KR20140092905A - 방광암의 치료 및 진단을 위한 방법 및 조성물 - Google Patents

방광암의 치료 및 진단을 위한 방법 및 조성물 Download PDF

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Abstract

본 발명은 방광암의 검출 및 치료를 위한 방법, 조성물 및 키트를 제공한다.

Description

방광암의 치료 및 진단을 위한 방법 및 조성물{METHODS AND COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT AND DIAGNOSIS OF BLADDER CANCER}
본원은 2011년 11월 15일자에 출원된 미국 가출원 제61/559,806호에 대한 우선권을 주장하고, 이의 전체내용은 본 명세서에 참조문헌으로 포함된다.
기술분야
본 발명의 기술분야는 암 및 암의 진단 및 치료에 관한 것이다.
초기 암 검출은 치료 결과 및 질환 진행에 영향을 미칠 수 있다. 통상적으로, 암 검출은 생검, x선, CAT 스캔, NMR 등으로부터 얻은 진단 정보에 의존한다. 이 절차는 침습적이고, 시간 소모적이며, 고가일 수 있다. 더욱이, 이들은 민감성 및 특이성과 관련하여 제한을 갖는다. 암 진단 분야에서 고특이적이고 고감수성이며 신속하고 저렴하며 비교적 비침습적인 암 진단 방법의 수요가 존재한다. 하기 기재된 본 발명의 다양한 실시양태는 이러한 수요 및 암 진단 및 치료 분야에 존재하는 다른 수요를 충족한다.
본 개시내용의 실시양태는 암, 예를 들면, 방광암의 진단, 예후진단 및 치료의 방법을 제공한다. 다른 실시양태는 암, 예컨대 방광암의 진단, 예후진단 및 치료와 관련된 조성물을 제공한다.
특정한 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서 방광암을 검출하는 방법으로서, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; b) 피험체로부터 얻은 샘플을 방광암 세포로 발현된 하나 이상의 마커를 검출하는 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계, c) 비암성 세포를 b)로부터의 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; 및 d) 피험체로부터 얻은 샘플에서의 마커의 발현 수준을 비암성 세포에서의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 비암성 세포와 비교하여 샘플에서의 마커의 더 높은 발현 수준은 피험체가 방광암을 앓고 있다는 것을 나타내는 것인 방법을 제공한다. 적합한 마커는 서열 번호 1 내지 41로 코딩된 유전자를 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서 방광암을 검출하는 방법으로서, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; b) 피험체로부터 얻은 샘플을 LOC650517, FCRLB, ILlA, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 b)로부터의 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; 및 d) 비암성 세포에서 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하되, 비암성 세포와 비교하여 피험체로부터 얻은 샘플에서의 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 샘플에서의 더 높은 발현 수준은 피험체가 방광암을 앓고 있다는 것을 나타내는 것인 방법을 제공한다.
다른 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서 방광암을 검출하는 방법으로서, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; b) 피험체로부터 얻은 샘플을 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 b)로부터의 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; 및 d) 피험체로부터 얻은 샘플에서의 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 발현 수준을 비암성 세포에서의 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 비암성 세포와 비교하여 샘플에서의 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 더 높은 일련의 마커의 발현 수준은 피험체가 방광암을 앓고 있다는 것을 나타내는 것인 방법을 제공한다.
다른 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서 방광암을 검출하는 방법으로서, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; b) 피험체로부터 얻은 샘플을 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, KRT17P3, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 b)로부터의 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; 및 d) 피험체로부터 얻은 샘플에서의 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, FCRLB, SERPINB5, DSCR6 UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, KRT17P3, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 발현 수준을 비암성 세포에서의 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, KRT17P3, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 비암성 세포와 비교하여 샘플에서의 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, KRT17P3 SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 더 높은 일련의 마커의 발현 수준은 피험체가 방광암을 앓고 있다는 것을 나타내는 것인 방법을 제공한다.
추가의 실시양태에서, 본 발명은 샘플에서 방광암 세포를 검출하는 방법으로서, a) 샘플을 얻는 단계; b) a)에서 얻은 샘플을 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 b)로부터의 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; 및 d) a)에서 얻은 샘플에서의 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 비암성 세포에서의 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 비암성 세포와 비교하여 샘플에서의 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX11 6033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 더 높은 발현 수준은 샘플이 방광암 세포를 포함한다는 것을 나타내는 것인 방법을 제공한다. 샘플은 실험실내 샘플 또는 생체내 샘플이거나 생체내 샘플로부터 유도될 수 있다.
상기 문단에 기재된 실시양태와 관련하여, 샘플은 체액, 예컨대 혈액, 혈청 또는 뇨와 같은 상기 기재된 임의의 샘플일 수 있다. 샘플은 세포 샘플 또는 세포 샘플 추출물일 수 있다. 샘플은 조직 샘플일 수 있다. 핵산 및/또는 단백질은 샘플로부터 단리될 수 있다. RNA와 같은 핵산은 cDNA로 전사될 수 있다. 이 물질은 암 세포에 의해 발현된 하나 이상의 단백질 또는 이 세포에 의해 발현된 하나 이상의 핵산에 특이적으로 결합하는 하나 이상의 분자일 수 있다. 예를 들면, 이 물질은 상기 확인된 마커 유전자 중 하나에 의해 발현된 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 같은 단백질일 수 있다. 이 물질은 암 세포에 의해 발현된 핵산에 하이브리드화하는 하나 이상의 핵산일 수 있다. 암 세포에 의해 발현된 핵산은 mRNA 분자와 같은 RNA 분자일 수 있다. 암 세포에 의해 발현된 핵산에 하이브리드화하는 핵산 분자는 DNA 프로브와 같은 DNA 분자일 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 비암 세포와 비교하여 방광암 세포에 의해 더 높은 수준으로 발현된 분자에 특이적으로 결합하는 하나 이상의 분자를 포함하는 비암성 세포로부터 방광암 세포를 구별하는 데 유용한 중요한 조성물을 제공한다. 일례로서, 상기 조성물은 비암 세포와 비교하여 더 높은 수준으로 방광암 세포에 의해 발현된 하나 이상의 분자에 결합하는 단백질을 포함할 수 있다. 다른 예로서, 상기 조성물은 비암 세포와 비교하여 더 높은 수준으로 방광암 세포에 의해 발현된 하나 이상의 분자에 결합하는 핵산을 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 서열 번호 1 내지 41에 의해 코딩된 마커로부터 선택된 방광암 세포에 의해 발현된 분자에 특이적으로 결합하는 항체와 같은 하나 이상의 단백질을 포함하는 중요한 조성물을 제공한다. 방광암 세포에 의해 발현된 분자는 비암성 세포에 의해 발현된 수준보다 높은 수준으로 암 세포에 의해 발현될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, SERPINB5, DSCR6 유전자에 의해 코딩된 마커로부터 선택된 방광암 세포에 의해 발현된 분자에 특이적으로 결합하는 항체와 같은 하나 이상의 단백질을 포함하는 중요한 조성물을 제공한다. 방광암 세포에 의해 발현된 분자는 비암성 세포에 의해 발현된 동일한 마커의 수준보다 높은 수준으로 암 세포에 의해 발현될 수 있다.
추가의 실시양태에서, 본 발명은 방광암 세포에 의해 발현된 일련의 분자에 특이적으로 결합하는 복수의 항체와 같은 복수의 단백질을 포함하는 중요한 조성물을 제공하고, 일련의 마커는 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체에 의해 코딩된 분자를 포함한다. 일련의 마커는 비암성 세포에서 일련의 마커의 수준보다 높은 수준으로 발현될 수 있다.
추가의 실시양태에서, 본 발명은 방광암 세포에 의해 발현된 일련의 분자에 특이적으로 결합하는 복수의 항체와 같은 복수의 단백질을 포함하는 중요한 조성물을 제공하고, 일련의 마커는 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FA 83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, K SERPINB5, DSCR6 RT17P3 또는 이의 보체에 의해 코딩된 분자를 포함한다. 일련의 마커는 비암성 세포에서 일련의 마커의 수준보다 높은 수준으로 발현될 수 있다.
특정한 실시양태에서, 본 발명은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 의해 코딩된 분자로부터 선택된 방광암 세포에 의해 발현된 분자에 특이적으로 결합하는 항체와 같은 단백질을 포함하는 중요한 조성물을 제공한다. 방광암 세포에 의해 발현된 분자는 비암성 세포에 의해 발현된 수준보다 높은 수준으로 방광암 세포에 의해 발현될 수 있다.
다른 실시양태에서, 본 발명은 방광암 세포에 의해 발현된 mRNA 분자와 같은 분자에 특이적으로 결합하는 핵산을 포함하는 중요한 조성물을 제공하고, 분자는 서열 번호 1 내지 40에 기재된 유전자에 의해 코딩된 마커로부터 선택된다. 방광암 세포에 의해 발현된 분자는 비암성 세포에 의해 발현된 수준보다 높은 수준으로 방광암 세포에 의해 발현될 수 있다.
다른 실시양태에서, 본 발명은 방광암 세포에 의해 발현된 mRNA 분자와 같은 분자에 특이적으로 결합하는 핵산을 포함하는 중요한 조성물을 제공하고, 분자는 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, KRT17P3 SERPINB5, DSCR6에 의해 코딩된 마커로부터 선택된다. 방광암 세포에 의해 발현된 분자는 비암성 세포에 의해 발현된 수준보다 높은 수준으로 암 세포에 의해 발현될 수 있다.
추가의 다른 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서의 방광암이 진행되는지를 결정하는 방법으로서, a) 제1 시점에서 방광암과 관련된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계; b) a) 제2 시점에서 측정된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계(제2 시점은 제1 시점에 후속함); 및 c) a) 및 b)에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하고, a)와 비교하여 b)에서의 하나 이상의 마커의 발현 수준 증가는 피험체의 방광암이 진행되고 있다는 것을 나타내는 방법을 제공한다. 적합한 마커는 서열 번호 1 내지 40 및/또는 서열 번호 41에 제공된 유전자에 의해 코딩된 마커를 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서의 방광암이 진행되는지를 결정하는 방법으로서, a) 제1 시점에서 유전자 LOC65017, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, KRT17P3, SERPINB5, DSCR6에 의해 코딩된 일련의 마커의 발현 수준을 측정하는 단계; b) a) 제2 시점에서 측정된 마커의 발현 수준을 측정하는 단계(제2 시점은 제1 시점에 후속함); 및 c) a) 및 b)에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하고, 제1 시점과 비교하여 제2 시점에서의 마커의 발현 수준 증가는 피험체의 방광암이 진행되고 있다는 것을 나타내는 방법을 제공한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 진단학적 및/또는 치료학적 항체에 대한 표적으로서 방광암과 관련된 항원(즉, 암 관련 폴리펩타이드)을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 항원은 서열 번호 1 내지 40에 기재된 유전자에 의해 코딩된 단백질, 이의 단편 또는 서열 번호 1 내지 40 및/또는 서열 번호 41에 기재된 유전자에 의해 코딩된 단백질의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 진단학적 및/또는 치료학적 항체에 대한 표적으로서 방광암과 관련된 항원(즉, 암 관련 폴리펩타이드)을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 항원은 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, KRT17P3, SERPINB5, DSCR6에 의해 코딩된 일련의 단백질 또는 이의 단편을 포함할 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 피험체를 방광암 세포에 의해 발현된 단백질 또는 단백질 단편과 접촉시켜 방광암 세포에 대한 면역 반응을 발생시키는 단계를 포함하는 방광암 세포에 대한 면역 반응을 발생시키는 방법을 제공한다. 일례로서, 피험체는 정맥내 또는 근육내 단백질 또는 단백질 단편과 접촉될 수 있다.
추가의 실시양태에서, 본 발명은 피험체를 서열 번호 1 내지 40 및/또는 서열 번호 41에 기재된 유전자로부터 선택된 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질 또는 단백질 단편과 접촉시켜 방광암 세포에 대한 면역 반응을 발생시키는 단계를 포함하는 방광암 세포에 대한 면역 반응을 발생시키는 방법을 제공한다. 일례로서, 피험체는 정맥내 또는 근육내 단백질 또는 단백질 단편과 접촉될 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 샘플에서 방광암 세포를 검출하기 위한 키트를 제공한다. 키트는 서열 번호 1 내지 41과 같은 상기 개시된 서열과 관련된 임의의 암의 발현을 검출하는 하나 이상의 물질을 포함할 수 있다. 이 물질은 상기 개시된 서열과 관련된 하나 이상의 암에 결합할 수 있다. 키트는 예를 들면 단백질 및/또는 핵산인 물질을 포함할 수 있다. 일 실시양태에서, 키트는 복수의 물질을 제공한다. 이 물질은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체를 포함하는 유전자에 의해 코딩된 일련의 마커를 검출할 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 샘플에서 방광암 세포를 검출하기 위한 키트를 제공한다. 키트는 상기 개시된 서열과 관련된 임의의 발현을 검출하는 하나 이상의 물질을 포함할 수 있다. 키트는 예를 들면 단백질 및/또는 핵산인 물질을 포함할 수 있다. 일 실시양태에서, 키트는 복수의 물질을 제공한다. 이 물질은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM 83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COLO10A1, SERPINB4, UBE2C, SFN, KRT17P3, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체를 포함하는 유전자에 의해 코딩된 일련의 마커를 검출할 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WTSP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6에 의해 코딩된 분자에 특이적으로 결합하는 복수의 물질을 포함하는 샘플에서 방광암을 검출하기 위한 키트를 제공한다.
다른 실시양태에서, 본 발명은 피험체로부터 얻은 샘플에서 방광암의 검출을 위한 키트를 제공한다. 키트는 서열 번호 1 내지 41에 의해 코딩된 하나 이상의 마커와 같은 방광암 세포에 의해 특이적으로 발현된 분자에 특이적으로 결합하는 하나 이상의 물질을 포함할 수 있다. 키트는 샘플이 암에 양성인지를 결정하기 위한 하나 이상의 용기 및 설명서를 포함할 수 있다. 키트는 임의로 하나 이상의 다중웰 플레이트, 검출 가능한 물질, 예컨대 염료, 방사선 라벨링된 분자, 화확발광 라벨링된 분자 등을 포함할 수 있다. 검출 가능한 물질은 방광암 세포에 의해 발현된 분자에 특이적으로 결합하는 물질에 연결될 수 있다. 키트는 양성 대조군(예를 들면, 하나 이상의 방광암 세포; 또는 방광암 세포에 의해 발현된 특정한 공지된 분량의 분자) 및 음성 대조군(예를 들면, 비암성인 조직 또는 세포 샘플)을 추가로 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6과 같은 상기 개시된 유전자로부터 선택된 유전자에 의해 코딩된 하나 이상의 마커에 특이적으로 결합하는 하나 이상의 물질을 포함하는 방광암의 검출을 위한 키트를 제공한다. 이 물질은 항체와 같은 단백질일 수 있다. 대안적으로, 이 물질은 DNA 분자 또는 RNA 분자와 같은 핵산일 수 있다. 키트는 샘플이 암에 양성인지를 결정하기 위한 하나 이상의 용기 및 설명서를 포함할 수 있다. 키트는 임의로 하나 이상의 다중웰 플레이트, 검출 가능한 물질, 예컨대 염료, 방사선 라벨링된 분자, 화확발광 라벨링된 분자 등을 포함할 수 있다. 검출 가능한 물질은 상기 개시된 하나 이상의 마커에 특이적으로 결합하는 물질에 연결될 수 있다. 키트는 양성 대조군(예를 들면, 하나 이상의 방광암 세포; 또는 방광암 세포에 의해 발현된 특정한 공지된 분량의 분자) 및 음성 대조군(예를 들면, 비암성인 조직 또는 세포 샘플)을 추가로 포함할 수 있다. 일례로서, 키트는 ELISA 또는 DNA 마이크로어레이 형태를 취할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 키트는 형광 활성화 세포 분류기에서의 사용, 예를 들면 유동 세포계수법에서의 사용에 적합한 하나 이상의 항체를 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태는 피험체에서 방광암을 치료하는 방법으로서, 방광암 관련 단백질의 활성을 조절하는 치료제를 이를 필요로 하는 피험체에게 투여하는 단계를 포함하고, 암 관련 단백질은 서열 번호 1 내지 40 및/또는 서열 번호 41에 기재된 유전자, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편에 의해 코딩되는 방법에 관한 것이다. 몇몇 실시양태에서, 치료제는 암 관련 단백질에 결합한다. 몇몇 실시양태에서, 치료제는 항체이다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 단일클론 항체 또는 다중클론 항체일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 인간화 또는 인간 항체이다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 약물 또는 독소와 접합될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 피험체에서 방광암을 치료하는 방법은 서열 번호 1 내지 40 및/또는 서열 번호 41에 기재된 유전자로부터 선택된 하나 이상의 유전자, 이의 단편, 이의 동족체 및/또는 이의 보체의 발현을 조절하는 치료제를 이를 필요로 하는 피험체에게 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
추가의 실시양태에서, 본 발명은 서열 번호 1 내지 40에 기재된 하나 이상의 유전자, 이의 단편, 이의 동족체 및/또는 이의 보체의 유전자 넉다운운을 포함할 수 있는 방광암의 치료 방법을 제공한다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 방광암에 대한 활성에 대한 약물 후보물질을 스크리닝하는 방법으로서, (a) 서열 번호 1 내지 40 및/또는 서열 번호 41에 기재된 유전자로부터 선택된 하나 이상의 방광암 관련 유전자를 발현하는 세포를 약물 후보물질과 접촉시키는 단계; (b) a)로부터의 세포에서 하나 이상의 방광암 관련 유전자의 발현에 미치는 약물 후보물질의 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보물질의 부재 하의 a)에 기재된 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 약물 후보물질의 존재 하의 a)에 기재된 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하고; 약물 후보물질의 존재 하의 방광암 관련 유전자의 발현 감소는 후보물질이 방광암에 대한 활성을 갖는다는 것을 나타내는 것인 방법을 제공한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 a) 하나 이상의 방광암 관련 단백질을 암 종양에 특이적으로 결합하는 라벨링된 분자로 표적화하는 단계(방광암 관련 단백질은 서열 번호 1 내지 40 및/또는 서열 번호 4에 기재된 유전자로부터 선택된 하나 이상의 유전자에 의해 코딩된 단백질로부터 선택됨); 및 b) 라벨링된 분자를 검출하는 단계(라벨링된 분자는 종양을 가시화함)를 포함하는 방광암 종양을 가시화하는 방법을 제공한다. 생체내 또는 실험실내 가시화를 수행할 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 본 발명은 a) 하나 이상의 방광암 관련 유전자, 예를 들면 서열 번호 1 내지 40에 의해 코딩된 하나 이상의 유전자를 서열 번호 1 내지 40에 기재된 유전자로부터 선택된 암 종양 유전자에 특이적으로 결합하는 라벨링된 분자, 예컨대 핵산으로 표적화하는 단계; 및 b) 라벨링된 분자를 검출하는 단계(라벨링된 분자는 종양을 가시화함)를 포함하는 방광암 종양을 가시화하는 방법을 제공한다. 생체내 또는 실험실내 가시화를 수행할 수 있다.
본 발명의 성질 및 이점의 추가의 이해를 위해, 참조문헌은 첨부된 도면과 관련하여 하기 상세한 설명을 취해야 한다:
도 1은 방광 종양 대 정상 조직에서의 LOC650517의 발현을 도시한 도면;
도 2는 방광 종양 대 정상 조직에서의 FCRLB의 발현을 도시한 도면;
도 3은 방광 종양 대 정상 조직에서의 IL1A의 발현을 도시한 도면;
도 4는 방광 종양 대 정상 조직에서의 S100A2의 발현을 도시한 도면;
도 5는 방광 종양 대 정상 조직에서의 MMP11의 발현을 도시한 도면;
도 6은 방광 종양 대 정상 조직에서의 S100A7A의 발현을 도시한 도면;
도 7은 방광 종양 대 정상 조직에서의 UGT1A6의 발현을 도시한 도면;
도 8은 방광 종양 대 정상 조직에서의 FAM83A의 발현을 도시한 도면;
도 9는 방광 종양 대 정상 조직에서의 SLC1A6의 발현을 도시한 도면;
도 10은 방광 종양 대 정상 조직에서의 UPK3B의 발현을 도시한 도면;
도 11은 방광 종양 대 정상 조직에서의 BX116033의 발현을 도시한 도면;
도 12는 방광 종양 대 정상 조직에서의 MMP12의 발현을 도시한 도면;
도 13은 방광 종양 대 정상 조직에서의 KRT16의 발현을 도시한 도면;
도 14는 방광 종양 대 정상 조직에서의 UBD의 발현을 도시한 도면;
도 15는 방광 종양 대 정상 조직에서의 UGT1A6의 발현을 도시한 도면;
도 16은 방광 종양 대 정상 조직에서의 S100A7의 발현을 도시한 도면;
도 17은 방광 종양 대 정상 조직에서의 WISP3의 발현을 도시한 도면;
도 18은 방광 종양 대 정상 조직에서의 PTHLH의 발현을 도시한 도면;
도 19는 방광 종양 대 정상 조직에서의 COLO10A1의 발현을 도시한 도면;
도 20은 방광 종양 대 정상 조직에서의 SERPINB4의 발현을 도시한 도면;
도 21은 방광 종양 대 정상 조직에서의 UBE2C의 발현을 도시한 도면;
도 22는 방광 종양 대 정상 조직에서의 SFN의 발현을 도시한 도면;
도 23은 방광 종양 대 정상 조직에서의 KRT17P3의 발현을 도시한 도면;
도 24는 방광 종양 대 정상 조직에서의 MMP11의 발현을 도시한 도면;
도 25는 방광 종양 대 정상 조직에서의 MMP12의 발현을 도시한 도면;
도 26은 방광 종양 대 정상 조직에서의 COL10A1의 발현을 도시한 도면;
도 27은 방광 종양 대 정상 조직에서의 KRT6A의 발현을 도시한 도면;
도 28은 방광 종양 대 정상 조직에서의 SFN의 발현을 도시한 도면;
도 29는 방광 종양 대 정상 조직에서의 FCRLB의 발현을 도시한 도면;
도 30은 방광 종양 대 정상 조직에서의 SERPINB5의 발현을 도시한 도면;
도 31은 방광 종양 대 정상 조직에서의 IL1A의 발현을 도시한 도면;
도 32는 방광 종양 대 정상 조직에서의 KRT16의 발현을 도시한 도면;
도 33은 방광 종양 대 정상 조직에서의 SLC1A6의 발현을 도시한 도면;
도 34는 방광 종양 대 정상 조직에서의 S100A2의 발현을 도시한 도면;
도 35는 방광 종양 대 정상 조직에서의 S100A7A의 발현을 도시한 도면;
도 36은 방광 종양 대 정상 조직에서의 DSCR6의 발현을 도시한 도면;
도 37은 방광 종양 대 정상 조직에서의 UBE2C의 발현을 도시한 도면;
도 38은 방광 종양 대 정상 조직에서의 MMP11의 발현을 도시한 도면;
도 39는 방광 종양 대 정상 조직에서의 COL10A1의 발현을 도시한 도면;
도 40은 방광암; 환자의 뇨에서 COL10A, MMP11, SFN 및 FCRLB의 발현을 나타내는 아가로스 겔이다.
도 41은 면역형황 현미경검사 이미지이고, MMP11이 정상 방광 조직에서가 아니가 방광암 샘플에서 검출될 수 있다.
본 발명의 조성물 및 방법을 기재하기 전에, 본 발명은 기재된 특정한 과정, 조성물 또는 방법론으로 제한되지 않는 것으로 이해되어야 하는데, 이들은 변할 수 있기 때문이다. 또한, 본 명세서에 사용된 용어는 단지 특정 형태 또는 실시형태를 설명하는 목적을 위한 것이며, 첨부된 특허청구범위에 의해서만 제한되는 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 의도되지 않는다. 달리 정의되지 않은 한, 본 명세서에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 당업자가 통상 이해하는 것과 동일한 의미를 가진다. 본 명세서에 기재된 것과 유사하거나 동등한 임의의 방법 및 재료가 본 개시내용의 실시형태의 실행 또는 시험에 사용될 수 있지만, 바람직한 방법, 장치 및 재료가 기재되어 있다. 본 명세서의 어떤 것도 본 발명이 본 발명 때문에 이러한 개시내용보다 선행하는 것으로 자격을 부여한다는 용인으로서 해석되어서는 안 된다.
본 명세서에 사용되는 단수 용어 "일", "하나" 및 "그"는, 문맥상 명확히 달리 기재하지 않은 한, 복수 지칭을 포함한다. 따라서, 예를 들면, "치료제"에 대한 언급은 당업자에게 공지된 하나 이상의 치료제 및 이의 균등물 및 기타 등등에 대한 언급이다.
본 명세서에 사용되는 용어 "약"은 사용되는 수의 수치의 플러스 또는 마이너스 10%를 의미한다. 따라서, 약 50%는 45% 내지 55%의 범위를 의미한다.
치료제와 함께 사용될 때 "투여하는"은 표적 조직 내에 또는 표적 조직에 직접적으로 치료제를 투여하거나 환자에게 치료제를 투여하여 치료제가 표적화된 조직을 치료하는 것을 의미한다. 따라서, 본 명세서에 사용되는 용어 "투여하는"은 치료제와 함께 사용될 때 표적 조직 내에 또는 표적 조직에 치료제를 제공하는 것; 예를 들면 정맥내 주사에 의해 환자에게 전신으로 치료제를 제공하여 치료제가 표적 조직에 도달하게 하는 것; 치료제를 이의 코딩 서열 형태로(예를 들면, 소위 유전자 치료 기법에 의해) 표적 조직에 제공하는 것을 포함할 수 있지만, 이들로 제한되지는 않는다. 조성물을 "투여하는"은 경구 투여, 정맥내 주사, 복강내 주사, 근육내 주사, 피하 주사, 경피 흡수 또는 전기영동, 국소 주사, 국소로 이식된 지속 방출 장치를 포함하는 지속 방출 전달 장치, 예컨대 생분해성 또는 저장소 기반 이식물에 의해, 단백질 치료제로서 또는 유전자 치료 벡터를 통한 핵산 치료제로서, 국소 투여 또는 다른 공지된 기법과 조합된 이들 방법 중 어떤 것에 의해 수행될 수 있다. 이러한 조합 기법은, 제한 없이, 가열, 방사선 및 초음파를 포함한다.
