KR20140138771A

KR20140138771A - 제약학적 진단법

Info

Publication number: KR20140138771A
Application number: KR1020147026735A
Authority: KR
Inventors: 파스칼 푸렛; 크리스틴 프리치; 소버르-미쉘 마이라
Original assignee: 노파르티스 아게
Priority date: 2012-03-29
Filing date: 2013-03-27
Publication date: 2014-12-04
Also published as: ES2845560T3; TW201345525A; US20150111927A1; MX2014011682A; CO7091176A2; EA028984B1; CA2866127A1; AU2013241752B2; JP6224067B2; CL2014002576A1; WO2013144249A1; ECSP14025016A; IL234658B; CN104271136A; IN2014DN08970A; GT201400206A; PH12014502168A1; AU2013241752A1; SG11201405169SA; EA201491787A1

Abstract

본 발명은 부분적으로 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산에서의 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 검정하는 것에 기반한 선택적 암 치료 요법에 관한 것이다.

Description

제약학적 진단법{PHARMACEUTICAL DIAGNOSTIC}

본 개시내용은 2012년 3월 29일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 61/617284 및 2013년 2월 22일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 61/767,848에 대한 우선권을 주장하며, 이들의 개시내용은 각각 그 전문이 본원에 참조로 포함한다.

발명의 분야

본 발명은 암을 앓고 있는 환자를 치료하는데 사용하기 위한 신규 개인맞춤형 요법, 키트, 정보의 전송가능한 형태 및 방법에 관한 것이다.

포스파티딜이노시톨 3-키나제 (PI3K)는 포스페이트를 이노시톨 지질의 D-3' 위치로 전달하는 것에 촉매작용하여, 결과적으로 플렉스트린-상동성, FYVE, Phox 및 다른 인지질-결합 도메인을 함유하는 단백질을 대개는 형질 막에서 다양한 신호전달 복합체 내로 도킹시킴으로써 신호전달 캐스케이드에서 제2 메신저로서 작용하는 포스포이노시톨-3-포스페이트 (PIP), 포스포이노시톨-3,4-디포스페이트 (PIP2) 및 포스포이노시톨-3,4,5-트리포스페이트 (PIP3)를 생성하는 지질 키나제 패밀리를 포함한다 (문헌 [Vanhaesebroeck et al., Annu. Rev. Biochem 70:535 (2001); Katso et al., Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17:615 (2001)]). 두 가지 부류 1 PI3K 중에서, 부류 1A PI3K는 p85α, p55α, p50α, p85β 또는 p55γ일 수 있는 조절 서브유닛과 구성적으로 결합된 촉매 p110 서브유닛 (α, β, δ 이소형)으로 구성된 이종이량체이다. 부류 1B 하위-부류는 두 가지 조절 서브유닛 중에서 p101 또는 p84 중 어느 하나와 결합된 촉매 p110γ 서브유닛으로 구성된 이종이량체인 하나의 패밀리 구성원을 갖는다 (문헌 [Fruman et al., Annu Rev. Biochem. 67:481 (1998); Suire et al., Curr. Biol. 15:566 (2005)]). p85/55/50 서브유닛의 모듈식 도메인은 활성화 수용체 및 세포질 티로신 키나제 상의 특정한 서열 맥락에서 포스포티로신 잔기에 결합하여 부류 1A PI3K를 활성화 및 국재화시키는 Src 상동성 (SH2) 도메인을 포함한다. 일부 상황에서, p110β 뿐만 아니라 부류 1B는 펩티드 및 비-펩티드 리간드의 다양한 레퍼토리에 결합하는 G 단백질-커플링된 수용체에 의해 직접적으로 활성화된다 (문헌 [Stephens et al., Cell 89:105 (1997)); Katso et al., Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17:615-675 (2001)]). 결과적으로, 생성된 부류 I PI3K의 인지질 생성물은 상류 수용체를, 증식, 생존, 화학주성, 세포 트래픽킹, 운동성, 대사, 염증 및 알레르기 반응, 전사 및 번역을 포함하는 하류 세포 활성과 연결시킨다 (문헌 [Cantley et al., Cell 64:281 (1991); Escobedo and Williams, Nature 335:85 (1988); Fantl et al., Cell 69:413 (1992)]).

PIP3은 바이러스 종양유전자 v-Akt의 인간 상동체의 생성물인 Akt를, 그것이 성장 및 생존에 중요한 다수의 세포내 신호전달 경로에 대한 중심점으로서 작용하는 형질 막으로 동원한다 (문헌 [Fantl et al., Cell 69:413-423(1992); Bader et al., Nature Rev. Cancer 5:921 (2005); Vivanco and Sawyer, Nature Rev. Cancer 2:489 (2002)]). 대개는 Akt 활성화를 통해 생존을 증가시키는 PI3K의 비정상적 조절은 인간 암에서 가장 만연한 사건 중 하나이며, 다양한 수준으로 발생하는 것으로 나타났다. 이노시톨 고리의 3' 위치에서 포스포이노시티드를 탈인산화시켜 PI3K 활성을 길항하는 종양 억제 유전자 PTEN은 다양한 종양에서 기능적으로 결실되어 있다. 다른 종양에서는, p110α 이소형인 PIK3CA에 대한 유전자 및 Akt에 대한 유전자가 증폭되고, 그들의 유전자 산물의 증가된 단백질 발현은 몇몇 인간 암에서 입증되어 있다. 또한, p85-p110 복합체를 상향조절하는 역할을 하는 p85α의 돌연변이 및 전위가 인간 암에서 기재되어 있다. 끝으로, 하류 신호전달 경로를 활성화시키는 PIK3CA에서의 체세포 과오 돌연변이가 광범위한 인간 암에서 유의한 빈도로 기재되어 있다 (문헌 [Kang at el., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:802 (2005); Samuels et al., Science 304:554 (2004); Samuels et al., Cancer Cell 7:561-573 (2005)]). 이들 관찰은, 포스포이노시톨-3 키나제 및 이 신호전달 경로의 상류 및 하류 성분의 탈조절이 인간 암 및 증식성 질환과 연관된 가장 통상적인 탈조절 중 하나임을 보여준다 (문헌 [Parsons et al., Nature 436:792 (2005); Hennessey at el., Nature Rev. Drug Disc. 4:988-1004 (2005)]).

환자의 유전적 프로파일이 치유적 치료에 대한 환자의 반응성을 결정지을 수 있음을 시사하는 증거가 증가하고 있다. 암을 앓고 있는 개체에 이용가능한 다수의 요법을 고려해 볼 때, 예를 들어 특정한 약물에 대한 반응에 영향을 주는 유전 인자의 결정을 사용하여 환자에게 개인맞춤형 치료 요법을 제공할 수 있다. 이러한 개인맞춤형 치료 요법은 보다 덜 유효한 대체 치료 요법과 연관될 수 있는 관련 부작용을 최소화하면서 환자에 대한 치료 이익을 최대화할 가능성을 제공한다. 따라서, 환자가 특정한 치료 요법에 대해 반응할 가능성이 있는지의 여부를 예측하는데 사용될 수 있는 인자를 확인하는 것에 대한 필요성이 존재한다.

발명의 개요

본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 아미노산을 코딩하는 핵산의 정체가, 치료 유효량의 알파-이소형 특이적 PI3K 억제제 화합물, 예컨대 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응할 가능성이 있는 암을 앓고 있는 개체를 선택하는데 사용될 수 있다는 발견에 기반한다. 구체적으로, 암을 앓고 있는 개체로부터의 샘플에서의 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민 잔기 (본원에서 Q 또는 Gln으로서도 지칭됨)의 변경은, 상기 개체가 알파-이소형 특이적 PI3K 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응할 것인지의 여부를 선택하는데 사용될 수 있는 것으로 밝혀졌다. 결정 단계는 관심 대상 (예를 들어, mRNA, cDNA, 단백질 등)에 대해 개체로부터의 생물학적 샘플을 직접적으로 검정함으로써 수행될 수 있다.

한 측면에서, 본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 암을 앓고 있는 대상체에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은

a) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하고;

b) 샘플이 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것

을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은

a) 샘플이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 암을 앓고 있는 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는

b) 샘플이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖지 않는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 이외의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것

또 다른 측면에서, 본 발명은

PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하고;

i) 샘플이 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는

ii) 샘플이 위치 859에서 글루타민을 갖지 않는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 이외의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것

또 다른 측면에서, 본 발명은

b) 그 후에 상기 대상체가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하고;

c) 그 후에 상기 대상체가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것

또 다른 측면에서, 본 발명은

a) 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민의 존재 또는 부재에 대해 결정하며, 여기서 위치 859에서의 글루타민의 존재는 상기 대상체가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성이 존재함을 가리키는 것이고;

b) 그 후에 상기 대상체로부터의 샘플이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하는 것

또 다른 측면에서, 본 발명은 암을 앓고 있는 치료를 위한 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민의 존재 또는 부재에 대해 결정하는 것을 포함하며, 여기서 위치 859에서의 글루타민의 존재는 상기 대상체가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성이 존재함을 가리키는 것인, 암을 앓고 있는 치료를 위한 대상체를 선택하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산 서열을 갖는 암을 앓고 있는 대상체에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은

a) 참조 서열과 비교한, PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 2575-2577에서의 핵산 서열 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하고;

b) 핵산 서열 샘플이 돌연변이를 갖지 않고 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것

또 다른 측면에서, 본 발명은

a) 암을 앓고 있는 대상체가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산 서열을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는

b) 상기 대상체가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하지 않는 핵산 서열을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것

또 다른 측면에서, 본 발명은

PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서의 핵산 서열 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하며, 여기서 돌연변이는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 아미노산 치환을 유발하는 것이고;

i) 핵산 서열이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는

ii) 핵산 서열이 위치 859에서의 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서 돌연변이를 갖고 글루타민을 코딩하지 않는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것

또 다른 측면에서, 본 발명은

a) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서의 핵산 서열 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하며, 여기서 돌연변이는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 아미노산 치환을 유발하는 것이고;

b) 그 후에 상기 대상체로부터의 샘플이 돌연변이가 결여되고 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하고;

c) 그 후에 돌연변이가 결여된 상기 대상체에게 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것

또 다른 측면에서, 본 발명은

a) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서의 핵산 서열 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하며, 여기서 돌연변이는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 아미노산 치환을 유발하는 것이고, 핵산 서열에서의 돌연변이의 부재는 상기 대상체가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성이 존재함을 가리키는 것이고;

b) 그 후에 상기 대상체로부터의 샘플에 핵산 서열에서의 돌연변이가 결여되어 핵산 서열이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하는 것

또 다른 측면에서, 본 발명은

코딩된 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 치환을 유발하는 PI3K 폴리펩티드의 촉매 p110α 서브유닛을 코딩하는 핵산 분자에서의 돌연변이의 존재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터 획득한 핵산 샘플을 검정하고;

그 후에

a) 핵산이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는

b) 핵산이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하지 않는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것

을 포함하는, 암을 앓고 있는 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 코딩된 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 치환을 유발하는 PI3K 폴리펩티드의 촉매 p110α 서브유닛을 코딩하는 핵산 분자에서의 돌연변이의 존재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터 획득한 핵산 샘플을 검정하는 것을 포함하며, 여기서 위치 859에서의 글루타민의 존재는 상기 대상체가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성이 존재함을 가리키는 것인, 암을 앓고 있는 치료를 위한 대상체를 선택하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K의 코딩된 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 아미노산 변이체를 유발하는 유전자 변이체를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 위치 859에서의 변이체의 결여는 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)를 개체에게 투여해야 함을 가리키는 것인, 상기 개체의 유전자형 결정을 수행하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 개체로부터 획득한 PI3K 유전자의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 2575-2577에서의 CAA의 부재 또는 존재에 대해 검출하는 것을 포함하며, 여기서 CAA의 존재는 상기 개체가 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)에 대해 반응할 증가된 가능성을 가짐을 가리키는 것인, 상기 개체의 유전자형 결정을 수행하는 방법을 포함한다.

