JP2014533493A - 膀胱癌の処置および診断のための方法および組成物 - Google Patents

膀胱癌の処置および診断のための方法および組成物 Download PDF

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Abstract

本発明は、膀胱癌の検出および処置のための、方法、組成物およびキットを提供する。【選択図】なし

Description

本願は、２０１１年１１月１５日提出の米国仮出願第６１／５５９，８０６号に対する優先権を主張し、この全体の内容は参照により本明細書によって組み込まれる。
本発明の分野は、癌ならびに癌の診断および処置に関する。
癌の早期検出は、治療成果および疾患進行に影響を与え得る。一般的には、癌検出は、生検、ｘ−線、ＣＡＴスキャン、ＮＭＲなどから得られる診断情報に依存する。これらの手順は、侵襲的であり、時間を要し、高価であり得る。さらに、感度および特異性の点でこれらには限界がある。癌診断の分野で、特異性が高く、感度が高く、迅速で安価かつ比較的非侵襲的な癌診断法が必要とされている。下記の本発明の様々な実施形態は、このニーズならびに、癌を診断し、処置する分野に存在する他のニーズに合致する。
本開示の実施形態は、癌、例えば膀胱癌の、診断、予後診断および処置の方法を提供する。他の実施形態は、膀胱癌などの癌の診断、予後診断および処置に関する組成物を提供する。
ある一定の実施形態において、本発明は、対象において膀胱癌を検出する方法であって、ａ）対照から試料を得て、ｂ）膀胱癌細胞により発現される１以上のマーカーを検出する１以上の作用物質と前記対象から得られた試料を接触させ、ｃ）ｂ）からの１以上の作用物質と非癌細胞を接触させ、ｄ）非癌細胞における発現レベルと対照から得られた試料中のマーカーの発現レベルを比較することを含み、試料中のマーカーの発現レベルが非癌細胞と比較してより高いことが、対象が膀胱癌を有することを示す、方法を提供する。適切なマーカーとしては、配列番号１から４１によりコードされる遺伝子が挙げられる。
いくつかの実施形態において、本発明は、対象において膀胱癌を検出する方法であって、ａ）対照から試料を得て、ｂ）ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の発現を検出する１以上の作用物質と、対象から得られた試料を接触させ；ｃ）ｂ）からの１以上の作用物質と非癌細胞を接触させ；ｄ）非癌細胞中の、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の発現レベルを比較することを含み、対象から得られた試料中の、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰIＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の試料中での発現レベルが非癌細胞と比較してより高いことが、対象が膀胱癌を有することを示す、方法を提供する。
他の実施形態において、本発明は、対象において膀胱癌を検出する方法であって、ａ）対照から試料を得て、ｂ）遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現を検出する１以上の作用物質と対象から得られた試料を接触させ；ｃ）ｂ）からの１以上の作用物質と非癌細胞を接触させ；ｄ）対象から得られた試料中の遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現レベルを、非癌細胞中の遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現レベルと比較することを含み、試料中の遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現レベルが非癌細胞と比較してより高いことが、対象が膀胱癌を有することを示す、方法を提供する。
他の実施形態において、本発明は、対象において膀胱癌を検出する方法であって、ａ）対照から試料を得て、ｂ）遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現を検出する１以上の作用物質と対象から得られた試料を接触させ；ｃ）ｂ）からの１以上の作用物質と非癌細胞を接触させ；ｄ）対象から得られた試料中の遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＦＣＲＬＢ、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現レベルを、非癌細胞中の遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＳＥＲＰIＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現レベルと比較することを含み、試料中の遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現レベルが非癌細胞と比較してより高いことが、対象が膀胱癌を有することを示す、方法を提供する。
さらなる実施形態いおいて、本発明は、試料中で膀胱癌細胞を検出する方法であって、ａ）試料を得て、ｂ）ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の発現を検出する１以上の作用物質と、ａ）で得られた試料を接触させ；ｃ）ｂ）からの１以上の作用物質と非癌細胞を接触させ；ｄ）ａ）で得られた試料中のＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の発現レベルを、非癌細胞中のＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の発現レベルと比較することを含み、試料中のＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の発現レベルが非癌細胞と比較してより高いことが、試料が膀胱癌細胞を含有することを示す、方法を提供する。試料は、インビトロ試料であってもよいし、またはインビボ試料であってもよいし、またはインビボ試料由来であってもよい。
先行する段落に記載の実施形態に関して、試料は、以下に記載のようなあらゆる試料、例えば体液、例えば血液、血清または尿など、であり得る。試料は、細胞試料または細胞試料の抽出物であり得る。試料は組織試料であり得る。核酸および／またはタンパク質は、試料から単離され得る。ＲＮＡなどの核酸は、ｃＤＮＡに転写され得る。作用物質は、癌細胞により発現される１以上のタンパク質またはその細胞により発現される核酸に特異的に結合する１以上の分子であり得る。例えば、作用物質は、下記で特定されるマーカー遺伝子の１つにより発現されるタンパク質に特異的に結合する、抗体などのタンパク質であり得る。作用物質は、癌細胞により発現される核酸とハイブリッド形成する１以上の核酸であり得る。癌細胞により発現される核酸は、ＲＮＡ分子、例えばｍＲＮＡ分子であり得る。癌細胞により発現される核酸とハイブリッド形成する核酸分子は、ＤＮＡ分子、例えばＤＮＡプローブなどであり得る。
また他の実施形態において、本発明は、非癌細胞と比較して、膀胱癌細胞によってより高いレベルで発現される分子に特異的に結合する１以上の分子を含む、膀胱癌細胞を非癌細胞と区別することにおいて有用な組成物を提供する。例として、本組成物は、非癌細胞と比較して、より高いレベルで膀胱癌細胞により発現される１以上の分子に結合するタンパク質を含み得る。別の例としては、本組成物は、非癌細胞と比較して、より高いレベルで膀胱癌細胞により発現される１以上の分子に結合する核酸を含み得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号１から４１によりコードされるマーカーから選択される膀胱癌細胞により発現される分子に特異的に結合する、１以上のタンパク質、例えば抗体などを含む組成物を提供する。膀胱癌細胞により発現される分子は、非癌細胞によって発現されるレベルより高いレベルで癌細胞により発現され得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６によりコードされるマーカーから選択される膀胱癌細胞により発現される分子に特異的に結合する、１以上のタンパク質、例えば抗体などを含む組成物を提供する。膀胱癌細胞により発現される分子は、非癌細胞により発現される同じマーカーのレベルより高いレベルで癌細胞により発現され得る。
さらなる実施形態いおいて、本発明は、膀胱癌細胞により発現される分子のパネルに特異的に結合する複数のタンパク質、例えば複数の抗体などを含む組成物を提供するが、この、マーカーのパネルは、遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされる分子を含む。このマーカーのパネルは、非癌細胞におけるマーカーのパネルのレベルよりも高いレベルで発現され得る。
さらなる実施形態いおいて、本発明は、膀胱癌細胞により発現される分子のパネルに特異的に結合する複数のタンパク質、例えば複数の抗体など、を含む組成物を提供し、この、マーカーのパネルは、遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、Ｋ ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、ＲＴ１７Ｐ３またはそれらの相補体によりコードされる分子を含む。このマーカーのパネルは、非癌細胞におけるマーカーのパネルのレベルよりも高いレベルで発現され得る。
ある一定の実施形態において、本発明は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子の１以上によりコードされる分子から選択される膀胱癌細胞により発現される分子に特異的に結合する、タンパク質、例えば抗体など、を含む組成物を提供する。膀胱癌細胞により発現される分子は、非癌細胞により発現されるレベルよりも高いレベルで膀胱癌細胞により発現され得る。
他の実施形態において、本発明は、膀胱癌細胞により発現される分子、例えばｍＲＮＡ分子に特異的に結合する核酸を含む組成物を提供し、この場合、この分子は、配列番号１から４０で列挙される遺伝子によりコードされるマーカーから選択される。膀胱癌細胞により発現される分子は、非癌細胞により発現されるレベルよりも高いレベルで膀胱癌細胞により発現され得る。
他の実施形態において、本発明は、膀胱癌細胞により発現される分子、例えばｍＲＮＡ分子に特異的に結合する核酸を含む組成物を提供するが、この場合、この分子は、遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６によりコードされるマーカーから選択される。膀胱癌細胞により発現される分子は、非癌細胞により発現されるレベルよりも高いレベルで癌細胞により発現され得る。
またさらなる実施形態において、本発明は、対象における膀胱癌が進行性であるか否かを決定する方法であって、ａ）第一の時点で膀胱癌と関連する１以上のマーカーの発現レベルを測定し；ｂ）第一の時点の後である第二の時点でａ）で測定された１以上のマーカーの発現レベルを測定し；ｃ）ａ）およびｂ）で測定された発現レベルを比較することを含み、ここで、ａ）に対するｂ）における１以上のマーカーの発現レベル上昇が、対象の膀胱癌が進行性であることを示す、方法を提供する。適切なマーカーとしては、配列番号１から４０および／または配列番号４１おいて提供される遺伝子によりコードされるマーカーが挙げられる。
いくつかの実施形態において、本発明は、対象における膀胱癌が進行性であるか否かを決定する方法であって、ａ）第一の時点で、遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰＭ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６によりコードされるこのマーカーのパネルの発現レベルを測定し；ｂ）第一の時点の後である第二の時点で、ａ）で測定されたマーカーの発現レベルを測定し；ｃ）ａ）およびｂ）で測定された発現レベルを比較することを含み、第一の時点と比較した第二の時点の１以上のマーカーの発現レベル上昇が、対象の膀胱癌が進行性であることを示す、方法が提供される。
いくつかの実施形態において、本発明は、診断および／または治療用抗体に対する標的として膀胱癌と関連する抗原（すなわち癌関連ポリペプチド）を提供する。いくつかの実施形態において、抗原は、配列番号１から４０で列挙される遺伝子によりコードされるタンパク質、それらの断片または配列番号１から４０および／または配列番号４１で列挙される遺伝子によりコードされるタンパク質の組み合わせから選択され得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、診断および／または治療用抗体に対する標的として膀胱癌と関連する抗原（すなわち癌関連ポリペプチド）を提供する。いくつかの実施形態において、抗原は、遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰ１ＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの断片によりコードされるタンパク質のパネルを含み得る。
また他の実施形態において、本発明は、膀胱癌細胞に対する免疫反応を誘発する方法であって、膀胱癌細胞により発現されるタンパク質またはタンパク質断片と対象を接触させ、それにより膀胱癌細胞に対する免疫反応を誘発することを含む方法を提供する。例として、対象を静脈内でまたは筋肉内でタンパク質またはタンパク質断片と接触させ得る。
さらなる実施形態いおいて、本発明は、膀胱癌細胞に対する免疫反応を誘発する方法であって、配列番号１から４０および／または配列番号４１で列挙される遺伝子から選択される遺伝子によりコードされる１以上のタンパク質またはタンパク質断片と対象を接触させ、それにより膀胱癌細胞に対する免疫反応を誘発することを含む方法を提供する。例として、対象を静脈内でまたは筋肉内でタンパク質またはタンパク質断片と接触させ得る。
また他の実施形態において、本発明は、試料中で膀胱癌細胞を検出するためのキットを提供する。本キットは、以下で開示される癌関連配列、例えば配列番号１から４１の何れかの発現を検出する１以上の作用物質を含み得る。作用物質は、以下で開示される癌関連配列の１以上と結合し得る。本キットは、例えばタンパク質および／または核酸である作用物質を含み得る。ある実施形態において、本キットは、複数の作用物質を提供する。この作用物質は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体を含む遺伝子によりコードされるマーカーのパネルを検出することができ得る。
また他の実施形態において、本発明は、試料中で膀胱癌細胞を検出するためのキットを提供する。本キットは、以下で開示される癌関連配列の何れかの発現を検出する１以上の作用物質を含み得る。本キットは、例えばタンパク質および／または核酸である作用物質を含み得る。ある実施形態において、本キットは、複数の作用物質を提供する。作用物質は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬＯ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体を含む遺伝子によりコードされるマーカーのパネルを検出することができ得る。
また他の実施形態において、本発明は、試料中で膀胱癌を検出するためのキットであって、遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６によりコードされる分子に特異的に結合する複数の作用物質を含むキットを提供する。
他の実施形態において、本発明は、対象から得られた試料中での膀胱癌の検出のためのキットを提供する。本キットは、膀胱癌細胞によって特異的に発現される分子、例えば配列番号１から４１によりコードされるマーカーの１以上に特異的に結合する１以上の作用物質を含み得る。本キットは、１以上の容器と、試料が癌に対して陽性であるかを判定するための説明書と、を含み得る。本キットは、１以上のマルチウェウプレート、色素などの検出可能な物質、放射性標識された化学分子、化学発光標識化分子などを場合によっては含有し得る。検出可能な（ｄｅｔｅｃｔｉｂｌｅ）物質は、膀胱癌細胞により発現される分子に特異的に結合する作用物質に連結され得る。本キットは、陽性対照（例えば１以上の膀胱癌細胞；または膀胱癌細胞により発現される具体的な既知量の分子）および陰性対照（例えば非癌性の組織または細胞試料）をさらに含有し得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、膀胱癌の検出のためのキットであって、以下で開示される遺伝子から選択される遺伝子、例えばＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰ１ＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６から選択される遺伝子によりコードされる１以上のマーカーに特異的に結合する１以上の作用物質を含むキットを提供する。作用物質は、タンパク質、例えば抗体などであり得る。あるいは、この作用物質は、ＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子などの核酸であり得る。本キットは、１以上の容器と、試料が癌に対して陽性であるかを判定するための説明書と、を含み得る。本キットは、１以上のマルチウェルプレート、色素などの検出可能な物質、放射性標識された化分子、化学発光標識化分子などを場合によっては含有し得る。検出可能な物質は、以下で開示される１以上のマーカーに特異的に結合する作用物質に連結され得る。本キットは、陽性対照（例えば１以上の膀胱癌細胞；または膀胱癌細胞により発現される具体的な既知量の分子）および陰性対照（例えば、非癌性である組織または細胞試料）をさらに含有し得る。例として、本キットは、ＥＬＩＳＡまたはＤＮＡマイクロアレイの形態をとり得る。いくつかの実施形態において、本キットは、蛍光活性化セルソーターでの使用、例えばフローサイトメトリーでの使用に適切な１以上の抗体を含み得る。
いくつかの実施形態は、対象において膀胱癌を処置する方法を対象とするが、この方法は、膀胱癌の処置を必要とする対象に膀胱癌関連タンパク質の活性を調節する治療剤を投与することを含み、この癌関連タンパク質は、配列番号１から４０および／または配列番号４１において列挙される遺伝子、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片によりコードされる。いくつかの実施形態において、本治療剤は、癌関連タンパク質に結合する。いくつかの実施形態において、本治療剤は抗体である。いくつかの実施形態において、この抗体は、モノクローナルまたはポリクローナル抗体であり得る。いくつかの実施形態において、この抗体はヒト化またはヒト抗体である。いくつかの実施形態において、この抗体は、薬物または毒素と複合化され得る。
いくつかの実施形態において、対象において膀胱癌を処置する方法は、膀胱癌の処置を必要とする対象に、配列番号１から４０および／または配列番号４１で列挙されるもの、それらの断片、それらの相同体および／またはそれらの相補体から選択される１以上の遺伝子の発現を調節する治療剤を投与することを含み得る。
さらなる実施形態において、本発明は、配列番号１から４０で列挙される１以上の遺伝子、それらの断片、それらの相同体およびまたはそれらの相補体の遺伝子ノックダウンを含み得る、膀胱癌を処置する方法を提供する。
また他の実施形態において、本発明は、膀胱癌に対する活性について薬物候補をスクリーニングする方法を提供し、この方法は、（ａ）配列番号１から４０および／または配列番号４１で列挙されるものから選択される１以上の膀胱癌関連遺伝子を発現する細胞を薬物候補と接触させ；（ｂ）ａ）からの細胞において１以上の膀胱癌関連遺伝子の発現における薬物候補の効果を検出し；（ｃ）薬物候補存在下でのａ）で挙げられる１以上の遺伝子の発現レベルと、薬物候補非存在下でのａ）で挙げられる遺伝子の１以上の発現レベルを比較することを含み；薬物候補の存在下での膀胱癌関連遺伝子の発現の低下は、その候補が膀胱癌に対する活性を有することを示す。
いくつかの実施形態において、本発明は、ａ）配列番号１から４０および／または配列番号４１で列挙されるものから選択される１以上の遺伝子によりコードされるタンパク質から選択される１以上の膀胱癌関連タンパク質を、癌腫瘍に特異的に結合する標識化分子により標的化し、ｂ）腫瘍を可視化する標識化分子を検出することを含む、膀胱癌腫瘍を可視化する方法を提供する。可視化はインビボまたはインビトロで行われ得る。
また他の実施形態において、本発明は、ａ）標識化分子、例えば、配列番号１から４０で列挙されるものから選択される癌腫瘍遺伝子に特異的に結合する核酸などにより、１以上の膀胱癌関連遺伝子、例えば１以上の配列番号１から４０によりコードされる遺伝子を標的化し；ｂ）腫瘍を可視化する標識化分子を検出することを含む、膀胱癌腫瘍を可視化する方法を提供する。可視化はインビボまたはインビトロで行われ得る。
本発明の本質および長所のより詳細な理解のために、添付の図面と関連とともに、次の詳細な記載を参照されたい。
図１は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＬＯＣ６５０５１７の発現を示す。 図２は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＦＣＲＬＢの発現を示す。 図３は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＩＬ１Ａの発現を示す。 図４は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、Ｓ１００Ａ２の発現を示す。 図５は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＭＭＰ１１の発現を示す。 図６は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、Ｓ１００Ａ７Ａの発現を示す。 図７は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＵＧＴ１Ａ６の発現を示す。 図８は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＦＡＭ８３Ａの発現を示す。 図９は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＳＬＣ１Ａ６の発現を示す。 図１０は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＵＰＫ３Ｂの発現を示す。 図１１は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＢＸ１１６０３３の発現を示す。 図１２図は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＭＭＰ１２の発現を示す。 図１３は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＫＲＴ１６の発現を示す。 図１４は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＵＢＤの発現を示す。 図１５は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＵＧＴ１Ａ６の発現を示す。 図１６は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、Ｓ１００Ａ７の発現を示す。 図１７は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＷＩＳＰ３の発現を示す。 図１８は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＰＴＨＬＨの発現を示す。 図１９は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＣＯＬＯ１０Ａ１の発現を示す。 図２０は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＳＥＲＰＩＮＢ４の発現を示す。 図２１は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＵＢＥ２Ｃの発現を示す。 図２２は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＳＦＮの発現を示す。 図２３は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＫＲＴ１７Ｐ３の発現を示す。 図２４は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＭＭＰ１１の発現を示す。 図２５は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＭＭＰ１２の発現を示す。 図２６は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＣＯＬ１０Ａ１の発現を示す。 図２７は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＫＲＴ６Ａの発現を示す。 図２８は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＳＦＮの発現を示す。 図２９は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＦＣＲＬＢの発現を示す。 図３０は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＳＥＲＰＩＮＢ５の発現を示す。 図３１は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＩＬ１Ａの発現を示す。 図３２は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＫＲＴ１６の発現を示す。 図３３は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＳＬＣ１Ａ６の発現を示す。 図３４は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、Ｓ１００Ａ２の発現を示す。 図３５は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、Ｓ１００Ａ７Ａの発現を示す。 図３６は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＤＳＣＲ６の発現を示す。 図３７は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＵＢＥ２Ｃの発現を示す。 図３８は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＭＭＰ１１の発現を示す。 図３９は、正常組織に対する、膀胱腫瘍における、ＣＯＬ１０Ａ１の発現を示す。 図４０は、膀胱癌患者の尿中のＣＯＬ１０Ａ、ＭＭＰ１１、ＳＦＮおよびＦＣＲＬＢの発現を示すアガロースゲルである。 図４１は、免疫蛍光顕微鏡画像であり、膀胱癌試料中でＭＭＰ１１が検出可能（ｄｅｔｅｃｔｉｂｌｅ）であるが、正常な膀胱組織では検出可能でないことを示す。
本組成物および方法を記載する前に、本発明が、記載される特定の過程、組成物または方法に限定されず、これらが変動し得ることを理解されたい。また、本記載で使用される用語は特定の見解または実施形態のみを記載する目的のものであり、本発明の範囲を限定するものではなく、これは添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることも理解されたい。別段の定めがない限り、本明細書中で使用される全技術および科学用語は、当業者により一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書中に記載のものと類似または同等の何らかの方法および材料を本開示の実施形態の実施または試験において使用できるものの、好ましい方法、装置および材料をここで記載する。本発明が、先行発明によってこのような開示に先行することを認められないことを受け入れるものとして解釈されるものはない。
本明細書中で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、内容から明白な指示がない限り、複数への言及も含む。したがって、例えば、「治療薬」に対する言及は、１以上の治療薬および当業者にとって公知の同等物その他への言及である。
本明細書中で使用される場合、「約」という用語は、それが使用される数の数値の＋または−１０％を意味する。したがって、約５０％は、４５％から５５％の範囲であることを意味する。
