KR20210134551A - 유두형 신장암의 재발 및 예후 예측용 바이오 마커 및 이의 용도 - Google Patents

유두형 신장암의 재발 및 예후 예측용 바이오 마커 및 이의 용도 Download PDF

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Abstract

본 발명은 유두형신장암의 재발 위험성 또는 재발성 신장암의 예후를 예측하는 마커에 관한 것으로, 특정 유전자들의 돌연변이 유무를 검출함으로써 유두형신장암을 포함하는 신장암의 재발을 미리 예측하여 이를 미연에 방지할 수 있을 뿐만 아니라, 신장암에 대해 치료를 받은 환자의 생존 예후를 예측하여 신장암 재발 환자들의 생존율을 높이는데 유용하게 사용될 수 있다.

Description

유두형 신장암의 재발 및 예후 예측용 바이오 마커 및 이의 용도{BIOMARKERS FOR PREDICTING THE RECURRENCE POSSIBILITY AND SURVIVAL PROGNOSIS OF PAPILLARY RENAL CELL CARCINOMA AND USES THEREOF}
본 발명은 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 바이오 마커 및 이의 용도에 관한 것이다.
신장암은 미국에서는 성인암의 약 3%를 차지하여 전 세계적으로 매년 그 발생빈도가 증가하고 있다. 연간 32,000명 정도 신환이 발생하며, 12,000명 정도가 신장암으로 사망하는 것으로 추정되고 있고, 국내에서는 2015년 중앙암등록 자료에 따르면 4,555명의 환자가 새로 등록되어 전체 암 발생의 2.1%를 차지하고 있다.
신장암은 대부분 신장의 실질(신장에서 소변을 만드는 세포들이 모여 있는 부분으로 수질과 피질로 구성됨)에서 발생하는 신장 세포암(신세포암)을 말한다. 신세포암은 투명세포형, 유두형, 혐색소형, 수질형 등으로 구분되고, 이 중에서 유두형 신세포암(papillary renal cell carcinoma)은 투명세포형 신장암에 이어서 두 번째로 흔하며, 전체 신장암의 약 15~20%를 차지한다.
신장암은 발병 후 종양 제거 시술로 인한 생존률은 높으나, 명확한 증상이 없어 초기에 진단이 어렵다. 또한, 국한성 신장암 환자의 20~50%가 수술 후 재발하며, 재발은 1~2년 사이에 주로 발생하나, 15년 이후 재발한 보고도 있어서 수술 후 재발이나 진행 여부에 대한 추적검사가 요구된다.
기존에 알려진 신장암의 재발 또는 예후 예측은 임상적 및 병리학적 특징에 기반을 두고 있는데 이는 환자의 유형마다 다양한 차이가 존재하고, 관찰자 간 변동성에 따라 변수가 생길 수 있으며, 지금까지 알려진 조직학적 기준 또는 다변수 위험 모델 등의 방식은 신장암 진단 및 예후에 대한 충분한 감수성 및 특이성을 보여주지 못한다.
이러한 이유로 신장암의 조기 진단과 예후 예측을 위한 정확한 분자 표지 연구 개발이 필요해졌고, 신장암 환자를 효과적으로 관리할 수 있는 방법으로 유전적 변이를 이해하는 것이 중요해지고 있다.
이러한 배경 하에서 본 발명자는 신장암의 일종인 유두형 신세포암 환자의 재발 위험성 및 생존 예후를 보다 정확하게 판별하는 방법을 개발하기 위하여 연구하던 중, 신장암 재발 환자에서 특이적으로 발생하는 돌연변이 유전자의 존재여부 확인을 통해 신장암 환자의 재발 가능성 및 생존 예후를 보다 정확하게 예측할 수 있음을 확인하고 본 발명을 완성하였다.
한국 등록특허공보 제1267580호
신장암 환자에 적합한 치료적 전략을 적용하기 위해서는, 신장암 환자의 예후를 예측하고 및 치료 전략을 결정하는데 정보를 제공해 줄 수 있는 마커의 개발이 필요하다. 본 발명은 신장암 환자의 재발 여부에 기반하여, 재발성 신장암 환자의 치료 전략 결정 및 예후 진단에 도움을 주는 마커를 제공하는 것을 과제로 한다.
상기 과제를 해결하기 위하여, 본 발명의 일 측면은 ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 다른 일 측면은, 상기 유전자의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물을 제공한다.
본 발명의 또 다른 일 측면은, 상기 유전자의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 키트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 일 측면은, 신장암 환자의 재발 또는 재발성 신장암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여, 신장암 환자로부터 얻은 생물학적 시료(biological sample)에서, 상기 유전자의 돌연변이를 검출하는 방법을 제공한다.
본 발명에 따른 유두형신장암의 재발 예측 및 재발성 신장암의 예후 예측 기술은 유두형신장암이 발병하여 치료를 받은 환자에서의 신장암 재발 위험성을 미리 예측하여 신장암 재발 위험성이 높은 환자에 대하여 적절한 치료법의 선발 및 특별한 관리를 통하여 재발 시기를 늦추거나 재발을 방지할 수 있으므로 신장암 환자의 생존율을 높일 수 있다.
도 1은 본 발명의 재발-특이적인 유전자에 대하여, 사건을 재발로 정하였을 때 무병 생존 기간(disease free survival kaplan-meier estimate)을 나타낸 카플란 마이어 생존 곡선 및 로그 순위 검정(log rank test) 결과를 나타낸 그래프이다. 실험군은 선발된 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 적색은 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자들을 나타내고, 청색은 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자를 나타낸다.
도 2는 본 발명의 재발성 신장암의 예후 예측 유전자에 대하여, 사건을 재발로 정하였을 때 무병 생존 기간(disease free survival kaplan-meier estimate)을 나타낸 카플란 마이어 생존 곡선 및 로그 순위 검정(log rank test) 결과를 나타낸 그래프이다. 실험군은 선발된 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 적색은 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자들을 나타내고, 청색은 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자를 나타낸다.
도 3은 본 발명의 재발성 신장암의 예후 예측 유전자에 대하여, 사건을 사망으로 정하였을 때 총 생존 기간(overall survival kaplan-meier estimate)을 나타낸 카플란 마이어 생존 곡선 및 로그 순위 검정(log rank test) 결과를 나타낸 그래프이다. 실험군은 선발된 재발성 신장암의 예후 예측 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발성 신장암의 예후 예측 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 적색은 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자들을 나타내고, 청색은 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자를 나타낸다.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명의 일 측면에 따르면, 본 발명은
ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물을 제공한다.
본 발명은 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 바이오마커에 관한 것이다.
본 명세서에서 용어 "바이오 마커"는 생물학적 현상의 존재와 정량적 또는 정성적으로 연관된 분자를 의미한다. 마커는 게놈 뉴클레오티드 서열로부터 또는 발현된 뉴클레오티드 서열로부터, 또는 코딩된 폴리펩티드로부터 유래될 수 있다. 이 용어는 마커 서열에 상보적이거나 이에 플랭킹된 핵산 서열, 예컨대 마커 서열을 증폭시킬 수 있는 프로브 또는 프라이머 쌍으로 사용된 핵산을 포함한다.
본 명세서에서 용어 "신장암의 바이오마커"는 신장암 발병 이후 예후가 양호하거나 불량한 환자를 예측해내는 기준이 되는 유전자 또는 이의 돌연변이를 의미한다.
본 발명에서는 신장암 재발 환자에서 특이적으로 나타나는 돌연변이 유전자 중 ACTR1B (NM_005735.4, actin related protein 1B), AK7 (NM_152327.5, adenylate kinase 7), BCORL1 (NM_021946.4, BCL6 corepressor like 1), BRD4 (NM_058243.2, bromodomain containing 4), DPY19L1 (NM_015283.1, dpy-19 like C-mannosyltransferase 1), EFCAB6 (NM_022785.4, EF-hand calcium binding domain 6), FBXO33 (NM_203301.3, F-box protein 33), FBXW9 (NM_032301.3, F-box and WD repeat domain containing 9), FKBP11 (NM_016594.3, FKBP prolyl isomerase 11), GABRQ (NM_018558.4, gamma-aminobutyric acid type A receptor subunit theta), KIF13B (NM_015254.4, kinesin family member 13B), KPRP (NM_001025231.2, keratinocyte proline rich protein), LRRN4 (NM_152611.5, leucine rich repeat neuronal 4), MAOB (NM_000898.5, monoamine oxidase B), MUC17 (NM_001040105.2, mucin 17, cell surface associated), MYH10 (NM_005964.4, myosin heavy chain 10), NEURL4 (NM_032442.3, neuralized E3 ubiquitin protein ligase 4), RAB40B (NM_006822.3, RAB40B, member RAS oncogene family), SLC5A6 (NM_021095.3, solute carrier family 5 member 6), THUMPD2 (NM_025264.5, THUMP domain containing 2), TRPM7 (NM_001301212.2, transient receptor potential cation channel subfamily M member 7) 및 USP36 (NM_025090.3, ubiquitin specific peptidase 36) 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 신장암 환자의 재발 가능성 및 생존 예후를 보다 정확하게 예측할 수 있음을 확인하였다.본 발명에서 신장암의 재발 위험성 또는 생존 예후에 관여하는 유전자의 선별 과정은 다음과 같다. 먼저, 실시예의 표 1에 나타낸 바와 같이 TCGA(The Cancer Genome Atlas) 데이터세트로부터 수득한 PRCC 환자들의 재발 여부를 기준으로 63개의 재발 관련 유전자를 1차적으로 선별하고, 이 중에서 p값이 0.05를 초과하여 신장암의 재발과의 관련성이 유의적이지 않은 유전자, 재발이 있는 환자군과 재발이 없는 환자군에서 동등한 비율로 변이가 나타난 유전자를 제외함으로써 58개의 유전자로 구성된 재발-특이적인 돌연변이 유전자를 도출하였다. 또한, 실시예의 표 5에 나타낸 바와 같이 TCGA 세트로부터 수득한 예후 관련 유전자와 위에서 도출한 재발-특이적인 돌연변이 유전자의 교집합을 구하여 22개의 재발성 신장암의 생존 특이적인 돌연변이 유전자를 도출하였다.
본 발명의 마커 유전자들은 p 값이 유의하게 낮아 신장암의 예후 예측에 대한 신뢰도가 높고, 특히, 표 3 및 표 6에 기재된 유전자들은 돌연변이 유무에 따라 환자군을 양성적 예후 그룹 또는 음성적 예후 그룹으로 분류할 수 있으며, 이들 그룹의 생존율을 보인 케플란-마이어 플롯을 보면, 양성적 예후 그룹의 생존율이 음성적 예후 그룹의 생존율에 비해 월등하게 높아 상기 유전자의 돌연변이 유무를 확인으로써 신장암의 재발 및/또는 재발성 신장암 환자의 예후를 정확하게 예측할 수 있다.
본 명세서에서 용어 "신장암의 재발"은 원발 신장암에 대한 수술, 방사선 및/또는 항암 요법을 통해 의사의 소견에 따른 완치 판정 후에 다시 신장암이 발병되는 것을 의미하며, 국소 재발 및 전이성 재발을 모두 포함한다.
본 명세서에서 용어 "재발성 신장암"은 최초 신장암의 발생 후 치료로 인해 완치 판정을 받은 뒤에 암이 생긴 부위에 다시 암이 발생한 경우를 의미한다. 본 발명의 목적상 재발성 신장암은 진행성 신장암 또는 전이성 신장암을 포함하는 용어로 사용될 수 있다.
본 명세서에서, 용어 "예후"는 의학적 귀추(예컨대, 장기 생존 가능성, 무병생존율 등)에 대한 예상을 의미하며, 양성적 예후(긍정적 예후) 또는 음성적 예후(부정적 예후)를 포함하며, 상기 음성적 예후는 재발, 종양 성장, 전이, 약 저항성 등의 병의 진행 또는 치명성(mortality)을 포함하고, 양성적 예후는 질병이 없는 상태 등의 질병의 차도, 종양 퇴행 등의 질병의 개선 또는 안정화(stabilization)를 포함한다.
본 명세서에서 용어 "예측"은 의학적 귀추에 대해 미리 헤아려 짐작하는 것을 의미하며, 본 발명의 목적상 신장암으로 진단받은 환자의 병의 경과(병의 진행, 개선, 신장암의 재발, 종양 성장, 약 저항성)을 미리 짐작하는 것을 의미한다.
본 발명의 예측은 암, 특히 신장암 환자에 대한 가장 적절한 치료 방식을 선택함으로써 치료를 결정하는데 임상적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 예측은 환자가 치료 처치, 예컨대 주어진 치료적 처치, 예를 들어 주어진 치료제 또는 조합물의 투여, 수술적 개입, 화학요법 등에 유리하게 반응할 것인지 또는 치료적 처치 후에 환자의 장기 생존이 가능한 지의 여부를 예측하는데 있어서 유용하다.
