KR20170002393A - 비자연적으로 발생하는 돼지생식기호흡기증후군 바이러스 및 사용방법 - Google Patents

비자연적으로 발생하는 돼지생식기호흡기증후군 바이러스 및 사용방법 Download PDF

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히엡 라이 쑤안 브우
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엔유테크 벤처스
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Abstract

본 명세서에서는 비자연적으로 발생하는 돼지생식기호흡기증후군 바이러스(PORCINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME virus, PRRSV)를 제공하고, 상기 비자연적으로 발생하는 돼지생식기호흡기증후군 바이러스를 제조하는 방법 및 이용하는 방법도 제공한다.

Description

비자연적으로 발생하는 돼지생식기호흡기증후군 바이러스 및 사용방법{A NON-NATURALLY OCCURING PORCINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME VIRUS (PRRSV) AND METHODS OF USING}
관련 출원과의 상호참조
본 출원은 35 U.S.C. §119(e)하에서, 2014년 3월 21일에 출원된 미국 출원번호 제61/968,465호 출원에 대해 우선권의 이익을 주장한다.
본 명세서는 비자연적으로 발생하는 돼지생식기호흡기증후군 바이러스(PORCINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME virus, PRRSV) 및 사용방법에 관한 것이다.
현재 돼지생식기호흡기증후군 바이러스(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV) 백신들은 돼지생식기호흡기증후군(porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)의 관리 및 근절에 충분히 효과적이지는 않다. 현재 PRRSV 백신들의 주요한 한계는 다양한 PRRSV 주들에 대한 적용범위가 부최적화된(sub-optimal) 점에 있다. 즉, 모든 상업적 PRRSV 백신들은 자연 PRRSV주를 사용하여 제형화된다. 그러나 PRRSV주의 상당한 유전적 변이가 광범위로 보호하는 PRRSV 백신의 개발에 가장 큰 장애가 된다.
개요
본 명세서는 비자연적으로 발생하는 돼지생식기호흡기증후군 바이러스 (PRRSV) 및 비자연적으로 발생하는 PRRSV의 제조방법, 이의 이용방법을 제공한다.
본 명세서는 PRRSV-CON(PRRSV-consensus genome sequence) 핵산을 제공하는데, 핵산은 적어도 서열번호 1의 서열과 적어도 50%의 서열 상동성(예를 들어, 적어도 75%, 적어도 95%, 또는 적어도 99%의 서열 상동성)을 갖는 것이다. 일 실시태양에 의하면, 핵산은 서열번호 1의 서열을 갖는 핵산이다. 본 명세서에 개시된 PRRSV-CON 핵산을 포함하는 바이러스 입자를 제공한다. 본 명세서에 개시된 기 PRRSV-CON 핵산 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물도 제공한다. 또한, 본 명세서에 개시된 바이러스 입자 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물도 제공한다. 본 명세서에 개시된 조성물은 보조제를 더 포함하는 것일 수 있다.
또한, 본 명세서는 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 및 42로 이루어진 군에서 선택된 서열과 적어도 95%(예를 들어, 적어도 99%) 서열 상동성을 갖는 PRRSV-CON 핵산을 제공한다. 일 실시태양에 의하면, 핵산은 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 및 42로 구성된 군에서 선택된 서열을 갖는 것이다. 다른 실시태양에 의하면, 핵산은 각각 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 및 43으로 이루어진 군에서 선택된 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 암호화하는 것일 수 있다. 본 명세서 상의 PRRSV-CON 핵산을 포함하는 바이러스 입자를 제공한다. 또한, 본 명세서에 기재된 핵산 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물을 제공한다. 또한, 본 명세서에 기재된 바이러스 입자 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물을 제공한다. 본 명세서에 기재된 조성물은 보조제를 더 포함하는 것일 수 있다.
본 명세서는 PRRSV-CON 폴리펩티드도 제공하는데, 폴리펩티드는 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 및 43으로 이루어진 군에서 선택된 서열과 적어도 95% (예를 들어, 적어도 99%) 서열 상동성을 갖는 것이다. 일 실시태양에 의하면, 폴리펩티드는 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 및 43으로 이루어진 군에서 선택된 서열을 갖는 것일 수 있다. 다른 실시태양에 의하면, 폴리펩티드는 각각 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 또는 42로 이루어진 군에서 선택된 서열을 갖는 핵산에 의해 암호화되는 것일 수 있다. 또한, 본 명세서에 기재된 PRRSV-CON 폴리펩티드를 포함하는 바이러스 입자를 제공한다. 또한, 본 명세서에 개시된 폴리펩티드 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물을 제공한다. 또한, 본 명세서에 개시된 바이러스 입자 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물을 제공한다. 본 명세서에 기재된 조성물은 보조제를 더 포함하는 것일 수 있다.
본 명세서는 돼지에서 PRRSV에 대한 면역반응을 일으키는 방법을 제공한다. 그러한 방법은 (i) 본 명세서에 개시된 핵산 중 어느 것의 유효량을 돼지에게 투여; (ii) 본 명세서에 개시된 폴리펩티드 중 어느 것의 유효량을 돼지에게 투여; (iii) 본 명세서에 개시된 바이러스 입자 중 어느 것의 유효량을 돼지에게 투여; 또는 (iv) 본 명세서에 개시된 조성물 중 어느 것의 유효량을 돼지에게 투여하는 것을 포함한다. 투여의 대표적인 경로로는 근육내(intramuscularly) 투여, 복강내(intraperitoneally) 투여, 및 경구 투여를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
본 명세서는 돼지의 PRRS를 치료 또는 예방하는 방법을 제공한다. 그러한 방법은 (i) 본 명세서에 개시된 핵산 중 어느 것의 유효량을 돼지에게 투여; (ii) 본 명세서에 개시된 폴리펩티드 중 어느 것의 유효량을 돼지에게 투여; (iii) 본 명세서에 개시된 바이러스 입자 중 어느 것의 유효량을 돼지에게 투여; 또는 (iv) 본 명세서에 개시된 조성물 중 어느 것의 유효량을 돼지에게 투여하는 것을 포함하는 방법이다. 투여의 대표적인 경로로는 근육내(intramuscularly) 투여, 복강내(intraperitoneally) 투여, 및 경구 투여를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
본 명세서에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는, 별도로 정의하지 않았다면, 본 명세서 상의 방법 및 조성물이 속하는 기술 분야의 통상의 기술자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 같은 의미를 가지는 것이다. 비록 본 명세서에 개시된 것과 유사하거나 동등한 방법 및 재료가 실시 또는 테스트에 사용될 수 있어도, 적절한 방법 및 조성물은 하기에서 기술한다. 또한, 물질, 방법, 및 예는 예시적인 것일 뿐 이에 한정하려는 것이 아니다. 본 명세서에 언급된 모든 공개, 특허 출원, 특허, 및 다른 참조 사항들은 전체로서 본 명세서에 참조로 포함된다.
도 1에서 A는 60 PRRSV의 전체 게놈 서열 세트에서 구축한 계통발생 트리(phylogenetic tree)이다. 60 PRRSV 게놈은 4개의 서브 그룹으로 분류된다. 교차-보호 실험과 관련된 바이러스의 위치는 화살표로 표시된다. 도 1에서 B는 자연적 PRRSV주들 간의 유전적 거리, 및 본 명세서에 기재된 PRRSV-CON에서 자연적 PRRSV주까지의 유전적 거리를 나타낸 그래프이다. 박스의 아래쪽 및 위쪽 경계는 25번째 및 75번째 백분위수를 각각 나타낸 것이다. 박스 내 실선은 중앙값을 나타낸다. 박스 위와 아래의 세선은 데이터의 최소값 및 최대값을 나타낸다.
도 2는 PRRSV-CON 바이러스의 발생 및 특징을 나타낸 것이다. 도 2a는 PRRSV-CON 전체-게놈 cDNA 클론을 구축하기 위한 계획을 도식화한 것이다. 도 2a의 위쪽 절반은 클로닝 목적으로 사용하기 위한 독특한 제한 효소 자리와 함께, 바이러스 게놈의 도식 표현을 그린 것이다. 위에 A 내지 D의 글자가 있는 검정 횡선은 합성된 DNA분절을 나타낸다. 선 밑에 있는 괄호 안의 숫자는 각각의 상응하는 분절의 (뉴클레오티드에서의) 길이를 나타낸다. Φ T7은 T7 RNA 폴리머라제 프로모터를 나타낸다. 게놈의 개별 DNA 분절은 분절 A 부터 D의 순서에 따라 연속적으로 셔틀벡터(도 2a의 아래쪽 절반에서 나타남)로 삽입된다. 도 2b는 지시된 바이러스와 다른 PRRSV-특이적 단클론 항체들 간의 반응성을 나타낸 사진이다. MARC-145세포는 대조군 감염 세포, PRRSV-CON으로 감염된 세포, 또는 PRRSV 야생주인 FL12로 감염된 세포이다. 감염 후 48시간 째에, 바이러스의 뉴클레오캡시드 단백질 (N 단백질; 사진의 아래줄) 또는 바이러스의 비구조성 단백질 1 베타(nsp1b; 사진의 윗줄)에 특이적인 항체로 염색하였다. 도 2c는 MARC-145 세포 내 바이러스들의 플레이크(plaque) 형태를 나타낸 것이다. 도 2d는 다단계 성장 곡선을 나타낸 것이다. MARC-145 세포들은 0.01의 감염다중도로 지시된 바이러스에 감염되었다. 감염 후(post-infection, p.i.) 다른 시점에서, 배양 상청액을 수집하였고 바이러스 역가(viral titer)는 MARC-145세포들에 대한 적정에 의해 결정되었다.
도 3은 돼지에서 PRRSV-CON의 복제를 증명하는 데이터를 나타낸 것이다. 도 3a는 감염 전 1일부터 감염 후 13일까지 측정된 직장 온도를 나타낸다. 도 3b는 접종 후 14일 이내의 평균 일간 무게 증가(average daily weight gain, ADWG)를 나타낸다. 도 3c는 상업적이고, 보편적으로 쓰이는 RT-qPCR(Tatracore Inc., Rockville, MD)에 의해 결정된 바이러스혈증 수준을 나타낸다. 도 3d는 IDEXX ELISA 에 의해 결정된, 접종 후의 항체 반응 수준을 나타내고, 횡 점선은 분석의 컷오프(cut-off)를 나타낸다.
도 4는 본 명세서에 개시된 PRRSV-CON가 PRRSV주 MN-184에 대항하여 제공하는 교차-보호를 입증하는 데이터이다. 도 4a는 교차보호평가 대상 바이러스 감염 이후 15일 이내의 평균 일간 무게 증가(ADWG)를 나타낸 것이다. 도 4b는 상업적이고, 보편적으로 쓰이는 RT-qPCR (Tetracore Inc., Rockville, MD)에 의해 결정된, 교차보호평가 대상 바이러스 감염 이후 바이러스혈증 수준을 나타낸 것이다. 도 4c는 상업적이고, 보편적으로 쓰이는 RT-qPCR (Tetracore Inc., Rockville, MD)에 의해 결정된 것으로서, 교차보호평가 대상 바이러스 감염 이후 15일째에 다른 조직들에서 채취된 바이러스의 총 RNA 수준을 나타낸 것이다. 도 4d는 내부적으로 개발된 분별 RT-qPCR에 의해 결정된, MN-184-특이적인 RNA 수준을 나타낸 것이다.
도 5는 PRRSV주 16244B에 대한 교차-보호를 입증하는 데이터이다. 도 5a는 교차보호평가 대상 바이러스 감염 이후 15일 이내 평균 일간 무게 증가(ADWG)를 나타낸 것이다. 도 5b 는 상업적이고, 보편적인 RT-qPCR (Tetracore Inc., Rockville, MD)에 의해 결정된, 교차보호평가 대상 바이러스 감염 이후 바이러스혈증 수준을 나타낸 것이다. 도 5c는 상업적이고, 보편적으로 쓰이는 RT-qPCR (Tetracore Inc., Rockville, MD)에 의해 결정된 것으로서, 교차보호평가 대상 바이러스 감염 이후 15일째에 다른 조직들에서 채취된 바이러스의 총 RNA 수준을 나타낸 것이다. 도 5d는 내부적으로 개발된 분별 RT-qPCR에 의해 결정된, 16244B-특이적인 RNA 수준을 나타낸 것이다.
비자연적으로 발생하는 돼지생식기호흡기증후군 바이러스(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV) 게놈은 PRRSV 분리체들의 큰 세트의 게놈 서열들을 사용하여 고안되었는데, 이는 미국 돼지 무리들 내에서 순환하는 PRRSV주의 가장 넓은 유전적 다양성을 나타내는 것이다. 비자연적으로 발생하는 PRRSV 게놈은 자연적으로 발생하는 어떠한 단일 PRRSV주와 비교할 때, PRRSV 현장 분리체(field-isolates)와 높은 유전적 유사성을 가지도록 만들어졌다.
돼지생식기호흡기증후군(Porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)은 돼지에서 경제적으로 가장 중요한 질병 중 하나이다. 임상증상은 임신돈의 번식 장애 및 젊은 돼지의 호흡기 질환을 포함한다. 이 질병은 다른 병원체가 동물에 함께 감염될 때 더욱 심각하다. 미국의 돼지 산업에 미치는 연간 손실은 2005년도에 약 5억 6천만 달러, 2011년도에 약 6억 4천만 달러에 이르는 것으로 평가되었다.
PRRS의 원인체는 PRRS 바이러스(PRRSV)라고 명명된 RNA 바이러스이다. PRRSV는 두 가지 주요 유전자형인 유럽형(타입 1)과 북아메리카형(타입 2)로 구별된다. 두 유전자형 간에는 교차-보호가 제한된다. 두 유전자형들의 각각에 포함되는 PRRSV 분리체 중에는, 고려할만한 유전적 변이가 존재한다. 중요한 점은, PRRSV주가 돼지에서 돼지로 연속적으로 옮겨갈 때 유전적 분화가 발생한다는 점이다. 이는 한 무리에서, 또는 PRRSV에 장기간 감염된 한 마리에서도 복수의 PRRSV 변이주의 공동 순환을 초래한다.
1994년 이래로 PRRSV 백신이 사용되고 있다. 현재 시장에서 판매되는 PRRSV 백신은 두 가지 타입이 있다. 변형 생 백신과 불활성화 백신이다. 나아가, PRRSV에 대한 다양한 구성 단위 백신들이 전세계 연구소에서 연구되고 있으나, 임상 적용에 대한 승인을 받은 것은 없다. 현재, PRRSV 백신들은 백신 면역원으로서 자연적으로 발생하는 PRRSV주를 사용하여 제조된다. 현재의 PRRSV 백신들은 PRRS 관리 및 근절에 충분히 효과적이지 못하다. 이들은 동종 보호에 대해서는 수용할만한 수준을 제공하나, 이종 교차-보호에 대한 일관된 보호를 제공하지는 못한다. PRRSV 분리체들의 광범위한 유전적 다양성이 현재 PRRSV 백신의 부최적화(sub-optimal)된 이종 보호에 대한 주요 원인이다.
