。在一些实施例中，来自所提供的技术的产率大于约80％，而来自对应技术的产率小于约60％(对应于大于20％的绝对改善)。在一些实施例中，相对于对应技术的改善大于约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、150％、200％、250％、300％、400％、500％、600％、700％、800％、900％或更高。

在一些实施例中，如本领域普通技术人员容易理解的，在所提供的寡核苷酸组合物中，寡核苷酸可以盐形式存在。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸组合物是药物组合物。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸以药学上可接受的盐存在。

在一些实施例中，一个或多个脂质部分、一个或多个靶向部分、和/或一个或多个碳水化合物部分可以独立地并且任选地掺入寡核苷酸中。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个脂质部分、一个或多个靶向部分、和/或一个或多个碳水化合物部分。示例脂质部分、靶向部分以及碳水化合物部分是广泛已知的(例如，以下项中的那些：9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US8470987、US 8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO2019/055951、WO2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784，其各自的脂质部分、靶向部分以及碳水化合物部分通过引用并入本文)并且可以根据本披露使用。

在一些实施例中，本披露提供了所提供的寡核苷酸的多聚体。在一些实施例中，本披露提供了所提供的寡核苷酸的多聚体，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或其盐的结构。在一些实施例中，所提供的多聚体具有相同结构的寡核苷酸。在一些实施例中，所提供的多聚体具有不同结构的寡核苷酸。

除非另有说明，否则本文描述的结构还旨在包括所述结构的所有异构(例如，对映异构的，非对映异构的和几何的(或构象的))形式。除非另有说明，否则包括本披露的化合物的所有互变异构形式。另外，除非另有说明，否则本文描述的结构还旨在包括仅在一个或多个同位素富集的原子存在上不同的化合物。例如，包括具有呈现的结构的化合物，除了用氘和/或氚替代氢，或用¹¹C、¹³C、和/或¹⁴C替代碳之外。此类化合物例如可用作生物学测定中的分析工具或探针。除非另有说明，否则化合物例如寡核苷酸等包括其盐。

在一些实施例中，所提供的化合物是同位素标记的。在一些实施例中，标记的化合物可用于诊断、检测、一种或多种特性的调节、活性的调节等。在一些实施例中，同位素标记选自²H、³H、¹¹C、¹³C、¹⁴C、¹⁵N、¹⁸O、³²P、³⁵S等。在一些实施例中，同位素标记选自²H、³H、¹¹C、¹³C、¹⁴C、¹⁵N、¹⁸O、³²P、和³⁵S。在一些实施例中，同位素是稳定的同位素。在一些实施例中，同位素选自²H、¹³C、¹⁵N、和¹⁸O。在一些实施例中，同位素是放射性的。在一些实施例中，同位素选自³H、³²P、和³⁵S。在一些实施例中，所提供的化合物包含²H标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含³H标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含¹¹C标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含¹³C标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含¹⁴C标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含¹⁵N标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含¹⁸O标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含³²P标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含³⁵S标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含一种且不超过一种类型的同位素标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含两种或更多种类型的同位素标记。在一些实施例中，所提供的化合物包含一种或多种类型的同位素标记，其各自独立地富集至少1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、100、1,000、5,000、10,000或更多倍或天然水平。在一些实施例中，标记具有至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或99.5％的原子％。在一些实施例中，标记具有至少1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或99.5％的原子％。在一些实施例中，在一个或多个位置处的基本上所有原子都被标记(原子％大于99％)。

本文所述或本领域已知的各种方法可用于确认或鉴定寡核苷酸骨架的立体化学模式和/或特定核苷酸间键联的立体化学，和/或确定一个或多个手性核苷酸间键联的非对映选择性。作为非限制性实例，有用的技术包括：NMR(例如，ID(一维)和/或2D(二维)¹H-³¹PHETCOR(异核相关光谱))HPLC、RP-HPLC、质谱、LC-MS、和/或立体特异性核酸酶。在一些实施例中，立体特异性核酸酶包括：全能核酸酶(benzonase)、微球菌核酸酶、和svPDE(蛇毒磷酸二酯酶)，其对Rp构型中的核苷酸间键联(例如，Rp构型中的PS)具有特异性；和核酸酶P1、绿豆核酸酶、和核酸酶S1，其对Sp构型中的核苷酸间键联(例如，Sp构型中的PS)具有特异性。不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，在至少一些情况下，特定的核酸酶的立体定向性可以通过修饰(例如，2’-修饰)糖、通过碱基序列、或通过立体化学上下文来改变。例如，在至少一些情况中，全能核酸酶和微球菌核酸酶(其对Rp核苷酸间键联具有特异性)两者均能够裂解分离的PS Rp核苷酸间键联(侧面为PS Sp核苷酸间键联)。

在一些实施例中，在本披露的化合物或结构中，杂原子是硼、氧、硫、氮、磷或硅(包括它们的氧化形式、盐形式等)。在一些实施例中，杂原子是氧、硫、氮、磷或硅。在一些实施例中，杂原子是氧、硫、氮或磷。在一些实施例中，杂原子是氧、硫、氮或硅。在一些实施例中，杂原子是氧、硫或氮。在一些实施例中，每个杂原子独立地是硼、氧、硫、氮、磷或硅(包括它们的氧化形式、盐形式等)。在一些实施例中，每个杂原子独立地是氧、硫、氮、磷或硅。在一些实施例中，每个杂原子独立地是氧、硫、氮、或磷。在一些实施例中，每个杂原子独立地是氧、硫、氮、或硅。在一些实施例中，每个杂原子独立地是氧、硫、或氮。

除其他事项之外，本披露提供了以下示例实施例：

1.一种用于制备包含多种寡核苷酸的组合物的方法，所述方法包括：

(1)偶联步骤；

(2)任选地，修饰前加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)任选地，修饰后加帽步骤；以及

(5)任选地解封步骤。

2.一种用于制备包含多种寡核苷酸的组合物的方法，所述方法包括：

(1)偶联步骤，其包括：

(2)任选地，修饰前加帽步骤，其包括：

使偶联产物组合物与修饰前加帽试剂体系接触；以及

将所述偶联产物组合物的一个或多个官能团加帽；

(3)修饰步骤，其包括：

(4)任选地，修饰后加帽步骤，其包括：

使修饰产物组合物与修饰后加帽试剂体系接触；以及

其中所述修饰后加帽步骤提供了包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸的修饰后加帽产物组合物；以及

(5)任选地，解封步骤，其包括：

3.如前述实施例中任一项所述的方法，其包括修饰前加帽步骤。

4.如前述实施例中任一项所述的方法，其包括修饰后加帽步骤。

5.如前述实施例中任一项所述的方法，其包括解封步骤。

6.如前述实施例中任一项所述的方法，其包括重复(1)至(5)多次。

7.一种用于制备包含多种寡核苷酸的组合物的方法，所述方法包括一个或多个循环，每个循环独立地包括：

(1)偶联步骤；

(2)任选地，修饰前加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)任选地，修饰后加帽步骤；以及

(5)任选地解封步骤。

8.一种用于制备包含多种寡核苷酸的组合物的方法，所述方法包括一个或多个循环，每个循环独立地包括：

(1)偶联步骤，其包括：

(2)任选地，修饰前加帽步骤，其包括：

使偶联产物组合物与修饰前加帽试剂体系接触；以及

将所述偶联产物组合物的一个或多个官能团加帽；

(3)修饰步骤，其包括：

(4)任选地，修饰后加帽步骤，其包括：

使修饰产物组合物与修饰后加帽试剂体系接触；以及

(5)任选地，解封步骤，其包括：

9.如实施例7-8中任一项所述的方法，其包括将所述循环重复一次或多次直到实现寡核苷酸长度。

10.如实施例7-9中任一项所述的方法，其中一个或多个循环包括修饰前加帽步骤。

11.如实施例7-10中任一项所述的方法，其中一个或多个循环包括修饰后加帽步骤。

12.如实施例7-11中任一项所述的方法，其中一个或多个循环包括解封步骤。

13.如实施例7-12中任一项所述的方法，其中一个或多个循环不包括修饰前加帽步骤。

14.如实施例7-13中任一项所述的方法，其中一个或多个循环不包括修饰后加帽步骤。

15.如实施例13-14中任一项所述的方法，其中所述循环中的一个或多个独立地包括形成非手性控制的核苷酸间键联的偶联步骤。

16.如实施例15所述的方法，其中所述非手性控制的核苷酸间键联具有式VII-b或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。

17.如实施例16所述的方法，其中所述非手性控制的核苷酸间键联具有式VII-b或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN。

18.如实施例13-17中任一项所述的方法，其中所述循环中的一个或多个独立地包括偶联步骤，其中所述偶联配偶体是不包含除糖和磷中的那些之外的手性元素的亚磷酰胺。

19.如实施例13-18中任一项所述的方法，其中所述循环中的一个或多个独立地包括偶联步骤，其中所述偶联配偶体是不含有手性助剂的亚磷酰胺。

20.如实施例13-19中任一项所述的方法，其中所述循环中的一个或多个包括形成非手性控制的核苷酸间键联的修饰步骤。

21.如实施例20所述的方法，其中所述非手性控制的核苷酸间键联具有式VII或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。

22.如实施例21所述的方法，其中所述非手性控制的核苷酸间键联具有式VII或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN。

23.如实施例13-22中任一项所述的方法，其中所述循环中的一个或多个包括形成手性控制的核苷酸间键联的偶联步骤。

24.如实施例13-23中任一项所述的方法，其中所述循环中的一个或多个包括形成手性控制的核苷酸间键联的修饰步骤。

25.如实施例7-23中任一项所述的方法，其中一个或多个循环包括修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤。

26.如实施例7-25中任一项所述的方法，其中一个或多个循环包括修饰前加帽步骤，其后紧接着是修饰步骤，其后紧接着是修饰后加帽步骤。

27.如实施例25-26中任一项所述的方法，其中所述循环中的一个或多个各自独立地包括形成手性控制的核苷酸间键联的偶联步骤。

28.如实施例25-26中任一项所述的方法，其中所述循环各自独立地包括形成手性控制的核苷酸间键联的偶联步骤。

29.如实施例23、27或28所述的方法，其中所述手性控制的核苷酸间键联具有式VII或NL-III，其中P^L是P，并且-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶中的至少一个是-H。

30.如实施例29所述的方法，其中R⁶是-H。

31.如实施例25-30中任一项所述的方法，其中所述循环中的一个或多个各自独立地包括形成手性控制的核苷酸间键联的修饰步骤。

32.如实施例25-30中任一项所述的方法，其中所述循环各自独立地包括形成手性控制的核苷酸间键联的修饰步骤。

33.如实施例24、31或32所述的方法，其中所述手性控制的核苷酸间键联具有式VII或NL-III，其中P^L是P(＝O)、P(＝S)或P^N，并且-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

34.如实施例33所述的方法，其中R⁶是-C(O)R’。

35.如实施例34所述的方法，其中R’是-CH₃。

36.如前述实施例中任一项所述的方法，其中：

所述方法包括修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤二者，其中在所述修饰前加帽步骤与修饰后加帽步骤之间不存在除修饰步骤之外的步骤；或

所述方法包括修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤二者，其中在所述修饰前加帽步骤与修饰后加帽步骤之间除了修饰步骤之外没有其他步骤，其中修饰前加帽试剂体系不同于修饰后试剂体系；或

所述方法包括修饰前加帽步骤和修饰步骤；或

所述方法包括修饰后加帽步骤；或

所述方法包括偶联步骤、修饰步骤、以及在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的一个或多个修饰前加帽步骤，其中对于所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的至少一个修饰前加帽步骤，其修饰前加帽试剂体系不包含酯化催化剂，并且不包含当所述修饰前加帽试剂体系接触多种有待加帽的寡核苷酸时转化成酯化催化剂的试剂；或

所述方法包括偶联步骤、修饰步骤、以及在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的一个或多个修饰前加帽步骤，其中对于在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个修饰前加帽步骤，与羟基相比，所述修饰前加帽步骤选择性地将氨基加帽。

37.如前述实施例中任一项所述的方法，其中：

所述方法包括修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤二者，其中在所述修饰前加帽步骤与修饰后加帽步骤之间除了修饰步骤之外没有其他步骤，其中修饰后加帽步骤包括接触修饰产物组合物，所述修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述修饰产物寡核苷酸各自独立地包含键合至非氧原子上的键联磷；或

所述方法包括：修饰前加帽步骤，其中所述修饰前加帽试剂体系将多种偶联产物寡核苷酸的多个非羟基基团加帽；以及包括硫化的修饰步骤，所述硫化提供了包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物，所述修饰产物寡核苷酸各自独立地包含P＝S部分；或

所述方法包括修饰后加帽步骤，所述步骤包括接触包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物，所述修饰产物寡核苷酸各自独立地包含键联，所述键联包括至少一个手性控制的手性中心，因为在所述修饰产物组合物内包括所述手性中心并且具有相同组成的低聚化合物的至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％在所述手性中心具有相同的立体化学构型；或

所述方法包括修饰后加帽步骤，和包含手性配偶体化合物的偶联试剂体系，所述手性配偶体化合物包含所述低聚化合物的单体单元，其中所述手性配偶体化合物包含不在所述单体单元内的手性原子；或

所述方法包括偶联步骤、修饰步骤、以及在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的一个或多个修饰前加帽步骤，其中对于所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个修饰前加帽步骤，其修饰前加帽试剂体系不包含酯化催化剂，并且不包含当所述修饰前加帽试剂体系接触多种有待加帽的寡核苷酸时转化成酯化催化剂的试剂；或

38.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法包括修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤二者，其中在所述修饰前加帽步骤与修饰后加帽步骤之间除了修饰步骤之外没有其他步骤，其中修饰后加帽步骤包括接触修饰产物组合物，所述修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述修饰产物寡核苷酸各自独立地包含键合至非氧原子上的键联磷。

39.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法包括修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤二者，其中在所述修饰前加帽步骤与修饰后加帽步骤之间除了修饰步骤之外没有其他步骤，其中修饰前加帽试剂体系不同于修饰后试剂体系。

40.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法包括：修饰前加帽步骤，其中所述修饰前加帽试剂体系将多种偶联产物寡核苷酸的多个非羟基基团加帽；以及包括硫化的修饰步骤，所述硫化提供了包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物，所述修饰产物寡核苷酸各自独立地包含P＝S部分。

41.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法包括：修饰前加帽步骤，其中所述修饰前加帽试剂体系将多种偶联产物寡核苷酸的多个非羟基基团加帽；以及修饰步骤，所述修饰步骤提供了包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物，所述修饰产物寡核苷酸各自独立地包含P^N部分。

42.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法包括修饰后加帽步骤，所述步骤包括接触包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物，所述修饰产物寡核苷酸各自独立地包含键联，所述键联包括至少一个手性控制的手性中心，因为在所述修饰产物组合物内包括所述手性中心并且具有相同组成的低聚化合物的至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％在所述手性中心具有相同的立体化学构型。

43.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法包括修饰后加帽步骤，和包含手性配偶体化合物的偶联试剂体系，所述手性配偶体化合物包含所述低聚化合物的单体单元，其中所述手性配偶体化合物包含不在所述单体单元内的手性原子。

44.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法包括偶联步骤、修饰步骤、以及在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的一个或多个修饰前加帽步骤，其中对于所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个修饰前加帽步骤，其修饰前加帽试剂体系不包含酯化催化剂，并且不包含当所述修饰前加帽试剂体系接触多种有待加帽的寡核苷酸时转化成酯化催化剂的试剂。

45.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法包括偶联步骤、修饰步骤、以及在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的一个或多个修饰前加帽步骤，其中对于在所述偶联步骤与所述修饰步骤之间的每个修饰前加帽步骤，与羟基相比，所述修饰前加帽步骤选择性地将氨基加帽。

46.一种用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括：

在修饰步骤之后但在下一个解封步骤或下一个偶联步骤之前的修饰后加帽步骤。

47.一种用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括一个或多个循环，所述循环各自独立地包括：

紧接在包括硫化或氧化的修饰步骤之前的修饰前加帽步骤，以及紧接在修饰步骤之后的修饰后加帽步骤。

48.一种用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括：

提供包含手性键联磷原子的寡核苷酸中间体，所述手性键联磷原子与不在核苷单元内的手性中心键合；以及

49.如实施例46-48中任一项所述的实施例，其中所述修饰后加帽步骤是实施例2所述的修饰后加帽步骤。

50.如实施例46-49中任一项所述的实施例，包括偶联步骤。

51.如实施例46-49中任一项所述的实施例，包括实施例2所述的偶联步骤。

52.如实施例46-51中任一项所述的实施例，包括修饰前加帽步骤。

53.如实施例46-51中任一项所述的实施例，包括实施例2所述的修饰前加帽步骤。

54.如实施例46-53中任一项所述的实施例，包括修饰步骤。

55.如实施例46-53中任一项所述的实施例，包括实施例2所述的修饰步骤。

56.如实施例46-55中任一项所述的实施例，包括解封步骤。

57.如实施例46-55中任一项所述的实施例，包括实施例2所述的解封步骤。

58.一种用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括一个或多个循环，所述循环各自独立地包括以下步骤：

(1)偶联；

(2)任选地，修饰前加帽；

(3)修饰步骤；

(4)任选地，修饰后加帽；以及

(5)解封。

59.如实施例58所述的方法，其中所述偶联步骤是实施例2所述的偶联步骤。

60.如实施例58-59中任一项所述的方法，包括修饰前加帽步骤，其中所述修饰前加帽步骤是实施例2所述的修饰前加帽步骤。

61.如实施例58-60中任一项所述的方法，包括修饰步骤，其中所述修饰步骤是实施例2所述的修饰前加帽步骤。

62.如实施例58-59中任一项所述的方法，包括修饰后加帽步骤，其中所述修饰后加帽步骤是实施例2所述的修饰前加帽步骤。

63.如实施例58-59中任一项所述的方法，包括修饰后解封步骤，其中所述解封步骤是实施例2所述的修饰前加帽步骤。

64.一种用于寡核苷酸合成的方法，所述方法包括：

在偶联步骤之后且在下一个修饰步骤之前的一个或多个修饰前加帽步骤，

其中与酯化相比，在偶联步骤之后且在下一个修饰步骤之前的每个修饰前加帽步骤的加帽条件独立地对于酰胺化是选择性或特异性的。

65.一种用于寡核苷酸合成的方法，所述方法包括：

其中在偶联步骤之后且在下一个修饰步骤之前的每个修饰前加帽步骤独立地不包含强亲核试剂，或者如果其包含一种或多种强亲核试剂，则所述一种或多种强亲核试剂各自的水平与适当的参考加帽条件相比独立地降低。

66.一种用于寡核苷酸合成的方法，所述方法包括：

其中在偶联步骤之后且在下一个修饰步骤之前的每个修饰前加帽步骤独立地不包含强亲核试剂，或者如果其包含一种或多种强亲核试剂，则所述一种或多种强亲核试剂各自的水平相对于所述寡核苷酸的第一结合的核苷独立地不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、或1当量。

67.一种用于寡核苷酸合成的方法，所述方法包括：

其中在偶联步骤之后且在下一个修饰步骤之前的每个修饰前加帽步骤独立地不包含酯化催化剂，或者如果其包含一种或多种酯化催化剂，则所述一种或多种酯化催化剂各自的水平与适当的参考加帽条件相比独立地降低。

68.一种用于寡核苷酸合成的方法，所述方法包括：

其中在偶联步骤之后且在下一个修饰步骤之前的每个修饰前加帽步骤独立地不包含酯化催化剂，或者如果其包含一种或多种酯化催化剂，则所述一种或多种酯化催化剂各自的水平相对于所述寡核苷酸的第一结合的核苷独立地不超过约0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、或1当量。

69.如实施例64-68中任一项所述的实施例，其中所述修饰前加帽步骤是实施例2所述的修饰前加帽步骤。

70.如实施例64-69中任一项所述的实施例，其中所述偶联步骤是实施例2所述的偶联步骤。

71.如实施例64-70中任一项所述的实施例，其中所述修饰步骤是实施例2所述的修饰步骤。

72.如实施例64-71中任一项所述的实施例，包括修饰后加帽步骤。

73.如实施例64-72中任一项所述的实施例，包括实施例2所述的修饰后加帽步骤。

74.如实施例64-73中任一项所述的实施例，包括解封步骤。

75.如实施例64-74中任一项所述的实施例，包括实施例2所述的解封步骤。

76.如前述实施例中任一项所述的方法，包括偶联步骤，其中将多种解封的寡核苷酸或核苷负载在载体上。

77.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对于每个偶联步骤，将所述多种解封的寡核苷酸或核苷负载在载体上。

78.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封的寡核苷酸的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐的结构。

79.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对于每个偶联步骤，所述多种解封的寡核苷酸的每种寡核苷酸独立地具有式O-I的结构。

80.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封的寡核苷酸的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐的结构，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个P^L不是P。

81.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封的寡核苷酸的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐的结构，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N。

82.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封的寡核苷酸的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐的结构，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地不含有游离氨基。

83.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封闭的寡核苷酸中的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐形式的结构，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶中至少一个是-C(O)R’。

84.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封闭的寡核苷酸中的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐形式的结构，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，其中L⁷是-O-；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶中至少一个是-C(O)R’。

85.如实施例83或84所述的方法，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)CH₃。

86.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封的寡核苷酸的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐的结构，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个X独立地是-O-或-S-。

87.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封的寡核苷酸的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐的结构，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中Y和Z各自是-O-。

88.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封的寡核苷酸的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐的结构，其中每个-X-L^s-R⁵独立地不含有游离氨基。

89.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述多种解封的寡核苷酸的每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐的结构，其中每个R^5s是-OH。

90.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种解封的寡核苷酸的解封的寡核苷酸组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。

91.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种解封的寡核苷酸的解封的寡核苷酸组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述解封的产物组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的不少于((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

92.如前述实施例中任一项所述的方法，解封的寡核苷酸或核苷的游离羟基是5’-OH。

93.如前述实施例中任一项所述的方法，其中配偶体化合物是核苷亚磷酰胺，其中糖单元的每个-OH被独立地封闭。

94.如前述实施例中任一项所述的方法，其中配偶体化合物包含具有

结构的核苷单元，其中R^5s是-OR，其中R不是-H。

95.如前述实施例中任一项所述的方法，其中配偶体化合物包含具有

结构的核苷单元，其中R^5s是-OR，其中R是DMTr。

96.如前述实施例中任一项所述的方法，其中配偶体化合物具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e，或是其盐。

97.如前述实施例中任一项所述的方法，其中配偶体化合物是式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的亚磷酰胺、或其盐，其中P^L是P。

98.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对于每个偶联步骤，配偶体化合物是式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的亚磷酰胺、或其盐，其中P^L是P。

99.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联试剂体系包含配偶体化合物和活化剂。

100.如前述实施例中任一项所述的方法，其中活化剂是任选地取代的四唑。

101.如实施例1-97中任一项所述的方法，其中活化剂选自氰甲基咪唑三氟甲烷磺酸盐、氰甲基吡咯烷三氟甲烷磺酸盐、ETT、苯基(2H-四唑-5-基)甲酮、2-(二甲基氨基)乙腈/三氟磺酸(2/1)、2-(1H-咪唑-1-基)乙腈/三氟磺酸(2/1)和2-(吡咯烷-1-基)乙腈/三氟磺酸(2/1)。

102.如前述实施例中任一项所述的方法，其中活化剂是CMIMT。

103.如前述实施例中任一项所述的方法，包括偶联步骤，其中活化剂是CMIMT，并且配偶体具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e，或是其盐。

104.如前述实施例中任一项所述的方法，包括偶联步骤，其中活化剂是CMIMT，并且配偶体化合物是非对映异构体纯的。

105.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对于其中配偶体化合物是非对映异构体纯的每个偶联步骤，活化剂是CMIMT。

106.如前述实施例中任一项所述的方法，其中活化剂是CMPT。

107.如前述实施例中任一项所述的方法，包括偶联步骤，其中活化剂是CMPT，并且配偶体具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e，或是其盐。

108.如实施例1-107中任一项所述的方法，包括偶联步骤，其中活化剂是CMPT，并且配偶体化合物是非对映异构体纯的。

109.如前述实施例中任一项所述的方法，其中活化剂是ETT。

110.如前述实施例中任一项所述的方法，包括偶联步骤，其中活化剂是ETT，并且配偶体具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e，或是其盐。

111.如前述实施例中任一项所述的方法，包括偶联步骤，其中活化剂是ETT，并且配偶体化合物具有式IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、或IVa-e，或是其盐。

112.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每个偶联步骤独立地形成式VII-b的核苷酸间键联或其盐形式。

113.如前述实施例中任一项所述的方法，其中一个或多个偶联步骤各自独立地形成手性控制的核苷酸间键联。

114.如前述实施例中任一项所述的方法，其中一个或多个偶联步骤各自独立地形成手性控制的核苷酸间键联，其中每个手性控制的键联磷(手性控制的核苷酸间键联的键联磷)在所述偶联产物组合物内独立地具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的非对映异构体纯度。

115.如前述实施例中任一项所述的方法，其中一个或多个偶联步骤各自独立地形成非手性控制的核苷酸间键联。

116.如前述步骤中任一项所述的方法，其中偶联步骤提供了包含多种偶联产物寡核苷酸的偶联产物组合物，其中每种偶联产物寡核苷酸独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

117.如前述步骤中任一项所述的方法，其中每个偶联步骤提供了包含多种偶联产物寡核苷酸的偶联产物组合物，其中每种偶联产物寡核苷酸独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

118.如实施例116-117中任一项所述的方法，其中对于偶联步骤，偶联产物寡核苷酸的式O-I的z(z^CP)大于对应的解封的寡核苷酸的式O-I的z(z^DB)。

119.如实施例116-117中任一项所述的方法，其中对于偶联步骤，z^CP＝z^DB+1。

120.如前述步骤中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种偶联产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地是式VII-b的核苷酸间键联或其盐形式。

121.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种偶联产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中未键合至

的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个P^L独立地不是P。

122.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种偶联产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中未键合至

的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N。

123.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种偶联产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-H。

124.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对于至少一个偶联步骤，多种偶联产物寡核苷酸是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中键合至

的L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹。

125.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对于至少一个偶联步骤，多种偶联产物寡核苷酸是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中键合至

的L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-H。

126.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种偶联产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中未键合至

的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^sR⁵独立地是-L⁷-R¹，或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R。

127.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种偶联产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中未键合至

的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式并且不含有游离伯氨基或仲氨基。

128.如实施例126所述的方法，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)CH₃。

129.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种偶联产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个X独立地是-O-或-S-。