본 명세서에서 용어 "돌연변이(mutant)"는 해당 유전자의 뉴클레오티드 및 아미노산 서열이 염기 치환, 결실, 삽입, 증폭 및 재배열된 것을 포함한다. 뉴클레오티드 변이는 참조 서열(예를 들어, 야생형 서열)에 대한 뉴클레오티드 서열의 변화(예를 들어, 1개 이상의 뉴클레오티드의 삽입, 결실, 역위 또는 치환, 예컨대 단일 뉴클레오티드다형성(SNP)를 지칭한다. 이 용어는 또한 달리 나타내지 않는다면, 뉴클레오티드 서열의 보체에서의 상응하는 변화도 포함한다. 뉴클레오티드 변이는 체세포 돌연변이 또는 배선 다형성일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 유전자의 돌연변이는 임의의 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있고, 예를 들면, 절단형(truncating) 돌연변이, 미스센스(missense) 돌연변이(또는 과오 돌연변이), 넌센스(nonsense) 돌연변이, 프레임 시프트(frame shift) 돌연변이, 인프레임(in-frame) 돌연변이(또는 해독틀내 돌연변이), 스플라이스 돌연변이 및 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 돌연변이 일 수 있다. 상기 프레임 시프트 돌연변이는 프레임 시프트 삽입(frame shift insert, FS ins) 돌연변이 및 프레임 시프트 결실 돌연변이(frame shift delete, FS del) 중 적어도 하나일 수 있다. 상기 인-프레임 돌연변이는 인-프레임 삽입(in-frame insertion, IF ins) 돌연변이 및 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이 중 적어도 하나일 수 있다.
폴리펩티드 서열에서의 돌연변이와 관련하여 용어 "X#Y"는 본 기술 분야에서 자명하게 인식되는 것으로, 여기서 "#"은 폴리펩티드의 아미노산 번호와 관련하여 돌연변이 위치를 나타내고, "X"는 야생형 아미노산 서열의 그 위치에서 발견되는 아미노산을 나타내며, "Y"는 그 위치에서의 돌연변이체 아미노산을 나타낸다. 예를 들어, BAZ2B 폴리펩티드와 관련하여 표기 "G1717V"는 야생형 BAZ2B 서열의 아미노산 번호 1717에는 글리신이 존재하고, 글리신이 돌연변이체 BAZ2B 서열에서 발린으로 대체되었음을 나타낸다.
본 발명의 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물에 있어서, 상기 유전자들의 돌연변이는 하기와 같다:
상기 ACTR1B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 1의 아미노산 서열에서, G67R 및 G40W 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, H178Pfs*140인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 AK7을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 2의 아미노산 서열에서, I412F 및 R341Q 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 BCORL1을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 3의 아미노산 서열에서, L1632R인 미스센스 돌연변이거나, L1508Afs*34인 프레임 시프트 삽입 (frame shift insert, FS ins) 돌연변이;
상기 BRD4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 4의 아미노산 서열에서 Q1318*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, E1061K인 미스센스 돌연변이;
상기 DPY19L1을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 5의 아미노산 서열에서, G276R 및 Q535R 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 EFCAB6을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 6의 아미노산 서열에서, E604D인 미스센스 돌연변이거나, V330Cfs*19인 프레임 시프트 삽입 (frame shift insert, FS ins) 돌연변이;
상기 FBXO33을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 7의 아미노산 서열에서, A527V 및 L214P 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 FBXW9을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 8의 아미노산 서열에서, P4H, L199M 및 H369Y 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 FKBP11를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 9의 아미노산 서열에서 Y119*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, E32Q인 미스센스 돌연변이;
상기 GABRQ를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 10의 아미노산 서열에서, R509H인 미스센스 돌연변이거나, S68Kfs*27인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 KIF13B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 11의 아미노산 서열에서, R221*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, M1145L, V1038L 및 Q882H 중 하나인 미스센스 돌연변이거나, E1071del 및 H1070del 중 적어도 하나인 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이거나, H1070Pfs*17 인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 KPRP를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 12의 아미노산 서열에서, R260Q 및 G544D 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 LRRN4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 13의 아미노산 서열에서, N254K 및 Q100R 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 MAOB를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 14의 아미노산 서열에서, X47_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이거나, G213R 및 R228L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 MUC17을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 15의 아미노산 서열에서, I3060S, T1508M, T2279N, S2868C, E704G, T3421I, S30C 및 E1765K 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, S30Rfs*2인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이거나, S30del인 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이;
상기 MYH10을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 16의 아미노산 서열에서, E1353Q, K1216T 및 F463L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, D324Ifs*12인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 NEURL4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 17의 아미노산 서열에서, A1485V 및 Y939F 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 RAB40B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 18의 아미노산 서열에서, G37R 및 D95V 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 SLC5A6를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 19의 아미노산 서열에서, A317V 및 Y295C 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 THUMPD2를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 20의 아미노산 서열에서, I312Nfs*7인 프레임 시프트 삽입(frame shift insert, FS ins) 돌연변이거나, X396_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이거나, R396Sfs*13인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 TRPM7을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 21의 아미노산 서열에서, G645C, M1723V 및 P619S 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, X1_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이;
상기 USP36를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 22의 아미노산 서열에서, V728I 및 S559L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이.
본 명세서에서 용어 "암"은, "종양" 또는 "악성"과 혼용되며, 일반적으로 비조절된 세포 성장의 특징을 갖는 포유동물의 생리학적 상태를 나타내거나 설명한다.
본 발명에서, 상기 암은 진행성(progression), 재발성(Recurrence) 및 전이성(metastasis)으로 이루어진 군으로부터 선택되며, 구체적으로 재발성 암 및/또는 진행성 암을 의미한다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 신장암은 유두형 신세포암이다.
본 발명의 다른 일 측면에 따르면, 본 발명은
ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물을 제공한다.
본 명세서에서 특별한 언급이 없는 한, 본 명세서에서 사용되는 표현 "돌연변이(Mutant)의 검출"은 해당 시료 내에서 검출하고자 하는 타겟으로서 돌연변이를 검출하는 것을 의미한다. 본 발명에서는, 그 검출하고자 하는 타겟은 시료 내 해당 유전자의 돌연변이의 DNA(또는 mRNA) 및/또는 단백질이다.
즉, 유전자 돌연변이의 산물인 DNA 또는 유전자 산물인 단백질을 검출함으로써 상기 돌연변이 유전자의 존재(또는 발현) 여부를 확인할 수 있다.
상기 검출은 통상적으로는 시료에서 DNA 또는 단백질을 추출하여, 추출물 중의 DNA 또는 단백질의 특정 부분을 검출함으로써 실시할 수 있다. 이러한 DNA 또는 단백질의 검출은 면역분석학적 방법, 하이브리드화 반응 및 증폭반응에 의해 측정될 수 있으나, 이에 제한되지 않고 당업계에 공지된 다양한 기술을 이용하여 용이하게 실시될 수 있다.
상기 돌연변이를 검출하는 시약(또는 제제)은 상기 돌연변이 부위에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브, 앱타머, 또는 항체를 포함한다.
본 명세서에서 용어, "프라이머"는 짧은 자유 3'-말단 OH기를 가지는 핵산 서열로 상보적인 주형(template)과 염기쌍을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 본 발명의 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예: 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그날 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예:아크리딘, 프소랄렌 등), 킬레이트화제(예: 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등), 및 알킬화제를 함유할 수 있다. 본 발명의 핵산 서열은 또한 검출 가능한 시그날을 직접적으로 또는 간접적으로 제공할 수 있는 표지를 이용하여 변형시킬 수 있다. 표지의 예로는 방사성 동위원소, 형광성 분자, 바이오틴 등이 있다.
본 명세서에서 용어, "프로브"는 특이적으로 의도된 표적 바이오분자, 예컨대 핵산 전사체 또는 바이오마커에 의해 또는 해당 단백질에 선택적으로 결합할 수 있는 임의의 분자를 의미하는 것으로, 당업자가 합성하거나 또는 적절한 생물학적 조제물로부터 유래될 수 있다. 프로브는 표지되도록 특이적으로 설계될 수 있다. 프로브로서 활용될 수 있는 분자의 예로는, RNA, DNA, 단백질, 항체 및 유기 분자가 있으나, 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에서 용어, "앱타머"는 그 자체로 안정된 삼차구조를 가지면서 표적분자에 높은 친화성과 특이성으로 결합할 수 있는 특징을 가진 단일가닥 핵산(DNA, RNA 또는 변형핵산)을 의미한다. 앱타머는 공지된 화학적 방법으로 합성할 수 있으며, 예를 들어 SELEX(Systematic Evolution of Ligands of Exponential enrichment)라는 방법으로 원하는 다양한 목적 물질 (단백질, 당, 염색물질, DNA, 금속이온, 세포 등)에 대한 앱타머를 개발할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에 따르면, 상기 검출 시약(또는 제제)은 상기 돌연변이 유전자에 특이적인 프라이머 일 수 있다. 즉, 핵산의 검출은 유전자를 암호화하는 핵산 분자 또는 상기 핵산 분자의 상보물에 하이브리드화되는 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용하는 증폭반응에 의해 수행될 수 있다. 예컨대, 프라이머를 이용한 핵산의 검출은 PCR과 같은 증폭 방법을 사용하여 유전자 서열을 증폭한 다음 당 분야에 공지된 방법으로 유전자 증폭 여부를 확인함으로써 수행될 수 있다.
본 발명의 조성물은 상술한 바이오 마커로서 돌연변이를 포함하므로, 중복된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.
본 발명의 또 다른 일 측면에 따르면, 본 발명은
상기 설명한 조성물을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암 예후 예측용 키트를 제공한다.
본 명세서에서 용어, "키트"는 증폭 또는 분석을 수행하기 위한 시약의 집합체를 의미한다.
상기 키트에는 상기 유전자의 돌연변이를 검출할 수 있는 시약(또는 제제)뿐만 아니라, 상기 유전자의 돌연변이를 검출하는데 필요한 실험과정 및 결과 확인에 사용되는 당 분야에서 일반적으로 사용되는 도구, 시약, 설명서 등이 포함될 수 있다.
상기 도구 또는 시약의 일 예로, 적합한 담체, 검출 가능한 신호를 생성할 수 있는 표지 물질, 발색단(chromophores), 용해제, 세정제, 완충제, 안정화제 등이 포함되나 이에 제한되지 않는다. 표지물질이 효소인 경우에는 효소 활성을 측정할 수 있는 기질 및 반응 정지제를 포함할 수 있다. 담체는 가용성 담체, 불용성 담체가 있고, 가용성 담체의 일 예로 당 분야에서 공지된 생리학적으로 허용되는 완충액, 예를 들어 PBS가 있고, 불용성 담체의 일 예로 폴리스틸렌, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 폴리에스테르, 폴리아크릴로니트릴, 불소 수지, 가교 덱스트란, 폴리사카라이드, 라텍스에 금속을 도금한 자성 미립자와 같은 고분자, 기타 종이, 유리, 금속, 아가로오스 및 이들의 조합일 수 있다.
본 발명의 키트는 상술한 바이오 마커로서 돌연변이를 구성으로 포함하므로, 중복되는 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.
본 발명의 또 다른 일 측면에 따르면, 본 발명은
신장암 환자의 재발 위험성 또는 재발성 신장암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여, 신장암 환자로부터 얻은 생물학적 시료(biological sample)에서, ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 검출하는 방법을 제공한다.
본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 상기 돌연변이의 존재(또는 발현)가 확인(또는 검출)된 경우, 상기 신장암 환자는 신장암의 재발가능성이 높고, 생존 예후가 낮은 것으로 예측된다.
본 발명의 예측은, 원발성 또는 재발성 신장암 환자로부터 생물학적 시료를 획득하고, 상기 시료 내에서 상술한 유전자의 돌연변이로 구성된 군으로부터 선택되는 1개 또는 복수개의 유전자 돌연변이의 존재(또는 발현)을 검출한 후, 해당 존재(또는 발현)가 확인되면, 신장암의 재발 위험성이 높거나, 생존 예후가 낮은 것으로 판정하는 것을 포함하여 이루어질 수 있다.
상기 돌연변이의 검출은 당업계에 널리 공지되어 있는 기술을 이용하여 표적 분자 클로닝 및 서열 분석에 의해 수행될 수 있다. 예컨대, DNA 서열분석; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정 및 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정 (예를 들어, 대립유전자-특이적 PCR, 대립유전자-특이적 라이게이션 연쇄 반응 (LCR) 및 갭-LCR)을 비롯한 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드라이게이션검정); 절단제로부터의 보호를 이용하여 핵산 이중나선 내의 미스매치된 염기를 검출하는 절단 보호 검정; MutS 단백질 결합 분석; 변이체 및 야생형 핵산 분자의 이동성을 비교하는 전기영동 분석; 변성-구배 겔 전기영동; 미스매치된 염기 쌍에서의 RNase 절단의 분석; 헤테로 이중나선 DNA의 화학적 또는 효소적 절단의 분석; 질량 분광측정법 (예를 들어, MALDITOF); 유전적 비트 분석 (흄); 5' 뉴클레아제 검정 (예를 들어, 택맨(TaqMan); 및 분자 비콘을 사용하는 검정을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
상기 생물학적 시료는 전혈, 혈청, 혈장, 소변, 분변, 간질액, 복막액, 눈물, 타액(saliva), 협측 면봉표본, 피부 및 신장 조직으로 구성된 군으로부터 선택된 어느 하나이며, 특별히 이에 제한되지 않고, 본 발명의 기술분야에서 통상적으로 사용되는 방법으로 처리하여 준비될 수 있다.
