KR20210114219A - 약제 내성 진단용 바이오 마커 조성물 및 이를 이용한 진단 키트 - Google Patents

약제 내성 진단용 바이오 마커 조성물 및 이를 이용한 진단 키트 Download PDF

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Abstract

본 발명은 OXPHOS 억제제 내성 암을 진단하기 위한 것으로, 보다 상세하게는 항암 치료에 사용되는 IM156, 로테논 등 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제 약물 내성 진단용 바이오 마커 조성물 및 이를 이용한 진단 키트에 대한 것이다. 본 발명은 암 환자의 해당 약물에 대한 내성 여부를 보다 용이하고 정확하게 진단할 수 있는 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자를 포함하는 바이오 마커 조성물을 제공한다. 이를 통하여 향후 치료 계획에 적절한 대체 항암제를 사용할 수 있도록 정확한 기초 정보를 제공함으로써, 맞춤형 정밀 의료 분야에 널리 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

Description

약제 내성 진단용 바이오 마커 조성물 및 이를 이용한 진단 키트{Biomarker composition for drug resistance diagnosis and diagnostic kit using the same}
본 발명은 OXPHOS 억제제 내성을 진단하기 위한 바이오 마커 및 이를 이용한 진단 키트에 관한 것이다.
암은 인류가 해결해야 할 난치병 중의 하나로, 전 세계적으로 이를 치유하기 위한 개발에 막대한 자본이 투자되고 있는 실정이며, 우리나라의 경우, 질병 사망 원인 중 제 1위의 질병으로서 연간 약 10만 명 이상이 진단되고, 약 6만 명 이상이 사망하고 있다. 지난 10년간 암 진단과 치료에 있어 다양한 항암 요법이 비약적으로 발전하고 있지만, 암 발병으로 인한 치사율은 여전히 높다. 또한 다양한 항암제 및 여러 항암 요법을 시도할 때 수반되는 부작용도 여전히 존재한다. 이러한 부작용을 줄이기 위한 연구가 활발히 진행되고 있으며, 최근 부작용이 적은 새로운 치료 요법으로 암 대사 과정을 조절하여 암을 치료하는 약제가 떠오르고 있다.
항암 요법에 있어 효과적인 표적으로서 대사 과정과 관련이 있는 미토콘드리아가 부상되었으며(Trends Mol Med. 2004 Aug;10(8):372-8.), 이러한 미토콘드리아는 ATP 생성을 통해 세포 생존의 주요 구성 성분으로 기능할 뿐만 아니라, 미토콘드리아 막-의존적 세포 사멸 신호에 의해 세포 운명을 결정하기에 세포 사멸에 중요한 인자로 작용하는 것으로도 알려져 있다(Cell Death Differ. 2003 Aug;10(8):870-80.). 미토콘드리아에서 일어나는 전자전달과 화학삼투를 통한 ATP의 합성 과정을 산화적 인산화(oxidative phosphorylation; OXPHOS)라고 하는데, 거의 모든 산소 호흡을 하는 생물들은 혐기성 발효 과정과 비교했을 때 보다 효율적으로 ATP를 합성하는 방법인 산화적 인산화를 수행한다. 이러한 산화적 인산화를 억제하는 약물을 OXPHOS 억제제라고 하며, 상기 억제제로는 IM156, 메트포민(Metformin), 로테논(Rotenone), 메틸말론산(Methylmalonate), BAM 15, BAY 87-2243, 니트로 프로피온산(3-Nitropropionic acid; 3NPA), 아토바쿠온(Atovaquone) 등이 존재한다. 이들 중에 항암 효과가 있는 것으로 밝혀진 항암 약물로는 IM156, 메트포민(Metformin), 펜포르민(Phenformin), 로테논(Rotenone) 등이 있으나, 이러한 약물에 대해서 반응을 하지 않는 항암 내성을 가진 환자도 존재한다. 따라서 이러한 내성을 지닌 환자에게는 해당 약물로 치료한다 할지라도 치료의 효과를 보장할 수 없으므로, 임상 의사 및 환자들의 시간 및 비용이 불필요하게 소모되는 상황이 발생할 가능성이 존재하게 된다. 따라서 항암 치료를 시작할 시에는 개개인의 특성에 맞는 맞춤형 약제를 선택적으로 사용할 수 있도록 미리 치료 효율을 가늠할 수 있는 척도가 현실적으로 필요한 상황이다.
이렇듯 약물에 대한 내성과 관련된 연구는 거의 없는 실정이기에 본 발명자들은 OXPHOS 억제제(oxidative phosphorylation inhibitor)에 내성이 있는 환자를 미리 선별할 수 있는 마커를 발굴함으로써 본 발명을 완성하기에 이르렀다.
본 발명의 일 목적은 항암 약물인 OXPHOS 억제제 약물에 대한 내성 진단용 바이오 마커 조성물을 제공하고자 한다.
본 발명의 다른 목적은 암 환자의 OXPHOS 억제제 약물 치료 시 내성 발생 유무를 예측할 수 있는 진단 키트를 제공하고자 한다.
본 발명의 또 다른 목적은 암 환자의 OXPHOS 억제제 약물 치료 시에 나타날 내성 발생 유무를 진단하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하고자 한다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
이하, 본원에 기재된 다양한 구체예가 도면을 참조로 기재된다. 하기 설명에서, 본 발명의 완전한 이해를 위해서, 다양한 특이적 상세 사항, 예컨대, 특이적 형태, 조성물 및 공정 등이 기재되어 있다. 그러나, 특정의 구체예는 이들 특이적 상세 사항 중 하나 이상 없이, 또는 다른 공지된 방법 및 형태와 함께 실행될 수 있다. 다른 예에서, 공지된 공정 및 제조 기술은 본 발명을 불필요하게 모호하게 하지 않게 하기 위해서, 특정의 상세사항으로 기재되지 않는다. "한 가지 구체예" 또는 "구체예"에 대한 본 명세서 전체를 통한 참조는 구체예와 결부되어 기재된 특별한 특징, 형태, 조성 또는 특성이 본 발명의 하나 이상의 구체예에 포함됨을 의미한다. 따라서, 본 명세서 전체에 걸친 다양한 위치에서 표현된 "한 가지 구체예에서" 또는 "구체예"의 상황은 반드시 본 발명의 동일한 구체예를 나타내지는 않는다. 추가로, 특별한 특징, 형태, 조성, 또는 특성은 하나 이상의 구체예에서 어떠한 적합한 방법으로 조합될 수 있다.
명세서 내에 특별한 정의가 없으면 본 명세서에 사용된 모든 과학적 및 기술적인 용어는 본 발명이 속하는 기술분야에서 당업자에 의하여 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다.
본 발명의 일 구현예에 따르면, MEC17(alpha Tubulin Acetyltransferase 1; aTAT1) 단백질, 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 약제 내성 진단용 바이오 마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 일 구체예에서, 상기 "MEC17(alpha Tubulin Acetyltransferase 1; aTAT1)"이란 알파 튜뷸린 아세틸트랜스퍼라제라는 ATAT1 유전자에 의해 인코딩되는 단백질로서, TAT, C6orf134, Nbla00487, alpha-TAT, 또는 alpha-TAT1으로도 불린다. 트랜스퍼라제 패밀리에 해당하며, 보다 구체적으로 아실 트랜스퍼라제에 속한다. 상기 ATAT1 유전자는 소포 형성에 중요한 역할을 하는 클라트린 단백질을 암호화하며, 라이신 40(lysine 40; K40) 상의 알파 튜뷸린을 아세틸화시킨다. 이 과정은 화학 주성(chemotaxis)과 실륨(cilium)을 형성하는 동안 미세소관의 성장에 있어 중요한 것으로 알려져 있다. 상기 MEC17 단백질 및 유전자 정보는 NCBI(National Center for Biotechnology Information)에 등록되어 있으며(Gene ID: 79969, NM_001031722.4), 본 발명에서의 MEC17의 아미노산 및 염기 서열을 각각 서열번호 1과 서열번호 2에 나타내었다.
본 발명의 바람직한 일 예시에서 상기 바이오 마커는 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자를 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자"는 서열번호 1로 표시되는 아미노산 서열 또는 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 비제한적인 예에서 상기 MEC17의 서열과 99% 이상 내지 100% 미만, 95% 이상 내지 99% 미만, 90% 이상 내지 95% 미만, 85% 이상 내지 90% 미만, 또는 80% 이상 내지 85% 미만의 상동성을 가지는 경우일 수 있으며, 당해 분야의 통상의 기술자에게 본 발명의 목적하는 효과를 발휘한다는 것이 자명한 범위 내에서 이에 제한 없이 모두 포함할 수 있다.
본 발명에서 “약제" 또는 "항암 치료제”와 “OXPHOS 억제제”는 혼용하여 사용될 수 있으며, 상기 약제는 미토콘드리아의 산화적 인산화를 억제하여 암 세포를 사멸시키는 새로운 기전을 갖는 항암제에 해당한다. 다양한 유형의 면역 세포는 세포 생존, 발달 및 기능을 유지하기 위해 특정한 세포 대사 과정을 이용하므로 상기 약제는 ATP 생성을 억제함으로써 암 치료 효과를 높이는 데에 사용될 수 있다.
본 발명의 일 구체예에서, 상기 "OXPHOS 억제제"란 유비퀴논 환원 활성 억제제(ubiquinone reduction activity inhibitor), 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제(mitochondrial electron transport chain I iinhibitor) 또는 철 킬레이터(iron chelator)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있으며, 미토콘드리아의 산화적 인산화를 억제하여 암 세포를 사멸시키는 기전을 가진 약물이라면 이에 제한되지 않고 모두 포함될 수 있다.
