KR20180017566A - 표적 rna 검출용 그래핀나노센서 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서에 관한 것으로, 표적 RNA에 결합하며 형광 염료가 표지된 PNA (peptide nucleic acid) 앱타머 (aptamer)에, 페길레이션 (pegylation)되고 핵이동서열 (nuclear localization sequence)이 부착된 그래핀 산화물을 접촉시켜 제조한 그래핀나노센서를 포함함으로써, 기존 FISH 분석을 대체할 수 있어 기초생물학 전분야에 다양하게 적용될 수 있고, 질환 특이적으로 과발현하는 RNA 바이오마커 및 이의 발현량을 살아있는 조직 또는 세포에서 간편, 신속 및 정확하게 검출할 수 있으며, 저비용으로 RNA 바이오마커를 검출할 수 있고, 발생과정 동안 배아조직전체에서 관심 있는 특정 RNA발현 여부 및 분포를 쉽고 빠르게 확인할 수 있고, siRNA 치료 시 표적 mRNA의 억제효과를 쉽게 관찰할 수 있고, 살아있는 조직에서도 RNA검출이 가능하여 RNA 마커의 변화를 추적할 수 있으며, 높은 신뢰도 및 해상도의 결과물을 얻을 수 있으며, 여러 표적 RNA의 복합검출이 가능하여 한 세포에 존재하는 다양한 RNA를 동시에 검출할 수 있고, 임상응용 측면에서 특정질환에 국한되지 않고 조직 또는 세포로 확인할 수 있는 모든 질환에 대해 활용이 가능하며, 질환 여부, 세부 종류 및 진행 정도를 확인할 수 있고, 환자 맞춤형 치료약을 선별할 수 있으며, 빠른 질환진단이 가능하고 및 신속한 치료방침을 결정하는 데 도움을 줄 수 있는, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서에 관한 것이다.
본 발명은 조직 절편 검사에서 빠르고 간편하고 저비용으로 표적 RNA를 고민감도로 검출할 수 있고, 따라서 임상에 활용 시 우수한 효과를 기대할 수 있어 FISH를 대체할 수 있다.
본 발명은 조직 절편 검사에서 빠르고 간편하고 저비용으로 표적 RNA를 고민감도로 검출할 수 있고, 따라서 임상에 활용 시 우수한 효과를 기대할 수 있어 FISH를 대체할 수 있다.
Description
본 발명은 조직 또는 세포 수준에서 핵산 바이오마커를 검출할 수 있는 그래핀나노센서에 관한 것이다.
현재 개인 맞춤형 의약 및 질환의 진단 등에 있어 널리 사용되는 기술은 바이오마커 검출에 기반한 것이다. 바이오마커는 주로 단백질 또는 핵산으로 이루어져 있으며, 검출을 위해 수득한 조직에 대하여 면역염색을 수행하거나 또는 핵산의 경우, 이를 표적으로 FISH (fluorescence in situ hybridization, 형광 동소 보합법)분석을 수행한다.
최근 바이오마커로서 부상하고 있는 것은 mRNA, microRNA, Long non-coding RNA를 포함하는 RNA 마커이며, 질병의 분류, 예측, 진단, 재발, 치료반응을 더욱 정확하게 평가할 수 있다고 평가되고 있으며, 이를 위한 검출 방법의 개발이 필요하다.
현재 가장 널리 사용되고 있는 RNA 마커는 FISH 분석이다. 하지만 프로브 제작부터 다양한 시약처리 등 상당한 비용이 들고 매우 복잡한 실험적 방법을 요하여 매우 숙련된 연구자들이 아니면 실패할 확률이 높다.
또한, FISH분석은 시간이 오래 걸리기 때문에 환자조직절편을 이용 시 RNA 마커 검출을 통한 질환여부를 파악하는데 시간이 많이 소요되고, 이에 따라 질환의 신속한 진단 및 빠른 치료방침을 정하는데 장애가 된다.
따라서 비교적 비용이 저렴하고 실험절차가 간단하며 프로브가 단순한 나노기술을 기반으로 한 새로운 질환 진단 기술 개발이 필요하다.
본 발명은 기존 FISH 분석을 대체할 수 있어 기초생물학 전분야에 다양하게 적용될 수 있는 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서의 제공을 목적으로 한다.
본 발명은 질환 특이적으로 과발현하는 RNA (mRNA, microRNA, long non-coding RNA) 바이오마커 및 이의 발현량을 살아있는 조직 또는 세포 에서 간편, 신속 및 정확하게 검출할 수 있는 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서의 제공을 목적으로 한다.
본 발명은 siRNA 치료 시 표적 mRNA의 억제효과를 쉽게 관찰할 수 있는 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서의 제공을 목적으로 한다.
본 발명은 높은 신뢰도 및 해상도의 결과물을 얻을 수 있는 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서의 제공을 목적으로 한다.
본 발명은 한 세포에 존재하는 다양한 RNA를 동시에 검출할 수 있는 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서의 제공을 목적으로 한다.