본 발명의 방법은 상술한 바이오 마커인 돌연변이를 이용하여 신장암의 재발 및/또는 재발성 신장암의 예후를 예측하므로, 중복된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.
상술한 바와 같이, 유두형 신장암은 국한성 신장암 환자의 재발률이 높으며 재발 시기가 1~2년으로 빠르다. 그러나 현재까지도 유두형 신장암의 조기 진단과 예후 예측을 위한 효과적인 분자 표지자가 없어 다각적인 종양생물학적 규명이 필요한 상태이다.
이에, 본 발명에서는 유두형 신장암에서 재발을 비롯한 불량한 예후에 관여하는 유전자, 즉, ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 예후 예측용 마커 조성물을 제공함으로써 상술한 문제를 해결하고자 하였다.
신장암은 일단 진단이 되면 다른 장기에 전이된 형태로 나타나는 경우가 많기 때문에 예후를 예측하는 것이 매우 중요한데, 이에 따라 향후에 적용 가능한 치료방법 등이 달라진다는 점에서 본 발명에서 신장암 재발 진단 또는 예후 예측용 인자로 발굴한 마커들은 예후가 좋은 환자군과 좋지 않은 환자군으로 구별할 수 있으므로 신장암 환자의 치료에 중요한 기준이 될 수 있다. 또한, 이를 이용하여 신장암의 치료법을 개발하는데에도 유용하게 활용될 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예 및 실험예에 의해 상세히 설명한다.
단, 하기 실시예 및 실험예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예 및 실험예에 의해 한정되는 것은 아니다.
대상 환자군 및 신장암 재발과 관련된 후보 유전자의 선정
신장암의 재발 여부, 또는 재발성 신장암 환자의 예후를 예측할 수 있는 마커를 발굴하기 위하여, TCGA(The Cancer Genome Atlas)에 유전 정보와 임상 정보가 등록된 유두형신장암(Papillary Renal cell carcinoma, PRCC) 환자들 291명의 성별, 사망, 재발, 전이 등에 대한 데이터를 수집하여 분석에 사용하였다.
Result Subject 합계
환자수 백분율
성별 남성 214/291 73.50%
여성 77/291 26.50%
생존여부 생존 247/291 84.90%
사망 44/291 15.10%
재발여부 무병 218/271 80.40%
재발/진행 53/271 19.60%
전이 없음 199/209 95.20%
있음 10/209 4.80%
재발성 신장암 환자에서 특이적으로 나타나는 바이오 마커를 선별하기 위하여, 유두형신장암 환자 291명 중에서 치료 후 재발 유무를 확인할 수 있는 271명의 환자들을 대상으로 분석을 진행하였고, 의학 기록이 완전하게 남아있지 않는 등의 이유로 재발 유무를 알 수 없는 20명의 환자는 분석에서 제외하였다.
구체적으로, 재발 유무를 확인할 수 있는 271명의 환자를 재발이 없는 군(R0, 218명)과 재발 또는 진행된 군(R1, 53명)으로 분류하고, 재발이 없는 환자와 재발 또는 진행된 환자의 데이터를 3가지 Feature Selection (information Gin, Chi-Square, MRMR)으로 비교 분석하여, 재발과 연관된 유전자 변이들을 검출하였다.
그 결과, 재발성 신장암 환자에서 돌연변이가 관찰된 후보 유전자 63개를 1차적으로 선별하였고, 선별된 유전자를 아래 [표 2]에 나타내었다. 선별된 유전자들은 치료 후에 신장암이 재발한 환자들에서 돌연변이가 발생했던 유전자들이므로, 신장암의 재발과 관련이 있는 것으로 규정하였다.
돌연
변이
개수
돌연변이
(%)
사이토밴드 돌연변이유형 재발여부
피셔
검정
(p값)
Truncating Missense Inframe R0 R1 R1 (%)
ABCA6 2 0.70% 17q24.2-q24.3 1 1 0 0 2 100 0.034
ACTR1B 2 1.10% 2q11.2 1 1 0 0 2 100 0.034
AK7 2 0.70% 14q32.2 0 2 0 0 2 100 0.034
ALPK2 3 1.10% 18q21.31-q21.32 0 3 0 0 3 100 0.006
BCORL1 2 0.70% Xq26.1 1 1 0 0 2 100 0.06
BRD4 2 0.70% 19p13.12 1 1 0 0 2 100 0.034
C4orf3 1 0.40% 4q26 0 1 0 0 1 100 0.187
CDK8 2 0.70% 13q12.13 1 1 0 0 2 100 0.034
DDX17 2 0.70% 22q13.1 0 2 0 0 2 100 0.034
DEPDC1B 2 0.70% 5q12.1 0 2 0 0 2 100 0.034
DPY19L1 2 0.70% 7p14.2 0 2 0 0 2 100 0.034
EFCAB6 2 0.70% 22q13.2-q13.31 1 1 0 0 2 100 0.034
ENTPD4 2 0.70% 8p21.3 1 1 0 0 2 100 0.034
FAM71B 4 1.40% 5q33.3 0 4 0 1 3 75 0.022
FBXO33 2 0.70% 14q21.1 0 2 0 0 2 100 0.034
FBXO38 2 0.70% 5q32 1 1 0 0 2 100 0.034
FBXW9 3 1.10% 19p13.13 0 3 0 0 3 100 0.006
FRAS1 2 0.70% 4q21.21 1 1 0 0 2 100 0.034
FKBP11 2 0.70% 12q13.12 1 1 0 0 2 100 0.034
FUBP1 2 1.10% 1p31.1 1 1 0 0 2 100 0.034
GABRQ 2 0.70% Xq28 1 1 0 0 2 100 0.034
GART 2 0.70% 21q22.11 0 2 0 0 2 100 0.034
GFRA2 2 0.70% 8p21.3 1 1 0 0 2 100 0.034
GJB3 2 0.70% 1p34.3 0 2 0 0 2 100 0.034
GNAI2 2 0.70% 3p21.31 0 2 0 0 2 100 0.034
GPKOW 2 0.70% Xp11.23 0 2 0 0 2 100 0.034
GPR116 2 0.70% 6p12.3 0 2 0 0 2 100 0.034
GPRASP1 2 0.70% Xq22.1 1 1 0 0 2 100 0.034
HERC1 10 3.20% 15q22.31 3 7 0 3 5 62.5 0.007
HIF1A 2 0.70% 14q23.2 1 1 0 0 2 100 0.034
JAK1 2 0.70% 1p31.3 0 2 0 0 2 100 0.034
KIF13B 4 1.80% 8p12 2 2 0 1 3 75 0.022
KIF26A 2 0.70% 14q32.33 1 1 0 0 2 100 0.034
KPRP 2 0.70% 1q21.3 0 2 0 0 2 100 0.034
LRRN4 2 0.70% 20p12.3 0 2 0 0 2 100 0.034
MAOB 2 1.10% Xp11.3 1 1 0 0 2 100 0.034
MLL2 13 5.00% 12q13.12 4 9 0 7 7 50 0.004
MUC17 6 3.20% 7q22.1 0 6 0 2 4 66.6 0.012
MYH10 4 1.40% 17p13.1 1 3 0 1 3 75 0.022
NAA10 2 0.70% Xq28 0 2 0 0 2 100 0.034
NEURL4 2 0.70% 17p13.1 0 2 0 0 2 100 0.034
NLRP7 2 1.10% 19q13.42 0 2 0 0 2 100 0.034
NR2F1 2 0.70% 5q15 0 2 0 0 2 100 0.034
NR3C1 2 0.70% 5q31.3 1 1 0 0 2 100 0.034
NUP133 2 0.70% 1q42.13 1 1 0 0 2 100 0.034
PLEKHA4 1 0.40% 19q13.33 0 1 0 0 1 100 0.187
PTPRG 2 0.70% 3p14.2 0 2 0 0 2 100 0.034
RAB40B 2 0.70% 17q25.3 0 2 0 0 2 100 0.034
RALBP1 2 0.70% 18p11.22 0 2 0 0 2 100 0.034
RGL1 2 0.70% 1q25.3 0 2 0 0 2 100 0.034
RNF157 2 0.70% 17q25.1 1 1 0 0 2 100 0.034
RPS6KC1 2 0.70% 1q32.3 1 1 0 0 2 100 0.034
SLC5A6 2 0.70% 2p23.3 0 2 0 0 2 100 0.034
SPHK1 1 0.40% 17q25.1 0 1 0 0 1 100 0.187
SPIN1 2 0.70% 9q22.1 1 1 0 0 2 100 0.034
THUMPD2 2 0.70% 2p22.1; 2p22-p21 2 0 0 0 2 100 0.034
TIGD6 2 0.70% 5q32 1 0 1 0 2 100 0.034
TNRC18 4 1.80% 7p22.1 2 1 1 1 3 75 0.022
TRAPPC9 3 1.10% 8q24.3 1 2 0 1 2 67 0.91
TRPM7 2 1.10% 15q21.2 0 2 0 0 2 100 0.034
TTR 2 0.70% 18q12.1 0 2 0 0 2 100 0.034
USP36 2 0.70% 17q25.3 0 2 0 0 2 100 0.034
ZYG11B 2 0.70% 1p32.3 0 2 0 0 2 100 0.034
신장암 재발에 특이적인 돌연변이 마커의 선발
실시예 1에서 선별된 신장암 재발과 관련이 있는 후보 유전자 63개 중에서 피셔의 정확 검정(Fisher's exact test)을 통해 P값(P-value)이 0.05 미만인 돌연변이 유전자들은 다른 군에 비해서 특정 군과 상호 관련성이 있는 것이므로 재발에 특이적인 유전자로 정하였다.
구체적으로, 재발 또는 진행된 군(R1)에서만 돌연변이가 있는 유전자들은 대부분 P값이 0.05 미만으로 나타나 재발에 특이적인 유전자로 확인되었다. 재발이 없는 군(R0)과 재발 또는 진행된 군(R1) 모두에서 돌연변이가 있는 유전자의 경우, 다른 군과 비교하였을 때 P값이 0.05 미만으로 나타나는 유전자들(FAM71B, HERC1, KIF13B, KIF13B, MLL2, MUC17, MYH10, TNRC18)이 확인되었고, 이 유전자들은 재발이 없는 군(R0) 보다 재발 또는 진행된 군(R1)에서 높은 비율로 돌연변이가 나타나 재발이 없는 군(R0)에 비해서 재발 또는 진행된 군(R1)과 상호 관련성이 더 높은 것이므로 재발에 특이적인 유전자로 정하였다. 한편, MLL2 유전자는 P값이 0.05 미만으로 나타났지만, 재발이 없는 군과 재발이 진행된 군에서 동일한 비율로 나타나, 이를 재발에 특이적인 유전자에서는 제외하였다.
그 결과, 최종 선발된 신장암 재발에 특이적인 돌연변이 마커 58개를 아래 [표 3]에 나타내었다.
최종 선발된 유두형신장암 환자에서 재발-특이적 돌연변이 유전자 (58개)
ABCA6 ACTR1B AK7 ALPK2 BCORL1 BRD4 CDK8 DDX17 DEPDC1B DPY19L1
EFCAB6 ENTPD4 FAM71B FBXO33 FBXO38 FBXW9 FRAS1 FKBP11 FUBP1 GABRQ
GART GFRA2 GJB3 GNAI2 GPKOW GPR116 GPRASP1 HERC1 HIF1A JAK1
KIF13B KIF26A KPRP LRRN4 MAOB MUC17 MYH10 NAA10 NEURL4 NLRP7
NR2F1 NR3C1 NUP133 PTPRG RAB40B RALBP1 RGL1 RNF157 RPS6KC1 SLC5A6
SPIN1 THUMPD2 TIGD6 TNRC18 TRPM7 TTR USP36 ZYG11B  
재발-특이적 돌연변이 유전자의 재발 진단 마커로서의 활용 가능성 확인
실시예 2에서 선발된 재발 특이적인 유전자들을 재발 진단 마커로 활용할 수 있는지 확인하기 위하여, 유두형신장암 환자의 임상 데이터에 적용하여 환자의 재발과 관련된 예후를 카플란 마이어 생존 (Kaplan-Meier survival) 분석법을 통하여 살펴보았다.
구체적으로, 상기 유전자들 각각에서의 돌연변이 발생이 재발성 신장암 환자의 신장암의 재발과 상호 관련성이 있는지 여부를 확인하기 위하여, 사건을 재발로 정하고, 무병 생존 기간(disease free survival kaplan-meier estimate)을 구하고, 카플란 마이어 생존 분석법에서 얻어진 각 군의 사건 시간(event time)을 토대로 돌연변이 발생과 무병 생존 기간의 연관성을 로그순위 검정(log rank test)에 의해 확인하였다. 0.05 미만의 P-value를 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다. 실험군은 선발된 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 무병 생존 기간 중앙값(median months desease free)은 해당 군의 환자들의 생존 기간을 나열하였을 때 중앙에 위치하는 값을 의미한다.
