KR20210133199A - 연령에 따른 방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트 - Google Patents

연령에 따른 방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트 Download PDF

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Abstract

본 발명은 방광암 환자의 연령에 따른 예후 진단용 조성물, 방광암의 예후 진단용 키트 및 이를 이용하여 방광암의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다. 본 발명의 방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트를 이용하여, 방광암 환자의 연령에 따라 치료 후 생존 가능성 또는 재발 가능성 등의 예후를 진단 및 예측함으로써 방광암 환자의 치료 전략을 수립하는데 도움을 줄 수 있다.

Description

연령에 따른 방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트{Composition And Kit For Diagnosing Prognosis Of Bladder Cancer According To Age}
본 발명은 방광암 환자의 연령에 따른 방광암의 예후 진단용 조성물, 방광암의 예후 진단용 키트 및 이를 이용하여 방광암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.
방광암(bladder cancer, BC)은 비뇨기계 영역에서 가장 빈번하게 발생하는 암으로서, 서양에서는 매년 인구 10만 명당 16.5명이 발병하는데 비하여 한국에서는 4.5명이 발생하는 것으로 보고되고 있다. 이처럼 서양에 비하여는 발생률이 낮으나, 해마다 발생률이 높아지고 있으며, 우리나라에서는 비뇨기계 암 중 가장 발생빈도가 높은 암으로 알려져 있다(Lee C, et al., 1992).
방광암은 침윤정도에 따라 크게 비침윤성 방광암(non-muscle invasive bladder cancer, NMIBC)과 침윤성(muscle invasive bladder cancer, MIBC) 방광암으로 구분된다. 비침윤성 방광암은 암이 근육층의 침범 없이 점막에 국한된 병변으로써 경요도 방광절제술(transurethral resection of bladder tumor) 시행 후 위험 인자 유무에 따라 방광내 항암제 또는 BCG를 주입함으로써 비교적 간단하게 치료가 가능하나, 암의 재발과 침윤성 암으로의 진행이 문제가 된다.
한편, 침윤성 방광암은 암이 근육층까지 침투한 상태를 말하는 것으로서, 이의 치료를 위하여는 근치적 방광적출술과 함께 복잡한 요로전환(urinary diversion)을 수행하여야 할 뿐 아니라, 환자에게 치명적인 결과를 초래할 수도 있다. 따라서, 일차 치료 후 재발과 진행에 대한 예측과 조기발견 및 예방이 매우 중요하다.
이러한 이유로 방광암의 조기 진단과 암 발병 후 남은 수명을 체크할 수 있는 마커의 개발이 필요하다. 특허문헌 1에는 인간 방광암의 검출 또는 진단에 사용될 수 있는 일련의 유전자 마커를 개시하고 있다.
방광암을 비롯한 암을 진단하기 위한 마커가 개발되고 있으나, 방광암 환자의 재발, 또는 재발성 방광암 환자의 생존률과 특정 유전자의 돌연변이의 연관성에 대해서는 아직까지 연구가 이루어지지 않은 실정이다.
본 발명자는 방광암을 진단하거나, 방광암 환자에 대한 치료제를 발굴하여 치료 전략을 결정하기 위해서, 방광암 환자의 예후를 진단할 수 있는 마커의 개발의 필요성에 착안하여 방광암 환자에서 발견되는 유전자 변이와 환자의 연령과의 연관성에 대해서 연구하였다.
한국 특허공개공보 제2014-0092905호(2014.07.24)
방광암 환자에 적합한 치료적 전략을 적용하기 위해서는, 방광암 환자의 예후를 예측하고 및 치료 전략을 결정하는데 정보를 제공해 줄 수 있는 마커의 개발이 필요하다. 본 발명은 방광암 환자의 연령에 기반하여, 방광암 환자의 예후 진단 및 방광암 환자의 치료 전략 결정에 도움을 주는 마커를 제공하는 것을 과제로 한다.
본 발명의 일 양태는 CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, FBN1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, KLK12 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 포함하는 방광암 환자의 연령 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 방광암의 예후 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명의 다른 양태는 CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, FBN1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, KLK12 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 포함하는 방광암 환자의 연령 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 방광암의 예후 진단용 키트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 양태는 방광암 환자의 샘플로부터 시료 DNA를 준비하는 단계; 및 상기 시료 DNA에 대해 상기 방광암의 예후 진단용 조성물 또는 상기 방광암의 예후 진단용 키트를 이용하여 연령 특이적 마커의 유무를 확인하는 단계;를 포함하는 방광암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
본 발명의 방광암의 예후 진단용 조성물 및 이를 포함하는 방광암의 예후 진단용 키트를 이용하여, 방광암 환자의 연령에 기반하여 치료 후 생존 가능성 또는 재발 가능성 등의 예후를 진단 및 예측할 수 있다. 이로써 방광암 환자의 치료 전략을 수립하는데 도움을 줄 수 있다.
도 1 내지 도 11은 본 발명의 일 구현예로서, 후보 유전자 제1군&제2군의 각각의 유전자에 대해서, 해당 유전자에 돌연변이가 있는 방광암 환자(적색)와 해당 유전자에 돌연변이가 없는 방광암 환자(청색)의 총 생존율 및 무병 생존율의 그래프를 나타낸다.
본 명세서에 있어서, 달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어들은 본 발명이 속하는 기술 분야의 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 일반적으로, 본 명세서에서 사용된 명명법 및 이하에 기술하는 실험 방법은 본 기술분야에서 잘 알려져 있고 통상적으로 사용되는 것이다.
본 발명에서 용어 '유전자' 및 이의 변형물은 폴리펩티드 사슬 생성에 관여한 DNA 조각을 포함하며; 이는 코딩 부위 이전 및 이후의 부위, 예를 들면 프로모터 및 3'-미번역 부위를 각각 포함할 뿐 아니라, 개별적인 코딩 단편(엑손) 사이의 개입 서열(인트론)을 포함한다.
본 발명에서 용어 '암'은 이상 세포의 조절되지 않는 성장을 특징으로 하는 질환 부류의 임의의 일원을 포함한다. 상기 용어는, 악성, 양성, 연조직 또는 고형 중 어느 것으로 특징지어지든, 모든 알려진 암 및 신생물 상태, 및 전이 전/후의 암을 포함하는 모든 시기 및 등급의 암을 포함한다.
본 발명에서 용어 '예후'란 암과 같은 신생물 질환의 예를 들어 재발, 전이성 확산 및 약물 내성을 비롯한 암-기인성 사망 또는 진행의 가능성 등의 병의 경과 및 완치 여부를 의미한다. 본 발명의 목적상 방광암의 예후를 예측하는 것일 수 있으며, 바람직하게는 방광암 환자의 무병 생존율 또는 생존율을 예측하는 것이다.
본 발명에서 용어 '진단'은 병리 상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것으로서, 본 발명의 목적상, 암의 발병 여부를 확인하는 것뿐만 아니라 암의 치료 후 해당 개체의 재발, 전이, 약물 반응성, 내성 등과 같은 여부를 판단하는 것을 의미한다. 바람직하게 본 발명의 유전자의 돌연변이를 이용하는 경우, 개체의 시료로부터 돌연변이 여부를 확인함으로써 해당 개체의 암의 발병 여부뿐만 아니라, 향후 해당 개체의 예후가 좋을 것인지 여부에 대해서까지 예측이 가능하다.
본 발명에서 용어 '연령 특이적 마커'는 방광암 환자의 연령에 기반하여 치료 후 해당 개체에서 방광암의 예후를 예측하는 지표가 될 수 있는 유전자의 돌연변이 또는 유전자의 돌연변이들을 의미할 수 있다. 또한, 본 발명에서 '마커 유전자'는 상기 연령 특이적 마커에 포함되는 각각의 유전자 돌연변이를 지칭하는 의미로 사용될 수 있다.
1. 방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트
본 발명의 일 양태는 방광암 환자의 연령 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 방광암의 예후 진단용 조성물을 제공한다. 본 발명의 방광암의 예후 진단용 조성물의 연령 특이적 마커는 방광암 환자의 연령에 따라 치료 후 해당 개체에서 방광암의 예후를 예측하는 지표가 될 수 있다.
예를 들어, 상기 연령 특이적 마커가 확인되는 경우 이를 기초로 상기 연령 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 해당 개체의 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단할 수 있다.
구체적으로, 상기 연령 특이적 마커는 CNST 유전자(Gene bank accession number: NM_152609.3)의 돌연변이, CPT1B 유전자(Gene bank accession number: NM_001145135.2)의 돌연변이, DKKL1 유전자(Gene bank accession number: NM_001197301.2)의 돌연변이, FBN1 유전자(Gene bank accession number: NM_000138.4)의 돌연변이, GJB2 유전자(Gene bank accession number: NM_004004.6)의 돌연변이, HIST1H3B 유전자(Gene bank accession number: NM_003537.3)의 돌연변이, KLK12 유전자(Gene bank accession number: NM_145894.2)의 돌연변이, TACC2 유전자(Gene bank accession number: NM_001291876.2)의 돌연변이, TMC1 유전자(Gene bank accession number: NM_138691.2)의 돌연변이, USPL1 유전자(Gene bank accession number: NM_005800.5)의 돌연변이 및 ZNF804B 유전자(Gene bank accession number: NM_181646.5)의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 포함할 수 있다.
상기 연령 특이적 마커는 CIDEB 유전자(Gene bank accession number: NM_014430.3)의 돌연변이 및 GEMIN4 유전자(Gene bank accession number: NM_015721.3)의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함할 수 있다.
예를 들어, CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이 및 KLK12 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나가 확인되는 경우, 상기 성별 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단할 수 있다.
또한, FBN1 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나가 확인되는 경우, 상기 성별 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 높거나 재발율이 낮다고 판단할 수 있다.
상기 유전자들의 약어의 전체 명칭은 각각 CIDEB(cell death inducing DFFA like effector b), CNST(consortin, connexin sorting protein), CPT1B(carnitine palmitoyltransferase 1B), DKKL1(dickkopf like acrosomal protein 1), FBN1(fibrillin 1), GEMIN4(gem nuclear organelle associated protein 4), GJB2(gap junction protein beta 2), HIST1H3B(H3 clustered histone 2), KLK12(kallikrein related peptidase 12), TACC2(transforming acidic coiled-coil containing protein 2), TMC1(transmembrane channel like 1), USPL1(ubiquitin specific peptidase like 1), ZNF804B(zinc finger protein 804B)일 수 있다.
본 발명에서, 상기 연령 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약은 상기 연령 특이적 마커에 대한 프라이머, 프로브, 항체 및 앱타머로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상을 포함할 수 있다. 상기 프라이머, 프로브, 항체 또는 앱타머는 공지된 기술을 이용하여 제작가능하며, 본 발명의 유전자의 돌연변이를 검출할 수 있는 프라이머, 프로브, 항체 또는 앱타머는 본 발명의 범위에 포함된다.
본 발명에서, 용어 '프라이머'는 짧은 자유 3말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 주형(template)과 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충 용액 및 온도에서 중합 반응(즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 본 발명에서는 상기 돌연변이 유전자의 정방향 및 역방향 프라이머를 이용하여 PCR 증폭을 실시하여 원하는 생성물의 생성 여부를 통해 해당 유전자 마커의 존재 유무를 판단하고 이를 진단에 활용할 수 있다. 예를 들면, 정방향 프라이머의 경우에 결손, 치환 또는 삽입이 일어난 돌연변이체에 해당하는 프라이머를 디자인하고, 역방향 프라이머는 돌연변이가 일어나지 않는 위치에 해당하는 프라이머를 디자인하여 PCR하면, 본 발명의 유전자의 돌연변이체인 경우에는 PCR에 의해 증폭 산물이 생성될 것이나, 본 발명의 유전자의 돌연변이체가 아닌 경우에는 증폭 산물이 생성되지 않을 것이다. PCR 조건, 정방향 및 역방향 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명에서, 용어 '프로브'란 DNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며, 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기로 이루어진다. 프로브는 라벨링되어 있어서 특정 DNA의 존재 유무를 확인할 수 있다. 프로브는 올리고뉴클로타이드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 본 발명에서는 유전자의 돌연변이와 상보적인 프로브를 이용하여 혼성화를 실시하여, 혼성화 여부를 통해 방광암의 재발 여부를 진단할 수 있다. 예를 들면, 결손, 치환 또는 삽입이 일어난 돌연변이체에 해당하는 프로브를 합성하고, 방광암 환자의 게놈 DNA와 상기 프로브를 혼성화하면, 본 발명의 유전자의 돌연변이체인 경우에는 혼성화가 일어날 것이나, 본 발명의 유전자의 돌연변이체가 아닌 경우에는 혼성화가 일어나지 않을 것이다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명에서, 용어 '항체'는 당해 분야에서 공지된 용어로서 항원성 부위에 대해서 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명에서 상기 항체는 각 마커 유전자에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미할 수 있다. 이러한 항체는 각 마커 유전자를 통상적인 방법에 따라 발현벡터에 클로닝하여 상기 마커 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 얻고, 얻어진 단백질로부터 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 여기에는 상기 단백질에서 만들어질 수 있는 부분 펩티드도 포함되며, 본 발명의 부분 펩티드로는, 최소한 7개 아미노산, 바람직하게는 9개 아미노산, 더욱 바람직하게는 12개 이상의 아미노산을 포함한다. 본 발명의 항체의 형태는 특별히 제한되지 않으며 다클론 항체, 단일클론 항체 또는 항원 결합성을 갖는 것이면 그것의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함된다. 나아가, 본 발명의 항체에는 인간화 항체 등의 특수 항체도 포함된다. 본 발명의 마커 유전자의 검출에 사용되는 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며 Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv 등이 있다.
본 명세서에서 용어, '앱타머'는 그 자체로 안정된 삼차구조를 가지면서 표적분자에 높은 친화성과 특이성으로 결합할 수 있는 특징을 가진 단일가닥 핵산(DNA, RNA 또는 변형핵산)을 의미한다. 앱타머는 공지된 화학적 방법으로 합성할 수 있으며, 예를 들어 SELEX(Systematic Evolution of Ligands of Exponential enrichment)라는 방법으로 원하는 다양한 목적 물질 (단백질, 당, 염색물질, DNA, 금속이온, 세포 등)에 대한 앱타머를 개발할 수 있다.