「投与する」とは、治療薬と組み合わせて使用される場合、治療薬を直接標的組織にもしくは標的組織上に投与するかまたは、患者に治療薬を投与し、それにより治療薬が、それが標的化される組織を処置することを意味する。したがって、本明細書中で使用される場合、「投与する」という用語は、治療薬と合わせて使用される場合、標的組織にもしくは標的組織上に治療薬を提供すること；例えば静脈内注射によって患者に治療薬を全身的に提供し、それによって治療薬が標的組織に到達し；標的組織に対してそのコード配列の形態で治療薬を提供すること（例えば、いわゆる遺伝子治療技術によって）を含み得るがこれらに限定されない。組成物を「投与する」ことは、経口投与、静脈内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、経皮拡散または電気泳動、局所注射、生体内分解性のまたはリザーバーに基づく移植物などの局所的に移植された遅延放出装置を含む遅延放出送達装置によって、タンパク質治療薬として、または遺伝子治療ベクター、局所投与を介した核酸治療薬として、または、他の公知の技術と組み合わせたこれらの方法の何れかによって、遂行され得る。このような組み合わせ技術としては、加熱、放射線および超音波が挙げられるが限定されない。
「作用物質」は、本明細書中で使用される場合、癌関連配列または癌関連配列によりコードされる分子または癌関連配列によりコードされる分子に結合する受容体に特異的に結合する分子を指す。作用物質の例としては、核酸分子、例えばＤＮＡなど、およびタンパク質、例えば抗体などが挙げられる。作用物質は、下記のように、標識または検出可能な（ｄｅｔｅｃｔｉｂｌｅ）物質に連結され得る。作用物質は、治療剤または毒素に連結され得る。
「増幅する」という用語は、本明細書中で使用される場合、例えば、試料中に標的分子が存在することにより生成される、さらなる標的分子または標的様分子または標的分子と相補的な分子を含み得る増幅産物を生成させることを意味する。標的が核酸である状況において、増幅産物は、ＤＮＡまたはＲＮＡポリメラーゼまたは逆転写酵素またはそれらの何らかの組み合わせを用いて酵素的に生成され得る。
「動物」、「患者」または「対象」という用語は、本明細書中で使用される場合、ヒト、非ヒト霊長類および非ヒト脊椎動物、例えば、あらゆる哺乳動物、例えばネコ、イヌ、ウシ、ヒツジ、ブタ、ウマ、ウサギ、げっ歯類、例えばマウスおよびラットなどを含む、野生、家畜および産業動物などを含むがこれらに限定されない。いくつかの実施形態において、「対象」、「患者」または「動物」という用語は、雄を指す。いくつかの実施形態において、「対象」、「患者」または「動物」という用語は、雌を指す。
「抗体」という用語は、本明細書中で使用される場合、免疫グロブリンまたはそれらの一部を意味し、起源、産生方法または他の特徴にかかわらず、抗原−結合部位を含むあらゆるポリペプチドを包含する。この用語には、例えば、ポリクローナル、モノクローナル、単特異性、多特異性、ヒト化、１本鎖、キメラ、合成、組み換え、ハイブリッド、突然変異およびＣＤＲ移植抗体が含まれる。抗体の一部は、抗原、例えばＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖに結合し得る何らかの断片を含み得る。
「生体ソース」という用語は、本明細書中で使用される場合、標的ポリヌクレオチドまたはタンパク質またはペプチド断片が由来し得るソースを指す。このソースは、細胞、組織または体液を含むが限定されない、以下で記載される「試料」の何らかの形態であり得る。「異なる生体ソース」は、同じ個体の異なる細胞／組織／器官、または同じ種の異なる個体からの細胞／組織／器官または異なる種からの細胞／組織／器官を指し得る。
「捕捉試薬」という用語は、試料中で検出しようとする標的分子または検体に結合可能な試薬、例えば抗体または抗原結合タンパク質を指す。
「遺伝子発現の結果」という用語は、遺伝子または遺伝子産物の発現に関する定性的および／または定量的結果を指す。当技術分野で公知の何らかの方法は、遺伝子発現結果を定量するために使用され得る。遺伝子発現結果は、遺伝子、その遺伝子によりコードされるＲＮＡ、その遺伝子によりコードされるｍＲＮＡ、その遺伝子によりコードされるタンパク質産物またはそれらの何らかの組み合わせの量またはコピー数であり得る。遺伝子発現結果はまた、標準物質に対して正規化されるかまたは比較され得る。遺伝子発現結果は、例えば、２以上の試料または１以上の試料からの遺伝子発現結果を標準物質または対照と比較することによって、２以上の試料において、遺伝子が発現されるか、過剰発現されるかまたは差別的に発現されるかを判定するために使用され得る。
「相同性」という用語は、本明細書中で使用される場合、相補性の度合いを指す。部分的相同性または完全相同性があり得る。「同一性」という語は、「相同性」という語の代用物であり得る。同一である配列が標的核酸とハイブリッド形成するのを少なくとも部分的に阻害する部分的に相補的な核酸配列は、「実質的に相同」であると言われる。完全に相補的な核酸配列の標的配列とのハイブリッド形成の阻害は、ストリンジェンシーが低い条件下でハイブリッド形成アッセイ（サザンまたはノザンブロット、溶液ハイブリッド形成など）を用いて調べ得る。実質的に相同な配列またはハイブリッド形成プローブは、ストリンジェンシーが低い条件下で、完全に相同な配列の標的配列への結合に対して競合し、阻害する。低ストリンジェンシー条件は、２つの配列の互いの結合が特異的（すなわち選択的）相互作用を必要とするので、これは、低ストリンジェンシーの条件が、非特異的結合が可能になるようなものと言うべきものではない。非特異的な結合がないことは、部分的な相補性の度合い（例えば約３０％未満の相同性または同一性）もない第二の標的配列の使用によって試験され得る。非特異的な結合の非存在下において、実質的に相同な配列またはプローブは、第二の非相補性標的配列とハイブリッド形成しない。
本明細書中で使用される場合、「ハイブリッド形成」または「ハイブリッド形成する」という用語は、相補的ヌクレオシドまたはヌクレオチド塩基間の、ワトソン−クリック、フーグスティーンまたは逆フーグスティーン水素結合であり得る水素結合を指す。例えば、アデニンおよびチミンは、水素結合の形成を通じて対形成する相補的核酸塩基である。「相補的な」は、核酸分子に関して本明細書中で使用される場合、２つのヌクレオチド間の精密な対形成能を指す。例えば、オリゴヌクレオチドのある一定の位置のヌクレオチドが、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子の同じ位置のヌクレオチドと水素結合可能である場合、オリゴヌクレオチドおよびＤＮＡまたはＲＮＡは、その位置で互いに相補的であるとみなされる。オリゴヌクレオチドおよびＤＮＡまたはＲＮＡは、各分子における十分な数の対応する位置が、互いに水素結合し得るヌクレオチドにより占有されている場合、互いに相補的である。したがって、「特異的にハイブリッド形成可能な」および「相補的な」は、オリゴヌクレオチドとＤＮＡまたはＲＮＡ標的との間で安定で特異的な結合が生じるような、十分な度合いの相補性または精密な対形成を示すために使用される用語である。当技術分野で、核酸配列は、特異的にハイブリッド形成可能であるために、その標的核酸と１００％相補的である必要がないことが理解される。核酸化合物は、標的に対する分子の結合がある、および特異的な結合が望ましい条件下、すなわちインビボアッセイまたは治療薬処置の場合は生理的条件下で、およびインビトロアッセイの場合はアッセイが行われる条件下で、非標的配列への分子の非特異的結合を回避するのに十分な相補性の度合いがある場合、特異的にハイブリッド形成可能である。
「阻害する」という用語は、症状の開始を予防するか、症状を軽減するかまたは疾患、状態または障害を解消するための、本開示の化合物の投与を含む。「阻害する」という用語はまた、癌関連配列をコードする遺伝子などの遺伝子の発現レベルを低下させることも指し得る。ＲＮＡおよび／またはタンパク質の発現レベルを低下させ得る。
「標識」という用語および／または検出可能な（ｄｅｔｅｃｔｉｂｌｅ）物質は、アッセイ試料中での標的ポリヌクレオチドまたはポリペプチドまたはタンパク質の存在を示す検出可能なシグナルを生成可能な組成物を指す。適切な標識としては、放射性同位体、ヌクレオチド発色団、酵素、基質、蛍光分子、化学発光部分、磁性粒子、生物発光部分などが挙げられる。このように、標識は、装置または方法、例えば、以下に限定されないが、分光、光化学、生化学、免疫化学、電気的、光学的、化学的検出装置または何らかの他の適切な装置などにより検出可能な何らかの組成物である。いくつかの実施形態において、標識は、装置を用いずに視覚的に検出可能であり得る。「標識」という用語は、検出可能な物理的特性を有する何らかの化学基もしくは部分または、検出可能な物理的特性を示すための化学基もしくは部分を生じさせることが可能な何らかの化合物、例えば、検出可能な生成物への基質の変換を触媒する酵素など、を指すために使用される。「標識」という用語はまた、特定の物理的特性の発現を阻害する化合物も包含する。標識はまた、結合対のメンバーである化合物でもあり得、その他方のメンバーは検出可能な物理的特性を有する。
「マイクロアレイ」は、例えば、個別領域の直線状または二次元アレイであり、それぞれ、固体支持体の表面上に形成される、定められた区域を有する。マイクロアレイ上の個別領域の密度は、単一の固相支持体の表面上における検出しようとする標的ポリヌクレオチドの総数によって決定され、好ましくは少なくとも約５０／ｃｍ２、より好ましくは少なくとも約１００／ｃｍ２、さらにより好ましくは少なくとも約５００／ｃｍ２、またより好ましくは少なくとも約１，０００／ｃｍ２である。本明細書中で使用される場合、ＤＮＡマイクロアレイは、標的ポリヌクレオチドを同定、増幅、検出またはクローニングするために使用されるチップまたは他の面上に置かれる、オリゴヌクレオチドプライマーのアレイである。アレイにおけるプライマーの各特定の群の位置は既知であるので、標的ポリヌクレオチドの識別は、マイクロアレイにおける特定の位置に対するそれらの結合に基づき決定され得る。
本明細書中で使用される場合、「天然の」という用語は、通常天然で見出される形態であり得る配列または構造を指す。「天然の」は、何らかの動物で通常見出される形態の配列を含み得る。
「核酸」、「ポリヌクレオチド」または「オリゴヌクレオチド」または本明細書中の同等物の使用は、一緒に共有結合される少なくとも２つのヌクレオチドを意味する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、６、８、１０、１２、２０、３０または１００個以下のヌクレオチドのオリゴマーである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６、８、１０、１２、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、３００、４００または５００ヌクレオチドのオリゴマーである。「ポリヌクレオチド」または「オリゴヌクレオチド」は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたは、ホスホジエステルおよび／または何らかの代替的な結合により連結されるヌクレオチドのポリマーを含み得る。
本明細書中で使用される場合、「任意の」または「場合によっては」という用語は、後で記載される構造、事象または状況が起こってもよいしまたは起こらなくてもよい、および、この記述が、その事象が起こる例およびそれが起こらない例を含む実施形態を指す。
「パーセント相同性」、「％相同性」、「パーセント同一性」または「％同一性」という句は、２以上のアミノ酸または核酸配列の比較において見出される配列類似性のパーセンテージを指す。パーセント同一性は、電子的に、例えば、ＭＥＧＡＬＩＧＮプログラム（ＬＡＳＥＲＧＥＮＥソフトウェアパッケージ、ＤＮＡＳＴＡＲ）を使用することによって決定され得る。ＭＥＧＡＬＩＧＮプログラムは、様々な方法、例えばＣｌｕｓｔａｌ法（Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｄ．Ｇ．およびＰ．Ｍ．Ｓｈａｒｐ（１９８８）Ｇｅｎｅ ７３：２３７−２４４）に従い、２以上の配列間でアラインメントを作成し得る。全ペア間の距離を調べることによって、Ｃｌｕｓｔａｌアルゴリズムは、配列をクラスターにグループ化する。このクラスターを、対でアラインメントし、次にグループ化する。２つのアミノ酸配列、例えば、配列Ａと配列Ｂとの間のパーセンテージ類似性は、配列Ａの長さ−配列Ａのギャップ残基数−配列Ｂ中のギャップ塩基数を、配列Ａと配列Ｂとの間の残基マッチの合計で除し、１００をかけることによって計算される。この２つのアミノ酸配列間のギャップス・オブ・ロウ（Ｇａｐｓ ｏｆ ｌｏｗ）または非相同のギャップは、％類似性を決定する際には含まれない。核酸配列間のパーセント同一性は、Ｃｌｕｓｔａｌ法によるかまたは当技術分野で公知の他の方法、例えばＪｏｔｕｎ Ｈｅｉｎ法などによっても計算され得る（例えば、Ｈｅｉｎ，Ｊ．（１９９０）Ｍｅｔｈｏｄ Ｅｎｚｙｎｉｏｌ．１８３：６２６−６４５参照）。配列間の同一性はまた、当技術分野で公知の他の方法によって、例えばハイブリッド形成条件を変動させることによっても決定することができる。
「医薬的に許容可能な」は、担体、希釈剤または賦形剤が、処方物の他の成分と適合せねばならず、その受容者に有害であってはならないことを意味する。
「組み換えタンパク質」は、本明細書中で使用される場合、組み換え技術を用いて、例えば、下記で示されるが限定されない組み換え核酸の発現を通じて作製されるタンパク質を意味する。組み換えタンパク質は、少なくとも１以上の特徴によって天然のタンパク質とは区別され得る。例えば、タンパク質は、通常はその野生型宿主において会合されているタンパク質および化合物の一部または全てから、単離または精製され得、したがって実質的に純粋であり得る。例えば、単離タンパク質は、ある種の試料において好ましくは総タンパク質の少なくとも約０．５％、より好ましくは少なくとも約５重量％を構成する、通常はその天然状態において会合されている物質の少なくとも一部を伴わない。実質的に純粋なタンパク質は約５０から７５％、約８０％または約９０％を含む。いくつかの実施形態において、実質的に純粋なタンパク質は、総タンパク質の約８０から９９％、８５から９９％、９０から９９％、９５から９９％または９７から９９重量％を含む。組み換えタンパク質はまた、異なる生物（例えば、酵母、Ｅ．コリなど）または宿主細胞における、ある生物（例えばヒト）由来の癌関連タンパク質の作製も含み得る。あるいは、タンパク質は、誘導性プロモーターまたは高発現プロモーターの使用を通じて、通常見られるものよりも顕著に高い濃度で作製され得、タンパク質が高濃度レベルで作製されるようになる。あるいは、タンパク質は、本明細書中で論じられるとおり、エピトープタグの付加またはアミノ酸置換、挿入および欠失におけるように、天然で通常見られない形態であり得る。
本明細書中で使用される場合、「試料」という用語は、試験されているか、または試薬、作用物質、捕捉試薬、結合パートナーなどで処理される組成物を指す。試料は、対象から得られ得る。いくつかの実施形態において、試料は、血液、血漿、血清またはそれらの何らかの組み合わせであり得る。試料は、血液、血漿、血清またはそれらの何らかの組み合わせ由来であり得る。他の典型的な試料としては、哺乳動物対象、組織生検、唾液、リンパ液、血液細胞（例えば末梢血単核細胞）、組織または微細針生検試料、尿、腹水、初乳、母乳、胎児液、糞便物質、涙、胸膜液またはそれら由来の細胞から得られる何らかの体液が挙げられるがこれらに限定されない。試料は、本明細書中に記載の方法において使用される前に、例えば、下記に記載の方法の何れかに従い、特定の成分を分析するか試験する前に、ある方式で加工され得る。試料から１以上の分子が単離され得る。
「特異的な結合」、「特異的に結合する」などの用語は、２以上の分子が、生理的またはアッセイ条件下で測定可能な複合体を形成し、選択的な例を指す。抗体または抗原結合タンパク質または他の分子は、適切に選択される条件下でこのような結合が実質的に阻害されず、同時に非特異的な結合が阻害される場合、タンパク質、抗原またはエピトープに「特異的に結合する」と言われる。特異的な結合は、高親和性を特徴とし、化合物、タンパク質、エピトープまたは抗原に対して選択的である。非特異的結合は通常、親和性が低い。特異的な結合の例としては、酵素および基質、抗体およびその抗原性エピトープ、細胞性シグナル伝達分子およびその個々の細胞受容体の結合が挙げられる。
本明細書中で使用される場合、指定の配列「由来の」ポリヌクレオチドとは、指定ヌクレオチド配列の領域に対応する、およそ少なくとも約６ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約８ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約１０から１２ヌクレオチドおよびさらにより好ましくは少なくとも約１５から２０ヌクレオチドの配列から構成されるポリヌクレオチド配列を指す。「対応する」は、指定の配列と相同または相補的であることを意味する。好ましくは、ポリヌクレオチドが由来する領域の配列は、癌関連遺伝子に特有である配列と相同または相補的である。
本明細書中で使用される場合、「タグ」、「配列タグ」または「プライマータグ配列」という用語は、その中にこのようなタグを有する一群のポリヌクレオチドを同定するのに役立つ特異的な核酸配列を伴うオリゴヌクレオチドを指す。同じ生体ソースからのポリヌクレオチドは、特異的な配列タグで共有結合によりタグ付加され、その後の分析においてポリヌクレオチドがその起源に従い同定できるようになる。配列タグは、核酸増幅反応に対するプライマーにもなり得る。
「支持体」という用語は、従来からの支持体、例えばビーズ、粒子、計深棒、ファイバー、フィルター、膜およびシランまたはケイ酸塩支持体、例えばガラススライドなどを指す。
本明細書中で使用される場合、「治療薬」または「治療剤」という用語は、患者の好ましからざる状態または疾患を、処置する、これに対処する、軽減する、予防するかまたは改善するために使用され得る作用物質を意味する。一部分において、本開示の実施形態は、癌の処置または細胞増殖の低下を対象とする。いくつかの実施形態において、「治療薬」または「治療剤」という用語は、標的マーカーまたは以下で開示される癌関連配列、その発現またはその機能と関連するかまたはこれらに影響を与える何らかの分子を指し得る。様々な実施形態において、このような治療薬は、標的マーカーまたは以下で開示される癌関連配列、その発現またはその機能と関連するかまたはこれらに影響を与える分子、例えば、治療用細胞、治療用ペプチド、治療用遺伝子、治療用化合物などを含み得る。
組成物の「治療的有効量」または「有効量」は、所望の効果を達成するために、すなわち細胞の活性化、遊走、転移または増殖を阻害、阻止または逆転させるために計算される所定量である。いくつかの実施形態において、有効量は予防量である。いくつかの実施形態において、有効量は、疾患または状態を医学的に処置するために使用される量である。治療および／または予防効果を得るために本発明に従い投与される組成物の具体的な用量は、言うまでもなく、例えば、投与される組成物、投与経路および処置している状態を含む、そのケースを取り巻く特定の状況により決定され得る。投与される有効量は、処置しようとする状態、投与しようとする組成物の選択および選択される投与経路を含む関連状況に照らして医師により決定されることが理解されよう。本発明の組成物の治療的有効量は、一般的には、それが生理的に許容される賦形剤組成物中で投与されるとき、有効な全身濃度または標的組織での局所濃度が達成されるのに十分であるような量である。
「処置する」、「処置される」または「処置すること」という用語は、本明細書中で使用される場合、治療処置または予防または予防的目安の両方を指し得、その目的は、望ましくない生理的状態、症状、障害または疾患を予防するかまたは遅延（軽減）させることまたは、有益または望ましい臨床結果を得ることである。いくつかの実施形態において、この用語は、処置することおよび予防することの両方を指し得る。本開示の目的のために、有益または望ましい臨床結果としては、症状の軽減；状態、障害または疾患の程度の低下；状態、障害または疾患の状況の安定化（すなわち悪化させないこと）；状態、障害または疾患の発症の遅延または進行の緩徐化；状態、障害または疾患状態の軽減；および緩和（部分的であれ全体的であれ）、検出可能であれ、検出不可能であれ、または状態、障害または疾患を良くすることもしくは改善することが挙げられるがこれらに限定されない。処置としては、過剰レベルの副作用なく、臨床的に意義のある反応を誘発することが挙げられる。処置としてはまた、処置を受けない場合に予想される生存と比較した場合、生存を延長させることも挙げられる。
「組織」という用語は、特定の機能の発揮において結合される同様に特化された細胞の何らかの凝集体を指す。
癌関連配列
いくつかの実施形態において、本開示は、癌と関連する核酸およびタンパク質配列、本明細書中で呼ばれる「癌関連」または「ＣＡ」配列を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、膀胱癌または癌腫、例えば、限定されないが尿路上皮癌腫、移行上皮癌、非移行上皮癌、例えば、限定されないが、扁平上皮癌、腺癌、横紋筋肉腫、神経細胞腫瘍、子宮頸癌またはリンパ腫、再発性および転移性膀胱癌またはそれらの組み合わせと関連する核酸およびタンパク質配列を提供する。診断する方法は、本明細書中で開示される癌関連マーカーの発現レベルを測定することを含み得る。本方法は、さらに、癌関連配列の発現レベルを標準物質および／または対照と比較することを含み得る。標準物質は、膀胱癌細胞を含有することが知られている試料由来であり得る。対照は、既知の膀胱癌細胞および／または非癌細胞、例えば膀胱組織由来の非癌細胞などを含み得る。
癌関連配列は、癌において、上方制御される（すなわち、より高いレベルで発現される）もの、ならびに下方制御（すなわち、より低いレベルで発現される）ものを含み得る。癌関連配列はまた、改変されており（すなわち、転座、短縮配列または、点突然変異を含むが限定されない、置換、欠失もしくは挿入がある配列）、同じ発現プロファイルまたは変化したプロファイルの何れかを示す配列も含み得る。いくつかの実施形態において、癌関連配列はヒト由来であるが；しかし、当業者にとって当然のことながら、他の生物からの癌関連配列は、疾患および薬物評価の動物モデルにおいて有用であり得；したがって、他の癌関連配列は、哺乳動物、例えばげっ歯類（ラット、マウス、ハムスター、モルモットなど）、霊長類および産業動物（ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマなど）を含む脊椎動物からの配列などであるが限定されない何らかの対象から得られるものを含め、有用であり得る。他の生物からの癌関連配列は、本明細書中で概説する技術を使用して得られ得る。
癌関連配列の例としては、配列番号１から４１が挙げられる。
いくつかの実施形態において、癌関連配列は核酸である。当業者にとって当然のことながら、および本明細書中で記載のように、本明細書中の実施形態の癌関連配列は、対象における核酸またはそれらの発現レベルを検出するための診断適用、治療適用またはそれらの組み合わせを含む様々な適用において有用であり得る。さらに、本明細書中の実施形態の癌関連配列は、スクリーニング適用；例えば癌関連配列に対する核酸プローブを含むバイオチップの作製において使用され得る
本開示の核酸は、いくつかの場合では、下記で概説するように（例えば、アンチセンス適用においてまたは核酸が候補薬物である場合）、核酸類似体が、例えば、ホスホロアミド酸（Ｂｅａｕｃａｇｅら、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ４９（１０）：１９２５（１９９３）およびそれらの中の参考文献；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．３５：３８００（１９７０）；Ｓｐｒｉｎｚｌら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．８１：５７９（１９７７）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１４：３４８７（１９８６）；Ｓａｗａｉら、Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．８０５（１９８４）、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１０：４４７０（１９８８）；およびＰａｕｗｅｌｓら、Ｃｈｅｍｉｃａ Ｓｃｒｉｐｔａ ２６：１４１ ９１９８６））、ホスホロチオエート（Ｍａｇら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９：１４３７（１９９１）；および米国特許第５，６４４，０４８号）、ジチオリン酸（Ｂｒｉｕら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１１：２３２１（１９８９）、Ｏ−メチルホスホロアミジト（Ｏ−ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｍｉｄｉｔｅ）結合（Ｅｃｋｓｔｅｉｎ、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ参照）およびペプチド核酸骨格および結合（Ｅｇｈｏｌｍ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１４：１８９５（１９９２）；Ｍｅｉｅｒら、Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３１：１００８（１９９２）；Ｎｉｅｌｓｅｎ，Ｎａｔｕｒｅ，３６５：５６６（１９９３）；Ｃａｒｌｓｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３８０：２０７（１９９６）参照）を含む代替骨格を有し得るものの、ホスホジエステル結合を含み得る。他の類似核酸としては、陽性骨格を有するもの（Ｄｅｎｐｃｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９２：６０９７（１９９５）；非イオン性骨格（米国特許第５，３８６，０２３号、同第５，６３７，６８４号、同第５，６０２，２４０号、同第５，２１６，１４１号および同第４，４６９，８６３号；Ｋｉｅｄｒｏｗｓｈｉら、Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌｉｓｈ ３０：４２３（１９９１）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１０：４４７０（１９８８）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ １３：１５９７（１９９４）；第２および３章、ＡＳＣ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０，”Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ”，Ｅｄ．Ｙ．Ｓ．ＳａｎｇｈｕｉおよびＰ．Ｄａｎ Ｃｏｏｋ；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒら、Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．４：３９５（１９９４）；Ｊｅｆｆｓら、Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＮＭＲ ３４：１７（１９９４）；Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３７：７４３（１９９６））および、米国特許第５，２３５，０３３号および同第５，０３４，５０６号および第６および７章、ＡＳＣ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０，”Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ”，Ｅｄ．Ｙ．Ｓ．ＳａｎｇｈｕｉおよびＰ．Ｄａｎ Ｃｏｏｋに記載のものを含む非リボース骨格を有するものが挙げられる。１以上の炭素環式糖を含有する核酸も核酸のある定義内に含まれる（Ｊｅｎｋｉｎｓら、Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ．（１９９５）ｐｐ．１６９−１７６参照）。Ｒａｗｌｓ，Ｃ ＆ Ｅ Ｎｅｗｓ １９９７年６月２日、３５頁においていくつかの核酸類似体が記載されている。リボース−リン酸骨格のこれらの修飾は、様々な理由のために、例えば、アンチセンス適用での、またはバイオチップ上でのプローブとしての使用のための生理的環境におけるこのような分子の安定性および半減期を向上させるために、行われ得る。
当業者にとって当然のことながら、このような核酸類似体は、本開示のいくつかの実施形態において使用され得る。さらに、天然の核酸および類似体の混合物が作製され得るか；あるいは様々な核酸類似体の混合物および天然の核酸および類似体の混合物が作製され得る。