본 발명은 특정질환에 국한되지 않고 조직 또는 세포로 확인할 수 있는 모든 질환에 대해 활용이 가능한 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서의 제공을 목적으로 한다.
본 발명은 빠른 질환진단이 가능하고 및 신속한 치료방침을 결정하는 데 도움을 줄 수 있는 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서의 제공을 목적으로 한다.
본 발명은 저비용으로 RNA (mRNA, microRNA, long non-coding RNA) 바이오마커를 검출할 수 있는 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서의 제공을 목적으로 한다.
본 발명은 분산성이 높은 환원 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서의 제공을 목적으로 한다.
1. 표적 RNA에 결합하며 형광 염료가 표지된 PNA (peptide nucleic acid) 앱타머 (aptamer)에, 페길레이션 (pegylation)되고 핵이동서열 (nuclear localization sequence)이 부착된 그래핀 산화물을 접촉시켜 제조한 그래핀나노센서를 포함하는 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
2. 위 1에 있어서, 상기 형광 염료는 FAM (fluorescein amidite), HEX (Hexachloro-fluorescein)로 이루어진 군에서 선택된 적어도 하나인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
3. 위 1에 있어서, 상기 그래핀 산화물은 환원형 그래핀 산화물인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
4. 위 1에 있어서, 상기 그래핀 산화물은 30 내지 120 nm의 두께를 갖는 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
5. 위 1에 있어서, 상기 핵이동서열은 PKKKRKV, KR[PAATKKAGQA]KKKK, AVKRPAATKKAGQAKKKKLD, MSRRRKANPTKLSENAKKLAKEVEN, PAAKRVKLD, KLKIKRPVK, GRKKRRQRRRPQ 및 KIPIK로 이루어진 군에서 선택된 적어도 하나인 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
6. 위 1에 있어서, 상기 형광 염료가 표지된 PNA 앱타머는 30 pmol 내지 50 pmol로 첨가되는 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
7. 위 1에 있어서, 상기 그래핀 산화물은 0.3 ㎍ 내지 0.5 ㎍로 첨가되는 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
8. 위 1에 있어서, 상기 표적 RNA의 검출은 파라핀조직, 동결조직 및 세포로 이루어진 군에서 선택된 적어도 하나에서 이루어지는 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 기존 FISH 분석을 대체할 수 있어 기초생물학 전분야에 다양하게 적용될 수 있다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 질환 특이적으로 과발현하는 RNA (mRNA, microRNA, long non-coding RNA) 바이오마커 및 이의 발현량을 살아있는 조직 또는 세포에서 간편, 신속 및 정확하게 검출할 수 있다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 발생과정 동안 배아조직전체에서 관심 있는 특정 RNA발현 여부 및 분포를 쉽고 빠르게 확인할 수 있다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 siRNA 치료 시 표적 mRNA의 억제효과를 쉽게 관찰할 수 있다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 높은 신뢰도 및 해상도의 결과물을 얻을 수 있다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 여러 표적 RNA의 복합검출이 가능하여 한 세포에 존재하는 다양한 RNA를 동시에 검출할 수 있다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 저비용으로 RNA (mRNA, microRNA, long non-coding RNA) 바이오마커를 검출할 수 있다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 임상응용 측면에서 특정질환에 국한되지 않고 조직 또는 세포로 확인할 수 있는 모든 질환에 대해 활용이 가능하다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 질환 여부, 세부 종류 및 진행 정도를 확인할 수 있다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 환자 맞춤형 치료약의 선별이 가능하다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 빠른 질환진단이 가능하고 및 신속한 치료방침을 결정하는 데 도움을 줄 수 있다.
도 1은 본 발명의 일 구현예를 간략히 나타낸 모식도이다.
도 2은 Graphene in situ hybridization 절차의 주요 포인트를 간략히 나타낸 것이다.
도 3은 그래핀 센서 (GISH) 실험 방법을 간략히 나타낸 모식도이다.
도 4은 BC1 RNA 발현의 변화를 시각화 한 것을 나타낸 것으로, 전체 관상면의 formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) 뇌 조직에서 얻어진 Tile scan microscope 이미지를 나타낸 것이다.
도 5는 해마와 대뇌 피질 층을 따라 세포 내 분포하고 있는 BC1을 FAM을 통해 고배율로 관찰한 것으로, 스케일 바는 왼쪽 패널이 200㎛, 오른쪽 패널이 20㎛이다.
도 6은 쥐 뇌 시상 부분의 시상, 소뇌, 피질, 후각 망울에 넓게 위치한 BC1 RNA의 강한 FAM 신호를 나타낸 것이다.