그 결과, 본 발명의 재발-특이적 유전자들에 돌연변이가 발생한 환자들 중 75%가 평균 20개월 내에 신장암이 재발하였고, 돌연변이가 발생되지 않은 환자의 98.1%가 재발하지 않은 것을 확인하였다(표 4 및 도 1).
돌연변이 환자수
(명)
재발환자수
(명)
무병생존기간중앙값
(개월)
재발률
(%)
양성 60 45 19.71 75
음성 202 4 NA 1.9
총합 262 49 19.71 Δ73.1
재발성 신장암의 생존 특이적 돌연변이 마커의 선발
재발성 신장암의 생존 예후를 예측할 수 있는 특이적인 마커를 선발하기 위하여, 실시예 2 내지 3에서 선발 및 검증된 신장암의 재발 위험성 예측 후보 유전자 58개 중에서 재발 특이적인 동시에 생존 특이적인 돌연변이 유전자가 있는지 확인하였다.
구체적으로, 실시예 1에서 확보된 291명의 대상 환자 중에서 생존 환자(247명)와 사망 환자(44명)로 분류하고, 실시예 1에서 확보한 임상 정보(사건(사망 또는 재발) 여부, 관측 시간)를 토대로 카플란 마이어 생존 분석법(Spss 21)으로 생존 기간(overall survival kaplan-meier estimate) 및 무병 생존 기간(disease free survival kaplan-meier estimate)을 구하였다. 총 생존 기간에서는 사망을 사건으로 정하고, 무병 생존 기간에서는 신장암의 재발을 사건으로 정하였다. 상기 유전자들 각각에서의 돌연변이 발생이 재발성 신장암 환자의 신장암에 의한 사망, 또는 신장암의 재발과 상호 관련성이 있는지 여부를 확인하기 위하여, 카플란 마이어 생존 분석법에서 얻어진 각 군의 사건 시간(event time)을 토대로 돌연변이 발생과 총 생존 기간의 연관성, 및 돌연변이 발생과 무병 생존 기간의 연관성을 로그순위 검정(log rank test)에 의해 확인하였다. 0.05 미만의 P-value를 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다. 실험군은 본 발명의 후보 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutation positive)로 하였고, 대조군으로는 본 발명의 후보 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 생존 기간 중앙값(median months survival)은 해당 군의 환자들의 생존 기간을 나열하였을 때 중앙에 위치하는 값을 의미한다. 무병 생존 기간 중앙값(median months disease free)은 해당 군의 환자들의 생존 기간을 나열하였을 때 중앙에 위치하는 값을 의미한다. 카플란 마이어 생존 분석법에 의한 생존 곡선에서의 경사도는 생존 기간에 의해 결정된다.
후보 유전자들 각각에서의 돌연변이 발생이 재발성 신장암 환자의 생존율과 연관성이 있는지 여부(귀무가설)를 확인하기 위하여, 실시예 1에서 확보된 291명의 신장암 환자의 예후를 분석하고, 그 결과를 아래 [표 5]에 나타내었다.
번호 유전자
이름

생존율
무병
생존율
번호 유전자
이름

생존율
무병
생존율
1 ABCA6 0.55 0.126 30 JAK1 0.171 0.00488
2 ACTR1B 0.000318 0.00343 31 KIF13B 4.44E-05 1.72E-06
3 AK7 0.0186 0.0138 32 KIF26A 0.637 6.57E-04
4 ALPK2 0.602 0.0342 33 KPRP 3.08E-08 8.81E-10
5 BCORL1 0.00863 2.65E-06 34 LRRN4 0.0217 1.57E-05
6 BRD4 0.00111 0.0156 35 MAOB 0.022 0.048
7 CDK8 0.113 0.000113 36 MUC17 1.44E-06 1.67E-04
8 DDX17 0.66 0.00129 37 MYH10 6.07E-05 2.43E-06
9 DEPDC1B 0.307 0.0352 38 NAA10 0.306 1.32E-05
10 DPY19L1 0.0189 0.0195 39 NEURL4 0.0268 3.27E-05
11 EFCAB6 0.0115 9.57E-09 40 NLRP7 0.351 8.20E-05
12 ENTPD4 0.489 0.205 41 NR2F1 0.478 0.0574
13 FAM71B 0.352 0.0723 42 NR3C1 0.491 0.068
14 FBXO33 0.0309 0.00131 43 NUP133 0.621 1.67E-06
15 FBXO38 0.348 2.75E-06 44 PTPRG 0.535 0.0412
16 FBXW9 6.35E-08 0.0000333 45 RAB40B 1.48E-04 0.0127
17 FRAS1 0.511 0.0272 46 RALBP1 0.736 8.53E-06
18 FKBP11 0.0288 3.32E-14 47 RGL1 0.454 0.597
19 FUBP1 0.0566 0.0185 48 RNF157 0.46 0.0157
20 GABRQ 0.0132 2.57E-07 49 RPS6KC1 0.313 0.00139
21 GART 0.0795 0.0267 50 SLC5A6 2.55E-07 3.52E-05
22 GFRA2 0.489 0.205 51 SPIN1 0.376 0.00954
23 GJB3 0.114 0.00125 52 THUMPD2 1.96E-05 2.45E-14
24 GNAI2 0.624 2.81E-06 53 TIGD6 0.491 0.0536
25 GPKOW 0.274 2.34E-04 54 TNRC18 0.577 0.00223
26 GPR116 0.625 5.55E-05 55 TRPM7 0.0378 2.93E-11
27 GPRASP1 0.0942 0.0515 56 TTR 0.606 5.49E-07
28 HERC1 0.625 0.00661 57 USP36 0.0025 2.43E-06
29 HIF1A 0.0588 2.57E-10 58 ZYG11B 0.702 0.0014
이들 중에서, 무병 생존 기간 및 총 생존율과 연관성이 높은 유전자 22개를 재발성 신장암에서의 예후 예측 유전자로 최종 선발하였다. 선발된 유전자들과 그 돌연변이 정보를 아래 [표 6]에 나타내었다.
Gene AA change Type Copy # COSMIC Chr Start Pos End Pos HGVSc
ACTR1B H178Pfs*140 FS del diploid chr2 98275011 98275014 ENST00000289228.5:c.533_536delACTC
G67R Missense diploid 1 chr2 98275931 98275931 ENST00000289228.5:c.199G>A
G40W Missense gain chr2 98277105 98277105 ENST00000289228.5:c.118G>T
AK7 I412F Missense diploid 1 chr14 96924426 96924426 ENST00000267584.4:c.1234A>T
R341Q Missense diploid 1 chr14 96917831 96917831 ENST00000267584.4:c.1022G>A
BCORL1 L1508Afs*34 FS ins gain chrX 129173153 129173154 ENST00000218147.7:c.4517_4520dupGGCT
L1632R Missense diploid chrX 129189870 129189870 ENST00000218147.7:c.4895T>G
BRD4 Q1318* Nonsense diploid chr19 15349622 15349622 ENST00000263377.2:c.3952C>T
E1061K Missense shallowdel chr19 15350822 15350822 ENST00000263377.2:c.3181G>A
DPY19L1 G276R Missense diploid chr7 35006553 35006553 ENST00000310974.4:c.826G>A
Q535R Missense diploid chr7 34979806 34979806 ENST00000310974.4:c.1604A>G
EFCAB6 E604D Missense diploid chr22 44064754 44064754 ENST00000262726.7:c.1812G>C
V330Cfs*19 FS ins diploid chr22 44107398 44107399 ENST00000262726.7:c.987dupT
FBXO33 A527V Missense diploid 1 chr14 39868808 39868808 ENST00000298097.7:c.1580C>T
L214P Missense diploid chr14 39871674 39871674 ENST00000298097.7:c.641T>C
FBXW9 P4H Missense diploid chr19 12807385 12807385 ENST00000393261.3:c.11C>A
L199M Missense diploid chr19 12805491 12805491 ENST00000393261.3:c.595T>A
H369Y Missense diploid chr19 12800616 12800616 ENST00000393261.3:c.1105C>T
FKBP11 Y119* Nonsense diploid chr12 49317595 49317596 ENST00000550765.1:c.357_358delTG
E32Q Missense diploid 1 chr12 49319118 49319118 ENST00000550765.1:c.94G>C
GABRQ R509H Missense gain 1 chrX 151821371 151821371 ENST00000370306.2:c.1526G>A
S68Kfs*27 FS del shallowdel chrX 151808889 151808890 ENST00000370306.2:c.201_202delGT
KIF13B R221* Nonsense diploid 1 chr8 29037680 29037680 ENST00000524189.1:c.661C>T
M1145L Missense diploid chr8 28980929 28980929 ENST00000524189.1:c.3433A>C
V1038L Missense diploid chr8 28984749 28984749 ENST00000524189.1:c.3112G>C
Q882H Missense diploid 1 chr8 28991695 28991695 ENST00000524189.1:c.2646G>C
E1071del IF del diploid chr8 28984648 28984650 ENST00000524189.1:c.3211_3213delGAG
H1070del IF del diploid chr8 28984652 28984654 ENST00000524189.1:c.3207_3209delACA
H1070Pfs*17 FS del diploid chr8 28984648 28984654 ENST00000524189.1:c.3209_3215delATGAGAC
KPRP R260Q Missense diploid chr1 152732843 152732843 ENST00000606109.1:c.779G>A
G544D Missense diploid 1 chr1 152733695 152733695 ENST00000606109.1:c.1631G>A
LRRN4 N254K Missense diploid chr20 6031523 6031523 ENST00000378858.4:c.762C>A
Q100R Missense gain chr20 6033147 6033147 ENST00000378858.4:c.299A>G
MAOB X47_splice Splice_Site diploid chrX 43702915 43702915 ENST00000378069.4:c.141+1G>C
G213R Missense shallowdel 1 chrX 43655117 43655117 ENST00000378069.4:c.637G>A
R228L Missense gain chrX 43655071 43655071 ENST00000378069.4:c.683G>T
MUC17 I3060S Missense gain 1 chr7 100683876 100683876 ENST00000306151.4:c.9179T>G
T1508M Missense diploid chr7 100679220 100679220 ENST00000306151.4:c.4523C>T
T2279N Missense gain chr7 100681533 100681533 ENST00000306151.4:c.6836C>A
S2868C Missense gain chr7 100683299 100683299 ENST00000306151.4:c.8602A>T
E704G Missense gain 1 chr7 100676808 100676808 ENST00000306151.4:c.2111A>G
T3421I Missense diploid chr7 100684959 100684959 ENST00000306151.4:c.10262C>T
S30C Missense gain chr7 100674406 100674406 ENST00000306151.4:c.88A>T
S30Rfs*2 FS del gain chr7 100674408 100674408 ENST00000306151.4:c.90delT
S30del IF del gain chr7 100674406 100674408 ENST00000306151.4:c.88_90delAGT
E1765K Missense 1 chr7 100679990 100679990 ENST00000306151.4:c.5293G>A
MYH10 E1353Q Missense gain 5 chr17 8397110 8397110 ENST00000269243.4:c.4057G>C
K1216T Missense diploid chr17 8404148 8404148 ENST00000269243.4:c.3647A>C
D324Ifs*12 FS del diploid chr17 8452026 8452026 ENST00000269243.4:c.969delA
F463L Missense diploid chr17 8448780 8448780 ENST00000269243.4:c.1387T>C
NEURL4 A1485V Missense diploid 1 chr17 7220554 7220554 ENST00000399464.2:c.4454C>T
Y939F Missense diploid chr17 7225239 7225239 ENST00000399464.2:c.2816A>T
RAB40B G37R Missense gain chr17 80656364 80656364 ENST00000571995.1:c.109G>C
D95V Missense diploid chr17 80617514 80617514 ENST00000571995.1:c.284A>T
SLC5A6 A317V Missense diploid 2 chr2 27427384 27427384 ENST00000310574.3:c.950C>T
Y295C Missense diploid 1 chr2 27427450 27427450 ENST00000310574.3:c.884A>G
THUMPD2 I312Nfs*7 FS ins diploid chr2 39983057 39983058 ENST00000505747.1:c.934dupA
X396_splice Splice_Site gain chr2 39964200 39964200 ENST00000505747.1:c.1188-1G>C
R396Sfs*13 FS del gain chr2 39964198 39964199 ENST00000505747.1:c.1188_1189delAG
TRPM7 G645C Missense diploid 1 chr15 50904864 50904864 ENST00000313478.7:c.1933G>T
M1723V Missense diploid 3 chr15 50866612 50866612 ENST00000313478.7:c.5167A>G
X1_splice Splice_Site diploid chr15 50978726 50978726 ENST00000313478.7:c.3+2T>C
P619S Missense diploid chr15 50904942 50904942 ENST00000313478.7:c.1855C>T
USP36 V728I Missense diploid 1 chr17 76802272 76802272 ENST00000542802.3:c.2182G>A
재발성 신장암에서 생존 예후 예측 마커로서의 활용 가능성 확인
실시예 4에서 선발된 재발성 신장암의 예후 예측 유전자들을 재발 위험성 예측 및 생존 예후 예측 마커로 활용할 수 있는지 확인하기 위하여, 유두형신장암 환자의 임상 데이터에 적용하여 환자의 생존 또는 재발과 관련된 예후를 카플란 마이어 생존 (Kaplan-Meier survival) 분석법을 통하여 살펴보았다.
