TW201345525A

TW201345525A - 醫藥診斷

Info

Publication number: TW201345525A
Application number: TW102111262A
Authority: TW
Inventors: Pascal Furet; Christine Fritsch; Sauveur-Michel Maira
Original assignee: Novartis Ag
Priority date: 2012-03-29
Filing date: 2013-03-28
Publication date: 2013-11-16
Also published as: CN104271136A; ECSP14025016A; IL234658B; JP2015514080A; SG11201405169SA; EP2830621B1; ZA201405938B; SG10201608001RA; PH12014502168A1; US9795596B2; CO7091176A2; AU2013241752B2; GT201400206A; NZ628596A; JP6224067B2; ES2845560T3; IN2014DN08970A; MX2014011682A; AU2013241752A1; HK1200723A1

Abstract

本發明部分地係關於選擇性癌症治療方案，該方案是基於分析編碼PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸的核酸中存在或不存在突變。

Description

醫藥診斷

本揭示內容主張於2012年3月29日提出申請之美國臨時專利申請案第61/617284號及於2013年2月22日提出申請之美國臨時專利申請案第61/767,848號之優先權，該等案件之揭示內容之全文各自以引用方式併入本文中。

本發明係關於新穎的個別化療法、套組、可傳輸形式之資訊及用於治療患有癌症之患者之方法。

磷脂醯肌醇3-激酶(PI3K)包含脂質激酶家族，該等脂質激酶催化磷酸酯轉移至肌醇脂質之D-3'位置以產生磷酸肌醇-3-磷酸酯(PIP)、磷酸肌醇-3,4-二磷酸酯(PIP2)及磷酸肌醇-3,4,5-三磷酸酯(PIP3)，該等PIP、PIP2及PIP3進而藉由經常在質膜處使含有普列克底物蛋白同源(pleckstrin-homology)、FYVE、Phox及其他磷脂結合結構域之蛋白質對接至多種信號傳導複合物而在信號傳導級聯中充當第二信使(Vanhaesebroeck等人，Annu.Rev.Biochem 70：535(2001)；Katso等人，Annu.Rev.Cell Dev.Biol.17：615(2001))。在兩類1 PI3K中，類別1A PI3K係包含與調節亞單位組成型相關聯之催化p110亞單位(α、β、δ同種型)的異源二聚體，該調節亞單位可為p85α、p55α、p50α、p85β或p55γ。類別1B子類別具有一個家族成員，即包含與兩個調節亞單位之p101或p84之一相關聯之催化p110γ亞單位的異源二聚體 (Fruman等人，Annu Rev.Biochem.67：481(1998)；Suire等人，Curr.Biol.15：566(2005))。p85/55/50亞單位之模塊化結構域包括在特定序列文本中於活化受體及胞質酪胺酸激酶上結合磷酸酪胺酸殘基的Src同源(SH2)結構域，從而可使類別1A PI3K活化並定位。在一些情況下，由結合肽及非肽配體之多種譜之G蛋白偶聯受體直接活化類別1B以及p110β(Stephens等人，Cell 89：105(1997))；Katso等人，Annu.Rev.Cell Dev.Biol.17：615-675(2001))。因此，類別I PI3K之所得磷脂產物將上游受體與下游細胞活性(包括增殖、存活、趨化、細胞輸送、運動、代謝、發炎及過敏反應、轉錄及轉譯)聯繫在一起(Cantley等人，Cell 64：281(1991)；Escobedo及Williams,Nature 335：85(1988)；Fantl等人，Cell 69：413(1992))。

PIP3將Akt(即病毒致癌基因v-Akt之人類同系物之產物)募集至質膜，其中其用作對生長及存活而言重要之許多細胞內信號傳導途徑的節點(Fantl等人，Cell 69：413-423(1992)；Bader等人，Nature Rev.Cancer 5：921(2005)；Vivanco及Sawyer,Nature Rev.Cancer 2：489(2002))。PI3K經常經由Akt活化延長存活，其異常調節係人類癌症中之最流行事件之一且已顯示以多重程度發生。腫瘤抑制基因PTEN在肌醇環之3'位置處使磷酸肌醇去磷酸化且藉此拮抗PI3K活性，該基因在多種腫瘤中功能性缺失。在其他腫瘤中，p110α同種型PIK3CA及Akt之基因擴增，且在若干人類癌症中已證實其基因產物之蛋白質表現增加。此外，已在人類癌症中闡述用於上調p85-p110複合物之p85α之突變及易位。最後，活化下游信號傳導途徑之PIK3CA體細胞錯義突變已在多種人類癌症中以大頻率闡述(Kang等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102：802(2005)；Samuels等人，Science 304：554(2004)；Samuels等人，Cancer Cell 7：561-573(2005))。該等觀察顯示，磷酸肌醇-3激酶及此信號傳導途徑之上游及下游組份的失調係與人類癌症及增殖疾病相關之最常見失調之一(Parsons等人，Nature 436：792(2005)；Hennessey等人，Nature Rev.Drug Disc.4：988-1004(2005))。

愈來愈多之證據表明，患者之遺傳特性對患者對治療性治療之反應性具有決定性。由於適於患有癌症之個體之多種療法，故影響(例如)對特定藥物之反應之遺傳因素之測定可用於為患者提供個別化治療方案。該等個別化治療方案提供使對患者之益處最大化同時使可與替代及較不有效治療方案相關之有關副作用最小化的潛能。因此，業內需要識別可用於預測患者是否可能對特定治療療法有反應之因素。

本發明係基於以下發現：識別PI3K之催化性p110α亞單位中之859位置處編碼胺基酸的核酸可用於挑選出患有癌症之可能對經治療有效量之α-同種型特異性PI3K抑制劑化合物(例如(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺))或其醫藥上可接受之鹽之治療有反應的個體。特定而言，發現患有癌症之個體之試樣中PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處的麩醯胺酸殘基(在本文中亦稱作Q或Gln)變化可用於挑選出對經α-同種型特異性PI3K抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽之治療是否有反應之個體。可藉由直接分析個體之生物試樣之目標標的物(例如，mRNA、cDNA、蛋白質等)實施測定步驟。

在一個態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括基於個體在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，向個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑- 2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在另一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：a)分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸；及b)基於試樣於859位置處具有麩醯胺酸，向個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在又一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：a)基於試樣於PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，向個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或b)基於試樣於PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處無麩醯胺酸，向個體選擇性投與治療有效量之除(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)外之不同PI3K抑制劑化合物。

在另一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸；及選擇性投與：i)基於試樣於859位置處具有麩醯胺酸，向個體投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟- 1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或ii)基於試樣於859位置處無麩醯胺酸，向個體投與治療有效量之除(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)外之不同PI3K抑制劑化合物。

在又一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：a)分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸；b)其後基於個體在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，挑選出可以(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體；及c)其後基於個體在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，向個體投與(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在另一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：a)測定個體之生物試樣中PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸，其中在859位置處存在麩醯胺酸指示個體對經PI3Kα亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應之可能性增加；及b)其後基於個體之試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，挑選出可以PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體。

在另一態樣中，本發明包括選擇患有癌症用於治療之個體的方法，該方法包括測定個體之生物試樣中PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸，其中在859位置處存在麩醯胺酸指示個體對經PI3Kα亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應之可能性增加。

在另一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括基於個體具有在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸的核酸序列，向個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在又一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：a)分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之2575-2577位置處與參考序列相比存在或不存在核酸序列突變；及b)基於核酸序列試樣在859位置處無突變且編碼麩醯胺酸，向個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在又一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：a)基於個體具有在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸之核酸序列，向個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶- 1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或b)基於個體具有在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處非編碼麩醯胺酸之核酸序列，向個體選擇性投與治療有效量之不同PI3K抑制劑化合物。