도 7는 CLARITY를 가진 온전한 쥐 뇌에서 신경 시스템 투과 이미징을 나타낸 것으로, (a)는 3차원 (3D) 면역 조직학 데이터를 시각화 한 것으로, 쥐 뇌에서 tyrosine hydroxylase (TH)-positive 뉴런과 섬유를 나타낸 것이다. 온전한 쥐 뇌는 1주차에 세척한 다음, 2주차에 일차 항체로 처리한 후, 그 다음 1주차에 세척한 다음, 2주차에 이차 항체로 염색하고, 10x물-침전 렌즈를 사용하여 복부측면에서 2500㎛의 이미지를 얻었다. D, V, A 및 P는 각각 등쪽, 복부, 전방, 후방을 나타낸 것이다. (b-d)는 A의 상부, 중간 및 하부의 점선 박스 영역에 각각 대응하는 깊이가 다른 광학 부분을 나타낸 것으로, TH-positive 신경 세포가 잘 표지 되었으며, 심지어 온전한 뇌의 2,460㎛ 깊이에서도 선명하게 볼 수 있는 것을 알 수 있다. CPu, caudate putamen; PO, preoptic nucleus; VTA, ventral tegmental area; SNR, substantianigra; RR, retrorubral nucleus; DR, dorsal raphe. Scale bars, 700 ㎛ (a) and 100 ㎛.
도 8은 정상 쥐 뇌와 알츠하이머 (AD)를 앓고 있는 쥐 뇌의 BC1 발현을 FAM-PNABC1-GO을 통해 나타낸 것이다. 다섯 돌연변이인 5XFAD AD 쥐 (2 및 8 개월) 뇌를 RNA 등급으로 분리하고, 4% formaldehyde로 조직을 고정하고 deparaphilization한 후, FAM-PNABC1-GO를 준비된 각각의 조직 샘플에 처리하였다. Confocal laser miscroscopic image는 이영양증 셀 형태를 가진 AD 쥐의 CA3 해마의 뉴런에서 BC1 수치가 증가함을 보였다. 이는 해마 영역에서 BC200 발현이 높은 임상 치매 등급 상태의 상관 관계를 나타내었다.
도 9은 정상 쥐 뇌와 알츠하이머를 앓고 있는 쥐 뇌의 BC1 발현을 FAM-PNABC1-GO을 통해 나타낸 것으로, 5XFAD 쥐는 치아 이랑의 BC1 수준의 분포가 2 개월된 쥐의 것만큼 빨리 heterogeneous된 것으로 나타났으며, 신경 줄기세포가 있는 subgranular 영역을 따라 강하게 발현된 것을 보였다. BC1이 증가된 양성 세포는 무수히 변형된 이영양증 세포가 가진 비정형 형태적 특징에 주요하게 나타나는 intergranual 층 주위에 위치한다. 5XFAD AD-유사 표현형이 되는 경향이 있는 다섯 개 유전자가 mutation 된 쥐는 Y-maze 테스트에서 공간 기억력 감퇴를 나타냈다.
도 10은 FAM-linked PNA21-GO를 처리하였을 때 나타난 형광 신호와 FAM-PNA21-GO를 경쟁적 저해제로 막았을 때 나타난 형광 신호를 비교한 것이다.
도 11 은 신경세포 특이적 발현하는 miR-124를 표적으로 한 GISH실험 결과를 나타낸 것이다.
도 12는 유방암세포 특이적 발현하는 miR-21을 표적으로 한 그래핀 센서 관련 실험으로, 형광신호를 증폭하기 위해 형광 4개를 miR-21 프로브에 연결하여 처리하였을 때 더 강한 형광신호를 관찰한 것을 나타낸 것이다.
도 13은 뇌종양 환자의 조직절편에서 그래핀 센서를 이용하여 miR-21의 발현 정도를 평가한 실험에 대한 결과를 나타낸 것이다.
도 14는 그래핀과 PNA프로브의 적정농도를 결정하기 위해 PNA농도를 고정시키고 그래핀 농도를 증가시킨 예로, 결정된 PNA-GO 센서에 표적 BC1 RNA 올리고머를 처리하여 형광이 회복됨을 관찰한 것을 나타낸 것이다.
도 15는 BC1의 조직별 발현양을 평가한 연구 결과를 나타낸 것이다.
도 16은 BC1표적 그래핀 센서를 뇌조직에 시간별로 처리한 결과를 나타낸 것이다.
도 17은 BC1발현에 대해 PCR결과 및 그래핀 센서결과와의 상관성을 확인한 연구를 나타낸 것이다.
도 18은 기존방법인 FISH와 비교해서 그래핀 센서의 민감도가 개선됨을 확인한 결과를 나타낸 것이다.
도 20은 Y-maze행동분석을 통해 치매쥐가 8개월째 비정상적인 반응을 보임을 확인한 결과를 나타낸 것이다.
도 21은 H&E결과를 통해 치매쥐 뇌에서 비정상적인 세포모양을 관찰한 결과를 나타낸 것이다.
도 22는 miRNA를 표적으로 하는 그래핀 센서의 특이성을 검증하기 위해 프로브에 대한 scramble형태를 제작한 후 뇌조직에 처리하였을 때 형광신호가 나타나지 않음을 확인한 결과를 나타낸 것이다.
도 23은 형광이 연결되지 않은 PNA-GO를 처리하여 blocking하였을 때 신호가 감소됨을 확인한 결과를 나타낸 것이다.
