KR20170070243A - 항-pd-1 항체 - Google Patents

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KR20170070243A
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쳉-아이 왕
슈에 링 제니스 오
시옥 핑 여
지안롱 라이오넬 로우
휘 칭 탄
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에이전시 포 사이언스, 테크놀로지 앤드 리서치
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    • G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
    • G01N2333/70521—CD28, CD152

Abstract

항-PD-1 항체가 개시된다. 이러한 항체를 포함하는 약제학적 조성물, 및 T-세포에서 T-세포 기능을 회복하기 위해 이러한 항체를 사용하는 방법도 또한 개시된다. 항체는 또한 암 또는 감염성 질환을 치료하는데 사용될 수 있다.

Description

항-PD-1 항체{ANTI-PD-1 ANTIBODIES}
본 발명은 프로그램된 세포사 1(PD-1)에 결합하는 항체에 관한 것이다.
T-세포 고갈은 많은 만성 감염 및 암 중에 발생하는 T-세포 기능이상 장애 상태이다. 이는 불량한 T-세포 이펙터 기능, 억제성 수용체의 지속된 발현 및 기능적 이펙터 또는 기억 T-세포와 다른 전사 상태에 의해 정의된다. 고갈은 감염 및 종양의 최적 조절을 방해한다(참조: E John Wherry., Nature Immunology 12, 492-499 (2011)).
T-세포 고갈은 T-세포 기능의 단계적 및 점진적 손실을 특징으로 한다. 고갈은 만성 림프구성 맥락수막염 바이러스 감염 동안 충분히 정의되며, 일반적으로 B형 간염, C형 간염 및 인간 면역결핍 바이러스 감염을 포함하는 많은 만성 감염 후 발생하는 항원 지속성 조건하 뿐만 아니라 종양 전이 동안 발생한다. 고갈은 표현형의 그라디언트로서 균일하게 장애가 있는 설정이 아니고, 기능적 결함이 나타날 수 있으며, 이러한 세포는 프로토타입 이펙터, 기억 및 또한 아네르기성 T 세포와 다르다. 고갈된 T 세포는 고급 만성 감염 중에 가장 많이 발생하고, 항원 자극의 수준 및 기간은 과정의 중요한 결정인자이다(참조: Yi et al., Immunology Apr 2010; 129(4):474-481).
순환성 인간 종양 특이적 CD8+ T 세포는 세포독성이고 생체내에서 사이토카인을 생산할 수 있어 자가 및 종양 특이적 인간 CD8+ T 세포가 펩티드로의 백신화, 불완전한 프로인트 보조제(Freund's adjuvant, IFA) 및 CpG와 같은 강력한 면역요법 후 또는 입양 전달 후 기능적 능력에 도달할 수 있다. 말초 혈액과 대조적으로, 전이로부터의 T-세포는 비정상적으로 낮은 사이토카인 생산 및 억제성 수용체PD-1, CTLA-4 및 TIM-3의 상향 조절과 함께 기능적으로 결핍된다. 기능적 결핍은 가역적인데, 이는 흑색종 조직으로부터 단리된 T-세포가 단기간 시험관내 배양 후 IFN-γ 생산을 회복시킬 수 있기 때문이다. 그러나, 이 기능적 손상이 동물 모델에서 정의된 바와 같이 T-세포 고갈 또는 에네르기와 유사할 수 있는 추가의 분자 경로를 포함하는 지의 여부는 여전히 결정되어야 한다(참조: Baitsch et al., J CIin Invest. 201 1;121(6):2350-2360).
CD279로 또한 칭명되는 프로그램된 세포사 1(PD-1)는 PDCD1 유전자에 의해 인간에서 코딩된 타입 I 막 단백질이다. 이는 두 개의 리간드, PD-L1 및 PD-L2를 갖는다.
PD-1 경로는 T-세포 고갈의 중요한 면역 억제성 조정자이다. 이 경로의 차단은 T-세포 활성화, 확장 및 증강된 이펙터 기능을 유도할 수 있다. 이와 같이, PD-1은 T 세포 반응을 부정적으로 조절한다. PD-1은 만성 질환 상태에서 고갈된 T 세포의 마커로서 동정되었고, PD-1:PD-1L 상호작용의 차단은 T 세포 기능을 부분적으로 회복시키는 것으로 나타났다(참조: Sakuishi et al., JEM Vol. 207, September 27, 2010, pp2187-2194).
니볼루맙(BMS-936558)은 2014년 7월에 일본에서 흑색종의 치료용으로 승인된 항-PD-1 항체이다. 다른 항-PD-1 항체는 WO 2010/077634, WO 2006/121168, WO2008/156712 및 WO2012/135408에 기재되어 있다.
T 세포 면역글로불린 뮤신 3(TIM-3)은 고갈된 CD8+ T 세포 상에서 상향조절된 것으로 동정된 면역 조절제이다(참조: Sakuishi et al., JEM Vol. 207, September 27, 2010, pp2187-2194). TIM-3은 원래 IFN-γ-분비 Th1 및 Tc1 세포 상에서 선택적으로 발현되는 것으로 동정되었다. TIM-3과 이의 리간드인 갈렉틴-9와의 상호작용은 TIM-3+ T 세포에서 세포사를 일으킨다. 항-TIM-3 항체는 문헌(참조: Ngiow et al (Cancer Res. 2011 May 15;71 (10):3540-51) 및 US8,552,156)에 기재되어 있다.
TIM-3 및 PD-1은 모두 T 세포 반응의 음성 조절제로서 기능할 수 있고, TIM-3 및 PD-1 경로의 조합된 표적화는 둘 중 하나의 경로를 단독으로 표적화하는 것보다 종양 성장을 조절하는데 더 효과적이다(참조: Sakuishi et al., JEM Vol. 207, September 27, 2010, pp2187-2194; 및 Ngiow et al Cancer Res. 201 1 May 15;71 (10):3540-51).
본 발명은 PD-1에 결합하는 항체 또는 항원 결합 단편에 관한 것이다. 중쇄 및 경쇄 폴리펩티드도 또한 개시된다. 항체, 항원 결합 단편 및 폴리펩티드는 단리되고/되거나 정제된 형태로 제공될 수 있고, 연구, 치료 및 진단에 사용하기에 적합한 조성물로 제형화될 수 있다.
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편, 또는 폴리펩티드는 T-세포, 예를 들면, CD8+ T-세포에서 T-세포 기능을 회복시켜 T-세포 고갈 또는 T-세포 아네르기를 나타내는데 효과적일 수 있다.
본 발명의 한 양태에서, 항체 또는 항원 결합 단편이 제공되고, 항체의 아미노산 서열은 아미노산 서열 i) 내지 iii), 또는 아미노산 서열 iv) 내지 vi), 또는 아미노산 서열 i) 내지 vi) 또는 하나 이상의 서열 (i) 내지 (vi)에서 1개 또는 2개 또는 3개의 아미노산이 다른 아미노산으로 대체되는 이의 변이체를 포함할 수 있다:
i) LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
ii) LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
iii) LC-CDR3: X1X2WDDX3X4X5GX6X7 (서열번호 53)
iv) HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89)
v) HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
vi) HC-CDR3: DZ1GZ2GZ3YZ4YGZ5DZ6 (서열번호 54)
여기서, X1= A 또는 S이고, X2= S 또는 A이고, X3= V, Y, F, D, S 또는 A이고, X4= L, Y, V 또는 A이고, X5= Y, R 또는 H이고, X6= S 또는 T이고, X7= V, I 또는 M이고, Z1= L 또는 Y이고, Z2= A 또는 S이고, Z3= P 또는 Y이고, Z4= Y 또는 L이고, Z5= K, M 또는 L이고, Z6= H 또는 V이다.
본 발명의 모든 양태와 관련하여, HC-CDR1:SYGMH (서열번호 89)의 구현예에서, 이 서열은 더 큰 서열 GFTFSSYGMH (서열번호 39)에 포함될 수 있다.
일부 구현예에서, LC-CDR3은 ASWDDVLYGSV (서열번호 27), ASWDDYYYGTI (서열번호 28), ASWDDYLRGTV (서열번호 29), SAWDDYLHGTV (서열번호 30), ASWDDYVRGTM (서열번호 31), SSWDDFLRGTV (서열번호 32), SSWDDDARGTI (서열번호 33), AAWDDVYYGTI (서열번호 34), ASWDDSLYGTV (서열번호 35), AAWDDAYYGTI (서열번호 36), ASWDDVYRGTV (서열번호 37) 또는 SSWDDSLYGTI (서열번호 38) 중의 하나이다. 일부 구현예에서, HC-CDR3은 DLGAGPYYYGKDH (서열번호 41), DLGAGPYYYGKDV (서열번호 42), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 43), DLGAGPYYYGLDV (서열번호 44), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 45), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 46), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 47), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 48), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 49), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 50), DLGSGYYLYGMDV (서열번호 51) 또는 DLGAGPYYYGMDV (서열번호 52) 중의 하나이다.
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: ASWDDVLYGSV (서열번호 27).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: ASWDDYYYGTI (서열번호 28).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: ASWDDYLRGTV (서열번호 29).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: SAWDDYLHGTV (서열번호 30).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: ASWDDYVRGTM (서열번호 31).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: SSWDDFLRGTV (서열번호 32).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: SSWDDDARGTI (서열번호 33).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: AAWDDVYYGTI (서열번호 34).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: ASWDDSLYGTV (서열번호 35).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: AAWDDAYYGTI (서열번호 36).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: ASWDDVYRGTV (서열번호 37).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: SSWDDSLYGTI (서열번호 38).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYGKDH (서열번호 41).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYG KD V (서열번호 42).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: D YG AG PYYYGMDV (서열번호 43).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYGLDV (서열번호 44).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 45).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 46).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 47).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 48).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 49).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DYGAGPYYYGMDV (서열번호 50).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGSGYYLYGMDV (서열번호 51).
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은 하기 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 52).
항체는 도 1 또는 3에 도시된 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함할 수 있다. 항체는 도 2 또는 3에 도시된 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다.
항체는 서열번호 1, 25, 26, 27 또는 2, 25, 26, 28, 또는 3, 25, 26, 29 또는 4, 25, 26, 30, 또는 5, 25, 26, 31 또는 6, 25, 26, 32 또는 7, 25, 26, 33 또는 8, 25, 26, 34 또는 9, 25, 26, 35 또는 10, 25, 26 36 또는 11, 25, 26, 37 또는 12, 25, 26, 38 중의 하나의 아미노산 서열, 또는 도 1에 도시된 아미노산 서열 중의 하나 또는 서열번호 1, 25, 26, 27 또는 2, 25, 26, 28, 또는 3, 25, 26, 29 또는 4, 25, 26, 30, 또는 5, 25, 26, 31 또는 6, 25, 26, 32 또는 7, 25, 26, 33 또는 8, 25, 26, 34 또는 9, 25, 26, 35 또는 10, 25, 26 36 또는 11, 25, 26, 37 또는 12, 25, 26, 38 중의 하나, 또는 도 1에 도시된 VL 쇄 아미노산 서열의 아미노산 서열에 대해 적어도 70%, 더욱 바람직하게는 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중의 하나의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역(VL)을 포함할 수 있다.
항체는 서열번호 13, 39 또는 89, 40, 41 또는 14, 39 또는 89, 40, 42, 또는 15, 39 또는 89, 40, 43 또는 16, 39 또는 89, 40, 44 또는 17, 39 또는 89, 40, 45 또는 18, 39 또는 89, 40, 46 또는 19, 39 또는 89, 40, 47 또는 20, 39 또는 89, 40, 48 또는 21, 39 또는 89, 40, 49 또는 22, 39 또는 89, 40, 50 또는 23, 39 또는 89, 40, 51 또는 24, 39 또는 89, 40, 52 중의 하나의 아미노산 서열, 또는 도 2에 도시된 아미노산 서열 중의 하나 또는 서열번호 13, 39, 40, 41 또는 14, 39 또는 89, 40, 42, 또는 15, 39 또는 89, 40, 43 또는 16, 39 또는 89, 40, 44 또는 17, 39 또는 89, 40, 45 또는 18, 39 또는 89, 40, 46 또는 19, 39 또는 89, 40, 47 또는 20, 39 또는 89, 40, 48 또는 21, 39 또는 89, 40, 49 또는 22, 39 또는 89, 40, 50 또는 23, 39 또는 89, 40, 51 또는 24, 39 또는 89, 40, 52 중의 하나, 또는 도 2에 도시된 VH 쇄 아미노산 서열의 아미노산 서열에 대해 적어도 70%, 더욱 바람직하게는 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 중의 하나의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역(VH)을 포함할 수 있다.
항체는 서열번호 1, 25, 26, 27 또는 2, 25, 26, 28, 또는 3, 25, 26, 29 또는 4, 25, 26, 30, 또는 5, 25, 26, 31 또는 6, 25, 26, 32 또는 7, 25, 26, 33 또는 8, 25, 26, 34 또는 9, 25, 26, 35 또는 10, 25, 26 36 또는 11, 25, 26, 37 또는 12, 25, 26, 38 중의 하나의 아미노산 서열, 또는 도 1에 도시된 아미노산 서열 중의 하나 (또는 서열번호 1, 25, 26, 27 또는 2, 25, 26, 28, 또는 3, 25, 26, 29 또는 4, 25, 26, 30, 또는 5, 25, 26, 31 또는 6, 25, 26, 32 또는 7, 25, 26, 33 또는 8, 25, 26, 34 또는 9, 25, 26, 35 또는 10, 25, 26 36 또는 11, 25, 26, 37 또는 12, 25, 26, 38 중의 하나, 또는 도 1에 도시된 VL 쇄 아미노산 서열의 아미노산 서열 중의 하나에 대해 적어도 70%, 더욱 바람직하게는 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중의 하나의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열)를 포함하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역 및 서열번호 13, 39 또는 89, 40, 41 또는 14, 39 또는 89, 40, 42, 또는 15, 39 또는 89, 40, 43 또는 16, 39 또는 89, 40, 44 또는 17, 39 또는 89, 40, 45 또는 18, 39 또는 89, 40, 46 또는 19, 39 또는 89, 40, 47 또는 20, 39 또는 89, 40, 48 또는 21, 39 또는 89, 40, 49 또는 22, 39 또는 89, 40, 50 또는 23, 39 또는 89, 40, 51 또는 24, 39 또는 89, 40, 52 중의 하나의 아미노산 서열, 또는 도 2에 도시된 아미노산 서열 중의 하나 (또는 서열번호 13, 39 또는 89, 40, 41 또는 14, 39 또는 89, 40, 42, 또는 15, 39 또는 89, 40, 43 또는 16, 39 또는 89, 40, 44 또는 17, 39 또는 89, 40, 45 또는 18, 39 또는 89, 40, 46 또는 19, 39 또는 89, 40, 47 또는 20, 39 또는 89, 40, 48 또는 21, 39 또는 89, 40, 49 또는 22, 39 또는 89, 40, 50 또는 23, 39 또는 89, 40, 51 또는 24, 39 또는 89, 40, 52 중의 하나, 또는 도 2에 도시된 VH 쇄 아미노산 서열의 아미노산 서열 중의 하나에 대해 적어도 70%, 더욱 바람직하게는 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 중의 하나의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열)를 포함하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함할 수 있다.
항체는 임의로 PD-1에 결합할 수 있다. 항체는 임의로 상기한 바와 같은 아미노산 서열 성분을 가질 수 있다. 항체는 IgG일 수 있다. 하나의 구현예에서, PD-1에 결합된, 본원에 기재된 바와 같은 항체 또는 항원 결합 단편을 포함하는, 임의로 단리된, 시험관내 복합체가 제공된다.
본 발명의 하나의 양태에서, 단리된 중쇄 가변 영역 폴리펩티드가 제공되고, 상기 중쇄 가변 영역은 하기 CDR을 포함한다:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DZ1GZ2GZ3YZ4YGZ5DZ6 (서열번호 54)
여기서, Z1= L 또는 Y이고, Z2= A 또는 S이고, Z3= P 또는 Y이고, Z4= Y 또는 L이고, Z5= K, M 또는 L이고, Z6= H 또는 V이다.
일부 구현예에서, HC-CDR3은 DLGAGPYYYGKDH (서열번호 41), DLGAGPYYYG KD V (서열번호 42), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 43), DLGAGPYYYGLDV (서열번호 44), DLGAGPYYYG MDV (서열번호 45), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 46), DLGAG PYYYG MDV (서열번호 47), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 48), DLGAG PYYYG MDV (서열번호 49), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 50), DLGSGYYLYGMDV (서열번호 51) 또는 DLGAGPYYYGMDV (서열번호 52) 중의 하나이다.
본 발명의 하나의 양태에서, 항체 또는 항원 결합 단편이 제공되고, 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하고:
상기 중쇄는 HC-CDR1, HC-CDR2, HC-CDR3을 포함하고,
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는 SYGMH (서열번호 89),
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40),
HC-CDR3: DZ1GZ2GZ3YZ4YGZ5DZ6 (서열번호 54), DLGAGPYYYGKDH (서열번호 41), DLGAGPYYYGKDV (서열번호 42), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 43), DLGAGPYYYGLDV (서열번호 44), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 45), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 46), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 47), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 48), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 49), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 50), DLGSGYYLYGMDV (서열번호 51), 또는 DLGAGPYYYGMDV (서열번호 52) 중의 하나(여기서, Z1= L 또는 Y이고, Z2= A 또는 S이고, Z3= P 또는 Y이고, Z4= Y 또는 L이고, Z5= K, M 또는 L이고, Z6= H 또는 V이다)에 대해 각각 적어도 85% 전체 서열 동일성을 갖고,
상기 경쇄는 LC-CDR1, LC-CDR2, LC-CDR3을 포함하고,
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25),
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26),
LC-CDR3: X1X2WDDX3X4X5GX6X7 (서열번호 53), ASWDDVLYGSV (서열번호 27), ASWDDYYYGTI (서열번호 28), ASWDDYLRGTV (서열번호 29), SAWDDYLHGTV (서열번호 30), ASWDDYVRGTM (서열번호 31), SSWDDFLRGTV (서열번호 32), SSWDDDARGTI (서열번호 33), AAWDDVYYGTI (서열번호 34), ASWDDSLYGTV (서열번호 35), AAWDDAYYGTI (서열번호 36), ASWDDVYRGTV (서열번호 37) 또는 SSWDDSLYGTI (서열번호 38) 중의 하나(여기서, X1= A 또는 S이고, X2= S 또는 A이고, X3= V, Y, F, D, S 또는 A이고, X4= L, Y, V 또는 A이고, X5= Y, R 또는 H이고, X6= S 또는 T이고, X7= V, I, 또는 M이다)에 대해 각각 적어도 85% 전체 서열 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 서열 동일성 정도는 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중의 하나일 수 있다.