상기 유전자의 돌연변이는 임의의 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있고, 예를 들면, 절단형(truncating) 돌연변이, 미스센스(missense) 돌연변이(또는 과오 돌연변이), 넌센스(nonsense) 돌연변이, 프레임시프트(frame shift) 돌연변이, 인프레임(in-frame) 돌연변이(또는 해독틀내 돌연변이), 스플라이스 돌연변이 및 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 돌연변이를 가질 수 있다. 상기 프레임시프트 돌연변이는 프레임시프트 삽입(frame shift insert, FS ins) 돌연변이 및 프레임시프트 결실 돌연변이(frame shift delete, FS del) 중 적어도 하나일 수 있다. 상기 인-프레임 돌연변이는 인-프레임 삽입(in-frame insertion, IF ins) 돌연변이 및 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이 중 적어도 하나일 수 있다.
폴리펩티드 서열에서의 돌연변이와 관련하여 용어 "X#Y"는 본 기술 분야에서 자명하게 인식되는 것으로, 여기서 "#"은 폴리펩티드의 아미노산 번호와 관련하여 돌연변이 위치를 나타내고, "X"는 야생형 아미노산 서열의 그 위치에서 발견되는 아미노산을 나타내며, "Y"는 그 위치에서의 돌연변이체 아미노산을 나타낸다. 예를 들어, CNST 폴리펩티드와 관련하여 표기 "E259K"는 야생형 CNST 서열의 아미노산 번호 259에는 글루탐산이 존재하고, 글루탐산이 돌연변이체 CNST 서열에서 라이신으로 대체되었음을 나타낸다. 상기 유전자들의 돌연변이는 하기와 같다:
상기 CNST 유전자의 돌연변이는 서열번호 1의 아미노산 서열에서, E259K인 미스센스 돌연변이, E40Q인 미스센스 돌연변이, G682R인 미스센스 돌연변이, X313_splice인 Splice_Site 돌연변이(c.938-1G>A), S323I인 미스센스 돌연변이, I196M인 미스센스 돌연변이, E553Q인 미스센스 돌연변이, G438D인 미스센스 돌연변이, Q456H인 미스센스 돌연변이, E415D인 미스센스 돌연변이, I622T인 미스센스 돌연변이, C555Y인 미스센스 돌연변이, T675M인 미스센스 돌연변이, E207D인 미스센스 돌연변이 또는 G255E인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 CPT1B 유전자의 돌연변이는 서열번호 2의 아미노산 서열에서, G622R인 미스센스 돌연변이, N746Y인 미스센스 돌연변이, E423*인 넌센스 돌연변이 또는 V335M인 미스센스 돌연변이일 수 있다. 넌센스 돌연변이에서 *는 해당 아미노산 위치에서의 아미노산 합성이 종료된 것을 나타낸다(이하에서는 설명을 생략함).
상기 DKKL1 유전자의 돌연변이는 서열번호 3의 아미노산 서열에서, A31T인 미스센스 돌연변이, R66W인 미스센스 돌연변이 또는 S22C인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 FBN1 유전자의 돌연변이는 서열번호 4의 아미노산 서열에서, G1870E인 미스센스 돌연변이, R2239G인 미스센스 돌연변이, G1313R인 미스센스 돌연변이, D809N인 미스센스 돌연변이, N1256K인 미스센스 돌연변이, Q708E인 미스센스 돌연변이, E1160K인 미스센스 돌연변이, G157A인 미스센스 돌연변이, M2864I인 미스센스 돌연변이, R545C인 미스센스 돌연변이, S2361L인 미스센스 돌연변이, A167T인 미스센스 돌연변이, P399Q인 미스센스 돌연변이, X1028_splice인 Splice_Site 돌연변이(c.3083-1G>T), E1116Q인 미스센스 돌연변이, S932L인 미스센스 돌연변이, T2224N인 미스센스 돌연변이, X285_splice인 Splice_Site 돌연변이(c.853_862+4delAAATGTGAAGGTAA), Q258*인 넌센스 돌연변이, E1894K인 미스센스 돌연변이, P2121T인 미스센스 돌연변이, R38G인 미스센스 돌연변이, C1171Wfs*2인 프레임시프트 결실 돌연변이, C160R인 미스센스 돌연변이, E2841Q인 미스센스 돌연변이, H2871D인 미스센스 돌연변이, F1517L인 미스센스 돌연변이, E1651K인 미스센스 돌연변이, D732N인 미스센스 돌연변이, S293N인 미스센스 돌연변이 또는 L1979V인 미스센스 돌연변이일 수 있다. 프레임시프트 돌연변이의 표기 방식은, 아미노산 종류(아미노산 위치)아미노산 종류fs*(아미노산 위치에서 하류 방향으로 정지 코돈까지의 뉴클레오티드 개수)이다(프레임시프트 삽입 돌연변이, 프레임시프트 결실 돌연변이 모두 동일한 표기 방식이고, 이하에서 동일한 내용이 적용됨).
상기 GJB2 유전자의 돌연변이는 서열번호 5의 아미노산 서열에서, L25P인 미스센스 돌연변이 또는 L210V인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 HIST1H3B 유전자의 돌연변이는 서열번호 6의 아미노산 서열에서, E51Q인 미스센스 돌연변이, E74K인 미스센스 돌연변이, R135T인 미스센스 돌연변이, R135T인 미스센스 돌연변이, R132G인 미스센스 돌연변이, R132G인 미스센스 돌연변이, E98K인 미스센스 돌연변이, E134Q인 미스센스 돌연변이, R132C인 미스센스 돌연변이, L83I인 미스센스 돌연변이, H40N인 미스센스 돌연변이 또는 E60K인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 KLK12 유전자의 돌연변이는 서열번호 7의 아미노산 서열에서, V124I인 미스센스 돌연변이 또는 D132Y인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 TACC2 유전자의 돌연변이는 서열번호 8의 아미노산 서열에서, S1381F인 미스센스 돌연변이, S1913L인 미스센스 돌연변이, S962W인 미스센스 돌연변이, E950K인 미스센스 돌연변이, D1613Y인 미스센스 돌연변이, G1016A인 미스센스 돌연변이, A1564T인 미스센스 돌연변이, P852L인 미스센스 돌연변이, S2805*인 넌센스 돌연변이, E2891K인 미스센스 돌연변이, Q2479H인 미스센스 돌연변이, R1661T인 미스센스 돌연변이, E1003K인 미스센스 돌연변이, S1358N인 미스센스 돌연변이, Q134*인 넌센스 돌연변이, Q136E인 미스센스 돌연변이, E1152K인 미스센스 돌연변이, D790N인 미스센스 돌연변이, R2597Q인 미스센스 돌연변이, P562L인 미스센스 돌연변이 또는 H1804Y인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 TMC1 유전자의 돌연변이는 서열번호 9의 아미노산 서열에서, R264Q인 미스센스 돌연변이, S697L인 미스센스 돌연변이, G267A인 미스센스 돌연변이, L450F인 미스센스 돌연변이, R46K인 미스센스 돌연변이, E118Q인 미스센스 돌연변이 또는 R512G인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 USPL1 유전자의 돌연변이는 서열번호 10의 아미노산 서열에서, S298L인 미스센스 돌연변이, S546L인 미스센스 돌연변이, S1069L인 미스센스 돌연변이, Q284*인 넌센스 돌연변이, P833S인 미스센스 돌연변이, R916Q인 미스센스 돌연변이, E697K인 미스센스 돌연변이, I461N인 미스센스 돌연변이, I265M인 미스센스 돌연변이, D581N인 미스센스 돌연변이, Q369*인 넌센스 돌연변이, X371_splice인 Splice_Site 돌연변이(c.1113-1G>A) 또는 S603F인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 ZNF804B 유전자의 돌연변이는 서열번호 11의 아미노산 서열에서, S1249W인 미스센스 돌연변이, Q1060Hfs*9인 프레임시프트 삽입 돌연변이, E1090Q인 미스센스 돌연변이, D415H인 미스센스 돌연변이, A1241V인 미스센스 돌연변이, P1253A인 미스센스 돌연변이, S868T인 미스센스 돌연변이, K350N인 미스센스 돌연변이, S164I인 미스센스 돌연변이, V1198F인 미스센스 돌연변이, Y77*인 넌센스 돌연변이, S1193L인 미스센스 돌연변이, F1062C인 미스센스 돌연변이, H359Y인 미스센스 돌연변이 또는 V932I인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 CIDEB 유전자의 돌연변이는 서열번호 12의 아미노산 서열에서, S30L인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 GEMIN4 유전자의 돌연변이는 서열번호 13의 아미노산 서열에서, A251V인 미스센스 돌연변이, D256N인 미스센스 돌연변이 또는 S598L인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 유전자의 돌연변이를 이용하여 방광암의 예후를 진단하기 위한 분석 방법으로 차세대 염기서열분석법(next generation sequencing, NGS), RT-PCR, 직접 핵산 서열분석 방법, 마이크로 어레이가 사용될 수 있으며, 본 발명의 유전자의 돌연변이를 이용하여 돌연변이의 존재를 확인할 수 있는 방법이라면 제한없이 적용할 수 있다. 일 구현예에서, 돌연변이의 존재는 엄격한 조건 하에 각 유전자의 돌연변이의 폴리뉴클레오티드에 혼성화하는 항-(각 유전자의 돌연변이) 항체 또는 핵산 프로브를 사용하여 결정된다. 또 다른 구현예에서, 항체 또는 핵산 프로브는 검출가능하게 표지된다. 또 다른 구현예에서, 표지는 면역형광 표지, 화학발광 표지, 인광 표지, 효소 표지, 방사성 표지, 아비딘/비오틴, 콜로이드성 금 입자, 착색 입자 및 자기 입자로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 구현예에서, 돌연변이의 존재는 방사성면역 검정, 웨스턴블롯 검정, 면역형광 검정, 효소면역 검정, 면역침전 검정, 화학발광 검정, 면역조직화학 검정, 도트 블롯 검정, 슬롯 블롯 검정 또는 유동 세포측정 검정에 의해 결정된다. 또 다른 구현예에서, 돌연변이의 존재는 RT-PCR에 의해 결정된다. 또 다른 구현예에서, 돌연변이의 존재는 핵산 서열분석에 의해 결정된다.
본 발명에서 용어 '폴리뉴클레오티드'는 일반적으로 비변형된 RNA 또는 DNA 또는 변형된 RNA 또는 DNA일 수 있는 임의의 폴리리보뉴클레오티드 또는 폴리데옥시리보뉴클레오티드를 지칭한다. 따라서, 예를 들어 본원에 정의된 바와 같은 폴리뉴클레오티드는 비제한적으로 단일- 및 이중-가닥 DNA, 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일- 및 이중-가닥 RNA, 및 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일-가닥 또는 보다 전형적으로는 이중-가닥일 수도 있거나 또는 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함할 수 있는 DNA 및 RNA를 포함하는 하이브리드 분자를 포함한다. 따라서, 안정성 또는 다른 이유로 인해 변형된 백본을 갖는 DNA 또는 RNA는 본원에서 의도된 용어와 같은 '폴리뉴클레오티드'이다. 또한, 이노신과 같은 비통상적 염기 또는 삼중수소화 염기와 같은 변형된 염기를 포함하는 DNA 또는 RNA가 본원에 정의된 바와 같은 용어 '폴리뉴클레오티드'에 포함된다. 일반적으로, 용어 '폴리뉴클레오티드'는 비변형된 폴리뉴클레오티드의 모든 화학적으로, 효소적으로 및/또는 대사적으로 변형된 형태를 포함한다. 폴리뉴클레오티드는 시험관내 재조합 DNA-매개 기술을 비롯한 다양한 방법에 의해, 그리고 세포 및 유기체 내의 DNA의 발현에 의해 제조될 수 있다.
본 발명의 다른 양태는 CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, FBN1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, KLK12 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 포함하는 방광암 환자의 연령 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 방광암의 예후 진단용 키트를 제공한다.
상기 연령 특이적 마커는 CIDEB 유전자의 돌연변이 및 GEMIN4 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함할 수 있다.
예를 들어, CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이 및 KLK12 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나가 확인되는 경우, 상기 성별 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단할 수 있다.
또한, FBN1 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나가 확인되는 경우, 상기 성별 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 높거나 재발율이 낮다고 판단할 수 있다.
상기 연령 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약은 프라이머, 프로브, 항체 및 앱타머로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상을 포함할 수 있으며, 구체적인 내용은 상술한 바와 같으므로 구체적인 설명을 생략한다.
본 발명의 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트일 수 있다. 일 예로서, 본 발명의 상기 마커 유전자의 mRNA 발현 수준을 측정하기 위한 RT-PCR 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. 상기 RT-PCR 키트는, 상기 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한, 정량 대조구로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.
다른 예로서, 본 발명의 DNA 칩 키트는 DNA 칩 분석법을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. 상기 DNA 칩 키트는, 마커 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한, 기판은 정량 대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.
또다른 예로서, 본 발명의 키트는 상기 마커 유전자로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하기 위한 단백질 칩 키트로서, 상기 키트는 특별히 이에 제한되지 않으나, 항체의 면역학적 검출을 위하여 기재, 적당한 완충용액, 발색 효소 또는 형광물질로 표지된 2차 항체, 발색 기질 등을 포함할 수 있다. 상기 기재는 특별히 이에 제한되지 않으나 니트로셀룰로오스 막, 폴리비닐 수지로 합성된 96 웰 플레이트, 폴리스티렌 수지로 합성된 96 웰 플레이트 및 유리로 된 슬라이드글라스 등이 이용될 수 있고, 발색효소는 특별히 이에 제한되지 않으나 퍼옥시다아제(peroxidase), 알칼라인 포스파타아제(Alkaline Phosphatase)가 사용될 수 있으며, 형광물질은 특별히 이에 제한되지 않으나 FITC, RITC 등이 될 수 있고, 발색 기질액은 특별히 이에 제한되지 않으나 ABTS(2,2'-아지노-비스(3-에틸벤조티아졸린-6-설폰산)) 또는 OPD(o-페닐렌디아민), TMB(테트라메틸 벤지딘)가 될 수 있다.