그 결과, 본 발명의 최종 선발된 예후 예측 유전자에 돌연변이가 발생한 환자들 중 85.3%가 평균 13.4개월 이내에 신장암이 재발하는 것을 확인하였다(표 7 및 도 2).
특히, [표 8]에 나타난 바와 같이 선발된 모든 유전자들은 해당 유전자에 돌연변이가 발생하지 않은 신장암 환자의 경우 80% 이상이 재발하지 않았고, 나머지 19%의 환자의 경우 106개월 이상이 재발이 없었으나, 이들 유전자에 돌연변이가 있으면 31개월이 못되어서 신장암이 재발하였다. 또한, 4개의 유전자(BRD4, FBXW9, MAOB, MUC17)를 제외한 18개 유전자들에 돌연변이가 발생한 신장암 환자의 경우에는 0.5 내지 6개월 사이에 신장암이 재발하였다.
돌연변이 환자수
(명)
재발환자수
(명)
무병생존기간중앙값
(개월)
재발률
(%)
양성 34 29 13.4 85.3
음성 228 20 NA 10.2
총합 262 49 13.4 Δ75.3
유전자   무병생존율 돌연변이 비발현 돌연변이 발현

인원
(명)
재발
인원
(명)
재발률 (%) 무병생존
기간
중앙값
(개월)

인원
(명)
재발
인원
(명)
재발률 (%) 무병생존
기간
중앙값
(개월)
ACTR1B 0.00343 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 0
AK7 0.0138 257 47 18.29% 106.04 2 2 100.00% 4.17
BCORL1 2.65E-06 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 6.18
BRD4 0.0156 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 22.31
DPY19L1 0.0195 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 0
EFCAB6 9.57E-09 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 0
FBXO33 0.00131 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 4.17
FBXW9 0.0000333 259 46 17.76% 106.04 3 3 100.00% 16.59
FKBP11 4.73E-14 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 0.56
GABRQ 7.09E-07 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 1.35
KIF13B 1.72E-06 258 46 17.83% 106.04 4 3 75.00% 3.58
KPRP 1.12E-09 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 1.35
LRRN4 1.57E-05 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 1.35
MAOB 0.0481 259 47 18.15% 106.04 3 2 66.67% 31.93
MUC17 0.00058 256 45 17.58% 106.04 6 4 66.67% 25.99
MYH10 0.0000045 256 46 17.97% 106.04 4 3 75.00% 1.35
NEURL4 0.0000843 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% -1.15
RAB40B 0.0127 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 0.56
SLC5A6 0.0108 257 46 17.90% 106.04 2 2 100.00% 4.17
THUMPD2 2.45E-14 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 1.38
TRPM7 3.90E-11 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 0.56
USP36 0.0285 260 47 18.08% 106.04 2 2 100.00% 3.15
상기 결과를 통해 본 발명의 선발 유전자의 돌연변이가 신장암의 재발 예측 마커로서 유의함을 알 수 있다.
한편, 최종 선발된 예후 예측 유전자에 돌연변이가 발생한 환자의 59%가 사망하였지만, 예후 예측 유전자에 돌연변이가 발생되지 않은 환자의 92.6%는 사망하지 않은 것을 확인하였다(표 9 및 도 3).
특히, [표 10]에 나타난 바와 같이 선발된 모든 유전자들은 해당 유전자에 돌연변이가 발생하지 않은 신장암 환자의 경우 85% 이상이 생존한데 반해, 선발된 유전자에 돌연변이가 발생한 신장암 환자는 최대 52개월 이내에 사망한 것으로 확인되었다.
돌연변이 환자수
(명)
사망 환자수
(명)
생존 기간 중앙값
(개월)
사망률
(%)
양성 39 23 37.32 59
음성 242 18 NA 7.4
총합 281 41 37.32 Δ51.6
유전자
생존율
돌연변이 발현 돌연변이 비발현

인원
(명)
사망
인원
(명)
사망률
(%)
무병생존
기간
중앙값
(개월)

인원
(명)
사망
인원
(명)
사망률 (%) 무병생존
기간
중앙값
(개월)
ACTR1B 0.00343 278 38 13.7 NA 3 3 100 51.15
AK7 0.0138 279 40 14.3 NA 2 1 50 8.87
BCORL1 2.65E-06 279 40 14.3 NA 2 1 50 7.92
BRD4 0.0156 279 39 14 NA 2 2 100 37.32
DPY19L1 0.0195 279 40 14.3 NA 2 1 50 16.89
EFCAB6 9.57E-09 279 40 14.3 NA 2 1 50 21.62
FBXO33 0.00131 279 40 14.3 NA 2 1 50 8.87
FBXW9 0.0000333 278 38 13.7 NA 3 3 100 19.61
FKBP11 4.73E-14 279 40 14.3 NA 2 1 50 15.47
GABRQ 7.09E-07 279 40 14.3 NA 2 1 50 16
KIF13B 0.0000523 276 38 13.8 NA 5 3 60 42.9
KPRP 1.12E-09 279 39 14 NA 2 2 100 11.27
LRRN4 2.17E-02 279 40 14.3 NA 2 1 50 16.89
MAOB 0.0481 278 39 14 NA 3 2 66.7 43.17
MUC17 0.00058 272 36 13.2 NA 9 5 55.6 16.29
MYH10 6.07E-05 277 38 13.72 NA 4 3 75 16
NEURL4 0.0268 279 40 14.3 NA 2 1 50 10.81
RAB40B 0.0127 279 39 14 NA 2 2 100 15.47
SLC5A6 0.0108 279 39 14 NA 2 2 100 8.87
THUMPD2 2.45E-14 279 39 14 NA 2 2 100 8.87
TRPM7 3.90E-11 278 39 14 NA 3 2 66.7 15.47
USP36 0.0285 279 40 14.3 NA 2 2 100 4.57
상기 결과를 통해 본 발명의 예후 예측 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자는 신장암에 의한 사망이나 재발 확률이 높아지므로, 이들 유전자의 돌연변이가 재발성 신장암 환자의 생존 예후 예측 마커로서 유의함을 알 수 있다.
<110> THE CATHOLIC UNIVERSITY OF KOREA INDUSTRY-ACADEMIC COOPERATION FOUNDATION <120> BIOMARKERS FOR PREDICTING THE RECURRENCE POSSIBILITY AND SURVIVAL PROGNOSIS OF PAPILLARY RENAL CELL CARCINOMA AND USES THEREOF <130> 2021-DPA-4492D <150> KR 10-2020-0019702 <151> 2020-02-18 <160> 22 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 376 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> ACTR1B <400> 1 Met Glu Ser Tyr Asp Ile Ile Ala Asn Gln Pro Val Val Ile Asp Asn 1 5 10 15 Gly Ser Gly Val Ile Lys Ala Gly Phe Ala Gly Asp Gln Ile Pro Lys 20 25 30 Tyr Cys Phe Pro Asn Tyr Val Gly Arg Pro Lys His Met Arg Val Met 35 40 45 Ala Gly Ala Leu Glu Gly Asp Leu Phe Ile Gly Pro Lys Ala Glu Glu 50 55 60 His Arg Gly Leu Leu Thr Ile Arg Tyr Pro Met Glu His Gly Val Val 65 70 75 80 Arg Asp Trp Asn Asp Met Glu Arg Ile Trp Gln Tyr Val Tyr Ser Lys 85 90 95 Asp Gln Leu Gln Thr Phe Ser Glu Glu His Pro Val Leu Leu Thr Glu 100 105 110 Ala Pro Leu Asn Pro Ser Lys Asn Arg Glu Lys Ala Ala Glu Val Phe 115 120 125 Phe Glu Thr Phe Asn Val Pro Ala Leu Phe Ile Ser Met Gln Ala Val 130 135 140 Leu Ser Leu Tyr Ala Thr Gly Arg Thr Thr Gly Val Val Leu Asp Ser 145 150 155 160 Gly Asp Gly Val Thr His Ala Val Pro Ile Tyr Glu Gly Phe Ala Met 165 170 175 Pro His Ser Ile Met Arg Val Asp Ile Ala Gly Arg Asp Val Ser Arg 180 185 190 Tyr Leu Arg Leu Leu Leu Arg Lys Glu Gly Val Asp Phe His Thr Ser 195 200 205 Ala Glu Phe Glu Val Val Arg Thr Ile Lys Glu Arg Ala Cys Tyr Leu 210 215 220 Ser Ile Asn Pro Gln Lys Asp Glu Ala Leu Glu Thr Glu Lys Val Gln 225 230 235 240 Tyr Thr Leu Pro Asp Gly Ser Thr Leu Asp Val Gly Pro Ala Arg Phe 245 250 255 Arg Ala Pro Glu Leu Leu Phe Gln Pro Asp Leu Val Gly Asp Glu Ser 260 265 270 Glu Gly Leu His Glu Val Val Ala Phe Ala Ile His Lys Ser Asp Met 275 280 285 Asp Leu Arg Arg Thr Leu Phe Ala Asn Ile Val Leu Ser Gly Gly Ser 290 295 300 Thr Leu Phe Lys Gly Phe Gly Asp Arg Leu Leu Ser Glu Val Lys Lys 305 310 315 320 Leu Ala Pro Lys Asp Ile Lys Ile Lys Ile Ser Ala Pro Gln Glu Arg 325 330 335 Leu Tyr Ser Thr Trp Ile Gly Gly Ser Ile Leu Ala Ser Leu Asp Thr 340 345 350 Phe Lys Lys Met Trp Val Ser Lys Lys Glu Tyr Glu Glu Asp Gly Ser 355 360 365 Arg Ala Ile His Arg Lys Thr Phe 370 375 <210> 2 <211> 723 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> AK7 <400> 2 Met Ala Glu Glu Glu Glu Thr Ala Ala Leu Thr Glu Lys Val Ile Arg 1 5 10 15 Thr Gln Arg Val Phe Ile Asn Leu Leu Asp Ser Tyr Ser Ser Gly Asn 20 25 30 Ile Gly Lys Phe Leu Ser Asn Cys Val Val Gly Ala Ser Leu Glu Glu 35 40 45 Ile Thr Glu Glu Glu Glu Glu Glu Asp Glu Asn Lys Ser Ala Met Leu 50 55 60 Glu Ala Ser Ser Thr Lys Val Lys Glu Gly Thr Phe Gln Ile Val Gly 65 70 75 80 Thr Leu Ser Lys Pro Asp Ser Pro Arg Pro Asp Phe Ala Val Glu Thr 85 90 95 Tyr Ser Ala Ile Ser Arg Glu Asp Leu Leu Met Arg Leu Leu Glu Cys 100 105 110 Asp Val Ile Ile Tyr Asn Ile Thr Glu Ser Ser Gln Gln Met Glu Glu 115 120 125 Ala Ile Trp Ala Val Ser Ala Leu Ser Glu Glu Val Ser His Phe Glu 130 135 140 Lys Arg Lys Leu Phe Ile Leu Leu Ser Thr Val Met Thr Trp Ala Arg 145 150 155 160 Ser Lys Ala Leu Asp Pro Glu Asp Ser Glu Val Pro Phe Thr Glu Glu 165 170 175 Asp Tyr Arg Arg Arg Lys Ser His Pro Asn Phe Leu Asp His Ile Asn 180 185 190 Ala Glu Lys Met Val Leu Lys Phe Gly Lys Lys Ala Arg Lys Phe Ala 195 200 205 Ala Tyr Val Val Ala Ala Gly Leu Gln Tyr Gly Ala Glu Gly Gly Met 210 215 220 Leu His Thr Phe Phe Lys Met Ala Trp Leu Gly Glu Ile Pro Ala Leu 225 230 235 240 Pro Val Phe Gly Asp Gly Thr Asn Val Ile Pro Thr Ile His Val Leu 245 250 255 Asp Leu Ala Gly Val Ile Gln Asn Val Ile Asp His Val Pro Lys Pro 260 265 270 His Tyr Leu Val Ala Val Asp Glu Ser Val His Thr Leu Glu Asp Ile 275 280 285 Val Lys Cys Ile Ser Lys Asn Thr Gly Pro Gly Lys Ile Gln Lys Ile 290 295 300 Pro Arg Glu Asn Ala Tyr Leu Thr Lys Asp Leu Thr Gln Asp Cys Leu 305 310 315 320 Asp His Leu Leu Val Asn Leu Arg Met Glu Ala Leu Phe Val Lys Glu 325 330 335 Asn Phe Asn Ile Arg Trp Ala Ala Gln Thr Gly Phe Val Glu Asn Ile 340 345 350 Asn Thr Ile Leu Lys Glu Tyr Lys Gln Ser Arg Gly Leu Met Pro Ile 355 360 365 Lys Ile Cys Ile Leu Gly Pro Pro Ala Val Gly Lys Ser Ser Ile Ala 370 375 380 Lys Glu Leu Ala Asn Tyr Tyr Lys Leu His His Ile Gln Leu Lys Asp 385 390 395 400 Val Ile Ser Glu Ala Ile Ala Lys Leu Glu Ala Ile Val Ala Pro Asn 405 410 415 Asp Val Gly Glu Gly Glu Glu Glu Val Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu 420 425 430 Asn Val Glu Asp Ala Gln Glu Leu Leu Asp Gly Ile Lys Glu Ser Met 435 440 445 Glu Gln Asn Ala Gly Gln Leu Asp Asp Gln Tyr Ile Ile Arg Phe Met 450 455 460 Lys Glu Lys Leu Lys Ser Met Pro Cys Arg Asn Gln Gly Tyr Ile Leu 465 470 475 480 Asp Gly Phe Pro Lys Thr Tyr Asp Gln Ala Lys Asp Leu Phe Asn Gln 485 490 495 Glu Asp Glu Glu Glu Glu Asp Asp Val Arg Gly Arg Met Phe Pro Phe 500 