본 발명에서 상기 유비퀴논 환원 활성 억제제는 IACS-010759일 수 있으나, 미토콘드리아 내막에 존재하는 지용성 전자운반체인 유비퀴논의 활성에 영향을 미치는 약물에 해당한다면 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제는 IM156, 메트포민(Metformin), 펜포르민(Phenformin) 및 로테논(Rotenone)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으며, 보다 바람직하게는 IM156 또는 로테논일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 철 킬레이터는 VLX 600일 수 있으나, 미토콘드리아 호흡을 억제하는 기능을 가진 화합물이라면 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "IM156 약물"은 이전에 HL156A로 알려진 새로운 비구아니드 유도체(biguanide derivative) 화합물의 일종으로 다른 비구아니드 약물과 유사하게 미토콘드리아 복합체 I(mitochondrial complex I)을 차단하는 작용을 하는 약물에 해당한다. 비구아니드에서 추출한 소분자 경구 약물로 강력한 산화성인산화(OXPHOS) 억제제로 알려져 있다. 최근 연구 결과에 따르면 IM156을 이용한 시험관내 배양된 쥐 복막 중피 세포 및 쥐 신장 근위관 세포의 치료 후, AMPK 활성은 메트포민과 같은 다른 AMPK (AMP-activated protein kinase)보다 효과가 더욱 좋다는 것이 밝혀져 있다(Am J Physiol Renal Physiol. 2016 Mar 1;310(5):F342-50.). 그러나 IM156 약물은 세포 유형에 따라 상이한 작용 방식으로 영향을 미치기 때문에 다양한 작용 기전에 관한 연구가 진행 중에 있다.
본 발명에서 상기 "로테논 약물"은 미토콘드리아 호흡 사슬 복합체 I(Mitochondrial Complex I)에 작용하여, 산화적 대사에 의존하는 종양 생장을 억제하는 기능을 하는 약물이다. 친유성을 띠며 콩과 식물인 론코카르푸스(Lonchocarpus) 및 데리스(Derris) 종의 뿌리와 줄기에서 자연적으로 발생하여 얻어지는 산물로 살충제로 널리 사용되었지만, 독성 효과가 있어 많은 국가에서 사용이 제한되기도 하였다. 또한, 로테논은 다양한 인간 암 세포주에서 세포 사멸을 일으켜 세포 증식을 억제하는 것으로 알려져 암 치료에 이용될 수 있도록 개발 중이다. 로테논 외 미토콘드리아 호흡 사슬 복합체 I에 작용하는 미토콘드리아 전자 수송 사슬 I 억제제의 예로는 IM156, 메트포민(Metformin), 펜포르민(Phenformin) 등이 있다.
본 발명에서 상기 "바이오 마커"란 체내 세포나 혈관, 단백질, DNA, RNA, 대사 물질 등을 이용하여 체내 변화를 알아낼 수 있는 생물학적 지표로, 미국 국립보건원(NIH)은 상기 바이오 마커를 정상적인 생물학적 과정, 질병 진행 상황, 치료 방법에 대한 약물의 반응성을 객관적으로 측정하고 평가할 수 있는 지표라고 정의하였다. 즉, 특정 질병이나 암의 경우 정상이나 병적인 상태를 구분할 수 있거나 치료 반응을 예측할 수 있고 이를 객관적으로 측정할 수 있는 표지자를 의미한다. 따라서 바이오 마커는 정상적인 생물학적 과정, 질병 진행 상황, 치료 방법에 대한 약물의 반응성을 객관적으로 측정하고 평가할 수 있는 역할을 하여야 한다. 활용도에 따라 약물 타깃의 존재를 확인하는 타깃 마커, 병의 유무를 진단하는 진단 마커, 특정 약물에 대한 반응군과 비반응군을 구별할 수 있는 예상 마커, 약물 치료 효과를 모니터링 할 수 있는 대리 표지자 마커, 질병의 예후를 알려주는 예후 바이오 마커 등이 존재한다.
본 발명에서 상기 "약제 내성"이란 약물을 정량 반복적으로 사용했을 때 해당 약물의 효과가 감소하는 것을 말하며, 약제 내성이 있는 환자에게 이전에 경험한 동일한 효과를 얻기 위해서는 그 사용량을 늘리거나 사용 빈도를 증가시켜야하거나 혹은 이전과 같은 용량의 물질을 투여해도 전과 똑같은 효과를 얻지 못하는 상태를 말한다. 본 발명에서 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준의 변화를 대조군과 비교하여 증가하는 경우 약제 내성이 있는 것으로 진단하였다.
본 발명에서 상기 "진단"은 약제에 대한 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 발병한 질환이 약제 내성을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것, 또는 약제 내성 암의 예후(예컨대, 해당 약물에 대한 암의 반응성 결정)를 판정하는 것, 또는 상기 진단에 대한 정보를 제공하는 것을 포함하는 넓은 개념으로 정의한다.
본 발명의 “예후”란, 질병의 경과 및 사망 또는 생존의 결과를 미리 예측하는 행위를 말한다. 상기 예후 또는 예후 진단이란 질환의 경과가 환자의 생리적 또는 환경적 상태에 따라 달라질 수 있으며, 이러한 환자의 상태를 종합적으로 고려하여 치료 전/후 질병의 경과를 예측하는 모든 행위를 의미하는 것으로 해석될 수 있다. 본 발명의 목적상 상기 예후는 항암제 치료, 바람직하게는 OXPHOS 억제제 치료 후 치료 반응성을 미리 예상하는 행위 또는 이를 토대로 OXPHOS 억제제 사용 여부를 적절하게 선택하는 행위로 해석될 수 있다.
본 발명에서 “종양” 또는 “암”은 세포 주기가 조절되지 않아 세포 분열을 계속하는 질병으로서, 발생 부위에 따라 암종(Carcinoma)과 육종(Sarcoma)으로 나뉜다. 암종(Carcinoma)은 점막, 피부 같은 상피성 세포에서 발생한 악성 종양을 뜻하고, 육종(Sarcoma)은 근육, 결합 조직, 뼈, 연골, 혈관 등의 비상피성 세포에서 발생한 악성 종양을 뜻한다.
본 발명에서 상기 암 환자의 항암 치료는 OXPHOS 억제제를 이용한 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 OXPHOS 억제제는 IACS-010759, IM156, VLX일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 예후는 암 환자의 상기 약제 치료 후 치료 반응성일 수 있으며, 상기 약제에 내성이 발생하는지 여부를 예측하는 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 치료의 대상이 되는 질환으로 상기 "암"은 포유류에서 전형적으로 조절되지 않는 세포 성장으로 특징 지어진 생리적 상태를 나타내거나 가리킨다. 상기 암은 갑상선암, 부갑상선암, 위암, 난소암, 대장암, 췌장암, 간암, 유방암, 자궁경부암, 폐암, 비소세포성폐암, 전립선암, 담낭암, 담도암, 비호지킨 림프종, 호지킨 림프종, 혈액암, 방광암, 신장암, 흑색종, 결장암, 골암, 피부암, 두부암, 자궁암, 직장암, 뇌종양, 항문부근암, 나팔관암종, 자궁내막암종, 질암, 음문암종, 식도암, 소장암, 내분비선암, 부신암, 연조직 육종, 요도암, 음경암, 수뇨관암, 신장세포 암종, 신장골반 암종, 중추신경계(CNS central nervoussystem) 종양, 1차 CNS 림프종, 척수 종양, 뇌간 신경교종 또는 뇌하수체 선종일 수 있으나, 종양의 분화 및/또는 증식 등 암의 진행이 본 발명에서 기술하는 암 세포 및/또는 암 줄기세포에 의존적인 암의 종류라면 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, MEC17(alpha Tubulin Acetyltransferase 1; aTAT1) 단백질, 또는 이를 코딩하는 유전자를 포함하는, 암 환자의 약제 내성 진단용 바이오 마커 조성물에 관한 것이다.
본 발명에서 상기 MEC17 단백질은 서열번호 1로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 MEC17 유전자는 서열번호 2로 표시되는 염기서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 서열은 해당 서열과 80% 이상의 상동성을 가지는 서열을 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 바람직한 일 예시에서 상기 바이오 마커는 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자를 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 바이오 마커는 개체로부터 얻어진 시료 발현이 측정되는 것일 수 있다.
본 발명에서 바람직한 일 예시로 상기 약제는 OXPHOS 억제제를 이용한 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 다른 구현 예에 따르면, MEC17(alpha Tubulin Acetyltransferase 1; aTAT1) 단백질, 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 암 환자의 약제 내성 진단용 바이오 마커 조성물에 관한 것이다.
본 발명의 약제 내성 진단용 조성물은 상기 MEC17 단백질, 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 상기 약제 내성 진단용 조성물에서 상기 MEC17 단백질의 발현 수준울 측정하는 제제는 MEC17 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩타이드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "항체"는 항원과 특이적으로 결합하여 항원-항체 반응을 일으키는 물질을 가리킨다. 본 발명의 목적상, 항체는 상기 MEC17 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미한다. 본 발명의 항체는 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함한다. 상기 항체는 당 업계에 널리 공지된 기술을 이용하여 용이하게 제조될 수 있다. 예를 들어, 다클론 항체는 상기 단백질의 항원을 동물에 주사하고 동물로부터 채혈하여 항체를 포함하는 혈청을 수득하는 과정을 포함하는 당 업계에 널리 공지된 방법에 의해 생산될 수 있다. 이러한 다클론 항체는 염소, 토끼, 양, 원숭이, 말, 돼지, 소, 개 등의 임의의 동물로부터 제조될 수 있다. 또한, 단클론 항체는 당 업계에 널리 공지된 하이브리도마 방법(hybridoma method; Kohler 및 Milstein (1976) European Journal of Immunology 6:511-519 참조), 또는 파지 항체 라이브러리 기술(Clackson et al, Nature, 352:624-628, 1991; Marks et al, J. Mol. Biol., 222:58, 1-597, 1991 참조)을 이용하여 제조될 수 있다. 상기 방법으로 제조된 항체는 겔 전기영동, 투석, 염 침전, 이온교환 크로마토그래피, 친화성 크로마토그래피 등의 방법을 이용하여 분리, 정제될 수 있다. 또한, 본 발명의 항체는 2개의 전장의 경쇄 및 2개의 전장의 중쇄를 갖는 완전한 형태뿐만 아니라, 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란, 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 의미하며, Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv 등이 있다.
