KR20210134551A - 유두형 신장암의 재발 및 예후 예측용 바이오 마커 및 이의 용도 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 유두형신장암의 재발 위험성 또는 재발성 신장암의 예후를 예측하는 마커에 관한 것으로, 특정 유전자들의 돌연변이 유무를 검출함으로써 유두형신장암을 포함하는 신장암의 재발을 미리 예측하여 이를 미연에 방지할 수 있을 뿐만 아니라, 신장암에 대해 치료를 받은 환자의 생존 예후를 예측하여 신장암 재발 환자들의 생존율을 높이는데 유용하게 사용될 수 있다.
Description
본 발명은 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 바이오 마커 및 이의 용도에 관한 것이다.
신장암은 미국에서는 성인암의 약 3%를 차지하여 전 세계적으로 매년 그 발생빈도가 증가하고 있다. 연간 32,000명 정도 신환이 발생하며, 12,000명 정도가 신장암으로 사망하는 것으로 추정되고 있고, 국내에서는 2015년 중앙암등록 자료에 따르면 4,555명의 환자가 새로 등록되어 전체 암 발생의 2.1%를 차지하고 있다.
신장암은 대부분 신장의 실질(신장에서 소변을 만드는 세포들이 모여 있는 부분으로 수질과 피질로 구성됨)에서 발생하는 신장 세포암(신세포암)을 말한다. 신세포암은 투명세포형, 유두형, 혐색소형, 수질형 등으로 구분되고, 이 중에서 유두형 신세포암(papillary renal cell carcinoma)은 투명세포형 신장암에 이어서 두 번째로 흔하며, 전체 신장암의 약 15~20%를 차지한다.
신장암은 발병 후 종양 제거 시술로 인한 생존률은 높으나, 명확한 증상이 없어 초기에 진단이 어렵다. 또한, 국한성 신장암 환자의 20~50%가 수술 후 재발하며, 재발은 1~2년 사이에 주로 발생하나, 15년 이후 재발한 보고도 있어서 수술 후 재발이나 진행 여부에 대한 추적검사가 요구된다.
기존에 알려진 신장암의 재발 또는 예후 예측은 임상적 및 병리학적 특징에 기반을 두고 있는데 이는 환자의 유형마다 다양한 차이가 존재하고, 관찰자 간 변동성에 따라 변수가 생길 수 있으며, 지금까지 알려진 조직학적 기준 또는 다변수 위험 모델 등의 방식은 신장암 진단 및 예후에 대한 충분한 감수성 및 특이성을 보여주지 못한다.
이러한 이유로 신장암의 조기 진단과 예후 예측을 위한 정확한 분자 표지 연구 개발이 필요해졌고, 신장암 환자를 효과적으로 관리할 수 있는 방법으로 유전적 변이를 이해하는 것이 중요해지고 있다.
이러한 배경 하에서 본 발명자는 신장암의 일종인 유두형 신세포암 환자의 재발 위험성 및 생존 예후를 보다 정확하게 판별하는 방법을 개발하기 위하여 연구하던 중, 신장암 재발 환자에서 특이적으로 발생하는 돌연변이 유전자의 존재여부 확인을 통해 신장암 환자의 재발 가능성 및 생존 예후를 보다 정확하게 예측할 수 있음을 확인하고 본 발명을 완성하였다.
신장암 환자에 적합한 치료적 전략을 적용하기 위해서는, 신장암 환자의 예후를 예측하고 및 치료 전략을 결정하는데 정보를 제공해 줄 수 있는 마커의 개발이 필요하다. 본 발명은 신장암 환자의 재발 여부에 기반하여, 재발성 신장암 환자의 치료 전략 결정 및 예후 진단에 도움을 주는 마커를 제공하는 것을 과제로 한다.
상기 과제를 해결하기 위하여, 본 발명의 일 측면은 ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 다른 일 측면은, 상기 유전자의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물을 제공한다.
본 발명의 또 다른 일 측면은, 상기 유전자의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 키트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 일 측면은, 신장암 환자의 재발 또는 재발성 신장암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여, 신장암 환자로부터 얻은 생물학적 시료(biological sample)에서, 상기 유전자의 돌연변이를 검출하는 방법을 제공한다.
본 발명에 따른 유두형신장암의 재발 예측 및 재발성 신장암의 예후 예측 기술은 유두형신장암이 발병하여 치료를 받은 환자에서의 신장암 재발 위험성을 미리 예측하여 신장암 재발 위험성이 높은 환자에 대하여 적절한 치료법의 선발 및 특별한 관리를 통하여 재발 시기를 늦추거나 재발을 방지할 수 있으므로 신장암 환자의 생존율을 높일 수 있다.
도 1은 본 발명의 재발-특이적인 유전자에 대하여, 사건을 재발로 정하였을 때 무병 생존 기간(disease free survival kaplan-meier estimate)을 나타낸 카플란 마이어 생존 곡선 및 로그 순위 검정(log rank test) 결과를 나타낸 그래프이다. 실험군은 선발된 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 적색은 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자들을 나타내고, 청색은 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자를 나타낸다.
도 2는 본 발명의 재발성 신장암의 예후 예측 유전자에 대하여, 사건을 재발로 정하였을 때 무병 생존 기간(disease free survival kaplan-meier estimate)을 나타낸 카플란 마이어 생존 곡선 및 로그 순위 검정(log rank test) 결과를 나타낸 그래프이다. 실험군은 선발된 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 적색은 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자들을 나타내고, 청색은 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자를 나타낸다.
도 3은 본 발명의 재발성 신장암의 예후 예측 유전자에 대하여, 사건을 사망으로 정하였을 때 총 생존 기간(overall survival kaplan-meier estimate)을 나타낸 카플란 마이어 생존 곡선 및 로그 순위 검정(log rank test) 결과를 나타낸 그래프이다. 실험군은 선발된 재발성 신장암의 예후 예측 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발성 신장암의 예후 예측 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 적색은 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자들을 나타내고, 청색은 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자를 나타낸다.
도 2는 본 발명의 재발성 신장암의 예후 예측 유전자에 대하여, 사건을 재발로 정하였을 때 무병 생존 기간(disease free survival kaplan-meier estimate)을 나타낸 카플란 마이어 생존 곡선 및 로그 순위 검정(log rank test) 결과를 나타낸 그래프이다. 실험군은 선발된 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 적색은 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자들을 나타내고, 청색은 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자를 나타낸다.
도 3은 본 발명의 재발성 신장암의 예후 예측 유전자에 대하여, 사건을 사망으로 정하였을 때 총 생존 기간(overall survival kaplan-meier estimate)을 나타낸 카플란 마이어 생존 곡선 및 로그 순위 검정(log rank test) 결과를 나타낸 그래프이다. 실험군은 선발된 재발성 신장암의 예후 예측 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발성 신장암의 예후 예측 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 적색은 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자들을 나타내고, 청색은 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자를 나타낸다.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명의 일 측면에 따르면, 본 발명은
ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물을 제공한다.
본 발명은 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 바이오마커에 관한 것이다.
본 명세서에서 용어 "바이오 마커"는 생물학적 현상의 존재와 정량적 또는 정성적으로 연관된 분자를 의미한다. 마커는 게놈 뉴클레오티드 서열로부터 또는 발현된 뉴클레오티드 서열로부터, 또는 코딩된 폴리펩티드로부터 유래될 수 있다. 이 용어는 마커 서열에 상보적이거나 이에 플랭킹된 핵산 서열, 예컨대 마커 서열을 증폭시킬 수 있는 프로브 또는 프라이머 쌍으로 사용된 핵산을 포함한다.
본 명세서에서 용어 "신장암의 바이오마커"는 신장암 발병 이후 예후가 양호하거나 불량한 환자를 예측해내는 기준이 되는 유전자 또는 이의 돌연변이를 의미한다.
본 발명에서는 신장암 재발 환자에서 특이적으로 나타나는 돌연변이 유전자 중 ACTR1B (NM_005735.4, actin related protein 1B), AK7 (NM_152327.5, adenylate kinase 7), BCORL1 (NM_021946.4, BCL6 corepressor like 1), BRD4 (NM_058243.2, bromodomain containing 4), DPY19L1 (NM_015283.1, dpy-19 like C-mannosyltransferase 1), EFCAB6 (NM_022785.4, EF-hand calcium binding domain 6), FBXO33 (NM_203301.3, F-box protein 33), FBXW9 (NM_032301.3, F-box and WD repeat domain containing 9), FKBP11 (NM_016594.3, FKBP prolyl isomerase 11), GABRQ (NM_018558.4, gamma-aminobutyric acid type A receptor subunit theta), KIF13B (NM_015254.4, kinesin family member 13B), KPRP (NM_001025231.2, keratinocyte proline rich protein), LRRN4 (NM_152611.5, leucine rich repeat neuronal 4), MAOB (NM_000898.5, monoamine oxidase B), MUC17 (NM_001040105.2, mucin 17, cell surface associated), MYH10 (NM_005964.4, myosin heavy chain 10), NEURL4 (NM_032442.3, neuralized E3 ubiquitin protein ligase 4), RAB40B (NM_006822.3, RAB40B, member RAS oncogene family), SLC5A6 (NM_021095.3, solute carrier family 5 member 6), THUMPD2 (NM_025264.5, THUMP domain containing 2), TRPM7 (NM_001301212.2, transient receptor potential cation channel subfamily M member 7) 및 USP36 (NM_025090.3, ubiquitin specific peptidase 36) 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자가 신장암 환자의 재발 가능성 및 생존 예후를 보다 정확하게 예측할 수 있음을 확인하였다.본 발명에서 신장암의 재발 위험성 또는 생존 예후에 관여하는 유전자의 선별 과정은 다음과 같다. 먼저, 실시예의 표 1에 나타낸 바와 같이 TCGA(The Cancer Genome Atlas) 데이터세트로부터 수득한 PRCC 환자들의 재발 여부를 기준으로 63개의 재발 관련 유전자를 1차적으로 선별하고, 이 중에서 p값이 0.05를 초과하여 신장암의 재발과의 관련성이 유의적이지 않은 유전자, 재발이 있는 환자군과 재발이 없는 환자군에서 동등한 비율로 변이가 나타난 유전자를 제외함으로써 58개의 유전자로 구성된 재발-특이적인 돌연변이 유전자를 도출하였다. 또한, 실시예의 표 5에 나타낸 바와 같이 TCGA 세트로부터 수득한 예후 관련 유전자와 위에서 도출한 재발-특이적인 돌연변이 유전자의 교집합을 구하여 22개의 재발성 신장암의 생존 특이적인 돌연변이 유전자를 도출하였다.
본 발명의 마커 유전자들은 p 값이 유의하게 낮아 신장암의 예후 예측에 대한 신뢰도가 높고, 특히, 표 3 및 표 6에 기재된 유전자들은 돌연변이 유무에 따라 환자군을 양성적 예후 그룹 또는 음성적 예후 그룹으로 분류할 수 있으며, 이들 그룹의 생존율을 보인 케플란-마이어 플롯을 보면, 양성적 예후 그룹의 생존율이 음성적 예후 그룹의 생존율에 비해 월등하게 높아 상기 유전자의 돌연변이 유무를 확인으로써 신장암의 재발 및/또는 재발성 신장암 환자의 예후를 정확하게 예측할 수 있다.
