JP6701213B2 - 抗ｐｄ−１抗体 - Google Patents

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Description

本発明は、プログラム細胞死１（ＰＤ−１）に結合する抗体に関する。
Ｔ細胞消耗は多くの慢性感染および癌の間に生じるＴ細胞機能不全状態である。該状態は、劣ったＴ細胞エフェクター機能、阻害性受容体発現の持続、および機能するエフェクターまたは記憶Ｔ細胞のものとは異なる転写状態によって定義される。消耗は、感染および腫瘍の最適な制御を防止する（Ｅ Ｊｏｈｎ Ｗｈｅｒｒｙ．， Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １２， ４９２−４９９（２０１１））。
Ｔ細胞消耗は、段階的および進行性のＴ細胞機能喪失によって特徴付けられる。消耗は、慢性リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス感染中によく定義され、そして一般的に、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルスおよびヒト免疫不全ウイルス感染を含む多くの慢性感染後に、ならびに腫瘍転移中に起こる、抗原持続状態下で発展する。表現型的および機能的欠陥の漸次的変化が現れる可能性があり、そしてこれらの細胞は原型エフェクター、記憶およびまたアネルギー性Ｔ細胞とは異なるため、消耗は均一に機能しなくなった状態ではない。消耗Ｔ細胞は、最も一般的には、高度慢性感染中に出現し、そして抗原刺激のレベルおよび期間は該プロセスの決定的な決定要因である（Ｙｉら， Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ａｐｒ ２０１０； １２９（４）：４７４−４８１）。
循環ヒト腫瘍特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞は、細胞傷害性である可能性があり、そしてｉｎ ｖｉｖｏでサイトカインを産生する可能性があることから、自己および腫瘍特異的ヒトＣＤ８＋ Ｔ細胞が、ペプチド、不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）、およびＣｐＧでのワクチン接種などの強力な免疫療法後、または養子移入後に、機能的反応能に到達する可能性もあることが示される。末梢血と対照的に、転移由来のＴ細胞は、機能的に不全であり、異常な低サイトカイン産生および阻害性受容体ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４、およびＴＩＭ−３の上方制御を示す。黒色腫組織から単離されたＴ細胞は、短期ｉｎ ｖｉｔｒｏ培養後にＩＦＮ−γ産生を回復しうるため、機能的不全は可逆性である。しかし、依然として、この機能障害が、さらなる分子経路、おそらくは動物モデルにおいて定義されるようなＴ細胞消耗またはアネルギーと似た経路を伴うかどうかを決定する必要がある（Ｂａｉｔｓｃｈら， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ． ２０１１；１２１（６）：２３５０−２３６０）。
プログラム細胞死１（ＰＤ−１）は、ＣＤ２７９とも称され、ヒトにおいてはＰＤＣＤ１遺伝子によってコードされるＩ型膜タンパク質である。該タンパク質は２つのリガンド、ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２を有する。
ＰＤ−１経路は、Ｔ細胞消耗の重要な免疫阻害仲介因子である。この経路の遮断は、Ｔ細胞活性化、拡大、ならびにエフェクター機能増進を導きうる。こうしたものとして、ＰＤ−１はＴ細胞反応を負に制御する。ＰＤ−１は、慢性疾患状態における消耗Ｔ細胞のマーカーとして同定されてきており、そしてＰＤ−１：ＰＤ−１Ｌ相互作用の遮断は、Ｔ細胞機能を部分的に回復することが示されてきている（Ｓａｋｕｉｓｈｉら， ＪＥＭ Ｖｏｌ． ２０７， Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２７， ２０１０， ｐｐ２１８７−２１９４）。
ニボルマブ（ＢＭＳ−９３６５５８）は、２０１４年７月に、日本において黒色腫の治療のために認可された抗ＰＤ−１抗体である。他の抗ＰＤ−１抗体は、ＷＯ ２０１０／０７７６３４、ＷＯ ２００６／１２１１６８、ＷＯ２００８／１５６７１２およびＷＯ２０１２／１３５４０８に記載される。
Ｔ細胞免疫グロブリンムチン３（ＴＩＭ−３）は、消耗ＣＤ８＋ Ｔ細胞上で上方制御されると同定された免疫制御因子である（Ｓａｋｕｉｓｈｉら， ＪＥＭ Ｖｏｌ． ２０７， Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２７， ２０１０， ｐｐ２１８７−２１９４）。ＴＩＭ−３は、元来、ＩＦＮ−γを分泌するＴｈ１およびＴｃ１細胞上で選択的に発現されるとして同定された。ＴＩＭ−３とそのリガンド、ガレクチン−９の相互作用は、ＴＩＭ−３＋ Ｔ細胞の細胞死を誘発する。抗ＴＩＭ−３抗体は、Ｎｇｉｏｗら（Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２０１１ Ｍａｙ １５；７１（１０）：３５４０−５１）に、そしてＵＳ８，５５２，１５６に記載される。
ＴＩＭ−３およびＰＤ−１はどちらも、Ｔ細胞反応の負の制御因子として機能する可能性があり、そしてＴＩＭ−３およびＰＤ−１経路を組み合わせてターゲティングすると、いずれかの経路のみをターゲティングするよりも、腫瘍増殖制御により有効である（Ｓａｋｕｉｓｈｉら， ＪＥＭ Ｖｏｌ． ２０７， Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２７， ２０１０， ｐｐ２１８７−２１９４；およびＮｇｉｏｗら Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２０１１ Ｍａｙ １５；７１（１０）：３５４０−５１）。
ＷＯ ２０１０／０７７６３４ ＷＯ ２００６／１２１１６８ ＷＯ２００８／１５６７１２ ＷＯ２０１２／１３５４０８ ＵＳ８，５５２，１５６
Ｅ Ｊｏｈｎ Ｗｈｅｒｒｙ．， Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １２， ４９２−４９９（２０１１） Ｙｉら， Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ａｐｒ ２０１０； １２９（４）：４７４−４８１ Ｂａｉｔｓｃｈら， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ． ２０１１；１２１（６）：２３５０−２３６０ Ｓａｋｕｉｓｈｉら， ＪＥＭ Ｖｏｌ． ２０７， Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２７， ２０１０， ｐｐ２１８７−２１９４ Ｎｇｉｏｗら（Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２０１１ Ｍａｙ １５；７１（１０）：３５４０−５１）
本発明は、ＰＤ−１に結合する抗体または抗原結合性断片に関する。重鎖および軽鎖ポリペプチドもまた開示する。抗体、抗原結合性断片およびポリペプチドは、単離および／または精製型で提供されてもよく、そして研究、療法および診断において使用するために適した組成物に配合されてもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片またはポリペプチドは、Ｔ細胞消耗またはＴ細胞アネルギーを示すＴ細胞、例えばＣＤ８＋ Ｔ細胞において、Ｔ細胞機能を回復させるために有効であってもよい。
本発明の１つの側面において、抗体または抗原結合性断片を提供し、抗体のアミノ酸配列は、アミノ酸配列ｉ）〜ｉｉｉ）、またはアミノ酸配列ｉｖ）〜ｖｉ）、または好ましくはアミノ酸配列ｉ）〜ｖｉ）：
あるいは配列（ｉ）〜（ｖｉ）の１またはそれより多くにおいて、１または２または３アミノ酸が別のアミノ酸で置換されているその変異体を含んでもよく、式中、Ｘ１＝ＡまたはＳ、Ｘ２＝ＳまたはＡ、Ｘ３＝Ｖ、Ｙ、Ｆ、Ｄ、ＳまたはＡ、Ｘ４＝Ｌ、Ｙ、ＶまたはＡ、Ｘ５＝Ｙ、ＲまたはＨ、Ｘ６＝Ｓ、またはＴ、Ｘ７＝Ｖ、Ｉ、またはＭ、およびＺ１＝ＬまたはＹ、Ｚ２＝ＡまたはＳ、Ｚ３＝ＰまたはＹ、Ｚ４＝ＹまたはＬ、Ｚ５＝Ｋ、ＭまたはＬ、Ｚ６＝ＨまたはＶである。
本発明のすべての側面と関連して、ＨＣ−ＣＤＲ１：ＳＹＧＭＨ（配列番号８９）である態様において、この配列は、より大きい配列ＧＦＴＦＳＳＹＧＭＨ（配列番号３９）中に含まれてもよい。
いくつかの態様において、ＬＣ−ＣＤＲ３は、ＡＳＷＤＤＶＬＹＧＳＶ（配列番号２７）、ＡＳＷＤＤＹＹＹＧＴＩ（配列番号２８）、ＡＳＷＤＤＹＬＲＧＴＶ（配列番号２９）、ＳＡＷＤＤＹＬＨＧＴＶ（配列番号３０）、ＡＳＷＤＤＹＶＲＧＴＭ（配列番号３１）、ＳＳＷＤＤＦＬＲＧＴＶ（配列番号３２）、ＳＳＷＤＤＤＡＲＧＴＩ（配列番号３３）、ＡＡＷＤＤＶＹＹＧＴＩ（配列番号３４）、ＡＳＷＤＤＳＬＹＧＴＶ（配列番号３５）、ＡＡＷＤＤＡＹＹＧＴＩ（配列番号３６）、ＡＳＷＤＤＶＹＲＧＴＶ（配列番号３７）、またはＳＳＷＤＤＳＬＹＧＴＩ（配列番号３８）の１つである。いくつかの態様において、ＨＣ−ＣＤＲ３は、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＨ（配列番号４１）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＶ（配列番号４２）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４３）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＬＤＶ（配列番号４４）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４５）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４６）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４７）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４８）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４９）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５０）、ＤＬＧＳＧＹＹＬＹＧＭＤＶ（配列番号５１）、またはＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５２）の１つである。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
抗体は、図１または３に示すＣＤＲを取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を含んでもよい。抗体は、図２または３に示すＣＤＲを取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
抗体は、配列番号１、２５、２６、２７または２、２５、２６、２８、または３、２５、２６、２９または４、２５、２６、３０、または５、２５、２６、３１または６、２５、２６、３２または７、２５、２６、３３または８、２５、２６、３４または９、２５、２６、３５または１０、２５、２６ ３６または１１、２５、２６、３７または１２、２５、２６、３８の１つのアミノ酸配列、あるいは図１に示すアミノ酸配列の１つ、あるいは配列番号１、２５、２６、２７または２、２５、２６、２８、または３、２５、２６、２９または４、２５、２６、３０、または５、２５、２６、３１または６、２５、２６、３２または７、２５、２６、３３または８、２５、２６、３４または９、２５、２６、３５または１０、２５、２６ ３６または１１、２５、２６、３７または１２、２５、２６、３８の１つに、または図１に示すＶＬ鎖アミノ酸配列のアミノ酸配列に、少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の１つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、少なくとも１つの軽鎖可変領域（ＶＬ）を含んでもよい。
抗体は、配列番号１３、３９または８９、４０、４１または１４、３９または８９、４０、４２、または１５、３９または８９、４０、４３または１６、３９または８９、４０、４４または１７、３９または８９、４０、４５または１８、３９または８９、４０、４６または１９、３９または８９、４０、４７または２０、３９または８９、４０、４８または２１、３９または８９、４０、４９または２２、３９または８９、４０、５０または２３、３９または８９、４０、５１または２４、３９または８９、４０、５２の１つのアミノ酸配列、あるいは図２に示すアミノ酸配列の１つ、あるいは配列番号１３、３９、４０、４１または１４、３９または８９、４０、４２、または１５、３９または８９、４０、４３または１６、３９または８９、４０、４４または１７、３９または８９、４０、４５または１８、３９または８９、４０、４６または１９、３９または８９、４０、４７または２０、３９または８９、４０、４８または２１、３９または８９、４０、４９または２２、３９または８９、４０、５０または２３、３９または８９、４０、５１または２４、３９または８９、４０、５２の１つに、または図２に示すＶＨ鎖アミノ酸配列のアミノ酸配列に、少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の１つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、少なくとも１つの重鎖可変領域（ＶＨ）を含んでもよい。
抗体は、配列番号１、２５、２６、２７または２、２５、２６、２８、または３、２５、２６、２９または４、２５、２６、３０、または５、２５、２６、３１または６、２５、２６、３２または７、２５、２６、３３または８、２５、２６、３４または９、２５、２６、３５または１０、２５、２６ ３６または１１、２５、２６、３７または１２、２５、２６、３８の１つのアミノ酸配列、あるいは図１に示すアミノ酸配列の１つ（あるいは配列番号１、２５、２６、２７または２、２５、２６、２８、または３、２５、２６、２９または４、２５、２６、３０、または５、２５、２６、３１または６、２５、２６、３２または７、２５、２６、３３または８、２５、２６、３４または９、２５、２６、３５または１０、２５、２６ ３６または１１、２５、２６、３７または１２、２５、２６、３８の１つに、または図１に示すＶＬ鎖アミノ酸配列のアミノ酸配列の１つに、少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の１つの配列同一性を有するアミノ酸配列）を含む少なくとも１つの軽鎖可変領域、および配列番号１３、３９または８９、４０、４１または１４、３９または８９、４０、４２、または１５、３９または８９、４０、４３または１６、３９または８９、４０、４４または１７、３９または８９、４０、４５または１８、３９または８９、４０、４６または１９、３９または８９、４０、４７または２０、３９または８９、４０、４８または２１、３９または８９、４０、４９または２２、３９または８９、４０、５０または２３、３９または８９、４０、５１または２４、３９または８９、４０、５２の１つの１つのアミノ酸配列、あるいは図２に示すアミノ酸配列の１つ（あるいは配列番号１３、３９または８９、４０、４１または１４、３９または８９、４０、４２、または１５、３９または８９、４０、４３または１６、３９または８９、４０、４４または１７、３９または８９、４０、４５または１８、３９または８９、４０、４６または１９、３９または８９、４０、４７または２０、３９または８９、４０、４８または２１、３９または８９、４０、４９または２２、３９または８９、４０、５０または２３、３９または８９、４０、５１または２４、３９または８９、４０、５２の１つに、または図２に示すＶＨ鎖アミノ酸配列のアミノ酸配列の１つに、少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の１つの配列同一性を有するアミノ酸配列）を含む少なくとも１つの重鎖可変領域を含んでもよい。
抗体は、所望によりＰＤ−１に結合してもよい。抗体は、所望により上述のようなアミノ酸配列構成要素を有してもよい。抗体はＩｇＧであってもよい。１つの態様において、ＰＤ−１に結合した本明細書に記載するような抗体または抗原結合性断片を含む、所望により単離されたｉｎ ｖｉｔｒｏ複合体を提供する。
本発明の１つの側面において、単離重鎖可変領域ポリペプチドであって、以下のＣＤＲ：
を含み、式中、Ｚ１＝ＬまたはＹ、Ｚ２＝ＡまたはＳ、Ｚ３＝ＰまたはＹ、Ｚ４＝ＹまたはＬ、Ｚ５＝Ｋ、ＭまたはＬ、Ｚ６＝ＨまたはＶである、前記重鎖可変領域ポリペプチドを提供する。
いくつかの態様において、ＨＣ−ＣＤＲ３は、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＨ（配列番号４１）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＶ（配列番号４２）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４３）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＬＤＶ（配列番号４４）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４５）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４６）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４７）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４８）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４９）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５０）、ＤＬＧＳＧＹＹＬＹＧＭＤＶ（配列番号５１）、またはＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５２）の１つである。
本発明の１つの側面において、重鎖および軽鎖可変領域配列を含む抗体または抗原結合性断片であって：
重鎖が：
ＨＣ−ＣＤＲ１：ＧＦＴＦＳＳＹＧＭＨ（配列番号３９）またはＳＹＧＭＨ（配列番号８９）、
ＨＣ−ＣＤＲ２ ＶＩＳＹＤＧＳＮＫＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号４０）、
ＨＣ−ＣＤＲ３：ＤＺ１ＧＺ２ＧＺ３ＹＺ４ＹＧＺ５ＤＺ６（配列番号５４）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＨ（配列番号４１）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＶ（配列番号４２）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４３）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＬＤＶ（配列番号４４）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４５）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４６）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４７）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４８）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４９）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５０）、ＤＬＧＳＧＹＹＬＹＧＭＤＶ（配列番号５１）、またはＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５２）の１つ、式中、Ｚ１＝ＬまたはＹ、Ｚ２＝ＡまたはＳ、Ｚ３＝ＰまたはＹ、Ｚ４＝ＹまたはＬ、Ｚ５＝Ｋ、ＭまたはＬ、Ｚ６＝ＨまたはＶである
にそれぞれ、少なくとも８５％の全体の配列同一性を有するＨＣ−ＣＤＲ１、ＨＣ−ＣＤＲ２、ＨＣ−ＣＤＲ３を含み、そして
軽鎖が
ＬＣ−ＣＤＲ１：ＳＧＳＳＳＮＩＫＦＮＳＶＮ（配列番号２５）、
ＬＣ−ＣＤＲ２：ＳＮＮＱＲＰＳ（配列番号２６）、