본 발명에서 상기 "올리고펩타이드"는 펩타이드로 2 내지 20 개의 아미노산으로 구성되며 디 펩티드, 트리 펩티드, 테트라 펩티드 및 펜타 펩티드를 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에 상기 "PNA(Peptide Nucleic Acid)"는 인공적으로 합성된, DNA 또는 RNA와 비슷한 중합체를 가리키며, 1991년 덴마크 코펜하겐 대학교의 Nielsen, Egholm, Berg와 Buchardt 교수에 의해 처음으로 소개되었다. DNA는 인산-리보스당 골격을 갖는데 반해, PNA는 펩타이드 결합에 의해 연결된 반복된 N-(2-아미노에틸)-글리신 골격을 가지며, 이로 인해 DNA 또는 RNA에 대한 결합력과 안정성이 크게 증가되어 분자 생물학, 진단 분석 및 안티센스 치료법에 사용되고 있다. PNA는 문헌[Nielsen PE, Egholm M, Berg RH, Buchardt O (December 1991). "Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide". Science 254 (5037): 1497-1500]에 상세하게 개시되어 있다.
본 발명에서 상기 "앱타머"는 올리고핵산 또는 펩타이드 분자이며, 앱타머의 일반적인 내용은 문헌(Bock LC et al., Nature 355(6360):5646(1992); Hoppe-Seyler F, Butz K "Peptide aptamers: powerful new tools for molecular medicine". J Mol Med. 78(8):42630(2000); Cohen BA, Colas P, Brent R. "An artificial cell-cycle inhibitor isolated from a combinatorial library". Proc Natl Acad Sci USA. 95(24): 142727(1998))에 상세하게 개시되어 있다.
본 발명에서 상기 MEC17 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 MEC17 단백질을 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 "프라이머"는 표적 유전자 서열을 인지하는 단편으로서, 정방향 및 역방향의 프라이머 쌍을 포함하나, 바람직하게는, 특이성 및 민감성을 가지는 분석 결과를 제공하는 프라이머 쌍이다. 프라이머의 핵산 서열이 시료 내 존재하는 비-표적 서열과 불일치하는 서열이어서, 상보적인 프라이머 결합 부위를 함유하는 표적 유전자 서열만 증폭하고 비특이적 증폭을 유발하지 않는 프라이머일 때, 높은 특이성이 부여될 수 있다.
본 발명에서 상기 "프로브"란 시료 내의 검출하고자 하는 표적 물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질을 의미하며, 상기 결합을 통하여 특이적으로 시료 내의 표적 물질의 존재를 확인할 수 있는 물질을 의미한다. 프로브의 종류는 당 업계에서 통상적으로 사용되는 물질로서 제한은 없으나, 바람직하게는 PNA(peptide nucleic acid), LNA(locked nucleic acid), 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, RNA 또는 DNA일 수 있으며, 가장 바람직하게는 PNA이다. 보다 구체적으로, 상기 프로브는 바이오 물질로서 생물에서 유래되거나 이와 유사한 것 또는 생체 외에서 제조된 것을 포함하는 것으로, 예를 들어, 효소, 단백질, 항체, 미생물, 동식물 세포 및 기관, 신경세포, DNA, 및 RNA일 수 있으며, DNA는 cDNA, 게놈 DNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, RNA는 게놈 RNA, mRNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 단백질의 예로는 항체, 항원, 효소, 펩타이드 등을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 "LNA(Locked nucleic acids)"란, 2'-O, 4'-C 메틸렌 브릿지를 포함하는 핵산 아날로그를 의미한다(J Weiler, J Hunziker and J Hall Gene Therapy (2006) 13, 496.502). LNA 뉴클레오사이드는 DNA와 RNA의 일반적 핵산 염기를 포함하며, Watson-Crick 염기 쌍 규칙에 따라 염기 쌍을 형성할 수 있다. 하지만, 메틸렌 브릿지로 인한 분자의 'locking'으로 인해, LNA는 Watson-Crick 결합에서 이상적 형상을 형성하지 못하게 된다. LNA가 DNA 또는 RNA 올리고뉴클레오티드에 포함되면, LNA는 보다 빠르게 상보적 뉴클레오티드 사슬과 쌍을 이루어 이중 나선의 안정성을 높일 수 있다.
본 발명에서 상기 "안티센스"는 안티센스 올리고머가 왓슨-크릭 염기쌍 형성에 의해 RNA 내의 표적 서열과 혼성화되어, 표적서열 내에서 전형적으로 mRNA와 RNA: 올리고머 헤테로이중체의 형성을 허용하는, 뉴클레오티드 염기의 서열 및 서브유닛간 백본을 갖는 올리고머를 의미한다. 올리고머는 표적 서열에 대한 정확한 서열 상보성 또는 근사 상보성을 가질 수 있다.
본 발명에 따른 MEC17 단백질이나, 이들을 코딩하는 유전자의 정보는 알려져 있으므로, 당 업자라면 이를 바탕으로 상기 단백질을 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오티드를 용이하게 디자인할 수 있을 것이다.
본 발명에서 상기 예후는 암 환자의 항암 치료 후 해당 약제에 대한 내성 발생 유무일 수 있다.
본 발명에서 상기 암은 유방암, 자궁암, 식도암, 위암, 뇌암, 직장암, 대장암, 폐암, 피부암, 난소암, 자궁경부암, 신장암, 혈액암, 췌장암, 전립선암, 고환암, 후두암, 구강암, 두경부암, 갑상선암, 간암, 방광암, 골육종, 림프종, 백혈병 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 암일 수 있고, 바람직하게는 위암일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 본 발명의 암 환자의 약제 내성 진단용 바이오 마커 조성물을 포함하는, 약제 내성 진단용 키트에 관한 것이다.
본 발명에서 "키트"는 바이오 마커 성분에 특이적으로 결합하는 프로브 또는 항체를 검출 가능한 표지로 표지하여 바이오 마커의 발현 수준을 평가할 수 있는 도구를 말한다. 프로브 또는 항체 관련하여 검출 가능한 물질을 기질과의 반응에 의해서 직접적으로 표지하는 것뿐만 아니라, 직접적으로 표지된 다른 시약과의 반응성에 의한 발색하는 표지체가 접합된 간접적 표지도 포함한다. 상기 표지체와 발색 반응할 발색 기질 용액, 세척액 및 기타 다른 용액 등을 포함할 수 있으며, 사용되는 시약 성분을 포함하여 제작될 수 있다. 본 발명에서 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있으며, 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브, 반응 완충액, 데옥시뉴클레오티드(dNTPs), Taq-중합효소, 역전사효소, DNase, RNase 억제제, 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한, 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 항암제 내성 예측용 유전자를 검출하기 위한 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판을 포함하고 기판은 정량 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다. 본 발명의 키트는 당 업계에 공지되어 있는 것이라면, 이에 제한되지 않는다.
본 발명에서 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트, ELISA 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트일 수 있다.
본 발명의 상기 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치를 더 포함할 수 있다. 예를 들면, 본 발명에서 상기 키트는 역전사 중합효소반응을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 더 포함할 수 있다. 역전사 중합효소반응 키트는 마커 단백질을 코딩하는 유전자에 대해 특이적인 프라이머 쌍을 포함한다. 프라이머는 상기 유전자의 핵산 서열에 특이적인 서열을 가지는 뉴클레오티드로써, 약 7 bp 내지 50 bp의 길이, 보다 바람직하게는 약 10 bp 내지 30 bp의 길이를 가질 수 있다. 또한 대조군 유전자의 핵산 서열에 특이적인 프라이머를 포함할 수 있다. 그 외 역전사 중합효소반응 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 용기, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNase 억제제 DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 약제 내성 진단용 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. DNA 칩 키트는 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)가 부착되어 있는 기판, 및 형광표지 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한 기판은 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 약제 내성 진단용 키트는 ELISA를 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. ELISA 키트는 상기 단백질에 대해 특이적인 항체를 포함한다. 항체는 마커 단백질에 대한 특이성 및 친화성이 높고 다른 단백질에 대한 교차 반응성이 거의 없는 항체로, 단클론 항체, 다클론 항체 또는 재조합 항체이다. 또한 ELISA 키트는 대조군 단백질에 특이적인 항체를 포함할 수 있다. 그 외 ELISA 키트는 결합된 항체를 검출할 수 있는 시약, 예를 들면, 표지된 2차 항체, 발색단(chromophores), 효소(예: 항체와 컨주게이트됨) 및 그의 기질 또는 항체와 결합할 수 있는 다른 물질 등을 포함할 수 있다.
본 발명의 약제 내성 진단용 키트에서 항원-항체 결합반응을 위한 고정체로는 니트로셀룰로오즈 막, PVDF 막, 폴리비닐(polyvinyl) 수지 또는 폴리스티렌(polystyrene) 수지로 합성된 웰 플레이트(Well plate), 유리로 된 슬라이드 글래스 등이 사용될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명의 약제 내성 진단용 키트에서 2차 항체의 표지체는 발색 반응을 하는 통상의 발색제가 바람직하며, HRP(horseradish peroxidase), 염기성 탈인산화효소(alkaline phosphatase), 콜로이드 골드(coloid gold), FITC(폴리 L-라이신-플루오르세인 아이소티오시아네이트), RITC(로다민-B-아이소티오시아네이트) 등의 형광물질(fluorescein) 및 색소(dye) 등의 표지체가 사용될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명의 약제 내성 진단용 키트에서 발색을 유도하기 위한 발색 기질은 발색 반응을 하는 표지체에 따라 사용하는 것이 바람직하며, TMB(3,3',5,5'-테트라메틸 베지딘), ABTS[2,2'-아지노-비스(3-에틸벤조티아졸린-6-설폰산)], OPD(o-페닐렌다이아민) 등을 사용할 수 있다. 이때, 발색 기질은 완충 용액(0.1 M NaAc, pH 5.5)에 용해된 상태로 제공되는 것이 더욱 바람직하다. TMB와 같은 발색기질은 이차 항체 접합체의 표지체로 사용된 HRP에 의해 분해되어 발색 침적체를 생성하고, 이 발색 침적체의 침적 정도를 육안으로 확인함으로써 상기 마커 단백질들의 존재 유무를 검출한다.