130.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种偶联产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中Y和Z各自是-O-。

131.如前述实施例中任一项所述的方法，包括偶联步骤，其中所述偶联步骤提供了包含多种偶联产物寡核苷酸的偶联产物组合物，其中所述偶联产物各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

132.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每个偶联步骤独立地提供了包含多种偶联产物寡核苷酸的偶联产物组合物，其中所述偶联产物备自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

133.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。

134.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种偶联产物寡核苷酸，并且所述包含所述多种寡核苷酸的偶联产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述偶联产物组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

135.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地包含游离-OH。

136.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每种偶联产物组合物包含多种寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地包含游离-OH。

137.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联产物组合物包含多种解封的寡核苷酸或核苷，所述寡核苷酸或核苷各自独立地包含游离-OH。

138.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每种偶联产物组合物包含多种解封的寡核苷酸或核苷，所述寡核苷酸或核苷各自独立地包含游离-OH。

139.如实施例135-138中任一项所述的方法，其中所述游离-OH是游离5’-OH。

140.如前述实施例中任一项所述的方法，其中一个偶联步骤的所述偶联试剂体系与所述解封的组合物的接触时间与另一个不同。

141.如前述实施例中任一项所述的方法，其中偶联步骤包括重复所述接触，每次独立地与相同或不同的偶联试剂体系接触。

142.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含酰化剂。

143.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂具有式R’-C(O)-L^s-R^s。

144.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂具有式R’-C(O)-L^s-R^s，其中R’-C(O)-键合至-L^s-R^s的杂原子。

145.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂具有式R’-C(O)-L^s-R^s，其中R’-C(O)-键合至-L^s-R^s的氧、氮、卤素或硫。

146.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂是酸酐。

147.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂是R-NCO。

148.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂是Ph-NCO。

149.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含POS，其任选地修饰核苷酸间键联并且加帽。

150.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含碱。

151.如实施例147所述的方法，其中碱具有式N(R³)，其中所述氮原子不具有α-取代。

152.如实施例147所述的方法，其中碱是任选地取代的吡啶。

153.如实施例147所述的方法，其中碱是取代的吡啶，其包含在2’-和6’-位的取代基。

154.如实施例147所述的方法，其中碱是吡啶。

155.如实施例147所述的方法，其中碱是2，6-二甲基吡啶。

156.如实施例147所述的方法，其中碱是2，6-二甲基吡啶。

157.如实施例147所述的方法，其中碱是三乙胺。

158.如实施例147所述的方法，其中碱是DIEA。

159.如实施例147所述的方法，其中碱是N-甲基吗啉。

160.如实施例147所述的方法，其中碱是2-(二甲基氨基)乙腈。

161.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系不包含强亲核试剂，并且不包含当与偶联产物组合物接触时可以提供强亲核试剂的试剂。

162.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系不包含酯化催化剂，并且不包含当与偶联产物组合物接触时可以提供酯化催化剂的试剂。

163.如前述实施例中任一项所述的方法，其中强亲核试剂或酯化催化剂是DMAP或NMI。

164.如前述实施例中任一项所述的方法，其中强亲核试剂或酯化催化剂是NMI。

165.如前述实施例中任一项所述的方法，其中强亲核试剂或酯化催化剂是DMAP。

166.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含强亲核试剂，或当与偶联产物组合物接触时可以提供强亲核试剂的试剂。

167.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系包含酯化催化剂，或当与偶联产物组合物接触时可以提供强亲核试剂的试剂。

168.如前述实施例中任一项所述的方法，其中强亲核试剂或酯化催化剂是DMAP或NMI。

169.如前述实施例中任一项所述的方法，其中强亲核试剂或酯化催化剂是NMI。

170.如前述实施例中任一项所述的方法，其中强亲核试剂或酯化催化剂是DMAP。

171.如实施例166-170中任一项所述的方法，其中所述修饰前加帽试剂体系包含降低水平的每种强亲核试剂、当与偶联产物组合物接触时可提供强亲核试剂的每种试剂、每种酯化催化剂和当与偶联产物组合物接触时可提供酯化催化剂的每种试剂，所述降低水平相对于所述酰化剂、所述碱或所述偶联产物组合物的所述多种产物寡核苷酸独立地不超过0.01、0.02、0.05、0.1、0.2、0.5、1、1.1、1.2、1.5、或2当量。

172.如实施例171所述的方法，其中降低水平相对于所述修饰前加帽试剂体系的所有酰化剂独立地不超过0.01、0.02、0.05、0.1、0.2或0.5当量。

173.如实施例171所述的方法，其中降低水平相对于所述修饰前加帽试剂体系的所有碱独立地不超过0.01、0.02、0.05、0.1、0.2或0.5当量。

174.如实施例171所述的方法，其中降低水平相对于所述偶联产物组合物的所述多种产物寡核苷酸独立地不超过0.01、0.02、0.05、0.1、0.2或0.5当量。

175.如前述实施例中任一项所述的方法，其中与酯化相比，修饰前加帽步骤对于酰胺化是选择性的。

176.如前述实施例中任一项所述的方法，其中与游离羟基的酯化加帽相比，修饰前加帽步骤对于伯氨基和仲氨基的加帽是选择性的。

177.如前述实施例中任一项所述的方法，其中与游离羟基的加帽相比，修饰前加帽步骤对于伯氨基和仲氨基的加帽是选择性的，因为在包含以下项的体系中：

多种偶联产物寡核苷酸，其中每种偶联产物独立地是包含一个或多个式VII的核苷酸间键联的寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-H；

和多种寡核苷酸，其各自独立地包含游离的5’-OH基团；

当式VII的核苷酸间键联中的至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％-X-L^s-R⁵基团-其中-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-H-通过酰胺化转化成对应的-X-L^s-R⁵基团-其中-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R时，不超过1％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％的游离羟基被转化成-O-C(O)R。

178.如实施例177所述的方法，其中不超过1％、5％、10％、20％、30％、40％、或50％的游离羟基被转化成-O-C(O)R。

179.如实施例1-174中任一项所述的方法，其中修饰前加帽步骤将偶联产物组合物的游离羟基的至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％加帽。

180.如实施例1-174中任一项所述的方法，其中修饰前加帽步骤将偶联产物组合物的寡核苷酸的游离5-OH的至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％加帽。

181.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述修饰前加帽步骤将一个或多个氨基加帽。

182.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽步骤将偶联产物组合物的游离伯氨基和仲氨基的至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％加帽。

183.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述修饰前加帽步骤将多种偶联产物寡核苷酸的一个或多个氨基加帽，所述偶联产物寡核苷酸各自独立地是偶联产物组合物的寡核苷酸。

184.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽步骤包括：

使偶联产物组合物与第一修饰前加帽体系接触；以及

使偶联产物组合物与第二修饰前加帽体系接触。

185.如实施例184所述的方法，其中所述第一和第二修饰前加帽体系是不同的。

186.如实施例184所述的方法，其中与羟基相比，所述第一修饰前加帽试剂体系对氨基加帽是选择性的，并且所述第二修饰前加帽试剂体系有效地将氨基和羟基二者加帽。

187.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系是以下项的溶液：

吡啶/DMAP/Ac₂O；

2，6-二甲基吡啶/NMI/Ac₂O；

2，4，6-三甲吡啶/Ac₂O；

三乙胺/Ac₂O；

DIEA/Ac₂O；

N-甲基吗啉/Ac₂O；

2，6-二甲基吡啶，然后在一段时间后，NMI/Ac₂O；

2，6-二甲基吡啶/Ac₂O；

PhNCO/2，6-二甲基吡啶；

POS；

POS然后NMI/2，6-二甲基吡啶/Ac₂O；或

2-(二甲氨基)乙腈/Ac₂O。

188.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系是以下项的溶液：

吡啶(2当量)/DMAP(催化)/Ac₂O(4当量)；

2，6-二甲基吡啶(2当量)/NMI(0.25当量)/Ac₂O(4当量)；

2，4，6-三甲吡啶/Ac₂O(4当量)；

三乙胺/Ac₂O(4当量)；

DIEA/Ac₂O(4当量)；

N-甲基吗啉/Ac₂O(4当量)；

2，6-二甲基吡啶/Ac₂O(4当量)；

PhNCO/2，6-二甲基吡啶；

POS(氧化和前加帽二者)；

POS(氧化和前加帽二者)然后NMI/2，6-二甲基吡啶/Ac₂O；或

2-(二甲氨基)乙腈/Ac₂O。

189.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系是2，6-二甲基吡啶/Ac₂O的溶液。

190.如实施例187-189中任一项所述的方法，其中修饰前加帽试剂体系是乙腈中的溶液。

191.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰前加帽步骤提供了包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸的修饰前加帽组合物，其中每种修饰前加帽产物独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

192.如前述步骤中任一项所述的方法，其中每个修饰前加帽步骤提供了包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸的修饰前加帽产物组合物，其中每种修饰前加帽产物独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

193.如实施例191-192中任一项所述的方法，其中对于修饰前加帽步骤，修饰前加帽产物寡核苷酸的式O-I的z(z^PR)与对应的偶联产物寡核苷酸的式O-I的z(z^CP)是相同的。

194.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地是式VII-b的核苷酸间键联或其盐形式。

195.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中未键合至

196.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中未键合至

197.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

198.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对于至少一个修饰前加帽步骤，多种修饰前加帽产物寡核苷酸是式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中键合至

的L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹。

199.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对于至少一个修饰前加帽步骤，多种修饰前加帽产物寡核苷酸是式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中键合至

的L^P独立地具有式VII-b或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R。

200.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中未键合至

的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R。

201.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中未键合至

202.如实施例126所述的方法，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)CH₃。

203.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个X独立地是-O-或-S-。

204.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中Y和Z各自是-O-。

205.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述修饰前加帽步骤提供了包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸的修饰前加帽产物组合物，其中所述修饰前加帽产物各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

206.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每个修饰前加帽步骤独立地提供了包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸的修饰前加帽产物组合物，其中所述修饰前加帽产物各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

207.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸的修饰前加帽产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。

208.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸的修饰前加帽产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述修饰前加帽产物组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

209.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地包含游离-OH。

210.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每种修饰前加帽产物组合物包含多种寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地包含游离-OH。

211.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽产物组合物包含多种解封的寡核苷酸或核苷，所述寡核苷酸或核苷各自独立地包含游离-OH。

212.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每种修饰前加帽产物组合物包含多种解封的寡核苷酸或核苷，所述寡核苷酸或核苷各自独立地包含游离-OH。

213.如实施例209-212中任一项所述的方法，其中所述游离-OH是游离5’-OH。

214.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰前加帽步骤包括重复所述接触，每次独立地与相同或不同的修饰前加帽试剂体系接触。

215.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括接触偶联产物组合物并修饰一种或多种偶联产物寡核苷酸的一个或多个核苷酸间键联，以提供包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物。

216.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括接触偶联产物组合物并修饰一种或多种偶联产物寡核苷酸的一个或多个核苷酸间键联，以提供包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物。

217.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括修饰在紧邻在前的偶联步骤中形成的核苷酸间键联。

218.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括修饰5’-端核苷酸间键联。

219.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括修饰其键联磷是-P(-)-的核苷酸间键联。

220.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括修饰式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中P^L是P。

221.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括修饰式VII的核苷酸间键联或其盐-其中P^L是P-以形成式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L不是P。

222.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括修饰式VII的核苷酸间键联或其盐-其中P^L是P-以形成式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L是P(＝O)或(P＝S)或P^N。

223.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括修饰式VII的核苷酸间键联或其盐-其中P^L是P-以形成式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L是P(＝O)或(P＝S)。

224.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括修饰式O-I的寡核苷酸或其盐中的式VII的核苷酸间键联或其盐形式。

225.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括修饰式O-I的寡核苷酸或其盐中的式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中所述式VII的核苷酸间键联或其盐形式是键合至

的L^P。

226.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括：

修饰包含多种偶联产物寡核苷酸的偶联产物组合物，或包含多种修饰前加帽产物寡核苷酸的修饰前加帽产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐，其中键合至

的L^P是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中P^L是P；以及

提供包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐，其中键合至

的L^P是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中P^L不是P。

227.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括氧化。

228.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括氧化，所述氧化将-P(-)-键联磷原子转化成-P(＝O)(-)-键联磷原子。

229.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系是包含一种或多种氧化试剂的氧化试剂体系。

230.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系包含TBHP。

231.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系包含TBHP/癸烷/DCM。

232.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系包含TBHP/癸烷/DCM，其中TBHP的浓度是约1.1M。

233.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系包含I₂。

234.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系包含I₂/水/吡啶。

235.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系包含I₂/水/吡啶，其中I₂的浓度是约0.05M。

236.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括硫化，所述硫化包括将-P(-)-键联磷原子转化成-P(＝S)(-)-键联磷原子。

237.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括硫化，所述硫化包括将式VII-b的核苷酸间键联或其盐形式-其中X、Y和Z各自是-O--转化成式VII的核苷酸间键联或其盐-其中P^L是P(＝S)，并且X、Y和Z各自是-O-。

238.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括硫化，所述硫化包括将-P(-)-键联磷原子转化成-P(＝O)(-X-L^s-R⁵)-键联磷原子，其中X是-S-。

239.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括硫化，所述硫化包括将式VII-b的核苷酸间键联或其盐形式-其中X、Y和Z各自是-O--转化成式VII的核苷酸间键联或其盐-其中P^L是P(＝O)，并且X是-S-，Y是-O-，并且Z是-O-。

240.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括硫化，所述硫化包括将式VII-b的核苷酸间键联或其盐形式-其中X、Y和Z各自是-O-，并且-X-L^s-R⁵包括-Si(R)₃基团-转化成式VII的核苷酸间键联或其盐-其中P^L是P(＝O)，并且X是-S-，Y是-O-，并且Z是-O-。

241.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系是包含一种或多种硫化试剂的硫化试剂体系。

242.如前述实施例中任一项所述的方法，其中硫化试剂体系包含选自以下的硫化试剂：POS(3-苯基-1，2，4-二噻唑啉-5-酮)、DDTT(((二甲基氨基-亚甲基)氨基)-3H-1，2，4-二噻唑啉-3-硫酮)、DTD(二甲基秋兰姆二硫化物)、苍耳烷氢化物(XH)、S-(2-氰基乙基)甲烷硫代磺酸酯(MTS-CNE)或苯乙酰基二硫化物。

243.如实施例242所述的方法，其中硫化试剂是POS。

244.如实施例242所述的方法，其中硫化试剂是DDTT。

245.如实施例242所述的方法，其中硫化试剂是DTD。

246.如实施例242所述的方法，其中硫化试剂是苍耳烷氢化物。

247.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系是或包括乙腈中的POS。

248.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系是或包括乙腈中的POS，其中POS的浓度是约0.1M。

249.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系是或包括吡啶中的苍耳烷氢化物。

250.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系是或包括吡啶中的苍耳烷氢化物，其中苍耳烷氢化物的浓度是约0.2M。

251.如实施例246所述的方法，其中苍耳烷氢化物的浓度是约0.05-0.5M。

252.如实施例246所述的方法，其中苍耳烷氢化物的浓度是约0.1M。

253.如实施例246所述的方法，其中苍耳烷氢化物的浓度是约0.15M。

254.如实施例246所述的方法，其中苍耳烷氢化物的浓度是约0.2M。

255.如实施例246所述的方法，其中苍耳烷氢化物的浓度是约0.25M。

256.如实施例251-255中任一项所述的方法，其中溶剂是或包括吡啶。

257.如实施例251-256中任一项所述的方法，其中所述溶剂是或包括乙腈。

258.如实施例251-257中任一项所述的方法，其中所述溶剂包括吡啶和乙腈，并且吡啶：乙腈的比率是约5∶1至1∶5v/v，或约5∶1、4∶1、3∶1、2∶1、1∶1、1∶2、1∶3、1∶4或1∶5。

259.如实施例258所述的方法，其中所述吡啶∶乙腈的比率是约1∶1v/v。

260.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括将-P(-)-键联磷原子转化成-P(＝N-)(-)-键联磷原子。

261.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括将为P的P^L转化成为P^N的P^L。

262.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括将为P的P^L转化成

263.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括将为P的P^L转化成

264.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括将具有式VII-b的核苷酸间键联或其盐形式-其中X、Y和Z各自是-O--转化成具有式NL-III的核苷酸间键联或其盐-其中X、Y和Z各自是-O-。

265.如实施例261-264中任一项所述的方法，其中-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

266.如实施例265所述的方法，其中R⁶是-C(O)R’。

267.如实施例265所述的方法，其中R⁶是-C(O)CH₃。

268.如实施例260-267中任一项所述的方法，其中修饰试剂体系包含叠氮基咪唑啉盐。

269.如实施例268所述的方法，其中所述叠氮基咪唑啉盐是2-叠氮基-1，3-二甲基咪唑啉六氟磷酸盐。

270.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰步骤提供了包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰组合物，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

271.如前述步骤中任一项所述的方法，其中每个修饰步骤提供了包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

272.如实施例255-271中任一项所述的方法，其中对于修饰步骤，修饰产物寡核苷酸的式O-I的z(zMD)与对应的偶联产物寡核苷酸的式O-I的z(z^CP)或修饰前加帽产物寡核苷酸的式O-I的z(z^PR)相同。

273.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中P^L不是P。

274.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N。

275.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N，并且其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

276.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或PN，并且其中每个-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

277.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)，并且其中每个-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵。

278.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中键合至

的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)，并且其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹。

279.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式并且不含有游离伯氨基或仲氨基。

280.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中Y和Z各自是-O-。

281.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述修饰步骤提供了包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

282.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每个修饰步骤独立地提供了包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

283.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。

284.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种修饰产物寡核苷酸的修饰产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述修饰产物组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

285.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地包含游离-OH。

286.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每种修饰产物组合物包含多种寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地包含游离-OH。

287.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰产物组合物包含多种解封的寡核苷酸或核苷，所述寡核苷酸或核苷各自独立地包含游离-OH。

288.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每种修饰产物组合物包含多种解封的寡核苷酸或核苷，所述寡核苷酸或核苷各自独立地包含游离-OH。

289.如实施例285-288中任一项所述的方法，其中所述游离-OH是游离5’-OH。

290.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰步骤包括重复所述接触，每次独立地与相同或不同的修饰试剂体系接触。

291.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤将多个羟基加帽。

292.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤将多个5’-OH基团加帽。

293.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含酰化剂。

294.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂具有式R’-C(O)-L^s-R^s。

295.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂具有式R’-C(O)-L^s-R^s，其中R’-C(O)-键合至-L^s-R^s的杂原子。

296.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂具有式R’-C(O)-L^s-R^s，其中R’-C(O)-键合至-L^s-R^s的氧、氮、卤素或硫。

297.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂是酸酐。

298.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂是R-NCO。

299.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含酰化剂，其中所述酰化剂是Ph-NCO。

300.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含碱。

301.如实施例300所述的方法，其中碱具有式N(R³)，其中所述氮原子不具有α-取代。

302.如实施例300所述的方法，其中碱是任选地取代的吡啶。

303.如实施例300所述的方法，其中碱是取代的吡啶，其包含在2’-和6’-位的取代基。

304.如实施例300所述的方法，其中碱是吡啶。

305.如实施例300所述的方法，其中碱是2，6-二甲基吡啶。

306.如实施例300所述的方法，其中碱是2，6-二甲基吡啶。

307.如实施例300所述的方法，其中碱是三乙胺。

308.如实施例300所述的方法，其中碱是DIEA。

309.如实施例300所述的方法，其中碱是N-甲基吗啉。

310.如实施例300所述的方法，其中碱是2-(二甲基氨基)乙腈。

311.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含强亲核试剂，或当与偶联产物组合物接触时可以提供强亲核试剂的试剂。

312.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含酯化催化剂，或当与偶联产物组合物接触时可以提供强亲核试剂的试剂。

313.如前述实施例中任一项所述的方法，其中强亲核试剂或酯化催化剂是DMAP或NMI。

314.如前述实施例中任一项所述的方法，其中强亲核试剂或酯化催化剂是NMI。

315.如前述实施例中任一项所述的方法，其中强亲核试剂或酯化催化剂是DMAP。

316.如实施例166-170中任一项所述的方法，其中所述修饰后加帽试剂体系包含一种或多种选自强亲核试剂的试剂、一种或多种当与偶联产物组合物接触时可以提供一种或多种强亲核试剂的试剂、一种或多种酯化催化剂、以及一种或多种当与偶联产物组合物接触时可以提供一种或多种酯化催化剂的试剂，其中这样的一种或多种试剂的组合水平相对于所述酰化剂、所述碱或所述修饰产物组合物的所述多种产物寡核苷酸是至少0.2、0.5、1、1.1、1.2、1.5或2当量。

317.如实施例316所述的方法，其中所述水平相对于所述修饰后加帽试剂体系的所有酰化剂是至少0.2、0.5、1、1.1、1.2、1.5、或2当量。

318.如实施例316所述的方法，其中所述水平相对于所述修饰产物组合物的所述多种产物寡核苷酸是至少1、1.1、1.2、1.5、或2当量。

319.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤对于酰胺化和酯化是有效的。

320.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤对于将伯氨基和仲氨基加帽以及将游离羟基加帽是有效的，因为所述修饰后加帽步骤将所述修饰产物组合物中至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％伯氨基和仲氨基以及至80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％游离羟基加帽。

321.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤将修饰产物组合物的游离羟基的至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％加帽。

322.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤将修饰产物组合物的游离5’-OH基团的至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％加帽。

323.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述修饰后加帽步骤将一个或多个氨基加帽。

324.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤将偶联产物组合物的游离伯氨基和仲氨基的至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％加帽。

325.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤包括：

使偶联产物组合物与第一修饰后加帽体系接触；以及

使偶联产物组合物与第二修饰后加帽体系接触。

326.如实施例184所述的方法，其中所述第一和第二修饰后加帽体系是不同的。

327.如实施例326所述的方法，其中与羟基相比，所述第一修饰后加帽试剂体系对氨基加帽是选择性的，并且所述第二修饰后加帽试剂体系有效地将氨基和羟基二者加帽。

328.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含：

吡啶/DMAP/Ac₂O；

2，6-二甲基吡啶/NMI/Ac₂O；

2，4，6-三甲吡啶/Ac₂O；

三乙胺/Ac₂O；

DIEA/Ac₂O；

N-甲基吗啉/Ac₂O；

2，6-二甲基吡啶，然后在一段时间后，NMI/Ac₂O；

2，6-二甲基吡啶/Ac₂O；

PhNCO/2，6-二甲基吡啶；或

2-(二甲氨基)乙腈/Ac₂O。

329.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系包含：

吡啶(2当量)/DMAP(催化)/Ac₂O(4当量)；

2，6-二甲基吡啶(2当量)/NMI(0.25当量)/Ac₂o(4当量)；

2，4，6-三甲吡啶/Ac₂O(4当量)；

三乙胺/Ac₂O(4当量)；

DIEA/Ac₂O(4当量)；

N-甲基吗啉/Ac₂O(4当量)；

2，6-二甲基吡啶/Ac₂O(4当量)；

PhNCO/2，6-二甲基吡啶；或

2-(二甲氨基)乙腈/Ac₂O。

330.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系是2，6-二甲基吡啶/NMI/Ac₂O的溶液。

331.如实施例328-330中任一项所述的方法，其中修饰后加帽试剂体系是乙腈中的溶液。

332.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤提供了包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸的修饰后加帽组合物，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

333.如前述步骤中任一项所述的方法，其中每个修饰后加帽步骤提供了包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸的修饰后加帽产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

334.如实施例332-333中任一项所述的方法，其中对于修饰后加帽步骤，修饰后加帽产物寡核苷酸的式O-I的z(z^PT)与对应的修饰产物寡核苷酸的式O-I的z(z^MD)相同。

335.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中P^L不是P。

336.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N。

337.如前述步骤中任一项所述的方法，其中修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)或P(＝S)。

338.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

339.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中P^L是P(＝O)，并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。

340.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中P^L是P(＝O)，并且-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵。

341.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P-其中P^L是P(＝S)-的式O-I的寡核苷酸或其盐，并且具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

342.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P-其中P^L是P^N-的式O-I的寡核苷酸或其盐，并且具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

343.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中Y和Z各自是-O-。

344.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述修饰后加帽步骤提供了包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸的修饰后加帽产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

345.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每个修饰后加帽步骤独立地提供了包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸的修饰后加帽产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

346.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸的修饰后加帽产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。

347.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸的修饰后加帽产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述修饰后加帽产物组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

348.如前述实施例中任一项所述的方法，其中修饰后加帽步骤包括重复所述接触，每次独立地与相同或不同的修饰后加帽试剂体系接触。

349.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述强亲核试剂和/或酯化催化剂是以下化合物，所述化合物当在加帽试剂体系中以3％-10％(对于液体化合物为体积/体积；对于固体化合物为重量/体积)浓度连同5％-10％Ac₂O(v/v)、5％-15％2，6-二甲基吡啶(v/v)在作为溶剂的ACN或THF中并且相对于所有寡核苷酸大于10当量使用时提供了至少60％、70％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、或99.5％的与所述加帽试剂体系接触持续0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10分钟的多种寡核苷酸的5’-OH的酯化完成。

350.如前述实施例中任一项所述的方法，其中关于加帽有待加帽的羟基的效率，所述修饰后加帽步骤与基于亚磷酰胺化学过程的传统的寡核苷酸合成的加帽条件相当或相同。

351.如前述实施例中任一项所述的方法，包括解封步骤，其中解封试剂体系包含解封试剂，其中所述解封试剂是酸。

352.如实施例348所述的方法，其中所述酸是DCA(二氯乙酸)。

353.如实施例348所述的方法，其中所述解封试剂体系是甲苯中的3％DCA。

354.如前述实施例中任一项所述的方法，包括解封步骤，其中：

接触的修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述修饰产物寡核苷酸各自独立地是寡核苷酸；或

接触的修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述修饰后加帽产物寡核苷酸各自独立地是寡核苷酸；并且

所述解封基团将所述多种修饰或修饰后加帽寡核苷酸的多个封闭的羟基转化成多个游离羟基。

355.如实施例354所述的方法，其中所述解封基团将所述多种修饰或修饰后加帽寡核苷酸的多个5’-封闭的羟基转化成多个5’-游离羟基。

356.如实施例354所述的方法，其中所述解封步骤将所述多种修饰或修饰后加帽寡核苷酸的多个DMTr-封闭的5’-封闭的羟基转化成多个5’-游离羟基。

357.如前述实施例中任一项所述的方法，包括解封步骤，其中：

接触的修饰产物组合物包含多种修饰产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐，其中R⁵s是-OR，其中R不是-H，并且每个L^P是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中P^L不是P；或