또한, 본원에 기재된 바와 같은 본 발명의 방법에서, 암은 교모세포종; 흑색종; 난소암; 유방암; 비-소세포 폐암 (NSCLC); 자궁내막암; 전립선암; 결장암; 및 골수종을 포함하는 임의의 암일 수 있다. 전형적으로, 샘플은 종양 샘플이고, 신선한 동결 샘플 또는 파라핀 포매 조직 샘플일 수 있다.

본원에 기재된 바와 같은 본 발명의 방법에서, 글루타민 또는 변이체 아미노산을 검출하는 방법은 당업계에 공지된 임의의 방법, 예컨대 면역검정, 면역조직화학, ELISA, 유동 세포측정법, 웨스턴 블롯, HPLC 및 질량 분광측정법에 의해 수행될 수 있다. 또한, 본원에 기재된 바와 같은 본 발명의 방법에서, PI3K의 촉매 p110α 서브유닛을 코딩하는 핵산 분자에서의 돌연변이를 검출하는 방법은 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR), 역전사-폴리머라제 연쇄 반응 (RT-PCR), 택맨(TaqMan)-기반 검정, 직접 서열분석, 동적 대립유전자-특이적 혼성화, 고밀도 올리고뉴클레오티드 SNP 어레이, 제한 단편 길이 다형성 (RFLP) 검정, 프라이머 연장 검정, 올리고뉴클레오티드 리가제 검정, 단일 가닥 입체형태 다형성의 분석, 온도 구배 겔 전기영동 (TGGE), 변성 고성능 액체 크로마토그래피, 고해상도 용융 분석, DNA 미스매치-결합 단백질 검정, SNPLex® 또는 모세관 전기영동을 포함한다.

본 발명은 추가로

a) 암을 앓고 있는 환자가 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성을 대상체가 갖는지의 여부를 결정하며, 여기서 상기 대상체는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛 유전자의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 증가된 가능성을 갖는 것이고,

b) 전송에 사용하기 위한 유형 또는 무형 매체 형태 상에 결정 단계의 결과를 기록하는 것

을 포함하는, (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)로의 치료에 대한 상기 환자의 반응성을 예측하기 위한 정보의 전송가능한 형태를 제조하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은

a) 암을 앓고 있는 환자가 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성을 대상체가 갖는지의 여부를 결정하며, 여기서 상기 대상체는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛 유전자의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산 서열에 기반하여 증가된 가능성을 갖는 것이고;

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K 유전자좌 (서열 2의 핵산 2575-2577)에서의 돌연변이의 존재를 검출하기 위한 하나 이상의 프로브 또는 프라이머 및 사용 지침서를 제공하는 것을 포함하는, 종양이 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응성인지의 여부를 결정하기 위한 키트를 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은

a) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 변이체를 코딩하는 돌연변이의 존재를 결정하기 위한 다수의 작용제; 및

b) 사용 지침서

를 포함하는, 암을 앓고 있는 대상체가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료로부터 이익을 얻을 것인지의 여부를 예측하기 위한 키트를 포함한다.

본원에 기재된 바와 같은 본 발명의 방법에서, PI3K 억제제는 당업계에 공지된 임의의 PI3K 알파 서브유닛 억제제이다. 특히, 화합물은 화학식 A 또는 그의 제약상 허용되는 염으로서 또한 하기에 나타낸 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염일 수 있다.

<화학식 A>

또 다른 측면에서, 본 발명은 위치 859에서의 PI3K 유전자의 촉매 p110α 서브유닛에서의 변이체를 코딩하는 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출하기 위한 하나 이상의 프로브 또는 프라이머를 제공하는 것을 포함하는, 종양이 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응성인지의 여부를 결정하기 위한 키트를 포함한다.

도 1은 PI3K 야생형 (wt) (미카엘리스(Michaelis) 상수 (Km) = 60 ± 6 μM) 및 PI3Kα Q859A 돌연변이체 (Km = 72 ± 8 μM)에 대한 ATP 활성화 동역학 곡선을 나타내는 그래프를 도시한 것이다.
도 2는 PI3K 야생형 (wt) 및 PI3Kα Q859A 돌연변이체에 대한 억제 곡선을 나타내는 그래프를 나타낸 것이다.

본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이의 존재 또는 부재가 알파-이소형 특이적 PI3K 억제제 화합물, 예컨대 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 요법에 대한 환자의 반응 가능성을 결정하는데 사용될 수 있다는 발견에 기반한다. 구체적으로, PI3K의 야생형 촉매 p110α 서브유닛을 코딩하는, 즉 위치 859에서 글루타민을 갖는 환자의 샘플로부터의 핵산 서열은 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)로의 치료에 대해 반응할 가능성이 더 높은 것으로 밝혀졌다. 대조적으로, PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 변이체를 코딩하는, 즉 위치 859에서 글루타민 이외의 아미노산, 예컨대 알라닌을 코딩하는 돌연변이를 갖는 환자의 샘플로부터의 핵산 서열은 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)로의 치료에 대해 반응할 가능성이 더 낮다. 이러한 환자는 대체 암 요법, 예컨대 다른 PI3K 억제제 (본원에 사용된 바와 같은 다른 유형의 PI3K 억제제는 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드가 아닌 억제제이어야 함)로 치료되어야 하며, 이는 비제한적으로 화학요법제 또는 대체 PI3K 억제제 요법, 예컨대 PI3K 서브유닛의 알파 형태 이외의 이소형을 선택적으로 억제할 수 있는 억제제 또는 PI3K 서브유닛의 하나 초과의 이소형을 억제할 수 있는 억제제로의 치료일 수 있다.

본 발명의 방법의 일부 실시양태에서, PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이의 존재 또는 부재는 게놈 서열, 핵산 산물, 폴리펩티드 산물 또는 동등한 유전자 마커에 대해 생물학적 샘플을 검정함으로써 검출될 수 있다.

한 예에서, 본 발명은 개체로부터의 샘플의 유전자형 결정을 수행하는 것을 포함한다. 유전자형 결정을 위해, 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 뉴클레오티드 특징은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛 유전자의 어느 하나의 대립유전자 또는 둘 다의 대립유전자에서 결정된다. PI3K의 촉매 p110α 서브유닛 유전자에 대하여, 돌연변이는 하나 또는 둘 다의 대립유전자에서의 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛 유전자의 뉴클레오티드 2575-2577에서 발생한다. 유전자형은 동형접합 또는 이형접합일 수 있다. 본 발명의 방법에서, 위치 859에서의 핵산 서열 또는 단백질의 정체의 결정은 적절한 경우에 야생형 단백질 서열 (GeneID: 5290; 예를 들어, NCBI 등록 번호 NP_006209.2를 갖는 단백질을 코딩하는 것; 서열 1) 또는 DNA 서열 (서열 2) 또는 야생형 핵산 서열 (mRNA; NCBI 참조 서열 번호 NM_006218.2) 또는 게놈 DNA (NCBI 참조 서열 번호 NG_012113.1)와 비교될 수 있다. PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 변이체 (즉, 글루타민 이외의 아미노산)는 단백질을 코딩하는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛 유전자 서열에서의 유전자 돌연변이로부터 유발된 위치 859의 참조 (야생형) 단백질 서열에서의 변화를 지칭하는데 사용된다. 한 실시양태에서, 변이체는 위치 859에서의 알라닌일 수 있다.

따라서, 본 개시내용은 PI3K-발현 암을 앓고 있는 환자가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 요법에 대해 유익한 반응을 나타낼 가능성을 예측하는 방법을 제공한다. 이러한 평가에 적용되는 환자는 1) PI3K-발현 암을 앓고 있고, 아직 암에 대한 임의의 치료를 받지 않은 환자; 2) PI3K-발현 암을 앓고 있고, 암의 완전 또는 부분 절제를 받은, 예를 들어 임상적으로 가능한 정도로 암성 조직의 외과적 제거를 받은 환자; 및 3) PI3K-발현 암을 앓고 있고, PI3K 억제제 치료 요법 이외의 치료 요법으로 치료받은 환자를 포함한다.

본 발명의 방법에서, 샘플은 PI3K 유전자 PIK3CA의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 검정된다. 한 예에서, 돌연변이는 PI3K 유전자 PIK3CA의 인간 촉매 p110α 서브유닛에서 위치 859에서의 글루타민의 알라닌으로의 치환/변이체 (Q859A) [GeneID: 5290; 예를 들어, NCBI 등록 번호 NP_006209.2 (서열 1)를 갖는 단백질을 코딩하는 것]를 유발한다.

한 측면에서, 본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하고; 샘플이 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 변이체를 코딩하는 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하고; 상기 대상체로부터의 샘플에 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 돌연변이가 결여된 것에 기반하여 상기 대상체에게 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 변이체를 코딩하는 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하고; 그 후에 상기 대상체로부터의 샘플에 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 돌연변이가 결여된 것 (즉, 핵산 서열이 글루타민을 코딩함)에 기반하여 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하고; 돌연변이가 결여된 대상체의 결과로서 상기 대상체에게 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 변이체를 코딩하는 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 결정하며, 여기서 돌연변이의 존재는 상기 대상체가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응하지 않을 증가된 가능성이 존재함을 가리키는 것이고; 그 후에 상기 대상체로부터의 샘플에 PI3K의 p110α 서브유닛의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 돌연변이가 결여된 것에 기반하여 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 암을 앓고 있는 대상체가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민 (Q)의 존재를 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하는, PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K 폴리펩티드의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 2575-2577에서의 핵산 분자에서의 하나 이상의 돌연변이의 존재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터 획득한 핵산 샘플을 검정하고; 그 후에 상기 대상체가 서열 돌연변이의 존재가 결여되고, PI3K의 코딩된 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 상기 대상체에게 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것을 포함하는, 암을 앓고 있는 대상체를 선택적으로 치료하는 방법을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 환자에 기반하여 상기 환자에게 치료 유효량의 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 특징으로 하는, 암을 치료하는데 사용하기 위한 상기 화합물 또는 그의 제약상 허용되는 염을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민으로부터 선택된 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 갖고 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 갖지 않는환자에 기반하여 상기 환자에게 치료 유효량의 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 특징으로 하는, 암을 치료하는데 사용하기 위한 상기 화합물 또는 그의 제약상 허용되는 염을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산을 갖는 환자에 기반하여 상기 환자에게 치료 유효량의 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 특징으로 하는, 암을 치료하는데 사용하기 위한 상기 화합물 또는 그의 제약상 허용되는 염을 포함한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산 및 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하지 않는 핵산으로부터 선택된 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산을 갖는 환자에 기반하여 상기 환자에게 치료 유효량의 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 특징으로 하는, 암을 치료하는데 사용하기 위한 상기 화합물 또는 그의 제약상 허용되는 염을 포함한다.

PI3K 억제제

본원에 개시된 방법을 사용하여 평가되는 환자는 PI3K 억제제로의 치료에 고려되는 환자이다. 본 발명에 따르면, PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 야생형 형태를 발현하는 종양을 앓고 있는 환자는 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응할 가능성이 더 높다.

본원에 사용된 바와 같은 용어 "PI3K 알파 서브유닛 억제제"는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛을 억제할 수 있는 분자이다. PI3K 알파 서브유닛 억제제는 베타 및/또는 델타 및/또는 감마 하위유형을 포함하는 다른 하위유형을 억제하는 그의 능력과 비교하여 PI3K의 알파 하위유형을 선택적으로 억제할 수 있는 것으로 이해된다.

WO2010/029082는 다른 유형과 비교하여 유리한 약리학적 특성을 갖고 PI3-키나제 알파 하위유형에 대한 개선된 선택성을 나타내는 것으로 밝혀진 특이적 2-카르복스아미드 시클로아미노 우레아 유도체를 기재한다. 본 발명에 적합한 특이적 2-카르복스아미드 시클로아미노 우레아 유도체, 그의 제조법 및 그를 함유하는 적합한 제제는 WO2010/029082에 기재되어 있다. 본원에 기재된 바와 같은 본 발명의 방법에서, PI3K 알파 서브유닛 억제제는 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염일 수 있다. 본 발명에 사용된 PI3K 알파 서브유닛 억제제는 하기 화학식 A의 화합물 또는 그의 제약상 허용되는 염이다.