본 발명의 약제 내성 진단용 키트에서 세척액은 인산염 완충 용액, NaCl 및 트윈 20(Tween 20)을 포함하는 것이 바람직하며, 0.02 M 인산염 완충용액, 0.13 M NaCl, 및 0.05% 트윈 20으로 구성된 완충 용액(PBST)이 더욱 바람직하다. 세척액은 항원-항체 결합 반응 후 항원-항체 결합체에 2차 항체를 반응시킨 다음 적당량을 고정체에 첨가하여 3 내지 6회 세척한다. 반응 정지 용액은 황산 용액(H2SO4)이 바람직하게 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 MEC17 단백질 또는 상기 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 암 환자의 약제 내성 진단을 위한 정보 제공 방법에 관한 것이다.
본 발명의 상기 약제 내성 진단을 위한 정보 제공 방법은 상기 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 상기 MEC17 단백질 또는 상기 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 생물학적 시료는 개체로부터 얻어지거나 개체로부터 유래된 임의의 물질, 생물학적 체액, 조직 또는 세포를 의미하는 것으로, 전혈(whole blood), 백혈구(leukocytes), 말초혈액 단핵 세포(peripheral blood mononuclear cells), 백혈구 연층(buffy coat), 혈장(plasma), 혈청(serum), 객담(sputum), 눈물(tears), 점액(mucus), 세비액(nasal washes), 비강 흡인물(nasal aspirate), 호흡(breath), 소변(urine), 정액(semen), 침(saliva), 복강 세척액(peritoneal washings), 복수(ascites), 낭종액(cystic fluid), 뇌척수막 액(meningeal fluid), 양수(amniotic fluid), 선액(glandular fluid), 췌장액(pancreatic fluid), 림프액(lymph fluid), 흉수(pleural fluid), 유두 흡인물(nipple aspirate), 기관지 흡인물(bronchial aspirate), 활액(synovial fluid), 관절 흡인물(joint aspirate), 기관 분비물(organ secretions), 세포(cell), 세포 추출물(cell extract) 및 뇌척수액(cerebrospinal fluid) 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명에서 상기 MEC17 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 MEC17 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩타이드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 MEC17 단백질의 발현 수준의 측정은 단백질 칩 분석, 면역 측정법, 리간드 바인딩 어세이, MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, SELDI-TOF(Sulface Enhanced Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) 분석, 방사선 면역 분석, 방사 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법, 로케트 면역전기영동, 조직면역 염색, 보체 고정 분석법, 2차원 전기영동 분석, 액상 크로마토그래피-질량분석(liquid chromatography-Mass Spectrometry, LC-MS), LC-MS/MS(liquid chromatography-Mass Spectrometry/ Mass Spectrometry), 웨스턴 블랏팅 또는 ELISA(enzyme linked immunosorbentassay)에 의해 수행될 수 있다.
또한, 본 발명에서 상기 MEC17 단백질의 발현 수준의 측정은 다중 반응 모니터링 (multiple reaction monitoring; MRM) 방법에 의할 수 있다.
본 발명에서 상기 다중 반응 모니터링 방법 시 내부 표준 물질은 타깃 펩타이드를 구성하는 특정 아미노산을 동위원소로 치환한 합성 펩타이드 또는 대장균 베타 갈락토시다아제를 사용할 수 있다.
본 발명에서 상기 MEC17의 타깃 펩티드는 서열번호 1로 표시되는 아미노산 서열로 이루어질 수 있다.
본 발명에서 상기 MEC17 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 MEC17 단백질을 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다.
본 발명에서 상기 MEC17 단백질을 코딩하는 유전자의 발현 수준의 측정은 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting) 또는 DNA 칩에 의할 수 있다.
본 발명의 정보 제공 방법에서 항체, 올리고펩타이드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid), 앱타머(aptamer) 등에 관한 기재와 프라이머, 프로브 등에 관한 기재는 앞서 기재된 바와 중복되어 명세서의 과도한 복잡을 피하기 위하여 이하 그 자세한 기재를 생략한다.
본 발명에서 상기 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 대조군에 비하여 증가하는 경우, 상기 목적하는 개체의 항암 치료제 사용 후의 예후가 나쁠 것으로 예측할 수 있다.
본 발명에서 상기 목적하는 개체의 항암 치료제는 OXPHOS 억제제를 이용한 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기 OXPHOS 억제제에 관한 기재는 앞서 기재된 바와 중복되어 명세서의 과도한 복잡을 피하기 위하여 이하 그 자세한 기재를 생략한다.
본 발명에서 상기 정보 제공 방법은 상기 목적하는 개체의 상기 약제 내성 발생 여부 또는 발생 가능성을 진단하는 것일 수 있다.
본 발명에서 상기 목적하는 개체의 생물학적 시료에 대하여 측정된 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 대조군에 비하여 증가하는 경우, 상기 항암 치료제 사용 후의 약제 내성이 발생하거나 발생할 가능성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
본 발명에서 바람직한 일 예시로 상기 목적하는 개체의 생물학적 시료 중 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 대조군에 비하여 증가한 경우, 상기 항암 치료제에 대한 치료 반응성이 낮은 것으로 예측할 수 있다.
본 발명에서 "대조군"이란 약제 내성이 발생하지 아니한 정상 대조군이거나, 약제 감수성 세포에서의 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준의 평균 내지 중간 값일 수 있다. 대조군에서의 마커 단백질 또는 이를 코딩하는 핵산분자의 발현량과 분석 대상이 되는 암 환자 유래의 생물학적 시료에서의 마커 단백질 또는 이를 코딩하는 핵산분자의 발현량을 비교할 수 있으며, 상기 발현량의 유의한 변화 여부를 판단하여 약제 내성 여부를 진단할 수 있다. 상기 정상 대조군 시료의 범위로는 해당 약제에 대하여 내성을 획득하지 않은 것으로 확인된 암 환자 유래의 세포, 이의 배양액, 혈액, 혈청, 혈장, 및 조직도 포함된다.
본 발명의 일 구체예에서, MEC17(alpha Tubulin Acetyltransferase 1; aTAT1) 단백질, 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 약제 내성 예측용 키트를 제공하고, 상기 MEC17 단백질은 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는, 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 MEC17 유전자는 서열번호 2의 염기서열을 갖는 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 서열은 해당 서열과 80% 이상의 상동성을 가지는 서열을 포함하는 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 약제는 OXPHOS(Oxidative Phosphorylation) 억제제인 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 OXPHOS 억제제는 유비퀴논 환원 활성 억제제, 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제 및 철 킬레이터로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 유비퀴논 환원 활성 억제제는 IACS-010759인 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제 억제제는 IM156, 메트포민(Metformin) 및 로테논(Rotenone)으로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나인 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 철 킬레이터는 VLX 600인 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩타이드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트, ELISA 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트인 약제 내성 예측용 키트를 제공하며, 상기 약제는 유방암, 자궁암, 식도암, 위암, 뇌암, 직장암, 대장암, 폐암, 피부암, 난소암, 자궁경부암, 신장암, 혈액암, 췌장암, 전립선암, 고환암, 후두암, 구강암, 두경부암, 갑상선암, 간암, 방광암, 골육종, 림프종, 백혈병, 흉선종, 흉선암, 편평상피세포암, 선암종 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 암을 치료하기 위한 용도로 사용되는 것인 약제 내성 예측용 키트를 제공한다.
본 발명의 다른 구체예에서, 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 약제 내성 예측 방법를 제공하고, 상기 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 대조군 시료에 비하여 증가된 것으로 나타난 경우 상기 약제 내성으로 인하여 치료 예후가 좋지 않을 것으로 예측하는 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 MEC17 단백질은 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 MEC17 유전자는 서열번호 2의 염기서열을 갖는 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 서열은 해당 서열과 80% 이상의 상동성을 가지는 서열을 포함하는 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 약제는 OXPHOS 억제제인 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 OXPHOS 억제제는 유비퀴논 환원 활성 억제제, 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제 및 철 킬레이터로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 유비퀴논 환원 활성 억제제는 IACS-010759인 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제는 IM156, 메트포민(Metformin) 및 로테논(Rotenone)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 철 킬레이터는 VLX 600인 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 약제는 유방암, 자궁암, 식도암, 위암, 뇌암, 직장암, 대장암, 폐암, 피부암, 난소암, 자궁경부암, 신장암, 혈액암, 췌장암, 전립선암, 고환암, 후두암, 구강암, 두경부암, 갑상선암, 간암, 방광암, 골육종, 림프종, 백혈병, 흉선암, 편평상피세포암, 선암종 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 암을 치료하기 위한 용도로 사용되는 것인 약제 내성 예측 방법을 제공하며, 상기 약제는 유방암, 자궁암, 식도암, 위암, 뇌암, 직장암, 대장암, 폐암, 피부암, 난소암, 자궁경부암, 신장암, 혈액암, 췌장암, 전립선암, 고환암, 후두암, 구강암, 두경부암, 갑상선암, 간암, 방광암, 골육종, 림프종, 백혈병, 흉선암, 편평상피세포암, 선암종 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 암을 치료하기 위한 용도로 사용되는 것인 약제 내성 예측 방법을 제공한다.
이하 상기 본 발명을 단계별로 상세히 설명한다.