接触的修饰后加帽产物组合物包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐，其中R^5s是-OR，其中R不是-H，并且每个L^P是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中P^L不是P；并且

所述解封步骤将R^5s从-OR-其中R不是-H-转化成-OH。

358.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述解封基团仅解封对应于紧接在前的偶联步骤的经偶联的配偶体化合物的核苷单元的核苷单元中的被封闭的羟基。

359.如前述步骤中任一项所述的方法，其中解封步骤提供了包含多种修饰后加帽产物寡核苷酸的修饰后加帽组合物，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

360.如前述步骤中任一项所述的方法，其中每个解封步骤提供了包含多种解封产物寡核苷酸的解封产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是式O-I的寡核苷酸或其盐。

361.如前述实施例中任一项所述的方法，其中对于解封步骤，解封产物寡核苷酸的式O-I的z(z^DB)与对应的修饰产物寡核苷酸的式O-I的z(z^MD)或修饰后加帽产物寡核苷酸的式O-I的z(z^PT)相同。

362.如前述步骤中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中R^5s是-OH。

363.如前述步骤中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中R^5s是5’-OH。

364.如前述步骤中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中P^L不是P。

365.如前述步骤中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N。

366.如前述步骤中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)或P(＝S)。

367.如前述实施例中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

368.如前述实施例中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中P^L是P(＝O)，并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。

369.如前述实施例中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中P^L是O，并且-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵。

370.如前述实施例中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P-其中P^L是P(＝S)-的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，并且具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

371.如前述实施例中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P-其中P^L是P^N-的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，并且具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

372.如前述实施例中任一项所述的方法，其中解封产物组合物包含多种解封产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中Y和Z各自是-O-。

373.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述解封步骤提供了包含多种解封产物寡核苷酸的解封产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

374.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每个解封步骤独立地提供了包含多种解封产物寡核苷酸的解封产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

375.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种解封产物寡核苷酸的解封产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。

376.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种解封产物寡核苷酸的解封产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述解封产物组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

377.如前述实施例中任一项所述的方法，其中解封步骤包括重复所述接触，每次独立地与相同或不同的解封试剂体系接触。

378.如前述实施例中任一项所述的方法，其包括重复步骤(1)至(5)多次，直到实现多种寡核苷酸的所需长度，以提供包含多种循环后产物寡核苷酸的循环后产物组合物。

379.如实施例278所述的方法，其中所需长度是所述多种寡核苷酸的共同长度。

380.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每种循环后产物寡核苷酸独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。

381.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每种循环后产物寡核苷酸独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式。

382.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每种循环后产物寡核苷酸独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中P^L不是P。

383.如前述步骤中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或p^N。

384.如前述步骤中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)或P(＝S)。

385.如前述实施例中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中每个-X-L^s-R⁵独立地是-L⁷-R¹，或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

386.如前述实施例中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中P^L是P(＝O)，并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。

387.如前述实施例中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中P^L是P(＝S)，并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。

388.如前述实施例中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中P^L是P^N，并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。

389.如前述实施例中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中P^L是P(＝O)，并且-X-L^s-R⁵是-S-L^s-R⁵。

390.如前述实施例中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P-其中P^L是P(＝S)-的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，并且具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

391.如前述实施例中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是包含一个或多个L^P-其中P^L是p^N-的具有式O-I的寡核苷酸或其盐，并且具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

392.如前述实施例中任一项所述的方法，其中循环后产物组合物包含多种循环后产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地具有式O-I或是其盐，其中每个L^P独立地具有式VII或其盐形式，其中Y和Z各自是-O-。

393.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述循环后步骤提供了包含多种循环后产物寡核苷酸的循环后产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

394.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每个循环后步骤独立地提供了包含多种循环后产物寡核苷酸的循环后产物组合物，所述寡核苷酸各自独立地是负载在载体上的寡核苷酸。

395.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种循环后产物寡核苷酸的循环后产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。

396.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种循环后产物寡核苷酸的循环后产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述循环后产物组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

397.如前述实施例中任一项所述的方法，包括进一步修饰多种循环后产物寡核苷酸。

398.如前述实施例中任一项所述的方法，包括用脂质部分缀合多种循环后产物寡核苷酸。

399.如前述实施例中任一项所述的方法，包括用靶向部分缀合多种循环后产物寡核苷酸。

400.如前述实施例中任一项所述的方法，包括用靶向部分缀合多种循环后产物寡核苷酸，所述靶向部分是细胞受体配体。

401.如前述实施例中任一项所述的方法，包括用靶向部分缀合多种循环后产物寡核苷酸，所述靶向部分是碳水化合物部分

402.如前述实施例中任一项所述的方法，包括用碳水化合物部分缀合多种循环后产物寡核苷酸。

403.如前述实施例中任一项所述的方法，包括循环后修饰步骤，所述循环后修饰步骤包括：

对包含多种寡核苷酸的组合物提供循环后修饰试剂体系；

从所述多种寡核苷酸中除去一个或多个手性助剂部分。

404.如前述实施例中任一项所述的方法，其中循环后修饰步骤去除一种或多种手性助剂。

405.如前述实施例中任一项所述的方法，包括循环后修饰步骤，其中所述循环后修饰步骤包括：

对包含多种寡核苷酸的组合物提供循环后修饰试剂体系；

将一个或多个式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L是P(＝S)-转化成硫代磷酸酯核苷酸间键联(-O-P(＝O)(-SH)-O-或其盐形式)。

406.如前述实施例中任一项所述的方法，包括循环后修饰步骤，其中所述循环后修饰步骤包括：

对包含多种寡核苷酸的组合物提供循环后修饰试剂体系；

将一个或多个具有式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L是P^N-转化成各自独立地具有式NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的一个或多个核苷酸间键联。

407.如前述实施例中任一项所述的方法，包括循环后修饰步骤，其中所述循环后修饰步骤包括：

对包含多种寡核苷酸的组合物提供循环后修饰试剂体系；

将一个或多个式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L是P(＝S)，并且-X-L^s-R⁵包含-Si(R)₃部分-转化成硫代磷酸酯核苷酸间键联(-O-P(＝O)(-SH)-O-或其盐形式)。

408.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含-Si(R)₃部分的-X-L^s-R⁵是

409.如实施例408所述的方法，其中R’是-H。

410.如实施例408所述的方法，其中R’是-C(O)R。

411.如实施例408所述的方法，其中R’是-C(O)CH₃。

412.如实施例408-411中任一项所述的方法，其中--Si(R)₃是-SiPh₂Me。

413.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述循环后修饰试剂体系包含F-。

414.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述循环后修饰试剂体系包含HF-吡啶。

415.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述循环后修饰试剂体系包含3HF-TEA。

416.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述循环后修饰试剂体系包含四丁基氟化铵。

417.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述循环后修饰试剂体系包含四丁基二氟三苯硅酸铵。

418.如前述实施例中任一项所述的方法，包括循环后修饰步骤，其中所述循环后修饰步骤包括：

对包含多种寡核苷酸的组合物提供循环后修饰试剂体系；

将一个或多个具有式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中每个P^L独立地是P(＝O)、P(＝S)或P^N，并且每个-X-L^s-R⁵独立地包含碱不稳定的手性助剂基团-转化成一个或多个独立地选自以下的核苷酸间键联：天然磷酸酯键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联、以及具有式NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的核苷酸间键联。

419.一种用于制备寡核苷酸或寡核苷酸组合物的方法，所述方法包括循环后修饰步骤，其中所述循环后修饰步骤包括：

对包含多种寡核苷酸的组合物提供循环后修饰试剂体系；

420.如实施例418-419中任一项所述的方法，其中所述包含多种寡核苷酸的组合物是实施例378-402中任一项所述的循环后产物组合物。

421.如实施例418-420中任一项所述的方法，其中将一个或多个具有式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L是P(＝O)-转化成一个或多个天然磷酸酯键联。

422.如实施例418-421中任一项所述的方法，其中将一个或多个具有式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L是P^N-独立地转化成一个或多个具有式NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的核苷酸间键联。

423.如实施例418-422中任一项所述的方法，其中将一个或多个具有式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L是p^N-独立地转化成n001。

424.如实施例418-423中任一项所述的方法，其中将一个或多个具有式VII的核苷酸间键联或其盐形式-其中P^L是P(＝S)-转化成一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。

425.如实施例418-424中任一项所述的方法，其中每个包含碱不稳定的手性助剂基团的-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

426.如实施例418-425中任一项所述的方法，其中每个包含碱不稳定的手性助剂基团的-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、或I-d的化合物，任选地其中R⁵或R⁶中至少一个是-C(O)R’。

427.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每个包含手性助剂基团的-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶中的至少一个是-C(O)R’。

428.如前述实施例中任一项所述的方法，其中每个包含手性助剂基团的-X-L^s-R⁵独立地具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、或I-d的化合物，任选地其中R⁵或R⁶中至少一个是-C(O)R’。

429.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中R²包含一个或多个吸电子基团。

430.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中R²是-CH₂-CH(吸电子基团)₂或-CH₂-CH₂(吸电子基团)。

431.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中R²是-L’-L″-R’。

432.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中R²是-CH₂SO₂R’。

433.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中R²是-CH₂SO₂R’，其中R’是任选地取代的苯基。

434.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中R²是-CH₂SO₂Ph。

435.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中R²是任选地取代的

436.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中R²是任选地取代的

437.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中每个独立地包含碱不稳定的手性助剂基团的-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是选自表5-17的化合物，或其对映异构体或非对映异构体。

438.如实施例425-428中任一项所述的方法，其中每个-X-L^s-R⁵独立地是

439.如实施例438所述的方法，其中R’是-H。

440.如实施例438所述的方法，其中R’是-C(O)R。

441.如实施例438所述的方法，其中R’是-C(O)CH₃。

442.如实施例418-441中任一项所述的方法，其中所述循环后修饰试剂体系包含碱。

443.如实施例442所述的方法，其中所述碱具有Ng₃结构。

444.如实施例443所述的方法，其中，所述碱是DEA。

445.如实施例442-444中任一项所述的方法，其中所述循环后修饰试剂体系包含碱和溶剂。

446.如实施例442-445中任一项所述的方法，其中所述循环后修饰试剂体系包含碱和溶剂。

447.如实施例446所述的方法，其中所述溶剂是乙腈。

448.如实施例446所述的方法，其中所述循环后修饰试剂体系是乙腈中的20％DEA。

449.如实施例418-448中任一项所述的方法，其中在使所述循环后产物寡核苷酸接触包含水的碱性条件之前进行所述循环后修饰步骤。

450.如实施例418-449中任一项所述的方法，其中所述循环后修饰步骤在脱保护和/或裂解之前进行。

451.如前述实施例中任一项所述的方法，包括裂解/脱保护步骤，所述步骤包括：

使多种寡核苷酸与一种或多种裂解/脱保护试剂体系接触；

其中所述裂解/脱保护步骤提供了包含多种最终产物寡核苷酸的最终产物组合物。

452.如前述实施例中任一项所述的方法，包括裂解/脱保护步骤，所述步骤包括：

使多种寡核苷酸-其各自独立地负载在载体上-与一种或多种裂解/脱保护试剂体系接触；

其中所述裂解/脱保护步骤提供了包含多种最终产物寡核苷酸的最终产物组合物，所述寡核苷酸各自从固体载体上裂解下来。

453.如前述实施例中任一项所述的方法，其中裂解/脱保护步骤包括：

使所述寡核苷酸的一个或多个封闭基团脱保护；

从载体上裂解所述寡核苷酸；并且

454.如前述实施例中任一项所述的方法，其中裂解/脱保护试剂体系包含碱。

455.如前述实施例中任一项所述的方法，其中裂解/脱保护试剂体系包含浓NH₄OH。

456.如前述实施例中任一项所述的方法，其中裂解/脱保护试剂体系包含金属螯合剂。

457.如前述实施例中任一项所述的方法，其中裂解/脱保护试剂体系包含巯基乙醇、1-十二烷硫醇、二硫苏糖醇(DTT)、苯硫酚、1，2-二氨基乙烷、1，3-二氨基丙烷、2，3-巯基1-丙烷磺酸、2，3-巯基丙烷-1-醇或内消旋2，3-二巯基琥珀酸。

458.如前述实施例中任一项所述的方法，其中裂解/脱保护试剂体系包含EDTA。

459.如前述实施例中任一项所述的方法，其中裂解/脱保护步骤包括高温。

460.如前述步骤中任一项所述的方法，其中最终产物组合物包含多种最终产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐。

461.如前述步骤中任一项所述的方法，其中最终产物组合物包含多种最终产物寡核苷酸，其各自独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是具有式VII、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的核苷酸间键联，或其盐形式，其中P^L不是P。

462.如前述步骤中任一项所述的方法，其中最终产物组合物包含多种最终产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个P^L独立地是P(＝O)。

463.如前述步骤中任一项所述的方法，其中最终产物组合物包含多种最终产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中每个X独立地是-O-或-S-。

464.如前述步骤中任一项所述的方法，其中最终产物组合物包含多种最终产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是式VII的核苷酸间键联或其盐形式，其中Y和Z各自是-O-。

465.如前述步骤中任一项所述的方法，其中最终产物组合物包含多种最终产物寡核苷酸，其各自独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是天然磷酸酯键联(-O-P(＝O)(-OH)-O-或其盐形式)、硫代磷酸酯键联(-O-P(＝O)(-SH)-O-或其盐形式)、或具有式NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2的非负电荷核苷酸间键联。

466.如前述步骤中任一项所述的方法，其中最终产物组合物包含多种最终产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是天然磷酸酯键联(-O-P(＝O)(-OH)-O-或其盐形式)、硫代磷酸酯键联(-O-P(＝O)(-SH)-O-或其盐形式)或n001。

467.如前述步骤中任一项所述的方法，其中最终产物组合物包含多种最终产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自独立地是具有式O-I的寡核苷酸或其盐，其中式O-I中的每个L^P独立地是天然磷酸酯键联(-O-P(＝O)(-OH)-O-或其盐形式)或硫代磷酸酯键联(-O-P(＝O)(-SH)-O-或其盐形式)。

468.如前述步骤中任一项所述的方法，其中最终产物组合物包含多种最终产物寡核苷酸，所述寡核苷酸各自没有负载在载体上。

469.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种最终产物寡核苷酸的最终产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。

470.如前述实施例中任一项所述的方法，其中包含多种最终产物寡核苷酸的最终产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述最终产物组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目。

471.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述方法提供了具有至少约30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％或75％的粗品纯度的最终产物组合物。

472.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述粗品纯度是全长产物％。

473.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述粗品纯度是如通过在260nm的UV下监测的LC-UV评估的全长产物％。

474.如前述实施例中任一项所述的方法，包括使用色谱法或电泳纯化所述最终产物组合物。

475.如前述实施例中任一项所述的方法，包括使用HPLC纯化所述最终产物组合物。

476.一种包含多种寡核苷酸的粗手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的碱基序列；

所述多种寡核苷酸具有相同的骨架键联模式；以及

477.一种包含多种寡核苷酸的粗手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述粗组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目；

其中所述粗手性控制的寡核苷酸组合物具有至少40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、或75％的粗品纯度。

478.如实施例475-477中任一项所述的组合物，其中从载体并且在任何进一步纯化之前裂解所述粗手性控制的寡核苷酸组合物。

479.如实施例475-477中任一项所述的组合物，其中从载体、在脱盐后、并且在任何进一步纯化之前裂解所述粗手性控制的寡核苷酸组合物。

480.如前述实施例中任一项所述的组合物，其中所述粗手性控制的寡核苷酸组合物是在任何色谱或凝胶纯化之前。

481.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中所述粗品纯度是全长产物％。

482.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中所述粗品纯度是如通过在260nm的UV下监测的LC-UV评估的全长产物％。

483.一种包含多种寡核苷酸和试剂体系的试剂的组合物，其中：

所述多种寡核苷酸是前述实施例中任一项所述的修饰产物组合物的多种寡核苷酸；

所述试剂体系是前述实施例中任一项所述的修饰前或修饰后加帽试剂体系；并且

所述修饰后加帽试剂体系与所述多种寡核苷酸接触。

484.如实施例483所述的组合物，其中所述多种寡核苷酸负载在载体上。

485.如实施例483-484中任一项所述的组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的碱基序列；

所述多种寡核苷酸具有相同的骨架键联模式；以及

486.如实施例483-484中任一项所述的组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

487.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中DS是至少85％。

488.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中DS是至少87％。

489.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中DS是至少88％。

490.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中DS是至少89％。

491.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中DS是至少90％。

492.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中DS是至少92％。

493.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中DS是至少95％。

494.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中DS是至少97％。

495.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中DS是至少98％。

496.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中载体是固体载体。

497.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中载体是聚苯乙烯载体。

498.如实施例1-487中任一项所述的方法或组合物，其中载体是CPG载体。

499.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中载体具有约50-300umol/g的单位负载能力。

500.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中载体具有约50-80、80-100、100-120、120-140、140-160、160-180、180-210、或210-250umol/g的单位负载能力。

501.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中所述寡核苷酸或核苷通过接头连接至固体载体。

502.如实施例501所述的方法或组合物，其中所述接头是CNA接头。

503.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸具有至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核碱基的长度。

504.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中每个核碱基或BA独立地是选自A、T、C、G和U的任选地取代或保护的核碱基。

505.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个经修饰的糖部分。

506.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分。

507.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分。

508.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分。

509.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分。

510.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分，其中-L^s-是-CH₂-。

511.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分，其中-L^s-是-(S)-CHR-，其中R不是-H。

512.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分，其中-L^s-是-(R)-CHR-，其中R不是-H。

513.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分，其中-L^s-是-CHR-。

514.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分。

515.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸独立地包含一个或多个具有

结构的糖部分。

516.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中C1连接至核碱基或BA。

517.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于至少一个糖部分，R^2s是-H。

518.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于一个或多个、或至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个糖部分，R^2s是-H。

519.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于至少一个糖部分，R^2s不是-H。

520.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于一个或多个、或至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个糖部分，R^2s不是-H。

521.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于至少一个糖部分，R^2s是-F。

522.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于一个或多个、或至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个糖部分，R^2s是-F。

523.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于一个或多个、或至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个糖部分，R^2s是-OR。

524.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于至少一个糖部分，R^2s是-OH。

525.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于至少一个糖部分，R^2s是-O-PG，其中PG是在所述寡核苷酸已经达到所需长度后去除的保护基团。

526.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于至少一个糖部分，R^2s是-OSi(R)₃，其中每个R独立地不是H。

527.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于至少一个糖部分，R^2s是-OTBS。

528.如实施例525-527中任一项所述的方法或组合物，其包括使包含R^2s的寡核苷酸与包含氟化物的试剂体系接触。

529.如实施例528所述的方法或组合物，其中所述试剂体系包含HF-吡啶。

530.如实施例528所述的方法或组合物，其中所述试剂体系包含3HF-TEA。

531.如实施例528所述的方法或组合物，其中所述试剂体系包含四丁基氟化铵。

532.如实施例528所述的方法或组合物，其中所述试剂体系包含四丁基二氟三苯基硅酸铵。

533.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于一个或多个、或至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个糖部分，R^2s是-OMe。

534.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中对于一个或多个、或至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个糖部分，R^2s是-MOE。

535.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中所述一个或多个、或至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个糖部分是连续的。

536.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含1-50，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个手性控制的核苷酸间键联(Nc是1-50或更大，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20)。

537.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含1-50，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个手性控制的硫代磷酸酯键联(Nc是1-50或更大，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20)。

538.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含1-50，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个天然磷酸酯键联。

539.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个手性控制的核苷酸间键联是连续的。

540.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个天然磷酸酯键联是连续的。

541.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含(Rp)n(Sp)p，其中n是1-10，并且p和m各自独立地是1-50。

542.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含(Sp)m(Rp)n(Sp)p，其中n是1-10，并且p和m各自独立地是1-50。

543.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含(Rp)n(Sp)p，其中n是1，m是2-50，并且p是2-50。

544.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含(Sp)m(Rp)n(Sp)p，其中n是1，m是2-50，并且p是2-50。

545.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含(Op)n(Sp)p，其中n是1-10，并且p是1-50。

546.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含(Sp)p(Op)n，其中n是1-10，并且p是1-50。

547.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含(Sp)m(Op)n(Sp)p，其中n是1-10，并且p和m各自独立地是1-50。

548.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含(Sp)m(Op)n(Sp)p，其中n是1，m是2-50，并且p是2-50。

549.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含两个或更多个独立地选自(Rp)n(Sp)p或(Op)n(Sp)p的单元，其中n是1，并且每个p独立地是2-50。

550.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸包含骨架手性中心的模式，所述模式包含两个或更多个(Rp)n(Sp)p，其中n是1，并且每个p独立地是2-50。

551.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中产物寡核苷酸各自独立地包含硫代磷酸酯核苷酸间键联和非负电荷核苷酸间键联。

552.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中产物寡核苷酸各自独立地包含手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联和手性控制的非负电荷核苷酸间键联。

553.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中产物寡核苷酸中的每个手性核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或非负电荷核苷酸间键联。

554.如实施例551-553中任一项所述的方法或组合物，其中所述非负电荷核苷酸间键联是n001。

555.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中每个手性核苷酸间键联被独立地手性控制。

556.如实施例541-555中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸各自包括含有所述骨架手性中心的模式的区域。

557.如实施例556所述的方法或组合物，其中所述区域的每个糖部分独立地具有两个2’-H。

558.如实施例556-557中任一项所述的方法或组合物，其中所述区域的侧面是包含一种或多种糖修饰的5’-区域。

559.如实施例558所述的方法或组合物，其中所述5’-区域的每个糖部分独立地包含糖修饰。

560.如实施例556-559中任一项所述的方法或组合物，其中所述区域的侧面是包含一种或多种糖修饰的3’-区域。

561.如实施例560所述的方法或组合物，其中所述3’-区域的每个糖部分独立地包含糖修饰。

562.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸具有与DMD序列的一部分相同或互补的碱基序列。

563.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸具有与HTT序列的一部分相同或互补的碱基序列。

564.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中多种寡核苷酸具有与包含SNP的HTT序列的一部分相同或互补的碱基序列。

565.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述最终寡核苷酸产物是固体。

566.如前述实施例中任一项所述的方法，其中所述最终寡核苷酸产物是寡核苷酸溶液。

567.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中所述一种或多种寡核苷酸具有的碱基序列是或包含以下项的碱基序列：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784。

568.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中所述一种或多种寡核苷酸具有的骨架手性中心的模式是或包含以下项的骨架手性中心的模式：US 9598458、US9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、或WO 2019/217784。

569.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中所述寡核苷酸是，或所述多种寡核苷酸是相同的并且是，以下项的寡核苷酸：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784。570.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中产物寡核苷酸是或产物组合物是以下项的寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US 8822671、US 20150211006、US20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784。

571.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中最终产物寡核苷酸是或最终产物组合物是以下项的寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物：US 9598458、US9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、或WO 2019/217784。

572.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中最终产物寡核苷酸是或最终产物组合物是以下项的寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物：US 20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、或WO 2019/217784。

573.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸是WV-937、WV-1077、WV-1078、WV-1079、WV-1085、WV-1086、WV-1090、WV-1091、WV-1092、WV-1497、WV-1508、WV-1510、WV-2076、WV-2378、WV-2380、WV-2417、WV-2418、WV-2595、WV-2601、WV-2602、WV-2603、WV-2618、WV-2619、或WV-2671。

574.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物组合物是WV-937、WV-1077、WV-1078、WV-1079、WV-1085、WV-1086、WV-1090、WV-1091、WV-1092、WV-1508、WV-1510、WV-2378、WV-2380、WV-2417、WV-2418、WV-2595、WV-2601、WV-2602、WV-2603、或WV-2671的手性控制的寡核苷酸组合物。

575.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸是WV-887、WV-892、WV-896、WV-1714、WV-2444、WV-2445、WV-2526、WV-2527、WV-2528、WV-2530、WV-2531、WV-2578、WV-2580、WV-2587、WV-3047、WV-3152、WV-3472、WV-3473、WV-3507、WV-3508、WV-3509、WV-3510、WV-3511、WV-3512、WV-3513、WV-3514、WV-3515、WV-3545、或WV-3546。

576.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物组合物是WV-887、WV-892、WV-896、WV-2444、WV-2445、WV-2526、WV-2527、WV-2528、WV-2530、WV-2531、WV-3152、WV-3472、WV-3473、WV-3507、WV-3508、WV-3509、WV-3510、WV-3511、WV-3512、WV-3513、WV-3514、WV-3515、WV-3545、或WV-3546的手性控制的寡核苷酸组合物。

577.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸是WV-9517、WV-12555、WV-12556、WV-12558、WV-12876、WV-12877、WV-12878、WV-13826、WV-12880、WV-14344、WV-13835、或WV-13864。

578.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物组合物是WV-9517、WV-12555、WV-12556、WV-12558、WV-12876、WV-12877、WV-12878、WV-13826、WV-12880、WV-14344、WV-13835、或WV-13864的手性控制的寡核苷酸组合物。

579.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸是WV-3473。

580.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸组合物是WV-3472的手性控制的寡核苷酸组合物。

581.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸组合物是WV-3473的手性控制的寡核苷酸组合物。

582.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸组合物是WV-3545的手性控制的寡核苷酸组合物。

583.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸组合物是WV-3546的手性控制的寡核苷酸组合物。

584.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸组合物是包含以下的寡核苷酸组合物：米泊美生、nusinersen、RG6042、BIIB067、BIIB078、BIIB080、inotersen、volanesorsen、AKCEA-ANGPTL3-L_RX、IONIS-GHR-L_RX、AKCEA-TTR-L_RX、IONIS-PKK_RX、IONIS-PKK-L_RX、IONIS-TMPRSS6-L_RX、IONIS-ENAC-2.5_RX、AKCEA-APO(a)-L_RX、AKCEA-APOCIII-L_RX、IONIS-GCGR_RX、IONIS-FXI_RX、IONIS-DGAT2_RX、IONIS-AGT-L_RX、IONIS-AZ4-2.5-L_RX、IONIS-FXI-L_RX、IONIS-AR-2.5_RX、IONIS-STAT3-2.5_RX、IONIS-HBV_RX、IONIS-HBV-L_RX、IONIS-FB-L_RX、和IONIS-JBI1-2.5_RX。

