KR20210096801A - 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트 - Google Patents

종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트 Download PDF

Info

Publication number
KR20210096801A
KR20210096801A KR1020200010280A KR20200010280A KR20210096801A KR 20210096801 A KR20210096801 A KR 20210096801A KR 1020200010280 A KR1020200010280 A KR 1020200010280A KR 20200010280 A KR20200010280 A KR 20200010280A KR 20210096801 A KR20210096801 A KR 20210096801A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
ser
gly
arg
gln
ala
Prior art date
Application number
KR1020200010280A
Other languages
English (en)
Inventor
최영진
홍성후
Original Assignee
가톨릭대학교 산학협력단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 가톨릭대학교 산학협력단 filed Critical 가톨릭대학교 산학협력단
Priority to KR1020200010280A priority Critical patent/KR20210096801A/ko
Publication of KR20210096801A publication Critical patent/KR20210096801A/ko
Priority to KR1020210119668A priority patent/KR20210113140A/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 신장암의 종양형태에 따른 예후 진단용 조성물, 신장암의 예후 진단용 키트 및 이를 이용하여 신장암의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다. 본 발명의 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트를 이용하여, 신장암의 종양형태에 따라 치료 후 생존 가능성 또는 재발 가능성 등의 예후를 진단 및 예측함으로써 신장암 환자의 치료 전략을 수립하는데 도움을 줄 수 있다.