いくつかの実施形態において、本核酸は、１本鎖もしくは２本鎖であり得るか、または２本鎖または１本鎖配列の両者の一部を含有し得る。当業者にとって当然のことながら、１本鎖の描写はまた、他の鎖の配列も定義し；したがって、本明細書中に記載の配列はまた、配列の相補体も含む。本核酸は、ゲノムおよびｃＤＮＡの両方のcＤＮＡ、ＲＮＡまたはハイブリッドであり得、この場合、核酸は、デオキシリボおよびリボヌクレオチドの何らかの組み合わせおよび、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、イソグアニンなどを含む塩基の何らかの組み合わせを含有する。本明細書中で使用される場合、「ヌクレオシド」という用語は、ヌクレオチドおよびヌクレオシドおよびヌクレオチド類似体および修飾ヌクレオシド、例えばアミノ修飾ヌクレオシドなどを含む。さらに、「ヌクレオシド」は、非天然の類似体構造を含む。したがって、例えば、それぞれ塩基を含有するペプチド核酸の対象単位は、本明細書中でヌクレオシドと呼ぶ。
いくつかの実施形態において、癌関連配列は、核酸およびアミノ酸配列の両方を含み得る。いくつかの実施形態において、本癌関連配列は、開示される配列と少なくとも約６０％の相同性を有する配列を含み得る。いくつかの実施形態において、本癌関連配列は、開示される配列と少なくとも約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９７％、約９９％、約９９．８％の相同性を有し得る。いくつかの実施形態において、本癌関連配列は、「突然変異体核酸」であり得る。本明細書中で使用される場合、「突然変異核酸」は、欠失突然変異体、挿入、点突然変異、置換、転座を指す。
いくつかの実施形態において、本癌関連配列は組み換え核酸であり得る。「組み換え核酸」という用語は、本明細書中で、通常は天然で見出されない形態の、一般的にポリメラーゼおよびエンドヌクレアーゼによる核酸の操作によって元来インビトロで形成された核酸分子を指す。したがって、組み換え核酸はまた、直線型の単離核酸であり得るか、または通常は連結されないＤＮＡ分子をライゲーション処理することによりインビトロで形成されるベクターにクローニングされ得、この両者とも本発明の目的のための組み換え体とみなされる。組み換え核酸が作製され、宿主細胞または生物に再導入されると、これは、インビトロ操作ではなく宿主細胞のインビボ細胞機構を使用して複製し得るが；しかし、このような核酸は、組み換えにより作製されると、続いてインビボで複製されるものの、本発明の目的のための組み換え体または単離されていると依然としてみなされることを理解されたい。本明細書中で使用される場合、「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、あらゆる長さの、リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドの何れかである、ヌクレオチドのポリマー形態である。この用語は、２本および１本鎖ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。これはまた、既知のタイプの修飾、例えば、当技術分野で公知である標識、メチル化、「キャップ」、類似体での天然のヌクレオチドの１以上の置換、ヌクレオチド間修飾、例えば、連結が変更されないもの（例えば、ホスホロチオエート、ジチオリン酸など）、ペンダント部分、例えばタンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リジンなどを含む。）を含有するもの、挿入剤（例えば、アクリジン、ソラレンなど）を伴うもの、キレート剤（例えば、金属、放射性金属など）を含有するもの、アルキル化剤を含有するもの、修飾された結合を有するもの（例えばαアノマー核酸など）ならびにポリヌクレオチドの非修飾型も含む。
遺伝子発現のマイクロアレイ分析の使用によって、膀胱癌と関連する宿主配列の同定が可能となる。そして、これらの配列は、診断、予後診断、調節因子（アゴニストおよびアンタゴニストの両方を含む。）に対するスクリーニング、抗体作製（免疫療法およびイメージング用）などを含め、多くの様々な方法で使用され得る。しかし、当業者にとって当然のことながら、ある１つのタイプの癌において同定される配列は、他のタイプの癌にも関与する強い可能性を有し得る。したがって、本明細書中で概説される配列は、最初に膀胱癌に相関すると特定される一方、これらはまた、他のタイプの癌でも見出され得る。
本明細書中に記載のいくつかの実施形態は、膀胱癌の診断および処置に対する関連配列の使用を対象とし得る。いくつかの実施形態において、癌関連配列は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの組み合わせから選択され得る。いくつかの実施形態において、これらの癌関連配列は、尿路上皮癌腫を含むが限定されない膀胱癌、移行上皮癌、非移行上皮癌、例えば、限定されないが扁平上皮癌、腺癌、横紋筋肉腫、神経細胞腫瘍、子宮頸癌またはリンパ腫、再発性および転移性膀胱癌またはそれらの組み合わせと関連し得る。
いくつかの実施形態において、癌関連配列は、上記ｍＲＮＡまたは上記ｍＲＮＡもしくはそれらの相同体により発現される癌関連タンパク質または癌関連ポリペプチドをコードするＤＮＡ配列であり得る。いくつかの実施形態において、本癌関連配列は、上記の開示配列の突然変異核酸であり得る。いくつかの実施形態において、相同体は、開示ポリペプチド配列と、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、少なくとも約９９．５％の同一性を有し得る。
いくつかの実施形態において、単離核酸は、配列番号１から４０で開示される癌関連ポリヌクレオチド配列からなる群から選択される配列のうち少なくとも１０、１２、１５、２０または３０連続ヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、本ポリヌクレオチドまたはそれらの相補体またはそれらの断片は、検出可能な標識をさらに含むか、固体支持体に付着しているか、少なくとも一部、化学合成によって調製されるか、アンチセンス断片であるか、１本鎖であるか、２本鎖であるか、またはマイクロアレイを含む。
いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号１から４０で示されるポリヌクレオチド配列またはその相補体から選択される癌関連配列のオープン・リーディング・フレーム内でコードされる単離ポリペプチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号１から４０で開示される配列からなる群から選択されるポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、以下に記載のような癌関連ポリペプチドによりコードされるアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本発明は、以下で開示される癌関連ポリペプチドのアミノ酸配列のエピトープのアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドをさらに提供する。このポリペプチドまたはその断片は、固体支持体に付着させられ得る。いくつかの実施形態において、本発明は、このようなポリペプチドに結合する、単離抗体（モノクローナルまたはポリクローナル）またはそれらの抗原結合断片を提供する。この単離抗体またはそれらの抗原結合断片は、固体支持体に付着させられ得る。この単離抗体またはその抗原結合断片は、検出可能な物質をさらに含み得る。
いくつかの実施形態はまた、診断および／または治療用抗体に対する標的としての様々な癌、例えば膀胱癌、と結合する抗原（例えば癌関連ポリペプチド）も提供する。これらの抗原はまた、薬物探索（例えば低分子）のため、および細胞制御、増殖および分化のさらなる特徴評価のためにも有用であり得る。
膀胱癌を検出し、診断する方法
いくつかの実施形態において、膀胱癌を検出するかまたは診断する方法は、それを必要とする対象の遺伝子発現をアッセイすることを含み得る。当技術分野で公知の何らかの方法は、以下で開示される１以上のマーカーの遺伝子発現をアッセイするために使用され得る。いくつかの実施形態において、癌関連配列のレベルを検出することは、以下で開示される癌関連配列をコードする核酸に特異的に結合するもう１つのプローブを用いた、ＰＣＲ、質量分析、マイクロアレイ、ゲル電気泳動、ハイブリッド形成などであるが限定されない技術を含み得る。受容体の発現に関する情報はまた、アゴニストまたはアンタゴニストを用いて癌関連配列のシグナル伝達を上方または下方制御することを目的として治療を決定することにおいても有用であり得る。
いくつかの実施形態において、膀胱癌を診断する方法は、対象における癌関連タンパク質のレベルを検出することを含み得る。いくつかの実施形態において、癌に対してスクリーニングする方法は、癌関連タンパク質のレベルを検出することを含み得る。いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質は、配列番号１から４０で開示される配列、それらの断片またはそれらの相補的配列から選択されるヌクレオチド配列によりコードされる。いくつかの実施形態において、試料中で癌を検出する方法は、対象から得られた試料をタンパク質と特異的に結合する抗体と接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、本抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体であり得る。いくつかの実施形態において、本抗体は、ヒト化または組み換え抗体であり得る。この領域に特異的に結合する抗体は、既知の方法を用いて作製され得、あらゆる方法が適切である。いくつかの実施形態において、本抗体は、以下で開示される１以上の癌関連配列によりコードされるタンパク質またはペプチドなどの分子の１以上に特異的に結合する。
いくつかの実施形態において、本抗体は、配列番号１から４０で開示されるヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質からのエピトープに、本タンパク質に対する抗体とともに結合する。いくつかの実施形態において、本エピトープは、以下で開示される癌関連配列の何れかのヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質配列の断片である。いくつかの実施形態において、本エピトープは、癌関連配列の約１から１０、１から２０、１から３０、３から１０または３から１５残基を含む。いくつかの実施形態において、本エピトープは直線状ではない。
いくつかの実施形態において、本抗体は、本明細書中に記載の領域またはこの領域に対して少なくとも９０、９５または９９％の相同性または同一性があるペプチドに結合する。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載の領域の断片は、５から１０残基長である。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載の領域の断片（例えばエピトープ）の断片は、３から５残基長である。断片は、提供される長さに基づき記載される。いくつかの実施形態において、本エピトープは、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または２０残基長である。
いくつかの実施形態において、本抗体が結合する配列は、核酸およびアミノ酸配列の両方を含み得る。いくつかの実施形態において、本抗体が結合する配列は、開示される配列と少なくとも約６０％の相同性を有する配列を含み得る。いくつかの実施形態において、本抗体が結合する配列は、開示される配列と少なくとも約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９７％、約９９％、約９９．８％の相同性を有し得る。いくつかの実施形態において、本配列は、「突然変異核酸」または「突然変異ペプチド配列」と呼ばれ得る。
いくつかの実施形態において、対象は、対象から得られた試料における癌関連配列（例えば配列番号１から４０）の存在を検出することによって膀胱癌と診断され得る。いくつかの実施形態において、本方法は、配列番号１から４０で開示される配列から選択される癌関連配列の有無を検出することを含み、ここで、この癌関連配列がないことは、膀胱癌がないことを示す。いくつかの実施形態において、本方法は、以下で開示される癌関連配列に結合し、膀胱癌の成長または進行を阻害する抗体によって、膀胱癌と診断された対象を処置することをさらに含む。論じられるように、膀胱癌は、血清、血液、腫瘍などを含むが限定されないあらゆるタイプの試料において検出され得る。試料は、本明細書中に記載される場合、あらゆるタイプの試料であり得る。
以下に記載の癌関連配列によりコードされる１以上のタンパク質の有無または発現レベルをスクリーニングするために、当技術分野で公知のあらゆるアッセイを使用し得る。いくつかの実施形態において、本アッセイは、例えばＥＬＩＳＡ、放射免疫アッセイ、ウエスタンブロット、フローサイトメトリーアッセイなどであり得る。
いくつかの実施形態において、膀胱癌を有する対象を診断する方法は、試料を得て、配列番号１から４１で開示される配列から選択される癌関連配列の存在を検出することを含み、ここで癌関連配列の存在は、対象が膀胱癌を有することを示す。いくつかの実施形態において、以下で開示される配列から選択される癌関連配列の存在を検出することは、抗体または他のタイプの捕捉試薬または、癌関連配列のタンパク質に特異的に結合する特異的な結合パートナーと試料を接触させ、試料中の癌関連配列のタンパク質に対する結合の有無を検出することを含む。
いくつかの実施形態において、本開示は、対象における膀胱癌または新生物状態を診断する方法を提供し、この方法は、対象由来の試料からの以下で開示される配列から選択される癌関連配列の癌関連配列遺伝子発現結果を得て；癌関連配列遺伝子発現結果に基づいて対象において膀胱癌または新生物状態を診断することを含み、ここで対象は、癌関連配列が、１）非癌性膀胱組織または細胞試料などの陰性対照より高い、および／または２）膀胱癌細胞を含有することが分かっている標準物質または陽性対照における癌関連配列の発現レベルより高いかまたはこれと同等のレベルで発現される場合、膀胱癌または新生物状態を有するものと診断される。
いくつかの実施形態は、１以上の癌関連タンパク質をコードする１以上の核酸配列を含むバイオチップを対象とする。いくつかの実施形態において、バイオチップは、癌関連タンパク質の少なくとも一部をコードする核酸分子を含む。いくつかの実施形態において、癌関連タンパク質は、配列番号１から４０、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される配列によりコードされる。いくつかの実施形態において、核酸分子は、配列番号１から４０から選択される核酸配列と特異的にハイブリッド形成する。いくつかの実施形態において、バイオチップは、第一および第二の核分子を含み、ここで第一の核酸分子は、以下で開示される癌関連配列から選択される第一の配列と特異的にハイブリッド形成し、第二の核酸分子は、以下で開示される癌関連配列から選択される第二の配列と特異的にハイブリッド形成し、この第一および第二の配列は同じ配列ではない。いくつかの実施形態において、本発明は、配列番号１から４０で開示される配列から選択される核酸配列の発現を検出することを含み、配列番号１から４０で開示される配列、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される配列を含むバイオチップと試料を接触させる、癌、例えば膀胱癌を検出するか又は診断する方法を提供する。
本明細書中ではまた、試料中での以下で開示される癌関連配列の１以上の発現レベルを測定し、試料中の１以上の癌関連配列の発現レベルを非癌細胞における同じ癌関連配列の発現レベルと比較することによる、癌、例えば膀胱癌に罹患する傾向を診断または判定するための方法も提供される。以下で開示される癌関連配列の１以上の発現レベルが非癌細胞と比較してより高いことは、癌、例えば、膀胱癌の発生に対する傾向を示す。
いくつかの実施形態において、本発明は、例えば、以下で開示される配列によりコードされる癌関連タンパク質またはそれらの断片などであるが限定されない少なくとも１つのポリペプチドの発現レベルを検出することを含む、試験試料中でポリペプチドの発現がある癌関連配列を検出するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、正常試料、すなわち非癌性試料中のポリペプチドの発現レベルと、試験試料中のポリペプチドの発現レベを比較することを含み、正常試料中のポリペプチド発現のレベルに対する試験試料中のポリペプチドの発現レベルの変動は、試験試料中に癌が存在することを示す。いくつかの実施形態において、ポリペプチド発現を癌試料と比較し、癌と少なくとも同じレベルで発現することは、試験試料中に癌が存在することを示す。いくつかの実施形態において、試験試料を正常、例えば非癌性試料と比較し、ここで試験試料中での発現レベルが正常試料で見られるものよりも高いことは、試験試料中に癌が存在することを示す。いくつかの実施形態において、試料は細胞試料である。いくつかの実施形態において、試料は組織試料である。いくつかの実施形態において試料は体液である。適切な体液の例としては、血液、血清、唾液または尿が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態において、試料は血液試料である。いくつかの実施形態において、試料は血清試料である。いくつかの実施形態において、試料は尿試料である。
いくつかの実施形態において、本発明は、試験血清試料中で抗体の存在を検出することによって癌を検出するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本抗体は、本明細書中で開示される癌関連配列のポリペプチドまたはエピトープを認識する。いくつかの実施形態において、本方法は、癌関連タンパク質、例えば以下で開示される癌関連配列によりコードされるタンパク質またはその抗原性断片などであるが限定されない抗原性ポリペプチドに対する抗体のレベルを検出することを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、試験試料中の抗体のレベルを対照試料中の抗体のレベルと比較することを含み、ここで、対照試料中の抗体レベルに対する前記試験試料中の抗体のレベル変動は、試験試料中に癌が存在することを示す。いくつかの実施形態において、対照試料は、非癌性試料由来の試料、例えば、癌がない対象から得られた血液または血清である。いくつかの実施形態において、対照は癌試料由来であり、したがって、いくつかの実施形態において、本方法は、試料中の結合のレベルおよび／または抗体の量を比較することを含み、レベルまたは量が癌対照試料と同じである場合、試験試料中に癌が存在することを示す。
いくつかの実施形態において、癌または新生物状態を診断するための方法は、ａ）第一の個体の第一の試料タイプ（例えば、組織、体液など）における配列番号１から４０に記載のヒトゲノムおよびｍＲＮＡ配列からなる群から選択される核酸配列を含む１以上の遺伝子の発現を調べ；ｂ）第一の個体または第二の健常個体からの第二の正常試料タイプからのその遺伝子の発現を比較することを含み；発現の相違は、第一の個体が癌を有することを示す。いくつかの実施形態において、正常試料と比較した場合、発現が上昇している。
いくつかの実施形態において、本発明はまた、対象における癌細胞の有無を検出するための方法も提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、対象からの１以上の細胞を本明細書中で記載のような抗体と接触させることを含む。本抗体は、検出可能な（ｄｅｔｅｃｔｉｂｌｅ）物質と複合化され得る。いくつかの実施形態において、以下で開示される癌関連配列によりコードされるタンパク質に結合する抗体は、検出可能な（ｄｅｔｅｃｔｉｂｌｅ）物質と複合化され得る第二の抗体に結合し得る。いくつかの実施形態において、以下で開示される癌関連配列によりコードされるタンパク質に結合する抗体は、固体支持体に結合させられる。いくつかの実施形態において、本方法は、癌関連タンパク質および抗体の複合体を検出することを含み、ここで複合体の検出は、対象における癌細胞の存在を示す。この複合体は、以下で記載のような検出可能な物質を含み得る。この複合体は、固体支持体、例えばビーズ、チップ、マグネット、マルチウェルプレートなどを含み得る。
いくつかの実施形態において、本開示は、試験試料中の癌を検出する方法であって、（ｉ）遺伝子産物である少なくとも１つのポリペプチドの活性レベルを検出し；（ｉｉ）試験試料中のポリペプチドの活性レベルを正常試料中のポリペプチドの活性レベルと比較することを含み、正常試料中のポリペプチド活性レベルに対する試験試料中のポリペプチドの活性レベルの変動は、試験試料中に癌が存在することを示し、この遺伝子産物は、下記で提供される癌関連配列の１以上から選択される遺伝子の産物である。
捕捉試薬および特異的結合パートナー
本発明は、以下で開示される癌関連配列およびこれらの配列によりコードされるポリペプチドまたはタンパク質に特異的に結合する特異的な結合パートナーおよび捕捉試薬を提供する。捕捉試薬および特異的結合パートナーは、以下で開示されるような診断アッセイにおいて、および／または以下で開示される治療法において、ならびに以下で開示される薬物スクリーニングアッセイにおいて、使用され得る。捕捉試薬としては、例えば核酸およびタンパク質が挙げられる。適切なタンパク質としては抗体が挙げられる。
本明細書中で使用される場合、「特異的に結合する」または「特異的に結合」という用語は、非特異的な相互作用とはある程度異なる結合を意味する。特異的な結合は、例えば、一般に、結合活性を持たない同様の構造の分子である対照分子の結合と比較して分子の結合を調べることによって測定され得る。例えば、特異的な結合は、ある分子が、以下で開示される癌関連配列によりコードされる同じタンパク質を発現しない細胞よりも、以下で開示される癌関連配列によりコードされるタンパク質を発現する細胞に対して測定可能に高い親和性を有する場合に示される。結合の特異性は、例えば既知の結合分子の競合阻害によって決定され得る。
「特異的に結合」という用語は、本明細書中で使用される場合、低および高親和性の特異的な結合の両方を含む。特異的な結合は、例えば少なくとも約１０−４ＭのＫｄを有する低親和性ホーミング分子によって示され得る。特異的な結合はまた、高親和性ホーミング分子、例えば少なくとも約１０−５ＭのＫｄを有するホーミング分子によっても示され得る。このような分子は、例えば少なくとも約１０−６Ｍ、少なくとも約１０−７Ｍ、少なくとも約１０−８Ｍ、少なくとも約１０−９Ｍ、少なくとも約１０−１０ＭのＫｄを有し得るか、または少なくとも約１０−１１Ｍまたは１０−１２Ｍ以上のＫｄを有し得る。低および高親和性ホーミング分子の両方が有用であり、本明細書によって包含される。低親和性ホーミング分子は、例えば多価の複合物を標的とすることにおいて有用である。高親和性ホーミング分子は、例えば多価および一価の複合物を標的とすることにおいて有用である。
いくつかの実施形態において、特異的な結合パートナーまたは捕捉試薬は、抗体である。ＩｇＧ抗体における結合は、例えば、一般に、少なくとも約１０−７Ｍ以上、例えば少なくとも約１０−８Ｍ以上または少なくとも約１０−９Ｍ以上、または少なくとも約１０−１０以上、または少なくとも約１０−１１Ｍ以上または少なくとも約１０−１２Ｍ以上の親和性を特徴とする。例えば抗原−結合ドメインが、多数の抗原により担われない特定のエピトープに対して特異的である場合、この場合では、抗原−結合ドメインを担う抗体または抗原結合タンパク質が一般に他の抗原に結合しない場合にも、この用語が適用できる。いくつかの実施形態において、捕捉試薬は、その結合パートナー（例えば抗原）に対して１０−９Ｍ、１０−１０Ｍまたは１０−１１Ｍ以下のＫｄを有する。いくつかの実施形態において、捕捉試薬は、その結合パートナーに対して１０９Ｍ−１以上のＫａを有する。捕捉試薬はまた、例えば抗体を指し得る。免疫グロブリンとしても知られる無処置の抗体は、一般的には、それぞれおよそ２５ｋＤａの２本の軽（Ｌ）鎖およびそれぞれおよそ５０ｋＤａの２本の重（Ｈ）鎖から構成される、四量体性のグリコシル化タンパク質である。ラムダおよびカッパと呼ばれる２種類の軽鎖が抗体において存在する。重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に依存して、免疫グロブリンは、５つの大きなクラス：Ａ、Ｄ、Ｅ、ＧおよびＭに割り当てられ、これらのいくつかがサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２にさらに分類され得る。各軽鎖は、Ｎ末端可変（Ｖ）ドメイン（ＶＬ）および定常（Ｃ）ドメイン（ＣＬ）から構成される。各重鎖は、Ｎ末端Ｖドメイン（ＶＨ）、３または４個のＣドメイン（ＣＨ）およびヒンジ領域から構成される。ＶＨに最も近接するＣＨドメインはＣＨ１と呼ばれる。ＶＨおよびＶＬドメインは、超可変配列（相補性決定領域、ＣＤＲ）の３つの領域に対する足場を形成する、フレームワーク領域と呼ばれる比較的保存された配列の４つの領域（ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４）からなる。ＣＤＲは、抗原との抗体または抗原結合タンパク質の特異的な相互作用に関与する残基の殆どを含有する。ＣＤＲは、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と呼ばれる。したがって、重鎖上のＣＤＲ構成員は、Ｈ１、Ｈ２およびＨ３と呼ばれ、一方で軽鎖上のＣＤＲ構成員はＬ１、Ｌ２およびＬ３と呼ばれる。ＣＤＲ３は、抗体または抗原結合タンパク質−結合部位内の分子多様性の最大ソースである。Ｈ３は、例えば２アミノ酸残基程度に短くてもよいし、または２６アミノ酸よりも長くてもよい。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造および三次元立体配置は当技術分野で周知である。抗体構造の総括については、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｅｄｓ．Ｈａｒｌｏｗら、１９８８を参照のこと。当業者は、各サブユニット構造、例えば、ＣＨ、ＶＨ、ＣＬ、ＶＬ、ＣＤＲおよび／またはＦＲ構造が活性のある断片を含むことを認めるであろう。例えば、活性のある断片は、抗原、すなわち抗原−結合断片に結合し得るＶＨ、ＶＬまたはＣＤＲサブユニットの一部またはＦｃ受容体および／または相補体に結合する、および／またはこれを活性化するＣＨサブユニットの一部からなり得る。
本明細書中で使用される「抗原−特異的な抗体」という用語内に包含される結合断片の非限定例は、（ｉ）Ｆａｂ断片、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価断片；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２断片、ヒンジ領域でのジスルフィド架橋により連結される２つのＦａｂ断片を含む二価断片；（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；（ｉｖ）抗体の１本腕のＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片、（ｖ）ＶＨドメインからなる、ｄＡｂ断片；および（ｖｉ）単離ＣＤＲを含む。さらに、Ｆｖ断片、ＶＬおよびＶＨの２つのドメインは個別の遺伝子によりコードされるものの、これらは、合成リンカーにより組み換えにより連結され得、ＶＬおよびＶＨドメインが対形成して、（１本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる）一価分子を形成する１本のタンパク質鎖を作製する。最も一般的に使用されるリンカーは、１５−残基（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３ペプチドであるが、他のリンカーも当技術分野で公知である。１本鎖抗体もまた、「抗体または抗原結合タンパク質」または抗体の「抗原−結合断片」という用語内に包含されるものとする。本抗体はまた、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、抗原−結合断片、Ｆｃ断片、１本鎖抗体またはそれらの何らかの誘導体でもあり得る。