본 명세서에서 용어 "신장암의 재발"은 원발 신장암에 대한 수술, 방사선 및/또는 항암 요법을 통해 의사의 소견에 따른 완치 판정 후에 다시 신장암이 발병되는 것을 의미하며, 국소 재발 및 전이성 재발을 모두 포함한다.
본 명세서에서 용어 "재발성 신장암"은 최초 신장암의 발생 후 치료로 인해 완치 판정을 받은 뒤에 암이 생긴 부위에 다시 암이 발생한 경우를 의미한다. 본 발명의 목적상 재발성 신장암은 진행성 신장암 또는 전이성 신장암을 포함하는 용어로 사용될 수 있다.
본 명세서에서, 용어 "예후"는 의학적 귀추(예컨대, 장기 생존 가능성, 무병생존율 등)에 대한 예상을 의미하며, 양성적 예후(긍정적 예후) 또는 음성적 예후(부정적 예후)를 포함하며, 상기 음성적 예후는 재발, 종양 성장, 전이, 약 저항성 등의 병의 진행 또는 치명성(mortality)을 포함하고, 양성적 예후는 질병이 없는 상태 등의 질병의 차도, 종양 퇴행 등의 질병의 개선 또는 안정화(stabilization)를 포함한다.
본 명세서에서 용어 "예측"은 의학적 귀추에 대해 미리 헤아려 짐작하는 것을 의미하며, 본 발명의 목적상 신장암으로 진단받은 환자의 병의 경과(병의 진행, 개선, 신장암의 재발, 종양 성장, 약 저항성)을 미리 짐작하는 것을 의미한다.
본 발명의 예측은 암, 특히 신장암 환자에 대한 가장 적절한 치료 방식을 선택함으로써 치료를 결정하는데 임상적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 예측은 환자가 치료 처치, 예컨대 주어진 치료적 처치, 예를 들어 주어진 치료제 또는 조합물의 투여, 수술적 개입, 화학요법 등에 유리하게 반응할 것인지 또는 치료적 처치 후에 환자의 장기 생존이 가능한 지의 여부를 예측하는데 있어서 유용하다.
본 명세서에서 용어 "돌연변이(mutant)"는 해당 유전자의 뉴클레오티드 및 아미노산 서열이 염기 치환, 결실, 삽입, 증폭 및 재배열된 것을 포함한다. 뉴클레오티드 변이는 참조 서열(예를 들어, 야생형 서열)에 대한 뉴클레오티드 서열의 변화(예를 들어, 1개 이상의 뉴클레오티드의 삽입, 결실, 역위 또는 치환, 예컨대 단일 뉴클레오티드다형성(SNP)를 지칭한다. 이 용어는 또한 달리 나타내지 않는다면, 뉴클레오티드 서열의 보체에서의 상응하는 변화도 포함한다. 뉴클레오티드 변이는 체세포 돌연변이 또는 배선 다형성일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 유전자의 돌연변이는 임의의 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있고, 예를 들면, 절단형(truncating) 돌연변이, 미스센스(missense) 돌연변이(또는 과오 돌연변이), 넌센스(nonsense) 돌연변이, 프레임 시프트(frame shift) 돌연변이, 인프레임(in-frame) 돌연변이(또는 해독틀내 돌연변이), 스플라이스 돌연변이 및 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 돌연변이 일 수 있다. 상기 프레임 시프트 돌연변이는 프레임 시프트 삽입(frame shift insert, FS ins) 돌연변이 및 프레임 시프트 결실 돌연변이(frame shift delete, FS del) 중 적어도 하나일 수 있다. 상기 인-프레임 돌연변이는 인-프레임 삽입(in-frame insertion, IF ins) 돌연변이 및 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이 중 적어도 하나일 수 있다.
폴리펩티드 서열에서의 돌연변이와 관련하여 용어 "X#Y"는 본 기술 분야에서 자명하게 인식되는 것으로, 여기서 "#"은 폴리펩티드의 아미노산 번호와 관련하여 돌연변이 위치를 나타내고, "X"는 야생형 아미노산 서열의 그 위치에서 발견되는 아미노산을 나타내며, "Y"는 그 위치에서의 돌연변이체 아미노산을 나타낸다. 예를 들어, BAZ2B 폴리펩티드와 관련하여 표기 "G1717V"는 야생형 BAZ2B 서열의 아미노산 번호 1717에는 글리신이 존재하고, 글리신이 돌연변이체 BAZ2B 서열에서 발린으로 대체되었음을 나타낸다.
본 발명의 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물에 있어서, 상기 유전자들의 돌연변이는 하기와 같다:
상기 ACTR1B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 1의 아미노산 서열에서, G67R 및 G40W 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, H178Pfs*140인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 AK7을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 2의 아미노산 서열에서, I412F 및 R341Q 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 BCORL1을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 3의 아미노산 서열에서, L1632R인 미스센스 돌연변이거나, L1508Afs*34인 프레임 시프트 삽입 (frame shift insert, FS ins) 돌연변이;
상기 BRD4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 4의 아미노산 서열에서 Q1318*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, E1061K인 미스센스 돌연변이;
상기 DPY19L1을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 5의 아미노산 서열에서, G276R 및 Q535R 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 EFCAB6을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 6의 아미노산 서열에서, E604D인 미스센스 돌연변이거나, V330Cfs*19인 프레임 시프트 삽입 (frame shift insert, FS ins) 돌연변이;
상기 FBXO33을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 7의 아미노산 서열에서, A527V 및 L214P 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 FBXW9을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 8의 아미노산 서열에서, P4H, L199M 및 H369Y 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 FKBP11를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 9의 아미노산 서열에서 Y119*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, E32Q인 미스센스 돌연변이;
상기 GABRQ를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 10의 아미노산 서열에서, R509H인 미스센스 돌연변이거나, S68Kfs*27인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 KIF13B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 11의 아미노산 서열에서, R221*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, M1145L, V1038L 및 Q882H 중 하나인 미스센스 돌연변이거나, E1071del 및 H1070del 중 적어도 하나인 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이거나, H1070Pfs*17 인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 KPRP를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 12의 아미노산 서열에서, R260Q 및 G544D 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 LRRN4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 13의 아미노산 서열에서, N254K 및 Q100R 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 MAOB를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 14의 아미노산 서열에서, X47_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이거나, G213R 및 R228L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 MUC17을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 15의 아미노산 서열에서, I3060S, T1508M, T2279N, S2868C, E704G, T3421I, S30C 및 E1765K 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, S30Rfs*2인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이거나, S30del인 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이;
상기 MYH10을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 16의 아미노산 서열에서, E1353Q, K1216T 및 F463L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, D324Ifs*12인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 NEURL4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 17의 아미노산 서열에서, A1485V 및 Y939F 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 RAB40B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 18의 아미노산 서열에서, G37R 및 D95V 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 SLC5A6를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 19의 아미노산 서열에서, A317V 및 Y295C 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 THUMPD2를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 20의 아미노산 서열에서, I312Nfs*7인 프레임 시프트 삽입(frame shift insert, FS ins) 돌연변이거나, X396_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이거나, R396Sfs*13인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 TRPM7을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 21의 아미노산 서열에서, G645C, M1723V 및 P619S 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, X1_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이;
상기 USP36를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 22의 아미노산 서열에서, V728I 및 S559L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이.
본 명세서에서 용어 "암"은, "종양" 또는 "악성"과 혼용되며, 일반적으로 비조절된 세포 성장의 특징을 갖는 포유동물의 생리학적 상태를 나타내거나 설명한다.
본 발명에서, 상기 암은 진행성(progression), 재발성(Recurrence) 및 전이성(metastasis)으로 이루어진 군으로부터 선택되며, 구체적으로 재발성 암 및/또는 진행성 암을 의미한다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 신장암은 유두형 신세포암이다.
본 발명의 다른 일 측면에 따르면, 본 발명은
ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물을 제공한다.
본 명세서에서 특별한 언급이 없는 한, 본 명세서에서 사용되는 표현 "돌연변이(Mutant)의 검출"은 해당 시료 내에서 검출하고자 하는 타겟으로서 돌연변이를 검출하는 것을 의미한다. 본 발명에서는, 그 검출하고자 하는 타겟은 시료 내 해당 유전자의 돌연변이의 DNA(또는 mRNA) 및/또는 단백질이다.
즉, 유전자 돌연변이의 산물인 DNA 또는 유전자 산물인 단백질을 검출함으로써 상기 돌연변이 유전자의 존재(또는 발현) 여부를 확인할 수 있다.
상기 검출은 통상적으로는 시료에서 DNA 또는 단백질을 추출하여, 추출물 중의 DNA 또는 단백질의 특정 부분을 검출함으로써 실시할 수 있다. 이러한 DNA 또는 단백질의 검출은 면역분석학적 방법, 하이브리드화 반응 및 증폭반응에 의해 측정될 수 있으나, 이에 제한되지 않고 당업계에 공지된 다양한 기술을 이용하여 용이하게 실시될 수 있다.
상기 돌연변이를 검출하는 시약(또는 제제)은 상기 돌연변이 부위에 특이적으로 결합하는 프라이머, 프로브, 앱타머, 또는 항체를 포함한다.
본 명세서에서 용어, "프라이머"는 짧은 자유 3'-말단 OH기를 가지는 핵산 서열로 상보적인 주형(template)과 염기쌍을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 본 발명의 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예: 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그날 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예:아크리딘, 프소랄렌 등), 킬레이트화제(예: 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등), 및 알킬화제를 함유할 수 있다. 본 발명의 핵산 서열은 또한 검출 가능한 시그날을 직접적으로 또는 간접적으로 제공할 수 있는 표지를 이용하여 변형시킬 수 있다. 표지의 예로는 방사성 동위원소, 형광성 분자, 바이오틴 등이 있다.
본 명세서에서 용어, "프로브"는 특이적으로 의도된 표적 바이오분자, 예컨대 핵산 전사체 또는 바이오마커에 의해 또는 해당 단백질에 선택적으로 결합할 수 있는 임의의 분자를 의미하는 것으로, 당업자가 합성하거나 또는 적절한 생물학적 조제물로부터 유래될 수 있다. 프로브는 표지되도록 특이적으로 설계될 수 있다. 프로브로서 활용될 수 있는 분자의 예로는, RNA, DNA, 단백질, 항체 및 유기 분자가 있으나, 이로 한정되는 것은 아니다.