<화학식 A>

상기 화합물은 WO2010/029082에 구체적으로 기재되어 있다. 상기 화합물의 합성은 WO2010/029082에 실시예 15로서 기재되어 있다.

본원에 기재된 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물은 작용제 그 자체, 그의 제약상 허용되는 염, 그의 제약상 허용되는 에스테르, 뿐만 아니라 입체이성질체, 거울상이성질체, 라세미 혼합물 등일 수 있다.

샘플의 제조

본 발명은 특히 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 아미노산 859를 코딩하는 핵산 서열의 정체를 검출하기 위한 검정을 제공한다. 핵산이 야생형 아미노산 글루타민을 코딩하는 경우에, 이는 대상체가 선택되고 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (상기와 같은 것)로 치료받아야 함을 가리킨다. 그러나, 핵산이 돌연변이를 갖고 변이체 아미노산을 코딩하는 경우, 즉 글루타민 이외의 아미노산을 코딩하는 경우에, 대상체는 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (상기와 같은 것)로 치료받지 말아야 한다.

방법은 체액, 예컨대 혈액 (예를 들어, 혈청 또는 혈장) 골수, 뇌 척수액, 복막액/흉막액, 림프액, 복수, 장액, 객담, 누액, 대변 및 소변에서, 또는 조직, 예컨대 종양 조직에서 돌연변이를 검출하는 것을 포함할 수 있다. 종양 조직은 신선한 조직 또는 파라핀-포매 조직일 수 있다.

본원에 사용된 바와 같은 "대상체"는 인간 또는 동물, 예컨대 영장류 (특히 고등 영장류), 양, 개, 설치류 (예를 들어, 마우스 또는 래트), 기니 피그, 염소, 돼지, 고양이, 토끼 및 소와 같은 모든 포유동물을 지칭한다. 바람직한 실시양태에서, 대상체는 인간이다. 또 다른 실시양태에서, 대상체는 실험 동물 또는 질환 모델로서 적합한 동물이다.

체액 샘플은 당업계에 공지된 임의의 방법을 사용하여 대상체로부터 획득할 수 있다. 세포성 DNA를 체액 샘플로부터 추출하는 방법은 당업계에 익히 공지되어 있다. 전형적으로는, 세포를 세제로 용해시킨다. 세포 용해 후에, 다양한 프로테아제를 사용하여 DNA로부터 단백질을 제거한다. 이어서, DNA를 페놀로 추출하고, 알콜 중에 침전시키고, 수용액 중에 용해시킨다. 무세포성 DNA를 체액 샘플로부터 추출하는 방법도 당업계에 공지되어 있다. 통상적으로는, 체액 샘플 중 무세포성 DNA를 세포로부터 분리하고, 알콜 중에 침전시키고, 수용액 중에 용해시킨다.

일반적으로, 고형 종양 샘플은 생검 또는 외과적 절제에 의해 암을 앓고 있는 대상체로부터 획득한 세포 또는 조직의 시험 샘플일 수 있다. 세포 또는 조직의 샘플은 바늘 흡인 생검법에 의해 제거될 수 있다. 이를 위해, 시린지에 부착되어 있는 미세 바늘을 피부를 통해 관심 조직 내로 삽입한다. 바늘은 전형적으로 초음파 또는 컴퓨터 단층촬영 (CT) 영상화를 사용하여 관심 영역까지 유도된다. 일단 바늘이 조직 내에 삽입되면, 세포 또는 체액이 바늘을 통해 흡입되어 시린지에 수집될 수 있도록 시린지로 진공을 생성한다. 세포 또는 조직 샘플은 또한 절개 또는 중심부 생검에 의해 제거될 수 있다. 이를 위해, 원뿔형, 원통형 또는 아주 작은 부분의 조직이 관심 영역으로부터 제거된다. CT 영상화, 초음파 또는 내시경이 일반적으로 상기 유형의 생검을 유도하는데 사용된다. 보다 특히, 전체 암성 병변은 절제 생검 또는 외과적 절제에 의해 제거될 수 있다. 본 발명에서, 시험 샘플은 전형적으로 외과적 절제의 일부로서 제거된 세포의 샘플이다.

예를 들어, 조직의 시험 샘플은 또한 추후 사용을 위해, 예를 들어 RNAlater (앰비온(Ambion); 텍사스주 오스틴)에 저장될 수 있거나, 또는 신선하게 동결되어 -80℃에서 저장될 수 있다. 생검 조직 샘플은 또한 고정액, 예컨대 포름알데히드, 파라포름알데히드 또는 아세트산/에탄올로 고정시킬 수도 있다. 고정된 조직 샘플을 왁스 (파라핀) 또는 플라스틱 수지에 포매시킬 수 있다. 포매된 조직 샘플 (또는 동결된 조직 샘플)을 얇은 절편으로 잘라낼 수 있다. RNA 또는 단백질을 또한 고정 또는 왁스-포매 조직 샘플로부터 추출할 수도 있다.

본 발명에 따른 치료에 유용한 PI3K-발현 암은 PI3K에 의해 매개되는 암 또는 세포 증식성 질환, 예컨대 종양 및/또는 암성 세포 성장을 포함한다. 질환은 PI3K 알파의 과다발현 또는 증폭, PIK3CA의 체세포 돌연변이, 또는 PTEN의 배선 돌연변이 또는 체세포 돌연변이, 또는 p85-p110 복합체를 상향조절하는 역할을 하는 p85α의 돌연변이 및 전위를 나타내는 것들을 포함할 수 있다. 특히, 암은, 예를 들어 육종; 폐암; 기관지암; 전립선암; 유방암 (산발성 유방암 및 코우덴병의 환자 포함); 췌장암; 위장암; 결장암; 직장암; 결장 암종; 결장직장 선종; 갑상선암; 간암; 간내 담관암; 간세포암; 부신암; 위(stomach)암; 위(gastric)암; 신경교종; 교모세포종; 자궁내막암; 흑색종; 신장암; 신우암; 방광암; 자궁체부암; 자궁경부암; 질암; 난소암; 다발성 골수종; 식도암; 백혈병; 급성 골수 백혈병; 만성 골수 백혈병; 림프구성 백혈병; 골수성 백혈병; 뇌암; 뇌의 암종; 구강 및 인두암; 후두암; 소장암; 비-호지킨 림프종; 흑색종; 융모성 결장 선종; 신생물; 상피 특징의 신생물; 림프종; 유방 암종; 기저 세포 암종; 편평 세포 암종; 광선 각화증; 고형 종양을 포함하는 종양 질환; 경부 또는 두부의 종양; 진성 다혈구혈증; 본태성 혈소판혈증; 골수 화생을 동반한 골수섬유증; 및 발덴스트룀병을 포함한다.

본 발명의 방법은 암에 제한되지 않고, 다른 상태 또는 장애 (예를 들어, PI3K-매개), 예컨대 진성 다혈구혈증, 본태성 혈소판혈증, 골수 화생을 동반한 골수섬유증, 천식, COPD, ARDS, 뢰플러 증후군, 호산구성 폐렴, 기생충 (특히, 후생동물) 침입 (열대성 호산구증가증 포함), 기관지폐 아스페르길루스증, 결절성 다발동맥염 (처그-스트라우스 증후군 포함), 호산구성 육아종, 약물-반응에 의해 발생하여 기도에 영향을 미치는 호산구-관련 장애, 건선, 접촉성 피부염, 아토피성 피부염, 원형 탈모증, 다형성 홍반, 포진성 피부염, 경피증, 백반증, 과민성 혈관염, 두드러기, 수포성 유천포창, 홍반성 루푸스, 천포창, 후천성 수포성 표피박리증, 자가면역 혈액 장애 (예를 들어, 용혈성 빈혈, 재생불량성 빈혈, 순수 적혈구 빈혈 및 특발성 혈소판감소증), 전신 홍반성 루푸스, 다발연골염, 경피증, 베게너 육아종증, 피부근염, 만성 활성 간염, 중증 근무력증, 스티븐-존슨 증후군, 특발성 스프루, 자가면역 염증성 장 질환 (예를 들어, 궤양성 결장염 및 크론병), 내분비 안병증, 그레이브스병, 사르코이드증, 폐포염, 만성 과민성 폐장염, 다발성 경화증, 원발성 담즙성 간경변증, 포도막염 (전방 및 후방), 간질성 폐 섬유증, 건선성 관절염, 사구체신염, 심혈관 질환, 아테롬성동맥경화증, 고혈압, 심부 정맥 혈전증, 졸중, 심근경색, 불안정형 협심증, 혈전색전증, 폐 색전증, 혈전용해 질환, 급성 동맥 허혈, 말초 혈전성 폐쇄, 및 관상 동맥 질환, 재관류 손상, 망막병증, 예컨대 당뇨병성 망막병증 또는 고압 산소-유발 망막병증, 및 상승된 안내압 또는 안구 방수의 분비를 특징으로 하는 상태, 예컨대 녹내장을 포함할 수 있다.

검출

본 발명의 방법은 PI3K 유전자의 인간 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 아미노산 글루타민을 코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 검출하는 것을 포함한다. 한 예에서, 상기 방법은 PI3K 약물 치료에 대한 환자의 반응을 예측하기 위해 위치 859에서의 돌연변이된 아미노산을 코딩하는 핵산을 검출하는 것을 포함한다. PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서의 돌연변이는 일반적으로 DNA 수준에서 발생하기 때문에, 본 발명의 방법은 게놈 DNA, 뿐만 아니라 전사체 (mRNA, cDNA) 및 단백질 그 자체에서의 돌연변이의 검출에 기반할 수 있다.

본원에 기재된 PI3K 촉매 p110α 서브유닛 돌연변이는 당업계에 공지된 임의의 방법에 의해 검출될 수 있다. 본 발명의 PI3K 촉매 p110α 서브유닛 돌연변이를 기재함에 있어서, 돌연변이는 위치 859에서의 야생형 서열에 존재하는 글루타민 (Q) 아미노산의 임의의 아미노 치환을 포함하는데, 예를 들어 글루타민 (Q)의 알라닌 (A)으로의 치환일 수 있다. 또한, 본원에서 지칭되는 PI3K 촉매 p110α 서브유닛 돌연변이는 편의상 유전자의 센스 가닥에 대한 것이다. 그러나, 당업자가 인식하는 바와 같이, 유전자를 함유하는 핵산 분자는 상보적 이중 가닥 분자일 수 있고, 따라서 센스 가닥 상의 특정한 부위에 대한 언급은 상보적 안티센스 가닥 상의 상응하는 부위를 또한 지칭한다. 즉, 어느 한쪽 가닥 상의 동일한 돌연변이 부위를 참조할 수 있고, 올리고뉴클레오티드는 다형성 및/또는 돌연변이 부위를 함유하는 표적 영역에서 어느 한쪽 가닥에 특이적으로 혼성화되도록 설계할 수 있다. 따라서, 본 발명은 본원에 기재된 게놈 변이체의 센스 가닥에 상보적인 단일-가닥 폴리뉴클레오티드 및 돌연변이도 포함한다.

단일-가닥 입체형태 다형성 (SSCP) 분석, 변성 고성능 액체 크로마토그래피 (DHPLC)에 의한 헤테로듀플렉스 분석, 직접 DNA 서열분석 및 컴퓨터를 이용한 방법을 포함하는 다수의 다양한 기술을 사용하여 핵산 서열이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 돌연변이를 코딩하는지의 여부를 확인할 수 있다 (문헌 [Shi et al, Clin Chem A1U6AA12 (2001)]). 현재 가장 통상적인 방법은 혼성화, 프라이머 연장 및 절단 방법을 포함한다. 이들 각각의 방법은 적절한 검출 시스템에 연결되어야 한다. 검출 기술은 형광 편광 (문헌 [Chan et ah, Genome Res. 9:492-499 (1999)]), 파이로포스페이트 방출의 발광측정 검출 (파이로시퀀싱) (문헌 [Ahmadiian et ah, Anal. Biochem. 280:103-10 (2000)]), 형광 공명 에너지 전달 (FRET)-기반 절단 검정, DHPLC 및 질량 분광측정법 (문헌 [Shi, Clin Chem 47:164-172 (2001); 미국 특허 번호 6,300,076 Bl])을 포함한다.