ＬＣ−ＣＤＲ３：Ｘ１Ｘ２ＷＤＤＸ３Ｘ４Ｘ５ＧＸ６Ｘ７（配列番号５３）、ＡＳＷＤＤＶＬＹＧＳＶ（配列番号２７）、ＡＳＷＤＤＹＹＹＧＴＩ（配列番号２８）、ＡＳＷＤＤＹＬＲＧＴＶ（配列番号２９）、ＳＡＷＤＤＹＬＨＧＴＶ（配列番号３０）、ＡＳＷＤＤＹＶＲＧＴＭ（配列番号３１）、ＳＳＷＤＤＦＬＲＧＴＶ（配列番号３２）、ＳＳＷＤＤＤＡＲＧＴＩ（配列番号３３）、ＡＡＷＤＤＶＹＹＧＴＩ（配列番号３４）、ＡＳＷＤＤＳＬＹＧＴＶ（配列番号３５）、ＡＡＷＤＤＡＹＹＧＴＩ（配列番号３６）、ＡＳＷＤＤＶＹＲＧＴＶ（配列番号３７）、またはＳＳＷＤＤＳＬＹＧＴＩ（配列番号３８）の１つ、式中、Ｘ１＝ＡまたはＳ、Ｘ２＝ＳまたはＡ、Ｘ３＝Ｖ、Ｙ、Ｆ、Ｄ、ＳまたはＡ、Ｘ４＝Ｌ、Ｙ、ＶまたはＡ、Ｘ５＝Ｙ、ＲまたはＨ、Ｘ６＝Ｓ、またはＴ、Ｘ７＝Ｖ、Ｉ、またはＭである
にそれぞれ、少なくとも８５％の全体の配列同一性を有するＬＣ−ＣＤＲ１、ＬＣ−ＣＤＲ２、ＬＣ−ＣＤＲ３を含む、前記抗体または抗原結合性断片を提供する。
いくつかの態様において、配列同一性の度合いは、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の１つであってもよい。
本発明の別の側面において、所望により単離された、重鎖および軽鎖可変領域配列を含む抗体または抗原結合性断片であって：
重鎖配列が、配列番号１３〜２４（図２）の１つの重鎖配列に少なくとも８５％の配列同一性を有し、そして
軽鎖配列が、配列番号１〜１２（図１）の１つの軽鎖配列に少なくとも８５％の配列同一性を有する
前記抗体または抗原結合性断片を提供する。
いくつかの態様において、配列同一性の度合いは、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の１つであってもよい。
いくつかの態様において、抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドは、配置ＨＣＦＲ１：ＨＣ−ＣＤＲ１：ＨＣＦＲ２：ＨＣ−ＣＤＲ２：ＨＣＦＲ３：ＨＣ−ＣＤＲ３：ＨＣＦＲ４にしたがって、ＣＤＲ間の可変領域重鎖フレームワーク配列をさらに含む。フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列由来であってもよい。
本発明の１つの側面において、所望により本明細書に記載するような重鎖可変領域ポリペプチドと組み合わされた、単離軽鎖可変領域ポリペプチドであって、以下のＣＤＲ：
を含み、式中、Ｘ１＝ＡまたはＳ、Ｘ２＝ＳまたはＡ、Ｘ３＝Ｖ、Ｙ、Ｆ、Ｄ、ＳまたはＡ、Ｘ４＝Ｌ、Ｙ、ＶまたはＡ、Ｘ５＝Ｙ、ＲまたはＨ、Ｘ６＝Ｓ、またはＴ、Ｘ７＝Ｖ、Ｉ，またはＭである、前記単離軽鎖可変領域ポリペプチドを提供する。
いくつかの態様において、ＬＣ−ＣＤＲ３は、ＡＳＷＤＤＶＬＹＧＳＶ（配列番号２７）、ＡＳＷＤＤＹＹＹＧＴＩ（配列番号２８）、ＡＳＷＤＤＹＬＲＧＴＶ（配列番号２９）、ＳＡＷＤＤＹＬＨＧＴＶ（配列番号３０）、ＡＳＷＤＤＹＶＲＧＴＭ（配列番号３１）、ＳＳＷＤＤＦＬＲＧＴＶ（配列番号３２）、ＳＳＷＤＤＤＡＲＧＴＩ（配列番号３３）、ＡＡＷＤＤＶＹＹＧＴＩ（配列番号３４）、ＡＳＷＤＤＳＬＹＧＴＶ（配列番号３５）、ＡＡＷＤＤＡＹＹＧＴＩ（配列番号３６）、ＡＳＷＤＤＶＹＲＧＴＶ（配列番号３７）、またはＳＳＷＤＤＳＬＹＧＴＩ（配列番号３８）である。
いくつかの態様において、抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドは、配置ＬＣＦＲ１：ＬＣ−ＣＤＲ１：ＬＣＦＲ２：ＬＣ−ＣＤＲ２：ＬＣＦＲ３：ＬＣ−ＣＤＲ３：ＬＣＦＲ４にしたがって、ＣＤＲ間の可変領域軽鎖フレームワーク配列をさらに含む。フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列由来であってもよい。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、ヒト定常領域をさらに含んでもよい。例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４の１つより選択されるものである。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合性断片は、ネズミ定常領域をさらに含んでもよい。例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２ＢおよびＩｇＧ３の１つより選択されるものである。
本発明の別の側面において、ＰＤ−１に結合可能であり、そして二重特異性抗体または二重特異性抗原結合性断片である、所望により単離された、抗体または抗原結合性断片を提供する。いくつかの態様において、二重特異性抗体または二重特異性抗原結合性断片は、本明細書に記載するように、ＰＤ−１に結合可能な抗原結合性断片またはポリペプチドを含み、そしてさらに、別のターゲットタンパク質、例えばＰＤ−１以外のターゲットタンパク質に結合可能な抗原結合性ドメインを含む。いくつかの態様において、ターゲットタンパク質は細胞表面受容体である。いくつかの態様において、ターゲットタンパク質は免疫細胞、例えばＴ細胞の細胞表面上に発現される細胞表面受容体である。いくつかの態様において、ターゲットタンパク質は、ＣＤ２８ファミリーのメンバーであってもよい。いくつかの態様において、ＣＤ２８ファミリーのメンバーは、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ３、ＩＣＯＳ、ＣＴＬＡ４、ＢＴＬＡまたはＣＤ２８より選択される。
本発明の別の側面において、組成物、例えば薬学的組成物または薬剤を提供する。組成物は、本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチド、および少なくとも１つの薬学的に許容されうるキャリアー、賦形剤、アジュバントまたは希釈剤を含んでもよい。
本発明の別の側面において、本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドをコードする単離核酸を提供する。核酸は、配列番号５５、５６、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、または８８（図４）の１つの配列、あるいは遺伝暗号の結果として縮重しているコード配列を有してもよいし、あるいはこれらに少なくとも７０％、所望により、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の１つの同一性を有するヌクレオチド配列を有してもよい。
本発明の１つの側面において、本明細書記載の核酸を含むベクターを提供する。本発明の別の側面において、ベクターを含む宿主細胞を提供する。例えば、宿主細胞は、真核、または哺乳動物、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）、またはヒトであってもよく、あるいは原核細胞、例えば大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）であってもよい。本発明の１つの側面において、本明細書に記載するような抗体または抗原結合性断片またはポリペプチドを作製するための方法であって、抗体または抗原結合性断片またはポリペプチドをコードするベクターを発現するために適切な条件下で、本明細書に記載するような宿主細胞を培養し、そして抗体または抗原結合性断片またはポリペプチドを回収する工程を含む、前記方法を提供する。
本発明の別の側面において、療法または医学的治療法において使用するための抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを提供する。本発明の別の側面において、Ｔ細胞機能不全障害の治療において使用するための、本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを提供する。本発明の別の側面において、Ｔ細胞機能不全障害の治療において使用するための薬剤または薬学的組成物製造における、本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの使用を提供する。
本発明の別の側面において、Ｔ細胞機能を増進させる方法であって、本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを、機能不全Ｔ細胞に投与する工程を含む、前記方法を提供する。方法はｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで実行可能である。
本発明の別の側面において、Ｔ細胞機能不全障害を治療する方法であって、本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを、Ｔ細胞機能不全障害を患う患者に投与する工程を含む、前記方法を提供する。
本発明の別の側面において、被験体において免疫反応を調節する方法であって、被験体における免疫反応が調節されるように、本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを被験体に投与する工程を含む、前記方法を提供する。
本発明の別の側面において、被験体における腫瘍細胞の増殖を阻害する方法であって、本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの療法的有効量を被験体に投与する工程を含む、前記方法を提供する。
本発明の別の側面において、ＰＤ−１を含有するかまたは含有すると推測される試料を、本明細書に記載するような抗体または抗原結合性断片と接触させ、そして抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の複合体の形成を検出する工程を含む方法を提供する。
本発明の別の側面において、被験体における疾患または状態を診断する方法であって、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、被験体由来の試料を、本明細書に記載するような抗体または抗原結合性断片と接触させ、そして抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の複合体の形成を検出する工程を含む、前記方法を提供する。
本発明のさらなる側面において、ＰＤ−１ターゲティング化剤での治療のため、被験体を選択するかまたは層別化する方法であって、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、本発明記載の抗体または抗原結合性断片と、被験体由来の試料を接触させ、そして抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の複合体の形成を検出する工程を含む、前記方法を提供する。
本発明のさらなる側面において、ｉｎ ｖｉｔｒｏでＰＤ−１を検出するための本明細書に記載するような抗体または抗原結合性断片の使用を提供する。本発明の別の側面において、ｉｎ ｖｉｔｒｏ診断剤としての、本明細書に記載するような抗体または抗原結合性断片の使用を提供する。
本発明のさらなる側面において、Ｔ細胞を、本発明記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドと、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで接触させる、Ｔ細胞集団を拡大するための方法を提供する。
本発明のさらなる側面において、Ｔ細胞機能不全障害を有する被験体の治療法であって、Ｔ細胞集団を拡大させるように、本発明記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの存在下で、被験体由来の血液試料から得たＴ細胞を培養し、拡大されたＴ細胞を収集し、そして治療の必要がある被験体に投与する工程を含む、前記方法を提供する。
本発明の方法において、抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを、本明細書に記載するような組成物として提供してもよい。
いくつかの態様において、抗体は、本明細書に記載するような抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、またはＨ９であってもよい。
ここで、付随する図に言及しながら、本発明の原理を例示する態様および実験を論じる。
抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の軽鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の軽鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の軽鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の軽鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の軽鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の軽鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体Ａ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体Ａ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体Ａ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体Ａ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体Ａ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体Ａ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖可変ドメイン配列。ＣＤＲを下線で示し、そして別個に示す。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９の軽鎖および重鎖ＣＤＲ配列を示す表。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９の軽鎖および重鎖ＣＤＲ配列を示す表。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９の軽鎖および重鎖ＣＤＲ配列を示す表。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 抗ＰＤ−１抗体クローンＡ３、Ａ１０、最適化Ａ１０、Ｂ６、最適化Ｂ６、Ｃ４、最適化Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、最適化Ｈ４およびＨ９（ヒトＩｇＧ４）の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列のヌクレオチドおよびコードされるアミノ酸配列。 クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４およびＨ９、ならびにヒトＰＤ−１に対する対照抗体ニボルマブおよびラムブロリズマブの結合アフィニティ（ＫＤ、ｎＭ）を示す表。 抗ヒトＰＤ−１抗体Ａ３、Ａ１０、ニボルマブおよびラムブロリズマブの活性化Ｔ細胞に対する結合を示すチャート。 抗ヒトＰＤ−１抗体Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４およびＨ９、ニボルマブおよびラムブロリズマブの活性化Ｔ細胞に対する結合を示すチャート。 クローンＢ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４およびＨ９と、ヒトＰＤ−１、アカゲザルＰＤ−１およびヒトＣＴＬＡ−４の反応性を示すチャート。 抗体Ａ３、Ａ１０、ニボルマブ、ラムブロリズマブに対する反応における消耗Ｔ細胞の同種異系ＣＤ４＋ Ｔ細胞増殖を示すチャート。 抗体Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９、ニボルマブ、ラムブロリズマブに対する反応における消耗Ｔ細胞の同種異系ＣＤ４＋ Ｔ細胞増殖を示すチャート。 抗体Ａ３、Ａ１０、ニボルマブ、ラムブロリズマブに対する反応における消耗Ｔ細胞のＩＦＮγ分泌を示すチャート。 抗体Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９、ニボルマブ、ラムブロリズマブに対する反応における消耗Ｔ細胞のＩＦＮγ分泌を示すチャート。 ＥＬＩＳＡによって決定されるような、ニボルマブおよびラムブロリズマブと比較した、他のヒト（ｈ）またはネズミ（ｍ）ＣＤ２８ファミリーメンバーに勝る、ヒトおよびアカゲザルＰＤ−１に対する抗体Ａ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、Ｈ９の結合の特異性を示すチャート。 抗体Ａ１０コドン最適化、Ｂ６コドン最適化、Ｃ４コドン最適化、Ｈ４コドン最適化、ニボルマブ、ラムブロリズマブに対する反応における消耗Ｔ細胞の同種異系ＣＤ４＋ Ｔ細胞増殖を示すチャート。 抗体Ａ１０コドン最適化、Ｂ６コドン最適化、Ｃ４コドン最適化、Ｈ４コドン最適化、ニボルマブ、ラムブロリズマブに対する反応における消耗Ｔ細胞のＩＦＮγ分泌を示すチャート。 肺腫瘍浸潤リンパ球による消耗マーカーＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３およびＬＡＧ−３の発現を示すチャート。腫瘍中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋リンパ球のおよそ２/３がＰＤ−１を発現する。 （Ａ）抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での培養７日後（腫瘍解離組織の直接培養）、（Ｂ）抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での混合リンパ球反応後の、腫瘍浸潤リンパ球によるＩＦＮ−γの分泌を示すチャート。 （Ａ）抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での培養７日後（腫瘍解離組織の直接培養）、（Ｂ）抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での混合リンパ球反応後の、腫瘍浸潤リンパ球によるＩＦＮ−γの分泌を示すチャート。 抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下でのインフルエンザウイルス感染樹状細胞を伴うＰＢＭＣの培養後に分泌されるＩＦＮ−γを示すチャート。 肺腫瘍浸潤リンパ球による消耗マーカーＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ４の発現を示すチャート。腫瘍中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋リンパ球のおよそ２/３がＰＤ−１を発現する。 ３人の患者に関する、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での混合リンパ球反応後の腫瘍浸潤リンパ球によるＩＦＮ−γ分泌を示すチャート。（Ａ）患者１、（Ｂ）患者２、（Ｃ）患者３。２つ組または３つ組の平均±ＳＤを示す。 ３人の患者に関する、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での混合リンパ球反応後の腫瘍浸潤リンパ球によるＩＦＮ−γ分泌を示すチャート。（Ａ）患者１、（Ｂ）患者２、（Ｃ）患者３。２つ組または３つ組の平均±ＳＤを示す。 腎癌患者由来の（Ａ）腎腫瘍浸潤リンパ球および（Ｂ）血液循環リンパ球による消耗マーカーＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ４の発現を示すチャート。腫瘍中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋リンパ球のおよそ２/３がＰＤ−１を発現する一方、ＰＢＭＣリンパ球の大部分はＰＤ−１を発現しない。 腎癌患者由来の（Ａ）腎腫瘍浸潤リンパ球および（Ｂ）血液循環リンパ球による消耗マーカーＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ４の発現を示すチャート。腫瘍中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋リンパ球のおよそ２/３がＰＤ−１を発現する一方、ＰＢＭＣリンパ球の大部分はＰＤ−１を発現しない。 ３人の患者に関する、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での混合リンパ球反応後の腫瘍浸潤リンパ球によるＩＦＮ−γ分泌を示すチャート。（Ａ）患者１、（Ｂ）患者２、（Ｃ）患者３。２つ組または３つ組の平均±ＳＤを示す。 ３人の患者に関する、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での混合リンパ球反応後の腫瘍浸潤リンパ球によるＩＦＮ−γ分泌を示すチャート。（Ａ）患者１、（Ｂ）患者２、（Ｃ）患者３。２つ組または３つ組の平均±ＳＤを示す。 膀胱癌患者由来の（Ａ）膀胱腫瘍浸潤リンパ球および（Ｂ）血液循環リンパ球による消耗マーカーＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ４の発現を示すチャート。腫瘍浸潤リンパ球の大部分がＰＤ−１を発現する一方、ＰＢＭＣリンパ球の少数のみがＰＤ−１を発現する。 膀胱癌患者由来の（Ａ）膀胱腫瘍浸潤リンパ球および（Ｂ）血液循環リンパ球による消耗マーカーＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ４の発現を示すチャート。腫瘍浸潤リンパ球の大部分がＰＤ−１を発現する一方、ＰＢＭＣリンパ球の少数のみがＰＤ−１を発現する。 １人の患者に関する、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での混合リンパ球反応後の腫瘍浸潤リンパ球によるＩＦＮ−γ分泌を示すチャート。２つ組または３つ組の平均±ＳＤを示す。
