RU2745987C2 - Способы и композиции для получения укороченных растений кукурузы - Google Patents

Abstract

Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к способу селекции укороченных растения кукурузы, включающему проведение маркерного анализа для обнаружения в популяции растений кукурузы растения кукурузы, содержащего аллель укороченности в одном или более полиморфных локусах. Также раскрыт способ создания популяции растений кукурузы, содержащих по меньшей мере один аллель укороченности. Изобретение также относится к способу селекции растения кукурузы и способу селекции семени кукурузы, где растение и семя кукурузы содержат аллель укороченности. Изобретение позволяет эффективно получать укороченное растение кукурузы. 5 н. и 31 з.п. ф-лы, 11 табл., 8 пр.

Description

ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ

[001] Данная заявка испрашивает приоритет Предварительных патентных заявок США № 62/153831 и 62/180430, поданных 28 апреля 2015 года и 16 июня 2015 года, соответственно, которые включены в данный документ посредством ссылки в полном объеме.

ПЕРЕЧЕНЬ ВКЛЮЧЕННЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

[002] Перечень последовательностей, содержащийся в файле с названием «P34302WO00.txt», размер которого составляет 27912 байт (измерено в MS-Windows®), созданном 19 апреля 2015 года, который содержит 120 нуклеотидных последовательностей, подан в электронном виде и включен посредством ссылки в полном объеме.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

[003] В последние несколько десятилетий было достигнуто устойчивое повышение урожайности, например, пшеницы и риса. Такое повышение частично объясняется применением удобрений и пестицидов, а также внедрением полудоминирующих мутаций укороченности, которые уменьшают высоту растения. Для более высоких растений чаще встречается полегание в ответ на сильные ливни или ветры, а более тяжелые соцветия высокоурожайных элитных сортов также делают их более восприимчивыми к полеганию. Напротив, культуры меньшей высоты более устойчивы к полеганию. Более того, признаки карликовости и полукарликовости могут дополнительно обеспечить более высокую плотность насаждений и способствовать улучшению индекса сбора урожая и отзывчивости на азот. Внедрение карликовых сортов пшеницы и риса послужило краеугольным камнем так называемой «зеленой революции» конца 20-го века.

[004] Маис (Zea mays L.), являющийся членом рода Gramineae, имеет цилиндрические стебли, похожие на стебли других трав. Стебли маиса толстые, губчатые внутри и разделены на части, называемые междоузлиями и узлами. Количество узлов колеблется от 8 до 40 в зависимости от подвида и условий выращивания. Коммерческий гибридный маис обычно вырастает до высоты более 2 метров, причем каждое растение имеет либо один, либо два початка. Початок обычно растет примерно на одной трети высоты растения или примерно в трех футах от земли. Следовательно, растение маиса, которое дает большой початок в дополнение к значительной структуре листьев и стебля, может столкнуться со значительной проблемой механической устойчивости. Уменьшение высоты растения маиса может улучшить механическую устойчивость растения.

[005] Более чем 40 моногенных карликовых мутантов были описаны для маиса. Большинство из этих мутантов демонстрируют значительное уменьшение урожайности зерен и, следовательно, они не применяются для повышения урожайности культур в зародышевой плазме, которая чувствительна к полеганию. Поэтому важной целью в разведении кукурузы является выявление и использование мутаций карликовости или полукарликовости, которые дают невысокие растения, на затрагивая серьезно другие органы, особенно репродуктивные органы (например, на початки).

[006] В случае маиса укороченные мутанты демонстрируют небольшую высоту вследствие уменьшения длины междоузлий, без соответствующего уменьшения количества междоузлий, а также количества и размера других органов, включая листья, початок и кисточку. См. Kempton J. Hered. 11:111-115(1920); Pilu et al., Molecular Breeding, 20:83-91(2007). В настоящее время для маиса выделены три укороченных мутанта: укороченный 1 (br1), укороченный 2 (br2) и укороченный 3 (br3). Обе мутации br1 и br3 приводят к такому уменьшению высоты растений кукурузы, которое считается слишком серьезным для коммерческой эксплуатации из-за потенциального влияния на урожайность. Напротив, мутант br2 обладает особым агрономическим потенциалом благодаря укорачиванию междоузлий нижней части стебля без явного уменьшения других органов растения. Кроме того, линии br2 демонстрируют необычную силу стебля и устойчивость к ветровому полеганию, в то время как листья часто темнее и сохраняются дольше в активном зеленом состоянии, чем листья растений дикого типа. Фенотип br2 нечувствителен к обработке гибеллинами, ауксинами, брассиностероидами и цитокининами, что указывает на отсутствие влияния мутации br2 на биосинтез этих гормонов.

[007] Multani et al. идентифицировали геномную последовательность гена Br2 и депонировали его в GenBank, учетный номер AY366085. См. Science, 302(5642)81-84 (2003). Br2 был аннотирован для кодирования предполагаемого белка, подобного аденозинтрифосфат (АТФ)-связывающим кассетным переносчикам класса P-гликопротеинов (ПГП) с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ). Pilu et al. сообщали об аллели br2-23, содержащем делецию 8 п.о. на 3'-конце гена Br2, и заявляли о прямой зависимости между этой делецией и фенотипом укороченности у растений br2-23. См. Pilu et al., Molecular Breeding, 20:83-91(2007). Тем не менее мутации укороченности кукурузы не использовались в коммерческих целях, частично из-за серьезности изменений, связанных с доступными мутантными аллелями укороченности.

[008] В разведении кукурузы существует потребность в идентификации зародышевой плазмы кукурузы, которая будет обеспечивать новые, коммерчески значимые мутантные аллели укороченности, например, такие, которые дают фенотип умеренной укороченности и сохраненный или улучшенный выход зерен. Также необходимо разработать полиморфные маркеры для мониторинга и интрогрессии новых мутантных аллелей укороченности, а также развивать агрономически элитные кукурузные линии, содержащие признак укороченности, для повышения продуктивности растений.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ СУЩНОСТИ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[009] Настоящее изобретение относится к способам селекции растения или семени кукурузы, которые включают (a) обнаружение в популяции растений кукурузы или семян кукурузы растения или семени, содержащего аллель укороченности в полиморфном локусе, причем полиморфный локус связан или соединен с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и (b) селекцию растения кукурузы или семени, содержащего аллель укороченности. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности в полиморфном локусе в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности в полиморфном локусе в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В других аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 9-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7 и 95. В некоторых аспектах обнаруженный аллель укороченности выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. В некоторых аспектах указанные способы включают скрещивание первого растения кукурузы, содержащего аллель укороченности, со вторым растением кукурузы для получения популяции растений или семян кукурузы. В других аспектах указанные способы дополнительно включают обратное скрещивание со вторым растением кукурузы. В некоторых аспектах в указанных способах отбирают растение кукурузы или семя из сегрегирующей популяции или популяции гаплоидного разведения. В некоторых аспектах в указанных способах выбирают растение кукурузы или семя из одного или более местных сортов или двойных гаплоидных популяций. В некоторых аспектах стадия (b) указанных способов включает применение маркерного анализа, представленного в настоящем документе. В других аспектах указанные способы дополнительно включают генотипирование популяции растений кукурузы или семян по одной или нескольким полиморфным последовательностям, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В дальнейших аспектах указанные способы дополнительно включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В некоторых аспектах обнаруженный аллель укороченности выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

[0010] В одном аспекте настоящего документа предлагаются способы создания популяции растений кукурузы, содержащих по меньшей мере один аллель, связанный с признаком укороченности, причем указанные способы включают стадии (a) генотипирования первой популяции растений кукурузы, причем популяция содержит по меньшей мере один аллель, связанный с признаком укороченности, и, при этом, по меньшей мере один аллель укороченности связан с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; (b) селекции из первой популяции одного или более растений кукурузы, содержащих по меньшей мере один аллель укороченности; и (c) получения из отобранных растений кукурузы второй популяции, с созданием таким образом популяции растений кукурузы, содержащих по меньшей мере один аллель укороченности. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса по меньшей мере для одного аллеля укороченности в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID No: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса по меньшей мере для одного аллеля укороченности в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В других аспектах указанные способы включают генотипирование маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса по меньшей мере для одного аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса по меньшей мере для одного аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7 и 95. В некоторых аспектах аллель укороченности выбирают из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. В других аспектах указанные способы дополнительно включают генотипирование первой популяции растений кукурузы в одной или более полиморфных последовательностях, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В некоторых аспектах стадия (a) этих способов дополнительно включает генотипирование первой популяции растений кукурузы в одной или более полиморфных последовательностях, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В дальнейших аспектах стадия (a) этих способов дополнительно включает генотипирование первой популяции растений кукурузы для аллеля укороченности, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

[0011] В одном аспекте настоящего документа предлагаются способы селекции растения или семени кукурузы, причем указанные способы включают: (a) генотипирование популяции растений кукурузы или семян в полиморфном локусе, связанном с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и (b) селекцию растения или семени кукурузы, содержащего аллель укороченности в указанном полиморфном локусе. В некоторых аспектах эти методы включают генотипирование в полиморфном локусе в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В других аспектах указанные способы включают генотипирование маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7 и 95. В некоторых аспектах растение или семя, отобранные указанными способами, содержат аллель укороченности, выбранный из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. В других аспектах указанные способы дополнительно включают генотипирование популяции растений кукурузы или семян в одной или более полиморфных последовательностях, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В некоторых аспектах стадия (a) этих способов дополнительно включает генотипирование первой популяции растений кукурузы в одной или более полиморфных последовательностях, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В дальнейших аспектах стадия (a) этих способов дополнительно включает генотипирование первой популяции растений кукурузы на предмет аллеля укороченности, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

[0012] В одном аспекте настоящего документа предлагаются способы селекции растения или семени кукурузы, причем способ включает: (a) выделение нуклеиновой кислоты из растения или семени кукурузы; (b) анализ нуклеиновой кислоты для обнаружения полиморфного маркера, связанного с гаплотипом укороченности, причем гаплотип укороченности содержит один или более, два или более, три или более, четыре или более, пять или более, шесть или более, семь или более или восемь или более аллелей укороченности маркеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и (c) селекцию растения или семени кукурузы, имеющего гаплотип укороченности. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение полиморфного маркера в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от гаплотипа укороченности. В других аспектах указанные способы включают обнаружение гаплотипа укороченности, содержащего один или более, два или более, три или более, четыре или более, пять или более, шесть или более, семь или более или восемь или более аллелей укороченности маркеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование обоих локусов SEQ ID NO: 7 и 95. В некоторых аспектах гаплотип укороченности содержит одну или более, две или более, три или более, четыре или более, пять или более, шесть или более, семь или более или восемь или более последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. В других аспектах указанные способы дополнительно включают анализ нуклеиновой кислоты для обнаружения одной или более полиморфных последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В некоторых аспектах стадия (b) этих способов дополнительно включает анализ нуклеиновой кислоты для обнаружения одной или более полиморфных последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В дальнейших аспектах указанные способы дополнительно включают анализ нуклеиновой кислоты для обнаружения одного или более аллелей укороченности, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

[0013] В одном аспекте настоящего документа предлагаются способы интрогрессии признака укороченности в сорт кукурузы, причем способ включает: (a) скрещивание первого сорта кукурузы, обладающего признаком укороченности, со вторым сортом кукурузы, не обладающим признаком укороченности, для получения одного или более растений кукурузы-потомков; (b) анализ одного или более растений кукурузы-потомков для обнаружения аллеля укороченности, причем аллель укороченности связан с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и (c) селекцию растения кукурузы-потомка, содержащего укороченный аллель. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11 -22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7 и 95. В других аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22, 71-75 и 86-109. В некоторых аспектах аллель укороченности выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48 и 76-80.

[0014] Растения или семена кукурузы, выбранные или полученные с применением способов, описанных в настоящем документе, могут содержать одну генную конверсию геномного участка Br2. В некоторых аспектах растения или семена кукурузы содержат пониженный уровень мРНК или белка Br2 по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В других аспектах растениям или семенам кукурузы присуща пониженная активность белка Br2 по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В некоторых аспектах высота выбранного растения в зрелости меньше на около 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В других аспектах урожайность выбранного растения равна или превышает урожайность контрольного растения, не содержащего аллеля укороченности. В некоторых аспектах растения или семена кукурузы, выбранные с применением указанных методов, требуют для начала цветения на около 5%, 10%, 15%, 20% или 25% единиц тепла меньше, чем контрольные растения. В других аспектах растения или семена кукурузы, выбранные с применением этих способов, достигают относительной зрелости на около 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40% или 45% дней раньше, чем относительной зрелости достигают контрольные растения.

[0015] В другом аспекте настоящего документа предлагаются гибридные укороченные, карликовые или полукарликовые растения кукурузы или части указанных растений, содержащие аллель укороченности, характеризуемый одной или несколькими последовательностями, выбранными из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. В некоторых аспектах, растения кукурузы, предлагаемые в настоящем документе, представляют собой элитные линии. Такие элитные линии могут быть трансгенными или нетрансгенными, инбредными или гибридными.

[0016] В одном аспекте настоящего документа предлагается емкость с элитными семенами кукурузы, содержащими аллель укороченности, характеризующийся одной или более последовательностями, выбранными из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. Указанные семена могут быть трансгенными или нетрансгенными. Кроме того, они могут быть инбредными или гибридными семенами.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

[0017] В SEQ ID NO: 1-22 приведены полиморфные маркерные последовательности, согласующиеся с признаком укороченности. В SEQ ID NO: 23-26 представлены примеры последовательностей праймеров и зондов для маркера генотипирования SEQ ID NO: 7. В SEQ ID NO: 27-48 представлены соответствующие примеры укороченных аллелей, как приведено в Табл. 2. В SEQ ID NO: 49-70 представлены соответствующие примеры неукороченных аллелей, как приведено в Табл. 2. В SEQ ID NO: 71-75 представлены дополнительные полиморфные маркерные последовательности. В SEQ ID NO: 76-80 приведен соответствующий пример укороченных аллелей, как приведено в Табл. 7. В SEQ ID NO: 81-85 представлен соответствующий пример неукороченных аллелей, как приведено в Табл. 7. В SEQ ID NO: 86-109 представлены дополнительные Br2-связанные полиморфные последовательности. В SEQ ID NO: 112-116 представлены примеры праймеров и зондовых последовательностей для маркера генотипирования SEQ ID NO: 95. Специалисту в данной области техники будет понятно, что описанные в настоящем документе полиморфные маркеры включают различные аллели, которые включают, но не ограничиваясь этим, перечисленный пример аллелей.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ СУЩНОСТИ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0018] Если не указано иное, термины необходимо понимать в соответствии с их обычным использованием специалистами в данной области техники. Примеры ресурсов, в которых описаны многие термины, относящиеся к молекулярной биологии и используемые в настоящем документе, можно найти в Alberts et al., Molecular Biology of The Cell, 5^th Edition, Garland Science Publishing, Inc.: New York, 2007; Rieger et al., Glossary of Genetics: Classical and Molecular, 5th edition, Springer-Verlag: New York, 1991; King et al, A Dictionary of Genetics, 6th ed., Oxford University Press: New York, 2002; и Lewin, Genes IX, Oxford University Press: New York, 2007. Используется номенклатура для баз ДНК, изложенная в 37 CFR 1.822.

[0019] Используемые в настоящем документе термины в формах единственного числа, например, включают ссылки на множественное число, если содержание явно не диктует иного. Так, например, ссылка на «растение» в единственном числе дополнительно включает множество растений; кроме того, в зависимости от контекста, использование термина «растение» может дополнительно включать генетически сходное или идентичное потомство этого растения; использование термина «нуклеиновая кислота» необязательно включает, в качестве практического применения, несколько копий этой молекулы нуклеиновой кислоты; аналогично, термин «зонд» необязательно (и обычно) включает несколько аналогичных или идентичных молекул зонда.

[0020] В настоящем документе термин «растение» относится к цельному растению, любой его части или культуре клеток или тканей, полученных из растения, которые содержат любое из: цельных растений, компонентов или органов растений (например, листьев, стеблей, корней и т.д.), растительных тканей, семян, растительных клеток и/или их потомства. Растение-потомок может принадлежать к любому поколению потомства, например, F₁, F₂, F₃, F₄, F₅, F₆, F₇ и т.д. Растительная клетка является биологической клеткой растения, взятой с растения или полученной путем культивирования из клетки, взятой с растения.

[0021] В настоящем документе термин «растение кукурузы» или «растение маиса» относится к растению вида Zea mays L и включает все разновидности растений, которые можно разводить из кукурузы, включая виды дикого маиса.

[0022] В настоящем документе термин «карликовое растение» относится к необычно маленькому растению. Обычно длина или высота такого «карликового растения» уменьшена по сравнению с высотой контрольного растения дикого типа (например, все остальные признаки, за исключением признака укороченности) на около 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60% и более. Высота или длина «полукарликового» растения уменьшена по сравнению с высотой контрольного растения дикого типа на около 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30% или менее. Обычно, но не исключительно, такое укороченное растение характеризуется уменьшенной длиной ствола, стебля или побега по сравнению с контрольным растением дикого типа.

[0023] В настоящем документе термин «укороченное растение» относится к растению с небольшого высотой вследствие уменьшения длины междоузлия без соответствующего уменьшения количества междоузлий или количества и размера других органов, в том числе, но не ограничиваясь этим, листьев, початка и кисточки. «Укороченность» относится к аномальной вариации растений, характеризующихся укорочением междоузлий, без соответствующего уменьшения размеров других частей растения.

[0024] В настоящем документе термин «зародышевая плазма» относится к живым источникам генетического материала. Зародышевая плазма может быть частью организма или клетки или может быть отделена от организма или клетки. В общем, зародышевая плазма обеспечивает генетический материал определенного молекулярного состава, который является физической основой для некоторых или всех наследственных качеств организма или клеточной культуры. В настоящем документе термин «зародышевая плазма» включает клетки, семена или ткани, из которых можно выращивать новые растения или части растений, такие как листья, стебли, пыльца или клетки, из которых можно культивировать цельные растения.

[0025] В настоящем документе термин «ассоциированный с» или «связанный с» относится к распознаваемой и/или анализируемой взаимосвязи между двумя объектами. Например, фраза «связанный с признаком укороченности» относится к признаку, локусу, гену, аллели, маркеру, фенотипу и т.д. или его экспрессии, наличие или отсутствие которых может влиять на протяженность, степень и/или скорость, с которой растение или его часть, которые обладают признаком укороченности. Таким образом, маркер «ассоциируется с» является признаком, если он связан с ним, и если присутствие маркера является показателем того, будет ли и/или в какой степени желаемый признак или форма признака иметь место в растении/зародышевой плазме, содержащей маркер. Аналогичным образом маркер «ассоциируется» с аллелем, если он связан с ним, и если присутствие маркера является показателем наличия аллеля в растении/зародышевой плазме, содержащей маркер. Например, «маркер, связанный с фенотипом укороченности» относится к маркеру, присутствие или отсутствие которого можно применять для прогнозирования того, будет ли растение демонстрировать фенотип укороченности.

[0026] В настоящем документе сантиморган («cM») представляет собой единицу измерения частоты рекомбинации и генетического расстояния между двумя локусами. Один cM равен 1% вероятности того, что маркер в одном генетическом локусе будет отделен от маркера во втором локусе в результате скрещивания в одном поколении. Генетические расстояния могут быть вычислены по значениям рекомбинации с применением функции Косамби (Kosambi, The estimation of map distances from recombination values. Annals of Eugenics, 12:172-75 (1944)).

[0027] В настоящем документе термин «тесно связанный» означает, что маркер или локус находится в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от другого маркера или локуса. Например, 20 сМ означает рекомбинацию между маркером и локусом с частотой, равной или менее около 20%.

[0028] В настоящем документе термин «локус» означет участок хромосомы, в котором находится полиморфная нуклеиновая кислота, определяющая признак, ген или маркер. Локус может представлять собой один нуклеотид, несколько нуклеотидов или большее количество нуклеотидов в участке генома. Локусы в соответствии с настоящим документом включают один или несколько полиморфизмов в популяции; например, альтернативные аллели присутствуют у некоторых людей. «Локус гена» представляет собой специфическое расположение хромосом в геноме вида, у которого можно найти конкретный ген.

[0029] В настоящем документе термин «аллель» относится к альтернативной последовательности нуклеиновой кислоты в определенном локусе. Длина аллеля может быть настолько маленькой, как 1 нуклеотидное основание. Например, первый аллель может встречаться на одной хромосоме, тогда как второй аллель встречается на второй гомологичной хромосоме, например, как это бывает на разных хромосомах гетерозиготного индивидуума или между различными гомозиготными или гетерозиготными индивидуумами в популяции.

[0030] В настоящем документе термин «аллель укороченности» обозначает аллель в определенном локусе, который придает или участвует в создании фенотипа укороченности или, альтернативно, является аллелем, который позволяет идентифицировать растения с фенотипом укороченности или растения, которые могут дать потомство с фенотипом укороченности. Например, аллель укороченности маркера может быть маркерным аллелем, который сегрегирует с укороченным фенотипом.

[0031] В настоящем документе термин «частота аллелей» относится к частоте (доле или проценту), с которой аллель присутствует в локусе в организме индивидуума, в линии или в популяции линий. Например, для аллеля «А» диплоидные индивидуумы генотипа «АА», «Аа» или «аа» имеют частоту аллелей 1,0, 0,5 или 0,0, соответственно. Можно оценить частоту аллелей внутри линии путем усреднения частот аллелей для выборки индивидуумов из этой линии. Аналогично, можно вычислить частоту аллелей в популяции линий путем усреднения частоты аллелей для линий, составляющих популяцию. Для популяции с конечным числом индивидуумов или линий частота аллелей может быть выражена как количество индивидуумов или линий (или любой другой указанной группировки), содержащей аллель. Аллель положительно коррелирует с признаком, если он связан с ним, и если присутствие аллеля является индикатором того, что желаемый признак или форма признака будет возникать для растения, содержащего аллель. Аллель отрицательно коррелирует с признаком, если он связан с ним, и если присутствие аллеля является индикатором того, что желаемый признак или форма признака не будет возникать для растения, содержащего аллель.

[0032] В настоящем документе термин «скрещенный» или «перекрестный» означает получение потомства путем оплодотворения (например, клеток, семян или растений) и включает скрещивание растений (половое) и самооплодотворение (самоопыление).

[0033] В настоящем документе «обратно скрещивать» и «обратное скрещивание» относятся к процессу, при котором растение-потомок повторно обратно скрещивают с одним из его родителей. В схеме обратного скрещивания родитель-донор относится к родительскому растению с желаемым геном или локусом для интрогрессии. Родитель-реципиент (используемый один или несколько раз) или «повторный» родитель (используется два или более раз) относится к родительскому растению, в которое встраивается ген или локус. Например, см. Ragot et al., Marker-assisted Backcrossing: A Practical Example, в TECHNIQUES ET UTILISATIONS DES MARQUEURS MOLECULAIRES LES COLLOQUES, Vol. 72, pp. 45-56 (1995); и Openshaw et al., Marker-assisted Selection in Backcross Breeding, в PROCEEDINGS OF THE SYMPOSIUM ʺANALYSIS OF MOLECULAR MARKER DATA,ʺ pp. 41-43 (1994). Первоначальное скрещивание дает поколение F₁. Термин «BC1» относится ко второму использованию повторного родителя, «BC2» относится к третьему использованию повторного родителя и т.д. В некоторых аспектах обратное скрещивание выполняется неоднократно, с потомством индивидуумов каждого последующего поколения обратного скрещивания, которое непосредственно обращено к одному и тому же родительскому генотипу.