본 발명의 다른 양태에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역을 포함하는, 임의로 단리된, 항체 또는 항원 결합 단편이 제공되고,
상기 중쇄 서열은 서열번호 13 내지 24(도 2) 중의 하나의 중쇄 서열에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖고,
상기 경쇄 서열은 서열번호 1 내지 12(도 1) 중의 하나의 경쇄 서열에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖는다.
일부 구현예에서, 서열 동일성의 정도는 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중의 하나일 수 있다.
일부 구현예에서, 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드는 배열 HCFR1:HC-CDR1:HCFR2:HC-CDR2:HCFR3:HC-CDR3:HCFR4에 따라 CDR 사이에 가변 영역 중쇄 프레임워크 서열을 추가로 포함한다. 프레임워크 서열은 인간 공통 프레임워크 서열로부터 유도될 수 있다.
본 발명의 하나의 양태에서, 본원에 기재된 바와 같은 중쇄 가변 영역 폴리펩티드와 임의로 조합된 단리된 경쇄 가변 영역 폴리펩티드가 제공되고, 상기 경쇄 가변 영역 폴리펩티드는 하기 CDR을 포함한다:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: X1X2WDDX3X4X5GX6X7 (서열번호 53)
여기서, X1= A 또는 S이고, X2= S 또는 A이고, X3= V, Y, F, D, S 또는 A이고, X4= L, Y, V 또는 A이고, X5= Y, R 또는 H이고, X6= S 또는 T이고, X7= V, I 또는 M이다.
일부 구현예에서, LC-CDR3은 ASWDDVLYGSV (서열번호 27), ASWDDYYYGTI (서열번호 28), ASWDDYLRGTV (서열번호 29), SAWDDYLHGTV (서열번호 30), ASWDDYVRGTM (서열번호 31), SSWDDFLRGTV (서열번호 32), SSWDDDARGTI (서열번호 33), AAWDDVYYGTI (서열번호 34), ASWDDSLYGTV (서열번호 35), AAWDDAYYGTI (서열번호 36), ASWDDVYRGTV (서열번호 37) 또는 SSWDDSLYGTI (서열번호 38) 중의 하나이다.
일부 구현예에서, 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드는 배열 LCFR1:LC-CDR1:LCFR2:LC-CDR2:LCFR3:LC-CDR3:LCFR4에 따라 CDR 사이에 가변 영역 경쇄 프레임워크 서열을 추가로 포함한다. 프레임워크 서열은 인간 공통 프레임워크 서열로부터 유도될 수 있다.
일부 구현예에서, 항체 또는 항체 결합 단편은 인간 불변 영역을 추가로 포함할 수 있다. 예를 들면, IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4 중의 하나로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 항체 또는 항체 결합 단편은 뮤린 불변 영역을 추가로 포함할 수 있다. 예를 들면, IgG1, IgG2A, IgG2B 및 IgG3 중의 하나로부터 선택된다.
본 발명의 다른 양태에서, PD-1에 결합할 수 있고 이중특이적 항체 또는 이중특이적 항원 결합 단편인, 임의로 단리된, 항체 또는 항원 결합 단편이 제공된다. 일부 구현예에서, 이중특이적 항체 또는 이중특이적 항원 결합 단편은 본원에 기재된 바와 같은 PD-1에 결합할 수 있는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 포함하고, 다른 표적 단백질, 예를 들면, PD-1 이외의 표적 단백질에 결합할 수 있는 항원 결합 도메인을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 표적 단백질은 세포 표면 수용체이다. 일부 구현예에서, 표적 단백질은 면역 세포, 예를 들면, T 세포의 세포 표면에서 발현된 세포 표면 수용체이다. 일부 구현예에서, 표적 단백질은 CD28 패밀리의 구성원일 수 있다. 일부 구현예에서, CD28 패밀리의 구성원은 TIM-3, LAG3, ICOS, CTLA4, BTLA 또는 CD28로부터 선택된다.
본 발명의 다른 양태에서, 조성물, 예를 들면, 약제학적 조성물 또는 의약이 제공된다. 조성물은 본원에 기재된 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드 및 적어도 하나의 약제학적으로 허용되는 담체, 부형제, 보조제 또는 희석제를 포함할 수 있다.
본 발명의 다른 양태에서, 본원에 기재된 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 코딩하는 단리된 핵산이 제공된다. 핵산은 서열번호 55, 56, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87 또는 88(도 4) 중의 하나의 서열, 또는 유전 코드의 결과로서 퇴화하는 코딩 서열을 가질 수 있거나, 이에 대해 적어도 70%, 임의로 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중의 하나의 동일성을 갖는 뉴클레오티드 서열을 가질 수 있다.
본 발명의 한 양태에서, 본원에 기재된 핵산을 포함하는 벡터가 제공된다. 본 발명의 다른 양태에서, 벡터를 포함하는 숙주 세포가 제공된다. 예를 들면, 숙주 세포는 진핵 세포 또는 포유류, 예를 들면, 차이니즈 햄스터 난소(CHO), 또는 인간일 수 있거나, 원핵 세포, 예를 들면, 이. 콜라이(E. coli)일 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, 본원에 기재된 항체 또는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 제조방법이 제공되고, 상기 방법은 본원에 기재된 숙주 세포를 항체 또는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 코딩하는 벡터의 발현에 적합한 조건하에 배양하는 단계 및 항체 또는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 회수하는 단계를 포함한다.
본 발명의 다른 양태에서, 치료 또는 의학적 치료 방법에 사용하기 위한 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드가 제공된다. 본 발명의 다른 양태에서, T-세포 기능이상 장애의 치료에 사용하기 위한 본원에 기재된 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드가 제공된다. 본 발명의 다른 양태에서, T-세포 기능이상 장애의 치료에 사용하기 위한 의약 또는 약제학적 조성물을 제조하는데 있어서 본원에 기재된 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 용도가 제공된다.
본 발명의 다른 양태에서, 기능 장애 T-세포에 본원에 기재된 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 투여하는 단계를 포함하는 T-세포 기능을 증강시키는 방법이 제공된다. 상기 방법은 시험관내 또는 생체내에서 수행될 수 있다.
본 발명의 다른 양태에서, T-세포 기능이상 장애를 치료하는 방법이 제공되고, 상기 방법은 T-세포 기능이상 장애를 앓고 있는 환자에게 본원에 기재된 바와 같은 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 투여하는 단계를 포함한다.
본 발명의 다른 양태에서, 대상체에서 면역 반응을 조절하는 방법이 제공되고, 상기 방법은 대상체에서 면역 반응이 조절되도록 본원에 기재된 바와 같은 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
본 발명의 다른 양태에서, 대상체에서 종양 세포의 성장을 억제하는 방법이 제공되고, 상기 방법은 본원에 기재된 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 치료적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
본 발명의 다른 양태에서, 방법이 제공되고, 상기 방법은 PD-1을 함유하거나 함유하는 것으로 의심되는 샘플을 본원에 기재된 바와 같은 항체 또는 항원 결합 단편과 접촉시키는 단계 및 항체 또는 항원 결합 단편과 PD-1의 복합체의 형성을 검출하는 단계를 포함한다.
본 발명의 다른 양태에서, 대상체에서 질환 또는 상태를 진단하는 방법이 제공되고, 상기 방법은 대상체의 샘플을 본원에 기재된 바와 같은 항체 또는 항원 결합 단편과 시험관내 접촉시키는 단계 및 항체 또는 항원 결합 단편과 PD-1의 복합체의 형성을 검출하는 단계를 포함한다.
본 발명의 추가의 양태에서, PD-1 표적화제에 의한 치료를 위해 대상체를 선택하거나 계층화하는 방법이 제공되고, 상기 방법은 대상체의 샘플을 본 발명에 따르는 항체 또는 항원 결합 단편과 시험관내 접촉시키는 단계 및 항체 또는 항원 결합 단편과 PD-1의 복합체의 형성을 검출하는 단계를 포함한다.
본 발명의 추가의 양태에서, 시험관내에서 PD-1을 검출하기 위한, 본원에 기재된 바와 같은 항체 또는 항원 결합 단편의 용도가 제공된다. 본 발명의 다른 양태에서, 본원에 기재된 바와 같은 항체 또는 항원 결합 단편의 시험관내 진단제로서의 용도가 제공된다.
본 발명의 추가의 양태에서, T-세포 집단을 확장하는 방법이 제공되고, 여기서 T 세포는 본 발명에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드와 시험관내 또는 생체외 접촉된다.
본 발명의 추가의 양태에서, T-세포 기능이상 장애를 갖는 대상체의 치료 방법이 제공되고, 상기 방법은 대상체의 혈액 샘플로부터 수득된 T 세포를 T 세포 집단을 확장시키기 위해 본 발명에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 존재하에 배양하는 단계 및 확장된 T 세포를 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
본 발명의 방법에서, 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드는 본원에 기재된 바와 같은 조성물로서 제공될 수 있다.
일부 구현예에서, 항체는 본원에 기재된 바와 같은 항체 클론 A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4 또는 H9일 수 있다.
설명
항체
본 발명에 따르는 항체는 임의로 0.1 내지 2nM 범위의 KD로 바람직하게는 PD-1(항원), 바람직하게는 인간 또는 레서스 PD-1에 결합한다.
본 발명의 임의의 양태에서, 항체는 바람직하게는 CD28 패밀리의 다른 구성원(바람직하게는 동일한 유기체로부터), 예를 들면, TIM-3 (HAVCR2), LAG3 (CD223), ICOS (CD278), CTLA4 (CD152), BTLA (CD272) 또는 CD28 중 하나 이상 또는 각각에 대해 PD-1(예: 인간 또는 레서스)에 특이적으로 결합한다.
본 발명에 따르는 항체는 단리된 형태로 제공될 수 있다.
본 발명에 따르는 항체는 다음 특성 중 적어도 하나를 나타낼 수 있다:
a) 1μΜ 이하, 바람직하게는 ≤10nM, ≤1nM, ≤800pM, ≤700pM, ≤600pM, ≤500pM, ≤400pM, ≤300pM, ≤200pM 또는 ≤100pM 중의 하나의 KD로 인간 PD-1에 결합하고;
b) 인간 TIM-3, LAG3, ICOS, CTLA4, BTLA 또는 CD28에 실질적으로 결합하지 않고;
c) 혼합된 림프구 반응(MLR) 검정에서 T-세포 증식을 증가시키고(예를 들면, 문헌(Bromelow et al J.Immunol Methods, 2001 Jan 1;247(1-2):1-8) 참조);
d) MLR 검정에서 인터페론-감마 생산을 증가시키고; 또는
e) MLR 검정에서 인터류킨-2(IL-2) 분비를 증가시킨다.
일부 구현예에서, 항체는 MLR 검정에서 인터페론-감마 생산을 용량 의존 방식으로 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 항체는 고갈의 하나 이상의 마커, 예를 들면, PD-1을 발현시키는 림프구에 의해 MLR 검정에서 인터페론-감마 생산을 증가시킬 수 있다.
"항체"는 이의 단편 또는 유도체, 또는 합성 항체 또는 합성 항체 단편을 포함한다.
모노클로날 항체 기술과 관련하여 오늘날의 기술을 고려하여, 항체는 대부분의 항원으로 제조될 수 있다. 항원 결합 부분은 항체의 일부(예를 들면, Fab 단편) 또는 합성 항체 단편(예를 들면, 일본쇄 Fv 단편[ScFv])일 수 있다. 선택된 항원에 대한 적합한 모노클로날 항체는 공지된 기술, 예를 들면, 문헌(참조: "Monoclonal Antibodies: A manual of techniques", H Zola (CRC Press, 1988) 및 "Monoclonal Hybridoma Antibodies: Techniques and Applications", J G R Hurrell (CRC Press, 1982))에 기재된 기술에 의해 제조될 수 있다. 키메라 항체는 문헌(참조: Neuberger et al (1988, 8th International Biotechnology Symposium Part 2, 792-799))에 의해 논의된다.
모노클로날 항체(mAbs)는 본 발명의 방법에 유용하고, 항원 상의 단일 에피토프를 특이적으로 표적화하는 항원의 균질한 집단이다.
폴리클로날 항체는 본 발명의 방법에 유용하다. 단일특이적 폴리클로날 항체가 바람직하다. 적합한 폴리클로날 항체는 당해 기술 분야에 익히 공지된 방법을 사용하여 제조할 수 있다.
항체의 항원 결합 단편, 예를 들면, Fab 및 Fab2 단편도 또한 유전자 조작된 항체 및 항체 단편과 같이 사용되고/제공될 수 있다. 항체의 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL) 도메인은 초기 프로테아제 소화 실험에 의해 최초로 인식된 사실인 항원 인식에 관련된다. 추가의 확인은 설치류 항체의 "인간화"에 의해 발견되었다. 설치류 기원의 가변 도메인은 생성되는 항체가 설치류 부모 항체의 항원 특이성을 보유하도록 인간 기원의 불변 도메인에 융합될 수 있다(참조: Morrison et al (1984) Proc. Natl. Acad. Sd. USA 81, 6851-6855).
그 항원 특이성은 가변 도메인에 의해 부여되고, 불변 도메인과는 독립적이며, 모두 하나 이상의 가변 도메인을 포함하는 항체 단편의 세균성 발현을 포함하는 실험으로부터 공지되어 있다. 이러한 분자는 Fab형 분자(참조: Better et al (1988) Science 240, 1041); Fv 분자(참조: Skerra et al (1988) Science 240, 1038); 일본쇄 Fv(ScFv) 분자를 포함하고, 여기서 VH 및 VL 파트너 도메인은 가요성 올리고펩티드(참조: Bird et al (1988) Science 242, 423; Huston et al (1988) Proc. Natl. Acad. Sd. USA 85, 5879) 및 단리된 V 도메인을 포함하는 단일 도메인 항체(dAbs)(참조: Ward et al (1989) Nature 341, 544)를 통해 연결된다. 특이적 결합 부위를 보유하는 항체 단편의 합성에 관련되는 기술의 일반적인 검토는 문헌(참조: Winter & Milstein (1991) Nature 349, 293-299)에서 발견될 수 있다.
"ScFv 분자"는 VH 및 VL 파트너 도메인이, 예를 들면, 가요성 올리고펩티드에 의해 공유 결합되는 분자를 의미한다.
Fab, Fv, ScFv 및 dAb 항체 단편은 모두 이. 콜라이(E. coli)에서 발현되고 이로부터 분비될 수 있고, 따라서 다량의 상기 단편을 용이하게 생산할 수 있도록 한다.
전체 항체 및 F(ab')2 단편은 "2가"이다. "2가"는 상기 항체 및 F(ab')2 단편이 두 개의 항원 결합 부위를 갖는다는 것을 의미한다. 대조적으로, Fab, Fv, ScFv 및 dAb 단편은 단지 하나의 항원 결합 부위를 갖는 1가이다. PD-1에 결합하는 합성 항체는 또한 당해 기술 분야에 익히 공지된 바와 같이 파지 디스플레이 기술을 사용하여 제조할 수 있다.
본원은 또한 PD-1에 결합할 수 있고, 이중특이적 항체 또는 이중특이적 항원 결합 단편인 항체 또는 항원 결합 단편을 제공한다. 일부 구현예에서, 이중특이적 항체 또는 이중특이적 항원 결합 단편이 단리될 수 있다.
일부 구현예에서, 이중특이적 항체 및 이중특이적 항원 결합 단편은 본 발명에 따르는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 이중특이적 항체 및 이중특이적 항원 결합 단편은 PD-1에 결합할 수 있는 항원 결합 도메인을 포함하고, 여기서 PD-1에 결합할 수 있는 항원 결합 도메인은 본 발명에 따르는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 포함하거나 이로 구성된다.
일부 구현예에서, 이중특이적 항체 및 이중특이적 항원 결합 단편은 PD-1에 결합할 수 있는 항원 결합 도메인, 및 다른 표적 단백질에 결합할 수 있는 항원 결합 도메인을 포함한다.
다른 표적 단백질에 결합할 수 있는 항원 결합 도메인은 PD-1 이외의 다른 단백질에 결합할 수 있다. 일부 구현예에서, 표적 단백질은 세포 표면 수용체이다. 일부 구현예에서, 표적 단백질은 면역 세포, 예를 들면, T 세포의 세포 표면 상에서 발현된 세포 표면 수용체이다. 일부 구현예에서, 표적 단백질은 CD28 패밀리의 구성원일 수 있다. 일부 구현예에서, 표적 단백질은 TIM-3 (HAVCR2), LAG3 (CD223), ICOS (CD278), CTLA4 (CD152), BTLA (CD272) 또는 CD28과 같은 CD28 패밀리의 구성원일 수 있다. 특정 구현예에서, 표적 단백질은 CTLA4 또는 LAG3일 수 있다.
일부 구현예에서, TIM-3을 위한 항원 결합 도메인은, 예를 들면, 항-TIM-3 항체 클론 F38-2E2(BioLegend), 클론 2E2(Merck Millipore), 클론 6B6E2, 클론 024(Sino Biological) 클론 344801(R&D Systems), 클론 E-18, 클론 H-191(Santa Cruz Biotechnology), 또는 클론 13A224(United States Biological)의 CDR, 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 또는 다른 TIM-3 결합 단편을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, LAG3을 위한 항원 결합 도메인은, 예를 들면, 항-LAG3 항체 클론 17B4(Enzo Life Sciences), 클론 333210(R&D Systems) 또는 클론 14L676(United States Biological)의 CDR, 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 또는 다른 LAG3 결합 단편을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, ICOS를 위한 항원 결합 도메인은, 예를 들면, 항-ICOS 항체 클론 ISA-3(eBioscience), 클론 SP98(Novus Biologicals), 클론 1G1, 클론 3G4(Abnova Corporation), 클론 669222(R&D Systems), 클론 TQ09(Creative Diagnostics) 또는 클론 C398.4A(BioLegend)의 CDR, 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 또는 다른 ICOS 결합 단편을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, CTLA4를 위한 항원 결합 도메인은, 예를 들면, 항-CTLA4 항체 클론 2F1, 클론 1F4(Abnova Corporation), 클론 9H10(EMD Millipore), 클론 BNU3(GeneTex), 클론 1E2, 클론 AS32(Lifespan Biosciences) 클론 A3.4H2.H12(Acris Antibodies), 클론 060(Sino Biological), 클론 BU5G3(Creative Diagnostics), 클론 MIH8(MBL International), 클론 A3.6B10.G1, 또는 클론 L3D10(BioLegend)의 CDR, 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 또는 다른 CTLA4 결합 단편을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, BTLA를 위한 항원 결합 도메인은, 예를 들면, 항-BTLA 항체 클론 1B7, 클론 2G8, 클론 4C5(Abnova Corporation), 클론 4B8(antibodies-online), 클론 MIH26(Thermo Scientific Pierce Antibodies), 클론 UMAB61(OriGene Technologies), 클론 330104(R&D Systems), 클론 1B4(Lifespan Biosciences), 클론 440205, 클론 5E7(Creative Diagnostics)의 CDR, 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 또는 다른 BTLA 결합 단편을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, CD28을 위한 항원 결합 도메인은, 예를 들면, 항-CD28 항체 클론 CD28.6(eBioscience), 클론 CD28.2, 클론 JJ319(Novus Biologicals), 클론 204.12, 클론 B-23, 클론 10F3(Thermo Scientific Pierce Antibodies), 클론 37407(R&D Systems), 클론 204-12(Abnova Corporation), 클론 15E8(EMD Millipore), 클론 204-12, 클론 YTH913.12(AbD Serotec), 클론 B-T3(Acris Antibodies), 클론 9H6E2(Sino Biological), 클론 C28/77(MyBioSource.com), 클론 KOLT-2(ALPCO), 클론 152-2E10(Santa Cruz Biotechnology) 또는 클론 XPH-56(Creative Diagnostics)의 CDR, 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 또는 다른 CD28 결합 단편을 포함할 수 있다.