본 발명은 OXPHOS 억제제에 대한 내성 진단용 바이오 마커 조성물 및 이를 이용한 진단 키트에 대한 것으로, 암 환자에 대한 OXPHOS 억제제 사용의 적합성을 투약 전에 예측하여 임상의에 의한 향후 치료 계획에 있어 적절한 대체 항암제를 사용할 수 있도록 정확한 기초 정보를 제공함으로써 환자의 비용 부담을 줄이는 동시에 치료 효과를 높여 궁극적으로 생존률을 높일 수 있을 것으로 기대된다.
도 1은 본 발명의 일 실시예에 따른, 위암 세포주인 SK4, MKN45, 및 AGS에서 측정된 MEC17(aTAT1) 유전자 발현 수준을 웨스턴블랏 분석을 통해 확인한 도이다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따른, OXPHOS 억제제에 대한 감수성이 있는 세포주와 감수성이 없는 내성 세포주에 OXPHOS 억제제 약물인 로테논 또는 IM156의 약물 처리 후 MEC17(aTAT1) 발현 수준을 웨스턴블랏 분석을 통해 확인한 결과를 나타낸 도이다.
도 3은 본 발명의 일 실시예에 따른, OXPHOS 억제제에 대한 감수성이 있는 세포주와 감수성이 없는 내성 세포주에 OXPHOS 억제제 약물인 로테논 또는 IM156의 약물 처리 전후 MEC17(aTAT1) 유전자 발현 수준의 변화량을 ImageJ로 정량화하여 비교 확인한 도이다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당 업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
실시예 1: 위암 세포주의 배양
본 발명의 발명자들은 연세대학교 의과대학 평가위원회 (Institutional Review Board, IRB)의 승인을 얻어 모든 실험을 수행하였다. 한국 세포주 은행(Korean Cell Line Bank)으로부터 인간 위암 세포주인 SK4, MKN45, 및 AGS를 수득하여 한국 세포주 은행의 가이드에 따라 10% FBS가 포함된 RPMI 1640 배지에 1% 페니실린-스트렙토마이신(Gibco)을 추가하여 37℃, 5% CO2 incubator(HERAcell 150i, Thermo Scientific, Waltham, MA, USA)에서 배양하여 실험에 이용하였다.
실시예 2: 다양한 위암 세포주에서의 MEC17(alpha Tubulin Acetyltransferase 1; aTAT1) 마커의 발현 정도 비교
상기 실시예 1에서 배양한 세포주인 모세포를 이하 명세서 상에서 P 세포(parent cell; P cell)라고 칭하며, 상기 P 세포로부터 글루코스가 없는 환경에서 30일에 걸친 계대 배양을 과정을 거쳐 살아남은 세포(줄기세포성 암 세포; cancer stem cell; CSC)만을 일컬어 이하 명세서 상에서 S-세포(selected cell; S cell)라 칭한다. 상기의 위암 세포주인 SK4, MKN45, 및 AGS를 P 세포와 S 세포로 분리하여 MEC17(aTAT1) 유전자의 발현 정도를 측정하기 위하여 웨스턴 블롯을 수행하였다. 수행 결과를 도 1에 나타내었다. 도 1을 참조하면, 암 줄기세포에서와 유사한 특징을 가지는 S 세포에서의 aTAT1의 유전자 발현 정도가 모세포인 P 세포에 비하여 높게 나타난 것을 확인할 수 있으며, 모든 세포주에서 S 세포에서의 발현 정도가 P 세포에 비교하여 현저하게 높게 나타나는 것을 확인하였다. 이를 통하여 치료가 상대적으로 어려운 암 줄기세포 유사 특징을 가지는 세포에서 aTAT1의 유전자의 발현이 높은 것은 내성 진단의 마커로 활용될 수 있음을 시사한다.
실시예 3: OXPHOS 억제제 약물 저항성(약물 내성) 마커로서의 MEC17(aTAT1) 발현 확인
아세틸화 단백질과 관련된 MEC17(aTAT1)의 유전자 발현과 OXPHOS 억제제인 로테논(Rotenone) 또는 IM156 약물로 인한 환자 예후의 상관관계를 확인하기 위하여 로테논과 IM156의 각 약물을 감수성이 있는 세포주(PSK4)와 감수성이 없는 내성 세포주(SSK4)에 처리하고, 동량의 세포에서 유전자 발현량의 변화를 분석하였다. 그 결과를 도 2에 나타내었으며, 이를 보다 명확히 비교하기 위하여 ImageJ를 활용하여 상기 결과를 정량화하여 도 3에 나타내었다. 상기 측정된 유전자의 발현량 결과를 살펴보면, OXPHOS 억제제를 처리하기 전과 후의 경우 P 세포에서의 변화량과 S 세포에서의 변화량 간의 차이가 현저히 나타난 것을 확인할 수 있다. 상기 측정값을 하기 표 1에 나타내었다.
aTAT1
발현 변화량		 약물 처리 전 로테논(Rotenone) 약물 IM156 약물
PSK4 1.0 0.9375 1.0100
SSK4 1.0 1.5199 1.6454
상기 결과에 따르면, 내성 세포주인 SSK4 세포에서의 MEC17 유전자의 발현이 약물 처리 후 50% 이상 확연하게 증가하였고, 약물 감수성 세포주인 PSK4 세포에서 MEC17 유전자의 발현이 비슷한 수준으로 나타나거나 로테논 약물의 경우 되레 감소하는 경향을 띠는 것을 확인하였다. 이는 MEC17(aTAT1) 유전자의 발현이 증가되는 경우에 상기 약물 치료 이후 환자의 예후가 좋지 않게 나타날 수 있음을 의미한다. 이러한 결과를 종합할 때, MEC17 유전자의 발현량을 통하여 OXPHOS 억제제 내성 세포주만을 선별할 수 있을 것이다. 상기 약물 치료 후의 MEC17(aTAT1) 발현량이 대조군에 비하여 높게 나타난 경우 해당 약물에 내성이 생긴 것으로 볼 수 있고 이는 해당 약물에 대한 예후가 좋지 않을 수 있다는 것을 의미한다. 따라서, 약물 처리 전 또는 약물 처리 후 반응성에 대한 정확한 예측을 통해 환자의 선제적 선별이 가능할 것으로 기대된다.
이상으로 본 발명의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 이러한 구체적인 기술은 단지 바람직한 구현예일 뿐이며, 이에 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백하다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항과 그의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
<110> Industry-Academic Cooperation Foundation, Yonsei University <120> Biomarker composition for drug resistance diagnosis and diagnostic kit using the same <130> PDPB194291 <160> 2 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 421 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Glu Phe Pro Phe Asp Val Asp Ala Leu Phe Pro Glu Arg Ile Thr 1 5 10 15 Val Leu Asp Gln His Leu Arg Pro Pro Ala Arg Arg Pro Gly Thr Thr 20 25 30 Thr Pro Ala Arg Val Asp Leu Gln Gln Gln Ile Met Thr Ile Ile Asp 35 40 45 Glu Leu Gly Lys Ala Ser Ala Lys Ala Gln Asn Leu Ser Ala Pro Ile 50 55 60 Thr Ser Ala Ser Arg Met Gln Ser Asn Arg His Val Val Tyr Ile Leu 65 70 75 80 Lys Asp Ser Ser Ala Arg Pro Ala Gly Lys Gly Ala Ile Ile Gly Phe 85 90 95 Ile Lys Val Gly Tyr Lys Lys Leu Phe Val Leu Asp Asp Arg Glu Ala 100 105 110 His Asn Glu Val Glu Pro Leu Cys Ile Leu Asp Phe Tyr Ile His Glu 115 120 125 Ser Val Gln Arg His Gly His Gly Arg Glu Leu Phe Gln Tyr Met Leu 130 135 140 Gln Lys Glu Arg Val Glu Pro His Gln Leu Ala Ile Asp Arg Pro Ser 145 150 155 160 Gln Lys Leu Leu Lys Phe Leu Asn Lys His Tyr Asn Leu Glu Thr Thr 165 170 175 Val Pro Gln Val Asn Asn Phe Val Ile Phe Glu Gly Phe Phe Ala His 180 185 190 Gln His Arg Pro Pro Ala Pro Ser Leu Arg Ala Thr Arg His Ser Arg 195 200 205 Ala Ala Ala Val Asp Pro Thr Pro Ala Ala Pro Ala Arg Lys Leu Pro 210 215 220 Pro Lys Arg Ala Glu Gly Asp Ile Lys Pro Tyr Ser Ser Ser Asp Arg 225 230 235 240 Glu Phe Leu Lys Val Ala Val Glu Pro Pro Trp Pro Leu Asn Arg Ala 245 250 255 Pro Arg Arg Ala Thr Pro Pro Ala His Pro Pro Pro Arg Ser Ser Ser 260 265 270 Leu Gly Asn Ser Pro Glu Arg Gly Pro Leu Arg Pro Phe Val Pro Glu 275 280 285 Gln Glu Leu Leu Arg Ser Leu Arg Leu Cys Pro Pro His Pro Thr Ala 290 295 300 Arg Leu Leu Leu Ala Ala Asp Pro Gly Gly Ser Pro Ala Gln Arg Arg 305 310 315 320 Arg Thr Arg Gly Thr Pro Pro Gly Leu Val Ala Gln Ser Cys Cys Tyr 325 330 335 Ser Arg His Gly Gly Val Asn Ser Ser Ser Pro Asn Thr Gly Asn Gln 340 345 350 Asp Ser Lys Gln Gly Glu Gln Glu Thr Lys Asn Arg Ser Ala Ser Glu 355 360 365 Glu Gln Ala Leu Ser Gln Asp Gly Ser Gly Glu Lys Pro Met His Thr 370 375 380 Ala Pro Pro Gln Ala Pro Ala Pro Pro Ala Gln Ser Trp Thr Val Gly 385 390 395 400 Gly Asp Ile Leu Asn Ala Arg Phe Ile Arg Asn Leu Gln Glu Arg Arg 405 410 415 Ser Thr Arg Pro Trp 420 <210> 2 <211> 21182 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 aaatcttgag gctgagggcg ggtggtacag atgtgtatgg gaaaccccaa cccctatata 60 ttgtaaatag atgggctggg ctaaacattg ttgccgtttc atacttctac caactcagct 120 tttacacaat aaagctctac tgtctctggt ttgctttggg ctgtttccga tgaatgccat 180 tagcgggggg tgggctgagt gatggtcttt tcatataagc aattgggtga tgctgtgggg 240 agataagtgg tcaggcttaa gccagccttg cctgtgacgc ctgggactag aagccgggga 300 tgggcagctg tgccactctg tcaagatgcc ttgtgggccc ccactccaca gcatggccca 360 ctgttcactg aggggataaa aggttggaca gtgagacact gggccaagga agactacgtt 420 gccatggcac tcactgccgt gggatgcagg gatggaaagg agtggcactg ctaggggcac 480 agctggtttg gcaagaaaaa cgggggccct gtcagttgcc aggacgctag ggggcaaggt 540 ctacaggcgg ggctcctgga aataaagact ccgagaggcg gtgcggcgag 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caccacaccc agctaatttt tgtattttta gcagagacag gctttcacca ggttggccag 8220 gatggtttct atctcctgac