[0034] В настоящем документе термин «элитная линия» означает любую линию, которая была получена в результате размножения и селекции для превосходных агрономических характеристик. Аналогичным образом, «элитная зародышевая плазма» или элитный штамм зародышевой плазмы представляет собой зародышевую плазму с превосходными агрономическими характеристиками. Многочисленные элитные линии доступны и известны специалистам в области разведения кукурузы.

[0035] В настоящем документе термин «генетический элемент» или «ген» относится к наследственной последовательности ДНК, например, геномной последовательности, имеющей функциональное значение. Кроме того, термин «ген» может быть использован для обозначения, например, кДНК и/или мРНК, кодируемой геномной последовательностью, а также к указанной геномной последовательности.

[0036] В настоящем документе термин «генотип» обозначает генетическое строение индивидуума (или группы индивидуумов) в одном или более генетических локусах, в отличие от наблюдаемого признака (фенотипа). Генотип определяется аллелем(ями) одного или более известных локусов, которые индивидуум унаследовал от своих родителей. Термин «генотип» может использоваться для обозначения генетической конституции индивидуума в одном локусе, в множественных локусах или, в более общем плане, термин «генотип» может использоваться для обозначения генетических характеристик индивидуума для всех генов в его геноме. Термин «генотип» дополнительно может относиться к определению генетического строения индивидуума (или группы индивидуумов) в одном или более генетических локусах.

[0037] В настоящем документе термин «гаплотип» означает генотип индивидуума во множестве генетических локусов. Как правило, генетические локусы, описанные гаплотипом, физически и генетически связаны, например, в одном и том же диапазоне хромосом. Кроме того, гаплотип может относиться к комбинации ОНП (однонуклеотидный полиморфизм) аллелей, расположенных в пределах одного гена.

[0038] В настоящем документе термин «фенотип» или «фенотипический признак» или «признак» относится к одной или нескольким обнаружимым характеристикам клетки или организма, на которые может влиять генотип. Фенотип можно наблюдать невооруженным глазом или обнаружить любым другим способом оценки, известным из уровня техники, например, с помощью микроскопии, биохимического анализа, геномного анализа, анализа переносимости определенных заболеваний и т.д. В некоторых случаях фенотип непосредственно контролируется одним геном или генетическим локусом, например, «признак одного гена». В других случаях фенотип является результатом присутствия нескольких генов.

[0039] В настоящем документе термин «неравновесное сцепление» (НС) относится к неслучайной сегрегации генетических локусов или признаков (или обоих). В любом случае неравновесное сцепление подразумевает, что соответствующие локусы находятся в пределах достаточной физической близости вдоль длины хромосомы, таким образом, что они сегрегируют вместе с более чем случайной (т.е. неслучайной) частотой (в случае косегрегирующих признаков, локусы, которые лежат в основе признаков, находятся в достаточной близости друг от друга). Связанные локусы косегрегируют более чем в 50% случаев, например, от около 51% до около 100% случаев. Неравновесное сцепление можно измерить с помощью одного из способов, представленных в Hedrick, Gametic disequilibrium measures: proceed with caution. Genetics, 117:331-41(1987). Термин «физически связанный» иногда используется для обозначения ситуации, когда два локуса, например, два локуса маркера, физически присутствуют на одной и той же хромосоме. Преимущественно два связанных локуса расположены в непосредственной близости, так что рекомбинация между гомологичными парами хромосом не происходит между двумя локусами во время мейоза с высокой частотой, например, таким образом, что связанные локусы косегрегируют по меньшей мере в около 90% случаев, например, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5%, 99,75% или более случаев.

[0040] В настоящем документе термин «маркерный анализ» означает способ обнаружения полиморфизма в определенном локусе с применением конкретного метода, например, измерение по меньшей мере одного признака фенотипа (например, цвета семян, цвета цветов или других визуально обнаружимых признаков), полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ), одноосновного расширения, электрофореза, выравнивание последовательностей, гибридизации аллельспецифических олигонуклеотидов (АСО), случайно амплифицированной полиморфной ДНК (САПД), технологии на основе микрочипов, технологии секвенирования нуклеиновой кислоты и т.д.

[0041] В настоящем документе термин «селекция с помощью маркера» (СПМ) обозначает процесс, посредством которого фенотипы отбирают на основе маркерных генотипов. «Разведение с применением селекции с помощью маркера» относится к процессу селекции желаемого признака или признаков растения или растений путем обнаружения одной или более нуклеиновых кислот в растении, причем нуклеиновая кислота связана с желаемым признаком, с последующей селекцией растения или зародышевой плазмы, содержащих указанные одну или несколько нуклеиновых кислот.

[0042] В настоящем документе термин «полиморфизм» означает наличие одной или более модификаций в популяции. Полиморфизм может проявляться как модификация нуклеотидной последовательности нуклеиновой кислоты или как модификация аминокислотной последовательности белка. Полиморфизм включает наличие одного или более вариантов последовательности нуклеиновой кислоты или признака нуклеиновой кислоты в одном или более локусах в популяции, состоящей из одного или более индивидуумов. Вариант может включать, но не ограничиваясь этим, одну или несколько модификаций нуклеотидных оснований, введение одного или более нуклеотидов или делецию одного или более нуклеотидов. Полиморфизм может возникать в результате случайных процессов репликации нуклеиновых кислот, путем мутагенеза, как следствие мобильных элементов генома, в результате вариации количества копий и в процессе мейоза, например, неравномерного скрещивания, дупликации генома и разрывов и слияния хромосом. Вариация может быть распространенной или может присутствовать в популяции с низкой частотой, причем первая приносит большую пользу в общем разведении растений, тогда как последняя может быть связана с редкими, но важными фенотипическими вариациями. Полезные виды полиморфизмов могут включать однонуклеотидный полиморфизм (ОНП), инсерции или делеции в последовательности ДНК (инсерционно-делеционные полиморфизмы), простые повторы последовательности ДНК (ППП), полиморфизм длин рестрикционных фрагментов и ОНП метку. Дополнительно, генетический маркер, ген, полученная из ДНК последовательность, полученная из РНК последовательность, промотор, 5'-нетранслируемый участок гена, 3'-нетранслируемый участок гена, микроРНК, миРНК, локус толерантности, сателлитный маркер, трансген, мРНК, дц мРНК, профиль транскрипции и характер метилирования могут включать полиморфизм. Кроме того, наличие, отсутствие или вариация количества копий вышеуказанного могут включать полиморфизм.

[0043] В настоящем документе термин «ОНП» или «однонуклеотидный полиморфизм» означает изменение последовательности, которое происходит, когда один нуклеотид (A, T, C или G) в последовательности генома модифицирован или варьирует. «Маркеры ОНП» существуют, если ОНП сопоставлены с сайтами в геноме.

[0044] В настоящем документе термин «маркер» или «молекулярный маркер» или «маркерный локус» является термином, используемым для обозначения последовательности нуклеиновой кислоты или аминокислотной последовательности, которая является достаточно уникальной, чтобы характеризовать конкретный локус в геноме. Любой обнаружимый полиморфный признак может использоваться в качестве маркера, если она наследуется по-разному и проявляет неравновесное сцепление с представляющим интерес фенотипическим признаком. Для кукурузы было разработано несколько маркеров и интегрированных генетических карт, например, карта UMC 98, карта Nested Association Mapping (NAM), генетическая карта Intermated B73/Mol 7 (IBM2) и карта LHRF Gnp2004. Более подробно см. maizegdb.org/data_center/map. Все маркеры применяются для определения конкретного локуса в геномах кукурузы. Картировано большое количество таких маркеров. См. maizegdb.org/data_center/marker. Таким образом, каждый маркер является показателем определенного сегмента ДНК, имеющего уникальную нуклеотидную последовательность. Позиции карты обеспечивают меру относительных положений отдельных маркеров относительно друг друга. Если указано, что признак связан с данным маркером, будет понятно, что фактический сегмент ДНК, последовательность которого влияет на признак, как правило, косегрегирует с маркером. Более точную и определенную локализацию признака можно получить, если маркеры идентифицированы по обе стороны от признака. Путем измерения внешнего вида маркера(ов) в потомстве скрещивания, наличие признака может быть обнаружено относительно простыми молекулярными тестами без фактической оценки внешнего вида самого признака, что может быть сложным и трудоемким, поскольку фактическая оценка признака требует выращивания растений до стадии и/или в условиях окружающей среды, при которых может быть выражен признак. Молекулярные маркеры широко применяются для определения генетического состава кукурузы. В некоторых аспектах маркеры, применяемые в настоящем изобретении, проявляют баллы нижнего предела обнаружения (НОП) 2 или более, 3 или более, 4 или более, 5 или более, 6 или более, 7 или более, 8 или более или 9 или более для соответствующего признака, представляющего интерес (например, укороченность), при измерении с применением способа, известного из уровня техники, такого как Qgene Version 2.23 (1996) с параметрами по умолчанию.

[0045] В настоящем документе термин «частота генетической рекомбинации» обозначает частоту события скрещивания (рекомбинации) между двумя генетическими локусами. Частоту рекомбинации можно наблюдать, следуя сегрегации маркеров и/или признаков после мейоза. В некоторых случаях два разных маркера могут иметь одинаковые координаты генетической карты. В этом случае два маркера находятся в такой непосредственной близости друг от друга, что указанная рекомбинация происходит между ними с такой низкой частотой, что она не обнаруживается.

[0046] В настоящем документе термин «генетическая карта» обозначает взаимосвязь генетической связи между локусами на одной или более хромосомах (или группах сцепления) внутри данного вида, как правило, в виде диаграммы или табличной формы. «Генетическое картирование» представляет собой процесс определения связующих взаимосвязей локусов с применением генетических маркеров, сегрегации популяций по маркерам и стандартных генетических принципов частоты рекомбинации. «Место на генетической карте» является местоположением на генетической карте относительно окружающих генетических маркеров в одной и той же группе связей, где указанный маркер может быть найден в пределах определенного вида. Напротив, «физическая карта» генома относится к абсолютным расстояниям (например, измеряется в парах оснований или изолированных и перекрывающихся смежных генетических фрагментах, например, контигах). В общем, чем ближе два маркера или геномных локуса расположены на генетической карте, тем ближе они лежат друг к другу на физической карте. Физическая карта генома не учитывает генетическое поведение (например, частоту рекомбинации) между различными точками физической карты. Отсутствие точной пропорциональности между генетическими расстояниями и физическими расстояниями может существовать в связи с тем, что вероятность генетической рекомбинации не является однородной по всему геному; некоторые участки хромосом представляют собой «горячие точки» скрещивания, тогда как другие участки демонстрируют только редкие события рекомбинации, если демонстрируют вообще. Кроме того, изменчивость генетического картографирования может наблюдаться между различными популяциями одних и тех же культур. Несмотря на эту изменчивость генетической карты, которая может существовать между популяциями, генетическая карта и информация о маркерах, полученная из одной популяции, как правило, пригодны для многих популяций при идентификации растений с желаемыми свойствами, противодействия селекции растений с нежелательными свойствами и в разведении СПМ. Как будет понятно специалисту в данной области техники, частота рекомбинации (и, как результат, положения генетической карты) в любой конкретной популяции не является статической. Генетические расстояния, разделяющие два маркера (или маркер и локус количественного признака (ЛКП)), могут варьироваться в зависимости от того, как определяются положения карты. Например, такие переменные, как используемые популяции родительского картирования, программное обеспечение, применяемое при картировании маркеров или картировании ЛКП, и параметры, введенные пользователем программного обеспечения для картирования, могут вносить свой вклад во взаимосвязи ЛКП маркера на генетической карте. Однако не предполагается, что настоящий документ будет ограничиваться какими-либо конкретными популяциями картирования, применением какого-либо конкретного программного обеспечения или любым конкретным набором параметров программного обеспечения для определения связи конкретного маркера или гаплотипов с желаемым фенотипом. В пределах квалификации обычного специалиста в данной области техники находится экстраполяция новых признаков, описанных в настоящем документе, на любой генофонд или популяцию, представляющую интерес, и применение любого конкретного программного обеспечения и параметров программного обеспечения. Действительно, наблюдения, касающиеся генетических маркеров и гаплотипов в популяциях, в дополнение к описанным в настоящем документе, легко можно получить с помощью настоящего документа. В некоторых аспектах генетические расстояния, указанные в настоящем документе, вычисляются по значениям рекомбинации с применением функции Косамби (Kosambi, The estimation of map distances from recombination values. Annals of Eugenics, 12:172-75 (1944)).

[0047] В настоящем документе термин «селекция» или «отбор» в контексте выбора или селекции с помощью маркера относится к действию селекции или отбора желаемых особей, обычно из популяции, на основе некоторых заранее определенных критериев.

[0048] В настоящем документе термин «праймер» относится к олигонуклеотиду (синтетическому или природному), который способен действовать как точка инициирования синтеза нуклеиновой кислоты или репликации вдоль комплементарной нити при помещении в условия, при которых синтез комплементарной нити катализируется полимеразой. Как правило, длина праймеров составляет от 10 до 30 нуклеотидов, но могут применяться более длинные или более короткие последовательности. Праймеры могут быть представлены в двухнитевой форме, хотя однонитевая форма применяется чаще. Праймер может дополнительно содержать обнаруживаемую метку, например, 5'-концевую метку.

[0049] В настоящем документе термин «зонд» относится к олигонуклеотиду (синтетическому или природному), который является комплементарным (хотя и не обязательно полностью комплементарным), к представляющему интерес полинуклеотиду и образует дуплексную структуру путем гибридизации по меньшей мере с одной нитью представляющего интерес полинуклеотида. Обычно зонды представляют собой олигонуклеотиды длиной от 10 до 50 нуклеотидов, но могут применяться более длинные или более короткие последовательности. Зонд может дополнительно содержать обнаруживаемую метку.

[0050] В настоящем документе термин «популяция растений» или «растительная популяция» означает набор, содержащий любое количество, включая один, отдельных индивидуумов, объектов или данных, от которых получены образцы для оценки. Чаще всего термины относятся к размножающейся популяции растений, члены которой отбираются и скрещиваются, чтобы произвести потомство в программе разведения. Популяция растений может включать потомство одного селекционного скрещивания или множества селекционных скрещиваний и может представлять собой фактические растения или растительный материал или представление растений in silico. Члены популяции не обязательно должны быть идентичны членам популяции, выбранным для использования в последующих циклах анализов или выбранным в конечном итоге для получения конечных растений-потомков. Часто популяция растений происходит от одного скрещивания двух родительских растений, но может также быть получена в результате двух или более скрещиваний между одними и теми же или разными родителями. Хотя популяция растений может включать любое количество индивидуумов, специалистам в данной области техники будет понятно, что селекционеры растений обычно используют популяций размеров от одной или двух сотен индивидуумов до нескольких тысяч, и что обычно отбирают наиболее производительные 5-20% популяции для использования в последующих скрещиваниях, чтобы улучшить производительность последующих поколений популяции.

[0051] В настоящем документе термин «сорт» и «разновидность» используются синонимически и означают группу растений внутри вида (например, Z. mays L.), разделяющих определенные генетические признаки, которые отделяют их от других возможных сортов внутри этого вида. Сорта кукурузы могут быть инбредными или гибридными, хотя коммерческие сорта кукурузы являются в основном гибридными, чтобы использовать гибридную силу. Индивидуумы в гибридном сорте кукурузы являются гомогенными, почти идентичными с генетической точки зрения, с большинством локусов в гетерозиготном состоянии.

[0052] В настоящем документе термин «местный сорт» относится к динамической популяции культивируемого растения, которое имеет историческое происхождение, отличную идентичность и не проявляет формального улучшения культуры, а также часто является генетически разнородной, адаптированной к местным условиям и связана с традиционными системами сельского хозяйства. См. Camacho Villa et al., Plant Genetic Resources: Characterization and Utilization 3(3):373-84 (2006).

[0053] В настоящем документе термин «инбредный» означает линию, которая была выведена для генетической гомогенности.

[0054] В настоящем документе термин «гибрид» означает потомство спаривания между по меньшей мере двумя генетически несходными родителями. Не ограничиваясь этим, примеры схем спаривания включают одиночные скрещивания, модифицированное одиночное скрещивание, двойное модифицированное одиночное скрещивание, трехсторонне скрещивание, модифицированное трехстороннее скрещивание и двойное скрещивание, в котором по меньшей мере один родитель при модифицированном скрещивании является потомком скрещивания между сестринскими линиями.

[0055] В настоящем документе термин «интрогрессия» относится к переносу желаемого аллеля генетического локуса из одного генетического фона в другой.

[0056] В настоящем документе термин «моногенно конвертированный» или «моногенная конверсия» относится к растениям, которые созданы с применением техники селекции растений, известной как обратное скрещивание, или с помощью генной инженерии, где восстанавливаются практически все желаемые морфологические и физиологические характеристики сорта в дополнение к переносу одного гена в сорт методом обратного скрещивания или с помощью генной инженерии.

[0057] Укороченные мутанты кукурузы демонстрируют небольшую высоту в результате уменьшения длины междоузлия без соответствующего уменьшения количества междоузлий, количества и размера других органов, включая листья, початок и кисточку. См. Pilu et al., Molecular Breeding, 20:83-91(2007). Выделены три укороченных мутанта brachytic1 (br1), brachytic2 (br2) и brachytic3 (br3). Укороченным мутантом маиса с особенным агрономическим потенциалом является рецессивная мутация br2, которая приводит к уменьшению длины междоузлий нижнего стебля без явного уменьшения других органов растений. Кроме того, линии br2 демонстрируют необычную силу стебля и устойчивость к ветровому полеганию, в то время как листья часто темнее и дольше сохраняются в активном зеленом состоянии, чем листья растений дикого типа. Фенотип br2 нечувствителен к обработке ГА, ауксинами, брассиностероидами и цитокининами, что указывает на отсутствие влияния мутации br2 на биосинтез этих гормонов. Multani et al. идентифицировали геномную последовательность гена Br2 и депонировали его в GenBank под учетным номером AY366085. См. Science, 302(5642)81-84 (2003). Br2 был аннотирован для кодирования предполагаемого белка, подобного аденозинтрифосфат (АТФ)-связывающим кассетным переносчикам класса P-гликопротеинов (ПГП) с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ).

[0058] Укороченная, карликовая или полукарликовая кукуруза, описанная в настоящем документе, может обладать свойствами, которые делают ее пригодной для производства зерна и фуража, особенно для производства в условиях короткого сезона. В частности, ограниченное количество единиц тепла в условиях короткого сезона снижает урожайность зерна и снижает вероятность получения урожая, достигшего физиологической зрелости в текущем году. Раскрытые укороченные, карликовые или полукарликовые растения кукурузы требуют для начала цветения меньшего количества единиц тепла (например, требуемых 10%), чем обычные гибриды, и обычно достигают физиологической зрелости раньше, чем обычные сорта. Подобно полукарликовой пшенице, сорго и рису, растения кукурузы, описанные в настоящем документе, менее подвержены стеблевому и корневому полеганию из-за более коротких стеблей и более низкого расположения початка. Кроме того, растения кукурузы, описанные в настоящем документе, имеют потенциал производства высококачественного фуража благодаря высокому соотношению початка к соломе.

[0059] Кроме того, модифицированное строение растения и уменьшенная площадь листьев на растении для раскрытой укороченной, карликовой или полукарликовой кукурузы позволяют повысить плотность посадки, чтобы максимизировать урожай зерна и фуража. Обычные сорта кукурузы, как правило, высаживают с плотностью от 80000 до 90000 растений на гектар с расстоянием между рядами 0,76 м. В противоположность этому, растения, описанные в настоящем документе, могут быть выращены с небольшими зернами с более узкими рядами площадью около 0,25 м с плотностью посадки до 200000 растений на гектар. Плотность посадки кукурузы влияет на состояние освещения, что, в свою очередь, влияет на темпы роста растений. Таким образом, описанные в настоящем документе растения кукурузы дополнительно обеспечивают отличную групповую структуру, достаточное воздействие солнечного света и высокий урожай зерна. Производство кукурузы, раскрытой в настоящем документе, с такой высокой плотностью популяции растений, дополнительно обеспечивает агроэкологические преимущества, такие как пониженное давление сорняков, поверхностный сток и эвапотранспирация. Например, более короткие растения с меньшим количеством и более короткими листьями более приспособлены к водному стрессу, чем более высокие растения с высокой плотностью посадки. Кроме того, предлагаемые в настоящем изобретении растения кукурузы лучше себя чувствуют по сравнению с обычной кукурузой в условиях низкого содержания азота и обладают более высокой устойчивостью к сниженному освещению.

[0060] Pilu et al. ранее сообщали об аллеле br2-23, содержащем делецию 8 п.о. на 3'-конце гена Br2, и заявляли о наличии прямой связи между этой делецией и фенотипом укороченности в своих растениях br2-23. См. Pilu et al., Molecular Breeding, 20:83-91(2007). Делеция 8 п.о. начинается в положении 4148 в последовательности мРНК Br2 на основании ссылки на геномную последовательность AY366085. Без делеции 8 п.о. белок Br2 (PGP1) содержит аминокислотные остатки N-G-W (аспарагин-глицин-триптофан) из пораженных кодонов. Хотя делеция 8 п.о. вызывает сдвиг рамки, новая последовательность по-прежнему кодирует N (аспарагин), а затем G-W (глицин-триптофан). Вопреки тому, что описано Pilu et al., делеция 8 п.о. в панели BR2P_v1 не согласуется с фенотипом укороченности. Это говорит об отсутствии прямой связи между делецией 8 п.о. и укороченным фенотипом. Тем не менее, настоящий документ включает генотипирование делеции 8 п.о. вместе с одним или несколькими маркерами, раскрытыми в настоящем документе, которые связаны с признаком укороченности.