585.如实施例1-566中任一项所述的方法，其中所述最终产物寡核苷酸组合物是以下项的立体异构体的手性控制的寡核苷酸组合物：米泊美生、nusinersen、RG6042、BIIB067、BIIB078、BIIB080、inotersen、volanesorsen、AKCEA-ANGPTL3-L_RX、IONIS-GHR-L_RX、AKCEA-TTR-L_RX、IONIS-PKK_RX、IONIS-PKK-L_RX、IONIS-TMPRSS6-L_RX、IONIS-ENAC-2.5_RX、AKCEA-APO(a)-L_RX、AKCEA-APOCIII-L_RX、IONIS-GCGR_RX、IONIS-FXI_RX、IONIS-DGAT2_RX、IONIS-AGT-L_RX、IONIS-AZ4-2.5-L_RX、IONIS-FXI-L_RX、IONIS-AR-2.5_RX、IONIS-STAT3-2.5_RX、IONIS-HBV_RX、IONIS-HBV-L_RX、IONIS-FB-L_RX、或IONIS-JBI1-2.5_RX。

586.一种寡核苷酸，其是前述实施例中任一项中的步骤的产物寡核苷酸。

587.一种寡核苷酸组合物，其是前述实施例中任一项中的步骤的产物寡核苷酸组合物。

588.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物，其中所述寡核苷酸各自独立地包含具有＊^PS或＊^PR结构的核苷酸间键联。

589.一种寡核苷酸，其包含具有＊^PS或＊^PR结构的核苷酸间键联。

590.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物或寡核苷酸，其中每种寡核苷酸独立地包含具有＊^NS或＊^NR结构的核苷酸间键联。

591.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物或寡核苷酸，其中每种寡核苷酸独立地包含具有＊^PS结构的核苷酸间键联和具有＊^NR结构的核苷酸间键联。

592.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物或寡核苷酸，其中＊^PS、＊^PR、＊^NS和＊^NR各自独立地是手性控制的。

593.如前述实施例中任一项所述的方法或组合物或寡核苷酸，其中各自独立地包含O^5P、O^P、＊^P或＊^N。

594.一种具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，或其盐。

595.一种具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的化合物，或其盐。

596.如实施例595所述的化合物，其中R^2s是-O-PG，其中PG是适用于寡核苷酸合成的保护基团。

597.如实施例595所述的化合物，其中R^2s是-O-Si(R)₃，其中每个R独立地不是-H。

598.如实施例595所述的化合物，其中R^2s是-OTBS。

599.如实施例594所述的化合物，其中所述化合物是立体纯的。

600.如前述实施例中任一项所述的方法，其包括提供如实施例594-599中任一项所述的化合物。

601.如前述实施例中任一项所述的方法，其中配偶体化合物是如实施例594-599中任一项所述的化合物。

602.一种用于制备寡核苷酸的方法，其包括提供如实施例594-599中任一项所述的化合物。

603.如实施例602所述的方法，其中所述寡核苷酸是前述实施例中任一项所述的寡核苷酸。

604.一种方法，其包括使用如实施例594-599中任一项所述的化合物。

605.一种方法，其包括使用手性助剂进行反应，所述手性助剂具有这样的结构，即，使得H-手性助剂(单价)或H-手性助剂-H(二价)或(H)n-手性助剂(n为所述手性助剂的化合价)是如实施例594-599中任一项所述的化合物。

606.如实施例604-605中任一项所述的方法，其中所述方法是用于寡核苷酸合成的方法。

607.如实施例604-606中任一项所述的方法，其中所述手性助剂通过碱去除。

608.如实施例604-607中任一项所述的方法，其中所述手性助剂在无水条件下去除。

609.如实施例607-608中任一项所述的方法，其中所述碱是N(R)₃。

610.如实施例607-609中任一项所述的方法，其中所述碱是DEA。

611.如实施例607-610中任一项所述的方法，其中所述去除在低于40℃、45℃、50℃、55℃或60℃的温度下进行。

612.如实施例607-611中任一项所述的方法，其中所述去除以不超过15、20、25、30、35、40、50或60分钟的时间段进行。

613.如实施例611-612中任一项所述的方法，其中所述手性助剂去除为至少85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。

614.如前述实施例中任一项所述的化合物、组合物或寡核苷酸。

615.一种寡核苷酸(“第一寡核苷酸”)，其具有与现有寡核苷酸(“第二寡核苷酸”)相同的结构，除了与所述第二寡核苷酸相比，在所述第一寡核苷酸中：

所述第一寡核苷酸中的每个核碱基任选地且独立地受到保护，并且所述第一寡核苷酸中的每个另外的化学部分-如果有的话-任选地且独立地受到保护；

其中O^5P、O^P、＊^P、＊^PS、＊^PDS、＊^PR、＊^PDR、＊^N、＊^NS和＊^NR各自独立地具有式VII或其盐形式。

616.如实施例593-615中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中对于O^5P，P^L是P并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁶是-H。

617.如实施例593-615中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中对于O^5P，-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，其中R⁶是-C(O)R’。

618.如实施例593-615中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中对于O^P，P^L是P(＝O)并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹；-S-L^s-R⁵；或具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物。

619.如实施例615-618中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是-O-CH2-R²，其中R²包含吸电子基团、

620.如实施例615-619中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是-O-CH₂-R²、

其中每个R²独立地包含吸电子基团。

621.如实施例615-620中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN、

622.如实施例615-620中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN、

623.如实施例615-620中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN。

624.如实施例593-623中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中＊^P和＊^PD各自独立地具有式VII或其盐形式，其中P^L是P(＝S)，并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。

625.如实施例593-624中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中每个＊^N独立地具有式VII或其盐形式，其中P^L是P^N，并且-X-L^s-R⁵是-L⁷-R¹。

626.如实施例625所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中＊^N是n001^P。

627.如实施例624-626中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是-OCH₂CH₂CN。

628.如实施例589-627中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中每个＊^PS或＊^PDS独立地具有式

或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、1-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

629.如实施例589-628中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中每个＊^NR具有式

或其盐形式，其中P＝W^N是P^N，-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

630.如实施例629所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中＊^NR是n001^PR。

631.如实施例589-652中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中每个＊^PR或＊^PDR独立地具有式

或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵具有这样的结构，即，使得H-X-L^s-R⁵是具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物，任选地其中R⁵或R⁶是-C(O)R’。

632.如实施例615-652中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中每个＊^NS具有式

633.如实施例632所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中＊^NS是n001^PS。

634.如实施例628-630中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是

635.如实施例594-634中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。

636.如实施例635所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-2个杂原子的任选地取代的3-10元单环。

637.如实施例635所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1个杂原子的任选地取代的5元单环。

638.如实施例635所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是

639.如实施例631-633中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是

640.如实施例639所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。

641.如实施例640所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-2个杂原子的任选地取代的3-10元单环。

642.如实施例640所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1个杂原子的任选地取代的5元单环。

643.如实施例640所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是

644.如实施例594-643中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R²包含吸电子基团。

645.如实施例594-643中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R²是-L’-L”-R’。

646.如实施例594-644中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中，R²是-CH₂SO₂R’，其中R’是选自以下的任选地取代的基团：C_1-30脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C_1-30杂脂肪族基团、C_6-30芳基、C_6-30芳基脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C_6-30芳基杂脂肪族基团、具有1-10个杂原子的5-30元杂芳基、以及具有1-10个杂原子的3-30元杂环基。

647.如实施例594-644中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R²是-CH₂SO₂R’，其中R’是任选地取代的苯基。

648.如实施例594-644中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R²是-CH₂SO₂R’，其中R’是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。

649.如实施例594-644中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R²是-CH₂SO₂Ph。

650.如实施例594-644中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中R²是-CH₂SO₂(t-Bu)。

651.如实施例628-630中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是

652.如实施例628-630中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是

653.如实施例631-633中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是

654.如实施例631-633中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中-X-L^s-R⁵是

655.如实施例615-654中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中任选地用Bz保护A。

656.如实施例615-655中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中任选地用Ac保护C。

657.如实施例615-656中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中任选地用iBu保护G。

658.如实施例615-657中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中所述寡核苷酸连接到载体。

659.如实施例615-658中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中所述寡核苷酸通过CNA接头连接到CPG。

660.如实施例615-659中任一项所述的寡核苷酸，其中所述第二寡核苷酸是米泊美生、nusinersen、RG6042、BIIB067、BIIB078、BIIB080、inotersen、volanesorsen、AKCEA-ANGPTL3-L_RX、IONIS-GHR-L_RX、AKCEA-TTR-L_RX、IONIS-PKK_RX、IONIS-PKK-L_RX、IONIS-TMPRSS6-L_RX、IONIS-ENAC-2.5_RX、AKCEA-APO(a)-L_RX、AKCEA-APOCIII-L_RX、IONIS-GCGR_RX、IONIS-FXI_RX、IONIS-DGAT2_RX、IONIS-AGT-L_RX、IONIS-AZ4-2.5-L_RX、IONIS-FXI-L_RX、IONIS-AR-2.5_RX、IONIS-STAT3-2.5_RX、IONIS-HBV_RX、IONIS-HBV-L_RX、IONIS-FB-L_RX、IONIS-JBI1-2.5_RX、或suvodirsen。

661.如实施例615-659中任一项所述的寡核苷酸，其中所述第二寡核苷酸是以下项中描述的寡核苷酸：US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO2017/160741、WO 2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO2018/067973、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO2019/075357、WO 2019/200185、或WO 2019/217784。

662.如实施例615-659中任一项所述的寡核苷酸，其中所述第二寡核苷酸是WV-937、WV-1077、WV-1078、WV-1079、WV-1085、WV-1086、WV-1090、WV-1091、WV-1092、WV-1497、WV-1508、WV-1510、WV-2076、WV-2378、WV-2380、WV-2417、WV-2418、WV-2595、WV-2601、WV-2602、WV-2603、WV-2618、WV-2619、WV-2671、WV-887、WV-892、WV-896、WV-1714、WV-2444、WV-2445、WV-2526、WV-2527、WV-2528、WV-2530、WV-2531、WV-2578、WV-2580、WV-2587、WV-3047、WV-3152、WV-3472、WV-3473、WV-3507、WV-3508、WV-3509、WV-3510、WV-3511、WV-3512、WV-3513、WV-3514、WV-3515、WV-3545、WV-3546、WV-9517、WV-12555、WV-12556、WV-12558、WV-12876、WV-12877、WV-12878、WV-12880、WV-13826、WV-13835、WV-13864、或WV-14344。

663.如实施例615-659中任一项所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸是表O-2的寡核苷酸。

664.一种如实施例615-663中任一项所述的寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物。

665.如前述实施例中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸，其中每种寡核苷酸独立地具有式O-I或其盐。

实例

下面提供了非限制性实例。本领域普通技术人员理解其他化合物和组合物，例如具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的手性助剂或其盐，具有式IV、IV-a、IV-b、IV-c-1、IV-c-2、IV-d、IV-e、IVa、IVa-a、IVa-b、IVa-c-1、IVa-c-2、IVa-d、IVa-e、V、V-a、V-b、V-c-1、V-c-2、V-d、V-e、VI、VI-a、VI-b、VI-c、VI-c-1、VI-c-2、VI-d、或VI-e的亚磷酰胺或其盐，具有式O-I的寡核苷酸或其盐，包含一个或多个核苷酸间键联(各自独立地具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2、或其盐形式)的寡核苷酸，提供的化合物的组合物，例如提供的寡核苷酸的组合物(包括各种手性控制的组合物)等可以类似地制备和根据本披露使用。

实例1.实例试剂和/或寡核苷酸。

如本领域技术人员所理解的，许多载体、手性助剂、亚磷酰胺、偶联试剂、加帽试剂(修饰前加帽和修饰后加帽)、修饰试剂(例如氧化试剂、硫化试剂等)、解封试剂、循环后修饰试剂、裂解试剂、脱保护试剂等可以根据本披露利用以提供多种寡核苷酸及其组合物。示例试剂和/或产物寡核苷酸及其组合物包括以下项中描述的那些：US 9598458、US9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US 8470987、US8822671、US 20150211006、US 20170037399、US 20180216107、US 20180216108、US20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784等，并且如实例中证明的，可用于本披露的技术中。如本领域技术人员容易理解的，可以根据本披露来调节本文描述的实例条件。在一些实施例中，所提供的方法的步骤使用本文描述的条件或其变体。

实例2.实例载体和接头。

根据本披露，可以利用许多载体和/或接头。在一些实施例中，某些载体和/或接头可从不同供应商(例如Prime Synthese公司、通用电气公司(GE)等)商购。除其他事项外，本披露提供了经修饰的载体和用于将寡核苷酸/核苷负载到固体载体上接头。如本领域技术人员容易理解的，本文描述的载体和/或接头可以另外和/或可替代地与其他载体和/或接头一起使用。

方案1：1，3-双(17-氨基-3，6，9，12，15-五氧杂十七烷基)脲(3)的制备。

1，3-双(17-叠氮基-3，6，9，12，15-五氧杂十七烷基)脲(2)的制备：在室温下在氩气下向17-叠氮基-3，6，9，12，15-五氧杂十七烷-1-铵(1)(30g，97.73mmol)在DMF(100mL)中的溶液中依次加入三乙胺(TEA)(9.89g，97.73mmol)和1，1-羰基二咪唑(7.80g，0.22mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。减压蒸发溶剂以得到2，作为淡黄色油状物(24g，75％产率)，将其进一步使用而无需纯化。MS(ES]⁺)计算为C₂₅H₅₀N₈O₁₁：638.4；发现为：639.3(M+H⁺)。

1，3-双(17-叠氮基-3，6，9，12，15-五氧杂十七烷基)脲(3)的制备：向1，3-双(17-氨基-3，6，9，12，15-五氧杂十七烷基)脲(24g，37.57mmol)在MeOH(80mL)中的溶液中加入10％湿Pd/C(2g)和乙酸(约2当量)。将反应混合物借助于真空脱气并用1大气压的H₂气球吹扫(此程序重复3次)并在H₂气体下搅拌过夜。TLC显示起始材料消失，并且然后经硅藻土垫过滤。将滤液浓缩并与甲苯(3X 80mL)共蒸发以得到3，作为黄色浆(21.5g，98％产率)，将其用于下一步骤而无需纯化。MS(ESI⁺)计算为C₂₅H₅₄N₄O₁₁：586.4发现为：587.3(M+H⁺)。

实例CPG固体载体的制备。

方案2：实例氨基丙基-CPG固体载体。

方案3：实例氨基丙基-CPG固体载体。

方案4：氨基-壬基-CPG固体载体。

方案5：氨基-壬基-CPG固体载体。

CPG-对硝基苯基氨基甲酸酯的通用程序I：将干燥的2L RB烧瓶在真空下冷却，然后填充氩气。然后在氩气下加入DCM(375mL，7.5mL/g CPG)和对硝基苯基氯甲酸酯(12g，0.24g/gCPG)，并摇动烧瓶持续3分钟，并且一旦对硝基苯基氯甲酸酯溶解，则加入吡啶(50mL，1mL/g CPG)，在此阶段用轻微放热反应形成白色固体。然后立即加入氨基官能化的载体(氨基丙基-CPG或氨基-壬基-CNA-CPG)，并且将反应混合物摇动5分钟，并用机械腕摇动器摇动过夜。过滤并用DCM(3x350mL)并且然后THF(3x350mL)洗涤，并将固体(氨基丙基-CPG-或CNA-对硝基苯基氨基甲酸酯)放入1LRB烧瓶中并在真空下干燥约4小时。将吡啶(200mL)和Ac₂O(50mL)加入干燥的氨基丙基-CPG-或CNA-对硝基苯基氨基甲酸酯并且顶置式摇动器摇动1h。将CPG过滤并用THF(350mLx3)和CH₃CN(350mLx3)洗涤，并且在真空下干燥过夜以得到氨基丙基-CPG-或氨基-壬基-CPG-对硝基苯基氨基甲酸酯。负载：130-201μmol/g。

CPG脲衍生物的通用程序II：向在真空下冷却并填充氩气的过度干燥的1L RB烧瓶中。将NH₂-(CH₂)_n-NH₂或NH₂-(PEG)_n-NH₂(20当量)溶解在DCM(10mL/gCPG)并且然后加入吡啶(1ml/gCPG)。然后立即将CPG-对硝基苯基氨基甲酸酯加入到反应混合物中，并且顶置式摇动器摇动过夜。过滤并用MeOH(3x300mL)并且然后DCM(3x300mL)洗涤，并且将固体(CPG-NH₂-CO-NH₂-(CH₂)_n-NH₂或CPG-NH₂-CO-NH₂-(PEG)_n-NH₂)放入LRB烧瓶中并在真空下干燥过夜。

核苷负载的通用程序III：向在真空下冷却并填充氩气的过度干燥的500mL RB烧瓶中。然后将5’-DMTr-2’-F-dU-3’-三乙铵-琥珀酸盐(1当量)和HBTU(2.5当量)加入烧瓶中，并且然后加入CH₃CN(10mL/g CPG)。向此悬浮液中，加入DIPEA(5.0当量)，并立即加入CPG-NH₂-CO-NH₂-NH₂-(CH₂)_n-NH₂或CPG-NH₂-CO-NH₂-(PEG)_n-NH₂或适当的氨基接头，并用机械腕摇动器摇动过夜。在此阶段，少量的CPG用DCM/MeOH洗涤并且干燥并检查CPG负载，其是60-90μm/g。然后将CPG过滤并用MeOH和DCM洗涤，并且将固体放入500mL RB烧瓶中并且在真空下干燥约4h，并用吡啶/Ac₂O(3：1)或庚酸/Ac₂O(3∶1)加帽，并且然后用顶置式摇动器摇动1-4h。将CPG过滤并用MeOH和DCM洗涤并在真空下干燥过夜，以得到CPG-接头-琥珀酰基-脲-2’-F-dU(负载：60-90μmol/g)。

CPG固体载体(3，方案2)的程序：为了制造CPG载体3(方案2)，依次按照以下步骤执行：CPG-对硝基苯基氨基甲酸酯的通用程序I，然后CPG脲衍生物的通用程序II，以及再次CPG-对硝基苯基氨基甲酸酯的通用程序I，以及CPG脲衍生物的通用程序II，以及最后核苷负载的通用程序III。

CPG固体载体(5，6，13，14)的程序：将氨基官能化的载体(氨基丙基-CPG或氨基-壬基-CPG)(2g)、12-二甲氧基三苯甲基羟基-十二烷酸(0.8mmol)、4-二甲基氨基吡啶(0.4mmol)、HBTU(2.4mmol)、三乙胺(0.4mL)和吡啶(30mL)在室温下摇动(16h)。将载体滤出、洗涤并干燥。通过三苯甲基分析确定接头负载。在三苯甲基脱保护后，按照上述核苷负载的通用程序III负载琥珀酸核苷。

实例载体和/或接头可用于制备各种，例如，碱基序列、修饰、骨架手性中心的模式等的寡核苷酸的组合物，包括手性控制的寡核苷酸组合物。例如，实例载体和/或接头用于制备手性控制的寡核苷酸组合物，其粗品纯度超过50％，并且在许多情况下，超过60％或65％。

实例3.实例循环后修饰和裂解/脱保护条件。

在一些实施例中，本披露提供了用于在所提供的技术中使用以例如除去手性助剂、使封闭的核碱基脱保护以及从载体上裂解寡核苷酸等的多种条件。本文描述了实例条件。本领域技术人员理解，根据本披露可以利用其他条件。

AMA条件(例如，1μmol规模)：合成之后，在50℃下将树脂用AMA(浓NH₃-40％MeNH₂(1：1，v/v))(1mL)处理45分钟(如果寡核苷酸含有2’F核苷，35℃持续2小时可能是有益的并且典型地使用)。之后，在一些实施例中，将混合物冷却至室温，并通过膜过滤除去树脂(用H₂O洗涤得到2mL)。在一些实施例中，将滤液在减压下浓缩直至其变成约1mL。在一些实施例中，将残余物用1mL的H₂O稀释并通过RP-UPLC-MS分析。

TBAF条件(例如，SP-接头，1μmol规模)：合成后，将树脂用在MeCN中0.1TBAF(1mL)在室温下处理2小时(通常30分钟就足够了)，用MeCN洗涤，干燥并在55℃下加入浓NH₃(1mL)持续12h(其尤其可以使封闭的核碱基脱保护并从载体上裂解寡核苷酸)。之后，在一些实施例中，将混合物冷却至室温，并通过膜过滤除去树脂。在一些实施例中，将滤液在减压下浓缩直至其变成约1mL。在一些实施例中，将残余物用1mL的H₂O稀释。在一些实施例中，在分析之前将粗产物任选地脱盐。在一些实施例中，通过RP-UPLC-MS分析粗产物。

TEA-HF条件(suc.-接头，1μmol规模)：合成后，将树脂用在DMF-H₂O中1M TEA-HF(3∶1，v/v；1mL)在50℃下处理2h。将载体(例如，PS5G、CPG等)用MeCN和H₂O洗涤，并在50℃下加入AMA(浓NH₃-40％MeNH₂(1∶1，v/v))(1mL)(其尤其可以使封闭的核碱基脱保护并从载体上裂解寡核苷酸)持续45分钟(如果寡核苷酸包含2’F-核苷，则在35℃下2h可能是有益的)。之后，在一些实施例中，将混合物冷却至室温，并通过膜过滤除去树脂(用H₂O洗涤得到2mL)。在一些实施例中，将滤液在减压下浓缩直至其变成约1mL。在一些实施例中，将残余物用1mL的H₂O稀释。在一些实施例中，在分析之前将粗产物任选地脱盐。在一些实施例中，通过RP-UPLC-MS分析粗产物。在一些实施例中，当使用某些手性助剂时，与其他条件相比，TEA-HF提供了更好的产率和/或纯度。

在一些实施例中，实例循环后修饰和/或裂解/脱保护条件是如下所述：

在一些实施例中，金属螯合剂(metal chelating agent/metal chelator)是巯基乙醇、1-十二烷硫醇、二硫苏糖醇(DTT)、苯硫酚、1，2-二氨基乙烷、1，3-二氨基丙烷、2，3-巯基1-丙烷磺酸、2，3-巯基丙烷-1-醇或内消旋2，3-二巯基琥珀酸。

在一些实施例中，以一锅法进行循环后修饰(例如，TBAF或TEA-HF条件)以及裂解/脱保护步骤。在一些实施例中，一锅法反应产生大量盐。在一些实施例中，在分析粗寡核苷酸纯度之前，首先对一锅法的粗产物进行脱盐。

在一些实施例中，循环后修饰和/或裂解/脱保护条件是或包括AMA条件。在一些实施例中，循环后修饰和/或裂解/脱保护条件是或包括TBAF条件。在一些实施例中，循环后修饰和/或裂解/脱保护条件是或包括TEA-HF条件。在一些实施例中，循环后修饰和/或裂解/脱保护条件是或包括AMA条件、TBAF条件和/或TEA-HF条件的组合。如本领域技术人员所理解的，根据本披露，各个步骤(例如偶联、修饰前加帽、修饰、修饰后加帽、解封、循环后修饰、裂解/脱保护等)的条件可以各自单独地优化，包括调节本披露中提供的实例条件。

除其他事项外，本披露提供了用作手性助剂的具有多种特性的化合物，以及各种脱保护条件(可以有效地除去某些类型的手性助剂(根据其特性)，同时与总体寡核苷酸制备方案相容，从而提供了巨大的灵活性和选项使得可以以所需的产率、纯度和/或选择性制备寡核苷酸)。

在一些实施例中，代替使用TBAF或TEA-HF，碱不稳定的手性助剂，例如PSM，可以通过碱处理去除，例如与碱的无水溶液接触。某些示例是本文中描述的实例。

实例4.所提供的技术给予大大改善的结果。

除其他事项外，本披露提供了与适当的参考技术(例如，与基于亚磷酰胺化学过程的传统的寡核苷酸合成中一样使用加帽步骤的技术)相比可以实现大大改善的结果(例如，出乎意料地高的粗品纯度和产率)的技术。所提供的技术用于制备寡核苷酸的寡核苷酸组合物，包括手性控制的寡核苷酸组合物，所述寡核苷酸包含各种序列长度、碱基序列、碱基修饰、糖修饰、核苷酸间键联(包括天然磷酸酯键联和经修饰的核苷酸间键联，包括手性控制的手性经修饰的核苷酸间键联)、修饰模式、骨架手性中心的模式等。所提供的技术可以独立于碱基序列、化学修饰、立体化学等高效地提供寡核苷酸组合物，特别是手性控制的寡核苷酸组合物。本实例描述了某些程序和来自WV-3473制备的结果。

以下描述了使用DPSE作为手性助剂用于制备WV-3473(5’-fU＊SfC＊SfA＊SfA＊SfG＊SfG＊SmAfA＊SmGmA＊SfU＊SmGmGfC＊SfA＊SfU＊SfU＊SfU＊SfC＊SfU-3’(m：2’OMe，f：2’-F；＊：硫代磷酸酯键联；＊S：Sp硫代磷酸酯键联；碱基之间无＊(如本领域技术人员所理解的)表示天然磷酸酯键联)，其具有6732.82的分子量(游离酸)和204,500的消光系数(M^-1cm^-1))的示例运行，示出所提供的技术的各种优点，例如，出乎意料地高的粗品纯度和产率、反应条件的增加的灵活性等。

合成的实例循环。

在一些实施例中，脱三苯甲基是解封步骤。在一些实施例中，偶联是偶联步骤。在一些实施例中，前加帽B是修饰前加帽步骤，或者使用修饰前加帽步骤的条件。在一些实施例中，加帽是修饰后加帽步骤，或使用修饰后加帽步骤的条件。在一些实施例中，硫醇化是包括硫化(硫醇化)的修饰步骤。在一些实施例中，硫代后加帽是修饰后加帽步骤。

实例条件。

实例循环后修饰、裂解和脱保护条件。在这部分中描述了实例2步骤的裂解和脱保护处理参数。

DMF/水中的1M TEA-HF(三乙胺氢氟酸盐)从立体定义的寡核苷酸(其包含一个或多个立体定义的核苷酸间键联)的核苷酸间键联中去除DPSE助剂基团。在加热条件下用浓氢氧化铵水溶液/乙醇从固体载体中释放出粗物质。

对于使用CPG载体的B110，使用一锅法。

实例循环后修饰、裂解和脱保护条件。

DMF/水(3/1，v/v)中1M TEA.HF溶液的实例配方。

TEA.HF在DMSO/水(5/1，v/v)中的5X溶液的配方。

实例结果。

批次#	固体载体	粗品纯度(％FLP)
			B6	PS 5G	34.0
B19	PS 5G	47.6
			B56	NittoPhaseHL	44.3
B110	CPG	75.2(59.0)