본 명세서에 사용되는 "물질"은 암 관련 서열에 특이적으로 결합하는 분자 또는 암 관련 서열에 의해 코딩된 분자 또는 암 관련 서열에 의해 코딩된 분자에 결합하는 수용체를 의미한다. 이 물질의 예는 핵산 분자, 예컨대 DNA 및 단백질, 예컨대 항체를 포함한다. 이 물질은 상기 기재된 라벨 또는 검출 가능한 물질과 연결될 수 있다. 이 물질은 치료제 또는 독소와 연결될 수 있다.
본 명세서에 사용되는 용어 "증폭한다"는 표적 분자에 상보적인 예를 들면 추가의 표적 분자 또는 표적 유사 분자 또는 분자를 포함할 수 있는 증폭 생성물을 생성하는 것을 의미하고, 이 분자는 샘플에서의 표적 분자에 의해 생성된다. 표적이 핵산인 경우, DNA 또는 RNA 중합효소 또는 역전사효소 또는 이들의 임의의 조합으로 효소적으로 증폭 생성물을 제조할 수 있다.
본 명세서에 사용되는 용어 "동물", "환자" 또는 "피험체"는 인간, 비인간 영장류 및 비인간 척추동물, 예컨대 임의의 포유류, 예컨대 고양이, 개, 소, 양, 돼지, 말, 래빗, 설치류, 예컨대 마우스 및 래트를 포함하는 야생 동물, 가축 및 농장 동물을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 몇몇 실시양태에서, 용어 "피험체," "환자" 또는 "동물"은 수컷을 의미한다. 몇몇 실시양태에서, 용어 "피험체," "환자" 또는 "동물"은 암컷을 의미한다.
본 명세서에 사용되는 용어 용어 "항체"는 면역글로불린 또는 이의 일부를 의미하고, 공급원, 제조 방법 또는 다른 특징과 무관하게 항원 결합 자리를 포함하는 임의의 폴리펩타이드를 포함한다. 상기 용어는 예를 들면 다중클론, 단일클론, 단일특이적, 다중특이적, 인간화, 단쇄, 키메라, 합성, 재조합, 하이브리드, 돌연변이 및 CDR 그래프팅 항체를 포함한다. 항체의 일부는 Fab, F(ab')2, Fv, scFv와 같은 항원에 결합할 수 있는 임의의 단편을 포함할 수 있다.
본 명세서에 사용되는 용어 "생물학적 공급원"은 표적 폴리뉴클레오타이드 또는 단백질 또는 펩타이드 단편이 유래할 수 있는 공급원을 의미한다. 공급원은 세포, 조직 또는 체액(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한 상기 기재된 임의의 "샘플" 형태일 수 있다. "상이한 생물학적 공급원"은 동일한 종의 동일한 개체의 상이한 세포/조직/장기 또는 상이한 개체의 세포/조직/장기 또는 상이한 종의 세포/조직/장기를 의미할 수 있다.
용어 "포획 시약"은 샘플에서 검출하고자 하는 표적 분자 또는 분석물에 결합할 수 있는 항체 또는 항원 결합 단백질과 같은 시약을 의미한다.
용어 "유전자 발현 결과"는 유전자 또는 유전자 생성물의 발현에 대한 정량적 및/또는 정성적 결과를 의미한다. 유전자 발현 결과를 정량화하기 위해 당해 분야에 공지된 임의의 방법을 이용할 수 있다. 유전자 발현 결과는 유전자의 양 또는 복제수, 유전자에 의해 코딩된 RNA, 유전자에 의해 코딩된 mRNA, 유전자에 의해 코딩된 단백질 생성물 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다. 유전자 발현 결과는 또한 정규화되거나 또는 표준품과 비교될 수 있다. 2개 이상의 샘플 또는 1개 이상의 샘플로부터의 유전자 발현 결과를 표준품 또는 대조군과 비교하여 예를 들면 유전자가 발현되거나, 과발현되거나, 2개 이상의 샘플에서 차별적으로 발현되는지를 결정하기 위해 유전자 발현 결과를 이용할 수 있다.
본 명세서에 사용되는 용어 "상동성"은 상보성의 정도를 의미한다. 부분 상동성 또는 완전 상동성이 존재할 수 있다. 단어 "동일성"은 단어 "상동성"을 대신할 수 있다. 동일한 서열이 표적 핵산에 하이브리드화하는 것을 적어도 부분적으로 억제하는 부분적으로 상보적인 핵산 서열은 "실질적으로 상동성"인 것으로 지칭된다. 엄격성 감소 조건 하에 하이브리드화 검정(사우던 또는 노던 블롯, 용액 하이브리드화 등)을 이용하여 표적 서열에 대한 완전히 상보적인 핵산 서열의 하이브리드화의 억제를 조사할 수 있다. 실질적으로 상동성인 서열 또는 하이브리드화 프로브는 엄격성 감소 조건 하에 표적 서열에 대해 완전히 상동성인 서열의 결합과 경쟁하고 억제할 것이다. 엄격성 감소 조건은 비특이적 결합이 허용된다는 것은 아닌데, 엄격성 감소 조건은 서로에 대한 2개의 서열의 결합이 특이적(즉, 선택적) 상호작용을 필요로 하기 때문이다. 부분적 상보성 정도(예를 들면, 약 30% 미만의 상동성 또는 동일성)조차도 결여된 제2 표적 서열의 사용에 의해 비특이적 결합의 부재를 시험할 수 있다. 비특이적 결합의 부재 하에, 실질적으로 상동성인 서열 또는 프로브는 제2 비상보적 표적 서열에 대해 하이브리드화하지 않을 것이다.
본 명세서에 사용되는 용어 "하이브리드화" 또는 "하이브리드화하는"은 상보적인 뉴클레오사이드 염기 또는 뉴클레오타이드 염기 사이의 왓슨 크릭(Watson-Crick)형, 후크스틴(Hoogsteen)형 또는 역후크스틴형 수소 결합일 수 있는 수소 결합을 의미한다. 예를 들면, 아데닌 및 타이민은 수소 결합의 형성을 통해 쌍을 이룬 상보적인 핵염기이다. 핵산 분자를 언급할 때 본 명세서에 사용되는 "상보적인"은 2개의 뉴클레오타이드 사이에 정확히 쌍을 이루는 능력을 의미한다. 예를 들면, 올리고뉴클레오타이드의 특정한 위치에서의 뉴클레오타이드가 DNA 또는 RNA 분자의 동일한 위치에서의 뉴클레오타이드와 수소 결합할 경우, 올리고뉴클레오타이드 및 DNA 또는 RNA는 그 위치에서 서로에 상보적인 것으로 생각된다. 올리고뉴클레오타이드 및 DNA 또는 RNA는 서로 수소 결합할 수 있는 뉴클레오타이드가 각각의 분자에서의 충분한 수의 상응하는 위치를 점유할 때 서로에 상보적이다. 따라서, "특이적으로 하이브리드화할 수 있는" 및 "상보적인"은 올리고뉴클레오타이드와 DNA 또는 RNA 표적 사이에 안정하고 특이적인 결합이 생기게 하는 충분한 정도의 상보성 또는 정확한 쌍 지음을 나타내기 위해 이용되는 용어이다. 핵산 서열이 특이적으로 하이브리드화할 수 있는 이의 표적 핵산 서열에 100% 상보적일 필요는 없는 것으로 당해 분야에서 이해된다. 특이적 결합이 바람직한 조건 하에, 즉 생체내 검정 또는 치료학적 처치의 경우 생리학적 조건 하에 및 실험실내 검정의 경우 검정이 수행되는 조건 하에 비표적 서열에 대한 비특이적 분자 결합을 피하기 위해 표적에 대한 분자 결합이 존재하고 충분한 정도의 상보성이 존재할 때 핵산 화합물은 특이적으로 하이브리드화할 수 있다.
용어 "억제하는"은 증상의 개시를 예방하고, 증상을 완화시키거나 질환, 병증 또는 장애를 제거하기 위한 본 개시내용의 화합물의 투여를 포함한다. 용어 "억제하는"은 또한 암 관련 서열을 코딩하는 유전자와 같은 유전자의 발현 수준을 저하시키는 것을 의미할 수 있다. RNA 및/또는 단백질의 발현 수준은 저하될 수 있다.
용어 "라벨" 및/또는 검출 가능한 물질은 검정 샘플 내에 표적 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드 또는 단백질의 존재를 나타내는 검출 가능한 신호를 생성할 수 있는 조성물을 의미한다. 적합한 라벨은 방사성 동위원소, 뉴클레오타이드 발색단, 효소, 기질, 형광 분자, 화학발광 모이어티, 자기 입자, 생물발광 모이어티 등을 포함한다. 그러므로, 라벨은 분광학, 광화학, 생화학, 면역화학, 전기, 광학, 화학 검출 장치 또는 임의의 다른 적절한 장치(이들로 제한되지는 않음)와 같은 장치 또는 방법에 의해 검출될 수 있는 임의의 조성물이다. 몇몇 실시양태에서, 라벨은 장치의 도움 없이 시각적으로 검출할 수 있다. 용어 "라벨"은 검출 가능한 물리적 특성을 갖는 임의의 화학기 또는 모이어티 또는 검출 가능한 물리적 특성을 나타내는 화학기 또는 모이어티를 발생시킬 수 있는 임의의 화합물, 예컨대 기질의 검출 가능한 생성물로의 전환을 촉매화하는 효소를 의미하도록 사용된다. 용어 "라벨"은 또한 특정한 물리적 특성의 발현을 억제하는 화합물을 포함한다. 라벨은 또한 염기쌍의 구성원(이의 다른 구성원은 검출 가능한 물리적 특성을 보유함)인 화합물일 수 있다.
"마이크로어레이"는 예를 들면 분리 구역의 선형 또는 2차원 어레이이고, 각각 고체 지지체의 표면에 형성된 한정된 영역을 갖는다. 단일 고상 지지체의 표면에서 검출되는 표적 폴리뉴클레오타이드의 전체 수에 의해 마이크로어레이 위의 분리 구역의 밀도를 결정하고, 바람직하게는 적어도 약 50/㎠, 더 바람직하게는 적어도 약 100/㎠, 훨씬 더 바람직하게는 적어도 약 500/㎠, 보다 훨씬 더 바람직하게는 적어도 약 1,000/㎠이다. 본 명세서에 사용되는 DNA 마이크로어레이는 표적 폴리뉴클레오타이드를 확인하거나 증폭시키거나 검출하거나 또는 클로닝하기 위해 사용되는 칩 또는 다른 표면에 위치된 올리고뉴클레오타이드 프라이머의 어레이이다. 어레이 내 프라이머의 각각의 특정 그룹의 위치가 알려져 있기 때문에, 마이크로어레이 내 특정 위치에 대한 이의 결합에 기초하여 표적 폴리뉴클레오타이드의 동일성을 결정할 수 있다.
본 명세서에 사용되는 용어 "자연적으로 발생하는"은 천연에서 정상적으로 발견되는 형태일 수 있는 서열 또는 구조를 의미한다. "자연적으로 발생하는"은 임의의 동물에서 정상적으로 발견되는 형태의 서열을 포함할 수 있다.
본 명세서의 "핵산", "폴리뉴클레오타이드" 또는 "올리고뉴클레오타이드" 또는 등가물의 사용은 함께 공유 결합된 적어도 2개의 뉴클레오타이드를 의미한다. 몇몇 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 6개, 8개, 10개, 12개, 20개, 30개 또는 100개 이하의 뉴클레오타이드의 올리고머이다. 몇몇 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 6개, 8개, 10개, 12개, 20개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개, 100개, 150개, 200개, 300개, 400개 또는 500개의 뉴클레오타이드의 올리고머이다. "폴리뉴클레오타이드" 또는 "올리고뉴클레오타이드"는 DNA, RNA, PNA 또는 포스포다이에스터 및/또는 임의의 교대하는 결합에 의해 연결된 뉴클레오타이드의 중합체를 포함할 수 있다.
본 명세서에 사용되는 용어 "임의의" 또는 "임의로"는 후속하여 기재되는 구조, 사건 또는 상황이 발생하거나 발생하지 않을 수 있는 실시양태를 의미하고, 이 설명은 그 사건이 일어나는 경우 및 그 사건이 일어나지 않는 경우를 포함한다.
"상동성 백분율", "상동성(%)", "동일성 백분율" 또는 "동일성(%)"의 구문은 2개 이상의 아미노산 또는 핵산 서열의 비교에서 발견되는 서열 유사성의 백분율을 의미한다. 전자적으로, 예를 들면 메갈린(MEGALIGN) 프로그램(레이저진(LASERGENE) 소프트웨어 패키지, DNASTAR)를 사용하여 동일성 백분율을 결정할 수 있다. MEGALIGN 프로그램은 상이한 방법, 예를 들면 클러스탈 방법(Clustal Method)(Higgins, D. G. and P. M. Sharp (1988) Gene 73:237-244.)에 따라 2개 이상의 서열 사이를 정렬시킬 수 있다. 클러스탈 알고리즘 그룹은 모든 쌍 간의 거리를 조사하여 클러스터로 시퀀싱된다. 클러스터는 쌍으로 정렬된 후 그룹으로 정렬된다. 2개의 아미노산 서열, 예를 들면 서열 A와 서열 B 간의 유사성 백분율을, 서열 A의 길이에서 서열 A 내 갭 잔기의 수를 빼고 서열 B 내 갭 잔기의 수를 빼서 서열 A와 서열 B 간의 일치하는 잔기의 합으로 나누고 100을 곱하여 계산한다. 2개의 아미노산 서열 간에 상동성이 낮은 갭 또는 상동성이 없는 갭은 백분율 유사성을 결정하는 데 포함되지 않는다. 핵산 서열 간의 백분율 동일성을 또한 클러스터 방법 또는 당해 분야에 공지된 다른 방법, 예컨대 요튼 하인(Jotun Hein) 방법에 의해 계산할 수 있다(예를 들면, 문헌[Hein, J. (1990) Methods Enzymol. 183:626-645] 참조). 서열 간의 동일성을 또한 당해 분야계에 공지된 다른 방법, 예를 들면 하이브리드화 조건을 달리하여 결정할 수 있다.
"약제학적으로 허용되는"은 담체, 희석제 또는 부형제가 제제의 다른 성분과 상용성이어야 하고 이의 수용인에게 유해하지 않아야한다는 것을 의미한다.
본 명세서에 사용되는 "재조합 단백질"은 예를 들면 하기 기재된 재조합 핵산의 발현(이들로 제한되지는 않음)을 통해 재조합 기법을 이용하여 제조된 단백질을 의미한다. 재조합 단백질은 적어도 하나 이상의 특징에 의해 자연 발생 단백질과 구별될 수 있다. 예를 들면, 단백질은 이의 야생형 숙주와 정상적으로 관련된 단백질 및 화합물의 일부 또는 전부로부터 단리되거나 정제될 수 있고, 따라서 실질적으로 순수할 수 있다. 예를 들면, 단리된 단백질은 이의 천연 상태와 정상적으로 관련된 물질 중 적어도 일부를 수반하지 않고, 바람직하게는 소정의 샘플 내에 전체 단백질의 적어도 약 0.5중량%, 더 바람직하게는 적어도 약 5중량%를 구성한다. 실직적으로 순수한 단백질은 약 50% 내지 75%, 약 80%, 또는 약 90%를 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 실질적으로 순수한 단백질은 전체 단백질의 약 80중량% 내지 99중량%, 85중량% 내지 99중량%, 90중량% 내지 99중량%, 95중량% 내지 99중량% 또는 97중량% 내지 99중량%를 포함한다. 재조합 단백질은 또한 상이한 유기체(예를 들면, 효모, 이. 콜라이(E. coli) 등) 또는 숙주 세포에서 하나의 유기체(예를 들면, 인간)로부터 암 관련 단백질의 생성을 포함할 수 있다. 대안적으로, 유도성 프로모터 또는 고발현 프로모터를 사용하여 단백질을 정상적으로 보이는 것보다 유의적으로 높은 농도에서 제조할 수 있으므로, 단백질을 증가된 농도 수준에서 제조한다. 대안적으로, 본 명세서에서 논의하는 바대로 에피토프 태그의 첨가 또는 아미노산 치환, 삽입 및 결실에서처럼 단백질은 천연에서 정상적으로 발견되지 않는 형태일 수 있다.
본 명세서에 사용되는 용어 "샘플"은 시약, 물질, 포획 시약, 결합 파트너 등으로 치료되거나 치료된 조성물을 의미한다. 샘플을 피험체로부터 얻을 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 샘플은 혈액, 혈장, 혈청 또는 임의의 이의 조합일 수 있다. 샘플은 혈액, 혈장, 혈청 또는 임의의 이의 조합으로부터 유래될 수 있다. 다른 전형적인 샘플은 포유동물 피험체로부터 얻은 임의의 체액, 조직 생검, 가래, 림프액, 혈액 세포(예를 들면, 말초 혈액 단핵 세포), 조직 또는 미세 바늘 생검 샘플, 뇨, 복막액, 초유, 모유, 태수, 배설물질, 눈물, 흉수 또는 이들로부터의 세포를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 샘플은 본 명세서에 기재된 방법에서 사용되기 전에, 예를 들면 특정 성분이 상기 기재된 임의의 방법에 따라 분석되거나 시험되는 전에 몇몇 방식으로 처리될 수 있다. 샘플로부터 하나 이상의 분자를 단리할 수 있다.
용어 "특이적 결합", "특이적으로 결합한다" 등은 2개 이상의 분자가 생리학적 또는 검정 조건 하에 측정 가능한 복합체를 형성하고 선택적인 경우를 의미한다. 항체 또는 항원 결합 단백질 또는 다른 분자는 적절하게 선택된 조건 하에 이러한 결합이 실질적으로 억제되지 않지만 동시에 비특이적 결합이 억제되면 단백질, 항원 또는 에피토프에 "특이적으로 결합하는" 것으로 언급된다. 특이적 결합은 고친화도를 특징으로 하고, 화합물, 단백질, 에피토프 또는 항원에 대해 선택적이다. 비특이적 결합은 보통 낮은 친화도를 갖는다. 특이적 결합의 예는 효소와 기질의 결합, 항체과 이의 항원 에피토프의 결합, 세포 신호전달 분자와 이의 각각의 세포 수용체의 결합을 포함한다.
본 명세서에 사용되는 지정된 서열"로부터 유래된" 폴리뉴클레오타이드는 지정된 뉴클레오타이드 서열의 구역에 상응하는 대략 적어도 약 6개의 뉴클레오타이드, 바람직하게는 적어도 약 8개의 뉴클레오타이드, 더 바람직하게는 적어도 약 10개 내지 12개의 뉴클레오타이드, 훨씬 더 바람직하게는 적어도 약 15개 내지 20개의 뉴클레오타이드의 서열을 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 의미한다. "상응하는"은 지정된 서열에 대해 상동성 또는 상보적이라는 것을 의미한다. 바람직하게는, 폴리뉴클레오타이드가 유래된 구역의 서열은 암 관련 유전자에 독특한 서열에 대해 상동성 또는 상보적이다.
본 명세서에 사용되는 용어 "태그", "서열 태그" 또는 "프라이머 태그 서열"은 내부에 이러한 태그를 보유하는 폴리뉴클레오타이드의 뱃취를 확인하는 역할을 하는 특이적 핵산 서열을 갖는 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 동일한 생물학적 공급원으로부터의 폴리뉴클레오타이드는 특이적 서열 태그와 공유적으로 태그되어서, 후속 분석에서 폴리뉴클레오타이드는 이의 본래의 공급원에 따라 확인될 수 있다. 서열 태그는 또한 핵산 증폭 반응에 대한 프라이머로서 작용한다.
용어 "지지하다"는 종래의 지지체, 예컨대 비드, 입자, 딥스틱(dipstick), 섬유, 필터, 막 및 유리 슬라이드와 같은 실란 또는 실리케이트 지지체를 의미한다.
본 명세서에 사용되는 용어 "치료제" 또는 "치료 물질"은 환자의 원치않는 병증 또는 질환을 치료하거나 방지하거나 향상시키거나 예방하거나 개선하기 위해 사용될 수 있는 물질을 의미한다. 부분적으로, 본 개시내용의 실시양태는 암 치료 또는 세포 증식 감소에 관한 것이다. 몇몇 실시양태에서, 용어 "치료제" 또는 "치료 물질"은 표적 마커 또는 하기 개시된 암 관련 서열, 이의 발현 또는 이의 기능과 관련되거나 이에 영향을 미치는 임의의 분자를 의미할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 이러한 치료제는 예를 들면 표적 마커 또는 하기 개시된 암 관련 서열, 이의 발현 또는 이의 기능과 관련되거나 이에 영향을 미치는 치료학적 세포, 치료학적 펩타이드, 치료학적 유전자, 치료학적 화합물 등과 같은 분자를 포함할 수 있다.
조성물의 "치료학적 유효량" 또는 "유효량"은 원하는 효과를 달성하기 위해, 즉 세포의 활성화, 이동, 전이 또는 증식을 억제하거나 차단하거나 반전시키도록 계산되는 선결정된 양이다. 몇몇 실시양태에서, 유효량은 예방적 양이다. 몇몇 실시양태에서, 유효량은 질환 또는 병증을 의학적으로 치료하기 위해 사용되는 양이다. 치료학적 및/또는 예방적 효과를 얻기 위해 본 발명에 따라 투여되는 조성물의 특정 용량은, 물론, 예를 들면 투여되는 조성물, 투여 경로 및 치료되는 병증을 포함하는 경우를 둘러싸는 특정 상황에 의해 결정될 것이다. 투여되는 유효량은 치료하고자 하는 병증, 투여하고자 하는 조성물의 선택 및 선택된 투여 경로를 포함하는 관련 환경에 비추어 의사가 결정하는 것으로 이해될 것이다. 본 발명의 조성물의 치료학적 유효량은 통상적으로 이 조성물이 생리적으로 관용성인 부형제 조성물로 투여될 때, 효과적인 전신 농도 또는 표적화된 조직에서의 국소 농도를 달성하는 데 충분한 양이다.
본 명세서에 사용되는 용어 "치료한다", "치료된" 또는 "치료하는"은 치료학적 처치 또는 예방학적 또는 방지적 수단을 의미할 수 있고, 목적은 원치않는 생리학적 병증, 증상, 장애를 예방하거나, 늦추거나(줄이거나), 유리하거나 원하는 임상적 결과를 얻는 것이다. 몇몇 실시형태에서, 상기 용어는 치료 및 예방 둘 다를 의미할 수 있다. 본 개시내용의 목적을 위해, 유리하거나 원하는 임상적 결과는, 증상의 완화; 병증, 장애 또는 질환의 정도 감소; 병증, 장애 또는 질환의 상태 안정화(즉, 악화되지 않음); 병증, 장애 또는 질환의 개시를 지연시키거나 이의 진행을 늦추는 것; 병증, 장애 또는 질환 상태의 개선; 및 검출 가능하든 또는 검출 가능하지 않든 관해(부분적이든 또는 전체적이든), 또는 병증, 장애 또는 질환의 개선 또는 증진을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 치료는 과도한 부작용 수준 없이 임상적으로 유의적인 반응을 발생시키는 것을 포함한다. 치료는 또한 치료를 받지 않는 경우 예상된 생존에 비해 연장된 생존을 포함한다.
용어 "조직"은 특정 기능의 성능에서 연합된 유사하게 전문화된 세포의 임의의 응집물을 의미한다.
암 관련 서열
몇몇 실시양태에서, 본 개시내용은 본 명세서에서 "암 관련" 또는 "CA" 서열이라 칭하는 암과 관련된 핵산 및 단백질 서열을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 본 개시내용은 방광암 또는 암종, 예컨대, 제한 없이, 방광 암종, 이행 세포 암종, 비전이 세포 암종, 예컨대, 제한 없이, 편평 세포 암종, 선암, 횡문근육종, 신경줄기 세포 종양, 자궁경부 암종 또는 림프종, 재발성 및 이행 방광암 또는 이의 조합과 관련된 핵산 및 단백질 서열을 제공한다. 진단 방법은 본 명세서에 개시된 암 관련 마커의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 방법은 암 관련 서열의 발현 수준을 표준품 및/또는 대조군과 비교하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 방광암 세포를 포함하는 것으로 알려진 샘플로부터 표준품을 얻을 수 있다. 대조군은 공지된 방광암 세포 및/또는 비암성 세포, 예컨대 방광 조직으로부터 유래된 비암 세포를 포함할 수 있다.
암 관련 서열은 암에서 상향 조절(즉, 더 높은 수준에서 발현)된 것 및 하향 조절(즉, 더 낮은 수준에서 발현)된 것을 포함할 수 있다. 암 관련 서열은 또한 변경된 서열(즉, 전좌, 절두 서열 또는 점 돌연변이(이들로 제한되지는 않음)를 비롯한 치환, 결실 또는 삽입을 갖는 서열)을 포함하고, 동일한 발현 프로필 또는 변경된 프로필을 나타낼 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 인간 유래이지만, 당업자가 이해하는 것처럼, 다른 유기체 유래의 암 관련 서열이 질환 및 약물 평가의 동물 모델에서 유용할 수 있어서, 제한 없이, 설치류(랫트, 마우스, 햄스터, 기니아 피그 등), 영장류 및 (양, 염소, 돼지, 소, 말 등을 포함하는) 가축과 같은 포유동물을 포함하는 척추동물 유래의 서열과 같은 임의의 피험체로부터 얻은 서열을 포함하는 다른 암 관련 서열이 유용할 수 있다. 본 명세서에 기재된 기법을 이용하여 다른 유기체 유래의 암 관련 서열을 얻을 수 있다.
암 관련 서열의 예는 서열 번호 1 내지 41을 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 핵산이다. 당업자가 이해하고 본 명세서에서 기재된 바대로, 본 명세서의 실시양태의 암 관련 서열은 핵산 또는 피험체에서의 이의 발현 수준을 검출하는 진단학적 분야, 치료학적 분야 또는 이의 조합을 포함하는 다양한 분야에서 유용할 수 있다. 추가로, 스크리닝 분야, 예를 들면 암 관련 서열에 대한 핵산 프로브를 포함하는 바이오칩의 생성에 본 명세서의 실시양태의 암 관련 서열을 사용할 수 있다.