또한, 본 발명의 키트는 시약으로서 버퍼, 지시약, 또는 그 조합을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 방광암의 예후 진단용 키트는 기존의 일반적인 유전자의 돌연변이 검색 방법에 비하여 시간과 비용이 절감되어 매우 경제적이다. SSCP(Single Strand Conformational Polymorphism), PTT(Protein Truncation Test), 클로닝(cloning), 직접 염기서열 분석(direct sequencing) 등과 같은 기존의 유전자 돌연변이 검색 방법을 이용하여 한 유전자를 모두 검사하려면 평균적으로 수 일 내지 수개월이 소요된다. 또한, 차세대 염기서열분석법(next generation sequencing: NGS)을 통해서도 빠르고 간단하게 유전자 돌연변이를 정밀하게 검사할 수 있다. 돌연변이를 SSCP, 클로닝, 직접 염기 서열 분석, RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism) 등의 기존 분석방법에 의해 검사하는 경우 검사 완료까지 약 한달 가량이 소요되는 반면, 본 발명의 키트를 이용하면 시료 DNA가 준비되어 있을 경우 약 10 내지 11시간 내에 결과를 얻을 수 있고, 칩 하나에 돌연변이를 검출할 수 있는 프라이머 세트가 함께 집적되어 있기 때문에 기존의 방법에 비해 시간뿐만 아니라 비용까지 절감할 수 있다. 기존의 방법에 비해 매 실험 당 평균 절반 이하의 시약비가 소모되므로 연구자의 인건비까지 감안하였을 때 더욱 큰 비용의 절감 효과를 기대할 수 있게 된다.
2. 방광암의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법
본 발명의 또다른 양태는 방광암 환자의 샘플로부터 시료 DNA를 준비하는 단계; 상기 시료 DNA에 대해 상기 방광암의 예후 진단용 조성물 또는 키트를 이용하여 연령 특이적 마커의 유무를 확인하는 단계;를 포함하는 방광암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
상기 방법은 상기 방광암 환자의 샘플로부터 준비한 시료 DNA를 상기 방광암의 예후 진단용 조성물 또는 키트를 이용하여 증폭하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
상기 '방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트'에 대한 설명은 ' 1.방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트 '에 기재한 바와 동일하므로 구체적인 설명을 생략한다.
용어 '환자'는 통상 인간을 포함할 뿐 아니라 다른 동물, 예를 들어 다른 영장류, 설치류, 개, 고양이, 말, 양, 돼지 등을 포함할 수 있다.
용어 '샘플'은 암 또는 종양이 이미 발생하였거나 발생할 것으로 예상되는 개체 또는 조직의 시료로써, 그 예후를 진단하고자 하는 대상 시료를 의미한다. 구체적으로, 방광암을 갖는 환자로부터 수득한 동결 조직으로부터 제조된 종양 용해물 또는 추출물을 의미할 수 있다.
용어 '개체'는 방광암으로 판정되거나 의심되는 대상을 포함한다.
상기 방법은 방광암 환자의 총 생존율 또는 무병 생존율을 예측할 수 있다.
본 발명에서 용어 '총 생존율(overall survival, OS)'은 질환, 예컨대 암으로 진단되거나 그에 대해 치료된 후 한정된 시간 동안 살아 있는 환자를 기재하는 임상적 종점을 포함하며, 암의 재발 여부에 관계없이 생존하는 가능성을 의미한다.
본 발명에서 용어 '무병 생존율(disease-free survival, DFS)'은 특정 질환(예를 들어 암)에 대한 치료 후 암의 재발 없이 환자가 생존하는 기간을 포함한다.
본 발명은 방광암 환자의 샘플에서 본 발명의 유전자의 돌연변이의 존재를 확인함으로써 대상 시료를 가진 개체가 암에 대해 어떤 예후를 가지는지 예측할 수 있다. 또한 이러한 방법은 예후가 좋다고 알려진 돌연변이가 존재하지 않는 대조군의 개체의 총 생존율 또는 무병 생존율을 비교함으로써 달성될 수 있다. 본 발명에서 예후가 좋다고 알려진 개체란 암이 발병한 후에 전이, 재발, 사망 등의 이력이 없는 개체를 의미한다.
상기 연령 특이적 마커는 CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, FBN1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, KLK12 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 포함할 수 있다.
상기 연령 특이적 마커는 CIDEB 유전자의 돌연변이 및 GEMIN4 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함할 수 있다.
상기 방광암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법은 방광암 환자의 총 생존율 또는 무병 생존율을 예측할 수 있다. 예를 들면, 상기 방법은 상기 연령 특이적 마커가 확인되는 경우, 상기 연령 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 낮다고 판단하는 단계;를 포함할 수 있다. 또는 그 반대의 경우도 가능하다.
또한, 상기 방법은 상기 연령 특이적 마커가 확인되는 경우, 상기 연령 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 방광암의 재발율이 높다고 판단하는 단계;를 포함할 수 있다. 또는 그 반대의 경우도 가능하다.
예를 들어, CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이 및 KLK12 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나가 확인되는 경우, 상기 성별 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단할 수 있다.
또한, FBN1 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나가 확인되는 경우, 상기 성별 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 높거나 재발율이 낮다고 판단할 수 있다.
이와 같이, 본 발명의 유전자의 돌연변이인 CNST, CPT1B, DKKL1, FBN1, GJB2, HIST1H3B, KLK12, TACC2, TMC1, USPL1 및 ZNF84B로 구성된 유전자 군에서 선택되는 적어도 하나의 유전자의 돌연변이를 이용하여 방광암 환자의 연령에 따라 방광암의 생존 가능성 또는 재발 가능성 등의 예후를 진단할 수 있다는 내용에 대해서는 아직까지 밝혀진 바 없다. 또한, 각 유전자에서 총 생존율 또는 무병 생존율이 상이할 수 있는 점에 대해서도 보고된 바 없다. 본 발명자들은 상기 유전자들의 돌연변이를 방광암 환자의 연령에 따라 치료 효과의 차이를 예측하거나, 방광암 환자의 예후를 진단할 수 있는 진단 표지자로 사용할 수 있는 점을 최초로 규명하였다.
본 발명의 방광암 환자의 치료 효과의 차이를 예측하기 위해 필요한 정보를 제공하는 방법은 방광암의 유전자 돌연변이를 진단하거나, 방광암 환자의 생존율을 높이거나, 또는 재발율을 낮추는데 사용될 수 있다. 본 발명의 방광암 환자의 예후 진단에 대한 방법을 통해, 방광암의 유전자의 돌연변이 발생 정보를 이용해 방광암의 환자의 연령에 따라 치료 효과를 예측하거나, 방광암 환자의 생존율 또는 재발율을 예측할 수 있으므로, 각 환자에 적합한 치료제 발굴뿐만 아니라, 치료법 선택에 있어 정보를 제공할 수 있어, 방광암에 관한 치료적 전략을 효율적으로 설계할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예 및 실험예에 의해 상세히 설명한다.
단, 하기 실시예 및 실험예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예 및 실험예에 의해 한정되는 것은 아니다.
실시예
유전 정보 및 임상 정보의 확보
방광암 환자의 연령에 따라 환자의 치료 후 예후를 진단할 수 있는 연령 특이적 마커를 도출하기 위하여, TCGA(The Cancer Genome Atlas)로부터 유전 정보와 임상 정보가 모두 확보되어 있는 방광암 환자 411명의 재발, 전이, 사망, 관측 시간 등에 관한 데이터를 입수하여 분석에 이용하였다.
방광암 환자의 연령 그룹
연령 그룹 연령 환자수 환자 비율(%)
AG-Ⅰ ≤50 108 26.28
AG-Ⅱ 51~60 124 30.17
AG-Ⅲ 61~70 131 31.87
AG-Ⅳ ≥71 48 11.68
연령과 연관성 있는 유전자의 선별
상기 293명의 환자를 연령대 별로 4개의 그룹으로 분류하고(상기 표 1 참조), 하기 표 2에 나타낸 바와 같이 테스트 세트 1~4에 대하여 3가지 Feature Selection (Information Gain, Chi-Square, MR) 방법으로 기계학습을 시행하여, 연령과 관련성이 있는(age related) 총 162개의 유전자를 도출하였다. 이들 중에서, 각각의 테스트 세트별로 연령과 연관성이 있는 유전자를 표 2에 나타낸다.
연령 그룹간 비교
테스트 세트 종류 세부 사항 비고
테스트 세트 1 AG-Ⅰvs Ⅱ vs Ⅲ vs Ⅳ 그룹간 비교 분석
테스트 세트 2 AG-Ⅰvs Ⅱ, Ⅲ, Ⅳ 50세 전후 비교 분석(50세 이하 vs 51세 이상 환자들)
테스트 세트 3 AG-Ⅰ,Ⅱ vs Ⅲ, Ⅳ 60세 전후 비교 분석(60세 이하 vs 61세 이상 환자들)
테스트 세트 4 AG-Ⅰ,Ⅱ, Ⅲ vs Ⅳ 70세 전후 비교 분석(70세 이하 vs 71세 이상 환자들)
연령 그룹간 비교 분석 결과
테스트 세트 종류 연령과 연관성이 있는 유전자
테스트 세트 1 ARHGAP21, ARHGEF18, ARL13A C11orf24, C7orf50, CHMP6, CMTR2, CNST, COLGALT1, CPT1B, DKKL1, EGR4, EXTL3, FBN1, FUT2, GANAB, GAS6, GJB2, GNB3, GPR158, GPR64, HIST1H3B, INVS, KIAA1324L, KLK12, KMT2A, LIMS1, LPAR4, LRRN3, MCM9, MYO9B, NCOA3, OR7E24, OSGEP, PKHD1, RAD51, RIOK2, RNF217, RTTN, SLC17A5, SLC5A7, SYCP2, SYT11, TCF19, TMC1, TMEM203, USP34, USPL1, ZC3H12A, ZIK1, ZNF358, ZNF418, ZNF804B
테스트 세트 2 ACPT, AIP, AMTN, ANKRD2, ANKS1A, ARRDC3, C6orf211, CHMP3, COL4A3, CRYBA4, CXXC1, EPOR, FUT2, GFRAL, HIST1H3B, KMT2A, KRT35, NAV1, OSCP1, PKHD1, PLXNA3, RALGPS1, SLX4, SNX13, SOGA1, SPATA20, STRAP, TACC2, TMX2, TOB1, ZBTB12, ZNF292, ZNF689
테스트 세트 3 ABI3BP, CHD3, CNST, COLGALT1, EIF3K, F11, FLII, GIMAP6, GP2, GPR158, HIST1H2AD, KMT2A, MON1B, NVL, OR6S1, PIWIL4, PLCE1, RIOK2, RNF217, RNLS, SLC2A2, SLC5A7, SLC9C1, SNX29, TMEM62, TTC39A, ZC2HC1A, ZIK1, ZNF418, ZNF563
테스트 세트 4 ARL13A, C7orf50, CA8, CHMP6, CMTR2, COX11, CPT1B, DKKL1, EGR4, EXTL3, GAS6, GJB2, KLK12, LIMS1, LPAR4, LRRN3, NCOA3, OR7E24, SLC17A5, TMEM203, TNFRSF9, TYK2, ZNF358
상기 테스트 세트 1~4 각각의 결과 중에서 p값이 0.05 미만인 유전자 데이터를 하기 표 3 내지 6에 구체적으로 나타낸다. 또한, 데이터 해석시 편의를 위하여, 후술하는 실시예 2에서 수행된 카플란 마이어 생존 분석법에 따른 총 생존여부(Overall Survival) 및 무병 생존여부(Disease Free Survival)의 p값을 함께 나타낸다.