在又一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位中存在或不存在核酸序列突變，其中突變引起PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸發生胺基酸取代；及選擇性投與：i)基於核酸序列在PI3K之催化性p110α亞單位中之859位置處編碼麩醯胺酸，向個體投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或ii)基於核酸序列在PI3K之催化性p110α亞單位中於859位置處具有突變且非編碼麩醯胺酸，向個體投與治療有效量之不同PI3K抑制劑化合物。

在又一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：a)分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位中存在或不存在核酸序列突變，其中突變引起PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸發生胺基酸取代；b)其後基於個體之試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處無突變且編碼麩醯胺酸，挑選出可以(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}- 醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體；及c)其後向無突變之個體投與(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在另一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：a)分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位中存在或不存在核酸序列突變，其中突變引起PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸發生胺基酸取代，其中核酸序列中不存在突變指示個體對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應之可能性增加；及b)其後基於個體之試樣在核酸序列中無突變以使核酸序列在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸，挑選出可以PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體。

在又一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：分析自患有癌症之個體獲得之核酸試樣在編碼PI3K多肽之催化性p110α亞單位之核酸分子中存在突變，其引起編碼催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸發生取代；其後選擇性投與：a)基於核酸在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸，向個體投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或b)基於核酸在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處非編碼麩醯胺酸，向個體投與治療有效量之不同PI3K抑制劑化合物。

在另一態樣中，本發明包括選擇患有癌症之個體用於治療之方法，該方法包括分析自患有癌症之個體獲得之核酸試樣在編碼PI3K多肽之催化性p110α亞單位之核酸分子中存在突變，其引起編碼催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸發生取代，其中在859位置處存在麩醯胺酸指示個體對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應之可能性增加。

在又一態樣中，本發明包括對個體進行基因分型之方法，該方法包括檢測遺傳變體，該遺傳變體在PI3K之經編碼催化性p110α亞單位之859位置處產生胺基酸變體，其中在859位置處無變體指示應向個體投與(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)。

在又一態樣中，本發明包括對個體進行基因分型之方法，該方法包括檢測在自該個體獲得之PI3K基因之催化性p110α亞單位中2575-2577位置處不存在或存在CAA，其中存在CAA指示個體對(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)有反應之可能性增加。

在如本文所述之本發明方法中，癌症亦可為任何癌症，包括膠質細胞瘤、黑色素瘤、卵巢癌、乳癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、子宮內膜癌、前列腺癌、結腸癌及骨髓瘤。試樣通常係腫瘤試樣且可為新鮮冷凍試樣或石蠟包埋組織試樣。

在如本文所述之本發明方法中，可藉由業內已知之任何方法(例如免疫分析、免疫組織化學、ELISA、流式細胞術、西方墨漬、HPLC及質譜)實施檢測麩醯胺酸或變體胺基酸之方法。另外，在如本文所述之本發明方法中，檢測編碼PI3K之催化性p110α亞單位之核酸分子中之突變的方法包括聚合酶鏈反應(PCR)、逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)、基於TaqMan之分析、直接測序、動態等位基因特異性雜交、高密度寡核苷酸SNP陣列、限制性片段長度多態性(RFLP)分析、引物延伸分析、寡核苷酸連接酶分析、單鏈構象多態性分析、溫度梯度凝膠電泳(TGGE)、變性高效液相層析、高解析度熔融分析、DNA失配結合蛋白分析、SNPLex®或毛細管電泳。

本發明進一步包括產生可傳輸形式之資訊以預測患有癌症之患者對(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)之治療的反應性之方法，該方法包含：a)測定個體對於患者對經(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)治療有反應之可能性是否增加，其中基於在PI3K之催化性p110α亞單位基因之859位置處具有麩醯胺酸，個體之可能性增加；及b)在實體或非實體媒體形式上記錄測定步驟之結果用於傳輸。

在另一態樣中，本發明包括產生可傳輸形式之資訊以預測患有癌症之患者對(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)之治療的反應性之方法，該方法包括：a)測定個體對於患者對經(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)治療有反應之可能性是否增加，其中基於核酸序列在PI3K之催化性p110α亞單位基因之859位置處編碼麩醯胺酸，個體之可能性增加；及 b)在實體或非實體媒體形式上記錄測定步驟之結果用於傳輸。

在又一態樣中，本發明包括用於測定腫瘤是否對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應的套組，該套組包含提供一或多種用於檢測在PI3K基因座中存在突變(SEQ ID NO：2之核酸2575-2577)之探針或引物及使用說明書。

在另一態樣中，本發明包括用於預測患有癌症之個體是否將受益於經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療的套組，該套組包含：a)複數種用於測定在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在編碼變體之突變的試劑；及b)使用說明書。

在如本文所述之本發明方法中，PI3K抑制劑係業內之任何已知PI3K α亞單位抑制劑。具體而言，化合物可為(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；下文亦顯示為式(A) 或其醫藥上可接受之鹽。

在另一態樣中，本發明包括測定腫瘤是否對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應的套組，該套組包含提供一或多種用於檢測在PI3K基因之催化性p110α亞單位中於859位置處存在或不存在編碼變體之突變之探針或引物及使用說明書。

圖1繪示顯示PI3K野生型(wt)之ATP活化動力學曲線(米氏常數(Michaelis constant)(Km)=60±6μM)及PI3Kα Q859A突變體之ATP活化動力學曲線(Km=72±8μM)的圖。

圖2顯示呈現PI3K野生型(wt)及PI3Kα Q859A突變體之抑制曲線之圖。

本發明係基於以下發現：在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸的核酸序列中存在或不存在突變可用於測定患者對利用α-同種型特異性PI3K抑制劑化合物(例如(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺))或其醫藥上可接受之鹽之療法有反應之可能性。特定而言，發現來自患者試樣且編碼野生型PI3K之催化性p110α亞單位(即在859位置處具有麩醯胺酸)之核酸序列對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)治療更可能有反應。與此相比，來自患者試樣且在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有編碼變體之突變(即在859位置處編碼除麩醯胺酸外之胺基酸，例如丙胺酸)的核酸序列對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)治療較不可能有反應。該患者應以替代癌症療法治療，該替代癌症療法係(例如)不同的PI3K抑制劑(諸如本文所用不同類型之PI3K抑制劑應為並非(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)，及可為(但不限於)經化學治療或替代PI3K抑制劑療法(例如可選擇性抑制除α形式之PI3K亞單位外之同種型的抑制劑或可抑制一種以上PI3K亞單位之同種型之抑制劑)治療。

在本發明方法之一些實施例中，可藉由分析生物試樣之基因組序列、核酸產物、多肽產物或等效遺傳標記檢測在PI3K之催化性p110α亞單位中之859位置處編碼麩醯胺酸的核酸序列中存在或不存在突變。

在一個實例中，本發明包括對來自個體之試樣進行基因分型。對於基因分型而言，在PI3K基因之催化性p110α亞單位之一個等位基因或兩個等位基因中測定在859位置處編碼麩醯胺酸之核苷酸特徵。關於PI3K基因之催化性p110α亞單位，突變會發生在一個或兩個等位基因中之PI3K基因之催化性p110α亞單位之核苷酸2575-2577處。基因型可為純合子或雜合子的。在本發明方法中，視情況而定，859位置處之核酸序列或蛋白質之特性測定可與野生型蛋白序列(GeneID：5290；編碼(例如)NCBI登錄號NP_006209.2；SEQ ID NO：1之蛋白質)或DNA序列(SEQ ID NO：2)或野生型核酸序列(mRNA；NCBI參考序列編號NM_006218.2)或基因組DNA(NCBI參考序列編號NG_012113.1)相比較。PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之變體(即除麩醯胺酸外之胺基酸)係指編碼蛋白質之PI3K基因序列之催化性p110α亞單位中之遺傳突變所產生的參考(野生型)蛋白序列859位置處之變化。在一個實施例中，變體可為859位置處之丙胺酸。