抗体は、当業者にとって公知の従来の技術を用いて得られ得、断片は、無処理の抗体と同様に有用性に対してスクリーニングされる。抗体多様性は、可変ドメインをコードする複数の生殖系列遺伝子および様々な体細胞事象により生成される。体細胞事象は、完全ＶＨドメインを生成させるための多様性（Ｄ）および連結（Ｊ）遺伝子セグメントでの可変遺伝子セグメントの組み換えおよび、完全ＶＬドメインを生成させるための可変および連結遺伝子セグメントの組み換えを含む。組み換え過程それ自身が不正確であり、その結果、Ｖ（Ｄ）Ｊ連結におけるアミノ酸の損失または付加が起こる。これらの多様性メカニズムは、抗原曝露前にＢ細胞を発生させることにおいて起こる。抗原による刺激後、Ｂ細胞における発現抗体遺伝子で体細胞突然変異が起こる。生殖系列遺伝子セグメント、これらのセグメントのランダムな組み換えおよびランダムＶＨ−ＶＬ対形成の推定数に基づき、最大で１．６Ｘ１０７個の様々な抗体が生成され得る（Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，３ｒｄ ｅｄ．（１９９３），ｅｄ．Ｐａｕｌ，Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．）。抗体多様性（体細胞突然変異など）に貢献する他の過程を考慮した場合、１Ｘ１０１０を上回る様々な抗体が生成され得ると考えられる（Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ｇｅｎｅ，２ｎｄ ｅｄ．（１９９５），ｅｄｓ．Ｊｏｎｉｏら、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）。抗体多様性を生成させることに関与する多くの過程のため、同じ抗原特異性を有する独立に由来するモノクローナル抗体が同一のアミノ酸配列を有するとは考えにくい。
抗原、エピトープまたは本明細書中に記載の他の分子と特異的に相互作用可能な抗体または抗原結合タンパク質分子は、当業者にとって周知の方法によって作製され得る。例えば、モノクローナル抗体は、公知の方法に従うハイブリドーマの作製によって作製され得る。次に、関心のある分子または化合物と特異的に相互作用する抗体を産生する１以上のハイブリドーマを同定するために、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）およびＢｉａｃｏｒｅ分析などの標準的方法を用いて、このように形成されるハイブリドーマをスクリーニングし得る。モノクローナル抗体−分泌ハイブリドーマを調製するための代替法として、本開示のポリペプチドに対するモノクローナル抗体は、本開示のポリペプチドを用いて組み換えコンビナトリアル免疫グロブリンライブラリ（例えば抗体ファージディスプレイライブラリ）をスクリーニングすることによって同定および単離され、それによって、このポリペプチドに結合する免疫グロブリンライブラリメンバーを単離し得る。ファージディスプレイライブラリを作製し、スクリーニングするための技術および市販のキットは、当業者にとって周知である。さらに、抗体または抗原結合タンパク質ディスプレイライブラリを作製およびスクリーニングすることにおける使用に対して特に受け入れられる方法および試薬の例は、文献で見ることができる。
キメラ抗体の例としては、ヒト化抗体が挙げられるがこれらに限定されない。本明細書中に記載の抗体はヒト抗体でもあり得る。いくつかの実施形態において、捕捉試薬は検出試薬を含む。検出試薬は、その特異的な結合パートナーに結合する捕捉試薬の存在を検出するために使用され得る何らかの試薬であり得る。捕捉試薬は、検出試薬を直接含み得るか、または捕捉試薬は、検出試薬を含む粒子を含み得る。いくつかの実施形態において、捕捉試薬および／または粒子は、色素、コロイド金、放射性タグ、蛍光タグまたは化学発光基質を含む。この粒子は、例えばウイルス粒子、ラテックス粒子、脂質粒子または蛍光粒子であり得る。
本開示の捕捉試薬（例えば抗体）はまた、抗抗体、すなわち別の抗体を認識するが、抗原に特異的ではない抗体、例えば、以下に限定されないが、抗ＩｇＧ、抗ＩｇＭまたは抗ＩｇＥ抗体なども含み得る。この非特異的抗体は、抗原特異的な抗体が試料中に存在するか否かを検出するために陽性対照として使用され得る。
核酸捕捉試薬としては、例えばＤＮＡ、ＲＮＡおよびＰＮＡ分子が挙げられる。この核酸は、約５ヌクレオチド長、約１０ヌクレオチド長、約１５ヌクレオチド長、約２０ヌクレオチド長、約２５ヌクレオチド長、約３０ヌクレオチド長、約３５ヌクレオチド長、約４０ヌクレオチド長であり得る。この核酸は３０ヌクレオチド長よりも長いものであり得る。この核酸は３０ヌクレオチド長未満であり得る。
膀胱癌の処置
いくつかの実施形態において、以下で開示される癌関連配列の１つを発現する膀胱癌は、癌関連配列の活性に拮抗することによって処置され得る。いくつかの実施形態において、膀胱癌を処置する方法は、癌関連配列に対するリガンド結合に拮抗する抗体、癌関連配列の発現または活性を阻害する低分子、癌関連配列に対するｓｉＲＮＡなどであるがこれらに限定されない治療薬を投与することを含み得る。
いくつかの実施形態において、癌（例えば膀胱または他のタイプの癌）を処置する方法は、癌関連配列の受容体の存在を検出し、癌処置薬を投与することを含む。この処置薬は、癌関連配列の受容体に特異的に結合し得る。癌処置薬は、何らかの癌処置薬または癌関連配列の作用を阻害することに特異的であるものであり得る。例えば、癌処置薬を与える前に特異的な分子が存在するか否かを判定するために、様々な癌が試験される。したがって、いくつかの実施形態において、患者から試料を得て、本明細書中で記載のような癌関連配列の存在または癌関連配列の過剰発現について試験する。いくつかの実施形態において、癌関連配列が過剰発現されていることが見出される場合、次いで膀胱癌処置薬または治療薬が対象に投与される。膀胱癌処置薬は、従来からの非特異的な処置薬、例えば化学療法剤であり得るか、またはこの処置薬には、癌関連配列またはこの癌関連配列が結合する受容体の活性のみを標的とする特異的な処置薬が含まれ得る。これらの処置は、例えば癌関連配列に特異的に結合し、その活性を阻害する抗体であり得る。この処置は、癌関連配列の発現を下方制御するかまたは封じる核酸であり得る。
本明細書中のいくつかの実施形態は、対象に癌関連配列に対する抗体を投与することを含む、癌または新生物状態を処置する方法を記載する。いくつかの実施形態において、本抗体はモノクローナルまたはポリクローナルであり得る。いくつかの実施形態において、本抗体は、ヒト化または組み換えが行われ得る。いくつかの実施形態において、本抗体は、癌関連配列の受容体との結合および／またはこれを妨げることによって癌関連配列の生物学的活性を中和し得る。いくつかの実施形態において、本抗体は、受容体ではない癌関連ＤＮＡ配列によりコードされるタンパク質上の部位に結合し得る。いくつかの実施形態において、抗体を投与することは、体液または組織、例えば、血液、尿、血清、腫瘍組織などであるが限定されないものに対するものであり得る。
いくつかの実施形態において、癌を処置する方法は、合成、分泌、受容体結合または癌関連タンパク質受容体またはその受容体のシグナル伝達を妨害する作用物質を投与することを含み得る。いくつかの実施形態において、癌は、尿路上皮癌腫、移行上皮癌、非移行上皮癌、例えば限定されないが扁平上皮癌、腺癌、横紋筋肉腫、神経細胞腫瘍、子宮頸癌またはリンパ腫、再発性および転移性膀胱癌またはそれらの組み合わせを含むが限定されないものから選択され得る。
いくつかの実施形態において、癌細胞は、異なるように発現される遺伝子または遺伝子産物に基づき、治療薬によって特異的に標的とされ得る。例えば、いくつかの実施形態において、異なるように発現される遺伝子産物は、抗癌プロドラッグをその活性型に変換し得る酵素であり得る。したがって、正常細胞において、異なるように発現される遺伝子産物が発現されないかまたは顕著に低いレベルで発現される場合、プロドラッグは、活性され得ないか、またはより少量しか活性され得ず、したがって正常細胞に対する毒性はより低くなり得る。したがって、癌プロドラッグは、いくつかの実施形態において、癌細胞が、例えば癌細胞を死滅させるプロドラッグを代謝し得るようにより高い投与量で与えられ得、正常細胞は、プロドラッグを代謝しないか、またはあまり代謝せず、したがって患者に対して毒性がより低くなる。これの例は、Ａｔｋｉｎｓｏｎら、Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ（２００８）１５３，１３４４−１３５２に記載される、腫瘍細胞がメタロプロテアーゼを過剰発現するものである。標的癌細胞に対するプロテアーゼの使用もＣａｒｌら、ＰＮＡＳ，Ｖｏｌ．７７，Ｎｏ．４，ｐｐ．２２２４−２２２８，Ａｐｒｉｌ １９８０で記載されている。例えば、ドキソルビシンまたは他のタイプの化学療法剤は、異なるように発現される遺伝子産物によって特異的に切断されるかまたは認識されるペプチド配列に連結され得る。そして、ドキソルビシンまたは他のタイプの化学療法剤がペプチド配列から切り出され、それが癌細胞を死滅させるかまたは、癌細胞の増殖を阻害するように活性化され、一方、正常細胞においては、化学療法剤が細胞に内在化されないか、または効果的に代謝されず、したがって毒性が低くなる。
いくつかの実施形態において、膀胱癌を処置する方法は、本明細書中に記載の１以上の癌関連配列の遺伝子ノックダウンを含み得る。遺伝子ノックダウンは、遺伝子改変（癌関連配列をコードする染色体などであるが限定されない生物の染色体の１つのＤＮＡの変化）を通じるかまたはｍＲＮＡ転写産物または遺伝子の何れかに相補的な配列がある短いＤＮＡまたはＲＮＡオリゴヌクレオチドなどの試薬での処理によって生物の遺伝子の１以上の発現が低下させられる技術を指す。いくつかの実施形態において、使用されるオリゴヌクレオチドは、ＲＮａｓｅ−Ｈコンピテントなアンチセンス、例えばｓｓＤＮＡオリゴヌクレオチド、ｓｓＲＮＡオリゴヌクレオチド、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドまたはキメラオリゴヌクレオチドなどであるが限定されないもの；ＲＮａｓｅ−非依存的アンチセンス、例えばモルホリノオリゴヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートオリゴヌクレオチド、ロックド核酸オリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸オリゴヌクレオチドなど；ＲＮＡｉオリゴヌクレオチド、例えばｓｉＲＮＡ２本鎖オリゴヌクレオチドまたはｓｈＲＮＡオリゴヌクレオチドなどであるが限定されないもの；またはそれらの何らかの組み合わせから選択され得る。いくつかの実施形態において、プラスミドが細胞に導入され得、このプラスミドは、アンチセンスＲＮＡ転写産物またはｓｈＲＮＡ転写産物の何れかを発現する。導入されるオリゴまたは発現される転写産物は、相補的塩基対形成によって標的ｍＲＮＡ（ｅｘ．表１で開示される配列）と相互作用し得る（センス−アンチセンス相互作用）。
サイレンシングの特異的なメカニズムはオリゴ化学で変動し得る。いくつかの実施形態において、活性のある遺伝子またはその転写産物に対する本明細書中に記載のオリゴヌクレオチドの結合は、転写のブロック、ｍＲＮＡ転写産物の分解（例えば低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）またはＲＮａｓｅ−Ｈ依存的アンチセンスによって）またはｍＲＮＡ翻訳、プレｍＲＮＡスプライシング部位または、ｍｉＲＮＡ（例えばモルホリノオリゴヌクレオチドまたは他のＲＮａｓｅ−Ｈ非依存的アンチセンス）などの他の機能的ＲＮＡの成熟のために使用されるヌクレアーゼ切断部位の何れかのブロック通じて、発現低下を引き起こし得る。例えば、ＲＮａｓｅ−Ｈコンピテントなアンチセンスオリゴヌクレオチド（およびアンチセンスＲＮＡ転写産物）は、ＲＮＡ鎖を切断する酵素ＲＮａｓｅ−Ｈによって認識されるＲＮＡと二本鎖を形成し得る。別の例としては、ＲＮａｓｅ−非依存的オリゴヌクレオチドは、ｍＲＮＡに結合し、翻訳過程をブロックし得る。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、５’−ＵＴＲにおいて結合し得、５’−キャップから開始コドンにそれが移動したとき、開始複合体を停止させ、リボソーム集合を妨害する。ＲＮＡｉオリゴヌクレオチドの１本鎖は、ＲＩＳＣ複合体に加えられ得、これは、触媒的に相補的配列を切断し、部分的に相補的な配列を有する一部のｍＲＮＡの翻訳を阻害する。オリゴヌクレオチドは、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、塩−ショック法、例えばＣａＣｌ２ショックなど；例えばリポフェクタミンなどの陽イオン脂質による陰イオン性オリゴの形質移入；例えばＥｎｄｏ−Ｐｏｒｔｅｒなどのエンドソーム放出作用物質による不変のオリゴヌクレオチドの形質移入；またはそれらの何らかの組み合わせを含むが限定されない何らかの技術によって細胞に導入され得る。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ナノ粒子複合体、ウイルス介在性形質移入、オクタグアニジニウムデンドリマーに連結されるオリゴヌクレオチド（モルホリノオリゴヌクレオチド）またはそれらの何らかの組み合わせから選択される技術を用いて血液から細胞質に送達され得る。
いくつかの実施形態において、膀胱癌を処置する方法は、配列番号１から４０で開示されるｍＲＮＡまたは配列番号４１で開示されるタンパク質をコードする遺伝子またはそれらの組み合わせの発現をノックダウンまたは阻害するために適切な試薬で対象を処置することを含み得る。他の実施形態において、本発明は、例えば細胞のインビトロ培養または対象から得られた試料から得られた細胞における、配列番号１から４０で開示される遺伝子または配列番号４１で開示されるタンパク質をコードする遺伝子の１以上の発現のインビトロノックダウンを提供する。
本方法は、癌関連配列に対するサイレンシングＲＮＡを発現するレトロウイルスを用いた、ｈＥＳ細胞由来のクローン胚性前駆細胞株ＣＭ０２およびＥＮ１３の培養を含み得る（米国特許公開第２００８／００７０３０３号、題名「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｔｏ ａｃｃｅｌｅｒａｔｅ ｔｈｅ ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｏｖｅｌ ｃｅｌｌ ｓｔｒａｉｎｓ ｆｒｏｍ ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ ｃｅｌｌｓ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｔｈｅｒｅｂｙ」；および２００９年７月１６日提出の米国特許出願第１２／５０４，６３０号、題名「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｔｏ Ａｃｃｅｌｅｒａｔｅ ｔｈｅ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｃｅｌｌ Ｓｔｒａｉｎｓ ｆｒｏｍ Ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌｓ Ｏｂｔａｉｎｅｄ Ｔｈｅｒｅｂｙ」を参照のこと）。いくつかの実施形態において、本方法は、ｑＰＣＲにより下方制御を確認することをさらに含み得る。いくつかの実施形態において、本方法は、細胞を凍結保存することをさらに含む。いくつかの実施形態において、本方法は、細胞を再プログラムすることをさらに含む。いくつかの実施形態において、本方法は、ＯＣＴ４、ＭＹＣ、ＫＬＦ４およびＳＯＸ２の外部からの投与によって（ＴａｋａｈａｓｈｉおよびＹａｍａｎａｋａ ２００６ Ａｕｇ ２５；１２６（４）：６６３−７６；ＵＳ２００９／００６８７４２号として公開されている米国特許出願第１２／０８６，４７９号、題名「Ｎｕｃｌｅａｒ Ｒｅｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ Ｆａｃｔｏｒ」参照）およびＷＯ／２００７／０１９３９８として公開されているＰＣＴ／ＵＳ０６／３０６３２、題名「Ｉｍｐｒｏｖｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｒｅｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ Ａｎｉｍａｌ Ｓｏｍａｔｉｃ Ｃｅｌｌｓ」に記載の方法によって、２日以内に細胞を凍結保存または再プログラムすることを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、ＥＳ細胞の増殖を促進する条件下で哺乳動物の分化細胞を培養することを含み得る。いくつかの実施形態において、あらゆる好都合なＥＳ細胞増殖状態が、例えば、ＥＳ細胞を増殖可能な、フィーダーまたはフィーダー不含培地上で使用され得る。いくつかの実施形態において、本方法は、培養中でＥＳコロニーから細胞を同定することを含む。次に、同定されたＥＳコロニーからの細胞をＥＳマーカー、例えば、Ｏｃｔ４、ＴＲＡ１−６０、ＴＲＡ１−８１、ＳＳＥＡ４などに対して評価し得、ＥＳ細胞表現型を有するものを増殖させ得る。プレコンディショニングの効果を明らかにするために、ノックダウンによりプレコンディショニングされていない対照株を平行して再プログラムし得る。
いくつかの実施形態において、癌は、表１およびまたは配列番号１から４１で開示される配列またはそれらの遺伝子産物の活性もしくは発現を調節することによって処置される。
いくつかの実施形態において、癌を処置する方法は、細胞表面上で発現される癌関連タンパク質に特異的に結合する抗体（例えば、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、組み換え抗体、キメラ抗体など）を投与することを含む。いくつかの実施形態において、本抗体は、癌関連タンパク質の細胞外ドメインに結合する。いくつかの実施形態において、本抗体は、正常細胞表面と比較して癌細胞表面上で異なるように発現される癌関連タンパク質に結合するか、またはいくつかの実施形態において、少なくとも１つのヒト癌細胞株に結合する。いくつかの実施形態において、本抗体は、治療剤または毒素に連結される。
いくつかの実施形態において、症状を処置する、軽減する、または癌もしくは新生物を予防するための免疫療法ストラテジー（例えばワクチン）の実施は、当業者にとって利用可能な多くの様々な技術を用いて達成され得る。
治療目的での免疫療法または抗体の使用は、近年、癌を処置するために使用されてきた。受動免疫療法は、癌処置におけるモノクローナル抗体の使用を含む。例えば、Ｃａｎｃｅｒ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，６Ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（２００１）Ｃｈａｐｔ．２０ ｐｐ．４９５−５０８を参照のこと。これらの抗体の固有の治療的な生物学的活性は、腫瘍細胞増殖または生存の直接阻害および身体の免疫系の天然の細胞死滅活性を動員する能力を含む。これらの作用物質は、単独でまたは放射線療法もしくは化学療法剤と組み合わせて投与され得る。あるいは、抗体は、抗体が毒性作用物質に連結し、腫瘍に特異的に結合することによって腫瘍にその作用物質を差し向ける抗体性複合物を作製するために使用され得る。
癌治療薬に対するスクリーニング
本発明は、候補分子が膀胱癌細胞の増殖およびまたは転移において阻害効果を有するか否かを判定するためにスクリーニングアッセイを提供する。適切な候補としては、タンパク質、ペプチド、核酸、例えばＤＮＡ、ＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｍＲＮＡなど、低分子の有機分子および低分子の無機分子を含む低分子が挙げられる。低分子には、５０ｋｄ未満の分子が含まれ得る。
いくつかの実施形態において、候補作用物質を試料に接触させ；試料中の癌関連配列の活性を判定することを含む、抗癌剤を同定する方法が提供される。いくつかの実施形態において、候補作用物質は、癌関連配列の活性が接触後に試料中で低下する場合、抗癌剤として同定される。他の実施形態において、候補作用物質は、以下で開示される１以上の癌関連配列の発現レベルを低下させる。
いくつかの実施形態において、候補作用物質は抗体である。いくつかの実施形態において、本方法は、癌関連配列に結合する候補抗体を試料と接触させ、癌関連配列の活性についてアッセイすることを含み、この候補抗体は、癌関連配列活性が接触後に試料中で低下する場合、抗癌剤として同定される。癌関連配列の活性は、癌関連配列の何らかの活性であり得る。活性の例としては、癌関連配列それ自身の、または核酸レベルまたはタンパク質レベルの何れかで癌関連配列と相互作用するかまたはこれにより調節される酵素の何れかの酵素活性を阻害することが挙げられ得る。
いくつかの実施形態において、本開示は、細胞試料に候補作用物質を接触させ；癌関連配列の活性を判定することを含み、この候補作用物質が、癌関連配列の活性が接触後に細胞試料中で低下する場合に抗癌剤として同定される、抗癌（例えば膀胱癌）剤を同定する方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、抗癌剤を同定する方法を提供するが、この方法は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの組み合わせから選択される癌関連配列に結合する候補作用物質を細胞試料と接触させ、癌関連配列の活性または発現レベルをアッセイすることを含み、候補抗体は、癌関連配列の活性が接触後に細胞試料中で低下する場合、抗癌剤として同定される。
いくつかの実施形態において、薬物候補をスクリーニングする方法には、薬物候補の非存在下での癌関連配列の発現レベルを薬物候補の存在下での発現レベルと比較することが含まれる。
いくつかの実施形態は、癌関連配列（核酸またはタンパク質）に対して結合可能な治療剤についてスクリーニングする方法を対象とし、この方法は、癌関連配列および候補治療剤を組み合わせ、癌関連配列に対する候補作用物質の結合を判定することを含む。
本明細書中で、癌関連配列の活性を調節することが可能な治療剤に対してスクリーニングするための方法がさらに提供される。いくつかの実施形態において、本方法は、癌関連配列および候補治療剤を組み合わせ、癌関連配列の生物活性における候補作用物質の効果を判定することを含む。癌関連配列の生物活性を調節する作用物質は、癌関連配列の活性を調節することが可能な治療剤として使用され得る。
ある一定の実施形態において、本発明は、（ａ）以下で開示される１以上の癌関連配列、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される癌関連遺伝子を発現する細胞を抗抗癌剤候補と接触させ；（ｂ）（核酸またはタンパク質レベルの何れかで）細胞での癌関連配列の発現における抗抗癌剤候補の効果を検出し；（ｃ）薬物候補の非存在下での発現レベルを薬物候補の存在下での発現レベルと比較することを含み、癌関連ポリヌクレオチドの発現における効果が、その候補が抗癌活性を有することを示す、抗癌活性についてスクリーニングする方法を提供する。例えば薬物候補は、細胞における癌関連配列の発現レベルを低下させ得る。
いくつかの実施形態において、候補抗癌剤の効果を評価する方法は、患者に薬物を投与し、患者から細胞試料を取り出すことを含み得る。次に細胞の発現プロファイルを調べる。いくつかの実施形態において、本方法は、患者の発現プロファイルを健康な個体の発現プロファイルと比較することをさらに含み得る。いくつかの実施形態において、発現プロファイルは、本明細書中で開示される配列の１以上のまたはそれらの何らかの組み合わせの発現を測定することを含む。いくつかの実施形態において、本明細書中で開示される配列の１以上のまたはそれらの何らかの組み合わせの発現プロファイルが変化している（上昇または低下）場合、候補抗癌剤は効果的であると言われる。
いくつかの実施形態において、本発明は、（ａ）配列番号１から４０で示される癌関連配列または配列番号４１をコードする遺伝子またはそれらの断片からなる群から選択される核酸配列をコードする癌関連遺伝子を発現する細胞を提供し、（ｂ）癌細胞由来であり得る細胞を抗癌剤候補と接触させ；（ｃ）細胞試料中での癌関連配列の発現において抗癌剤候補の効果を監視し、場合によっては（ｄ）前記薬物候補の非存在下での発現レベルを薬物候補の存在下での発現レベルと比較することを含む、抗癌活性にについてスクリーニングする方法を提供する。
適切な薬物候補としては、転写、Ｇ−タンパク質共役受容体アンタゴニスト、増殖因子アンタゴニスト、セリン−スレオニンキナーゼアンタゴニスト、チロシンキナーゼアンタゴニストの阻害剤が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態において、候補が癌関連配列の発現を調節する場合、その候補は、抗癌活性を有すると言われる。いくつかの実施形態において、抗癌活性は、細胞増殖を測定することによって判定される。いくつかの実施形態において、この候補は、細胞増殖を阻害または遅延させ、抗癌活性を有すると言われる。いくつかの実施形態において、候補は細胞を死滅させ、したがって、この候補は抗癌活性を有すると言われる。
いくつかの実施形態において、本発明は、膀胱癌に対する活性についてスクリーニングする方法を提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、以下で開示される癌関連配列、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される癌関連配列に対して相補的である癌関連遺伝子を過剰発現する細胞を膀胱抗癌剤候補と接触させることを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、細胞での癌関連ポリヌクレオチドの発現における、膀胱抗癌剤候補の効果または細胞の増殖もしくは生存能における効果を検出することを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、薬物候補の非存在下での発現レベル、細胞増殖または生存能を薬物候補の存在下での発現レベル、細胞増殖または生存能と比較することを含み、癌関連ポリヌクレオチド発現、細胞増殖または生存能における効果は、その候補が、配列番号１から４０で開示される配列または配列番号４１をコードする遺伝子またはそれらに対する相補体、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される配列である配列を含む癌関連遺伝子を過剰発現する膀胱癌細胞に対して活性を有することを示す。いくつかの実施形態において、薬物候補としては、例えば、転写阻害剤、Ｇ−タンパク質共役受容体アンタゴニスト、増殖因子アンタゴニスト、セリン−スレオニンキナーゼアンタゴニストまたはチロシンキナーゼアンタゴニストが挙げられ得る。
膀胱癌マーカーを同定する方法
特定の生細胞における遺伝子発現のパターンは、その現在の状態の特徴であり得る。細胞の状態またはタイプの違いの殆ど全ては、１以上の遺伝子のＲＮＡレベルの違いに反映される。特徴が分からない遺伝子の発現パターンを比較することにより、それらの機能についての手がかりが提供され得る。数百または数千の遺伝子の発現のハイスループット分析は、（ａ）複合遺伝子疾患の同定、（ｂ）組織と疾患状態との間の経時的な差次的な遺伝子発現の分析および（ｃ）薬物探索および毒性研究に役立ち得る。ある一定の遺伝子の発現レベルの増減は、癌生物学と相関する。例えば、癌遺伝子は腫瘍形成の陽性制御因子であり、一方で腫瘍サプレッサー遺伝子は腫瘍形成の負の制御因子である。（Ｍａｒｓｈａｌｌ，Ｃｅｌｌ，６４：３１３−４０６（１９９１）；Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５４：１１３８−１１４６（１９９１））。したがって、本明細書中のいくつかの実施形態は、癌に、特に腫瘍形成に関与する、ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列を提供する。
癌遺伝子は、癌を引き起こし得る遺伝子である。発癌は、癌遺伝子を含有するウイルスによる細胞の感染、宿主ゲノムにおける癌原遺伝子の活性化および癌原遺伝子および腫瘍サプレッサー遺伝子の突然変異を含む多岐にわたるメカニズムによって起こり得る。発癌は、根本的に体細胞進化（すなわち、増殖調整の進行性の消失を伴う突然変異および変異体の自然選択）により引き起こされる。これらの体細胞突然変異の標的となる遺伝子は、それらの突然変異体表現型がそれぞれ優性であるかまたは劣性であるかに依存して、癌原遺伝子または腫瘍サプレッサー遺伝子の何れかとして分類される。
本発明のいくつかの実施形態は、癌関連配列（「標的マーカー」）を対象とする。いくつかの実施形態は、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、タンパク質の発現レベルまたはリン酸化およびＳＵＭＯ化を含むが限定されないタンパク質翻訳後修飾が、細胞タイプの５種類のカテゴリー：（１）不死の多能性幹細胞（胚性幹（「ＥＳ」）細胞、誘導性多能性幹（「ｉＰＳ」）細胞および胚性癌（「ＥＣ」）細胞などの生殖細胞系列細胞など）または性腺組織；（２）ＥＳ、ｉＰＳまたはＥＣ−由来のクローン胚性前駆（「ＥＰ」）細胞株、（３）ＣＤ３４＋細胞およびＣＤ１３３＋細胞を含むが限定されない、有核血液細胞；（４）皮膚繊維芽細胞、血管内皮細胞、正常な非リンパ性および非癌性組織などを含む、正常な致死の体細胞成人由来組織および培養細胞：および（５）培養癌細胞株またはヒト腫瘍組織を含む悪性癌細胞間で比較される、癌の診断および処置に有用な新規標的マーカーを同定する方法を対象とする。カテゴリー１、３および５またはカテゴリー１および５で一般に発現される（または発現されない）が、カテゴリー２および４で発現されない（または発現される）ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡまたはタンパク質は、癌診断および治療に対する候補標的である。本明細書中のいくつかの実施形態は、ヒト適用、非ヒト獣医学適用またはそれらの組み合わせを対象とする。