본 발명의 방법에 따르는 이중특이적 항체 또는 이중특이적 항원 결합 단편의 항원 결합 도메인은 항원에 결합할 수 있는 폴리펩티드의 임의의 도메인일 수 있다. 일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은 함께 항체 또는 항원 결합 단편의 항원 결합 영역을 정의하는 적어도 3개의 경쇄 CDR(즉, LC-CDR1, LC-CDR2 및 LC-CDR3) 및 3개의 중쇄 CDR(즉, HC-CDR1, HC-CDR2 및 HC-CDR3)을 포함한다. 일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은 항체 또는 항원 결합 단편의 경쇄 가변 도메인 및 중쇄 가변 도메인을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은 항체 또는 항원 결합 단편의 경쇄 폴리펩티드 및 중쇄 폴리펩티드를 포함할 수 있다.
본 발명에 따르는 이중특이적 항체 및 이중특이적 항원 결합 단편은 임의의 적합한 포맷, 예를 들면, 전문이 본원에 참조로 인용된 문헌(참조: Kontermann MAbs 2012, 4(2): 182-197)에 기재된 포맷으로 제공될 수 있다. 예를 들면, 이중특이적 항체 또는 이중특이적 항원 결합 단편은 이중특이적 항체 접합체(예: IgG2, F(ab')2 또는 CovX-바디), 이중특이적 IgG 또는 IgG-형 분자(예: IgG, scFv4-Ig, IgG-scFv, scFv-IgG, DVD-Ig, IgG-sVD, sVD-IgG, 또는 2 인(in) 1-IgG, mAb2, 또는 Tandemab common LC), 비대칭성 이중특이적 IgG 또는 IgG-형 분자(예: kih IgG, kih IgG common LC, CrossMab, kih IgG-scFab, mAb-Fv, 전하쌍 또는 SEED-바디), 소형 이중특이적 항체 분자(예: 디아바디(Db), dsDb, DART, scDb, tandAbs, 탠덤 scFv (taFv), 탠덤 dAb/VHH, 트리플 바디, 트리플 헤드, Fab-scFv, 또는 F(ab')2-scFv2), 이중특이적 Fc 및 CH3 융합 단백질(예: taFv-Fc, 디-디아바디, scDb-CH3, scFv-Fc-scFv, HCAb-VHH, scFv-kih-Fc, 또는 scFv-kih-CH3), 또는 이중특이적 융합 단백질(예: scFv2-알부민, scDb-알부민, taFv-독소, DNL-Fab3, DNL-Fab4-IgG, DNL-Fab4-IgG-사이토카인2)일 수 있다. 특히, 문헌(참조: Kontermann MAbs 2012, 4(2): 182-19)의 도 2를 참조한다.
당업자는 본 발명에 따르는 이중특이적 항체 및 이중특이적 항원 결합 단편을 설계하고 제조할 수 있다.
이중특이적 항체를 생산하는 방법은, 예를 들면, 전문이 본원에 참조로 인용된 문헌(참조: Segal and Bast, 2001. Production of Bispecific Antibodies. Current Protocols in Immunology. 14:IV:2.13:2.13.1-2.13.16)에 기재된 바와 같이 환원성 디설파이드 또는 비환원성 티오에테르 결합과 항체 또는 항체 단편의 화학적 가교결합을 포함한다. 예를 들면, N-석신이미딜-3-(-2-피리딜디티오)-프로피오네이트(SPDP)는 디설파이드 연결된 이중특이적 F(ab)2 헤테로다이머를 생성하기 위해, 예를 들면, 힌지 영역 SH- 그룹을 통해 Fab 단편을 화학적으로 가교결합시키는데 사용될 수 있다.
이중특이적 항체를 생산하기 위한 다른 방법은, 예를 들면, 문헌(참조: D. M. and Bast, B. J. 2001. Production of Bispecific Antibodies. Current Protocols in Immunology. 14:IV:2.13:2.13.1-2.13.16)에 기재된 바와 같이, 이중특이적 항체를 분비할 수 있는 쿼드로마 세포를 생성하기 위해 항체-생산 하이브리도마를, 예를 들면, 폴리에틸렌 글리콜과 융합시킴을 포함한다.
본 발명에 따르는 이중특이적 항체 및 이중특이적 항원 결합 단편은 또한, 예를 들면, 둘 다 전문이 본원에 참조로 인용된 문헌(참조: Antibody Engineering: Methods and Protocols, Second Edition (Humana Press, 2012), at Chapter 40: Production of Bispecific Antibodies: Diabodies and Tandem scFv (Hornig and Farber-Schwarz), 또는 French, How to make bispecific antibodies, Methods Mol. Med. 2000; 40:333-339)에 기재된 바와 같이, 예를 들면, 항원 결합 분자를 위한 폴리펩티드를 코딩하는 핵산 작제물로부터 발현에 의해 재조합으로 생산될 수 있다.
예를 들면, 2개의 항원 결합 도메인(즉, PD-1에 결합할 수 있는 항원 결합 도메인을 위한 경쇄 및 중쇄 가변 도메인, 및 다른 표적 단백질에 결합할 수 있는 항원 결합 도메인을 위한 경쇄 및 중쇄 가변 도메인)을 위한 경쇄 및 중쇄 가변 도메인을 코딩하고, 항원 결합 도메인 사이의 적합한 링커 또는 이량체화 도메인을 코딩하는 서열을 포함하는 DNA 작제물은 분자 클로닝 기술에 의해 제조될 수 있다. 재조합 이중특이적 항체는 이후 적합한 숙주 세포(예: 포유류 숙주 세포) 중에서 작제물의 발현(예: 시험관내)에 의해 생산될 수 있고, 이어서 발현된 재조합 이중특이적 항체는 임의로 정제될 수 있다.
항체는, 비변형된 부모 항체와 비교하여 항원에 대한 항체의 친화도가 개선된 변형된 항체가 생성되는 친화도 성숙 공정에 의해 생성될 수 있다. 친화도 성숙 항체는 당해 기술 분야, 예를 들면, 문헌(참조: Marks et al., Rio/Technology 10:779-783 (1992); Barbas et al. Proc Nat. Acad. Sci. USA 91:3809-3813 (1994); Schier et al. Gene 169:147-155 (1995); Yelton et al. J. Immunol. 155:1994-2004 (1995); Jackson et al., J. Immunol. 154(7):3310-159 (1995); 및 Hawkins et al, J. Mol. Biol. 226:889-896 (1992))에 공지된 절차로 생산될 수 있다.
본 발명에 따르는 항체는 바람직하게는 PD-1에 대한 특이적 결합을 나타낸다. 표적 분자에 특이적으로 결합하는 항체는 바람직하게는 보다 큰 친화도 및/또는 다른 표적에 결합하는 것보다 더 긴 지속 기간으로 표적에 결합한다. 하나의 구현예에서, 비관련 표적에 대한 항체의 결합 정도는, 예를 들면, ELISA, 또는 방사 면역 검정(RIA)에 의해 측정된 표적에 대한 항체의 결합의 약 10% 미만이다. 대안적으로, 결합 특이성은 본 발명의 항-PD-1 항체가 다른 표적 분자, 예를 들면, CD28 패밀리의 다른 구성원을 향한 항체의 KD보다 더 큰 크기의 적어도 0.1 차수(즉, 0.1 x 10n, 여기서 n은 크기의 차수를 나타내는 정수이다)인 KD로 PD-1에 결합하는 결합 친화도의 관점에서 반영될 수 있다. 이는 임의로 적어도 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0, 1.5 또는 2.0 중의 하나일 수 있다.
본 발명에 따르는 항체는 바람직하게는 ≤1μΜ, ≤100nM, ≤10nM, ≤1nM 또는 ≤100pM 중 하나의 해리 상수(KD)를 갖는다. 표적에 대한 항체의 결합 친화도는 종종 이의 해리 상수(KD)의 관점에서 기재된다. 결합 친화도는 당해 기술 분야에 공지된 방법, 예를 들면, 표면 플라스몬 공명, 또는 항체 및 항원 분자의 Fab 버전으로 수행된 방사선 표지 항원 결합 검정(RIA)에 의해 측정될 수 있다.
본 발명에 따르는 항체는 그것이 결합하는 항원의 생물학적 활성을 억제하거나 감소시키는 "길항제" 항체일 수 있다. PD-1의 차단은 PD-1에 의해 매개되는 면역-억제성 신호전달 경로를 억제함으로써 T-세포 기능의 회복을 돕는다.
일부 양태에서, 항체는 클론 A3, 또는 A3의 변이체이다. A3은 다음 CDR 서열을 포함한다:
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일부 양태에서, 항체는 클론 A10, 또는 A10의 변이체이다. A10은 다음 CDR 서열을 포함한다:
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일부 양태에서, 항체는 클론 C4, 또는 C4의 변이체이다. C4는 다음 CDR 서열을 포함한다:
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일부 양태에서, 항체는 클론 D4, 또는 D4의 변이체이다. D4는 다음 CDR 서열을 포함한다:
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일부 양태에서, 항체는 클론 E1, 또는 E1의 변이체이다. E1은 다음 CDR 서열을 포함한다:
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일부 양태에서, 항체는 클론 F2, 또는 F2의 변이체이다. F2는 다음 CDR 서열을 포함한다:
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일부 양태에서, 항체는 클론 G1, 또는 G1의 변이체이다. G1은 다음 CDR 서열을 포함한다:
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일부 양태에서, 항체는 클론 G2, 또는 G2의 변이체이다. G2는 다음 CDR 서열을 포함한다:
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일부 양태에서, 항체는 클론 G10, 또는 G10의 변이체이다. G10은 다음 CDR 서열을 포함한다:
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일부 양태에서, 항체는 클론 H4, 또는 H4의 변이체이다. H4는 다음 CDR 서열을 포함한다:
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HC-CDR3: DLGSGYYLYGMDV (서열번호 51)
카바트 정의에 의해 결정된 CDR 서열.
일부 양태에서, 항체는 클론 H9, 또는 H9의 변이체이다. H9는 다음 CDR 서열을 포함한다:
경쇄:
LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
LC-CDR3: SSWDDSLYGTI (서열번호 38)
중쇄:
HC-CDR1: GFTFSSYGMH (서열번호 39) 또는
SYGMH (서열번호 89)
HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 52)
카바트 정의에 의해 결정된 CDR 서열.
본 발명에 따르는 항체는 A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4, 또는 H9 중의 1개 또는 서열번호 1 및 13, 2 및 14, 3 및 15, 4 및 16, 5 및 17, 6 및 18, 7 및 19, 8 및 20, 9 및 21, 10 및 22, 11 및 23, 또는 12 및 24 중의 하나의 CDR을 포함할 수 있다. 본 발명에 따르는 항체에서, 6개의 CDR 서열 중 1개 또는 2개 또는 3개 또는 4개는 가변적일 수 있다. 변이체는 6개의 CDR 서열 중 1개 또는 2개에서 1개 또는 2개의 아미노산 치환을 가질 수 있다.
항-PD-1 클론의 VH 및 VL 쇄의 아미노산 서열은 도 1 및 2에 도시된다. 코딩 뉴클레오티드 서열은 도 4에 도시된다.
경쇄 및 중쇄 CDR은 또한 다수의 상이한 프레임워크 영역과 관련하여 특히 유용할 수 있다. 따라서, LC-CDR1-3 또는 HC-CDR1-3을 갖는 경쇄 및/또는 중쇄는 대안의 프레임워크 영역을 포함할 수 있다. 적합한 프레임워크 영역은 당해 기술 분야에 익히 공지되어 있고, 예를 들면, 본원에 참조로 인용된 문헌(참조: M. Lefranc & G. Lefranc (2001) "The Immunoglobulin FactsBook", Academic Press)에 기재되어 있다.
이 명세서에서, 항체는 서열번호 1 및 13, 2 및 14, 3 및 15, 4 및 16, 5 및 17, 6 및 18, 7 및 19, 8 및 20, 9 및 21, 10 및 22, 11 및 23, 또는 12 및 24 각각의 하나 이상의 VH 및/또는 VL 아미노산 서열 또는 도 1 및 2에 도시된 아미노산 서열 중의 하나에 대해 높은 퍼센트 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 및/또는 VL 쇄를 가질 수 있다.
예를 들면, 본 발명에 따르는 항체는 PD-1에 결합하고, 서열번호 1 내지 24 중의 하나의 VH 또는 VL 쇄 아미노산 서열 또는 도 1 및 도 2에 도시된 아미노산 서열 중의 하나에 대해 적어도 70%, 더욱 바람직하게는 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성 중의 하나를 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 또는 VL 쇄를 갖는 항체를 포함한다.
본 발명에 따르는 항체는 검출가능하게 표지될 수 있거나, 적어도 검출 가능할 수 있다. 예를 들면, 항체는 방사성 원자 또는 유색 분자 또는 형광성 분자 또는 임의의 다른 방식으로 용이하게 검출될 수 있는 분자로 표지될 수 있다. 적합한 검출가능한 분자는 형광성 단백질, 루시퍼라제, 효소 기질 및 방사성 표지를 포함한다. 결합 잔기는 검출가능한 표지로 직접 표지될 수 있거나, 이는 간접적으로 표지될 수 있다. 예를 들면, 결합 잔기는 자체 표지된 다른 항체에 의해 검출될 수 있는 비표지된 항체일 수 있다. 대안적으로, 2차 항체는 비오틴에 결합될 수 있고, 비오틴에 대한 표지된 스트렙타비딘의 결합은 1차 항체를 간접적으로 표지하는데 사용된다.
검출 방법
본원에 기재된 항체 또는 항원 결합 단편은 PD-1에 대한 항체 또는 항원 결합 단편의 결합을 포함하는 방법에 사용될 수 있다. 이러한 방법은 항체 또는 항원 결합 단편과 PD-1의 결합된 복합체의 검출을 포함할 수 있다. 이와 같이, 하나의 구현예에서, 방법이 제공되고, 상기 방법은 PD-1을 함유하거나 함유하는 것으로 의심되는 샘플을 본원에 기재된 바와 같은 항체 또는 항원 결합 단편과 접촉시키는 단계 및 항체 또는 항원 결합 단편과 PD-1의 복합체의 형성을 검출시키는 단계를 포함한다.
샌드위치 검정, 예를 들면, ELISA와 같은 면역검정을 포함하는 적합한 방법 포맷이 당해 기술 분야에 익히 공지되어 있다. 상기 방법은 항체 또는 항원 결합 단편, 또는 PD-1, 또는 둘 다를 검출가능한 표지, 예를 들면, 형광성, 발광성 또는 방사성 표지로 표지하는 단계를 포함할 수 있다.
이러한 종류의 방법은 PD-1의 검출 및/또는 정량화를 필요로 하는 질환 또는 상태의 진단 방법의 기초를 제공할 수 있다. 이러한 방법은 환자 샘플 상에서 시험관내에서 또는 환자 샘플의 처리 후에 수행될 수 있다. 샘플이 수집되면, 환자는 시험관내 진단 방법을 위해 제공될 필요가 없고, 따라서, 상기 방법은 인간 또는 동물 신체에서 수행되지 않는 것일 수 있다.
이러한 방법은 환자 샘플에 존재하는 PD-1의 양을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 방법은 진단에 도달하는 과정의 일부로서 표준 또는 기준 값에 대해 결정된 양을 비교하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 진단의 정확성 또는 예후를 증강시키기 위해 또는 본원에 기재된 시험을 사용하여 수득된 결과를 확인하기 위해 본원에 기재된 것들과 함께 다른 진단 시험이 사용될 수 있다.
환자 샘플에 존재하는 PD-1의 수준은 환자가 항-PD1 항체에 의한 치료에 반응할 수 있음을 나타낼 수 있다. 샘플에 높은 수준의 PD-1의 존재는 항-PD1 항체에 의한 치료를 위한 환자를 선택하는데 사용될 수 있다. 따라서, 본 발명의 항체는 항-PD-1 요법에 의한 치료를 위한 환자를 선택하는데 사용될 수 있다.
PD-1의 샘플에서의 검출은 환자에서 T-세포 기능이상 장애 또는 암성 상태의 진단, 암성 상태에 대한 소인의 진단 또는 암성 상태의 예후를 제공할(예측할) 목적을 위해 사용될 수 있다. 진단 또는 예후는 양성 또는 악성일 수 있는 기존의 (이전에 진단된) 암성 상태에 관련될 수 있고, 의심되는 암성 상태에 관련될 수 있거나 (이전에 진단되지 않았을 수 있는) 환자의 암성 상태에 대한 스크리닝에 관련될 수 있다.
하나의 구현예에서, CD8+ T 세포 상의 PD-1 발현 수준은 T-세포 고갈 정도 및 질환 상태의 중증도를 나타내기 위해 검출될 수 있다.
샘플은 임의의 조직 또는 체액으로부터 채취할 수 있다. 샘플은 다음을 포함할 수 있거나 다음으로부터 유래될 수 있다: 혈액의 양; 피브린 응고 및 혈액 세포의 제거 후에 수득된 혈액의 유체 부분을 포함할 수 있는 개인의 혈액으로부터 유래된 혈청의 양; 조직 샘플 또는 생검; 또는 상기 개체로부터 단리된 세포.