505 510 Asp Lys Leu Ile Ile Pro Glu Phe Val Cys Ala Leu Asp Ala Ser Asp 515 520 525 Glu Phe Leu Lys Glu Arg Val Ile Asn Leu Pro Glu Ser Ile Val Ala 530 535 540 Gly Thr His Tyr Ser Gln Asp Arg Phe Leu Arg Ala Leu Ser Asn Tyr 545 550 555 560 Arg Asp Ile Asn Ile Asp Asp Glu Thr Val Phe Asn Tyr Phe Asp Glu 565 570 575 Leu Glu Ile His Pro Ile His Ile Asp Val Gly Lys Leu Glu Asp Ala 580 585 590 Gln Asn Arg Leu Ala Ile Lys Gln Leu Ile Lys Glu Ile Gly Glu Pro 595 600 605 Arg Asn Tyr Gly Leu Thr Asp Glu Glu Lys Ala Glu Glu Glu Arg Lys 610 615 620 Ala Ala Glu Glu Arg Leu Ala Arg Glu Ala Ala Glu Glu Ala Glu Arg 625 630 635 640 Glu His Gln Glu Ala Val Glu Met Ala Glu Lys Ile Ala Arg Trp Glu 645 650 655 Glu Trp Asn Lys Arg Leu Glu Glu Val Lys Arg Glu Glu Arg Glu Leu 660 665 670 Leu Glu Ala Gln Ser Ile Pro Leu Arg Asn Tyr Leu Met Thr Tyr Val 675 680 685 Met Pro Thr Leu Ile Gln Gly Leu Asn Glu Cys Cys Asn Val Arg Pro 690 695 700 Glu Asp Pro Val Asp Phe Leu Ala Glu Tyr Leu Phe Lys Asn Asn Pro 705 710 715 720 Glu Ala Gln <210> 3 <211> 1711 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> BCORL1 <400> 3 Met Ile Ser Thr Ala Pro Leu Tyr Ser Gly Val His Asn Trp Thr Ser 1 5 10 15 Ser Asp Arg Ile Arg Met Cys Gly Ile Asn Glu Glu Arg Arg Ala Pro 20 25 30 Leu Ser Asp Glu Glu Ser Thr Thr Gly Asp Cys Gln His Phe Gly Ser 35 40 45 Gln Glu Phe Cys Val Ser Ser Ser Phe Ser Lys Val Glu Leu Thr Ala 50 55 60 Val Gly Ser Gly Ser Asn Ala Arg Gly Ala Asp Pro Asp Gly Ser Ala 65 70 75 80 Thr Glu Lys Leu Gly His Lys Ser Glu Asp Lys Pro Asp Asp Pro Gln 85 90 95 Pro Lys Met Asp Tyr Ala Gly Asn Val Ala Glu Ala Glu Gly Leu Leu 100 105 110 Val Pro Leu Ser Ser Pro Gly Asp Gly Leu Lys Leu Pro Ala Ser Asp 115 120 125 Ser Ala Glu Ala Ser Asn Ser Arg Ala Asp Cys Ser Trp Thr Pro Leu 130 135 140 Asn Thr Gln Met Ser Lys Gln Val Asp Cys Ser Pro Ala Gly Val Lys 145 150 155 160 Ala Leu Asp Ser Arg Gln Gly Val Gly Glu Lys Asn Thr Phe Ile Leu 165 170 175 Ala Thr Leu Gly Thr Gly Val Pro Val Glu Gly Thr Leu Pro Leu Val 180 185 190 Thr Thr Asn Phe Ser Pro Leu Pro Ala Pro Ile Cys Pro Pro Ala Pro 195 200 205 Gly Ser Ala Ser Val Pro His Ser Val Pro Asp Ala Phe Gln Val Pro 210 215 220 Leu Ser Val Pro Ala Pro Val Pro His Ser Gly Leu Val Pro Val Gln 225 230 235 240 Val Ala Thr Ser Val Pro Ala Pro Ser Pro Pro Leu Ala Pro Val Pro 245 250 255 Ala Leu Ala Pro Ala Pro Pro Ser Val Pro Thr Leu Ile Ser Asp Ser 260 265 270 Asn Pro Leu Ser Val Ser Ala Ser Val Leu Val Pro Val Pro Ala Ser 275 280 285 Ala Pro Pro Ser Gly Pro Val Pro Leu Ser Ala Pro Ala Pro Ala Pro 290 295 300 Leu Ser Val Pro Val Ser Ala Pro Pro Leu Ala Leu Ile Gln Ala Pro 305 310 315 320 Val Pro Pro Ser Ala Pro Thr Leu Val Leu Ala Pro Val Pro Thr Pro 325 330 335 Val Leu Ala Pro Met Pro Ala Ser Thr Pro Pro Ala Ala Pro Ala Pro 340 345 350 Pro Ser Val Pro Met Pro Thr Pro Thr Pro Ser Ser Gly Pro Pro Ser 355 360 365 Thr Pro Thr Leu Ile Pro Ala Phe Ala Pro Thr Pro Val Pro Ala Pro 370 375 380 Thr Pro Ala Pro Ile Phe Thr Pro Ala Pro Thr Pro Met Pro Ala Ala 385 390 395 400 Thr Pro Ala Ala Ile Pro Thr Ser Ala Pro Ile Pro Ala Ser Phe Ser 405 410 415 Leu Ser Arg Val Cys Phe Pro Ala Ala Gln Ala Pro Ala Met Gln Lys 420 425 430 Val Pro Leu Ser Phe Gln Pro Gly Thr Val Leu Thr Pro Ser Gln Pro 435 440 445 Leu Val Tyr Ile Pro Pro Pro Ser Cys Gly Gln Pro Leu Ser Val Ala 450 455 460 Thr Leu Pro Thr Thr Leu Gly Val Ser Ser Thr Leu Thr Leu Pro Val 465 470 475 480 Leu Pro Ser Tyr Leu Gln Asp Arg Cys Leu Pro Gly Val Leu Ala Ser 485 490 495 Pro Glu Leu Arg Ser Tyr Pro Tyr Ala Phe Ser Val Ala Arg Pro Leu 500 505 510 Thr Ser Asp Ser Lys Leu Val Ser Leu Glu Val Asn Arg Leu Pro Cys 515 520 525 Thr Ser Pro Ser Gly Ser Thr Thr Thr Gln Pro Ala Pro Asp Gly Val 530 535 540 Pro Gly Pro Leu Ala Asp Thr Ser Leu Val Thr Ala Ser Ala Lys Val 545 550 555 560 Leu Pro Thr Pro Gln Pro Leu Leu Pro Ala Pro Ser Gly Ser Ser Ala 565 570 575 Pro Pro His Pro Ala Lys Met Pro Ser Gly Thr Glu Gln Gln Thr Glu 580 585 590 Gly Thr Ser Val Thr Phe Ser Pro Leu Lys Ser Pro Pro Gln Leu Glu 595 600 605 Arg Glu Met Ala Ser Pro Pro Glu Cys Ser Glu Met Pro Leu Asp Leu 610 615 620 Ser Ser Lys Ser Asn Arg Gln Lys Leu Pro Leu Pro Asn Gln Arg Lys 625 630 635 640 Thr Pro Pro Met Pro Val Leu Thr Pro Val His Thr Ser Ser Lys Ala 645 650 655 Leu Leu Ser Thr Val Leu Ser Arg Ser Gln Arg Thr Thr Gln Ala Ala 660 665 670 Gly Gly Asn Val Thr Ser Cys Leu Gly Ser Thr Ser Ser Pro Phe Val 675 680 685 Ile Phe Pro Glu Ile Val Arg Asn Gly Asp Pro Ser Thr Trp Val Lys 690 695 700 Asn Ser Thr Ala Leu Ile Ser Thr Ile Pro Gly Thr Tyr Val Gly Val 705 710 715 720 Ala Asn Pro Val Pro Ala Ser Leu Leu Leu Asn Lys Asp Pro Asn Leu 725 730 735 Gly Leu Asn Arg Asp Pro Arg His Leu Pro Lys Gln Glu Pro Ile Ser 740 745 750 Ile Ile Asp Gln Gly Glu Pro Lys Gly Thr Gly Ala Thr Cys Gly Lys 755 760 765 Lys Gly Ser Gln Ala Gly Ala Glu Gly Gln Pro Ser Thr Val Lys Arg 770 775 780 Tyr Thr Pro Ala Arg Ile Ala Pro Gly Leu Pro Gly Cys Gln Thr Lys 785 790 795 800 Glu Leu Ser Leu Trp Lys Pro Thr Gly Pro Ala Asn Ile Tyr Pro Arg 805 810 815 Cys Ser Val Asn Gly Lys Pro Thr Ser Thr Gln Val Leu Pro Val Gly 820 825 830 Trp Ser Pro Tyr His Gln Ala Ser Leu Leu Ser Ile Gly Ile Ser Ser 835 840 845 Ala Gly Gln Leu Thr Pro Ser Gln Gly Ala Pro Ile Arg Pro Thr Ser 850 855 860 Val Val Ser Glu Phe Ser Gly Val Pro Ser Leu Ser Ser Ser Glu Ala 865 870 875 880 Val His Gly Leu Pro Glu Gly Gln Pro Arg Pro Gly Gly Ser Phe Val 885 890 895 Pro Glu Gln Asp Pro Val Thr Lys Asn Lys Thr Cys Arg Ile Ala Ala 900 905 910 Lys Pro Tyr Glu Glu Gln Val Asn Pro Val Leu Leu Thr Leu Ser Pro 915 920 925 Gln Thr Gly Thr Leu Ala Leu Ser Val Gln Pro Ser Gly Gly Asp Ile 930 935 940 Arg Met Asn Gln Gly Pro Glu Glu Ser Glu Ser His Leu Cys Ser Asp 945 950 955 960 Ser Thr Pro Lys Met Glu Gly Pro Gln Gly Ala Cys Gly Leu Lys Leu 965 970 975 Ala Gly Asp Thr Lys Pro Lys Asn Gln Val Leu Ala Thr Tyr Met Ser 980 985 990 His Glu Leu Val Leu Ala Thr Pro Gln Asn Leu Pro Lys Met Pro Glu 995 1000 1005 Leu Pro Leu Leu Pro His Asp Ser His Pro Lys Glu Leu Ile Leu Asp 1010 1015 1020 Val Val Pro Ser Ser Arg Arg Gly Ser Ser Thr Glu Arg Pro Gln Leu 1025 1030 1035 1040 Gly Ser Gln Val Asp Leu Gly Arg Val Lys Met Glu Lys Val Asp Gly 1045 1050 1055 Asp Val Val Phe Asn Leu Ala Thr Cys Phe Arg Ala Asp Gly Leu Pro 1060 1065 1070 Val Ala Pro Gln Arg Gly Gln Ala Glu Val Arg Ala Lys Ala Gly Gln 1075 1080 1085 Ala Arg Val Lys Gln Glu Ser Val Gly Val Phe Ala Cys Lys Asn Lys 1090 1095 1100 Trp Gln Pro Asp Asp Val Thr Glu Ser Leu Pro Pro Lys Lys Met Lys 1105 1110 1115 1120 Cys Gly Lys Glu Lys Asp Ser Glu Glu Gln Gln Leu Gln Pro Gln Ala 1125 1130 1135 Lys Ala Val Val Arg Ser Ser His Arg Pro Lys Cys Arg Lys Leu Pro 1140 1145 1150 Ser Asp Pro Gln Glu Ser Thr Lys Lys Ser Pro Arg Gly Ala Ser Asp 1155 1160 1165 Ser Gly Lys Glu His Asn Gly Val Arg Gly Lys His Lys His Arg Lys 1170 1175 1180 Pro Thr Lys Pro Glu Ser Gln Ser Pro Gly Lys Arg Ala Asp Ser His 1185 1190 1195 1200 Glu Glu Gly Ser Leu Glu Lys Lys Ala Lys Ser Ser Phe Arg Asp Phe 1205 1210 1215 Ile Pro Val Val Leu Ser Thr Arg Thr Arg Ser Gln Ser Gly Ser Ile 1220 1225 1230 Cys Ser Ser Phe Ala Gly Met Ala Asp Ser Asp Met Gly Ser Gln Glu 1235 1240 1245 Val Phe Pro Thr Glu Glu Glu Glu Glu Val Thr Pro Thr Pro Ala Lys 1250 1255 1260 Arg Arg Lys Val Arg Lys Thr Gln Arg Asp Thr Gln Tyr Arg Ser His 1265 1270 1275 1280 His Ala Gln Asp Lys Ser Leu Leu Ser Gln Gly Arg Arg His Leu Trp 1285 1290 1295 Arg Ala Arg Glu Met Pro Trp Arg Thr Glu Ala Ala Arg Gln Met Trp 1300 1305 1310 Asp Thr Asn Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Gly Leu Leu Lys 1315 1320 1325 Arg Lys Lys Arg Arg Arg Gln Lys Ser Arg Lys Tyr Gln Thr Gly Glu 1330 1335 1340 Tyr Leu Thr Glu Gln Glu Asp Glu Gln Arg Arg Lys Gly Arg Ala Asp 1345 1350 1355 1360 Leu Lys Ala Arg Lys Gln Lys Thr Ser Ser Ser Gln Ser Leu Glu His 1365 1370 1375 Arg Leu Arg Asn Arg Asn Leu Leu Leu Pro Asn Lys Val Gln Gly Ile 1380 1385 1390 Ser Asp Ser Pro Asn Gly Phe Leu Pro Asn Asn Leu Glu Glu Pro Ala 1395 1400 1405 Cys Leu Glu Asn Ser Glu Lys Pro Ser Gly Lys Arg Lys Cys Lys Thr 1410 1415 1420 Lys His Met Ala Thr Val Ser Glu Glu Ala Lys Asp Val Val Leu Tyr 1425 1430 1435 1440 Cys Leu Gln Lys Asp Ser Glu Asp Val Asn His Arg Asp Asn Ala Gly 1445 1450 1455 Tyr Thr Ala Leu His Glu Ala Cys Ser Arg Gly Trp Thr Asp Ile Leu 1460 1465 1470 Asn Ile Leu Leu Glu His Gly Ala Asn Val Asn Cys Ser Ala Gln Asp 1475 1480 1485 Gly Thr Arg Pro Val His Asp Ala Val