KR20140140665A - 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precusor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법 및 이와 관련된 SNP 마커 및 프라이머 세트 - Google Patents
소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precusor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법 및 이와 관련된 SNP 마커 및 프라이머 세트 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법 및 이와 관련된 SNP 마커 및 프라이머 세트에 관한 것으로, 보다 상세하게는 면역기능 억제와 관련된 Alpha-1-microglobulin와 세포성장 조절과 관련된 Bikunin, 두 개의 혈장 당단백질을 암호화하는 AMBP 유전자의 SNP를 발굴하고 이를 통해 한우의 경제형질을 예측하는 방법에 관한 것이다.
본 발명의 SNP 마커를 이용하면 한우의 등지방두께, 등심단면적, 근내지방도, 도체중을 예측할 수 있으며 궁극적으로 고능력 한우를 조기에 감별하여 선발 및 개량하는데 유용하게 사용될 수 있다.
본 발명의 SNP 마커를 이용하면 한우의 등지방두께, 등심단면적, 근내지방도, 도체중을 예측할 수 있으며 궁극적으로 고능력 한우를 조기에 감별하여 선발 및 개량하는데 유용하게 사용될 수 있다.
Description
본 발명은 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법 및 이와 관련된 SNP 마커 및 프라이머 세트에 관한 것으로, 보다 상세하게는 면역기능 억제와 관련된 Alpha-1-microglobulin와 세포성장 조절과 관련된 Bikunin, 두 개의 혈장 당단백질을 암호화하는 AMBP 유전자의 SNP를 발굴하고 이를 통해 한우의 경제형질을 예측하는 방법에 관한 것이다.
최근 우리나라의 경제발전으로 국민의 삶의 질이 향상되면서 소비자들의 요구의 변화에 따라 국내 한우(Bos taurus Coreanae)의 양적인 측면보다 질적으로 안전하고 우수한 제품을 공급받기를 원하게 되었다. 또한, 최근 EU와 FTA, 미국, 캐나다, 호주 등의 쇠고기 시장개방으로 인해 값싼 외국산 쇠고기의 국내 시장으로의 유통이 활발해짐에 따라 국내 한우의 경쟁력 향상을 위해서 한우의 경제형질 중 육량 및 육질관련 육종의 필요성과 중요성이 증가하고 있다.
한우에서 경제형질은 육량 및 육질로 평가가 된다. 육량은 도체중, 등지방두께 및 배최장근 단면적을 기초로 등급을 판정하며 육질은 근내지방도, 육색 지방색, 조직감 및 성숙도 등을 기초로 판정한다.
이전의 개체선발은 경제형질들의 표현형을 기초로 하여 선발, 개량이 되어져 왔으나 최근 분자유전학적 기술의 발달로 특정형질과 관련된 유전적 마커(marker)를 이용하여 DNA분자 수준에서 유전자의 구조와 기능의 해석을 통하여 양적 또는 질적 형질에 영향을 미치는 표지유전자를 발굴하게 되었다. 이에 따라 이전의 표현형에 의존하여 선발하고 개량하는 방법에서 DNA 분자 수준에서의 개체정보를 이용하여 선발하는 방법으로 점점 변화하게 되었다. 이렇듯, 분자수준에서의 선발이 가능하게 됨으로써 육종개량 방법에 획기적인 변화와 발전을 가져오게 되었다.
이러한 DNA 마커 중 하나인 단일염기다형성(SNP, single nucleotide polymorphism)은 염색체 단일부위에서 여러 가지 DNA 염기들 중 하나에 나타나는 일반적인 돌연변이로 인간의 게놈(genome)에서는 약 3백만 개의 SNP가 존재하여 약 500~1000염기당 1개꼴로 나타난다고 알려진다 있다.
이러한 SNP는 소에서 발굴 및 형질 관련성 연구가 진행되고 있으며, 지방세포 분화 및 체지방축적 등에 관여하는 지질대사 조절유전자와 그 외 다양한 형질관련 유전자의 SNP를 탐색하여 고품질 쇠고기 생산에 응용하는 연구가 활발히 추진되고 있다.
소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자는 소의 8번 염색체에 위치하고 있으며 12,158bp로 이루어져 있다. AMBP 유전자는 liver-specific enhancer에 의해 발현이 조절되며, 간에서만 발현되는 single-copy gene이다. AMBP 유전자는 두 개의 혈장 당단백질인 Alpha-1-microglobulin와 Bikunin을 암호화하고 있는데, furin-like protease에 의해 AMBP 단백질이 분열되어 alpha-1-microglobulin(A1M)과 Bikunin을 만든다. Alpha-1-microglobulin은 AMBP단백질과 결합하지만 bikunin은 결합하지 않으며 trans-Golgi network에서 AMBP단백질의 분열 후에 A1M와 bikunin은 분리된 단백질로 혈액으로 분비된다. A1M은 lipocalins superfamily로 면역기능을 억제하며, Bikunin은 inter-α-inhibitor family로서 세포성장을 조절하는데 관여한다고 보고되어 있다.
따라서 본 발명은 한우에서 AMBP 유전자에 위치한 SNP들을 조사하고 이 SNP가 한우의 육량 형질에 미치는 영향을 분석하여 한우의 경제형질을 판정하는 방법을 제공하고자 한다.
본 발명의 목적은, 두 개의 혈장 단백질인 Alpha-1-microglobulin와 Bikunin를 암호하는 AMBP 유전자의 SNP를 탐색, 상기 SNP들 중 경제형질에 직접적인 연관성이 확인된 SNP를 선발하여 이를 한우의 경제형질 예측을 위한 SNP 마커로 개발하고 궁극적으로는 고능력 한우를 조기에 감별하여 선발할 수 있는 SNP 마커로 제공한다.