본 명세서에서 용어, "앱타머"는 그 자체로 안정된 삼차구조를 가지면서 표적분자에 높은 친화성과 특이성으로 결합할 수 있는 특징을 가진 단일가닥 핵산(DNA, RNA 또는 변형핵산)을 의미한다. 앱타머는 공지된 화학적 방법으로 합성할 수 있으며, 예를 들어 SELEX(Systematic Evolution of Ligands of Exponential enrichment)라는 방법으로 원하는 다양한 목적 물질 (단백질, 당, 염색물질, DNA, 금속이온, 세포 등)에 대한 앱타머를 개발할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에 따르면, 상기 검출 시약(또는 제제)은 상기 돌연변이 유전자에 특이적인 프라이머 일 수 있다. 즉, 핵산의 검출은 유전자를 암호화하는 핵산 분자 또는 상기 핵산 분자의 상보물에 하이브리드화되는 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용하는 증폭반응에 의해 수행될 수 있다. 예컨대, 프라이머를 이용한 핵산의 검출은 PCR과 같은 증폭 방법을 사용하여 유전자 서열을 증폭한 다음 당 분야에 공지된 방법으로 유전자 증폭 여부를 확인함으로써 수행될 수 있다.
본 발명의 조성물은 상술한 바이오 마커로서 돌연변이를 포함하므로, 중복된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.
본 발명의 또 다른 일 측면에 따르면, 본 발명은
상기 설명한 조성물을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암 예후 예측용 키트를 제공한다.
본 명세서에서 용어, "키트"는 증폭 또는 분석을 수행하기 위한 시약의 집합체를 의미한다.
상기 키트에는 상기 유전자의 돌연변이를 검출할 수 있는 시약(또는 제제)뿐만 아니라, 상기 유전자의 돌연변이를 검출하는데 필요한 실험과정 및 결과 확인에 사용되는 당 분야에서 일반적으로 사용되는 도구, 시약, 설명서 등이 포함될 수 있다.
상기 도구 또는 시약의 일 예로, 적합한 담체, 검출 가능한 신호를 생성할 수 있는 표지 물질, 발색단(chromophores), 용해제, 세정제, 완충제, 안정화제 등이 포함되나 이에 제한되지 않는다. 표지물질이 효소인 경우에는 효소 활성을 측정할 수 있는 기질 및 반응 정지제를 포함할 수 있다. 담체는 가용성 담체, 불용성 담체가 있고, 가용성 담체의 일 예로 당 분야에서 공지된 생리학적으로 허용되는 완충액, 예를 들어 PBS가 있고, 불용성 담체의 일 예로 폴리스틸렌, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 폴리에스테르, 폴리아크릴로니트릴, 불소 수지, 가교 덱스트란, 폴리사카라이드, 라텍스에 금속을 도금한 자성 미립자와 같은 고분자, 기타 종이, 유리, 금속, 아가로오스 및 이들의 조합일 수 있다.
본 발명의 키트는 상술한 바이오 마커로서 돌연변이를 구성으로 포함하므로, 중복되는 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.
본 발명의 또 다른 일 측면에 따르면, 본 발명은
신장암 환자의 재발 위험성 또는 재발성 신장암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여, 신장암 환자로부터 얻은 생물학적 시료(biological sample)에서, ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 검출하는 방법을 제공한다.
본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 상기 돌연변이의 존재(또는 발현)가 확인(또는 검출)된 경우, 상기 신장암 환자는 신장암의 재발가능성이 높고, 생존 예후가 낮은 것으로 예측된다.
본 발명의 예측은, 원발성 또는 재발성 신장암 환자로부터 생물학적 시료를 획득하고, 상기 시료 내에서 상술한 유전자의 돌연변이로 구성된 군으로부터 선택되는 1개 또는 복수개의 유전자 돌연변이의 존재(또는 발현)을 검출한 후, 해당 존재(또는 발현)가 확인되면, 신장암의 재발 위험성이 높거나, 생존 예후가 낮은 것으로 판정하는 것을 포함하여 이루어질 수 있다.
상기 돌연변이의 검출은 당업계에 널리 공지되어 있는 기술을 이용하여 표적 분자 클로닝 및 서열 분석에 의해 수행될 수 있다. 예컨대, DNA 서열분석; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정 및 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정 (예를 들어, 대립유전자-특이적 PCR, 대립유전자-특이적 라이게이션 연쇄 반응 (LCR) 및 갭-LCR)을 비롯한 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드라이게이션검정); 절단제로부터의 보호를 이용하여 핵산 이중나선 내의 미스매치된 염기를 검출하는 절단 보호 검정; MutS 단백질 결합 분석; 변이체 및 야생형 핵산 분자의 이동성을 비교하는 전기영동 분석; 변성-구배 겔 전기영동; 미스매치된 염기 쌍에서의 RNase 절단의 분석; 헤테로 이중나선 DNA의 화학적 또는 효소적 절단의 분석; 질량 분광측정법 (예를 들어, MALDITOF); 유전적 비트 분석 (흄); 5' 뉴클레아제 검정 (예를 들어, 택맨(TaqMan); 및 분자 비콘을 사용하는 검정을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
상기 생물학적 시료는 전혈, 혈청, 혈장, 소변, 분변, 간질액, 복막액, 눈물, 타액(saliva), 협측 면봉표본, 피부 및 신장 조직으로 구성된 군으로부터 선택된 어느 하나이며, 특별히 이에 제한되지 않고, 본 발명의 기술분야에서 통상적으로 사용되는 방법으로 처리하여 준비될 수 있다.
본 발명의 방법은 상술한 바이오 마커인 돌연변이를 이용하여 신장암의 재발 및/또는 재발성 신장암의 예후를 예측하므로, 중복된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.
상술한 바와 같이, 유두형 신장암은 국한성 신장암 환자의 재발률이 높으며 재발 시기가 1~2년으로 빠르다. 그러나 현재까지도 유두형 신장암의 조기 진단과 예후 예측을 위한 효과적인 분자 표지자가 없어 다각적인 종양생물학적 규명이 필요한 상태이다.
이에, 본 발명에서는 유두형 신장암에서 재발을 비롯한 불량한 예후에 관여하는 유전자, 즉, ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 예후 예측용 마커 조성물을 제공함으로써 상술한 문제를 해결하고자 하였다.
신장암은 일단 진단이 되면 다른 장기에 전이된 형태로 나타나는 경우가 많기 때문에 예후를 예측하는 것이 매우 중요한데, 이에 따라 향후에 적용 가능한 치료방법 등이 달라진다는 점에서 본 발명에서 신장암 재발 진단 또는 예후 예측용 인자로 발굴한 마커들은 예후가 좋은 환자군과 좋지 않은 환자군으로 구별할 수 있으므로 신장암 환자의 치료에 중요한 기준이 될 수 있다. 또한, 이를 이용하여 신장암의 치료법을 개발하는데에도 유용하게 활용될 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예 및 실험예에 의해 상세히 설명한다.
단, 하기 실시예 및 실험예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예 및 실험예에 의해 한정되는 것은 아니다.
대상 환자군 및 신장암 재발과 관련된 후보 유전자의 선정
신장암의 재발 여부, 또는 재발성 신장암 환자의 예후를 예측할 수 있는 마커를 발굴하기 위하여, TCGA(The Cancer Genome Atlas)에 유전 정보와 임상 정보가 등록된 유두형신장암(Papillary Renal cell carcinoma, PRCC) 환자들 291명의 성별, 사망, 재발, 전이 등에 대한 데이터를 수집하여 분석에 사용하였다.
Result Subject | 합계 | ||
환자수 | 백분율 | ||
성별 | 남성 | 214/291 | 73.50% |
여성 | 77/291 | 26.50% | |
생존여부 | 생존 | 247/291 | 84.90% |
사망 | 44/291 | 15.10% | |
재발여부 | 무병 | 218/271 | 80.40% |
재발/진행 | 53/271 | 19.60% | |
전이 | 없음 | 199/209 | 95.20% |
있음 | 10/209 | 4.80% |
재발성 신장암 환자에서 특이적으로 나타나는 바이오 마커를 선별하기 위하여, 유두형신장암 환자 291명 중에서 치료 후 재발 유무를 확인할 수 있는 271명의 환자들을 대상으로 분석을 진행하였고, 의학 기록이 완전하게 남아있지 않는 등의 이유로 재발 유무를 알 수 없는 20명의 환자는 분석에서 제외하였다.
구체적으로, 재발 유무를 확인할 수 있는 271명의 환자를 재발이 없는 군(R0, 218명)과 재발 또는 진행된 군(R1, 53명)으로 분류하고, 재발이 없는 환자와 재발 또는 진행된 환자의 데이터를 3가지 Feature Selection (information Gin, Chi-Square, MRMR)으로 비교 분석하여, 재발과 연관된 유전자 변이들을 검출하였다.
그 결과, 재발성 신장암 환자에서 돌연변이가 관찰된 후보 유전자 63개를 1차적으로 선별하였고, 선별된 유전자를 아래 [표 2]에 나타내었다. 선별된 유전자들은 치료 후에 신장암이 재발한 환자들에서 돌연변이가 발생했던 유전자들이므로, 신장암의 재발과 관련이 있는 것으로 규정하였다.