抗体
本発明記載の抗体は、好ましくは、ＰＤ−１（抗原）、好ましくはヒトまたはアカゲザルＰＤ−１に、所望により０．１〜２ｎＭの範囲のＫＤで結合する。
本発明の任意の側面において、抗体は、好ましくは、ＣＤ２８ファミリーの他のメンバー（好ましくは同じ生物由来のもの）、例えばＴＩＭ−３（ＨＡＶＣＲ２）、ＬＡＧ３（ＣＤ２２３）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＣＴＬＡ４（ＣＤ１５２）、ＢＴＬＡ（ＣＤ２７２）またはＣＤ２８の１つまたはそれより多くまたは各々に、特異的に結合する。
本発明記載の抗体は、単離型で提供されてもよい。
本発明記載の抗体は、以下の特性の少なくとも１つを示してもよい：
ａ）１μＭまたはそれ未満、好ましくは≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦８００ｐＭ、≦７００ｐＭ、≦６００ｐＭ、≦５００ｐＭ、≦４００ｐＭ、≦３００ｐＭ、≦２００ｐＭまたは≦１００ｐＭの１つのＫＤで、ヒトＰＤ−１に結合する；
ｂ）ヒトＴＩＭ−３、ＬＡＧ３、ＩＣＯＳ、ＣＴＬＡ４、ＢＴＬＡまたはＣＤ２８に実質的に結合しない；
ｃ）混合リンパ球反応（ＭＬＲ）アッセイ（例えばＢｒｏｍｅｌｏｗら Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ， ２００１ Ｊａｎ １；２４７（１−２）：１−８を参照されたい）においてＴ細胞増殖を増加させる；
ｄ）ＭＬＲアッセイにおいてインターフェロン−ガンマ産生を増加させる；または
ｅ）ＭＬＲアッセイにおいてインターロイキン−２（ＩＬ−２）分泌を増加させる。
いくつかの態様において、抗体は、用量依存方式で、ＭＬＲアッセイにおいて、インターフェロン−ガンマ産生を増加させることが可能でありうる。いくつかの態様において、抗体は、消耗の１またはそれより多いマーカー、例えばＰＤ−１を発現するリンパ球によって、ＭＬＲアッセイにおいてインターフェロン−ガンマ産生を増加させることが可能でありうる。
「抗体」によって、本発明者らは、その断片または誘導体、あるいは合成抗体または合成抗体断片も含める。
モノクローナル抗体技術に関連した今日の技術を考慮すると、抗体は、大部分の抗原に対して調製可能である。抗原結合部分は、抗体の部分（例えばＦａｂ断片）または合成抗体断片（例えば一本鎖Ｆｖ断片［ＳｃＦｖ］）であってもよい。選択した抗原に対する適切なモノクローナル抗体は、既知の技術、例えば、“Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ａ ｍａｎｕａｌ ｏｆ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ”， Ｈ Ｚｏｌａ（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ， １９８８）に、そして“Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”， Ｊ Ｇ Ｒ Ｈｕｒｒｅｌｌ（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ， １９８２）に開示されるものによって調製可能である。キメラ抗体は、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら（１９８８， ８ｔｈ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｐａｒｔ ２， ７９２−７９９）によって論じられる。
モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、本発明の方法において有用であり、そして抗原上の単一のエピトープを特異的にターゲティングする抗体の均質な集団である。
ポリクローナル抗体は、本発明の方法において有用である。単一特異的ポリクローナル抗体が好ましい。当該技術分野に周知の方法を用いて、適切なポリクローナル抗体を調製してもよい。
ＦａｂおよびＦａｂ２断片などの、抗体の抗原結合性断片もまた用いて／提供してもよく、遺伝子操作した抗体および抗体断片もまた用いて／提供してもよい。抗体の可変重鎖（ＶＨ）および可変軽鎖（ＶＬ）ドメインは、抗原認識に関与し、この事実は、初期のプロテアーゼ消化実験によって最初に認識された。さらなる確認は、齧歯類抗体の「ヒト化」によって見出された。齧歯類起源の可変ドメインを、ヒト起源の定常ドメインに融合させて、生じる抗体が、齧歯類親抗体の抗原特異性を保持するようにしてもよい（Ｍｏｒｒｉｓｏｎら（１９８４） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８１， ６８５１−６８５５）。
抗原特異性は可変ドメインによって与えられ、そして定常ドメインからは独立であることは、すべて１またはそれより多くの可変ドメインを含有する抗体断片の細菌発現を伴う実験から知られる。これらの分子には、Ｆａｂ様分子（Ｂｅｔｔｅｒら（１９８８） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４０， １０４１）； Ｆｖ分子（Ｓｋｅｒｒａら（１９８８） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４０， １０３８）； ＶＨおよびＶＬパートナードメインが柔軟なオリゴペプチドを通じて連結される、一本鎖Ｆｖ（ＳｃＦｖ）分子（Ｂｉｒｄら（１９８８） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２， ４２３； Ｈｕｓｔｏｎら（１９８８） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８５， ５８７９）；ならびに単離Ｖドメインを含む単一ドメイン抗体（ｄＡｂ）（Ｗａｒｄら（１９８９） Ｎａｔｕｒｅ ３４１， ５４４）が含まれる。特異的結合部位を保持する抗体断片合成に関与する技術の一般的な概説は、Ｗｉｎｔｅｒ ＆ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９９１） Ｎａｔｕｒｅ ３４９， ２９３−２９９中に見出されるはずである。
「ＳｃＦｖ分子」によって、本発明者らは、ＶＨおよびＶＬパートナードメインが、例えば柔軟なオリゴペプチドによって、共有結合されている分子を意味する。
Ｆａｂ、Ｆｖ、ＳｃＦｖおよびｄＡｂ抗体断片は、すべて大腸菌において発現可能であり、そして大腸菌から分泌可能であり、したがって、多量の前記断片の容易な産生が可能になる。
全抗体、およびＦ（ａｂ’）２断片は「二価」である。「二価」によって、本発明者らは、前記抗体およびＦ（ａｂ’）２断片が２つの抗原結合部位を有することを意味する。対照的に、Ｆａｂ、Ｆｖ、ＳｃＦｖおよびｄＡｂ断片は一価であり、１つの抗原結合部位しか持たない。また、当該技術分野に周知であるようなファージディスプレイ技術を用いて、ＰＤ−１に結合する合成抗体を作製してもよい。
本出願はまた、ＰＤ−１に結合可能であり、そして二重特異性抗体または二重特異性抗原結合性断片である、抗体または抗原結合性断片も提供する。いくつかの態様において、二重特異性抗体または二重特異性抗原結合性断片は単離されていてもよい。
いくつかの態様において、二重特異性抗体および二重特異性抗原結合性断片は、本発明記載の抗原結合性断片またはポリペプチドを含む。いくつかの態様において、二重特異性抗体および二重特異性抗原結合性断片は、ＰＤ−１に結合可能な抗原結合性ドメインであって、ＰＤ−１に結合可能な抗原結合性ドメインが本発明記載の抗原結合性断片またはポリペプチドを含むかまたはこれらからなる、前記ドメインを含む。
いくつかの態様において、二重特異性抗体および二重特異性抗原結合性断片は、ＰＤ−１に結合可能な抗原結合性ドメイン、および別のターゲットタンパク質に結合可能な抗原結合性ドメインを含む。
別のターゲットタンパク質に結合可能な抗原結合性ドメインは、ＰＤ−１以外の別のタンパク質に結合可能であってもよい。いくつかの態様において、ターゲットタンパク質は、細胞表面受容体である。いくつかの態様において、ターゲットタンパク質は、免疫細胞、例えばＴ細胞の細胞表面上に発現される細胞表面受容体である。いくつかの態様において、ターゲットタンパク質は、ＣＤ２８ファミリーのメンバーであってもよい。いくつかの態様において、ターゲットタンパク質は、ＴＩＭ−３（ＨＡＶＣＲ２）、ＬＡＧ３（ＣＤ２２３）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＣＴＬＡ４（ＣＤ１５２）、ＢＴＬＡ（ＣＤ２７２）またはＣＤ２８などの、ＣＤ２８ファミリーのメンバーであってもよい。特定の態様において、ターゲットタンパク質は、ＣＴＬＡ４またはＬＡＧ３であってもよい。
いくつかの態様において、ＴＩＭ−３に対する抗原結合性ドメインは、例えば抗ＴＩＭ−３抗体クローンＦ３８−２Ｅ２（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、クローン２Ｅ２（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）、クローン６Ｂ６Ｅ２、クローン０２４（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）クローン３４４８０１（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、クローンＥ−１８、クローンＨ−１９１（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）またはクローン１３Ａ２２４（Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）のＣＤＲ、軽鎖および重鎖可変ドメインまたは他のＴＩＭ−３結合性断片を含んでもよい。いくつかの態様において、ＬＡＧ３の抗原結合性ドメインは、例えばＬＡＧ３抗体クローン１７Ｂ４（Ｅｎｚｏ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、クローン３３３２１０（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、またはクローン１４Ｌ６７６（Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）のＣＤＲ、軽鎖および重鎖可変ドメインまたは他のＬＡＧ３結合性断片を含んでもよい。いくつかの態様において、ＩＣＯＳの抗原結合性ドメインは、例えば抗ＩＣＯＳ抗体クローンＩＳＡ−３（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、クローンＳＰ９８（Ｎｏｖｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ）、クローン１Ｇ１、クローン３Ｇ４（Ａｂｎｏｖａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、クローン６６９２２２（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、クローンＴＱ０９（Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）、またはクローンＣ３９８．４Ａ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）のＣＤＲ、軽鎖および重鎖可変ドメインまたは他のＩＣＯＳ結合性断片を含んでもよい。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ４の抗原結合性ドメインは、例えば抗ＣＴＬＡ４抗体クローン２Ｆ１、クローン１Ｆ４（Ａｂｎｏｖａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、クローン９Ｈ１０（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）、クローンＢＮＵ３（ＧｅｎｅＴｅｘ）、クローン１Ｅ２、クローンＡＳ３２（ＬｉｆｅＳｐａｎ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）クローンＡ３．４Ｈ２．Ｈ１２（Ａｃｒｉｓ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）、クローン０６０（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）、クローンＢＵ５Ｇ３（Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）、クローンＭＩＨ８（ＭＢＬ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ）、クローンＡ３．６Ｂ１０．Ｇ１、またはクローンＬ３Ｄ１０（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）のＣＤＲ、軽鎖および重鎖可変ドメインまたは他のＣＴＬＡ４結合性断片を含んでもよい。いくつかの態様において、ＢＴＬＡの抗原結合性ドメインは、例えば抗ＢＴＬＡ抗体クローン１Ｂ７、クローン２Ｇ８、クローン４Ｃ５（Ａｂｎｏｖａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、クローン４Ｂ８（ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ−ｏｎｌｉｎｅ）、クローンＭＩＨ２６（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｉｅｒｃｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）、クローンＵＭＡＢ６１（ＯｒｉＧｅｎｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、クローン３３０１０４（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、クローン１Ｂ４（ＬｉｆｅＳｐａｎ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）、クローン４４０２０５、クローン５Ｅ７（Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）のＣＤＲ、軽鎖および重鎖可変ドメインまたは他のＢＴＬＡ結合性断片を含んでもよい。いくつかの態様において、ＣＤ２８の抗原結合性ドメインは、例えば抗ＣＤ２８抗体クローンＣＤ２８．６（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、クローンＣＤ２８．２、クローンＪＪ３１９（Ｎｏｖｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ）、クローン２０４．１２、クローンＢ−２３、クローン１０Ｆ３（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｉｅｒｃｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）、クローン３７４０７（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、クローン２０４−１２（Ａｂｎｏｖａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、クローン１５Ｅ８（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）、クローン２０４−１２、クローンＹＴＨ９１３．１２（ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃ）、クローンＢ−Ｔ３（Ａｃｒｉｓ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）、クローン９Ｈ６Ｅ２（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）、クローンＣ２８／７７（ＭｙＢｉｏＳｏｕｒｃｅ．ｃｏｍ）、クローンＫＯＬＴ−２（ＡＬＰＣＯ）、クローン１５２−２Ｅ１０（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、またはクローンＸＰＨ−５６（Ｃｒｅａｔｉｖｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）のＣＤＲ、軽鎖および重鎖可変ドメインまたは他のＣＤ２８結合性断片を含んでもよい。
本発明記載の二重特異性抗体の抗原結合性ドメインまたは二重特異性抗原結合性断片は、抗原に結合可能なポリペプチドの任意のドメインであってもよい。いくつかの態様において、抗原結合性ドメインは、ともに抗体の抗原結合性領域または抗原結合性断片を定義する少なくとも３つの軽鎖ＣＤＲ（すなわちＬＣ−ＣＤＲ１、ＬＣ−ＣＤＲ２およびＬＣ−ＣＤＲ３）および３つの重鎖ＣＤＲ（すなわちＨＣ−ＣＤＲ１、ＨＣ−ＣＤＲ２およびＨＣ−ＣＤＲ３）を含む。いくつかの態様において、抗原結合性ドメインは、抗体または抗原結合性断片の軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの態様において、抗原結合性ドメインは、抗体または抗原結合性断片の軽鎖ポリペプチドおよび重鎖ポリペプチドを含んでもよい。
本発明記載の二重特異性抗体および二重特異性抗原結合性断片は、任意の適切な形式、例えば本明細書にその全体が援用されるＫｏｎｔｅｒｍａｎｎ ＭＡｂｓ ２０１２， ４（２）： １８２−１９７に記載される形式で提供されてもよい。例えば、二重特異性抗体または二重特異性抗原結合性断片は、二重特異性抗体コンジュゲート（例えばＩｇＧ２、Ｆ（ａｂ’）２またはＣｏｖＸ−Ｂｏｄｙ）、二重特異性ＩｇＧまたはＩｇＧ様分子（例えばＩｇＧ、ｓｃＦｖ４−Ｉｇ、ＩｇＧ−ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ−ＩｇＧ、ＤＶＤ−Ｉｇ、ＩｇＧ−ｓＶＤ、ｓＶＤ−ＩｇＧ、２イン１−ＩｇＧ、ｍＡｂ２、またはＴａｎｄｅｍａｂ共通ＬＣ）、非対称二重特異性ＩｇＧまたはＩｇＧ様分子（例えばｋｉｈ ＩｇＧ、ｋｉｈ ＩｇＧ共通ＬＣ、ＣｒｏｓｓＭａｂ、ｋｉｈ ＩｇＧ−ｓｃＦａｂ、ｍＡｂ−Ｆｖ、電荷対（ｃｈａｒｇｅ ｐａｉｒ）またはＳＥＥＤ−ｂｏｄｙ）、小分子二重特異性抗体分子（例えばＤｉａｂｏｄｙ（Ｄｂ）、ｄｓＤｂ、ＤＡＲＴ、ｓｃＤｂ、ｔａｎｄＡｂｓ、タンデムｓｃＦｖ（ｔａＦｖ）、タンデムｄＡｂ／ＶＨＨ、三重ボディ、三重ヘッド、Ｆａｂ−ｓｃＦｖ、またはＦ（ａｂ’）２−ｓｃＦｖ２）、二重特異性ＦｃおよびＣＨ３融合タンパク質（例えばｔａＦｖ−Ｆｃ、Ｄｉ−ディアボディ、ｓｃＤｂ−ＣＨ３、ｓｃＦｖ−Ｆｃ−ｓｃＦｖ、ＨＣＡｂ−ＶＨＨ、ｓｃＦｖ−ｋｉｈ−Ｆｃ、またはｓｃＦｖ−ｋｉｈ−ＣＨ３）、または二重特異性融合タンパク質（例えばｓｃＦｖ２−アルブミン、ｓｃＤｂ−アルブミン、ｔａＦｖ−毒素、ＤＮＬ−Ｆａｂ３、ＤＮＬ−Ｆａｂ４−ＩｇＧ、ＤＮＬ−Ｆａｂ４−ＩｇＧ−サイトカイン２）であってもよい。特に、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ ＭＡｂｓ ２０１２， ４（２）： １８２−１９の図２を参照されたい。
当業者は、本発明記載の二重特異性抗体および二重特異性抗原結合性断片を設計し、そして調製することが可能でありうる。