상기 목적을 달성하기 위해 본 발명은 서열번호 2 및 3의 염기서열을 갖는 프라이머 세트를 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측을 위한 프라이머 세트를 제공한다.
또한 본 발명은 서열번호 2 및 3의 염기서열을 갖는 프라이머 세트에 의해 증폭되어 얻어진 T148C 또는 T179C SNP 마커, 혹은 T241A SNP 마커 중 어느 하나를 포함하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측을 위한 SNP 마커를 제공한다.
또한 본 발명은 T148C 또는 T179C SNP 마커는 서열번호 1에 표시된 염기서열에서 각각 148번째(T↔C)와 179번째(T↔C)의 염기치환으로 발생되는 것임을 특징으로 하는 SNP 마커를 제공한다.
또한 본 발명은 T241A SNP 마커는 서열번호 1에 표시된 염기서열에서 241번째(T↔A)의 염기치환으로 발생되는 것임을 특징으로 하는 SNP 마커를 제공한다.
또한 본 발명은 한우 시료에서 게놈 유전자와 소 유래의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자에 대응되는 증폭용 프라이머를 사용하여 PCR 방법으로 AMBP 유전자를 증폭하는 단계; 상기 증폭된 AMBP 유전자를 염기서열분석방법으로 T148C 또는 T179C SNP 마커, 혹은 T241A SNP 마커의 유전자형을 확인하는 단계; 상기 확인된 SNP 마커로부터 한우의 경제형질을 예측하는 단계; 를 포함하여 이루어지는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법을 제공한다.
또한 본 발명은 상기 한우의 경제형질 중 등지방두께를 판정하는 방법은 T148C 또는 T179C SNP 마커의 CC 유전자형을 선발하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법을 제공한다.
또한 본 발명은 상기 한우의 경제형질 중 등심단면적을 판정하는 방법은 T148C 또는 T179C SNP 마커의 TT 유전자형을 선발하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법을 제공한다.
또한 본 발명은 상기 한우의 경제형질 중 근내지방도를 판정하는 방법은 T148C 또는 T179C SNP 마커의 TT 유전자형, 혹은 T241A SNP 마커의 TT 유전자형을 선발하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법을 제공한다.
또한 본 발명은 한우의 경제형질 중 도체중을 판정하는 방법은 T148C 또는 T179C SNP 마커의 TT 유전자형을 선발하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법을 제공한다.
상술한 바와 같이, 본 발명에 따른 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법 및 이와 관련된 SNP 마커 및 프라이머 세트는, 한우의 경제형질과 연관성이 확인된 SNP를 선발, 이를 이용하여 한우의 등지방두께, 등심단면적, 근내지방도, 도체중을 예측할 수 있으며 궁극적으로 고능력 한우를 조기에 감별하여 선발 및 개량하는데 유용하게 사용될 수 있다.
도 1. AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자의 구조.
이하, 본 발명을 구체적인 실시예에 의해 보다 더 상세히 설명하고자 한다. 하지만, 본 발명은 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니며, 본 발명의 사상과 범위 내에서 여러 가지 변형 또는 수정할 수 있음은 이 분야에서 당업자에게 명백한 것이다.
실시예
1. 공시재료
AMBP 유전자 내 SNP 탐색을 위해 축산물품질평가원에서 보유한 도체성적이 있는 한우 24두의 조직을 이용하였으며, 경제형질 연관성 분석을 위해 한우 84두의 조직으로부터 genomic DNA를 추가로 더 정제하여 공시재료로 이용하였다.
실시예
2.
Genomic
DNA
추출
공시재료에서 조직을 약 12mg 취하였으며, DNA의 분리 및 추출은 Genomic DNA Extraction kit(BioneerTM)으로 지침서에 따라 시행되었고, 분리된 DNA는 TE Buffer(10mM Tris-HCL, pH 7.4, 1mM EDTA)에 용해하였다.
실시예
3.
DNA
정량 분석
상기와 같은 방법으로 추출한 DNA는 분광 광도계(spectrophotometer)를 이용하여 260nm와 280nm 흡광도를 측정하여 OD260/OD280의 비가 1.8 ~ 2 0 정도인 DNA를 사용하였다.
실시예
4. 유전자 증폭
AMBP 유전자의 SNP 탐색을 위하여 NCBI에 등록된 AMBP 유전자(Accession No. AC_000165)의 염기서열을 이용하였다. 표 1은 AMBP 유전자 내의 SNP를 탐색하기 위해 사용된 프라이머 염기서열을 나타내었다.
유전자 | 프라이머 염기서열 | 위치 | 증폭산물의 크기 | 프라이머 활성 온도 | NCBI accession no. |
|
AMBP |
F | CCC CAG TCT GTA GCT GCC TC | 4-314 |
311bp |
63.5 |
AC_000165 |
R | ACT GAG ACC CCA AGG CAC AT | |||||
F | ACG TGG GTG AAT AGG TGA AGG | 4367-4639 |
273bp |
63.5 |
||
R | CAA AAC TCC CTG CAC TTC CC |
PCR(Polymerase Chain Reaction)은 GeneAMP PCR system 9700을 이용하여 다음과 같은 조건하에서 실시하였다. PCR 반응액은 주형 DNA(20~200ng/㎕) 1㎕, 각각의 프라이머 쌍 1㎕, 10X Buffer(10mM Tris-HCl, 50mM KCl, 1.5mM MgCl, pH 8.3) 2㎕, dNTP 1㎕, Taq Polymerase (10unit/㎕) 0.2㎕(Genetbio, Korea)를 첨가한 후 PCR 반응액을 총 20㎕로 조정하여 PCR 반응을 진행하였다. 반응조건은 예비가열 94℃ 1분, 63.5℃ 30초, 72℃ 30초로 35회 반복한 다음 마지막에 72℃에 5분을 주어 반응을 종료하였다. PCR 종료 후 2㎕의 PCR 산물을 2% 아가로즈 겔에 전기영동 하여 DNA의 증폭여부를 확인하였다. 증폭된 AMBP 유전자의 증폭산물은 AccuPrep® Gel Purification Kit(BioneerTM)을 이용하여 주요 증폭산물 외의 PCR 과정에 생성된 band를 제거하였다.