()指示注入UPLC的粗样品原样的纯度。75.2％是在脱盐之后且在任何其他纯化方法(例如NAP)之前。实例结果描绘于图1-4中。使用的实例NAP-10是如下：

允许过量的储存溶液流过柱；

柱用

水(3mLx2)平衡；

将1mL水中的25OD(约1mg)施用到柱中；

用1.5mL水将经脱盐的寡核苷酸从柱洗脱；

将经洗脱的寡核苷酸注入UPLC以评估粗品纯度。

实例UPLC分析过程是如下。申请人指出，保留时间可能由于运行条件(例如缓冲液批次、梯度、样品组成等)而变化。

A：水中100mM HFIP、10mM TEA

B：100％乙腈

流速：0.8mL/min

温度：55℃

柱：Waters Acquity BEH C181.7 um 2.1x50mm

梯度：10分钟内3％-13％

如所证明的，所提供的技术可以尤其产生出乎意料地高的粗品纯度和/或产率(例如，B19是47.6％，B56是44.3％，并且B110是75.2％(59％)，与B6的34％相比)。使用所提供的技术生产了数百克治疗性寡核苷酸试剂。

本领域技术人员理解，可以调节所描述的技术(例如，试剂、浓度、条件、溶剂等)以实现改善的结果(例如，产率、纯度等)例如，在一些实施例中，XH可以以低于上述浓度的浓度(例如，小于0.2M)使用。在一些实施例中，XH以约0.1M使用。在一些实施例中，XH以在包含碱的溶液中约0.1M使用，所述溶液例如吡啶-乙腈溶液(例如1：1v/v 0.2M XH在吡啶和乙腈中)。在一些实施例中，较低的浓度提供改善的产物产率和/或纯度(例如就某种不希望的产物而言(例如，具有磷酸酯键联代替所需的硫代磷酸酯键联的副产物)1.5、2、3、4、5或更多倍的改善)。在一些实施例中，硫化试剂组合物包含少于或约90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、10％的碱，例如吡啶(v/v)。在一些实施例中，硫醇化过程非常稳健；例如，如果直接使用来自新瓶的新鲜的无水乙腈和吡啶，则无需另外的干燥步骤。在一些实施例中，接触时间保持在相同的长度，例如6分钟。在一些实施例中，可以增加溶液的总量以将例如XH的试剂的当量维持在较低的浓度。在一些实施例中，使用在吡啶/水中的碘进行氧化，这是更安全的并且提供提高的纯度和/或产率。在一些实施例中，可以优化固体载体，例如CPG；例如，在一些实施例中，具有以下第一碱负载的CPG：约例如50-90、60-70、60-80、60-90、70-80、70-90umol/g等和/或例如0.1-0.3、0.1-0.15、0.1-0.2、0.1-0.25、0.15-0.2、0.15-0.25、0.15-0.3、0.20-0.21、0.20-0.22、0.20-0.23、0.20-0.24、0.20-0.25、0.20-0.26、0.20-0.27、0.20-0.28、0.20-0.29、0.20-0.30、0.22-0.23、0.22-0.24、0.22-0.25、0.22-0.26、0.22-0.27、0.22-0.28、0.22-0.29、0.22-0.30、0.25-0.26、0.25-0.27、0.25-0.28、0.25-0.29、0.25-0.30、0.26-0.27、0.26-0.28、0.26-0.29、0.27-0.28、0.27-0.29、0.27-0.3、0.28-0.29、0.28-0.3、0.29-0.3cc/g等的体密度。

在一些情况下，粗寡核苷酸是用各种色谱技术纯化的，例如以下项中描述的那些：US 9598458、US 9744183、US 9605019、US 9394333、US 8859755、US 20130178612、US8470987、US 8822671、US 20150211006、US20170037399、US20180216107、US 20180216108、US 20190008986、WO 2017/015555、WO 2017/015575、WO 2017/062862、WO 2017/160741、WO2017/192664、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/022473、WO 2018/067973、WO2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784等。

实例5.所提供的技术可以高效地提供寡核苷酸。

除其他事项外，所提供的技术特别可用于以高产率和/或纯度并任选地精确控制每种寡核苷酸的化学和立体化学来高效合成寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了用于以板格式制备寡核苷酸的集合的方法。以下描述了以可用于板格式的规模平行合成寡核苷酸的示例程序。在一些实施例中，本披露提供了用于高通量制备寡核苷酸的技术，其任选地独立控制每种寡核苷酸的化学修饰和立体化学。本领域技术人员理解，确切的条件(例如溶剂、浓度、反应时间等)可以进一步调节。

以在异丁腈、乙腈或其组合中0.1M制备DPSE(用于手性控制的核苷酸间键联)和氰基乙基亚酰胺(amidite)(用于立体随机或磷酸酯核苷酸间键联)。典型地使用异丁腈。在一些实施例中，使用异丁腈和乙腈的组合。在一些实施例中，将例如约10％、15％、20％等的二氯甲烷或四氢呋喃用于某些亚酰胺。使用1umol标准CPG柱。也可以使用其他载体，例如，Nittophase(例如，

固体载体，

HL固体载体等)、通用载体等。在一些实施例中，将96个1-umol柱的板用于合成，其中每个柱可以独立地并且任选地用于制备设计的寡核苷酸，其中根据需要控制其结构元素。在一些实施例中，如果将C18筒纯化用于纯化，则以DMT存在进行合成。使用的实例试剂是：

解封溶液-二氯甲烷中3％三氯乙酸

活化剂1-在乙腈中0.25M ETT

活化剂2-在乙腈中0.5M CMIMT

加帽A-四氢呋喃/2，6-二甲基吡啶/乙酸酐(80/10/10)

氧化-在THF/吡啶/H₂O(70/20/10)中0.02M碘

硫醇化试剂-在吡啶中的0.2M苍耳烷氢化物

加帽B-在THF中16％n-甲基咪唑

典型的循环是如下：

解封；然后双偶联；然后仅加帽A；然后氧化或硫醇化；然后加帽A和B(典型地1∶1)

所有的亚酰胺典型地是双偶联的。每次偶联是相对于扩大中的链的9.5当量的亚酰胺。活化剂1典型地与氰乙基亚酰胺一起使用。活化剂2典型地与DPSE亚酰胺一起使用。活化剂1/氰乙基亚酰胺比率典型地是2.9。活化剂2/DPSE亚酰胺比率典型地是5.8。取决于亚酰胺，偶联时间范围从约2至6分钟。

合成寡核苷酸链后，脱保护的第一步典型地是二乙胺洗涤：将400uL的20％DEA加入每根柱中并使其经5分钟排过，然后完全渡过。将洗涤再重复两次，总计1200uL和15分钟。然后将寡核苷酸/固体载体用5x200uL的乙腈洗涤并通过抽真空干燥。在一些实施例中，步骤利用保持5’-保护基团存在的试剂和/或条件；例如，在一些实施例中，第二步骤保持DMT存在。在一些实施例中，所提供的技术包括另外的碱。本领域技术人员理解，根据本披露，可以鉴于载体的类型、2’-修饰，存在或不存在5’-保护(例如DMT)等来调节条件和/或试剂。在一些实施例中，第二脱保护步骤是用DMF/水/TEA/TEA.3HF然后氢氧化铵的处理：二甲基甲酰胺/水/三乙胺/三乙胺-三氢氟化物溶液是按以下比率制备的：TEA.3HF 0.5mL；TEA0.877mL；DMF 7.77mL；和水1.55mL。将250uL的此氟化物溶液加入固体载体，例如CPG，并在室温下温育合适的时间段，例如5h。然后直接加入375uL的NH₄OH，并将其在35℃下温育24h。使用96孔板过滤器(PTFE 0.45uM)过滤样品。然后将它们用4x250uL的水洗涤。然后任选地通过筒纯化和/或其他纯化方法纯化产物。在一些实施例中，可以在一个或多个纯化过程期间除去DMT。可替代地，可以在纯化(例如HPLC、UPLC等)之前除去5’-保护基团，例如DMT。

实例6.所提供的技术可以显著简化操作。

除其他事项外，所提供的技术可以大大改善操作，特别是对于大规模寡核苷酸合成。如本领域技术人员所理解的，对于不同的步骤将固体载体从容器转移到容器会显著降低效率并增加成本。在一些实施例中，本披露提供了用于柱上进行在传统的寡核苷酸合成中典型地离柱进行的某些过程的技术，从而改善效率和/或降低成本。在一些实施例中，本披露提供了用于柱上脱保护和/或裂解的技术。在一些实施例中，所提供的技术改善可扩展性。下面描述实例。

柱上除去手性助剂。

在一些实施例中，本披露提供了用于柱上除去手性助剂的技术。例如，在一些实施例中，在柱上除去DPSE助剂。在一些实施例中，将TEA-HF混合物装入反应容器(100mL/mmol)中。将反应容器以向上流动取向连接到柱。使用合适的泵在合适的温度(在一些实施例中，室温)下使TEA-HF混合物循环6+/-0.5小时，以完成DPSE手性助剂的除去。在此步骤期间，可能有一些产物从载体上裂解下来，例如大约80％。手性助剂的脱保护典型地在6+/-0.5小时后完成。用DMSO：水(5：1)溶液以合适的量(例如1cv)从柱冲洗TEA-HF混合物以从柱除去TEA-HF混合物，所述步骤可防止在下一步中加入氢氧化铵时发生沉淀。在一些实施例中，将反应和/或容器冷却至例如0℃。

产物从载体的柱上裂解。

在一些实施例中，通过在室温下用氢氧化铵(200mL/mmol)处理30分钟，将剩余产物从载体上裂解下来。用1cv的新鲜氢氧化铵冲洗柱，以完成从柱回收产物。在一些实施例中，将来自裂解步骤的产物溶液收集在与包含手性助剂的柱上除去产物溶液的容器不同的单独容器中。

脱保护。

在搅拌下将氢氧化铵产物溶液转移到TEA-HF产物容器中。升高温度并在37+/-2℃下保持24小时。在一些实施例中，维持升高的温度对于完全除去某些保护基团(例如鸟嘌呤碱基的环外环上的iBu)至关重要。申请人指出温度不能太高。在一些实施例中，观察到如果反应温度高(例如45℃)，则粗样品中的磷酸酯含量(而不是所需的硫代磷酸酯核苷酸间键联)可能增加。

过滤。

脱保护的粗物质用10uM过滤器过滤然后用0.45uM过滤器过滤。在一些实施例中，第二过滤保护纯化设备(例如，泵、柱等)和/或促进纯化过程。

制备TEA.HF的1X溶液(1L)的实例配方

实例WV-3473裂解和脱保护参数

实例7.呈固体或溶液的寡核苷酸产物。

本披露可以提供呈各种形式的寡核苷酸产物。在一些实施例中，产物以固体形式提供。在一些实施例中，产物以溶液形式(例如在水、盐溶液或缓冲液中)提供。

在一些实施例中，例如，将产物(例如来自以上实例的WV-3473)冻干并包装在例如HDPE瓶中。可以通过将冻干的固体在适当的媒介物(例如水、盐溶液、生理盐水等)中重构至合适的目标浓度来制备用于施用的药物产品。

在一些实施例中，以典型地高浓度(与用于施用于受试者的浓度相比)溶液形式提供产物，例如来自以上实例的WV-3473。根据本披露可以利用各种溶剂。例如，在一些实施例中，溶剂是水(例如，注射级水)。在一些实施例中，溶剂是盐溶液，例如用于药物配制、注射等中的生理盐水溶液。在一些实施例中，溶剂是缓冲液，例如PBS、DPBS等。在施用于受试者之前，可以使用适当的媒介物(例如水、盐溶液、生理盐水等)将产物重构至合适的目标浓度。在一些实施例中，液体配制品提供某些益处，例如，在一些实施例中，消除冻干过程并且相关操作提供了高产物纯度和/或产率。在一些实施例中，液体配制品(液体药物)简化了药物产品装瓶步骤、改善了效率、和/或降低了成本。

下面描述的是在最终DF步骤期间使用DPBS作为渗滤(DF)缓冲液的程序。如本领域技术人员所理解的，可以利用各种其他溶液，例如盐溶液、缓冲液(例如PBS)等。寡核苷酸是WV-3473，其是用于各种过程化学技术的测试寡核苷酸。

某些设备、原材料和加工助剂

DPBS 1x(无钙，无镁)介质配制品

组分	MW	浓度(mg/L)	mM
				氯化钾(KCl)	75.0	200.0	2.6666667
磷酸二氢钾(KH<sub>2</sub>PO<sub>4</sub>)	136.0	200.0	1.4705882
				氯化钠(NaCl)	58.0	8000.0	137.93103
磷酸氢二钠(Na<sub>2</sub>HPO<sub>4</sub>-7H<sub>2</sub>O)	268.0	2160.0	8.059702

实例超滤(UF)/DF单元操作流程：初始浓缩(UF)(目标20mg/mL)，然后是第一渗滤(DF)(渗透物电导率：≤1mS/cm)，然后是第二渗滤(DF)(DPBS，≥10DV，pH 7)，然后最终浓缩&冲洗(DPBS)(目标≥36mg/mL)。

WV-3473的初始浓缩(UF)

将2X0.1M² 2K

切片纤维素膜置于

智能TFF系统上并且所述单元用0.5N NaOH和WFI清洗。然后将20L LDPE瓶中的来自纯化步骤的合并样品(13.8L，362，112OD)附接到与系统连接的外部蠕动泵上。

目标浓度是600OD/mL的情况下，使用WIRC2100称重传感器模块在“自动”模式下将再循环进料罐重量设置为600g(600mL)。然后通过逆时针旋转旋钮将渗透控制阀完全打开。在循环泵设置为30％且目标TMP是2.5-3.0巴的情况下，小心地将渗余物压力控制阀顺时针旋转，直到PIR²600记录2.5-3.0巴的值。在这些设置的情况下，记录了最高达77g/min的初始渗透流速。然后如下概述的进行初始超滤：

初始UF：

用水进行第一次渗滤(DF)：在进料罐中将样品浓缩至600mL，600OD/mL后，将20LLDPE瓶替换为20L的WFI袋，并附接至外部蠕动泵。使用上面设置的相同条件，进行渗滤(DF)，直到渗透物电导率是≤1000μS/cm，如下概述：

使用DPBS进行第二次渗滤(DF)：如上所述的DF之后，将WFI袋替换为6L的DPBS，并附接到外部蠕动泵。使用上面设置的相同条件，使用DPBS进行最终渗滤(DF)，直到已交换10DV。在此步骤期间，pH从8.65降至7.03。测得的最终渗透物电导率是≥13mS/cm。以下概述一组实例参数：

最终浓缩和冲洗：在完成DPBS DF步骤之后，通过将WIRC2100称重传感器模块设置为“关闭”模式来停止外部蠕动泵。保持如上所述的所有其他参数，将样品浓缩直至进料罐重量是100g(100mL)。然后，通过逆时针旋转旋钮将l渗余物压力控制阀完全打开。然后通过顺时针旋转旋钮将l渗透控制阀完全关闭。在循环泵设置为70％的情况下，然后将产物排入500mL无菌康宁瓶中。用2X50mL的DPBS冲洗进料罐，并将冲洗物排入两个单独的150mL无菌康宁瓶中。然后测量这三个瓶的OD，以确定产率和回收率。然后将本体产物和两次冲洗物合并以获得浓度为1523OD/mL的产物。下面概述实例结果：

实例8.粗产物的UF/DF。

在一些实施例中，所提供的技术包括在一个或多个纯化步骤之前除去试剂、副产物、盐等。在一些实施例中，除去此类化学品有助于保护仪器、促进操作、改善效率和结果、和/或降低成本。下面描述使用UF/DF的实例。

将粗WV-3473过滤(0.22uM)并在2℃下储存。在一些实施例中，在储存时，发生沉淀并且溶液可能变成浑浊的混浊混合物，例如，不旨在受任何理论的限制，由于粗溶液中存在的盐、有机溶剂等。典型地，当将混合物的样品用水(例如，X5)稀释时，形成澄清溶液。也可以将混浊的物质过滤(0.22uM)，产生澄清的溶液。

在一个实例程序中，将过滤后的粗物质(600mL，61，200OD)用水稀释X5到5L的介质瓶中。使用

智能TFF系统用0.1M² 2K

切片纤维素膜，实例样品UF/DF参数和数据概括如下：

实例9.实例合成后过程

可以利用各种技术来对寡核苷酸进行纯化、配制等。以下描述了可用于寡核苷酸的合成后加工的某些示例过程，包括纯化、UF厂DF，冻干等。在一些实施例中，所提供的技术包括阴离子交换树脂纯化。在一些实施例中，所提供的技术包括AEX纯化。在一些实施例中，使用LEWA纯化垫木(skid)以20mg/mL负载为目标在TSKgel SuperQ 5PW(20μm)上进行AEX纯化。在一些实施例中，阴离子交换树脂提供改善的纯化纯度和产率。在一些实施例中，虽然在VirTis Lyo系统上进行冻干，但是在

高级系统上进行UF/DF。在一些实施例中，在CPG固体载体上以例如1.26mmol制备寡核苷酸，例如WV-3473。例如，在一些实施例中，制备包括固相合成(1.26mmol)，然后脱甲硅基(1X溶液)(除去DPSE助剂)，然后裂解和脱保护(浓NH₄OH)，然后纯化(TSKgel SuperQ 5PW)，然后UF/DF(

2K)然后冻干(其可以任选地替换为UF/DF，如果产物寡核苷酸以例如如上述实例中所述的高浓度溶液提供)。

某些缩写：

ACN	乙腈
		AEX	阴离子交换色谱法
C&D	裂解和脱保护
		cGMP	动态药品生产管理规范(Current Good Manufacturing Practice)
DNA	脱氧核糖核酸
		DPSE	(S)-2-(甲基二苯基甲硅烷基)-1-((S)-吡咯烷-2-基)-乙-1-醇
HDPE	高密度聚乙烯
		LC/MS	液相色谱法/质谱法
MP	模拟池
		MWCO	截留分子量
NA	不适用
		NLT	不小于
NMT	不大于
		OD	光学密度
OP 4OO	Oligo Pilot400合成器
		TFF	切向流过滤
UF/DF	超滤/渗滤
		UPLC	超高压液相色谱法
UV	紫外线

实例色谱法。

实例TSKgel SuperQ 5PW(20μm)柱填充条件

压缩系数：1.20

目标≥10巴(150psi)以填充柱

填充前定义2-3次

填充前的浆料浓度：65％-70％

填充缓冲液：20％乙醇

使柱在压力下(DAC模式)过夜以使床沉降

在20mg/mL负载下，在2℃至8℃下储存后，在经中和的级分中观察到沉淀

实例柱效测试

实例色谱法工艺参数

超滤(UF)/渗滤(DF)

UF/DF工艺参数。在一些实施例中，如果膜通过再利用测试，则其可以被再利用。

冷冻干燥

实例冷冻干燥参数

实例10.可用于立体选择性合成的某些化合物的制备。

除其他事项外，本披露提供了例如具有式I、I-a、I-a-1、I-a-2、I-b、I-c、I-d、I-e、II、II-a、II-b、III、III-a、或III-b的化合物或其盐，其可用于立体选择性合成例如以提供用于亚磷酰胺和/或寡核苷酸合成的手性助剂。在一些实施例中，本披露提供了用于制备手性控制的核苷酸间键联的技术(例如，手性助剂、亚磷酰胺、循环、条件、试剂等)。在一些实施例中，提供的技术特别可用于制备包含P-N＝(其中P是键联)的某些核苷酸间键联，例如，非负电荷核苷酸间键联、中性核苷酸间键联等。在一些实施例中，该键联磷是三价的。在一些实施例中，该键联磷是五价的。在一些实施例中，此类核苷酸间键联具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构。在本文实例中描述了某些示例技术(手性助剂及其配制品、亚磷酰胺及其配制品、循环、条件、试剂等)。除其他事项外，当与参考手性助剂(例如，式O、P、Q、R或DPSE的手性助剂)相比时，此类手性助剂提供更温和的反应条件、更高的官能团相容性、可替代的脱保护和/或裂解条件、更高的粗品和/或纯化的产率、更高的粗品纯度、更高的产物纯度、和/或更高的(或基本上相同的或相当的)立体选择性。

两个批次并行：在-70℃，向甲基苯磺酰基(102.93g，658.96mmol，1.5当量)在THF(600mL)的溶液中逐滴添加KHMDS(1M，658.96mL，1.5当量)，并缓慢地经30min温热至-30℃。然后将混合物冷却至-70℃。在-70℃，逐滴添加化合物1(150g，439.31mmol，1当量)在THF(400mL)中的溶液。将混合物在-70℃下搅拌3hr。TLC(石油醚：乙酸乙酯＝3：1，Rf＝0.1)指示化合物1被完全消耗，并且检测到一个具有较大极性的主要的新斑点。合并2个批次。通过添加饱和NH₄Cl(水性，1000mL)将反应混合物淬灭，然后用EtOAc(1000mLx3)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出1000mL溶液。然后添加MeOH(600mL)，在减压下浓缩以给出1000mL溶液，然后将残余物过滤并用MeOH(150mL)洗涤；将残余物用THF(1000mL)和MeOH(600mL)溶解，然后在减压下浓缩以给出1000mL溶液。然后过滤以给出残余物，并用MeOH(150mL)洗涤。并且再重复一遍。获得呈白色固体的化合物2(248g，粗品)。并将合并的母液在减压下浓缩以给出呈黄色油的化合物3(200g，粗品)。

化合物2；¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.80(d，J＝7.5Hz，2H)，7.74-7.66(m，1H)，7.61-7.53(m，2H)，7.47(d，J＝7.5Hz，6H)，7.24-7.12(m，9H)，4.50-4.33(m，1H)，3.33(s，1H)，3.26(ddd，J＝2.9，5.2，8.2Hz，1H)，3.23-3.10(m，2H)，3.05-2.91(m，2H)，1.59-1.48(m，1H)，1.38-1.23(m，1H)，1.19-1.01(m，1H)，0.31-0.12(m，1H)。

化合物WV-CA-108的制备。

向化合物2(248g，498.35mmol，1当量)在THF(1L)中的溶液中添加HCl(5M，996.69mL，10当量)。将混合物在15℃搅拌1hr。TLC(石油醚：乙酸乙酯＝3∶1，Rf＝0.03)指示化合物2被完全消耗，并且检测到一个具有较大极性的主要的新斑点。将所得混合物用MTBE(500mLx3)洗涤。将合并的有机层用水(100mL)反萃取。将合并水层用5MNaOH水溶液调节至pH12，并用DCM(500mLx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥、过滤并浓缩以得到白色固体。获得呈白色固体的WV-CA-108(122.6g，粗品)。

¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.95(d，J＝7.5Hz，2H)，7.66(t，J＝7.5Hz，1H)，7.57(t，J＝7.7Hz，2H)，4.03(ddd，J＝2.6，5.3，8.3Hz，1H)，3.37-3.23(m，2H)，3.20-3.14(m，1H)，2.91-2.75(m，3H)，2.69(br s，1H)，1.79-1.54(m，5H)；¹³C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝139.58，133.83，129.28，127.98，67.90，61.71，59.99，46.88，25.98，25.84；LCMS[M+H]⁺：256.1。LCMS纯度：100％。SFC 100％纯度。

除其他事项外，本披露涵盖了以下认识：反应中使用的碱(例如，从化合物1到化合物2)可影响此类反应的立体选择性。某些示例结果如下所述：

化合物WV-CA-237的制备。

向化合物3(400.00g，803.78mmol)在THF(1.5L)中的溶液中添加HCl(5M，1.61L)。将混合物在15℃搅拌2hr。TLC指示化合物3被完全消耗，并且检测到一个具有较大极性的主要的新斑点。将所得混合物用MTBE(500mLx3)洗涤。将合并水层用5M NaOH水溶液调节至pH12，并用DCM(500mLx1)和EtOAc(1000mLx2)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥，过滤，并浓缩以得到棕色固体。获得呈棕色固体的WV-CA-237(100g，粗品)。

将残余物通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝3/1至乙酸乙酯：甲醇＝1：2)纯化以给出24g粗品。然后将4g残余物通过制备型HPLC(柱：Phenomenex lunaC18250x50mmx10um；流动相：[水(0.05％HCl)-ACN]；B％：2％→20％，15min)进行纯化以给出呈白色固体的所希望的化合物(2.68g，产率65％)。获得呈白色固体的WV-CA-237(2.68g)。WV-CA-237：¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.98-7.88(m，2H)，7.68-7.61(m，1H)，7.60-7.51(m，2H)，4.04(dt，J＝2.4，5.6Hz，1H)，3.85(ddd，J＝3.1，5.6，8.4Hz，1H)，3.37-3.09(m，3H)，2.95-2.77(m，3H)，1.89-1.53(m，4H)，1.53-1.39(m，1H)；¹³C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝139.89，133.81，133.70，129.26，129.16，128.05，127.96，68.20，61.77，61.61，61.01，60.05，46.67，28.02，26.24，25.93；LCMS[M+H]⁺：256.1。LCMS纯度：80.0％。SFC dr＝77.3：22.7。

向化合物4(140g，410.02mmol)在THF(1400mL)中的溶液中添加甲基苯磺酰基(96.07g，615.03mmol)，然后在0.5hr添加KHMDS(1M，615.03mL)。将混合物在-70至-40℃搅拌3hr。TLC指示化合物4被消耗并且形成一个新的斑点。在0℃，将反应混合物通过添加饱和NH₄Cl水溶液3000mL淬灭，然后用EtOAc(3000mL)稀释并用EtOAc(2000mLx3)萃取。经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出残余物。向粗品中添加THF(1000mL)和MeOH(1500mL)，在45℃在减压下浓缩直至剩余约1000mL残余物，过滤固体。重复3次数。获得呈黄色固体的化合物5(590g，72.29％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.81(d，J＝7.5Hz，2H)，7.75-7.65(m，1H)，7.62-7.53(m，2H)，7.48(br d，J＝7.2Hz，6H)，7.25-7.11(m，9H)，4.50-4.37(m，1H)，3.31-3.11(m，3H)，3.04-2.87(m，2H)，1.60-1.48(m，1H)，1.39-1.24(m，1H)，1.11(dtd，J＝4.5，8.8，12.8Hz，1H)，0.32-0.12(m，1H)。

化合物WV-CA-236的制备。

向化合物5(283g，568.68mmol)在THF(1100mL)中的溶液中添加HCl(5M，1.14L)。将混合物在25℃搅拌2hr。TLC指示化合物5被消耗，并且形成两个新的斑点。将反应混合物用MTBE(1000mL x3)洗涤，然后在0℃将水相通过添加NaOH(5M)进行碱化直至pH＝12，然后用DCM(1000mLx3)萃取以给出残余物，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出残余物。获得呈黄色固体的化合物WV-CA-236(280g，1.10mol，96.42％产率)。