본 개시내용의 핵산은 포스포다이에스터 결합을 포함할 수 있지만, 몇몇 경우에 하기 기재된 바대로(예를 들면, 안티센스 분야에서 또는 핵산이 후보물질 약물 물질일 때), 핵산 유사체는 예를 들면 포스포르아미데이트(Beaucage et al., Tetrahedron 49(10):1925 (1993) 및 이 내의 참조문헌; Letsinger, J. Org. Chem. 35:3800 (1970); Sprinzl et al., Eur. J. Biochem. 81:579 (1977); Letsinger et al., Nucl. Acids Res. 14:3487 (1986); Sawai et al, Chem. Lett. 805 (1984), Letsinger et al., J. Am. Chem. Soc. 110:4470 (1988); 및 Pauwels et al., Chemica Scripta 26: 141 91986)), 포스포로티오에이트(Mag et al., Nucleic Acids Res. 19:1437 (1991); 및 미국 특허 제5,644,048호), 포스포로다이티오에이트(Briu et al., J. Am. Chem. Soc. 111:2321 (1989), O-메틸포스포로아미데이트 결합(문헌[Eckstein, Oliggonucleotides and Analogues: A Practical Approach, Oxford University Press] 참조) 및 펩타이드 핵산 골격 및 결합(문헌[Egholm, J. Am. Chem. Soc. 114:1895 (1992); Meier et al., Chem Int. Ed. Engl. 31:1008 (1992); Nielsen, Nature, 365:566 (1993); Carlsson et al., Nature 380:207 (1996) 참조)을 포함하는 교대하는 골격을 포함할 수 있다. 다른 유사체 핵산은 양성 골격(Denpcy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:6097 (1995); 비이온성 골격(미국 특허 제5,386,023호, 제5,637,684호, 제5,602,240호, 제5,216,141호 및 제4,469,863호; Kiedrowshi et al., Angew. Chem. Intl. Ed. English 30:423 (1991); Letsinger et al., J. Am. Chem. Soc. 110:4470 (1988); Letsinger et al., Nucleoside & Nucleotide 13:1597 (1994); 2장 및 3장, ASC Symposium Series 580, "Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Ed. Y. S. Sanghui and P. Dan Cook; Mesmaeker et al., Bioorganic & Medicinal Chem. Lett. 4:395 (1994); Jeffs et al., J. Biomolecular NMR 34:17 (1994); Tetrahedron Lett. 37:743 (1996)) 및 미국 특허 제5,235,033호 및 제5,034,506호 및 문헌[6장 및 7장, ASC Symposium Series 580, "Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Ed. Y. S. Sanghui and P. Dan Cook]에 기재된 것을 포함하는 비리보스 골격을 갖는 것을 포함한다. 하나 이상의 카복실산 당을 포함하는 핵산이 또한 핵산의 정의 내에 포함된다(문헌[Jenkins et al., Chem. Soc. Rev. (1995) pp. 169-176] 참조). 몇몇 핵산 유사체가 문헌[Rawls, C & E News Jun. 2, 1997 page 35]에 기재되어 있다. 다양한 이유로, 예를 들면 바이오칩에서의 프로브로서의 또는 안티센스 분야에서 사용하기 위한 생리학적 환경에서의 이러한 분자의 안정성 및 반감기를 증가시키기 위해 리보스-포스페이트 골격의 변형을 수행할 수 있다.
당업자가 이해하는 것처럼, 본 개시내용의 몇몇 실시양태에서 이러한 핵산 유사체를 사용할 수 있다. 또한, 자연적으로 발생하는 핵산과 유사체의 혼합물을 제조할 수 있고, 대안적으로, 상이한 핵산 유사체의 혼합물 및 자연적으로 발생하는 핵산과 유사체의 혼합물을 제조할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 핵산은 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있거나, 이중 가닥 서열 또는 단일 가닥 서열 둘 다의 일부를 포함할 수 있다. 당업자가 이해하는 것처럼, 단일 가닥의 서술은 또한 다른 가닥의 서열을 한정해서, 본 명세서에서 기재된 서열은 또한 서열의 보체를 포함한다. 핵산은 DNA, 게놈 및 cDNA 둘 다, RNA 또는 하이브리드일 수 있고, 핵산은 데옥시리보리보뉴클레오타이드 및 리보뉴클레오타이드의 임의의 조합 및 유라실, 아데닌, 타이민, 사이토신, 구아닌, 이노신, 잔틴, 하이포잔틴, 아이소사이토신, 아이소구아닌 등을 포함하는 염기의 임의의 조합을 포함한다. 본 명세서에 사용되는 용어 "뉴클레오사이드"는 뉴클레오타이드 및 뉴클레오사이드 및 뉴클레오타이드 유사체 및 변형 뉴클레오사이드, 예컨대 아미노 변형 뉴클레오사이드를 포함한다. 또한, "뉴클레오사이드"는 비자연적으로 발생하는 유사체 구조를 포함한다. 따라서, 예를 들면, 각각 염기를 포함하는 펩타이드 핵산의 해당 단위는 본 명세서에서 뉴클레오사이드라 칭한다.
몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 핵산 및 아미노산 서열 둘 다를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 개시된 서열과 적어도 약 60%의 상동성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 개시된 서열과 적어도 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 97%, 약 99%, 약 99.8%의 상동성을 가질 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 "돌연변이체 핵산"일 수 있다. 본 명세서에 기재된 "돌연변이체 핵산"은 결실 돌연변이체, 삽입, 점 돌연변이, 치환, 전좌를 의미한다.
몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 재조합 핵산일 수 있다. 본 명세서의 용어 "재조합 핵산"은 일반적으로 자연에서 정상적으로 발견되지 않는 형태의 중합효소 및 엔도뉴클레아제에 의한 핵산의 조작에 의해 원래 실험실내 형성된 핵산 분자를 의미한다. 따라서, 재조합 핵산은 또한 선형 형태의 또는 정상적으로 연결되지 않은 DNA 분자를 결찰하여 실험실내 형성된 벡터에서 클로닝된 단리된 핵산일 수 있고, 본 발명의 목적상 둘 다 재조합으로 생각된다. 재조합 핵산을 제조하고 숙주 세포 또는 유기체로 재도입하면, 이것이 실험실내 조작보다는 숙주 세포의 생체내 세포 기전을 이용하여 복제할 수 있는 것으로 이해되지만, 이러한 핵산은, 일단 재조합으로 제조되면, 생체내 이후 복제될 수 있지만, 본 발명의 목적상 여전히 재조합 또는 단리된 것으로 생각된다. 본 명세서에 사용되는 "폴리뉴클레오타이드" 또는 "핵산"은 리보뉴클레오타이드 또는 데옥시리보뉴클레오타이드의 임의의 길이의 뉴클레오타이드의 중합체 형태이다. 상기 용어는 이중 가닥 및 단일 가닥 DNA 및 RNA를 포함한다. 이는 또한 공지된 유형의 변형, 예를 들면 당해 분야에 공지된 라벨, 유사체에 의한 하나 이상의 자연적으로 발생하는 뉴클레오타이드의 메틸화, "캡(cap)", 치환, 뉴클레오타이드간 변형 - 예를 들면, 비하전 결합을 갖는 것(예를 들면, 포스포로티오에이트, 포스포로다이티오에이트 등) 등, 펜던트 모이어티를 포함하는 것, 예를 들면 단백질(예를 들면, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩타이드, 폴리-L-라이신 등을 포함) 등, 인터칼레이터(intercalator)를 갖는 것(예를 들면, 아크리딘, 소랄렌 등), 킬레이터를 갖는 것(예를 들면, 금속, 방사성 금속 등), 알킬레이터를 포함하는 것, 변형 결합을 갖는 것(예를 들면, 알파 아노머 핵산 등) 및 폴리뉴클레오타이드의 비변형 형태를 포함한다.
유전자 발현의 마이크로어레이 분석을 이용하여 방광암과 관련된 숙주 서열을 확인할 수 있다. 진단, 예후진단, 조절제(효현제 및 길항제둘 다 포함)의 스크리닝, 항체 생성(면역치료 및 영상화에) 등을 포함하는 여러 상이한 방식으로 이 서열을 사용할 수 있다. 그러나, 당업자가 이해하는 것처럼, 일 유형의 암에서 확인된 서열은 다른 유형의 암과도 관련될 가능성이 강할 수 있다. 따라서, 본 명세서에서 기재된 서열이 초기에 방광암과 상관되는 것으로 확인되었지만, 다른 유형의 암에서도 이 서열을 또한 발견할 수 있다.
본 명세서에서 기재된 몇몇 실시양태는 방광암의 진단 및 치료를 위한 암 관련 서열의 용도에 관한 것일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GST1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 이 암 관련은 서열은, 제한 없이, 방광 암종, 이행 세포 암종, 행비이 세포 암종, 예컨대, 제한 없이, 편평 세포 암종, 선암, 횡문근육종, 신경줄기 세포 종양, 자궁경부 암종 또는 림프종 재발성 및 이행 방광암 또는 이의 조합을 포함하는 방광암과 관련될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 상기 mRNA를 코딩하는 DNA 서열 또는 상기 mRNA 또는 이의 동족체에 의해 발현된 암 관련 단백질 또는 암 관련 폴리펩타이드일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 상기 개시된 서열의 돌연변이체 핵산일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 동족체는 개시된 폴리펩타이드 서열과 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 적어도 약 99.5%의 동일성을 가질 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 단리된 핵산은 암 관련 폴리서열 번호 1 내지 40에 개시된 뉴클레오타이드 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 서열의 적어도 10개, 12개, 15개, 20개 또는 30개의 인접 뉴클레오타이드를 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 보체 또는 이의 단편은 검출 가능한 라벨을 추가로 포함하고, 고체 지지체에 부착되고, 적어도 부분적으로 화학 합성에 의해 제조하고, 안티센스 단편이고, 단일 가닥이고, 이중 가닥이거나, 마이크로어레이를 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 서열 번호 1 내지 40에 기재된 폴리뉴클레오타이드 서열로부터 선택된 암 관련 서열 또는 이의 보체의 오픈 리딩 프레임 내에 코딩된 단리된 폴리펩타이드를 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 본 발명은 단리된 폴리펩타이드를 제공하고, 상기 폴리펩타이드는 서열 번호 1 내지 40에 개시된 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오타이드에 의해 코딩된 아미노산 서열을 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 본 발명은 단리된 폴리펩타이드를 제공하고, 상기 폴리펩타이드는 상기 기재된 암 관련 폴리펩타이드에 의해 코딩된 아미노산 서열을 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 하기 개시된 암 관련 폴리펩타이드의 아미노산 서열의 에피토프의 아미노산 서열을 포함하는 단리된 폴리펩타이드를 추가로 제공한다. 폴리펩타이드 또는 이의 단편은 고체 지지체에 부착될 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 본 발명은 이러한 폴리펩타이드에 결합하는 단리된 항체(단일클론 또는 다중클론) 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 고체 지지체에 부착될 수 있다. 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 검출 가능한 물질을 추가로 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태는 또한 진단학적 및/또는 치료학적 항체에 대한 표적으로서 다양한 암, 예를 들면 방광암과 관련된 항원(예를 들면, 암 관련 폴리펩타이드)을 제공한다. 이 항원은 또한 약물 발견(예를 들면, 소분자) 및 세포내 조절, 성장 및 분화의 추가의 규명에 유용할 수 있다.
방광암의 검출 및 진단 방법
몇몇 실시양태에서, 방광암을 검출하거나 진단하는 방법은 이를 필요로 하는 피험체의 유전자 발현을 평가하는 단계를 포함할 수 있다. 하기 개시된 하나 이상의 마커의 유전자 발현을 평가하기 위해 당해 분야에 공지된 임의의 방법을 이용할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열의 수준을 검출하는 것은 PCR, 질량 분광학, 마이크로어레이, 겔 전기영동, 하기 개시된 암 관련 서열을 코딩하는 핵산에 특이적으로 결합하는 1개 이상의 프로브를 사용하는 하이브리드화(이들로 제한되지는 않음)를 비롯한 기법을 포함할 수 있다. 수용체의 발현과 관련된 정보는 또한 효현제 또는 길항제를 사용하여 암 관련 서열의 신호전달을 상향 또는 하향 조절하는 것을 목표로 하는 치료를 결정하는 데 있어서 유용할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 방광암을 진단하는 방법은 피험체에서 암 관련 단백질의 수준을 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암을 스크리닝하는 방법은 암 관련 단백질의 수준을 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 단백질은 서열 번호 1 내지 40에 개시된 서열로부터 선택된 뉴클레오타이드 서열, 이의 단편 또는 이의 상보적인 서열에 의해 코딩된다. 몇몇 실시양태에서, 샘플에서 암을 검출하는 방법은 피험체로부터 얻은 샘플을 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 단일클론 항체 또는 다중클론 항체일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 인간화 또는 재조합 항체일 수 있다. 공지된 방법을 이용하여 이 구역에 특이적으로 결합하는 항체를 제조할 수 있고 임의의 방법이 적합하다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 하기 개시된 하나 이상의 암 관련 서열에 의해 코딩된 하나 이상의 분자, 예컨대 단백질 또는 펩타이드에 특이적으로 결합한다.
몇몇 실시양태에서, 항체는 단백질에 대한 항체를 갖는 서열 번호 1 내지 40에 개시된 뉴클레오타이드 서열에 의해 코딩된 단백질로부터의 에피토프에 결합한다. 몇몇 실시양태에서, 에피토프는 하기 개시된 임의의 암 관련 서열의 뉴클레오타이드 서열에 의해 코딩된 단백질 서열의 단편이다. 몇몇 실시양태에서, 에피토프는 암 관련 서열의 약 1개 내지 10개, 1개 내지 20개, 1개 내지 30개, 3개 내지 10개 또는 3개 내지 15개의 잔기를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 에피토프는 선형이 아니다.
몇몇 실시양태에서, 항체는 본 명세서에서 기재된 구역 또는 이 구역에 적어도 90, 95 또는 99%의 상동성 또는 동일성을 갖는 펩타이드에 결합한다. 몇몇 실시양태에서, 본 명세서에서 기재된 구역의 단편은 길이가 5개 내지 10개의 잔기이다. 몇몇 실시양태에서, 본 명세서에서 기재된 구역의 단편(예를 들면, 에피토프)은 길이가 3개 내지 5개의 잔기이다. 단편은 제공된 길이에 기초하여 기재되어 있다. 몇몇 실시양태에서, 에피토프는 길이가 약 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개 또는 20개의 잔기이다.
몇몇 실시양태에서, 항체가 결합하는 서열은 핵산 및 아미노산 서열 둘 다를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체가 결합하는 서열은 개시된 서열과 적어도 약 60%의 상동성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체가 결합하는 서열은 개시된 서열과 적어도 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 97%, 약 99%, 약 99.8%의 상동성을 가질 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 이 서열은 "돌연변이체 핵산" 또는 "돌연변이체 펩타이드 서열"이라 칭할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 피험체로부터 얻은 샘플에서 암 관련 서열(예를 들면, 서열 번호 1 내지 40)의 존재를 검출하여 피험체를 방광암으로 진단할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 서열 번호 1 내지 40에 개시된 서열로부터 선택된 암 관련 서열의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함하고, 암 관련 서열의 부재는 방광암의 부재를 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 하기 개시된 암 관련 서열에 결합하고 방광암의 성장 또는 진행을 억제하는 항체를 갖는 방광암으로 진단된 피험체를 치료하는 단계를 추가로 포함한다. 기재된 바대로, 혈청, 혈액, 종양 등(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한 임의의 유형의 샘플에서 방광암을 검출할 수 있다. 샘플은 본 명세서에 기재된 것처럼 임의의 유형의 샘플일 수 있다.
상기 기재된 암 관련 서열에 의해 코딩된 하나 이상의 단백질의 존재, 부재 또는 발현 수준을 스크리닝하기 위해 당해 분야에 공지된 임의의 검정을 이용할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 검정은 예를 들면, ELISA, 방사면역 검정, 웨스턴 블롯, 유동 세포계수법 검정 등일 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 방광암을 앓는 피험체를 진단하는 방법은 샘플을 얻는 단계 및 서열 번호 1 내지 41에 개시된 서열로부터 선택된 암 관련 서열의 존재를 검출하는 단계를 포함하고, 암 관련 서열의 존재는 피험체가 방광암을 앓는다는 것을 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 하기 개시된 서열로부터 선택된 암 관련 서열의 존재를 검출하는 단계는 샘플을 암 관련 서열의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 다른 유형의 포획 시약 또는 특이적 결합 파트너와 접촉시키는 단계 및 샘플에서 암 관련 서열의 단백질에 대한 결합의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 본 개시내용은 피험체로부터 유래된 샘플로부터 하기 개시된 서열로부터 선택된 암 관련 서열의 암 관련 서열 유전자 발현 결과를 얻는 단계; 및 암 관련 서열 유전자 발현 결과에 기초하여 피험체에서의 방광암 또는 종양성 병증을 진단하는 단계를 포함하는 피험체에서 방광암 또는 종양성 병증을 진단하는 방법을 제공하되, 암 관련 서열이 1) 비암성 방광 조직 또는 세포 샘플과 같은 음성 대조군보다 높은 수준 및/또는 2) 표준품 또는 양성 대조군(표준품 또는 양성 대조군이 방광암 세포를 포함하는 것으로 알려짐)에서 암 관련 서열의 발현 수준보다 높거나 이와 동등한 수준에서 발현되는 경우 피험체가 방광암 또는 종양성 병증을 앓는 것으로 진단한다.
몇몇 실시양태는 하나 이상의 암 관련 단백질을 코딩하는 하나 이상의 핵산 서열을 포함하는 바이오칩에 관한 것이다. 몇몇 실시양태에서, 바이오칩은 암 관련 단백질의 적어도 일부를 코딩하는 핵산 분자를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 단백질은 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편에 의해 코딩된다. 몇몇 실시양태에서, 핵산 분자는 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 핵산 서열과 특이적으로 하이브리드화한다. 몇몇 실시양태에서, 바이오칩은 제1 핵산 분자 및 제2 핵산 분자를 포함하고, 제1 핵산 분자는 하기 개시된 암 관련 서열로부터 선택된 제1 서열과 특이적으로 하이브리드화하고 제2 핵산 분자는 하기 개시된 암 관련 서열로부터 선택된 제2 서열과 특이적으로 하이브리드화하고, 제1 서열 및 제2 서열은 동일한 서열이 아니다. 몇몇 실시양태에서, 본 발명은 서열 번호 1 내지 40에 개시된 서열로부터 선택된 핵산 서열의 발현을 검출하는 단계를 포함하는 방광암과 같은 암을 검출하거나 진단하는 방법을 제공하되, 샘플은 서열 번호 1 내지 40에 개시된 서열로부터 선택된 서열, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 바이오칩과 접촉한다.
샘플에서 하기 개시된 하나 이상의 암 관련 서열의 발현 수준을 측정하고 샘플에서의 하나 이상의 암 관련 서열의 발현 수준을 비암성 세포에서의 동일한 암 관련 서열의 발현 수준과 비교하여 방광암과 같은 암에 대한 성향을 진단하거나 결정하는 방법이 본 명세서에서 또한 제공된다. 비암성 세포와 비교하여 하기 개시된 하나 이상의 암 관련 서열의 더 높은 수준의 발현은 방광암과 같은 암의 발생에 대한 성향을 나타낸다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 하나 이상의 폴리펩타이드, 예컨대, 제한 없이, 하기 개시된 서열 또는 이의 단편에 의해 코딩된 암 관련 단백질의 발현 수준을 검출하는 단계를 포함하는 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 발현을 갖는 암 관련 서열을 검출하는 방법을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 발현 수준을 정상 샘플, 즉 비암성 샘플에서의 폴리펩타이드의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하고, 정상 샘플에서의 폴리펩타이드 발현 수준에 비해 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 발현 수준 변경은 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 암 샘플과 폴리펩타이드 발현을 비교하고, 발현 수준은 암이 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타내는 것과 적어도 동일하다. 몇몇 실시양태에서, 정상, 예를 들면 비암성 샘플과 시험 샘플을 비교하고, 정상 샘플에서 발견되는 것보다 큰 시험 샘플에서의 발현 수준은 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 샘플은 세포 샘플이다. 몇몇 실시양태에서, 샘플은 조직 샘플이다. 몇몇 실시양태에서, 샘플은 체액이다. 적합한 체액의 예는 혈액, 혈청, 타액 또는 뇨를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 몇몇 실시양태에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 몇몇 실시양태에서, 샘플은 혈청 샘플이다. 몇몇 실시양태에서, 샘플은 뇨 샘플이다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 시험 혈청 샘플에서의 항체의 존재를 검출하여 암을 검출하는 방법을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 본 명세서에 개시된 암 관련 서열의 폴리펩타이드 또는 에피토프를 인식한다. 몇몇 실시양태에서, 표제 방법은 항원 폴리펩타이드, 예컨대, 제한 없이, 암 관련 단백질, 예컨대 하기 개시된 암 관련 서열에 의해 코딩된 단백질 또는 이의 항원 단편에 대한 항체의 수준을 검출하는 단계를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 시험 샘플에서의 항체의 수준을 대조군 샘플에서의 항체의 수준과 비교하는 단계를 포함하고, 대조군 샘플에서의 항체의 수준에 대한 상기 시험 샘플에서의 항체의 수준 변경은 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 대조군 샘플은 비암성 샘플, 예를 들면 암이 없는 피험체로부터 얻은 혈액 또는 혈청으로부터 유래한 샘플이다. 몇몇 실시양태에서, 대조군은 암 샘플로부터 유래하고, 따라서, 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 샘플에서의 결합 수준 및/또는 항체 양을 비교하는 단계를 포함하고, 이 수준 또는 양은 암 대조군 샘플이 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타내는 것과 동일하다.
몇몇 실시양태에서, 암 또는 종양성 병증을 진단하는 방법은 a) 제1 개체의 제1 샘플 유형(예를 들면, 조직, 체액 등)에서의 서열 번호 1 내지 40에 기재된 인간 게놈 및 mRNA 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 핵산 서열을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현을 결정하는 단계; 및 b) 상기 제1 개체 또는 제2 비이환 개체로부터의 제2 정상 샘플 유형으로부터의 상기 유전자(들)의 상기 발현을 비교하는 단계를 포함하고; 상기 발현 차이는 제1 개체가 암을 앓고 있다는 것을 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 정상 샘플과 비교하여 발현이 증가한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 또한 피험체에서의 암 세포의 존재 또는 부재를 검출하는 방법을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 피험체로부터의 하나 이상의 세포를 본 명세서에서의 항체와 접촉시키는 단계를 포함한다. 항체를 검출 가능한 물질과 접합할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 하기 개시된 암 관련 서열에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 항체는 제2 항체에 결합할 수 있고, 제2 항체는 검출 가능한 물질에 접합된다. 몇몇 실시양태에서, 하기 개시된 암 관련 서열에 의해 코딩된 단백질에 결합하는 항체는 고체 지지체에 결합한다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 암 관련 단백질과 항체의 복합체를 검출하는 단계를 포함하고, 복합체의 검출은 피험체에서의 암 세포의 존재를 나타낸다. 복합체는 상기 기재된 검출 가능한 물질을 포함할 수 있다. 복합체는 고체 지지체, 예컨대, 비드, 칩, 자석, 멀티웰 플레이트 등을 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 개시내용은 (ⅰ) 유전자 생성물인 하나 이상의 폴리펩타이드의 활성 수준을 검출하는 단계; 및 (ⅱ) 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준을 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준과 비교하는 단계를 포함하는 시험 샘플에서의 암을 검출하는 방법을 제공하되, 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준에 비해 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준 변경은 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타내고, 상기 유전자 생성물은 하기 제공된 하나 이상의 암 관련 서열로부터 선택된 유전자의 생성물이다.
포획 시약 및 특이적 결합 파트너
본 발명은 하기 개시된 암 관련 서열 및 이 서열에 의해 코딩된 폴리펩타이드 또는 단백질에 특이적으로 결합하는 특이적 결합 파트너 및 포획 시약을 제공한다. 하기 개시된 진단학적 검정 및/또는 상기 기재된 치료학적 방법 및 하기 개시된 약물 스크리닝 검정에서 포획 시약 및 특이적 결합 파트너를 사용할 수 있다. 포획 시약은 예를 들면 핵산 및 단백질을 포함한다. 적합한 단백질은 항체를 포함한다.
본 명세서에 사용되는 용어 "특이적으로 결합한다" 또는 "특이적으로 결합하는"은 비특이적 상호작용과 측정상 다른 결합을 의미한다. 예를 들면, 일반적으로 결합 활성을 갖지 않는 유사한 구조의 분자인 대조군 분자의 결합과 비교하여 분자의 결합을 결정하여 특이적 결합을 측정할 수 있다. 예를 들면, 특이적 결합은 분자가 하기 개시된 암 관련 서열에 의해 코딩된 동일한 단백질을 발현하지 않는 세포에서보다 하기 개시된 암 관련 서열에 의해 코딩된 단백질을 발현하는 세포에 대해 더 높은 친화도를 측정상 갖는지를 나타낸다. 예를 들면, 공지된 결합 분자의 경쟁적 억제에 의해 결합의 특이성을 결정할 수 있다.
본 명세서에 사용되는 용어 "특이적으로 결합하는"은 저친화도 및 고친화도 특이적 결합 둘 다를 포함한다. 예를 들면, Kd가 적어도 약 10-4M인 저친화도 귀소 분자가 특이적 결합을 나타낼 수 있다. 고친화도 귀소 분자, 예를 들면 Kd가 적어도 약 10-5M인 귀소 분자가 특이적 결합을 또한 나타낼 수 있다. 이러한 분자는 예를 들면 Kd가 적어도 약 10-6M, 적어도 약 10-7M, 적어도 약 10-8M, 적어도 약 10-9M, 적어도 약 10-10M이거나, Kd가 적어도 약 10-11M 또는 10-12M 이상일 수 있다. 저친화도 및 고친화도 귀소 분자 둘 다 유용하고 본 발명에 의해 포함된다. 저친화도 귀소 분자가 예를 들면 다가 접합체를 표적화하는 데 유용하다. 고친화도 귀소 분자가 예를 들면 다가 및 일가 접합체를 표적화하는 데 유용하다.