因此，本發明提供預測患有表現PI3K之癌症之患者對利用PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2- (2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽之療法呈現有益反應的可能性之方法。用以該評定之患者個體包括：1)患有表現PI3K之癌症且尚未經歷任何癌症治療之患者；2)患有表現PI3K之癌症且經歷癌症完全或部分切除，例如在臨床上可能之程度內經歷手術移除癌性組織的患者；及3)患有表現PI3K之癌症且經除PI3K抑制劑治療方案外之治療方案治療的患者。

在本發明方法中，分析試樣中在PI3K基因PIK3CA之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在編碼麩醯胺酸之突變。在一個實例中，突變會引起PI3K基因PIK3CA(Q859A)[基因ID：5290；編碼(例如)NCBI登錄號NP_006209.2(SEQ ID NO：1)之蛋白質]之人類催化性p110α亞單位中於859位置處麩醯胺酸取代為丙胺酸/變為丙胺酸。

在一個態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸；及基於試樣在859位置處具有麩醯胺酸，向個體選擇性投與PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在另一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在編碼變體之突變；及基於個體之試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處無突變，向個體選擇性投與PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在另一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括分析個體之生物試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在編碼變體之突變；其後基於個體之試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處無突變(即，核酸序列編碼麩醯胺酸)，挑選出可以PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體；及由於個體無突變，向個體投與PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在又一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括測定個體之生物試樣中在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在編碼變體之突變，其中存在突變指示個體對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療無反應之可能性增加；及其後基於個體之試樣在PI3K之p110α亞單位之催化性p110α亞單位之859位置處無突變，挑選出可以PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體。

在再一態樣中，本發明包括利用PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括基於個體在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在麩醯胺酸(Q)，向個體投與PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在再一態樣中，本發明包括選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包括分析自患有癌症之個體獲得之核酸試樣在PI3K多肽之催化性p110α亞單位之2575-2577位置處在核酸分子中存在一或多個突變；及其後基於個體在PI3K之經編碼催化性p110α亞單位之859位置處不存在序列突變且編碼麩醯胺酸，向個體選擇性投與PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

在又一態樣中，本發明包括用於治療癌症之PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽，其特徵在於基於患者在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，向該患者投與治療有效量之該化合物或其醫藥上可接受之鹽。

在又一態樣中，本發明包括用於治療癌症之PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽，其特徵在於基於患者具有選自PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸之PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸且在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處不具有麩醯胺酸，向該患者投與治療有效量之該化合物或其醫藥上可接受之鹽。

在又一態樣中，本發明包括用於治療癌症之PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽，其特徵在於基於患者在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有編碼麩醯胺酸之核酸，向該患者投與治療有效量之該化合物或其醫藥上可接受之鹽。

在又一態樣中，本發明包括用於治療癌症之PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽，其特徵在於基於患者具有選自在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸之核酸在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸的核酸及在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處非編碼麩醯胺酸之核酸，向該患者投與治療有效量之該化合物或其醫藥上可接受之鹽。

PI3K抑制劑

使用本文所揭示方法評定之患者係視為經PI3K抑制劑治療者。根據本發明，患有表現PI3K之催化性p110α亞單位之野生型形式之腫瘤的患者更可能對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應。

本文所用術語「PI3K α亞單位抑制劑」係可抑制PI3K之催化性p110α亞單位之分子。應瞭解，與抑制包括β及/或δ及/或γ亞型之其他亞型之能力相比，PI3K α亞單位抑制劑可選擇性抑制α亞型PI3K。

WO2010/029082闡述特定2-甲醯胺環胺基脲衍生物，發現其具有有利的藥理特性且顯示與其他類型相比針對PI3-激酶α亞型之改良選擇性。適於本發明之特定2-甲醯胺環胺基脲衍生物、其製備及含有其之調配物闡述於WO2010/029082中。在如本文所述之本發明方法中，PI3K α亞單位抑制劑可為化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。本發明中所用之PI3K α亞單位抑制劑係式(A)化合物或其醫藥上可接受之鹽。此化合物特定而言闡述於WO2010/029082中。此化合物之合成作為實例15闡述於WO2010/029082中。

本文所述PI3K α亞單位抑制劑化合物可為試劑本身、其醫藥上可接受之鹽、其醫藥上可接受之酯、以及立體異構物、對映異構物、外消旋混合物及諸如此類。

試樣之製備

本發明尤其提供分析用於檢測編碼PI3K之催化性p110α亞單位之胺基酸859的核酸序列之身份。若核酸編碼野生型胺基酸麩醯胺酸，則指示應對個體加以選擇並用PI3K α亞單位抑制劑化合物加以治療(如上文所述)。然而，若核酸具有突變且編碼變體胺基酸，即編碼除麩醯胺酸外之胺基酸，則個體不應用PI3K α亞單位抑制劑化合物治療(如上文所述)。

該方法可包括檢測體液(例如血液(例如，血清或血漿)骨髓、腦脊液、後腹膜/胸膜液、淋巴液、腹水、漿液、痰、淚液、糞便及尿)或組織(例如腫瘤組織)之突變。腫瘤組織可為新鮮組織或石蠟包埋組織。

如本文所用「個體」係指人類或動物，包括所有哺乳動物，例如靈長類(尤其高度靈長類)、綿羊、狗、齧齒類動物(例如小鼠或大鼠)、天竺鼠、山羊、豬、貓、兔及牛。在較佳實施例中，個體係人類。在一個實施例中，個體係實驗動物或適用作疾病模型之動物。

體液試樣可使用業內已知之任何方法自個體獲得。業內熟知自體液試樣萃取細胞DNA之方法。通常用洗滌劑使細胞裂解。在細胞裂解後，使用各種蛋白酶自DNA移除蛋白質。隨後用酚萃取DNA，沈澱於醇中並溶解於水性溶液中。自體液試樣萃取無細胞DNA之方法亦為業內已知。通常自細胞分離體液試樣中之無細胞DNA，沈澱於醇中並溶解於水性溶液中。

實體瘤試樣通常可為藉由活檢或手術切除自患有癌症之個體獲得之細胞或組織之測試試樣。可藉由針穿刺活檢移除細胞或組織之試樣。為此，經由皮膚插入附接至注射器之細針並插入目標組織中。通常使用超音或電腦斷層攝影(CT)成像將針引導至目標區域。在將針插入組織中時，利用注射器產生真空，以便可經由針抽吸細胞或流體且收集於注射器中。亦可藉由切開或核心活檢移除細胞或組織之試樣。為此，自目標區域移除圓錐形、圓柱形或極少組織。通常使用CT成像、超音或內鏡引導此類型活檢。更具體而言，可藉由切除活檢或手術切除移除整個癌性傷口。在本發明中，測試試樣通常係作為手術切除之部分移除之細胞試樣。

舉例而言，組織之測試試樣亦可儲存於(例如)RNAlater(Ambion；Austin Tex.)中或急驟冷凍並儲存於-80℃下以稍後使用。亦可用固定劑(例如甲醛、對甲醛或乙酸/乙醇)固定活檢組織試樣。可將固定組織試樣包埋於蠟(石蠟)或塑膠樹脂中。可將包埋組織試樣(或冷凍組織試樣)切割成薄切片。亦可自固定或蠟包埋組織試樣提取RNA或蛋白質。