cttgtgatcc acctacctcg gcctcccaaa gtgctcgaat 8280 tacaggcgtg agccaccggc gcccagccag gttcagtcat ttttaatgat ctcagatgac 8340 caagccagcc tttggagggt tctctgtctt acttctgact ttacttgtgg tgtgaccata 8400 ttcattataa tctcaaagga ggaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaccttgttt aaaaaaaaaa 8460 aaaaagcctg ggcgcggtgg ctcgcgcctg taatcccagc actttgggag gccgaggtgg 8520 gtggatcacg aggtcagaag atcgagacca tcctggctaa catggtgaaa ccccctgtct 8580 actaaaaata caaaaaatta gccaggcgtg gtggcgggag cctgtagtcc cagctacttg 8640 ggaggctgag gcaggagaat ggcgtgaacc cgggaggcag agcttgcagt gagccaagat 8700 tgtgccactg cactccagcc tgggcaacag agcgagacta catctcaaaa acaacaacaa 8760 caacaaaaag tctcgttctg agcattccag tagcttcttt agtgtatgta gttagttgta 8820 ccataagtag ttggtttgtg tgagatggtt aaaaaggcca aagataaaat gtttcattta 8880 tttgcctttt ttgtctatga aatggctgct tatttattta ggcctatttg atgtatgtgt 8940 gaaacaatat tgtgcaacaa taaacccaaa ttttattttg ctgagttgtt ctaacagcaa 9000 caaaaagaag ttaaggaaga gaagaagacc agcaaatgca accacagagt gactagtgaa 9060 gtagatgaaa actgaggccg ggtgtggtgg ctcacacctg taatcccagc actttgggag 9120 gccgagtcgg gtggatcacc tgaggtcagg agttcaagac caacatggtg aaaccccatc 9180 tctacaaaaa atacaaaatt agccaggcga ggtggctcat gcctgtaatc ccagctactt 9240 gggaggctga ggcaggacaa tcacttgaat ctgggaggtg gaggttgcag taagccgaga 9300 tcatgccatt gcactccagc ctgggcaaca aagcgaaact ccatctcaaa aaaaaaaaaa 9360 aagaaaagaa aactgaaaag taaggtgacc tcaaaggcca ctgaagaaag tgtttccagg 9420 aggaaggaat ggtttacttg gtcaaatgct gctgatcaag gagcaaagag gtctgagaag 9480 ttaccattgg atttatctgc gttaggccat tggtgatctt aatgagcagt tttggtgcag 9540 cggtgtttgg aagcctggat gcagtgggtc ttgtagactg agaagctagg aacacagcaa 9600 gaataagcta ctcttttaaa tcctgcttta atgggaatag aaatagagca agagctggag 9660 agtgaagtgg atcaaaagag ttgatctttt gcagatggga gaacaaatag cattagaatg 9720 attcagtaga gagaaaatat tattatgtca gagaaagtgg ggagaactgt tgaagtgatg 9780 tcattgaatg ggcggcgggg gcgttgagat ttggttgaca agttagcctt ggataggaac 9840 atggacagtt aatccattgt aacatgattt gatagatgtg attacagagg aggcataagg 9900 acatggattt gagtgctatc ttgggctggg ggttgggtaa agaaagatga catgtctaat 9960 cttgaaaggc aagtgtttgt caggtggaca aaaggctaaa gtgcatttca tgtagaggaa 10020 caggcatgag caaaggcaga aaggtattaa accacctttc aggccaggcg tggtggctca 10080 cacctgtaat cccagcactt tgggaggcca aggtaggcgg atcacaaggt caggagatcg 10140 agaccatcct ggctaacacg gtaaaacccc gtctctacta aaaatacaaa aaaaattagc 10200 tgggcgtggt ggcaggcgcc tgtagtccca gctaatcagg aggctgaggc aggagaatgg 10260 cgtgaaccca ggaggcggag cttgcagtga gcccagatca tgccactgca ctccagcctg 10320 ggcgacagag caagacactg tctcaaaaaa aataaataaa taaataaaaa taaaccacct 10380 ttcaggacac tacaagcagt gtggtgtggt tggagtgctg ggcatgtgct tgttgggggg 10440 tgggggtgat gaggatgggc tggtagacat tacaacaagg tcaaggcaag ggataggcag 10500 ggtcttccta cagtatattt ttccattaag aggcaacaga gagcagtgga aggagcacag 10560 tttttttttg tttgtttgtt tgtattttga gatggagtct cagtctgtcg cccaggctgg 10620 agtgcagtgg cacaatctca gctcactgga acctctgcct cctgagtcca agcaattctc 10680 ttgcctcagc ctcctgagta gctgggatta gaggcgccca ccaccacacc tggctaattt 10740 ttgtgttgat gaggtttcac catgttggcc agacgtctcg aacttctgac ctcaagtgat 10800 ccgcccacct cggtctccca aagtgctacg attacagccg tgagccacca tacccggtcc 10860 tggagcacag tattcgatat gaaacacatt acccagttaa catgtaaggc cagagcagta 10920 tagagtgtaa ataataattc acatttcatg ggctctatgt ggtatctata tgcatcatct 10980 cagtggattc ttgcacatct ttttgaggta ggtactatta ttaaacctat tttgggttta 11040 tacaaattaa tgacttaacc aaattcacac agccagtaaa tagtagagtc cacatttgaa 11100 cccatagcca tttgcaccca gtgaactttt tttttttttt tctttttgag gcaaggtctt 11160 gctctgttgc ctaggctgga gtgcagtggc acgatcacgg ctcactgcag tctctacctc 11220 ctaggctcaa gagatcttcc ctaccagcct ggccaacatg gcgaaacccc atctctatta 11280 aaaatacaaa aataagccgg gcgtggtggc atgtgcctgt aatcccagct actcaggagg 11340 ctgagacagg agaagagctt gaacctggga ggtggaagtt gcagggagcc gagatgacac 11400 cattgcactc cagcatgggc aacagagtga gattccatgt taaaaaaaaa aaaaggccgg 11460 acgcattggc tcgcgcctgt aaccccagca ctttggaagg ccaaggcggg cggatcacga 11520 ggtcaagaga tcaagaccat cctggccaac atggtgaaac cctgtctcta ctgaaaatac 11580 aaaaattagc tgggcatggt ggcgcatgcc tgtagtccca gctgctccgg aggctgaggc 11640 aggagaatcg cttgaactca ggaggtggag gttgcagtga gctgagatct tgccactgaa 11700 gtccagcctg gcaacagagc gagactccat ctcaaaaaag atcttcccac ctcaacctcc 11760 caagtagttg ggactacagg cgcccaccac tatggctggc tgattttttg tatttttagt 11820 agagacgggg tttcaccgtg ttagccaggg tggtctcgat ctcctgacct cgtgatcggc 11880 ccgcctcggc ctcccaaagt gctgggatta caggcttgag ccactgggcc cggcccacgc 11940 ctggctaatt tttaaaaata tttttgtaga gatgaggtct tgctatattg cccaggctgg 12000 tcttgaactc ctgggctcaa gctatccaca tgagccacca tgcccagccc ccattaaact 12060 tttttttttg agatggagtc tcactctgtc acccaggctg aagtacagtg gtgcaatctc 12120 agctcactac agcctctccc tcctggggtc aatggattct cctgcctcag cctcctgagt 12180 agctaggatt acaggcgcac gtcaccacac ccagctaatt tttgtatttt tagtagagac 12240 agggtctcga actcctgacc tcaagtgatc cacccgcctt ggcctcccaa attgttggga 12300 ttacaggcgt gatccaccac gcctggcccc cgagtttttt tttttttttt gagacggagt 12360 ctctctctgt cgcccaggct ggagtgcagt gttgccatct cggctcactg caagctctcc 12420 tcttgagtaa actcttaatg gctacactat tttcctggct aaaacactgc agctggaatc 12480 agaagtctga aagttgaggc ccagccctgc cacttgtagc tacttggcat tggccaagcg 12540 aagccatgtc tccaaggctg tatttccccc aaccttcttt caaatagtga cttccaggat 12600 tgtgaaggcc aaattaaatg tgaaaatata atgaagtaac tctaaaatta atagttacta 12660 gttatcaaag tagcatcctg gcctccagca tgtcttcccc tgactttccc caccccttgg 12720 aaccctgctg aattttttat ttatttattt atcctttgag acggagtctc attctcttgc 12780 ccaggctgga gtgcagtggc acgatctcag ctcactgcaa cctccgcctc ctgggttcaa 12840 gcgactctcc tgcctcagcc tcccaagtag ctaggattac aggtgcacac tgccatgcct 12900 ggctaatttt ttgtatttat aatagacaca gggtttcacc atcttggcca gaccggtctt 12960 gaactcctga cctcaagtga tgcctgccac agcctcccaa agtgctggga ttacaggtgt 13020 gagccactga acctggactt tagcaccttt ttatgtgctt attggccatt tgtgtatctt 13080 ctttagagaa aagtttatac aagtcctttg tctgttctta aattgtgttc ttttttgttc 13140 tgagagtttt tcatatattc tagatagaac gcacttatca gatgtatgac ttgcaaacat 13200 tttctcccat tctgtagatt gtcttttcac tttctttctt tttttttttt tttgagacgg 13260 agtcttgctc catcgcccag gctggagtgc agtggcacga tctcagctca ctgcaagctc 13320 tgcctcccgg gttcacgcca ttctgctgcc tcagcctccc gagtagctgg gactacaggc 13380 gcccgccacc acatccggct aatttttttg tatttttagt agagatgggg tttcaccatg 13440 ttagccagga tggtctcgat ctcctgacct