한 실시양태에서는, 자동 분석기 (예를 들어, PCR 기계 또는 자동 서열분석 기계)를 사용하여 PI3K의 촉매 p110 알파 서브유닛의 위치 2575 내지 2577 (위치 859에서의 Gln을 코딩하는 코돈)에서의 돌연변이의 존재 또는 부재를 결정한다. 이러한 모든 방법은 당업자에게 익히 공지되어 있다.

특히 바람직한 실시양태에서, 돌연변이는 인베이더(INVADER)™ 기술 (써드 웨이브 테크놀로지스 인크.(Third Wave Technologies Inc.) (미국 위스콘신주 매디슨)로부터 입수가능)을 사용하여 검출될 수 있다. 상기 검정에서, 특정한 상류 "인베이더" 올리고뉴클레오티드 및 부분적으로 중복된 하류 프로브는 상보적 DNA 주형에 결합되는 경우에 함께 특정한 구조를 형성한다. 상기 구조는 특정한 부위에서 클리바제 효소에 의해 인식되고 절단되어, 프로브 올리고뉴클레오티드의 5' 플랩의 방출을 유발한다. 이어서, 상기 단편은 반응 혼합물에 함유된 합성 제2 표적 및 제2 형광 표지된 신호 프로브에 대한 "인베이더" 올리고뉴클레오티드로서 작용한다. 이것은 클리바제 효소에 의한 제2 신호 프로브의 특정한 절단을 유발한다. 상기 제2 프로브 (형광 공명 에너지 전달이 가능한 염료 분자로 표지됨)가 절단될 때 형광 신호가 생성된다. 클리바제는 중복 DNA 서열 또는 플랩에 의해 형성된 구조에 대해 엄격한 요건을 가지며, 따라서 하류 DNA 가닥 상 절단 부위의 바로 상류의 단일 염기 쌍 미스매치를 특이적으로 검출하는데 사용될 수 있다 (문헌 [Ryan D et ah, Molecular Diagnosis 4(2): 135-144 (1999) 및 Lyamichev V et ah. Nature Biotechnology 17: 292-296 (1999)], 또한 미국 특허 번호 5,846,717 및 6,001,567 참조).

본 발명은 추가로 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민 또는 변이체 폴리펩티드를 코딩하거나 또는 돌연변이 부위에 인접한 핵산 서열에 특이적으로 혼성화되도록 설계된 올리고뉴클레오티드 프로브 및 프라이머를 함유하는 조성물을 포함한다. 관심 돌연변이를 함유하는 영역은 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) (미국 특허 번호 4,965,188), 리가제 연쇄 반응 (LCR) (문헌 [Barany et al, Proc. Natl. Acad. ScL USA 88:189-193 (1991)]; 공개된 PCT 특허 출원 WO 90/01069) 및 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정 (OLA) (문헌 [Landegren et al, Science 241: 1077-1080 (1988)])을 포함하지만 이에 제한되지 않는 임의의 올리고뉴클레오티드-지정 증폭 방법을 사용하여 증폭될 수 있다. 이러한 방법에서 프라이머 또는 프로브로서 유용한 올리고뉴클레오티드는 다형성/돌연변이 부위를 함유하거나 또는 이에 인접한 핵산 영역에 특이적으로 혼성화되어야 한다. 전형적으로, 올리고뉴클레오티드는 10개 내지 35개 뉴클레오티드 길이이고, 바람직하게는 15개 내지 30개 뉴클레오티드 길이이다. 가장 바람직하게는, 올리고뉴클레오티드는 20개 내지 25개 뉴클레오티드 길이이다. 올리고뉴클레오티드의 정확한 길이는 당업자에 의해 일상적으로 고려되고 실시되는 다수의 인자에 좌우될 것이다.

전사-기반 증폭 시스템 (미국 특허 번호 5,130,238; EP 329,822; 미국 특허 번호 5,169,766, 공개된 PCT 특허 출원 WO 89/06700) 및 등온 방법 (문헌 [Walker et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 392-396 (1992)])을 포함하는 다른 공지된 핵산 증폭 절차가 위치 859에서의 촉매 p110α 서브유닛 돌연변이를 함유하는 영역을 증폭하는데 사용될 수 있다.

촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 돌연변이는 당업계에 공지된 몇몇 혼성화-기반 방법 중 하나를 사용하여 증폭 전후에 검정될 수 있다. 전형적으로, 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드가 이러한 방법을 수행하는데 이용된다. 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드는 상이하게 표지된 프로브 쌍으로서 사용될 수 있고, 이때 쌍의 한 구성원은 표적 서열의 한 변이체에 대한 완전한 매치를 나타내고, 다른 구성원은 상이한 변이체에 대한 완전한 매치를 나타낸다. 바람직하게는, 세트의 구성원은 검출되는 다형성 또는 돌연변이 부위 각각에 혼성화될 때 용융 온도가 서로의 5℃ 이내, 보다 바람직하게는 2℃ 이내이다. 표적 폴리뉴클레오티드에 대한 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드의 혼성화는 둘 다 용액 중 물질로 하여 수행할 수 있거나, 또는 이러한 혼성화는 올리고뉴클레오티드 또는 표적 폴리뉴클레오티드 중 어느 하나를 고체 지지체에 공유 또는 비공유적으로 부착시켜서 수행할 수 있다. 부착은, 예를 들어 항체-항원 상호작용, 폴리-L-Lys, 스트렙타비딘 또는 아비딘-비오틴, 염 가교, 소수성 상호작용, 화학적 연결, UV 가교, 베이킹 등에 의해 매개될 수 있다. 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드는 고체 지지체 상에서 직접 합성될 수 있거나, 또는 합성 후에 고체 지지체에 부착될 수 있다. 본 발명의 검출 방법에서 사용하기에 적합한 고체 지지체는 규소, 유리, 플라스틱, 종이 등으로 제조된 기판을 포함하고, 이는, 예를 들어 웰 (96-웰 플레이트에서와 같은 것), 슬라이드, 시트, 막, 섬유, 칩, 접시 및 비드로 형성될 수 있다. 고체 지지체는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 또는 표적 핵산의 고정화를 용이하게 하기 위해 처리, 코팅 또는 유도체화될 수 있다.

위치 859에서 글루타민을 갖고 있거나 또는 촉매 p110 서브유닛의 위치 859에서 치환을 갖는 폴리펩티드는 또한 당업계에 공지된 방법, 예컨대 방사성면역검정 또는 효소-연결된 면역검정, 경쟁적 결합 효소-연결된 면역검정, 질량 분광측정법, 현장진단(point of care) 기술/플랫폼, 도트 블롯, 웨스턴 블롯, 크로마토그래피, 바람직하게는 고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC) 등을 사용하여 검정될 수 있다. 표지된 항체, 그의 결합 부분, 또는 다른 결합 파트너가 사용될 수 있다. 항체는 기원이 모노클로날 또는 폴리클로날일 수 있거나, 또는 생합성으로 제조될 수 있다. 결합 파트너는 또한 자연 발생 분자일 수 있거나, 또는 합성으로 제조될 수 있다. 복합체화된 단백질의 양은 당업계에 기재된 표준 단백질 검출 방법론을 사용하여 결정된다. 면역학적 검정 설계, 이론 및 프로토콜의 상세한 검토는 문헌 [Practical Immunology, Butt, W. R., ed., Marcel Dekker, New York, 1984]를 포함하여, 당업계의 다수의 문서에서 찾아볼 수 있다.

항체에 부착된 직접적 표지, 예컨대 형광 또는 발광 태그, 금속, 염료, 방사성핵종 등을 포함하는 다수의 다양한 표지가 본 발명의 검정에 사용될 수 있다. 간접적 표지는 당업계에 익히 공지된 다양한 효소, 예컨대 알칼리성 포스파타제, 수소 퍼옥시다제 등을 포함한다. 1단계 검정에서는, 표적 단백질 (즉, 위치 859에서 글루타민을 갖는 촉매 p110 서브유닛)을 고정화하고 표지된 항체와 함께 인큐베이션한다. 표지된 항체를 고정화된 표적 분자에 결합시킨다. 세척하여 비결합 분자를 제거한 후, 샘플을 표지의 존재에 대해 검정한다. 다수의 면역조직화학 방법이 현장진단 포맷 및 휴대용으로 통합되고, 이들 모두는 단백질의 존재를 결정하는데 사용될 수 있다.

단백질 또는 폴리펩티드에 특이적인 고정화된 항체의 사용이 또한 본 개시내용에 의해 고려된다. 항체는 다양한 고체 지지체, 예컨대 자성 또는 크로마토그래피 매트릭스 입자, 검정 장소 (예컨대, 마이크로타이터 웰)의 표면, 고체 기재 물질 (예컨대, 플라스틱, 나일론, 종이)의 조각 등 상에 고정화될 수 있다. 검정 스트립은 항체 또는 어레이 내 다수의 항체를 고체 지지체 상에 코팅함으로써 제조될 수 있다. 이어서, 상기 스트립을 시험 샘플에 침지하고, 세척 및 검출 단계를 통해 처리하여 측정가능한 신호, 예컨대 착색된 점을 생성할 수 있다.

2단계 검정에서는, 고정화된 표적 단백질 (예를 들어, 위치 859에서 글루타민을 갖는 촉매 p110 서브유닛)을 비표지된 항체와 함께 인큐베이션할 수 있다. 이어서, 비표지된 항체 복합체가 존재하는 경우에, 이를 비표지된 항체에 특이적인 제2의 표지된 항체에 결합시킨다. 샘플을 세척하고, 표지의 존재에 대해 검정한다. 항체를 표지하는데 사용되는 마커의 선택은 적용에 따라 달라질 것이다. 그러나, 마커의 선택은 당업자에 의해 용이하게 결정될 수 있다.

도트 블롯팅은 프로브로서 항체를 사용하여 목적하는 단백질을 검출하기 위해 당업자에 의해 일상적으로 실시된다 (문헌 [Promega Protocols and Applications Guide, Second Edition, 1991, Page 263, Promega Corporation]). 샘플을 도트 블롯 장치를 사용하여 막에 적용한다. 표지된 프로브를 막과 함께 인큐베이션하고, 단백질의 존재를 검출한다.

웨스턴 블롯 분석은 당업자에게 익히 공지되어 있다 (문헌 [Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 1989, Vol. 3, Chapter 18, Cold Spring Harbor Laboratory]). 웨스턴 블롯에서는, 샘플을 SDS-PAGE에 의해 분리한다. 겔을 막으로 이동시킨다. 막을 목적하는 단백질의 검출을 위한 표지된 항체와 함께 인큐베이션한다.

투여 및 제약 조성물

PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염은 단독으로 또는 하나 이상의 치료제와 조합하여 당업계에 공지된 임의의 일반적이고 허용되는 방식을 통해 치료 유효량으로 투여될 수 있다. 치료 유효량은 질환의 중증도, 대상체의 연령 및 상대적 건강 상태, 사용된 화합물의 효력 및 다른 인자에 따라 폭넓게 달라질 수 있다. 상기 용도를 위해, 요구되는 투여량은 물론 투여 방식, 치료할 특정한 상태 및 목적하는 효과에 따라 달라질 것이다.

일반적으로, 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염의 체중당 약 0.03 내지 약 100.0 mg/kg, 예를 들어 체중당 약 0.03 내지 약 10.0 mg/kg의 1일 투여량에서 전신으로 만족스러운 결과가 획득되는 것으로 제시된다. 보다 큰 포유동물, 예를 들어 인간에서 제시되는 1일 투여량은 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염의 약 0.5 mg 내지 약 3 g, 예를 들어 약 5 mg 내지 약 1.5 g의 범위이고, 이는 예를 들어 1일 4회 이하의 분할 용량 또는 지연 형태로 편리하게 투여된다. 경구 투여에 적합한 단위 투여 형태는 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염의 대략 0.1 내지 약 500 mg, 예를 들어 약 1.0 내지 약 500 mg을 포함한다.