(테스트 세트 1의 분석결과)
유전자 돌연변이수 돌연변이(%) 돌연변이 유형 사이토밴드 연령 그룹(%) 피셔검정(P값) 총생존여부(p값) 무병생존여부(p값)
절단 미스센스 인프레임 기타 I Ⅱ Ⅲ Ⅳ
ARHGAP21 15 3.6% 1 14 0 0 10p12.1|10p12.3 0.0 85.7 14.3 0.0 0.000118 0.970 0.635
ARHGEF18 10 2.4% 1 9 0 0 19p13.2 22.2 0.0 77.8 0.0 0.01807 0.228 0.191
ARL13A 5 1.2% 0 5 0 0 Xq22.1 0.0 20.0 20.0 60.0 0.02132 0.690 0.636
BRCA2 52 12.6% 10 42 0 0 13q13.1 28.0 32.0 38.0 2.0 0.09759 0.059 0.137
C10orf76 2 0.5% 1 1 0 0 10q24.32 50.0 0.0 0.0 50.0 0.07492 0.485 0.477
C11orf24 8 1.9% 0 7 1 0 11q13.2 0.0 87.5 12.5 0.0 0.00756 0.310 0.734
C6orf211 3 0.7% 0 3 0 0 6q25.1 100.0 0.0 0.0 0.0 0.05493 0.190 0.199
C7orf50 5 1.2% 0 5 0 0 7p22.3 0.0 0.0 20.0 80.0 0.000759 0.729 0.708
CHMP6 2 0.5% 0 2 0 0 17q25.3 0.0 0.0 0.0 100.0 0.01339 0.135 0.661
CIDEB 1 0.2% 0 1 0 0 14q12 0.0 0.0 0.0 100.0 0.1168 0.000 NA
CMTR2 5 1.2% 1 4 0 0 16q22.2 0.0 0.0 25.0 75.0 0.005525 0.846 0.987
CNST 15 3.6% 1 14 0 0 1q44 0.0 7.1 57.1 35.7 0.00037 0.026 0.010
COLGALT1 6 1.5% 1 5 0 0 19p13.11 0.0 0.0 100.0 0.0 0.00718 0.785 0.568
COPA 13 3.2% 4 9 0 0 1q23.2 15.4 15.4 69.2 0.0 0.0561 0.134 0.216
CPT1B 4 1.0% 1 3 0 0 22q13.33 0.0 0.0 25.0 75.0 0.005525 0.130 0.041
DKKL1 3 0.7% 0 3 0 0 19q13.33 0.0 0.0 0.0 100.0 0.01339 0.000 0.937
EGR4 5 1.2% 1 4 0 0 2p13.2 0.0 20.0 0.0 80.0 0.000491 0.667 0.719
EIF6 2 0.5% 1 1 0 0 20q11.22 50.0 0.0 50.0 0.0 0.8072 0.402 0.503
EXTL3 6 1.5% 0 6 0 0 8p21.1 0.0 33.3 16.7 50.0 0.03144 0.532 0.456
FBN1 31 7.5% 4 27 0 0 15q21.1 9.7 19.4 64.5 6.5 0.001492 0.121 0.015
FSCB 5 1.2% 2 3 0 0 14q21.2 60.0 20.0 20.0 0.0 0.5456 0.991 0.810
FUT2 6 1.5% 0 6 0 0 19q13.33 100.0 0.0 0.0 0.0 0.001056 0.684 0.784
GANAB 15 3.6% 3 12 0 0 11q12.3 13.3 13.3 73.3 0.0 0.01216 0.108 0.147
GAS6 5 1.2% 0 5 0 0 13q34 0.0 40.0 0.0 60.0 0.004358 0.093 0.422
GFRAL 5 1.2% 1 4 0 0 6p12.1 80.0 0.0 20.0 0.0 0.05738 0.358 0.134
GJB2 2 0.5% 0 2 0 0 13q12.11 0.0 0.0 0.0 100.0 0.01339 0.002 0.000
GNB3 5 1.2% 0 5 0 0 12p13.31 0.0 0.0 100.0 0.0 0.02444 0.374 0.722
GPR158 20 4.9% 3 17 0 0 10p12.1 11.1 11.1 66.7 11.1 0.01512 0.099 0.454
GPR39 4 1.0% 0 4 0 0 2q21.2 0.0 0.0 100.0 0.0 0.05757 0.993 0.736
GPR64 10 2.4% 1 9 0 0 Xp22.13 0.0 20.0 80.0 0.0 0.01164 0.160 0.333
HIST1H3B 13 3.2% 0 13 0 0 6p22.2 69.2 15.4 15.4 0.0 0.01203 0.009 0.074
HNRNPUL1 10 2.4% 0 9 1 0 19q13.2 10.0 20.0 70.0 0.0 0.1179 0.264 0.210
INVS 7 1.7% 0 7 0 0 9q31.1 14.3 85.7 0.0 0.0 0.01478 0.332 0.692
KIAA1324L 8 1.9% 2 6 0 0 7q21.12 12.5 0.0 50.0 37.5 0.02074 0.430 0.826
KIR3DL2 1 0.2% 0 1 0 0 19q13.42 100.0 0.0 0.0 0.0 0.3796 0.329 0.872
KLK12 2 0.5% 0 2 0 0 19q13.41 0.0 0.0 0.0 100.0 0.01339 0.027 0.000
KMT2A 59 14.3% 24 35 0 0 11q23.3 6.8 25.4 52.5 15.3 5.07E-05 0.754 0.796
KRTAP1-3 1 0.2% 0 1 0 0 17q21.2 0.0 0.0 0.0 100.0 0.1168 0.371 0.367
LIMS1 4 1.0% 0 3 0 1 2q12.3 25.0 0.0 0.0 75.0 0.00176 0.720 0.654
LPAR4 3 0.7% 1 2 0 0 Xq21.1 0.0 33.3 0.0 66.7 0.02429 0.643 0.613
LRRN3 8 1.9% 1 7 0 0 7q31.1 12.5 12.5 0.0 75.0 2.44E-05 0.404 0.567
MCM9 8 1.9% 0 8 0 0 6q22.31 0.0 12.5 87.5 0.0 0.0121 0.094 0.094
MON1B 4 1.0% 2 2 0 0 16q23.1 0.0 0.0 100.0 0.0 0.05757 0.403 0.456
MTERFD3 6 1.5% 0 5 0 1 12q23.3 0.0 16.7 83.3 0.0 0.07727 0.272 0.260
MYO9B 20 4.9% 2 18 0 0 19p13.11 15.8 5.3 68.4 10.5 0.004034 0.932 0.614
NCOA3 17 4.1% 6 11 0 0 20q13.12 5.9 17.6 23.5 52.9 6.19E-05 0.149 0.153
NEU3 7 1.7% 1 6 0 0 11q13.4 28.6 0.0 71.4 0.0 0.09045 0.358 0.130
OR7E24 2 0.5% 0 2 0 0 19p13.2 0.0 0.0 0.0 100.0 0.01339 0.256 0.261
OSGEP 5 1.2% 0 5 0 0 14q11.2 0.0 0.0 100.0 0.0 0.02444 0.355 0.415
PKHD1 36 8.7% 5 31 0 0 6p12.3-p12.2 8.6 22.9 54.3 14.3 0.007341 0.740 0.609
PLA2G6 5 1.2% 2 3 0 0 22q13.1 40.0 0.0 20.0 40.0 0.07481 0.578 0.568
PLEKHG6 16 3.9% 3 11 1 1 12p13.31 6.3 25.0 43.8 25.0 0.09087 0.612 0.264
POLRMT 7 1.7% 2 5 0 0 19p13.3 14.3 14.3 71.4 0.0 0.2795 0.121 0.284
RAD51 8 1.9% 0 8 0 0 15q15.1 0.0 12.5 87.5 0.0 0.0121 0.226 0.771
RBP1 4 1.0% 1 3 0 0 3q23 75.0 0.0 25.0 0.0 0.1719 0.219 0.530
RIOK2 8 1.9% 0 8 0 0 5q15 25.0 75.0 0.0 0.0 0.02584 0.915 0.699
RNF217 6 1.5% 1 4 0 1 6q22.31 0.0 0.0 50.0 50.0 0.008161 0.568 0.501
RTTN 16 3.9% 2 14 0 0 18q22.2 31.3 0.0 68.8 0.0 0.000974 0.665 0.939
SLC17A5 6 1.5% 0 6 0 0 6q13 16.7 0.0 33.3 50.0 0.02876 0.795 0.905
SLC5A7 8 1.9% 1 7 0 0 2q12.3 0.0 0.0 62.5 37.5 0.003068 0.893 0.189
SNX13 5 1.20% 0 5 0 0 7p21.1 80 0 20 0 0.05738 0.903 0.814
SYCP2 19 4.60% 2 17 0 0 20q13.33 13.3 20 26.7 40 0.02305 0.139 0.082
SYT11 7 1.70% 0 7 0 0 1q22 0 0 42.9 57.1 0.0008469 0.887 0.776
TCF19 4 1.00% 2 2 0 0 6p21.33 50 0 0 50 0.01566 0.675 0.647
TMC1 7 1.70% 0 7 0 0 9q21.13 0 14.3 85.7 0 0.0332 0.04 0.127
TMEM203 2 0.50% 0 2 0 0 9q34.3 0 0 0 100 0.01339 0.75 0.401
TMEM79 5 1.20% 2 3 0 0 1q22 0 20 80 0 0.1979 0.097 0.099
TRMT112 5 1.20% 3 2 0 0 11q13.1 0 20 80 0 0.1979 0.058 0.054
UPF1 13 3.20% 3 10 0 0 19p13.11 15.4 23.1 61.5 0 0.1552 0.944 0.098
UROD 4 1.00% 1 3 0 0 1p34.1 0 0 100 0 0.1698 0.691 0.897
USP34 49 11.90% 5 44 0 0 2p15 8.3 29.2 58.3 4.2 9.02E-05 0.312 0.518
USPL1 13 3.20% 3 10 0 0 13q12.3 0 38.5 61.5 0 0.01803 0.019 0.003
ZC3H12A 10 2.40% 1 9 0 0 1p34.3 11.1 0 33.3 55.6 0.0008891 0.994 0.99
ZIK1 13 3.20% 0 13 0 0 19q13.43 0 0 84.6 15.4 6.84E-05 0.544 0.599
ZNF257 7 1.70% 2 5 0 0 19p12 14.3 71.4 14.3 0 0.2113 0.569 0.248
ZNF358 2 0.50% 0 2 0 0 19p13.2 0 0 0 100 0.01339 0.204 0.626
ZNF418 10 2.40% 3 7 0 0 19q13.43 0 0 100 0 5.31E-05 0.758 0.567
ZNF804B 15 3.60% 2 13 0 0 7q21.13 0 66.7 33.3 0 0.003635 0.304 0.036
(테스트 세트 2의 분석결과)
유전자 돌연변이수 돌연변이 (%) 사이토밴드 돌연변이 유형 나이(%) 피셔검정(P값) 총생존여부(p값) 무병생존여부(p값)
절단 미스센스 인프레임 기타 I II+III+IV II+III+IV
ACPT 3 0.7 19q13.33 0 3 0 0 3 0 0.0 0.019 0.726 0.91
AIP 3 0.7 11q13.2 0 3 0 0 3 0 0.0 0.019 0.448 0.436
AMTN 3 0.7 4q13.3 0 3 0 0 3 0 0.0 0.019 0.0918 0.0899
ANKRD2 5 1.2 10q24.2 0 5 0 0 4 1 20.0 0.02 0.0932 0.869
ANKS1A 14 3.1 6p21.31 1 12 1 0 0 14 100.0 0.026 0.886 0.67
ARRDC3 8 1.9 5q14.3 2 6 0 0 5 3 37.5 0.036 0.767 0.292
C6orf211 3 0.7 6q25.1 0 3 0 0 3 0 0.0 0.019 0.19 0.199
CHMP3 3 0.7 2p11.2 0 3 0 0 3 0 0.0 0.019 0.744 0.855
COL4A3 14 3.4 2q36.3 1 13 0 0 0 14 100.0 0.026 0.9 0.471
CRYBA4 5 1.2 22q12.1 0 5 0 0 4 1 20.0 0.02 0.483 0.933
CXXC1 11 2.7 18q21.1 1 10 0 0 8 3 27.3 0.014 0.153 0.175
EPOR 5 1.0 19p13.2 0 4 1 0 4 1 20.0 0.02 0.992 0.538
FUT2 6 1.5 19q13.33 0 6 0 0 6 0 0.0 0.0003 0.684 0.784
GFRAL 5 1.2 6p12.1 1 4 0 0 4 1 20.0 0.02 0.358 0.134
HIST1H3B 13 3.1 6p22.2 0 13 0 0 9 4 30.8 0.002 0.009 0.074
KMT2A 59 14.3 11q23.3 26 33 0 0 4 55 93.2 0.0004 0.754 0.796
KRT35 3 0.7 17q21.2 0 3 0 0 3 0 0.0 0.019 0.989 0.597
NAV1 18 4.4 1q32.1 1 17 0 0 0 18 100.0 0.01 0.66 0.403
OSCP1 3 0.7 1p34.3 0 3 0 0 3 0 0.0 0.019 0.786 0.512
PKHD1 36 8.7 6p12.3-p12.2 5 31 0 0 3 32 91.4 0.023 0.74 0.609
PLXNA3 7 1.7 Xq28 0 7 0 0 6 1 14.3 0.002 0.342 0.0561
RALGPS1 5 1.2 9q33.3 0 5 0 0 4 0 0.0 0.005 0.682 0.694
SLX4 21 5.1 16p13.3 3 18 0 0 1 20 95.2 0.035 0.922 0.627
SNX13 5 1.2 7p21.1 0 5 0 0 4 1 20.0 0.02 0.903 0.814
SOGA1 9 2.2 20q11.23 1 8 0 0 6 3 33.3 0.014 0.287 0.647