본 발명에 따르는 방법은 바람직하게는 시험관내에서 수행된다. 용어 "시험관내"는 배양물 중의 세포에 의한 실험을 포함하는 것으로 의도된 반면, 용어 "생체내"는 온전한 다세포 유기체에 의한 실험을 포함하는 것으로 의도된다.
치료적 적용
본 발명에 따르는 항체, 항원 결합 단편 및 폴리펩티드 및 이러한 제제들을 포함하는 조성물은 의학적 치료 방법에 사용하기 위해 제공될 수 있다. 치료는 치료를 필요로 하는 질환 또는 상태를 갖는 대상체에게 제공될 수 있다. 질환 또는 상태는 암과 관련된 T-세포 기능이상 장애, 또는 암, 또는 감염과 관련된 T-세포 기능이상 장애, 또는 감염을 포함하는 T-세포 기능이상 장애 중의 하나일 수 있다.
T-세포 기능이상 장애는 정상 T-세포 기능이 손상되어, 예를 들면, 미생물, 박테리아 및 바이러스와 같은 외인성 제제에 의한 감염으로 생성되거나, 일부 형태의 암(예: 종양 관련 항원의 형태)과 같은 일부 질환 상태에서 숙주에 의해 생성된 병원성 항원에 대한 대상체의 면역 반응의 하향조절을 일으키는 질환 또는 상태일 수 있다.
T-세포 기능이상 장애는 T-세포 고갈 또는 T-세포 아네르기를 포함할 수 있다. T-세포 고갈은 CD8+ T-세포가 항원 자극에 반응하여 세포독성 및 사이토카인(예: IFNγ) 분비와 같은 T-세포 이펙터 기능을 증식시키거나 발휘하지 못하는 상태를 포함한다. 고갈된 T-세포는 또한 PD-1의 지속적인 발현을 특징으로 할 수 있고, 여기서 PD-1:PD-L1 상호작용의 차단은 T-세포 고갈을 역전시키고 항원-특이적 T 세포 반응을 회복할 수 있다.
T-세포 기능이상 장애는 감염, 또는 감염에 대한 효과적인 면역 반응을 일으키지 못하는 것으로 나타날 수 있다. 감염은 만성, 지속성, 잠재성 또는 서서히 진행될 수 있으며, 박테리아, 바이러스, 진균 또는 기생충 감염의 결과일 수 있다. 이와 같이, 치료는 박테리아, 바이러스 또는 진균 감염 환자에게 제공될 수 있다. 박테리아 감염의 예는 헬리코박터 파일로리(Helicobacter pylori)에 의한 감염을 포함한다. 바이러스 감염의 예는 HIV, B형 간염 또는 C형 간염을 포함한다.
T-세포 기능이상 장애는 종양 면역 도피와 같은 암과 관련될 수 있다. 많은 인간 종양은 T 세포에 의해 인식되고 면역 반응을 유도할 수 있는 종양 관련 항원을 발현시킨다. 그러나, 면역 회피는 일반적이고, PD-L1을 포함하는 다수의 가용성 인자에 의해 매개되는 것으로 간주된다. 이와 같이, PD-1 및 PD-L1의 상호작용의 차단은 종양 세포에 대한 이러한 음성 면역조절 신호를 억제하고, 종양 특이적 CD8+ T-세포 면역성을 강화시킬 수 있다.
T-세포 고갈과 같은 T-세포 기능이상 장애의 징후가 없는 경우에도 또한 암은 치료될 수 있지만, 본 발명에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 사용은 대상체가 PD-1 신호 전달을 억제하고 제한된 손상, 회피 또는 종양 면역 도피의 유도로 효과적인 면역 반응을 일으키도록 한다. 이러한 치료에서, 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드는 종양 면역 도피의 발달 예방을 포함하는 암 치료를 제공할 수 있다.
치료는 T-세포 기능이상 장애의 예방, 예를 들면, 감염 또는 암의 발병 또는 진행의 예방을 목적으로 한다. 이와 같이, 항체, 항원 결합 단편 및 폴리펩티드는 약제학적 조성물 또는 의약을 제형화하는데 사용될 수 있고, 대상체는 질환 상태의 발병에 대해 예방적으로 치료될 수 있다. 이는 질환 상태의 증상의 개시 전에 발생할 수 있고/있거나 감염 또는 암의 발병 위험이 더 크다고 간주되는 대상체에게 제공될 수 있다.
치료는 백신, 예를 들면, T-세포 백신에 의한 공동 치료를 포함할 수 있고, 이는 동시, 개별적 또는 순차적 치료, 또는 백신과 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 단일 조성물로의 병용 투여를 포함할 수 있다. 이러한 맥락에서, 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드는 백신에 대한 보조제로서 제공될 수 있다. 고갈된 T 세포의 제한된 증식 잠재력은 T-세포 면역요법 실패의 주요 원인으로 여겨졌고, T 세포 고갈을 차단하거나 역전시킬 수 있는 제제의 조합은 T-세포 면역요법의 효능을 향상시키기 위한 잠재적인 전략이다(참조: Barber et al., Nature Vol 439, No. 9 p682-687 Feb 2006).
항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드는 바람직하게는 "치료적 유효량"으로 투여되고, 이는 개인에게 이점을 보여주기에 충분하다. 실제 투여량, 및 투여 속도 및 시간-과정은 치료될 질환의 특성 및 중증도에 의존한다. 치료의 처방, 예를 들면, 용량의 결정 등은 일반 의사 및 다른 의사의 책임하에 있으며, 치료될 장애, 개별 환자의 상태, 전달 부위, 투여 방법 및 의사에게 공지된 다른 인자를 고려한다. 상기 언급된 기술 및 프로토콜의 예는 문헌(참조: Remington's Pharmaceutical Sciences, 20th Edition, 2000, pub. Lippincott, Williams & Wilkins)에서 찾을 수 있다.
약제학적으로 유용한 조성물 및 의약의 제형화
본 발명에 따르는 항체, 항원 결합 단편 및 폴리펩티드는 임상적 사용을 위한 약제학적 조성물로서 제형화될 수 있고, 약제학적으로 허용되는 담체, 희석제, 부형제 또는 보조제를 포함할 수 있다.
본 발명에 따라서, 약제학적으로 유용한 조성물을 생산하기 위한 방법도 또한 제공되고, 이러한 생산 방법은 본원에 기재된 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 단리시키는 단계 및/또는 본원에 기재된 단리된 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 약제학적으로 허용되는 담체, 보조제, 부형제 또는 희석제와 혼합하는 단계로부터 선택된 하나 이상의 단계를 포함할 수 있다.
예를 들면, 본 발명의 추가의 양태은 T-세포 기능이상 장애의 치료에 사용하기 위한 의약 또는 약제학적 조성물을 제형화하거나 생산하는 방법에 관한 것이고, 상기 방법은 본원에 기재된 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 약제학적으로 허용되는 담체, 보조제, 부형제 또는 희석제와 혼합함으로써 약제학적 조성물 또는 의약을 제형화하는 단계를 포함한다.
감염
감염은 임의의 감염 또는 감염성 질환, 예를 들면, 박테리아, 바이러스, 진균 또는 기생충 감염일 수 있다. 일부 구현예에서, 예를 들면, T 세포 기능 장애 또는 T 세포 고갈과 관련되는 만성/지속성 감염을 치료하는 것이 특히 바람직할 수 있다.
T 세포 고갈은 암 뿐만 아니라 다수의 만성 감염(바이러스성, 박테리아 및 기생충 포함) 중에 발생하는 T 세포 기능 장애의 상태라는 것이 잘 확립되었다(참조: Wherry Nature lmmunologyVol .12, No.6, p492-499, June 2011).
감염 또는 감염성 질환은 PD-1이 상향조절되는(예: 문헌(참조: Radziewicz H, et al., J Virol. 2007;81(6):2545-2553 및 Golden-Mason Let al., J Virol. 2007;81(17):9249-9258)에 의해 보고된 바와 같이) 것일 수 있다.
치료될 수 있는 박테리아 감염의 예는 바실러스 속(Bacillus spp .), 보르데텔라 페르투시스(Bordetella pertussis), 클로스트리듐 속(Clostridium spp .), 코리네박테리움 속(Corynebacterium spp .), 비브리오 콜레라(Vibrio chloerae), 스타필로코쿠스 속(Stahylococcus spp .), 스트렙토코쿠스 속(Streptococcus spp .) 에쉐리키아(Escherichia), 클렙시엘라(Klebsiella), 프로테우스(Proteus), 예르시니아(Yersinia), 에르위나(Erwina), 살모넬라(Salmonella), 리스테리아 속(Listeria sp), 헬리코박터 파일로리(Helicobacter pylori), 미코박테리아(예: 미코박테리움 투베르쿨로시스(Mycobacterium tuberculosis)) 및 슈도모나스 아에루기노사(Pseudomonas aeruginosa)에 의한 감염을 포함한다. 예를 들면, 박테리아 감염은 패혈증 또는 결핵일 수 있다.
야오 등(Yao et al)(PD-1 on dendritic cells impedes innate immunity against bacterial infection. Blood 1 13(23): 5811-5818 Jun 4 2009)은 리스테리아 모노사이토게네스(Listeria monocytogenes)에 의한 감염에 대한 선천적 면역 반응 동안 DC 기능의 음성 조절에서 PD-1을 확립했다. 브라맘담 등(Brahmamdam et al)(Delayed administration of anti-PD-1 antibody reverses immune dysfunction and improves survival during sepsis. Journal of Leukocyte Biology vo.88, no.2 233-240, August 2010)은 패혈증 24시간 후에 투여된 항-PD-1 항체가 림프구 및 DC의 패혈증 유도 고갈을 예방하고, Bcl-xL을 증가시키고, 아폽토시스를 차단하고, 생존율을 향상시켰다는 것을 보고했다. Tim3:갈렉틴-9 상호작용은 T 세포 고갈을 중재하고, 미코박테리움 투베르쿨로시스에 의한 감염에 대한 타고난 및 적응 면역 반응을 매개하는 것으로 보고되었다(참조: Jayaraman et al., The Journal of Immunology 2012, 188, 70.6).
치료될 수 있는 바이러스 감염의 예는 인플루엔자 바이러스, 홍역 바이러스, B형 간염 바이러스(HBV), C형 간염 바이러스(HCV), 인간 면역결핍 바이러스(HIV), 림프구성 맥락수막염 바이러스(LCMV), 단순 포진 바이러스 및 인간 유두종 바이러스에 의한 감염을 포함한다.
HCV, HBV 및 HIV에 의해 발생된 것들과 같은 만성 바이러스 감염은 일반적으로 면역 클리어런스를 회피하기 위한 메커니즘을 포함한다. PD-1 및 TIM-3의 발현은 C형 간염 바이러스(HCV)에 대한 결함 T 세포 반응과 상관관계가 있는 것으로 동정되었다(참조: McMahan et al., The Journal of Clinical Investigation Vol. 120, No. 12 p4546-4557, December 2010). HCV에서, 맥마한 등(McMahan et al)(상기)은 HCV 특이적 CTL 상에서 이중 TIM-3 및 PD-1 발현의 수준이 바이러스 지속성의 발달에 앞서 예후 정보를 제공하였음을 발견했다. 바버 등(Barber et al.)(Nature Vol 439, No. 9 p682-687 Feb 2006)은 PD-1이 만성 바이러스 감염 동안 상향조절된다는 것을 보고했다. LCMV로 감염된 마우스에서, 그들은 PD-1/PD-L1 억제성 경로의 차단이 CD8 T 세포 상에 유리한 효과를 가져 증식을 경험하고, 사이토카인을 분비하고 감염된 세포를 사멸시키고, 바이러스 부하를 감소시키는 능력을 회복한다고 보고했다. PD-1은 또한 HIV 감염에서 상향조절된다(참조; Said et al., Nature Medicine Vol. 16, No.4 p452-460 April 2010). 만성 바이러스 감염 동물 모델에서 PD-1 및 PD-L1의 상호작용의 차단은 바이러스 클리어런스 및 개선된 T 세포 기능에 기여한다(Said et al., 상기).
치료될 수 있는 진균 감염의 예는 알터나리아 속(Alternaria sp), 아스페르길루스 속(Aspergillus sp), 칸디다 속(Candida sp) 및 히스토플라스마 속(Histoplasma sp)에 의한 감염을 포함한다. 진균 감염은 진균성 패혈증 또는 히스토플라스마증일 수 있다.
창 등(Chang et al)(Blockade of the negative co-stimulatory molecules PD-1 and CTLA-4 improves survival in primary and secondary fungal sepsis. Critical Care 2013, 17:R85)은 항-PD1 항체가 1차 및 2차 진균성 패혈증에서 생존율을 향상시키는데 매우 효과적이었다는 것을 보고했다. 라자르-몰나르 등(Lazar-Molnar et al)(The PD-1/PD-L costimulatory pathway critically affects host resistance to the pathogenic fungus Histoplasma capsulatum PNAS vol. 105, no.7, p2658-2663, 19 Feb 2008)은 항-PD-1 항체가 히스토플라스마 캡술라툼(Histoplasma capsulatum)으로 감염된 마우스의 생존율을 상당히 증가시켰다는 것을 보고했다. 이와 같이, 진균 감염을 조절하는데 있어서 T 세포 고갈의 중요성은 충분히 확립되어 있다. 치료될 수 있는 기생충 감염의 예는 플라스모듐 종들(예: 플라스모듐 팔시파룸(Plasmodium falciparum), 플라스모듐 요엘리(Plasmodium yoeli), 플라스모듐 오발(Plasmodium ovale), 플라스모듐 비박스(Plasmodium vivax) 또는 플라스모듐 샤바우디 샤바우디(Plasmodium chabaudi chabaudi))에 의한 감염을 포함한다. 기생충 감염은 말라리아, 리슈만편모충증(leishmaniasis) 및 톡소플라스마증과 같은 질환일 수 있다.
플라스모듐 팔시파룸에 의한 인간의 감염은 PD-1 및 T 세포 고갈 마우스의 높은 발현을 유도하는 것으로 나타났다(참조: Butler et al., Nature Immunology Vol.13, No.12, p 188-195 February 2012). 생체내에서 항-PD-L1 및 항-LAG-3 모노클로날 항체를 사용하여 PD-L1 및 LAG-3을 차단하면 CD4+ T-세포 기능의 회복, 여포성 T 세포군, 배중심 B 세포 및 형질모세포의 수의 증폭, 강화된 보호 항체 및 마우스에서 신속하게 제거된 혈액 단계 말라리아에 기여했다. 이는 또한 만성 감염의 발달을 차단하는 것으로 나타났다(참조: Butler et al., 상기).
암
암은 임의의 원하지 않는 세포 증식(또는 그 자체로 원하지 않는 세포 증식을 나타내는 임의의 질환), 신생물 또는 종양일 수 있거나 원하지 않는 세포 증식, 신생물 또는 종양의 위험 또는 소인을 증가시킬 수 있다. 암은 양성 또는 악성일 수 있고, 1차 또는 2차 (전이성)일 수 있다. 신생물 또는 종양은 세포의 임의의 비정상적 성장 또는 증식일 수 있고, 임의의 조직에 위치할 수 있다. 조직의 예는 부신, 부신 수질, 항문, 맹장, 방광, 혈액, 뼈, 골수, 뇌, 유방, 맹장, 중추 신경계(뇌를 포함하거나 제외) 소뇌, 자궁경부, 결장, 십이지장, 자궁 내막, 상피 세포(예: 신장 상피), 담낭, 식도, 신경아교세포, 심장, 회장, 공장, 신장, 눈물샘, 후두, 간, 폐, 림프, 림프절, 림프아구, 상악골, 종격동, 장간막, 자궁내막, 비인두, 장막, 구강, 난소, 췌장, 이하선, 말초 신경계, 복막, 흉막, 전립선, 타액선, S상 결장, 피부, 소장, 연조직, 비장, 위, 고환, 흉선, 갑상선, 혀, 편도선, 기관, 자궁, 외음부, 백혈구를 포함한다.
치료될 종양은 신경 또는 비신경계 종양일 수 있다. 신경계 종양은 중추 또는 말초 신경계에서 기원할 수 있고, 예를 들면, 신경교종, 수모세포종, 수막종, 신경섬유종, 상직근종, 신경초종, 신경섬유육종, 성상세포종 및 희소돌기아교종일 수 있다. 비신경계 암/종양은 임의의 다른 비신경 조직에서 기원할 수 있고, 예는 흑색종, 중피종, 림프종, 골수종, 백혈병, 비호지킨 림프종(NHL), 호지킨 림프종, 만성 골수성 백혈병(CML), 급성 골수성 백혈병(AML), 골수이형성 증후군(MDS), 피부 T-세포 림프종(CTCL), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 간암, 표피 암종, 전립선 암종, 유방암, 폐암, 결장암, 난소암, 췌장암, 흉선 암종, NSCLC, 혈액암 및 육종을 포함한다.
일부 구현예에서, 암은 폐암, 신장암 및 방광암 중 하나 이상이다.
입양 T 세포 전이 요법
입양 T 세포 전이 요법은 일반적으로 백혈구가 전형적으로 백혈구가 분리되는 혈액 샘플을 인출함으로써 대상체로부터 제거되고, 시험관내 또는 생체외에서 확장되고, 동일 대상체 또는 상이한 대상체에게 반환되는 과정을 의미한다. 치료는 전형적으로 대상체에서 필요한 T 세포 집단의 활성 형태의 양/농도를 증가시키는 것을 목표로 한다. 이러한 치료는 T 세포 고갈을 경험하는 대상체에게 유익할 수 있다.
T 세포 고갈의 메카니즘을 차단하거나 이를 역전시킬 수 있는 항체는 T 세포 활성을 증진시키고 T 세포 확장을 촉진시키는 수단을 제공한다.
따라서, 본 발명의 추가의 양태에서, T 세포 집단을 확장시키는 방법이 제공되고, 여기서 T 세포는 본 발명에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드와 시험관내 또는 생체외에서 접촉된다.
상기 방법은 임의로 다음 단계 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 대상체로부터 혈액 샘플을 채취하는 단계; 혈액 샘플로부터 T 세포를 단리시키는 단계; 시험관내 또는 생체외 세포 배양물에서 T 세포를 배양하는 단계(여기서, 그들은 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드와 접촉될 수 있다), 확장된 T 세포 집단을 수집하는 단계; T 세포를 보조제, 희석제 또는 담체와 혼합하는 단계; 확장된 T 세포를 대상체에게 투여하는 단계.