본원에 기재된 바와 같은 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염은 임의의 통상적인 경로에 의해, 특히 경장으로, 예를 들어 경구로, 예를 들어 정제 또는 캡슐 형태로, 또는 비경구로, 예를 들어 주사액 또는 현탁액 형태로, 국소적으로, 예를 들어 로션, 겔, 연고 또는 크림 형태로, 또는 비강 또는 좌제 형태로 제약 조성물로서 투여될 수 있다. 적어도 하나의 제약상 허용되는 담체 또는 희석제와 회합된 유리 형태 또는 제약상 허용되는 염 형태인 본 발명의 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물을 포함하는 제약 조성물은 혼합, 과립화 또는 코팅 방법에 의해 통상의 방식으로 제조될 수 있다. 예를 들어, 경구 조성물은 활성 성분을 a) 희석제, 예를 들어 락토스, 덱스트로스, 수크로스, 만니톨, 소르비톨, 셀룰로스 및/또는 글리신; b) 윤활제, 예를 들어 실리카, 활석, 스테아르산, 그의 마그네슘 또는 칼슘 염 및/또는 폴리에틸렌글리콜; 정제의 경우에는 또한 c) 결합제, 예를 들어 규산알루미늄마그네슘, 전분 페이스트, 젤라틴, 트라가칸트, 메틸셀룰로스, 소듐 카르복시메틸셀룰로스 및/또는 폴리비닐피롤리돈; 원하는 경우에, d) 붕해제, 예컨대 전분, 한천, 알긴산 또는 그의 나트륨 염, 또는 발포성 혼합물; 및/또는 e) 흡수제, 착색제, 향미제 및 감미제와 함께 포함하는 정제 또는 젤라틴 캡슐일 수 있다. 주사가능한 조성물은 수성 등장성 용액 또는 현탁액일 수 있고, 좌제는 지방 에멀젼 또는 현탁액으로부터 제조될 수 있다.

PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염은 멸균되고/거나 아주반트, 예컨대 보존제, 안정화제, 습윤제 또는 유화제, 용해 촉진제, 삼투압 조절을 위한 염 및/또는 완충제를 함유할 수 있다. 또한, 이들은 다른 치료상 유익한 물질도 함유할 수 있다. 경피 적용에 적합한 제제는 유효량의 본 발명의 화합물을 담체와 함께 포함한다. 담체는 숙주의 피부를 통과하는 것을 돕기 위해 흡수가능한 약리학상 허용되는 용매를 포함할 수 있다. 예를 들어, 경피 장치는 백킹 부재, 임의로 담체와 함께 화합물을 함유하는 저장소, 임의로 장기간에 걸쳐 제어된 예정 속도로 숙주의 피부에 화합물을 전달하기 위한 속도 제어 장벽 및 장치가 피부에 부착되도록 하는 수단을 포함하는 붕대 형태이다. 매트릭스 경피 제제도 사용할 수 있다. 예를 들어, 피부 및 눈으로의 국소 적용에 적합한 제제는, 바람직하게는 당업계에 익히 공지된 수용액, 연고, 크림 또는 겔이다. 이들은 가용화제, 안정화제, 장성 증진제, 완충제 및 보존제를 함유할 수 있다.

데이터

PI3K의 p110 촉매 서브유닛의 위치 2575-2577에서의 핵산 돌연변이의 존재 또는 부재를 결정하는 것이 요구되는 본원에 기재된 임의의 방법을 수행함에 있어서는, 이를 결정하여 의사 또는 유전학 고문 또는 환자 또는 다른 연구원에게 결과를 통지할 수 있다. 구체적으로, 결과는 다른 연구원 또는 의사 또는 유전학 고문 또는 환자에게 전달 또는 전송될 수 있는 전송가능한 형태의 정보로 보내질 수 있다. 이러한 형태는 다양할 수 있고, 유형 또는 무형일 수 있다. 결과는 서술적인 설명, 다이어그램, 사진, 차트, 영상 또는 임의의 다른 시각적 형태로 구체화될 수 있다. 예를 들어, 결과를 설명하는데 PCR 생성물의 겔 전기영동의 영상이 사용될 수 있다. 변이체의 존재 또는 부재를 보여주는 다이어그램 또한 시험 결과를 나타내는데 또한 유용하다. 이들 설명 및 시각적 형태는 유형 매체, 예컨대 종이, 컴퓨터 판독가능 매체, 예컨대 플로피 디스크, 콤팩트 디스크 등, 또는 무형 매체, 예를 들어 이메일 형태의 전자 매체 또는 인터넷 또는 인트라넷 상의 웹사이트 상에 기록될 수 있다. 또한, 결과는 음향 형태로 기록되어 전화, 팩스, 무선 이동 전화, 인터넷 전화 등을 통해 임의의 적합한 매체, 예를 들어 아날로그 또는 디지털 케이블선, 광섬유 케이블 등을 통해 전송될 수도 있다. 이러한 모든 형태 (유형 및 무형)는 "정보의 전송가능한 형태"를 구성할 것이다. 따라서, 시험 결과에 대한 정보 및 데이터는 세계 어디에서나 생산되어 다른 지역에 전송될 수 있다. 예를 들어, 유전자형 결정 검정을 해외에서 수행한 경우, 시험 결과에 대한 정보 및 데이터는 상기 기재된 바와 같은 전송가능한 형태로 생성되어 보내질 수 있다. 이에 따라, 전송가능한 형태인 시험 결과가 미국 내로 유입될 수 있다. 따라서, 본 개시내용은 또한 돌연변이가 개체에서 p110 촉매 도메인의 위치 859에서 발생하는지의 여부에 대한 데이터를 함유하는 정보의 전송가능한 형태를 제조하는 방법을 포함한다. 정보의 상기 형태는 PI3K 억제제로의 치료에 대한 환자의 반응성을 예측하고, 그 정보에 기반하여 치료 과정을 선택하고, 그 정보에 기반하여 환자를 선택적으로 치료하는데 유용하다.

키트

본 발명은 돌연변이가 PI3K 유전자의 인간 촉매 p110α 서브유닛의 위치 2575-2577에 존재하는지의 여부를 결정하기 위한 키트를 추가로 제공한다. 키트는 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료로부터 특히 이익을 얻을 환자를 선택하는데 유용하다. 키트는 PI3K 유전자의 인간 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 돌연변이를 검출하는데 유용한 프라이머 및/프로브를 포함할 수 있다. 키트는 핵산 대조군, 완충제 및 사용 지침서를 추가로 포함할 수 있다.

당업자는 본 발명의 실시에 사용될 수 있는, 본원에 기재된 것과 유사하거나 또는 동등한 다수의 방법 및 물질을 인지할 것이다. 실제로, 본 발명은 어떠한 방식으로도 기재된 방법 및 물질로 제한되지 않는다. 본 발명의 목적을 위해, 하기 용어가 이하에 정의된다.

실시예

실시예 1: p85 이소형 1을 갖는 촉매 p110α 야생형 및 돌연변이체 Q859A의 클로닝 및 발현을 위한 물질 및 방법

DNA 취급 및 플라스미드: 표준 분자 생물학 기술을 사용하여 기재된 플라스미드를 구축하였다. 모든 효소는 로슈 다이아그노스틱스(Roche Diagnostics) 및 뉴잉글랜드 바이오랩스(New England BioLabs)로부터 획득하였다. DNA 단편을 젠일루트(GenElute) PCR 클린-업 키트 (시그마(Sigma))를 사용하여 정제하거나 또는 뉴클레오스핀 익스트랙트 II(Nucleospin Extract II) (마슈레-나겔(Macherey-Nagel))에 의해 정제용 아가로스 겔로부터 단리시켰다. 래피드 DNA 라이게이션(Rapid DNA Ligation) 키트 (로슈 다이아그노스틱스)로 실온에서 1 내지 4시간 동안 DNA-라이게이션을 수행하고, 이.콜라이 DH5 알파 (인비트로젠(Invitrogen)) 내로 형질전환시켰다. 플라스미드 DNA를 퀴아프렙(QIAprep) 8 미니프렙 키트 (퀴아젠(QIAGEN)) 또는 젠일루트 HP 플라스미드 미디프렙 키트 (시그마)로 정제하였다. 모든 절차는 각각의 매뉴얼에 기재된 바와 같이 수행하였다.

플라스미드 His-Nativ hPI3k-alpha/p85 pDUAL 컨센서스를 제조하였다. 이 구축물을 위해, 소 PI3-K p110α 이소형 (RefSeq NM_174574.1)의 전체 오픈 리딩 프레임을 함유하는 소 3243 bp DNA 단편을 표 1에 나타낸 게이트웨이(GATEWAY) 상용성 프라이머를 사용하여 마티아스 와이만(Matthias Wymann) (프라이부르크(Freibourg) 대학 생화학 연구소)에 의해 제공된 플라스미드로부터 PCR에 의해 증폭시켰다. 간략하게, 정방향 프라이머 PI3Ka_FOR_GATE는 BamH I 제한 부위 (단일 밑줄), 코작(Kozak) 인식 부위 (이중 밑줄) 및 게이트웨이 클로닝에 요구되는 attB1 서열 (이탤릭체)을 함유하였고, 한편 역방향 프라이머 PI3_Ka_REV_GATE는 Hind III 제한 부위 (단일 밑줄) 및 attB2 게이트웨이 서열 (이탤릭체)을 함유하였다. 하이 피델러티 플래티늄(High Fidelity Platinum) Pfx DNA 폴리머라제 (인비트로젠)를 제조업체의 프로토콜에 따라 사용하여 PCR 증폭을 수행하였다.

표 1: 소 PI3-Kα PCR 증폭에 사용된 프라이머

PCR 후, attB 프라이머 이량체를 제거하기 위해 30% PEG 8000; 30 mM MgCl2를 사용하여 단편을 정제하고, 게이트웨이 진입 벡터 pDONOR 201 내로 전치시켰다. 간략하게, 4 μL의 PCR 생성물 (10 ng/μL)을 2 μL 반응 믹스, 1 μL pDONOR 201 (150 ng/L), 2 μL BP 클로나제 및 1 μL TE와 혼합하고, 60분 동안 실온에서 인큐베이션한 후, 2 μL의 프로테이나제 K (2 μg/μL)를 첨가하였다. 이어서, 샘플을 37℃에서 추가 60분 동안 인큐베이션한 다음, DH5α 적격 세포를 형질전환시키는데 사용하였다. 후속적으로, 양성 재조합 PI3-Kα pDONOR 플라스미드를 제한 효소 분석에 의해 확인하고, 서열 검증하였다 (솔비아스(SOLVIAS)). 이어서, 2 μL의 새로이 제조한 PI3-Kα pDONOR를 2 μL의 pDEST 20 (150 ng/μL), 2 μL 반응 믹스, 2 μL LR 클로나제 및 2 μL TE와 혼합하였다. 샘플을 상기 기재된 바와 같이 실온에서 인큐베이션한 후, DH5α 적격 세포를 형질전환시켜 GST-PI3-Kα pDEST 20을 생성하였다.

이어서, GST-PI3-Kα의 전체 오픈 리딩 프레임을 함유하는 3933 bp PCR 생성물을 GST-PI3-Kα pDEST 20으로부터 Spe I 및 Hind III (밑줄표시) 플랭킹 부위를 함유하는 유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 (표 2)를 사용하여 증폭시키고, 상기 기재된 바와 같은 p50 pFastBac DUAL 내로 라이게이션시켰다.

표 2: GST-PI3-Kα PCR 증폭에 사용된 프라이머

이어서, GST-PI3-Kα 및 말단절단된 p85 어댑터 단백질 둘 다를 함유하는 양성 재조합 플라스미드 (bovGST-PI3-Kα/p85 pFastbac DUAL)를 제한 소화 분석에 의해 확인하고, 서열 검증하였다 (솔비아스).

