KR20210023827A - 고추의 바카툼 세포질 웅성 불임 시스템에 대한 복원 유전자좌 - Google Patents

고추의 바카툼 세포질 웅성 불임 시스템에 대한 복원 유전자좌 Download PDF

Info

Publication number
KR20210023827A
KR20210023827A KR1020207034740A KR20207034740A KR20210023827A KR 20210023827 A KR20210023827 A KR 20210023827A KR 1020207034740 A KR1020207034740 A KR 1020207034740A KR 20207034740 A KR20207034740 A KR 20207034740A KR 20210023827 A KR20210023827 A KR 20210023827A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
plant
marker
seq
capsicum
chromosome
Prior art date
Application number
KR1020207034740A
Other languages
English (en)
Inventor
조나단 티. 에커드
레베카 엔. 숄랜드
딕 브리그덴힐
Original Assignee
세미니스 베저터블 시즈 인코포레이티드
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 세미니스 베저터블 시즈 인코포레이티드 filed Critical 세미니스 베저터블 시즈 인코포레이티드
Publication of KR20210023827A publication Critical patent/KR20210023827A/ko

Links

Images

Classifications

    • AHUMAN NECESSITIES
    • A01AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01HNEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
    • A01H1/00Processes for modifying genotypes ; Plants characterised by associated natural traits
    • A01H1/02Methods or apparatus for hybridisation; Artificial pollination ; Fertility
    • A01H1/021Methods of breeding using interspecific crosses, i.e. interspecies crosses
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A01AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01HNEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
    • A01H1/00Processes for modifying genotypes ; Plants characterised by associated natural traits
    • A01H1/02Methods or apparatus for hybridisation; Artificial pollination ; Fertility
    • A01H1/022Genic fertility modification, e.g. apomixis
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A01AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01HNEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
    • A01H1/00Processes for modifying genotypes ; Plants characterised by associated natural traits
    • A01H1/04Processes of selection involving genotypic or phenotypic markers; Methods of using phenotypic markers for selection
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A01AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01HNEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
    • A01H1/00Processes for modifying genotypes ; Plants characterised by associated natural traits
    • A01H1/04Processes of selection involving genotypic or phenotypic markers; Methods of using phenotypic markers for selection
    • A01H1/045Processes of selection involving genotypic or phenotypic markers; Methods of using phenotypic markers for selection using molecular markers
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A01AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01HNEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
    • A01H5/00Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their plant parts; Angiosperms characterised otherwise than by their botanic taxonomy
    • A01H5/08Fruits
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A01AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01HNEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
    • A01H5/00Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their plant parts; Angiosperms characterised otherwise than by their botanic taxonomy
    • A01H5/10Seeds
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A01AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01HNEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
    • A01H6/00Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their botanic taxonomy
    • A01H6/82Solanaceae, e.g. pepper, tobacco, potato, tomato or eggplant
    • A01H6/822Capsicum sp. [pepper]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/82Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
    • C12N15/8241Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology
    • C12N15/8261Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with agronomic (input) traits, e.g. crop yield
    • C12N15/8287Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology with agronomic (input) traits, e.g. crop yield for fertility modification, e.g. apomixis

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Environmental Sciences (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Botany (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Animal Husbandry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Natural Medicines & Medicinal Plants (AREA)
  • Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)

Abstract

본 개시내용은 웅성 임성 복원 유전자좌를 포함하는 캡시쿰 아눔 BCMS 식물을 제공한다. 이러한 식물은 염색체 6 상에 캡시쿰 아눔으로부터 웅성 임성과 관련된 신규한 유전자 이입된 게놈 영역을 포함한다. 특정 측면에서, 웅성 임성 표현형을 갖는 식물 또는 생식질을 생산, 번식, 식별 및 선택하기 위한 조성물 및 방법이 제공된다.