在0℃，将粗产物添加至HCl/EtOAc(1400mL，4M)，2hr后，过滤白色固体并用MeOH(1000mLx3)洗涤固体。LCMS显示固体含有另一个峰(MS＝297)。然后向白色固体添加H₂O(600mL)并用DCM(300mLx3)洗涤。向水相添加NaOH(5M)直至pH＝12。然后用DCM(800mL)稀释，并用DCM(800mLx4)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出产物。获得呈黄色固体的化合物WV-CA-236(280g)。¹H NMR(400MHz，氯仿.d)δ＝8.01-7.89(m，2H)，7.69-7.62(m，1H)，7.61-7.51(m，2H)，4.05(ddd，J＝2.8，5.2，8.4Hz，1H)，3.38-3.22(m，2H)，3.21-3.08(m，1H)，2.95-2.72(m，4H)，1.85-1.51(m，4H)；¹³C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝139.75，133.76，129.25，127.94，67.57，61.90，60.16，46.86，25.86。LCMS[M+H]⁺：256.LCMS纯度：95.94.SFC纯度：99.86％。

在-70℃下，向1-甲氧基-4-甲基磺酰基-苯(36.82g，197.69mmol)在THF(500mL)中的溶液中添加KHMDS(1M，197.69mL)，0.5hr后在-70℃下添加在THF(400mL)中的化合物4(45g，131.79mmol)。将混合物在-70℃→-30℃下搅拌4hr，并且然后在-70℃下向混合物中添加KHMDS(1M，131.79mL)。将混合物在-70℃下搅拌1hr。TLC指示残留化合物4，并检测到两个新斑点。将反应混合物通过饱和NH₄Cl(水性300mL)淬灭，并然后用EtOAc(500mL×3)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并且在减压下浓缩以给出残余物。将残余物溶于THF(800mL)和MeOH(500mL)中，并然后在减压下浓缩直至剩下200mL溶剂。向混合物中添加MeOH(500mL)并在减压下浓缩至剩下200mL溶剂并出现固体。过滤固体以给出产物。重复研磨2次。获得呈棕色固体的化合物6(49.8g，71.61％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.73-7.66(m，2H)，7.46(d，J＝7.5Hz，6H)，7.24-7.11(m，9H)，7.04-6.96(m，2H)，4.37(td，J＝3.1，8.3Hz，1H)，3.94-3.88(m，3H)，3.36(s，1H)，3.26-3.10(m，3H)，3.00-2.89(m，2H)，1.58-1.45(m，1H)，1.37-1.23(m，1H)，1.15-1.00(m，1H)，0.26-0.10(m，1H)。

化合物WV-CA-241的制备。

向化合物6(50g，94.76mmol)在THF(250mL)中的溶液中添加HCl(5M，189.51mL)。将混合物在20℃搅拌3hr。TLC指示化合物6被消耗，并且形成两个新的斑点。将反应混合物用MTBE(200mL×3)萃取并丢弃MTBE相。并且然后向水相中添加5M NaOH(水性)至pH＝9并用DCM(200mLx5)萃取。将合并的有机层用盐水(100mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出产物。获得呈无色油状物的WV-CA-241(27g，98.10％产率，LCMS纯度：98.24％纯度)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.83-7.76(m，2H)，6.98-6.91(m，2H)，4.00(ddd，J＝2.9，5.0，8.4Hz，1H)，3.81(s，3H)，3.33-3.07(m，5H)，2.87-2.75(m，2H)，1.74-1.49(m，4H)；¹³CNMR(101MHz，氯仿-d)δ＝163.79，131.10，130.21，114.44，67.66，61.88，60.25，55.69，46.85，25.84，25.81。LCMS[M+H]⁺：286.1.LCMS纯度：98.24％。SFC：dr＝0.18：99.82。LCMS纯度：99.9％；SFC纯度：99.82％。

在-60℃下，向2-甲基磺酰基丙烷(32.21g，263.59mmol)在THF(1200mL)中的溶液中滴加KHMDS(1M，263.59mL)，并经30min缓慢温热至-30℃。然后将混合物冷却至-70℃。将30min，在-70℃→60℃下滴加化合物4(60g，175.72mmol)在THF(300mL)中的溶液。将混合物在-70℃→60℃下搅拌2hr。TLC显示化合物4被消耗并且检测到新斑点。将反应混合物用饱和水性NH₄Cl(800mL)淬灭，并然后用EtOAc(1Lx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥，过滤并浓缩。获得呈黄色油状物的化合物7(95g，粗品)。

化合物WV-CA-242的制备。

向化合物7(95g，204.90mmol)在THF(400mL)中的溶液中添加HCl(5M，409.81 mL)。将该混合物在0℃→25℃下搅拌2hr。TLC指示化合物7被消耗并且形成一个新的斑点。将反应混合物用MTBE(300mLx3)洗涤，然后在0℃将水相通过添加NaOH(5M)进行碱化直至pH＝12，然后用DCM(300mLx3)萃取以给出残余物，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出残余物。获得呈黄色油状物的化合物WV-CA-242(45g，，99.23％产率)。LCMS[M+H]⁺：222.0。

化合物WV-CA-242为纯化。

将WV-CA-242(45g，203.33mmol)、(E)-3-苯基丙-2-烯酸(30.12g，203.33mmol)在EtOH(450mL)中的溶液在80℃下搅拌1hr。将反应真空浓缩。将残余物溶于TBME(400mL)，并然后在80℃下搅拌15min，并然后向混合物中添加EtOH(20mL)和MeCN(30mL)，并然后将混合物过滤，并将滤饼用TBME(30mLx2)洗涤并然后重复8次。获得呈红色固体的盐(35g，粗品)。

向盐(34g，92.02mmol)在H₂O(20mL)中的溶液中添加5NNaOH水溶液(5M，36.81mL)。将混合物在25℃下搅拌10min。将反应用DCM(100mLx8)萃取，并然后将有机相真空浓缩。获得呈灰白色固体的化合物WV-CA-242(18.9g，91.09％产率，LCMS纯度：98.16％)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝4.13(ddd，J＝2.1，4.6，9.5Hz，1H)，3.38(spt，J＝6.9Hz，1H)，3.23-3.14(m，2H)，3.01(dd，J＝2.1，14.4Hz，1H)，2.95-2.91(m，2H)，1.83-1.60(m，4H)，1.40(dd，J＝4.0，6.8Hz，6H)；¹³CNMR(101MHz，氯仿-d)δ＝67.45，61.71，53.93，53.42，46.80，25.86，5.43，16.03，14.17。LCMS[M+H]⁺：222.1.LCMS纯度：98.17％。

在-70℃下，向2-甲基-2-(甲基磺酰基)丙烷(14.96g，109.83mmol)在THF(150mL)中的溶液中滴加KHMDS(1M，109.83mL)，并经30min缓慢温热至-30℃。然后将混合物冷却至-70℃。在-70℃下滴加化合物4(25.00g，73.22mmol)在THF(100mL)中的溶液。将混合物在-70℃搅拌4hr。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1Rf＝0.3)显示化合物4残留很少，并且检测到一个具有较大极性的主要的新斑点。通过添加饱和NH₄Cl(水性，100mL)将反应混合物淬灭，然后用EtOAc(100mLx3)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出30mL溶液。然后添加MeOH(30mL)，在减压下浓缩以给出30mL溶液，然后将残余物过滤并用MeOH(10mL)洗涤；将残余物用THF(30mL)和MeOH(30mL)溶解，并且然后在减压下浓缩以给出30mL溶液。然后过滤以给出残余物，并用MeOH(10mL)洗涤。并且再重复一次以给出21g白色固体和20g棕色油状物。获得呈白色固体的化合物8(21g，粗品)，并获得呈棕色油状物的化合物8A(20g，粗品)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.56(d，J＝7.5Hz，6H)，7.32-7.23(m，6H)，7.21-7.14(m，3H)，4.85-4.68(m，1H)，3.52-3.43(m，4H)，3.41(td，J＝3.8，8.1Hz，1H)，3.28(td，J＝8.5，11.9Hz，1H)，3.09-2.91(m，2H)，2.78(dd，J＝2.6，13.6Hz，1H)，1.65-1.50(m，1H)，1.37(s，10H)，1.16-0.98(m，2H)，0.39-0.21(m，1H)。LCMS[M+H]⁺：235.9。

化合物WV-CA-243的制备。

向化合物8(20g，41.87mmol)在THF(200mL)中的溶液中添加HCl(5M，83.74mL)。将混合物在15℃搅拌3hr。TLC指示化合物8被完全消耗，并且检测到一个具有较大极性的主要的新斑点。将所得混合物用MTBE(100mLx3)洗涤。将合并水层用5M NaOH水溶液调节至pH12，并用DCM(50mLx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥、过滤并浓缩以得到白色固体。获得呈白色固体的WV-CA-243(9g，90.42％产率，99％纯度)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ4.18(ddd，J＝2.8，5.8，8.2Hz，IH)，3.29-3.21(m，1H)，3.19(d，J＝2.6Hz，1H)，3.16-3.08(m，1H)，2.92(t，J＝6.6Hz，2H)，2.74(br s，1H)，1.92-1.81(m，1H)，1.81-1.61(m，3H)，1.42(s，10H)；¹³CNMR(101MHz，氯仿-d)δ＝68.01，62.00，59.73，49.79，46.96，26.77，25.80，23.22。LCMS[M+H]⁺：236.1.LCMS纯度：99.46％。

向Mg的(氯甲基)(苯基)硫烷(17.08g，702.90mmol，4当量)和I₂(0.50g，1.97mmol，396.83uL，1.12-2当量)在THF(100mL)中的溶液中添加1，2-二溴乙烷(1.25g，6.63mmol，0.5mL，3.77-2当量)。一旦混合物变为无色，在10℃-20℃下滴加在THF(100mL)中的氯甲基硫烷基苯(111.51g，702.90mmol，4当量)持续1hr。添加后，将混合物在10℃-20℃下搅拌1hr，大部分Mg被消耗。并且然后在-78℃下将该混合物添加在化合物1(60g，175.72mmol，1当量)在THF(600mL)中的混合物中，将混合物在-78℃-20℃下搅拌4hr。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝9∶1，Rf＝0.26)指示残留化合物1并且形成两个新的斑点。通过在0℃下添加水(100mL)淬灭反应混合物，并然后用EtOAc(100mL×3)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并且在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝200/1至10：1)纯化两次。获得呈白色固体的化合物9(80g，171.80mmol，97.77％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.52(d，J＝7.5Hz，6H)，7.31-7.09(m，14H)，4.24-4.14(m，1H)，3.54-3.44(m，1H)，3.30-3.18(m，1H)，3.08-2.96(m，1H)，2.91(s，1H)，2.80(d，J＝7.0Hz，2H)，1.69-1.53(m，1H)，1.39-1.30(m，1H)，1.15-1.01(m，1H)，0.30-0.12(m，1H)。

化合物WV-CA-244的制备。

向化合物9(80g，171.80mmol，1当量)在EtOAc(350mL)中的溶液中添加HCl(5M，266.30mL，7.75当量)。将混合物在15℃搅拌18hr。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝9∶1，Rf＝0.01)指示化合物9被消耗并形成了新斑点。将反应混合物用MTBE(200mL×3)萃取并丢弃MTBE相。并且然后向水相中添加2M NaOH(水性)至pH＝9并用EtOAc(200mLx5)萃取。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出粗产物。在70℃下向粗产物中添加EtOAc(100mL)。将混合物在70℃→20℃下搅拌1hr。将反应混合物过滤，并将滤饼干燥以给出产物。获得呈白色固体的WV-CA-244(31.9g，142.84mmol，94.66％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.37(d，J＝7.5Hz，2H)，7.26(t，J＝7.7Hz，2H)，7.20-7.12(m，1H)，3.74-3.65(m，1H)，3.24-3.15(m，1H)，3.13-3.00(m，2H)，3.00-2.21(m，4H)，1.77-1.59(m，4H)；¹³C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝136.04，129.35，128.95，126.15，70.75，61.64，46.86，38.54，25.86，25.17。LCMS[M+H]⁺：224.1.LCMS纯度：99.57％。

在-70℃→-40℃下向4-甲基磺酰基苄腈(47.76g，263.59mmol，1.5当量)在THF(800mL)中的溶液中添加KHMDS(1M，263.59mL，1.5当量)，0.5hr后，在-70℃下，添加在THF(400mL)中的化合物4(60.00g，175.72mmol，1当量)。将混合物在-70℃搅拌2.5hr。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1，R_f＝0.4)指示化合物4被消耗，并且形成一个新斑点。通过在0℃下添加饱和NH₄Cl(20mL)来淬灭反应混合物并用DCM(600mLx3)萃取。经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物用MeOH(500mLx5)洗涤以获得呈黄色固体的化合物10(28g，53.57mmol，30.49％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.84-7.74(m，2H)，7.73-7.65(m，2H)，7.32(d，J＝7.2Hz，6H)，7.15-6.99(m，9H)，4.20(td，J＝2.9，5.6Hz，1H)，3.22(ddd，J＝3.1，5.7，8.3Hz，1H)，3.12-3.03(m，2H)，3.02-2.92(m，1H)，2.90-2.77(m，2H)，1.39-1.26(m，1H)，1.20-0.93(m，2H)，0.13-0.11(m，1H)。

化合物WV-CA-238的制备。

向化合物10(28g，53.57mmol，1当量)在DCM(196mL)中的溶液中添加TFA(12.22g，107.15mmol，7.93mL，2当量)。将混合物在0℃搅拌3hr。TLC和LCMS指示化合物10已消耗，并且有两个新斑点形成。将反应混合物用MTBE(100mLx3)洗涤，然后在0℃将水相通过添加NaOH(5M)进行碱化直至pH＝12，然后用DCM(50mL x3)萃取以给出残余物，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出残余物。获得呈黄色固体的化合物WV-CA-238(9.5g，33.42mmol，62.38％产率，98.62％纯度)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝8.09(d，J＝8.4Hz，2H)，7.87(d，J＝8.4Hz，2H)，4.06(ddd，J＝2.9，4.9，8.3Hz，1H)，3.38-3.16(m，3H)，2.96-2.79(m，2H)，1.81-1.64(m，3H)，1.61-1.45(m，1H)。¹³CNMR(101MHz，氯仿-d)δ＝144.05，132.88，128.93，117.48，117.15，67.63，61.50，60.09，46.83，25.88，25.55。LCMS[M+H]⁺：281.1.LCMS纯度：98.62％。SFC：dr＝99.75：0.25。

在-60℃下向甲基亚磺酰基苯(25g，178.31mmol，1.5当量)在THF(400mL)中的溶液中滴加KHMDS(1M，178.31mL，1.5当量)，并经30min缓慢温热至-30℃。然后将混合物冷却至-70℃。在-70℃下滴加化合物4(40.59g，118.88mmol，1当量)在THF(100mL)中的溶液。将混合物在-70℃→-50℃下搅拌2hr。TLC(石油醚：乙酸乙酯＝3∶1)显示残留化合物4。将反应混合物冷却至-70℃，另外添加KHMDS(1M，40mL)，并在-70℃→～-40℃下搅拌2hr。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1)显示残留少量化合物4。用饱和NH₄Cl(水性300mL)淬灭反应混合物并将分离的水层用EtOAc(200mLx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥，过滤并浓缩以提供呈黄色胶质的残余物，使残余物在MeOH(100mL)中结晶，过滤并用MeOH(50mL)冲洗以给出灰白色固体(17g)，并将滤液浓缩以提供黄色胶质(50g)。将白色固体产物(17g)再溶于THF(150mL)，并添加MeOH(80mL)，并将混合物浓缩以去除THF，过滤并干燥以给出灰白色固体，将该灰白色固体再溶于THF(150mL)，并添加MeOH(80mL)，并将混合物浓缩以去，滤并干燥以给出呈灰白色固体的产物(13g)。将滤液浓缩以给出4g粗品。没有进一步纯化。获得呈灰白色固体的产物化合物11(13g，26.99mmol，22.70％产率)。¹HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.62-7.56(m，2H)，7.55-7.52(m，3H)，7.51-7.45(m，6H)，7.25-7.12(m，9H)，4.60(td，J＝2.4，10.1Hz，1H)，3.72(s，1H)，3.27-3.13(m，2H)，3.04-2.84(m，2H)，2.46(dd，J＝2.2，13.5Hz，1H)，1.71-1.53(m，1H)，1.42-1.28(m，1H)，1.07-0.90(m，1H)，0.37-0.21(m，1H)。

化合物WV-CA-247的制备。

向化合物11(13g，26.99mmol，1当量)在THF(45mL)中的溶液中添加HCl(5M，52.00mL，9.63当量)水溶液。将混合物在20℃搅拌2hr。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1)显示反应完成。将所得混合物用MTBE(60mLx3)洗涤。将合并水层用5M NaOH水溶液调节至pH 12，并用DCM(80mLx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥，过滤并浓缩以提供白色固体(5.8g)。没有进一步纯化。获得呈白色固体的化合物WV-CA-247(5.8g，24.17mmol，89.55％产率，99.74％纯度)。¹H NMR(400M Hz，氯仿-d)δ＝7.67-7.60(m，2H)，7.55-7.42(m，3H)，4.17(ddd，J＝2.6，4.2，9.9Hz，1H)，3.74-3.23(brs，2H)，3.13(dt，J＝4.3，7.3Hz，1H)，2.96-2.74(m，4H)，1.81-1.52(m，4H)。¹³C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝143.99，130.93，129.32，123.92，66.97，62.23，61.58，46.86，25.88，25.3。LCMS[M+H]⁺：240.LCMS纯度：99.74％。SFC：dr＝99.48：0.52。

在-20℃下，向1，3-二噻烷(13.21g，109.83mmol)在THF(250mL)中的溶液中添加n-BuLi(2.5M，29.29mL)，0.5hr后在-70℃下添加在THF(250mL)中的化合物1(25g，73.22mmol)。将该混合物在-70℃→20℃下搅拌16hr。TLC指示残留化合物4，并检测到一个新斑点。将反应混合物通过饱和NH₄Cl(200mL)淬灭，并然后用EtOAc(200mL×5)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并且在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过MPLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝50/1至10/1，5％TEA)纯化2次。获得呈黄色油状物的化合物12(16g，47.33％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.59(d，J＝7.0Hz，5H)，7.29-7.25(m，6H)，7.20-7.14(m，3H)，4.39(dd，J＝2.4，10.3Hz，1H)，4.03(ddd，J＝2.4，5.6，8.2Hz，1H)，3.38(d，J＝10.1Hz，1H)，3.28(ddd，J＝7.0，10.1，12.3Hz，1H)，3.07-2.99(m，1H)，2.93-2.85(m，1H)，2.63-2.54(m，1H)，2.34-2.18(m，2H)，1.97-1.82(m，2H)，1.59-1.45(m，1H)，1.22-1.11(m，1H)，0.22-0.06(m，1H)。

化合物WV-CA-246的制备。

向化合物12(16g，34.66mmol)在EtOAc(80mL)中的溶液中添加HCl(5M，69.31mL)。将混合物在15℃搅拌16hr。TL℃指示化合物12已完全耗尽，并且形成了新的斑点。将反应混合物用TBME(100mLx3)萃取并丢弃TBME相。并且然后向水相中添加5M NaOH(水性)至pH＝9并用DCM(100mLx5)萃取。将合并的有机层用盐水(100mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以给出粗产物。将残余物通过制备型HPLC(柱：Phenomenex lunaC18250x50mmx10um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％：0％-15％，20min和柱：Phenomenexluna(2)C18250x50x10um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％：0％-12％，20min)纯化。获得呈白色固体的WV-CA-246(4.2g，55.25％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝4.13(d，J＝7.2Hz，1H)，3.83(dd，J＝5.1，7.2Hz，1H)，3.49(dt，J＝5.1，7.3Hz，1H)，3.13-2.76(m，6H)，2.60(br s，2H)，2.20-2.05(m，1H)，2.04-1.90(m，1H)，1.89-1.62(m，4H)。¹³C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝73.76，59.94，50.42，46.83，28.95，28.45，25.87，25.32。HPLC纯度：97.75％。LCMS[M+H]⁺：220.1.SFC：dr＝0.22：99.78。

在-70℃下，向N-甲基-N-苯基-乙酰胺(18.5g，124.00mmol)在THF(250mL)中的溶液中滴加KHMDS(1M，124.00mL)，并经30min缓慢温热至-30℃。然后将混合物冷却至-70℃。在-70℃下滴加化合物4(28.23g，82.67mmol)在THF(150mL)中的溶液。将该混合物在-70℃～-50℃下搅拌3hr。TLC显示反应几乎完成。将反应混合物饱和NH₄Cl(水性，30mL)淬灭，并用EtOAc(25mLx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥，过滤并浓缩以提供呈黄色胶质的残余物。将粗品通过硅胶柱色谱法(石油醚：乙酸乙酯＝10∶1、3∶1、1∶1、1∶2，5％TEA)纯化。获得呈白色固体的化合物13(38g，93.7％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.53(brd，J＝7.5Hz，6H)，7.44-7.31(m，4H)，7.26-7.09(m，12H)，4.46-4.40(m，1H)，3.90(br s，1H)，3.31-3.19(m，4H)，3.15-3.07(m，1H)，3.00-2.91(m，1H)，1.48-1.26(m，2H)，0.86-0.74(m，1H)，0.33-0.19(m，1H)。

化合物WV-CA-248的制备。

向化合物13(38g，77.45mmol)在THF(125mL)中的溶液中添加HCl(5M，152.00mL)水溶液。将混合物在20℃搅拌2hr。TLC显示反应完成。将所得混合物依次用MTBE(80mLx3)、EtOAc(100mL x3)和DCM(100mLx2)洗涤。将合并水层用5M NaOH水溶液调节至pH＝12，并用DCM(120mLx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥，过滤并浓缩以提供黄色胶质。WV-CA-248(15.2g，73.26％产率，92.7％纯度)的粗品呈黄色胶质。向WV-CA-248(14.5g，58.39mmol)在EtOH(150mL)中的溶液中添加(E)-3-苯基丙-2-烯酸(8.65g，58.39mmol)。将混合物在80℃下搅拌1hr。将混合物真空浓缩。将残余物溶于TBME(50mL)，并然后向混合物中添加MeCN(3mL)，混合物变得澄清，如何将溶液静置，并然后固体出现，并将混合物过滤，并将滤饼用TMBE(10mLx2)洗涤，并且该滤饼为所希望的化合物。获得呈黄色固体的残余物(6.5g，粗品)。将残余物溶于H₂O(10mL)，添加NaOH水溶液(5M，6.56mL，2当量)。将混合物在25℃下搅拌10min。混合物的pH为13。将溶液用DCM(40mLx6)萃取，并将有机相真空浓缩。获得呈棕色油状物的化合物WV-CA-248(4g，91.74％产率，93.4％纯度)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.49-7.31(m，3H)，7.21(br d，J＝7.3Hz，2H)，4.00(td，J＝4.3，8.6Hz，1H)，3.48(br s，2H)，3.28(s，3H)，3.10-2.98(m，1H)，2.97-2.80(m，2H)，2.36-2.17(m，2H)，1.79-1.47(m，3H)，1.79-1.47(m，1H)。¹³C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝172.38，143.42，129.89，128.04，127.27，69.90，62.29，46.77，37.98，37.23，25.99，25.65。LCMS[M+H]⁺：249.1.LCMS纯度：93.35％。SFC：SFC纯度de＝94.26％。

在-70℃至-40℃下，向甲基磺酰基甲烷(8.27g，87.86mmol)在THF(150mL)中的溶液中添加KHMDS(1M，87.86mL)，0.5hr后添加在THF(100mL)中的化合物1(20g，58.57mmol)。将混合物在-70℃搅拌1.5hr。TLC指示化合物4仍残留少量，并形成一个新斑点。将反应混合物通过在0℃下添加饱和NH₄Cl(水性200mL)淬灭，并然后用EtOAc(200mL)稀释并用EtOAc(200mL×3)萃取。经Na₂SO₄干燥，过滤，并且在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝I/0→0：1)纯化。获得呈黄色油状物的化合物14(12g，粗品，HNMR显示顺式/反式异构体比率为约10∶1)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.58-7.47(m，7H)，7.26-7.22(m，5H)，7.20-7.13(m，3H)，4.51-4.46(m，1H)，3.99-3.88(m，1H)，3.48-3.39(m，1H)，3.21-2.97(m，4H)，2.96-2.91(m，3H)，2.68(br d，J＝14.6Hz，1H)，1.57-1.43(m，1H)，1.36-1.26(m，1H)，1.20-1.10(m，1H)，0.57-0.44(m，1H)，0.25-0.04(m，1H)。

WV-CA-252的制备。

向化合物14(18g，41.32mmol)在THF(82mL)中的溶液中添加HCl(5M，82.65mL)。将混合物在25℃搅拌3hr。TLC指示化合物14被消耗，并且形成两个新的斑点。将反应混合物用MTBE(50mL x3)洗涤，然后在0℃将水相通过添加NaOH(5M)进行碱化直至pH＝12，然后用DCM(50mLx6)萃取以给出残余物，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出残余物。获得呈黄色固体的粗品化合物WV-CA-252(6.5g，81.4％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝4.13(ddd，J＝1.8，4.0，9.7Hz，1H)，3.23(dt，J＝4.2，7.4Hz，1H)，3.18-3.09(m，1H)，3.05(s，4H)，3.00-2.90(m，3H)，1.95-1.68(m，4H)，1.67-1.48(m，1H)。LCMS [M+H]⁺：194.0。

将化合物1A(52.24g，241.62mmol)在THF(500mL)中的混合物脱气并用N2吹扫3次，并然后将混合物冷却至-70℃，并然后向混合物中添加LDA(2M，112.76mL)。将混合物在-40℃下搅拌30min，并然后在-70℃下向混合物中添加在THF(250mL)中的化合物1(55g，161.08mmol)。将混合物在N2气氛下在-70℃搅拌2hr。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成一个新的斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应通过饱和水性NH₄Cl(300mL)淬灭并然后用EtOAc(100mLx3)萃取。将合并的有机相用盐水(100mL)洗涤，经无水Na₂SO₄干燥，过滤并真空浓缩。将残余物溶解在MeOH(300mL)中并过滤；滤饼即为所希望的产物。获得呈白色固体的化合物2(53g，粗品)。