Description

종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트{Composition And Kit For Diagnosing Prognosis Of Kidney Cancer According To Tumor Type}
본 발명은 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물, 신장암의 예후 진단용 키트 및 이를 이용하여 신장암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.
신장은 혈액을 여과하여 뇨를 생성함으로써 생체 내의 노폐물을 체외로 배설하는 역할을 갖는 중요한 비뇨기계 기관이다. 또한 동시에 혈압을 조절하는 안지오텐신, 적혈구 조혈 인자인 에리트로포이에틴 등의 호르몬을 생산하는 중요한 내분비 기관이기도 하다.
신장에 발생하는 종양에는, 성인에게 발생하는 신장 세포암(renal cell carcinoma, RCC)과 소아에게 발생하는 윌름스(Wilms) 종양, 드문 종양으로서 육종이 있다. 신장암은 대부분 신장의 실질(신장에서 소변을 만드는 세포들이 모여 있는 부분으로 수질과 피질로 구성됨)에서 발생하는 신장 세포암을 말한다. 신장암의 위험 인자로는 유전학적 요인도 알려져 있지만, 일반적으로는 흡연, 과도한 지방 섭취 등을 들 수 있다. 또한 장기간 투석을 받고 있는 환자에게서 종양의 발생률이 높다고 알려져 있다.
신세포암은 투명세포형 신세포암(clear cell RCC), 유두형 신세포암(papillary RCC), 혐색소형 신세포암(chromophobe RCC), 수질형 신세포암(medullary RCC), 분류불능 신세포암(unclassified RCC) 등으로 구분되며, 이 중에서 유두형 신세포암은 두번째로 흔한 유형으로 전체 신세포암에서 약 15~20%를 차지한다.
신장암은 종양의 크기가 작을 때는 증상이 거의 없으며, 종양이 어느 정도 커져서 장기를 밀어낼 정도가 되어야 비로소 증상이 나타난다. 따라서 진단이 늦어지는 경우가 많아 처음 진단될 때 환자의 30% 정도는 이미 전이된 상태로 나타나게 된다. 가장 흔한 증상은 혈뇨(hematuria)이지만 이것도 환자의 60%에서만 나타난다. 오히려 전이된 부위에 따라 호흡 곤란, 기침, 두통 등의 증상이 나타나 이러한 전이 증상 때문에 신장암을 진단하게 되는 경우도 전체 환자의 30%에 이른다. 신장암은 암세포가 생산하는 특정 호르몬 때문에 고혈압, 고칼슘혈증, 간기능 이상 등을 일으킬 수 있기 때문에 이런 다른 증상을 검사하던 중 종양이 발견되는 경우도 있다. 최근에는 아무 증상 없이 건강진단을 받던 중 우연히 영상 검사상에서 발견되는 경우가 많으며, 이런 경우에는 주로 초기에 발견되기 때문에 치료 결과가 비교적 좋다.
신장암은 발병 후 종양 제거 시술로 인한 생존율은 높으나, 명확한 증상이 없어 초기에 진단이 어렵다. 이러한 이유로 신장암의 조기 진단과 암 발병 후 남은 수명을 체크할 수 있는 마커의 개발이 필요하다.
특허문헌 1에는 인간 신장암의 검출 또는 진단에 사용되는 마커로서, 트란스글루타미나제2가 개시되어 있다. 신장암을 비롯한 암을 진단하기 위한 마커가 개발되고 있으나, 신장암 환자의 예후까지 측정할 수 있는 마커, 특히 신장암의 종양형태와 특정 유전자의 돌연변이의 연관성에 대해서는 아직까지 연구가 이루어지지 않은 실정이다.
본 발명자는 신장암을 진단하거나, 신장암 환자에 대한 치료제를 발굴하여 치료 전략을 결정하기 위해서, 신장암 환자의 예후를 진단할 수 있는 마커의 개발의 필요성에 착안하여 유두형 신장암 환자에서 발견되는 유전자 변이와 신장암의 종양형태와의 연관성에 대해서 연구하였다.
한국 등록특허공보 제1267580호
신장암 환자에 적합한 치료적 전략을 적용하기 위해서는, 신장암 환자의 예후를 예측하고 및 치료 전략을 결정하는데 정보를 제공해 줄 수 있는 마커의 개발이 필요하다. 본 발명은 신장암의 종양형태에 기반하여, 신장암 환자의 예후 진단 및 신장암 환자의 치료 전략 결정에 도움을 주는 마커를 제공하는 것을 과제로 한다.
본 발명의 일 양태는 SSC5D 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 종양형태 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 신장암의 예후 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명의 다른 양태는 SSC5D 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 종양형태 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 신장암의 예후 진단용 키트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 양태는 신장암 환자의 샘플로부터 시료 DNA를 준비하는 단계; 상기 시료 DNA에 대해 상기 신장암의 예후 진단용 조성물 또는 상기 신장암의 예후 진단용 키트를 이용하여 종양형태 특이적 마커의 유무를 확인하는 단계;를 포함하는 신장암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
본 발명의 신장암의 예후 진단용 조성물 및 이를 포함하는 신장암의 예후 진단용 키트를 이용하여, 신장암의 종양형태에 따라 치료 후 생존 가능성 또는 재발 가능성 등의 예후를 진단 및 예측할 수 있다. 이로써 신장암 환자의 치료 전략을 수립하는데 도움을 줄 수 있다.
도 1은 종양형태와 연관성이 있는 후보 유전자 제1군의 3개의 유전자와 관련하여, 해당 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자(적색)와 해당 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자(청색)의 총 생존율 및 무병 생존율의 그래프를 나타낸다.
도 2는 생존율과 연관성이 있는 후보 유전자 제2군의 SSC5D 유전자에 대해서, 해당 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자(적색)와 해당 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자(청색)의 총 생존율 및 무병 생존율의 그래프를 나타낸다.
도 3은 종양형태와 관련성이 있는 총 52개의 유전자에 대해서, 해당 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자(적색)와 해당 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자(청색)의 총 생존율 및 무병 생존율의 그래프를 나타낸다.
본 명세서에 있어서, 달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어들은 본 발명이 속하는 기술 분야의 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 일반적으로, 본 명세서에서 사용된 명명법 및 이하에 기술하는 실험 방법은 본 기술분야에서 잘 알려져 있고 통상적으로 사용되는 것이다.
본 발명에서 용어 '유전자' 및 이의 변형물은 폴리펩티드 사슬 생성에 관여한 DNA 조각을 포함하며; 이는 코딩 부위 이전 및 이후의 부위, 예를 들면 프로모터 및 3'-미번역 부위를 각각 포함할 뿐 아니라, 개별적인 코딩 단편(엑손) 사이의 개입 서열(인트론)을 포함한다.
본 발명에서 용어 '암'은 이상 세포의 조절되지 않는 성장을 특징으로 하는 질환 부류의 임의의 일원을 포함한다. 상기 용어는, 악성, 양성, 연조직 또는 고형 중 어느 것으로 특징지어지든, 모든 알려진 암 및 신생물 상태, 및 전이 전/후의 암을 포함하는 모든 시기 및 등급의 암을 포함한다.
본 발명에서 용어 '예후'란 암과 같은 신생물 질환의 예를 들어 재발, 전이성 확산 및 약물 내성을 비롯한 암-기인성 사망 또는 진행의 가능성 등의 병의 경과 및 완치 여부를 의미한다. 본 발명의 목적상 신장암의 예후를 예측하는 것일 수 있으며, 바람직하게는 신장암 환자의 무병생존율 또는 생존율을 예측하는 것이다.
본 발명에서 용어 '진단'은 병리 상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것으로서, 본 발명의 목적상, 암의 발병 여부를 확인하는 것뿐만 아니라 암의 치료 후 해당 개체의 재발, 전이, 약물 반응성, 내성 등과 같은 여부를 판단하는 것을 의미한다. 바람직하게 본 발명의 유전자의 돌연변이를 이용하는 경우, 개체의 시료로부터 돌연변이 여부를 확인함으로써 해당 개체의 암의 발병 여부뿐만 아니라, 향후 해당 개체의 예후가 좋을 것인지 여부에 대해서까지 예측이 가능하다.
본 발명에서 용어 '종양형태 특이적 마커'는 종양형태에 따라 신장암 환자의 치료 후 해당 개체에서 신장암의 예후를 예측하는 지표가 될 수 있는 유전자의 돌연변이 또는 유전자의 돌연변이들을 의미할 수 있다. 또한, 본 발명에서 '마커 유전자'는 상기 종양형태 특이적 마커에 포함되는 각각의 유전자 돌연변이를 지칭하는 의미로 사용될 수 있다.
1. 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트
본 발명의 일 양태는 신장암의 종양형태 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 신장암의 예후 진단용 조성물을 제공한다. 본 발명의 신장암의 예후 진단용 조성물의 종양형태 특이적 마커는 신장암의 종양형태에 따라 치료 후 해당 개체에서 신장암의 예후를 예측하는 지표가 될 수 있다.
예를 들어, 상기 종양형태 특이적 마커가 확인되는 경우 상기 종양형태 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 해당 개체의 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단할 수 있다.
구체적으로, 상기 종양형태 특이적 마커는 SSC5D 유전자(Gene bank accession number: NM_001144950.2)의 돌연변이를 포함할 수 있다. 또한, 상기 종양형태 특이적 마커는 DDX20 유전자(Gene bank accession number: NM_007204.5)의 돌연변이, FLG 유전자(Gene bank accession number: NM_002016.1)의 돌연변이 및 KYAT3 유전자(Gene bank accession number: NM_001008661.3)의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함할 수 있다.
상기 유전자들의 약어의 전체 명칭은 각각 SSC5D(scavenger receptor cysteine rich family member with 5 domains), DDX20(DEAD-box helicase 20), FLG(filaggrin) 및 KYAT3(kynurenine aminotransferase 3)일 수 있다.
본 발명에서, 상기 생존 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약은 상기 생존 특이적 마커에 대한 프라이머, 프로브, 항체 및 앱타머로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상을 포함할 수 있다. 상기 프라이머, 프로브, 항체 또는 앱타머는 공지된 기술을 이용하여 제작가능하며, 본 발명의 유전자의 돌연변이를 검출할 수 있는 프라이머, 프로브, 항체 또는 앱타머는 본 발명의 범위에 포함된다.
본 발명에서, 용어 '프라이머'는 짧은 자유 3말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 주형(template)과 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충 용액 및 온도에서 중합 반응(즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 본 발명에서는 상기 돌연변이 유전자의 정방향 및 역방향 프라이머를 이용하여 PCR 증폭을 실시하여 원하는 생성물의 생성 여부를 통해 해당 유전자 마커의 존재 유무를 판단하고 이를 진단에 활용할 수 있다. 예를 들면, 정방향 프라이머의 경우에 결손, 치환 또는 삽입이 일어난 돌연변이체에 해당하는 프라이머를 디자인하고, 역방향 프라이머는 돌연변이가 일어나지 않는 위치에 해당하는 프라이머를 디자인하여 PCR하면, 본 발명의 유전자의 돌연변이체인 경우에는 PCR에 의해 증폭 산물이 생성될 것이나, 본 발명의 유전자의 돌연변이체가 아닌 경우에는 증폭 산물이 생성되지 않을 것이다. PCR 조건, 정방향 및 역방향 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명에서, 용어 '프로브'란 DNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며, 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기로 이루어진다. 프로브는 라벨링되어 있어서 특정 DNA의 존재 유무를 확인할 수 있다. 프로브는 올리고뉴클로타이드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다. 본 발명에서는 유전자의 돌연변이와 상보적인 프로브를 이용하여 혼성화를 실시하여, 혼성화 여부를 통해 신장암의 재발 여부를 진단할 수 있다. 예를 들면, 결손, 치환 또는 삽입이 일어난 돌연변이체에 해당하는 프로브를 합성하고, 신장암 환자의 게놈 DNA와 상기 프로브를 혼성화하면, 본 발명의 유전자의 돌연변이체인 경우에는 혼성화가 일어날 것이나, 본 발명의 유전자의 돌연변이체가 아닌 경우에는 혼성화가 일어나지 않을 것이다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명에서, 용어 '항체'는 당해 분야에서 공지된 용어로서 항원성 부위에 대해서 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명에서 상기 항체는 각 마커 유전자에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미할 수 있다. 이러한 항체는 각 마커 유전자를 통상적인 방법에 따라 발현벡터에 클로닝하여 상기 마커 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 얻고, 얻어진 단백질로부터 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 여기에는 상기 단백질에서 만들어질 수 있는 부분 펩티드도 포함되며, 본 발명의 부분 펩티드로는, 최소한 7개 아미노산, 바람직하게는 9개 아미노산, 더욱 바람직하게는 12개 이상의 아미노산을 포함한다. 본 발명의 항체의 형태는 특별히 제한되지 않으며 다클론 항체, 단일클론 항체 또는 항원 결합성을 갖는 것이면 그것의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함된다. 나아가, 본 발명의 항체에는 인간화 항체 등의 특수 항체도 포함된다. 본 발명의 마커 유전자의 검출에 사용되는 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며 Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv 등이 있다.
본 명세서에서 용어, '앱타머'는 그 자체로 안정된 삼차구조를 가지면서 표적분자에 높은 친화성과 특이성으로 결합할 수 있는 특징을 가진 단일가닥 핵산(DNA, RNA 또는 변형핵산)을 의미한다. 앱타머는 공지된 화학적 방법으로 합성할 수 있으며, 예를 들어 SELEX(Systematic Evolution of Ligands of Exponential enrichment)라는 방법으로 원하는 다양한 목적 물질 (단백질, 당, 염색물질, DNA, 금속이온, 세포 등)에 대한 앱타머를 개발할 수 있다.
상기 유전자의 돌연변이는 임의의 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있고, 예를 들면, 절단형(truncating) 돌연변이, 미스센스(missense) 돌연변이(또는 과오 돌연변이), 넌센스(nonsense) 돌연변이, 프레임시프트(frame shift) 돌연변이, 인프레임(in-frame) 돌연변이(또는 해독틀내 돌연변이), 스플라이스 돌연변이 및 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 돌연변이를 가질 수 있다. 상기 프레임시프트 돌연변이는 프레임시프트 삽입(frame shift insert, FS ins) 돌연변이 및 프레임시프트 결실 돌연변이(frame shift delete, FS del) 중 적어도 하나일 수 있다. 상기 인-프레임 돌연변이는 인-프레임 삽입(in-frame insertion, IF ins) 돌연변이 및 인-프레임 결실(in-frame delete, IF del) 돌연변이 중 적어도 하나일 수 있다.
폴리펩티드 서열에서의 돌연변이와 관련하여 용어 "X#Y"는 본 기술 분야에서 자명하게 인식되는 것으로, 여기서 "#"은 폴리펩티드의 아미노산 번호와 관련하여 돌연변이 위치를 나타내고, "X"는 야생형 아미노산 서열의 그 위치에서 발견되는 아미노산을 나타내며, "Y"는 그 위치에서의 돌연변이체 아미노산을 나타낸다. 예를 들어, SSC5D 폴리펩티드와 관련하여 표기 "S1077R"은 야생형 SSC5D 서열의 아미노산 번호 1077에는 세린이 존재하고, 세린이 돌연변이체 SSC5D 서열에서 아르기닌으로 대체되었음을 나타낸다. 상기 유전자들의 돌연변이는 하기와 같다:
상기 SSC5D 유전자의 돌연변이는 서열번호 1의 아미노산 서열에서, W801Gfs*22인 프레임시프트 결실 돌연변이 또는 S1077R인 미스센스 돌연변이일 수 있다. 프레임시프트 돌연변이의 표기 방식은, 아미노산 종류(아미노산 위치)아미노산 종류fs*(아미노산 위치에서 하류 방향으로 정지 코돈까지의 뉴클레오티드 개수)이다(프레임시프트 삽입 돌연변이, 프레임시프트 결실 돌연변이 모두 동일한 표기 방식이며, 이하에서는 설명을 생략함).
상기 DDX20 유전자의 돌연변이는 서열번호 2의 아미노산 서열에서, L126F인 미스센스 돌연변이, T113S인 미스센스 돌연변이, F315C인 미스센스 돌연변이 또는 E709K인 미스센스 돌연변이일 수 있다.
상기 FLG 유전자의 돌연변이는 서열번호 3의 아미노산 서열에서, H822N인 미스센스 돌연변이, G2564*인 넌센스 돌연변이, R3780T인 미스센스 돌연변이, E3429D인 미스센스 돌연변이 또는 S2029C인 미스센스 돌연변이일 수 있다. 넌센스 돌연변이에서 *는 해당 아미노산 위치에서의 아미노산 합성이 종료된 것을 나타낸다(이하에서는 설명을 생략함).
상기 KYAT3 유전자의 돌연변이는 서열번호 4의 아미노산 서열에서, T309K인 미스센스 돌연변이, K399*인 넌센스 돌연변이, K399Nfs*3인 프레임시프트 결실 돌연변이 또는 K399Mfs*4인 프레임시프트 결실 돌연변이일 수 있다.
상기 유전자의 돌연변이를 이용하여 신장암의 예후를 진단하기 위한 분석 방법으로 차세대 염기서열분석법(next generation sequencing, NGS), RT-PCR, 직접 핵산 서열분석 방법, 마이크로 어레이가 사용될 수 있으며, 본 발명의 유전자의 돌연변이를 이용하여 돌연변이의 존재를 확인할 수 있는 방법이라면 제한없이 적용할 수 있다. 일 구현예에서, 돌연변이의 존재는 엄격한 조건 하에 각 유전자의 돌연변이의 폴리뉴클레오티드에 혼성화하는 항-(각 유전자의 돌연변이) 항체 또는 핵산 프로브를 사용하여 결정된다. 또 다른 구현예에서, 항체 또는 핵산 프로브는 검출가능하게 표지된다. 또 다른 구현예에서, 표지는 면역형광 표지, 화학발광 표지, 인광 표지, 효소 표지, 방사성 표지, 아비딘/비오틴, 콜로이드성 금 입자, 착색 입자 및 자기 입자로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 구현예에서, 돌연변이의 존재는 방사성면역 검정, 웨스턴블롯 검정, 면역형광 검정, 효소면역 검정, 면역침전 검정, 화학발광 검정, 면역조직화학 검정, 도트 블롯 검정, 슬롯 블롯 검정 또는 유동 세포측정 검정에 의해 결정된다. 또 다른 구현예에서, 돌연변이의 존재는 RT-PCR에 의해 결정된다. 또 다른 구현예에서, 돌연변이의 존재는 핵산 서열분석에 의해 결정된다.
본 발명에서 용어 '폴리뉴클레오티드'는 일반적으로 비변형된 RNA 또는 DNA 또는 변형된 RNA 또는 DNA일 수 있는 임의의 폴리리보뉴클레오티드 또는 폴리데옥시리보뉴클레오티드를 지칭한다. 따라서, 예를 들어 본원에 정의된 바와 같은 폴리뉴클레오티드는 비제한적으로 단일- 및 이중-가닥 DNA, 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일- 및 이중-가닥 RNA, 및 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일-가닥 또는 보다 전형적으로는 이중-가닥일 수도 있거나 또는 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함할 수 있는 DNA 및 RNA를 포함하는 하이브리드 분자를 포함한다. 따라서, 안정성 또는 다른 이유로 인해 변형된 백본을 갖는 DNA 또는 RNA는 본원에서 의도된 용어와 같은 '폴리뉴클레오티드'이다. 또한, 이노신과 같은 비통상적 염기 또는 삼중수소화 염기와 같은 변형된 염기를 포함하는 DNA 또는 RNA가 본원에 정의된 바와 같은 용어 '폴리뉴클레오티드'에 포함된다. 일반적으로, 용어 '폴리뉴클레오티드'는 비변형된 폴리뉴클레오티드의 모든 화학적으로, 효소적으로 및/또는 대사적으로 변형된 형태를 포함한다. 폴리뉴클레오티드는 시험관내 재조합 DNA-매개 기술을 비롯한 다양한 방법에 의해, 그리고 세포 및 유기체 내의 DNA의 발현에 의해 제조될 수 있다.
본 발명의 다른 양태는 SSC5D 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 종양형태 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 신장암의 예후 진단용 키트를 제공한다.
상기 종양형태 특이적 마커는DDX20 유전자의 돌연변이, FLG 유전자의 돌연변이 및 KYAT3 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함할 수 있다.
예를 들어, 상기 생존 특이적 마커 중 적어도 하나가 검출되는 경우, 해당 개체는 상기 생존 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 낮다고 판단하거나 재발율이 높다고 판단할 수 있다.
상기 생존 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약은 프라이머, 프로브, 항체 및 앱타머로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상을 포함할 수 있으며, 구체적인 내용은 상술한 바와 같으므로 구체적인 설명을 생략한다.