用於根據本發明治療之表現PI3K之癌症包括癌症或細胞增殖疾病，例如腫瘤及/或由PI3K調節之癌細胞生長。疾病可包括彼等顯示PI3Kα過表現或增殖、PIK3CA之體細胞突變或PTEN之種系突變或體細胞突變或用於上調p85-p110複合物之p85α之突變及易位者。具體而言，癌症包括(例如)肉瘤、肺癌、枝氣管癌、前列腺癌、乳癌(包括散發性乳癌及考登病(Cowden disease)患者)、前列腺癌、胃腸癌、結腸癌、直腸癌、結腸癌瘤、結腸直腸腺瘤、甲狀腺癌、肝癌、肝內膽管癌、肝細胞癌、腎上腺癌、胃癌(stomach，gastric)、神經膠質瘤、膠質細胞瘤、子宮內膜癌、黑色素瘤、腎癌、腎盂癌、膀胱癌、子宮體癌、子宮頸癌、陰道癌、卵巢癌、多發性骨髓瘤、食道癌、白血病、急性骨髓性白血病、慢性骨髓性白血病、淋巴細胞白血病、髓樣白血病、腦癌、腦癌瘤、口腔及咽癌、喉癌、小腸癌、非霍奇金氏淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma)、黑色素瘤、絨毛狀結腸腺瘤、贅瘤形成、上皮特徵贅瘤形成、淋巴瘤、乳房癌瘤、基細胞癌瘤、鱗狀細胞癌瘤、光化性角化病、腫瘤疾病(包括實體瘤)、頭或頸腫瘤、真性紅細胞增多症、原發性血小板增多症、髓樣化生之骨髓纖維化及沃爾登斯特倫疾病(Walden-stroem disease)。

本發明方法並不限於癌症且可包括其他病況或病症(例如PI3K調介之病況或病症)，例如真性紅細胞增多症、原發性血小板增多症、髓樣化生之骨髓纖維化、哮喘、COPD、ARDS、呂弗勒氏症候群(Loffler's syndrome)、嗜伊紅球肺炎、寄生性(具體而言後生動物)感染(包括特發性嗜伊紅球增多症)、枝氣管肺曲黴菌病、結節性多動脈炎(包括丘-施二氏症候群(Churg-Strauss syndrome))、嗜伊紅球肉芽腫病、由藥物反應引發之影響氣道之嗜伊紅球有關之病症、牛皮癬、接觸性皮炎、特應性皮炎、斑禿、多形紅斑、皰疹樣皮炎、硬皮病、白癜風、超敏性脈管炎、蕁麻疹、大皰性類天皰瘡、紅斑狼瘡、天皰瘡、獲得性大皰性表皮松解、自體免疫性血液病症(例如溶血性貧血、再生障礙性貧血、純紅血球貧血及特發性血小板減少症)、全身性紅斑狼瘡、多軟骨炎、硬皮病、韋格納氏肉芽腫病(Wegener granulomatosis)、皮肌炎、慢性活動型肝炎、重症肌無力、史蒂文斯-約翰遜症候群(Steven-Johnson syndrome)、特發性口炎性腹瀉、自體免疫性發炎腸病(例如潰瘍性結腸炎及克羅恩氏病(Crohn's disease))、內分泌眼病、格雷夫斯氏病(Grave's disease)、結節病、肺泡炎、慢性超敏性肺炎、多發性硬化、原發性膽汁性肝硬變、葡萄膜炎(前葡萄膜炎及後葡萄膜炎)、間質肺纖維化、牛皮癬關節炎、腎小球腎炎、心血管疾病、動脈粥樣硬化、高血壓、深部靜脈血栓形成、中風、心肌梗塞、不穩定型心絞痛、血栓栓塞、肺栓塞、溶血栓性疾病、急性動脈缺血、外周血栓形成性阻塞、及冠脈疾病、再灌注損傷、視網膜病變(例如糖尿病性視網膜病變或高壓氧誘導之視網膜病變)及特徵在於眼內壓升高或眼房水分泌之病況(例如青光眼)。

檢測

本發明方法包括檢測在PI3K基因之人類p110α亞單位之859位置處存在或不存在編碼胺基酸麩醯胺酸之核酸序列突變。在一個實例中，此方法包括檢測859位置處編碼突變胺基酸之核酸以預測患者對PI3K藥物治療之反應。由於PI3K之催化性p110α亞單位之突變通常以DNA等級發生，故本發明方法可基於基因組DNA、以及轉錄物(mRNA、cDNA)及蛋白質本身之突變之檢測。

本文所述之PI3K催化性p110α亞單位突變可藉由業內任何已知方法檢測。在闡述本發明之PI3K催化性p110α亞單位突變中，突變包括存在於野生型序列中之859位置處之麩醯胺酸(Q)胺基酸之任何胺基取代，例如，取代可為麩醯胺酸(Q)取代為丙胺酸(A)。另外，為方便起見，本文中提及之PI3K催化性p110α亞單位突變係基因之有義鏈。然而，如由熟習此項技術者所認識，含有該基因之核酸分子可為互補雙鏈分子且因此在提及有義鏈上之特定位點時亦係指互補反義鏈上之相應位點。亦即，可提及任一鏈上之相同突變位點且寡核苷酸可經設計以使任一鏈在含有多晶形及/或突變位點之目標區域處特異性雜交。因此，本發明亦包括與本文所述基因組變體之有義鏈互補之單鏈多核苷酸及突變。

可使用許多不同技術來識別核酸序列是否編碼PI3K之催化性p110α亞單位中之859位置處之突變，包括單鏈構象多態性(SSCP)分析、藉由變性高效液相層析(DHPLC)之異源雙鏈分析、直接DNA測序及計算方法(Shi等人，Clin Chem A1U6AA12(2001))。最常見方法目前包括雜交、引物延伸及解離方法。該等方法中之每一者應連接至適當檢測系統。檢測技術包括螢光偏振(Chan等人，Genome Res.9：492-499(1999))、焦磷酸鹽釋放之發光檢測(焦磷酸測序)(Ahmadiian等人，Anal.Biochem.280：103-10(2000))、基於螢光共振能量轉移(FRET)之解離分析、DHPLC及質譜(Shi,Clin Chem 47：164-172(2001)；美國專利第6,300,076 B1號)。

在一個實施例中，使用自動分析儀(例如，PCR機或自動測序機)測定在PI3K之催化性p110 α亞單位之2575至2577位(在859位置處編碼Gln之密碼子)處存在或不存在突變。熟習此項技術者熟知所有該等方法。

在尤佳實施例中，可使用INVADER^TM技術(自Third Wave Technologies公司，Madison,Wisconsin USA獲得)檢測突變。在此分析中，特異性上游「侵入物」寡核苷酸及部分重疊下游探針在結合至互補DNA模板時一起形成特定結構。此結構經識別且在特定位點處由Cleavase酶切割，從而釋放探針寡核苷酸之5'片。此片段隨後關於包含於反應混合物中之合成二級靶標及二級螢光標記信號探針用作「侵入物」寡核苷酸。此藉由Cleavase酶引起二級信號探針特異性解離。在此二級探針(經能夠螢光共振能量轉移之染料分子標記)解離時產生螢光信號。Cleavase相對於由重疊DNA序列或片形成之結構具有嚴格要求，且因此，可用於特異性檢測在下游DNA鏈上之裂解位點之正上游的單鹼基對失配。Ryan D等人，Molecular Diagnosis 4(2)：135-144(1999)及Lyamichev V等人，Nature Biotechnology 17：292-296(1999)，亦參見美國專利第5,846,717號及第6,001,567號。