[0061] В одном аспекте настоящего документа предлагаются способы селекции растения или семени кукурузы, которые включают (a) обеспечение популяции растений или семян кукурузы; (b) обнаружение в популяции растения или семени кукурузы, содержащего аллель укороченности в полиморфном локусе, причем полиморфный локус связан с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и (c) селекцию растения или семени кукурузы, содержащих аллель укороченности. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности в полиморфном локусе в пределах примерно 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В других аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности в полиморфном локусе в пределах примерно 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 9-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7 и 95. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности в полиморфном локусе в неравновесном сцеплении с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109, и демонстрирующим показатель НПО 2 или более, 3 или более, 4 или более, 5 или более, 6 или более, 7 или более, 8 или более или 9 или более. В некоторых аспектах стадия (a) указанных способов включает скрещивание первого растения кукурузы, содержащего аллель укороченности, со вторым растением кукурузы для получения популяции растений кукурузы. В других аспектах стадия (a) дополнительно включает обратное скрещивание со вторым растением кукурузы. В некоторых аспектах указанных способов растение или семя кукурузы выбирают из сегрегационной популяции или популяции гаплоидного разведения. В других аспектах указанных способов растение или семя кукурузы выбирают из одного или более местных сортов. В некоторых аспектах указанные местные сорта происходят из Северной Америки, Мексики или Италии. В некоторых аспектах стадия (b) указанных способов включает применение маркерного анализа, представленного в настоящем документе. В некоторых аспектах стадия (b) указанных способов включает применение одного или более праймеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23 и 24. В других аспектах стадия (b) указанных способов включает применение одного или более зондов, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 25 и 26. В другом аспекте настоящего документа предлагаются способы селекции растения или семени кукурузы, которые включают (a) обнаружение в популяции растений или семян кукурузы растения или семени кукурузы, содержащего аллель укороченности в полиморфном локусе, причем полиморфный локус связан с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и (b) селекцию растения или семени кукурузы, содержащего аллель укороченности. В других аспектах указанные способы дополнительно включают генотипирование популяции растений или семян кукурузы по одной или более полиморфных последовательностям, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В дальнейших аспектах указанные способы дополнительно включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В некоторых аспектах обнаруженный аллель укороченности выбирают из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

[0062] В другом аспекте настоящее изобретение относится к способам селекции растения или семени кукурузы, включающим: (a) генотипирование популяции растений или семян кукурузы в полиморфном локусе, связанном с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и (b) селекцию растения или семени кукурузы, содержащего аллель укороченности в указанном полиморфном локусе. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование в полиморфном локусе в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В других аспектах указанные способы включают генотипирование маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса на предмет по меньшей мере одного аллеля укороченности в пределах примерно 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса на предмет по меньшей мере одного аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса на предмет по меньшей мере одного аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7 и 95. В некоторых аспектах растение или семена, отобранное указанными способами, содержит аллель укороченности, выбранный из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. В других аспектах указанные способы дополнительно включают генотипирование популяции растений или семян кукурузы в одной или более полиморфных последовательностях, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В некоторых аспектах стадия (a) указанных способов дополнительно включает генотипирование первой популяции растений кукурузы в одной или более полиморфных последовательностях, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В дальнейших аспектах стадия (a) указанных способов дополнительно включает генотипирование первой популяции растений кукурузы на предмет аллеля укороченности, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

[0063] В некоторых аспектах растения или семена кукурузы, отобранные с применением вышеуказанных способов, являются гомозиготными по аллелю укороченности. В других аспектах растения или семена кукурузы, отобранные с применением указанных способов, являются гетерозиготными по аллелю укороченности. В некоторых аспектах растения кукурузы или семена, отобранные с применением указанных способов, являются инбредными. В некоторых аспектах растения кукурузы или семена, отобранные с применением указанных способов, являются гибридными. В других аспектах растения кукурузы или семена, отобранные с применением указанных способов, находятся в агрономически элитной среде. В некоторых аспектах растения или семена кукурузы, отобранные с применением указанных способов, дают карликовые, полукарликовые или укороченные растения. В некоторых аспектах растения или семена кукурузы, отобранные с применением указанных способов, содержат моногенную конверсию геномной участка Br2. В некоторых аспектах растения или семена кукурузы содержат пониженный уровень мРНК или белка Br2 по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В других аспектах активность белка Br2 в растениях или семенах кукурузы снижена по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В некоторых аспектах высота отобранного растения в стадии зрелости снижена примерно на 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В других аспектах урожайность отобранного растения равна или превышает урожайность контрольного растения, не содержащего аллеля укороченности. В некоторых аспектах растения или семена кукурузы, отобранные с применением указанных способов, требуют для начала цветения на около 5%, 10%, 15%, 20% или 25% единиц тепла меньше, чем контрольные растения. В других аспектах растения или семена кукурузы, отобранные с применением указанных способов, достигают относительной зрелости на около 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40% или 45% дней раньше, чем относительной зрелости достигают контрольные растения.

[0064] В одном аспекте настоящее изобретение относится к способам создания популяции растений кукурузы, содержащих по меньшей мере один аллель, связанный с признаком укороченности, причем способ включает стадии (a) генотипирования первой популяции растений кукурузы, и, при этом, популяция содержит по меньшей мере один аллель, связанный с признаком укороченности, притом, что по меньшей мере один аллель укороченности связан с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; (b) селекцию из первой популяции одного или более растений кукурузы, содержащих по меньшей мере один аллель укороченности; и (c) получение из отобранных растений кукурузы второй популяции, с созданием таким образом популяции растений кукурузы, содержащих по меньшей мере один аллель укороченности. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса на предмет по меньшей мере одного аллеля укороченности в пределах примерно 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В других аспектах указанные способы включают генотипирование маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7 и 95. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности в полиморфном локусе, находящегося в неравновесном сцеплении с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109, и демонстрирующего показатель НПО 2 или более, 3 или более, 4 или более, 5 или более, 6 или более, 7 или более, 8 или более или 9 или более. В некоторых аспектах эти методы включают генотипирование сегрегационной популяции или популяции гаплоидного разведения. В некоторых аспектах стадия (a) указанных способов включает применение маркерного анализа, представленного в настоящем документе. В некоторых аспектах стадия (a) указанных способов включает применение одного или более праймеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23 и 24. В других аспектах стадия (a) указанных способов включает применение одного или более зондов, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID N: 25 и 26. В некоторых аспектах популяция растений кукурузы, полученных указанными способами, является гомозиготной по аллелю укороченности. В других аспектах популяция растений кукурузы, полученных указанными способами, является гетерозиготной по аллелю укороченности. В некоторых аспектах популяция растений кукурузы, полученных указанными способами, является инбредной. В некоторых аспектах популяция растений кукурузы, полученных указанными способами, является гибридной. В других аспектах популяция растений кукурузы, полученных указанными способами, находится в агрономически элитной среде. В некоторых аспектах популяция растений кукурузы, полученных указанными способами, дает карликовые, полукарликовые или укороченные растения. В некоторых аспектах популяция растений кукурузы, полученных указанными способами, содержит моногенную конверсию геномного участка Br2. В некоторых аспектах растения кукурузы, полученные указанными способами, содержат пониженный уровень мРНК или белка Br2 по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В других аспектах активность белка Br2 в растениях кукурузы, полученных указанными способами, снижена по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В некоторых аспектах высота полученного растения в стадии зрелости уменьшена примерно на 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В других аспектах урожайность полученного растения равна или превышает урожайность контрольного растения, не содержащего аллеля укороченности. В некоторых аспектах растения кукурузы, полученные указанными способами, требуют для начала цветения на около 5%, 10%, 15%, 20% или 25% единиц тепла меньше, чем контрольные растения. В других аспектах растения кукурузы, полученные указанными способами, достигают относительной зрелости на около 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40% или 45% дней меньше, чем достигают относительной зрелости контрольные растения.

[0065] В одном аспекте настоящего документа предлагаются способы селекции растения или семени кукурузы, причем способ включает: (a) выделение нуклеиновой кислоты из растения или семени кукурузы; (b) анализ нуклеиновой кислоты для обнаружения полиморфного маркера, связанного с гаплотипом укороченности, причем гаплотип укороченности включает один или более, два или более, три или более, четыре или более, пять или более, шесть или более, семь или более или восемь или более аллелей укороченности маркеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и (c) селекцию растения или семени кукурузы с гаплотипом укороченности. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение полиморфного маркера в пределах примерно 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от гаплотипа укороченности. В других аспектах указанные способы включают обнаружение гаплотипа укороченности, содержащего один или более, два или более, три или более, четыре или более, пять или более, шесть или более, семь или более или восемь или более аллелей укороченности маркеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109. В некоторых аспектах указанные способы включают генотипирование обоих локусов SEQ ID NO: 7 и 95. В некоторых аспектах стадия (b) указанных способов дополнительно включает анализ нуклеиновой кислоты для обнаружения одной или более полиморфных последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75. В дальнейших аспектах указанные способы дополнительно включают анализ нуклеиновой кислоты для обнаружения одного или более аллелей укороченности, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

[0066] В одном аспекте настоящего документа предлагаются способы интрогрессии признака укороченности в сорт кукурузы, причем способ включает: (a) скрещивание первого сорта кукурузы, содержащего признак укороченности, со вторым сортом кукурузы, не содержащим признака укороченности, для получения одного или более растений кукурузы-потомков; (b) анализ одного или более растений кукурузы-потомков для обнаружения аллеля укороченности, причем аллель укороченности связан с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и (c) селекцию растения кукурузы-потомка, содержащего аллель укороченности. В некоторых аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности в пределах примерно 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109 и 71-75. В других аспектах указанные способы включают обнаружение аллеля укороченности маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109 и 71-75.

[0067] В другом аспекте настоящего документа предлагаются гибридные укороченные, карликовые или полукарликовые растения кукурузы или их растительная часть, содержащие аллель укороченности, характеризующийся одной или более последовательностями, выбранными из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. В некоторых аспектах предлагаемые в настоящем документе растения кукурузы представляют собой элитные линии. В некоторых аспектах элитные растения кукурузы, представленные в настоящем документе, являются гомозиготными по аллелю укороченности. В других аспектах предлагаемые в настоящем документе элитные растения кукурузы являются гетерозиготными по аллелю укороченности. В некоторых аспектах предлагаемые в настоящем документе элитные растения кукурузы являются инбредными. В некоторых аспектах предлагаемые в настоящем документе элитные растения кукурузы являются гибридными. В других аспектах предлагаемые в настоящем документе элитные растения кукурузы являются трансгенными. В некоторых аспектах предлагаемые в настоящем документе элитные растения кукурузы требуют для начала цветения на около 5%, 10%, 15%, 20% или 25% единиц тепла меньше, чем контрольные растения. В других аспектах предлагаемые в настоящем документе элитные растения кукурузы достигают относительной зрелости на около 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40% или 45% дней раньше, чем достигают относительной зрелости контрольные растения. В некоторых аспектах, предлагаемые в настоящем документе элитные растения кукурузы содержат моногенную конверсию геномного участка Br2. В некоторых аспектах предлагаемые в настоящем документе элитные растения кукурузы содержат пониженный уровень мРНК или белка Br2 по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В других аспектах активность белка Br2 в элитных растениях кукурузы, предлагаемых в настоящем документе, снижена по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В некоторых аспектах высота предлагаемых в настоящем документе элитных растений кукурузы в стадии зрелости снижена на около 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% по сравнению с контрольным растением, не содержащим аллеля укороченности. В других аспектах урожайность элитных растений кукурузы, предлагаемых в настоящем документе, равна или превышает урожайность контрольного растения, не содержащего аллеля укороченности.

[0068] В одном аспекте настоящего документа предлагается емкость с элитными семенами кукурузы, содержащими аллель укороченности, характеризуемый одной или несколькими последовательностями, выбранными из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. В следующем аспекте настоящего документа предлагается емкость с семенами трансгенной элитной кукурузы, содержащими аллель укороченности, характеризуемый одной или несколькими последовательностями, выбранными из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48. В некоторых аспектах эти трансгенные семена являются гибридными семенами. Емкость с семенами кукурузы согласно настоящему документу может содержать любое количество, массу или объем семян. Например, емкость может содержать по меньшей мере или более, чем 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1500, 2000, 2500, 3000, 3500, 4000 или более семян. В качестве альтернативы, емкость может содержать по меньшей мере или более, чем 1 унция, 5 унций, 10 унций, 1 фунт, 2 фунта, 3 фунта, 4 фунта, 5 фунтов или более семян. Емкости с семенами кукурузы могут быть любой емкостью, доступной из уровня техники. В качестве неограничивающего примера емкость может представлять собой коробку, сумку, пакет, мешочек, рулон ленты, пробирку или бутыль.

[0069] В одном аспекте раскрытые в настоящем документе семена кукурузы могут подвергаться различным видам обработки. Например, семена можно обрабатывать для улучшения прорастания путем грунтования семян или дезинфекции для защиты от болезнетворных микроорганизмов. В другом аспекте на семена может быть нанесено любое доступное покрытие, чтобы улучшить, например, способность к прорастанию, всхожесть семян и защиту от патогенов, которые инфицируют семена. Покрытие семян может быть любой формой покрытия для семян, включая, но не ограничиваясь этим, гранулирование, пленочное покрытие и инкрустацию. В некоторых аспектах растения кукурузы или способы, раскрытые в настоящем документе, применяются в комбинации с одним или несколькими пестицидами, включая, но не ограничиваясь этим, гербициды, фунгициды, инсектициды, микробиоциды, нематоциды, репелленты насекомых, бактерициды и другие вещества, применяемые для борьбы с вредителями. В других аспектах описанные в настоящем документе растения кукурузы или способы применяются в комбинации с одним или несколькими триазолами, стробилуринами, ациламинокислотами, пиримидинами, пиридинами, арилфенилкетонами, амидами, бензанилидами, имидазолами, динитрофенолами, морфолинами, фенилсульфамидами и фосфорорганическими соединениями, их производными и их комбинациями, которые могут быть применены для обработки семян, листьев, дренажа или капельной обработки.

[0070] В одном аспекте настоящего документа предлагаются клетки, ткани и органы растений кукурузы, которые не являются репродуктивным материалом и не опосредуют естественного размножения растения. В другом аспекте настоящего документа дополнительно предлагаются клетки, ткани и органы растений кукурузы, которые являются репродуктивным материалом и опосредуют естественное размножение растения. В другом аспекте настоящего документа предлагаются клетки, ткани и органы растений кукурузы, которые не могут поддерживать себя посредством фотосинтеза. В другом аспекте настоящего документа предлагаются соматические клетки растения кукурузы. Соматические клетки, в противоположность клеткам зародышевой линии, не опосредуют размножение растений.

[0071] Предлагаемые клетки, ткани и органы могут происходить из семян, фруктов, листьев, семядолей, гипокотилей, меристем, эмбрионов, эндосперма, корня, побега, стебля, стручка, цветка, соцветия, стебля, цветоножки, столбика, дыхальца, рецептакулума, лепестка, чашелистика, пыльцы, пыльника, нити, яичника, яйцеклетки, околоплодника, флоэмы, сосудистой ткани. В другом аспекте настоящего документа предлагается хлоропласт растения кукурузы. В следующем аспекте настоящего документа предлагаются эпидермальные клетки, устьица, листья или корневые волоски, корень для хранения или клубень. В другом аспекте настоящего документа предлагается протопласт кукурузы.

[0072] Квалифицированным специалистам будет понятно, что растения кукурузы естественным образом воспроизводятся через семена, а не через бесполое размножение или вегетативное размножение. В одном аспекте настоящего документа предлагается эндосперм кукурузы. В другом аспекте настоящего документа предлагаются клетки эндосперма кукурузы. В дополнительном аспекте настоящего документа предлагается стерильное мужское или женское растение кукурузы, которое не может воспроизводиться без вмешательства человека.

[0073] В одном аспекте описанные в настоящем документе растения кукурузы выбраны из подвида Zea mays L. подвид mays. В дополнительном аспекте раскрытые в настоящем документе растения кукурузы выбраны из группы Zea mays L. подвид mays Indentata, иначе известной как кукуруза зубовидная. В другом аспекте описанные в настоящем документе растения кукурузы выбраны из группы Zea mays L. подвид mays Indurata, иначе известной как кремнистая кукуруза. В одном аспекте раскрытые в настоящем документе растения кукурузы выбирают из группы Zea mays L. подвид mays Saccharata, иначе известной как сахарная кукуруза. В другом аспекте описанные в настоящем документе растения кукурузы выбраны из группы Zea mays L. подвид mays Amylacea, иначе известной как мягкая кукуруза. В еще одном аспекте описанные в настоящем документе растения кукурузы выбраны из группы Zea mays L. подвид mays Everta, иначе известной как попкорн. Кроме того, растения, описанные в настоящем документе, включают гибридные, инбредные, частично инбредные или являются членами определенных или неопределенных популяций.

[0074] В следующем аспекте настоящего документа предлагаются переработанные продукты, изготовленные из раскрытых растений кукурузы. Такие продукты включают, но не ограничиваясь этим, муку, масло, растительный экстракт, крахмал или продукты ферментации или расщепления. В другом аспекте настоящего документа дополнительно предлагается кукурузная мука, которая по существу не содержит масла, и которая получена с применением маслосодержащего семени любого из описанных в настоящем документе растений. В другом аспекте настоящего документа дополнительно предлагается способ получения кукурузной муки путем измельчения маслосодержащего семени любого из описанных в настоящем документе растений.

[0075] Различные раскрытые в настоящем документе линии кукурузы можно применять для переноса описанного в настоящем документе аллеля укороченности в новые сорта с применением различных методов перекрестного опыления и селекции. Кроме того, селекционеры могут получать гибриды, используя описанные в настоящем документе растения кукурузы. С применением стандартных методов скрещивания, обратного скрещивания и селекции, специалисты в данной области техники могут получать коммерческие сорта кукурузы с различными другими желаемыми признаками, кроме карликовости. Например, селекционеры могут получать коммерческие карликовые линии кукурузы и дополнительные признаки, такие как высокая эффективность использования питательных веществ, новообретенная устойчивость к гербицидам, повышенная урожайность, борьба с насекомыми, устойчивость к грибковым заболеваниям, устойчивость к вирусу, устойчивость к нематодам, устойчивость к бактериям, высокий выход масла, высокий выход белка, контроль прорастания и образования побегов, улучшенное питание животных и человека, устойчивость к стрессовым факторам окружающей среды (например, к стрессу, вызванному засухой), повышенная усвояемость, выработка промышленных ферментов, выработка фармацевтических белков, выработка фармацевтических пептидов, выработка фармацевтических молекул небольшого размера, улучшенные качества с точки зрения обработки, улучшенный вкус, улучшенное образование гибридных семян, снижение аллергенности, улучшенная выработка биополимеров или биотоплива и цитоплазматическая мужская стерильность.

[0076] Растения или линии кукурузы, раскрытые в настоящем документе, дополнительно могут быть генномодифицированными для экспрессии различных фенотипов, представляющих агрономический интерес. Примеры вовлеченных в этом отношении генов включают, но не ограничиваясь этим, гены, которые придают устойчивость к вредителям или болезням, гены, которые придают устойчивость или переносимость гербицидов, гены, которые модифицируют содержание масла, гены, которые контролируют мужскую стерильность, гены, которые влияют на устойчивость к абиотическому стрессу, и другие гены и факторы транскрипции, которые влияют на рост и агрономические характеристики растений, такие как урожайность, цветение, высота растений или строение растений.

Трансформация кукурузы

[0077] Раскрытые в настоящем документе растения кукурузы также могут быть генетически трансформированы. Разработаны многочисленные способы трансформации растений, включая протоколы биологической и физической трансформации растений. См., например, Mild, et al., ʺProcedures for Introducing Foreign DNA into Plantsʺ в Methods in Plant Molecular Biology and Biotechnology, Glick B. R. and Thompson, J. E. Eds. (CRC Press, Inc., Boca Raton, 1993) стр. 67-88. Кроме того, доступны векторы экспрессии и способы культивирования in vitro для трансформации растительных клеток или тканей и регенерации растений. См., например, Gruber, et al., ʺVectors for Plant Transformationʺ в Methods in Plant Molecular Biology and Biotechnology, Glick B. R. and Thompson, J. E. Eds. (CRC Press, Inc., Boca Raton, 1993) стр. 89-119.

[0078] Один из способов введения вектора экспрессии в растения основан на естественной трансформационной системе Agrobacterium. См., например, Horsch, et al., Science 227:1229 (1985). A. tumefaciens и A. rhizogenes представляют собой патогенные для растений бактерии почвы, которые генетически трансформируют растительные клетки. Описание векторных систем Agrobacterium и способов опосредованного Agrobacterium переноса гена приведено, например, в патенте США № 5563055 (Townsend и Thomas), который включен в настоящий документ посредством ссылки в полном объеме.

[0079] Несколько способов трансформации растений, которые в совокупности упоминаются как прямой перенос генов, были разработаны в качестве альтернативы опосредованной Agrobacterium трансформации. Общепринятым способом трансформации растений является баллистическая трансформация, при которой ДНК переносится на поверхность баллистических микрочастиц. Вектор экспрессии вводится в растительные ткани с помощью биолистического устройства, которое ускоряет микрочастицы до скоростей 300-600 м/с, что достаточно для проникновения в клеточные стенки и мембраны растительных клеток.

[0080] Другим способом физической доставки ДНК в растения является ультразвуковая обработка клеток-мишеней. В качестве альтернативы, для введения векторов экспрессии в растения применяются липосома и слияние сферопласта. Кроме того, можно применять электропорацию протопластов и цельные клетки и ткани.

[0081] После трансформации целевых тканей кукурузы экспрессия гена селекционного маркера позволяет предпочтительную селекцию трансформированных клеток, тканей и/или растений с применением способов регенерации и селекции, хорошо известных из уровня техники.

[0082] Вышеупомянутые способы трансформации обычно применяют для получения трансгенного сорта. Затем трансгенный сорт можно скрещивать с другим (нетрансформированным или трансформированным) сортом, чтобы получить новый трансгенный сорт. В качестве альтернативы, генетический признак, который был встроен в конкретную линию кукурузы с применением вышеуказанных способов трансформации, можно перенести в другую линию, применяя традиционные способы обратного скрещивания, которые хорошо известны в растениеводстве. Например, подход с обратным скрещиванием можно применять для переноса встроенного признака из обычного, неэлитного сорта в элитный сорт или из сорта, содержащего в геноме чужеродный ген, в сорт или сорта, которые не содержат этот ген.

[0083] Растения или семена кукурузы, раскрытые в настоящем документе, дополнительно могут быть получены одним или несколькими способами конструирования генома или могут подлежать дальнейшему геномному редактированию. Например, один или несколько аллелей укороченности могут быть введены в геном без признака укороченности. Иллюстративные способы конструирования генома включают мегануклеазы, цинк-пальцевую. нуклеазу, эффекторные нуклеазы, подобные активаторам транскрипции (TALEN), и систему CRISPR-cas9. См., например, Gaj et al., Trends in Biotechnology, 31(7):397-405 (2013).

Дополнительное разведение

[0084] Раскрытые в настоящем документе растения кукурузы можно дополнительно разводить с применением одного или более известных из уровня техники способов, например, чистопородного разведения, повторной селекции, массовой селекции и мутационной селекции. Чистопородное разведение начинается со скрещивания двух генотипов, таких как сорт кукурузы, содержащий аллель укороченности, описанный в настоящем документе, и другой сорт кукурузы, лишенный такой аллели. Если два первичных родителя не обеспечивают всех желаемых характеристик, то другие источники могут быть включены в популяцию производителей. При чистопородном способе высшие растения самоопыляются и отбираются в последовательных дочерних поколениях. В последующих дочерних поколениях гетерозиготное состояние уступает место гомогенным сортам в результате самоопыления и селекции. Как правило, в способе чистопородного разведения применяется пять или более последовательных дочерних поколений самоопыления и селекции: F₁ в F₂; F₂ в F₃; F₃ в F₄; F₄ в F₅ и т.д. После достаточного инбридинга последовательные дочерние поколения будут способствовать увеличению семени полученного сорта. Полученный сорт может содержать гомозиготные аллели в около 95% или более локусов.