본 명세서에 개시된 비자연적으로 발생하는 PRRSV-CON(PRRSV-consensus genome sequence)은 PRRSV 야생형주 FL12과 비교할 때, 다른 이종 PRRSV주에 대해 우수한 교차-보호력을 제공한다. 즉, 본 명세서에 개시된 PRRSV-CON은 보편적인 PRRSV 백신을 제조하는데 사용될 수 있다. 게다가, 본 명세서에 개시된 PRRSV-CON은 다양한 PRRSV 주에 대한 이종 보호의 기전을 연구하기 위한 중요한 수단을 제공한다.
핵산 및 폴리펩티드
PRRSV 게놈은 적어도 22개의 단백질을 암호화하는데, 14개의 비구조적 단백질 및 8개의 구조적 단백질이다. 본 명세서에는 비자연적으로 발생하는 PRRSV를 암호화하는 핵산이 개시된다. 서열번호 1은 PRRSV-CON의 게놈 서열을 나타낸다. 본 명세서에 개시된, 비자연적으로 발생하는 PRRSV는 자연적으로 발생하는 PRRSV 분리체와 가장 높은 정도의 유전적 동일성 가진다. 본 명세서에서 제공되는 PRRSV-CON 게놈 핵산(즉, 서열번호 1)은 다수의 다른 폴리펩티드를 암호화한다. 예를 들어, 서열번호 2로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 3으로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고 ; 서열번호 4로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 5로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화 하며 ; 서열번호 6으로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 7로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고 ; 서열번호 8로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 9로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하며; 서열번호 10로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 11로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고; 서열번호 12로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 13으로 나타나는 아미노산을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하며; 서열번호 14로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 15로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고; 서열번호 16으로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 17로 나타나는 아미노산을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하며; 서열번호 18로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 19로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고; 서열번호 20으로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 21로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하며; 서열번호 22로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 23으로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고; 서열번호 24로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 25로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하며; 서열번호 26 으로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 27로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고; 서열번호 28 로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 29로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하며; 서열번호 30 로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 31로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고; 서열번호 32 로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 33으로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하며; 서열번호 34 로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 35로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고; 서열번호 36 으로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 37로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하며; 서열번호 38 로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 39로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하고; 서열번호 40으로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 41로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화하며; 서열번호 42 로 나타나는 핵산 서열은 서열번호 43으로 나타나는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 서열을 암호화한다.
본 명세서에 개시된 바와 같이, 핵산들은 DNA 및 RNA를 포함하고, 하나 또는 그 이상의 뉴클레오티드 유사체(analogs) 또는 뉴클레오티드 골격 변형을 포함하는 핵산을 포함할 수 있다. 핵산은 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있고, 이는 보통 사용 의도에 따라 정해진다. 서열번호 1 내지 43과는 다른 핵산들 및 폴리펩티드들 또한 제공된다. 서열번호 1, 또는 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 또는 42 중 어느 것과 서열 면에서 다른 핵산은 서열번호 1, 또는 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 또는 42 중 어느 것과 적어도 80%의 서열 상동성(예를 들어, 적어도 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성)을 가질 수 있다. 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 또는 43 중 어느 것과 서열 면에서 다른 폴리펩티드는, 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 또는 43 중 어느 것과 적어도 80%의 서열 상동성(예를 들어, 적어도 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성)을 가질 수 있다.
서열 상동성의 퍼센트를 계산함에 있어, 두 서열들은 정렬하였고, 두 서열 간 동일하게 매치되는 뉴클레오티드나 아미노산 잔기의 수를 확인하였다. 동일한 매치의 수는 정렬된 구역의 길이(즉, 정렬된 뉴클레오티드나 아미노산 잔기의 수)에 의해 나누었고, 100을 곱하여 서열 상동성 퍼센트 수치를 도출하였다. 정렬된 구역의 길이는 가장 짧은 서열의 전장에까지 이르는 하나 또는 두 서열의 부분일 수 있다. 또한, 단일 서열은 하나 이상의 다른 서열과 정렬될 수 있고, 그에 따라 각각의 정렬된 구역에 따라 다른 퍼센트의 서열 상동성 수치를 가질 수 있다.
서열 상동성 퍼센트를 구하기 위한 둘 또는 그 이상의 서열의 정렬은 컴퓨터 프로그램인 ClustalW 및 기본 매개 변수를 사용하여 수행할 수 있고, 이는 핵산 또는 폴리펩티드 서열의 정렬이 전장에 걸쳐(전역 정렬) 수행되도록 해준다(Chenna et al., 2003, Nucleic Acids Res., 31(13):3497-500.). ClustalW는 쿼리와 하나 이상의 대상 서열 간에 최상의 매치를 계산하고, 이들을 정렬하여 상동성, 유사성 및 차이점들을 확인할 수 있도록 해준다. 서열 정렬을 극대화하기 위해, 일 이상의 잔기의 간극(gaps)이 쿼리 서열, 대상 서열, 또는 둘 모두에 삽입될 수 있다. 핵산 서열을 빠르게 쌍으로 정렬하기 위해 기본 매개 변수가 사용될 수 있다(즉, 단어 크기(word size): 2; 창크기(window size): 4; 스코어링 방법(scoring method): 퍼센트; 꼭대기 사선의 수(number of top diagonals): 4; 및 간극 페널티(gap penalty): 5); 핵산 서열의 다중 정렬을 위해 다음의 매개 변수가 사용될 수 있다: 간극 오프닝 페널티(gap opening penalty): 10.0; 간극 확장 페널티(gap extension penalty): 5.0; 및 웨이트 트랜지션(weight transitions): 있음(yes). 폴리펩티드 서열을 빠르게 쌍으로 정렬하기 위해, 다음의 매개 변수가 사용될 수 있다: 단어 크기(word size): 1; 창크기(window size): 5; 스코어링 방법(scoring method): 퍼센트; 꼭대기 사선의 수(number of top diagonals): 5; 및 간극 페널티(gap penalty): 3. 폴리펩티드 서열의 다중 정렬을 위해 다음의 매개 변수가 사용될 수 있다: 웨이트 매트릭스(weight matrix): blosum; 간극 오프닝 페널티(gap opening penalty): 10.0; 간극 확장 페널티(gap extension penalty): 0.05; 친수성 간극(hydrophilic gaps): on; 친수성 잔기(hydrophilic residues): Gly, Pro, Ser, Asn, Asp, Gln, Glu, Arg, 및 Lys; 및 잔기-특이적 간극 페널티(residue-specific gap penalties): on. 예를 들어, ClustalW는 월드와이드웹(World Wide Web)의 베일러 대학 의학 연구 런처(the Baylor College of Medicine Search Launcher) 웹사이트 또는 유럽 바이오인포매틱스 연구원(the European Bioinformatics Institute) 웹사이트에서 가동할 수 있다.
핵산 분자(예를 들어, 서열번호 1 또는 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 또는 42)로 변화가 도입될 수도 있고, 이로써 암호화되는 폴리펩티드(예를 들어, 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 또는 43)의 아미노산 서열에 변화가 일어날 수도 있다. 예를 들어, 돌연변이(예를 들어, 위치지정 돌연변이, PCR-매개 돌연변이)를 이용하여 또는 그러한 변화를 포함하는 핵산 분자를 화학적으로 합성하는 방법에 의해, 서열을 암호화하는 핵산으로 변화를 도입시킬 수도 있다. 그러한 핵산 변화는 하나 이상의 아미노산 잔기에서 보존성 및/또는 비보존성 아미노산 치환을 일으킬 수 있다. "보존성 아미노산 치환"은 한 아미노산 잔기를 비슷한 사이드 체인(side chain)을 가지는 다른 아미노산 잔기로 대체하는 것이고(예를 들어, Dayhoff et al. (1978, in Atlas of Protein Sequence and Structure, 5(Suppl. 3):345-352)를 참조, 이는 아미노산 치환에 대한 빈도표를 제공함), 비보존성 치환은 한 아미노산 잔기를 비슷한 사이드 체인(side chain)을 가지지 않는 다른 아미노산 잔기로 대체하는 것이다.
본 명세서에 개시된 바와 같이, "분리된” 핵산 분자는 분리된 핵산 분자의 근원인 유기체의 게놈에서 핵산의 한쪽 또는 양쪽 끝단을 자연적으로 플랭크(flank)하는 서열이 없는 핵산 분자이다(예를 들어, PCR 또는 제한 엔도뉴클레아제 소화 작용(restriction endonuclease digestion)에 의해 생산된 cDNA 또는 게놈 DNA 분절). 그러한 분리된 핵산 분자는 일반적으로 벡터(예를 들어, 클로닝 벡터, 또는 발현벡터)에 도입되는데 이는 이하에서 보다 세부적으로 논의하게 될, 조작의 편의나 핵산 분자의 융합을 일으키기 위함이다. 나아가, 분리된 핵산 분자는, 재조합 또는 합성 핵산 분자와 같은, 조작된 핵산 분자를 포함할 수 있다.
본 명세서에 개시된 "정제"된 폴리펩티드는 자연적으로 그를 동반하는 세포 구성성분(cellular components)으로부터 분리되었거나 정제된 폴리펩티드이다. 보통, 폴리펩티드는 그것이 자연적으로 관련된 폴리펩티드 및 자연적으로 발생하는 분자로부터 벗어나고, 건조 중량이 적어도 70%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%)일 때 "정제"된 것으로 여겨진다. 화학적으로 합성된 폴리펩티드는, 본질적으로, 자연적으로 이를 동반하는 구성성분으로부터 분리된 것이기 때문에, 합성된 폴리펩티드는 정제된 것이다.
핵산은 해당기술 분야에서 통상적으로 사용되는 기술을 이용하여 분리할 수 있다. 예를 들어, 핵산은 재조합 핵산 기술, 및/또는 연쇄중합반응(PCR)을 포함하는 어떠한 기술을 사용하여 분리할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 일반적인 PCR 기술은, 예를 들면, PCR Primer: A Laboratory Manual(Dieffenbach & Dveksler, Eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1995)에 기술되어 있다. 재조합 핵산 기술은, 예를 들면, 제한효소 소화 및 결찰을 포함하고, 이는 핵산을 분리하는데 사용될 수 있다. 또한, 분리된 핵산은 화학적으로 합성될 수도 있는데, 단일 핵산 분자 또는 일련의 올리고뉴클레오티드로 합성될 수 있다.
폴리펩티드는 DEAE 이온 교환, 겔 여과(gel filtration), 및 수산화 인회석 크로마토그래피(hydroxyapatite chromatography)와 같은 알려진 방법에 의해 자연적 원천(예를 들면, 생물학적 샘플)으로부터 정제할 수 있다. 또한, 폴리펩티드는, 예를 들어, 발현 벡터 내에 핵산을 발현시킴으로써 정제할 수도 있다. 게다가, 정제된 폴리펩티드는 화학적 합성으로도 얻을 수 있다. 폴리펩티드의 정제 정도는 다른 적절한 방법, 예를 들어 컬럼 크로마토그라피, 폴리아크릴아마이드 겔 전기영동 또는 HPLC 분석을 사용하여 측정할 수 있다.
또한, 핵산(예를 들어, 폴리펩티드를 암호화하는 핵산)을 포함하는 벡터가 제공된다. 발현 벡터를 포함하여, 벡터들은 상업적으로 이용가능하거나 재조합 DNA기술로 해당 기술분야에서 일상적으로 생산할 수 있는 것들이다. 핵산을 포함하는 벡터는 그러한 핵산에 실시 가능하도록 연결된 발현 요소를 가질 수 있고, 나아가 서열들을 포함할 수 있는데, 그러한 서열들은 선택가능한 마커(예를 들어, 항생물질 저항 유전자)를 암호화하는 것일 수 있다. 핵산을 포함하는 벡터는 키메라성 또는 융합 폴레펩티드(즉, 이종 폴리펩티드에 실시 가능하도록 연결된 폴리펩티드로서, 폴리펩티드의 N-말단 또는 C-말단에 있을 수 있다)를 암호화할 수 있다. 대표적인 이종 폴리펩티드는 암호화된 폴리펩티드(예를 들어, 6xHis tag, 글루타치온 S-트랜스퍼라제(glutathione S-transferase, GST))의 정제에 사용될 수 있는 것들이다.
발현 요소로는 서열을 코딩하는 핵산의 발현을 지정하고 조절하는 핵산 서열을 포함한다. 발현 요소의 일 예는 프로모터 서열이다. 또한, 발현 요소는 인트론, 인핸서 서열, 반응 요소, 또는 핵산의 발현을 조절하는 유도 요소를 포함할 수 있다. 발현 요소는 박테리아, 효모, 곤충, 포유류, 또는 바이러스 기원일 수 있고, 벡터는 다른 기원에서 유래된 요소의 조합을 포함할 수 있다. 본 명세서에 개시된, 실시 가능하도록 연결되었다는 것은 프로모터 또는 발현 요소가 핵산에 관하여 핵산의 발현을 지정하거나 조절할 수 있는 방식으로 벡터 내에 위치한다는 것을 의미한다(예를 들어, 인프레임(in-frame)). 생체 내(in vivo) 및 생체 외(in vitro)에서 핵산을 숙주 세포에 도입하는 다양한 방법이 해당 기술 분야의 통상의 기술자에게 잘 알려져 있으며, 이는 전기천공(electroporation), 인산칼슘 침전(calcium phosphate precipitation), 폴리에틸렌글리콜 변형(polyethylene glycol (PEG) transformation), 열충격(heat shock), 리포펙션(lipofection), 미세주사(microinjection), 및 바이러스-매개성 핵산 전이(viral-mediated nucleic acid transfer)를 포함하나, 이에 한정되지 않는다.
본 명세서에 개시된 벡터는 숙주세포에 도입될 수 있다. 본 명세서에 기재된, "숙주 세포"는 핵산이 도입되는 특정세포이고 또한 벡터를 운반하는 그러한 세포의 후손들을 포함한다. 숙주세포는 원핵 또는 진핵 세포 어느 것이라도 가능하다. 예를 들어, 핵산은 E. coli와 같은 미생물 세포, 또는 곤충 세포, 효모 또는 (중국 햄스터 난소 세포(Chinese hamster ovary cells, CHO) 또는 COS 세포와 같은) 포유류 세포에서 발현될 수 있다. 다른 적절한 숙주 세포는 해당 기술 분야의 통상의 기술자에게 잘 알려져 있다.
핵산은 증폭 기술 몇 가지(예를 들어, PCR Primer: A Laboratory Manual, 1995, Dieffenbach & Dveksler, Eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; 및 U.S. Patent Nos. 4,683,195; 4,683,202; 4,800,159; 및 4,965,188 참조)와 적절한 쌍의 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 프라이머)를 사용하여 검출할 수 있다. 원래의 PCR에 대한 몇 가지의 변형이 개발되어 왔는데, 이는 핵산을 검출하는데 사용될 수 있다.