돌연
변이 개수 |
돌연변이
(%) |
사이토밴드 | 돌연변이유형 |
재발여부
|
피셔
검정 (p값) |
|||||
Truncating | Missense | Inframe | R0 | R1 | R1 (%) | |||||
ABCA6 | 2 | 0.70% | 17q24.2-q24.3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
ACTR1B | 2 | 1.10% | 2q11.2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
AK7 | 2 | 0.70% | 14q32.2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
ALPK2 | 3 | 1.10% | 18q21.31-q21.32 | 0 | 3 | 0 | 0 | 3 | 100 | 0.006 |
BCORL1 | 2 | 0.70% | Xq26.1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.06 |
BRD4 | 2 | 0.70% | 19p13.12 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
C4orf3 | 1 | 0.40% | 4q26 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 100 | 0.187 |
CDK8 | 2 | 0.70% | 13q12.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
DDX17 | 2 | 0.70% | 22q13.1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
DEPDC1B | 2 | 0.70% | 5q12.1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
DPY19L1 | 2 | 0.70% | 7p14.2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
EFCAB6 | 2 | 0.70% | 22q13.2-q13.31 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
ENTPD4 | 2 | 0.70% | 8p21.3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
FAM71B | 4 | 1.40% | 5q33.3 | 0 | 4 | 0 | 1 | 3 | 75 | 0.022 |
FBXO33 | 2 | 0.70% | 14q21.1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
FBXO38 | 2 | 0.70% | 5q32 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
FBXW9 | 3 | 1.10% | 19p13.13 | 0 | 3 | 0 | 0 | 3 | 100 | 0.006 |
FRAS1 | 2 | 0.70% | 4q21.21 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
FKBP11 | 2 | 0.70% | 12q13.12 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
FUBP1 | 2 | 1.10% | 1p31.1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
GABRQ | 2 | 0.70% | Xq28 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
GART | 2 | 0.70% | 21q22.11 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
GFRA2 | 2 | 0.70% | 8p21.3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
GJB3 | 2 | 0.70% | 1p34.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
GNAI2 | 2 | 0.70% | 3p21.31 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
GPKOW | 2 | 0.70% | Xp11.23 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
GPR116 | 2 | 0.70% | 6p12.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
GPRASP1 | 2 | 0.70% | Xq22.1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
HERC1 | 10 | 3.20% | 15q22.31 | 3 | 7 | 0 | 3 | 5 | 62.5 | 0.007 |
HIF1A | 2 | 0.70% | 14q23.2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
JAK1 | 2 | 0.70% | 1p31.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
KIF13B | 4 | 1.80% | 8p12 | 2 | 2 | 0 | 1 | 3 | 75 | 0.022 |
KIF26A | 2 | 0.70% | 14q32.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
KPRP | 2 | 0.70% | 1q21.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
LRRN4 | 2 | 0.70% | 20p12.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
MAOB | 2 | 1.10% | Xp11.3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
MLL2 | 13 | 5.00% | 12q13.12 | 4 | 9 | 0 | 7 | 7 | 50 | 0.004 |
MUC17 | 6 | 3.20% | 7q22.1 | 0 | 6 | 0 | 2 | 4 | 66.6 | 0.012 |
MYH10 | 4 | 1.40% | 17p13.1 | 1 | 3 | 0 | 1 | 3 | 75 | 0.022 |
NAA10 | 2 | 0.70% | Xq28 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
NEURL4 | 2 | 0.70% | 17p13.1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
NLRP7 | 2 | 1.10% | 19q13.42 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
NR2F1 | 2 | 0.70% | 5q15 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
NR3C1 | 2 | 0.70% | 5q31.3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
NUP133 | 2 | 0.70% | 1q42.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
PLEKHA4 | 1 | 0.40% | 19q13.33 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 100 | 0.187 |
PTPRG | 2 | 0.70% | 3p14.2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
RAB40B | 2 | 0.70% | 17q25.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
RALBP1 | 2 | 0.70% | 18p11.22 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
RGL1 | 2 | 0.70% | 1q25.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
RNF157 | 2 | 0.70% | 17q25.1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
RPS6KC1 | 2 | 0.70% | 1q32.3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
SLC5A6 | 2 | 0.70% | 2p23.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
SPHK1 | 1 | 0.40% | 17q25.1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 100 | 0.187 |
SPIN1 | 2 | 0.70% | 9q22.1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
THUMPD2 | 2 | 0.70% | 2p22.1; 2p22-p21 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
TIGD6 | 2 | 0.70% | 5q32 | 1 | 0 | 1 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
TNRC18 | 4 | 1.80% | 7p22.1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 3 | 75 | 0.022 |
TRAPPC9 | 3 | 1.10% | 8q24.3 | 1 | 2 | 0 | 1 | 2 | 67 | 0.91 |
TRPM7 | 2 | 1.10% | 15q21.2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
TTR | 2 | 0.70% | 18q12.1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
USP36 | 2 | 0.70% | 17q25.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
ZYG11B | 2 | 0.70% | 1p32.3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 100 | 0.034 |
신장암 재발에 특이적인 돌연변이 마커의 선발
실시예 1에서 선별된 신장암 재발과 관련이 있는 후보 유전자 63개 중에서 피셔의 정확 검정(Fisher's exact test)을 통해 P값(P-value)이 0.05 미만인 돌연변이 유전자들은 다른 군에 비해서 특정 군과 상호 관련성이 있는 것이므로 재발에 특이적인 유전자로 정하였다.
구체적으로, 재발 또는 진행된 군(R1)에서만 돌연변이가 있는 유전자들은 대부분 P값이 0.05 미만으로 나타나 재발에 특이적인 유전자로 확인되었다. 재발이 없는 군(R0)과 재발 또는 진행된 군(R1) 모두에서 돌연변이가 있는 유전자의 경우, 다른 군과 비교하였을 때 P값이 0.05 미만으로 나타나는 유전자들(FAM71B, HERC1, KIF13B, KIF13B, MLL2, MUC17, MYH10, TNRC18)이 확인되었고, 이 유전자들은 재발이 없는 군(R0) 보다 재발 또는 진행된 군(R1)에서 높은 비율로 돌연변이가 나타나 재발이 없는 군(R0)에 비해서 재발 또는 진행된 군(R1)과 상호 관련성이 더 높은 것이므로 재발에 특이적인 유전자로 정하였다. 한편, MLL2 유전자는 P값이 0.05 미만으로 나타났지만, 재발이 없는 군과 재발이 진행된 군에서 동일한 비율로 나타나, 이를 재발에 특이적인 유전자에서는 제외하였다.
그 결과, 최종 선발된 신장암 재발에 특이적인 돌연변이 마커 58개를 아래 [표 3]에 나타내었다.
최종 선발된 유두형신장암 환자에서 재발-특이적 돌연변이 유전자 (58개) | |||||||||
ABCA6 | ACTR1B | AK7 | ALPK2 | BCORL1 | BRD4 | CDK8 | DDX17 | DEPDC1B | DPY19L1 |
EFCAB6 | ENTPD4 | FAM71B | FBXO33 | FBXO38 | FBXW9 | FRAS1 | FKBP11 | FUBP1 | GABRQ |
GART | GFRA2 | GJB3 | GNAI2 | GPKOW | GPR116 | GPRASP1 | HERC1 | HIF1A | JAK1 |
KIF13B | KIF26A | KPRP | LRRN4 | MAOB | MUC17 | MYH10 | NAA10 | NEURL4 | NLRP7 |
NR2F1 | NR3C1 | NUP133 | PTPRG | RAB40B | RALBP1 | RGL1 | RNF157 | RPS6KC1 | SLC5A6 |
SPIN1 | THUMPD2 | TIGD6 | TNRC18 | TRPM7 | TTR | USP36 | ZYG11B |
재발-특이적 돌연변이 유전자의 재발 진단 마커로서의 활용 가능성 확인
실시예 2에서 선발된 재발 특이적인 유전자들을 재발 진단 마커로 활용할 수 있는지 확인하기 위하여, 유두형신장암 환자의 임상 데이터에 적용하여 환자의 재발과 관련된 예후를 카플란 마이어 생존 (Kaplan-Meier survival) 분석법을 통하여 살펴보았다.
구체적으로, 상기 유전자들 각각에서의 돌연변이 발생이 재발성 신장암 환자의 신장암의 재발과 상호 관련성이 있는지 여부를 확인하기 위하여, 사건을 재발로 정하고, 무병 생존 기간(disease free survival kaplan-meier estimate)을 구하고, 카플란 마이어 생존 분석법에서 얻어진 각 군의 사건 시간(event time)을 토대로 돌연변이 발생과 무병 생존 기간의 연관성을 로그순위 검정(log rank test)에 의해 확인하였다. 0.05 미만의 P-value를 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다. 실험군은 선발된 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutaion positive)로 하였고, 대조군으로는 재발 특이적인 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 무병 생존 기간 중앙값(median months desease free)은 해당 군의 환자들의 생존 기간을 나열하였을 때 중앙에 위치하는 값을 의미한다.
그 결과, 본 발명의 재발-특이적 유전자들에 돌연변이가 발생한 환자들 중 75%가 평균 20개월 내에 신장암이 재발하였고, 돌연변이가 발생되지 않은 환자의 98.1%가 재발하지 않은 것을 확인하였다(표 4 및 도 1).
돌연변이 |
환자수
(명) |
재발환자수
(명) |
무병생존기간중앙값
(개월) |
재발률
(%) |
양성 | 60 | 45 | 19.71 | 75 |
음성 | 202 | 4 | NA | 1.9 |
총합 | 262 | 49 | 19.71 | Δ73.1 |
재발성 신장암의 생존 특이적 돌연변이 마커의 선발
재발성 신장암의 생존 예후를 예측할 수 있는 특이적인 마커를 선발하기 위하여, 실시예 2 내지 3에서 선발 및 검증된 신장암의 재발 위험성 예측 후보 유전자 58개 중에서 재발 특이적인 동시에 생존 특이적인 돌연변이 유전자가 있는지 확인하였다.
구체적으로, 실시예 1에서 확보된 291명의 대상 환자 중에서 생존 환자(247명)와 사망 환자(44명)로 분류하고, 실시예 1에서 확보한 임상 정보(사건(사망 또는 재발) 여부, 관측 시간)를 토대로 카플란 마이어 생존 분석법(Spss 21)으로 생존 기간(overall survival kaplan-meier estimate) 및 무병 생존 기간(disease free survival kaplan-meier estimate)을 구하였다. 총 생존 기간에서는 사망을 사건으로 정하고, 무병 생존 기간에서는 신장암의 재발을 사건으로 정하였다. 상기 유전자들 각각에서의 돌연변이 발생이 재발성 신장암 환자의 신장암에 의한 사망, 또는 신장암의 재발과 상호 관련성이 있는지 여부를 확인하기 위하여, 카플란 마이어 생존 분석법에서 얻어진 각 군의 사건 시간(event time)을 토대로 돌연변이 발생과 총 생존 기간의 연관성, 및 돌연변이 발생과 무병 생존 기간의 연관성을 로그순위 검정(log rank test)에 의해 확인하였다. 0.05 미만의 P-value를 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다. 실험군은 본 발명의 후보 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(mutation positive)로 하였고, 대조군으로는 본 발명의 후보 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(mutation negative)로 하였다. 생존 기간 중앙값(median months survival)은 해당 군의 환자들의 생존 기간을 나열하였을 때 중앙에 위치하는 값을 의미한다. 무병 생존 기간 중앙값(median months disease free)은 해당 군의 환자들의 생존 기간을 나열하였을 때 중앙에 위치하는 값을 의미한다. 카플란 마이어 생존 분석법에 의한 생존 곡선에서의 경사도는 생존 기간에 의해 결정된다.
후보 유전자들 각각에서의 돌연변이 발생이 재발성 신장암 환자의 생존율과 연관성이 있는지 여부(귀무가설)를 확인하기 위하여, 실시예 1에서 확보된 291명의 신장암 환자의 예후를 분석하고, 그 결과를 아래 [표 5]에 나타내었다.