따라서, 본 발명의 일부 양태에서, T-세포 기능이상 장애를 갖는 대상체의 치료 방법이 제공되고, 상기 방법은 치료를 필요로 하는 대상체로부터 혈액 샘플을 수득하는 단계, 혈액 샘플로부터 수득된 T 세포를 T 세포 집단을 확장시키기 위해 본 발명에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 존재하에 배양하는 단계, 확장된 T 세포를 수집하는 단계 및 확장된 T 세포를 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
T 세포는 치료를 필요로 하는 대상체로부터 수득될 수 있고, 단리되고/되거나 정제될 수 있다. 그들은 CD4+ 및/또는 CD8+ T-세포 집단일 수 있다. T-세포는 T 세포 고갈을 경험하는 집단을 나타낼 수 있고, 임의로 상향조절된 PD-1의 발현을 가질 수 있다.
배양 동안, T 세포는 목적하는 수의 세포로 T 세포를 확장시키도록 하기에 적합한 조건하 및 시간 동안 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드와 접촉될 수 있다. 적합한 시간 후에, T 세포를 수거하고, 임의로 농축시킬 수 있고, 적합한 담체, 보조제 또는 희석제와 혼합하고 대상체의 신체로 반환시킬 수 있다. 대상체는 이러한 치료를 1회 이상 받을 수 있다.
문헌(참조: Kalamasz et al., J Immunother 2004 Sep-Oct; 27(5):405-18; Monies et al., Clin Exp Immunol 2005 Nov;142(2):292-302; Wolfl and Greenburg Nature Protocols 9 p950-966 27 March 2014; Trickett and Kwan Journal of Immunological Methods Vol. 275, Issues 1-2, 1 April 2003, p251-255; Butler et al PLoSONE 7(1) 12 Jan 2012)에 기재된 것들과 같은 T 세포 확장 방법은 당해 기술 분야에 익히 공지되어 있다.
동시 또는 순차적 투여
조성물은 치료될 상태에 의존하여 동시에 또는 순차적으로 단독으로 또는 다른 치료와 함께 투여될 수 있다.
이 명세서에서, 본 발명의 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드 및 항감염제 또는 화학요법제(치료제)는 동시에 또는 순차적으로 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명의 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드에 의한 치료는 화학요법이 동반될 수 있다.
동시 투여는, 예를 들면, 두 제제를 함유하는 약제학적 조성물(조합된 제제)로서 또는 서로의 직후 및 임의로 동일한 투여 경로를 통해, 예를 들면, 같은 동맥, 정맥 또는 다른 혈관에 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드 및 치료제를 함께 투여함을 의미한다.
순차적 투여는 다른 제제의 개별 투여에 의해 주어진 시간 간격 후에 이어지는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드 또는 치료제 중의 하나의 투여를 의미한다. 두 제제가 동일 경로에 의해 투여될 필요는 없지만, 이는 일부 경우에는 그러하다. 시간 간격은 임의의 시간 간격일 수 있다.
항감염제
감염을 치료하는데 있어서, 본 발명의 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드는 상기한 바와 같이, 항감염제와 함께 투여될 수 있다. 항감염제는 감염에 책임이 있는 미생물 또는 바이러스에 대한 작용을 갖는 것으로 공지된 제제일 수 있다.
적합한 항감염제는 항생제(예: 페니실린, 세팔로스포린, 리파마이신, 리피아르마이신, 퀴놀론, 설폰아미드, 마크롤리드, 린코사미드, 테트라사이클린, 사이클릭 리포펩티드, 글리실사이클린, 옥사졸리디논 및 리피아르마이신), 항바이러스제(예: 역 전사 효소 억제제, 인터그라제 억제제, 전사 인자 억제제, 안티센스 및 siRNA 제제 및 프로테아제 억제제), 항진균제(예: 폴리엔, 이미디아졸, 트리아졸, 티아졸, 알릴아민 및 에치노칸딘) 및 항기생충제(예: 항선충제, 항촌충제, 항흡충제, 항아메바제 및 항원충제)를 포함한다.
화학요법
화학요법은 약물 또는 이온화 방사선(예: X-선 또는 γ-선을 사용하는 방사선치료)에 의한 암의 치료를 의미한다. 바람직한 구현예에서, 화학요법은 약물에 의한 치료를 의미한다. 약물은 화학 물질, 예를 들면, 소분자 약제, 항생제, DNA 삽입제, 단백질 억제제(예: 키나제 억제제) 또는 생물학적 제제, 예를 들면, 항체, 항체 단편, 핵산 또는 펩티드 압타머, 핵산(예: DNA, RNA), 펩티드, 폴리펩티드 또는 단백질일 수 있다. 약물은 약제학적 조성물 또는 의약으로서 제형화될 수 있다. 제형은 하나 이상의 약제학적으로 허용되는 희석제, 부형제 또는 담체와 함께 하나 이상의 약물(예: 하나 이상의 활성제)을 포함할 수 있다.
치료는 하나 이상의 약물의 투여를 포함할 수 있다. 약물은 치료될 상태에 의존하여 동시에 또는 순차적으로 단독으로 또는 다른 치료와 함께 투여될 수 있다. 예를 들면, 화학요법은 두 가지 약물의 투여를 포함하는 공동요법일 수 있고, 그중 하나 이상은 암을 치료하는 것을 의도할 수 있다.
화학요법은 하나 이상의 투여 경로, 예를 들면, 비경구, 정맥내 주사, 경구, 피하, 피내 또는 종양내로 투여될 수 있다.
화학요법은 치료 섭생에 따라서 투여될 수 있다. 치료 섭생은 의사 또는 의료 종사자에 의해 제조될 수 있는 화학요법 투여의 예정 시간표, 계획, 기획 또는 스케쥴일 수 있고, 치료를 필요로 하는 환자에게 적합하도록 맞출 수 있다.
치료 섭생은 환자에게 투여할 화학요법의 종류; 각 약물 또는 방사선의 용량; 투여 사이의 시간 간격; 각 치료의 길이; 있는 경우, 임의의 치료 휴일의 수 및 성질 등 중 하나 이상을 나타낼 수 있다. 공동 요법의 경우, 각각의 약물이 어떻게 투여되는지를 나타내는 단일 치료 섭생이 제공될 수 있다.
화학요법 약물 및 생물학은 다음으로부터 선택될 수 있다:
· 알킬화제, 예를 들면, 시스플라틴, 카보플라틴, 메클로르에타민, 사이클로포스파미드, 클로람부실, 이포스파미드;
· 퓨린 또는 피리미딘 항대사산물, 예를 들면, 아자티오퓨린 또는 머캅토퓨린;
· 알칼로이드 및 테르페노이드, 예를 들면, 빈카 알칼로이드(예: 빈크리스틴, 빈블라스틴, 비노렐빈, 빈데신), 포도필로톡신, 에토포시드, 테니포시드, 탁산, 예를 들면, 파클리탁셀(Taxol™), 도세탁셀;
· 토포아이소머라제 억제제, 예를 들면, 타입 I 토포아이소머라제 억제제 캠프토테신 이리노테칸 및 토포테칸, 또는 타입 II 토포아이소머라제 억제제 암사크린, 에토포시드, 에토포시드 포스페이트, 테니포시드;
· 항종양 항생물질(예: 안트라사일린 항생물질), 예를 들면, 닥티노마이신, 독소루비신(Adriamycin™), 에피루비신, 블레오마이신, 라파마이신;
· 항체 기반 제제, 예를 들면, 항-TIM-3 항체, 항-CTLA-4, 항-LAG-3, 항-4-1BB, 항-GITR, 항-CD27, 항-BLTA, 항-OX40, 항-VEGF, 항-TNFα, 항-IL-2, 항GpIIb/IIIa, 항-CD-52, 항-CD20, 항-RSV, 항-HER2/neu(erbB2), 항-TNF 수용체, 항-EGFR 항체, 모노클로날 항체 또는 항체 단편, 예는 세툭시맙, 파니투무맙, 인플릭시맙, 바실릭시맙, 베바시주맙(Avastin®), 압식시맙, 다클리주맙, 겜투주맙, 알렘투주맙, 리툭시맙(Mabthera®), 팔리비주맙, 트라스투주맙, 에타네르셉트, 아달리무맙, 니모투주맙을 포함한다
· EGFR 억제제, 예를 들면, 에를로티닙, 세툭시맙 및 게피티닙
· 항혈관신생제, 예를 들면, 베바시주맙(Avastin®)
· 암 백신, 예를 들면, 시풀류셀(Sipuleucel)-T(Provenge®)
하나의 구현예에서, 화학요법제는 항-TIM-3 항체, 항-CTLA-4, 항-LAG3, 항-41BB, 항-GITR, 항-CD27, 항-BLTA, 항-OX40, 항-VEGF, 항-TNFα, 항-IL2, 항-GpIIb/IIIa, 항-CD-52, 항-CD20, 항-RSV, 항-HER2/neu(erbB2), 항-TNF 수용체, 항-EGFR 또는 다른 항체이다. 일부 구현예에서, 화학요법제는 면역 체크포인트 억제제 또는 공자극 분자이다.
추가의 화학요법 약물은 다음으로부터 선택될 수 있다: 13-시스-레티노산, 2-클로로데옥시아데노신, 5-아자시티딘 5-플루오로우라실, 6-머캅토퓨린, 6-티오구아닌, 아브락산, 아쿠탄R, 악티노마이신-D 아드리아마이신R, 아드루실R, 아피니토르R, 아그릴린R, 알라-코르트R, 알데스류킨, 알렘투주맙, ALIMTA, 알리트레티노인, 알카반-AQR, 알케란R, AII-트랜스레티노산, 알파 인터페론, 알트레타민, 아메토프테린, 아미포스틴, 아미노글루테티미드, 아나그렐리드, 아난드론R, 아나스트로졸, 아라비노실시토신, 아라네스프R, 아레디아R, 아리미덱스R, 아로마신R, 아라논R, 삼산화비소, 아스파라기나제, ATRA 아바스틴R, 아자시티딘, BCG, BCNU, 벤다무스틴, 베바시주맙, 벡사로텐, 벡사르R, 비칼루타미드, BiCNU, 블레녹산R, 블레오마이신, 보르테조미브, 부설판, 부설펙스R, 칼슘 류코보린, 캠파스R, 캠프토사르R, 캠프토테신-11, 카펙시타빈, 카락TM, 카보플라틴, 카르무스틴, 카소덱스R, CC-5013, CCI-779, CCNU, CDDP, CeeNU, 세루비딘R, 세툭시맙, 클로람부실, 시스플라틴, 시트로보룸 인자, 클라드리빈, 코르티손, 코스메겐R, CPT-11, 사이클로포스파미드, 시타드렌R, 시타라빈 시토사르-UR, 시톡산R, 다코겐, 닥티노마이신, 다르베포에틴 알파, 다사티닙, 다우노마이신, 다우노루비신, 다우노루비신 하이드로클로라이드, 다우노루비신 리포솜, 다우노솜R, 데카드론, 데시타빈, 델타-코르테프R, 델타손R, 데니류킨, 디프티톡스, DepoCyt™, 덱사메타손, 덱사메타손 아세테이트, 덱사메타손 인산나트륨, 덱사손, 덱스라족산, DHAD, DIC, 디오덱스, 도세탁셀, 독실R, 독소루비신, 독소루비신 리포솜, 드록시아TM, DTIC, DTIC-돔R, 두랄론R, 엘리가드TM, 엘렌스TM, 엘록사틴TM, 엘스파르R, 엠시트R, 에피루비신, 에포에틴 알파, 에르비툭스, 에를로티닙, 에르위니아 L-아스파라기나제, 에스트라무스틴, 에티올 에토포포스R, 에토포시드, 에토포시드 포스페이트, 유렉신R, 에베롤리무스, 에비스타R, 엑세메스탄, 파슬로덱스R, 페마라R, 필그라스팀, 플록수리딘, 플루다라R, 플루다라빈, 플루오로플렉스R, 플루오로우라실, 플루옥시메스테론, 플루타미드, 폴린산, FUDRR, 풀베스트란트, 게피티닙, 겜시타빈, 겜투주맙 오조가미신, 글리벡TM, 글리아델R 웨이퍼, 고세렐린, 과립구-콜로니 자극 인자, 과립구 마크로파지 콜로니 자극 인자, 헤르셉틴R, 헥사드롤, 헥살렌R, 헥사메틸멜라민, HMM, 하이캄틴R, 하이드레아R, 하이드로코르트 아세테이트R, 하이드로코르티손, 하이드로코르티손 나트륨 포스페이트, 하이드로코르티손 나트륨 석시네이트, 하이드로코르티손 포스페이트, 하이드록시우레아, 이브리투모맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 이다마이신R, 이다루비신, 이펙스R, IFN-알파, 이포스파미드, IL-11, IL-2, 이마티닙 메실레이트, 이미다졸 카복스아미드, 인터페론 알파, 인터페론 알파-2b(PEG 접합체), 인터류킨-2, 인터류킨-11, 인트론 AR(인터페론 알파-2b), 이레싸R, 이리노테칸, 이소트레티오닌, 익사베필론, 익셈프라TM, 키드롤라제, 라나코르트R, 라파티닙, L-아스파라기나제, LCR, 레날리도미드, 레트로졸, 류코보린, 류케란, 류킨TM, 류프롤리드, 류로크리스틴, 류스타틴TM, 리포솜 Ara-C, 리퀴드 프레드R, 로무스틴, L-PAM, L-사르콜리신, 루프론R, 루프론 데포트R, 마툴란R, 막시덱스, 메클로르에타민, 메클로르에타민 하이드로클로라이드, 메드랄론R, 메드롤R, 메가세R, 메게스트롤, 메게스트롤 아세테이트, 멜팔란, 머캅토퓨린, 메스나, 메스넥스TM, 메토트렉세이트, 메토트렉세이트 나트륨, 메틸프레드니솔론, 메티코르텐R, 미토마이신, 미토마이신-C, 미토크산트론, M-프레드니솔R, MTC, MTX, 무스타르겐R, 무스틴, 무타마이신R, 밀레란R, 밀로셀TM, 밀로타르그R, 나벨빈R, 넬라라빈, 네오사르R, 뉴라스타TM, 뉴메가R, 뉴포겐R, 넥사바르R, 닐란드론R, 닐루타미드, 니펜트R, 질소 머스타드, 노발덱스R, 노반트론R, 옥트레오티드, 옥트레오티드 아세테이트, 온코스파르R, 온코빈R, 온택R, 온살TM, 오프레벨킨, 오라프레드R, 오라손R, 옥살리플라틴, 파클리탁셀, 파클리탁셀 단백질 결합, 파미드로네이트, 파니투무맙, 판레틴R, 파라플라틴R, 페디아프레드R, PEG 인터페론, 페가스파르가세, 페그필그라스팀, PEG-INTRONTM, PEG-L-아스파라기나제, 페메트렉세드, 펜토스타틴, 페닐알라닌 머스타드, 플라티놀R, 플라티놀-AQR, 프레드니솔론, 프레드니손, 프렐론R, 프로카바진, 프로크릿트R, 프로류킨R, 카무스틴 임플란트 퓨리네톨R을 갖는 프롤리페프로스판 20, 랄록시펜, 레블리미드R, 류마트렉스R, 리툭산R, 리툭시맙, 로페론-AR(인터페론 알파-2a), 루벡스R, 루비도마이신 하이드로클로라이드, 산도스타틴R 산도스타틴 LARR, 사르그라모스팀, 솔루-코르테프R, 솔루-메드롤R, 소라페닙, SPRYCELTM, STI-571, 스트렙토족신, SU11248, 수니티닙, 수텐트R, 타목시펜, 타르세바R, 타르그레틴R, 탁솔R, 탁소테르R, 테모다르R, 테모졸로미드, 템시롤리무스, 테니포시드, TESPA, 탈리도미드, 탈로미드R, TheraCysR, 티오구아닌, 티오구아닌 타블로이드R, 티오포스포아미드, 티오플렉스R, 티오테파, TICER, 토포사르R, 토포테칸, 토레미펜, 토리셀R, 토시투모맙, 트라스투주맙, 트레안다R, 트레티노인, 트렉살TM, 트리세녹스R, TSPA, TYKERBR, VCR, 벡티빅TM, 벨반R, 벨카드R, 베페시드R, 베사노이드R, 비아두르TM, 비다자R, 빈블라스틴, 빈블라스틴 설페이트, 빈카사르 PfsR, 빈크리스틴, 비노렐빈, 비노렐빈 타르트레이트, VLB, VM-26, 보리노스타트, VP-16, 부몬R, 셀로다R, 자노사르R, 제발린TM, 지네카드R, 졸라덱스R, 졸레드론산, 졸린자, 조메타R.
투여 경로
본 발명의 양태에 따르는 항체, 항원 결합 단편, 폴리펩티드 및 다른 치료제, 의약 및 약제학적 조성물은 비경구, 정맥내, 동맥내, 근육내, 피하, 피내, 종양내 및 경구를 포함하지만, 이에 한정되지 않는 다수의 경로에 의한 투여용으로 제형화될 수 있다. 항체, 항원 결합 단편, 폴리펩티드 및 다른 치료제는 유체 또는 고체 형태로 제형화될 수 있다. 유체 제형은 인간 또는 동물 신체의 선택된 영역으로의 주사에 의한 투여용으로 제형화될 수 있다.
투여 섭생
항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 다수 용량이 제공될 수 있다. 용량 중 하나 이상 또는 각각은 다른 치료제의 동시 또는 순차 투여가 동반될 수 있다.
다수 용량은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 또는 31일, 또는 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개월 중의 하나인 것으로 선택될 수 있는 소정의 시간 간격으로 분리될 수 있다. 예로써, 용량은 7일, 14일, 21일 또는 28일 (+ 또는 - 3일, 2일 또는 1일) 마다 한번 제공될 수 있다.
키트
본 발명의 일부 양태에서, 파트의 키드가 제공된다. 일부 구현예에서, 키트는 소정량의 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 갖는 적어도 하나의 용기를 가질 수 있다. 키트는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 의약 또는 약제학적 조성물의 형태로 제공할 수 있고, 특정 질환 또는 상태를 치료하기 위해 환자에게 투여하기 위한 지침서와 함께 제공될 수 있다. 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드는 종양 또는 혈액에의 주사 또는 주입용으로 적합하도록 제형화될 수 있다.
일부 구현예에서, 키트는 소정량의 다른 치료제(예: 항감염제 또는 화학요법제)를 갖는 적어도 하나의 용기를 추가로 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 키트는 또한 두 개의 의약 또는 약제학적 조성물이 특정 질환 또는 상태를 위한 병용 치료를 제공하도록 동시에 또는 별도로 투여될 수 있도록 하는 제2 의약 또는 약제학적 조성물을 포함할 수 있다. 치료제는 또한 종양 또는 혈액에의 주사 또는 주입용으로 적합하도록 제형화될 수 있다.