化合物WV-CA-245的制备。

向化合物15(72g，129.11mmol)在THF(400mL)中的溶液中添加HCl(5M，258.22mL)。将混合物在25℃搅拌1 hr。LC-MS显示化合物15被完全消耗，并检测到一个具有所希望的质量的主峰。将反应用TBME(100mLx3)萃取，添加5N NaOH水溶液至pH＝13，并然后用DCM(50mLx3)萃取，并将合并的有机相真空浓缩。获得呈白色固体的WV-CA-245(38g，92.82％产率，99.5％纯度)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.81-7.71(m，4H)，7.58-7.44(m，6H)，4.01-3.92(m，1H)，3.16-3.09(m，1H)，2.92-2.79(m，2H)，2.63-2.44(m，2H)，1.82-1.60(m，4H)。¹³CNMR(101MHz，氯仿-d)δ＝133.88，132.89，132.86，131.95，131.88，130.73，128.74，68.98，68.94，63.79，63.67，47.03，34.21，33.49，26.37，25.88。LCMS[M+H]⁺：316.1.LCMS纯度：99.45％。SFC：SFC纯度de＝99.5％。

在N₂下，在-70℃下，向化合物1B(13.32g，87.86mmol)在THF(200mL)中的溶液中添加KHMDS(1M，82.00mL)，并然后将混合物在-70℃下搅拌10min，并然后向混合物中添加在THF(100mL)中的化合物1(20g，58.57mmol)，将反应在-70℃下搅拌30min。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成一个新的斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物用饱和水性NH₄Cl(100mL)淬灭，并然后用EtOAc(50mLx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥，过滤并浓缩。将残余物通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝50∶1、20∶1、10∶1、1∶1、0∶1)纯化。获得呈黄色固体的化合物16(12g，粗品)。

化合物WV-CA-249的制备。

向化合物16(12g，24.34mm0l)在THF(50mL)中的溶液中添加HCl水溶液(5M，48.68mL)。将混合物在25℃下搅拌30min。TLC指示化合物16被完全消耗，并且形成一个新的斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应用TBME(100mL×3)萃取，然后向混合物中添加5N水性NaOH至pH＝13，用DCM(100mL×3)萃取，并然后将有机相真空浓缩。获得呈黄色固体的WV-CA-249(5.36g，87.84％产率，100.00％纯度)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.64(s，1H)，7.49(d，J＝0.9Hz，2H)，3.88(td，J＝3.6，9.4Hz，1H)，3.24-3.16(m，1H)，3.02-2.89(m，3H)，2.78(dd，J＝9.4，14.0Hz，1H)，1.84-1.70(m，4H)。¹³C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝143.11，134.94，132.60，132.33，130.12，117.63，111.52，70.86，62.02，46.76，37.90，25.88，24.21。LCMS[M+H]⁺：251.0.LCMS纯度：100.000％。SFC：SFC纯度de＝98.28％。

在20℃-25℃下，向硝基甲烷(30.59g，501.15mm0l)在THF(300mL)中的溶液中添加KHMDS(1M，263.59mL)并搅拌1hr。在20℃-25℃下，将在THF(90mL)中的化合物1(30g，87.86mmol)添加至混合物中并搅拌0.5hr。TLC显示起始材料消耗最多，并形成所希望的产物。将混合物通过饱和NH₄Cl水溶液(300mL)淬灭并用乙酸乙酯(100mL×3)萃取。将有机相通过饱和NaCl水溶液(100mL×3)洗涤并用无水Na₂SO₄干燥，然后在减压下浓缩以去除溶剂。将粗产物通过MPLC(SiO₂，乙酸乙酯/石油醚＝0％→20％)纯化以获得橙黄色固体的化合物17(26.55g，75.08％产率)。产物通过¹H NMR检测。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.54-7.44(m，6H)，7.28-7.21(m，6H)，7.20-7.14(m，3H)，4.64(td，J＝3.0，9.4Hz，1H)，4.53-4.06(m，3H)，3.60-3.40(m，1H)，3.24-2.96(m，3H)，1.52-1.41(m，1H)，1.40-1.28(m，1H)，1.17-0.94(m，1H)，0.67-0.50(m，1H)，0.23(quin d，J＝8.8，11.6Hz，1H)。

化合物WV-CA-250的制备。

在20℃-25℃下，向化合物17(7.5g，18.63mm0l)在EtOAc(35mL)中的溶液中添加HCl/EtOAc(4M，50mL)并搅拌1hr。TLC显示起始材料被完全消耗。倒入混合物的上清液，将瓶壁上的黄色胶质在减压下浓缩以去除溶剂。获得呈黄色胶质的WV-CA-250(2.10g，56.70％产率，98.927％纯度，HCl盐)。产物通过¹H NMR、¹³C NMR和LCMS检测。¹H NMR(400MHz，DMSO-d₆)δ＝9.89-9.54(m，1H)，9.03-8.75(m，1H)，8.94(br s，1H)，4.97-4.78(m，1H)，4.65-4.35(m，2H)，3.70-3.41(m，4H)，3.22-3.03(m，2H)，2.06-1.65(m，4H)。¹³C NMR(101 MHz，DMSO-d₆)δ＝79.42，79.00，67.89，66.82，61.53，60.77，45.44，45.25，26.93，24.57，23.95，23.81。LCMS[M+H]⁺：161.1，纯度：98.92％。

在0℃下向化合物苄基胺(30g，279.97mmol)和TEA(56.66g，559.95mmol)在DCM(60mL)中的溶液中添加在DCM(30mL)中的MsCl(38.49g，335.97mmol)。将混合物在0℃搅拌2hr。LC-MS显示化合物18A被消耗并检测到许多新峰。将反应混合物用HCl(1M，50mL×3)和饱和NaHCO₃(水性50mL×3)洗涤。将有机层用盐水(50mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。TLC显示一个主要斑点。将残余物通过MPLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝5/1至1：1)纯化。获得呈淡黄色固体的化合物18A(35g，67.49％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.44-7.24(m，5H)，4.82(br s，1H)，4.31(d，J＝6.2Hz，2H)，2.85(s，3H)。

在0℃下，向化合物18A(16.28g，87.86mmol)在THF(60mL)中的溶液中添加LDA(2M，87.86mL)。将混合物在0-25℃下搅拌0.5hr。并且然后在-70℃下将在THF(60mL)中的化合物1(15g，43.93mmol)添加至上述溶液中。将混合物在-70-25℃下搅拌4hr。TLC指示化合物1被完全消耗，并形成许多新斑点。向反应混合物中添加饱和NH₄Cl(水性50mL)并用EtOAc(100mL×3)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并且在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过制备型TLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝5/1，2％TEA)纯化。获得呈黄色油状物的化合物18(22g，95.08％产率)。

化合物WV-CA-255的制备。

在0℃下，向化合物18(22g，41.77mmol)在EtOAc(15mL)中的溶液中添加HCl(4M在乙酸乙酯中，31.33mL)。将混合物在0-25℃下搅拌2hr。并且固体出现在反应混合物中。TLC指示化合物18被完全消耗，并形成许多新斑点。将反应混合物过滤。将滤饼溶于水(10mL)，用MTBE(40mLx3)洗涤。向水相中添加Na₂CO₃(粉末)至pH＝8-9并用DCM(50mLx5)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并且在减压下浓缩以给出残余物。获得呈棕色固体的WV-CA-255(11g，92.60％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.46-7.25(m，5H)，4.65-3.72(m，5H)，3.14-3.01(m，3H)，2.95-2.77(m，2H)，1.89-1.34(m，4H)。¹³C NMR(101 MHz，氯仿-d)δ＝136.99，128.71，128.62，128.19，128.09，127.85，69.12，67.58，61.98，61.70，55.55，55.36，47.36，47.30，46.60，46.28，28.05，26.16，25.71，24.92。LCMS [M+H]⁺：285.0，LCMS纯度：99.8％。SFC：dr(反式/顺式)＝32.36：67.64。

向化合物二苄基胺(30g，152.07mmol)在DCM(250mL)中的溶液中添加TEA(15.39g，152.07mmol)。将混合物冷却至0℃，并向混合物中添加在DCM(50mL)中的MsCl(17.42g，152.07mmol)，并然后将混合物在25℃下搅拌12小时。LC-MS显示检测到所希望的质量。将反应通过H₂O(100mL)淬灭并将有机相用H₂O(100mL×3)萃取，将有机相通过Na₂SO₄干燥，并然后真空浓缩。无需进一步纯化。获得呈白色固体的化合物19A(39g，粗品)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.41-7.29(m，9H)，4.36(s，4H)，2.82-2.75(m，3H)。LCMS[M+H]⁺：298.0，纯度：86.6％。

在N₂下，在-78℃至-70℃下，向化合物19A(19.36g，70.29mmol)在THF(200mL)中的溶液中滴加KHMDS(1M，76.15mL)。将混合物温热至-40℃并搅拌0.5hr，然后冷却至-78℃。在-78℃至-70℃下，向混合物中添加在THF(100mL)中的化合物1(20g，58.57mmol)并在N₂下搅拌1hr。TLC显示起始材料被完全消耗。将混合物通过饱和NH₄Cl水溶液(200mL)淬灭并用乙酸乙酯(70mL×3)萃取。将有机相通过饱和NaCl水溶液(70mL×3)洗涤并用无水Na₂SO₄干燥，然后在减压下浓缩以去除溶剂，以获得呈黄色胶质的粗产物。将粗产物用甲醇(200mL)再溶解，并在20℃-25℃下静置12小时。将化合物19(20.4g，99.99％产率)从溶剂结晶，呈白色固体的，然后过滤并在真空中干燥。将滤液在减压下浓缩以去除溶剂，以给出呈棕色胶质的化合物20(28.4g，粗品)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.47-7.42(m，6H)，7.23-7.05(m，19H)，4.36(td，J＝3.0，8.6Hz，1H)，4.23-4.12(m，4H)，3.29-3.19(m，1H)，3.29-3.19(m，1H)，3.11(ddd，J＝7.1，9.5，12.1Hz，1H)，2.97-2.82(m，2H)，2.59(dd，J＝3.1，14.2Hz，1H)，1.37-1.27(m，IH)，1.24-1.14(m，1H)，1.00-0.92(m，1H)，0.16-0.02(m，1H)。

化合物WV-CA-263的制备。

在20℃-25℃下，向化合物19(20g，32.42mmol)在THF(100mL)中的溶液中添加HCl(5M，64.85mL)并搅拌0.5hr。TLC显示起始材料被完全消耗。将混合物用TBME(80mL×3)萃取，然后用NaOH水溶液(65mL，5M)将混合物的pH调节至11-13并用DCM(100mL×3)萃取。将有机相用无水Na₂SO₄干燥，并在减压下浓缩以去除溶剂。将粗产物不经任何纯化即用于下一步骤。获得呈白色固体的WV-CA-263(10.04g，82.68％产率，100％纯度)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.38-7.28(m，10H)，4.38(s，4H)，4.01(ddd，J＝2.6，5.6，8.5Hz，1H)，3.20-3.13(m，2H)，3.10-3.02(m，1H)，2.91(t，J＝6.5Hz，2H)，1.89(br d，J＝8.6Hz，1H)，1.82-1.66(m，4H)，1.62-1.52(m，1H)。¹³C NMR(101 MHz，氯仿-d)δ＝135.62，128.77，128.70，127.98，77.35，76.87(d，J＝31.5Hz，1C)，68.84，61.51，57.03，50.35，46.96，26.27，25.88。LCMS[M+H]⁺：375.1，纯度：100.00％。SFC：dr＝99.55：0.45。

在-70℃下，向3，3-二甲基丁-2-酮(11.00g，109.83mmol)在THF(125mL)中的溶液中滴加LDA(2M，54.91mL)，并在-70℃～-60℃下搅拌1hr。在-70℃至-60℃下滴加化合物1(25g，73.22mmol)在THF(125mL)中的溶液。将混合物在-70℃下搅拌1.5hr。TLC显示化合物1几乎被消耗。用饱和NH₄Cl(水性200mL)淬灭反应混合物并将分离的水层用EtOAc(150mLx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥，过滤并浓缩以提供呈淡黄色固体的残余物。将粗品通过硅胶柱色谱法(石油醚+5％TEA；石油醚∶乙酸乙酯(20∶1)+5％TEA)纯化。获得呈白色固体的化合物21(17g，52.6％产率)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.37-7.25(m，6H)，7.03-6.95(m，6H)，6.94-6.84(m，3H)，4.22(td，J＝2.7，9.2Hz，1H)，3.09(td，J＝4.1，7.6Hz，1H)，3.04-2.92(m，2H)，2.75(ddd，J＝2.9，8.5，12.0Hz，1H)，2.26(dd，J＝9.3，17.0Hz，1H)，2.04(dd，J＝3.4，16.9Hz，1H)，1.43-1.24(m，2H)，1.14-1.01(m，1H)，0.84(s，9H)，0.81-0.71(m，1H)，0.09--0.07(m，1H)。

化合物WV-CA-289的制备。

向化合物21(16g，36.23mmol)在EtOAc(25mL)中的溶液中添加4M HCl/EtOAc(100mL)。将混合物在25℃搅拌0.5hr。TLC显示反应完成。将所得混合物过滤，并将固体在EtOAc(150mL)中搅拌，过滤并用EtOAc/MeOH(150mL/5mL)再研磨，过滤并干燥以提供呈白色固体的化合物WV-CA-289(7.5g，87.8％产率，HCl盐)。¹H NMR(400MHz，甲醇-d₄)δ＝4.43(ddd，J＝3.5，4.6，7.8Hz，1H)，3.71(dt，J＝3.5，8.0Hz，1H)，3.42-3.22(m，2H)，2.92(dd，J＝7.6，17.7Hz，1H)，2.73(dd，J＝4.9，17.7Hz，1H)，2.23-1.90(m，4H)，1.28-1.05(m，9H)。[M+H]⁺：200.1，纯度：100.00％。

在-70℃-0℃下，在0.5hr向甲基磺酰基苯(13.72g，87.86mmol)in在THF(100mL)中的溶液中添加LiHMDS(1M，87.86mL)，然后添加在THF(100mL)中的化合物4。将混合物在-70℃搅拌2.5hr。TLC指示化合物4仍残留少量，并形成两个新斑点。通过在0℃下添加饱和NH₄Cl水溶液(300mL)淬灭反应混合物，用DCM(200mLx3)萃取。经Na₂SO₄干燥，过滤，并且在减压下浓缩以给出残余物。向粗品中添加THF(100mL)和MeOH(150mL)，在45℃在减压下浓缩直至剩余约100mL残余物，过滤固体。重复3次。获得固体20g，将母液在减压下浓缩以获得呈黄色油状物的化合物22(20g，粗品)。获得呈白色固体的化合物(1R)-2-(苯磺酰基)-1-[(2R)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基]乙醇(20g，68.61％产率)。

化合物WV-CA-290的制备。

在0℃下，向化合物22(20g，40.19mmol)在THF(80mL)中的溶液中添加HCl(5M，80.38mL)。将混合物在25℃搅拌2hr。TLC显示化合物22被消耗，并且有两个新斑点形成。将反应混合物用MTBE(50mLx3)洗涤，然后在0℃将水相通过添加NaOH(5M)进行碱化直至pH＝12，然后用DCM(50mLx3)萃取以给出残余物，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过制备型HPLC(柱：Phenomenex luna C18250x50mmx10um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％：0％-15％，20min)纯化。获得呈黄色固体的化合物WV-CA-290(0.7g，6.78％产率，99.39％纯度)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.95-7.85(m，2H)，7.64-7.56(m，1H)，7.55-7.46(m，2H)，3.79(ddd，J＝3.2，5.4，8.4Hz，1H)，3.28-3.05(m，3H)，2.92-2.72(m，2H)，1.84-1.54(m，3H)，1.51-1.37(m，1H)。¹³C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝139.81，133.74，129.19，128.07，68.15，61.55，60.97，46.67，28.03，26.27。SFC：(AD_MeOH_IPAm_10_40_25_35_6min)，100％纯度。LCMS[M+H]⁺：256.1.LCMS纯度：99.39％。

两个批次并行：在0℃下，向化合物叔丁基(甲基)硫烷(25g，239.89mmol)在MeOH(625mL)中的溶液中添加在H₂O(625mL)中的单过硫酸氢钾(Oxone)(457.18g，743.67mmol)。将混合物在15℃搅拌12hr。HNMR显示化合物叔丁基(甲基)硫烷被完全消耗，并检测到所希望的化合物。合并两批反应混合物，过滤并在减压下浓缩以蒸发MeOH，并然后用EtOAc(400mLx4)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并且在减压下浓缩以给出残余物。获得呈无色油状物的化合物23A(55g，粗品)，通过HNMR证实。¹HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.26(s，1H)，5.30(s，8H)，2.81(s，3H)，1.43(s，9H)。

在-70℃下，向化合物23A(50g，367.07mmol)在THF(510mL)中的溶液中滴加KHMDS(1M，367.07mL)，并经30min缓慢温热至-30℃。然后将混合物冷却至-70℃。在-70℃下滴加化合物1(83.56g，244.72mmol)在THF(340mL)中的溶液。将混合物在-70℃搅拌4hr。TLC显示化合物1仍残留少量，并且检测到一个具有较大极性的主要的新斑点。通过添加饱和NH₄Cl(水性，800mL)将反应混合物淬灭，然后用EtOAc(500mL x3)萃取。将合并的有机层经Na₂SO₄干燥，过滤，并且在减压下浓缩以给出棕色油状物。将粗品用THF(300mL)溶解，然后在减压下浓缩(40℃)以给出150mL澄清溶液。然后添加至300mL MeOH中并在减压下浓缩以给出200mL溶液，然后过滤以给出残余物并用MeOH(10mL)洗涤。将母液在减压下浓缩以给出100mL溶液，然后过滤以给出残余物并用MeOH(10mL)洗涤。合并所有残余物，重复两次，以给出60g残余物。获得呈白色固体的化合物23(60g，粗品)。¹HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.56(d，J＝7.5Hz，6H)，7.32-7.23(m，6H)，7.21-7.14(m，3H)，4.85-4.68(m，1H)，3.41(td，J＝3.8，8.1Hz，1H)，3.28(td，J＝8.5，11.9Hz，1H)，3.09-2.91(m，2H)，2.78(dd，J＝2.6，13.6Hz，1H)，1.65-1.50(m，1H)，1.37(s，9H)，1.16-0.98(m，2H)，0.39-0.21(m，1H)。

化合物WV-CA-240的制备。

向化合物23(59g，123.52mmol)在THF(500mL)中的溶液中添加HCl(5M，247.04mL)。将混合物在20℃搅拌3hr。TLC指示化合物23被完全消耗，并且检测到一个具有较大极性的主要的新斑点。将所得混合物用MTBE(500mLx3)洗涤。将合并水层用5M NaOH水溶液调节至pH 12，并用DCM(200mLx3)萃取。将合并的有机层经无水Na₂SO₄干燥、过滤并浓缩以得到白色固体。获得呈白色固体的WV-CA-240(23.6g，81.14％产率，99.95％纯度)。¹HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝4.18(ddd，J＝2.8，5.8，8.2Hz，1H)，3.29-3.21(m，1H)，3.19(d，J＝2.6Hz，1H)，3.16-3.08(m，1H)，2.92(t，J＝6.6Hz，2H)，2.74(br s，2H)，1.92-1.81(m，1H)，1.81-1.61(m，3H)，1.42(s，9H)。¹³CNMR(101MHz，氯仿-d)δ＝68.01，62.00，59.73，49.79，46.96，26.77，25.80，23.22。LCMS[M+H]⁺：236.1.LCMS纯度99.95％。

向WV-CA-108(37g，144.91mmol，1当量)在MeOH(370mL)中的溶液中添加丙-2-烯腈(7.69g，144.91mmol，9.61mL，1当量)。将混合物在20℃下搅拌3hr.，(TLC，石油醚∶乙酸乙酯＝1∶3，Rf＝0.31)显示WV-CA-108已完全消耗，并在LCMS中检测到一个具有所希望的MS的主峰。将反应混合物过滤并在减压下浓缩以给出残余物。获得呈白色固体的化合物24(44g，粗品)。LCMS[M+H]⁺：308.9。

化合物WV-CA-291的制备。

将化合物24(44g，142.67mmol，1当量)在DCM(220mL)和MeOH(220mL)中的溶液冷却至-78℃。然后添加mCPBA(36.93g，214.01mmol，1.5当量)和K₂CO₃(29.58g，214.01mmol，1.5当量)。添加后，将混合物在-78℃搅拌3hr。并将所得混合物在20℃搅拌12hr。LC-MS显示化合物24被完全消耗，并检测到一个具有所希望的MS的主峰。将反应混合物过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过快速硅胶色谱法纯化。将残余物通过快速硅胶色谱法(

；220g

Silica Flash Column，洗脱液为0-30％乙酸乙酯/石油醚梯度100mL/min)纯化。获得呈黄色固体的WV-CA-291(12g，42.05mmol，29.47％产率，95.08％纯度)。¹H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.98-7.92(m，2H)，7.65(d，J＝7.5Hz，1H)，7.61-7.53(m，2H)，4.50-4.39(m，1H)，3.33-3.15(m，3H)，2.97-2.78(m，2H)，1.89-1.64(m，4H)。¹³CNMR(101MHz，氯仿-d)δ＝139.61，133.90，129.31，128.02，71.21，64.96，60.05，58.12，21.23，20.29。LCMS[M+H]⁺：272.0.LCMS纯度95.08％。

实例11.用于手性控制的寡核苷酸制备的示例技术——示例亚磷酰胺。

除其他事项外，本披露提供了用于寡核苷酸合成的亚磷酰胺。在一些实施例中，提供的亚磷酰胺特别可用于制备手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，提供的亚磷酰胺特别可用于制备包含p-N＝的手性控制的核苷酸间键联，例如，非负电荷核苷酸间键联或中性核苷酸间键联等。在一些实施例中，该键联磷是三价的。在一些实施例中，该键联磷是五价的。在一些实施例中，此类核苷酸间键联具有式VII、VII-a-1、VII-a-2、VII-b、VII-c、VII-d、VII-e、NL-n-1、NL-n-2、NL-n-3、NL-n-4、NL、NL-a-1、NL-a-2、NL-b-1、NL-b-2、NL-c-1、NL-c-2、NL-d-1、或NL-d-2或其盐形式的结构。

氯衍生物的通用程序I：在一些实施例中，在示例程序中，在35℃在旋转蒸发器中通过将手性助剂(174.54mmol)与无水甲苯(80mLx3)共沸蒸发进行干燥，并在真空下干燥过夜。在氩气下通过套管(起始温度：-10.0℃，最大温度0℃，28min添加)，将溶于无水THF(200mL)中的此干燥的手性助剂(174.54mmol)和4-甲基吗啉(366.54mmol)的溶液添加至放置在三颈圆底烧瓶中的在无水THF(150mL)中的三氯膦经冰冷却的(异丙醇-干冰浴)溶液(37.07g，16.0mL，183.27mmol)中，并将反应混合物在15℃下温热1小时。之后，在氩下使用无气过滤管(Chemglass：过滤管，24/40Inner Joints，80mm OD Medium Frit，Airfree，舒伦克公司(Schlenk))，将沉淀的白色固体通过真空过滤。在氩下在低温(25℃)，用旋转蒸发器去除溶剂，并将获得的粗半固体在真空下干燥过夜(约15h)，并直接用于下个步骤。

偶联的一般程序III：在一些实施例中，在示例程序中，在35℃，将核苷(9.11mmol)通过与60mL无水甲苯(60mLx2)共蒸发进行干燥，并在真空下过夜干燥。将干燥的核苷溶于干THF(78mL)中，随后添加三乙胺(63.80mmol)然后在氩下冷却至-5℃(对于2’F-dG/2’OMe-dG情况，使用0.95当量的TMS-Cl)。通过套管经3mmin添加粗品(从一般程序I(或)II制得，14.57mmol)的THF溶液，然后逐渐温至室温。在室温1hr后，TLC指示SM转化成产物(总反应时间1h)，然后在0℃将反应混合物用H₂O(4.55mmol)淬灭，并且添加无水MgSO₄(9.11mmol)并搅拌10min。然后将反应混合物使用无气过滤管在氩下进行过滤，THF用洗涤，并在26℃在旋转蒸发仪下干燥以得到白色粗品固体产物，将其在高真空下过夜干燥。将粗产物通过ISCO-Combiflash系统(用乙腈预平衡的rediSep高性能硅胶柱)，使用乙酸乙酯/己烷，用1％TEA作为溶剂(化合物在100％EtOAc/己烷/1％Et₃N中洗脱)(对于2’F-dG情况，使用乙腈/乙酸乙酯与1％TEA)进行纯化。将合并在一起柱积分蒸发后，将残余物在高真空下干燥以得到呈白色固体的产物。

亚酰胺(1030-1039)的制备。

1030的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(73％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ153.32。(ES)m/zC₄₇H₅₀FN₆O₁₀PS的计算值：940.98[M]⁺，观察值：941.78[M+H]⁺。

1031的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(78％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ153.62。(ES)m/zC₄₂H₄₃FN₃O₁₀PS的计算值：831.85[M]⁺，观察值：870.58[M+K]⁺。

1032的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(68％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ153.95。(ES)m/zC₄₄H₄₆FN₄O₁₀PS的计算值：872.26[M]⁺，观察值：873.62[M+H]⁺。

1033的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。白色泡沫固体。产率：(87％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ151.70。(ES)m/zC₅₀H₄₈FN₆O₉PS的计算值：958.29[M]⁺，观察值：959.79，960.83[M+H]⁺。

1034的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(65％)。³¹P NMR(162MHz，CDCl₃)δ154.80。(ES)m/zC₅₁H₅₁N₆O₁₀PS的计算值：971.31[M]⁺，观察值：971.81[M+H]⁺。

1035的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(76％)。³¹pNMR(162MHz，CDCl₃)δ156.50。(ES)m/zC₅₃H₅₅N₆O₁₁PS的计算值：1014.33[M]⁺，观察值：1015.81[M+H]⁺。

1036的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(78％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ156.40。(ES)m/zC₅₀H₅₇N₆O₁₂PS的计算值：996.34[M]⁺，观察值：997.90[M+H]⁺。

1037的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(73％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ154.87。(ES)m/zC₄₆H₅₂N₃O₁₂PS的计算值：901.30[M]⁺，观察值：940.83[M+K]⁺。

1038的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(75％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ154.94。(ES)m/zC₅₃H₅₇N₄O₁₂PS的计算值：1004.34[M]⁺，观察值：1005.86[M+H]⁺。

1039的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(80％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ153.52。(ES)m/zC₄₄H₄₇N₄O₁₀PS的计算值：854.28[M]⁺，观察值：855.41[M+H]⁺。