Description

고추의 바카툼 세포질 웅성 불임 시스템에 대한 복원 유전자좌
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 이의 개시가 본원에 참고로 그 전문이 포함된, 2018년 6월 27일 출원된 미국 가출원 일련 번호 62/690,728의 우선권을 주장한다.
서열 목록의 포함
"SEMB035WO_ST25.txt"로 명명된 파일에 함유되고, 마이크로소프트 윈도우 운영 체제에서 50.8 킬로바이트로 측정되고 2019년 6월 25일에 생성된, 서열 목록은 여기에 전자적으로 보관되고 본원에 참고로 포함된다.
발명의 분야
본 발명은 농업 분야 및 보다 구체적으로 복원된 웅성 임성을 나타내는 고추 식물을 생산하기 위한 방법 및 조성물에 관한 것이다.
채소 육종의 목적은 단일 품종/잡종의 다양한 바람직한 형질을 조합하는 것이다. 잡종 고추의 생산은 수제-제웅 또는 웅성 불임을 사용하여 수행될 수 있다. 다수의 웅성 불임 시스템이 고추 생산에 사용하기 위해 확인되었지만, 각각의 시스템은 한계가 있다. 이러한 한계를 극복하려는 노력은 웅성 불임 표현형과 관련된 대립유전자에 연결된 특이적 마커의 결여로 인해 저해되었다. 식물 육종법에서 마커-보조 선택 (MAS)의 사용은 관심있는 형질에 연결된 유전적 마커에 기초하여 식물을 선택할 수 있도록 하였다. 그러나, 식물에서 바람직한 형질을 식별하거나 추적하기 위한 정확한 마커는 형질과 관련된 유전자가 특성화되었더라도 종종 사용할 수 없다. 이러한 어려움은 다유전성 또는 양적 유전, 상위성과 같은 인자 및 바람직한 표현형의 발현의 기저인 유전적 배경에 대한 종종 불안전한 이해에 의해 더욱 복잡해진다.
한 측면에서, 본 발명은 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하고 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물을 제공한다. 일부 양태에서, 염색체 분절은 상기 식물에서 마커 M29 (서열 번호 29) 및 마커 M14 (서열 번호 14), 마커 M15 (서열 번호 15), 마커 M16 (서열 번호 16), 및 마커 M17 (서열 번호 17)로 이루어진 그룹으로부터 선택된 마커에 의해 플랭킹된다. 추가 양태에서, 염색체 분절은 염색체 6 상의 마커 M18 (서열 번호 18), 마커 M19 (서열 번호 19), 마커 M20 (서열 번호 20), 마커 M21 (서열 번호 21), 마커 M22 (서열 번호 22), 마커 M23 (서열 번호 23), 마커 M24 (서열 번호 24), 마커 M25 (서열 번호 25), 마커 M26 (서열 번호 26), 마커 M27 (서열 번호 27), 및 마커 M28 (서열 번호 28)로 이루어진 그룹으로부터 선택된 마커 유전자좌를 포함한다. 일부 양태에서, 염색체 분절은 공개 고추 게놈 서열 고추 CM334 v.1.55의 염색체 6 상의 26,405 bp와 213,924,156 bp 사이에 위치한다. 일부 양태에서, 염색체 분절 품종 간티의 단상형을 포함하고, 여기서 상기 품종의 종자의 대표 샘플은 NCIMB 수탁 번호 43055로 기탁되었다. 다른 양태에서, 염색체 분절은 품종 플레임 파운틴의 단상형을 포함하고, 여기서 상기 품종의 종자의 대표 샘플은 NCIMB 수탁 번호 43054로 기탁되었다.
본 발명은 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하고 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물을 생산하는 종자를 또한 제공한다.
또한, 본 발명은 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하고 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물의 식물 부분을 제공한다. 특정 양태에서, 식물 부분은 세포, 종자, 뿌리, 줄기, 잎, 꽃, 과실, 또는 화분이다.
본 발명은 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하고 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물을 또한 제공하고, 여기서 식물은 달콤한 고추 품종이다.
또한, 본 발명은 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하고 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물을 제공하고, 여기서 식물은 괴상형 과실 모양을 가진다.
본 발명은 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하고 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물을 또한 제공하고, 여기서 상기 식물에서 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 균일한 자성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 캡시쿰 바카툼으로부터의 염색체 분절을 추가로 포함하고, 여기서 캡시쿰 바카툼으로부터의 상기 염색체 분절은 상기 식물에서 마커 A12 (서열 번호 35) 및 마커 A35 (서열 번호 36)에 의해 플랭킹된다.
다른 측면에서, 본 발명은 상기 식물로의 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절 유전자 이입을 포함하는, 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 캡시쿰 아눔 식물을 생산하기 위한 방법을 제공한다. 일부 양태에서, 유전자 이입은 하나 이상의 자손 식물을 생산하기 위해 상기 염색체 분절을 포함하는 식물을 그 자체 또는 상이한 유전자형의 제2의 캡시쿰 아눔 식물과 교배시키는 것, 및 상기 염색체 분절을 포함하는 자손 식물을 선택하는 것을 포함한다. 추가 양태에서, 자손 식물을 선택하는 것은 마커 M29 (서열 번호 29) 및 염색체 6 상의 마커 M14 (서열 번호 14), 마커 M15 (서열 번호 15), 마커 M16 (서열 번호 16), 및 마커 M17 (서열 번호 17)로 이루어진 그룹으로부터 선택된 마커에 의해 플랭킹된 적어도 하나의 대립유전자를 검출하는 것을 포함한다. 다른 양태에서, 자손 식물은 F2-F6 자손 식물이다. 특정 양태에서, 교배는 역교배를 포함하며, 특정 양태에서 이는 2-7 세대의 역교배를 포함한다.
본 발명은 상기 식물로의 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절 유전자 이입을 포함하는 방법에 의해 생산되는 캡시쿰 아눔 식물을 또한 제공한다. 따라서, 본 발명은 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하고 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물, 또는 이의 부분을 수득하는 것을 포함하는 식품 또는 사료를 생산하는, 및 상기 식물 또는 이의 부분으로부터 상기 식품 또는 사료를 생산하는 방법을 또한 제공한다.
다른 측면에서, 본 발명은 식물로의 바카툼 세포질 웅성 불임에 대한 웅성 임성 복원 유전자좌 대립유전자 유전자 이입의 단계를 포함하는 방법에 의해 수득 가능한 캡시쿰 아눔 식물을 제공하며, 여기서 상기 웅성 임성 복원 유전자좌 대립유전자는 마커 M29 (서열 번호 29) 및 염색체 6 상의 마커 M14 (서열 번호 14), 마커 M15 (서열 번호 15), 마커 M16 (서열 번호 16), 및 마커 M17 (서열 번호 17)로 이루어진 그룹으로부터 선택된 마커에 의해 플랭킹된 염색체 분절에 위치하는 것으로 정의된다. 특정 양태에서, 유전자 이입은 역교배를 포함한다. 다른 양태에서, 유전자 이입은 마커-보조 선택을 포함한다.
도 1: 바카툼 세포질 웅성 불임 (CMS) 시스템의 기능에 대한 유전적 모델의 개요를 나타낸다. 표현형 예측은 캡시쿰 바카툼 세포질을 가진 식물에 대한 것이다.
도 2: 캡시쿰 바카툼 세포질을 기반으로 한, CMS를 사용한 잡종 생산 개념의 개략도를 나타낸다. 자성 풀은 웅성 임성 복원 유전자좌가 결여된 2개의 계통을 포함한다: A-계통, 이는 잡종 교배에서 자성 부모로서 역할을 하는 웅성 불임 계통이며; B-계통, 이는 유지자로서 역할을 하는 웅성 임성 계통이며 자성 번식 풀 내 교배를 가능하게 한다. C-계통은 잡종 교배의 웅성 부모로서 역할을 하며 일반적으로 Gf 유전자좌가 결여된 정상 캡시쿰 아눔 계통이지만 웅성 임성 복원 유전자좌 대립유전자 Rf에 대해 고정되어 있다. "Bacc"는 캡시쿰 바카툼 세포질을 갖는 식물을 표시하는 반면, "Ann"은 캡시쿰 아눔 세포질을 갖는 식물을 표시한다.
웅성 불임은 작물의 품종에서 두 가지 기본 생산물 개념을 위해 육종가에 의해 사용된다. 첫 번째 생산물 개념은 씨 없는 과실이다. 웅성 불임 형질을 포함하는 식물이 잡종 종자를 생산하기 위해 단위 결실 유전자를 포함하는 식물과 교배된다. 이러한 잡종 종자는 씨 없는 과실을 맺는 식물을 생산한다. 정상 상황에서, 웅성 불임 식물은 수분 없이 과실을 맺을 수 없다. 그러나, 식물이 또한 단위 결실 유전자를 함유하면, 과실이 수분 없이 발생한다. 이러한 생산물 개념에서, 복원 유전자좌 없이 상이한 형태의 웅성 불임을 사용하는 것이 가능하다. 그러나, 세포질 웅성 불임만이 이러한 종자로부터의 식물의 100%가 불임이고 씨 없는 과실을 맺는 종자의 생산을 허용할 것이다. 이러한 생산물 개념에 대해 유전자 웅성 불임을 사용하는 것은 잡종 종자를 제시한 후 중간 묘목 선택 단계, 이어서 선택된 불임 식물의 이식 또는 접목을 필요로 한다. 두 번째 생산물 개념은 웅성 불임이 잡종 종자를 용이하게 발달시키는 데 사용되는 것이다. 잡종 종자의 발달에서 종자 배치의 유전적 순도를 보장하는 것이 중요하다. 이는 자가 수정의 결과인 종자의 수를 최소화하는 것을 수반한다. 자가 수정은 제웅으로 지칭되는 과정, 꽃이 피기 전 꽃에서 웅성 생식 기관의 물리적 제거를 통해 종자 생산 동안 방지된다. 이는 비용이 많이 들 뿐만 아니라 100% 효과적이지 않은 노동 집약적 절차이다. 자성 계통의 유전적 제웅은 이러한 한계를 극복하고 잡종 종자의 유전적 순도를 보장한다. 그러나, 성공적인 잡종 생산은 사용된 웅성 불임 시스템이 잡종에서 복원될 수 있음을 요구한다. 따라서, 잡종의 웅성 부모는 전형적으로 우성 웅성 임성 복원 유전자좌를 함유할 것이다. 복원 유전자좌를 포함하는 웅성 부모가 웅성 불임 자성 부모와 교배될 때, 완전한 임성 잡종 식물이 생산될 것이다. 생성된 잡종 식물이 이형 접합임을 고려하면, 복원 유전자좌가 우성임은 필수적이다.
유전적 (또는 유전자) 웅성 불임 (GMS) 시스템은 종종 열성 방식으로 유전되고 핵 게놈 내에 암호화되는 웅성 불임 유전자좌를 이용한다. 이에 대한 예외는, 예를 들어, 불임 및 불임 억제자 유전자 모두 우성인 유채 종자의 GMS 시스템이다. 유전적 웅성 불임 시스템의 주요 약점은 자손 식물의 절반만이 웅성 불임일 것이라는 점이다. 따라서 육종가는 어떠한 식물이 발아 후 잡종/씨 없는 과실 생산에 적합한 식물인지 선택해야 하며, 묘목의 절반이 버려지게 한다. 이러한 문제점이 없는 시스템이 세포질 웅성 불임 (CMS) 시스템이다. 이 시스템에서, 웅성 불임 유전자좌는 미토콘드리아 DNA에 코딩되고, 핵 웅성 임성 복원 유전자의 부재시, 100%의 자손 식물이 웅성 불임이다. 고추에서, 우성 웅성 임성 복원 유전자좌가 이용 가능하기 때문에 피터슨 CMS 시스템이 널리 사용되고, 이 시스템을 잡종 생산 및 씨 없는 과실 개념 모두에 대해 적합하게 만든다. 피터슨 CMS에 대한 복원 유전자좌는 종종 CMS 복원 유전자좌 또는 Rf로 지칭된다. CMS 복원 대립유전자 (Rf)는 매운 캡시쿰 아눔 생식질에서 확인되었고 염색체 6의 짧은 암(arm) 상의 유전자좌에 매핑되었다. 피터슨 CMS 시스템은 환경 조건 및 유전적 배경과 관련하여 불안정한 것으로 알려졌기 때문에 기능하는 복원 유전자좌를 달콤한 고추 형으로 이동시키는 것은 어려운 것으로 입증되었으며 많은 연구 및 육종 노력의 주제로 남아있다.
피터슨 CMS 시스템에 대한 환경적으로 안정한 대안이 바카툼 세포질 웅성 불임 (BCMS) 시스템이다. 이러한 시스템은 자성 캡시쿰 바카툼 식물과 웅성 캡시쿰 아눔 식물을 교배시켜 생성하였다. 배아 구조의 단계를 통해 수득된, 결과적 잡종은 캡시쿰 바카툼 세포질을 함유하였고 웅성 불임이었다. 캡시쿰 아눔 부모에 대한 광범위한 역교배를 통해, 캡시쿰 바카툼 게놈을 캡시쿰 아눔 DNA로 대체하였다. 그러나, BCMS 시스템은 일부 제한을 가진다. 첫째, BCMS 계통의 모집단 내에 자성 불임이 분리되고 교배 및 선택을 통해 이러한 부정적인 형질을 제거하기 위한 노력은 성공적이지 않았다. 둘째, 핵 웅성 임성 복원 유전자의 부재 시, BCMS에 대한 우성 복원 유전자좌가 아닐 것이다.
본 발명자는 우성 복원 유전자좌의 결여로 인한 BCMS 시스템의 용도의 제한이 BCMS 고추 계통에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6의 짧은 암의 특정 캡시쿰 아눔 계통으로부터의 염색체 분절의 사용에 의해 극복될 수 있다는 것을 발견하였다. 이러한 유전자좌가 캡시쿰 아눔 수탁물을 사용한 BCMS 웅성 임성 복원 연구의 품종 '간티' (NCIMB 43055) 및 '플레임 파운틴' (NCIMB 43054)에서 확인되었다. 품종 '간티'는 달콤한 헝가리 흰색 또는 헝가리 왁스 형 고추로 가장 잘 묘사되는 헝가리 원시 품종이다. 품종 '플레임 파운틴'은 녹색에서 빨간색으로 물드는 길고 얇은 과실이 특징인 매운 인도 형 고추이다. 놀랍게도, 본 발명의 신규한 웅성 임성 복원 유전자좌가 피터슨 CMS 시스템에 사용된 CMS 복원 대립유전자와 동일한 염색체 상에 위치함에도 불구하고, BCMS 식물과 피터슨 CMS 임성 복원 유전자좌를 갖는 식물 사이의 교배가 웅성 임성 복원을 유발하지 않으므로, 이들이 별개임이 발견되었다. 따라서 본 발명은 BCMS 고추 식물에서 웅성 임성을 복원하기 위한 방법 및 조성물, 뿐만 아니라 육종 동안 식물의 신규한 염색체 분절을 추적하고 확인하기 위한 마커를 제공한다. 유용한 마커의 비제한적 요약은 표 1에 제공된다. 염색체 분절은 마커 M1 (서열 번호 1)과 M34 (서열 번호 34) 사이에 위치하는 반면, 마커 M2 내지 M33이 또한 후속 생식질에서 염색체 분절을 선택하기 위해 사용될 수 있다. 사용되는 특정 선택 마커는 웅성 임성 유전자좌 공여자 ('간티' 또는 '플레임 파운틴')와 비-공여자 부모 (반복 부모) 사이의 다형성에 따라 다르다. 따라서, 표 1에 열거된 마커의 조합이 제1 선택의 이익을 위해 사용될 수 있는 반면, 마커는 추가 선택을 위해 주어진 교배에서 다형성 서브셋으로 제한될 수 있다.
I. BCMS 계통에서 웅성 임상과 관련된 게놈 영역, 대립유전자, 및 다형성
본 발명자는 바카툼 세포질 웅성 불임 식물에서 웅성 임성을 부여하는 캡시쿰 아눔으로부터의 신규한 염색체 6 상의 염색체 분절, 다형성 핵산 및 식물 육종 동안 잠재적으로 임의의 품종으로 염색체 분절을 추적하고 유전자 이입시키기 위한 연결된 마커를 함께 확인하였다. 공여자 계통 '간티'로부터 새롭게 확인된 염색체 6 상의 염색체 분절은 31.7 cM의 영역에 걸쳐 있고 마커 M1, solgenomics.net에서 찾을 수 있는, 고추 계통 CM334의 게놈 서열 버전 1.55 상의 213,924,156 bp에서 SNP 변화 [A/G], 및 마커 M34, 21,133,217 bp에서 SNP 변화 [G/C]에 의해 플랭킹된다. 사이질 마커, 예를 들어 M2, 213,907,080 bp에서 SNP 변화 [C/T], M3, 213,907,920 bp에서 SNP 변화 [A/G], M4, 427,239 bp에서 SNP 변화 [T/C], M6, 87,022 bp에서 SNP 변화 [T/C], M8, 89,795 bp에서 SNP 변화 [C/T], M12, 3,009,771 bp에서 SNP 변화 [A/C], M13, 2,999,718 bp에서 SNP 변화 [C/T], M14, 3,504,248 bp에서 SNP 변화 [G/T], M18, 3,475,770 bp에서 SNP 변화 [A/G], M19, 3,422,765 bp에서 SNP 변화 [G/T], M20, 4,276,008 bp에서 SNP 변화 [A/T], M23, 70,994,266 bp에서 SNP 변화 [A/G], M27, 8,522,176 bp에서 SNP 변화 [T/G], M28, 9,799,932 bp에서 SNP 변화 [A/G], 및 M33, 11,592,142 bp에서 SNP 변화 [C/T]는 간티 또는 다른 공여자 계통으로부터의 염색체 6 상의 복원 유전자좌를 선택하기 위한 플랭킹 마커로서 임의의 가능한 조합으로 사용될 수 있다.
공여자 계통 '플레임 파운틴'으로부터 새롭게 확인된 염색체 6 상의 염색체 분절은 24.9 cM의 영역에 걸쳐 있고 마커 M5, solgenomics.net에서 찾을 수 있는 고추 계통 CM334의 게놈 서열 버전 1.55 상의 428,143 bp에서 SNP 변화 [A/G], 및 마커 M33, 11,592,142 bp에서 SNP 변화 [C/T]에 의해 플랭킹된다. 사이질 마커, 예를 들어 M7, 125,861 bp에서 SNP 변화 [C/T], M8, 89,795 bp에서 SNP 변화 [C/T], M11, 3,055,268 bp에서 SNP 변화 [A/G], M12, 3,009,771 bp에서 SNP 변화 [A/C], M13, 2,999,718 bp에서 SNP 변화 [C/T], M14, 3,504,248 bp에서 SNP 변화 [G/T], M15, 3,500,133 bp에서 SNP 변화 [C/A], M16, 3,505,583 bp에서 SNP 변화 [A/G], M17, 3,308,938 bp에서 SNP 변화 [C/T], M18, 3,475,770 bp에서 SNP 변화 [A/G], M19, 3,422,765 bp에서 SNP 변화 [G/T], M20, 4,276,008 bp에서 SNP 변화 [A/T], M25, 6,240,565 bp에서 SNP 변화 [G/A], 및 M26, 6,241,544 bp에서 SNP 변화 [C/T]는 플레임 파운틴 또는 다른 공여자 계통으로부터의 염색체 6 상의 복원 유전자좌를 선택하기 위해 플랭킹 마커에 추가로 사용될 수 있다.
또한, 사이질 마커, 예를 들어 M5, 428,143 bp에서 SNP 변화 [A/G], M7, 125,861 bp에서 SNP 변화 [C/T], M9, 386,489 bp에서 SNP 변화 [T/C], M10, 26,405 bp에서 SNP 변화 [C/A], M21, 4,240,789 bp에서 SNP 변화 [G/A], M22, 4,245,699 bp에서 SNP 변화 [G/C], M24, 4,240,551 bp에서 SNP 변화 [A/T], M29, 10,670,362 bp에서 SNP 변화 [C/T], M30, 10,664,163 bp에서 SNP 변화 [T/C], M31, 10,664,630 bp에서 SNP 변화 [G/T], 및 M32, 11,108,817 bp에서 SNP 변화 [T/C]는 공여자 계통 '간티' 또는 '플레임 파운틴' 또는 다른 공여자 계통으로부터의 염색체 6 상의 복원 유전자좌를 선택하기 위해 플랭킹 마커에 추가로 사용될 수 있다. 따라서, 본 개시는 BCMS 고추 식물에 대해 웅성 임성을 부여하는 마커 M1 및 M34에 의해 플랭킹된 캡시쿰 아눔의 염색체 6 상의 염색체 분절을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물을 제공한다. 특정 양태에서, 플랭킹 마커 중 하나 또는 둘 모두는 M1과 M34 사이의 사이질 마커, 예를 들어 마커 M2, M3, M4, M5, M6, M7, M8, M9, M10, M11, M12, M13, M14, M15, M16, M17, M18, M19, M20, M21, M22, M23, M24, M25, M26, M27, M28, M29, M30, M31, M32, 또는 M33이고 상기 마커(들)에서 '간티' 또는 '플레임 파운틴'으로부터 대립유전자를 포함한다. 일부 양태에서, 캡시쿰 아눔 염색체 6 상의 염색체 분절은 표 1에 열거된 마커의 다수를 포함하며, 이들의 임의의 가능한 조합을 포함한다. 일부 양태에서, '간티'로부터 캡시쿰 바카툼 세포질 웅성 불임을 갖는 식물에서 임성을 복원하는 캡시쿰 아눔의 염색체 6 상의 염색체 분절은 마커 M14 및 M29에 의해 플랭킹되며, 여기서 사이질 마커 M15, M16, M17, M18, M19, M20, M21, M22, M23, M24, M25, M26, M27, M28 또는 이들의 임의의 조합이 이러한 영역을 선택하기 위해 사용된다. 일부 양태에서, '플레임 파운틴'으로부터 캡시쿰 바카툼 세포질 웅성 불임을 갖는 식물에서 임성을 복원하는 캡시쿰 아눔의 염색체 6 상의 염색체 분절은 마커 M17 및 M29에 의해 플랭킹되며, 여기서 사이질 마커 M18, M19, M20, M21, M22, M23, M24, M25, M26, M27, M28 또는 이들의 임의의 조합이 이러한 영역을 선택하기 위해 사용된다.
II. 웅성 임성의 복원과 관련된 게놈 영역의 유전자 이입
마커-보조 유전자 이입은 제1 내지 제2 유전적 배경으로부터의 하나 이상의 마커에 의해 정의된 염색체 영역의 이동을 수반한다. 유전자 이입된 게놈 영역을 함유하는 교배의 후손은 제1 유전적 배경의 원하는 유전자 이입된 게놈 영역의 마커 특성 및 제2 유전적 배경의 연결된 및 연결되지 않은 마커 특성 모두의 조합에 의해 확인될 수 있다.
본 발명은 BCMS를 갖는 고추 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 유전자 이입된 대립유전자를 포함하는 캡시쿰 아눔 식물을 제공하고, 여기서 상기 대립유전자는 마커 M2와 마커 M33 사이, 또는 바람직하게는 마커 M14와 마커 M29 사이에 위치한다. 또한, 본 발명은 캡시쿰 바카툼으로부터의 세포질을 갖는 캡시쿰 아눔 식물을 제공하며, 여기서 웅성 임성은 염색체 6 상의 웅성 임성 복원 대립유전자의 존재로 인해 복원되며, 여기서 상기 대립유전자는 마커 M2와 마커 M33 사이, 또는 바람직하게는 마커 M14와 마커 M29 사이에 위치한다. 일부 양태에서, 식물은 애너하임, 안초/포볼라노, 아시안 롱 슬림, 아시안 쇼트, 괴상 또는 종, 카피아, 카스카벨, 카이엔, 칠리핀 또는 스몰 핫, 코르노 디 토로, 쿠바넬, '프레시노 칠리', 헝가리 왁스/바나나/ 헝가리 화이트, 할라페뇨, 관상용, 파실라, 피망, 산타페 그란데, 세라노, 및 왁시 고추로 이루어진 그룹으로부터 선택된 품종이다. 특정 양태에서, 식물은 괴상형 과실 모양, ¾ 길이 형 과실 모양, 또는 절반 길이 형 과실 모양을 가진다. 예를 들어, 식물의 과실은 2.5:1 미만 길이 대 너비 비율, 예를 들어 2:1 미만의 길이 대 너비 비율, 또는 0.8 내지 1.2 사이의 길이 대 너비 비율을 가질 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이, 괴상형 고추는 과실의 길이가 과실의 너비와 거의 동일한 고추를 지칭한다. 예를 들어, 과실의 길이는 과실의 너비의 약 0.8, 약 0.9, 약 1.0, 약 1.1, 또는 1.2 미만이다. 본원에 사용된 바와 같이, 종종 라무요로 알려진, ¾ 길이 형 고추는 과실의 길이가 과실의 너비의 약 1.5 이상인 고추를 지칭한다. 이러한 고추는 상이한 색상, 예를 들어 미성숙 단계에서 흰색, 보라색, 및 녹색, 및 예를 들어 성숙 단계에서 적색, 황색, 녹색, 주황색, 및 갈색의 품종을 가질 수 있다. 정의가 지역에 따라 다르다는 것도 잘 알려졌다. 예를 들어, 미국에서 1.2 내지 1.4의 길이 대 너비 비율을 갖는 고추는 "깊은 괴상"으로 지칭되는 반면, 용어 절반 길이 및 라무요는 1.4 이상인 길이 대 너비 비율을 갖는 달콤한 고추에 대해 상호교환적으로 사용된다.
특정 양태에서, 본원에서 확인된 게놈 영역은 임의의 캡시쿰 아눔 유형으로부터 임의의 캡시쿰 아눔 유형으로 유전자 이입될 수 있다. 캡시쿰 아눔의 유형은 애너하임, 안초/포볼라노, 아시안 롱 슬림, 아시안 쇼트, 괴상 또는 종, 카피아, 카스카벨, 카이엔, 칠리핀 또는 스몰 핫, 코르노 디 토로, 쿠바넬, '프레시노 칠리', 할라페뇨, 관상용, 파실라, 피망, 산타페 그란데, 세라노, 및 헝가리 왁스/바나나/ 헝가리 화이트를 포함하는, 왁시 고추를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
특정 양태에서, 확인된 게놈 영역은 할라페뇨 품종으로 도입된다. 고추 과실 모양은 고추 육종 분야의 당업자에게 잘 알려졌다. 할라페뇨 고추는 특징적인 과실 모양을 갖는 캡시쿰 아눔의 형이다. 할라페뇨 과실은 일반적으로 총알 모양이며 약 2.5 대 1의 길이 대 너비 비율을 가진다. 예를 들어, 약 10 cm의 길이인 과실은 약 4 cm 너비일 것으로 예상된다. 과실은 일반적으로 약 5-6 mm의 두꺼운 벽을 가지며 건조 물질 함량은 정상적으로 약 7%이다. 대부분 식물의 과실은 미성숙 단계의 중간 녹색에서 성숙 단계의 적색으로 발달한다. 상업용 제품으로, 과실은 녹색 단계에서 수확된다. 할라페뇨 고추의 맵기는 스코빌 척도에서 0 단위에서 5000 단위 이상까지 다양하다.
본 발명은 웅성 임성 복원 대립유전자를 포함하는 공여자 식물로부터 하나 이상의 게놈 영역의 바카툼 세포질 웅성 불임 계통으로의 유전자 이입을 확인하고 추적하기 위한 신규한 마커를 제공한다. 본 발명은 표 1에 제시된 마커를 포함하는, 식물 육종 동안 본원에서 개시된 신규한 유전자 이입을 확인하고 추적하기 위한 마커를 추가로 제공한다.
본 발명의 게놈 간격 중 하나 내의 또는 이에 대해 연결된 마커는 원하는 유전적 배경으로의 웅성 임성과 관련된 게놈 영역의 유전자 이입을 포함하는 육종 노력의 품종에서 사용될 수 있다. 예를 들어, 본원에 기술된 웅성 임성과 관련된 마커의 30 cM, 25 cM, 20 cM, 16 cM, 15 cM, 10 cM, 5 cM, 2 cM, 또는 1 cM 내의 마커는 웅성 임성 표현형과 관련된 게놈 영역의 마커-보조 유전자 이입을 위해 사용될 수 있다.
남아있는 게놈 서열의 적어도 10%, 25%, 50%, 75%, 90%, 또는 99%가 생식질 특유의 마커를 운반하는 원하는 표현형과 관련된 하나 이상의 유전자 이입된 영역을 포함하는 고추 식물이 또한 제공된다. 본원에서 제공된 게놈 영역 및 마커에 밀접하게 연결되거나 인접한 영역을 포함하는 유전자 이입된 영역을 포함하고 웅성 임성 표현형과 관련된 고추 식물이 또한 제공된다.
III. 웅성 임성을 제공하는 고추 식물의 개발
대부분 육종 목적을 위해, 상업적 육종가는 "재배 형" 또는 "엘리트"인 생식질 내에서 작업한다. 원예 성능을 평가할 때 일반적으로 잘 수행하기 때문에 이러한 생식질이 육종하기 더 쉽다. 예를 들어, 캡시쿰 아눔 상업적 용도에 맞는 작물학적으로 엘리트, 재배 고추이다. 그러나, 재배 생식질이 제공하는 성능 이점은 대립유전자 다양성의 결여에 의해 상쇄될 수 있다. 유전적으로 다양한 공급원으로 사육할 때보다 재배 재료로 작업할 때 진행이 더 빠르기 때문에 육종가는 일반적으로 이러한 트레이드오프를 받아들인다.
반대로, 육종가가 종내 교배, 또는 종간 교배를 만드는 경우, 역 트레이드오프가 발생한다. 이러한 예시에서, 육종가는 일반적으로 경제적으로 중요한 종의 생식질을 비-재배 또는 상업적으로 허용 가능하지 않은 종과 교배시킨다. 육종가는 비-재배 종의 신규한 대립유전자에 대해 접근할 수 있지만, 유전적 방해 또는 이러한 교배와 관련된 종간 잡종화 장벽을 극복해야 할 것이다. 이러한 육종 전략의 어려움때문에, 이러한 접근법은 임성 및 생식력 문제 때문에 종종 실패한다. 이러한 육종 접근법의 어려움은 다수의 작물로 확장되며, 1944년에 토마토에서 처음 기술된 중요한 질환 저항성 표현형으로 예시된다 (Smith, Proc. Am. Soc. Hort. Sci. 44:413-16). 이러한 교배에서, 선충 질환 저항성이 L. 페루비아눔 (PI128657)에서 재배 토마토로 전달되었다. 집약적인 육종에도 불구하고, 1970년대 중반에서야 육종가는 방해를 극복하고 이러한 형질을 운반하는 성공적인 계통을 공개할 수 있었다. 실제로, 오늘날에도, 토마토 육종가는 이러한 질환 저항성 유전자를 한 부모에게서만 잡종 품종으로 전달한다. 이는 남아있는 유전적 방해가 가려지도록 한다. 이러한 육종 접근법에서 성공한 발명이 미국특허상표청에 의해 인정되었다 (미국 특허 번호 6,414,226, 6,096,944, 5,866,764, 및 6,639,132).
연결 방해 또는 낮은 유전율과 관련된 문제를 피하면서 하나의 종에서 다른 종으로 바람직한 유전자를 유전자 이입하는 과정은 길고 종종 어려운 과정이다. 따라서 연관 종으로부터 유래된 대립유전자를 배치하는 데 성공은 해로운 영향이 없는 최소 또는 절단 유전자 이입 및 표현형 선별을 대체하는 신뢰할 수 있는 마커 분석에 크게 의존한다. 성공은 정량적 형질에 대한 유전적 이득에 초점을 맞출 수 있도록 주요 속성에 대한 유전학을 단순화함으로써 추가로 정의된다. 더욱이, 비-재배 계통 또는 상이한 종으로부터 유전자 이입 게놈 영역의 과정은 정보 마커의 이용에 의해 크게 촉진될 수 있다.
따라서 당업자는 본 발명에 의해 제공된 대립유전자, 다형성, 및 마커가 임의의 유전적 배경으로 본원에서 확인된 임의의 게놈 영역의 추적 및 도입을 허용한다는 것을 이해할 것이다. 또한, 본원에서 개시된 웅성 임성과 관련된 게놈 영역은 하나의 유전자형으로부터 다른 하나로 유전자 이입되고 표현형 또는 유전적으로 추적할 수 있다. 따라서, 본 출원인의 웅성 임성 복원 유전자좌와 관련된 정확한 마커의 발견은 유익한 표현형을 갖는 고추 식물의 개발을 촉진할 것이다. 예를 들어, 식물 및 종자는 원하는 웅성 임성을 포함하는 품종을 개방하기 위해 본 발명의 마커를 사용하여 유전자형이 지정될 수 있다. 더욱이, 마커-보조 선택 (MAS)은 원하는 유전자 이입에 대해 동형 접합 또는 이형 접합인 식물의 확인을 허용한다.
감수분열 재조합은 유전적 배경을 걸친 유리한 대립유전자의 이동, 해로운 게놈 단편의 제거, 유전적으로 밀접하게 연결된 형질 피라미드화를 가능하게 하기 때문에 식물 육종에 필수적이다. 정확한 마커의 부재시, 제한된 재조합은 육종가가 자손 선별을 위해 모집단을 분리하는 것을 확장하도록 만든다. 더욱이, 표현형 평가는 시간이 많이 걸리고, 자원 집약적이며 모든 환경에서 재현 가능하지 않다. 본 발명에 의해 제공된 마커는 효과적인 대안을 제공하며 따라서 당업계에서 유의한 진보를 나타낸다.
큰 모집단의 표현형 평가는 시간이 많이 걸리고, 자원 집약적이며 모든 환경에서 재현 가능하지 않다. 마커-보조 선택은 가능한 대안을 제공한다. 고유한 다형성, 예를 들어 SNP를 검출하도록 고안된 분자 분석은 다용도이다. 그러나, 이들은 단일 분석에서 고추 종 내에서 대립유전자를 구별하는 데 실패할 수 있다. 결실과 같은 염색체의 구조적 재배열은 합성적으로 표지된 올리고뉴클레오티드의 잡종화 및 연장을 손상시킨다. 중복 이벤트의 경우, 다중 카피가 구별 없이 단일 반응에서 증폭된다. 따라서 정확하고 및 고도로 예측 가능한 마커의 개발 및 검증이 성공적인 MAS 육종 프로그램에 필수적이다.