몇몇 실시양태에서, 특이적 결합 파트너 또는 포획 시약은 항체이다. IgG 항체에서의 결합은 예를 들면 일반적으로 적어도 약 10-7M 이상, 예컨대 적어도 약 10-8M 이상 또는 적어도 약 10-9M 이상 또는 적어도 약 10-10M 이상 또는 적어도 약 10-11M 이상 또는 적어도 약 10-12M 이상의 친화도를 특징으로 한다. 상기 용어는 또한 예를 들면 다양한 항원이 보유하지 않는 특정한 에피토프에 항원 결합 도메인이 특이적 경우 적용되고, 이런 경우 항원 결합 도메인을 보유하는 항체 또는 항원 결합 단백질은 일반적으로 다른 항원에 결합하지 않는다. 몇몇 실시양태에서, 포획 시약은 이의 결합 파트너(예를 들면, 항원)에 대해 Kd가 10-9M, 10-10M 또는 10-11M 이하이다. 몇몇 실시양태에서, 포획 시약은 Ka가 이의 결합 파트너에 대해 10-9M 이상이다. 포획 시약은 또한 예를 들면 항체라 칭할 수 있다. 면역글로불린으로도 알려진 비손상 항체는 각각 대략 25kDa의 2개의 경쇄(L) 및 각각 대략 50kDa의 2개의 중쇄(H)로 이루어진 통상적으로 4합체인 글라이코실화 단백질이다. 람다 및 카파라 칭하는 2개의 유형의 경쇄가 항체에 존재한다. 중쇄의 불변 도메인의 아미노산 서열에 따라, 면역글로불린은 A, D, E, G 및 M의 5개의 주요 종류로 배정되고, 이들 중 몇몇은 IgG1, IgG2, IgG3, lgG4, IgA1 및 IgA2와 같은 아형(아이소타입)으로 추가로 분류될 수 있다. 각각의 경쇄는 N 말단 가변(V) 도메인(VL) 및 불변(C) 도메인(CL)으로 이루어진다. 각각의 중쇄는 N 말단 V 도메인(VH), 3개 또는 5개의 C 도메인(CH) 및 힌지 구역으로 이루어진다. VH에 가장 근접한 CH 도메인을 CH1이라 지칭한다. VH 및 VL 도메인은 초가변 서열의 3개의 구역(상보성 결정 구역, CDR)에 대한 스캐폴드를 형성하는 프레임워크 구역(FR1, FR2, FR3 및 FR4)이라 칭하는 비교적 보존된 서열의 4개의 구역으로 이루어진다. CDR은 항체 또는 항원 결합 단백질과 항원의 특이적 상호작용을 담당하는 잔기의 대부분을 포함한다. CDR을 CDR1, CDR2 및 CDR3이라 칭한다. 따라서, 중쇄 상의 CDR 구성성분은 H1, H2 및 H3이라 칭하고, 경쇄 상의 CDR 구성성분은 L1, L2 및 L3이라 칭한다. CDR3은 항체 또는 항원 결합 단백질 결합 자리 내의 가장 큰 분자 다양성 공급원이다. H3은 예를 들면 2개의 아미노산 잔기로 짧거나 26개의 아미노산보다 클 수 있다. 상이한 종류의 면역글로불린의 서브유닛 구조 및 3차원 입체배열은 당해 분야에 널리 공지되어 있다. 항체 구조의 검토를 위해, 문헌[항체: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Eds. Harlow et al., 1988]을 참조한다. 당업자는 각각의 서브유닛 구조, 예를 들면, CH, VH, CL, VL, CDR 및/또는 FR 구조가 활성 단편을 포함한다는 것을 인식할 것이다. 예를 들면, 활성 단편은 항원에 결합하는 VH, VL 또는 CDR 서브유닛의 일부, 즉 Fc 수용체 및/또는 보체에 결합하거나 이를 활성화하는 항원 결합 단편 또는 CH 서브유닛의 일부로 이루어질 수 있다.
본 명세서에 사용되는 용어 "항원-특이적 항체" 내 포함되는 결합 단편의 비제한적인 예는 (ⅰ) VL, VH, CL 및 CH1 도메인으로 이루어진 일가 단편인 Fab 단편; (ⅱ) 힌지 구역에서 이황화 결합에 의해 연결된 2개의 Fab 단편을 포함하는 2가 단편인 F(ab')2 단편; (ⅲ) VH 및 CH1 도메인으로 이루어진 Fd 단편; (ⅳ) 항체의 단일 암의 VL 및 VH 도메인으로 이루어진 Fv 단편, (ⅴ) VH 도메인으로 이루어진 dAb 단편; 및 (ⅵ) 단리된 CDR을 포함한다. 게다가, Fv 단편인 VL 및 VH의 2개의 도메인이 별개의 유전자에 의해 코딩되더라도, 이 도메인은 단일 단백질 사슬(여기서, VL 및 VH 도메인은 쌍을 이뤄 일가 분자(단쇄 Fv(scFv)로 공지됨)를 형성함)을 생성하는 합성 링커에 의해 재조합으로 연결될 수 있다. 가장 흔히 사용되는 링커는 15번째 잔기 (Gly4Ser)3 펩타이드이지만, 다른 링커가 또한 당해 분야에 공지되어 있다. 단쇄 항체는 또한 항체의 용어 "항체 또는 항원 결합 단백질," 또는 "항원 결합 단편" 내에 포함되는 것으로 의도된다. 항체는 또한 다중클론 항체, 단일클론 항체, 키메라 항체, 항원 결합 단편, Fc 단편, 단쇄 항체 또는 임의의 이들의 유도체일 수 있다.
당업자에게 공지된 종래의 기법을 이용하여 항체를 얻을 수 있고, 비손상 항체와 동일한 방식으로 단편을 유용성에 대해 스크리닝한다. 가변 도메인을 코딩하는 다수의 생식선 유전자 및 다양한 체세포 사건에 의해 항체 다양성을 생성한다. 체세포 사건은 완전한 VH 도메인을 만드는 다양성(D)을 갖는 가변 유전자 분절과 연결(J) 유전자 분절의 재조합 및 완전한 VL 도메인을 만드는 가변 유전자 분절과 연결 유전자 분절의 재조합을 포함한다. 재조합 과정 자체는 부정확하여 V (D) J 연결에서의 아미노산을 손실시키거나 부가시킨다. 항원 노출 전에 발생하는 B 세포에서 이 다양성 기전이 생긴다. 항원 시뮬레이션 후에, B 세포에서 발현된 항체 유전자는 체세포 돌연변이를 겪는다. 예상된 생식선 유전자 분절 수에 기초하여, 1.6×107개의 다른 항체까지의 이 분절의 무작위 재조합 및 무작위 VH-VL 쌍 지음을 생성할 수 있다(Fundamental Immunology, 3rd ed. (1993), ed. Paul, Raven Press, New York, N.Y.). 항체 다양성(예컨대, 체세포 돌연변이)에 기여하는 다른 과정을 고려할 때, 1×1010개를 초과하는 항체가 생성될 수 있는 것으로 생각된다(Immunoglobulin Genes, 2nd ed. (1995), eds. Jonio et al., Academic Press, San Diego, Calif.). 항체 다양성을 생성하는 데 관여하는 많은 과정으로 인해, 동일한 항원 특이성을 갖는 독립적으로 유래된 단일클론 항체가 동일한 아미노산 서열을 가질 수 없을 것이다.
당업자에게 널리 공지된 방법에 의해 본 명세서에서 기재된 항원, 에피토프 또는 다른 분자와 특이적으로 상호작용할 수 있는 항체 또는 항원 결합 단백질 분자를 제조할 수 있다. 공지된 방법에 따라 하이브리도마 생성에 의해 예를 들면 단일클론 항체를 제조할 수 있다. 이후, 관심 있는 분자 또는 화합물과 특이적으로 상호작용하는 항체를 생성하는 하나 이상의 하이브리도마를 확인하기 위해 효소 연결 면역흡착 검정(ELISA) 및 바이아코어(Biacore) 분석과 같은 표준 방법을 이용하여 이러한 방식으로 형성된 하이브리도마를 스크리닝할 수 있다. 단일클론 항체 분비 하이브리도마를 제조하는 것에 대한 대안으로서, 본 개시내용의 폴리펩타이드에 대한 단일클론 항체를 확인하고, 본 개시내용의 폴리펩타이드를 갖는 재조합 복합 면역글로불린 라이브러리(예를 들면, 항체 파지 디스플레이 라이브러리)를 스크리닝하여 폴리펩타이드에 결합하는 면역글로불린 라이브러리 구성원을 단리하여 단리할 수 있다. 파지 디스플레이 라이브러리의 생성 및 스크리닝을 위한 기법 및 상업적으로 구입 가능 키트는 당업자에게 널리 공지되어 있다. 추가로, 항체 또는 항원 결합 단백질 디스플레이 라이브러리의 생성 및 스크리닝에서 사용하기 위해 특별히 조정 가능한 방법 및 시약의 예를 문헌에서 확인할 수 있다.
키메라 항체의 예는 인간화 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 본 명세서에 기재된 항체는 또한 인간 항체일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 포획 시약는 검출 시약을 포함한다. 검출 시약은 특이적 결합 파트너에 대한 포획 시약 결합의 존재를 검출하기 위해 사용되는 임의의 시약일 수 있다. 포획 시약은 직접적으로 검출 시약을 포함할 수 있거나, 포획 시약은 검출 시약을 포함하는 입자를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 포획 시약 및/또는 입자는 색상, 콜로이드성 금, 방사성 태그, 형광 태그 또는 화학발광 기질을 포함한다. 입자는 예를 들면 바이러스 입자, 라텍스 입자, 지질 입자 또는 형광 입자일 수 있다.
본 개시내용의 포획 시약(예를 들면, 항체)은 또한 항-항체, 즉 항-IgG, 항-IgM 또는 항-IgE 항체(이들로 제한되지는 않음)를 비롯한 다른 항체를 인식하지만 항원에 특이적이지 않은 항체를 포함할 수 있다. 항원 특이적 항체가 샘플에 존재하는지를 검출하기 위해 이 비특이적 항체를 양성 대조군으로서 사용할 수 있다.
핵산 포획 시약은 예를 들면 DNA, RNA 및 PNA 분자를 포함한다. 핵산은 약 5개의 뉴클레오타이드 길이, 약 10개의 뉴클레오타이드 길이, 약 15개의 뉴클레오타이드 길이, 약 20개의 뉴클레오타이드 길이, 약 25개의 뉴클레오타이드 길이, 약 30개의 뉴클레오타이드 길이, 약 35개의 뉴클레오타이드 길이, 약 40개의 뉴클레오타이드 길이일 수 있다. 핵산은 30개 초과의 뉴클레오타이드 길이일 수 있다. 핵산은 30개 미만의 뉴클레오타이드 길이일 수 있다.
방광암의 치료
몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열의 활성을 길항하여 하기 개시된 암 관련 서열 중 하나를 발현하는 방광암을 치료할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 방광암을 치료하는 방법은 치료제, 예컨대, 제한 없이, 암 관련 서열에 대한 리간드 결합을 길항하는 항체, 암 관련 서열의 발현 또는 활성을 억제하는 소분자, 암 관련 서열과 관련된 siRNA 등을 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 암(예를 들면, 방광 또는 다른 유형의 암)을 치료하는 방법은 암 관련 서열의 수용체의 존재를 검출하는 단계 및 암 치료제를 투여하는 단계를 포함한다. 치료제는 암 관련 서열의 수용체에 특이적으로 결합할 수 있다. 암 치료제는 암 관련 서열의 작용을 억제하는 것에 특이적인 임의의 암 치료제일 수 있다. 예를 들면, 암 치료제를 받기 전에 특이적 분자가 존재하는지를 결정하기 위해 다양한 암을 시험한다. 몇몇 실시양태에서, 따라서, 환자로부터 샘플을 얻고, 암 관련 서열의 존재 또는 본 명세서에 기재된 암 관련 서열의 과발현에 대해 이 샘플을 시험한다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열이 과발현된 것으로 확인된 경우, 방광암 치료 또는 치료제를 피험체에게 투여한다. 방광암 치료제는 종래의 비특이적 치료제, 예컨대 화학치료제일 수 있거나, 치료제는 암 관련 서열의 활성 또는 암 관련 서열이 결합하는 수용체만을 표적화하는 특이적 치료제를 포함할 수 있다. 이 치료제는 예를 들면 암 관련 서열에 특이적으로 결합하고 이의 활성을 억제하는 항체일 수 있다. 치료제는 암 관련 서열의 발현을 하향조절하거나 침묵화시키는 핵산일 수 있다.
본 명세서의 몇몇 실시양태는 암 관련 서열에 대한 항체를 피험체에게 투여하는 단계를 포함하는 암 또는 종양성 병증을 치료하는 방법을 기술하고 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 단일클론 또는 다중클론일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 인간화 또는 재조합일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 암 관련 서열의 수용체에 대한 결합에 의해 및/또는 이 수용체를 방해하여 암 관련 서열의 생물학적 활성을 중화시킬 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 수용체가 아닌 암 관련 DNA 서열에 의해 코딩된 단백질 상의 자리에 결합할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체 투여는 생물학적 유체 또는 조직, 예컨대, 제한 없이, 혈액, 뇨, 혈청, 종양 조직 등에 대한 투여일 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 암을 치료하는 방법은 암 관련 단백질 또는 이의 수용체의 합성, 분비, 수용체 결합 또는 수용체 신호전달을 방해하는 물질을 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암은, 제한 없이, 방광 암종, 이행 세포 암종, 행비이 세포 암종, 예컨대, 제한 없이, 편평 세포 암종, 선암, 횡문근육종, 신경줄기 세포 종양, 자궁경부 암종 또는 림프종, 재발성 및 이행 방광암 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 차등으로 발현된 유전자 또는 유전자 생성물에 기초한 치료제로 암 세포를 특이적으로 표적화할 수 있다. 예를 들면, 몇몇 실시양태에서, 차등으로 발현된 유전자 생성물은 항암 프로드럭을 이의 활성 형태로 전환시킬 수 있는 효소일 수 있다. 따라서, 차등으로 발현된 유전자 생성물이 발현되지 않거나 유의적으로 더 낮은 수준에서 발현되는 정상 세포에서, 프로드럭은 활성화되지 않거나 더 적은 양으로 활성화되서 정상 세포에 독성을 덜 나타낼 수 있다. 따라서, 몇몇 실시양태에서, 암 프로드럭은 더 높은 용량으로 제공되어 암 세포가 프로드럭을 대사시키고, 예를 들면 암 세포를 사멸할 수 있고, 정상 세포는 프로드럭을 대사시키지 않거나 잘 대사시키지 않아서 환자에게 독성을 덜 나타낼 수 있다. 이의 예는 종양 세포가 금속단백질분해효소를 과발현하는 경우이고, 이는 문헌[Atkinson et al., British Journal of Pharmacology (2008) 153, 1344-1352]에 기재되어 있다. 표적 암 세포에 대한 단백질분해효소를 사용하는 것이 또한 문헌[Carl et al., PNAS, Vol. 77, No. 4, pp. 2224-2228, April 1980]에 기재되어 있다. 예를 들면, 독소루비신 또는 다른 유형의 화학치료제는 차등으로 발현된 유전자 생성물에 의해 특이적으로 개열되거나 인식되는 펩타이드 서열에 연결될 수 있다. 이후, 독소루비신 또는 다른 유형의 화학치료제는 펩타이드 서열로부터 개열되고 활성화되서 암 세포를 사멸하거나 이의 성장을 억제할 수 있고, 정상 세포에서 화학치료제는 세포로 결코 내재화지 않거나 효과적으로 대사되지 않아서 독성을 덜 나타낸다.
몇몇 실시양태에서, 방광암을 치료하는 방법은 본 명세서에 기재된 하나 이상의 암 관련 서열의 유전자 넉다운운을 포함할 수 있다. 유전자 넉다운운은 유전자 변형(유기체의 염색체, 예컨대, 제한 없이, 암 관련 서열을 코딩하는 염색체 중 하나의 DNA의 변화)을 통해 또는 mRNA 전사체 또는 유전자에 상보적인 서열을 갖는 짧은 DNA 또는 RNA 올리고뉴클레오타이드와 같은 시약에 의한 치료에 의해 하나 이상의 유기체의 유전자의 발현이 감소된 기법을 의미한다. 몇몇 실시양태에서, 사용된 올리고뉴클레오타이드는 RNase-H 경쟁적 안티센스, 예컨대, 제한 없이, ssDNA 올리고뉴클레오타이드, ssRNA 올리고뉴클레오타이드, 포스포로티오에이트 올리고뉴클레오타이드 또는 키메라 올리고뉴클레오타이드; RNase 독립적 안티센스, 예컨대 모르폴리노 올리고뉴클레오타이드, 2'-O-메틸 포스포로티오에이트 올리고뉴클레오타이드, 잠긴 핵산 올리고뉴클레오타이드 또는 펩타이드 핵산 올리고뉴클레오타이드; RNAi 올리고뉴클레오타이드, 예컨대, 제한 없이, siRNA 듀플렉스 올리고뉴클레오타이드 또는 shRNA 올리고뉴클레오타이드; 또는 임의의 이의 조합으로부터 선택될 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 플라스미드는 세포로 도입될 수 있고, 플라스미드는 안티센스 RNA 전사체 또는 shRNA 전사체를 발현한다. 도입된 올리고 또는 발현된 전사체는 상보적인 염기 쌍 지음(센스-안티센스 상호작용)에 의해 표적 mRNA(예를 들면, 표 1에 개시된 서열)와 상호작용할 수 있다.
특이적 침묵화의 기전은 올리고 화학에 따라 달라질 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 활성 유전자 또는 이의 전사체에 대한 본 명세서에 기재된 올리고뉴클레오타이드의 결합은 전사의 차단, (예를 들면, 작은 간섭 RNA(siRNA) 또는 RNase-H 의존적 안티센스에 의한) mRNA 전사체의 분해 또는 mRNA 번역, 프리-mRNA 스플라이싱 자리 또는 (예를 들면, 모르폴리노 올리고뉴클레오타이드 또는 다른 RNase-H 독립적 안티센스에 의한) 다른 기능적 RNA, 예컨대 miRNA의 성숙에 사용되는 뉴클레아제 개열 자리의 차단을 통해 발현을 감소시킬 수 있다. 예를 들면, RNase-H 경쟁적 안티센스 올리고뉴클레오타이드(및 안티센스 RNA 전사체)는 RNA 가닥을 개열시키는 효소 RNase-H에 의해 인식되는 RNA와 듀플렉스를 형성할 수 있다. 다른 예로서, RNase-독립적 올리고뉴클레오타이드는 mRNA에 결합하고 번역 과정을 차단할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드는 5' 캡으로부터 시작 코돈으로 이동하여 리보솜 어셈블리를 방지하면서 5'-UTR에서 결합하고 개시 복합체를 중지시킬 수 있다. RNAi 올리고뉴클레오타이드의 단일 가닥은 RISC 복합체에 로딩되고, 이 복합체는 상보적인 서열을 촉매적으로 개열시키고 부분적으로 상보적인 서열을 보유하는 몇몇 mRNA의 번역을 억제할 수 있다. 제한 없이, 전기영동, 마이크로주사, 염 쇼크 방법, 예를 들면 CaCl2 쇼크 등; 양이온성 지질, 예를 들면 리포펙타민 등에 의한 음이온성 올리고의 형질감염; 엔도솜 방출제, 예를 들면 엔도-포터(Endo-Porter) 등에 의한 비하전 올리고뉴클레오타이드의 형질감염; 또는 임의의 이의 조합을 비롯한 임의의 기법에 의해 올리고뉴클레오타이드를 세포로 도입할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 나노입자 복합체, 바이러스 매개 형질감염, 옥타구아니다이늄 덴드리머에 연결된 올리고뉴클레오타이드(모르폴리노 올리고뉴클레오타이드) 또는 임의의 이의 조합으로부터 선택된 기술을 이용하여 올리고뉴클레오타이드를 혈액으로부터 시토졸로 전달할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 방광암을 치료하는 방법은 서열 번호 1 내지 40에 개시된 mRNA 또는 서열 번호 41에 개시된 단백질 또는 이의 조합을 코딩하는 유전자의 발현을 넉다운운시키거나 억제하기에 적합한 시약으로 피험체를 치료하는 단계를 포함할 수 있다. 다른 실시양태에서, 본 발명은 예를 들면 세포의 실험실내 배양물 또는 피험체로부터 얻은 샘플로부터 얻은 세포에서 하나 이상의 서열 번호 1 내지 40에 개시된 유전자 또는 서열 번호 41에 개시된 단백질을 코딩하는 유전자의 발현의 실험실내 넉다운운을 제공한다.
상기 방법은 hES 세포 유래 클론 배아 전구 세포주 CM02 및 EN13(발명의 명칭이 "Methods to accelerate the isolation of novel cell strains from pluripotent stem cells and cells obtained thereby"인 미국 특허 공보 제2008/0070303호; 및 2009년 7월 16일자에 출원되고 발명의 명칭이 "Methods to Accelerate the Isolation of Novel Cell Strains from Pluripotent Stem Cells and Ceils Obtained Thereby"인 미국 특허 출원 제12/504,630호 참조)를 암 관련 서열과 관련된 침묵화 RNA를 발현하는 레트로바이러스와 배양하는 단계를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 qPCR에 의한 하향 조절을 확인하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 세포를 동결보존하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 세포를 재프로그래밍하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 OCT4, MYC, KLF4 및 SOX2의 외인성 투여(문헌[Takahashi and Yamanaka 2006 Aug 25;126(4):663-76]; US2009/0068742로 공개되고 발명이 명칭이 "Nuclear Reprogramming Factor"인 미국 특허 출원 제12/086,479호 참조) 및 WO/2007/019398로 공개되고 발명이 명칭이 "Improved Methods of Reprogramming Animal Somatic Cells"인 PCT/US06/30632에 기재된 방법에 의해 2일 내에 세포를 동결보존하거나 재프로그래밍하는 단계를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 ES 세포의 전파를 촉진하는 조건 하에 포유동물 분화 세포를 배양하는 단계를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, ES 세포를 전파할 수 있는 예를 들면 피더 또는 피더 무함유 배지에서 임의의 편리한 ES 세포 전파 조건을 이용할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 배양물에서 ES 콜로니로부터 세포를 확인하는 단계를 포함한다. 이후, ES 마커, 예를 들면 Oct4, TRA 1-60, TRA 1-81, SSEA4 등에 대해 확인된 ES 콜로니로부터의 세포를 평가할 수 있고, ES 세포 표현형을 갖는 것을 확장시킬 수 있다. 넉다운운에 의해 예비컨디셔닝되지 않은 대조군 세포주를 동일하게 재프로그래밍하여 예비컨디셔닝의 효과를 입증할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 표 1 및 또는 서열 번호 1 내지 41에 개시된 서열 또는 이의 유전자 생성물의 활성 또는 발현을 조절하여 암을 치료한다.
몇몇 실시양태에서, 암을 치료하는 방법은 세포 표면 상에 발현된 암 관련 단백질에 특이적으로 결합하는 항체(예를 들면, 단일클론 항체, 인간 항체, 인간화 항체, 재조합 항체, 키메라 항체 등)를 투여하는 단계를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 암 관련 단백질의 세포외 도메인에 결합한다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 정상 세포 표면에 비해 암 세포 표면 상에 차등으로 발현된 암 관련 단백질 또는 몇몇 실시양태에서 하나 이상의 인간 암 세포주에 결합한다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 치료제 또는 독소에 연결된다.
몇몇 실시양태에서, 당업자에게 이용 가능한 많은 상이한 기법을 이용하여 암 또는 신생물을 치료하거나, 이의 증상을 감소시키거나, 예방하기 위한 면역치료 전략(예를 들면, 백신)의 실행을 성취할 수 있다.
최근 암을 치료하는 데 있어서 치료학적 목적을 위한 면역치료제 또는 항체의 용도가 이용되고 있다. 수동 면역치료제는 암 치료에서 단일클론 항체의 사용을 포함한다. 예를 들면, 문헌[Cancer: Principles and Practice of Oncology, 6Th Edition (2001) Chapt. 20 pp. 495-508]을 참조한다. 이 항체의 고유한 치료학적 생물학적 활성은 종양 세포 성장 또는 생존의 직접 억제 및 신체의 면역계의 자연 세포 살해 활성을 동원하는 능력을 포함한다. 이 물질은 단독으로 또는 방사선 또는 화학치료제와 함께 투여할 수 있다. 대안적으로, 항체가 독성 물질에 연결되고 종양에 대한 특이적 결합에 의해 그 물질을 종양에 지시하는 항체 접합체를 제조하기 위해 항체를 사용할 수 있다.
암 치료제에 대한 스크리닝
본 발명은 후보물질 분자가 방광암 세포의 성장 및 또는 전이에 억제 효과를 갖는지를 결정하기 위한 스크리닝 검정을 제공한다. 적합한 후보물질은 단백질, 펩타이드, 핵산, 예컨대 DNA, RNA shRNA smRNA 등, 소분자 및 무기 소분자를 포함하는 소분자를 포함한다. 소분자는 50kd 미만의 분자를 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 후보물질을 샘플과 접촉시키는 단계; 및 샘플에서의 암 관련 서열의 활성을 결정하는 단계를 포함하는 항암제를 확인하는 방법이 제공된다. 몇몇 실시양태에서, 접촉 후 암 관련 서열의 활성이 샘플에서 감소되는 경우 후보물질은 항암제로서 확인된다. 다른 실시양태에서, 후보물질은 하기 개시된 하나 이상의 암 관련 서열의 발현 수준을 감소시킨다.
몇몇 실시양태에서, 후보물질은 항체이다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 암 관련 서열에 결합하는 후보물질 항체를 샘플과 접촉시키는 단계 및 암 관련 서열의 활성에 대해 평가하는 단계를 포함하고, 접촉 후 암 관련 서열의 활성이 샘플에서 감소되는 경우 후보물질 항체는 항암제로서 확인된다. 암 관련 서열의 활성은 임의의 암 관련 서열의 활성일 수 있다. 활성의 예는 암 관련 서열 그 자체 또는 핵산 수준 또는 단백질 수준에서 암 관련 서열과 상호작용하거나 이에 의해 조절되는 효소의 효소 활성을 억제하는 것을 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 개시내용은 후보물질을 세포 샘플과 접촉시키는 단계; 및 암 관련 서열의 활성을 결정하는 단계를 포함하는 항암(예를 들면, 방광암)제를 확인하는 방법을 제공하되, 접촉 후 암 관련 서열의 활성이 세포 샘플에서 감소되는 경우 후보물질은 항암제로서 확인된다. 몇몇 실시양태에서, 본 개시내용은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 조합으로부터 선택된 암 관련 서열에 결합하는 후보물질을 세포 샘플과 접촉시키는 단계 및 암 관련 서열의 활성 또는 발현 수준에 대해 평가하는 단계를 포함하는 항암제를 확인하는 방법을 제공하되, 접촉 후 암 관련 서열의 활성이 세포 샘플에서 감소되는 경우 후보물질 항체는 항암제로서 확인된다.
몇몇 실시양태에서, 약물 후보물질을 스크리닝하는 방법은 약물 후보물질의 부재 하의 암 관련 서열의 발현 수준을 약물 후보물질의 존재 하의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함한다.
몇몇 실시양태는 암 관련 서열을 후보물질 치료제와 합하는 단계 및 암 관련 서열에 대한 후보물질의 결합을 결정하는 단계를 포함하는 암 관련 서열(핵산 또는 단백질)에 결합할 수 있는 치료제에 대한 스크리닝 방법에 관한 것이다.