실시예
5. 염기서열 분석
AMBP 유전자의 SNP를 탐색하기 위해 PCR 반응을 실시하고, 정제단계를 거친 후, AMBP 유전자의 순수 PCR 산물을 생성하였다. 생성된 산물은 BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit(Applied Biosystems, USA)를 사용하여 SNP가 존재하는 PCR 산물의 염기들마다 형광 dye를 부착하여 염기서열 분석을 준비하였다. 준비된 산물은 최종 정제(ethanol down)과정을 거쳐 ABI 3130 XL Genetic Analyzer(Applied Biosystems, USA)를 통하여 각각에 대한 염기서열을 결정하였다. 결정된 염기서열은 seqMAN Ⅱ(DNA STAR Inc.) 프로그램을 이용하여 각 SNPs를 탐색하였다.
실시예
6. 통계분석
조사된 경제형질 측정치에 대한 SNP 유전자형의 효과를 추정하기 위해서 SAS 9.2(SAS, USA) 프로그램을 이용하여 분석을 실시하였다. 유전자형의 효과가 유의한 형질들에 대해 최소 유의차 검정으로 평균간 차이에 대한 유의성의 통계분석을 이용한 모형은 다음과 같다.
Y ij = μ + G i + e ij
Y ij : 관측치
μ: 대상 형질의 전체 평균
G i : 유전자형(Genotype)의 효과
e ij : 임의 오차
실시예
7 : 결과
7-1. 한우
AMBP
유전자
SNP
탐색
본 발명에서 선정된 AMBP 유전자는 총 10개의 엑손(exon)으로 이루어져 있으며, AMBP 유전자의 예상 변이 지역을 중심으로 표 1과 같은 프라이머들을 제작하여 24두를 이용하여 염기서열 분석을 실시한 결과 엑손 1 지역에서 3개(C119A, T148C, T179C), 인트론(intron) 1지역에서 1개(T241A), 엑손 4 지역에서 1개(C4500T), 인트론 4 지역에서 1개(T4605C)를 탐색하였다(도 1, 표 2).
AMBP 유전자 내 탐색된 SNPs의 유전자형을 살펴보면 119번째 염기는 C가 A로 바뀌는 CC, CA, AA 유전자형으로 구분되었으며, 148번째 염기와 179번째 염기는 T가 C로 바뀌는 TT, TC, CC 유전자형으로 구분되었다. 인트론 1에 위치하는 241번째 염기는 A가 T로 바뀌는 AA, AT, TT 유전자형으로 구분되었으며, 4500번째 염기는 C가 T로 바꾸는 CC, CT, TT 유전자형, 4605번째 염기는 T가 C로 바뀌는 TT, TC, CC 유전자형으로 구분되었다. 탐색된 SNPs 중 T148C와 C4500T는 단백질 아미노산 구조에 변화를 주는 미센스(missense SNP)로 확인되었다.
유전자 | No. | SNP | Location | position | Amino acid Change |
AMBP |
1 | rs43578541 | C119A | Exon 1 | |
2 | rs137621153 | T148C | Exon 1 | Val -> Ala | |
3 | rs43578540 | T179C | Exon 1 | ||
4 | rs43578539 | T241A | Intron 1 | ||
5 | rs43578531 | C4500T | Exon 4 | Ala -> Ser | |
6 | rs43578532 | T4605C | Intron 4 |
7-2.
AMBP
유전자와 경제형질과의 연관성 분석
Gene | SNP | Genotype Frequency | Allele Frequency | |||
AMBP | T148C | CC | CT | TT | C | T |
0.488 | 0.476 | 0.036 | 0.726 | 0.274 | ||
T179C | CC | CT | TT | C | T | |
0.488 | 0.476 | 0.036 | 0.726 | 0.274 | ||
T241A | AA | AT | TT | A | T | |
0.310 | 0.595 | 0.095 | 0.607 | 0.393 |
Traits | Genotype ( T148C 또는 T179C) | ||
CC | CT | TT | |
BF(cm) | 14.12 ± 0.838 a | 11.25 ± 0.849 b | 11.67 ±3.100 ab |
LMA(cm2) | 90.37 ± 1.465 a | 92.78 ± 1.484 ab | 104.67 ±5.418 b |
MS | 4.49 ± 0.393 a | 5.68 ± 0.398 b | 9.00 ± 1.453 c |
CW(kg) | 431.32 ± 7.010 a | 409.88 ± 7.097 b | 439.66 ± 25.915 ab |
BF: Backfat thickness, LMA: muscle area, MS: marbling score, CW: carcass weight |
Traits | Genotype ( T241A ) | ||
AA | AT | TT | |
BF | 13.12 ± 1.087 | 12.62 ± 0.784 | 11.50 ± 1.960 |
LMA | 91.27 ± 1.910 | 92.00 ± 1.377 | 94.63 ± 3.442 |
MS | 3.96 ± 0.485 a | 5.48 ± 0.350 b | 7.63 ± 0.874 c |
CW | 429.12 ± 9.014 | 418.66 ± 6.500 | 413.50 ± 16.251 |
한우 24두를 공시재료로 수행된 실험에서 탐색된 6개의 SNPs 중 경제형질과 연관성을 나타낸 것은 T148C, T179C, T241A였다. 따라서 3개의 SNPs에 대하여 한우 84두를 추가 실험하여 AMBP 유전자형에 따른 각 형질(등지방두께, 등심단면적, 근내지방도, 도체중)에 미치는 효과를 분석하였다.