본 발명의 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트일 수 있다. 일 예로서, 본 발명의 상기 마커 유전자의 mRNA 발현 수준을 측정하기 위한 RT-PCR 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. 상기 RT-PCR 키트는, 상기 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한, 정량 대조구로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.
다른 예로서, 본 발명의 DNA 칩 키트는 DNA 칩 분석법을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있다. 상기 DNA 칩 키트는, 마커 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한, 기판은 정량 대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.
또다른 예로서, 본 발명의 키트는 상기 마커 유전자로부터 발현되는 단백질의 수준을 측정하기 위한 단백질 칩 키트로서, 상기 키트는 특별히 이에 제한되지 않으나, 항체의 면역학적 검출을 위하여 기재, 적당한 완충용액, 발색 효소 또는 형광물질로 표지된 2차 항체, 발색 기질 등을 포함할 수 있다. 상기 기재는 특별히 이에 제한되지 않으나 니트로셀룰로오스 막, 폴리비닐 수지로 합성된 96 웰 플레이트, 폴리스티렌 수지로 합성된 96 웰 플레이트 및 유리로 된 슬라이드글라스 등이 이용될 수 있고, 발색효소는 특별히 이에 제한되지 않으나 퍼옥시다아제(peroxidase), 알칼라인 포스파타아제(Alkaline Phosphatase)가 사용될 수 있으며, 형광물질은 특별히 이에 제한되지 않으나 FITC, RITC 등이 될 수 있고, 발색 기질액은 특별히 이에 제한되지 않으나 ABTS(2,2'-아지노-비스(3-에틸벤조티아졸린-6-설폰산)) 또는 OPD(o-페닐렌디아민), TMB(테트라메틸 벤지딘)가 될 수 있다.
또한, 본 발명의 키트는 시약으로서 버퍼, 지시약, 또는 그 조합을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 신장암의 예후 진단용 키트는 기존의 일반적인 유전자의 돌연변이 검색 방법에 비하여 시간과 비용이 절감되어 매우 경제적이다. SSCP(Single Strand Conformational Polymorphism), PTT(Protein Truncation Test), 클로닝(cloning), 직접 염기서열 분석(direct sequencing) 등과 같은 기존의 유전자 돌연변이 검색 방법을 이용하여 한 유전자를 모두 검사하려면 평균적으로 수 일 내지 수개월이 소요된다. 또한, 차세대 염기서열분석법(next generation sequencing: NGS)을 통해서도 빠르고 간단하게 유전자 돌연변이를 정밀하게 검사할 수 있다. 돌연변이를 SSCP, 클로닝, 직접 염기 서열 분석, RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism) 등의 기존 분석방법에 의해 검사하는 경우 검사 완료까지 약 한달 가량이 소요되는 반면, 본 발명의 키트를 이용하면 시료 DNA가 준비되어 있을 경우 약 10 내지 11시간 내에 결과를 얻을 수 있고, 칩 하나에 돌연변이를 검출할 수 있는 프라이머 세트가 함께 집적되어 있기 때문에 기존의 방법에 비해 시간뿐만 아니라 비용까지 절감할 수 있다. 기존의 방법에 비해 매 실험 당 평균 절반 이하의 시약비가 소모되므로 연구자의 인건비까지 감안하였을 때 더욱 큰 비용의 절감 효과를 기대할 수 있게 된다.
2. 신장암의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법
본 발명의 또다른 양태는 신장암 환자의 샘플로부터 시료 DNA를 준비하는 단계; 상기 시료 DNA에 대해 상기 신장암의 예후 진단용 조성물 또는 상기 신장암의 예후 진단용 키트를 이용하여 종양형태 특이적 마커의 유무를 확인하는 단계;를 포함하는 신장암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
상기 '신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트'에 대한 설명은 ' 1.신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트 '에 기재한 바와 동일하므로 구체적인 설명을 생략한다.
용어 '환자'는 통상 인간을 포함할 뿐 아니라 다른 동물, 예를 들어 다른 영장류, 설치류, 개, 고양이, 말, 양, 돼지 등을 포함할 수 있다.
용어 '샘플'은 암 또는 종양이 이미 발생하였거나 발생할 것으로 예상되는 개체 또는 조직의 시료로써, 그 예후를 진단하고자 하는 대상 시료를 의미한다. 구체적으로, 신장암을 갖는 환자로부터 수득한 동결 조직으로부터 제조된 종양 용해물 또는 추출물을 의미할 수 있다.
용어 '개체'는 신장암으로 판정되거나 의심되는 대상을 포함한다.
상기 방법은 신장암 환자의 총 생존율 또는 무병 생존율을 예측할 수 있다.
본 발명에서 용어 '총 생존율(overall survival, OS)'은 질환, 예컨대 암으로 진단되거나 그에 대해 치료된 후 한정된 시간 동안 살아 있는 환자를 기재하는 임상적 종점을 포함하며, 암의 재발 여부에 관계없이 생존하는 가능성을 의미한다.
본 발명에서 용어 '무병 생존율(disease-free survival, DFS)'은 특정 질환(예를 들어 암)에 대한 치료 후 암의 재발 없이 환자가 생존하는 기간을 포함한다.
본 발명은 신장암 환자의 샘플에서 본 발명의 유전자의 돌연변이의 존재를 확인함으로써 대상 시료를 가진 개체가 암에 대해 어떤 예후를 가지는지 예측할 수 있다. 또한 이러한 방법은 예후가 좋다고 알려진 돌연변이가 존재하지 않는 대조군의 개체의 총 생존율 또는 무병 생존율을 비교함으로써 달성될 수 있다. 본 발명에서 예후가 좋다고 알려진 개체란 암이 발병한 후에 전이, 재발, 사망 등의 이력이 없는 개체를 의미한다.
상기 종양형태 특이적 마커는 SSC5D 유전자의 돌연변이를 포함할 수 있다.
또한, 상기 종양형태 특이적 마커는 DDX20 유전자의 돌연변이, FLG 유전자의 돌연변이 및 KYAT3 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함할 수 있다.
상기 신장암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법은 신장암 환자의 총 생존율 또는 무병 생존율을 예측할 수 있다. 예를 들면, 상기 방법은 상기 종양형태 특이적 마커가 확인되는 경우, 상기 종양형태 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 낮다고 판단하는 단계;를 포함할 수 있다. 또는 그 반대의 경우도 가능하다.
또한, 상기 방법은 상기 종양형태 특이적 마커가 확인되는 경우, 상기 종양형태 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 신장암의 재발율이 높다고 판단하는 단계;를 포함할 수 있다. 또는 그 반대의 경우도 가능하다.
이와 같이, 본 발명의 유전자의 돌연변이인 SSC5D 유전자의 돌연변이를 이용하여 신장암의 종양형태에 따른 신장암의 생존 가능성 또는 재발 가능성 등의 예후를 진단할 수 있다는 내용에 대해서는 아직까지 밝혀진 바 없다. 또한, 각 유전자에서 총 생존율 또는 무병 생존율이 상이할 수 있는 점에 대해서도 보고된 바 없다. 본 발명자들은 상기 유전자들의 돌연변이를 신장암의 종양형태에 따라 치료 효과의 차이를 예측하거나, 신장암 환자의 예후를 진단할 수 있는 진단 표지자로 사용할 수 있는 점을 최초로 규명하였다.
본 발명의 신장암 환자의 치료 효과의 차이를 예측하기 위해 필요한 정보를 제공하는 방법은 신장암의 유전자 돌연변이를 진단하거나, 신장암 환자의 생존율을 높이거나, 또는 재발율을 낮추는데 사용될 수 있다. 본 발명의 신장암의 예후 진단에 대한 방법을 통해, 신장암의 유전자의 돌연변이 발생 정보를 이용해 신장암의 종양형태에 따라 치료 효과를 예측하거나, 신장암 환자의 생존율 또는 재발율을 예측할 수 있으므로, 각 환자에 적합한 치료제 발굴뿐만 아니라, 치료법 선택에 있어 정보를 제공할 수 있어, 신장암에 관한 치료적 전략을 효율적으로 설계할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예 및 실험예에 의해 상세히 설명한다.
단, 하기 실시예 및 실험예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예 및 실험예에 의해 한정되는 것은 아니다.
실시예
유전 정보 및 임상 정보의 확보
신장암 환자의 예후를 진단할 수 있는 종양형태 특이적 마커를 도출하기 위하여, TCGA(The Cancer Genome Atlas)로부터 유전 정보와 임상 정보가 모두 확보되어 있는 유두형 신장암 환자 162명의 재발, 전이, 사망, 관측 시간 등에 관한 데이터를 입수하여 분석에 이용하였다.
환자수 비율(%)
종양형태 유형 1 85 52.5
유형 2 77 47.5
합계 162 100
종양형태와 관련성이 있는 마커의 선별
상기 표 1에 나타낸 바와 같이 종양형태를 확인할 수 있는 162개 데이터에 대하여 종양형태에 따라, Type 2(T0)/Type 1(T1)의 두 그룹으로 나누고, 3가지 Feature Selection (Information Gain, Chi-Square, MR) 방법으로 기계학습을 시행하여, 종양형태와 관련성을 갖는(tumor type related) 다음의 52개의 유전자를 도출하였다:
ANKRD13D, ANTXR2, ARHGEF3, AXIN1, C19orf57, C8A, CAMK2B, KYAT3, CCDC178, CD109, CDAN1, CMBL, CTDSPL, DDX20, DNAJB6, DNAJB9, DOCK4, DPP10, DROSHA, EYS, FAM161B, FLG, GAB4, HDAC7, HIVEP3, IL17RC, KIAA1244, KIDINS220, KIF5A, LPIN1, MAPK6, MDN1, MFSD10, MSTN, MYBBP1A, NCOA1, NCOA2, NPY2R, PUM1, R3HDM2, RGSL1, SLC17A8, SLC22A23, SORL1, SSC5D, TMEM254, VWA8, WAPAL, WDR20, WWC2, ZC3H13, ZER1.
상기 분석결과 p값을 하기 표 2에 구체적으로 나타내며, 데이터 해석시 편의를 위하여, 후술하는 실시예 2에서 수행된 카플란 마이어 생존 분석법에 따른 총 생존여부(Overall Survival) 및 무병 생존여부(Disease Free Survival)의 p값을 함께 나타낸다.
돌연변이수 돌연변이
(%)		 사이토밴드 　돌연변이 유형 종양형태 피셔 검정(p값)
　		 총 생존여부(p값) 무병 생존여부(p값)
T1 T2 T1 비율
(%)
절단 미스센스 인프레임
ANKRD13D 3 1 11q13.2 0 3 0 3 0 100 0.101 0.57 0.49
ANTXR2 2 0.7 4q21.21 2 0 0 2 0 100 0.219 0.657 0.565
ARHGEF3 3 1 3p14.3 0 3 0 3 0 100 0.101 0.609 0.497
AXIN1 3 1 16p13.3 0 3 0 3 0 100 0.101 0.616 0.494
C19orf57 3 1 19p13.12 2 1 0 3 0 100 0.101 0.694 0.599
C8A 2 0.7 1p32.2 0 2 0 2 0 100 0.219 0.387 0.383
CAMK2B 2 0.7 7p13 0 2 0 2 0 100 0.219 0.362 0.701
KYAT3 4 1.4 NA 3 1 0 4 0 100 0.046 0.706 0.61
CCDC178 2 0.7 18q12.1 0 2 0 2 0 100 0.219 0.657 0.561
CD109 2 0.7 6q13 1 1 0 2 0 100 0.219 0.62 0.516
CDAN1 3 1 15q15.2 0 3 0 3 0 100 0.101 0.394 0.344
CMBL 3 1 5p15.2 1 1 1 3 0 100 0.101 0.548 0.518
CTDSPL 2 0.7 3p22.2 1 1 0 2 0 100 0.219 0.467 0.452
DDX20 4 1.4 1p13.2 0 4 0 4 0 100 0.046 0.362 0.336
DNAJB6 2 0.7 7q36.3 0 2 0 2 0 100 0.219 0.455 0.441
DNAJB9 2 0.7 7q31.1|14q24.2-q24.3 2 0 0 2 0 100 0.219 0.499 0.585
DOCK4 3 1 7q31.1 0 3 0 3 0 100 0.101 0.721 0.148
DPP10 2 0.7 2q14.1 1 1 0 2 0 100 0.219 0.624 0.585
DROSHA 3 1 5p13.3 0 3 0 3 0 100 0.101 0.622 0.504
EYS 3 1 6q12 1 2 0 3 0 100 0.101 0.605 0.532
FAM161B 1 0.3 NA 0 1 0 1 0 100 0.34 0.776 0.713
FLG 5 1.7 1q21.3 1 4 0 5 0 100 0.031 0.378 0.653
GAB4 3 1 22q11.1 0 3 0 3 0 100 0.096 0.658 0.532
HDAC7 2 0.7 12q13.11 0 2 0 2 0 100 0.176 0.538 0.487
HIVEP3 3 1 1p34.2 1 2 0 3 0 100 0.096 0.104 0.344
IL17RC 3 1 3p25.3|3p25.3-p24.1 0 3 0 3 0 100 0.096 0.625 0.507
KIAA1244 3 1 NA 0 2 1 3 0 100 0.096 0.805 0.717
KIDINS220 2 0.7 2p25.1 2 0 0 2 0 100 0.176 0.529 0.487
KIF5A 3 1 12q13.3 0 3 0 3 0 100 0.096 0.598 0.477
LPIN1 3 1 2p25.1 1 2 0 3 0 100 0.096 0.401 0.281
MAPK6 2 0.7 15q21.2 1 1 0 2 0 100 0.176 0.632 0.53
MDN1 3 1 6q15 0 3 0 3 0 100 0.096 0.615 0.503
MFSD10 2 0.7 4p16.3 0 2 0 2 0 100 0.176 0.637 0.185
MSTN 2 0.7 2q32.2 0 2 0 2 0 100 0.176 0.534 0.475
MYBBP1A 2 0.7 17p13.2 0 2 0 2 0 100 0.176 0.618 0.522
NCOA1 3 1 2p23.3 1 2 0 3 0 100 0.096 0.534 0.449
NCOA2 4 1.4 8q13.3 3 1 0 3 0 100 0.096 0.539 0.401
NPY2R 2 0.7 4q32.1 0 2 0 2 0 100 0.176 0.628 0.529
PUM1 3 1 1p35.2 0 3 0 3 0 100 0.096 0.572 0.504
R3HDM2 2 0.7 12q13.3 0 2 0 2 0 100 0.176 0.656 0.562
RGSL1 2 0.7 1q25.3 1 1 0 2 0 100 0.176 0.687 0.603
SLC17A8 2 0.7 12q23.1 1 1 0 2 0 100 0.176 0.722 0.641
SLC22A23 2 0.7 6p25.2 1 1 0 2 0 100 0.176 0.28 0.585
SORL1 3 1 11q24.1 0 3 0 3 0 100 0.096 0.42 0.376
SSC5D 2 0.7 19q13.42 1 1 0 2 0 100 0.176 0.016 0.743
TMEM254 1 0.3 NA 0 1 0 1 0 100 0.34 0.722 0.638
VWA8 3 1 13q14.11 0 3 0 3 0 100 0.096 0.621 0.515
WAPAL 3 1 NA 0 3 0 3 0 100 0.096 0.604 0.403
WDR20 3 1 14q32.31 1 2 0 3 0 100 0.096 0.391 0.547
WWC2 2 0.7 4q35.1 0 2 0 2 0 100 0.176 0.457 0.335
ZC3H13 2 0.7 13q14.13 1 1 0 2 0 100 0.176 0.667 0.574
ZER1 3 1 9q34.11 1 2 0 3 0 100 0.096 0.661 0.173
이들 52개 유전자 중에서 피셔의 정확 검정(Fisher's exact test)의 p값이 0.05 이상인 48개 유전자는 종양형태와 관련성은 있으나 연관성은 낮다고 판단된다. 또한, p값이 0.05 미만인 다음의 4개의 유전자(후보 유전자 제1군)는 종양형태와 연관성이 높은 유전자로 여겨지고, 구체적으로 해당 유전자의 돌연변이가 있는 경우 종양형태가 Type 1이라고 판단될 수 있다.
후보 유전자 제1군: DDX20, FLG, KYAT3.
예후 예측용 종양형태 특이적 마커의 선별 및 검토
예후 예측용 종양형태 특이적 마커로서 활용 가능성을 확인하기 위하여, 이들에 대해 상기 162명의 대상 환자 데이터에 대해 비교 분석을 실시하였으며, 결측값, 특이값 등은 제외되었다:
상기 환자들의 임상 정보(사건(사망 또는 재발) 여부, 관측 시간)을 토대로 SPSS를 이용한 카플란 마이어 생존 분석법으로 총 생존 기간(Overall Survival) 또는 무병 생존 기간(Disease-free Survival)을 계산하였다. 총 생존 기간에서는 사건을 사망으로 정하고, 무병 생존 기간에서는 사건을 신장암의 재발로 정하였다. 상기 유전자들 각각에서의 돌연변이 발생이 신장암에 의한 사망 또는 신장암의 재발과 상호 관련성이 있는지 여부를 확인하기 위하여, 카플란 마이어 생존 분석법에서 얻어진 각 군의 사건 시간(event time)을 토대로 돌연변이 발생과 총 생존 기간의 연관성, 및 돌연변이 발생과 무병 생존 기간의 연관성을 로그순위 검정(log rank test)에 의해 확인하였다. 0.05 미만의 p값을 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다.
실험군은 본 발명의 유전자들에 돌연변이가 있는 경우(case with alterations in query gene)로 하였고, 대조군으로는 본 발명의 유전자들에 돌연변이가 없는 경우(case without alterations in query gene)로 하였다. 생존 기간 중앙값(median months survival)은 해당 군의 환자들의 생존 기간을 나열하였을 때 중앙에 위치하는 값을 의미한다. 카플란 마이어 생존 분석법에 의한 생존 곡선에서의 경사도는 생존 기간에 의해 결정된다.
상기 분석 결과, 총 생존여부의 p값이 0.05 미만인 다음의 1개의 유전자(후보 유전자 제2군)는 생존율 또는 재발율과 연관성이 높은 유전자로 여겨지며, 구체적으로 해당 유전자의 돌연변이가 있는 경우 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단된다.
후보 유전자 제2군: SSC5D.
먼저, 종양형태와 연관성이 있는 상기 후보 유전자 제1군의 3개의 유전자와 관련하여, 도 1은 해당 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자(적색)와 해당 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자(청색)의 총 생존율 및 무병 생존율의 그래프를 나타낸다. 도 1에서, 총 생존율 및 무병 생존율의 p값은 0.05 이상으로서 상기 유전자들은 총 생존율 및 무병 생존율과는 연관성이 낮은 것으로 나타난다.
다음으로, 생존율과 연관성이 있는 상기 후보 유전자 제2군의 SSC5D 유전자와 관련하여, 도 2는 해당 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자(적색)와 해당 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자(청색)의 총 생존율 및 무병 생존율의 그래프를 나타낸다. 도 2에서, 총 생존율의 p값이 0.0161로서 0.05 미만이므로 상기 유전자는 총 생존율과 연관성이 높은 것으로 나타난다. 따라서, 상기 유전자에 돌연변이가 있는 경우 총 생존율이 낮다고 판단될 수 있다.
도 3은 종양형태와 관련성이 있는 총 52개의 유전자에 대해서, 해당 유전자에 돌연변이가 있는 신장암 환자(적색)와 해당 유전자에 돌연변이가 없는 신장암 환자(청색)의 총 생존율 및 무병 생존율의 그래프를 나타낸다.
돌연변이 위치 정보를 이용한 마커 유전자의 검출
상기 후보 유전자 제1군 및 제2군의 유전자들의 돌연변이 위치 정보를 하기에 나타낸다.
Gene AA change Type Copy # COSMIC Chr Start Pos End Pos HGVSc
DDX20 L126F Missense diploid 　 1 112299342 112299342 ENST00000369702.4:c.376C>T
T113S Missense diploid 　 1 112299304 112299304 ENST00000369702.4:c.338C>G
F315C Missense diploid 1 1 112303729 112303729 ENST00000369702.4:c.944T>G
E709K Missense gain 1 1 112309171 112309171 ENST00000369702.4:c.2125G>A
FLG H822N Missense diploid 1 1 152284898 152284898 ENST00000368799.1:c.2464C>A
G2564* Nonsense diploid 1 1 152279672 152279672 ENST00000368799.1:c.7690G>T
R3780T Missense diploid 1 1 152276023 152276023 ENST00000368799.1:c.11339G>C
E3429D Missense diploid 1 1 152277075 152277075 ENST00000368799.1:c.10287G>T
S2029C Missense amp 1 1 152281276 152281276 ENST00000368799.1:c.6086C>G
KYAT3 T309K Missense diploid 　 1 89418774 89418774 ENST00000260508.4:c.926C>A
K399* Nonsense diploid 　 1 89409053 89409053 ENST00000260508.4:c.1195A>T
K399Nfs*3 Frame_Shift_Del diploid 　 1 89409051 89409051 ENST00000260508.4:c.1197delA
K399Mfs*4 Frame_Shift_Del diploid 　 1 89409052 89409053 ENST00000260508.4:c.1196_1197delAA
SSC5D W801Gfs*22 Frame_Shift_Del diploid 　 19 56011955 56011955 ENST00000389623.6:c.2401delT
S1077R Missense diploid 　 19 56028874 56028874 ENST00000389623.6:c.3231T>A
상기 돌연변이 위치 정보를 토대로, 상기 마커 유전자를 검출할 수 있는 프라이머, 프로브, 항체 또는 앱타머를 이용한 마이크로 칩의 제작이 가능하며, 구체적인 방법은 통상의 기술에 따를 수 있다.