도 24는 정상 사람 뇌조직과 뇌종양환자 뇌조직에서의 miR-21, miR-10b 발현을 관찰한 결과를 나타낸 것이다.
도 2은 Graphene in situ hybridization 절차의 주요 포인트를 간략히 나타낸 것이다.
도 3은 그래핀 센서 (GISH) 실험 방법을 간략히 나타낸 모식도이다.
도 4은 BC1 RNA 발현의 변화를 시각화 한 것을 나타낸 것으로, 전체 관상면의 formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) 뇌 조직에서 얻어진 Tile scan microscope 이미지를 나타낸 것이다.
도 5는 해마와 대뇌 피질 층을 따라 세포 내 분포하고 있는 BC1을 FAM을 통해 고배율로 관찰한 것으로, 스케일 바는 왼쪽 패널이 200㎛, 오른쪽 패널이 20㎛이다.
도 6은 쥐 뇌 시상 부분의 시상, 소뇌, 피질, 후각 망울에 넓게 위치한 BC1 RNA의 강한 FAM 신호를 나타낸 것이다.
도 7는 CLARITY를 가진 온전한 쥐 뇌에서 신경 시스템 투과 이미징을 나타낸 것으로, (a)는 3차원 (3D) 면역 조직학 데이터를 시각화 한 것으로, 쥐 뇌에서 tyrosine hydroxylase (TH)-positive 뉴런과 섬유를 나타낸 것이다. 온전한 쥐 뇌는 1주차에 세척한 다음, 2주차에 일차 항체로 처리한 후, 그 다음 1주차에 세척한 다음, 2주차에 이차 항체로 염색하고, 10x물-침전 렌즈를 사용하여 복부측면에서 2500㎛의 이미지를 얻었다. D, V, A 및 P는 각각 등쪽, 복부, 전방, 후방을 나타낸 것이다. (b-d)는 A의 상부, 중간 및 하부의 점선 박스 영역에 각각 대응하는 깊이가 다른 광학 부분을 나타낸 것으로, TH-positive 신경 세포가 잘 표지 되었으며, 심지어 온전한 뇌의 2,460㎛ 깊이에서도 선명하게 볼 수 있는 것을 알 수 있다. CPu, caudate putamen; PO, preoptic nucleus; VTA, ventral tegmental area; SNR, substantianigra; RR, retrorubral nucleus; DR, dorsal raphe. Scale bars, 700 ㎛ (a) and 100 ㎛.
도 8은 정상 쥐 뇌와 알츠하이머 (AD)를 앓고 있는 쥐 뇌의 BC1 발현을 FAM-PNABC1-GO을 통해 나타낸 것이다. 다섯 돌연변이인 5XFAD AD 쥐 (2 및 8 개월) 뇌를 RNA 등급으로 분리하고, 4% formaldehyde로 조직을 고정하고 deparaphilization한 후, FAM-PNABC1-GO를 준비된 각각의 조직 샘플에 처리하였다. Confocal laser miscroscopic image는 이영양증 셀 형태를 가진 AD 쥐의 CA3 해마의 뉴런에서 BC1 수치가 증가함을 보였다. 이는 해마 영역에서 BC200 발현이 높은 임상 치매 등급 상태의 상관 관계를 나타내었다.
도 9은 정상 쥐 뇌와 알츠하이머를 앓고 있는 쥐 뇌의 BC1 발현을 FAM-PNABC1-GO을 통해 나타낸 것으로, 5XFAD 쥐는 치아 이랑의 BC1 수준의 분포가 2 개월된 쥐의 것만큼 빨리 heterogeneous된 것으로 나타났으며, 신경 줄기세포가 있는 subgranular 영역을 따라 강하게 발현된 것을 보였다. BC1이 증가된 양성 세포는 무수히 변형된 이영양증 세포가 가진 비정형 형태적 특징에 주요하게 나타나는 intergranual 층 주위에 위치한다. 5XFAD AD-유사 표현형이 되는 경향이 있는 다섯 개 유전자가 mutation 된 쥐는 Y-maze 테스트에서 공간 기억력 감퇴를 나타냈다.
도 10은 FAM-linked PNA21-GO를 처리하였을 때 나타난 형광 신호와 FAM-PNA21-GO를 경쟁적 저해제로 막았을 때 나타난 형광 신호를 비교한 것이다.
도 11 은 신경세포 특이적 발현하는 miR-124를 표적으로 한 GISH실험 결과를 나타낸 것이다.
도 12는 유방암세포 특이적 발현하는 miR-21을 표적으로 한 그래핀 센서 관련 실험으로, 형광신호를 증폭하기 위해 형광 4개를 miR-21 프로브에 연결하여 처리하였을 때 더 강한 형광신호를 관찰한 것을 나타낸 것이다.
도 13은 뇌종양 환자의 조직절편에서 그래핀 센서를 이용하여 miR-21의 발현 정도를 평가한 실험에 대한 결과를 나타낸 것이다.