SPATA20 5 1.2 17q21.33 1 4 0 0 4 1 20.0 0.02 0.8 0.94
STRAP 5 1.2 12p12.3 1 4 0 0 4 1 20.0 0.02 0.103 0.342
TACC2 21 5.1 10q26.13 2 19 0 0 0 21 100.0 0.03 0.016 0.531
TMX2 4 1.0 11q12.1 0 4 0 0 4 0 0.0 0.005 0.886 0.559
TOB1 6 1.5 17q21.33 1 5 0 0 4 2 33.3 0.047 0.0534 0.452
ZBTB12 5 1.2 6p21.33 1 4 0 0 4 1 20.0 0.02 0.124 0.796
ZNF292 27 6.5 6q14.3 8 19 0 0 1 26 96.3 0.005 0.221 0.105
ZNF689 6 1.5 16p11.2 0 6 0 0 5 1 16.7 0.006 0.649 0.7
(테스트 세트 3의 분석결과)
유전자 돌연변이수 돌연변이 (%) 사이토밴드 돌연변이 유형 나이 피셔검정(P값) 총생존여부(p값) 무병생존여부(p값)
절단 미스센스 인프레임 기타 I II+III+IV II+III+IV (%)
ABI3BP 10 2.4 3q12.2 1 9 0 0 1 9 90.0 0.006 0.848 0.645
CHD3 15 3.6 17p13.1 1 14 0 0 3 12 80.0 0.007 0.331 0.746
CNST 15 3.6 1q44 1 14 0 0 2 13 86.7 0.001 0.0257 0.0101
COLGALT1 6 1.5 19p13.11 1 5 0 0 0 6 100.0 0.007 0.785 0.568
EIF3K 6 1.5 19q13.2 2 2 0 2 0 6 100.0 0.007 0.751 0.666
F11 11 2.7 4q35.2 0 11 0 0 1 10 90.9 0.003 0.615 0.602
FLII 4 1.0 17p11.2 0 4 0 0 0 4 100.0 0.037 0.21 0.302
GIMAP6 7 1.7 7q36.1 2 5 0 0 1 6 85.7 0.048 0.251 0.0848
GP2 8 1.9 16p12.3 1 7 0 0 8 0 0.0 0.012 0.813 0.981
GPR158 20 4.9 10p12.1 3 17 0 0 5 14 73.7 0.016 0.0986 0.454
HIST1H2AD 5 1.2 6p22.2 0 5 0 0 0 5 100.0 0.016 0.978 0.189
KMT2A 59 14.3 11q23.3 26 33 0 0 19 40 67.8 0.001 0.754 0.796
MON1B 4 1.0 16q23.1 2 2 0 0 0 4 100.0 0.037 0.403 0.456
NVL 7 1.7 1q42.11 1 6 0 0 0 7 100.0 0.003 0.315 0.462
OR6S1 5 1.2 14q11.2 0 5 0 0 0 5 100.0 0.016 0.471 0.548
PIWIL4 8 1.9 11q21 2 6 0 0 8 0 0.0 0.012 0.837 0.0884
PLCE1 13 3.2 10q23.33 5 8 0 0 2 11 84.6 0.004 0.0581 0.0994
RIOK2 8 1.9 5q15 0 8 0 0 8 0 0.0 0.012 0.915 0.699
RNF217 6 1.5 6q22.31 1 4 0 1 0 6 100.0 0.007 0.568 0.501
RNLS 4 1.0 10q23.31 0 4 0 0 0 4 100.0 0.037 0.728 0.213
SLC2A2 7 1.7 3q26.2 1 6 0 0 0 7 100.0 0.003 0.861 0.671
SLC5A7 8 1.9 2q12.3 1 7 0 0 0 8 100.0 0.001 0.893 0.189
SLC9C1 10 2.4 3q13.2 3 7 0 0 2 8 80.0 0.026 0.981 0.567
SNX29 6 1.5 16p13.13-p13.12 0 6 0 0 0 6 100.0 0.007 0.431 0.605
TMEM62 8 1.9 15q15.2 0 8 0 0 8 0 0.0 0.012 0.0752 0.575
TTC39A 7 1.7 1p32.3 0 7 0 0 1 6 85.7 0.048 0.47 0.564
ZC2HC1A 4 1.0 8q21.13 0 4 0 0 0 4 100.0 0.037 0.0513 0.196
ZIK1 13 3.2 19q13.43 0 13 0 0 0 13 100.0 0.00002 0.544 0.599
ZNF418 10 2.4 19q13.43 3 7 0 0 0 10 100.0 0.0003 0.758 0.567
ZNF563 5 1.2 19p13.2 0 5 0 0 0 5 100.0 0.016 0.673 0.89
(테스트 세트 4의 분석결과)
유전자 돌연변이수 돌연변이 (%) 사이토밴드 돌연변이 유형 나이 피셔검정(P값) 총생존여부(p값) 무병생존여부(p값)
절단 미스센스 인프레임 기타 I II+III+IV II+III+IV (%)
ARL13A 5 0.012136 Xq22.1 0 5 0 0 2 3 60.0 0.015 0.69 0.636
C7orf50 5 0.012136 7p22.3 0 5 0 0 1 4 80.0 0.001 0.729 0.708
CA8 3 0.007282 8q12.1 1 2 0 0 1 2 66.7 0.04 0.981 0.361
CHMP6 2 0.004854 17q25.3 0 2 0 0 0 2 100.0 0.014 0.135 0.661
CMTR2 5 0.012136 16q22.2 2 3 0 0 2 3 60.0 0.015 0.846 0.987
COX11 2 0.004854 17q22 0 2 0 0 0 2 100.0 0.014 0.628 0.586
CPT1B 4 0.009709 22q13.33 1 3 0 0 1 3 75.0 0.006 0.13 0.041
DKKL1 3 0.007282 19q13.33 0 3 0 0 0 2 100.0 0.014 6.55E-10 0.937
EGR4 5 0.012136 2p13.2 1 4 0 0 1 4 80.0 0.001 0.667 0.719
EXTL3 6 0.014563 8p21.1 0 6 0 0 3 3 50.0 0.026 0.532 0.456
GAS6 5 0.012136 13q34 0 5 0 0 2 3 60.0 0.015 0.0934 0.422
GJB2 2 0.004854 13q12.11 0 2 0 0 0 2 100.0 0.014 0.00172 1.81E-09
KLK12 2 0.004854 19q13.41 0 2 0 0 0 2 100.0 0.014 0.0267 1.81E-09
LIMS1 4 0.009709 2q12.3 0 3 0 1 1 3 75.0 0.006 0.72 0.654
LPAR4 3 0.007282 Xq21.1 1 2 0 0 1 2 66.7 0.04 0.643 0.613
LRRN3 8 0.019417 7q31.1 1 7 0 0 2 6 75.0 8.09E-05 0.404 0.567
NCOA3 17 0.041262 20q13.12 6 11 0 0 8 9 52.9 8.09E-05 0.149 0.153
OR7E24 2 0.004854 19p13.2 0 2 0 0 0 2 100.0 0.014 0.256 0.261
SLC17A5 6 0.014563 6q13 0 6 0 0 3 3 50.0 0.026 0.795 0.905
TMEM203 2 0.004854 9q34.3 0 2 0 0 0 2 100.0 0.014 0.75 0.401
TNFRSF9 2 0.004854 1p36.23 0 2 0 0 0 2 100.0 0.014 0.284 0.0642
TYK2 9 0.021845 19p13.2 3 6 0 0 4 5 55.6 0.002 0.984 0.65
ZNF358 2 0.004854 19p13.2 0 2 0 0 0 2 100.0 0.014 0.204 0.626
정리하면, 상기 표 3 내지 6의 유전자 중에서 피셔 정확 검정(Fisher's exact test)의 p값이 0.05 미만인 다음의 107개의 유전자(후보 유전자 제1군)는 연령 연관성이 있는 유전자로 여겨진다.
후보 유전자 제1군: ABI3BP, ACPT, AIP, AMTN, ANKRD2, ANKS1A, ARHGAP21, ARHGEF18, ARL13A, ARRDC3, C11orf24, C6orf211, C7orf50, CA8, CHD3, CHMP3, CHMP6, CMTR2, CNST, COL4A3, COLGALT1, COX11, CPT1B, CRYBA4, CXXC1, DKKL1, EGR4, EIF3K, EPOR, EXTL3, F11, FBN1, FLII, FUT2, GANAB, GAS6, GFRAL, GIMAP6, GJB2, GNB3, GP2, GPR158, GPR64, HIST1H2AD, HIST1H3B, INVS, KIAA1324L, KLK12, KMT2A, KRT35, LIMS1, LPAR4, LRRN3, MCM9, MON1B, MYO9B, NAV1, NCOA3, NVL, OR6S1, OR7E24, OSCP1, OSGEP, PIWIL4, PKHD1, PLCE1, PLXNA3, RAD51, RALGPS1, RIOK2, RNF217, RNLS, RTTN, SLC17A5, SLC2A2, SLC5A7, SLC9C1, SLX4, SNX13, SNX29, SOGA1, SPATA20, STRAP, SYCP2, SYT11, TACC2, TCF19, TMC1, TMEM203, TMEM62, TMX2, TNFRSF9, TOB1, TTC39A, TYK2, USP34, USPL1, ZBTB12, ZC2HC1A, ZC3H12A, ZIK1, ZNF292, ZNF358, ZNF418, ZNF563, ZNF689, ZNF804B.
예후 예측용 연령 특이적 마커의 선별 및 검토
예후 예측용 연령 특이적 마커로서 활용 가능성을 확인하기 위하여, 이들 유전자에 대해 상기 411명의 대상 환자 데이터에 대해 비교 분석을 실시하였으며, 결측값, 특이값 등은 제외되었다.
상기 환자들의 임상 정보(사건(사망 또는 재발) 여부, 관측 시간)을 토대로 SPSS를 이용한 카플란 마이어 생존 분석법으로 총 생존 기간(Overall Survival) 또는 무병 생존 기간(Disease-free Survival)을 계산하였다. 총 생존 기간에서는 사건을 사망으로 정하고, 무병 생존 기간에서는 사건을 방광암의 재발로 정하였다. 상기 유전자들 각각에서의 돌연변이 발생이 방광암에 의한 사망 또는 방광암의 재발과 상호 관련성이 있는지 여부를 확인하기 위하여, 카플란 마이어 생존 분석법에서 얻어진 각 군의 사건 시간(event time)을 토대로 돌연변이 발생과 총 생존 기간의 연관성, 및 돌연변이 발생과 무병 생존 기간의 연관성을 로그순위 검정(log rank test)에 의해 확인하였다. 0.05 미만의 p값을 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다.
실험군은 본 발명의 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(case with alterations in query gene)로 하였고, 대조군으로는 본 발명의 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(case without alterations in query gene)로 하였다. 생존 기간 중앙값(median months survival)은 해당 군의 환자들의 생존 기간을 나열하였을 때 중앙에 위치하는 값을 의미한다. 카플란 마이어 생존 분석법에 의한 생존 곡선에서의 경사도는 생존 기간에 의해 결정된다.
상기 분석결과, 총 생존여부 또는 무병 생존여부의 p값이 0.05 미만인 다음의 13개의 유전자(후보 유전자 제2군)는 생존율 또는 재발율과 연관성이 높은 유전자로 여겨지며, 구체적으로 해당 유전자의 돌연변이가 있는 경우 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단된다. (밑줄 친 11개의 유전자는 상기 후보 유전자 제1군의 유전자와 중복되는 유전자임.)
후보 유전자 제2군: CIDEB, CNST,CPT1B,DKKL1,FBN1,GEMIN4,GJB2,HIST1H3B,KLK12,TACC2,TMC1,USPL1,ZNF804B.
특히, 상기 후보 유전자 제1군과 상기 후보 유전자 제2군에 중복적으로 포함되는 다음의 11개의 유전자(후보 유전자 제1군&제2군)의 경우, 해당 유전자에 돌연변이가 있으면서 대상체가 특정 연령 그룹에 해당되면, 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단할 수 있다. 따라서, 해당되는 11개의 유전자의 경우 예후를 예측할 수 있는 연령 특이적 마커로서 활용가능성이 높다고 생각된다.
후보 유전자 제1군&제2군: CNST, CPT1B, DKKL1, FBN1, GJB2, HIST1H3B, KLK12, TACC2, TMC1, USPL1, ZNF804B.
한편, 상기 후보 유전자 제2군 중에서도, 다음의 2개의 유전자는 연령과 관련성이 있으면서(age related), 해당 유전자에 돌연변이가 있는 경우 생존율이 낮거나 및/또는 재발율이 높았다. 이들을 후보 유전자 제3군으로 정한다.
후보 유전자 제3군: CIDEB, GEMIN4.
또한, 상기 후보 유전자 제2군 중에서도, 다음의 3개의 유전자에 돌연변이가 있는 경우, 생존율이 낮을 뿐 아니라 방광암 재발율이 높거나 무병 생존 기간이 짧았다. 이들을 후보 유전자 제4군으로 정한다.
후보 유전자 제4군: CNST, GJB2, KLK12, USPL1.
먼저, 도 1 내지 도 11은 상기 후보 유전자 제1군&제2군의 각각의 유전자에 대해서, 해당 유전자에 돌연변이가 있는 방광암 환자(적색)와 해당 유전자에 돌연변이가 없는 방광암 환자(청색)의 총 생존율 및/또는 무병 생존율의 그래프를 나타낸다.
돌연변이 위치 정보를 이용한 마커 유전자의 검출
상기 후보 유전자 제2군 유전자들의 돌연변이 위치 정보를 하기에 나타낸다.