유전자 이입을 통해 성공적으로 도입된 다수의 바람직한 형질이 또한 분자 기술의 사용에 의해 식물로 직접적으로 도입될 수 있다. 본 발명의 한 측면은 부위-특이적 게놈 변형 기술을 사용하는 임의의 방법에 의해 변경된 게놈을 갖는 식물을 포함한다. 부위-특이적 게놈 변형의 기술은 효소, 예를 들어, 엔도뉴클레아제, 재조합효소, 전위효소, 헬리카제 및 이들의 임의의 조합의 사용을 포함한다. 한 측면에서, 엔도뉴클레아제는 메가뉴클레아제, 징크 핑거 뉴클레아제 (ZFN), 전사 활성자 유사 이펙터뉴클레아제 (TALEN), 아르고나우트, 및 RNA-유도 뉴클레아제, 예를 들어 CRISPR 보조 뉴클레아제로부터 선택된다.
다른 측면에서, 엔도뉴클레아제는 dCas9-재조합효소 융합 단백질이다. 본원에 사용된 바와 같이, "dCas9"는 엔도뉴클레아제 활성 없이 Cas9 단백질을 유발하지만, RNA-유도 부위-특이적 DNA 결합을 하는 하나 이상의 아미노산 돌연변이를 갖는 Cas9 엔도뉴클레아제 단백질을 지칭한다. 본원에 사용된 바와 같이, "dCas9-재조합효소 융합 단백질"은 재조합효소가 DNA 상에서 촉매적으로 활성인 방식으로 dCas9에 융합된 단백질을 갖는 dCas9이다.
재조합효소의 비제한적 예시는 Cre 재조합효소, Gin 재조합효소 Flp 재조합효소, 및 Tnp1 재조합효소로 이루어진 그룹으로부터 선택된 본원에서 제공된 DNA 인식 모티프에 부착된 티로신 재조합효소를 포함한다. 한 측면에서, 본원에서 제공된 Cre 재조합효소 또는 Gin 재조합효소는 징크 핑거 DNA-결합 도메인, 또는 TALE DNA-결합 도메인, 또는 Cas9 뉴클레아제에 연결되어 있다. 다른 측면에서, 본원에서 제공된 DNA 인식 모티프에 부착된 세린 재조합효소는 PhiC31 인터그라제, R4 인터그라제, 및 TP-901 인터그라제로 이루어진 그룹으로부터 선택된다. 다른 측면에서, 본원에서 제공된 DNA 결합 도메인에 부착된 DNA 전위효소는 TALE-돼지(piggy)Bac 및 TALE-돌연변이 유발 유전자(Mutator)로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
부위-특이적 게놈 변형 효소는 상동 재조합 (HR) 또는 비-상동 말단-결합 (NHEJ)의 자연적 과정에 의해 복구되는 게놈 서열의 표적 부위에서 이중 가닥 DNA 중단 (DSB) 또는 단일 가닥 DNA 중단과 같은 게놈 변형을 유도한다. 그런 다음 서열 변형은 절단 부위에서 발생하고, 이는 NHEJ의 경우 유전자 파괴를 유발하는 결실 또는 삽입, 또는 상동 재조합에 의해 외인성 서열의 통합을 포함할 수 있다.
본 발명의 다른 측면은 본 발명에 의해 제공되는 재조합 DNA 분자 및 조작된 단백질을 포함하는 형질전환 식물 세포, 형질전환 식물 조직, 형질전환 식물, 및 형질전환 종자를 포함한다. 재조합 DNA 분자 및 조작된 단백질을 포함하는 이러한 세포, 조직, 식물, 및 종자는 P. 캡시사이에 대해 저항성을 나타낸다. 본 발명과 함께 사용하기 위한 숙주 식물 세포의 형질 전환에 적합한 방법은 DNA를 세포 내로 도입할 수 있는 (예를 들어, 재조합 DNA 작제물이 식물 염색체로 안정적으로 통합되는) 사실상 임의의 방법을 포함하고 당업계에 널리 알려져 있다. 식물 내로 재조합 DNA 작제물을 도입하기 위한 예시적이 널리 이용되는 방법은 당업자에게 널리 알려진, 아그로박테리움 형질 전환 시스템이다. 식물 내로 재조합 DNA 작제물을 도입하기 위한 다른 예시적인 방법은 부위 지정 통합 방법에 의해 미리 결정된 부위에서 식물 게놈 내로 재조합 DNA 작제물을 삽입하는 것이다. 형질전환 식물은 식물 세포 배양 방법에 의해 형질변환 식물 세포로부터 재생될 수 있다. 형질전환유전자에 대해 형질전환 식물 동형 접합 (즉, 형질전환유전자의 2개의 대립유전자 카피)이 R1 종자를 생산하기 위해, 예를 들어 R0 식물, 그 자체의 단일 형질전환유전자 대립유전자를 함유하는 형질전환 식물을 자가-수분(자가생식)하여 수득될 수 있다. 생산된 R1 종자의 4분의 1은 형질전환유전자에 대해 동형 접합일 것이다. 발아하는 R1 종자로부터 자란 식물은 접합성 분석으로 지칭되는, 이형 접합체와 동형 접합체를 구별할 수 있는 SNP 분석, DNA 서열분석, 또는 열 증폭 분석을 사용하여 접합성을 시험할 수 있다.
IV. 분자 보조 육종 기술
본 발명의 실시에 사용될 수 있는 유전자 마커는 제한 단편 길이 다형성 (RFLP), 증폭 단편 길이 다형성 (AFLP), 단순 서열 반복 (SSR), 단순 서열 길이 다형성 (SSLP), 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP), 삽입/결실 다형성 (Indel), 가변수 탠덤 반복 (VNTR), 및 무작위 증폭 다형성 DNA (RAPD), 동위효소, 및 당업자에게 알려진 다른 마커를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 채소 육종가는 작물의 게놈을 조사하고 표현형이 아닌, 유전적 차이를 기반으로 물질을 분류하기 위해 분자 마커를 사용한다. 고급 마커 기술은 종 내 게놈 서열, 구별되는 뉴클레오티드 순서, 다형성 유전자형을 기반으로 한다. 이러한 플랫폼은 유리한 대립유전자에 연결된 마커를 가진 원예 형질을 선택하는 것뿐만 아니라 게놈 전체에 무작위로 분포된 마커를 사용하여 생식질을 구성할 수 있게 한다. 과거에는, 현재는 서열분석된 주요 채소 작물에 대한 게놈의 선험적 지식이 부족하였다. 과학자는 마커 플랫폼을 개발하기 위해, 알려진 다형성보다 서열 상동성을 이용하였다. 인공 DNA 분자는 DNA 중합효소 효소의 존재하에 쌍으로 혼성화될 때 게놈 단편의 복제를 시작하는데 사용된다. 이러한 합성은 각 프라이머 쌍 사이의 거리에 따라 길이 의존적인 DNA 단편을 증폭하기 위해 중합효소 연쇄 반응 (PCR)에서 DNA 가닥의 혼성화 및 복제를 제어하는 열 순환 조건에 의해 조절된다. 그런 다음 이들 단편은 마커로서 검출되고 일반적으로 알려진 예시는 AFLP 및 RAPD를 포함한다. 세 번째 기술, RFLP는 DNA 증폭 단계를 포함하지 않는다. 증폭 단편 길이 다형성 (AFLP) 기술은 게놈의 복잡성을 줄인다. 첫째, 소화 효소를 통해 서열-특이적 방식으로 DNA 가닥을 절단하는 단계. 그런 다음 단편은 이들의 크기에 따라 선택되고 최종적으로 게놈 단편의 서브셋에 대해 각각 상동성인, 선택적 올리고뉴클레오티드를 사용하여 복제된다. 결과적으로, AFLP 기술은 유전자형, 실험 및 실험실에서 DNA 단편을 지속적으로 증폭시킨다.
최소한 단일 뉴클레오티드 변화를 포함하는 다형성을 다수의 방식으로 분석할 수 있다. 예를 들어, 검출이 단일 가닥 형태 다형성, 변성 구배 겔 전기 영동, 또는 절단 단편 길이 다형성을 포함하는 전기 영동 기술에 의해 이루어질 수 있지만, DNA 서열분석의 광범위한 가용성은 종종 단순히 증폭 생성물을 직접적으로 서열분석하는 것이 용이하게 한다. 다형성 서열 차이가 알려지면, 신속 분석이 일반적으로 일부 버전의 특이적 대립유전자의 PCR 증폭 또는 다중 특이적 대립유전자의 PCR 증폭을 포함하는, 자손 검사에 대해 설계될 수 있다.
다형성 마커는 계통 또는 품종의 동일성의 정도를 결정하는 식물을 분석하기 위한 유용한 도구로 역할을 한다. 이러한 마커는 표현형과의 연관성을 결정하기 위한 기초를 형성하며 유전적 이득을 유도하는 데 사용될 수 있다. 본 발명의 방법의 특정 양태에서, 다형성 핵산은 웅성 임성과 관련된 유전자형을 갖는 캡시쿰 아눔 식물을 검출하기 위해, 웅성 임성과 관련된 유전자형을 갖는 캡시쿰 아눔 식물을 확인하기 위해, 그리고 웅성 임성과 관련된 유전자형을 갖는 캡시쿰 아눔 식물을 선택하기 위해 사용될 수 있다. 본 발명의 방법의 특정 양태에서, 다형성 핵산은 이의 게놈에 웅성 임성과 관련된 유전자 이입된 유전자좌를 포함하는 캡시쿰 아눔 식물을 생산하기 위해 사용될 수 있다. 본 발명의 특정 양태에서, 다형성 핵산은 웅성 임성과 관련된 유전자좌를 포함하는 자손 캡시쿰 아눔 식물을 번식시키기 위해 사용될 수 있다.
유전적 마커는 "우성" 또는 "공동우성" 마커를 포함할 수 있다. "공동우성" 마커는 둘 이상의 대립유전자의 존재를 드러낸다 (2배체 개별 당 2개). "우성" 마커는 단일 대립유전자만 존재함을 드러낸다. 마커는 바람직하게는 공동우성 방식으로 유전되어 2배체 유전자좌에서 대립유전자 모두, 또는 3배체 또는 4배체 유전자좌에서 다중 대립유전자의 존재가, 쉽게 검출 가능하고, 이들은 환경적 변이가 없도록, 즉, 이들의 유전성이 1이 되도록 한다. 마커 유전자형은 일반적으로 2배체 유기체의 각각의 유전자좌에서 2개의 마커 대립유전자를 포함한다. 각각의 유전자좌의 마커 대립유전자 구성은 동형 접합 또는 이형 접합일 수 있다. 동형 접합성은 유전자좌에서 대립유전자 모두 동일한 뉴클레오티드 서열에 의해 특징화되는 상태이다. 이형 접합성은 유전자좌에서 상이한 상태의 대립유전자를 지칭한다.
유전적 다형의 존재 또는 부재를 결정하기 위한 (즉, 유전형 분석) 핵산-기반 분석이 확인, 선택, 유전자 이입 등을 위한 육종 프로그램에서 사용될 수 있다. 유전적 다형성의 분석을 위한 광범위한 품종의 유전적 마커가 이용 가능하고 당업자에게 알려져 있다. 이러한 분석은 유전자, 유전자의 부분, QTL, 대립유전자, 또는 BCMS 식물에서 웅성 임성과 연결되거나 관련된 유전적 마커를 포함하거나 연결된 게놈 영역을 선택하는데 사용될 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 핵산 분석 방법은, PCR-기반 검출 방법 (예를 들어, TaqMan 분석), 마이크로어레이 방법, 질량 분광 분석 기반 방법 및/또는 전체 게놈 서열분석을 포함하는, 핵산 서열분석 방법을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 특정 양태에서, DNA, RNA, 또는 cDNA 샘플에서 다형성 부위의 검출은 핵산 증폭 방법의 사용을 통해 촉진될 수 있다. 이러한 방법은 특히 다형성 부위에 걸쳐 있는 폴리뉴클레오티드의 농도를 증가시키거나, 말단 또는 근위에 위치한 부위 및 서열을 포함한다. 이러한 증폭된 분자는 겔 전기 영동, 형광 검출 방법, 또는 다른 수단에 의해 쉽게 검출될 수 있다.
이러한 증폭을 달성하는 하나의 방법은 이의 이중-가닥 형태에서 다형성을 정의하는 근위 서열에 혼성화할 수 있는 프라이머 쌍을 이용하는 중합효소 연쇄 반응 (PCR)을 이용한다. 질량 분광 분석에 기반한 DNA 유형화 방법이 또한 사용될 수 있다. 이러한 방법은 당업계에 잘 알려져 있다.
DNA 서열의 다형성은 당업계에 잘 알려진 다양한 효과적인 방법에 의해 검출되거나 유형화될 수 있다. 본 발명의 조성물 및 방법은 게놈 DNA 샘플에서 다형성을 유형화하기 위해 임의의 다형성 유형화 방법과 함께 사용될 수 있다. 사용되는 이들 게놈 DNA 샘플은 식물로부터 직접 단리된 게놈 DNA, 복제된 게놈 DNA, 또는 증폭된 게놈 DNA를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
예를 들어, DNA 서열의 다형성은 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 (ASO) 프로브에 대해 혼성화시킴으로써 검출될 수 있다. 미국 특허 번호 5,468,613은 핵산 서열의 단일 또는 다중 뉴클레오티드 변이가 뉴클레오티드 변이를 함유하는 서열이 증폭되며, 막에서 스팟팅되고 표지된 서열-특이적 올리고뉴클레오티드 프로브로 처리되는 과정에 의해 핵산에서 검출될 수 있는 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화를 개시한다. 표적 핵산 서열은 또한 관심있는 서열이 증폭되고 프로브에 혼성화되고 이어서 프로브의 표지된 부분을 검출하기 위해 결찰되는 프로브 결찰 방법에 의해 검출될 수 있다.
마이크로어레이가 또한 다형성 검출을 위해 사용될 수 있으며, 여기서 올리고뉴클레오티드 프로브 세트가 한 지점에서 표적 서열의 차이가 부분적 프로브 혼성화를 유발하도록 단일 서열을 나타내기 위해 중첩 방식으로 조립될 수 있다. 임의의 하나의 마이크로어레이 상에서, 다수의 표적 서열이 있을 것으로 예상되며, 이는 각각의 표적 서열이 단일 프로브가 아닌 일련의 중첩 올리고뉴클레오티드에 의해 표현되는 유전자 및/또는 비코딩 영역을 나타낼 수 있다. 이러한 플랫폼은 다수의 다형성의 고 처리량 선별을 제공한다.
SNP 및 Indel을 검출하는 다른 잘 알려진 방법은 단일 염기 연장 (SBE) 방법을 포함한다. 다형성을 검출하기 위한 다른 방법에서, SNP 및 Indel은 올리고뉴클레오티드 프로브가 프로브의 5' 및 3' 말단에 공유 결합된 5' 형광 리포터 염료 및 3' ??처 염료를 갖는 방법에 의해 검출될 수 있다. 프로브가 온전할 때, ??처 염료에 대한 리포터 염료의 근접은 예를 들어. 포스터-유형 에너지 이동에 의해, 리포터 염료 형광의 억제를 유발한다. 다형성을 플랭킹하는 표적 DNA의 특이적 서열에 대한 PCR 정방향 및 역방향 프라이머 혼성화 동안 혼성화 프로브는 증폭 PCR 생성물 내에 다형성-함유 서열을 혼성화시킨다. 후속 PCR 사이클에서 5' → 3' 엑소뉴클레아제 활성을 갖는 DNA 중합효소는 프로브를 절단하고 리포터 염료를 ??처 염료로부터 분리시켜 리포터의 형광을 증가시킨다.
다른 양태에서, 관심있는 유전자좌 또는 유전자좌는 핵산 서열분석 기술에 의해 직접적으로 서열분석될 수 있다. 핵산 서열분석 방법은 당업계에 알려져 있고 454 Life Sciences (Branford, CT), Agencourt Bioscience (Beverly, MA), Applied Biosystems (Foster City, CA), LI-COR Biosciences (Lincoln, NE), NimbleGen Systems (Madison, WI), Illumina (San Diego, CA), 및 VisiGen Biotechnologies (Houston, TX)에 의해 제공되는 기술을 포함한다. 이러한 핵산 서열분석 기술은 병렬 비드 어레이, 결찰에 의한 서열분석, 모세관 전기 영동, 전자 마이크로칩, " 바이오칩", 마이크로어레이, 병렬 마이크로칩, 및 단일 분자 어레이와 같은 형식을 포함한다.
V. 정의
하기 정의는 본 발명을 더 잘 정의하고 본 발명의 실시에서 당업자를 안내하기 위해 제공된다. 달리 언급되지 않는 한, 용어는 관련 기술 분야의 당업자에 의한 통상적인 용법에 따라 이해되어야 한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "식물"은 식물 세포, 식물 원형질체, 캡시쿰 아눔 식물이 재생될 수 있는 조직 배양물의 식물 세포, 식물 캘러스, 식물 무더기 및 식물에서 온전한 식물 세포 또는 화분, 꽃, 종자, 잎, 줄기 등과 같은 식물의 부분을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, "괴상" 형 고추는 과실의 길이가 과실의 너비와 거의 동일한 고추를 지칭한다. 예를 들어, 과실의 길이는 과실의 너비의 약 0.8, 약 0.9, 약 1.0, 약 1.1, 또는 1.2 미만이다.
본원에 사용된 바와 같이, "딜콤한" 고추는 맵지 않은 칠리 고추 품종의 과실 및 식물을 지칭한다. 달콤한 고추는 가지과, 솔라나시아의 캡시쿰 속에 속한다. 따라서 용어 "달콤한 고추"는 피망 (캡시쿰 아눔), "타이 스위트"―또한 캡시쿰 아눔의 재배종, "둘세"―캡시쿰 바카툼의 인기 재배종, 뿐만 아니라 누멕스 수아브 오렌지 (캡시쿰 치넨세), 유별나게 달콤한 하바네로-형 고추를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "모집단"은 공통 부모 유래를 공유하는 식물의 유전적으로 이종 집합을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "품종" 및 "재배종"은 이들의 유전 혈통 및 성능에 의해 동일한 종 내에서 다른 품종과 식별될 수 있는 유사한 식물의 그룹을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, "대립유전자"는 염색체 상의 주어진 유전자좌에서 게놈 서열의 둘 이상의 대체 형태 중 하나를 지칭한다
"정량적 형질 유전자좌 (QTL)"는 적어도 표현형의 발현도에 영향을 미치는 제1 대립유전자를 암호화하는 염색체 위치이다.
본원에 사용된 바와 같이, "마커"는 유기체를 구별하는데 사용될 수 있는 검출 가능한 특성을 의미한다. 이러한 특성의 예시는 유전적 마커, 생화학적 마커, 대사 산물, 형태학적 특성, 및 작물 특성을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "표현형"은 유전자 발현에 의해 영향을 받을 수 있는 세포 또는 유기체의 검출 가능한 특성을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "유전자형"은 식물의 특정 대립유전자 구성을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "단상형"은 운반하는 대립유전자의 조합에 의해 정의된 염색체 세그먼트를 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, 유전적 유전자좌에 관련하여 사용될 때, 용어 "유전자 이입된"은 예를 들어 역교배를 통해, 새로운 유전적 배경으로 도입된 유전자 좌를 지칭한다. 유전자 좌의 유전자 이입은 식물 육종법을 통해 및/또는 분자 유전적 방법에 의해 달성될 수 있다. 이러한 분자 유전적 방법은 마커 보조 선택, 다양한 식물 형질 전환 기술 및/또는 상동 재조합, 비-상동 재조합, 부위-특이적 재조합을 제공하는 방법, 및/또는 유전자좌 치환 또는 유전자좌 전환을 제공하는 게놈 변형을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본원에 사용된 바와 같이, 핵산 마커 및/또는 게놈 영역의 맥락에서 사용될 때, 용어 "연결된"은 마커 및/또는 게놈 영역이 감수분열 시 함께 분리되는 경향인 동일한 연결 그룹 또는 염색체 상에 위치함을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, "세포질 웅성 불임"은 웅성 임성 복원 유전자좌의 부재로 기능적 꽃밥, 화분, 또는 웅성 배우자를 생산하는 식물의 실패로 인해 일반적으로 자가-수분으로부터 번식할 수 없지만, 자성 부모로 사용될 때 교차―수분으로 번식할 수 있는 식물을 지칭한다. 또한, 웅성 불임은 세포질과 핵 게놈 사이의 불화합성의 결과이다.
본원에 사용된 바와 같이, "바카툼 세포질 웅성 불임" 또는 "BCMS"는 세포질이 캡시쿰 바카툼 식물로부터이고 핵 게놈은 캡시쿰 아눔 식물로부터인 세포질 웅성 불임 식물을 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, "자성 부모"는 화분이 성공적으로 난자에 수분하는, 웅성 기증 계통으로부터의 화분의 수용자인 고추 식물을 지칭한다. 자성 부모는 화분의 수용자인 임의의 고추 식물일 수 있다. 이러한 자성 부모는 예를 들어, 유전자 웅성 불임, 세포질 웅성 불임을 인해, 또는 수술의 물리적 제웅을 겪었기 때문에 웅성 불임일 수 있다. 유전자 또는 세포질 웅성 불임은 불임 화분, 기형 또는 수술이 없는 꽃, 위치 불임, 및 기능 불임과 같은, 상이한 방식으로 나타날 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, "균일한 자성 임성"은 웅성 임성 화분 공급원으로 수정된 경우 달리 발달상 정상 (자성 임성)이고 생존 가능한 과실 및 종자를 생산하는 웅성 불임 꽃의 생산을 지칭한다. 균일한 자성 임성을 부여하는 유전자좌는 유전자좌를 운반하는 바카툼 세포질 웅성 불임 식물의 모든 꽃이 웅성 임성 복원 유전자좌의 부재로, 기능성 자성 기관 및 비기능성 웅성 기관을 포함할 것을 의미한다.
본원에 사용된 바와 같이, "양호한 꽃"은 자성 임성이고 발달상 정상인 꽃을 포함하는 고추 식물을 지칭한다. 양호한 꽃을 가진 식물은 웅성 임성 또는 웅성 불임일 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, "웅성 부모 식물"은 자성 계통에 대해 화분을 제공하는 (즉 이에 대한 화분 매개자인) 부모 식물을 지칭한다. 이들은 자손 고추 식물, 예를 들어 단위 결실의 씨 없는 자손 식물의 번식에 유용할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, "저항성 대립유전자"는 질환에 대한 저항성 또는 내성과 관련된 핵산 서열을 의미한다.
질환 병태에 대해 식물에서 본원에 사용된 바와 같은 "저항성" 또는 "개선된 저항성"은 식물이 덜 저항성인, 더 "감수성인" 식물에 비해 수확량, 생존성 및/또는 다른 관련된 재배 측정치에 대해 질환 병태에 의해 덜 영향받음을 나타낸다. 저항성은 "저항성인" 식물이 유사한 질환 병태에서 자란 상이한 (덜 저항성인) 식물에 비해 질환 병태에서 생존하고/하거나 더 나은 수확량을 생산함을 표시하는 상대적 용어이다. 당 업계에서 사용되는 바와 같이, 질환 "내성"은 때때로 질환 "저항성"과 상호교환적으로 사용된다. 당업자는 질환 병태에 대한 식물 저항성이 광범위하게 다양하고, 더 저항성인 또는 덜 저항성인 표현형의 스펙트럼을 나타낼 수 있음을 인식할 것이다. 그러나, 간단한 관찰에 의해, 당업자는 일반적으로 질환 병태 하에서 상이한 식물, 식물 계통 또는 식물 패밀리의 상대적 저항성 또는 감수성을 결정할 수 있으며, 또한, "저항성"의 표현형 등급도 인식할 것이다.
용어 "약(about)"은 값을 결정하기 위해 사용되는 장치 또는 방법의 오류의 표준 편차를 포함하는 값을 나타내기 위해 사용된다. 본 개시는 오직 대안 및 "및/또는"을 지칭하는 정의를 지원하지만, 청구항에서 용어 "또는"의 사용은 오직 대안만을 지칭하거나 또는 대안들이 상호 배타적인 것으로 명시적으로 표시되지 않는 한 "및/또는"을 의미하기 위해 사용된다. 청구항에서 단어 "포함하는(comprising)" 또는 다른 개방 언어와 함께 사용될 때, 특별히 언급하지 않는 한, 단어 "a" 및 "an"은 "하나 이상"을 나타낸다. 용어 "포함하다(comprise)," "가지다(have)" 및 "포함하다(include)"는 개방형 연결 동사이다. 이들 동사 중 하나 이상의 임의의 형태 또는 시제, 예를 들어 "포함하다(comprises)," "포함하는(comprising)," "가지다(has)," "가지는(having)," " 포함하다 (includes)" 및 " 포함하는(including)"이 또한 개방형이다. 예를 들어, 하나 이상의 단계를 "포함하는," "가지는" 또는 "포함하는" 임의의 방법은 이들 하나 이상의 단계만을 보유하는 것으로 제한되지 않고 다른 열거되지 않은 단계를 또한 포함한다. 유사하게, 하나 이상의 "포함하는," "가지는" 또는 "포함하는" 임의의 식물은 이들 하나 이상의 형질만을 보유하는 것에 제한되지 않고 다른 열거되지 않는 형질을 포함한다.
VI. 기탁 정보
상기 본원에서 개시되고 청구항에서 인용된, '플레임 파운틴' 및 '간티'로 지정된 캡시쿰 아눔의 계통 종자의 기탁은 NCIMB, Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, U.K에서 이루어졌다. 기탁 일은 2018년 5월 29일이며 계통 '플레임 파운틴' 및 '간티'의 이들 기탁된 종자의 수탁번호는 각각, NCIMB 수탁 번호 43054 및 43055이다. 기탁에 대해 모든 제한이 제거되었으며, 기탁은 37 C.F.R. §1.801-1.809의 모든 요구 사항을 충족시키도록 의도된다. 기탁은 30년의 기간, 또는 마지막 요청 후 5년 동안, 또는 특허의 유효 기간 중 긴 기간 동안 기탁소에서 유지될 것이며, 필요한 경우 해당 기간 동안 교체될 것이다.
VII. 실시예
하기 실시예는 본 발명의 양태를 설명하기 위해 포함된다. 하기 실시예에서 개시된 기술이 본 발명의 실시에서 잘 기능하기 위해서 발명자에 의해 발견된 기술을 나타낸다는 것이 당업자에 의해 인식되어야 한다. 그러나, 당업자는 본 개시에 비추어, 개시된 특정 양태에서 많은 변경이 이루어질 수 있으며 본 발명의 개념, 정신 및 범위로부터 벗어나지 않고 비슷하거나 유사한 결과를 수득할 수 있음을 인식한다. 보다 구체적으로, 화학적 및 생리학적으로 관련된 특정 제제가 본원에 기재된 제제를 대체할 수 있는 반면 동일하거나 유사한 결과가 달성될 것임이 명백할 것이다. 당업자에게 명백한 이러한 모든 유사한 대체 및 변형은 첨부된 청구항에 의해 정의된 발명의 정신, 범위 및 개념 내에 있는 것으로 여겨진다.
실시예 1. BCMS 캡시쿰 아눔 식물의 생성
종간 교배에 대한 캡시쿰 아눔캡시쿰 바카툼 사이의 호환성은 매우 낮다. 이들 두 종 간에 유전적 정보를 전달하기 위해, 중간 고추 종, 예를 들어 캡시쿰 치넨세 또는 캡시쿰 프루테센스를 '유전적 가교'로 사용하였다. 그러나, 이러한 방법은 핵 형질의 전달만을 허용한다. 캡시쿰 아눔 게놈이 캡시쿰 바카툼 세포질로 도입되는 BCMS 식물을 개발하기 위해, 캡시쿰 바카툼 꽃을 캡시쿰 아눔 화분으로 수분시키는 것이 필요하다. 이러한 조합은 생존 가능한 잡종 종자로 이어지지 않았으므로 따라서 캡시쿰 바카툼 x 캡시쿰 아눔 잡종을 회복시키기 위해 배아 구조 기술을 사용하는 것이 필요하였다. 여러 캡시쿰 바카툼 수탁물, 예를 들어 PI497974, PI159242, 및 PI640880으로부터 캡시쿰 바카툼 x 캡시쿰 아눔 잡종을 개발하기 위해 본원에 기술된 방법을 사용하였다.
이러한 캡시쿰 바카툼 수탁물 식물을 화분 공여자로서 역할을 하는 캡시쿰 아눔 계통과 동시에 키웠다. 꽃밥이 떨어지기 전에 캡시쿰 바카툼 식물의 꽃을 거세하고 그 후에 캡시쿰 아눔 화분으로 수분시켰다. 첫 번째 수분 후 1일에, 수분된 꽃을 200mg/L NAA (1-나프틸아세트산)에 담근 후 NAA 용액 (성장 조절자)이 건조된 후 두 번째 수분시켰다. 그런 다음 꽃은 과실을 맺기 위해 남겼다. 익은 과실을 수확하고 종자를 배아 구조를 위해 과실로부터 추출하였다. 무균 조건에서 배유로부터 배아를 절개하여 배아 구조를 수행하였다. 묘목이 완전히 발달할 때까지 추출된 배아를 MS 배지에서 배양하였다. 이러한 F1 묘목을 다형성 DNA 마커를 사용하여 캡시쿰 바카툼 x 캡시쿰 아눔 혼성화에 대해 확인하였다. 진정한 잡종인 묘목을 캡시쿰 아눔 부모에 대한 추가 역교배를 위해 선택하였다. 초기 역교배 세대를 웅성 불임 및 캡시쿰 아눔 반복 부모 표현형에 대해 표현형으로 선택하였고 다형성 DNA 마커를 사용하여 캡시쿰 아눔 백분율에 대해 게놈을 평가하였다. 이후 세대에서, 향상을 위한 식물을 선택하기 위해 추가 원예 형질을 사용하였다.
실시예 2. 웅성 임성 복원자 유전자좌의 매핑
F1 자손의 광범위한 교배 및 평가 후, 2개의 캡시쿰 아눔 수탁물이 BCMS 계통: '플레임 파운틴' 및 '간티'에서 웅성 임성을 복원할 수 있음이 확인되었다. BCMS 계통에서 웅성 임성을 복원하는 '플레임 파운틴' 및 '간티'의 능력은 이후에 F1 모집단을 다시 만들어 검증하였다. 2개의 F2 모집단, BCMS 공여자 계통 1 x '플레임 파운틴' 및 BCMS 공여자 계통 1 x '간티'는 이들 F1 교배의 웅성 임성 계통을 자가생식시켜 개발하였다. 이러한 F2 모집단을 웅성 임성 복원과 관련된 QTL을 매핑하는데 사용하였다.
두 모집단의 개별 F2 식물을 유전자형 분석하였고 온실에서 임성을 평가하였다. 임성 꽃에서 정상 꽃밥 및 가시적 화분의 유무에 의해 결정되었지만, 꽃 형성, 과실 세트, 자가생식 과실에서 종자의 존재를 또한 기록하였다. 개별 F2 식물에서 임성이 복원되었는지 여부를 결정하기 위해 가시적 화분의 유무를 사용하여 두 매핑 집단에서 단일 마커 분석을 실행하기 위해 QTL 지도제작기를 사용하였다.
2개의 캡시쿰 아눔 계통의 BCMS 복원 유전자좌 (Rf)를 두 집단의 짧은 암의 염색체 6, BCMS 공여자 계통 1 x '플레임 파운틴' 집단의 공통 위치 24.2-32.9 cM (2-LOD 간격)와 BCMS 공여자 계통 1 x '간티' 집단의 공통 위치 17.2-45 cM (2-LOD 간격) 사이에 매핑하였다. Rf/rf 유전자형이 웅성 임성을 제공하고 재조합이 염색체 6의 짧은 암 상에서 억제되었기 때문에 Rf는 완전히 우성인 것으로 밝혀졌다. Rf 유전자좌는 Rf 유전자좌와 관련된 단상형을 검출함으로써 마커 보조 선택을 통해 집단에서 추적할 수 있다 (표 1). 추가 미세 매핑은 M14 및 M29에 의해 플랭킹된 영역으로 BCMS 계통에서 임성을 복원하는 게놈 간격을 줄였다. 마커 M18, M19, M20, M21, M22, M23, M24, M25, M26, M27, 및 M28이 복원 인자가 위치하는 영역 내에 포함됨이 결정되었다. 따라서 이러한 마커는 Rf 유전자좌 공여자 계통에 상응하는 단상형을 포함하여야 한다. 염색체 간격 옆에 있는, 마커 M14/M15/M16/M17 및 M29는 반복 부모 대립유전자를 선택하기 위해 사용될 수 있다. 사용된 Rf 유전자좌 공여자 계통에 따라, '간티'가 Rf 유전자좌 공여자로 사용되는 경우 M14가 사용될 수 있고 '플레임 파운틴'이 Rf 유전자좌 공여자로 사용되는 경우 M15, M16, 또는 M17이 사용될 수 있다.
Figure pct00001
Figure pct00002
또한, 균일한 자성 임성 꽃을 가지기 위해, BCMS 식물은 염색체 6의 짧은 암 상의 마커 서열 서열 번호 35 및 마커 서열 서열 번호 36에 의해 플랭킹된 우성 캡시쿰 바카툼 대립유전자인, 양호한 개화 (Gf) 유전자좌를 가져야 한다. Gf 유전자좌는 임의의 캡시쿰 바카툼 계통으로부터 BCMS 식물로 유전자 이입될 수 있고 Gf 유전자좌를 플랭킹하는 마커를 사용하여 검출될 수 있다 (표 2).
Figure pct00003
Gf 유전자좌 및 유전자좌와 관련된 유전적 마커의 확인은 본원과 동시에 출원된, 이의 개시가 그 전문에 본원에 참고로 포함된, 미국 가출원 일련 번호 62/690,722에 기술되어 있다.
교배 BCMS 공여자 계통 1 x '플레임 파운틴'과 BCMS 공여자 계통 1 x '간티'의 F1 자손은 ½(S)Gfrf/gfRf + ½(S)gfrf/gfRf의 유전자형 분리 및 ½ 완전히 임성 + ½ 완전히 불임의 표현형 분리를 갖는다. 교배를 촉진하기 위해 자성 임성 꽃을 갖는 BCMS 공여자 계통 1 (또는 임의의 다른 BCMS 계통)의 식물이 이형 접합 유전자형 ½(S)Gfrf/gfrf를 가지지 때문에 이러한 분리가 F1에서 발생한다. F2 자손은 완전 임성 꽃, (S)Gfrf/gfRf를 갖는 자가생식 F1 식물에 의해 생성된다. 따라서, F2 자손의 예상된 유전자형 분리는 ¼(S)Gfrf/Gfrf + ½(S)Gfrf/gfRf + ¼(S)gfRf/gfRf일 것이며 예상된 표현형 분리는 ¼ 웅성 불임 + ½ 완전 임성 + ¼ 완전 불임일 것이다. 그러나, F2 자손에서 관찰된 유전자형 분리는 ½(S)Gfrf/Gfrf + ½(S)Gfrf/gfRf이고 관찰된 표현형 분리는 ½ 웅성 불임 + ½ 완전 임상이다. 완전 불임 식물은 표현형 및 유전자형 모두 F2 자손에서 누락되었으며, gfRf 유전자형이 BCMS 식물로부터 화분 (웅성 배우자)을 통해 전달 가능하지 않음을 나타낸다. 두 매핑 집단에서 F2 자손은 92%의 정상 발아율을 가졌고 이는 gfRf 전달의 근본적인 실패가 종자 형성 전, 생식 과정의 초기에서 발생함을 시사한다.
실시예 3. BCMS에 대한 웅성 임성 복원 유전자좌의 유전적 모델