혼성화를 이용하여 핵산을 검출할 수도 있다. 핵산 간의 혼성화는 Sambrook et al. (1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; Sections 7.37-7.57, 9.47-9.57, 11.7-11.8, 및 11.45-11.57)에서 세부적으로 논의된다. Sambrook et al.은 약 100 뉴클레오티드 미만의 올리고뉴클레오티드 프로브에 대한 적절한 서던 블럿 조건을 개시한다(Sections 11.45-11.46). 100 뉴클레오티드 미만의 길이를 가진 어느 서열과 이차 서열 간의 Tm 은 Section 11.46에 개시된 수학식을 사용하여 계산할 수 있다. Sambrook et al.은 부가적으로, 약 100 뉴클레오티드를 초과하는 올리고튜클레오티드 프로브에 대한 서던 블럿 조건에 대해서도 개시한다(Sections 9.47-9.54 참조). 100 뉴클레오티드를 초과하는 길이를 가진 어느 서열과 이차 서열 간의 Tm 은 Sambrook et al.의 Sections 9.50-9.51에 개시된 수학식을 사용하여 계산할 수 있다.
핵산을 포함하는 멤브레인(membranes)이 선혼성화(prehybridized) 및 혼성화되는 조건 뿐만 아니라 핵산을 포함하는 멤브레인을 세척(wash)하여 과도하게 그리고 비특이적으로 결합한 프로브를 제거하기 위한 조건은 혼성화의 엄격성(stringency) 면에서 중요한 역할을 한다. 그러한 혼성화 및 세척 과정은 온건하거나 높은 엄격성 조건 하에서 적절히 실시될 수 있다. 예를 들어, 세척 조건은 워시 용액(wash solutions)의 염분 농도를 줄이고/줄이거나 세척 과정이 수행되는 온도를 높여 더욱 엄격하게 실시될 수 있다. 간단한 예시로는, 높은 엄격성 조건은 보통 65°C에서 0.2X SSC인 멤브레인의 세척을 포함한다.
나아가, 혼성화의 양에 대한 해석은, 예를 들면, 표지된 올리고뉴클레오티드 프로브의 특정 활동에 의해, 프로브가 혼성화된 주형 핵산의 프로브-결합 자리의 수에 의해, 그리고 방사선 사진 또는 다른 검출 매체의 노출량에 의해 영향을 받을 수 있다. 비록 부동화 표적 핵산에 대한 프로브 핵산 분자의 혼성화를 평가하는데에 어떠한 수의 혼성화 및 세척 조건이 사용될 수 있다 하더라도, 동일한 혼성화, 세척, 및 노출 조건 하에서 표적 핵산에 대한 프로브의 혼성화를 평가하는 것이 더욱 중요함을 해당 분야의 통상의 기술자들은 금방 인식할 수 있다. 표적 핵산은 동일한 멤브레인 상에 있는 것이 바람직하다.
만약 어떤 핵산에 대한 혼성화가 다른 핵산에 대한 혼성화 보다 적어도 5-폴드 (예를 들어, 적어도 6-폴드, 7-폴드, 8-폴드, 9-폴드, 10-폴드, 20-폴드, 50-폴드, 또는 100-폴드)를 넘는다면, 핵산 분자는 다른 핵산이 아닌 그 어떤 핵산과 혼성화할 것으로 여겨진다. 혼성화의 양은 멤브레인 상에서 직접 정량화될 수 있고, 예를 들면 PhosphorImager 또는 Densitometer (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA)를 사용한 방사선 사진으로부터 정량화될 수도 있다.
폴리펩티드는 항체를 사용하여 검출할 수 있다. 항체를 이용하여 폴리펩티드를 검출하는 기술은 효소결합면역흡착측정법(enzyme linked immunosorbent assays, ELISAs), 웨스턴 블럿(Western blots), 면역침강법(immunoprecipitations) 및 면역형광법(immunofluorescence)을 포함한다. 항체는 다클론 또는 단클론일 수 있다. 폴리펩티드에 대한 특이적 결합 친화성을 가지는 항체는 해당 분야에 잘 알려진 방법을 사용하여 제작할 수 있다. 항체는 해당 분야에 알려진 방법을 이용하여 미량정량판(microtiter plate)과 같은 고체 지지체에 부착시킬 수 있다. 폴리펩티드의 존재 하에, 항체-폴리펩티드 복합체가 형성된다.
(예를 들어, 증폭 산물, 혼성화 복합체, 또는 폴리펩티드의) 검출은 보통 검출 가능한 라벨을 사용하여 달성된다. "라벨"이라는 용어는 직접적 라벨 뿐만 아니라 간접적 라벨의 사용도 포함하는 의도로 사용된 것이다. 검출 가능한 라벨은 효소, 보결분자단(prosthetic groups), 형광물질, 발광성 물질, 생물발광 물질, 및 방사성 물질을 포함한다.
PRRSV-CON 바이러스 입자의 제조방법 및 사용방법
PRRSV-CON 핵산에서 바이러스 입자를 제작(PRRSV-CON 바이러스 입자)하는 방법은 해당 기술분야에 알려져 있고, 본 명세서에서도 개시된다. 본 명세서에서 증명하였듯이, PRRSV-CON은 적절히 발현될 경우 자가 집합(self-assemble)을 통해 입자로 된다. PRRSV-CON은 생체 외 또는 생체 내에서 발현될 수 있고, 예를 들어 숙주세포 내에서 발현될 수 있다. 일 실시태양에 의하면, 숙주세포는 PRRSV-CON 핵산으로 감염시킬 수도 있고, 또는 PRRSV-CON 바이러스 입자로 감염시킬 수도 있다. 숙주세포는 돼지의 세포 (예를 들어, 돼지 폐포대식세포) 또는 아프리카 녹색원숭이 신장 유래 세포(예를 들어, MARC-145)일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바이러스 입자는, 예를 들어 초원심분리(ultracentrifugation) 등을 이용하여, 분리시킬 수 있다.
본 명세서에 개시된 PRRSV-CON 핵산, 폴리펩티드 또는 바이러스 입자는 돼지의 면역 반응을 일으키거나, 촉진 또는 조절하기 위해 사용될 수 있다. 그 방법은 보통 본 명세서에 개시된 PRRSV-CON 핵산, 폴리펩티드 또는 바이러스 입자를, 면역반응을 일으키기에 충분한 양으로, 돼지에 투여하는 것을 포함한다. 본 명세서에 개시된 "면역 반응"은 PRRSV-CON 핵산, 폴리펩티드 또는 바이러스 입자의 투여 이후 개체에서 일어난 반응을 뜻한다. 면역 반응은 예를 들면, 항체 반응 또는 세포 반응(예를 들어, 세포독성 T세포 반응)을 포함할 수 있다. PRRSV-CON 핵산, 폴리펩티드 또는 바이러스 입자는 돼지의 PRRS를 예방하기 위해, 예를 들어 예방백신으로, 사용되거나 PRRS에 대한 노출 또는 이환에 앞서 건강한 개체에서 PRRS에 대한 면역을 확립 또는 증진시키기 위해 사용될 수 있다. 즉, 상기 질병을 예방하거나 증상의 심각성을 완화시키기 위해 사용될 수 있다.
PRRSV-CON 핵산, 폴리펩티드 또는 바이러스 입자를 돼지에 투여하는 방법은 근육내(intramuscular, i.m.), 피하(subcutaneous, s.c.), 또는 폐내(intrapulmonary) 경로를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 또한, PRRSV-CON 핵산, 폴리펩티드 또는 바이러스 입자를 돼지에 투여하는 방법은, 기관내, 경피, 안구내, 비강내, 흡입, 체강내(intracavity), 및 정맥(intravenous, i.v.) 투여를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
PRRSV-CON 핵산, 폴리펩티드 또는 바이러스 입자의 유효량은, 예를 들면 항원이 발현된 것인지 직접 투여된 것인지 여부, 개체의 나이 및 무게, 치료를 필요로 하는 정확한 조건 및 이의 심각성, 및 투여 경로를 포함하는 다수의 요인에 따라 결정된다. 위의 요인들에 기초하여, 유효량 및 투여(예를 들어, 투여 횟수 및 투여 시기)에 대한 결정은 통상의 기술자의 수준 내에 있다.
조성물은 본 명세서에 개시된 PRRSV-CON 핵산, 폴리펩티드 또는 바이러스 입자 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함할 수 있다. 약학적으로 허용가능한 담체는 당업계에 알려져 있고, 예를 들면 완충제(예를 들어, 인산완충식염수(phosphate buffered saline, PBS), 일반 식염수, 트리스 완충액(Tris buffer), 및 인산나트륨) 또는 희석제를 포함한다. 본 명세서에 기재된 조성물은 수용액, 유화액, 겔, 용액, 현탁액, 또는 파우더로 제형화될 수 있다. 예를 들어, Remington’s Pharmaceutical Sciences, 16th Ed.(Osol, ed., Mack Publishing Co., Easton, Pa. (1980)), 및 Remington’s Pharmaceutical Sciences, 19th Ed.(Gennaro, ed., Mack Publishing Co., Easton, Pa. (1995))를 참조할 수 있다. 약학적으로 허용가능한 담체 이외에도, 본 명세서에 개시된 조성물은 결합제, 안정제, 보존제, 염, 부형제, 운반체 및/또는 부가제를 포함할 수 있다.
본 발명에 따르면, 통상의 분자생물학, 미생물학, 생화학 및 당업계 내의 재조합 DNA 기술이 이용될 수 있다. 그러한 기술은 문헌 내에서 충분히 설명된다. 본 발명은 하기 실시예를 통해 더 기술할 것이나, 청구항에 개시된 대상 방법 및 조성물의 범위를 제한하는 것은 아니다.
실시예
실시예 1: 인공 PRRSV -CON 게놈의 전산 설계
미국 중서부 주(아이오와주, 네브라스카주 및 일리노이주)에서 유래한 64개의 분리 PRRSV의 전체-게놈 시퀀스를 로슈 454(Roche 454)-GS-FLX 시퀀싱 기술을 이용하여 서열분석하였다. 또한, 미국에서 유래된 것으로서 20개가 넘는 분리 PRRSV의 전체-게놈 시퀀스를 GenBank로부터 수집하였다. 불필요한 시퀀스를 제거한 후, 최종 60개의 PRRSV 전체-게놈 시퀀스 세트를 추렸다. 60개의 PRRSV 전체-게놈 시퀀스를 MUSCLE 프로그램 (Edgar RC, 2004, BMC Bioinform., 5:113)을 사용하여 정렬시켰다. 그 후, Jalview 프로그램을 사용하여, 바이러스 게놈의 각 위치에서 가장 공통적으로 발견되는 뉴클레오티드를 선별함으로써 공통 게놈 시퀀스(consensus Genome sequence, PRRSV-CON)를 만들었다. 계통발생적 분석은 PRRSV-CON 게놈이 계통발생 트리의 바로 중심에 위치한다는 것을 나타낸다(도 1의 A 참조). 따라서, PRRSV-CON에서 각 자연발생 PRRSV주까지의 쌍별 유전적 거리는 각각의 자연발생 PRRSV 서로간의 거리 보다 상당히 짧다(p<0.0001) (도 1의 B 참조).
실시예 2: 감염성 PRRSV-CON 바이러스의 발생
일반적으로, 바이러스 게놈의 5’ 및 3’ 끝에서 시퀀스를 정확하게 결정하는 것은 어려운 일이다. 따라서, 실시예 1에서 분석된 자연발생 PRRSV 게놈의 5’ 및 3’ 비번역 구역(untranslated regions, UTRs)의 시퀀스는 정확하지 않을 수도 있음을 알았다. 수복된 감염성 바이러스의 변화를 증가시키기 위해, PRRSV-CON 게놈의 5’ 및 3’ UTRs을 감염성 cDNA 클론 FL12 (Truong et al., 2004, Virology, 325:308-19)의 5’ 및 3’ UTRs로 교체하였다. PRRSV-CON 게놈 전장을 포함하는 A 내지 D로 결정된 네 DNA 분절을 Genscript (Piscataway, NJ)를 이용하여 화학적으로 합성하였다. 클로닝을 촉진시키기 위해, 각각의 DNA분절을 제한효소 자리 한쌍과 배치하였다. 바이러스성 게놈의 시험관 전사를 촉진시키기 위해 T7 RNA폴리머라제 프로모터 시퀀스를 D분절의 바이러스성 5’ 끝의 앞에 결합시켰다(도 2a 참조). 각각의 DNA분절은 연속적으로 상응하는 제한효소 자리를 가지는 셔틀벡터에 클로닝시켰고, A분절부터 D분절까지의 순서에 따랐다. 전장 PRRSV-CON cDNA 클론을 만든 이후, 표준 역유전자 기술(standard reverse genetics techniques)을 적용하여 활성 PRRSV-CON 바이러스를 수복하였다.
간략하게, PRRSV-CON의 전장 cDNA 게놈을 포함하는 플라스미드는 선형화(linearization)를 위해 AclI에 의해 소화된다. 정제된 선형 DNA분절은, 전체 게놈 바이러스성 RNA전사를 일으키기 위해 mMESSAGEmMACHINE Ultra T7 kit (Ambion, Austin, TX)를 사용하는 생체외 전사반응을 위한 주형으로서 사용되었다. 그 후, TransIT®-mRNA Transfection Kit (Mirus Bio, Madison, WI)를 이용하여, 약 5 μg의 전체-게놈 RNA 전사체를 6-웰 플레이트에서 배양된 MARC-145 세포에 트랜스펙션시켰다. 10% FBS 를 함유하는 DMEM를 이용하여 트렌스펙션된 세포를 37℃, 5% CO2 조건에서 6일간까지 배양하였다. 트랜스펙션 후 4일차 내지 6일차 사이에 전형적으로 세포병변효과(cytopathic effect , CPE)가 관찰되었다. 명확한 CPE가 관찰되었을 때, 바이러스를 함유하는 배양 상청액을 수집하여 0.5 mL 분취액으로 80℃ 저장고 내에서 보관하였다(Truong et al., 2004, supra 참조).
실시예 3: PRRSV -CON 바이러스의 생체외 특성
상이한 PRRSV-특이적 단클론항체들과의 반응성을 연구하기 위해, MARC-145세포를 위감염(mock infected)시키거나 PRRSV-CON 바이러스 또는 PRRSV주 FL12로 감염시켰다. 감염 후(p.i.) 48시간째에 세포를 바이러스성 뉴클레오캡시드(N) 단백질 또는 바이러스 비구조적 단백질 1 베타(nonstructural protein 1 beta, nsp1b)에 특이적인 항체로 면역염색시켰다. 세포배양에서 바이러스의 성장 동력학을 연구하기 위해, MARC-145세포를, 0.01의 감염다중도(multiplicity of infection, MOI)로, PRRSV-CON 또는 FL12로 감염시켰다. 감염 후(p.i.) 다른 시점에서, 배양 상청액을 수집하여 MARC-145 세포의 적정에 의해 바이러스 역가를 측정하였다.
PRRSV-CON 바이러스는 전형적으로 자연발생 PRRSV주의 생체외 특성을 나타내었다. 이는 nsp1-베타 및 N 단백질에 대한 항체를 포함하여 각각 다른 PRRSV-특이적 단클론 항체들과 반응하였다(도 2b). 이는 세포 배양에서 효과적으로 복제되었고(도 2c), 명확하고 구별되는 플라크 형태를 형성할 수 있다(도 3d).
실시예 4: PRRSV -CON 바이러스는 자연 PRRSV주 만큼 효과적으로 돼지에 감염시킬 수 있다.