二重特異性抗体を産生するための方法には、例えば還元可能ジスルフィドまたは還元不能チオエーテル結合を用いた、例えば本明細書にその全体が援用されるＳｅｇａｌおよびＢａｓｔ， ２００１． 二重特異性抗体の産生。 Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ． １４：ＩＶ：２．１３：２．１３．１−２．１３．１６に記載されるような、抗体または抗体断片の化学的架橋が含まれる。例えば、Ｎ−スクシニミジル−３−（−２−ピリジルジチオ）−プロピオネート（ＳＰＤＰ）を用いて、例えばＦａｂ断片をヒンジ領域ＳＨ基を通じて化学的に架橋して、ジスルフィド連結二重特異性Ｆ（ａｂ）２ヘテロ二量体を生成してもよい。
二重特異性抗体を産生するための他の方法には、抗体産生ハイブリドーマを、例えばポリエチレングリコールで融合させて、例えばＤ． Ｍ．およびＢａｓｔ， Ｂ． Ｊ． ２００１． 二重特異性抗体の産生。 Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ． １４：ＩＶ：２．１３：２．１３．１−２．１３．１６に記載されるような二重特異性抗体を分泌可能なクアドローマ細胞を産生することが含まれる。
本発明記載の二重特異性抗体および二重特異性抗原結合性断片はまた、組換え的に、例えばどちらも本明細書にその全内容が援用される、Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ， 第２版（Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ， ２０１２）， 第４０章： Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ｄｉａｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔａｎｄｅｍ ｓｃＦｖ（Ｈｏｒｎｉｇ ａｎｄ Ｆａｒｂｅｒ−Ｓｃｈｗａｒｚ）、または Ｆｒｅｎｃｈ， 二重特異性抗体作製法， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ． Ｍｅｄ． ２０００； ４０：３３３−３３９に記載されるような、抗原結合性分子のためのポリペプチドをコードする核酸構築物からの発現によって産生可能である。
例えば、２つの抗原結合性ドメインのための軽鎖および重鎖可変ドメイン（すなわちＰＤ−１に結合可能な抗原結合性ドメインのための軽鎖および重鎖可変ドメイン、ならびに別のターゲットタンパク質に結合可能な抗原結合性ドメインのための軽鎖および重鎖可変ドメイン）をコードし、そして抗原結合性ドメイン間に適切なリンカーまたは二量体化ドメインをコードする配列を含むＤＮＡ構築物を、分子クローニング技術によって調製してもよい。その後、組換え二重特異性抗体を、適切な宿主細胞（例えば哺乳動物宿主細胞）において構築物を発現させる（例えばｉｎ ｖｉｔｒｏ）ことによって産生してもよく、そして次いで、発現した組換え二重特異性抗体を所望により精製してもよい。
非修飾親抗体に比較して、抗原に対する抗体のアフィニティが改善されている修飾抗体を生成する、アフィニティ成熟プロセスによって抗体を産生してもよい。当該技術分野に知られる方法、例えばＭａｒｋｓら， Ｒｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９−７８３（１９９２）； Ｂａｒｂａｓら Ｐｒｏｃ Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９１：３８０９−３８１３（１９９４）； Ｓｃｈｉｅｒら Ｇｅｎｅ １６９：１４７−１５５（１９９５）； Ｙｅｌｔｏｎら Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １５５：１９９４−２００４（１９９５）； Ｊａｃｋｓｏｎら， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １５４（７）：３３１ ０−１５ ９（１９９５）；およびＨａｗｋｉｎｓら， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２２６：８８９−８９６（１９９２）によって、アフィニティ成熟抗体を産生してもよい。
本発明記載の抗体は、好ましくはＰＤ−１に対する特異的結合を示す。ターゲット分子に特異的に結合する抗体は、好ましくは、他のターゲットに結合するよりもより高いアフィニティで、および／またはより長い期間ターゲットに結合する。１つの態様において、非関連ターゲットに対する抗体の結合の度合いは、例えばＥＬＩＳＡによってまたはラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定されるような、ターゲットに対する抗体の結合の約１０％未満である。あるいは、結合特異性は、本発明の抗ＰＤ−１抗体が、別のターゲット分子、例えばＣＤ２８ファミリーの別のメンバーに対する抗体のＫＤよりも少なくとも０．１桁分（すなわち０．１ｘ１０ｎ、式中、ｎは桁を示す整数である）高いＫＤで、ＰＤ−１に結合する結合アフィニティの観点から、反映されうる。これは、所望により、少なくとも０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．５、または２．０の１つであってもよい。
本発明記載の抗体は、好ましくは、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭまたは≦１００ｐＭの１つの解離定数（ＫＤ）を有する。抗体のそのターゲットに対する結合アフィニティは、しばしば、解離定数（ＫＤ）の観点で記載される。結合アフィニティは、当該技術分野に知られる方法によって、例えば、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、または抗体のＦａｂ型および抗原分子で行う放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって、測定可能である。
本発明記載の抗体は、結合する抗原の生物学的活性を阻害するかまたは減少させる「アンタゴニスト」抗体であることも可能である。ＰＤ−１のブロッキングは、ＰＤ−１によって仲介される免疫阻害シグナル伝達経路を阻害することによって、Ｔ細胞機能の回復を補助する。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＡ３またはＡ３の変異体である。Ａ３は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＡ１０またはＡ１０の変異体である。Ａ１０は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＢ６またはＢ６の変異体である。Ｂ６は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＣ４またはＣ４の変異体である。Ｃ４は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＤ４またはＤ４の変異体である。Ｄ４は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＥ１またはＥ１の変異体である。Ｅ１は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＦ２またはＦ２の変異体である。Ｆ２は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＧ１またはＧ１の変異体である。Ｇ１は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＧ２またはＧ２の変異体である。Ｇ２は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＧ１０またはＧ１０の変異体である。Ｇ１０は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＨ４またはＨ４の変異体である。Ｈ４は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
いくつかの側面において、抗体は、クローンＨ９またはＨ９の変異体である。Ｈ９は、以下のＣＤＲ配列を含む：
ＣＤＲ配列はＫａｂａｔ定義によって決定される。
本発明記載の抗体は、Ａ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４、またはＨ９の１つのＣＤＲ、あるいは配列番号１および１３、２および１４、３および１５、４および１６、５および１７、６および１８、７および１９、８および２０、９および２１、１０および２２、１１および２３、または１２および２４の１つを含んでもよい。本発明記載の抗体において、６つのＣＤＲ配列の１つまたは２つまたは３つまたは４つは多様であってもよい。変異体は、６つのＣＤＲ配列の１つまたは２つにおいて、１つまたは２つのアミノ酸置換を有してもよい。
抗ＰＤ−１クローンのＶＨおよびＶＬ鎖のアミノ酸配列を図１および２に示す。コードヌクレオチド配列を図４に示す。
軽鎖および重鎖ＣＤＲはまた、いくつかの異なるフレームワーク領域と組み合わせて特に有用でありうる。したがって、ＬＣ−ＣＤＲ１−３またはＨＣ−ＣＤＲ１−３を有する軽鎖および／または重鎖は、代替フレームワーク領域を所持してもよい。適切なフレームワーク領域は、当該技術分野に周知であり、そして例えば、本明細書に援用されるＭ． Ｌｅｆｒａｎｃ ＆ Ｇ． Ｌｅｆｒａｎｃ （２００１） ”Ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ＦａｃｔｓＢｏｏｋ”， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓに記載される。
本明細書において、抗体は、それぞれ、配列番号１および１３、２および１４、３および１５、４および１６、５および１７、６および１８、７および１９、８および２０、９および２１、１０および２２、１１および２３、または１２および２４のＶＨおよび／またはＶＬアミノ酸配列の１またはそれより多く、あるいは図１および２に示すアミノ酸配列の１つに高い割合の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨおよび／またはＶＬ鎖を有してもよい。
例えば、本発明記載の抗体には、ＰＤ−１に結合し、そして配列番号１〜２４の１つのＶＨまたはＶＬ鎖アミノ酸配列に、あるいは図１および２に示すアミノ酸配列の１つに、少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の１つの配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、ＶＨまたはＶＬ鎖を有する抗体が含まれる。
本発明記載の抗体は、検出可能に標識されるか、または少なくとも検出可能であってもよい。例えば、抗体を、放射性原子または着色分子または蛍光分子または任意の他の方法で容易に検出可能な分子で標識してもよい。適切な検出可能分子には、蛍光タンパク質、ルシフェラーゼ、酵素基質、および放射標識が含まれる。結合部分を直接検出可能標識で標識してもよいし、または間接的に標識してもよい。例えば、結合部分は、それ自体標識されている別の抗体によって検出可能な、非標識抗体であってもよい。あるいは、第二の抗体が該抗体に結合したビオチンを有してもよく、そしてビオチンに対する標識ストレプトアビジンの結合を用いて、第一の抗体を間接的に標識する。
検出法
本明細書記載の抗体または抗原結合性断片を、ＰＤ−１に対する抗体または抗原結合性断片の結合を伴う方法で用いてもよい。こうした方法は、抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の結合した複合体の検出を伴うことも可能である。こうしたものとして、１つの態様において、ＰＤ−１を含有するかまたは含有すると推測される試料を、本明細書に記載するような抗体または抗原結合性断片と接触させ、そして抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の複合体の形成を検出する工程を含む方法を提供する。
サンドイッチアッセイ、例えばＥＬＩＳＡなどのイムノアッセイを含む適切な方法形式は、当該技術分野に周知である。該方法は、抗体または抗原結合性断片、またはＰＤ−１、あるいは両方を、検出可能標識、例えば蛍光、発光または放射標識で標識することを伴ってもよい。
この種の方法は、ＰＤ−１の検出およびまたは定量化を必要とする疾患または状態の診断法の基礎を提供しうる。こうした方法を、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、患者試料に対して、または患者試料のプロセシング後に行ってもよい。試料をひとたび収集したら、診断のｉｎ ｖｉｔｒｏ法が実行されるために、患者が居合わせる必要はなく、そしてしたがって、方法は、ヒトまたは動物の身体に対して行わないものであることも可能である。
こうした方法は、患者試料に存在するＰＤ−１の量を決定することを伴ってもよい。該方法は、診断に到達するプロセスの一部として、標準または参照値に対して、決定した量を比較する工程をさらに含んでもよい。他の診断試験を、本明細書に記載するものと組み合わせて用いて、診断または予後診断の正確さを増進するか、あるいは本明細書に記載する試験を用いることによって得られる結果を確認してもよい。
患者試料に存在するＰＤ−１のレベルは、患者が抗ＰＤ−１抗体での治療に反応しうることを示しうる。試料中の高レベルのＰＤ−１の存在を用いて、抗ＰＤ１抗体での治療のために患者を選択することも可能である。したがって、本発明の抗体を用いて、抗ＰＤ−１療法を用いた治療のための患者を選択することも可能である。
ＰＤ−１の試料における検出を、患者におけるＴ細胞機能不全障害または癌性状態の診断、癌性状態の素因の診断の目的のために、あるいは癌性状態の予後を提供する（予言する）ために、用いてもよい。診断または予後は、存在する（以前診断された）良性または悪性であってもよい癌性状態に関連することも可能であり、推測される癌性状態に関連することも可能であり、あるいは患者における癌性状態（以前未診断であってもよい）に関してスクリーニングすることに関連することも可能である。
１つの態様において、Ｔ細胞消耗の度合いおよび疾患状態の重症度を示すために、ＣＤ８＋ Ｔ細胞上のＰＤ−１発現レベルを検出してもよい。
任意の組織または体液から試料を採取してもよい。試料は：ある量の血液；フィブリン塊および血球を除去した後に得られる、血液の液体部分を含んでもよい、個体の血液由来のある量の血清；組織試料または生検；あるいは前記個体から単離された細胞を含んでもよいし、またはこれらに由来してもよい。
本発明記載の方法は、好ましくはｉｎ ｖｉｔｒｏで行われる。用語「ｉｎ ｖｉｔｒｏ」は、培養中の細胞を用いた実験を含むよう意図され、一方、用語「ｉｎ ｖｉｖｏ」は、損なわれていない（ｉｎｔａｃｔ）多細胞生物を用いた実験を含むよう意図される。
療法適用
本発明記載の抗体、抗原結合性断片およびポリペプチド、ならびにこうした剤を含む組成物を、医学的治療の方法において使用するために提供してもよい。治療を、治療を必要とする疾患または状態を有する被験体に提供してもよい。疾患または状態は、癌に関連するＴ細胞機能不全障害または癌、あるいは感染に関連するＴ細胞機能不全障害または感染を含む、Ｔ細胞機能不全障害の１つであってもよい。
Ｔ細胞機能不全障害は、正常Ｔ細胞機能が損なわれて、例えば外因性病原体、例えば微生物、細菌およびウイルスによる感染によって生じる、あるいはある型の癌におけるもの（例えば腫瘍関連抗原の型）などのある疾患状態にある宿主によって生成される、病原性抗原に対する被験体の免疫反応の下方制御を引き起こす疾患または状態であってもよい。
Ｔ細胞機能不全障害は、Ｔ細胞消耗またはＴ細胞アネルギーを含んでもよい。Ｔ細胞消耗は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞が、増殖できないか、または抗原刺激に反応してＴ細胞エフェクター機能、例えば細胞傷害性およびサイトカイン（例えばＩＦＮγ）分泌を発揮できない状態を含む。消耗Ｔ細胞はまた、ＰＤ−１の持続発現によって特徴付けられることも可能であり、この場合、ＰＤ−１：ＰＤ−Ｌ１相互作用の遮断はＴ細胞消耗を逆転させ、そして抗原特異的Ｔ細胞反応を回復させることも可能である。
Ｔ細胞機能不全障害は、感染として、または感染に対する有効な免疫反応を開始することが出来ない状態として現れることも可能である。感染は、慢性、持続性、不顕性または緩慢であってもよく、そして細菌、ウイルス、真菌または寄生虫感染の結果であってもよい。こうしたものとして、細菌、ウイルスまたは真菌感染を有する患者に、治療を提供してもよい。細菌感染の例には、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）での感染が含まれる。ウイルス感染の例には、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎またはＣ型肝炎での感染が含まれる。
Ｔ細胞機能不全障害は、癌、例えば腫瘍免疫エスケープと関連してもよい。多くのヒト腫瘍は、Ｔ細胞によって認識され、そして免疫反応を誘導可能な腫瘍関連抗原を発現する。しかし、免疫回避は一般的であり、そしてＰＤ−Ｌ１を含む多くの可溶性因子によって仲介されると考えられる。こうしたものとして、ＰＤ−１およびＰＤ−Ｌ１の相互作用のブロッキングは、腫瘍細胞に対するこの負の免疫制御シグナルを阻害し、そして腫瘍特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞免疫を増進させることも可能である。
Ｔ細胞機能不全障害、例えばＴ細胞消耗の徴候がないが、本発明記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの使用が、被験体がＰＤ−１シグナル伝達を抑制し、そして限定された障害、回避または腫瘍免疫エスケープの誘導を伴って、有効な免疫反応を開始することを可能にする場合、癌もまた、治療可能である。こうした治療において、抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドは、腫瘍免疫エスケープの発展の防止を伴う癌の治療を提供可能である。
治療は、Ｔ細胞機能不全障害の防止、例えば感染の防止、あるいは癌の発展または進行の防止を目的としてもよい。こうしたものとして、抗体、抗原結合性断片およびポリペプチドを用いて、薬学的組成物または薬剤を配合して、そして被験体を疾患状態の発展に対して予防的に治療してもよい。これは、疾患状態の症状の開始前に行ってもよく、そして／または感染または癌発展のリスクがより高いと見なされる被験体に対して行ってもよい。
治療は、ワクチン、例えばＴ細胞ワクチンとの併用療法を含んでもよく、これは、同時、別個または連続療法を伴ってもよいし、あるいは単一組成物中のワクチンおよび抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの組み合わせ投与であってもよい。この背景において、抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを、ワクチンに対するアジュバントとして提供してもよい。消耗Ｔ細胞の限定された増殖能は、Ｔ細胞免疫療法の失敗の主な理由とされてきており、そしてＴ細胞消耗をブロッキングするかまたは逆転させることが可能な剤の組み合わせは、Ｔ細胞免疫療法の有効性を改善するための潜在的な戦略である（Ｂａｒｂｅｒら， Ｎａｔｕｒｅ Ｖｏｌ ４３９， Ｎｏ．９ ｐ６８２−６８７ Ｆｅｂ ２００６）。
抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの投与は、好ましくは、「療法的有効量」であり、これは、個体に利益を示すために十分な量である。投与する実際の量、ならびに投与速度および時間経過は、治療する疾患の性質および重症度に応じるであろう。治療の処方、例えば投薬量の決定等は、開業医および他の医師の責任の範囲内であり、そして典型的には、治療しようとする障害、個々の患者の状態、送達部位、投与法、および医師に知られる他の要因が考慮されるであろう。上述の技術およびプロトコルの例は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， 第２０版， ２０００， Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ， Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ刊行に見出されうる。
薬学的に有用な組成物および薬剤の配合
本発明記載の抗体、抗原結合性断片およびポリペプチドは、臨床的使用のための薬学的組成物として配合可能であり、そして薬学的に許容されうるキャリアー、希釈剤、賦形剤またはアジュバントを含んでもよい。