암 관련 서열의 활성을 조절할 수 있는 치료제에 대한 스크리닝 방법이 본 명세서에 추가로 제공된다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 암 관련 서열을 후보물질 치료제와 합하는 단계 및 암 관련 서열의 생물활성에 대한 후보물질의 효과를 결정하는 단계를 포함한다. 암 관련 서열의 생물활성을 조절하는 물질은 암 관련 서열의 활성을 조절할 수 있는 치료제로서 사용될 수 있다.
특정한 실시양태에서, 본 발명은 (a) 하기 개시된 하나 이상의 암 관련 서열로부터 선택된 암 관련 유전자, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 발현하는 세포를 항암 약물 후보물질과 접촉시키는 단계; (b) 세포(핵산 또는 단백질 수준)에서 암 관련 서열의 발현에 대한 항암 약물 후보물질의 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보물질의 부재 하의 발현 수준을 약물 후보물질의 존재 하의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 항암 활성을 스크리닝하는 방법을 제공하는 단계를 포함하는 함암 활성을 스크리닝하는 방법을 제공하고; 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현에 대한 효과는 후보물질이 항암 활성을 갖는다는 것을 나타낸다. 예를 들면, 약물 후보물질은 세포에서 암 관련 서열의 발현 수준을 낮출 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 후보물질 암 약물의 효과를 평가하는 방법은 약물을 환자에게 투여하는 단계 및 환자로부터 세포 샘플을 제거하는 단계를 포함할 수 있다. 이후, 세포의 발현 프로필을 결정한다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 환자의 발현 프로필을 건강한 개체의 발현 프로필과 비교하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 발현 프로필은 본 명세서에 개시된 서열의 하나 이상 또는 임의의 이의 조합의 발현을 측정하는 것을 포함한다. 본 명세서에 개시된 서열의 하나 이상 또는 임의의 이의 조합의 발현 프로필이 변형(증가 또는 감소)된 몇몇 실시양태에서, 후보물질 암 약물은 효과적이라 말한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 (a) 서열 번호 1 내지 40에 기재된 암 관련 서열로부터 선택된 핵산 서열을 코딩하는 암 관련 유전자 또는 서열 번호 41을 코딩하는 유전자 또는 이의 단편을 발현하는 세포를 제공하는 단계, (b) 암 세포로부터 유래할 수 있는 세포를 항암 약물 후보물질과 접촉시키는 단계; (c) 세포 샘플에서 암 관련 서열의 발현에 대한 항암 약물 후보물질의 효과를 모니터링하는 단계 및 임의로 (d) 상기 약물 후보물질의 부재 하의 발현 수준을 약물 후보물질의 존재 하의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 항암 활성을 스크리닝하는 방법을 제공한다.
적합한 약물 후보물질은 전사 억제제, G-단백질 커플링 수용체 길항제, 성장 인자 길항제, 세린-트레오닌 키나제 길항제, 티로신 키나제 길항제를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 후보물질이 암 관련 서열의 발현을 조절하는 몇몇 실시양태에서, 후보물질은 항암 활성을 갖는다고 말한다. 몇몇 실시양태에서, 세포 성장을 측정하여 항암 활성을 결정한다. 몇몇 실시양태에서, 후보물질은 세포 성장을 억제하거나 저지시키고 항암 활성을 갖는다고 말한다. 몇몇 실시양태에서, 후보물질은 세포가 죽게 하여, 후보물질은 항암 활성을 갖는다고 말한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 방광암에 대한 활성에 대한 스크리닝 방법을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 하기 개시된 암 관련 서열로부터 선택된 암 관련 서열에 상보적인 암 관련 유전자, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 과발현하는 세포를 방광암 약물 후보물질과 접촉시키는 단계를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 세포에서 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현에 대한 방광암 약물 후보물질의 효과 또는 세포의 성장 또는 생존에 대한 효과를 검출하는 단계를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 약물 후보물질의 부재 하의 발현 수준, 세포 성장 또는 생존을 약물 후보물질의 존재 하의 발현 수준, 세포 성장 또는 생존과 비교하는 단계를 포함하고; 암 관련 폴리뉴클레오타이드, 세포 성장 또는 생존의 발현에 대한 효과는 후보물질이 서열 번호 1 내지 40에 개시된 서열로부터 선택된 서열을 포함하는 암 관련 유전자 또는 서열 번호 41을 코딩하거나 이에 상보적인 유전자, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 과발현하는 방광암 세포에 대한 활성을 갖는다는 것을 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 약물 후보물질은 예를 들면 전사 억제제, G-단백질 커플링 수용체 길항제, 성장 인자 길항제, 세린-트레오닌 키나제 길항제 또는 티로신 키나제 길항제를 포함할 수 있다.
방광암 마커를 확인하는 방법
특정한 살아 있는 세포에서의 유전자 발현 패턴은 이의 현재 상태의 특징을 나타낼 수 있다. 세포의 상태 또는 유형의 거의 모든 차이는 하나 이상의 유전자의 RNA 수준의 차이로 반영된다. 비규명 유전자의 발현 패턴의 비교는 이의 기능에 대한 단서를 제공할 수 있다. 수백 또는 수천개의 유전자의 발현의 고속 분석은 (a) 복잡한 유전 질환의 확인, (b) 조직과 질환 상태 사이의 시간에 따른 차등 유전자 발현의 분석 및 (c) 약물 발견 및 독성학 연구에 도움을 줄 수 있다. 특정한 유전자의 발현 수준의 증가 또는 감소가 생물학과 상관된다. 예를 들면, 암유전자는 종양형성의 양성 조절자이고, 종양 억제자 유전자는 종양형성의 음성 조절자이다. (Marshall, Cell, 64: 313-406 (1991); Weinberg, Science, 254: 1138-1146 (1991)). 따라서, 본 명세서의 몇몇 실시양태는 암, 특히 종양형성에 관여되는 폴리뉴클레오타이드 및 폴리펩타이드 서열을 제공한다.
암유전자는 암을 야기할 수 있는 유전자이다. 암유전자를 포함하는 바이러스에 의한 세포 감염, 숙주 게놈에서의 원암유전자의 활성화 및 원암유전자 및 종양 억제자 유전자의 돌연변이를 포함하는 매우 다양한 기전에 의해 발암성이 생길 수 있다. 발암성은 근본적으로 체세포 세포 진화(즉, 진행성 성장 조절 손실을 갖는 돌연변이 및 변이체의 자연 선택)에 의해 발생한다. 이 체세포 돌연변이에 대한 표적으로서 작용하는 유전자는 이 돌연변이체 표현형이 각각 우성 또는 열성인지에 따라 원암유전자 또는 종양 억제자 유전자로 분류된다.
본 발명의 몇몇 실시양태는 암 관련 서열("표적 마커")에 관한 것이다. 몇몇 실시양태는 암의 진단 및 치료에서 유용한 신규한 표적 마커를 확인하는 방법에 관한 것이고, mRNA, miRNA, 단백질의 발현 수준 또는 인산화 및 수모화(sumoylation)(이들로 제한되지는 않음)를 비롯한 단백질 번역후 수식을 (1) 불멸 다능성 줄기 세포(예컨대, 배아 줄기("ES") 세포, 유도 다능성 줄기("iPS") 세포 및 생식선 세포, 예컨대 배아 암종("EC") 세포) 또는 생식선 조직); (2) ES, iPS 또는 EC 유래 클론 배아 전구("EP") 세포주, (3) CD34+ 세포 및 CD133+ 세포(이들로 제한되지는 않음)를 비롯한 유핵 혈액 세포; (4) 피부 섬유아세포, 혈관 내피 세포, 정상 비림프성 및 비암성 조직 등을 포함하는 배양된 세포 및 정상 사멸 체세포 성인 유래 조직 및 (5) 배양된 암 세포주 또는 인간 종양 조직을 포함하는 악성 암 세포의 5개의 세포 유형 카테고리 사이에 비교한다. 카테고리 2 및 4에서 발현되지 않지만(또는 발현되지만) 카테고리 1, 3 및 5 또는 카테고리 1 및 5에서 일반적으로 발현되는(또는 발현되지 않는) mRNA, miRNA 또는 단백질은 암 진단 및 치료를 위한 후보물질 표적이다. 본 명세서의 몇몇 실시양태는 인간 분야, 비인간 수의 분야 또는 이의 조합에 관한 것이다.
몇몇 실시양태에서, 표적 마커를 확인하는 방법은 1) mRNA, miRNA, 단백질 또는 불멸 다능성 줄기 세포(예컨대, 배아 줄기("ES") 세포, 유도 다능성 줄기("iPS") 세포 및 생식선 세포, 예컨대 배아 암종("EC") 세포); 배양된 암 세포주 또는 인간 종양 조직을 포함하는 ES, iPS 또는 EC 유래 클론 배아 전구("EP") 세포주 악성 암 세포의 단백질 수식의 분자 프로필을 얻는 단계 및 2) 이 분자를 사멸 체세포 세포 유형, 예컨대 배양된 클론 인간 배아 전구세포, 태아 또는 성인 공급원으로부터 배양된 체세포 세포 또는 악성 암 세포에 대한 정상 조직 대응물에 존재하는 분자와 비교하는 단계를 포함한다. 다능성 줄기 세포, 예컨대 hES 세포와 악성 암 세포 사이에 공유되지만, 대부분의 체세포 세포 유형에 존재하지 않는 표적 마커는 후보물질 진단학적 마커 및 치료학적 표적일 수 있다.
예를 들면, 서열 번호 1 내지 41에 본 명세서의 실시양태의 암 관련 서열이 개시되어 있다. 배수 변화 및 필터 분석으로부터 이 서열을 추출한다. 정상 및 방광 종양 조직에서의 암 관련 서열의 발현이 하기 개시되어 있다.
일단 발현이 결정되면, 정상 조직에 대한 암 세포주에서의 배수 변화; 일반적인 특이성; 암 세포주에서 분비되거나 분비되지 않는 발현 수준; 및 신호 대 잡음 비율에 의해 유전자 서열 결과를 추가로 필터링할 수 있다.
발현 데이터를 얻고 이 발현 데이터를 사용하는 다양한 방법이 존재하는 것으로 이해된다. 예를 들면, 암을 앓고 있는 피험체를 검출하거나 진단하기 위해 이용될 수 있는 발현 데이터를 실험상 얻을 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 발현 데이터를 얻는 것은 샘플을 얻는 단계 및 샘플을 처리하여 발현 데이터를 실험상 결정하는 단계를 포함한다. 발현 데이터는 본 명세서에 기재된 하나 이상의 암 관련 서열에 대한 발현 데이터를 포함할 수 있다. 예를 들면, 본 명세서에 기재된 것(이들로 제한되지는 않음)과 같은 마이크로어레이 또는 정량적 증폭 방법을 이용하여 발현 데이터를 실험상 결정할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 샘플과 관련된 발현 데이터를 얻는 것은 샘플을 처리한 제3자로부터 발현 데이터를 받아 발현 데이터를 실험상 결정하는 단계를 포함한다.
본 명세서에 기재된 발현 수준 또는 유사한 단계를 검출하는 것은 실험상 수행되거나 본 명세서에 기재된 바대로 제3자에 의해 제공될 수 있다. 따라서, 예를 들면, "발현 수준을 검출하는 것"은 데이터를 실험상 측정하고/하거나 샘플을 처리한 다른 자에 의해 제공된 데이터를 가져 발현 수준 데이터를 결정하고 검출하는 것을 의미할 수 있다.
RNA 프로브 서열에 하이브리드화한 일루미나 유전자 발현 마이크로어레이를 이용한 mRNA 수준에서의 유전자 발현의 비교를 이용할 수 있다. 예를 들면, 샘플을 1) 인간 배아 줄기("ES") 세포 또는 생식선 조직 2) ES, iPS 또는 EC 유래 클론 배아 전구("EP") 세포주, 3) CD34+ 세포 및 CD133+ 세포(이들로 제한되지는 않음) 를 비롯한 유핵 혈액 세포; 4) 피부 섬유아세포, 혈관 내피 세포, 정상 비림프성 및 비암성 조직 등을 포함하는 배양된 세포 및 정상 사멸 체세포 성인 유래 조직 및 5) 배양된 암 세포주 또는 인간 종양 조직을 포함하는 악성 암 세포의 다양한 세포 유형 카테고리로부터 제조할 수 있고, 카테고리 2 및 4에서 발현되지 않지만(또는 발현되지만) 카테고리 1, 3 및 5 또는 카테고리 1 및 5에서 일반적으로 발현되는(또는 발현되지 않는) 유전자를 검출하기 위해 필터링을 수행할 수 있다. 이러한 관찰에 기초한 이 암에서의 치료는 암에서 상향 조절된 상기 언급된 전사체의 발현을 감소시키거나 그렇지 않으면 유전자 생성물의 발현을 감소시키는 것에 기초할 것이다.
샘플을 분석하는 기법
당해 분야에 공지된 임의의 기법을 이용하여 하기 개시된 방법, 예컨대 샘플에서 암을 검출하거나 진단하는 방법 또는 새로운 암 관련 서열을 확인하는 방법에 따라 샘플을 분석할 수 있다. 예시적인 기법이 하기 제공된다.
정량적 PCR 또는 마이크로어레이 유전자 발현 분석, 비드 어레이 유전자 발현 분석 및 노던 분석(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한 당해 분야에 공지된 임의의 방법에 의해 유전자 발현 검정: 유전자 발현 수준의 측정을 수행할 수 있다. 유전자 발현 수준은 ADPRT(수탁 번호 NM_001618.2), GAPD(수탁 번호 NM_002046.2) 또는 당해 분야에 공지된 다른 하우스키핑 유전자로 정규화된 상대 발현으로서 표시될 수 있다. mRNA 발현의 마이크로어레이된 프로브의 경우, 유전자 발현 데이터는 또한 중앙의 중앙 방법에 의해 정규화될 수 있다. 이 방법에서, 각각의 어레이는 상이한 전체 강도를 제공한다. 중앙 값을 이용하는 것은 실험에서 세포주(어레이)를 비교하는 확고한 방식이다. 일례로서, 중앙은 각각의 세포주에 대해 발견되고, 이후 이 중앙의 중앙은 정규화에 대한 값이 된다. 각각의 다른 세포주에 대해 각각의 세포주로부터의 신호를 만든다.
RNA 추출: 본 개시내용의 세포를 0.05%의 트립신 및 0.5mM의 EDTA와 항온처리한 후, 0.5%의 BSA를 갖는 DMEM(미국 매릴랜드주 게터스버그에 소재하는 깁코(Gibco))에서 수집할 수 있다. RNeasy 미니 키트(독일 힐덴에 소재하는 퀴아젠(Qiagen))를 사용하여 세포로부터 전체 RNA를 정제할 수 있다.
세포로부터의 전체 RNA 및 miRNA의 단리: 많은 성숙 조직에서 관찰된 세포 성장 정지에 가까운 RNA를 수확하기 전에 혈청 기아를 겪은 세포 배양물로부터 작은 RNA 종이 농후한 샘플 또는 전체 RNA를 단리할 수 있다. 저 혈청 배지의 제1 첨가 후 0.5%의 혈청을 포함하는 배지를 5일 동안 변화시켜(1개의 배지 2-3일 변화시킴) 세포 성장 정지를 수행할 수 있다. 전체 RNA를 단리하기 위한 퀴아젠 RNEasy 키트 또는 작은 RNA 종이 농후한 RNA를 단리하기 위한 암비온 미르바나(Ambion mirVana) 키트에 대한 판매업자의 설명서에 따라 RNA를 수확할 수 있다. RNA 농도를 분광광도법에 의해 결정할 수 있고, 아가로스 겔 전기영동을 변성하여 28S 및 18S RNA를 가시화하여 RNA 품질을 결정할 수 있다. 후속 miRNA 분석에 대략 2:1, 28S:18S의 비율에서 분해 신호가 없는 명확히 보이는 28S 및 18S 밴드를 갖는 샘플을 사용할 수 있다.
인간 세포로부터 단리된 샘플에서의 miRNA에 대한 검정: 어플라이드 바이오시스템즈, 인크.(Applied Biosystems, Inc.)로부터의 인간 패널 타크만 마이크로RNA(Human Panel TaqMan MicroRNA) 검정을 이용하여 miRNA를 정량화할 수 있다. 이는 역전사(RT), 이어서 실시간 타크만(등록상표)에 대한 줄기-루프 프라이머를 사용하는 2단계 검정이다. 검정은 역전사(RT) 및 정량적 PCR의 2단계를 포함한다. 어플라이드 바이오시스템즈 7500 실시간 PCR 시스템에서 실시간 PCR을 수행할 수 있다. 합성 mir-16 miRNA의 표준 곡선에 기초하고 대략 15pg/세포의 전체 RNA 질량을 예상하여 세포마다 1개 카피가 예측될 수 있다.
5㎕의 최종 용적 중의 1x cDNA 보관 완충제, 3.35단위의 MMLV 역전사효소, 5mM의 각각의 dNTP, 1.3단위의 AB RNase 억제제, 2.5nM의 330-플렉스 역방향 프라이머(RP), 3ng의 세포 RNA를 사용하여 역전사 반응을 수행할 수 있다. 60회 사이클 동안 30초 동안 20℃; 30초 동안 42℃; 1초 동안 50℃, 이어서 5분 동안 85℃의 1회 사이클의 사이클링 프로필로 바이오래드(BioRad) 또는 MJ 써머사이클러(thermocycler)에서 역전사 반응을 수행할 수 있다.
실시간 PCR. 20㎕의 반응물에 대해 2마이크로리터의 1:400 희석 Pre-PCR 생성물을 사용할 수 있다. 모든 반응은 2회일 수 있다. 이 방법이 매우 확고하므로, 2회 샘플은 miRNA 발현 수준에 대한 값을 얻기에 충분하고 정확할 수 있다. 제조업자의 제안에 따라 ABI의 타크만 범용 PCR 마스터 혼합물을 사용할 수 있다. 간단히 말하면, 각각의 실시간 PCR에 대해 1x 타크만 범용 마스터 혼합물(ABI), 1μM의 정방향 프라이머, 1μM의 범용 역방향 프라이머 및 0.2μM의 타크만 프로브를 사용할 수 있다. 이용된 조건은 하기와 같을 수 있다: 10분 동안 95℃, 이어서 15초 동안 95℃ 및 1분 동안 60℃에서의 40회 사이클. ABI 프리즘 7000 서열 검출 시스템에서 모든 반응을 실행할 수 있다.
마이크로어레이 하이브리드화 및 데이터 처리. cDNA 샘플 및 세포 전체 RNA(각각의 8개의 개별 관에서 5㎍)를 실험실내 전사(IVT)(미국 캘리포니아주 산타 클라라에 소재하는 아피메트릭스(Affymetix))에 의한 또는 일루미나 전체 Prep RNA 라벨링 키트를 사용한 바이오틴 라벨링에 대한 1사이클 표적 라벨링 절차로 처리할 수 있다. 아피메트릭스 유전자 칩에서 분석하기 위해, cRNA를 후속하여 분절시키고 제조업자의 설명서에 따라 인간 게놈 U133 플러스 2.0 어레이(아피메트릭스)로 하이브리드화할 수 있다. 마이크로어레이 이미지 데이터를 진칩(GeneChip) 스캐너 3000(아피메트릭스)으로 처리하여 CEL 데이터를 생성할 수 있다. 이후, CEL 데이터를 다수의 데이터세트를 동시에 정규화하고 처리하는 이점을 갖는 dChip 소프트웨어에 의한 분석으로 처리할 수 있다. 세포로부터의 8개의 비증폭 대조군, 희석된 세포 RNA로부터의 8개의 독립 증폭 샘플 및 20개의 단일 세포로부터의 증폭 cDNA 샘플로부터 얻은 데이터를 프로그램의 디폴트 세팅에 따라 각각의 그룹 내에서 별개로 정규화할 수 있다. 신호 강도의 log-2 변환 및 로그 값의 0으로의 절두에 의한 PM/MM 차이 방식을 이용하여 모델 기반 발현 지수(model based expression index: MBEI)를 계산할 수 있다. dChip 디폴트 세팅을 이용하는 아피메트릭스 마이크로어레이 소프트웨어 5.0(MAS 5.0) 알고리즘에 의해 절대 콜(프레즌트(Present), 마지널(Marginal) 및 업센트(Absent))을 계산할 수 있다. 하기 기재된 모든 정량적 분석에 프레즌트 프로브의 발현 수준만을 고려할 수 있다. 마이크로어레이 데이터에 대한 GEO 수탁 번호는 GSE4309이다. 일루미나 인간 HT-12 v4 발현 비드 칩에서 분석하기 위해, 제조업자의 설명서에 따라 라벨링된 cRNA를 하이브리드화할 수 있다.
커버리지 및 정확성의 계산. 진 양성은 8개 중 적어도 6개의 비증폭 대조군에서 프레즌트라 불리는 프로브로서 정의되고, 진 발현 수준은 프레즌트 프로브의 로그 가중 발현 수준으로 정의된다. 커버리지의 정의는 (증폭 샘플에서 검출된 진 양성 프로브 수)/(진 양성 프로브 수)이다. 정확성의 정의는 (증폭 샘플에서 검출된 진 양성 프로브 수)/(증폭 샘플에서 검출된 프로브 수)이다. 증폭 및 비증폭 샘플의 발현 수준을 20.5(20, 20.5, 21, 21.5...)의 종류 간격으로 나눌 수 있고, 여기서 정확성 및 커버리지를 계산한다. 검출된 프로브의 빈도 분포를 분석하기 위해 이 발현 수준 빈을 또한 이용할 수 있다.
세포의 유전자 발현 프로필의 분석; 고신뢰도로 방법론 및/또는 생검으로부터의 가변성을 포함하는 임의의 샘플 가변성의 기여를 배제한 순열 시험과 함께 신호 대 잡음 비율 분석 T 시험을 수행하는 유전자패턴 소프트웨어(http://www.broad.mit.edu/cancer/software/genepattern/)를 이용하여 세포로부터의 비감독 클러스터 형성 및 마이크로어레이 데이터의 종류 이웃 분석을 수행할 수 있다. 20개 중 적어도 6개의 단일 세포가 프레즌트 콜을 제공하고 20개 중 적어도 1개의 샘플이 세포당 20개 초과 카피의 발현 수준을 제공하는 14,128개의 프로브에서 분석을 수행할 수 있다. 업센트/마지날 콜에 의한 프로브에 의해 계산된 발현 수준을 0으로 절두할 수 있다. 상대 유전자 발현 수준을 계산하기 위해, 전체 인간 게놈(BD Biosciences) 또는 유전자 단편을 포함하는 플라스미드에 의해 정량화된 각각의 프라이머 쌍의 효율을 이용하여 Q-PCR 분석에 의해 얻은 Ct 값을 보정할 수 있다. 반응 혼합물에 포함된 스파이크 RNA를 사용하여 보정된 보정선(log10[발현 수준] = 1.05 x log10[카피수+4.65)에 의해 상대 발현 수준을 카피수로 추가로 변환할 수 있다. 비감독 클러스터 형성에 의해 결정된 클러스터 1과 클러스터 2의 차이를 나타내고 차후 단계에서 PE로 제한되는 Gata4에 의한 유전자 발현의 관련을 평가하기 위해 독립성에 대한 카이 스퀘어 시험을 수행할 수 있다. Q-PCR로 측정된 각각의 유전자의 발현 수준은 고(세포당 100개 초과의 카피), 중간(세포당 10-100개의 카피) 및 저(세포당 10개 미만의 카피)의 3개의 카테고리로 분류될 수 있다. Gata4 발현으로부터의 독립성에 대한 카이 스퀘어 및 P 값을 이 분류에 기초하여 계산할 수 있다. 카이 스퀘어는 하기와 같이 정의된다:
Figure pct00001
(여기서, i 및 j는 각각 표준물(Gata4) 및 표적 유전자의 발현 수준 카테고리(고, 중 또는 저)를 나타내고, fi, fj 및 fij는 각각 카테고리 i, j 및 ij의 관찰 빈도를 나타내며; n은 샘플수(n = 24)를 나타낸다. 자유도는 (r-1)x(c-1)(여기서, r 및 c는 각각 Gata4 및 표적 유전자의 발현 수준 카테고리의 이용 가능한 수를 나타낸다)로서 정의될 수 있다.