상기에서는 본 발명의 바람직한 실시예를 예시적으로 설명하였으나, 본 발명의 범위는 상기와 같은 특정 실시예에만 한정되지 아니하며, 해당 분야에서 통상의 지식을 가진 자라면 본 발명의 특허청구범위에 기재된 범주 내에서 적절하게 변경이 가능할 것이다.
<110> THE CATHOLIC UNIVERSITY OF KOREA INDUSTRY-ACADEMIC COOPERATION FOUNDATION <120> Composition And Kit For Diagnosing Prognosis Of Kidney Cancer According To Tumor Type <130> 2019-DPA-3297 <160> 4 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 1573 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Arg Val Leu Ala Cys Leu Leu Ala Ala Leu Val Gly Ile Gln Ala 1 5 10 15 Val Glu Arg Leu Arg Leu Ala Asp Gly Pro His Gly Cys Ala Gly Arg 20 25 30 Leu Glu Val Trp His Gly Gly Arg Trp Gly Thr Val Cys Asp Asp Gly 35 40 45 Trp Asp Leu Arg Asp Ala Ala Val Ala Cys Arg Gln Leu Gly Cys Gly 50 55 60 Gly Ala Leu Ala Ala Pro Gly Gly Ala Phe Phe Gly Glu Gly Ala Gly 65 70 75 80 Pro Val Trp Leu Ser Glu Leu Ala Cys Arg Gly Asn Glu Gly Gln Leu 85 90 95 Gly Leu Cys His His Arg Gly Trp Lys Ala His Ile Cys Ser His Glu 100 105 110 Glu Asp Ala Gly Val Val Cys Ala Gly Gln Arg Val Ala Asn Ser Arg 115 120 125 Asp Asp Ser Thr Ser Pro Leu Asp Gly Ala Pro Trp Pro Gly Leu Leu 130 135 140 Leu Glu Leu Ser Pro Ser Thr Glu Glu Pro Leu Val Thr His Ala Pro 145 150 155 160 Arg Pro Ala Gly Asn Pro Gln Asn Ala Ser Arg Lys Lys Ser Pro Arg 165 170 175 Pro Lys Gln Ala Lys Ser Thr Arg Ala Pro Leu Leu Thr Thr Gly Ala 180 185 190 Pro Arg Gln Glu Arg Leu Arg Leu Val Ser Gly Pro His Arg Cys Ala 195 200 205 Gly Arg Leu Glu Val Trp His Gly Gly Arg Trp Gly Thr Val Cys Asp 210 215 220 Asp Gly Trp Asp Leu Arg Asp Ala Ala Val Ala Cys Arg Glu Leu Gly 225 230 235 240 Cys Gly Gly Ala Leu Ala Ala Pro Gly Gly Ala Arg Phe Gly Pro Gly 245 250 255 Ala Gly Pro Val Trp Met Asp Asp Val Gly Cys Gly Gly Gly Glu Gln 260 265 270 Ala Leu Arg Asp Cys Pro Arg Ser Pro Trp Gly Arg Ser Asn Cys Asp 275 280 285 His Ser Glu Asp Ala Gly Leu Val Cys Thr Gly Pro Ala Pro Arg Leu 290 295 300 Arg Leu Ala Asp Gly Pro His Gly Cys Ala Gly Arg Leu Glu Val Trp 305 310 315 320 His Gly Gly Arg Trp Gly Ser Val Cys Asp Asp Ala Trp Asp Leu Arg 325 330 335 Asp Ala Ala Val Ala Cys Arg Glu Leu Gly Cys Gly Gly Ala Leu Ala 340 345 350 Ala Pro Gly Gly Ala Phe Phe Gly Glu Gly Ser Gly Pro Ile Ile Leu 355 360 365 Asp Asp Leu Arg Cys Arg Gly Asn Glu Thr Ala Leu Arg Phe Cys Pro 370 375 380 Ala Arg Pro Trp Gly Gln His Asp Cys His His Arg Glu Asp Ala Gly 385 390 395 400 Ala Val Cys Asp Gly Met Pro Leu Gly Tyr Val Pro Pro Thr Ala Pro 405 410 415 Thr Asp Ser Asn Asn Ser Thr Pro Arg Glu Ala Ala Ser Arg Pro Pro 420 425 430 Ser Thr Met Thr Ser Gln Ala Pro Gly Thr Ala Gly Val Ser Pro Pro 435 440 445 Pro Ala Ser Pro Thr Val Leu Trp Glu Pro Gly Pro Glu Ala Gly Ser 450 455 460 Pro Gln Leu Arg Leu Val Ala Gly Pro Ser Lys Cys Ser Gly Arg Leu 465 470 475 480 Glu Val Trp His Asp Gln Arg Trp Gly Thr Val Cys Asp Asp Ser Trp 485 490 495 Asp Met Arg Asp Ser Ala Val Val Cys Arg Glu Leu Gly Cys Gly Gly 500 505 510 Pro Gln Gln Pro Asp Pro Ala Ala Gly Arg Phe Gly Trp Gly Ala Gly 515 520 525 Pro Ile Trp Leu Asp Asp Val Gly Cys Val Gly Thr Glu Ala Ser Leu 530 535 540 Ser Asp Cys Pro Ala Ala Pro Trp Gly Lys His Asn Cys Ala His Asn 545 550 555 560 Glu Asp Val Gly Val Thr Cys Thr Gly Pro Pro Gly Leu Asp Ser Ile 565 570 575 Ser Asp Pro Phe Ser Trp Ser Trp Ile Pro Gly Leu Gly Arg Asp Arg 580 585 590 Asp Ala Trp Leu Pro Gly Glu Leu Ala Thr Lys Pro Ser Ala Ser Val 595 600 605 Thr Ala Ser Val Leu Glu Lys Thr Thr Thr Lys Ala Pro Gly Lys Met 610 615 620 Pro Lys Ser Thr Lys Lys Trp Val Thr Lys Asn Ala Lys Arg Pro Thr 625 630 635 640 Thr Gln Pro Pro Val Met Pro Thr Thr Lys His Ser Arg Ala Gln Ser 645 650 655 Pro Pro Asp Leu Thr Ser Gln Thr Thr Ala Ala Leu Thr Thr Glu Ala 660 665 670 Ser Arg Arg Pro Thr Ser Glu Phe Thr Arg Arg Pro Thr Thr Glu Ala 675 680 685 Pro Gln Arg Trp Thr Ser His Thr Thr Ala Thr Leu Thr Pro Gln Ala 690 695 700 Pro Arg Glu Arg Thr Thr Lys Thr Met Ala Met Leu Thr Thr Gln Gly 705 710 715 720 Pro Gln Glu Met Thr Ser Glu Ser Thr Ile Lys Ser Ile Pro Gln Ala 725 730 735 Ser Leu Glu Pro Ser Ala Glu Ile Pro Glu Gly Ser Pro Glu Ser Pro 740 745 750 Lys Asp Pro Ala Pro Ser Pro Ser Val Ser Thr Thr Gly Glu Ser Gly 755 760 765 Leu Phe Arg Val Arg Leu Ala Asp Gly Pro Asn Arg Cys Ala Gly Arg 770 775 780 Leu Glu Val Trp His Ala Gly Arg Trp Gly Thr Val Cys Asp Asp Asn 785 790 795 800 Trp Asp Leu Arg Asp Ala Thr Val Ala Cys Trp Glu Leu Gly Cys Gly 805 810 815 Lys Val Arg Pro Arg Val Gly Lys Thr His Tyr Gly Pro Gly Thr Gly 820 825 830 Pro Ile Trp Leu Asp Asp Met Gly Cys Lys Gly Ser Glu Ala Ser Leu 835 840 845 Ser Asp Cys Pro Ser Gly Ala Trp Gly Lys His Asn Cys Asp His Glu 850 855 860 Glu Asp Val Gly Leu Thr Cys Thr Gly Tyr Thr Asp Tyr Asp Asp Tyr 865 870 875 880 Pro Pro Trp Thr Trp Asp Pro Thr Ser Arg Glu Asp Leu Ala Lys Gly 885 890 895 Thr Thr Thr Ala Gly Val Pro Gly His Thr Leu Pro Trp Arg Thr Thr 900 905 910 Arg Arg Pro Gly Ser Ser Ser Pro Ala Ile Arg Arg Leu Pro Asp Thr 915 920 925 Gly Ser Lys Asp Gly Tyr Lys Leu Pro Trp Thr Trp Asp Thr Pro Ser 930 935 940 Gly Arg Gly Leu Ala Glu Gly Thr Pro Thr Ala Gly Lys Leu Gly Pro 945 950 955 960 Thr Leu Gly Ala Gly Thr Thr Arg Ser Pro Gly Ser Pro Pro Thr Leu 965 970 975 Arg Val His Gly Asp Thr Gly Ser Pro Arg Lys Pro Trp Pro Glu Arg 980 985 990 Arg Pro Pro Arg Pro Ala Ala Thr Arg Thr Ala Pro Pro Thr Pro Ser 995 1000 1005 Pro Gly Pro Ser Ala Ser Pro Gly Pro Pro Gly Pro Ala Leu Thr Ser 1010 1015 1020 Asp Ser Ser Arg Glu Leu Thr Pro His Ser Ala Leu Thr Ser Glu Ala 1025 1030 1035 1040 Thr Ser Asp Ala Pro Asp Thr Ser Pro Pro Thr Pro Asp Pro Ala Ser 1045 1050 1055 Arg Thr Asn Pro Asp Leu Ile Leu Thr Ser Pro Asp Phe Ala Leu Ser 1060 1065 1070 Thr Pro Asp Ser Ser Val Val Pro Ala Leu Thr Pro Glu Pro Ser Pro 1075 1080 1085 Thr Pro Leu Pro Thr Leu Pro Lys Glu Leu Thr Ser Asp Pro Ser Thr 1090 1095 1100 Pro Ser Glu Val Thr Ser Leu Ser Pro Thr Ser Glu Gln Val Pro Glu 1105 1110 1115 1120 Ser Asp Thr Thr Pro Asp Leu Asp Thr Thr Pro Tyr Ser Ser Thr Val 1125 1130 1135 Ser Glu Tyr Ser Arg Ser Pro Asp Pro Ser Pro Ser Pro His Pro Thr 1140 1145 1150 Thr Thr Pro Asp Pro Thr Met Ala Pro Asp Pro Ile Thr Thr Leu Asn 1155 1160 1165 Pro Thr Val Thr Pro His Phe Pro Thr Thr Pro His Pro Thr Thr Thr 1170 1175 1180 Pro His Pro Thr Thr Ile Thr His Ser Thr Met Ile Pro Asp Pro Thr 1185 1190 1195 1200 Thr Thr Pro Gln Pro Phe Thr Thr Ile Thr His Ser Thr Met Ile Pro 1205 1210 1215 Asp Pro Thr Thr Thr Pro Gln Pro Phe Thr Thr Met Gln Pro Thr Thr 1220 1225 1230 Thr Pro His Ser Thr Thr Pro His Pro Thr Thr Thr Pro His Pro Thr 1235 1240 1245 Thr Ile Thr His Ser Thr Met Ile Pro Asp Pro Thr Thr Thr Pro Gln 1250 1255 1260 Pro Phe Thr Thr Met Gln Pro Thr Thr Met Pro His Pro Thr Thr Thr 1265 1270 1275 1280 Pro His Pro Thr Thr Thr Pro His Pro Thr Thr Thr Pro His Pro Thr 1285 1290 1295 Thr Thr Pro His Pro Thr Met Thr Pro Asp Pro Thr Thr Thr Pro Tyr 1300 1305 1310 Pro Thr Thr Thr Pro Asp Pro Thr Thr Thr Pro His Pro Thr Thr Pro 1315 1320 1325 Asp Pro Ser Ser Thr Pro Val Ile Thr Thr Val Ser Leu Pro Thr Ser 1330 1335 1340 Leu Gly Thr Glu Leu Ser Ser Pro Thr Leu Ala Pro Thr Val Lys Pro 1345 1350 1355 1360 Ser Leu His Pro Gln Leu Thr Phe Thr Ala Pro Ala Pro His Thr Ser 1365 1370 1375 Thr Ser Gln Ile Pro Thr Leu Glu Pro Ser Pro Ala Leu Glu Ser Ser 1380 1385 1390 Pro Ser Arg Ser Ser Thr Ala Thr Ser Met Asp Pro Leu Ser Thr Glu 1395 1400 1405 Asp Phe Lys Pro Pro Arg Ser Gln Ser Pro Asn Leu Thr Pro Pro Pro 1410 1415 1420 Thr His Thr Pro His Ser Ala Ser Asp Leu Thr Val Ser Pro Asp Pro 1425 1430 1435 1440 Leu Leu Ser Pro Thr Ala His Pro Leu Asp His Pro Pro Leu Asp Pro 1445 1450 1455 Leu Thr Leu Gly Pro Thr Pro Gly Gln Ser Pro Gly Pro His Gly Pro 1460 1465 1470 Cys Val Ala Pro Thr Pro Pro Val Arg Val Met Ala Cys Glu Pro Pro 1475 1480 1485 Ala Leu Val Glu Leu Val Ala Ala Val Arg Asp Val Gly Gly Gln Leu 1490 1495 1500 Gln Arg Leu Thr Gln Val Val Glu Gln Glu Arg Gln Glu Arg Gln Ala 1505 1510 1515 1520 Leu Leu Leu Gly Leu Thr Gln Leu Val Glu Ala Ala Arg Gly Leu Gly 1525 1530 1535 Gln Leu Gly Glu Ala Val Lys Arg Leu Ala Glu Met Ala Trp Thr Thr 1540 1545 1550 Ser Met Pro Ala Pro Thr Thr Thr Thr Pro Glu Glu Glu Glu Arg Pro 1555 1560 1565 Leu Arg Gly Asp Val 1570 <210> 2 <211> 824 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Ala Ala Ala Phe Glu Ala Ser Gly Ala Leu Ala Ala Val Ala Thr 1 5 10 15 Ala Met Pro Ala Glu His Val Ala Val Gln Val Pro Ala Pro Glu Pro 20 25 30 Thr Pro Gly Pro Val Arg Ile Leu Arg Thr Ala Gln Asp Leu Ser Ser 35 40 45 Pro Arg Thr Arg Thr Gly Asp Val Leu Leu Ala Glu Pro Ala Asp Phe 50 55 60 Glu Ser Leu Leu Leu Ser Arg Pro Val Leu Glu Gly Leu Arg Ala Ala 65 70 75 80 Gly Phe Glu Arg Pro Ser Pro Val Gln Leu Lys Ala Ile Pro Leu Gly 85 90 95 Arg Cys Gly Leu Asp Leu Ile Val Gln Ala Lys Ser Gly Thr Gly Lys 100 105 110 Thr Cys Val Phe Ser Thr Ile Ala Leu Asp Ser Leu Val Leu Glu Asn 115 120 125 Leu Ser Thr Gln Ile Leu Ile Leu Ala Pro Thr Arg Glu Ile Ala Val 130 135 140 Gln Ile His Ser Val Ile Thr Ala Ile Gly Ile Lys Met Glu Gly Leu 145 150 155 160 Glu Cys His Val Phe Ile Gly Gly Thr Pro Leu Ser Gln Asp Lys Thr 165 170 175 Arg Leu Lys Lys Cys His Ile Ala Val Gly Ser Pro Gly Arg Ile Lys 180 185 190 Gln Leu Ile Glu Leu Asp Tyr Leu Asn Pro Gly Ser Ile Arg Leu Phe 195 200 205 Ile Leu Asp Glu Ala Asp Lys Leu Leu Glu Glu Gly Ser Phe Gln Glu 210 215 220 Gln Ile Asn Trp Ile Tyr Ser Ser Leu Pro Ala Ser Lys Gln Met Leu 225 230 235 240 Ala Val Ser Ala Thr Tyr Pro Glu Phe Leu Ala Asn Ala Leu Thr Lys 245 250 255 Tyr Met Arg Asp Pro Thr Phe Val Arg Leu Asn Ser Ser Asp Pro Ser 260 265 270 Leu Ile Gly Leu Lys Gln Tyr Tyr Lys Val Val Asn Ser Tyr Pro Leu 275 280 285 Ala His Lys Val Phe Glu Glu Lys Thr Gln His Leu Gln Glu Leu Phe 290 295 300 Ser Arg Ile Pro Phe Asn Gln Ala Leu Val Phe Ser Asn Leu His Ser 305 310 315 320 Arg Ala Gln His Leu Ala Asp Ile Leu Ser Ser Lys Gly Phe Pro Ala 325 330 335 Glu Cys Ile Ser Gly Asn Met Asn Gln Asn Gln Arg Leu Asp Ala Met 340 345 350 Ala Lys Leu Lys His Phe His Cys Arg Val Leu Ile Ser Thr Asp Leu 355 360 365 Thr Ser Arg Gly Ile Asp Ala Glu Lys Val Asn Leu Val Val Asn Leu 370 375 380 Asp Val Pro Leu Asp Trp Glu Thr Tyr Met His Arg Ile Gly Arg Ala 385 390 395 400 Gly Arg Phe Gly Thr Leu Gly Leu Thr Val Thr Tyr Cys Cys Arg Gly 405 410 415 Glu Glu Glu Asn Met Met Met Arg Ile Ala Gln Lys Cys Asn Ile Asn 420 425 430 Leu Leu Pro Leu Pro Asp Pro Ile Pro Ser Gly Leu Met Glu Glu Cys 435 440 445 Val Asp Trp Asp Val Glu Val Lys Ala Ala Val His Thr Tyr Gly Ile 450 455 460 Ala Ser Val Pro Asn Gln Pro Leu Lys Lys Gln Ile Gln Lys Ile Glu 465 470 475 480 Arg Thr Leu Gln Ile Gln Lys Ala His Gly Asp His Met Ala Ser Ser 485 490 495 Arg Asn Asn Ser Val Ser Gly Leu Ser Val Lys Ser Lys Asn Asn Thr 500 505 510 Lys Gln Lys Leu Pro Val Lys Ser His Ser Glu Cys Gly Ile Ile Glu 515 520 525 Lys Ala Thr Ser Pro Lys Glu Leu Gly Cys Asp Arg Gln Ser Glu Glu 530 535 540 Gln Met Lys Asn Ser Val Gln Thr Pro Val Glu Asn Ser Thr Asn Ser 545 550 555 560 Gln His Gln Val Lys Glu Ala Leu Pro Val Ser Leu Pro Gln Ile Pro 565 570 575 Cys Leu Ser Ser Phe Lys Ile His Gln Pro Tyr Thr Leu Thr Phe Ala 580 585 590 Glu Leu Val Glu Asp Tyr Glu His Tyr Ile Lys Glu Gly Leu Glu Lys 595 600 605 Pro Val Glu Ile Ile Arg His Tyr Thr Gly Pro Gly Asp Gln Thr Val 610 615 620 Asn Pro Gln Asn Gly Phe Val Arg Asn Lys Val Ile Glu Gln Arg Val 625 630 635 640 Pro Val Leu Ala Ser Ser Ser Gln Ser Gly Asp Ser Glu Ser Asp Ser 645 650 655 Asp Ser Tyr Ser Ser Arg Thr Ser Ser Gln Ser Lys Gly Asn Lys Ser 660 665 670 Tyr Leu Glu Gly Ser Ser Asp Asn Gln Leu Lys Asp Ser Glu Ser Thr 675 680 685 Pro Val Asp Asp Arg Ile Ser Leu Glu Gln Pro Pro Asn Gly Ser Asp 690 695 700 Thr Pro Asn Pro Glu Lys Tyr Gln Glu Ser Pro Gly