번호 |
유전자
이름 |
총
생존율 |
무병
생존율 |
번호 |
유전자
이름 |
총
생존율 |
무병
생존율 |
1 | ABCA6 | 0.55 | 0.126 | 30 | JAK1 | 0.171 | 0.00488 |
2 | ACTR1B | 0.000318 | 0.00343 | 31 | KIF13B | 4.44E-05 | 1.72E-06 |
3 | AK7 | 0.0186 | 0.0138 | 32 | KIF26A | 0.637 | 6.57E-04 |
4 | ALPK2 | 0.602 | 0.0342 | 33 | KPRP | 3.08E-08 | 8.81E-10 |
5 | BCORL1 | 0.00863 | 2.65E-06 | 34 | LRRN4 | 0.0217 | 1.57E-05 |
6 | BRD4 | 0.00111 | 0.0156 | 35 | MAOB | 0.022 | 0.048 |
7 | CDK8 | 0.113 | 0.000113 | 36 | MUC17 | 1.44E-06 | 1.67E-04 |
8 | DDX17 | 0.66 | 0.00129 | 37 | MYH10 | 6.07E-05 | 2.43E-06 |
9 | DEPDC1B | 0.307 | 0.0352 | 38 | NAA10 | 0.306 | 1.32E-05 |
10 | DPY19L1 | 0.0189 | 0.0195 | 39 | NEURL4 | 0.0268 | 3.27E-05 |
11 | EFCAB6 | 0.0115 | 9.57E-09 | 40 | NLRP7 | 0.351 | 8.20E-05 |
12 | ENTPD4 | 0.489 | 0.205 | 41 | NR2F1 | 0.478 | 0.0574 |
13 | FAM71B | 0.352 | 0.0723 | 42 | NR3C1 | 0.491 | 0.068 |
14 | FBXO33 | 0.0309 | 0.00131 | 43 | NUP133 | 0.621 | 1.67E-06 |
15 | FBXO38 | 0.348 | 2.75E-06 | 44 | PTPRG | 0.535 | 0.0412 |
16 | FBXW9 | 6.35E-08 | 0.0000333 | 45 | RAB40B | 1.48E-04 | 0.0127 |
17 | FRAS1 | 0.511 | 0.0272 | 46 | RALBP1 | 0.736 | 8.53E-06 |
18 | FKBP11 | 0.0288 | 3.32E-14 | 47 | RGL1 | 0.454 | 0.597 |
19 | FUBP1 | 0.0566 | 0.0185 | 48 | RNF157 | 0.46 | 0.0157 |
20 | GABRQ | 0.0132 | 2.57E-07 | 49 | RPS6KC1 | 0.313 | 0.00139 |
21 | GART | 0.0795 | 0.0267 | 50 | SLC5A6 | 2.55E-07 | 3.52E-05 |
22 | GFRA2 | 0.489 | 0.205 | 51 | SPIN1 | 0.376 | 0.00954 |
23 | GJB3 | 0.114 | 0.00125 | 52 | THUMPD2 | 1.96E-05 | 2.45E-14 |
24 | GNAI2 | 0.624 | 2.81E-06 | 53 | TIGD6 | 0.491 | 0.0536 |
25 | GPKOW | 0.274 | 2.34E-04 | 54 | TNRC18 | 0.577 | 0.00223 |
26 | GPR116 | 0.625 | 5.55E-05 | 55 | TRPM7 | 0.0378 | 2.93E-11 |
27 | GPRASP1 | 0.0942 | 0.0515 | 56 | TTR | 0.606 | 5.49E-07 |
28 | HERC1 | 0.625 | 0.00661 | 57 | USP36 | 0.0025 | 2.43E-06 |
29 | HIF1A | 0.0588 | 2.57E-10 | 58 | ZYG11B | 0.702 | 0.0014 |
이들 중에서, 무병 생존 기간 및 총 생존율과 연관성이 높은 유전자 22개를 재발성 신장암에서의 예후 예측 유전자로 최종 선발하였다. 선발된 유전자들과 그 돌연변이 정보를 아래 [표 6]에 나타내었다.
Gene | AA change | Type | Copy # | COSMIC | Chr | Start Pos | End Pos | HGVSc |
ACTR1B | H178Pfs*140 | FS del | diploid | chr2 | 98275011 | 98275014 | ENST00000289228.5:c.533_536delACTC | |
G67R | Missense | diploid | 1 | chr2 | 98275931 | 98275931 | ENST00000289228.5:c.199G>A | |
G40W | Missense | gain | chr2 | 98277105 | 98277105 | ENST00000289228.5:c.118G>T | ||
AK7 | I412F | Missense | diploid | 1 | chr14 | 96924426 | 96924426 | ENST00000267584.4:c.1234A>T |
R341Q | Missense | diploid | 1 | chr14 | 96917831 | 96917831 | ENST00000267584.4:c.1022G>A | |
BCORL1 | L1508Afs*34 | FS ins | gain | chrX | 129173153 | 129173154 | ENST00000218147.7:c.4517_4520dupGGCT | |
L1632R | Missense | diploid | chrX | 129189870 | 129189870 | ENST00000218147.7:c.4895T>G | ||
BRD4 | Q1318* | Nonsense | diploid | chr19 | 15349622 | 15349622 | ENST00000263377.2:c.3952C>T | |
E1061K | Missense | shallowdel | chr19 | 15350822 | 15350822 | ENST00000263377.2:c.3181G>A | ||
DPY19L1 | G276R | Missense | diploid | chr7 | 35006553 | 35006553 | ENST00000310974.4:c.826G>A | |
Q535R | Missense | diploid | chr7 | 34979806 | 34979806 | ENST00000310974.4:c.1604A>G | ||
EFCAB6 | E604D | Missense | diploid | chr22 | 44064754 | 44064754 | ENST00000262726.7:c.1812G>C | |
V330Cfs*19 | FS ins | diploid | chr22 | 44107398 | 44107399 | ENST00000262726.7:c.987dupT | ||
FBXO33 | A527V | Missense | diploid | 1 | chr14 | 39868808 | 39868808 | ENST00000298097.7:c.1580C>T |
L214P | Missense | diploid | chr14 | 39871674 | 39871674 | ENST00000298097.7:c.641T>C | ||
FBXW9 | P4H | Missense | diploid | chr19 | 12807385 | 12807385 | ENST00000393261.3:c.11C>A | |
L199M | Missense | diploid | chr19 | 12805491 | 12805491 | ENST00000393261.3:c.595T>A | ||
H369Y | Missense | diploid | chr19 | 12800616 | 12800616 | ENST00000393261.3:c.1105C>T | ||
FKBP11 | Y119* | Nonsense | diploid | chr12 | 49317595 | 49317596 | ENST00000550765.1:c.357_358delTG | |
E32Q | Missense | diploid | 1 | chr12 | 49319118 | 49319118 | ENST00000550765.1:c.94G>C | |
GABRQ | R509H | Missense | gain | 1 | chrX | 151821371 | 151821371 | ENST00000370306.2:c.1526G>A |
S68Kfs*27 | FS del | shallowdel | chrX | 151808889 | 151808890 | ENST00000370306.2:c.201_202delGT | ||
KIF13B | R221* | Nonsense | diploid | 1 | chr8 | 29037680 | 29037680 | ENST00000524189.1:c.661C>T |
M1145L | Missense | diploid | chr8 | 28980929 | 28980929 | ENST00000524189.1:c.3433A>C | ||
V1038L | Missense | diploid | chr8 | 28984749 | 28984749 | ENST00000524189.1:c.3112G>C | ||
Q882H | Missense | diploid | 1 | chr8 | 28991695 | 28991695 | ENST00000524189.1:c.2646G>C | |
E1071del | IF del | diploid | chr8 | 28984648 | 28984650 | ENST00000524189.1:c.3211_3213delGAG | ||
H1070del | IF del | diploid | chr8 | 28984652 | 28984654 | ENST00000524189.1:c.3207_3209delACA | ||
H1070Pfs*17 | FS del | diploid | chr8 | 28984648 | 28984654 | ENST00000524189.1:c.3209_3215delATGAGAC | ||
KPRP | R260Q | Missense | diploid | chr1 | 152732843 | 152732843 | ENST00000606109.1:c.779G>A | |
G544D | Missense | diploid | 1 | chr1 | 152733695 | 152733695 | ENST00000606109.1:c.1631G>A | |
LRRN4 | N254K | Missense | diploid | chr20 | 6031523 | 6031523 | ENST00000378858.4:c.762C>A | |
Q100R | Missense | gain | chr20 | 6033147 | 6033147 | ENST00000378858.4:c.299A>G | ||
MAOB | X47_splice | Splice_Site | diploid | chrX | 43702915 | 43702915 | ENST00000378069.4:c.141+1G>C | |
G213R | Missense | shallowdel | 1 | chrX | 43655117 | 43655117 | ENST00000378069.4:c.637G>A | |
R228L | Missense | gain | chrX | 43655071 | 43655071 | ENST00000378069.4:c.683G>T | ||
MUC17 | I3060S | Missense | gain | 1 | chr7 | 100683876 | 100683876 | ENST00000306151.4:c.9179T>G |
T1508M | Missense | diploid | chr7 | 100679220 | 100679220 | ENST00000306151.4:c.4523C>T | ||
T2279N | Missense | gain | chr7 | 100681533 | 100681533 | ENST00000306151.4:c.6836C>A | ||
S2868C | Missense | gain | chr7 | 100683299 | 100683299 | ENST00000306151.4:c.8602A>T | ||
E704G | Missense | gain | 1 | chr7 | 100676808 | 100676808 | ENST00000306151.4:c.2111A>G | |
T3421I | Missense | diploid | chr7 | 100684959 | 100684959 | ENST00000306151.4:c.10262C>T | ||
S30C | Missense | gain | chr7 | 100674406 | 100674406 | ENST00000306151.4:c.88A>T | ||
S30Rfs*2 | FS del | gain | chr7 | 100674408 | 100674408 | ENST00000306151.4:c.90delT | ||
S30del | IF del | gain | chr7 | 100674406 | 100674408 | ENST00000306151.4:c.88_90delAGT | ||
E1765K | Missense | 1 | chr7 | 100679990 | 100679990 | ENST00000306151.4:c.5293G>A | ||
MYH10 | E1353Q | Missense | gain | 5 | chr17 | 8397110 | 8397110 | ENST00000269243.4:c.4057G>C |
K1216T | Missense | diploid | chr17 | 8404148 | 8404148 | ENST00000269243.4:c.3647A>C | ||
D324Ifs*12 | FS del | diploid | chr17 | 8452026 | 8452026 | ENST00000269243.4:c.969delA | ||
F463L | Missense | diploid | chr17 | 8448780 | 8448780 | ENST00000269243.4:c.1387T>C | ||
NEURL4 | A1485V | Missense | diploid | 1 | chr17 | 7220554 | 7220554 | ENST00000399464.2:c.4454C>T |
Y939F | Missense | diploid | chr17 | 7225239 | 7225239 | ENST00000399464.2:c.2816A>T | ||
RAB40B | G37R | Missense | gain | chr17 | 80656364 | 80656364 | ENST00000571995.1:c.109G>C | |
D95V | Missense | diploid | chr17 | 80617514 | 80617514 | ENST00000571995.1:c.284A>T | ||
SLC5A6 | A317V | Missense | diploid | 2 | chr2 | 27427384 | 27427384 | ENST00000310574.3:c.950C>T |
Y295C | Missense | diploid | 1 | chr2 | 27427450 | 27427450 | ENST00000310574.3:c.884A>G | |
THUMPD2 | I312Nfs*7 | FS ins | diploid | chr2 | 39983057 | 39983058 | ENST00000505747.1:c.934dupA | |
X396_splice | Splice_Site | gain | chr2 | 39964200 | 39964200 | ENST00000505747.1:c.1188-1G>C | ||
R396Sfs*13 | FS del | gain | chr2 | 39964198 | 39964199 | ENST00000505747.1:c.1188_1189delAG | ||
TRPM7 | G645C | Missense | diploid | 1 | chr15 | 50904864 | 50904864 | ENST00000313478.7:c.1933G>T |
M1723V | Missense | diploid | 3 | chr15 | 50866612 | 50866612 | ENST00000313478.7:c.5167A>G | |
X1_splice | Splice_Site | diploid | chr15 | 50978726 | 50978726 | ENST00000313478.7:c.3+2T>C | ||
P619S | Missense | diploid | chr15 | 50904942 | 50904942 | ENST00000313478.7:c.1855C>T | ||
USP36 | V728I | Missense | diploid | 1 | chr17 | 76802272 | 76802272 | ENST00000542802.3:c.2182G>A |
재발성 신장암에서 생존 예후 예측 마커로서의 활용 가능성 확인
실시예 4에서 선발된 재발성 신장암의 예후 예측 유전자들을 재발 위험성 예측 및 생존 예후 예측 마커로 활용할 수 있는지 확인하기 위하여, 유두형신장암 환자의 임상 데이터에 적용하여 환자의 생존 또는 재발과 관련된 예후를 카플란 마이어 생존 (Kaplan-Meier survival) 분석법을 통하여 살펴보았다.