분석한 결과 T148C와 T179C에서는 모든 개체에서 서로 같은 유전자형을 보였으며, 등지방두께, 등심단면적, 근내지방도, 도체중 모두에서 유의한 연관성이 검출되었고, T241A에서는 근내지방도에서 유의성이 나타났다(표 4).
AMBP 유전자의 T148C 또는 T179C의 유전자형에 대한 경제형질과의 연관성을 분석한 결과 각각의 유전자형이 경제형질(등지방두께, 등심단면적, 근내지방도, 도체중) 모두에서 유의한 영향을 미치는 것으로 나타났다. 등지방두께는 CC 유전자형이 14.12 ± 0.838로 가장 높았으며, CT 유전자형이 11.25 ± 0.849, TT 유전자형이 11.67 ±3.100로 나타났다. 등심단면적에서는 TT 유전자형(104.67 ±5.418)이 CC 유전자형(90.37 ± 1.465)이나 CT 유전자형(92.78 ± 1.484)에 비해 훨씬 높은 수치를 나타냈다. 이는 대립유전자 T가 대립유전자 C보다 등지방 효과에 있어서 더 두꺼운 것으로 볼 수 있다. 근내지방도는 TT 유전자형이 9.00 ± 1.453, CT 유전자형이 5.68 ± 0.398, CC 유전자형이 4.49 ± 0.393로, 유전자형 마다 각각 수치의 차이를 보이며 유의성을 나타냈으며, 도체중에서는 TT 유전자형이 439.66 ± 25.915으로 가장 높게 나타났으며, 그 다음으로 CC 유전자형 431.32 ± 7.010, CT유전자형 409.88± 7.097 순으로 나타났다(표 4).
AMBP 유전자의 T241A의 유전자형에 대한 경제형질과의 연관성을 분석한 결과 각각의 유전자형이 경제형질 중 근내지방도에서 유의한 영향을 미치는 것으로 나타났다(표 5). 등지방두께와 도체중에서는 AA 유전자형(13.12 ± 1.087, 429.12 ± 9.014)이 AT 유전자형(12.62 ± 0.784, 418.66 ± 6.500)과 TT 유전자형(11.50 ± 1.960, 413.50 ± 16.251)에 비해 높은 수치를 나타냈지만 유의성은 나타나지 않았다. 근내지방도에서는 TT 유전자형이 7.63 ± 0.874로 AA 유전자형 3.96 ± 0.485, AT 유전자형 5.48 ± 0.350보다 높게 나타났으며 유의적인 연관성을 나타내었다(표 5).
AMBP 유전자 내 T148C, T179C, T241A 총 3개의 SNPs에서 한우의 경제형질과의 연관성이 확인되었다. T148C와 T179C는 모든 개체에서 서로 같은 유전자형을 나타냈으며, 측정된 경제형질 모두에서 유의적 연관성을 확인할 수 있었다. 또한 T241A는 한우의 경제형질 중 근내지방도에서 유의한 결과를 확인할 수 있었다.
이러한 결과로 미루어 볼 때, AMBP 유전자 내 T148C 또는 T179C, T241A SNPs 들은 한우의 경제형질을 정확히 예측하여 우수한 경제형질을 갖는 개체를 선발하여 육종하는데 활용할 수 있을 것으로 사료된다.
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<160> 3
<170> KopatentIn 2.0
<210> 1
<211> 12158
<212> DNA
<213> alpha-1-microglobulin/bikunin precursor
<400> 1
cagccccagt ctgtagctgc ctcgagcagg gagctggtgg ctcttccatc cccagaccag 60
ccaagcctgt gagtgacagc ccagacagag gaaccagagc catgcggagt ctcagcggcc 120
tgctgttgtt actgactgcc tgcctggtgg taaacgccag ctccgtgccc acattgcctg 180
atgacattca agtgcaggag aacttcgacc tgtctagggt aaggctggca tctctggcgg 240
tgatggcagg gtgtctgagc ggctgggcct tgctggcagg aaggggcaag tcctatgtgc 300
cttggggtct cagtctctgc atctggaact ccaggggtgg gtccctcagg gccctttctg 360
ctgctcagac tgtcaggact tcattgaagc tgcacctctg cactcaccct ttcgtgggat 420
tctgggctgc cattctgagt caaagatcct gtagtctgaa cctgtactgt tgggctccat 480
gggaaattgt attccgatta gaacccaccc agagaaggct tctcggagaa ggcaatggca 540
ccccactcca gtactcttgc ctggaaactc ccatggacgg aggagcctgt aggctgcagt 600
ccatggggtc gctaagagtc agacacgact gagcgacttc actttcactt ttcactttca 660
tgcattggag aaggaaatag caacccactc cagtgttctt gcctggagaa tcccagggac 720
ggcggagcct ggtgggctgc tgtctatggg gtcgcacaga gtcggacacg actgaagcga 780
ctcagcagca gcagcagaga aggctggtgc cgaccaagtc ctgctgcccc tgcagcgcct 840
ccccccaaca gtgcccagct ttgtgtgact cttctgccca ccccctaacc tgcatccctt 900
catcctttaa ctactcacct ctgccgcaac atctctgtta gcccatcctg ggccctctgc 960
cctacctgta ggatcatggg gagaagagga gcaggacaga aatcaggctg gtgggactaa 1020
gcggcctggg cagggcgctg tgccagggga ggctgccgtc cagccccggc tctgcccgaa 1080
tctctgggtg accttgagca aagcctgttc ctccactgcc accccaggct ccttctgacc 1140
tttgtagccg cagtatggat tttgtttaca tttagggatg aggaagggtt gtggggagca 1200
aggcatgagg aacaggtctc tggtggtctg ggatgacgaa gggtctgcag acacctaagg 1260
gctctttcta gaagcggcag gctcatcctg ggtcaggctc agcttaggga aaggagttac 1320
tttctaacac agaggtatgg gctgtgtgca aggtggtgag tacccctgga ggagtaagag 1380
acgggactcc tgctcttggg gagcagtggt tgatggtgac cttggggcat ggggatttgg 1440
atcctgtcca gtgagcagcc caaaacctgc atctcagcag tcaggccctc tgccaactgg 1500
cggggtgggg tctgcctgcc gtctccctcc taagccagcc atgatgcctg gagctccatc 1560
atcagagttc catcctccct ggaagcctcg tagcctccag ttacctgtga gacacgatca 1620
cttaggagga gacgtcattg agagggggga gggggacaga cgccctccca gtcttgtcca 1680
ggtccagatc cttagggctt gtggctgcct cctagatcta tgggaagtgg ttcaatgtgg 1740