대상체
치료될 대상체는 임의의 동물 또는 인간일 수 있다. 대상체는 바람직하게는 포유류, 보다 바람직하게는 인간이다. 대상체는 비인간 포유동물일 수 있지만, 더욱 바람직하게는 인간이다. 대상체는 남성 또는 여성일 수 있다. 대상체는 환자일 수 있다. 대상체는 치료를 필요로 하는 질환 또는 상태를 진단받았거나 이러한 질환 또는 상태를 가질 것으로 의심받을 수 있다.
단백질 발현
문헌(참조: Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989)에 개시된 것들과 같은 본 발명에 따르는 폴리펩티드를 생산하기에 적합한 분자 생물학 기술은 당해 기술 분야에 익히 공지되어 있다.
폴리펩티드는 뉴클레오티드 서열로부터 발현될 수 있다. 뉴클레오티드 서열은 세포에 존재하는 벡터에 함유될 수 있거나 세포의 게놈에 도입될 수 있다.
본원에 사용된 "벡터"는 외인성 유전 물질을 세포로 전송하기 위한 비히클로서 사용된 올리고뉴클레오티드 분자(DNA 또는 RNA)이다. 벡터는 세포 중의 유전 물질을 발현시키기 위한 발현 벡터일 수 있다. 이러한 벡터는 발현되는 유전자 서열을 코딩하는 뉴클레오티드 서열에 작동가능하게 연결된 프로모터 서열을 포함할 수 있다. 벡터는 또한 종결 코돈 및 발현 인핸서를 포함할 수 있다. 당해 기술 분야에 공지된 임의의 적합한 벡터, 프로모터, 인핸서 및 종결 코돈은 본 발명에 따르는 벡터로부터 폴리펩티드를 발현시키는데 사용될 수 있다. 적합한 벡터는 플라스미드, 2원 벡터, 바이러스 벡터 및 인공 염색체(예: 효모 인공 염색체)를 포함한다.
본 명세서에서, 용어 "작동가능하게 연결된"은 선택된 뉴클레오티드 서열 및 조절 뉴클레오티드 서열(예: 프로모터 및/또는 인핸서)이 뉴클레오티드 서열의 발현을 조절 서열의 영향 또는 조절하에 배치하여 (발현 카세트를 형성하는) 방식으로 공유결합되는 상황을 포함할 수 있다. 따라서, 조절 서열이 뉴클레오티드 서열의 전사를 수행할 수 있는 경우, 조절 서열은 선택된 뉴클레오티드 서열에 작동가능하게 연결된다. 경우에 따라, 생성되는 전사물은 이어서 목적하는 단백질 또는 폴리펩티드로 번역될 수 있다.
폴리펩티드의 발현용으로 적합한 임의의 세포는 본 발명에 따르는 펩티드를 생성하기 위해 사용될 수 있다. 세포는 원핵 생물 또는 진핵 생물일 수 있다. 적합한 원핵 세포는 이. 콜라이를 포함한다. 진핵 세포의 예는 효모 세포, 식물 세포, 곤충 세포 또는 포유동물 세포를 포함한다. 일부 경우에, 세포는, 일부 원핵 세포가 진핵 생물과 동일한 번역후 변형을 가능하게 하지 않기 때문에, 원핵 세포가 아니다. 또한, 매우 높은 발현 수준이 진핵 생물에서 가능하고, 단백질은 적합한 태그를 사용하여 진핵 생물로부터 정제하기가 더 용이할 수 있다. 매질로의 단백질의 분비를 향상시키는 특정 플라스미드도 또한 사용될 수 있다.
목적하는 폴리펩티드를 생산하는 방법은 폴리펩티드를 발현하도록 변형된 세포의 배양 또는 발효를 포함할 수 있다. 배양 또는 발효는 적절한 영양 공급원, 공기/산소 및/또는 성장 인자가 제공된 생물 반응기에서 수행될 수 있다. 분비된 단백질은 세포로부터 배양 배지/발효액을 분배하고, 단백질 함량을 추출하고, 분비된 폴리펩티드를 단리시키기 위해 개별 단백질을 분리함으로써 수집할 수 있다. 배양, 발효 및 분리 기술은 당업자에게 익히 공지되어 있다.
생물 반응기는 세포가 배양될 수 있는 하나 이상의 용기를 포함한다. 생물 반응기에서의 배양은 반응기로의 반응물의 연속적인 유동 및 반응기로부터 배양된 세포의 연속적인 유동으로 연속적으로 일어날 수 있다. 또는, 배양은 배치로 일어날 수 있다. 생물 반응기는 배양되는 세포에 최적의 조건이 제공되도록 pH, 산소, 유입 및 유출 속도, 및 용기내의 진탕과 같은 환경적 조건을 모니터링하고 조절한다.
목적하는 폴리펩티드를 발현시키는 세포의 배양 후, 그 폴리펩티드는 바람직하게는 단리된다. 당해 기술 분야에 공지된 세포 배양물로부터 폴리펩티드/단백질을 분리하기 위한 임의의 적합한 방법이 사용될 수 있다. 배양물로부터 목적하는 폴리펩티드/단백질을 단리시키기 위해, 목적하는 폴리펩티드/단백질을 함유하는 배지로부터 배양된 세포를 먼저 분리하는 것이 필요할 수 있다. 목적하는 폴리펩티드/단백질이 세포로부터 분비되면, 세포는 분비된 폴리펩티드/단백질을 함유하는 배양 배지로부터 원심분리로 분리할 수 있다. 목적하는 폴리펩티드/단백질을 세포 내에서 수집하면, 세포를 원심분리 전에, 예를 들면, 초음파 처리, 급속 동결-해동 또는 삼투성 용해를 사용하여 파괴하는 것이 필요할 것이다. 원심분리는 배양 세포, 또는 배양 세포의 세포 파편을 함유하는 펠릿, 및 배양 배지 및 목적하는 폴리펩티드/단백질을 함유하는 상청액을 생산한다.
이어서, 다른 단백질 및 비단백질 성분을 함유할 수 있는 상청액 또는 배양 배지로부터 목적하는 폴리펩티드/단백질을 단리시키는 것이 바람직할 수 있다. 상청액 또는 배양 배지로부터 폴리펩티드/단백질 성분을 분리하기 위한 일반적인 접근법은 침전에 의해서이다. 상이한 용해도의 폴리펩티드/단백질은 황산암모늄과 같은 침전제의 상이한 농도에서 침전된다. 예를 들면, 침전제의 저농도에서, 수용성 단백질이 추출된다. 따라서, 증가하는 농도의 침전제를 첨가함으로써, 상이한 용해도의 단백질을 구별할 수 있다. 투석은 분리된 단백질로부터 황산암모늄을 제거하기 위해 후속적으로 사용될 수 있다.
상이한 폴리펩티드/단백질을 구별하는 다른 방법, 예를 들면, 이온 교환 크로마토그래피 및 크기 크로마토그래피가 당해 기술 분야에 공지되어 있다. 이들은 침전에 대한 대안으로서 사용될 수 있거나 침전에 후속적으로 수행될 수 있다.
목적하는 폴리펩티드/단백질이 배양물로부터 단리되면, 단백질을 농축시킬 필요가 있을 수 있다. 목적하는 단백질을 농축시키는 다수의 방법, 예를 들면, 한외여과 또는 동결건조가 당해 기술 분야에 공지되어 있다.
서열 동일성
퍼센트 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열 동일성을 결정하기 위한 정렬은 당업자에게 공지된 다양한 방식으로, 예를 들면, ClustalW 1.82. T-coffee 또는 Megalign(DNASTAR) 소프트웨어와 같은 공개적으로 입수가능한 컴퓨터 소프트웨어를 사용하여 달성될 수 있다. 이러한 소프트웨어를 사용할 경우, 예를 들면, 갭 페널티 및 확장 패널티를 위한 디폴트 파라미터가 바람직하게 사용된다. ClustalW 1.82의 디폴트 파라미터는 다음과 같다: 단백질 갭 개방 페널티 = 10.0, 단백질 갭 확장 패널티 = 0.2, 단백질 매트릭스 = Gonnet, 단백질/DNA ENDGAP = -1, 단백질/DNA GAPDIST = 4.
본 발명은 조합이 명백하게 허용되지 않거나 명시적으로 회피되는 경우를 제외하고 기재된 양태 및 바람직한 특징의 조합을 포함한다.
본원에 사용된 섹션 제목은 단지 조직적인 목적을 위한 것이며, 기재된 주제를 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다.
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본 발명의 원리를 설명하는 구현예 및 실험은 다음 첨부되는 도면을 참조하여 이하 논의될 것이다:
도 1. 항-PD-1 항체 클론 A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4, H9 (인간 IgG4)에 대한 경쇄 가변 도메인 서열. CDR은 밑줄이 그어지고, 별도로 나타낸다.
도 2. 항-PD-1 항체 A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4, H9 (인간 IgG4)에 대한 중쇄 가변 도메인 서열. CDR은 밑줄이 그어지고, 별도로 나타낸다.
도 3. 항-PD-1 항체 클론 A3, A10, 86, C4, 04, E1, F2, G1, G2, G10, H4, H9에 대한 경쇄 및 중쇄 CDR 서열을 나타내는 표.
도 4. 항-PD-1 항체 클론 A3, A10, 최적화된 A10, B6, 최적화된 B6, C4, 최적화된 C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4, 최적화된 H4 및 H9 (인간 IgG4)에 대한 중쇄 및 경쇄 가변 도메인 서열의 코딩된 아미노산 서열 및 뉴클레오티드.
도 5. 클론 A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4 및 H9, 및 인간 PD-1을 위한 대조군 항체 니볼루맙 및 람브롤리주맙의 결합 친화도(KD, nM)를 나타내는 표.
도 6. 활성화된 T 세포에 대한 항-인간 PD-1 항체 A3, A10, 니볼루맙 및 람브롤리주맙의 결합을 나타내는 도표.
도 7. 활성화된 T 세포에 대한 항-인간 PD-1 항체 A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4 및 H9, 니볼루맙 및 람브롤리주맙의 결합을 나타내는 도표.
도 8. 클론 B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4 및 H9와 인간 PD-1, 레서스 PD-1 및 인간 CTLA-4의 반응성을 나타내는 도표.
도 9. 항체 A3, A10, 니볼루맙, 람브롤리주맙에 반응하여 고갈된 T 세포의 동종 이계 CD4+ T 세포 증식을 나타내는 도표.
도 10. 항체 A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4, H9, 니볼루맙, 람브롤리주맙에 반응하여 고갈된 T 세포의 동종 이계 CD4+ T 세포 증식을 나타내는 도표.
도 11. 항체 A3, A10, 니볼루맙, 람브롤리주맙에 반응하여 고갈된 T 세포의 IFNγ 분비를 나타내는 도표.
도 12. 항체 A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4, H9, 니볼루맙, 람브롤리주맙에 반응하여 고갈된 T 세포의 IFNγ 분비를 나타내는 도표.
도 13. ELISA에 의해 결정된, 니볼루맙 및 람브롤리주맙과 비교하여 다른 인간(h) 또는 뮤린(m) CD28 패밀리 구성원에 비해 인간 및 레서스-PD-1에 대한 항체 A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4, H9의 결합 특이성을 나타내는 도표.
도 14. 최적화된 항체 A10 코돈, 최적화된 B6 코돈, 최적화된 C4 코돈, 최적화된 H4 코돈, 니볼루맙, 람브롤리주맙에 반응하여 고갈된 T 세포의 동종 이계 CD4+ T 세포 증식을 나타내는 도표.
도 15. 최적화된 항체 A10 코돈, 최적화된 B6 코돈, 최적화된 C4 코돈, 최적화된 H4 코돈, 니볼루맙, 람브롤리주맙에 반응하여 고갈된 T 세포의 IFNγ 분비를 나타내는 도표.
도 16. 폐 종양 침윤성 림프구에 의한 고갈 마커 PD-1, PD-L1, TIM-3 및 LAG-3의 발현을 나타내는 도표. 종양 중의 CD4+ 및 CD8+ 림프구의 약 2/3는 PD-1을 발현시킨다.
도 17. (A) 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 배양 7일 후(종양 해리 조직의 직접 배양) 및 (B) 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 혼합된 림프구 반응 후 종양 침윤성 림프구에 의한 IFN-γ의 분비를 나타내는 도표.
도 18. 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 인플루엔자 바이러스 감염된 수지상 세포로 PBMC의 배양 후 분비된 IFN-γ를 나타내는 도표.
도 19. 폐 종양 침윤성 림프구에 의한 고갈 마커 PD-1, PD-L1, TIM-3, LAG-3 및 CTLA4의 발현을 나타내는 도표. 종양 중의 CD4+ 및 CD8+ 림프구의 약 2/3는 PD-1을 발현시킨다.
도 20. 3명의 환자에 대해 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 혼합된 림프구 반응 후 종양 침윤성 림프구에 의한 IFN-γ 분비를 나타내는 도표. (A) 환자 #1, (B) 환자 #2, (C) 환자 #3. 이중 또는 삼중으로 평균 ± SD를 나타낸다.
도 21. 신장 암종 환자로부터 (A) 신장 종양 침윤성 림프구 및 (B) 혈액 순환성 림프구에 의한 고갈 마커 PD-1, PD-L1, TIM-3, LAG-3 및 CTLA4의 발현을 나타내는 도표. 종양 중의 CD4+ 및 CD8+ 림프구의 약 2/3는 PD-1을 발현시키는 반면, 대부분의 PBMC 림프구는 PD-1을 발현시키지 않는다.
도 22. 3명의 환자에 대해 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 혼합된 림프구 반응 후 종양 침윤성 림프구에 의한 IFN-γ 분비를 나타내는 도표. (A) 환자 #1, (B) 환자 #2, (C) 환자 #3. 이중 또는 삼중으로 평균 ± SD를 나타낸다.
도 23. 방광 암종 환자로부터 (A) 방광 종양 침윤성 림프구 및 (B) 혈액 순환성 림프구에 의한 고갈 마커 PD-1, PD-L1, TIM-3, LAG-3 및 CTLA4의 발현을 나타내는 도표. 대부분의 종양 침윤성 림프구는 PD-1을 발현시키는 반면, PBMC 림프구의 소수만이 PD-1을 발현시킨다.
도 24. 한 명의 환자에 대해 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 혼합된 림프구 반응 후 종양 침윤성 림프구에 의한 IFN-γ 분비를 나타내는 도표. 이중 또는 삼중으로 평균 ± SD를 나타낸다.
본 발명자들은 인간 및 레서스 PD-1에 특이적으로 결합하고 PD-1 경로를 차단하고, 고갈된 T 세포 활성을 회복하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 부분의 뉴클레오티드 및 아미노산 서열의 동정을 하기 실시예에 기재했다.
항-인간 PD-1 항체의 단리
항-PD-1 항체는 4-라운드 바이오-패닝 공정에서 시험관내 선택을 통해 인간 항체 파지 디스플레이 라이브러리로부터 단리시켰다.
스트렙타비딘-자기 비드를 비오티닐화 인간 PD-1로 코팅하고, 자기 선별법을 사용하여 항-PD-1 특이적 파지를 찾아내는데 사용했다. 잠재적인 항-비오틴 항체를 제거하기 위한 일부 단계를 선별 공정에 첨가했다.
특이적 Fab 항체는 본래 항원으로서 인간-PD-1을 사용하여 ELISA에 의해 동정했다. 첫 번째 클론성 스크리닝은 DNA 지문 채취로 수행하였고; 이어서, 클론성은 서열분석으로 확인했다.
친화도 성숙
선택된 항체는 CDR 유전자 조작에 의해 친화도 성숙을 경험했다. 특이적 항-PD-1 항체의 선택은 파지 디스플레이로 수행하였다. 약 100배 향상된 친화도를 갖는 80 이상 친화도-성숙된 클론이 생성되었다. 클론을 선택하기 위해, 열안정성 검정을 수행하였다. 항체를 가열하였고, 그들의 안정성은 인간 PD-1에 결합하는 그들의 능력에 기초하여 ELISA로 모니터링했다. 71℃에서 여전히 안정한 클론을 추가 분석을 위해 정치시켰고, 인간 PD-1에 대한 그들의 친화도는 ProteOn 생물분석기(Biorad)를 사용하여 측정하였다. 간단히, Fc에 커플링된 인간-PD-1은 센서 칩 상에 고정시키고, 항체의 유동을 적용하였고, 회합 및 해리 속도를 측정하였고, 친화도(KD)를 계산하였다. 12개의 친화도 성숙된 클론은 A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4 및 H9로 지정했다.
단리된 항-PD-1 항체의 친화도
인간 PD-1에 대한 A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4 및 H9의 친화도는 표면 플라스몬 공명에 의해 측정하였고, 후기 임상 개발 단계에서 두 개의 항-PD-1 항체인 니볼루맙 및 람브롤리주맙의 친화도와 비교했다(도 5).
간략하게, 인간 Fc에 커플링된 인간 또는 마우스 PD-1은 Proteon XPR36 생물 분석기(Biorad)와 호환가능한 센서 칩 상에 고정시켰다. 이어서, 조악한 Fab 추출물 (또는 대조군 항체)을 칩 상에서 유동시킨 다음, 각 후보 Fab의 회합/해리를 기록하여 분석하고, 친화도(KD)를 계산하였다.
A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4 및 H9는 0.1 내지 0.7nM 범위의 친화도를 나타내는 반면, 니볼루맙 및 람브롤리주맙은 각각 1.9 및 0.5nM의 KD를 나타낸다(도 5).
항-인간 PD-1 항체의 특성화:
PD-1 발현 세포에의 결합
건강한 공여자로부터 단리된 50,000개 T 세포를 다른 공여자로부터의 5,000개의 단핵구 유래 DC의 존재하에 7일 동안 37℃에서 인큐베이션했다. IgG4로 표현된 항체는 PBS 중에서 30분 동안 이러한 활성화된 T 세포와 함께 인큐베이션했다. PBS로 세척 후, 형광 표지된 2차 항체를 30분 동안 첨가한 다음, PBS로 세척하였다. 세포를 FACS 완충제에 재현탁시키고, 세포에 대한 항체의 결합을 유동 세포 분석법으로 모니터링했다(도 6 및 7).