일부 캡시쿰 아눔 수탁물, 예를 들어 "플레임 파운틴" 및 "간티"에 우성 핵 대립유전자가 존재하며, 캡시쿰 바카툼 세포질의 존재 시 웅성 임성을 복원한다.  우성 캡시쿰 아눔 대립유전자는 Rf로 표시되고, 열성 대립유전자는 rf로 표시된다. GfRf의 업스트림에서 기능하여, gfgf 유전자형은 Rf의 웅성 임성 복원 효과를 가린다 (열성 상위). 이는 관찰과 일치하며, 하기 식 (I)에 의해 나타내고, 여기서 (S)는 캡시쿰 바카툼 세포질을 표시하고 (N)은 캡시쿰 아눔 세포질을 표시하고, BCMS 공여자 계통 1 x '플레임 파운틴' 및 BCMS 공여자 계통 1 x '간티' 교배로부터 복원된 F1 자손은 모든 F1 자손이 Rf 유전자좌에서 이형 접합임에도 불구하고, 50% 완전 임성 꽃 및 50% 완전 불임 꽃으로 분리된다:
부모 교배: BCMS 공여자 계통 1: (S)Gfrf/gfrf x '플레임 파운틴' (N)gfRf/gfRf
→ F1: ½(S)Gfrf/gfRf (완전 임성) + ½(S)gfrf/gfRf (완전 불임)
(I)
실시예 4. 잡종 고추 식물을 생산하기 위한 BCMS에 대한 균일한 자성 임성 및 웅성 임성 복원 유전자좌의 활용
GfRf는 염색체 6의 짧은 암 상에 반발력으로 밀접하게 연결되어 있다. 따라서, 생식자 Gfrf (캡시쿰 바카툼 단상형), gfrf (캡시쿰 아눔 비-복원 단상형), 및 gfRf (캡시쿰 아눔 복원 단상형)가 존재하지만, 재조합 생식자 GfRf는 존재하지 않으며 분리 집단에서 쉽게 회수될 수 없다. 또한, gfRf 생식자는 캡시쿰 바카툼 세포질을 갖는 식물로부터 화분 전달 가능하지 않으므로, 이러한 생식자는 일반적으로 생존 가능하지 않다. 이는 관찰과 일치하며, 하기 식 (II)에 의해 나타내며, 여기서 (S)는 캡시쿰 바카툼 세포질을 표시하고 (N)은 캡시쿰 아눔 세포질을 표시하고, 복원된 F1 식물 (예를 들어 BCMS 공여자 계통 1 x '플레임 파운틴')로부터 유래된 Fn 자손은 50% 완전 임성 및 50% 웅성 불임 식물로 분리된다:
부모 교배: BCMS 공여자 계통 1: (S)Gfrf/gfrf x '플레임 파운틴' (N)gfRf/gfRf
→ F1: ½(S)Gfrf/gfRf (완전 임성) +
Figure pct00004
(완전 불임)
→ F2: ½(S)Gfrf/gfRf (완전 임성) +
Figure pct00005
(웅성 불임) 
→ ...
→ Fn: ½(S)Gfrf/gfRf (완전 임성) + ½(S)Gfrf/Gfrf (웅성 불임)
* (S)Gfrf/Gfrf 식물은 자가 생식할 수 없고 다음 자가생식 세대에 기여하지 않음을 주의.
(II)
이러한 유전적 모델 하에, 가능한 유전자형 조합 및 관찰될 수 있는 연관된 개화 표현형을 도 1에 나타낸다.
본원에서 기술된 BCMS의 유전적 모델을 사용하여, 고추 잡종의 용이한 생산을 허용하는 육종 시스템을 설계하는 것이 가능하다. 자성 풀에서, 육종가는 2개 유형의 생식질을 유지한다: "A- 계통", 바카툼 CMS 형질을 운반하는 계통 및 A-계통과 동일한 육종 풀이지만, 캡시쿰 아눔 세포질을 포함하는, "B-계통". B-계통은 A-계통에 대한 역교배 부모이다. 웅성 풀은 Rf 대립유전자에 대해 동형 접합인 캡시쿰 아눔 생식질 계통을 함유한다. 완전히 임성 잡종은 자성 부모로서 A-계통과 웅성 부모로서 C-계통을 교배함으로써 생산될 수 있다 (도 2). A-계통의 웅성 불임 특성 때문에, 자가생식으로 인해 혼입형을 함유하지 않는 잡종을 생산하는 것이 가능하다. 또한, 자성 식물을 거세할 필요가 없기 때문에 노동이 감소한다.
SEQUENCE LISTING <110> Seminis Vegetable Seeds, Inc. <120> RESTORER LOCUS FOR THE BACCATUM CYTOPLASMIC MALE STERILITY SYSTEM IN PEPPER <130> SEMB:035WO <150> US 62/690,728 <151> 2018-06-27 <160> 36 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 434 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 1 gagtcagatg gacgcgagct gaggatagag tatagtttcc tcaggaaagt agctggtgtg 60 ccaacgagat tcaagctgaa agagatcgaa gaagcaacag ataattttgg ggcgttggtt 120 ggccgtggat cttccgctag cgttttcaaa ggcgtgctga gcgatggtgc agcggtggcg 180 gtgaagagga tcgagggaga ggagcgcgga gataaggagt tcaaatctga agttgctgca 240 attgctagtg ttcagcatgt taatcttgtg aggttacttg gttactgtag tgttgttccg 300 tcaggaccga gatttttggt ttatgagtat atttttaatg gatcgctcga taagtggatt 360 tttcggagga ggggtatacg aggctgtttg tcgttggatt tgaggtatag agttgcggtg 420 gatgtggcga aggc 434 <210> 2 <211> 461 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 2 ttgattgcac tctgaaaagt tgcagacaag ttatgaaata aaagttccat tagctgacat 60 gcgattgtat catcccagtc agcgtgttgt aaggtttcca ctccttgttt ctcattggac 120 tgatgacact tgccttcaag tgaacggacc tcgttagatg tgcttcgaag tttttcatct 180 aatagctcat atctcggaaa ttctgtgagg gacagagaag gtgtatcaat aggaacatct 240 agcggaaact cggataagaa cttcctcttg ttcctactac ctttttcctg tgctgaagtt 300 gtcaacgact tctcactggc accatcactg ctgctatgat cacccacgtt cattatcttt 360 tcaatggtca gtagacgttc tgcagtggag ataagtattt accgtacaaa aggttactgc 420 tactagcgag tcccgaaata gtatgagttg atattacgaa a 461 <210> 3 <211> 2458 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 3 gaagattggt tcagtggctt ataagctctc acttccccat acgtcttttt ttttttttgg 60 gatacggatt ttattcaaag agtaccaagg tggtagaaca aaaggtacat gacttagcaa 120 caaactctat aatccactac cacatattat ctcctagcaa gtacaaaagg ttcaaatact 180 tatccatcat atctaaagtg ctgctataac accaaaagta cagatttttt atacatttat 240 tttttactct agaaatgttt aacttcttcc catgaaagca tgacttgttt tctagccata 300 aggttcatat tatgcaattg ataatagttc tccgcattgg cttcaagcta cttcccccta 360 ggttgttgct tcaccaacca tttcatgtat ccctgttgaa gccttgctat gttgttccag 420 gcgtcattac acatcctcca gtagtggaca ttttcagtcc ttactgtccc aaacctgagt 480 aggtgttaga caagaggatg atccaaagag gcaataaggc cattgctcac gtgttcattc 540 agtgggagca cattcctgta gatcaggcta cgtgggagga cttcaatgca atcaagactc 600 gattctcttt gtttgttcct tgaggacgag aaagttttta atggaggagc attaatgtgt 660 tctggaatcg agaagcagaa ttatgcagaa aaaggtggta cgctaagttg gaggaggtgt 720 acttagtggt ctgcccatta gttattacgg ttaagcaaga gaaggcgtgg tgagagtgac 780 aaaaggccta atctgtctcc taagtggctc agggtcaatt cttgctagga atattccacc 840 ttctggtatt acattgggta tgctgttgtc gttttgctgt cattacagtt tttccccctt 900 acttttcaaa cacgggttag gttaatcgcg cattagccca tcttattggg cacttttgct 960 ccaattcctt tttggcatgt tcactcgtat atgtagttgc agagttccca ttcagactta 1020 tgaatcaaaa cccgtagcta tttccttctt cttttgtagt tagcttatta atccttcatc 1080 aattgctccg ttccaagctc gattgcatca aaactactgg aagttacaag taaatcagca 1140 gacattatga ttaaattcat tcatggccta aaaacctact agcttatgta aaaaaggtac 1200 gccatatata ctaacaatat ctgtaaacag ttacgacatc aatcaagcag gcgaagaaat 1260 tttattccta caaattcata ccttaaactg gttctggcgt tttctggctt tctctagttc 1320 ctgctcgaga tgagctgctt ctcgtttcaa ggttgagaaa tcttcctgca gtgagccctt 1380 ctccatctcc cgtgcttgac acttcttcag tatctcttgc tccctcgcaa cagcttggtg 1440 gaagtttgta gcagacccca gggcagccag cgttgcagcc tccaactctt tctttagcac 1500 agcattctcc acctcaagtc tgtgaagagt agagttagcc atctcaattt ggccgccggc 1560 atttgacaat gcatacccca tttcggagag cctcttcatg ttgcattctc cctgactttg 1620 cttttccttc tgaattttct cagcctcttc tttctcttgc cttagcattt taagctcccc 1680 ctggtccttg ccaagcctcc gagcagcctg cataaccttc tcattggccc aatcagtcca 1740 cccttggagc tctttctgca gtgtctgcat acgagaaatt agcaacaata tagtttcgtc 1800 tttctcattt tgtgggacat gtttccccaa agactcatcg tatgggatac cagtataata 1860 gtctagaaat ttaggagggg caggaatgct gcctggggcc tttgaggaag acttgggctc 1920 cggaactaga gatgcaggag tatttgtgtt aacagcaggc aacgcacaaa cagtatcttg 1980 ggtcgctggc ccactaccag tttcacttga aggtgcaacg gaggaggagg tgcatgaact 2040 atgagaacag cctccggcta aagggccatt gcttttaact gtattcgcta ccttagagta 2100 agtactcttc attacgagac cagaagaaca agattcagag ctcagcgtct tgtccaaaac 2160 catattgctc caggtggtga gttttgcttt aaaggaaccc ttactcatac gacctctata 2220 gcttttctcg aaatgaaacg tcttttgcct aagcatatct ttcttggagt tcagagacga 2280 tccccttctc ccgtttccac ctttttcttc taaaattgca gcttttgtta tagacagtat 2340 actctccccg ctaacccctg cagacttgct cttcgctact ggaagacgag ctgaacttct 2400 ctttgctgta atttccactt catgaagatg tgagcatata gaattagaca attgaacg 2458 <210> 4 <211> 829 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 4 tttactgaaa tatcggtatg tctaatagaa atttgagtac aaaggttttg agtcttagtg 60 gtgatgcatt gtcattctcg cgcattcact gataaagctg cattcttttc atataattat 120 cagggtggaa aatcgtcgag agttgtcaac tgtgttttgg gacttaaagc ctacggcgag 180 tggaagcaga caggtgggcc tggagtctgg aaattcggtg gaaatgtgaa atctacaaca 240 tcagcaaaac aattcgtgcg caaaaattct gagccattct caagttctct gtcaaggagt 300 atgtcgatga atgagaaatc tgcaaatggc gtatgcactg acgctgaaag taacaaaatg 360 gtaggtagac tctgcttgac gaacatttca tgcatcacca ataacggttc aatggcatga 420 ttcatcgatt aaatcttctc tttcacagtc cagctcttcg ttgagcaacc ttgttcgtgc 480 aattctgatt gataagaagc ctgaagaagt tccgaatgta agttgaaatt cagtaaattt 540 cttgctgtat tcagataaat tttccgtcta gattcttgta gttgcaaaag aaacacttgt 600 ccaagcgtca agtttctcgt tccctgcatc attttcaaga gagttacttt gtattttcgc 660 tatttagcca aagtagagag agggaccaaa ctataaggcg aacttaaaat tagtagggaa 720 gaagtaaaaa ctcaccgggg taaactgtga tcaagccgtc tgccactaca gtgcatcgta 780 ttttggtatc tagtgccgtt gttctaagat acagcaatgt tgtacttgc 829 <210> 5 <211> 400 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 5 gcttgtggaa tcagttctga ataaggtcgt tgaggagttt gagcagcgca ttacaagcca 60 aatacaactg gtaagtttag cttctccgcc ttgttgcatt tgttttcatc tttcgtcttc 120 ttctctgaca ctgcattcac ataacattct atcagaacaa agcaactcca aaggactcaa 180 cagtttccag cggcaacaag ttccttcaga aacatgcgtc agtcagcgca aaggtaatgc 240 ctctgatttt tgcaaatcat aaggtactta ttcatgtaaa tagaggatca ctcatactag 300 tgcctttttt tgttcttgtt ctctttctca attaggttga ccaaagaaat ttagcactag 360 tgaaagaaga gaatcgcatc gtcaatgagg aacttaaaag 400 <210> 6 <211> 459 <212> DNA <213> Capsicum annuum <220> <221> misc_feature <222> (31)..(31) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (107)..(107) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (199)..(199) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (242)..(242) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (256)..(256) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (365)..(365) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (374)..(374) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (376)..(376) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (385)..(385) <223> n is a, c, g, or t <400> 6 ctttttcttt ttagttactg gttgaactat ncgtgtgcga gttttttatc tgaactatca 60 ctaatttatc aaaatatgtc ttaattatta aggagtcgtt tagtagncgg ttaaagctat 120 gctggtatta ctaatgcatg gattggttgt gatttatgaa cgaatttatg tattatttta 180 tgtaggaatt agttatgcng atttttgtta tttacttaca tttttcatgt ataacgtatt 240 tngccttcta tcgtgnagga aatagtacat agatttgttt ataacttatg catatattag 300 ttagttatgt taatttttta tttataaatc aaatattata tctatttata catgaataac 360 ttatntttta tccncnttgt ataantagtt taatagtaca taaataacat gtctcattct 420 caattaataa ttgtttaaat taggtgtgcc cttcaagat 459 <210> 7 <211> 429 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 7 tgggggaatt ttgttaaaag gattctgggt cacataatct caagccatga tgtggatggt 60 ttgctgactc aaccagatgg tactagcata aacttgaaca tcaaggttgg tttagtccac 120 ctcaaaaagt taactcataa aatcttttta actaacacga gaagctcatt ttcttttctg 180 gctcttgaat tgcagaaggg ttctcaacac atgtgtgtag aatctcccgg agtgcatgaa 240 ctgagctttc caaattcatg tgtttcgttt gggagttcat ctgtggttat tgacacatct 300 aacctttctg tatgatcctt taggagttga attcttccat tctactattt catttatcat 360 gcatgtcttc tcatttattt tcttctgttt gtagcctatc tatttgaaag gcgagagcta 420 tctttttga 429 <210> 8 <211> 1348 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 8 caattctcta agcagatgat ataagttatt cattcctaac tcaagtatgt tgctcgatgg 60 atgagggtca acctgtattt atttttgaat tccgcagaat ctgctttccc tagaccatac 120 aacttaagaa gttgcgggga gggagggcta tgagagttgg ttccgtttta tggaattttt 180 gtaacctgtc cttctactgt attcttgtta actaaagagt gttgctcggt tctgctgcag 240 gcttttaatg gtggcgaatg ccggagactg tcgagcagtc ctttgccaca agggtgaagc 300 agttaatatg tctcaagacc atagaccgaa ttatgcatcg gagagaaggc gtgttgaaga 360 gttgggtgga tttattgacg atggttatct caatggtgtc ctatcagtga ctagggcctt 420 aggagactgg gacatgaagc tgcctcgtgg ctcttcctct cctctgatcg cggaacctga 480 attccgacag atcatcttga acgaggatga tgaattcctt atcataggtt gtgatgggat 540 ctgggatgtt atgtcaagtc aacaagctgt taatcttgta cgccgtggtc tgaagcggca 600 tgatgatcct gaacagtgtg ccaaggacat tgtcatggag gccttgcgtc tgaacacctt 660 cgacaatctt actgtggtaa tcgtttgctt tacttccctt gatcatcctg aaccatcaca 720 gtcgcgacaa aggcgattaa gatgctgcag cttctcagcc gaagctttgt gcagcttaca 780 gagttggttg gataacagtg gaaaccgttg agtttttcgt acatacaatt agttgccgga 840 gaggatgggc gcggtgtttg ttgtatggca gtctctcatt ttattagctg tacataacaa 900 ctactttcaa acttaaattc atcaattgaa atatttttgt caaagttgtt tgggtaacag 960 gctgaaatgt gtgggtacta actgtttctg tggttgtcga agctaccagt cgcatgaagc 1020 tatgaaatga gacaaccggg ctatagctac cgtaccacca gttagtcttc ttcctcctcc 1080 ggttcttggg aacttgaagg taagttcagt tttattggta taactaggtg tctgcagagc 1140 tcacgtcaat atttccatcg gatatatact catcatcatc ttgtcgattt caaaatttta 1200 ccttatctgc tacaagaagc gttaccaaac acttgatcat gacgaccaca acgttattgg 1260 tatgagtact gctgctaagt tgctggtgtg ggattcaacc agcgcggctc ttggctacgc 1320 gttttgtata tatcctttgt tgtcctct 1348 <210> 9 <211> 451 <212> DNA <213> Capsicum annuum <220> <221> misc_feature <222> (193)..(193) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (224)..(224) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (272)..(272) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (401)..(401) <223> n is a, c, g, or t <400> 9 ggtgactgac attgttgtcg agctttggtg gtatatgaac caactattgg aatccctcca 60 gaaactttgg tcatcaattt gaagaccttg ttagcttgta aaacggtttc tttgagtctc 120 aatgggttga gacagtatat tcaccaaatt atatttggtt tgaaacaaac ctcatagagt 180 tggtccatat ttncagatga atacttagaa ttgggccgat gttngagact atattgaaac 240 tttcctagct cttgaaggga ttgaaacact tnccgtgatc tcttgtgtga ggaaaagagt 300 gatgagtgtt cgcgcaattt gaatgtgttt tagccttatc ttcagcttgt tagctatctt 360 ttcaatctcc attgaagata gaaactcggt taactttgtc ntagaggaac agttgtgaat 420 atgctctcat aaagacaatt ttagatccat t 451 <210> 10 <211> 2160 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 10 gattgcattg atgcaagctg ttcacgagcc ccttgtgcct caagttttgc actcaaaagc 60 tcttggtaaa gctaaagcat taaaatataa gtcattgcac tgtagtactt acaggaaagg 120 tataatggat atcaaatgta aaggtcaaat gtaaaaatag atcctagtag tcaaagaata 180 ggcttgaaaa catgctcata acaatgcaga ataacaccaa tttctttggc ttatttgact 240 ggcaggatca tttgagtatg tatccaatag agacatgcta tacccactca actcgaaagc 300 tgtgaccaac ataatgtatt ttatgaatca cttacggagt aatgccttgt actgtatgga 360 atatggtaca aggaacagga catcacaggc aaactcaaca aacaaaacaa aaggccaaaa 420 cttgattctc actctgagat gtggcacgtg cagaggaaac agatgtgata agatgtgagg 480 taagaaagag gggaatgaga gacatatctg tgcctaaatt gtagaaggaa agcaaaatac 540 catttaaagc ttcatttaat aaatgaaact aataactatt gaataaataa aatcaccatc 600 agttacgtca ttctaattgt agtcactaca aaagtttttg agaatgtatc ttgggactaa 660 gtttaagaat atgatcttcg accaccaagg cttatatcct aggggtacca ctgtggatct 720 cctacacata aggtttggaa tcaaatcttt ctatcctctt ccccttcccc ttcccttgtc 780 cctctatgta acaaatgaaa ttaaaagaat gaaaaagtgt gactaaggca taacggaagc 840 ataggaatta attaatcaaa acaaatatgg atcttcaaat tcagattcag cattggcatg 900 ttttggcatt tgagctcttt aggtggcttc tcctcttcat tactagttag attttgaaag 960 cagtacttag taatgacatg cctacttcat ttataaactg gaaaattact aatcacgcaa 1020 cacttattac tatatctata aagaataccg catgtttcat atttcctggt gcattcatca 1080 tgcaagtggg agagaaacag aactttatta gtattctatc agttagaaat agcagatttt 1140 ctagtaacag ctctcactag ctgcttggtt gtgagaatac aatgataggg atagatatat 1200 acagtcacaa tatttatgct accattagag aaattctgaa gtgaccaagt gtatatcacc 1260 actttgtttg ctctcttgat ataaggagat aaattatcat aattgcaact ttcaatgcat 1320 aaaatgtgaa agactgatta cctcttcatg cttctctctt gcagatatgg tctgctcagt 1380 tgctatctca acaactgagt ccaaattctg ttggcttgag gatctctcca tttctaacat 1440 agtgacctgc acaaaagctc cacatttccg agaaacactt aaaaagcaga aaagtgacaa 1500 ggcaatcaat cttattcata tagatgccag gaaaatgaga aaagaaagaa atgaggacac 1560 cttctcttgg agctgcttaa tcaccaaaat agcttttgct tctctcaaag gtttgctccc 1620 acacaagtgc atcaaagagt tatcctcttg ctcagaacca tcgaccagat gaatgtcagc 1680 ctcaaaaagc ttccttgtga gatagtcaat ctttacctca ctcacggttt tctagcaaaa 1740 gcaaggatta aactaagaaa tcaaactgaa tcagaaataa cagaaggaag caaaagactg 1800 ttacatgtga ttcatatttt aaaagcaact cttcatacac cctttgaagt tccaggaaat 1860 cactgtcttc ctgccaaaat taaaaaataa taacacaaca gtggtataat acaattttga 1920 aagaaagctg aaatagcagc gcgaagtgtg aaccattgag aagctttttt tcctagaggc 1980 tccttttctc ctgctagtga catgcaacaa agcccgcggg tcagggagag tacagtcttc 2040 agcttgatta ctccttgcat tgtcttcttg cttgccagag tctaaattga tgtcaacatc 2100 taatagttct tcaaaaggaa gtaagggtcc aatgtcacgt tcaagccttt tggctttgac 2160 <210> 11 <211> 493 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 11 accgtgaggg atgcttttgt atatactgta aagccagtct taagtccaaa tatctgaagt 60 tggtttcgcg acttgctatg cttattgttt ccaagtaatt ttgttctgaa tggttgtttt 120 tagtgttgta atttgtaaat gatgatatgt atgttcttct acagaccgaa agttctggag 180 gttcaccaga gcaggatttt gtccagaagg catttgagat tcatgacaag tatatggtgt 240 atgtgaaagg ctgttttgct gataacacta tctttcacaa ggtattccga ctgttaactg 300 ctgtacgctg atccctttta cgatgaatta cttgagacgt tatatagtta tgttcagtgt 360 tgtcgaaggt gcacataaga cctgaatcga ggctcaaatg tgtttgagag tttagcgtcg 420 cttaatgtgc acatattcct ctgaatggtt ctcttaggct gatgtataaa ctctttgact 480 ctcataggct ctg 493 <210> 12 <211> 516 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 12 tgctattgag gatacattgg ataaggtatg cacaaatttt acatctccga tcaatttggt 60 ggtcgaactt catatctttg ctcaaacatc gtcaaaattg tgtacttttg ttaggtggtc 120 aagcttgtga tgtacatcag cgacaaagat gtgtttgctg agttctacag gttggaattc 180 agtgccagca gttgttttga catctttaac catttgatat gctaactgtc ttaatactta 240 taggaagaag ctttctcgcc gattgctttt tgatagaagt ggcaatgaag aacatgaaag 300 gcttatctta tcaaagctaa aacagcagtg tggtggacag tttacatcca agatggaggg 360 aatggtaagg attgttcaat ggacttagaa