Ile Gln Met Lys 705 710 715 720 Thr Arg Leu Lys Glu Gly Ala Ser Gln Arg Ala Lys Gln Ser Arg Arg 725 730 735 Asn Leu Pro Arg Arg Ser Ser Phe Arg Leu Gln Thr Glu Ala Gln Glu 740 745 750 Asp Asp Trp Tyr Asp Cys His Arg Glu Ile Arg Leu Ser Phe Ser Asp 755 760 765 Thr Tyr Gln Asp Tyr Glu Glu Tyr Trp Arg Ala Tyr Tyr Arg Ala Trp 770 775 780 Gln Glu Tyr Tyr Ala Ala Ala Ser His Ser Tyr Tyr Trp Asn Ala Gln 785 790 795 800 Arg His Pro Ser Trp Met Ala Ala Tyr His Met Asn Thr Ile Tyr Leu 805 810 815 Gln Glu Met Met His Ser Asn Gln 820 <210> 3 <211> 4061 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 3 Met Ser Thr Leu Leu Glu Asn Ile Phe Ala Ile Ile Asn Leu Phe Lys 1 5 10 15 Gln Tyr Ser Lys Lys Asp Lys Asn Thr Asp Thr Leu Ser Lys Lys Glu 20 25 30 Leu Lys Glu Leu Leu Glu Lys Glu Phe Arg Gln Ile Leu Lys Asn Pro 35 40 45 Asp Asp Pro Asp Met Val Asp Val Phe Met Asp His Leu Asp Ile Asp 50 55 60 His Asn Lys Lys Ile Asp Phe Thr Glu Phe Leu Leu Met Val Phe Lys 65 70 75 80 Leu Ala Gln Ala Tyr Tyr Glu Ser Thr Arg Lys Glu Asn Leu Pro Ile 85 90 95 Ser Gly His Lys His Arg Lys His Ser His His Asp Lys His Glu Asp 100 105 110 Asn Lys Gln Glu Glu Asn Lys Glu Asn Arg Lys Arg Pro Ser Ser Leu 115 120 125 Glu Arg Arg Asn Asn Arg Lys Gly Asn Lys Gly Arg Ser Lys Ser Pro 130 135 140 Arg Glu Thr Gly Gly Lys Arg His Glu Ser Ser Ser Glu Lys Lys Glu 145 150 155 160 Arg Lys Gly Tyr Ser Pro Thr His Arg Glu Glu Glu Tyr Gly Lys Asn 165 170 175 His His Asn Ser Ser Lys Lys Glu Lys Asn Lys Thr Glu Asn Thr Arg 180 185 190 Leu Gly Asp Asn Arg Lys Arg Leu Ser Glu Arg Leu Glu Glu Lys Glu 195 200 205 Asp Asn Glu Glu Gly Val Tyr Asp Tyr Glu Asn Thr Gly Arg Met Thr 210 215 220 Gln Lys Trp Ile Gln Ser Gly His Ile Ala Thr Tyr Tyr Thr Ile Gln 225 230 235 240 Asp Glu Ala Tyr Asp Thr Thr Asp Ser Leu Leu Glu Glu Asn Lys Ile 245 250 255 Tyr Glu Arg Ser Arg Ser Ser Asp Gly Lys Ser Ser Ser Gln Val Asn 260 265 270 Arg Ser Arg His Glu Asn Thr Ser Gln Val Pro Leu Gln Glu Ser Arg 275 280 285 Thr Arg Lys Arg Arg Gly Ser Arg Val Ser Gln Asp Arg Asp Ser Glu 290 295 300 Gly His Ser Glu Asp Ser Glu Arg His Ser Gly Ser Ala Ser Arg Asn 305 310 315 320 His His Gly Ser Ala Trp Glu Gln Ser Arg Asp Gly Ser Arg His Pro 325 330 335 Arg Ser His Asp Glu Asp Arg Ala Ser His Gly His Ser Ala Asp Ser 340 345 350 Ser Arg Gln Ser Gly Thr Arg His Ala Glu Thr Ser Ser Arg Gly Gln 355 360 365 Thr Ala Ser Ser His Glu Gln Ala Arg Ser Ser Pro Gly Glu Arg His 370 375 380 Gly Ser Gly His Gln Gln Ser Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Ala Thr 385 390 395 400 Gly Arg Gly Gln Ala Ser Ser Ala Val Ser Asp Arg Gly His Arg Gly 405 410 415 Ser Ser Gly Ser Gln Ala Ser Asp Ser Glu Gly His Ser Glu Asn Ser 420 425 430 Asp Thr Gln Ser Val Ser Gly His Gly Lys Ala Gly Leu Arg Gln Gln 435 440 445 Ser His Gln Glu Ser Thr Arg Gly Arg Ser Gly Glu Arg Ser Gly Arg 450 455 460 Ser Gly Ser Ser Leu Tyr Gln Val Ser Thr His Glu Gln Pro Asp Ser 465 470 475 480 Ala His Gly Arg Thr Gly Thr Ser Thr Gly Gly Arg Gln Gly Ser His 485 490 495 His Glu Gln Ala Arg Asp Ser Ser Arg His Ser Ala Ser Gln Glu Gly 500 505 510 Gln Asp Thr Ile Arg Gly His Pro Gly Ser Ser Arg Gly Gly Arg Gln 515 520 525 Gly Ser His His Glu Gln Ser Val Asn Arg Ser Gly His Ser Gly Ser 530 535 540 His His Ser His Thr Thr Ser Gln Gly Arg Ser Asp Ala Ser His Gly 545 550 555 560 Gln Ser Gly Ser Arg Ser Ala Ser Arg Gln Thr Arg Asn Glu Glu Gln 565 570 575 Ser Gly Asp Gly Thr Arg His Ser Gly Ser Arg His His Glu Ala Ser 580 585 590 Ser Gln Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Gln Val Gly Gln Gly Gln Ser 595 600 605 Ser Gly Pro Arg Thr Ser Arg Asn Gln Gly Ser Ser Val Ser Gln Asp 610 615 620 Ser Asp Ser Gln Gly His Ser Glu Asp Ser Glu Arg Trp Ser Gly Ser 625 630 635 640 Ala Ser Arg Asn His His Gly Ser Ala Gln Glu Gln Ser Arg Asp Gly 645 650 655 Ser Arg His Pro Arg Ser His His Glu Asp Arg Ala Gly His Gly His 660 665 670 Ser Ala Asp Ser Ser Arg Lys Ser Gly Thr Arg His Thr Gln Asn Ser 675 680 685 Ser Ser Gly Gln Ala Ala Ser Ser His Glu Gln Ala Arg Ser Ser Ala 690 695 700 Gly Glu Arg His Gly Ser Arg His Gln Leu Gln Ser Ala Asp Ser Ser 705 710 715 720 Arg His Ser Gly Thr Gly His Gly Gln Ala Ser Ser Ala Val Arg Asp 725 730 735 Ser Gly His Arg Gly Ser Ser Gly Ser Gln Ala Thr Asp Ser Glu Gly 740 745 750 His Ser Glu Asp Ser Asp Thr Gln Ser Val Ser Gly His Gly Gln Ala 755 760 765 Gly His His Gln Gln Ser His Gln Glu Ser Ala Arg Asp Arg Ser Gly 770 775 780 Glu Arg Ser Arg Arg Ser Gly Ser Phe Leu Tyr Gln Val Ser Thr His 785 790 795 800 Lys Gln Ser Glu Ser Ser His Gly Trp Thr Gly Pro Ser Thr Gly Val 805 810 815 Arg Gln Gly Ser His His Glu Gln Ala Arg Asp Asn Ser Arg His Ser 820 825 830 Ala Ser Gln Asp Gly Gln Asp Thr Ile Arg Gly His Pro Gly Ser Ser 835 840 845 Arg Arg Gly Arg Gln Gly Ser His His Glu Gln Ser Val Asp Arg Ser 850 855 860 Gly His Ser Gly Ser His His Ser His Thr Thr Ser Gln Gly Arg Ser 865 870 875 880 Asp Ala Ser Arg Gly Gln Ser Gly Ser Arg Ser Ala Ser Arg Thr Thr 885 890 895 Arg Asn Glu Glu Gln Ser Arg Asp Gly Ser Arg His Ser Gly Ser Arg 900 905 910 His His Glu Ala Ser Ser His Ala Asp Ile Ser Arg His Ser Gln Ala 915 920 925 Gly Gln Gly Gln Ser Glu Gly Ser Arg Thr Ser Arg Arg Gln Gly Ser 930 935 940 Ser Val Ser Gln Asp Ser Asp Ser Glu Gly His Ser Glu Asp Ser Glu 945 950 955 960 Arg Trp Ser Gly Ser Ala Ser Arg Asn His Arg Gly Ser Ala Gln Glu 965 970 975 Gln Ser Arg His Gly Ser Arg His Pro Arg Ser His His Glu Asp Arg 980 985 990 Ala Gly His Gly His Ser Ala Asp Ser Ser Arg Gln Ser Gly Thr Pro 995 1000 1005 His Ala Glu Thr Ser Ser Gly Gly Gln Ala Ala Ser Ser His Glu Gln 1010 1015 1020 Ala Arg Ser Ser Pro Gly Glu Arg His Gly Ser Arg His Gln Gln Ser 1025 1030 1035 1040 Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Gly Ile Pro Arg Arg Gln Ala Ser Ser 1045 1050 1055 Ala Val Arg Asp Ser Gly His Trp Gly Ser Ser Gly Ser Gln Ala Ser 1060 1065 1070 Asp Ser Glu Gly His Ser Glu Glu Ser Asp Thr Gln Ser Val Ser Gly 1075 1080 1085 His Gly Gln Asp Gly Pro His Gln Gln Ser His Gln Glu Ser Ala Arg 1090 1095 1100 Asp Trp Ser Gly Gly Arg Ser Gly Arg Ser Gly Ser Phe Ile Tyr Gln 1105 1110 1115 1120 Val Ser Thr His Glu Gln Ser Glu Ser Ala His Gly Arg Thr Arg Thr 1125 1130 1135 Ser Thr Gly Arg Arg Gln Gly Ser His His Glu Gln Ala Arg Asp Ser 1140 1145 1150 Ser Arg His Ser Ala Ser Gln Glu Gly Gln Asp Thr Ile Arg Ala His 1155 1160 1165 Pro Gly Ser Arg Arg Gly Gly Arg Gln Gly Ser His His Glu Gln Ser 1170 1175 1180 Val Asp Arg Ser Gly His Ser Gly Ser His His Ser His Thr Thr Ser 1185 1190 1195 1200 Gln Gly Arg Ser Asp Ala Ser His Gly Gln Ser Gly Ser Arg Ser Ala 1205 1210 1215 Ser Arg Gln Thr Arg Lys Asp Lys Gln Ser Gly Asp Gly Ser Arg His 1220 1225 1230 Ser Gly Ser Arg His His Glu Ala Ala Ser Trp Ala Asp Ser Ser Arg 1235 1240 1245 His Ser Gln Val Gly Gln Glu Gln Ser Ser Gly Ser Arg Thr Ser Arg 1250 1255 1260 His Gln Gly Ser Ser Val Ser Gln Asp Ser Asp Ser Glu Arg His Ser 1265 1270 1275 1280 Asp Asp Ser Glu Arg Leu Ser Gly Ser Ala Ser Arg Asn His His Gly 1285 1290 1295 Ser Ser Arg Glu Gln Ser Arg Asp Gly Ser Arg His Pro Gly Phe His 1300 1305 1310 Gln Glu Asp Arg Ala Ser His Gly His Ser Ala Asp Ser Ser Arg Gln 1315 1320 1325 Ser Gly Thr His His Thr Glu Ser Ser Ser His Gly Gln Ala Val Ser 1330 1335 1340 Ser His Glu Gln Ala Arg Ser Ser Pro Gly Glu Arg His Gly Ser Arg 1345 1350 1355 1360 His Gln Gln Ser Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Gly Ile Gly His Arg 1365 1370 1375 Gln Ala Ser Ser Ala Val Arg Asp Ser Gly His Arg Gly Ser Ser Gly 1380 1385 1390 Ser Gln Val Thr Asn Ser Glu Gly His Ser Glu Asp Ser Asp Thr Gln 1395 1400 1405 Ser Val Ser Ala His Gly Gln Ala Gly Pro His Gln Gln Ser His Lys 1410 1415 1420 Glu Ser Ala Arg Gly Gln Ser Gly Glu Ser Ser Gly Arg Ser Arg Ser 1425 1430 1435 1440 Phe Leu Tyr Gln Val Ser Ser His Glu Gln Ser Glu Ser Thr His Gly 1445 1450 1455 Gln Thr Ala Pro Ser Thr Gly Gly Arg Gln Gly Ser Arg His Glu Gln 1460 1465 1470 Ala Arg Asn Ser Ser Arg His Ser Ala Ser Gln Asp Gly Gln Asp Thr 1475 1480 1485 Ile Arg Gly His Pro Gly Ser Ser Arg Gly Gly Arg Gln Gly Ser Tyr 1490 1495 1500 His Glu Gln Ser Val Asp Arg Ser Gly His Ser Gly Tyr His His Ser 1505 1510 1515 1520 His Thr Thr Pro Gln Gly Arg Ser Asp Ala Ser His Gly Gln Ser Gly 1525 1530 1535 Pro Arg Ser Ala Ser Arg Gln Thr Arg Asn Glu Glu Gln Ser Gly Asp 1540 1545 1550 Gly Ser Arg His Ser Gly Ser Arg His His Glu Pro Ser Thr Arg Ala 1555 1560 1565 Gly Ser Ser Arg His Ser Gln Val Gly Gln Gly Glu Ser Ala Gly Ser 1570 1575 1580 Lys Thr Ser Arg Arg Gln Gly Ser Ser Val Ser Gln Asp Arg Asp Ser 1585 1590 1595 1600 Glu Gly His Ser Glu Asp Ser Glu Arg Arg Ser Glu Ser Ala Ser Arg 1605 1610 1615 Asn His Tyr Gly Ser Ala Arg Glu Gln Ser Arg His Gly Ser Arg Asn 1620 1625 1630 Pro Arg Ser His Gln Glu Asp Arg Ala Ser His Gly His Ser Ala Glu 1635 1640 1645 Ser Ser Arg Gln Ser Gly Thr Arg His Ala Glu Thr Ser Ser Gly Gly 1650 1655 1660 Gln Ala Ala Ser Ser Gln Glu Gln Ala Arg Ser Ser Pro Gly Glu Arg 1665 1670 1675 1680 His Gly Ser Arg His Gln Gln Ser Ala Asp Ser Ser Thr Asp Ser Gly 1685 1690 1695 Thr Gly Arg Arg Gln Asp Ser Ser Val Val Gly Asp Ser Gly Asn Arg 1700 1705 1710 Gly Ser Ser Gly Ser Gln Ala Ser Asp Ser Glu Gly His Ser Glu Glu 1715 1720 1725 Ser Asp Thr Gln Ser Val Ser Ala His Gly Gln Ala Gly Pro His Gln 1730 1735 1740 Gln Ser His Gln Glu Ser Thr Arg Gly Gln Ser Gly Glu Arg Ser Gly 1745 1750 1755 1760 Arg Ser Gly Ser Phe Leu Tyr Gln Val Ser Thr His Glu Gln Ser Glu 1765 1770 1775 Ser Ala His Gly Arg Thr Gly Pro Ser Thr Gly Gly Arg Gln Arg Ser 1780 1785 1790 Arg His Glu Gln Ala Arg Asp Ser Ser Arg His Ser Ala Ser Gln Glu 1795 1800 1805 Gly Gln Asp Thr Ile Arg Gly His Pro Gly Ser Ser Arg Gly Gly Arg 1810 1815 1820 Gln Gly Ser His Tyr Glu Gln Ser Val Asp Ser Ser Gly His Ser Gly 1825 1830 1835 1840 Ser His His Ser His Thr Thr Ser Gln Glu Arg Ser Asp Val Ser Arg 1845 1850 1855 Gly Gln Ser Gly Ser Arg Ser Val Ser Arg Gln Thr Arg Asn Glu Lys 1860 1865 1870 Gln Ser Gly Asp Gly Ser Arg His Ser Gly Ser Arg His His Glu Ala 1875 1880 1885 Ser Ser Arg Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Gln Val Gly Gln Gly Gln 1890 1895 1900 Ser Ser Gly Pro Arg Thr Ser Arg Asn Gln Gly Ser Ser Val Ser Gln 1905 1910 1915 1920 Asp Ser Asp Ser Gln Gly His Ser Glu Asp Ser Glu Arg Trp Ser Gly 1925 1930 1935 Ser Ala Ser Arg Asn His Leu Gly Ser Ala Trp Glu Gln Ser Arg Asp 1940 1945 1950 Gly Ser Arg His Pro Gly Ser His His Glu Asp Arg Ala Gly His Gly 1955 1960 1965 His Ser Ala Asp Ser Ser Arg Gln Ser Gly Thr Arg His Thr Glu Ser 1970 1975 1980 Ser Ser Arg Gly Gln Ala Ala Ser Ser His Glu Gln Ala Arg Ser Ser 1985 1990 1995 2000 Ala Gly Glu Arg His Gly Ser His His Gln Leu Gln Ser Ala Asp Ser 2005 2010 2015 Ser Arg His Ser Gly Ile Gly His Gly Gln Ala Ser Ser Ala Val Arg 2020 2025 2030 Asp Ser Gly His Arg Gly Tyr Ser Gly Ser Gln Ala Ser Asp Ser Glu 2035 2040 2045 Gly His Ser Glu Asp Ser Asp Thr Gln Ser Val Ser Ala Gln Gly Lys 2050 2055 2060 Ala Gly Pro His Gln Gln Ser His Lys Glu Ser Ala Arg Gly Gln Ser 2065 2070 2075 2080 Gly Glu Ser Ser Gly Arg Ser Gly Ser Phe Leu Tyr Gln Val Ser Thr 2085 2090 2095 His Glu Gln Ser Glu Ser Thr His Gly Gln Ser Ala Pro Ser Thr Gly 2100 2105 2110 Gly Arg Gln Gly Ser His Tyr Asp Gln Ala Gln Asp Ser Ser Arg His 2115 2120 2125 Ser Ala Ser Gln Glu Gly Gln Asp Thr Ile Arg Gly His Pro Gly Pro 2130 2135 2140 Ser Arg Gly Gly Arg Gln Gly Ser His Gln Glu Gln Ser Val Asp Arg 2145 2150 2155 2160 Ser Gly His Ser Gly Ser His His Ser His Thr Thr Ser Gln Gly Arg 2165 2170 2175 Ser Asp Ala Ser Arg Gly Gln Ser Gly Ser Arg Ser Ala Ser Arg Lys 2180 2185 2190 Thr Tyr Asp Lys Glu Gln Ser Gly Asp Gly Ser Arg His Ser Gly Ser 2195 2200 2205 His His His Glu Ala Ser