레서스 PD-1과의 교차 반응성
친화도 성숙 클론 Fab를 레서스 PD-1을 인식하기 위해 ELISA로 시험하였다. 간략하게, ELISA 플레이트를 카보네이트 완충제 중에서 350ng/웰의 인간 또는 레서스 PD-1로 코팅한 다음, 카제인 용액으로 차단했다. PBS 트윈-20으로 대규모 세척 후, 항체 함유 상청액을 PBS 중의 7% 우유의 존재하에 ELISA 플레이트로 옮겼다. 진탕 및 대규모 세척하에 실온에서 90분 후, HRP에 커플링된 염소 항-인간 Fab 항체를 첨가했다. 1시간 후, 플레이트를 세척하고, TMB 기질을 첨가했다. 반응을 1M HCl로 정지시키고, 광학 밀도를 670nm에서의 기준으로 450nm에서 측정했다(도 8).
시험관내 기능적 활성
항-PD-1 항체는 T 세포의 2개의 활성 파라미터: IFN-γ의 증식 및 분비를 측정하는 기능적 검정으로 시험했다. 간략하게, T 세포를 건강한 공여자로부터 단리시키고, 다른 공여자로부터의 단핵구 유래 수지상 세포의 존재하에 7일 동안 배양했다(50,000 T 세포/5,000 DC). 이러한 연속적 자극은 T 세포의 고갈을 유도한다. 이어서, 항체를 추가의 5일 동안 배양물에 첨가했다. 4일 후, 상청액을 수집하여 ELISA에 의해 IFN-γ를 측정하고, T 세포를 최종 18시간 동안 1μCi의 삼중수소화 티미딘을 첨가하면서 4일 동안 배양했다. 이어서, 세포를 수거하고, 증식을 β-계수기로 측정하였다.
클론 A3, A10, B6, C4, D4, E1, F2, G1, G2, G10, H4 및 H9는 이전에 고갈된 T 세포의 증식을 회복하고 IFN-γ를 분비하는 그들의 능력을 회복할 수 있다(도 9 내지 12).
PD-1에 대한 특이성
항-PD-1 항체는 CD28 패밀리의 다른 구성원에 결합하는 그들의 능력에 대해 ELISA 검정으로 시험하였다.
간략하게, ELISA 플레이트는 카보네이트 완충제 중의 인간 Fc에 커플링된 다음 항원 중의 하나의 350ng/웰로 코팅시켰다: 인간 PD-1, 인간 PD-L1, 인간 TIM-3, 인간 LAG-3, 인간 ICOS, 인간 CTLA4, 인간 BTLA, 인간 CD28, 마우스 TIM-3 또는 레서스 PD-1. 이어서, 플레이트를 카제인의 용액으로 차단했다. PBS 트윈-20으로 대규모 세척 후, 항체를 PBS 중의 7% 우유의 존재하에 ELISA 웰에 첨가했다. 진탕 및 대규모 세척하에 실온에서 90분 후, HRP에 커플링된 염소 항-인간 Fab 항체를 첨가했다. 1시간 후에, 플레이트를 세척하고, TMB 기질을 첨가했다. 반응은 1M HCl로 정지시키고, 광학 밀도를 670nm에서의 기준으로 450nm에서 측정했다.
니볼루맙은 PD-L1, TIM-3, LAG-3, BTLA 및 CD28 (및 또한 매우 약한 방식으로 람브롤리주맙)에 교차 결합하는 반면, 1D11 및 1G4는 PD-1에만 특이적이어서 PD-1 이외의 다른 구성원의 매우 약한 교차-인식만을 나타낸다(도 13).
생산 수율
HEK-293.6E 세포를 일시적으로 형질감염시켜 IgG4 포맷으로 항-PD-1 항체를 생산하였고, 이 시스템에서 생산 수율을 비교하였다.
Figure pct00001
모든 신규 항체 클론은 람브롤리주맙보다 우수한 생산 수율을 나타냈다.
코돈 최적화
유전자 발현 효율을 증가시키기 위해, A10, B6, C4 및 H4는 코돈 최적화를 수행하였다.
코돈-최적화된 클론은 PD-1을 중화시키고 T 세포 활성(T 세포 증식 및 IFN-γ 분비 - 도 14 및 15)을 회복하는 능력을 유지한다.
종양을 치료하기 위한 항-PD-1 항체의 사용: 종양 침윤성 림프구의 생체외 활성화
폐 종양 샘플은 적절한 IRB에 의한 승인 후 싱가포르 국립 암 센터로부터 입수했다. 샘플은 인간 종양 해리 키트 및 조직 해리 장치를 사용하여 해리시켰다.
종양 침윤성 림프구의 표면에서 고갈 마커의 발현을 확인하기 위해, 단리된 세포 혼합물을 1회 세척하고, 단일 세포 현탁액을 수득하기 위해 70㎛ 필터를 통해 통과시켰다. 세포를 CD4, CD8, PD-1, PD-L1, TIM-3 및 LAG-3에 대한 항체로 염색시키고; 살아 있는/죽은 마커를 또한 분석으로부터 죽은 세포를 제외하기 위해 사용했다. 세포는 유동 세포 분석법으로 분석했다. 결과는 도 16에 나타낸다.
종양 해리된 혼합물을 ELISA에 의해 상청액 중의 IFN-γ 측정 전에 7일 동안 항-PD-1 코돈-최적화된 항체 A10, B6, C4 및 H4로 배양했다. 니볼루맙 및 람브롤리주맙을 양성 대조군으로서 사용했고, 아이소타입 항체를 음성 대조군으로 사용했다.
도 17a는 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 배양 7일 후 종양 침윤성 림프구에 의한 IFN-γ의 분비를 제공한다. 항-PD-1 항체는 용량 의존 방식으로 IFN-γ를 분비시키는 림프구를 재활성화시킬 수 있었다.
해리된 혼합물의 다른 분획을 혼합된 림프구 반응(MLR)을 개시하기 위해 동종 이계 수지상 세포(DC)와 함께 공동 배양하였다. 이어서, 세포를 항체 없이 7일 동안 DC와 함께 최초로 배양한 다음, 항-PD-1 또는 대조군 항체의 존재하에 7일 동안 DC로 재자극하였다. 이러한 2 라운드 후, IFN-γ를 ELISA에 의해 상청액에서 검정했다.
도 17b는 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 MLR 후 IFN-γ의 분비를 제공한다. 항-PD-1 항체는 용량 의존 방식으로 IFN-γ를 분비하는 종양 부위에 위치된 림프구의 능력을 회복할 수 있었다.
감염을 치료하기 위한 항-PD-1 항체의 사용: 인플루엔자의 존재하에 T 세포의 자가 조직 활성화
혈액을 인플루엔자-양성 공여자로부터 수집했다. 단핵구 유래 DC는 인플루엔자 바이러스 A/PR/8/34(H1N1)로 감염시켰다. 이어서, 감염된 DC를 5일 배양의 최초 라운드를 위해 동일한 공여자로부터의 PBMC에 혼합하였다. 이어서, 세포를 인플루엔자 감염된 DC로 재자극하고, 항-PD-1 항체의 존재하에 5일의 제2 라운드를 위해 배양했다. 이러한 2 라운드 후, 배양물 중의 세포의 대부분은 인플루엔자 특이적 T 세포이다. 배양 2 라운드의 종료시, IFN-γ를 ELISA에 의해 상청액에서 검정했다.
도 18은 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 인플루엔자 바이러스 감염된 DC로 PBMC의 배양 후 분비된 IFN-γ를 제공한다. 항-PD-1 항체는 용량 의존 방식으로 바이러스 자극시 IFN-γ를 분비하는 림프구의 능력을 회복할 수 있었다.
폐암: 폐 종양 침윤성 림프구를 재활성화시키기 위한 항-PD-1 항체의 사용(생체외 데이터)
폐 종양 샘플은 적절한 IRB에 의한 승인 후 싱가포르 국립 암 센터로부터 입수했다. 샘플은 인간 종양 해리 키트 및 조직 해리 장치를 사용하여 해리시켰다.
종양 침윤성 림프구의 표면에서 고갈 마커의 발현을 확인하기 위해, 단리된 세포 혼합물을 1회 세척하고, 단일 세포 현탁액을 수득하기 위해 70㎛ 필터를 통해 통과시켰다. 세포를 CD4, CD8, PD-1, PD-L1, Tim-3, LAG-3 및 CTLA-4에 대한 항체로 염색시키고; 살아 있는/죽은 마커를 또한 분석으로부터 죽은 세포를 제외하기 위해 사용했다. 세포는 유동 세포 분석법으로 분석했다.
도 19는 3명의 상이한 환자로부터 종양 침윤성 림프구에 의한 PD-1, PD-L1, TIM-3, LAG-3 및 CTLA-4의 발현을 도시한다(3명의 상이한 공여자로부터의 세포를 사용하여 3개의 독립 실험으로부터 평균 ± SD를 나타내고, 모든 실험은 3회 수행했다). 종양 중의 CD4+ 및 CD8+ 림프구의 약 2/3는 PD-1을 발현시킨다.
종양 해리된 혼합물을 혼합된 림프구 반응(MLR)을 개시하기 위해 동종 이계 수지상 세포(DC)와 함께 공동 배양하였다. 세포를 항체 없이 7일 동안 먼저 배양한 다음, 항-PD-1 또는 대조군 항체의 존재하에 7일 동안 배양했다. 이러한 2 라운드 후, IFN-γ를 ELISA에 의해 상청액에서 검정했다.
도 20a 내지 20c는 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 MLR 후 IFN-γ의 분비를 제공한다. 3개의 독립 실험으로(3명의 상이한 환자로부터 세포) 3중으로 평균 ± SD를 나타낸다. 항-PD-1 항체는 용량 의존 방식으로 IFN-γ를 분비하는 종양 부위에 위치된 림프구의 능력을 회복할 수 있었다.
신장 세포 암종 : 신장 종양 침윤성 림프구를 재활성화하는 항-PD-1 항체의 사용(생체외 데이터)
신장 종양 샘플은 적절한 IRB에 의한 승인 후 싱가포르 국립 암 센터로부터 입수했다. 샘플은 인간 종양 해리 키트 및 조직 해리 장치를 사용하여 해리시켰다.
종양 침윤성 림프구의 표면에서 고갈 마커의 발현을 확인하기 위해, 단리된 세포 혼합물을 1회 세척하고, 단일 세포 현탁액을 수득하기 위해 70㎛ 필터를 통해 통과시켰다. 세포를 CD4, CD8, PD-1, PD-L1, Tim-3, LAG-3 및 CTLA-4에 대한 항체로 염색시키고; 살아 있는/죽은 마커를 또한 분석으로부터 죽은 세포를 제외하기 위해 사용했다. 세포는 유동 세포 분석법으로 분석했다. 비교로서, 동일한 마커 발현을 동일한 환자의 PBMC에서 평가하였다.
도 21a 및 21b는 3명의 상이한 환자로부터 종양 침윤성 림프구(도 21a) 및 혈액 순환성 림프구(도 21b) 상에서 PD-1, PD-L1, TIM-3, LAG-3 및 CTLA-4의 발현을 도시한다(3명의 상이한 공여자의 세포를 사용하는 3개의 독립 실험으로부터 평균 ± SD를 나타내고, 모든 실험은 3회 수행했다). 종양 중의 CD4+ 및 CD8+ 림프구의 약 2/3는 PD-1을 발현시킨 반면, PBMC 림프구의 대부분은 PD-1을 발현시키지 않는다.
종양 해리된 혼합물을 혼합된 림프구 반응(MLR)을 개시하기 위해 동종 이계 수지상 세포(DC)와 함께 공동 배양했다. 세포를 항체 없이 7일 동안 먼저 배양한 다음, 항-PD-1 또는 대조군 항체의 존재하에 7일 동안 배양했다. 이러한 2 라운드 후, IFN-γ를 ELISA에 의해 상청액에서 검정했다.
도 22a 내지 22c는 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 MLR 후 IFN-γ의 분비를 제공한다. 3개의 독립 실험(3명의 상이한 환자의 세포)에서 이중 또는 삼중으로 평균 ± SD를 나타낸다. 항-PD-1 항체는 용량 의존 방식으로 IFN-γ를 분비하는 종양 부위에 위치된 림프구의 능력을 회복할 수 있었다.
방광암: 방광 종양 침윤성 림프구를 재활성화하기 위한 항-PD-1 항체의 사용(생체외 데이터)
방광 종양 샘플은 적절한 IRB에 의한 승인 후 싱가포르 국립 암 센터로부터 입수했다. 샘플은 인간 종양 해리 키트 및 조직 해리 장치를 사용하여 해리시켰다.
종양 침윤성 림프구의 표면에서 고갈 마커의 발현을 확인하기 위해, 단리된 세포 혼합물을 1회 세척하고, 단일 세포 현탁액을 수득하기 위해 70㎛ 필터를 통해 통과시켰다. 세포를 CD4, CD8, PD-1, PD-L1, Tim-3, LAG-3 및 CTLA-4에 대한 항체로 염색시키고; 살아 있는/죽은 마커를 또한 분석으로부터 죽은 세포를 제외하기 위해 사용했다. 세포는 유동 세포 분석법으로 분석했다.
도 23a 및 23b는 2명의 상이한 환자로부터 종양 침윤성 림프구(도 23a) 및 혈액 순환성 림프구(도 23b)에 의한 PD-1, PD-L1, TIM-3, LAG-3 및 CTLA-4의 발현을 도시한다(2명의 상이한 공여자의 세포를 사용하는 2개의 독립 실험으로부터 평균 ± SD를 나타내고, 모든 실험은 3회 수행했다). 종양 침윤성 림프구의 대부분은 PD-1을 발현시키는 반면, 이들의 혈액 순환성 대응물의 소수만이 그렇게 한다.
종양 해리된 혼합물을 혼합된 림프구 반응(MLR)을 개시하기 위해 동종 이계 수지상 세포(DC)와 함께 공동 배양했다. 세포를 항체 없이 7일 동안 먼저 배양한 다음, 항-PD-1 또는 대조군 항체의 존재하에 7일 동안 배양했다. 이러한 2 라운드 후, IFN-γ를 ELISA에 의해 상청액에서 검정했다.
도 24는 항-PD-1 항체의 존재 또는 부재하에 MLR 후 IFN-γ의 분비를 제공한다. 1개의 실험에서 삼중으로 평균 ± SD를 나타낸다. 항-PD-1 항체는 용량 의존 방식으로 IFN-γ를 분비하는 종양 부위에 위치된 림프구의 능력을 회복할 수 있었다.