ccgtgggctc cacctgccca tggctgaaga ggttcaagga gaagatgacc atgagcacag 1800
tggtgttgaa agcggggccg acgagcaagg agatcagcgt caccaacact cacaggcggt 1860
gagtggggat ggggttagag gactgggacc cactccttcc cccaccccaa ccctgacttc 1920
agcctccacc ctgtcctgga aagtagcagg tctctacttc cagccaggac tcactcctga 1980
gggccagact tctctgcttc ccaccgccgg ggcagcccgt tctaactgtc ccatctacac 2040
ctcaagggca acgtccccaa cactctgcct gtttcccaat ctactcttgc cccttgggct 2100
tcctttagct cagtaaaggc gtttctacac aagctggaaa gttgggtggt aggtgcatgt 2160
cctagactct tctttgctct gccatgaccg tttggtccac catccagcct tgtccctgct 2220
cttccttatt ccctctggtc tgtttacttc ttccctcttc actgccctgg accaagtaac 2280
cttcagcttt ctttcctact gttatctaca gtagcctctc tacatttctc cccacctcta 2340
acctccaact ttccatcctt gcaaccattc atcacctcgc aaccagaaag gcctttcaaa 2400
aactcaaatc tgcttaaacc tttccagagt tccttcccta ttgcccttga gataaagttc 2460
aactccttca acatagcctt cagccctctg tgacccccaa gtgctcactg ttcccttccc 2520
cacataccta catactctct gacccaccta gctggatctt ctttcagttt ctggaaccct 2580
ccatcctctg ggactttgca tcaaatattt cttctaccca gaaaacctct ccccacttcc 2640
tgcactaatt cctatggatc cttcaggact caggttcttt gttgcctcct ccaggaaggc 2700
ctctctgact ccctccaccc atccaggttc aggttacagg ccttcttttg tgctctctga 2760
gtacccctgc ttcccgccac gtggcagtaa cctcaccgac tgcatctgcc tctggcctgc 2820
ccaccccctt cactgggttt tagaatctaa tgctccatga cgggacaggg tctcccctgc 2880
ctttctgtgt atccccagcc tgtggcatag tgcttggcac atagatgatg ctcgttaaat 2940
atcaataaga taaatgatca tcattataac aataatgggc ttccctggta actcagctgg 3000
taaagatagt agctaatgtg tgcatagtac ttactctaag ctctctgcat aaaatatctc 3060
atttgatgct ctcaaccacc atatgaggta gaaactatca ttatccccat ttctcagatg 3120
agaaaagtgg ggcaagagag acagagagta ataaatgact taatgtgtta atgaatcgtt 3180
ctgatttcct ggtgtatacg aatactgtgc tgatttttag tgctgggttt accaagaaga 3240
tagcatcagt tagctccttg cttccctcag tccctctgct ctcttctgtg aaacagatgt 3300
ctctcaggac tggtgtgaga actaaaccag atatttggaa atgttacttt ccaaattaca 3360
aaaaaaaaaa aaaaaccctg tatttggaag gaccttccag gagagcgggg tgtcaggaca 3420
atggtctcta ccagatacta tcttcatttt ggtttgttca tttccaggaa aggtgtctgt 3480
gaatcgatct ctggtactta tgagaaaaca agcactgatg ggaagtttct ctatcacaaa 3540
gccagtaagt tgagtcaaag gggacaccca cagttctctc cttcactaaa aaaaatgcct 3600
gacatcttaa cctctctgcc cctacagcca ttcctcccat ttttctgcaa tgtcatctag 3660
cctcccacca aattcccccc ctccttctct ctctccttct ttctctttct ctctctagct 3720
cctaccccca tgacccttgc cccacccatg tacacgctca tcaagtgctg attttaagtg 3780
atgagctgaa aacattgctg aattcaagtg atggttctga atgctgggga taacatcaag 3840
atttcatcac tcttcctgtt aggcatctgc aatcaactga taaaaatttg ctaagcatct 3900
accatgtaca gagtgtatgg tgctaaggga tagacacatg tggacatgaa tttatcatta 3960
atccagcaaa tgtttattga atttgctcta tgcatcaaat aaatgtgtca gagctttaat 4020
gtttgcatag atgaatggtt ggataaataa atgagtgaga gaattaaaaa atggtaagtg 4080
aatatatgta agatggtaga tttgttgagt aatcaatcat taaatagata aactgatggg 4140
ctaacagatg gaggaaagaa agaaggaaag agggagggaa ggaaggaagg aaaatgggtg 4200
tatttatgga ctgatatatg gagaggacgg atggatgaaa cgatggtgga tgaattaatg 4260
acgaatctat ggaggagatg gatggagaga gagagtgaag atggatgaat agataaatga 4320
atatatgcaa aggatgggtg gacagaagga ttgatgaata gatgatacgt gggtgaatag 4380
gtgaagggtc tcaggataga agccttctga ccactgatct ttttgtcttc cttcatcttc 4440
catgcagagt ggaatatcac catggagtcc tatgtggtcc acaccaacta cgatgagtac 4500
gccatttttc tgaccaagaa attaagccgt cgccatggac ccaccattac tgtcaagctc 4560
tatggtaaag gcccggagct gggggtggga ggagacctgt catttgggga aatgaagtgg 4620
ggaagtgcag ggagttttgc tttttccttc caacaaaact ccagttacgg gaaaggtgaa 4680
aacatttagt ctccctgtag aaggtagagc tcagtctccc atttgaggtt gaagcctctt 4740
cttttgaact caaaatttcc agaaaattct agcatctctg ggcccttaaa gaaccactct 4800