本発明にしたがって、薬学的に有用な組成物の産生のためにも方法を提供し、こうした産生法は：本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを単離し；そして／または本発明に記載するような単離抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを、薬学的に許容されうるキャリアー、アジュバント、賦形剤または希釈剤と混合する工程より選択される１またはそれより多い工程を含んでもよい。
例えば、本発明のさらなる側面は、Ｔ細胞機能不全障害の治療において使用するための薬剤または薬学的組成物を配合するかまたは産生する方法であって、本明細書に記載するような抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを、薬学的に許容されうるキャリアー、アジュバント、賦形剤または希釈剤と混合することによって、薬学的組成物または薬剤を配合する工程を含む、前記方法に関する。
感染
感染は、いかなる感染または感染性疾患、例えば細菌、ウイルス、真菌、または寄生虫感染であってもよい。いくつかの態様において、慢性／持続性感染、例えばこうした感染がＴ細胞機能不全またはＴ細胞消耗に関連する場合の感染を治療することが特に望ましい可能性もある。
Ｔ細胞消耗が、多くの慢性感染（ウイルス、細菌および寄生虫感染を含む）中に、ならびに癌において（Ｗｈｅｒｒｙ Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｖｏｌ． １２， Ｎｏ．６， ｐ４９２−４９９， Ｊｕｎｅ ２０１１）生じるＴ細胞機能不全状態であることがよく確立されている。
感染または感染性疾患は、ＰＤ−１が上方制御されているものであってもよい（例えばＲａｄｚｉｅｗｉｃｚ Ｈら， Ｊ Ｖｉｒｏｌ． ２００７；８１（６）：２５４５−２５５３およびＧｏｌｄｅｎ−Ｍａｓｏｎ Ｌら， Ｊ Ｖｉｒｏｌ． ２００７；８１（１７）：９２４９−９２５８によって報告されるとおり）。
治療可能な細菌感染の例には、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）種、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｌｏｅｒａｅ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）種、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、エルウィナ属（Ｅｒｗｉｎａ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）種、ヘリコバクター・ピロリ、ミコバクテリア（例えば結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ））および緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）が含まれる。例えば、細菌感染は、敗血症または結核であってもよい。
Ｙａｏら（樹状細胞上のＰＤ−１は、細菌感染に対する生得的免疫を妨害する。 Ｂｌｏｏｄ １１３（２３）：５８１１−５８１８ Ｊｕｎ ４ ２００９）は、リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）による感染に対する生得的免疫反応中、ＤＣ機能の負の制御におけるＰＤ−１を確立した。Ｂｒａｈｍａｍｄａｍら（抗ＰＤ−１抗体の遅延された投与は、免疫機能不全を逆転させ、そして敗血症中の生存を改善する。 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｖｏ．８８， ｎｏ．２ ２３３−２４０， Ａｕｇｕｓｔ ２０１０）は、敗血症の２４時間後に投与された抗ＰＤ−１抗体が、リンパ球およびＤＣの敗血症誘導性枯渇を防止し、Ｂｃｌ−ｘＬを増加させ、アポトーシスをブロッキングし、そして生存を改善させることを報告した。Ｔｉｍ３：ガレクチン−９相互作用は、Ｔ細胞消耗を仲介し、そして結核菌による感染に対する生得的および獲得免疫反応を仲介すると報告されてきている（Ｊａｙａｒａｍａｎら， Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２０１２， １８８， ７０．６）。
治療可能なウイルス感染の例には、インフルエンザウイルス、麻疹ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、単純ヘルペスウイルスおよびヒトパピローマウイルスが含まれる。
慢性ウイルス感染、例えばＨＣＶ、ＨＢＶ、およびＨＩＶによって引き起こされるものは、一般的に、免疫クリアランスを逃れる機構を伴う。ＰＤ−１およびＴＩＭ−３の発現は、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）に対するＴ細胞反応欠損と相関すると同定されてきている（ＭｃＭａｈａｎら， Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ Ｖｏｌ． １２０， Ｎｏ． １２ ｐ４５４６−４５５７， Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２０１０）。ＭｃＭａｈａｎら（上記）は、ＨＣＶにおいて、ウイルス持続の発展に先だって、ＨＣＶ特異的ＣＴＬ上にＴＩＭ−３およびＰＤ−１の二重発現レベルがあり、予後情報を提供することを見出した。Ｂａｒｂｅｒら（Ｎａｔｕｒｅ Ｖｏｌ ４３９， Ｎｏ． ９ ｐ６８２−６８７ Ｆｅｂ ２００６）は、ＰＤ−１が慢性ウイルス感染中に上方制御されていると報告した。彼らは、ＬＣＭＶに感染したマウスにおいて、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１阻害経路の遮断が、ＣＤ８ Ｔ細胞に対して有益な効果を有し、これらの細胞が増殖を経て、サイトカインを分泌し、感染細胞を死滅させ、そしてウイルス負荷を減少させる能力を回復させると報告した。ＰＤ−１はまた、ＨＩＶ感染においても上方制御される（Ｓａｉｄら， Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｖｏｌ． １６， Ｎｏ．４ ｐ４５２−４６０ Ａｐｒｉｌ ２０１０）。慢性ウイルス感染の動物モデルにおいて、ＰＤ−１およびＰＤ−Ｌ１の間の相互作用をブロッキングすると、ウイルスクリアランスおよびＴ細胞機能の改善に寄与した（Ｓａｉｄら、上記）。
治療可能な真菌感染の例には、アルテルナリア属（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ）種、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）種、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）種およびヒストプラズマ属（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ）種による感染が含まれる。真菌感染は、真菌敗血症またはヒストプラズマ症であることも可能である。
Ｃｈａｎｇら（負の共刺激分子ＰＤ−１およびＣＴＬＡ−４の遮断は、原発性および続発性真菌敗血症において生存を改善する。 Ｃｒｉｔｉｃａｌ Ｃａｒｅ ２０１３， １７：Ｒ８５）は、抗ＰＤ１抗体が原発性および続発性真菌敗血症において生存を改善する際に非常に有効であると報告した。Ｌａｚａｒ−Ｍｏｌｎａｒら（ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ共刺激経路は、病原性真菌ヒストプラズマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）に対する宿主耐性に決定的な影響を及ぼす ＰＮＡＳ ｖｏｌ． １０５， ｎｏ．７， ｐ２６５８−２６６３， １９ Ｆｅｂ ２００８）は、抗ＰＤ−１抗体がヒストプラズマ・カプスラーツムに感染したマウスの生存を有意に増加させることを報告した。こうしたものとして、真菌感染を仲介する際のＴ細胞消耗の重要性がよく確立されている。治療可能な寄生虫感染の例には、プラスモジウム属種（例えば熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、ネズミマラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｙｏｅｌｉ）、卵形マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｏｖａｌｅ）、三日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｖｉｖａｘ）、またはプラスモジウム・シャバウディ・シャバウディ（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｃｈａｂａｕｄｉ ｃｈａｂａｕｄｉ））による感染が含まれる。寄生虫感染は、例えばマラリア、リーシュマニア症およびトキソプラズマ症であってもよい。
ヒトが熱帯熱マラリア原虫に感染すると、ＰＤ−１のより高い発現が生じ、そしてマウスではＴ細胞消耗が生じることが示されてきている（Ｂｕｔｌｅｒら， Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｖｏｌ．１３， Ｎｏ．１２， ｐ １８８−１９５ ２０１２年２月）。抗ＰＤ−Ｌ１および抗ＬＡＧ−３モノクローナル抗体を用いてｉｎ ｖｉｖｏでＰＤ−Ｌ１およびＬＡＧ−３を遮断すると、マウスにおいて、ＣＤ４＋ Ｔ細胞機能の回復、いくつかの濾胞ヘルパーＴ細胞、胚中心Ｂ細胞および形質芽細胞の増幅、防御抗体の増進および血液段階マラリアの迅速な一掃に寄与した。これはまた、慢性感染の発展も遮断することも示された（Ｂｕｔｌｅｒら、上記）。
癌
癌は、任意の望ましくない細胞増殖（または望ましくない細胞増殖によって現れる任意の疾患）、新生物または腫瘍、あるいは望ましくない細胞増殖、新生物または腫瘍に対するリスクまたは素因の増加であることも可能である。癌は、良性または悪性であってもよく、そして原発性または続発性（転移性）であってもよい。新生物または腫瘍は、細胞の任意の異常な成長または増殖であってもよく、そして任意の組織に位置していてもよい。組織の例には、副腎、副腎髄質、肛門、虫垂、膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、盲腸、中枢神経系（脳を含むまたは除く）、小脳、子宮頸部、結腸、十二指腸、子宮内膜、上皮細胞（例えば腎上皮）、胆嚢、食道、グリア細胞、心臓、回腸、空腸、腎臓、涙腺、喉頭、肝臓、肺、リンパ、リンパ節、リンパ芽球、上顎骨、縦隔、腸間膜、子宮筋、上咽頭、網（ｏｍｅｎｔｕｍｅ）、口腔、卵巣、膵臓、耳下腺、末梢神経系、腹膜、胸膜、前立腺、唾液腺、Ｓ状結腸、皮膚、小腸、柔組織、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、舌、扁桃腺、気管、子宮、外陰部、白血球が含まれる。
治療されうる腫瘍は、神経系または非神経系腫瘍であってもよい。神経系腫瘍は、中枢または末梢神経系のいずれから生じてもよく、例えば神経膠腫、髄芽腫、髄膜腫、神経線維腫、上衣腫、シュワン腫、神経線維肉腫、星状細胞腫および乏突起神経膠腫であってもよい。非神経系癌／腫瘍は、任意の他の非神経組織で生じてもよく、例には、黒色腫、中皮腫、リンパ腫、骨髄腫、白血病、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、ホジキンリンパ腫、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、肝細胞腫、類表皮癌、前立腺癌、乳癌、肺癌、結腸癌、卵巣癌、膵臓癌、胸腺癌、ＮＳＣＬＣ、血液学的癌および肉腫が含まれる。
いくつかの態様において、癌は、肺癌、腎臓癌および膀胱癌の１またはそれより多くである。
養子Ｔ細胞移入療法
養子Ｔ細胞移入療法は、一般的に、典型的には血液試料を抜き取り、そこから白血球を分離し、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで拡大し、そして同じ被験体または異なる被験体のいずれかに戻すことによって、白血球が被験体から除去されるプロセスを指す。治療は、典型的には、被験体において必要とされるＴ細胞集団の活性型の量／濃度を増加させることを目的とする。こうした治療は、Ｔ細胞消耗を経験している被験体において有益でありうる。
Ｔ細胞消耗機構を遮断するかまたは逆転させることが可能な抗体は、Ｔ細胞活性を増進させ、そしてＴ細胞拡大を促進する手段を提供する。
したがって、本発明のさらなる側面において、Ｔ細胞を、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで、本発明記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドと接触させる、Ｔ細胞集団を拡大するための方法を提供する。
該方法は、所望により、以下の工程：被験体から血液試料を採取する工程；血液試料からＴ細胞を単離する工程；ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏ細胞培養中でＴ細胞を培養し（ここで該細胞を抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドと接触させてもよい）、Ｔ細胞の拡大集団を収集する工程；Ｔ細胞をアジュバント、希釈剤、またはキャリアーと混合する工程；拡大Ｔ細胞を被験体に投与する工程の１またはそれより多くを含んでもよい。
したがって、本発明のいくつかの側面において、Ｔ細胞機能不全障害を有する被験体の治療法であって、治療が必要な被験体から血液試料を得て、Ｔ細胞集団が拡大されるように、本発明記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの存在下で、血液試料から得たＴ細胞を培養し、拡大されたＴ細胞を収集し、そして拡大されたＴ細胞を、治療が必要な被験体に投与する工程を含む、前記治療法を提供する。
治療が必要な被験体からＴ細胞を得てもよく、そして単離し、そして／または精製してもよい。これらはＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋ Ｔ細胞集団であってもよい。Ｔ細胞は、Ｔ細胞消耗を経験している集団に相当してもよく、そして所望によりＰＤ−１の上方制御された発現を有してもよい。
培養中、Ｔ細胞が望ましい細胞数に拡大することを可能にする条件下で、そしてそれに適した期間、Ｔ細胞を、抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドと接触させてもよい。適切な期間の後、Ｔ細胞を採取し、所望により濃縮してもよく、そして適切なキャリアー、アジュバントまたは希釈剤と混合し、そして被験体の体内に戻してもよい。被験体は、こうした療法の１またはそれより多い周期を経てもよい。
Ｔ細胞拡大法は、当該技術分野に周知であり、例えばＫａｌａｍａｓｚら， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ２００４ Ｓｅｐ−Ｏｃｔ； ２７（５）：４０５−１８； Ｍｏｎｔｅｓら， Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２００５ Ｎｏｖ；１４２（２）：２９２−３０２； ＷｏｅｌｆｌおよびＧｒｅｅｎｂｕｒｇ Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ９ ｐ９５０−９６６ ２７ Ｍａｒｃｈ ２０１４； ＴｒｉｃｋｅｔｔおよびＫｗａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｖｏｌ． ２７５， Ｉｓｓｕｅｓ １−２， １ Ａｐｒｉｌ ２００３， ｐ２５１−２５５； Ｂｕｔｌｅｒら ＰＬｏＳＯＮＥ ７（１） １２ Ｊａｎ ２０１２に記載されるものがある。
同時または連続投与
治療しようとする状態に応じて、組成物を単独で、あるいは他の治療と組み合わせて、同時にまたは連続して投与してもよい。
本明細書において、本発明の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチド、および抗感染剤または化学療法剤（療法剤）を同時にまたは連続して投与してもよい。
いくつかの態様において、本発明の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドでの治療には、化学療法が付随してもよい。
同時投与は、抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドおよび療法剤の一緒の投与、例えば両方の剤を含有する薬学的組成物（組み合わせ調製物）、あるいは互いの直後の、そして所望により同じ投与経路を通じた、例えば同じ動脈、静脈または他の血管への投与を指す。
連続投与は、抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドまたは療法剤の１つの投与に続く、所定の時間間隔後の他の剤の別個の投与を指す。２つの剤が同じ経路で投与される必要はないが、いくつかの態様ではこれに当てはまる。時間間隔は、任意の時間間隔であってもよい。
抗感染剤
感染治療において、本発明の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを、上述のように、抗感染剤と組み合わせて投与してもよい。抗感染剤は、感染の原因となる微生物またはウイルスに対する作用を有することが知られる剤であってもよい。
適切な抗感染剤には、抗生物質（例えばペニシリン、セファロスポリン、リファマイシン、リピアルマイシン、キノロン、スルホンアミド、マクロライド、リンコサミド、テトラサイクリン、環状リポペプチド、グリシルサイクリン、オキサゾリジノン、およびリピアルマイシン）、抗ウイルス剤（例えば逆転写酵素阻害剤、インテグラーゼ阻害剤、転写因子阻害剤、アンチセンスおよびｓｉＲＮＡ剤およびプロテアーゼ阻害剤）、抗真菌剤（例えばポリエン、イミジアゾール、トリアゾール、チアゾール、アリルアミン、およびエキノキャンディン）、および抗寄生虫剤（例えば抗線虫剤、抗条虫剤、抗吸虫剤、抗アメーバ剤および抗原生動物剤）が含まれる。
化学療法
化学療法は、薬剤または電離放射線（例えばＸ線またはγ線を用いた放射療法）での癌の治療を指す。好ましい態様において、化学療法は、薬剤での治療を指す。薬剤は、化学実体、例えば小分子薬剤、抗生物質、ＤＮＡ挿入剤、タンパク質阻害剤（例えばキナーゼ阻害剤）、あるいは生物学的剤、例えば抗体、抗体断片、核酸またはペプチドアプタマー、核酸（例えばＤＮＡ、ＲＮＡ）、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質であってもよい。薬剤を、薬学的組成物または薬剤として配合してもよい。配合物は、１またはそれより多い薬剤（例えば１またはそれより多い活性剤）を１またはそれより多い薬学的に許容されうる希釈剤、賦形剤またはキャリアーと一緒に含んでもよい。
治療は、１より多い薬剤の投与を伴ってもよい。治療しようとする状態に応じて、薬剤は、単独で、あるいは他の治療と組み合わせて同時にまたは連続して投与されてもよい。例えば、化学療法は、２つの薬剤の投与を伴う併用療法であってもよく、これらの１つまたはそれより多くが、癌を治療するよう意図されてもよい。
化学療法は、１またはそれより多い投与経路、例えば非経口、静脈内注射、経口、皮下、皮内または腫瘍内経路によって投与されてもよい。
化学療法は治療措置にしたがって投与されてもよい。治療措置は、医者または医師によって準備されることが可能であり、そして治療を必要とする患者に合わせてあつらえることも可能である、化学療法投与のあらかじめ決定されたタイムテーブル、計画、スキームまたはスケジュールであってもよい。
治療措置は：患者に投与する化学療法のタイプ；各薬剤または放射線の用量；投与間の時間間隔；各治療の長さ；あるとすれば任意の治療休止日の数および性質等の１またはそれより多くを指してもよい。併用療法に関して、各薬剤をどのように投与するかを示す単一の治療措置を提供してもよい。
化学療法薬剤および生物製剤は以下から選択してもよい：
・アルキル化剤、例えばシスプラチン、カルボプラチン、メクロレタミン、シクロホスファミド、クロラムブシル、イホスファミド；
・プリンまたはピリミジン代謝拮抗剤、例えばアザチオプリンまたはメルカプトプリン；
・アルカロイドおよびテルペノイド、例えばビンカアルカロイド（例えばビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、ビンデシン）、ポドフィロトキシン、エトポシド、テニポシド、タキサン、例えばパクリタキセル（タキソールＴＭ）、ドセタキセル；