방광암에 대한 면역 반응 생성
몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열을 발현하는 세포에 대한 면역 반응을 발생시키기 위해 생체내 또는 생체외 T 림프구를 활성화하기 위해 항원 제시 세포(antigen presenting cell: APC)를 사용할 수 있다. APC는 고특이적 세포이고, 제한 없이, 마크로파지, 단핵구 및 수지상 세포(dendritic cell: DC)를 포함할 수 있다. APC는 항원을 처리할 수 있고 림프구 활성화에 필요한 분자와 함께 세포 표면 위에 이의 펩타이드 단편을 디스플레이할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, APC는 수지상 세포일 수 있다. DC는 예를 들면 여포성 수지상 세포, 랑게르한스 수지상 세포 및 표피 수지상 세포를 포함하는 하위그룹으로 분류될 수 있다. 다른 실시양태에서, 본 발명은 하기 개시된 하나 이상의 암 관련 서열에 대한 항체 반응을 발생시키는 방법을 제공한다. 상기 방법은 하기 개시된 하나 이상의 암 관련 서열에 의해 코딩된 단백질 또는 펩타이드 단편을 피험체에게 투여하는 단계를 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태는 피험체에서 암 관련 폴리펩타이드 서열을 발현하는 세포, 예컨대, 제한 없이, 암 세포에 대한 면역 반응을 발생시키기 위한 암 관련 서열을 코딩하는 암 관련 폴리펩타이드 및 폴리뉴클레오타이드, 이의 단편 또는 이의 돌연변이체 및 항원 제시 세포(예컨대, 제한 없이, 수지상 세포)의 용도에 관한 것이다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열을 발현하는 세포에 대한 면역 반응을 발생시키는 방법은 (1) 조혈 줄기 세포를 단리하는 단계, (2) 세포가 암 관련 서열을 발현하도록 유전 조작하는 단계, (3) 세포를 DC로 분화시키는 단계; 및 (4) DC를 피험체(예를 들면, 인간 환자)에게 투여하는 단계를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 면역 반응을 발생시키는 방법은 (1) DC를 단리하는 단계(또는 DC 전구체 세포의 단리 및 분화), (2) 세포를 암 관련 서열과 펄스화하는 단계 및 (3) DC를 피험체에게 투여하는 단계를 포함한다. 이 접근법은 하기 더 자세히 기재되어 있다. 몇몇 실시양태에서, 생체외 T 림프구를 활성화하기 위해 펄스화된 또는 발현 DC를 사용할 수 있다. 이 일반적인 기법 및 이의 변형은 당업자의 기술 내에 있을 수 있고(예를 들면, W097/29182; WO 97/04802; WO 97/22349; WO 96/23060; WO 98/01538; 문헌[Hsu et al., 1996, Nature Med. 2:52-58] 참조), 또 다른 변형이 미래에 발견될 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열을 피험체와 접촉시켜 면역 반응을 자극한다. 몇몇 실시양태에서, 면역 반응은 치료학적 면역 반응이어서 상기 기재된 바대로 피험체를 치료한다. 몇몇 실시양태에서, 면역 반응은 예방학적 면역 반응이다. 예를 들면, 암 관련 서열을 면역 반응을 자극하기에 효과적인 조건 하에 피험체와 접촉시킬 수 있다. 암 관련 서열을 예를 들면, DNA 분자(예를 들면, DNA 백신), RNA 분자 또는 폴리펩타이드 또는 임의의 이의 조합으로서 투여할 수 있다. 면역 반응을 자극하기 위한 서열 투여는 공지되어 있지만, 사용하기 위한 서열의 아이덴티티는 본 개시내용 전에 공지되지 않았다. 본 명세서에 개시된 서열의 임의의 서열 또는 조합 또는 이의 동족체를 피험체에게 투여하여 면역 반응을 자극할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 수지상 세포 전구체 세포는 암 관련 서열에 의한 형질도입을 위해 단리되고 유도되어 수지상 세포로 분화된다. 유전 조작된 DC는 암 관련 서열을 발현하고 세포 표면 상에 펩타이드 단편을 디스플레이할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 발현된 암 관련 서열은 자연적으로 발생하는 단백질의 서열을 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 자연적으로 발생하는 서열을 포함하지 않는다. 이미 기재된 바대로, 자연적으로 발생하는 단백질의 단편을 사용할 수 있고; 또한, 발현된 폴리펩타이드는 하나 이상의 펩타이드 에피토프가 DC에 의해 처리되고 MHC I형 또는 II형 표면 분자에 제시될 수 있는 한 자연적으로 발생하는 폴리펩타이드와 비교할 때 결실, 삽입 또는 아미노산 치환과 같은 돌연변이를 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 예를 들면, 펩타이드의 항원성을 증가시키기 위해 또는 펩타이드 발현 수준을 증가시키기 위해 "야생형" 이외의 서열을 사용하는 것이 바람직할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 도입된 암 관련 서열은 변이체, 예컨대 다형 변이체(예를 들면, 특정한 인간 환자에 의해 발현된 변이체) 또는 특정한 암(예를 들면, 특정한 피험체에서의 암)에 특징적인 변이체를 코딩할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 형질감염, 재조합 백시니아 바이러스, 아데노 관련 바이러스(AAV), 레트로바이러스 등을 포함하는 임의의 다양한 표준 방법으로 DC 또는 줄기 세포로 도입(형질도입)될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명의 형질도입된 DC는 피험체(예를 들면, 제한 없이, 인간 환자)로 도입될 수 있고, 여기서 DC는 면역 반응을 유도할 수 있다. 통상적으로, 면역 반응은 (예를 들면, MHC I형/펩타이드 복합체에서) 항원 펩타이드를 보유하는 표적 세포에 대한 세포독성 T 림프구(CTL) 반응을 포함한다. 이 표적 세포는 통상적으로 암 세포이다.
몇몇 실시양태에서, DC를 피험체에게 투여할 때, 이는 바람직하게는 그 피험체로부터 단리되거나 그 피험체로부터의 전구체 세포로부터 유래할 수 있다(즉, DC를 자가 피험체에게 투여할 수 있다). 그러나, HLA 매칭된 동종이계 또는 HLA 미스매칭된 동종이계 피험체에게 세포를 점적주사할 수 있다. 후자의 경우, 면역억제 약물을 피험체에게 투여할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 임의의 적합한 방식으로 세포를 투여할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 약제학적으로 허용되는 담체(예를 들면, 식염수)와 함께 세포를 투여할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 정맥내, 관절내, 근육내, 피내, 복강내 또는 피하 경로를 통해 세포를 투여할 수 있다. 시간 간격으로 투여(즉, 면역화)를 반복할 수 있다. DC의 점적주사를 DC 수 및 활성(예를 들면, GM-CSF, IL-12)을 유지시키도록 작용하는 사이토카인의 투여와 조합할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 피험체에게 투여되는 용량은 일정 시간 동안 환자에서 T 세포 증식, T 림프구 세포독성을 측정하고/하거나 유리한 치료학적 반응을 실행하는 검정에 의해 검출된 면역 반응을 유도하기에, 예를 들면 암 세포의 성장을 억제하거나 암 세포의 수를 또는 종양의 크기를 감소시키기에 충분한 용량일 수 있다.
몇몇 실시양태에서, (환자로부터 또는 전구체 세포의 실험실내 분화에 의해) DC를 얻고, 암 관련 서열을 갖는 항원 펩타이드로 펄스화한다. 펄스화는 세포의 MHC 분자의 표면 상에 펩타이드를 제시한다. 세포 표면에 디스플레이된 펩타이드/MHC 복합체는 암 관련 폴리펩타이드를 발현하는 표적 세포(예를 들면, 제한 없이, 암 세포)에 대한 MHC 제한 세포독성 T 림프구 반응을 유도할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 펄스화에 사용된 암 관련 서열은 적어도 약 6개 또는 8개의 아미노산 및 약 30개 미만의 아미노산 또는 약 50개 미만의 아미노산 잔기 길이를 가질 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 면역원성 펩타이드 서열은 약 8개 내지 약 12개의 아미노산을 가질 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 인간 단백질 단편의 혼합물을 사용할 수 있고; 대안적으로 한정된 서열의 특정한 펩타이드를 사용할 수 있다. 신생 펩타이드 합성, 정제된 또는 재조합 인간 펩타이드의 효소 분해, 천연 공급원(예를 들면, 피험체 또는 피험체로부터의 종양 세포)으로부터의 펩타이드 서열의 정제 또는 인간 펩타이드 단편을 코딩하는 재조합 폴리뉴클레오타이드의 발현에 의해 펩타이드 항원을 제조할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, DC를 펄스화하는 데 사용되는 펩타이드의 양은 펩타이드 또는 폴리펩타이드의 성질, 크기 및 순도에 따라 달라질 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 약 0.05㎍/㎖ 내지 약 1㎎/㎖, 약 0.05㎍/㎖ 내지 약 500㎍/㎖, 약 0.05㎍/㎖ 내지 약 250㎍/㎖, 약 0.5㎍/㎖ 내지 약 1㎎/㎖, 약 0.5㎍/㎖ 내지 약 500㎍/㎖, 약 0.5㎍/㎖ 내지 약 250㎍/㎖ 또는 약 1㎍/㎖ 내지 약 100㎍/㎖의 펩타이드의 양을 사용할 수 있다. 펩타이드 항원(들)을 배양된 DC에 첨가한 후, 세포가 충분한 시간 항원을 채우고 처리하고 I형 또는 II형 MHC와 함께 세포 표면 상에 항원 펩타이드를 발현할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항원을 채우고 처리하는 시간은 약 18 내지 약 30시간, 약 20 내지 약 30시간 또는 약 24시간일 수 있다.
상이한 MHC I형 및 II형 분자에 대한 펩타이드 결합 모티프를 예측하는 시스템 및 방법의 다양한 예가 기재되어 있다. 원하는 MHC I형 또는 II형 분자에 결합하는 펩타이드 모티프를 예측하기 위해 이러한 예측을 이용한다. 당업자가 이러한 목적을 상담하기 위한 이러한 방법, 시스템 및 데이터베이스의 예는 하기를 포함한다:
1. Peptide Binding Motifs for MHC Class I and II Molecules; William E. Biddison, Roland Martin, Current Protocols in Immunology, Unit II(DOI: 10.1002/0471142735.ima01is36; 온라인 기재 일자: 2001년 5월).
상기 참조문헌 1은 특이적 MHC I형 또는 II형 대립유전자와의 상호작용을 예측하기 위한 펩타이드-결합 모티프의 용도의 개관을 제공하고 T 세포 인식을 예측하기 위한 MHC 결합 모티프의 용도에 대한 예를 제공한다.
표 3은 정보 기술 웹사이트인 바이오인포매틱스 및 분자 분석 섹션(BioInformatics and Molecular Analysis Section)에 대한 NIH 센터에서의 HLA 펩타이드 모티프 조사에 대한 예시적인 결과를 제공한다.
표 3: HLA 펩타이드 모티프 조사에 대한 예시적인 결과
사용자 매개변수 및 스코어링 정보: 분명한 수
결과의 수를 모방하기 위해 선택된 방법
필요한 결과의 수 20
선택된 HLA 분자 유형 A_0201
스코어링하고자 하는 하위서열에 선택된 길이 9
유입 서열에 선택된 에코잉 방식 Y
에코잉 포맷 숫자표시된 라인
사용자의 유입 펩타이드 서열의 길이 369
계산된 하위서열 스코어의 수 361
스코어링 출력 표에서 뒤에 보고된 20
상위 스코어링 하위서열의 수
Figure pct00002
펩타이드 기반 백신접종의 당업자는 어떤 펩타이드가 (예를 들면, "MHC 제한"으로 인해) 이의 HLA 대립유전자에 기초하여 개체에서 최고로 작용하는지를 결정할 수 있다. 상이한 HLA 대립유전자는 이론상 예측되거나 분해 속도로 측정될 수 있는 상이한 에너지로 특정한 펩타이드 모티프(8개 내지 10개 중 보통 2개 또는 3개의 고도로 보존된 위치)에 결합한다. 따라서, 당업자는 피험체의 HLA 프로필에 펩타이드를 맞출 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 개시내용은 피험체에서 면역 반응을 발생시키기에 효과적인 조건 하에 피험체를 암 관련 서열과 접촉시키는 단계를 포함하는 암 관련 서열을 발현하는 세포에 대한 면역 반응을 발생시키는 방법을 제공하되, 상기 암 관련 서열은 유전자가 하기 제공된 하나 이상의 암 관련 서열로부터 선택된 서열 또는 이의 단편을 포함한다.
암 관련 서열에 의한 세포의 형질감염
하기 개시된 하나 이상의 암 관련 서열로 세포를 형질감염시킬 수 있다. 형질감염된 세포는 스크리닝 검정, 진단 및 검출 검정에서 유용할 수 있다. 본 명세서에 개시된 하나 이상의 암 관련 서열을 발현하는 형질감염된 세포를 사용하여 암 관련 서열을 코딩하는 단리된 핵산 및/또는 하나 이상의 암 관련 서열에 의해 코딩된 단리된 단백질 또는 펩타이드 단편을 얻을 수 있다.
본 명세서에 기재된 암 관련 핵산을 포유동물 세포(Neumann, E. et al. (1982) EMBO J. 1, 841-845), 식물 및 박테리아 세포에 도입하기 위해 전기영동을 이용할 수 있고, 단백질을 동입하기 위해 이를 또한 이용할 수 있다(Marrero, M.B. et al. (1995) J. Biol. Chem. 270, 15734-15738; Nolkrantz, K. et al. (2002) Anal. Chem. 74, 4300-4305; Rui, M. et al. (2002) Life Sci. 71, 1771-1778). 관심 있는 정제된 단백질의 완충 용액 중에 현탁된 세포(예컨대, 본 발명의 세포)를 펄스화 전기장에 위치시킨다. 간단히 말하면, 고전압 전기 펄스는 세포막에서 작은(나노미터 크기) 기공을 형성시킨다. 이 작은 기공을 통해 또는 막 재조직화의 과정 동안 기공이 밀폐되고 세포가 이의 정상 상태로 돌아가면서 단백질이 세포에 진입한다. 전달 효율은 인가된 전기장의 강도, 펄스 길이, 온도 및 완충 배지의 조성에 따라 달라질 수 있다. 전기영동은, 다양한 세포 유형에서, 다른 전달 방법에 내성을 나타내는 몇몇 세포주에서도, 전체 효율이 대개 쾌 낮더라도 성공적이다. 몇몇 세포주는 부분적으로 활성화되지 않는 경우 심지어 전기영동에 불응성으로 남아 있을 수 있다.
마이크로주사를 이용하여 펨토리터 용적의 DNA를 세포핵에 직접 도입하고(Capecchi, M.R. (1980) Cell 22, 470-488), 여기서 이는 숙주 세포 게놈에 직접 통합되어, 관심 있는 서열을 보유하는 확립된 세포주를 생성할 수 있다. 단백질, 예컨대 항체(Abarzua, P. et al. (1995) Cancer Res. 55, 3490-3494; Theiss, C. and Meller, K. (2002) Exp. Cell Res. 281, 197-204) 및 돌연변이체 단백질(Naryanan, A. et al. (2003) J. Cell Sci. 116, 177-186)은 또한 마이크로주사를 통해 세포로 직접 전달되어 우선 세포 과정에 대한 이의 효과를 결정할 수 있다. 마이크로주사는 세포에 직접 마크로분자를 도입하여 잠재적으로 바람직하지 않은 세포 컴파트먼트, 예컨대 저 pH 엔도솜에 대한 노출을 우회하는 이점을 갖는다.
몇몇 단백질 및 작은 펩타이드는 전통적인 수용체 매개 또는 엔도시토시스 매개 경로에 독립적인 생물학적 막을 통해 형질도입하거나 이동하는 능력을 갖는다. 이 단백질의 예는 HIV-1 TAT 단백질, 단순 포진 바이러스 1(HSV-1) DNA-결합 단백질 VP22 및 드로소필라 안테나페디아(Drosophila Antennapedia: Antp) 호메오틱 전사 인자를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 이 단백질로부터의 단백질 형질전환 도메인(PTD)을 다른 마크로분자, 펩타이드 또는 단백질, 예컨대, 제한 없이, 암 관련 폴리펩타이드에 융합하여 폴리펩타이드를 세포에 성공적으로 수송할 수 있다(Schwarze, S.R. et al. (2000) Trends Cell Biol. 10, 290-295). 이러한 형질전환 도메인의 융합을 사용하는 것의 예시적인 이점은 단백질 침입이 신속하고 농도 의존적이고 상이한 세포 유형과 작업하는 것으로 보인다는 점이다(Fenton, M. et al. (1998) J. Immunol. Methods 212, 41-48).
몇몇 실시양태에서, 올리고뉴클레오타이드, DNA(유전자) 구성체 및 작은 약물 분자를 세포에 전달하기 위한 비히클로서 리포솜을 사용할 수 있다(Zabner, J. et al. (1995) J. Biol. Chem. 270, 18997-19007; Feigner, P.L. et al. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 7413-7417). 특정한 지질은, 수용액 중에 위치하고 음파처리될 때, 수성 컴파트먼트를 둘러싸는 원형화된 지질 이층으로 이루어진 밀폐된 소포를 형성한다. 본 명세서의 실시양태의 소포 또는 리포솜을 전달하고자 하는 분자를 포함하는 용액 중에 형성할 수 있다. 수용액 중에 DNA를 캡슐화하는 것 이외에, 양이온성 리포솜은 지질 위의 양으로 하전된 헤드 기가 DNA의 음으로 하전된 골격과 상호작용하여 DNA와 저절로 및 효과적으로 복합체를 형성할 수 있다. 사용된 양이온성 지질의 정확한 조성물 및/또는 혼합물을 관심 있는 마크로분자 및 사용된 세포 유형에 따라 변경할 수 있다(Feigner, J.H. et al. (1994) J. Biol. Chem. 269, 2550-2561). 양이온성 리포솜 전략을 또한 단백질 전달에 성공적으로 적용할 수 있다(Zelphati, O. et al. (2001) J. Biol. Chem. 276, 35103-351 10). 단백질이 DNA보다 이종성이므로, 단백질의 물리적 특징, 예컨대 이의 전하 및 소수화도는 양이온성 지질과의 이의 상호작용의 정도에 영향을 미칠 수 있다.
약제학적 조성물 및 투여 방식
또는 다른 약제와 조합된) 치료제의 투여 방식은 설하, (단시간 작용성, 데폿, 임플란트 및 피하 또는 근육내 주사되는 펠렛 형태를 포함하는) 주사용 또는 질내 크림, 좌제, 패서리, 질내 고리, 직장 좌제, 자궁내 장치 및 경피 형태, 예컨대 패치 및 크림의 사용에 의한 것일 수 있지만, 이들로 제한되지는 않는다.
특이적 투여 방식은 적응증에 따라 달라진다. 반응을 얻기 위해 임상의에게 공지된 방법에 따라 임상의가 특정 투여 경로 및 용량 섭생의 선택을 조정하거나 적정할 것이다. 투여되는 치료제의 양은 치료학적으로 효과적인 양이다. 투여되는 용량은 치료되는 피험체의 특징, 예를 들면 치료되는 특정 동물, 연령, 체중, 건강, 있다면, 현행 치료의 유형 및 치료 빈도에 따라 달라지고, 당업자(예를 들면, 임상의)가 쉽게 결정할 수 있다.
본 개시내용의 치료제 및 적합한 담체를 포함하는 약제학적 제제는 유효량의 본 개시내용의 중합체 또는 공중합체를 포함하는 정제, 캡슐, 사세제, 펠렛, 환제, 산제 및 과립제(이들로 제한되지는 않음)를 포함하는 고체 용량 형태; 용액, 분말, 유체 에멀전, 유체 현탁액, 반고체, 연고, 페이스트, 크림, 겔 및 젤리 및 폼(이들로 제한되지는 않음)을 포함하는 국소 용량 형태; 및 용액, 현탁액, 에멀전 및 건조 분말(이들로 제한되지는 않음)을 포함하는 비경구 용량 형태일 수 있다. 활성 성분이 약제학적으로 허용되는 희석제, 충전제, 붕괴제, 결합제, 활택제, 계면활성제, 소수성 비히클, 물 가용성 비히클, 유화제, 완충제, 건조제, 습윤제, 가용화제, 보존제 등과 함께 이러한 제제 중에 포함될 수 있다는 것이 또한 당해 분야에 공지되어 있다. 투여 수단 및 방법은 당해 분야에 공지되어 있고 당업자는 가이드라인을 위해 다양한 약리학적 참조문헌을 참조할 수 있다. 예를 들면, 문헌[Modern Pharmaceutics, Banker & Rhodes, Marcel Dekker, Inc. (1979); 및 Goodman & Gihnan's The Pharmaceutical Basis of Therapeutics, 6th Edition, MacMillan Publishing Co., New York (1980)]을 참조할 수 있다.
본 개시내용의 조성물을 주사, 예를 들면 볼루스 주사 또는 연속 점적주사에 의한 비경구 투여를 위해 제제화할 수 있다. 조성물을 15분 내지 약 24시간의 기간 동안 피하로 연속 점적주사에 의해 투여할 수 있다. 주사를 위한 제제는 보존제가 첨가된 단위 용량 형태, 예를 들면 앰플 또는 다용량 용기에 제시될 수 있다. 조성물은 유성 또는 수성 비히클 중의 현탁액, 용액 또는 에멀전으로서 이러한 형태를 취할 수 있고 제제화제, 예컨대 현탁제, 안정화제 및/또는 분산제를 포함할 수 있다.
경구 투여를 위해, 치료제를 당해 분야에 널리 공지된 약제학적으로 허용되는 담체와 조합하여 쉽게 조성물을 제제화할 수 있다. 이러한 담체는 본 발명의 치료제가 치료하고자 하는 환자가 경구 섭취하기 위한 정제, 환제, 당의정, 캡슐, 액체, 겔, 시럽, 슬러리, 현탁액 등으로서 제제화되게 한다. 고체 부형제를 첨가하고, 임의로 생성된 혼합물을 분쇄하고 적합한 보조제를 첨가한 후 과립의 혼합물을 처리하여 원하는 경우 정제 또는 당의정 코어를 얻어서 경구 사용을 위한 약제학적 제제를 얻을 수 있다. 적합한 부형제는 충전제, 예컨대 락토스, 수크로스, 만니톨 및 소르비톨(이들로 제한되지는 않음)을 포함하는 당; 옥수수 전분, 밀 전분, 쌀 전분, 감자 전분, 젤라틴, 트라가칸스 검, 메틸 셀룰로스, 하이드록시프로필메틸-셀룰로스, 나트륨 카복시메틸셀룰로스 및 폴리비닐피롤리돈(PVP)(이들로 제한되지는 않음)과 같은 셀룰로스 제제를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 원하는 경우, 가교결합 폴리비닐 피롤리돈, 한천 또는 알긴산 또는 이의 염, 예컨대 알긴산나트륨(이들로 제한되지는 않음)과 같은 붕괴제를 첨가할 수 있다.
적합한 코팅을 갖는 당의정 코어가 제공될 수 있다. 이 목적을 위해, 아라비아 검, 활석, 폴리비닐 피롤리돈, 카보폴 겔, 폴리에틸렌 글라이콜 및/또는 이산화티탄, 락커(lacquer) 용액 및 적합한 유기 용매 또는 용매 혼합물을 임의로 포함할 수 있는 농축 당 용액을 사용할 수 있다. 활성 치료학적 용량의 상이한 조합의 확인 또는 규명을 위해 정제 또는 당의정 코팅에 염료 또는 안료를 첨가할 수 있다.
경구로 사용될 수 있는 약제학적 제제는 젤라틴으로 만들어진 푸쉬핏(push-fit) 캡슐 및 젤라틴 및 가소제, 예컨대 글라이세롤 또는 소르비톨로 만들어진 연질 실링된 캡슐을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 푸쉬핏 캡슐은 활성 성분을 충전제, 예를 들면 락토스, 결합제, 예컨대, 예를 들면, 전분 및/또는 활택제, 예를 들면 활석 또는 스테아르산마그네슘 및 임의로 안정화제와 혼합하여 포함할 수 있다. 연질 캡슐에서, 활성 치료제를 적합한 액체, 예컨대 지방 오일, 액체 파라핀 또는 액체 폴리에틸렌 글라이콜 중에 용해시키거나 현탁시킬 수 있다. 또한, 안정화제를 첨가할 수 있다. 경구 투여를 위한 모든 제제는 이러한 투여에 적합한 용량이어야 한다.
협측 투여를 위해, 약제학적 조성물은 예를 들면 종래의 방식으로 제제화된 정제 또는 로렌지의 형태를 취할 수 있다.
흡입에 의한 투여를 위해, 적합한 추진제, 예를 들면, 다이클로로다이플루오로메탄, 트라이클로로플루오로메탄, 다이클로로테트라플루오로에탄, 이산화탄소 또는 다른 적합한 가스를 사용하여 가압 팩 또는 흡입기로부터 에어로졸 스프레이 제시 형태로 본 개시내용에 따라 사용하기 위한 치료제를 편리하게 전달한다. 가압 에어로졸의 경우, 계량된 양을 전달하기 위해 밸브를 제공하여 용량 단위를 결정할 수 있다. 예를 들면, 흡입기 또는 취입기에 사용하기 위한 치료제 및 적합한 분말 염기, 예컨대 락토스 또는 전분의 분말 혼합물을 포함하는 젤라틴의 캡슐 및 카트리지를 제제화할 수 있다.
예를 들면, 종래의 좌제 기제, 예컨대 코코아 버터 또는 다른 글라이세라이드를 포함하는 직장 조성물, 예컨대 좌제 또는 정체 관장에 본 개시내용의 조성물을 또한 제제화할 수 있다.
상기 기재된 제제 이외에, 본 개시내용의 치료제는 또한 데폿 제제로서 제제화될 수 있다. 이러한 장기간 작용 제제를 이식으로(예를 들면, 피하로 또는 근육내) 또는 근육내 주사로 투여할 수 있다.
약 1달 내지 약 6달 또는 더 긴 간격으로 데폿 주사를 투여할 수 있다. 따라서, 예를 들면, 조성물을 적합한 중합체 또는 소수성 재료(예를 들면, 허용되는 오일 중의 에멀전으로서) 또는 이온 교환 수지와 또는 난용성 유도체, 예를 들면 난용성 염으로서 제제화할 수 있다.
경피 투여에서, 본 개시내용의 조성물은 예를 들면 플라스터로 도포되거나, 결과적으로 유기체에 제공되는 경피의 치료학적 시스템에 의해 도포될 수 있다.
약제학적 조성물은 적합한 고상 또는 겔상 담체 또는 부형제를 포함할 수 있다. 이러한 담체 또는 부형제의 예는 탄산칼슘, 인산칼슘, 다양한 당, 전분, 셀룰로스 유도체, 젤라틴 및 중합체, 예를 들면 폴리에틸렌 글라이콜을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다.
본 개시내용의 조성물을 또한 다른 활성 성분, 예를 들면 아쥬번트, 단백질분해효소 억제제 또는 다른 상용성 약물 또는 화합물과 조합하여 투여할 수 있고, 이러한 조합은 본 명세서에 기재된 방법의 원하는 효과를 성취하는 데 바람직하거나 유리한 것으로 보인다.
몇몇 실시양태에서, 붕괴제 성분은 하나 이상의 크로스카르멜로스 나트륨, 카르멜로스 칼슘, 크로스포비돈, 알긴산, 알긴산나트륨, 알긴산칼륨, 알긴산칼슘, 이온 교환 수지, 식품 산에 기초한 방출성(effervescent) 시스템 및 알칼리 탄산염 성분, 점토, 활석, 전분, 전호화 전분, 나트륨 전분 글라이콜레이트, 셀룰로스 플락(floc), 카복시메틸셀룰로스, 하이드록시프로필셀룰로스, 칼슘 실리케이트, 금속 탄산염, 중탄산나트륨, 시트르산칼슘 또는 인산칼슘을 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 희석제 성분은 하나 이상의 만니톨, 락토스, 수크로스, 말토덱스트린, 소르비톨, 자일리톨, 분말화 셀룰로스, 미세결정질 셀룰로스, 카복시메틸셀룰로스, 카복시에틸셀룰로스, 메틸셀룰로스, 에틸셀룰로스, 하이드록시에틸셀룰로스, 메틸하이드록시에틸셀룰로스, 전분, 나트륨 전분 글라이콜레이트, 전호화 전분, 인산칼슘, 금속 탄산염, 금속 산화물 또는 금속 알루미노실리케이트를 포함할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 임의의 활택제 성분은 존재할 때 하나 이상의 스테아르산, 금속성 스테아레이트, 나트륨 스테아릴퓨마레이트, 지방산, 지방 알콜, 지방산 에스터, 글라이세릴베헤네이트, 광유, 식물성 오일, 파라핀, 류신, 실리카, 규산, 활석, 프로필렌 글라이콜 지방산 에스터, 폴리에톡실화 캐스터유, 폴리에틸렌 글라이콜, 폴리프로필렌 글라이콜, 폴리알킬렌 글라이콜, 폴리옥시에틸렌-글라이세롤 지방 에스터, 폴리옥시에틸렌 지방 알콜 에터, 폴리에톡실화 스테롤, 폴리에톡실화 캐스터유, 폴리에톡실화 식물성 오일 또는 염화나트륨을 포함한다.