tgtgctgggt ggagatctgg gagacctgga atggggagcc tgggaaggct cctcctcctc 4860
ttctggagct gagctttctg taagggtact gaagagaccc aactgagtca ataggtctca 4920
aatgtccccg aaatgaaagt ccctgggcaa aataatgcca ggccctggca gccctgggcc 4980
ctgtggttct aggcatctcc cctgcctccc acttgcaggg cgtgagccgc agcttcggga 5040
aagcctgctg gaggaattca gggaggtggc cctgggtgtg ggcatccccg aagatgccat 5100
cttcacaatg cccgacagag gtaatggcac cccaccccgt ctcacatttc tgtcccctcc 5160
tcgtcctctg tggcctccag agcacatccc cccggcccct gggtctgtcc caccaccctt 5220
tgaggtaaac tgggctatgg ttcccctcct ctctttatag aaaaggcact ctgggtccct 5280
ggacttgtcc caggtcagtt ggcgtgtacc tggcagagct gaggctagag ccagttcagc 5340
attcactctg ctgccacctg ccaagtgcgg tgatagccag aattcagggc cgcctcttgg 5400
gaggtaatag agggtaggag ttagagcacg gagcttcaaa ctgagctggg tggcttctgg 5460
aggctttcag agcctcattt cctcatctgt aaaatgggga taataatgtc cccccttaga 5520
agctgctact gtaaggggtc aatgagataa aggcattaaa tacagtagca ccatacgtgg 5580
tttctagtaa gtgctggata gatgtcagcc ttggaatgct ggtggggcgg agggggtgga 5640
gacgatagag gtggtgacag cggtgtagcc accagcctgt cgattttcca gcgatgacct 5700
tcagcaatcc atgcgggtgg agccgtcccc gcagtgggct gatgcatggg acaggtccca 5760
gcgagggggc ccacctgccg catggccatt agttcttcgg aagaagcaaa gcctgtctgg 5820
gtcttactcc ctctctctcc tgtcctctga ctcaggtgaa tgtgttcctg gagagcagga 5880
tccagtgccc actccagtct cggtgagcac ctctgtcccc cagcccagcc ccaccctgcc 5940
cgcttaggct cctctgccgt gctggagggt ggggttgcag agagaaggcg gcgatgggca 6000
agtcagaccc acctgggctc agtctcagtt cttcatgggg ctagttgctg ccccatgcga 6060
tgtccctttc ctcgtctgtg gcatggagta attaccttta ccttccaggt gctggaatcc 6120
agtgacatgt tagaaaagta cctaaaagca gtgacagact caataatgag ataaagatac 6180
tcaacactca atagatgaaa ataaagtcag ttgagctctg aaaaacagca aacccgagag 6240
caagcagctt ctcaagccaa tgcctctcct atgctgactt ttgatttggg gggcttcctt 6300
ctgcttaatt ttcctgtttt ttgccatatt gattaagcct tcattctttc tctgattatt 6360
tggaaattat atatactaat ttagtctact gttgtgtcta tatgtgtatg tgtgtgtgtg 6420
tgtgtgtgtg tgtgtgtaaa aatacatata tttattttag aaacatattt ttgaaatttt 6480
tttcatttta atctttactt ttttaattat gaaagtatat aacatatata caagggactt 6540
ggaaaataca gaacaaggtt tcatatgttc cactatatat tacaattatt ttttttaaat 6600
agataaatta aggttattag ttggagtttc aatatcaaac tctcaaaaat taatagaatg 6660
aatatacagg gaagtagaag gagatagtag acctgaaaag cactgaaaac caattcaaca 6720
taattaagat ttatatagtt ttcacacaac agcagaatac aaactctatt caagttcccg 6780
tagactataa actaggagac actggaacat atccagggac agaagatgaa atgcaaaaat 6840
ttcatggtct gaagatgttg aaatcataca gaatctgttc tcatcactgt ggaattacgt 6900
tagaaatcaa tattgaaaga cacttgaaaa taatccatgt tttcaagtgc aatgtgacat 6960
ttaccaagag aaatctttga cttcgccatc gaaagcctca ataaagttag actaaaaaga 7020
aacagagggt aactacagag aagaaaccat ttaaatgaga aactagtatc aaaatgagag 7080
attaatatta aagatacttt aaacaaaatc ccatgtattt ggaaattaga tgttcacttt 7140
taaatgatga gtgtatctaa gaagccatta caaggaagat taaaaatatt tgtaatagaa 7200
taaaaatgaa aagagaattt gttgcatgca actgaagaaa attttaagga ctgaaggaaa 7260
gcaaaaaagg acaataatgt cctacttcta catagaattc acactgttaa catatttctt 7320
tgctttccta tttttttaat taattagttt attttaattg gaggctaatt actttacaat 7380
attgtagtag tttttgccaa aaattgacat gaatcagcca tgggtatacc tgtgttcccc 7440
atcctgaact ccccctccca cctccttccc catcccatcc ctctgggtca tcccagtgca 7500
ccagccctga gcaccctgtc tcatgcatca aatctggact ggggatctat ttcacatatg 7560
ataatataca tgtttcaatg ctgttctctc aaatcatccc atcctcgccc tctcccacag 7620
agtccaaaag actgttctat acatctgtgt gtcttttgct gtctcgcata tagggtcatc 7680
gttaccatct ttctaaattc catatatatg cgttattata cagtattggt ctttttcttt 7740
ctgacttact tcactctgta taataggctc cagtttcatc cacctcatta gaactgattc 7800
aagtgcattc tttttaatgg ctgagtaaga ttccattgtg tatatgtacc acagctttct 7860