네브라스카 대학교의 연구농장에서 3주령의 PRRSV-혈청반응 음성인 돼지 총 18마리를 구매하였다. 돼지를 임의로 3개의 실험군으로 구별하고, 각 군은 연구동물 케어 및 이용 위원회(Institutional Animal Care and Use Committee)에 의해 확립된 규정에 따라, UNL에서 생체보안 수준2의 동물연구시설 내의 분리된 공간에 두었다. 1군의 돼지에게는 대조군으로서 PBS를 주입하였다. 2군과 3군의 돼지에게는 각각 PRRSV-CON 및 PRRSV 주 FL12를 105.0 TCID50 으로 근육내 접종하였다. 야생형 PRRSV 주인, FL12는 비교목적으로 본 연구에 포함된 것이다. 결과는 도 3으로 나타났다. 감염 후, PRRSV-CON 및 FL12를 접종한 군은 PBS군보다 상당히 높은 온도를 나타냈다(도 3a). 그러나, PRRSV-CON 접종군과 FL12 접종군 간에는 온도차이가 없었다. 감염 후 14일의 기간 동안 각각의 개별 돼지의 평균 일간 무게 증가(average daily weight gain, ADWG)를 측정하였다. PRRSV-CON 접종군 및 FL12 접종군이 PBS군보다 낮은 ADWG를 나타내는 경향이 있었으나, 세 군 간의 통계적으로 유의한 차이는 관찰되지 않았다(도 3b). PRRSV-CON 접종군 및 FL12 접종군 간의 바이러스혈증 수준은 거의 동일하였다(도 3c). 접종 후 11일째에 PRRSV-CON 접종군 및 FL12 접종군 내 모든 돼지는 혈청변환(seroconvert)되었다. PRRSV-CON 접종군의 항체 반응 수준은 FL12 접종군의 그것보다 약간 낮았다(도 3d). 이러한 결과는 PRRSV-CON이 PRRSV주 FL12만큼이나 효율적으로 자연숙주(즉, 돼지)를 감염시킬 수 있음을 입증한다.
실시예 5: PRRSV주 MN-184에 대한 교차-보호(Cross-Protection) 수준 평가
재료 및 방법
네브라스카 대학교 연구 농장에서 3주령의 PRRSV-혈청반응 음성인 돼지 총 18마리를 구입하였다. 돼지를 임의로 3개의 실험군으로 구별하고, 각 군은 연구동물 케어 및 이용 위원회(Institutional Animal Care and Use Committee)에 의해 확립된 규정에 따라, UNL에서 생체보안 수준2의 동물연구시설 내의 분리된 공간에 두었다. 1군은 PBS를 주사하고 비면역화 대조군으로 제공되었다. 2군은 PRRSV-CON를 마리당 104.0 TCID50의 투여양으로 근육내 주사하여 감염시키고 면역화시켰다. 3군은 야생형 PRRSV주 FL12를 마리당 104.0 TCID50의 투여량으로 근육내 주사하여 감염시키고 면역화시켰다(표 1 참조). 감염 후 53일 째에, 대조군 및 면역화 돼지 모두에 PRRSV 주 MN-184을 105.0 TCID50의 투여량으로 근육내 주사하였다. PRRSV-CON 바이러스 면역화에 의한 보호를 평가하기 위한 지표로, 성장 뿐만 아니라 바이러스혈증 및 여러 다른 조직에서의 바이러스량(viral load)를 포함시켰다.
PRRSV 주 MN-184에 대한 교차보호 수준을 평가하기 위한 실험 설계
군 면역화 교차보호 평가 대상
1 (n=6) PBS MN-184
(서브-그룹 2)
2 (n=6) PRRSV-CON
3 (n=6) PRRSV strain FL12
성장에 대한 평가를 위해, 각 돼지는 교차보호 평가 대상 바이러스의 감염 직전 및 감염 후 15일째에 각각 무게를 측정하였다. 체중은 파운드 단위로 기록하였다. 평균 일간 무게 증가(ADWG)는 교차보호 평가 대상 바이러스의 감염 후 15일 동안 계산하였다.
바이러스혈증 수준을 정량하기 위해, 교차보호 평가 대상 바이러스의 감염 직전, 그리고 감염 후 1, 4, 7, 10, 및 15일째에 혈액샘플을 채취하였다. 각 혈액 샘플에서 혈청 샘플을 추출하였고 -80도씨의 냉동고에 저장하였다. 바이러스혈증 수준은 사우스 다코타주립 대학교(South Dakota State University)의 동물질병연구 및 진단 연구소(the Animal Disease Research and Diagnostic Laboratory)에서 유니버설 RT-qPCR키트(the universal RT-qPCR kit, Tetracore Inc., Rockville, MD)를 사용하여 정량화하였다. 그 결과는 log10 copy/mL으로 나타내었다. 통계를 위해, 바이러스 RNA수준이 측정되지 않은 경우 0 log10 copy/mL으로 하였다.
조직 내 바이러스양의 수준을 정량하기 위해, 교차보호 평가 대상 바이러스의 감염 후 15일째에 돼지들을 인도적으로 희생시키고 부검하였다. 편도선, 폐, 종격림프절 및 서혜 림프절의 샘플을 채취하고 각각 Whirl-pak® bags에 보관하였다. 샘플은 수집 직후 액화질소에서 순간동결(snap-frozen)시켰다. 그 후, -80도씨의 냉동고에 저장하였다. RNA를 추출하기 위해, 조직 샘플들은, 3 mL Trizol 시약에 조직 300 mg의 비율로, Trizol 시약 (Life Technologies, Carlsbad, CA) 내에서 균질화시켰다. 총RNA는 RNeasy Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA)를 사용하여 제조자의 지시에 따라 추출하였다. RNA 농도는 NanoDrop®ND-1000 (NanoDrop Technologies, Inc., Wilmington, DE)를 이용하여 정량하였고, 최종 농도는 200 ng/μL로 조절하였다.
감염된 돼지의 조직 내에서 PRRSV가 집락화하여 감염 후 150일째에 이르기까지 존속할 정도로 잘 확인되었다. 실험에서, 조직 바이러스양은 교차보호 평가 대상 바이러스의 감염 후 15일째에 평가되었고, 이는 최초 감염 후 67일째에 해당하는 날이었다. 이 시기에, PRRSV-CON 및 FL12군의 돼지에는 여전히 최초 감염된 바이러스가 잔류할 것으로 여겨진다. 그래서, 조직 내 바이러스 RNA양을 정량하기 위해, 두 개의 다른 RT-PCR 키트를 사용하였는데, (i) 최초 감염 및 교차보호 평가 대상 바이러스 감염 모두에 의해 나타나는 총 바이러스 RNA를 검출하는 시중의 RT-qPCR 키트 (Tetracore Inc., Rockville, MD), (ii) 교차보호 평가 대상 바이러스 감염에 의한 바이러스 RNA만을 선택적으로 검출하는, 자체 개발한 분별 RT-PCR이 그것이다. (1 μg RNA와 동등한)5 μL의 각 RNA샘플을 각 RT-qPCR반응에 사용하였다. 결과는 log10 copy / 총RNA μg으로 나타내었다. 통계를 위해, 바이러스 RNA수준이 측정되지 않은 경우 0 log RNA copy / 총RNA 1 μg 으로 하였다.
결과
성장에 관한 결과는 도 4a로 나타내었다. PBS-, PRRSV-CON- 및 FL12에 의해 면역화된 군의 평균 ADWG는 각각 0.3 lbs (SD +/- 0.3), 0.9 lbs (SD +/- 0.6), 및 1.2 lbs (SD+/- 0.4)이었다. PRRSV-CON 및 FL12로 면역화된 군은 PBS-면역화 군보다 더 큰 ADWG를 나타내었다. PRRSV-CON 및 FL12로 면역화된 군 간에는 통계적으로 유의한 차이가 없었다.
교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후 바이러스혈증 수준은 도 4b 및 표 2로 나타내었다. PBS 면역화 군의 모든 돼지는 모든 시점에서 바이러스혈증이 나타났다. PRRSV-CON 면역화된 군은 3개체의 바이러스혈증 돼지가 있었고, 그 중 1개체는 2시점(4 DPC 및 7 DPC에서의 돼지 # 494)에서, 2 개체는 1시점(15 DPC 에서의 돼지 # 394 및 495)에서 바이러스혈증을 나타내었다. 이 군의 남은 3개체(돼지 # 345, 410 및 459)는 교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후 바이러스혈증이 나타나지 않았다. 이와 대조적으로, FL12 면역화 군의 경우 교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후 두 시점 이상에서 6개체 중 5개체에서 바이러스혈증이 나타났다. 이 군에서는 오직 1개체(돼지 # 440)만이 모든 시점에서 바이러스혈증이 없었다. 즉, PRRSV-CON 면역화 돼지의 바이러스혈증 수준은 FL12 면역화 군(p<0.05) 및 PBS 면역화 군(p<0.0001)에 비해 상당히 낮았다.
통상의 RT-qPCR키트로 정량한 총 바이러스 RNA의 양은 도 4c와 같다. 실험한 조직의 종류를 불문하고, PRRSV-CON 및 FL12 면역화 군이 PBS 면역화 군 보다 상당히 낮은 수준의 총 바이러스 RNA를 나타내었다. 그러나, 총 바이러스 RNA 면에서, PRRSV-CON 면역화 군 및 FL12 면역화 군 간에는 차이가 없었다.
분별 RT-qPCR로 정량한 MN-184 특이적 RNA의 양은 도 4d로 나타냈다. PBS 면역화 군 내 모든 돼지는 조직 내에서 MN-184 RNA를 가지고 있었다. FL12 면역화 군의 4개체는 편도선 및 종격림프절에서 MN-184 RNA가 확인되었고, 5개체는 서혜 림프절에서 MN-184 RNA가 확인되었다. 놀랍게도, PRRSV-CON 면역화 군에서는 조직 내에서 MN-184 RNA가 검출된 개체가 한 마리도 없었다.
종합하면, 이러한 결과는, 비자연적으로 발생된 PRRSV-CON으로 감염시킨 이유기의 돼지의 면역화가, PRRSV주 FL12에 의한 면역화 보다, PRRSV주 MN-184의 감염에 대해 상당히 나은 교차 보호 효과를 나타냄을 입증한다.
교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후 바이러스혈증 (log10 copy/mL)
처치 돼지 ID 교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후 일자(Day post-challenge infection, DPC)
0 DPC 1 DPC 4 DPC 7 DPC 10 DPC 15 DPC
1군
(PBS 주사(“면역화”))		 365 0.00 4.94 5.43 5.45 6.79 6.32
389 0.00 6.26 6.08 5.40 7.60 6.93
407 0.00 4.91 6.00 5.86 7.56 6.75
416 0.00 6.20 6.04 5.20 7.18 6.78
417 0.00 5.18 5.59 4.86 5.90 6.45
435 0.00 5.83 5.08 5.94 5.57 5.36
Mean 0.00 5.55 5.70 5.45 6.77 6.43
SD 0.00 0.62 0.40 0.40 0.86 0.57
2군
(PRRSV-CON 감염에 의한 면역화)		 345 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
394 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.58
410 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
459 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
494 0.00 0.00 3.58 5.98 0.00 0.00
495 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2.98
Mean 0.00 0.00 0.60 1.00 0.00 0.93
SD 0.00 0.00 1.46 2.44 0.00 1.44
3군
(FL12감염에 의한 면역화)		 349 0.00 0.00 2.81 2.92 0.00 0.00
381 0.00 0.00 0.00 3.04 2.86 0.00
440 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
455 0.00 0.00 4.18 4.34 0.00 0.00
487 0.00 3.59 5.28 2.40 5.60 2.68
507 0.00 2.32 5.56 3.70 0.00 0.00
Mean 0.00 0.99 2.97 2.73 1.41 0.45
SD 0.00 1.58 2.50 1.50 2.35 1.09
실시예 6: PRRSV주 16244B에 대한 교차 보호 수준 평가
재료 및 방법
상기 실시예 5와 같은 방법으로 실험을 설계하였다. UNL 연구 농장에서 3주령의 PRRSV-혈청반응 음성인 돼지 총 18마리를 구입하였다. 돼지를 임의로 3개의 실험군으로 구별하고, 각 군은 연구동물 케어 및 이용 위원회(Institutional Animal Care and Use Committee)에 의해 확립된 규정에 따라, UNL에서 생체보안 수준2의 동물연구시설 내의 분리된 공간에 두었다. 1군은 대조군으로서 PBS를 주사하였다. 2군은 PRRSV-CON를 마리당 104.0 TCID50의 투여양으로 근육내 주사하여 감염시키고 면역화시켰다. 3군은 야생형 PRRSV주 FL12를 마리당 104.0 TCID50의 투여량으로 근육내 주사하여 감염시키고 면역화시켰다(표 3 참조). 3군의 한 마리(돼지 # 543) 및 2군의 한 마리(돼지 # 435) 는 파행(lameness) 때문에, 최초 감염 후 14일째 및 23일째에 각각 연구에서 배제하였다. 감염 후 52일 째에, 대조군 및 면역화 돼지 모두에 PRRSV 주 16244B 을 105 .0 TCID50의 투여량으로 근육내 주사하였다. PRRSV-CON 바이러스 면역화에 의한 보호를 평가하기 위한 지표로서, 성장 뿐만 아니라 바이러스혈증 및 여러 다른 조직에서의 바이러스량(viral load)를 포함시켰고, 이는 상기 실시예 5에서와 마찬가지로 측정되었다.
PRRSV주 16244B에 대한 교차 보호 수준을 평가하기 위한 실험 설계
군 면역화 교차보호 평가 대상
1 (n = 6) PBS 16244B
(서브 그룹 3)
2 (n = 6) PRRSV-CON
3 (n = 6) PRRSV strain FL12
결과
성장에 관한 결과는 도 5a로 나타내었다. PBS-, PRRSV-CON-, 및 FL12 면역화 군의 평균 ADWG는 각각 1.1 lbs (SD +/- 0.3), 1.6 lbs (SD +/- 0.1), 및 0.8 lbs (SD+/- 0.3)였다. PRRSV-CON 면역화 군은 PBS 면역화 군 및 FL12 면역화 군보다 큰 ADWG를 나타내었다. 반면, FL12 면역화 군은 PBS 면역화 군과 통계적으로 유의한 차이가 없었다.
교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후 바이러스혈증 수준은 도 5b 및 표 4로 나타내었다. PBS 면역화 군의 모든 돼지는 모든 시점에서 바이러스혈증을 나타내었다. PRRSV-CON 면역화 군의 5개체 중 2개체(돼지 # 442 및 445)는 최초 감염 후 52일째에 바이러스 RNA가 여전히 혈청 샘플에서 검출됨에 따라, 그때까지 바이러스혈증을 극복하지 못한 것으로 나타났다. 교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후, PRRSV-CON 면역화 군의 3개체는 1시점에서만 바이러스혈증을 나타냈다. 이 군의 남은 두 개체(돼지 # 436 및 438)는 교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후, 15일 동안 바이러스혈증을 나타내지 않았다. 대조적으로, FL12 면역화 군의 모든 돼지는 최초 감염 후 52일째에 바이러스혈증을 극복하였다. 교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후, 이 군의 모든 돼지는 바이러스혈증을 나타내었다. 즉, PRRSV-CON 면역화 군의 바이러스혈증 수준은 FL12 면역화 군(p<0.0001) 또는 PBS 면역화 군(p<0.0001)보다 상당히 낮았다.