Val Asn Asp Asn Leu Glu Thr 1490 1495 1500 Ile Trp Leu Leu Leu Ser Tyr Gly Ala Asp Pro Thr Leu Ala Thr Tyr 1505 1510 1515 1520 Ser Gly Gln Thr Ala Met Lys Leu Ala Ser Ser Asp Thr Met Lys Arg 1525 1530 1535 Phe Leu Ser Asp His Leu Ser Asp Leu Gln Gly Arg Ala Glu Gly Asp 1540 1545 1550 Pro Gly Val Ser Trp Asp Phe Tyr Ser Ser Ser Val Leu Glu Glu Lys 1555 1560 1565 Asp Gly Phe Ala Cys Asp Leu Leu His Asn Pro Pro Gly Ser Ser Asp 1570 1575 1580 Gln Glu Gly Asp Asp Pro Met Glu Glu Asp Asp Phe Met Phe Glu Leu 1585 1590 1595 1600 Ser Asp Lys Pro Leu Leu Pro Cys Tyr Asn Leu Gln Val Ser Val Ser 1605 1610 1615 Arg Gly Pro Cys Asn Trp Phe Leu Phe Ser Asp Val Leu Lys Arg Leu 1620 1625 1630 Lys Leu Ser Ser Arg Ile Phe Gln Ala Arg Phe Pro His Phe Glu Ile 1635 1640 1645 Thr Thr Met Pro Lys Ala Glu Phe Tyr Arg Gln Val Ala Ser Ser Gln 1650 1655 1660 Leu Leu Thr Pro Ala Glu Arg Pro Gly Gly Leu Asp Asp Arg Ser Pro 1665 1670 1675 1680 Pro Gly Ser Ser Glu Thr Val Glu 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945 950 955 960 Gly Arg Leu Ile Tyr Cys Leu Asn Ile Ile Phe Trp Tyr Val Arg Leu 965 970 975 Leu Asp Phe Leu Ala Val Asn Gln Gln Ala Gly Pro Tyr Val Met Met 980 985 990 Ile Gly Lys Met Val Ala Asn Met Phe Tyr Ile Val Val Ile Met Ala 995 1000 1005 Leu Val Leu Leu Ser Phe Gly Val Pro Arg Lys Ala Ile Leu Tyr Pro 1010 1015 1020 His Glu Ala Pro Ser Trp Thr Leu Ala Lys Asp Ile Val Phe His Pro 1025 1030 1035 1040 Tyr Trp Met Ile Phe Gly Glu Val Tyr Ala Tyr Glu Ile Asp Val Cys 1045 1050 1055 Ala Asn Asp Ser Val Ile Pro Gln Ile Cys Gly Pro Gly Thr Trp Leu 1060 1065 1070 Thr Pro Phe Leu Gln Ala Val Tyr Leu Phe Val Gln Tyr Ile Ile Met 1075 1080 1085 Val Asn Leu Leu Ile Ala Phe Phe Asn Asn Val Tyr Leu Gln Val Lys 1090 1095 1100 Ala Ile Ser Asn Ile Val Trp Lys Tyr Gln Arg Tyr His Phe Ile Met 1105 1110 1115 1120 Ala Tyr His Glu Lys Pro Val Leu Pro Pro Pro Leu Ile Ile Leu Ser 1125 1130 1135 His Ile Val Ser Leu Phe Cys Cys Ile Cys Lys Arg Arg Lys Lys Asp 1140 1145 1150 Lys Thr Ser Asp Gly Pro Lys Leu Phe Leu Thr Glu Glu Asp Gln Lys 1155 1160 1165 Lys Leu His Asp Phe Glu Glu Gln Cys Val Glu Met Tyr Phe Asn Glu 1170 1175 1180 Lys Asp Asp Lys Phe His Ser Gly Ser Glu Glu Arg Ile Arg Val Thr 1185 1190 1195 1200 Phe Glu Arg Val Glu Gln Met Cys Ile Gln Ile Lys Glu Val Gly Asp 1205 1210 1215 Arg Val Asn Tyr Ile Lys Arg Ser Leu Gln Ser Leu Asp Ser Gln Ile 1220 1225 1230 Gly His Leu Gln Asp Leu Ser Ala Leu Thr Val Asp Thr Leu Lys Thr 1235 1240 1245 Leu Thr Ala Gln Lys Ala Ser Glu Ala Ser Lys Val His Asn Glu Ile 1250 1255 1260 Thr Arg Glu Leu Ser Ile Ser Lys His Leu Ala Gln Asn Leu Ile Asp 1265 1270 1275 1280 Asp Gly Pro Val Arg Pro Ser Val Trp Lys Lys His Gly Val Val Asn 1285 1290 1295 Thr Leu Ser Ser Ser Leu Pro Gln Gly Asp Leu Glu Ser Asn Asn Pro 1300 1305 1310 Phe His Cys Asn Ile Leu Met Lys Asp Asp Lys Asp Pro Gln Cys Asn 1315 1320 1325 Ile Phe Gly Gln Asp Leu Pro Ala Val Pro Gln Arg Lys Glu Phe Asn 1330 1335 1340 Phe Pro Glu Ala Gly Ser Ser Ser Gly Ala Leu Phe Pro Ser Ala Val 1345 1350 1355 1360 Ser Pro Pro Glu Leu Arg Gln Arg Leu His Gly Val Glu Leu Leu Lys 1365 1370 1375 Ile Phe Asn Lys Asn Gln Lys Leu Gly Ser Ser Ser Thr Ser Ile Pro 1380 1385 1390 His Leu Ser Ser Pro Pro Thr Lys Phe Phe Val Ser Thr Pro Ser Gln 1395 1400 1405 Pro Ser Cys Lys Ser His Leu Glu Thr Gly Thr Lys Asp Gln Glu Thr 1410 1415 1420 Val Cys Ser Lys Ala Thr Glu Gly Asp Asn Thr Glu Phe Gly Ala Phe 1425 1430 1435 1440 Val Gly His Arg Asp Ser Met Asp Leu Gln Arg Phe Lys Glu Thr Ser 1445 1450 1455 Asn Lys Ile Lys Ile Leu Ser Asn Asn Asn Thr Ser Glu Asn Thr Leu 1460 1465 1470 Lys Arg Val Ser Ser Leu Ala Gly Phe Thr Asp Cys His Arg Thr Ser 1475 1480 1485 Ile Pro Val His Ser Lys Gln Glu Lys Ile Ser Arg Arg Pro Ser Thr 1490 1495 1500 Glu Asp Thr His Glu Val Asp Ser Lys Ala Ala Leu Ile Pro Asp Trp 1505 1510 1515 1520 Leu Gln Asp Arg Pro Ser Asn Arg Glu Met Pro Ser Glu Glu Gly Thr 1525 1530 1535 Leu Asn Gly Leu Thr Ser Pro Phe Lys Pro Ala Met Asp Thr Asn Tyr 1540 1545 1550 Tyr Tyr Ser Ala Val Glu Arg Asn Asn Leu Met Arg Leu Ser Gln Ser 1555 1560 1565 Ile Pro Phe Thr Pro Val Pro Pro Arg Gly Glu Pro Val Thr Val Tyr 1570 1575 1580 Arg Leu Glu Glu Ser Ser Pro Asn Ile Leu Asn Asn Ser Met Ser Ser 1585 1590 1595 1600 Trp Ser Gln Leu Gly Leu Cys Ala Lys Ile Glu Phe Leu Ser Lys Glu 1605 1610 1615 Glu Met Gly Gly Gly Leu Arg Arg Ala Val Lys Val Gln Cys Thr Trp 1620 1625 1630 Ser Glu His Asp Ile Leu Lys Ser Gly His Leu Tyr Ile Ile Lys Ser 1635 1640 1645 Phe Leu Pro Glu Val Val Asn Thr Trp Ser Ser Ile Tyr Lys Glu Asp 1650 1655 1660 Thr Val Leu His Leu Cys Leu Arg Glu Ile Gln Gln Gln Arg Ala Ala 1665 1670 1675 1680 Gln Lys Leu Thr Phe Ala Phe Asn Gln Met Lys Pro Lys Ser Ile Pro 1685 1690 1695 Tyr Ser Pro Arg Phe Leu Glu Val Phe Leu Leu Tyr Cys His Ser Ala 1700 1705 1710 Gly Gln Trp Phe Ala Val Glu Glu Cys Met Thr Gly Glu Phe Arg Lys 1715 1720 1725 Tyr Asn Asn Asn Asn Gly Asp Glu Ile Ile Pro Thr Asn Thr Leu Glu 1730 1735 1740 Glu Ile Met Leu Ala Phe Ser His Trp Thr Tyr Glu Tyr Thr Arg Gly 1745 1750 1755 1760 Glu Leu Leu Val Leu Asp Leu Gln Gly Val Gly Glu Asn Leu Thr Asp 1765 1770 1775 Pro Ser Val Ile Lys Ala Glu Glu Lys Arg Ser Cys Asp Met Val Phe 1780 1785 1790 Gly Pro Ala Asn Leu Gly Glu Asp Ala Ile Lys Asn Phe Arg Ala Lys 1795 1800 1805 His His Cys Asn Ser Cys Cys Arg Lys Leu Lys Leu Pro Asp Leu Lys 1810 1815 1820 Arg Asn Asp Tyr Thr Pro Asp Lys Ile Ile Phe Pro Gln Asp Glu Pro 1825 1830 1835 1840 Ser Asp Leu Asn Leu Gln Pro Gly Asn Ser Thr Lys Glu Ser Glu Ser 1845 1850 1855 Thr Asn Ser Val Arg Leu Met Leu 1860 <210> 22 <211> 1123 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> USP36 <400> 22 Met Pro Ile Val Asp Lys Leu Lys Glu Ala Leu Lys Pro Gly Arg Lys 1 5 10 15 Asp Ser Ala Asp Asp Gly Glu Leu Gly Lys Leu Leu Ala Ser Ser Ala 20 25 30 Lys Lys Val Leu Leu Gln Lys Ile Glu Phe Glu Pro Ala Ser Lys Ser 35 40 45 Phe Ser Tyr Gln Leu Glu Ala Leu Lys Ser Lys Tyr Val Leu Leu Asn 50 55 60 Pro Lys Thr Glu Gly Ala Ser Arg His Lys Ser Gly Asp Asp Pro Pro 65 70 75 80 Ala Arg Arg Gln Gly Ser Glu His Thr Tyr Glu Ser Cys Gly Asp Gly 85 90 95 Val Pro Ala Pro Gln Lys Val Leu Phe Pro Thr Glu Arg Leu Ser Leu 100 105 110 Arg Trp Glu Arg Val Phe Arg Val Gly Ala Gly Leu His Asn Leu Gly 115 120 125 Asn Thr Cys Phe Leu Asn Ala Thr Ile Gln Cys Leu Thr Tyr Thr Pro 130 135 140 Pro Leu Ala Asn Tyr Leu Leu Ser Lys Glu His Ala Arg Ser Cys His 145 150 155 160 Gln Gly Ser Phe Cys Met Leu Cys Val Met Gln Asn His Ile Val Gln 165 170 175 Ala Phe Ala Asn Ser Gly Asn Ala Ile Lys Pro Val Ser Phe Ile Arg 180 185 190 Asp Leu Lys Lys Ile Ala Arg His Phe Arg Phe Gly Asn Gln Glu Asp 195 200 205 Ala His Glu Phe Leu Arg Tyr Thr Ile Asp Ala Met Gln Lys Ala Cys 210 215 220 Leu Asn Gly Cys Ala Lys Leu Asp Arg Gln Thr Gln Ala Thr Thr Leu 225 230 235 240 Val His Gln Ile Phe Gly Gly Tyr Leu Arg Ser Arg Val Lys Cys Ser 245 250 255 Val Cys Lys Ser Val Ser Asp Thr Tyr Asp Pro Tyr Leu Asp Val Ala 260 265 270 Leu Glu Ile Arg Gln Ala Ala Asn Ile Val Arg Ala Leu Glu Leu Phe 275 280 285 Val Lys Ala Asp Val Leu Ser Gly Glu Asn Ala Tyr Met Cys Ala Lys 290 295 300 Cys Lys Lys Lys Val Pro Ala Ser Lys Arg Phe Thr Ile His Arg Thr 305 310 315 320 Ser Asn Val Leu Thr Leu Ser Leu Lys Arg Phe Ala Asn Phe Ser Gly 325 330 335 Gly Lys Ile Thr Lys Asp Val Gly Tyr Pro Glu Phe Leu Asn Ile Arg 340 345 350 Pro Tyr Met Ser Gln Asn Asn Gly Asp Pro Val Met Tyr Gly Leu Tyr 355 360 365 Ala Val Leu Val His Ser Gly Tyr Ser Cys His Ala Gly His Tyr Tyr 370 375 380 Cys Tyr Val Lys Ala Ser Asn Gly Gln Trp Tyr Gln Met Asn Asp Ser 385 390 395 400 Leu Val His Ser Ser Asn Val Lys Val Val Leu Asn Gln Gln Ala Tyr 405 410 415 Val Leu Phe Tyr Leu Arg Ile Pro Gly Ser Lys Lys Ser Pro Glu Gly 420 425 430 Leu Ile Ser Arg Thr Gly Ser Ser Ser Leu Pro Gly Arg Pro Ser Val 435 440 445 Ile Pro Asp His Ser Lys Lys Asn Ile Gly Asn Gly Ile Ile Ser Ser 450 455 460 Pro Leu Thr Gly Lys Arg Gln Asp Ser Gly Thr Met Lys Lys Pro His 465 470 475 480 Thr Thr Glu Glu Ile Gly Val Pro Ile Ser Arg Asn Gly Ser Thr Leu 485 490 495 Gly Leu Lys Ser Gln Asn Gly Cys Ile Pro Pro Lys Leu Pro Ser Gly 500 505 510 Ser Pro Ser Pro Lys Leu Ser Gln Thr Pro Thr His Met Pro Thr Ile 515 520 525 Leu Asp Asp Pro Gly Lys Lys Val Lys Lys Pro Ala Pro Pro Gln His 530 535 540 Phe Ser Pro Arg Thr Ala Gln Gly Leu Pro Gly Thr Ser Asn Ser Asn 545 550 555 560 Ser Ser Arg Ser Gly Ser Gln Arg Gln Gly Ser Trp Asp Ser Arg Asp 565 570 575 Val Val