tatccattca tctgctgatg gacatctagg ttgcttccat gtcctggcta ttataaacag 7920
tgctgcgatg aacattgggg tacacgtgtc tctttccctt ctggtttcct cagtgtgtat 7980
gcccagcagt gggattgctg ggtcatatgg cagttctatt tctggttttt taaggactct 8040
ccacactgtt ctccatagtg gctaaccact tccctatttt ttaagaaaaa ttaccattgc 8100
tactgtaaag ctaacatact ctcattataa ataattaaaa caatgcagta taaaaagtat 8160
aaaaaacaag ttttgaaaaa ttccaccacc tacaaactct gagcattcac attattccag 8220
aaatcttgac ctgtatacac ctggagaggg gcagatgtaa agaaagttgg atagacagat 8280
gcacagattt agatatgctg ttattaaatg gaattgcatt ccagatgcta ttcctaaatt 8340
tgaaaagaca ttcattgttg tttaaaaaaa atcttcaaat aaatatttct ccttgccaag 8400
aggttaattt agtaaagaat gctctaagtc aagattgggc ttcccttatg gctcagctgg 8460
taaagaatcc acctgcaatg cgggagacct gggttcaatc tctgggttgg gaagatcccc 8520
tggagaaggg aaaggctacc tactccagta ttgtggcctg gagaattcca tggactgtat 8580
agtccactgg gtcacgaaga gtcggacacg actgaacgac tttaaatgta agtaaacact 8640
ttcagagggt gtctcttgtc tctgggactt ggcagacaga cctctttact ttcgtgtgtt 8700
ctatctcctt ctcccttttt cttttactct gtccagattg ataccattcc cattctgttc 8760
tatctctgca attcccagac atttagtaat agctctatat tttaatggat tctacattct 8820
ctcctagtga atacaacaca gcttcaccat tcctgagtta ttatttctat taatctctta 8880
atgccatttc ttcacaaact gctgtgtttg aggaagtttt gaatatttga atcctggaat 8940
tcttccctgt ttgagaatat cctcctgttc ccttcaacct tgaatgagat ttctgaagtc 9000
ggtctggata gtttctgttc tgcttctttt tatctgtctc ctgcctcatc tgttttagcc 9060
agttgttttt gctgtttggt ttcgaagttg tgtccaactt tttcgacccc atggactgta 9120
gcttgccagg ctcctctgtc catgggattc tccaggcaag aatagtagaa tgggttgcca 9180
tgccctcctc caagggatct tcttgaccta gagattgaac ccttgtctct tgaattggca 9240
ggcggattct ttaccactag tgccacagaa agcccgatgc tttgggaaaa acagcccatt 9300
catcagtcta gtagctgtgt ttctgtctac accttgatcc tcagagcaaa tggcttttac 9360
attcccaggg tccaggggaa caactgtggc taggtccctg aaatagcttc ttctgttttt 9420
cccccagagg gctcggcggg ctgtgctgac ccaggaagag gaaggctctg gggctggaca 9480
accagtaact aatttcagca agaaagcagg tgaggatcac tccctgtttt tttttaaccc 9540
ctcttctgcc acactcgaga gaggaagggc ccacagctgg ttcactccag ctgcccttat 9600
caccatgaag tctttttatt cttctactag aatgaagcaa aagcctataa aaggcaaatc 9660
ccgttctctg ccccgtgcca gacattgttg agagagggga tcacaagcca tggtccctga 9720
gcttagaaac attcagctcc atgatgagaa gcaagttcct ggcctgtctg ttttacttcg 9780
tggcctccta gccttggttt tctcatctgt acaatgggat aacagcctgt tgagctgatc 9840
tcaagggctc tttgtggaga cacatggaaa atatgtgaga atactctgtg tagttgatag 9900
accaatcact cttcaactct ttcagcaaac attgaaccct gaccctgcat cgccccccag 9960
accctctgct gagcactggg atcatggaga caaacacgtc ttctggtcta gtagaggagg 10020
cagtcaagga agaaaataaa ggacttgaaa gaagagagta agctaaagag ttgagggagc 10080
tcagaagagg gaggggagaa gtgatcaagg aggacttcct ggatgaagga gaattcatgt 10140
tatgtccatt tatggtttat ggaggaaggc attctagcat tccaggggca ggaatgatga 10200
gggcaaaggc acagggctgg gacatcaggc agagaggtca ggctgccagc atgcatgctg 10260
gtgaatgtag cctcaaccac tgtctttaca gggctgtagg gcagacaaga ccaaagccgg 10320
atgcttggtc tctgggccac tgataacacc tcatattatg gcacgggttt ttggagtcca 10380
acaaatatga cttggaatct cagctctagg taaccctgag gaaatctctt tgcctctcag 10440
ggagtcaatt tccttatctt taaaacgggc tgagaatgat tcctcttaat gcagagatga 10500
aaactaaacg aggtgattcc cctttgaagt gtccagcctg gtgacaggca cacactcagc 10560
actcagcgag cactgctgtt ctgcccctcc gcagattcct gccagctgga ctactcacaa 10620
gggccttgcc tggggctgtt caagaggtat ttctataacg gtacatccat ggcctgtgag 10680
accttcttat atggcggctg catggggaat ggcaacaact tcctctcgga gaaggagtgt 10740
ctgcagacct gccggactgt gggtgagcac caccccactt ccgcctcccc cgtactggtc 10800
acttctgtcc tcccaacaga ccacctgccc actgaacagg tagctaacag aggatgctcc 10860
ggtggtggga ttccagggtc ggtttcctga aggcatagga attgagcact tgggtgtggg 10920