키트
상기 기재된 바대로 당해 방법을 실행하기 위한 키트 및 시스템이 본 발명에 의해 또한 제공되고, 이러한 부품은 피험체에서 암을 진단하거나, 피험체에서 암을 치료하거나, 샘플에서 암을 검출하거나, (예를 들면, 피험체로부터 직접 유래된, 실험실내 또는 생체외 성장된 또는 암의 동물 모델로부터의) 암 세포에서 기본적인 조사 실험을 수행하도록 구성된다. 키트의 다양한 성분은 별도의 용기에 존재할 수 있거나, 특정한 상용성 성분은 원하는 경우 단일 용기에 예비 배합될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 시험 샘플에서 암의 존재를 진단하기 위한 키트를 제공하고, 상기 키트는 서열 번호 1 내지 40에 기재된 암 관련 폴리뉴클레오타이드 서열 및/또는 서열 번호 41을 코딩하는 핵산 또는 이의 보체에 선택적으로 하이브리드화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 다른 실시양태에서, 본 발명은 하기 개시된 암 관련 폴리뉴클레오타이드, 암 관련 폴리펩타이드 또는 이의 단편을 포함하는 전자 라이브러리를 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 키트는 하기 개시된 하나 이상의 암 관련 서열의 하나 이상의 포획 시약 또는 특이적 결합 파트너를 포함할 수 있다.
당해 시스템 및 키트는 또한 임의의 당해 방법을 수행하기 위한 하나 이상의 다른 시약을 포함할 수 있다. 시약은 하나 이상의 매트릭스, 용매, 샘플 제제 시약, 완충제, 탈염 시약, 효소 시약, 변성 시약, 프로브, 폴리뉴클레오타이드, 벡터(예를 들면, 플라스미드 또는 바이러스 벡터) 등을 포함할 수 있고, 보정 표준품, 예컨대 양성 대조군 및 음성 대조군이 또한 제공될 수 있다. 그러므로, 키트는 하나 이상의 용기, 예컨대 바이알 또는 병을 포함할 수 있고, 각각의 용기는 샘플 처리 또는 제조 단계를 수행하고/하거나 본 개시내용에 따라 정규화된 샘플을 제조하기 위한 하나 이상의 단계를 수행하기 위한 별개 부품을 포함한다.
상기 언급된 부품 이외에, 당해 키트는 통상적으로 당해 방법을 실행하기 위한 키트의 부품을 사용하기 위한 설명서를 추가로 포함한다. 당해 방법을 실행하기 위한 설명서는 일반적으로 적합한 기록 매체에 기록된다. 예를 들면, 설명서는 종이 또는 플라스틱 등과 같은 기재에 인쇄될 수 있다. 그러므로, 설명서는 패키지 인서트로서 키트, 키트 또는 이의 부품의 용기의 라벨링(즉, 패키징 또는 하위패키징과 관련된) 등에 존재할 수 있다. 다른 실시양태에서, 설명서는 적합한 컴퓨터 판독 가능한 저장 매체, 예를 들면, CD-ROM, 디스켓 등에 존재하는 전자 저장 데이터 파일로서 존재한다. 또 다른 실시양태에서, 실제 설명서는 키트에 존재하지 않지만, 예를 들면 인터넷을 통해 원격 소스로부터 설명서를 얻는 수단이 제공된다. 이 실시양태의 일례는 설명서가 검토되고/되거나 설명서가 다운로드될 수 있는 웹사이트를 포함하는 키트이다. 설명서에 의해, 설명서를 얻는 이 수단은 적합한 기재에 기록된다.
당해 데이터베이스, 프로그래밍 및 설명서 이외에, 키트는 또한 키트를 시험하는 데 사용하기 위한 하나 이상의 대조군 샘플 및 시약, 예를 들면 2개 이상의 대조군 샘플을 포함할 수 있다.
본 발명의 추가의 실시양태
본 개시내용의 실시양태는 방광암(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한 암의 진단 및/또는 치료 방법을 제공한다. 방광암, 예컨대, 예를 들면, 방광 암종, 이행 세포 암종, 행비이 세포 암종, 예컨대, 제한 없이, 편평 세포 암종, 선암, 횡문근육종, 신경줄기 세포 종양, 자궁경부 암종 또는 림프종, 재발성 및 이행 방광암 또는 이의 조합을 진단하고/하거나 치료하기 위해 상기 방법을 사용할 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 상기 방법은 정상 체세포 조직와 비교하여 방광 종양 조직에서 비정상 수준으로 발현된 마커를 표적화하는 단계를 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 마커는 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6을 코딩하는 서열로부터 선택된 서열, 이의 보체 또는 이의 조합을 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 마커는 서열 번호 1-38로부터 선택된 서열, 이의 보체 또는 이의 조합을 포함할 수 있거나 동일한 것에 의해 코딩된다. 몇몇 실시양태에서, 방광암의 치료 방법 및 관련 약제학적 제제 및 키트가 제공된다.
몇몇 실시양태는 표적 마커의 발현, 풍부도 또는 활성에 영향을 미치는 치료제를 포함하는 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 방광암의 치료 방법을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 표적 마커는 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 표적 마커는 서열 번호 1-38, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태는 방광암과 관련된 표적 마커의 수준을 검출하는 단계를 포함하는 방광암의 검출 방법을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 표적 마커는 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6, 이의 보체 또는 임의의 이의 조합을 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 표적 마커는 서열 번호 1 내지 41, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있거나 동일한 것에 의해 코딩된다.
본 명세서의 몇몇 실시양태는 진단학적 및/또는 치료학적 항체를 위한 표적으로서 방광암과 관련된 항원(즉, 암 관련 폴리펩타이드)를 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 약물 발견(예를 들면, 소분자) 및/또는 세포내 조절, 성장 및 분화의 추가의 규명을 위해 이 항원을 사용할 수 있다.
몇몇 실시양태는 피험체에서 방광암을 진단하는 방법으로서, (a) 하나 이상의 유전자 또는 유전자 생성물 또는 이의 동족체의 발현을 결정하는 단계; 및 (b) 제1 피험체로부터의 제2 정상 샘플 또는 제2 비이환 피험체로부터의 하나 이상의 핵산 서열의 발현을 비교하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 발현 차이는 제1 피험체가 방광암을 앓고 있다는 것을 나타내고, 유전자 또는 유전자 생성물은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 유전자 또는 이의 조합이라 칭해진다. 몇몇 실시양태에서, 유전자 또는 유전자 생성물은 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열을 코딩하는 유전자, 이의 보체 또는 이의 조합일 수 있다.
몇몇 실시양태는 피험체에서 면역 반응을 발생시키기에 효과적인 조건 하에 피험체를 암 관련 서열과 접촉시키는 단계를 포함하는 암 관련 서열을 발현하는 세포에 대한 면역 반응을 발생시키는 방법을 제공하되, 암 관련 서열은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX11 6033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 유전자, 이의 단편 또는 이의 조합을 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 유전자는 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열을 코딩하는 유전자, 이의 보체 또는 이의 조합일 수 있다.
몇몇 실시양태는 시험 샘플에서 방광암을 검출하는 방법으로서, (ⅰ) 유전자 생성물인 하나 이상의 폴리펩타이드의 활성 수준을 검출하는 단계; 및 (ⅱ) 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준을 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준과 비교하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준에 비해 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준 변경은 시험 샘플에서 암의 존재를 나타내고, 유전자 생성물은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 유전자 또는 이의 조합의 생성물이다. 몇몇 실시양태에서, 유전자 생성물은 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열을 코딩하는 유전자, 이의 보체 또는 이의 조합의 생성물일 수 있다.
본 명세서의 몇몇 실시양태는 피험체에서 방광암을 치료하는 방법으로서, 암 관련 단백질의 활성을 조절하는 치료제를 이를 필요로 하는 피험체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 암 관련 단백질은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 핵산 서열, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 핵산에 의해 코딩된다. 몇몇 실시양태에서, 핵산 서열은 서열 번호 1 내지 40, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 치료제는 암 관련 단백질에 결합한다. 몇몇 실시양태에서, 치료제는 항체이다. 몇몇 실시양태에서, 항체가 단일클론 항체 또는 다중클론 항체일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 항체는 인간화 또는 인간 항체이다. 몇몇 실시양태에서, 암을 치료하는 방법은 유전자, 예컨대, 제한 없이, LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSFl, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 조합의 유전자 넉다운운을 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 유전자는 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열을 코딩하는 유전자, 이의 보체 또는 이의 조합일 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 암을 치료하는 방법은 세포를 처리하여 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSFl, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6을 포함하는 mRNA를 코딩하는 유전자 또는 이의 조합의 발현을 넉다운운시키거나 억제하는 방법을 포함할 수 있다. 몇몇 실시양태에서, 유전자는 mRNA를 코딩하는 유전자일 수 있고, 상기 mRNA는 서열 번호 1 내지 40, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택된다. 몇몇 실시양태에서, 방광암은 방광 암종, 이행 세포 암종, 행비이 세포 암종, 예컨대, 제한 없이, 편평 세포 암종, 선암, 횡문근육종, 신경줄기 세포 종양, 자궁경부 암종 또는 림프종, 재발성 및 이행 방광암 또는 이의 조합으로부터 선택된다.
몇몇 실시양태에서, 방광암을 앓는 피험체를 진단하는 방법은 샘플을 얻는 단계 및 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSFl, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 암 관련 서열, 이의 보체 또는 이의 조합의 존재를 검출하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 암 관련 서열의 존재는 피험체가 방광암을 앓고 있다는 것을 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열은 서열 번호 1 내지 40, 이의 단편, 이의 보체, 이의 조합으로부터 선택될 수 있거나 동일한 것에 의해 코딩된다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 서열의 존재를 검출하는 것은 샘플을 암 관련 서열의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 다른 유형의 포획 시약과 접촉시키는 단계 및 샘플에서의 암 관련 서열의 단백질에 대한 결합의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서 방광암을 치료하는 방법으로서, LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBDI6, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 마커, 이의 보체 또는 이의 동족체의 활성을 조절하는 치료제를 이를 필요로 하는 피험체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 치료제는 피험체에서 암을 치료한다. 몇몇 실시양태에서, 마커는 서열 번호 1 내지 40, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서 방광암을 진단하는 방법으로서, 샘플로부터 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSFl, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 마커, 이의 보체 또는 이의 조합의 발현을 결정하는 단계; 및 마커의 발현에 기초하여 피험체에서 암을 진단하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 피험체는 마커가 과발현된 경우 암을 앓고 있는 것으로 진단된다. 몇몇 실시양태에서, 마커는 서열 번호 1 내지 40, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 시험 샘플에서 암을 검출하는 방법으로서, (ⅰ) 항체 수준을 검출하는 단계(항체는 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSFl, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 서열, 이의 보체, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 핵산 서열에 의해 코딩된 항원 폴리펩타이드에 결합함); 및 (ⅱ) 시험 샘플에서의 항체 수준을 대조군 샘플에서의 항체 수준과 비교하는 단계(대조군 샘플에서의 항체 수준에 대한 시험 샘플에서의 항체 수준 변경은 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타냄)를 포함하는 방법을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 핵산 서열은 서열 번호 1 내지 40, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 시험 샘플에서 암을 검출하는 방법으로서, (ⅰ) LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, AGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 핵산 서열, 이의 보체, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 핵산에 의해 코딩된 하나 이상의 폴리펩타이드의 활성 수준을 검출하는 단계; 및 (ⅱ) 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준을 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준과 비교하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준에 대한 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준 변경은 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 핵산 서열은 서열 번호 1 내지 40, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 시험 샘플에서 방광암을 검출하는 방법으로서, (ⅰ) LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSFl, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 핵산 서열, 이의 보체, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 핵산에 의해 코딩된 하나 이상의 폴리펩타이드의 발현 수준을 검출하는 단계; 및 (ⅱ) 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 발현 수준을 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 발현 수준에 대한 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 발현 수준 변경은 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 핵산 서열은 서열 번호 1 내지 41, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 시험 샘플에서 방광암을 검출하는 방법으로서, (ⅰ) LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 서열, 이의 보체, 이의 동족체, 이의 돌연변이체 핵산, 이의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 핵산 서열의 발현 수준을 검출하는 단계; 및 (ⅱ) 시험 샘플에서의 핵산 서열의 발현 수준을 정상 샘플에서 핵산 서열의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 정상 샘플에서의 핵산 서열의 발현 수준에 대한 시험 샘플에서의 핵산 서열의 발현 수준 변경은 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 핵산 서열은 서열 번호 1 내지 40, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 암에 대한 활성을 스크리닝하는 방법으로서, (a) LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP1, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 서열, 이의 보체, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 암 관련 유전자를 발현하는 세포를 암 약물 후보물질과 접촉시키는 단계; (b) 세포에서 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현에 대한 암 약물 후보물질의 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보물질의 부재 하의 발현 수준을 약물 후보물질의 존재 하의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고; 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현에 대한 효과는 후보물질이 암에 대한 활성을 갖는다는 것을 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 유전자는 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합을 포함하거나 동일한 것을 코딩한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 방광암에 대한 활성을 스크리닝하는 방법으로서, (a) LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, ATM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 서열, 이의 보체, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 포함하는 암 관련 유전자를 과발현하는 세포를 암 약물 후보물질과 접촉시키는 단계; (b) 암 약물 후보물질의 세포에서의 암 관련 폴리뉴클레오타이드의 발현의 효과 또는 세포 성장 또는 생존에 대한 효과를 검출하는 단계; 및 (c) 약물 후보물질의 부재 하의 발현 수준, 세포 성장 또는 생존을 약물 후보물질의 존재 하의 발현 수준, 세포 성장 또는 생존과 비교하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고; 암 관련 폴리뉴클레오타이드, 세포 성장 또는 생존의 발현에 대한 효과는 후보물질이 암 관련 유전자를 과발현하는 암 세포에 대해 활성을 갖는다는 것을 나타낸다. 몇몇 실시양태에서, 암 관련 유전자는 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합을 포함하거나 동일한 것을 코딩한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서 방광암을 진단하는 방법으로서, a) 제1 피험체의 제1 샘플에서 하나 이상의 핵산 서열의 발현을 결정하는 단계(하나 이상의 핵산 서열은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 서열, 이의 보체, 이의 동족체, 이의 조합 또는 이의 단편을 포함함); 및 b) 제1 피험체 또는 제2 비이환 피험체로부터의 제2 정상 샘플로부터의 하나 이상의 핵산 서열의 발현을 비교하는 단계(핵산 서열의 발현 차이는 제1 피험체가 암을 앓고 있다는 것을 나타냄)를 포함하는 방법을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 핵산 서열은 서열 번호 1 내지 40, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합으로부터 선택될 수 있다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서 방광암을 진단하는 방법으로서, a) 피험체에서 하나 이상의 유전자 또는 유전자 생성물 또는 이의 동족체의 발현을 결정하는 단계; 및 b) 피험체에서의 하나 이상의 유전자 또는 유전자 생성물 또는 이의 동족체의 발현을 피험체로부터의 정상 샘플 또는 비이환 피험체로부터의 정상 샘플로부터의 하나 이상의 유전자 또는 유전자 생성물 또는 이의 동족체의 발현과 비교하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 발현 차이는 피험체가 방광암을 앓고 있다는 것을 나타내고, 하나 이상의 유전자 또는 유전자 생성물은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBDI6, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 서열, 이의 보체, 이의 동족체 또는 이의 조합을 포함한다. 몇몇 실시양태에서, 유전자 또는 유전자 생성물은 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합을 코딩한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 시험 샘플에서 방광암을 검출하는 방법으로서, (ⅰ) 하나 이상의 폴리펩타이드의 활성 수준을 검출하는 단계; 및 (ⅱ) 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준을 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준과 비교하는 단계를 포함하는 방법을 제공하되, 정상 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준에 비해 시험 샘플에서의 폴리펩타이드의 활성 수준 변경은 시험 샘플에서의 암의 존재를 나타내고, 폴리펩타이드는 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 서열, 이의 보체의 유전자 생성물이다. 몇몇 실시양태에서, 폴리펩타이드는 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열, 이의 단편, 이의 보체 및 이의 조합을 포함한다.
몇몇 실시양태에서, 본 발명은 피험체에서 방광암을 진단하는 방법으로서, 피험체로부터 유래된 샘플로부터 하나 이상의 서열에 대한 하나 이상의 유전자 발현 결과를 얻는 단계(하나 이상의 서열은 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 서열, 이의 보체 또는 이의 조합을 포함함); 및 하나 이상의 유전자 발현 결과에 기초하여 피험체에서 암을 진단하는 단계(피험체는 하나 이상의 유전자가 과발현된 경우 암을 앓고 있는 것으로 진단됨)를 포함하는 방법을 제공한다. 몇몇 실시양태에서, 하나 이상의 서열은 서열 번호 1 내지 40으로부터 선택된 서열, 이의 단편, 이의 보체 또는 이의 조합을 포함한다.
실시예 1
LOC650517: LOC650517(수탁 번호 XR_019109.1)은 케라틴 17 위유전자 3을 코딩한다. LOC650517이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 1에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 LOC650517(프로브 서열 AAGAACCGCAAGGATGCCAAGGATTGGTTCTTCAGCAAGACAGAGGAACT; (서열 번호 62) 일루미나 프로브 ID ILMN_1653934) 검출된 강한 유전자 발현(>200 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 LOC650517 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 LOC650517의 발현은 일반적으로 낮았다(<200 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 LOC650517 발현 상승의 특이성은 LOC650517이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 LOC650517을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, LOC650517을 표적화하는 치료제는 LOC650517의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 2
FCRLB; FCRLB(수탁 번호 NM_001002901.2)는 호모 사피엔스 Fc 수용체 유사 B를 코딩한다. FCRLB가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 2에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 FCRLB(프로브 서열 CACCCTTAGCCCTTCAGATAAGCCTAGCCAGTACATATTTCAGCACAGGC; (서열 번호 63) 일루미나 프로브 ID ILMN_1782015) 검출된 강한 유전자 발현(>170 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 FCRLB 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 FCRLB의 발현은 일반적으로 낮았다(<170 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 FCRLB 발현 상승의 특이성은 FCRLB가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 FCRLB를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, FCRLB를 표적화하는 치료제는 FCRLB의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 3
IL1A; IL1A(수탁 번호 NM_000575.3)는 호모 사피엔스 인터류킨 1, 알파를 코딩한다. IL1A가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 3에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 IL1A(프로브 서열 CAGGGCATTTTGGTCCAAGTTGTGCTTATCCCATAGCCAGGAAACTCTGC; (서열 번호 64) 일루미나 프로브 ID ILMN_1658483) 검출된 강한 유전자 발현(>260 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 IL1A 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 IL1A의 발현은 일반적으로 낮았다(<260 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 IL1A 발현 상승의 특이성은 IL1A가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 IL1A를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, IL1A를 표적화하는 치료제는 IL1A의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 4
S100A2: S100A2(수탁 번호 NM_005978.3)는 호모 사피엔스 S100 칼슘 결합 단백질 A2를 코딩한다. S100A2가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 4에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 S100A2(프로브 서열 CTCAGCTGGAGTGCTGGGAGATGAGGGCCTCCTGGATCCTGCTCCCTTCT; (서열 번호 65) 일루미나 프로브 ID ILMN_1725852) 검출된 강한 유전자 발현(>1000 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 S100A2 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 S100A2의 발현은 일반적으로 낮았다(<1000 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 S100A2 발현 상승의 특이성은 S100A2가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 S100A2를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, S100A2를 표적화하는 치료제는 S100A2의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 5
MMP11: MMP11(수탁 번호 NM_005940.3)은 호모 사피엔스 매트릭스 메탈로펩티다제 11(스트로멜리신 3)을 코딩한다. MMP11이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 5에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 MMP11(프로브 서열 CAGGTCTTGGTAGGTGCCTGCATCTGTCTGCCTTCTGGCTGACAATCCTG; (서열 번호 66) 일루미나 프로브 ID ILMN_1655915) 검출된 강한 유전자 발현(>1600 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 MMP11 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 MMP11의 발현은 일반적으로 낮았다(<1600 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 MMP11 발현 상승의 특이성은 MMP11이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 MMP11을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, MMP11을 표적화하는 치료제는 MMP11의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 6
S100A7A: S100A7A(수탁 번호 NMJ76823.3)는 호모 사피엔스 S100 칼슘 결합 단백질 A7A를 코딩한다. S100A7A가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 6에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 S100A7A(프로브 서열 AGAGTTCTGACCAGCACCAGATAAGCTTCAGTGCTCTCCTTTCTTTGGCC; (서열 번호 67) 일루미나 프로브 ID ILMN_1673191) 검출된 강한 유전자 발현(>100 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 S100A7A 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 S100A7A의 발현은 일반적으로 낮았다(<100 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 S100A7A 발현 상승의 특이성은 S100A7A가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 S100A7A를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, S100A7A를 표적화하는 치료제는 S100A7A의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 7
UGT1A6: UGT1A6(수탁 번호 NM_205862.1)은 호모 사피엔스 UDP 글루쿠로노실트랜스퍼라제 1 패밀리, 폴리펩타이드 A6을 코딩한다. UGT1A6이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 7에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 UGT1A6(프로브 서열 TACCAGGCTTTCTGACTCCTGCTCTAGGATTCTCACCACGTACTGGCTAG; (서열 번호 68) 일루미나 프로브 ID ILMN_1752813) 검출된 강한 유전자 발현(>300 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 UGT1A6 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 UGT1A6의 발현은 일반적으로 낮았다(<300 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 UGT1A6 발현 상승의 특이성은 UGT1A6이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 UGT1A6을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, UGT1A6을 표적화하는 치료제는 UGT1A6의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 8
FAM83A: FAM83A(수탁 번호 NM_032899.4)가 서열 유사성 83, 구성원 A를 갖는 호모 사피엔스 패밀리를 코딩한다. FAM83A가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 8에 도시된 것처럼, FAM83A(프로브 서열 CAGCCTGGTCACCTCCTGAGGAATAAATGCTGAACCTCACAAGCCCCATC; (서열 번호 69) 일루미나 프로브 ID ILMN_2239774) 검출된 강한 유전자 발현(>800 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 FAM83A 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 FAM83A의 발현은 일반적으로 낮았다(<800 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 FAM83A 발현 상승의 특이성은 FAM83A가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 FAM83A를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, FAM83A를 표적화하는 치료제는 FAM83A의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 9
SLC1A6; SLC1A6(수탁 번호 NM_005071.1)은 호모 사피엔스 용질 담체 패밀리 1(높은 친화도 아스파르테이트/글루타메이트 수송체), 구성원 6을 코딩한다. SLC1A6이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 9에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 SLC1A6(프로브 서열 TGACCGGCTTCGCACAATGACCAACGTACTGGGGGACTCAATTGGAGCGG; (서열 번호 70) 일루미나 프로브 ID ILMN_2171471) 검출된 강한 유전자 발현(>120 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 SLC1A6 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 SLC1A6의 발현은 일반적으로 낮았다(<120 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 SLC1A6 발현 상승의 특이성은 SLC1A6이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 SLC1A6을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, SLC1A6을 표적화하는 치료제는 SLC1A6의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 10
UPK3B: UPK3B(수탁 번호 NM_182684.1)는 호모 사피엔스 유로플라킨(uroplakin) 3B(UPK3B), 전사체 변이체 2를 코딩한다. UPK3B가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 10에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 UPK3B(프로브 서열 GCTCACCCAGGGCTGAGACCAAGTGGTCAGACCCCATCACTCTCCACCAA; (서열 번호 71) 일루미나 프로브 ID ILMN_2264177) 검출된 강한 유전자 발현(>220 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 UPK3B 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 UPK3B의 발현은 일반적으로 낮았다(<220 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 UPK3B 발현 상승의 특이성은 UPK3B가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 UPK3B를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, UPK3B를 표적화하는 치료제는 UPK3B의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 11
BX116033; BX116033(수탁 번호 BX116033)은 BX116033 NCI_CGAP_Lu24 호모 사피엔스 cDNA 클론 IMAGp998A155622, mRNA 서열을 코딩한다. BX116033이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 11에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 BX116033(프로브 서열 TGCCGTATTCTTGGTGTCTGGAGCAGTGCCTGACCTGTGGCGGGTGCTTA; (서열 번호 72) 일루미나 프로브 ID ILMN_1863962) 검출된 강한 유전자 발현(>200 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 BX116033 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 BX116033의 발현은 일반적으로 낮았다(<200 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 BX116033 발현 상승의 특이성은 BX116033이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 BX116033을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, BX116033을 표적화하는 치료제는 BX116033의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 12
MMP12; MMP12(수탁 번호 NM_002426.2)는 호모 사피엔스 매트릭스 메탈로펩티다제 12(마크로파지 엘라스타제)를 코딩한다. MMP12가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 12에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 MMP12(프로브 서열 TCTATTTGAAGCATGCTCTGTAAGTTGCTTCCTAACATCCTTGGACTGAG; (서열 번호 73) 일루미나 프로브 ID ILMN_2073758) 검출된 강한 유전자 발현(>120 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 MMP12 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 MMP12의 발현은 일반적으로 낮았다(<120 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 MMP12 발현 상승의 특이성은 MMP12가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 MMP12를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, MMP12를 표적화하는 치료제는 MMP12의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 13
KRT16: KRT16(수탁 번호 NM_005557.2)은 호모 사피엔스 케라틴 16(국소성 비표피박리 장척각화증)을 코딩한다. KRT16이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 13에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 KRT16(프로브 서열 AGGAGTACCAGATCTTGCTGGATGTGAAGACGCGGCTGGAGCAGGAGATT; (서열 번호 74) 일루미나 프로브 ID ILMN_2228162) 검출된 강한 유전자 발현(>520 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 KRT16 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 KRT16의 발현은 일반적으로 낮았다(<520 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 KRT16 발현 상승의 특이성은 KRT16이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 KRT16을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, KRT16을 표적화하는 치료제는 KRT16의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 14
UBD; UBD(수탁 번호 NM 006398.2)는 호모 사피엔스 유비퀴틴 D를 코딩한다. UBD가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 1에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 UBD(프로브 서열 CCTCCTCCAGGTGCGAAGGTCCAGCTCAGTGGCACAAOTGAAAGCAATGA; (서열 번호 75) 일루미나 프로브 ID ILMN_1678841) 검출된 강한 유전자 발현(>170 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 UBD 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 UBD의 발현은 림프절(1076 RFU)을 제외하고 일반적으로 낮았다(<170 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 UBD 발현 상승의 특이성은 UBD가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 UBD를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, UBD를 표적화하는 치료제는 UBD의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 15
UGT1A6; UGT1A6(수탁 번호 NM_001072.3)은 호모 사피엔스 UDP 글루쿠로노실트랜스퍼라제 1 패밀리, 폴리펩타이드 A6을 코딩한다. UGT1A6이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 15에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 UGT1A6(프로브 서열 GGCCGGTCATGCCCAACATGGTCTTCATTGGAGGTATCAACTGTAAGAAG; (서열 번호 76) 일루미나 프로브 ID ILMN_1706390) 검출된 강한 유전자 발현(>200 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 UGT1A6 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 UGT1A6의 발현은 일반적으로 낮았다(<200 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 UGT1A6 발현 상승의 특이성은 UGT1A6이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 UGT1A6을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, UGT1A6을 표적화하는 치료제는 UGT1A6의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 16
S100A7; S100A7(수탁 번호 NM_002963.3)은 호모 사피엔스 S100 칼슘 결합 단백질 A7을 코딩한다. S100A7이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 16에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 S100A7(프로브 서열 GCTGAGAGGTCCATAATAGGCATGATCGACATGTTTCACAAATACACCAG; (서열 번호 77) 일루미나 프로브 ID ILMN_1757351) 검출된 강한 유전자 발현(>420 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 S100A7 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 S100A7의 발현은 일반적으로 낮았다(<420 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 S100A7 발현 상승의 특이성은 S100A7이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 S100A7을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, S100A7을 표적화하는 치료제는 S100A7의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 17
WISP3: WISP3(수탁 번호 NM_003880.2)은 호모 사피엔스 WNT1 유도성 신호전달 경로 단백질 3을 코딩한다. WISP3이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 17에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 WISP3(프로브 서열 GCTGTGGATTACATCTTGTGTGTGTCAGAGAAACTGCAGAGAACCTGGAG; (서열 번호 78) 일루미나 프로브 ID ILMN_1712360) 검출된 강한 유전자 발현(>170 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 WISP3 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 WISP3의 발현은 일반적으로 낮았다(<170 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 WISP3 발현 상승의 특이성은 WISP3이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 WISP3을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, WISP3을 표적화하는 치료제는 WISP3의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 18
PTHLH; PTHLH(수탁 번호 NM_198964.1)는 호모 사피엔스 부갑상선 호르몬 유사 호르몬을 코딩한다. PTHLH가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 18에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 PTHLH(프로브 서열 TGGTTAGACTCTGGAGTGACTGGGAGTGGGCTAGAAGGGGACCACCTGTC; (서열 번호 79) 일루미나 프로브 ID ILMN_1785699) 검출된 강한 유전자 발현(>900 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 PTHLH 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 PTHLH의 발현은 일반적으로 낮았다(<900 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 PTHLH 발현 상승의 특이성은 PTHLH가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 PTHLH를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, PTHLH를 표적화하는 치료제는 PTHLH의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 19
COL10A1: COL10A1(수탁 번호 NM_000493.3)은 호모 사피엔스 콜라겐, 유형 X, 알파 1을 코딩한다. COL10A1이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 19에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 COL10A1(프로브 서열 CCCCTAAAATATTTCTGATGGTGCACTACTCTGAGGCCTGTATGGCCCCT; (서열 번호 80) 일루미나 프로브 ID ILMN_1672776) 검출된 강한 유전자 발현(>100 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 COL10A1 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 COL10A1의 발현은 골(477 RFU)을 제외하고 일반적으로 낮았다(<100 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 COL10A1 발현 상승의 특이성은 COL10A1이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 COL10A1을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, COL10A1을 표적화하는 치료제는 COL10A1의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 20
SERPINB4: SERPINB4(수탁 번호 NM_002974.2)는 호모 사피엔스 세르핀 펩티다제 억제제, 계통군 B(난알부민), 구성원 4를 코딩한다. SERPINB4가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 20에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 SERPINB4(프로브 서열 GCATGACCTGGAGCCACGGTCTCTCAGTATCTAAAGTCCTACACAAGGCC; (서열 번호 81) 일루미나 프로브 ID ILMN_1782716) 검출된 강한 유전자 발현(>2000 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 SERPINB4 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 SERPINB4의 발현은 일반적으로 낮았다(<2000 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 SERPINB4 발현 상승의 특이성은 SERPINB4가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 SERPINB4를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, SERPINB4를 표적화하는 치료제는 SERPINB4의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 21
UBE2C: UBE2C(수탁 번호 NM_181803.1)는 호모 사피엔스 유비퀴틴 접합 효소 E2C를 코딩한다. UBE2C가 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 21에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 UBE2C(프로브 서열 CCCTCATGAACCCAACATTGATAGTCCCTTGAACACACATGCTGCCGAGC; (서열 번호 82) 일루미나 프로브 ID ILMN_1714730) 검출된 강한 유전자 발현(>500 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 UBE2C 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 UBE2C의 발현은 일반적으로 낮았다(<500 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 UBE2C 발현 상승의 특이성은 UBE2C가 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 UBE2C를 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, UBE2C를 표적화하는 치료제는 UBE2C의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 22
SEN: SFN(수탁 번호 NM_006142.3)은 호모 사피엔스 스트라티핀을 코딩한다. SFN이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 22에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 SFN(프로브 서열 CTCTGATCGTAGGAATTGAGGAGTGTCCCGCCTTGTGGCTGAGAACTGGA; (서열 번호 83) 일루미나 프로브 ID ILMN_1806607) 검출된 강한 유전자 발현(>3000 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 SFN 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 SFN의 발현은 일반적으로 낮았다(<3000 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 SFN 발현 상승의 특이성은 SFN이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 SFN을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, SFN을 표적화하는 치료제는 SFN의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 23
Figure pct00003
KRT17P3: KRT17P3(수탁 번호 XR 015626.2)은 호모 사피엔스를 코딩한다. KRT17P3이 방광 종양에 대한 신규한 마커인 것으로 본 명세서에 개시되어 있다. 도 23에 도시된 것처럼, 방광 종양 이행 세포 암종에서 KRT17P(프로브 서열 TGGGCTGACCTTGGCCAGAGCCGACCTGGAGATGCAGATTGAGAACCTCA; (서열 번호 84) 일루미나 프로브 ID ILMN_3195198) 검출된 강한 유전자 발현(>3000 RFU)에 특이적인 프로브인 일루미나 마이크로어레이에 의해 KRT17P3 발현을 평가하였다. 반대로, 정상 방광, 대장, 직장, 자궁경부, 자궁내막, 자궁근층, 난소, 나팔관, 골, 골격근, 피부, 비만 조직, 연조직, 폐, 신장, 식도, 림프절, 갑상선, 방광, 췌장, 전립선, 직장, 간, 비장, 위, 척수, 뇌, 고환, 갑상선 및 침샘을 포함하는 매우 다양한 정상 조직에서의 KRT17P3의 발현은 일반적으로 낮았다(<3000 RFU). 본 명세서에 기재된 방광의 악성 종양 기원에서의 KRT17P3 발현 상승의 특이성은 KRT17P3이 (예를 들면, 방광 종양 이행 세포 암종 및 이행 방광 종양(이들로 제한되지는 않음)을 비롯한) 방광암의 진단을 위한 마커이고 방광암에서 치료학적 중재를 위한 표적이라는 것을 나타낸다. 마커를 뇨 및/또는 혈청에서 검출할 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 KRT17P3을 표적화하는 치료제를 확인할 수 있고, KRT17P3을 표적화하는 치료제는 KRT17P3의 활성을 조절하는 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 항체의 제조 및 용도가 본 명세서에 기재되어 있다.