Gene AA change Type Copy # COSMIC Chr Start Pos End Pos HGVSc
CIDEB S30L Missense gain 　 chr14 24776674 24776674 ENST00000258807.5:c.89C>T
CNST E259K Missense diploid 1 chr1 246797846 246797846 ENST00000366513.4:c.775G>A
E40Q Missense shallowdel 1 chr1 246754982 246754982 ENST00000366513.4:c.118G>C
G682R Missense shallowdel 1 chr1 246829073 246829073 ENST00000366513.4:c.2044G>A
X313_splice Splice_Site gain 　 chr1 246810440 246810440 ENST00000366513.4:c.938-1G>A
S323I Missense diploid 1 chr1 246810471 246810471 ENST00000366513.4:c.968G>T
I196M Missense gain 　 chr1 246795198 246795198 ENST00000366513.4:c.588A>G
E553Q Missense gain 　 chr1 246811160 246811160 ENST00000366513.4:c.1657G>C
G438D Missense diploid 　 chr1 246810816 246810816 ENST00000366513.4:c.1313G>A
Q456H Missense diploid 1 chr1 246810871 246810871 ENST00000366513.4:c.1368G>C
E415D Missense diploid 1 chr1 246810748 246810748 ENST00000366513.4:c.1245G>C
I622T Missense gain 　 chr1 246823529 246823529 ENST00000366513.4:c.1865T>C
C555Y Missense shallowdel 　 chr1 246811167 246811167 ENST00000366513.4:c.1664G>A
T675M Missense diploid 　 chr1 246829053 246829053 ENST00000366513.4:c.2024C>T
E207D Missense gain 　 chr1 246797230 246797230 ENST00000366513.4:c.621G>C
G255E Missense gain 　 chr1 246797835 246797835 ENST00000366513.4:c.764G>A
CPT1B G622R Missense diploid 1 chr22 51009598 51009598 ENST00000312108.7:c.1864G>A
N746Y Missense diploid 1 chr22 51007850 51007850 ENST00000312108.7:c.2236A>T
E423* Nonsense gain 　 chr22 51011389 51011389 ENST00000312108.7:c.1267G>T
V335M Missense shallowdel 　 chr22 51012112 51012112 ENST00000312108.7:c.1003G>A
DKKL1 A31T Missense diploid 　 chr19 49867919 49867919 ENST00000221498.2:c.91G>A
R66W Missense gain 　 chr19 49868778 49868778 ENST00000221498.2:c.196C>T
S22C Missense diploid 　 chr19 49867893 49867893 ENST00000221498.2:c.65C>G
FBN1 G1870E Missense diploid 1 chr15 48741027 48741027 ENST00000316623.5:c.5609G>A
R2239G Missense diploid 1 chr15 48725087 48725087 ENST00000316623.5:c.6715A>G
G1313R Missense diploid 2 chr15 48773879 48773879 ENST00000316623.5:c.3937G>C
D809N Missense shallowdel 1 chr15 48787780 48787780 ENST00000316623.5:c.2425G>A
N1256K Missense diploid 1 chr15 48776085 48776085 ENST00000316623.5:c.3768T>A
Q708E Missense diploid 1 chr15 48791227 48791227 ENST00000316623.5:c.2122C>G
E1160K Missense shallowdel 1 chr15 48779383 48779383 ENST00000316623.5:c.3478G>A
G157A Missense shallowdel 1 chr15 48888548 48888548 ENST00000316623.5:c.470G>C
M2864I Missense shallowdel 2 chr15 48703211 48703211 ENST00000316623.5:c.8592G>C
R545C Missense diploid 2 chr15 48802322 48802322 ENST00000316623.5:c.1633C>T
S2361L Missense diploid 　 chr15 48719886 48719886 ENST00000316623.5:c.7082C>T
A167T Missense diploid 　 chr15 48888519 48888519 ENST00000316623.5:c.499G>A
P399Q Missense shallowdel 　 chr15 48808511 48808511 ENST00000316623.5:c.1196C>A
X1028_splice Splice_Site diploid 　 chr15 48780691 48780691 ENST00000316623.5:c.3083-1G>T
E1116Q Missense shallowdel 　 chr15 48779626 48779626 ENST00000316623.5:c.3346G>C
S932L Missense shallowdel 　 chr15 48784717 48784717 ENST00000316623.5:c.2795C>T
T2224N Missense shallowdel 　 chr15 48725131 48725131 ENST00000316623.5:c.6671C>A
X285_splice Splice_Site diploid 　 chr15 48826273 48826286 ENST00000316623.5:c.853_862+4delAAATGTGAAGGTAA
Q258* Nonsense diploid 　 chr15 48826367 48826367 ENST00000316623.5:c.772C>T
E1894K Missense gain 　 chr15 48739011 48739011 ENST00000316623.5:c.5680G>A
P2121T Missense gain 　 chr15 48729537 48729537 ENST00000316623.5:c.6361C>A
R38G Missense diploid 　 chr15 48936855 48936855 ENST00000316623.5:c.112A>G
C1171Wfs*2 Frame_Shift_Del diploid 　 chr15 48779348 48779348 ENST00000316623.5:c.3513del
C160R Missense diploid 　 chr15 48888540 48888540 ENST00000316623.5:c.478T>C
E2841Q Missense diploid 　 chr15 48703282 48703282 ENST00000316623.5:c.8521G>C
H2871D Missense diploid 　 chr15 48703192 48703192 ENST00000316623.5:c.8611C>G
F1517L Missense diploid 　 chr15 48760642 48760642 ENST00000316623.5:c.4549T>C
E1651K Missense diploid 　 chr15 48756210 48756210 ENST00000316623.5:c.4951G>A
D732N Missense shallowdel 　 chr15 48789562 48789562 ENST00000316623.5:c.2194G>A
S293N Missense diploid 　 chr15 48818437 48818437 ENST00000316623.5:c.878G>A
L1979V Missense shallowdel 　 chr15 48736840 48736840 ENST00000316623.5:c.5935C>G
GEMIN4 A251V Missense diploid 1 chr17 650531 650531 ENST00000319004.5:c.752C>T
D256N Missense shallowdel 　 chr17 650517 650517 ENST00000319004.5:c.766G>A
S598L Missense shallowdel 　 chr17 649490 649490 ENST00000319004.5:c.1793C>T
GJB2 L25P Missense diploid 　 chr13 20763647 20763647 ENST00000382844.1:c.74T>C
L210V Missense diploid 　 chr13 20763093 20763093 ENST00000382844.1:c.628T>G
HIST1H3B E51Q Missense gain 2 chr6 26032138 26032138 ENST00000244661.2:c.151G>C
E74K Missense gain 6 chr6 26032069 26032069 ENST00000244661.2:c.220G>A
R135T Missense gain 2 chr6 26031885 26031885 ENST00000244661.2:c.404G>C
R135T Missense shallowdel 2 chr6 26031885 26031885 ENST00000244661.2:c.404G>C
R132G Missense diploid 2 chr6 26031895 26031895 ENST00000244661.2:c.394C>G
R132G Missense gain 2 chr6 26031895 26031895 ENST00000244661.2:c.394C>G
E98K Missense diploid 2 chr6 26031997 26031997 ENST00000244661.2:c.292G>A
E134Q Missense diploid 1 chr6 26031889 26031889 ENST00000244661.2:c.400G>C
R132C Missense diploid 2 chr6 26031895 26031895 ENST00000244661.2:c.394C>T
L83I Missense diploid 　 chr6 26032042 26032042 ENST00000244661.2:c.247C>A
H40N Missense gain 　 chr6 26032171 26032171 ENST00000244661.2:c.118C>A
E60K Missense gain 　 chr6 26032111 26032111 ENST00000244661.2:c.178G>A
KLK12 V124I Missense diploid 1 chr19 51535219 51535219 ENST00000319590.4:c.370G>A
D132Y Missense diploid 　 chr19 51535195 51535195 ENST00000319590.4:c.394G>T
TACC2 S1381F Missense diploid 1 chr10 123846157 123846157 ENST00000334433.3:c.4142C>T
S1913L Missense diploid 1 chr10 123903125 123903125 ENST00000334433.3:c.5738C>T
S962W Missense diploid 1 chr10 123844900 123844900 ENST00000334433.3:c.2885C>G
E950K Missense diploid 1 chr10 123844863 123844863 ENST00000334433.3:c.2848G>A
D1613Y Missense shallowdel 1 chr10 123846852 123846852 ENST00000334433.3:c.4837G>T
G1016A Missense shallowdel 1 chr10 123845062 123845062 ENST00000334433.3:c.3047G>C
A1564T Missense diploid 　 chr10 123846705 123846705 ENST00000334433.3:c.4690G>A
P852L Missense diploid 　 chr10 123844570 123844570 ENST00000334433.3:c.2555C>T
S2805* Nonsense diploid 　 chr10 124008179 124008179 ENST00000334433.3:c.8414C>G
E2891K Missense shallowdel 　 chr10 124009069 124009069 ENST00000334433.3:c.8671G>A
Q2479H Missense gain 　 chr10 123976234 123976234 ENST00000334433.3:c.7437G>C
R1661T Missense shallowdel 　 chr10 123846997 123846997 ENST00000334433.3:c.4982G>C
E1003K Missense diploid 　 chr10 123845022 123845022 ENST00000334433.3:c.3007G>A
S1358N Missense diploid 　 chr10 123846088 123846088 ENST00000334433.3:c.4073G>A
Q134* Nonsense diploid 　 chr10 123842415 123842415 ENST00000334433.3:c.400C>T
Q136E Missense diploid 　 chr10 123842421 123842421 ENST00000334433.3:c.406C>G
E1152K Missense diploid 　 chr10 123845469 123845469 ENST00000334433.3:c.3454G>A
D790N Missense amp 　 chr10 123844383 123844383 ENST00000334433.3:c.2368G>A
R2597Q Missense diploid 　 chr10 123987417 123987417 ENST00000334433.3:c.7790G>A
P562L Missense diploid 　 chr10 123843700 123843700 ENST00000334433.3:c.1685C>T
H1804Y Missense diploid 　 chr10 123847425 123847425 ENST00000334433.3:c.5410C>T
TMC1 R264Q Missense diploid 　 chr9 75387378 75387378 ENST00000297784.5:c.791G>A
S697L Missense shallowdel 1 chr9 75441871 75441871 ENST00000297784.5:c.2090C>T
G267A Missense diploid 1 chr9 75387387 75387387 ENST00000297784.5:c.800G>C
L450F Missense diploid 1 chr9 75406925 75406925 ENST00000297784.5:c.1348C>T
R46K Missense diploid 　 chr9 75309531 75309531 ENST00000297784.5:c.137G>A
E118Q Missense shallowdel 　 chr9 75315549 75315549 ENST00000297784.5:c.352G>C
R512G Missense shallowdel 　 chr9 75407236 75407236 ENST00000297784.5:c.1534C>G
USPL1 S298L Missense diploid 1 chr13 31211905 31211905 ENST00000255304.4:c.893C>T
S546L Missense diploid 1 chr13 31231851 31231851 ENST00000255304.4:c.1637C>T
S1069L Missense diploid 1 chr13 31233420 31233420 ENST00000255304.4:c.3206C>T
Q284* Nonsense diploid 1 chr13 31205593 31205593 ENST00000255304.4:c.850C>T
P833S Missense shallowdel 1 chr13 31232711 31232711 ENST00000255304.4:c.2497C>T
R916Q Missense gain 　 chr13 31232961 31232961 ENST00000255304.4:c.2747G>A
E697K Missense gain 　 chr13 31232303 31232303 ENST00000255304.4:c.2089G>A
I461N Missense shallowdel 　 chr13 31227428 31227428 ENST00000255304.4:c.1382T>A
I265M Missense diploid 　 chr13 31205538 31205538 ENST00000255304.4:c.795A>G
D581N Missense gain 　 chr13 31231955 31231955 ENST00000255304.4:c.1741G>A
Q369* Nonsense gain 　 chr13 31216887 31216887 ENST00000255304.4:c.1105C>T
X371_splice Splice_Site diploid 　 chr13 31221068 31221068 ENST00000255304.4:c.1113-1G>A
S603F Missense gain 　 chr13 31232022 31232022 ENST00000255304.4:c.1808C>T
ZNF804B S1249W Missense gain 2 chr7 88966042 88966042 ENST00000333190.4:c.3746C>G
Q1060Hfs*9 Frame_Shift_Ins diploid 　 chr7 88965470 88965471 ENST00000333190.4:c.3176_3179dupTCCA
E1090Q Missense diploid 2 chr7 88965564 88965564 ENST00000333190.4:c.3268G>C
D415H Missense gain 1 chr7 88963539 88963539 ENST00000333190.4:c.1243G>C
A1241V Missense gain 1 chr7 88966018 88966018 ENST00000333190.4:c.3722C>T
P1253A Missense gain 2 chr7 88966053 88966053 ENST00000333190.4:c.3757C>G
S868T Missense gain 　 chr7 88964899 88964899 ENST00000333190.4:c.2603G>C
K350N Missense diploid 　 chr7 88963346 88963346 ENST00000333190.4:c.1050G>T
S164I Missense diploid 　 chr7 88962787 88962787 ENST00000333190.4:c.491G>T
V1198F Missense gain 　 chr7 88965888 88965888 ENST00000333190.4:c.3592G>T
Y77* Nonsense diploid 　 chr7 88847591 88847591 ENST00000333190.4:c.231T>G
S1193L Missense diploid 1 chr7 88965874 88965874 ENST00000333190.4:c.3578C>T
F1062C Missense diploid 　 chr7 88965481 88965481 ENST00000333190.4:c.3185T>G
H359Y Missense gain 　 chr7 88963371 88963371 ENST00000333190.4:c.1075C>T
V932I Missense diploid 　 chr7 88965090 88965090 ENST00000333190.4:c.2794G>A
상기 돌연변이 위치 정보를 토대로, 상기 마커 유전자를 검출할 수 있는 프라이머, 프로브, 항체 또는 앱타머를 이용한 마이크로 칩의 제작이 가능하며, 구체적인 방법은 통상의 기술에 따를 수 있다.
상기에서는 본 발명의 바람직한 실시예를 예시적으로 설명하였으나, 본 발명의 범위는 상기와 같은 특정 실시예에만 한정되지 아니하며, 해당 분야에서 통상의 지식을 가진 자라면 본 발명의 특허청구범위에 기재된 범주 내에서 적절하게 변경이 가능할 것이다.