Leu Ser Thr Ser Pro Lys Leu Leu Ala Thr Ala Thr Ala Asn 580 585 590 Gly His Gly Leu Lys Gly Asn Asp Glu Ser Ala Gly Leu Asp Arg Arg 595 600 605 Gly Ser Ser Ser Ser Ser Pro Glu His Ser Ala Ser Ser Asp Ser Thr 610 615 620 Lys Ala Pro Gln Thr Pro Arg Ser Gly Ala Ala His Leu Cys Asp Ser 625 630 635 640 Gln Glu Thr Asn Cys Ser Thr Ala Gly His Ser Lys Thr Pro Pro Ser 645 650 655 Gly Ala Asp Ser Lys Thr Val Lys Leu Lys Ser Pro Val Leu Ser Asn 660 665 670 Thr Thr Thr Glu Pro Ala Ser Thr Met Ser Pro Pro Pro Ala Lys Lys 675 680 685 Leu Ala Leu Ser Ala Lys Lys Ala Ser Thr Leu Trp Arg Ala Thr Gly 690 695 700 Asn Asp Leu Arg Pro Pro Pro Pro Ser Pro Ser Ser Asp Leu Thr His 705 710 715 720 Pro Met Lys Thr Ser His Pro Val Val Ala Ser Thr Trp Pro Val His 725 730 735 Arg Ala Arg Ala Val Ser Pro Ala Pro Gln Ser Ser Ser Arg Leu Gln 740 745 750 Pro Pro Phe Ser Pro His Pro Thr Leu Leu Ser Ser Thr Pro Lys Pro 755 760 765 Pro Gly Thr Ser Glu Pro Arg Ser Cys Ser Ser Ile Ser Thr Ala Leu 770 775 780 Pro Gln Val Asn Glu Asp Leu Val Ser Leu Pro His Gln Leu Pro Glu 785 790 795 800 Ala Ser Glu Pro Pro Gln Ser Pro Ser Glu Lys Arg Lys Lys Thr Phe 805 810 815 Val Gly Glu Pro Gln Arg Leu Gly Ser Glu Thr Arg Leu Pro Gln His 820 825 830 Ile Arg Glu Ala Thr Ala Ala Pro His Gly Lys Arg Lys Arg Lys Lys 835 840 845 Lys Lys Arg Pro Glu Asp Thr Ala Ala Ser Ala Leu Gln Glu Gly Gln 850 855 860 Thr Gln Arg Gln Pro Gly Ser Pro Met Tyr Arg Arg Glu Gly Gln Ala 865 870 875 880 Gln Leu Pro Ala Val Arg Arg Gln Glu Asp Gly Thr Gln Pro Gln Val 885 890 895 Asn Gly Gln Gln Val Gly Cys Val Thr Asp Gly His His Ala Ser Ser 900 905 910 Arg Lys Arg Arg Arg Lys Gly Ala Glu Gly Leu Gly Glu Glu Gly Gly 915 920 925 Leu His Gln Asp Pro Leu Arg His Ser Cys Ser Pro Met Gly Asp Gly 930 935 940 Asp Pro Glu Ala Met Glu Glu Ser Pro Arg Lys Lys Lys Lys Lys Lys 945 950 955 960 Arg Lys Gln Glu Thr Gln Arg Ala Val Glu Glu Asp Gly His Leu Lys 965 970 975 Cys Pro Arg Ser Ala Lys Pro Gln Asp Ala Val Val Pro Glu Ser Ser 980 985 990 Ser Cys Ala Pro Ser Ala Asn Gly Trp Cys Pro Gly Asp Arg Met Gly 995 1000 1005 Leu Ser Gln Ala Pro Pro Val Ser Trp Asn Gly Glu Arg Glu Ser Asp 1010 1015 1020 Val Val Gln Glu Leu Leu Lys Tyr Ser Ser Asp Lys Ala Tyr Gly Arg 1025 1030 1035 1040 Lys Val Leu Thr Trp Asp Gly Lys Met Ser Ala Val Ser Gln Asp Ala 1045 1050 1055 Ile Glu Asp Ser Arg Gln Ala Arg Thr Glu Thr Val Val Asp Asp Trp 1060 1065 1070 Asp Glu Glu Phe Asp Arg Gly Lys Glu Lys Lys Ile Lys Lys Phe Lys 1075 1080 1085 Arg Glu Lys Arg Arg Asn Phe Asn Ala Phe Gln Lys Leu Gln Thr Arg 1090 1095 1100 Arg Asn Phe Trp Ser Val Thr His Pro Ala Lys Ala Ala Ser Leu Ser 1105 1110 1115 1120 Tyr Arg Arg

Claims (12)

  1. ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물.
  2. 청구항 1에 있어서,
    (i) ACTR1B 유전자 및;
    (ii) AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자;
    의 돌연변이를 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물.
  3. 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서,
    상기 ACTR1B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 1의 아미노산 서열에서, G67R 및 G40W 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, H178Pfs*140인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
    상기 AK7을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 2의 아미노산 서열에서, I412F 및 R341Q 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 BCORL1을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 3의 아미노산 서열에서, L1632R인 미스센스 돌연변이거나, L1508Afs*34인 프레임 시프트 삽입 (frame shift insert, FS ins) 돌연변이;
    상기 BRD4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 4의 아미노산 서열에서 Q1318*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, E1061K인 미스센스 돌연변이;
    상기 DPY19L1을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 5의 아미노산 서열에서, G276R 및 Q535R 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 EFCAB6을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 6의 아미노산 서열에서, E604D인 미스센스 돌연변이거나, V330Cfs*19인 프레임 시프트 삽입 (frame shift insert, FS ins) 돌연변이;
    상기 FBXO33을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 7의 아미노산 서열에서, A527V 및 L214P 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 FBXW9을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 8의 아미노산 서열에서, P4H, L199M 및 H369Y 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 FKBP11를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 9의 아미노산 서열에서 Y119*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, E32Q인 미스센스 돌연변이;
    상기 GABRQ를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 10의 아미노산 서열에서, R509H인 미스센스 돌연변이거나, S68Kfs*27인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
    상기 KIF13B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 11의 아미노산 서열에서, R221*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, M1145L, V1038L 및 Q882H 중 하나인 미스센스 돌연변이거나, E1071del 및 H1070del 중 적어도 하나인 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이거나, H1070Pfs*17 인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
    상기 KPRP를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 12의 아미노산 서열에서, R260Q 및 G544D 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 LRRN4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 13의 아미노산 서열에서, N254K 및 Q100R 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 MAOB를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 14의 아미노산 서열에서, X47_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이거나, G213R 및 R228L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 MUC17을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 15의 아미노산 서열에서, I3060S, T1508M, T2279N, S2868C, E704G, T3421I, S30C 및 E1765K 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, S30Rfs*2인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이거나, S30del인 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이;
    상기 MYH10을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 16의 아미노산 서열에서, E1353Q, K1216T 및 F463L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, D324Ifs*12인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
    상기 NEURL4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 17의 아미노산 서열에서, A1485V 및 Y939F 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 RAB40B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 18의 아미노산 서열에서, G37R 및 D95V 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 SLC5A6를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 19의 아미노산 서열에서, A317V 및 Y295C 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
    상기 THUMPD2를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 20의 아미노산 서열에서, I312Nfs*7인 프레임 시프트 삽입(frame shift insert, FS ins) 돌연변이거나, X396_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이거나, R396Sfs*13인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
    상기 TRPM7을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 21의 아미노산 서열에서, G645C, M1723V 및 P619S 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, X1_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이;
    상기 USP36를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 22의 아미노산 서열에서, V728I 및 S559L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이인 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물.
  4. 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서,
    상기 신장암은 유두형 신세포암(papillary RCC)인, 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물.
  5. ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물.
  6. 청구항 5에 있어서,
    (i) ACTR1B 유전자 및;
    (ii) AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자;
    의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물.
  7. 청구항 5 또는 청구항 6에 있어서,
    상기 검출 시약은 바이오 마커의 돌연변이 여부를 검출할 수 있는 프라이머, 프로브, 또는 앱타머인, 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물.
  8. 청구항 5 또는 청구항 6 기재의 조성물을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 키트.
  9. 신장암 환자의 재발 위험성 또는 재발성 신장암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여, 신장암 환자로부터 얻은 생물학적 시료(biological sample)에서, ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 검출하는 방법.
  10. 청구항 9에 있어서,
    상기 신장암 환자로부터 얻은 생물학적 시료(biological sample)에서,
    (i) ACTR1B 유전자 및;
    (ii) AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자;
    의 돌연변이를 검출하는 방법.
  11. 청구항 9 또는 청구항 10에 있어서,
    상기 신장암은 유두형 신세포암인, 돌연변이를 검출하는 방법.
  12. 청구항 9 또는 청구항 10에 있어서,
    상기 생물학적 시료는 전혈, 혈청, 혈장, 소변, 간질액, 복막액, 눈물, 타액, 협측 면봉표본, 피부, 및 신장 조직으로 구성된 군으로부터 선택되는 것인, 돌연변이를 검출하는 방법.
KR1020210145466A 2020-02-18 2021-10-28 유두형 신장암의 재발 및 예후 예측용 바이오 마커 및 이의 용도 KR20210134551A (ko)

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