도 14는 그래핀과 PNA프로브의 적정농도를 결정하기 위해 PNA농도를 고정시키고 그래핀 농도를 증가시킨 예로, 결정된 PNA-GO 센서에 표적 BC1 RNA 올리고머를 처리하여 형광이 회복됨을 관찰한 것을 나타낸 것이다.
도 15는 BC1의 조직별 발현양을 평가한 연구 결과를 나타낸 것이다.
도 16은 BC1표적 그래핀 센서를 뇌조직에 시간별로 처리한 결과를 나타낸 것이다.
도 17은 BC1발현에 대해 PCR결과 및 그래핀 센서결과와의 상관성을 확인한 연구를 나타낸 것이다.
도 18은 기존방법인 FISH와 비교해서 그래핀 센서의 민감도가 개선됨을 확인한 결과를 나타낸 것이다.
도 20은 Y-maze행동분석을 통해 치매쥐가 8개월째 비정상적인 반응을 보임을 확인한 결과를 나타낸 것이다.
도 21은 H&E결과를 통해 치매쥐 뇌에서 비정상적인 세포모양을 관찰한 결과를 나타낸 것이다.
도 22는 miRNA를 표적으로 하는 그래핀 센서의 특이성을 검증하기 위해 프로브에 대한 scramble형태를 제작한 후 뇌조직에 처리하였을 때 형광신호가 나타나지 않음을 확인한 결과를 나타낸 것이다.
도 23은 형광이 연결되지 않은 PNA-GO를 처리하여 blocking하였을 때 신호가 감소됨을 확인한 결과를 나타낸 것이다.
도 24는 정상 사람 뇌조직과 뇌종양환자 뇌조직에서의 miR-21, miR-10b 발현을 관찰한 결과를 나타낸 것이다.
본 발명은 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서에 관한 것으로, 표적 RNA에 결합하며 형광 염료가 표지된 PNA (peptide nucleic acid) 앱타머 (aptamer)에, 페길레이션 (pegylation)되고 핵이동서열 (nuclear localization sequence)이 부착된 그래핀 산화물을 접촉시켜 제조한 그래핀나노센서를 포함함으로써, 기존 FISH 분석을 대체할 수 있어 기초생물학 전분야에 다양하게 적용될 수 있고, 질환 특이적으로 과발현하는 RNA 바이오마커 및 이의 발현량을 살아있는 조직 또는 세포에서 간편, 신속 및 정확하게 검출할 수 있으며, 저비용으로 RNA 바이오마커를 검출할 수 있고, 발생과정 동안 배아조직전체에서 관심 있는 특정 RNA발현 여부 및 분포를 쉽고 빠르게 확인할 수 있고, siRNA 치료 시 표적 mRNA의 억제효과를 쉽게 관찰할 수 있고, 살아있는 조직에서도 RNA검출이 가능하여 RNA 마커의 변화를 추적할 수 있으며, 높은 신뢰도 및 해상도의 결과물을 얻을 수 있으며, 여러 표적 RNA의 복합검출이 가능하여 한 세포에 존재하는 다양한 RNA를 동시에 검출할 수 있고, 임상응용 측면에서 특정질환에 국한되지 않고 조직 또는 세포로 확인할 수 있는 모든 질환에 대해 활용이 가능하며, 질환 여부, 세부 종류 및 진행 정도를 확인할 수 있고, 환자 맞춤형 치료약을 선별할 수 있으며, 빠른 질환진단이 가능하고 및 신속한 치료방침을 결정하는 데 도움을 줄 수 있는, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서에 관한 것이다.
본 발명은 조직 절편 검사에서 빠르고 간편하고 저비용으로 표적 RNA를 고민감도로 검출할 수 있고, 따라서 임상에 활용 시 우수한 효과를 기대할 수 있어 FISH를 대체할 수 있다.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명에 따른 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서는 표적 RNA에 결합하며 형광 염료가 표지된 PNA (peptide nucleic acid) 앱타머 (aptamer)에, 페길레이션 (pegylation)되고 핵이동서열 (nuclear localization sequence)이 결합된 그래핀 산화물을 접촉시켜 제조한 그래핀나노센서를 포함한다.
본 발명에서 표적 RNA은 성인 동물 세포에서 단일 가닥으로 발현되거나 단일 또는 이중 가닥으로 존재하는 mRNA 또는 다른 RNA일 수 있다.
본 발명에서 표적 RNA에 결합한다는 것은 성인 동물 세포에서 발현되거나 존재하는 mRNA 또는 다른 RNA와 상보적으로 결합하는 것을 말하며, 다만 결합은 mRNA 또는 다른 RNA와 100% 상보적으로 결합일 필요는 없다.
본 발명에서 앱타머는 그 자체로 안정된 삼차 구조를 가지면서, 금속이온, 단백질, 세포 등의 표적 분자에 높은 친화성 및 특이성으로 결합할 수 있는 특징을 가진 단일 가닥 핵산 (DNA, RNA 또는 변형 핵산)을 말하며, SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment)라 불리는 올리고뉴클레오타이드 (oligonucleotide) 라이브러리를 이용한 진화적인 방법에 의해 특정 화학 분자나 생물학적 분자에 높은 친화력과 선별력을 갖고 결합하는 올리고머를 분리하여 수득할 수 있다.