agttttgtct ctttaccgcg cttgagatat 420 ctgaaaacga atgactggaa atgtaaaaca ggtaacagat ttgtcattgg tgaaggaaaa 480 tcagactcac ttacaggaat atatcagtaa caaccc 516 <210> 13 <211> 1880 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 13 gttccatgta tttctggaaa acagatggta caagggtggg tttaaggaaa gggtaatttg 60 gtaaacaaac atttttttac aaaatttata taaatatata ttatctttaa tacatcaaac 120 caaacaatgt gtaaaaacaa atgtatgtgt aactaatact agcattacta ctacttgcat 180 taataataca agcattacaa atacccccta tttagcatta ttcttataca ctctaccaaa 240 cgacacccta agcactttgg catgtacaaa tactacctac catacgatct tttttaacac 300 aaaactttca tgcttgcaac agttttttgc atgtcgtctc aatgaatgaa ccaagttcaa 360 attaaaatgg gaactcactg gcagagtttt gcagtgctgc tatagattct ccttgactgg 420 ttccgttcac catgcttgga gctgtctaat tctagtaagg aggcaccatg gagaaacttt 480 aatgccgctt ggaaatagat acccgtactt tcacttgatc cagaactctg aaccaaatag 540 ccaaagtcaa cataaaataa ataaatgaaa caaataagaa agcatatcca ccatattttg 600 tcccctcctt tcttaggaca taagtgtaaa ttcttttaac cttgagacga tctgccagat 660 gttttaggtt tgtggcttct tttatggcat ttgtagcagc ttgacttgat gaatccttct 720 gagcagggct gggaacatct tgatccctga ccttattagc agtattatta ggtaggtttc 780 catggtggct tttagctgtt ttaccctgtc ttgaagcatt tgacttttcc ctttcagaag 840 catcaactat aacacaattt gcctcgtttg cccgtccgga tccaggaact ggctctttaa 900 atacaaccgt ctcattctga actcttgtta atggaaactt ggaagagact tcaatctgct 960 cacttctgtt ggaaacaagc ttcttagatg atctctgatc atttcgatct ggtagtgcag 1020 cctggctttt atccaggcgg gatgcaacat ccgatcgagc ttctgcacca tcatgatgac 1080 caactcgtgg ttgattatca cctttaacat ttttgtccaa taattttcca gatgaatcct 1140 tcttagaact cttctttaat ctatctgaac caacaacatt ctcctgaaac ttgttttttc 1200 ctggtgccgt cttctcctcg tctaatggca tttgatctga agataaattt aaaatatcag 1260 gatttttggt gttacattgg tcagaatcag attctggagc ccgattcttc tctttgcgcc 1320 gtgacaaaga acctctttta ccatttgaga caaactcact atcctgacac tgatagtcat 1380 tctttctctc cttatcagag ccttggtctg agttttctgt cttgcaagaa aattgaccaa 1440 cttgacgtaa tggatcggca tttacatcag catccagatg agttgcataa ccagagacca 1500 tggtctttgc tttaactgtt gtatctgatt cacgatggac atctttctcc tctaaatcag 1560 cttcagctaa cacaacataa ctcgtgccat tgcatgcact atccttctta acaaaactgg 1620 attcatttga gaacccatca ttttcaccat cagaagacct cttgggactt gaagtgggaa 1680 cagctgatga ggcagcagca gaaggccgtg aattgcctag atcctttttg aagaatctgc 1740 agcttttaca ctctgcaaag atacagtgag atcttgccca gcctgctgtt cctttttaac 1800 tcgacatgtt ccagcactac ctttgcttgc gctagtgtct ttccggtcag acttggagac 1860 ccttgctttc ttttccttcc 1880 <210> 14 <211> 2286 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 14 gttaggggaa gtacaaataa atcagcaagg aaaagacaag tccatttcat attgcagaaa 60 acatgttttc cacttcataa gtaggccatc atagatctat aagggattat tgatcattct 120 agtgatagtg ttcttaaccg ttactaacaa agatgaagga tatgtatagt tcttggtgtt 180 agtatgccca tgagaattgt aagatgggat tttagtttca ctataagctg catttttgtt 240 tcacctgtaa catcttctgc tatctagatt ggacattgtt ttggtctaca gctgatgaac 300 tttgagcagt ggactacgct tgaaatttta aaattatcca ctatgctgat ttttacgcat 360 taccataact aactgcattg cggtgaaaac tcaatgcatg tccttaagcc gtaggttgct 420 ttctaatcag caaacaagtt tggtgaacaa gttctctgaa tctatccatt ggttatcctt 480 gtctcgacaa gctagttctt tttccttttc tattctgttt gaattatatg agtcagcaaa 540 gtatagattt tgaaggagtt caagtaggaa atattaccgc tttggaaatt tacagatttg 600 cttttaaaac tttaattatg tgccacaagt ctagcttttg gaaatattta acatgcttct 660 tgaactgggt ttcataatgg tcaagtgccc atgaatttta ttttttctct tccgctgaat 720 acattatcaa acttcgaact tgaatcttca ttactttgca gacaactaga gtatttgctc 780 cttggctcaa taatgcaagc ttagagaatg aagaatcttg gcatgaaatt gctcgccctc 840 aagttcatgg tcatgacata aattgtgtga cagtaatcaa aggaaaagga aaccatcgtt 900 ttgttggcgg ggctgacgag aaagttgcca gagtttttga atctcctcta tcctttctga 960 agacattgag ccatgttact tcagacagct ctagtttttc tgccgacatt caagctgatg 1020 tgcagatatt aggggcaaat atgtctgctc taggtctatc gcagaaacct atatatgttc 1080 agggtgagtt ttccagtcta ttgtgtggta tcaattttgc ataataacat ataagatact 1140 cctattcatt tatgtttcca tcatcacttt tgatgttaca gggtgatata taactgagtt 1200 gttgacttgt caaaattaac tgtaaagacc ttctcttaac catgtattga attagaatta 1260 atgtgatgtg ttaccgactc tttctctaag tttgcttaaa gtgctgtgat atctgatgca 1320 aagtgttctg actttgatac aaacagcgat tatcctgaat atttcgtttg aggactctta 1380 tatgttataa tatctcatac atctaagcct atcttttgca gcagcatcga caccaacaga 1440 cagaagcaat acggaaggtt ttgatacact agaaactgtt cctgaagcag ttccagttgt 1500 cttgacagag ccacctattg aagagcagtt ggcatggcat actctatggc ccgagtcgca 1560 caaactttac ggtcatggga atgagatttt tgctctatgt tgtgatcagg agggaaagct 1620 tgtagcttca tcctgcaagg tttttctctc tttccctttt ctcctccttt cttttgggtg 1680 ttggcatggt tcttccttgt ctgtcttgaa tcttctgtta atagcattca acttgattgt 1740 acttttgcta agtgccctga taaagttggt ttttagtttc tggtcttaat atacttcgat 1800 agaaaaaaaa ggtagtactc cattccatat atggtgtcaa tttttttcaa tatcttgacc 1860 attagacgcc cctattttat tggtggatgg ggttagttaa ggaatagctg ggtttgatcc 1920 tgcggcattt tctctcttat gagaaatcaa acgccaatct gctcatttta tataacttac 1980 tggtgatgct cactacctcg gacttttacg ttgttagaga cctctatgaa ctatagcaac 2040 acatgatgga attcacaata ttcttctaga tactcctttc aacttctaat gatttttttg 2100 ggggaagtct ttattttctt aattagttgt gtctatcaga aacactctct ctacctccga 2160 ggtaggggtg acgtgtgcgt gcgtacactc tacccttcct agacctcact ttgtgtgatt 2220 acactggaga tgtttttctg ttcttattta attgtgaata ctaattatgc tggggctata 2280 taatcc 2286 <210> 15 <211> 358 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 15 gattccgtaa tcactctaac ggctgaaata tatctgattt agtgcttttc ggttcattat 60 aatcagtaat ccagccagta tgggtgacgg tcatgtcaat aatctgaaat gttatctgcc 120 tttttctgta atactatagt ctatagtatc atttatgtgc accaagagag cgaactaagc 180 atcaatccac gcagctattt ctgtttaaga atttaggcta agtagatttt tgtgccagta 240 aatgttttac tcttttagtt tctaagttga aggtgattca ttaattactc ttttagtttt 300 taggttggag gtaacctcta tgcagattta gttgggttta taaggatgca attatatg 358 <210> 16 <211> 1273 <212> DNA <213> Capsicum annuum <220> <221> misc_feature <222> (470)..(470) <223> n is a, c, g, or t <400> 16 tgggggcatc tctatggccc gagtcgcaca aactttacgg tcatgggaat gagatttttg 60 ctctatgttg tgatcaggag ggaaagcttg tagcttcatc ctgcaaggtt tttctctctt 120 tcccttttct cctcctttct tttgggtgtt ggcatggttc ttccttgtct gtcttgaatc 180 ttctgttaat agcattcaac ttgattgtac ttttgctaag tgccctgata aagttggttt 240 ttagtttctg gtcttaatat acttcgatag aaaaaaaagg tagtactcca ttccatatat 300 ggtgtcaatt tttttcaata tcttgaccat tagacgcccc tattttattg gtggatgggg 360 ttagttaagg aatagctggg tttgatcctg cggcattttc tctcttatga gaaatcaaac 420 gccaatctgc tcattttata taacttactg gtgatgctca ctacctcggn acttttacgt 480 tgttagagac ctctatgaac tatagcaaca catgatggaa ttcacaatat tcttctagat 540 actcctttca acttctaatg atttttttgg gggaagtctt tattttctta attagttgtg 600 tctatcaaaa acactctctc tacctccgag gtaggggtga cgtgtgcgtg cgtacactct 660 acccttccaa aacctcattt tgtgtgatta acactgggga tgttttttct gtttctattt 720 aattgtgaat actaattatg ctggggctat tatatcctgc aggtcaatca ccaccattgt 780 tgaaatatgt tatgggcagt tgggttctgg aaaatcattt ggtcttttgg cattccaaat 840 ttaaaagtga ccccaaggga tttccccatg aaaccaattt ctcttggcct ttaaaaaaac 900 cccttttttg ttttttaaat taatcaaaag gtttgaacat ttaccaccct cctttgccaa 960 aaattttaaa aaatacaaaa ccaaaaattt tttttccccc accccaatgt ttatatatac 1020 tgttaatata aaacttttct cccttttgga agtttttttt agaaaaacct ttctactttg 1080 gagagggaag agcctggcca actccccccc aaaaccccca cggtgtaaaa ttttattttc 1140 tttcctcccc cccctccacc ccccctcctc taccaccccc ctaaaataat ctcccttttt 1200 ttaatataaa aaacaaaaaa aaaaaaccct cctcttttta accccttccc cttaaatttt 1260 ttatttcccg cca 1273 <210> 17 <211> 1253 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 17 gcagaaatta aaatacacag gtaagataag tgggaagcaa catctaattg ggatttttct 60 tttcctttca tatttacaga ttgttttgta tttagacaaa ggagaaaaaa atctaaaaat 120 aacagatagt ggcggagcca cctttgctcc aggggttcat ctgaatccct cgatggaaaa 180 ttttaccgtt tttataatat ttttacatgg ttaaaaatat ttttattcat gtatagtaga 240 tgttgaaccc cgttcgacta gttcgtattt atacttccgt accccctcaa tgaaaaattt 300 ggctccgaca ctgataacag aatgtgatat agacaaacaa caccgtcaga ttttcctcta 360 tttataatgg acttgttgtt atttactgtg caatcaaact aacctttcct ggttagctct 420 tttcatgaaa cttatccaca tgcaagacta cagtacttga aacagataaa agtggtacac 480 ttgtcttagc agatcaacta atgttgcact ctggatacga ctccagtggc gggcttgtta 540 aaacctgcag gaataacatg tgaaatttca aaactttcaa gcattcaaca aatatcatct 600 caagtgttga aattccaaag tatatgtcct gaatcttgct ctaatatcca agaaatttaa 660 ataataaaaa aaaaactacc ctaggacgat atatgtagtc tgccgatatg atcttcttta 720 gagcagtctt ccaaggatgt gataggggat tgaaaatggg aacatagaag aattgatgaa 780 aaaatttcca agagttcaaa ttatttctac tggtgaggct gttcatagtt cagataagaa 840 gtgtaccaac aatgcaagtt gcagcaatat ctttgctgtg cctgcactca atattgagac 900 atccttcttt cgaatacatc tacgcattca caatgaaccg ataaataaaa gatttgttaa 960 atactgatca ttttcagatc aagattatcg aaagatcact tgaatggttg ttaattttaa 1020 aatggtaaca aaagggagat agcaagtcca tttcatgaaa ctccacaatt acagcgtatt 1080 tgacattgaa aaggcaacat atatgcaatt aaaaaaaaaa agaaatgagt ctacatcttt 1140 tcaaatacaa aagaaaatca aactcaccat ataaagtcta ccaaaagaaa gtgacatagc 1200 accgaagata tatggactcc ataccaccct ttactctgat aaagaagcag tcc 1253 <210> 18 <211> 1323 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 18 ctaaaatttt agcgtatttt tgtcaacctt tttaactgac atagcacctt tttagctaac 60 gtggcacctt tgacgtggcc cccattttta tgtaataaag gtgccacgtc agcacaaaag 120 agtgacaaaa atacgctaaa attgagttcg ggggataata ggaccccgtg aagttggagt 180 gtgtcatagc aactttggtc ataatacaag ggggtacaag atgcttatct cgaagaaaaa 240 tgaaaaatca caagcgcaac gtactttata tgtcagagtg tagcgagtgc acttcaagat 300 gtataataat ttgctcgagg atacagtact aattgaagcg aattacatcg tttcccctat 360 ctatttaata taagaaaggt tttgccgaag aattgggtga aggtgattag acatgacatg 420 acacaacttc aactgaccga ggacatgatc ctatatatga aggcatggag gtcgaggatt 480 agcgtcgaac gttaataggt agacacaagt tgtcatactt ctagtaggat gatttaggta 540 tcacgtagtt tttcccgcct atgttcatta ataactgttg ctatacttgt tttgtgtatt 600 gtttttctgt agtctctctt ttttctctta cttccttgct tttttgcgcc gagggtctat 660 cggaaacaac ctctctaccc cacaaagata gaggtaaggt ctgtttacac tcgatttact 720 gagctcggtc gaggttaagc tgatagctca gaacttgaat gtatattcgt tggtcataat 780 caatctccga accagatcaa cagctccgac accaaggtag ttgagttaag actagcacaa 840 ctttaactaa gctcgcaact tctagtaaag gacgcgtggt tgtgaaacat ggcctgtagg 900 ttctttgttt ttctttgaat aaccgagaaa tatgttgttt ttatcttcaa aactcggtgg 960 atgtttaagc cccttttctc tatctttctc cgtttaaata ccaaacttaa ttcaccgata 1020 gaatttgagc tcatgatgtg cgcctactac acattcttct tctaacaagc atgcgagtga 1080 caggaaaggg cagtaaggaa acaaagaaga tcatatcaaa agaaaatgtg ggcgaacctg 1140 gttgattcct cggtcctttt tccagcaatt ttgcccttgg gagccgctga caactgtaaa 1200 gattagaaca cgggatcttc aactcctctc ctccttgtaa gtaagaagac tagttgtttc 1260 actgtaacta ataatgaaac actaacctgt gaggcaatat cgattccaat ttcatcgagg 1320 acc 1323 <210> 19 <211> 786 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 19 actccatttg aactcatctc gttccaatgt tatgtcaata cagataaaag cttccacctt 60 gagtaggggc aattttctga aacatatccc ccgctacaaa gtccaaattt tcacttcctt 120 gcagattagc cacgacaggc ggaagatcaa gaacaataca tttcatgtca gggaattttt 180 ttgttatggc cattgcaaca gtaccatttc tcctccaaca tccactaaag atgtcaatcc 240 tctgaaaaca tccttaaact cgttgccaat cagtacgtta atgaatgatt gcgaatctct 300 agccatgttc gcgtgaaacc agttaccact actcgtatct ctcgaaagtt tactccagaa 360 taaatctcca tatgctgtgt aaaatgcatt tggatcctca tttctgaacc aatcacctaa 420 acagttcgat ccatgcttta aagaaaaatg aatcttgatc ttccatcaag ttccaaggcc 480 catccttcat tatatatcgg tcagctagtg caaccgaata atacccttta ccatcatcac 540 catcgtccac attgttgtct tcatgttttt gtagaatcaa caagccataa cgaactacta 600 ttggtgtaag gcggtgaaag tcgggattat ttgaagggct aatagacagg gaagacatga 660 gttttgatag tgtcattggt tttccttgtt tggttaagtc attaggtatg cctaattgaa 720 gtgcacattt caatgttatg gtaaaagata tgatgaattc aacaaacgtt gacacttatt 780 attttc 786 <210> 20 <211> 597 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 20 ggcaaattgg tacttctatc catggaaact attgcagatg ttccataacc aggtagatgt 60 gaagtagatg tttgagaagc aagtgagaag tgtgaactcc tctctcgaac agagggagaa 120 gtgtgtcgtt tatgaatact accatcttcc tcatttatga tctgcacaaa tcacaatagt 180 tccacacttt actccacaac atcggcctta aagactattt cggaaaagat gcccattatc 240 tgtcttggaa ggatgctggc agtaatttat aagagaaaag agagtaccct ttggatagca 300 ggatccaagg acgaaagcaa acgcctagaa cgttctggcc aagttcttgc aaacattctg 360 tacaaaattc ttgcagttga tcggacctgt tgttaaatcc aagggatatg aattgccaac 420 agatcttgaa tcgaattaaa gggggtatac atgcagataa ctatgccaaa atatgatact 480 cagagttcaa caagcatacc tcacccattg catcagagac acaacacttt ataaggtctt 540 catagagctc tgctgaacgt tgtacctcag atgcatcagg ccaatgttca aggatca 597 <210> 21 <211> 1085 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 21 ggatccacga acctaataag caccctccat ggatacctcc acaaccgctt cctcccatcc 60 acgcaacaac atgcctagtt caatcgcaca aaaggggtct agggagagta gagtatacgc 120 agaccttacc cctaccttgt agagataacc aaaaccctaa aacaatggat caaaactcct 180 gtttcatata gcctctaaaa ccccgcttag cccagtttct gcccctctga cctctggtcc 240 actgggacct tgcctaccca tatagccact tgccaatgga aaactggcta ctcagatgga 300 tgcaagacca atttgataat ggaaacctca tagcacgaaa ggcaaagttg ttggttatcc 360 taaaaataaa agcgattata ctcaaacgaa aaatgtcatg actgatatct tcataaaaat 420 cttggttcat ttacacattc atagtatact tacaacgaaa gtaataaaaa caaaggtaat 480 atactacctc aacagaaatg gggttgagtt tgagacagtc gaaactacaa tgaattttca 540 ccttcttgct ttcttttata gatttcttaa ctttttaaat gaagatgcac tagatacttg 600 tactaaatag tccaatagca agatgtatca ggagggactt tggtagcaga tctaatctag 660 ctgaggatgc tacattatcg aagttgcaag aggcgctaat acaataacaa cgacacacgt 720 atagcaaatc tggtttctcc gaaagagagg aggagccttg aaacaacgat aaagttgtct 780 ccatggttca agccgtggaa ttaaccgctg atgcttgtta gagtaggctg cctacattac 840 acccctcagt ttgcgaccct actcggacta tgcgtgaatg caggaagctt catgcaccga 900 actagctttt ttagttctcc ataaacccat acgtcaaaga gaaggcttgt tgagtatcaa 960 agttatcacc acaaatgcaa atggcaattg aatgcaatgc accatcacca gcaaaagaat 1020 agacaagcga caaccaaata cggcagcata aaacaccaag gcaataaact tcaatctaca 1080 gttgc 1085 <210> 22 <211> 756 <212> DNA <213> Capsicum annuum <220> <221> misc_feature <222> (756)..(756) <223> n is a, c, g, or t <400> 22 gatgatgtcc acaggatgca gcatggtccc tatgatgtat cctggattcc cgcaatatat 60 gccaacaatg ggaatgaaca tggggatggg gatgagtatg gaaatgggca tgaatcggcc 120 aatagttcct tatcagccgt taatgccaag tccagcaatg cagaatgcag ctgcagtagc 180 acaaatggct cctagatatc ctcttccggc atatcatttg ccaccatttc ttgcacctga 240 ttcatccaga atccctgttg cgaatcagcc agatcctccg aggctaaact cacttgttgg 300 acataatacc aatcagccaa aacttccgca ttttgctgat tcatatgatc aatattttgg 360 tctccagcag gcacgactga tgttacccca ggcaagtcct tgttcttctc acacactata 420 tttatttatg tccttcaccc attgatattg caccttaacc tcattactgt tcacacccac 480 ctaattgtga gatactgatg aaactcacta acctgactaa tccaaattaa cgcatattta 540 tattatcgtc atgataacta cgttcatgta gaaattatca tctagaatat catcttgcaa 600 cataaactaa actctaaact gtggtcagct gcctacaaca gcttgtttca tcacctcaat 660 ttattgcacg ttcttccaag aaatcttttg acaattcatt gtattgaaat acaggataag 720 ggagtggaac agctgaactg cagtaaaccg aacagn 756 <210> 23 <211> 481 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 23 ggtgtcaaag aggcacctct ttgtccattt gttgtatccc ccgacacaac atgagtagaa 60 gttacttcct gatctccgtt ctcaccttgt ggtgcagcat ttagatccac atttagcacg 120 gtatttcttc tcgagttgga ccttgtacgc ttattttgtt gtgcccttct atctcgggta 180 ctcatgttat gctcagttgt accctaatta aaacaggaaa agacggaaaa atttgaagtc 240 atgatagggt ttatattctt aataatctat tacctcaaaa agcaagaata aaaagaagta 300 gtagtaatgc aagtatctca aatttactaa atatacttcc gcatgagcta ttacagtgga 360 ccttaacata caccacggcg atcaatgaat agacttgcaa attgtatgtt ttcaagaatt 420 ttagcaagtt gtatttacat tgggctgcga tctggaaagc aaagcatgga catcggaagt 480 g 481 <210> 24 <211> 554 <212> DNA <213> Capsicum annuum <220> <221> misc_feature <222> (154)..(154) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (195)..(195) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (217)..(217) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (469)..