tgaccctcgg cacatatgtc ttctaggggg ctggtttctc aatctatagg aagaggtcta 10980
ggtgttccag gtgagtaggg tccctgccgg gtgtctcagg tcagcgatca cgaggttttc 11040
taatgctctg tgcctccctc ccactccgca gaggcctgta acctccccat agtccagggg 11100
ccatgccgaa gctacatcca gctctgggca tttgatgctg tcaaggggaa gtgcgtccgc 11160
ttcagctatg ggggctgcaa gggcaatggt aacaaatttt actcggagaa ggagtgtaag 11220
gagtactgtg gcattcctgg tgaaggtagg aggccccaca acgccgggcg gggctgaggg 11280
gccgccagaa tcctggttgg ggagccctgg tagggatctg gagagctgag ttctggattc 11340
tgtactggtg accagcacac ccactctctc agtttcccac ctgtaaaacg gggccaagcc 11400
caattttacc ccagctggga tggggcacct ggggaggtgc tggcctgagc agggagggtg 11460
gggttgagtg gggcagaggc gggctccaat cctggcattc agtgccacat tcgggctggc 11520
cacatcgtta ctcaaatgat tcaaatactt ccagtcactg cttcctgaag gctcaggcct 11580
ctggatcttc tcaatctact ctgtccctgt tacagtgctt gagtgctcag tcatgtccgc 11640
ctctttgtga ccccgtggac tgtaccaatt taagtctcag ttttctcttt tgtaaagtgg 11700
cacaaaggac ccacttccta ggcggcacgg tgccttgcct ggttcatacc tgtctagcag 11760
cagccagtac tagtaacggt ggcaatgctg cgatggtaac aagaatagca ttccaagaag 11820
ccgcagccat tgaagattta tatgccttat ctccccaccg gaaaaatggt gcctaaagta 11880
aatcagaggc aaaaacatag gtcatcctgt ggaatgcatc tcggagttac caagtcaccc 11940
tgcaagcaga agtttctggc ctcaggctca ggctcgaact cagtccgagc tgtcttccct 12000
cctccatgag gcatccccat gccctgaccg cccccaacca caggcccttg ggtgacccca 12060
cacctactcc ctgagcctct ctgtgtccac agcggatgag gagttgctgc gcttctccaa 12120
ctgaccggtc cgcaggcctg aagtccacaa ggcagcag 12158
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AMBP_F
<400> 2
ccccagtctg tagctgcctc 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AMBP_R
<400> 3
atgtgccttg gggtctcagt 20
Claims (9)
- 서열번호 2 및 3의 염기서열을 갖는 프라이머 세트를 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측을 위한 프라이머 세트.
- 서열번호 2 및 3의 염기서열을 갖는 프라이머 세트에 의해 증폭되어 얻어진 T148C 또는 T179C SNP 마커, 혹은 T241A SNP 마커 중 어느 하나를 포함하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측을 위한 SNP 마커.
- 제 2항에 있어서,
상기 T148C 또는 T179C SNP 마커는 서열번호 1에 표시된 염기서열에서 각각 148번째(T↔C)와 179번째(T↔C)의 염기치환으로 발생되는 것임을 특징으로 하는 SNP 마커. - 제 2항에 있어서,
상기 T241A SNP 마커는 서열번호 1에 표시된 염기서열에서 241번째(T↔A)의 염기치환으로 발생되는 것임을 특징으로 하는 SNP 마커. - 한우 시료에서 게놈 유전자와 소 유래의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자에 대응되는 증폭용 프라이머를 사용하여 PCR 방법으로 AMBP 유전자를 증폭하는 단계; 상기 증폭된 AMBP 유전자를 염기서열분석방법으로 T148C 또는 T179C SNP 마커, 혹은 T241A SNP 마커의 유전자형을 확인하는 단계; 상기 확인된 SNP 마커로부터 한우의 경제형질을 예측하는 단계; 를 포함하여 이루어지는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법.
- 제 5항에 있어서,
상기 한우의 경제형질 중 등지방두께를 판정하는 방법은 T148C 또는 T179C SNP 마커의 CC 유전자형을 선발하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법. - 제 5항에 있어서,
상기 한우의 경제형질 중 등심단면적을 판정하는 방법은 T148C 또는 T179C SNP 마커의 TT 유전자형을 선발하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법. - 제 5항에 있어서,
상기 한우의 경제형질 중 근내지방도를 판정하는 방법은 T148C 또는 T179C SNP 마커의 TT 유전자형, 혹은 T241A SNP 마커의 TT 유전자형을 선발하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법. - 제 5항에 있어서,
상기 한우의 경제형질 중 도체중을 판정하는 방법은 T148C 또는 T179C SNP 마커의 TT 유전자형을 선발하는 것을 특징으로 하는 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법.
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Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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KR20130060876A KR101479955B1 (ko) | 2013-05-29 | 2013-05-29 | 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precusor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법 및 이와 관련된 SNP 마커 및 프라이머 세트 |
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KR20200073053A (ko) * | 2018-12-13 | 2020-06-23 | 대한민국(농촌진흥청장) | Galm 유전자를 이용한 한우의 경제적 형질 예측 방법 |
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