Ser Trp Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Leu 2210 2215 2220 Val Gly Gln Gly Gln Ser Ser Gly Pro Arg Thr Ser Arg Pro Arg Gly 2225 2230 2235 2240 Ser Ser Val Ser Gln Asp Ser Asp Ser Glu Gly His Ser Glu Asp Ser 2245 2250 2255 Glu Arg Arg Ser Gly Ser Ala Ser Arg Asn His His Gly Ser Ala Gln 2260 2265 2270 Glu Gln Ser Arg Asp Gly Ser Arg His Pro Arg Ser His His Glu Asp 2275 2280 2285 Arg Ala Gly His Gly His Ser Ala Glu Ser Ser Arg Gln Ser Gly Thr 2290 2295 2300 His His Ala Glu Asn Ser Ser Gly Gly Gln Ala Ala Ser Ser His Glu 2305 2310 2315 2320 Gln Ala Arg Ser Ser Ala Gly Glu Arg His Gly Ser His His Gln Gln 2325 2330 2335 Ser Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Gly Ile Gly His Gly Gln Ala Ser 2340 2345 2350 Ser Ala Val Arg Asp Ser Gly His Arg Gly Ser Ser Gly Ser Gln Ala 2355 2360 2365 Ser Asp Ser Glu Gly His Ser Glu Asp Ser Asp Thr Gln Ser Val Ser 2370 2375 2380 Ala His Gly Gln Ala Gly Pro His Gln Gln Ser His Gln Glu Ser Thr 2385 2390 2395 2400 Arg Gly Arg Ser Ala Gly Arg Ser Gly Arg Ser Gly Ser Phe Leu Tyr 2405 2410 2415 Gln Val Ser Thr His Glu Gln Ser Glu Ser Ala His Gly Arg Thr Gly 2420 2425 2430 Thr Ser Thr Gly Gly Arg Gln Gly Ser His His Lys Gln Ala Arg Asp 2435 2440 2445 Ser Ser Arg His Ser Thr Ser Gln Glu Gly Gln Asp Thr Ile His Gly 2450 2455 2460 His Pro Gly Ser Ser Ser Gly Gly Arg Gln Gly Ser His Tyr Glu Gln 2465 2470 2475 2480 Leu Val Asp Arg Ser Gly His Ser Gly Ser His His Ser His Thr Thr 2485 2490 2495 Ser Gln Gly Arg Ser Asp Ala Ser His Gly His Ser Gly Ser Arg Ser 2500 2505 2510 Ala Ser Arg Gln Thr Arg Asn Asp Glu Gln Ser Gly Asp Gly Ser Arg 2515 2520 2525 His Ser Gly Ser Arg His His Glu Ala Ser Ser Arg Ala Asp Ser Ser 2530 2535 2540 Gly His Ser Gln Val Gly Gln Gly Gln Ser Glu Gly Pro Arg Thr Ser 2545 2550 2555 2560 Arg Asn Trp Gly Ser Ser Phe Ser Gln Asp Ser Asp Ser Gln Gly His 2565 2570 2575 Ser Glu Asp Ser Glu Arg Trp Ser Gly Ser Ala Ser Arg Asn His His 2580 2585 2590 Gly Ser Ala Gln Glu Gln Leu Arg Asp Gly Ser Arg His Pro Arg Ser 2595 2600 2605 His Gln Glu Asp Arg Ala Gly His Gly His Ser Ala Asp Ser Ser Arg 2610 2615 2620 Gln Ser Gly Thr Arg His Thr Gln Thr Ser Ser Gly Gly Gln Ala Ala 2625 2630 2635 2640 Ser Ser His Glu Gln Ala Arg Ser Ser Ala Gly Glu Arg His Gly Ser 2645 2650 2655 His His Gln Gln Ser Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Gly Ile Gly His 2660 2665 2670 Gly Gln Ala Ser Ser Ala Val Arg Asp Ser Gly His Arg Gly Tyr Ser 2675 2680 2685 Gly Ser Gln Ala Ser Asp Asn Glu Gly His Ser Glu Asp Ser Asp Thr 2690 2695 2700 Gln Ser Val Ser Ala His Gly Gln Ala Gly Ser His Gln Gln Ser His 2705 2710 2715 2720 Gln Glu Ser Ala Arg Gly Arg Ser Gly Glu Thr Ser Gly His Ser Gly 2725 2730 2735 Ser Phe Leu Tyr Gln Val Ser Thr His Glu Gln Ser Glu Ser Ser His 2740 2745 2750 Gly Trp Thr Gly Pro Ser Thr Arg Gly Arg Gln Gly Ser Arg His Glu 2755 2760 2765 Gln Ala Gln Asp Ser Ser Arg His Ser Ala Ser Gln Asp Gly Gln Asp 2770 2775 2780 Thr Ile Arg Gly His Pro Gly Ser Ser Arg Gly Gly Arg Gln Gly Tyr 2785 2790 2795 2800 His His Glu His Ser Val Asp Ser Ser Gly His Ser Gly Ser His His 2805 2810 2815 Ser His Thr Thr Ser Gln Gly Arg Ser Asp Ala Ser Arg Gly Gln Ser 2820 2825 2830 Gly Ser Arg Ser Ala Ser Arg Thr Thr Arg Asn Glu Glu Gln Ser Gly 2835 2840 2845 Asp Gly Ser Arg His Ser Gly Ser Arg His His Glu Ala Ser Thr His 2850 2855 2860 Ala Asp Ile Ser Arg His Ser Gln Ala Val Gln Gly Gln Ser Glu Gly 2865 2870 2875 2880 Ser Arg Arg Ser Arg Arg Gln Gly Ser Ser Val Ser Gln Asp Ser Asp 2885 2890 2895 Ser Glu Gly His Ser Glu Asp Ser Glu Arg Trp Ser Gly Ser Ala Ser 2900 2905 2910 Arg Asn His His Gly Ser Ala Gln Glu Gln Leu Arg Asp Gly Ser Arg 2915 2920 2925 His Pro Arg Ser His Gln Glu Asp Arg Ala Gly His Gly His Ser Ala 2930 2935 2940 Asp Ser Ser Arg Gln Ser Gly Thr Arg His Thr Gln Thr Ser Ser Gly 2945 2950 2955 2960 Gly Gln Ala Ala Ser Ser His Glu Gln Ala Arg Ser Ser Ala Gly Glu 2965 2970 2975 Arg His Gly Ser His His Gln Gln Ser Ala Asp Ser Ser Arg His Ser 2980 2985 2990 Gly Ile Gly His Gly Gln Ala Ser Ser Ala Val Arg Asp Ser Gly His 2995 3000 3005 Arg Gly Tyr Ser Gly Ser Gln Ala Ser Asp Asn Glu Gly His Ser Glu 3010 3015 3020 Asp Ser Asp Thr Gln Ser Val Ser Ala His Gly Gln Ala Gly Ser His 3025 3030 3035 3040 Gln Gln Ser His Gln Glu Ser Ala Arg Gly Arg Ser Gly Glu Thr Ser 3045 3050 3055 Gly His Ser Gly Ser Phe Leu Tyr Gln Val Ser Thr His Glu Gln Ser 3060 3065 3070 Glu Ser Ser His Gly Trp Thr Gly Pro Ser Thr Arg Gly Arg Gln Gly 3075 3080 3085 Ser Arg His Glu Gln Ala Gln Asp Ser Ser Arg His Ser Ala Ser Gln 3090 3095 3100 Tyr Gly Gln Asp Thr Ile Arg Gly His Pro Gly Ser Ser Arg Gly Gly 3105 3110 3115 3120 Arg Gln Gly Tyr His His Glu His Ser Val Asp Ser Ser Gly His Ser 3125 3130 3135 Gly Ser His His Ser His Thr Thr Ser Gln Gly Arg Ser Asp Ala Ser 3140 3145 3150 Arg Gly Gln Ser Gly Ser Arg Ser Ala Ser Arg Thr Thr Arg Asn Glu 3155 3160 3165 Glu Gln Ser Gly Asp Ser Ser Arg His Ser Val Ser Arg His His Glu 3170 3175 3180 Ala Ser Thr His Ala Asp Ile Ser Arg His Ser Gln Ala Val Gln Gly 3185 3190 3195 3200 Gln Ser Glu Gly Ser Arg Arg Ser Arg Arg Gln Gly Ser Ser Val Ser 3205 3210 3215 Gln Asp Ser Asp Ser Glu Gly His Ser Glu Asp Ser Glu Arg Trp Ser 3220 3225 3230 Gly Ser Ala Ser Arg Asn His Arg Gly Ser Val Gln Glu Gln Ser Arg 3235 3240 3245 His Gly Ser Arg His Pro Arg Ser His His Glu Asp Arg Ala Gly His 3250 3255 3260 Gly His Ser Ala Asp Arg Ser Arg Gln Ser Gly Thr Arg His Ala Glu 3265 3270 3275 3280 Thr Ser Ser Gly Gly Gln Ala Ala Ser Ser His Glu Gln Ala Arg Ser 3285 3290 3295 Ser Pro Gly Glu Arg His Gly Ser Arg His Gln Gln Ser Ala Asp Ser 3300 3305 3310 Ser Arg His Ser Gly Ile Pro Arg Gly Gln Ala Ser Ser Ala Val Arg 3315 3320 3325 Asp Ser Arg His Trp Gly Ser Ser Gly Ser Gln Ala Ser Asp Ser Glu 3330 3335 3340 Gly His Ser Glu Glu Ser Asp Thr Gln Ser Val Ser Gly His Gly Gln 3345 3350 3355 3360 Ala Gly Pro His Gln Gln Ser His Gln Glu Ser Ala Arg Asp Arg Ser 3365 3370 3375 Gly Gly Arg Ser Gly Arg Ser Gly Ser Phe Leu Tyr Gln Val Ser Thr 3380 3385 3390 His Glu Gln Ser Glu Ser Ala His Gly Arg Thr Arg Thr Ser Thr Gly 3395 3400 3405 Arg Arg Gln Gly Ser His His Glu Gln Ala Arg Asp Ser Ser Arg His 3410 3415 3420 Ser Ala Ser Gln Glu Gly Gln Asp Thr Ile Arg Gly His Pro Gly Ser 3425 3430 3435 3440 Ser Arg Arg Gly Arg Gln Gly Ser His Tyr Glu Gln Ser Val Asp Arg 3445 3450 3455 Ser Gly His Ser Gly Ser His His Ser His Thr Thr Ser Gln Gly Arg 3460 3465 3470 Ser Asp Ala Ser Arg Gly Gln Ser Gly Ser Arg Ser Ala Ser Arg Gln 3475 3480 3485 Thr Arg Asn Asp Glu Gln Ser Gly Asp Gly Ser Arg His Ser Trp Ser 3490 3495 3500 His His His Glu Ala Ser Thr Gln Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Gln 3505 3510 3515 3520 Ser Gly Gln Gly Gln Ser Ala Gly Pro Arg Thr Ser Arg Asn Gln Gly 3525 3530 3535 Ser Ser Val Ser Gln Asp Ser Asp Ser Gln Gly His Ser Glu Asp Ser 3540 3545 3550 Glu Arg Trp Ser Gly Ser Ala Ser Arg Asn His Arg Gly Ser Ala Gln 3555 3560 3565 Glu Gln Ser Arg Asp Gly Ser Arg His Pro Thr Ser His His Glu Asp 3570 3575 3580 Arg Ala Gly His Gly His Ser Ala Glu Ser Ser Arg Gln Ser Gly Thr 3585 3590 3595 3600 His His Ala Glu Asn Ser Ser Gly Gly Gln Ala Ala Ser Ser His Glu 3605 3610 3615 Gln Ala Arg Ser Ser Ala Gly Glu Arg His Gly Ser His His Gln Gln 3620 3625 3630 Ser Ala Asp Ser Ser Arg His Ser Gly Ile Gly His Gly Gln Ala Ser 3635 3640 3645 Ser Ala Val Arg Asp Ser Gly His Arg Gly Ser Ser Gly Ser Gln Ala 3650 3655 3660 Ser Asp Ser Glu Gly His Ser Glu Asp Ser Asp Thr Gln Ser Val Ser 3665 3670 3675 3680 Ala His Gly Gln Ala Gly Pro His Gln Gln Ser His Gln Glu Ser Thr 3685 3690 3695 Arg Gly Arg Ser Ala Gly Arg Ser Gly Arg Ser Gly Ser Phe Leu Tyr 3700 3705 3710 Gln Val Ser Thr His Glu Gln Ser Glu Ser Ala His Gly Arg Ala Gly 3715 3720 3725 Pro Ser Thr Gly Gly Arg Gln Gly Ser Arg His Glu Gln Ala Arg Asp 3730 3735 3740 Ser Ser Arg His Ser Ala Ser Gln Glu Gly Gln Asp Thr Ile Arg Gly 3745 3750 3755 3760 His Pro Gly Ser Arg Arg Gly Gly Arg Gln Gly Ser Tyr His Glu Gln 3765 3770 3775 Ser Val Asp Arg Ser Gly His Ser Gly Ser His His Ser His Thr Thr 3780 3785 3790 Ser Gln Gly Arg Ser Asp Ala Ser His Gly Gln Ser Gly Ser Arg Ser 3795 3800 3805 Ala Ser Arg Glu Thr Arg Asn Glu Glu Gln Ser Gly Asp Gly Ser Arg 3810 3815 3820 His Ser Gly Ser Arg His His Glu Ala Ser Thr Gln Ala Asp Ser Ser 3825 3830 3835 3840 Arg His Ser Gln Ser Gly Gln Gly Glu Ser Ala Gly Ser Arg Arg Ser 3845 3850 3855 Arg Arg Gln Gly Ser Ser Val Ser Gln Asp Ser Asp Ser Glu Ala Tyr 3860 3865 3870 Pro Glu Asp Ser Glu Arg Arg Ser Glu Ser Ala Ser Arg Asn His His 3875 3880 3885 Gly Ser Ser Arg Glu Gln Ser Arg Asp Gly Ser Arg His Pro Gly Ser 3890 3895 3900 Ser His Arg Asp Thr Ala Ser His Val Gln Ser Ser Pro Val Gln Ser 3905 3910 3915 3920 Asp Ser Ser Thr Ala Lys Glu His Gly His Phe Ser Ser Leu Ser Gln 3925 3930 3935 Asp Ser Ala Tyr His Ser Gly Ile Gln Ser Arg Gly Ser Pro His Ser 3940 3945 3950 Ser Ser Ser Tyr His Tyr Gln Ser Glu Gly Thr Glu Arg Gln Lys Gly 3955 3960 3965 Gln Ser Gly Leu Val Trp Arg His Gly Ser Tyr Gly Ser Ala Asp Tyr 3970 3975 3980 Asp Tyr Gly Glu Ser Gly Phe Arg His Ser Gln His Gly Ser Val Ser 3985 3990 3995 4000 Tyr Asn Ser Asn Pro Val Val Phe Lys Glu Arg Ser Asp Ile Cys Lys 4005 4010 4015 Ala Ser Ala Phe Gly Lys Asp His Pro Arg Tyr Tyr Ala Thr Tyr Ile 4020 4025 4030 Asn Lys Asp Pro Gly Leu Cys Gly His Ser Ser Asp Ile Ser Lys Gln 4035 4040 4045 Leu Gly Phe Ser Gln Ser Gln Arg Tyr Tyr Tyr Tyr Glu 4050 4055 4060 <210> 4 <211> 454 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 4 Met Phe Leu Ala Gln Arg Ser Leu Cys Ser Leu Ser Gly Arg Ala Lys 1 5 10 15 Phe Leu Lys Thr Ile Ser Ser Ser Lys Ile Leu Gly Phe Ser Thr Ser 20 25 30 Ala Lys Met Ser Leu Lys Phe Thr Asn Ala Lys Arg Ile Glu Gly Leu 35 40 45 Asp Ser Asn Val Trp Ile Glu Phe Thr Lys Leu Ala Ala Asp Pro Ser 50 55 60 Val Val Asn Leu Gly Gln Gly Phe Pro Asp Ile Ser Pro Pro Thr Tyr 65 70 75 80 Val Lys Glu Glu Leu Ser Lys Ile Ala Ala Ile Asp Ser Leu Asn Gln 85 90 95 Tyr Thr Arg Gly Phe Gly His Pro Ser Leu Val Lys Ala Leu Ser Tyr 100 105 110 Leu Tyr Glu Lys Leu Tyr Gln Lys Gln Ile Asp Ser Asn Lys Glu Ile 115 120 125 Leu Val Thr Val Gly Ala Tyr Gly Ser Leu Phe Asn Thr Ile Gln Ala 130 135 140 Leu Ile Asp Glu Gly Asp Glu Val Ile Leu Ile Val Pro Phe Tyr Asp 145 150 155 160 Cys Tyr Glu Pro Met Val Arg Met Ala Gly Ala Thr Pro Val Phe Ile 165 170 175 Pro Leu Arg Ser Lys Pro Val Tyr Gly Lys Arg Trp Ser Ser Ser Asp 180 185 190 Trp Thr Leu Asp Pro Gln Glu Leu Glu Ser Lys Phe Asn Ser Lys Thr 195 200 205 Lys Ala Ile Ile Leu Asn Thr Pro His Asn Pro Leu Gly Lys Val Tyr 210 215 220 Asn Arg Glu Glu Leu Gln Val Ile Ala Asp Leu Cys Ile Lys Tyr Asp 225 230 235 240 Thr Leu Cys Ile Ser Asp Glu Val Tyr Glu Trp Leu Val Tyr Ser Gly 245 250 255 Asn Lys His Leu Lys Ile Ala Thr Phe Pro Gly Met Trp Glu Arg Thr 260 265 270 Ile Thr Ile Gly Ser Ala Gly Lys Thr Phe Ser Val Thr Gly Trp Lys 275 280 285 Leu Gly Trp Ser Ile Gly Pro Asn His Leu Ile Lys His Leu Gln Thr 290 295 300 Val Gln Gln Asn Thr Ile Tyr Thr Cys Ala Thr Pro Leu Gln Glu Ala 305 310 315 320 Leu Ala Gln Ala Phe Trp Ile Asp Ile Lys Arg Met Asp Asp Pro Glu 325 330 335 Cys Tyr Phe Asn Ser Leu Pro Lys Glu Leu Glu Val Lys Arg Asp Arg 340 345 350 Met Val Arg Leu Leu Glu Ser Val Gly Leu Lys Pro Ile Val Pro Asp 355 360 365 Gly Gly Tyr Phe Ile Ile Ala Asp Val Ser Leu Leu Asp Pro Asp Leu 370 375 380 Ser Asp Met Lys Asn Asn Glu Pro Tyr Asp Tyr Lys Phe Val Lys Trp 385 390 395 400 Met Thr Lys His Lys Lys Leu Ser Ala Ile Pro Val Ser Ala Phe Cys 405 410 415 Asn Ser Glu Thr Lys Ser Gln Phe Glu Lys Phe Val Arg Phe Cys Phe 420 425 430 Ile Lys Lys Asp Ser Thr Leu Asp Ala Ala Glu Glu Ile Ile Lys Ala 435 440 445 Trp Ser Val Gln Lys Ser 450