<110> THE CATHOLIC UNIVERSITY OF KOREA INDUSTRY-ACADEMIC COOPERATION FOUNDATION <120> Composition And Kit For Diagnosing Prognosis Of Bladder Cancer According To Age <130> 2021-DPA-4493D <150> KR 10-2020-0037733 <151> 2020-03-27 <160> 13 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 725 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Asp Asp Ser Asp Thr Pro Thr Tyr Tyr Leu Gln Ile Glu Pro Gln 1 5 10 15 Asp Gly Cys His Pro Gly Asp Ser Val Glu Arg Ser Val Thr Cys Leu 20 25 30 Pro Ser Ala Ser Asp Glu Asn Glu Asn Gln Leu Asp Gly Asp Gly His 35 40 45 Glu His Leu Thr Ser Ser Asp Ser Ala Met Gly Lys Pro Gln Val Ser 50 55 60 Glu Gln Asp Ser Leu Asn Asn Asn Glu Ser Cys Thr Leu Ser Cys Glu 65 70 75 80 Val Ala Ala Gly Glu Asn Leu Gln Asn Thr Leu Cys Glu Ala Ser Arg 85 90 95 Asp Glu Gln Ala Phe Leu Gly Lys Asp Lys Lys Ile Pro Gly Lys Arg 100 105 110 Ser Pro Arg Ser Lys Lys Gly Thr Ala Lys Lys Ile Pro Pro Gly Leu 115 120 125 Phe Ser Gly Asp Ile Ala Pro Leu Met Gln Glu Lys Val Leu Ser Ala 130 135 140 Val Thr Tyr Ala Val Asp Asp Glu Glu Ala Ala Glu Val Asn Ala Asn 145 150 155 160 Glu Gln Pro Glu Ala Pro Lys Leu Val Leu Gln Ser Leu Phe Ser Leu 165 170 175 Ile Arg Gly Glu Val Glu Gln Leu Asp Ser Arg Ala Leu Pro Leu Cys 180 185 190 Leu His Gln Ile Ala Glu Ser Tyr Phe Gln Glu Glu Asp Tyr Glu Lys 195 200 205 Ala Met Lys Phe Ile Gln Leu Glu Arg Leu Tyr His Glu Gln Leu Leu 210 215 220 Ala Asn Leu Ser Ala Ile Gln Glu Gln Trp Glu Thr Lys Trp Lys Thr 225 230 235 240 Val Gln Pro His Thr Val Thr Ala Leu Arg Asn Ser Glu Lys Gly Phe 245 250 255 Asn Gly Glu Asp Phe Glu Arg Leu Thr Lys Ile Cys Ala Thr His Gln 260 265 270 Asp Pro Leu Leu Ser Lys His Lys Ile Ala Ala Val Glu Lys Ser Gln 275 280 285 Glu Arg Lys Cys Ser Thr Gln Leu Leu Val Ser Glu Asp Pro Lys Glu 290 295 300 Gly Gly Ala Thr Thr Lys Glu Ser Glu Ser Lys Thr Cys Leu Gly Thr 305 310 315 320 Glu Ser Ser Lys Glu Ser Gln His Thr Val Glu Pro Leu Gly Ser Ser 325 330 335 Pro Cys Cys His Gln Met Asp Val Gln Thr Asp Ser Pro Ser Leu Ser 340 345 350 Val Thr Ala Gly Lys Asp His Met Glu Glu Leu Leu Cys Ser Ala Glu 355 360 365 Ala Thr Leu Ala Leu His Thr Gln Ser Ser Glu Thr Ala Gly Ser Pro 370 375 380 Ser Gly Pro Asp Ser Ser Glu Asp Ala Cys Glu Asp Asp Ser Arg Leu 385 390 395 400 Gln Leu Ala Gln Thr Glu Ala Cys Gln Asp Val Ala Arg Ile Glu Gly 405 410 415 Ile Ala Glu Asp Pro Lys Val Phe Leu Ser Ser Lys Ser Lys Thr Glu 420 425 430 Pro Leu Ile Ser Pro Gly Cys Asp Arg Ile Pro Pro Ala Leu Ile Ser 435 440 445 Glu Gly Lys Tyr Ser Gln Ala Gln Arg Lys Glu Leu Arg Leu Pro Leu 450 455 460 Arg Asp Ala Ser Glu Ala Leu Pro Thr Asp Gln Leu Glu Asn Asn Glu 465 470 475 480 Leu Asn Glu Leu Gln Gln Pro Asp Leu Thr Asp Ser Asp Gly Lys Ser 485 490 495 Pro Gln Ala Gln Ala Asp Ser Asp Gly Ser Glu Asn Val Leu Cys Gly 500 505 510 Asn Asn Gln Ile Ser Asp Leu Gly Ile Leu Leu Pro Glu Val Cys Met 515 520 525 Ala Pro Glu Glu Lys Gly Asp Lys Asp Asp Gln Leu Asn Lys Glu Thr 530 535 540 Glu Asp Tyr Leu Asn Ser Leu Leu Glu Gly Cys Leu Lys Asp Thr Glu 545 550 555 560 Asp Ser Leu Ser Tyr Glu Asp Asn Gln Asp Asp Asp Ser Asp Leu Leu 565 570 575 Gln Asp Leu Ser Pro Glu Glu Ala Ser Tyr Ser Leu Gln Glu Asn Leu 580 585 590 Pro Ser Asp Glu Ser Cys Leu Ser Leu Asp Asp Leu Ala Lys Arg Ile 595 600 605 Glu Ile Ala Glu Val Val Pro Thr Glu Gly Leu Val Ser Ile Leu Lys 610 615 620 Lys Arg Asn Asp Thr Val Gly Asp His Pro Ala Gln Met Gln His Lys 625 630 635 640 Pro Ser Lys Arg Arg Val Arg Phe Gln Glu Ile Asp Asp Ser Leu Asp 645 650 655 Gln Asp Glu Val Gly Gly Gly Ser Cys Ile Leu Leu Val Leu Leu Cys 660 665 670 Ile Ala Thr Val Phe Leu Ser Val Gly Gly Thr Ala Leu Tyr Cys Thr 675 680 685 Phe Gly Asp Met Glu Ser Pro Val Cys Thr Asp Phe Ala Asp Asn Met 690 695 700 Asp Phe Tyr Tyr Thr Lys Leu Leu Gln Gly Val Ala Glu Leu Lys His 705 710 715 720 Trp Ile Tyr Leu Ser 725 <210> 2 <211> 772 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Ala Glu Ala His Gln Ala Val Ala Phe Gln Phe Thr Val Thr Pro 1 5 10 15 Asp Gly Val Asp Phe Arg Leu Ser Arg Glu Ala Leu Lys His Val Tyr 20 25 30 Leu Ser Gly Ile Asn 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Pro Leu Met Val Asn Ser Asn Tyr 245 250 255 Tyr Val Met Asp Leu Val Leu Ile Lys Asn Thr Asp Val Gln Ala Ala 260 265 270 Arg Leu Gly Asn Ile Ile His Ala Met Ile Met Tyr Arg Arg Lys Leu 275 280 285 Asp Arg Glu Glu Ile Lys Pro Val Met Ala Leu Gly Ile Val Pro Met 290 295 300 Cys Ser Tyr Gln Met Glu Arg Met Phe Asn Thr Thr Arg Ile Pro Gly 305 310 315 320 Lys Asp Thr Asp Val Leu Gln His Leu Ser Asp Ser Arg His Val Ala 325 330 335 Val Tyr His Lys Gly Arg Phe Phe Lys Leu Trp Leu Tyr Glu Gly Ala 340 345 350 Arg Leu Leu Lys Pro Gln Asp Leu Glu Met Gln Phe Gln Arg Ile Leu 355 360 365 Asp Asp Pro Ser Pro Pro Gln Pro Gly Glu Glu Lys Leu Ala Ala Leu 370 375 380 Thr Ala Gly Gly Arg Val Glu Trp Ala Gln Ala Arg Gln Ala Phe Phe 385 390 395 400 Ser Ser Gly Lys Asn Lys Ala Ala Leu Glu Ala Ile Glu Arg Ala Ala 405 410 415 Phe Phe Val Ala Leu Asp Glu Glu Ser Tyr Ser Tyr Asp Pro Glu Asp 420 425 430 Glu Ala Ser Leu Ser Leu Tyr Gly Lys Ala Leu Leu His Gly Asn Cys 435 440 445 Tyr Asn Arg Trp Phe Asp Lys Ser Phe 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Lys Lys Ser Thr Ala Lys Ala Leu 35 40 45 Glu Asp Val Lys Ala Asn Phe Tyr Cys Glu Leu Cys Asp Lys Gln Tyr 50 55 60 His Lys His Gln Glu Phe Asp Asn His Ile Asn Ser Tyr Asp His Ala 65 70 75 80 His Lys Gln Arg Leu Lys Glu Leu Lys Gln Arg Glu Phe Ala Arg Asn 85 90 95 Val Ala Ser Lys Ser Trp Lys Asp Glu Lys Lys Gln Glu Lys Ala Leu 100 105 110 Lys Arg Leu His Gln Leu Ala Glu Leu Arg Gln Gln Ser Glu Cys Val 115 120 125 Ser Gly Asn Gly Pro Ala Tyr Lys Ala Pro Arg Val Ala Ile Glu Lys 130 135 140 Gln Leu Gln Gln Gly Ile Phe Pro Ile Lys Asn Gly Arg Lys Val Ser 145 150 155 160 Cys Met Lys Ser Ala Leu Leu Leu Lys Gly Lys Asn Leu Pro Arg Ile 165 170 175 Ile Ser Asp Lys Gln Arg Ser Thr Met Pro Asn Arg His Gln Leu Gln 180 185 190 Ser Asp Arg Arg Cys Leu Phe Gly Asn Gln Val Leu Gln Thr Ser Ser 195 200 205 Asp Leu Ser Asn Ala Asn His Arg Thr Gly Val Ser Phe Thr Phe Ser 210 215 220 Lys Lys Val His Leu Lys Leu Glu Ser Ser Ala Ser Val Phe Ser Glu 225 230 235 240 Asn Thr Glu Glu Thr His Asp Cys Asn Lys Ser Pro Ile Tyr Lys Thr 245 250 255 Lys Gln Thr Ala Asp Lys Cys Lys Cys Cys Arg Phe Ala Asn Lys Asp 260 265 270 Thr His Leu Thr Lys Glu Lys Glu Val Asn Ile Ser Pro Ser His Leu 275 280 285 Glu Ser Val Leu His Asn Thr Ile Ser Ile Asn Ser Lys Ile Leu Gln 290 295 300 Asp Lys His Asp Ser Ile Asp Glu Thr Leu Glu Asp Ser Ile Gly Ile 305 310 315 320 His Ala Ser Phe Ser Lys Ser Asn Ile His Leu Ser Asp Val Asp Phe 325 330 335 Thr Pro Thr Ser Arg Glu Lys Glu Thr Arg Asn Thr Leu Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Glu Asn Cys Val Asn His Pro Cys Gln Ala Asn Ala Ser Phe Ser 355 360 365 Pro Pro Asn Ile Tyr Asn His Ser Asp Ala Arg Ile Ser Glu Cys Leu 370 375 380 Asp Glu Phe Ser Ser Leu Glu Pro Ser Glu Gln Lys Ser Thr Val His 385 390 395 400 Leu Asn Pro Asn Ser Arg Ile Glu Asn Arg Glu Lys Ser Leu Asp Lys 405 410 415 Thr Glu Arg Val Ser Lys Asn Val Gln Arg Leu Val Lys Glu Ala Cys 420 425 430 Thr His Asn Val Ala Ser Lys Pro Leu Pro Phe Leu His Val Gln Ser 435 440 445 Lys Asp Gly His Thr Thr Leu Gln Trp Pro Thr Glu Leu Leu Leu Phe 450 455 460 Thr Lys Thr Glu Pro Cys Ile Ser Tyr Gly Cys Asn Pro Leu Tyr Phe 465 470 475 480 Asp Phe Lys Leu Ser Arg Asn Thr Lys Glu Asp His Asn Leu Glu Asp 485 490 495 Leu Lys Thr Glu Leu Gly Lys Lys Pro Leu Glu Leu Lys Thr Lys Arg 500 505 510 Glu Ser Gln Val Ser Gly Leu Thr Glu Asp Gln Gln Lys Leu Ile Gln 515 520 525 Glu Asp Tyr Gln Tyr Pro Lys Pro Lys Thr Met Ile Ala Asn Pro Asp 530 535 540 Trp Glu Lys Phe Gln Arg Lys Tyr Asn Leu Asp Tyr Ser Asp Ser Glu 545 550 555 560 Pro Asn Lys Ser Glu Tyr Thr Phe Ser Ala Asn Asp Leu Glu Met Lys 565 570 575 Asn Pro Lys Val Pro Leu Tyr Leu Asn Thr Ser Leu Lys Asp Cys Ala 580 585 590 Gly Lys Asn Asn Ser Ser Glu Asn Lys Leu Lys Glu Ala Ser Arg Ala 595 600 605 His Trp Gln Gly Cys Arg Lys Ala Val Leu Asn Asp Ile Asp Glu Asp 610 615 620 Leu Ser Phe Pro Ser Tyr Ile Ser Arg Phe Lys Lys His Lys Leu Ile 625 630 635 640 Pro Cys Ser Pro His Leu Glu Phe Glu Asp Glu Arg Gln Phe Asn Cys 645 650 655 Lys Ser Ser Pro Cys Thr Val Gly Gly His Ser Asp His Gly Lys Asp 660 665 670 Phe Ser Val Ile Leu Lys Ser Asn His Ile Ser Met Thr Ser Lys Val 675 680 685 Ser Gly Cys Gly Asn Gln Arg Tyr Lys Arg Tyr Ser Pro Gln Ser Cys 690 695 700 Leu Ser Arg Tyr Ser Ser Ser Leu Asp Thr Ser Pro Ser Ser Met Ser 705 710 715 720 Ser Leu Arg Ser Thr Cys Ser Ser His Arg Phe Asn Gly Asn Ser Arg 725 730 735 Gly Asn Leu Leu Cys Phe His Lys Arg Glu His His Ser Val Glu Arg 740 745 750 His Lys Arg Lys Cys Leu Lys His Asn Cys Phe Tyr Leu Ser Asp Asp 755 760 765 Ile Thr Lys Ser Ser Gln Met Gln Ser Glu Pro Gln Lys Glu Arg Asn 770 775 780 Cys Lys Leu Trp Glu Ser Phe Lys Asn Glu Lys Tyr Ser Lys Arg Arg 785 790 795 800 Tyr Cys His Cys Arg Glu Arg Gln Lys Leu Gly Lys Asn Gln Gln Gln 805 810 815 Phe Ser Gly Leu Lys Ser Thr Arg Ile Ile Tyr Cys Asp Ser Asn Ser 820 825 830 Gln Ile Ser Cys Thr Gly Ser Ser Lys Lys Pro Pro Asn Cys Gln Gly 835 840 845 Thr Gln His Asp Arg Leu Asp Ser Tyr Ser Ile Glu Lys Met Tyr Tyr 850 855 860 Leu Asn Lys Ser Lys Arg Asn Gln Glu Ser Leu Gly Ser Pro His Ile 865 870 875 880 Cys Asp Leu Gly Lys Val Arg Pro Met Lys Cys Asn Ser Gly Asn Ile 885 890 895 Ser Cys Leu Leu Lys Asn Cys Ser Ser Gly Pro Ser Glu Thr Thr Glu 900 905 910 Ser Asn Thr Ala Glu Gly Glu Arg Thr Pro Leu Thr Ala Lys Ile Leu 915 920 925 Leu Glu Arg Val Gln Ala Lys Lys Cys Gln Glu Gln Ser Ser Asn Val 930 935 940 Glu Ile Ser Ser Asn Ser Cys Lys Ser Glu Leu Glu Ala Pro Ser Gln 945 950 955 960 Val Pro Cys Thr Ile Gln Leu Ala Pro Ser Gly Cys Asn Arg Gln Ala 965 970 975 Leu Pro Leu Ser Glu Lys Ile Gln Tyr Ala Ser Glu Ser Arg Asn Asp 980 985 990 Gln Asp Ser Ala Ile Pro Arg Thr Thr Glu Lys Asp Lys Ser Lys Ser 995 1000 1005 Ser His Thr Asn Asn Phe Thr Ile Leu Ala Asp Thr