시중의 RT-qPCR키트(Tetracore Inc., Rockville, MD)에 의한 총 바이러스 RNA 정량의 결과는 도 5c와 같다. 조직 타입을 불문하고, PRRSV-CON 면역화 군 및 FL12 면역화 군 둘다 PBS 면역화 군보다 상당히 낮은 총 바이러스 RNA 함량을 나타내었다. 그러나, 총 바이러스 RNA면에서, PRRSV-CON 면역화 군과 FL12 면역화 군 간에는 통계적으로 유의한 차이는 없었다.
분별 RT-qPCR에 의해 정량된 16244B-특이적 RNA에 대한 결과는 도 5d와 같다. 비록 FL12 면역화 군의 16244B RNA 수준이 PBS 면역화 군의 수준보다 낮긴 했으나, PBS 면역화 군 및 FL12 면역화 군의 모든 개체는 16244B-특이적 RNA를 그들의 조직에 가지고 있었다. 이와 대조적으로, PRRSV-CON 면역화 군에서는 1개체만 서혜 림프절에서 16244B-특이적 RNA 가 나타났고, 나머지 4개체에서는 16244B-특이적 RNA가 나타나지 않았다.
종합하면, 이러한 결과는, 비자연적으로 발생시킨 PRRSV-CON으로 감염시킨 이유기 돼지의 면역화가, PRRSV주 FL12에 의한 면역화보다, PRRSV주 16244B의 감염에 대해 상당히 나은 교차 보호 효과를 나타냄을 입증한다.
교차보호 평가 대상 바이러스 감염후 바이러스혈증 수준(log10 copy/mL)
처리 돼지 ID 교차보호 평가 대상 바이러스 감염 후 일자
0 DPC 1 DPC 4 DPC 7 DPC 11 DPC 14 DPC
1군
(PBS 주사)　
　
　		 440 0.00 6.62 6.99 6.79 6.15 4.67
441 0.00 6.61 6.93 7.11 5.79 4.81
544 0.00 6.85 6.82 6.96 3.91 5.68
545 0.00 7.11 7.41 7.11 6.81 5.93
546 0.00 6.74 7.45 7.30 5.67 5.40
547 0.00 6.77 7.51 7.36 6.73 5.52
Mean 0.00 6.78 7.18 7.11 5.84 5.34
SD 0.00 0.18 0.30 0.21 1.06 0.50
　
2군
(PRRSV-CON 주사에 의한 면역화)　
　
　		 435 최초 감염 후 23일째에 실험에서 배제
436 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
437 0.00 2.48 0.00 0.00 0.00 0.00
438 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
442 2.81 0.00 0.00 0.00 0.00 2.93
445 3.00 3.32 0.00 0.00 0.00 0.00
Mean 1.16 1.16 0.00 0.00 0.00 0.59
SD 1.59 1.62 0.00 0.00 0.00 1.31
　
3군
(FL12주사에 의한 면역화)		 439 0.00 4.34 6.78 3.54 2.48 0.00
444 0.00 3.04 6.58 0.00 0.00 0.00
446 0.00 5.26 4.84 0.00 0.00 0.00
526 0.00 2.98 4.40 4.15 0.00 0.00
540 0.00 3.90 4.18 5.08 3.95 0.00
543 최초 감염 후 14일째에 실험에서 배제
Mean 0.00 3.90 5.35 2.55 1.29 0.00
SD 0.00 0.95 1.23 2.39 1.84 0.00
본 명세서에 기재된 대상의 방법 및 조성물은 여러 다른 측면과 결합하여 개시되어 있는데, 다양한 측면의 상기 개시는 예시를 위한 것이고 대상의 방법 및 조성물의 범위를 한정하려는 것이 아닌 것으로 이해될 것이다. 다른 측면, 이익 및 변형이 이하 청구항의 범위 내에 포함된다.
개시된 방법 및 조성물은 개시된 방법 및 조성물의 제품이거나, 그 제품에 사용할 수 있거나, 그 제품과의 결합에 사용할 수 있거나, 또는 그 제품의 제조에 사용할 수 있다. 이러한 재료들 그리고 다른 재료들도 본 명세서에 개시된 것이고, 이러한 방법 및 조성물의 조합, 부분집합, 상호작용, 그룹 등도 개시된 것으로 이해된다. 즉, 이러한 조합 및 방법의 각각의 다양한 개별 및 집합적 조합과 순열에 대한 특정적인 참조가 명확하게 개시되지 않았을지라도, 이들은 구체적으로 고려될 수 있고 본 명세서에 개시된 것으로 볼 것이다. 예를 들어, 대상에 대한 특정 조성물이나 특정 방법이 개시되고 논의되며 다수의 조성물이나 방법이 논의된다면, 특별히 반대로 명확하게 개시하지 않은 한, 조성물 및 방법 각각 및 모든 조합과 순열은 구체적으로 고려되는 것이다. 게다가, 그 부분집합이나 이들의 조합 또한 구체적으로 고려되고 개시된 것이다.
<110> NUtech Ventures LAEGREID, William W. <120> Method for Development of a Porcine Reproductive and Respiratory Virus Vaccine <130> IF16P211/US <150> US 61/968,465 <151> 2014-03-21 <160> 43 <170> FastSEQ for Windows Version 4.0 <210> 1 <211> 15456 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 1 atgacgtata ggtgttggct ctatgccatg acatttgtat tgtcaggagc tgcgaccatt 60 ggtacagccc aaaactagct gcacagaaaa cgcccttctg tgacagccct cttcagggga 120 gcttaggggt ctgtccctag caccttgctt ccggagttgc actgctttac ggtctctcca 180 accctttaac catgtctggg atacttgatc ggtgcacgtg tacccccaat gccagggtgt 240 ttatggcgga gggccaagtc tactgcacac gatgtctcag tgcacggtct ctccttcctc 300 tgaatctcca agttcctgag ctcggggtgc tgggcctatt ttacaggccc gaagagccac 360 tccggtggac gttgccacgt gcattcccca ctgtcgagtg ctcccccgcc ggggcctgct 420 ggctttctgc gatctttcca attgcacgaa tgaccagtgg aaacctgaac tttcaacaaa 480 gaatggtgcg ggtcgcagct gagctttaca gagccggcca gctcacccct gcagtcttga 540 aggctctaca agtttatgaa cggggttgcc gctggtaccc cattgttgga cctgtccctg 600 gagtggccgt tttcgccaac tccctacatg tgagtgataa acctttcccg ggagcaactc 660 atgtgttaac caacctgccg ctcccgcaga ggcccaagcc tgaagacttt tgcccctttg 720 agtgtgctat ggctgacgtc tatgacattg gtcatgacgc cgtcatgtat gtggccgaag 780 ggaaagtctc ctgggcccct cgtggcgggg atgaagggaa atttgaaact gtccccgagg 840 agttgaagtt gattgcgaac cgactccaca tctccttccc gccccaccac gcagtggaca 900 tgtctaagtt tgccttcata gcccctggga gtggtgtttc catgcgggtc gagtgccaac 960 acggctgcct ccccgctgac actgtccctg aaggcaactg ctggtggcgc ttgtttgact 1020 tgctcccact ggaagttcag aacaaagaaa ttcgccatgc taaccaattt ggctatcaga 1080 ccaagcatgg tgtcgctggc aagtacctac agcggaggct gcaagttaat ggtctccgag 1140 cagtgactga cccaaatgga cctatcgtcg tacagtattt ctctgttaag gagagctgga 1200 tccgccactt aagactggcg gaagaaccta gcctccctgg gtttgaggac ctcctcagaa 1260 taagggttga gcccaacacg tcgccattgg ctgacaagga tgagaaaatc ttccggtttg 1320 gcagtcacaa gtggtacggt gctggaaaga gggcaaggaa agcacgctct ggtgcgactg 1380 ccacagtcgc tcaccgcgct ttgcccgctc gtgaaaccca gcaggccaag aagcacgagg 1440 ttgccagcgc caacaaggct gagcatctca agcactattc cccgcctgcc gacgggaact 1500 gtggttggca ctgcatttcc gccatcgcca accggatggt gaattccaaa tttgaaacca 1560 cccttcccga aagagtgaga ccttcagatg actgggctac tgacgaggat cttgtgaata 1620 ccatccaaat cctcaggctc cctgcggcct tggacaggaa cggtgcttgt gctagcgcca 1680 agtacgtgct taagctggaa ggtgagcatt ggactgtctc tgtgacccct gggatgtccc 1740 cttctttgct cccccttgaa tgtgttcagg gctgttgtga gcataagggc ggtcttggtt 1800 ccccagatgc ggtcgaagtt tccggatttg accctgcctg ccttgaccga ctggctgagg 1860 tgatgcactt gcctagcagt gccatcccag ccgctctggc cgaaatgtcc ggcgacccca 1920 atcgtccggc ttccccggtc accactgtgt ggactgtttc gcagttcttt gcccgtcaca 1980 gaggaggaga gcaccctgat caggtgtgct tagggaaaat catcagcctt tgtcaggtga 2040 ttgaggaatg ctgctgttcc cagaacaaaa ccaaccgggt caccccggaa gaggtcgcgg 2100 caaagattga ccagtacctc cgtggtgcaa caagtcttga agaatgcttg gccaggcttg 2160 agagggctcg cccgccgagc gcaatggaca cctcctttga ttggaatgtt gtgctccctg 2220 gggttgaggc ggcaactcag acaaccaaac agccccatgt caaccagtgc cgcgctctgg 2280 tccctgtcgt gactcaagag tctttggaca aagactcggt ccctctgacc gccttctcgc 2340 tgtctaattg ctactaccct gcacaaggtg acgaggttcg tcaccgtgag aggctaaact 2400 ccgtgctctc taagttggag gaggttgttc gtgaggaata tgggctcacg ccaactggac 2460 ctggcccgcg acccgcactg ccgaacgggc tcgacgaact taaagaccag atggaggagg 2520 atctgctgaa actagtcaac gcccaggcaa cttcagaaat gatggcctgg gcagccgagc 2580 aggttgatct aaaagcttgg gtcaaaaact acccacggtg gacaccgcca ccccctccac 2640 caagagttca gcctcgaaaa acgaagtctg tcaagagctt gccagagaac aagcctgtcc 2700 ctgctccgcg caggaaggtc agatctgatt gtggcagccc gattttaatg ggcgacaatg 2760 tccctaacag ttgggaagat ttggctgttg gtggccccct tgatctctcg acaccacccg 2820 agccgatgac acctctgagt gagcctgcac ttatgcccgc gttgcaacat atttctaggc 2880 cagtgacacc tttgagtgtg ccggccccaa ttcctgcacc gcgcagagct gtgtcccgac 2940 cggtgacgcc ctcgagtgag ccaatttctg tgtctgcacc gcgacataaa tttcagcagg 3000 tggaagaagc gaatctggcg gcagcaacgc tgacgtacca ggacgaaccc ctagatttgt 3060 ctgcatcctc acagactgaa tatgaggctt ctcccctagc accactgcag aacatgggta 3120 ttctggaggt gggggggcaa gaagctgagg aaattctgag tgaaatctcg gacataccga 3180 atgacatcaa ccctgcgcct gtgtcatcaa gcagctccct gtcaagcgtt aagatcacac 3240 gcccaaaata ctcagctcaa gccatcatcg actcgggcgg gccctgcagt gggcatctcc 3300 aaaaggaaaa agaagcatgc ctcagcatca tgcgtgaggc ttgtgatgcg actaagcttg 3360 gtgaccctgc cacgcaggaa tggctttctc gcatgtggga tagggtggac atgctgactt 3420 ggcgcaacac gtctgcttac caggcgtttc gcaccttaga tggcaggttt gagtttctcc 3480 caaagatgat actcgagaca ccgccgccct acccgtgtgg gtttgtgatg ctgcctcaca 3540 cgcctgcacc ttccgtgggt gcggagagcg accttaccat tggttcagtc gccactgaag 3600 atgttccacg catcctcggg aaaatagaaa atgccggcga gatgaccaac cagggaccct 3660 tggcatcctc cgaggaagaa ccggcagacg accaacctgc caaagactcc cggatatcgt 3720 cgcgggggtt tgacgagagc acagcagctc cgtccgcagg cacaggtggc gccggcttat 3780 ttactgattt gccaccttca gacggtgtag atgcggacgg gggggggccg ttacagacgg 3840 taaaaaagaa agctgaaagg ctcttcgacc aattgagccg tcaggttttt aacctcgtct 3900 cccatctccc tgttttcttc tcacacctct tcaaatctga cagtggttat tctccgggtg 3960 attggggttt tgcagctttt actctatttt gcctcttttt atgttacagt tacccattct 4020 ttggttttgc tcccctcttg ggtgtgtttt ctgggtcttc tcggcgcgtg cgcatggggg 4080 tttttggctg ctggttggct tttgctgttg gtctgttcaa gcctgtgtcc gacccagtcg 4140 gcactgcttg tgagtttgat tcgccagagt gtaggaacgt ccttcattct tttgagcttc 4200 tcaaaccttg ggaccctgtt cgcagccttg ttgtgggccc cgtcggtctc ggtcttgcca 4260 ttcttggcag gttactgggc ggggcacgct acatctggca ttttttgctt aggcttggca 4320 ttgttgcaga ctgtatcttg gctggagctt atgtgctttc tcaaggtagg tgtaaaaagt 4380 gctggggatc ttgtataaga actgctccta atgagatcgc ctttaacgtg ttccctttta 4440 cacgtgcgac caggtcgtca ctcatcgacc tgtgcgatcg gttttgtgcg ccaaaaggca 4500 tggaccccat tttcctcgcc actgggtggc gcgggtgctg gaccggccga agccccattg 4560 agcaaccctc tgaaaaaccc atcgcgtttg cccagttgga tgaaaagaag attacggcta 4620 ggactgtggt cgcccagcct tatgacccca accaagccgt aaagtgcttg cgggtgttac 4680 aggcgggtgg ggcgatggtg gctgaggcag tcccaaaagt ggtcaaggtt tccgctattc 4740 cattccgagc cccctttttt cccaccggag tgaaagttga ccctgagtgc aggatcgtgg 4800 ttgaccccga cactttcact acagctctcc ggtctggcta ctccaccaca aacctcgtcc 4860 ttggtgtggg ggactttgcc cagctgaatg gattaaaaat caggcaaatt tccaagcctt 4920 caggaggagg cccacacctc attgctgccc tgcatgttgc ctgctcgatg gcgttgcaca 4980 tgcttgctgg gatttatgta actgcagtgg ggtcttgcgg taccggcacc aacgatccgt 5040 ggtgcactaa cccgtttgcc gtccctggct acggacctgg ctctctctgc acgtccagat 5100 tgtgcatctc ccaacatggc cttaccctgc ccttgacagc acttgtggca ggattcggtc 5160 ttcaggaaat tgccttggtt gttttgattt tcgtttccat cggaggcatg gctcacaggt 5220 tgagttgcaa ggctgatatg ctgtgcgttt tacttgcaat cgccagctat gtttgggtac 5280 cccttacctg gttgctttgt gtgtttcctt gctggttgcg ctggttctct ttgcaccccc 5340 tcaccatcct atggttggtg tttttcttga tttctgtaaa tatgccttca ggaatcttgg 5400 ccgtggtgtt gttggtttct ctttggcttc taggtcgtta tactaatgtt gctggtcttg 5460 tcacccccta tgacattcat cattacacca gtggcccccg cggtgttgcc gccttggcta 5520 ccgcaccaga tgggacctac ttggccgctg tccgccgcgc tgcgttgact ggccgcacca 5580 tgctgtttac cccgtctcag cttgggtccc ttcttgaggg tgctttcaga actcaaaagc 5640 cctcactgaa caccgtcaat gtggtcgggt cctccatggg ctctggcggg gtgttcacca 5700 tcgacgggaa aattaagtgc gtaactgccg cacatgtcct tacgggtaat tcagctaggg 5760 tttccggggt cggcttcaat caaatgcttg actttgatgt aaaaggggac ttcgccatag 5820 ctgattgccc gaattggcaa ggggctgctc ccaagaccca attctgcaag gatggatgga 5880 ctggccgtgc ctattggctg acatcctctg gcgtcgaacc