(469) <223> n is a, c, g, or t <400> 24 ggtgttttat gctgccgtat ttggttgtcg cttgtctatt cttttgctgg tgatggtgca 60 ttgcattcaa ttgccatttg catttgtggt gataactttg atactcaaca agccttctct 120 ttgacgtatg ggtttatgga gaactaaaaa aagntagttc ggtgcatgaa gcttcctgca 180 ttcacgcata gtccnagtag ggtcgcaaac tgagggntgt aatgtaggca gcctactcta 240 acaagcatca gcggttaatt ccacggcttg aaccatggag acaactatat cgttgtttca 300 aggctcctcc tctctttcgg agaaaccaga tttgctatac gtgtgtcgtt gttattgtat 360 tagcgcctct tgcaacttcg ataatgtagc atcctcagct agattagatc tgctaccaaa 420 gtccctcctg atacatcttg ctattggact atttagtaca agtatctant gcatcttcat 480 ttaaaaagtt aagaaatcta taaaagaaag caagaaggtg aaaattcatt gtagtttcga 540 ctgtctcaaa ctca 554 <210> 25 <211> 1216 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 25 gacaaagacc acaagaaagc tctactcatc ttatcttttg ctcttcttgc aatccttttc 60 catcatcctt gtatattctg attcaccatt ttgatcttca atcaattcat aataacatcc 120 aggcactcct tagagaattc acggagaaaa tatcgatggt atagagtttc agattgagta 180 ccacataata gggagccatc atcatcacta agtccaatat gcttcattct tgccttggtc 240 atgagtcgtt tatgcatggt tatctaacat ataaagctat gcgttggtat attggattta 300 ttccacactc ccctccattc aggccagcaa gagccaatcc ctatttacag atatagccac 360 tcagaatagt atattgtcat tccctttaag ccatccattg tgaacatgcc ctgccacaaa 420 tttagccttt agtccacaaa ttttcttcca gtggcaacat gaataagtag gggcatttaa 480 actttaccaa gacaaaaata gaagtcaatc ctcaacccca gatagctatg gtatagatgt 540 ctacctcaag tagctatggt ttctttctat caacagtgac aaaattaaaa tatacatctc 600 gtaatagagt tactttttag taaggtatat attacaaaaa gtggaagaag tcacgtaaca 660 aactatgatc agttagtgtg ctcaatcgta tactgttgta ccgactagct ctgatacaag 720 gcttttttgt gtcactaatc tagatgcact agaaatacaa taggcagctc ctatcatcat 780 atccagcagc attaggcacc gaagtgccaa acccattgga gacgacaata actatcggca 840 tgaaacattc atggagaacc ctctttttct caatagttct ccccacgtct ctctctctct 900 ctctctttgg tgtgtatgta ataggtactc ttggaaaaag acaagttaac tctaagagaa 960 aggagtcatt caaaacttca aaccagaact tgcagcacac ggggctctcc tattatcctc 1020 agttaaagaa tgggtatcat caatctcaag tataaaatgc tcagcacata cgacatgtca 1080 agtatctttg ttttggtcga cctgaacact atattattaa actccctagg gaaagagcca 1140 atcttttgta caactcaaag cagcaagtaa aaaataagta atctacacct atcgactatc 1200 cttctagcta ttcctc 1216 <210> 26 <211> 893 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 26 gaactcctct tgtgattaaa tcttctagcc atgatctgtc tttacacgtt ggctccttca 60 tgagctctct agtatgcaag catttgtttc cattttaatt ctttggttca ctatctgtgg 120 gcatgggaca ttgtgattca atagggcctc attctttgcc atccaaatgt ggtatattag 180 cgctgcggct tctgctcata tgggttccct gctaacccat ccatttgttc gtctcactat 240 cctagttcag aacccctcga tggttttatt ttttatcctt atttttagca attggaggtt 300 ctcttctaag ctagcttttg aaaaaccgct ctcgaaagat aaagatcatt agtttcattc 360 tcccttccac atagtaggca gacttcgtct tggcatatcc ccattcagta taatcgatct 420 cttgttaata gtctcccctg tgcatagtta aacaacaaat gaggctgtgc tttggaacat 480 ttactctatt ccatacacct ctccaagtgg tccataggcc tccttctccc tttgtccaag 540 tgcagcaact tctgattgtg tatttgcctg aacttgtgag ccagccattg tgtacatagc 600 ctggagcaaa cactgttttc actctgcaaa tcattttcca gtaccagcag atattaatgg 660 agggtctata ttcccaccag ttgtcaccct ttaagtaaag tggttcaccc atgtaaccca 720 aaggttatca gcttttcttg ctttgttcca tacttatttc gctactgctg cttcattcca 780 agatacagtc tctcacccct aaacttccgt ctttctttgt tctacaaatc atatcccaat 840 atatatagga ggtagttagc ctgtgttaac atttccactc catataaagt tcc 893 <210> 27 <211> 1622 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 27 cgttgataaa cactagaaga gaatatgtga atggttcatg cacataaaat agattttaca 60 tatgaagttg tcctcattat ttgtatttgt gatgatgcag gacatgtctg aagaaaacta 120 tacaatcatg ttaatctcag tggttgttat aacaggagtt gtatcacctc ttgttaaggt 180 tctatatgac ccttcaagta agtacattgc ctacaagagg aggacaataa tgcatagcag 240 agaaaaagat gaatttcgta tacttgcttg tatacacagc caagaaaatg ttcgcgcagt 300 catcagttta cttcaagtct cgaatcctac aaaagaaagt tgtattaatc tagtagttct 360 tcatcttact aagctaacgg gccgtgcctc ctcagttctc atagcccatc aaaagcgtga 420 caggccatca acaaatccaa cacaatctga aagaatcttc aatattttcg aaaaacttga 480 gcaacaaaac agtgacctca ttatggtaca ttgctacaaa ggagtctcac catatgtaac 540 aatgcacaat gatgtttgtt cccttgcttt agaaaagaga acaactctta tcattgtccc 600 ttttcacaag cattggatgt gtgagaaaag aatcgaaaca tcctatgcat atcgacatct 660 aaacaagaat gtacttgaga aatctccttg ttcagtcggg atactgattg atcgaggcaa 720 caaaaaaaat ctcgttatgc aatcacagta ccatcattat atagagtcgt ggtactattt 780 tttggcggag cagatgatcg cgaagctttg tcatatgcag aaagaatgtc caaacatcct 840 agtgtgaaaa tgacattcat acgtttcacc agatcaggta atgcatttga aaatgttgtt 900 ggtggatcgg agagaagtaa ggttcttgat tcacaaatct tgaatgaatt caatctccaa 960 taccttcatt cagaacaagt ttcttatcaa gaagcagagg tgaaaagagg cgcggacgtg 1020 ttagaagtta ttaaatcttt gggacgtttt tatgatcttg ttatggttgg taaacgtcac 1080 gtagactcac caatattgtt gcaattgaca aagaggactg atgaggatgg tgaattaggg 1140 attgtaggag gcattcttgt cgcctcagat tttgaaagtg agacttcagt tttggtggtg 1200 cagcaacaaa ccagattatg gggacttcat gatcctgaag agtctacaca tttgagaagg 1260 ataaactaat tatagttgta tagacgtatg tcgctctgac tcaatcaaaa atgtcaatgg 1320 atgtgtgtta catcctgaag tagtctacac atttgagaag gataaactaa taattgtagt 1380 tgtatagaca tgttgctctg actcatcaaa aatatcaacg agtacgtgtt agatcttgaa 1440 gagtcttaac acatttgaga aggatcaact tatagttgta tagacctata tcgctcgaac 1500 acttcaaaaa atgttgatgg tgcgtgcaag accttccaaa agaagtgctt ttttcgagaa 1560 tctaacacag gtgctgcact atagtgtcac ctaaatcgta tacgatttag gtgacactat 1620 ag 1622 <210> 28 <211> 393 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 28 atcttgttca cttatgagga catctgtcac aggctacatg attaaagttg gtaattcttt 60 ggtctcatga aaagcaaaga agaaaactac atttttaagt agttcagctt aagctgaata 120 cagaagcctt gcttgtactg tgtcagagtt agtatggtta cttagaatac tgaaagaagt 180 aaatgctgaa gttcagttac cagttcaagt ttatagtgac aacaaggttg ttattcaaat 240 tgcagtcaat ccagtgttat catgaaagga acaaaccata ttgaaattga ttgtcatttc 300 acaagagaaa aattgcaaca aggcatgatc aaagttaact atcattctac tcaagaacaa 360 ccagttgatg tgttgacaaa aggcttatct aga 393 <210> 29 <211> 733 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 29 gcaagagtta tcacttaaag gaaagaactt gataggcaga aagccaagtt tcacaagcta 60 gattttctgc actaactctg attttgaaat cttgtactac ttttaagtat cgattacaag 120 cacgacatgt tcattagctt cctacttgtt tatcgtaatt atcaaaactt gatttagatg 180 gagtcttggg acagacttta ttgtgataaa aagttgcaga ctttttgtga gagatgtagt 240 tacaacgata gctactgatt gactcgtgaa aaataattga actggatgct ccaatgggac 300 gacctagcca atgatcgagt tggagtatag accttggaac caagattcta attccagtag 360 aggtgataca aagtgaaatt ttcccatcta cctgggcata gttagctgat atcttttctg 420 gtgggaggta acaagtacac ttaagttagt tgaggagtgc gtgaccttcc cgctagctca 480 ggagtgtgca agcttccacg aataccatga tatctttaaa aggaggagtt gatatggtta 540 caggctcttc caagtcttgc ttcttataca ttttgtacgt gcaaacaagt tgctgaaggg 600 tagatttgat tacaaaaaag ctatttacga caaagatatt gctgtcatgt acttgtacat 660 tgtatttctc tttgttttat tattctttgc tagccgaaca aatttgcttt actctgtgat 720 ttgcagtggt gat 733 <210> 30 <211> 730 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 30 gcaaagaact gcagaattta ctcccacact aactgaccat aattacactt caatgtatac 60 atatttgcaa ctttgtcatc atctctacat tctctttttc cgctacgcca gctggccttt 120 ttataggttt tccaccctaa gatcttggtt tggtaaatgt attttttatt gagcatcgtt 180 tcaaagatta gaatcttaga aaaggaaaag cagccataag ggacgtgaaa tttgggtaac 240 agcttaatta ggctaaacgc ttactacaac aacaacaaca acataccaag tgtaatccca 300 gtattgataa agaaacccag acgataacat aatatgtacc tggaaatgca aatcacagta 360 ttgatacacc atcataagat attgacgaac acattatagt atagtacaac tgtgacaaat 420 ttaaacctag taaaatttgt tgtgggaact caaacaattt ggattcaaga agaaaccaag 480 gaactagata atttgtagaa tttttaggac caaagaaaaa aaaggtgttt ttaaaaaaat 540 catttctttg atttctttga atcttctcct attttccttt tgcttcttct cgagatgctg 600 aagtgatctt ctctgttaaa gtcacaaaat gtgtttaata aaaggttggt gaaatacata 660 tagagctccg taaacttggc aacaattttc acttgaatac ctctacttga ggcttgtacc 720 tattagatac 730 <210> 31 <211> 430 <212> DNA <213> Capsicum annuum <220> <221> misc_feature <222> (39)..(39) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (45)..(45) <223> n is a, c, g, or t <400> 31 tttattaaca cattttgtga ctttaacaga gaagatcant tcagnatctc cagtagaagc 60 aaaaggaaaa taggagaaga ttcaaagaaa tcaaagaaat gattttttta aaaacacctt 120 ttttttcttt ggtcctaaaa agtctacaaa ttatctagtt ccttggtttc ttcttgaatc 180 caaattgttt gagttcccac aacaaatttt actaggttta aatttgtcac agttgtacta 240 tactataatg tgttcgtcaa tatcttatga tggtgtatca atactgtgat ttgcatttcc 300 aggtacatat tatgttatcg tctgggtttc tttatcaata ctgggattac acttggtatg 360 ttgttgttgt tgttgtagta agcgtttagc ctaattaagc tgttacccaa atttcacgtc 420 ccttatggct 430 <210> 32 <211> 1887 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 32 tatagtgcag caggaatact tttgaatcag agaaagtatg tgttggaact tatatctaag 60 ttaggtttga gtgggtcaaa acctgctccc acacctttgg aacttaatca caagctcacc 120 acaatggagt atgatgagat tacagataat actgctggag atgaactatt gagtgatgta 180 agttcatatc aaaagttgat tggaaagttg ttgtatgtta ccatcacaag gcctgatatc 240 agcttctcag tgcaaaccct gagtcagttc atgcagcaac ccaagaaatc acattgggaa 300 gctgcactca gaactgtaag atacctgaaa aatgcaccag gtcaaggaat ccttatgaaa 360 tctggtcata ctcaacaact tacatgttgg tgtgactctg actgggcagc atgtccaaac 420 accagaaagt cggttactgg ttttgcagtg aaatttggag agtccttgat ttcttggaat 480 caaagaagca acaaactgtc ttaaggagct cagagtatag aagccttgca gcagcagtag 540 cagagttgac atggttgcaa ggattatttc aggagctgga tgttcacatt gacaaaccta 600 ttgcagtctt cagtgatagt aaatctgcca gattgcagag aatcccatat ttcacgaaag 660 aacaaagcac atcgagatcg attgccattt tatcagagac gagattaaag aaggagtggt 720 taaggctgtc tatgtgaata cgaaggaaca agaagctgac ttgctgacta aggccttgac 780 tacttctcaa cacatgcatt tacttggcaa gcttggagtg ttcaacattt tggaccctcc 840 agcttgaggg ggagtattaa agtcaattag agtcagttag ataggtgctt agctgaagtt 900 agttgcggtt gttagtggta gttgaagttt gttagtagtg gaagttgtta gccagctgtc 960 atgtccagct gtcaatgatt aagttagtgg ggcaacaatg agggaagtta ctagaagctt 1020 atgagcttgt gtatatatat tctattccag attgaataat caattaattt cattaccaca 1080 aaatatcttc tttctcaatt cctatcataa actagcaatt ctgtcacttg atgttgcttc 1140 agttttgggt atgggattca ctggatactg gtgttttcga tttgaaatca tctattccat 1200 aatgatgact catagactga tagtacagtc tattggcccc tgttagagtt tatgacccgg 1260 attttgttga tccggccctg aaaagttcac ggtgcgatcc atgtttgtgc tttttgtggg 1320 gtctgtggtg gtgatgtttg tgagcttagg atttatttgt atgcacgtat tatataagtg 1380 catttagtgg gctatttcga gcagttttca catacacgta attgagacta tcgtctccac 1440 cttgtattcc tcttcttcat agtgaatttc ctctctctgc ccgtggtttt tcccatggag 1500 ggtttccacg taaatatgtg tgttcttctt gtttttattt tgcttgtggt attgcctatt 1560 ctgtccgatc ataacaactc caaatatatt tgttcaaaac tggaaggatg gtcgaaggag 1620 tatggagagt ttttcgagcc ttgtgcatac ttagtcgaac gaacttccaa gagatgttct 1680 ttggtgagaa attgttaatt ttcttgaaca cctgaaatga aacaactacg agaaaatgga 1740 ttggcaaaca ctattgtttg acgaattgca tcacgtgttg ctgacagaag acaaaaggat 1800 caatttgata ataaatatga ccggtatgtt gggtcctaac aacaacaatt ggattgatct 1860 tttgctaatt gaggagtttc acacgtc 1887 <210> 33 <211> 1024 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 33 gaactcaata gcccttcttt tattccagct ctaacgggac cttcacattt tctttcgtac 60 aattgcacca ccttctcttc aacagagaaa gaagccagtg ttctgatact tccaactgct 120 tcactagcaa cttgactcgc atcctcgtat agtttctaca agaaaatctt acttaaataa 180 gcactgttag agtgtgtgcc ctactaattt taatatttta ctctactggt ttcctatctg 240 tgcaacaagt cagtaaacgt ggttcacata attaaaagct gaacacagtg tttttaagtg 300 aaaaacaccc ggctcaagaa aggtgtaaag gctcaagaaa agtgtaaaaa accacgacct 360 atacctctac agtatttaaa cccctactta ctataactct tgagcctcaa caatcaacaa 420 tattacaaga ctttttgtaa aactaggaat taaaacttcc aactcctata ctacaaaaac 480 acaaatcttc ccaagtcttc gagttcctta acttgaagct cctaactcag tttatagatt 540 actgagacta gaacaatgac tcattacaac tcaaagaacc tatctactac aaacagtcta 600 agactttgct aactaaagga ccaggttctt cttcaagtaa gtgaactgtt ttgctgattg 660 ttgattatct tatcagtgca tgagtgaatg ctttgaaagt tgtttcttcc atttaagcca 720 acacctgatg tatatttcta tcctcactag gactcccagt tagtttcact cattctttac 780 tgccttctct ccctcttgtt gtttgaatag gactcttctt gattatctca taatttctgc 840 aagacttctt attcgaccga acttcttcaa gatttcttat tcaactcaac ttctgcaaga 900 cttcttgttc aaaccaaact tcttcaagat ttcttgttca actcagcttc tgcaagactt 960 cttgttgtga taagtgttat ccactcccat tttgcacgca gattcagttt ttcaataact 1020 tgcc 1024 <210> 34 <211> 782 <212> DNA <213> Capsicum annuum <400> 34 cacaatgctt agcagttccg ctgtttctct ctaattgtat ccgttcaaaa atacaagctt 60 gtgacagatg aatcttagac tctctgacta cttgtaattc tatctacaat ttagccatct 120 ttctctatca tttgcttttg aaatggagtg acatgaacaa tgaggattca ttcattcagt 180 cgatctccac ttgctttgca ttgaggagtt ttttctctat catttgcttg agagttcaag 240 tgtctgggat ggacaatgtg gtcgttaaca ttgcctcttc tcatccaggt ttgttctttt 300 gcttcttaac tgaggggtat ttcttggttc cggagaatct tttttttggt aactaacata 360 ttcattttat taccaaagta atattacaaa tcaactacca gcctgatgac acaacctggt 420 agactcaaag aagaacccta ctgatcagac taataataat gaggatagta gtttagatca 480 ttgatcacag ctgctaactt atgcctaaca gtagcaatac aaataacatc ctgaaatact 540 agcctaacca ctttctccgg tgtagtactg attgtcctga caatcctaca attcctatca 600 tgccatatat ggtaaacgca tgcagcagta ccatcctgaa tatgtgttga ggctgatcga 660 cctttgacat tgttctcaat ccactcaagt tcactggacc aagccaaagc aatcctttga 720 atctttatcc agccgagcaa agcattccca cagtttagca gcatagctac acctaaagaa 780 ct 782 <210> 35 <211> 1641 <212> DNA <213> Capsicum baccatum <400> 35 gaaatttgtt cttcttcttt cccttccttt tttgttttgg attttcctca ttgcaagtag 60 aaatgtctct aacggctatg gttttaatag ttcatccgag aagagagtta ctgctgttgc 120 catcagtaat gacggtcgtt ttgtagcttt cgcggataaa tttggtgtaa tttatgcagt 180 tgaaatagaa ggttatcatg aaaatcaaac tctgcccgat aagaaggcag tcccgattct 240 tgcccactat tgcagcatca ttactagtct ggtatgtttc tttcctttcc tcttcatgtg 300 aatttgcttt agttttcgat gagtcaattt ttgtatccta tatatatgag ggttagcagt 360 ttactcagat attgttacga tactcatgat ctatgttgct cgaactcttt aaaaatgcta 420 ttaggtgcat gtcggattct tcaaaagtag ggcatttttg gaggatccga cacgagtatg 480 gcaacatttt tggtgagtcg gagcaactta gctcatgatt ggtccttgta agcagttttc 540 tacggaaatt gtgttttcat atacactgtt ctggcaatgg cattcatcgc tcgactcttc 600 tacacaaata ttatggataa tgatctactg tctcgatgca catctcttgc acaatttgtt 660 gcaagcgttg tccatcctgc cagtcaagta taaagcgtta tctttctggt gactagacca 720 tgatactctt atcgtctatg attacttcat ataagattaa gtttagcgta ttcctagctc 780 gccatatcac ataacacttt ctctaccaaa ttagtttgat tccataatca aggcctcttg 840 tttcaaaagc tagttagttt ttgctcaaat aggattttcc atcttgcagg agttttcacc 900 tgacggacga tacgttatta gtgccgatcg agacttcaaa atccgagtaa tgtcatgctt 960 cttattaacc atgaatctta gtaagatttc ttgatgacct ccagctaaca tcaagatttc 1020 ttatgggtca taattacagg tctctgtgtt cccagaaaag ccatcagatg gagctcacga 1080 gattcaaagc ttttgccttg gccatacaga gtaagaattt cttgaaactt gggtggtccg 1140 aactccgaat accctcagtt ttgataatca agctgatcca gaatagtcgt tttctgttga 1200 aatgttggtt atactgctaa aattgttaaa atctagtgac agtttcttgt cattatcggt 1260 aaaagccaat cttgacattt gaccaggata agtcgaccag gacgatttag gttgtcattt 1320 tttgtgtcgt ccgacttgta catctgatta aattatctat accatgcaga aacagtgtcg 1380 ctggagcatt tttatgtgta ttttccgaat ttattctcct tttacacgtt ttataggtta 1440 gggaatctgg gtggtgcgga agtagacaat aacgaaagca aataaacagt gactaacgca 1500 aataaagaag acacaaattt tacgtggttc tattagttag acataatcct tgcgtgggag 1560 tggggggtgg ggatgtgcta ctgttagctg tgtttctacg tcggtaccct tgttgactta 1620 tctttttttg gatataaaaa a 1641 <210> 36 <211> 782 <212> DNA <213> Capsicum baccatum <400> 36 cacaatgctt agcagttccg ctgtttctct ctaattgtat ccgttcaaaa atacaagctt 60 gtgacagatg aatcttagac tctctgacta cttgtaattc tatctacaat ttagccatct 120 ttctctatca tttgcttttg aaatggagtg acatgaacaa tgaggattca ttcattcagt 180 cgatctccac ttgctttgca ttgaggagtt ttttctctat catttgcttg agagttcaag 240 tgtctgggat ggacaatgtg gtcgttaaca ttgcctcttc tcatccaggt ttgttctttt 300 gcttcttaac tgaggggtat ttcttggttc cggagaatct tttttttggt aactaacata 360 ttcattttat taccaaagta atattacaaa tcaactacca gcctgatgac acaacctggt 420 agactcaaag aagaacccta ctgatcagac taataataat gaggatagta gtttagatca 480 ttgatcacag ctgctaactt atgcctaaca gtagcaatac aaataacatc ctgaaatact 540 agcctaacca ctttctccgg tgtagtactg attgtcctga caatcctaca attcctatca 600 tgccatatat ggtaaacgca tgcagcagta ccatcctgaa tatgtgttga ggctgatcga 660 cctttgacat tgttctcaat ccactcaagt tcactggacc aagccaaagc aatcctttga 720 atctttatcc agccgagcaa agcattccca cagtttagca gcatagctac acctaaagaa 780 ct 782