Asp Cys Asp Asn 1010 1015 1020 His Leu Ser Lys Gly Ile Ile His Leu Val Thr Glu Ser Gln Ser Leu 1025 1030 1035 1040 Asn Ile Lys Arg Asp Ala Thr Thr Lys Glu Gln Ser Lys Pro Leu Ile 1045 1050 1055 Ser Glu Ile Gln Pro Phe Ile Gln Ser Cys Asp Pro Val Pro Asn Glu 1060 1065 1070 Phe Pro Gly Ala Phe Pro Ser Asn Lys Tyr Thr Gly Val Thr Asp Ser 1075 1080 1085 Thr Glu Thr Gln Glu Asp Gln Ile Asn Leu Asp Leu Gln Asp Val Ser 1090 1095 1100 Met His Ile Asn His Val Glu Gly Asn Ile Asn Ser Tyr Tyr Asp Arg 1105 1110 1115 1120 Thr Met Gln Lys Pro Asp Lys Val Glu Asp Gly Leu Glu Met Cys His 1125 1130 1135 Lys Ser Ile Ser Pro Pro Leu Ile Gln Gln Pro Ile Thr Phe Ser Pro 1140 1145 1150 Asp Glu Ile Asp Lys Tyr Lys Ile Leu Gln Leu Gln Ala Gln Gln His 1155 1160 1165 Met Gln Lys Gln Leu Leu Ser Lys His Leu Arg Val Leu Pro Ala Ala 1170 1175 1180 Gly Pro Thr Ala Phe Ser Pro Ala Ser Thr Val Gln Thr Val Pro Val 1185 1190 1195 1200 His Gln His Thr Ser Ile Thr Thr Ile His His Thr Phe Leu Gln His 1205 1210 1215 Phe Ala Val Ser Ala Ser Leu Ser Ser His Ser Ser His Leu Pro Ile 1220 1225 1230 Ala His Leu His Pro Leu Ser Gln Ala His Phe Ser Pro Ile Ser Phe 1235 1240 1245 Ser Thr Leu Thr Pro Thr Ile Ile Pro Ala His Pro Thr Phe Leu Ala 1250 1255 1260 Gly His Pro Leu His Leu Val Ala Ala Thr Pro Phe His Pro Ser His 1265 1270 1275 1280 Ile Thr Leu Gln Pro Leu Pro Pro Thr Ala Phe Ile Pro Thr Leu Phe 1285 1290 1295 Gly Pro His Leu Asn Pro Ala Thr Thr Ser Ile Ile His Leu Asn Pro 1300 1305 1310 Leu Ile Gln Pro Val Phe Gln Gly Gln Asp Phe Cys His His Ser Cys 1315 1320 1325 Ser Ser Gln Met Gln Gln Leu Asn Glu Val Lys Glu Ala Leu Asn Val 1330 1335 1340 Ser Thr His Leu Asn 1345 <210> 12 <211> 219 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 12 Met Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Asn Pro Ser Asp Leu Leu Arg Ser Val 1 5 10 15 Ser Asn Ile Ser Ser Glu Phe Gly Arg Arg Val Trp Thr Ser Ala Pro 20 25 30 Pro Pro Gln Arg Pro Phe Arg Val Cys Asp His Lys Arg Thr Ile Arg 35 40 45 Lys Gly Leu Thr Ala Ala Thr Arg Gln Glu Leu Leu Ala Lys Ala Leu 50 55 60 Glu Thr Leu Leu Leu Asn Gly Val Leu Thr Leu Val Leu Glu Glu Asp 65 70 75 80 Gly Thr Ala Val Asp Ser Glu Asp Phe Phe Gln Leu Leu Glu Asp Asp 85 90 95 Thr Cys Leu Met Val Leu Gln Ser Gly Gln Ser Trp Ser Pro Thr Arg 100 105 110 Ser Gly Val Leu Ser Tyr Gly Leu Gly Arg Glu Arg Pro Lys His Ser 115 120 125 Lys Asp Ile Ala Arg Phe Thr Phe Asp Val Tyr Lys Gln Asn Pro Arg 130 135 140 Asp Leu Phe Gly Ser Leu Asn Val Lys Ala Thr Phe Tyr Gly Leu Tyr 145 150 155 160 Ser Met Ser Cys Asp Phe Gln Gly Leu Gly Pro Lys Lys Val Leu Arg 165 170 175 Glu Leu Leu Arg Trp Thr Ser Thr Leu Leu Gln Gly Leu Gly His Met 180 185 190 Leu Leu Gly Ile Ser Ser Thr Leu Arg His Ala Val Glu Gly Ala Glu 195 200 205 Gln Trp Gln Gln Lys Gly Arg Leu His Ser Tyr 210 215 <210> 13 <211> 1058 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 13 Met Asp Leu Gly Pro Leu Asn Ile Cys Glu Glu Met Thr Ile Leu His 1 5 10 15 Gly Gly Phe Leu Leu Ala Glu Gln Leu Phe His Pro Lys Ala Leu Ala 20 25 30 Glu Leu Thr Lys Ser Asp Trp Glu Arg Val Gly Arg Pro Ile Val Glu 35 40 45 Ala Leu Arg Glu Ile Ser Ser Ala Ala Ala His Ser Gln Pro Phe Ala 50 55 60 Trp Lys Lys Lys Ala Leu Ile Ile Ile Trp Ala Lys Val Leu Gln Pro 65 70 75 80 His Pro Val Thr Pro Ser Asp Thr Glu Thr Arg Trp Gln Glu Asp Leu 85 90 95 Phe Phe Ser Val Gly Asn Met Ile Pro Thr Ile Asn His Thr Ile Leu 100 105 110 Phe Glu Leu Leu Lys Ser Leu Glu Ala Ser Gly Leu Phe Ile Gln Leu 115 120 125 Leu Met Ala Leu Pro Thr Thr Ile Cys His Ala Glu Leu Glu Arg Phe 130 135 140 Leu Glu His Val Thr Val Asp Thr Ser Ala Glu Asp Val Ala Phe Phe 145 150 155 160 Leu Asp Val Trp Trp Glu Val Met Lys His Lys Gly His Pro Gln Asp 165 170 175 Pro Leu Leu Ser Gln Phe Ser Ala Met Ala His Lys Tyr Leu Pro Ala 180 185 190 Leu Asp Glu Phe Pro His Pro Pro Lys Arg Leu Arg Ser Asp Pro Asp 195 200 205 Ala Cys Pro Thr Met Pro Leu Leu Ala Met Leu Leu Arg Gly Leu Thr 210 215 220 Gln Ile Gln Ser Arg Ile Leu Gly Pro Gly Arg Lys Cys Cys Ala Leu 225 230 235 240 Ala Asn Leu Ala Asp Met Leu Thr Val Phe Ala Leu Thr Glu Asp Asp 245 250 255 Pro Gln Glu Val Ser Ala Thr Val Tyr Leu Asp Lys Leu Ala Thr Val 260 265 270 Ile Ser Val Trp Asn Ser Asp Thr Gln Asn Pro Tyr His Gln Gln Ala 275 280 285 Leu Ala Glu Lys Val Lys Glu Ala Glu Arg Asp Val Ser Leu Thr Ser 290 295 300 Leu Ala Lys Leu Pro Ser Glu Thr Ile Phe Val Gly Cys Glu Phe Leu 305 310 315 320 His His Leu Leu Arg Glu Trp Gly Glu Glu Leu Gln Ala Val Leu Arg 325 330 335 Ser Ser Gln Gly Thr Ser Tyr Asp Ser Tyr Arg Leu Cys Asp Ser Leu 340 345 350 Thr Ser Phe Ser Gln Asn Ala Thr Leu Tyr Leu Asn Arg Thr Ser Leu 355 360 365 Ser Lys Glu Asp Arg Gln Val Val Ser Glu Leu Ala Glu Cys Val Arg 370 375 380 Asp Phe Leu Arg Lys Thr Ser Thr Val Leu Lys Asn Arg Ala Leu Glu 385 390 395 400 Asp Ile Thr Ala Ser Ile Ala Met Ala Val Ile Gln Gln Lys Met Asp 405 410 415 Arg His Met Glu Val Cys Tyr Ile Phe Ala Ser Glu Lys Lys Trp Ala 420 425 430 Phe Ser Asp Glu Trp Val Ala Cys Leu Gly Ser Asn Arg Ala Leu Phe 435 440 445 Arg Gln Pro Asp Leu Val Leu Arg Leu Leu Glu Thr Val Ile Asp Val 450 455 460 Ser Thr Ala Asp Arg Ala Ile Pro Glu Ser Gln Ile Arg Gln Val Ile 465 470 475 480 His Leu Ile Leu Glu Cys Tyr Ala Asp Leu Ser Leu Pro Gly Lys Asn 485 490 495 Lys Val Leu Ala Gly Ile Leu Arg Ser Trp Gly Arg Lys Gly Leu Ser 500 505 510 Glu Lys Leu Leu Ala Tyr Val Glu Gly Phe Gln Glu Asp Leu Asn Thr 515 520 525 Thr Phe Asn Gln Leu Thr Gln Ser Ala Ser Glu Gln Gly Leu Ala Lys 530 535 540 Ala Val Ala Ser Val Ala Arg Leu Val Ile Val His Pro Glu Val Thr 545 550 555 560 Val Lys Lys Met Cys Ser Leu Ala Val Val Asn Leu Gly Thr His Lys 565 570 575 Phe Leu Ala Gln Ile Leu Thr Ala Phe Pro Ala Leu Arg Phe Val Glu 580 585 590 Glu Gln Gly Pro Asn Ser Ser Ala Thr Phe Met Val Ser Cys Leu Lys 595 600 605 Glu Thr Val Trp Met Lys Phe Ser Thr Pro Lys Glu Glu Lys Gln Phe 610 615 620 Leu Glu Leu Leu Asn Cys Leu Met Ser Pro Val Lys Pro Gln Gly Ile 625 630 635 640 Pro Val Ala Ala Leu Leu Glu Pro Asp Glu Val Leu Lys Glu Phe Val 645 650 655 Leu Pro Phe Leu Arg Leu Asp Val Glu Glu Val Asp Leu Ser Leu Arg 660 665 670 Ile Phe Ile Gln Thr Leu Glu Ala Asn Ala Cys Arg Glu Glu Tyr Trp 675 680 685 Leu Gln Thr Cys Ser Pro Phe Pro Leu Leu Phe Ser Leu Cys Gln Leu 690 695 700 Leu Asp Arg Phe Ser Lys Tyr Trp Gln Leu Pro Lys Glu Lys Arg Cys 705 710 715 720 Leu Ser Leu Asp Arg Lys Asp Leu Ala Ile His Ile Leu Glu Leu Leu 725 730 735 Cys Glu Ile Val Ser Ala Asn Ala Glu Thr Phe Ser Pro Asp Val Trp 740 745 750 Ile Lys Ser Leu Ser Trp Leu His Arg Lys Leu Glu Gln Leu Asp Trp 755 760 765 Thr Val Gly Leu Arg Leu Lys Ser Phe Phe Glu Gly His Phe Lys Cys 770 775 780 Glu Val Pro Ala Thr Leu Phe Glu Ile Cys Lys Leu Ser Glu Asp Glu 785 790 795 800 Trp Thr Ser Gln Ala His Pro Gly Tyr Gly Ala Gly Thr Gly Leu Leu 805 810 815 Ala Trp Met Glu Cys Cys Cys Val Ser Ser Gly Ile Ser Glu Arg Met 820 825 830 Leu Ser Leu Leu Val Val Asp Val Gly Asn Pro Glu Glu Val Arg Leu 835 840 845 Phe Ser Lys Gly Phe Leu Val Ala Leu Val Gln Val Met Pro Trp Cys 850 855 860 Ser Pro Gln Glu Trp Gln Arg Leu His Gln Leu Thr Arg Arg Leu Leu 865 870 875 880 Glu Lys Gln Leu Leu His Val Pro Tyr Ser Leu Glu Tyr Ile Gln Phe 885 890 895 Val Pro Leu Leu Asn Leu Lys Pro Phe Ala Gln Glu Leu Gln Leu Ser 900 905 910 Val Leu Phe Leu Arg Thr Phe Gln Phe Leu Cys Ser His Ser Cys Arg 915 920 925 Asp Trp Leu Pro Leu Glu Gly Trp Asn His Val Val Lys Leu Leu Cys 930 935 940 Gly Ser Leu Thr Arg Leu Leu Asp Ser Val Arg Ala Ile Gln Ala Ala 945 950 955 960 Gly Pro Trp Val Gln Gly Pro Glu Gln Asp Leu Thr Gln Glu Ala Leu 965 970 975 Phe Val Tyr Thr Gln Val Phe Cys His Ala Leu His Ile Met Ala Met 980 985 990 Leu His Pro Glu Val Cys Glu Pro Leu Tyr Val Leu Ala Leu Glu Thr 995 1000 1005 Leu Thr Cys Tyr Glu Thr Leu Ser Lys Thr Asn Pro Ser Val Ser Ser 1010 1015 1020 Leu Leu Gln Arg Ala His Glu Gln Arg Phe Leu Lys Ser Ile Ala Glu 1025 1030 1035 1040 Gly Ile Gly Pro Glu Glu Arg Arg Gln Thr Leu Leu Gln Lys Met Ser 1045 1050 1055 Ser Phe

Claims (10)

  1. CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, FBN1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, KLK12 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 포함하는 방광암 환자의 연령 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 연령에 따른 방광암의 예후 진단용 조성물.
  2. 청구항 1에 있어서,
    상기 시약은 프라이머, 프로브, 앱타머 및 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상을 포함하는 조성물.
  3. 청구항 1에 있어서,
    상기 연령 특이적 마커는 CIDEB 유전자의 돌연변이 및 GEMIN4 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함하는 조성물.
  4. CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, FBN1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, KLK12 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 포함하는 방광암 환자의 연령 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 연령에 따른 방광암의 예후 진단용 키트.
  5. 청구항 4에 있어서,
    상기 시약은 프라이머, 프로브, 앱타머 및 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상을 포함하는 키트.
  6. 청구항 4에 있어서,
    상기 연령 특이적 마커는 CIDEB 유전자의 돌연변이 및 GEMIN4 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함하는 키트.
  7. 방광암 환자의 샘플로부터 시료 DNA를 준비하는 단계;
    상기 시료 DNA에 대해 청구항 1 내지 청구항 3 중 어느 한 항의 방광암의 예후 진단용 조성물 또는 청구항 4 내지 청구항 6 중 어느 한 항의 방광암의 예후 진단용 키트를 이용하여 연령 특이적 마커의 유무를 확인하는 단계;를 포함하는 방광암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법.
  8. 청구항 7에 있어서,
    상기 방광암 환자의 샘플로부터 준비한 시료 DNA를 증폭하는 단계를 더 포함하는 방법.
  9. 청구항 7에 있어서,
    상기 성별 특이적 마커 중 CNST 유전자의 돌연변이, CPT1B 유전자의 돌연변이, DKKL1 유전자의 돌연변이, GJB2 유전자의 돌연변이 및 KLK12 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나가 확인되는 경우, 상기 성별 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단하는 단계;를 더 포함하는 방법.
  10. 청구항 7에 있어서,
    상기 성별 특이적 마커 중 FBN1 유전자의 돌연변이, HIST1H3B 유전자의 돌연변이, TACC2 유전자의 돌연변이, TMC1 유전자의 돌연변이, USPL1 유전자의 돌연변이 및 ZNF84B 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나가 확인되는 경우, 상기 성별 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 높거나 재발율이 낮다고 판단하는 단계;를 더 포함하는 방법.
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