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<220> <221> VARIANT <222> (11)..(11) <223> Xaa= Val, Ile, or Met <400> 53 Xaa Xaa Trp Asp Asp Xaa Xaa Xaa Gly Xaa Xaa 1 5 10 <210> 54 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: HC-CDR3 <220> <221> VARIANT <222> (2)..(2) <223> Xaa= Leu or Tyr <220> <221> VARIANT <222> (4)..(4) <223> Xaa= Ala or Ser <220> <221> VARIANT <222> (6)..(6) <223> Xaa= Pro or Tyr <220> <221> VARIANT <222> (8)..(8) <223> Xaa= Tyr or Leu <220> <221> VARIANT <222> (11)..(11) <223> Xaa= Lys, Met or Leu <220> <221> VARIANT <222> (13)..(13) <223> Xaa= His or Val <400> 54 Asp Xaa Gly Xaa Gly Xaa Tyr Xaa Tyr Gly Xaa Asp Xaa 1 5 10 <210> 55 <211> 330 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of light chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone A3 <400> 55 ctgcctgtgc tgactcagcc cccctcagcg tccgggaccc ccgggcagag ggtcaccatc 60 tcttgttctg gaagcagctc caacatcaaa tttaacagtg ttaactggta tcagcaactc 120 ccaggaacgg cccccaaact cctcatctat agtaataatc agcgaccctc aggggtccct 180 gaccgattct ctggctccaa gtctggcact tcagcctccc tggccatcag tgggctccag 240 tctgaggatg aggctgatta tttctgtgct tcttgggatg atgttcttta tggatctgtg 300 ttcggcggag ggaccaagct gaccgtcctg 330 <210> 56 <211> 330 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of light chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone A10 <400> 56 ctgcctgtgc tgactcagcc cccctcagcg tccgggaccc ccgggcagag ggtcaccatc 60 tcttgttctg gaagcagctc caacatcaaa tttaacagtg ttaactggta tcagcaactc 120 ccaggaacgg cccccaaact cctcatctat agtaataatc agcgaccctc aggggtccct 180 gaccgattct ctggctccaa gtctggcact tcagcctccc tggccatcag tgggctccag 240 tctgaggatg aggctgatta tttctgtgct tcttgggatg attattatta tggaactatt 300 ttcggcggag ggaccaagct gaccgtcctg 330 <210> 57 <211> 110 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Encoded amino acid sequence of light chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody codon-optimised clone A10 <400> 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anti-PD-1 antibody codon-optimised clone C4 <400> 62 cagagcgtcc tgacacagcc cccttccgca agtggaaccc ctgggcagcg agtgactatt 60 tcatgcagtg gatcttcatc taacatcaag ttcaactccg tgaattggta tcagcagctg 120 cccggaactg ctcctaaact gctgatctat tctaacaatc agcgaccaag tggcgtcccc 180 gaccggttca gcggctccaa gtctgggacc agtgcctcac tggctattag cgggctccag 240 tccgaggacg aagcagatta ctattgcagc gcctgggacg attacctgca cggcaccgtg 300 ttcggaggag gaacaaaact gaccgtcctg 330 <210> 63 <211> 330 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of light chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone D4 <400> 63 cagtctgtgc tgactcagcc cccctcagcg tccgggaccc ccgggcagag ggtcaccatc 60 tcttgttctg gaagcagctc caacatcaaa tttaacagtg ttaactggta tcagcaactc 120 ccaggaacgg cccccaaact cctcatctat agtaataatc agcgaccctc aggggtccct 180 gaccgattct ctggctccaa gtctggcact tcagcctccc tggccatcag tgggctccag 240 tctgaggatg aggctgatta ttactgtgct tcttgggatg attatgttcg tggaactatg 300 ttcggcggag ggaccaagct 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ctggctccaa gtctggcact tcagcctccc tggccatcag tgggctccag 240 tctgaggatg aggctgatta ttactgttct tcttgggatg atgatgctcg tggaactatt 300 ttcggcggag ggaccaagct gaccgtcctg 330 <210> 66 <211> 330 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of light chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone G1 <400> 66 cagtctgtgc tgactcagcc cccctcagcg tccgggaccc ccgggcagag ggtcaccatc 60 tcttgttctg gaagcagctc caacatcaaa tttaacagtg ttaactggta tcagcaactc 120 ccaggaacgg cccccaaact cctcatctat agtaataatc agcgaccctc aggggtccct 180 gaccgattct ctggctccaa gtctggcact tcagcctccc tggccatcag tgggctccag 240 tctgaggatg aggctgatta ttactgtgct gcttgggatg atgtttatta tggaactatt 300 ttcggcggag ggaccaagct gaccgtcctg 330 <210> 67 <211> 330 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of light chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone G2 <400> 67 cagtctgtgc tgactcagcc cccctcagcg tccgggaccc ccgggcagag ggtcaccatc 60 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of light chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone H4 <400> 69 cagtctgtgc tgactcagcc cccctcagcg tccgggaccc ccgggcagag ggtcaccatc 60 tcttgttctg gaagcagctc caacatcaaa tttaacagtg ttaactggta tcagcaactc 120 ccaggaacgg cccccaaact cctcatctat agtaataatc agcgaccctc aggggtccct 180 gaccgattct ctggctccaa gtctggcact tcagcctccc tggccatcag tgggctccag 240 tctgaggatg aggctgatta ttactgtgct tcttgggatg atgtttatcg tggaactgtt 300 ttcggcggag ggaccaagct gaccgtcctg 330 <210> 70 <211> 330 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of light chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody codon-optimised clone H4 <400> 70 cagagcgtcc tgacacagcc cccaagcgca agcggaaccc ccggccagcg agtgaccatt 60 agttgtagtg gaagtagtag taacatcaag ttcaactccg tgaattggta tcagcagctg 120 cccggaactg ctcctaaact gctgatctat tctaacaatc agcgaccaag tggcgtcccc 180 gaccggttca gcggctccaa gtctgggacc agtgcctcac tggctattag cgggctccag 240 tccgaggacg aagcagatta ctattgcgcc agctgggacg 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atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggtgctggtc cttattatta tggtaaggat cattggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 73 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone A10 <400> 73 caggtccagc tggtgcagtc tgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggtgctggtc cttattatta tggtaaggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 74 <211> 122 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Encoded amino acid sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody codon-optimised clone A10 <400> 74 Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr 20 25 30 Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Ser Asp Leu Gly Ala Gly Pro Tyr Tyr Tyr Gly Lys Asp Val Trp 100 105 110 Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 75 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody codon-optimised clone A10 <400> 75 caggtgcagc tggtcgaatc cggggggggg gtggtgcagc ctggacggtc actgagactg 60 agttgtgccg cctctgggtt tactttcagc tcctatggca tgcactgggt gaggcaggct 120 cccggcaagg ggctggagtg ggtggcagtc atctcttacg acggcagtaa caagtactat 180 gccgatagcg tcaaagggcg gttcactatt tcaagagaca acagcaaaaa taccctgtac 240 ctccagatga acagcctgcg ggccgaagac acagctgtgt actattgcgc atctgatctg 300 ggagccggcc cttactatta cggcaaggat gtctgggggc agggaaccac agtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 76 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone B6 <400> 76 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgattat 300 ggtgctggtc cttattatta tggtatggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 77 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody codon-optimised clone B6 <400> 77 caggtgcagc tggtggaaag cggggggggc gtggtgcagc ctggaaggtc actgagactg 60 tcttgtgccg catctgggtt tacatttagc tcctatggca tgcactgggt gaggcaggct 120 cccggcaagg ggctggagtg ggtggcagtc atctcttacg acggcagtaa caagtactat 180 gccgatagcg tcaaagggcg gttcactatt tcaagagaca acagcaaaaa taccctgtac 240 ctccagatga acagcctgcg ggccgaagac acagctgtgt actattgcgc atctgattac 300 ggagccggcc cttactatta cggcatggat gtctgggggc agggaaccac agtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 78 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone C4 <400> 78 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggtgctggtc cttattatta tggtttggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 79 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody codon-optimised clone C4 <400> 79 caggtgcagc tggtggaatc tggggggggg gtcgtgcagc ccggacggtc actgagactg 60 tcatgtgccg cttcagggtt tacttttagc tcctatggca tgcactgggt gaggcaggct 120 cccggcaagg ggctggagtg ggtggcagtc atctcttacg acggcagtaa caagtactat 180 gccgatagcg tcaaagggcg gttcactatt tcaagagaca acagcaaaaa taccctgtac 240 ctccagatga acagcctgcg ggccgaagac acagctgtgt actattgcgc atctgatctg 300 ggagccggcc cttactatta cggcctggat gtctgggggc agggaaccac agtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 80 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone D4 <400> 80 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggtgctggtc cttattatta tggtatggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 81 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone E1 <400> 81 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggtgctggtc cttattatta tggtatggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 82 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone F2 <400> 82 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggtgctggtc cttattatta tggtatggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 83 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone G1 <400> 83 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggtgctggtc cttattatta tggtatggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 84 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone G2 <400> 84 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggtgctggtc cttattatta tggtatggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 85 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone G10 <400> 85 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgattat 300 ggtgctggtc cttattatta tggtatggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 86 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone H4 <400> 86 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggttctggtt attatcttta tggtatggac gtctggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 87 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody codon-optimised clone H4 <400> 87 caggtgcagc tggtggagag cggggggggg gtggtgcagc ctggacggtc actgagactg 60 agttgcgccg catctggatt cacatttagc tcctacggca tgcactgggt gaggcaggca 120 cccggcaagg ggctggagtg ggtggccgtc atctcttatg acggcagtaa caagtactat 180 gctgatagcg tcaaagggcg gttcactatt tcaagagaca acagcaaaaa taccctgtac 240 ctccagatga atagcctgcg ggccgaagac acagctgtgt actattgcgc ctccgatctg 300 ggatctggct actatctgta tggcatggat gtctgggggc agggaaccac agtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 88 <211> 366 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: Nucleotide sequence of heavy chain variable domain sequence for anti-PD-1 antibody clone H9 <400> 88 caggtccagc tggtagagtc cgggggaggc gtggtccagc ctgggcggtc cctgagactc 60 tcctgtgcag cctctggatt caccttcagt agctatggca tgcactgggt ccgccaggct 120 ccaggcaagg ggctggagtg ggtggcagtt atatcatatg atggaagtaa taaatactac 180 gcagactccg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca attccaagaa cacgctgtat 240 ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagtgatctt 300 ggtgctggtc cttattatta tggtatggat gtttggggcc aagggaccac ggtcaccgtc 360 tcaagc 366 <210> 89 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial sequence <220> <223> Synthetic sequence: HC-CDR1 <400> 89 Ser Tyr Gly Met His 1 5

Claims (62)

  1. 다음 아미노산 서열 i) 내지 vi) 또는 이의 변이체를 갖는, 임의로 단리된, PD-1에 결합할 수 있는 항체 또는 항원 결합 단편으로서, 상기 서열 (i) 내지 (vi) 중 하나 이상에서 1개 또는 2개 또는 3개의 아미노산이 또 다른 아미노산으로 대체되는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    i) LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    ii) LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    iii) LC-CDR3: X1X2WDDX3X4X5GX6X7 (서열번호 53)
    iv) HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    v) HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    vi) HC-CDR3: DZ1GZ2GZ3YZ4YGZ5DZ6 (서열번호 54).
    여기서, X1= A 또는 S이고, X2= S 또는 A이고, X3= V, Y, F, D, S 또는 A이고, X4= L, Y, V 또는 A이고, X5= Y, R 또는 H이고, X6= S 또 T이고, X7= V, I 또는 M이고, Z1= L 또는 Y이고, Z2= A 또는 S이고, Z3= P 또는 Y이고, Z4= Y 또는 L이고, Z5= K, M 또는 L이고, Z6= H 또는 V이다.
  2. 제1항에 있어서, LC-CDR3이 ASWDDVLYGSV (서열번호 27), ASWDDYYYGTI (서열번호 28), ASWDDYLRGTV (서열번호 29), SAWDDYLHGTV (서열번호 30), ASWDDYVRGTM (서열번호 31), SSWDDFLRGTV (서열번호 32), SSWDDDARGTI (서열번호 33), AAWDDVYYGTI (서열번호 34), ASWDDSLYGTV (서열번호 35), AAWDDAYYGTI (서열번호 36), ASWDDVYRGTV (서열번호 37) 또는 SSWDDSLYGTI (서열번호 38) 중의 하나인, 항체 또는 항원 결합 단편.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, HC-CDR3이 DLGAGPYYYGKDH (서열번호 41), DLGAGPYYYG KD V (서열번호 42), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 43), DLGAGPYYYGLDV (서열번호 44), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 45), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 46), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 47), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 48), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 49), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 50), DLGSGYYLYGMDV (서열번호 51) 또는 DLGAGPYYYGMDV (서열번호 52) 중의 하나인, 항체 또는 항원 결합 단편.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: ASWDDVLYGSV (서열번호 27).
  5. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: ASWDDYYYGTI (서열번호 28).
  6. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: ASWDDYLRGTV (서열번호 29)
  7. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: SAWDDYLHGTV (서열번호 30).
  8. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: ASWDDYVRGTM (서열번호 31).
  9. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: SSWDDFLRGTV (서열번호 32).
  10. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: SSWDDDARGTI (서열번호 33).
  11. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: AAWDDVYYGTI (서열번호 34).
  12. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: ASWDDSLYGTV (서열번호 35).
  13. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: AAWDDAYYGTI (서열번호 36).
  14. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: ASWDDVYRGTV (서열번호 37).
  15. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: SSWDDSLYGTI (서열번호 38).
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGAGPYYYGKDH (서열번호 41).
  17. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGAGPYYYGKDV (서열번호 42).
  18. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DYGAGPYYYGMDV (서열번호 43).
  19. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGAGPYYYGLDV (서열번호 44).
  20. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 45).
  21. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 46).
  22. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 47).
  23. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 48).
  24. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 49).
  25. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DYGAGPYYYGMDV (서열번호 50).
  26. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGSGYYLYGMDV (서열번호 51).
  27. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 다음 CDR을 도입하는 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DLGAGPYYYGMDV (서열번호 52).
  28. CD28 패밀리의 다른 구성원들에 대해 PD-1(예: 인간 또는 레서스)에 특이적으로 결합하는, 임의로 단리된, 항체 또는 항원 결합 단편으로서, 상기 항체가 임의로 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항에 청구된 바와 같은, 항체 또는 항원 결합 단편.
  29. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체가 T-세포 고갈 또는 T-세포 아네르기를 나타내는 T-세포에서 T-세포 기능을 회복시키는 데 효과적인, 항체 또는 항원 결합 단편.
  30. PD-1에 결합된, 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 따르는 항원 또는 항원 결합 단편을 포함하는, 임의로 단리된, 시험관내 복합체.
  31. 다음 CDR을 포함하는 단리된 경쇄 가변 영역 폴리펩티드:
    LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25)
    LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26)
    LC-CDR3: X1X2WDDX3X4X5GX6X7 (서열번호 53)
    여기서, X1= A 또는 S이고, X2= S 또는 A이고, X3= V, Y, F, D, S 또는 A이고, X4= L, Y, V 또는 A이고, X5= Y, R 또는 H이고, X6= S 또는 T이고, X7= V, I 또는 M이다.
  32. 제31항에 있어서, LC-CDR3이 ASWDDVLYGSV (서열번호 27), ASWDDYYYGTI (서열번호 28), ASWDDYLRGTV (서열번호 29), SAWDDYLHGTV (서열번호 30), ASWDDYVRGTM (서열번호 31), SSWDDFLRGTV (서열번호 32), SSWDDDARGTI (서열번호 33), AAWDDVYYGTI (서열번호 34), ASWDDSLYGTV (서열번호 35), AAWDDAYYGTI (서열번호 36), ASWDDVYRGTV (서열번호 37) 또는 SSWDDSLYGTI (서열번호 38) 중의 하나인, 단리된 경쇄 가변 영역 폴리펩티드.
  33. 다음 CDR을 포함하는 단리된 중쇄 가변 영역 폴리펩티드:
    HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는
    GFTFSSYGMH (서열번호 39)
    HC-CDR2: VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40)
    HC-CDR3: DZ1GZ2GZ3YZ4YGZ5DZ6 (서열번호 54)
    여기서, Z1= L 또는 Y이고, Z2= A 또는 S이고, Z3= P 또는 Y이고, Z4= Y 또는 L이고, Z5= K, M 또는 L이고, Z6= H 또는 V이다.
  34. 제33항에 있어서, HC-CDR3이 DLGAGPYYYGKDH (서열번호 41), DLGAGPYYYGKDV(서열번호 42), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 43), DLGAGPYYYGLDV (서열번호 44), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 45), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 46), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 47), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 48), DLGAGPYYYGMDV (서열번호 49), DYGAGPYYYGMDV (서열번호 50), DLGSGYYLYGMDV (서열번호 51) 또는 DLGAGPYYYGMDV (서열번호 52) 중의 하나인, 단리된 중쇄 가변 영역 폴리펩티드.
  35. 제31항 또는 제32항에 있어서, 제33항 또는 제34항에 따르는 중쇄 가변 영역 폴리펩티드와 조합된, 단리된 경쇄 가변 영역 폴리펩티드.
  36. 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는, PD-1에 결합할 수 있는 항체 또는 항원 결합 단편으로서,
    상기 중쇄가 HC-CDR1, HC-CDR2, HC-CDR3을 포함하고, HC-CDR1: SYGMH (서열번호 89) 또는 GFTFSSYGMH (서열번호 39), HC-CDR2 VISYDGSNKYYADSVKG (서열번호 40), HC-CDR3: DZ1GZ2GZ3YZ4YGZ5DZ6 (서열번호 54)(여기서, Z1= L 또는 Y이고, Z2= A 또는 S이고, Z3= P 또는 Y이고, Z4= Y 또는 L이고, Z5= K, M 또는 L이고, Z6= H 또는 V이다)에 대해 각각 적어도 85% 전체 서열 동일성을 갖고,
    상기 경쇄가 LC-CDR1, LC-CDR2, LC-CDR3을 포함하고, LC-CDR1: SGSSSNIKFNSVN (서열번호 25), LC-CDR2: SNNQRPS (서열번호 26), LC-CDR3: X1X2WDDX3X4X5GX6X7 (서열번호 53)(여기서, X1= A 또는 S이고, X2= S 또는 A이고, X3= V, Y, F, D, S 또는 A이고, X4= L, Y, V 또는 A이고, X5= Y, R 또는 H이고, X6= S, 또는 T이고, X7= V, I 또는 M이다)에 대해 각각 적어도 85% 전체 서열 동일성을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편.
  37. 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는, 임의로 단리된, PD-1에 결합할 수 있는 항체 또는 항원 결합 단편으로서,
    상기 중쇄 서열이 서열번호 13 내지 24(도 2) 중의 하나의 중쇄 서열에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖고,
    상기 경쇄 서열이 서열번호 1 또는 12(도 1)의 경쇄 서열에 대해 적어도 85% 서열 동일성을 갖는, 항체 또는 항원 결합 단편.
  38. PD-1에 결합할 수 있고, (i) 제1항 내지 제37항 중 어느 한 항에 따르는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드 및 (ii) PD-1 이외의 표적 단백질에 결합할 수 있는 항원 결합 도메인을 포함하는 이중특이적 항체 또는 이중특이적 항원 결합 단편인, 임의로 단리된, 항체 또는 항원 결합 단편.
  39. 제38항에 있어서, PD-1 이외의 표적 단백질에 결합할 수 있는 상기 항원 결합 도메인이 TIM-3, LAG 3, ICOS, CTLA4, BTLA 또는 CD28 중 하나에 결합할 수 있는, 항체 또는 항원 결합 단편.
  40. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드 및 적어도 하나의 약제학적으로 허용되는 담체를 포함하는 조성물.
  41. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 코딩하는 단리된 핵산.
  42. 제41항의 핵산을 포함하는 벡터.
  43. 제42항의 벡터를 포함하는 숙주 세포.
  44. 제43항의 숙주 세포를 항체 또는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 코딩하는 벡터의 발현에 적합한 조건하에서 배양하는 단계 및 상기 항체 또는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 회수하는 단계를 포함하는, 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 제조방법.
  45. 치료 또는 의학적 치료 방법에 사용하기 위한 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따른 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드.
  46. T-세포 기능이상 장애의 치료에 사용하기 위한 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따른 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드.
  47. 암의 치료에 사용하기 위한 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따른 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드.
  48. 감염성 질환의 치료에 사용하기 위한 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따른 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드.
  49. T-세포 기능이상 장애의 치료에 사용하기 위한 의약을 제조하는데 있어서 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 용도.
  50. 암의 치료에 사용하기 위한 의약을 제조하는데 있어서 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 용도.
  51. 감염성 질환의 치료에 사용하기 위한 의약을 제조하는데 있어서 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 용도.
  52. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 기능 장애 T-세포에 투여하는 단계를 포함하는, T-세포 기능을 증강시키는 시험관내 또는 생체내 방법.
  53. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 T-세포 기능이상 장애 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, T-세포 기능이상 장애의 치료 방법.
  54. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 암 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 암 치료 방법.
  55. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드를 감염성 질환 환자에게 투여하는 단계를 포함하는, 감염성 질환의 치료 방법.
  56. PD-1을 함유하거나 함유하는 것으로 의심되는 샘플을 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체 또는 항원 결합 단편과 접촉시키는 단계 및 항체 또는 항원 결합 단편과 PD-1의 복합체의 형성을 검출하는 단계를 포함하는 방법.
  57. 대상체의 질환 또는 상태를 진단하는 방법으로서, 상기 방법이 대상체의 샘플을 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체 또는 항원 결합 단편과 시험관내 접촉시키는 단계 및 항체 또는 항원 결합 단편과 PD-1의 복합체의 형성을 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  58. PD-1 표적화제로 치료하기 위한 대상체를 선택하거나 계층화하는 방법으로서, 상기 방법이 대상체의 샘플을 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체 또는 항원 결합 단편과 시험관내 접촉시키는 단계 및 항체 또는 항원 결합 단편과 PD-1의 복합체의 형성을 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  59. 시험관내에서 PD-1을 검출하기 위한, 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체 또는 항원 결합 단편의 용도.
  60. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체 또는 항원 결합 단편의 시험관내 진단제로서의 용도.
  61. T 세포 집단을 확장시키는 방법으로서, T 세포가 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드와 시험관내 또는 생체외 접촉되는, 방법.
  62. T-세포 기능이상 장애를 갖는 대상체의 치료 방법으로서, 상기 방법이 대상체의 혈액 샘플로부터 수득된 T 세포를 T 세포 집단을 확장시키기 위해 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 따르는 항체, 항원 결합 단편 또는 폴리펩티드의 존재하에 배양하는 단계, 확장된 T 세포를 수집하는 단계 및 상기 확장된 T 세포를 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
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