[0085] В дополнение к применению обратного скрещивания для достижения конверсии, обратное скрещивание может дополнительно применяться в сочетании с чистопородным разведением. Как обсуждалось ранее, обратное скрещивание можно применять для переноса одного или более конкретно желаемых признаков из одного сорта, родителя-донора, в полученный сорт, который носит название повторного родителя и обладает в целом хорошими агрономическими характеристиками, но не обладает желаемым признаком или признаками. Тем не менее ту же самую методику можно применять для сдвига потомства к генотипу повторного родителя, с одновременным сохранением многих признаков не повторного родителя, останавливая обратное скрещивание на ранней стадии и продолжая самоопыление и селекцию. Например, сорт кукурузы может быть скрещен с другим сортом для получения растения-потомка первого поколения. Затем растение-потомок первого поколения может быть обратно скрещено с одним из родительских сортов для получения BC1 или BC2. Растения-потомки самоопыляются и отбираются таким образом, что вновь созданный сорт обладает многими желаемыми атрибутами повторного родителя, все же сохраняя некоторые из желаемых атрибутов одноразового родителя. В этом подходе используют ценность и сильные стороны повторного родителя для применения в новых сортах кукурузы.

[0086] Рекуррентная селекция представляет собой способ, применяемый в программе разведения растений для улучшения популяции растений. Способ подразумевает индивидуальное перекрестное опыление растений для получения потомства. Потомство выращивают, и потомство с лучшими характеристиками отбирают любым количеством способов селекции, которые включают индивидуальное растение, потомство полусибов, потомство полных сибов и самоопыляемое потомство. Отобранное потомство перекрестно опыляют друг с другом, получая потомство для другой популяции. Эту популяцию высаживают, и вновь растения с лучшими характеристиками отбирают для перекрестного опыления. Рекуррентная селекция является циклическим процессом и, таким образом, может повторяться столько раз, сколько потребуется. Цель рекуррентной селекции состоит в улучшении характеристик популяции. Улучшенная популяция затем может быть использована в качестве источника материала для разведения с целью получения новых сортов для коммерческого применения или разведения, включая получение синтетической линии. Синтетическая линия представляет собой результирующее потомство, образованное путем интеркроссинга нескольких отобранных сортов.

[0087] Массовая селекция является еще одним полезным способом для применения в сочетании с усиленной молекулярным маркером селекцией. При массовой селекции семена индивидуальных растений отбирают на основе фенотипа или генотипа. Затем отобранные семена объединяют и применяют для выращивания следующего поколения. Для массовой селекции требуется выращивание популяции растений большими партиями, что позволяет растениям самоопыляться, сбор семян насыпью, и последующее использование образца семян, собранных насыпью, для высадки следующего поколения. Кроме того, в рамках программы разведения вместо самоопыления можно применять целевое опыление.

[0088] Кроме того, для введения новых признаков в растения кукурузы, описанные в настоящем документе, можно применять мутационную селекцию. Мутации, возникающие спонтанно или вызванные искусственно, могут быть полезными источниками изменчивости для селекционера. Целью искусственного мутагенеза является увеличение скорости мутации до желаемой характеристики. Скорость мутаций может быть увеличена многими различными способами, включая температуру, долгосрочное хранение семян, условия культивирования тканей, облучение; например, рентгеновские лучи, гамма-лучи (например, кобальт 60 или цезий 137), нейтроны (продукт ядерного деления урана 235 в атомном реакторе), бета-излучение (испускаемое радиоизотопами, такими как фосфор 32 или углерод 14) или ультрафиолетовое излучение (от 2500 до 2900 нм) или химические мутагены (такие как аналоги оснований (5-бром-урацил), родственные соединения (8-этокси-кофеин), антибиотики (стрептонигрин), алкилирующие агенты (сернистые иприты, азотные иприты, эпоксиды, этиленамины, сульфаты, сульфонаты, сульфоны, лактоны), азид, гидроксиламин, азотистая кислота или акридины. Как только желаемый признак возникает в ходе мутагенеза, этот признак может затем быть встроен в существующую зародышевую плазму традиционными способами разведения.

[0089] В некоторых аспектах настоящего документа предлагаются двойные гаплоидные растения и семена кукурузы, которые содержат признак укороченности или маркерные аллели укороченности. Подход двойных гаплоидов (ДГ) дает изогенные растения в более короткие сроки и особенно пригоден для генерации инбредных линий и количественных исследований генетики. ДГ растений могут быть получены в соответствии со способами, известными из уровня техники. Например, начальная стадия включает гаплоидизацию растения, что приводит к получению популяции, дающей гаплоидные семена. Негомозиготные линии скрещивают с родителем-индуктором, что дает гаплоидных семена. Семена, в которых содержатся гаплоидные эмбрионы и нормальный триплоидный эндосперм, переносят на вторую стадию. После селекции гаплоидных семян из популяции, отобранные семена подвергают удвоению хромосом для получения двойных гаплоидных семян. Спонтанное удвоение хромосом в клеточной линии приведет к развитию нормальных гамет или к развитию нередуцированных гамет из гаплоидных клеточных линий. Химическое соединение, такое как колхицин, можно применять для увеличения скорости диплоидизации. Колхицин связывается с тубулином и предотвращает его полимеризацию в микротрубочки, тем самым останавливая митоз в метафазе, что можно применять для увеличения скорости диплоидизации, т.е. удвоения количества хромосом. Указанные химерные растения самоопыляются для получения диплоидных (двойных гаплоидных) семян. Полученное семя ДГ культивируют, а затем оценивают и применяют для получения скрещенных тестовых гибридов.

[0090] В настоящем документе дополнительно предлагается получение гибридных семян, содержащих один или несколько аллелей укороченности, описанных в настоящем документе, и демонстрирующих укороченный, карликовый или полукарликовый фенотип. Получение гибрида кукурузы в программе разведения растений кукурузы включает три стадии: (1) селекцию растений из различных пулов зародышевой плазмы для первичных скрещиваний с целью разведения; (2) самоопыление отобранных в результате скрещиваний с целью разведения растений на протяжении нескольких поколений для получения серии инбредных линий, которые, хотя и отличаются друг от друга, передают признак потомству и в высокой степени однородны; и (3) скрещивание отобранных инбредных линий с отличными инбредными линиями для получения гибридов. Во время процесса инбридинга в кукурузе сила линий уменьшается. Энергия восстанавливается, когда две разные инбредные линии скрещивают для получения гибрида. Важным следствием гомозиготности и однородности инбредных линий является то, что гибрид между определенной парой инбредов всегда будет одним и тем же. После того, как были идентифицированы инбреды, которые дают гибрид с лучшими характеристиками, гибридное семя можно воспроизводить неограниченно до тех пор, пока сохраняется гомогенность инбредных родителей.

[0091] Скрещиваемость линии, а также производительность линии является фактором в селекции улучшенных линий кукурузы, которые могут применяться в качестве инбредов для получения гибридов. Скрещиваемость относится к вкладу линии в качестве родителя при скрещивании с другими линиями для получения гибридов. Гибриды, полученные с целью селекции линий с лучшими характеристиками, обозначают как тестовые скрещивания. Одним из способов измерения скрещиваемости является применение значений разведения. Значения разведения основаны на общем среднем значении количества тестовых скрещиваний. Затем это среднее значение корректируют для исключения эффектов окружающей среды и корректируют с учетом известных генетических взаимосвязей между линиями.

[0092] Получение гибридных семян требует инактивации пыльцы, вырабатываемой женским родителем. Неполная инактивация пыльцы оставляет возможность самоопыления. Такое непреднамеренное самоопыленное семя может быть случайно собрано и упаковано вместе с гибридным семенем. Аналогичным образом, поскольку мужской родитель выращивается на поле рядом с женским родителем, существует также вероятность того, что самоопыленное семя мужского родителя может быть случайно собрано и упаковано вместе с гибридным семенем. После высадки семян из гибридного мешка можно идентифицировать и отбирать такие самоопыляемые растения. Эти самоопыляемые растения генетически эквивалентны одной из инбредных линий, применяемых для получения гибрида. Несмотря на то, что существует возможность включения инбредов в мешки с гибридными семенами, это встречается редко, поскольку предпринимаются меры предосторожности, чтобы избежать таких включений. Указанные самоопыляемые растения могут быть идентифицированы и отобраны специалистом в данной области техники с помощью визуальных или молекулярных способов.

Обнаружение маркера

[0093] В настоящем документе также предлагаются новые полиморфные маркеры из геномного участка Br2, которые можно применять для селекции укороченных растений кукурузы. Примеры полиморфных маркеров приведены в Табл. 2 и 7 с указанием их аллелей укороченности. Кроме того, маркеры в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от указанных типичных маркеров могут быть идентифицированы из уровня техники и применены в описанных в настоящем документе способах.

[0094] Генетические маркеры можно отличить друг от друга (а также от множества аллелей любого конкретного маркера) на основе длины и/или последовательности полинуклеотида. В общем, любой дифференциально унаследованный полиморфный признак (включая полиморфизм нуклеиновых кислот), который сегрегирует среди потомства, является потенциальным генетическим маркером.

[0095] В качестве набора полиморфные маркеры служат полезным инструментом для получения идентификационных отпечатков растений, позволяющих определить степень идентичности линий или сортов. Указанные маркеры могут служить основой для определения ассоциаций с фенотипом и могут применяться для обеспечения генетического эффекта. Внедрение селекции с помощью маркера зависит от возможности обнаружения и анализа основных генетических отличий между индивидуумами.

[0096] В этом случае способы анализа нуклеиновой кислоты включают, но не ограничиваясь этим, способы обнаружения на основе ПЦР, способы на основе микрочипов, способы на основе масс-спектрометрии и/или способы на основе секвенирования нуклеиновой кислоты. В одном аспекте обнаружение полиморфных сайтов в образце ДНК, РНК или кДНК может быть облегчено за счет применения способов амплификации нуклеиновой кислоты. В таких способах преднамеренно повышается концентрация полинуклеотидов, которые охватывают полиморфный сайт или включают этот сайт и последовательности, расположенные дистально или проксимально по отношению к нему. Такие амплифицированные молекулы могут быть легко обнаружены с помощью гель-электрофореза, способов обнаружения флуоресценции или других средств.

[0097] В способе достижения такой амплификации применяют полимеразную цепную реакцию (ПЦР) с применением пар праймеров, которые способны гибридизоваться с проксимальными последовательностями, определяющими полиморфизм, в их двухнитевой форме. Способы типирования ДНК на основе масс-спектрометрии описаны в патентах США 6613509 и 6503710 и процитированных в них ссылках.

[0098] Полиморфизмы в последовательностях ДНК могут быть обнаружены или типированы различными эффективными способами, хорошо известными из уровня техники, в том числе, но не ограничиваясь этим, такими, которые раскрыты в патентах США №№ 5468613, 5217863; 5210015; 5876930; 6030787; 6004744; 6013431; 5595890; 5762876; 5945283; 5468613; 6090558; 5800944; 5616464; 7312039; 7238476; 7297485; 7282355; 7270981 и 7250252, все из которых включены в настоящий документ посредством ссылки в полном объеме. Однако композиции и способы по настоящему изобретению можно применять в сочетании с любым способом типирования полиморфизма для типирования полиморфизмов в образцах геномной ДНК. Применяемые образцы геномной ДНК включают, но не ограничиваясь этим, геномную ДНК, выделенную непосредственно из растения или семени, клонированную геномную ДНК или амплифицированную геномную ДНК.

[0099] Например, полиморфизмы в последовательностях ДНК могут быть обнаружены путем гибридизации с аллельспецифичными олигонуклеотидными (АСО) зондами, как описано в патентах США 5468613 и 5217863. В патенте США 5468613 раскрыта аллельспецифичная олигонуклеотидная гибридизация, при которой одиночные или множественные нуклеотидные вариации в последовательности нуклеиновой кислоты могут быть обнаружены в нуклеиновых кислотах способом, в котором последовательность, содержащую нуклеотидную вариацию, амплифицируют, наносят на мембрану и обрабатывают меченым олигонуклеотидным зондом, специфичным в отношении последовательности.

[00100] Кроме того, целевая последовательность нуклеиновой кислоты может быть обнаружена способами лигирования зонда, как описано в патенте США 5800944, где целевую последовательность амплифицируют и гибридизуют с зондами, с последующим лигированием для обнаружения меченой части зонда.

[00101] Дополнительно, для обнаружения полиморфизма можно применять микрочипы, в которых комплексы олигонуклеотидных зондов собирают с перекрытием, чтобы представлять одинарную последовательность таким образом, что отличие от целевой последовательности в одной точке приведет к частичной гибридизации зонда (Borevitz et al., Genome Res. 13:513-523 (2003); Cui et al., Bioinformatics 21: 3852-3858 (2005)). Ожидается, что на любом микрочипе будет присутствовать множество целевых последовательностей, которые могут представлять гены и/или некодирующие участки, причем каждая целевая последовательность представлена скорее серией перекрывающихся олигонуклеотидов, чем одним зондом. Такая платформа обеспечивает высокую пропускную способность для скрининга множества полиморфизмов. Однофункциональный полиморфизм (ОФП) представляет собой полиморфизм, обнаруженный одним зондом в матрице олигонуклеотида, где признаком является зонд в массиве. Типирование целевых последовательностей с помощью способов на основе микрочипов раскрыто в патентах США 6799122; 6913879; и 6996476.

[00102] Целевая последовательность нуклеиновой кислоты дополнительно может быть обнаружена способами связывания зондов, как описано в патенте США 5616464, с применением по меньшей мере одной пары зондов, последовательности которых гомологичны смежным частям целевой последовательности нуклеиновой кислоты, и содержат боковые цепи, которые нековалентно связываются с образованием ствола при спаривании оснований зондов с целевой последовательностью нуклеиновой кислоты. По меньшей мере одна из боковых цепей содержит фотоактивируемую группу, которая может образовывать ковалентную поперечную связь с другим элементом боковой цепи ствола.

[00103] Другие способы обнаружения ОНП и инсерционно-делеционного полиморфизма включают способы достройки по одному основанию (ДОО). Примеры способов ДОО включают, но не ограничиваясь этим, такие, которые раскрыты в патентах США 6004744; 6013431; 5595890; 5762876; и 5945283. Способы ДОО основаны на удлинении нуклеотидного праймера, смежного с полиморфизмом, с целью введения при удлинении праймера обнаружимого нуклеотидного остатка. В некоторых аспектах в способе ДОО применяются четыре синтетических олигонуклеотида. Два из олигонуклеотидов служат в качестве ПЦР-праймеров и являются комплементарными к последовательности локуса геномной ДНК, которая фланкирует участок, содержащий анализируемый полиморфизм. После амплификации участка генома, содержащего полиморфизм, продукт ПЦР смешивают с третьим и четвертым олигонуклеотидами (так называемые удлиняющие праймеры), которые предназначены для гибридизации с амплифицированной ДНК, смежной с полиморфизмом, в присутствии ДНК-полимеразы и двух дифференциально меченых дидезоксинуклеозидтрифосфатов. Если полиморфизм присутствует в шаблоне, то один из меченых дидезоксинуклеозидтрифосфатов может быть добавлен к праймеру в достройке цепи по одному основанию. Далее присутствующий аллель выводится путем определения того, какая из двух дифференциальных меток была добавлена к удлиненному праймеру. Гомозиготные образцы будут приводить к включению только одного из двух меченых оснований, и, таким образом, будет обнаружена только одна из двух меток. В гетерозиготных образцах присутствуют оба аллеля и, таким образом, они направляют введение обеих меток (в разные молекулы удлиняемого праймера), и, таким образом, будут обнаружены обе метки.

[00104] В другом способе обнаружения ОНП полиморфизмы и инсерционно-делеционные полиморфизмы могут быть обнаружены способами, раскрытыми в патентах США №№ 5210015; 5876930; и 6030787, в которых олигонуклеотидный зонд содержит 5'-флуоресцентный репортерный краситель и 3'-гаситель красителя, ковалентно связанный с 5'- и 3'-концами зонда. Если зонд не поврежден, близость репортерного красителя к гасителю приводит к подавлению флуоресценции репортерного красителя, например, путем Форстеровского переноса энергии. Во время ПЦР прямые и обратные праймеры гибридизуются с конкретной целевой последовательностью ДНК, фланкирующей полиморфизм, тогда как гибридизационный зонд гибридизуется с полиморфизмсодержащей последовательностью в амплифицированном продукте ПЦР. В последующем цикле ПЦР ДНК-полимераза с активностью 5'→3' экзонуклеазы расщепляет зонд и отделяет репортерный краситель от гасителя, что приводит к усилению флуоресценции репортера.

[00105] В другом аспекте представляющий интерес локус или локусы могут быть непосредственно секвенированы с применением технологий секвенирования нуклеиновой кислоты. Способы секвенирования нуклеиновой кислоты известны из уровня техники и включают технологии, предоставляемые 454 Life Sciences (Бренфорд, Коннектикут), Agencourt Bioscience (Беверли, Массачусетс), Applied Biosystems (Фостер-Сити, Калифорния), LI-COR Biosciences (Линкольн, Небраска), NimbleGen Systems (Мэдисон, Висконсин), Illumina (Сан-Диего, Калифорния) и VisiGen Biotechnologies (Хьюстон, Техас). Указанные технологии секвенирования нуклеиновой кислоты включают такие форматы, как параллельный анализ с гранулами, секвенирование путем лигирования, капиллярный электрофорез, электронные микрочипы, «биочипы», микрочипы, параллельные микрочипы и одномолекулярные массивы, как описано в Service, Science 311:1544-46 (2006).

[00106] В альтернативных аспектах способы in silico можно применять для обнаружения представляющих интерес маркерных локусов. Например, последовательность нуклеиновой кислоты, содержащая представляющий интерес маркерный локус, может храниться в компьютере. Целевую последовательность маркерного локуса или ее гомолог можно идентифицировать с применением соответствующего алгоритма поиска нуклеиновой кислоты, как это предусмотрено, например, в таких легкодоступных программах, как BLAST или даже простые текстовые редакторы.

[00107] Любой из вышеупомянутых типов маркеров можно применять в контексте настоящего документа для определения аллелей укороченности или гаплотипов укороченности, связанных с укороченностью.

[00108] Маркеры для применения в способах по настоящему изобретению предпочтительно должны быть диагностическими по своей природе, чтобы сделать выводы о последующих популяциях. Имеющийся на сегодняшний день опыт показывает, что маркеры ОНП могут быть идеальными для картирования, поскольку вероятность того, что конкретный аллель ОНП получен из независимых источников в существующих популяциях определенного вида, очень низкая. Таким образом, маркеры ОНП, по-видимому, будут пригодными для отслеживания и содействия интрогрессии ЛКП, особенно в случае генотипов.

[00109] В некоторых аспектах генотипирование кукурузы, включая обнаружение ОНП, описанное в настоящем документе, может быть выполнено с помощью высокопроизводительного неразрушающего отбора семян. В некоторых аспектах таким образом отбирается гаплоидное семя, и только семя с по меньшей мере одним генотипом целевого маркера отбирается для удвоения. Были описаны устройства и способы для высокопроизводительного неразрушающего отбора семян, которые позволили бы преодолеть недостатки статистических выборок путем осуществления индивидуального анализа семян. Например, заявка на выдачу патента США серийный номер 11/213430 (подана 26 августа 2005 года); заявка на выдачу патента США серийный номер 11/213431 (подана 26 августа 2005 года); заявка на выдачу патента США серийный номер 11/213432 (подана 26 августа 2005 года); заявка на выдачу патента США серийный номер 11/213434 (подана 26 августа 2005 года); и заявка на выдачу патента США серийный номер 11/213435 (подана 26 августа 2005 года), заявка на выдачу патента США серийный номер 11/680611 (подана 2 марта 2007 года), которые включены в настоящий документ посредством ссылки в полном объеме, раскрывают аппарат и системы для автоматического отбора проб семян, а также способы отбора проб, тестирования и накопления семян.

Ассоциативное картирование

[00110] В одном аспекте настоящего документа дополнительно предлагаются гаплотипы, маркерные локусы, зародышевая плазма для проведения полногеномного ассоциативного картирования. Типичные маркерные локусы и аллели укороченности перечислены в Табл. 2. Полногеномное ассоциативное картирование проводится для поиска сигналов ассоциации для различных сложных признаков путем исследования генетической вариации во всем геноме. Ассоциативное картирование опирается на возможности хромосомной рекомбинации на протяжении большого количества поколений в истории вида, что позволяет устранить связь между ЛКП и любым маркером, не связанным с ним тесно, тем самым повышая скорость открытия истинной ассоциации (Jannink and Walsh, Quantitative Genetics, Genomics and Plant Breeding, Kang, Ed. CAB International, (2002) pp. 59-68).

[00111] Подход, применяемый для выявления связи фенотипической вариации с генетическими локусами, представляет собой ассоциативное картирование маркера-признака (МПА), также известное как картирование неравновесного сцепления (НС). В начале 1990-х годов картирование НС стало важным инструментом картирования генов с появлением высокопроизводительной технологии генотипирования и широко применяется в генетике человека для идентификации генов, влияющих на заболевания человека. Этот подход был введен и начал применяться в исследованиях с картированием генов растений в начале 2000-х годов (Flint-Garcia et al. (2003) Annu Rev Plant Biol 54: 357-374).

[00112] Картирование НС предполагает, что основной причиной НС является связь, которая связывает локусы на одной и той же хромосоме вместе при передаче следующему поколению. Однако из-за событий рекомбинации, накопленных в течение многих поколений в естественной популяции, каждая хромосома была глубоко перетасована, таким образом, что хромосома была разбита на множество крошечных участков, где локусы по-прежнему передаются вместе, но локусы из разных участков имеют тенденцию к независимой передаче, как если бы они происходили из разных хромосом. Хромосомные участки, где локусы связаны вместе при передаче, широко известны как блоки НС (Reich et al. (2001) Nature 411:199-204). Картирование НС идентифицирует гены, представляющие интерес, посредством генетических маркеров на блоках НС, где расположены гены. Это достигается путем выявления значимых ассоциаций между маркерами и признаками, на которые влияют гены, для выборки неродственных индивидуумов или выборки несвязанных пород, которые генотипируют по выбранному набору маркеров, охватывающих участки гена-кандидата или весь геном, и фенотипируют по набору представляющих интерес признаков.

[00113] По сравнению с традиционными способами картирования связей, которые обычно основаны на популяциях искусственной бипарентальной сегрегации (например, F2, BC, DH, RIL и т.д.), картирование НС обычно обеспечивает лучшее разрешение картирования благодаря меньшим размерам блоков НС. Кроме того, картирование НС подходит для идентификации более чем двух функциональных аллелей на ассоциированных маркерах в зародышевой плазме. Кроме того, картирование НС эффективно для оценки естественных популяций.

Идентификация ЛКП

[00114] В некоторых аспектах маркеры, аллели и гаплотипы, представленные в настоящем документе, могут быть применены для идентификации ЛКП, связанных с высотой растения и строением растения. Статистические принципы идентификации ЛКП включают штрафный регрессионный анализ, гребневую регрессию, одноточечный маркерный анализ, сложный анализ родословной, байесовский анализ Монте-Карло с использованием цепей Маркова, тождество по родословной, картирование диапазонов, сложное картирование диапазонов (СКД) и регрессию Хасемана-Элстона.