本發明進一步包括含有寡核苷酸探針及引物之組合物，該等寡核苷酸探針及引物經設計以特異性雜交至在催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸或變體多肽或毗鄰突變位點的核酸序列。可使用任何寡核苷酸引導之擴增方法使含有目標突變之區域擴增，該方法包括但不限於聚合酶鏈反應(PCR)(美國專利第4,965,188號)、連接酶鏈反應(LCR)(Barany等人，Proc.Natl.Acad.ScL USA 88：189-193(1991)；已公開PCT專利申請案WO 90/01069)及寡核苷酸連接分析(OLA)(Landegren等人，Science 241：1077-1080(1988))。在該等方法中用作引物或探針之寡核苷酸應特異性雜交至含有多晶形/突變位點或與其毗鄰之核酸之區域。通常，寡核苷酸之長度介於10與35個核苷酸之間且較佳長度介於15與30個核苷酸之間。最佳地，寡核苷酸係20至25個核苷酸長。寡核苷酸之精確長度將端視由熟習此項技術者常規考慮且實踐之許多因素而定。

可用於使含有859位置處之催化性p110α亞單位突變之區域擴增的其他已知核酸擴增程序包括基於轉錄之擴增系統(美國專利第5,130,238號、EP 329,822、美國專利第5,169,766號、已公開PCT專利申請案WO 89/06700)及等溫方法。(Walker等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：392-396(1992))。

可在擴增之前或之後使用業內已知之若干基於雜交之方法中之一者分析催化性p110α亞單位之859位置處之突變。通常，利用等位基因特異性寡核苷酸實施該等方法。等位基因特異性寡核苷酸可用作以不同方式標記之探針對，其中該對之一個成員顯示與靶標序列之一個變體完美匹配且另一成員顯示與不同變體完美匹配。較佳地，該組之成員在雜交至所檢測多型性或突變位點中之每一者時彼此之熔融溫度在5℃內且更佳2℃內。可利用存於溶液中之兩個實體實施等位基因特異性寡核苷酸至靶標多核苷酸之雜交，或在寡核苷酸或靶標多核苷酸共價或非共價附著至固體載體時可實施該雜交。附接可藉由(例如)抗體-抗原相互作用、多-L-Lys、鏈黴抗生物素或抗生物素-生物素、鹽橋、疏水相互作用、化學連接、UV交聯、烘烤等調介。等位基因特異性寡核苷酸可在固體載體上直接合成或在合成後附接至固體載體。適用於本發明檢測方法之固體載體包括由矽、玻璃、塑膠、紙及諸如此類製得之基材，其可形成(例如)孔(如在96孔板中)、載玻片、片、膜、纖維、晶片、盤及珠粒。固體載體可經處理、塗佈或衍生化以有利於等位基因特異性寡核苷酸或靶標核酸之固定。

亦可使用業內已知之方法分析於859位置處具有麩醯胺酸或於催化性p110亞單位之859位置處具有取代之多肽，該等方法係例如放射性免疫分析或酶聯免疫分析、競爭性結合酶聯免疫分析、質譜、定點照護技術/平臺、斑點墨漬、西方墨漬、層析(較佳高效液相層析(HPLC))或諸如此類。可使用標記抗體、其結合部分或其他結合配偶體。抗體可為單株或多株來源，或可以生物合成方式產生。結合配偶體亦可為天然分子或以合成方式產生。使用業內所述之標準蛋白質檢測方法測定複合蛋白質之量。免疫分析設計、理論及方案之詳細綜述可參見業內之多個文本，包括Practical Immunology,Butt,W.R.編輯，Marcel Dekker,New York,1984。

本發明分析中可使用多種不同標記，包括附接至抗體之直接標記(例如螢光或發光標籤)、金屬、染料、放射性核素及諸如此類。間接標記包括業內熟知之各種酶，例如鹼性磷酸酶、過氧化氫酶及諸如此類。在一步分析中，固定靶標蛋白質(即，於859位置處具有麩醯胺酸之催化性p110亞單位)並與標記抗體一起培育。標記抗體結合至固定靶標分子。在洗滌以移除未結合分子後，分析試樣標記之存在。向定點照護格式及手持物中納入多種免疫組織化學方法，其皆可用於測定蛋白質之存在。

本發明亦涵蓋對蛋白質或多肽具有特異性之固定抗體之使用。可將抗體固定至多種固體載體(例如磁力或層析基質粒子、分析場所(例如微量滴定孔)之表面、固體基材材料(例如塑膠、耐綸、紙)片及諸如此類)上。可藉由在固體載體上以陣列塗佈抗體或複數種抗體製備分析條帶。隨後可將此條帶浸入測試試樣中並經由洗滌及檢測步驟處理以產生可量測信號(例如彩色斑點)。

在兩步分析中，固定靶標蛋白質(例如，於859位置處具有麩醯胺酸之催化性p110亞單位)可與未標記抗體一起培育。隨後將未標記抗體複合物(若存在)結合至對未標記抗體具有特異性之第二經標記抗體。洗滌試樣並分析標記之存在。用於標記抗體之標記之選擇將端視應用而變。然而，熟習此項技術者可易於測定標記之選擇。

斑點墨漬通常由熟習此項技術者實踐以使用抗體作為探針檢測期望蛋白質(Promega Protocols and Applications Guide，第2版，1991，第263頁，Promega公司)。使用斑點墨漬裝置將試樣施加至膜。將標記探針與膜一起培育，且檢測蛋白質之存在。

熟習此項技術者熟知西方墨漬分析(Sambrook等人，Molecular Cloning,A Laboratory Manual,1989，第3卷，第18章，Cold Spring Harbor Laboratory)。在西方墨漬中，藉由SDS-PAGE分離試樣。將凝膠轉移至膜。將膜與標記抗體一起培育用於檢測期望蛋白質。

投與及醫藥組合物

PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽可以治療有效量經由任何業內已知之常見且可接受之模式單獨或與一或多種治療劑組合投與。治療有效量可端視疾病之嚴重程度、個體之年齡及相對健康狀況、所用化合物之效能及其他因素而廣泛變化。對於上述用途，所需劑量當然會隨投與模式、擬治療之特定病況及期望效果變化。

一般而言，將滿意之結果指定為以約0.03mg/kg至約100.0mg/kg/體重(例如約0.03mg/kg至約10.0mg/kg/體重)之化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽之日劑量全身投與獲得。較大型哺乳動物(例如人類)之指定日劑量在約0.5mg至約3g(例如約5mg至約1.5g)化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽之範圍內，其可方便地以(例如)多達一天四次之分開劑量或以延遲形式投與。適用於經口投與之單位劑型包含約0.1mg至約500mg(例如約1.0mg至約500mg)化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。

如本文所述PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽可以醫藥組合物形式藉由任何習用途徑(例如，經口，例如以錠劑或膠囊形式，或非經腸，例如以可注射溶液或懸浮液形式，局部，例如以洗劑、凝膠、軟膏或乳霜形式，或以經鼻或栓劑形式)投與。可藉由混合、製粒或塗佈方法以習用方式製造包含呈游離形式或醫藥上可接受之鹽形式之本發明之包含PI3K α亞單位抑制劑化合物以及至少一種醫藥上可接受之載劑或稀釋劑的醫藥組合物。舉例而言，口服組合物可為包含活性成份及以下物質之錠劑或明膠膠囊：a)稀釋劑，例如乳糖、右旋糖、蔗糖、甘露糖醇、山梨糖醇、纖維素及/或甘胺酸；b)潤滑劑，例如二氧化矽、滑石、硬脂酸、其鎂鹽或鈣鹽及/或聚乙二醇；對於錠劑亦有c)黏結劑，例如矽酸鎂鋁、澱粉糊、明膠、黃蓍膠、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉及或聚乙烯吡咯啶酮；(若需要)d)崩解劑，例如澱粉、瓊脂、海藻酸或其鈉鹽或泡騰混合物；及/或e)吸收劑、著色劑、矯味劑及甜味劑。可注射組合物可係水性等滲溶液或懸浮液，且栓劑可由脂肪乳液或懸浮液製備而成。

PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽可經滅菌及/或含有佐劑，例如防腐劑、穩定劑、潤濕劑或乳化劑、溶液促進劑、用於調節滲透壓之鹽及/或緩衝劑。此外，其亦可含有其他治療上有價值之物質。用於經皮應用之適宜調配物包括帶有載劑之有效量的本發明化合物。載劑可包括能夠輔助穿過宿主皮膚之可吸收的醫藥上可接受之溶劑。舉例而言，經皮器件可呈繃帶形式，其包含背襯部件、含有該化合物(視情況帶有載體)之儲液器、(視情況)用於以受控且預定速率經長時期將該化合物遞送至宿主皮膚之速率控制屏障以及將該器件固定至皮膚上的構件。亦可使用基質經皮調配物。用於局部應用(例如用於皮膚及眼睛)之適宜調配物較佳係此項技術中熟知之水性溶液、軟膏、乳霜或凝膠。此可含有增溶劑、穩定劑、增滲劑、緩衝劑及防腐劑。

資料

在實施需要測定在PI3K之p110催化性亞單位之2575-2577位置處存在或不存在核酸突變之任何本發明所述方法中，測定存在或不存在核酸突變且可將結果告知醫師或遺傳咨詢師或患者或其他研究者。特定而言，可將該結果編製成可傳輸形式之資訊，可將該資訊傳送或傳輸至其他研究者或醫師或遺傳咨詢師或患者。該形式是可以變化的且可係實體或非實體的。該結果可以描述性報告書、圖表、照片、圖解、影像或任一其他視覺形式來體現。舉例而言，PCR產物之凝膠電泳之影像可用於解釋該等結果。顯示存在或不存在變體之圖表亦用於指示測試結果。該等報告書及視覺形式可記錄於實體媒體(例如紙、電腦可讀媒體(例如軟磁碟、壓縮磁碟等))、或非實體媒體(例如，呈網際網路或內部網路上之電子郵件或網址形式之電子媒體)上。另外，結果亦可以聲音形式記錄且經由任一適宜媒體(例如類比或數位電纜線路、光纖電纜等)經由電話、傳真、無線行動電話、網際網路電話及諸如此類傳輸。所有該等形式(實體及非實體)均可構成「可傳輸形式之資訊」。因此，關於測試結果之資訊及資料可在世界任何地方產生且可傳輸至不同位置。舉例而言，在國外實施基因分型分析時，可以上述可傳輸形式產生並編製關於測試結果之資訊及資料。由此，可將呈可傳輸形式之測試結果輸入美國。因此，本發明亦涵蓋產生含有關於個體中之p110催化結構域之859位置處是否發生突變的資料之可傳輸形式之資訊的方法。此形式之資訊可用於預測患者對PI3K抑制劑之治療之反應性、基於該資訊選擇治療過程及基於該資訊選擇性治療。

套組

本發明進一步提供用於測定在PI3K基因之人類催化性p110α亞單位之2575-2577位置處是否存在突變的套組。該等套組可用於選擇特定而言將受益於經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療的患者。套組可包含可用於檢測PI3K基因之人類催化性p110α亞單位之859位置處之突變的引物及/探針。套組可進一步包含核酸對照、緩衝劑及使用說明書。

熟習此項技術者可知許多類似於或等效於彼等本文所述者之方法及材料，該等均可用於實踐本發明。實際上，本發明決不會受限於所述方法及材料。出於本發明之目的，下文對以下術語進行定義。

實例實例1：用於具有p85同種型1之催化性p110α野生型及突變Q859A之選殖及表現的材料及方法

DNA操作及質粒：使用標準分子生物技術構築所述質粒。所有酶均係自Roche Diagnostics及New England BioLabs獲得。使用GenElute PCR純化套組(Clean-up kit)(Sigma)純化DNA片段或自製備型瓊脂糖凝膠利用Nucleospin Extract II(Macherey-Nagel)分離。於室溫下利用快速DNA連接套組(Roche Diagnostics)實施DNA-連接1至4小時且將其轉換成大腸桿菌DH5 α(Invitrogen)。利用QIAprep 8 Miniprep套組(QIAGEN)或GenElute HP Plasmid Midiprep套組(Sigma)純化質粒DNA。所有程序均係如各別手冊中所述實施。

製備質粒His-Nativ hPI3k-α/p85 pDUAL Consensus。對於此構築體，藉由PCR自由Matthias Wymann(Institute of Biochemistry,University of Freibourg)提供之質粒使用表1中所示GATEWAY相容性引物使含有牛PI3-K p110α同種型(RefSeq NM_174574.1)之整個開放讀碼框之牛3243 bp DNA片段擴增。簡言之，正向引物PI3Ka_FOR_GATE含有BamH I限制位點(單底線)、Kozak識別位點(雙下劃線)及GATEWAY選殖所需之attB1序列(斜體)，而反向引物PI3_Ka_REV_GATE含有Hind III限制位點(單底線)及attB2 GATEWAY序列(斜體)。使用高保真度鉑Pfx DNA聚合酶(Invitrogen)遵循製造商之方案實施PCR擴增。

在PCR後，使用30% PEG 8000、30mM MgCl2純化片段以移除attB引物二聚體，且將其轉置至GATEWAY入門載體pDONOR 201中。簡言之，將4μL pf PCR產物(10ng/μL)與2μL反應混合物、1μL pDONOR 201(150ng/L)、2μL BP Clonase及1μL TE混合並於室溫下培育60分鐘，之後添加2μL蛋白酶K(2μg/μL)。隨後將試樣於37℃下再培育60分鐘且隨後使用其轉換DH5α感受態細胞。隨後藉由限制酶分析識別陽性重組PI3-Kα pDONOR質粒並進行序列驗證(SOLVIAS)。隨後將2μL新鮮製備之PI3-Kα pDONOR與2μL pDEST 20(150ng/μL)、2μL反應混合物、2μL LR Clonase及2μL TE混合。在DH5α感受態細胞轉換之前於室溫下如上文所述培育試樣以產生GST-PI3-Kα pDEST 20。

隨後使用含有GST-PI3-Kα pDEST 20之Spe I及Hind III(下劃線)側翼位點(表2)的基因特異性寡核苷酸使含有GST-PI3-Kα之整個開放讀碼框之3933 bp PCR產物擴增且如上文所述連接至p50 pFastBac DUAL中。

隨後藉由限制消解分析確認含有GST-PI3-Kα及經截短p85銜接蛋白(bovGST-PI3-Kα/p85 pFastbac DUAL)之陽性重組質粒並進行序列驗證(SOLVIAS)。

牛PIK3CA(p110α)及人類PIK3R1(p85α同種型1)之RefSeq登錄號分別係NM_174574.1及NM_181523。

藉由測序經由Solvias AG,Basel確認源自PCR之所有構築體之一級序列。

PCR擴增：利用MJ-Research DNA Engine PTC-200熱循環儀在具有Pwo Master(Roche)之100μ總體積中實施PCR-擴增。

自1ng質粒pCMV6_XL5：：p85α同種型1(目錄編號TC11320,Origene)以500nM任一引物、1×主混合物、5% DMSO及以下引物之最終濃度使全長銜接蛋白p85α(PIK3R1，1-724 aa)擴增：p85upnew：5’-CCGCGGATCCACCATGAGTGCTGAGGGGTACCAG-3’(SEQ ID NO：7)，及p85do：5’-GCCGGAATTCTCATCGCCTCTGCTGTGCATATAC-3’(SEQ ID NO：8)。循環參數係：94℃，2min；(94℃，15sec；53℃，30sec；72℃，60sec)₁₀；(72℃，60sec+5sec/循環)₁₉；72℃，7min。