cggtgtcatt gggaatggat 5940 tcgccttctg cttcaccgcg tgcggcgatt ccgggtcccc agtgatcacc gaagccggtg 6000 agcttgtcgg cgttcacaca ggatcaaaca aacaaggagg aggcattgtc acgcgcccct 6060 caggccagtt ttgtaatgtg gcacccatca agctgagcga attaagtgaa ttctttgctg 6120 gacctaaggt cccgctcggt gatgtgaagg ttggcagcca cataattaaa gacataagcg 6180 aggtgccttc agatctttgc gccttgcttg ctgccaaacc cgaactggaa ggaggcctct 6240 ccaccgtcca acttctgtgt gtgtttttcc tcctgtggag aatgatggga catgcctgga 6300 cgcccttggt tgctgtgggt ttttttatct tgaatgaggt tctcccagct gtcctggtcc 6360 ggagtgtttt ctcctttgga atgtttgtgc tatcttggct cacaccatgg tctgcgcaag 6420 ttctgatgat caggcttcta acagcagctc ttaacaggaa cagatggtca cttgcctttt 6480 acagcctcgg tgcagtgacc ggttttgtcg cagatcttgc ggcaactcag gggcatccgt 6540 tgcaggcagt gatgaattta agcacctatg ccttcctgcc tcggatgatg gttgtgacct 6600 caccagtccc agtgattgcg tgtggtgttg tgcacctcct tgccataatt ttgtacttgt 6660 ttaagtaccg ttgcctgcac aatgtccttg ttggcgatgg agtgttctct gcggctttct 6720 tcttgcgata ctttgccgag ggaaagttga gggaaggggt gtcgcaatcc tgcgggatga 6780 atcatgagtc actgactggt gccctcgcta tgagactcaa tgacgaggac ttggatttcc 6840 ttacgaaatg gactgatttt aagtgctttg tttctgcgtc caacatgagg aatgcagcgg 6900 gccaattcat cgaggctgcc tatgctaaag cacttagagt agaacttgcc cagttggtgc 6960 aggttgataa ggttcgaggt actttggcca aacttgaagc ttttgctgat accgtggcac 7020 cccaactctc gcccggtgac attgttgttg ctcttggcca cacgcctgtt ggcagtatct 7080 tcgacctaaa ggttggtagc accaagcata ccctccaagc cattgagacc agagtccttg 7140 ccgggtccaa aatgaccgtg gcgcgcgtcg ttgacccaac ccccacgccc ccacccgcac 7200 ccgtgcccat ccccctccca ccgaaagttc tggagaatgg ccccaacgcc tggggggatg 7260 aggaccgttt gaataagaag aagaggcgca ggatggaagc cgtcggcatc tttgttatgg 7320 gcgggaagaa gtaccagaaa ttttgggaca agaattccgg tgatgtgttt tatgaggagg 7380 tccatgataa cacagatgcg tgggagtgcc tcagagttgg cgaccctgcc gactttgacc 7440 ctgagaaggg aactctgtgt gggcatacca ccattgaaga taaggcttac aatgtctacg 7500 cctccccatc tggcaagaag ttcctggtcc ccgtcaaccc agagagcgga agagcccaat 7560 gggaagctgc aaagctttcc gtggagcagg cccttggcat gatgaatgtc gacggtgaac 7620 tgacagccaa agaactggag aaactgaaaa gaataattga caaactccag ggcctgacta 7680 aggagcagtg tttaaactgc tagccgccag cggcttgacc cgctgtggtc gcggcggctt 7740 ggttgttact gagacagcgg taaaaatagt caaatttcac aaccggacct tcaccctagg 7800 acctgtgaat ttaaaagtgg ccagtgaggt tgagctaaaa gacgcggtcg agcacaacca 7860 acacccggtt gcaagaccgg ttgatggtgg tgttgtgctc ctgcgctccg cagttccttc 7920 gcttatagac gtcttgatct ccggtgctga tgcatctccc aagttactcg cccgccacgg 7980 gccgggaaac actgggatcg atggcacgct ttgggatttt gaggccgaag ccaccaaaga 8040 ggaaatcgca ctcagtgcgc aaataataca ggcttgtgac attaggcgcg gcgacgcacc 8100 tgaaattggt ctcccttaca agctgtaccc tgttaggggc aaccctgagc gggtaaaagg 8160 agttttgcag aatacaaggt ttggagacat accttacaaa acccccagtg acactggaag 8220 cccagtgcac gcggctgcct gcctcacgcc caatgccact ccggtgactg atgggcgctc 8280 cgtcttggcc acgaccatgc cctccggttt tgagttgtat gtaccgacca ttccagcgtc 8340 tgtccttgat tatcttgatt ctaggcctga ctgccccaaa cagttgacag agcacggctg 8400 tgaggatgcc gcattgagag acctctccaa gtatgacttg tccacccaag gctttgtttt 8460 gcctggagtt cttcgccttg tgcgtaagta cctgtttgcc catgtgggta agtgcccgcc 8520 cgttcatcgg ccttccactt accctgccaa gaattctatg gctggaataa atgggaacag 8580 gtttccaacc aaggacattc agagcgtccc tgaaatcgac gttctgtgcg cacaggccgt 8640 gcgagaaaac tggcaaactg ttaccccttg taccctcaag aaacagtatt gcgggaagaa 8700 gaagactagg acaatactcg gcaccaataa cttcattgcg ctggcccacc gggcagcgtt 8760 gagtggtgtc acccagggct tcatgaaaaa ggcgtttaac tcgcccatcg ccctcgggaa 8820 aaacaaattt aaggagctac agactccggt cttgggcagg tgccttgaag ctgatcttgc 8880 atcctgcgat cgatccacac ctgcaattgt ccgctggttt gccgccaatc ttctttatga 8940 acttgcctgt gctgaagagc atctaccgtc gtacgtgctg aactgctgcc acgacttact 9000 ggtcacgcag tccggcgcag tgactaagag aggtggcctg tcgtctggcg acccgatcac 9060 ttctgtgtcc aacaccattt acagcttggt gatatatgca cagcacatgg tgctcagtta 9120 ctttaaaagt ggtcaccccc atggccttct gtttctacaa gaccagctaa agtttgagga 9180 catgctcaag gttcaacccc tgatcgtcta ttcggacgac ctcgtgctgt atgccgagtc 9240 tcccaccatg ccaaactacc actggtgggt tgaacatctg aacctgatgc tgggttttca 9300 gacggaccca aagaagacag ccataacaga ctcgccatca tttctaggct gtaggataat 9360 aaatgggcgc cagctagtcc ccaaccgtga caggattctc gcggccctcg cctaccacat 9420 gaaggcgagc aatgtttctg aatactacgc ctcggcggct gcaatactca tggacagctg 9480 tgcttgtttg gagtatgatc ctgaatggtt tgaagaactt gtggttggaa tagcgcagtg 9540 cgcccgcaag gacggctaca gctttcccgg cccgccgttc ttcttgtcca tgtgggaaaa 9600 actcaggtcc aattatgagg ggaagaagtc cagagtgtgc gggtactgcg gggccccggc 9660 cccgtacgcc actgcctgtg gcctcgacgt ctgtatttac cacacccact tccaccagca 9720 ttgtccagtc ataatctggt gtggccatcc agcgggttct ggttcttgta gtgagtgcaa 9780 acccccccta gggaaaggca caagccctct agatgaggtg ttggaacaag tcccgtataa 9840 gcctccacgg accgtaatca tgcatgtgga gcagggtctc acccctcttg acccaggcag 9900 ataccagact cgccgcggat tagtctccgt taggcgtggc atcaggggaa atgaagttga 9960 cctaccagac ggtgattatg ctagcaccgc cttgctcccc acttgtaaag agatcaacat 10020 ggtcgctgtc gcttctaatg tgttgcgcag caggttcatc atcggtccac ccggtgctgg 10080 gaaaacatac tggctccttc aacaggtcca ggatggtgat gtcatttaca caccaactca 10140 tcagaccatg cttgacatga ttaaggcttt ggggacgtgc cggttcaacg tcccggcagg 10200 cacaacgctg caattccctg ccccctcccg taccggcccg tgggttcgca tcctggccgg 10260 cggttggtgt cctggcaaga attccttcct ggatgaagca gcgtattgta atcaccttga 10320 tgtcttgagg cttcttagca aaactaccct cacctgtctg ggagacttca aacaactcca 10380 cccagtgggt tttgattctc attgctatgt ttttgacatc atgcctcaga ctcaactgaa 10440 gaccatctgg aggtttggac agaatatctg tgatgccatt cagccagatt acagggacaa 10500 acttgtgtcc atggtcaaca caacccgtgt aacctacgtg gaaaaacctg tcaagtatgg 10560 gcaagtcctc accccttacc acagggaccg agaggacggc gccatcacaa ttgactccag 10620 tcaaggcgcc acatttgatg tggttacatt gcatttgccc 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cccagacctt gaagcttacc tccacccaga 11520 gacccagtcc aagtgctgga aaatgatgtt ggacttcaag gaagttcgac tgatggtctg 11580 gaaagacaaa acggcctatt ttcaacttga aggccgccat ttcacctggt atcagcttgc 11640 aagctatgcc tcgtacatcc gagttcctgt taactctacg gtgtatttgg acccctgcat 11700 gggccctgcc ctttgcaaca gaagagttgt cgggtccact cattgggggg ctgacctcgc 11760 agtcacccct tatgattatg gtgccaaaat cattctgtct agtgcatacc atggtgaaat 11820 gcctcctggg tacaaaatcc tggcgtgcgc ggagttctcg cttgacgatc cagtgaggta 11880 caaacacacc tgggggtttg aatcggatac agcgtatctg tacgagttca ccggaaacgg 11940 tgaggactgg gaggattaca atgatgcgtt tcgtgcgcgc cagaaaggga aaatttataa 12000 ggccactgcc accagcatga ggtttcattt tcccccgggc cctgtcattg aaccaacttt 12060 gggcctgaat tgaaatgaaa tgggggctat gcaaagcctt tttgacaaaa ttggccaact 12120 ttttgtggat gctttcacgg aatttttggt gtccattgtt gatatcatca tatttttggc 12180 cattttgttt ggcttcacca tcgccggttg gctggtggtc ttttgcatca gattggtttg 12240 ctccgcggta ctccgtgcgc gccctaccat tcaccctgag caattacaga agatcctatg 12300 aggcctttct ttctcagtgc 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reproductive and respiratory syndrome virus <400> 19 Ala Ala Lys Leu Ser Val Glu Gln Ala Leu Gly Met Met Asn Val Asp 1 5 10 15 Gly Glu Leu Thr Ala Lys Glu Leu Glu Lys Leu Lys Arg Ile Ile Asp 20 25 30 Lys Leu Gln Gly Leu Thr Lys Glu Gln Cys Leu Asn Cys 35 40 45 <210> 20 <211> 1917 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 20 gccgccagcg gcttgacccg ctgtggtcgc ggcggcttgg ttgttactga gacagcggta 60 aaaatagtca aatttcacaa ccggaccttc accctaggac ctgtgaattt aaaagtggcc 120 agtgaggttg agctaaaaga cgcggtcgag cacaaccaac acccggttgc aagaccggtt 180 gatggtggtg ttgtgctcct gcgctccgca gttccttcgc ttatagacgt cttgatctcc 240 ggtgctgatg catctcccaa gttactcgcc cgccacgggc cgggaaacac tgggatcgat 300 ggcacgcttt gggattttga ggccgaagcc accaaagagg aaatcgcact cagtgcgcaa 360 ataatacagg cttgtgacat taggcgcggc gacgcacctg aaattggtct cccttacaag 420 ctgtaccctg ttaggggcaa ccctgagcgg gtaaaaggag ttttgcagaa tacaaggttt 480 ggagacatac cttacaaaac ccccagtgac actggaagcc cagtgcacgc ggctgcctgc 540 ctcacgccca 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gagaggacgg cgccatcaca attgactcca gtcaaggcgc cacatttgat 1020 gtggttacat tgcatttgcc cactaaagat tcactcaaca ggcaaagagc ccttgttgct 1080 atcaccaggg caagacatgc tatctttgtg tatgacccac acaggcaact gcagagcatg 1140 tttgatcttc ctgcaaaagg cacacccgtc aacctcgccg tgcaccgtga cgagcagctg 1200 atcgtgctag atagaaataa caaagaatgc acggttgctc aggctctagg caatggggat 1260 aaattcaggg ccacagacaa gcgcgttgta gattctctcc gcgccatttg tgcagatcta 1320 gaa 1323 <210> 23 <211> 441 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 23 Gly Lys Lys Ser Arg Val Cys Gly Tyr Cys Gly Ala Pro Ala Pro Tyr 1 5 10 15 Ala Thr Ala Cys Gly Leu Asp Val Cys Ile Tyr His Thr His Phe His 20 25 30 Gln His Cys Pro Val Ile Ile Trp Cys Gly His Pro Ala Gly Ser Gly 35 40 45 Ser Cys Ser Glu Cys Lys Pro Pro Leu Gly Lys Gly Thr Ser Pro Leu 50 55 60 Asp Glu Val Leu Glu Gln Val Pro Tyr Lys Pro Pro Arg Thr Val Ile 65 70 75 80 Met His Val Glu Gln Gly Leu Thr Pro Leu Asp Pro Gly Arg Tyr Gln 85 90 95 Thr Arg Arg Gly Leu Val Ser Val Arg Arg Gly Ile Arg Gly Asn Glu 100 105 110 Val Asp Leu Pro Asp Gly Asp Tyr Ala Ser Thr Ala Leu Leu Pro Thr 115 120 125 Cys Lys Glu Ile Asn Met Val Ala Val Ala Ser Asn Val Leu Arg Ser 130 135 140 Arg Phe Ile Ile Gly Pro Pro Gly Ala Gly Lys Thr Tyr Trp Leu Leu 145 150 155 160 Gln Gln Val Gln Asp Gly Asp Val Ile Tyr Thr Pro Thr His Gln Thr 165 170 175 Met Leu Asp Met Ile Lys Ala Leu Gly Thr Cys Arg Phe Asn Val Pro 180 185 190 Ala Gly Thr Thr Leu Gln Phe Pro Ala Pro Ser Arg Thr Gly Pro Trp 195 200 205 Val Arg Ile Leu Ala Gly Gly Trp Cys Pro Gly Lys Asn Ser Phe Leu 210 215 220 Asp Glu Ala Ala Tyr Cys Asn His Leu Asp Val Leu Arg Leu Leu Ser 225 230 235 240 Lys Thr Thr Leu Thr Cys Leu Gly Asp Phe Lys Gln Leu His Pro Val 245 250 255 Gly Phe Asp Ser His Cys Tyr Val Phe Asp Ile Met Pro Gln Thr Gln 260 265 270 Leu Lys Thr Ile Trp Arg Phe Gly Gln Asn Ile Cys