いくつかの実施形態において、標的マーカーを同定する方法は、：１）不死の多能性幹細胞（胚性幹（「ＥＳ」）細胞、誘導性多能性幹（「ｉＰＳ」）細胞および胚性癌腫（「ＥＣ」）細胞など）の生殖細胞系列細胞など）の、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、タンパク質またはタンパク質修飾の分子プロファイルを得て；２）ＥＳ、ｉＰＳまたはＥＣ由来のクローン性胚性前駆（「ＥＰ」）細胞株、培養癌細胞株またはヒト腫瘍組織を含む悪性癌細胞および、培養クローン性ヒト胚性前駆細胞、胎児もしくは成人ソースからの培養体細胞、または悪性癌細胞に対する正常な対応組織などの致死体細胞型で存在するものとこれらの分子を比較する段階を含む。ｈＥＳ細胞などの多能性幹細胞と悪性癌細胞との間で共有されるが、殆どの体細胞タイプには存在しない標的マーカーは、候補診断マーカーおよび治療標的となり得る。
本明細書中の実施形態の癌関連配列は、例えば配列番号１から４１において開示される。これらの配列は、倍率変化およびフィルター分析から抽出した。正常および膀胱腫瘍組織における癌関連配列の発現は以下で開示する。
発現が判定されたら、癌細胞株対正常組織における倍率変化；全般的な特異性；癌細胞株における分泌もしくは非分泌、発現レベル；およびシグナル対ノイズ比を考慮することによって、遺伝子配列結果をさらにフィルターにかけ得る。
当然のことながら、発現データを得る様々な方法および発現データの使用がある。例えば、癌を有する対象を検出または診断するために使用され得る発現データを実験的に得ることができる。いくつかの実施形態において、発現データを得ることは、試料を得て、実験により発現データを調べるために試料を処理することを含む。発現データは、本明細書中に記載の癌関連配列の１以上に対する発現データを含み得る。発現データは、例えば、本明細書中に記載のものなどを含むが限定されないマイクロアレイまたは定量的増幅法を使用することによって、実験により決定され得る。いくつかの実施形態において、試料と関連付けられる発現データを得ることは、実験的に発現データを調べるために試料を処理した第三者から発現データを受け取ることを含む。
発現レベルを検出することまたは本明細書中に記載の同様の段階は、実験的に行われ得るか、または本明細書中に記載のように第三者により提供され得る。したがって、例えば、「発現レベルを検出する」とは、データを実験的に測定することおよび／または発現レベルデータを調べ、検出するために試料を処理した別の者によりデータが提供されることを指し得る。
ＲＮＡプローブ配列に対してハイブリッド形成させられるＩｌｌｍｉｎａ遺伝子発現マイクロアレイを用いたｍＲＮＡレベルでの遺伝子発現の比較が使用され得る。例えば試料は、多様なカテゴリーの細胞型：１）ヒト胚性幹（「ＥＳ」）細胞または性腺組織、２）ＥＳ、ｉＰＳまたはＥＣ−由来のクローン胚性前駆（「ＥＰ」）細胞株、３）ＣＤ３４＋細胞およびＣＤ１３３＋細胞を含むが限定されない有核の血液細胞；４）正常な致死性体細胞成人由来組織および、皮膚、繊維芽細胞、血管内皮細胞、正常非リンパ性および非癌性組織を含む培養細胞などおよび５）培養癌細胞株を含む悪性癌細胞またはヒト腫瘍組織から調製され得、カテゴリー１、３および５またはカテゴリー１および５で一般に発現される（または発現されない）が、カテゴリー２および４で発現されない（または発現される）遺伝子を検出するためにフィルタリングを行った。この観察に基づくこれらの癌における治療は、癌において上方制御される上記で述べられる転写産物の発現を低下させるかまたは遺伝子産物の発現を低下させることに基づく。
試料を分析するための技術
試料中の癌を検出もしくは診断するかまたは新規の癌関連配列を同定する方法などの以下で開示される方法に従い試料を分析するために、当技術分野で公知の何らかの技術が使用され得る。代表的な技術を下記で提供する。
遺伝子発現アッセイ：遺伝子発現レベルの測定は、定量的ＰＣＲまたはマイクロアレイ遺伝子発現分析、ビーズアレイ遺伝子発現分析およびノーザン分析を含むが限定されない当技術分野の何らかの公知の方法によって行われ得る。遺伝子発現レベルは、ＡＤＰＲＴ（受託番号ＮＭ＿００１６１８．２）、ＧＡＰＤ（受託番号ＮＭ＿００２０４６．２）または当技術分野で公知の他のハウスキーピング遺伝子に対して正規化された相対的発現として表され得る。ｍＲＮＡ発現のマイクロアレイ化プローブの場合、遺伝子発現データはまた、中央値の中央値法によっても正規化され得る。この方法において、各アレイは、異なる総強度を与える。中央値を使用することは、実験において細胞株（アレイ）を比較するロバストな方法である。例として、各細胞株に対して中央値を見出し、次いでこれらの中央値の中央値を正規化のための値とした。各細胞株からのシグナルを他の細胞株のそれぞれに対するものとした。
ＲＮＡ抽出：本開示の細胞を０．０５％トリプシンおよび０．５ｍＭ ＥＤＴＡとともに温置し、続いて０．５％ＢＳＡ入りのＤＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）中で回収し得る。トータルＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて細胞から精製され得る。
細胞からのトータルＲＮＡおよびｍiＲＮＡの単離：トータルＲＮＡまたは低分子ＲＮＡ種に対して濃縮された試料は、多くの成熟組織において観察される細胞増殖停止に類似させるためにＲＮＡを回収する前に血清飢餓状態にされる細胞培養物から単離される。細胞増殖停止は、５日間にわたり０．５％血清を含有する培地に変え、低血清培地の１回目の添加後２から３日に１回培地交換することによって行われ得る。トータルＲＮＡを単離するためにＱｉａｇｅｎ ＲＮＥａｓｙキットに対する業者の説明書に従って、または低分子ＲＮＡ種に対して濃縮されたＲＮＡを単離するためにＡｍｂｉｏｎ ｍｉｒＶａｎａキットに対する業者の説明書に従って、ＲＮＡが回収され得る。ＲＮＡ濃度は、分光法によって決定され得、ＲＮＡの質は、２８Ｓおよび１８Ｓ ＲＮＡを可視化するためにアガロースゲル電気泳動を変性させることによって決定され得る。分解の兆候がなく、およそ２：１、２８Ｓ：１８Ｓの比率である明確に可視化された２８Ｓおよび１８Ｓバンドがある試料を続くｍｉＲＮＡ分析に対して使用し得る。
ヒト細胞から単離される試料中のｍｉＲＮＡのためのアッセイ：ｍｉＲＮＡは、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，ＩｎｃからのヒトＰａｎｅｌ ＴａｑＭａｎ ＭｉｃｒｏＲＮＡアッセイを用いて定量され得る。これは、逆転写（ＲＴ）と続くリアルタイムＴａｑＭａｎ（登録商標）に対してステム−ループプライマーを使用する２段階アッセイである。アッセイには、２段階、逆転写（ＲＴ）および定量的ＰＣＲが含まれる。リアルタイムＰＣＲは、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７５００ リアルタイムＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍにおいて行われ得る。細胞１個あたりのコピー数は、合成ｍｉｒ−１６ｍｉＲＮＡの標準曲線に基づいて推定され得、およそ１５ｐｇ／細胞のトータルＲＮＡ量が仮定される。
５μＬの最終体積で１ｘｃＤＮＡアーカイビング緩衝液、３．３５単位ＭＭＬＶ逆転写酵素、５ｍＭの各ｄＮＴＰ、１．３単位ＡＢ ＲＮａｓｅ阻害剤、２．５ｎＭ ３３０−ｐｌｅｘリバースプライマー（ＲＰ）、３ｎｇの細胞ＲＮＡを用いて、逆転写反応が行われ得る。２０℃で３０秒；４２℃で３０秒；５０℃で１秒を６０サイクル、続いて８５℃で５分間を１サイクル行うサイクリングプロファイルでＢｉｏＲａｄまたはＭＪ サーモサイクラーにおいて逆転写反応が行われ得る。
リアルタイムＰＣＲ．２０μＬの反応に対して２μＬの１：４００希釈Ｐｒｅ−ＰＣＲ産物を使用し得る。全反応を２つ組で行い得る。この方法は非常にロバストなので、２つ組み試料は、ｍｉＲＮＡ発現レベルに対する値を得るのに十分、足りるものであり、正確であり得る。ＡＢＩのＴａｑＭａｎ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲマスター混合液は、製造者の示唆に従い使用され得る。簡潔に述べると、１ｘＴａｑＭａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（ＡＢＩ）、１μＭフォワードプライマー、１μＭユニバーサルリバースプライマーおよび０．２μＭ ＴａｑＭａｎプローブを各リアルタイムＰＣＲに対して使用し得る。使用される条件は、次のとおりであり：９５℃で１０分間、続いて９５℃で１５秒間、および６０℃で１分間を４０サイクルであり得る。反応は全て、ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ７０００配列検出システムにおいて行われ得る。
マイクロアレイハイブリッド形成およびデータ処理。インビトロ転写（ＩＶＴ）（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）によるかまたはＩｌｌｕｍｉｎａ Ｔｏｔａｌ Ｐｒｅｐ ＲＮＡＬａｂｅｌｌｉｎｇキットを用いたビオチン標識化のためのＯｎｅ−Ｃｙｃｌｅ Ｔａｒｇｅｔ Ｌａｂｅｌｉｎｇ手順に、ｃＤＮＡ試料および細胞性トータルＲＮＡ（８本の個々の各試験管中５μｇ）を供し得る。Ａｆｆｙｍｅｔｉｘ遺伝子チップでの分析の場合、ｃＲＮＡを続いて断片化し、製造者の説明書に従いヒトゲノムＵ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０アレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）とハイブリッド形成させ得る。ＣＥＬデータを生成させるために、ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｓｃａｎｎｅｒ ３０００（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）を用いてマイクロアレイ画像データを処理し得る。次いで、複数のデータセットを同時に正規化し、処理するという長所を有するｄＣｈｉｐソフトウェアによる分析にＣＥＬデータを供し得る。細胞からの８個の正規化対照から、希釈された細胞ＲＮＡからの８個の独立に増幅された試料から、および２０個の単一細胞からの増幅cＤＮＡ試料から得られたデータを、プログラムの初期設定に従い、それぞれの群内で個別に正規化し得る。モデルベース発現指標（ＭＢＥＩ）は、シグナル強度のｌｏｇ−２変換および低値から０の切捨てを行いＰＭ／ＭＭ差モードを用いて計算し得る。絶対的コール（Ｐｒｅｓｅｎｔ、ＭａｒｇｉｎａｌおよびＡｂｓｅｎｔ）は、ｄＣｈｉｐ初期設定を使用して、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイソフトウェア５．０（ＭＡＳ５．０）アルゴリズムによって形成され得る。Ｐｒｅｓｅｎｔプローブのみの発現レベルは、下記の全ての定量的分析に対して考慮され得る。マイクロアレイデータに対するＧＥＯ受託番号はＧＳＥ４３０９である。ＩｌｌｕｍｉｎａヒトＨＴ−１２ ｖ４発現ビーズチップにおける分析の場合、製造者の説明書に従い、標識化ｃＲＮＡをハイブリッド形成させ得る。
適用範囲および正確度の計算。真の陽性は、８個の非増幅対照のうち少なくとも６個においてＰｒｅｓｅｎｔと呼ばれるプローブとして定義され、真の発現レベルは、Ｐｒｅｓｅｎｔプローブのｌｏｇ−平均発現レベルとして定義される。適用範囲の定義は、（増幅試料で検出された真に陽性のプローブ数）／（真に陽性のプローブ数）である。正確度の定義は、（増幅試料で検出された真に陽性のプローブ数）／（増幅試料で検出されたプローブ数）である。増幅および非増幅試料の発現レベルは、正確度および適用範囲が計算される場合、２０．５（２０、２０．５、２１、２１．５．．．）の階級の幅によって除され得る。これらの発現レベル瓶は、検出されるプローブの頻度分布を分析するためにも使用され得る。
細胞の遺伝子発現プロファイルの分析；細胞からのマイクロアレイデータの目的変数なしのクラスタリングおよびクラス近傍分析は、高信頼度で、方法および／または生検からのものを含め、何らかの試料可変性の関与を妨げるために並べ替え検定と組み合わせてシグナルノイズ比分析／Ｔ検定を行う、ＧｅｎｅＰａｔｔｅｒｎソフトウェア（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｒｏａｄ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／ｃａｎｃｅｒ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／ｇｅｎｅｐａｔｔｅｒｎ／）を用いて行われ得る。この分析は、１４，１２８プローブにおいて行われ得、２０個の単一の細胞のうち少なくとも６個がＰｒｅｓｅｎｔコールを与え、２０試料のうち少なくとも１つが細胞１個あたり＞２０コピーの発現レベルを与えた。Ａｂｓｅｎｔ／Ｍａｒｇｉｎａｌコールがあるプローブに対して計算される発現レベルは、０に切り捨てられる。相対的遺伝子発現レベルを計算するために、Ｑ−ＰＣＲ分析で得られたＣｔ値は、ヒトゲノム全体（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）または遺伝子断片を含有するプラスミドの何れかで定量された個々のプライマー対の効率を使用して補正され得る。相対発現レベルは、反応混合物中に含まれるスパイクＲＮＡ（ｌｏｇ１０［発現レベル］＝１．０５ ｘ ｌｏｇ１０［コピー数］＋４．６５）を用いて計算される検量線を用いてさらにコピー数に変換され得る。目的変数なしのクラスタリングにより決定されるクラスター１とクラスター２との間の差を表し、後の段階でＰＥに制限される、Ｇａｔａ４との遺伝子発現の関連を評価するために、独立性に対するカイ二乗検定を行い得る。Ｑ−ＰＣＲで測定される個々の遺伝子の発現レベルは、３つのカテゴリー：高（＞１００コピー／細胞）、中（１０−１００コピー／細胞）および低（＜１０コピー／細胞）に分類され得る。Ｇａｔａ４発現からの独立に対するカイ二乗およびＰ値は、この分類に基づき計算し得る。カイ二乗は次のとおり定義される：χ２＝ΣΣ（ｎ ｆｉｊ−ｆｉ ｆｊ）２／ｎ ｆｉ ｆｊ、（式中、ｉおよびｊはそれぞれ参照（Ｇａｔａ４）および標的遺伝子の発現レベルカテゴリー（高、中または低）を表し；ｆｉ、ｆｊおよびｆｉｊは、それぞれカテゴリーｉ、ｊおよびｉｊの観測度数を表し；ｎは、試料数（ｎ＝２４）を表す。）。自由度は、（ｒ−１）ｘ（ｃ−１）（式中、ｒおよびｃは、それぞれＧａｔａ４および標的遺伝子の発現レベルカテゴリーの利用可能数を表す。）として定義され得る。
膀胱癌に対する免疫反応の生成
いくつかの実施形態において、癌関連配列を発現する細胞に対する免疫反応を誘発するために、抗原提示細胞（ＡＰＣ）を使用して、インビボまたはエクスビボでＴリンパ球を活性化し得る。ＡＰＣは、高度に特化した細胞であり、マクロファージ、単球および樹状細胞（ＤＣ）を含み得るが限定されない。ＡＰＣは、抗原を処理し、リンパ球活性化に必要とされる分子と一緒に、それらのペプチド断片を細胞表面で提示し得る。いくつかの実施形態において、ＡＰＣは樹状細胞であり得る。ＤＣは、例えば濾胞樹状細胞、ランゲルハンス樹状細胞および表皮樹状細胞を含むサブグループに分類され得る。他の実施形態において、本発明は、以下で開示される癌関連配列の１以上に対する抗体反応を誘発する方法を提供する。本方法は、以下で開示される癌関連配列の１以上によりコードされるタンパク質またはペプチド断片を対象に投与することを含み得る。
いくつかの実施形態は、対象において、癌細胞などであるが限定されない癌関連ポリペプチド配列を発現する細胞に対する免疫反応を誘発するための、癌関連ポリペプチドおよび、癌関連配列をコードするポリヌクレオチド、それらの断片またはそれらの突然変異体および抗原提示細胞（樹状細胞などであるが限定されない。）の使用を対象とする。いくつかの実施形態において、癌関連配列を発現する細胞に対する免疫反応を誘発する方法は、（１）造血幹細胞を単離し、（２）癌関連配列を発現させるために細胞を遺伝子改変し、（３）細胞をＤＣに分化させ；（４）ＤＣを対象（例えばヒト患者）に投与することを含む。いくつかの実施形態において、免疫反応を誘発する方法は、（１）ＤＣを単離し（またはＤＣ前駆細胞の単離および分化）、（２）細胞に癌関連配列を適用し；（３）ＤＣを対象に投与することを含む。これらのアプローチは、以下でさらに詳細に論じる。いくつかの実施形態において、Ｔリンパ球をエクスビボで活性化するために、適用されるかまたは発現しているＤＣを使用し得る。これらの一般的な技術およびそれらの変法は、当業者の技術の範囲内であり得（例えば、ＷＯ９７／２９１８２；ＷＯ９７／０４８０２；ＷＯ９７／２２３４９；ＷＯ９６／２３０６０；ＷＯ９８／０１５３８；Ｈｓｕら、１９９６，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．２：５２−５８参照）、また他の変法が将来的に発見され得る。いくつかの実施形態において、免疫反応を刺激するために癌関連配列を対象と接触させる。いくつかの実施形態において、免疫反応は、下記のような対象を処置するための治療的免疫反応である。いくつかの実施形態において、免疫反応は予防的免疫反応である。例えば、免疫反応を刺激するのに有効な条件下で癌関連配列を対象と接触させ得る。癌関連配列は、例えばＤＮＡ分子（例えばＤＮＡワクチン）、ＲＮＡ分子またはポリペプチドまたはそれらの何らかの組み合わせとして投与され得る。免疫反応を刺激するために配列を投与することは公知であったが、使用すべき配列の正体は、本開示の前には知られていなかった。免疫反応を刺激するために、何らかの配列または本明細書中で開示される配列またはそれらの相同体の組み合わせが対象に投与され得る。
いくつかの実施形態において、癌関連配列での形質導入のために樹状細胞前駆細胞を単離し、樹状細胞に分化させるために誘導し得る。癌関連配列を発現する遺伝子改変ＤＣは、細胞表面でペプチド断片を提示し得る。
いくつかの実施形態において、発現される癌関連配列は、天然のタンパク質の配列を含む。いくつかの実施形態において、本癌関連配列は、天然の配列を含まない。既に記されているように、天然のタンパク質の断片が使用され得；さらに、天然のポリペプチドと比較した場合に、少なくとも１つのペプチドエピトープがＤＣによってプロセシングされ得、ＭＨＣクラスＩまたはＩＩ表面分子上に与えられる限り、発現されるポリペプチドは、欠失、挿入またはアミノ酸置換などの突然変異を含み得る。いくつかの実施形態において、例えばペプチドの抗原性を向上させるために、またはペプチド発現レベルを向上させるために、「野生型」以外の配列を使用することが望ましいものであり得る。いくつかの実施形態において、導入される癌関連配列は、多型変異体（例えば特定のヒト患者により発現される変異体）または特定の癌（例えば特定の対象における癌）の特徴である変異体などの変異体をコードし得る。
いくつかの実施形態において、形質移入、組み換えワクシニアウイルス、アデノ関連ウイルス（ＡＡＶ）、レトロウイルスなどを含む様々な標準的方法の何れかにおいて、癌関連配列がＤＣまたは幹細胞に導入（形質導入）され得る。
いくつかの実施形態において、本発明の形質転換ＤＣが、このＤＣが免疫反応を誘導し得る対象（例えばヒト患者であるが限定されない。）に導入され得る。一般的には、この免疫反応には、抗原性ペプチド（例えばＭＨＣクラスＩ／ペプチド複合体において）を有する標的細胞に対する細胞毒性Ｔ−リンパ球（ＣＴＬ）反応が含まれる。これらの標的細胞は一般的には癌細胞である。
いくつかの実施形態において、ＤＣが対象に投与されるものではない場合、これらは、好ましくは、その対象からの前駆細胞から単離されるかまたは前駆細胞に由来し得る（すなわち、ＤＣは自己対象に投与され得る。）。しかし、この細胞は、ＨＬＡ−適合の同種異系またはＨＬＡ−不適合の同種異系対象に注入され得る。後者の場合、免疫抑制薬物が対象に投与され得る。
いくつかの実施形態において、細胞が何らかの適切な方式で投与され得る。いくつかの実施形態において、細胞は、医薬的に許容可能な担体（例えば食塩水）とともに投与され得る。いくつかの実施形態において、細胞は、静脈内、関節内、筋肉内、皮内、腹腔内または皮下経路を通じて投与され得る。投与（すなわち免疫付与）は、時間の間隔をおいて反復され得る。ＤＣ数および活性を維持するように作用するサイトカイン（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１２）の投与とＤＣの注入を組み合わせ得る。
いくつかの実施形態において、対象に投与される用量は、例えば、癌細胞の増殖を阻害するか、または結果として癌細胞数または腫瘍サイズを縮小させるために、Ｔ細胞増殖、Ｔリンパ球細胞毒性を測定するアッセイにより検出されるように免疫反応を誘発し、および／または時間とともに患者において有益な治療反応を発揮するのに十分な用量であり得る。
いくつかの実施形態において、ＤＣを得て（患者からまたはインビトロでの前駆細胞の分化によるかの何れか）、癌関連配列を有する抗原性ペプチドを適用する。適用の結果、細胞の表面ＭＨＣ分子上にペプチドが提示される。細胞表面上で提示されるペプチド／ＭＨＣ複合体は、癌関連ポリペプチドを発現する標的細胞（例えば癌細胞であるが限定されない。）に対するＭＨＣ−制限細胞毒性Ｔ−リンパ球反応を誘発することが可能であり得る。
いくつかの実施形態において、適用するために使用される癌関連配列は、少なくとも約６または８アミノ酸および約３０アミノ酸未満または約５０アミノ酸残基長未満を有し得る。いくつかの実施形態において、免疫原性ペプチド配列は約８から約１２アミノ酸を有し得る。いくつかの実施形態において、ヒトタンパク質断片の混合物が使用され得；あるいは定められる配列の特定のペプチドが使用され得る。ペプチド抗原は、デノボペプチド合成、精製または組み換えヒトペプチドの酵素性消化によって、天然のソース（例えば対象または対象からの腫瘍細胞）からのペプチド配列の精製または、ヒトペプチド断片をコードする組み換えポリヌクレオチドの発現によって、作製され得る。
いくつかの実施形態において、ＤＣを適用するために使用されるペプチドの量は、ペプチドまたはポリペプチドの性質、サイズおよび純度に依存し得る。いくつかの実施形態において、約０．０５μｇ／ｍＬから約１ｍｇ／ｍＬ、約０．０５μｇ／ｍＬから約５００μｇ／ｍＬ、約０．０５μｇ／ｍＬから約２５０μｇ／ｍＬ、約０．５μｇ／ｍＬから約１ｍｇ／ｍＬ、約０．５μｇ／ｍＬから約５００μｇ／ｍＬ、約０．５μｇ／ｍＬから約２５０μｇ／ｍＬまたは約１μｇ／ｍＬから約１００μｇ／ｍＬのペプチドの量で使用され得る。培養ＤＣにペプチド抗原を添加した後、次に、細胞を十分な時間処理し、抗原をプロセシングし、クラスＩまたはクラスＩＩＭＨＣの何れかに会合する細胞表面上で抗原ペプチドを発現させる。いくつかの実施形態において、抗原を処理し、プロセシングする時間は、約１８から約３０時間、約２０から約３０時間または約２４時間であり得る。
様々なＭＨＣクラスＩおよびＩＩ分子に対するペプチド結合モチーフを予測するためのシステムおよび方法の多くの例が記載されている。このような予測は、望ましいＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合するペプチドモチーフを予測するために使用され得る。当業者がこのような目的に対して求め得るこのような方法、システムおよびデータベースの例としては、１．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｍｏｔｉｆｓ ｆｏｒ ＭＨＣ Ｃｌａｓｓ Ｉ ａｎｄ ＩＩ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ；Ｗｉｌｌｉａｍ Ｅ．Ｂｉｄｄｉｓｏｎ，Ｒｏｌａｎｄ Ｍａｒｔｉｎ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｕｎｉｔ ＩＩ（ＤＯＩ：１０．１００２／０４７１ １４２７３５．ｉｍａ０１ｉｓ３６；Ｏｎｌｉｎｅ Ｐｏｓｔｉｎｇ Ｄａｔｅ：Ｍａｙ，２００１）が挙げられる。
上記参考文献１は、特異的なＭＨＣクラスＩまたはＩＩ対立遺伝子との相互作用を予測するためのペプチド−結合モチーフの使用の全体像を提供し、Ｔ−細胞認識を予測するためのＭＨＣ結合モチーフの使用のための例を与える。
表３は、ＮＩＨ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｗｅｂｓｉｔｅ，Ｂｉｏｌｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ＳｅｃｔｉｏｎでのＨＬＡペプチドモチーフ検索に対する代表的な結果を提供する。
Figure 2014533493
ペプチドに基づくワクチン接種の技術分野の熟練者は、個体のＨＬＡ対立遺伝子に基づき（例えば「ＭＨＣ制限」ゆえに）、個体においてどのペプチドが最良に働くかを決定し得る。異なるＨＬＡ対立遺伝子は、様々なエネルギーにより、理論的に予想され得るかまたは解離速度として測定される特定のペプチドモチーフ（通常は２または３の非常によく保存されている８−１０からの位置）に結合する。したがって、熟練者は、対象のＨＬＡプロファイルに対してペプチドを調整し得る。
いくつかの実施形態において、本開示は、対象において免疫反応を誘発するのに効果的な条件下で癌関連配列と対象を接触させることを含む、癌関連配列を発現する細胞に対する免疫反応を誘発する方法を提供し、この癌関連配列は、下記で提供される癌関連配列の１以上から選択される遺伝子の配列またはそれらの断片遺伝子を含む。
癌関連配列による細胞の形質移入
以下で開示される癌関連配列の１以上によって細胞を形質移入し得る。形質移入細胞は、スクリーニングアッセイ、診断および検出アッセイにおいて有用であり得る。明細書中で開示される１以上の癌関連配列および／または１以上の癌関連配列によりコードされる単離タンパク質またはペプチド断片をコードする単離核酸を得るために、本明細書中で開示される１以上の癌関連配列を発現する形質移入細胞を使用し得る。
哺乳動物細胞（Ｎｅｕｍａｎｎ，Ｅ．ら（１９８２）ＥＭＢＯ Ｊ．１，８４１−８４５）、植物および細菌細胞に本明細書中に記載の癌関連核酸を導入するためにエレクトロポレーションを使用し得、これはタンパク質を導入するためにも使用し得る（Ｍａｒｒｅｒｏ，Ｍ．Ｂ．ら（１９９５）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０，１５７３４−１５７３８；Ｎｏｌｋｒａｎｔｚ，Ｋ．ら（２００２）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．７４，４３００−４３０５；Ｒｕｉ，Ｍ．ら（２００２）Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．７１，１７７１−１７７８）。関心のある精製タンパク質の緩衝化溶液中で懸濁される細胞（本発明の細胞など）を適用電場に置く。簡潔に述べると、高電圧の電気適用により、細胞膜に小さな（ナノメートルサイズ）の孔が形成される。タンパク質は、これらの小孔を介して、または孔が閉じ、細胞がその正常の状態に戻る際の膜再構築の過程中に細胞に侵入する。送達効率は、適用される電場の強度、適用の長さ、温度および緩衝化媒体の組成に依存し得る。エレクトロポレーションは、様々な細胞型で、他の送達法に耐性があるいくつかの細胞株でも全体的効率は非常に低いことが多いものの、成功している。一部の細胞株は、部分的に活性化されない限り、エレクトロポレーションに対してさえも不応性のままであり得る。
フェムトリットルの体積のＤＮＡを細胞の核に直接導入するために、マイクロインジェクションを使用し得（Ｃａｐｅｃｃｈｉ，Ｍ．Ｒ．（１９８０）Ｃｅｌｌ ２２，４７０−４８８）、ここで宿主細胞ゲノムに直接組み込まれ得、したがって関心のある配列を有する樹立細胞株が作製される。抗体などのタンパク質（Ａｂａｒｚｕａ，Ｐ．ら（１９９５）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５５，３４９０−３４９４；Ｔｈｅｉｓｓ，Ｃ．およびＭｅｌｌｅｒ，Ｋ．（２００２）Ｅｘｐ．Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ．２８１，１９７−２０４）および突然変異タンパク質（Ｎａｒｙａｎａｕ，Ａ．ら（２００３）Ｊ．Ｃｅｌｌ Ｓｃｉ．１１６，１７７−１８６）も、細胞性の過程に対するそれらの効果を直接調べるために、マイクロインジェクションを介して細胞に直接送達され得る。マイクロインジェクションは、巨大分子を細胞に直接導入し、それによって低ｐＨエンドソームなどの望ましくない可能性がある細胞区画への曝露を迂回するという長所を有する。