소 PIK3CA (p110α) 및 인간 PIK3R1 (p85α 이소형 1)에 대한 RefSeq 등록 번호는 각각 NM_174574.1 및 NM_181523이었다.

PCR로부터 유도된 모든 구축물의 주요 서열은 솔비아스 아게(Solvias AG, 바젤)를 통한 서열분석에 의해 확인하였다.

PCR 증폭: PCR-증폭은 푸 마스터(Pwo Master) (로슈)를 이용하여 100 μl 전체 부피로 MJ-리서치 DNA 엔진 PTC-200 열 순환기에 의해 수행하였다.

전장 어댑터 단백질 p85α (PIK3R1, 1-724 aa)를 최종 농도 500 nM의 어느 하나의 프라이머, 1 x 마스터 믹스, 5% DMSO 및 하기 프라이머:

를 이용하여 1 ng의 플라스미드 pCMV6_XL5::p85α 이소형 1 (카탈로그 번호 TC11320, 오리젠(Origene))로부터 증폭시켰다. 주기 파라미터는 94℃, 2분; (94℃, 15초; 53℃, 30초; 72℃, 60초)₁₀; (72℃, 60초 + 5초/주기))₁₉; 72℃, 7분이었다.

프라이머 p85upnew 및 p85do는 각각 N-말단 및 C-말단에 BamHI 및 EcoRI에 대한 제한 효소 부위를 도입하였다.

클로닝:

pFastBac1에서의 p85 알파 이소형 1 (PI3KR1)의 클로닝

바큘로바이러스 벡터 pFastBac1 (인비트로젠) 및 증폭된 p85α 이소형 1 DNA를 BamHI 및 EcoRI으로 절단하고, 겔-정제하였다. 실온에서 1시간 동안 라이게이션을 수행하고, 적격 이. 콜라이 DH5α 세포를 형질전환시켜 플라스미드 pFastBac::p85α 이소형 1을 획득하였다.

pFastBac1에서의 촉매 p110 알파 (PIK3CA)의 클로닝

플라스미드 His-Nativ hPI3k-alpha p85 pDUAL을 BamHI 및 HindIII로 소화시켰다. 획득한 단편을 아가로스 겔로부터 정제하고, 동일한 제한 효소로 절단한 pFastBac1 내로 실온에서 2 내지 4시간 동안 라이게이션시켰다. 적격 이. 콜라이 DH5α 세포 내로 형질전환시켜 플라스미드 pFastBac::p110α를 수득하였다.

돌연변이유발

PI3Kα (p110α) 돌연변이체 Q859A를 생성하기 위한 돌연변이유발을 제조업체의 프로토콜에 따라 퀵체인지 II(QuikChange II) 부위-지정 돌연변이유발 키트 (스트라타진(Stratagene) (카탈로그 번호 200523)) 및 올리고뉴클레오티드

에 의해 수행하였다.

단백질 발현:

(a) 바이러스 생성 및 단백질 발현

재조합 바큘로바이러스 DNA를 이. 콜라이 DH10 Bac (인비트로젠)에서의 전위에 의해 생성하였다. 바크미드 DNA를 단일 콜로니로부터 단리시킨 다음, Sf9 세포 내로 형질감염시켰다. 10% FCS로 보충한 TC-100 배지 (캠브렉스(Cambrex)) 내에서 Bac-to-Bac 바큘로바이러스 발현 시스템 (인비트로젠)의 매뉴얼에 따라 형질감염, 증폭 및 플라크 검정을 수행하였다. 표준 플라크 검정에 의해 바이러스 역가를 결정하였다. 진탕 플라스크 내에서 0.5 x 페니실린/스트렙토마이신 용액 (시그마)으로 보충한 엑셀-420(ExCell-420) 배지 (JRH 바이오사이언시스 리미티드(JRH Biosciences Ltd) 중 1 x 10⁶개 세포/ml로 시작하여 발현을 수행하였다.

발현 동안 촉매 서브유닛 p110 및 어댑터 단백질 p85의 활성 완전효소를 재구성하기 위해, Sf9 세포를 동시에 둘 다의 바이러스로 동시감염시켰다. 다른 곳 (예를 들어, 문헌 [Erdmann et al (2010), J.Biomol.Tech.; 21 (1):9-17])에 기재된 바와 같은 TIPS 프로토콜에 따라 27℃에서 72시간 동안 100 ml 배양 배지 내에서 단백질을 발현시켰다. p110 대 p85의 상대 동시감염 비는 다양하고, 최적 동시감염 비는 1:1이다. 웨스턴-블롯팅에 의해 전세포 용해물을 검사함으로써 단백질 발현을 시각화하였다. PI3Kα 단백질의 용해도는 높았다 (85-90% 가용성).

단백질 정제:

재조합 단백질을 바큘로바이러스-감염 Sf9 곤충 세포로부터 정제하였다. 하나의 100 ml 발효로부터 약 1.5 x 10⁸개의 세포를 12ml 용해 완충제 (50 mM 트리스 pH=7.2, 150 mM NaCl, 1 mM MgCl₂, 1mM CaCl₂, 1% 트리톤 X-100, 10% 글리세롤, 6 μl 벤조나제 (25U/μl), 1 x 완전 프로테아제 억제제 (로슈), 1 mM 활성화 오르토바나듐산나트륨) 중에 재현탁시키고, 음파처리 (얼음/에탄올조 내에서 총 3분 (30초 펄스, 펄스 사이 1분 냉각) 동안 브랜슨(Branson) 디지털 음파처리기 W-450D)에 의해 파괴하였다. 세포 잔해를 14000 x g에서의 원심분리 (소르발(Sorvall) 원심분리 RC5-B, SS-34 로터, 11000 rpm, 45분, 4℃)에 의해 제거하고, 상청액을 새로운 튜브로 옮겼다.

p110α/p85α의 히스티딘-친화성 태그 정제를 위해, 액타 익스플로러(Aekta explorer) FPLC 시스템에 부착된 1ml His-트랩 HP Ni-세파로스 칼럼 (카탈로그 번호 17-5247-01, 지이 헬스케어(GE Healthcare))을 사용하였다. 칼럼을 25 mM 트리스-HCl pH 7.5, 0.5 M NaCl로 평형화시키고, 투명해진 용해물을 0.5 ml/분의 유량으로 슈퍼루프에 의해 로딩하였다. 10 CV의 25 mM 트리스-HCl pH=7.5, 0.5 M NaCl, 25 mM 이미다졸로 세척한 후, 결합된 단백질을 50, 60, 70, 80, 90, 100, 125, 150, 250 및 500 mM 이미다졸의 단계적 이미다졸 구배로 용리시켰다. 용출된 단백질을 아미콘 울트라-15(Amicon Ultra-15) 스핀-칼럼에 의한 원심분리를 통해 약 10배로 농축시키고, 글리세롤을 최종 30% (v/v)까지 첨가한 후, 분취하고 액체 질소 중에서 순간-동결시켰다.

마이크로타이터 플레이트 내에서 BCA 단백질 검정 키트 (카탈로그 번호 23227, 피어스(Pierce))를 키트와 함께 제공된 프로토콜에 따라 사용하여 단백질 농도를 2벌로 결정하였다.

효소적 HTRF® 검정을 위한 물질 및 방법

포스포이노시티드 3-키나제 (PI3-키나제 또는 PI3K) 균질 시간-분해 (HTRF®) 검정 키트는 업스테이트(Upstate) (현재는 밀리포어 코포레이션(Millipore Corporation), 미국 매사추세츠주 빌러리카)로부터 구입하였다. PIP2 및 PiP3은 아반티 폴라 리피즈(Avanti Polar Lipids) (미국 앨러배마주 앨러배스터)로부터 구입하였고, 마이크로플레이트는 그라이너(Greiner) (독일 프리켄하우젠; 카탈로그 번호 781207)로부터 구입하였다. 다른 모든 시약은 시그마 (미국 미주리주 세인트 루이스)로부터 구입하였다.

효소적 균질 시간-분해 형광 (HTRF®) 검정 (업스테이트 (현재는 밀리포어 코포레이션, 미국 매사추세츠주 빌러리카))은 본질적으로 문헌 [Sugita et al. (2008), Biochem. Biophys. Res. Commun. 377(3):941-5]에 기재된 바와 같이 수행하였다. PI3Kα (0.25-1.5 ng)를 384-웰 백색 플레이트 내에서 10 mM MgCl₂, 30 μM ATP, 20 μM 1,2-디옥타노일-sn-글리세로-3-포스포-(1'-미오-이노시톨-4',5'-비스포스페이트) (암모늄 염) (PIP2), 150 mM NaCl, 5 mM (dl-디티오트레이톨) DTT 및 25 mM 트리스/HCl (pH 7.5)을 함유하는 20 μl 완충제 중 실온에서 60분 동안 인큐베이션하였다. 억제 연구를 위한 ATP (30 μM)의 첨가 및 ATP 동역학 (0-200 μM ATP)을 위한 PI3Kα의 첨가에 의해 키나제 반응을 개시하였다.

PI3K 억제제 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) (이하 "화합물 I")를 디메틸 술폭시드 (DMSO) 및 완충제 중에 연속적으로 희석하였다 (최종 농도: 2.5% DMSO). HTRF 시약을 제조업체의 지침에 따라 첨가하여 키나제 반응을 중지시켰다. 플레이트를 밀봉하여 증발을 방지하고, 16시간 동안 실온의 암실에 두었다. 테칸 제니오스프로(GeniosPro)® 다중표지 판독기 (스위스 만네도르프 소재의 테칸 그룹 리미티드(Tecan Group Ltd.)로부터의 것)를 시간-분해 형광 모드 (여기 필터: 340 nm; 방출 필터 1: 620 nm; 방출 필터 2: 665 nm; 거울: 이색성2; 지체 시간: 150 μs; 통합 시간: 500 μs; 10 플래쉬)로 사용하여 플레이트를 판독하였다.

HTRF 신호를 하기 공식에 따라 결정하였다:

HTRF 신호=10000×(665nm에서의 방출/620nm에서의 방출).

HTRF 신호는 PIP3 의존적 방식으로 점차적으로 감소하였고, 이를 30 μM 1,2-디옥타노일-sn-글리세로-3-포스포-(1'-미오-이노시톨-3',4',5'-트리스포스페이트 (암모늄 염) (PIP3)에 의해 획득한 최대 감소의 %로서 정규화하였다. 표준 곡선을 PIP3 (EC₅₀ = 200 nM)에 의해 제작하여, 하기 공식에 따라 키나제 반응에 의해 생성된 PIP3의 양을 계산하는데 사용하였다:

[PIP3]=EC₅₀×(100-y)/y

상기 식에서, y는 정규화된 HTRF 신호를 나타내고, EC₅₀은 표준 곡선의 50% 신호에서의 PIP3 농도를 나타낸다. ATP 및 PIP2 소모는 절대 5%를 초과하지 않았다.

ATP 동역학을 비선형 회귀에 의해 미카엘리스-멘텐(Michaelis-Menten) 방정식에 피팅하고, 화합물 I 억제 곡선을 4-파라미터 로지스틱 방정식에 피팅하였다. Xlfit® (ID 비즈니스 솔루션즈(ID Business Solutions), 영국 길퍼드)의 포괄적 피트 함수를 사용하여 모든 반복 실험을 포괄적으로 피팅하였다.

결과:

상기 물질 및 방법을 사용하여, 실험은 도 1에 제시된 바와 같은 PI3Kα의 ATP 활성화 동역학 및 도 2에 제시된 바와 같은 화합물 I에 의한 PI3Kα 야생형 (wt) 및 Q859A 돌연변이의 억제를 증명하였다.

도 1은 PI3K 야생형 (wt) (미카엘리스 상수 (Km) = 60 ± 6 μM)에 대한 14개 실험 및 PI3Kα Q859A 돌연변이체 (Km = 72 ± 8 μM)에 대한 5개 실험의 평균 값 ± 표준 오차 (S.E.)를 제공한다. 이에 대해 도 1에 요약된 바와 같이, PI3K 야생형 (wt) 및 PI3Kα Q859A 돌연변이체는 PI3Kα의 유사한 ATP 활성화 동역학을 증명하였다.