・トポイソメラーゼ阻害剤、例えばＩ型トポイソメラーゼ阻害剤、カンプトテシン、イリノテカンおよびトポテカン、またはＩＩ型トポイソメラーゼ阻害剤、アムサクリン、エトポシド、リン酸エトポシド、テニポシド；
・抗腫瘍抗生物質（例えばアントラサイクリン抗生物質）、例えばダクチノマイシン、ドキソルビシン（アドリアマイシンＴＭ）、エピルビシン、ブレオマイシン、ラパマイシン；
・抗体に基づく剤、例えば抗ＴＩＭ−３抗体、抗ＣＴＬＡ−４、抗ＬＡＧ−３、抗４−１ＢＢ、抗ＧＩＴＲ、抗ＣＤ２７、抗ＢＬＴＡ、抗ＯＸ４０、抗ＶＥＧＦ、抗ＴＮＦα、抗ＩＬ−２、抗ＧｐＩＩｂ／ＩＩＩａ、抗ＣＤ５２、抗ＣＤ２０、抗ＲＳＶ、抗ＨＥＲ２／ｎｅｕ（ｅｒｂＢ２）、抗ＴＮＦ受容体、抗ＥＧＦＲ抗体、モノクローナル抗体または抗体断片、例には：セツキシマブ、パニツムマブ、インフリキシマブ、バシリキシマブ、ベバシズマブ（アバスチン（登録商標））、アブシキシマブ、ダクリズマブ、ゲムツズマブ、アレムツズマブ、リツキシマブ（マブテラ（登録商標））、パリビズマブ、トラスツズマブ、エタネルセプト、アダリムマブ、ニモツズマブが含まれる
・ＥＧＦＲ阻害剤、例えばエルロチニブ、セツキシマブおよびゲフィチニブ
・抗血管新生剤、例えばベバシズマブ（アバスチン（登録商標））
・癌ワクチン、例えばシプルーセル−Ｔ（プロベンジ（登録商標））。
１つの態様において、化学療法剤は、抗ＴＩＭ−３抗体、抗ＣＴＬＡ−４、抗ＬＡＧ３、抗４１ＢＢ、抗ＧＩＴＲ、抗ＣＤ２７、抗ＢＬＴＡ、抗ＯＸ４０、抗ＶＥＧＦ、抗ＴＮＦα、抗ＩＬ２、抗ＧｐＩＩｂ／ＩＩＩａ、抗ＣＤ５２、抗ＣＤ２０、抗ＲＳＶ、抗ＨＥＲ２／ｎｅｕ（ｅｒｂＢ２）、抗ＴＮＦ受容体、抗ＥＧＦＲまたは他の抗体である。いくつかの態様において、化学療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤または共刺激分子である。
さらなる化学療法薬剤は:１３−シス−レチノイン酸、２−クロロデオキシアデノシン、５−アザシチジン５−フルオロウラシル、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、アブラキサン、アキュタン（登録商標）、アクチノマイシン−Ｄ、アドリアマイシン（登録商標）、アドルシル（登録商標）、アフィニトール（登録商標）、アグリリン（登録商標）、Ａｌａ−コート（登録商標）、アルデスロイキン、アレムツズマブ、ＡＬＩＭＴＡ、アリトレチノイン、アルカバン−ＡＱ（登録商標）、アルケラン（登録商標）、オールトランスレチノイン酸、アルファインターフェロン、アルトレタミン、アメトプテリン、アミフォスチン、アミノグルテチミド、アナグレリド、アナンドロン（登録商標）、アナストロゾール、アラビノシルシトシン、アラネスプ（登録商標）、アレジア（登録商標）、アリミデックス（登録商標）、アロマシン（登録商標）、アラノン（登録商標）、亜ヒ酸、アスパラギナーゼ、ＡＴＲＡ アバスチン（登録商標）、アザシチジン、ＢＣＧ、ＢＣＮＵ、ベンダムスチン、ベバシズマス、ベキサロテン、ＢＥＸＸＡＲ（登録商標）、ビカルタミド、ＢｉＣＮＵ、ブレノキサン（登録商標）、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、ブスルファン、ブスルフェックス（登録商標）、カルシウムロイコボリン、カンパス（登録商標）、カンプトサル（登録商標）、カンプトテシン−１１、カペシタビン、カラックＴＭ、カルボプラチン、カルムスチン、カソデックス（登録商標）、ＣＣ−５０１３、ＣＣＩ−７７９、ＣＣＮＵ、ＣＤＤＰ、ＣｅｅＮＵ、セルビジン（登録商標）、セツキシマブ、クロラムブシル、シスプラチン、シトロボルム因子、クラドリビン、コルチゾン、コスメゲン（登録商標）、ＣＰＴ−１１、シクロホスファミド、シタドレン（登録商標）、シタラビン シトサール−Ｕ（登録商標）、シトキサン（登録商標）、ダコゲン、ダクチノマイシン、ダルベポエチンアルファ、ダサチニブ、ダウノマイシン、ダウノルビシン、ダウノルビシン塩酸、ダウノルビシン・リポソーマル、ダウノキソーム（登録商標）、デカドロン、デシタビン、デルタ−コルテフ（登録商標）、デルタゾン（登録商標）、デニロイキン、ディフチトックス、デポシトＴＭ、デキサメタゾン、酢酸デキサメタゾン、リン酸デキサメタゾンナトリウム、デキサゾン、デクスラゾキサン、ＤＨＡＤ、ＤＩＣ、ジオデックス、ドセタキセル、ドキシル（登録商標）、ドキソルビシン、ドキソルビシン・リポソーマル、ドロキシアＴＭ、ＤＴＩＣ、ＤＴＩＣ−Ｄｏｍｅ（登録商標）、デュラロン（登録商標）、エリガードＴＭ、エレンスＴＭ、エロキサチンＴＭ、エルスパー（登録商標）、エンシット（登録商標）、エピルビシン、エポエチンアルファ、エルビタックス、エルロチニブ、エルウィニアＬ−アスパラギナーゼ、エストラムスチン、エチオールエトポフォス（登録商標）、エトポシド、リン酸エトポシド、ユーレキシン（登録商標）、エベロリムス、エビスタ（登録商標）、エキセメスタン、ファスロデックス（登録商標）、フェマラ（登録商標）、フィルグラスチム、フロクスウリジン、フルダラ（登録商標）、フルダラビン、フルオロプレックス（登録商標）、フルオロウラシル、フロキシメステロン、フルタミド、フォリン酸、ＦＵＤＲ（登録商標）、フルベストラント、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゲムツヅマブ・オゾガマイシン、グリーベックＴＭ、グリアデル（登録商標）ウェーハ、ゴセレリン、顆粒球コロニー刺激因子、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ハーセプチン（登録商標）、ヘキサドロール、ヘキサレン（登録商標）、ヘキサメチルメラミン、ＨＭＭ、ヒカムチン（登録商標）、ヒドレア（登録商標）、酢酸ヒドロコルト（登録商標）、ヒドロコルチゾン、リン酸ヒドロコルチゾンナトリウム、コハク酸ヒドロコルチゾンナトリウム、リン酸ヒドロコルトン、ヒドロキシ尿素、イブリツモマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、イダマイシン（登録商標）、イダルビシン、イフェックス（登録商標）、ＩＦＮ−アルファ、イホスファミド、ＩＬ−１１、ＩＬ−２、メシル酸イマチニブ、イミダゾールカルボキサミド、インターフェロンアルファ、インターフェロンアルファ−２ｂ（ＰＥＧコンジュゲート）、インターロイキン−２、インターロイキン−１１、イントロンＡ（登録商標）（インターフェロンアルファ−２ｂ）、イレッサ（登録商標）、イリノテカン、イソトレチノイン、イキサベピロン、イキセンプラＴＭ、キドロラーゼ、ラナコート（登録商標）、ラパチニブ、Ｌ−アスパラギナーゼ、ＬＣＲ、レナリドミド、レトロゾール、ロイコボリン、ロイケラン、ロイカインＴＭ、リュープロリド、リューロクリスチン、リュースタチンＴＭ、リポソーマルＡｒａ−Ｃ、液体プレド（登録商標）、ロムスチン、Ｌ−ＰＡＭ、Ｌ−サルコリシン、リュプロン（登録商標）、リュプロンデポ（登録商標）、マツラン（登録商標）、マキシデックス、メクロレタミン、メクロレタミン塩酸、メドラロン（登録商標）、メドロール（登録商標）、メゲース（登録商標）、メゲストロール、酢酸メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、メスナ、メスネックスＴＭ、メトトレキセート、メトトレキセートナトリウム、メチルプレドニゾロン、メチコルテン（登録商標）、マイトマイシン、マイトマイシン−Ｃ、ミトキサントロン、Ｍ−プレドニゾール（登録商標）、ＭＴＣ、ＭＴＸ、ムスターゲン（登録商標）、ムスチン、ムタマイシン（登録商標）、ミレラン（登録商標）、ミロセルＴＭ、ミロターグ（登録商標）、ナベルビン（登録商標）、ネララビン、ネオサール（登録商標）、ニューラスタＴＭ、ニューメガ（登録商標）、ニューポゲン（登録商標）、ネキサバール（登録商標）、ニランドロン（登録商標）、ニルタミド、ニペント（登録商標）、ナイトロジェンマスタード、ノバルデックス（登録商標）、ノバントロン（登録商標）、オクトレオチド、酢酸オクトレオチド、オンコスパー（登録商標）、オンコビン（登録商標）、オンタック（登録商標）、オンキサルＴＭ、オプレベルキン、オラプレッド（登録商標）、オラゾン（登録商標）、オキサリプラチン、パクリタキセル、パクリタキセルタンパク質結合型、パミドロネート、パニツムマブ、パンレチン（登録商標）、パラプラチン（登録商標）、ペディアプレド（登録商標）、ＰＥＧインターフェロン、ペガスパルガーゼ、ペグフィルグラスティム、ＰＥＧ−イントロンＴＭ、ＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ、ＰＥＭＥＴＲＥＸＥＤ、ペントスタチン、フェニルアラニンマスタード、プラチノール（登録商標）、プラチノール−ＡＱ（登録商標）、プレドニゾロン、プレドニゾン、プレロン（登録商標）、プロカルバジン、ＰＲＯＣＲＩＴ（登録商標）、プロロイキン（登録商標）、カルムスチンインプラントプリネトール（登録商標）を含むプロリフプロスパン２０、ラロキシフェン、レブリミド（登録商標）、リューマトレックス（登録商標）、リツキサン（登録商標）、リツキシマブ、ロフェロン−Ａ（登録商標）（インターフェロンアルファ−２ａ）、リューベックス（登録商標）、ルビドマイシン塩酸、サンドスタチン（登録商標）、サンドスタチンＬＡＲ（登録商標）、サルグラモスチン、ソリュ−コルテフ（登録商標）、ソリュ−メドロール（登録商標）、ソラフェニブ、ＳＰＲＹＣＥＬＴＭ、ＳＴＩ−５７１、ストレプトゾシン、ＳＵ１１２４８、スニチニブ、スーテント（登録商標）、タモキシフェン、タルセバ（登録商標）、タルグレチン（登録商標）、タキソール（登録商標）、タキソテール（登録商標）、テモダール（登録商標）、テモゾロミド、テムシロリムス、テニポシド、ＴＥＳＰＡ、サリドマイド、タロミド（登録商標）、テラシス（登録商標）、チオグアニン、チオグアニンタブロイド（登録商標）、チオホスホアミド、チオプレックス（登録商標）、チオテパ、ＴＩＣＥ（登録商標）、トポサール（登録商標）、トポテカン、トレミフェン、トリセル（登録商標）、トシツモマブ、トラスツズマブ、トレアンダ（登録商標）、トレチノイン、トレキサールＴＭ、トリセノックス（登録商標）、ＴＳＰＡ、ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＶＣＲ、ベシチビックスＴＭ、ベルバン（登録商標）、ベルケード（登録商標）、ベペシド（登録商標）、ベサノイド（登録商標）、ビアデュルＴＭ、ビダザ（登録商標）、ビンブラスチン、硫酸ビンブラスチン、ビンカサールＰｆｓ（登録商標）、ビンクリスチン、ビノレルビン、酒石酸ビノレルビン、ＶＬＢ、ＶＭ−２６、ボリノスタット、ＶＰ−１６、ヴモン（登録商標）、キセロダ（登録商標）、ザノサール（登録商標）、ゼバリンＴＭ、ジネカード（登録商標）、ゾラデックス（登録商標）、ゾレドロン酸、ゾリンザ、ゾメタ（登録商標）より選択されてもよい。
投与経路
本発明の側面にしたがった抗体、抗原結合性断片、ポリペプチドおよび他の療法剤、薬剤および薬学的組成物を、限定されるわけではないが、非経口、静脈内、動脈内、筋内、皮下、皮内、腫瘍内および経口を含む、いくつかの経路による投与のために配合してもよい。抗体、抗原結合性断片、ポリペプチドおよび他の療法剤は、液体または固体型で配合可能である。ヒトまたは動物の体の選択した領域への注射による投与のため、液体配合物を配合してもよい。
投薬措置
抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの多数回の用量を提供してもよい。用量の１つまたはそれより多くまたは各々には、別の療法剤の同時または連続投与が付随していてもよい。
多数回用量は、あらかじめ決定した時間間隔によって分かれていてもよく、これは１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１日、あるいは１、２、３、４、５または６ヶ月であってもよい。例えば、用量を、７、１４、２１または２８日ごとに１回投与してもよい（プラスまたはマイナス３、２、または１日）。
キット
本発明のいくつかの側面において、部分のキットを提供する。いくつかの態様において、キットは、あらかじめ決定された量の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを有する少なくとも１つの容器を有してもよい。キットは、薬剤または薬学的組成物の形で、抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを提供してもよく、そして明記する疾患または状態を治療するため、患者に投与するための使用説明書とともに提供されてもよい。抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを、腫瘍へのまたは血液への注射または注入に適切であるように配合してもよい。
いくつかの態様において、キットはさらに、あらかじめ決定した量の別の療法剤（例えば抗感染剤または化学療法剤）を有する少なくとも１つの容器を含んでもよい。こうした態様において、キットはまた、２つの薬剤または薬学的組成物が特定の疾患または状態に対する組み合わせ治療を提供するように、これらを同時にまたは別個に投与可能であるように、第二の薬剤または薬学的組成物も含んでもよい。療法剤はまた、腫瘍または血液への注射または注入に適切であるように配合してもよい。
被験体
治療しようとする被験体は、任意の動物またはヒトであってもよい。被験体は好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。被験体は、非ヒト哺乳動物であってもよいが、より好ましくはヒトである。被験体は男性または女性であってもよい。被験体は患者であってもよい。被験体は治療が必要な疾患または状態を有すると診断されていてもよいし、あるいはこうした疾患または状態を有すると推測されていてもよい。
タンパク質発現
細胞において本発明記載のポリペプチドを産生するために適した分子生物学技術は、当該技術分野に周知であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， ニューヨーク：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ， １９８９に示されるものがある。
ポリペプチドはヌクレオチド配列から発現されてもよい。ヌクレオチド配列は、細胞中に存在するベクターに含有されてもよいし、または細胞のゲノム内に取り込まれていてもよい。
「ベクター」は、本明細書において、細胞内に外因性遺伝物質をトランスファーするためのビヒクルとして用いられるオリゴヌクレオチド分子（ＤＮＡまたはＲＮＡ）である。ベクターは、細胞において、遺伝物質を発現させるための発現ベクターであることも可能である。こうしたベクターには、発現しようとする遺伝子配列をコードするヌクレオチド配列に機能可能であるように連結されたプロモーター配列が含まれることも可能である。ベクターにはまた、末端コドンおよび発現エンハンサーも含まれることも可能である。当該技術分野に知られる任意の適切なベクター、プロモーター、エンハンサーおよび終結コドンを用いて、本発明記載のベクターからポリペプチドを発現させることも可能である。適切なベクターには、プラスミド、バイナリーベクター、ウイルスベクターおよび人工染色体（例えば酵母人工染色体）が含まれる。
本明細書において、用語「機能可能であるように連結される」には、選択されたヌクレオチド配列および制御ヌクレオチド配列（例えばプロモーターおよび／またはエンハンサー）が、制御配列の影響または調節下で、ヌクレオチド配列の発現を達成するような方式で、共有連結される（それによって発現カセットを形成する）状況が含まれうる。したがって、制御配列がヌクレオチド配列の転写を達成可能であるならば、制御配列は、選択されたヌクレオチド配列に、機能可能であるように連結されている。適切な場合、生じた転写物は、次いで、望ましいタンパク質またはポリペプチドに翻訳されることも可能である。
本発明記載のペプチドを産生するため、ポリペプチドの発現に適した任意の細胞が使用可能である。細胞は、原核細胞または真核細胞であることも可能である。適切な原核細胞には大腸菌が含まれる。真核細胞の例には、酵母細胞、植物細胞、昆虫細胞または哺乳動物細胞が含まれる。いくつかの場合、ある原核細胞は、真核細胞と同じ翻訳後修飾を可能にしないため、細胞は原核細胞ではない。さらに、真核細胞では非常に高い発現レベルが可能であり、そして適切なタグを用いると、真核細胞からタンパク質を精製することがより容易でありうる。培地へのタンパク質の分泌を増進させる特定のプラスミドもまた、利用可能である。
関心対象のポリペプチドを産生する方法は、ポリペプチドを発現するように修飾された細胞の培養または発酵を伴うことも可能である。培養または発酵は、栄養素、空気／酸素および／または増殖因子の適切な供給を提供されるバイオリアクター中で実行可能である。細胞から、培地／発酵ブロスを分配し、タンパク質内容物を抽出し、そして個々のタンパク質を分離して、分泌されたポリペプチドを単離することによって、分泌されたタンパク質を収集することも可能である。培養、発酵および分離技術は、当業者に周知である。
バイオリアクターには、その中で細胞を培養可能である１またはそれより多い容器が含まれる。バイオリアクター中の培養は、連続して生じてもよく、リアクター内への反応物の連続流動、およびリアクターからの培養細胞の連続流動が伴う。あるいは、培養はバッチで生じてもよい。バイオリアクターは、培養中の細胞のために最適な条件が提供されるように、ｐＨ、酸素、容器内へのおよび容器外への流速、および容器内の攪拌などの環境条件を監視し、そして調節する。
関心対象のポリペプチドを発現する細胞の培養後、好ましくはそのポリペプチドを単離する。当該技術分野に知られる、細胞培養からポリペプチド／タンパク質を分離するための任意の適切な方法が使用可能である。培養から関心対象のポリペプチド／タンパク質を単離するため、まず、関心対象のポリペプチド／タンパク質を含有する培地から、培養された細胞を分離する必要がある可能性もある。関心対象のポリペプチド／タンパク質が細胞から分泌される場合、分泌されたポリペプチド／タンパク質を含有する培地から、遠心分離によって細胞を分離することも可能である。関心対象のポリペプチド／タンパク質が細胞内に集積する場合、遠心分離前に、例えば超音波、迅速凍結融解または浸透圧溶解を用いて、細胞を破壊する必要があるであろう。遠心分離は、培養細胞を含有するペレット、または培養細胞の細胞破片、ならびに培地および関心対象のポリペプチド／タンパク質を含有する上清を生じるであろう。
次いで、他のタンパク質および非タンパク質構成要素も含有しうる上清または培地から、関心対象のポリペプチド／タンパク質を単離することが望ましい可能性もある。上清または培地からポリペプチド／タンパク質構成要素を分離するための一般的なアプローチは、沈殿による。異なる溶解度のポリペプチド／タンパク質は、硫酸アンモニウムなどの沈殿剤の異なる濃度で沈殿する。例えば、低濃度の沈殿剤では、水溶性タンパク質が抽出される。したがって、増加する濃度の沈殿剤を添加することによって、異なる溶解度のタンパク質が区別可能である。続いて、透析を用いて、分離されたタンパク質から硫酸アンモニウムを除去することも可能である。
異なるポリペプチド／タンパク質を区別するための他の方法が当該技術分野に知られ、例えばイオン交換クロマトグラフィおよびサイズクロマトグラフィがある。これらを沈殿の代替法として用いてもよいし、または沈殿に続いて行ってもよい。
関心対象のポリペプチド／タンパク質が、ひとたび培養から単離されたら、タンパク質を濃縮する必要がある可能性もある。関心対象のタンパク質を濃縮するためのいくつかの方法が当該技術分野に知られ、例えば限外濾過または凍結乾燥がある。
配列同一性
アミノ酸またはヌクレオチド配列同一性パーセントを決定する目的のための整列を、当業者に知られる多様な方式で達成してもよく、例えば公的に入手可能なコンピュータソフトウェア、例えばＣｌｕｓｔａｌＷ １．８２． Ｔ−ｃｏｆｆｅｅまたはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを用いてもよい。こうしたソフトウェアを用いる場合、好ましくは、デフォルトパラメータ、例えばギャップペナルティおよび伸長ペナルティに関するものを用いる。ＣｌｕｓｔａｌＷ １．８２のデフォルトパラメータは：タンパク質ギャップ・オープンペナルティ＝１０．０、タンパク質ギャップ伸長ペナルティ＝０．２、タンパク質マトリックス＝Ｇｏｎｎｅｔ、タンパク質／ＤＮＡ ＥＮＤＧＡＰ＝−１、タンパク質／ＤＮＡ ＧＡＰＤＩＳＴ＝４である。
本発明には、記載する側面および好ましい特徴の組み合わせが含まれるが、こうした組み合わせが明らかに許容されえないかまたは明らかに回避される場合を除く。
本明細書に用いるセクション見出しは、構成上の目的のみのためであり、そして記載する主題を限定するとは意図されないものとする。
本発明の側面および態様はここで、例として、付随する図を参照しながら例示されるであろう。さらなる側面および態様は、当業者には明らかであろう。本文書に言及するすべての文書が本明細書に援用される。