Claims (9)

  1. SSC5D 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 종양형태 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물.
  2. 청구항 1에 있어서,
    상기 시약은 프라이머, 프로브, 앱타머 및 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상을 포함하는 조성물.
  3. 청구항 1에 있어서,
    상기 종양형태 특이적 마커는 DDX20 유전자의 돌연변이, FLG 유전자의 돌연변이 및 KYAT3 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함하는 조성물.
  4. SSC5D 유전자의 돌연변이를 포함하는 신장암의 종양형태 특이적 마커를 검출할 수 있는 시약을 포함하는 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 키트.
  5. 청구항 4에 있어서,
    상기 시약은 프라이머, 프로브, 앱타머 및 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상을 포함하는 키트.
  6. 청구항 4에 있어서,
    상기 종양형태 특이적 마커는 DDX20 유전자의 돌연변이, FLG 유전자의 돌연변이 및 KYAT3 유전자의 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나를 추가로 포함하는 키트.
  7. 신장암 환자의 샘플로부터 시료 DNA를 준비하는 단계;
    상기 시료 DNA에 대해 청구항 1 내지 청구항 3 중 어느 한 항의 신장암의 예후 진단용 조성물 또는 청구항 4 내지 청구항 6 중 어느 한 항의 신장암의 예후 진단용 키트를 이용하여 종양형태 특이적 마커의 유무를 확인하는 단계;를 포함하는 신장암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법.
  8. 청구항 7에 있어서,
    신장암 환자의 샘플로부터 준비한 시료 DNA를 증폭하는 단계를 추가로 포함하는 신장암 환자의 예후 진단을 위해 필요한 정보를 제공하는 방법.
  9. 청구항 7에 있어서,
    상기 종양형태 특이적 마커가 확인되는 신장암 환자는 상기 종양형태 특이적 마커가 확인되지 않은 사람보다 생존율이 낮거나 재발율이 높다고 판단하는 단계;를 추가로 포함하는 방법.
KR1020200010280A 2020-01-29 2020-01-29 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트 KR20210096801A (ko)