Asp Ala Ile Gln 275 280 285 Pro Asp Tyr Arg Asp Lys Leu Val Ser Met Val Asn Thr Thr Arg Val 290 295 300 Thr Tyr Val Glu Lys Pro Val Lys Tyr Gly Gln Val Leu Thr Pro Tyr 305 310 315 320 His Arg Asp Arg Glu Asp Gly Ala Ile Thr Ile Asp Ser Ser Gln Gly 325 330 335 Ala Thr Phe Asp Val Val Thr Leu His Leu Pro Thr Lys Asp Ser Leu 340 345 350 Asn Arg Gln Arg Ala Leu Val Ala Ile Thr Arg Ala Arg His Ala Ile 355 360 365 Phe Val Tyr Asp Pro His Arg Gln Leu Gln Ser Met Phe Asp Leu Pro 370 375 380 Ala Lys Gly Thr Pro Val Asn Leu Ala Val His Arg Asp Glu Gln Leu 385 390 395 400 Ile Val Leu Asp Arg Asn Asn Lys Glu Cys Thr Val Ala Gln Ala Leu 405 410 415 Gly Asn Gly Asp Lys Phe Arg Ala Thr Asp Lys Arg Val Val Asp Ser 420 425 430 Leu Arg Ala Ile Cys Ala Asp Leu Glu 435 440 <210> 24 <211> 669 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 24 gggtcgagct ctccgctccc caaggtcgca cacaacttgg gattttattt ctcacctgat 60 ttgacacagt ttgctaaact cccggtagaa cttgcacccc actggcccgt ggtgacaacc 120 cagaacaatg aaaagtggcc agaccggctg gttgccagcc ttcgccctat ccataaatat 180 agccgcgcgt gcatcggtgc cggctatatg gtgggcccct cggtgtttct aggcacccct 240 ggggttgtgt catactatct cacaaaattt gttaagggcg aggctcaagt gcttccggag 300 acagtcttca gcaccggccg aattgaggta gattgccggg agtatcttga tgatcgggag 360 cgagaagttg ctgagtccct cccacatgcc ttcattggcg acgtcaaagg cactaccgtt 420 ggaggatgtc accatgtcac ctccaaatac cttccgcgct tccttcccaa ggaatcagtt 480 gcggtagtcg gggtttcaag ccccgggaaa gccgcaaaag cagtttgcac attaacagat 540 gtgtacctcc cagaccttga agcttacctc cacccagaga cccagtccaa gtgctggaaa 600 atgatgttgg acttcaagga agttcgactg atggtctgga aagacaaaac ggcctatttt 660 caacttgaa 669 <210> 25 <211> 223 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 25 Gly Ser Ser Ser Pro Leu Pro Lys Val Ala His Asn Leu Gly Phe Tyr 1 5 10 15 Phe Ser Pro Asp Leu Thr Gln Phe Ala Lys Leu Pro Val Glu Leu Ala 20 25 30 Pro His Trp Pro Val Val Thr Thr Gln Asn Asn Glu Lys Trp Pro Asp 35 40 45 Arg Leu Val Ala Ser Leu Arg Pro Ile His Lys Tyr Ser Arg Ala Cys 50 55 60 Ile Gly Ala Gly Tyr Met Val Gly Pro Ser Val Phe Leu Gly Thr Pro 65 70 75 80 Gly Val Val Ser Tyr Tyr Leu Thr Lys Phe Val Lys Gly Glu Ala Gln 85 90 95 Val Leu Pro Glu Thr Val Phe Ser Thr Gly Arg Ile Glu Val Asp Cys 100 105 110 Arg Glu Tyr Leu Asp Asp Arg Glu Arg Glu Val Ala Glu Ser Leu Pro 115 120 125 His Ala Phe Ile Gly Asp Val Lys Gly Thr Thr Val Gly Gly Cys His 130 135 140 His Val Thr Ser Lys Tyr Leu Pro Arg Phe Leu Pro Lys Glu Ser Val 145 150 155 160 Ala Val Val Gly Val Ser Ser Pro Gly Lys Ala Ala Lys Ala Val Cys 165 170 175 Thr Leu Thr Asp Val Tyr Leu Pro Asp Leu Glu Ala Tyr Leu His Pro 180 185 190 Glu Thr Gln Ser Lys Cys Trp Lys Met Met Leu Asp Phe Lys Glu Val 195 200 205 Arg Leu Met Val Trp Lys Asp Lys Thr Ala Tyr Phe Gln Leu Glu 210 215 220 <210> 26 <211> 462 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 26 ggccgccatt tcacctggta tcagcttgca agctatgcct cgtacatccg agttcctgtt 60 aactctacgg tgtatttgga cccctgcatg ggccctgccc tttgcaacag aagagttgtc 120 gggtccactc attggggggc tgacctcgca gtcacccctt atgattatgg tgccaaaatc 180 attctgtcta gtgcatacca tggtgaaatg cctcctgggt acaaaatcct ggcgtgcgcg 240 gagttctcgc ttgacgatcc agtgaggtac aaacacacct gggggtttga atcggataca 300 gcgtatctgt acgagttcac cggaaacggt gaggactggg aggattacaa tgatgcgttt 360 cgtgcgcgcc agaaagggaa aatttataag gccactgcca ccagcatgag gtttcatttt 420 cccccgggcc ctgtcattga accaactttg ggcctgaatt ga 462 <210> 27 <211> 153 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 27 Gly Arg His Phe Thr Trp Tyr Gln Leu Ala Ser Tyr Ala Ser Tyr Ile 1 5 10 15 Arg Val Pro Val Asn Ser Thr Val Tyr Leu Asp Pro Cys Met Gly Pro 20 25 30 Ala Leu Cys Asn Arg Arg Val Val Gly Ser Thr His Trp Gly Ala Asp 35 40 45 Leu Ala Val Thr Pro Tyr Asp Tyr Gly Ala Lys Ile Ile Leu Ser Ser 50 55 60 Ala Tyr His Gly Glu Met Pro Pro Gly Tyr Lys Ile Leu Ala Cys Ala 65 70 75 80 Glu Phe Ser Leu Asp Asp Pro Val Arg Tyr Lys His Thr Trp Gly Phe 85 90 95 Glu Ser Asp Thr Ala Tyr Leu Tyr Glu Phe Thr Gly Asn Gly Glu Asp 100 105 110 Trp Glu Asp Tyr Asn Asp Ala Phe Arg Ala Arg Gln Lys Gly Lys Ile 115 120 125 Tyr Lys Ala Thr Ala Thr Ser Met Arg Phe His Phe Pro Pro Gly Pro 130 135 140 Val Ile Glu Pro Thr Leu Gly Leu Asn 145 150 <210> 28 <211> 771 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 28 atgaaatggg ggctatgcaa agcctttttg acaaaattgg ccaacttttt gtggatgctt 60 tcacggaatt tttggtgtcc attgttgata tcatcatatt tttggccatt ttgtttggct 120 tcaccatcgc cggttggctg gtggtctttt gcatcagatt ggtttgctcc gcggtactcc 180 gtgcgcgccc taccattcac cctgagcaat tacagaagat cctatgaggc ctttctttct 240 cagtgccggg tggacattcc cacctgggga actaaacatc ccttggggat gctttggcac 300 cataaggtgt caaccctgat tgatgaaatg gtgtcgcgtc gaatgtaccg catcatggaa 360 aaagcaggac aggctgcctg gaaacaggtg gtgagcgagg ctacgctgtc tcgcattagt 420 ggtttggatg tggtggctca ttttcagcat cttgccgcca ttgaagccga gacctgtaaa 480 tatttggcct ctcggctgcc catgctacac aacctgcgca tgacagggtc aaatgtaacc 540 atagtgtata atagtacttt gaatcaggtg tttgctattt ttccaacccc tggttcccgg 600 ccaaagcttc atgattttca gcaatggcta atagctgtgc attcctccat attttcctct 660 gttgcagctt cttgtactct ttttgttgtg ctgtggttgc ggattccaat gctacgtact 720 gtttttggtt tccactggtt aggggcaatt tttccttcga actcacagtg a 771 <210> 29 <211> 256 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 29 Met Lys Trp Gly Leu Cys Lys Ala Phe Leu Thr Lys Leu Ala Asn Phe 1 5 10 15 Leu Trp Met Leu Ser Arg Asn Phe Trp Cys Pro Leu Leu Ile Ser Ser 20 25 30 Tyr Phe Trp Pro Phe Cys Leu Ala Ser Pro Ser Pro Val Gly Trp Trp 35 40 45 Ser Phe Ala Ser Asp Trp Phe Ala Pro Arg Tyr Ser Val Arg Ala Leu 50 55 60 Pro Phe Thr Leu Ser Asn Tyr Arg Arg Ser Tyr Glu Ala Phe Leu Ser 65 70 75 80 Gln Cys Arg Val Asp Ile Pro Thr Trp Gly Thr Lys His Pro Leu Gly 85 90 95 Met Leu Trp His His Lys Val Ser Thr Leu Ile Asp Glu Met Val Ser 100 105 110 Arg Arg Met Tyr Arg Ile Met Glu Lys Ala Gly Gln Ala Ala Trp Lys 115 120 125 Gln Val Val Ser Glu Ala Thr Leu Ser Arg Ile Ser Gly Leu Asp Val 130 135 140 Val Ala His Phe Gln His Leu Ala Ala Ile Glu Ala Glu Thr Cys Lys 145 150 155 160 Tyr Leu Ala Ser Arg Leu Pro Met Leu His Asn Leu Arg Met Thr Gly 165 170 175 Ser Asn Val Thr Ile Val Tyr Asn Ser Thr Leu Asn Gln Val Phe Ala 180 185 190 Ile Phe Pro Thr Pro Gly Ser Arg Pro Lys Leu His Asp Phe Gln Gln 195 200 205 Trp Leu Ile Ala Val His Ser Ser Ile Phe Ser Ser Val Ala Ala Ser 210 215 220 Cys Thr Leu Phe Val Val Leu Trp Leu Arg Ile Pro Met Leu Arg Thr 225 230 235 240 Val Phe Gly Phe His Trp Leu Gly Ala Ile Phe Pro Ser Asn Ser Gln 245 250 255 <210> 30 <211> 765 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 30 atggctaata gctgtgcatt cctccatatt ttcctctgtt gcagcttctt gtactctttt 60 tgttgtgctg tggttgcgga ttccaatgct acgtactgtt tttggtttcc actggttagg 120 ggcaattttt ccttcgaact cacagtgaat tacacggtgt gtccaccttg cctcacccgg 180 caagcagccg ctgagatcta cgaacccggc aggtctcttt ggtgcaggat agggcatgac 240 cgatgtaggg aggacgatca tgacgaacta gggttcatgg ttccgcctgg cctctccagc 300 gaaggccact tgaccagtgt ttacgcctgg ttggcgttcc tgtccttcag ctacacggcc 360 cagttccatc ccgagatatt tgggataggg aatgtgagtc aagtttatgt tgacatcaag 420 caccaattca tctgcgccga acatgacggg cagaacgcca ccttgcctcg ccatgacaac 480 atttcagccg tgtttcagac ctactaccaa catcaggtcg acggcggcaa ttggtttcac 540 ctagaatggc tgcgcccctt cttttcctct tggttggttt taaatgtttc gtggtttctc 600 aggcgttcgc ctgcaagcca tgtttcagtt cgagtctttc agacatcaag accaacacca 660 ccgcagcagc aagctttgtt gtcctccaag acatcagctg ccttaggcat ggcgactcgt 720 cctctgaggc gattcgcaaa agctctcagt gccgcacggc gatag 765 <210> 31 <211> 254 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 31 Met Ala Asn Ser Cys Ala Phe Leu His Ile Phe Leu Cys Cys Ser Phe 1 5 10 15 Leu Tyr Ser Phe Cys Cys Ala Val Val Ala Asp Ser Asn Ala Thr Tyr 20 25 30 Cys Phe Trp Phe Pro Leu Val Arg Gly Asn Phe Ser Phe Glu Leu Thr 35 40 45 Val Asn Tyr Thr Val Cys Pro Pro Cys Leu Thr Arg Gln Ala Ala Ala 50 55 60 Glu Ile Tyr Glu Pro Gly Arg Ser Leu Trp Cys Arg Ile Gly His Asp 65 70 75 80 Arg Cys Arg Glu Asp Asp His Asp Glu Leu Gly Phe Met Val Pro Pro 85 90 95 Gly Leu Ser Ser Glu Gly His Leu Thr Ser Val Tyr Ala Trp Leu Ala 100 105 110 Phe Leu Ser Phe Ser Tyr Thr Ala Gln Phe His Pro Glu Ile Phe Gly 115 120 125 Ile Gly Asn Val Ser Gln Val Tyr Val Asp Ile Lys His Gln Phe Ile 130 135 140 Cys Ala Glu His Asp Gly Gln Asn Ala Thr Leu Pro Arg His Asp Asn 145 150 155 160 Ile Ser Ala Val Phe Gln Thr Tyr Tyr Gln His Gln Val Asp Gly Gly 165 170 175 Asn Trp Phe His Leu Glu Trp Leu Arg Pro Phe Phe Ser Ser Trp Leu 180 185 190 Val Leu Asn Val Ser Trp Phe Leu Arg Arg Ser Pro Ala Ser His Val 195 200 205 Ser Val Arg Val Phe Gln Thr Ser Arg Pro Thr Pro Pro Gln Gln Gln 210 215 220 Ala Leu Leu Ser Ser Lys Thr Ser Ala Ala Leu Gly Met Ala Thr Arg 225 230 235 240 Pro Leu Arg Arg Phe Ala Lys Ala Leu Ser Ala Ala Arg Arg 245 250 <210> 32 <211> 537 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 32 atggctgcgc cccttctttt cctcttggtt ggttttaaat gtttcgtggt ttctcaggcg 60 ttcgcctgca agccatgttt cagttcgagt ctttcagaca tcaagaccaa caccaccgca 120 gcagcaagct ttgttgtcct ccaagacatc agctgcctta ggcatggcga ctcgtcctct 180 gaggcgattc gcaaaagctc tcagtgccgc acggcgatag ggacacccgt gtacatcacc 240 atcacagcca atgtgacaga tgagaattat ttacattctt ctgatctcct catgctttct 300 tcttgccttt tctatgcttc tgagatgagt gaaaagggat tcaaggtggt atttggcaat 360 gtgtcaggca tcgtggctgt gtgtgtcaac tttaccagct acgtccaaca tgtcaaggag 420 tttacccaac gctccttggt ggtcgaccat gtgcggctgc ttcatttcat gacacctgag 480 accatgaggt gggcaaccgt tttagcctgt ctttttgcca ttctgttggc aatttga 537 <210> 33 <211> 178 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 33 Met Ala Ala Pro Leu Leu Phe Leu Leu Val Gly Phe Lys Cys Phe Val 1 5 10 15 Val Ser Gln Ala Phe Ala Cys Lys Pro Cys Phe Ser Ser Ser Leu Ser 20 25 30 Asp