catgatccgc ccgcctcggc ctcccaaagt 13500 gctgggatta caggcgtgag ccaccgcacc tgacctttac tgtacctttt ctgtgttgag 13560 gtatgtttag atacatcagc tgaaccatta tgttagaatt gcctacagct ggctgagcat 13620 ggtggctcac gtctataatc ccaggacttt tggaggctga ggcagaagga tcacatgagc 13680 cctggagttt gagactggcc tgggcatcat agtgagaccc ccatctctac aaaaagttaa 13740 aaaaaaatta gtagccagat gtggtggcat gcacctgtgg tcctagctac ttgggaggct 13800 gaggtgggag gatcatttaa gcccaggttg atgctgcagt gagctgtgat ggcaccactg 13860 cactccagcc taggcaacag agcgagactc tgcctctcaa aaaaaaaaaa aaattgccta 13920 cagcattcag tacagtaaca tgctgtacag gtttgtagcc taggagcaat aggctgtatg 13980 atatagtctg ggtgtgttgt aggctatagt gtctaggttt gtgtaagtac actctgtgat 14040 gttcacacaa tgaaatcacc caatgacgta tttctcagaa tgtatcccca tcgttaagtg 14100 atgcatgatt gtattttgtt tgtttcatct tccaggtgaa caactttgtg atctttgaag 14160 gcttctttgc ccatcaacat cgtaagtttt tgcattttgt tggtcacgta gtcggggtga 14220 gggaaaggaa agagctggac tcttggtcct gccgacccct cactgagggg ccccgccgct 14280 tccttcctca cagggccccc tgctccctct ctgagggcaa ctcgacactc tcgtgctgct 14340 gcagtcgatc ccacgcccgc tggtaaagcc tgtattgaag gggtggaact gtagtgcagt 14400 gatggctact tactctagat gccacggggt acagtgccat ctgtgggcaa ttttggaaaa 14460 ttctaaagca acccaagtct ccagcagtca tgactgtttg cctttgccct catgggagct 14520 cagtgcattt tatatttggc aagactttta actaagcaag ctcattggga gcctgtttga 14580 cagctgatat caatggaccc tcttgccagt tcaggtccgt caacataggc cagagtcagg 14640 ctcctttgta aaccccaggc ttctgttagc cagtgaggga caggctggtg caaacagccc 14700 ttccatttgc agtcacagaa tagtgacaca aatggcccaa aatttaaatg ttacttttag 14760 aagataacac tcagagttta taacatttcc aaccagataa tgaaattgat atggagaaac 14820 caaacctcag aggcactaaa atgctgtcca gattccccat cccatataca cacatacaca 14880 cacacacaca cacacaaaca cacttactga cagtctgagc cccactcctt cctcttcctc 14940 accacctcca ccttaccaac ttctgacagc tgtacagtgc ttgcttgcac agaagagccc 15000 ccttcctgag ctggctctgt ggccaggaaa ggatgtaacc accatccaaa cagcagtctg 15060 taaccagcta tgagcatcac agtgtcaggc actgagaggc acctcaactc gctttggttt 15120 ccaaggcttc tcccatttag cttgttcaga accacaggct gtgagaggga ctgagggcca 15180 acaaggatgg tgaggtctca ggcctgcagg ggagggtgct gtggataaag cttaagtgaa 15240 tttgctgaga agtctttcat ttgccacaca tacatgatgg agaatctctt gagagggaaa 15300 gccgggagca agtagagaag tgaggagggg gaggctgaac tttggacatt acatcagcct 15360 cctgcttact ctgatagctc cctttcagat gcccatattt attttctttt ttttttttaa 15420 cctaataaaa cttcagtctc ttcccatttt cgtataggaa ggagagattg tgccctcctt 15480 ccaaacctcc cctgacctct ccagagcaat tcctgattaa ccaagggctt tgtccatctc 15540 atccagagga acccagggtc ctcgttggcc cggctgggac cattccactg ccccagaata 15600 ccagggggcc atgacagcac ccactgacag taagagctca cttcccttgg ctgcccttct 15660 cctgcatctc ccaggccccc agagtctccc cttcgatctt tctccctagc tctgtgtttg 15720 gcctactcct tctggctttc ctcaacagtg ttccacattc ccctcaaatt cccttttggt 15780 gtgctggcat tgccatggtg ctgctcctgc aagttctcag gaggaactgt ggtgtcaggg 15840 agcagaggtt tggggttggg gtatagtggc tgggaggagg ggtgcaaagt atgtctccta 15900 acgcttaccc tgcctatgtc ccctccactg ccagctccag caaggaagct gccacccaag 15960 agagcagagg gagacatcaa gccatactcc tctagtgacc gagaatgtaa gaggggcaag 16020 ggtcgggtgt ctgggcctgg ggtaccttaa cacaagggaa gagaatgctc aggggaccca 16080 gggaaaggat tcgttctctc taaagactca gatttcttgg gctgggcatg gtggctcatg 16140 cctgtaatcc cagcactttg agaggctaag gcaggcagat cgcctgagtc caggggttca 16200 agaccagcct ggccaacatg gtgaaacccc gtctctacta aaaatacaaa aattagctgg 16260 gcacggtggc acgtgcctgt aatcccagct acttgggagg ctgaggcagg agaatggctt 16320 gaacccagga ggcggaagtt gcagtgagcc aagatcgtgc cactgcactc cagcttgggt 16380 gacagagtga gactccgtct caaaaaagaa aaaaaaaaaa aagaaagact cagatttctc 16440 tttttttcta ccaaaacctt tgctgtcatg actctcttcc ttttttcttc tttttctgtc 16500 ttgctcttca ttctccctgt ccccagttct gaaggtagct gtggagcctc cttggcccct 16560 aaacagggcc cctcgccgcg ccacacctcc agcccaccca cccccccgct ccagcagcct 16620 gggaaactca ccagaacgag gtcccctccg cccctttgtg ccagagcagg agctgctgcg 16680 ttccttgcgc ctctgccccc cacaccctac cgcccgcctt ctgttggctg ctgaccctgg 16740 gggcagccca gctcaacgtc gtcgcaccag gtaataggag ttgaagggct aaggagcctc 16800 acagctataa aagaggatgt tagaaatggc aaagggcaat ttgaatccat cagagagatg 16860 gatcaataag atgggtggct tggggggggt cctgaaacct ttcaagaaaa atatttgtgc 16920 aagtgatctg ggaaaaaaat gcagtgaagg agcagaatag gaccttatat ggagcctagg 16980 gaccctggct ttaatgtgag agttatgtgg aatggtagga agaacaccga gatccatcga 17040 gttgggggaa cagagccttc taagattggg aaaatcttcg cttaatactt gctggggaag 17100 gggcagtgtc tgacagagag tgggaagcca ctggcttgtg tgccaagagt ccatcgcagc 17160 aggcagggag tgggcatttc ctttatttct ctccctttct cttcacctct gacttctctg 17220 tttttctctc ccccgccccc cgccatttcc catctccctt cctcccatcc ataacatcct 17280 tccacagctc ccttccccgc tctgaggaga gtcgatacta acagctaccc tctccctgcc 17340 ctgggagacc tggggtgggc agggaacccc tccctgagaa cctcagaccc actcttccat 17400 tgcatcctgt aggacccagt ggaacctgac agagcccata ggattccctc ttctactttc 17460 ttagacagca gggatgtcag ggtctcaaac tgcctaacac tttgtagctt ttcttaacac 17520 aaaagcaccc cttctctcct aacttgggct ctgaatactt tcccaacagg aagtctgatc 17580 tgttgccaga cttcttggtt agatggctca tacatttatc tagagaagca cactcttgct 17640 tgctgtcaaa ctttagacca ccatggaagg tctaagggca tcctgtgcca gggaaacttt 17700 ttaaggaatt ttatctatgg gataaacccc atattccctc tagtgtctac tggtggctct 17760 aatactgctt tgtgctgcct gccacacttg ccctttgagc ctgcgaatgg ccgctagtga 17820 gcaagctctg cttcagagca gtctagttag gtagaacagg gacttaccag cttcccaaag 17880 ggatctactc accattgcca aactcttcat ttccacattt tgtgtaggtg tcagggaacc 17940 ccaaactggt gttgctttgg ggtctctaaa ggagattggc tgacaccacc atttccccca 18000 gatccagatt ctctgaggga ggttgtttct tgagagtaga tccagagtgt caaggatctg 18060 ttagatcctg gaatcccttc ttgcatccat ccctccctgg tagctaggtc ccgatatact 18120 cctgtcttgt gagattgtcg agatgagatg ggggaccact cttcctctgt ccttcctctc 18180 tcctttcctc catagcaagg acgaccttcc ctgctccatg cccagagtat agctagatcc 18240 cttcccctcc ctaccctctg aatgtgtgct agatcaggtg ccccactgtg tttcctgaaa 18300 tccttgggag ccggatctcc ccatctcccc tactcactct tcccttttct tctctcagtg 18360 ttgtctgaat aaagtgtgaa atcttttgtg ttttctaaat tgacattttc aatgaaaaaa 18420 agaatcacaa aaaaaaaagt tgtcagcctc atttgtgcgt catcccttat tttcctggga 18480 tctcaggacc tctgtccctc tcatttctca cttctgagat ctgcacatct tttacccagg 18540 agcctcagag ctcctgagtc tggtgtctgc ctatccccat cttcactgtt agtcctcctg 18600 cagattctgt gtctcctttc atgtaggtgc tggatccctg tgtgtgggct tccgtatcta 18660 ctccctcatt ccctccagga acctccagct ctccccagtg