亚酰胺(1040-1049)的制备。

1040的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(78％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ157.80。(ES)m/zC₄₇H₅₀FN₆O₁₀PS的计算值：940.98[M]⁺，观察值：941.68[M+H]⁺。

1041的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(78％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ157.79。(ES)m/zC₄₂H₄₃FN₃O₁₀PS的计算值：831.85[M]⁺，观察值：870.68[M+K]⁺。

1042的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(78％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ158.07。(ES)m/zC₄₄H₄₆FN₄O₁₀PS的计算值：872.26[M]⁺，观察值：873.62[M+H]⁺。

1043的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。白色泡沫固体。产率：(86％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ156.48。(ES)m/zC₅₀H₄₈FN₆O₉PS的计算值：958.29[M]⁺，观察值：959.79，960.83[M+H]⁺。

1044的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(65％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ154.80。(ES)m/zC₅₁H₅₁N₆O₁₀PS的计算值：971.31[M]⁺，观察值：971.81[M+H]⁺。

1045的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(77％)。³¹P NMR(162MHz，CDCl₃)δ154.74。(ES)m/zC₅₃H₅₅N₆O₁₁PS的计算值：1014.33[M]⁺，观察值：1015.81[M+H]⁺。

1046的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(76％)。³¹pNMR(162MHz，CDCl₃)δ155.05。(ES)m/zC₅₀H₅₇N₆O₁₂PS的计算值：996.34[M]⁺，观察值：997.90[M+H]+。

1047的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(75％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ155.44。(ES)m/zC₄₆H₅₂N₃O₁₂PS的计算值：901.30[M]⁺，观察值：940.83[M+K]⁺。

1048的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(73％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ155.96。(ES)m/zC₅₃H₅₇N₄O₁₂PS的计算值：1004.34[M]⁺，观察值：1005.86[M+H]⁺。

1049的制备：一般程序I遵循一般程序III使用。灰白色泡沫固体。产率：(80％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ156.37。(ES)m/zC₄₄H₄₇N₄O₁₀PS的计算值：854.28[M]⁺，观察值：855.31[M+H]⁺。

亚酰胺(1051)的制备。

1051的制备：使用通用程序II然后通用程序III。灰白色泡沫固体。产率：(72％)。³¹P NMR(162MHz，CDCl₃)δ154.26。(ES)m/zC₄₂H₅₀FN₄O₁₀PS的计算值：852.29[M]⁺，观察值：853.52[M+H]⁺。

亚酰胺(1052)的制备。

1052的制备：使用通用程序II然后通用程序III。灰白色泡沫固体。产率：(76％)。³¹P NMR(162MHz，CDCl₃)δ156.37。(ES)m/zC₄₂H₅₀FN₄O₁₀PS的计算值：852.29[M]⁺，观察值：853.52[M+H]⁺。

亚酰胺(1053、1054)的制备。

1053的制备：使用通用程序II然后通用程序III。灰白色泡沫固体。产率：(80％)。³¹P NMR(162MHz，CDCl₃)δ156.62。(ES)m/zC₄₇H₅₀FN₆O₈PS的计算值：908.98[M]⁺，观察值：909.36[M+H]⁺。

1054的制备：使用通用程序II然后通用程序III。灰白色泡沫固体。产率：(79％)。³¹P NMR(162MHz，CDCl₃)δ157.62。(ES)m/zC₄₄H₄₆FN₄O₈PS的计算值：840.90[M]⁺，观察值：841.67[M+H]⁺。

亚酰胺(1055)的制备。

1055的制备：使用通用程序II然后通用程序III。白色泡沫固体。产率：(77％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ160.00。(ES)m/zC₄₅H₄₅FN₅O₁₀PS的计算值：897.26[M]⁺，观察值：898.74[M+H]⁺。

亚酰胺(1056)的制备。

1056的制备：使用通用程序II然后通用程序III。灰白色泡沫固体。产率：(84％)。³¹P NMR(162MHz，CDCl₃)δ154.80。(ES)m/zC₄₅H₄₄ClFN5O₈P的计算值：867.26[M]⁺，观察值：868.69[M+H]⁺。

亚酰胺(1057)的制备。

1057的制备：使用通用程序II然后通用程序III。白色泡沫固体。产率：(91％)。³¹PNMR(162MHz，CDCl₃)δ154.48。(ES)m/zC₅₂H₅₅FN₅O₁₀PS的计算值：991.34[M]⁺，观察值：992.87[M+H]⁺。

实例12.提供的技术提供高立体选择性和产率。

除其他事项外，本披露提供了可以提供高立体选择性和产率的技术，例如，当用于寡核苷酸合成时。例如，某些碱不稳定的手性助剂，例如PSM助剂，可以提供与其他高效和选择性手性助剂(例如DPSE助剂)相当或比其更高的高立体选择性和产率。本文呈现某些示例结果。值得注意的是，对于本文进行的某种评估，使用了“严格”条件——在典型的寡核苷酸合成中，提供的技术可以提供显著更好的结果；例如，通常观察到，当制备长寡核苷酸(而不是在本文所述条件下制备的二聚体)时，偶联产率可以接近定量。

在一些实施例中，在nS-8II上以CPG-2’OMe-U(70umol/g；22.1umol)开始进行反应。示例合成条件是：1.解封：3％TCA/DCM；2.偶联；0.2M亚磷酰胺(例如，L-或D-PSM2’-MOE/2’-F/2’-H(无2’-取代基)亚酰胺等)/20％IBN-MeCN(4.5当量)，0.6M CMIMT/MeCN(29.9当量)，亚酰胺(Amd)：活化剂(Act)＝1：6，8min；3.修饰前加帽：加帽-B：20％Ac₂O、30％2，6-二甲基吡啶、50％MeCN，2min；4.修饰：0.5MADIH/MeCN，6min；5.修饰后加盖：加帽-A+B，45sec；以及6.脱保护/去除/裂解(对于PSM)：1)3％TCA/DCM；2)20％DEA/MeCN，rt，12min；以及3)浓NH₃(200uL/umol)，55℃，10小时(对于2’-MOE二聚体)；或浓NH₃(fCmU序列)或AMA(fGmU序列)(200uL/umol)，40℃，2小时。

在一次运行中，对于Aeo-n001-mU，对于通常(传统无任何手性助剂)Aeo亚酰胺，产率为95.6％，其中R_P：S_P＝68.1：31.9，对于L-PSM Aeo亚酰胺，产率是91.3％，其中R_P：S_P＝99.8：0.2，并且对于D-PSM Aeo亚酰胺，产率是78.8％，其中R_P：S_P＝7.5：92.5。

在一次运行中，对于Geo-n001-mU，对于通常Geo亚酰胺，产率为93.9％，其中R_P：S_P＝66.8：33.2，对于L-PSM Geo亚酰胺，产率是90.1％，其中R_P：S_P＝99.8：0.2，并且对于D-PSMGeo亚酰胺，产率是80.3％，其中R_P：S_P＝7.7：92.3。

在一次运行中，对于Geo-PS(硫代磷酸酯)-mU，对于通常Geo亚酰胺，产率为89.8％，其中R_P：S_P＝32.6：67.4，对于L-PSM Ge_o亚酰胺，产率是80.3％，其中R_P：S_P＝0：＞99.9，并且对于D-PSM Geo亚酰胺，产率是71.7％，其中R_P：S_P＝92.9∶7.1。

在一次运行中，对于m5Ceo(在C上的5’-甲基和在糖上的2’-MOE)-n001-mU，对于通常m5Ceo亚酰胺，产率为86.6％，其中R_P：S_P＝68.1：31.9，对于L-PSM m5Ceo亚酰胺，产率是67.8％，其中R_P：S_P＝＞99.9：0.1，并且对于D-PSM m5Ceo亚酰胺，产率是50.4％，其中R_P：S_P＝6.9：93.1。

在一次运行中，对于Teo-n001-mU，对于通常Teo亚酰胺，产率为94.6％，其中R_P：S_P＝68.9：31.1，对于L-PSM Teo亚酰胺，产率是87.5％，其中R_P：S_P＝99.9：0.1，并且对于D-PSMTeo亚酰胺，产率是71.6％，其中R_P：S_P＝10.2：89.8。

在一些实施例中，观察到D-TBTL

提供了类似的选择性。

不旨在受任何理论限制，申请人指出对于D-PSM手性助剂的选择性可能与2’-取代基有关；据观察，如下所证明，D-PSM可以为2’-F、2’-H(在2’-位没有取代基)等(与2’-MOE相比，其尺寸更小)提供显著更高的选择性。

在一次运行中，对于fG-n001-mU，对于通常fG亚酰胺，产率为91.6％，其中R_P：S_P＝51.2：48.8，对于L-PSM fG亚酰胺，产率是86.4％，其中R_P：S_P＝99.7∶0.3，并且对于L-PSM fG亚酰胺(2％差向异构体)，产率是84.9％，其中R_P：S_P＝99.6：0.4。

在一次运行中，对于fC-n001-mU，对于通常fC亚酰胺，产率为97.3％，其中R_P：S_P＝44.6：53.4，对于L-PSM fC亚酰胺，产率是90.8％，其中R_e：S_P＝99.4：0.6，并且对于L-PSMfG亚酰胺(1％差向异构体)，产率是91.8％，其中R_P：S_P＝99.5：0.5。

在一次运行中，对于fG-PS-mU，对于通常fG亚酰胺，产率为94.3％，其中R_P：S_P＝47.3：52.7，对于L-DPSE fG亚酰胺，产率是83.4％，其中R_P：S_P＝0.6：99.4。

在一次运行中，对于fC-PS-mU，对于通常fC亚酰胺，产率为94.9％，其中R_P：S_P＝52.9：47.1，对于L-DPSE fC亚酰胺，产率是80.3％，其中R_P：S_P＝0.7：99.3。

在一次运行中，对于dC-n001-mU，对于L-PSM dC亚酰胺，产率为94.5％，其中R_P：S_P＝1.0：99.0，并且对于D-PSM dC亚酰胺，产率是95.2％，其中R_P：S_P＝1.1：98.9。

实例13.所提供的技术给予大大改善的结果。

除其他事项外，本披露提供了利用可通过在温和条件下与碱接触而去除的碱不稳定的手性助剂(例如PSM助剂)的技术。如本文所证明的，此类技术可以提供高选择性、高粗品纯度、高产率和/或简单/替代的制造工艺(例如，不使用F来源去除手性助剂)等。在一些实施例中，本披露通过提供具有高纯度、高立体选择性和/或少量盐的粗组合物而促进纯化和/或配制过程。下面描述了基于初步测试的使用PSM手性助剂的WV-3473示例制备。在该实例中，使用2.0×7.0cm不锈钢柱以396μmol的规模在fU-CPG固体载体上进行WV-3473的制备(批次184)。

实例合成工艺参数。

以下列出某些原料：

以198μmol的规模进行裂解和脱保护(C&D)。以下呈现某些有用的裂解和脱保护工艺参数(手性助剂去除工艺如上所述)：

粗寡核苷酸的UPLC分析表明，脱盐前粗样品中全长产物的纯度(％FLP)为39.3％。粗产率估计为61OD单位/umol。FLP净产率为37OD/umol(1.22mg/umol)。粗品储存条件为2℃-8℃；也可以使用其他合适的储存条件。通过LC-MS证实了WV-3473的分子量(计算为6732.8；观察到6730.6)。

实例14.提供的技术可用于制造包含各种类型的手性核苷酸间键联的寡核苷酸的手性控制的组合物。

除其他事项外，所提供的技术对于各种类型的手性核苷酸间键联的手性控制构建非常有效。如通过WV-15562制备作为实例所证明和证实的，所提供的技术可以提供高选择性、高粗品纯度、高产率和/或简化的/替代的制造工艺(例如，不使用F来源去除手性助剂)等。在一些实施例中，本披露通过递送具有高纯度、高立体选择性和/或少量盐的粗组合物而促进纯化和/或配制过程。

WV-15562：

mU＊SGeon001Rm5Ceon001Pm5Ceon001RmA＊SG＊SG＊RC＊ST＊SG＊RG＊ST＊ST＊RA＊ST＊SmG＊SmA^＊SmC＊SmU＊SmC

碱基序列：UGCCAGGCTGGTTATGACUC

键联/立体化学：SnRnRnRSSRSSRSSRSSSSSS

下面描述了基于初步测试的使用PSM手性助剂的WV-15562的示例制备。在该实例中，使用2.0×7.0cm不锈钢柱以401μmol的规模在mC-CPG固体载体上进行WV-15562的制备。

缩写：

使用PSM亚酰胺和CMIMT活化剂的WV-15562的合成工艺参数。

以401μmol的规模进行裂解和脱保护(C&D)。以下呈现某些有用的裂解和脱保护工艺参数(手性助剂去除工艺如上所述)：

粗寡核苷酸UPLC分析显示脱盐前全长产物的纯度(％-FLP)为55.7％。粗产率估计为77.5OD单位/μmol。粗品储存条件为2℃-8℃；也可以使用其他合适的储存条件。通过LC-MS证实了WV-15562的分子量(计算为7098.9；观察到7099.4)。

在另一种示例性制备中，PhIMT(1-(苯基)-1-H-咪唑-3-鎓-1-基三氟甲磺酸酯)用作活化剂，规模为396μmol(其他条件类似/相同)。粗寡核苷酸UPLC分析显示脱盐前全长产物的纯度(％-FLP)为49.8％。粗产率估计为74.0OD单位/μmol。粗品储存条件为2℃-8℃；也可以使用其他合适的储存条件。通过LC-MS证实了WV-15562的分子量(计算为7098.9；观察到7098.4)。申请人注意到，在一些实施例中PhIMT可以提供某些益处，因为与CMIMT相比，它可以在某些希望的溶剂如MeCN中示出更高的溶解度。在一些实施例中，更高的浓度可以提供更好的结果(例如，更好的纯度、产率等)。在一些实施例中，较高的浓度可提供较小的试剂体积。在一些实施例中，较高浓度可提供较高当量的试剂(例如，较高的亚磷酰胺当量(例如，4.5当量与2.5当量相比))。

实例15.提供的技术可用于制造包含各种类型的糖的寡核苷酸的手性控制的组合物。

如本文所述，所提供的技术可用于制备具有各种结构特征的寡核苷酸。在一些实施例中，如本文所证实的，所提供的技术对于包含2’-OH糖(例如，其中R^2s＝OH的糖，如典型地在天然RNA中发现的糖)的寡核苷酸的手性控制的制备特别有用。例如，在下述制备中，以高产率和纯度制备了包含各种其他糖和硫代磷酸酯核苷酸间键联的含天然RNA糖

的寡核苷酸。

缩写

AEX-HPLC：阴离子交换高压液相色谱法

CPG：控孔玻璃

CV：柱体积

DCM：二氯甲烷，CH₂Cl₂

DMSO：二甲亚砜

DMTr：4，4’-二甲氧基三苯甲基

HF：氢氟化物

IBN：异丁腈

LTQ：线性离子阱质谱仪

MeIm：N-甲基咪唑

PhIMT：N-苯基咪唑鎓三氟甲磺酸盐

RP-UPLC：反相超高效液相色谱法

TCA：三氯乙酸

TEA：三乙胺

TEAA：三乙基乙酸铵

XH：氢化黄原素

手性控制的寡核苷酸组合物的合成程序(25μmol规模)：根据如下所述的循环进行手性控制的寡核苷酸组合物的自动固相合成：

循环进行多次直到实现所需长度(例如，30-mer)。PSM亚磷酰胺用于形成手性控制的核苷酸间键联(对于2’-OH，用TBS(叔丁基二甲基甲硅烷基)保护)。

用于C&D的程序，纯化条件(25μmol规模)：合成循环完成后，通过DEA处理去除PSM手性助剂基团。CPG在35℃下用40％MeNH₂(5.0mL)处理30分钟，然后冷却至室温并通过膜过滤分离CPG，用8.0mL DMSO洗涤。向滤液中添加TEA-3HF(5.0mL)并在45℃下搅拌1小时，这可以从2’-OH上去除TBS保护基团。将反应混合物冷却至室温并用10mL的50mM NaOAc(pH 5.2)稀释。通过LTQ和RP-UPLC分析粗物质。粗物质通过RP-HPLC纯化，其中线性梯度为在50mMTEAA中MeCN，通过tC₁₈ SepPak柱脱盐以获得目标寡核苷酸。

脱盐程序(25μmol规模)：材料：SepPak tC18 35cc Vac盒(10g吸附剂/盒，55-105μm粒径)。

1.如果存在，从样品中蒸发MeCN。

2.使用4CV的100％乙腈(HPLC级)调节柱。

3.用2CV的在Millipore Bio-Pak水(无内毒素)中的40％MeCN冲洗柱。

4.用4CV的水(Millipore Bio-Pak，无内毒素)冲洗柱。

5.用2CV的在Millipore Bio-Pak水(无内毒素)中的50mM TEAA平衡柱。

6.将纯馏分负载到平衡柱上。通过重力负载将实现最大的结合量。用真空缓慢负载将实现良好的结合。用真空快速负载会导致结合不良。

7.用2CV的BioPak水洗涤柱以洗去TEAA。

8.用2CV的100mM NaOAc洗涤柱，以用钠交换寡核苷酸骨架上的铵。

9.用BioPak水洗涤柱，直到洗脱液的电导率＜20uS/cm。

10.用2个柱体积的在Millipore Bio-Pak水(无内毒素)中的40％MeCN洗脱产物。

11.在Speed-vac上在30℃下放置过夜以去除乙腈并浓缩。

以下呈现来自一种制备的结果：

合成规模：25umol

粗ODs：874ODs

粗UPLC纯度：32.17％

粗LTQ纯度：62.45％

最终ODs：59.8OD

最终UPLC纯度：59.85％

最终MS纯度：74.51％

最终观察到的MS：10,064.40(计算为10,063.68)。

等效物

已经描述了本披露的一些说明性实施例，对于本领域技术人员来说显而易见的是，前述仅仅是说明性的而非限制性的，仅作为示例呈现。许多修改和其他说明性实施例在本领域普通技术人员的范围内，并且预期落入本披露的范围内。特别地，尽管本文呈现的许多示例涉及方法行为或系统元素的特定组合，但应理解，那些行为和那些元素能以其他方式组合以实现相同的目标。仅结合一个实施例讨论的行为、元素和特征不旨在从其他实施例中的相似角色中排除。此外，对于在权利要求中列举的一个或多个手段加功能限制，这些手段不旨在限于本文披露的用于执行所列举功能的手段，而是旨在覆盖范围内用于执行所列举的功能的任何手段(现在已知或以后开发的)。

在权利要求中使用顺序术语(如“第一”、“第二”、“第三”等)来修饰权利要求要素时本身并不意味一个权利要求要素相对于另一个的任何优先、居先或次序或者执行方法的动作所依的时序，而是仅用作标记来区分具有某名称的一个权利要求要素与具有相同名称的另一要素(如果不使用顺序术语)以区分所述权利要求要素。类似地，使用1)、2)等，a)、b)等，或i)、ii)等本身并不意味着权利要求中的任何优先、居先或步骤顺序。类似地，在说明书中使用这些术语本身并不意味任何需要的优先、居先或次序。

前述书面说明书被认为足以使本领域技术人员能够实施本发明。本披露不通过所提供的实例限制范围，因为这些实例旨在作为本发明的某个或某些方面的说明，并且其他功能上等效的实施例也在本发明的范围内。除了本文示出和描述的那些之外，本发明的各种修改将从前述描述对于本领域技术人员变得清楚并且落入权利要求的范围内。本发明的优点和目的不一定被本发明的每个实施例涵盖。

Claims

1.一种用于制备寡核苷酸的方法，所述方法包括一个或多个循环，所述循环各自独立地包括以下步骤：

(1)偶联步骤；

(2)任选地，修饰前加帽步骤；

(3)修饰步骤；

(4)任选地，修饰后加帽步骤；以及

(5)任选地，解封步骤，并且

其中在至少一个循环中，所述偶联步骤独立地包括使寡核苷酸或核苷的游离羟基与包含具有

结构的手性助剂基团的偶联配偶体化合物反应，其中：

R²包含吸电子基团并且是-L^s-R’；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-CO₂R、或-SO₂R；

R⁶是-L-R’；

每个L’独立地是共价键、任选地取代的二价C_1-3亚烷基、-C(R³)(R⁴)-、-C(R³)(R⁴)-C(R³)(R⁴)-、-Cy-、或-C(R³)[C(R⁴)₃]-；并且

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

2.如权利要求1所述的方法，所述方法包括一个或多个循环，每个循环独立地包括：

(1)偶联步骤，其包括：

(2)任选地，修饰前加帽步骤，其包括：

使偶联产物组合物与修饰前加帽试剂体系接触；以及

将所述偶联产物组合物的一个或多个官能团加帽；

(3)修饰步骤，其包括：

(4)任选地，修饰后加帽步骤，其包括：

使修饰产物组合物与修饰后加帽试剂体系接触；以及

(5)任选地，解封步骤，其包括：

其中所述解封步骤提供了包含多种解封产物寡核苷酸的解封产物组合物，所述解封产物寡核苷酸各自独立地包含游离羟基；并且

其中在至少一个循环中，所述偶联配偶体化合物独立地包含具有

结构的手性助剂基团，其中：

R²包含吸电子基团并且是-L^s-R’；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-CO₂R、或-SO₂R；

R⁶是-L-R’；

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

3.如权利要求1所述的方法，其中，循环包括解封步骤。

4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中，循环包括修饰前加帽步骤或修饰后加帽步骤。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中，循环包括修饰前加帽步骤和修饰后加帽步骤。

6.如权利要求1所述的方法，其中，循环包括形成＊^PS或＊^PR核苷酸间键联的修饰步骤，其中＊^PS独立地具有式

或其盐形式，＊^PR独立地具有式

或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵是

7.如权利要求6所述的方法，其中，循环包括形成＊^NS或＊^NR核苷酸间键联的修饰步骤，其中＊^NS独立地具有式

或其盐形式，＊^NR独立地具有式

或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵是

8.如权利要求6所述的方法，其中，R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。

9.如权利要求7所述的方法，其中，R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。

10.如权利要求1所述的方法，其中，包含手性助剂基团的每种配偶体化合物独立地具有以下结构：

或其盐，其中：

s是0-20；

R^2s、R^4s和R^5s各自独立地是R^s；

R²包含吸电子基团并且是-L^s-R’；

每个R’独立地是-R、-C(O)R、-C(O)OR或-S(O)₂R；

两个R基团任选地且独立地一起形成共价键，或：

11.如权利要求10所述的方法，其中，R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。

12.如权利要求10所述的方法，其中，包含手性助剂基团的每种配偶体化合物独立地具有以下结构：

13.如权利要求12所述的方法，其中，在配偶体化合物中，R^4s是-H。

14.如权利要求13所述的方法，其中，在配偶体化合物中，R^2s是-H。

15.如权利要求13所述的方法，其中，在配偶体化合物中，R^2s是-OR，其中R是任选地取代的C_1-6脂肪族基团。

16.如权利要求13所述的方法，其中，在配偶体化合物中，R^2s是-O-Si(R)₃，其中每个R独立地不是-H。

17.如权利要求13所述的方法，其中，在配偶体化合物中，R^2s是-OTBS，其中每个R独立地不是-H。

18.如权利要求6-17中任一项所述的方法，其中，R²是-CH₂SO₂R’，其中R’是选自以下的任选地取代的基团：C_1-30脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C_1-30杂脂肪族基团、C_6-30芳基、C_6-30芳基脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C_6-30芳基杂脂肪族基团、具有1-10个杂原子的5-30元杂芳基、以及具有1-10个杂原子的3-30元杂环基。

19.如权利要求18所述的方法，其中，R’是任选地取代的苯基。

20.如权利要求18所述的方法，其中，R’是苯基。

21.如权利要求18所述的方法，其中，R’是叔丁基。

22.如权利要求6或10所述的方法，其包括通过使包含手性助剂基团的寡核苷酸与碱在无水条件下接触来除去手性助剂基团。

23.如权利要求22所述的方法，其中，所述碱是DEA。

24.如权利要求6或10所述的方法，其中，产物寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联。

25.如权利要求6或10所述的方法，其中，产物寡核苷酸包括包含2’-OH的糖。

26.如权利要求24或25所述的方法，其中，产物寡核苷酸进一步包含非带负电的核苷酸间键联。

27.如权利要求26所述的方法，其中，所述非带负电的核苷酸间键联是n001。

28.如权利要求24或25所述的方法，其中，产物寡核苷酸进一步包含天然磷酸酯键联。

29.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中，在至少一个循环中，配偶体化合物不含有手性助剂基团(例如，配偶体化合物是2-氰基乙基N，N-二异丙基氯代亚磷酰胺)。

30.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中，包含多种最终产物寡核苷酸的最终产物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

31.一种寡核苷酸，其中，所述寡核苷酸包括＊^PS或＊^PR核苷酸间键联，其中＊^PS独立地具有式

或其盐形式，＊^PR独立地具有式

或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵是

32.如权利要求31所述的寡核苷酸，其中，所述寡核苷酸进一步包括＊^NS或＊^NR核苷酸间键联，其中＊^NS独立地具有式

或其盐形式，＊^NR独立地具有式

或其盐形式，其中-X-L^s-R⁵是

33.如权利要求31或32所述的寡核苷酸，其中，R⁴和R⁵与居于它们之间的原子一起形成具有1-5个杂原子的任选地取代的3-20元单环、双环或多环。

34.如权利要求33所述的寡核苷酸，其中，R²是-CH₂SO₂R’，其中R’是选自以下的任选地取代的基团：C_1-30脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C_1-30杂脂肪族基团、C_6-30芳基、C_6-30芳基脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C_6-30芳基杂脂肪族基团、具有1-10个杂原子的5-30元杂芳基、以及具有1-10个杂原子的3-30元杂环基。

35.如权利要求34所述的寡核苷酸，其中，R’是任选地取代的苯基。

36.如权利要求34所述的寡核苷酸，其中，R’是苯基。

37.如权利要求34所述的寡核苷酸，其中，R’是叔丁基。

38.一种包含多种寡核苷酸的组合物，其中：

所述多种寡核苷酸具有相同的组成；并且

其中在所述最终产物组合物中具有相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少((DS)^Nc＊100)％是所述多种寡核苷酸，其中DS为至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％，并且Nc是手性控制的核苷酸间键联的数目；并且

其中每种寡核苷酸独立地是如权利要求31-37中任一项所述的寡核苷酸。

39.一种亚磷酰胺，其具有如权利要求10-21中任一项所述的以下结构：

或其盐。

40.一种说明书中所述的或如实施例1-665中任一项所述的化合物、组合物、方法或寡核苷酸。