실시예 24
정상 방광 조직 및 방광 종양에서 qRT PCR을 수행하였다. 전체 RNA를 추출(RNeasy, Qiagen)한 후, cDNA를 단독으로 또는 올리고-dT 프라이머(인비트로겐(Invitrogen)/라이프 테크놀로지스(Life Technologies)로부터의 모든 역전사 성분)와 조합하여 무작위 헥사머 프라이머와 함께 슈퍼스크립트(Superscript) III 역전사효소를 사용하여 생성하였다. SYBR(등록상표) 그린 I(어플라이드 바이오시스템즈/라이프 테크놀로지스) 또는 타크만 케미스트리즈를 사용하여 7900HT 서열 검출 시스템(Sequence Detection System) 또는 7500 실시간 PCR 시스템(어플라이드 바이오시스템즈/라이프 테크놀로지스)에서 PCR을 수행하였다. 상응하게 설계된 프라이머와 함께 유니버셜 프로브 라이브러리(UPL)(로슈(Roche))로부터의 프로브로 타크만 PCR을 수행하였다. 배경: UPL 시스템은 인간 mRNA 전사의 광범위한 비율을 커버하는 비교적 적은 수의 짧은 가수분해 프로브를 포함한다. UPL 프로브는 프로브의 용융 온도를 증가시키는 잠긴 핵산(LNA)을 포함한다. 이는 프로브 및 더 긴 비변형된 프라이머가 동일한 온도에서 어닐링되게 한다.
연구된 각각의 유전자에 대한 프라이머가 하기 제공된다.
Figure pct00004
Figure pct00005
결과는 도 24 내지 도 36에 제시되어 있고 MMP11, MMP12, COL10A1, KRT6A, SFN, FCRLB, SERPINB5, IL1A, KRT16, SLC1A6, S100A2, S100A7A 및 DSCR6의 발현이 정상 방광 조직과 비교하여 방광 종양 샘플에서 모두 상승하였다는 것을 나타낸다.
실시예 25
결찰 의존적 증폭(LIGATION-DEPENDENT AMPLIFICATION: LDA) 플렉스스크립트(FLEXSCRIPT) 검정(루미넥스 코포레이션(Luminex Corporation)). LDA를 이용하여 이전 실시예에 포함된 표에 개시된 UBE2C에 대한 프라이머를 사용하여 정상 방광 조직 및 방광 종양에서의 유전자 UBE2C의 발현을 분석하였다.
LDA 플렉스스크립트 검정은 멀티플렉스 실시간 역전사 중합효소 사슬 반응(qRT-PCR)에 기초하고, 이후 상이한 유형의 PCR 생성물을 상이한 유형의 비드에 하이브리드화하고 마지막으로 비드 결합 PCR 생성물을 검출하고 정량화하였다. 간단히 말하면, RNA를 역전사하였다. 이후, 표적당 2개의 프로브를 상보적인 DNA(cDNA)에서 인전한 구역에 하이브리드화하고 열안정 리가제에 결찰하였다. 프로브-프로브 쌍을 프로브의 5' 연장부에 결합하는 범용 프라이머를 사용하여 PCR 증폭시키고(반응이 동적 범위, 즉 지수 증폭상에서 있는 것으로 예상되는 사이클 수를 선택), 람다 엑소뉴클리아제로 처리하여 가닥 중 하나를 제거하였다. 이후, 남은 (바이오티닐화) 가닥을 루미넥스 마이크로구에 부착된 독특한 올리고뉴클레오타이드에 하이브리드화하고, 스트렙타비딘-피코에리트린(PE)과 항온처리하고, PE 형광에 기초하여 정량화하였다.
도 37에 제시된 결과는 UBE2C 발현이 정상 방광 조직에 비교하여 방광 종양이 상승되었다는 것을 나타낸다.
실시예 26
실시예 26은 MMP11 및 COL10A1에 대한 ELISA 데이터(도 38-39)를 제공한다.
제조업자의 설명서에 따라 USCN ELISA 키트(USCN)를 사용하여 혈청에서 2개의 단백질 마커의 수준을 평가하였다. 간단히 말하면, 100㎕의 블랭크, 표준품 및 특정 희석을 갖는 샘플을 96웰 플레이트의 적절한 웰에 첨가한 후, 37℃에서 2시간 항온처리하였다. 액체를 제거한 후, 100㎕의 검출 시약 A를 각각의 웰에 첨가하고 37℃에서 1시간 동안 항온처리하였다. 시약 A를 제거한 후, 각각의 웰을 350㎕의 세척액으로 3회 세척하였다. 100㎕의 검출 시약 B를 각각의 웰에 첨가하고 37℃에서 30분 동안 항온처리하였다. 시약 B를 제거한 후, 각각의 웰을 350㎕의 세척액으로 5회 세척하였다. 90㎕의 기질 용액을 각각의 웰에 첨가하고 37℃에서 15-25분 동안 항온처리하였다. 50㎕의 중지 용액을 각각의 웰에 첨가하였다. 450㎚에서 모레큘러 디바이스 SpectraMax250 또는 BioTek Synergy H1 플레이트 판독기에서 플레이트를 판독하였다. 표준 곡선을 키트에 제공된 표준품으로부터 유도하고 이 곡선으로부터 샘플 값을 외삽하였다.
이 결과는 도 38-39에 도시되어 있고 MMP11 및 COL10A가 방광암 환자로부터 혈청에서 상승되었다는 것을 나타낸다.
실시예 27
배출 뇨에서의 마커 COL10A, MMP11, SFN 및 FCRLB의 아가로스 겔 분석. RNA를 ZR 뇨 RNA 아이솔레이션 키트(ZR Urine RNA Isolation Kit)(상표명)(Zymo Research)로 배출된 뇨에서 세포로부터 추출한 후, 무작위 헥사머 및 올리고-dT 프라이머(인비트로겐/라이프 테크놀로지스)의 존재 하에 슈퍼스크립트 III 역전사효소를 사용하여 역전사시켰다. 50회 사이클의 PCR 후, 에티듐 브로마이드를 포함하는 프리캐스트 4% 아가로스(HR) 겔(E-Gel(등록상표), 인비트로겐/라이프 테크놀로지스)에서 생성물을 분석하였다. 뇨 시편: 모두 남성 개체로부터 얻고, 3개는 방광암(1-3)이고 3개는 건강한 대조군(A-C)임. GAPDH는 로딩 및/또는 양성 대조군으로서 작용한다.
Figure pct00006
결과는 도 40에 제시되어 있고, 마커 COL10A, MMP11, SFN 및 FCRLB의 검출 가능한 수준이 방광암 환자의 뇨에서 발견될 수 있다는 것을 나타낸다.
실시예 28
면역형광 현미경검사
아스테란드(Asterand)(Detroit, MI)로부터 파라핀 포매 조직 절편을 얻었다. 이 절편은 정상 방광 조직(암의 이력이 없는 공여자) 및 방광 캐리어 조직을 포함하였다. 항체로 염색하기 전에, 절편을 크실렌 중에 탈랍시키고 에탄올의 사이클(100%, 95%, 70%)에서 재수화시킨 후 증류수 중에 세척하였다. 슬라이드를 IHC-스테이머 세트(Steamer Set)(IHC World #IW-1102)를 사용하여 95℃에서 40분 동안 항온처리하여 에피토프 회수 완충제(IHC World #IW-1100) 중에 항원 회수를 수행하였다. 1:100 희석으로 다중클론 래빗 항-인간 MMP11 항체(Abeam #ab52904)를 사용하여 면역염색을 수행하였다. 1:200 희석으로 알렉사 플루오르(Alexa Fluor) 594 당나귀 항-래빗 IgG(라이프 사이언시스 #A21207)를 사용하여 1차 항체를 검출하였다.
DAPI을 갖는 벡타쉴드(vectashield) 탑재 배지를 사용하여 염색된 샘플(벡터 래보러토리즈(Vector Laboratories) #H-1200)을 보존하였다. 10,000의 확대로 니콘 에클립스(Nikon Eclipse) TE2000-U 및 X-Cite 120 형광 조명 시스템(Lumen Dynamics)을 사용하여 400밀리초의 노출 시간으로이미지를 취했다.
결과가 도 41에 도시되어 있고, MMP11이 정상 방광 조직에서가 아니라 방광암 샘플에서 검출한다는 것을 나타낸다. 청색 염색은 dapi 검출을 나타내고; 적색 염색은 MMP11 검출을 나타낸다.
SEQUENCE LISTING <110> Oncocyte Corporation <120> Methods and Compositions for the Treatment and Diagnosis of Bladder Cancer <130> WO2013/074837 <140> PCT/US2012/065353 <141> 2012-11-15 <150> US 61/559,806 <151> 2011-11-15 <160> 122 <170> PatentIn version 2.0 <210> 1 <211> 1317 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 agggaagcgt gtgaaccccc acagccctac acaacttggg gcccctctcc tccccagccc 60 ttctcctgtg tgcctgcctc ctgccgccgc caccatgacc accaccatcc accagttcac 120 ctcctccagc tccatcaagg gctcctccgg cctgggagtg gctcatcccg cacctcctgc 180 cggctgtctg gcggcctggg tgccggctcc tgcaggctgg gatctgctgg tggcctgggc 240 agtgccctcc ggggtagcag ctattccagc tgctactgct ttggctctgg cggtggctat 300 ggcagcagct ttgggggcgt tgatgggctg ctggccggag gtgagaaggc caccatgcag 360 aacctcaatg accgcctggc ctcctacctg gacaagatgc gcgccctgga ggaggccaac 420 actgagctgg aggtgaagat ccgtgactgg taccagaggc aggccccggg gcccgcccgt 480 gactacagcc agtactacag gacaatcgag gagctgcaga acaagatcct cacagccacc 540 ttgaacaatg ccaacatcct gctacagatt gacaatgccc atctggctgc 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<211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 73 tctatttgaa gcatgctctg taagttgctt cctaacatcc ttggactgag 50 <210> 74 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 74 aggagtacca gatcttgctg gatgtgaaga cgcggctgga gcaggagatt 50 <210> 75 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 75 cctcctccag gtgcgaaggt ccagctcagt ggcacaagtg aaagcaatga 50 <210> 76 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 76 ggccggtcat gcccaacatg gtcttcattg gaggtatcaa ctgtaagaag 50 <210> 77 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 77 gctgagaggt ccataatagg catgatcgac atgtttcaca aatacaccag 50 <210> 78 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 78 gctgtggatt acatcttgtg tgtgtcagag aaactgcaga gaacctggag 50 <210> 79 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 79 tggttagact ctggagtgac tgggagtggg ctagaagggg accacctgtc 50 <210> 80 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 80 cccctaaaat atttctgatg gtgcactact ctgaggcctg tatggcccct 50 <210> 81 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 81 gcatgacctg gagccacggt ctctcagtat ctaaagtcct acacaaggcc 50 <210> 82 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 82 ccctcatgaa cccaacattg atagtccctt gaacacacat gctgccgagc 50 <210> 83 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 83 ctctgatcgt aggaattgag gagtgtcccg ccttgtggct gagaactgga 50 <210> 84 <211> 50 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 84 tgggctgacc ttggccagag ccgacctgga gatgcagatt gagaacctca 50 <210> 85 <211> 19 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 85 accgctggag ccagacgcc 19 <210> 86 <211> 25 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 86 tctggactac acattcagga ggcac 25 <210> 87 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 87 gggcctcaat ggacccaccg 20 <210> 88 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 88 tgaggagtgc aggctgaatg gc 22 <210> 89 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 89 gtggagaggg actggcagag c 21 <210> 90 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 90 gccaggccgt gcgctacttc c 21 <210> 91 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 91 actggtggca ggggcttcta gc 22 <210> 92 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 92 ggttgagttt aagccaatcc a 21 <210> 93 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 93 atcgaggacc tgaggaacaa 20 <210> 94 <211> 19 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 94 ctatgggcac gtcttccag 19 <210> 95 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 95 tctgccacct ggtctgccac a 21 <210> 96 <211> 19 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 96 aagcctgctg acgatgatg 19 <210> 97 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 97 atccagacac ctggagatgc tg 22 <210> 98 <211> 25 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 98 gatagtccct tgaacacaca tgctg 25 <210> 99 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 99 cgagaggcca atgctgggta gc 22 <210> 100 <211> 27 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 100 gtcacagaga gctggttctg aattgtc 27 <210> 101 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 101 ctgggccttt ggcctgcctt 20 <210> 102 <211> 24 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 102 caatggctct gccactgctg gaac 24 <210> 103 <211> 25 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 103 gggacactcc tcaattccta cgatc 25 <210> 104 <211> 25 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 104 cttgcactgt cacagccacc ttagc 25 <210> 105 <211> 28 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 105 gccatctaaa gtaactaaac ccatagac 28 <210> 106 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 106 tgctgaccta ggcttgatga 20 <210> 107 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 107 gggccagttc atgctcatac 20 <210> 108 <211> 18 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 108 ggacgaacct ggtgatgc 18 <210> 109 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 109 agtgaccagc acagccagcg 20 <210> 110 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 110 gcgaggtaat gtatgccctt t 21 <210> 111 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 111 actccgcagg tattcttgac gc 22 <210> 112 <211> 25 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 112 ccgagctctg gaaaaacccc acagc 25 <210> 113 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 113 gggcctcaat ggacccaccg 20 <210> 114 <211> 19 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 114 accgctggag ccagacgcc 19 <210> 115 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 115 gtggagaggg actggcagag c 21 <210> 116 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 116 gccaggccgt gcgctacttc c 21 <210> 117 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 117 ggcctccaag gagtaagacc 20 <210> 118 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 118 ctgggccttt ggcctgcctt 20 <210> 119 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 119 cgagaggcca atgctgggta gc 22 <210> 120 <211> 25 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 120 gggacactcc tcaattccta cgatc 25 <210> 121 <211> 25 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 121 cttgcactgt cacagccacc ttagc 25 <210> 122 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 122 aggggtctac atggcaactg 20

Claims (32)

  1. 피험체에서 방광암을 검출하는 방법으로서, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; b) 상기 피험체로부터 얻은 샘플을 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 b)로부터의 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; 및 d) 상기 피험체로부터 얻은 샘플에서의 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 발현 수준을 비암성 세포에서의 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSFl, KRT6A, CXCL9, SERPINBS, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하되, 비암성 세포와 비교하여 샘플에서의 유전자 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSFl, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로 코딩된 일련의 마커의 더 높은 발현 수준은 상기 피험체가 방광암을 앓고 있다는 것을 나타내는 것인, 방광암의 검출 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 피험체는 인간인 것인, 방광암의 검출 방법..
  3. 제1항에 있어서, 상기 샘플은 체액인 피험체에서 것인, 방광암의 검출 방법.
  4. 제3항에 있어서, 상기 체액은 혈액인 것인, 방광암의 검출 방법.
  5. 제3항에 있어서, 상기 체액은 혈청인 것인, 방광암의 검출 방법.
  6. 제3항에 있어서, 상기 체액은 뇨인 것인, 방광암의 검출 방법.
  7. 제1항에 있어서, 상기 샘플은 조직 샘플인 것인, 방광암의 검출 방법.
  8. 제1항에 있어서, 상기 샘플은 세포로 이루어진 것인, 방광암의 검출 방법.
  9. 제1항에 있어서, 상기 하나 이상의 물질은 핵산인 것인, 방광암의 검출 방법.
  10. 제1항에 있어서, 상기 하나 이상의 물질은 단백질인 것인, 방광암의 검출 방법.
  11. 제10항에 있어서, 상기 단백질은 항체인 것인, 방광암의 검출 방법.
  12. 피험체에서 방광암을 검출하는 방법으로서, a) 피험체로부터 샘플을 얻는 단계; b) 상기 피험체로부터 얻은 샘플을 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 발현을 검출하는 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; c) 비암성 세포를 b)로부터의 하나 이상의 물질과 접촉시키는 단계; 및 d) 비암성 세포에서의 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBDI6, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하되, 비암성 세포와 비교하여 피험체로부터 얻은 샘플에서의 LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6 또는 이의 보체로부터 선택된 유전자로 코딩된 하나 이상의 마커의 샘플에서의 더 높은 발현 수준은 상기 피험체가 방광암을 앓고 있다는 것을 나타내는 것인, 방광암의 검출 방법.
  13. 제12항에 있어서, 상기 피험체는 인간인 것인, 방광암의 검출 방법.
  14. 제12항에 있어서, 상기 샘플은 체액인 것인, 방광암의 검출 방법.
  15. 제14항에 있어서, 상기 체액은 혈액인 것인, 방광암의 검출 방법.
  16. 제14항에 있어서, 상기 체액은 혈청인 것인, 방광암의 검출 방법.
  17. 제14항에 있어서, 상기 체액은 뇨인 것인, 방광암의 검출 방법.
  18. 제12항에 있어서, 상기 샘플은 조직 샘플인 것인, 방광암의 검출 방법.
  19. 제12항에 있어서, 상기 샘플은 세포로 이루어진 것인, 방광암의 검출 방법.
  20. 제12항에 있어서, 상기 하나 이상의 물질은 핵산인 것인, 방광암의 검출 방법.
  21. 제12항에 있어서, 상기 하나 이상의 물질은 단백질인 것인, 방광암의 검출 방법.
  22. 제21항에 있어서, 상기 단백질은 항체인 것인, 방광암의 검출 방법.
  23. 샘플에서의 방광암을 검출하기 위한 키트로서, LOC650517, FCRLB, IL1A, S100A2, MMP11, S100A7A, UGT1A6, FAM83A, SLC1A6, UPK3B, BX116033, MMP12, KRT16, UBD, UGT1A6, S100A7, WISP3, PTHLH, COL10A1, SERPINB4, UBE2C, BTBD16, SFN, KRT17P3, VGLL1, CDH3, CXCL10, S100A9, GJB2, TH, GSTM1, AIM2, NMU, MAGEA10, DSCR8, GTSF1, KRT6A, CXCL9, SERPINB5, DSCR6으로부터 선택된 하나 이상의 유전자로 코딩된 마커에 결합하는 하나 이상의 물질을 포함하는 키트.
  24. 제23항에 있어서, 상기 하나 이상의 물질은 핵산인 것인 키트.
  25. 제23항에 있어서, 상기 하나 이상의 물질은 단백질인 것인 키트.
  26. 제23항에 있어서, 상기 단백질은 항체인 것인 키트.
  27. 제23항에 있어서, 상기 샘플은 인간으로부터 얻은 것인 키트.
  28. 제23항에 있어서, 상기 샘플은 체액인 것인 키트.
  29. 제23항에 있어서, 상기 체액은 혈액인 것인 키트.
  30. 제23항에 있어서, 상기 체액은 혈청인 것인 키트.
  31. 제23항에 있어서, 상기 샘플은 조직인 것인 키트.
  32. 제23항에 있어서, 상기 샘플은 세포로부터 얻은 것인 키트.
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