Claims (20)

  1. 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물로서, 상기 식물은 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 상기 염색체 분절을 포함하는 식물.
  2. 제 1 항에 있어서, 상기 염색체 분절이 하기와 같이 추가로 정의되는 식물:
    (a) 상기 식물에서 마커 M29 (서열 번호 29) 및 마커 M14 (서열 번호 14), 마커 M15 (서열 번호 15), 마커 M16 (서열 번호 16), 및 마커 M17 (서열 번호 17)로 이루어진 그룹으로부터 선택된 마커에 의해 플랭킹되거나; 또는
    (b) 공개 고추 게놈 서열 고추 CM334 v.1.55의 염색체 6 상의 26,405 bp와 213,924,156 bp 사이에 위치한다.
  3. 제 2 항에 있어서, 상기 염색체 분절이 염색체 6 상의 마커 M18 (서열 번호 18), 마커 M19 (서열 번호 19), 마커 M20 (서열 번호 20), 마커 M21 (서열 번호 21), 마커 M22 (서열 번호 22), 마커 M23 (서열 번호 23), 마커 M24 (서열 번호 24), 마커 M25 (서열 번호 25), 마커 M26 (서열 번호 26), 마커 M27 (서열 번호 27), 및 마커 M28 (서열 번호 28)로 이루어진 그룹으로부터 선택된 마커 유전자좌를 포함하는 식물.
  4. 제 1 항에 있어서, 상기 염색체 분절이 하기를 포함하는 식물:
    (a) 상기 품종의 종자의 대표 샘플이 NCIMB 수탁 번호 43055로 기탁된, 품종 간티의 단상형; 또는
    (b) 상기 품종의 종자의 대표 샘플이 NCIMB 수탁 번호 43054로 기탁된, 품종 플레임 파운틴의 단상형.
  5. 제 1 항의 식물을 생산하는 종자.
  6. 제 1 항의 식물의 식물 부분.
  7. 제 6 항에 있어서, 상기 식물 부분이 세포, 종자, 뿌리, 줄기, 잎, 꽃, 과실, 또는 화분인 식물 부분.
  8. 제 1 항에 있어서, 상기 식물이 달콤한 고추 품종인 식물.
  9. 제 1 항에 있어서, 상기 식물이 괴상형 과실 모양을 가지는 식물.
  10. 제 1 항에 있어서, 상기 식물은 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 균일한 자성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 캡시쿰 바카툼으로부터의 염색체 분절을 추가로 포함하고, 캡시쿰 바카툼으로부터 상기 염색체 분절이 상기 식물에서 마커 A12 (서열 번호 35) 및 마커 A35 (서열 번호 36)에 의해 플랭킹되는 식물.
  11. 캡시쿰 바카툼 세포질을 포함하는 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 캡시쿰 아눔 식물을 생산하는 방법으로서, 상기 식물로 상기 염색체 분절이 결여된 식물에 비해 캡시쿰 바카툼 세포질을 웅성 불임 캡시쿰 아눔 식물에서 웅성 임성을 부여하는 염색체 6 상의 염색체 분절을 유전자 이입하는 단계를 포함하는 방법.
  12. 제 11 항에 있어서, 상기 유전자 이입은 하기 단계를 포함하는 방법:
    a) 하나 이상의 자손 식물을 생산하기 위해 상기 염색체 분절을 포함하는 식물을 그 자체 또는 상이한 유전자형의 제2의 캡시쿰 아눔 식물과 교배하는 단계; 및
    b) 상기 염색체 분절을 포함하는 자손 식물을 선택하는 단계.
  13. 제 12 항에 있어서, 상기 자손 식물을 선택하는 단계는 마커 M29 (서열 번호 29) 및 마커 M14 (서열 번호 14), 마커 M15 (서열 번호 15), 마커 M16 (서열 번호 16), 및 마커 M17 (서열 번호 17)로 이루어진 그룹으로부터 선택된 마커에 의해 플랭킹된 염색체 6 상의 적어도 하나의 대립유전자를 검출하는 것을 포함하는 방법.
  14. 제 12 항에 있어서, 상기 자손 식물은 F2-F6 자손 식물인 방법.
  15. 제 12 항에 있어서, 상기 교배는 역교배를 포함하는 방법.
  16. 제 15 항에 있어서, 상기 역교배는 2-7 세대의 역교배를 포함하는 방법.
  17. 제 11 항의 방법에 의해 생산된 캡시쿰 아눔 식물.
  18. 제 1 항 또는 제 17 항에 따른 식물, 또는 이의 부분을 수득하는 것을 포함하는 식품 또는 사료를 생산하고 상기 식물 또는 이의 부분으로부터 식품 또는 사료를 생산하는 방법.
  19. 식물로 바카툼 세포질 웅성 불임에 대한 웅성 임성 복원 유전자좌 대립유전자를 유전자 이입하는 단계를 포함하는 방법에 의해 수득 가능한 캡시쿰 아눔 식물로서, 상기 웅성 임성 복원 유전자좌 대립유전자는 마커 M29 (서열 번호 29) 및 마커 M14 (서열 번호 14), 마커 M15 (서열 번호 15), 마커 M16 (서열 번호 16), 및 마커 M17 (서열 번호 17)로 이루어진 그룹으로부터 선택된 마커에 의해 플랭킹된 염색체 6 상의 염색체 분절에 위치하는 것으로 정의된 식물.
  20. 제 19 항에 있어서, 상기 유전자 이입은 역교배 또는 마커-보조 선택을 포함하는 캡시쿰 아눔 식물.
KR1020207034740A 2018-06-27 2019-06-26 고추의 바카툼 세포질 웅성 불임 시스템에 대한 복원 유전자좌 KR20210023827A (ko)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862690728P 2018-06-27 2018-06-27
US62/690,728 2018-06-27
PCT/US2019/039185 WO2020006044A1 (en) 2018-06-27 2019-06-26 Restorer locus for the baccatum cytoplasmic male sterility system in pepper