本明細書全体にわたって、続く請求項を含めて、背景が別であることを必要としない限り、単語「含む」、ならびに変形、例えば「含む」および「含んでいる」は、言及する整数または工程、あるいは整数または工程群の包含を意味するが、いかなる他の整数または工程、あるいは整数または工程群も排除しないことが理解されるであろう。
本明細書および付随する請求項において、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」には、背景が明らかに別のように示さない限り、複数の指示対象が含まれることに留意しなければならない。範囲は、本明細書において、「約」１つの特定の値から、そして／または「約」別の特定の値までとして表されることも可能である。こうした範囲を示した場合、別の態様には、１つの特定の値から、そして／または他の特定の値までが含まれる。同様に、値を近似値で表した場合、先行する「約」を使用することによって、特定の値が別の態様を形成することが理解されるであろう。
本発明者らは、以下の実施例において、ヒトおよびアカゲザルＰＤ−１に特異的に結合し、ＰＤ−１経路をブロッキングし、そして消耗したＴ細胞活性を回復させる、単離抗体、またはその抗原結合性部分のヌクレオチドおよびアミノ酸配列の同定を記載した。
抗ヒトＰＤ−１抗体の単離
４周期のバイオパニングプロセスにおいて、ｉｎ ｖｉｔｒｏ選択を介してヒト抗体ファージディスプレイライブラリーから、抗ＰＤ−１抗体を単離した。
ストレプトアビジン−磁気ビーズを、ビオチン化ヒトＰＤ−１でコーティングし、そして磁気ソーティングを用いて、抗ＰＤ−１特異的ファージをつり上げるために、該ビーズを用いた。潜在的な抗ビオチン抗体を除去するためのいくつかの工程を、選択プロセスに付加した。
特異的Ｆａｂ抗体は、元来、抗原としてヒトＰＤ−１を用いたＥＬＩＳＡによって同定された。最初のクローン性スクリーニングを、ＤＮＡフィンガープリンティングによって行い；次いで、クローン性を配列決定によって確認した。
アフィニティ成熟
選択された抗体は、ＣＤＲ操作によってアフィニティ成熟を経た。特異的抗ＰＤ−１抗体の選択をファージディスプレイによって行った。〜１００倍改善されたアフィニティを持つ、８０より多いアフィニティ成熟クローンが生成された。クローンを選択するため、熱安定性アッセイを行った。抗体を加熱し、そしてその安定性を、ＥＬＩＳＡにおいて、ヒトＰＤ−１に結合する能力に基づいて監視した。７１℃でなお安定であるクローンをさらなる分析のために維持し、ＰｒｏｔｅＯｎバイオアナライザー（Ｂｉｏｒａｄ）を用いて、ヒトＰＤ−１に対するアフィニティを測定した。簡潔には、ＦｃとカップリングしたヒトＰＤ−１をセンサーチップ上に固定し、そして抗体流を適用した：会合および解離速度を測定し、そしてアフィニティ（ＫＤ）を計算した。１２のアフィニティ成熟クローンをＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４およびＨ９と称した。
単離抗ＰＤ−１抗体のアフィニティ
ヒトＰＤ−１に対するＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４およびＨ９のアフィニティを表面プラズモン共鳴によって測定し、そして後期臨床開発段階にある２つの抗ＰＤ−１抗体であるニボルマブおよびラムブロリズマブのアフィニティと比較した（図５）。
簡潔には、ヒトＦｃにカップリングしたヒトまたはマウスＰＤ−１を、Ｐｒｏｔｅｏｎ ＸＰＲ３６バイオアナライザー（Ｂｉｏｒａｄ）と適合するセンサーチップ上に固定した。次いで、未精製Ｆａｂ抽出物（または対照抗体）をチップ上に流し、そして次いで、各候補Ｆａｂの会合／解離を記録し、そして分析し、アフィニティ（ＫＤ）を計算した。
Ａ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４およびＨ９は、０．１〜０．７ｎＭの範囲でアフィニティを示し、一方、ニボルマブおよびラムブロリズマブは、それぞれ、１．９および０．５ｎＭのＫＤを示した（図５）。
抗ヒトＰＤ−１抗体の特徴付け：
ＰＤ−１発現細胞に対する結合
健康なドナーから単離した５０，０００のＴ細胞を、別のドナー由来の５，０００の単球由来ＤＣの存在下で、３７℃で７日間インキュベーションした。ＩｇＧ４として発現された抗体を、こうした活性化されたＴ細胞と、ＰＢＳ中で３０分間インキュベーションした。ＰＢＳ中で洗浄した後、蛍光標識二次抗体を３０分間添加し、そして次いでＰＢＳ中で洗浄した。細胞をＦＡＣＳ緩衝液中に再懸濁し、そして細胞への抗体の結合を、フローサイトメトリーによって監視した（図６および７）。
アカゲザルＰＤ−１との交差反応性
アフィニティ成熟クローンＦａｂを、アカゲザルＰＤ−１の認識に関してＥＬＩＳＡにおいて試験した。簡潔には、ＥＬＩＳＡプレートを炭酸緩衝液中の３５０ｎｇ／ウェルのヒトまたはアカゲザルＰＤ−１でコーティングし、そして次いで、カゼイン溶液でブロッキングした。ＰＢＳ Ｔｗｅｅｎ−２０で徹底的に洗浄した後、抗体含有上清を、ＰＢＳ中の７％ミルクの存在下で、ＥＬＩＳＡプレート内にトランスファーした。室温で９０分間攪拌および徹底的に洗浄した後、ＨＲＰにカップリングしたヤギ抗ヒトＦａｂ抗体を添加した。１時間後、プレートを洗浄し、そしてＴＭＢ基質を添加した。１Ｍ ＨＣｌで反応を停止し、そして６７０ｎｍの参照で、４５０ｎｍで光学密度を測定した（図８）。
ｉｎ ｖｉｔｒｏ機能活性
抗ＰＤ−１抗体を、Ｔ細胞の２活性パラメータ：増殖およびＩＦＮ−γ分泌を測定する機能アッセイにおいて試験した。簡潔には、Ｔ細胞を健康なドナーから単離し、そして別のドナー由来の単球由来樹状細胞の存在下で７日間培養した（５０，０００Ｔ細胞／５，０００ＤＣ）。この連続刺激は、Ｔ細胞の消耗を誘導する。次いで、抗体をさらに５日間、培養に添加した。４日後、上清を収集して、ＥＬＩＳＡによってＩＦＮ−γを測定し、そして１μＣｉのトリチウム化チミジンを最後の１８時間添加して、Ｔ細胞を４日間培養した。次いで細胞を採取し、そしてβ−カウンターで増殖を測定した。
クローンＡ３、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４、Ｄ４、Ｅ１、Ｆ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ１０、Ｈ４およびＨ９は、以前消耗したＴ細胞の増殖を回復させることが可能であり、そしてＩＦＮ−γを分泌する能力を回復させることが可能である（図９〜１２）。
ＰＤ−１に対する特異性
抗ＰＤ−１抗体を、ＣＤ２８ファミリーの他のメンバーに結合する能力に関して、ＥＬＩＳＡアッセイで試験した。
簡潔には、ＥＬＩＳＡプレートを、炭酸緩衝液中、ヒトＦｃにカップリングした以下の抗原：ヒトＰＤ−１、ヒトＰＤ−Ｌ１、ヒトＴＩＭ−３、ヒトＬＡＧ−３、ヒトＩＣＯＳ、ヒトＣＴＬＡ４、ヒトＢＴＬＡ、ヒトＣＤ２８、マウスＴＩＭ−３、またはアカゲザルＰＤ−１の１つの３５０ｎｇ／ウェルでコーティングした。次いで、プレートをカゼイン溶液でブロッキングした。ＰＢＳ Ｔｗｅｅｎ−２０中で徹底的に洗浄した後、抗体を、ＰＢＳ中の７％ミルクの存在下で、ＥＬＩＳＡウェルに添加した。室温で９０分間攪拌および徹底的に洗浄した後、ＨＲＰにカップリングしたヤギ抗ヒトＦａｂ抗体を添加した。１時間後、プレートを洗浄し、そしてＴＭＢ基質を添加した。１Ｍ ＨＣｌで反応を停止し、そして６７０ｎｍの参照で、４５０ｎｍで光学密度を測定した。
ニボルマブはＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡおよびＣＤ２８に交差結合する（そしてラムブロリズマブもまた非常に弱い方式で結合する）一方、１Ｄ１１および１Ｇ４はＰＤ−１のみに特異的であり；ＰＤ−１以外の他のメンバーには非常に弱い交差認識しか示さない（図１３）。
産生収量
ＨＥＫ−２９３．６Ｅ細胞を一過性にトランスフェクションして、ＩｇＧ４形式の抗ＰＤ−１抗体を産生した；この系の産生収量を比較した。
すべての新規抗体クローンは、ラムブロリズマブよりも優れた産生収量を示した。
コドン最適化
遺伝子発現効率を増加させるため、Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４およびＨ４は、コドン最適化を経た。
コドン最適化クローンは、ＰＤ−１を中和する能力およびＴ細胞活性（Ｔ細胞増殖およびＩＦＮ−γ分泌−図１４および１５）を回復する能力を保持する。
腫瘍を治療するための抗ＰＤ−１抗体の使用：腫瘍浸潤リンパ球のｅｘ ｖｉｖｏ活性化
適切なＩＲＢによる認可後、シンガポール国立癌センターから肺腫瘍試料を得た。ヒト腫瘍解離キットおよび組織解離装置デバイスを用いて、試料を解離させた。
腫瘍浸潤リンパ球表面での消耗マーカーの発現を確認するため、単離細胞混合物を１回洗浄し、そして７０μｍフィルターに通過させて、単細胞懸濁物を得た。ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３およびＬＡＧ−３に対する抗体で細胞を染色し；生存／死亡マーカーもまた用いて、死んだ細胞を分析から排除した。フローサイトメトリーによって細胞を分析した。結果を図１６に示す。
腫瘍解離混合物を、抗ＰＤ−１コドン最適化抗体Ａ１０、Ｂ６、Ｃ４およびＨ４と７日間培養した後、ＥＬＩＳＡによって上清中のＩＦＮ−γを測定した。ニボルマブおよびラムブロリズマブを陽性対照として、アイソタイプ抗体を陰性対照として用いた。
図１７Ａは、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下で７日間培養した後、腫瘍浸潤リンパ球によるＩＦＮ−γの分泌を提示する。抗ＰＤ−１抗体は、リンパ球を再活性化して、用量依存方式でＩＦＮ−γを分泌することが可能であった。
解離混合物の別の分画を、同種異系樹状細胞（ＤＣ）と共培養して、混合リンパ球反応（ＭＬＲ）を開始した。細胞をまず、抗体を含まずにＤＣと７日間培養し、そして次いで、抗ＰＤ−１または対照抗体の存在下で、ＤＣで７日間再刺激した。これらの２周期後、ＥＬＩＳＡによって上清中のＩＦＮ−γをアッセイした。
図１７Ｂは、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での、ＭＬＲ後のＩＦＮ−γ分泌を示す。抗ＰＤ−１抗体は、腫瘍部位に位置するリンパ球が用量依存方式でＩＦＮ−γを分泌する能力を回復させることが可能であった。
感染を治療するための抗ＰＤ−１抗体の使用：インフルエンザの存在下でのＴ細胞の自己活性化
インフルエンザ陽性ドナーから血液を収集した。単球由来ＤＣをインフルエンザウイルスＡ／ＰＲ／８／３４（Ｈ１Ｎ１）に感染させた。次いで、培養５日間の第一周期として、感染ＤＣを同じドナー由来のＰＢＭＣと混合した。次いで、細胞をインフルエンザ感染ＤＣで再刺激して、そして抗ＰＤ−１抗体の存在下で、５日間の第二周期として培養した。これらの２周期後、培養中の細胞の大部分は、インフルエンザ特異的Ｔ細胞である。培養２周期終了時、ＥＬＩＳＡによって、上清中のＩＦＮ−γをアッセイした。
図１８は、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下で、インフルエンザウイルス感染ＤＣとＰＢＭＣを培養した後の分泌されたＩＦＮ−γを示す。抗ＰＤ−１抗体は、リンパ球が用量依存方式でウイルス刺激に際してＩＦＮ−γを分泌する能力を回復させることが可能であった。
肺癌：肺腫瘍浸潤リンパ球を再活性化するための抗ＰＤ−１抗体の使用（ｅｘ ｖｉｖｏデータ）
適切なＩＲＢによる認可後、シンガポール国立癌センターから肺腫瘍試料を得た。ヒト腫瘍解離キットおよび組織解離装置デバイスを用いて、試料を解離させた。
腫瘍浸潤リンパ球表面での消耗マーカーの発現を確認するため、単離細胞混合物を１回洗浄し、そして７０μｍフィルターに通過させて、単細胞懸濁物を得た。ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、Ｔｉｍ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ−４に対する抗体で細胞を染色し；生存／死亡マーカーもまた用いて、死んだ細胞を分析から排除した。フローサイトメトリーによって細胞を分析した。
図１９は、３人の異なる患者由来の腫瘍浸潤リンパ球による、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ−４の発現を示す（３人の異なるドナー由来の細胞を用いた、３回の独立の実験からの平均±ＳＤを示す、すべての実験は３つ組で行った）。腫瘍中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋リンパ球のおよそ２／３がＰＤ−１を発現する。
腫瘍解離混合物を、同種異系樹状細胞（ＤＣ）と共培養して、混合リンパ球反応（ＭＬＲ）を開始した。細胞をまず、抗体を含まずに７日間培養し、そして次いで、抗ＰＤ−１または対照抗体の存在下で、７日間再刺激した。これらの２周期後、ＥＬＩＳＡによって上清中のＩＦＮ−γをアッセイした。
図２０Ａ〜２０Ｃは、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での、ＭＬＲ後のＩＦＮ−γ分泌を示す。３回の独立の実験における３つ組からの平均±ＳＤを示す（３人の異なる患者由来の細胞）。抗ＰＤ−１抗体は、腫瘍部位に位置するリンパ球が用量依存方式でＩＦＮ−γを分泌する能力を回復させることが可能であった。
腎細胞癌：腎腫瘍浸潤リンパ球を再活性化するための抗ＰＤ−１抗体の使用（ｅｘ ｖｉｖｏデータ）
適切なＩＲＢによる認可後、シンガポール国立癌センターから腎腫瘍試料を得た。ヒト腫瘍解離キットおよび組織解離装置デバイスを用いて、試料を解離させた。
腫瘍浸潤リンパ球表面での消耗マーカーの発現を確認するため、単離細胞混合物を１回洗浄し、そして７０μｍフィルターに通過させて、単細胞懸濁物を得た。ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、Ｔｉｍ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ−４に対する抗体で細胞を染色し；生存／死亡マーカーもまた用いて、死んだ細胞を分析から排除した。フローサイトメトリーによって細胞を分析した。比較として、同じ患者由来のＰＢＭＣ上の同じマーカー発現を評価した。
図２１Ａおよび２１Ｂは、３人の異なる患者由来の腫瘍浸潤リンパ球による（図２１Ａ）および血液循環リンパ球上の（図２１Ｂ）、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ−４の発現を示す（３人の異なるドナー由来の細胞を用いた、３回の独立の実験からの平均±ＳＤを示す、すべての実験は３つ組で行った）。腫瘍中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋リンパ球のおよそ２／３がＰＤ−１を発現し、一方、ＰＢＭＣの大部分はＰＤ−１を発現しない。
腫瘍解離混合物を、同種異系樹状細胞（ＤＣ）と共培養して、混合リンパ球反応（ＭＬＲ）を開始した。細胞をまず、抗体を含まずに７日間培養し、そして次いで、抗ＰＤ−１または対照抗体の存在下で、７日間培養した。これらの２周期後、ＥＬＩＳＡによって上清中のＩＦＮ−γをアッセイした。
図２２Ａ〜２２Ｃは、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での、ＭＬＲ後のＩＦＮ−γ分泌を示す。３回の独立の実験における２つ組または３つ組からの平均±ＳＤを示す（３人の異なる患者由来の細胞）。抗ＰＤ−１抗体は、腫瘍部位に位置するリンパ球が用量依存方式でＩＦＮ−γを分泌する能力を回復させることが可能であった。
膀胱癌：膀胱腫瘍浸潤リンパ球を再活性化するための抗ＰＤ−１抗体の使用（ｅｘ ｖｉｖｏデータ）
適切なＩＲＢによる認可後、シンガポール国立癌センターから膀胱腫瘍試料を得た。ヒト腫瘍解離キットおよび組織解離装置デバイスを用いて、試料を解離させた。
腫瘍浸潤リンパ球表面での消耗マーカーの発現を確認するため、単離細胞混合物を１回洗浄し、そして７０μｍフィルターに通過させて、単細胞懸濁物を得た。ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、Ｔｉｍ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ−４に対する抗体で細胞を染色し；生存／死亡マーカーもまた用いて、死んだ細胞を分析から排除した。フローサイトメトリーによって細胞を分析した。
図２３Ａおよび２３Ｂは、２人の異なる患者由来の腫瘍浸潤リンパ球（図２３Ａ）および血液循環リンパ球（図２３Ｂ）によるＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３およびＣＴＬＡ−４の発現を示す（２人の異なるドナー由来の細胞を用いた、２回の独立の実験からの平均±ＳＤを示す、すべての実験は３つ組で行った）。腫瘍浸潤リンパ球の大部分がＰＤ−１を発現する一方、血液循環対応物のわずかしかＰＤ−１を発現しなかった。
腫瘍解離混合物を、同種異系樹状細胞（ＤＣ）と共培養して、混合リンパ球反応（ＭＬＲ）を開始した。細胞をまず、抗体を含まずに７日間培養し、そして次いで、抗ＰＤ−１または対照抗体の存在下で、７日間培養した。これらの２周期後、ＥＬＩＳＡによって上清中のＩＦＮ−γをアッセイした。
図２４は、抗ＰＤ−１抗体の存在下または非存在下での、ＭＬＲ後のＩＦＮ−γ分泌を示す。１回の実験における３つ組からの平均±ＳＤを示す。抗ＰＤ−１抗体は、腫瘍部位に位置するリンパ球が用量依存方式でＩＦＮ−γを分泌する能力を回復させることが可能であった。 非限定的に、本発明は以下の態様を含む。
［態様１］
ＰＤ−１に結合可能であり、所望により単離されており、アミノ酸配列ｉ）〜ｖｉ）：
を有する抗体、または抗原結合性断片、あるいは配列（ｉ）〜（ｖｉ）の１またはそれより多くにおいて、１または２または３アミノ酸が別のアミノ酸で置換されているその変異体であって、式中、Ｘ１＝ＡまたはＳ、Ｘ２＝ＳまたはＡ、Ｘ３＝Ｖ、Ｙ、Ｆ、Ｄ、ＳまたはＡ、Ｘ４＝Ｌ、Ｙ、ＶまたはＡ、Ｘ５＝Ｙ、ＲまたはＨ、Ｘ６＝Ｓ、またはＴ、Ｘ７＝Ｖ、Ｉ、またはＭ、およびＺ１＝ＬまたはＹ、Ｚ２＝ＡまたはＳ、Ｚ３＝ＰまたはＹ、Ｚ４＝ＹまたはＬ、Ｚ５＝Ｋ、ＭまたはＬ、Ｚ６＝ＨまたはＶである、前記抗体または抗原結合性断片。
［態様２］
ＬＣ−ＣＤＲ３が、ＡＳＷＤＤＶＬＹＧＳＶ（配列番号２７）、ＡＳＷＤＤＹＹＹＧＴＩ（配列番号２８）、ＡＳＷＤＤＹＬＲＧＴＶ（配列番号２９）、ＳＡＷＤＤＹＬＨＧＴＶ（配列番号３０）、ＡＳＷＤＤＹＶＲＧＴＭ（配列番号３１）、ＳＳＷＤＤＦＬＲＧＴＶ（配列番号３２）、ＳＳＷＤＤＤＡＲＧＴＩ（配列番号３３）、ＡＡＷＤＤＶＹＹＧＴＩ（配列番号３４）、ＡＳＷＤＤＳＬＹＧＴＶ（配列番号３５）、ＡＡＷＤＤＡＹＹＧＴＩ（配列番号３６）、ＡＳＷＤＤＶＹＲＧＴＶ（配列番号３７）、またはＳＳＷＤＤＳＬＹＧＴＩ（配列番号３８）の１つである、態様１の抗体または抗原結合性断片。
［態様３］
ＨＣ−ＣＤＲ３が、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＨ（配列番号４１）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＶ（配列番号４２）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４３）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＬＤＶ（配列番号４４）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４５）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４６）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４７）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４８）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４９）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５０）、ＤＬＧＳＧＹＹＬＹＧＭＤＶ（配列番号５１）、またはＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５２）の１つである、態様１または２の抗体または抗原結合性断片。