[00115] Маркеры ОНП идеально подходят для картирования, поскольку вероятность того, что конкретный аллель ОНП получен из независимых источников в существующих популяциях определенного вида, очень низкая. Таким образом, маркеры ОНП пригодны для отслеживания и содействия интрогрессии ЛКП, особенно в случае гаплотипов.

[00116] Генетическая связь дополнительных молекул-маркеров может быть установлена с помощью модели картирования генов, такой как, не ограничиваясь этим, модель фланкирующего маркера, описанная в Lander and Botstein, Genetics, 121:185-199 (1989), и картирование диапазонов, основанное на методах максимального правдоподобия, которое описано в Lander and Botstein, Genetics, 121:185-199 (1989) и реализовано в программном пакете MAPMAKER/QTL (Lincoln and Lander, Mapping Genes Controlling Quantitative Traits Using MAPMAKER/QTL, Whitehead Institute for Biomedical Research, Massachusetts, (1990). Дополнительное программное обеспечение включает Qgene, версия 2.23 (1996), Department of Plant Breeding and Biometry, 266 Emerson Hall, Cornell University, Ithaca, NY, руководство к которому включено в настоящий документ посредством ссылки в полном объеме).

[00117] Вычисляют оценку максимального правдоподобия (ОМП) для присутствия маркера, вместе с допущением отсутствия эффекта ЛКП для ОМП, чтобы избежать ложно-положительных результатов. Затем вычисляют log₁₀ соотношение нечетных значений (НПО) как: НПО=log₁₀ (ОМП для присутствия ЛКП/ОМП без связанного ЛКП). Оценка НПО по существу указывает на то, насколько более вероятным является появление данных при условии наличия ЛКП по сравнению с отсутствием. Пороговое значение НПО для исключения ложно-положительного результата с заданной достоверностью, скажем 95%, зависит от количества маркеров и длины генома. Графики, иллюстрирующие пороги НПО, приведены в Lander and Botstein, Genetics, 121:185-199 (1989), и дополнительно описаны в Arús and Moreno-González, Plant Breeding, Hayward, Bosemark, Romagosa (eds.) Chapman & Hall, London, pp. 314-331 (1993).

[00118] Можно применять дополнительные модели. Сообщалось о многих модификациях и альтернативных подходах к картированию диапазонов, в том числе с применением непараметрических способов (Kruglyak and Lander, Genetics, 139:1421-1428 (1995), полное содержание которого включено в настоящий документ посредством ссылки). Кроме того, можно применять многочисленные регрессионные способы или модели, в которых осуществляется регрессия признака на большом количестве маркеров (Jansen, Biometrics in Plant Breed, van Oijen, Jansen (eds.) Proceedings of the Ninth Meeting of the Eucarpia Section Biometrics in Plant Breeding, The Netherlands, pp. 116-124 (1994); Weber and Wricke, Advances in Plant Breeding, Blackwell, Berlin, 16 (1994)). Сочетание методик картирования диапазонов с регрессионным анализом, в соответствии с которым осуществляется регрессия фенотипа на один предполагаемый ЛКП в заданном диапазоне маркеров, и в то же время на ряд маркеров, которые служат в качестве «кофакторов», описано Jansen and Stam, Genetics, 136:1447-1455 (1994) и Zeng, Genetics, 136:1457-1468 (1994). Как правило, использование кофакторов уменьшает погрешность сдвига и ошибки выборки в оцененных позициях ЛКП (Utz and Melchinger, Biometrics in Plant Breeding, van Oijen, Jansen (eds.) Proceedings of the Ninth Meeting of the Eucarpia Section Biometrics in Plant Breeding, The Netherlands, pp.195-204 (1994), таким образом улучшая точность и эффективность картирования ЛКО (Zeng, Genetics, 136:1457-1468 (1994)). Указанные модели могут быть расширены для экспериментов с несколькими средами для анализа взаимодействий генотипа и окружающей среды (Jansen et al., Theo. Appl. Genet. 91:33-37 (1995)).

[00119] Композиции и способы согласно настоящему документу можно применять для направления СПМ или разведения сортов кукурузы с желательным дополнением (набором) аллельных форм, связанных с превосходящими агрономическими характеристиками (например, укороченность или карликовость). Любой из раскрытых маркерных аллелей можно вводить в линию кукурузы посредством интрогрессии, традиционным размножением (или вводить посредством трансформации или того и другого) с получением растения кукурузы с превосходящими агрономическими характеристиками.

[00120] Может быть осуществлена интрогрессия указанных маркерных локусов в любой желаемый геномный фон, зародышевую плазму, растение, линию, сорт и т.д. как часть общей программы разведения СПМ, предназначенной для улучшения строения кукурузы и повышения продуктивности.

[00121] Настоящий документ дополнительно относится к способу получения растения кукурузы-потомка и результирующего потомства растений кукурузы. В одном аспекте способ включает скрещивание первого родительского растения кукурузы со вторым растением кукурузы и выращивание родительского растения кукурузы в условиях роста растений, которые позволяют получить потомство растений кукурузы. Способы скрещивания и выращивания растений кукурузы хорошо известны специалистам из уровня техники. Такое потомство растений кукурузы можно анализировать на предмет аллелей укороченности, как описано в настоящем документе, и, таким образом, отбирать желаемое потомство. Такие растения-потомки или их семена можно продавать на рынке для производства кукурузы, применять для получения пищевых продуктов, обрабатывать для получения желаемого компонента кукурузы или далее применять в последующих раундах разведения. По меньшей мере одно из первого или второго растения кукурузы может быть растением кукурузы по настоящему изобретению, которое содержит по меньшей мере одну из аллельных форм маркеров по настоящему изобретению, таким образом, что потомство способно наследовать аллель.

Разведение путем селекции с помощью маркера (СПМ)

[00122] Полиморфные маркеры и их аллели укороченности, представленные в настоящем документе, можно применять в СПМ разведении укороченной кукурузы. В некоторых аспектах полиморфные маркеры, раскрытые в настоящем документе, находятся в кодирующей последовательности каузативного гена. Они идеально подходят для СПМ, поскольку не ожидается рекомбинации между ними и последовательностью ДНК, ответственной за фенотип. Маркеры не должны содержать или соответствовать каузальным мутациям, чтобы быть эффективными в СПМ.

[00123] Создание молекулярных маркеров в культурах может повысить эффективность селекции растений посредством СПМ. Генетические маркеры применяются для идентификации растений, которые содержат желаемый генотип в одном или более локусах, и которые, как ожидается, будут передавать своему потомству желаемый генотип вместе с желаемым фенотипом. Генетические маркеры можно применять для идентификации растений, содержащих желаемый генотип в одном локусе или в нескольких несвязанных или связанных локусах (например, гаплотип), и ожидается, что они будут передавать своему потомству желаемый генотип вместе с желаемым фенотипом. В настоящем документе предлагаются средства идентификации растений, которые содержат аллель укороченности, и таким образом являются укороченными или могут приводить к появлению укороченных растений.

[00124] Идентификация растений или зародышевой плазмы, которые содержат маркерный локус или маркерные локусы, связанные с желаемым признаком или признаками, обеспечивает основу для проведения СПМ. Растения, которые содержат благоприятные маркеры или благоприятные аллели, отбираются, в то время как растения, которые содержат маркеры или аллели, которые отрицательно коррелируют с желаемым признаком, могут быть отброшены. Может быть осуществлена интрогрессия желаемых маркеров и/или аллелей в растения с желаемым (например, элитным или экзотическим) генетическим фоном для получения интрогрессированного растения или зародышевой плазмы, содержащих желаемый признак. В некоторых аспектах предполагается, что множество маркеров для желаемых признаков последовательно или одновременно отбираются и/или вводятся интрогрессией. Комбинации маркеров, отобранных для одного растения, не ограничены и могут включать любую комбинацию маркеров, описанных в настоящем документе, или любой маркер, связанный с раскрытыми в настоящем документе маркерами, или любые маркеры, расположенные в пределах диапазонов ЛКП, определенных в настоящем документе.

[00125] В некоторых аспектах первое растение или зародышевая плазма кукурузы, проявляющие желаемый признак (донор, например, укороченная кукуруза), могут быть скрещены со вторым растением кукурузы или зародышевой плазмой (реципиентом, например, элитной или экзотической кукурузой, в зависимости от характеристик, которые желательно получить в потомстве) для создания интрогрессированного растения или зародышевой плазмы кукурузы в рамках программы разведения. В некоторых аспектах растение-реципиент может дополнительно содержать один или несколько локусов, связанных с одним или несколькими желаемыми признаками, которые могут быть локусами качественных или количественных признаков. В другом аспекте растение-реципиент может содержать трансген.

[00126] В некоторых аспектах реципиентное растение или зародышевая плазма кукурузы, как правило, не обладает желаемыми свойствами по сравнению с первым растением или зародышевой плазмой кукурузы, тогда как интрогрессированное растение или зародышевая плазма кукурузы будет демонстрировать улучшенные признаки по сравнению со вторым растением или зародышевой плазмой. Интрогрессированное растение или зародышевая плазма кукурузы, полученные указанными способами, также являются признаком настоящего изобретения.

[00127] СПМ является мощным упрощением селекции желаемых фенотипов и интрогрессии желаемых признаков в сорта (например, интрогрессия желаемых признаков в элитные линии). СПМ легко адаптируется к высокопроизводительным способам молекулярного анализа, с помощью которых можно быстро проводить скрининг большого количества генетического материала растений или зародышевой плазмы на предмет целевых маркеров, и с экономической точки зрения значительно выгоднее, чем культивирование и наблюдение за видимыми признаками растений.

Интрогрессия признака укороченности с применением СПМ

[00128] В настоящем документе предлагаются способы и маркеры для интрогрессии признака укороченности в новый сорт кукурузы с применением СПМ. Для достижения интрогрессии доступно несколько способов. Например, интрогрессия желаемого аллеля в указанном локусе может быть передана по меньшей мере одному потомку посредством скрещивания двух родителей одного и того же вида, где по крайней мере один из родителей содержит в геноме желаемый аллель. В качестве альтернативы, например, передача аллеля может происходить путем рекомбинации между двумя донорскими геномами, например, в слитом протопласте, где по меньшей мере один из протопластов-доноров содержит в геноме желаемый аллель. Желаемым аллелем может быть, например, аллель селекционного маркера, ЛКП, трансген и т.п. В любом случае потомство, содержащее желаемый аллель, может быть повторно обратно скрещено с линией, имеющей желаемый генетический фон, и проведена селекция на предмет желаемого аллеля, чтобы обеспечить фиксацию аллеля в выбранном генетическом фоне.

[00129] Интрогрессия одного или более желательных локусов из донорской линии в другую линию достигается посредством повторного обратного скрещивания с повторным родителем, которое сопровождается селекцией для сохранения одного или более локусов от родителя-донора. Проводят анализ потомства на предмет маркеров, связанных с признаком укороченности, и потомков с одним или более желаемыми маркерами отбирают для дальнейшего использования. В другом аспекте потомки могут быть проанализированы на предмет одного или нескольких маркеров для селекции растений с генотипом элитного с агрономической точки зрения родителя.

[00130] Обычно предполагается, что действия по интрогрессии признаков требуют более одного поколения, в котором потомство скрещивают с повторным (элитным с агрономической точки зрения) родителем, или проходит самоопыление. Селекцию проводят на основе наличия одного или более маркеров, связанных с признаком укороченности, а также она может быть проведена на основе повторяющегося родительского генотипа, где скрининг осуществляют на основе генетического маркера и/или фенотипа. В другом аспекте маркеры по изобретению можно применять в сочетании с другими маркерами, в идеале по меньшей мере на каждой хромосоме генома кукурузы, для отслеживания интрогрессии укороченности в элитную зародышевую плазму. В контексте настоящего документа применяется способ и композиции для интеграции признака укороченности. Авторы изобретения предполагают, что настоящий документ будет полезен для создания коммерческих сортов с признаком укороченности и другими элитными с агрономической точки зрения фенотипами.

[00131] Ниже приведены типичные варианты реализации настоящего изобретения.

[00132] Вариант реализации изобретения 1. Способ селекции растения или семени кукурузы, включающий:

a. обнаружение в популяции растений или семян кукурузы растения или семени кукурузы, содержащего аллель укороченности в полиморфном локусе, причем указанный полиморфный локус связан с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и

b. селекцию указанного растения или семени кукурузы, содержащего указанный аллель укороченности.

[00133] Вариант реализации изобретения 2. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанный полиморфный локус находится в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от указанного маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

[00134] Вариант реализации изобретения 3. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанный полиморфный локус выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

[00135] Вариант реализации изобретения 4. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанный полиморфный локус находится в неравновесном сцеплении с указанным маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109, и его показатель НПО составляет 2 или более, 3 или более, 4 или более, 5 или более, 6 или более, 7 или более, 8 или более или 9 или более.

[00136] Вариант реализации изобретения 5. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанный способ включает скрещивание первого растения кукурузы, содержащего указанный аллель укороченности, со вторым растением кукурузы с получением указанной популяции растений или семян кукурузы.

[00137] Вариант реализации изобретения 6. Способ согласно Варианту реализации изобретения 5, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает обратное скрещивание с указанным вторым растением кукурузы.

[00138] Вариант реализации изобретения 7. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанная популяция растений или семян кукурузы является сегрегирующей популяцией.

[00139] Вариант реализации изобретения 8. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанная популяция растений или семян кукурузы является популяцией гаплоидного размножения.

[00140] Вариант реализации изобретения 9. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанная стадия (a) включает маркерный анализ.

[00141] Вариант реализации изобретения 10. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанная стадия (a) включает применение одного или более праймеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23 и 24.

[00142] Вариант реализации изобретения 11. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанная стадия (a) включает применение одного или более зондов, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 25 и 26.

[00143] Вариант реализации изобретения 12. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение или семя является гомозиготным по указанному аллелю укороченности.

[00144] Вариант реализации изобретения 13. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение или семя является гетерозиготным по указанному аллелю укороченности.

[00145] Вариант реализации изобретения 14. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение или семя является инбредным.

[00146] Вариант реализации изобретения 15. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение или семя является гибридным.

[00147] Вариант реализации изобретения 16. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение или семя находится в элитной с агрономической точки зрения среде.

[00148] Вариант реализации изобретения 17. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение является карликовым.

[00149] Вариант реализации изобретения 18. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение является полукарликовым.

[00150] Вариант реализации изобретения 19. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение является укороченным.

[00151] Вариант реализации изобретения 20. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение или семя содержит моногенную конверсию в геномном участке Br2.

[00152] Вариант реализации изобретения 21. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанная популяция растений или семян кукурузы относится к одному или более местным сортам.

[00153] Вариант реализации изобретения 22. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение или семя содержит пониженный уровень мРНК или белка Br2 по сравнению с контрольным растением, не содержащим указанного аллеля укороченности.

[00154] Вариант реализации изобретения 23. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение или семя обладает сниженной активностью белка Br2 по сравнению с контрольным растением, не содержащим указанного аллеля укороченности.

[00155] Вариант реализации изобретения 24. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что высота указанного отобранного растения в стадии зрелости уменьшена на около 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% по сравнению с контрольным растением, не содержащим указанного аллеля укороченности.

[00156] Вариант реализации изобретения 25. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что урожайность указанного отобранного растения равна или превышает урожайность контрольного растения, не содержащего указанного аллеля укороченности.

[00157] Вариант реализации изобретения 26. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение требует для начала цветения на около 5%, 10%, 15%, 20% или 25% единиц тепла меньше, чем контрольное неукороченное растение.

[00158] Вариант реализации изобретения 27. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанное отобранное растение достигает относительной зрелости на около 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40% или 45% дней раньше, чем достигает относительной зрелости контрольное неукороченное растение.

[00159] Вариант реализации изобретения 28. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанный аллель укороченности является прогностическим для признака укороченности с точностью по меньшей мере около 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 99% или 100%.

[00160] Вариант реализации изобретения 29. Способ селекции растения или семени кукурузы, включающий:

a. генотипирование популяции растений или семян кукурузы в полиморфном локусе, связанном с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и

b. селекцию растения или семени кукурузы, содержащего аллель укороченности в указанном полиморфном локусе.

[00161] Вариант реализации изобретения 30. Способ согласно Варианту реализации изобретения 29, отличающийся тем, что указанный полиморфный локус находится в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от указанного маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

[00162] Вариант реализации изобретения 31. Способ согласно Варианту реализации изобретения 29, отличающийся тем, что указанный полиморфный локус выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

[00163] Вариант реализации изобретения 32. Способ создания популяции растений кукурузы, содержащих по меньшей мере один аллель, связанный с признаком укороченности, причем указанный способ включает стадии:

a. генотипирование первой популяции растений кукурузы, притом, что указанная популяция содержит по меньшей мере один аллель, связанный с признаком укороченности, и, при этом, указанный по меньшей мере один аллель укороченности связан с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109;

b. селекцию из указанной первой популяции одного или более растений кукурузы, содержащих указанный по меньшей мере один аллель укороченности; и

c. получение из указанных отобранных растений кукурузы второй популяции, с созданием таким образом популяции растений кукурузы, содержащих указанный по меньшей мере один аллель укороченности.

[00164] Вариант реализации изобретения 33. Способ согласно Варианту реализации изобретения 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один аллель укороченности находится в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от указанного маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

[00165] Вариант реализации изобретения 34. Способ согласно Варианту реализации изобретения 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один аллель укороченности находится на маркере, выбранном из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

[00166] Вариант реализации изобретения 35. Способ селекции растения или семени кукурузы, включающий:

a. выделение нуклеиновой кислоты из растения или семян кукурузы;

b. анализ указанной нуклеиновой кислоты для обнаружения полиморфного маркера, связанного с гаплотипом укороченности, причем указанный гаплотип укороченности содержит один или более, два или более, три или более, четыре или более, пять или более, шесть или более, семь или более или восемь или более аллелей укороченности маркеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и

c. селекцию растения или семени кукурузы с указанным гаплотипом укороченности.

[00167] Вариант реализации изобретения 36. Способ согласно Варианту реализации изобретения 35, отличающийся тем, что полиморфный маркер находится в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от указанного гаплотипа укороченности.

[00168] Вариант реализации изобретения 37. Способ согласно Варианту реализации изобретения 35, отличающийся тем, что указанный полиморфный маркер выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

[00169] Вариант реализации изобретения 38. Способ интрогрессии признака укороченности в сорт кукурузы, включающий:

a. скрещивание первого сорта кукурузы, содержащего признак укороченности, со вторым сортом кукурузы, не содержащим указанного признака укороченности, для получения одного или более растений кукурузы-потомков;

b. анализ указанного одного или более растений кукурузы-потомков для обнаружения аллеля укороченности, причем указанный аллель укороченности связан с маркером, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и

c. селекцию растения кукурузы-потомка, содержащего указанный аллель укороченности.

[00170] Вариант реализации изобретения 39. Способ согласно Варианту реализации изобретения 38, отличающийся тем, что указанный аллель укороченности находится в пределах около 20 сМ, 10 сМ, 5 сМ, 1 сМ, 0,5 сМ или менее 0,5 сМ от указанного маркера, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

[00171] Вариант реализации изобретения 40. Способ согласно Варианту реализации изобретения 39, отличающийся тем, что указанный аллель укороченности находится на указанном маркере, выбранном из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

[00172] Вариант реализации изобретения 41. Способ согласно Варианту реализации изобретения 39, отличающийся тем, что способ дополнительно включает:

d. скрещивание указанного отобранного растения-потомка с самим собой или с указанным вторым растением кукурузы для получения одного или более дополнительных растений кукурузы-потомков; и

e. селекцию другого растения-потомка, содержащего указанный аллель укороченности.

[00173] Вариант реализации изобретения 42. Способ согласно Варианту реализации изобретения 41, отличающийся тем, что стадия (e) селекции включает селекцию с помощью маркерa.

[00174] Вариант реализации изобретения 43. Гибридный карликовый или полукарликовый сорт кукурузы или его растительная часть, содержащие аллель укороченности, характеризующийся одной или несколькими последовательностями, выбранными из группы, состоящей из SEQ ID NO: 27-48.

[00175] Вариант реализации изобретения 44. Гибридный карликовый или полукарликовый сорт кукурузы или его растительная часть согласно Варианту реализации изобретения 43, отличающиеся тем, что указанный сорт является гомозиготным по указанному аллелю укороченности.

[00176] Вариант реализации изобретения 45. Гибридный карликовый или полукарликовый сорт кукурузы или его растительная часть согласно Варианту реализации изобретения 43, отличающиеся тем, что указанный сорт является трансгенным.

[00177] Вариант реализации изобретения 46. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает генотипирование указанной популяции растений или семян кукурузы по одной или более полиморфным последовательностям, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75.

[00178] Вариант реализации изобретения 47. Способ согласно Варианту реализации изобретения 1, отличающийся тем, что указанная стадия (a) дополнительно включает обнаружение аллеля укороченности в полиморфном локусе, выбранном из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75.

[00179] Вариант реализации изобретения 48. Способ согласно Варианту реализации изобретения 29, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает генотипирование указанной популяции растений или семян кукурузы по одной или более полиморфным последовательностям, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75.

[00180] Вариант реализации изобретения 49. Способ согласно Варианту реализации изобретения 29, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает селекцию растения кукурузы или семенного материала, содержащего аллель укороченности, выбранный из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

[00181] Вариант реализации изобретения 50. Способ согласно Варианту реализации изобретения 32, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает генотипирование указанной первой популяции растений кукурузы по одной или более полиморфным последовательностям, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75.

[00182] Вариант реализации изобретения 51. Способ согласно Варианту реализации изобретения 32, отличающийся тем, что стадия (a) указанного способа дополнительно включает генотипирование по меньшей мере по одному аллелю укороченности, выбранному из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

[00183] Вариант реализации изобретения 52. Способ согласно Варианту реализации изобретения 35, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает анализ указанной нуклеиновой кислоты для обнаружения одной или более полиморфных последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71-75.

[00184] Вариант реализации изобретения 53. Способ согласно Варианту реализации изобретения 35, отличающийся тем, что стадия (b) указанного способа дополнительно включает анализ указанной нуклеиновой кислоты для обнаружения по меньшей мере одного аллеля укороченности, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76-80.

ПРИМЕРЫ

Пример 1. Секвенирование геномного участка Br2 в панели как укороченных, так и неукороченных растений

[00185] Целевое секвенирование геномного участка Br2 проводили на наборе из 23 патентованных инбредных линий маиса (Табл. 1). Указанный набор линий в дальнейшем будет называться панелью BR2P_v1. Панель состоит из четырех укороченных линий из Северной Америки, шести укороченных линий из Мексики, двух укороченных линий из Италии и одной укороченной линии неизвестного происхождения. Как североамериканская, так и мексиканская инбредные линии получены из источника зародышевой плазмы с признаком укороченности, который происходит из Бразилии. Итальянские инбредные линии исходят из независимого европейского источника зародышевой плазмы с признаком укороченности. Для целей сравнения панель дополнительно содержит десять неукороченных линий из этих же регионов.