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20210023827A true KR20210023827A (ko) 2021-03-04

Family

ID=68986006

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020207034740A KR20210023827A (ko) 2018-06-27 2019-06-26 고추의 바카툼 세포질 웅성 불임 시스템에 대한 복원 유전자좌

Country Status (6)

Country Link
US (1) US11492642B2 (ko)
EP (1) EP3793346A4 (ko)
KR (1) KR20210023827A (ko)
IL (1) IL279185A (ko)
MX (1) MX2020013799A (ko)
WO (1) WO2020006044A1 (ko)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3781694A4 (en) 2018-06-27 2022-01-26 Seminis Vegetable Seeds, Inc. CYTOPLASMIC MALE STERILITY OF BACCATUM WITH FERTILE FEMALE FLOWERS IN A CAPSICUM ANNUUM ANNUUM
CN111406644B (zh) * 2020-04-20 2023-05-30 山西农业大学 一种簇生朝天椒核质互作型雄性不育系育种方法及三系配套体系的应用
CN113981126B (zh) * 2021-11-10 2022-09-02 北京市农林科学院 与控制辣椒果实Vc含量基因连锁的SNP分子标记KQ8-4472及应用和专用引物

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1984004758A1 (en) 1983-05-26 1984-12-06 Plant Resources Inst Process for genetic mapping and cross-breeding thereon for plants
HU214927B (hu) 1989-08-10 1998-07-28 Plant Genetic Systems N.V. Eljárás módosított virággal rendelkező növények előállítására
CA2192920A1 (en) 1995-12-15 1997-06-16 Richard A. Vierling Methods for conferring broad-based soybean cyst nematode resistance to asoybean line
US5866764A (en) 1996-03-25 1999-02-02 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Lycopersicon pimpinellifolium as a source of resistance to the plant pathogen phytophthora infestans
US6639132B1 (en) 1998-04-02 2003-10-28 The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture Altered fatty-acid, protein, oil, and starch corn lines and method for producing same
US6414226B1 (en) 2000-03-03 2002-07-02 Seminis Vegetable Seeds, Inc. Inbred tomato line FDR 16-2045
EP2782440A4 (en) * 2011-11-22 2015-06-24 Seminis Vegetable Seeds Inc NON-CROPPED PEPPER PLANTS
KR102509906B1 (ko) 2016-12-19 2023-03-15 세미니스 베저터블 시즈 인코포레이티드 향상된 질환 내성을 갖는 고추류 식물
EP3781694A4 (en) * 2018-06-27 2022-01-26 Seminis Vegetable Seeds, Inc. CYTOPLASMIC MALE STERILITY OF BACCATUM WITH FERTILE FEMALE FLOWERS IN A CAPSICUM ANNUUM ANNUUM

Also Published As

Publication number Publication date
MX2020013799A (es) 2021-03-09
EP3793346A4 (en) 2022-05-11
IL279185A (en) 2021-01-31
US11492642B2 (en) 2022-11-08
WO2020006044A1 (en) 2020-01-02
EP3793346A1 (en) 2021-03-24
US20200040357A1 (en) 2020-02-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2745987C2 (ru) Способы и композиции для получения укороченных растений кукурузы
US20200080097A1 (en) Simultaneous gene editing and haploid induction
JP6389295B2 (ja) ポティウイルスに耐性のカボチャ属(Cucurbita)植物
CN110213961A (zh) 基于基因组编辑的作物工程化和生产矮秆植物
CN112725374A (zh) 创制植物单倍体诱导系的方法及其应用
KR20210023827A (ko) 고추의 바카툼 세포질 웅성 불임 시스템에 대한 복원 유전자좌
US20230060937A1 (en) Simultaneous gene editing and haploid induction
US20220154202A1 (en) Gene Regulating Seed Weight in Improving Seed Yield in Soybean
KR20200002955A (ko) 해충 내성이 개선된 페퍼 식물
US20220295719A1 (en) Prolific flowering watermelon
JP7407112B2 (ja) べと病抵抗性の花蕾または頭部を有するBrassica oleracea植物
KR20110138219A (ko) 푸사리움 저항성 오이 식물
CN113455378A (zh) 玉米单倍体诱导系的选育方法及其应用
CN109837295A (zh) 一种用基因编辑创制的水稻单倍体诱导系及其创制方法和应用
ES2711627T3 (es) Marcadores genéticos para resistencia a orobanca en girasol
US11840693B2 (en) Restorer plants
BR112020023602A2 (pt) alelo marcador artificial
US20230183737A1 (en) Tomato plants having suppressed meiotic recombination
KR20210029138A (ko) 캡시쿰 아눔에서 자성 임성 꽃을 갖는 바카툼 세포질 웅성 불임
CN110642930B (zh) 一种调控玉米分蘖数的基因及其编码蛋白与应用
KR20230085165A (ko) 단위결과성 수박 식물
ES2902959T3 (es) Planta restauradora
CN110878314A (zh) 一种调控番茄茸毛的hl-2基因及其应用
WO2023216907A1 (zh) 一种缩短葫芦科植物主茎长度的方法及相关产品
WO2023016097A1 (zh) 水稻细胞质雄性不育恢复基因osrf19及其应用