Ile Lys Thr Asn Thr Thr Ala Ala Ala Ser Phe Val Val Leu Gln 35 40 45 Asp Ile Ser Cys Leu Arg His Gly Asp Ser Ser Ser Glu Ala Ile Arg 50 55 60 Lys Ser Ser Gln Cys Arg Thr Ala Ile Gly Thr Pro Val Tyr Ile Thr 65 70 75 80 Ile Thr Ala Asn Val Thr Asp Glu Asn Tyr Leu His Ser Ser Asp Leu 85 90 95 Leu Met Leu Ser Ser Cys Leu Phe Tyr Ala Ser Glu Met Ser Glu Lys 100 105 110 Gly Phe Lys Val Val Phe Gly Asn Val Ser Gly Ile Val Ala Val Cys 115 120 125 Val Asn Phe Thr Ser Tyr Val Gln His Val Lys Glu Phe Thr Gln Arg 130 135 140 Ser Leu Val Val Asp His Val Arg Leu Leu His Phe Met Thr Pro Glu 145 150 155 160 Thr Met Arg Trp Ala Thr Val Leu Ala Cys Leu Phe Ala Ile Leu Leu 165 170 175 Ala Ile <210> 34 <211> 603 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 34 atgttgggga aatgcttgac cgcgggctgt tgctcgcgat tgctttcttt gtggtgtatc 60 gtgccgttct gttttgctgc gctcgtcaac gccaacagca acagcagctc ccatttacag 120 ttgatttata acttgacgct atgtgagctg aatggcacag attggctggc taacaaattt 180 gattgggcag tggagacttt tgtcatcttt cccgtgttga ctcacattgt ctcctatggt 240 gccctcacca ccagccattt ccttgacaca gtcggtctgg tcactgtgtc taccgccggg 300 ttttatcacg ggcggtatgt cttgagtagc atctacgcgg tctgtgccct ggctgcgttg 360 atttgcttcg tcattaggtt tgcgaagaac tgcatgtcct ggcgctactc atgtaccaga 420 tataccaact ttcttctgga cactaagggc agactctatc gttggcggtc gcccgtcatc 480 atagagaaaa ggggtaaagt tgaggtcgaa ggtcatctga tcgacctcaa aagagttgtg 540 cttgatggtt ccgtggcaac ccctttaacc agagtttcag cggaacaatg gggtcgtcct 600 tag 603 <210> 35 <211> 200 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 35 Met Leu Gly Lys Cys Leu Thr Ala Gly Cys Cys Ser Arg Leu Leu Ser 1 5 10 15 Leu Trp Cys Ile Val Pro Phe Cys Phe Ala Ala Leu Val Asn Ala Asn 20 25 30 Ser Asn Ser Ser Ser His Leu Gln Leu Ile Tyr Asn Leu Thr Leu Cys 35 40 45 Glu Leu Asn Gly Thr Asp Trp Leu Ala Asn Lys Phe Asp Trp Ala Val 50 55 60 Glu Thr Phe Val Ile Phe Pro Val Leu Thr His Ile Val Ser Tyr Gly 65 70 75 80 Ala Leu Thr Thr Ser His Phe Leu Asp Thr Val Gly Leu Val Thr Val 85 90 95 Ser Thr Ala Gly Phe Tyr His Gly Arg Tyr Val Leu Ser Ser Ile Tyr 100 105 110 Ala Val Cys Ala Leu Ala Ala Leu Ile Cys Phe Val Ile Arg Phe Ala 115 120 125 Lys Asn Cys Met Ser Trp Arg Tyr Ser Cys Thr Arg Tyr Thr Asn Phe 130 135 140 Leu Leu Asp Thr Lys Gly Arg Leu Tyr Arg Trp Arg Ser Pro Val Ile 145 150 155 160 Ile Glu Lys Arg Gly Lys Val Glu Val Glu Gly His Leu Ile Asp Leu 165 170 175 Lys Arg Val Val Leu Asp Gly Ser Val Ala Thr Pro Leu Thr Arg Val 180 185 190 Ser Ala Glu Gln Trp Gly Arg Pro 195 200 <210> 36 <211> 525 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 36 atggggtcgt ccttagacga cttctgccat gatagcacgg ctccacaaaa ggtgcttttg 60 gcgttttcta ttacctacac gccagtgatg atatatgccc taaaggtaag tcgcggccga 120 ctgctagggc ttctgcacct tttgattttt ctgaattgtg ctttcacctt cgggtacatg 180 acattcgcgc actttcagag cacaaataag gtcgcgctca ctatgggagc agtagttgca 240 ctcctttggg gggtgtactc agccatagaa acctggaaat tcatcacctc cagatgccgt 300 ttgtgcttgc taggccgcaa gtacattctg gcccctgccc accacgttga aagtgccgca 360 ggctttcatc cgattgcggc aaatgataac cacgcatttg tcgtccggcg tcccggctcc 420 actacggtca acggcacatt ggtgcccggg ttgaaaagcc tcgtgttggg tggcagaaaa 480 gctgttaaac agggagtggt aaaccttgtc aaatatgcca aataa 525 <210> 37 <211> 174 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 37 Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Phe Cys His Asp Ser Thr Ala Pro Gln 1 5 10 15 Lys Val Leu Leu Ala Phe Ser Ile Thr Tyr Thr Pro Val Met Ile Tyr 20 25 30 Ala Leu Lys Val Ser Arg Gly Arg Leu Leu Gly Leu Leu His Leu Leu 35 40 45 Ile Phe Leu Asn Cys Ala Phe Thr Phe Gly Tyr Met Thr Phe Ala His 50 55 60 Phe Gln Ser Thr Asn Lys Val Ala Leu Thr Met Gly Ala Val Val Ala 65 70 75 80 Leu Leu Trp Gly Val Tyr Ser Ala Ile Glu Thr Trp Lys Phe Ile Thr 85 90 95 Ser Arg Cys Arg Leu Cys Leu Leu Gly Arg Lys Tyr Ile Leu Ala Pro 100 105 110 Ala His His Val Glu Ser Ala Ala Gly Phe His Pro Ile Ala Ala Asn 115 120 125 Asp Asn His Ala Phe Val Val Arg Arg Pro Gly Ser Thr Thr Val Asn 130 135 140 Gly Thr Leu Val Pro Gly Leu Lys Ser Leu Val Leu Gly Gly Arg Lys 145 150 155 160 Ala Val Lys Gln Gly Val Val Asn Leu Val Lys Tyr Ala Lys 165 170 <210> 38 <211> 372 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 38 atgccaaata acaacggcaa gcagcagaag aaaaagaagg gggatggcca gccagtcaat 60 cagctgtgcc agatgctggg taagatcatc gcccagcaaa accagtccag aggcaaggga 120 ccgggaaaga aaaataagaa gaaaaacccg gagaagcccc attttcctct agcgactgaa 180 gatgacgtca gacatcactt tacccctagt gagcggcaat tgtgtctgtc gtcaatccag 240 actgccttta atcaaggcgc tggaacttgt accctgtcag attcagggag gataagttac 300 actgtggagt ttagtttgcc gacgcatcat actgtgcgcc tgatccgcgt cacagcatca 360 ccctcagcat ga 372 <210> 39 <211> 123 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 39 Met Pro Asn Asn Asn Gly Lys Gln Gln Lys Lys Lys Lys Gly Asp Gly 1 5 10 15 Gln Pro Val Asn Gln Leu Cys Gln Met Leu Gly Lys Ile Ile Ala Gln 20 25 30 Gln Asn Gln Ser Arg Gly Lys Gly Pro Gly Lys Lys Asn Lys Lys Lys 35 40 45 Asn Pro Glu Lys Pro His Phe Pro Leu Ala Thr Glu Asp Asp Val Arg 50 55 60 His His Phe Thr Pro Ser Glu Arg Gln Leu Cys Leu Ser Ser Ile Gln 65 70 75 80 Thr Ala Phe Asn Gln Gly Ala Gly Thr Cys Thr Leu Ser Asp Ser Gly 85 90 95 Arg Ile Ser Tyr Thr Val Glu Phe Ser Leu Pro Thr His His Thr Val 100 105 110 Arg Leu Ile Arg Val Thr Ala Ser Pro Ser Ala 115 120 <210> 40 <211> 156 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 40 atgttcaagt atgttgggga aatgcttgac cgcgggctgt tgctcgcgat tgctttcttt 60 gtggtgtatc gtgccgttct gttttgctgc gctcgtcaac gccaacagca acagcagctc 120 ccatttacag ttgatttaca acttgacgct atgtga 156 <210> 41 <211> 51 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 41 Met Phe Lys Tyr Val Gly Glu Met Leu Asp Arg Gly Leu Leu Leu Ala 1 5 10 15 Ile Ala Phe Phe Val Val Tyr Arg Ala Val Leu Phe Cys Cys Ala Arg 20 25 30 Gln Arg Gln Gln Gln Gln Gln Leu Pro Phe Thr Val Asp Leu Gln Leu 35 40 45 Asp Ala Met 50 <210> 42 <211> 222 <212> DNA <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 42 atgggggcta tgcaaagcct ttttgacaaa attggccaac tttttgtgga tgctttcacg 60 gaatttttgg tgtccattgt tgatatcatc atatttttgg ccattttgtt tggcttcacc 120 atcgccggtt ggctggtggt cttttgcatc agattggttt gctccgcggt actccgtgcg 180 cgccctacca ttcaccctga gcaattacag aagatcctat ga 222 <210> 43 <211> 48 <212> PRT <213> Porcine reproductive and respiratory syndrome virus <400> 43 Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala 1 5 10 15 Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala 20 25 30 Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala 35 40 45

Claims (29)

  1. 서열번호 1의 서열과 적어도 50%의 서열 상동성을 갖는 PRRSV-CON 핵산.
  2. 제1항에 있어서, 상기 핵산은 서열번호 1의 서열과 적어도 75% 서열 상동성을 갖는 것인 핵산.
  3. 제1항에 있어서, 상기 핵산은 서열번호 1의 서열과 적어도 95% 서열 상동성을 갖는 것인 핵산.
  4. 제1항에 있어서, 상기 핵산은 서열번호 1의 서열과 적어도 99% 서열 상동성을 갖는 것인 핵산.
  5. 제1항에 있어서, 상기 핵산은 서열번호 1의 서열을 갖는 핵산.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 따른 PRRSV-CON 핵산을 포함하는 바이러스 입자.
  7. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 따른 핵산 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물.
  8. 제6항에 따른 바이러스 입자 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물.
  9. 제7항 또는 제8항에 있어서, 상기 조성물은 보조제를 더 포함하는 것인 조성물.
  10. 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 및 42로 이루어진 군에서 선택된 서열과 적어도 95% 서열 상동성을 갖는 PRRSV-CON 핵산.
  11. 제10항에 있어서, 상기 핵산은 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 및 42로 이루어진 군에서 선택된 서열과 적어도 99% 서열 상동성을 갖는 핵산.
  12. 제10항에 있어서, 상기 핵산은 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 및 42로 이루어진 군에서 선택된 서열을 갖는 핵산.
  13. 제10항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산은 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 및 43으로 이루어진 군에서 선택된 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 각각 암호화하는 것인, 핵산.
  14. 제10항 내지 제13항 중 어느 한 항에 따른 PRRSV-CON 핵산을 포함하는 바이러스 입자.
  15. 제10항 내지 제14항 중 어느 한 항에 따른 핵산 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물.
  16. 제14항에 따른 바이러스 입자 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물.
  17. 제15항 또는 제16항에 있어서, 상기 조성물은 보조제를 더 포함하는 것인 조성물.
  18. 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 및 43으로 이루어진 군에서 선택된 서열과 적어도 95%의 서열 상동성을 갖는 PRRSV-CON 폴리펩티드.
  19. 제18항에 있어서, 상기 폴리펩티드는 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 및 43로 이루어진 군에서 선택된 서열과 99% 서열 상동성을 갖는 폴리펩티드.
  20. 제18항에 있어서, 상기 폴리펩티드는 서열번호 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 및 43로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 갖는 폴리펩티드.
  21. 제18항 내지 제20항에 있어서, 상기 폴리펩티드는 각각 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 또는 42로 이루어진 군에서 선택된 서열을 갖는 핵산에 의해 암호화되는 것인 폴리펩티드.
  22. 제18항 내지 제21항 중 어느 한 항에 따른 PRRSV-CON 폴리펩티드를 포함하는 바이러스 입자.
  23. 제18항 내지 제21항 중 어느 한 항에 따른 폴리펩티드 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물.
  24. 제22항에 따른 바이러스 입자 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물.
  25. 제23항 또는 제24항에 있어서, 상기 조성물은 보조제를 더 포함하는 것인 조성물.
  26. (i) 제1항 내지 제5항, 및 제10항 내지 제13항 중 어느 한 항에 따른 핵산의 유효한 양;
    (ii) 제18항 내지 제21항 중 어느 한 항에 따른 폴리펩티드의 유효한 양;
    (iii) 제6항, 제14항, 및 제22항 중 어느 한 항에 따른 바이러스 입자의 유효한 양; 또는
    (iv) 제7항 내지 제9항, 제15항 내지 제17항, 및 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 따른 조성물의 유효한 양
    을 돼지에 투여하는 것을 포함하는, 돼지에서 PRRSV에 대한 면역 반응을 일으키는 방법.
  27. 제26항에 있어서, 상기 투여는 근육내 투여, 복강내 투여, 및 경구 투여로 구성된 군에서 선택된 것인 방법.
  28. (i) 제1항 내지 제5항, 및 제10항 내지 제13항 중 어느 한 항에 따른 핵산의 유효한 양;
    (ii) 제18항 내지 제21항 중 어느 한 항에 따른 폴리펩티드의 유효한 양;
    (iii) 제6항, 제14항, 및 제22항 중 어느 한 항에 따른 바이러스 입자의 유효한 양; 또는
    (iv) 제7항 내지 제9항, 제15항 내지 제17항, 및 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 따른 조성물의 유효한 양
    을 돼지에 투여하는 것을 포함하는, 돼지의 PRRS를 치료 또는 예방하는 방법.
  29. 제28항에 있어서, 상기 투여는 근육내 투여, 복강내 투여, 및 경구 투여로 구성된 군에서 선택된 것인 방법.
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