[00186] Multani et al. идентифицировали геномную последовательность гена Br2 и депонировали ее в GenBank, учетный номер AY366085. См. Science, 302(5642)81-84 (2003). Br2 был аннотирован как кодирующий предполагаемый белок, подобный аденозинтрифосфат (АТФ)-связывающим кассетным переносчикам класса P-гликопротеинов (ПГП) с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ). Последовательности внутренних контигов из геномного участка, содержащего ген Br2, проанализированы и обозначены в Табл. 1 как Mon B73.

[00187] Для секвенирования геномного участка Br2 сконструированы 16 наборов праймеров путем выравнивания последовательности Mon B73 гена Br2 с применением DNAStar. Указанные праймеры могут амплифицировать полноразмерный геномный ген Br2, включая фланкирующую последовательность размером 1 тыс. п.о. в направлении против хода транскрипции и вторую фланкирующую последовательность размером 2 тыс. п.о. в направлении по ходу транскрипции (всего около 11000 п.о.). ПЦР-амплификацию проводили с применением геномной ДНК, выделенной из каждой линии панели BR2P_v1. Условия термоциклизации ПЦР включают 30 секунд при 98°C, 35 циклов по 5 секунд при 98°C, 5 секунд при 60°C, 15 секунд при 72°C, 1,0 минуту при 72°C. Для аликвоты 50 мкл реакционной смеси ПЦР применяли 10 нг/мкл геномной ДНК, по 10 мкМ каждого праймера (прямого и обратного) и 1x смесь ДНК полимеразы для ПЦР Phire Hot Start II (Thermo Scientific). Далее продукты ПЦР очищали согласно протоколу ExoSap (Affymetrix) и передавали на секвенирование Sanger. Контиги последовательности собирали с применением SeqMan Pro в полноразмерные геномные последовательности Br2 для последующей идентификации полиморфизма.

*BR2: неукороченный фенотип; ** br2: укороченный фенотип; † ни: неизвестно; I294213 (см. патент США 7166779); I285291 (см. патент США 7211717); CV995128 (см. патент США 8319066); CV760185 (см. патент США 8581076); «Пол» обозначает, каким образом линия используется в комбинациях для получения гибрида; М (мужской); Ж (женский).

Пример 2. Идентификация новых полиморфизмов br2

[00188] В дополнение к геномному участку Br2, данные о последовательности также были получены для панели BR2P_v1 для участка гена Br2, лежащего в направлении по ходу транскрипции. Полиморфизмы последовательности идентифицированы на основе геномной и расположенной в направлении по ходу транскрипции последовательностей Br2, полученных для панели BR2P_v1. Всего идентифицировано 190 полиморфизмов, включая ОНП и инсерционно-делеционные полиморфизмы. Полиморфизм определяется как разница в последовательности ДНК между любой из 23 секвенированных линий по сравнению с эталонной последовательностью (MON_B73 или AY366085) или между любой из линий по сравнению друг с другом в панели BR2P_v1. В зависимости от местоположения полиморфизма также были определены любые модификации аминокислот, возникающие в результате полиморфизмa.

[00189] На предмет соответствия укороченному фенотипу проанализированы 190 идентифицированных полиморфизмов. В том числе, полиморфизмы, приведенные в SEQ ID NO: 1-22, полностью согласуются с фенотипом укороченности в мексиканских и североамериканских линиях панели BR2P_v1 (Табл. 2). Согласованность определяется как наличие во всех укороченных линиях из Мексики и Северной Америки одного аллеля из перечисленных полиморфизмов, тогда как во всех других линиях присутствует другой аллель.

[00190] Pilu et al. ранее сообщали об аллеле br2-23, содержащем делецию 8 п.о. на 3'-конце гена Br2 и заявляли о прямой связи между указанной делецией и фенотипом укороченности в своих растениях br2-23. См. Pilu et al., Molecular Breeding, 20:83-91(2007); см. также Cassani et al., Plant Growth Regul., 64(2):185-92 (2011). В панели BR2P_v1 присутствует такая же делеция 8 п.о., которая в настоящем документе обозначена как «делеция 8 п.о.». Делеция 8 п.о. начинается в положении 4148 последовательности мРНК Br2 на основании ссылки на геномную последовательность AY366085. Без делеции 8 п.о. белок Br2 (PGP1) содержит аминокислотные остатки N-G-W (аспарагин-глицин-триптофан) из пораженных кодонов. Хотя делеция 8 п.о. вызывает сдвиг рамки, новая последовательность по-прежнему кодирует N (аспарагин), а затем G-W (глицин-триптофан). Это связано с тем, что удаленная последовательность 8 п.о. является частью небольшого тетрануклеотидного повтора, который дает повторы аминокислотных остатков в белке. Из-за сдвига рамки делеция 8 п.о. прогнозируемо приводит к удалению трех аминокислот из транслированного белка Br2. Однако неясно, какое влияние, если таковое присутствует, недостающие аминокислоты оказывают на функции белка Br2.

[00191] В противоположность описанному Pilu et al., делеция 8 п.о. в панели BR2P_v1 не согласуется с фенотипом укороченности. Однако, указанная делеция, согласуется с неукороченными мужскими линиями, которые происходят из Северной Америки, Мексики и Италии (выделены полужирным начертанием шрифта в Табл. 3). Это наводит на мысль об отсутствии прямой связи между делецией 8 п.о. и фенотипом укороченности.

*Физическое местоположение на публичной карте B73 RefGen_v3 (п.о.); ОНП=однонуклеотидный полиморфизм; ИНДЕЛ=инсерционно-делеционный полиморфизм; п.о.=пара оснований последовательности B73 RefGen_v3 Аризонского института геномики; ни: неизвестно.

Пример 3. Прогностическое значение полиморфного маркера SEQ ID 7

[00192] SEQ ID 7 представляет однонуклеотидный полиморфизм (ОНП) в Br2 Экзон 4, содержащий аллель укороченности (аллель T) и аллель без признака укороченности (аллель G). Указанный ОНП находится в положении 1560 последовательности мРНК Br2 (PGP1) на основании AY366085 и соответствует 520-му аминокислотному остатку белка. Указанный ОНП приводит к синонимической замене, поскольку оба аллеля дают кодон для лейцина (Табл. 4).

[00193] Мексиканские и североамериканские линии с фенотипом укороченности в панели BR2P_v1 несут аллель укороченности SEQ ID 7 (аллель Т). Неукороченные линии несут аллель без признака укороченности (аллель G). Признак укороченности является рецессивным. Связь между SEQ ID 7 и укороченностью была дополнительно протестирована с применением дополнительных сортов кукурузы, отсутствующих в панели BR2P_v1. SEQ ID 7 с точностью 100% прогнозирует укороченность в североамериканских линиях (n=20) и с точностью 98% - в мексиканских линиях (n=47). В итальянских линиях (n=14) SEQ ID 7 прогнозирует укороченность с точностью 50% (Табл. 5). Полученные результаты демонстрируют, что SEQ ID 7 в высокой степени связана с признаком укороченности в мексиканских и североамериканских линиях, но в меньшей степени в итальянских линиях.

T=укороченный (br2); G=неукороченный (Br2).

Пример 4. Анализ интронного сплайсинга

[00194] SEQ ID 7 была валидирована на панели укороченного и неукороченного материала из Мексики, и продемонстрировано, что она с точностью 96% прогнозирует укороченный фенотип. Поскольку несколько неукороченных мексиканских линий в валидационной панели были генотипированы с аллелем TT укороченности, вероятно, в этих линиях присутствуют дополнительные полиморфизмы, оказывающие функциональное влияние на признак укороченности. Остальные 10 полиморфизмов, которые полностью согласовались с фенотипом укороченности в панели BR2P_v1, расположены в Интроне 3 и Интроне 4. Это наводит на мысль о возможности влияния указанных полиморфизмов на сплайсинговые соединения интрон/экзон и, таким образом, модификации процессинга мРНК.

[00195] VISTA-Point (доступно по адресу веб-страницы pipeline.lbl.gov/cgi-bin/gateway2) применяется для поиска островков интронной консервативности при парных сравнениях в однодольных. Идентифицированы мотивы сайтов сплайсинга, точки ветвления и консервативные участки гена PGP1 на основании последовательности AY366085. Маркер SEQ ID 8 содержит инсерцию 5'-GTCCGT-3' в начале Интрона 4 и на последнем нуклеотиде предполагаемого сайта сплайсингa. Указанная инсерционная последовательность включает нуклеотиды консенсусного сайта сплайсинга «GTNNGT» (Reddy et al., Annu. Rev. Plant Biol. 58:267-94(2007)). Близость указанной инсерции к 3'-концу Экзона 4 и к вероятному сайту сплайсинга указывает на высокую вероятность функциональности.

Пример 5: Интрогрессия аллеля укороченности br2 для получения нового укороченного сорта

[00196] Растение кукурузы, содержащее аллель укороченности, описанный в настоящем документе, скрещивают с другой неукороченной линией кукурузы, обладающей желательным признаком (например, повышенной урожайностью при стрессе вследствие засухи, холодовом, тепловом). Растения-потомки указанного скрещивания F₁ анализируют на предмет наличия одного или более маркеров ОНП, приведенных в Табл. 2, с целью селекции аллеля укороченности. Затем проводят обратное скрещивание отобранного растения-потомка F₁ с родительской неукороченной линией кукурузы, обладающей желательным признаком (повторный родитель). Растения из поколения BC1 дополнительно генотипируют с применением маркеров ОНП, приведенных в Табл. 2, с целью селекции аллеля укороченности. После нескольких раундов обратного скрещивания (например, 5-7 поколений) получают новую укороченную линию кукурузы, обладающую желаемым признаком в повторяющейся родительской элитной линии.

Пример 6: Дополнительные полиморфизмы Br2 в экзоне 5

[00197] В экзоне 5 последовательности, кодирующей Br2, идентифицированы дополнительные полиморфизмы Br2. Указанные полиморфные последовательности приведены в Табл. 7. На основании указанных полиморфизмов созданы маркеры, которые применяются для контроля признака укороченности, отдельно или в сочетании с одним или несколькими полиморфизмами, перечисленными в Табл. 2.

¹Геномное положение на AY366085, начиная с первого нуклеотида кодирующего участка и включая интроны.

²Положение мРНК, начиная с первого нуклеотида кодирующего участка и не включая интроны.

Пример 7. Дополнительные полиморфизмы Br2 и маркеры для мексиканских и североамериканских линий

[00198] Результаты дальнейшего секвенирования панели BR2P_v1 в Табл. 1 демонстрируют большее количество полиморфных последовательностей Br2, а также предоставляют обновленную информацию о последовательности ранее идентифицированных полиморфизмов. Указанные новые полиморфные последовательности и маркеры, включая их типичные аллели укороченности и аллели без признака укороченности, приведены в Табл. 8. Полиморфизмы из Табл. 8 полностью согласуются с фенотипом укороченности в мексиканских и североамериканских линиях панели BR2P_v1.

*Физическое местоположение на публичной карте B73 RefGen_v3 (п.о.); ОНП=однонуклеотидный полиморфизм; ИНДЕЛ=инсерционно-делеционный полиморфизм; п.о.=пара оснований последовательности B73 RefGen_v3 Аризонского института геномики; ни: неизвестно.

*Физическое местоположение на публичной карте B73 RefGen_v3 (п.о.); ОНП=однонуклеотидный полиморфизм; ИНДЕЛ=инсерционно-делеционный полиморфизм; п.о.=пара оснований последовательности B73 RefGen_v3 Аризонского института геномики; ни: неизвестно.

[00199] Среди указанных новых маркеров SEQ ID NO: 86 и 87 находятся на том же участке, что и SEQ ID NO: 1-4, и предоставляют обновленные последовательности для предыдущих четырех полиморфных маркеров. SEQ ID NO: 88 представляет консолидацию полиморфизмов из SEQ ID NO: 9 и 10.

Пример 8: Дополнительные полиморфизмы Br2 и маркеры для итальянских линий

[00200] В результате дальнейшего секвенирования дополнительных укороченных итальянских линий получен новый полиморфный маркер Br2 (SEQ ID NO: 95, Табл. 9), согласующийся с фенотипом укороченности в итальянских линиях панели BR2P_v1 из Табл. 1. Указанный маркер является уникальным для укороченных линий итальянского происхождения. Аллель без признака укороченности SEQ ID NO: 95 содержит инсерцию размером 579 п.о.

[00201] Кроме того, дополнительные полиморфизмы (SEQ ID NO: 96-109, Табл. 9) идентифицированы в итальянских укороченных линиях (Табл. 9). Неожиданно было обнаружено, что указанные маркеры, хотя и выглядят уникальными для укороченных итальянских линий, но аллели укороченности выглядят идентичными референтным последовательностям B73 (без признака укороченности).

[00202] Точность селекции с помощью маркера была оценена для SEQ ID NO: 95. Среди 34 итальянских линий, генотипированных по SEQ ID NO: 95, 8 линий укороченные, а остальные 26 линий неукороченные. Семь из 8 укороченных линий несут инсерцию размером 579 п.о. (аллель укороченности, последовательность инсерции приведена в SEQ ID NO: 110), в то время как ни одна из 26 неукороченных линий не несет такой инсерции. Поэтому общая точность прогнозирования составляет 97% (Табл. 10). Типичные последовательности праймеров и зондов, применяемых для маркера генотипа SEQ ID NO: 95, приведены в Табл. 11.

[00203] Поскольку различные модификации могут быть осуществлены в описанных и проиллюстрированных конструкциях и способах без выхода за пределы объема изобретения, предполагается, что весь материал, изложенный в предыдущем описании или проиллюстрированный в прилагаемых графических материалах, должен интерпретироваться как иллюстративный, а не ограничивающий. Широта и объем настоящего раскрытия не должны ограничиваться каким-либо из вышеописанных типичных вариантов реализации изобретения, но должны определяться только в соответствии со следующей формулой изобретения, прилагаемой к настоящему документу, и ее эквивалентами. Все патентные и непатентные документы, процитированные в настоящем документе, включены в настоящий документ посредством ссылки в полном объеме.

--->

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> Monsanto Technology LLC

<120> СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ УКОРОЧЕННЫХ РАСТЕНИЙ КУКУРУЗЫ

<130> P34302WO00/0016517.00553

<150> US 62/153,831

<151> 2015-04-28

<150> US 62/180,430

<151> 2015-06-16

<160> 120

<170> PatentIn версия 3.5

<210> 1

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (72)..(72)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 1

ttgcctagca catgcctgcc attgaccgac tgctcagtga gaagtggttc agttgtgctg 60

ttgacagtat anatagatat atatagtagc cctgtagatt tttttttcag acaaaaaaag 120

aagaagaacg agatgaagtc tgc 143

<210> 2

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (72)..(72)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 2

ctagcacatg cctgccattg accgactgct cagtgagaag tggttcagtt gtgctgttga 60

cagtatagat anatatatat agtagccctg tagatttttt tttcagacaa aaaaagaaga 120

agaacgagat gaagtctgca att 143

<210> 3

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (72)..(72)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 3

acatgcctgc cattgaccga ctgctcagtg agaagtggtt cagttgtgct gttgacagta 60

tagatagata tntatagtag ccctgtagat ttttttttca gacaaaaaaa gaagaagaac 120

gagatgaagt ctgcaattcg gtt 143

<210> 4

<211> 146

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (72)..(75)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(75)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 4

catgcctgcc attgaccgac tgctcagtga gaagtggttc agttgtgctg ttgacagtat 60

agatagatat annnngtagc cctgtagatt tttttttcag acaaaaaaag aagaagaacg 120

agatgaagtc tgcaattcgg ttttgg 146

<210> 5

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (70)..(72)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (70)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 5

gctgttgaca gtatagatag atatatatag tagccctgta gatttttttt tcagacaaaa 60

aaagaagaan nncgagatga agtctgcaat tcggttttgg cagggcaaat cctgctggac 120

gggcacgacc tcaggtcgct gga 143

<210> 6

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (70)..(70)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (70)..(70)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 6

tgacagtata gatagatata tatagtagcc ctgtagattt ttttttcaga caaaaaaaga 60

agaagaacgn gatgaagtct gcaattcggt tttggcaggg caaatcctgc tggacgggca 120

cgacctcagg tcgctggagc t 141

<210> 7

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (72)..(72)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 7

tttttttttc agacaaaaaa agaagaagaa cgagatgaag tctgcaattc ggttttggca 60

gggcaaatcc tnctggacgg gcacgacctc aggtcgctgg agctgcggtg gctgcggcgg 120

cagatcgggc tggtgagcca gga 143

<210> 8

<211> 144

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (72)..(77)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(77)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 8

aggcggccag ggtggccaac gcccactcct tcatcatcaa actccccgac ggctacgaca 60

cgcaggtccg tnnnnnnccc gtatagctag ctcactagct gcactgccac ttctctcgct 120

tgctccccca ccgttgctgc ctgt 144

<210> 9

<211> 136

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (66)..(67)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (66)..(67)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 9

caacgcccac tccttcatca tcaaactccc cgacggctac gacacgcagg tccgtcccgt 60

atagcnntag ctcactagct gcactgccac ttctctcgct tgctccccca ccgttgctgc 120

ctgttgctct ccaatc 136

<210> 10

<211> 136

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (64)..(65)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (64)..(65)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 10

gcccactcct tcatcatcaa actccccgac ggctacgaca cgcaggtccg tcccgtatag 60

ctanngctca ctagctgcac tgccacttct ctcgcttgct cccccaccgt tgctgcctgt 120

tgctctccaa tccact 136

<210> 11

<211> 133

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> вариант

<222> (62)..(62)

<223> n = A, T, C, G или делеция

<220>

<221> misc_feature

<222> (62)..(62)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 11

ctccttcatc atcaaactcc ccgacggcta cgacacgcag gtccgtcccg tatagctagc 60

tnactagctg cactgccact tctctcgctt gctcccccac cgttgctgcc tgttgctctc 120

caatccactt gtc 133

<210> 12

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (70)..(70)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 12

cacacgcaca cacacagatc gcctgacaag ccagccattg cttcagatca aagaaactgc 60

gtaataattn ctttctttct ttctttcttt ctttccagag cacaagggag gggggttata 120

atggctagta cctgactgac t 141

<210> 13

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 13

agccagccat tgcttcagat caaagaaact gcgtaataat tcctttcttt ctttctttct 60

ttctttccag ancacaaggg aggggggtta taatggctag tacctgactg actgtacgag 120

ccgagattaa cggcagtcac ctc 143

<210> 14

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 14

atcgccctgc tggccatttg gcaccaccta gtcgtacatg tgttcagtca tttccgtcca 60

ttactactac gnccgtgctc acccgtgccg acgcgccgtg catggtcccc gtcccggctg 120

gaacgcgtcc tcggaagaga gag 143

<210> 15

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 15

ccattactac tacgaccgtg ctcacccgtg ccgacgcgcc gtgcatggtc cccgtcccgg 60

ctggaacgcg tnctcggaag agagagatag agcacagcag acagggagac agggatggaa 120

ggatggcgtt cgcccggtac agg 143

<210> 16

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 16

cattactact acgaccgtgc tcacccgtgc cgacgcgccg tgcatggtcc ccgtcccggc 60

tggaacgcgt cntcggaaga gagagataga gcacagcaga cagggagaca gggatggaag 120

gatggcgttc gcccggtaca ggt 143

<210> 17

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 17

attactacta cgaccgtgct cacccgtgcc gacgcgccgt gcatggtccc cgtcccggct 60

ggaacgcgtc cncggaagag agagatagag cacagcagac agggagacag ggatggaagg 120

atggcgttcg cccggtacag gtt 143

<210> 18

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 18

ttactactac gaccgtgctc acccgtgccg acgcgccgtg catggtcccc gtcccggctg 60

gaacgcgtcc tnggaagaga gagatagagc acagcagaca gggagacagg gatggaagga 120

tggcgttcgc ccggtacagg ttg 143

<210> 19

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 19

ttactactac gaccgtgctc acccgtgccg acgcgccgtg catggtcccc gtcccggctg 60

gaacgcgtcc tnggaagaga gagatagagc acagcagaca gggagacagg gatggaagga 120

tggcgttcgc ccggtacagg ttg 143

<210> 20

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 20

ctactacgac cgtgctcacc cgtgccgacg cgccgtgcat ggtccccgtc ccggctggaa 60

cgcgtcctcg gnagagagag atagagcaca gcagacaggg agacagggat ggaaggatgg 120

cgttcgcccg gtacaggttg cta 143

<210> 21

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 21

tactacgacc gtgctcaccc gtgccgacgc gccgtgcatg gtccccgtcc cggctggaac 60

gcgtcctcgg angagagaga tagagcacag cagacaggga gacagggatg gaaggatggc 120

gttcgcccgg tacaggttgc tag 143

<210> 22

<211> 146

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(75)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 22

actacgaccg tgctcacccg tgccgacgcg ccgtgcatgg tccccgtccc ggctggaacg 60

cgtcctcgga annnngagag agatagagca cagcagacag ggagacaggg atggaaggat 120

ggcgttcgcc cggtacaggt tgctag 146

<210> 23

<211> 25

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(25)

<223> праймер

<400> 23

gatgaagtct gcaattcggt tttgg 25

<210> 24

<211> 18

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(18)

<223> праймер

<400> 24

gctcaccagc ccgatctg 18

<210> 25

<211> 15

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(15)

<223> зонд

<400> 25

ccgtccagaa ggatt 15

<210> 26

<211> 14

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(14)