いくつかのタンパク質および低分子ペプチドは、古典的な受容体介在またはエンドサイトーシス介在経路に依存せずに、生体膜を通じて伝達し、移行する能力を有する。これらのタンパク質の例としては、ＨＩＶ−１ ＴＡＴタンパク質、単純ヘルペスウイルス１（ＨＳＶ−１）ＤＮＡ−結合タンパク質ＶＰ２２およびショウジョウバエアンテナぺディア（Ａｎｔｐ）ホメオティック転写因子が挙げられる。いくつかの実施形態において、これらのタンパク質からのタンパク質形質導入ドメイン（ＰＴＤ）は、ポリペプチドを細胞に首尾よく輸送するために、他の巨大分子、ペプチドまたはタンパク質、例えば癌関連ポリペプチドなどであるが限定されないものに融合され得る（Ｓｃｈｗａｒｚｅ，Ｓ．Ｒ．ら（２０００）Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１０，２９０−２９５）。これらの形質導入ドメインの融合を使用する代表的な長所は、タンパク質侵入が濃度依存的に迅速であり、困難な細胞型に対処すると思われることである（Ｆｅｎｔｏｎ，Ｍ．ら（１９９８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２１２，４１−４８）。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ（遺伝子）コンストラクトおよび低分子薬物分子を細胞に送達するためにビヒクルとしてリポソームが使用され得る（Ｚａｂｎｅｒ，Ｊ．ら（１９９５）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０，１８９９７−１９００７；Ｆｅｉｇｎｅｒ，Ｐ．Ｌ．ら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４，７４１３−７４１７）。水溶液中に入れ、超音波処理する場合、ある種の脂質は、水性区画の周囲に環状脂質二重層からなる閉じた小胞を形成する。本明細書中の実施形態の小胞またはリポソームは、送達しようとする分子を含有する溶液中で形成され得る。水溶液中の被包ＤＮＡに加えて、陽イオン性リポソームは、自然におよび効果的に、ＤＮＡの負荷電骨格と相互作用する脂質上の正荷電頭部基により、ＤＮＡとの複合体を形成し得る。関心のある巨大分子および使用される細胞型に依存して、使用される陽イオン性脂質の正確な組成物および／または混合物は変更され得る（Ｆｅｌｇｎｅｒ，Ｊ．Ｈ．ら（１９９４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９，２５５０−２５６１）。陽イオン性リポソームストラテジーもタンパク質送達に良好に適用されてきた（Ｚｅｌｐｈａｔｉ，Ｏ．ら（２００１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６，３５１０３−３５１１０）。タンパク質はＤＮＡよりも不均一であるので、このタンパク質の物理的特徴、例えばその電荷および疎水性などは、陽イオン性脂質とのその相互作用の程度に影響を与え得る。
医薬組成物および投与方式
治療薬（単独または他の薬剤との組み合わせの何れか）に対する投与方式は、舌下、注射用（短時間作用型、デポー、移植および皮下または筋肉内注射されるペレット形態を含む。）に対するか、または膣クリーム、坐薬、ペッサリー、膣リング、直腸坐薬、子宮内器具および経皮形態、例えばパッチおよびクリームなどの使用によるものであり得るがこれらに限定されない。
具体的な投与方式は指示に依存する。具体的な投与経路および用法の選択は、最適の臨床反応を得るために、臨床家にとって公知の方法に従って、臨床家によって調整されるかまたは用量設定されるべきものである。投与すべき治療薬の量は、治療的に有効である量である。投与すべき投与量は、処置されている対象の特徴、例えば処置される特定の動物、年齢、体重、健康、同時処置のタイプ、および、もしあれば、処置頻度に依存し、当業者により（例えば臨床家により）容易に決定され得る。
本開示の治療薬および適切な担体を含有する製剤処方は、有効量の本開示のポリマーまたはコポリマーを含む、錠剤、カプセル、カシェ、ペレット、丸剤、粉剤および顆粒剤を含むが限定されない固形製剤；溶液、粉剤、流動性エマルジョン、流動性縣濁液、半固体、軟膏、ペースト、クリーム、ジェルおよびゼリーおよび泡を含むが限定されない局所剤形；および溶液、縣濁液、エマルジョンおよび乾燥粉末を含むが限定されない非経口剤形であり得る。このような処方物中で、医薬的に許容可能な希釈剤、充填剤、崩壊剤、結合剤、潤滑剤、界面活性剤、疎水性ビヒクル、水溶性ビヒクル、乳化剤、緩衝液、保湿剤、湿潤剤、可溶化剤、保存料などとともに活性成分を含有し得ることも当技術分野で公知である。投与のための手段および方法は当技術分野で公知であり、熟練者は、指針として様々な薬理学の参考文献を参照し得る。例えば、Ｍｏｄｅｒｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ，Ｂａｎｋｅｒ ＆ Ｒｈｏｄｅｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．（１９７９）；およびＧｏｏｄｍａｎ ＆ Ｇｉｈｎａｎ’ｓ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，６ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＭａｃＭｉｌｌａｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８０）を参考にし得る。
本開示の組成物は、注射による、例えばボーラス注射または連続的な点滴による非経口投与用に処方され得る。本組成物は、約１５分間から約２４時間の時間にわたり皮下での連続的な点滴によって投与され得る。注射用の処方物は、保存料を添加して、単位剤形で、例えばアンプルでまたは多回投与用容器で与えられ得る。本組成物は、縣濁液、溶液または油性もしくは水性ビヒクル中のエマルジョンのような形態をとり得、懸濁化剤、安定化剤および／または分散剤などの調合剤を含有し得る。
経口投与の場合、本組成物は、当技術分野で周知の医薬的に許容可能な担体と治療薬を組み合わせることによって、容易に処方され得る。このような担体によって、処置しようとする患者による経口摂取用に、錠剤、丸剤、ドラジェ、カプセル、液体、ジェル、シロップ、スラリー、懸濁液などとして本発明の治療薬を処方できるようになる。経口使用のための医薬品は、必要に応じて、錠剤またはドラジェコアを得るために適切な補助剤を添加した後、固形賦形剤を添加し、場合によっては得られた混合物を粉砕し、顆粒混合物を処理することにより得られ得る。適切な賦形剤としては、ラクトース、スクロース、マンニトールおよびソルビトールを含むが限定されない糖；セルロース調製物、例えば、限定されないが、トウモロコシデンプン、コムギデンプン、コメデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチル−セルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウムおよびポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）などの充填剤が挙げられるがこれらに限定されない。必要に応じて、架橋ポリビニルピロリドン、寒天またはアルギン酸またはそれらの塩、例えばアルギン酸ナトリウムなどであるが限定されない崩壊剤が添加され得る。
ドラジェコアは、適切なコーティングとともに提供され得る。この目的のために、濃縮糖溶液が使用され得、これは、場合によっては、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポールゲル、ポリエチレングリコールおよび／または二酸化チタン、ラッカー溶液および適切な有機溶媒または溶媒混合液を含有し得る。色素物または顔料は、識別のために、または活性治療薬用量の異なる組み合わせの特徴を示すために、錠剤またはドラジェコーティングに添加され得る。
経口使用され得る医薬品としては、ゼラチン製の押し込み型カプセルならびに、ゼラチンおよび可塑剤、例えばグリセロールまたはソルビトールなどで作製される軟らかい密封カプセルが挙げられるがこれらに限定されない。押し込み型カプセルは、充填剤、例えばラクトースなど、結合剤、例えばデンプンなど、および／または潤滑剤、例えばタルクまたはステアリン酸マグネシウムなど、および場合によっては安定化剤との混合物中に活性成分を含有し得る。軟カプセル中で、適切な液体、例えば脂肪油、流動パラフィンまたは液体ポリエチレングリコールなどの中で活性のある治療薬が溶解または懸濁され得る。さらに、安定化剤が添加され得る。経口投与用の処方物は全て、このような投与に適切な投与量であるべきである。
口腔投与の場合、本医薬組成物は、例えば、従来のように処方される錠剤または薬用キャンディーの形態をとり得る。
吸入による投与の場合、本開示に従う使用のための治療薬は、適切な噴射剤、たとえば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素、もしくは他の適切なガスを用いて、加圧式パックまたはネブライザーからのエアロゾルスプレーの体裁の形態で都合よく送達される。加圧式エアロゾルの場合、投与単位は、計量された量を送達するためのバルブを提供することにより決定され得る。治療薬および、ラクトースまたはデンプンなどの適切な粉末基剤の粉末混合物を含有する、吸入具または吸入器における使用のための、例えばゼラチンのカプセルおよびカートリッジが処方され得る。
本開示の組成物はまた、例えば、カカオバターまたは他のグリセリドなどの従来の坐薬基剤を含有する、坐薬または停留浣腸など、直腸組成物においても処方され得る。
既に記載の処方物に加えて、本開示の治療薬はデポー製剤としても処方され得る。このような長時間作用型処方物は、移植（例えば皮下または筋肉内）によるか、または筋肉内注射によって投与され得る。
デポー注射は、約１から約６ヶ月以上の間隔で投与され得る。したがって、例えば、本組成物は、適切なポリマー性または疎水性材料（例えば許容可能な油中でのエマルジョンとして）またはイオン交換樹脂とともに、または難溶性の誘導体として、例えば難溶性の塩として、処方され得る。
経皮投与において、本開示の組成物は、例えば硬膏剤に適用され得るか、または結果として生物に供給される経皮的な治療システムにより適用され得る。
医薬組成物は、適切な固形またはゲル相担体または賦形剤を含み得る。このような担体または賦形剤の例としては、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、様々な糖類、デンプン類、セルロース誘導体、ゼラチンおよびポリマー、例えば、ポリエチレングリコールなどが含まれるが、これらに限定されない。
本開示の組成物はまた、以下のような組み合わせが本明細書中に記載の方法の所望の効果を達成することにおいて望ましいかまたは有利であることが分かる場合、他の活性成分、例えば、アジュバント、プロテアーゼ阻害剤または他の適合性の薬物もしくは化合物などと組み合わせて投与することもできる。
いくつかの実施形態において、崩壊剤成分は、クロスカメロースナトリウム、カメロースカルシウム、クロスポビドン、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、アルギン酸カリウム、アルギン酸カルシウム、イオン交換樹脂、食物酸（ｆｏｏｄ ａｃｉｄ）および炭酸アルカリ成分に基づく発泡系、クレイ、タルク、デンプン、アルファ化デンプン、デンプングリコール酸ナトリウム、セルロースフロック、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ケイ酸カルシウム、炭酸金属、重炭酸ナトリウム、クエン酸カルシウムまたはリン酸カルシウムの１以上を含む。
いくつかの実施形態において、希釈剤成分は、マンニトール、ラクトース、スクロース、マルトデキストリン、ソルビトール、キシリトール、粉末化セルロース、微晶質セルロース、カルボキシメチルセルロース、カルボキシエチルセルロース、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、メチルヒドロキシエチルセルロース、デンプン、デンプングリコール酸ナトリウム、アルファ化デンプン、リン酸カルシウム、炭酸金属、酸化金属またはアルミノケイ酸金属の１以上を含み得る。
いくつかの実施形態において、任意の潤滑剤成分は、存在する場合、ステアリン酸、ステアリン酸金属塩、フマル酸ステアリルナトリウム、脂肪酸、脂肪アルコール、脂肪酸エステル、ベヘン酸グリセリル、鉱物油、植物油、パラフィン、ロイシン、シリカ、ケイ酸、タルク、プロピレングリコール脂肪酸エステル、ポリエトキシ化ヒマシ油、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、ポリアルキレングリコール、ポリオキシエチレン−グリコール脂肪エステル、ポリオキシエチレン脂肪アルコールエーテル、ポリエトキシ化ステロール、ポリエトキシ化ヒマシ油、ポリエトキシ化植物油または塩化ナトリウムの１以上を含む。
キット
本発明は、上記のような対象方法を実施するためのキットおよびシステムも提供し、このような成分は、対象において癌を診断し、対象において癌を処置し、試料において癌を検出するかまたは癌細胞（例えば、対象から直接由来するか、インビトロまたはエクスビボで増殖させられたものか、または癌の動物モデルからのものであるかの何れか）において基礎研究実験を行うために形成される。本キットの様々な成分は個別の容器にあってもよいし、または、必要に応じて、一定の適合性の成分が予め合わせられ、１つの容器に入れられていてもよい。
いくつかの実施形態において、本発明は、試験試料で癌の存在を診断するためのキットを提供するが、このキットは、配列番号１から４０で示される癌関連ポリヌクレオチド配列および／または配列番号４１をコードする核酸またはそれらの相補体と選択的にハイブリッド形成する少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む。別の実施形態において、本発明は、以下で開示される、癌関連ポリヌクレオチド、癌関連ポリペプチドまたはそれらの断片を含む電子的ライブラリを提供する。いくつかの実施形態において、本キットは、１以上の捕捉試薬または以下で開示される１以上の癌関連配列の特異的な結合パートナーを含み得る。
本対象システムおよびキットはまた、対象方法の何れかを行うための１以上の他の試薬も含み得る。本試薬は、１以上のマトリクス、溶媒、試料調製試薬、緩衝液、脱塩試薬、酵素性試薬、変性試薬、プローブ、ポリヌクレオチド、ベクター（例えば、プラスミドまたはウイルスベクター）などを含み得、ここで陽性および陰性対照などの較正標準物質も提供され得る。このように、本キットは、バイアルまたは瓶などの１以上の容器を含み得、各容器は、試料処理を行うかまたは調製段階を行うためのおよび／または本開示に従い規格化試料を作製するために１以上の段階を行うための、個々の成分を含有する。
上述の成分に加えて、本対象キットは、一般的に、本対象方法を実施するためにキットの成分を使用するための説明書をさらに含む。本対象方法を実施するための説明書は、一般に適切な記録媒体に記録される。例えば、本説明書は、紙、プラスチックなどの基板上に印刷され得る。このように、本説明書は、添付文書として、キットまたはその成分の容器のラベルに（すなわち梱包またはサブパッケージに付けられて）など、キット中に存在し得る。他の実施形態において、本説明書は、適切なコンピュータで読める記憶媒体、例えばＣＤ−ＲＯＭ、ディスケット上などに存在する電子記憶装置データファイルとして存在する。また他の実施形態において、実際の説明書は、キット中に存在しないが、遠隔ソースから、例えばインターネットを介して説明書を得るための手段が提供される。この実施形態の例は、説明書が見られ得るおよび／または説明書がダウンロードされ得るウェブアドレスを含むキットである。説明書と同様に、説明書を得るためのこの手段は適切な基板上に記録される。
対象データベース、プログラムおよび説明書に加えて、本キットは、本キットを試験する際の使用のための１以上の対照試料および試薬、例えば、２以上の対照試料も含み得る。
本発明のさらなる実施形態
本開示の実施形態は、膀胱癌を含むが限定されない癌の診断および／または処置の方法を提供する。本方法は、膀胱癌、例えば、尿路上皮癌腫、移行上皮癌、非移行上皮癌、例えば限定されないが、扁平上皮癌、腺癌、横紋筋肉腫、神経細胞腫瘍、子宮頸癌またはリンパ腫、再発性および転移性膀胱癌またはそれらの組み合わせを診断および／または処置するために使用され得る。
いくつかの実施形態において、本方法は、正常な体細胞組織と比較して膀胱腫瘍組織において異常なレベルで発現されるマーカーを標的とすることを含む。いくつかの実施形態において、このマーカーは、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体またはそれらの組み合わせをコードする配列から選択される配列を含み得る。いくつかの実施形態において、このマーカーは、配列番号１から３８、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列を含み得るか、またはこれらによりコードされる。いくつかの実施形態において、膀胱癌の処置のための方法および関連医薬品およびキットが提供される。
いくつかの実施形態は、標的マーカーの発現、存在量または活性に影響を与える治療薬を含む組成物を投与することを含む、膀胱癌を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態において、標的マーカーは、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。いくつかの実施形態において、この標的マーカーは、配列番号１から３８、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。
いくつかの実施形態は、膀胱癌に関連する標的マーカーのレベルを検出することを含む、膀胱癌を検出する方法を提供する。いくつかの実施形態において、この標的マーカーは、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体またはそれらの何らかの組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態において、この標的マーカーは、配列番号１から４１、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得るか、またはそれらによりコードされる。
本明細書中のいくつかの実施形態は、診断および／または治療用抗体のための標的として、膀胱癌に関連する抗原（すなわち癌関連ポリペプチド）を提供する。いくつかの実施形態において、薬物探索（例えば低分子）に対して、および／または細胞制御、増殖および分化のさらなる特徴評価に対してこれらの抗原が使用され得る。
いくつかの実施形態は、対象において膀胱癌を診断する方法を提供し、本方法は、（ａ）１以上の遺伝子または遺伝子産物またはそれらの相同体の発現を判定し；（ｂ）第一の対象または第二の未罹患対象からの第二の正常試料からの１以上の核酸配列の発現を比較することを含み、発現の相違が、第一の対象が膀胱癌を有することを示し、本遺伝子または遺伝子産物は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの組み合わせから選択される遺伝子と呼ばれる。いくつかの実施形態において、本遺伝子または遺伝子産物は、配列番号１から４０、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列をコードする遺伝子であり得る。
いくつかの実施形態は、対象において免疫反応を誘発するために効果的な条件下で対象を癌関連配列と接触させることを含む、癌関連配列を発現する細胞に対する免疫反応を誘発する方法を提供するが、この癌関連配列は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの断片またはそれらの組み合わせから選択される遺伝子を含む。いくつかの実施形態において、本遺伝子は、配列番号１から４０、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列をコードする遺伝子であり得る。
いくつかの実施形態は、（ｉ）遺伝子産物である少なくとも１つのポリペプチドの活性レベルを検出し；（ｉｉ）試験試料中のポリペプチドの活性レベルを正常試料中のポリペプチドの活性レベルと比較することを含み、正常試料中のポリペプチド活性レベルに対する試験試料中のポリペプチドの活性レベルの変動が試験試料中に癌が存在することを示し、この遺伝子産物が、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの組み合わせから選択される遺伝子の産物である、試験試料中で膀胱癌を検出する方法を提供する。いくつかの実施形態において、本遺伝子産物は、配列番号１から４０、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列をコードする遺伝子の産物であり得る。
本明細書中のいくつかの実施形態は、対象において膀胱癌を処置する方法を提供し、本方法は、それを必要とする対象に、癌関連タンパク質の活性を調節する治療剤を投与することを含み、この癌関連タンパク質は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰ１ＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される核酸配列を含む核酸によりコードされる。いくつかの実施形態において、本核酸配列は、配列番号１から４０、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。いくつかの実施形態において、本治療剤は、癌関連タンパク質に結合する。いくつかの実施形態において、本治療剤は抗体である。いくつかの実施形態において、本抗体はモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体であり得る。いくつかの実施形態において、本抗体はヒト化またはヒト抗体である。いくつかの実施形態において、癌を処置する方法は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの組み合わせなどであるが限定されない遺伝子の遺伝子ノックダウンを含み得る。いくつかの実施形態において、本遺伝子は、配列番号１から４０、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列をコードする遺伝子であり得る。いくつかの実施形態において、癌を処置する方法は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの組み合わせを含むｍＲＮＡをコードする遺伝子の発現をノックダウンまたは阻害するために細胞を処理することを含み得る。いくつかの実施形態において、本遺伝子は、配列番号１から４０、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択されるｍＲＮＡをコードする遺伝子であり得る。いくつかの実施形態において、膀胱癌は、尿路上皮癌腫、移行上皮癌、非移行上皮癌、例えば限定されないが、扁平上皮癌、腺癌、横紋筋肉腫、神経細胞腫瘍、子宮頸癌またはリンパ腫、再発性および転移性膀胱癌またはそれらの組み合わせから選択される。
いくつかの実施形態において、膀胱癌がある対象を診断する方法は、試料を得て、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される癌関連配列の存在を検出することを含み、本癌関連配列の存在は対象が膀胱癌であることを示す。いくつかの実施形態において、本癌関連配列は、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体、それらの組み合わせから選択され得るか、またはそれらによりコードされる。いくつかの実施形態において、本癌関連配列の存在を検出することは、本癌関連配列のタンパク質と特異的に結合する抗体または他のタイプの捕捉試薬と試料を接触させ、試料中での本癌関連配列のタンパク質に対する結合の有無を検出することを含む。
いくつかの実施形態において、本発明は、対象において膀胱癌を処置する方法を提供し、本方法は、それを必要とする対象に、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰ１ＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体またはそれらの相同体から選択されるマーカーの活性を調節する治療剤を投与することを含み、この治療剤は、対象において癌を処置する。いくつかの実施形態において、本マーカーは、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、対象において膀胱癌を診断する方法を提供し、本方法は、試料から、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択されるマーカーの発現を判定し、マーカーの発現に基づき対象において癌を診断することを含み、本対象は、マーカーが過剰発現される場合、癌を有すると診断される。いくつかの実施形態において、本マーカーは、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、試験試料において癌を検出する方法を提供し、本方法は、（ｉ）ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される配列を含む核酸配列によりコードされる抗原性ポリペプチドに結合する抗体のレベルを検出し；（ｉｉ）試験試料中の抗体レベルを対照試料中の抗体レベルと比較することを含み、対照試料中の抗体レベルに対する試験試料における抗体レベルの変動は、試験試料中に癌が存在することを示す。いくつかの実施形態において、本核酸配列は、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、（ｉ）ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰ１ＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される核酸配列を含む核酸によりコードされる少なくとも１つのポリペプチドの活性レベルを検出し；（ｉｉ）試験試料中のポリペプチドの活性レベルを正常試料のポリペプチドの活性レベルと比較することを含み、正常試料中のポリペプチド活性レベルに対する試験試料中のポリペプチド活性レベルの変動が試験試料中に癌が存在することを示す、試験試料中で癌を検出する方法を提供する。いくつかの実施形態において、本核酸配列は、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、試験試料中で膀胱癌を検出する方法を提供し、本方法は、（ｉ）ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される核酸配列を含む核酸によりコードされる少なくとも１つのポリペプチドの発現レベルを検出し；（ｉｉ）試験試料中のポリペプチドの発現レベルを正常試料中のポリペプチドの発現レベルと比較することを含み、正常試料中のポリペプチド発現レベルに対する試験試料中のポリペプチド発現レベルの変動は、試験試料中に癌が存在することを示す。いくつかの実施形態において、本核酸配列は、配列番号１から４１、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、試験試料中で膀胱癌を検出する方法を提供し、本方法は、（ｉ）ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰ１ＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体、それらの相同体、それらの突然変異核酸、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される配列を含む核酸配列の発現レベルを検出し；（ｉｉ）試験試料中の核酸配列の発現レベルを正常試料中の核酸配列の発現レベルと比較することを含み、正常試料中の核酸配列発現のレベルに対する試験試料中の核酸配列の発現レベルの変動は、試験試料中に癌が存在することを示す。いくつかの実施形態において、本核酸配列は、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、癌に対する活性をスクリーニングする方法を提供し、本方法は、（ａ）ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される配列を含む癌関連遺伝子を発現する細胞を抗癌剤候補と接触させ；（ｂ）細胞中での癌関連ポリヌクレオチドの発現における抗癌剤候補の効果を検出し；（ｃ）薬物候補非存在下の発現レベルを薬物候補存在下での発現レベルと比較することを含み；癌関連ポリヌクレオチドの発現における効果は、その候補が癌に対する活性を有することを示す。いくつかの実施形態において、本癌関連遺伝子は、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列を含むか、またはそれらをコードする。