본 발명에서 Peptide nucleic acid (PNA)는 DNA 또는 RNA와 유사하게 인공적으로 합성된 중합체를 의미한다.
본 발명에서 PNA는 DNA 또는 RNA와 유사한 특성을 가지면서도 열이나 pH 등의 자극에 보다 안정할 수 있으며, 또한 핵산분해효소에 의해 쉽게 인식되지 못하여 효소에 의한 분해로부터 안정할 수 있다.
본 발명에 따른 PNA 앱타머는 안정된 3차 구조를 가지며, 표적분자에 높은 친화성과 특이성으로 결합할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 따르면 PNA 앱타머는 RNA 프로브를 PNA로 변형시킨 것일 수 있으며, 이를 통해 효소에 의한 분해를 줄일 수 있어 더 민감하게 표적 RNA를 검출할 수 있다.
본 발명에서 형광 염료는 형광을 띄는 물질로서 특정한 파장의 에너지를 흡수하여 다른 특정한 파장에서 재 방출하는 물질이다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 형광 염료는 PNA 앱타머에 표지되어 그래핀과 근접했을 때 에너지 전이를 통해 형광이 소광될 수 있다.
본 발명에서 형광 염료는 그래핀에 의해 FRET (fluorescence resonance energy transfer)으로 소광될 수 있다면 그 종류가 특별히 제한되지 않으며, 공지의 형광 염료를 사용할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 형광 염료는 FAM (fluorescein amidite), HEX (Hexachloro-fluorescein), NEDTM 및 텍사스 레드 (Texas RedTM)로 이루어진 군에서 선택된 적어도 하나일 수 있다.
본 발명에서 형광 염료가 표지된 PNA 앱타머는 그래핀 산화물의 카본링과 pi-pi 상호작용으로 결합되어 있을 수 있으나, 본 이론으로 한정하는 것은 아니다.
그래핀은 층상구조의 그래파이트(graphite)를 기계적 또는 초음파 처리를 통해 박리하거나, epitaxial growth, chemical vapor deposition(CVD) 법에 의하여 합성되며, 수 층의 2차원 시트 형상을 가지며, 구조적, 전기적 특성(전기전도도)이 그래파이트와 유사하다.
상기 그래파이트의 산화반응에 의해 합성되는 그래파이트 옥사이드(graphite oxide)는 그래파이트와 유사한 층상구조를 가지며, 층간 및 층 표면에 산소 함유 기능기(oxygen containing functional group), 예컨대, 에폭시, 하이드록시, 카르복실기 등이 존재하여 층간 거리가 그래파이트(0.34nm) 보다 넓은 약 0.7nm 이상을 가진다. 이러한 층간거리의 증가는 층간 산소 간의 정전기적 반발력으로 인해 쉽게 박리될 수 있으며, 이러한 박리된 그래파이트 옥사이드(graphite oxide)를 그래핀 산화물이라고 명명한다.
본 발명에서 그래핀 산화물의 산소를 제거하여 합성되는 그래핀을 환원형 그래핀 산화물(reduced grapheneoxide)라고 명명한다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 그래핀 산화물은 환원형 그래핀 산화물일 수 있다.
본 발명에서 페길레이션 (pegylation)은 폴리에틸렌 글리콜 (polyethylene glycol, PEG)을 화학적으로 연결하는 것으로, 본 발명에 따라 그래핀 산화물을 페길레이션 시키면 면역원성 (immunogenicity) 감소, 용해성 (solubility) 증가, 생리활성용액에서 분산성 증가, 안정성 (stability) 향상, 표적 RNA 검출의 민감도 증가 등의 효과가 있을 수 있다.
본 발명에서 핵이동서열 (nuclear localization sequence, NLS)은 아미노산 서열로, 세포의 핵으로 물질을 수송하기 위한 태그 단백질이며, 본 발명에 따라 핵이동서열을 그래핀 산화물에 부착시키면 그래핀나노센서를 핵 내로 진입시킬 수 있어, 조직 또는 세포에서 표적 RNA의 검출을 높은 해상도와 신뢰도로 할 수 있다.
본 발명에서 핵이동서열은 그래핀에 부착될 수 있고, 그래핀나노센서를 핵 내로 진입시킬 수 있도록 하는 것이면 그 종류가 제한되지 않으며, 공지의 핵이동서열을 사용할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 핵이동서열은 PKKKRKV, KR[PAATKKAGQA]KKKK, AVKRPAATKKAGQAKKKKLD, MSRRRKANPTKLSENAKKLAKEVEN, PAAKRVKLD, KLKIKRPVK, GRKKRRQRRRPQ 및 KIPIK로 이루어진 군에서 선택된 적어도 하나인 것일 수 있다.
본 발명에서 PKKKRKV는 the SV40 Large T-antigen (a monopartite NLS)에서 발견된 첫 번째 핵이동서열이다.