<223> зонд

<400> 26

cgtccagcag gatt 14

<210> 27

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 27

ttgcctagca catgcctgcc attgaccgac tgctcagtga gaagtggttc agttgtgctg 60

ttgacagtat atatagatat atatagtagc cctgtagatt tttttttcag acaaaaaaag 120

aagaagaacg agatgaagtc tgc 143

<210> 28

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 28

ctagcacatg cctgccattg accgactgct cagtgagaag tggttcagtt gtgctgttga 60

cagtatagat atatatatat agtagccctg tagatttttt tttcagacaa aaaaagaaga 120

agaacgagat gaagtctgca att 143

<210> 29

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 29

acatgcctgc cattgaccga ctgctcagtg agaagtggtt cagttgtgct gttgacagta 60

tagatagata tgtatagtag ccctgtagat ttttttttca gacaaaaaaa gaagaagaac 120

gagatgaagt ctgcaattcg gtt 143

<210> 30

<211> 142

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 30

catgcctgcc attgaccgac tgctcagtga gaagtggttc agttgtgctg ttgacagtat 60

agatagatat agtagccctg tagatttttt tttcagacaa aaaaagaaga agaacgagat 120

gaagtctgca attcggtttt gg 142

<210> 31

<211> 140

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 31

gctgttgaca gtatagatag atatatatag tagccctgta gatttttttt tcagacaaaa 60

aaagaagaac gagatgaagt ctgcaattcg gttttggcag ggcaaatcct gctggacggg 120

cacgacctca ggtcgctgga 140

<210> 32

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 32

tgacagtata gatagatata tatagtagcc ctgtagattt ttttttcaga caaaaaaaga 60

agaagaacgg gatgaagtct gcaattcggt tttggcaggg caaatcctgc tggacgggca 120

cgacctcagg tcgctggagc t 141

<210> 33

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 33

tgacagtata gatagatata tatagtagcc ctgtagattt ttttttcaga caaaaaaaga 60

agaagaacgg gatgaagtct gcaattcggt tttggcaggg caaatcctgc tggacgggca 120

cgacctcagg tcgctggagc t 141

<210> 34

<211> 144

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 34

aggcggccag ggtggccaac gcccactcct tcatcatcaa actccccgac ggctacgaca 60

cgcaggtccg tgtccgtccc gtatagctag ctcactagct gcactgccac ttctctcgct 120

tgctccccca ccgttgctgc ctgt 144

<210> 35

<211> 136

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 35

caacgcccac tccttcatca tcaaactccc cgacggctac gacacgcagg tccgtcccgt 60

atagcggtag ctcactagct gcactgccac ttctctcgct tgctccccca ccgttgctgc 120

ctgttgctct ccaatc 136

<210> 36

<211> 136

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 36

gcccactcct tcatcatcaa actccccgac ggctacgaca cgcaggtccg tcccgtatag 60

ctatagctca ctagctgcac tgccacttct ctcgcttgct cccccaccgt tgctgcctgt 120

tgctctccaa tccact 136

<210> 37

<211> 133

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 37

ctccttcatc atcaaactcc ccgacggcta cgacacgcag gtccgtcccg tatagctagc 60

taactagctg cactgccact tctctcgctt gctcccccac cgttgctgcc tgttgctctc 120

caatccactt gtc 133

<210> 38

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 38

cacacgcaca cacacagatc gcctgacaag ccagccattg cttcagatca aagaaactgc 60

gtaataattt ctttctttct ttctttcttt ctttccagag cacaagggag gggggttata 120

atggctagta cctgactgac t 141

<210> 39

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 39

agccagccat tgcttcagat caaagaaact gcgtaataat tcctttcttt ctttctttct 60

ttctttccag atcacaaggg aggggggtta taatggctag tacctgactg actgtacgag 120

ccgagattaa cggcagtcac ctc 143

<210> 40

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 40

atcgccctgc tggccatttg gcaccaccta gtcgtacatg tgttcagtca tttccgtcca 60

ttactactac ggccgtgctc acccgtgccg acgcgccgtg catggtcccc gtcccggctg 120

gaacgcgtcc tcggaagaga gag 143

<210> 41

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 41

ccattactac tacgaccgtg ctcacccgtg ccgacgcgcc gtgcatggtc cccgtcccgg 60

ctggaacgcg tgctcggaag agagagatag agcacagcag acagggagac agggatggaa 120

ggatggcgtt cgcccggtac agg 143

<210> 42

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 42

cattactact acgaccgtgc tcacccgtgc cgacgcgccg tgcatggtcc ccgtcccggc 60

tggaacgcgt catcggaaga gagagataga gcacagcaga cagggagaca gggatggaag 120

gatggcgttc gcccggtaca ggt 143

<210> 43

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 43

attactacta cgaccgtgct cacccgtgcc gacgcgccgt gcatggtccc cgtcccggct 60

ggaacgcgtc cccggaagag agagatagag cacagcagac agggagacag ggatggaagg 120

atggcgttcg cccggtacag gtt 143

<210> 44

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 44

ttactactac gaccgtgctc acccgtgccg acgcgccgtg catggtcccc gtcccggctg 60

gaacgcgtcc tgggaagaga gagatagagc acagcagaca gggagacagg gatggaagga 120

tggcgttcgc ccggtacagg ttg 143

<210> 45

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 45

tactactacg accgtgctca cccgtgccga cgcgccgtgc atggtccccg tcccggctgg 60

aacgcgtcct ccgaagagag agatagagca cagcagacag ggagacaggg atggaaggat 120

ggcgttcgcc cggtacaggt tgc 143

<210> 46

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 46

ctactacgac cgtgctcacc cgtgccgacg cgccgtgcat ggtccccgtc ccggctggaa 60

cgcgtcctcg gtagagagag atagagcaca gcagacaggg agacagggat ggaaggatgg 120

cgttcgcccg gtacaggttg cta 143

<210> 47

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 47

tactacgacc gtgctcaccc gtgccgacgc gccgtgcatg gtccccgtcc cggctggaac 60

gcgtcctcgg acgagagaga tagagcacag cagacaggga gacagggatg gaaggatggc 120

gttcgcccgg tacaggttgc tag 143

<210> 48

<211> 146

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 48

actacgaccg tgctcacccg tgccgacgcg ccgtgcatgg tccccgtccc ggctggaacg 60

cgtcctcgga actcggagag agatagagca cagcagacag ggagacaggg atggaaggat 120

ggcgttcgcc cggtacaggt tgctag 146

<210> 49

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 49

ttgcctagca catgcctgcc attgaccgac tgctcagtga gaagtggttc agttgtgctg 60

ttgacagtat agatagatat atatagtagc cctgtagatt tttttttcag acaaaaaaag 120

aagaagaacg agatgaagtc tgc 143

<210> 50

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 50

ctagcacatg cctgccattg accgactgct cagtgagaag tggttcagtt gtgctgttga 60

cagtatagat agatatatat agtagccctg tagatttttt tttcagacaa aaaaagaaga 120

agaacgagat gaagtctgca att 143

<210> 51

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 51

acatgcctgc cattgaccga ctgctcagtg agaagtggtt cagttgtgct gttgacagta 60

tagatagata tatatagtag ccctgtagat ttttttttca gacaaaaaaa gaagaagaac 120

gagatgaagt ctgcaattcg gtt 143

<210> 52

<211> 146

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 52

catgcctgcc attgaccgac tgctcagtga gaagtggttc agttgtgctg ttgacagtat 60

agatagatat atatagtagc cctgtagatt tttttttcag acaaaaaaag aagaagaacg 120

agatgaagtc tgcaattcgg ttttgg 146

<210> 53

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 53

gctgttgaca gtatagatag atatatatag tagccctgta gatttttttt tcagacaaaa 60

aaagaagaag aacgagatga agtctgcaat tcggttttgg cagggcaaat cctgctggac 120

gggcacgacc tcaggtcgct gga 143

<210> 54

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 54

tgacagtata gatagatata tatagtagcc ctgtagattt ttttttcaga caaaaaaaga 60

agaagaacga gatgaagtct gcaattcggt tttggcaggg caaatcctgc tggacgggca 120

cgacctcagg tcgctggagc t 141

<210> 55

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 55

tttttttttc agacaaaaaa agaagaagaa cgagatgaag tctgcaattc ggttttggca 60

gggcaaatcc tgctggacgg gcacgacctc aggtcgctgg agctgcggtg gctgcggcgg 120

cagatcgggc tggtgagcca gga 143

<210> 56

<211> 138

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 56

aggcggccag ggtggccaac gcccactcct tcatcatcaa actccccgac ggctacgaca 60

cgcaggtccg tcccgtatag ctagctcact agctgcactg ccacttctct cgcttgctcc 120

cccaccgttg ctgcctgt 138

<210> 57

<211> 134

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 57

caacgcccac tccttcatca tcaaactccc cgacggctac gacacgcagg tccgtcccgt 60

atagctagct cactagctgc actgccactt ctctcgcttg ctcccccacc gttgctgcct 120

gttgctctcc aatc 134

<210> 58

<211> 134

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 58

gcccactcct tcatcatcaa actccccgac ggctacgaca cgcaggtccg tcccgtatag 60

ctagctcact agctgcactg ccacttctct cgcttgctcc cccaccgttg ctgcctgttg 120

ctctccaatc cact 134

<210> 59

<211> 133

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 59

ctccttcatc atcaaactcc ccgacggcta cgacacgcag gtccgtcccg tatagctagc 60

tcactagctg cactgccact tctctcgctt gctcccccac cgttgctgcc tgttgctctc 120

caatccactt gtc 133

<210> 60

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 60

cacacgcaca cacacagatc gcctgacaag ccagccattg cttcagatca aagaaactgc 60

gtaataattc ctttctttct ttctttcttt ctttccagag cacaagggag gggggttata 120

atggctagta cctgactgac t 141

<210> 61

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 61

agccagccat tgcttcagat caaagaaact gcgtaataat tcctttcttt ctttctttct 60

ttctttccag agcacaaggg aggggggtta taatggctag tacctgactg actgtacgag 120

ccgagattaa cggcagtcac ctc 143

<210> 62

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 62

atcgccctgc tggccatttg gcaccaccta gtcgtacatg tgttcagtca tttccgtcca 60

ttactactac gaccgtgctc acccgtgccg acgcgccgtg catggtcccc gtcccggctg 120

gaacgcgtcc tcggaagaga gag 143

<210> 63

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 63

ccattactac tacgaccgtg ctcacccgtg ccgacgcgcc gtgcatggtc cccgtcccgg 60

ctggaacgcg tcctcggaag agagagatag agcacagcag acagggagac agggatggaa 120

ggatggcgtt cgcccggtac agg 143

<210> 64

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 64

cattactact acgaccgtgc tcacccgtgc cgacgcgccg tgcatggtcc ccgtcccggc 60

tggaacgcgt cctcggaaga gagagataga gcacagcaga cagggagaca gggatggaag 120

gatggcgttc gcccggtaca ggt 143

<210> 65

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 65

attactacta cgaccgtgct cacccgtgcc gacgcgccgt gcatggtccc cgtcccggct 60

ggaacgcgtc ctcggaagag agagatagag cacagcagac agggagacag ggatggaagg 120

atggcgttcg cccggtacag gtt 143

<210> 66

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 66

ttactactac gaccgtgctc acccgtgccg acgcgccgtg catggtcccc gtcccggctg 60

gaacgcgtcc tcggaagaga gagatagagc acagcagaca gggagacagg gatggaagga 120

tggcgttcgc ccggtacagg ttg 143

<210> 67

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 67

tactactacg accgtgctca cccgtgccga cgcgccgtgc atggtccccg tcccggctgg 60

aacgcgtcct cggaagagag agatagagca cagcagacag ggagacaggg atggaaggat 120

ggcgttcgcc cggtacaggt tgc 143

<210> 68

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 68

ctactacgac cgtgctcacc cgtgccgacg cgccgtgcat ggtccccgtc ccggctggaa 60

cgcgtcctcg gaagagagag atagagcaca gcagacaggg agacagggat ggaaggatgg 120

cgttcgcccg gtacaggttg cta 143

<210> 69

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 69

tactacgacc gtgctcaccc gtgccgacgc gccgtgcatg gtccccgtcc cggctggaac 60

gcgtcctcgg aagagagaga tagagcacag cagacaggga gacagggatg gaaggatggc 120

gttcgcccgg tacaggttgc tag 143

<210> 70

<211> 142

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 70

actacgaccg tgctcacccg tgccgacgcg ccgtgcatgg tccccgtccc ggctggaacg 60

cgtcctcgga agagagagat agagcacagc agacagggag acagggatgg aaggatggcg 120

ttcgcccggt acaggttgct ag 142

<210> 71

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 71

caggaggcgc tggaccgctt catgatcggg cgcaccaccc tggtgatcgc gcacaggctg 60

tccaccatcc gnaaggccga cgtggtggcc gtgctgcagg gcggcgccgt ctccgagatg 120

ggcgcgcacg acgagctgat ggc 143

<210> 72

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 72

tccatcggct ccatggtctg cggctccttc agcgccatct tcgcctacat cctcagcgcc 60

gtgctcagcg tntactacgc gccggacccg cggtacatga agcgcgagat cgcaaaatac 120

tgctacctgc tcatcggcat gtc 143

<210> 73

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 73

gcctacatcc tcagcgccgt gctcagcgtc tactacgcgc cggacccgcg gtacatgaag 60

cgcgagatcg cnaaatactg ctacctgctc atcggcatgt cctccgcggc gctgctgttc 120

aacacggtgc agcacgtgtt ctg 143

<210> 74

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 74

ctggttcgac gcggacgaga acgccagcgc gcgcgtggcc gccaggctag cgctggacgc 60

ccagaacgtg cnctccgcca tcggggaccg catctccgtc atcgtccaga actcggcgct 120

gatgctggtg gcctgcaccg cgg 143

<210> 75

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 75

cagaacgtgc gctccgccat cggggaccgc atctccgtca tcgtccagaa ctcggcgctg 60

atgctggtgg cntgcaccgc ggggttcgtc ctccagtggc gcctcgcgct cgtgctcctc 120

gccgtgttcc cgctcgtcgt ggg 143

<210> 76

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 76

caggaggcgc tggaccgctt catgatcggg cgcaccaccc tggtgatcgc gcacaggctg 60

tccaccatcc gaaaggccga cgtggtggcc gtgctgcagg gcggcgccgt ctccgagatg 120

ggcgcgcacg acgagctgat ggc 143

<210> 77

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 77

tccatcggct ccatggtctg cggctccttc agcgccatct tcgcctacat cctcagcgcc 60

gtgctcagcg tgtactacgc gccggacccg cggtacatga agcgcgagat cgcaaaatac 120

tgctacctgc tcatcggcat gtc 143

<210> 78

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 78

gcctacatcc tcagcgccgt gctcagcgtc tactacgcgc cggacccgcg gtacatgaag 60

cgcgagatcg ccaaatactg ctacctgctc atcggcatgt cctccgcggc gctgctgttc 120

aacacggtgc agcacgtgtt ctg 143

<210> 79

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 79

ctggttcgac gcggacgaga acgccagcgc gcgcgtggcc gccaggctag cgctggacgc 60

ccagaacgtg ctctccgcca tcggggaccg catctccgtc atcgtccaga actcggcgct 120

gatgctggtg gcctgcaccg cgg 143

<210> 80

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 80

cagaacgtgc gctccgccat cggggaccgc atctccgtca tcgtccagaa ctcggcgctg 60

atgctggtgg cgtgcaccgc ggggttcgtc ctccagtggc gcctcgcgct cgtgctcctc 120

gccgtgttcc cgctcgtcgt ggg 143

<210> 81

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 81

caggaggcgc tggaccgctt catgatcggg cgcaccaccc tggtgatcgc gcacaggctg 60

tccaccatcc gcaaggccga cgtggtggcc gtgctgcagg gcggcgccgt ctccgagatg 120

ggcgcgcacg acgagctgat ggc 143

<210> 82

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 82

tccatcggct ccatggtctg cggctccttc agcgccatct tcgcctacat cctcagcgcc 60

gtgctcagcg tctactacgc gccggacccg cggtacatga agcgcgagat cgcaaaatac 120

tgctacctgc tcatcggcat gtc 143

<210> 83

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 83

gcctacatcc tcagcgccgt gctcagcgtc tactacgcgc cggacccgcg gtacatgaag 60

cgcgagatcg caaaatactg ctacctgctc atcggcatgt cctccgcggc gctgctgttc 120

aacacggtgc agcacgtgtt ctg 143

<210> 84

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 84

ctggttcgac gcggacgaga acgccagcgc gcgcgtggcc gccaggctag cgctggacgc 60

ccagaacgtg cgctccgcca tcggggaccg catctccgtc atcgtccaga actcggcgct 120

gatgctggtg gcctgcaccg cgg 143

<210> 85

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 85

cagaacgtgc gctccgccat cggggaccgc atctccgtca tcgtccagaa ctcggcgctg 60

atgctggtgg cctgcaccgc ggggttcgtc ctccagtggc gcctcgcgct cgtgctcctc 120

gccgtgttcc cgctcgtcgt ggg 143

<210> 86

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(77)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 86

ttgcctagca catgcctgcc attgaccgac tgctcagtga gaagtggttc agttgtgctg 60

ttgacagtat annnnnntat atatagtagc cctgtagatt tttttttcag acaaaaaaag 120

aagaagaacg agatgaagtc tgc 143

<210> 87

<211> 148

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (76)..(77)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 87

catgcctgcc attgaccgac tgctcagtga gaagtggttc agttgtgctg ttgacagtat 60

agatagatat atatanngta gccctgtaga tttttttttc agacaaaaaa agaagaagaa 120

cgagatgaag tctgcaattc ggttttgg 148

<210> 88

<211> 142

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (66)..(69)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 88

caacgcccac tccttcatca tcaaactccc cgacggctac gacacgcagg tccgtcccgt 60

atagcnnnnt agctcactag ctgcactgcc acttctctcg cttgctcccc caccgttgct 120

gcctgttgct ctccaatcca ct 142

<210> 89

<211> 146

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (71)..(76)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 89

tttctagagt ttaaagctta tcttagaata aatgcatctt tagctacgag acaacctaac 60

ttcagttgtt nnnnnngttt tttttacttt ctctcttctc acaaatacta tgattacgtc 120

tttacagcga tcttttttat tccaaa 146

<210> 90

<211> 146

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (77)..(77)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 90

tttctagagt ttaaagctta tcttagaata aatgcatctt tagctacgag acaacctaac 60

ttcagttgtt gttgttnttt tttttacttt ctctcttctc acaaatacta tgattacgtc 120

tttacagcga tcttttttat tccaaa 146

<210> 91

<211> 105

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (60)..(61)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 91

attccaaacc taaaaatgca tgcactcact ctaaaagcgc aaagggagca tctttttttn 60

ncccccatca tctgcacgca gccttttctt ttcctcatgt cacga 105

<210> 92

<211> 181

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (63)..(111)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 92

tcggtgctgg ctctggtgca gcggttctac gagcccacgt ccgggcgcgt gctcctggac 60

ggnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn ncaaggacgt 120

gcgcaagtac aacctgcggg cgctgcggcg cgtggtggcg gtggtaccgc aggagccgtt 180

c 181

<210> 93

<211> 185

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (51)..(135)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 93

agaacacgga ctcacactcc cataactata actgacttga tcatgattcc nnnnnnnnnn 60

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 120

nnnnnnnnnn nnnnnatttt attaacaatt caatttttat ttattaatta cgtctggacg 180

aggag 185

<210> 94

<211> 140

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (52)..(69)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 94

ccaccgtcag ggaataagac ttattatttt attaacaatt caatttttat tnnnnnnnnn 60

nnnnnnnnnt attaattacg tctggacgag gagtactggt ttatttgatg agagacatgg 120

cagtccaagt caaactcgtt 140

<210> 95

<211> 711

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (66)..(644)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 95

actgaaggtg tgtatgcagc gtcaagtcat ccatccgttc cactccactc actcatgcgt 60

cgcgcnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 120

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 180

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 240

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 300

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 360

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 420

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 480

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 540

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 600

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnactctg cgctcgtgcc 660

tgcccggggc taaagcttta gtagctagcc tcagatcaga tactgttcgt g 711

<210> 96

<211> 114

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (68)..(80)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 96

gcactcagga ctcgcagcga gagaattttt ttaatcaagc ctaaaattca ctttcggaca 60

aatcgaannn nnnnnnnnnn ctactcataa atattaacca tgagaccttt tcgc 114

<210> 97

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (71)..(71)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 97

ttagcgcatt aatctgagga tgtccagttc gcttgcttgc caatcgccat tgccatcgca 60

acaacaatac ntcgccaact gccattgctg ggtagactag tacagtagca gttagaagaa 120

gcctccactg tacattgcat t 141

<210> 98

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (73)..(73)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 98

ttagcgcatt aatctgagga tgtccagttc gcttgcttgc caatcgccat tgccatcgca 60

acaacaatac ttngccaact gccattgctg ggtagactag tacagtagca gttagaagaa 120

gcctccactg tacattgcat t 141

<210> 99

<211> 144

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(73)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 99

ccatcctctt tcttgctttt ctttttactt tctttggtcg tggctgtttg tggtcataca 60

tacattcacg cnnagagcag aagagctagc taagctaggt gggtgtgcct gcaacgcggg 120

acaaagaaaa ctatttgttg cctg 144

<210> 100

<211> 138

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (70)..(70)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 100

tgtgtctgtc caccccagct cttgctactc tacttactac tgtgctacta gtggtagggt 60

aggtatcttn cataaactgt tattataaac tgtcatctga gaaagagagc cagtcaaacc 120

catgctgctg cttatttt 138

<210> 101

<211> 142

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (70)..(70)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 101

tcttacataa actgttatta taaactgtca tctgagaaag agagccagtc aaacccatgc 60

tgctgcttan ttttaatcac tgtcaaatgg caggcaggca ggcagtctgg ttagttaata 120

acatctggga agggtttaat ca 142

<210> 102

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (70)..(70)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 102

ggcaggcagg caggcagtct ggttagttaa taacatctgg gaagggttta atcaaaccaa 60

atcaaatcan acgaaatcta gaggccacat gggatggggc catatgtact gtactagcat 120

aactagcggc tagattttat t 141

<210> 103

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (71)..(71)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 103

caaaccaaat caaatcagac gaaatctaga ggccacatgg gatggggcca tatgtactgt 60

actagcataa ntagcggcta gattttatta gaacacggac tcacactccc ataactataa 120

ctgacttgat catgattcct t 141

<210> 104

<211> 143

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (72)..(72)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 104

tactgtacta gcataactag cggctagatt ttattagaac acggactcac actcccataa 60

ctataactga cnttgatcat gattccttgc caagcaatgc tcgcatgccc atgcatgcat 120

catccctggt caaactcaaa cac 143

<210> 105

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (71)..(71)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 105

catcatccct ggtcaaactc aaacactctc caccgtcagg gaataagact tattatttta 60

ttaacaattc natttttatt tattaattac gtctggacga ggagtactgg tttatttgat 120

gagagacatg gcagtccaag t 141

<210> 106

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (71)..(71)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 106

aacactctcc accgtcaggg aataagactt attattttat taacaattca atttttattt 60

attaattacg nctggacgag gagtactggt ttatttgatg agagacatgg cagtccaagt 120

caaactcgtt tgtctgacca t 141

<210> 107

<211> 139

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (71)..(71)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 107

gggaataaga cttattattt tattaacaat tcaattttta tttattaatt acgtctggac 60

gaggagtact ngtttatttg atgagagaca tggcagtcca agtcaaactc gtttgtctga 120

ccatggcggt gatggccgg 139

<210> 108

<211> 134

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (68)..(68)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 108

tttatttgat gagagacatg gcagtccaag tcaaactcgt ttgtctgacc atggcggtga 60

tggccggntg caggttgggg agcgcggcct gcagctctcc ggtgggcaga agcagcgcat 120

cgccatcgcc cgcg 134

<210> 109

<211> 141

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (65)..(74)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<400> 109

gtcgtacatg tgttcagtca tttccgtcca ttactactac gaccgtgctc acccgtgccg 60

acgcnnnnnn nnnngccgtg catggtcccc gtcccggctg gaacgcgtcc tcggaagaga 120

gagatagagc acagcagaca g 141

<210> 110

<211> 579

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 110

caggcccgta tatggcccag tgcaactggg ccgacggaac caggccacca atatcagtag 60

gcctccaatt atgaattctc catatacacg tggtccatgt atgctgatcc aggatatact 120

tggcctccaa atttgtgcat tacgattgga attctaggct ttgtttcttc cttccgtagt 180

tccgccaatc tcgctagctg aaacgacgcc gatctgggag tgcgccgcca ccacaaacgc 240

tccatcgcca gtcatcacgc catcgatgcc gagctactat ggggccgtga tctcgccgtt 300

gccgacgctt tgacctttgc cgcacctaga cgttgcaagg tcgacgcaac aagccaatcg 360

agactgcagg tatgtgatca ggaaacactc cattgttttt ttcctttgct tgcaaattgc 420

aatcgatagg caaatgattt acttataaaa ctaaagttta tgttagttaa ttctccaatc 480

taaatacata tggttaattg caatattata taaatatagg cctccacttt gtgttttgca 540

ccaggccaaa ataaactcag gtacgggcct gcgtcgcgc 579

<210> 111

<211> 4187

<212> ДНК

<213> Zea mays

<220>

<221> misc_feature

<222> (2308)..(2310)