引物p85upnew及p85do分別在N末端及C末端處引入BamHI及EcoRI之限制酶位點。

選殖： pFastBac1中之p85 α同種型1(PI3KR1)之選殖

利用BamHI及EcoRI切割桿狀病毒載體pFastBac1(Invitrogen)及擴增p85α同種型1 DNA並進行凝膠純化。於室溫下實施連接1小時且轉換感受態大腸桿菌DH5α細胞以獲得質粒pFastBac：：p85α同種型1。

pFastBac1中之催化性p110 α(PIK3CA)之選殖

利用BamHI及HindIII消解質粒His-Nativ hPI3k-α p85 pDUAL。自瓊脂糖凝膠純化所得片段並於室溫下連接至經相同限制酶切割之pFastBac1中達2至4小時。轉換至感受態大腸桿菌DH5α細胞中，從而產生質粒pFastBac：：p110α。

誘變

利用QuikChange II定點誘變套組(Stratagene(目錄編號200523)及寡核苷酸p110Q859Aup

(5’-GAAATTCTCACACTATAATGGCTATTCAGTGTAAAGGAGGCCTG-3’)(SEQ ID NO：9)及p110Q859Ado

(5’-CAGGCCTCCTTTACACTGAATAGCCATTATAGTGTGAGAATTTC-3’)(SEQ ID NO：10)遵循製造商之方案實施誘變以產生PI3Kα(p110α)突變Q859A。

蛋白質表現： (a)病毒產生及蛋白質表現

藉由在大腸桿菌DH10 Bac(Invitrogen)中轉置產生重組桿狀病毒DNA。自單一純系分離桿粒DNA且隨後轉染至Sf9細胞中。根據Bac-至-Bac桿狀病毒表現系統(Invitrogen)之手冊在補充有10% FCS之TC-100培養基(Cambrex)中實施轉染、擴增及噬菌斑分析。藉由標準噬菌斑分析測定病毒效價。在振盪燒瓶中以1×10⁶個細胞/ml補充有0.5×青黴素/鏈黴素溶液(Sigma)之ExCell-420培養基(JRH Biosciences有限公司)開始進行表現。

為在表現期間重構催化性亞單位p110及銜接蛋白p85之活性全酶，同時用兩種病毒共轉染Sf9細胞。使蛋白質於27℃下遵循如別處所述之TIPS方案在100ml培養基中表現72h(例如，Erdmann等人(2010)，J.Biomol.Tech.；21(1)：9-17)。改變p110對p85之相對共感染比率且最佳共轉染比率係1：1。藉由檢驗全細胞裂解物藉由西方墨漬可視化蛋白質表現。PI3Kα蛋白質之溶解性較高(85-90%可溶)。

蛋白質純化：

自桿狀病毒感染之Sf9昆蟲細胞純化重組蛋白質。將一份100ml發酵液之約1.5×10⁸個細胞重新懸浮於12ml裂解緩衝液(50mM Tris pH=7.2、150mM NaCl、1mM MgCl₂、1mM CaCl₂、1% Triton X-100、10%甘油、6μl Benzonase(25U/μl)、1×完全蛋白酶抑制劑(Roche)、1mM活化原釩酸鈉)中並藉由超音波處理進行破壞(Branson數位超音波儀W-450D，總共3分鐘，在冰/乙醇浴中(脈衝30sec，在脈衝之間冷卻1min.)。藉由以14000 x g離心(Sorvall離心機RC5-B，SS-34轉子，11000rpm，於4℃下45min.)移除細胞碎屑且將上清液轉移至新管。

對於p110α/p85α之組胺酸親和力標籤純化，使用附接至Äkta探查器FPLC系統之1ml His-Trap HP Ni-瓊脂糖管柱(目錄編號17-5247-01，GE Healthcare)。將管柱用25mM Tris-HCl pH 7.5、0.5M NaCl平衡，且將澄清裂解物以0.5ml/min之流速裝載超級環(superloop)。在用10 CV 25mM Tris-HCl pH=7.5、0.5M NaCl、25mM咪唑洗滌後，將結合蛋白質用50mM、60mM、70mM、80mM、90mM、100mM、125mM、150mM、250mM及500mM咪唑之逐步咪唑梯度洗脫。經由離心利用Amicon Ultra-15旋轉管柱將所洗脫蛋白質濃縮約10倍，且在添加甘油至最終30%(v/v)後，分成等分試樣且在液氮中快速冷凍。

一式雙份地利用BCA蛋白質分析套組(目錄編號23227，Pierce)在微量滴定板中遵循與套組一起提供之方案測定蛋白質濃度。

酶HTRF ^® 分析之材料及方法

磷酸肌醇3-激酶(PI3-激酶或PI3K)同源時間解析(HTRF^®)分析套組係購自Upstate(現為Millipore公司，Billerica,MA,USA)。PIP2及PiP3係購自Avanti Polar Lipids(Alabaster,Alabama,USA)，微量滴定板係購自Greiner(Frickenhausen,Germany；目錄編號781207)。所有其他試劑均係購自Sigma(St Louis,MO,USA)。

基本上如Sugita等人，(2008),Biochem.Biophys.Res.Commun.377(3)：941-5所述實施酶同源時間解析螢光(HTRF^®)分析(來自Upstate(現為Millipore公司，Billerica,MA,USA)。將PI3Kα(0.25-1.5ng)在室溫下於含有10mM MgCl₂、30μM ATP、20μM 1,2-二辛醯基-sn-甘油-3-磷酸化-(1'-肌-肌醇-4',5'-雙磷酸鹽)(銨鹽)(PIP2)、150mM NaCl、5mM(dl-二硫蘇糖醇)DTT及25mM Tris/HCl(pH 7.5)之20μl緩衝液中在384孔白色板中培育60分鐘。針對抑制研究藉由添加ATP(30μM)且針對ATP動力學(0-200μM ATP)藉由添加PI3Kα起始激酶反應。

在二甲基亞碸(DMSO)及緩衝劑(最終濃度：2.5% DMSO)中連續稀釋PI3K抑制劑(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)(下文為「化合物I」)。藉由添加HTRF試劑根據製造商之說明書停止激酶反應。密封板以防止蒸發並於室溫下在黑暗中保持16小時。使用Tecan之GeniosPro^®多標記讀數器(來自Tecan集團有限公司，Männedorf，Switzerland)以時間解析螢光模式(激發濾光器：340nm；發射濾光器1：620nm；發射濾光器2：665nm；色鏡：二向2；延遲時間：150μs；積分時間：500μs；10次快閃)對板進行讀數。

根據下式測定HTRF信號：HTRF信號=10000×(665nm下之發射/620nm下之發射)。

HTRF信號以PIP3依賴性方式逐漸減少且正規化為利用30μM 1,2-二辛醯基-sn-甘油-3-磷酸化-(1'-肌-肌醇-3',4',5'-三磷酸鹽)(銨鹽)(PIP3)獲得之最大減少%。利用PIP3(EC₅₀=200nM)製備標準曲線且使用其根據下式計算藉由激酶反應產生之PIP3之量：[PIP3]=EC₅₀×(100-y)/y

其中y代表正規化HTRF信號且EC₅₀代表標準曲線中50%信號下之PIP3濃度。ATP及PIP2消耗從不超過5%。

藉由非線性回歸利用Michaelis-Menten等式擬合ATP動力學且利用4參數對數等式擬合化合物I抑制曲線。使用Xlfit^®(ID Business Solutions,Guildford,UK)之總體擬合函數來使所有重複實驗總體擬合。

結果：

使用上述材料及方法，該等實驗證實如圖1中所述PI3Kα之ATP活化動力學及如圖2中所述由化合物I之PI3Kα野生型(wt)之抑制及Q859A突變。

圖1提供PI3K野生型(wt)之14個實驗之平均值±標準誤差(S.E.)(米氏常數(Km)=60±6μM)及PI3Kα Q859A突變體之5個實驗之平均值±標準誤差(Km=72±8μM)。如此處圖1中所概述，PI3K野生型(wt)及PI3Kα Q859A突變體證實PI3Kα之類似ATP活化動力學。