いくつかの実施形態において、本発明は、膀胱癌に対する活性についてスクリーニングする方法を提供し、本方法は、（ａ）ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰ１ＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＴＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される配列を含む癌関連遺伝子を過剰発現する細胞を抗癌剤候補と接触させ；（ｂ）細胞での癌関連ポリヌクレオチドの発現における抗癌剤候補の効果または細胞増殖もしくは生存能における効果を検出し；（ｃ）薬物候補非存在下の発現レベル、細胞増殖または生存能を薬物候補存在下の発現レベル、細胞増殖または生存能と比較することを含み；癌関連ポリヌクレオチドの発現、細胞増殖または生存能における効果は、その候補が癌関連遺伝子を過剰発現する癌細胞に対する活性を有することを示す。いくつかの実施形態において、本癌関連遺伝子は、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列を含むか、またはそれらをコードする。
いくつかの実施形態において、本発明は、対象において膀胱癌を診断する方法を提供し、本方法は、ａ）第一の対象の第一の試料中での、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体、それらの相同体、それらの組み合わせまたはそれらの断片から選択される配列を含む１以上の核酸配列の発現を判定し；ｂ）第一の対象または第二の健常対象からの第二の正常試料からの１以上の核酸配列の発現を比較することを含み、核酸配列の発現の相違は、第一の対象が癌を有することを示す。いくつかの実施形態において、この核酸配列は、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択され得る。
いくつかの実施形態において、本発明は、対象において膀胱癌を診断する方法を提供し、本方法は、ａ）対象において１以上の遺伝子または遺伝子産物またはそれらの相同体の発現を判定し；ｂ）対象からの正常試料または健常対象からの正常試料からの１以上の遺伝子または遺伝子産物またはそれらの相同体の発現と、対象における１以上の遺伝子または遺伝子産物またはそれらの相同体の発現を比較することを含み、発現の相違は、その対象が膀胱癌を有することを示し、この１以上の遺伝子または遺伝子産物は、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体、それらの相同体またはそれらの組み合わせから選択される配列を含む。いくつかの実施形態において、本遺伝子または遺伝子産物は、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列をコードする。
いくつかの実施形態において、本発明は、（ｉ）少なくとも１つのポリペプチドの活性レベルを検出し；（ｉｉ）試験試料中のポリペプチド活性レベルを正常試料中のポリペプチド活性レベルと比較することを含み、正常試料中のポリペプチド活性レベルに対する試験試料中のポリペプチド活性レベルの変動は、試験試料中に癌が存在することを示し、本ポリペプチドが、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体から選択される配列の遺伝子産物である、試験試料中で膀胱癌を検出する方法を提供する。いくつかの実施形態において、本ポリペプチドは、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体およびそれらの組み合わせから選択される配列を含む。
いくつかの実施形態において、本発明は、対象において膀胱癌を診断する方法を提供し、本方法は、対象由来の試料からのＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列を含む１以上の配列に対する１以上の遺伝子発現結果を得て；１以上の遺伝子発現結果に基づいて対象において癌を診断することを含み、本対象は、１以上の遺伝子が過剰発現される場合、癌を有すると診断される。いくつかの実施形態において、この１以上の配列は、配列番号１から４０、それらの断片、それらの相補体またはそれらの組み合わせから選択される配列を含む。
（実施例１）
ＬＯＣ６５０５１７：ＬＯＣ６５０５１７（受託番号ＸＲ＿０１９１０９．１）は、ケラチン１７偽遺伝子３をコードする。ここで、ＬＯＣ６Ｓ０Ｓ１７が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１で示されるように、ＬＯＣ６５０５１７発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＬＯＣ６５０５１７に特異的なプローブ（プローブ配列ＡＡＧＡＡＣＣＧＣＡＡＧＧＡＴＧＣＣＡＡＧＧＡＴＴＧＧＴＴＣＴＴＣＡＧＣＡＡＧＡＣＡＧＡＧＧＡＡＣＴ；（配列番号６２）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿ｌ６５３９３４）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞２００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＬＯＣ６５０５１７の発現は、一般に低かった（＜２００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＬＯＣ６５０５１７発現上昇の特異性によって、ＬＯＣ６５０５１７が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＬＯＣ６５０５１７を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＬＯＣ６５０５１７を標的とする治療薬としては、ＬＯＣ６５０５１７の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例２）
ＦＣＲＬＢ：ＦＣＲＬＢ（受託番号ＮＭ＿００１００２９０１．２）は、ホモサピエンスＦｃ受容体型Ｂをコードする。ここで、ＦＣＲＬＢが、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図２で示されるように、ＦＣＲＬＢ発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＦＣＲＬＢに特異的なプローブ（プローブ配列ＣＡＣＣＣＴＴＡＧＣＣＣＴＴＣＡＧＡＴＡＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＧＴＡＣＡＴＡＴＴＴＣＡＧＣＡＣＡＧＧＣ；（配列番号６３）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１７８２０１５）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌中で強い遺伝子発現が検出された（＞１７０ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＦＣＲＬＢの発現は、一般に低かった（＜１７０ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＦＣＲＬＢ発現上昇の特異性によって、ＦＣＲＬＢが、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＦＣＲＬＢを標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＦＣＲＬＢを標的とする治療薬としては、ＦＣＲＬＢの活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例３）
ＩＬ１Ａ：ＩＬ１Ａ（受託番号ＮＭ＿０００５７５．３）は、ホモサピエンスインターロイキン１αをコードする。ここで、ＩＬ１Ａが、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図３で示されるように、ＩＬ１Ａ発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＩＬ１Ａに特異的なプローブ（プローブ配列ＣＡＧＧＧＣＡＴＴＴＴＧＧＴＣＣＡＡＧＴＴＧＴＧＣＴＴＡＴＣＣＣＡＴＡＧＣＣＡＧＧＡＡＡＣＴＣＴＧＣ；（配列番号６４）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１６５８４８３）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞２６０ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＩＬ１Ａの発現は、一般に低かった（＜２６０ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＩＬ１Ａ発現上昇の特異性によって、ＩＬ１Ａが、膀胱癌（例えば、膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＩＬ１Ａを標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＩＬ１Ａを標的とする治療薬としては、ＩＬ１Ａの活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例４）
Ｓ１００Ａ２：Ｓ１００Ａ２（受託番号ＮＭ＿００５９７８．３）は、ホモサピエンスＳ１００カルシウム結合タンパク質Ａ２をコードする。ここで、Ｓ１００Ａ２が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図４で示されるように、Ｓ１００Ａ２発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、Ｓ１００Ａ２に特異的なプローブ（プローブ配列ＣＴＣＡＧＣＴＧＧＡＧＴＧＣＴＧＧＧＡＧＡＴＧＡＧＧＧＣＣＴＣＣＴＧＧＡＴＣＣＴＧＣＴＣＣＣＴＴＣＴ；（配列番号６５）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１７２５８５２）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞１０００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＳ１００Ａ２の発現は、一般に低かった（＜１０００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＳ１００Ａ２発現上昇の特異性によって、Ｓ１００Ａ２が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
Ｓ１００Ａ２を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、Ｓ１００Ａ２を標的とする治療薬としては、Ｓ１００Ａ２の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例５）
ＭＭＰ１１：ＭＭＰ１１（受託番号ＮＭ＿００５９４０．３）は、ホモサピエンスマトリクスメタロペプチダーゼ１１（ストロメライシン３）をコードする。ここで、ＭＭＰ１１が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図５で示されるように、ＭＭＰ１１発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＭＭＰ１１に特異的なプローブ（プローブ配列ＣＡＧＧＴＣＴＴＧＧＴＡＧＧＴＧＣＣＴＧＣＡＴＣＴＧＴＣＴＧＣＣＴＴＣＴＧＧＣＴＧＡＣＡＡＴＣＣＴＧ；（配列番号６６）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１６５５９１５）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞Ｉ６００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＭＭＰ１１の発現は、一般に低かった（＜１６００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＭＭＰ１１発現上昇の特異性によって、ＭＭＰ１１が、膀胱癌（例えば、膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＭＭＰ１１を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＭＭＰ１１を標的とする治療薬としては、ＭＭＰ１１の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例６）
Ｓ１００Ａ７Ａ：Ｓ１００Ａ７Ａ（受託番号ＮＭ＿ｌ７６８２３．３）は、ホモサピエンスＳ１００カルシウム結合タンパク質Ａ７Ａをコードする。ここで、Ｓ１００Ａ７Ａが、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図６で示されるように、Ｓ１００Ａ７Ａ発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、Ｓ１００Ａ７Ａに特異的なプローブ（プローブ配列ＡＧＡＧＴＴＣＴＧＡＣＣＡＧＣＡＣＣＡＧＡＴＡＡＧＣＴＴＣＡＧＴＧＣＴＣＴＣＣＴＴＴＣＴＴＴＧＧＣＣ；（配列番号６７）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１６７３１９１）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞１００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＳ１００Ａ７Ａの発現は、一般に低かった（＜１００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＳ１００Ａ７Ａ発現上昇の特異性によって、Ｓ１００Ａ７Ａが、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
Ｓ１００Ａ７Ａを標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、Ｓ１００Ａ７Ａを標的とする治療薬としては、Ｓ１００Ａ７Ａの活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例７）
ＵＧＴ１Ａ６：ＵＧＴ１Ａ６（受託番号ＮＭ＿２０５８６２．１）は、ホモサピエンスＵＤＰグルクロノシルトランスフェラーゼ１ファミリー、ポリペプチドＡ６をコードする。ここで、ＵＧＴ１Ａ６が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図７で示されるように、ＵＧＴ１Ａ６発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＵＧＴ１Ａ６に特異的なプローブ（プローブ配列ＴＡＣＣＡＧＧＣＴＴＴＣＴＧＡＣＴＣＣＴＧＣＴＣＴＡＧＧＡＴＴＣＴＣＡＣＣＡＣＧＴＡＣＴＧＧＣＴＡＧ；（配列番号６８）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１７５２８１３）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞３００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＵＧＴ１Ａ６の発現は、一般に低かった（＜３００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＵＧＴ１Ａ６発現上昇の特異性によって、ＵＧＴ１Ａ６が、膀胱癌（例えば、膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＵＧＴ１Ａ６を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＵＧＴ１Ａ６を標的とする治療薬としては、ＵＧＴ１Ａ６の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例８）
ＦＡＭ８３Ａ：ＦＡＭ８３Ａ（受託番号ＮＭ＿０３２８９９．４）は、配列類似性８３を有するホモサピエンスファミリー、メンバーＡをコードする。ここで、ＦＡＭ８３Ａが、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図８で示されるように、ＦＡＭ８３Ａ発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＦＡＭ８３Ａに特異的なプローブ（プローブ配列ＣＡＧＣＣＴＧＧＴＣＡＣＣＴＣＣＴＧＡＧＧＡＡＴＡＡＡＴＧＣＴＧＡＡＣＣＴＣＡＣＡＡＧＣＣＣＣＡＴＣ；（配列番号６９）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿２２３９７７４）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞８００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＦＡＭ８３Ａの発現は、一般に低かった（＜８００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＦＡＭ８３Ａ発現上昇の特異性によって、ＦＡＭ８３Ａが、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＦＡＭ８３Ａを標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＦＡＭ８３Ａを標的とする治療薬としては、ＦＡＭ８３Ａの活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例９）
ＳＬＣ１Ａ６：ＳＬＣ１Ａ６（受託番号ＮＭ＿００５０７１．１）は、ホモサピエンス溶質輸送ファミリー１（高親和性アスパラギン酸／グルタミン酸輸送体）、メンバー６をコードする。ここで、ＳＬＣ１Ａ６が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図９で示されるように、ＳＬＣ１Ａ６発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＳＬＣ１Ａ６に特異的なプローブ（プローブ配列ＴＧＡＣＣＧＧＣＴＴＣＧＣＡＣＡＡＴＧＡＣＣＡＡＣＧＴＡＣＴＧＧＧＧＧＡＣＴＣＡＡＴＴＧＧＡＧＣＧＧ；（配列番号７０）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿２１７１４７ｌ）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞１２０ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＳＬＣ１Ａ６発現は、一般に低かった（＜１２０ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＳＬＣ１Ａ６発現上昇の特異性によって、ＳＬＣ１Ａ６が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＳＬＣ１Ａ６を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＳＬＣ１Ａ６を標的とする治療薬としては、ＳＬＣ１Ａ６の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１０）
ＵＰＫ３Ｂ：ＵＰＫ３Ｂ（受託番号ＮＭ＿１８２６８４．１）は、ホモサピエンスウロプラキン３Ｂ（ＵＰＫ３Ｂ）、転写産物変異体２をコードする。ここで、ＵＰＫ３Ｂが、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１０で示されるように、ＵＰＫ３Ｂ発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＵＰＫ３Ｂに特異的なプローブ（プローブ配列ＧＣＴＣＡＣＣＣＡＧＧＧＣＴＧＡＧＡＣＣＡＡＧＴＧＧＴＣＡＧＡＣＣＣＣＡＴＣＡＣＴＣＴＣＣＡＣＣＡＡ；（配列番号７１）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ ２２６４１７７）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞２２０ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＵＰＫ３Ｂ発現は、一般に低かった（＜２２０ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＵＰＫ３Ｂ発現上昇の特異性によって、ＵＰＫ３Ｂが、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＵＰＫ３Ｂを標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＵＰＫ３Ｂを標的とする治療薬としては、ＵＰＫ３Ｂの活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１１）
ＢＸ１１６０３３：ＢＸ１１６０３３（受託番号ＢＸ１１６０３３）は、ＢＸ１１６０３３ ＮＣＩ＿ＣＧＡＰ＿Ｌｕ２４ホモサピエンスｃＤＮＡクローンＩＭＡＧｐ９９８Ａ１５５６２２、ｍＲＮＡ配列をコードする。ここで、ＢＸ１１６０３３が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１１で示されるように、ＢＸ１１６０３３発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＢＸ１１６０３３に特異的なプローブ（プローブ配列ＴＧＣＣＧＴＡＴＴＣＴＴＧＧＴＧＴＣＴＧＧＡＧＣＡＧＴＧＣＣＴＧＡＣＣＴＧＴＧＧＣＧＧＧＴＧＣＴＴＡ；（配列番号７２）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１８６３９６２）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞２００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＢＸ１１６０３３の発現は、一般に低かった（＜２００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＢＸ１１６０３３発現上昇の特異性によって、ＢＸ１１６０３３が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＢＸ１１６０３３を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＢＸ１１６０３３を標的とする治療薬としては、ＢＸ１１６０３３の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１２）
ＭＭＰ１２：ＭＭＰ１２（受託番号ＮＭ＿００２４２６．２）は、ホモサピエンスマトリクスメタロペプチダーゼ１２（マクロファージエラスターゼ）をコードする。ここで、ＭＭＰ１２が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１２で示されるように、ＭＭＰ１２発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＭＭＰ１２に特異的なプローブ（プローブ配列ＴＣＴＡＴＴＴＧＡＡＧＣＡＴＧＣＴＣＴＧＴＡＡＧＴＴＧＣＴＴＣＣＴＡＡＣＡＴＣＣＴＴＧＧＡＣＴＧＡＧ；（配列番号７３）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿２０７３７５８）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞１２０ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＭＭＰ１２の発現は、一般に低かった（＜１２０ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＭＭＰ１２発現上昇の特異性によって、ＭＭＰ１２が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＭＭＰ１２を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＭＭＰ１２を標的とする治療薬としては、ＭＭＰ１２の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１３）
ＫＲＴ１６：ＫＲＴ１６（受託番号ＮＭ＿００５５５７．２）は、ホモサピエンスケラチン１６（局所性非表皮剥離性掌蹠角皮症）をコードする。ここで、ＫＲＴ１６が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１３で示されるように、ＫＲＴ１６発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＫＲＴ１６に特異的なプローブ（プローブ配列ＡＧＧＡＧＴＡＣＣＡＧＡＴＣＴＴＧＣＴＧＧＡＴＧＴＧＡＡＧＡＣＧＣＧＧＣＴＧＧＡＧＣＡＧＧＡＧＡＴＴ；（配列番号７４）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿２２２８１６２）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞５２０ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＫＲＴ１６の発現は、一般に低かった（＜５２０ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＫＲＴ１６発現上昇の特異性によって、ＫＲＴ１６が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＫＲＴ１６を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＫＲＴ１６を標的とする治療薬としては、ＫＲＴ１６の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１４）
ＵＢＤ：ＵＢＤ（受託番号ＮＭ＿００６３９８．２）は、ホモサピエンスユビキチンＤをコードする。ここで、ＵＢＤが、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１で示されるように、ＵＢＤ発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＵＢＤに特異的なプローブ（プローブ配列ＣＣＴＣＣＴＣＣＡＧＧＴＧＣＧＡＡＧＧＴＣＣＡＧＣＴＣＡＧＴＧＧＣＡＣＡＡＧＴＧＡＡＡＧＣＡＡＴＧＡ；（配列番号７５）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１６７８８４１）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞１７０ＲＦＵ）。その一方、リンパ節（１０７６ＲＦＵ）を除き、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＵＢＤの発現は、一般に低かった（＜１７０ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＵＢＤ発現上昇の特異性によって、ＵＢＤが、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＵＢＤを標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＵＢＤを標的とする治療薬ＵＢＤとしては、ＵＢＤの活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１５）