［態様４］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様５］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様６］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様７］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様８］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様９］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１０］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１１］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１２］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１３］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１４］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１５］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域を有する、態様１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１６］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１７］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１８］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様１９］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様２０］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様２１］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様２２］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様２３］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様２４］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様２５］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様２６］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様２７］
以下のＣＤＲ：
を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域を有する、態様１〜１５のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様２８］
ＣＤ２８ファミリーの他のメンバーよりも、ＰＤ−１（例えばヒトまたはアカゲザル（ｒｈｅｓｕｓ））に特異的に結合する、所望により単離されている抗体または抗原結合性断片であって、抗体は所望により態様１〜２７のいずれか一項に請求される通りである、前記抗体または抗原結合性断片。
［態様２９］
抗体はＴ細胞消耗またはＴ細胞アネルギーを示すＴ細胞において、Ｔ細胞機能を回復させるために有効である、態様１〜２８のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
［態様３０］
ＰＤ−１に結合した、態様１〜２９のいずれか一項記載の、抗体または抗原結合性断片を含む、所望により単離された、ｉｎ ｖｉｔｒｏ複合体。
［態様３１］
以下のＣＤＲ：
を含み、式中、Ｘ１＝ＡまたはＳ、Ｘ２＝ＳまたはＡ、Ｘ３＝Ｖ、Ｙ、Ｆ、Ｄ、ＳまたはＡ、Ｘ４＝Ｌ、Ｙ、ＶまたはＡ、Ｘ５＝Ｙ、ＲまたはＨ、Ｘ６＝Ｓ、またはＴ、Ｘ７＝Ｖ、Ｉ，またはＭである、単離軽鎖可変領域ポリペプチド。
［態様３２］
ＬＣ−ＣＤＲ３が、ＡＳＷＤＤＶＬＹＧＳＶ（配列番号２７）、ＡＳＷＤＤＹＹＹＧＴＩ（配列番号２８）、ＡＳＷＤＤＹＬＲＧＴＶ（配列番号２９）、ＳＡＷＤＤＹＬＨＧＴＶ（配列番号３０）、ＡＳＷＤＤＹＶＲＧＴＭ（配列番号３１）、ＳＳＷＤＤＦＬＲＧＴＶ（配列番号３２）、ＳＳＷＤＤＤＡＲＧＴＩ（配列番号３３）、ＡＡＷＤＤＶＹＹＧＴＩ（配列番号３４）、ＡＳＷＤＤＳＬＹＧＴＶ（配列番号３５）、ＡＡＷＤＤＡＹＹＧＴＩ（配列番号３６）、ＡＳＷＤＤＶＹＲＧＴＶ（配列番号３７）、またはＳＳＷＤＤＳＬＹＧＴＩ（配列番号３８）の１つである、態様３１の単離軽鎖可変領域ポリペプチド。
［態様３３］
以下のＣＤＲ：
を含み、式中、Ｚ１＝ＬまたはＹ、Ｚ２＝ＡまたはＳ、Ｚ３＝ＰまたはＹ、Ｚ４＝ＹまたはＬ、Ｚ５＝Ｋ、ＭまたはＬ、Ｚ６＝ＨまたはＶである、単離重鎖可変領域ポリペプチド。
［態様３４］
ＨＣ−ＣＤＲ３が、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＨ（配列番号４１）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＫＤＶ（配列番号４２）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４３）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＬＤＶ（配列番号４４）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４５）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４６）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４７）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４８）、ＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号４９）、ＤＹＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５０）、ＤＬＧＳＧＹＹＬＹＧＭＤＶ（配列番号５１）、またはＤＬＧＡＧＰＹＹＹＧＭＤＶ（配列番号５２）の１つである、態様３３の単離重鎖可変領域ポリペプチド。
［態様３５］
態様３３または３４記載の重鎖可変領域ポリペプチドと組み合わされた、態様３１または３２の単離軽鎖可変領域ポリペプチド。
［態様３６］
ＰＤ−１に結合可能であり、重鎖および軽鎖可変領域配列を含む抗体または抗原結合性断片であって：
重鎖が：それぞれ、ＨＣ−ＣＤＲ１：ＳＹＧＭＨ（配列番号８９）またはＧＦＴＦＳＳＹＧＭＨ（配列番号３９）、ＨＣ−ＣＤＲ２：ＶＩＳＹＤＧＳＮＫＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号４０）、ＨＣ−ＣＤＲ３：ＤＺ１ＧＺ２ＧＺ３ＹＺ４ＹＧＺ５ＤＺ６（配列番号５４）に少なくとも８５％の全体の配列同一性を有する、ＨＣ−ＣＤＲ１、ＨＣ−ＣＤＲ２、ＨＣ−ＣＤＲ３を含み、式中、Ｚ１＝ＬまたはＹ、Ｚ２＝ＡまたはＳ、Ｚ３＝ＰまたはＹ、Ｚ４＝ＹまたはＬ、Ｚ５＝Ｋ、ＭまたはＬ、Ｚ６＝ＨまたはＶであり、そして
軽鎖が：それぞれ、ＬＣ−ＣＤＲ１：ＳＧＳＳＳＮＩＫＦＮＳＶＮ（配列番号２５）、ＬＣ−ＣＤＲ２：ＳＮＮＱＲＰＳ（配列番号２６）、ＬＣ−ＣＤＲ３：Ｘ１Ｘ２ＷＤＤＸ３Ｘ４Ｘ５ＧＸ６Ｘ７（配列番号５３）に少なくとも８５％の全体の配列同一性を有する、ＬＣ−ＣＤＲ１、ＬＣ−ＣＤＲ２、ＬＣ−ＣＤＲ３を含み、式中、Ｘ１＝ＡまたはＳ、Ｘ２＝ＳまたはＡ、Ｘ３＝Ｖ、Ｙ、Ｆ、Ｄ、ＳまたはＡ、Ｘ４＝Ｌ、Ｙ、ＶまたはＡ、Ｘ５＝Ｙ、ＲまたはＨ、Ｘ６＝Ｓ、またはＴ、Ｘ７＝Ｖ、Ｉ、またはＭである、前記抗体または抗原結合性断片。
［態様３７］
ＰＤ−１に結合可能であり、所望により単離され、重鎖および軽鎖可変領域配列を含む抗体または抗原結合性断片であって：
重鎖配列が、配列番号１３〜２４（図２）の１つの重鎖配列に少なくとも８５％の配列同一性を有し、そして
軽鎖配列が、配列番号１または１２（図１）の軽鎖配列に少なくとも８５％の配列同一性を有する
前記抗体または抗原結合性断片。
［態様３８］
ＰＤ−１に結合可能であり、（ｉ）態様１〜３７のいずれか一項に記載の抗原結合性断片またはポリペプチド、および（ｉｉ）ＰＤ−１以外のターゲットタンパク質に結合可能な抗原結合性ドメインを含む、二重特異性抗体または二重特異性抗原結合性断片である、所望により単離された、抗体または抗原結合性断片。
［態様３９］
ＰＤ−１以外のターゲットタンパク質に結合可能である抗原結合性ドメインが、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ３、ＩＣＯＳ、ＣＴＬＡ４、ＢＴＬＡまたはＣＤ２８の１つに結合可能である、態様３８の抗体または抗原結合性断片。
［態様４０］
態様１〜３９のいずれか一項の抗体、または抗原結合性断片、またはポリペプチド、および少なくとも１つの薬学的に許容されうるキャリアーを含む、組成物。
［態様４１］
態様１〜３９のいずれか一項の抗体、または抗原結合性断片、またはポリペプチドをコードする、単離核酸。
［態様４２］
態様４１の核酸を含むベクター。
［態様４３］
態様４２のベクターを含む宿主細胞。
［態様４４］
態様１〜３９のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片またはポリペプチドを作製するための方法であって、抗体または抗原結合性断片またはポリペプチドをコードするベクターを発現するために適切な条件下で、態様４３のいずれかの宿主細胞を培養し、そして抗体または抗原結合性断片またはポリペプチドを回収する工程を含む、前記方法。
［態様４５］
療法または医学的治療法において使用するための、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチド。
［態様４６］
Ｔ細胞機能不全障害の治療において使用するための、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチド。
［態様４７］
癌の治療において使用するための、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチド。
［態様４８］
感染性疾患の治療において使用するための、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチド。
［態様４９］
Ｔ細胞機能不全障害の治療において使用するための薬剤製造における、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの使用。
［態様５０］
癌の治療において使用するための薬剤製造における、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの使用。
［態様５１］
感染性疾患の治療において使用するための薬剤製造における、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの使用。
［態様５２］
態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを、機能不全Ｔ細胞に投与する工程を含む、Ｔ細胞機能を増進させる、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏの方法。
［態様５３］
Ｔ細胞機能不全障害を患う患者に、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを投与する工程を含む、Ｔ細胞機能不全障害を治療する方法。
［態様５４］
癌を患う患者に、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを投与する工程を含む、癌を治療する方法。
［態様５５］
感染性疾患を患う患者に、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドを投与する工程を含む、感染性疾患を治療する方法。
［態様５６］
ＰＤ−１を含有するかまたは含有すると推測される試料を、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片と接触させ、そして抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の複合体の形成を検出する工程を含む方法。
［態様５７］
被験体における疾患または状態を診断する方法であって、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、被験体由来の試料を、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片と接触させ、そして抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の複合体の形成を検出する工程を含む、前記方法。
［態様５８］
ＰＤ−１ターゲティング剤での治療のため、被験体を選択するかまたは層別化する方法であって、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、被験体由来の試料を、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片と接触させ、そして抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の複合体の形成を検出する工程を含む、前記方法。
［態様５９］
ｉｎ ｖｉｔｒｏでＰＤ−１を検出するための、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片の使用。
［態様６０］
ｉｎ ｖｉｔｒｏ診断剤としての、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片の使用。
［態様６１］
Ｔ細胞を、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドと、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで接触させる、Ｔ細胞集団を拡大するための方法。
［態様６２］
Ｔ細胞機能不全障害を有する被験体の治療法であって、Ｔ細胞集団を拡大させるように、態様１〜３９のいずれか一項記載の抗体、抗原結合性断片またはポリペプチドの存在下で、被験体由来の血液試料から得たＴ細胞を培養し、拡大されたＴ細胞を収集し、そして治療の必要がある被験体に、拡大されたＴ細胞を投与する工程を含む、前記方法。

Claims (24)

  1. ＰＤ−１に結合可能であり、所望により単離されている抗体または抗原結合性断片であって、
    （ｉ）以下のＣＤＲ：
    を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域；及び、
    以下のＣＤＲ
    を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域；あるいは、
    （ｉｉ）以下のＣＤＲ：
    を取り込む少なくとも１つの軽鎖可変領域；及び、
    以下のＣＤＲ
    を取り込む少なくとも１つの重鎖可変領域
    を含む、抗体または抗原結合性断片。
  2. 重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含み、ここにおいて、
    重鎖可変領域配列は配列番号１５若しくは１４（図２）の重鎖可変領域配列と少なくとも９０％配列同一性を有し、そして、
    軽鎖可変領域配列は配列番号３若しくは２（図１）の軽鎖可変領域配列と少なくとも９０％配列同一性を有する、
    請求項１の抗体または抗原結合性断片。
  3. ＣＤ２８ファミリーの他のメンバーよりも、ヒトまたはアカゲザル（ｒｈｅｓｕｓ）のＰＤ−１に特異的に結合する、請求項１又は請求項２の抗体または抗原結合性断片。
  4. 抗体または抗原結合性断片はＴ細胞消耗またはＴ細胞アネルギーを示すＴ細胞において、Ｔ細胞機能を回復させるために有効である、請求項１〜３のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片。
  5. ＰＤ−１に結合可能であり、（ｉ）請求項１〜４のいずれか一項に記載の抗原結合性断片、および（ｉｉ）ＰＤ−１以外のターゲットタンパク質に結合可能な抗原結合性ドメインを含む、二重特異性抗体または二重特異性抗原結合性断片である、所望により単離された、抗体または抗原結合性断片。
  6. ＰＤ−１以外のターゲットタンパク質に結合可能である抗原結合性ドメインが、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ３、ＩＣＯＳ、ＣＴＬＡ４、ＢＴＬＡまたはＣＤ２８の１つに結合可能である、請求項５の抗体または抗原結合性断片。
  7. 請求項１〜６のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片、および少なくとも１つの薬学的に許容されうるキャリアーを含む、組成物。
  8. 請求項１〜６のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片をコードする、単離核酸。
  9. 請求項８の核酸を含むベクター。
  10. 請求項９のベクターを含む宿主細胞。
  11. 請求項１〜６のいずれか一項の抗体または抗原結合性断片を作製するための方法であって、抗体または抗原結合性断片をコードするベクターを発現するために適切な条件下で、請求項１０の宿主細胞を培養し、そして抗体または抗原結合性断片を回収する工程を含む、前記方法。
  12. Ｔ細胞機能不全障害の治療において使用するための、請求項７記載の組成物。
  13. 癌の治療において使用するための、請求項７記載の組成物。
  14. 感染性疾患の治療において使用するための、請求項７記載の組成物。
  15. Ｔ細胞機能不全障害の治療において使用するための薬剤製造における、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片の使用。
  16. 癌の治療において使用するための薬剤製造における、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片の使用。
  17. 感染性疾患の治療において使用するための薬剤製造における、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片の使用。
  18. 請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片を、機能不全Ｔ細胞に投与する工程を含む、Ｔ細胞機能を増進させる、ｉｎ ｖｉｔｒｏの方法。
  19. ＰＤ−１を含有するかまたは含有すると推測される試料を、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片と接触させ、そして抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の複合体の形成を検出する工程を含む方法。
  20. ＰＤ−１ターゲティング剤での治療のため、被験体を選択するかまたは層別化する方法であって、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、被験体由来の試料を、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片と接触させ、そして抗体または抗原結合性断片およびＰＤ−１の複合体の形成を検出する工程を含む、前記方法。
  21. ｉｎ ｖｉｔｒｏでＰＤ−１を検出するための、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片の使用。
  22. ｉｎ ｖｉｔｒｏ診断剤としての、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片の使用。
  23. Ｔ細胞を、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片と、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで接触させる、Ｔ細胞集団を拡大するための方法。
  24. Ｔ細胞機能不全障害、癌または感染症疾患を有する被験体の治療であって、Ｔ細胞集団を拡大させるように、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片の存在下で、被験体由来の血液試料から得たＴ細胞を培養し、拡大されたＴ細胞を収集し、そして治療の必要がある被験体に、拡大されたＴ細胞を投与する工程を含む、治療方法において使用するための薬剤製造における、請求項１〜６のいずれか一項記載の抗体または抗原結合性断片の使用。
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