<223> n равно a, c, g, t, делеция или инсерция

<220>

<221> misc_feature

<222> (2308)..(2310)

<223> Инсерция дополнительной последовательности неопределенного размера

<400> 111

tgaaagcgga ctacggttac taccgttccg ctgtgaccgg gtctcttgcg tatactccca 60

cgactcgcac tactccgtat tgtacgcacc actccaacgg catagtgtgc gcaccactca 120

aggacccagt cctctcggtg cccagttcat gtaatctata tatgcactat gagttatcaa 180

tacagatagt tagttcatcg tattcattct acatggtatc agccttcttc gttcctacag 240

caatcctgtg tctcaccttc cacatcaatg gctcactccc cactcccctc cgatgactcc 300

tctgatgacg agctcgtcgt tccagcaccc gcttccgtta tccaaagcat tcccatccgc 360

cagcacgttc ctgtcgtcct cgacatggat gaggggaact atgggcaatg gcgatgcttc 420

tttgaatctg cgctcggaaa attcggcctc accagccatg ttcgttcttc caccccatac 480

cgtgaccgtc ctggtgactg gcgcatggtg gattcctgta ttgccaactg gatcctcacc 540

acagtctcca agggcgtctt cgacatcatc cgtcgcgacc gcaatgacgc cttctctctg 600

tggcacgcca tcgaagacct gtttcaagac aacgaacttc agcgtgctgt gtaccttgaa 660

gccgagctgc gttccctgca gcaaggcgac ttgtcgatga atgcctactg caccaagttg 720

aagcgtctcg ccgatcaact tcgcgacatc ggccatcccg tctccgaacc cagtcaggtg 780

ctcaaccttc ttcgcgggct caatccaaag taccgctacg tcaagcccgt gatcacctcc 840

aagttcccag cgcacacctt catgagcgct cgatccttcc tcatgcttga ggaggccagc 900

atcgaacacg atgtcgccgt tgaggccacc cacgcactga ctgtcacaca tggtgactcg 960

tccagtgctg ttcctccatc tgcatcttct ggcaccagga acaactcctc ctcctccaac 1020

acgccacgcc gtgacaatcg cttcaacgct ggtagcacct cccattctac caatcgatct 1080

gatcgcaggc gcggtcgcgg caacggcggt cgtggacgct tcaacaacca gtctggacca 1140

tggacagcag gtctcaatcc atggcaaggc atggttcagg catggcaaat gcctttccgt 1200

gcacccggag caggcgttct ggggccacgc ccgccgttcc aacctcagca agccatggca 1260

gcctatcatc agccacctcc tgcatctgcc ggcaccttcg acaacagcgc tctttatgcg 1320

gcactgcagg ctgccgcagt tccaactcat ccgcccaaca cttctgactg gtacttcgac 1380

accggtgcgt cgtcgcacat gtcgtcttcc cctggtaact ttccaccctc ttcccttctc 1440

cccttttcgt cttccataac agtgggtaat ggtgcccagc tacctgttac acatcatgca 1500

cacacatcca ttcctactgc cacttctcct cttcagttac atgatgttct tatttccccg 1560

tcactcgtta aaaatttggt ttctgttcgc cgtcttactc gtgataataa tgtttccatt 1620

gaatttgacc cttgtggttt ttctatcaag gatcttcctt ccaaagcgga gattctccga 1680

tgtgagagca atggcgatct ctatccactc cgtcttcccc accagcatgc tctcactgct 1740

tcctcgatgg cgtcgctatg gcatcagcga ctgggtcatc ctggacaacc agtcacctcc 1800

catattttaa aatccctgtc ttttcaatgt aataaagctg atgctcattc ctgctcctct 1860

tgtcgattgg gcaaacatac tagattacct tttcgtgttt ctgaatcacg ttcatttttt 1920

ccttttcaac tagttcattc agacgtctgg acatctcctt gttatagtta ttccggatat 1980

aaatattatg ttatttttct ggatgattat acacattatc tttggagcat ccccctccgc 2040

aacaaatctg acgtttttcc tactgttaga gcgttcatat cttatgttca tactcaattc 2100

cacctcccta ttcttgcgtt tcagactgat aacggtgggg aatatgattc tactgctatg 2160

cgccttcttc tgtcatctct tggcacccaa ctacgtcttt cttgtccata cacatcccag 2220

caaaatggga aagctgagag aatacttcgc actgtcaatg attgcctgcg tacactacta 2280

atccatagtg cagctcctct cgcacttnnn acgccatcat cgcccaccaa tcacccgact 2340

catccaatgg tgactcgtgc acgcgcaggg atctccaagc ctaacccgaa gtacgccttc 2400

gtgaccacgg agacaatatc gccgattcct cgcagcgttc gcaccgctgt caaagatccc 2460

cattggtatg ctgcaatgaa gtccgaattt gatgcactgc aagccaacca cacttggact 2520

cttgtctctc ggcctccagg tgctcggatc atcaccggca aatgggtctt caagcacaag 2580

atgaatccag acggcaccct cgcgcgatac aaggcacgtt gggtcgtccg tgggttcaac 2640

cagcggcccg gtgttgattt cggggagacg ttctcgccgg tgatcaagcc ggccacgatt 2700

cgtaccgtgc tgacgcttgt ggctactcac aactggccag ctcaccaact tgacgtctcc 2760

aacgctttcc tccacggcaa ccttcaagaa caggtgtaca gtcagcaacc cactgggttt 2820

gttgatccca gccgcccaga tgacgtctgc ctgctctcca ggtcgctcta tggtctccgt 2880

caggcaccac gggcatggtt ccagcgtttc gtcgagcacg tgacatccct cggcttcatt 2940

caatcgaagg ccgattcatc gctcttcgtg tatcaccacc atggcgagac agcttatctt 3000

cttctctacg tcgacgacat gatcctttct gcctcgacac gtcgtctggt ccagcatgtc 3060

atcgcgcgtc tacacgatgc cttcgctgtg aaggatatgg ggcctgttca ccattttctc 3120

ggcatcggcg ttcgacggaa ccgcaccggc ttcttcctct ctcaaggaca gtatgctgaa 3180

gatctcctcg agcgtgcagg aatgacgaac tgcaaacctg ttgccacccc tgccgacacc 3240

caacagaagg catccgctgg cgatggcata ctgctcgacg acgccacttc ataccgtagt 3300

atcgtcggcg ccctgcagta cttgacgatc acccgtccgg acattgccta cgccgtgcag 3360

caggtgtgtc tccacatgca cgcgccgcgg gacgtgcatc tcaccatgct caagcgtatt 3420

ctccggtaca tcaagggcac catccacttc ggcatccagc tgcgcactgc ctcgccttcg 3480

acgatcactg catactccga cgccgactgg gcaggctgcc ccgacacacg gcgctctaca 3540

tcgggtttct gcatcttctt cggcaactcc ctcgtctcat ggtcgtctaa acgacagacc 3600

accgtctctc ggtccagcgc agaagctgag tatcgggcca tcgccaacgc catcgccgaa 3660

tgctcctggc ttcgccacct cctttctgag ctgctttaca gggtcccctc agcaacagtg 3720

gcattctgcg acaacatctc ttcggtgtac atggcacgca atcccgttca tcatcggcgc 3780

actaagcata tcgagctgga catccatttt gtgcgggaaa aggtcgccat tggtgagttg 3840

catgttacgc acattcccag tgcgcgacaa atcgcagatg tgttcaccaa aggtctacct 3900

tcggcactgt tcaacgactt cagagacagc ctctccgtca ccaacgcgac cgtcgagact 3960

gcaggggggt gaaagcggac tacggttact accgttccgc tgtgaccggg tctcttgcgt 4020

atactcccac gactcgcact actccgtatt gtacgcacca ctccaacggc atagtgtgcg 4080

caccactcaa ggacccagtc ctctcggtgc ccagttcatg taatctatat atgcactatg 4140

agttatcaat acagatagtt agttcatcgt attcattcta cagacgg 4187

<210> 112

<211> 21

<212> ДНК

<213> синтетическая

<400> 112

catccgttcc actccactca c 21

<210> 113

<211> 28

<212> ДНК

<213> синтетическая

<400> 113

atctgaggct agctactaaa gctttagc 28

<210> 114

<211> 23

<212> ДНК

<213> синтетическая

<400> 114

tggaggccaa gtatatcctg gat 23

<210> 115

<211> 16

<212> ДНК

<213> синтетическая

<400> 115

tcatgcgtcg cgcact 16

<210> 116

<211> 15

<212> ДНК

<213> синтетическая

<400> 116

aggcccgtat atggc 15

<210> 117

<211> 18

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 117

aacaattcca tttttatt 18

<210> 118

<211> 85

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 118

ttgccaagca atgctcgcat gcccatgcat gcatcatccc tggtcaaact caaacactct 60

ccaccgtcag ggaataagac ttatt 85

<210> 119

<211> 13

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 119

cctggaacgg gtg 13

<210> 120

<211> 10

<212> ДНК

<213> Zea mays

<400> 120

gccgtgccga 10

<---

Claims (260)

1. Способ селекции укороченных растения кукурузы, включающий:

a. проведение маркерного анализа для обнаружения в популяции растений кукурузы растения кукурузы, содержащего аллель укороченности в одном или более полиморфных локусах, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и

b. селекцию указанного укороченного растения кукурузы, содержащего указанный аллель укороченности в полиморфном локусе и дополнительно содержащего по меньшей мере один фенотип укороченности, где

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:1 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:2 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:3 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:4 содержит делецию из 4 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:5 содержит делецию из 3 нуклеотидов, начиная с положения 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:6 содержит нуклеотид G в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:7 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:8 содержит нуклеотидную вставку GTCCGT, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:9 содержит нуклеотидную вставку GG, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:10 содержит нуклеотидную вставку TA, начиная с положения 64,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:11 содержит нуклеотид A в положении 62,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:12 содержит нуклеотид T в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:13 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:14 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:15 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:16 содержит нуклеотид A в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:17 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:18 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:19 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:20 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:21 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:22 содержит нуклеотидную вставку CTCG, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:86 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:87 содержит нуклеотидную вставку TG, начиная с положения 76,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:88 содержит нуклеотидную вставку GGTA, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:89 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:90 содержит нуклеотид T в положении 77,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:91 содержит нуклеотидную вставку TT, начиная с положения 60,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:92 содержит нуклеотидную вставку из несколько тысяч пар оснований, начиная с положения 63,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:93 содержит делецию из 85 нуклеотидов, начиная с положения 51,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:94 содержит вставку из 18 нуклеотидов, начиная с положения 52,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:95 содержит вставку из 579 нуклеотидов, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:96 содержит делецию из 13 нуклеотидов, начиная с положения 68,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:97 содержит нуклеотид T в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:98 содержит нуклеотид C в положении 73,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:99 содержит делецию из 2 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:100 содержит нуклеотид A в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:101 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:102 содержит нуклеотид G в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:103 содержит нуклеотид C в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:104 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:105 содержит нуклеотид A в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:106 содержит нуклеотид T в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:107 содержит нуклеотид G в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:108 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 68, и

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:109 содержит делецию из 10 нуклеотидов, начиная с положения 65.

2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что маркер, применяемый при указанном маркерном анализе, находится в пределах 20 сМ или менее от полиморфного локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный полиморфный локус выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95.

4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный способ включает скрещивание первого растения кукурузы, содержащего указанный аллель укороченности, со вторым растением кукурузы для получения популяции растений кукурузы.

5. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает обратное скрещивание с указанным вторым растением кукурузы.

6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная стадия (a) включает применение одного или более праймеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23, 24 и 112-114.

7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная стадия (a) включает применение одного или более зондов, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 25, 26, 115 и 116.

8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что отобранное укороченное растение кукурузы со стадии (b) является гибридным укороченным растением кукурузы.

9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что высота указанного отобранного укороченного растения кукурузы в стадии зрелости уменьшена от 10% до 70% по сравнению с растением, не содержащим указанного аллеля укороченности.

10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный аллель укороченности является прогностическим для признака укороченности с точностью по меньшей мере 50%.

11. Способ создания популяции растений кукурузы, содержащих по меньшей мере один аллель укороченности, причем указанный способ включает стадии:

a. генотипирование первой популяции растений кукурузы с применением маркерного анализа, и при этом указанная популяция содержит по меньшей мере один аллель укороченности в одном или более полиморфных локусах, выбранном из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109;

b. селекции из указанной первой популяции одного или более растений кукурузы, содержащих указанный по меньшей мере один аллель укороченности и по меньшей мере один фенотип укороченности; и

c. получение из указанных отобранных растений кукурузы второй популяции, с созданием таким образом популяции растений кукурузы, содержащих указанный по меньшей мере один аллель укороченности и дополнительно содержащих по меньшей мере один фенотип укороченности, где

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:1 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:2 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:3 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:4 содержит делецию из 4 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:5 содержит делецию из 3 нуклеотидов, начиная с положения 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:6 содержит нуклеотид G в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:7 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:8 содержит нуклеотидную вставку GTCCGT, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:9 содержит нуклеотидную вставку GG, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:10 содержит нуклеотидную вставку TA, начиная с положения 64,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:11 содержит нуклеотид A в положении 62,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:12 содержит нуклеотид T в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:13 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:14 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:15 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:16 содержит нуклеотид A в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:17 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:18 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:19 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:20 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:21 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:22 содержит нуклеотидную вставку CTCG, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:86 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:87 содержит нуклеотидную вставку TG, начиная с положения 76,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:88 содержит нуклеотидную вставку GGTA, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:89 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:90 содержит нуклеотид T в положении 77,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:91 содержит нуклеотидную вставку TT, начиная с положения 60,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:92 содержит нуклеотидную вставку из несколько тысяч пар оснований, начиная с положения 63,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:93 содержит делецию из 85 нуклеотидов, начиная с положения 51,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:94 содержит вставку из 18 нуклеотидов, начиная с положения 52,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:95 содержит вставку из 579 нуклеотидов, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:96 содержит делецию из 13 нуклеотидов, начиная с положения 68,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:97 содержит нуклеотид T в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:98 содержит нуклеотид C в положении 73,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:99 содержит делецию из 2 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:100 содержит нуклеотид A в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:101 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:102 содержит нуклеотид G в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:103 содержит нуклеотид C в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:104 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:105 содержит нуклеотид A в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:106 содержит нуклеотид T в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:107 содержит нуклеотид G в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:108 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 68, и

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:109 содержит делецию из 10 нуклеотидов, начиная с положения 65.

12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что маркер, применяемый при указанном маркерном анализе, находится в пределах 20 сМ или менее от полиморфного локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

13. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанный полиморфный локус выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95.

14. Способ селекции растения кукурузы, включающий:

a. выделение нуклеиновой кислоты из растения кукурузы;

b. анализ указанной нуклеиновой кислоты с применением молекулярного теста для обнаружения полиморфного локуса, связанного с гаплотипом укороченности, причем указанный гаплотип укороченности содержит один или более, два или более, три или более, четыре или более, пять или более, шесть или более, семь или более или восемь или более аллелей укороченности одного или более полиморфных локусов, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и

c. селекцию растения кукурузы, содержащего указанный гаплотип укороченности и дополнительно содержащего по меньшей мере один фенотип укороченности, где

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:1 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:2 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:3 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:4 содержит делецию из 4 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:5 содержит делецию из 3 нуклеотидов, начиная с положения 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:6 содержит нуклеотид G в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:7 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:8 содержит нуклеотидную вставку GTCCGT, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:9 содержит нуклеотидную вставку GG, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:10 содержит нуклеотидную вставку TA, начиная с положения 64,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:11 содержит нуклеотид A в положении 62,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:12 содержит нуклеотид T в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:13 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:14 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:15 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:16 содержит нуклеотид A в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:17 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:18 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:19 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:20 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:21 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:22 содержит нуклеотидную вставку CTCG, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:86 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:87 содержит нуклеотидную вставку TG, начиная с положения 76,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:88 содержит нуклеотидную вставку GGTA, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:89 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:90 содержит нуклеотид T в положении 77,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:91 содержит нуклеотидную вставку TT, начиная с положения 60,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:92 содержит нуклеотидную вставку из несколько тысяч пар оснований, начиная с положения 63,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:93 содержит делецию из 85 нуклеотидов, начиная с положения 51,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:94 содержит вставку из 18 нуклеотидов, начиная с положения 52,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:95 содержит вставку из 579 нуклеотидов, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:96 содержит делецию из 13 нуклеотидов, начиная с положения 68,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:97 содержит нуклеотид T в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:98 содержит нуклеотид C в положении 73,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:99 содержит делецию из 2 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:100 содержит нуклеотид A в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:101 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:102 содержит нуклеотид G в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:103 содержит нуклеотид C в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:104 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:105 содержит нуклеотид A в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:106 содержит нуклеотид T в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:107 содержит нуклеотид G в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:108 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 68, и

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:109 содержит делецию из 10 нуклеотидов, начиная с положения 65.

15. Способ по п. 14, отличающийся тем, что указанный полиморфный локус выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95.

16. Способ селекции семени кукурузы, включающий:

a. проведение маркерного анализа для обнаружения в популяции семян кукурузы семени кукурузы, содержащего аллель укороченности в одном или более полиморфных локусах, выбранном из группы, состоящей из SEQ ID NO 5-8, 11-22 и 86-95; и

b. селекцию семени кукурузы, содержащего указанный аллель укороченности,

где растение, выращенное из указанного семени, содержит по меньшей мере один фенотип укороченности, где

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:5 содержит делецию из 3 нуклеотидов, начиная с положения 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:6 содержит нуклеотид G в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:7 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:8 содержит нуклеотидную вставку GTCCGT, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:11 содержит нуклеотид A в положении 62,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:12 содержит нуклеотид T в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:13 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:14 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:15 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:16 содержит нуклеотид A в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:17 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:18 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:19 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:20 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:21 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:22 содержит нуклеотидную вставку CTCG, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:86 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:87 содержит нуклеотидную вставку TG, начиная с положения 76,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:88 содержит нуклеотидную вставку GGTA, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:89 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:90 содержит нуклеотид T в положении 77,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:91 содержит нуклеотидную вставку TT, начиная с положения 60,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:92 содержит нуклеотидную вставку из несколько тысяч пар оснований, начиная с положения 63,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:93 содержит делецию из 85 нуклеотидов, начиная с положения 51,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:94 содержит вставку из 18 нуклеотидов, начиная с положения 52,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:95 содержит вставку из 579 нуклеотидов, начиная с положения 66.

17. Способ по п. 16, где указанная стадия (a) выключает применение одного или более праймеров, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23, 24 и 112-114.

18. Способ по п. 16, где указанная стадия (a) выключает применение одного или более зондов, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 25, 26, 115 и 116.

19. Способ по п. 16, где указанное отобранное семя является гибридным.

20. Способ по п. 16, где указанный аллель укороченности является прогностическим для признака укороченности с точностью по меньшей мере 50%.

21. Способ селекции семени кукурузы, включающий:

a. выделение нуклеиновой кислоты из семени кукурузы;

b. анализ указанной нуклеиновой кислоты с применением молекулярного теста для обнаружения полиморфного локуса, связанного с гаплотипом укороченности, причем указанный гаплотип укороченности содержит один или более, два или более, три или более, четыре или более, пять или более, шесть или более, семь или более или восемь или более аллелей укороченности полиморфных локусов, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109; и

c. селекцию семени кукурузы, где растение кукурузы, выращенное из указанного семени, содержит указанный гаплотип укороченности и дополнительно содержит по меньшей мере один фенотип укороченности, где

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:1 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:2 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:3 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:4 содержит делецию из 4 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:5 содержит делецию из 3 нуклеотидов, начиная с положения 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:6 содержит нуклеотид G в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:7 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:8 содержит нуклеотидную вставку GTCCGT, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:9 содержит нуклеотидную вставку GG, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:10 содержит нуклеотидную вставку TA, начиная с положения 64,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:11 содержит нуклеотид A в положении 62,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:12 содержит нуклеотид T в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:13 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:14 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:15 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:16 содержит нуклеотид A в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:17 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:18 содержит нуклеотид G в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:19 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:20 содержит нуклеотид T в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:21 содержит нуклеотид C в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:22 содержит нуклеотидную вставку CTCG, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:86 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:87 содержит нуклеотидную вставку TG, начиная с положения 76,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:88 содержит нуклеотидную вставку GGTA, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:89 содержит делецию из 6 нуклеотидов, начиная с положения 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:90 содержит нуклеотид T в положении 77,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:91 содержит нуклеотидную вставку TT, начиная с положения 60,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:92 содержит нуклеотидную вставку из несколько тысяч пар оснований, начиная с положения 63,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:93 содержит делецию из 85 нуклеотидов, начиная с положения 51,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:94 содержит вставку из 18 нуклеотидов, начиная с положения 52,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:95 содержит вставку из 579 нуклеотидов, начиная с положения 66,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:96 содержит делецию из 13 нуклеотидов, начиная с положения 68,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:97 содержит нуклеотид T в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:98 содержит нуклеотид C в положении 73,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:99 содержит делецию из 2 нуклеотидов, начиная с положения 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:100 содержит нуклеотид A в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:101 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:102 содержит нуклеотид G в положении 70,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:103 содержит нуклеотид C в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:104 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 72,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:105 содержит нуклеотид A в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:106 содержит нуклеотид T в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:107 содержит нуклеотид G в положении 71,

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:108 содержит делецию из 1 нуклеотида в положении 68, и

указанный аллель укороченности в SEQ ID NO:109 содержит делецию из 10 нуклеотидов, начиная с положения 65.

22. Способ по п. 21, где указанный полиморфный локус выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5-8, 11-22 и 86-95.

23. Способ по п. 1, где маркер, применяемый при указанном маркерном анализе, находится в пределах 10 cM или менее от полиморфного локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

24. Способ по п. 1, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:7.

25. Способ по п. 1, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:92.

26. Способ по п. 1, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:95.

27. Способ по п. 11, где маркер, применяемый при указанном маркерном анализе, находится в пределах 10 cM или менее от полиморфного локуса, выбранного из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-22 и 86-109.

28. Способ по п. 11, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:7.

29. Способ по п. 11, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:92.

30. Способ по п. 11, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:95.

31. Способ по п. 16, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:7.

32. Способ по п. 16, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:92.

33. Способ по п. 16, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:95.

34. Способ по п. 21, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:7.

35. Способ по п. 21, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:92.

36. Способ по п. 21, где указанный полиморфный локус представляет собой SEQ ID NO:95.