그 결과, 본 발명의 최종 선발된 예후 예측 유전자에 돌연변이가 발생한 환자들 중 85.3%가 평균 13.4개월 이내에 신장암이 재발하는 것을 확인하였다(표 7 및 도 2).
특히, [표 8]에 나타난 바와 같이 선발된 모든 유전자들은 해당 유전자에 돌연변이가 발생하지 않은 신장암 환자의 경우 80% 이상이 재발하지 않았고, 나머지 19%의 환자의 경우 106개월 이상이 재발이 없었으나, 이들 유전자에 돌연변이가 있으면 31개월이 못되어서 신장암이 재발하였다. 또한, 4개의 유전자(BRD4, FBXW9, MAOB, MUC17)를 제외한 18개 유전자들에 돌연변이가 발생한 신장암 환자의 경우에는 0.5 내지 6개월 사이에 신장암이 재발하였다.
돌연변이 |
환자수
(명) |
재발환자수
(명) |
무병생존기간중앙값
(개월) |
재발률
(%) |
양성 | 34 | 29 | 13.4 | 85.3 |
음성 | 228 | 20 | NA | 10.2 |
총합 | 262 | 49 | 13.4 | Δ75.3 |
유전자 | 무병생존율 | 돌연변이 비발현 | 돌연변이 발현 | ||||||
총
인원 (명) |
재발
인원 (명) |
재발률 (%) |
무병생존
기간 중앙값 (개월) |
총
인원 (명) |
재발
인원 (명) |
재발률 (%) |
무병생존
기간 중앙값 (개월) |
||
ACTR1B | 0.00343 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 0 |
AK7 | 0.0138 | 257 | 47 | 18.29% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 4.17 |
BCORL1 | 2.65E-06 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 6.18 |
BRD4 | 0.0156 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 22.31 |
DPY19L1 | 0.0195 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 0 |
EFCAB6 | 9.57E-09 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 0 |
FBXO33 | 0.00131 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 4.17 |
FBXW9 | 0.0000333 | 259 | 46 | 17.76% | 106.04 | 3 | 3 | 100.00% | 16.59 |
FKBP11 | 4.73E-14 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 0.56 |
GABRQ | 7.09E-07 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 1.35 |
KIF13B | 1.72E-06 | 258 | 46 | 17.83% | 106.04 | 4 | 3 | 75.00% | 3.58 |
KPRP | 1.12E-09 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 1.35 |
LRRN4 | 1.57E-05 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 1.35 |
MAOB | 0.0481 | 259 | 47 | 18.15% | 106.04 | 3 | 2 | 66.67% | 31.93 |
MUC17 | 0.00058 | 256 | 45 | 17.58% | 106.04 | 6 | 4 | 66.67% | 25.99 |
MYH10 | 0.0000045 | 256 | 46 | 17.97% | 106.04 | 4 | 3 | 75.00% | 1.35 |
NEURL4 | 0.0000843 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | -1.15 |
RAB40B | 0.0127 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 0.56 |
SLC5A6 | 0.0108 | 257 | 46 | 17.90% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 4.17 |
THUMPD2 | 2.45E-14 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 1.38 |
TRPM7 | 3.90E-11 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 0.56 |
USP36 | 0.0285 | 260 | 47 | 18.08% | 106.04 | 2 | 2 | 100.00% | 3.15 |
상기 결과를 통해 본 발명의 선발 유전자의 돌연변이가 신장암의 재발 예측 마커로서 유의함을 알 수 있다.
한편, 최종 선발된 예후 예측 유전자에 돌연변이가 발생한 환자의 59%가 사망하였지만, 예후 예측 유전자에 돌연변이가 발생되지 않은 환자의 92.6%는 사망하지 않은 것을 확인하였다(표 9 및 도 3).
특히, [표 10]에 나타난 바와 같이 선발된 모든 유전자들은 해당 유전자에 돌연변이가 발생하지 않은 신장암 환자의 경우 85% 이상이 생존한데 반해, 선발된 유전자에 돌연변이가 발생한 신장암 환자는 최대 52개월 이내에 사망한 것으로 확인되었다.
돌연변이 |
환자수
(명) |
사망 환자수
(명) |
생존 기간 중앙값
(개월) |
사망률
(%) |
양성 | 39 | 23 | 37.32 | 59 |
음성 | 242 | 18 | NA | 7.4 |
총합 | 281 | 41 | 37.32 | Δ51.6 |
유전자 |
총
생존율 |
돌연변이 발현 | 돌연변이 비발현 | ||||||
총
인원 (명) |
사망
인원 (명) |
사망률
(%) |
무병생존
기간 중앙값 (개월) |
총
인원 (명) |
사망
인원 (명) |
사망률 (%) |
무병생존
기간 중앙값 (개월) |
||
ACTR1B | 0.00343 | 278 | 38 | 13.7 | NA | 3 | 3 | 100 | 51.15 |
AK7 | 0.0138 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 1 | 50 | 8.87 |
BCORL1 | 2.65E-06 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 1 | 50 | 7.92 |
BRD4 | 0.0156 | 279 | 39 | 14 | NA | 2 | 2 | 100 | 37.32 |
DPY19L1 | 0.0195 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 1 | 50 | 16.89 |
EFCAB6 | 9.57E-09 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 1 | 50 | 21.62 |
FBXO33 | 0.00131 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 1 | 50 | 8.87 |
FBXW9 | 0.0000333 | 278 | 38 | 13.7 | NA | 3 | 3 | 100 | 19.61 |
FKBP11 | 4.73E-14 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 1 | 50 | 15.47 |
GABRQ | 7.09E-07 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 1 | 50 | 16 |
KIF13B | 0.0000523 | 276 | 38 | 13.8 | NA | 5 | 3 | 60 | 42.9 |
KPRP | 1.12E-09 | 279 | 39 | 14 | NA | 2 | 2 | 100 | 11.27 |
LRRN4 | 2.17E-02 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 1 | 50 | 16.89 |
MAOB | 0.0481 | 278 | 39 | 14 | NA | 3 | 2 | 66.7 | 43.17 |
MUC17 | 0.00058 | 272 | 36 | 13.2 | NA | 9 | 5 | 55.6 | 16.29 |
MYH10 | 6.07E-05 | 277 | 38 | 13.72 | NA | 4 | 3 | 75 | 16 |
NEURL4 | 0.0268 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 1 | 50 | 10.81 |
RAB40B | 0.0127 | 279 | 39 | 14 | NA | 2 | 2 | 100 | 15.47 |
SLC5A6 | 0.0108 | 279 | 39 | 14 | NA | 2 | 2 | 100 | 8.87 |
THUMPD2 | 2.45E-14 | 279 | 39 | 14 | NA | 2 | 2 | 100 | 8.87 |
TRPM7 | 3.90E-11 | 278 | 39 | 14 | NA | 3 | 2 | 66.7 | 15.47 |
USP36 | 0.0285 | 279 | 40 | 14.3 | NA | 2 | 2 | 100 | 4.57 |
상기 결과를 통해 본 발명의 예후 예측 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자는 신장암에 의한 사망이나 재발 확률이 높아지므로, 이들 유전자의 돌연변이가 재발성 신장암 환자의 생존 예후 예측 마커로서 유의함을 알 수 있다.