KR[PAATKKAGQA]KKKK 및 AVKRPAATKKAGQAKKKKLD는 Nucleoplasmin (염색체를 응축하는데 관여하는 단백질)의 핵이동서열이며, MSRRRKANPTKLSENAKKLAKEVEN는 EGL-13의 핵이동서열이고, PAAKRVKLD는 c-Myc의 핵이동서열이고, KLKIKRPVK는 TUS-protein의 핵이동서열이다.
또한, 본 발명에 따라 페길레이션된 그래핀 산화물에 핵이동서열을 부착시킴으로써 조직 또는 세포 수준에서 표적 RNA를 높은 신뢰도 및 해상도로 검출할 수 있다.
본 발명에 따른 그래핀 산화물은 30 내지 120 nm의 두께를 가질 수 있다. 예컨대, 50 내지 100 nm의 두께를 가질 수 있다.
본 발명에서 표적 RNA는 PNA 앱타머가 결합할 수 있는 RNA를 의미하며, 조직 또는 세포 내에 존재하는 mRNA 또는 다른 RNA면 제한되지 않는다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 형광을 소광시키기 위해 형광 염료가 표지된 PNA 앱타머는 30 pmol 내지 50 pmol로 첨가될 수 있다. 예컨대, 형광 염료가 표지된 PNA 앱타머는 40 pmol로 첨가될 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 형광을 소광시키기 위해 그래핀은 0.3 ㎍ 내지 0.5 ㎍로 첨가될 수 있다. 예컨대, 그래핀은 0.4 ㎍로 첨가될 수 있다.
본 발명에서 표적 RNA의 검출은 파라핀조직, 동결조직 및 세포로 이루어진 군에서 선택된 적어도 하나에서 이루어질 수 있다.
본 발명에서 파라핀조직은 조직에 파라핀을 침투시켜 고형화한 것이다.
본 발명에 따라 표적 RNA의 검출을 파라핀조직, 동결조직 또는 세포에서 하면, 표적 RNA의 변화를 추적할 수 있어 질환의 진단, 경과 등을 쉽게 판단할 수 있고, 치료에 따른 표적 RNA의 변화를 통해 환자 개인 맞춤형 치료가 가능할 수 있다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위해서 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐 본 발명이 하기의 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
실험 재료 및 실험 방법
형광
프로브의
합성
표적 RNA에 결합하는 프로브는 화학적·생물학적 안정성을 높이기 위하여 peptide nucleic acid (PNA) 형태로 Panagene Inc. (Republic of Korea)에서 합성하였다. 합성된 프로브 서열은 GGTCTTTTTGTTATTTTGTCTT (FAM-PNA-BC1-1) 및 TTCTGTTTTATTGTTTTTCTGG (FAM-PNA-scr1, 스크램블)이다. 모든 프로브는 N-말단에 O-linker spacer를 추가한 후 형광 dye인 FAM을 연결한 형태로 합성하였다.
그래핀
옥사이드
(
Graphene
oxide, GO)의 합성
그래핀 옥사이드는 50-100 nm의 균일한 사이즈를 갖도록 선별과정을 거쳐 준비하였다.
형광
프로브의
소광
형광 프로브의 소광 조건은 다음과 같다: 40 pmol의 형광 프로브와 0.4 ㎍의 그래핀 옥사이드를 첨가하고 0.01M Tris-HCl (pH 7.4) 버퍼를 넣어 총 부피가 100 ㎕ 되도록 제작한 뒤 상온에서 10분 동안 반응시키고 Fluorometer를 이용하여 형광을 측정하였다.
마우스 뇌조직에서의 형광 분석
정상 마우스의 뇌는 coronal 또는 sagittal section 하여 파라핀 블록을 완성하였다. 블록을 4 μm의 두께로 박절한 후 절편을 슬라이드에 접착시켜 조직을 준비하였다. 조직 단면의 왁스를 자일렌으로 제거하고 농도별 에탄올을 첨가하여 수화시켜 주었다. 조직 단면을 세척하고 5% BSA (in TBS)로 1시간 동안 실온에서 블록킹 하였다. 40 pmol의 형광 프로브와 0.4 ㎍의 그래핀 옥사이드를 첨가하고 0.01M Tris-HCl (ph 7.4) 버퍼를 넣어 총 부피가 100 ㎕ 되도록 제작한 뒤 상온에서 10분 동안 반응시켰다. 조직에 형광 프로브-그래핀 옥사이드 복합체를 4℃에서 15시간 반응 시킨 후 세척을 하였다. 조직을 DAPI로 카운터 염색 하였고 최종적인 결과를 형광현미경 (Leica TCS SP8, Leica)을 이용하여 관찰하였다.
실험 결과
그래핀
옥사이드에
의한 형광
소광
확인
그래핀 옥사이드에 의한 형광 소광 여부를 조사하였다. 도 1에서 볼 수 있듯이, 형광 프로브(FAM-PNA only) 만의 형광 값에 비하여 형광 프로브-그래핀 옥사이드 복합체(FAM-PNA-GO)의 형광 값이 95% 정도 소광됨을 보였고 이는 타겟 프로브 (FAM-PNA-BC1-1) 및 스크램블 프로브 (FAM-PNA-scr1)에서 동일하였다.