圖2提供PI3K野生型(wt)之10個實驗及PI3Kα Q859A突變體之7個實驗的平均值±標準誤差(S.E.)。如此處圖2中所概述，PI3Kα中之Q859A之突變與野生型(IC₅₀=8.4±1.0nM)相比IC₅₀顯著增加至122±28nM。IC₅₀為122±28nM之此14.5倍增加明顯證實，PI3Kα中之Q859之突變係在投與時評定化合物I之功效之關鍵殘基。

<110> 派斯可佛瑞特克麗絲汀弗里奇索弗爾-米歇爾麥拉

<120> 治療癌症之方法

<130> 55064-US-PSP

<150> 61/617284

<151> 2012-03-29

<160> 10

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 1068

<212> PRT

<213> 智人

<400> 1

<210> 2

<211> 3207

<212> DNA

<213> 智人

<400> 2

<210> 3

<211> 70

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 3

<210> 4

<211> 60

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 4

<210> 5

<211> 31

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 引物

<400> 5

<210> 6

<211> 60

<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 引物

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<212> DNA

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<223> 引物

<400> 10

Claims

一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含基於個體在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，向該個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：c)分析來自該個體之生物試樣中在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸；及d)基於該試樣於859位置處具有麩醯胺酸，向該個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：a)基於試樣於PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，向該個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或b)基於該試樣於PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處不具有麩醯胺酸，向該個體選擇性投與治療有效量之不同PI3K抑制劑化合物。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：分析來自該個體之生物試樣中在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸；及選擇性投與： i)基於該試樣於在859位置處具有麩醯胺酸，向該個體投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或ii)基於該試樣於859位置處不具有麩醯胺酸，向該個體投與治療有效量之不同PI3K抑制劑化合物。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：d)分析來自該個體之生物試樣中在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸；e)其後基於該個體在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，挑選出可以(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體；及f)其後基於該個體在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，向該個體投與(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：a)測定來自該個體之生物試樣中在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在或不存在麩醯胺酸，其中在859位置處存在麩醯胺酸指示該個體對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應之可能性增加；及b)其後基於該個體試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有麩醯胺酸，挑選出可經該PI3K α亞單位抑制劑化合物 (S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含基於該個體具有在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有編碼麩醯胺酸的核酸序列，向該個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：a)分析來自該個體之生物試樣中在PI3K之催化性p110α亞單位中存在或不存在核酸序列突變，其中該突變引起該PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸發生胺基酸取代；及b)基於該核酸序列試樣在859位置處無突變且編碼麩醯胺酸，向該個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：a)基於該個體在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有編碼麩醯胺酸之核酸序列，向該個體選擇性投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或b)基於該個體在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處具有非編碼麩醯胺酸之核酸序列，向該個體選擇性投與治療有效量之不同PI3K抑制劑化合物。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：分析來自該個體之生物試樣中在PI3K之催化性p110α亞單位中存在或不存在核酸序列突變，其中該突變引起該PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸發生胺基酸取代；及選擇性投與：i)基於該核酸序列編碼PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸，向該個體投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或ii)基於該核酸序列在PI3K之催化性p110α亞單位中於859位置處具有突變且非編碼麩醯胺酸，向該個體投與治療有效量之不同PI3K抑制劑化合物。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：a)分析來自該個體之生物試樣中在PI3K之催化性p110α亞單位中存在或不存在核酸序列突變，其中該突變引起該PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸發生胺基酸取代；b)其後基於該個體試樣在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處無突變且編碼麩醯胺酸，挑選出可經(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體；及c)其後向無該突變之個體投與(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：a)分析來自該個體之生物試樣中在PI3K之催化性p110α亞單位中存在或不存在核酸序列突變，其中該突變引起該PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處之麩醯胺酸發生胺基酸取代，其中該核酸序列中不存在突變指示該個體對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應之可能性增加；及b)其後基於該個體之該試樣在該核酸序列中無突變以使該核酸序列在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸，挑選出可經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療之個體。
一種選擇性治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：分析獲自患有癌症之個體之核酸試樣在編碼PI3K多肽之催化性p110α亞單位之核酸分子中存在突變，該突變引起所編碼催化性p110α亞單位之859位置處麩醯胺酸發生取代；其後選擇性投與：a)基於該核酸在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處編碼麩醯胺酸，向該個體投與治療有效量之(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽；或b)基於該核酸在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處非編碼麩醯胺酸，向該個體投與治療有效量之不同PI3K抑制劑化合物。
一種對個體進行基因分型之方法，該方法包含檢測遺傳變體，該遺傳變體在PI3K之經編碼催化性p110α亞單位之859位置處產生胺基酸變體，其中在859位置處無變體時是指示應向該個體投與(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)。
一種對個體進行基因分型之方法，該方法包含檢測在獲自該個體之PI3K基因之催化性p110α亞單位中2575-2577位置處不存在或存在CAA，其中存在CAA指示該個體對(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)有反應之可能性增加。
如請求項1至14中任一項之方法，其中該癌症係選自由膠質細胞瘤、黑色素瘤、卵巢癌、乳癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、子宮內膜癌、前列腺癌、結腸癌及骨髓瘤組成之群。
如請求項2至6、8及10至13中任一項之方法，其中該試樣係腫瘤試樣。
如請求項17之方法，其中該腫瘤試樣係新鮮冷凍試樣或石蠟包埋組織試樣。
如請求項1至6及14中任一項之方法，其中該檢測可藉由免疫分析、免疫組織化學、ELISA、流式細胞術、西方墨漬、HPLC及質譜實施。
如請求項7至13及15中任一項之方法，其中編碼PI3K之催化性p110α亞單位之核酸分子中存在或不存在突變可藉由選自由以下組成之群之技術檢測：北方墨漬分析、聚合酶鏈反應(PCR)、逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)、基於TaqMan之分析、直接測序、動態等位基因特異性雜交、高密度寡核苷酸SNP陣列、限制性片段長度多態性(RFLP)分析、引物延伸分析、寡核苷酸連接酶分析、單鏈構象多態性分析、溫度梯度凝膠電泳(TGGE)、變性高效液相層析、高解析度熔融分析、DNA失配結合蛋白分析、SNPLex®、毛細管電泳、南方墨漬。
如請求項7至12或15之方法，其中該檢測步驟包含對PI3K之催化性p110α亞單位基因或其一部分進行測序。
一種用於產生可傳輸形式之資訊以預測患有癌症之患者對(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)之治療的反應性之方法，該方法包含：a)測定個體對於該患者對經(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)治療有反應之可能性是否增加，其中基於在PI3K之催化性p110α亞單位基因之859位置處具有麩醯胺酸，該個體之可能性增加；及b)在實體或非實體媒體形式上記錄該測定步驟之結果用於傳輸。
一種用於產生可傳輸形式之資訊以預測患有癌症之患者對(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)之治療的反應性之方法，該方法包含：a)測定個體對於該患者對經(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)治療有反應之可能性是否增加，其中基於核酸序列在PI3K之催化性p110α亞單位基因之859位置處編碼麩醯胺酸，該個體之可能性增加；及b)在實體或非實體媒體形式上記錄該測定步驟之結果用於傳輸。
一種用於測定腫瘤是否對經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療有反應的套組，該套組包含提供一或多種用於檢測在PI3K基因座中存在突變之探針或引物及使用說明書。
一種用於預測患有癌症之個體是否將受益於經PI3K α亞單位抑制劑化合物(S)-吡咯啶-1,2-二甲酸2-醯胺1-({4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基-乙基)-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-醯胺)或其醫藥上可接受之鹽治療的套組，該套組包含：c)複數種用於測定在PI3K之催化性p110α亞單位之859位置處存在突變的試劑；及d)使用說明書。