<110> THE CATHOLIC UNIVERSITY OF KOREA INDUSTRY-ACADEMIC COOPERATION FOUNDATION
<120> BIOMARKERS FOR PREDICTING THE RECURRENCE POSSIBILITY AND SURVIVAL
PROGNOSIS OF PAPILLARY RENAL CELL CARCINOMA AND USES THEREOF
<130> 2021-DPA-4492D
<150> KR 10-2020-0019702
<151> 2020-02-18
<160> 22
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 376
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ACTR1B
<400> 1
Met Glu Ser Tyr Asp Ile Ile Ala Asn Gln Pro Val Val Ile Asp Asn
1 5 10 15
Gly Ser Gly Val Ile Lys Ala Gly Phe Ala Gly Asp Gln Ile Pro Lys
20 25 30
Tyr Cys Phe Pro Asn Tyr Val Gly Arg Pro Lys His Met Arg Val Met
35 40 45
Ala Gly Ala Leu Glu Gly Asp Leu Phe Ile Gly Pro Lys Ala Glu Glu
50 55 60
His Arg Gly Leu Leu Thr Ile Arg Tyr Pro Met Glu His Gly Val Val
65 70 75 80
Arg Asp Trp Asn Asp Met Glu Arg Ile Trp Gln Tyr Val Tyr Ser Lys
85 90 95
Asp Gln Leu Gln Thr Phe Ser Glu Glu His Pro Val Leu Leu Thr Glu
100 105 110
Ala Pro Leu Asn Pro Ser Lys Asn Arg Glu Lys Ala Ala Glu Val Phe
115 120 125
Phe Glu Thr Phe Asn Val Pro Ala Leu Phe Ile Ser Met Gln Ala Val
130 135 140
Leu Ser Leu Tyr Ala Thr Gly Arg Thr Thr Gly Val Val Leu Asp Ser
145 150 155 160
Gly Asp Gly Val Thr His Ala Val Pro Ile Tyr Glu Gly Phe Ala Met
165 170 175
Pro His Ser Ile Met Arg Val Asp Ile Ala Gly Arg Asp Val Ser Arg
180 185 190
Tyr Leu Arg Leu Leu Leu Arg Lys Glu Gly Val Asp Phe His Thr Ser
195 200 205
Ala Glu Phe Glu Val Val Arg Thr Ile Lys Glu Arg Ala Cys Tyr Leu
210 215 220
Ser Ile Asn Pro Gln Lys Asp Glu Ala Leu Glu Thr Glu Lys Val Gln
225 230 235 240
Tyr Thr Leu Pro Asp Gly Ser Thr Leu Asp Val Gly Pro Ala Arg Phe
245 250 255
Arg Ala Pro Glu Leu Leu Phe Gln Pro Asp Leu Val Gly Asp Glu Ser
260 265 270
Glu Gly Leu His Glu Val Val Ala Phe Ala Ile His Lys Ser Asp Met
275 280 285
Asp Leu Arg Arg Thr Leu Phe Ala Asn Ile Val Leu Ser Gly Gly Ser
290 295 300
Thr Leu Phe Lys Gly Phe Gly Asp Arg Leu Leu Ser Glu Val Lys Lys
305 310 315 320
Leu Ala Pro Lys Asp Ile Lys Ile Lys Ile Ser Ala Pro Gln Glu Arg
325 330 335
Leu Tyr Ser Thr Trp Ile Gly Gly Ser Ile Leu Ala Ser Leu Asp Thr
340 345 350
Phe Lys Lys Met Trp Val Ser Lys Lys Glu Tyr Glu Glu Asp Gly Ser
355 360 365
Arg Ala Ile His Arg Lys Thr Phe
370 375
<210> 2
<211> 723
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AK7
<400> 2
Met Ala Glu Glu Glu Glu Thr Ala Ala Leu Thr Glu Lys Val Ile Arg
1 5 10 15
Thr Gln Arg Val Phe Ile Asn Leu Leu Asp Ser Tyr Ser Ser Gly Asn
20 25 30
Ile Gly Lys Phe Leu Ser Asn Cys Val Val Gly Ala Ser Leu Glu Glu
35 40 45
Ile Thr Glu Glu Glu Glu Glu Glu Asp Glu Asn Lys Ser Ala Met Leu
50 55 60
Glu Ala Ser Ser Thr Lys Val Lys Glu Gly Thr Phe Gln Ile Val Gly
65 70 75 80
Thr Leu Ser Lys Pro Asp Ser Pro Arg Pro Asp Phe Ala Val Glu Thr
85 90 95
Tyr Ser Ala Ile Ser Arg Glu Asp Leu Leu Met Arg Leu Leu Glu Cys
100 105 110
Asp Val Ile Ile Tyr Asn Ile Thr Glu Ser Ser Gln Gln Met Glu Glu
115 120 125
Ala Ile Trp Ala Val Ser Ala Leu Ser Glu Glu Val Ser His Phe Glu
130 135 140
Lys Arg Lys Leu Phe Ile Leu Leu Ser Thr Val Met Thr Trp Ala Arg
145 150 155 160
Ser Lys Ala Leu Asp Pro Glu Asp Ser Glu Val Pro Phe Thr Glu Glu
165 170 175
Asp Tyr Arg Arg Arg Lys Ser His Pro Asn Phe Leu Asp His Ile Asn
180 185 190
Ala Glu Lys Met Val Leu Lys Phe Gly Lys Lys Ala Arg Lys Phe Ala
195 200 205
Ala Tyr Val Val Ala Ala Gly Leu Gln Tyr Gly Ala Glu Gly Gly Met
210 215 220
Leu His Thr Phe Phe Lys Met Ala Trp Leu Gly Glu Ile Pro Ala Leu
225 230 235 240
Pro Val Phe Gly Asp Gly Thr Asn Val Ile Pro Thr Ile His Val Leu
245 250 255
Asp Leu Ala Gly Val Ile Gln Asn Val Ile Asp His Val Pro Lys Pro
260 265 270
His Tyr Leu Val Ala Val Asp Glu Ser Val His Thr Leu Glu Asp Ile
275 280 285
Val Lys Cys Ile Ser Lys Asn Thr Gly Pro Gly Lys Ile Gln Lys Ile
290 295 300
Pro Arg Glu Asn Ala Tyr Leu Thr Lys Asp Leu Thr Gln Asp Cys Leu
305 310 315 320
Asp His Leu Leu Val Asn Leu Arg Met Glu Ala Leu Phe Val Lys Glu
325 330 335
Asn Phe Asn Ile Arg Trp Ala Ala Gln Thr Gly Phe Val Glu Asn Ile
340 345 350
Asn Thr Ile Leu Lys Glu Tyr Lys Gln Ser Arg Gly Leu Met Pro Ile
355 360 365
Lys Ile Cys Ile Leu Gly Pro Pro Ala Val Gly Lys Ser Ser Ile Ala
370 375 380
Lys Glu Leu Ala Asn Tyr Tyr Lys Leu His His Ile Gln Leu Lys Asp
385 390 395 400
Val Ile Ser Glu Ala Ile Ala Lys Leu Glu Ala Ile Val Ala Pro Asn
405 410 415
Asp Val Gly Glu Gly Glu Glu Glu Val Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu
420 425 430
Asn Val Glu Asp Ala Gln Glu Leu Leu Asp Gly Ile Lys Glu Ser Met
435 440 445
Glu Gln Asn Ala Gly Gln Leu Asp Asp Gln Tyr Ile Ile Arg Phe Met
450 455 460
Lys Glu Lys Leu Lys Ser Met Pro Cys Arg Asn Gln Gly Tyr Ile Leu
465 470 475 480
Asp Gly Phe Pro Lys Thr Tyr Asp Gln Ala Lys Asp Leu Phe Asn Gln
485 490 495
Glu Asp Glu Glu Glu Glu Asp Asp Val Arg Gly Arg Met Phe Pro Phe
500 505 510
Asp Lys Leu Ile Ile Pro Glu Phe Val Cys Ala Leu Asp Ala Ser Asp
515 520 525
Glu Phe Leu Lys Glu Arg Val Ile Asn Leu Pro Glu Ser Ile Val Ala
530 535 540
Gly Thr His Tyr Ser Gln Asp Arg Phe Leu Arg Ala Leu Ser Asn Tyr
545 550 555 560
Arg Asp Ile Asn Ile Asp Asp Glu Thr Val Phe Asn Tyr Phe Asp Glu
565 570 575
Leu Glu Ile His Pro Ile His Ile Asp Val Gly Lys Leu Glu Asp Ala
580 585 590
Gln Asn Arg Leu Ala Ile Lys Gln Leu Ile Lys Glu Ile Gly Glu Pro
595 600 605
Arg Asn Tyr Gly Leu Thr Asp Glu Glu Lys Ala Glu Glu Glu Arg Lys
610 615 620
Ala Ala Glu Glu Arg Leu Ala Arg Glu Ala Ala Glu Glu Ala Glu Arg
625 630 635 640
Glu His Gln Glu Ala Val Glu Met Ala Glu Lys Ile Ala Arg Trp Glu
645 650 655
Glu Trp Asn Lys Arg Leu Glu Glu Val Lys Arg Glu Glu Arg Glu Leu
660 665 670
Leu Glu Ala Gln Ser Ile Pro Leu Arg Asn Tyr Leu Met Thr Tyr Val
675 680 685
Met Pro Thr Leu Ile Gln Gly Leu Asn Glu Cys Cys Asn Val Arg Pro
690 695 700
Glu Asp Pro Val Asp Phe Leu Ala Glu Tyr Leu Phe Lys Asn Asn Pro
705 710 715 720
Glu Ala Gln
<210> 3
<211> 1711
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> BCORL1
<400> 3
Met Ile Ser Thr Ala Pro Leu Tyr Ser Gly Val His Asn Trp Thr Ser
1 5 10 15
Ser Asp Arg Ile Arg Met Cys Gly Ile Asn Glu Glu Arg Arg Ala Pro
20 25 30
Leu Ser Asp Glu Glu Ser Thr Thr Gly Asp Cys Gln His Phe Gly Ser
35 40 45
Gln Glu Phe Cys Val Ser Ser Ser Phe Ser Lys Val Glu Leu Thr Ala
50 55 60
Val Gly Ser Gly Ser Asn Ala Arg Gly Ala Asp Pro Asp Gly Ser Ala
65 70 75 80
Thr Glu Lys Leu Gly His Lys Ser Glu Asp Lys Pro Asp Asp Pro Gln
85 90 95
Pro Lys Met Asp Tyr Ala Gly Asn Val Ala Glu Ala Glu Gly Leu Leu
100 105 110
Val Pro Leu Ser Ser Pro Gly Asp Gly Leu Lys Leu Pro Ala Ser Asp
115 120 125
Ser Ala Glu Ala Ser Asn Ser Arg Ala Asp Cys Ser Trp Thr Pro Leu
130 135 140
Asn Thr Gln Met Ser Lys Gln Val Asp Cys Ser Pro Ala Gly Val Lys
145 150 155 160
Ala Leu Asp Ser Arg Gln Gly Val Gly Glu Lys Asn Thr Phe Ile Leu
165 170 175
Ala Thr Leu Gly Thr Gly Val Pro Val Glu Gly Thr Leu Pro Leu Val
180 185 190
Thr Thr Asn Phe Ser Pro Leu Pro Ala Pro Ile Cys Pro Pro Ala Pro
195 200 205
Gly Ser Ala Ser Val Pro His Ser Val Pro Asp Ala Phe Gln Val Pro
210 215 220
Leu Ser Val Pro Ala Pro Val Pro His Ser Gly Leu Val Pro Val Gln
225 230 235 240
Val Ala Thr Ser Val Pro Ala Pro Ser Pro Pro Leu Ala Pro Val Pro
245 250 255
Ala Leu Ala Pro Ala Pro Pro Ser Val Pro Thr Leu Ile Ser Asp Ser
260 265 270
Asn Pro Leu Ser Val Ser Ala Ser Val Leu Val Pro Val Pro Ala Ser
275 280 285
Ala Pro Pro Ser Gly Pro Val Pro Leu Ser Ala Pro Ala Pro Ala Pro
290 295 300
Leu Ser Val Pro Val Ser Ala Pro Pro Leu Ala Leu Ile Gln Ala Pro
305 310 315 320
Val Pro Pro Ser Ala Pro Thr Leu Val Leu Ala Pro Val Pro Thr Pro
325 330 335
Val Leu Ala Pro Met Pro Ala Ser Thr Pro Pro Ala Ala Pro Ala Pro
340 345 350
Pro Ser Val Pro Met Pro Thr Pro Thr Pro Ser Ser Gly Pro Pro Ser
355 360 365
Thr Pro Thr Leu Ile Pro Ala Phe Ala Pro Thr Pro Val Pro Ala Pro
370 375 380
Thr Pro Ala Pro Ile Phe Thr Pro Ala Pro Thr Pro Met Pro Ala Ala
385 390 395 400
Thr Pro Ala Ala Ile Pro Thr Ser Ala Pro Ile Pro Ala Ser Phe Ser
405 410 415
Leu Ser Arg Val Cys Phe Pro Ala Ala Gln Ala Pro Ala Met Gln Lys
420 425 430
Val Pro Leu Ser Phe Gln Pro Gly Thr Val Leu Thr Pro Ser Gln Pro
435 440 445
Leu Val Tyr Ile Pro Pro Pro Ser Cys Gly Gln Pro Leu Ser Val Ala
450 455 460
Thr Leu Pro Thr Thr Leu Gly Val Ser Ser Thr Leu Thr Leu Pro Val
465 470 475 480
Leu Pro Ser Tyr Leu Gln Asp Arg Cys Leu Pro Gly Val Leu Ala Ser
485 490 495
Pro Glu Leu Arg Ser Tyr Pro Tyr Ala Phe Ser Val Ala Arg Pro Leu
500 505 510
Thr Ser Asp Ser Lys Leu Val Ser Leu Glu Val Asn Arg Leu Pro Cys
515 520 525
Thr Ser Pro Ser Gly Ser Thr Thr Thr Gln Pro Ala Pro Asp Gly Val
530 535 540
Pro Gly Pro Leu Ala Asp Thr Ser Leu Val Thr Ala Ser Ala Lys Val
545 550 555 560
Leu Pro Thr Pro Gln Pro Leu Leu Pro Ala Pro Ser Gly Ser Ser Ala
565 570 575
Pro Pro His Pro Ala Lys Met Pro Ser Gly Thr Glu Gln Gln Thr Glu
580 585 590
Gly Thr Ser Val Thr Phe Ser Pro Leu Lys Ser Pro Pro Gln Leu Glu
595 600 605
Arg Glu Met Ala Ser Pro Pro Glu Cys Ser Glu Met Pro Leu Asp Leu
610 615 620
Ser Ser Lys Ser Asn Arg Gln Lys Leu Pro Leu Pro Asn Gln Arg Lys
625 630 635 640
Thr Pro Pro Met Pro Val Leu Thr Pro Val His Thr Ser Ser Lys Ala
645 650 655
Leu Leu Ser Thr Val Leu Ser Arg Ser Gln Arg Thr Thr Gln Ala Ala
660 665 670
Gly Gly Asn Val Thr Ser Cys Leu Gly Ser Thr Ser Ser Pro Phe Val
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Asn Thr Thr Leu Val Ala Ser Ser Ala Ile Ser Ile Leu Ser Thr Thr