Priority Applications (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020200010280A KR20210096801A (ko) 2020-01-29 2020-01-29 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트
KR1020210119668A KR20210113140A (ko) 2020-01-29 2021-09-08 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020200010280A KR20210096801A (ko) 2020-01-29 2020-01-29 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020210119668A Division KR20210113140A (ko) 2020-01-29 2021-09-08 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20210096801A true KR20210096801A (ko) 2021-08-06

Family

ID=77315335

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020200010280A KR20210096801A (ko) 2020-01-29 2020-01-29 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트
KR1020210119668A KR20210113140A (ko) 2020-01-29 2021-09-08 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020210119668A KR20210113140A (ko) 2020-01-29 2021-09-08 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트

Country Status (1)

Country Link
KR (2) KR20210096801A (ko)

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101267580B1 (ko) 2010-07-15 2013-05-28 국립암센터 신장암 진단 마커로서의 트란스글루타미나제2 및 이를 이용한 신장암 진단 용도

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101267580B1 (ko) 2010-07-15 2013-05-28 국립암센터 신장암 진단 마커로서의 트란스글루타미나제2 및 이를 이용한 신장암 진단 용도

Also Published As

Publication number Publication date
KR20210113140A (ko) 2021-09-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN107326066B (zh) 用于膀胱癌检测的尿标记物
US20110159498A1 (en) Methods, agents and kits for the detection of cancer
KR101566368B1 (ko) 암 검출을 위한 소변 유전자 발현 비율
Duzkale et al. LDOC1 mRNA is differentially expressed in chronic lymphocytic leukemia and predicts overall survival in untreated patients
US20220229060A1 (en) Gender-specific markers for diagnosing prognosis and determining treatment strategy for renal cancer patients
JP2019507594A (ja) 大腸がん診断用組成物と診断マーカー検出方法
KR20200025968A (ko) 폐선암종 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 성별 특이적 바이오 마커
KR20210133200A (ko) 성별에 따른 방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트
CN110331207A (zh) 肺腺癌生物标志物及相关应用
KR20210113137A (ko) 신장암의 예후 진단용 조성물 및 이를 포함하는 키트
KR20210101179A (ko) 신장암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 성별 특이적 마커
JP6608424B2 (ja) 前癌性結腸直腸ポリープおよび結腸直腸癌を特定するための方法およびキット
KR20210134551A (ko) 유두형 신장암의 재발 및 예후 예측용 바이오 마커 및 이의 용도
KR20200104106A (ko) 신장암 환자의 치료 전략 결정 및 예후 진단용 재발 특이적 마커
KR20210113140A (ko) 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트
KR20210129616A (ko) 병리적 병기에 따른 방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트
KR20200031088A (ko) 전립선암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 재발 특이적 마커
KR20220039065A (ko) 대장암에 대한 항암제 감수성 예측을 위한 신규 바이오마커
KR102084658B1 (ko) 신장암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 전이 특이적 마커
KR20180092908A (ko) 폐선암종 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 생존과 사망 특이적 바이오 마커
KR20210113139A (ko) 성별에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트
US20120156681A1 (en) Composition for diagnosis of liver metastasis of colorectal cancer and the use thereof
KR20210125456A (ko) 전이 여부에 따른 방광암의 예후 진단용 조성물 및 키트
KR20210040921A (ko) 신장암 환자의 치료 전략 결정 및 예후 진단용 재발 특이적 마커
KR102259708B1 (ko) 대장암에 대한 항암제 감수성 예측을 위한 신규 바이오마커

Legal Events

Date Code Title Description
E601 Decision to refuse application
A107 Divisional application of patent