도 2는 PI3K 야생형 (wt)에 대한 10개 실험 및 PI3Kα Q859A 돌연변이체에 대한 7개 실험의 평균 값 ± 표준 오차 (S.E.)를 제공한다. 이에 대해 도 2에 요약된 바와 같이, PI3Kα에서의 Q859A의 돌연변이는 야생형 (IC₅₀ = 8.4 ± 1.0 nM)과 비교하여 IC₅₀을 122 ± 28 nM로 유의하게 증가시켰다. 상기 122 ± 28 nM로의 IC₅₀에서의 14.5배 증가는 PI3Kα에서의 Q859의 돌연변이가 화합물 I의 투여 시 효력을 평가하기 위한 주요 잔기임을 명백하게 증명하였다.

SEQUENCE LISTING <110> Furet, Pascal Fritsch, Christine Maira, Saiveur-Michel <120> Methods of treating cancer <130> 55064-US-PSP <150> 61/617284 <151> 2012-03-29 <160> 10 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1068 <212> PRT <213> homo sapiens <400> 1 Met Pro Pro Arg Pro Ser Ser Gly Glu Leu Trp Gly Ile His Leu Met 1 5 10 15 Pro Pro Arg Ile Leu Val Glu Cys Leu Leu Pro Asn Gly Met Ile Val 20 25 30 Thr Leu Glu Cys Leu Arg Glu Ala Thr Leu Ile Thr Ile Lys His Glu 35 40 45 Leu Phe Lys Glu Ala Arg Lys Tyr Pro Leu His Gln Leu Leu Gln Asp 50 55 60 Glu Ser Ser Tyr Ile Phe Val Ser Val Thr Gln Glu Ala Glu Arg Glu 65 70 75 80 Glu Phe Phe Asp Glu Thr Arg Arg Leu Cys Asp Leu Arg Leu Phe Gln 85 90 95 Pro Phe Leu Lys Val Ile Glu Pro Val Gly Asn Arg Glu Glu Lys Ile 100 105 110 Leu Asn Arg Glu Ile Gly Phe Ala Ile Gly Met Pro Val Cys Glu Phe 115 120 125 Asp Met Val Lys Asp Pro Glu Val Gln Asp Phe Arg Arg Asn Ile Leu 130 135 140 Asn Val Cys Lys Glu Ala Val Asp Leu Arg Asp Leu Asn Ser Pro His 145 150 155 160 Ser Arg Ala Met Tyr Val Tyr Pro Pro Asn Val Glu Ser Ser Pro Glu 165 170 175 Leu Pro Lys His Ile Tyr Asn Lys Leu Asp Lys Gly Gln Ile Ile Val 180 185 190 Val Ile Trp Val Ile Val Ser Pro Asn Asn Asp Lys Gln Lys Tyr Thr 195 200 205 Leu Lys Ile Asn His Asp Cys Val Pro Glu Gln Val Ile Ala Glu Ala 210 215 220 Ile Arg Lys Lys Thr Arg Ser Met Leu Leu Ser Ser Glu Gln Leu Lys 225 230 235 240 Leu Cys Val Leu Glu Tyr Gln Gly Lys Tyr Ile Leu Lys Val Cys Gly 245 250 255 Cys Asp Glu Tyr Phe Leu Glu Lys Tyr Pro Leu Ser Gln Tyr Lys Tyr 260 265 270 Ile Arg Ser Cys Ile Met Leu Gly Arg Met Pro Asn Leu Met Leu Met 275 280 285 Ala Lys Glu Ser Leu Tyr Ser Gln Leu Pro Met Asp Cys Phe Thr Met 290 295 300 Pro Ser Tyr Ser Arg Arg Ile Ser Thr Ala Thr Pro Tyr Met Asn Gly 305 310 315 320 Glu Thr Ser Thr Lys Ser Leu Trp Val Ile Asn Ser Ala Leu Arg Ile 325 330 335 Lys Ile Leu Cys Ala Thr Tyr Val Asn Val Asn Ile Arg Asp Ile Asp 340 345 350 Lys Ile Tyr Val Arg Thr Gly Ile Tyr His Gly Gly Glu Pro Leu Cys 355 360 365 Asp Asn Val Asn Thr Gln Arg Val Pro Cys Ser Asn Pro Arg Trp Asn 370 375 380 Glu Trp Leu Asn Tyr Asp Ile Tyr Ile Pro Asp Leu Pro Arg Ala Ala 385 390 395 400 Arg Leu Cys Leu Ser Ile Cys Ser Val Lys Gly Arg Lys Gly Ala Lys 405 410 415 Glu Glu His Cys Pro Leu Ala Trp Gly Asn Ile Asn Leu Phe Asp Tyr 420 425 430 Thr Asp Thr Leu Val Ser Gly Lys Met Ala Leu Asn Leu Trp Pro Val 435 440 445 Pro His Gly Leu Glu Asp Leu Leu Asn Pro Ile Gly Val Thr Gly Ser 450 455 460 Asn Pro Asn Lys Glu Thr Pro Cys Leu Glu Leu Glu Phe Asp Trp Phe 465 470 475 480 Ser Ser Val Val Lys Phe Pro Asp Met Ser Val Ile Glu Glu His Ala 485 490 495 Asn Trp Ser Val Ser Arg Glu Ala Gly Phe Ser Tyr Ser His Ala Gly 500 505 510 Leu Ser Asn Arg Leu Ala Arg Asp Asn Glu Leu Arg Glu Asn Asp Lys 515 520 525 Glu Gln Leu Lys Ala Ile Ser Thr Arg Asp Pro Leu Ser Glu Ile Thr 530 535 540 Glu Gln Glu Lys Asp Phe Leu Trp Ser His Arg His Tyr Cys Val Thr 545 550 555 560 Ile Pro Glu Ile Leu Pro Lys Leu Leu Leu Ser Val Lys Trp Asn Ser 565 570 575 Arg Asp Glu Val Ala Gln Met Tyr Cys Leu Val Lys Asp Trp Pro Pro 580 585 590 Ile Lys Pro Glu Gln Ala Met Glu Leu Leu Asp Cys Asn Tyr Pro Asp 595 600 605 Pro Met Val Arg Gly Phe Ala Val Arg Cys Leu Glu Lys Tyr Leu Thr 610 615 620 Asp Asp Lys Leu Ser Gln Tyr Leu Ile Gln Leu Val Gln Val Leu Lys 625 630 635 640 Tyr Glu Gln Tyr Leu Asp Asn Leu Leu Val Arg Phe Leu Leu Lys Lys 645 650 655 Ala Leu Thr Asn Gln Arg Ile Gly His Phe Phe Phe Trp His Leu Lys 660 665 670 Ser Glu Met His Asn Lys Thr Val Ser Gln Arg Phe Gly Leu Leu Leu 675 680 685 Glu Ser Tyr Cys Arg Ala Cys Gly Met Tyr Leu Lys His Leu Asn Arg 690 695 700 Gln Val Glu Ala Met Glu Lys Leu Ile Asn Leu Thr Asp Ile Leu Lys 705 710 715 720 Gln Glu Lys Lys Asp Glu Thr Gln Lys Val Gln Met Lys Phe Leu Val 725 730 735 Glu Gln Met Arg Arg Pro Asp Phe Met Asp Ala Leu Gln Gly Phe Leu 740 745 750 Ser Pro Leu Asn Pro Ala His Gln Leu Gly Asn Leu Arg Leu Glu Glu 755 760 765 Cys Arg Ile Met Ser Ser Ala Lys Arg Pro Leu Trp Leu Asn Trp Glu 770 775 780 Asn Pro Asp Ile Met Ser Glu Leu Leu Phe Gln Asn Asn Glu Ile Ile 785 790 795 800 Phe Lys Asn Gly Asp Asp Leu Arg Gln Asp Met Leu Thr Leu Gln Ile 805 810 815 Ile Arg Ile Met Glu Asn Ile Trp Gln Asn Gln Gly Leu Asp Leu Arg 820 825 830 Met Leu Pro Tyr Gly Cys Leu Ser Ile Gly Asp Cys Val Gly Leu Ile 835 840 845 Glu Val Val Arg Asn Ser His Thr Ile Met Gln Ile Gln Cys Lys Gly 850 855 860 Gly Leu Lys Gly Ala Leu Gln Phe Asn Ser His Thr Leu His Gln Trp 865 870 875 880 Leu Lys Asp Lys Asn Lys Gly Glu Ile Tyr Asp Ala Ala Ile Asp Leu 885 890 895 Phe Thr Arg Ser Cys Ala Gly Tyr Cys Val Ala Thr Phe Ile Leu Gly 900 905 910 Ile Gly Asp Arg His Asn Ser Asn Ile Met Val Lys Asp Asp Gly Gln 915 920 925 Leu Phe His Ile Asp Phe Gly His Phe Leu Asp His Lys Lys Lys Lys 930 935 940 Phe Gly Tyr Lys Arg Glu Arg Val Pro Phe Val Leu Thr Gln Asp Phe 945 950 955 960 Leu Ile Val Ile Ser Lys Gly Ala Gln Glu Cys Thr Lys Thr Arg Glu 965 970 975 Phe Glu Arg Phe Gln Glu Met Cys Tyr Lys Ala Tyr Leu Ala Ile Arg 980 985 990 Gln His Ala Asn Leu Phe Ile Asn Leu Phe Ser Met Met Leu Gly Ser 995 1000 1005 Gly Met Pro Glu Leu Gln Ser Phe Asp Asp Ile Ala Tyr Ile Arg 1010 1015 1020 Lys Thr Leu Ala Leu Asp Lys Thr Glu Gln Glu Ala Leu Glu Tyr 1025 1030 1035 Phe Met Lys Gln Met Asn Asp Ala His His Gly Gly Trp Thr Thr 1040 1045 1050 Lys Met Asp Trp Ile Phe His Thr Ile Lys Gln His Ala Leu Asn 1055 1060 1065 <210> 2 <211> 3207 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 atgcctccac gaccatcatc aggtgaactg tggggcatcc acttgatgcc cccaagaatc 60 ctagtagaat gtttactacc aaatggaatg atagtgactt tagaatgcct ccgtgaggct 120 acattaataa ccataaagca tgaactattt aaagaagcaa gaaaataccc cctccatcaa 180 cttcttcaag atgaatcttc ttacattttc gtaagtgtta ctcaagaagc agaaagggaa 240 gaattttttg atgaaacaag acgactttgt gaccttcggc tttttcaacc ctttttaaaa 300 gtaattgaac cagtaggcaa ccgtgaagaa aagatcctca atcgagaaat tggttttgct 360 atcggcatgc cagtgtgtga atttgatatg gttaaagatc cagaagtaca ggacttccga 420 agaaatattc tgaacgtttg taaagaagct gtggatctta gggacctcaa ttcacctcat 480 agtagagcaa tgtatgtcta tcctccaaat gtagaatctt caccagaatt gccaaagcac 540 atatataata aattagataa agggcaaata atagtggtga tctgggtaat agtttctcca 600 aataatgaca agcagaagta tactctgaaa atcaaccatg actgtgtacc agaacaagta 660 attgctgaag caatcaggaa aaaaactcga agtatgttgc tatcctctga acaactaaaa 720 ctctgtgttt tagaatatca gggcaagtat attttaaaag tgtgtggatg tgatgaatac 780 ttcctagaaa aatatcctct gagtcagtat aagtatataa gaagctgtat aatgcttggg 840 aggatgccca atttgatgtt gatggctaaa gaaagccttt attctcaact gccaatggac 900 tgttttacaa tgccatctta ttccagacgc atttccacag ctacaccata tatgaatgga 960 gaaacatcta caaaatccct ttgggttata aatagtgcac tcagaataaa aattctttgt 1020 gcaacctacg tgaatgtaaa tattcgagac attgataaga tctatgttcg aacaggtatc 1080 taccatggag gagaaccctt atgtgacaat gtgaacactc aaagagtacc ttgttccaat 1140 cccaggtgga atgaatggct gaattatgat atatacattc ctgatcttcc tcgtgctgct 1200 cgactttgcc tttccatttg ctctgttaaa ggccgaaagg gtgctaaaga ggaacactgt 1260 ccattggcat ggggaaatat aaacttgttt gattacacag acactctagt atctggaaaa 1320 atggctttga atctttggcc agtacctcat ggattagaag atttgctgaa ccctattggt 1380 gttactggat caaatccaaa taaagaaact ccatgcttag agttggagtt tgactggttc 1440 agcagtgtgg taaagttccc agatatgtca gtgattgaag agcatgccaa ttggtctgta 1500 tcccgagaag caggatttag ctattcccac gcaggactga gtaacagact agctagagac 1560 aatgaattaa gggaaaatga caaagaacag ctcaaagcaa tttctacacg agatcctctc 1620 tctgaaatca ctgagcagga gaaagatttt ctatggagtc acagacacta ttgtgtaact 1680 atccccgaaa ttctacccaa attgcttctg tctgttaaat ggaattctag agatgaagta 1740 gcccagatgt attgcttggt aaaagattgg cctccaatca aacctgaaca ggctatggaa 1800 cttctggact gtaattaccc agatcctatg gttcgaggtt ttgctgttcg gtgcttggaa 1860 aaatatttaa cagatgacaa actttctcag tatttaattc agctagtaca ggtcctaaaa 1920 tatgaacaat atttggataa cttgcttgtg agatttttac tgaagaaagc attgactaat 1980 caaaggattg ggcacttttt cttttggcat ttaaaatctg agatgcacaa taaaacagtt 2040 agccagaggt ttggcctgct tttggagtcc tattgtcgtg catgtgggat gtatttgaag 2100 cacctgaata ggcaagtcga ggcaatggaa aagctcatta acttaactga cattctcaaa 2160 caggagaaga aggatgaaac acaaaaggta cagatgaagt ttttagttga gcaaatgagg 2220 cgaccagatt tcatggatgc tctacagggc tttctgtctc ctctaaaccc tgctcatcaa 2280 ctaggaaacc tcaggcttga agagtgtcga attatgtcct ctgcaaaaag gccactgtgg 2340 ttgaattggg agaacccaga catcatgtca gagttactgt ttcagaacaa tgagatcatc 2400 tttaaaaatg gggatgattt acggcaagat atgctaacac ttcaaattat tcgtattatg 2460 gaaaatatct ggcaaaatca aggtcttgat cttcgaatgt taccttatgg ttgtctgtca 2520 atcggtgact gtgtgggact tattgaggtg gtgcgaaatt ctcacactat tatgcaaatt 2580 cagtgcaaag gcggcttgaa aggtgcactg cagttcaaca gccacacact acatcagtgg 2640 ctcaaagaca agaacaaagg agaaatatat gatgcagcca ttgacctgtt tacacgttca 2700 tgtgctggat actgtgtagc taccttcatt ttgggaattg gagatcgtca caatagtaac 2760 atcatggtga aagacgatgg acaactgttt catatagatt ttggacactt tttggatcac 2820 aagaagaaaa aatttggtta taaacgagaa cgtgtgccat ttgttttgac acaggatttc 2880 ttaatagtga ttagtaaagg agcccaagaa tgcacaaaga caagagaatt tgagaggttt 2940 caggagatgt gttacaaggc ttatctagct attcgacagc atgccaatct cttcataaat 3000 cttttctcaa tgatgcttgg ctctggaatg ccagaactac aatcttttga tgacattgca 3060 tacattcgaa agaccctagc cttagataaa actgagcaag aggctttgga gtatttcatg 3120 aaacaaatga atgatgcaca tcatggtggc tggacaacaa aaatggattg gatcttccac 3180 acaattaaac agcatgcatt gaactga 3207 <210> 3 <211> 70 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 3 ggggacaagt ttgtacaaaa aagcaggctg gggatccacc atgcctccaa gaccatcatc 60 aggtgaactg 70 <210> 4 <211> 60 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 4 ggggaccact ttgtacaaga aagctgggtg aagctttcag ttcaaagcat gctgcttaat 60 <210> 5 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 5 agcaactagt accatggccc ttatactagt t 31 <210> 6 <211> 60 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 6 ggggaccact ttgtacaaga aagctgggtg aagctttcag ttcaaagcat gctgcttaat 60 <210> 7 <211> 34 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 7 ccgcggatcc accatgagtg ctgaggggta ccag 34 <210> 8 <211> 34 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 8 gccggaattc tcatcgcctc tgctgtgcat atac 34 <210> 9 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 9 gaaattctca cactataatg gctattcagt gtaaaggagg cctg 44 <210> 10 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Primer <400> 10 caggcctcct ttacactgaa tagccattat agtgtgagaa tttc 44