ＵＧＴ１Ａ６：ＵＧＴ１Ａ６（受託番号ＮＭ＿００１０７２．３）は、ホモサピエンスＵＤＰグルクロノシルトランスフェラーゼ１ファミリー、ポリペプチドＡ６をコードする。ここで、ＵＧＴ１Ａ６が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１５で示されるように、ＵＧＴ１Ａ６発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＵＧＴ１Ａ６に特異的なプローブ（プローブ配列ＧＧＣＣＧＧＴＣＡＴＧＣＣＣＡＡＣＡＴＧＧＴＣＴＴＣＡＴＴＧＧＡＧＧＴＡＴＣＡＡＣＴＧＴＡＡＧＡＡＧ；（配列番号７６）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１７０６３９０）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞２００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＵＧＴ１Ａ６の発現は、一般に低かった（＜２００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＵＧＴ１Ａ６発現上昇の特異性によって、ＵＧＴ１Ａ６が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＵＧＴ１Ａ６を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＵＧＴ１Ａ６を標的とする治療薬ＵＧＴ１Ａ６としては、ＵＧＴ１Ａ６の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１６）
Ｓ１００Ａ７；Ｓ１００Ａ７（受託番号ＮＭ＿００２９６３．３）は、ホモサピエンスＳ１００カルシウム結合タンパク質Ａ７をコードする。ここで、Ｓ１００Ａ７が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１６で示されるように、Ｓ１００Ａ７発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、Ｓ１００Ａ７に特異的なプローブ（プローブ配列ＧＣＴＧＡＧＡＧＧＴＣＣＡＴＡＡＴＡＧＧＣＡＴＧＡＴＣＧＡＣＡＴＧＴＴＴＣＡＣＡＡＡＴＡＣＡＣＣＡＧ；（配列番号７７）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１７５７３５１）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞４２０ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＳ１００Ａ７の発現は、一般に低かった（＜４２０ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＳ１００Ａ７発現上昇の特異性によって、Ｓ１００Ａ７が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
Ｓ１００Ａ７を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、Ｓ１００Ａ７を標的とする治療薬としては、Ｓ１００Ａ７の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１７）
ＷＩＳＰ３：ＷＩＳＰ３（受託番号ＮＭ＿００３８８０．２）は、ホモサピエンスＷＮＴ１誘導性シグナル伝達経路タンパク質３をコードする。ここで、ＷＩＳＰ３が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１７で示されるように、ＷＩＳＰ３発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＷＩＳＰ３に特異的なプローブ（プローブ配列ＧＣＴＧＴＧＧＡＴＴＡＣＡＴＣＴＴＧＴＧＴＧＴＧＴＣＡＧＡＧＡＡＡＣＴＧＣＡＧＡＧＡＡＣＣＴＧＧＡＧ；（配列番号７８）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ_1７1２３６０）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞１７０ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＷＩＳＰ３の発現は、一般に低かった（＜１７０ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＷＩＳＰ３発現上昇の特異性によって、ＷＩＳＰ３が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＷＩＳＰ３を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＷＩＳＰ３を標的とする治療薬としては、ＷＩＳＰ３の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１８）
ＰＴＨＬＨ；ＰＴＨＬＨ（受託番号ＮＭ＿１９８９６４．１）は、ホモサピエンス副甲状腺ホルモン様ホルモンをコードする。ここで、ＰＴＨＬＨが、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１８で示されるように、ＰＴＨＬＨ発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＰＴＨＬＨに特異的なプローブ（プローブ配列ＴＧＧＴＴＡＧＡＣＴＣＴＧＧＡＧＴＧＡＣＴＧＧＧＡＧＴＧＧＧＣＴＡＧＡＡＧＧＧＧＡＣＣＡＣＣＴＧＴＣ；（配列番号７９）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１７８５６９９）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞９００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＰＴＨＬＨの発現は、一般に低かった（＜９００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＰＴＨＬＨ発現上昇の特異性によって、ＰＴＨＬＨが、膀胱癌（例えば、膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＰＴＨＬＨを標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＰＴＨＬＨを標的とする治療薬としては、ＰＴＨＬＨの活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例１９）
ＣＯＬ１０Ａ１：ＣＯＬ１０Ａ１（受託番号ＮＭ＿０００４９３．３）は、ホモサピエンスコラーゲン、Ｘ型、α１をコードする。ここで、ＣＯＬ１０Ａ１が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図１９で示されるように、ＣＯＬ１０Ａ１発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＣＯＬ１０Ａ１に特異的なプローブ（プローブ配列ＣＣＣＣＴＡＡＡＡＴＡＴＴＴＣＴＧＡＴＧＧＴＧＣＡＣＴＡＣＴＣＴＧＡＧＧＣＣＴＧＴＡＴＧＧＣＣＣＣＴ；（配列番号８０）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１６７２７７６）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞１００ＲＦＵ）。その一方、骨（４７７ＲＦＵ）を除き、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＣＯＬ１０Ａ１の発現は、一般に低かった（＜１００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＣＯＬ１０Ａ１発現上昇の特異性によって、ＣＯＬ１０Ａ１が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＣＯＬ１０Ａ１を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＣＯＬ１０Ａ１を標的とする治療薬としては、ＣＯＬ１０Ａ１の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例２０）
ＳＥＲＰＩＮＢ４：ＳＥＲＰＩＮＢ４（受託番号ＮＭ＿００２９７４．２）は、ホモサピエンスセルピンぺプチダーゼ阻害剤、クレードＢ（オボアルブミン）、メンバー４をコードする。ここで、ＳＥＲＰＩＮＢ４が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図２０で示されるように、ＳＥＲＰＩＮＢ４発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＳＥＲＰＩＮＢ４に特異的なプローブ（プローブ配列ＧＣＡＴＧＡＣＣＴＧＧＡＧＣＣＡＣＧＧＴＣＴＣＴＣＡＧＴＡＴＣＴＡＡＡＧＴＣＣＴＡＣＡＣＡＡＧＧＣＣ；（配列番号８１）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１７８２７１６）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞２０００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＳＥＲＰＩＮＢ４の発現は、一般に低かった（＜２０００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＳＥＲＰＩＮＢ４発現上昇の特異性によって、ＳＥＲＰＩＮＢ４が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＳＥＲＰＩＮＢ４を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＳＥＲＰＩＮＢ４を標的とする治療薬としては、ＳＥＲＰＩＮＢ４の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例２１）
ＵＢＥ２Ｃ：ＵＢＥ２Ｃ（受託番号ＮＭ＿１８１８０３．１）は、ホモサピエンスユビキチン−共役酵素Ｅ２Ｃをコードする。ここで、ＵＢＥ２Ｃが、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図２１で示されるように、ＵＢＥ２Ｃ発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＵＢＥ２Ｃに特異的なプローブ（プローブ配列ＣＣＣＴＣＡＴＧＡＡＣＣＣＡＡＣＡＴＴＧＡＴＡＧＴＣＣＣＴＴＧＡＡＣＡＣＡＣＡＴＧＣＴＧＣＣＧＡＧＣ；（配列番号８２）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１７１４７３０）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞５００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＵＢＥ２Ｃの発現は、一般に低かった（＜５００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＵＢＥ２Ｃ発現上昇の特異性によって、ＵＢＥ２Ｃが、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＵＢＥ２Ｃを標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＵＢＥ２Ｃを標的とする治療薬としては、ＵＢＥ２Ｃの活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例２２）
ＳＦＮ：ＳＦＮ（受託番号ＮＭ＿００６１４２．３）は、ホモサピエンスストラティフィンをコードする。ここで、ＳＦＮが、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図２２で示されるように、ＳＦＮ発現をＩｌｌｕｍｉｎａマイクロアレイ、ＳＦＮに特異的なプローブ（プローブ配列ＣＴＣＴＧＡＴＣＧＴＡＧＧＡＡＴＴＧＡＧＧＡＧＴＧＴＣＣＣＧＣＣＴＴＧＴＧＧＣＴＧＡＧＡＡＣＴＧＧＡ；（配列番号８３）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿１８０６６０７）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞３０００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＳＦＮの発現は、一般に低かった（＜３０００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＳＦＮ発現上昇の特異性によって、ＳＦＮが、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断に対するマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＳＦＮを標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＳＦＮを標的とする治療薬としては、ＳＦＮの活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例２３）
ＫＲＴ１７Ｐ３：ＫＲＴ１７Ｐ３（受託番号ＸＲ ０１５６２６．２）は、ホモサピエンスをコードする。ここで、ＫＲＴ１７Ｐ３が、膀胱腫瘍に対する新規マーカーであることが開示される。図２３で示されるように、ＫＲＴ１７Ｐ３発現をＩｌｌｕｍｉｎｅマイクロアレイ、ＫＲＴＩ７Ｐに特異的なプローブ（プローブ配列ＴＧＧＧＣＴＧＡＣＣＴＴＧＧＣＣＡＧＡＧＣＣＧＡＣＣＴＧＧＡＧＡＴＧＣＡＧＡＴＴＧＡＧＡＡＣＣＴＣＡ；（配列番号８４）ＩｌｌｕｍｉｎａプローブＩＤ ＩＬＭＮ＿３１９５１９８）によってアッセイし、膀胱腫瘍移行上皮癌において強い遺伝子発現が検出された（＞３０００ＲＦＵ）。その一方、正常な膀胱、結腸、直腸、子宮頸部、子宮内膜、子宮筋層、卵巣、ファロピアン管、骨、骨格筋、皮膚、脂肪組織、軟組織、肺、腎臓、食道、リンパ節、甲状腺、膀胱、膵臓、前立腺、直腸、肝臓、脾臓、胃、脊髄、脳、精巣、甲状腺および唾液腺を含む多岐にわたる正常組織におけるＫＲＴ１７Ｐ３の発現は一般に低かった（＜３０００ＲＦＵ）。本明細書中で示される膀胱起源の悪性腫瘍におけるＫＲＴ１７Ｐ３発現上昇の特異性によって、ＫＲＴ１７Ｐ３が、膀胱癌（例えば膀胱腫瘍移行上皮癌および転移性膀胱腫瘍を含むが限定されない。）の診断のためのマーカーであり、膀胱癌における治療的介入に対する標的であることが明らかとなる。本マーカーは、尿および／または血清中で検出され得る。
ＫＲＴ１７Ｐ３を標的とする治療薬は、本明細書中に記載の方法を用いて同定され得、ＫＲＴ１７Ｐ３を標的とする治療薬としては、ＫＲＴ１７Ｐ３の活性を調節する抗体が挙げられるがこれらに限定されない。抗体の製造および使用は、本明細書中に記載されている。
（実施例２４）
正常な膀胱組織および膀胱腫瘍においてｑＲＴ ＰＣＲを行った。トータルＲＮＡを抽出し（ＲＮｅａｓｙ，Ｑｉａｇｅｎ）、次いで、ランダムヘキサマープライマーのみと組み合わせて、またはオリゴ−ｄＴプライマーと組み合わせて、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩ逆転写酵素を用いてｃＤＮＡを作製した（逆転写成分は全てＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから入手）。ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ Ｉ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｉｎｓ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）またはＴａｑＭａｎ化学を利用して、７９００ＨＴ配列検出システム（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ）または７５００リアルタイムＰＣＲシステム（Ｒｅａｌ Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ）（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）においてＰＣＲを行った。対応して設計されるプライマーと組み合わせてユニバーサルプローブライブラリ（Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｐｒｏｂｅ Ｌｉｂｒａｒｙ）（ＵＰＬ）（Ｒｏｃｈｅ）からのプローブを用いてＴａｑＭａｎ ＰＣＲを遂行した。背景：ＵＰＬシステムは、非常に高い割合のヒトｍＲＮＡトランスクリプトームをカバーする比較的少数の短い加水分解プローブを含有する。ＵＰＬプローブは、プローブの溶融温度を上昇させるロックド核酸（ＬＮＡ）を含有する。これによって、プローブおよびより長い未修飾のプライマーが同じ温度でアニーリングするようになる。
研究される遺伝子のそれぞれに対するプライマーを下記で提供する。
Figure 2014533493
図２４から３６で結果を与え、これは、ＭＭＰ１１、ＭＭＰ１２、ＣＯＬ１０Ａ１、ＫＲＴ６Ａ、ＳＦＮ、ＦＣＲＬＢ、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＩＬ１Ａ、ＫＲＴ１６、ＳＬＣ１Ａ６、Ｓ１００Ａ２、Ｓ１００Ａ７ＡおよびＤＳＣＲ６の発現が正常な膀胱組織と比較して膀胱腫瘍試料において全て上昇することを示す。
（実施例２５）
ライゲーション依存性増幅法（ＬＤＡ）ＦＬＥＸＳＣＲＩＰＴアッセイ（Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）。前の実施例に含まれる表で開示されるＵＢＥ２Ｃに対するプライマーを用いて正常な膀胱組織および膀胱腫瘍における遺伝子ＵＢＥ２Ｃの発現を分析するためにＬＤＡを使用した。
ＬＤＡ ＦｌｅｘＳｃｒｉｐｔアッセイは、多重リアルタイム逆転写−ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）と、それに続く様々なタイプのＰＣＲ産物と様々なタイプのビーズとのハイブリッド形成および最後の、ビーズ結合ＰＣＲ産物の検出および定量に基づく。要するに、ＲＮＡが逆転写される。次いで、１つの標的あたり２個のプローブを相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）上の隣接領域とハイブリッド形成させ、熱安定性リガーゼによりライゲーションする。プローブの５’伸長部に結合するユニバーサルプライマーを用いてプローブ−プローブ対をＰＣＲ増幅させ（反応がダイナミックレンジ、すなわち指数関数的増幅相にあると予測されるサイクル数の選択）、鎖の一方を除去するためにラムダエクソヌクレアーゼで処理する。次いで、残りの（ビオチン化）鎖をＬｕｍｉｎｅｘミクロスフェアに連結される特有のオリゴヌクレオチドとハイブリッド形成させ、ストレプトアビジン−フィコエリスリン（ＰＥ）とともに温置し、ＰＥ蛍光に基づいて定量する。
図３７で与えられる結果は、正常な膀胱組織と比較して膀胱腫瘍でのＵＢＥ２Ｃ発現が上昇することを示す。
（実施例２６）
実施例２６は、ＭＭＰ１１およびＣＯＬ１０Ａ１に対するＥＬＩＳＡデータを提供する（図３８から３９）。
ＵＳＣＮ ＥＬＩＳＡキット（ＵＳＣＮ）を用いて、製造者の説明書に従い、血清中で２つのタンパク質マーカーレベルをアッセイした。簡潔に述べると、１００μＬのブランク、標準物質および指定の希釈の試料を９６ウェルプレートの適切なウェルに添加し、次いで３７℃で２時間温置した。液体除去後、１００μＬの検出試薬Ａを各ウェルに添加し、３７℃で１時間温置した。試薬Ａの除去後、３５０μＬの洗浄溶液で各ウェルを３回洗浄した。１００μＬの検出試薬Ｂを各ウェルに添加し、次いで３７℃で３０分間温置した。試薬Ｂの除去後、３５０μＬの洗浄溶液で各ウェルを５回洗浄した。９０μＬの基質溶液を各ウェルに添加し、３７℃で１５から２５分間温置した。５０μＬの停止溶液を各ウェルに添加した。４５０ｎｍでＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ Ｓｐｅｃｔｒａ Ｍａｘ２５０またはＢｉｏＴｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ１プレートリーダーの何れかでプレートの読み取りを行った。キット中で供給される標準物質から標準曲線を導き、この曲線から試料の値を推定した。
結果を図３８から３９で示し、この結果から、膀胱癌患者からの血清中でＭＭＰ１１およびＣＯＬ１０Ａが上昇していることが示される。
（実施例２７）
排泄された尿中のマーカー、ＣＯＬ１０Ａ、ＭＭＰ１１、ＳＦＮおよびＦＣＲＬＢのアガロースゲル分析。ＺＲ Ｕｒｉｎｅ ＲＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ＫｉｔＴＭ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を用いて排泄された尿中の細胞からＲＮＡを抽出し、次いでランダムヘキサマーおよびオリゴ−ｄＴプライマー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）の存在下でＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩ逆転写酵素を用いて逆転写した。５０サイクルでのＰＣＲ後、臭化エチジウムを含有するプレキャスト４％アガロース（ＨＲ）ゲル上で産物を分析した（Ｅ−Ｇｅｌ（登録商標）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）。尿検体：全て男性からであり、３名（１−３）が膀胱癌に罹患しており、３名が健康対照（Ａ−Ｃ）であった。ＧＡＰＤＨはローディングおよび／または陽性対照となる。
Figure 2014533493
結果を図４０で与え、この結果は、膀胱癌患者の尿中でマーカーＣＯＬ１０Ａ、ＭＭＰ１１、ＳＦＮおよびＦＣＲＬＢの検出可能なレベルが見出され得ることを示す。
（実施例２８）
免疫蛍光顕微鏡
Ａｓｔｅｒａｎｄ（Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＭＩ）からパラフィン包埋組織切片を得た。これらの検体には、正常な膀胱組織（癌の病歴がないドナー）および膀胱癌組織が含まれた。抗体で染色する前に、キシレン中で切片を脱パラフィン処理し、エタノールサイクル（１００％、９５％、７０％）で再水和し、続いて蒸留水で洗浄した。ＩＨＣ−Ｓｔｅａｉｎｅｒ Ｓｅｔ（ＩＨＣ Ｗｏｒｌｄ ＃ＩＷ−１ １０２）を用いて９５℃で４０分間スライドを温置することによって、エピトープ修復緩衝液（ＩＨＣ Ｗｏｒｌｄ ＃ＩＷ−１１００）中で抗原修復を行った。１：１００希釈でポリクローナルウサギ抗ヒトＭＭＰ１１抗体（Ａｂｅａｍ ＃ａｂ５２９０４）を用いて免疫染色を行った。１：２００希釈でＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ５９４ロバ抗ウサギＩｇＧ（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ＃Ａ２１２０７）を用いて一次抗体を検出した。
染色した試料を保存するために、ＤＡＰＩ入りのＶｅｃｔａｓｈｉｅｌｄ封入剤を使用した（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ ＃Ｈ−１２００）。１０，０００倍の倍率のＮｉｋｏｎ Ｅｃｌｉｐｓｅ ＴＥ２０００−ＵおよびＸ−Ｃｉｔｅ １２０蛍光照明系（Ｌｕｍｅｎ Ｄｙｎａｍｉｃｓ）を用いて４００ミリ秒の露光時間で画像を撮影した。
結果を図４１で示し、この結果は、膀胱癌試料中でＭＭＰ１１が検出されるが、正常な膀胱組織では検出されないことを明らかにする。青色の染色は、ダーピー検出を表し、赤い染色はＭＭＰ１１検出を表す。

Claims (32)

  1. 対象において膀胱癌を検出する方法であって、ａ）対照から試料を得て、ｂ）遺伝子、ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現を検出する１以上の作用物質と前記対象から得られた前記試料を接触させ；ｃ）ｂ）からの１以上の作用物質と非癌細胞を接触させ；ｄ）前記対象から得られた前記試料中の遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰ１ＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１，ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現レベルを、非癌細胞中の遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現レベルと比較することを含み、前記試料中の遺伝子ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰ１ＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体によりコードされるマーカーのパネルの発現レベルが、非癌細胞と比較して高いことが、前記対象が膀胱癌を有することを示す、方法。
  2. 前記対象がヒトである、請求項１に記載の方法。
  3. 前記試料が体液である、請求項１に記載の方法。
  4. 前記体液が血液である、請求項３に記載の方法。
  5. 前記体液が血清である、請求項３に記載の方法。
  6. 前記体液が尿である、請求項３に記載の方法。
  7. 前記試料が組織試料である、請求項１に記載の方法。
  8. 前記試料が細胞から構成される、請求項１に記載の方法。
  9. 前記１以上の作用物質が核酸である、請求項１に記載の方法。
  10. 前記１以上の作用物質がタンパク質である、請求項１に記載の方法。
  11. 前記タンパク質が抗体である、請求項１０に記載の方法。
  12. 対象において膀胱癌を検出する方法であって、ａ）対照から試料を得て、ｂ）ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の発現を検出する１以上の作用物質と、前記対象から得られた前記試料を接触させ；ｃ）ｂ）からの１以上の作用物質と非癌細胞を接触させ；ｄ）前記非癌細胞におけるＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の発現レベルを比較することを含み、前記対象から得られた前記試料中でのＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６またはそれらの相補体から選択される遺伝子によりコードされるマーカーの１以上の試料中での発現レベルが前記非癌細胞と比較してより高いことが、前記対象が膀胱癌を有することを示す、方法。
  13. 前記対象がヒトである、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記試料が体液である、請求項１２に記載の方法。
  15. 前記体液が血液である、請求項１４に記載の方法。
  16. 前記体液が血清である、請求項１４に記載の方法。
  17. 前記体液が尿である、請求項１４に記載の方法。
  18. 前記試料が組織試料である、請求項１２に記載の方法。
  19. 前記試料が細胞から構成される、請求項１２に記載の方法。
  20. 前記１以上の作用物質が核酸である、請求項１２に記載の方法。
  21. 前記１以上の作用物質がタンパク質である、請求項１２に記載の方法。
  22. 前記タンパク質が抗体である、請求項２１に記載の方法。
  23. ＬＯＣ６５０５１７、ＦＣＲＬＢ、ＩＬ１Ａ、Ｓ１００Ａ２、ＭＭＰ１１、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＵＧＴ１Ａ６、ＦＡＭ８３Ａ、ＳＬＣ１Ａ６、ＵＰＫ３Ｂ、ＢＸ１１６０３３、ＭＭＰ１２、ＫＲＴ１６、ＵＢＤ、ＵＧＴ１Ａ６、Ｓ１００Ａ７、ＷＩＳＰ３、ＰＴＨＬＨ、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＥＲＰＩＮＢ４、ＵＢＥ２Ｃ、ＢＴＢＤ１６、ＳＦＮ、ＫＲＴ１７Ｐ３、ＶＧＬＬ１、ＣＤＨ３、ＣＸＣＬ１０、Ｓ１００Ａ９、ＧＪＢ２、ＴＨ、ＧＳＴＭ１、ＡＩＭ２、ＮＭＵ、ＭＡＧＥＡ１０、ＤＳＣＲ８、ＧＴＳＦ１、ＫＲＴ６Ａ、ＣＸＣＬ９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＤＳＣＲ６から選択される１以上の遺伝子によりコードされるマーカーに結合する１以上の作用物質を含む、試料中で膀胱癌を検出するためのキット。
  24. 前記１以上の作用物質が核酸である、請求項２３に記載のキット。
  25. 前記１以上の作用物質がタンパク質である、請求項２３に記載のキット。
  26. 前記タンパク質が抗体である、請求項２３に記載のキット。
  27. 前記試料がヒトから得られる、請求項２３に記載のキット。
  28. 前記試料が体液である、請求項２３に記載のキット。
  29. 前記体液が血液である、請求項２３に記載のキット。
  30. 前記体液が血清である、請求項２３に記載のキット。
  31. 前記試料が組織である、請求項２３に記載のキット。
  32. 前記試料が細胞から構成される、請求項２３に記載のキット。
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