acttctaccc tttactctgg 18720 gcgtgccttt gccaagatgt caaagcttac caacatctct ggatccacta attacctcct 18780 gcctcctgta ttcgtcttcc cactctgatt acctgacgtc tgctccacta aaccgctgga 18840 tctctctcaa gacaaaccct tacctccatt gagagtgcaa cacagtctgt caccctattt 18900 acagaggccc ccttcctttt cctcctaaat tcaaaattca gccttgtcac ttcctatttc 18960 cctctggtct aaggaatctt tttttttttt tttgagatgg agtcttgctc tgtcgccagg 19020 ctggagtgca gtggcacaat ctcagctcac tgcaacctcc gcctcctggg ttcaagcgat 19080 tctcctgcct tagcctccca agtagctggg attacagaag tgcaccaccg tgcccagcta 19140 gtttgtgtat ttttagtaga gacagggttt caccatgttg gccaggttgg tctcgatctc 19200 ctgatcacgt gatctgcccg tcttggcctc ccaaagtgct gggattacaa gcctgagcca 19260 ccgcgcccag cctggtctaa ggaatcttat agttaaggta accctgtttt ccaaaccaaa 19320 caccagagta cccgatccaa cacatttttg accacatgtg agtctgttct tctgacatga 19380 tttggatcac acctagccat agatttaaca cattacctca actagaaaga atagagcaat 19440 aaatcagaag cactccagaa aatcttgggt ataaaatgaa cttcccccgc ccttttctgg 19500 ggcacagctt tgattaaaac ctgttaggaa tgataattac ccccttctct ttgttcctgt 19560 gctattcctt ttactcctct cctctgattc ctccataccc acccatcttt catccagtag 19620 cctcctcccc atcatctccc atttcttcta cagggggact cccccaggtc tggtagccca 19680 aagctgctgc tacagccgcc atgggggggt gaattcctca tcccccaata caggtaagta 19740 ttcactcctc cctaccctca aatcaagtag gccacattca ctgtctactc ctgccttccc 19800 attcacatgc ctgatatttc cacaggcaac caagactcca agcagggaga acaggaaaca 19860 aagaataggt gaggtctaaa cccctcccct aacagcctcc caccaccatc tgactccctt 19920 cctaacatca ttctcagtca cttcctactc ttaaatctta ttgtatgaac tggacaccag 19980 ctcctcccac aattccttct accttacatc ctgcaagccc ctttccccca caggttcaac 20040 tctggtactt ccctttggaa tacggattct ctgagaggtt ttaaatttgg acatagcact 20100 aatggttcca gcttcatacc catcatgtgt cctacattaa aacctggccc gagaccttga 20160 agagtctgta atcttaattt cctctttagt attcctataa cccactctcc atctccccac 20220 ctaccaggtc tgccagtgag gagcaggcct tgtcacagga tgggtctggg gagaagccca 20280 tgcacacagc tcctccacag gccccggccc cgccagccca gtcctggaca gtgggtgggg 20340 acatactcaa cgccaggttc attcgaaacc tgcaggaacg tcgcagcacc aggccttggt 20400 gaccgcagcc ccgtcaaaca tcttcaaagt attatttctc cctcactaca ggaaagagcc 20460 aaagcccaac cctcataata gatggataca ttcattcatt cattcattca gcaggcttat 20520 cagattcaag tcatttgtat cttttaacca gaccaataaa agtatttatt tttatcacaa 20580 gagctgttga aaaatttgac tcattatttc agccgcctca cccctcactg tcgttgcacc 20640 cattcagcct tcagccctgt ttttgctcag ctttttgctc aaaggcctca gctgtgaata 20700 cagcgcttgg gggggcgggg gaggctgtaa cttgcgcaag cgcactcagg cagtctccga 20760 gcccgcgggc gcaggcgcgc ttacagccga cagagcgctt cagccgcttc cctcgagcct 20820 gcagtgcgca agcgcgggac atctccgttt ccctccctca gccccttccc cccctacccc 20880 cccgccccgg cctcctttcc ccttcacgaa gccggctctg gggcgcgctc acccctgtga 20940 ggaggccgga ggtcggactc aggaggctcc ttctccactc ccggaagatc atgtaccagc 21000 ccagccgggg tgcggcccgg cgtctcggcc cttgcctgcg cgcctaccag gctcgacccc 21060 aggtgagcgg aggagaagag ggagggagga gagggggcgg ggagagaccc tcctcaaagc 21120 cggtgcgtgg ggcggagcgc gcgctgggtt ccgcgcaggc gcagagacac ccgccgcccc 21180 tt 21182

Claims (25)

  1. MEC17(alpha Tubulin Acetyltransferase 1; aTAT1) 단백질, 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 약제 내성 예측용 키트.
  2. 제 1항에 있어서,
    상기 MEC17 단백질은 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는, 약제 내성 예측용 키트.
  3. 제 1항에 있어서,
    상기 MEC17 유전자는 서열번호 2의 염기서열을 갖는, 약제 내성 예측용 키트.
  4. 제 2항 또는 제 3항에 있어서,
    상기 서열은 해당 서열과 80% 이상의 상동성을 가지는 서열을 포함하는, 약제 내성 예측용 키트.
  5. 제 1항에 있어서,
    상기 약제는 OXPHOS(Oxidative Phosphorylation) 억제제인, 약제 내성 예측용 키트.
  6. 제 5항에 있어서,
    상기 OXPHOS 억제제는 유비퀴논 환원 활성 억제제, 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제 및 철 킬레이터로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 약제 내성 예측용 키트.
  7. 제 6항에 있어서,
    상기 유비퀴논 환원 활성 억제제는 IACS-010759인, 약제 내성 예측용 키트.
  8. 제 6항에 있어서,
    상기 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제 억제제는 IM156, 메트포민(Metformin) 및 로테논(Rotenone)으로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나인, 약제 내성 예측용 키트.
  9. 제 6항에 있어서,
    상기 철 킬레이터는 VLX 600인, 약제 내성 예측용 키트.
  10. 제 1항에 있어서,
    상기 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 올리고펩타이드, 리간드, PNA(peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 약제 내성 예측용 키트.
  11. 제 1항에 있어서,
    상기 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브 및 안티센스 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 약제 내성 예측용 키트.
  12. 제 1항에 있어서,
    상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트, ELISA 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트인, 약제 내성 예측용 키트.
  13. 제 1항에 있어서,
    상기 약제는 유방암, 자궁암, 식도암, 위암, 뇌암, 직장암, 대장암, 폐암, 피부암, 난소암, 자궁경부암, 신장암, 혈액암, 췌장암, 전립선암, 고환암, 후두암, 구강암, 두경부암, 갑상선암, 간암, 방광암, 골육종, 림프종, 백혈병, 흉선종, 흉선암, 편평상피세포암, 선암종 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 암을 치료하기 위한 용도로 사용되는 것인, 약제 내성 예측용 키트.
  14. 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 약제 내성 예측 방법.
  15. 제 14항에 있어서,
    상기 MEC17 단백질 또는 이를 코딩하는 유전자의 발현 수준이 대조군 시료에 비하여 증가된 것으로 나타난 경우, 상기 약제 내성으로 인하여 치료 예후가 좋지 않을 것으로 예측하는, 약제 내성 예측 방법.
  16. 제 14항에 있어서,
    상기 MEC17 단백질은 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는, 약제 내성 예측 방법.
  17. 제 14항에 있어서,
    상기 MEC17 유전자는 서열번호 2의 염기서열을 갖는, 약제 내성 예측 방법.
  18. 제 16항 또는 제 17항에 있어서,
    상기 서열은 해당 서열과 80% 이상의 상동성을 가지는 서열을 포함하는, 약제 내성 예측 방법.
  19. 제 14항에 있어서,
    상기 약제는 OXPHOS 억제제인, 약제 내성 예측 방법.
  20. 제 19항에 있어서,
    상기 OXPHOS 억제제는 유비퀴논 환원 활성 억제제, 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제 및 철 킬레이터로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함하는, 약제 내성 예측 방법.
  21. 제 20항에 있어서,
    상기 유비퀴논 환원 활성 억제제는 IACS-010759인, 약제 내성 예측 방법.
  22. 제 20항에 있어서,
    상기 미토콘드리아 전자 수송 사슬 Ⅰ 억제제는 IM156, 메트포민(Metformin) 및 로테논(Rotenone)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상인, 약제 내성 예측 방법.
  23. 제 20항에 있어서,
    상기 철 킬레이터는 VLX 600인, 약제 내성 예측 방법.
  24. 제 14항에 있어서,
    상기 약제는 유방암, 자궁암, 식도암, 위암, 뇌암, 직장암, 대장암, 폐암, 피부암, 난소암, 자궁경부암, 신장암, 혈액암, 췌장암, 전립선암, 고환암, 후두암, 구강암, 두경부암, 갑상선암, 간암, 방광암, 골육종, 림프종, 백혈병, 흉선암, 편평상피세포암, 선암종 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 암을 치료하기 위한 용도로 사용되는 것인, 약제 내성 예측 방법.
  25. 제 14항에 있어서,
    상기 약제는 유방암, 자궁암, 식도암, 위암, 뇌암, 직장암, 대장암, 폐암, 피부암, 난소암, 자궁경부암, 신장암, 혈액암, 췌장암, 전립선암, 고환암, 후두암, 구강암, 두경부암, 갑상선암, 간암, 방광암, 골육종, 림프종, 백혈병, 흉선암, 편평상피세포암, 선암종 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 암을 치료하기 위한 용도로 사용되는 것인, 약제 내성 예측 방법.
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