Claims

PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 암을 앓고 있는 대상체에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
c) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하고;
d) 샘플이 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
a) 샘플이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 암을 앓고 있는 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는
b) 샘플이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖지 않는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하고;
i) 샘플이 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는
ii) 샘플이 위치 859에서 글루타민을 갖지 않는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
d) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하고;
e) 그 후에 상기 대상체가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하고;
f) 그 후에 상기 대상체가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
a) 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민의 존재 또는 부재에 대해 결정하며, 여기서 위치 859에서의 글루타민의 존재는 상기 대상체가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성이 존재함을 가리키는 것이고;
b) 그 후에 상기 대상체로부터의 샘플이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산 서열을 갖는 암을 앓고 있는 대상체에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
a) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서의 핵산 서열 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하며, 여기서 돌연변이는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 아미노산 치환을 유발하는 것이고;
b) 핵산 서열 샘플이 돌연변이를 갖지 않고 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
a) 암을 앓고 있는 대상체가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산 서열을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는
b) 상기 대상체가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하지 않는 핵산 서열을 갖는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서의 핵산 서열 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하며, 여기서 돌연변이는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 아미노산 치환을 유발하는 것이고;
i) 핵산 서열이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는
ii) 핵산 서열이 위치 859에서의 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서 돌연변이를 갖고 글루타민을 코딩하지 않는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
a) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서의 핵산 서열 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하며, 여기서 돌연변이는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 아미노산 치환을 유발하는 것이고;
b) 그 후에 상기 대상체로부터의 샘플이 돌연변이가 결여되고 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하고;
c) 그 후에 돌연변이가 결여된 상기 대상체에게 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
a) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛에서의 핵산 서열 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터의 생물학적 샘플을 검정하며, 여기서 돌연변이는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 아미노산 치환을 유발하는 것이고, 핵산 서열에서의 돌연변이의 부재는 상기 대상체가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성이 존재함을 가리키는 것이고;
b) 그 후에 상기 대상체로부터의 샘플에 핵산 서열에서의 돌연변이가 결여되어 핵산 서열이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로 치료하기 위한 대상체를 선택하는 것
을 포함하는, 상기 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
코딩된 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 글루타민의 치환을 유발하는 PI3K 폴리펩티드의 촉매 p110α 서브유닛을 코딩하는 핵산 분자에서의 돌연변이의 존재에 대해 암을 앓고 있는 대상체로부터 획득한 핵산 샘플을 검정하고;
그 후에
a) 핵산이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염을 선택적으로 투여하거나; 또는
b) 핵산이 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하지 않는 것에 기반하여 상기 대상체에게 치료 유효량의 다른 PI3K 억제제 화합물을 선택적으로 투여하는 것
을 포함하는, 암을 앓고 있는 대상체를 선택적으로 치료하는 방법.
PI3K의 코딩된 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서 아미노산 변이체를 유발하는 유전자 변이체를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 위치 859에서의 변이체의 결여는 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)를 개체에게 투여해야 함을 가리키는 것인, 상기 개체의 유전자형 결정을 수행하는 방법.
개체로부터 획득한 PI3K 유전자의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 2575-2577에서의 CAA의 부재 또는 존재에 대해 검출하는 것을 포함하며, 여기서 CAA의 존재는 상기 개체가 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)에 대해 반응할 증가된 가능성을 가짐을 가리키는 것인, 상기 개체의 유전자형 결정을 수행하는 방법.
제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 교모세포종, 흑색종, 난소암, 유방암, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 자궁내막암, 전립선암, 결장암 및 골수종으로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 방법.
제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 샘플이 종양 샘플인 방법.
제17항에 있어서, 종양 샘플이 신선한 동결 샘플 또는 파라핀 포매 조직 샘플인 방법.
제1항 내지 제6항 및 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 검출이 면역검정, 면역조직화학, ELISA, 유동 세포측정법, 웨스턴 블롯, HPLC 및 질량 분광측정법에 의해 수행될 수 있는 것인 방법.
제7항 내지 제13항 및 제15항 중 어느 한 항에 있어서, PI3K의 촉매 p110α 서브유닛을 코딩하는 핵산 분자에서의 돌연변이의 존재 또는 부재가 노던 블롯 분석, 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR), 역전사-폴리머라제 연쇄 반응 (RT-PCR), 택맨(TaqMan)-기반 검정, 직접 서열분석, 동적 대립유전자-특이적 혼성화, 고밀도 올리고뉴클레오티드 SNP 어레이, 제한 단편 길이 다형성 (RFLP) 검정, 프라이머 연장 검정, 올리고뉴클레오티드 리가제 검정, 단일 가닥 입체형태 다형성의 분석, 온도 구배 겔 전기영동 (TGGE), 변성 고성능 액체 크로마토그래피, 고해상도 용융 분석, DNA 미스매치-결합 단백질 검정, SNPLex®, 모세관 전기영동, 서던블롯으로 이루어진 군으로부터 선택된 기술에 의해 검출될 수 있는 것인 방법.
제7항 내지 제12항 및 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계가 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛 유전자 또는 그의 일부를 서열분석하는 것을 포함하는 것인 방법.
a) 암을 앓고 있는 환자가 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성을 대상체가 갖는지의 여부를 결정하며, 여기서 상기 대상체는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛 유전자의 위치 859에서 글루타민을 갖는 것에 기반하여 증가된 가능성을 갖는 것이고,
b) 전송에 사용하기 위한 유형 또는 무형 매체 형태 상에 결정 단계의 결과를 기록하는 것
을 포함하는, (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)로의 치료에 대한 상기 환자의 반응성을 예측하기 위한 정보의 전송가능한 형태를 제조하는 방법.
a) 암을 앓고 있는 환자가 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)로의 치료에 대해 반응할 증가된 가능성을 대상체가 갖는지의 여부를 결정하며, 여기서 상기 대상체는 PI3K의 촉매 p110α 서브유닛 유전자의 위치 859에서의 글루타민을 코딩하는 핵산 서열에 기반하여 증가된 가능성을 갖는 것이고;
b) 전송에 사용하기 위한 유형 또는 무형 매체 형태 상에 결정 단계의 결과를 기록하는 것
을 포함하는, (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드)로의 치료에 대한 상기 환자의 반응성을 예측하기 위한 정보의 전송가능한 형태를 제조하는 방법.
PI3K 유전자좌에서의 돌연변이의 존재를 검출하기 위한 하나 이상의 프로브 또는 프라이머 및 사용 지침서를 제공하는 것을 포함하는, 종양이 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료에 대해 반응성인지의 여부를 결정하기 위한 키트.
c) PI3K의 촉매 p110α 서브유닛의 위치 859에서의 돌연변이의 존재를 결정하기 위한 다수의 작용제; 및
d) 사용 지침서
를 포함하는, 암을 앓고 있는 대상체가 PI3K 알파 서브유닛 억제제 화합물 (S)-피롤리딘-1,2-디카르복실산 2-아미드 1-({4-메틸-5-[2-(2,2,2-트리플루오로-1,1-디메틸-에틸)-피리딘-4-일]-티아졸-2-일}-아미드) 또는 그의 제약상 허용되는 염으로의 치료로부터 이익을 얻을 것인지의 여부를 예측하기 위한 키트.