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Pro Val Asp Asn Ser Thr Pro Val Thr Thr Ser Thr Glu Ala Cys Ser
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Glu Gly Thr Thr Pro Leu Thr Ser Ile Pro Val Ser Thr Thr Pro Val
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Val Ser Ser Glu Ala Ser Thr Leu Ser Ala Thr Pro Val Asp Thr Ser
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Thr Pro Gly Thr Thr Ser Ala Glu Ala Thr Ser Ser Pro Thr Thr Ala
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Glu Gly Ile Ser Ile Pro Thr Ser Thr Pro Ser Glu Gly Lys Thr Pro
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Leu Lys Ser Ile Pro Val Ser Asn Thr Pro Val Ala Asn Ser Glu Ala
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Ser Thr Leu Ser Thr Thr Pro Val Asp Ser Asn Ser Pro Val Val Thr
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Ser Thr Ala Val Ser Ser Ser Pro Thr Pro Ala Glu Gly Thr Ser Ile
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Ala Ile Ser Thr Pro Ser Glu Gly Ser Thr Ala Leu Thr Ser Ile Pro
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Thr Pro Ala Val Thr Ser Thr Pro Val Thr Thr Tyr Ser Gln Ala Ser
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Ser Ser Pro Thr Thr Ala Asp Gly Thr Ser Met Gln Thr Ser Thr Tyr
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Val Val Ser Ser Glu Ala Asn Thr Leu Ser Thr Thr Pro Ile Asp Ser
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Leu Thr Ser Ile Pro Val Ser Thr Thr Pro Val Ala Ser Pro Glu Ala
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Ser Thr Leu Ser Thr Thr Pro Val Asp Ser Asn Ser Pro Val Ile Thr
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Thr Pro Val Asp Asn Ser Thr Pro Val Thr Thr Ser Thr Glu Ala Arg
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2020 2025 2030
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Thr Pro Val Asp Thr Ser Thr Pro Val Thr Thr Ser Thr Lys Ala Ser
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Thr Ala Glu Gly Thr Ser Met Pro Thr Ser Thr Pro Ser Glu Gly Ser
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4465 4470 4475 4480
Ile Arg Ile Gln Arg Pro Gln Val Met Thr Thr Ser Phe
4485 4490
<210> 16
<211> 1976
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MYH10
<400> 16
Met Ala Gln Arg Thr Gly Leu Glu Asp Pro Glu Arg Tyr Leu Phe Val
1 5 10 15
Asp Arg Ala Val Ile Tyr Asn Pro Ala Thr Gln Ala Asp Trp Thr Ala
20 25 30
Lys Lys Leu Val Trp Ile Pro Ser Glu Arg His Gly Phe Glu Ala Ala
35 40 45
Ser Ile Lys Glu Glu Arg Gly Asp Glu Val Met Val Glu Leu Ala Glu
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100 105 110
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130 135 140
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165 170 175
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195 200 205
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225 230 235 240
Arg Phe Gly Lys Phe Ile Arg Ile Asn Phe Asp Val Thr Gly Tyr Ile
245 250 255
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275 280 285
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Gln Asp Lys Asp Asn Phe Gln Glu Thr Met Glu Ala Met His Ile Met
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Arg Gln Gly Ala Ser Phe Ile Gly Ile Leu Asp Ile Ala Gly Phe Glu
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Arg Asn Phe Trp Ser Val Thr His Pro Ala Lys Ala Ala Ser Leu Ser
1105 1110 1115 1120
Tyr Arg Arg
Claims (12)
- ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물.
- 청구항 1에 있어서,
(i) ACTR1B 유전자 및;
(ii) AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자;
의 돌연변이를 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물. - 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서,
상기 ACTR1B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 1의 아미노산 서열에서, G67R 및 G40W 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, H178Pfs*140인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 AK7을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 2의 아미노산 서열에서, I412F 및 R341Q 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 BCORL1을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 3의 아미노산 서열에서, L1632R인 미스센스 돌연변이거나, L1508Afs*34인 프레임 시프트 삽입 (frame shift insert, FS ins) 돌연변이;
상기 BRD4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 4의 아미노산 서열에서 Q1318*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, E1061K인 미스센스 돌연변이;
상기 DPY19L1을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 5의 아미노산 서열에서, G276R 및 Q535R 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 EFCAB6을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 6의 아미노산 서열에서, E604D인 미스센스 돌연변이거나, V330Cfs*19인 프레임 시프트 삽입 (frame shift insert, FS ins) 돌연변이;
상기 FBXO33을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 7의 아미노산 서열에서, A527V 및 L214P 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 FBXW9을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 8의 아미노산 서열에서, P4H, L199M 및 H369Y 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 FKBP11를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 9의 아미노산 서열에서 Y119*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, E32Q인 미스센스 돌연변이;
상기 GABRQ를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 10의 아미노산 서열에서, R509H인 미스센스 돌연변이거나, S68Kfs*27인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 KIF13B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 11의 아미노산 서열에서, R221*인 넌센스(nonsense) 돌연변이거나, M1145L, V1038L 및 Q882H 중 하나인 미스센스 돌연변이거나, E1071del 및 H1070del 중 적어도 하나인 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이거나, H1070Pfs*17 인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 KPRP를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 12의 아미노산 서열에서, R260Q 및 G544D 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 LRRN4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 13의 아미노산 서열에서, N254K 및 Q100R 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 MAOB를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 14의 아미노산 서열에서, X47_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이거나, G213R 및 R228L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 MUC17을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 15의 아미노산 서열에서, I3060S, T1508M, T2279N, S2868C, E704G, T3421I, S30C 및 E1765K 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, S30Rfs*2인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이거나, S30del인 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이;
상기 MYH10을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 16의 아미노산 서열에서, E1353Q, K1216T 및 F463L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, D324Ifs*12인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 NEURL4를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 17의 아미노산 서열에서, A1485V 및 Y939F 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 RAB40B를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 18의 아미노산 서열에서, G37R 및 D95V 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 SLC5A6를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 19의 아미노산 서열에서, A317V 및 Y295C 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이;
상기 THUMPD2를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 20의 아미노산 서열에서, I312Nfs*7인 프레임 시프트 삽입(frame shift insert, FS ins) 돌연변이거나, X396_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이거나, R396Sfs*13인 프레임 시프트 결실(frame shift delete, FS del) 돌연변이;
상기 TRPM7을 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 21의 아미노산 서열에서, G645C, M1723V 및 P619S 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이거나, X1_splice인 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이;
상기 USP36를 암호화하는 유전자의 돌연변이는 서열번호 22의 아미노산 서열에서, V728I 및 S559L 중 적어도 하나인 미스센스 돌연변이인 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물. - 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서,
상기 신장암은 유두형 신세포암(papillary RCC)인, 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 마커 조성물. - ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물.
- 청구항 5에 있어서,
(i) ACTR1B 유전자 및;
(ii) AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자;
의 돌연변이를 검출하는 시약을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물. - 청구항 5 또는 청구항 6에 있어서,
상기 검출 시약은 바이오 마커의 돌연변이 여부를 검출할 수 있는 프라이머, 프로브, 또는 앱타머인, 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 조성물. - 청구항 5 또는 청구항 6 기재의 조성물을 포함하는 신장암의 재발 예측 또는 재발성 신장암의 예후 예측용 키트.
- 신장암 환자의 재발 위험성 또는 재발성 신장암의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하기 위하여, 신장암 환자로부터 얻은 생물학적 시료(biological sample)에서, ACTR1B, AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자의 돌연변이를 검출하는 방법.
- 청구항 9에 있어서,
상기 신장암 환자로부터 얻은 생물학적 시료(biological sample)에서,
(i) ACTR1B 유전자 및;
(ii) AK7, BCORL1, BRD4, DPY19L1, EFCAB6, FBXO33, FBXW9, FKBP11, GABRQ, KIF13B, KPRP, LRRN4, MAOB, MUC17, MYH10, NEURL4, RAB40B, SLC5A6, THUMPD2, TRPM7 및 USP36 유전자로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 유전자;
의 돌연변이를 검출하는 방법. - 청구항 9 또는 청구항 10에 있어서,
상기 신장암은 유두형 신세포암인, 돌연변이를 검출하는 방법. - 청구항 9 또는 청구항 10에 있어서,
상기 생물학적 시료는 전혈, 혈청, 혈장, 소변, 간질액, 복막액, 눈물, 타액, 협측 면봉표본, 피부, 및 신장 조직으로 구성된 군으로부터 선택되는 것인, 돌연변이를 검출하는 방법.
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KR101267580B1 (ko) | 2010-07-15 | 2013-05-28 | 국립암센터 | 신장암 진단 마커로서의 트란스글루타미나제2 및 이를 이용한 신장암 진단 용도 |
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KR20230088045A (ko) | 2021-12-10 | 2023-06-19 | 가톨릭대학교 산학협력단 | 암 연관 섬유아세포 아형 식별을 위한 바이오마커 및 이의 용도 |
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