뇌 조직에서 형광
프로브
-
그래핀
옥사이드
복합체에 의한
타겟
RNA의 검출
검출하고자 하는 타겟 RNA는 마우스 뇌 조직에서 과발현하는 RNA로서 검출에 사용하는 프로브는 타겟 RNA에 상보적으로 결합할 수 있는 안티센스 서열로 합성되었다. 형광 프로브는 그래핀 옥사이드와의 결합에 의하여 형광이 소광된 상태로 조직 내로 들어가게 되며 조직 내에서 타겟 RNA를 만나면 그래핀 옥사이드에서 떨어져 나와 타겟 RNA와 결합함으로 형광을 관찰할 수 있게 된다.
타겟 프로브가 마우스 뇌 조직에서 과발현하는 타겟 RNA를 검출할 수 있는 지 여부를 조사하기 위하여, 정상 마우스의 뇌 조직을 분리하여 coronal section의 조직 슬라이드를 제작하였다. 타겟 프로브인 FAM-PNA-BC1-1을 이용한 경우, cortex (도 2A), Hippocampus (도 2B) 및 Thalamus (도 2C) 모두에서 형광의 발현이 확연하게 관찰된 반면 스크램블 프로브인 FAM-PNA-scr1을 이용한 경우에는 어느 조직에서도 형광이 관찰 되지 않았다(도 2).
도 2에서 보여준 결과 중 cortex 부위와 hippocampus 부위를 고배율로 관찰하여 세포 하나에서의 발현을 보고자 하였다. 그 결과 cortex (도 3A), Hippocampus CA1 (도 3B), Hippocampus CA3 (도 3C) 및 Hippocampus DG (도 3D) 모두에서 세포의 세포질에서 형광의 발현이 관찰되었다. FAM-PNA-scr1에서는 형광이 검출되지 않았다 (도 3).
Coronal section에서 보인 부위 이외에 다른 뇌 부위에서도 타겟 RNA를 검출할 수 있는 지 여부를 조사하기 위하여, 정상 마우스의 뇌 조직을 분리하여 sagittal section의 조직 슬라이드를 제작하였다. 타겟 프로브인 FAM-PNABC1-1을 이용한 경우, coronal section에서 보였던 cortex (도 4A), Hippocampus (도 4B), Thalamus (도 4C) 이외에도 Midbrain (도 4D), Cerebellum (도 4E), Pons (도 4F), Putamen (도 4G) 및 Olfactory bulb (도 4H) 모두에서 형광의 발현을 관찰 할 수 있었다. FAM-PNA-scr1에서는 어느 조직에서도 형광이 관찰 되지 않았다(도 4).
위 결과로부터, 페길레이션된 그래핀 산화물은 생리활성 용액 내에서 뭉치지 않아 분산성을 높일 수 있고, RNA 프로브는 펩티드 형태로 변형 (PNA 앱타머)시켜 효소에 의한 분해를 최소화할 수 있으며, 세포 내 표적 RNA를 높은 신뢰도 및 해상도로 쉽고 간편하며 빠른시간 내에 검출할 수 있음을 알 수 있다.
Claims (8)
- 표적 RNA에 결합하며 형광 염료가 표지된 PNA (peptide nucleic acid) 앱타머 (aptamer)에, 페길레이션 (pegylation)되고 핵이동서열 (nuclear localization sequence)이 부착된 그래핀 산화물을 접촉시켜 제조한 그래핀나노센서를 포함하는 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
- 청구항 1에 있어서, 상기 형광 염료는 FAM (fluorescein amidite), HEX (Hexachloro-fluorescein)로 이루어진 군에서 선택된 적어도 하나인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
- 청구항 1에 있어서, 상기 그래핀 산화물은 환원형 그래핀 산화물인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
- 청구항 1에 있어서, 상기 그래핀 산화물은 30 내지 120 nm의 두께를 갖는 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
- 청구항 1에 있어서, 상기 핵이동서열은 PKKKRKV, KR[PAATKKAGQA]KKKK, AVKRPAATKKAGQAKKKKLD, MSRRRKANPTKLSENAKKLAKEVEN, PAAKRVKLD, KLKIKRPVK, GRKKRRQRRRPQ 및 KIPIK로 이루어진 군에서 선택된 적어도 하나인 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
- 청구항 1에 있어서, 상기 형광 염료가 표지된 PNA 앱타머는 30 pmol 내지 50 pmol로 첨가되는 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
- 청구항 1에 있어서, 상기 그래핀 산화물은 0.3 ㎍ 내지 0.5 ㎍로 첨가되는 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
- 청구항 1에 있어서, 상기 표적 RNA의 검출은 파라핀조직, 동결조직 및 세포로 이루어진 군에서 선택된 적어도 하나에서 이루어지는 것인, 표적 RNA 검출용 그래핀나노센서.
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